Erwägungen:
1. Anlässlich der Hauptverhandlung vom 9. September 2009 vor dem Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises VI Signau-Trachselwald in der Strafsache gegen X._ u.a. stellte der amtliche Verteidiger von X._ ein Ablehnungsgesuch gegen den Gerichtspräsidenten. Die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern trat auf das Ablehnungsgesuch mit Beschluss vom 12. Oktober 2009 nicht ein. Zur Begründung führte sie zusammenfassend aus, dass der Beschwerdeführer das Ablehnungsgesuch klar verspätet gestellt habe, weshalb darauf nicht einzutreten sei. Ausserdem sei das Gesuch offensichtlich unbegründet, weshalb es im Eintretensfall abzuweisen wäre.
2. X._ führt mit Eingabe vom 12. November 2009 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern vom 12. Oktober 2009. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 I 313 E. 2 S. 315; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer, der keinen zulässigen Beschwerdegrund nennt, setzt sich mit den Ausführungen der Anklagekammer, die zum Nichteintreten auf sein Ablehnungsgesuch führten, nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern die Anklagekammer dabei verfassungsmässige Rechte verletzt haben sollte. Da die vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen des angefochtenen Beschlusses darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kreisgericht VI Signau-Trachselwald, Gerichtspräsident 1, und dem Obergericht des Kantons Bern, Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli