Sachverhalt:
A. Am 16. März 2006 verurteilte das Obergericht des Kantons Bern X._ wegen verschiedener Delikte unter anderem zu einer Busse von Fr. 10'000.--. Dieses Urteil ist in Rechtskraft erwachsen. Da die Busse nicht bezahlt wurde, eröffnete das Obergericht am 5. Februar 2009 auf Begehren der Inkassostelle der Steuerverwaltung des Kantons Bern ein Bussenumwandlungsverfahren gemäss Art. 49 Ziff. 3 aStGB.
Das Bussenumwandlungsbegehren konnte X._ erst am 27. April 2009 via Gemeindeverwaltung Frauenkappelen rechtsgültig zur Vernehmlassung zugestellt werden.
X._ liess sich in der Folge nicht vernehmen.
B. Mit Beschluss vom 28. Mai 2009 wandelte das Obergericht des Kantons Bern auf Antrag der Generalprokuratur die am 16. März 2006 ausgefällte Busse von Fr. 10'000.-- in drei Monate Haft um.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen vor Bundesgericht, in der er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die 1. Strafkammer des Obergerichts sowie die Generalprokuratur des Kantons Bern verzichteten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei früher wegen eines geistigen Gebrechens hospitalisiert gewesen und deswegen schon zweimal - am 28. April 2003 und am 17. November 2003 - an einer Gerichtsverhandlung unentschuldigt nicht erschienen. Die Vorinstanz hätte deshalb erkennen müssen, dass er das Bussenumwandlungsbegehren nicht aus bösem Willen nicht abgeholt und keine Vernehmlassung eingereicht habe. Vielmehr habe ihm sein geistiges Gebrechen ein adäquates Reagieren verunmöglicht. Die Vorinstanz hätte ihm gestützt auf Art. 50 Ziff. 2 lit. a [recte: lit. b] StRV/Bern sowie die Bundesverfassung spätestens zu diesem Zeitpunkt einen Anwalt beiordnen müssen (Beschwerde, S. 6 f.).
1.2 Die Argumentation des Beschwerdeführers, ihm hätte durch die Vorinstanz ein Verteidiger beigeordnet werden müssen, geht fehl. Das Bundesgericht hat mit ausführlicher Begründung dargelegt, dass weder aus der Bundesverfassung noch der EMRK ein Anspruch auf obligatorische Verbeiständung abgeleitet werden kann (BGE 131 IV 350 E. 3.1. und E. 3.2 mit zahlreichen Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung). Ein allfälliger Anspruch auf notwendige Verteidigung ergibt sich daher einzig gestützt auf kantonales Recht.
Gemäss Art. 50 Ziff. 2 lit. b StrV/BE ist die Verteidigung der angeschuldigten Person u.a. notwendig, wenn die angeschuldigte Person infolge geistiger oder körperlicher Gebrechen ihre Rechte nicht ausreichend zu wahren vermag.
Nach Art. 95 BGG kann mit Beschwerde an das Bundesgericht die Anwendung kantonalen Rechts grundsätzlich nicht überprüft werden. Soweit nicht die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte, politischer Rechte oder interkantonalen Rechts gerügt wird, kann die Verletzung kantonalen Rechts nur geltend gemacht werden, wenn darin gleichzeitig eine unrichtige Anwendung von Bundesrecht liegt.
1.3 Die Vorinstanz durfte, ohne in Willkür zu verfallen, annehmen, dass der Beschwerdeführer nicht an einem körperlichen Gebrechen leidet. Auch das vom Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren erstmals erwähnte Arztzeugnis von Dr. A._ vom 7. September 2007, wonach das trotzig-ablehnende, aggressive Verhalten bei einer behördlichen Handlung oder Verpflichtung Ausdruck einer psychischen Erkrankung des Beschwerdeführers sei (Beschwerde, S. 6 sowie Beschwerdebeilage 4), kann hieran nichts ändern. Zum einen stellt nicht jede psychische Erkrankung ohne weiteres ein geistiges Gebrechen im Sinne von Art. 50 Ziff. 2 lit. b StrV/BE dar, zum anderen ist dieser Befund mittlerweile über zwei Jahre alt und kann den heutigen Geisteszustand des Beschwerdeführers nicht mehr abbilden. Die Auffassung der Vorinstanz ist jedenfalls nicht schlechterdings unhaltbar. Die Rüge des Beschwerdeführers erweist sich in diesem Punkt als unbegründet.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, dass das vorinstanzliche Urteil auch im Übrigen willkürlich und damit verfassungswidrig sei. Die Vorinstanz habe die ausführlich zitierten Behauptungen des stellvertretenden Generalprokurators unbesehen in die Urteilsbegründung übernommen. Zudem sei die Feststellung, er habe keinerlei Anstrengung unternommen, die notwendigen Mittel zur Bezahlung der Busse aufzubringen, völlig aus der Luft gegriffen und angesichts seines geistigen Gebrechens offensichtlich unrichtig (Beschwerde, S. 7).
2.2 Mit der Beschwerde in Strafsachen kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist (BGE 133 II 249 E. 1.2.2) oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts prüft das Bundesgericht gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 135 III 232 E. 1.2; 133 II 249 E. 1.4.3; 130 I 258 E. 1.3 mit Hinweisen).
2.3 Was der Beschwerdeführer gegen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz einwendet, erschöpft sich in einer blossen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil, die für die Begründung einer willkürlichen Feststellung des Sachverhalts nicht genügt. Die Ausführungen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, offensichtlich erhebliche und schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung darzutun. Denn für die Begründung von Willkür genügt praxisgemäss nicht, dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre (BGE 127 I 54 E. 2b mit Hinweisen). Auf die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wendet sich schliesslich dagegen, dass die Vorinstanz ohne jedes Beweisverfahren eine Prognose in Bezug auf die Erwartung seines künftigen Wohlverhaltens im Sinne von Art. 41 Ziff. 1 aStGB gestellt habe (Beschwerde, S. 7).
3.2 Die Vorinstanz lehnt die Gewährung des bedingten Vollzugs für die Umwandlungsstrafe ab und betont im Einklang mit den Ausführungen der Generalprokuratur, dass der Beschwerdeführer keinerlei Anstrengung unternommen habe, die notwendigen Mittel zur Bezahlung der Busse aufzubringen. Die Erwartung, er würde in Zukunft allfällige neue Bussen zu bezahlen versuchen, stelle nicht mehr als eine vage Vermutung dar. Eine weder bezahlte noch abgearbeitete Busse lasse auf eine Gesinnung der Gleichgültigkeit gegenüber staatlichen Anordnungen schliessen. Zudem sei die umzuwandelnde Busse neben einer bedingten Freiheitsstrafe als sogenannte "Denkzettel-Busse" ausgesprochen worden. Der Denkzetteleffekt würde zunichte gemacht, wenn die Busse nachträglich in eine bedingte Freiheitsstrafe umgewandelt würde (angefochtenes Urteil, S. 3).
3.3 Die Erwägungen der Vorinstanz sind nicht zu beanstanden. Es erscheint offensichtlich, dass der Beschwerdeführer neben der in diesem Verfahren nicht bezahlten Busse auch künftige Bussen nicht bezahlen wird und ihm daher keine günstige Prognose gestellt werden kann, weshalb sich die Gewährung des bedingten Vollzugs der Umwandlungsstrafe verbietet. Jedenfalls hat die Vorinstanz mit dieser Auffassung ihr Ermessen nicht verletzt. Inwiefern ein Beweisverfahren hieran etwas ändern könnte, ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht geltend gemacht.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller