Erwägungen:
1. Die Einwohnergemeinde Wanzwil ordnete mit Wiederherstellungsverfügung vom 4. April 2008 an, dass die X._ AG das Partyzelt auf dem Parkplatz der Parzelle Wanzwil Grundbuchblatt Nr. 37 bis zum 15. Mai 2008 zu entfernen habe. Eine dagegen von der X._ AG erhobene Beschwerde hiess die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern mit Entscheid vom 5. September 2008 gut, soweit sie darauf eintrat, und hob die Wiederherstellungsverfügung der Gemeinde auf; Parteikosten wurden keine zugesprochen.
2. Die X._ AG gelangte am 4. Oktober 2008 an die Direktorin der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und stellte den Antrag, es sei ihr für das Verfahren vor der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion, wie beantragt, eine Entschädigung zuzusprechen. Das Rechtsamt der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion leitete die Eingabe an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern weiter. Dieses nahm die Eingabe als Verwaltungsgerichtsbeschwerde entgegen und wies sie mit Urteil des Einzelrichters vom 13. Januar 2009 ab. Das Verwaltungsgericht führte zusammenfassend aus, dass die nicht anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin gemäss Art. 104 Abs. 1 VRPG keinen Anspruch auf Parteikostenersatz habe. Eine Parteientschädigung könne nach Art. 104 Abs. 2 VRPG gesprochen werden, wenn eine Privatperson ihren Prozess in einem aufwändigen Verfahren selber geführt habe. Von einem aufwändigen Verfahren könne vorliegend nicht die Rede sein. Ausserdem übersehe die Beschwerdeführerin, dass ein Parteikostenersatz nur für Bemühungen im Verfahren vor der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion geleistet werden könne.
Auf den 1. Januar 2009 hat sich die Einwohnergemeinde Wanzwil mit der Einwohnergemeinde Heimenhausen und der gemischten Gemeinde Röthenbach bei Herzogenbuchsee zur Einwohnergemeinde Heimenhausen zusammengeschlossen.
3. Die X._ AG führt mit Eingabe vom 11. Februar 2009 (Postaufgabe 13. Februar 2009) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) gegen das Urteil des Einzelrichters des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern. Das Bundesgericht verzichtete auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte, wie etwa das Willkürverbot, verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 I 313 E. 2 S. 315; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Die Beschwerdeführerin, die keinen zulässigen Beschwerdegrund nennt, setzt sich mit den Ausführungen des Verwaltungsgerichts nicht auseinander. Sie legt nicht dar, inwiefern das Verwaltungsgericht die Beschwerde in verfassungswidriger Weise abgewiesen haben sollte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Einwohnergemeinde Heimenhausen sowie der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsgerichtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli