Fatti:
A. Con contratti del 22 dicembre 2009 e 14 maggio 2010 B._ ha locato alla A._ SA locali commerciali in uno stabile a Camorino. Il primo contratto prevede una pigione mensile di fr. 2'800.-- per il primo anno che aumenta poi a fr. 3'600.--, il secondo indica un corrispettivo mensile di fr. 500.--. Il 24 gennaio 2011 il locatore ha inviato alla conduttrice una diffida per il pagamento di fr. 11'450.-- per pigioni scoperte, con comminatoria di disdetta ai sensi dell'art. 257d CO. Con lettera 23 febbraio 2011 la conduttrice ha comunicato che "gli affitti sono stati bloccati" in attesa di definire la questione attinente al pagamento di due cucine da lei fornite. Il 25 febbraio 2011, scaduto infruttuoso il termine di pagamento di 30 giorni, il locatore ha notificato - con il formulario ufficiale - alla conduttrice la disdetta del rapporto di locazione per il 31 marzo 2011. La conduttrice ha contestato la disdetta il 1° marzo 2011.
B. Con istanza del 16 maggio 2011 il locatore ha chiesto alla Pretura di Bellinzona lo sfratto della conduttrice. Con decisione 20 giugno 2011, emanata in procedura sommaria (tutela giurisdizionale nei casi manifesti), il Pretore aggiunto ha ordinato l'espulsione della conduttrice.
C. Con sentenza 17 agosto 2011 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto un appello della soccombente. La Corte cantonale ha considerato che, essendo in presenza di "una fattispecie liquida e di una situazione giuridica chiara", il Giudice di prime cure poteva accordare tutela giurisdizionale in procedura sommaria ai sensi dell'art. 257 CPC e quindi rinunciare ad una conciliazione preliminare. Ha poi negato che la conduttrice abbia dichiarato, prima della scadenza del termine di grazia accordato per il pagamento, di compensare le pigioni arretrate e ha ritenuto adempiuti gli altri presupposti per l'applicazione dell'art. 257d CO.
D. Con ricorso in materia civile e ricorso sussidiario in materia costituzionale del 26 settembre 2011 la A._ SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo, la riforma della sentenza impugnata nel senso che l'istanza del locatore sia respinta con la conferma del rapporto di locazione e la compensazione delle pigioni arretrate. Contesta che siano dati i presupposti dell'art. 257 CPC per applicare la procedura sommaria e quindi escludere la procedura di conciliazione. Afferma inoltre di essersi prevalsa di una compensazione con la lettera del 23 febbraio 2011. Invoca poi i principi della proporzionalità e della buona fede e lamenta una violazione del diritto di essere sentita.
Con decreto del 20 ottobre 2011 la Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo all'impugnativa.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. Per costante giurisprudenza, quando - come nella fattispecie - la vertenza concerne la validità di una disdetta di un contratto di locazione di durata indeterminata espressa dal locatore, il valore litigioso non è inferiore alla pigione dovuta per il periodo di tre anni di cui all'art. 271 cpv. 1 lett. e CO. Ne segue che la soglia di fr. 15'000.--, prevista dall'art. 74 cpv. 1 lett. a LTF in controversie in materia di diritto di locazione per poter validamente inoltrare un ricorso in materia civile, è in concreto superata (sentenza 4A_189/2011 del 4 luglio 2011 consid. 1.1, destinato a pubblicazione; DTF 136 III 196 consid. 1.1, con rinvii). Vista la proponibilità del ricorso in materia civile introdotto tempestivamente dalla parte soccombente in sede cantonale e diretto contro una decisione finale emanata dal Tribunale di ultima istanza del Cantone Ticino, il ricorso sussidiario in materia costituzionale si rivela inammissibile (DTF 133 III 545 consid. 5 pag. 552).
2. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'atto ricorsuale deve contenere le conclusioni della parte ricorrente e i motivi su cui esse si fondano. Quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali le esigenze di motivazione sono più severe: giusta l'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina simili censure soltanto se il ricorrente le solleva e motiva in modo circostanziato (DTF 136 II 304 consid. 2.5). Per lamentare con un'ammissibile censura la violazione del divieto dell'arbitrio non è segnatamente sufficiente formulare una critica meramente appellatoria (DTF 136 II 489 consid. 2.8) e contestare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, nella quale l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale (DTF 134 II 349 consid. 3). Giova inoltre ricordare che in linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF) e può scostarsene o completarlo unicamente se è stato effettuato in violazione del diritto nel senso dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF). Poiché la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella dell'arbitrio (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2) e configura a sua volta la violazione di un diritto fondamentale (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1), valgono le accresciute esigenze di motivazione poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF.
Nella fattispecie la semplice menzione nel ricorso dei principi costituzionali della buona fede e della proporzionalità si rivela di primo acchito inammissibile, perché la ricorrente omette di formulare con riferimento ai predetti principi una qualsiasi censura che soddisfa i requisiti di motivazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF. Altrettanto inammissibile, perché del tutto inconferente, si rivela poi la pretesa violazione dell'art. 29 cpv. 2 Cost. per l'assenza di una procedura di conciliazione.
3. Giusta l'art. 257 cpv. 1 CPC il giudice accorda tutela giurisdizionale in procedura sommaria se i fatti sono incontestati o immediatamente comprovabili (lett. a) e la situazione giuridica è chiara (lett. b).
3.1 La ricorrente non contesta, a giusta ragione (art. 198 lett. a CPC), che una procedura di conciliazione non ha luogo quando il giudice accorda nella procedura sommaria la tutela giurisdizionale in casi manifesti nel senso dell'art. 257 CPC. Essa sostiene però che nella fattispecie non erano dati i presupposti per ordinare l'espulsione in applicazione di quest'ultima norma, ragione per cui la procedura di conciliazione non può essere omessa. La ricorrente assevera che non si sarebbe trattato di un caso manifesto, atteso che avrebbe già contestato i fatti all'udienza tenuta innanzi al Pretore aggiunto e che gli argomenti sollevati non permetterebbero di considerare chiara la situazione giuridica. Inoltre, negando l'avvenuta compensazione, la Corte cantonale avrebbe accertato in modo arbitrario i fatti ed ignorato "i precetti della buona fede nei rapporti d'affari".
3.2 Occorre innanzi tutto osservare che la situazione giuridica appare chiara. Infatti, giusta l'art. 257d CO, quando il conduttore è in mora nel pagamento delle pigioni, il locatore può fissargli per scritto un termine, nel caso di locali commerciali di almeno 30 giorni, per il pagamento, con l'avvertenza che scaduto infruttuosamente il termine impartito il rapporto di locazione sarà disdetto (cpv. 1); se il conduttore non paga entro il termine fissato, il locatore può recedere dal contratto con un preavviso di 30 giorni nel caso di locali commerciali (cpv. 2). È pure pacifica la giurisprudenza di questo Tribunale secondo cui, per impedire la predetta disdetta straordinaria, un'eventuale compensazione dev'essere invocata durante il predetto termine di grazia (DTF 119 II 241 consid. 6b/bb-cc pag. 248). A giusta ragione non è infine nemmeno contestato che, al termine della locazione, il conduttore debba restituire l'ente locato.
3.3 Con riferimento ai fatti, la Corte cantonale ha dapprima ritenuto che la conduttrice aveva ammesso di non aver pagato i canoni di locazione richiesti. I Giudici cantonali hanno poi considerato infondata l'obiezione della conduttrice di essersi prevalsa nella lettera del 23 febbraio 2011 di una compensazione, atteso che in tale scritto essa non accenna minimamente all'intenzione di compensare il debito, ma si limita in sostanza ad indicare che "gli affitti sono stati bloccati", perché vi sarebbe da definire una "questione" concernente il pagamento di due cucine, per le quali non aveva però ancora emesso le relative fatture.
3.3.1 Giova in concreto preliminarmente rilevare che, contrariamente a quanto sembra ritenere la ricorrente, la tutela giurisdizionale nei casi manifesti non è limitata alle cause in cui i fatti sono incontestati, ma può - come risulta esplicitamente dal testo legale - pure essere concessa quando questi sono facilmente comprovabili.
3.3.2 Nella fattispecie, contrariamente a quanto affermato in modo apodittico dalla ricorrente, l'accertamento dei fatti non poggia affatto su un apprezzamento arbitrario delle prove da parte dell'istanza inferiore. Dalla predetta lettera non emerge infatti alcuna volontà di compensare le pigioni arretrate con i propri crediti, ma risulta piuttosto l'intenzione di utilizzare una sospensione del pagamento delle pigioni quale mezzo di pressione per "definire" quella che la ricorrente chiama "la questione" delle due cucine. Del tutto irrilevante ai fini dell'accertamento della pretesa dichiarazione di compensazione durante il periodo di grazia si rivela poi l'asserzione, contenuta nel gravame, secondo cui dagli atti risulterebbe che il 9 giugno 2011 - e quindi dopo l'inoltro della richiesta di sfratto - il locatore avrebbe riconosciuto il debito relativo alle cucine con il versamento di una rata.
3.4 Così stando le cose, la Corte cantonale non ha violato il diritto federale riconoscendo all'opponente una tutela giurisdizionale in procedura sommaria non preceduta da una procedura di conciliazione.
4. Da quanto precede discende che il ricorso sussidiario in materia costituzionale si appalesa inammissibile, mentre quello in materia civile si rivela, nella misura in cui è ammissibile, infondato. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
2. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia civile è respinto.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.