Sachverhalt:
A. Nach dem von der Gemeinde Boniswil am 18. Dezember 1981 beschlossenen Zonenplan war die Parzelle Nr. 139 keiner Bauzone zugewiesen. Dieser Plan wurde am 26. März 1985 vom Grossen Rat des Kantons Aargau genehmigt. Im Rahmen der Gesamtrevision der kommunalen Nutzungsplanung beschloss die Gemeindeversammlung am 5. Juni 1998 zusammen mit der Bau- und Nutzungsordnung (BNO) einen Bauzonen- und Kulturlandplan. Danach war für die Parzelle Nr. 139 eine Zuweisung zur Wohn- und Gewerbezone WG 2 vorgesehen. In der Folge genehmigte der Grosse Rat am 18. Dezember 2001 diese Zonenzuweisung der Parzelle Nr. 139 nicht und wies die Gemeinde an, im betreffenden Gebiet die Zonierung neu festzulegen. In der vom 28. März bis zum 27. April 2006 öffentlich aufgelegten Teiländerung des Bauzonen- und Kulturplans Weid war eine Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zur Landwirtschaftszone mit überlagerter Landschaftsschutzzone vorgesehen. Dagegen erhob X._, Eigentümer der Parzelle Nr. 139, Einsprache beim Gemeinderat Boniswil und verlangte eine Zuweisung zur Bauzone WG 2. Mit Entscheid vom 30. Mai 2006 wies der Gemeinderat die Einsprache ab. Am 2. Juni 2006 beschloss die Gemeindeversammlung die Ortsplanungs-Teilrevision gemäss der öffentlichen Auflage. Dieser Beschluss wurde am 17. Juli 2006 publiziert.
B. In der Folge reichte X._ Beschwerde beim Regierungsrat des Kantons Aargau ein und beantragte die Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zur Zone WG 2. Der Regierungsrat wies die Beschwerde mit Beschluss vom 25. April 2007 ab. Gestützt auf die Botschaft des Regierungsrats vom 25. April 2007 behandelte der Grosse Rat die Vorlage "Gemeinde Boniswil, Nutzungsplanung Siedlung, Teiländerung Bauzonenplan, Teiländerung Bau- und Nutzungsordnung (Vorlage GR.07.102-1)" und fällte am 28. August 2007 den entsprechenden Genehmigungsbeschluss. Dieser Beschluss wurde am 10. September 2007 im kantonalen Amtsblatt publiziert.
X._ erhob gegen den Genehmigungsbeschluss Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und beantragte die Zuweisung der Parzelle Nr. 139 in eine Bauzone. Mit Urteil vom 17. Dezember 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. Es erwog, die Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zu einer Landwirtschaftszone mit überlagerter Landschaftsschutzzone beruhe auf sachgerechten planerischen Erwägungen, weshalb der angefochtene Genehmigungsentscheid die Gemeinde Boniswil in ihrem Planungsermessen zu Recht schütze. Ferner könne auf die beantragte Durchführung eines Augenscheins verzichtet werden, da sich der Sachverhalt mit genügender Klarheit aus den Akten ergebe.
C. Mit Eingabe vom 9. Februar 2009 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG). Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Vorinstanz sei anzuweisen, einen Augenschein durchzuführen und ein Lärmgutachten zu erstellen; gestützt darauf sei die Parzelle Nr. 139 der Bauzone WG 2 zuzuweisen. Der Beschwerdeführer rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG und eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV).
D. Der Gemeinderat Boniswil stellt in seiner Vernehmlassung keinen Antrag. Das Departement Bau, Verkehr und Umwelt stellt für den Regierungsrat den Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht schliesst in seiner Vernehmlassung ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. Vom Grossen Rat ist keine Stellungnahme eingegangen.
Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit eine Replik einzureichen Gebrauch gemacht. In seiner Eingabe vom 20. April 2009 stellt er keine neuen Anträge.
Das Departement hat zur Replik Stellung genommen und abermals den Antrag auf Abweisung der Beschwerde gestellt. Das Verwaltungsgericht hat auf eine erneute Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit, sich nochmals äussern zu können, mit einer kurzgehaltenen Eingabe Gebrauch gemacht, in der er wiederum keine neuen Anträge stellt.
Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine Nutzungsplanung im Sinne von Art. 14 ff. des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG; SR 700) und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zugrunde. Für die Rechtsmittel an Bundesbehörden gelten die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (Art. 34 Abs. 1 RPG). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht auf dem Gebiet des Raumplanungsrechts zur Verfügung. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251, 409 E. 1.1 S. 411). Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist Eigentümer des Grundstücks, auf das sich die umstrittene Zonenzuweisung bezieht. Seine Beschwerdelegitimation ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zu bejahen. Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind grundsätzlich erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Vorbehältlich genügend begründeter und zulässiger Rügen ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 bzw. Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, der angefochtene Entscheid stelle auf Lärmdaten ab, die angeblich im Jahr 1991 in der Nähe der Parzelle Nr. 139 erhoben und per 2007 hochgerechnet worden seien. Diese Daten seien von der Vorinstanz neu in das Verfahren eingeführt worden, ohne dass er dazu habe Stellung nehmen können. Damit sei sein Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden. Weiter bringt der Beschwerdeführer vor, es sei fraglich, ob die erhobenen Lärmdaten ohne Weiteres von den Messorten auf die Parzelle Nr. 139 übertragen werden können. Ausserdem sei von der Vorinstanz nicht geprüft worden, ob die lärmschutzrechtlichen Planungswerte mit baulichen Massnahmen eingehalten werden könnten. Bezüglich Einhaltung der Planungswerte sei lediglich festgestellt worden, dass ein Nachweis fehle, ohne dass ein solcher aber jemals verlangt worden wäre.
2.2 Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Dazu gehört insbesondere das Recht, sich vor Erlass eines in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (BGE 133 I 270 E. 3.1 S. 277; 132 V 368 E. 3.1 S. 370 mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz zog die vom Beschwerdeführer erwähnten Lärmdaten aus der Nahumgebung der Parzelle Nr. 139 aus der im Internet befindlichen, öffentlich zugänglichen Karte der kantonalen Fachstelle bei. Aufgrund dieser Daten gelangte sie zum Schluss, dass bei der Parzelle Nr. 139 nicht nur mit einer Überschreitung der Planungswerte, sondern auch mit einer solchen der Immissionsgrenzwerte zu rechnen sei. Zudem erwog sie, auch bei einer Sanierung sei nicht zu erwarten, dass die Lärmbelastung im Bereich der Parzelle Nr. 139 unter die Planungswerte gesenkt werden könne. Die Vorinstanz zog daraus den Schluss, dass u.a. auch die Lärmvorbelastung der Parzelle Nr. 139 gegen eine Zuweisung in eine Bauzone spreche.
2.4 Es trifft zu, dass der Beschwerdeführer vor der Vorinstanz keine Gelegenheit erhielt, sich zu den von ihr aus dem Internet beigezogenen Lärmdaten zu äussern. Die Richtigkeit dieser Daten stellt er im Grundsatz indes nicht in Frage, sondern er bezweifelt lediglich deren Aussagekraft für die Parzelle Nr. 139. Er unterlässt es sodann aufzuzeigen, inwiefern er mit einer vorgängigen Stellungnahme zu diesen Lärmdaten den angefochtenen Entscheid hätte beeinflussen können. Dies ist indes auch nicht ersichtlich, da die Vorinstanz die strittige Zonenzuweisung im Wesentlichen mit dem raumplanerischen Konzentrationsprinzip und Argumenten des Landschaftsschutzes begründete und dem Aspekt der Lärmvorbelastung der Parzelle Nr. 139 in diesem Zusammenhang keine ausschlaggebende Bedeutung einräumte. Unter diesen Umständen waren die beigezogenen Lärmdaten, ohne Kenntnisgabe an den Beschwerdeführer, für den Verfahrensausgang nicht eintscheidend (s. Art. 97 BGG). Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist daher unbegründet.
2.5 Aus dem gleichen Grund ist weder auf die vom Beschwerdeführer hinsichtlich der Aussagekraft der von der Vorinstanz beigezogenen Lärmdaten für die Parzelle Nr. 139 geäusserten Zweifel einzugehen, noch auf die Beanstandung fehlender weiterer Abklärungen hinsichtlich der Einhaltung der lärmschutzrechtlichen Planungswerte etwa mittels baulicher Massnahmen.
2.6 Abgesehen davon, dass der Lärmfrage vorliegend keine entscheidende Bedeutung zukommt, ist der Antrag, die Vorinstanz sei anzuweisen ein Lärmgutachten zu erstellen, neu. Da der Beschwerdeführer auch nicht darlegt, inwiefern erst der angefochtene Entscheid zu diesem Antrag Anlass gegeben hat, ist darauf nicht einzutreten (Art. 99 Abs. 1 BGG).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer beanstandet sodann den Umstand, dass die Vorinstanz seinen Antrag auf Durchführung eines Augenscheins abgelehnt habe. Ihre Begründung, der Sachverhalt sei dank Akten genügend klar gewesen, dem Internet könnten einschlägige Flugbilder entnommen und es könne auf einen vom Regierungsrat durchgeführten Augenschein abgestellt werden, treffe nicht zu. Der Wissensstand der Vorinstanz basiere vielmehr auf einer augenfällig und offensichtlich überholten Situation, weshalb ihr in antizipierter Beweiswürdigung vorgenommener Verzicht auf einen Augenschein willkürlich sei. Namentlich die Flugbilder, die im Aargauischen Geographischen Informationssystem (AGIS) am 22. Januar 2009 zugänglich gewesen seien, würden eine längst überholte Situation wiedergeben. Es fehlten darauf beispielsweise die neuen Erschliessungsanlagen und die entsprechenden Geländeanpassungen. Der Hang zwischen der Parzelle Nr. 139 und der Bauzone erscheine zudem als völlig unberührt, was heute nicht mehr der Fall sei; es habe neue Bauten, Böschungen usw. Sinngemäss macht der Beschwerdeführer geltend, diese Abweichungen von der Realität seien so gross, dass es willkürlich gewesen sei, dass die Vorinstanz (u.a.) in Verweisung auf die Flugbilder auf die Durchführung des beantragten Augenscheins verzichtet habe.
3.2 Der Beschwerdeführer hatte den vor der Vorinstanz gestellten Antrag auf Durchführung eines Augenscheins nicht näher begründet, sondern ihn im Zusammenhang mit der Sachverhaltsdarstellung vorgebracht, dass die Parzelle Nr. 139 am Südrand von Boniswil, an der Kantonsstrasse und am Bahngeleise liege, und dass sie mit einem Einfamilienhaus und verschiedenen Nebengebäuden überbaut sei. Diese Tatsachen waren auch vor der Vorinstanz unbestritten, sodass der von ihr in antizipierter Beweiswürdigung getroffener Entscheid, auf die Durchführung des beantragten Augenscheins zu verzichten, nicht als willkürlich zu beanstanden ist. Im Übrigen wurde bereits im Rahmen des Beschwerdeverfahrens vor dem Regierungsrat ein Augenschein durchgeführt. An den Ergebnissen dieses Augenscheins übte der Beschwerdeführer in seiner Eingabe an die Vorinstanz keinerlei Kritik. Soweit der Beschwerdeführer behauptet, auf den im Internet publizierten Flugbildern erscheine der Hang zwischen der Parzelle Nr. 139 und der Bauzone als völlig unberührt, was heute nicht mehr zutreffe, hätte es an ihm gelegen, den nach seiner Auffassung relevanten Sachverhalt bei der Vorinstanz darzulegen, soweit er sich nicht bereits aus dem Genehmigungsbeschluss des Grossen Rats vom 28. August 2007 bzw. aus dem Protokoll des Augenscheins vom 15. Dezember 2006 ergab. Von den in der Beschwerde im Zusammenhang mit der Beurteilung der landschaftlichen Qualität des fraglichen Hangs namhaft gemachten Elementen (Kunstbauten bzw. Stützmauern von Strasse und Bahn, Feldwege, standortfremde Fichten, Häuser, neue Strasse, Böschungen, Bacheinlauf und Kiesplatz) findet sich in der Beschwerde an die Vorinstanz indessen kein Wort. Wie bereits erwähnt, war der Antrag auf Durchführung eines Augenscheins damals lediglich pauschal begründet und enthielt keine derartigen Hinweise. Die Rüge des Beschwerdeführers, der Verzicht der Vorinstanz auf die beantragte Durchführung eines Augenscheins sei willkürlich gewesen, ist somit unbegründet. Sein Antrag, die Vorinstanz sei anzuweisen, einen Augenschein durchzuführen, ist daher abzulehnen.
4. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, nach dem Zonenplan von 1981 sei die westlich (recte: östlich) der Parzelle Nr. 139, aber unterhalb der Kantonsstrasse gelegene Parzelle Nr. 753 einer Bauzone zugewiesen gewesen. Auf Wunsch des damaligen Eigentümers, eines Landwirts, sei sie dann ausgezont worden. Wäre dies unterblieben, wäre die Parzelle Nr. 139 heute noch weniger isoliert.
Es ist nicht hinreichend klar, auf welche Erwägungen der Vorinstanz sich diese Ausführungen des Beschwerdeführers beziehen bzw. inwiefern damit ein Beschwerdegrund nach Art. 95 ff. BGG geltend gemacht werden soll. Das Vorbringen erfüllt daher die gesetzlichen Anforderungen nach Art. 42 Abs. 2 BGG nicht, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
5. Der Beschwerdeführer rügt sodann sinngemäss in verschiedener Hinsicht eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG.
5.1 Zunächst macht er geltend, wegen der neu erstellten Erschliessungsstrasse im Gebiet Weid erscheine die Parzelle Nr. 139 jetzt als noch weniger isoliert, sondern vielmehr als an das Baugebiet angebunden. Nicht mehr die Kantonsstrasse trenne das Baugebiet vom Nichtbaugebiet, sondern die neue Strasse.
Mit diesen Ausführungen bezieht sich der Beschwerdeführer auf die Feststellung der Vorinstanz, wonach die Parzelle Nr. 139 vom Siedlungsgebiet bzw. der Zone WG 2 durch die Kantonsstrasse und das Trassee der Seetalbahn klar getrennt sei. Sie führt dazu ergänzend aus, die Parzelle Nr. 139 sei vollständig von Landwirtschafts- bzw. Nichtbaugebiet umgeben und nur im Nordosten rücke sie in die Nähe der Zone WG 2, wobei weder optisch noch nutzungsbedingt ein Zusammenhang zwischen dieser Parzelle und der Zone WG 2 bestehe.
Bei der neu erstellten Erschliessungsstrasse im Gebiet Weid handelt es sich nach den Angaben des Gemeinderats Boniswil um eine Quartierstrasse. Dass durch diese Strasse von untergeordneter Bedeutung die durch die Kantonsstrasse und das Trassee der Seetalbahn im Gebiet Weid geschaffene räumliche Zäsur zwischen der Parzelle Nr. 139 und dem Siedlungsgebiet bzw. der Zone WG 2 aufgehoben werde, wie der Beschwerdeführer behauptet, erscheint nicht als plausibel. Die Feststellung der Vorinstanz, dass die Parzelle Nr. 139 vom Siedlungsgebiet bzw. der Zone WG 2 klar getrennt sei und weder optisch noch nutzungsbedingt ein Zusammenhang bestehe, ist somit nicht zu beanstanden.
5.2 Der Feststellung der Vorinstanz, wonach es sich beim westlich der Kantonsstrasse gelegenen Hang um eine grössere, weitgehend unüberbaute und naturnah gebliebene Fläche handle, hält der Beschwerdeführer entgegen, dieser Hang sei keineswegs leer, unberührt und naturnah geblieben. Folgende Elemente würden auffallen: Kunstbauten bzw. Stützmauern von Strasse und Bahn, Feldwege, standortfremde Fichten, Häuser, die neue Strasse, Böschungen, der Bacheinlauf sowie ein Kiesplatz.
Die Feststellung, dass es sich beim fraglichen Hang um eine grössere, weitgehend unüberbaute und naturnah gebliebene Fläche handle, findet sich im Wesentlichen bereits im Beschwerdeentscheid des Regierungsrates vom 25. April 2007 (E. 4d/bb, S. 10). Der Beschwerdeführer hätte demnach ohne Weiteres bereits im kantonalen Verfahren geltend machen können, in diesem Hang würden Elemente auffallen, die dessen landschaftlichen Qualitäten beeinträchtigten. Derartige Ausführungen fehlen jedoch in seiner Beschwerde an die Vorinstanz (siehe E. 3.2). Die Vorbringen bezüglich der landschaftlichen Umgebung der Parzelle Nr. 139 sind daher neu. Gestützt auf Art. 99 Abs. 1 BGG kann darauf nicht eingetreten werden.
5.3 Der Beschwerdeführer beanstandet weiter die Annahme der Vorinstanz, eine Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zu einer Bauzone würde ein Überbauungspotenzial enthalten, dessen Ausschöpfung zu neuen Erschliessungsaufgaben führen könnte. Zur Begründung weist er auf den Ausbaustandard der neu erstellten Erschliessungsstrasse hin.
Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern die gerügte Annahme der Vorinstanz geeignet sein könnte, den Ausgang des Verfahrens zu beeinflussen. Dies ist zudem auch nicht ersichtlich, da die Vorinstanz die strittige Zonenzuweisung im Wesentlichen mit dem raumplanerischen Konzentrationsprinzip und Argumenten des Landschaftsschutzes begründet. Das Überbauungspotenzial einer Zuweisung zu einer Bauzone und die damit verbundenen allfälligen zusätzlichen Erschliessungsaufgaben erwähnt sie hingegen bloss als Nebenaspekt, der ebenfalls gegen eine Einzonung spreche. Auf die entsprechenden Vorbringen des Beschwerdeführers ist daher gestützt auf Art. 97 Abs. 1 BGG nicht weiter einzugehen.
5.4 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass die Rüge der unrichtigen Feststellung des Sachverhalts (Art. 97 BGG) unbegründet ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
6. Soweit der Beschwerdeführer mit dem Rechtsbegehren 2 die Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zur Bauzone WG 2 verlangt, ergibt sich, was folgt:
6.1 Die Vorinstanz erwog, der Umstand, dass die Parzelle Nr. 139 bereits überbaut sei, relativiere zwar zum Teil die Argumente, die für eine Zuweisung zur Landwirtschaftszone mit überlagerter Landschaftsschutzzone sprechen. Diese Zonierung erscheine aber trotzdem bei einer umfassenden Abwägung der massgebenden Interessen als sachlich vertretbar. Zunächst falle auf, dass die Parzelle Nr. 139 vollständig von Landwirtschafts- bzw. Nichtbaugebiet umgeben sei und nur im Nordosten in die Nähe der Zone WG 2 rücke. Dabei bestehe aber weder optisch noch nutzungsbedingt ein Zusammenhang zwischen dieser Parzelle und der Zone WG 2. Zudem werde die Parzelle durch die Kantonsstrasse und das Trassee der Seetalbahn klar vom Siedlungsgebiet bzw. der Zone WG 2 getrennt. Der der strittigen Zonenzuweisung zugrunde liegende planerische Entscheid, die Trennung zwischen Bau- und Nichtbaugebiet im fraglichen Gebiet der durch die Kantonsstrasse und das Bahntrassee geschaffenen Zäsur folgen zu lassen und die bauliche Nutzung auf den an diese Verkehrsträger angrenzenden östlichen Bereich zu konzentrieren, sei daher vertretbar. Diese Trennung sei überdies auch unter dem Aspekt des Landschaftsschutzes sinnvoll. Beim westlich der Kantonsstrasse gelegenen Hang handle es sich um eine grössere, weitgehend unüberbaute und naturnah gebliebene Fläche. Ferner sei das westlich und nördlich der Parzelle Nr. 139 gelegene Landwirtschaftsgebiet von einer Landschaftsschutzzone überlagert, was die landschaftliche Bedeutung dieses Gebiets unterstreiche.
6.2 Was der Beschwerdeführer gegen diese Erwägungen der Vorinstanz vorbringt, ist weitgehend unbeachtlich. So ist weder auf seine Ausführungen zur Parzelle Nr. 753 (E. 4), noch zur landschaftlichen Umgebung der Parzelle Nr. 139 (E. 5.2) noch zu den allfälligen zusätzlichen Erschliessungsaufgaben einer Zuweisung der Parzelle zu einer Bauzone (E. 5.3) näher einzutreten. Zudem vermag er die Feststellung der Vorinstanz nicht zu entkräften, dass die Parzelle Nr. 139 vom Siedlungsgebiet bzw. der Zone WG 2 klar getrennt sei und weder optisch noch nutzungsbedingt ein Zusammenhang zwischen dieser Parzelle und der Zone WG 2 bestehe. Dass daran durch die neu erstellte Erschliessungsstrasse etwas geändert würde, vermag er nicht darzutun (E. 5.1). Schliesslich wird nicht vorgebracht, bei der Parzelle Nr. 139 handle es sich um weitgehend überbautes Gebiet im Sinne von Art. 15 lit. a RPG, was für eine Zuweisung zu einer Bauzone sprechen würde.
Die von der Vorinstanz für die Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zur Landwirtschaftszone mit überlagerter Landschaftsschutzzone ins Feld geführten Argumente des raumplanerischen Konzentrationsprinzips und des Landschaftsschutzes stützen sich auf zentrale Planungsziele und -grundsätze ab (vgl. Art. 1 und Art. 3 RPG). Sie lassen die strittige Zonenzuweisung als sachgerecht erscheinen, und zwar dessen ungeachtet, ob auch die (umstrittene) Lärmvorbelastung der Parzelle sowie allfällige zusätzliche Erschliessungsaufgaben gegen eine Zuweisung zu einer Bauzone sprechen würden. Der Antrag des Beschwerdeführers auf Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zur Bauzone WG 2 ist daher abzulehnen.
7. Der Beschwerdeführer macht schliesslich geltend, eine Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zu einer Bauzone entspreche auch dem Willen der Gemeinde Boniswil und schütze sie in ihrem Planungsermessen. Die beantragte Zonenzuweisung würde deshalb die Gemeindeautonomie nicht verletzen. Der Beschwerdeführer legt mit diesem Vorbringen nicht in rechtsgenügender Weise dar, inwiefern ein Beschwerdegrund im Sinne von Art. 95 ff. BGG gegeben sei. Es kann deshalb darauf nicht weiter eingetreten werden.
8. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Boniswil, dem Grossen Rat, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler