Faits:
A. Le 8 octobre 2008, le Procureur général du canton de Genève a classé une plainte déposée en date du 21 décembre 2007 par X._ à l'encontre de Y._ pour escroquerie, obtention frauduleuse d'un concordat judiciaire et diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers.
B. Par ordonnance du 4 février 2009, la Chambre d'accusation a déclaré irrecevable le recours interjeté par X._ contre cette décision.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de dépens, à ce que l'autorité de céans annule l'ordonnance attaquée et, statuant à nouveau, annule la décision de classement en tant qu'elle concerne l'obtention frauduleuse d'un concordat judiciaire et la diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et renvoie la cause au Procureur général afin qu'il rende une décision au fond ou qu'il transmette la procédure au juge du fond compétent. A titre subsidiaire, le recourant conclut au renvoi de la cause à la Chambre d'accusation.
Considérant en droit:
1. Le recourant reproche en premier lieu à l'autorité cantonale d'avoir violé l'interdiction du formalisme excessif en déclarant son recours irrecevable pour défaut de motivation, faute de véritables conclusions sur une éventuelle suite à donner à la procédure.
Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (ATF 130 V 177 consid. 5.4.1 p. 183; 128 II 139 consid. 2a p. 142; 127 I 31 consid. 2a/bb p. 34). Par ailleurs, en vertu du principe de la confiance, les déclarations et actes de procédure doivent être interprétés par leur destinataire selon le sens qu'on peut raisonnablement et objectivement leur prêter.
En l'espèce, il ressort de l'arrêt attaqué que le recourant avait pris devant l'autorité cantonale des conclusions tendant à ce que le dossier soit retourné au Procureur général en l'invitant à rendre une décision au fond ou à transmettre la procédure au juge du fond compétent. L'autorité cantonale a considéré que le recourant n'avait pris devant elle aucune véritable conclusion relative à la suite à donner à la procédure, les faits n'étant pas établis de manière à ce qu'une ordonnance de condamnation puisse être rendue par le ministère public. Pour sa part, le recourant soutient qu'on ne saurait lui reprocher de n'avoir pas conclu à l'ouverture d'une enquête, au demeurant déjà ouverte, ou au renvoi du dossier pour instruction complémentaire, alors qu'à ses yeux l'affaire était en état d'être jugée.
Sur ce point, il ne fait toutefois que prétendre qu'il en serait ainsi et notamment qu'une enquête préliminaire de police aurait été menée, sans montrer que tel serait bien le cas ni faire la moindre référence à une pièce du dossier, de sorte que son recours ne répond pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, qui correspondent à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (FF 2001 p. 4142), ce qui suppose que les moyens soient soulevés et exposés de manière claire et détaillée dans le mémoire de recours (ATF 135 III 232 consid. 1.2 p. 234 et les arrêts cités).
Le recourant n'expose par ailleurs pas en quoi l'autorité cantonale aurait fait preuve de formalisme excessif en considérant qu'elle ne pouvait pas entrer en matière sur ses conclusions tendant à ce que la cause soit retournée au procureur général en l'invitant soit à rendre une décision sur le fond soit à transmettre la procédure au juge du fond compétent, alors que le recours cantonal était dirigé contre une décision de classement rendue en vertu de l'art. 116 CPP GE, donc sans instruction préparatoire, ce qui excluait que puisse en l'état être rendue une décision sur le fond. Il appert au demeurant que dans ces circonstances, le refus d'entrer en matière sur les conclusions du recourant ne relevait pas du formalisme excessif et, même recevable, le recours aurait dû être rejeté sur ce point.
2. Le grief tiré par le recourant d'une violation de son droit d'être entendu à propos de l'incompétence ratione loci des autorités pénales genevoises est sans pertinence car il est dirigé contre une motivation subsidiaire de l'autorité cantonale et chacune des motivations présentées par celle-ci suffit à justifier la décision attaquée. Dès lors, étant admis que l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en refusant d'entrer en matière sur les conclusions du recourant, l'éventuelle constatation que son droit d'être entendu a été lésé sur ce point ne pourrait de toute manière pas conduire à l'annulation de l'arrêt attaqué.
3. Enfin, le grief tiré de la violation de l'interdiction de l'arbitraire est également irrecevable car il repose sur la prémisse erronée que les conclusions prises par le recourant devant l'autorité cantonale étaient recevables.
4. Mal fondé, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, les frais de la procédure étant mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant qui succombe.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 25 juin 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay