Faits:
A. A._ et B._ ont été domiciliés à C._ (VD) dans le canton de Vaud jusqu'en 2005. Ils sont actionnaires majoritaires et administrateurs de X._ SA, à D._ (FR), dotée d'un capital-actions de 100'000 fr. Le but de cette société est l'importation et le commerce de vivres et de spécialités en tous genres.
Au 30 juin 1999 et au 30 juin 2000, les chiffres d'affaires de X._ SA ont atteint 22'089'665 et 21'688'923 fr. Au 30 juin 2001 et au 30 juin 2002, ils ont atteint 20'829'151 fr. et 19'348'717 fr. Sur quatre ans, X._ SA a réalisé des bénéfices de 1'224'315 fr. au 30 juin 1999, 3'164'901 fr. au 30 juin 2000, 1'004'305 fr. au 30 juin 2001, respectivement 822'294 fr. au 30 juin 2002. Jusqu'en 2000 y compris, les intéressés n'ont perçu aucun dividende. En 1999 et en 2000, ils ont perçu un salaire de 260'000 fr. brut sans gratification. En 2001 et en 2002, la société leur a distribué un dividende extraordinaire de 250'000 fr. et, en sus de leur salaire, des parts variables (gratifications) de 170'000 fr. en 2001 et de 157'978 fr. en 2002.
Le 17 septembre 2003, A._ et B._ ont chacun déposé leur déclaration pour la période fiscale 2001-2002bis. Ils ont déclaré les dividendes de 250'000 fr. comme revenus extraordinaires.
Le 27 novembre 2003, l'Office d'impôt du district d'Avenches a arrêté les revenus extraordinaires faisant l'objet d'une taxation séparée pour l'impôt fédéral direct, cantonal et communal de chacun des intéressés à 420'000 fr. pour la période fiscale 2001 et à 407'900 fr. pour la période fiscale 2002. Ces revenus extraordinaires comprenaient les gratifications perçues par chacun des intéressés de 170'000 fr. pour 2001 et de 157'978 fr. pour 2002 que l'Office d'impôt du district d'Avenches a ajoutées aux dividendes annuels de 250'000 fr. déjà déclarés.
A._ et B._ ont chacun déposé une réclamation à l'encontre des décisions de taxation séparées. Les 23 et 27 janvier 2009, l'Administration cantonale des impôts a rejeté les réclamations et confirmé les décisions de taxation. Les intéressés ont recouru séparément contre les décisions sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), qui a ordonné la jonction des deux recours.
B. Par arrêt du 13 mai 2009, le Tribunal cantonal a rejeté les recours et confirmé les décisions sur réclamation des 23 et 27 janvier 2009. Les gratifications perçues par les intéressés en 2001 et 2002 constituaient des revenus extraordinaires au sens des art. 218 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct et 273 de loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11). Les intéressés exerçaient une influence déterminante sur la politique salariale de l'entreprise. Celle-ci avait modifié sa politique salariale, en inaugurant en 2001 et 2002 le versement en faveur des intéressés d'une gratification en sus de leur salaire, ce qui démontrait un changement dans l'aménagement de la source de revenu et ne correspondait pas à l'évolution des chiffres d'affaires et des bénéfices de X._ SA.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral de casser l'arrêt rendu le 13 mai 2009 par le Tribunal cantonal et de fixer à 250'000 fr. pour chacun d'eux les revenus extraordinaires faisant l'objet d'une taxation séparée pour l'impôt fédéral direct, cantonal et communal des périodes fiscales 2001 et 2002. Ils se plaignent de la violation des art. 218 LIFD et 273 LI/VD.
Le Tribunal cantonal renonce à répondre au recours. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale rendue dans une cause de droit public par une autorité supérieure de dernière instance cantonale qui concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible du moment que la notion de revenus extraordinaires est identique pour les deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 ss; cf. arrêt 2P.181/2005 du 8 février 2006, consid. 4.1 in Archives 77, p. 169, consid. 4.1; arrêt 2A.439/2002 du 16 septembre 2003 consid. 1.2.1 in RF 59/2004 p. 135, qui précise au surplus qu'il s'agit d'une matière harmonisée). Dans ces conditions, déposé en temps utile par les destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des art. 82 ss LTF, 146 LIFD et 73 al. 1 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts cantonaux et communaux (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire que le recourant s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 ss).
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, l'autorité de céans n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254 s.).
2.2 Les recourants font état de nombreux faits qui ne ressortent pas des constatations retenues par le Tribunal cantonal, sans exposer concrètement, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi l'arrêt attaqué est arbitraire à cet égard. Ces faits sont irrecevables. Il n'est par conséquent pas possible de les prendre en considération et de s'écarter des faits retenus par l'arrêt cantonal.
I. Impôt fédéral direct
3. 3.1 Selon l'art. 41 LIFD, les cantons sont libres, en dérogation à l'art. 40 LIFD, de fixer pour l'imposition dans le temps une période fiscale annuelle correspondant à une année civile. Sont alors valables les dispositions prévues au chapitre 3 (art. 208 à 220 LIFD) des dispositions transitoires. La loi fiscale vaudoise a introduit le système de taxation postnumerando annuelle, en remplacement du système de taxation praenumerando bisannuelle, pour les personnes physiques, dès la période fiscale 2003 (art. 271 et 272 LI/VD). Il s'ensuit que les deux années précédant ledit changement, soit 2001 et 2002, tombent dans la brèche de calcul pour l'imposition du revenu. Selon l'art. 218 al. 1 LIFD, pour la première période fiscale suivant la modification mentionnée à l'art. 41 LIFD, soit le passage au système annuel postnumerando, la taxation relative à l'impôt sur le revenu des personnes physiques est régie par le nouveau droit.
L'art. 218 al. 2 LIFD prévoit que les revenus extraordinaires réalisés durant les deux années précédentes ou lors d'un exercice clos au cours de ces années et qui tombent ainsi dans la brèche de calcul sont soumis à un impôt annuel entier pour l'année fiscale où ils ont été acquis, au taux correspondant à ces seuls revenus.
Sont en particulier considérés comme des revenus extraordinaires les prestations en capital, les revenus de fortune non périodiques, les gains de loterie et, par analogie avec l'art. 206 al. 3 LIFD, les revenus extraordinaires provenant d'une activité lucrative indépendante (art. 218 al. 3 LIFD).
3.2 Les gratifications ne sont pas expressément mentionnées par les art. 218 al. 3 LIFD. Il résulte néanmoins de la lettre de cette disposition que l'énumération des revenus extraordinaires qui y figure n'est pas limitative (cela découle du terme "en particulier"), mais uniquement exemplaire (entre autres arrêts: 2A.736/2006 du 18 septembre 2007, consid. 4.2 in RF 63/2008 p. 51).
3.3 Conformément à la circulaire n° 6 du 20 août 1999 de l'Administration fédérale des contributions concernant le passage pour les personnes physiques de la taxation bisannuelle praenumerando à la taxation annuelle postnumerando (Archives 68 p. 384 ss), dans le contexte d'une modification du système de l'imposition dans le temps, le caractère extraordinaire d'un revenu peut résulter:
- soit du caractère unique d'une prestation; en principe tout revenu unique est un revenu extraordinaire au sens de l'art. 218 LIFD. Il peut remplacer, ou non, des prestations périodiques (exemples: gain de loterie, indemnité obtenue lors de la renonciation ou de la cessation d'une activité, revenu de fortune non périodique, bénéfice de liquidation);
- soit du caractère extraordinaire d'un revenu par nature périodique. L'attribution de ce revenu au cours des années n-2 et n-1 est exceptionnelle, sort de l'ordinaire (exemples: dividende nettement supérieur aux dividendes des exercices précédents, indemnité pour prestations spéciales, gratification d'un montant exceptionnel);
- soit d'un changement dans l'aménagement de la source du revenu (exemples: provision dissoute ensuite du changement de méthode de comptabilisation, omission d'amortissements et de provisions justifiés par l'usage commercial, modification des conditions de rémunération d'une activité salariée).
Ces divers critères peuvent être combinés.
3.4 Selon la doctrine, les rémunérations versées par l'employeur au travailleur tombent dans la brèche de calcul, lorsque leur versement est stipulé dans le contrat et qu'elles font partie des revenus de l'activité lucrative régulièrement versés au contribuable. En principe, même les parts variables de la rémunération de l'activité lucrative dépendante tels que les bonus, gratifications ou provisions constituent, indépendamment de leur importance, des revenus ordinaires, dans la mesure où elles dépendent de la prestation du travailleur et sont décidées par des tiers. En revanche, il s'agit de revenus extraordinaires lorsque le destinataire est à même d'influer sur les modalités de l'attribution des bonus, gratifications ou provisions et de mettre ainsi volontairement à profit la brèche de calcul dans le but de diminuer l'imposition (Dieter Weber, in Zweifel/Athanas (éd.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, vol. I/2b, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), 2ème éd. Bâle 2008, n° 33c ad art. 218 LIFD, p. 1068; pour un exemple en relation avec l'attribution d'un bonus: Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 55 ad 218 LIFD, p. 1488 et les références citées).
Par conséquent, à l'instar de la jurisprudence rendue à propos des dividendes (arrêts 2A.736/2006 du 18 septembre 2007, consid. 4.2 in RF 63/2008 p. 51; 2A.301/2005 du 28 avril 2006 in StE 2006 B 65.4 no 22; 2A.439/2002 du 16 septembre 2003 in RDAF 2004 II p. 22 = StE 2004 B 65.4 no 15; 2A.92/2002 du 4 octobre 2002 in RDAF 2003 II p. 202 = Archives 73 p. 133), les critères principaux conduisant à une qualification de revenus extraordinaires sont en particulier le défaut de continuité de la politique d'attribution des parts variables de la rémunération de l'activité lucrative indépendante ainsi que la possibilité pour le contribuable d'influer sur les modalités d'attribution d'un revenu et de mettre ainsi à profit la brèche de calcul.
4. 4.1 En l'espèce, le Tribunal cantonal a jugé à bon droit que les gratifications en cause répondaient aux critères permettant de les qualifier de revenus extraordinaires. Les recourants étaient bien administrateurs et actionnaires majoritaires de X._ SA. Ils ont pu de ce fait influer sur l'attribution de la part variable de leur rémunération durant les années 1999 à 2002. La politique de rémunération de X._ SA - qui ne comprenait ni versement de dividendes ni gratifications, avait été constante jusqu'en 2000, puis modifiée pour 2001 et 2002, cette dernière ayant attribué à chacun des recourants non seulement des dividendes mais également des gratifications. La modification de la politique de rémunération n'a pas reflété l'évolution du chiffre d'affaires et des bénéfices de X._ SA. Les meilleurs chiffres d'affaires et bénéfices ont en effet été obtenus durant les années 1999 et 2000, tandis qu'ils ont subi un fléchissement durant les années 2001 et 2002. Or, c'est pour la première fois en 2001 et 2002, années qui correspondent à la brèche de calcul dans le canton de Vaud pour les impôts fédéral direct, cantonal et communal, que X._ SA a décidé d'attribuer aux recourants non seulement des dividendes, que ces derniers ont eux-mêmes qualifiés d'extraordinaires au sens des art. 218 al. 3 LIFD, 69 al. 3 LHID et 273 LI/VD, mais aussi des gratifications, alors que durant les années 1999 et 2000, cela n'a pas eu lieu. Dans ces conditions, les gratifications versées aux recourants durant les années 2001 et 2002 constituent des revenus extraordinaires soumis à un impôt fédéral, cantonal ainsi que communal annuel séparé.
4.2 Les recourants réitèrent en vain les objections qu'ils ont déjà formulées devant le Tribunal cantonal.
Ce dernier a écarté à bon droit l'objection des recourants selon laquelle X._ SA devait s'assurer de la continuité de son succès pour verser des gratifications. En effet, à bien suivre la réflexion des recourants, la baisse du chiffre d'affaires et des bénéfices de la société en 2001 et 2002 aurait dû en bonne logique conduire à renoncer à l'attribution des gratifications en cause, ce qui n'a pas eu lieu. Il fallait par conséquent une autre raison - que constitue l'avènement de la brèche de calcul en 2001 et 2002 - pour effectuer un tel versement.
De même, c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a jugé que l'attitude de l'autorité fiscale fribourgeoise, qui n'a pas qualifié les rémunérations en cause d'excessives dans le chapitre fiscal de X._ SA, n'avait aucune incidence sur la qualification des revenus des recourants d'extraordinaires. Il ne s'agissait pas du même contribuable et les notions juridiques étaient différentes.
Enfin, contrairement à ce que souhaitent les recourants, il ne suffit pas de ventiler les bénéfices thésaurisés durant les années antérieures en dividendes de substance d'une part, et, d'autre part, en gratifications, pour que les dernières soient nécessairement qualifiées de revenus ordinaires. Les critères de qualification étant mutatis mutandis les mêmes pour les dividendes de substance que pour les parts variables de rémunération de l'activité lucrative dépendante (cf. consid. 4.2 ci-dessus), les recourants adoptent un comportement contradictoire en admettant que les dividendes de 250'000 fr. qu'ils ont reçus en 2001 et 2002 constituent des revenus extraordinaires et en refusant que les gratifications de 170'000 fr. pour 2001 et de 157'978 fr. pour 2002 le soient aussi.
4.3 En jugeant que les gratifications perçues par les recourants en 2001 et 2002 constituaient des revenus extraordinaires qui devaient être soumis à un impôt fédéral direct annuel séparé, le Tribunal cantonal n'a ainsi pas violé le droit fédéral.
II. Impôt cantonal et communal
5. L'art. 273 LI/VD, qui a pour objet les revenus extraordinaires réalisés durant les années 2001 et 2002 a pratiquement la même teneur quant au traitement fiscal et à la définition de revenus extraordinaires que l'art. 218 al. 2 et 3 LIFD, dont le contenu correspond également à celui de l'art. 69 al. 2 et 3 LHID (arrêt 2P.181/2005 du 8 février 2006, consid. 4.1 in Archives 77, p. 169).
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives aux revenus extraordinaires et aux gratifications en cause s'appliquent aux impôts cantonal et communal. Par conséquent, le recours doit également être rejeté dans la mesure où il est recevable en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF), solidairement entre eux. Ils n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué à la représentante des recourants, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions Division principale DAT.
Lausanne, le 17 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey