Faits:
A. Par jugement du 10 mai 2011, le Tribunal d'arrondissement pour le district de Martigny a condamné X._ pour faux dans les titres, soustraction d'objets mis sous la main de l'autorité, blanchiment d'argent, violation grave de la LStup, violations des règles de la circulation routière, de la LAVS, de la LAI, de la LAPG et de la LAA à 12 mois de réclusion. Cette peine était complémentaire à celle prononcée par la IIe Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Valais le 22 octobre 2008, elle-même partiellement complémentaire à celle prononcée par cette même cour le 22 août 2000. Les objets séquestrés étaient confisqués pour être détruits et les montants de 2'500 fr. et de 14'650 fr. 80 étaient confisqués et dévolus à l'Etat du Valais. Les frais pénaux étaient mis à la charge de X._ à concurrence de 68'400 francs.
B. Par jugement du 4 juillet 2012, la IIe Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Valais a rejeté l'appel de X._ et l'appel joint du Ministère public et a statué à nouveau, reprenant le même dispositif qu'en première instance, mais imputant sur la peine la durée de l'assignation à résidence subie du 25 mai au 30 juin 2006.
C. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à la réforme du jugement cantonal en ce sens qu'il est libéré du chef d'accusation de blanchiment d'argent, subsidiairement de faux dans les titres et condamné à une peine complémentaire nulle et que les frais d'instruction mis à sa charge sont réduits. A titre subsidiaire, il requiert l'annulation du jugement du 4 juillet 2012 et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement. Il sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Aucun échange d'écriture n'a été ordonné.
Considérant en droit:
1. Le recourant estime que le refus de l'autorité précédente d'entendre à nouveau plusieurs témoins viole son droit d'être entendu, garanti par les art. 29 al. 2 Cst. et 343 al. 3 CPP.
1.1 Le recourant ne motive ce grief que s'agissant de sa demande de faire réentendre des personnes déjà entendues en cours d'instruction. En considération des exigences de motivation posées par l'art. 42 al. 2 LTF, le moyen ne sera dès lors examiné qu'à cet égard.
1.2 Selon l'art. 343 al. 3 CPP, applicable aux débats d'appel par renvoi de l'art. 405 al. 1 CPP, le tribunal réitère l'administration des preuves qui, lors de la procédure préliminaire, ont été administrées en bonne et due forme lorsque la connaissance directe du moyen de preuve apparaît nécessaire au prononcé du jugement.
Seules les preuves essentielles et décisives dont la force probante dépend de l'impression qu'elles donnent doivent être réitérées. S'agissant d'un témoignage, l'administration de la preuve n'apparaît pas nécessaire uniquement au regard de son contenu (soit ce que dit le témoin), mais bien plutôt lorsque le jugement dépend de manière décisive du comportement du témoin (soit comment il le dit). Afin de déterminer quel moyen de preuve doit être réitéré, le juge dispose d'un pouvoir d'appréciation (arrêt 6B_484/2012 du 11 décembre 2012 consid. 1.2 et les références citées).
La Constitution fédérale, qui n'exige pas une procédure immédiate devant le tribunal saisi, ne garantit pas un droit plus étendu à l'administration des preuves par l'autorité de jugement ou d'appel que celui prévu par l'art. 343 al. 3 CPP (FF 2006 1266 ch. 2.7.2.3; arrêt 6B_514/2012 du 24 janvier 2013 consid. 2.2).
1.3 Par décision du 30 avril 2012 , la Présidente de la cour cantonale a refusé de répéter les interrogatoires des personnes déjà entendues en cours d'instruction, jugeant cette mesure injustifiée dès lors que le requérant souhaitait leur poser des questions sur lesquelles elles s'étaient déjà déterminées voire, pour l'une, avait refusé de répondre. Lors des débats d'appel, le recourant a réitéré sa demande concernant deux de ces personnes. La cour cantonale a toutefois rejeté cette requête pour le motif que ces deux personnes avaient déjà été entendues à plusieurs reprises durant l'instruction, en présence du recourant, dûment assisté d'un conseil. Elle estimait ainsi l'instruction suffisante (procès-verbal d'audience du 22 mai 2012, p. 2).
1.4 A l'appui de son moyen, le recourant invoque que s'il pouvait se satisfaire du fait que ses déclarations étaient contraires à celles des témoins avant le jugement de première instance, il ne le pouvait plus après, ce d'autant plus qu'il se serait retrouvé en prison avec "certains" des témoins dont il requiert l'audition et qu'à cette occasion ces derniers lui auraient déclaré qu'ils "se seraient vus promettre" une peine clémente si leur témoignage permettait de faire tomber le recourant (recours, p. 9). Le recourant ajoute que l'autorité d'appel devait pouvoir se faire une idée directe de la crédibilité des témoins. Il ne motive toutefois pas cette assertion ni n'indique de quels témoins parmi les nombreux visés il s'agit. Ce faisant, le recourant n'établit pas dans quelle mesure la réaudition de tel ou tel témoin s'avérerait nécessaire au sens de l'art. 343 al. 3 CPP. Dans ces conditions, son grief de violation de cette disposition et par voie de conséquence de l'art. 29 al. 2 Cst. est infondé.
2. Le recourant invoque une constatation manifestement inexacte des faits.
2.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits retenus par l'arrêt attaqué (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La partie recourante ne peut ainsi les critiquer que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (sur la notion d'arbitraire, cf. ATF 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (art. 106 al. 2 LTF; ATF 138 V 67 consid. 2.2 p. 69). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 5).
2.2 Le recourant conteste avoir exercé son activité uniquement par appât du gain. A l'appui de son grief, il invoque ses propres déclarations et l'absence de constatations quant au gain obtenu par rapport au chiffre d'affaires supérieur à 1'000'000 fr. réalisé. De tels arguments ne démontrent pas le caractère arbitraire du fait constaté. Le recourant relève également avoir toujours agi comme un militant du chanvre, en vue de la réglementation du marché du chanvre "récréatif", poursuivant un mobile de nature idéaliste. De tels motifs militants n'imposaient pas au recourant de procéder à l'activité illicite, en particulier à la vente massive de stupéfiants, qui lui est reprochée. Le recourant échoue par conséquent à démontrer le caractère insoutenable du fait contesté.
2.3 Le recourant estime qu'il était arbitraire de retenir que les juges précédents, soit ceux ayant rendu le jugement du 22 octobre 2008 - le condamnant à 5 ans et 8 mois de réclusion -, n'auraient pas eu "connaissance des faits ici jugés" et n'auraient pas tenu compte de ces faits dans le prononcé de la peine susmentionnée (recours, p. 7 ss et jugement entrepris, p. 47). Il estime ainsi être puni deux fois pour les mêmes faits. La question de savoir si les juges précédents avaient connaissance des faits visés par le jugement entrepris peut rester ouverte: en effet rien ne permet de retenir qu'ils aient tenu compte de ces faits pour fixer la peine susmentionnée. Celle-ci a par ailleurs été jugée non excessive par le Tribunal fédéral (arrêt 6B_986/2008 du 20 avril 2009 consid. 5), ce qui signifie qu'elle était justifiée par les seuls faits dont le recourant a été reconnu coupable en 2008 et non ceux faisant l'objet de la présente cause, alors en cours d'instruction. Le recourant échoue à démontrer que le fait invoqué aurait eu une quelconque influence sur le sort de la présente cause, en particulier sur la quotité de la peine complémentaire à prononcer. A supposer qu'il soit recevable, son grief d'arbitraire ne peut dès lors qu'être rejeté.
2.4 Le recourant conteste qu'il n'ait pas eu, au moment des débats cantonaux, la volonté de respecter les règles posées par le législateur. Il se contente toutefois d'opposer sa propre version à celle de la cour cantonale dans une démarche appellatoire et dès lors irrecevable. Le fait invoqué ne pourra par conséquent pas être pris en considération dans l'examen de la peine.
3. Le recourant dénonce une violation du principe de la lex mitior garanti par l'art. 2 al. 2 CP. Selon lui, la cour cantonale a appliqué à tort le droit en vigueur au moment des faits, en lieu et place du droit entré en vigueur le 1er janvier 2007, selon lui plus favorable.
3.1 La détermination du droit le plus favorable s'effectue par une comparaison concrète de la situation de l'accusé, suivant qu'il est jugé à l'aune de l'ancien ou du nouveau droit. Doivent en principe être examinées au premier chef les conditions légales de l'infraction litigieuse. Lorsque le comportement est punissable tant en vertu de l'ancien que du nouveau droit, il y a lieu de procéder à une comparaison d'ensemble des sanctions encourues. L'importance de la peine maximale joue un rôle décisif (ATF 135 IV 113 consid. 2.2 p. 114). L'ancien et le nouveau droit ne peuvent être combinés. On ne saurait, à raison d'un seul et même état de fait, appliquer l'ancien droit pour déterminer quelle infraction a été commise et le nouveau droit pour décider si et comment l'auteur doit être puni. Si les deux droits conduisent au même résultat, c'est l'ancien qui est applicable (cf. arrêt 6B_706/2008 du 3 décembre 2008 consid. 2.1.1 et arrêts cités).
3.2 Selon l'ancien droit, l'infraction actuellement réprimée par l'art. 19 al. 2 LStup était punissable de la réclusion, d'une durée maximale de 20 ans (art. 35 aCP), ou de l'emprisonnement pour 1 an au moins et de l'amende jusqu'à 1 million de francs (art. 19 ch. 1 dernier alinéa aLStup). D'après le droit entré en vigueur le 1er janvier 2007, cette infraction est punissable d'une peine privative de liberté de 1 an au moins, cumulable avec une peine pécuniaire (art. 19 ch. 2 aLStup; désormais art. 19 al. 2 LStup, en vigueur depuis le 1er juillet 2011). La peine pécuniaire s'élève au plus à 1'080'000 fr., soit 360 jours-amende à 3'000 fr. le jour (art. 34 CP). En vertu de l'art. 40 CP et en l'absence de toute autre restriction légale, le maximum de la peine privative de liberté est quant à lui de 20 ans. Cette appréciation a été confirmée à de multiples reprises par le Tribunal fédéral (arrêts 6B_352/2012 du 1er novembre 2012 consid. 3.1; 6B_458/2011 du 13 décembre 2011 consid. 1.2; 6B_558/2011 du 21 novembre 2011 consid. 3.3.2; 6B_699/2010 du 13 décembre 2010, consid. 4; 6B_552/2008 du 12 novembre 2008 consid. 4.4; 6B_429/2008 du 7 novembre 2008 consid. 5.1.1). Le recourant ne saurait dès lors rien tirer à cet égard de l'arrêt 1B_126/2011 du 6 avril 2011. La peine privative de liberté du nouveau droit n'est donc pas plus favorable que la réclusion ou l'emprisonnement de l'ancien droit. En outre, que ce soit sous l'ancien ou le nouveau droit, l'infraction à la LStup, au vu des peines la sanctionnant, constitue un crime (art. 9 aCP et 10 al. 2 CP).
Le recourant invoque une violation du principe de la légalité, estimant que l'interprétation susmentionnée ne ressortirait pas assez clairement de la loi. Les art. 10 CP, 19 ch. 2 aLStup en vigueur du 1er janvier 2007 au 30 juin 2011, respectivement 19 al. 2 LStup, et 40 CP sont suffisamment clairs pour que le recourant, puisse, sans violation du principe de la légalité, être condamné en vertu du droit positif pour crime à une peine allant jusqu'à 20 ans. Le grief est infondé. Pour le surplus, les moyens du recourant quant au droit applicable se fondent sur la prémisse inexacte que l'infraction visée par l'art. 19 ch. 2 aLStup ne serait pas un crime passible d'une peine maximale de 20 ans. Ils sont donc infondés. La cour cantonale pouvait par conséquent sans violer l'art. 2 al. 2 CP appliquer l'ancien droit, le nouveau droit n'étant pas plus favorable.
4. Le recourant conteste sa condamnation pour blanchiment d'argent.
En vertu de l'art. 305bis aCP, est condamné pour blanchiment d'argent celui qui aura commis un acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de valeurs patrimoniales dont il savait ou devait présumer qu'elles provenaient d'un crime.
Le recourant invoque tout d'abord que l'infraction à l'art. 19 ch. 2 aLStup, retenue par l'autorité précédente comme crime, n'en est pas un du fait de la peine prévue par le code pénal. Il estime ensuite que le faux dans les titres ne peut être considéré comme le crime préalable visé par l'art. 305bis aCP. Dans la mesure où son premier argument est infondé (cf. supra consid. 3.2), son grief ne peut qu'être rejeté, le crime préalable étant réalisé par l'infraction à la LStup.
5. Le recourant soutient que le faux dans les titres et le blanchiment d'argent ne peuvent entrer en concours idéal, cette dernière infraction englobant la première.
Il y a concours idéal, lorsque, par un seul acte ou un ensemble d'actes formant un tout, l'auteur enfreint plusieurs dispositions pénales différentes, dont aucune ne saisit l'acte délictueux sous tous ses aspects. Pour déterminer s'il y a concours idéal entre deux infractions ou si, au contraire, l'une d'elles absorbe l'autre, il convient de déterminer si les biens juridiques protégés par chacune d'elles se recouvrent. S'ils ne se recouvrent pas ou pas entièrement, aucune des deux infractions ne saisit le comportement de l'auteur sous tous ses aspects, de sorte que toutes deux doivent être retenues (ATF 133 IV 297 consid. 4.1 et 4.2 p. 300 ss).
L'art. 251 aCP protège la confiance qui, dans les relations juridiques, est placée dans un titre comme moyen de preuve (ATF 132 IV 57 consid. 5.1 p. 59). Classé dans le titre XVII du CP, l'art. 305bis aCP protège quant à lui l'administration de la justice. Les biens protégés par ces deux dispositions ne sont donc pas identiques de sorte que les infractions réprimées par elles peuvent entrer en concours. On ne saurait pour le surplus suivre le recourant lorsqu'il tente une analogie entre l'infraction sanctionnée par l'art. 251 aCP et celles sanctionnées par des dispositions pénales fiscales ou de droit administratif d'une part, et le faux dans les titres et le blanchiment d'argent d'autre part: le blanchiment d'argent n'est pas un cas de faux dans les titres, autrement dit n'est pas une lex specialis qui exclut l'application de l'art. 251 aCP. Le grief est infondé.
6. Le recourant critique la quotité de la sanction prononcée et requiert une peine complémentaire nulle.
6.1 Aux termes de l'art. 63 aCP, le juge fixera la peine d'après la culpabilité du délinquant, en tenant compte des mobiles, des antécédents et de la situation personnelle de ce dernier. Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Sa décision sur ce point ne viole le droit fédéral que s'il est sorti du cadre légal, s'il s'est fondé sur des critères étrangers à l'art. 63 aCP, s'il a omis de prendre en considération des éléments prévus par cette disposition ou s'il a abusé de son pouvoir d'appréciation en fixant une peine exagérément sévère ou excessivement clémente (cf. ATF 136 IV 55 consid. 5.6 p. 61).
Le juge doit exprimer dans sa décision les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens aggravant ou atténuant. Un recours ne saurait toutefois être admis simplement pour améliorer ou compléter un considérant lorsque la décision rendue apparaît conforme au droit (ATF 127 IV 101 consid. 2c p. 105.; plus récemment arrêt 6B_642/2012 du 22 janvier 2013 consid. 2.4.1 et les références citées).
6.2 Dans la mesure où le recourant estime que la peine prononcée serait excessive car certaines infractions ne seraient pas réalisées ou des faits auraient été établis de manière insoutenable, son moyen est irrecevable pour anticiper à tort l'admission des griefs soulevés à cet égard (cf. supra consid. 2, 4 et 5).
6.3 Le recourant invoque qu'ayant été condamné pour s'être livré au trafic par métier et avoir réalisé ainsi un chiffre d'affaires ou un gain important (art. 19 ch. 2 let. c aLStup), la circonstance aggravante du dessein de lucre ne saurait être retenue contre lui, sous peine de violer le principe de l'interdiction de la double prise en considération. L'autorité précédente devait établir la culpabilité du recourant, ce qui impliquait qu'elle se détermine sur ses motifs et tienne compte de ces derniers. Pour le surplus, le dessein de lucre n'a pas été retenu comme circonstance aggravante. Tel n'apparaît pas non plus être le cas s'agissant du détournement par le recourant de chanvre concassé séquestré. Les griefs formulés à cet égard sont ainsi infondés.
6.4 Le recourant soutient que la peine de 5 ans et huit mois, prononcée le 2 novembre 2006 et confirmée le 22 octobre 2008, aurait déjà tenu compte des infractions objets du jugement entrepris. Il requiert donc le prononcé d'une peine complémentaire nulle.
Le recourant se contente d'alléguer que les infractions objets du jugement entrepris auraient déjà été prises en compte pour fixer la sanction prononcée le 22 octobre 2008. Tel n'est pas le cas (cf. supra consid. 2.3). Il convient donc uniquement d'examiner si la peine prononcée est conforme au droit.
6.4.1 Lorsque, par un seul ou plusieurs actes, un délinquant aura encouru plusieurs peines privatives de liberté le juge le condamnera à la peine de l'infraction la plus grave et en augmentera la durée d'après les circonstances, mais pas au-delà de la moitié en sus du maximum de la peine prévue pour cette infraction. Il sera, en outre, lié par le maximum légal du genre de peine (art. 68 ch. 1 alinéa 1 aCP). Si le juge doit prononcer une condamnation à raison d'une infraction punie d'une peine privative de liberté que le délinquant a commise avant d'avoir été condamné pour une autre infraction punie également d'une peine privative de liberté, il fixera la peine de telle sorte que le délinquant ne soit pas plus sévèrement puni que si les diverses infractions avaient fait l'objet d'un seul jugement (art. 68 ch. 2 aCP). Cette dernière disposition concrétise le principe d'absorption (ATF 138 IV 113 consid. 3.4.1 p. 115).
L'existence et la nature (complet ou partiel) d'un concours rétrospectif au sens de l'art. 68 ch. 2 aCP se détermine en prenant comme référence la date du jugement de première instance rendu dans la première procédure (ATF 138 IV 113 consid. 3.4.2 p. 116; 129 IV 113 consid. 1.3 p. 117).
En présence d'un concours rétrospectif, le juge doit fixer la peine additionnelle, pour les infractions jugées par lui, de la manière suivante: dans un premier temps, il doit se demander quelle peine aurait été prononcée en application de l'art. 68 ch. 1 aCP si les infractions déjà jugées, d'une part, et celles qu'il doit sanctionner, commises avant la première décision, d'autre part, avaient fait l'objet d'un seul jugement. Il s'agit de la peine hypothétique d'ensemble. Dans un deuxième temps, le juge doit déduire de cette peine celle déjà ordonnée, soit la peine dite de base, pour obtenir la peine à prononcer pour les infractions jugées par lui, soit la peine additionnelle (ATF 132 IV 102 consid. 8.2 p. 104 s.; 129 IV 113 consid. 1.1 p. 115 et arrêts cités). Un tel calcul implique que le juge connaisse non seulement la peine qui a été prononcée antérieurement, mais également les infractions qu'elle sanctionnait (arrêt 6S.326/2000 du 7 juillet 2000 consid. 1a).
6.4.2 Les infractions visées par le jugement entrepris ont toutes été commises après celui du 27 mai 1999 et avant celui du 2 novembre 2006. Elles entrent donc en concours rétrospectif uniquement avec celles visées par cette dernière procédure. Le concours rétrospectif est complet. Le jugement de première instance du 2 novembre 2006 ayant été réformé par jugement d'appel du 22 octobre 2008, ce sont les infractions finalement retenues par cette dernière décision qui sont déterminantes pour fixer la peine d'ensemble.
Le jugement du 22 octobre 2008 et la présente cause portent tout d'abord sur de nombreuses violations graves de la LStup à savoir: fabrication d'au moins 65 kg de haschich dont la teneur en THC était supérieure à 0.3 %; remise à des tiers, pour la fabrication de haschich, de 34 kg et de 12 caisses de chanvre; remise à des tiers d'un kg de haschich et de plus de 10 kg de chanvre; extraction de 1'735 kg de résine de chanvre; vente de 3,8 tonnes de chanvre ou de dérivés de cette substance, 260 kg de haschich, 6,625 kg de résine de chanvre, de semences de variétés de chanvre non autorisées pour 44'043 fr. 75 et de 3812 plantons ou bouture de chanvres; réalisation par ces activités d'un chiffre d'affaires de 5'379'220 fr. 05; détention de 52 tonnes de chanvre ou produits dérivés dont la teneur en THC était supérieure à 0.3 %, de 1,035 kg de haschich et de 14 g de marijuana. A cela s'ajoutent encore des infractions de lésions corporelles simples et de gestion déloyale aggravée, des violations de diverses lois d'assurance sociale, de nombreux faux dans les titres ainsi que, dans les deux causes, des actes de blanchiment d'argent et des violations graves de la LCR.
La faute du recourant ne peut, en particulier à l'égard des violations de la LStup, qu'être qualifiée de très lourde. Il n'a pas hésité à continuer son activité coupable alors qu'il avait été condamné en 2000, qu'une nouvelle instruction était ouverte à son encontre depuis le 14 novembre 2001 et que l'affectation de ses récoltes était régulièrement contrôlée dès 2002. Il n'a en outre agi que par appât du gain, alors qu'il disposait d'une solide formation lui permettant de se tenir aisément à l'écart de la délinquance.
En raison des infractions commises, le recourant encourait une peine maximale de 20 ans de réclusion (cf. supra consid. 3.2; art. 19 ch. 1 dernier alinéa aLStup; 35 et 68 ch. 1 aCP). Compte tenu de l'ensemble des faits commis, de la faute du recourant, de ses antécédents, de la circonstance aggravante qu'est le concours d'infractions, de l'absence de facteurs atténuants et du fait que la peine prononcée le 22 octobre 2008 à hauteur de 5 ans et huit mois incluait déjà une peine additionnelle de douze mois pour les infractions commises avant le jugement du 27 mai 1999, une peine hypothétique d'ensemble pour les faits rappelés ci-dessus de 6 ans et 8 mois ne viole pas l'art. 63 aCP. Dans ces conditions, en en déduisant la peine de base que constitue celle prononcée le 22 octobre 2008 de 5 ans et huit mois, une peine additionnelle de 12 mois - à raison notamment de la vente de 260 kg de haschich et d'autres produits illicites pour un chiffres d'affaires total de 1'179'220 fr. 05, de nombreux faux dans les titres et actes de blanchiment d'argent -, n'apparaît pas critiquable.
6.5 Le recourant invoque que sa peine serait exagérément sévère au vu d'autres affaires dont trois jugées par le Tribunal fédéral.
Dans le cadre de la fixation de la peine, le recourant peut faire valoir une inégalité de traitement. Compte tenu toutefois des nombreux paramètres qui interviennent dans cette décision, une comparaison avec des affaires concernant d'autres accusés et des faits différents est d'emblée délicate. Il ne suffit pas que le recourant puisse citer un ou deux cas où une peine particulièrement clémente a été fixée pour prétendre à un droit à l'égalité de traitement (ATF 120 IV 136 consid. 3a p. 144 et les références citées). Les disparités en cette matière s'expliquent normalement par le principe de l'individualisation des peines, voulu par le législateur. Elles ne suffisent pas en elles-mêmes pour conclure à un abus du pouvoir d'appréciation (ATF 135 IV 191 consid. 3.1 p. 193).
Au vu de l'importance et du nombre des infractions commises, telles que rappelées ci-dessus, de l'obstination du recourant dans l'illégalité, son cas n'est ni analogue, ni comparable aux trois affaires citées dans son recours. Au surplus, dans les causes 6S.718/2001 et 6S_241/2003, le Tribunal fédéral n'a pas été saisi d'un grief relatif à la quotité de la peine et la motivation des autorités cantonales à cet égard n'est pas indiquée. Le recourant ne peut en tirer aucun argument pour démontrer que la peine prononcée à son encontre serait exagérément sévère, alors même qu'elle se fonderait sur des circonstances personnelles identiques. Le grief de violation du principe d'égalité de traitement ne peut dans ces conditions qu'être rejeté.
7. Le recourant estime que sa condamnation au paiement des frais de première instance à concurrence de 68'400 fr. viole l'art. 425 CPP.
7.1 Aux termes de cette disposition, l'autorité pénale peut accorder un sursis pour le paiement des frais de procédure. Elle peut réduire ou remettre les frais compte tenu de la situation de la personne astreinte à les payer.
7.2 Le recourant invoque qu'il a été acquitté du chef d'accusation d'opposition aux actes de l'autorité.
En cas d'acquittement partiel, la cour doit réduire les frais, sous peine de porter atteinte à la présomption d'innocence si le point sur lequel le prévenu a été acquitté a donné lieu à des frais supplémentaires et si le prévenu n'est pas, de par un comportement fautif et contraire à une règle juridique, à l'origine de la procédure pénale ayant engendré ces frais. Une certaine marge d'appréciation doit être laissée à l'autorité dès lors qu'il est difficile de déterminer avec exactitude les frais qui relèvent de chaque fait imputable ou non au condamné (arrêts 6B_45/2011 du 12 septembre 2011 consid. 3.1; 6S.421/2006 du 6 mars 2007 consid. 2.1.2 i.f.).
En l'occurrence, le recourant a été uniquement libéré de l'accusation d'opposition aux actes de l'autorité au sens de l'art. 286 aCP en rapport avec la façon dont il s'est comporté lors de son arrestation par la police le 14 mars 2006. Le recourant n'isole pas de mesure d'instruction spécifique qui aurait été ordonnée concernant ce chef d'accusation. La lecture du jugement entrepris ne permet pas d'en distinguer. L'accusation en question est en outre secondaire par rapport aux infractions retenues. L'absence de réduction des frais mis à la charge du recourant en raison de cet acquittement très partiel n'est donc pas contraire au droit.
7.3 Le recourant se réfère à l'arrêt 1P.793/2006 rendu par le Tribunal fédéral le 22 février 2007 dans le cadre de l'instruction de la présente cause. Cet arrêt n'imposait rien à l'autorité précédente du point de vue des frais cantonaux. Le passage invoqué par le recourant concerne uniquement les frais et dépens de la procédure devant le Tribunal fédéral. Le recourant ne saurait y trouver argument.
7.4 Le recourant invoque sa situation financière et estime que la mise à sa charge des frais de première instance à hauteur de 68'400 fr. compromettrait sa réinsertion sociale. Ces éléments ont été pris en compte par l'autorité cantonale qui a renoncé à prononcer une créance compensatrice, en prenant en considération les frais mis à la charge du recourant (jugement entrepris, p. 49). Ils ne sauraient en revanche imposer une réduction voire une suppression de ces frais, le recourant ne se trouvant pas dans une situation à ce point difficile qu'il faille, en plus de la créance compensatrice, renoncer aux frais. On ne distingue pas de violation de l'art. 425 CPP.
8. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Dès lors qu'il était dépourvu de chances de succès, l'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant supporte les frais de la cause qui sont fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la IIe Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 11 mars 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod