Faits:
A. Marié à Y._, X._ exerce une activité indépendante de médecin urologue FMH à Z._. Il détenait des participations dans les sociétés Centre médico-chirurgical A._ SA (ci-après: A._ SA) depuis sa constitution en 1983, B._ SA depuis sa constitution en 1987, Clinique C._ SA (ci-après: C._ SA; anciennement SI A._ et Clinique SA) depuis sa constitution en 1988 et Ambulances D._ SA (ci-après: D._ SA) dont il avait acquis des titres en 1989.
A._ SA et B._ SA ont été mises en faillite en 1999, D._ SA en juillet 2000 et C._ SA en juillet 2001.
B. Dans leur déclaration pour la période fiscale 1999/2000, les époux X._ et Y._ ont fait état d'un revenu imposable de 105'600 fr. (37'700 fr. déterminant le taux) et d'une fortune nulle. Les 26 février, 5 avril et 31 mai 2001, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'Administration cantonale) a requis des intéressés la production de certaines pièces comptables. Un rappel a été adressé le 25 septembre 2001. Le 26 décembre 2002, l'Administration cantonale a informé les intéressés que leur déclaration faisait l'objet d'une enquête, leur taxation restant provisoire dans l'intervalle.
Dans leur déclaration pour la période fiscale 2001/2002, les époux X._ et Y._ ont fait état d'un revenu imposable nul et d'une fortune de 164'000 fr. Les 26 mars, 17 septembre et 3 octobre 2002 ainsi que le 5 mars 2003, l'Administration cantonale a requis des intéressés la production de certaines pièces comptables aux fins de procéder à la taxation. Deux sommations leur ont été adressées les 8 avril et 9 juillet 2004.
Le 2 septembre 2005, s'agissant de la période fiscale 1998/1999, pour l'impôt cantonal et communal, l'Administration cantonale a arrêté le revenu imposable à 189'900 fr. et une fortune imposable nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 189'800 fr. S'agissant de la période fiscale 2000/2001, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 150'800 fr. et la fortune imposable à 818'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 158'300 fr.
Par décision du 26 janvier 2006, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation interjetée par les intéressés contre les décisions rendues le 2 septembre 2005.
C. Par mémoire du 27 février 2006, les intéressés ont déposé un recours auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud.
Durant la procédure de recours, par décision incidente du 12 avril 2006, le juge instructeur du Tribunal administratif a rejeté les réquisitions des intéressés tendant à la production des dossiers fiscaux A._ SA, B._ SA, C._ SA et D._ SA ainsi que la production du dossier de la procédure pénale ouverte contre X._. Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a confirmé les taxations d'impôt fédéral, cantonal et communal des époux X._ et Y._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998. Par jugement du 20 juin 2007, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a libéré X._ des chefs d'accusation d'abus de confiance, de gestion déloyale et de faux dans les titres. En raison de ce jugement pénal, les intéressés ont demandé au Tribunal administratif la révision de son arrêt rendu le 12 juin 2006. Cet arrêt avait été confirmé par arrêt du Tribunal fédéral du 27 novembre 2006 (2A.429/2006 et 2P.185/2006). Enfin, par arrêt du 18 mars 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté une demande de récusation dirigée contre le juge instructeur.
Le 19 mai 2008, la procédure de recours, qui avait été suspendue durant la procédure de récusation du juge instructeur, a été reprise. Les parties ont été entendues le 11 juin 2008. Une requête de suspension de procédure jusqu'à droit connu sur le sort de la procédure en révision de l'arrêt du 12 juin 2006 a été écartée. Une requête de suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur la révision par l'Administration cantonale des impôts des taxations concernant les périodes 1999/2000 et 2001/2002 a également été rejetée par le juge instructeur en date du 13 novembre 2007.
D. Par arrêt du 15 juillet 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours déposé le 27 février 2006 contre la décision sur réclamation rendue le 26 janvier 2006 et mis à la charge des intéressés un émolument de justice de 5'000 fr. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X._ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. La requête de production du dossier pénal devait être écartée, parce que les considérants de cet arrêt ne liaient pas le Tribunal cantonal sur les questions fiscales. Il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur la procédure en révision ouverte en raison de l'arrêt rendu le 20 juin 2007 par le Tribunal correctionnel d'arrondissement de Lausanne. Sur le fond, le refus de déduire les pertes sur les participations que X._ détenait dans A._ SA, C._ SA et B._ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été dûment comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X._ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, les époux X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral sous suite de frais et dépens d'annuler l'arrêt rendu le 15 juillet 2008 et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Subsidiairement, ils demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du 15 juillet 2008 "en ce sens que les recourants, en matière tant d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonaux et communaux, ne sont tenus à aucune prestation en argent pour les périodes fiscales comprises entre 1999/2000 et 2001/2002, subsidiairement en ce sens qu'ordre est donné aux Administrations cantonales vaudoises intimées d'établir de nouvelles taxations des contribuables qui tiennent compte de la déductibilité des pertes commerciales des contribuables invoquées sous chiffre V § B du recours pour les périodes fiscales sous revue, respectivement de la déductibilité des intérêts passifs invoquée sous chiffre V § C". Ils se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus, de la violation du droit fédéral s'agissant de l'attribution de biens à la fortune privée et de la comptabilisation de pertes commerciales.
Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer des observations sur le recours. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours. L'Administration fiscale cantonale conclut à l'admission partielle du recours dans la mesure où il est recevable en tant qu'il porte sur la déduction des dettes privées du contribuable envers les masses en faillite de B._ SA, d'un montant de 781'732 fr. 95 et de SI A._ SA d'un montant de 597'610 fr. 40 en capital de la fortune imposable des contribuables dans la période fiscales 2001/2002, de réformer la décision de taxation afférente à la période fiscale 2001/2002 en ce sens que la fortune imposable est nulle et de la confirmer pour le surplus et de rejeter le recours en matière de droit public pour le surplus. Elle conclut à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 V 138 consid. 1 p. 140 et la jurisprudence citée).
1.1 L'arrêt du Tribunal cantonal fait l'objet d'un recours en matière de droit public et d'un recours constitutionnel subsidiaire simultanés. Le second étant irrecevable en cas de recevabilité du premier (art. 113 LTF), il convient d'examiner en priorité si la voie du recours en matière de droit public est ouverte.
1.2 Le recours est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 4), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
La voie du recours en matière de droit public étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
1.3 Comme X._ est pratiquement le seul impliqué, il ne sera fait état que de lui, et exceptionnellement de son épouse, quand bien même les recours ont été formellement déposés par les époux.
2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 lettre a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Aux termes de cet alinéa, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés par le recourant. En ces matières, l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). En particulier, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., le recourant doit démontrer que l'acte attaqué ne repose sur aucun motif sérieux et objectif, apparaît insoutenable ou heurte gravement le sens de la justice (cf. ATF 128 I 295 consid. 7a p. 312).
C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciés les moyens soulevés par le recourant.
3. Le recourant se plaint d'un déni de justice formel et matériel, l'arrêt attaqué ne contenant aucune motivation ni décision sur la question de la déduction des dettes et des intérêts résultant des jugements rendus les 17 août 2007 et 19 septembre 2007 par la Cour civile du Tribunal cantonal qui le condamnaient à payer aux masses en faillite de B._ SA et de SI C._ SA respectivement 781'732 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an et 597'610 fr. 40 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 1999.
3.1 Il ressort du dossier que, le 9 novembre 2007, le recourant a produit les jugements rendus les 17 août 2007 et 19 septembre 2007 dans la procédure du recours. Il s'estimait alors "légitimé à requérir la déduction de ces dettes en capital et intérêts dans la mesure où elles concernaient à tout le moins la période fiscale 1999/2000 et 2001/2002" et ajoutait qu'"il conviendrait donc que l'Administration cantonale des impôts rende de nouvelles décisions tenant compte de ce qui précède, raison pour laquelle je requiers par économie de procédure que la présente cause soit suspendue jusqu'à droit connu sur de nouvelles décisions émanant de l'Administration cantonale des impôts pour les périodes fiscales en cause".
Par décision incidente du 13 novembre 2007, notifiée séparément au recourant, le juge instructeur a rejeté la requête de suspension de la cause et précisé que les motifs à l'appui d'une demande en révision des taxations devaient être adressés à l'Administration cantonale des impôts et étaient pour le surplus étrangers à ceux qui faisaient l'objet de la procédure de recours. A réception du courrier du 13 novembre 2007, le recourant savait par conséquent que la cause ne serait pas suspendue conformément à sa requête du 9 novembre et qu'il lui appartenait d'ouvrir une procédure en révision auprès de l'Administration cantonale des impôts. Ses conclusions ne sont par conséquent pas restées sans réponse de l'autorité judiciaire. Le juge instructeur ayant formellement rendu une décision incidente séparée sur la requête du recourant du 9 novembre 2007, le grief de déni de justice doit être rejeté.
3.2 Pour le surplus, selon l'art. 93 LTF, les décisions incidentes notifiées séparément qui, comme celle du 13 novembre 2007, ne portent ni sur la compétence ni sur une demande de récusation peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci et que le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 de l'art. 93 ou qu'il n'a pas été utilisé. En l'espèce, le recourant n'expose pas en quoi le refus de suspendre la procédure de recours jusqu'à droit connu sur les nouvelles décisions de l'Administration cantonale des impôts et son renvoi à une procédure de révision auprès de l'Administration cantonale des impôts violeraient le droit fédéral ou le droit cantonal.
4. Se fondant sur les jugements rendus les 17 août 2007 et 19 septembre 2007, le recourant demande la déduction des dettes et des intérêts passifs au paiement desquels il a été condamné. L'Administration cantonale des impôts conclut à l'admission partielle du recours dans la mesure où il est recevable en tant qu'il porte sur la déduction des dettes privées du contribuable envers les masses en faillite de B._ SA, d'un montant de 781'732 fr. 95 et de SI C._ SA d'un montant de 597'610 fr. 40 en capital de la fortune imposable des contribuables dans la période fiscale 2001/2002, à la réforme de la décision de taxation afférente à la période fiscale 2001/2002 en ce sens que la fortune imposable est nulle et à sa confirmation pour le surplus ainsi qu'au rejet du recours en matière de droit public pour le surplus. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet des conclusions du recourant.
4.1 D'après l'art. 86 al. 1 lettre d LTF, sous réserve d'une exception non réalisée en l'espèce, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance. La doctrine considère que cet article est le siège de l'exigence de l'épuisement des instances cantonales (Esther Tophinke, Bundesgerichtsgesetz, Commentaire bâlois, n° 10 ss ad art. 86 LTF). Ne peuvent par conséquent faire l'objet d'un recours en matière droit public que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité de dernière instance cantonale compétente s'est prononcée préalablement d'une manière qui la lie sous forme d'une décision. En ce sens, la décision attaquée détermine l'objet de la contestation qui peut être porté devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière de droit public. Dans la mesure, en revanche, où aucune décision n'a été rendue, la contestation n'a pas d'objet et un jugement sur le fond ne peut pas être prononcé. C'est pourquoi les conclusions qui vont au delà de l'objet de la contestation sont irrecevables (Ulrich Meyer/Isabel von Zwehl, L'objet du litige en procédure de droit administratif, in Mélanges Pierre Moor, Berne 2005, p. 435 ss, n° 8, p. 439).
4.2 En l'espèce, la décision incidente du 13 novembre 2007 a exclu de l'objet du litige cantonal les effets fiscaux des faits constatés dans les jugements rendus les 17 août 2007 et 19 septembre 2007. Le recourant pouvait se plaindre de cette décision, ce qu'il n'a pas fait (cf. consid. 3.2). L'instance précédente ayant refusé de prendre en compte les faits résultant des jugements des 17 août 2007 et 19 septembre 2007, les conclusions des parties fondées sur ces faits sont irrecevables, faute d'épuisement des instances cantonales (art. 86 al. 1 lettre d LTF). Il en va ainsi des conclusions tendant à la déduction des dettes et intérêts passifs constatés par les jugements rendus les 17 août 2007 et 19 septembre 2007, ainsi que de l'acquiescement partiel - pour autant qu'un tel acquiescement soit admissible - de l'Administration cantonale des impôts à leur égard. Cette dernière ne saurait en effet acquiescer à des conclusions irrecevables, dans tous les cas, pas d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (cf. art. 107 al. 1 LTF). Il n'est du reste pas certain que l'acquiescement de l'Administration cantonale des impôts lierait le Tribunal fédéral du moment que l'Administration fédérale des contributions, qui a également qualité pour recourir dans l'intérêt d'une application uniforme du droit fédéral sur le territoire de la Confédération (art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]), s'est écartée de la position de l'autorité cantonale en concluant au rejet pur et simple du recours. Cette question n'a pas à être tranchée en l'espèce, du moment que l'acquiescement est de toute manière irrecevable en l'espèce. Ce dernier peut en revanche être compris comme une promesse de procéder à la révision des taxations influencées par les faits constatés dans les jugements civils.
4.3 Le recourant conclut également à la déduction "des intérêts passifs de la créance revendiquée à son encontre par la Banque N._ pour un montant de l'ordre de 10'900'000 fr. environ, avec accessoires légaux du chef des cautionnements donnés pour les diverses sociétés faillies" (cf. p. 22 du mémoire de recours)
A supposer qu'une conclusion formulée de manière aussi vague soit admissible, ce qui est douteux, elle serait de toute manière irrecevable, puisque les faits sur lesquels elle se fonde n'ont pas fait l'objet de l'arrêt attaqué. Le recourant ne démontre pas d'une manière conforme aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF que le Tribunal cantonal aurait commis un déni de justice sur ce point.
I. Impôt fédéral direct
5. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que l'art. 114 al. 3 LIFD, le recourant se plaint que le Tribunal cantonal lui a refusé la consultation et la production complète des dossiers fiscaux des sociétés dont il était actionnaire.
5.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 127 III 576 consid. 2c p. 578 s.; 127 V 431 consid. 3a p. 436; 124 II 132 consid. 2b p. 137 et la jurisprudence citée).
En matière d'impôt fédéral direct, le contribuable a le droit de consulter les pièces qu'il a produites ou signées (art. 114 al. 1 LIFD). Il peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose (al. 2). Le secret fiscal peut s'opposer à la consultation de certaines pièces. En effet, les personnes chargées de l'application de la loi sur l'impôt fédéral direct ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux, sauf si une base légale de droit fédéral les y autorise (art. 110 LIFD). Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres preuves (art. 114 al. 3 LIFD). Cela vaut en particulier pour des documents provenant du dossier fiscal d'un tiers.
5.2 S'agissant du dossier des sociétés dont il était actionnaire, le recourant fait valoir pour l'essentiel et non sans témérité les mêmes griefs qu'il avait déjà exposés dans les procédures antérieures, notamment celles qui ont fait l'objet de l'arrêt du Tribunal fédéral du 27 novembre 2006 (2A.429/2006 et 2P.185/2006). Il suffit par conséquent de renvoyer le recourant à la motivation exposée dans cet arrêt. On peut pour le reste rappeler que le droit fiscal suisse ne connaît en principe pas de droit des groupes de sociétés et que l'éventuelle connexité entre la situation du recourant et celle des sociétés n'a d'effet ni sur le secret fiscal dont bénéficient les sociétés tierces en cause, quand bien même elles ont fait faillite, ni dans l'attribution à la fortune commerciale ou privée des titres de participations détenus par le recourant dans celles-ci, ni enfin dans la qualification des montants que le fisc a repris (arrêt du 27 novembre 2006, consid. 4). Ce grief est rejeté.
6. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que l'art. 115 LIFD, le recourant se plaint encore que le Tribunal cantonal a refusé son offre de preuve tendant à la production du dossier de la procédure pénale.
6.1 D'après l'art. 115 LIFD, les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation (cf. à cet égard, Peter Locher, System des Steuerrecht, 6e édition, Zurich 2002, p. 401). Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes lorsque le fait a établir est sans importance pour la taxation, qu'il résulte déjà de constatations ressortant du dossier ou lorsque le moyen de preuve avancé est impropre à fournir les éclaircissements nécessaires. L'appréciation anticipée des preuves ne constitue pas une atteinte au droit d'être entendu directement déduit de l'art. 29 Cst. (ATF 125 I 127 consid. 6c/cc p. 135 et les arrêts cités). Au même titre que toute appréciation des preuves, l'appréciation anticipée de celle-ci est soumise à l'interdiction de l'arbitraire (ATF 124 I 274 consid. 5b p. 285 et les références citées).
6.2 Pour rendre l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal disposait d'une copie intégrale de l'arrêt rendu le 20 juin 2007 par le Tribunal correctionnel d'arrondissement de Lausanne. Il a rejeté la requête de production du dossier pénal en cause en considérant que son contenu n'avait aucun intérêt dans la procédure fiscale en cours, du moment qu'il n'était pas tenu par les considérants du jugement pénal du 20 juin 2007.
Le recourant ne prétend pas que l'accès aux dossiers de son chapitre fiscal lui a été refusé. Du moment que les pièces comptables des sociétés justifiant les reprises effectuées par l'administration fiscale figuraient au dossier du Tribunal cantonal, ce dernier pouvait, par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire, juger que les offres de preuve du recourant n'étaient pas pertinentes, d'autant que, comme le Tribunal cantonal l'a jugé à bon droit, la qualification juridique des reprises effectuées par les autorités fiscales ainsi que l'attribution à la fortune commerciale ou privée des titres de participations détenus par le recourant dans les sociétés en faillite ne relèvent pas de la compétence du juge pénal. Au demeurant, le recourant n'expose pas en quoi les pièces relatives aux reprises effectuées dans son chapitre provenant des sociétés en cause seraient insuffisantes ou lacunaires, ni par conséquent a fortiori en quoi la production du dossier pénal, bien qu'il en ait eu connaissance durant la procédure pénale, pourrait combler d'éventuelles lacunes. Il n'expose pas non plus en quoi les faits ressortant du dossier pénal seraient de nature à influer sur le résultat (cf. art. 97 al. 1 LTF). Son grief est rejeté.
6.3 Le recourant voit encore une violation de son droit d'administrer toutes les preuves pertinentes dans le refus du Tribunal cantonal de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur la procédure en révision qu'il a ouverte contre l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif du canton de Vaud. En affirmant à l'appui de son grief que l'arrêt du 20 juin 2007 du Tribunal correctionnel de Lausanne était de nature à influer sur l'ensemble des taxations pour les périodes fiscales 1993/1994 à 2001/2002, du moment que certaines reprises opérées à tort dans la décision du 12 juin 2006 étaient "démenties" par cet arrêt, le recourant perd à nouveau de vue que les considérants du jugement pénal du 20 juin 2007 ne lient par les autorités fiscales. L'allusion selon laquelle le Tribunal cantonal aurait ainsi préjugé du résultat de la procédure en révision est irrecevable, du moment que cette procédure ne fait pas l'objet de l'arrêt attaqué (art. 86 al. 1 lettre d LTF). Mal fondé, ce grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
7. Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir refusé la déduction des pertes subies lors de la vente des participations qu'ils détenaient dans A._ SA, B._ SA, C._ SA et D._ SA. Les activités de ces sociétés étaient suffisamment connexes à celles de son activité indépendante pour que ces titres entrent dans sa fortune commerciale. En outre, les états annexés au recours du 3 octobre 2005 et à la réplique du 23 mars 2006 adressés au Tribunal administratif répondaient aux exigences légales de comptabilisation.
7.1 D'après l'art. 27 al. 1 et 2 lettre b LIFD, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées.
D'après l'art. 125 al. 1 LIFD, les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante (lettre a); les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale (lettre b); l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes (lettre c). D'après l'art. 125 al. 2 LIFD, les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés.
L'art. 125 al. 2 LIFD ne précise pas ce qu'il faut entendre par "état des actifs et des passifs, relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés". Les exigences auxquelles doivent répondre ces états dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (arrêt 2A.272/2003 du 13 décembre 2003 in Archives 73 p. 656; Isabelle Althaus-Houriet, Commentaire LIFD, Bâle 2008, n° 45 ad art. 125 LIFD; cf. Circulaire n° 2 de l'Administration fédérale des contributions publiée en janvier 1980 sur l'obligation de conserver les documents et pièces justificatives et d'établir des relevés et des états faits aux contribuables exerçant une activité lucrative indépendante, in Archives 48, p. 412).
Il n'appartient pas aux autorités fiscales de rétablir la comptabilité défaillante du contribuable, même si elles peuvent ordonner des expertises aux frais du contribuable aux conditions de l'art. 123 al. 2 LIFD.
7.2 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal rappelle que, par arrêt du 27 novembre 2006, le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif du canton de Vaud qui avait refusé, pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998, la déduction des pertes relatives aux participations parce qu'elles n'avaient pas été dûment comptabilisées. Il constate que le recourant a à nouveau déposé un état financier intitulé "Compte de pertes et profit des participations commerciales de X._" pour les années 1993 à 2000 et que cet état financier correspond à celui qui avait été présenté durant les procédures de taxation et de recours relatives aux périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998 à la seule différence qu'entre temps, il a été signé par le recourant. Le Tribunal cantonal a par conséquent jugé à bon droit que les irrégularités comptables qui avaient déjà été relevées dans les procédures relatives aux périodes fiscales antérieures affectaient de la même manière les pièces comptables produites de sorte que le refus de déduire les pertes durant les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002 devait être confirmé. Il ne suffit en effet pas de signer ces pièces pour que les défauts déjà constatés, qui dépassent la simple absence de signature, disparaissent et que les pertes soient considérées comme comptabilisées au sens de l'art. 27 al. 2 lettre b LIFD.
En jugeant que les pertes dont se prévaut le recourant n'ont pas été dûment comptabilisées et ne pouvaient par conséquent être déduites de son revenu imposable, le Tribunal cantonal a correctement appliqué l'art. 27 al. 2 lettre b LIFD.
La déduction de pertes effectives n'étant admise qu'à la double condition qu'elles portent sur des éléments de la fortune commerciale et qu'elles aient été comptabilisées, il n'est pas nécessaire d'examiner en outre à quelle fortune - commerciale ou privée - du recourant appartenaient ces participations.
Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôt cantonal et communal
8. La loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) est entrée en vigueur le 1er janvier 1993. Les cantons devaient adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de la loi sur l'harmonisation dans les huit ans qui suivent l'entrée en vigueur de cette loi (art. 72 LHID). En l'espèce, l'arrêt attaqué concerne le droit de consulter le dossier, le droit d'offrir des preuves ainsi que le régime fiscal des pertes subies par un contribuable exerçant une activité lucrative indépendante. Ces matières font l'objet des art. 10 al. 1 lettre c, du titre deuxième, et 41, du titre cinquième, de la loi sur l'harmonisation fiscale, qui est par conséquent applicable à la période fiscale 2001/2002. La loi sur l'harmonisation fiscale n'est en revanche pas applicable à la période fiscale 1999/2000, qui reste régie par l'ancienne loi vaudoise du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI/VD, abrogée depuis le 1er janvier 2001; Recueil des lois 1956, p. 359).
9. Pour la période fiscale 1999/2000, les griefs relatifs à la violation du droit d'être entendu et à l'appréciation des preuves qui ne sont motivés que sous l'angle de l'art. 29 al. 2 Cst. doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 4 et 5). Ils doivent également l'être pour la période fiscale 2001/2002, parce les art. 161 et 162 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11; en vigueur depuis le 1er janvier 2001), dont la teneur est pratiquement identique à celle des art. 114 et 115 LIFD et conforme à celle de l'art. 41 LHID, ne confèrent pas au recourant un droit de consulter le dossier et d'offrir des preuves plus étendu que celui qui résulte de l'art. 29 al. 2 Cst.
10. Pour le surplus, en tant qu'il concerne la période fiscale 1999/2000, le recours en matière de droit public est irrecevable, parce que, contrairement aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant n'indique pas quelles dispositions du droit cantonal vaudois applicables à cette période fiscale il entend invoquer ni en quoi elles auraient, le cas échéant, été appliquées de manière contraire à un droit ou une garantie constitutionnels par le Tribunal cantonal, son recours doit être déclaré irrecevable. En tant qu'il concerne la période fiscale 2001/2002, il doit être rejeté pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 6) du moment que les exigences de comptabilisation des pertes en matière de droit fiscal cantonal et communal harmonisé sont les mêmes que celles qui résultent de l'art. 27 al. 2 lettre b LIFD.
11. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière de droit public dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. Le recours en matière de droit public est aussi rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire solidairement entre eux (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
3. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribuna cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale DAT.
Lausanne, le 8 décembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey