Faits:
A. Par décision du 29 février 2008, le Service vétérinaire du Canton du jura a refusé de renouveler la patente de marchand de bétail de X._ pour l'année 2008. Par arrêt du 6 octobre 2008, le Tribunal cantonal du canton du Jura a confirmé ce refus.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public le 13 novembre 2008, X._, assisté d'un mandataire professionnel, a demandé en substance au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 6 octobre 2008 par le Tribunal cantonal.
Le 20 novembre 2008, la Chancellerie de la IIe Cour de droit public a fixé un délai au 11 décembre 2008 pour verser une avance de frais de 2'500 fr. Par courrier de son mandataire, X._ a requis une prolongation du délai jusqu'au 5 janvier 2009: Le Président de la IIe Cour de droit public a prolongé le délai et attiré l'attention de l'intéressé sur le fait que la prolongation accordée constituait un ultime délai et qu'à défaut de paiement dans ce second délai son recours serait déclaré irrecevable. Le versement n'ayant pas été effectué dans le délai imparti, le recours du 13 novembre 2008 a été déclaré irrecevable, par arrêt de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral du 19 janvier 2009 (2C_840/2008). Les frais judiciaires ont été mis à la charge du recourant.
C. Par courrier du 23 janvier 2009, le mandataire de X._ a expliqué, pièces à l'appui, que l'avance de frais de 2'500 fr. avait été effectuée dans le délai imparti, mais que X._ s'était trompé de bulletin de versement. Il avait utilisé le bulletin destiné à verser une avance de frais de 1623 fr. dans la procédure de divorce qui était ouverte devant le juge civil de 1ère instance. Considérant qu'il s'agit d'une situation analogue à celle d'un justiciable qui adresserait un mémoire de recours à une autre autorité judiciaire, il a invité le juge civil à faire parvenir le montant de 2'500 fr. au Tribunal fédéral et conclut à l'annulation de l'arrêt du 19 janvier 2009 et à l'entrée en matière sur le recours.
Par lettre du 28 janvier le juge civil a informé le mandataire de X._ que le montant de 2'500 fr. avait été restitué. Par courrier du 2 février 2009, le mandataire de l'intéressé a produit le récépissé postal pour preuve du versement de 2'500 fr. auprès de la Caisse du Tribunal fédéral.
Considérant en droit:
1. Le recourant demande l'application par analogie de l'art. 48 al. 3 LTF pour obtenir l'annulation de l'arrêt d'irrecevabilité.
1.1 L'art. 48 al. 1 LTF prévoit que les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse. D'après l'art. 48 al. 3 LTF, le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral (pour un exemple: arrêt 1C_379/2008 du 12 janvier 2009). La question de savoir si une procuration mal adressée pouvait bénéficier du régime prévu par l'art. 48 al. 3 LTF pour le mémoire n'a pas été tranchée (arrêt 2C_98/2008 du 12 mars 2008, consid. 2.3).
D'après l'art. 48 al. 4 LTF enfin, le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral. Le régime applicable à l'avance de frais étant réglé par l'art. 48 al. 4 LTF, il n'y a pas de place pour une application par analogie de l'art. 48 al. 3 LTF. Il s'ensuit que le délai n'est pas réputé observé si le paiement est effectué dans le délai en faveur d'une autre autorité que le Tribunal fédéral. Cette dernière n'est en outre pas tenue de transférer au Tribunal fédéral le montant reçu par erreur. Ce régime distinct s'impose spécialement du fait qu'au moment d'effectuer le paiement, la partie connaît avec certitude son destinataire - le Tribunal fédéral -, parce qu'elle dispose d'un bulletin de versement ad hoc à cet effet. En cas d'inobservation du délai, seule reste ouverte la voie de la restitution aux strictes conditions de l'art. 50 LTF.
Mal fondée, la requête doit être rejetée.
1.2 En vertu de l'art. 61 LTF, les arrêts du Tribunal fédéral acquièrent force de chose jugée le jour où ils sont prononcés. Ils ne peuvent être modifiés que par le moyen de la révision ou, plus rarement, par le moyen de la restitution de délai dont le non-respect avait conduit à une décision d'irrecevabilité. Les conséquences sont les mêmes dans les deux cas, car si l'un des moyens est fondé, le Tribunal fédéral est tenu d'annuler son arrêt et de statuer à nouveau (art. 128 al. 1 et 50 al. 2 LTF; arrêt 2C_98/2008 du 12 mars 2008). Une requête de révision au sens de l'art. 121 ss LTF et en restitution du délai doit être motivée conformément aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF (8F_8/2008 du 1er juillet 2008).
En l'espèce, le requérant n'a invoqué aucun motif de révision ou de restitution du délai, de sorte que le Tribunal fédéral ne peut se saisir d'office de ces questions. Au demeurant, les conditions d'une restitution du délai, notamment l'absence de faute de la partie (art. 50 al. 1 LTF), ne sont pas réunies. Comme dit, le requérant disposait de bulletins de versement portant la mention préimprimée des destinataires respectifs des versements. Il n'a fautivement pas fait preuve de l'attention requise par les circonstances en ne prenant pas la peine de lire correctement les destinataires des versements. Une restitution du délai aurait par conséquent dû être refusée.
2. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet de la requête dans la mesure de sa recevabilité. Succombant, le requérant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. La requête en annulation de l'arrêt rendu le 19 janvier 2009 par le Tribunal fédéral est rejetée dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du requérant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du requérant, au Service vétérinaire et à la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura ainsi qu'à l'Office vétérinaire fédéral.
Lausanne, le 24 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey