Faits:
A. A._, né en 1951, a été engagé par la Ville de Genève au mois de décembre 1985 comme Chef du Service des écoles et institutions pour la jeunesse. Le 7 septembre 1994, il a été nommé Directeur à la Direction des systèmes d'information de la ville (DSI). Dès le 8 mai 2002, il a été Directeur de la nouvelle Division de l'administration générale (DAG), à laquelle la DSI était subordonnée.
Les 16 et 25 mai 2007 ainsi que le 1er juin 2007, le Conseil administratif de la Ville de Genève, nouvellement élu, décida de la répartition des départements municipaux, ainsi que de leur restructuration. Sandrine Salerno se voyait attribuer le Département des finances et du logement (DFL); la DAG était supprimée et le Service des ressources humaines (SRH) était subordonné au DFL. La DSI était transférée au Département de l'environnement urbain et de la sécurité (DEUS), dirigé par Pierre Maudet.
A._ a été informé par courrier électronique puis lors d'un entretien, le 1er juin 2007, de la suppression de la DAG; il a été invité à proposer une nouvelle affectation. Cette mesure a été confirmée par lettre du 4 juin 2007. Aucun poste équivalant n'avait été trouvé au sein du DFL; des recherches étaient menées auprès des autres départements. Le même jour, A._ proposa la création d'une direction stratégique du DFL, au sein de laquelle il pourrait être réincorporé. Le 29 juin 2007, lors d'un entretien avec le Directeur général, A._ fut invité à rechercher un nouveau poste auprès des Directeurs de départements, et à proposer une autre affectation; les places vacantes dans l'administration genevoise seraient passées en revue avec le SRH. Le 2 juillet 2007, A._ proposa notamment son transfert à la DSI en tant que directeur adjoint ou chargé de missions, proposition qui fut écartée le 4 juillet 2007. Le 10 juillet 2007, le Directeur général fit savoir que la recherche de postes vacants n'avait pas abouti et qu'un rapport serait transmis au Conseil administratif. Le 19 juillet 2007, A._ proposa de reprendre les postes, récemment libérés, de directeur du DFL et de responsable du SRH; il soumit également, au mois d'août 2007, sa candidature aux postes d'administrateur à la direction du DEUS et de directeur des ressources humaines au Grand-Théâtre de Genève, candidatures qui ne furent finalement pas retenues.
Par décision du 24 août 2007, le Conseil administratif a licencié A._ pour le 30 novembre 2007 en application de l'art. 96 du statut du personnel de la Ville de Genève (ci-après: le statut), qui permet le licenciement en cas de suppression de fonction. Cette décision, déclarée exécutoire nonobstant recours, prévoit le versement d'une indemnité de trois mois de traitement.
B. A._ a saisi le Tribunal administratif du canton de Genève. Il estimait que la suppression de poste, décidée sans consultation préalable de la Commission du personnel, était arbitraire. Le Conseil administratif n'avait pas entrepris toutes les recherches afin de trouver un emploi correspondant à ses aptitudes professionnelles. Intervenant après des dizaines d'années de services, à quelques mois de la retraite, le licenciement était abusif. Il se prévalait d'une incapacité de travail pour maladie survenue le 30 août 2007, ce qui justifiait une suspension, pour 24 mois au maximum, du délai de congé. Plusieurs autres hauts fonctionnaires, dont le poste avait été supprimé dans des circonstances analogues, avaient bénéficié d'un "pont retraite", d'une nouvelle affectation ou d'une retraite anticipée.
C. Par arrêt du 27 mai 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours, dans la mesure où il était recevable. Le recourant ayant été en incapacité de travail de longue durée - soit jusqu'au 31 mai 2008 selon le dernier certificat médical -, son intérêt au recours était douteux car même si un nouveau poste lui était proposé, il ne pourrait l'occuper. Sur le fond, la suppression de poste était justifiée par des motifs objectifs, soit la réorganisation des départements et des services: après le transfert de la DSI au DEUS, seuls subsistaient au sein de la DAG l'unité du contrôle de gestion et le service des achats, soit des services d'importance réduite; le maintien de la division ne se justifiait donc plus. La suppression de fonction n'avait pas pour but de l'évincer. Les recherches menées tant par le recourant que par l'administration n'avaient pas permis de trouver un poste correspondant aux capacités, au traitement et, si possible, au rang de l'intéressé. Celui-ci avait été dûment entendu. L'omission d'informer le SRH et la Commission du personnel était sans conséquence, ces organes n'ayant qu'un rôle consultatif. Il n'y avait pas d'analogie avec le cas d'un employé privé subissant un congé-représailles après 45 années de services, à quatre mois de la retraite (ATF 132 III 115), ni avec les autres fonctionnaires dont le départ - excepté pour l'un d'entre eux qui avait pris une retraite anticipée à 60 ans - n'était pas lié à une suppression de poste. Compte tenu de l'incapacité de travail survenue depuis le 30 août 2007, le délai de résiliation était suspendu pendant 180 jours au maximum (art. 336c CO), soit jusqu'au 26 février 2008; le licenciement prendrait effet le 31 mai 2008.
D. A._ forme un recours en matière de droit public. Il demande l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif, la constatation de la nullité ou de l'absence de licenciement, pour violation des conditions posées à l'art. 96 du statut. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause au Tribunal administratif pour complément d'instruction et nouvelle décision.
La Ville de Genève conclut au rejet du recours, en tant qu'il est recevable.
A l'issue d'un deuxième échange d'écritures, le recourant a maintenu ses conclusions. L'intimée a relevé que le recourant avait pris sa retraite anticipée dès le 31 octobre 2008, de sorte que le recours serait devenu sans objet. Le recourant s'est encore déterminé à ce sujet.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF est en principe ouverte pour contester les décisions concernant les rapports de travail de droit public. Le recours est interjeté en temps utile, contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF).
1.1 Le recourant estime que la contestation ne serait pas de nature pécuniaire, dans la mesure où son recours tend à la nullité ou à la constatation de l'inexistence de son licenciement. Il perd ainsi de vue que son recours serait dans ce cas irrecevable, à teneur de l'art. 83 let. g LTF. Tel ne paraît toutefois pas être le cas.
1.1.1 Une contestation peut en effet être de nature pécuniaire, dans le domaine des rapports de travail de droit public, même quand aucune partie ne prend des conclusions en paiement d'une somme d'argent; il peut par exemple en aller ainsi quand un employé de l'Etat demande l'annulation de son licenciement et sa réintégration, le litige concernant alors un droit patrimonial ayant une valeur exprimable et estimable en argent, correspondant à la perte de salaire.
1.1.2 Selon l'art. 85 al. 1 let. b LTF, le recours en matière de rapports de travail n'est recevable que lorsque la valeur litigieuse atteint 15'000 fr. Le recourant relève que le préjudice sur son salaire "et sur sa caisse de pension" s'élèverait à environ 2,4 millions de francs, sans toutefois donner aucun détail sur le calcul de ce montant. La Ville de Genève relève que le recourant percevait plus de 16'000 fr. de salaire par mois, et que la contestation porte sur plusieurs mois de salaire, de sorte que la valeur litigieuse serait atteinte.
1.1.3 Selon les explications fournies par les parties, le recourant s'est trouvé en incapacité de travail pour cause de maladie dès le 30 août 2007. Son incapacité s'est prolongée notamment en raison d'un accident, de sorte que son licenciement n'a pris effet qu'au mois de juillet 2008. Le Conseil administratif a ensuite accepté de verser le salaire du recourant durant trois mois supplémentaires jusqu'au 31 octobre 2008, date à laquelle le recourant, âgé de 57 ans, a fait valoir ses droits à une retraite anticipée. Dans la mesure où le recourant a perçu l'intégralité de son salaire jusqu'à son départ en retraite, et qu'il n'expose pas en quoi consisterait son préjudice dès ce moment, la question de la valeur litigieuse ne peut pas être résolue, et il appartiendrait au recourant d'en subir les conséquences.
1.2 La question de l'intérêt actuel au recours se pose avec plus d'acuité encore. Un tel intérêt est en principe exigé pour recourir au Tribunal fédéral car celui-ci doit se prononcer sur des questions concrètes et non pas théoriques (ATF 131 I 153 consid. 1.2 p. 157; 127 III 429 consid. 1b p. 431).
Par lettre du 9 octobre 2008, le recourant a accepté sa sortie de l'administration pour la fin du mois d'octobre 2008, tout en relevant que l'accord trouvé sur ce point ne rendait pas sans objet le recours formé au Tribunal fédéral. Le 14 octobre 2008, la DRH lui a confirmé que la date de sortie était fixée au 31 octobre 2008 et en a averti la caisse de pension afin que le recourant puisse toucher sa retraite anticipée dès le 1er novembre 2008; dès le versement de cette rente, la ville verserait les dernières prestations statutaires, soit le dernier salaire doublé et les primes annuelles intégrales. Le recourant soutient qu'il n'a jamais renoncé à reprendre une activité professionnelle jusqu'à 63 ans. Toutefois, en dépit des réserves formulées et quelles que soient les raisons des accords passés avec l'intimée, le recourant ne prétend pas qu'il pourrait, en cas d'admission du recours et d'annulation du licenciement, renoncer à la retraite anticipée qu'il touche depuis plusieurs mois, et prétendre à sa réintégration dans l'administration après avoir perçu les dernières prestations de la part de son employeur. Par ailleurs, le recourant ne prétend pas qu'il disposerait encore d'un intérêt juridique à la constatation de l'illicéité de son licenciement.
1.3 La question de la recevabilité du recours peut en définitive demeurer indécise, compte tenu du sort de la cause sur le fond.
1.4 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 ainsi que 42 al. 1 et 2 LTF). Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF).
2. Le recourant se plaint d'une application arbitraire de l'art. 96 du statut, dont la teneur est la suivante:
Le Conseil administratif peut licencier, moyennant un délai de 3 mois pour la fin d'un mois, tout fonctionnaire confirmé au sens de l'article 9 du présent statut lorsque son poste est supprimé et qu'il est impossible de l'affecter à un autre emploi correspondant à ses capacités et aptitudes professionnelles. Le Secrétaire général ou l'Office du personnel entend préalablement l'intéressé.
Le fonctionnaire licencié reçoit une indemnité égale à 3 fois son dernier traitement mensuel.
Le statut de la Caisse d'assurance du personnel est réservé.
Selon le recourant, la cour cantonale ne pouvait se contenter de suivre les explications de la Ville de Genève selon lesquelles il n'existait pas d'autre poste correspondant aux capacités et aptitudes du recourant. L'examen des places disponibles ne devait pas s'effectuer au seul moment de la suppression d'emploi; d'autres postes se sont libérés par la suite, en particulier celui de Directeur des ressources humaines, créé au 1er octobre 2007, pour lequel la candidature du recourant a été écartée sans motivation. La cour cantonale n'avait pas non plus cherché à déterminer, par un bilan de compétences, quelles étaient les aptitudes réelles du recourant, ni cherché à connaître les raisons pour lesquelles les nombreuses candidatures présentées par le recourant ont été écartées. Contrairement à ce que retient l'arrêt attaqué, l'ensemble des emplois de l'administration serait mis au concours. Le recourant soutient en définitive que la suppression de son poste ne serait qu'un licenciement déguisé.
2.1 Il y a arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsque la décision attaquée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indiscuté ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Par ailleurs, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 131 I 57 consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée), ce qu'il appartient au recourant de démontrer en vertu de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 134 I 263 consid. 3.1 p. 265; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et la jurisprudence citée).
2.2 L'obligation faite à l'employeur, en cas de suppression de poste, de rechercher un autre emploi correspondant, découle du principe de la proportionnalité, selon lequel avant d'adopter une mesure portant atteinte aux droits de l'administré, l'Etat doit s'assurer qu'il n'existe pas d'alternative moins préjudiciable (art. 36 al. 3 Cst.).
Dans la mesure où l'impossibilité de fournir un emploi correspondant aux capacités de l'employé constitue une condition préalable au licenciement, le moment déterminant est en principe celui où la suppression de poste est décidée. Le recourant ne saurait dès lors imposer à l'intimée une obligation à plus long terme de lui fournir un emploi. L'arrêt attaqué n'a rien d'arbitraire sur ce point. Il n'est pas non plus insoutenable de retenir, comme l'a fait la cour cantonale, que l'obligation de rechercher une nouvelle affectation ne s'étend qu'aux postes comparables, du point de vue du rang, du traitement et des compétences requises; cela ressort de la lettre de l'art. 96 du statut.
2.3 En l'occurrence, l'autorité intimée ne s'est pas strictement limitée à ses obligations minimales; certes, dans un premier temps, la cheffe du département paraît s'être contentée de l'affirmation selon laquelle il n'y avait pas de poste correspondant aux compétences du recourant; elle a renvoyé ce dernier à se renseigner lui-même auprès des directeurs des autres départements, ce qui ne paraît pas compatible avec l'obligation positive qui découle de l'art. 96 du statut. Toutefois, le Directeur général a ensuite informé le recourant que des recherches seraient entreprises dans l'ensemble de l'administration générale; le 10 juillet 2007, soit avant la décision de licenciement, il a informé le recourant que ses recherches avait été vaines. Il ressort par ailleurs de l'arrêt attaqué que l'intimée a tenu compte des possibilités de réaffectation envisageables durant toute la durée de la procédure de recours, soit jusqu'à fin février 2008, respectivement fin mai 2008 pour les départs prévisibles jusque-là. La Ville de Genève a produit la liste des postes de hauts fonctionnaires vacants entre le 1er juin 2007 et le 29 février 2008, soit: directeur de la DRH; chef du Service des espaces verts et de l'environnement; chef de Service à la Gérance immobilière municipale; chef du Service de l'aménagement urbain et de la mobilité; chef du Service des achats; chef du Service de la promotion culturelle; directeur des ressources humaines du Grand-Théâtre.
L'application de l'art. 96 du statut est évidemment plus difficile à l'égard d'un haut fonctionnaire; non pas, comme l'a estimé le Tribunal administratif, parce que ce type de poste serait seul soumis à une mise au concours, mais en raison du nombre limité des places correspondantes. Bien qu'il qualifie de "minimaliste" la liste produite par l'intimée, le recourant n'en conteste pas la pertinence et l'exactitude. Dès lors qu'il se plaint d'arbitraire, c'est à lui qu'il appartenait de démontrer qu'il disposait des capacités pour les postes en question, et que d'autres candidats lui auraient été indûment préférés (art. 106 al. 2 LTF). Or, il ne fournit aucune démonstration à ce sujet, se contenant de reprocher à la cour cantonale d'avoir suivi les explications de l'intimée. Pour le surplus, l'art. 96 du statut, qui impose une réaffectation à un poste "correspondant", n'obligeait pas la Ville de Genève à procéder à un bilan des compétences du recourant, ou à engager celui-ci à d'autres postes que ceux qui figurent dans la liste précitée, en particulier ceux qui n'existaient pas au moment du licenciement ou ceux qui ne dépendent pas de l'administration municipale.
2.4 Le recourant invoque l'art. 41 let. d Cst. Il estime qu'après 35 ans de service, et à dix mois de l'âge lui permettant de prendre une retraite anticipée, l'intimée aurait un devoir d'assistance accru. Le recourant perd de vue que les buts sociaux figurant à l'art. 41 Cst. n'impliquent aucun droit subjectif à des prestations de l'Etat (art. 41 al. 4 Cst.). Le recourant se réfère également à la jurisprudence en matière civile (ATF 132 II 115), sans expliquer d'aucune manière pour quel motif celle-ci devrait s'appliquer à des relations régies par le droit public, et conférer à l'employé une protection supplémentaire à celle qui découle de l'art. 96 du statut. Le Tribunal administratif a, au demeurant, exposé pour quelles raisons (durée des rapports de travail, motifs de la résiliation et proximité de l'âge de la retraite) la jurisprudence précitée ne pouvait s'appliquer au cas du recourant, et celui-ci ne conteste pas cette appréciation.
2.5 Le grief d'arbitraire doit par conséquent être écarté, de même que celui tiré du principe de la proportionnalité, qui n'a pas de portée propre dans ce contexte (ATF 134 I 153 consid. 4).
3. Le recourant invoque le principe d'égalité de traitement, en relevant que d'autres hauts fonctionnaires auraient soit été affectés à d'autres postes, soit reçu de substantielles indemnités de départ. Il mentionne le nom des fonctionnaires en question, mais ne tente pas de démontrer que sa situation serait comparable à la leur au point d'imposer un traitement identique. Le grief est dès lors insuffisamment motivé (art. 106 al. 2 LTF). Au demeurant, contrairement à ce que soutient le recourant, le Tribunal administratif n'a pas méconnu ses arguments sur ce point; il a relevé que les cas mentionnés ne concernaient pas une suppression de poste, à l'exception de l'un d'entre eux, où l'intéressé avait pris une retraite anticipée.
4. Invoquant enfin son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) et son droit à la preuve découlant des règles de procédure cantonale - sans toutefois prétendre que ces dernières lui conféreraient des prérogatives supplémentaires -, le recourant reproche au Tribunal administratif de n'avoir pas fait porter ses enquêtes sur l'existence d'un poste susceptible de correspondre à ses aptitudes. La cour cantonale aurait ainsi dû nommer un expert, établir un bilan de compétences et entendre les différentes personnes intervenues dans le cadre des candidatures présentées par le recourant.
4.1 Garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu permet au justiciable de participer à la procédure probatoire en exigeant l'administration des preuves déterminantes (ATF 126 I 15 consid. 2a/aa p. 16 et les arrêts cités). Ce droit ne s'étend toutefois qu'aux éléments pertinents pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (ATF 125 I 127 consid. 6c/cc in fine p. 135, 417 consid. 7b p. 430; 124 I 208 consid. 4a p. 211, 241 consid. 2 p. 242, 274 consid. 5b p. 285 et les arrêts cités).
4.2 Les témoignages requis par le recourant portent essentiellement sur les raisons pour lesquelles d'autres candidats ont été engagés à des postes pour lesquels celui-ci s'était présenté. Comme cela est relevé ci-dessus, cette question - qui relève de la liberté d'appréciation de l'intimée, en tant qu'employeur - n'est pas déterminante pour l'issue de la cause. Sous l'angle de l'art. 96 du statut, il y avait lieu uniquement de s'interroger sur l'existence d'autres postes de travail "correspondant" à celui du recourant. La liste des postes de hauts fonctionnaires vacants ayant été fournie par l'intimée, les auditions proposées par le recourant n'étaient pas nécessaires; le recourant était par ailleurs en mesure de démontrer lui-même qu'il possédait les compétences requises. Le grief doit par conséquent être écarté.
5. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, en tant qu'il est recevable et qu'il a conservé un objet. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont à la charge du recourant. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, en tant qu'il est recevable.
2. Les faits judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge du recourant. Il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 28 janvier 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz