Sachverhalt:
A. Am 20. Januar 2011 verstarb A._ (geb. 1957 mit letztem Wohnsitz in B._). Er hinterliess seine Ehefrau, C._, und seinen Sohn aus erster Ehe, X._ (geb. 1992), als gesetzliche Erben.
Mit Eingabe vom 16. März 2011 stellte X._ beim Bezirksgericht Zofingen ein (bereits superprovisorisch anzuordnendes) Begehren um Inventaraufnahme im Sinne von Art. 553 Abs. 1 Ziff. 3 ZGB. Gleichzeitig ersuchte er um unentgeltliche Rechtspflege.
Mit Verfügung vom 24. März 2011 wies der Gerichtspräsident von Zofingen die Gemeindekanzlei B._ an, bis zum 24. Mai 2011 ein Inventar aufzunehmen. Die Begehren um superprovisorische Anordnung sowie um unentgeltliche Rechtspflege wies er ab.
Mit Schreiben vom 16. Mai 2011 übermittelte die Gemeindekanzlei B._ dem Gerichtspräsidium Zofingen das Sicherungsinventar. Mit Entscheid vom 20. Mai 2011 genehmigte der Gerichtspräsident von Zofingen das Sicherungsinventar.
B. Diesen Entscheid focht X._ mit Beschwerde beim Obergericht des Kantons Aargau an und beantragte im Wesentlichen die Verweigerung der Genehmigung verbunden mit der Rückweisung zur Vervollständigung, eventuell Neuaufnahme des Inventars an den Gemeinderat B._. Gleichzeitig ersuchte er um unentgeltliche Rechtspflege unter Bezeichnung seines Anwalts als unentgeltlichen Rechtsvertreter. Mit Entscheid vom 15. August 2011 wies das Obergericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde vom 30. September 2011 gelangt X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) an das Bundesgericht und beantragt im Wesentlichen, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Vorinstanz zu verpflichten, das Gerichtspräsidium Zofingen anzuweisen, das vorliegende Inventar nicht zu genehmigen und zur Vervollständigung, eventuell Neuaufnahme an den Gemeinderat B._ zurückzuweisen bzw. eine Neuaufnahme unter Berücksichtigung aller Aktiven anzuordnen. Überdies ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege unter Bestellung seines Anwalts als unentgeltlichen Rechtsvertreter.
Es wurden die Akten, jedoch keine Vernehmlassung eingeholt.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer vermögensrechtlichen Zivilsache (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 BGG). Der Streitwert kann offen bleiben, da selbst bei Erreichen der Streitwertgrenze (vgl. Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) vorliegend nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (s. nachfolgend E. 2 und 3).
2. Das gemäss Art. 553 ZGB erstellte Inventar hat lediglich Sicherungs- bzw. Beweisfunktion und ist inhaltlich jederzeit abänderbar. Vor diesem Hintergrund ist eine Inventaraufnahme nach Art. 553 ZGB als vorsorgliche Massnahme im Sinne von Art. 98 BGG zu qualifizieren. Dies gilt sowohl für einen anordnenden wie auch für einen (im Anschluss an den Vollzug) genehmigenden Entscheid, wie er vorliegend angefochten ist (vgl. Urteil 5A_169/2007 vom 21. Juni 2007 E. 2.4 betreffend Inventaraufnahme gemäss Art. 318 Abs. 2 ZGB).
3. Im Rahmen von Art. 98 BGG kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Zur Anwendung gelangt das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Die gerügten verfassungsmässigen Rechte sind namentlich zu benennen, ebenso die Gesetzesnormen, deren willkürliche Anwendung beanstandet wird. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es zudem nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246).
4. In seiner Beschwerdeschrift erhebt der Beschwerdeführer auch sinngemäss keinerlei Verfassungsrüge, wie ihm dies nach Massgabe von Art. 106 Abs. 2 BGG oblegen hätte. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
5. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Wie den vorstehenden Ausführungen entnommen werden kann, konnte der Beschwerde von Beginn weg kein Erfolg beschieden sein, weshalb es an einer materiellen Voraussetzung für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege mangelt (Art. 64 Abs. 1 BGG) und das Gesuch entsprechend abzuweisen ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege des Beschwerdeführers wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gerichtspräsidium Zofingen und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Schwander