Faits:
A. La société X._ SA, à A._ (ci-après: la Société), a pour but la fabrication, la commercialisation, l'installation et le conseil dans le domaine du bois, de son imprégnation et des matériaux y relatifs. Elle est propriétaire d'une parcelle de 35'734 m2 en zone industrielle et artisanale sise sur la Commune de Y._ (ci-après: la Commune). Cette parcelle sert principalement au traitement et à l'entreposage de matériaux; en outre, un bâtiment administratif de 200 m2 y est construit.
Le 15 novembre 2006, la Commune a fait parvenir à la Société une facture "eau et épuration" pour l'année 2006 d'un montant de 10'760 fr., se décomposant comme suit:
- prix de l'eau (914m3 à 1 fr. 40/m3) 1'279 fr. 60
- location du compteur 120 fr.
- abonnement 300 fr.
- taxe de base (EU) (35'734 m2 à 0 fr. 25/m2) 8'933 fr. 50
- taxe d'épuration (forfait 100 m3 à 1 fr.30/m3) 130 fr.
La Société a formé réclamation contre cette facture, en contestant le montant de la taxe de base mis à sa charge. La Commune a rejeté cette réclamation le 21 décembre 2006. Sur recours, cette décision a été confirmée le 21 août 2008 par la Préfecture de la Veveyse (ci-après: la Préfecture).
B. Contre cette décision, la Société a recouru auprès de la Cour fiscale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal). Elle a fait valoir que la taxe de base mise à sa charge violait les principes de causalité (pollueur-payeur) et d'équivalence, car son montant était "sans rapport" aussi bien avec les coûts effectifs d'évacuation et d'épuration des eaux usées provoqués par sa faible consommation d'eau qu'avec la valeur objective des prestations fournies par la collectivité publique.
Par arrêt du 6 novembre 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision attaquée. En bref, il a estimé que la taxe de base litigieuse, calculée selon la surface de la parcelle, était justifiée pour tenir compte des charges financières fixes (intérêts et amortissement) nécessaires pour maintenir la valeur des équipements existants et assurer leur remplacement.
C. La Société forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt précité du Tribunal cantonal dont elle requiert l'annulation, sous suite de frais et dépens. A titre principal, elle demande que la facture "eau et épuration" soit réduite à hauteur du montant de la taxe de base. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la Commune pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation des principes de causalité, d'équivalence, d'égalité et d'interdiction de l'arbitraire.
La Commune conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, sous suite de frais et dépens. La Préfecture renonce à déposer des observations. Le Tribunal cantonal préavise le rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais.
Par ordonnance du 15 décembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif présentée à l'appui du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) par un tribunal cantonal supérieur (cf. art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans que l'on se trouve dans l'une des exceptions mentionnées par l'art. 83 LTF. Il a en outre été déposé dans le délai (cf. art. 100 al. 1 LTF) et en la forme (cf. art. 42 LTF) prévus par la loi. Enfin, comme destinataire de l'arrêt attaqué, la recourante a qualité pour recourir (art. 89 LTF).
Partant, le recours est recevable.
2. Sauf dans les cas cités expressément à l'art. 95 LTF (non pertinents en l'espèce), le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire (art. 9 Cst.) ou contraire à d'autres droits constitutionnels (cf. ATF 135 III 513 consid. 4.3 p. 521/522; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral n'examinera toutefois les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (principe de l'allégation déduit de l'art. 106 al. 2 LTF; cf. ATF 136 I 65 consid. 1.3.1 p. 68; 135 I 313 consid. 1.3 p. 316; 135 V 94 consid. 1 p. 95). Il procédera à cet examen en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF).
3. 3.1 L'art. 3a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux, ci-après également citée: loi fédérale sur la protection des eaux; RS 814.20) dispose que celui qui est à l'origine d'une mesure en supporte les frais. L'art. 60a LEaux précise cette exigence en posant les principes suivants concernant le financement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux:
1 Les cantons veillent à ce que les coûts de construction, d'exploitation, d'entretien, d'assainissement et de remplacement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux concourant à l'exécution de tâches publiques soient mis, par l'intermédiaire d'émoluments ou d'autres taxes, à la charge de ceux qui sont à l'origine de la production d'eaux usées. Le montant des taxes est fixé en particulier en fonction:
a. du type et de la quantité d'eaux usées produites;
b. des amortissements nécessaires pour maintenir la valeur de ces
installations;
c. des intérêts;
d. des investissements planifiées pour l'entretien, l'assainissement et
le remplacement de ces installations, pour leur adaptation à des
exigences légales ou pour des améliorations relatives à leur
exploitation.
2 Si l'instauration de taxes couvrant les coûts et conforme au principe de causalité devait compromettre l'élimination des eaux usées selon les principes de la protection de l'environnement, d'autres modes de financement peuvent être introduits.
3 Les détenteurs d'installation d'évacuation et d'épuration des eaux constituent les provisions nécessaires.
4 Les bases de calcul qui servent à fixer le montant des taxes sont accessibles au public.
L'art. 60a LEaux constitue, à l'image de l'art. 32a de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (Loi sur la protection de l'environnement, LPE; RS 814.01), un mandat législatif à l'adresse des cantons, en ce sens que ceux-ci sont chargés de transposer les principes de financement posés dans ces dispositions dans leur législation ou de déléguer cette tâche aux communes (cf., pour l'art. 60a LEaux, ATF 128 I 46 consid. 1b/cc p. 50 et les arrêts cités; pour l'art. 32a LPE, arrêt 2C_740/2009 du 4 juillet 2011 consid. 6.1 destiné à la publication et la référence à l'ATF 129 I 290 consid. 2.2). Le droit cantonal ou communal adopté dans ce cadre est autonome et le Tribunal fédéral ne peut en revoir l'interprétation et l'application que sous l'angle restreint de l'arbitraire, sous réserve d'une atteinte grave à un droit constitutionnel spécial. En revanche, il examine librement si l'interprétation non arbitraire du droit cantonal ou communal est compatible avec le droit fédéral pertinent, notamment avec les principes de financement posés à l'art. 60a LEaux (cf. ATF 128 I 46 consid. 5a p. 54 s. et les références citées).
3.2 Dans le canton de Fribourg, les principes des art. 3a et 60a LEaux ont été concrétisés, d'une part, dans la loi cantonale du 9 mai 1983 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATeC/FR; RS-FR 710.1) et, d'autre part, dans la loi du 22 mai 1974 d'application de la loi fédérale du 8 octobre 1971 sur la protection des eaux contre la pollution (LALPEP/FR; RS 812.1). L'intitulé de cette dernière loi cantonale - qui fait référence à l'ancienne loi fédérale sur la protection des eaux - s'explique par le fait que la LALPEP/FR n'a pas été modifiée après l'adoption, le 24 janvier 1991, de la loi fédérale actuelle (précitée) sur la protection des eaux.
L'art. 100 al. 1 LATeC prévoit que les propriétaires fonciers sont tenus de participer aux frais d'équipement (mentionnés à l'art. 94 LATeC, soit ceux relatifs notamment aux installations nécessaires à l'évacuation et à l'épuration des eaux etc.) par des contributions, selon le principe de la couverture des frais effectifs et en fonction des avantages retirés. L'art. 101 al. 1 et 2 LATeC précise que la perception de ces contributions s'effectue sur la base d'un règlement communal fixant le genre de contributions selon les genres d'équipement, les dépenses à répartir, les principes et les taux de répartition, le mode de perception ainsi que la procédure. L'art. 33 al. 1 LALPEP confie également aux communes le soin d'adopter un règlement relatif à l'épuration des eaux. L'art. 33 al. 2 LALPEP ajoute que ce "règlement peut prévoir la perception d'une taxe dont le produit doit être affecté exclusivement à l'épuration des eaux. La taxe est perçue auprès des propriétaires ou des usufruitiers d'immeubles bâtis ou non bâtis. Pour fixer le montant de la taxe, il doit être tenu équitablement compte de l'affectation des immeubles et des bâtiments".
3.3 Se fondant sur ces délégations de compétence, la Commune a édicté, le 11 avril 2005, un règlement relatif à l'évacuation et l'épuration des eaux (ci-après cité: le Règlement communal ou le Règlement), qui a été approuvé par la Direction cantonale fribourgeoise de l'aménagement, de l'environnement et des constructions le 27 octobre 2005.
Ce règlement a pour but d'assurer, dans les limites du périmètre des égouts publics, l'évacuation et l'épuration des eaux polluées, ainsi que l'évacuation des eaux non polluées s'écoulant de fonds bâtis et non bâtis (art. 1er al. 1 du Règlement). Il s'applique à tous les bâtiments et à tous les fonds raccordés ou raccordables aux installations publiques d'évacuation et d'épuration des eaux (art. 3 du Règlement). A son chapitre 4, intitulé "Financement et taxes", il dispose que les propriétaires de biens-fonds sont astreints à participer au financement de la construction, de l'entretien, de l'utilisation et du renouvellement des installations publiques d'évacuation et d'épuration des eaux s'écoulant de leurs fonds bâtis ou non bâtis, situés dans le périmètre des égouts publics (art. 21 du Règlement). Aux termes de l'art. 22 al. 1 du Règlement, la Commune est tenue de financer les installations publiques d'évacuation et d'épuration des eaux et, à cette fin, de se doter d'une planification financière pour laquelle elle dispose des ressources suivantes:
a) des taxes uniques (taxe de raccordement et charge de préférence, prévues aux art. 25 à 35 du Règlement);
b) des taxes périodiques (taxe de base, taxe d'exploitation, taxes spéciales, prévues aux art. 36 à 39 du Règlement);
c) des subventions et contributions de tiers.
Ces différentes taxes doivent être fixées de manière qu'à moyen terme, les recettes totales provenant de leur encaissement couvrent les frais de construction, les dépenses d'exploitation et d'entretien, les charges induites par les investissements (amortissements et intérêts) et les attributions aux financements spéciaux (fonds de réserve) (art. 23 al. 1 du Règlement). Le montant attribué au fonds de réserve est proportionné à la valeur de remplacement des installations (art. 23 al. 3 du Règlement).
3.4 La recourante conteste uniquement la taxe de base, d'un montant de 8'933 fr. 50, que la Commune a mise à sa charge pour l'année 2006 à titre de taxe périodique au sens de l'art. 22 al. 1 let. b du Règlement. Elle estime que cette contribution est contraire aux principes de causalité (infra consid. 4), d'équivalence (infra consid. 5), d'égalité (infra consid. 6) et d'interdiction de l'arbitraire. Tel que formulé dans le recours, ce dernier grief n'a pas de portée propre par rapport aux arguments développés à l'appui des principes de causalité et d'équivalence.
4. 4.1 Selon la jurisprudence, les cantons et, en cas de délégation, les communes, disposent d'une grande liberté pour élaborer des émoluments ou des taxes qui répondent aux exigences de l'art. 60a LEaux, notamment au principe de causalité (cf. arrêt 2P.187/2006 du 26 mars 2007, consid. 2.4; en lien avec l'art. 32a LPE, cf. arrêt précité 2C_740/2009 destiné à la publication, consid. 6.1). En particulier, il leur appartient de déterminer sous quelle forme et dans quelle mesure ils entendent intégrer dans le calcul des taxes les deux critères posés à l'art. 60a al. 1 let. a LEaux que sont le type et la quantité des eaux usées produites (cf. arrêt 2P.266/2003 du 5 mars 2004, consid. 3.2; RAPHAËL MAHAIM, Financement de l'élimination des ordures ménagères et principe de causalité: commentaire de l'arrêt du 7 octobre 2009 de la Cour constitutionnelle vaudoise, in RDAF 2009, p. 334 ss, p. 342).
4.1.1 Le critère de la quantité implique la prise en compte de paramètres en rapport avec l'utilisation effective des installations d'évacuation et d'épuration des eaux. Ce critère revêt une importance particulière pour les taxes périodiques qui doivent nécessairement présenter un certain lien ("ein gewisser Zusammenhang") avec la quantité effective des eaux rejetées dans les canalisations (arrêt 2C_101/2007 du 22 août 2007, consid. 4.1 et 4.2; arrêt précité 2P.266/2003, consid. 3.1; MAHAIM, op. cit., p. 342 s.). Faute d'un tel lien, le Tribunal fédéral a notamment jugé incompatible avec le principe de causalité des taxes d'évacuation et d'épuration des eaux fondées sur la seule valeur de l'assurance-incendie d'un bien-fonds (cf. ATF 128 I 46 consid. 4 p. 52 ss). Il en a décidé de même pour des taxes d'évacuation et élimination des déchets urbains qui étaient également calculées en fonction d'une telle valeur d'assurance-incendie (cf. arrêts 2P.380/1996 du 28 janvier 1998, consid. 2b et 2P.249/1999 du 24 mai 2000, consid. 4c) ou sur la base de la quantité d'eau consommée par les ménages (cf. ATF 129 I 290 consid. 3.2 p. 296).
Le principe de causalité n'impose toutefois pas que les coûts soient répartis exclusivement en proportion des quantités d'eaux usées produites (cf. ATF 128 I 46 consid. 5b/bb p. 55 s.; cf. PETER KARLEN, Die Erhebung von Abwasserabgaben aus rechtlicher Sicht, in DEP 1999, p. 539 ss, p. 550; MAHAIM, op. cit., p. 342). Il est loisible aux cantons de prévoir, conformément à la volonté du législateur, "un système combinant des taxes de base et des taxes qui sont fonction de la quantité d'eaux usées à évacuer" (cf. message du 4 septembre 1996 relatif à la modification de la loi fédérale sur la protection des eaux, in FF 1996 IV 1213, p. 1219). Une partie des coûts peut en effet être mise à la charge des utilisateurs sous la forme de taxes de base qui ne dépendent pas du critère de la quantité, car les installations nécessaires à l'évacuation et l'épuration des eaux usées doivent être entretenues et amorties indépendamment de leur mise à contribution effective par les usagers (cf. arrêts précités 2P.187/2006, consid. 2.4 et 2P.266/2003, consid. 3.2; voir aussi, en lien avec l'art. 32a LPE, arrêt précité 2C_740/2009 consid. 6.1 destiné à la publication et la référence à l'ATF 129 I 290 consid. 3.2 p. 296; KARLEN, op. cit., p. 556).
4.1.2 Le second critère, relatif au type d'eaux usées produites (critère qualitatif), postule notamment de prendre en considération le fait que les eaux usées et les eaux pluviales occasionnent des coûts différents, les secondes n'ayant, contrairement aux premières, pas besoin d'être dépolluées. Le Tribunal fédéral a ainsi jugé contraire au principe de la causalité (et de l'équivalence) une réglementation prévoyant le calcul des frais relatifs à l'évacuation des eaux météoriques en fonction de la quantité d'eau potable utilisée ou, pour les grands consommateurs, de la quantité d'eau usée rejetée dans les canalisations (arrêt précité 2C_275/2009 consid. 4 à 7 non publiés à l'ATF 137 I 107); il a estimé qu'à côté d'une taxe variable calculée selon un critère quantitatif, la commune mise en cause devait aménager une taxe spéciale pour évacuer les eaux météoriques ou alors inclure les coûts liés à cette prestation dans une taxe de base (arrêt précité, consid. 7.2).
4.2 En l'espèce, le Règlement communal prévoit que les taxes périodiques sont perçues annuellement et qu'elles comprennent une taxe de base et une taxe d'exploitation qui servent à couvrir les frais financiers afférents aux ouvrages et les coûts d'exploitation (cf. art. 36 al. 1 let. a et b, al. 2 et 3 dudit règlement). La taxe de base a pour but le maintien de la valeur des installations et couvre les frais fixes respectivement toutes les charges qui y sont liées (amortissements et intérêts); elle s'élève à 0,25 fr. par m2 de parcelle pour les zones industrielles et artisanales et à 0.90 m2 de parcelle (multiplié par l'indice d'utilisation) pour les autres parcelles (art. 37 al. 1 du Règlement). Elle est perçue auprès de tous les propriétaires des fonds raccordés ou raccordables compris dans le périmètre du réseau des égouts publics (art. 37 al. 2 du Règlement). La taxe d'exploitation est perçue auprès de tous les propriétaires raccordés à raison de 1 fr. 30 par m3 du volume d'eau consommée selon le compteur (art. 38 al. 1 et 4 du Règlement).
Il apparaît ainsi que la Commune a mis en place, conformément aux exigences de l'art. 60a LEaux, un système qui combine, au titre des taxes périodiques, le prélèvement d'une taxe de base et d'une taxe d'exploitation. Par ailleurs, les paramètres retenus pour calculer l'une et l'autre de ces contributions apparaissent, au moins dans leur principe, conformes aux exigences légales: le volume d'eau consommée (en m3) permet en effet raisonnablement d'estimer, de façon indirecte (par ricochet), "la quantité d'eaux usées produites" au sens de l'art. 60a al. 1 let. a LEaux; en outre, la surface de parcelle (en m2) est un critère admis pour calculer la taxe de base (cf. arrêt précité 2P.266/2003, consid. 3.2 ; KARLEN, op. cit., p. 558), car il présente un lien suffisant avec les frais qui sont indépendants de l'utilisation effective des installations par l'usager et du volume d'eaux usées produites (sur ce point, cf. infra consid. 5.4 et 5.5).
4.3 La recourante estime que la disproportion entre les montants qui lui sont réclamés aux titres de la taxe de base (8'933 fr. 50) et de la taxe d'exploitation (ou "taxe d'épuration" selon la dénomination utilisée dans la facture litigieuse; soit un forfait de 130 fr.) est contraire au principe de causalité, plus précisément à l'exigence de tenir compte de la quantité d'eaux usées produites dans le calcul de la taxe.
4.3.1 Le rapport entre la taxe de base et la taxe d'exploitation directement proportionnelle à la quantité d'eau usée produite devrait à peu près correspondre au rapport existant entre les frais fixes et les frais proportionnels à la charge de la collectivité publique pour les prestations fournies. Comme il est admis, en matière d'évacuation et d'élimination des déchets, que ce rapport se répartit à raison d'un tiers environ pour les coûts fixes et deux tiers pour les coûts variables, la taxe de base et les taxes périodiques peuvent, selon la jurisprudence, être fixées dans ces mêmes proportions (cf. arrêt précité 2C_740/2009 consid. 6.1.1 destiné à la publication; arrêt 2P.233/2005 du 8 mai 2006, consid. 5.1 et les références citées). La structure des coûts est différente en matière d'évacuation et d'épuration des eaux usées, en ce sens qu'une grande partie de ceux-ci résulte de la construction des infrastructures (réseau de canalisations, station d'épuration, etc.); des taxes uniques relativement élevées sont prélevées pour financer ces coûts, sous la forme de taxes de raccordement ("Anschlussgebühren") et/ou de charges de préférence ("Vorzugslasten"); au final, grâce à ces contributions uniques, la taxe de base devrait normalement représenter, malgré les importants coûts (fixes) de mise en place des équipements, une part moindre que la taxe variable dans les rentrées totales des taxes périodiques (cf. arrêt précité 2P.266/2003, consid. 3.2; KARLEN, op. cit., p. 556).
Lors des débats aux Chambres fédérales entourant l'art. 60a LEaux, les parlementaires avaient envisagé d'inscrire dans la loi un plancher de 50 % pour la part variable de la taxe, puis y avaient renoncé, car les chiffres disponibles montraient que, dans la réalité, cette part variable représentait déjà, en moyenne, entre 50 et 65 % du montant des taxes périodiques encaissées (BO CN 1997 p. 434 et 1118; BO CE 1997 p. 427 ss). Selon une publication de l'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage (OFEPP), dans les communes ayant opté pour un système de taxes combinées, la proportion était, au début des années 2000, de 70 % pour la part variable des frais, contre 30 % pour sa part fixe (Informations concernant la protection des eaux, Berne 2003, cahier no 42, Coûts de l'assainissement, p. 16).
4.3.2 En l'espèce, la recourante argumente que, même si l'on faisait abstraction du forfait dont elle bénéficie par rapport au volume d'eau utilisée (100 m3 au lieu des 914 m3 réellement consommés), la taxe d'exploitation à sa charge ne s'élèverait qu'à 1'188 fr. 20 (914 m3 x 1 fr. 30), si bien que la taxe de base, d'un montant de 8'933 fr., représenterait encore plus de 88 % du total des taxes périodiques mises à sa charge (de 10'121 fr. 70, soit 8'933 fr. 50 + 1'188 fr. 20).
Il est vrai qu'une telle proportion n'est pas conforme au postulat voulant que la partie fixe des taxes périodiques (en matière d'évacuation et d'épuration des eaux) ne devrait, en principe, pas dépasser la partie variable. Cet objectif de répartition des coûts doit toutefois se comprendre comme une moyenne qui porte sur l'ensemble des taxes périodiques prélevées par la collectivité publique, mais qui ne saurait valoir individuellement pour chacun des contribuables. En réalité, dans la mesure où la recourante soutient que la taxe de base est sans rapport avec les prestations effectives qui lui sont fournies par la collectivité, son grief ne relève pas du principe de causalité, mais concerne la proportionnalité de la taxe au sens étroit, soit sa conformité au principe de l'équivalence (en ce sens, cf. arrêt précité 2P.266/2003, consid. 3.2 in initio et 3.3); le moyen sera dès lors examiné en lien avec ce dernier principe (cf. infra consid. 5).
4.4 Au titre de la violation du principe de causalité, la recourante fait également valoir que, même si elle décidait de prendre des mesures concrètes pour diminuer sa consommation d'eau, ses efforts seraient pratiquement sans incidence sur sa facture dont l'essentiel du montant est constitué par la taxe de base. Aussi bien estime-t-elle que cette dernière "ne permet plus d'atteindre l'effet incitatif visé par le principe de causalité, soit celui de contribuer à diminuer l'utilisation des installations de traitement afin de ménager l'environnement".
Dans le récent arrêt précité 2C_740/2009 du 4 juillet 2011 (consid. 6.1.1 destiné à la publication), le Tribunal fédéral, revenant sur sa jurisprudence antérieure (cf. arrêt 2P.63/2006 du 24 juillet 2006, consid. 3.3), a considéré que l'art. 32a LPE, qui concrétise le principe de causalité dans le domaine des déchets, oblige les cantons à prévoir un effet incitatif dans leur législation d'application. Bien qu'elle ait été rendue à propos de l'art. 32a LPE, cette jurisprudence vaut mutatis mutandis pour l'art. 60a LEaux, car ces dispositions, entrées en vigueur le même jour (soit le 1er novembre 1997), sont directement calquées l'une sur l'autre (novelle du 20 juin 1997, RO 1997 2243) (en ce sens, cf. arrêt 1C_390/2007 du 22 octobre 2008, consid. 3.2).
Dans la présente affaire, ce n'est cependant pas le calcul de la partie variable de la taxe qui est en cause, comme dans l'arrêt précité 2C_740/2009 (où il il s'agissait d'une taxe d'élimination des déchets calculée en fonction du nombre de personnes composant le ménage), mais celui de sa partie fixe. La recourante ne critique en effet pas le montant de la taxe (variable) d'exploitation, mais bien celui de la taxe de base qu'elle juge trop élevé compte tenu de la quantité d'eau usée qu'elle est présumée rejeter dans les canalisations au vu de sa consommation. Or, par définition, la taxe de base ne dépend pas de l'utilisation effective des installations par l'usager, mais des seuls coûts fixes supportés par la collectivité publique pour assurer ses prestations, plus précisément, en l'espèce, pour maintenir la valeur des installations (cf. art. 37 al. 1 du Règlement communal). La taxe de base litigieuse étant indépendante de la quantité d'eau usée produite par la recourante, les critiques de cette dernière portant sur l'absence d'effet incitatif de cette contribution tombent à faux.
4.5 Il s'ensuit que le grief tiré de la violation du principe de causalité est en tous points mal fondé.
5. 5.1 Le principe de l'équivalence concrétise les principe de la proportionnalité et d'interdiction de l'arbitraire en matière de contributions causales (cf. ADRIAN HUNGERBÜHLER, Grundsätze des Kausalabgabenrechts, ZBl 2003, p. 505 ss, 522). Il exige que le montant de chaque redevance soit en rapport avec la valeur objective de la prestation fournie et reste dans des limites raisonnables. La valeur de la prestation se mesure soit à son utilité pour le contribuable, soit à son coût par rapport à l'ensemble des dépenses administratives en cause. Les contributions doivent être établies selon des critères objectifs et s'abstenir de créer des différences qui ne seraient pas justifiées par des motifs pertinents (ATF 128 I 46 consid. 4a p. 52; 126 I 180 consid. 3a/bb p. 188; 122 I 279 consid. 6c p. 289).
L'avantage économique retiré par chaque bénéficiaire d'un service public est souvent difficile, voire impossible à déterminer en pratique. Pour cette raison, la jurisprudence admet un certain schématisme dans la détermination des taxes et de leur montant, afin d'éviter aux cantons des coûts administratifs démesurés pour évaluer le type et la quantité d'eau rejetée dans les canalisations (cf. ATF 128 I 46 consid. 5b/bb p. 55 s. et les nombreuses références citées; récemment, en lien avec l'art. 32a LPE, cf. arrêt précité 2C_740/2009 consid. 6.1.1 destiné à la publication). Il est ainsi possible de recourir à des critères normatifs fondés sur des moyennes résultant de l'expérience et faciles à utiliser. Malgré leur schématisme, l'autorité de taxation ne pourra, par égard au principe d'égalité, pas se départir de tels critères (cf. arrêts 2C_847/2008 du 8 septembre 2009, consid. 2.2 et 2.3 in fine et 2P.63/2006 du 24 juillet 2006, consid. 3.4), à moins que ceux-ci aboutissent, dans un cas particulier, à des résultats insoutenables, ou créent des différences ne reposant pas sur des motifs raisonnables (cf. ATF 125 I 1 consid. 2b/bb p. 5 et les références citées).
5.2 Comme on l'a vu (supra consid. 4.2), la taxe de base litigieuse vise, selon l'art. 37 al. 1 du Règlement communal, à maintenir la valeur des installations, en couvrant les frais fixes, respectivement toutes les charges qui y sont liées (amortissements et intérêts); la disposition précitée correspond, ainsi que l'ont constaté les premiers juges, au règlement type de juillet 2002 élaboré par le canton à l'intention des communes fribourgeoises (cf. art. 23 al. 1 dudit règlement ad annexe 3 des "recommandations sur le financement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux", disponibles sur internet et publiées conjointement par la Direction des travaux public, l'Office de la protection de l'environnement et le Département des communes cantonales fribourgeoises; ci-après citées: les recommandations cantonales); à la lumière de ces recommandations, il apparaît que les frais fixes visés par la taxe de base comprennent plus précisément les intérêts (notamment sur les emprunts effectués pour construire les équipements) et les amortissements (pour tenir compte des dépréciations des équipements existants) ainsi que les attributions aux financements spéciaux (destinés à alimenter un fonds de réserve pour permettre le renouvellement des installations) (cf. recommandations cantonales, p. 14 et p. 19 ad annexe 2; sur le calcul et la répartition des intérêts et des amortissements, loc. cit., p. 3 ss ad annexe 2). Le montant attribué au fonds de réserve doit être calculé en proportion de la valeur de remplacement des installations (cf. art. 23 al. 3 du Règlement).
5.3 Le Tribunal cantonal a jugé que, nonobstant la situation particulière de la recourante, le critère retenu pour calculer la taxe de base, soit la surface de la parcelle en cause, n'était pas critiquable. D'une part, les premiers juges ont constaté que l'activité industrielle de la recourante s'exerce sur des "places revêtues", si bien que les "eaux de pluies se déversent, le cas échéant, également dans les canalisations"; ce faisant, ils ont donc considéré que la surface de la parcelle était un critère approprié pour tenir compte des charges financières fixes supportées par la collectivité pour maintenir la valeur des canalisations nécessaires à cette tâche et pourvoir à leur remplacement. D'autre part, le Tribunal cantonal a estimé que, s'agissant de la partie non bâtie de la parcelle, mais néanmoins constructible et raccordable au réseau (soit la quasi-totalité de la parcelle), la taxe de base devait être considérée comme une charge de préférence destinée à financer l'amortissement et le remplacement des équipements existants (d'évacuation et d'épuration); en effet, ces équipements devaient être dimensionnés en fonction non seulement des besoins actuels, mais aussi "de l'utilisation maximale (potentiellement possible) des zones constructibles"; or, le critère de la surface était pertinent pour anticiper et répercuter le coûts de tels équipements sur les usagers.
La recourante conteste en bloc le raisonnement du Tribunal cantonal. Elle relève que son activité industrielle requiert "une grande surface de terrain servant uniquement au traitement de poteaux et à leur entreposage." Or, soutient-elle, "l'utilisation particulière du terrain en raison de cette activité ne nécessite pas l'utilisation effective des installations et n'engendre donc pas de frais en relation avec l'évacuation et l'épuration des eaux." Elle ajoute que cette situation "persiste maintenant depuis plusieurs années et n'est pas prête de changer."
Bien que la recourante ne prenne pas la peine de les distinguer dans son argumentation, il convient d'examiner séparément les deux motifs retenus par les premiers juges pour justifier le prélèvement de la taxe de base litigieuse, à savoir, d'une part, les frais fixes liés à l'évacuation des eaux pluviales (infra consid. 5.4) et, d'autre part, les frais fixes liés à la nécessité de dimensionner les équipements existants en fonction des besoins futurs potentiels (infra consid. 5.5).
Bien que la recourante ne prenne pas la peine de les distinguer dans son argumentation, il convient d'examiner séparément les deux motifs retenus par les premiers juges pour justifier le prélèvement de la taxe de base litigieuse, à savoir, d'une part, les frais fixes liés à l'évacuation des eaux pluviales (infra consid. 5.4) et, d'autre part, les frais fixes liés à la nécessité de dimensionner les équipements existants en fonction des besoins futurs potentiels (infra consid. 5.5).
5.4 5.4.1 Il est contant que les eaux pluviales occasionnent une part importante des coûts nécessaires à la construction et au remplacement des canalisations, car celles-ci doivent être dimensionnées en fonction des pics de précipitation attendus (cf. arrêt précité 2P.209/2003 du 23 mars 2004, consid. 3.3.2); par comparaison, le volume d'eau rejeté dans les canalisations par les usagers n'a qu'une incidence mineure sur les frais fixes liés à la construction et au maintien de la valeur du réseau (cf. ANDRÉ MÜLLER, Finanzierung der kommunalen Abwasserentsorgung aus ökonomischer Sicht, in DEP 1999, p. 509 ss, p. 525). C'est pourquoi la loi prévoit que, dans la mesure du possible, notamment lorsque les conditions locales le permettent, les eaux non polluées (en particulier les eaux pluviales) doivent être évacuées par infiltration (cf. art. 7 al. 2 LEaux; art. 8 Règlement communal). Mais lorsqu'une telle possibilité fait défaut, les coûts liés à l'évacuation des eaux pluviales doivent, conformément au principe de causalité, être répercutés sur les propriétaires des parcelles concernées, à moins que ces eaux ne s'écoulent pas dans les canalisations, en raison, par exemple, de leur déversement dans une rivière (cf. arrêt précité 2C_275/2009 consid. 6.2 in fine non publié à l'ATF 137 I 107 et la référence à l'arrêt 2P.144/2006 du 27 juillet 2006).
En l'espèce, il est établi que, mis à part les 200 m2 sur lesquels est bâti le bâtiment administratif, le reste de la parcelle litigieuse (soit plus de 35'000 m2) est constitué d'une surface revêtue utilisée par la recourante à des fins industrielles. Par ailleurs, il n'a pas été constaté - et la recourante ne l'allègue pas - que les eaux de pluie seraient évacuées autrement que par les canalisations. Il s'ensuit que les frais relatifs à l'évacuation de ces eaux peuvent, en l'absence d'une taxe spécifiquement prévue pour de tels frais dans le Règlement communal, être répercutés sur les propriétaires concernés par le biais de la taxe de base (cf. supra consid. 4.1.1, premier paragraphe). Or, on ne voit guère, à cet égard, quel autre critère que la surface serait mieux à même d'appréhender les frais concernés.
5.4.2 Contrairement à ce que soutient la recourante, cette solution échappe à l'arbitraire: le Règlement communal ne vise en effet pas seulement à assurer l'évacuation et l'épuration des eaux polluées, mais aussi l'évacuation des eaux non polluées, sans égard au fait que celles-ci s'écoulent de fonds bâtis ou non bâtis (art. 1er al. 1 du Règlement); en outre, l'art. 37 al. 2 du Règlement définit largement le champ d'application personnel de la taxe de base litigieuse, en prévoyant que celle-ci doit être prélevée indifféremment "auprès de tous les propriétaires de fonds raccordés ou raccordables compris dans le périmètre du réseau d'égouts publics" (art. 37 al. 2 du Règlement communal). Au reste, l'art. 33 al. 2 du règlement type prévu dans les recommandations cantonales prévoit expressis verbis que la taxe de base "est également perçue auprès des propriétaires de fonds dont les seules eaux pluviales non polluées ou parasites sont évacuées par le réseau public".
5.4.3 En conséquence, même si la plus grande partie de la parcelle litigieuse n'est raccordée qu'indirectement (par ruissellement) au réseau, le Tribunal cantonal pouvait de manière exempte d'arbitraire soumettre la recourante à contribution pour les frais fixes liés à l'évacuation des eaux pluviales (maintien de la valeur des canalisations).
5.4.3 En conséquence, même si la plus grande partie de la parcelle litigieuse n'est raccordée qu'indirectement (par ruissellement) au réseau, le Tribunal cantonal pouvait de manière exempte d'arbitraire soumettre la recourante à contribution pour les frais fixes liés à l'évacuation des eaux pluviales (maintien de la valeur des canalisations).
5.5 5.5.1 La Commune a l'obligation légale de construire des réseaux d'égouts et des stations d'épuration dans le périmètre des zones à bâtir et de recueillir les eaux provenant de ces zones (cf. art. 10 et 11 LEaux). Selon les statistiques cantonales fribourgeoises, les canalisations ont une durée de vie moyenne de 80 ans, les stations d'épuration de 30 ans (cf. recommandations cantonales, p. 4 ad annexe 1). Il est dès lors normal que ces équipements soient, dès leur construction, dimensionnés pour permettre l'évacuation et l'élimination des eaux usées provenant non seulement des raccordements déjà existants, mais aussi de potentiels nouveaux raccordements dus au développement prévisible de la zone considérée pendant la période d'amortissement des installations. Une telle solution était du reste déjà admise par la jurisprudence avant l'entrée en vigueur de l'art. 60a LEaux (cf. ATF 125 I 1 consid. 2b/bb p. 4; arrêt 2P.165/1997 du 26 août 1998, consid. 4c). Dans cette ligne, le Règlement prévoit que la Commune prélève non seulement une taxe unique de raccordement pour les fonds construits situés dans la zone à bâtir (art. 25 ss du Règlement), mais aussi une charge de préférence pour les fonds situés en zone à bâtir qui ne sont pas encore raccordés aux installations publiques d'évacuation et d'épuration des eaux (art. 30 du Règlement). En cas de raccordement (ultérieur) au réseau, le montant de la charge de préférence effectivement perçu est déduit de la taxe de raccordement (cf. art. 31 du Règlement). Selon les recommandations cantonales (loc. cit., p. 10), la charge de préférence est due par les propriétaires concernés en raison de l'augmentation de la valeur de leur bien-fonds résultant de la possibilité de raccordement créée par l'aménagement du réseau d'égouts publics; compte tenu de cet avantage économique, les intéressés sont tenus à contribution même s'ils n'utilisent pas les installations parce qu'ils ont décidé de différer momentanément la mise en valeur de leur parcelle (sur la notion de charge de préférence ATF 131 I 313 consid. 3.3 p. 317; 122 I 305 consid. 4b p. 309; HUNGERBÜHLER, op. cit., p. 510).
Contrairement aux contributions précitées (taxe unique de raccordement et charge de préférence), la taxe de base litigieuse ne vise pas à financer la construction des installations, mais à maintenir leur valeur de remplacement (cf. art 37 al. 1 en lien avec l'art. 23 al. 1 et 3 du Règlement communal; recommandations cantonales, p. 8 ad ch. 3.2.1). Or, du moment que l'on admet que la nécessité d'anticiper le développement potentiel futur d'une parcelle renchérit le coût de construction des équipements, le Tribunal cantonal pouvait sans arbitraire considérer que la taxe de base s'apparente, pour les fonds qui ne sont pas encore raccordés au réseau mais seulement raccordables, à une charge de préférence périodique destinée à financer un tel surcoût (cf. HUNGERBÜHLER, op. cit., p. 510). A cet égard, le critère de la surface pris en compte par le Règlement communal n'apparaît pas critiquable, en tant que les possibilités de développement d'une parcelle dépendent largement de sa superficie.
5.5.2 Concernant le montant de la taxe de base, le Règlement communal prévoit un taux d'imposition préférentiel pour les parcelles sises, comme celle de la recourante, en zone industrielle ou artisanale (0.25 fr./m2 contre 0.90 m2 multiplié par l'indice d'utilisation pour les autres parcelles; cf. art. 37 al. 1 du Règlement). La contribution litigieuse tient donc compte de la spécificité des activités industrielles et artisanales qui nécessitent, en principe, des surfaces moyennes plus élevées que d'autres affectations (notamment le logement). En outre, comme tel, le montant de 0.25 fr./m2 n'apparaît pas hors de proportion par rapport aux frais fixes que doit supporter la collectivité publique pour amortir et remplacer les installations. Du reste, la recourante ne démontre ni même ne prétend le contraire, du moins d'une manière conforme aux exigences de motivation prévues à l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2). A cet égard, on relèvera simplement que le Tribunal fédéral a jugé admissible, au début des années nonante, des taxes (périodiques) météoriques d'un montant de 1'972 fr. facturées à un jardinier-paysagiste propriétaire d'une parcelle d'une surface d'environ 3'400 m2, dont moins du tiers était pourtant revêtue (arrêt précité 2P.165/1997; sur la conformité de cet arrêt, rendu avant l'entrée en vigueur de l'art. 60a LEaux, au principe de causalité, cf. KARLEN, op. cit., p. 565).
5.5.3 Enfin, la recourante ne saurait valablement prétendre, comme elle le fait, que la taxe de base serait injustifiée au motif qu'elle ne retire aucun avantage des prestations communales qui lui sont offertes en contrepartie. Il ressort en effet des constatations cantonales que l'intéressée utilise l'entier de sa parcelle, d'une surface de près de 36'000 m2, à des fins industrielles. Il est donc indispensable que les eaux pluviales soient évacuées. Sa situation n'est, de ce point de vue, pas comparable à un propriétaire dont le terrain serait en friche. Par ailleurs, conformément à l'affectation industrielle de la zone, la recourante doit pouvoir, selon ses besoins, en tout temps raccorder l'entier de sa parcelle au réseau; en cas de vente de la parcelle, cet élément joue un rôle décisif dans l'estimation du prix.
5.5.4 Pour le surplus, la recourante ne soutient pas que le montant litigieux de 8'933 fr. 50 serait disproportionné par rapport à ses moyens financiers.
5.6 Dans ces conditions, il faut admettre que, malgré son schématisme, la taxe de base litigieuse est fondée sur des considérations objectives et aboutit, dans le cas particulier, à un résultat soutenable au vu des circonstances concrètes du cas (cf. arrêts précités 2C_101/2007, consid. 4.4 et 2C_417/2007 du 11 janvier 2008, consid. 6). En conséquence, le moyen tiré de la violation du principe d'équivalence est mal fondé.
6. Enfin, c'est en vain que la recourante se plaint de la violation du principe d'égalité (art. 8 Cst.): elle ne peut en effet, comme elle le voudrait, comparer sa situation à celle d'une entreprise industrielle produisant la même quantité d'eau usée qu'elle, mais dont l'activité s'exercerait sur une parcelle de 200 m2 seulement; dans la mesure où, comme on l'a vu, le critère de la surface est pertinent pour calculer la taxe de base, la comparaison proposée par la recourante est dépourvue de sens.
7. Il suit de ce qui précède que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante supportera les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF). Comme la Commune est intervenue dans l'exercice de ses attributions officielles, il ne lui sera pas non plus alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la Commune de Y._, au Lieutenant de préfet du district de la Veveyse et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Cour fiscale.
Lausanne, le 3 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Addy