Faits:
A. A.X._, ressortissant kenyan né en 1972, est arrivé en Suisse en 1995, à la suite de son mariage au Kenya avec B._, ressortissante helvétique. Il a ainsi obtenu une autorisation de séjour. De cette union est née C._ en 1996. Les époux X._ se sont séparés en juillet 1996 et ont divorcé le 23 février 1998. Le jugement de divorce a attribué la garde et l'autorité parentale sur C._ à la mère, a fixé la contribution d'entretien due par le père à 500 fr., a instauré une curatelle éducative et a accordé au père un droit de visite limité, dans un premier temps, à deux heures tous les quinze jours. Par la suite, les modalités du droit visite ont varié.
Dès son arrivée en Suisse, A.X._ a régulièrement travaillé comme ouvrier dans diverses entreprises de la région jurassienne. Depuis 2003 toutefois, il bénéficie des prestations de l'aide sociale.
Par jugement du 8 mai 2001, le Tribunal correctionnel du canton du Jura a condamné A.X._ à trois mois d'emprisonnement avec sursis pendant trois ans pour lésions corporelles simples et a ordonné son expulsion du territoire suisse pendant cinq ans, avec sursis pendant trois ans. Il a également été condamné le 10 septembre 2002 à une amende de 300 fr. pour perte de maîtrise de son véhicule, le 7 octobre 2003 à une amende de 200 fr. pour non-restitution du permis de circulation et le 21 septembre 2004 à cinq jours d'arrêts avec sursis pendant un an pour conduite inconvenante. En outre, en septembre 2006, A.X._ a passé quarante-quatre jours en détention préventive et a été inculpé de trafic de stupéfiants.
B. Le 9 novembre 2006, A.X._ a demandé le renouvellement de son autorisation de séjour. Le Service de la population du canton du Jura (anciennement: le Service de l'état civil et des habitants; ci-après: le Service de la population) a refusé ce renouvellement et a imparti un délai au 31 janvier 2008 à l'intéressé pour quitter ledit canton. Par décision du 6 mai 2008, ce même Service a rejeté l'opposition de A.X._ et lui a imparti un nouveau délai au 30 juin 2008. Il a rejeté sa requête d'assistance judiciaire.
Le 29 octobre 2008, l'intéressé a bénéficié d'un classement sans suite dans le cadre d'une dénonciation pour infraction à la loi fédérale sur les armes et a été condamné pour conduite inconvenante. Il a fait opposition à l'ordonnance de condamnation et a été libéré de la prévention de conduite inconvenante.
C. Par arrêt du 6 février 2009, le Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a admis le recours de A.X._ en tant qu'il concernait l'assistance judiciaire au stade de la procédure d'opposition. Il a rejeté le recours pour le surplus et a imparti à l'intéressé un délai au 31 mars 2009 pour quitter la Suisse. Il a également rejeté la demande d'assistance judiciaire pour la procédure de recours. Le Tribunal cantonal a en substance estimé que le recourant n'avait pas de droit à une autorisation de séjour sur la base de l'art. 8 CEDH, le droit de visite de A.X._ n'étant "manifestement pas large ni exercé sans encombre au sens de la jurisprudence". Durant de nombreuses années, père et fille ne s'étaient vus que dans le cadre du point-rencontre, quelques heures un week-end sur deux. Puis, à partir de novembre 2006, l'intéressé ne voyait sa fille qu'à de très rares occasions, même s'il lui téléphonait de manière assez régulière. Le diagnostic de personnalité paranoïaque, et ses répercussions sur le comportement du recourant, ne changeait rien au fait que le droit de visite ne pouvait être qualifié de large. De plus, A.X._ ne s'acquittait plus de la pension alimentaire. Ayant été condamné à plusieurs reprises, l'intéressé n'avait pas eu un comportement irréprochable. Le Service de la population n'avait pas non plus abusé de son pouvoir d'appréciation (art. 4 de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers [LSEE, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007; RS 1 p. 113]), compte tenu, notamment, de la mauvaise intégration professionnelle du recourant et de son recours à l'aide sociale depuis 2003, de liens sociaux qui n'étaient pas particulièrement développés et de ses condamnations pénales qui tendaient à démontrer son refus de s'intégrer à l'ordre juridique suisse.
D. Agissant par la voie du recours en matière public et, subsidiairement, du recours constitutionnel subsidiaire, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 6 février 2009, de lui accorder une prolongation de son autorisation de séjour, d'éventuellement renvoyer le dossier à l'autorité cantonale pour une nouvelle décision lui octroyant une prolongation de son autorisation de séjour et de le mettre au bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal cantonal; subsidiairement, il lui demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 6 février 2009, de l'admettre provisoirement en Suisse et de renoncer à son renvoi, d'éventuellement renvoyer le dossier à l'autorité cantonale pour une nouvelle décision l'admettant provisoirement en Suisse et renonçant à son renvoi et de le mettre au bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal cantonal. Se prévalant de sa relation avec sa fille et de son état psychique, A.X._ invoque l'art. 8 CEDH. Le recourant demande au surplus l'assistance judiciaire pour la présente procédure.
Le Tribunal cantonal et l'Office fédéral des migrations concluent au rejet du recours. Le Service de la population n'a pas déposé d'observations.
E. Par ordonnance présidentielle du 17 mars 2009, la demande d'effet suspensif a été admise.
Le Tribunal cantonal a fait parvenir au Tribunal fédéral, le 24 mars 2009, un rapport de dénonciation du 11 mars 2009 de la Police cantonale du canton du Jura ainsi qu'un procès-verbal d'interrogatoire de A.X._.
Le Service de la population a, par courrier du 26 juin 2009, produit un jugement du 19 juin 2009 de la Cour pénale du Tribunal cantonal.
Considérant en droit:
1. Le recourant a formé en un seul acte un "recours ordinaire simultané" (art. 119 LTF) intitulé "recours en matière de droit public subsidiairement constitutionnel subsidiaire". Celui-ci comprend des griefs relatifs, d'une part, au refus de renouvellement de son autorisation de séjour et, d'autre part, à son renvoi, sans toutefois distinguer les griefs soumis au recours en matière de droit public et ceux soumis au recours constitutionnel subsidiaire. Il convient d'examiner la recevabilité de ces recours, en précisant que le second est irrecevable en cas de recevabilité du premier (art. 113 LTF).
2.1 2.1.1 En ce qui concerne l'autorisation de séjour, selon l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit.
Un étranger peut, selon les circonstances, se prévaloir du droit au respect de sa vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH pour s'opposer à l'éventuelle séparation de sa famille. Encore faut-il, pour pouvoir invoquer cette disposition, que la relation entre l'étranger et une personne de sa famille ayant le droit de résider durablement en Suisse (nationalité suisse ou autorisation d'établissement) soit étroite et effective (ATF 130 II 281 consid. 3.1 p. 285; 129 II 193 consid. 5.3.1 p. 211). L'art. 8 CEDH s'applique lorsqu'un étranger fait valoir une relation intacte avec ses enfants bénéficiant du droit de résider en Suisse, même si ces derniers ne sont pas placés sous son autorité parentale ou sous sa garde du point de vue du droit de la famille (ATF 120 Ib 1 consid. 1d p. 3; 119 Ib 81 consid. 1c p. 84; 118 Ib 153 consid. 1c p. 157 et les références).
En l'espèce, la fille du recourant, qui est mineure et vit auprès de sa mère, est ressortissante suisse. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a constaté que le recourant exerce un droit de visite sur sa fille. Dans la mesure où l'arrêt attaqué a des incidences sur sa relation personnelle avec elle, l'intéressé peut se prévaloir de l'art. 8 CEDH, étant précisé que le point de savoir si celui-ci remplit les conditions pour obtenir une autorisation de séjour en application de cette disposition relève du fond et non de la recevabilité. Au stade de la recevabilité, il suffit en effet que le recourant puisse se prévaloir de l'existence de relations avec ses enfants établis en Suisse (ATF 122 II 289 consid. 1c p. 292 ss; arrêt 2D_138/2008 du 10 juin 2009). Ainsi, la voie du recours en matière de droit public est ouverte (art. 83 let. c ch. 2 LTF).
2.1.2 Au surplus, le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) et a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF), ainsi que dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par le destinataire du jugement attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 LTF). Par conséquent, il convient d'entrer en matière.
2.1.3 La voie du recours en matière de droit public étant ouverte en tant que l'autorisation de séjour est concernée, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2.1.3 La voie du recours en matière de droit public étant ouverte en tant que l'autorisation de séjour est concernée, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2.2 2.2.1 La décision de renvoi tombe, par contre, sous le coup de l'exception de l'art. 83 let. c chiffre 4 in fine LTF. Le recours en matière de droit public étant ainsi irrecevable contre une telle décision, il faut examiner si la voie du recours constitutionnel subsidiaire est ouverte.
La décision de renvoi constitue une obligation juridique qui confère la qualité pour recourir au sens de l'art. 115 let. b LTF (arrêt 2D_116/2008 du 5 janvier 2009). En outre, formé contre un arrêt d'un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 114 ainsi que 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), le présent recours a été déposé en temps utile (art. 117, 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par une partie ayant pris part à la procédure cantonale (art. 115 let. a LTF). Il est donc en principe recevable.
2.2.2 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et suffisamment motivé par le recourant conformément à l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 135 III 232 consid. 1.2 p. 234), applicable par renvoi de l'art. 117 LTF, c'est-à-dire selon le principe d'allégation (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). Or, le recourant ne démontre pas en quoi la motivation de l'arrêt attaqué violerait la Constitution. Il se contente, dans une argumentation purement appellatoire, d'opposer son point de vue à celui de l'autorité cantonale. Dès lors, en tant que le renvoi est concerné, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. Le Tribunal cantonal et le Service de la population ont spontanément produit des pièces, respectivement les 24 mars et 26 juin 2009. Il s'agit, d'une part, d'un rapport de la police cantonale du 11 mars 2009 et, d'autre part, d'un jugement du 19 juin 2009 de la Cour pénale du Tribunal cantonal. Ces deux documents étant postérieurs à la décision entreprise, ils sont irrecevables. En effet, aucun fait nouveau ni aucune preuve nouvelle ne peuvent être présentés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
4. Invoquant l'art. 8 CEDH, le recourant reproche au Tribunal cantonal d'avoir procédé à une mauvaise pesée des intérêts. Il invoque différents éléments qui seront examinés ci-après.
4.1 Le droit au respect de la vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH n'est pas absolu. Une ingérence dans l'exercice de ce droit est possible selon l'art. 8 par. 2 CEDH, pour autant qu'elle soit prévue par la loi et qu'elle constitue une mesure qui, dans une société démocratique, est nécessaire à la sécurité nationale, à la sûreté publique, au bien-être économique du pays, à la défense de l'ordre et à la prévention des infractions pénales, à la protection de la santé ou de la morale, ou à la protection des droits et libertés d'autrui. La question de savoir si, dans un cas d'espèce, les autorités de police des étrangers sont tenues d'accorder une autorisation de séjour fondée sur l'art. 8 CEDH doit être résolue sur la base d'une pesée de tous les intérêts privés et publics en présence (ATF 125 II 633 consid. 2e p. 639; 120 Ib 1 consid.3c p. 5; arrêt 2C_693/2008 du 2 février 2009 consid. 2.1 destiné à la publication).
En ce qui concerne l'intérêt public, il faut retenir que la Suisse mène une politique restrictive en matière de séjour des étrangers, pour assurer un rapport équilibré entre l'effectif de la population suisse et celui de la population étrangère résidante, ainsi que pour améliorer la situation du marché du travail et assurer un équilibre optimal en matière d'emploi (cf. art. 16 LSEE et 1er de l'ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers [OLE; RO 1986 p. 1791] abrogée depuis l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers [RS 142.20] - la loi et l'ordonnance susmentionnées sont toutes deux applicables en vertu de l'art. 126 al. 1 LEtr, la demande de renouvellement ayant été faite le 9 novembre 2006 -). Ces buts sont légitimes au regard de l'art. 8 par. 2 CEDH (ATF 127 II 60 consid. 2a p. 67; 122 II 289 consid. 3c p. 298; arrêt 2C_693/2008 du 2 février 2009 consid. 2.2 destiné à la publication).
Pour ce qui est de l'intérêt privé à obtenir une autorisation de séjour, il faut constater que l'étranger disposant d'un droit de visite sur son enfant habilité à résider en Suisse peut en principe exercer ce droit même s'il vit à l'étranger, au besoin en aménageant ses modalités quant à la fréquence et à la durée. Un droit plus étendu peut exister en présence de liens familiaux particulièrement forts dans les domaines affectif et économique et lorsque, en raison de la distance qui sépare le pays de résidence de l'enfant du pays d'origine de son parent, cette relation ne pourrait pratiquement pas être maintenue; en outre, le parent qui entend se prévaloir de cette garantie doit avoir fait preuve en Suisse d'un comportement irréprochable (ATF 120 Ib 1 consid. 3c p. 5, 22 consid. 4a p. 25; arrêts 2C_112/2009 du 7 mai 2009 consid. 3.1, 2D_99/2008 du 16 février 2009 consid. 2.3 les références citées). Un comportement est irréprochable s'il n'existe aucun motif en droit des étrangers d'éloigner ce parent ou de le maintenir à l'étranger, en d'autres termes, s'il ne s'est rendu coupable d'aucun comportement réprimé par le droit des étrangers ou le droit pénal. Il faut en outre considérer qu'il existe un lien affectif particulièrement fort lorsque le droit de visite est organisé de manière large et qu'il est exercé de manière régulière, spontanée et sans encombre (arrêt 2C_112/2009 du 7 mai 2009 consid. 3.1 et les références citées).
4.2 En l'espèce, le Tribunal cantonal a retenu qu'une curatelle éducative avait été instaurée au moment du divorce et avait constamment été maintenue. C'est ainsi la curatrice qui a toujours fixé les modalités du droit de visite, lequel ne s'est jamais exercé de manière large. D'avril 2002 à septembre 2004, le recourant a exercé ce droit de visite un week-end sur deux; puis d'octobre 2004 à novembre 2006, les intéressés ne se sont rencontrés que dans le cadre du point-rencontre, quelques heures un week-end sur deux. Toujours selon le Tribunal cantonal, depuis novembre 2006, le recourant ne voit sa fille qu'à de très rares occasions puisqu'il ne veut plus se rendre au point-rencontre depuis que l'autorité tutélaire a restreint le déroulement des visites à cet endroit. A cet égard, le recourant reproche à tort à l'instance précédente de n'avoir pas tenu compte de son état psychique, soit de sa personnalité paranoïaque, qui expliquerait pourquoi il refuse de se rendre dans cet endroit. En effet, ledit Tribunal mentionne qu'il est sans importance que les troubles psychiques du recourant soient à l'origine de son refus de rencontrer sa fille dans le cadre fixé par la curatrice et il estime, avec raison, que même si le droit de visite se déroulait comme prévu au point-rencontre - quelques heures un week-end sur deux -, il ne s'agirait pas d'un droit de visite large. Le recourant met en avant le fait que C._ était d'accord de le voir en dehors du point-rencontre et ne souhaitait plus se rendre dans cet endroit. Ce fait n'est toutefois pas pertinent et, dès lors que l'autorité tutélaire avait restreint le déroulement des visites au point-rencontre, ces conditions devaient être respectées. La seule question à examiner ici est l'intensité du lien qui unit père et fille. On peut, à cet égard, relever que le recourant cherche à maintenir le lien avec sa fille, notamment en se rendant au domicile des grands-parents pour la voir quelques minutes sur le pas de la porte, puisqu'il n'est pas invité à entrer, et en ayant des contacts téléphoniques. De son propre aveu, les rencontres sont toutefois peu fréquentes (anniversaire, Noël). Ainsi, les éléments susmentionnés démontrent que le droit de visite n'est pas exercé de manière régulière, spontanée et sans encombre, et ne permettent pas de qualifier les liens affectifs qui unissent les intéressés de forts. Le Tribunal cantonal a en outre retenu que, depuis de très nombreuses années, le recourant ne versait plus la pension alimentaire en faveur de sa fille. L'intéressé justifie cela par sa situation financière difficile puisqu'il n'a pas d'emploi. La raison pour laquelle le recourant ne s'acquitte pas de son dû n'est pas pertinente. Afin de déterminer l'intensité du lien économique entre les intéressés, seul compte en définitive le fait qu'il ne verse pas la pension. Cette question est en effet appréciée de manière objective. On constate aujourd'hui que le recourant n'a pas de travail et, par conséquent, pas de revenus qui lui permettent de subvenir aux besoins de sa fille. En conclusion, il n'existe aucun lien économique ni lien affectif forts entre le recourant et C._ qui méritent la protection de l'art. 8 CEDH.
Le recourant vit grâce à l'aide sociale depuis 2003. A cet sujet, il soutient qu'on ne peut pas lui reprocher cet état de fait puisque, son autorisation de séjour n'ayant pas été renouvelée, il ne peut plus travailler. Il perd toutefois de vue qu'il dépend de l'assistance sociale depuis 2003, alors qu'il disposait à l'époque d'une autorisation de séjour, puisque ce n'est qu'en 2006 que cette autorisation n'a pas été renouvelée. L'absence d'insertion professionnelle n'est donc pas uniquement due au défaut de permis de séjour. Quant à l'objection du recourant selon laquelle son état psychique serait un handicap dans la recherche d'un emploi, elle doit être nuancée puisque, selon les faits retenus par le Tribunal cantonal, celui-ci a régulièrement travaillé comme ouvrier dans diverses entreprises jusqu'en 2003.
En ce qui concerne le comportement du recourant, il est vrai que durant les premières années de son séjour en Suisse il n'a pas eu affaire à la justice. Toutefois, depuis 2001, il a été condamné à plusieurs reprises, ce qui ne permet pas de qualifier son comportement d'irréprochable. Certes, ces condamnations ne sanctionnaient pas des actes d'une gravité extrême. Par contre, la répétition d'infractions pour des motifs divers, ainsi que le refus d'obtempérer dans certains cas (non-restitution des permis et plaques de voiture à trois reprises) tendent à démontrer que le recourant ne veut pas ou ne peut pas s'adapter à l'ordre public suisse. A cet égard, contrairement à ce qu'il affirme, le Tribunal cantonal a fait bénéficier le recourant de la présomption d'innocence et n'a pas tenu compte des inculpations pour lesquelles la procédure était encore en cours lorsque cette instance à rendu son arrêt. En effet, ledit Tribunal, après avoir énuméré les différentes condamnations subies par le recourant, en a conclu qu'il refusait de s'intégrer à l'ordre public suisse (arrêt p. 11 consid. 5.2.3). Ce n'est qu'au surplus qu'il parle de la procédure en cours pour infractions à la loi sur les stupéfiants en mentionnant qu'il faut "respecter la présomption d'innocence en l'absence de tout jugement sur cette affaire". Le recourant met à nouveau en avant sa personnalité paranoïaque pour expliquer son comportement. Il apparaît, à la lecture du dossier, qu'effectivement le trouble dont souffre l'intéressé peut avoir une influence sur ses réactions. Il n'est toutefois pas prêt à se soumettre à un traitement (arrêt p. 12 consid. 5.2.3), ce qui ne permet pas d'attendre une évolution favorable de son respect des règles prévalant en Suisse. En effet, tel que le recourant le cite lui-même (recours p. 10), le rapport de l'expertise psychiatrique du 20 octobre 2008 relève que "sans encadrement par un suivi psychiatrique intégré de type bio-psycho-social, le risque de récidive est grand". Ainsi, l'attitude du recourant démontre qu'il ne veut ou ne peut pas s'adapter à l'ordre établi, de sorte qu'il existe un intérêt public important à l'éloigner du pays.
Compte tenu de la distance qui sépare son pays d'origine de la Suisse et de sa situation financière précaire, il est indéniable que son départ de notre pays rendra l'exercice du droit de visite plus difficile, sans toutefois y apporter d'obstacles qui le rendrait pratiquement impossible dans le cadre de séjours à but touristique.
Les faits qui précèdent montrent que le Tribunal cantonal pouvait, sans violer l'art. 8 CEDH, juger que l'intérêt public à éloigner de Suisse le recourant, compte tenu de l'ensemble des circonstances, l'emportait sur l'intérêt privé de ce dernier à pouvoir y rester.
5. Dans un dernier grief, le recourant se plaint de ce que le Tribunal cantonal ne lui a pas accordé l'assistance judiciaire pour la procédure de recours. Selon lui, cette assistance aurait dû lui être octroyée en vertu de l'art. 18 de la loi jurassienne de procédure et de juridiction administrative et constitutionnelle du 30 novembre 1978 (RS/JU 175.1).
Le recourant invoque ainsi une mauvaise application du droit cantonal. Or, sauf dans les cas cités expressément à l'art. 95 LTF, le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. Par contre, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). A cet égard, le Tribunal fédéral n'examinera les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF) (ATF 135 V 94 consid. 1 p. 95). Tel n'est pas le cas en l'espèce puisque le recourant ne mentionne pas l'arbitraire et il se contente de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait en instance d'appel en opposant son opinion à celle de l'autorité cantonale. Il ne démontre ainsi pas que l'arrêt attaqué se fonde sur une application de la loi manifestement insoutenable (cf. ATF 129 I 113 consid. 2.1 p. 120). Partant, le recours est irrecevable sur ce point.
6. Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit en principe supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1, 1ère phrase LTF). Il a toutefois sollicité le bénéfice de l'assistance judiciaire. Comme ses conclusions apparaissaient d'emblée vouées à l'échec, sa demande doit être rejetée (cf. art. 64 al. 1 LTF a contrario). L'émolument judiciaire sera fixé en tenant compte de sa situation financière (cf. art. 65 al. 1, 2 et 3 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Service de la population et à la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 10 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon