Sachverhalt:
A. Am 20. Januar 2009 erstattete X._ beim Bezirksamt Bremgarten Strafanzeige gegen verschiedene Personen. Am 28. September 2010 stellte sie beim Obergericht des Kantons Aargau ein Ablehnungsgesuch gegen die für die Strafuntersuchung zuständige Untersuchungsrichterin des Untersuchungsrichteramtes Aarau. Mit Verfügung vom 5. November 2010 wies das Obergericht (Vizepräsident der Beschwerdekammer in Strafsachen) das Gesuch ab, soweit es darauf eintrat. Die Kosten des Ablehnungsverfahrens von Fr. 455.-- (Gerichtsgebühr, Kanzleigebühr und Auslagen) legte es der Gesuchstellerin auf. Eine Parteientschädigung sprach es ihr nicht zu.
B. Eine von der Gesuchstellerin gegen die Verfügung des Obergerichtes vom 5. November 2010 gerichtete Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 31. Januar 2011 teilweise gut. Es hob die Verfügung auf, soweit die Gesuchstellerin darin zur Bezahlung von Verfahrenskosten verpflichtet wurde. In diesem Punkt wies das Bundesgericht die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück. Es erwog, das Obergericht habe zur Begründung der Kostenauflage keine gesetzliche Grundlage angeführt, weshalb das Kostendispositiv die Anforderungen von Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG nicht erfülle (E. 7). Im Übrigen (materielle Ausstandsfrage) wurde die Beschwerde abgewiesen, soweit das Bundesgericht darauf eintrat (Verfahren 1B_403/2010).
C. Mit Entscheid vom 27. April 2011 erliess das Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, einen neu begründeten Kostenentscheid. Die Kosten des Ablehnungsverfahren von Fr. 455.-- (Gerichtsgebühr, Kanzleigebühr und Auslagen) legte es erneut der Gesuchstellerin auf (Dispositiv Ziff. 1). Eine Parteientschädigung sprach es ihr erneut nicht zu (Dispositiv Ziff. 2).
D. Gegen den Entscheid des Obergerichtes vom 27. April 2011 gelangte X._ wiederum an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung von Dispositiv Ziff. 1 des angefochtenen Entscheides. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2011 ist die Schweizerische Strafprozessordnung in Kraft getreten (StPO; SR 312.0). Der angefochtene Entscheid betrifft die Kostenregelung eines Ablehnungsverfahrens gegen eine kantonale Untersuchungsrichterin. Mit Urteil vom 31. Januar 2011 hatte das Bundesgericht den (altrechtlichen) kantonalen Entscheid teilweise aufgehoben und zur Neubeurteilung der Kostenfolgen an die (zuständige) Vorinstanz zurückgewiesen. Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichtes fällte ihren neuen Kostenentscheid (als nach StPO zuständige Behörde, aber nochmals gestützt auf kantonales Prozessrecht) am 27. April 2011. Es stellt sich zunächst die Frage nach der intertemporalen Behördenzuständigkeit und dem anwendbaren Recht.
1.1 Wird ein Verfahren vom Bundesgericht zur neuen Beurteilung zurückgewiesen, erfolgt die Neubeurteilung durch die Behörde, die nach der StPO für den aufgehobenen Entscheid zuständig gewesen wäre (Art. 453 Abs. 2 Satz 2 StPO). Über Ausstandsgesuche gegen Vertreter der kantonalen Untersuchungsbehörde (neurechtlich der Staatsanwaltschaft) und deren Kostenfolgen entscheidet erstinstanzlich und endgültig die kantonale Beschwerdeinstanz (Art. 59 Abs. 1 lit. b StPO). Für Fälle, die den Kanton Aargau betreffen, ist somit die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichtes als Kollegialgericht zuständig (vgl. Art. 395 StPO).
1.2 Zwar sieht das Gesetz grundsätzlich vor, dass für die Neubeurteilung neues Prozessrecht anwendbar sei (Art. 453 Abs. 2 Satz 1 StPO). Wie die Vorinstanz zutreffend erwägt, wird in der Lehre jedoch die Ansicht vertreten, dass bezüglich Kosten- und Entschädigungsfolgen eine sogenannte "unechte Nachwirkung" der altrechtlichen Vorschriften erfolge, soweit Kosten für Verfahrenshandlungen zu beurteilen sind, die vor Inkrafttreten der StPO vorgenommen wurden (vgl. Niklaus Schmid, Übergangsrecht der Schweizerischen Strafprozessordnung, Zürich 2010, Rz. 336, 357 f.). Diese Ansicht vermag aus Gründen der prozessualen Kostenkohärenz und des Vertrauensschutzes sachlich zu überzeugen: Die "unechte Nachwirkung" steht in einem inneren Zusammenhang zum zentralen intertemporalrechtlichen Grundsatz von Art. 448 Abs. 2 StPO, wonach Verfahrenshandlungen, die vor Inkrafttreten dieses Gesetzes angeordnet oder durchgeführt worden sind, ihre Gültigkeit behalten. Sie dient namentlich der Vermeidung von scharfen Praxiswechseln für absehbare Kostenfolgen und damit der Rechtssicherheit, Gerechtigkeit und Fairness (vgl. Schmid, a.a.O., Rz. 26). Die ratio legis von Art. 453 Abs. 2 Satz 1 StPO bezieht sich in diesem Sinne primär auf die (neurechtliche) Neubeurteilung von materiellen strafprozessualen Streitigkeiten (wie etwa materielle Ausstandsfragen) und nicht auf Kostenfolgen für Verfahrenshandlungen, die vor dem 1. Januar 2011 erfolgt sind.
1.3 Der angefochtene Kostenentscheid betrifft Verfahrenshandlungen (Abweisung eines Ablehnungsbegehrens gegen eine Untersuchungsrichterin), die vor dem 1. Januar 2011 erfolgt sind. Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz vom 27. April 2011 betrifft nur noch die Neubeurteilung der Kostenfolgen. Das Ablehnungsgesuch vom 28. September 2010 wurde bereits mit Verfügung vom 5. November 2010 rechtskräftig abgewiesen. Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz ihre Zuständigkeit mit Recht bejaht und ist auf den angefochtenen Kostenentscheid altes kantonales Prozessrecht anwendbar. Die Beschwerdeführerin stimmt dem angefochtenen Entscheid insofern ausdrücklich zu. Was die hier streitigen Kosten des Ablehnungsverfahrens betrifft, liesse sich aus der neuen StPO denn auch nichts zugunsten der Beschwerdeführerin ableiten. Art. 59 Abs. 4 Satz 2 StPO bestimmt, dass die Verfahrenskosten der gesuchstellenden Person aufzuerlegen sind, falls das Ausstandsgesuch abgewiesen wird.
2. 2.1 Im angefochtenen Entscheid (E. 2.1) wird die streitige Auferlegung von Verfahrenskosten wie folgt begründet: Wie auch vom Bundesgericht (im Verfahren 1B_403/2010) bestätigt worden sei, habe der Vizepräsident der Beschwerdekammer in Strafsachen das Ablehnungsgesuch der Beschwerdeführerin am 5. November 2010 rechtmässig abgewiesen. Gemäss dem Ausgang des Ablehnungsverfahrens seien die Verfahrenskosten nach dem Verursacherprinzip und gestützt auf die einschlägigen Bestimmungen des kantonalen Strafprozessrechts (§ 212 Abs. 1 i.V.m. § 164 Abs. 1 StPO/AG; AGVE 1990 Nr. 30 S. 107) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen. Zum selbem Ergebnis würde im Übrigen auch die Anwendung von Art. 59 Abs. 4 StPO führen. Zur Höhe der Verfahrenskosten erwägt die Vorinstanz Folgendes:
"Gemäss § 18 Abs. 2 des auf den vorliegenden Fall anwendbaren Verfahrenskostendekrets in der bis 31. Dezember 2010 gültigen Fassung beträgt die Gerichtsgebühr für einen Entscheid des Präsidiums der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts zwischen Fr. 26.-- und Fr. 260.--. Der Aufwand im Ablehnungsverfahren ist mit einer Gerichtsgebühr von Fr. 250.-- angemessen abgegolten. Hinzu kommen die Kanzleigebühren und Auslagen gemäss §§ 25 und 28 des Verfahrenskostendekrets".
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe sich seinerzeit "im Vertrauen auf die damalige Kostenlosigkeit des Verfahrens" zur Einreichung des Ablehnungsbegehrens entschlossen. § 212 Abs. 1 in Verbindung mit § 164 Abs. 1 StPO/AG seien auf die Kosten von Ausstandsverfahren nicht anwendbar. § 212 Abs. 1 StPO/AG trage den Randtitel "Verfahren vor der Rechtsmittelinstanz". Zudem gehe es hier nicht um die Auferlegung der Kosten des Strafverfahrens an eine verurteilte Person im Sinne von § 164 Abs. 1 StPO/AG, sondern um ein separates Ablehnungsverfahren. Diesbezüglich enthalte das Aargauer Strafprozessrecht keine spezifische Kostenregelung. Ebenso wenig gelte bei Kostenentscheiden ein generelles Verursacherprinzip. Auch das kantonale Verfahrenskostendekret enthalte keine einschlägige Gesetzesgrundlage. § 18 Abs. 2 dieses Erlasses sei auf Entscheide beschränkt, die auf Gesuch eines Beschuldigten oder Angeklagten hin ergehen. Ausserdem konkretisiere das Kostendekret (in Übereinstimmung mit Art. 78 Abs. 2 KV/AG) lediglich die Höhe der Gebühr im Rahmen einer allfälligen gesetzlichen Kostenpflicht. Die Kostenauflage widerspreche im Übrigen einer langjährigen Praxis des Obergerichtes. Der angefochtene Entscheid verletze insbesondere das verfassungsmässige Legalitätsprinzip.
2.3 Nach der Praxis des Bundesgerichtes ist das Legalitätsprinzip im Abgaberecht ein selbständiges verfassungsmässiges Recht, dessen Verletzung unmittelbar gestützt auf Art. 127 Abs. 1 BV geltend gemacht werden kann (BGE 132 I 117 E. 4.1 S. 120 mit Hinweis). Diese Verfassungsnorm bestimmt, dass die Ausgestaltung von Steuern, namentlich "der Kreis der Steuerpflichtigen", der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, "in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln" ist. Gemäss der Rechtsprechung ist auch bei strafprozessualen Kostenentscheiden "eine Lockerung des gesetzlich festgelegten Kreises der Abgabepflichtigen nicht zulässig" (BGE 132 I 117 E. 7.4 S. 125).
2.4 Die Systematik und der Wortlaut von § 212 Abs. 1 StPO/AG beziehen sich auf die "Hauptverhandlung vor der Rechtsmittelinstanz". Die Frage, nach welchen Regeln Kostenentscheide der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichtes zu fällen sind, wenn dieses bzw. seine Verfahrensleitung nicht als Rechtsmittelinstanz entscheidet, sondern erstinstanzlich in einem separaten Ablehnungsverfahren, ist im kantonalen Recht nicht spezifisch geregelt. § 212 Abs. 1 StPO/AG verweist im Übrigen auf die analoge Anwendung von § 164 StPO/AG (betreffend das Verfahren vor dem Bezirksgericht). Gemäss § 164 Abs. 1 StPO/AG werden "dem Verurteilten in der Regel die Kosten des Verfahrens auferlegt" (Satz 1). Das Gericht kann ihn "aus besonderen Gründen" ganz oder teilweise von der Kostentragung befreien (Satz 2).
2.5 Der Kreis der Abgabepflichtigen wird in § 164 Abs. 1 StPO/AG abschliessend genannt. Es handelt sich um verurteilte Personen. Damit bilden die im angefochtenen Entscheid genannten Bestimmungen keine ausreichende gesetzliche Grundlage für die Kostenauflage an die Beschwerdeführerin als Strafklägerin, deren Ablehnungsgesuch abgewiesen wurde. Es kann offen bleiben, ob der angefochtene Entscheid zudem der bisherigen kantonalen Rechtsprechung widerspräche.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen und Dispositiv Ziffer 1 des angefochtenen Entscheides aufzuheben.
Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der Beschwerdeführerin ist antragsgemäss eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, und Dispositiv Ziffer 1 des Entscheides vom 27. April 2011 des Obergerichtes des Kantons Aargau wird dahingehend geändert, dass der Gesuchstellerin für das kantonale Ablehnungsverfahren keine Kosten auferlegt werden.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Aargau (Kasse des Obergerichtes) wird verpflichtet, der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichtes
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster