Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in A._ (nachfolgend: X._ AG) ist eine Gesellschaft mit Produktions- und Handelsaktivitäten im Bausektor, Bereich F._technik. Sie ist eine Gruppengesellschaft des Y._-Konzerns und ihrerseits Rechtsnachfolgerin einer gleichnamigen Gesellschaft (Übernahme durch Fusion am 25. Juni 2008, nachfolgend aus Vereinfachungsgründen ebenfalls als X._ AG bezeichnet).
Unter der Firma Z._ AG bestand eine weitere Gruppengesellschaft mit Sitz in B._ (nachfolgend Z._ AG). Sie besass eine C._produktion, für welche sie die notwendigen D._ selbst herstellte. Sie bediente als Produzentin sowohl Möbelindustrie und Holzfachhandel wie auch Bauindustrie und Baufachhandel, wobei rund 20 % der Produkte den Bausektor betrafen.
Zur Sanierung der Z._ AG verzichtete die Konzernholdinggesellschaft in den Jahren 2000 bis 2002 auf Darlehen im Umfang von insgesamt Fr. ... Mio. Die Forderungsverzichte erfolgten gegen Ausgabe von Besserungsscheinen mit der Verpflichtung zur Rückzahlung, sobald u.a. das Aktienkapital der Z._ AG wieder intakt sein sollte. Im Jahr 2004 wurde zudem das Aktienkapital der Z._ AG von Fr. ... Mio. auf Fr. 100'000.-- herabgesetzt.
Im Rahmen der Neuordnung der Y._-Gruppe wurde im Jahr 2002 bei der Z._ AG die Produktion von C._ stillgelegt und wurden die Möbel- und Holzhandelsaktivitäten an einen Dritten veräussert. Die verbleibenden Aktivitäten, welche sich auf den Sektor Bau konzentrierten (insbesondere E._), sowie die nicht bilanzierten Werte wie Immaterialgüterrechte (abgelaufene Patente für die Herstellung von D._), Know-how und Baukunden-Kartei verblieben weiterhin bei der Z._ AG. Sie konnten aber in der Y._-Gruppe genutzt werden. Trotz Veräusserung des Betriebsgrundstücks am 20. November 2003 führte die Z._ AG ihre reduzierten Aktivitäten durch zwei langjährige Mitarbeiter weiter. Am 23. Dezember 2004 übernahm die (damalige alte) X._ AG per Stichtag 30. November 2004 die Z._ AG mit sämtlichen Aktiven und Passiven.
B. Für die direkte Bundessteuer 2004 brachte die X._ AG u.a. die Verlustvorträge der Z._ AG von Fr. ... vom ausgewiesenen Gewinn in Abzug. Das kantonale Steueramt Zürich verweigerte die Verlustverrechnung, rechnete einen (nicht mehr umstrittenen) betriebsfremden Aufwand von Fr. ... zum steuerbaren Gewinn hinzu und ermittelte einen steuerbaren Reingewinn von Fr. ... (Veranlagungsverfügung vom 29. Januar 2007; Einspracheentscheid vom 12. Juni 2008). Die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde wies die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich am 27. Oktober 2008 ab. Eine dagegen gerichtete Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich blieb erfolglos. Mit Urteil vom 16. Juni 2010 hiess das Bundesgericht die Beschwerde der X._ AG aus formellen Gründen (Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör) gut und hob das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 18. November 2009 auf.
Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde im zweiten Rechtsgang mit Urteil vom 23. Februar 2011 ab. Es befand, die von der X._ AG übernommene Z._ AG sei im Zeitpunkt der Fusion bereits liquidiert gewesen. Das schliesse eine Verrechnung der Vorjahresverluste der absorbierten Gesellschaft aus. Dass die Eidgenössische Steuerverwaltung für die Stempelabgaben und die Verrechnungssteuer darin keinen steuerbaren Vorgang erblickt habe, binde die Veranlagungsbehörde für die direkte Bundessteuer nicht. Der Grundsatz von Treu und Glauben sei nicht verletzt.
C. Hiergegen führt die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. Februar 2011 betreffend die direkte Bundessteuer sei aufzuheben und der steuerbare Reingewinn für die Steuerperiode 2004 auf Fr. 0.-- festzusetzen.
Das Kantonale Steueramt Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich über die direkte Bundessteuer ist zulässig (Art. 82 ff., 86 Abs. 1 lit. d, Abs. 2 BGG; Art. 146 DBG [SR 642.11]). Die Beschwerdeführerin ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (vgl. Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (vgl. Art. 42 Abs. 2, 97 Abs. 1 und 106 Abs. 2 BGG) - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (BGE 134 III 102 E. 1.1 S. 104 f.; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung, soweit rechtserheblich, kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin die Verluste der Z._ AG, die sie per Stichtag am 30. November 2004 durch Fusion übernommen hat, mit ihren Gewinnen verrechnen kann.
2.1 Gegenstand der Gewinnsteuer der juristischen Person ist der Reingewinn (Art. 57 DBG). Vom Reingewinn der Steuerperiode (Art. 79 DBG) können Verluste aus sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten (Art. 67 Abs. 1 DBG). Ohne dass dies im Wortlaut zum Ausdruck kommt, haben Praxis und Doktrin diese Vorschrift auch für die Verrechnung von Verlustvorträgen einer gewinnsteuerneutral übertragenden Gesellschaft durch die übernehmende Gesellschaft im Rahmen von Unternehmensumstrukturierungen herangezogen (Urteil 2A.583/2003 vom 31. Januar 2005 E. 2.1, in: StE 2005 B 72.15.2 Nr. 7 mit Literaturhinweisen und unter Bezugnahme auf das Kreisschreiben Nr. 5 vom 1. Juni 2004 der Eidgenössischen Steuerverwaltung, "Umstrukturierungen", Ziff. 4.1.2.2.4 S. 31). Somit kann grundsätzlich auch bei der Fusion zweier Kapitalgesellschaften die aufnehmende Gesellschaft die Verlustvorträge der absorbierten Gesellschaft steuerwirksam geltend machen.
2.2 Es ist allerdings fraglich, ob sich diese Folge unmittelbar aus Art. 67 DBG ergibt, das heisst, ob die Vorschrift sich als gesetzliche Grundlage für die Übernahme eines Vorjahresverlustes der übertragenden durch die übernehmende Gesellschaft eignet. Das Bundesgericht hat im zitierten Urteil diese Frage noch nicht geklärt.
2.2.1 Auf die Übertragung der Aktiven und Passiven von einer juristischen Person auf eine andere juristische Person im Rahmen einer Unternehmensumstrukturierung (zum Beispiel durch Fusion) findet seit dem 1. Juli 2004 das Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (Fusionsgesetz, FusG; SR 221.301) Anwendung. Dieses hat freilich nur zivilrechtliche Wirkung. Es bedarf daher einer ausdrücklichen Anordnung durch das Steuergesetz, dass die übernehmende juristische Person die Steuer der übertragenden juristischen Person zu übernehmen hat. Es geht um die sog. Steuernachfolge (Steuersukzession). Art. 54 Abs. 3 DBG regelt diese - ähnlich wie bereits Art. 12 Abs. 2 des Bundesratsbeschlusses über die Erhebung einer Wehrsteuer vom 9. Dezember 1940 (WStB; BS 6 350), per 1. Januar 1983 umbenannt im Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt) - wie folgt:
"Überträgt eine juristische Person Aktiven und Passiven auf eine andere juristische Person, so sind die von ihr geschuldeten Steuern von der übernehmenden juristischen Person zu entrichten."
Dieser gesetzlichen Regelung liegt zugrunde, dass bei der Übertragung aller Aktiven und Passiven die übertragende juristische Person ohne Liquidation erlischt bzw. in der übernehmenden juristischen Person aufgeht, weshalb Letztere die von der Ersteren bis zum Erlöschen geschuldeten Steuern zu übernehmen und deren steuerlichen Pflichten zu erfüllen hat (vgl. Bauer-Balmelli/Omlin, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Bd. I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 35 zu Art. 54 DBG; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 41 ff. zu Art. 54 DBG; GLAUSER/OBERSON, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 49 ff. zu Art. 54 DBG; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 39 ff. zu Art. 54 DBG; für den BdBSt, vgl. ERNST KÄNZIG, Die eidgenössische Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], I. Teil, 2. Aufl. 1982, N. 12 ff. zu Art. 12 Abs. 2 BdBSt).
2.2.2 Die Steuernachfolge besagt aber nichts über die Fortführung der Steuerfaktoren der übertragenden juristischen Person durch die übernehmende juristische Person.
Die sich aus der sog. erweiterten Steuernachfolge von Art. 12 Abs. 2 BdBSt ergebende Pflicht zur Übernahme und Weiterführung der Steuerfaktoren der erloschenen Gesellschaft bestand nach Doktrin und Praxis nicht nur bis zum Ende der laufenden, sondern dann auch für die folgende Veranlagungsperiode. Es wurde so gehalten, wie wenn die Steuerpflicht der übertragenden juristischen Person nicht untergeht, sondern in der Steuerpflicht der übernehmenden juristischen Person weiterlebt. Es galt der Grundsatz der bemessungsrechtlichen Kontinuität als Voraussetzung für die wirtschaftliche und auch steuerrechtliche Kontinuität bereits unter dem alten Recht (vgl. KÄNZIG, a.a.O., N. 14 zu Art. 12 Abs. 2 BdBSt; bestätigt im Urteil 2A.382/1994 vom 23. April 1997 E. 2e, in: StE 1997 B 74.11 Nr. 9; ferner Heinz Masshardt, Kommentar zur direkten Bundessteuer, 2. Aufl. 1985, N. 6 zu Art. 12 BdBSt; Reimann/Zuppinger/Schärrer, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Band, 1969, N. 199 zu § 45 StG; vgl. Urteil 2A.382/1994 vom 23. April 1997 E. 2d u. e, in: StE 1997 B 74.11 Nr. 9).
Im heutigen System der Postnumeradobesteuerung mit einjähriger Periode und Gegenwartsbemessung ergibt sich die Faktorenübernahme automatisch dadurch, dass die übernehmende juristische Person ab dem Übernahmestichtag das eigene sowie das Geschäftsergebnis, das sich aus den Aktiven und Passiven der übernommenen juristischen Person ergibt, zu versteuern hat. Soll die Übernahme steuerneutral abgewickelt werden, hat sie dabei auch die Steuerfaktoren der übernommenen juristischen Person fortzuführen, andernfalls eine Liquidation vorläge. Es gilt bereits der Grundsatz der bemessungstechnischen Kontinuität, so dass es hierfür einer ausdrücklichen gesetzlichen Grundlage nicht unbedingt bedarf (Markus Reich, Grundriss der Steuerfolgen von Unternehmensumstrukturierungen, 2000, S. 111; Urs R. Behnisch, Die Umstrukturierung von Kapitalgesellschaften, 1996, S. 229; Peter Locher, a.a.O., II. Teil, N. 41 und 43 zu Art. 54 DBG; Peter Spori, Die Umstrukturierung von Unternehmen nach neuem Bundesrecht, in: Höhn/Athanas [Hrsg.], Das neue Bundesrecht über die direkten Steuern, 1993, S. 313; Bauer-Balmelli/Omlin, a.a.O., N. 35 zu 54 DBG).
2.2.3 Infolge der Faktorenübernahme kann die Umstrukturierung steuerneutral vorgenommen werden. Das Bundesgericht hat mit Urteil 2A.382/1994 vom 23. April 1997 (StE 1997 B 74.11 Nr. 9) noch für das alte Recht die Faktorenübernahme bestätigt und dazu ausgeführt, diese sei zwar in Art. 12 Abs. 2 BdBSt nicht explizit vorgesehen. Doch komme in der Vorschrift der gesetzgeberische Wille zum Ausdruck, die Steuerkontinuität - wenn auch nach dem Wortlaut nur für die "laufende Veranlagungsperiode" - sicherzustellen und auf eine Abrechnung der stillen Reserven zu verzichten, sofern die Steuerpflicht in der Schweiz bestehen bleibt. "Indem Art. 12 Abs. 2 BdBSt die übernehmende Gesellschaft verpflichtet, die Steuern der übernommenen Gesellschaft für die ganze laufende Veranlagungsperiode ... zu entrichten, wird der übernehmenden Gesellschaft eine steuerliche Pflicht auferlegt, die sich nach den Grundlagen berechnet, die vor der Fusion eingetreten sind (...), und die sich auch auf eine Periode bezieht, in der die übernommene juristische Person bereits nicht mehr existiert". Das gelte dann aber auch für die Folgeperiode, da nicht anzunehmen sei, der Gesetzgeber habe für diese eine andere Lösung als für die laufende Veranlagungsperiode treffen wollen (vgl. E. 2e). Massgebend sei die auf den Zeitpunkt des Abschlusses des Fusionsvertrages bzw. der Übernahme erstellte Bilanz. In der Fusionsbilanz der übernommenen Gesellschaft würden gegenüber den bisherigen Buchwerten in der Regel keine Änderungen vorgenommen. Da sich der steuerbare Gewinn grundsätzlich nach dem Saldo der nach kaufmännischen Grundsätzen erstellten Gewinn- und Verlustverrechnung (Art. 662 ff. und Art. 957 ff. OR) unter Berücksichtigung des Saldovortrags aus dem Vorjahr bemesse (Art. 49 Abs. 1 BdBSt) und die handelsrechtlichen Grundsätze selber die Übertragung des Gewinns bzw. des Gewinnvortrags auf die übernehmende Gesellschaft vorsehen würden, sei die Faktorenübernahme für die Folgeperiode auch steuerrechtlich massgebend (E. 2f).
2.3 Was die Übernahme eines allfälligen Verlustvortrags (Art. 67 Abs. 1 DBG) betrifft, so enthalten das DBG und namentlich dessen Artikel 67 aber keine ausdrückliche Vorschrift (s. auch Hans Jakob Nold, Die zeitliche Bemessung des Gewinns im Unternehmungssteuerrecht, 1984, S. 303 ff., der daraus schliesst, dass die Berücksichtigung eines Verlustvortrags sich nicht auf das Gesetz stützen lässt). Das besprochene Urteil 2A.382/1994 vom 23. April 1997 betrifft nur die Reserven und den Gewinnvortrag und keinen Geschäftsverlust.
Die Übernahme der Steuerfaktoren beinhaltet indessen nicht nur die Anrechnung der positiven, sondern auch der negativen Ergebnisse im Sinne einer Nettogrösse, weil sich anders die bemessungsrechtliche Kontinuität nicht herstellen lässt (Reich, Grundriss, a.a.O., S. 112; Behnisch, a.a.O., S. 229). Die in die Verlustvortragsperiode (Art. 67 Abs. 1 DBG) fallenden Verluste der übertragenden Gesellschaft sind daher auch bei der übernehmenden Gesellschaft zu berücksichtigen. Diese Praxis wurde nun auch vom Bundesrat in der Botschaft zum Fusionsgesetz vom 13. Juni 2000 (BBl 2000 4370 Ziff. 1.3.9.4) ausdrücklich bestätigt. Sie ergibt sich zwar nicht direkt aus Art. 67 Abs. 1 DBG, wohl aber aus dem Grundsatz, dass ordentliche und ausserordentliche Verlustvorträge richtigerweise stets als Steuerbilanzpositionen vorzutragen (vgl. BERNHARD FELIX SCHÄRER, Verlustverrechnung von Kapitalgesellschaften im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht: Leistungsfähigkeitsprinzip und Schlechterstellungsverbot bei Aufwertungen und Sanierungen, S. 65) und dementsprechend aufgrund der allgemeinen Ordnung zur steuerneutralen Abwicklung von Fusionen zu berücksichtigen sind. Das ist auch in der heutigen Doktrin unbestritten (Glauser/ Oberson, a.a.O., N. 20 zu Art. 61 DBG; Höhn/Waldburger, Steuerrecht, Band II, 9. Aufl. 2002, § 48 Rz. 192 S. 543 f.; Locher, a.a.O., II. Teil, N. 24 zu rev.Art. 61 DBG; Reich, Grundriss, a.a.O., S. 112 f.; Richner et al., a.a.O., N. 51 zu Art. 61 DBG; Saupper/Weidmann, in: Basler Kommentar, Fusionsgesetz, 2005, N. 82 vor Art. 3 FusG; Spori/Gerber, Fusionen und Quasifusionen im Recht der direkten Bundessteuer, ASA 71 S. 699).
3. Der Übernahme von Vorjahresverlusten einer Gesellschaft, die im Rahmen einer Unternehmensumstrukturierung mit Aktiven und Passiven ohne Liquidation übernommen wird, sind jedoch auch Grenzen gesetzt.
3.1 Die steuerneutrale Übertragung bei Umstrukturierungen verlangt dem Grundsatz nach, dass stille Reserven den bisherigen Vermögenswerten verhaftet bleiben. Auch der Verlustvortrag ist mit dem Unternehmen verknüpft, weshalb im Rahmen der Unternehmensumstrukturierung eine gewisse wirtschaftliche Kontinuität verlangt werden muss. Das ergibt sich bereits durch Auslegung der massgebenden Steuernormen zur Übernahme der Steuerfaktoren und zur Verlustverrechnung (Art. 54 Abs. 3 und Art. 67 DBG).
3.2 Da aber nach dem Fusionsgesetz auch eine Gesellschaft in Liquidation sich als übertragende Gesellschaft an einer Fusion beteiligten kann (vgl. Art. 5 Abs. 1), darf die steuerneutrale Übertragung der stillen Reserven und die Verlustverrechnung einer Gesellschaft nicht bereits deshalb verweigert werden, weil betriebliches oder Anlagevermögen verwertet worden ist. Es bedarf daher qualifizierter Voraussetzungen, um die Übertragung stiller Reserven bzw. die gesetzlich vorgesehene Verlustverrechnung ausnahmsweise nicht zuzulassen. Das ist namentlich der Fall, wenn keine sachlichen bzw. betriebswirtschaftlichen Gründe für die Umstrukturierung vorliegen, wobei die blosse Schaffung von Verlustverrechnungspotential nicht als solcher Grund zu qualifizieren ist.
3.3 Nicht mehr erforderlich ist nach Art. 61 Abs. 1 DBG für die steuerneutrale Übertragung der stillen Reserven im Rahmen einer Fusion - im Gegensatz zur der in dieser Vorschrift (lit. b) speziell erwähnten Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person - die Weiterführung des Betriebs. Im Unterschied zu der bis 1. Juli 2004 geltenden Fassung von Art. 61 Abs. 1 lit. b unrev.DBG verwendet die revidierte Bestimmung den zu engen Begriff "Unternehmenszusammenschluss" nicht mehr (kritisch zur bisherigen Regelung, Spori, a.a.O., S. 304; Locher, a.a.O., II. Teil, N. 30 zu Art. 61 DBG).
Schon in der Praxis zum Bundesratsbeschluss (BdBSt) wurde beim Zusammenschluss nicht verlangt, dass in sich geschlossene betriebliche Einheiten übertragen werden. Es konnten daher auch etwa Immobilien- oder Holdinggesellschaften gewinnsteuerneutral übernommen werden (Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, Harmonisierung des Unternehmenssteuerrechts, 1995. S. 85). Es kann einem Unternehmen auch nicht verwehrt sein, eine bisher unrentable Tätigkeit aufzugeben und eine neue aufzunehmen, ohne dabei steuerliche Nachteile befürchten zu müssen (Urteil 2A.129/2007 vom 17. März 2008 E. 4.2, in StE 2009 B 72.19 Nr. 10). Zwar hat das Bundesgericht noch im Urteil 2A.538/2003 vom 31. Januar 2005 (StE 2005 B 72.15.2 Nr. 7 E. 2.2) für die Verlustübernahme bei der Fusion von Gesellschaften eine "betriebliche Kontinuität" verlangt. Inzwischen hat jedoch der revidierte Art. 61 Abs. 1 DBG auf den Begriff "Unternehmenszusammenschluss" ganz verzichtet.
3.4 Die Verlustverrechnung nach Art. 67 DBG steht überdies - wie generell jede Rechtsausübung - unter dem Vorbehalt des Missbrauchsverbots (vgl. Art. 2 Abs. 2 ZGB). So ist sie namentlich ausgeschlossen, wo eine Steuerumgehung oder ein so genannter Mantelhandel vorliegt (vgl. Brülisauer/Helbing, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2. Aufl. 2008, N. 15 zu Art. 67 DBG). Gemäss dem Kreisschreiben Nr. 5 "Umstrukturierungen" der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 1. Juni 2004 (Ziff. 4.1.2.2.4) liegt eine Steuerumgehung namentlich dann vor, wenn die zu übertragende Gesellschaft wirtschaftlich liquidiert oder in liquide Form gebracht worden ist (Mantelfusion). Nach einem Teil der Lehre muss jedoch für die Verweigerung der Verlustverrechnung immer eine Steuerumgehung vorliegen (Höhn/Waldburger, a.a.O., § 48 Rz. 193 S. 544 f.; Glauser/Oberson, a.a.O., N. 20 i.f. zu Art. 61 DBG; Spori/Gerber, a.a.O., ASA 71 S. 699).
Die Frage der Steuerumgehung stellt sich aber erst, wenn der Anwendungsbereich der lege artis ausgelegten Steuernorm abgesteckt ist. Steuernormen mit wirtschaftlichen Anknüpfungspunkten sind nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts nach wirtschaftlichen Kriterien auszulegen. Nur wenn durch richtige Auslegung und Anwendung der Norm einer missbräuchlichen Rechtsgestaltung oder einer missbräuchlichen Inanspruchnahme von Rechten nicht beizukommen ist, stellt sich die Frage der Steuerumgehung (BGE 131 II 562 E. 3.4 f.; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, Vorbemerkungen Rz. 145; Reich in: Reich/Duss, a.a.O., S. 272 f.). Teilweise behilft sich das Gesetz mit Ersatztatbeständen, die einen Vorgang als rechtsmissbräuchlich sanktionieren. So regelt z.B. das Stempelsteuergesetz den Mantelhandel ausdrücklich (Art. 5 Abs. 2 lit. b StG; SR 641.10; vgl. Duss/von Ah/Sieber, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Stempelabgaben, Band II/3, N. 45 zu Art. 5 StG). Eine Generalklausel zur Bekämpfung der Steuerumgehung enthält auch Art. 21 Abs. 2 des Bundesgesetzes über die Verrechnungssteuer (VStG; SR 642.21) als Ergänzung zu den in Absatz 1 umschriebenen Tatbeständen über die Rückerstattungsberechtigung (ausführlich Maja Bauer-Balmelli, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, II/2, N. 35 ff. zu Art. 21 VStG).
Für die Einkommens- und Gewinnsteuer drängt sich ein solcher Ersatztatbestand nicht auf. Wie bei allen Umstrukturierungen stellt sich auch bei der Fusion durch Absorption die Frage nach der Realisierung stiller Reserven. Die Frage ist anhand der Auslegung der Steuernormen, die weitgehend wirtschaftliche Begriffe verwenden, zu beantworten. Erst danach greift allenfalls das Instrument der Steuerumgehung. Das war - nach früherem Recht - namentlich der Fall bei der Übernahme einer gewinnträchtigen Gesellschaft durch eine verschuldete Gesellschaft (Urteil 2A.148/1991 vom 30. November 1992 E. 4, in: ASA 63 S. 218; vgl. Locher, a.a.O., II. Teil, 2004, N. 41 Art. 61 und N. 11 zu Art. 67 DBG; Markus Reich, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 33 zu Art. 61 DBG). Im vorliegenden Fall ist die Steuerumgehungsdiskussion entbehrlich, wie die folgenden Ausführungen zeigen.
4. Zu prüfen bleibt, ob für die Annexion der Z._ AG durch die Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin sachliche bzw. betriebswirtschaftliche Gründe gegeben waren und ob ein missbräuchliches Vorgehen ausgeschlossen werden kann.
4.1 Die Vorinstanz hat für das Bundesgericht verbindlich (Art. 97, 105 BGG) festgestellt, dass die übertragende Z._ AG ihre Produktion Mitte 2002 eingestellt und die Betriebsliegenschaft verkauft hatte. Ihre Produktionsanlagen seien bereits vor der Fusion abgebaut und das bilanzierte betriebliche Anlagevermögen liquidiert bzw. veräussert worden. Die Möbel- und Holzhandelsaktivitäten seien an einen europäischen Mitbewerber verkauft worden, wobei die Z._ AG bis Ende 2002 für den Käufer noch gewisse Endfertigungsabeiten ausgeführt habe. Die Aktiven von insgesamt Fr. ...-- setzten sich gemäss Fusionsbilanz vom 30. November 2004 aus flüssigen Mitteln und Forderungen zusammen. Das Fremdkapital habe im Wesentlichen aus konzerninternen Verbindlichkeiten, Rechnungsabgrenzungen und übrigen kurzfristigen Verbindlichkeiten bestanden. Die Fusionsbilanz zeige das Bild einer in liquide Form gebrachten Gesellschaft.
Nach den Feststellungen der Vorinstanz ist zudem nicht nachgewiesen, welche Verkäufe die Z._ AG nach Einstellung der Produktion noch vorgenommen haben soll. Die Erfolgsrechnung ergäbe keine Verkaufsaktivitäten für die letzten elf Monate vor der Fusion. Die Veräusserung des Warenlagers nach der Produktionsaufgabe stelle keine den Weiterbestand des Unternehmens in der übernehmenden Gesellschaft sichernde Geschäftstätigkeit dar, sondern sei eine typische Liquidationshandlung. Was die Herstellung der E._ betreffe, sei nach der Produktionsaufgabe keine weitergehende reduzierte Geschäftstätigkeit der Z._ AG zu erkennen. Vielmehr sei dieser Bereich an zwei andere Gruppengesellschaften veräussert worden. Die Beschwerdeführerin habe auch nicht aufgezeigt, inwiefern das in der D._produktion erschaffene Know-how im Zuge der Fusion habe übertragen werden können. Die (den Baubereich betreffenden) Kundendaten seien der Beschwerdeführerin bereits im Jahre 2003 zur Verfügung gestellt worden, wobei die Veräusserung eines Kundenstammes nach Betriebsaufgabe allerdings Teil der Liquidation sei.
Nach Ansicht der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin demzufolge nicht nachgewiesen, dass die Z._ AG nach Aufgabe der Produktion eine (reduzierte) Geschäftstätigkeit weitergeführt hat, die im Zuge der Fusion auf die Beschwerdeführerin übertragen wurde. Die rechtliche und wirtschaftliche Liquidation der Z._ AG sei bereits vor der Übernahme so weit fortgeschritten gewesen, dass die übernommene Gesellschaft in liquide Form gebracht worden sei. Die Verlustvorträge seien folglich nicht mit den Gewinnen der Beschwerdeführerin zu verrechnen.
4.2 Dieser Auffassung kann nur beschränkt gefolgt werden. Der Vorinstanz ist beizupflichten, dass die genannten Feststellungen tatsächlicher Art nicht auf eine Fortführung des Geschäftsbetriebs im Rahmen der Umstrukturierung schliessen lassen. Dabei handelt es sich aber um eine statische Betrachtungsweise, die den Fokus vor allem auf das Vorliegen eines Aktienmantels richtet. Angesichts der grundsätzlichen Zulässigkeit der Übernahme einer Gesellschaft in Liquidation durch Fusion (Art. 5 Abs. 1 FusG), kann auch dem Erfordernis der Betriebsübernahme und -fortführung keine wesentliche Bedeutung zukommen. Entscheidend ist nicht in erster Linie der Stand der Liquidation und ob im Zeitpunkt der Fusion bei der annektierten Gesellschaft ein funktionierender Geschäftsbetrieb noch vorhanden ist, sondern ob für die Fusion betriebswirtschaftliche Gründe vorliegen.
Die gesetzliche Regelung zur gewinnsteuerneutralen Übertragung stiller Reserven im Rahmen einer Fusion auch bei zu liquidierenden Gesellschaften (Art. 5 Abs. 1 FusG, Art. 61 Abs. 1 DBG) verlangt daher eine dynamische Betrachtung. Bei einer solchen Analyse sind weder die Werte gemäss der Übernahmebilanz per 30. November 2004 (mit Einschluss der nicht aktivierbaren Vermögenswerte) und die vorausgehende Einstellung der Produktion, noch die Weiterführung der wirtschaftlichen Existenz der annektierten Gesellschaft massgebend. Eine Rolle spielen kann dagegen das Schicksal der nicht aktivierbaren immateriellen Werte (Know-how für die D._herstellung und übrige Produktion; Rechte an den D._arten und an der E._; Kundenkartei). Dass gerade der Goodwill und andere immaterielle Werte viel wertvoller sein können als die aus der Bilanz ersichtlichen Aktiven, erhellt aus einem vom Bundesgericht kürzlich beurteilten Fall (Urteil 2C_335/2008 vom 13. Oktober 2008, in: StE 2009 B 72.13.22 Nr. 51).
4.3 Da die Produktionseinstellung bei der Z._ AG bereits Mitte 2002 erfolgte und die Übertragung der weiteren materiellen wie auch der immateriellen Werte auf Dritte (Bereich möbelindustrielle Fertigungen einschliesslich des sog. "Sortimentskunden"-Stammes), auf weitere Gruppengesellschaften und auf die Beschwerdeführerin (D._produktion, E._, Kundendatei für "Nichtsortimentsware") sich über eine längere Zeit hinzog, sind die Werte in der Bilanz per Fusionsstichtag nicht allein aussagekräftig. Die Baukundenkartei stand der Beschwerdeführerin bereits im Jahr 2003 zur Verfügung. Es steht auch unbestrittenermassen fest, dass die Beschwerdeführerin in den Jahren 2003 bis 2005 eine Umsatzsteigerung von Fr. ... Mio. (2003) auf ... Mio (2005) verzeichnete, was ein wesentliches Indiz dafür ist, dass die Beschwerdeführerin aus der Umstrukturierung Profit zog. Der pauschale Hinweis der Vorinstanz, diese Umsatzzunahme könnte auch auf "andere, plausible Gründe" zurückzuführen sein, vermag diese Umsatzsteigerung nicht zu erklären. Im Übrigen weist die Vorinstanz (angefochtenes Urteil S. 13) selbst darauf hin, dass mit der Betriebseinstellung der Z._ AG eine bedeutende Mitbewerberin weggefallen sei und dies der Beschwerdeführerin erlaubt habe, in das Marktvakuum vorzustossen.
4.4 Der Schluss der Vorinstanz, dass in der Beschwerdeführerin keine wirtschaftliche Kontinuität der ehemaligen Z._ AG zu erkennen sei, lässt sich damit nicht aufrecht erhalten. Die weiteren Feststellungen tatsächlicher Art der Vorinstanz führen zu keinem anderen Ergebnis. Dass die Beschwerdeführerin nicht im Einzelnen aufgezeigt hat, wie das Fachwissen in der D._fabrikation und das verbliebene Know-how in der Produktion auf die Beschwerdeführerin übertragen worden sei, vermag die Tatsache, dass eine erhebliche Umsatzsteigerung stattgefunden hat, nicht zu entkräften. Das Argument erweist sich auch angesichts der sehr ausführlichen Sachdarstellung der Beschwerdeführerin in den vorinstanzlichen Verfahren als haltlos. Die Beschwerdeführerin hat zudem nachvollziehbar dargelegt, weshalb es seit dem Fusionsbeschluss im Jahre 2002 bis zur Fusion zu Verzögerungen kam (u.a. Rechtsstreitigkeiten mit Dritten). Das erklärt, weshalb die Z._ AG ihre immateriellen Werte der Beschwerdeführerin bereits im Jahre 2003 unentgeltlich zur Verfügung stellte.
Das Ziel der Fusion bestand denn auch in der Zusammenlegung der im Bereich der F._technik (Bausektor) tätigen Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin mit der - nach der Strukturbereinigung und Veräusserung der nichtprofitablen Bereiche - gleichfalls vorab in dieser Sparte aktiven Z._ AG. Diese Bündelung der Kräfte machte aus ökonomischer Sicht durchaus Sinn. Die verschiedenen Massnahmen im Konzern beruhen auf sachlichen Überlegungen zur Erhaltung der Stärkung der Y._-Gruppe. Dass dabei auch steuerplanerische Aspekte eine Rolle gespielt haben, ist legitim und lässt die Umstrukturierung nicht als rechtsmissbräuchlich erscheinen.
4.5 Die Verlustanrechnung ist folglich zu anerkennen. Damit kann die Frage, welche Bedeutung der Zustimmung der Abteilung Revisorat der Eidgenössischen Steuerverwaltung zum Ruling vom 30. November 2004 und Befreiung von der Verrechnungssteuer im hier vorliegenden Zusammenhang zukommt, offen gelassen werden.
5. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben. Der steuerbare Reingewinn der Beschwerdeführerin für die Steuerperiode vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004 ist infolge der Verlustverrechnung auf Fr. 0.-- festzusetzen.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Kanton Zürich, der Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Dieser hat der Beschwerdeführerin zudem eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Die Festsetzung der Kosten und Entschädigung für das kantonale Verfahren wird der Vorinstanz übertragen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. Februar 2011 wird aufgehoben und der steuerbare Reingewinn für die Steuerperiode 1. Januar bis 31. Dezember 2004 auf Fr. 0.-- festgesetzt. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Januar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann