Faits:
A. Dès le 1er décembre 2005, Z._ est entré au service de X._ SA en qualité de comptable. Selon le contrat conclu par écrit le 28 septembre précédent, la durée du travail était fixée à quarante heures par semaine, à accomplir du lundi au vendredi avec présence obligatoire de neuf heures à midi et de quatorze heures à seize heures; des arrangements particuliers seraient possibles avec l'accord de la direction. Le salaire mensuel était fixé à 7'500 fr., payable douze fois par an; il s'y ajouterait un bonus annuel à déterminer librement par la direction. Cette rémunération comprenait « les compensations pour les heures supplémentaires et les voyages d'affaires ».
Le 17 mars 2008, l'employeuse a résilié le contrat avec effet au 31 mai suivant.
B. Le 14 juillet 2009, Z._ a ouvert action contre l'employeuse devant le Tribunal de prud'hommes du canton de Genève. La défenderesse devait être condamnée au paiement de diverses sommes au total de 65'798 fr. en capital; elle devait aussi être condamnée à établir et remettre un certificat de travail.
La défenderesse a conclu au rejet de l'action.
Le tribunal s'est prononcé le 10 mars 2010. Il a condamné la défenderesse à établir et remettre un certificat de travail; pour le surplus, il a rejeté l'action.
La Cour d'appel a statué le 10 décembre 2010 sur l'appel du demandeur. Elle lui a reconnu deux prétentions aux montants de 17'750 fr.10 et 3'966 fr., respectivement pour paiement d'heures supplémentaires et pour compensation de vacances non prises; après imputation de montants déjà versés, la défenderesse restait devoir 13'876 fr.20. L'arrêt la condamne à verser ce dernier montant à titre de salaire soumis aux déductions sociales, avec intérêts au taux de 5% par an dès le 1er juillet 2007; quant à l'obligation de remettre un certificat de travail, il laisse subsister le jugement.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile, la défenderesse requiert le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Cour d'appel en ce sens qu'elle ne soit condamnée à aucun paiement.
Le demandeur conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF), rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) et en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF). Son auteur a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF). La valeur litigieuse excède le minimum légal de 15'000 fr. prévu en matière de droit du travail (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. a LTF); le mémoire de recours a été introduit en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et il satisfait aux exigences légales (art. 42 al. 1 à 3 LTF).
Le recours est ouvert pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office, hormis les droits fondamentaux (art. 106 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254), et il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 134 II 244 consid. 2.2 p. 246; 133 II 249 consid. 1.4.2). En règle générale, il conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF).
2. En l'état de la cause, le litige porte exclusivement sur une prétention de 17'750 fr.10 pour paiement d'heures de travail supplémentaires, prétention que la Cour d'appel a reconnue au demandeur et que la défenderesse persiste à contester.
3. Cette partie-ci fait notamment valoir que selon les termes exprès du contrat de travail conclu par écrit le 28 septembre 2005, le salaire mensuel et le bonus annuel incluaient le paiement des heures de travail supplémentaires qui n'étaient pas compensées. Elle tient cet accord pour valable au regard de l'art. 321c al. 3 CO et elle reproche à la Cour d'appel de l'avoir méconnu.
4. Aux termes de cette disposition légale, l'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires - soit celles excédant le nombre d'heures à fournir d'après le contrat - qui ne sont pas compensées par un congé, en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins, sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective.
Selon la jurisprudence qui s'y rapporte, les parties peuvent valablement prévoir, par écrit, que les heures supplémentaires seront rémunérées sans supplément ou ne seront pas rémunérées, « à tout le moins lorsque la rémunération des heures supplémentaires est forfaitairement comprise dans le salaire » (arrêt de la Ire Cour civile du 2 septembre 1998; ATF 124 III 469 consid. 3a p. 472).
La doctrine admet généralement que le salaire ordinaire puisse inclure, si les parties en conviennent ainsi par écrit, une rémunération forfaitaire des heures supplémentaires non compensées, de sorte que ces heures ne donneront droit à aucun paiement spécifique (cf. Ullin Streiff et Adrian von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6e éd., 2006, n° 5 ad art. 321c CO, avec référence aux autres auteurs). On réserve parfois l'hypothèse où le travailleur accomplit des heures supplémentaires en nombre excédant notablement ce qui était prévisible lors de la conclusion de l'accord, de sorte que, selon les auteurs concernés, l'employeur ne peut plus s'en prévaloir pour refuser une rémunération spécifique (ibidem); en réalité, cette préoccupation ne fait référence qu'à la théorie de l'imprévision à appliquer dans toute espèce de relation contractuelle, selon laquelle la partie liée par un contrat peut se dégager partiellement ou totalement de ses obligations en cas de changement important et imprévisible des circonstances, ayant pour effet de créer une disproportion si grave, entre sa prestation et la contre-prestation de l'autre partie, que le maintien du contrat se révélerait abusif (clausula rebus sic stantibus; ATF 127 III 300 consid. 5b p. 304/305; 135 III 1 consid. 2.4 p. 9/10). Selon d'autres auteurs, l'arrêt précité du 2 septembre 1998 contient une réserve ou condition, à comprendre en ce sens que le salaire doit être « suffisamment élevé » pour inclure une rémunération équitable des heures supplémentaires (Rémy Wyler, Droit du travail, 2e éd., 2008, p. 129/130), et doit au moins excéder un éventuel salaire minimum (Thomas Geiser et Roland Müller, Arbeitsrecht in der Schweiz, 2009, p. 111 n° 318, n.d.p. n° 363).
Le demandeur avait droit à un salaire mensuel fixé à 7'500 fr., douze fois par an, pour un emploi de comptable à temps complet, et à un bonus qui était de toute évidence, aux regard de l'art. 322d al. 1 CO, une gratification convenue; l'employeuse était donc tenue de le verser et elle ne jouissait d'une certaine liberté que dans l'évaluation du montant à allouer (cf. ATF 131 III 615 consid. 5.2 p. 620). Il n'apparaît pas que ces prestations fussent insuffisantes à couvrir de manière forfaitaire aussi les heures de travail supplémentaires normalement prévisibles, et dans sa réponse au recours, le demandeur ne tente aucune démonstration à ce sujet. Il n'est pas non plus constaté, dans la décision attaquée, que le demandeur ait dû fournir des heures supplémentaires en quantité extraordinaire et imprévisible. Dans ces conditions, le contrat de travail est opposable au demandeur en tant qu'il excluait le paiement spécifique d'heures supplémentaires, et son adverse partie est fondée à s'en prévaloir. Pour ce motif déjà, la Cour d'appel aurait dû rejeter la prétention déduite des heures de travail supplémentaires et sa décision, qui constate la teneur du contrat mais ne lui consacre aucune discussion, se révèle contraire à l'art. 321c al. 3 CO.
5. La défenderesse conteste que son employé ait effectivement accompli des heures supplémentaires et elle se plaint, à ce sujet, d'une constatation arbitraire des faits. Il n'est pas nécessaire d'examiner ce moyen puisque la prétention concernée devait de toute manière être rejetée.
6. Les paiements constatés par la Cour d'appel ont entièrement couvert la prétention déduite des vacances non prises, de sorte que la défenderesse se trouve libre de toute obligation, hormis la remise d'un certificat de travail. Il convient donc d'annuler l'arrêt de la Cour d'appel et de confirmer le jugement de première instance.
7. A titre de partie qui succombe, le demandeur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral et les dépens auxquels l'autre partie peut prétendre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt de la Cour d'appel est annulé et le jugement du Tribunal de prud'hommes du 10 mars 2010 est confirmé.
2. Le demandeur acquittera un émolument judiciaire de 800 francs.
3. Le demandeur versera une indemnité de 1'200 fr. à la défenderesse, à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 2 mai 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Le greffier:
Klett Thélin