Erwägungen:
1. X._ und Y._ reichten am 18. April 2008 bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern Rekurs (betreffend Staats- und Gemeindesteuern) sowie Beschwerde (betreffend direkte Bundessteuer) ein, womit sie sich gegen die Erhebung von Nachsteuern und die Auferlegung von Strafsteuern für die Steuerperiode 2001 beschwerten. Die Steuerrekurskommission teilte den Steuerpflichtigen am 28. Mai 2008 mit, dass das Verfahren betreffend die Nachsteuern sistiert werde, bis das Verfahren betreffend die Strafsteuern in Rechtskraft erwachsen sei.
In ihren am 17. Februar 2009 gefällten Entscheiden überprüfte die Rekurskommission - entgegen ihrer Mitteilung vom 28. Mai 2008 - nicht nur die Auferlegung von Strafsteuern, sondern auch die Erhebung von Nachsteuern, wobei sie Rekurs und Beschwerde abwies. Die Steuerpflichtigen erhoben gegen die entsprechenden Entscheide Beschwerden ans Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses hiess die Beschwerden am 26. November bzw. 7. Dezember 2009 insoweit teilweise gut, als es die angefochtenen Entscheide betreffend Strafsteuern aufhob und zu neuem Entscheid an die Rekurskommission zurückwies. Soweit weitergehend, mithin bezüglich der Nachsteuern, wies es die Beschwerden vollständig ab. Die Urteile des Verwaltungsgerichts wurden nicht angefochten.
Mit Entscheiden vom 15. Juni 2010 setzte die Rekurskommission die Strafsteuern neu fest, und das Verwaltungsgericht bestätigte diese am 24. September 2010 auf Beschwerde hin. Unter Bezugnahme auf die verwaltungsgerichtlichen Entscheide vom 24. September 2010 teilte die Steuerrekurskommission den Steuerpflichtigen am 31. Januar 2011 mit, dass das Rekurs- und Beschwerdeverfahren betreffend die Nachsteuern wieder aufgenommen werde. Von der Steuerverwaltung des Kantons Bern darauf hingewiesen, dass über die Nachsteuern 2001 bereits rechtskräftig entschieden worden sei, schrieb die Steuerrekurskommission das Rekurs- und das Beschwerdeverfahren betreffend die Nachsteuern mit Verfügungen vom 22. September 2011 ab. Nachdem die Steuerpflichtigen gegen diese Abschreibungsverfügungen Beschwerde erhoben hatten, entschied der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern am 23. Januar 2012, die Verfahren 100 08 8954 und 200 08 8954 vor der Steuerrekurskommission des Kantons Bern würden ab der "Wiederaufnahme" vom 31. Januar 2011 bis und mit den Abschreibungsverfügungen vom 22. September 2011 von Amtes wegen aufgehoben.
Mit an das Verwaltungsgericht selber adressierter Rechtsschrift vom 17. Februar 2012 erhoben X._ und Y._ "Einspruch" gegen den Entscheid vom 23. Januar 2012. Das Verwaltungsgericht hat die Rechtsschrift zuständigkeitshalber an das Bundesgericht weitergeleitet, wo sie als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid vom 23. Januar 2012 entgegengenommen worden ist.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein; es muss gezielt auf die für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen eingegangen werden.
Das Verwaltungsgericht hat sämtliche Verfahrensschritte, die die Steuerrekurskommission des Kantons Bern seit der Wiederaufnahmeerklärung vom 31. Januar 2011 bezüglich der Nachsteuern für die Staats- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer 2001 unternommen hatte, für nichtig erklärt und von Amtes wegen aufgehoben. Es begründet dies damit, dass es über diese Belange am 26. November bzw. 7. Dezember 2009 endgültig entschieden habe und Rechtskraft eingetreten sei, sodass die Rekurskommission diesbezüglich kein Verfahren durchführen bzw. wieder aufnehmen konnte. Einzig diese verfahrensrechtliche Problematik könnte zum Gegenstand einer Beschwerde gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid gemacht werden. Dazu aber lässt sich der Rechtsschrift der Beschwerdeführer vom 17. Februar 2012 nichts entnehmen. Es fehlt mithin offensichtlich an einer hinreichenden Beschwerdebegründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), und auf das Rechtsmittel ist mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Es rechtfertigt sich, ausnahmsweise auf die Erhebung von Kosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller