Fatti:
A. A.a Il 15 gennaio 2002 B._, in qualità di locatore, e A._Srl in qualità di conduttrice, hanno stipulato un contratto di locazione per il locale commerciale xxx del 2° livello dello stabile denominato Y._, nel Canton Ticino. Le parti hanno convenuto un corrispettivo pari al 10 % della cifra d'affari netta annua, IVA esclusa, oltre alle spese accessorie, ai contributi al budget pubblicitario e al rimborso sull'avviamento sostenuto dal precedente conduttore. La locazione è stata pattuita per un periodo di 5 anni a partire dal 1° aprile 2002 con scadenza al 31 marzo 2007 e possibilità - in assenza di disdetta con preavviso di 6 mesi - di rinnovo tacito del contratto per ulteriori 5 anni.
L'11 marzo 2002 le medesime parti hanno stipulato un secondo contratto di locazione, di durata determinata (dal 15 maggio 2002 al 14 maggio 2007), con riferimento al locale commerciale zzz del livello 0 dello stabile denominato Y._, nel Canton Vaud.
A.b Il 10 maggio 2006 A._Srl ha disdetto il contratto di locazione avente per oggetto il vano locato presso il centro commerciale vodese; la disdetta è stata accettata dal locatore per il 14 maggio 2007.
A.c Dal canto suo, il 15 settembre 2006 B._ ha notificato a A._Srl la disdetta del contratto di locazione avente per oggetto il locale commerciale situato nel centro commerciale ticinese, con effetto a decorrere dal 31 marzo 2007.
Questa è la disdetta che ha dato luogo all'attuale causa.
B. B.a Adito dalla conduttrice, l'11 dicembre 2006 il competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione ha ammesso la validità della disdetta e concesso una protrazione unica della locazione fino al 31 marzo 2009.
B.b In accoglimento dell'istanza presentata da A._Srl Omegna - ora in Milano - per sé e per la Succursale, il 21 febbraio 2008 la Segretaria assessora della Pretura di Mendrisio-Nord ha invece annullato la disdetta notificata il 15 settembre 2006, siccome data in ritorsione alla disdetta del contratto di locazione notificata dalla conduttrice il 10 maggio 2006 e alle sue richieste di riduzione della pigione per lo spazio locato in Ticino.
B.c Di diverso avviso la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, che con sentenza del 20 febbraio 2009 ha accolto l'appello di B._ e riformato la pronunzia di primo grado.
In breve, la suprema corte ticinese ha negato il carattere abusivo della disdetta, della quale ha accertato la validità, e ha concesso alla conduttrice "una proroga unica e definitiva di due anni, fino al 31 marzo 2009, nel corso della quale il canone di locazione ammonterà al 10 % della cifra d'affari netta annua esclusa IVA, con un minimo garantito di fr. 60'000.-- annui, oltre alle spese contrattuali."
C. Prevalendosi della violazione del diritto federale e dell'arbitraria valutazione dei fatti di causa, in particolare per quanto riguarda i motivi all'origine della disdetta, il 27 marzo 2009 A._Srl è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza impugnata nel senso della reiezione dell'appello di B._ e dell'annullamento della disdetta da lui notificata il 15 settembre 2006. In via subordinata ha postulato il rinvio della causa per nuovo giudizio sulla disdetta, rispettivamente, nell'eventualità in cui il Tribunale federale dovesse confermarne la validità, la concessione di una protrazione della locazione fino al 31 marzo 2012 alle stesse condizioni indicate nella sentenza criticata.
L'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso è stata accolta con decreto del 12 maggio 2009.
Con risposta del 18 maggio 2009 B._ ha proposto di respingere il ricorso e confermare la sentenza impugnata, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3).
Il ricorso è stato interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile (art. 72 LTF) concernente una controversia in materia di diritto della locazione.
La lite verte in particolare sulla validità della disdetta del contratto di locazione. In questi casi, il valore litigioso viene determinato in base al periodo durante il quale il contratto sussisterebbe necessariamente qualora la disdetta non fosse valida. Secondo la giurisprudenza, quando - come nel caso concreto, trattandosi della locazione di locali commerciali - il rapporto di locazione beneficia della protezione dalle disdette giusta l'art. 271 segg. CO, questo periodo corrisponde ai tre anni previsti dall'art. 271a cpv. 1 lett. a CO (sentenza 4A_181/2008 del 24 giugno 2008 consid. 1.1 con rinvii, non pubblicato in DTF 134 III 446). Nella fattispecie, come rilevato nella sentenza cantonale, le parti non hanno fornito alcuna indicazione concreta sull'importo del canone di locazione, pari al 10 % della cifra d'affari netta annua. Esse si sono tuttavia accordate - pendente causa - su di un canone di locazione minimo annuo di fr. 60'000.--, sicché si può senz'altro ritenere che il valore litigioso minimo prescritto dall'art. 74 cpv. 1 lett. a LTF è ampiamente superato.
Ne discende che i requisiti per la ricevibilità del ricorso in materia civile sono adempiuti.
2. Considerato che la società principale ha sede in Italia, la controversia presenta un aspetto internazionale, che impone al Tribunale federale di verificare d'ufficio e con pieno potere d'esame il diritto applicabile (DTF 132 III 626 consid. 2).
La Corte cantonale ha esaminato la questione al consid. 4 (pag. 4) della sua decisione, giungendo alla conclusione che il diritto applicabile è quello del luogo di situazione dell'immobile oggetto del contratto di locazione, ovverosia quello svizzero. Questa conclusione, peraltro non contestata, merita di essere confermata (cfr. art. 119 LDIP).
3. La ricorrente rimprovera al Tribunale d'appello un accertamento arbitrario dei fatti e la violazione dell'art. 271 segg. CO.
Ambedue le censure sono proponibili (art. 95 lett. a e 97 cpv. 1 LTF). Dato il tenore dell'allegato ricorsuale appare tuttavia utile, prima di esaminare gli argomenti ivi sollevati, riepilogare le esigenze di motivazione poste a tali censure.
3.1 Nel quadro del ricorso in materia civile il diritto federale viene applicato d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Nondimeno, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF), il Tribunale federale vaglia di regola solo le censure sollevate (DTF 134 III 102 consid. 1.1 pag. 104 seg.).
Le esigenze di motivazione quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale sono più rigorose. Il Tribunale federale tratta infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.2). Questo implica che l'allegato ricorsuale deve indicare chiaramente i diritti che si pretendono violati e precisare altresì in che consista tale violazione; critiche appellatorie non sono ammissibili (DTF 134 I 83 consid. 3.2 pag. 88 con rinvii). In particolare, qualora sia lamentata la violazione del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.), non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata opponendovi semplicemente la propria opinione, come in una procedura d'appello, ma occorre dimostrare - con un'argomentazione chiara e dettagliata - che essa è manifestamente insostenibile (DTF 134 II 244 consid. 2.2). L'arbitrio, infatti, non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'art. 9 Cost. solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 135 V 2 consid. 1.3 pag. 4 con rinvii).
3.2 Per quanto riguarda l'accertamento dei fatti, in linea di principio il Tribunale federale fonda il proprio ragionamento giuridico sui fatti così come accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere addotti soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF).
Il Tribunale federale può scostarsi dall'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata o completarlo solo se è stato violato il diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o se i fatti sono stati accertati in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). Spetta alla parte che intende prevalersi di una fattispecie diversa da quella constatata nella sentenza criticata esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (DTF 135 III 397 consid. 1.5; 134 V 53 consid. 4.3) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF, sopra descritte. Giovi rammentare che nell'ambito dell'apprezzamento delle prove e dell'accertamento dei fatti il giudice del merito dispone di un ampio margine di apprezzamento. Secondo la giurisprudenza egli incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (DTF 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62; 129 I 8 consid. 2.1).
4. Nella prima parte del suo allegato la ricorrente rimprovera al Tribunale d'appello di non aver esaminato tutti gli argomenti da lei addotti per invalidare la disdetta. Sin dall'inizio della procedura essa l'ha infatti contestata per tre ragioni: i) siccome lesiva dell'art. 271a cpv. 1 lett. a CO, in quanto data in ritorsione alla disdetta del contratto di locazione da lei notificata per gli spazi locati nel centro vodese e alla richiesta di ridurre la pigione per il locale del centro ticinese; ii) siccome lesiva dell'art. 271a cpv. 2 CO, in quanto data nonostante le parti avessero già raggiunto un accordo sul rinnovo del contratto; iii) nonché, infine, siccome lesiva dell'art. 271 CO, in quanto motivata in maniera contraddittoria.
Nella sentenza impugnata, prosegue la ricorrente, i giudici ticinesi si sono limitati a negare - a torto - la violazione dell'art. 271a cpv. 1 lett. a CO e dell'art. 271a cpv. 2 CO, mentre non hanno dato nessun seguito agli argomenti relativi alla motivazione pretestuosa della disdetta.
A suo modo di vedere, il Tribunale federale dovrebbe annullare la pronunzia cantonale già per questo motivo e rinviare la causa al Tribunale d'appello per una decisione al riguardo.
4.1 Alla Corte cantonale viene implicitamente imputata la violazione del diritto di essere sentito, garantito dall'art. 29 cpv. 2 Cost., nella forma del diritto a ottenere una decisione motivata (cfr. DTF 134 I 83 consid. 4.1 pag. 88). In quanto formulata "implicitamente", la censura non ossequia evidentemente le esigenze di motivazione descritte al consid. 3.1, sicché dev'essere dichiarata inammissibile.
4.2 Sia come sia, la critica mossa alla Corte cantonale è ingiustificata. I giudici ticinesi hanno infatti adeguatamente esaminato gli argomenti addotti dalle parti per sostanziare rispettivamente negare il carattere abusivo della disdetta e la decisione impugnata su questo punto non risulta lesiva del diritto federale, come verrà esposto nei prossimi considerandi.
5. In concreto è pacifico che il 15 gennaio 2002 le parti in causa hanno stipulato un contratto di locazione di durata indeterminata, avente per oggetto un locale commerciale, e che ciascuna di esse aveva il diritto di rescindere tale contratto osservando i termini legali di preavviso e la scadenza, così come previsto dall'art. 266a al. 1 CO.
Sotto questo aspetto la disdetta in rassegna, notificata con un preavviso di sei mesi per la scadenza del 31 marzo 2007, conformemente a quanto pattuito nel contratto, non è censurabile.
6. In caso di locazione di locali d'abitazione e commerciali la disdetta può comunque essere annullata se risulta contraria alle regole della buona fede (art. 271 cpv. 1 CO).
6.1 La legge non esige che, per essere valida, la disdetta dev'essere motivata; se così richiesta, la parte che dà la disdetta è però tenuta a farlo (art. 271 cpv. 2 CO), in modo da permettere al destinatario di valutare con cognizione di causa la situazione (DTF 132 III 737 consid. 3.4.2 pag. 744 con rinvii).
A questo riguardo la ricorrente evidenzia come, nel corso della procedura, l'opponente abbia modificato i motivi addotti per giustificare la decisione di rescindere il contratto.
Dopo aver in una prima fase sostenuto che la disdetta andava ricondotta all'antieconomicità del rapporto locativo con la ricorrente - che poi non è stata dimostrata - dinanzi al Pretore e in sede di appello essa ha invece asseverato la necessità di eseguire "impellenti lavori di miglioria" - necessità che però non ha trovato conforto negli atti istruttori. L'atteggiamento mutevole e contraddittorio adottato dall'opponente nel corso della procedura quo alle ragioni della disdetta del contratto avrebbe dovuto - secondo la ricorrente - indurre la Corte cantonale ad ammetterne il carattere abusivo.
6.2 La disdetta è contraria alle regole della buona fede se non poggia su di un interesse degno di protezione e risulta essere una mera manovra vessatoria, se si fonda su motivi pretestuosi o costituisce un provvedimento sproporzionato, considerati i legittimi interessi in gioco (DTF 135 III 112 consid. 4.1 pag. 119; 132 III 737 consid. 3.4.2 pag. 744 con rinvii).
6.2.1 Secondo la giurisprudenza, qualora vengano addotti più motivi di disdetta, rispettivamente qualora i motivi vengano successivamente modificati - anche nel corso della procedura (Raymond Bisang Kündigungsanfechtung bei wechselnder Begründung, commento alla sentenza 4C.131/2003 del 6 agosto 2003, in MRA 2004 pag. 170 segg., in particolare n. 3 pag. 175) - la disdetta è di principio valida se uno di questi motivi si avvera legittimo (Beat Rohrer, Begründung der Kündigung, commento alla sentenza 4C.85/2006 del 24 luglio 2006 consid. 2 in MRA 2008 pag. 135 segg., in particolare pag. 140; sentenza 4C.365/2006 del 16 gennaio 2007 consid. 3.2, in MRA 2006 pag. 171 segg.).
6.2.2 La determinazione dei motivi all'origine della disdetta attiene ai fatti (DTF 130 III 699 consid. 4.1 pag. 702 con rinvii).
Di principio, incombe al destinatario della disdetta dimostrare ch'essa contravviene alle regole della buona fede. La parte che l'ha significata è comunque tenuta a collaborare in maniera onesta alla ricerca della verità, fornendo tutti gli elementi in suo possesso idonei a permettere la verifica del motivo di disdetta da lei allegato (DTF 135 III 112 consid. 4.1 con rinvii), in modo da renderlo almeno verosimile (Hans-Jakob Studer, Kündigungsgrund und Beweislast; Missbräuchlichkeit wird nicht vermutet, commento alla sentenza 4C.170/2004 del 27 agosto 2004 consid. 2.1 in MRA 2004 pag. 135 segg). Se non lo fa, così come quando rifiuta di motivare la disdetta, il giudice può - nell'ambito dell'apprezzamento delle prove - giungere alla conclusione ch'essa non aveva nessun legittimo motivo per rescindere il contratto. Questo non significa tuttavia che l'onere della prova sia rovesciato (sentenza 4A_345/2007 dell'8 gennaio 2008 consid. 2.4.3 con numerosi rinvii giurisprudenziali e riferimenti dottrinali).
6.3 Da quanto appena esposto discende che il solo fatto di aver indicato un nuovo motivo di disdetta in sede giudiziaria e di essersi poi concentrato solo su di esso - sempre che tale sia il caso, visto che nell'atto impugnato non vi sono accertamenti in merito, e questo fa dubitare dell'ammissibilità di questo argomento sotto il profilo dell'art. 99 cpv. 3 LTF (cfr. consid. 3.3) - non permette di considerare il comportamento dell'opponente contrario alle regole della buona fede.
A maggior ragione se si considera che, stando a quanto stabilito nella sentenza cantonale, tale motivo, ovvero la necessità di procedere al rifacimento della zona davanti allo spazio locato, "appare plausibile, da un lato per la situazione effettiva, constatata mediante il sopralluogo del 20 settembre 2007 corredato da fotografie, e dall'altro per l'ammissione della conduttrice medesima sull'esistenza di tale necessità".
Contrariamente a quanto affermato nel gravame, la figlia dell'opponente, sentita quale teste, non ha smentito questa necessità, e il solo richiamo a una sua dichiarazione - "non mi risulta che quando abbiamo dato la disdetta fossero previsti lavori di miglioria" - non basta per far apparire manifestamente insostenibile la constatazione (decisiva) eseguita dai giudici ticinesi secondo cui al momento in cui la disdetta è stata notificata vi era un motivo legittimo per rescindere il contratto (sentenza 4C.85/2006 del 24 luglio 2006 consid. 2, in MRA 2008 pag. 135 segg.).
6.4 In siffatte circostanze, la censura relativa alla violazione dell'art. 271 cpv. 1 CO si avvera infondata.
7. La ricorrente non ha miglior fortuna laddove rimette in discussione gli accertamenti eseguiti dai giudici ticinesi in relazione agli ulteriori motivi da lei addotti per invalidare la disdetta.
7.1 Il Tribunale d'appello ha stabilito che la tesi dell'intervenuto accordo fra le parti sul rinnovo del contratto di locazione non ha trovato il minimo riscontro in sede d'istruttoria. Le deposizioni testimoniali hanno infatti permesso solo di accertare che vi erano state trattative relative al locale sito nel centro commerciale vodese e che nel corso di tali trattative la figlia del locatore aveva avvisato la conduttrice che non aveva alcun potere decisionale, di modo che avrebbe in ogni caso dovuto riferire al padre affinché questi prendesse le necessarie decisioni.
Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente ribadisce la tesi secondo la quale, quando fu notificata la disdetta, le parti avevano raggiunto un'"intesa di massima" in merito al rinnovo del contratto di locazione concernente lo spazio locato in Ticino, ciò che renderebbe la disdetta lesiva dell'art. 271a cpv. 2 CO. È inoltre dell'avviso che l'"intervento autorevole" della figlia del locatore non possa essere risolto adducendo semplicemente ch'essa non aveva diritto di firma. Queste considerazioni non fanno tuttavia apparire manifestamente insostenibili le diverse conclusioni raggiunte dalla Corte cantonale. A prescindere dal fatto che non si comprende quali sarebbero le deduzioni che la ricorrente intende trarre dal comportamento della figlia dell'opponente, essa non si confronta criticamente con la valutazione probatoria eseguita dai giudici ticinesi bensì si limita a contrapporvi genericamente la propria, dimenticando che con questo genere di argomentazione - appellatoria - non sostanzia adeguatamente la censura di arbitrio (cfr. consid. 3).
7.2 Lo stesso vale per le critiche mosse contro la decisione del Tribunale d'appello di negare che la disdetta del 15 settembre 2006 sia stata data in ritorsione a quella precedentemente notificata dalla ricorrente per i vani locati nel centro commerciale vodese.
La Corte ticinese ha stabilito che i contratti di locazione per i due centri commerciali, siti in due Cantoni diversi, sono stati allestiti separatamente, in date diverse e per scadenze diverse, ciò che esclude la loro asserita connessione. È possibile - hanno osservato i giudici cantonali - che per la ricorrente fosse fondamentale trattarli insieme, ma non risulta che questo sia stato il caso per l'opponente, il quale, stando a quanto emerso dalle tavole processuali, voleva invece tenere separate le discussioni per ogni singolo contratto. In queste circostanze, i giudici del Tribunale d'appello hanno negato che la disdetta data dalla ricorrente sia stata la causa della disdetta contestata nell'attuale procedimento. Così come hanno negato che questa disdetta sia da ricondursi alle discussioni in merito alla riduzione del canone di locazione a causa dell'altezza dei locali. La pigione originariamente pattuita non dipendeva infatti in nessun modo dalle dimensioni dell'ente locato e dall'istruttoria è piuttosto risultato che erano i dirigenti della casa madre italiana che volevano far pressione sul locatore per ottenere una riduzione del canone di locazione pattuito nel 2002.
Gli argomenti che la ricorrente adduce per ribadire il carattere ritorsivo della disdetta significatale il 15 settembre 2006, a suo modo di vedere lesiva dell'art. 271a cpv. 1 lett. a CO, hanno ancora una volta mero carattere appellatorio e non sono suscettibili di dimostrare l'asserito arbitrio nell'accertamento dei fatti. Essa si limita infatti a proporre la propria lettura delle tavole processuali, sottolinenando la prossimità temporale fra la disdetta del contratto relativo al locale in Ticino e quella da lei significata per il locale sito nel Canton Vaud, ma non prende posizione - con un'argomentazione chiara e dettagliata - sull'apprezzamento contenuto nella sentenza impugnata né tantomeno asserisce che i giudici avrebbero manifestamente misconosciuto la portata di mezzi probatori (cfr. consid. 3).
7.3 In quanto rivolto contro la decisione di negare l'esistenza di una connessione fra le due disdette e di un accordo sul rinnovo del contratto di locazione il ricorso deve pertanto venir dichiarato inammissibile.
8. Data la conferma del giudizio cantonale sulla validità della disdetta occorre ora determinarsi sulla protrazione della locazione. In via subordinata, nell'ipotesi della conferma della validità della disdetta da parte del Tribunale federale, la ricorrente rinnova infatti la richiesta - già formulata in sede cantonale - tendente alla concessione di una protrazione della locazione fino al 31 marzo 2012, alle stesse condizioni indicate nella sentenza criticata.
8.1 A norma dell'art. 272 cpv. 1 combinato con l'art. 272b cpv. 1 CO il conduttore può domandare la protrazione della locazione di locali commerciali per una durata massima di sei anni, se la fine del contratto produce per lui effetti gravosi che non si giustificano tenendo conto degli interessi del locatore. Entro questi limiti possono essere accordate una o due protrazioni.
Il giudice decide secondo le regole del diritto e dell'equità (art. 4 CC) se la protrazione dev'essere concessa e, nell'affermativa, in quale forma e per quale durata. A tal fine egli pondera gli interessi delle parti, tenuto conto dei fattori elencati all'art. 272 cpv. 2 CO e dello scopo della protrazione, che è quello di attenuare le conseguenze dello scioglimento del contratto per il conduttore, il quale dispone così di più tempo per provvedere al necessario riorientamento (DTF 125 III 226 consid. 4b pag. 230). La protrazione va pertanto concessa quando il differimento della fine del contratto pare servire a limitarne gli effetti gravosi; essa non mira per contro a permettere al conduttore la continuazione della locazione il più a lungo possibile, in altre parole essa non può essere giustificata dai disagi inevitabilmente connessi alla fine del contratto (DTF 116 II 446 consid. 3b).
Per giurisprudenza invalsa il Tribunale federale esamina con riserva l'esercizio del potere d'apprezzamento da parte dell'ultima istanza cantonale in questo ambito. Esso interviene, segnatamente, quando la decisione si scosta senza motivo dai principi stabiliti da dottrina e giurisprudenza in materia di libero apprezzamento e si fonda su fatti che nel caso particolare non avevano importanza alcuna, oppure, al contrario, quando non si è tenuto conto di elementi che avrebbero dovuto essere presi in considerazione (DTF 125 III 226 consid. 4b). Il Tribunale federale sanziona inoltre le decisioni rese in virtù di un tale potere d'apprezzamento quando esse sfociano in un risultato manifestamente ingiusto o in un'iniquità scioccante (DTF 133 III 201 consid. 5.4 pag. 211 con rinvii).
8.2 In concreto, la Corte ticinese ha osservato che l'assortimento dei prodotti venduti dalla ricorrente - padelle, suppellettili di cucina varia, pentole a pressione e oggettistica varia - è reperibile in ogni negozio che offre materiale da cucina e non richiede un arredamento specializzato. Non solo, il negozio del centro commerciale ticinese è arredato con mobili totalmente amovibili. In queste circostanze non si vede per quale motivo l'assortimento giustificherebbe una protrazione della locazione, potendo esso trovare spazio in qualsiasi altro locale commerciale senza particolari accorgimenti. I giudici ticinesi hanno inoltre rilevato come dagli atti risulta che la ricorrente non ha compiuto il benché minimo tentativo di trovare un'altra sistemazione. Ritenuto comunque che l'opponente non ha motivato la sua opposizione alla proroga né ha fatto valere un interesse alla riconsegna immediata dei locali, il Tribunale d'appello ha ritenuto equo concedere alla conduttrice una proroga unica e definitiva del contratto di locazione per la durata di due anni, ovvero fino al 31 marzo 2009.
8.3 Le obiezioni che la ricorrente muove contro questa decisione sono inconsistenti. L'affermazione secondo cui dagli atti risulta chiaramente che la ricorrente "non ha alternative nel Cantone Ticino per quanto concerne le superfici di vendita" non solo è formulata in maniera - inammissibilmente - generica, ma appare anche temeraria se si considera l'accertamento contenuto nel giudizio impugnato - e non contestato in sede federale - secondo il quale i suoi prodotti potrebbero essere facilmente esposti in qualsiasi altro spazio.
E la perdita della possibilità di tenere aperto il negozio la domenica non configura un "effetto gravoso" suscettibile di giustificare la concessione di una protrazione di una durata superiore a due anni. Non va inoltre dimenticato che, di principio, il conduttore è tenuto ad avviare le ricerche per nuovi locali anche se reputa la disdetta annullabile (sentenza 4A_568/2008 del 18 febbraio 2009 consid. 5, in MRA 2008 pag. 195 segg.). Considerato che in concreto la ricorrente non risulta aver fatto il benché minimo sforzo in tal senso, la decisione di concederle una protrazione unica e definitiva di due anni non appare manifestamente ingiusta né scioccante.
8.4 Ritenuto che il termine fissato dalla Corte cantonale è ormai trascorso e che al gravame è stato concesso l'effetto sospensivo, si rende in ogni caso necessaria la fissazione di un nuovo termine per la liberazione dell'ente locato.
La ricorrente viene obbligata a restituire l'ente locato entro il 30 giugno 2010. Come già stabilito nell'atto impugnato, sino a quel momento il canone di locazione ammonterà al 10 % della cifra d'affari netta annua esclusa IVA, con un minimo garantito di fr. 60'000.-- annui, oltre alle spese contrattuali.
9. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è pertanto respinto.
Le spese giudiziarie e le ripetibili della sede federale seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto. La ricorrente è tenuta a riconsegnare l'ente locato entro il 30 giugno 2010.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 6'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.