Faits:
A. A.a La société X._ SA, à A._, a pour but la recherche, le développement, la fabrication, ainsi que l'ingénierie dans les domaines technique, mécanique, chimique et industriel. Elle a été fondée en 1985 par B._, qui avait déposé un brevet pour un système sécurisé de prélèvements de produits toxiques. En 1992, B._ a également ouvert une succursale aux Etats-Unis, X._ INC, dont il est toujours actionnaire unique.
En automne 2004, comme le brevet concernant le système de prélèvements a été déclaré nul par les autorités judiciaires, B._ a alors décidé de fermer son entreprise suisse et a licencié tout son personnel. Il a cependant accepté, en 2005, de transmettre ses actions à ses trois enfants, de quitter le conseil d'administration et de confier la direction de la société à ses deux fils, qui siègent aussi au conseil d'administration.
A.b X._ SA livre du matériel à la société américaine X._ INC. Comme le paiement intervient avec un important retard, cette dernière bénéficie d'une ligne de crédit en compte-courant auprès de X._ SA qui se montait à 340'772 fr. au 31 décembre 2004 et à 434'189 fr. au 31 décembre 2006. Ce crédit était accordé sans contre-prestation correspondante.
Dans les comptes de X._ INC au 30 juin 2006 figurait un montant de 1'197'719 USD à titre de dette envers X._ SA, alors que la comptabilité de cette dernière ne mentionnait aucune créance correspondante.
B. En 2008, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après : le Service cantonal) a procédé à un contrôle des comptes de X._ SA pour les exercices 2005 et 2006. Dans son rapport du 24 juin 2008, il a opéré une reprise de 10'600 fr. correspondant aux intérêts du solde du compte-courant de 2005 et 2006 dû par X._ INC. Le rapport proposait aussi de porter à l'actif des comptes de X._ SA un montant correspondant à la dette de 1'197'719 USD et de comptabiliser au passif un montant identique sous la forme d'une postposition. L'intérêt dû sur ce prêt a été établi à 38'700 fr. pour l'année 2005 et à 33'800 fr. pour l'année 2006. Partant, le Service cantonal a pris les conclusions suivantes :
Nature des reprises
Exercice 2005
Exercice 2006
Intérêts sur C/C X._ INC
Fr. 10'600.--
Fr. 10'600.--
Intérêts sur créances X._ INC
non comptabilisées
Fr. 38'700.--
Fr. 33'800.--
Provision pour perte de change
Fr. 250'000.--
A suivre
A suivre
Provision pour risque produit
Fr. 200'000.--
A suivre
A suivre
Créances envers X._ INC
non comptabilisées
A comptabiliser
A comptabiliser
Total des reprises
Fr. 49'300.--
Fr. 44'400.--
Sur la base de ces reprises, la Commission d'impôt des personnes morales a, par bordereaux du 4 juillet 2008, arrêté à 702'505 fr. le bénéfice imposable de X._ SA, tant en matière d'impôts cantonal et communal que d'impôt fédéral direct, pour l'année 2005 et à 126'199 fr. pour l'année 2006.
Le 25 août 2008, la Commission d'impôt a rejeté la réclamation déposée par X._ SA contre ces taxations.
C. X._ SA a recouru contre cette décision auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (en abrégé: la Commission de recours), en concluant principalement à l'annulation des reprises portant sur les intérêts. A titre complémentaire, elle acceptait l'activation du montant de la créance de 1'197'719 USD envers X._ INC, à condition que puisse être comptabilisée une provision du même montant.
Par décision du 20 janvier 2010, notifiée le 10 septembre 2010, la Commission de recours a admis partiellement le recours dans le sens des considérants, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal. Constatant que X._ INC était dans une situation financière difficile, elle a ainsi accepté la proposition de X._ SA selon laquelle, parallèlement à la comptabilisation, à l'actif de son bilan fiscal au 31 décembre 2005, de la créance de 1'197'719 USD, une provision du même montant soit constituée. Les juges ont en revanche confirmé la décision du 25 août 2006 concernant les intérêts. Ils ont retenu que la mise à disposition d'une ligne de crédit sans contre-prestation complémentaire constituait une prestation appréciable en argent justifiant une reprise de 10'600 fr. à titre d'intérêt pour chacun des exercices 2005 et 2006. Il en allait de même du non-prélèvement d'intérêt sur la créance non comptabilisée de 1'197'719 USD.
D. A l'encontre du jugement du 20 janvier 2010, X._ SA forme auprès du Tribunal fédéral un "recours au sens de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct" (LIFD; RS 642.11) et conclut, avec suite de dépens, à l'annulation de la décision de la Commission de recours en matière fiscale du 20 janvier 2010. Partant, elle demande au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler la reprise d'intérêts sur le compte courant de X._ INC, ainsi que la reprise des intérêts sur la créance de 1'197'719 USD, et subsidiairement, d'admettre une provision équivalente aux intérêts repris.
La Commission de recours a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Le Service cantonal des contributions propose de rejeter le recours sous suite de frais.
L'Administration fédérale des contributions se rallie à la décision attaquée, ainsi qu'aux observations de la Commission de recours du 22 décembre 2010, et conclut au rejet du recours sous suite de frais.
Considérant en droit:
1. 1.1 La décision attaquée porte sur le calcul du bénéfice imposable de la recourante pour les périodes de taxation 2005 et 2006, aussi bien pour les impôts cantonal et communal (en abrégé: ICC) que pour l'impôt fédéral direct (en abrégé: IFD). Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 LIFD confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'IFD, de sorte que l'acte de recours fondé sur cette disposition doit être traité comme tel. Il en va de même pour les impôts cantonal et communal, l'imposition du bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14); la voie du recours en matière de droit public est donc aussi réservée par l'art. 73 al.1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
La Commission de recours a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (ICC et IFD), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264).
1.2 Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 - RS/VS 642.1; ci-après LF-VS). Par ailleurs, il a été formé par la société contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il y a lieu dès lors d'entrer en matière sur le présent recours.
2. 2.1 D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé avec les dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens
de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
2.2 L'objet du litige et les conclusions des parties ne peuvent porter que sur les questions examinées dans l'arrêt attaqué (art. 99 al. 2 LTF; ATF 136 II 101 consid. 1.2 p. 104), soit les taxations de la recourante pour les périodes fiscales 2005 et 2006. Le présent recours n'est donc par recevable en tant qu'il se fonde sur les années ultérieures des ventes effectuées par la recourante auprès de X._ INC ou qu'il soulève la prescription par rapport aux charges comptabilisées, et admises par l'autorité fiscale, durant les années 1992 à 1997.
3. Le litige porte exclusivement sur les reprises relatives aux intérêts dont les autorités cantonales ont tenu compte en tant que distribution dissimulée de bénéfice. Celles-ci concernent, d'une part les montants de 10'600 fr. retenus pour chacun des exercices 2005 et 2006 en relation avec la ligne de crédit accordée à X._ INC et, d'autre part, la somme de 38'700 fr. pour 2005 et de 33'800 fr. pour 2006 en relation avec la créance de 1'197'917 USD de la recourante envers la société américaine.
I. Impôt fédéral direct
4. 4.1 L'art. 57 LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par ledit usage (art. 58 al. 1 let. b in fine LIFD). Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607); il faut encore que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêt 2C_30/2010 du 19 mai 2010 consid. 2.1 et les arrêts cités, in RDAF 2011 II p. 53), ce qui implique une disproportion manifeste entre la prestation et la contre-prestation (ROBERT DANON, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, no 105 et 106 ad art. 57-58 LIFD, p. 746). L'évaluation de la prestation se mesure au prix que des tiers, sur un marché libre et ouvert, seraient disposés à payer pour en faire l'acquisition ou encore au regard d'une transaction comparable effectuée entre parties non liées (voir notamment arrêt 2A.263/2003 du 19 novembre 2003 consid. 2.2, in Archives 74 p. 660 ss; DANON, OP. CIT., n. 110 et 111 ad art. 57-58 LIFD, p. 747; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2ème éd. Zurich 2009, n. 103 et 104 p. 735).
Les opérations entre les sociétés d'un groupe doivent intervenir comme si elles étaient effectuées avec des tiers dans un environnement de libre concurrence (principe du "dealing at arm's length"). Cela vaut tant pour le choix des formes juridiques que pour la fixation des montants (ATF 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 2A.346/1992, Archives 65 p. 51/57, StE 1995 B 72.11 no 3 consid. 3b). Les sociétés contribuables sont du reste liées par les actes juridiques qu'elles concluent ainsi que par leur comptabilité. En particulier, les transactions internationales entre sociétés du même groupe doivent correspondre à ce qui se ferait entre tiers. Même s'il n'est pas toujours facile de déterminer les prix de transfert pour ces opérations au sein d'un groupe, ceux-ci ne peuvent être fixés de manière à déplacer un bénéfice d'un Etat dans un autre ou à égaliser les résultats des sociétés (2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2).
4.2 Lorsqu'il existe un risque de perte sur une créance, en particulier lorsque la solvabilité du débiteur est douteuse, une correction de valeur doit être enregistrée dans les comptes du créancier sous la forme d'une provision qui est prise en considération sur le plan fiscal (cf. ATF 115 Ib 55 consid. 6a p. 63, confirmé en matière fiscale in arrêts 2A.55/2007 du 6 juillet 2007 consid. 4.2 et 2A.99/2004 du 27 octobre 2004, in RF 60/2005 p. 117, consid. 4.2 et 4.3). Les intérêts sur les montants dus sont en principe soumis au même régime.
Si les transactions interviennent au sein d'un groupe d'entreprises ou entre deux sociétés ayant des liens étroits, la société créancière peut en principe opérer des corrections de valeur découlant des difficultés financières de la société qui lui est liée. En revanche, dès qu'il apparaît que la société créancière a fait des attributions à la société en difficulté sans contre-prestation équivalente en raison des liens les unissant et qu'elle ne les aurait jamais accordées à des tiers dans des relations d'affaires normales, ce qui rend à l'opération un caractère insolite reconnaissable pour ses organes, alors il y a prestation appréciable en argent dont il faut tenir compte sur le plan fiscal. Le fait que la société débitrice soit en difficulté financière n'exclut pas que les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice puissent être réunies (cf. supra consid. 4.1).
4.3 X._ SA et X._ INC ont des liens étroits. Elles ont toutes deux été fondées par B._, la société américaine fonctionnant comme une succursale de la société suisse. B._ est toujours l'actionnaire unique de X._ INC, alors qu'il a cédé en 2005 ses actions dans X._ SA à ses trois enfants. La recourante admet les liens étroits la liant à X._ INC, la société suisse étant le plus grand fournisseur de la société américaine, mais elle soutient qu'elle aurait accordé les mêmes avantages à une société tierce en raison de l'importance du marché américain sur le plan mondial et de la nécessité de continuer à satisfaire les clients finaux en dépit des difficultés de paiement qu'éprouvait la société américaine. A son avis, celles-ci rendent illusoire le calcul d'un intérêt, de sorte qu'elle demande à titre subsidiaire de pouvoir provisionner les intérêts s'ils devaient être admis.
4.4 Les deux reprises de 10'600 fr. correspondent aux intérêts sur la ligne de crédit accordée par la recourante à X._ Inc, qui accusait un important retard dans le paiement du matériel que lui livrait la société suisse. Malgré ce retard, X._ SA continuait toutefois ses livraisons de matériel. L'arrêt attaqué constate à cet égard que ces conditions de paiement particulièrement avantageuses ne peuvent s'expliquer que par les rapports personnels étroits entre les deux sociétés. Les juges ont par ailleurs estimé qu'il ne se justifiait pas de provisionner ces intérêts, dès lors que l'octroi de ce crédit sans intérêt découlait des liens particuliers existant entre les deux sociétés. La Commission de recours a aussi relevé que les soldes du compte courant en fin d'année étaient quasiment du même ordre de grandeur que ceux des chiffres d'affaires annuels réalisés avec la société américaine, ce qui était tout à fait inhabituel et contraire aux usages commerciaux. A cet égard, la recourante se borne à prétendre que les marchandises livrées à la société américaine comportent moins de frais généraux, car celle-ci prend en charge les coûts de distribution. Elle ne fournit toutefois aucun élément probant propre à démontrer que l'octroi d'une ligne de crédit à X._ INC, sans limites ni conditions, serait conforme au principe de pleine concurrence (cf. DANON , op. cit., n. 114 p. 748).
Sur la base des constatations cantonales, il apparaît que l'octroi d'une ligne de crédit à la société américaine, principal client de la recourante qui ne payait qu'avec retard, sans qu'aucun intérêt ne soit comptabilisé à charge du débiteur en retard, revêt un caractère insolite clairement reconnaissable pour les organes de la recourante. Du reste, cette dernière, malgré les retards de paiement a continué à effectuer des livraisons, tout en faisant bénéficier à X._ INC d'un crédit gratuit. Il a en outre été retenu que cette attribution ne s'expliquait que par les liens entre les deux sociétés. En qualifiant l'absence d'intérêt de prestation appréciable en argent, la Commission de recours n'a donc pas violé le droit fédéral. La reprise de 10'600 fr. sur chacun des exercices 2005 et 2006 en matière d'impôt fédéral direct doit ainsi être confirmée. Cette justification exclut également d'admettre une correction de valeur d'un montant équivalant à ces intérêts, de sorte que la conclusion subsidiaire de la recourante tendant à pouvoir provisionner ce montant doit également être rejetée.
4.5 Reste à examiner le bien-fondé des reprises de 38'700 fr. pour 2005 et de 33'800 fr. pour 2006 correspondant à l'intérêt dû sur la créance de 1'197'719 USD de la recourante envers X._ INC.
4.5.1 La recourante commence par s'en prendre non pas aux intérêts, mais à la comptabilisation de la créance elle-même dans son bilan fiscal. Invoquant une violation du principe de la déterminance, elle soutient qu'aucune disposition de droit fiscal ne permettait d'introduire ce poste dans ses comptes, dès lors que la comptabilité américaine n'est pas fiable et ne saurait servir de référence.
La recourante n'a pas formulé devant la Cour de céans de conclusions au sujet de la comptabilisation de la créance litigieuse. Comme le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF), et qu'une reformatio in pejus est également exclue (cf. arrêt 2C_581/2010 du 28 mars 2011, consid. 1.5), l'objet du litige ne peut porter ni sur la comptabilisation de la créance de 1'197'719 USD, ni sur la constitution d'une provision du même montant. Par conséquent, les griefs de la recourante ne doivent être examinés que dans le cadre de la reprise des intérêts non comptabilisés (cf. infra consid. 4.5.2).
4.5.2 Au sujet, de la reprise des intérêts sur la créance de 1'197'719 USD, l'arrêt attaqué constate seulement que la situation se présente de la même manière que celle concernant les intérêts sur la ligne de crédit en compte-courant. Il souligne que le non-prélèvement d'intérêts, et ce depuis de longues années, ne peut s'expliquer que par les liens personnels étroits entre les deux sociétés et n'est aucunement justifié par des raisons commerciales.
Comme le laisse entendre la recourante, la Commission de recours a adopté, une position contradictoire dès lors qu'elle a accepté que la créance soit provisionnée en raison de la situation financière difficile de la société américaine, en le refusant pour les intérêts, au motif qu'il s'agissait d'une prestation appréciable en argent. Accepter la comptabilisation d'une provision, parce que la situation financière du débiteur ne garantit pas son recouvrement, relève en effet de relations commerciales normales et doit être admis, même pour des sociétés qui ont des liens particuliers entre elles (cf. supra consid. 4.2). S'agissant de la créance en cause, on ne peut à la fois considérer qu'une provision était justifiée par la situation difficile de la société américaine et adopter un autre raisonnement pour les intérêts.
Le Tribunal fédéral n'est toutefois pas lié par la motivation de l'arrêt attaqué, mais uniquement par son résultat (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104; 134 V 250 consid. 1.2 p. 252). Or, sur la base des faits ressortant de l'arrêt entrepris, la reprise des intérêts paraît justifiée. La recourante a remis des montants importants à la société américaine à partir de 1992, qui totalisaient 1'197'719 USD en 2006. Elle n'a porté aucun montant correspondant dans sa comptabilité, ni a fortiori n'a mentionné le moindre intérêt sur cette somme. La recourante ne se trouve donc pas dans la situation d'une société qui aurait porté à son bilan une créance avec une correction de valeur correspondante en raison des difficultés financières de son débiteur, tout en renonçant à percevoir des intérêts sur la somme due. Au contraire, elle a injecté des fonds dans une société étrangère, sans en faire mention à son bilan, alors que, pour sa part, la société étrangère comptabilisait une dette importante. Une telle attribution, purement gratuite, ne peut s'expliquer que par les liens étroits liant les deux sociétés et ne saurait trouver une justification dans les difficultés financières rencontrées par la société américaine. En ce qui concerne le montant de la créance à l'encontre de X._ INC, la recourante fait valoir que la comptabilité américaine n'est pas une référence sur laquelle il est possible de se fonder pour effectuer cette reprise. Elle n'expose cependant pas de manière suffisante dans quelle mesure il y aurait lieu de s'écarter de la dette comptabilisée par X._ INC. A cet égard, ni ses allégations générales, selon lesquelles la comptabilité américaine n'étant pas soumise à révision, de sérieux doutes peuvent être émis au niveau de sa fiabilité, ni ses renvois aux frais qu'elle a comptabilisés durant les années 1992 à 1997 sous la mention "X._ INC. USA", ne suffisent. La Commission de recours a donc admis à juste titre l'existence d'une créance de la recourante correspondant à la dette comptabilisée par X._ INC. Dans de telles circonstances, il y a, en tout cas s'agissant du non-prélèvement d'intérêts, qui seul peut être revu dans la présente procédure, prestation appréciable en argent, puisque l'opération a permis à la recourante de déplacer son bénéfice aux Etats-Unis. Cette conclusion exclut de permettre à la recourante de provisionner les intérêts portés à son bilan commercial sur cette somme.
II. Impôts cantonal et communal.
5. L'art. 81 al. 1 LF-VS pose le même principe que l'art. 58 al. 1 LIFD en ce qui concerne la réintégration dans le bénéfice imposable des prélèvements qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial. Il en va de même de l'art. 24 al. 1 LHID (cf. arrêt 2C_ 421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 4 et les arrêts cités). Par conséquent, il peut être renvoyé, s'agissant des impôts cantonal et communal, à la motivation développée en matière d'impôt fédéral direct.
6. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, avec suite de frais à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesures où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, Commission d'impôt des personnes morales, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 18 mai 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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