Sachverhalt:
A. Gegen X._ wurde mit Anklageschrift vom 6. Juni 2006 beim Bezirksgericht Meilen Anklage erhoben. Die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich wirft ihm Urkundenfälschung im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 StGB vor. X._ sei Revisor verschiedener von Y._ beherrschten Gesellschaften gewesen, darunter die Société de Gestions Financières Monetar SA (am 18. Februar 1999 umgewandelt in die Société de Gestions Financières Monetar S.à.r.l., im Folgenden: Monetar). Er habe "auf dem Gebiet des Kantons Zürich, dabei vornehmlich handelnd in den Büroräumlichkeiten der Firma Betschon Treuhand AG an der Aargauerstrasse 250 in 8048 Zürich" Revisionsberichte für die Monetar verfasst und dabei für die Geschäftsjahre 1992 bis 1999 bestätigt, dass die Jahresrechnung Gesetz und Statuten entspreche. Er habe es indessen unterlassen, Bestand und Bonität aller Debitoren und Kreditoren zu prüfen. Es sei deshalb unentdeckt geblieben, dass das Guthaben der Monetar gegenüber einem ihrer Debitoren nicht wie ausgewiesen Fr. 11 Mio., sondern lediglich Fr. 3 Mio. betragen habe.
Gegen Y._ selbst hatte die Staatsanwaltschaft wegen Veruntreuung, Betrug und Urkundenfälschung ermittelt. Mit Verfügung vom 6. Juni 2006 stellte sie die Untersuchung wegen fehlender Vernehmungs- und Verhandlungsfähigkeit ein. Y._ verstarb am 3. Dezember 2006.
Der Präsident des Bezirksgerichts Meilen setzte den Entscheid über die Zulassung der Anklage gegen X._ aus und forderte von der Anklägerin eine Begründung für den Gerichtsstand. Die Staatsanwaltschaft legte dar, im relevanten Zeitraum hätten sich sowohl der Sitz der Monetar wie auch der Wohnsitz von Y._ in Küsnacht befunden. Bei Einleitung der Strafuntersuchung sei deshalb vom (Haupt-)Handlungsort Küsnacht und damit vom Gerichtsstand Meilen auszugehen gewesen, zumal die Y._ und X._ vorgeworfenen Taten sachlich zusammenhingen. Weil der Gerichtsstand von der Einstellung der Untersuchung nicht berührt werde, sei weiterhin das Bezirksgericht Meilen örtlich zuständig. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Meilen hielt diese Einschätzung für unzutreffend und überwies das Verfahren an das Bezirksgericht Zürich. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Zürich überwies das Verfahren an das Bezirksgericht Meilen zurück, wo der Einzelrichter in Strafsachen die Anklage wegen fehlender örtlicher Zuständigkeit definitiv nicht zuliess. Auf einen gegen die Nichtzulassung der Anklage gerichteten Rekurs von X._ trat das Obergericht des Kantons Zürich nicht ein. Mit Präsidialverfügung vom 30. Mai 2008 liess schliesslich der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Zürich die Anklage zu. X._ erhob gegen diese Verfügung Rekurs. Mit Beschluss vom 28. Juli 2008 wies das Obergericht des Kantons Zürich das Rechtsmittel ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 12. September 2008 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und es sei die örtliche Zuständigkeit des Bezirksgerichts Meilen festzustellen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht des Kantons Zürich und die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die im Rahmen der Anklagezulassung bejahte örtliche Zuständigkeit. Es handelt sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid über die Zuständigkeit im Sinne von Art. 92 Abs. 1 BGG. Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache (Urteil des Bundesgerichts 1B_151/2008 vom 17. November 2008 E. 1 mit Hinweisen; vgl. auch BGE 119 Ib 412 E. 2a S. 414 mit Hinweisen). Gegen einen Entscheid betreffend die Anklagezulassung in einem Strafverfahren ist die Beschwerde in Strafsachen gemäss Art. 78 ff. BGG gegeben. Das Bundesgericht kann nach Art. 107 Abs. 2 BGG bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden. Deshalb ist der Antrag, es sei die örtliche Zuständigkeit des Bezirksgerichts Meilen festzustellen, zulässig. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Anwendung von Art. 340 und 343 StGB (Art. 9 BV) und eine Verletzung des Anspruchs auf den verfassungsmässigen Richter (Art. 30 Abs. 1 BV). Die zulässigen Beschwerdegründe sind in Art. 95 BGG aufgeführt. Über die Verletzung verfassungsmässiger Rechte hinaus kann allgemein die Verletzung von Bundesrecht geltend gemacht werden (lit. a). Bei der Beurteilung der vom Beschwerdeführer gerügten Verletzung von Art. 340 und 343 StGB ist das Bundesgericht somit nicht auf eine Willkürprüfung beschränkt.
2. 2.1 Für die Bestimmung der örtlichen Zuständigkeit gemäss Art. 340 ff. StGB ist vom Tatvorwurf auszugehen, es sei denn, dieser erweise sich von vornherein als haltlos (BGE 128 IV 145 E. 2e S. 152 f.; 98 IV 60 E. 2 S. 63 mit Hinweis). Art. 340 ff. StGB bestimmen nebst der interkantonalen auch die innerkantonale örtliche Zuständigkeit (BGE 127 IV 135 E. 2e S. 139; 113 Ia 165 E. 3 und 4a S. 168 f.; je mit Hinweisen). Im Vordergrund steht dabei der Gerichtsstand des Begehungsorts (Art. 340 StGB). Davon abweichend regelt Art. 343 StGB den Gerichtsstand der Teilnehmer. Danach sind zur Verfolgung und Beurteilung der Anstifter und Gehilfen die Behörden zuständig, denen die Verfolgung und Beurteilung des Täters obliegt (Abs. 1). Sind an der Tat mehrere als Mittäter beteiligt, so sind die Behörden des Ortes zuständig, wo die Untersuchung zuerst angehoben wurde (Abs. 2).
2.2 Gemäss Art. 262 BStP (SR 312.0) kann die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts die Zuständigkeit bei Teilnahme mehrerer an einer strafbaren Handlung anders als in Artikel 349 (heute: Art. 343) StGB bestimmen. Und gemäss Art. 263 BStP kann sie die Zuständigkeit beim Zusammentreffen mehrerer strafbarer Handlungen anders als in Art. 350 (heute: Art. 344) StGB bestimmen. In analoger Anwendung berechtigen die beiden Bestimmungen auch zur Abweichung vom Gerichtsstand des Art. 340 StGB (BGE 128 IV 23 E. 1 und 3d S. 23 ff.; 69 IV 40 S. 43; mit Hinweisen). Vom gesetzlichen Gerichtsstand können - wiederum auf dem Wege der analogen Anwendung von Art. 262 und 263 BStP - auch die Kantone durch Vereinbarung abweichen. Vorausgesetzt ist, dass sie damit nicht das ihnen zustehende weite Ermessen überschreiten und diesem Vorgehen nicht die Interessen des Verletzten entgegenstehen (BGE 119 IV 250 E. 3c S. 253 mit Hinweis). Die Möglichkeit der Anfechtung eines in Abweichung vom gesetzlichen Gerichtsstand durch Vereinbarung (bzw. Anerkennung) der Kantone bestimmten Gerichtsstands durch den Beschuldigten ist insofern beschränkt (vgl. BGE 117 IV 90 E. 4a S. 94 f. mit Hinweisen).
Als Ausnahmebestimmungen sind Art. 262 und 263 BStP indessen zurückhaltend anzuwenden. Die Gründe für ein Abweichen vom Regelgerichtsstand müssen triftig sein. Leitgedanke ist die richtige und rasche Anwendung des materiellen Rechts. Zu berücksichtigen sind insbesondere Zweckmässigkeits-, Wirtschaftlichkeits- und prozessökonomische Gesichtspunkte, in besonders gelagerten Fällen ferner der Wohnort oder die Sprache des Beschuldigten oder eine zweckmässige Beweisführung (vgl. BGE 129 IV 202 E. 2 S. 203 f. mit Hinweisen).
Die Voraussetzungen, unter welchen vom Regelgerichtsstand bzw. von einem von der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts oder von den beteiligten Kantonen vereinbarten Gerichtsstand abgewichen werden kann, entwickelte das Bundesgericht vor allem anhand interkantonaler Kompetenzkonflikte (vgl. BGE 129 IV 202 E. 2 S. 203; 124 IV 134 E. 2 S. 134 ff.; 119 IV 102 E. 4a und b S. 104; 96 IV 91 E. 1 S. 93 f.; je mit Hinweisen). Sie können nicht unbesehen auf innerkantonale Verhältnisse übertragen werden (wobei das Bundesgericht den gegenteiligen Standpunkt immerhin als nicht schlechthin unhaltbar, d.h. willkürlich bezeichnete, BGE 113 Ia 165 E. 4c/cc S. 170 f.). Insbesondere spielen im innerkantonalen Bereich prozessökonomische Gesichtspunkte eine geringere Rolle, und dies nicht nur dann, wenn wie im vorliegenden Fall eine für den gesamten Kanton zuständige Behörde die Untersuchung führt. Auch die Interessen der Parteien, welche im interkantonalen Bereich durch die unterschiedliche Strafgerichtspraxis, die Entfernung vom Wohnort und die Gerichtssprache tangiert werden können, fallen in der Regel weniger ins Gewicht (vgl. BGE 113 Ia 165 E. 4c/cc S. 171; 91 IV 107 E. 2 S. 111).
2.3 Gemäss den Anklageschriften vom 6. Juni 2006 (zu Handen des Einzelrichters in Strafsachen des Bezirksgerichts Meilen) und vom 8. Januar 2007 (zu Handen des Einzelrichters in Strafsachen des Bezirksgerichts Zürich) wird dem Beschwerdeführer Urkundenfälschung im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 StGB vorgeworfen. Ihnen ist nicht zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer als Anstifter, Gehilfe oder Mittäter gehandelt haben sollte. Die Darstellung des Beschwerdeführers, dass er "immer ... als Mittäter, als Mitangeschuldigter von Y._" behandelt worden sei, trifft nicht zu. Eine (analoge) Anwendung von Art. 343 StGB auf Nebentäter fällt angesichts der Möglichkeit der Abweichung vom Regelgerichtsstand gemäss Art. 262 f. BStP nicht in Betracht (vgl. E. 2.2 hiervor sowie BGE 98 IV 147; anders: Urteil des Kassationsgerichts des Kantons Zürich vom 23. August 2002, in: ZR 102/2003 S. 29 mit Hinweisen).
Es bleibt deshalb beim Gerichtsstand des Begehungsorts gemäss Art. 340 StGB. In den vom Beschwerdeführer verfassten Revisionsberichten für die Geschäftsjahre 1992 bis 1999 ist als Ausstellungsort Zürich angegeben. Es ist deshalb anzunehmen, dass sie dort geschrieben und unterzeichnet wurden. Schon aus diesem Grund ist davon auszugehen, dass der Ausführungsort der vorgeworfenen Urkundenfälschung in Zürich liegt (vgl. BGE 122 IV 162 E. 5 S. 170 f.). Die Vorinstanz weist zudem darauf hin, dass in den Büroräumlichkeiten der Revisionsgesellschaft in Zürich diverse Unterlagen zu den Gesellschaften von Y._ sichergestellt worden seien. Man könne annehmen, dass eine Revisionsgesellschaft ihre Tätigkeit in ihren Büroräumen ausführe, wo ihr ja auch die notwendigen Unterlagen zugestellt worden seien.
Das Bedürfnis nach einer einheitlichen Beweiswürdigung und einem zweckmässigen, ökonomischen Verfahren mögen ursprünglich für eine gemeinsame Beurteilung des Beschwerdeführers und von Y._ am Bezirksgericht Meilen gesprochen haben. Mit der Einstellung des Verfahrens gegenüber Y._ sind diese Gründe jedoch weggefallen. Der Aufgabenbereich der die Untersuchung führenden Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich erstreckt sich auf den ganzen Kanton. Ihre Zuständigkeit ist damit unabhängig von der vorliegenden Gerichtsstandsfrage. Triftige Gründe, die gemäss der Praxis zu Art. 262 f. BStP (vgl. E. 2.2) ein Abweichen vom Gerichtsstand des Begehungsorts gebieten würden, bestehen nicht.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass Art. 340 und 343 StGB durch den angefochtenen Entscheid nicht verletzt wurden. Damit ist auch eine Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV) und des Anspruchs auf den verfassungsmässigen Richter (Art. 30 Abs. 1 BV) zu verneinen. Die Beschwerde erweist sich deshalb als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft III und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold