Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Im angefochtenen Entscheid wurde eine Beschwerde des Beschwerdeführers abgewiesen, die sich dagegen richtete, dass auf eine Einsprache gegen einen Strafbefehl infolge Verspätung nicht eingetreten wurde. Die Vorinstanz begründet, weshalb der Einwand des Beschwerdeführers, er habe im Oktober 2011 ausser Haus übernachtet und seine Frau habe ihm die Zustellung des Strafbefehls vorenthalten, nicht durchdringe (Entscheid, S. 3, 5 f.). Mit dem vor Bundesgericht wiederholten Vorbringen vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, dass die Auffassung der Vorinstanz gegen das Recht im Sinne von Art. 95 BGG verstossen könnte. Insoweit genügt die Beschwerde den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Mit dem sinngemäss geäusserten Anliegen um Kostenerlass hat sich der Beschwerdeführer an die Vorinstanz oder die zuständige kantonale Behörde zu wenden.
2. Auf eine Kostenauflage vor Bundesgericht kann ausnahmsweise verzichtet werden. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist damit gegenstandslos geworden.
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Juli 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill