Sachverhalt:
A. N._ (Arbeitnehmer) stand vom 5. Januar 2004 bis zum 31. Dezember 2006 als Chief Operating Officer in einem Arbeitsverhältnis zur X._ AG (Arbeitgeberin), nunmehr in Liquidation.
B. Mit Klage vom 7. Februar 2007 beantragte der Arbeitnehmer (Kläger) dem Arbeitsgericht Zürich, die Arbeitgeberin (Beklagte) zu verpflichten, ihm als Lohn für die Monate Oktober bis Dezember 2006 sowie als 13. Monatslohn für das Jahr 2006 Fr. 52'738.40, für Betreibungskosten Fr. 308.-- und für Schulgebühren für das zweite Halbjahr 2006 Fr. 11'400.--, je nebst Zins zu bezahlen. Zudem verlangte er die Beseitigung der Rechtsvorschläge in den hiefür angehobenen Betreibungen und die Ausstellung eines Arbeitszeugnisses.
In der Folge stellte die Beklagte dem Kläger ein Arbeitszeugnis aus. Sie anerkannte seine eingeklagten Lohnforderungen, machte jedoch verschiedene diese übersteigende Verrechnungsforderungen geltend und bestritt seine Forderung auf Entschädigung von Schulgebühren.
Mit Beschluss und Urteil vom 18. April 2011 schrieb das Arbeitsgericht den Prozess mit Bezug auf das Arbeitszeugnis als gegenstandslos ab. Sodann anerkannte es Verrechnungsforderungen der Beklagten in der Höhe von Fr. 11'703.30, weshalb es die Klage hinsichtlich des anerkannten Nettolohnes von Fr. 49'442.25 im Umfang von Fr. 37'738.95 nebst gestaffeltem Zins guthiess. Bezüglich der Schulgebühren und Betreibungskosten hiess das Arbeitsgericht die Klage vollumfänglich gut und hob die entsprechenden Rechtsvorschläge auf. Im Mehrbetrag wies es die Klage ab.
Mit Berufung beantragte die Beklagte dem Obergericht des Kantons Zürich, den Entscheid des Arbeitsgerichts vom 18. April 2011 aufzuheben und dem Kläger lediglich eine Lohnforderung von Fr. 8'207.75 zuzusprechen. Mit Beschluss und Urteil vom 9. Januar 2012 nahm das Obergericht davon Vormerk, dass die Verpflichtung der Beklagten, dem Kläger Fr. 8'207.75 zu bezahlen, in Rechtskraft erwachsen war. Sodann wies es die Klage hinsichtlich des Ersatzes von Schulgeldern in teilweiser Gutheissung der Berufung ab. Im Übrigen entschied es gleich wie das Arbeitsgericht. Entsprechend verpflichtete das Obergericht die Beklagte gemäss Urteilsdispositiv, dem Kläger Fr. 29'531.20 nebst Zins zu bezahlen (Ziff. 1) und wies die Klage im Übrigen ab, soweit das Verfahren nicht als gegenstandslos abgeschrieben wurde bzw. das erstinstanzliche Urteil nicht in Rechtskraft erwachsen ist (Ziff. 2). Weiter hob es verschiedene Rechtsvorschläge auf (Ziff. 3), setzte die Gerichtskosten für das erstinstanzliche Verfahren fest (Ziff. 4), auferlegte diese dem Kläger zu einem Drittel und der Beklagten zu zwei Dritteln (Ziff. 5), setzte die zweitinstanzliche Entscheidgebühr fest (Ziff. 6), auferlegte diese dem Kläger zu einem Viertel und der Beklagten zu drei Vierteln (Ziff. 7) und verpflichtete die Beklagte, dem Kläger für beide Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 9'650.-- zu bezahlen (Ziff. 8).
C. Die Beklagte erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen:
"1. In Gutheissung der Beschwerde sei das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich (LA110025-O) in Ziffer 1, 3, 5, 7 sowie 8 des Dispositivs aufzuheben;
2. Die Verfahrenskosten sämtlicher Instanzen seien dem Beschwerdegegner aufzuerlegen;
3. Eventualiter sei diese Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen;
4. Dieser Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zu erteilen;
5. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten des Beschwerdegegners."
Mit Präsidialverfügung vom 12. März 2012 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt.
Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat keine Vernehmlassung eingereicht.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 107 Abs. 2 BGG), darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Der Beschwerdeführer hat demnach gleich wie nach der Praxis zur Berufung gemäss dem altrechtlichen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) anzugeben, welche Punkte des Entscheides angefochten und welche Abänderungen beantragt werden. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen grundsätzlich nicht. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (BGE 133 III 489 E. 3.1 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung zum OG genügte es auch, wenn sich aus der Berufungsbegründung, allenfalls in Verbindung mit dem angefochtenen Entscheid, ohne Weiteres ergab, welche Abänderung des angefochtenen Urteils der Berufungskläger beantragen wollte (BGE 125 III 412 E. 2b S. 414 mit Hinweisen). Diese Rechtsprechung kann auch auf Art. 42 Abs. 1 BGG übertragen werden (BGE 134 III 235 E. 2 S. 236 f.).
1.2 Vorliegend erlauben die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz dem Bundesgericht, in der Sache zu entscheiden, was die Beschwerdeführerin denn auch nicht in Abrede stellt. Da die Vorinstanz diverse Gegenforderungen der Beschwerdeführerin als unbegründet erachtete, hätte es dieser oblegen, klar zu behaupten, in welchem Umfang sie daran festhält, zumal sie auch vor Vorinstanz nicht die vollumfängliche Abweisung der Klage beantragt hat. Wie das Urteil im Falle der Gutheissung der Beschwerde lauten müsste, ergibt sich auch mit Blick auf die Begründung der Beschwerde und das angefochtene Urteil nicht ohne Weiteres, weshalb mangels hinreichenden Rechtsbegehrens auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
2. Im Übrigen genügt die Beschwerde auch den Begründungsanforderungen kaum, zumal die Beschwerdeführerin nicht hinreichend auf die Argumentation der Vorinstanz eingeht, sondern dem Bundesgericht losgelöst davon unter Erweiterung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts ihre eigene Sicht der Dinge unterbreitet. Indem sie mitunter anführt, das Bezirksgericht habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und das Obergericht habe diese Würdigung implizit übernommen, verkennt sie die grundsätzliche Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid (Art. 97 und 105 BGG). Es geht nicht an, in einer Beschwerde in Zivilsachen appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts zu üben und Ergänzungen bezüglich der tatsächlichen Feststellungen vorzunehmen, als ob dem Bundesgericht im Beschwerdeverfahren die freie Prüfung aller Tatfragen zukäme (BGE 133 II 249 E. 1.4.3; 134 II 244 E. 2.2 S. 246; je mit Hinweisen). Auch unter diesem Gesichtspunkt könnte kaum auf die Beschwerde eingetreten werden.
3. Da auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann, hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Beschwerdeverfahrens zu tragen und dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Mai 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer