Sachverhalt:
A. Im Jahr 2006 kaufte sich A.X._, geb. 1947, mit Fr. 600'000.-- in die Vorsorgeeinrichtung seiner Arbeitgeberin ein. Aufgrund seiner vorzeitigen Teilpensionierung bezog er im gleichen Jahr ein Kapital von Fr. 899'952.--. 2007 tätigte er einen zusätzlichen Einkauf von Fr. 300'000.-- und wurde ihm eine weitere Kapitalleistung von Fr. 3'090'368.-- erbracht. Beide Einkaufsbeiträge sollten vollumfänglich in Rentenform ausbezahlt werden.
B. Mit Veranlagungsverfügungen vom 22. Januar 2009 für die direkte Bundessteuer der Jahre 2006 und 2007 liess die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft gegenüber den Eheleuten A. und B.X._ die beiden Einkaufsbeiträge nicht zum Abzug vom steuerbaren Einkommen zu und erfasste die Kapitalleistung 2006 gesondert mit Fr. 299'952.-- (Fr. 899'952.-- abzüglich Fr. 600'000.--).
C. In zwei getrennten Urteilen vom 11. August 2010 befand das Kantonsgericht Basel-Landschaft nach Beschwerden der Ehegatten X._ und der Eidgenössischen Steuerverwaltung kantonal letztinstanzlich, der Abzug sei zuzulassen und die Kapitalleistung 2006 ungekürzt (d.h. im Umfang von Fr. 899'952.--) zu besteuern. Als Begründung gab es an, der Abzug sei dem Rechtsvertreter der Steuerpflichtigen durch eine gültige Zusage schriftlich in Aussicht gestellt worden und müsse die Veranlagungsbehörde aufgrund des Verfassungsgrundsatzes von Treu und Glauben binden. Demzufolge wies das Kantonsgericht die Beschwerde der EStV ab, hiess diejenige der Pflichtigen gut und wies die Sache insoweit zur Neuveranlagung an die kantonale Steuerverwaltung zurück.
D. Am 10. Januar 2011 hat die Eidgenössische Steuerverwaltung beim Bundesgericht Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie beantragt, die kantonsgerichtlichen Urteile aufzuheben und die Veranlagungsverfügungen vom 22. Januar 2009 betreffend die direkte Bundessteuer 2006 und 2007 sowie die gesonderte Erfassung der Kapitalleistung 2006 zu bestätigen.
E. Die Eheleute X._ schliessen teilweise auf Abweisung (Beschwerde 2C_20/2011), teilweise auf Nichteintreten und eventualiter auf Abweisung (Verfahren 2C_21/2011). Die kantonale Steuerverwaltung beantragt dagegen die Gutheissung der Beschwerden. Das Kantonsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die gleich lautenden Beschwerden betreffen dieselben Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Urteile und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; siehe u.a. BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Bei den angefochtenen Urteilen handelt es sich um kantonal letztinstanzliche Entscheide betreffend die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden der gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG zur Beschwerdeführung legitimierten Eidgenössischen Steuerverwaltung ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 Gemäss Art. 90 BGG ist die Beschwerde an das Bundesgericht zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Einen solchen sog. Endentscheid stellt unbestreitbar das Urteil dar, mit dem die Vorinstanz die Beschwerde der EStV abgewiesen hat und das dem Verfahren 2C_21/2011 zugrunde liegt.
Im Urteil, das vor Bundesgericht zum Verfahren 2C_20/2011 Anlass gegeben hat, hat das Kantonsgericht die Beschwerde der Pflichtigen gutgeheissen und die Sache zur Neuveranlagung an die kantonale Steuerverwaltung zurückgewiesen. Ein derartiger Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren zwar nicht ab, kann aber trotzdem wie ein Endentscheid behandelt werden, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. u.a. BGE 135 V 141 E. 1.1 S. 143; 134 II 124 E. 1.3 S. 127; StE 2009 B 96.21 N. 14 E. 3.3). Das ist hier der Fall, weshalb auf die Beschwerde 2C_20/2011 ebenfalls eingetreten werden kann.
1.4 Die Beschwerdegegner wenden gegen die Zulässigkeit der Beschwerde 2C_21/2011 ein, nachdem die Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren noch eine von der Veranlagungsbehörde abweichende Meinung verfochten habe, habe sie sich nun derjenigen der kantonalen Steuerverwaltung angeschlossen. Die mit den ursprünglichen Veranlagungsverfügungen verbundenen Fragen seien schon im ersten Verfahren zu behandeln, so dass es dem zweiten an einem selbständigen Prozessgegenstand bzw. an einem Rechtsschutzinteresse fehle.
Dieser Sichtweise kann nicht gefolgt werden: Wenn das Kantonsgericht für die Beurteilung (nahezu) derselben Rechts- und Sachlage zwei getrennte Urteile erlassen hat, ist es nicht ersichtlich, wie die Beschwerdeführerin das von ihr vor Bundesgericht Beantragte erreichen könnte, wenn sie nur das eine der beiden Urteile anfechten würde. Ausserdem kann ihr unter den gegebenen Umständen nicht vorgeworfen werden, dass sie vor Bundesgericht zu gewissen Aspekten nunmehr eine andere Meinung vertritt als noch im kantonalen Verfahren. Das ist schon deshalb statthaft, weil das Kantonsgericht zu einer von den kantonalen Vorinstanzen abweichenden Einschätzung gekommen ist und seine Urteile mit dem Vertrauensschutz begründet hat. Gegenüber dieser veränderten Rechtslage muss es der Eidgenössischen Steuerverwaltung freistehen, ihren Standpunkt neu zu bestimmen.
1.5 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht geltend gemacht werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.6 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in den Beschwerden geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerden aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder sie mit einer vom angefochtenen Entscheid abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140 mit Hinweis).
2. 2.1 Nach Art. 33 Abs. 1 lit. d DBG werden die gemäss Gesetz, Statut oder Reglement geleisteten Einlagen, Prämien und Beiträge an die Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung und an Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von den Einkünften abgezogen (vgl. auch Art. 81 Abs. 2 des Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 25. Juni 1982 ([BVG, SR 831.40]). Der am 1. Januar 2006 in Kraft getretene und hier somit anwendbare Art. 79b Abs. 3 BVG bestimmt (Satz 1): "Wurden Einkäufe getätigt, so dürfen die daraus resultierenden Leistungen innerhalb der nächsten drei Jahre nicht in Kapitalform aus der Vorsorge zurückgezogen werden."
Wenn diese Vorschrift die getätigten Einkäufe für die "daraus resultierenden Leistungen" einer dreijährigen Kapitalrückzugssperre unterwirft, so ist das laut bundesgerichtlicher Praxis nicht - wie sich aus dem Wortlaut zu ergeben scheint - als eine notwendigerweise direkte Verknüpfung zwischen dem Einkauf und der Leistung zu verstehen. Die Bestimmung ist vielmehr so auszulegen, dass jede während der Sperrfrist erfolgte Einzahlung vom Einkommensabzug ausgeschlossen werden muss. Das gilt selbst dann, wenn das zu beurteilende Vorsorgemodell eine klare Trennung zwischen später Einzahlung und Rentenausrichtung einerseits, langfristig angespartem Vorsorgevolumen und Kapitalauszahlung andererseits, vorsieht (vgl. ASA 79 685 E. 3.3; siehe auch ASA 79 700 E. 4; 79 691 E. 2.4; StR 66/2011 336 E. 5). An dieser Rechtsprechung ist entgegen der Argumente der Beschwerdegegner festzuhalten.
2.2 Hier fallen die in den Jahren 2006 und 2007 erfolgten Kapitalauszahlungen unbestreitbar in die dreijährige Sperrfrist, wie sie gemäss der Praxis zu Art. 79b Abs. 3 für die in den beiden gleichen Jahren getätigten Einkäufe besteht. Auf dieser Grundlage kann somit weder die eine noch die andere Einzahlung vom steuerbaren Einkommen abgezogen werden.
3. Die Vorinstanz hat die Abzugsfähigkeit der massgeblichen Einzahlungen nicht unter Berufung auf Art. 79b Abs. 3 BVG angenommen, sondern sich auf den verfassungsmässig garantierten Vertrauensschutz gestützt.
3.1 Der in Art. 9 BV verankerte Grundsatz von Treu und Glauben verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in unrichtige Zusicherungen, Auskünfte, Mitteilungen oder Empfehlungen einer Behörde, wenn die Behörde in einer konkreten Situation mit Bezug auf bestimmte Personen gehandelt hat, die Behörde für die Erteilung der betreffenden Auskunft zuständig war, der Bürger die Unrichtigkeit der Auskunft nicht ohne Weiteres erkennen konnte, er im Vertrauen auf die Richtigkeit der Auskunft Dispositionen getroffen hat, die nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden können, und die gesetzliche Ordnung seit der Auskunftserteilung keine Änderung erfahren hat. Als Folge der Bedeutung des Legalitätsprinzips im Abgaberecht ist der Vertrauensschutz in diesem Bereich jedoch praxisgemäss nur mit Zurückhaltung zu gewähren. Eine vom Gesetz abweichende Behandlung eines Steuerpflichtigen kann nur in Betracht fallen, wenn die Voraussetzungen des Vertrauensschutzes klar und eindeutig erfüllt sind. Einem Steuerpflichtigen darf aufgrund einer unrichtigen Auskunft oder einer bis anhin tolerierten gesetzwidrigen Behandlung nicht ein Vorteil erwachsen, der zu einer krassen Ungleichbehandlung führen würde (vgl. zum Ganzen u.a. BGE 131 II 627 E. 6.1 S. 636 f.; 130 I 26 E. 8.1 S. 60; 129 I 161 E. 4.1 S. 170; 127 I 31 E. 3a S. 36; Pra 2007 Nr. 90 S. 611 E. 3.3; ASA 79 254 E. 5.2; 78 216 E. 3.2; StE 2010 B 27.2 Nr. 33 E. 5; StR 65/2010 S. 796 E. 4.1; je mit weiteren Hinweisen)
3.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet zwar nicht, dass sich der Leiter des Rechtsdienstes der kantonalen Steuerbehörde mit der vom Beschwerdegegner geplanten Vorsorgeumgestaltung einverstanden erklärt hat, was der rechtlichen Würdigung eines noch nicht verwirklichten Sachverhalts entspricht. Sie argumentiert jedoch, von einer rechtsverbindlichen Zusage im Sinne von Art. 9 BV könne im Wesentlichen aus zwei Gründen nicht die Rede sein: Einerseits habe der Rechtsvertreter der Beschwerdegegner den massgeblichen Sachverhalt weder vollständig noch präzis genug geschildert, so dass die Stellungnahme der Behörde sich nicht auf den konkreten Fall beziehe. Andererseits habe die gegebene Zusicherung für die rechtsanwaltlich vertretenen Pflichtigen erkennbar als falsch erscheinen müssen. Ob diese beiden Voraussetzungen erfüllt sind, muss nicht weiter geprüft werden, weil die Beschwerde aus anderen Gründen gutzuheissen ist (vgl. oben E. 1.6).
3.3 Damit eine unrichtige Zusage verbindliche Rechtswirkungen hat, muss der Steuerpflichtige im Vertrauen auf die Richtigkeit der Auskunft Dispositionen getroffen haben, die nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden können.
3.3.1 Hier tätigte der Beschwerdegegner in den Jahren 2006 und 2007 zwei zusätzliche Einkäufe in die Vorsorgeeinrichtung, die er gemäss dem Kantonsgericht so nicht vorgenommen hätte, wenn ihm nicht zugesichert worden wäre, dass sie von seinen steuerbaren Einkünften abziehbar seien. Darin liegt eine Sachverhaltsfeststellung im Sinne von Art. 105 BGG, die von der Beschwerdeführerin zwar in Frage gestellt wird, nicht aber als geradezu offensichtlich unrichtig zu erscheinen vermag (vgl. dazu oben E. 1.5) und das Bundesgericht somit bindet.
3.3.2 Ohne Vertrauensschutz bleibt eine falsche Behördenauskunft einerseits, wenn die getroffenen Dispositionen nicht (ausschliesslich) gestützt auf die Zusage erfolgt sind (so z.B. in folgenden Fällen: Pra 2006 Nr 105 S. 717 E. 4.5; StE 2010 B 27.2 Nr. 33 E. 5), andererseits, wenn damit keine Nachteile verbunden oder diese rückgängig gemacht worden sind. Hier beschränkte sich die Veranlagungsbehörde nicht darauf, die Abzugsfähigkeit der beiden Einzahlungen zu verneinen. Vielmehr erfasste sie bei der Sonderveranlagung 2006 gemäss Art. 38 DBG nur den Differenzbetrag zwischen der tatsächlich erfolgten Kapitalauszahlung und dem Einkaufsbetrag. Insofern wurde die an sich nachteilige Disposition rückgängig gemacht, wenn auch nicht durch den Pflichtigen selber, sondern durch die zuständige Steuerbehörde.
3.3.3 Die hier von der Veranlagungsbehörde gewählte Vorgehensweise steht im Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Wirkung des Vertrauensschutzes. So lässt sich nicht in genereller Weise beantworten, welche Wirkung der Vertrauensschutz im Einzelfall hat. Dem Vertrauensschutz wird in der Regel jedoch Genüge getan, wenn der Bürger vor dem im Vertrauen erlittenen Nachteil bewahrt wird. Je nach Sachlage ist dieses Ziel durch Vermeiden von Rechtsnachteilen, durch Übergangslösungen oder durch den - im Gesetz vorgesehenen - Ersatz des Vertrauensschadens zu erreichen. Neben einer Abwägung zwischen dem Interesse des Bürgers und dem öffentlichen Interesse sind für die Auswahl der Lösung auch die Umstände des konkreten Falles (Art der getroffenen Vorkehrungen, Möglichkeiten des Ausgleichs, Auswirkungen für die Zukunft usw.) zu berücksichtigen (vgl. dazu ausführlich BGE 121 V 71 E. 2a S. 74 ff. mit weiteren Hinweisen). In einem steuerrechtlichen Anwendungsfall hat das Bundesgericht festgehalten, dass die Bindung an die unrichtige Auskunft ohnehin nicht die einzige mögliche Rechtsfolge ist. Entscheidend ist vielmehr, dass erlittene Rechtsnachteile ausgeglichen werden (vgl. ASA 68 443 E. 3). Etwas abweichendes ergibt sich auch nicht aus der Lehre (vgl. u.a. BEATRICE WEBER-DÜRLEr, Vertrauensschutz im öffentlichen Recht, Basel/Frankfurt a.M. 1983, S. 136 ff. u. 212 ff.; DIES., Falsche Auskünfte von Behörden, ZBl 1991, S. 16 ff.; DIES., Neuere Entwicklung des Vertrauensschutzes, ZBl 2002, S. 290 f.; ELISABETH CHIARIELLO, Treu und Glauben als Grundrecht nach Art. 9 der schweizerischen Bundesverfassung, Bern 2004, S.136 ff.; ULRICH HÄFELIN GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., Zürich 2010, Rz 697 ff.).
3.3.4 Die Beschwerdegegner wenden ein, es treffe nicht zu, dass die Nachteile der Vorsorgeumgestaltung, die aufgrund der Zusage der Steuerbehörde getätigt worden sei, durch die Art und Weise ihrer Erfassung in den Veranlagungsverfügungen 2006 und 2007 vollumfänglich rückgängig gemacht würden. Die Zusage habe vielmehr dazu geführt, dass ein Betrag von insgesamt Fr. 900'000.--, der gemäss der ursprünglichen Planung als Kapital hätte ausbezahlt werden sollen, nun für eine Ausrichtung in Rentenform vorgesehen worden sei. Nach der Umdisposition betrage die zu beziehende Rente nicht mehr bloss Fr. 40'000.-- jährlich, sondern Fr. 98'375.--. Diese Summe unterliege einer deutlich höheren Belastung bei der Einkommenssteuer, als wenn sie von der Kapitalsteuer erfasst worden wäre.
Dazu ist jedoch festzuhalten, dass es hier nur um die Veranlagungen 2006 sowie 2007 geht und dass der Beschwerdegegner die besagte Rente erst ab dem 1. Oktober 2007 bezogen hat. Somit führte die von der Veranlagungsbehörde gewählte Vorgehensweise in dem hier massgeblichen Rahmen dazu, die steuerlichen Nachteile der aufgrund der falschen Zusage getätigten Vorsorgeumgestaltung im Wesentlichen rückgängig zu machen. Es mag wohl ein Restunterschied verbleiben, der in einer gewissen Progressionsdifferenz bei der Einkommenssteuer besteht, sich aber in einem durchaus zumutbaren Rahmen hält. Auf jeden Fall würde er es nicht rechtfertigen, den Abzug vom steuerbaren Einkommen nur aus diesem Grund zu gewähren und die Beschwerdegegner so gegenüber anderen Steuerpflichtigen massiv besser zu stellen. Dabei muss nicht einmal mehr näher geprüft werden, ob die der Steuerverwaltung gelieferten Informationen genügend präzis waren und namentlich bei genauer(er) Nennung der massgeblichen Beträge die Behörde zu einer anderen oder zumindest vorsichtigeren Einschätzung des Sachverhalts veranlasst hätten (vgl. dazu schon oben E. 3.2).
3.4 An dieser Beurteilung ändert schliesslich auch nichts, dass gemäss inzwischen rechtskräftiger Sonderbesteuerung 2007 der vom Beschwerdegegner in jenem Jahr vorgenommene Einkauf im Umfang von Fr. 300'000.-- nicht von der Kapitalauszahlung von Fr. 3'090'368.-- abgezogen worden ist. Die kantonale Steuerverwaltung hat nämlich in Aussicht gestellt, im Falle einer Gutheissung der hier zu beurteilenden Beschwerden die entsprechende Anpassung an die Sonderbesteuerung 2006 vornehmen zu wollen (vgl. E. 4.3 des angefochtenen Urteils zur Beschwerde der Pflichtigen, E. 5.4 des Urteils zur EStV-Beschwerde).
4. Nach dem Gesagten sind die Beschwerden gutzuheissen, die angefochtenen Urteile aufzuheben und die ursprünglichen Veranlagungsverfügungen zu bestätigen, bei den entsprechenden Kosten- bzw. Entschädigungsfolgen für das bundesgerichtliche sowie das kantonale Verfahren.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_20/2011 und 2C_21/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden gutgeheissen, die Urteile des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 11. August 2010 werden aufgehoben und die Veranlagungsverfügungen 2006 sowie 2007 vom 22. Januar 2009 werden bestätigt. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdegegnern unter Solidarhaft auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juli 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Karlen Matter