Sachverhalt:
A. Die seit Februar 2006 im Handelsregister eingetragene Gesellschaft V._ AG war bereits seit 1995 unter verschiedenen Namen (u.a. X._ AG) tätig und rechnete die paritätischen Beiträge mit der Ausgleichskasse des Kantons Zürich ab. Mit einer Vereinbarung vom 4. Januar 1999 hatte die Y._/USA, als Muttergesellschaft der X._ AG verschiedenen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern per 1. April 1999 Optionen zugeteilt, die auf einem 1997 errichteten "Stock Option Plan" basierten. Das Bezugsrecht war in dem Sinne aufgeschoben und beschränkt, dass ein erstes Drittel der Optionen ab dem 1. Januar 2000, ein weiteres Drittel ab dem 1. Januar 2001 und das restliche Drittel ab dem 1. Januar 2002 ausgeübt werden konnten, wobei die generell bis 1. März 2009 befristete Ausübung von einem fortbestehenden Anstellungsverhältnis abhängig war. 14'700 Optionen erhielt der bei der X._ AG angestellte J._. Gestützt auf die Deklarationen in der Jahresabrechnung 1999, in der Nachtragsabrechnung 1999 sowie die veranlassten Bewertungen der ausgegebenen Optionen per Zuteilungsdatum stellte die Ausgleichskasse der X._ AG am 6. April 2000 paritätische Beiträge von insgesamt Fr. 3'335'367.30 in Rechnung. Auf Ende 2000 kündigte J._ das Arbeitsverhältnis mit der X._ AG. Mit Schreiben vom 8. Mai 2003 gelangte er an die Ausgleichskasse, berief sich darauf, dass das Steueramt sein Einkommen für die Steuerperiode 1999/2000 neu eingeschätzt habe, und ersuchte gestützt darauf um Neufestsetzung der AHV-Beiträge und Überweisung eines allfälligen Überschusses der Arbeitnehmerbeiträge auf sein Bankkonto. In der Folge verwies ihn die Ausgleichskasse an seine ehemalige Arbeitgeberin. Nachdem ein entsprechender Schritt fruchtlos geblieben war, wandte sich J._ am 1. September 2003 erneut an die Ausgleichskasse. Diese teilte ihm gestützt auf eine Arbeitgeberkontrolle mit, sie erachte die Beitragsfestsetzung als korrekt, woran sie mit Schreiben vom 16. Dezember 2004 festhielt.
Am 24. Dezember 2004 verlangte J._ von der Ausgleichskasse hinsichtlich des Anspruchs auf Rückerstattung den Erlass einer Verfügung. Die Kasse behandelte das Begehren als Wiedererwägungsgesuch, welches sie am 15. März 2005 mittels Nichteintreten erledigte.
Auf Rechtsverweigerungsbeschwerde von J._ hin verpflichtete das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Ausgleichskasse mit Entscheid vom 23. September 2005, das Gesuch vom 24. Dezember 2004 unter dem Blickwinkel der prozessualen Revision zu prüfen. Mit Verfügung vom 4. Juli 2006 lehnte die Kasse das Revisionsgesuch ab, woran sie mit Einspracheentscheid vom 19. Januar 2007 festhielt.
B. J._ liess Beschwerde führen mit den Anträgen, unter Aufhebung des Einspracheentscheides seien die für 1999 auf Mitarbeiteroptionen festgesetzten Beiträge aufzuheben und die Ausgleichskasse sei zu verpflichten, ihm die zu viel bezahlten Arbeitnehmerbeiträge, zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. Januar 2001, zurückzuerstatten; eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Ausgleichskasse zurückzuweisen. Mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt J._ den vorinstanzlich gestellten Hauptantrag erneuern; eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Die Ausgleichskasse und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über die Rückforderung zu viel bezahlter oder nicht geschuldeter Beiträge (Art. 25 Abs. 3 ATSG [SR 830.1]; Art. 41 AHVV [SR 831.101]) sowie die Revision und Wiedererwägung formell rechtskräftiger Verfügungen und Einspracheentscheide (Art. 53 Abs. 1 und 2 ATSG) zutreffend wiedergegeben. Diese Grundsätze gelten auch, wenn nicht die Revision oder Wiedererwägung einer Verfügung im formellen, sondern einer Verfügung im materiellen Sinn (vgl. dazu BGE 117 V 97 E. 2b S. 102) in Frage steht, wie im vorliegenden Fall, welchem eine Rechnung der Ausgleichskasse über paritätische Beiträge vom 6. April 2000 zugrunde liegt. Fehlt eine fristgerechte Intervention der beitragspflichtigen Person, entfaltet der im formlosen Verfahren ergangene Entscheid in gleicher Weise Rechtswirkungen, wie wenn er im durch Art. 51 Abs. 1 ATSG umschriebenen Rahmen erlassen worden wäre, wobei die Frist, innert welcher formlose Mitteilungen anzufechten sind, auf ein Jahr festgesetzt wurde (BGE 134 V 145 E. 5 S. 149 ff.).
Ergänzend ist Folgendes zu beachten: Art. 55 Abs. 1 ATSG sieht vor, dass in den Art. 27-54 oder in den Einzelgesetzen nicht abschliessend geregelte Verfahrensbereiche sich nach dem Verwaltungsverfahrensgesetz vom 20. Dezember 1968 (VwVG; SR 172.021) bestimmen. Weil das ATSG keine Vorschrift zur Frist enthält, innert welcher ein Revisionsgesuch bei der Verwaltung einzureichen ist, sind gestützt auf Art. 55 Abs. 1 ATSG die Bestimmungen des VwVG anwendbar (KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Aufl., Zürich 2009, Rz. 23 zu Art. 53).
Gemäss Art. 67 Abs. 1 VwVG ist das Revisionsbegehren der Beschwerdeinstanz innert 90 Tagen nach Entdeckung des Revisionsgrundes, spätestens aber innert 10 Jahren nach Eröffnung des Beschwerdeentscheides, schriftlich einzureichen. Dass die prozessuale Revision von Verwaltungsverfügungen nur innerhalb der für die Revision von Beschwerdeentscheiden massgebenden Fristen zulässig ist, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht im Übrigen bereits vor Inkrafttreten des ATSG erkannt, als dieses Institut erst in einzelnen Sozialversicherungszweigen gesetzlich geregelt war (RKUV 1994 Nr. U 191 E. 3 S. 145f. mit Hinweis). Zusätzlich hat das Gericht im nämlichen Urteil festgehalten, dass die Fristen des Art. 67 VwVG im Sinne eines allgemeinen Rechtsgrundsatzes zu beachten sind, wenn die prozessuale Revision von Verfügungen in Frage steht, die von Verwaltungsbehörden erlassen wurden, für welche das VwVG nicht gilt.
2. Im Entscheid vom 23. September 2005 hat die Vorinstanz erkannt, dass die Beitragsfestsetzung auf den 1999 zugeteilten Optionen in formelle Rechtskraft erwachsen sei. Weil die Eingabe des Beschwerdeführers vom 24. Dezember 2004 nicht als Wiedererwägungsgesuch, sondern als Gesuch um Durchführung einer prozessualen Revision zu verstehen sei, hat das Gericht die Ausgleichskasse verpflichtet, über dieses Revisionsgesuch zu verfügen. Diese hat sich deshalb darauf beschränkt, das Rückerstattungsbegehren unter dem Aspekt der Revision zu prüfen. Gegenstand des kantonalen Beschwerdeverfahrens bildete dementsprechend ebenfalls nur diese Frage, und auch letztinstanzlich ist der Antrag des Beschwerdeführers nur unter dem Titel der prozessualen Revision zu prüfen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer gelangte mit Schreiben vom 8. Mai 2003 an die Ausgleichskasse. Unter Beilage der Neueinschätzung seines Einkommens für die Jahre 1999/2000 durch das Steueramt ersuchte er um Berichtigung der erhobenen AHV-Beiträge sowie darum, allfällige Überschüsse des Arbeitnehmeranteils auf sein Bankkonto zu überweisen. Einen Revisionsgrund behauptete er in jenem Schreiben nicht, und die korrigierte Steuereinschätzung ersetzt das fehlende Revisionsgesuch nicht, zumal sie keinerlei Hinweise auf die Bilanzfälschungen und den damit zusammenhängenden Revisionsgrund enthält. Ein formgültiges, ausreichend begründetes Revisionsgesuch kann mit der Vorinstanz erst in der Eingabe des Beschwerdeführers vom 24. Dezember 2004 an die Ausgleichskasse erblickt werden, worin er auf die als Folge der Bilanzfälschungen der Muttergesellschaft Y._/USA unrichtige Bewertung der von der Ausgleichskasse als massgebenden Lohn erfassten Mitarbeiteroptionen hinwies.
3.2 Dieses Revisionsgesuch war klar verspätet. Bereits einem Schreiben der Vertreterin des Beschwerdeführers an das kantonale Steueramt vom 11. Februar 2003 lässt sich entnehmen, dass diesem die Bilanzfälschungen und weitere strafbare Handlungen der Y._/USA mit Auswirkungen auf den Wert der Optionen bis ins Jahr 1999 zurück bekannt waren. Nachdem diese kriminellen Handlungen der Organe der Muttergesellschaft seiner früheren Arbeitgeberin nach Ansicht des Beschwerdeführers einen Revisionsgrund darstellen, indem die Mitarbeiteroptionen von Anfang an wertlos waren, was indessen erst nachträglich festgestellt werden konnte, hätte er innert 90 Tagen nach Entdeckung des behaupteten Revisionsgrundes das Revisionsbegehren gemäss Art. 67 Abs. 1 VwVG schriftlich bei der Ausgleichskasse einreichen müssen. Dies hat er unterlassen und stattdessen innert Frist lediglich am 8. Mai 2003 der Ausgleichskasse die Neueinschätzung seines Einkommens für die Jahre 1999/2000 durch das Steueramt zugestellt, ohne einen Revisionsgrund wenigstens zu behaupten.
Da das Revisionsgesuch vom 24. Dezember 2004 erst mehr als 1 1/2 Jahre nach Ablauf der 90tägigen Revisionsfrist eingereicht wurde, hätte die Ausgleichskasse dieses mittels Nichteintretens erledigen müssen. Die Stichhaltigkeit des geltend gemachten Revisionsgrundes braucht zufolge Fristversäumnisses nicht geprüft zu werden.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1600.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der V._ AG schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer