Fatti:
A. In data 28 maggio 2002 B._, specialista in attività economiche-finanziarie connesse con il settore marittimo, ha sottoscritto una dichiarazione giurata (affidavit), nella quale si è espresso sulle attività di C._ SA - società avente per scopo l'amministrazione, la gestione, la compravendita e l'armamento di navi per conto di terzi, l'assistenza e l'espletamento di operazioni di finanziamento navale, nonché la costituzione e l'amministrazione di società collegate all'attività marittima - per la quale aveva lavorato dal gennaio 1995 fino al 30 giugno 2001 e che aveva lasciato dopo una disputa con il suo direttore e azionista principale D._.
A.a Nell'affidavit egli ha segnatamente dichiarato che nell'aprile 2000 D._ aveva comperato, nel proprio interesse e per il tramite di una società di sua proprietà (A._), la nave E._, violando in tal modo il suo obbligo di fedeltà nei confronti di F._, cliente di C._ SA interessata all'acquisto, alla quale avrebbe causato un grave pregiudizio.
A.b Sulla scorta di questo documento e di altre due dichiarazioni giurate dal contenuto analogo, F._ ha chiesto e ottenuto dalla Federal High Court of Nigeria di Lagos l'emanazione, il 13 giugno 2002, di un decreto di sequestro della nave ormeggiata a quel momento nel porto di X._.
L'ordine di sequestro non ha però potuto essere attuato, la nave essendo salpata prima della notifica della decisione alle autorità portuali.
A.c Il 28 giugno 2002 A._ ha venduto la nave alla società G._ al prezzo di USD 3'000'000.
A.d L'ordine di sequestro è stato levato il 16 ottobre 2002.
A.e Per finire è emerso che, in realtà, la società acquirente, A._, era estranea ad D._ e che in ogni caso l'acquisto era avvenuto dopo che F._ vi aveva rinunciato per mancanza dei mezzi finanziari necessari.
B. A seguito di questi fatti è stata aperta una procedura penale nei confronti di B._, che è stato condannato con sentenza dell'11 aprile 2006 alla pena di 30 giorni di detenzione, sospesi condizionalmente per un periodo di prova di due anni, siccome ritenuto colpevole di falsità in documenti per aver attestato fatti non veri in una dichiarazione giurata (affidavit) redatta da un terzo (cfr. sentenza 6B_355/2008 del 15 gennaio 2009).
C. C.a A._ ritiene B._ responsabile dei seguenti danni che avrebbe subito dalla procedura di sequestro:
- USD 130'000, per il mancato noleggio della nave a H._ SA, non concretizzatosi a causa del sequestro;
- USD 77'000, per il mancato incasso di controstallie previste nel contratto di nolo, non corrisposte a causa della risoluzione contrattuale anticipata dovuta al sequestro;
- USD 91'000, quale perdita di guadagno per il mancato utilizzo della nave tra il 21 e il 28 giugno 2002;
- USD 1'850'000, per la perdita subita al momento della vendita della nave, a un prezzo più basso rispetto al valore commerciale accertato, subordinatamente per il danno patito dalla società che ha acquistato la nave, G._, che non ha potuto usarla sino all'11 aprile 2003 (pretesa ceduta a A._);
- USD 313'992, per spese di varia natura (carburante, sbarco e imbarco dell'equipaggio);
- GPB 70'579, per le note dei legali nigeriani;
- EUR 86'320, per le note dei legali italiani;
- USD 43'819, per le note dei legali panamensi;
- MTL 8'317, per le note dei legali maltesi.
C.b Intenzionata a ottenere il risarcimento di tale pregiudizio, il 30 settembre 2003 A._ ha adito direttamente il Tribunale d'appello del Cantone Ticino, chiedendo la condanna di B._ ex art. 41 segg. CO al pagamento "dell'importo più alto tra (i) un importo in CHF pari alla somma di USD 2'191'819, GPB 70'579, EUR 86'320 e MTL 8'317 ai rispettivi tassi di cambio al giorno della sentenza e (ii) CHF 3'532'393", oltre interessi.
Essa ha pure domandato il rigetto definitivo "per l'importo in CHF corrispondente" dell'opposizione interposta dal convenuto al precetto esecutivo del 28 aprile 2003.
Statuendo il 1° marzo 2010, la II Camera civile del Tribunale d'appello ha respinto la petizione. Nonostante l'atto illecito e la colpa imputabili a B._, la Corte cantonale ha ritenuto di non doversi chinare né sull'asserito danno né sul nesso causale adeguato tra questo e l'atto illecito, avendo A._ postulato il pagamento di una somma in franchi svizzeri, allorquando, in applicazione dell'art. 84 CO, se - come nel caso in rassegna - il debito è stato contratto in valuta estera, il tribunale ha unicamente la facoltà di condannare al pagamento di tale valuta (DTF 134 III 151 e sentenza 4A_230/2008 del 27 marzo 2009 consid. 5.3 in RtiD 2010 I pag. 764 segg. in particolare pag. 771).
D. Il 19 aprile 2010 A._ è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile tendente, in via principale, all'annullamento della sentenza cantonale e al rinvio degli atti al Tribunale d'appello, affinché si pronunci nel merito della causa. In via subordinata ha invece proposto la modifica della predetta decisione nel senso dell'integrale accoglimento della petizione. A mente della ricorrente, respingendo la sua petizione per il motivo che la domanda condannatoria è stata formulata solo in franchi svizzeri, la Corte cantonale non solo ha applicato erroneamente e comunque in maniera errata l'art. 84 CO, ma è pure incorsa nella violazione di varie norme costituzionali e segnatamente dell'art. 29 cpv. 1 Cost. (violazione del divieto di formalismo eccessivo), dell'art. 29 cpv. 2 Cost. (violazione del diritto di essere sentito) e dell'art. 9 Cost. (violazione del divieto dell'arbitrio). La ricorrente ritiene inoltre che quest'ultima norma sia pure stata violata con riferimento all'importo dell'indennità per ripetibili di fr. 160'000.-- riconosciuto alla controparte.
D.a La domanda di conferimento dell'effetto sospensivo presentata contestualmente al ricorso, con particolare riferimento all'obbligo di rifondere alla controparte fr. 160'000.-- per ripetibili, è stata accolta il 5 maggio 2010.
D.b Con decreto del 2 giugno 2010 la ricorrente è stata inoltre invitata a versare l'importo di fr. 30'000.-- a titolo di garanzie per eventuali ripetibili in favore dell'opponente.
D.c Preso atto dell'avvenuto versamento della cauzione processuale, il 4 agosto 2010 B._ ha inoltrato la propria risposta, con la quale ha auspicato la reiezione integrale del gravame. La Corte cantonale non ha invece presentato osservazioni.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 483 consid. 1).
1.1 Interposto tempestivamente (art. 46 cpv. 1 lett. a e 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 72 cpv. 1 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso in materia civile è ricevibile.
1.2 Giusta l'art. 42 cpv. 1 LTF il ricorso deve "contenere le conclusioni", ovverosia specificare le modifiche auspicate. Visto l'effetto riformatorio del ricorso in materia civile (art. 107 cpv. 2 LTF), la parte ricorrente non può, di principio, limitarsi a postulare genericamente l'annullamento della pronunzia impugnata o il rinvio della causa all'autorità precedente, bensì deve formulare una conclusione chiara sul merito della controversia. Il rinvio all'autorità cantonale rimane tuttavia inevitabile - e la semplice domanda in tal senso ammissibile - qualora il giudizio impugnato non contenga gli accertamenti di fatto necessari per l'applicazione del diritto (DTF 134 III 379 consid. 1.3 pag. 383; 133 III 489 consid. 3.1).
1.2.1 Come osservato nell'allegato ricorsuale, in concreto il Tribunale d'appello non si è pronunciato né sull'esistenza né sull'entità del danno di cui viene postulato il risarcimento sicché, quand'anche dovesse accogliere il gravame, il Tribunale federale non potrebbe comunque decidere nel merito della causa bensì dovrebbe ritornare l'incarto all'autorità ticinese per esame delle questioni non ancora trattate. Il ricorso si rivela pertanto ammissibile per quanto attiene alla domanda principale di annullamento della sentenza impugnata con rinvio degli atti alla Corte cantonale per nuova decisione.
1.2.2 Esso risulta invece inammissibile, a causa dell'assenza di una domanda conforme ai requisiti posti dall'art. 42 cpv. 1 LTF, con riferimento alla censura di violazione del divieto dell'arbitrio nella determinazione dell'indennità per ripetibili a favore della controparte. Pur contestando l'importo di fr. 160'000.-- stabilito dai giudici ticinesi, la ricorrente non formula infatti alcuna conclusione subordinata limitatamente alle ripetibili dell'istanza cantonale, nell'eventualità che, sulla questione della domanda di risarcimento danni, il suo ricorso venisse respinto e la decisione impugnata confermata.
2. Considerato il domicilio estero della ricorrente, la controversia presenta un aspetto internazionale, che impone al Tribunale federale di verificare d'ufficio e con pieno potere d'esame il diritto applicabile (DTF 135 III 562 consid. 3.2).
La questione non pone problemi, avendo la Corte cantonale accertato - in maniera vincolante per il Tribunale federale, vista l'assenza di ogni contestazione al riguardo (art. 105 cpv. 1 combinato con l'art. 97 LTF) - che le parti hanno convenuto l'applicabilità del diritto svizzero.
3. La prima censura ricorsuale concerne l'applicabilità dell'art. 84 CO alla fattispecie in esame, che la ricorrente contesta per due motivi.
3.1 Innanzitutto perché la vertenza riguarda una pretesa extra-contrattuale, fondata su di un atto illecito (art. 41 segg. CO), e pertanto - a dire della ricorrente - non soggetta alla norma citata.
La convinzione della ricorrente è sbagliata. L'applicazione dell'art. 84 CO - che tratta della moneta del pagamento dei debiti pecuniari - non è infatti riservata all'adempimento delle obbligazioni contrattuali. Come osservato dall'opponente nella risposta, l'art. 84 CO si riferisce ai debiti pecuniari (Geldschulden, dettes d'argent) in generale, indipendentemente dalla loro causa, contrattuale o extracontrattuale (cfr. sentenza 4C.191/2004 del 7 settembre 2004 consid. 6, in SJ 2005 I pag. 174 segg., relativa a una domanda di risarcimento danni per violazione contrattuale; DTF 115 III 36 consid. 3, relativa a un'azione per indebito arricchimento; URS LEU, in Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4a ed. 2007, n. 7 ad art. 84 CO; ROLF H. WEBER, Berner Kommentar, n. 71 e 318 seg. ad art. 84 CO; MARIUS SCHRANER, Zürcher Kommentar, n. 29, 81-84, 182 seg. ad art. 84 CO; GUHL/KOLLER/SCHNYDER/DRUEY, Das schweizerische Obligationenrecht, 9a ed. 2000, §11 n. 1 segg. pag. 89).
3.2 Secondariamente la ricorrente contesta l'applicabilità dell'art. 84 CO perché, contrariamente a quanto ritenuto dalla Corte cantonale, la controversia non ha per oggetto un debito espresso in valuta estera (Fremdwährungsschuld, dette exprimée dans une monnaie étrangère). Malgrado il fatto che il danno patrimoniale da lei patito si sia verificato all'estero (Schuldwährung)- spiega la ricorrente - la valuta con la quale dev'essere effettuato il pagamento del debito con effetto liberatorio (Erfüllungswährung) non è infatti quella straniera bensì quella svizzera.
3.2.1 Questa sua tesi si fonda sull'opinione espressa da ROLF H. WEBER, il quale, premesso che in presenza di pretese pecuniarie di origine extra-contrattuale la questione della valuta mediante la quale dev'essere saldato il debito non può essere risolta in maniera generale, ammette se del caso, per motivi di praticità, la possibilità di far capo alla moneta del paese in cui si è verificato l'atto illecito (op. cit., n. 318 ad art. 84 CO).
Posto che in concreto, l'atto illecito (l'allestimento del falso affidavit) è stato perpetrato in Svizzera, che le parti hanno pattuito l'applicabilità del diritto svizzero alla vertenza e che sono state le autorità elvetiche a condurre la procedura penale sfociata nella condanna dell'opponente, la ricorrente si reputa legittimata a chiedere e ottenere un risarcimento in franchi svizzeri.
3.2.2 Nemmeno questa argomentazione ricorsuale può venir condivisa.
In primo luogo va precisato che lo stesso ROLF H. WEBER, visti i diversi tipi di obbligazioni extra-contrattuali possibili, predilige piuttosto un approccio individualizzato, che permetta di tener debitamente conto delle circostanze specifiche del caso concreto (op. cit., n. 318 ad art. 84 CO), ed evoca solo sussidiariamente la possibilità di far capo alla moneta del paese in cui si è verificato l'atto illecito.
Altri autori, considerato che la domanda di risarcimento danni mira alla compensazione della reale perdita di valore subita, propongono invece di tener conto della moneta dello stato in cui si è verificata la perdita patrimoniale (MARIUS SCHRANER, op. cit., n. 182 ad art. 84 CO; cfr. per il diritto tedesco STAUDINGER/K. SCHMIDT, Kommentar zum Bürgerlichen Gesetzbuch, 1997, n. 28 ad § 244 BGB).
L'argomento è convincente. Considerato che il danno si definisce - nel senso giuridico del termine - come una diminuzione involontaria del patrimonio netto, corrispondente alla differenza fra lo stato attuale del patrimonio del danneggiato e quello presumibile se l'evento dannoso non si fosse prodotto (DTF 133 III 462 consid. 4.4.2 pag. 471 con rinvii), e che lo scopo della domanda di risarcimento è quello di rimediare a tale danno, appare sensato provvedervi mediante la valuta nella quale la diminuzione del patrimonio si è realizzata.
In una fattispecie come quella in esame, nella quale le varie posizioni di danno vantate dalla ricorrente si sono tutte concretamente verificate in uno stato straniero e hanno potuto essere determinate con precisione nella relativa moneta (cfr. quanto esposto sub C.a), la decisione di ammettere che il debito debba essere saldato in quella stessa moneta appare dunque corretta.
3.3 Ne discende l'applicabilità dell'art. 84 CO alla causa in esame.
4. Nella denegata ipotesi - verificatasi - in cui l'art. 84 CO fosse applicabile, la ricorrente reputa comunque che tale norma sia stata applicata in maniera errata dai giudici ticinesi.
4.1 Giusta l'art. 84 cpv. 1 CO i debiti pecuniari devono essere pagati con mezzi legali di pagamento della moneta in cui è stato contratto il debito. Se il debito è espresso in una moneta che non è moneta del Paese nel luogo di pagamento - prosegue l'art. 84 cpv. 2 CO - questo potrà farsi in moneta del Paese al corso del giorno della scadenza, a meno che con la parola «effettiva» o con altra simile aggiunta non sia stato stipulato l'adempimento letterale del contratto.
In forza dell'art. 84 CO, la parte che adisce le autorità giudiziarie elvetiche facendo valere un credito in valuta straniera deve dunque pretenderne il pagamento in tale valuta. Se postula il pagamento in franchi svizzeri, la petizione va respinta, giacché il debitore non può essere condannato a una prestazione diversa da quella da lui dovuta (ROLF H. WEBER, op. cit., n. 344-345 ad art. 84 CO; MARIUS SCHRANER, op. cit., n. 216 ad art. 84 CO).
4.1.1 Come rilevato nel gravame, nonostante quanto appena esposto, fino al 2008 la giurisprudenza (federale e cantonale) ha fatto prova di una certa indulgenza nell'applicazione dell'art. 84 CO.
In particolare veniva ammessa la possibilità di richiedere il pagamento del debito contratto in moneta straniera sia (i) soltanto in valuta estera sia (ii) in valuta estera e in valuta svizzera. Inoltre, un'azione tendente al pagamento (di un debito contratto in moneta straniera) in soli franchi svizzeri non veniva respinta per questo motivo, se la parte creditrice aveva già avviato una procedura esecutiva in Svizzera (necessariamente in franchi svizzeri giusta l'art. 67 cpv. 1 n. 3 LEF) e se gli atti contenevano tutti gli elementi per determinare anche l'importo in valuta straniera, in modo da permettere al debitore di liberarsi anche mediante il versamento di tale somma (URS LEU, op. cit., n. 10 ad art. 84 CO; ROLF H. WEBER, op. cit., n. 345 ad art. 84 CO; MARIUS SCHRANER, op. cit., n. 217-219 ad art. 84 CO; DENIS LOERTSCHER, in Commentaire Romand, Code des Obligations I, 2003, n. 17 ad art. 84 CO; MAX GULDENER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3a ed. 1979, pag. 149).
4.1.2 Il 14 gennaio 2008 il Tribunale federale ha posto fine a questa prassi tollerante (DTF 134 III 151).
In questa sentenza è stato precisato che, se il debito è stato contratto in una valuta estera, il creditore può unicamente far valere una pretesa espressa in tale valuta (DTF citata consid. 2.2 pag. 154) e il tribunale adito ha unicamente la facoltà di riconoscere il suo credito in quella stessa valuta (DTF citata consid. 2.4 pag. 155). L'eventuale menzione del debito anche in valuta svizzera è ammessa, ma solo con mere finalità esecutive, essa non influisce in alcun modo sul diritto materiale (DTF citata consid. 2.3-2.5 pag. 155-157).
La possibilità di scegliere se saldare il debito nella moneta in cui è stato contratto il debito oppure nella moneta del Paese nel luogo di pagamento, prevista dall'art. 84 cpv. 2 CO, spetta unicamente al debitore (Alternativermächtigung; DTF citata consid. 2.2 pag. 154 con rinvii).
4.2 In concreto, pur auspicando la condanna dell'opponente al pagamento in franchi svizzeri, nel petitum di causa (qui riprodotto sub C.b) la ricorrente ha menzionato in valuta estera gli importi richiesti. A suo modo di vedere, ciò "avrebbe permesso all'autorità cantonale di non dar seguito alla richiesta di cambio [in franchi svizzeri] e di considerare e, se del caso, attribuire l'importo rivendicato da A._ ed indicato nel petitum anche in valuta estera, evitando che una condanna esclusivamente in franchi svizzeri potesse violare il diritto federale".
Questa soluzione sarebbe stata forse possibile prima della DTF 134 III 151; dopo l'emanazione di questa pronunzia una simile eventualità è invece esclusa. Anche se ha menzionato le singole posizioni di danno nella valuta originaria, la ricorrente ha esplicitamente chiesto la condanna dell'opponente solo in franchi svizzeri, in contrasto con quanto prescritto dall'art. 84 CO. Ora, nel quadro di un procedimento retto dalla massima dispositiva, come è quello in rassegna, il giudice deve pronunciare sulla domanda sottopostagli e non oltre i limiti di questa (cfr. art. 86 CPC/TI), egli non può modificare la formulazione delle conclusioni di causa per renderle conformi al diritto.
4.3 In siffatte circostanze la decisione di respingere la petizione a causa del petitum, formulato in soli franchi svizzeri, è pertanto il risultato di un'applicazione corretta dell'art. 84 CO, tenuto conto della prassi instauratasi con la decisione del Tribunale federale del 14 gennaio 2008 (il cui contenuto è già stato ribadito in un'altra causa ticinese, anch'essa citata nel giudizio impugnato, sentenza 4A_230/2008 del 27 marzo 2009 consid. 5.3, in RtiD 2010 I pag. 764 segg. in particolare pag. 771).
5. Per la ricorrente, tenuto conto delle peculiarità della fattispecie in esame, il richiamo alla giurisprudenza inaugurata con la DTF 134 III 151 per giustificare la reiezione della petizione, così come avvenuto, configura comunque un formalismo eccessivo (art. 29 cpv. 1 Cost.), viola il divieto dell'arbitrio (art. 9 Cost.) e il diritto di essere sentito (art. 29 cpv. 2 Cost.).
5.1 Gli argomenti addotti a questo riguardo, che la ricorrente chiede di tenere in considerazione, possono essere così riassunti.
5.1.1 Considerato come tanto negli allegati quanto nel petitum l'entità dell'importo richiesto sia stata chiaramente indicata anche in valuta estera, i giudici cantonali avrebbero fatto prova di un eccessivo formalismo, vietato dall'art. 29 cpv. 1 Cost., respingendo la petizione "per un mero difetto formale".
5.1.2 Essi avrebbero inoltre violato il diritto di essere sentito della ricorrente, garantito dall'art. 29 cpv. 2 Cost., omettendo di concederle la possibilità di esprimersi sulla questione della valuta della sua pretesa di risarcimento, visto che al momento dell'inoltro della petizione (risalente al 2003) e delle conclusioni di causa (introdotte il 30 ottobre 2007), la giurisprudenza posta a fondamento della sentenza impugnata, che superava la precedente prassi, non era ancora stata adottata.
5.1.3 Secondo la ricorrente, queste circostanze, unite alla durata del procedimento (sette anni), al fatto che l'opponente (il quale ha intenzionalmente commesso un atto illecito) non ha mai avversato le richieste attorie a causa della valuta di pagamento e che parte delle domande giudiziali sono espresse in valuta maltese rispettivamente nigeriana (monete che secondo la comune esperienza non offrirebbero alcuna minima garanzia di stabilità) inducono a concludere che, seppur non lesivo dell'art. 84 CO, il giudizio pronunciato nella fattispecie in esame è inconciliabile con il comune senso dell'equità e quindi arbitrario.
5.2 Nessuna di queste critiche può essere accolta.
5.2.1 L'assenza di un petitum conforme al diritto federale, segnatamente all'art. 84 CO, non può essere definita una questione meramente formale. Donde la manifesta infondatezza della censura relativa alla violazione del divieto di formalismo eccessivo.
5.2.2 Anche quella relativa alla violazione del diritto di essere sentito (art. 29 cpv. 2 Cost.) è votata all'insuccesso.
5.2.2.1 Il diritto di essere sentito, garantito dall'art. 29 cpv. 2 Cost., comprende segnatamente il diritto dell'interessato di esprimersi sugli elementi pertinenti prima che sia presa una decisione atta ad avere effetti sulla sua situazione giuridica. Il diritto di essere sentito riguarda principalmente questioni di fatto (DTF 133 III 139 consid. 7.1 non pubblicato). Tuttavia, le parti devono essere eventualmente anche sentite su questioni di diritto quando l'autorità intende basare la propria decisione su norme o motivi mai evocati in precedenza, che le parti non potevano ragionevolmente prevedere sarebbero stati presi in considerazione (DTF 130 III 35 consid. 5 pag. 39; cfr. anche sentenza 4A_165/2008 dell'11 novembre 2008 consid. 7.1, in RtiD 2009 II pag. 636 segg.).
Nel caso di specie la ricorrente non può sostenere di non aver ragionevolmente potuto prevedere che la questione della valuta non sarebbe stata trattata, prova ne sia anche il fatto che lei stessa - stando a quanto accertato nella sentenza impugnata e non contestato dinanzi al Tribunale federale - nell'allegato conclusivo di causa ha specificato la volontà di ottenere il risarcimento solo in franchi svizzeri, richiamandosi a una sentenza cantonale del 1996.
5.2.2.2 Come detto, il 14 gennaio 2008 il Tribunale federale ha posto fine alla giurisprudenza che tollerava la domanda di condanna in franchi, nonostante fosse chiaro ch'essa avrebbe dovuto venir formulata in moneta straniera.
In linea di massima, una nuova prassi giudiziaria va applicata immediatamente, anche alle cause già pendenti al momento della sua adozione. Una limitazione di questa regola può risultare, in determinate circostanze, dal principio della tutela della buona fede, sgorgante dall'art. 9 Cost.; tale è il caso, ad esempio, quando la modifica della giurisprudenza concerne le condizioni di ricevibilità di un atto processuale, segnatamente il computo dei termini di ricorso. In una simile eventualità, considerato che la modifica della giurisprudenza comporta per la parte interessata la perdita definitiva di un diritto, che avrebbe potuto essere evitata qualora fosse stata a conoscenza della nuova prassi, questa non può essere applicata senza un preventivo avvertimento (DTF 135 II 78 consid. 3.2 pag. 85 con rinvii).
In concreto, la ricorrente non può validamente invocare la tutela della buona fede in relazione a una prassi che, anche se protrattasi per diversi anni, manifestamente non voleva condurre a una modifica dei criteri di applicazione dell'art. 84 CO. Anche se la domanda in franchi svizzeri veniva accettata per ragioni esecutive, si è infatti sempre precisato che, per il diritto materiale, la pretesa avrebbe dovuto venir fatta valere nella valuta estera dovuta (DTF 134 III 151 consid. 2.3 con rinvii). La reiezione della petizione non impedisce inoltre alla ricorrente di riproporre la sua petizione, formulando questa volta un petitum conforme alle esigenze di legge.
5.2.3 Questa soluzione può effettivamente essere insoddisfacente per la ricorrente, soprattutto sotto il profilo dell'economia processuale, visto che il procedimento dinanzi al Tribunale d'appello è già durato sette anni, ma ciò non basta per far apparire il giudizio impugnato arbitrario.
Né il fatto che l'atto illecito dell'opponente sia stato accertato penalmente né che questi non abbia mai contestato la pretesa avversaria a causa della valuta possono rendere la decisione dei giudici ticinesi arbitraria. Per giurisprudenza invalsa, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'art. 9 Cost. solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 135 V 2 consid. 1.3 pag. 4; 134 I 263 consid. 3.1 pag. 265 seg.).
6. Da tutto quanto esposto discende che il ricorso dev'essere respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF) e sono pertanto poste a carico della ricorrente, la quale ha fra l'altro già depositato presso la Cassa del Tribunale federale una cauzione processuale di fr. 30'000.-- a titolo di garanzie per le ripetibili in favore della controparte (cfr. decreto del 2 giugno 2010).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 25'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà fr. 30'000.-- all'opponente per ripetibili della sede federale.
3. L'indennità per ripetibili spettante all'opponente viene prelevata dall'importo depositato a tal scopo dalla ricorrente presso la Cassa del Tribunale federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.