Faits:
A. A.a Dame X._ est propriétaire du domaine "R._", constitué des parcelles nos 1429 et 1430 du cadastre de S._ (NE), d'une superficie de 17 hectares.
Dame X._ a affermé ces parcelles à son mari, X._. A la suite de leur divorce en 2008, dame X._, par l'intermédiaire de sa fiduciaire, a adressé un courrier à son ex-époux, par lequel elle lui annonçait résilier son bail.
A.b A._, fils de X._, et B._ prétendent chacun être au bénéfice d'un contrat de bail à ferme sur le domaine R._.
A._ invoque ainsi qu'il aurait repris le domaine agricole de son père, et qu'il louerait tacitement les 17 hectares litigieux à son ex-belle-mère depuis 2003. Le Service de l'agriculture à C._ aurait d'ailleurs tenu compte de cette surface pour calculer les paiements directs depuis 2003. La résiliation adressée à son père en 2008 serait donc nulle et il serait en conséquence toujours fermier du domaine R._. B._ soutient quant à lui que le bail n'aurait jamais été transféré à A._; il aurait en revanche lui-même conclu un contrat de bail à ferme agricole avec dame X._.
B. B.a Le 10 juin 2009, A._ a déposé, devant le président du Tribunal civil du district du Locle, une requête de mesures superprovisoires urgentes tendant à ce qu'il soit ordonné à B._ de libérer immédiatement le domaine R._, de retirer tout le bétail qu'il y avait mis en estivage, à ce qu'il lui soit interdit de procéder à tous travaux agricoles sur ce domaine, tels que foins et regains, et à ce qu'il lui soit interdit d'y pénétrer, sous la menace de l'art. 292 CP.
Après avoir entendu les parties le 18 juin 2009, le président du Tribunal du district du Locle a fait droit à cette requête par ordonnance du 19 juin 2009. Statuant le 29 décembre 2009 sur le recours de B._, la cour de cassation civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel l'a admis, annulant l'ordonnance rendue le 19 juin précédent.
B.b Parallèlement à sa requête de mesures superprovisoires, A._ a formé, devant le Tribunal du district du Locle, des actions fondées sur les art. 927 s. CC, qu'il a dirigées contre B._, puis contre dame X._.
Considérant que l'action possessoire ouverte contre dame X._ (ci-après la bailleresse) avait été jointe au dossier pendant entre A._ et B._ et que les causes avaient été renvoyées le 24 juin 2009 devant la Commission de conciliation en matière de baux à ferme agricoles, le président du Tribunal civil du district du Locle, par ordonnance du 20 août 2009, a suspendu les actions possessoires jusqu'au terme de la procédure devant cette dernière autorité.
C. Par acte du 3 février 2010, A._ (ci-après le recourant) exerce un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral contre la décision rendue le 29 décembre 2009 par le Tribunal cantonal. Sans faire de distinction entre les deux recours interjetés, le recourant reprend les conclusions prises devant la première instance cantonale et invoque l'arbitraire dans l'appréciation des faits ainsi que dans l'application des art. 927 CC et 121 du code de procédure civile neuchâtelois (ci-après CPCN).
Appelés à se déterminer, B._ (ci-après l'intimé) conclut au rejet du recours tandis que la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1, 235 consid. 1, 379 consid. 1; 133 I 185 consid. 2 et les arrêts cités).
1.1 En l'espèce, savoir si la décision entreprise est finale ou incidente peut rester indécis. Dans le premier cas, le recours en matière civile est immédiatement ouvert selon l'art. 90 LTF. Dans le second, il y a lieu de retenir qu'elle est susceptible de causer un dommage irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) au recourant en tant qu'elle le prive de la possession du domaine litigieux pour la durée de la procédure: même si le recourant obtenait finalement gain de cause et que la possession des parcelles lui était restituée à l'issue de la procédure principale, la possession ne pourrait en effet être modifiée pour ce laps de temps.
1.2 Le recours en matière civile n'est ouvert que si la valeur litigieuse minimale fixée par la loi, en l'espèce 30'000 fr., est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF). C'est le montant encore litigieux devant la dernière instance cantonale qui est déterminant (art. 51 al. 1 let. a LTF). L'autorité cantonale de dernière instance doit mentionner la valeur litigieuse dans son arrêt (art. 112 al. 1 let. d LTF). La décision attaquée ne donne à cet égard aucune indication, tandis que le recourant affirme que la valeur litigieuse serait largement atteinte. La question peut toutefois ici demeurer ouverte dès lors que, dans le domaine des mesures provisionnelles, la cognition du Tribunal fédéral est limitée à la violation des droits constitutionnels (art. 98 LTF; consid. 2 infra).
1.3 Pour ce qui est des autres conditions de recevabilité, le recours a été interjeté dans le délai prévu par la loi (art. 100 al. 1 et 117 LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant la dernière instance cantonale (art. 76 al. 1 et 115 LTF), de sorte qu'il est en principe recevable.
2. Dès lors que la décision attaquée porte sur des mesures provisionnelles (ATF 133 III 393 consid. 5.1 in fine), seule peut être dénoncée la violation des droits constitutionnels (art. 98 LTF).
3. 3.1 La cour cantonale est partie de l'idée que l'action possessoire pouvait être accompagnée de mesures provisionnelles et que celles-ci présupposaient que le requérant rendît vraisemblable l'existence de son droit dans l'action au fond, soit l'action possessoire. Examinant alors si celle-ci était elle-même ouverte, la juridiction cantonale a considéré qu'il y avait lieu de déterminer laquelle des parties était titulaire d'un bail. Retenant l'existence d'une double location - où les deux baux sont a priori et potentiellement valables -, elle a exclu que le locataire en place pût invoquer les règles de la possession pour se protéger. Constatant ensuite que les parties s'affrontaient sur le terrain de l'art. 927 al. 2 CC, la cour cantonale a retenu que l'acte d'usurpation provenait non seulement de l'intimé, mais également du possesseur médiat, à savoir la bailleresse. Dans cette dernière hypothèse, le litige devait se résoudre sur le terrain du droit, en l'occurrence sur celui du contrat de bail. Cette solution se justifiait d'autant plus que chacune des parties pouvait en l'espèce faire valoir un droit apparent sur la chose. La cour cantonale a toutefois observé que le recourant n'occupait apparemment pas les lieux à la fin de l'hiver, qu'il ne disposait pas d'un bail écrit et que sa situation paraissait moins assurée que celle de l'intimé qui, lui, était au bénéfice d'un bail écrit, et dont les vaches se trouvaient dans les prés. Aucune des deux parties ne risquait en outre de subir un dommage plus grave et difficile à réparer que l'autre et elles étaient toutes deux dans une situation apparemment égale. En tant qu'il n'y avait pas lieu non plus de rétablir un état de fait préexistant, les conditions des mesures provisoires n'étaient donc pas réalisées.
Les juges cantonaux ont finalement conclu de leur raisonnement que la voie du possessoire n'était pas ouverte pour résoudre le litige entre les parties. Le recourant aurait dû au contraire agir par la voie d'une action contractuelle, cette voie ne pouvant toutefois être dirigée contre l'intimé, et le litige devait être transmis à la Commission de conciliation.
3.2 Le recourant reproche au tribunal cantonal d'avoir arbitrairement appliqué les art. 927 CC et 121 CPC ainsi que d'avoir apprécié les faits de manière arbitraire. En substance, le recourant soutient que la juridiction aurait perdu de vue que le litige qu'elle devait trancher concernait les relations juridiques entre lui-même et B._. Or l'arrêt entrepris se concentrerait en réalité sur le litige qui l'opposait à la bailleresse, plaçant ainsi la discussion sur la voie contractuelle exclusivement, sans plus examiner le litige sous l'angle du possessoire. En tant que le recourant avait non seulement démontré sa possession antérieure et ininterrompue sur le domaine litigieux, mais également l'usurpation de l'intimé, qui avait placé ses bêtes sans droit et en l'absence de titre liquide préférable, les juges cantonaux auraient dû confirmer l'ordonnance de mesures provisionnelles rendue le 19 juin 2009.
Dans une première argumentation, l'intimé avance différents éléments lui permettant de déduire l'absence de possession légitime du recourant sur les parcelles litigieuses, tentant ainsi de démontrer la mauvaise foi de ce dernier lorsqu'il affirme exercer, de bonne foi, la possession des parcelles litigieuses. L'intimé soutient ensuite être lui-même au bénéfice d'un contrat de bail à ferme écrit, à savoir d'un droit préférable et liquide empêchant le recourant de faire valoir ses prétentions par le biais de la réintégrande.
4.1 4.1.1 D'après la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 132 I 13 consid. 5.1; 131 I 217 consid. 2.1, 57 consid. 2; 129 I 173 consid. 3.1).
4.1.2 Les actions possessoires des art. 927 s. CC ont pour objet la défense de la possession comme telle et permettent de réagir contre une voie de fait apparente. Elles ne visent ainsi qu'au rétablissement et au maintien de l'état de fait antérieur. Sous réserve de l'art. 927 al. 2 CC, qui prévoit l'exception tirée du meilleur droit, elles ne conduisent pas à un jugement sur la conformité au droit de cet état de fait. Elles n'assurent au demandeur qu'une protection provisoire, seule une procédure engagée sur le terrain du droit (action pétitoire) pouvant mettre fin aux effets de la décision portant sur la protection de la possession (action possessoire; cf. ATF 113 II 243 consid. 1b; 5P.509/2006 du 8 mai 2007 consid. 1.3; EMIL W. STARK, Berner Kommentar, 3e éd., 2001, n. 1 ss ad Vorb. zu Art. 926-929 CC; BETTINA HÜRLIMANN-KAUP, Grundfragen des Zusammenwirkens von Miete und Sachenrecht, 2008, n. 129).
Par la réintégrande, prévue par l'art. 927 al. 1 CC, le demandeur qui a perdu la possession de la chose peut en obtenir la restitution de celui qui l'a usurpée illicitement. Il lui suffit de prouver qu'il était possesseur de la chose et qu'il a perdu cette possession à la suite d'un acte d'usurpation illicite. La réintégrande étant une action possessoire, qui doit être distinguée de l'action pétitoire (action fondée sur le droit sur ou à la chose), le défendeur ne peut exciper du droit préférable qu'il aurait sur la chose, comme le rappelle l'art. 927 al. 1 i. f. CC (ATF 113 II 243 consid. 1b; Paul-Henri Steinauer, Les droits réels, tome I, 4e éd., 2007, n. 344; STARK, op. cit., n. 91 ss ad Vorb. zu Art. 926-929 CC). Il ne peut que contester l'usurpation illicite en invoquant le consentement du demandeur ou une justification tirée de la loi (Hürlimann-Kaup, op. cit., n. 147 et 188; cf. Steinauer, op. cit., n. 325 ss). L'art. 927 al. 2 CC apporte toutefois une exception à ce principe pour le cas où le défendeur établit aussitôt un droit - réel ou contractuel (ATF 40 II 559 consid. 3, p. 564 ss; STARK, op. cit., n. 20 ad art. 927 CC) - préférable qui l'autoriserait à reprendre la chose au demandeur (ATF 113 II 243 consid. 1b i. f.). Cette disposition vise, dans un souci d'économie de procédure, à ne pas donner gain de cause au demandeur à la réintégrande qui aurait certainement tort dans un procès au pétitoire (STEINAUER, op. cit., n. 346 et les références; EMIL W. STARK/WOLFGANG ERNST, in Basler Kommentar, 3e éd., 2007, n. 6 ad art. 927 CC).
Entre bailleurs et locataires, les différentes actions - possessoire et pétitoire (réelle et contractuelle) - sont applicables, sans qu'il soit nécessaire de trancher la question d'une éventuelle priorité entre le droit du bail et les droit réels (HÜRLIMANN-KAUP, op. cit., n. 196). L'existence d'un bail, d'un bail tacite, d'une sous-location, la validité de la résiliation du bail et la conclusion d'un nouveau contrat de bail sont des questions qui touchent au droit sur la chose, et qui, sous réserve de l'exception prévue par l'art. 927 al. 2 CC, ne jouent aucun rôle dans le procès sur le possessoire (cf. HÜRLIMANN-KAUP, op. cit., n. 132). Lorsqu'il doit prononcer le rétablissement de l'état de fait antérieur, le juge doit uniquement rechercher qui, du demandeur ou du défendeur, avait la maîtrise effective de la chose précédemment, c'est-à-dire avant l'acte d'usurpation illicite. Ainsi, selon la jurisprudence, celui qui est au bénéfice d'un contrat de bail peut, en tant que possesseur des lieux loués, repousser par la force les actes d'usurpation émanant de celui qui se croirait au bénéfice d'un droit (ATF 40 II 329 consid. 3).
4.1.3 Dans les limites fixées par le droit fédéral, la procédure est réglée par le droit cantonal (ATF 83 II 141 consid. 2; STEINAUER, op. cit., n. 358). Dans le canton de Neuchâtel, les actions possessoires sont soumises à la procédure ordinaire et non à la procédure sommaire (art. 7 de la loi concernant l'introduction du code civil suisse [LICC]; FRANÇOIS BOHNET, Code de procédure civile neuchâtelois annoté, 2003, note ad art. 376 let. a CPCN). La réintégration de la partie qui a été dépossédée sans droit d'un meuble ou d'un immeuble peut néanmoins être ordonnée à titre de mesures provisoires (art. 122 let. a CPCN). Aux termes de l'art. 121 ch. 2 CPCN, le juge peut, en cas d'urgence, ordonner des mesures provisoires pour maintenir l'état de fait existant (let. a), pour assurer l'exécution du jugement à rendre (let. b), pour prévenir un dommage grave, difficile à réparer (let. c). Le requérant doit par ailleurs rendre vraisemblable l'existence du droit invoqué (Bohnet, op. cit., n. 9 ad art. 121 CPCN).
Lorsqu'il statue en mesures provisionnelles dans le cadre de l'action possessoire, le juge doit tenir compte des règles du droit fédéral qui régissent l'action possessoire: sauf dans l'hypothèse régie par l'art. 927 al. 2 CC, il ne doit pas s'aventurer sur le terrain du droit, mais rester sur celui des rapports de fait - la maîtrise de fait sur la chose et l'usurpation de celle-ci.
Lorsqu'il statue en mesures provisionnelles dans le cadre de l'action possessoire, le juge doit tenir compte des règles du droit fédéral qui régissent l'action possessoire: sauf dans l'hypothèse régie par l'art. 927 al. 2 CC, il ne doit pas s'aventurer sur le terrain du droit, mais rester sur celui des rapports de fait - la maîtrise de fait sur la chose et l'usurpation de celle-ci.
4.2 4.2.1 Faute de grief, il n'y a pas lieu d'examiner la possibilité, admise par la cour cantonale pour la procédure neuchâteloise, de requérir des mesures provisionnelles dans le cadre de l'action possessoire, elle-même soumise à la procédure ordinaire. En l'espèce, la juridiction cantonale ne s'est toutefois pas contentée de statuer provisoirement sur l'action possessoire pour la durée du procès possessoire: en considérant que le litige relevait du droit contractuel et de la compétence du Tribunal de district ainsi qu'en prescrivant la transmission du litige à la Commission de conciliation, elle a mis fin à l'action possessoire en refusant les mesures provisionnelles requises. Elle a ainsi privé le requérant de toute décision sur la prétention à la protection de la possession.
Or, comme on l'a vu, il ne faut pas confondre le rétablissement de l'état de fait antérieur requis par l'action possessoire - sur le terrain du fait - et celui demandé par l'action pétitoire - sur le terrain du droit. Il n'est en effet pas nécessaire de trancher dans la présente procédure opposant un précédent exploitant à un tiers, titulaire d'un nouveau bail, la question d'une éventuelle priorité entre le droit du bail et les droits réels. Le juge saisi d'une action possessoire doit ainsi statuer sur celle-ci et ne peut pas simplement renvoyer le demandeur à agir par la voie de l'action contractuelle; l'existence d'un droit préférable ne peut être invoquée que par le biais de l'art. 927 al. 2 CC. Comme le relève d'ailleurs la juridiction cantonale, une action contractuelle ne peut pas être dirigée contre l'intimé.
4.2.2 En tant que la cour cantonale semble avoir voulu statuer au regard de l'art. 927 al. 2 CC - terrain sur lequel, selon elle, se confrontent les parties -, force est de constater qu'elle n'a pu établir aucun droit préférable du défendeur. Elle retient en effet que "si l'on examine les chances de succès au fond, les parties sont pour l'heure prima facie dans une situation apparemment égale, l'une étant au bénéfice d'un contrat écrit et l'autre invoquant un contrat tacite avec certains arguments valables".
Si, par hypothèse, la cour cantonale entendait dire qu'il n'y avait pas lieu de rétablir un état de fait préexistant parce que le recourant n'occupait apparemment pas les lieux à la fin de l'hiver, et que ce sont les vaches de l'intimé qui se trouvent dans les prés, elle méconnaîtrait la notion de possession, qui appartient à celui qui exerce la maîtrise effective, ainsi que le but du rétablissement de l'état antérieur que poursuit l'action possessoire.
4.2.3 En conclusion, la cour cantonale a appliqué arbitrairement le droit fédéral, privant le requérant de l'action possessoire fondée sur l'art. 927 al. 1 CC. Pour statuer sur ladite action, il convient de savoir qui a exercé la maîtrise effective sur le domaine litigieux jusqu'au moment où l'intimé y a mis son bétail. Il ne résulte pas des constatations de fait de la décision attaquée quelle était la situation de fait antérieure. Certes, l'arrêt cantonal expose que le premier juge a retenu que le recourant avait rendu vraisemblable qu'il exploitait les parcelles litigieuses depuis 2003 et qu'il en était en conséquence possesseur de bonne foi. Il ne s'agit toutefois pas de constatations de fait de la cour cantonale, de sorte que la décision attaquée doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
5. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Celui-ci versera en outre au recourant une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel pour instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 7 mai 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret