Sachverhalt:
A. X._ war vom 1. Mai 1998 bis zum 30. Juni 2003 im Register der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) für Steuerpflichtige eingetragen. In diesem Zeitraum betrieb er das von seinem Vater übernommene Restaurant Y._ in Form einer Einzelfirma. Am 15. Dezember 2000 beantragte er die Abrechnung der Mehrwertsteuer nach Saldosteuersätzen. Dies wurde ihm am 9. Januar 2001 bewilligt.
Im Jahre 2003 gab X._ seine Tätigkeit als Wirt auf und übergab den Restaurationsbetrieb per 1. Mai 2003 seiner Nachfolgerin, welche fortan nach der sog. effektiven Methode abrechnete.
Am 10. Februar 2004 erliess die ESTV eine Ergänzungsabrechnung (EA Nr. 07608839). Damit wurden X._ Fr. 47'674.-- an Mehrwertsteuer nachbelastet. Begründet wurde dies damit, dass er weniger als fünf Jahre nach Saldosteuersätzen abgerechnet habe.
B. Auf Ersuchen von X._ erliess die ESTV am 9. August 2004 einen einsprachefähigen Entscheid, mit welchem sie feststellte, dass sie die Steuerkorrektur zu Recht vorgenommen habe.
Am 20. August 2004 erhob X._ Einsprache. Diese wurde von der ESTV am 3. Januar 2005 teilweise gutgeheissen, und die Nachbelastung der Mehrwertsteuer wurde auf Fr. 40'904.-- reduziert.
Gegen diesen Entscheid beschwerte sich X._ am 1. Februar 2005 bei der damaligen Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Das Bundesverwaltungsgericht, welches per 1. Januar 2007 die Aufgaben der Eidgenössischen Steuerrekurskommission übernommen hatte, hiess die Beschwerde mit Urteil vom 14. Juli 2008 vollumfänglich gut: Es kam zum Schluss, dass die ESTV die geforderte Nachzahlung mangels gesetzlicher Grundlage zu Unrecht einverlangt habe.
Hiergegen führte die ESTV Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Mit Urteil 2C_653/2008 vom 24. Februar 2009 wurde diese gutgeheissen und die Sache zu neuem Entscheid an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen. Im neuen Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. September 2009 wurde die von X._ am 1. Februar 2005 erhobene Beschwerde vollumfänglich abgewiesen.
C. Gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. September 2009 richtet sich die am 29. Oktober 2009 eingereichte "Einsprache" (recte: Beschwerde) von X._ an das Bundesgericht. Damit wird eine Herabsetzung der Steuernachforderung der ESTV auf Fr. 31'706.35 beantragt.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Zulässigkeit eines Rechtsmittels von Amtes wegen und mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 135 III 1 E. 1.1 S. 3). Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 83 sowie Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die als "Einsprache" bezeichnete Eingabe an das Bundesgericht, welche sich gegen einen solchen Entscheid richtet, ist somit als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen, wobei es auf die anderslautende Bezeichnung nicht ankommt. Der Beschwerdeführer ist gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG zur frist- und formgerecht (Art. 100 BGG) eingereichten Beschwerde legitimiert.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Mit einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur dann gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252; 133 III 393 E. 7.1 S. 398) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Zudem ist vom Beschwerdeführer aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Die Beschwerdeschrift hat gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.).
Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
3. Der Beschwerdeführer bestreitet vor Bundesgericht nicht mehr die Steuernachforderung als solche, sondern nur noch die ihr zu Grunde gelegte Berechnungsbasis.
Zur Bemessung der Steuerkorrektur ging die ESTV vom Bilanzwert des Anlagevermögens der Einzelunternehmung Restaurant Y._ per 30. Juni 2000 aus. Das Anlagevermögen bestand im Wesentlichen aus der Geschäftsliegenschaft. Vom Wert des Anlagevermögens zog sie den geschätzten Bodenwert der Liegenschaft ab und kürzte den so errechneten Betrag pro rata temporis um 30/60, d.h. um die Hälfte, zumal der Beschwerdeführer immerhin während zweieinhalb der fünf erforderlichen Jahre nach Saldosteuersätzen abgerechnet hatte. Vom Ergebnis wurde die ordentliche Steuer in Höhe von 7.6 % erhoben.
Der Beschwerdeführer wendet hiergegen ein, dass von einem zu hohen Wert der Geschäftsliegenschaft ausgegangen worden sei: Die Liegenschaft sei teilweise für die Erzielung von Umsätzen verwendet worden, welche von der Besteuerung ausgenommen seien. Konkret behauptet der Beschwerdeführer, dass drei der in der Liegenschaft vorhandenen Wohnungen zur Vermietung bestimmt gewesen seien. Der für die Nachbelastung herangezogene Gebäudewert müsse daher entsprechend reduziert werden.
4. Die Rüge kann nicht gehört werden:
Den Einwand der partiellen Vermietung der Geschäftsliegenschaft hat der Beschwerdeführer bereits im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht erhoben: In seiner Eingabe vom 1. Februar 2005 hat er diesbezüglich festgestellt, dass zwei der fraglichen Wohnungen, eine 3-Zimmer-Wohnung und eine 2-Zimmer-Wohnung, tatsächlich vermietet gewesen seien; ein schriftlicher Vertrag sei zwar erst am 28. Mai 1999 bzw. am 30. Mai 2002 abgeschlossen worden, doch hätten die Mietverhältnisse schon zuvor bestanden. Die dritte Wohnung, eine 1-Zimmer-Wohnung, sei während 90 % der Zeit leer gestanden und im Umfang von 10 % unentgeltlich dem Personal zur Verfügung gestellt worden.
Das Bundesverwaltungsgericht hielt den Ausführungen des Beschwerdeführers entgegen, dass er den ihm obliegenden Nachweis der behaupteten steuermindernden Tatsache nicht erbracht habe: Erst für die Zeit nach dem im Jahr 1998 erfolgten Kauf der Liegenschaft im Meldeverfahren seien schriftliche Mietverträge vorhanden; auf eine vormalige Nutzung der Verkäufer könne er sich somit nicht berufen. Vielmehr müsse davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer die Liegenschaft im Jahr 1998 vollständig entsteuert übernommen habe. Überdies seien vom Beschwerdeführer zu keinem Zeitpunkt von der Besteuerung ausgenommene Umsätze ausgewiesen und entsprechend auch nie eine Vorsteuerabzugskürzung vorgenommen worden.
Mit den Argumenten der Vorinstanz setzt sich der Beschwerdeführer nicht substantiiert auseinander. Ebenso wenig erbringt er die geforderten Nachweise für die behauptete Vermietung. Stattdessen behauptet er nun, die 3-Zimmer-Wohnung und die 2-Zimmer-Wohnung seien entgegen den Ausführungen in seiner Eingabe vom 1. Februar 2005 leer gestanden und es sei diesbezüglich weder ein mündlicher noch ein schriftlicher Mietvertrag geschlossen worden. Bei dieser vor Bundesgericht erstmals vorgetragenen Sachverhaltsdarstellung handelt es sich um neue Vorbringen i.S.v. Art. 99 Abs. 1 BGG, welche unzulässig sind, zumal nicht dargelegt wird und auch nicht ersichtlich ist, inwiefern erst der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts hierzu Anlass gegeben hätte. Zudem wird nicht ansatzweise aufgezeigt, inwiefern die neu behaupteten Umstände für den Ausgang des Verfahrens von Bedeutung sein könnten. Mit seinen übrigen Ausführungen beschränkt sich der Beschwerdeführer sodann auf eine erneute Wiedergabe seiner bereits im vorinstanzlichen Verfahren vertretenen Auffassung und mithin auf rein appellatorische Kritik. Damit vermag er den Begründungsanforderungen jedoch nicht zu genügen.
5. Nach dem Ausgeführten kann auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht eingetreten werden.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zu entrichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Eidgenössischen Steuerverwaltung sowie dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. August 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Zähndler