Sachverhalt:
A. Die Z._ AG betrieb in ihrer Wohn- und Geschäftsliegenschaft an der D._-Strasse 142 in E._ eine Confiserie, eine Bäckerei und einen Tea-Room. Die Aktien der Z._ AG werden mehrheitlich von der Familie L._ gehalten. Die Familie C._ verfügt über eine Minderheitsbeteiligung.
Art. 2 der Statuten der Z._ AG sieht vor, dass die Gesellschaft die Führung einer Confiserie, Bäckerei und eines Tea-Rooms bezweckt, dass sie alle Geschäfte eingehen und Verträge abschliessen kann, die geeignet sind, den Zweck der Gesellschaft zu fördern, oder die direkt oder indirekt damit in Zusammenhang stehen und dass sie ferner Zweigniederlassungen im In- und Ausland errichten und sich an anderen Unternehmungen beteiligen oder sich mit diesen zusammenschliessen kann. Weiter kann die Gesellschaft Liegenschaften und Grundstücke erwerben, veräussern, verwalten, vermieten und überbauen.
Am 31. März 2004 schloss die Z._ AG, handelnd durch ihre Verwaltungsräte F.L._, G._ und H.L._, mit der Kollektivgesellschaft Y._ (Beschwerdeführerin), vertreten durch I.L._ und K.L._, unter dem Titel "Mietvertrag" einen Pachtvertrag ab. Gemäss diesem Vertrag überliess die Z._ AG die von ihr bisher zur Führung ihres Geschäfts benutzten Räumlichkeiten der Beschwerdeführerin zur Nutzung, dies gegen einen Pachtzins von 5.5 % des Nettoumsatzes exkl. MwSt. zuzüglich Fr. 1000.-- pro Monat für die Heizung. Der Vertrag wurde auf eine feste Dauer vom 1. Mai 2004 bis zum 30. April 2009 abgeschlossen und im Grundbuch der Gemeinde E._ vorgemerkt.
Am 12. Juli 2004 wurde die Wohn- und Geschäftsliegenschaft der Z._ AG im Rahmen einer Grundpfandversteigerung auf A.C._ und B.C._ (Beschwerdegegner) übertragen. Diese kündigten der Beschwerdeführerin den Pachtvertrag am 14. September 2004 mit amtlichem Formular per 31. März 2005.
B. Am 11. Oktober 2004 focht die Beschwerdeführerin die Kündigung vom 12. Juli 2004 bei der Schlichtungsbehörde für Mietsachen des Bezirks Plessur an. Die Beschwerdegegner beantragten, der Vertrag vom 31. März 2004 sei ungültig zu erklären, eventualiter sei die Anfechtung der Kündigung abzuweisen. Nach erfolgloser Schlichtungsverhandlung hob die Schlichtungsbehörde die angefochtene Kündigung mit Entscheid vom 26. November 2004 auf.
Am 25. Februar 2005 klagten die Beschwerdegegner beim Bezirksgericht Plessur gegen die Beschwerdeführerin mit dem Begehren, der Vertrag vom 31. März 2004 sei für ungültig zu erklären. Das Bezirksgericht hiess die Klage mit Urteil vom 26. Oktober 2007 gut. Eine dagegen erhobene Berufung der Beschwerdeführerin wies das Kantonsgericht von Graubünden am 11. Juni 2008 ab.
C. Die Beschwerdeführerin erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Begehren, das Urteil des Kantonsgerichts von Graubünden vom 11. Juni 2008 sei aufzuheben und die Klage auf Ungültigerklärung des "Mietvertrages" vom 31. März 2004 sei abzuweisen. Der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Die Beschwerdegegner beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen und ihr sei die aufschiebende Wirkung zu verweigern. Das Kantonsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme zur aufschiebenden Wirkung und verlangt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
1. Die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig, da sie sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) eines oberen kantonalen Gerichts (Art. 75 BGG) betreffend eine Zivilsache (Art. 72 BGG) richtet und der erforderliche Streitwert von Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) erreicht ist. Die für mietrechtliche Fälle tiefere Streitwertgrenze von 15'000 Franken nach Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG findet auf die Pacht keine Anwendung (Urteil 4A_395/2008 vom 20. Oktober 2008 E. 1.2).
1.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.3; 133 III 350 E. 1.3).
1.2 Soweit die Beschwerdeführerinnen in ihrer Beschwerdebegründung von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichen, ohne substantiiert Ausnahmen von der Sachverhaltsbindung gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG geltend zu machen, haben ihre Vorbringen unbeachtet zu bleiben. Dies gilt für die Angabe, die Beschwerdegegner hätten, nachdem sie Kenntnis vom Pachtvertrag hatten, dem Verwaltungsrat der Z._ AG mitgeteilt, eine Vermietung des Betriebes hätte viel früher vorgenommen werden müssen.
2. 2.1 Der Verwaltungsrat vertritt die Gesellschaft nach aussen. Bestimmen die Statuten oder das Organisationsreglement nichts anderes, so steht die Vertretungsbefugnis jedem Mitglied des Verwaltungsrats einzeln zu (Art. 718 Abs. 1 OR). Nach Art. 718a Abs. 1 OR sind die zur Vertretung befugten Personen ermächtigt, im Namen der Aktiengesellschaft alle Rechtshandlungen vorzunehmen, die der Gesellschaftszweck mit sich bringen kann. Diese Vorschrift wird zum Schutz gutgläubiger Dritter weit ausgelegt. Unter Rechtshandlungen, die der Gesellschaftszweck mit sich bringen kann, sind nicht bloss solche zu verstehen, die der Gesellschaft nützlich sind oder in ihrem Betrieb gewöhnlich vorkommen; erfasst sind vielmehr ebenfalls ungewöhnliche Geschäfte, sofern sie bei einer abstrakten Betrachtungsweise auch nur möglicherweise im Gesellschaftszweck begründet sind, d.h. durch diesen zumindest nicht geradezu ausgeschlossen werden (BGE 116 II 320 E. 3a; 111 II 284 E. 3b S. 288 f.; je mit Hinweisen). Rechtsgeschäfte, welche die Gesellschaft dem Wesen nach verändern, führen zu einer Änderung des Gesellschaftszwecks und sind daher von diesem nicht mehr gedeckt. Dies trifft auf ein Rechtsgeschäft zu, das eine Betriebsgesellschaft in eine Verwaltungs- und Holdinggesellschaft umwandelt (BGE 100 II 384 E. 2b S. 390 f.). Dasselbe gilt für die Veräusserung des gesamten Betriebes mit allen Aktiven der Gesellschaft (BGE 116 II 320 E. 3a). Die Beschränkung der Vertretungsmacht auf Rechtshandlungen, die der Verfolgung des Gesellschaftszwecks dienen können, kann entfallen, wenn die Aufgabe dieses Zwecks zufolge Überschuldung der Gesellschaft unausweichlich ist. Diesfalls kann der Verwaltungsrat zur Verhinderung drohenden Schadens bzw. zur Erhaltung des Betriebs dem ursprünglichen Gesellschaftszweck widersprechende Massnahmen treffen, soweit diese dringend sind und daher unter Berücksichtigung der Einberufungsfrist von mindestens 20 Tagen (Art. 700 Abs. 1 OR) nicht von der Generalversammlung beschlossen werden können (BGE 116 II 320 E. 3a S. 323 f.).
2.2 Das Kantonsgericht kam zum Ergebnis, der Pachtvertrag sei vom Gesellschaftszweck der Z._ AG nicht mehr gedeckt gewesen. Zwar treffe zu, dass gemäss den Statuten die Vermietung von Liegenschaften und Grundstücken durch die Gesellschaft zulässig sei. Eine solche Vermietung dürfe aber nicht dazu führen, dass der eigentliche Gesellschaftszweck vereitelt werde. Genau dies sei vorliegend aber der Fall, führe infolge des Vertragsschlusses doch die Z._ AG ihren Betrieb nicht mehr selber weiter. Eine Weiterführung des Betriebs durch die Z._ AG in anderen Räumlichkeiten habe nie zur Diskussion gestanden. Der Vertragsabschluss habe damit erkennbar der Beendigung der bezweckten Geschäftstätigkeit gedient. Eine Gesellschaft könne zwar ihren Zweck ändern, was jedoch einen Beschluss der Generalversammlung verlange. Im vorliegenden Fall sei der fragliche Pachtvertrag weder im Vorfeld des Vertragsabschlusses noch nachträglich der Generalversammlung unterbreitet worden, so dass nicht von einer nachträglichen Genehmigung ausgegangen werden könne. Zur Zeit des Vertragsabschlusses habe die Versteigerung der Wohn- und Geschäftsliegenschaft der Z._ AG kurz bevorgestanden, weshalb der Abschluss eines Pachtvertrages damals der Gesellschaft keinen Nutzen mehr gebracht habe. Vielmehr hätte der Vertrag den Verwertungserlös der Liegenschaft schmälern können. Unter diesen Umständen sei entgegen der Annahme der Beschwerdeführerin nicht zu erwarten gewesen, dass in der Generalversammlung das für eine Änderung des Gesellschaftszwecks erforderliche Quorum erreicht worden wäre. Jedenfalls liege kein entsprechender Beschluss der Generalversammlung vor, und es werde zu Recht nicht geltend gemacht, dass diese nicht rechtzeitig hätte Beschluss fassen können.
2.3 Die Beschwerdeführerin rügt, entgegen der Ansicht der Vorinstanz sei der Gesellschaftszweck durch die Verpachtung der Geschäftsräumlichkeiten nicht vereitelt worden, da eine Weiterführung des Geschäftsbetriebs in anderen Räumlichkeiten nach objektiven Kriterien möglich gewesen wäre.
2.4 Gemäss den verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen hatte der Pachtvertrag zur Folge, dass der Confiserie-, Bäckerei- und Tea-Room-Betrieb der Z._ AG durch eine andere Gesellschaft weitergeführt wurde. Damit bewirkte der Pachtvertrag erkennbar die Aufgabe des statutarisch vorgesehenen Zwecks der Führung eines solchen Betriebs. Die Vermietung von Liegenschaften war nach den Statuten zwar zulässig, aber nicht als Gesellschaftszweck, sondern nur als Mittel dazu. Die Vorinstanz hat demnach bundesrechtskonform angenommen, der Pachtvertrag sei mit dem statutarisch festgelegten Zweck der Z._ AG nicht vereinbar gewesen.
2.5 Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, da das Führen einer Confiserie, einer Bäckerei und eines Tea-Rooms auf Grund der bevorstehenden Versteigerung der Geschäftsliegenschaft ohnehin nicht mehr habe erreicht werden können, habe sich die Vertretungsmacht des Verwaltungsrats gemäss BGE 116 II 320 nicht mehr am Geschäftszweck, sondern an den Interessen der Beschäftigten, der Gläubiger sowie am Allgemeinwohl auszurichten. Der Pachtvertrag sei diesen Interessen gerecht geworden, da die Pächterin sämtliche Arbeitsverträge der Z._ AG übernommen und die Zukunft der für E._ wichtigen Confiserie gesichert habe. Es wäre wenig sinnvoll gewesen, die Frage der Verpachtung der Generalversammlung vorzulegen, da anzunehmen gewesen sei, die Aktionäre der Familie C._, welche 29 von 60 Aktien halten, hätten schon aus Prinzip dagegen gestimmt.
2.6 Mit diesen Ausführungen lässt die Beschwerdeführerin ausser Acht, dass das Bundesgericht gemäss BGE 116 II 320 mit dem Gesellschaftszweck nicht vereinbare Handlungen des Verwaltungsrats nur soweit zulässt, als dringender Handlungsbedarf besteht und eine rechtzeitige Einberufung einer Generalversammlung nicht mehr möglich ist (vgl. E. 2.1 hiervor). Gemäss den verbindlichen Feststellungen des Kantonsgerichts war jedoch eine rechtzeitige Einberufung durchaus möglich. Demnach hat es - unabhängig davon, ob die Generalversammlung den Pachtvertrag genehmigt hätte - bundesrechtskonform erkannt, dieser Vertrag habe ausserhalb der Vertretungsmacht des Verwaltungsrats der Z._ AG gelegen.
2.7 Nach dem Gesagten kommt der Erwägung des Kantonsgerichts, wonach der Verwaltungsrat der Z._ AG den Pachtvertrag auch deshalb nicht habe abschliessen dürfen, weil sich dieser Abschluss als interessen- und pflichtwidriges Verhalten erweise, keine entscheiderhebliche Bedeutung zu. Auf die gegen diese Eventualerwägung gerichtete Kritik der Beschwerdeführerin ist daher nicht einzutreten.
3. 3.1 Weiter erwog das Kantonsgericht, die Beschwerdegegner seien mit der Ersteigerung der Liegenschaft am 12. Juli 2004 bezüglich des Pachtvertrages gemäss Art. 261 Abs. 1 OR in Verbindung mit Art. 290 OR in die Stellung der Z._ AG als Verpächterin eingetreten. Als ihre Rechtsnachfolgerin und Partei des umstrittenen Vertrags seien die Beschwerdegegner legitimiert, die Nichtigkeit des Vertrages geltend zu machen. Daraus, dass die Beschwerdegegner die Liegenschaft mit dem im Grundbuch vorgemerkten Pachtvertrag ersteigert hätten, könne nicht auf dessen Genehmigung geschlossen werden. Noch vor der Ersteigerung hätten die Beschwerdeführer mit Schreiben vom 6. Mai 2004 geltend gemacht, die Generalversammlung hätte der Verpachtung zustimmen müssen. Im Schreiben vom 1. Juli 2004 sei erneut auf die Gesetzwidrigkeit der Verpachtung hingewiesen worden. Unter diesen Umständen sei eine stillschweigende Genehmigung des fraglichen Vertrags zu verneinen. Daran ändere nichts, dass die Beschwerdegegner den Vertrag am 14. September 2004 gekündigt hätten.
3.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, selbst wenn der Verwaltungsrat der Z._ AG seine Vertretungsmacht beim Abschluss des Pachtvertrages überschritten hätte, wäre dieser nicht nichtig, sondern bloss anfechtbar. Durch die Versteigerung der Liegenschaft sei das Pachtverhältnis zwar auf die Beschwerdegegner als Erwerber übergegangen. Als solche könnten sie sich jedoch nicht auf die Ungültigkeit des Pachtvertrages berufen, weil sie das fragliche Grundstück gemäss den Steigerungsbedingungen mit Wissen um den Pachtvertrag ersteigert hätten, ohne diese Bedingungen beanstandet zu haben. Der unverfälschte Ablauf des Steigerungsverfahrens wäre nicht gewährleistet, wenn Bieter mit Insiderwissen Verträge, welche übernommen werden müssen, später anfechten könnten.
3.3 Hat jemand, ohne dazu ermächtigt zu sein, als Stellvertreter einen Vertrag abgeschlossen, so wird der Vertretene nur dann Gläubiger oder Schuldner, wenn er den Vertrag genehmigt (Art. 38 Abs. 1 OR). Schliesst der Verwaltungsrat einer Aktiengesellschaft ausserhalb seiner Vertretungsmacht Rechtsgeschäfte, so hat die Genehmigung durch die Generalversammlung zu erfolgen (ROLF WATTER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 2. Aufl. 1996, N. 2 zu Art. 718a OR). Ein ohne Ermächtigung abgeschlossenes Vertretungsgeschäft braucht nicht angefochten zu werden, sondern fällt mangels Genehmigung dahin (BGE 78 II 283 E. 3 S. 285; Urteil 4C.150/1999 vom 3. August 1999 E. 5 mit Hinweisen). Zur Genehmigung sind der Vertretene oder seine Rechtsnachfolger berechtigt (ROGER ZÄCH, Berner Kommentar, 1990, N. 45 zu Art. 38 OR). Die Genehmigung ist grundsätzlich an keine Form gebunden und kann auch konkludent erfolgen. Sie muss sich jedoch inhaltlich auf das Geschäft beziehen, wie es vom vollmachtlosen Stellvertreter abgeschlossen worden ist. Stillschweigen kann dabei nur dann als Genehmigung ausgelegt werden, wenn ein Widerspruch möglich und zumutbar war. Voraussetzung ist, dass der Geschäftspartner in guten Treuen davon ausgehen konnte, der Vertretene werde bei fehlendem Einverständnis widersprechen, und dessen Stillschweigen daher nach Treu und Glauben als Zustimmung auffassen durfte (BGE 124 III 355 E. 5a S. 361; 93 II 302 E. 4 und 5 S. 307; Urteil 4C.335/1999 vom 25. August 2000 E. 4a/cc; Urteil 4C.206/2002 vom 1. Oktober 2002 E. 2.3). Das Bundesgericht hat erkannt, von einem Ersteigerer könne nicht verlangt werden, den unklaren Bestand eines in den Steigerungsbedingungen aufgeführten Vorkaufsrechts bereits anlässlich der Versteigerung zu bestreiten, da kaum anzunehmen sei, die Versteigerungsbehörde würde deswegen die entsprechende Bestimmung in den Steigerungsbedingungen sofort streichen oder die Versteigerung bis zur weiteren Klärung der Rechtslage verschieben (BGE 115 II 331 E. 5d S. 340).
3.4 Die Beschwerdegegner hatten die Rechtswirksamkeit des Pachtvertrages von allem Anfang an bestritten und noch in den Schreiben an den Verwaltungsrat der Z._ AG vom 6. Mai und vom 1. Juli 2004, also vor der Versteigerung, darauf hingewiesen, dass für die Gültigkeit des Pachtvertrages ein Generalversammlungsbeschluss erforderlich gewesen wäre. Fest steht zudem, dass der Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin nahestand. Vor diesem Hintergrund durfte diese nicht in guten Treuen schliessen, die Beschwerdegegner hätten sich mit dem Pachtvertrag abgefunden, weil sie die Liegenschaft ersteigerten, ohne die Steigerungsbedingungen anzufechten. Vielmehr musste der Beschwerdeführerin klar sein, dass die Beschwerdegegner ihre Meinung über die Gültigkeit des Pachtvertrages auch bei einer Ersteigerung der Liegenschaft nicht ändern würden. Angesichts der Meinungsverschiedenheit über den rechtlichen Bestand des Pachtvertrages war den Beschwerdegegnern überdies nicht zuzumuten, die Unverbindlichkeit des Pachtvertrages im Rahmen des Steigerungsverfahrens geltend zu machen, weil damit die Rechtslage nicht geklärt worden wäre. Das Festhalten an der Ungültigkeit des Pachtvertrages erweist sich deshalb nicht als treuwidrig. Demnach hat das Kantonsgericht bundesrechtskonform angenommen, die Beschwerdegegner hätten den Pachtvertrag nicht dadurch genehmigt, dass sie gegen die Versteigerungsbedingungen keine Einwände erhoben haben. Daran vermag nichts zu ändern, dass für aussenstehende Dritte die Unverbindlichkeit des Pachtvertrages nicht ohne weiteres erkennbar war.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner mit insgesamt Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Gelzer