Sachverhalt:
A. Die X._ AG bezweckt den An- und Verkauf sowie die Verwaltung von Liegenschaften und die Beratung im Architektur- und Baubereich. Sie ist unter anderem Eigentümerin der Liegenschaft an der A._strasse bzw. B._strasse in V._. Hauptaktionär und einziger Verwaltungsrat ist Z._. Im Geschäftsjahr 1.7.2005 bis 30.6.2006 resultierte bei der Gesellschaft ein Gewinn von Fr. 195'698.--, und sie wies Verlustvorträge aus früheren Geschäftsjahren aus.
B. Für die Steuerperiode vom 1. Juli 2005 bis 30. Juni 2006 deklarierte die X._ AG einen steuerbaren Gewinn von Fr. 0. Der Steuerkommissär übernahm zwar den ausgewiesenen Gewinn von Fr. 195'698.--, liess jedoch nur Vorjahresverluste von insgesamt Fr. 104'369.-- zur Verrechnung zu, was einen steuerbaren Gewinn von Fr. 91'300.-- (abgerundet) ergab. Eine Einsprache hiergegen wurde vom kantonalen Steueramt am 12. März 2009, eine Beschwerde von der Steuerrekurskommission I am 17. Juni 2009 und schliesslich eine Beschwerde vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 3. März 2010 abgewiesen. Eine hiergegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht am 18. Februar 2011 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück (Urteil 2C_356/2010, in: StE 2011 A 21.13 Nr. 9). Mit Urteil vom 30. November 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde erneut ab.
C. Vor Bundesgericht beantragt die X._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. November 2011 aufzuheben, den ausgewiesenen Reingewinn um eine nachträgliche Abschreibung von Fr. 100'000.-- zu reduzieren und im verbleibenden Umfang mit dem Verlustvortrag zu verrechnen, so dass ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0 resultiere, eventuell die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie rügt eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung von Bundesrecht.
D. Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf deren Abweisung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG (SR 642.11) zulässig. Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (Art. 100 BGG).
1.2 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die vorliegende Beschwerdeschrift genügt diesen Anforderungen nur teilweise; soweit das nicht der Fall ist, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Gemäss Art. 58 Abs. 1 lit. a DBG bildet der Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages Ausgangspunkt für die Bestimmung des steuerbaren Reingewinns. Das Steuergesetz verweist damit ausdrücklich auf den handelsrechtlichen Erfolgsausweis. Aus dieser expliziten Anknüpfung wird der Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz für die Steuerbilanz abgeleitet. Dieses sog. Massgeblichkeitsprinzip gilt jedoch nur dann, wenn der Erfolgsausweis nicht unter Verletzung zwingender Bestimmungen des Handelsrechts zustande kam und sofern nicht spezielle steuerrechtliche Vorschriften für die Gewinnermittlung zu beachten sind (Urteil 2A.370/2004 vom 11. November 2005 E. 2.1, in: ASA 77, S. 257 ff., 260 f.; Urteil 2A.458/460/2002 vom 15. Oktober 2004 E. 4.1, in: StE 2005 B 72.15.2 Nr. 6, je mit Hinweisen). Dies wirkt sich auch in verfahrensrechtlicher Hinsicht aus: Die steuerpflichtige Gesellschaft muss sich nach diesen Vorschriften grundsätzlich bei der von ihr in ihren ordnungsgemäss geführten Büchern erscheinenden Darstellung der Vermögenslage des Jahresergebnisses behaften lassen (Urteil 2C_515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.2, in: StE 2011 B 23.41 Nr. 5, mit Hinweis). Wurden handelsrechtswidrige Ansätze gewählt, ist eine Korrektur bis zum Eintritt der Rechtskraft der Veranlagung zulässig (sog. Bilanzberichtigung); demgegenüber sind blosse Bilanzänderungen, bei denen ein handelsrechtskonformer Wertansatz durch eine andere, ebenfalls handelsrechtskonforme Bewertung ersetzt wird (sog. Bilanzänderung), nur bis zur Einreichung der Steuererklärung zulässig. Eine Änderung der Bilanz durch die steuerpflichtige Gesellschaft im Laufe des Veranlagungsverfahrens ist grundsätzlich nur noch zulässig, wenn sich zeigt, dass sie in einem entschuldbaren Irrtum über die steuerlichen Folgen gewisse Buchungen vorgenommen hat. In der Regel ausgeschlossen sind hingegen Bilanzänderungen, mit denen Wertänderungen zum Ausgleich von Aufrechnungen im Veranlagungsverfahren erfolgen oder die lediglich aus Gründen der Steuerersparnis vorgenommen werden (Urteil 2P.140/2A.313/2004 vom 9. Dezember 2004 E. 5.4.1, in: StR 60, S. 429 ff., 433 f.; Urteil 2A.275/1998 vom 6. März 2000 E. 3b/bb in fine). "Bilanzberichtigungen" aus denselben Motiven sind gleichfalls mit äusserster Zurückhaltung anzuerkennen.
2.2 Hier nahm die Beschwerdeführerin in angeblich "bilanzberichtigender" Weise eine ausserordentliche Abschreibung von Fr. 100'000.-- auf der Liegenschaft A._strasse bzw. B._strasse in V._ vor. Dies nachdem sie vom Steuerkommissär nicht mit dem deklarierten steuerbaren Reingewinn von Fr. 0, sondern einem solchen von Fr. 91'300.-- veranlagt worden war. So wäre es beim von der Beschwerdeführerin deklarierten steuerbaren Reingewinn von Fr. 0 geblieben. Gegen ein derart spätes Entdecken einer behaupteten Handelsrechtswidrigkeit des Buchwertes der Liegenschaft A._strasse bzw. B._strasse bei einer Aktiengesellschaft, die von einem fachkompetenten Treuhänder beherrscht wird, sind bereits erhebliche Zweifel angebracht (vgl. E. 2.1 in fine). Die Beschwerdeführerin erklärte nie, weshalb sie die behauptete Überbewertung erst nach der - ihr nicht passenden - Veranlagung entdeckt haben soll (vgl. den nichtssagenden "neuen" Revisionsbericht vom 11. September 2008). Zwar wird schon im Revisionsbericht vom 12. März 2008 darauf hingewiesen, dass (vorläufig) auf der Liegenschaft keine Abschreibung vorgenommen wurde. Gleichzeitig wird bereits in Aussicht gestellt: "Vorbehältlich der Steuereinschätzung muss diese Abschreibung nachträglich noch verbucht werden". Daraus erhellt, dass man den "Abschreibungsbedarf" offensichtlich vom (zufriedenstellenden) Ergebnis der Veranlagung abhängig machte. Ein solches Vorgehen ist aber mit Treu und Glauben nicht vereinbar. Dabei geht es hier um die Frage der Zulässigkeit einer ausserordentlichen Abschreibung von rund 1 Prozent, weshalb der Hinweis auf die im Merkblatt über Abschreibungen geschäftlicher Betriebe von der Eidgenössischen Steuerverwaltung festgelegten Normalsätze für ordentliche Abschreibungen (ASA 63, S. 632 ff.) verfehlt ist. Im Übrigen verkennt die Beschwerdeführerin, dass nach anerkannter Bewertungspraxis (HEINZ WENGER/MUCK MARC WENGER/WOLFGANG NAEGELI, Der Liegenschaftenbewerter, 5. Aufl. Zürich 2009, S. 26 ff.) und nach der Weisung des Regierungsrates an die Steuerbehörden über die Bewertung von Liegenschaften und die Festsetzung der Eigenmietwerte ab Steuerperiode 2003 (Weisung 2003) vom 19. März 2003, Ziff. 38 ff. (vgl. auch FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. Zürich 2006, Rz. 74 zu § 39 StG) für die Ertragswertbestimmung der Bruttoertrag der Mietzinsen massgebend ist. Die Beschwerdeführerin geht aber bei ihren Ertragswertberechnungen stets von einem Nettoertrag - nach Abzug der Unterhaltskosten - aus, weshalb ihr gestützt darauf ermittelter "Verkehrswert" der Liegenschaft A._strasse/B._strasse überhaupt nicht schlüssig ist. Nachdem sie für steuermindernde Tatsachen die Beweislast trägt (BGE 133 II 153 E. 4.3 S. 158), muss dieser Beweis eines angeblich tieferen Verkehrswertes als gescheitert angesehen werden. Deshalb ist der Schluss der Vorinstanz, die Voraussetzungen für eine nachträgliche "Bilanzberichtigung" seien hier nicht erfüllt, nicht zu beanstanden.
3. 3.1 Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten (Art. 67 Abs. 1 DBG). Die vortragbaren Verluste sind für Zwecke der direkten Bundessteuer laufend nachzuführen und zu dokumentieren. Die Höhe des Verlustvortrags wird erst geprüft, wenn sie mit Gewinnen verrechnet werden sollen, d.h. auch für zurückliegende Steuerperioden (Urteil 2C_645/2011 vom 12 März 2012 E. 3.4, in: StR 67, S. 436 ff., 441 f., mit Hinweisen). Streitig ist hier die Höhe des verrechenbaren Verlustvortrags aus dem Geschäftsjahr 2002/03.
3.2 Die Beschwerdeführerin hat vor der Vorinstanz die Berechnung des anrechenbaren Verlustvortrages unter zwei Aspekten gerügt, nämlich die Verteilung einer Zinsrückstellung auf mehrere Geschäftsjahre und die zweimalige Aufrechnung einer früheren Aufwertung. Mit beiden Vorbringen setzt sich die Vorinstanz eingehend auseinander und beurteilt sie als nicht berechtigt. Die Beschwerdeführerin begründet nicht näher, weshalb diese Erwägungen willkürlich sein sollen bzw. den Sachverhalt offensichtlich unrichtig feststellen. Sie lässt es mit pauschaler Kritik und unqualifizierten Unmutsäusserungen bewenden und zieht die Fachkompetenz der Vorinstanzen generell in Zweifel. Auf solche Vorbringen tritt das Bundesgericht nicht ein (vgl. E. 1.3).
4. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. August 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass