Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Il 5 aprile 2001 D._, in ragione di 3⁄4, e i coniugi B.B._ ed C.B._, in ragione di 1⁄4, hanno acquistato il fondo xxx di Bellinzona appartenente a A._SA, sul quale sorgeva una casa in via di costruzione, per un prezzo complessivo di fr. 570'000.--, di cui gli ultimi fr. 20'000.-- sarebbero stati versati al momento della conclusione dei lavori, previa consegna agli acquirenti di una garanzia assicurativa per l'importo di fr. 40'000.--, pari al 10 % del valore dei lavori effettuati. I lavori eseguiti e quelli ancora mancanti al momento della stipulazione dell'atto di compravendita erano elencati nei documenti formanti gli inserti A, B e C del rogito, nel quale veniva pure precisato che la responsabilità per difetti era disciplinata dalla norma SIA 118 e che la venditrice si impegnava a garantire l'intervento degli artigiani per il periodo di due anni per i difetti palesi e di cinque anni per i difetti occulti.
Dopo aver preso possesso dell'abitazione, gli acquirenti hanno sollecitato più volte la venditrice affinché portasse a termine i lavori e provvedesse alla riparazione delle opere difettose. L'attuale vertenza trae origine dai disaccordi sorti fra le parti in merito alla conclusione della costruzione e all'eliminazione dei difetti, alle quali la venditrice ritiene di aver provveduto, mentre gli acquirenti sono dell'avviso contrario.
2. Il 17 novembre 2003 D._, C.B._ e B.B._ hanno adito la Pretura del Distretto di Bellinzona chiedendo di essere autorizzati "a far eseguire da una ditta terza di loro scelta, a spese della ditta A._SA, Bellinzona, le riparazioni dei difetti elencati e di quelli che risulteranno dal referto peritale"; per quei casi in cui la riparazione fosse risultata impossibile o costosa in maniera esorbitante, essi hanno postulato la condanna della venditrice alla rifusione del minor valore dell'opera.
Contestando l'esistenza dei difetti e asseverando di aver eseguito tutti i lavori a regola d'arte, anche quelli di riparazione, A._SA si è integralmente opposta alle pretese avversarie. Essa ha inoltre rilevato che, essendo la consegna dell'immobile avvenuta contestualmente alla sottoscrizione del contratto di compravendita, la notifica dei difetti era in ogni caso tardiva.
Statuendo il 19 ottobre 2007 il Pretore ha accolto la petizione. Premesso che in relazione ai lavori di costruzione era applicabile il diritto del contratto d'appalto, rispettivamente la norma SIA 118 per quanto concerne i difetti, il primo giudice ha reputato tempestiva la notifica dei difetti da parte degli acquirenti: non essendo l'opera mai stata terminata essa non poteva essere stata consegnata. Sulla scorta della perizia giudiziaria ha quindi accertato l'esistenza di numerosi difetti imputabili alla venditrice, siccome riconducibili all'uso inappropriato di alcuni materiali, alla carente pianificazione di dettagli costruttivi e a carenze nell'esecuzione dei lavori. In queste circostanze ha ammesso sia la richiesta di affidare a terzi le riparazioni dei difetti elencati nel referto peritale, a spese della venditrice e sino a concorrenza di fr. 88'160.-- IVA esclusa, sia la domanda di risarcimento del minor valore, quantificato in fr. 35'000.-- oltre interessi al 5 % dal 17 novembre 2003.
3. Adita da entrambe le parti, con sentenza del 19 dicembre 2008 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha dichiarato irricevibile l'appello degli acquirenti mentre ha respinto quello interposto da A._SA. I giudici della massima istanza cantonale hanno infatti integralmente confermato la valutazione del giudice di primo grado sia in relazione all'esistenza dei difetti e alla responsabilità della società per il loro insorgere sia in relazione al calcolo del minor valore.
4. Il 4 febbraio 2009 A._SA è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere la riforma della sentenza cantonale nel senso dell'accoglimento del suo appello e, di conseguenza, della reiezione integrale della petizione presentata il 17 novembre 2003 da D._, B.B._ ed C.B._.
Con risposta del 30 marzo 2009 quest'ultimi hanno proposto di respingere il gravame, mentre l'autorità cantonale non ha formulato osservazioni.
5. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3).
Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF), il ricorso risulta ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
6. Esso si avvera infatti pressoché interamente inammissibile sotto il profilo della motivazione per i motivi esposti nei successivi considerandi.
Prima di trattare le censure ricorsuali è tuttavia opportuno ricordare brevemente i principi che reggono il rimedio esperito.
6.1 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF) che include anche i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 446 consid. 3.1, 462 consid. 2.3).
6.2 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Spetta alla parte che si prevale di una fattispecie diversa da quella accertata in sede cantonale il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni e di indicare che il procedimento avrebbe avuto un esito diverso qualora i fatti fossero stati accertati in maniera conforme al diritto, altrimenti non si può tener conto di uno stato di fatto diverso da quello esposto nella decisione impugnata.
Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF. Il campo di applicazione di questa norma corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali e valgono le regole di motivazione poste dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (DTF 133 III 638 consid. 2). Qualora venga lamentata la violazione del divieto d'arbitrio nell'apprezzamento delle prove e nell'accertamento dei fatti (art. 9 Cost.) non ci si può pertanto limitare a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì si deve dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata è manifestamente insostenibile (DTF 134 II 244 consid. 2.2; 133 III 638). Una critica degli accertamenti di fatto eseguiti dall'autorità cantonale che non ossequia i requisiti appena esposti non viene esaminata nel merito: essa viene dichiarata inammissibile (DTF 133 III 350 consid. 1.3, 393 consid. 7.1, 462 consid. 2.4).
6.3 Va infine rammentato che, viste le esigenze di motivazione poste dall'art. 42 cpv. 2 LTF, il ricorrente è tenuto a spiegare in maniera chiara per quale motivo l'atto impugnato viola il diritto federale. La motivazione del ricorso deve essere riferita all'oggetto del litigio in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1; 133 IV 286 consid. 1.4); in altre parole, dinanzi al Tribunale federale non ci si può limitare a ribadire le tesi avanzate in sede cantonale bensì ci si deve confrontare criticamente con le considerazioni esposte nel giudizio impugnato.
7. A mente della ricorrente il Tribunale d'appello avrebbe violato il diritto federale omettendo di applicare "le disposizioni sulla compravendita immobiliare in merito alla consegna dell'oggetto ed alla decorrenza del termine di perenzione per la notifica dei difetti e del termine di prescrizione per la garanzia".
Sennonché, dalla fattispecie accertata nel giudizio impugnato (qui riassunta al consid. 1) e rimasta incontestata, risulta che al momento della conclusione del contratto le parti avevano pattuito in forma scritta l'applicabilità della norma SIA 118 alla responsabilità per difetti, norma che a sua volta rinvia alle regole del diritto d'appalto.
In queste circostanze - vincolanti per il Tribunale federale siccome non censurate secondo le modalità descritte al consid. 6.2 - e considerato anche che le parti possono liberamente pattuire le modalità di notifica dei difetti, la censura concernente la mancata applicazione delle disposizioni sulla compravendita si avvera manifestamente infondata.
8. Sempre con riferimento alla notifica dei difetti, la ricorrente rimprovera alla Corte ticinese di non essersi nemmeno chinata sulla censura da lei sollevata in merito alla tardività di tale notifica.
Ora, nella sentenza cantonale si legge che il giudice di primo grado aveva negato la tardività della notifica dei difetti per il motivo che, non essendo l'opera mai stata terminata essa non poteva essere stata consegnata; in altre parole, il termine per la notifica dei difetti non ha nemmeno mai iniziato a decorrere. Stando a quanto indicato nella sentenza impugnata, non risulta che in sede di appello la ricorrente abbia censurato la pronunzia pretorile su questo punto.
Nell'allegato sottoposto al vaglio del Tribunale federale la ricorrente - come visto - pretende il contrario, ma essa formula la sua critica in maniera generica, senza la benché minima indicazione circa il passaggio dell'atto d'appello in cui essa avrebbe fatto valere i suoi argomenti.
Su questo punto il ricorso si avvera pertanto inammissibile per motivazione carente.
9. Lo stesso vale per il resto del gravame. In esso, infatti, la ricorrente non si confronta criticamente con le considerazioni poste a fondamento del giudizio d'appello bensì propone la propria versione dei fatti, richiamandosi abbondantemente a circostanze prive di riscontro nella sentenza impugnata, senza sollevare formali critiche contro l'accertamento dei fatti operato in sede cantonale. Vista la loro mera natura appellatoria, questi argomenti non possono essere tenuti in nessuna considerazione.
10. In conclusione, il ricorso dev'essere respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà alle opponenti complessivi fr. 6'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.