Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 8. November 2006 verpflichtete die Ausgleichskasse des Kantons Bern H._, ehemaliger Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der am ... 2005 in Konkurs gefallenen Firma L._ GmbH, zur Bezahlung von Schadenersatz für im Jahre 2005 bis Ende Oktober entgangene bundes- und kantonalrechtliche Sozialversicherungsbeiträge in der Höhe von Fr. 163'447.05 (einschliesslich Verwaltungskosten, Mahngebühren und Verzugszinsen). Die dagegen erhobene Einsprache hiess die Ausgleichskasse mit Entscheid vom 29. August 2007 teilweise gut und reduzierte den zu ersetzenden Schadensbetrag auf Fr. 40'140.40.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 30. Januar 2008 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, Gerichtsentscheid und Einspracheentscheid seien aufzuheben.
Die Ausgleichskasse schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die II. sozialrechtliche Abteilung ist zuständig zum Entscheid über die streitige Schadenersatzpflicht (Art. 82 lit. a BGG sowie Art. 35 lit. a des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [BGerR]). Nach Art. 34 lit. e BGerR fallen die kantonalen Sozialversicherungen (insbesondere Familien- und Kinderzulagen) zwar in die Zuständigkeit der I. sozialrechtlichen Abteilung. Es ist indessen aus prozessökonomischen Gründen sinnvoll, dass die II. Abteilung auch über die Schadenersatzpflicht entscheidet, soweit sie entgangene Sozialversicherungsbeiträge nach kantonalem Recht betrifft (in BGE 134 I 179 nicht publizierte E. 1 des Urteil 9C_704/2007 vom 17. März 2008).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (Art. 107 Abs. 1 BGG). Neue Begehren sind unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer zur Leistung von Schadenersatz einerseits nach Art. 52 AHVG für bundesrechtliche Sozialversicherungsbeiträge sowie anderseits für Beiträge an die kantonale Familienausgleichskasse nach dem Gesetz vom 5. März 1961 über Kinderzulagen für Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer (KZG/ BE; BSG 832.71) verpflichtet ist. Die für die Beurteilung dieser Fragen einschlägigen Rechtsgrundlagen werden im vorinstanzlichen Entscheid richtig wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat mit in allen Teilen überzeugender Begründung, auf die verwiesen wird (Art. 109 Abs. 3 BGG), dargelegt, dass der Beschwerdeführer als Geschäftsführer mit Einzelunterschrift für den der Ausgleichskasse infolge des Konkurses der Firma entstandenen Schaden ersatzpflichtig ist. Was in der Beschwerde dagegen vorgebracht wird, ist - soweit nicht bereits vom kantonalen Gericht entkräftet - unbehelflich:
3.1 Wie bereits im vorinstanzlichen Verfahren wird im Wesentlichen geltend gemacht, es sei noch ein anderer Geschäftsführer im Handelsregister eingetragen gewesen. Innerhalb der Firma habe es eine klare Trennung der Verantwortungsbereiche gegeben: Der Beschwerdeführer sei für alle Tätigkeiten im technischen Bereich zuständig gewesen, der andere Geschäftsführer habe sämtliche Arbeiten im administrativen Bereich erledigt. Dieser Einwand vermag den in die Pflicht Genommenen nicht zu entlasten, oblag ihm doch als Geschäftsführer einer Gesellschaft mit beschränkter Haftung nach der Rechtsprechung die gleiche Sorgfaltspflicht, wie sie nach Art. 717 OR für die Organe der Aktiengesellschaft Geltung hat (ROLF WATTER, Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht [Basler Kommentar], Obligationenrecht II: Art. 530-1186, 2. Aufl. 2002, N. 16 zu Art. 811 OR; BGE 126 V 237 E. 4 S. 239 mit Hinweisen). Dazu gehört auch die Kontrolle und Überwachung bezüglich der Einhaltung der Abrechnungs- und Beitragszahlungspflicht gegenüber der Ausgleichskasse (WATTER, a.a.O., N. 11 zu Art. 717 OR; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 292/03 vom 7. April 2004 E. 3.1). An diese Aufsichts- und Kontrollpflichten sind angesichts der einfachen Organisationsstruktur der Firma praxisgemäss hohe Anforderungen zu stellen (zuletzt: SVR 2008 AHV Nr. 5, H 207/ 06 E. 4.2.3 mit Hinweisen).
3.2 Wie das kantonale Gericht in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 1.2) festgestellt hat, ist der Beschwerdeführer seiner Kontroll- und Überwachungspflicht nicht hinreichend nachgekommen. Er kann die bereits im kantonalen Verfahren erhobene Behauptung, der andere Geschäftsführer habe ihm Akten vorenthalten, auch im bundesgerichtlichen Verfahren nicht belegen. Ob die erst letztinstanzlich eingereichten und damit neuen Beweismittel überhaupt zulässig sind (vgl. Art. 99 Abs. 1 BGG), kann offenbleiben, sind sie doch jedenfalls nicht geeignet, die Feststellung der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig oder sonstwie bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Zu Recht hat die Vorinstanz in diesem Zusammenhang denn auch darauf hingewiesen, dass der Beschwerdeführer als einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer befugt gewesen wäre, beim Treuhänder, bei seinen Angestellten oder bei der Beschwerdegegnerin Auskünfte einzuholen. Dass er dies je getan hätte, bringt er weder vor noch geht dies sonst aus den Akten hervor. Dazu hätte er aber umso mehr Anlass gehabt, als er zugegebenermassen von den finanziellen Engpässen der Firma wusste und ihm angeblich der Einblick in die Geschäftsunterlagen vorenthalten wurde.
3.3 Nach der Rechtsprechung lässt sich die Nichtbezahlung der Beiträge ausnahmsweise rechtfertigen, wenn sie im Hinblick auf eine nicht zum Vornherein aussichtslose Rettung des Betriebes durch Befriedigung lebenswichtiger Forderungen in der begründeten Meinung geschieht, die geschuldeten Beiträge später ebenfalls bezahlen zu können. Voraussetzung ist, dass der Arbeitgeber im Zeitpunkt, in welchem die Zahlungen erfolgen sollten, nach den Umständen damit rechnen durfte, dass er die Beitragsschuld innert nützlicher Frist werde tilgen können (BGE 108 V 183 E. 2 S. 188; ZAK 1992 S. 246, H 97/90 E. 4b). Dass der Beschwerdeführer - wie auch der andere Geschäftsführer - im Jahre 2005 keinen Lohn bezogen haben soll, ist (falls als neue Tatsache nach Art. 99 Abs. 1 BGG überhaupt zulässig) zwar bemerkenswert; der Verzicht auf Lohn genügt indessen für sich allein als Exkulpationsgrund nicht (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 124/06 vom 16. November 2006 E. 3 in fine). Welche anderen erfolgversprechenden Sanierungsmassnahmen er in die Wege geleitet hat, legt der Beschwerdeführer ebenso wenig dar wie, welche anderen Forderungen an Stelle der ausstehenden Beiträge beglichen wurden. Inwiefern aus der vorübergehenden Zurückbehaltung der Sozialversicherungsbeiträge objektiv eine für die Rettung der Firma ausschlaggebende Wirkung zu erwarten gewesen wäre (vgl. Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 304/02 vom 7. Mai 2003 E. 3.2), führt der Beschwerdeführer schliesslich ebenfalls nicht aus.
4. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet und wird daher im vereinfachten Verfahren mit summarischer Begründung nach Art. 109 Abs. 2 lit. a und Abs. 3 BGG erledigt.
5. Der Beschwerdeführer hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler