Sachverhalt:
A. A.X._ schloss sich im Jahr 1999 mit seinem Bruder B.X._ zur einfachen Gesellschaft X._ & X._ zusammen. Diese bezweckt das gemeinsame Halten und Verwalten von Liegenschaften und Grundstücken. Beide Gesellschafter sind am Gewinn und Verlust der Gesellschaft je zur Hälfte beteiligt. Im gleichen Jahr kaufte die einfache Gesellschaft die zuvor in der Familie X._ gehaltenen Aktien der Immobiliengesellschaft Y._ AG. Im Jahr 2001 erwarb die einfache Gesellschaft von der Immobiliengesellschaft zwei Liegenschaften. Aus diesem Geschäft blieb die Käuferin der Verkäuferin Fr. 260'000.-- schuldig. Am 18. Dezember 2001 beschloss die Generalversammlung der Immobiliengesellschaft, auf das noch ausstehende Guthaben zu verzichten. Die einfache Gesellschaft verbuchte den ihr gewährten Schuldenerlass als ausserordentlichen Ertrag und nahm im gleichen Umfang eine Abschreibung der Beteiligung an der Immobiliengesellschaft vor.
B. Das Steueramt des Kantons Solothurn rechnete für die direkte Bundessteuer sowie die Staats- und Gemeindesteuern 2001 die Hälfte des Schuldenerlasses als geldwerte Leistung beim Einkommen von A.X._ auf und bestätigte diese Veranlagung auf dessen Einsprache hin. Es erwog, der Pflichtige übe keine selbständige Erwerbstätigkeit aus; seine Beteiligung an der Immobiliengesellschaft bilde somit nicht Geschäfts-, sondern Privatvermögen; darauf könne deshalb keine Abschreibung vorgenommen werden. Dagegen gelangte A.X._ mit Rekurs und Beschwerde an das Steuergericht des Kantons Solothurn. Das Gericht hiess die Rechtsmittel am 11. Dezember 2006 gut und qualifizierte die Beteiligung als Bestandteil des Geschäftsvermögens; die anteilige Abschreibung von Fr. 130'000.-- sei zum Abzug zuzulassen.
C. Am 11. April 2007 hat das Steueramt des Kantons Solothurn Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht. Es beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben. Für die direkte Bundessteuer 2001 sei das steuerbare Einkommen gemäss Einspracheentscheid vom 22. April 2004 festzulegen. Betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2001 sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Steuergericht zurückzuweisen.
A.X._ und das kantonale Steuergericht schliessen auf Abweisung, die Eidgenössische Steuerverwaltung auf Gutheissung der Beschwerde.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
I. Prozessuales
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid erging vor dem 1. Januar 2007. Auf das Verfahren ist daher noch das Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) anwendbar (Art. 132 Abs. 1 BGG).
1.2 Letztinstanzliche kantonale Entscheide betreffend die direkte Bundessteuer unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 5 VwVG und Art. 98 lit. g OG sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer, DBG; SR 642.11). Dieses Rechtsmittel ist hier auch in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern 2001 zulässig (vgl. Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990; Steuerharmonisierungsgesetz; StHG; SR 642.14; siehe auch BGE 130 II 202 E. 1 S. 204 mit Hinweisen). Das kantonale Steueramt ist zur Beschwerde legitimiert (vgl. Art. 146 DBG und Art. 73 Abs. 2 StHG; siehe auch § 164bis Abs. 1 des solothurnischen Gesetzes über die Staats- und Gemeindesteuern vom 1. Dezember 1985; StG). Auf seine Beschwerde ist somit einzutreten.
1.3 Das Bundesgericht überprüft den angefochtenen Entscheid auf Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich einer Überschreitung oder eines Missbrauchs des Ermessens, sowie auf unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 104 OG). An diesen ist es gebunden, wenn ihn eine richterliche Behörde als Vorinstanz nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Gemäss Art. 27 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a DBG werden bei selbständiger Erwerbstätigkeit die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen. Dazu gehören insbesondere die Abschreibungen und Rückstellungen nach Art. 28 und 29 DBG. Damit Abschreibungen geschäftsmässig begründet sind, müssen die abzuschreibenden Aktiven zum Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen gehören. Als Geschäftsvermögen gelten nach Art. 18 Abs. 2 DBG alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen. Ob ein Wertgegenstand dem Privat- oder Geschäftsvermögen zuzuordnen ist, entscheidet sich aufgrund einer Würdigung aller in Betracht kommenden tatsächlichen Umstände.
Nach der Praxis des Bundesgerichts liegt steuerbarer Immobilienhandel vor, wenn der Steuerpflichtige An- und Verkäufe von Liegenschaften nicht nur im Rahmen der privaten Vermögensverwaltung bei sich zufällig bietender Gelegenheit tätigt, sondern wenn er dies systematisch und mit der Absicht der Gewinnerzielung tut; das heisst, wenn er eine Tätigkeit entfaltet, die in ihrer Gesamtheit auf Erwerb gerichtet ist. Eine solche Tätigkeit qualifiziert sich als selbständige Erwerbstätigkeit im Sinne von Art. 18 Abs. 1 und 2 DBG. Dabei ist unerheblich, ob die Tätigkeit haupt- oder nebenberuflich ausgeübt wird. Als Indizien für eine selbständige Erwerbstätigkeit können etwa in Betracht kommen: die (systematische bzw. planmässige) Art und Weise des Vorgehens, die Häufigkeit der Liegenschaftsgeschäfte, der enge Zusammenhang eines Geschäfts mit der beruflichen Tätigkeit des Steuerpflichtigen, der Einsatz spezieller Fachkenntnisse, die Besitzesdauer, der Einsatz erheblicher fremder Mittel zur Finanzierung der Geschäfte oder die Realisierung im Rahmen einer Personengesellschaft (vgl. zum Ganzen BGE 125 II 113 E. 6a S. 124; ASA 73 308 E. 2.1; StR 61/2006 S. 310 E. 3.2; StE 2006 B 23.2 Nr. 31 E. 2.2; RDAF 2006 II S. 221 E. 2.2; mit weiteren Hinweisen).
3. 3.1 Im hier zu beurteilenden Fall ist das Steuergericht von nebenberuflichem Liegenschaftenhandel und somit von einer selbständigen Erwerbstätigkeit ausgegangen; das massgebliche Grundeigentum sei Geschäftsvermögen. Diese Auffassung erweist sich als bundesrechtskonform. Bei ihrer Gesamtwürdigung der konkreten Umstände hat sich die Vorinstanz insbesondere auf drei Indizien (bzw. Entwicklungsphasen) gestützt (vgl. unten E. 3.1.1 bis 3.1.3), die je nachdem einzeln, auf jeden Fall aber zusammen (vgl. BGE 125 II 113 E. 3c S. 118, ASA 73 308 E. 2.2) die Annahme einer Handelstätigkeit rechtfertigen:
3.1.1 Der Beschwerdegegner war Geschäftsführer seiner eigenen (zu 90% beherrschten) Metallbaugesellschaft. Zusammen mit seinem Bruder, der als diplomierter Wirtschaftsprüfer und früherer Präsident einer Raiffeisenbank (vgl. E. 5 S. 5 des angefochtenen Entscheids) ebenfalls im geschäftlichen Bereich und mit Verbindungen zum Immobiliensektor tätig war, gründete er eine einfache Gesellschaft. Das kann gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts für sich allein ein Indiz für Liegenschaftenhandel sein, und zwar sogar bei einem Teilhaber, der nur Geld in die Gesellschaft investiert, ohne selber bei deren Geschäften mitzuwirken (vgl. u.a. StR 60/2005 53 E. 3.4 mit weiteren Hinweisen; siehe auch StE 2006 B 23.2 Nr. 31 E. 3.2 und StR 60/2005 489 E. 3.3). Hier beteiligten sich beide Brüder aktiv an der Tätigkeit der Gesellschaft und auch je hälftig an den Gewinnen bzw. Verlusten. Wohl handelte es sich nicht um ein Baukonsortium im klassischen Sinne und schloss der vereinbarte Gesellschaftszweck den Immobilienhandel nicht ein, sondern nur das Halten und Verwalten von Liegenschaften. Die wirkliche Tätigkeit der Brüder erstreckte sich indessen auf Handelsgeschäfte (vgl. unten E. 3.1.2 u. 3.1.3), welche mit dem jeweiligen Hauptberuf in (enger) Verbindung standen, so dass beide ihre spezifischen Fachkenntnisse einbringen konnten.
3.1.2 Noch in ihrem Gründungsjahr 1999 erwarb die einfache Gesellschaft die 100%ige Beteiligung an der Immobiliengesellschaft. Dadurch wurde der Beschwerdegegner zwar nicht, wie er meint, gewerbsmässiger Wertschriftenhändler. Indessen bildete dieser Kauf ein weiteres Indiz für Liegenschaftenhandel. Das gilt umso mehr, als der Beteiligungserwerb in erheblichem Ausmass durch Fremdmittel finanziert wurde, die aus der Metallbaugesellschaft des Beschwerdegegners sowie aus dem Kreis der Familie stammten (Erbvorbezug; Darlehen des Vaters und des Onkels). Dabei handelte es sich zwar nicht um eine typische Fremdfinanzierung, doch ist folgendes festzuhalten: Wenn die Rechtsprechung schon die Gründung einer einfachen Gesellschaft für die blosse Verwaltung privaten Vermögens als untypisch und als zumindest selten notwendig einstuft, so trifft das umso mehr für den stark fremdfinanzierten Erwerb des Kapitals einer Immobiliengesellschaft zu; entgegen der Meinung des Steueramts geht es dabei um deutlich mehr als bloss eine "professionelle Privatverwaltung mit kaufmännischer Buchführung".
Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Beteiligungsrechte als Geschäftsvermögen zu qualifizieren, wenn sie in enger Beziehung zur beruflichen Tätigkeit stehen (vgl. StE 2006 B 23.2 Nr. 31 E. 2.3 mit Hinweisen). Das war vorliegend der Fall (vgl. oben E. 3.1.1). Entscheidend ist hier jedoch nicht die gewerbsmässige Verwaltung eines Wertschriften-Portefeuilles (in Bezug auf den Immobiliensektor), sondern der Umstand, dass die beiden Brüder durch ihre vollumfängliche Beherrschung der Immobiliengesellschaft faktisch auch deren Liegenschaftengeschäfte führten. Selbst das kantonale Steueramt anerkennt (in seinem Einspracheentscheid), dass die Aktiengesellschaft im Immobilienhandel tätig war. Der angefochtene Entscheid erwähnt (vgl. E. 3 S. 3 f.) als (weitere) Tätigkeit der Aktiengesellschaft eine in den Jahren 1999 bis 2002 realisierte Überbauung mit zwei Mehrfamilienhäusern sowie - in einer zweiten Phase - einem Wohn- und Gewerbegebäude.
Über die Personen- und die Immobiliengesellschaft leisteten die beiden Brüder somit einen kombinierten Einsatz von Arbeit und Kapital: Ihre Arbeit bezog sich auf die Verwaltung und Geschäftsführung der einfachen Gesellschaft, insbesondere im Zusammenhang mit den Liegenschaftengeschäften der beherrschten Immobiliengesellschaft, unter gleichzeitiger Einbringung der Fachkenntnisse aus dem jeweiligen Hauptberuf; das Kapital bestand in den für den Beteiligungserwerb aufgebrachten Eigenmitteln (direkt oder indirekt über die Metallbauunternehmung).
3.1.3 Im Jahr 2001 erwarb die einfache Gesellschaft von der Immobiliengesellschaft zwei Liegenschaften. Nichts deutet darauf hin, dass diese Liegenschaften zu einem privaten Zweck gekauft oder danach verwendet worden wären (im Gegensatz zu den in ASA 48 359, 52 363 u. 63 656 publizierten Fällen). Ebenso wenig erfolgte das Geschäft bei einer sich zufällig bietenden Gelegenheit oder aufgrund üblicher Umsicht bei der blossen Verwaltung privaten Vermögens. Der Kauf und die nachfolgende Nutzung sind im Zusammenhang mit den beiden vorangehenden Phasen zu sehen. Daraus ergibt sich gesamthaft das Bild einer über beide Gesellschaften verfolgten Handelstätigkeit mit verschiedenen Projekten in unterschiedlichen Entwicklungsphasen. Damit übereinstimmend hält der angefochtene Entscheid fest (E. 3 S. 4), dass neben der schon erwähnten Überbauung (vgl. oben E. 3.1.2) ein anderes Geschäftsvorhaben über die einfache Gesellschaft realisiert werden sollte, aber wegen des Rückzugs einer Drittperson noch nicht durchgeführt werden konnte.
3.2 Was die kantonale und die eidgenössische Steuerverwaltung gegen die Qualifikation als Geschäftsvermögen einwenden, kann ein anderes Ergebnis nicht rechtfertigen:
3.2.1 Die Verwaltungsbehörden argumentieren insbesondere, für eine nebenberufliche Handelstätigkeit mit Liegenschaften fehle es hier schon an dem mit dem Begriff des Handels notwendigerweise verbundenen Merkmal des An- und Verkaufs; weder der Beschwerdegegner noch die einfache Gesellschaft hätten im Jahr 2001 auch nur eine einzige Veräusserung vorgenommen; ein wirklicher Kauf habe auch nicht stattgefunden, seien doch die beiden Liegenschaften lediglich aus der Aktiengesellschaft ins direkte Eigentum der einfachen Gesellschaft bzw. ihrer Gesellschafter überführt worden; das stelle eine blosse Vermögensumschichtung dar.
Das lässt ausser Acht, dass die Beurteilung, ob Liegenschaftenhandel bzw. Geschäfts- oder Privatvermögen vorliegt, sich nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht auf die Ereignisse und Umstände der streitbezogenen Steuerperiode beschränken darf, sondern namentlich auch frühere Begebenheiten mit einbeziehen muss, soweit sie sich als entscheidwesentlich erweisen. Insbesondere steht eine lange Besitzesdauer einer Qualifikation als Geschäftsvermögen und Liegenschaftenhandel nicht zwingend entgegen (so schon ASA 47 209 E. b; vgl. auch BGE 125 II 113 E. 6c S. 125 ff. sowie die Beispiele in StR 58/2003 129 E. 3.4-3.6; RDAF 2006 II 221 E. 3.5, StE 2006 B 23.2 Nr. 33 E. 3.1, RDAF 2001 II 41 E. 3c/bb).
3.2.2 Ein gewerbsmässiger Liegenschaftenhandel müsste vorliegend auf jeden Fall bei der gewinnbringenden Veräusserung der beiden Liegenschaften angenommen werden. Entgegen der Auffassung des Steueramts wäre eine solche Veräusserung aber nicht der Anfang, sondern nur die Fortsetzung der in Wirklichkeit schon einige Jahre zuvor begonnenen Handelstätigkeit. In gesamthafter Würdigung sind die drei hier beschriebenen Entwicklungsstufen der Geschäftstätigkeit als Vorbereitungsphasen für (allfällige) gewerbsmässige Verkäufe in einem späteren Zeitpunkt zu qualifizieren. Gemäss der Rechtsprechung kann Liegenschaftenhandel durchaus auch in der Form bestehen, dass die Veräusserungen erst Jahre nach den (gegebenenfalls in kurzen Abständen vorgenommenen) Käufen erfolgen, u.a. aufgrund günstiger oder ungünstiger Marktentwicklungen. Insofern ist es zwar richtig, den Verkauf der beiden Liegenschaften von der Immobilien- an die einfache Gesellschaft bloss als interne Vermögensumschichtung zu bezeichnen. Nur vollzog sich diese Umschichtung nicht innerhalb des Privat-, sondern des Geschäftsvermögens der Gesellschafter.
3.2.3 Die im angefochtenen Entscheid vorgenommene Gesamtwürdigung erweist sich als bundesrechtskonform, auch wenn der Entscheid sich mit gewissen Einzelaspekten nicht näher befasst, so mit den übrigen Geschäften der Gesellschaften und der genauen (steuerlichen) Situation des Bruders. Es sind aber keine Indizien geltend gemacht worden oder ersichtlich, die eine abweichende Qualifikation rechtfertigen könnten. Ebenso wenig kann davon ausgegangen werden, dass die Vorinstanz den Sachverhalt offensichtlich unvollständig ermittelt habe (vgl. oben E. 1.3).
3.3 Die vom Beschwerdegegner vorgenommene Abschreibung bezieht sich also auf dessen Geschäftsvermögen. Das Steuergericht hat den bei der einfachen Gesellschaft eingetretenen Schuldenerlass zu Recht als Naturaldividende qualifiziert, welche bei den Beteiligungsrechten der beiden Brüder einen Substanzverlust hervorgerufen hat. Im Einklang mit der Rechtsprechung (vgl. u.a. BGE 132 I 175 E. 2.3 S. 179; StR 61/2006 36 E. 2.1) ist die Vorinstanz zutreffend von einer geschäftsmässig begründeten und buchtechnisch korrekt durchgeführten Abschreibung ausgegangen, die sich somit als zulässig erweist.
III. Staats- und Gemeindesteuern
4. Die Rechtslage bei den Staats- und Gemeindesteuern ist die gleiche wie bei der direkten Bundessteuer. Gemäss Art. 10 Abs. 1 lit. a StHG werden bei selbständiger Erwerbstätigkeit unter anderem die ausgewiesenen Abschreibungen des Geschäftsvermögens als geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten abgezogen. Als Geschäftsvermögen gelten nach Art. 8 Abs. 2 StHG alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen. Diese Bestimmungen des Bundesrechts sind vollständig in das kantonale Recht übernommen worden, nämlich in § 24 Abs. 5, § 34 Abs. 1 lit. a und § 35 Abs. 1 StG/SO. Demzufolge ist auch bei den Staats- und Gemeindesteuern die Abschreibung auf der Beteiligung an der Immobiliengesellschaft zum Abzug zuzulassen.
IV. Kosten und Entschädigung
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Kanton Solothurn, der Vermögensinteressen wahrnimmt, kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 u. 159 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird dem Kanton Solothurn auferlegt.
3. Der Kanton Solothurn hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Steueramt des Kantons Solothurn, dem Beschwerdegegner, dem kantonalen Steuergericht Solothurn und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: