Faits:
A. Par jugement du 5 juin 2009, le Tribunal de police du canton de Genève a reconnu X._ et Y._ coupables de diminution effective de l'actif au détriment des créanciers. Il a condamné le premier à une peine privative de liberté de 2 mois, complémentaire à celle prononcée le 7 octobre 2008. Y._ a, quant à lui, été condamné à une peine pécuniaire de 180 jours-amende à 200 fr. par jour, avec sursis et délai d'épreuve de trois ans. Le Tribunal de police a également ordonné la confiscation, à concurrence de 307'000 fr., de plusieurs comptes bancaires et ordonné la levée, sous déduction des frais, de la saisie conservatoire d'autres comptes bancaires.
B. Par arrêt du 28 juin 2010, la Cour de justice du canton de Genève a partiellement admis les appels de X._ et de Y._, en ce sens qu'elle a réduit le "montant confisqué" à 148'424 fr. Elle a en outre annulé la confiscation ordonnée sur plusieurs comptes. Enfin, elle a prononcé une créance compensatrice de 103'124.20 fr. à l'encontre de Y._ et de 30'224.15 fr. à la charge de X._ et séquestré, en garantie de ces créances, les avoirs déposés sur six comptes bancaires que l'autorité précédente avait confisqués. La Cour de justice a confirmé pour le surplus le jugement du 5 juin 2009.
En bref, cette autorité a retenu que X._ et Y._ avaient organisé le transfert, sans justification économique valable, d'une partie non négligeable des actifs de la société B._ SA, dont la faillite avait été prononcée le 22 février 2005, diminuant de la sorte l'actif de cette société au préjudice de ses créanciers. Estimant que les transferts litigieux résultaient directement des pièces comptables, la Cour de justice a jugé que l'expertise demandée par X._ n'était pas nécessaire. S'agissant de la question des confiscations et des créances compensatrices à ordonner, cette autorité a notamment retenu que les valeurs confiscables correspondaient au montant des prétentions des créanciers, soit, selon l'état de collocation provisoire, 148'424 fr.
C. X._ et Y._ forment chacun un recours en matière pénale. Ils concluent à leur acquittement et à la levée des saisies pénales. Subsidiairement, ils requièrent l'annulation de l'arrêt entrepris et le renvoi de la cause pour nouveau jugement. X._, dans ses conclusions subsidiaires, sollicite également l'exécution de sa demande d'expertise par la Cour de justice.
Le Ministère public du canton de Genève a conclu au rejet des deux recours, dans la mesure de leur recevabilité. L'autorité intimée s'est référée à son arrêt et n'a pour le surplus formulé aucune observation.
Considérant en droit:
1. Les deux recours, dirigés contre le même arrêt, concernent le même complexe de faits et portent dans une large mesure sur les mêmes questions de droit. Il se justifie de les joindre et de statuer par une seule décision (art. 71 LTF et 24 PCF).
2. Dans le recours en matière pénale, les faits constatés par l'autorité précédente lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit essentiellement de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. ATF 136 II 447 consid. 2.1, p. 450). Le Tribunal fédéral n'examine les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (cf. ATF 134 II 349 consid. 3 p. 351; également ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des constatations insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560 et les arrêts cités).
2.1 Sur plus de dix pages, le recourant Y._ présente "les faits de la procédure" (Recours, p. 4 - 14), au motif qu'ils auraient été établis et retenus par les instances cantonales de manière manifestement inexacte. Une telle argumentation ne répond pas aux exigences de motivation accrues rappelées ci-dessus. Ces faits, dans la mesure où ils ne ressortent pas de l'arrêt entrepris, ne seront pris en compte que si, dans la suite, le recourant établit, conformément à dites exigences, que leur omission était arbitraire. Il en va de même des faits allégués par le recourant Y._ en p. 20 à 22 et 27 de son écriture.
2.2 Les recourants soutiennent que l'autorité intimée aurait arbitrairement constaté que B._ SA avait versé, en 2004, une somme mensuelle de 40'000 fr. à C._ Ltd.
2.2.1 L'autorité cantonale a retenu l'existence de ces versements sur la base des pièces comptables figurant à la procédure (Arrêt, p. 13-14) et des déclarations au juge d'instruction de G._ selon qui "une somme mensuelle de 40'000 fr. avait également été payée dès le 1er avril 2004 à titre de loyer de gérance libre à C._ Ltd" (Arrêt, p. 8).
2.2.2 G._ a tenu la comptabilité de B._ SA dès 2001 (Arrêt, p. 8). S'il a certes déclaré au juge d'instruction que le montant de 40'000 fr. avait été payé mensuellement (pièce 2218), il a toutefois précisé ses propos lors de l'audience de jugement du Tribunal de police en indiquant qu'il lui "semble qu'il s'agissait d'un jeu d'écritures comptables et non d'un réel versement d'une société à l'autre. Je me souviens qu'il y avait encore une dette importante au moment de la liquidation due par B._ SA à C._ Ltd, et je ne pense pas que la première ait pu avoir les moyens de payer cette dette. Il s'agissait donc d'un passif de la société B._ SA" (Procès-verbal du Tribunal de police, p. 2). Au vu de ces dernières déclarations, l'autorité intimée ne pouvait, sans autre élément, retenir l'existence de versements mensuels de 40'000 fr. en faveur de C._ Ltd.
2.2.3 Les pièces comptables de B._ SA comportent quant à elles effectivement des écritures mensuelles relatives à un montant de 40'000 fr avec le libellé "loyer de gérance". Une lecture correcte de ces pièces permet toutefois de constater que ce montant n'était pas versé à C._ Ltd, mais uniquement porté, mensuellement, au crédit du compte créancier de cette société, dans la comptabilité de B._ SA (compte 20001, pièces 1171 à 1172), le même jour qu'il était inscrit au débit d'un compte de charge (compte 4190 "loyer de gérance libre", pièces 1107 et 1234). Aucun compte d'actifs (comptes 1000 à 1020 [pièce 1106], en particulier compte 1020 "xxx" [pièces 1157 à 1159]), n'a ainsi été débité d'un montant de 40'000 fr. Les pièces comptables font état de virements de B._ SA en faveur de C._ Ltd. Rien ne permet toutefois de retenir que ces virements, dont aucun ne s'élève exactement à 40'000 fr., comprendraient cette somme, qui plus est versée mensuellement. L'autorité intimée ne le retient d'ailleurs pas.
2.2.4 Au vu de ce qui précède, les autorités cantonales, du fait d'une mauvaise compréhension des pièces comptables, ont constaté de manière erronée que des montants mensuels de 40'000 fr. avaient été versés, et non seulement comptabilisés, en 2004, par B._ SA.
La seule inscription de montants au crédit d'un compte créancier, dans la comptabilité d'un débiteur, ne constitue pas une diminution effective de son actif au sens de l'art. 164 CP (cf. infra consid. 3.2.1 et 3.2.2), comme cela semble avoir été retenu par l'autorité intimée (Arrêt, p. 13-14). L'appréciation des preuves est ainsi arbitraire tant dans sa motivation que dans son résultat.
L'arrêt devra donc être annulé concernant ces opérations et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouveau jugement. Dans ce cadre, l'autorité intimée devra constater correctement la nature de chacune des opérations relatives aux montants de 40'000 fr. Elle devra ensuite examiner, au vu de cette nouvelle appréciation, si ces opérations, à défaut de tomber sous le coup de l'art. 164 CP, peuvent être sanctionnées en vertu d'une autre disposition, notamment de l'art. 163 CP réprimant la banqueroute frauduleuse.
2.3 Les recourants reprochent également à l'autorité intimée d'avoir constaté que B._ SA avait versé un montant de 142'521 fr. à D._ LLC, le 31 décembre 2004.
2.3.1 L'autorité précédente s'est fondée sur les déclarations de G._ (Arrêt, p. 8) et les pièces comptables (Arrêt, p. 15).
2.3.2 En l'occurrence, ce témoin a indiqué "au 31 décembre 2004, le solde de ce compte 20001, 142'521 fr. est viré sur un autre compte n. 2060, pour la société D._ LLC (une cession de créance, pièce 1226)" (pièce 2218). Ces déclarations sont confirmées par la comptabilité de B._ SA dont il résulte que le solde du compte créancier de C._ Ltd, par 142'521 fr., a été porté au débit de ce compte le 31 décembre 2004 (compte 20001, pièce 1172) pour être porté au crédit d'un autre compte créancier (pièce 1075) avec la mention "transfert solde du compte, cession de créance" (compte 2060 "D._ LLC", pièce 1226).
2.3.3 L'autorité intimée n'a manifestement pas compris le sens et la portée de la comptabilité de B._ SA, qualifiant le transfert d'un compte de passif à un autre compte de passif, sans effet sur les actifs de la société, de versement effectif conduisant à une diminution réelle de l'actif de l'entreprise.
Dans la mesure où cette constatation a un effet sur la qualification juridique de l'opération, elle constitue une appréciation arbitraire des preuves au sens de l'art. 9 Cst. L'arrêt sera ainsi également annulé sur ce point et la cause renvoyée à l'autorité intimée pour nouvelle décision au sens du considérant 2.2.4 ci-dessus.
2.4 Sous le titre "appréciation arbitraire des faits et des preuves", le recourant Y._ soutient encore que l'autorité intimée aurait constaté à tort qu'un montant de 12'912 fr. avait été versé deux fois, et non seulement une fois, par B._ SA à C._ Ltd.
2.4.1 Si son argumentation est peu claire, les pièces comptables auxquelles le recourant renvoie permettent de constater aisément que le 15 janvier 2005 un montant de 12'912 fr. a été porté au crédit, dans la comptabilité de B._ SA, du compte créancier de C._ Ltd (compte 20000, pièce 1282) et simultanément porté au débit d'un compte charge "honoraires C._ Ltd" à hauteur de 12'000 fr. (compte 4747, pièce 1290) et d'un compte charge "TVA à récupérer" à hauteur de 912 fr. (compte 1069, pièce 1282). A cette date en revanche aucun versement de 12'912 fr. n'a été effectué (compte 1020, pièce 1281; pièces 34088 et 34365). Le montant de 12'912 fr. n'a en fait été versé à C._ Ltd que le 24 janvier 2005 (compte 1020, pièce 1281 et pièce 34367).
2.4.2 Dès lors c'est arbitrairement, par une lecture erronée des pièces, que l'autorité intimée a retenu que B._ SA avait versé 12'912 fr. à C._ Ltd le 15 janvier 2005. Sur ce point également, l'arrêt devra être annulée et la cause renvoyée à l'autorité intimée pour nouvelle décision au sens du considérant 2.2.4 ci-dessus.
2.5 Le recourant Y._ soutient que la constatation de fait selon laquelle la faillite de B._ SA aurait été envisagée en mars 2003, voire en mars 2004, serait arbitraire, dans la mesure où il aurait participé à une augmentation du capital de cette société en juillet 2003 (Recours, p. 25).
L'autorité précédente a retenu que le recourant X._ avait déclaré que le dépôt de bilan de la société avait été préparé. Elle n'a pas indiqué à quelle date ce dépôt avait été envisagé. Elle en a toutefois déduit qu'il "était prévu" et que les recourants "savaient donc qu'une procédure de faillite allait être ouverte ... lorsqu'ils ont opéré les différentes cessions en faveur de société tierces ou opéré les versements mensuels en faveur de C._ Ltd" (Arrêt, 3e paragraphe p. 13). Dans la mesure où les premiers actes reprochés aux recourants datent d'avril 2004, l'appréciation de la déclaration du recourant X._ n'est pas arbitraire du seul fait qu'une augmentation de capital - à laquelle on ignore si le recourant Y._ a participé - a eu lieu en juillet 2003, soit huit mois plus tôt. Le grief du recourant Y._ est ainsi mal fondé. Cela dit, l'arrêt entrepris est lacunaire en ce qui concerne ce que les recourants savaient et voulaient et devra être complété (cf. infra consid. 3.2.5.2).
3. Les recourants invoquent ensuite la violation de l'art. 164 CP, le recourant Y._ se plaignant en outre d'une mauvaise application de l'art. 172 aCP.
3.1 Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Pour qu'il soit en mesure de procéder à cette vérification, il est nécessaire que le jugement cantonal fasse clairement ressortir les motifs déterminants de fait et de droit (art. 112 al. 1 let. b LTF). Il résulte de cette norme que les décisions cantonales doivent indiquer clairement les faits qui sont établis et les déductions juridiques qui sont tirées de l'état de fait déterminant (ATF 135 II 145 consid. 8.2 p. 153; 133 IV 293 consid. 3.4 p. 294-295).
Les "motifs déterminants de fait" doivent permettre de comprendre comment les preuves ont été appréciées et quels sont les faits litigieux déterminants que l'autorité cantonale a retenus, écartés ou considérés comme non prouvés. Un simple résumé du contenu du dossier, avec les allégués divergents des parties et la présentation des résultats des divers moyens de preuve administrés, ne satisfait pas à l'exigence légale, parce qu'il ne permet pas de savoir, sur les points décisifs litigieux, ce que l'autorité cantonale a en définitive retenu ou écarté (arrêt 4A_231/2010 du 10 août 2010 consid. 2.2). En ce qui concerne les motifs de droit, la décision attaquée doit contenir un raisonnement juridique permettant de comprendre pourquoi l'autorité a tranché dans tel ou tel sens. Pour que cette exigence formelle soit remplie, il n'est pas nécessaire que le raisonnement adopté soit complet et convaincant, ces questions relevant de l'examen du recours (arrêt 5A_236/2010 du 21 juillet 2010 consid. 3.1 et la référence citée).
Si une décision attaquée ne satisfait pas à ces exigences, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (cf. art. 112 al. 3 LTF).
3.2 L'art. 164 ch. 1 CP sanctionne la diminution effective par le débiteur de son actif au préjudice des créanciers.
3.2.1 Cette disposition envisage trois hypothèses: premièrement la détérioration, la destruction, la dépréciation ou la mise hors d'usage de valeurs patrimoniales (al. 1), deuxièmement leur cession à titre gratuit ou contre une prestation de valeur manifestement inférieure (al. 2) et troisièmement le refus sans raison valable de droits qui reviennent au débiteur ou la renonciation gratuite à de tels droits (al. 3). L'art. 164 ch. 1 CP n'est applicable que si le débiteur a été déclaré en faillite ou si un acte de défaut de biens a été dressé contre lui.
Le comportement sanctionné par cette disposition doit être distingué de celui visé par l'art. 163 CP. Alors que l'art. 164 CP s'applique au débiteur qui diminue effectivement son actif à l'occasion d'une procédure de faillite ou de poursuite pour dettes, par exemple en détruisant des biens ou en procédant à des libéralités, l'art. 163 CP vise le débiteur qui diminue fictivement le patrimoine pour désintéresser les créanciers par la voie de la poursuite pour dettes (arrêt 6B_575/2009 du 14 janvier 2010 consid. 1.1).
L'énumération de l'art. 164 ch. 1 CP est exhaustive (ATF 131 IV 49 consid. 1.2 p. 51). Faute d'être mentionnée, l'aliénation d'un actif à sa valeur vénale ne peut être sanctionnée en vertu de cette disposition (cf. Message du Conseil fédéral du 24 avril 1991 concernant la modification du code pénal et du code pénal militaire [infractions contre le patrimoine et faux dans les titres] ainsi que modification de la loi fédérale sur l'approvisionnement économique du pays [dispositions pénales], FF 1991 II 933 ss, ch. 213.32 p. 1032; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, 3e éd. 2010, n. 13 ad art. 164). Il en va de même de l'augmentation du passif (cf. CORBOZ, op. cit., n. 16 ad art. 164 CP et références citées; TRECHSEL/OGG, in: Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, n. 3 ad art. 164 CP). Ne viole pas non plus l'art. 164 ch. 1 al. 3 CP l'organe habilité à engager le débiteur qui règle pour lui une dette échue et exigible relative à un prêt. Il est à cet égard sans incidence que l'organe qui agit ainsi soit également le créancier du prêt (ATF 131 IV 49 consid. 1.3).
L'infraction visée par l'art. 164 ch. 1 CP est intentionnelle, le dol éventuel suffit. Outre l'intention générale, cette disposition exige que l'auteur ait l'intention de causer un dommage à son ou ses créanciers (arrêt 6B_617/2010 du 24 novembre 2010 consid. 2.1).
Seul le débiteur peut commettre l'infraction visée par l'art. 164 ch. 1 CP. Lorsqu'il s'agit d'une personne morale ou d'une société, les personnes visées par l'art. 172 aCP, désormais art. 29 CP, sont assimilées au débiteur (sur ces dispositions, cf. 3.3.1 s.). Ces dispositions ne constituent toutefois pas une exception au principe "pas de peine sans faute". La responsabilité pénale de la personne physique visée par elles demeure fondée sur la culpabilité individuelle. Cette personne doit donc remplir elle-même, sous réserve de l'al. 4 in fine de l'art. 172 aCP, respectivement du devoir particulier visé par l'art. 29 CP, les conditions objectives et subjectives de l'infraction spécifique en cause (cf. arrêt 6P.101/2001 du 28 novembre 2001 consid. 5a). Enfin, le tiers qui, dans les mêmes conditions que celles visées par l'art. 164 ch. 1 CP, se sera livré aux agissements visés par ce chiffre, de manière à causer un dommage aux créanciers, sera puni de l'emprisonnement (art. 164 ch. 2 CP).
3.2.2 La seule inscription, dans la comptabilité d'un débiteur, de montants sur des comptes créanciers au nom de tiers ne conduit pas à une diminution effective des actifs de ce débiteur. L'autorité intimée a dès lors considéré à tort que l'art. 164 CP s'appliquait aux opérations relatives aux montants mensuels de 40'000 fr. et au montant de 142'521 fr. (cf. supra consid. 2.2. et 2.3).
3.2.3 L'autorité intimée semble également reprocher aux recourants "la cession" à D._ LLC "des comptes Aménagement arcades, Matériel informatique, Téléphones et installations électriques et Véhicules" (Arrêt, 1er paragraphe p. 14).
3.2.3.1 B._ SA et C._ Ltd ont conclu une convention le 3 avril 2003. Cette convention indiquait que le développement d'un logiciel intéressant la première société coûtait 650'000 fr. C._ Ltd acceptait d'avancer à B._ SA un montant de 300'000 fr., montant que cette dernière devait lui rembourser à raison d'un premier paiement de 60'000 fr., de dix mensualités de 20'000 fr. puis d'un dernier versement de 40'000 fr. En cas de non-respect de ces échéances de paiement, une indemnité de 200'000 fr. était due par B._ SA à C._ Ltd, à titre de dommage pour résiliation anticipée du contrat (Arrêt, let. b p. 4, let. d p. 6 et let. h p. 9). H._ de la société E._ SA a déclaré au Juge d'instruction qu'il avait travaillé sur mandat de C._ Ltd afin de mettre au point le logiciel et qu'il avait encaissé à ce titre 700'000 fr. (Arrêt, let. g p. 8).
Le 19 avril 2004, compte tenu du défaut de paiement de B._ SA des acomptes prévus, celle-ci et C._ Ltd ont passé une nouvelle convention. Cet accord prévoyait que la somme de 200'000 fr. était due par B._ SA à C._ Ltd et sera payée par le biais de la cession par B._ SA, avec effet au 1er avril 2004, de ses baux, ses garanties de loyer, ses installations techniques et son mobilier. L'autorité intimée a retenu que cette cession intervenait également en contrepartie de l'engagement de C._ Ltd de remettre à B._ SA la gérance libre des arcades commerciales équipées, contre paiement d'une somme mensuelle de 40'000 fr. (Arrêt, let. b p. 4).
L'autorité précédente a indiqué que la cession de ces valeurs était intervenue "selon la feuille d'envoi" "pour un montant de 436'708 fr." (Arrêt, 3e paragraphe p. 5). Parallèlement, elle a cité les déclarations de l'Office des faillites qui estimait que "des actifs avaient été cédés à la moitié de leur valeur réelle, mais pour un montant supérieur à leur valeur au bilan" (Arrêt, let. d p. 5). Elle a également repris, sans les critiquer, les déclarations du recourant X._, selon qui les actifs avaient été repris par C._ Ltd à leur valeur comptable, alors que leur valeur réelle était "plus proche de zéro que de cette valeur comptable, si on tenait compte de la valeur de réalisation" (Arrêt, let. d p. 6) L'autorité précédente a souligné ce point, indiquant que X._ avait déclaré que la cession du matériel informatique et du mobilier n'avait "aucune valeur comptable" (Arrêt, 2e paragraphe p. 14).
3.2.3.2 L'autorité intimée n'a à aucun moment indiqué que la convention du 19 avril 2004 ou la dette de 200'000 fr. reconnue dans celle-ci à charge de B._ SA en faveur de C._ Ltd serait nulle. Au vu des faits retenus, elle ne pouvait donc que constater, en droit, que la cession des actifs n'intervenait pas à titre gratuit mais en contrepartie, notamment, de l'extinction de cette dette. Elle aurait ensuite dû établir la valeur réelle des actifs cédés, ce afin de déterminer si l'extinction de la dette de 200'000 fr. constituait une contreprestation suffisante au sens de l'art. 164 ch. 1 LTF.
L'arrêt entrepris ne contient pas d'élément permettant d'établir la valeur réelle des actifs cédés. Le montant de 436'708 fr. n'est à cet égard pas pertinent. En effet, ce montant ressort des différentes écritures passées dans les "comptes de B._ SA" (Arrêt, 3e paragraphe p. 5). Il s'agit ainsi de la valeur comptable des actifs cédés, ce qu'indiquent par ailleurs expressément les feuilles d'envoi établies par le Ministère public (art. 105 al. 2 LTF) auxquelles se réfère l'arrêt. Or, selon les différentes déclarations reprises dans ce dernier, cette valeur comptable ne correspond pas à la valeur réelle de ces actifs.
Cet élément n'étant pas établi, la Cour de céans ne peut vérifier la correcte application de l'art. 164 CP. L'arrêt devra donc également être annulé à ce sujet et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour complément et nouveau jugement.
3.2.4 Il semble également que l'autorité intimée ait considéré que les versements mensuels de 12'000 fr., mentionnés à trois reprises dans la partie "En droit" de l'arrêt (Arrêt, p. 13-15), étaient constitutifs de diminution effective de l'actif au sens de l'art. 164 CP.
L'arrêt entrepris retient que ce montant a été payé mensuellement par B._ SA à C._ Ltd à titre d'honoraires (Arrêt, let. b, p. 4-5), afin de compenser la mise à disposition par C._ Ltd à B._ SA de personnel (Arrêt, p. 9). Il ne contient toutefois aucune indication sur la valeur de cette contreprestation. Il n'est dès lors pas possible de vérifier la correcte application de l'art. 164 CP s'agissant de ces versements. L'arrêt doit également être annulé sur ce point.
3.2.5 Pour le surplus, force est de constater que la cour cantonale n'a fait que résumer, dans sa partie "en fait", le jugement attaqué, les prises de position successives des parties, les pièces, témoignages et dépositions. Ainsi, à aucun moment, on ne trouve une appréciation des preuves et on ne peut savoir, sur les éléments litigieux, ce que la cour cantonale a retenu ou écarté.
3.2.5.1 La lecture de l'arrêt ne permet en particulier pas de discerner parmi les très nombreuses opérations citées dans la partie "En fait" celles que l'autorité a considérées comme tombant sous le coup de l'art. 164 CP. On ignore, par exemple, si les montants de 70'400 fr. et de 47'300 fr. versés par B._ SA à C._ Ltd (Arrêt, 2e paragraphe p. 5) sont compris dans "les actes incriminés" (Arrêt, 2e paragraphe p. 13). La Cour de céans ne peut dans ces conditions vérifier l'application correcte de cette disposition.
L'arrêt doit dès lors être annulé et la cause renvoyée à l'autorité intimée. Dans l'arrêt à intervenir, celle-ci devra indiquer chaque opération qu'elle estime litigieuse, précisément. La référence "aux actes incriminés" opérés "en 2004" est tout à fait insuffisante. Pour chaque opération, l'autorité cantonale exposera ensuite les motifs qui la conduisent à retenir que cette prestation a été fournie sans contrepartie, voire contre une prestation de valeur manifestement inférieure. Elle devra à cet égard prendre position sur les explications fournies par les recourants pour chaque opération litigieuse. Si elle constate qu'une contreprestation a été fournie, elle devra en établir la valeur réelle, ainsi que celle de l'actif cédé, ce afin de déterminer si cette contrepartie était suffisante au sens de l'art. 164 CP. Dans le cadre de la résolution de ces questions, l'autorité intimée devra à nouveau se pencher sur la demande d'expertise comptable formulée par le recourant X._. Au vu des questions à résoudre et de la confusion fréquente des autorités cantonales entre comptabilisation et versement, une telle expertise apparaît nécessaire.
3.2.5.2 Dans le cadre de cet examen, l'autorité intimée devra également compléter l'état de fait afin qu'il indique ce que savaient et voulaient chacun des recourants lors de chaque opération litigieuse. A cet égard, la déclaration du recourant X._, selon lequel le dépôt de bilan de la société avait été préparé (Arrêt, 3e paragraphe p. 13), ne permet pas de déduire, à défaut notamment de savoir quand cette préparation aurait eu lieu, que les deux recourants auraient commis les actes qui pourraient leur être reprochés avec conscience et volonté, et donc intentionnellement. En outre, le recourant X._ n'ayant eu un rôle dans la société que dès septembre 2004 (Arrêt, let. a p. 3), il ne saurait se voir imputer une responsabilité pour des actes commis avant son entrée dans la société.
3.2.5.3 L'arrêt entrepris prononce également des confiscations et des créances compensatrices, garanties par des séquestres. Les conditions permettant d'ordonner de telles mesures ont été définies par la jurisprudence (confiscation, cf. ATF 129 II 453 consid. 4.1 p. 461, également arrêts 6B_914/2009 du 3 novembre 2010 consid. 5.1 et 1B_185/2007 du 30 novembre 2007 consid. 9; créance compensatrice, cf. arrêt 1B_185/2007 du 30 novembre 2007 consid. 10.1 et arrêts cités), à laquelle on peut donc se référer. L'arrêt entrepris ne contient pas les motifs déterminants de fait et de droit permettant de vérifier que les valeurs confisquées, respectivement séquestrées proviennent bien des infractions retenues. On ignore en outre la valeur totale réelle des valeurs patrimoniales constituant le résultat ou la rémunération de ces infractions, montant qui représente pourtant la somme maximale des créances compensatrices prononçables. L'arrêt devra également être complété à cet égard.
3.3 Le recourant Y._ reproche enfin à l'autorité intimée d'avoir violé l'art. 172 aCP, aujourd'hui art. 29 CP, et le principe in dubio pro reo en le qualifiant de dirigeant effectif de B._ SA.
3.3.1 L'infraction de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers peut, comme en l'espèce, être commise au sein d'une personne morale. Dans ce cas, l'art. 172 aCP, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006, assimile au débiteur ses organes, les membres de ses organes, ses collaborateurs munis d'un pouvoir de décision indépendant dans le secteur d'activité dont ils sont chargés et ses dirigeants effectifs, qui ne sont ni organes, ni membres d'un organe, ni collaborateurs. Lorsque l'organe du débiteur est une personne morale, ses membres peuvent également être assimilés au débiteur (ATF 116 IV 26 consid. 4b p. 28).
L'art. 29 CP a remplacé l'art. 172 aCP le 1er janvier 2007. Il ne constitue toutefois pas une lex mitior (arrêt 6B_66/2008 du 9 mai 2008 consid. 7.4).
3.3.2 Est un dirigeant effectif au sens de l'art. 172 aCP la personne qui dirige effectivement la société en utilisant comme hommes de paille celles qui occupent formellement les fonctions d'organe (ATF 107 IV 175 consid. 1a 177 et arrêts cités; plus récemment arrêt 6P.101/2001 du 28 novembre 2001 consid. 4 a/bb). L'utilisation d'un homme de paille n'est toutefois pas une condition indispensable pour admettre la qualité de dirigeant effectif (dans ce sens, arrêt 6P.101/2001 du 28 novembre 2001 consid. 5a). Celle-ci doit au contraire être reconnue déjà à celui qui exerce une influence décisive sur la gestion et la direction de l'activité du débiteur, de la même manière que le ferait un organe au sens formel (cf. URSULA CASSANI, Commentaire romand, Code pénal I, 2009, n. 23-24 ad art. 29 CP; également PHILIPPE WEISSENBERGER, in Basler Kommentar, Strafrecht vol. II, 2e éd. 2007, n. 12 ad art. 29 CP). Cette définition du dirigeant effectif découle de la notion d'organe en droit pénal. Cette notion, plus large que celle connue en droit civil, comprend toutes les personnes qui ont un pouvoir de décision propre dans le cadre des activités sociales, et cela même si elles doivent le partager avec d'autres, par exemple du fait d'une signature collective à deux ou d'une organisation collégiale (cf. ATF 116 IV 26 consid. 4b p. 28; 106 IV 20 consid. 2c).
Indépendamment de l'utilisation d'un homme de paille, celui qui exerce des compétences décisionnelles indépendantes décisives dans l'activité du débiteur, cela même s'il partage ces compétences avec d'autres personnes, doit par conséquent être qualifié, à défaut d'être un organe au sens formel ou un collaborateur muni d'un pouvoir de décision indépendant dans le secteur d'activité dont il est chargé, de dirigeant effectif. En principe et à l'instar de ce qui a été tranché en matière civile (cf. ATF 128 III 29 consid. 3c p. 33), l'accomplissement d'actes isolés ou la simple assistance dans la prise de décisions ne suffit en revanche pas à fonder la qualité de dirigeant effectif (cf. ANDREW M. GARBASKI, La responsabilité civile et pénale des organes dirigeants de sociétés anonymes, Lausanne 2005, p. 316).
3.3.3 L'autorité intimée a qualifié le recourant Y._ de dirigeant effectif pour les motifs suivants: d'une part il était actionnaire de B._ SA et directeur de C._ Ltd, principal fournisseur de B._ SA, "Or, les actes incriminés ont été organisés, notamment, par C._ Ltd, dans le cadre des conventions des 3 avril 2003 et 19 avril 2004". L'autorité intimée s'est d'autre part fondée sur le fait que le recourant X._, lors de sa première audition par le juge d'instruction, avait utilisé le terme "directeur" pour désigner le recourant Y._. Elle a également interprété la déclaration du recourant X._ selon lequel "les animateurs financiers" de B._ SA s'étaient opposés au licenciement du personnel de cette société en ce sens que par "les animateurs financiers" il fallait comprendre le recourant Y._ et que dès lors l'opposition des "animateurs financiers" démontrait l'"implication effective" de ce dernier au sein de B._ SA. L'autorité cantonale a ensuite retenu que "le développement du programme informatique, repris par C._ Ltd, intéressait en premier lieu B._ SA, de sorte qu'en assurant son développement, par l'intermédiaire de C._ Ltd, ce qui a notamment amené à la conclusion des conventions des 3 avril 2003 et 19 avril 2004, Y._ s'est comporté comme le dirigeant effectif de B._ SA". Enfin, elle a considéré qu'une telle qualité devait être imputée au recourant Y._ du fait qu'il était actionnaire et administrateur depuis mai 2007 de la société F._ SA, société qui "en définitive a utilisé le programme informatique développé initialement pour B._ SA" (Arrêt, p. 13).
Au vu de ces éléments, on comprend que l'autorité précédente a qualifié le recourant Y._ de dirigeant effectif du fait, d'une part, qu'il était directeur de C._ Ltd, entité qui se serait comportée comme un organe de fait de B._ SA, et d'autre part, qu'il serait lui-même directement intervenu comme un organe de fait dans cette dernière société.
3.3.4 L'arrêt entrepris constate certes que les sociétés B._ SA, C._ Ltd et F._ SA étaient toutes trois actives, à un moment ou à un autre et au moins en partie, dans la fabrication ou le commerce de cartes téléphoniques et étaient, de ce fait, étroitement liées. Il retient également que le recourant Y._ était actionnaire de B._ SA et de F._ SA, de même qu'il était directeur de C._ Ltd et, depuis mai 2007, administrateur de F._ SA (Arrêt, let. a p. 3-4). Ces éléments permettent de constater que C._ Ltd ou le recourant Y._ auraient pu outrepasser leur rôle respectif de partenaire et d'actionnaire de B._ SA pour s'impliquer activement dans la gestion de cette entreprise et agir de ce fait comme un organe.
L'arrêt entrepris ne contient toutefois pas de constatations de fait démontrant que C._ Ltd aurait effectivement exercé une fonction dirigeante dans B._ SA. L'autorité intimée invoque toutefois que "les actes incriminés ont été organisés, notamment, par C._ Ltd" (Arrêt, 2e paragraphe p. 13). Une telle affirmation ne ressort pas des faits établis en dernière instance cantonale. Le terme "notamment" exclut en outre que l'on puisse en déduire une qualité de dirigeant effectif de C._ Ltd dans B._ SA. Le fait que C._ Ltd ait assuré financièrement le développement d'un logiciel intéressant en premier lieu B._ SA (Arrêt, 2e paragraphe p. 13) ne permet pas non plus d'aboutir à une telle conclusion. On ne saurait dès lors assimiler, pour C._ Ltd, son directeur, le recourant Y._, à un dirigeant de fait de B._ SA.
De la même manière, si le recourant Y._ était certes, au moment des faits, intéressé aux activités de B._ SA, ce qui s'expliquait notamment par sa qualité d'actionnaire, l'arrêt entrepris ne contient pas d'élément permettant, qui plus est pour les "actes incriminés", de retenir qu'il aurait effectivement exercé des compétences décisionnelles indépendantes dans l'activité de B._ SA. Le seul fait que le recourant X._ a utilisé, à une reprise, lors de sa première audition par le juge d'instruction, le terme "directeur" pour désigner le recourant Y._ n'est à cet égard pas suffisant. La déclaration selon laquelle les animateurs financiers de B._ SA se seraient opposés au licenciement du personnel dans son entier ne peut, quant à elle, être interprétée, vu le pluriel utilisé, comme ne visant que le recourant, et, vu son statut d'actionnaire et l'importance de la décision en jeu, comme la preuve qu'il aurait excédé le rôle qui lui revenait en tant qu'actionnaire de B._ SA pour agir au sein de cette société comme un organe de fait.
3.3.5 L'état de fait cantonal est ainsi lacunaire, de sorte que la Cour de céans ne peut se prononcer sur la responsabilité pénale du recourant Y._. L'arrêt attaqué doit donc être annulé à cet égard également et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle détermine le rôle effectif du recourant Y._ en rapport avec les différents actes qu'elle jugera illicites. Elle complètera cas échéant l'état de fait et rendra une nouvelle décision sur ce point.
4. Au vu de ce qui précède, la décision entreprise doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité intimée pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Les avoirs actuellement saisis le resteront jusqu'à ce que l'arrêt à intervenir soit définitif et exécutoire.
5. L'accusateur public succombe. Il n'y a pas lieu de prélever un émolument judiciaire (art. 66 al. 4 LTF). Les recourants, qui obtiennent gain de cause, ont droit à des dépens qui devront être supportés par le canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 6B_635/2010 et 6B_637/2010 sont jointes.
2. Les recours sont admis, dans la mesure où ils sont recevables. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice du canton de Genève pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
3. Il n'est pas prélevé de frais de justice.
4. Le canton de Genève versera au recourant X._ une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
5. Le canton de Genève versera au recourant Y._ une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 19 avril 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Cherpillod