Faits:
A. Au mois d'octobre 2008, X._, né en 1977 de nationalité française, a déposé un dossier de candidature au certificat complémentaire en géomatique 2009 organisé conjointement par la Faculté des sciences économiques et sociales et la Faculté des sciences de l'Université de Genève. Il a produit à cet effet copie de ses diplômes obtenus en France ainsi que son curriculum vitae dont il ressortait qu'il était étudiant à la Haute école pédagogique du canton de Vaud (HEP-VD) au sein de laquelle il avait réussi deux options à la session de janvier 2008, selon le relevé de notes du 20 janvier 2008.
B. Le 18 novembre 2008, sous la signature des directeurs du programme de certificats, les Facultés ont informé l'intéressé que le comité scientifique, après examen attentif du dossier, avait retenu sa candidature. Le 27 novembre 2008, ce dernier a déposé une demande d'immatriculation auprès de l'Université de Genève. Dans le formulaire, il a exposé qu'il y avait une opposition pendante auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud en lien avec la session d'examen de janvier 2008 au sein de la HEP-VD.
Le 19 décembre 2008, sous la signature du doyen, la Faculté des sciences économiques et sociales a décidé de ne pas autoriser l'inscription de l'intéressé au certificat en cause. Le parcours antérieur de ce dernier n'avait pas été clairement exposé et il avait passé sous silence la procédure judiciaire en cours. Par décision du 12 mars 2009, le Doyen de la Faculté des sciences économiques et sociales a rejeté l'opposition de l'intéressé interjetée contre la décision du 19 décembre 2008.
Le 6 avril 2009, X._ a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision du 12 mars 2009.
C. Par arrêt du 18 janvier 2011 (ATA/25/2011), notifié au mandataire suisse de X._, la Cour de justice, Chambre administrative, qui a remplacé le Tribunal administratif depuis le 1er janvier 2011, a rejeté le recours. A l'appui de son arrêt, elle expose que, dans le cadre du volumineux échange de correspondances avec l'Université, l'intéressé avait régulièrement indiqué ses changements d'adresse en France afin de pouvoir être joint par les autorités académiques, qu'il n'avait jamais émis de souhait par rapport aux modalités de notification. Au demeurant il n'avait pas été empêché de faire valoir ses droits en temps utile, de sorte que, s'il y avait eu une éventuelle irrégularité, elle n'avait pas eu d'effet préjudiciable. Sur le fond, les directeurs du programme n'avaient pas la compétence de prendre la décision du 18 novembre 2008. Du moment qu'il était établi que le procès-verbal de la HEP-VD du 8 février 2008 mentionnant des échecs à deux enseignements ne figuraient pas parmi les documents produits dans le dossier de candidature, ce dernier n'était délibérément pas complet, ce qui justifiait le refus d'autoriser l'inscription. Les informations fournies ultérieurement ne guérissaient pas le défaut puisqu'elles passaient sous silence l'objet du litige l'opposant à la HEP-VD.
D. Par mémoire du 28 février 2011, X._ demande en substance au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 18 janvier 2011 par la Cour de justice du canton de Genève, de déclarer nulle la décision de la Faculté des sciences économiques et sociales, de prononcer sa réintégration au certificat de géomatique dès le 1er janvier 2012 et de lui indiquer quelle instance est compétente pour connaître d'une procédure en dommages-intérêts. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échanges d'écritures.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions sur les résultats d'examens ou d'autres évaluations des capacités en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession (art. 83 let. t LTF). Comme le recourant se plaint du refus de l'autoriser à s'inscrire au certificat complémentaire en cause, le présent recours ne tombe pas sous le coup de l'art. 83 let. f LTF.
1.2 En vertu de l'effet dévolutif du recours auprès de la Cour de justice (art. 67 PA/GE; RSGE E 5 10), la conclusion tendant à déclarer nulle la décision de la Faculté des sciences économiques et sociales du 12 mars 2009 est irrecevable.
1.3 La conclusion tendant à l'indication de l'instance compétente pour connaître d'une procédure en dommages-intérêts sort du cadre du litige. Elle est par conséquent également irrecevable.
2. Le recourant soutient que la Cour de justice aurait dû prononcer la nullité de la décision rendue le 12 mars 2009 par le Doyen de la Faculté des sciences économiques et sociales qui lui a été notifiée en France par voie postale, ce qui constituerait un acte d'autorité publique sur territoire étranger.
2.1 De jurisprudence constante, le droit international coutumier exclut tout exercice de la puissance publique d'un Etat sur le territoire d'un autre Etat sans le consentement de ce dernier (arrêt 2A.49/1992 du 26 novembre 1992, consid. 2b in RDAT 1993 I n° 68 p. 175; cf. également Luzius Caflisch, Pratique suisse 1986, in ASDI 1987, p. 175).
2.2 En l'espèce, il n'est pas établi que la décision de refuser l'inscription du recourant au certificat complémentaire en cause constitue bien un acte de puissance publique selon le droit interne de la France, où la décision a été notifiée au recourant. Cette question peut demeurer indécise, du moment que l'éventuelle irrégularité de la notification de la décision du 12 mars 2009 a été guérie par la notification en bonne et due forme au mandataire du recourant de l'arrêt rendu le 18 janvier 2011 par la Cour de justice du canton de Genève (cf. arrêt 2A.49/1992 du 26 novembre 1992, consid. 2d in RDAT 1993 I n° 68 p. 175), qui revoit librement les décisions dont est recours (art. 61 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA/GE; RSGE E 5 10]). Dans ces conditions, il ne saurait y avoir en outre violation des art. 14 et 6 CEDH.
Les griefs du recourant sur ce point doivent être rejetés.
3. Invoquant l'art. 97 LTF et l'interdiction de l'arbitraire, le recourant soutient que la Cour de justice a établi de manière inexacte les faits de la cause et que la correction du vice aurait une influence sur le sort du litige.
3.1 Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit motiver conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF du moment que la notion de manifestement inexact équivaut celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
3.2 A l'appui de son arrêt, la Cour de justice a retenu qu'il était établi que le procès-verbal émanant de la HEP-VD du 8 février 2008 ne figurait pas dans le dossier de candidature déposé en octobre 2008. Or selon le recourant, un courrier du 12 août 2009 de l'Université de Genève sous la plume de Me Y._ et adressé au Tribunal administratif viendrait démentir cette constatation et conduirait à admettre que le dossier de candidature était complet, ce qui aurait pour effet de modifier le sort de la cause.
3.3 Le courrier du 12 août 2009 rédigé par Me Y._ contient le passage suivant sur lequel le recourant fonde ses allégations:
"D'où l'instruction complémentaire du gestionnaire de la DASE en charge du dossier; instruction qui aboutissait à la production d'un procès verbal émanant de la HEP du canton de Vaud, daté du 8 février 2008 également, dont il ressortait que Monsieur X._ était en échec pour plusieurs cours (pièce 8)."
Non seulement ce passage ne permet pas de savoir quel était l'autre document daté du 8 février 2008 "également", mais encore la suite du même courrier de Me Y._ montre que le dossier n'était effectivement pas complet puisqu'il est écrit que "le doyen [...] se trouvait dans l'obligation de prendre en compte cette différence de dossier et le fait que l'année d'étude au sein de la HEP du canton de Vaud s'était soldée par un échec." Enfin, l'arrêt de la Cour de justice se fonde aussi sur la constatation que le recourant n'a à aucun moment indiqué quel était l'objet du litige l'opposant à la HEP, ce que le recourant ne conteste pas. Cette dernière motivation de la Cour de justice montre que l'éventuelle correction du vice dénoncé par le recourant n'influencerait pas le sort de la cause. Le grief doit être rejeté. Il n'y a donc pas de motif de s'écarter des faits qui ont été retenus par l'instance précédente.
4. Sur le fond, l'arrêt attaqué fait application du droit cantonal en matière d'admission à l'Université de Genève.
4.1 Sauf dans les cas cités expressément par l'art. 95 LTF, le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits fondamentaux (ATF 135 III 513 consid. 4.3 p. 521/522; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il appartient toutefois au recourant d'invoquer ce grief et de le motiver d'une manière suffisante, de sorte qu'il ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux. Il doit donc préciser en quoi l'acte attaqué serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 20 consid. 5.2 p. 30 s.; 133 II 249 consid. 1.4 p. 254).
4.2 En l'espèce, le recourant n'expose pas concrètement en quoi la Cour de justice aurait appliqué le droit cantonal de manière arbitraire ou contraire à un autre droit constitutionnel, en particulier le droit à l'égalité de traitement. Ne répondant pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF en matière de droits constitutionnels, le grief est irrecevable.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Les conclusions du présent recours paraissaient d'emblée vouées à l'échec, de sorte qu'il y a lieu de rejeter la demande d'assistance judiciaire (cf. art. 64 LTF). Succombant, le recourant doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant par la voie diplomatique, au Recteur de l'Université de Genève, à la Faculté des Sciences de l'Université de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, 1ère Section.
Lausanne, le 22 mars 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey