Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) ist eine in E._ domizilierte Aktiengesellschaft und bezweckt insbesondere die Unternehmens-, Finanz- und Versicherungsberatung und die Vermittlung von Versicherungen. A._ (Kläger, Beschwerdeführer), B._, C._ und D._, die sich alle im Bereich der Versicherungen betätigen, beschlossen im Jahre 2002 bzw. 2003, gemeinsam als Mehrfachagenten oder unabhängige Broker/Makler und Berater im Markt aufzutreten. Zu diesem Zweck stellte B._ die von ihm gehaltene (inaktive) Beklagte als Rechtsträgerin zur Verfügung, die damals "Y._ AG" hiess und schliesslich in die heutige Firma umbezeichnet wurde.
A.a Am 30. Juli 2003 beschloss die Generalversammlung der Beklagten, das Aktienkapital von Fr. 50'000.-- auf Fr. 100'000.-- zu erhöhen. Es setzt sich danach aus 100 Namenaktien zu Fr. 1'000.-- zusammen. Das neue Aktienkapital wurde von B._ und dem Kläger je zur Hälfte gezeichnet. B._ stellte als Verwaltungsratspräsident der Beklagten 10 Namenaktien à nominal Fr. 1'000.-- und zwei Aktienzertifikate über je 45 Aktien aus und unterzeichnete diese. Als Eigentümer der Aktien Nr. 1 - 5 sowie des Zertifikats Nr. 1 (Aktien Nr. 11 - 55) sind B._, als Eigentümer der Aktien Nr. 6 - 10 sowie des Zertifikats Nr. 2 (Aktien Nr. 56 - 100) der Kläger aufgeführt. Auf der Rückseite aller Aktien und Zertifikate ist die Übertragung der Aktien auf das "Aktionärskonsortium X._ AG" festgehalten, wobei die Übertragung mit Datum vom 7. August 2003 vom jeweiligen Eigentümer als Zedent unterschrieben und von einem Mitglied des Verwaltungsrats visiert ist. Die zedierten Aktien wurden dem Treuhänder F._ zur Aufbewahrung übergeben.
A.b Am 23. Dezember 2003 wurde eine ausserordentliche Generalversammlung der Beklagten durchgeführt. C._ und D._ wurden in den Verwaltungsrat der Beklagten gewählt. Nach dem Generalversammlungsprotokoll waren alle Aktien der Beklagten vertreten, da das Aktionärskonsortium X._ AG anwesend war, vertreten durch den Kläger, B._, C._ und D._. Die vier Partner verhandelten in der Folge erfolglos über den Inhalt eines Gesellschaftsvertrages/Aktionärbindungsvertrages, der ihnen vom Treuhänder F._ in mehreren Fassungen unterbreitet wurde.
A.c Nachdem sich das Verhältnis zwischen dem Beschwerdeführer und den übrigen Partnern zunehmend verschlechtert hatte, kündigte die Beklagte das Arbeitsverhältnis mit dem Beschwerdeführer am 19. Oktober 2004. Das Kündigungsschreiben unterzeichneten die Verwaltungsräte C._ und B._. Der Beschwerdeführer klagte in der Folge ausstehende Löhne beim zuständigen Kreisgericht St. Gallen ein.
A.d Mit Eingabe vom 11. April 2005 reichte der Beschwerdeführer beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen Klage betreffend Feststellung der Nichtigkeit bzw. Anfechtung der Generalversammlungsbeschlüsse vom 11. Februar 2005 und vom 24. März 2005 ein. Am 28. Juli 2006 gelangte er ausserdem mit Klage auf Ungültigerklärung der Generalversammlungsbeschlüsse vom 29. Mai 2006 an das Handelsgericht. Dieses vereinigte auf Antrag des Klägers und mit Zustimmung der Beklagten die beiden Verfahren.
A.e Der Beschwerdeführer stellte im Verfahren vor dem Handelsgericht St. Gallen schliesslich folgende Anträge:
1. Es sei gerichtlich festzustellen, dass die Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2002 der W._ AG (bis zum 13. September 2002 Y._ AG) von der Generalversammlung nicht abgenommen worden ist.
2. Es sei gerichtlich festzustellen, dass sämtliche Generalversammlungsbeschlüsse der Beklagten, getroffen an den Generalversammlungen vom 11. Februar 2005, vom 24. März 2005 und vom 29. Mai 2006 nichtig sind.
3. Es sei das Handelsregisteramt St. Gallen gerichtlich anzuweisen, die aufgrund des Generalversammlungsbeschlusses der X._ AG vom 29. Mai 2006 und des Feststellungsbeschlusses des Verwaltungsrates gleichen Datums im Register eingetragene Kapitalherabsetzung und Wiedererhöhung auf CHF 100'000.-- zu löschen. ..."
B. Mit Entscheid vom 22. Februar 2008 stellte das Handelsgericht des Kantons St. Gallen fest, dass die Klagen auf Anfechtung der Generalversammlungsbeschlüsse zurückgezogen worden sind (Dispositiv-Ziffer 1). Den Beschluss der Generalversammlung der Beklagten vom 11. Februar 2005 auf Genehmigung der Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2003 erklärte es für nichtig (Dispositiv-Ziffer 2). Im Übrigen wies es die Klagen ab, soweit darauf eingetreten wurde (Dispositiv-Ziffer 3) und verlegte die Kosten (Dispositiv-Ziffer 5 - 6). Das Gericht stellte fest, dass der Beschwerdeführer die Klage auf Anfechtung der Generalversammlungsbeschlüsse zurückgezogen habe, weil ihm die Aktivlegitimation fehle; denn die Aktien der Beklagten ständen dem Aktionärskonsortium X._ AG zu und das Konsortium als einfache Gesellschaft sei einzige Aktionärin. Auf Ziffer 3 des Klagebegehrens trat das Gericht nicht ein, weil es sich dabei um eine nach kantonalem Prozessrecht unzulässige Klageänderung handelte. Die Nichtigkeit sämtlicher Generalversammlungsbeschlüsse verneinte das Gericht mit der Begründung, die an den Aktien zu gesamter Hand berechtigten Personen hätten für ihre Willensbildung das Mehrheitsprinzip vorgesehen und der Kläger wäre jedenfalls beim Einstimmigkeitsprinzip zur Zustimmung verpflichtet gewesen, da es um die Sanierung der Aktiengesellschaft gegangen sei und er bei der Kapitalherabsetzung und Wiedererhöhung gleich behandelt worden sei wie die übrigen Partner der einfachen Gesellschaft und schliesslich habe er sich den Vorwurf gefallen zu lassen, nicht rechtzeitig interveniert zu haben. Das Handelsgericht kam dagegen zum Schluss, die Revision im Jahre 2003 sei von G._ durchgeführt worden, obwohl die Z._ AG für dieses Geschäftsjahr als Revisionsstelle eingesetzt war; da dessen Bericht daher keinen Revisionsbericht im Sinne des Gesetzes darstelle, Beschlüsse über die Annahme der Jahresrechnung und die Verwendung des Bilanzgewinnes aber ohne Revisionsbericht nichtig seien, sei der an der Generalversammlung vom 11. Februar 2005 gefasste Beschluss betreffend Genehmigung der Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2003 nichtig. Schliesslich wies das Gericht das Rechtsbegehren 1 des Klägers auf Feststellung, dass die Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2002 nicht vorliege, mangels Rechtsschutzinteresses ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt der Beschwerdeführer die Anträge, die Ziffern 3 - 6 des Entscheides des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 22. Februar 2008 seien aufzuheben (Ziffer 1), es sei festzustellen, dass sämtliche Generalversammlungsbeschlüsse der Beschwerdegegnerin, getroffen an den Generalversammlungen vom 24. März 2005 und vom 29. Mai 2006 nichtig seien (Ziffer 2), und das Handelsregisteramt des Kantons St. Gallen sei gerichtlich anzuweisen, die aufgrund des Generalversammlungsbeschlusses der Beschwerdegegnerin vom 29. Mai 2006 und des Feststellungsbeschlusses des Verwaltungsrats gleichen Datums im Register eingetragene Kapitalherabsetzung und Wiedererhöhung auf Fr. 100'000.-- zu löschen (Ziffer 3). Er rügt, der angefochtene Entscheid verletze insofern Art. 706b und Art. 20 OR, als er die Nichtigkeit der Generalversammlungsbeschlüsse vom 29. Mai 2006 verneine, obwohl "die einzige Aktionärin" nicht vertreten gewesen sei. Er kritisiert den Schluss der Vorinstanz, dass die Gesellschafter des Aktionärskonsortiums X._ AG den Willen der einfachen Gesellschaft nach dem Mehrheitsprinzip gebildet hätten und dass er jedenfalls zur Mitwirkung an der Sanierung verpflichtet gewesen wäre, da nämlich eine Sanierung gar nicht notwendig gewesen sei; die anderen Gesellschafter hätten zudem ihrerseits nicht in guten Treuen annehmen dürfen, dass er dem angeblichen Sanierungsbeschluss zustimmen würde. Auch die Beschlüsse vom 11. Februar und 24. März 2005 seien Scheinbeschlüsse von Nichtmitgliedern der Beschwerdegegnerin. Schliesslich bemerkt der Beschwerdeführer zur Begründung seines Beschwerdeantrages 3, er sei sich bewusst, dass das Handelsgericht darauf nicht eingetreten sei, aber die Wiederholung im vorliegenden Verfahren dränge sich aus Gründen der Prozessökonomie auf.
D. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne.
E. Mit Verfügung vom 23. Mai 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Anordnung vorsorglicher Massnahmen im Sinne von Art. 104 BGG abgewiesen. Der Beschwerde wurde aufschiebende Wirkung gewährt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 BGG). Sie richtet sich gegen den Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten als einzige kantonale Instanz eingesetzt ist (Art. 75 Abs. 2 lit. b BGG) und es besteht kein Anlass, den von der Vorinstanz mit Fr. 100'000.-- festgesetzten Streitwert abweichend zu schätzen (Art. 51 Abs. 2 BGG), womit die Grenze von Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG überschritten ist.
1.1 Mit Bezug auf sein Rechtsbegehren in Ziffer 3 der Beschwerde führt der Beschwerdeführer selbst aus, dass die Vorinstanz darauf nicht eingetreten sei. Er rügt dagegen nicht, die Vorinstanz habe dieses Begehren in Verletzung verfassungmässiger Rechte nicht behandelt. Er bringt eine zulässige Rüge im Sinne von Art. 95 ff. BGG nicht ansatzweise vor (Art. 42 BGG), weshalb darauf nicht eingetreten werden kann.
1.2 Die Einschränkung der vor der Vorinstanz gestellten Begehren ist dagegen zulässig. In Ziffer 2 seiner Begehren vor Bundesgericht beantragt der Beschwerdeführer nur noch die Feststellung der Nichtigkeit der Generalversammlungsbeschlüsse vom 24. März 2005 und vom 29. Mai 2006, während er die Beschlüsse vom 11. Februar 2005 nur in der Begründung erwähnt. Es erscheint fraglich, ob er die Abweisung seiner Klage auch insoweit anficht, als die Nichtigkeit der in der Generalversammlung der Beschwerdegegnerin vom 11. Februar 2005 gefassten Beschlüsse betroffen ist.
1.3 Gegen das Urteil der Vorinstanz steht ein zusätzliches kantonales Rechtsmittel zur Verfügung. Wie sich aus der dem angefochtenen Entscheid beigefügten Rechtsmittelbelehrung ergibt, können mit der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht die Verletzung kantonalen Rechts sowie tatsächliche Feststellungen gerügt werden, die dem Inhalt der Akten offensichtlich widersprechen oder willkürlich sind. Insofern ist der kantonale Instanzenzug nicht erschöpft (Art. 75 in Verbindung mit Art. 100 Abs. 6 BGG). Auf Rügen - auch sinngemäss erhobene - kann nicht eingetreten werden, welche namentlich die Feststellung von Tatsachen (Art. 105 und 97 BGG) zum Gegenstand haben.
1.4 Der Rechtsschrift des Beschwerdeführers ist schliesslich weder in den Anträgen noch in der Begründung zu entnehmen, inwiefern die Vorinstanz Rechtsnormen verletzt haben könnte, indem sie sein Begehren auf Feststellung mangels Rechtsschutzinteresses abwies, dass die Rechnung für das Geschäftsjahr 2002 der Beschwerdegegnerin nicht abgenommen worden sei. Insoweit ist davon auszugehen, dass der angefochtene Entscheid nicht in Frage gestellt wird.
1.5 Der Beschwerdeführer ist mit seinen Rechtsbegehren auf Feststellung der Nichtigkeit sämtlicher in den Versammlungen vom 29. Mai 2006 und 24. März 2005 sowie 11. Februar 2005 gefassten Beschlüsse teilweise unterlegen und insofern formell beschwert (Art. 76 Abs. 1 lit. a BGG). Die Beschwerdegegnerin bestreitet dagegen, dass der Beschwerdeführer ein Rechtsschutzinteresse an der begehrten Feststellung und damit ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung bzw. Änderung des angefochtenen Entscheides habe (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG). Sie hält dafür, die Vorinstanz "liege falsch", wenn sie das Rechtsschutzinteresse des Beschwerdeführers mit der Begründung bejaht habe, dass mit der als nichtig erachteten Aktienkapitalherabsetzung und der gleichzeitigen Kapitalheraufsetzung das Hauptaktivum des Aktienkonsortiums vernichtet worden sei, an dem der Beschwerdeführer beteiligt gewesen sei. Sie vertritt die Ansicht, das angebliche Hauptaktivum sei ein "non-valeur" gewesen und es gehe dem Beschwerdeführer nur darum, ihre schliesslich gelungene Sanierung doch noch zu vereiteln. Sie verkennt damit, dass das Bundesgericht im vorliegenden Verfahren an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden ist (Art. 105 Abs. 1 BGG) und dass sich aus den Feststellungen des angefochtenen Entscheides weder ergibt, welchen Wert die Aktien der Beschwerdegegnerin im massgebenden Zeitpunkt aufwiesen, noch Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Beschwerdeführer rechtsmissbräuchlich vorgehe. Ausserdem stellte die Vorinstanz am angegebenen Ort fest, dass der Beschwerdeführer als Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin abberufen wurde. Es besteht kein Anlass, das von der Vorinstanz ausdrücklich bejahte Rechtsschutzinteresse des Beschwerdeführers in Frage zu stellen.
2. Nach den Feststellungen der Vorinstanz blieb der Beschwerdeführer den Generalversammlungen der Beschwerdegegnerin vom 11. Februar und 24. März 2005 sowie vom 29. Mai 2006 fern, während die drei anderen Gesellschafter des Konsortiums anwesend oder vertreten waren. Für die ersten beiden Versammlungen bestimmten die anwesenden Konsortialen nach den Feststellungen der Vorinstanz eventuell einen Vertreter im Sinne von Art. 690 OR für den Fall, dass die einfache Gesellschaft die Aktien halten sollte. Dagegen war das Protokoll der Generalversammlung vom 29. Mai 2006 falsch abgefasst, da danach 75 Aktien vertreten gewesen seien, während die 100 Aktien der Beschwerdegegnerin vom Aktionärskonsortium X._ AG gehalten werden.
2.1 Die Gründe der Nichtigkeit von Beschlüssen der Generalversammlung einer Aktiengesellschaft sind in Art. 706b OR nicht abschliessend aufgezählt (vgl. Dubs/Truffer, Basler Kommentar, N. 3a zu Art. 706b OR). Neben den ausdrücklich aufgeführten schweren Mängeln können insbesondere offensichtliche formelle Mängel in der Beschlussfassung zur Nichtigkeit führen (vgl. Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2004, § 16 N. 174; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, § 25 N. 117). Unbestritten ist, dass dazu eigentliche Schein- oder Nichtbeschlüsse gehören, die von Personen ausgehen, denen jede Zuständigkeit fehlt. Ob darüber hinaus Nichtigkeitsgründe bestehen, ist in der Lehre umstritten. Teilweise werden Beschlüsse als nichtig erachtet, die von einer ganz offensichtlich beschlussunfähigen Generalversammlung oder auch von einer Universalversammlung gefasst werden, an der eindeutig einer der Aktionäre nicht anwesend oder vertreten war (Böckli, a.a.O., § 16 N. 174; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 25 N. 118 ff.; dagegen Dubs/Truffer, a.a.O., N. 18 zu Art. 706b OR). Unbestritten ist, dass es eines schwerwiegenden und offensichtlichen formellen Mangels bedarf, damit der Beschluss nicht nur anfechtbar, sondern geradezu nichtig ist.
2.2 Steht eine Aktie in gemeinschaftlichem Eigentum, so können die Berechtigten die Rechte aus der Aktie nur durch einen gemeinsamen Vertreter ausüben (Art. 690 Abs. 1 OR). Die Regelung ist erforderlich, weil die Rechte aus einer Aktie unteilbar sind; insbesondere die Ausübung des Stimmrechts in der Generalversammlung soll durch einen gemeinsam bestimmten Vertreter erfolgen (vgl. Länzlinger, Basler Kommentar, N. 1 zu Art. 690 OR; vgl. BGE 118 II 496 E. 5b S. 500 betreffend Décharge-Erteilung). Die Bestellung des Vertreters richtet sich nach dem internen Rechtsverhältnis (Böckli, a.a.O., § 12 N. 136; Länzlinger, a.a.O., N. 5 und 8 zu Art. 690 OR).
2.2.1 Die Aktien der Beschwerdegegnerin werden vom Aktionärskonsortium X._ AG gehalten, das aus dem Beschwerdeführer sowie B._, C._ und D._ besteht, die zu gleichen Teilen berechtigt sind. Das Konsortium wird von der Vorinstanz zutreffend und im Übrigen unbestritten als einfache Gesellschaft (Art. 530 ff. OR) qualifiziert. Nach Art. 544 Abs. 1 OR gehören Sachen, dingliche Rechte oder Forderungen, die an die Gesellschaft übertragen oder für sie erworben worden sind, den Gesellschaftern gemeinschaftlich nach Massgabe des Gesellschaftsvertrages. Mangels anderer Vereinbarung können daher die Gesellschafter ihre Rechte nur gemeinsam wahrnehmen (BGE 130 III 248 E. 4.1 S. 254 mit Hinweis). Entsprechend bedarf es nach Art. 653 Abs. 2 ZGB zur Ausübung des Eigentums des einstimmigen Beschlusses aller Gesamteigentümer. Auch diese Regel gilt jedoch nur subsidiär für den Fall, dass keine andere gesetzliche Regel für die Gemeinschaft besteht oder die Gemeinschafter keine andere vertragliche Regelung getroffen haben (Art. 653 Abs. 1 ZGB; vgl. Wichtermann, Basler Kommentar, N. 1 und 8 f. zu Art. 653 ZGB; Meier-Hayoz, Berner Kommentar, N. 1 zu Art. 653 ZGB; Liver, Schweizerisches Privatrecht, Bd. V/1, Basel/Stuttgart 1977, S. 114).
2.2.2 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass sich die Gesellschafter darauf geeinigt hatten, mit Mehrheitsbeschluss darüber zu bestimmen, wie die einfache Gesellschaft ihre Rechte als Aktionärin wahrnehmen solle. Sie hat als Indizien für eine solche Vereinbarung angeführt, dass das Mehrheitsprinzip für die Willensbildung in sämtlichen Entwürfen für den in Aussicht genommenen Gesellschafts- oder Aktionärbindungsvertrag enthalten war und dass auch die Rangrücktrittsvereinbarung vom 3. Juli 2003 explizit die Willensbildung nach Mehrheit der Köpfe vorsah. Die Vorinstanz hat damit in Würdigung der Beweise auf den tatsächlich übereinstimmenden Willen der Gesellschafter geschlossen, ihre Beschlüsse im Rahmen der einfachen Gesellschaft "Aktionärskonsortium X._ AG" mit Mehrheit zu fassen. Sie hat damit entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers den Inhalt des Gesellschaftsvertrages nicht nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt, sondern den tatsächlich übereinstimmenden Willen der Gesellschafter des Konsortiums festgestellt. An diese Sachverhaltsfeststellung ist das Bundesgericht gebunden (vgl. BGE 133 III 675 E. 3.3 S. 681; 118 II 365 E. 1 je mit Hinweisen). Es ist davon auszugehen, dass die Konsortialen mit Mehrheitsbeschluss gemäss Art. 690 OR einen Vertreter zur Wahrnehmung der Aktionärsrechte gegenüber der Beschwerdegegnerin bestimmen und diesem allenfalls entsprechende Instruktionen erteilen konnten.
2.3 Für die Versammlungen vom 11. Februar und 24. März 2005 haben die anwesenden Konsortialen - nach dem für die interne Beschlussfassung massgebenden Mehrheitsprinzip gültig - einen Vertreter für den Fall bestimmt, dass die einfache Gesellschaft sämtliche Aktien halten sollte. Inwiefern die Beschlussfassung unter diesen Umständen mangelhaft sein könnte, ist weder ersichtlich noch der Beschwerde zu entnehmen. Für die Versammlung vom 29. Mai 2006 wird im angefochtenen Urteil festgestellt, dass das Protokoll falsch abgefasst war, da danach 75 Aktien vertreten gewesen seien. Da die Konsortialen alle 100 Aktien hielten, wären sie auch für diese Versammlung verpflichtet gewesen, gemäss Art. 690 OR einen gemeinsamen Vertreter zu bestellen. Da die Mehrheit der Konsortialen anwesend war, hätten sie die Vertretung gültig bestellen können und es wären alle Aktien vertreten gewesen. Der formelle Mangel an der Generalversammlung der Beschwerdegegnerin vom 29. Mai 2006 bezieht sich zunächst auf die falsche Bezeichnung des Aktionariats. Die Gesellschafter des Konsortiums hielten sich selbst für Gesellschafter der Beschwerdegegnerin; wegen der unzutreffenden Rechtsansicht der anwesenden Gesellschafter des Konsortiums wurde angenommen, es seien nur 75 % des Aktienkapitals vertreten und es wurde zudem formell kein Vertreter im Sinne von Art. 690 OR bestellt. Dass sich diese Mängel auf die Beschlussfassung der Generalversammlung der Beschwerdegegnerin ausgewirkt hätten, wird jedoch weder im angefochtenen Urteil festgestellt noch vom Beschwerdeführer behauptet. Nur wenn die anwesenden Gesellschafter des Konsortiums unter sich nicht einstimmig gewesen wären, hätten die Beschlüsse der Generalversammlung anders ausfallen können, wofür keine Anhaltspunkte bestehen. Ist aber davon auszugehen, dass die anwesenden Gesellschafter des Konsortiums die Beschlüsse einstimmig fassten, so hätten sie mit ihrer Mehrheit von 75 % einen Vertreter im Sinne von Art. 690 OR bestellen und diesen instruieren können. Der Mangel beschränkt sich im Ergebnis auf das formelle Vorgehen, wobei die Beschlussfassung aufgrund des Protokolls nachvollziehbar bleibt und die Beschlüsse der Generalversammlung bei richtigem Vorgehen nicht anders hätten ausfallen können.
2.4 Aufgrund der Feststellungen im angefochtenen Urteil ist davon auszugehen, dass sich der vom Beschwerdeführer beanstandete Mangel in der Beschlussfassung der Generalversammlung vom 29. Mai 2006 auf ein formell unkorrektes Vorgehen bei der Beschlussfassung bezieht. Da jedoch die anwesenden Gesellschafter des Konsortiums bei Einstimmigkeit über die erforderliche Mehrheit zur internen Beschlussfassung verfügten, hätten sie bei korrektem Vorgehen die Beschlüsse genauso fassen können, wie sie dies getan haben. Unter diesen Umständen ist der formelle Mangel keineswegs so schwerwiegend und offensichtlich, dass der Generalversammlungsbeschluss der Beschwerdegegnerin geradezu nichtig wäre, wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat. Die Rüge des Beschwerdeführers gegen die Hauptbegründung ist abzuweisen. Da diese Begründung den angefochtenen Entscheid stützt, entfällt das Interesse des Beschwerdeführers an der Überprüfung der im angefochtenen Entscheid angefügten Eventualbegründungen.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Diesem Verfahrensausgang entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat zudem der anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerin deren Parteikosten zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juni 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Feldmann