Fatti:
A. A.a Dal 1° settembre 2010, X._ è stato assunto alle dipendenze delle Ferrrovie federali svizzere (FFS) con livello di funzione 7 e con una retribuzione annuale lorda pari a fr. 65'635.-.
A.b Dopo i primi tre mesi di lavoro, egli ha asserito che, nel corso del colloquio di assunzione, gli era stato promesso un aumento di salario al superamento del periodo di prova, circostanza contestata dalla Divisione del personale. Malgrado ciò, in seguito a successivi colloqui durante i quali X._ ha più volte affermato di aver rinunciato ad un posto di lavoro molto meglio remunerato rispetto all'impiego presso le FFS, la Divisione del personale si è dichiarata disponibile a trovare un accordo con il dipendente per porre rimedio all'equivoco venutosi a creare.
A.c Nel gennaio 2011, le FFS hanno dunque sottoposto al dipendente un nuovo contratto di lavoro che prevedeva un livello di funzione 9 ed un salario annuale lordo pari a fr. 69'007.-; X._ non lo ha però sottoscritto. Malgrado ciò, lo Shared Service Center ha convalidato il nuovo salario più elevato nel contesto dell'approvazione dell'attribuzione di un nuovo livello di funzione dell'intero team.
A.d Il 16 febbraio 2011, non pago dell'aumento proposto, X._ ha ribadito le rivendicazioni di cui sopra durante un colloquio con il responsabile delle Officine di Y._. Quest'ultimo ha allora chiesto di poter visionare il certificato relativo all'ultimo impiego del dipendente. Rilevando delle incongurenze fra il documento ed il curriculum vitae di X._, le FFS si sono poi rivolte al precedente datore di lavoro di quest'ultimo accorgendosi, una volta confrontato il certificato prodotto dal dipendente all'originale, che fra i due documenti vi erano differenze sostanziali. Durante un ulteriore colloquio, il dipendente ha ammesso poi di aver falsificato il documento.
A.e Il 13 maggio 2011, X._ si è visto recapitare dalla Divisione Viaggiatori, Operating (P-OP), una minaccia di licenziamento che lo invitava a non reiterare un simile riprovevole comportamento e preannunciava futuri provvedimenti relativi al diritto del lavoro. Lo stesso giorno, le FFS hanno comunicato al dipendente il suo trasferimento con livello di funzione 5 e salario lordo annuo di fr. 65'000.-. Contro tale decisione, formalizzata il 25 maggio, X._ ha interposto reclamo il 22 giugno 2011.
A.f Con decisione del 12 ottobre 2011, le FFS hanno respinto il reclamo di X._ confermando la decisione del 25 maggio 2011.
B. Avverso il citato esposto, il 10 novembre 2011, X._ ha interposto ricorso di diritto amministrativo dinnanzi al Tribunale amministrativo federale (TAF) postulandone l'annullamento. Con pronuncia del 25 aprile 2012, il TAF ha respinto il ricorso.
C. Patrocinato dall'avv. Curzio Fontana, l'interessato è insorto al Tribunale federale, al quale chiede l'annullamento della pronuncia del TAF e di conseguenza il ripristino della funzione Z._ con livello di funzione 9 ed un salario annuo lordo pari a fr. 69'007.-. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Le FFS propongono la reiezione del gravame, mentre il TAF ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. 1.1 Oggetto del contendere è l'adozione da parte delle FFS della misura prevedente il trasferimento interno e la modifica di funzione del ricorrente.
1.2 Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 462 consid. 2 pag. 465, 630 consid. 2). Secondo l'art. 82 lett. a LTF il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico. Per l'art. 83 lett. g LTF il ricorso è inammissibile tra l'altro contro le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi.
1.3 Per l'art. 85 cpv. 1 lett. b LTF in materia patrimoniale il ricorso è inammissibile nel campo dei rapporti di lavoro di diritto pubblico, se il valore litigioso è inferiore a 15'000 franchi. L'art. 51 cpv. 2 LTF precisa che se nelle conclusioni non è chiesto il pagamento di una somma di denaro determinata, il Tribunale federale stabilisce il valore litigioso secondo il suo apprezzamento. Le rendite e prestazioni periodiche hanno il valore del capitale che rappresentano. Se la loro durata è incerta o illimitata, è considerato valore del capitale l'importo annuo della rendita o della prestazione moltiplicato per venti o, se si tratta di rendite vitalizie, il valore attuale del capitale corrispondente alla rendita (cpv. 4). Visto che la contestazione porta sulla differenza fra il salario percepito nell'attuale funzione e quello previsto dalla funzione ricoperta prima della misura disciplinare adottata, e questo potenzialmente per diversi mesi, il valore litigioso determinante può essere ritenuto raggiunto.
2. 2.1 Nei suoi considerandi, il TAF ha già correttamente esposto le norme disciplinanti la materia, ricordando in particolare l'applicabilità alla presente fattispecie del contratto collettivo di lavoro delle FFS del 22 dicembre 2006, entrato in vigore il 1° gennaio 2007 e valido fino al 30 giugno 2011 (vCCL FFS), la tutela degli interessi del datore di lavoro (art. 20 cpv. 1 LPers) e le modifiche del contratto di lavoro (art. 194, 195 vCCL FFS). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
2.2 Giusta l'art. 45 cpv. 1 vCCL FFS, in caso di mancanza agli obblighi derivanti dal contratto di lavoro, prestazioni insufficienti o comportamento insoddisfacente, i motivi vanno chiariti in un colloquio con il collaboratore interessato. Se un miglioramento delle prestazioni o un cambiamento del comportamento non è possibile nell'attuale posto di lavoro, va esaminata la possibilità di un trasferimento (cpv. 3).
2.3 Il ricorrente fa valere in primo luogo una scorretta applicazione di detto articolo. Questa disposizione, a mente sua, sarebbe servita solo a sanzionare il suo comportamento scorretto nell'ambito della falsificazione del ceritificato di lavoro e avrebbe carattere punitivo e vessatorio. Tale non sarebbe però lo scopo della norma che andrebbe applicata esclusivamente in caso di rendimento insoddisfacente del lavoratore.
2.4 Il TAF, riprendendo quanto espresso dal datore di lavoro, ritiene invece che falsificando il cerificato di lavoro in modo intenzionale e mentendo ripetutamente, il ricorrente avrebbe violato i suoi doveri professionali tenuto conto dell'elevato livello di diligenza e fiducia esatto per la funzione esercitata. In ragione dell'importante posizione ricoperta all'interno del reparto e del ruolo di superiore rivestito nei confronti di altri collaboratori, egli avrebbe infatti dovuto dimostrarsi particolarmente leale. I comportamenti scorretti adottati, pur essendo riconducibili a fatti avvenuti al di fuori della funzione strictu sensu, sarebbero comunque rilevanti nell'ottica del rispetto degli art. 45 vCCL FFS e 20 cpv. 1 LPers.
2.5 Il Tribunale federale ritiene che, a prescindere dalle buone valutazioni relative alle prestazioni fornite riconosciutegli dal datore di lavoro, l'insorgente, falsificando il certificato e mentendo ai suoi superiori, abbia agito in modo tale da incrinare irrimediabilmente il rapporto di fiducia indispensabile nel quadro dello svolgimento delle proprie funzioni e abbia adottato un "comportamento insoddisfacente" ai sensi dell'art. 45 cpv. 1 vCCL FFS. Lo ammette d'altronde lui stesso affermando che il comportamento tenuto è stato di tale gravità da "incrinare il rapporto di fedeltà e lealtà nei confronti del datore di lavoro" e che, nel suo caso, un licenziamento in tronco sarebbe stato giustificato.
L'interpretazione che il TAF fa della sopracitata disposizione, e la sua applicazione al caso concreto, risultano convincenti anche alla luce della giurisprudenza dello scrivente Tribunale relativa ai differenti modi d'interpretazione della legge (cfr. a tal proposito DTF 135 II 78 consid. 2.2 pag. 81; 135 V 153 consid. 4.1 pag. 157, 252 consid. 4.1; 134 I 184 consid. 5.1 pag. 193; 134 II 249 consid. 2.3 pag. 252).
Non convince invece l'argomentazione del ricorrente secondo cui il "comportamento insoddisfacente" dovrebbe essere circoscritto alla "resa del lavoratore" in senso stretto. Contrariamente a quanto da lui asserito infatti, la formulazione del cpv. 3 dell'art. 45 vCCL non permette di interpretare più restrittivamente i due capoversi precedenti ma enuncia semplicemente la conseguenza giuridica della norma.
2.6 Alla luce di quanto precede, risulta come l'art. 45 vCCL FFS sia stato correttamente applicato al caso in rassegna e questo indipendente dall'eventuale carattere sanzionatorio della disposizione sul quale non occorre indagare oltre in questa sede.
3. 3.1 A titolo sussidiario, il ricorrente invoca poi l'applicazione per analogia delle disposizioni del Codice delle obbligazioni relative al licenziamento con effetto immediato (337 CO). Egli sostiene infatti che la misura adottata nei suoi confronti andrebbe assimilata ad un licenziamento in tronco in virtù del suo carattere puramente sanzionatorio perché lascerebbe al lavoratore la sola possibilità di dimettersi in caso di disaccordo.
3.2 Le regole del Codice delle obbligazioni invocate dal ricorrente possono essere applicate, nel caso qui in esame, solo a titolo di diritto cantonale suppletivo, di modo che il potere d'esame del Tribunale federale è limitato all'arbitrio e alla violazione dei diritti costituzionali secondo l'art. 95 lett. a LTF (sentenza 8C_294/2011 del 29 dicembre 2011 consid. 3.4 [non pubblicato in DTF 138 I 113]). Questo Tribunale ha già avuto modo di osservare che la giurisprudenza relativa all'art. 337 CO, per la quale la parte che recede dal contratto di lavoro per cause gravi dispone di un corto termine di riflessione per comunicare la sua decisione, non può essere trasposta in materia di rapporti di diritto pubblico (sentenza 8C_141/2011 del 9 marzo 2012 consid. 5.5 e riferimenti). La censura ricorsuale si rivela pertanto infondata.
3.3 Non essendo applicabile il diritto delle obbligazioni alla presente fattispecie, lo scrivente Tribunale non ritiene necessario entrare in materia sulla questione della tempistica del provvedimento intrapreso nei confronti del ricorrente.
4. A titolo abbondanziale, si rileva come poco importi se il ricorrente fosse effettivamente adatto ad esercitare la funzione inizialmente attribuitagli, come egli sostiene, oppure se il trasferimento rispecchi maggiormente le sue reali competenze in virtù della sua precedente esperienza lavorativa, come invece afferma il TAF. Questo perché la misura messa in atto, da considerare adeguata e proporzionata, si giustifica alla luce del comportamento menzognero adottato dal ricorrente che ha portato ad una comprensibile perdita di fiducia nei suoi confronti e lo ha reso inatto a ricoprire un posto per il quale il datore di lavoro esige un livello di fiducia e lealtà accresciuto.
5. 5.1 In esito a quanto precede, il giudizio del TAF, basato su una corretta applicazione dell'art. 45 vCCL FFS, va confermato. Ne consegue che il ricorso in materia di diritto pubblico deve essere respinto.
5.2 Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano per contro ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2000.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo federale,
Corte I.