Faits:
A. X._ (ci-après aussi: le contribuable ou le recourant) a travaillé, du 1er août 1998 au 30 juin 2007, pour la banque A._ SA (ci-après: la banque), sise à Z._, en qualité de directeur adjoint.
Au titre de sa rémunération, X._ a participé à un plan d'intéressement ("Employee Stock Compensation Plan") consistant notamment en l'octroi d'actions de Y._ (société sise dans l'Etat du Delaware), bloquées pendant quatre ans, durant lesquels il ne pouvait en disposer d'une quelconque manière. Pendant cette période de blocage, les titres étaient détenus par Y._ pour le compte de leur bénéficiaire, ce dernier disposant du droit de vote et percevant les dividendes afférents aux actions. Si le contrat de travail de l'intéressé prenait fin, celui-ci perdait son droit aux actions dont la période de blocage n'était pas échue. Le même plan prévoyait également l'octroi d'options bloquées pendant une période variable, à l'issue de laquelle celles-ci pouvaient être exercées.
Par courrier du 29 juin 2007, la banque a informé X._ que les certificats de salaire établis en sa faveur pour les années 2003, 2004 et 2005 comportaient des erreurs en relation notamment avec les options et les actions bloquées qui lui avaient été octroyées.
Pour l'année 2003, 472 options imposables à l'attribution lui avaient été octroyées à une valeur de 10,134 fr. par option. Le revenu correspondant, soit 4'783 fr., n'avait pas été mentionné dans le certificat de salaire. X._ avait par ailleurs reçu 366 actions bloquées qui étaient imposables à l'attribution avec un abattement de 20,791 % et non de 25,274 % comme indiqué sur le certificat de salaire. La rectification entraînait un revenu supplémentaire de 1'652 fr. Le versement en novembre 2003 d'un dividende de 156 fr. afférent aux actions bloquées n'avait pas non plus été déclaré. Début 2003, la banque avait décidé de réduire de deux ans la période de blocage pour les actions attribuées en 2001 et 2002 et l'abattement avait été recalculé. Il s'ensuivait un revenu supplémentaire de 3'234 fr. pour l'intéressé, qui avait reçu 65 actions bloquées en 2001 et 291 en 2002. Un nouveau certificat de salaire 2003 avait été émis, qui incluait ces suppléments représentant au total 9'826 fr.
Pour l'année 2004, l'intéressé avait reçu 328 actions bloquées, imposables à l'attribution avec un abattement de 20,791 %. Celles-ci n'avaient pas été mentionnées sur le certificat de salaire. Un nouveau document avait été établi, intégrant un revenu supplémentaire de 18'733 fr.
En 2005, X._ avait reçu 882 actions bloquées, imposables à l'attribution avec un abattement de 20,791 %. Le revenu correspondant n'ayant pas été mentionné sur le certificat de salaire, un nouveau document avait été établi, intégrant un revenu supplémentaire de 48'850 fr.
Toujours selon le courrier du 29 juin 2007, il était probable que les autorités fiscales revoient la taxation de X._ sur la base des nouveaux certificats émis pour 2003, 2004, et 2005. Le cas échéant, elles le contacteraient.
Par courrier recommandé du 29 août 2007, l'Administration fiscale cantonale genevoise a informé X._ de l'ouverture de procédures de rappel d'impôt et de soustraction fiscale pour les périodes fiscales 2001 à 2005. Elle avait constaté que la banque lui avait octroyé des droits de participation ainsi que des actions bloquées, qui n'avaient pas été correctement déclarés.
Après avoir donné à X._ la possibilité de se déterminer, l'Administration fiscale genevoise l'a avisé, le 16 janvier 2008, que les procédures de rappel d'impôt étaient achevées tant pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC). Elle a joint six bordereaux rectificatifs de rappel d'impôt, portant sur les montants suivants:
IFD
Supplément
Intérêts de retard
Total
2003
1'280.45
135.70
1'416.15
2004
2'468.40
172.60
2'641.--
2005
6'441.60
236.20
6'677.80
ICC
2003
2'818.80
251.60
3'070.40
2004
5'647.50
329.70
5'797.20
2005
14'557.05
374.65
14'931.70
B. A l'encontre des bordereaux de rappel d'impôt pour l'IFD et l'ICC des périodes fiscales 2004 et 2005, X._ a formé une réclamation qui a été rejetée par décisions du 28 avril 2008.
Contre ces décisions, le contribuable a recouru respectivement à la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct et à la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (intégrées par la suite dans la Commission cantonale de recours en matière administrative, dont les compétences ont été reprises entre-temps par le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève). Son acte portait uniquement sur l'imposition des actions bloquées, à l'exclusion de celle des options.
Par décision du 26 avril 2010, rendue après avoir joint les procédures concernant l'IFD et l'ICC, la Commission cantonale de recours en matière administrative a admis les recours et annulé les prononcés attaqués. Elle a considéré que l'attribution des actions bloquées au contribuable était soumise à la condition suspensive que celui-ci se trouve toujours au service de la banque à la fin de la période de blocage. Comme X._ avait quitté la banque avant le terme de la période en question s'agissant des actions octroyées en 2004 et 2005, il n'avait eu sur celles-ci que des expectatives qui ne constituaient pas un revenu imposable.
L'Administration fiscale genevoise a déféré cette décision au Tribunal administratif, devenu entre-temps la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève, qui a admis le recours par arrêt du 10 janvier 2012. Les juges cantonaux ont considéré que le régime des actions bloquées (détention par la banque pour le compte du contribuable, lequel exerce les droits sociaux et perçoit les dividendes, restriction du droit d'en disposer) était comparable à celui de titres consignés. Lors de l'attribution des actions bloquées, le contribuable n'avait pas seulement acquis une expectative, mais s'était trouvé enrichi, de sorte que la prestation était imposable à ce moment-là, la restriction du droit de disposer des actions étant dûment prise en compte par l'abattement.
C. A l'encontre de cet arrêt, X._ interjette recours au Tribunal fédéral. Il conclut, sous suite de dépens, à l'annulation du jugement attaqué et des bordereaux de rappel d'impôt du 16 janvier 2008 concernant l'IFD et l'ICC des périodes fiscales 2004 et 2005. A titre préalable, il demande, en substance, que son recours soit doté de l'effet suspensif pour ce qui est de l'IFD.
L'autorité précédente s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et persiste au surplus dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale genevoise et l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, proposent de rejeter le recours.
Par ordonnance présidentielle du 22 février 2012, la requête d'effet suspensif a été rejetée.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recourant n'a pas intitulé son acte. Cette imprécision ne saurait lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. ATF 136 II 497 consid. 3.1 p. 499).
1.2 L'arrêt attaqué concerne le revenu imposable des périodes fiscales 2004 et 2005. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. S'agissant de l'impôt cantonal et communal, l'imposition du revenu étant une matière harmonisée aux art. 7 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
1.3 Le recourant ne peut s'en prendre qu'à l'arrêt attaqué, qui se substitue aux prononcés antérieurs (effet dévolutif du recours, cf. ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543). Par conséquent, le recours est irrecevable dans la mesure où il est dirigé contre les bordereaux du 16 janvier 2008.
1.4 Il n'est pas admissible de renvoyer aux actes de la procédure cantonale (cf. ATF 136 II 304 consid. 2.5 p. 314). Dans la mesure où le recourant invite la Cour de céans à se référer aux écritures déposées lors de la procédure cantonale, son recours est par conséquent irrecevable.
1.5 Pour le reste, déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (cf. art. 42 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a en outre été interjeté par le contribuable destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Sous réserve de ce qui précède, il convient donc d'entrer en matière.
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 Selon l'art. 17 al. 1 LIFD, sont imposables tous les revenus provenant d'une activité exercée dans le cadre d'un rapport de travail, qu'elle soit régie par le droit privé ou par le droit public, y compris les revenus accessoires, tels que les indemnités pour prestations spéciales, les commissions, les allocations, les primes pour ancienneté de service, les gratifications, les pourboires, les tantièmes et les autres avantages appréciables en argent.
D'après cette disposition, tous les avantages appréciables en argent découlant d'un rapport de travail constituent des revenus imposables au titre de l'activité lucrative dépendante. Il peut s'agir de prestations en espèces, de prestations en nature ou d'autres prestations appréciables en argent comme par exemple l'octroi de prêts sans intérêts (Jean-Blaise Eckert, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, no 15 ad art. 17 LIFD).
2.2 De manière générale, un revenu n'est imposable que s'il est réalisé, ce qui constitue le fait générateur de l'imposition. La doctrine distingue traditionnellement entre la réalisation effective, la réalisation comptable et la réalisation systématique (Ryser/Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4e éd., 2002, p. 161 s.; Thierry A. Obrist, Le concept de réalisation systématique en droit fiscal suisse, 2012, p. 29 s., 35 s. et références; selon cet auteur, le droit fiscal suisse ne connaît pas de définition de la réalisation effective valable dans toutes les situations). Seule la première joue un rôle en l'espèce.
S'agissant du moment de la réalisation effective, un revenu est considéré comme réalisé quand le contribuable reçoit une prestation en espèces ou (déjà) lorsqu'il acquiert une créance ferme permettant d'exiger cette prestation, créance dont il peut effectivement disposer (ATF 105 Ib 238 consid. 4a p. 242; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., 2002, p. 267; Ryser/Rolli, op. cit., p. 162; Markus Reich, Steuerrecht, 2e éd., 2012, § 10 no 51; Obrist, op. cit., p. 45, 47).
Pour ce qui est des prestations en nature, le moment de l'acquisition de la propriété est déterminant (Blumenstein/Locher, op. cit., p. 268 avec référence à l'arrêt 2A.341/1993 du 6 novembre 1995 consid. 3b/aa, in Archives 65 p. 733, RDAF 1997 II p. 564, StE 1996 B 22.2 no 12, lequel renvoie lui-même à une précédente édition de l'ouvrage en question). Certains auteurs précisent que l'acquisition du revenu est un processus factuel, à envisager d'un point de vue économique, au terme duquel le contribuable acquiert le pouvoir de disposer économiquement des biens. S'agissant de choses, tel est en principe le cas lorsque l'intéressé en devient le propriétaire. Un revenu peut toutefois déjà être réalisé lorsque le contribuable, sans acquérir la propriété des biens au sens du droit privé, obtient le pouvoir d'en disposer comme un propriétaire d'un point de vue économique. Ce pouvoir justifie alors de l'assimiler à un propriétaire sur les plans économique et fiscal (Reich, op. cit., § 10 nos 34 s., 51 s.; Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e éd., 2009, nos 20 et 25 ad art. 210 LIFD).
Faute de constituer une prétention ferme, une simple expectative (soit une créance soumise à une condition suspensive: Gauch/Schluep/ Schmid/Emmenegger, Schweizerisches Obligationenrecht: allgemeiner Teil, 9e éd., 2008, t. II, nos 3994 s.; cf. aussi ATF 118 II 382 consid. 4b/bb p. 388) ne déclenche pas l'imposition (Ryser/Rolli, op. cit., p. 162; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, § 7 no 12; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, op. cit., no 30 ad art. 210 LIFD).
2.3 Le fait d'acquérir, dans le cadre d'un plan d'intéressement, des actions de collaborateur à un prix de faveur constitue un revenu en nature de l'activité lucrative dépendante, imposable en vertu de l'art. 17 al. 1 LIFD (arrêt 2A.517/2002 du 21 mai 2003 consid. 2.1, in RDAF 2003 II p. 359, RF 58/2003 p. 620, Archives 73 p. 545).
Les actions peuvent être octroyées aux collaborateurs sans autres limitations (actions dites libres) ou avec des restrictions (actions dites bloquées). Deux genres de restrictions sont particulièrement fréquents: d'une part, l'interdiction d'aliéner les actions ou d'en disposer d'une autre manière pendant une période de plusieurs années (période de blocage); d'autre part, l'obligation de les restituer à l'employeur si le collaborateur quitte son emploi (pour des motifs autres qu'invalidité, retraite, etc.) pendant la même période (cf. Natalie Peter, US-amerikanische Mitarbeiterbeteiligungspläne im Einkommens- und Vermögenssteuerrecht der Schweiz, 2001, p. 29 ss; Ferdinand Zuppinger, Die Besteuerung der Mitarbeiteraktien, Archives 40 p. 226).
Dans son arrêt 2A.341/1993 (cf. aussi arrêt 2A.517/2002, précité, consid. 2.2), le Tribunal fédéral a examiné la question de savoir à quel moment le revenu consistant en la remise, à un prix de faveur, d'actions de collaborateur bloquées est réalisé. Il a rejeté la thèse selon laquelle, en cas de remise d'actions bloquées soumises à une obligation - conditionnelle - de restitution, le revenu correspondant n'est réalisé qu'au moment où cette dernière obligation disparaît, l'intéressé ne disposant jusque-là que d'une expectative. Il a admis que le revenu en question est réalisé au plus tard lors du transfert de la propriété des actions, puisque le collaborateur obtient alors un accroissement réel de sa fortune. Cet accroissement de fortune n'est pas remis en cause - tout au moins dans son principe - par l'existence d'une période de blocage et d'une obligation de restitution limitée dans le temps. Il se voit aussi au fait qu'à compter du transfert, le collaborateur a la jouissance intégrale des actions (droit aux dividendes, droit de souscription préférentiel, etc.) et est l'ayant droit légitimé en vertu de l'art. 21 al. 1 let. a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21) à demander le remboursement de l'impôt anticipé retenu sur les dividendes. La réalisation intervient plus exactement lorsque le collaborateur accepte l'offre d'achat de l'employeur, car c'est à ce moment qu'il acquiert une prétention ferme au transfert des titres (consid. 3b). Si elles ne changent rien au moment auquel le revenu est réalisé - et doit être imposé -, les restrictions en question doivent en revanche être prises en considération sous la forme d'un abattement (ou escompte) lors du calcul de celui-ci, car elles influent sur la valeur des actions (consid. 4c; voir dans le même sens Blumenstein/Locher, op. cit., p. 268). Le revenu imposable équivaut ainsi à la différence entre la valeur vénale des actions diminuée de l'escompte et le prix de faveur auquel elles sont remises au collaborateur (consid. 4 c à f).
2.4 A la suite de l'arrêt 2A.341/1993, l'Administration fédérale des contributions a émis la circulaire no 5 du 30 avril 1997, intitulée "Imposition des actions et options de collaborateurs" (publiée in Archives 66 p. 136; ci-après: la circulaire). Selon ce texte, sont réputées actions de collaborateurs les actions que l'employeur ou une entreprise proche de ce dernier attribue à ses collaborateurs (employés, cadres, membres du conseil d'administration) à un prix de faveur à l'occasion d'une émission ou par aliénation de titres en provenance de son portefeuille. Ne sont pas considérées comme actions de collaborateurs les expectatives portant sur des droits de participation qui sont détenus par une fondation ou par un patrimoine distinct constitué par l'employeur, tel qu'un fonds, un patrimoine collectif assimilable à un fonds, un trust, etc. Il en va de même des droits de jouissance ("Nutzniessungsrechte") afférents à des actions qui demeurent la propriété de l'employeur (ch. 2.1).
S'agissant du traitement fiscal des actions bloquées de collaborateurs, le bénéficiaire est considéré comme enrichi au moment de l'attribution des titres, et ce quel que soit le régime de ceux-ci selon les différents modèles de participations (dépôt, droit de réméré de l'employeur, obligation limitée ou illimitée dans le temps de la part de l'employé de restituer, levée du blocage au moment de la limite d'âge ou en cas d'invalidité, de décès, etc.; ch. 3.2).
2.5 Lorsqu'un contribuable se voit octroyer un usufruit ou un droit de jouissance sur des actions, la doctrine considère qu'il y a lieu d'imposer les dividendes distribués lors des périodes fiscales successives et non la valeur du droit lors de sa constitution et de son transfert (les distributions de dividendes devant dans ce dernier cas être franches d'impôt). En effet, la constitution d'un usufruit n'est généralement qu'une étape préalable au transfert de la propriété et c'est à ce dernier moment que l'acquisition des actions doit être considérée comme réalisée et être imposée. En outre, le calcul de la valeur de l'usufruit nécessiterait d'estimer la durée prévisible de la jouissance du droit, ainsi que le montant des dividendes futurs; une telle démarche se heurterait à des difficultés pratiques considérables (Zuppinger, op. cit., p. 233 note de bas de page 19). La circulaire consacre ce point de vue en prévoyant que l'octroi à un collaborateur de droits de jouissance sur des actions qui restent la propriété de l'employeur ne constitue pas (en soi) un revenu imposable.
2.6 La pratique consistant à imposer l'octroi d'actions de collaborateur bloquées lors de leur attribution n'est pas exempte de critiques de la part de la doctrine. En relevant que les collaborateurs ne peuvent en disposer avant l'expiration d'un certain délai, Ryser/Rolli estiment ainsi qu'il s'agit d'un cas de réalisation fictive (op. cit., p. 163 s.). Selon Eckert, il paraît "à tout le moins sujet à caution" de considérer qu'un revenu est réalisé à l'occasion d'une remise d'actions sur lesquelles l'employeur conserve en tout temps un droit à la restitution, dans des circonstances et à des conditions certes fixées d'avance, mais dont la survenance n'est pas impossible (op. cit., no 29 ad art. 17 LIFD). D'après d'autres auteurs, il faut distinguer selon que les actions doivent être restituées - le cas échéant - à leur valeur vénale lors de la restitution ou à leur valeur d'acquisition. Alors que l'imposition lors de l'attribution se justifierait dans le premier cas, elle ne devrait intervenir, dans la seconde situation, que lorsque l'obligation conditionnelle de restitution disparaît, soit en principe au terme de la période de blocage (Peter, op. cit., p. 116, avec référence à Walter Studer, Nochmals zur Besteuerung der Mitarbeiteraktien, Archives 41 p. 160 s.; voir aussi la jurisprudence et la doctrine citées in 2A.341/1993 consid. 3a).
2.7 Le 17 décembre 2010, les Chambres fédérales ont adopté la loi fédérale sur l'imposition des participations de collaborateur (RO 2011 3259 ss). Cette novelle, qui modifie la LIFD et la LHID, est entrée en vigueur le 1er janvier 2013.
La loi en question distingue entre les participations de collaborateur proprement dites, au nombre desquelles figurent les actions accordées au collaborateur, et les participations improprement dites que sont les "expectatives de simples indemnités en espèces" ("Anwartschaften auf blosse Bargeldabfindungen"; nouv. art. 17a LIFD et 7c LHID).
Aux termes des nouveaux art. 17b LIFD et 7d LHID, les avantages appréciables en argent dérivant de participations de collaborateur proprement dites, à l'exclusion des options non négociables ou non cotées en bourse, sont imposables à titre de revenu d'une activité lucrative salariée au moment de leur acquisition; la prestation imposable correspond à la valeur vénale de la participation diminuée, le cas échéant, de son prix d'acquisition (al. 1). Lors du calcul de la prestation imposable consistant dans l'octroi d'actions de collaborateur, il est tenu compte des délais de blocage par un escompte de 6 % sur la valeur vénale des actions par année de blocage; l'escompte est limité à dix ans (al. 2).
La nouvelle loi consacre ainsi la pratique selon laquelle le fait de soumettre l'octroi d'actions de collaborateur, pendant un délai de blocage, à des restrictions telles qu'une interdiction de disposer et/ou une obligation de restituer, n'entraîne pas un report de l'imposition - laquelle doit avoir lieu lors de l'attribution des actions -, mais doit être prise en compte lors de l'évaluation de l'avantage appréciable en argent ainsi procuré. Plus précisément, le moment déterminant pour l'imposition est celui de l'acquisition des actions au sens du droit civil (Message du 17 novembre 2004 sur la loi fédérale régissant l'imposition des participations de collaborateur, FF 2005 531 s. ch. 1.3.1).
Selon les nouveaux art. 17c LIFD et 7e LHID, les avantages appréciables en argent dérivant de participations de collaborateur improprement dites (expectatives) ne sont en revanche imposables qu'au moment où l'indemnité est encaissée.
2.8 Il ressort ainsi du Message sur la loi fédérale régissant l'imposition des participations de collaborateur que le revenu consistant en l'octroi d'actions de collaborateur bloquées à un prix de faveur est considéré comme réalisé - et est, partant, imposable -, quand le collaborateur en a acquis la propriété au sens du droit civil. L'arrêt 2A.341/1993 adopte une approche plus économique, puisqu'il retient le moment où le collaborateur accepte l'offre de son employeur et acquiert par là un droit (personnel) au transfert de la propriété des actions. Il se fonde en outre sur l'accroissement réel de fortune dont celui-ci bénéficie à partir du moment où il a la jouissance des titres et peut obtenir le remboursement de l'impôt anticipé en vertu de l'art. 21 al. 1 let. a LIA, faculté qui appartient - dans une optique économique - notamment au fiduciant plutôt qu'au fiduciaire (cf. art. 61 de l'ordonnance du 19 décembre 1966 sur l'impôt anticipé [OIA; RS 642.211]).
En accord avec la doctrine citée plus haut (consid. 2.2), il convient d'admettre que l'imposition se justifie aussi, sous l'angle du principe constitutionnel de l'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.), lorsque le collaborateur, sans avoir obtenu la propriété des actions au sens du droit civil, a acquis sur elles un pouvoir de disposer économiquement qui justifie de l'assimiler à un propriétaire au plan fiscal.
Cette approche économique de la notion de propriété ne justifie pas pour autant de lui assimiler l'usufruit. En effet, d'un point de vue économique, l'usufruit se distingue de la propriété des actions en ceci que l'usufruitier ne peut pas vendre les titres et en obtenir la valeur vénale (dont la différence par rapport au prix de faveur auquel le collaborateur acquiert les actions est précisément imposable comme revenu de l'activité lucrative dépendante).
3. Le recourant fait valoir qu'il n'a reçu, respectivement en 2004 et 2005, que l'usufruit de 328 et 882 "Restricted Shares", assorti d'un droit conditionnel d'en acquérir la propriété. Ce droit était soumis à la condition qu'il soit encore au service de son employeur au terme de la période de blocage, soit respectivement le 31 janvier 2008 et le 31 janvier 2009. Si les rapports de travail cessaient avant cette date, il perdait le droit au transfert de la propriété des actions et devait restituer l'usufruit. Comme son contrat de travail avec la banque avait pris fin le 30 juin 2007, il n'avait pu acquérir les actions et avait dû restituer l'usufruit de celles-ci. Il n'avait donc acquis que des expectatives sur les titres en question, ce qui n'est pas imposable selon la circulaire. L'autorité précédente aurait arbitrairement admis le contraire.
4. Le litige porte sur le point de savoir si, lors de l'octroi des 328 et 882 actions bloquées, respectivement en 2004 et 2005, le recourant a réalisé un revenu de l'activité lucrative dépendante imposable à ce titre. Conformément à ce qui été dit plus haut (consid. 2.8), il convient ainsi de déterminer si, au regard du droit américain qui est applicable à cet égard (cf. art. 100 al. 1 LDIP), le recourant a acquis alors la propriété des actions ou un pouvoir d'en disposer économiquement qui justifie, sous l'angle du principe de l'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.), de l'assimiler à un propriétaire sur le plan fiscal.
4.1 Selon le plan d'intéressement, qui est soumis au droit de l'Etat de New York (Section 9.2), lors de l'octroi des actions bloquées ("Restricted Shares"), un certificat représentant le nombre d'actions attribuées au collaborateur est enregistré à son nom et détenu pour son compte par Y._ (Section 2.2). Le collaborateur jouit de tous les droits d'un actionnaire (droit aux dividendes et droit de vote), sous les réserves suivantes: (a) jusqu'au terme de la période de blocage ("Restricted Period"), il ne peut obtenir que le certificat lui soit remis; (b) sauf dispositions contraires dans les conditions écrites de l'octroi ("Grant Document"), il ne peut céder, remettre en gage etc. les actions; (c) toujours sauf dispositions contraires dans le document précité, il perd tous les droits relatifs aux actions s'il quitte son emploi avant la fin de la période de "vesting" ou ne satisfait pas aux exigences spécifiques posées lors de leur octroi. Au terme de la période de "vesting" (ou de la période de blocage, si celle-ci est plus longue), toutes les restrictions précitées disparaissent et les actions sont remises au collaborateur sous la forme d'un certificat ou créditées sur un compte (Section 2.5, let. a).
Le "Grant Document" (pt 2 let. a) définit les actions bloquées comme des actions ordinaires qui appartiennent "beneficially" au collaborateur et sont détenues pour le compte de ce dernier par Y._, jusqu'au terme de la période de "vesting" ("A Restricted Share is a share of Y._. Common Stock that is beneficially owned by you but held by Y._. on your behalf until the end of the Vesting Period"). Durant cette période, elles ne peuvent être cédées, remises en gage, etc. (pt 2 let. b). Si, pendant le même laps de temps, le collaborateur quitte son emploi - pour des motifs autres que décès, retraite ou incapacité - ou viole certaines obligations, il perd tout droit aux actions et celles-ci ne lui sont pas remises (pt 2 let. c). Dans le cas contraire, les actions lui sont remises sur un compte de la banque A._ SA ou sous la forme d'un certificat (pt 2 let. d).
4.2 Ainsi, d'après le plan d'intéressement et le "Grant Document", durant la période de blocage, les actions - ou le certificat qui les incorpore - sont détenues par Y._, pour le compte du collaborateur. Le "Grant Document" précise que ce dernier en est le "beneficial owner". Les pays de Common law connaissent en effet une dissociation du droit de propriété entre "legal ownership" et "equitable ownership" ou "beneficial ownership", qui est inconnue du droit suisse (cf. ATF 96 II 79 consid. 7a p. 88 et consid. 8 p. 92; Lorenzo Olgiati, Schweizerische Nominees im Aktienregister amerikanischer Publikumsgesellschaften, 1995, p. 154; Dorothee Einsele, Wertpapierrecht als Schuldrecht, 1995, p. 220). Cette dissociation apparaît notamment en relation avec l'institution du "trust", où le "trustee", qui gère le patrimoine mis en "trust" dans l'intérêt d'un éventuel bénéficiaire, est le "legal owner" et le bénéficiaire le "equitable owner" des biens (cf. arrêt 5C.169/2001 du 19 novembre 2001 consid. 6; voir aussi arrêt 5A_436/2011 du 12 avril 2012 consid. 9.3.1). Le terme "beneficial owner" est utilisé également dans la situation où un intermédiaire financier détient des titres pour le compte d'un client (investisseur), en étant inscrit lui-même ou par l'intermédiaire d'un "nominee" (sur cette notion, cf. Olgiati, op. cit., p. 7 ss) comme propriétaire dans le registre de l'émetteur des titres. En tout cas lorsque l'intermédiaire financier détient les actions à titre fiduciaire - et non seulement comme agent ("agent") ou dépositaire ("custodian"), situations dans lesquelles le client en a la pleine propriété -, le client est alors désigné comme le "beneficial owner", tandis que l'intermédiaire financier ou le "nominee" est le "legal owner" ou "nominal owner" des titres (cf. Einsele, op. cit., p. 314, 325; Olgiati, op. cit., p. 157 ss, spéc. p. 162 note de bas de page 654; Christoph Brunner, Wertrechte - nicht verurkundete Rechte mit gleicher Funktion wie Wertpapiere, 1996, p. 101, note de bas de page 112).
4.3 Il est concevable que, lors de l'octroi des titres, le recourant en ait obtenu la (pleine) propriété, avant de transférer le "legal ownership" à Y._ pour la durée de la période de blocage. Il est possible aussi qu'alors il en ait acquis seulement le "beneficial ownership" pour le même laps de temps. La question peut demeurer indécise, car l'octroi des actions est imposable lors de leur attribution aussi dans ce second cas. En effet, le "beneficial ownership" constitue une forme de propriété - et pas uniquement une expectative, ni seulement un usufruit - au sens économique, qui justifie d'assimiler le recourant à un propriétaire sur le plan fiscal.
Quoi qu'en dise le recourant, le fait que les actions qui lui ont été octroyées étaient, pendant la période de blocage, détenues pour son compte par l'émetteur des titres - d'ailleurs comme dans l'affaire à la base de l'arrêt 2A.341/1993 (partie "Faits", pt A. a) - n'indique pas la volonté de lui attribuer d'abord, pour ladite période, un droit d'usufruit, avant de lui en transférer la propriété au terme de celle-ci. Cela s'explique plutôt par le souci d'assurer le respect des restrictions au pouvoir de disposer (juridiquement) des actions pendant la période de blocage, ainsi que l'exécution de l'obligation de les restituer le cas échéant. C'est pourquoi les actions bloquées sont fréquemment déposées chez un tiers (Peter, op. cit., p. 30; Studer, op. cit., p. 146 ss) - qui les gère parfois à titre fiduciaire -, lorsque la société ne peut les détenir elle-même en raison des limitations à la détention des propres actions (Zuppinger, op. cit., p. 227).
En outre, si le recourant n'avait acquis que l'usufruit des actions, il est très douteux qu'il aurait disposé du droit de vote y afférent, comme le prévoit le plan d'intéressement (en droit suisse, l'art. 690 al. 2 CO dispose certes que l'action grevée d'un droit d'usufruit est représentée par l'usufruitier, mais il n'est pas établi qu'il en aille de même en droit américain, le recourant ne prétendant en tout cas rien de tel). Les plans d'intéressement des entreprises américaines prévoient généralement que, pendant la période de blocage, le collaborateur ne dispose que des droits patrimoniaux attachés aux actions, à l'exclusion du droit de vote (Peter, op. cit., p. 67). Le fait qu'en l'occurrence le recourant ait pu exercer également le droit de vote va dans le sens d'un transfert de la propriété - au moins économique - des actions.
Quant aux restrictions auxquelles l'octroi des actions en cause était soumis (interdiction d'en disposer, perte des droits en cas de résiliation des rapports de travail pendant la période de blocage), elles ne changent rien au moment de la réalisation du revenu, conformément à la jurisprudence et à la pratique (circulaire), dont le Tribunal de céans a d'autant moins de raison de s'écarter qu'elles ont été récemment consacrées dans la loi fédérale sur l'imposition des participations de collaborateur - qui n'est certes pas encore applicable en l'espèce. En outre, il paraît plus simple en pratique d'imposer les actions bloquées lors de leur attribution, puisque le moment de la réalisation et de l'imposition du revenu correspond alors à un acte de la société émettrice (tandis que l'échéance de la période de blocage procède seulement de l'écoulement du temps).
Au vu de ce qui précède, il y a lieu d'admettre que, lors de l'octroi des 328 et 882 actions bloquées, respectivement en 2004 et 2005, le recourant a obtenu sur elles à tout le moins une forme de propriété économique qui justifie de l'assimiler à un propriétaire sur le plan fiscal. Partant, c'est à bon droit que l'autorité précédente a considéré que le revenu consistant en l'attribution desdites actions avait été réalisé à ce moment et était ainsi imposable durant les périodes fiscales 2004 et 2005 (respectivement). Le montant du revenu en question n'est au demeurant pas litigieux.
4.4 Le recourant a cessé de travailler pour le compte de la banque avec effet au 30 juin 2007. A cette date, la période de blocage de quatre ans n'était pas échue s'agissant des actions attribuées en 2004 et 2005. Dans de telles circonstances, le "Grant document" prévoit que le collaborateur perd, à certaines conditions, ses droits aux actions. Le recourant prétend que tel aurait été le cas en l'espèce, mais cela ne ressort pas de la décision attaquée, dont les constatations de fait lient le Tribunal de céans (cf. art. 105 al. 1 LTF). En tout cas pour ce qui est des périodes fiscales litigieuses et dans le cadre de la présente procédure, il n'est donc pas possible de tenir compte de ces circonstances.
II. Impôts cantonal et communal
5. Aux termes de l'art. 7 al. 1 LHID, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante. Selon l'art. 2 de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur le revenu (revenu imposable), du 22 septembre 2000 (LIPP-IV; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009), sont imposables tous les revenus et autres avantages appréciables en argent provenant d'une activité exercée dans le cadre d'un rapport de travail. S'agissant d'actions de collaborateur, la circulaire est applicable également en matière d'ICC (décision attaquée, partie "En droit", pt 6).
Il peut ainsi être renvoyé s'agissant de l'ICC à la motivation développée en matière d'IFD.
6. Vu ce qui précède, le recours, traité comme un recours en matière de droit public, doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 1er mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Vianin