Faits:
A. A.a Le 1er juin 1971, X._, né le 10 novembre 1966, a été victime d'un grave accident de la circulation devant son domicile de Marly (Fribourg). L'enfant s'est engagé sur la route avec un tricycle et a été heurté par une voiture conduite par A._. Le véhicule, dont le détenteur était B._, était assuré en responsabilité civile auprès de Assurance V._ (ci-après: V._).
Cet accident a causé à X._ de graves lésions.
Y._, avocat inscrit au barreau fribourgeois, a été mandaté peu après l'accident pour défendre les intérêts de la victime tant sur le plan civil que pénal.
Le 26 mars 1993, C._, qui gérait alors le sinistre pour V._, a annoncé à Y._ qu'il venait de constater que le preneur d'assurance B._ était, lors de l'accident du 1er juin 1971, au bénéfice d'une couverture responsabilité civile limitée à un million de francs. Le 1er avril 1993, X._ a été informé de cette limite de couverture, puis par lettre de Y._ du 14 juillet 1994 et, enfin, par courrier du 21 novembre 1994.
Y._ a mis fin à son mandat en décembre 1994. Le 30 décembre 1994, il a fixé à 100'000 fr. ses honoraires et débours pour l'ensemble de l'activité accomplie pendant plus de 23 ans.
A.b A partir du 19 juillet 1995, X._ a fait notifier à Y._ des poursuites à chaque fois pour plusieurs millions de francs. Il estime que Y._ est responsable, à deux titres, du dommage important qu'il réclame: le premier est lié au fait que Y._ n'a pas interrompu la prescription de dix ans dès le jour de l'accident (art. 83 al. 1 LCR) envers B._, si bien que X._ ne peut aujourd'hui réclamer à ce dernier le dommage consécutif dépassant le million assuré, préjudice qu'il doit par conséquent personnellement assumer. Le second réside dans le comportement même de Y._, qui serait responsable, en partie du moins, de l'état de santé actuel de X._. Selon ce dernier, son avocat aurait ainsi agi illicitement entre 1993 et 2002 provoquant, chez X._, la survenance d'états de stress post-traumatique.
B. B.a Pour prouver le deuxième chef de responsabilité, X._ a introduit, le 17 mai 1999, devant le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine, une requête de preuve à futur. Le Dr D._ a été nommé comme expert. X._ mettant par la suite directement en cause la responsabilité civile et pénale de ce dernier, le président, par décision du 17 juillet 2001, a clos la procédure de preuve à futur, estimant que la poursuite sereine et objective de l'expertise n'était plus possible.
B.b Après avoir saisi la justice de paix, X._, une fois l'acte de non-conciliation délivré, a déposé, le 7 novembre 2001 devant le Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine, une action en paiement contre Y._ d'un montant de 2'313'206 fr. 80 (soit le montant du dommage allégué, 3'116'206 fr. 80, moins la somme de 803'000 fr. versée par l'assurance responsabilité civile de B._).
Dans son mémoire de réponse, Y._ a invoqué la prescription de la créance en dommages-intérêts de X._ à son encontre (art. 127 CO).
Par décision du 20 août 2003, le président a limité les débats à l'examen de la prescription soulevée par Y._ et au principe de sa responsabilité.
Par jugement du 25 janvier 2007, le tribunal a rejeté la demande, considérant que l'avocat n'était pas responsable, celui-ci n'ayant pas commis de faute en n'interrompant pas, dans le cadre du mandat qui lui a été confié par X._, la prescription à l'encontre de B._ (premier chef de responsabilité) et le comportement adopté entre 1993 et 2002 (deuxième chef de responsabilité) par Y._ ne représentant pas une violation du mandat, ni un acte illicite ou n'étant pas en lien de causalité avec l'incapacité de gain de X._.
Concernant le premier chef de responsabilité, le tribunal a en outre retenu que même s'il fallait admettre que Y._ avait commis une faute le 1er juin 1981 (en n'interrompant pas la prescription contre B._), la créance en dommages-intérêts de X._ à l'encontre de son avocat serait prescrite depuis le 2 juin 1991. La limitation de la couverture d'assurance à 1'000'000 fr. n'ayant été révélée à Y._ que le 26 mars 1993, X._ n'avait toutefois aucune raison d'entreprendre un quelconque acte interruptif de prescription le 1er juin 1991. Il se devait par contre de réagir dans un délai de soixante jours (application par analogie de l'art. 139 CO) depuis le jour où il a appris la faute de Y._ (le 1er avril 1993). Or, X._ ayant entrepris une poursuite plus de deux ans après ce jour, et plus de six mois après la fin du mandat, Y._ pouvait alors soulever, sans commettre d'abus, l'exception de la prescription. Les dépens ont été mis à la charge de X._, les frais de justice, d'un montant de 10'000 fr., devant être acquittés par moitié par chaque partie par prélèvement sur leurs avances.
B.c Statuant sur appel de X._, la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours par arrêt du 12 novembre 2008. Elle a confirmé le jugement de la première instance s'agissant du deuxième chef de responsabilité. Quant au premier chef, elle a confirmé l'argumentation de la première instance sur la prescription de la prétention de X._ à l'encontre de Y._, mais précisé que ce dernier avait toutefois bien commis une faute en n'interrompant pas la prescription à l'encontre de B._. La cour cantonale a mis les dépens d'appel à la charge de X._, les frais judiciaires s'élevant à 8'160 fr. devant être acquittés par moitié par chaque partie par prélèvement sur leurs avances. Pour les deux instances, la cour cantonale a fixé les dépens dus à Y._ à 414'971 fr. 30 (honoraires: 117'300 fr.; majoration [219,60 % selon une valeur litigieuse de 2'313'206 fr.]: 257'590 fr.; correspondance: 990 fr.; débours: 1342 fr. 40; TVA: 28'668 fr. 90; frais judiciaires: 9'080 fr.).
C. X._ recourt en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 12 novembre 2008. Limitant son recours au premier chef de responsabilité, il reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 2 CC et 139 CO en appliquant strictement le délai de soixante jours pour définir la période durant laquelle le créancier devait réagir, d'avoir en outre appliqué ces dispositions arbitrairement et abusé de son pouvoir d'appréciation. Il reproche également à la cour cantonale d'avoir appliqué de façon arbitraire les art. 111 et 114 du Code de procédure civile fribourgeois du 28 avril 1953 (CPC/FR; RSF 270.1) et les art. 2 et 5 du Tarif des honoraires et débours d'avocat dus à titre de dépens en matière civile du 28 juin 1988 (RSF 137.21; ci-après: Tarif des honoraires).
Le recourant conclut principalement à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que l'action en paiement introduite le 7 novembre 2001 est admise tant sur le principe de la faute de Y._ que sur l'absence de prescription, que le dossier est renvoyé au Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine pour le calcul du dommage et que tous les dépens sont mis à la charge de l'intimé. Subsidiairement, le recourant conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure, plus subsidiairement à l'admission partielle du recours et à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que chaque partie assume ses propres dépens.
L'intimé conclut au rejet du recours, sous suite de dépens.
Par ordonnance du 23 mars 2009, la Présidente de la Ire Cour de droit civil a accordé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 La valeur litigieuse est déterminée, en cas de recours contre une décision finale, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF). Il en résulte que la valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. requise par l'art. 74 al. 1 let. b LTF est ici largement atteinte.
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). En l'espèce, le recourant n'a pas contesté les faits sous l'angle de l'arbitraire et le Tribunal fédéral conduira donc son raisonnement juridique sur la base des faits établis par la cour cantonale (art. 105 al. 1 LTF).
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 Le comportement de l'intimé adopté entre 1993 et 2002 (deuxième chef de responsabilité) n'étant plus incriminé devant le Tribunal fédéral, il n'y a pas lieu d'y revenir.
Concernant le premier chef de responsabilité, le tribunal de première instance est d'avis que l'intimé ne pouvait objectivement pas envisager que le dommage subi par le recourant suite à son accident pourrait dépasser le million de francs et que, dès lors, il n'a pas commis de faute en ne procédant pas à l'interruption de la prescription envers B._, auteur de l'accident. La cour cantonale a au contraire considéré que Y._ aurait dû, par précaution, interrompre la prescription et que son comportement était donc fautif.
L'examen de la diligence qu'aurait dû adopter le mandataire n'a de sens que si la prescription n'est pas acquise et il n'y aura lieu d'en débattre qu'à cette condition.
L'examen de la diligence qu'aurait dû adopter le mandataire n'a de sens que si la prescription n'est pas acquise et il n'y aura lieu d'en débattre qu'à cette condition.
2.2 2.2.1 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 2 CC et 139 CO en considérant qu'il aurait dû agir contre l'intimé dans un délai strict de soixante jours dès la fin de l'événement qui empêchait l'interruption de la prescription de la créance à l'encontre de son ancien avocat. Il considère que le créancier doit bien plutôt agir dans un délai raisonnable et qu'au regard des circonstances d'espèce une période d'un peu plus de six mois après la rupture du contrat de mandat est un délai qui répond à cette exigence.
Le recourant soutient que le délai raisonnable, dans lequel le créancier doit agir, découle de la jurisprudence du Tribunal fédéral (il cite l'arrêt 4C.270/2002 [recte: 2003] du 28 novembre 2003 consid. 4.1 et l'arrêt 4C.421/2005 du 6 avril 2006 consid. 5.1). Dans les passages repris par le recourant, le Tribunal fédéral explique que le comportement du débiteur peut constituer un abus de droit s'il incite le créancier à renoncer à entreprendre des démarches juridiques pendant le délai de prescription et que, selon une appréciation raisonnable, fondée sur des critères objectifs, ce retard paraît compréhensible. L'adjectif "raisonnable" ne fait donc aucunement référence au délai de réaction.
2.2.2 La cour cantonale a admis que l'invocation de la prescription était un abus de droit, aussi longtemps que les deux parties pensaient à tort que le recourant était au bénéfice d'une assurance illimitée. Elle n'explique toutefois pas plus en détail en quoi la situation ainsi décrite est constitutive d'un abus de droit de l'intimé. La question peut toutefois rester ouverte. Dans tous les cas, le recourant se devait d'agir rapidement dès qu'il a été informé de la faute de son mandataire.
Le manque de diligence de l'intimé a eu lieu le 1er juin 1981. Cette date marque le début du délai de prescription décennale de l'art. 127 CO (art. 130 al. 1 CO; ATF 106 II 134 consid. 2b ss p. 138 s. ). La réquisition de poursuite du 19 juillet 1995 est le premier acte interruptif de prescription (art. 135 ch. 2 CO). La cour cantonale a ainsi reconnu à bon droit que la créance du recourant contre l'intimé était prescrite au regard de l'art. 127 CO. La prescription étant déjà acquise, le recourant était tenu d'agir dans un bref délai (HANS MERZ, Berner Kommentar, 1962, no 418 ad art. 2 CC; JEAN-LUC NIKLAUS, La prescription extinctive: modifications conventionnelles et renonciation, 2008, n. 277 p. 56; KARL SPIRO, Welche Bedeutung haben Verhandlungen und Zwischenverfahren für den Lauf der Verjährung ?, in Mélange Assista, 1989, p. 221 et ALFRED KOLLER, Verjährung von Versicherungsansprüchen, in Haftpflicht- und Versicherungsrechtstagung 1993, p. 34, estiment que ce délai doit être fixé à soixante jours), dès que son empêchement d'agir n'était plus causé par le comportement de l'intimé (sur le lien de causalité, cf. arrêt 2P.327/2003 du 7 septembre 2004 consid. 4.1 publié in RtiD 2005 I p. 40; arrêt 4C.296/2003 du 12 mai 2004 publié in SJ 2004 I p. 589 et les références).
2.2.3 Il a été retenu (art. 105 al. 1 LTF) que le recourant a été informé de la limite de couverture, et donc de l'erreur du mandataire, le 1er avril 1993. L'intimé a ensuite rappelé l'information par lettre du 14 juillet 1994 et, enfin, par courrier du 21 novembre 1994. En l'espèce, il importe peu de savoir si le délai de soixante jours prescrit par l'art. 139 CO est strictement applicable. La cour cantonale n'a en tout cas pas violé le droit fédéral en considérant que le recourant a agi tardivement en interrompant la prescription seulement le 19 juillet 1995, soit plus de deux ans après avoir connu l'erreur de son mandataire et plus de six mois après la fin de son mandat.
Que les parties aient été liées par un contrat de mandat pendant plus de 20 ans et que l'avocat ait de l'expérience dans les litiges du droit de la circulation routière ne modifie en rien cette conclusion. On ne voit pas en quoi cela a empêché le recourant d'agir avec la célérité nécessaire, son mandataire l'ayant justement averti à plusieurs reprises et de façon non équivoque, depuis le 1er avril 1993, de l'erreur qu'il avait commise. Que l'intimé n'ait cessé de démentir catégoriquement sa faute même après la rupture du contrat de mandat n'y change rien; le recourant savait que l'intimé n'avait pas interrompu la prescription à l'encontre de B._.
Le recourant indique qu'il n'a reçu l'avis de droit demandé par le mandataire sur la question de la limitation de la couverture d'assurance qu'en 2002 et que, n'ayant eu aucune preuve tangible de la faute du mandataire, il ne pouvait être certain qu'il avait une créance à son encontre. Cette allégation confine à la mauvaise foi, l'intimé ayant informé on ne peut plus clairement le recourant de la limite de la couverture d'assurance. En particulier, dans le courrier du 14 juillet 1994 envoyé à son mandant, l'avocat indiquait: "Vous persistez à soutenir que V._ doit couvrir la responsabilité civile de son assuré B._ pour la totalité du préjudice corporel et moral que vous a occasionné votre accident du mois de juin 1971 et qu'en conséquence, cette compagnie d'assurance n'est pas en droit de se prévaloir de la clause contractuelle par quoi Monsieur B._ et elle-même ont limité à 1'000'000.-- francs cette couverture. Je vous rappelle une fois de plus que votre position est erronée et que vous ne pouvez en aucun cas espérer qu'un tribunal puisse vous donner, sur ce point, raison". La connaissance du contenu de l'avis de droit n'aurait pas apporté de certitude au recourant s'agissant de l'existence de sa créance à l'encontre du mandataire, seul le jugement d'une autorité judiciaire pouvant trancher définitivement la question de la responsabilité de l'intimé.
En ne retenant pas l'abus de droit, la cour cantonale n'a ainsi pas violé le droit fédéral. Elle n'a pas non plus, contrairement à ce que prétend le recourant, abusé de son pouvoir d'appréciation.
2.3 Le recourant reproche également à la cour cantonale d'avoir appliqué arbitrairement (art. 9 Cst) l'art. 2 al. 2 CC en ne retenant pas que l'intimé a commis un abus de droit en soulevant l'exception de la prescription.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
Le recourant reprend simplement le grief, précédemment examiné, de la violation de l'art. 2 al. 2 CC et l'articule sous une autre forme. La cour cantonale n'ayant pas transgressé l'art. 2 al. 2 CC, le grief de l'arbitraire est également mal fondé à cet égard. Le recourant n'explique en outre pas en quoi la décision prise par la cour cantonale serait insoutenable ou heurterait le sentiment de la justice et de l'équité. En l'absence de motivation (art. 106 al. 2 LTF), le grief de l'arbitraire est irrecevable sous cet angle.
3. 3.1 Le recourant considère que l'autorité cantonale n'a pas tenu compte qu'une répartition des dépens s'imposait pour des motifs d'équité clairement établis tels que l'entend l'art. 111 al. 3 CPC/FR et qu'elle a ainsi appliqué arbitrairement le droit cantonal en mettant la totalité des dépens à sa charge, basée sur l'art. 111 al. 1 CPC/FR. Selon lui, l'art. 111 al. 3 CPC/FR aurait dû être appliqué vu que, d'une part, la cour cantonale a reconnu que l'intimé avait mal exécuté son contrat de mandat (l'action en paiement menée contre lui n'ayant été rejetée qu'en raison de la prescription de la créance) et que, d'autre part, les frais judiciaires doivent, eux, être acquittés par moitié par chaque partie.
3.2 La question soulevée par le recourant relève entièrement du droit cantonal. Or, le recours au Tribunal fédéral n'est pas ouvert pour se plaindre d'une mauvaise application de ce droit (cf. art. 95 et 96 LTF; ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il reste néanmoins possible de se plaindre d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., ce qui constitue une violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF; ATF 133 I 201 consid. 1 p. 203, 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). La recourante a valablement soulevé ce grief (art. 106 al. 2 LTF). Il faut alors garder à l'esprit que l'examen du Tribunal fédéral se limite à dire si la cour cantonale est ou non tombée dans l'arbitraire.
3.3 La prescription est une institution qui relève du droit matériel. Le jugement qui accueille l'exception du défendeur est donc un rejet sur le fond (ATF 118 II 447 consid. 1b/bb p. 450 et les références). L'argumentation du recourant équivaut dès lors à admettre une gradation entre les motifs fondant le rejet sur le fond. En quelque sorte, l'exception de la prescription aurait moins de poids que le motif fondé sur la faute de l'intimé et il conviendrait d'en tenir compte, en cas de rejet de l'action en raison de la prescription, lors de la fixation des dépens. Cette conception ne trouve aucun fondement dans le principe clair et univoque, inscrit à l'art. 111 al. 1 CPC/FR, selon lequel la partie qui succombe est condamnée au paiement des dépens de son adversaire et on ne voit pas que la cour cantonale ait sombré dans l'arbitraire en refusant d'appliquer l'art. 111 al. 3 CPC/FR pour modérer ce principe.
3.4 Le recourant prétend que les frais judiciaires ont été répartis par moitié entre les parties. Cette lecture du dispositif de l'arrêt de la cour cantonale (ch. II et III), de laquelle il déduit une application arbitraire des art. 111 et 114 al. 1 CPC/FR, est erronée. Le ch. II du dispositif, qui prévoit que "les frais judiciaires s'élevant à 8'160 fr. seront acquittés, indépendamment de l'attribution des dépens, par moitié par chaque partie par prélèvement sur ses avances" précise seulement les modalités d'encaissement des frais judiciaires par l'autorité cantonale. La totalité des frais judiciaires est bien à la charge du recourant. Selon l'art. 114 al. 1 CPC/FR, les dépens comprennent non seulement les honoraires et débours des avocats (let. c), mais également les frais judiciaires (let. a). Le dispositif de l'arrêt cantonal (ch. III) met à la charge du recourant 9'080 fr. de frais judiciaires. Or, ce montant correspond à la moitié des frais judiciaires de la première instance (5'000 fr.; cf. ch. I/2 du dispositif) et à la moitié de ceux de la cour d'appel (4'080 fr.; cf. ch. II du dispositif). Les dépens ayant été mis en totalité à sa charge, le recourant remboursera à l'intimé la moitié des frais judiciaires des deux instances avancée par ce dernier. Il gardera à sa charge l'autre moitié, déjà acquittée par les avances qu'il a lui-même effectuées.
On ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir appliqué arbitrairement les art. 111 et 114 al. 1 CPC/FR.
On ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir appliqué arbitrairement les art. 111 et 114 al. 1 CPC/FR.
3.5 3.5.1 Le recourant considère que l'autorité cantonale a sombré dans l'arbitraire en ne tenant pas compte que l'intimé a volontairement compliqué le procès au sens de l'art. 111 al. 4 CPC/FR. L'intimé aurait refusé, dans le cadre de la procédure de preuve à futur de se déterminer sur les accusations de faute professionnelle et a renvoyé le recourant à saisir le juge du fond.
Le recourant se contredit lui-même puisqu'il reconnaît, plus avant dans le recours (p. 35), que l'intimé a contesté, dans le cadre de la procédure de preuve à futur, toute faute professionnelle. D'ailleurs, la preuve à futur avait pour but d'établir notamment l'importance et les conséquences des troubles physiques et psychiques du recourant liées au comportement de l'intimé entre 1993 et 2002 (deuxième chef de responsabilité). L'intimé n'avait donc pas à se déterminer plus en détails sur les accusations de faute professionnelle (défaut d'interruption de la prescription envers B._) portées contre lui par le recourant, ce grief étant lié au premier chef de responsabilité.
3.5.2 Le recourant reproche à l'intimé de n'avoir pas soulevé l'exception de prescription dans le cadre de la procédure de preuve à futur, mais seulement dans son mémoire de réponse, suite à l'action en paiement introduite devant le Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine.
Cet argument ne convainc pas. La procédure de preuve à futur visait le deuxième chef de responsabilité. En soulevant l'exception de la prescription - liée au premier chef de responsabilité - suite à l'action en paiement devant le Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine, l'intimé n'a en tout cas pas adopté un comportement abusif qui aurait pu justifier (cf. ESSEIVA/MAILLARD/TORNARE, Code de procédure civile fribourgeois annoté, 2e éd. 2007, commentaire ad art 111 CPC/FR p. 90 et la référence) une répartition des dépens fondée sur l'art. 111 al. 4 CPC/FR.
Ainsi, considérant que l'intimé n'a pas compliqué le procès au sens de l'art. 111 al. 4 CPC/FR, la cour précédente n'a pas violé arbitrairement le droit cantonal en mettant, basée sur l'art. 111 al. 1 CPC/FR, la totalité des dépens à la charge du recourant.
3.6 Le principe de la fixation des dépens a été appliqué à bon droit par la cour cantonale (cf. consid. 3.1 à 3.5 supra). Il reste donc uniquement à examiner si elle a appliqué de façon arbitraire les art. 2 et 5 du Tarif des honoraires en déterminant le montant des dépens mis à la charge du recourant.
Le recourant, qui se limite à invoquer une application arbitraire de l'art. 2 al. 3 du Tarif des honoraires, ne réalise pas l'exigence de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le grief, irrecevable, est de toute façon mal fondé. Pour fixer les dépens, la cour cantonale s'est basée sur la liste des frais établie par l'intimé, non contestée par le recourant (art. 105 al. 1 LTF), puis l'a réduite d'un certain nombre d'heures, pour tenir compte d'un temps de préparation plus raisonnable. Ce faisant, on ne voit pas en quoi la cour précédente aurait appliqué arbitrairement l'art. 2 al. 3 du Tarif des honoraires qui prévoit que l'autorité tiendra compte, pour fixer les honoraires de l'avocat de façon détaillée, "notamment du temps nécessaire à la conduite du procès dans des circonstances ordinaires ainsi que des intérêts en jeu".
L'art. 5 al. 2 du Tarif des honoraires impose au juge de majorer ("sont majorés") les honoraires, selon une échelle déterminée aux lettres a) à e). La valeur déterminante au sens de l'al. 2 est la valeur litigieuse calculée selon les règles du code de procédure civile fribourgeois (art. 5 al. 3 du Tarif des honoraires). La valeur litigieuse doit être calculée sur la base des conclusions de la demande (art. 49 CPC/FR) puisqu'aucune des exceptions à ce principe (art. 50 ss CPC/FR) n'est applicable en l'espèce. En fixant la valeur litigieuse à 2'313'206 fr. 80, la cour cantonale a en particulier correctement appliqué l'art. 51 CPC/FR qui prévoit que les intérêts, importants en l'occurrence puisque courant dès le 1er juin 1971, ne sont pas pris en compte. Basé sur un montant arrondi (art. 5 al. 2 in fine du Tarif des honoraires) à 2'300'000 fr., il convient alors d'appliquer l'art. 5 ch. 2 let. c du Tarif des honoraires qui prévoit une majoration de 150 % pour une valeur déterminante de 700'000 fr., taux qui progresse par tranches de 100'000 fr. supplémentaires selon une échelle annexée, jusqu'à 3'000'000 fr. Selon cette échelle, pour un montant de 2'300'000 fr., l'augmentation est de 219,60 %, soit le pourcentage retenu par la cour cantonale. Le montant total des dépens se monte ainsi bien à 414'971 fr. 30 (117'300 fr. [honoraires de base] + 257'590 fr. [supplément] + 990 fr. [correspondance] + 1342 fr. 40 [débours] + 28'668 fr. 90 [TVA] + 9'080 fr [frais judiciaires]), les quatre derniers montants n'étant pas contestés.
Le recourant prétend que la majoration n'avait pas lieu d'être étant donné que les débats ont été limités à deux questions (principe de la responsabilité et question de la prescription) dès la première instance. L'art. 5 al. 6 du Tarif des honoraires énumère les cas dans lesquels le juge peut réduire le supplément. En l'espèce, le procès s'est terminé par un jugement, le recourant n'était pas défaillant, la procédure a été longue et il n'existe aucune disproportion manifeste entre la valeur litigieuse et l'intérêt (évident en l'occurrence au regard de la valeur litigieuse) des parties au procès. Aucune des conditions énumérées dans la disposition ne permettant de réduire le supplément d'honoraires, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir appliqué arbitrairement l'art. 5 du Tarif des honoraires.
4. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera à l'intimé une indemnité de 17'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 27 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget