Sachverhalt:
A. B._, geboren 1971, war nach ihrer kaufmännischen Ausbildung in verschiedenen Berufen tätig, zuletzt als Call Center Agent. Am 17. Dezember 2002 ersuchte sie um Leistungen der Invalidenversicherung. Nach Einholung verschiedener ärztlicher Berichte verneinte die IV-Stelle Bern einen Leistungsanspruch mit Verfügung vom 14. März 2003. Nach Einreichung einer Einsprache hob die IV-Stelle am 11. Juni 2003 ihre Verfügung auf und veranlasste weitere (medizinische) Abklärungen. Am 26. Juni 2009 lehnte die IV-Stelle das Leistungsgesuch erneut ab, da eine überwindbare somatoforme Schmerzstörung vorliege.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 11. November 2009 teilweise gut und sprach ihr vom 1. Oktober 2002 bis 30. September 2005 eine ganze Invalidenrente zu.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid sowie die Verfügung vom 26. Juni 2009 aufzuheben und ihr ab 1. Oktober 2005 eine angemessene, gerichtlich zu bestimmende Invalidenrente zuzusprechen. Eventualiter seien der vorinstanzliche Entscheid sowie die Verfügung vom 26. Juni 2009 aufzuheben und die Sache mit verbindlichen Anweisungen zur Durchführung weiterer medizinischer Abklärungen und Festsetzung einer angemessenen Invalidenrente ab 1. Oktober 2005 an die Vorinstanz oder die IV-Stelle zurückzuweisen. Zudem ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch BGE 132 V 393).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über das zeitlich massgebende Recht (BGE 130 V 445), den Begriff der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG, Art. 4 Abs. 1 IVG in der bis 31. Dezember 2002 geltenden Fassung) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), insbesondere bei psychischen Gesundheitsschäden (BGE 131 V 49, 130 V 352, 130 V 396, je mit Hinweisen), sowie den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis 31. Dezember 2003 resp. von 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung sowie Art. 28 Abs. 2 IVG in der seit 1. Januar 2008 geltenden Fassung) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 3a S. 352; SVR 2007 IV Nr. 33 S. 118 E. 5.2 [I 738/05]) und die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig ist, ob die Versicherte auch nach dem 1. Oktober 2005 Anspruch auf eine Invalidenrente hat.
4. 4.1 Im Austrittsbericht vom 20. Januar 2005 diagnostizierte das Departement für Magen-Darm-, Leber- und Lungenkrankheiten, Spital X._, wo sich die Versicherte vom 30. Dezember 2004 bis 10. Januar 2005 aufhielt, eine Enterokolitis bei Morbus Crohn, eine steroid induzierte sekundäre Nebennierenrindeninsuffizienz, einen rezidivierenden intermittierenden psychovegetativen Symptomenkomplex sowie Untergewicht (BMI 18).
4.2 Am 30. März 2005 berichtete die Klinik Y._ über den Aufenthalt der Versicherten vom 20. Januar bis 25. Februar 2005 und diagnostizierte eine Anpassungsstörung, Angst und Depression gemischt (ICD-10: F 43.22), eine ängstliche Persönlichkeitsstörung (ICD-10: F 60.6) sowie einen Morbus Crohn.
4.3 Mit Bericht vom 24. März 2005 nahm die Klinik und Poliklinik für Gastroenterologie, Spital X._, Stellung zur Arbeitsfähigkeit der Versicherten. Die bisherige Tätigkeit sei momentan nicht möglich. Aus gastroenterologischer Sicht habe die chronisch entzündliche Darmerkrankung eher einen gutartigen Verlauf und werde langfristig nicht zu einer Einschränkung führen. Vordringliches Problem sei die psychosoziale Belastungssituation, wozu ein Psychiater nähere Auskünfte geben könne.
4.4 Im polydisziplinären Gutachten vom 9. September 2005 diagnostizierte die MEDAS R._ mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit einen Morbus Crohn und ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit eine sekundäre, steroidinduzierte Nebennierenrindeninsuffizienz, eine Osteopenie und eine Polyallergie. Der psychiatrische Gutachter kam in seinen beiden Teilgutachten vom 2. Juli 2004 und vom 11. Juli 2005 zum Schluss, es liege keine krankheitswertige psychische Störung vor bzw. es sei weiterhin keine klare Diagnose nach ICD-10 zu stellen. Aus polydisziplinärer Sicht sei die bisherige Tätigkeit momentan zu 7 bis 8 Stunden täglich zumutbar; die Leistungsfähigkeit sei - auch längerfristig - zu 20 bis 30 % eingeschränkt. Seit Oktober 2001 bestehe volle Arbeitsunfähigkeit. Nach Schwankungen habe die Arbeitsfähigkeit infolge der Substitutionstherapie im Juni 2004 und der neuen immunsupressiven Therapie zugenommen. Prinzipiell seien der Versicherten alle leichten körperlichen Tätigkeiten zumutbar; die bisherige Arbeit im Büro entspreche einer idealen, leidensangepassten Tätigkeit.
4.5 Die Klinik Z._ in welcher die Versicherte sich vom 20. September bis 27. Oktober 2005 stationär aufhielt, diagnostizierte am 1. November 2005 eine aktuell mittelschwere bis schwere Depression mit somatischem Syndrom, Panikattacken, Morbus Crohn, sekundären Morbus Addison und medikamentöse Hepatitis.
4.6 Dr. med. H._ diagnostizierte am 18. Januar 2006 Panikattacken, Asthenie, Erschöpfungszustand, Schlaflosigkeit, Morbus Crohn, sekundären Morbus Addison und Status nach toxischer Hepatitis.
4.7 Dr. med. A._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, diagnostizierte in seinem Gutachten vom 28. November 2006 eine Neurasthenie (ICD-10: F 48.0), einen Morbus Crohn und eine sekundäre Nebenniereninsuffizienz. Die bisherige Tätigkeit sei aktuell nicht zumutbar. Es gebe keine Tätigkeit, in welcher sie ihre Arbeitsfähigkeit besser verwerten könne. Der Einstieg in die Arbeitswelt habe über einen geschützten Arbeitsplatz zu erfolgen; nach einem Monat sei eine Präsenz von 50 % zu erwarten.
4.8 Am 21. Februar 2007 untersuchte die RAD-Ärztin, Frau Dr. med. G._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, die Versicherte. In ihrem Bericht vom 22. Februar 2007 kam sie zum Schluss, es könne keine psychiatrische Diagnose im Sinne der ICD-10 gestellt werden. Der Versicherten seien ihr bisheriger Beruf als Sekretärin sowie gleichartige Arbeiten nach einer Angewöhnungsphase von bis zu 6 Monaten aus psychiatrischer Sicht voll zumutbar. Sobald es der somatische Zustand erlaube, sei eine Wiederaufnahme der erwerbsmässigen Tätigkeit zu beginnen. Als ungünstige invaliditätsfremde Faktoren nannte Frau Dr. med. G._ die finanzielle Situation und psychosoziale Faktoren wie die mangelnde Abnabelung von der mütterlichen Fürsorge und das Beispiel einer IV-Rente in der Familie sowie die Sichtweise der Versicherten, nur eine IV-Rente ermögliche ihr den Wiedereinstieg ins Berufsleben.
4.9 Frau Dr. med. C._, Fachärztin für Endokrinologie und Diabetologie, diagnostizierte am 26. Februar 2007 einen Morbus Crohn, eine psychovegetative Labilität, eine sekundäre Nebenniereninsuffizienz sowie Polyallergien. Aktuell sei keine Erwerbstätigkeit zumutbar; bei adäquatem psychotherapeutischem Aufbau sei eine psychisch und körperlich nicht belastende Tätigkeit im Rahmen einer geschützten Werkstatt denkbar. Die Nebenniereninsuffizienz sei definitiv; eine Therapie sei aber etabliert und sollte die Arbeitsfähigkeit per se nur marginal und vor allem in Zeiten von Manifestationen anderer somatischer Probleme beeinflussen.
4.10 Am 22. März 2007 fasste Dr. med. L._, RAD, die Aktenlage zusammen und kam zum Schluss, gemäss Frau Dr. med. C._ lägen keine momentanen Gründe für eine somatisch begründete Einschränkung der Arbeitsfähigkeit vor. Die von Dr. med. A._ diagnostizierte Neurasthenie verursache aus versicherungsmedizinischer Sicht keine Arbeitsunfähigkeit und die übrigen psychiatrischen Experten stellten keine Diagnose. Die schwierige finanzielle und psychosoziale Situation seien ebenso invaliditätsfremd wie die Dekonditionierung infolge langer Abwesenheit vom Arbeitsmarkt, da dies keinen Gesundheitsschaden darstelle.
4.11 Im Rahmen einer polydisziplinären Abklärung diagnostizierte die MEDAS E._ in ihrem Gutachten vom 1. Dezember 2008 mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit Angst und depressive Störung gemischt (ICD-10: F 41.2) und eine dissoziative Bewegungsstörung (ICD-10:F 44.4) sowie ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit eine Nebenniereninsuffizienz und einen Morbus Crohn. Die Versicherte leide ausschliesslich unter psychischen Einschränkungen. Aus somatischer Sicht bestünden keine Einschränkungen der Arbeitsfähigkeit. Die Versicherte sei aber aus psychischen Gründen voll arbeitsunfähig. Seit 2001 bestehe eine volle Arbeitsunfähigkeit.
4.12 Am 9. Februar 2009 nahm Frau Dr. med. G._ Stellung zum MEDAS-Gutachten vom 1. Dezember 2008. Gemäss neurologischem Teilgutachten habe eine organische Ursache der Dyskinesien ausgeschlossen werden können und die Bewegungsstörungen seien eindeutig als psychogen bezeichnet worden, was die psychiatrische Diagnose erkläre. Da die psychiatrischen Diagnosen dem Formenkreis der "F 4" angehörten, sei zu prüfen, über welche psychischen Ressourcen die Versicherte verfüge und ob eine psychische Komorbidität von erheblicher Schwere, Intensität und Ausprägung vorliege. Frau Dr. med. G._ kam zum Schluss, die Versicherte verfüge über ausreichend intakte psychische Ressourcen und eine funktionsfähige prämorbide Persönlichkeitsstruktur. Der Versicherten sei zumutbar, an allen Massnahmen zu ihrer beruflichen Reintegration mitzuwirken, auch wenn dies infolge der langen Abwesenheit vom Arbeitsmarkt schrittweise zu geschehen habe; es gebe keine medizinischen Gründe, die dagegen sprechen würden.
5. 5.1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz Anlass dazu gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
5.2 Entgegen der Ansicht der Versicherten gab nicht erst der kantonale Entscheid Anlass für die Einreichung aktueller Berichte der behandelnden Ärzte: Bereits die Verfügung vom 26. Juni 2009 ging davon aus, dass von Juli 2005 bis zum Verfügungserlass keine, eine Arbeitsunfähigkeit verursachenden somatischen Beschwerden gegeben seien. Damit enthält der vorinstanzliche Entscheid keine neue Begründung oder Tatsachen, welche nicht bereits früher thematisiert worden wären, so dass die vor Bundesgericht erstmals aufgelegten ärztlichen Berichte nicht zulässig sind (vgl. BGE 135 V 194).
6. 6.1 Der erstinstanzliche Sozialversicherungsprozess ist vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht (Art. 61 lit. c ATSG). Danach hat das Gericht von Amtes wegen für die richtige und vollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts zu sorgen. Dieser Grundsatz gilt indessen nicht uneingeschränkt; er findet sein Korrelat in den Mitwirkungspflichten der Parteien (BGE 125 V 193 E. 2 S. 195; 122 V 157 E. 1a S. 158; vgl. BGE 130 I 180 E. 3.2 S. 183).
Führen die von Amtes wegen vorzunehmenden Abklärungen die Verwaltung oder das Gericht bei pflichtgemässer Beweiswürdigung zur Überzeugung, ein bestimmter Sachverhalt sei als überwiegend wahrscheinlich zu betrachten und es könnten weitere Beweismassnahmen an diesem feststehenden Ergebnis nichts mehr ändern, so ist auf die Abnahme weiterer Beweise zu verzichten (antizipierte Beweiswürdigung). In einem solchen Vorgehen liegt kein Verstoss gegen das rechtliche Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV (BGE 124 V 90 E. 4b S. 94; 122 V 157 E. 1d S. 162).
6.2 Die Vorinstanz hat in E. 6.1 und 6.2 ihres Entscheids angegeben, gestützt auf welche Gutachten sie eine Arbeitsunfähigkeit infolge somatischer Beschwerden ab Juni 2005 verneinte. Sie durfte somit auf die Einholung weiterer medizinischer Abklärungen in dieser Frage verzichten und hat dadurch weder den Anspruch auf rechtliches Gehör noch den Untersuchungsgrundsatz von Art. 61 lit. c ATSG verletzt. Soweit die Versicherte rügt, die Vorinstanz habe sich einseitig nur auf die Gutachten der MEDAS E._, der MEDAS R._, des Dr. med. A._ und der Frau Dr. med. G._ gestützt und in bundesrechtswidriger Weise die Berichte der behandelnden Ärzte nicht miteinbezogen, kann ihr nicht gefolgt werden. Einerseits ist der Erfahrungstatsache, wonach behandelnde Ärzte im Zweifelsfall eher zugunsten ihrer Patienten aussagen, Rechnung zu tragen (vgl. BGE 125 V 351 E. 3b/cc S. 353 mit Hinweisen). Vor allem aber sind die von der Versicherten in ihrer Beschwerde angeführten Berichte nicht geeignet, die fachärztlichen Feststellungen der Gutachter in Zweifel zu ziehen, da diese Berichte sich - anders als die Gutachter - mit den Einschätzungen der übrigen Ärzte nicht auseinander setzen und ihre abweichende Beurteilung auch nicht nachvollziehbar begründen.
7. 7.1 Nach übereinstimmender Einschätzung der Klinik und Poliklinik für Gastroenterologie, Spital X._ (Bericht vom 24. März 2005), der Frau Dr. med. C._ (Bericht vom 26. Februar 2007) und der MEDAS E._ (Gutachten vom 1. Dezember 2008) begründen der Morbus Crohn und die Nebennierenrindeninsuffizienz keine andauernde Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Die MEDAS E._ hält in ihrem neurologischen Teilgutachten auch nachvollziehbar und überzeugend fest, dass die geklagten Dyskinesien in Übereinstimmung mit der Neurologischen Klinik des Spitals X._ (Bericht vom 13. Juni 2007) keinen somatischen Ursprung haben. Demnach gibt es in physischer Hinsicht keine Leiden, die die Erwerbsfähigkeit der Versicherten massgeblich und andauernd einschränken und den Anspruch auf eine Invalidenrente ab Oktober 2005 begründen könnten.
7.2 Bezüglich der psychischen Beschwerden kann sich die Versicherte zu ihren Gunsten allein auf die Einschätzung der MEDAS E._ berufen, da die übrigen von ihr angerufenen Ärzte nicht über einen entsprechenden Facharzttitel und damit nicht über ausreichend nachgewiesene fachärztliche Kompetenz verfügen (vgl. BGE 130 V 352 E. 2.2 S. 353 mit Hinweisen). Insofern ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz hinsichtlich der psychisch begründeten Einschränkungen nicht auf Berichte von Ärzten anderer Fachgebiete abgestellt hat.
Dem Gutachten der MEDAS E._ zufolge besteht volle Arbeitsunfähigkeit aus psychischen Gründen (Angst und depressive Störung gemischt, ICD-10: F 41.2, und dissoziative Bewegungsstörung, ICD-10: F. 44.4). Diese Feststellung weicht wesentlich von jenen der übrigen psychiatrischen Gutachter (Dr. med. F._ der MEDAS R._, Dr. med. A._ sowie Frau Dr. med. G._) ab. Die Psychiaterin der MEDAS E._ legt in ihrem Teilgutachten jedoch nicht dar, weshalb sie zu einer wesentlich anderen Einschätzung gelangt, noch begründet sie diese in nachvollziehbarer Weise. Insbesondere führt sie nicht aus, weshalb die Einschränkungen nicht überwindbar sein sollten. Im Rahmen der hier geltenden Beweiswürdigungsregeln kann demnach bei der zumutbaren Arbeitsfähigkeit in psychischer Hinsicht nicht der Einschätzung der MEDAS E._ gefolgt werden.
Frau Dr. med. G._ widerspricht den Diagnosen im psychiatrischen Teilgutachten der MEDAS E._ nicht, legt aber dar, weshalb aus versicherungsmedizinischer Sicht bei diesen dem Formenkreis der "F 4" zugehörigen Diagnosen im Sinne der Rechtsprechung zu den somatoformen Schmerzstörungen und damit vergleichbaren Beschwerden (vgl. BGE 132 V 65 zur Fibromyalgie, Urteil 9C_903/2007 vom 30. April 2008, E. 3.4, und SVR 2007 IV Nr. 45 S. 149 E. 4 [I 9/07] zu dissoziativen Störungen und I 70/07 vom 14. April 2008, E. 5, zu Neurasthenie und Chronic Fatigue Syndrom) das Vorhandensein von psychischen Ressourcen zur Überwindbarkeit dieser Einschränkungen massgebend ist. Insofern weicht Frau Dr. med. G._ nicht hinsichtlich der gestellten Diagnosen, wohl aber hinsichtlich der Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit von den Schlussfolgerungen der MEDAS E._ ab. Somit ist zu prüfen, ob die Vorinstanz gestützt auf die übrigen psychiatrischen Feststellungen die Überwindbarkeit der psychischen Einschränkungen ohne Verletzung von Bundesrecht bejaht hat.
7.3 Die Vorinstanz begründet die Überwindbarkeit der psychischen Einschränkung damit, dass im Gutachten der MEDAS E._ die psychosozialen und andere Belastungsfaktoren, welchen kein Krankheitswert zukommt, nicht ausgeschieden wurden; dies gelte namentlich für die von der psychiatrischen Experten ebenfalls festgestellte fehlende "Abnabelung" von der Mutter. Weiter liege keine psychische Komorbidität von erheblicher Schwere, Dauer und Intensität vor, da hinsichtlich der gestellten Diagnosen keine hinreichend ausgeprägte Psychopathologie bestehe. In der Folge verneinte die Vorinstanz auch die Foerster-Kriterien, da die somatischen Beschwerden (Morbus Crohn, Nebenniereninsuffizienz) gut eingestellt seien und keine andauernde Arbeitsunfähigkeit verursachen würden. Die Versicherte pflege nach wie vor soziale Kontakte, mache regelmässig Spaziergänge und Einkäufe, so dass kein sozialer Rückzug in allen Lebenslagen gegeben sei. Soweit das Kriterium des verfestigten innerseelischen Verlaufs zu bejahen sei, scheine dies jedoch mit Blick auf die dissoziative Störungen diagnosespezifisch und daher nicht ausschlaggebend. Schliesslich sei das Kriterium der konsequent durchgeführten Behandlung teilweise zu bejahen, da Dr. med. H._ die Versicherte zwar regelmässig mit Hypnose behandle, aber nicht über einen Facharzttitel für Psychiatrie und Psychotherapie verfüge, so dass keine auf das vorliegende Leiden spezifisch ausgerichtete Therapie gewährleistet sei. Zusammengefasst würden die Kriterien weder gehäuft noch besonders ausgeprägt vorliegen, weshalb davon auszugehen sei, dass die Versicherte über hinreichend Ressourcen verfüge, ihr Leiden zu überwinden. Damit sei ab Juli 2005 kein invalidisierender Gesundheitsschaden mehr gegeben.
Was die Versicherte dagegen vorbringt, vermag nicht durchzudringen. Wie bereits erwähnt (E. 7.2), sind für die hier zu beurteilende Frage allein die Berichte der psychiatrischen Experten massgebend. Zudem ist die Einschätzung der Psychiaterin der MEDAS E._ mangels eingehender Auseinandersetzung mit den übrigen, von ihr erheblich divergierenden psychiatrischen Beurteilungen sowie mangels einer Begründung der Unüberwindbarkeit der psychischen Leiden nicht massgeblich. Somit können die Kriterien der Überwindbarkeit entgegen der Ansicht der Versicherten nicht gestützt auf das Gutachten der MEDAS E._ bejaht werden. Auch verkennt sie, dass die Dyskinesien keinen somatischen Ursprung haben (E. 7.1) und deshalb beim Kriterium der chronischen somatischen Erkrankung nicht berücksichtigt werden können. Schliesslich vermag auch das letztinstanzlich aufgelegte Diplom des Dr. med. H._ zu keinem anderen Ergebnis zu führen, da es sich dabei um keinen Facharzttitel handelt und demnach offen bleiben kann, ob es ein unzulässiges Novum im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG ist. Nach dem Gesagten verletzt der kantonale Entscheid Bundesrecht nicht, sondern er erging vielmehr unter Berücksichtigung der massgebenden Rechtsprechung (vgl. die vorinstanzlich angeführten Urteile I 164/06 vom 27. April 2007, E. 3.1, 9C_636/2007 vom 28. Juli 2008, E. 3.3.2 und 9C_119/2009 vom 27. Februar 2009, E. 2.3.2).
8. 8.1 Nach Gesetz (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG) und Rechtsprechung sind in der Regel die Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege erfüllt, wenn der Prozess nicht aussichtslos erscheint, die Partei bedürftig und die Verbeiständung notwendig oder doch geboten ist (BGE 125 V 201 E. 4a S. 202; Urteil 8C_716/2009 vom 8. Oktober 2009, E. 4). Diese Voraussetzungen sind vorliegend gegeben. Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG hingewiesen, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.
8.2 Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Gerichtskosten sind der unterliegenden Versicherten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG), zufolge Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege werden sie indessen vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Fürsprecher Roland Zaugg, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Mai 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Leuzinger Riedi Hunold