Erwägungen:
1. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ist gemäss kantonalem Ausführungsrecht (§ 5 VO BGG/ZH) in Verbindung mit § 43 Abs. 1 lit. g und Abs. 2 VRG/ZH sowie Art. 80 Abs. 2 und Art. 130 Abs. 1 und 4 BGG letzte kantonale Rechtsmittelinstanz in Straf- und Massnahmenvollzugsstreitigkeiten (zur Publikation bestimmtes Urteil des Bundesgerichts vom 22. Dezember 2008 6B_707/2008). Die vorliegende Beschwerde, welche sich gegen die Verfügung der Justizdirektion des Kantons Zürich vom 9. Dezember 2008 betreffend Vorladung in den Strafvollzug richtet, ist deshalb mangels Erschöpfung des kantonalen Instanzenzugs ausgeschlossen. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Sie ist dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zur Behandlung zu überweisen. Gegen diese Verfahrenserledigung hat der Beschwerdeführer in seiner Stellungnahme vom 4. März 2009 keine Einwände erhoben.
2. Es sind keine Kosten zu erheben und dem Beschwerdeführer ist keine Umtriebsentschädigung auszurichten, weil er vor Bundesgericht keine Umtriebe hatte.
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Eingabe des Beschwerdeführers vom 8. Februar 2009 wird dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zur Behandlung überwiesen.
3. Es werden keine Kosten auferlegt und keine Entschädigungen ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill