Faits:
A. A.a Le 14 septembre 2005, A._ AG a obtenu du Tribunal de première instance de Genève le séquestre, à concurrence de 5'788'209 fr. 32, des avoirs de D._ en mains de C._; ce séquestre (n° aaa) a été exécuté le jour même par l'Office des poursuites de Genève (ci-après: l'Office).
Le 14 juillet 2006, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté l'opposition au séquestre formée par la société B._ Ltd; ce jugement a été confirmé le 19 octobre 2006 par la Cour de justice du canton de Genève.
A.b Le 4 juillet 2006, A._ a obtenu du Tribunal de première instance de Genève un séquestre, à concurrence de 2'442'000 fr. - sous déduction de 1'044'991 fr. 80 déjà séquestrés - , des avoirs de D._ en mains de C._; ce séquestre (n° bbb) a été exécuté le jour même par l'Office.
Le 22 août 2006, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté l'opposition au séquestre formée par la société B._ Ltd; ce jugement a été confirmé le 30 novembre 2006 par la Cour de justice du canton de Genève.
A.c Le 2 octobre 2006, A._ a obtenu du Tribunal de première instance de Genève un séquestre, à concurrence de 5'788'209 fr. 33 - sous déduction de 2'493'017 fr. 50 déjà séquestrés -, des avoirs de D._ en mains de C._; ce séquestre (n° ccc) a été exécuté le jour même par l'Office.
Le 8 janvier 2007, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté l'opposition au séquestre formée par la société B._ Ltd; ce jugement a été confirmé le 19 avril 2007 par la Cour de justice du canton de Genève.
B. Le 13 décembre 2006, B._ Ltd a revendiqué la propriété des actifs séquestrés (i.e. séquestres n° aaa, bbb et ccc) auprès de C._.
B.a Par avis du 13 juin 2007 relatif au séquestre n° aaa, l'Office a informé A._ de la revendication et lui a imparti un délai de dix jours pour déclarer si et dans quelle mesure elle la contestait.
Le 22 juin 2007, l'intéressée a répondu qu'elle contestait cette revendication, précisant que, vu la teneur de la déclaration de revendication, elle contestait d'ores et déjà les revendications formulées dans le cadre des séquestres n° bbb et ccc.
Par avis du 28 novembre 2007, l'Office a fixé à B._ Ltd un délai de vingt jours pour ouvrir action en constatation de son droit; celle-ci n'ayant pas introduit action dans le délai prescrit, l'Office a, le 7 février 2008, versé à A._ la somme séquestrée.
B.b Par avis du 12 juin 2008 relatif au séquestre n° bbb, l'Office a imparti à A._ un délai de vingt jours pour ouvrir action en contestation de la prétention du tiers revendiquant. Le même jour, il a communiqué aux parties un procès-verbal de séquestre n° ccc, dans lequel il a fixé un délai de vingt jours à A._ et à D._ pour ouvrir action en contestation de revendication.
C. C.a Par acte du 23 juin 2008, A._ a porté plainte contre l'avis du 12 juin 2008 relatif au séquestre n° bbb; elle a conclu à son annulation et à ce que l'Office soit invité à fixer un nouveau délai au tiers revendiquant pour agir en revendication et produire ses moyens de preuve.
C.b Par acte du 27 juin 2008, A._ a porté plainte à l'encontre du procès-verbal de séquestre n° ccc en tant que l'Office lui a fixé un délai pour agir en contestation de revendication; elle a conclu à l'annulation de cet avis et à ce que l'Office fixe un nouveau délai au tiers revendiquant.
C.c Par acte du 7 juillet 2008, B._ Ltd a porté plainte contre l'avis de fixation du délai pour ouvrir action en revendication du 28 novembre 2007 (séquestre n° aaa); elle a conclu à ce que cet avis - qui ne lui aurait jamais été communiqué - soit déclaré nul et à ce que l'Office soit invité à fixer un nouveau délai au créancier pour ouvrir action en contestation de sa revendication.
Dans ses déterminations du 7 août 2008, l'Office a déclaré que l'avis de fixation du délai pour ouvrir action, adressé par courrier recommandé du 28 novembre 2007, figure en copie dans son dossier, mais qu'il ne peut apporter la preuve de sa notification; le microfilm du recommandé n'a pas été retrouvé et les recherches entreprises auprès de La Poste sont restées infructueuses. Pour le surplus, il a confirmé que les fonds séquestrés ont bien été versés le 7 février 2008 à A._, faute pour B._ Ltd d'avoir ouvert action dans le délai imparti.
D._ a conclu à l'annulation de la décision de l'Office du 28 novembre 2007 et de tous les actes postérieurs, en particulier de la «décision et de l'acte de libération des fonds séquestrés» en faveur de A._, et à ce qu'un délai soit fixé à celle-ci pour ouvrir action en contestation de revendication. En outre, il a demandé à ce qu'il soit ordonné à A._, sous la commination des peines de l'art. 292 CP, de restituer immédiatement à l'Office la totalité des sommes libérées en sa faveur dans le cadre du séquestre n° aaa.
A._ a conclu à l'irrecevabilité de la plainte, subsidiairement à son rejet.
D. Statuant le 2 octobre 2008, la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève a, notamment, déclaré recevable la plainte dirigée à l'encontre de la décision de l'Office du 28 novembre 2007 fixant à la plaignante un délai de vingt jours pour ouvrir action en constatation de son droit dans le cadre du séquestre n° aaa, rejeté néanmoins cette plainte et - vu l'octroi de l'effet suspensif - invité l'Office à fixer à l'intéressée un nouveau délai pour ouvrir action en constatation de son droit (cf. art. 107 al. 5 LP) dans le cadre du séquestre n° aaa.
E. Contre cette décision, A._ interjette un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire, en formulant les conclusions suivantes:
«Principalement
1. Annuler et mettre à néant le second paragraphe «à la forme» et le cinquième chiffre «au fond» du dispositif de la Décision de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du 2 octobre 2008 [...];
Subsidiairement
2. Déclarer irrecevable la plainte [...] formée par B._ Ltd contre la décision de l'Office des poursuites datée du 28 novembre 2007 lui fixant un délai de vingt jours pour ouvrir action en constatation de son droit dans le cadre du séquestre n° aaa;
Plus subsidiairement
3. Rejeter la plainte [...] formée par B._ Ltd contre la décision de l'Office des poursuites datée du 28 novembre 2007 lui fixant un délai de vingt jours pour ouvrir action en constatation de son droit dans le cadre du séquestre n° aaa;
Cela fait
4. Débouter l'Intimée et toute autre partie de toutes autres ou contraires conclusions;
5. Condamner l'Intimée aux frais de la procédure et au paiement d'une indemnité pour les dépens de la Recourante».
La juridiction précédente a renoncé à se déterminer; D._ conclut à l'irrecevabilité du recours; la plaignante conclut également à l'irrecevabilité du recours et, quant au fond, au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée.
Considérant en droit:
1. 1.1 Déposé en temps utile (art. 100 al. 2 let. a LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 350 consid. 1.2 p. 351) rendue par une autorité de surveillance en matière de poursuite pour dettes statuant en dernière (unique) instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF), le recours en matière civile est recevable, indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
Ce recours étant ainsi ouvert, le recours constitutionnel subsidiaire ne l'est pas (art. 113 LTF), sans qu'il faille se demander - comme le fait la recourante - si la valeur litigieuse minimale est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF) ou si la présente cause soulève une question juridique de principe (art. 74 al. 2 let. a LTF).
1.2 Les parties adverses prétendent que la recourante n'a pas d'intérêt juridique à l'annulation de la décision entreprise (art. 76 al. 1 let. b LTF). Cette opinion est erronée. La recourante a un intérêt à ce que la procédure de revendication se déroule d'une façon régulière (cf. arrêt 7B.270/2003 du 27 février 2004 consid. 2.4, in: Pra 2004 n° 133), en l'occurrence à ne pas être exposée à une action en revendication qui n'est plus recevable (cf. infra, consid. 2.2).
2. Après avoir rappelé qu'une plainte n'est recevable que si elle permet d'atteindre un but concret sur le plan de l'exécution forcée, l'autorité précédente a considéré que la plaignante a un intérêt légitime à faire valoir, dans la procédure de revendication, son prétendu droit, qu'il lui appartiendra ensuite - qu'elle soit demanderesse ou défenderesse - de prouver. A son avis, même si les fonds séquestrés ont été versés à la créancière, l'intéressée doit pouvoir se plaindre de la décision fixant le rôle des parties afin de pouvoir, si elle devait obtenir gain de cause au terme de cette procédure, agir, le cas échéant, devant le juge ordinaire en enrichissement illégitime, la faculté de demander la réparation d'un éventuel dommage causé par l'Office restant au surplus ouverte.
C'est avec raison que la recourante combat cette argumentation.
2.1 L'arrêt sur lequel s'est fondée l'autorité précédente (i.e. 7B.20/2005 du 14 septembre 2005, non publié sur ce point aux ATF 131 III 652) ne corrobore nullement sa solution.
Dans cette décision, le Tribunal fédéral a expressément rappelé que, lorsque l'office a procédé à la distribution des deniers, les fonds ne sont plus détenus par lui et ne peuvent être bloqués auprès de lui; une rectification de la mesure n'étant plus possible, l'existence d'un intérêt actuel et concret doit en principe être niée; la récupération du montant prétendument versé à tort doit faire l'objet d'une action en enrichissement illégitime devant le juge ordinaire, l'action en responsabilité des art. 5 s. LP étant réservée (c. 1.1). Si le Tribunal fédéral est néanmoins entré en matière dans le cas particulier, c'est parce que la recourante contestait à l'office des poursuites et aux autorités cantonales de surveillance le pouvoir de remettre en cause une décision relevant de la seule compétence du Conseil fédéral au regard de l'art. 184 al. 3 Cst.; or, l'«incompétence qualifiée» des autorités de poursuite constitue un «motif de nullité» que les autorités de poursuite, y compris la Chambre des poursuites et des faillites du Tribunal fédéral (cf. art. 15 aLP), sont habilitées à constater d'office «en dépit de l'irrecevabilité de la plainte ou du recours» (c. 1.3). Sous réserve de cas exceptionnels non réalisés en l'espèce - dont celui faisant l'objet de l'arrêt précité -, il n'y a donc pas lieu de s'écarter du principe énoncé ci-dessus (cf. en outre: arrêts 7B.53/2006 du 8 août 2006 consid. 3.1; 7B.82/2006 du 12 septembre 2006 consid. 3; 7B.25/2004 du 19 avril 2004 consid. 2.3 et les arrêts cités).
2.2 Lorsque le procès en revendication oppose le tiers revendiquant au créancier (cf. pour l'hypothèse où le débiteur est partie: Tschumy, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, n° 29 ss ad art. 109 LP et les citations), son objet est de déterminer si le bien mis sous main de justice peut être ou non soumis à l'exécution forcée dans la poursuite en cours (ATF 107 III 118 consid. 2 p. 120). Puisque, comme l'a rappelé l'autorité précédente, le «but de la procédure de revendication est de départager le patrimoine du débiteur et celui du tiers», une action de celui-ci en ségrégation de son droit allégué n'est plus concevable après la distribution des deniers (ATF 71 III 119 p. 121; Jaeger, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. I, n° 19 ad art. 107 LP); la question de savoir s'il dispose alors d'une action en enrichissement illégitime contre le débiteur, voire le créancier, n'a pas à être tranchée ici (cf. à ce sujet: A. Staehelin, in: Basler Kommentar, SchKG II, n° 33 ad art. 109 LP), non plus que le mérite d'une éventuelle action en responsabilité contre l'Etat (art. 5 LP). Il s'ensuit que, en fixant à la plaignante un délai pour agir en revendication, l'autorité cantonale a violé le droit fédéral; sa décision doit donc être annulée sur ce point également.
3. Vu ce qui précède, il y a lieu d'admettre le chef de conclusions principal de la recourante. Les frais et dépens incombent à la plaignante et à D._ (art. 66 al. 1, 68 al. 1 et 2 LTF), solidairement entre eux (art. 66 al. 5 et 68 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière civile est admis; la décision attaquée est réformée comme suit:
2.1 La plainte formée par B._ Ltd contre la décision de l'Office des poursuites de Genève du 28 novembre 2007 dans le cadre du séquestre n° aaa est déclarée irrecevable.
2.2 Les chiffres 4 et 5 du dispositif sur le fond sont annulés.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis solidairement à la charge de B._ Ltd et de D._.
4. Une indemnité de 3'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise solidairement à la charge de B._ Ltd et de D._.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 17 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Braconi