Sachverhalt:
A. Am 9. November 2010 reichte X._ bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug Strafanzeige gegen A._ wegen Veruntreuung, ungetreuer Geschäftsbesorgung und Erschleichung einer Falschbeurkundung ein. Der Anzeigeerstatter brachte im Wesentlichen vor, am 16. August 2004 mit dem von ihm Beschuldigten die B._ GmbH gegründet zu haben. Deren Zweck war die Vermarktung und Nutzbarmachung von neuen patentierten Lebensmittelherstellungsverfahren. Streit entbrannte wegen einer auf "Phyt03-Technologie" nachgerüsteten Feldspritze, welche am 25. November 2006 zu Versuchszwecken nach Brasilien transportiert worden war. Diese Spritze wurde 2007 zurück in die Schweiz geschickt. Ab diesem Zeitpunkt waren sich die ehemaligen Geschäftspartner nicht mehr einig über das Eigentum an der Feldspritze.
Am 26. November 2010 konstituierte sich X._ als Privatkläger im Straf- und Zivilpunkt und machte eine Zivilforderung von Fr. 186'526.-- geltend.
B. Mit Verfügung vom 10. Dezember 2010 nahm die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug die Strafuntersuchung gegen A._ bezüglich der erwähnten Straftatbestände nicht an die Hand und auferlegte die Verfahrenskosten der Staatskasse. Zur Begründung führte die Staatsanwaltschaft zusammenfassend aus, im Zeitraum Dezember 2005 bis Dezember 2007 sei es im Zusammenhang mit der erwähnten Feldspritze zu diversen Handwechseln gekommen, in deren Verlauf die Spritze verändert bzw. aufgerüstet worden sei. Weder die exakte Kette der Handänderungen noch die Wertveränderungen an der Spritze seien nachvollziehbar. Es handle sich beim vorliegenden Verfahren offensichtlich um ein solches zivilrechtlicher Natur, welches seine Ursache im Streit zweier ehemaliger Geschäftspartner habe.
C. Gegen diese Verfügung gelangte X._ an die Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug. Diese schützte die Nichtanhandnahme mit Urteil vom 9. März 2011, weil es offensichtlich an einem hinreichenden Verdacht gegen A._ fehle. Letzterer war im Verfahren vor der Justizkommission des Obergerichts nicht beteiligt.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 8. April 2011 beantragt X._ dem Bundesgericht sinngemäss die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils und eine Neubeurteilung der Angelegenheit.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug verzichtet auf eine Stellungnahme, während die Justizkommission des Obergerichts auf Abweisung der Beschwerde schliesst, soweit darauf eingetreten werden könne.
Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil bestätigt, dass das vom Beschwerdeführer angestrebte Strafverfahren nicht eröffnet wird. Es schliesst damit das Verfahren ab. Es handelt sich um den Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
2. 2.1 Der erste Entscheid in dieser Sache erging am 10. Dezember 2010 nach der bis Ende 2010 in Kraft stehenden Strafprozessordnung des Kantons Zug vom 3. Oktober 1940 (StPO/ZG). Am 1. Januar 2011 trat die Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (SR 312.0; StPO) in Kraft (AS 2010 1881), welche die kantonalen Strafprozessordnungen ablöst. Nach der einschlägigen Übergangsbestimmung von Art. 453 Abs. 1 StPO ist auf Rechtsmittel gegen vor dem 1. Januar 2011 gefällte Entscheide das bisherige Recht anwendbar. Die Justizkommission des Obergerichts beurteilte die Beschwerde am 9. März 2011 daher zu Recht nach den Bestimmungen der StPO/ZG, welche auch für die vorliegende Beschwerde massgebend sind (Art. 454 Abs. 2 StPO; vgl. das Urteil 1B_63/2011 des Bundesgerichts vom 24. März 2011 E. 2).
2.2 Nach § 14 Abs. 1 StPO/ZG erlässt die Staatsanwaltschaft eine Nichtanhandnahmeverfügung, wenn sich nach Eingang der polizeilichen Akten, der Anzeige oder der Privatklage kein Grund für eine Strafuntersuchung ergibt.
2.3 Vor der Einführung der Schweizerischen Strafprozessordnung hatte der Beschwerdeführer als Geschädigter nach konstanter Rechtsprechung kein rechtlich geschütztes Interesse, die Nichteröffnung eines Strafverfahrens in der Sache anzufechten, da der Strafanspruch dem Staat zusteht. Trotz fehlender Legitimation in der Sache konnte der Beschwerdeführer indessen in jedem Fall die auf eine formelle Rechtsverweigerung hinauslaufende Verletzung von Parteirechten rügen ("Star-Praxis"; BGE 133 I 185 E. 6.2 S. 198).
2.4 Der Beschwerdeführer äussert sich gar nicht zu seiner Legitimation. Er hat zwar im Verfahren Geschädigtenstellung, ist aber nicht Opfer im Sinne des Opferhilfegesetzes, da er durch die von ihm behaupteten Straftaten offensichtlich nicht in seiner "körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist" (Art. 1 Abs. 1 OHG). Dass er ein Rechtsschutzinteresse im Sinn von Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG hat, ist nicht ersichtlich. Die Frage kann aber mit Blick auf die nachstehende Erwägung offen bleiben, da auf die Beschwerde schon aus einem anderem Grund nicht eingetreten werden kann.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung - unabhängig von der Art des nach BGG offen stehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. auch Art. 106 Abs. 2 BGG; zudem BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer kritisiert den angefochtenen Entscheid auf appellatorische Weise. Dabei legt er indes nicht im Einzelnen dar, inwiefern die dem Urteil zugrunde liegenden Erwägungen bzw. dieses im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Er zeigt zwar nochmals auf mehreren Seiten der Beschwerdeschrift auf, warum sich der von ihm Beschuldigte aus seiner Sicht der inkriminierten Straftatbestände schuldig gemacht hat. Zum Teil stützt sich der Beschwerdeführer auf Vermutungen und führt zur Stützung seiner Thesen etwa an, der Beschuldigte habe sechs Semester Jura studiert, weshalb es ihm nicht schwer gefallen sein dürfte, die Rechtsgültigkeit von Dokumenten vorzutäuschen. Mit derartigen Behauptungen vermag der Beschwerdeführer nicht zu belegen, dass die Schlussfolgerungen der Staatsanwaltschaft und des Obergerichts rechts- oder verfassungswidrig wären: Ganz offensichtlich herrscht Unklarheit über die Wertmehrungen und die Eigentumsverhältnisse an der Feldspritze. Wenn die kantonalen Instanzen Anhaltspunkte für ein strafbares Verhalten des ehemaligen Geschäftspartners verneinten und sich für die Klärung der Zivilansprüche als nicht zuständig erachteten, ist ihnen dies nicht vorzuwerfen. Auf die Beschwerde ist darum auch mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten.
4. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, II. Abteilung, und dem Obergericht des Kantons Zug, Justizkommission, Strafrechtliche Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Mai 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Fonjallaz Scherrer Reber