Fatti:
A. Nell'ambito di una domanda di assistenza giudiziaria internazionale in materia penale, presentata dalla Procura pubblica di Praga 5 nel quadro di un procedimento penale aperto contro ignoti, il 29 marzo 2010 il Ministero pubblico ticinese (MP) ha inoltrato alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) una richiesta di dissuggellamento relativa a documenti sequestrati presso uno studio legale, coperti, secondo l'avvocato interessato dalla misura, dal segreto professionale. Con scritto del 31 marzo 2010 la CRP ha rilevato che a seguito dell'abolizione dell'art. 4 della legge cantonale del 16 maggio 1988 di applicazione della legge federale sull'assistenza internazionale in materia penale, essa non ha più competenze residue in questa materia. Il 1° aprile 2010 il MP ha quindi inoltrato la richiesta di dissuggellamento al Tribunale penale federale (TPF), che l'8 aprile 2010, richiamata la propria prassi, ha trasmesso per competenza l'incarto alla CRP. Con scritto del 12 aprile 2010 la CRP ha ribadito la propria incompetenza.
B. Il 29 aprile 2010 il TPF presenta al Tribunale federale un'azione ai sensi dell'art. 120 cpv. 1 lett. a LTF: chiede di accertare la competenza della CRP a statuire sulla richiesta di dissuggellamento.
La CRP ribadisce l'assenza di base legale per un suo intervento, il MP rinuncia a presentare osservazioni e si rimette al giudizio del Tribunale federale. L'Ufficio federale di giustizia (UFG), adducendo una lacuna nella legislazione ticinese, rileva che la procedura di levata di sigilli costituisce un atto procedurale di esecuzione materiale della domanda di assistenza e sostiene che il Cantone Ticino dovrà determinare per il futuro l'autorità competente in tale ambito, chiedendo tuttavia, ritenuta impropria la competenza della CRP e richiamato l'obbligo di celerità, di designare il Giudice dell'istruzione e dell'arresto (GIAR) quale autorità competente per statuire sulla richiesta di dissuggellamento litigiosa.
Diritto:
1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere cognitivo la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 483 consid. 1; 130 I 156 consid. 1).
1.2 Secondo l'art. 120 cpv. 1 lett. a LTF, il Tribunale federale giudica su azione come giurisdizione unica i conflitti di competenza tra autorità federali, da una parte, e autorità cantonali, dall'altra (art. 189 cpv. 2 Cost.). Ai sensi dell'art. 120 cpv. 2 LTF, l'azione è tuttavia inammissibile se un'altra legge federale abilita un'altra autorità a pronunciare su tali controversie; la decisione di questa autorità è impugnabile in ultima istanza con ricorso al Tribunale federale.
1.3 La competenza del Tribunale federale, quale giurisdizione unica, è strettamente circoscritta: si tratta essenzialmente dei casi che potevano essere oggetto dell'azione di diritto pubblico secondo l'art. 83 lett. a e b OG (messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 3906 seg., n. 4.1.5). Parti alla procedura sono la Confederazione e i Cantoni, rappresentati di regola dal Consiglio federale, rispettivamente dal Governo cantonale (per il Cantone Ticino art. 70 lett. h Cost./TI; WURZBURGER, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 6 e 8 ad art. 120).
1.4 Il conflitto di competenza può essere positivo o negativo e può riguardare la competenza di applicare il diritto per il tramite di una decisione. Nel caso in esame il conflitto riveste natura concreta e attuale (cfr. DTF 125 II 152 consid. 1; sulla cognizione del Tribunale federale cfr. DTF 130 I 156 consid. 1.3; 129 I 419 consid. 1).
1.5 Nella fattispecie, la risposta alla questione di sapere se è data l'azione ai sensi dell'art. 120 LTF non è manifesta. Da una parte la legittimazione del TPF quale parte non è evidente (cfr. WURZBURGER, op. cit., n. 8, 10 e 11 ad art. 120; WALDMANN, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, [BGG], 2008, n. 22 ad art. 120), dall'altra, come si vedrà, si è in presenza dell'eccezione prevista dall'art. 120 cpv. 2 LTF.
2. 2.1 Nell'azione, il TPF, ricordato che la II Corte dei reclami penali è divenuta autorità di ricorso in materia di assistenza giudiziaria internazionale (art. 28 cpv. 1 lett. e della legge del 4 ottobre 2002 sul Tribunale penale federale; RS 173.71), precisa che non spetta a detta Corte emanare decisioni di prima istanza, nemmeno relativamente all'esecuzione di rogatorie. Poiché la procedura di dissuggellamento sfocia in una siffatta decisione, essa non può essere considerata una procedura di ricorso, per cui essa deve rimanere retta dal diritto cantonale. Ricorda poi che un'eventuale violazione del segreto professionale potrebbe semmai essere addotta dinanzi alla II Corte dei reclami penali con un ricorso contro la decisione di chiusura. Mantenendo la competenza cantonale si eviterebbe anche ch'essa debba esprimersi su una sua pregressa decisione. Precisato che il modo di procedere proposto è quello applicato dalle autorità di tutti gli altri Cantoni e dalla sua prassi, il TPF, richiamata la nuova soluzione adottata dal Codice di diritto processuale penale svizzero del 5 ottobre 2007 (CPP), ritiene ingiustificato un improvviso cambiamento di giurisprudenza prima della relativa entrata in vigore.
2.2 Nelle sue osservazioni, l'UFG rileva che, nell'ambito dell'adozione della LTF, le funzioni giurisdizionali attribuite precedentemente alle autorità cantonali sono state interamente devolute al TPF, mentre il legislatore ha lasciato l'esecuzione del diritto materiale ai Cantoni (ZIMMERMANN, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 3a ed. 2009, n. 188 pag. 180). Esso ricorda poi che quest'ultimi determinano la competenza, l'organizzazione e la gestione delle autorità esecutive (art. 16 cpv. 2 AIMP; RS 351.1), le autorità cantonali applicando le prescrizioni vigenti per esse (art. 12 cpv. 1 AIMP). All'Ufficio federale compete in tale ambito la sorveglianza (art. 3 OAIMP; RS 351.11).
L'UFG vede l'esistenza di una lacuna nella legislazione ticinese, intervenuta in seguito all'abrogazione della già citata norma cantonale e al trasferimento delle competenze decisionali in materia di ricorso al TPF. Esso condivide la tesi del TPF, secondo cui la procedura di levata dei sigilli costituisce un atto di esecuzione materiale della domanda di assistenza ai sensi dell'art. 12 cpv. 1 secondo periodo AIMP e non un atto ricorsuale. Conformemente all'art. 16 cpv. 2 AIMP, spetta quindi al Cantone Ticino determinare l'autorità esecutiva competente per decidere il dissuggellamento. Tale compito potrebbe essere delegato sia alla CRP, che lo svolgeva prima dell'abolizione della norma cantonale, o al GIAR, competente per effettuare il dissuggellamento nel quadro delle procedure penali ticinesi (art. 164 CPP/TI), soluzione più consona, secondo l'UFG, al tenore dell'art. 12 AIMP. Richiamato tuttavia l'obbligo di celerità (art. 17a AIMP), esso propone per il caso di specie di designare direttamente il GIAR quale autorità competente per statuire sulla domanda di dissuggellamento litigiosa.
Sempre secondo l'UFG, la questione della competenza cantonale rimane attuale anche dopo l'entrata in vigore del CPP poiché la nuova procedura implica una modifica dell'art. 9 secondo periodo AIMP, che attualmente rinvia per il suggellamento di carte all'art. 69 PP (RS 312.0): in futuro la domanda di dissuggellamento sarà decisa dal giudice dei provvedimenti coercitivi nell'ambito della procedura preliminare o, negli altri casi, dal giudice presso il quale il caso è pendente (art. 248 cpv. 3 CPP; cfr. l'art. 71 cpv. 1 della legge del 20 aprile 2010 sull'adeguamento della legislazione cantonale all'introduzione del CPP).
2.3 La CRP non contesta la tesi del TPF, limitandosi a rilevare l'assenza di una base legale fondante la sua competenza.
2.4 Come si è visto, l'azione ai sensi dell'art. 120 LTF dev'essere ammessa in maniera restrittiva (cfr. sentenza 1P.736/1999 del 13 dicembre 1999 consid. 2a). Inoltre, di massima, le questioni inerenti alla competenza devono essere risolte, per lo meno nell'ambito delle procedure di prima istanza, sulla base di un ricorso secondo l'art. 120 cpv. 2 LTF e non di un'azione ai sensi dell'art. 120 cpv. 1 LTF (DTF 136 IV 44 consid. 1.3; per i conflitti di competenza in materia di perseguimento penale tra Confederazione e Cantoni, sottratti alla cognizione del Tribunale federale, vedi sentenza 1B_66/2010 del 30 marzo 2010 consid. 3).
Nel caso di specie, accertata la sua incompetenza, il TPF, invece di far capo all'azione, avrebbe dovuto emanare una decisione di inammissibilità, giudizio che il MP o l'UFG potevano impugnare dinanzi al Tribunale federale. Certo, la risposta alla questione di sapere se queste autorità potrebbero impugnare una siffatta decisione dinanzi al Tribunale federale sulla base dell'art. 84 LTF e se il conflitto di competenza costituisca un caso particolarmente importante, condizione che dev'essere ammessa in maniera restrittiva (DTF 134 IV 156 consid. 1.3.1 e 1.3.4), non è del tutto chiara. I motivi elencati all'art. 84 cpv. 2 LTF, che consentono di esaminare nel merito un ricorso in materia di assistenza giudiziaria internazionale in materia penale, non sono tuttavia esaustivi, come si deduce dall'utilizzazione nel testo legale dell'avverbio segnatamente. Il Tribunale federale, in effetti, può anche intervenire qualora si tratti di decidere una questione giuridica di principio (DTF 136 IV 20 consid. 1.2; 133 IV 215 consid. 1.2), sulla quale non si è ancora pronunciato in maniera approfondita.
3. Ne segue che l'azione è inammissibile. Il conflitto di competenza in questione dev'essere deciso per il tramite di un giudizio impugnabile in ultima istanza con un ricorso al Tribunale federale (art. 120 cpv. 2 LTF; cfr. DTF 136 IV 44 consid. 2). Per evidenti motivi di economia processuale e con riferimento al principio di celerità, la CRP, quale autorità a suo tempo competente secondo il diritto cantonale, potrebbe nondimeno riassumere l'incarto.
Non si prelevano spese giudiziarie e non si attribuiscono ripetibili della sede federale (art. 66 cpv. 4 e art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. L'azione è inammissibile.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione al Tribunale penale federale, alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, al Dipartimento federale di giustizia e polizia e, per conoscenza, al Ministero pubblico del Cantone Ticino.