Erwägungen:
1. X._, geboren am 6. Juni 1992, trat auf Beginn des Schuljahres 2008/2009 in St. Gallen in die Kantonsschule ein. Er verletzte fortlaufend seine Pflichten als Schüler, namentlich wies er zahlreiche unentschuldigte Absenzen auf. Im Dezember 2008 wurde ihm erstmals förmlich ein Verweis erteilt. Nachdem die Schulleitung zuvor sein Verhalten thematisiert hatte, drohte sie X._ im Dezember 2009 ein Ultimatum an. Die Rektoratskommission der Kantonsschule verfügte sodann am 14. Juni 2010 eine bis Ende Januar 2011 befristete Androhung des Ausschlusses von der Schule. Nach weiteren Pflichtverletzungen schloss der Erziehungsrat des Kantons St. Gallen den Schüler am 23. Februar 2011 von der Schule aus. Das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen hob diese Massnahme mit Urteil vom 6. Juli 2011 auf. Zwar erachtete es die Voraussetzungen für einen Schulausschluss für gegeben; da es irrtümlich annahm, der Ausschluss sei nach langem Zuwarten bloss wenige Monate vor Schulende erfolgt, erachtete es diese Sanktion als unverhältnismässig; richtig aber stand noch ein Schuljahr (mit Praktikum) bevor.
Am 29. September 2011 drohte die Rektoratskommission der Kantonsschule dem Schüler für das verbleibende Jahr bis zum Abschluss der Mittelschule im Juni 2012 erneut das Ultimatum für einen sofortigen Ausschluss an. Diesen verfügte der Präsident des Erziehungsrats am 10. Januar 2012. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen mit Urteil vom 29. August 2012 ab.
Mit vom 4. Oktober 2012 datierter, am 5. Oktober 2012 (letzter Tag der Beschwerdefrist) zur Post gegebener Rechtsschrift beschwert sich X._ beim Bundesgericht über das Urteil des Verwaltungsgerichts.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein; der Beschwerdeführer muss sich gezielt mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen auseinandersetzen. Besonderes gilt hinsichtlich der Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanzen des Bundesgerichts. An diese ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, sie seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. 97 Abs. 1 BGG). Entsprechende Rügen müssen den strengen Begründungsanforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG genügen (BGE 137 I 58 E. 4.1.2 S. 62; 134 II 244 E. 2.2. S. 246; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.).
Das Verwaltungsgericht hat sich umfassend mit dem Verhalten des Beschwerdeführers seit Schuleintritt, der jeweiligen Reaktion der Behörden, den Hintergründen und der Tragweite der letzten Ultimatumsandrohung vom 29. September 2011 sowie dem Verlauf dieses letzten Schuljahres befasst, wobei es seinen neuen Entscheid spezifisch in Bezug auf die Frage der Verhältnismässigkeit des Schulausschlusses von seinem ersten, in derselben Angelegenheit ergangenen Urteil abgrenzte. Die Beschwerdeschrift lässt jegliche gezielte Auseinandersetzung mit diesen Erwägungen vermissen. Insbesondere wird nicht aufgezeigt, dass bzw. inwiefern das Verwaltungsgericht von einem offensichtlich falschen Sachverhalt ausgegangen sei. Es genügt auf dem Hintergrund der Erwägungen der Vorinstanz nicht zu rügen, der Ausschluss von der Schule mache keinen Sinn. Nicht zulässig ist der allgemein gehaltene Hinweis auf Ausführungen des Rechtsvertreters des Beschwerdeführers vor der Vorinstanz (BGE 138 IV 47 E. 2.8.1 S. 54; 134 I 303 E. 1.3 S. 306; 133 II 396 E. 3.1 S. 399 f.).
Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), und es ist darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller