Fatti:
A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito.
B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti cartacei e informatici, posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi DTF 132 IV 63). L'8 giugno 2006, considerata la voluminosa documentazione sequestrata e le divergenze sull'utilità o no della documentazione, il giudice delegato ha comunicato alle parti, le quali hanno aderito alla proposta, che la Corte avrebbe statuito autonomamente su tutti gli incarti sequestrati, rinunciando alla procedura in contraddittorio.
C. Con decisione del 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso concernenti la contabilità dello studio legale. Mediante sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale, ritenuta sbrigativa e superficiale detta tesi, ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale.
D. Il 16 ottobre 2007 la I CRP, comunicata alle parti la sua volontà di procedere a tappe, ha restituito agli indagati una ventina di incarti ritenuti inutili per l'inchiesta. Con giudizio del 12 novembre 2007 essa ha statuito sugli incarti bancari restanti. Ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e l'anonimizzazione dei relativi documenti avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, essa ha versato agli atti solo determinati atti bancari, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere, vietando all'AFC di utilizzarli o di trasmetterli a terzi per altre procedure senza il consenso della Corte. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata.
E. La I CRP, con decisione del 20 novembre 2007, si è pronunciata sugli incarti non considerati nell'esame di periodi contabili speciali. Rilevato che si tratta di migliaia di atti, in gran parte contenenti nomi di terzi, richiamati i motivi addotti nella sentenza del 12 novembre 2007, ha ribadito che la cernita e l'anonimizzazione dei nomi rappresenterebbe un lavoro totalmente sproporzionato. Essa ha quindi deciso quanto segue:
"1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S1, S24 (parziale), S30 (parziale), S32 (parziale), S269 (parziale), S364 (parziale), S441 (parziale).
2. I seguenti incarti devono essere versati agli atti ai sensi dei considerandi: S23 (parziale), S24 (parziale), S30 (parziale), S32 (parziale), S364 (parziale), S269 (parziale), S441 (parziale), S440 (parziale).
3. L'utilizzo o la trasmissione a terzi, per altre procedure, di documenti o informazioni concernenti clienti degli indagati provenienti dagli incarti S23 e S24 di cui al punto 2 del presente dispositivo è proibito in assenza di nuove decisioni da parte della I Corte dei reclami penali.
4. (spese)".
F. Avverso questo giudizio l'AFC presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i susseguenti ricorsi che saranno inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e, in sostanza, di versare agli atti del procedimento penale in forma integrale e non anonimizzata i libri base (cassa, posta, banca, debitori e creditori) per verificare la completezza e la correttezza delle registrazioni contabili, il libro mastro delle relative registrazioni, le liste delle corrispondenti registrazioni di ogni singolo conto e le pezze giustificative, con il divieto di utilizzare le informazioni riguardanti terzi in altri procedimenti, salvo autorizzazione della I CRP; postula inoltre di versare agli atti tutte le fatture concernenti l'attività tipica e atipica dei legali in forma integrale; in via subordinata, chiede di versarli in maniera anonimizzata.
La I CRP chiede la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. I coniugi A._ postulano, proceduralmente, di stralciare dall'incarto gli allegati n. da 2 a 19 prodotti dalla ricorrente, in via principale, di dichiarare inammissibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo.
Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.
La decisione in esame è stata impugnata anche dagli avvocati A.A._ e B.A._ (1B_287/2007 decisa in data odierna).
Diritto:
1. 1.1 Come già stabilito dal Tribunale federale (sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 consid. 1.2), la domanda ricorsuale di congiungere le differenti cause dev'essere respinta, a maggior ragione visto che le motivazioni dei vari ricorsi sono differenti.
1.2 L'ammissibilità del gravame è pacifica. La legittimazione della ricorrente è stata ammessa nella citata sentenza del 30 settembre 2008 (consid. 1.4).
2. 2.1 La ricorrente, richiamando l'art. 125 cpv. 2 LIFD, secondo cui le persone fisiche con reddito da attività lucrativa indipendente devono allegare alla dichiarazione i conti annuali firmati (bilanci e conti profitti e perdite), precisa di possederli. Essa insiste nondimeno sulla necessità di poter accedere ai libri contabili dello studio legale dai quali sono state estratte le cifre riportate sul conto d'esercizio e sul bilancio, allo scopo di procedere alle necessarie verifiche (art. 130 LIFD), ricordato che in ambito penale non sono ammesse le regole valide per la tassazione d'ufficio. Essa espone poi quattro esempi che dimostrerebbero l'impossibilità di proseguire nell'inchiesta fondandosi soltanto sulla documentazione messa a disposizione dalla I CRP. Sottolinea che il segreto professionale sarebbe venuto meno, per cui occorrerebbe poter disporre anche delle fatture relative alle prestazioni tipiche dell'attività d'avvocato. Critica infine l'assunto secondo cui l'anonimizzazione degli atti costituirebbe un lavoro sproporzionato, potendo procedere al loro annerimento automatico.
2.2 Nella risposta, i legali ripropongono l'argomentazione secondo cui la domanda principale del ricorso, segnatamente di versare agli atti tutti i documenti bancari in forma integrale e non anonimizzata, sarebbe inammissibile, siccome costitutiva di "res iudicata". Pure la domanda ricorsuale formulata in via subordinata sarebbe inammissibile, poiché la ricorrente sarebbe d'accordo per la prima volta con il principio dell'anonimizzazione. Contestano quindi la possibilità di esaminare l'apprezzamento compiuto dalla I CRP circa l'utilità o no di un documento per l'inchiesta. Nel merito, essi criticano l'asserita mancata separazione diligente dell'attività tipica dell'avvocato da quella commerciale e contestano il fatto che non potrebbero prevalersi del segreto professionale, rilevando infine che l'istanza precedente avrebbe proceduto a una cernita "quantomeno sommaria". Queste critiche, come pure le osservazioni della I CRP, sono già state respinte nelle sentenze del 30 settembre 2008. D'altra parte, come si vedrà, di massima, allo stadio attuale gli opponenti non possono più prevalersi del segreto professionale, per cui anche le loro ulteriori critiche, secondo cui l'apprezzamento operato dalla I CRP costituirebbe un accertamento fattuale insindacabile, non sono decisive (cause 1B_288/2007 e 1B_286/2007).
2.3 Come visto, la I CRP si è limitata in sostanza a ribadire che la cernita e l'eventuale anonimizzazione dei documenti comporterebbe un lavoro "totalmente sproporzionato".
Nel giudizio impugnato, la I CRP ha ripreso l'argomentazione esposta nella sua precedente decisione del 12 novembre 2007, secondo cui l'esame dell'effettiva esistenza di un segreto professionale e l'anonimizzazione dei relativi documenti costituirebbero misure troppo dispendiose e sproporzionate. Questa pronunzia è stata annullata dal Tribunale federale con la citata sentenza 1B_288/2007: è stato ribadito, come già esposto nella sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007, che detta tesi sbrigativa e superficiale non era condivisibile.
È stato rilevato che l'argomentazione della I CRP, secondo cui in caso di dubbio si sarebbe in presenza di documenti coperti dal segreto professionale, ma che, considerato il dispendio di tempo richiesto, la loro anonimizzazione non potrebbe essere pretesa, contraddiceva manifestamente quanto espresso dal Tribunale federale. In effetti, anche nell'ambito del procedimento in esame, l'unione nella medesima persona delle funzioni di amministratore e di avvocato non permette più di distinguere chiaramente quanto rientra in ciascun tipo di attività, per cui il richiamo alla tutela del segreto professionale dell'avvocato è di massima escluso. Visto il coinvolgimento dei legali nell'inchiesta e il fatto che gran parte dei documenti concernono attività estranee a quella tipica dell'avvocato e che tale distinzione non può essere operata in maniera chiara, nella fattispecie l'interesse pubblico a perseguire le gravi sospettate infrazioni prevale sulla tutela del segreto professionale, per di più invocato in modo generico ed essendo peraltro manifesto che A.A._ in nessun caso poteva invocarlo. Un'eventuale anonimizzazione potrebbe quindi limitarsi a determinati documenti: rientra comunque nel potere di apprezzamento della I CRP esprimersi al riguardo (1B_288/2007 consid. 3 e 4).
3. Riguardo all'analisi della documentazione in esame, la ricorrente rileva di non contestare la decisione impugnata per quanto attiene agli incarti S23/24 e S364 e, in sostanza, l'incarto S441. Per gli altri incarti l'istanza precedente ha rilevato quanto segue, insistendo sul fatto che i documenti nei quali figurano nomi di terzi potenzialmente protetti dal segreto professionale devono essere restituiti agli opponenti.
S1: l'incarto contiene un centinaio di documenti (liste di prestazioni, progetti di note d'onorario, ecc.) relativi ad attività svolte dall'avv. A.A._ tra il 1998 e il 2001. La I CRP, ritenuto che la loro anonimizzazione sarebbe molto problematica, rileva ch'essi non presenterebbero un interesse particolare per l'inchiesta, dato che le informazioni ivi contenute sarebbero state riprese nelle note d'onorario inviate ai clienti, per cui ha deciso di restituirli agli opponenti.
L'assunto è chiaramente infondato. In effetti, già nella sentenza 1S.31/2005 del 6 febbraio 2006, il Tribunale federale aveva stabilito che l'avv. A.A._, indagato nel procedimento in esame, non poteva prevalersi del segreto professionale (consid. 3.2.1 e 3.3.2), per cui, contrariamente alla tesi dell'istanza inferiore, riguardo ai suoi documenti la questione dell'anonimizzazione non si pone. D'altra parte, come rettamente rilevato dalla ricorrente, l'utilità di detti atti non non può essere del tutto esclusa, visto ch'essi potrebbero indicare se del caso da che entità venivano fatturate le sue prestazioni.
S30: l'incarto contiene parte dei listati contabili del 2002, riferibili a un gran numero di clienti, per cui, secondo la I CRP, la loro anonimizzazione non sarebbe ragionevole: tenuto poi conto del loro "relativo" interesse per l'inchiesta, essa ha deciso di consegnarli agli opponenti. Nell'incarto figurano inoltre decine di note d'onorario e richiami concernenti i debitori di determinate fatture. La I CRP, ritenuta l'assenza di un interesse preponderante per l'inchiesta di questi documenti, per motivi non indicati e difficilmente comprensibili, ha stabilito la restituzione agli opponenti di quelli potenzialmente legati a prestazioni tipiche dell'avvocato, versando agli atti soltanto quelli connessi ad attività chiaramente atipiche.
L'argomentazione è priva di fondamento. In effetti, l'interesse per l'inchiesta di tali listati e delle note di onorario, in particolare proprio di quelle legate all'attività d'avvocato, è palese. Detti documenti devono essere pertanto, di massima, versati agli atti: l'anonimizzazione, se del caso, di alcune decine di note d'onorario non rappresenterebbe del resto un lavoro sproporzionato.
S32: l'incarto contiene decine di fatture indirizzate a un cliente degli opponenti, secondo una nota manoscritta contenuta nell'incarto, per un totale non pagato di fr. 429'362.30. La I CRP, ritenuto facilmente anonimizzabile questa nota, l'ha versata agli atti. Essa ha osservato che, per contro, le altre note di onorario potrebbero potenzialmente concernere prestazioni coperte dal segreto professionale, ma che in assenza dei relativi incarti essa non può procedere alla verifica delle prestazioni fatturate, per cui, considerata la loro utilità limitata per l'inchiesta, devono essere restituite agli opponenti.
Come si è visto, l'argomento della mole di lavoro non è decisivo e di massima la tutela del segreto professionale è esclusa nella fattispecie; anche le note di onorario, decisive per l'inchiesta, devono in via generale essere versate agli atti, in principio in forma non anonimizzata.
S269 (parziale): l'incarto comprende diversi documenti contabili degli esercizi 2003 e 2004, nei quali figurano nomi di terzi potenzialmente protetti dal segreto professionale, segnatamente liste di debitori: la I CRP ha quindi deciso di restituirli agli opponenti.
Anche questi atti, per i motivi appena esposti, devono essere versati agli atti, di massima, in forma integrale.
4.1 Ne segue, che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata nel senso dei considerandi.
4.2 Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
4.3 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la decisione emanata dalla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale il 20 novembre 2007 è annullata. La causa viene rinviata alla I Corte dei reclami penali per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico degli opponenti.
3. Comunicazione alla ricorrente, ai patrocinatori degli opponenti e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.