Sachverhalt:
A. Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren von X._ und Y._ betreffend die direkte Bundessteuer 1995 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 8. Dezember 2008 die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat, und auferlegte den Beschwerdeführern die Verfahrenskosten. Am 5. Dezember 2008 starb die Beschwerdeführerin. Das Urteil wurde am 22. Dezember 2008 dem Vertreter der Beschwerdeführer, Urs Vögele, eröffnet.
Mit Eingaben vom 10. Februar und 27. März 2009 ersuchte Urs Vögele namens des damaligen Beschwerdeführers und der Erben der verstorbenen Y._ um Revision des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 8. Dezember 2008. Mit Entscheid vom 17. Juni 2009 trat das Verwaltungsgericht auf das Revisionsgesuch nicht ein, weil der Kostenvorschuss für das Revisionsverfahren verspätet geleistet worden sei.
B. Mit Eingabe vom 12. August 2009 führt Urs Vögele als Vertreter des damaligen Beschwerdeführers sowie der Erben von Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt:
1. Das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 17. Juni 2009 und das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 8. Dezember 2008 seien aufzuheben.
2. Das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, ein neues Urteil zu fällen und dieses den Erben der am 5. Dezember 2008 verstorbenen Y._ zu eröffnen.
3. Gleichzeitig sei das Verwaltungsgericht anzuweisen, im Sinne des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer über die Revision zu entscheiden.
4. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Staatskasse.
Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft das Vorhandensein der Prozessvoraussetzungen frei und von Amtes wegen. Nebst der Rechtzeitigkeit der Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist unter anderem erforderlich, dass diese eine ausreichende Begründung enthält. Gemäss Art. 42 BGG haben Rechtsschriften an das Bundesgericht die Begehren und deren Begründung zu enthalten (Absatz 1). In der Beschwerdebegründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Absatz 2 erster Satz). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung muss die Begründung nicht zutreffen, sie muss aber sachbezogen sein. Eine Auseinandersetzung mit der materiellen Seite des Falles genügt nicht, wenn die Vorinstanz aus formellen Gründen einen Nichteintretensentscheid gefällt oder einen solchen bestätigt hat (BGE 118 Ib 134 E. 2 S. 136). Eine hinreichende Begründung ist Gültigkeitserfordernis für die Beschwerde (vgl. Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
Angefochten sind zwei Entscheide des kantonalen Verwaltungsgerichts, und zwar der Entscheid in der Sache vom 8. Dezember 2008 sowie der Entscheid über das Revisionsgesuch (Nichteintretensentscheid) vom 17. Juni 2009.
2. In Bezug auf den Entscheid vom 8. Dezember 2008 ergibt sich Folgendes:
2.1 Die Beschwerde wirft die Frage auf, ob dieser Entscheid richtig eröffnet worden sei. Nach Ansicht der Beschwerdeführer durfte das Urteil vom 8. Dezember 2008 gegenüber der am 5. Dezember 2008 verstorbenen Beschwerdeführerin nicht eröffnet werden, sondern nur gegenüber den Erben, weshalb die Eröffnung vom 22. Dezember 2008 rechtsungültig sei.
Diese Auffassung trifft nicht zu. Der Entscheid wurde dem Vertreter der damaligen Beschwerdeführer, Urs Vögele, am 22. Dezember 2002 eröffnet. Mit dem Tod der Beschwerdeführerin am 5. Dezember 2008 erloschen Mandatierung und Vollmacht des Vertreters nicht ohne weiteres (Art. 35 Abs. 1 und 405 Abs. 1 OR; BGE 75 II 190 E. 1; s. auch 132 III 222 E. 2.1). Mindestens hätte der Vertreter dem Gericht mitteilen müssen, dass er die Beschwerdeführerin nicht mehr vertrete. Das hat er unterlassen, womit die Zustellung des Urteils an ihn zulässig war. In Bezug auf den damaligen Beschwerdeführer (Ehemann der Verstorbenen) wurde das Vertretungsverhältnis nie bestritten und erfolgte die Zustellung an den Vertreter zu Recht. Das Urteil gilt mithin als am 22. Dezember 2008 eröffnet.
2.2 Wurde das Urteil vom 8. Dezember 2009 gegenüber dem Vertreter der damaligen Beschwerdeführer am 22. Dezember 2008 rechtsgültig eröffnet, so stellt sich die Frage, wie dieser richtigerweise hätte vorgehen müssen.
In Bezug auf den damaligen Beschwerdeführer begann die Frist von dreissig Tagen für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach den Gerichtsferien am 3. Januar 2009 zu laufen, nachdem der angefochtene Entscheid gegenüber dessen Vertreter am 22. Dezember 2008 eröffnet worden war (vgl. Art. 46 Abs. 1 und 100 Abs. 1 BGG). Am 12. August 2009 reichte der Vertreter des Beschwerdeführers beim Bundesgericht die Beschwerde ein. In Bezug auf den Beschwerdeführer erweist sich die Beschwerde klarerweise als verspätet.
Was die Erben (einschliesslich des Ehemannes der Verstorbenen) betrifft, so wurde das Beschwerdeverfahren durch den Tod der Beschwerdeführerin nicht gegenstandslos, sondern es traten die gesetzlichen Erben von Gesetzes wegen (Art. 560 ZGB) an die Stelle der Verstorbenen in den Prozess ein. Auf die Fällung des Urteils am 8. Dezember 2008 hatte der Tod der Beschwerdeführerin am 5. Dezember 2008 freilich keinen Einfluss. Eine Mitwirkung der Parteien stand in diesem Verfahrensstadium nicht mehr zur Diskussion. Eine Sistierung durch das Gericht kam nicht in Frage, nachdem dieses von der Veränderung der Partei keine Kenntnis hatte. Die Urteilseröffnung erfolgte richtigerweise an den bisherigen Vertreter. Die Erben hatten in der Folge zu befinden, ob sie den Prozess weiterführen oder davon Abstand nehmen wollten. Sie entschieden sich für die Fortführung des Verfahrens mit dem bisherigen Vertreter. Allfällige Unterlassungen des Vertreters müssten sich die Erben als Rechtsnachfolger der Steuerpflichtigen anrechnen lassen. Mit der Erbbescheinigung vom 5. März 2009 stand auch die Erbfolge fest, und spätestens mit Ablauf der Frist für die Ausschlagung (Art. 567 ZGB) hätte der Vertreter der Erben Wiederherstellung der Beschwerdefrist verlangen müssen (Art. 50 in Verbindung mit 100 Abs. 1 BGG). Ein solches Fristwiederherstellungsgesuch wurde vorliegend nicht gestellt. Ohnehin wäre ein solches heute verspätet.
Die Beschwerde gegen den Entscheid vom 8. Dezember 2008 erweist sich daher in jeder Beziehung als verspätet. Damit ist auch der Antrag Ziffer 2, wonach das Verwaltungsgericht anzuweisen sei, ein neues Urteil zu fällen und den Erben zu eröffnen, nicht zulässig.
3. In Bezug auf den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 17. Juni 2009 ist festzuhalten:
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 17. Juni 2009 erfolgte (unter Berücksichtigung des Friststillstands während den Gerichtsferien) rechtzeitig. Die Beschwerdeeingabe enthält indessen keine sachbezogene Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG (vorn E. 1). Das Verwaltungsgericht trat auf das Revisionsgesuch nicht ein, weil der Kostenvorschuss nicht fristgerecht geleistet wurde. Es fällte mithin ein Prozessurteil. Dieses hätte der Vertreter der Beschwerdeführer anfechten müssen. Statt dessen verlegt er sich auf eine materielle Argumentation, die jedoch nicht geeignet ist, den Nichteintretensentscheid als bundesrechtswidrig scheinen zu lassen. Auf die Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 17. Juni 2009 ist nicht einzutreten. Damit ist auch der Antrag Ziffer 3, wonach das Verwaltungsgericht anzuweisen sei, über das Revisionsgesuch zu entscheiden, hinfällig.
4. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 65 BGG) den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie haften hierfür solidarisch (Art. 66 Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 8. Dezember 2008 wird nicht eingetreten.
2. Auf die Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 17. Juni 2009 wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
4. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann