Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) beauftragte die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) mit dem Umbau und der Erweiterung des Restaurants A._ in St. Moritz. Für deren Architekturleistungen war ein Pauschalhonorar von Fr. 600'000.-- vereinbart. Nachdem die Beschwerdeführerin die siebte Akontozahlung für das Architekturhonorar nicht geleistet hatte, stellte die Beschwerdegegnerin im Juni 2003 ihre Arbeiten ein, worauf sie von der Beschwerdeführerin im Betrag von Fr. 2 Mio. betrieben wurde und diese ihrerseits auf Zahlung von Fr. 184'967.35 betrieb. Nachdem beide Parteien Rechtsvorschlag erhoben hatten, klagte die Beschwerdegegnerin auf Zahlung der in Betreibung gesetzten Summe nebst Zins und Feststellung, dass die von der Beschwerdeführerin in Betreibung gesetzte Forderung nicht bestehe. Widerklageweise verlangte daraufhin die Beschwerdeführerin im Wesentlichen die Bezahlung der Fr. 2 Mio.
B. Der Bezirksgerichtspräsident Maloja ordnete eine Expertise an, welche beide Parteien beantragt hatten, und forderte diese mit Blick auf die Kostenschätzung des designierten Experten von Fr. 100'000.-- auf, einen Kostenvorschuss von je Fr. 100'000.-- zu leisten. Die Beschwerdeführerin kam dieser Aufforderung nicht nach, worauf der Bezirksgerichtspräsident von der Durchführung der Expertise absah. Er verlangte von der Beschwerdeführerin einen Kostenvorschuss von nunmehr noch Fr. 13'000.--, welchen diese ebenfalls nicht leistete. Darauf schrieb er am 14. Juli 2006 die Widerklage wegen Nichtleistung des Kostenvorschusses als erledigt ab. Mit Urteil vom 14. November 2006 wies er die Klage der Beschwerdegegnerin ab. Er erachtete deren Honoraranspruch zwar als ausgewiesen, billigte der Beschwerdeführerin aber zufolge der durch Verletzung der Aufklärungs- und Benachrichtigungspflicht verursachten Kostenüberschreitung eine den Honoraranspruch deutlich übersteigende Gegenforderung zu. Beide Parteien ergriffen kantonale Berufung an das Kantonsgericht Graubünden, welches die Sache zur Einholung eines Sachverständigengutachtens an das Bezirksgericht zurückwies und anordnete, die Beschwerdeführerin sei, was die Expertise betreffe, von der Beteiligung am Verfahren auszuschliessen. Überdies sei die negative Feststellungsklage in vollem Umfang zu beurteilen.
C. Am 27. Mai 2008 verpflichtete das Bezirksgericht die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin Fr. 184'967.35 nebst Zins zu zahlen, erteilte in diesem Umfang definitive Rechtsöffnung und stellte fest, der Beschwerdeführerin stünden aus dem Architekturvertrag keine Forderungen zu. Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin wiederum Berufung an das Kantonsgericht und bezüglich der Kosten eine Beschwerde an den Kantonsgerichtsausschuss von Graubünden. In der Berufung beantragte sie im Wesentlichen, die Klage abzuweisen und die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 2'000'000.-- nebst Zins zu verpflichten, eventuell festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin ihr diesen Betrag schulde. Zudem sei der Expertenbericht mit Ausnahme bestimmter Anlagen aus dem Recht zu nehmen.
D. Mit Urteil vom 18. November 2008 wies das Kantonsgericht die Berufung ab, soweit es darauf eintrat. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin Fr. 2'000'000.-- schulde, und sie zur Bezahlung dieser Summe zu verpflichten. Bezüglich des Expertenberichts hält sie an ihrem vor Kantonsgericht gestellten Begehren fest. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Denselben Antrag stellt das Kantonsgericht und verzichtet unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf Gegenbemerkungen.
Erwägungen:
1. Vor Bundesgericht nicht mehr streitig ist die Forderung der Beschwerdegegnerin von Fr. 184'967.35. Die Beschwerdeführerin thematisiert einzig die Frage, ob die Beschwerdegegnerin ihr Fr. 2 Mio. wegen Überschreitung der Baukosten schulde.
1.1 Die Vorinstanz ging gestützt auf das Expertengutachten davon aus, es liege keine relevante Baukostenüberschreitung vor. Die Mehrkosten seien durch nicht von der Beschwerdegegnerin zu vertretende Umstände verursacht worden, wie den von der Beschwerdeführerin selbst verschuldeten Baustop oder Bestellungsänderungen, deren Mehrkosten die Beschwerdeführerin bewusst in Kauf genommen habe. Die Vorinstanz hielt weiter fest, selbst wenn eine Kostenüberschreitung vorgelegen haben sollte, stünden der Beschwerdeführerin keine Ansprüche zu. Dem wirtschaftlichen Eigentümer der Beschwerdeführerin habe bewusst sein müssen, dass sich aufgrund des Bauunterbruchs, des hohen Termindrucks und der zahlreichen Änderungs- und Zusatzwünsche gegenüber dem Kostenvoranschlag für das ursprüngliche Bauprojekt erhebliche Kostensteigerungen ergaben, so dass die Beschwerdeführerin auf den Kostenvoranschlag nicht habe vertrauen dürfen. Zudem sei davon auszugehen, die Beschwerdeführerin hätte einer allfälligen Überschreitung zugestimmt, da für sie zentral gewesen sei, den Umbau rechtzeitig für die WM zu beenden. Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Berechnung der Baukosten und ist der Auffassung, auf das Expertengutachten hätte weitgehend nicht abgestellt werden dürfen. Sie rügt auch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil sie diesbezüglich vom kantonalen Verfahren ausgeschlossen worden sei. Sie macht geltend, wenn sie korrekt über die zu erwartenden Kosten informiert worden wäre, hätte sie kostengünstigere Varianten wie beispielsweise einen Neubau geprüft, selbst wenn dadurch eine rechtzeitige Eröffnung für die WM verunmöglicht worden wäre.
1.2 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung der Anträge in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Zwar wendet das Bundesgericht nach Art. 106 Abs. 1 BGG das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (zu den Ausnahmen vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG); soweit jedoch ein Entscheid auf mehreren selbständigen alternativen Begründungen beruht, ist für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt; denn soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen (BGE 133 IV 119 E. 6.3 S. 120 f.; vgl. auch BGE 132 III 555 E. 3.2 S. 560; je mit Hinweisen).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 462 E. 2.4 S. 466 f.).
1.4 Die Vorinstanz stellte mit Blick auf den gesamten Bauablauf und gestützt auf Zeugenaussagen fest, der Beschwerdeführerin sei einzig die Einhaltung der Termine wichtig gewesen, die Kosten dagegen nebensächlich. Vor diesem Hintergrund erachtete sie es als unwahrscheinlich, dass die Beschwerdeführerin bei rechtzeitiger Auskunft über eine allfällige Überschreitung der Kosten auf die Eröffnung am geplanten Termin oder ihre Sonderwünsche verzichtet hätte. Die Behauptung, die Beschwerdeführerin wäre in Kenntnis der tatsächlichen Kosten aktiv geworden, sei nicht glaubhaft. Die Beschwerdeführerin wendet sich zwar, wie dargelegt, gegen diese Argumentation und macht geltend, wenn sie von Anfang an über die tatsächlichen Kosten informiert worden wäre, hätte sie anstelle der Renovation einen Neubau oder eine Verschiebung der Eröffnung in Erwägung gezogen. Sie beschränkt sich aber im Wesentlichen darauf, dem Bundesgericht ihre von derjenigen der Vorinstanz abweichende Auffassung darzulegen. Sie geht nicht hinreichend auf den angefochtenen Entscheid ein und zeigt nicht im Einzelnen auf, inwiefern die Beweiswürdigung der Vorinstanz offensichtlich unhaltbar sein sollte. Damit genügt die Beschwerdeführerin den Begründungsanforderungen (E. 1.3) in keiner Weise, zumal sie ihre Argumentation auf Umstände, wie namentlich den wirtschaftlichen Wert der pünktlichen Eröffnung, stützt, die sich nicht aus dem angefochtenen Urteil ergeben, ohne mit Aktenhinweisen darzutun, dass sie bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform entsprechende Behauptungen aufgestellt und dafür Beweise angeboten hat. Auf derartige appellatorische Kritik ist nicht einzutreten, weshalb der angefochtene Entscheid gestützt auf diese Begründung nicht zu beanstanden ist.
1.5 Damit kann offen bleiben, ob und wenn ja in welchem Umfang überhaupt eine von der Beschwerdegegnerin zu verantwortende Kostenüberschreitung vorliegt. Da der angefochtene Entscheid mit dieser Begründung somit unabhängig vom Gutachten Bestand hat, ist auf die Rüge der Befangenheit des Gutachters und der Verletzung des rechtlichen Gehörs mangels Entscheidrelevanz nicht näher einzugehen. Ebenso kann offen bleiben, ob die vor Bundesgericht gestellten Anträge mit Blick auf das Schicksal der Widerklage im kantonalen Verfahren überhaupt zulässig sind.
2. Da die Beschwerdeführerin bezüglich der einen Begründung keine hinreichend begründete Rügen erhebt, entfällt das Rechtsschutzinteresse an der Behandlung der übrigen Rügen, weshalb insgesamt nicht auf die Beschwerde einzutreten ist. Ohnehin verfehlt die Beschwerdeführerin auch bezüglich der übrigen Rügen die Begründungsanforderungen.
2.1 Eine Voreingenommenheit des Gutachters lässt sich nicht allein damit begründen, dass er mit der Prozesspartei Kontakt aufgenommen hat, deren Kostenzusammenstellung er zu prüfen hat. Erläutert die Partei, wie sie die Kostenaufstellung vornahm, hilft dies, Missverständnisse zu vermeiden, und erlaubt dem Experten, gestützt auf sein Fachwissen zu überprüfen, ob die Aufstellung tatsächlich zutrifft. Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, die Addition der einzelnen Posten sei Sache des Gerichts und dürfe nicht dem Experten delegiert werden, und dabei auf ihre eigene Zusammenstellung verweist, verkennt sie, dass zunächst festzustellen ist, welche Beträge in die Addition aufzunehmen sind. Für den Entscheid darüber kann Fachwissen erforderlich sein. Es genügt nicht, dass die Beschwerdeführerin auf ihre eigene Zusammenstellung verweist. Sie müsste vielmehr darlegen, dass es geradezu willkürlich ist, nicht von dieser Zusammenstellung auszugehen und inwiefern der Gutachter zu offensichtlich unhaltbaren Ergebnissen kommt oder das Gutachten die zur Beurteilung einer allfälligen Kostenüberschreitung notwendigen Angaben nicht enthält. Die diesbezüglichen Ausführungen in der Beschwerdeschrift genügen den Begründungsanforderungen nicht.
2.2 Nicht zu hören ist die Beschwerdeführerin auch mit dem Vorwurf, dem Experten seien zum Teil Rechtsfragen unterbreitet worden. Die Expertise soll dem Gericht das nötige Fachwissen zur Verfügung stellen. Eine strikte Trennung von Tat- und Rechtsfragen kann sich als schwierig erweisen, da Tatsachen rechtlich gewürdigt werden müssen und die zu behandelnden Rechtsfragen beeinflussen können. Es genügt daher nicht darzulegen, dass gewisse dem Gutachter unterbreitete Fragen rechtliche Bezüge aufweisen. Die Beschwerdeführerin müsste vielmehr aufzeigen, dass die Vorinstanz entgegen ihrer eigenen Darstellung (angefochtenes Urteil E. 3f, S. 17 f.) im Ergebnis bei Rechtsfragen auf das Gutachten abgestellt hat, ohne eine eigene rechtliche Würdigung vorzunehmen, und dabei Bundesrecht verletzt hat. Auch insoweit genügen die Ausführungen der Beschwerdeführerin den Begründungsanforderungen nicht (Art. 42 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 246; 134 V 53 E. 3.3 S. 60).
2.3 Bezüglich der behaupteten Kostenüberschreitung beschränkt sich die Beschwerdeführerin darauf, ihre eigene Auffassung darzulegen, ohne sich mit dem angefochtenen Entscheid hinreichend auseinanderzusetzen. Dies gilt namentlich auch für die Diskussion, auf welchen Kostenvoranschlag die Beschwerdeführerin habe vertrauen dürfen. Die Vorinstanz ging davon aus, massgeblich sei der Kostenvoranschlag vom 26. Juli 2002 über Fr. 8'587'917.--. Die Beschwerdeführerin führt demgegenüber aus, sie habe nach Erhalt dieses Kostenvoranschlages wegen Zahlungsschwierigkeiten reagieren und das Projekt anpassen müssen, was dann zu einem neuen Kostenvoranschlag vom 7. November 2002 von Fr. 8'100'417.-- geführt habe, auf den die Beschwerdeführerin vertraut habe. Für diese Behauptung spricht zwar in der Tat der zeitliche Ablauf und die Tatsache, dass im Laufe der Zeit in der Regel präzisere Kostenvoranschläge möglich werden. Derartige Vorbringen genügen aber in keiner Weise, um die Beweiswürdigung der Vorinstanz, der Beschwerdeführerin habe bewusst sein müssen, dass der erfolgte Projektunterbruch und die Zusatzwünsche nicht zu einer Kostenminderung von einer halben Million Franken habe führen können, als offensichtlich unrichtig auszuweisen. Die Beschwerdeführerin behauptet zwar, das Projekt sei auch im Hinblick auf Einsparungsmöglichkeiten überarbeitet worden. Sie zeigt aber nicht im Einzelnen auf, welche Massnahmen ihrer Meinung nach zu den behaupteten Einsparungen hätten führen sollen. Damit belässt sie es auch in diesem Punkt bei appellatorischer Kritik, auf die nicht einzutreten ist.
2.4 Nicht hinreichend begründet ist auch die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs. Die Beschwerdeführerin hatte sehr wohl die Möglichkeit, sich am Verfahren zu beteiligen. Sie hat indessen den notwendigen Kostenvorschuss nicht geleistet. Ihre Behauptung, sie wäre dazu nicht in der Lage gewesen, ist erstens nicht erstellt und hätte zweitens bereits den kantonalen Instanzen frist- und formgerecht unterbreitet werden müssen, da es nicht zulässig ist, formelle Rügen, die in einem früheren Prozessstadium hätten geltend gemacht werden können, bei ungünstigem Ausgang noch später vorzubringen (BGE 135 III 334 E. 2.2 S. 336).
3. Nach dem Gesagten ist mangels hinreichender Begründung nicht auf die Beschwerde einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. September 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak