Faits:
A. A.a Le 27 août 2007, A._, B._ SA - représentée par son administrateur président C._ - et D._ ont créé une société anonyme sous la raison sociale E._ SA; à la date de son inscription au registre du commerce, le 3 septembre 2007, son conseil d'administration était composé de C._ (président), de D._ (administrateur) et de A._ (administrateur délégué).
Les trois fondateurs ont signé, le 1er septembre 2007, une convention d'actionnaires, qui comporte notamment les clauses suivantes:
"Article 5
1. Tant que le Conseil d'administration de E._ SA est composé de trois membres, les parties s'engagent à proposer et faire désigner chaque année au Conseil d'administration de E._ M. A._ ou un représentant désigné par lui, M. C._ ou un autre représentant de B._ SA proposé par celle-ci, ainsi que le modérateur.
2. [...]
3. [...]
4. Pour les cinq premiers exercices sociaux, les administrateurs ainsi désignés par les parties s'engagent à nommer aux fonctions de président de E._ SA M. C._ ou, à son défaut, M. D._, ou à son défaut Mme C._.
5. Pour les cinq premiers exercices sociaux, les administrateurs ainsi désignés s'engagent à nommer M. A._ aux fonctions d'administrateur délégué ou, à son défaut, une autre personnalité choisie par les administrateurs.
6. [...]
Article 12
1. Toute violation par l'une des parties des obligations stipulées aux art. 4 à 8 fonde l'obligation de s'acquitter d'une peine conventionnelle d'un montant de CHF 500'000.--, les autres parties conservant en outre le droit de lui réclamer la réparation de tout éventuel dommage causé par la violation en question.
2. Le montant payé par la partie qui viole la présente convention est réparti entre les autres parties en proportion de leur participation dans la société.
Article 13
1. La présente convention entre en vigueur entre les parties au jour de sa signature par toutes les parties. [...]
2. [...]
3. La présente convention ne pourra prendre fin ou être modifiée que par écrit et sur décision prise à l'unanimité des parties".
A.b Des problèmes d'organisation et de financement sont rapidement apparus. Dans une télécopie du 5 décembre 2007, adressée aux deux autres fondateurs, A._ s'est référé à la "réunion de vendredi dernier au cours de laquelle [ces derniers avaient] décidé de changer [sa] fonction dans la société, malgré les accords passés cet été [...]". Il ressort de surcroît du procès-verbal n° 10, dressé après la séance du conseil d'administration du 19 décembre suivant, que les "3 premiers investisseurs [...] ont répondu qu'ils ne souhaiteraient plus investir en raison du remaniement opéré au sein du conseil d'administration à la suite duquel A._ perdait sa qualité d'administrateur délégué" contre celle d'"administrateur chargé des relations avec les investisseurs"; à cet égard, "A._ demande à C._ et D._ de reconsidérer leurs positions, mais ceux-ci la maintiennent". Ce document indique que, "vu le manque évident de financement extérieur immédiat", le conseil d'administration "recommande à l'assemblée générale de dissoudre E._ SA"; après en avoir débattu, il a opté pour la "solution de la liquidation [au lieu de] celle de la faillite". En définitive, "A._ a exprimé sa grande amertume, [et] redit à C._ et D._ que si les 3 premiers investisseurs se sont retirés du projet, c'était directement lié au fait que C._ et D._ ont voulu maintenir leur décision de changer la structure de management de E._ - et ceci malgré les accords passés au départ entre les fondateurs quant à l'organigramme".
Enfin, le procès-verbal susmentionné comporte un ajout manuscrit, daté du 11 mars 2008 et signé des trois fondateurs, aux termes duquel les "parties [...] décident à l'unanimité de ne pas liquider la société"; quant à lui, "A._ est prêt à céder à B._ SA l'intégralité de [ses] actions dans E._ SA sans paiement" et "également prêt à démissionner du conseil administration avant fin mai 2008".
A.c Le 13 mars 2008, A._ a signé une déclaration à teneur de laquelle il a transféré à B._ SA l'intégralité des 24'500 actions qu'il détenait dans la société, "sans paiement en [sa] faveur"; le même jour, le conseil d'administration de E._ SA a approuvé ce transfert, A._ agissant en qualité d'"administrateur délégué". Le 15 mai 2008, ce dernier a donné sa démission, qui a été inscrite au registre du commerce le 28 mai 2008 et publiée dans la FOSC le 3 juin suivant.
B. Le 8 août 2008, A._ a fait notifier à B._ SA un commandement de payer la somme de 500'000 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 30 novembre 2007, à titre de "[p]eine conventionnelle pour violation de la convention d'actionnaires de E._ SA du 1er septembre 2007". La poursuivie a formé opposition totale.
Statuant le 11 décembre 2008, le Juge de paix du district du Gros-de-Vaud a rejeté la requête de mainlevée provisoire. Par arrêt du 9 juillet 2009, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a confirmé ce prononcé.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, le poursuivant conclut au prononcé de la mainlevée provisoire à hauteur de 500'000 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 30 novembre 2007.
Des observations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le présent recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) à l'encontre d'une décision qui refuse, en dernière instance cantonale et sur recours (art. 75 LTF), la mainlevée provisoire de l'opposition, sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a et art. 90 LTF; ATF 134 III 115 consid. 1.1 p. 117). La valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF; ATF 134 III 267 consid. 1.1 p. 269). Enfin, le recourant, qui a succombé devant l'autorité précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
2. Le recourant se plaint de constatation inexacte des faits et d'appréciation arbitraire des preuves. Il reproche à la juridiction précédente d'avoir omis de prendre en considération, ou interprété de manière arbitraire, plusieurs pièces démontrant qu'il a bien été révoqué de sa fonction d'administrateur délégué, en violation de la convention d'actionnaires stipulant la clause pénale.
2.1 Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits constitutionnels que si ce grief est dûment invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé d'une manière claire et détaillée (ATF 134 II 349 consid. 3 p. 352 et les arrêts cités), les critiques de nature appellatoire étant irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 p. 591/592 et les arrêts cités).
De jurisprudence constante, le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît dans ce domaine aux autorités cantonales (parmi plusieurs: ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 104 Ia 381 consid. 9 p. 399 et les arrêts cités). Il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si l'autorité cantonale n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62 et les arrêts cités; cf. aussi: ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254/255).
2.2 En l'espèce, les pièces invoquées par le recourant ne corroborent pas ses critiques:
- les pièces nos 7 et 8 (i.e. résumé de la rencontre entre C._ et F._ le 22 octobre 2007 et sa traduction) n'établissent pas clairement qu'une "décision" de révocation aurait déjà été prise au détriment du recourant; d'après les propres termes de l'acte de recours (p. 13, sous let. i), C._ a annoncé à l'investisseur que le rôle du recourant "serait" changé au sein de E._ SA;
- les pièces nos 10 et 11 (i.e. e-mails échangés entre les membres du conseil d'administration) attestent uniquement la recherche d'une date de séance, mais ne prouvent pas qu'une réunion aurait effectivement eu lieu le 30 novembre 2007, ni - surtout - que le recourant aurait été révoqué à cette occasion de sa fonction d'administrateur délégué;
- la pièce no 9 (i.e. e-mail du recourant du 12 novembre 2007) indique qu'il y "aurait" des changements dans l'organisation de la société, non pas que lesdits changements auraient déjà été entérinés; le recourant parle d'ailleurs de "nouvelle structure proposée", et non "décidée";
- la pièce no 12 (i.e. e-mail du recourant du 7 décembre 2007) indique que C._ et D._ ont "décidé" de changer le rôle du recourant dans la société, mais non que le conseil d'administration aurait pris pareille décision (cf. ch. 2.4 du Règlement d'administration et d'organisation de E._ SA du 1er septembre 2007); au surplus, cette pièce émane du principal intéressé à la procédure;
- la pièce no 25 (i.e. lettre de démission du recourant du 15 mai 2008 à C._) évoque la "décision de [le] relever de [sa] qualité d'administrateur délégué", mais elle n'a pas plus de valeur qu'une allégation de partie, qu'aucune autre pièce du dossier ne vient confirmer;
- la correspondance échangée avec des investisseurs (pièces nos 13 à 17 et nos 22 à 24) émane soit du recourant lui-même, soit de personnes qu'il a contactées, de sorte qu'il n'est pas arbitraire de ne lui attribuer qu'une force probante relative, en tant qu'elle n'implique pas les autres protagonistes.
3. Le recourant dénonce ensuite une violation de l'art. 82 LP; il fait valoir, en substance, que la convention d'actionnaires, qui stipule le paiement d'une peine conventionnelle, rapprochée des pièces qui établissent la violation de l'engagement pris dans cet accord de ne pas le révoquer de sa fonction d'administrateur délégué, vaut reconnaissance de dette conformément à la norme précitée.
3.1 Selon la jurisprudence, constitue une reconnaissance de dette, au sens de l'art. 82 al. 1 LP, l'acte authentique ou sous seing privé signé par le poursuivi - ou son représentant -, d'où découle sa volonté de payer au poursuivant, sans réserve ni condition, une somme d'argent déterminée, ou aisément déterminable, et échue; elle peut résulter du rapprochement de plusieurs pièces, dans la mesure où ses éléments nécessaires en résultent (ATF 130 III 87 consid. 3.1 p. 88; 132 III 480 consid. 4.1 p. 481 et les références citées dans ces arrêts). Le contrat écrit stipulant une peine conventionnelle (art. 160 CO) constitue, avec la preuve de l'inexécution de la prestation promise, une reconnaissance de dette (CAPREZ, in: FJS n° 186 p. 7; PANCHAUD/CAPREZ, La mainlevée d'opposition, 2e éd., § 85; D. Staehelin, in: Basler Kommentar, SchKG I, n° 110 ad art. 82 LP et la jurisprudence citée par ces auteurs).
3.2 En admettant même, avec le recourant, qu'il "importe peu que la décision [de révocation] n'ait prétendument pas été prise de manière conforme au règlement d'administration et d'organisation de la société", encore faut-il qu'une telle "décision" lui ait par ailleurs été signifiée. Or, les pièces invoquées par l'intéressé ne le démontrent pas à satisfaction de droit. Certes, dans sa télécopie du 5 décembre 2007, le recourant a reproché aux deux autres fondateurs d'avoir "décidé de changer" sa fonction au sein de la société, mais il n'établit pas qu'une telle mesure aurait été finalement prise par le conseil d'administration, les procès-verbaux nos 9 et 10 ne contenant rien à cet égard; au surplus, il s'agit d'une pièce émanant du recourant lui-même. Le procès-verbal n° 10 révèle que le recourant a encore prié les intéressés de "reconsidérer leurs positions"; cela peut être interprété dans le sens de l'absence de véritable "décision", les protagonistes s'étant simplement exprimés sur le sujet. Comme le mentionne ce document (ch. 3), les discussions ont ensuite porté sur la dissolution de la société, de sorte que la question d'un "remaniement" du conseil d'administration n'avait manifestement plus à être discutée. Pour le surplus, on peut renvoyer aux motifs qui ont été exposés à propos du grief d'arbitraire (supra, consid. 2.2).
Il s'ensuit que l'opinion de la cour cantonale n'est pas critiquable. Elle l'est d'autant moins que - quoi qu'en dise l'intéressé en se prévalant de l'"effet déclaratif" de l'inscription de la décision de révocation d'un administrateur au registre du commerce -, le recourant est demeuré administrateur délégué jusqu'à sa radiation le 28 mai 2008 et a donné ès qualités son approbation au transfert des actions à l'intimée (supra, let. A.c). Or, la procédure de mainlevée est une procédure sur pièces, dont le but n'est pas de constater la réalité de la prétention déduite en poursuite, mais de vérifier l'existence d'un titre à la mainlevée, le juge n'examinant que la force probante du titre produit par le poursuivant (ATF 132 III 140 consid. 4.1.1 p. 142 et les références). Le formalisme de la procédure de mainlevée parle en l'occurrence contre la thèse du recourant (ATF 112 III 88 consid. 2c p. 89), étant d'ailleurs rappelé que le poursuivant ne bénéficie pas de l'allègement du degré de la preuve dont profite le poursuivi en vertu de l'art. 82 al. 2 LP (B.F. Meyer, Die Rechtsöffnung auf Grund synallagmatischer Schuldverträge, th. Zurich 1979, p. 57). Le cas échéant, il appartiendra à l'intéressé de saisir le juge du fond pour faire reconnaître sa créance (art. 79 al. 1 LP).
4. Enfin, le recourant se plaint d'une violation de l'art. 713 CO; il soutient que l'inscription d'une décision dans le procès-verbal - en l'occurrence la révocation de sa fonction d'administrateur délégué - n'est pas une condition de validité de cette décision.
Il ne ressort ni du mémoire de recours cantonal ni de l'arrêt entrepris que ce moyen aurait été soulevé devant la juridiction précédente, alors même que le premier juge avait rejeté la requête de mainlevée provisoire en raison de l'absence de décision de révocation documentée au procès-verbal. Le grief est dès lors irrecevable faute d'épuisement des instances cantonales (art. 75 al. 1 LTF; FF 2001 p. 4109; ATF 134 III 524 consid. 1.3 p. 527 et les citations).
5. En conclusion, le présent recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 9'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 2 février 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Braconi