Erwägungen:
1. Der Strafkläger X._ erhob gegen die Einstellungs- und Sistierungsverfügung der Regionalen Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland vom 8. August 2012 Beschwerde. Mit Beschluss vom 7. September 2012 trat die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern auf diese Beschwerde nicht ein. Zur Begründung führte die Beschwerdekammer zusammenfassend aus, dass es sich bei der Beschwerdefrist von 10 Tagen um eine gesetzliche und damit nicht verlängerbare Frist handle. Die innerhalb der Rechtsmittelfrist eingereichte Eingabe genüge den Begründungsanforderungen nicht, weshalb darauf nicht einzutreten sei.
2. X._ führt mit Eingabe vom 7. Oktober 2012 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer nennt keinen zulässigen Beschwerdegrund. Er legt nicht dar, inwiefern die Beschwerdekammer in verfassungswidriger Weise davon ausgegangen sein soll, die innerhalb der Beschwerdefrist eingereichte Eingabe genüge den Begründungsanforderungen nicht. Aus der Beschwerde ergibt sich nicht, inwiefern die dem Beschluss zugrunde liegende Erwägung bzw. der Beschluss selber im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. in diesem Zusammenhang BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen) nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Regionalen Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland, der Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli