Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Asserendo di essere stato alle dipendenze di A._SA a partire dal 1° luglio 2001 e fino al 30 giugno 2002, senza aver mai percepito la remunerazione pattuita contrattualmente - ovvero uno stipendio fisso di fr. 3'300.-- per dodici mensilità, oltre a una provvigione pari al 6 % del fatturato conseguito - il 15 gennaio 2003 B._ l'ha convenuta dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano con un'azione volta al pagamento di fr. 30'000.--, oltre interessi, a titolo di salario.
A._SA ha contestato la pretesa di B._ per vari motivi. Innanzitutto ha dichiarato che, pochi giorni dopo la sua conclusione, il contratto sarebbe stato consensualmente annullato e sostituito da uno nuovo con C._SA, che prevedeva un'occupazione solo a tempo parziale, per circa due giorni alla settimana, con conseguente soppressione della retribuzione fissa e riconoscimento della sola provvigione del 6 %. In secondo luogo ha fatto valere alcune pretese compensatorie nei confronti di B._: fr. 13'658.30 per danni da lui cagionati a quattro furgoni di C._SA (che le avrebbe ceduto il credito); fr. 1'267.-- per commissioni percepite a torto; e fr. 246.70 per consumo di benzina per scopi privati.
Statuendo il 29 novembre 2007 la Pretora ha accolto l'istanza limitatamente a fr. 23'427.--, oltre interessi. Sulla scorta delle tavole processuali la giudice ha infatti ritenuto non comprovata la tesi di A._SA secondo cui il contratto iniziale sarebbe stato consensualmente rescisso, mentre ha riscontrato numerosi elementi convergenti a favore della tesi della prosecuzione di tale contratto sino al 30 giugno 2002, come asserito da B._. Nemmeno le pretese compensatorie sono state sufficientemente dimostrate, salvo quella di fr. 246.70 riconosciuta dall'istante.
2. Dello stesso avviso la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, che con sentenza del 16 giugno 2008 ha integralmente confermato la valutazione del materiale probatorio operata dal giudice di prima istanza e le sue conclusioni.
3. Prevalendosi della violazione dell'art. 319 segg. CO e della mancata applicazione dell'art. 2 cpv. 2 CC, il 16 luglio 2008 A._SA è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto ad ottenere la modifica della sentenza impugnata nel senso dell'accoglimento del suo appello e, di conseguenza, dell'accertamento dell'inesistenza del credito vantato in causa da B._.
Nella risposta del 15 settembre 2008 B._ ha proposto l'integrale reiezione del gravame, che a suo modo di vedere potrebbe anche essere dichiarato inammissibile per carente motivazione. L'autorità cantonale non ha invece presentato osservazioni.
4. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 462 consid. 2, 629 consid. 2).
4.1 Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario concernente una controversia in materia di diritto del lavoro il cui valore litigioso supera fr. 15'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. a LTF), il ricorso in materia civile risulta di per sé ricevibile.
4.2 Come preannunciato, l'opponente lo reputa tuttavia inammissibile sotto il profilo della sua motivazione. La sua osservazione è pertinente.
4.2.1 È vero che il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF). Nondimeno, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'atto di ricorso deve contenere le conclusioni della parte ricorrente e i motivi su cui esse si fondano. In particolare, occorre spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto federale. La motivazione deve essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1).
4.2.2 In concreto, nonostante il richiamo iniziale alle norme di diritto federale che pretende violate, nel prosieguo del suo scritto la ricorrente non spende una parola sulla sentenza impugnata.
Essa si limita a riproporre la propria versione dei fatti come se la vertenza non fosse mai stata giudicata dai tribunali ticinesi, come se la Corte d'appello non avesse esaminato i suoi argomenti.
Non è così: nella sentenza impugnata - al cui contenuto si può integralmente rinviare in virtù dell'art. 109 cpv. 3 LTF - la Corte cantonale si è confrontata criticamente con le tesi della qui ricorrente, esponendo in maniera chiara e dettagliata le ragioni che l'hanno indotta a disattenderle, tutte.
5. Tenuto conto di quanto appena esposto il ricorso non può che essere dichiarato inammissibile per carente motivazione.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF). Conformemente a quanto prescritto dall'art. 65 cpv. 4 lett. c LTF, che su questo punto deroga all'art. 343 cpv. 3 CO, la procedura dinanzi al Tribunale federale non è gratuita, nonostante verta su una controversia in materia di contratto di lavoro con un valore litigioso inferiore a fr. 30'000.--. Dato che il valore di causa non supera fr. 30'000.-- l'importo delle spese giudiziarie è tuttavia ridotto (art. 65 cpv. 4 lett. c LTF). Lo stesso non vale per le ripetibili.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 800.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 1'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione alla ricorrente, al patrocinatore dell'opponente e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.