Fatti:
A. Il 1° giugno 2005 A._ è stata assunta dalla B._SA come responsabile della capanna del laghetto del X._ per la stagione 2005, dopo che l'anno precedente aveva già collaborato presso il rifugio alpino in qualità di aiuto cucina e pulizia. Il contratto aveva durata determinata, fino al 30 settembre 2005, e prevedeva una retribuzione mensile lorda di fr. 5'000.--. In realtà, l'attività è iniziata il 27 maggio 2005 e si è protratta fino al 2 ottobre 2005; durante questo periodo la dipendente ha percepito fr. 20'350.-- netti. Al termine del rapporto di lavoro sono sorte divergenze sulla liquidazione delle sue pretese salariali.
B. Preso atto del fallimento dell'esperimento di conciliazione svoltosi dinanzi al Pretore del Distretto di Leventina, l'8 settembre 2006 A._ ha avviato dinanzi a questo medesimo giudice un'azione giudiziaria volta alla condanna della B._SA al pagamento di complessivi fr. 49'496.80, così composti: fr. 34'648.-- per lavoro straordinario; fr. 8'182.-- per giorni di riposo non goduti; fr. 1'666.-- per vacanze arretrate e fr. 5'000.-- per giorni festivi non concessi né compensati.
La B._SA ha avversato la petizione e ha posto in compensazione una pretesa di fr. 11'550.--, motivata con l'uso ingiustificato della teleferica da parte della dipendente e l'alloggio indebito di parenti nel rifugio.
Statuendo il 19 maggio 2008 il Pretore ha accolto la petizione limitatamente a fr. 2'347.80, oltre interessi al 5 % dal 15 maggio 2006, e respinto l'eccezione di compensazione.
C. Adita da entrambe le parti, con sentenza del 23 febbraio 2009 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha accolto parzialmente l'appello principale di A._, riconoscendole una pretesa salariale di fr. 8'579.20 per vacanze arretrate nonché giorni di riposo e festivi non goduti. Anche l'appello adesivo è stato accolto in misura parziale, con l'aumento dell'indennità per ripetibili di prima istanza da fr. 2'000.-- a fr. 3'500.--.
D. Il 3 marzo 2009 A._ è insorta davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere la modifica della sentenza cantonale nel senso dell'accoglimento integrale del suo appello e, pertanto, della sua pretesa di fr. 49'496.80, con conseguente riforma a suo favore anche dei giudizi su spese e ripetibili di prima e seconda istanza.
Né l'opponente né il Tribunale d'appello sono stati invitati a determinarsi sul ricorso.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 Ill 1 consid. 1.1 pag. 3).
Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario, concernente una controversia in materia di diritto del lavoro il cui valore litigioso supera fr. 15'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. a LTF), il ricorso risulta ricevibile.
2. Il tenore dell'allegato ricorsuale impone di rammentare i principi che reggono il ricorso in materia civile, prima di procedere all'esame degli argomenti ivi sollevati.
2.1 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF) che include i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 446 consid. 3.1), per cui è proponibile anche la censura di violazione del divieto dell'arbitrio (art. 9 Cost.) nell'applicazione del diritto cantonale (DTF 133 III 462 consid. 2.3 pag. 466).
2.2 II Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF), tenuto però conto dell'obbligo minimo di allegazione e motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (DTF 134 III 102 consid. 1.1 pag. 104).
Le esigenze di motivazione sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale. Il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.2), il cui campo di applicazione corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali: valgono pertanto le regole di motivazione che poneva l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (DTF 133 III 638 consid. 2). Ne discende che l'allegato ricorsuale deve indicare chiaramente i diritti che si pretendono violati e precisare altresì in che consista tale violazione; critiche appellatorie non sono ammissibili. In particolare, qualora sia lamentata la violazione del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.), non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata opponendovi semplicemente la propria opinione, come in una procedura d'appello, ma occorre dimostrare ch'essa è manifestamente insostenibile con un'argomentazione chiara e dettagliata (DTF 134 II 244 consid. 2.2; 133 III 638).
2.3 In linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti effettuato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF). Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (DTF 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF.
Nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere addotti soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF; cfr. DTF 133 III 393 consid. 3).
3. Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente chiede che il giudizio cantonale sia riformato nel senso dell'accoglimento integrale della domanda di petizione di fr. 49'496.80, dei quali il Tribunale di appello ha riconosciuto fr. 8'579.20. Nella motivazione pone tuttavia in discussione soltanto la pretesa di fr. 34'648.-- per la retribuzione di 976 ore di lavoro straordinario. L'esame è pertanto limitato a questo tema.
3.1 II Tribunale di appello, sovvertendo su questo punto la decisione del Pretore, ha stabilito preliminarmente che il rapporto di lavoro in rassegna soggiace al contratto collettivo nazionale di lavoro dell'industria alberghiera e della ristorazione, di obbligatorietà generale (CCNL 98). Riferendosi a dottrina e giurisprudenza ha in seguito posto a raffronto questa normativa con la regolamentazione legale concernente il lavoro straordinario. In primo luogo ha ricordato che giusta l'art. 321c CO tocca al dipendente dimostrare di aver prestato del lavoro straordinario; qualora lo abbia prestato di sua iniziativa è tenuto anche a dimostrare di averne informato tempestivamente il datore di lavoro. Per la quantificazione del lavoro straordinario, ha soggiunto la Corte ticinese, il giudice può ricorrere all'art. 42 cpv. 2 CO, ma il dipendente deve nondimeno allegare e provare, nella misura del possibile, tutte le circostanze utili per l'apprezzamento. Quanto alla portata dell'art. 21 n. 3 CCNL 98 i giudici ticinesi hanno osservato che, sebbene il controllo delle ore del dipendente assuma "valenza probatoria" qualora manchino registrazioni del datore di lavoro, esso non può consistere nella semplice allegazione in causa del numero complessivo di ore straordinarie eseguite, priva di altri elementi atti a rendere verosimile la pretesa.
3.2 Passando all'esame della fattispecie concreta, la Corte cantonale ha innanzitutto accertato che la ricorrente non ha segnalato situazioni che imponevano l'effettuazione di lavoro straordinario, nonostante la disponibilità del datore di lavoro a inviare personale supplementare in caso di bisogno; ne ha dedotto che "le pretese dell'attrice devono essere respinte, dovendosi ritenere l'accettazione senza riserva del salario che le è stato versato mensilmente quale rinuncia al versamento di un'indennità per ore supplementari".
Sia come sia, hanno proseguito i giudici ticinesi "a titolo abbondanziale", la ricorrente non ha fornito la prova dell'esecuzione di ore supplementari.
Essa si è infatti limitata a presentare il proprio calcolo nella petizione, al quale ha poi fatto riferimento nel seguito della procedura di prima e seconda istanza, senza indicare "il supporto probatorio del proprio controllo" né provare la sua presenza giornaliera ininterrotta, presenza che tra l'altro - ha concluso l'autorità cantonale - è stata relativizzata dal teste C._.
Donde la reiezione della pretesa riferita all'esecuzione delle ore di lavoro straordinario.
4. Nel gravame la ricorrente non contesta l'accertamento secondo il quale essa non ha segnalato alla società che l'ha impiegata l'esistenza di una situazione che imponeva l'effettuazione di lavoro straordinario. Essa sostiene comunque di non aver affatto rinunciato alla retribuzione del lavoro straordinario, la cui esecuzione sarebbe peraltro stata indirettamente riconosciuta dal Tribunale di appello, e precisa che una rinuncia simile sarebbe in ogni caso nulla, siccome in contrasto con le disposizioni imperative del CCNL 98, del quale violerebbe segnatamente l'art. 15 cpv. 5, nonché l'art. 357 cpv. 1 CO.
Il CCNL 98 tratta il lavoro straordinario all'art. 15 cpv. 5 e 6. Questa disposizione è una di quelle cui il Consiglio federale ha conferito obbligatorietà generale, da ultimo con decreto dell'8 dicembre 2003 (FF 2003 1026); essa definisce il lavoro straordinario e ne impone la retribuzione per compensazione con tempo libero di pari durata se possibile, altrimenti in denaro. Non è tuttavia necessario esaminare se il giudizio impugnato la rispetti oppure no, dal momento che la questione della retribuzione può porsi soltanto una volta che è accertata l'effettuazione di lavoro straordinario. Questo accertamento è oggetto della motivazione secondaria del giudizio cantonale, che vi ha dato risposta negativa.
5. Richiamandosi all'art. 21 n. 3 CCNL la ricorrente insorge contro la mancata prova addebitatale dal Tribunale d'appello. Essa ritiene infatti di avere "abbondantemente sostanziato l'effettuazione di ore supplementari" mediante la produzione, con la replica, del "conteggio manoscritto" versato agli atti sub doc. C. Omettendo di tenerne conto, il Tribunale d'appello avrebbe violato l'art. 18 CO nonché l'art. 2 e 4 CC, oltre che l'art. 21 n. 3 CCNL 98.
Nel capitolo finale del suo scritto essa rimprovera poi ai giudici ticinesi di avere interpretato erroneamente la deposizione del teste C._, il quale si sarebbe pronunciato solo sugli orari di apertura del ristorante, mentre la capanna del X._, intesa come rifugio alpino, rimaneva sempre aperta.
5.1 Queste censure sono per buona parte volte contro l'accertamento dei fatti, contro l'apprezzamento delle prove che ha condotto i giudici cantonali a concludere che l'effettuazione di lavoro straordinario non è stata provata. A questo proposito la motivazione del ricorso, con riserva di quanto si dirà sotto, non adempie affatto i requisiti posti dagli art. 97 cpv. 1 e 106 cpv. 2 LTF, qui descritti al consid. 2.2-2.3. La ricorrente non indica quali sarebbero i diritti costituzionali violati dalla Corte cantonale; in particolare non spiega perché l'accertamento in discussione sarebbe arbitrario e non solo errato (DTF 133 III 585 consid. 4.1 pag. 589; 130 I 258 consid. 1.3 pag. 262). Le sue argomentazioni, specialmente quelle concernenti la deposizione di C._, hanno carattere prettamente appellatorio.
5.2 Ora, è vero che nella sentenza impugnata la Corte ticinese non ha considerato il doc. C. Tale circostanza potrebbe però, semmai, ledere l'art. 21 n. 3 CCNL 98, giusta il quale se il datore di lavoro non registra le ore effettuate, in caso di controversia il controllo del dipendente va ammesso come prova; non è invece comprensibile come una tale omissione potrebbe comportare una violazione degli art. 2 e 4 CC e 18 CO.
Sta di fatto che, ai fini del presente giudizio è determinante l'accertamento contenuto nella sentenza impugnata secondo cui la pretesa concernente l'esecuzione di lavoro straordinario è una mera allegazione della ricorrente, la quale anche in sede di appello si è limitata a riproporre il calcolo già esposto in petizione - e ripreso in seguito con replica e conclusioni - senza indicare il supporto probatorio del proprio "controllo". Si tratta di un accertamento vincolante per il Tribunale federale (cfr. quanto esposto al consid. 2.3): l'attrice non lo contesta infatti con una motivazione specifica, in particolare non sostiene di avere allegato il fatto davanti all'autorità cantonale nei modi e nei tempi previsti dalla procedura civile (cfr. sentenza 4A_594/2008 dell'11 maggio 2009 consid. 2.2). In realtà, in sede di appello la ricorrente non si è affatto prevalsa delle cifre del doc. C, che non ha neppure menzionato, ma ha eseguito un calcolo astratto: posta la sua presenza giornaliera ininterrotta dalle 7:00 di mattina alle 22:00 di sera durante quattro mesi, ha dedotto dal totale così ottenuto il massimo delle ore regolari ammesse a suo dire dall'art. 15 cpv. 2 CCNL 98, per giungere a un accumulo complessivo di 976 ore di lavoro straordinario. In queste circostanze l'argomentazione fondata sul doc. C, presentata per la prima volta dinanzi al Tribunale federale, dev'essere dichiarata inammissibile siccome nuova (art. 99 cpv. 1 LTF; cfr. consid. 2.3).
5.3 Così stando le cose, l'art. 21 n. 3 CCNL 98 non può dirsi violato, perché, come ha considerato rettamente l'autorità ticinese, il senso di questa norma - senza che sia necessario approfondirne la portata né la relazione con le regole sull'onere della prova derivanti dall'art. 321c CO - non è quello di permettere al lavoratore di essere retribuito per lavoro straordinario sulla base delle sole sue affermazioni fatte in causa.
6. In conclusione, nella limitata misura in cui è ammissibile, il ricorso va respinto.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), senza nessuna possibilità di riduzione, dato che il valore litigioso supera fr. 30'000.-- (cfr. art. 65 cpv. 4 lett. c LTF). All'opponente, che non è stata nemmeno invitata a determinarsi sul gravame, non spetta nessuna indennità per ripetibili.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alla ricorrente, al patrocinatore dell'opponente e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.