Faits:
A. A.a La Caisse de retraite et de prévoyance du personnel enseignant du canton du Valais (ci-après: la CRPE) est une institution indépendante de droit public dont le siège est à Sion (art. 1er al. 1 des statuts). Ses organes statutaires sont l'assemblée des délégués, la Commission de gestion (ci-après: la CG), le bureau de la Commission de gestion (ci-après: le BCG) et les réviseurs des comptes (art. 74 al. 1 des statuts de 1995 et 77 al. 1 des statuts de 2000). La CG désigne notamment son président et nomme le directeur. Le bureau est composé du président, du vice-président et du directeur.
A.b La commission d'étude «placements» de la CG a mis sur pied une commission de placement, déjà opérationnelle en 1993, composée des quatre membres désignés de la CG, assistée de deux consultants externes. La composition de la Commission de placement (ci-après: la CP), organe non prévu par les statuts de la CRPE, a été fixée à cinq membres lors de la séance de la CG du 2 mars 1994, soit le directeur, le président, le vice-président, U._ et E._, laquelle a démissionné au 31 octobre 1996. Lors de l'entrée en vigueur - le 1er janvier 1999 - du règlement de placement, la CP ne comprenait que quatre membres, puis seulement trois dès septembre/octobre 1999 à la suite de la démission de U._. A l'origine, la CP était assistée de deux conseillers externes, soit O._ de la Banque X._, et I._ puis M._ de la banque Y._, laquelle a résilié le mandat le 17 décembre 1997. Ce poste de consultant n'a pas été repourvu.
A.c R._, au bénéfice d'une formation d'enseignant, est devenu membre de la CG de la CRPE en 1973 en tant que représentant des associations du personnel. En 1989, il a été nommé par le Conseil d'Etat du canton du Valais en qualité de représentant de l'employeur. Par décision de cette autorité, au 1er janvier 1994 il s'est vu confier la présidence de la CRPE, en remplacement du président démissionnaire N._. En assumant cette charge, il a également présidé la CG et la CP. De même, il était membre du BCG, composé du 1er janvier 1994 au 31 décembre 2002 de R._ (président), de D._ (vice-président) et de G._ (directeur). Dans le cadre de ses attributions, il disposait de la signature collective à deux avec le directeur.
A.d L._, propriétaire de la société Z._, s'est présenté au cours de 1996 devant la CP de la CRPE. Lors d'une séance de la CP du 25 septembre 1996, il a été proposé que la CRPE achète 1'500'000 «Special Warrants» ([SW], ou "bon de souscription spécial") auprès de la société canadienne A._, appelée à devenir B._ en mars 1997. Il s'agissait d'un investissement à deux phases de 750'000 SW le 27 septembre 1996 et de 750'000 SW le 8 octobre 1996. Selon les conditions d'investissement figurant sous ch. 4.1.3 du procès-verbal de la séance, Z._ s'engageait à reprendre 525'000 warrants à 3.50 $CAD (dollars canadiens) dans un délai de six mois à partir du 23 novembre 1996 et la CRPE s'engageait à livrer les 525'000 warrants à 3.50 $CAD.
Les contrats de souscription ont été signés le 25 septembre 1996 par G._ et R._, pour le compte de la CRPE, et transmis à C._ SA, agent européen du courtier canadien chargé de lever les fonds pour A._. La CRPE a versé 1'875'000 $CAD (valeur 27 septembre 1996) pour l'achat de 750'000 SW de la société A._ à 2.50 $CAD le bon de souscription spécial, et 3'375'000 $CAD (valeur 8 octobre 1996) pour l'achat de 750'000 SW de la société A._ à 4.50 $CAD le bon de souscription spécial.
R._, G._ et L._ ont signé un "contrat d'options" daté du 4 décembre 1996, conclu entre la CRPE et Z._. Ce contrat accordait à L._ la possibilité d'exercer une option de rachat d'actions ordinaires de la société A._, prochainement B._ (parag. 1). Il prévoyait que le nombre de titres concernés pourrait aller jusqu'à un total de 525'000, sous réserve que la sortie retardée du prospectus final n'entraîne une dilution de 10 %, laquelle serait alors répercutée sur l'ajustement du prix d'exercice de l'option dans un rapport identique (parag. 2). Le prix d'exercice de l'option de rachat était fixé initialement à 3.50 $CAD l'action, sous réserve du paragraphe 2 (parag. 3). La durée de l'exercice de l'option de rachat était fixée à six mois dès la livraison des titres définitifs et après exercice spécial du warrant y attenant lié à la livraison d'un prospectus final, cette option pouvant être rallongée de six mois selon entente entre les parties si le cours du titre restait en-dessous du niveau de 5.75 $CAD avant la première échéance (parag. 4). L'exercice de cette option pourrait se faire en une ou plusieurs tranches par L._ et "être utilisée" par ce dernier pour des livraisons de titres à des tierces parties, personnes individuelles ou établissements bancaires (parag. 5).
Deux avenants datés également du 4 décembre 1996, qui modifiaient le point 4 du contrat d'options (daté) du 4 décembre 1996, ont été conclus par R._, G._ et L._. Le premier stipulait que la durée d'exercice était prolongée jusqu'au 31 décembre 2002, mais que le prix de l'exercice était bonifié d'un intérêt simple de 5 % l'an dès le 1er janvier 1997. Selon le second avenant, le point 4 du contrat d'options était modifié en ce qui concerne le prix de l'option de la façon suivante: "a) il est admis par les parties que l'apport de L._ en faveur de la Caisse est de 52'500.- CAD. b) il est convenu que L._ finance l'achat des 525'000 options au prix de 0.10 CAD l'unité par ces 52'500.- CAD. Cette pièce a valeur de quittance".
A.e Le 13 novembre 1996, la CP avait confié un mandat de gestion à Z._. Le montant initial convenu à déposer auprès de la banque W._ était de CHF 5 millions fr. Vu les résultats enregistrés en deux ans, ce mandat a été résilié par lettre du 11 décembre 1998, le suivi du dossier étant confié par la CP à O._.
A.f R._ a remis à L._ (quittance-vente du 30 mai 1999) la somme de CHF 55'000 fr. pour la vente à R._ "des 525'000 options () sur B._ détenues par le soussigné, L._ de Z._ auprès de la CRPE à Sion".
A.g Au cours du premier semestre 2000, vu l'évolution favorable du titre B._, la CRPE a procédé à la vente de 1'500'000 actions de cette société.
Par lettre du 11 août 2000, L._, se référant à un entretien relatif au contrat d'options, a invité la CRPE à verser un montant de 3'690'750 $CAD sur un compte ouvert auprès de la banque T._. Il indiquait que ce "montant correspond aux 525'000 options à valeur nette de $CAD 7,03 chacune (différence) selon votre décompte effectué". Le 19 septembre 2000, il a déclaré à l'attention de G._ de la CRPE qu'il lui donnait son accord "pour laisser le montant relatif aux options B._ à disposition de la caisse, jusqu'à la mi-décembre 2000".
Le 17 juillet 2000, par l'intermédiaire de F._, gestionnaire de la banque H._, R._ avait ouvert une relation bancaire auprès de la banque H._, en annonçant un apport initial de fonds de l'ordre de 4 millions $CAD provenant de la vente d'actions en liaison avec un contrat d'options que lui avait cédé Z._. Le 20 décembre 2000, G._ et R._ ont signé collectivement à deux les ordres de débit et de paiement de la somme de 3'690'750 $CAD. Le 22 décembre 2000, par le débit du compte de la CRPE, la Banque X._ a viré ce montant sur le compte désigné auprès de la banque T._ (valeur 27.12.2000). Un ordre de bonification a été établi, portant sur le montant de 3'690'735 (moins 30) $CAD à virer sur le compte numérique de R._. Le 9 janvier 2001, la somme de 3'690'705 $CAD a été portée au crédit du compte de celui-ci auprès de la banque H._.
A.h Dans une attestation du 30 avril 2001, signée par L._, celui-ci a affirmé qu'il reconnaissait "avoir vendu à R._ () les 525'000 options qu'il détenait auprès de la CRPE à Sion, à savoir les options sur B._ selon contrat d'options conclu avec la CRPE () le 04 décembre 1996". Il déclarait que cette attestation avait valeur de quittance "pour les 55'000 CHF payés par R._ pour acquérir les 525'000 options".
Entre le 26 mai et le 10 juin 2002, R._ à remis à L._ 498'000 fr. (trois quittances) en liquide. Il lui a encore remis 25'000 fr. le 11 juillet 2002 et 25'000 fr. le 17 décembre 2002.
A.i Sur décision du Conseil d'Etat du canton du Valais du 9 avril 2003, R._ a été suspendu de ses fonctions avec effet immédiat. Le Juge d'instruction cantonal a ouvert contre lui une instruction pénale le 22 juillet 2003, qu'il a complétée le 22 septembre 2003. Une ordonnance d'inculpation a été rendue le 20 juin 2007 notamment à l'encontre de R._.
A.j Le 21 octobre 2009, le Tribunal du IIème Arrondissement pour le district de Sion a rendu un jugement en la cause pénale pendante entre le Ministère public, et la Caisse de retraite et de prévoyance du personnel enseignant du canton du Valais, et la Fédération des magistrats, des enseignants et des fonctionnaires de l'Etat du Valais, et notamment R._.
B. Affilié à la Caisse de retraite et de prévoyance du personnel enseignant du canton du Valais, R._ a requis de la caisse en mars 2004 le versement d'une rente de retraite.
Le 23 mars 2004, la CRPE a pris acte du choix d'une rente de retraite anticipée et du refus de R._ de lui restituer la somme qu'il avait encaissée suite à la vente des titres de la société B._. Elle l'avisait qu'elle entendait faire valoir une créance compensatrice à son égard.
Dans une prise de position du 5 mai 2004, la CRPE a refusé l'octroi d'une rente mensuelle de retraite anticipée de 6'244 fr. dès le 1er avril 2004. Le montant de 6'244 fr. était compensé, mois par mois, depuis cette date jusqu'à concurrence du montant en capital de CHF 4'035'000 fr. correspondant à une partie du dommage qu'il avait causé à la caisse. En tant que de besoin, la compensation intervenait immédiatement avec le droit de base à la rente de vieillesse et les droits dérivés matérialisés par la réserve mathématique (montant capitalisé de CHF 939'465 fr.). Elle l'avisait que toutes les conditions de l'art. 52 LPP étaient remplies et qu'il devait restitution à la CRPE de la somme de CHF 4'035'000 fr. (contre-valeur de 3'690'790 $CAD), avec intérêts à 5 % l'an dès le 27 décembre 2001, et que le solde de la prétention en dommages et intérêts de la caisse non couvert par la présente compensation était réservé.
C. Le 24 mai 2004, R._ a ouvert action contre la Caisse de retraite et de prévoyance du personnel enseignant du canton du Valais devant le Tribunal cantonal du canton du Valais - qui a transmis l'affaire au Tribunal cantonal des assurances comme objet de sa compétence -, en demandant qu'ordre soit donné aux organes de la caisse de lui verser une rente mensuelle de 6'244 fr., avec effet au 1er avril 2004.
Par décision du 25 septembre 2007, la juridiction cantonale a ordonné l'édition du dossier pénal.
Par jugement du 1er juillet 2008, le Tribunal cantonal des assurances a prononcé que l'action était rejetée, dans la mesure où elle était recevable. Retenant que R._ devait répondre du dommage qu'il avait causé à la caisse dans le cadre de l'affaire B._, il a considéré que celle-ci était en droit de compenser, chaque mois, la rente mensuelle de retraite anticipée de 6'244 fr. à laquelle il avait droit dès le 1er avril 2004 avec sa créance en réparation du dommage, jusqu'à concurrence du montant en capital de 939'465 fr. (réserve mathématique de la rente) correspondant à une partie du dommage subi par elle.
D. R._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant, sous suite de dépens, à son annulation, la Caisse de retraite et de prévoyance du personnel enseignant du canton du Valais étant condamnée à lui verser une rente mensuelle de 6'244 fr. avec effet rétroactif au 1er avril 2004, au motif qu'aucune faute n'est reconnue en ce qui le concerne et qu'aucune compensation n'est admise au surplus. Il produit un dossier de huit pièces selon bordereau.
La Caisse de retraite et de prévoyance du personnel enseignant du canton du Valais conclut, sous suite de frais et dépens, à l'irrecevabilité du recours, à titre subsidiaire au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. La deuxième Cour de droit social du Tribunal fédéral est compétente pour connaître d'un recours en matière de droit public dans le domaine de la prévoyance professionnelle (art. 73 LPP et art. 35 let. e du Règlement du Tribunal fédéral du 20 novembre 2006).
2. 2.1 Le recours peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), que le Tribunal fédéral applique d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'étant ainsi limité ni par les arguments du recourant, ni par la motivation de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p.140). Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF). Il examine sur la base des griefs soulevés dans le recours si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (art. 95 let. a LTF) y compris une éventuelle constatation des faits manifestement inexacte ou en violation du droit (art. 97 al. 1, art. 105 al. 2 LTF).
2.2 La motivation du recours doit être complète. Le renvoi à la détermination du 16 septembre 2004 devant la juridiction cantonale n'est dès lors pas admissible (FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in: Commentaire de la LTF, Berne 2009, N. 33 ad Art. 42 LTF; YVES DONZALLAZ, Commentaire de la Loi sur le Tribunal fédéral, Berne 2008, N. 919 ad Art. 42 LTF).
2.3 Outre sa détermination du 16 septembre 2004, le recourant produit le procès-verbal d'audition de O._ du 18 mai 2005, sa propre détermination du 20 novembre 2007, sa lettre du 14 mars 2006 (critique rapport S._) et sa lettre du 17 mars 2006 (critique rapport K._).
Toutefois, le jugement attaqué du 1er juillet 2008 ne justifie pas pour la première fois de soulever ces moyens, lesquels ne sont donc pas nouveaux au sens de l'art. 99 al. 1 LTF, faute de résulter de la décision de l'autorité précédente (ULRICH MEYER, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Basler Kommentar zum BGG, Basel 2008, N. 44 à 47 ad Art. 99 BGG; NICOLAS VON WERDT, in: Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 6 ad Art. 99 BGG; YVES DONZALLAZ, Commentaire de la Loi sur le Tribunal fédéral, Berne 2008, N. 4051 ad Art. 99 LTF). Ils ne sont dès lors pas admissibles.
2.4 Quoi qu'en dise l'intimée, on peut déduire de la motivation du mémoire de recours du 2 septembre 2008 (voir le chapitre V y relatif) en quoi les constatations des premiers juges seraient inexactes au sens de l'art. 97 al. 1 LTF et en quoi le jugement attaqué du 1er juillet 2008 serait contraire au droit. Répondant aux exigences de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le recours est dès lors recevable.
En revanche, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur les écritures du recourant des 20 janvier, 9 février, 10 et 19 juin 2009, qui sont tardives. De toute façon, sa requête du 20 janvier 2009 demandant que le juge instructeur procède à son interrogatoire aurait dû être rejetée (art. 55 al. 1 LTF en corrélation avec l'art. 62 al. 1 première phrase PCF).
3. Le litige porte sur le refus par l'intimée de verser au recourant une rente mensuelle de retraite anticipée de 6'244 fr. dès le 1er avril 2004, singulièrement sur le point de savoir si la caisse a vis-à-vis de celui-ci une créance en réparation du dommage et si elle est en droit de compenser la rente jusqu'à concurrence du montant en capital de 939'465 fr.
3.1 La novelle du 3 octobre 2003 modifiant la LPP (première révision) est entrée en vigueur le 1er janvier 2005 (sous réserve de certaines dispositions dont l'entrée en vigueur a été fixée au 1er avril 2004 et au 1er janvier 2006), entraînant la modification de nombreuses dispositions légales dans le domaine de la prévoyance professionnelle (RO 2004 1677). Eu égard au principe selon lequel les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits, le cas d'espèce reste régi par les dispositions de la LPP en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004 (ATF 129 V 1 consid. 1.2 p. 4).
3.2 Il est constant que le recourant a été, du 1er janvier 1994 au 8 avril 2003, président de l'intimée, et qu'en assumant cette charge, il a également présidé la Commission de gestion et la Commission de placement, tout en étant membre du bureau de la Commission de gestion. En tant que membre chargé de l'administration de la caisse, sa responsabilité est régie par l'art. 52 LPP (art. 2 al. 2 des statuts de 1995 et de 2000 de l'intimée).
3.2.1 Selon l'art. 52 LPP (teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004), les personnes chargées de l'administration, de la gestion ou du contrôle de l'institution de prévoyance répondent du dommage qu'elles lui causent intentionnellement ou par négligence.
3.2.2 Cette norme de responsabilité, dont le champ d'application s'étend à la prévoyance plus étendue (art. 49 al. 2 LPP; art. 89bis al. 6 CC), est applicable indépendamment de la forme juridique de l'institution de prévoyance (art. 48 al. 2 LPP). Outre l'appartenance au cercle des personnes mentionnées à l'art. 52 LPP, la responsabilité patrimoniale suppose la réalisation des conditions cumulatives de la survenance d'un dommage, de l'illicéité, de la faute et du lien de causalité (ATF 128 V 124 consid. 4a p. 127 s.). La responsabilité est déjà engagée par un comportement constitutif d'une négligence légère (ATF 128 V 124 consid. 4e p. 132).
3.3 Selon l'art. 71 al. 1 LPP, les institutions de prévoyance administreront leur fortune de manière à garantir la sécurité des placements, un rendement raisonnable, une répartition appropriée des risques et la couverture des besoins prévisibles de liquidités. Aux termes de l'art. 49 al. 1 OPP2, la fortune au sens des art. 50 à 60 comprend la somme des actifs inscrits au bilan commercial, sans un éventuel report de perte. L'art. 50 OPP2 dispose que l'institution de prévoyance doit choisir, gérer et contrôler soigneusement les placements qu'elle opère (al. 1). Lors du placement de sa fortune, elle doit veiller en premier lieu à assurer la sécurité de la réalisation des buts de prévoyance (al. 2 première phrase).
En vertu des art. 73 al. 1 des statuts (de 1995) et 76 al. 1 des statuts (de 2000) de l'intimée, la politique de placement des fonds doit viser à obtenir un rendement optimal, à répartir les risques et à éviter la dépréciation du capital, tout en accordant une priorité aux placements en faveur de l'économie du canton ou du pays.
4. Les premiers juges ont retenu que l'intimée avait vis-à-vis du recourant une créance en réparation du dommage, les critères cumulatifs de la survenance d'un dommage, de l'illicéité, de la faute et du lien de causalité étant en l'occurrence tous remplis, ce que celui-ci conteste.
4.1 Est réputée dommage au sens de l'art. 52 LPP toute atteinte à la fortune de l'institution de prévoyance (arrêt B 11/06 du 2 août 2007, consid. 5.1; MÉLANIE FRETZ, La responsabilité selon l'art. 52 LAVS: une comparaison avec les art. 78 LPGA et 52 LPP, in HAVE 2009 p. 240). Le dommage peut consister en une diminution de l'actif, en une augmentation du passif ou en un gain perdu et correspond à la différence entre le montant actuel de la fortune et le montant qu'elle aurait si l'événement dommageable ne s'était pas produit (ISABELLE VETTER-SCHREIBER, BVG Kommentar, Zürich 2009, ch. 6 Nr. 2 BVG Art. 52; UELI KIESER, Verantwortlichkeit nach Art. 52 BVG - eine Auslegeordnung, in: Schaffhauser/Stauffer (éd.), BVG - Tagung 2007 Universität St. Gallen, p. 133 s.; MARTIN EISENRING, Die Verantwortlichkeit für Vermögensanlagen von Vorsorgeeinrichtungen, Diss. Zürich 1999, p. 182 s.; MARCO LANTER, Stiftungen und Verantwortlichkeit [Haftung], in: Hans Michael Riemer (éd.), Die Stiftung in der juristischen und wirtschaftlichen Praxis, Zürich 2001, p. 192; CHRISTOF TRUNIGER/ALEXANDRA ZEITER, Der Anlageentscheid - die Verantwortlichkeit des Stiftungsrates, in: SZS 48/2004 p. 24 s., not. p. 31; voir aussi ATF 129 III 18 consid. 2.4 p. 23 et les références).
4.2 Les premiers juges ont relevé que selon l'intimée, le montant (arrondi) du dommage s'élevait à 4'035'000 fr. et représentait l'équivalent de 3'690'750 $CAD que la caisse avait fait virer le 27 décembre 2000 de son compte à la Banque X._ sur le compte de la banque H._ auprès de la Banque T._ avec le libellé "options B._", montant qui avait ensuite été transféré sur le compte du recourant auprès de la banque H._. Ils ont relevé également que selon un décompte de la vente de la totalité (1'500'000) des actions B._ et un décompte relatif aux 525'000 options figurant dans une note du 27 mai 2003 de l'Inspection des finances du canton du Valais, le gain (sans tenir compte d'un intérêt et de commissions éventuelles) réalisé par la caisse lors de la vente des actions B._ avait été fixé à 11'558'774 fr. 19 et le montant de 4'035'835 fr. 12 représentait l'équivalent de la somme de 3'690'750 $CAD versée par elle en ce qui concerne les 525'000 options. Considérant que l'affaire B._ avait certes été lucrative pour l'intimée puisqu'elle avait finalement réalisé un gain de plus de sept millions de francs et que ce gain aurait été de plus de onze millions de francs (même en déduisant l'investissement personnel de 55'000 fr. du recourant, versé à L._) si le recourant avait fait passer les intérêts de la caisse avant ses intérêts personnels, comme le lui imposait son devoir de loyauté, ils ont retenu que l'intimée avait bel et bien subi un dommage de plus de quatre millions de francs. Le montant du dommage n'avait toutefois pas à être déterminé de façon plus précise dans la présente procédure dans la mesure où était engagée la responsabilité du recourant à hauteur du seul montant capitalisé de la rente de retraite anticipée, à savoir 939'465 fr.
Niant tout dommage, le recourant reproche à la juridiction cantonale d'avoir méconnu les faits antérieurs au virement du 27 décembre 2000. En bref, il fait valoir que l'opération du 30 mai 1999 relative aux 525'000 options sur B._ n'a entraîné aucune variation de la fortune de la caisse et que G._ et O._, à la suite d'une inadvertance, d'une erreur ou d'une omission de leur part, ont vendu la totalité (1'500'000) des actions B._, ne prenant pas en considération le contrat conclu le 4 décembre 1996 et "amputant ainsi le lot en faveur de L._", cédé entre-temps au recourant mais dont L._ restait détenteur fiduciaire.
Ces griefs du recourant ne permettent pas de retenir que les constatations de fait des premiers juges en ce qui concerne l'existence d'un dommage soient manifestement inexactes ou qu'elles aient été établies de manière contraire au droit. Le virement du 22 décembre 2000 par le débit du compte de l'intimée auprès de la Banque X._ de la somme de 3'690'750 $CAD sur le compte désigné auprès de la banque T._ (valeur 27 décembre 2000) constitue un dommage au sens de l'art. 52 LPP. En effet, ce virement, effectué selon l'ordre de bonification du 20 décembre 2000, représente une diminution des actifs de la caisse. Il s'agit là d'une atteinte à la fortune au sens des art. 71 al. 1 LPP et 49 al. 1 OPP2 de l'institution de prévoyance. S'agissant du montant du dommage, il y a lieu de préciser qu'il est de 3'690'750 $CAD (valeur 27 décembre 2000). Quand bien même - comme le fait valoir le recourant - il y aurait eu semblable versement si L._ avait comme convenu à l'origine exercé les droits d'option, cela ne change rien à la diminution de la fortune de l'institution de prévoyance et n'est pas une question de dommage, mais d'illicéité.
4.3 Il y a illicéité lorsque les devoirs résultant de la loi et de ses ordonnances d'exécution, de l'acte de fondation et de ses règlements, des décisions du conseil de fondation, d'un rapport contractuel ou encore des directives de l'autorité de surveillance, y compris le devoir général de diligence, sont violés. En ce qui concerne le placement de la fortune de l'institution de prévoyance, un comportement contraire au droit consiste en premier lieu en une violation des dispositions légales (art. 71 LPP, art. 49 s. OPP2) et réglementaires (art. 49a OPP2). L'art. 50 OPP2 en particulier concrétise le devoir général de diligence et formalise la diligence accrue qui s'impose dans le domaine des placements (ATF 128 V 124 consid. 4d p. 129; sur le choix du critère de l'illicéité retenu par le Tribunal fédéral comme condition de la responsabilité des organes d'une institution de prévoyance, voir par exemple Mélanie Fretz, op. cit., in HAVE 2009 p. 241).
4.4 Les premiers juges ont retenu que le recourant avait eu un comportement contraire au droit en violant son devoir de fidélité vis-à-vis de l'intimée, en ce sens qu'il n'aurait pu prétendre à l'exécution des droits résultant du "contrat d'options" que si la caisse avait ratifié les actes de ses représentants, respectivement la cession des options par L._ opérée en sa faveur. A défaut d'une telle ratification, il n'était pas habilité à faire valoir les options à l'égard de la caisse, ni à percevoir aucun dédommagement pour ne pas avoir pu exercer lesdites options. En donnant l'ordre de virer la somme qui soi-disant devait revenir à L._ sur le compte de transit dont il était le bénéficiaire final, le recourant s'était par conséquent approprié, au détriment de l'intimée, une somme à laquelle il n'avait pas droit, violant ainsi gravement son devoir de fidélité. En sa qualité de président, il avait participé à la vente des titres dont la valeur s'était envolée et en date du 20 décembre 2000, il avait signé avec G._ un ordre de bonification de 3'690'750 $CAD par le débit du compte de la caisse à la Banque X._, en faveur du compte n° 197.725 auprès de la Banque privée T._, sans indication du nom du bénéficiaire. En fait, le compte en question était celui de la banque H._ et le recourant en était le destinataire final, par son compte auprès de la banque H._. L'intimée avait ainsi été victime d'une tromperie dans la mesure où elle avait été amenée à verser une somme non due sur un compte dont son président, puis son directeur, étaient les seuls à savoir qu'il appartenait en réalité au recourant.
En ce qui concerne les faits au moment de l'opération du 30 mai 1999, ils ont également été pris en compte par la juridiction cantonale, contrairement à ce que laisse entendre le recourant, qui lui reproche de s'être située dans l'après-coup en ignorant les faits survenus à ce moment-là. Ainsi, les premiers juges ont relevé que vu la situation difficile dans laquelle se trouvait L._ en mai 1999, le recourant lui avait racheté pour 55'000 fr. le droit d'option dont la durée d'exercice était encore de trois ans et demi, portant sur des titres en mains de l'intimée dont il était le président. A ce moment-là (le 30 mai 1999), le recourant n'avait pas proposé à la Commission de gestion, ni à la Commission de placement le rachat de l'option par la caisse. Il s'était bien gardé d'informer qui que ce soit au sein de l'intimée au moment de la conclusion du rachat et avait dissimulé par la suite le fait qu'il avait lui-même acheté lesdites options. Même G._ n'avait été informé de cette convention que bien plus tard. Selon le rapport d'expertise K._ du 14 juillet 2005, les conditions de rachat du droit d'option étaient extrêmement défavorables à L._ et à sa société et l'opération était donc très avantageuse pour le recourant. On pouvait en déduire qu'il aurait été dans l'intérêt de l'intimée que l'opération fût conclue en son nom plutôt qu'en celui de son président, lequel aurait ainsi commis une déloyauté en devenant le bénéficiaire de l'option de rachat sans offrir l'affaire à la caisse ni même l'informer de la transaction qu'il avait conclue. En effet, cette opération était liée à l'activité de gérant du recourant pour le compte de l'intimée, de sorte qu'il ne saurait prétendre qu'elle lui avait été offerte dans un cadre purement privé. Le recourant maintient devant la Cour de céans qu'il a agi le 30 mai 1999 en tiers à titre purement personnel dans une logique de souci d'aide à une personne en détresse en ce qui concerne L._, dont les mandats avec l'intimée avaient été résiliés, de sorte que sa position au moment précis de cette opération était fondamentalement distincte de celle de président de la caisse et qu'il n'avait pas besoin de l'accord de celle-ci, ni de sa ratification. Cette argumentation ne permet pas de considérer que la situation du recourant au 30 mai 1999 ait été retenue par les premiers juges sur la base d'éléments erronés. Que le rapport d'expertise K._ du 14 juillet 2005 se fonde sur une méthode dite "Black & Scholes", dont le recourant affirme qu'elle ne pouvait s'appliquer dans le cadre de l'opération B._, ne permet de tirer aucune conclusion en ce qui concerne l'opération du 30 mai 1999. Même si le recourant affirme que le prix de vente avait été calculé par L._ lui-même, qui l'aurait qualifié de tout à fait correct, cela ne permet pas encore de nier le caractère avantageux de cette opération pour le recourant.
En définitive, le recourant a eu un comportement contraire au droit en commettant une déloyauté vis-à-vis de l'intimée par l'opération du 30 mai 1999. En outre, s'agissant du virement sur un compte de transit de la somme de 3'690'750 $CAD, l'intérêt de l'intimée justifiait que la décision consistant dans l'ordre de bonification du 20 décembre 2000 et le virement du 22 décembre 2000 (valeur 27 décembre 2000) soit prise par le bureau de la Commission de gestion et soumise à la Commission de gestion pour ratification (art. 84 al. 3 des statuts de 2000), sans laquelle il y a eu emploi illicite de la fortune de la caisse (Martin Eisenring, op. cit., p. 194). Il apparaît que le jugement attaqué, en retenant que le recourant avait commis une violation de son devoir de fidélité vis-à-vis de l'intimée, victime d'une tromperie de sa part, est conforme au droit fédéral (sur le devoir de fidélité comme facteur aggravant la faute, voir ATF 128 V 124 consid. 4e p. 132). Est ainsi illicite le comportement du recourant, dont la déloyauté par une opération de rachat de droit d'option effectuée à l'insu de l'institution de prévoyance et la tromperie l'ayant amenée à verser une somme non due sur un compte de transit dont il était seul à savoir qu'il lui appartenait en réalité, ont causé un dommage à l'intimée.
A titre superfétatoire, les premiers juges ont considéré que le recourant n'avait manifestement pas respecté l'obligation de transparence à laquelle il était tenu, ce que celui-ci ne discute pas vraiment. Ils ont aussi relevé que ses agissements contrevenaient doublement au Code de déontologie dans le domaine de la prévoyance professionnelle du 4 mai 2000, lequel avait remplacé le Code de déontologie 1996 auquel l'intimée avait déclaré se soumettre le 2 juin 1997. En effet, la somme que le recourant avait perçue devait être qualifiée d'affaire abusive pour son propre compte proscrite par l'art. 5 du Code et son silence relativement aux avantages reçus était en contravention manifeste avec l'art. 7 du Code. Point n'est besoin d'examiner plus avant si, comme l'affirme le recourant, le lot d'actions L._ constituait une affaire parallèle (parallel running) au lot de l'intimée autorisée par l'art. 5 al. 3 du Code de déontologie. En effet, encore faut-il pour que cette disposition s'applique que la caisse ne subisse aucun inconvénient de l'affaire parallèle, condition qui n'est pas remplie dès lors que l'intimée a subi un dommage (supra, consid. 4.2). Quant à l'application de l'art. 7 du Code, elle peut rester indécise puisque selon l'art. 84 al. 3 des statuts de 2000, les décisions consistant dans l'ordre de bonification du 20 décembre 2000 et le virement du 22 décembre 2000 (valeur 27 décembre 2000) auraient dû être soumises à la Commission de gestion pour ratification.
4.5 Les premiers juges ont admis que la condition de la faute était réalisée en ce qui concerne le recourant. Ils ont considéré que celui-ci avait commis un acte gravement contraire à ses obligations dans la mesure où, en tant qu'organe formel de l'intimée, il avait manifestement agi gravement à l'encontre des intérêts objectifs de la caisse. En effet, il avait fait passer ses intérêts personnels avant ceux de l'intimée, contrairement à ce que lui imposait son devoir de loyauté, et il avait également enfreint son devoir de diligence et de fidélité à l'institution de prévoyance qu'il gérait et représentait.
Ces considérations de la juridiction cantonale sont conformes au droit fédéral (ATF 128 V 124 consid. 4e p. 132). Le recourant fait valoir qu'il ne saurait y avoir de faute de sa part, dès lors qu'aucun acte illicite ne peut être retenu à son encontre et qu'il a pris toutes les précautions pour s'assurer de la parfaite légalité et éthique de ses démarches en demandant à G._ d'étudier de manière attentive la question et de s'enquérir auprès d'une autre personne de référence. Non seulement son mémoire de recours ne répond pas sur ce point aux exigences de motivation de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, mais ses arguments ont déjà été réfutés (supra, consid. 4.4).
4.6 La juridiction cantonale a retenu qu'il existait une relation de causalité naturelle entre le dommage au sens de l'art. 52 LPP et le comportement du recourant contraire aux devoirs qui étaient les siens. On ne voit pas que cette constatation de fait soit manifestement inexacte. Le recourant ne le démontre pas, ses arguments étant ceux qu'il a invoqués en ce qui concerne la condition du dommage, lesquels ont été réfutés (supra, consid. 4.2).
Les premiers juges ont qualifié d'adéquat (cf. ATF 129 V 177 consid. 3.2 p. 181, 402 consid. 2.2 p. 405 et la référence) le lien de causalité entre le dommage au sens de l'art. 52 LPP et le comportement du recourant, ce que celui-ci ne discute pas.
4.7 Il résulte de ce qui précède que le jugement attaqué, qui retient que le recourant doit répondre du dommage au sens de l'art. 52 LPP qu'il a causé à l'intimée dès lors que les conditions cumulatives de la survenance d'un dommage, de l'illicéité, de la faute et du lien de causalité sont remplies en ce qui le concerne, est conforme au droit fédéral. Le recours est mal fondé de ce chef.
5. Le litige porte également sur la compensation opérée par l'intimée en ce qui concerne le recourant.
5.1 Selon la doctrine et la jurisprudence, la compensation de créances réciproques constitue un principe juridique général, ancré en droit privé aux art. 120 s. CO, qui trouve application en droit administratif. En droit des assurances sociales plus particulièrement, le principe est reconnu, même dans les branches qui ne le prévoient pas expressément; du reste, la plupart des lois d'assurances sociales connaissent une réglementation spécifique. Dans le domaine de la prévoyance professionnelle, la question particulière de la compensation de créances est réglée de manière spécifique à l'art. 39 al. 2 LPP. Selon cette disposition légale, le droit aux prestations ne peut être compensé avec des créances cédées par l'employeur à l'institution de prévoyance que si ces créances ont pour objet des cotisations non déduites du salaire. Cette interdiction quasi générale de compenser des expectatives de prévoyance professionnelle ne vaut pas lorsque les prestations sont exigibles (ATF 132 V 127 consid. 6.1.1 et 6.1.2 p. 135 s.). L'art. 39 al. 2 LPP cependant ne règle pas la question de la compensation des créances propres à l'institution de prévoyance avec celles de la personne assurée. Dans ce cas, les dispositions du code des obligations qui en fixent les conditions sont applicables par analogie (art. 120 s.). Toutefois, en raison de la nature des créances en cause et compte tenu de l'art. 125 ch. 2 CO, une créance d'une institution de sécurité sociale ne peut être compensée avec une prestation due à un assuré, si de ce fait les ressources de celui-ci descendent au-dessous du minimum vital (ATF 128 V 50 consid. 4a p. 53 et les références).
5.2 En l'espèce, l'intimée a opposé sa créance en réparation du dommage de l'art. 52 LPP en compensation au droit du recourant à une rente mensuelle de retraite anticipée de 6'244 fr. dès le 1er avril 2004.
Les premiers juges, considérant que la compensation opérée par l'intimée était admissible dès lors que la créance du recourant en prestations de vieillesse ne concernait pas le maintien de la prévoyance, ont retenu que la limite du minimum vital n'était pas atteinte par celui-ci.
5.3 Les arguments du recourant fondés sur l'identité et la réciprocité des sujets des obligations ne résistent pas à l'examen. L'intimée a une créance en réparation du dommage de l'art. 52 LPP à son encontre (supra, consid. 4.7), laquelle existe indépendamment d'un prononcé pénal. Le paiement d'une rente LPP à D._ est un moyen nouveau, non invoqué dans l'action de droit administratif du 24 mai 2004. Or, le jugement attaqué du 1er juillet 2008 ne justifie pas pour la première fois de soulever ce fait, lequel n'est donc pas nouveau au sens de l'art. 99 al. 1 LTF, faute de résulter de la décision de l'autorité précédente (ULRICH MEYER, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Basler Kommentar zum BGG, Basel 2008, N. 44 à 47 ad Art. 99 BGG; NICOLAS VON WERDT, in: Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 6 ad Art. 99 BGG; YVES DONZALLAZ, Commentaire de la Loi sur le Tribunal fédéral, Berne 2008, N. 4051 ad Art. 99 LTF). Ce moyen n'étant pas admissible, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur l'argumentation développée à ce propos.
5.4 C'est en vain que le recourant, invoquant l'art. 321e CO sous prétexte que l'identité des prestations dues comme condition de la compensation n'est pas réalisée, entend par ce moyen remettre en cause le caractère illicite de la violation de son devoir de diligence de l'art. 50 OPP2 (supra, consid. 4.4). Selon la jurisprudence (arrêt B 99/05 du 12 juin 2006), la compensation par l'institution de prévoyance du droit exigible d'un organe à une rente de vieillesse de la prévoyance professionnelle avec une créance en réparation du dommage de l'art. 52 LPP existant à son encontre est admissible, sous réserve d'une atteinte au minimum vital. Or, lors du jugement attaqué du 1er juillet 2008, le droit du recourant à une rente mensuelle de retraite anticipée était exigible depuis le 1er avril 2004 et la créance de l'intimée en réparation du dommage de l'art. 52 LPP existant à l'encontre du recourant était également exigible (supra, consid. 4.2). Ainsi, la compensation opérée par l'intimée était admissible, dès lors qu'il est établi que la limite du minimum vital n'était alors pas atteinte. Quant à la quotité de la compensation, elle n'est pas non plus contraire au droit, attendu que le dommage dont doit répondre le recourant vis-à-vis de l'intimée est de 3'690'750 $CAD (valeur 27 décembre 2000; supra, consid. 4.2), somme nettement supérieure à la valeur capitalisée de la rente de 939'465 fr. (réserve mathématique).
6. Il s'ensuit que le recours est mal fondé et doit ainsi être rejeté. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il ne saurait prétendre une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al. 1 LTF). Représentée par un avocat, l'intimée, bien qu'obtenant gain de cause, ne saurait prétendre une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al. 3 LTF; ATF 128 V 124 consid. 5b p. 133).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 16 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner