Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 14. Dezember 2009 verweigerte die Baubehörde Wangen-Brüttisellen dem Atelier "A._" als Bauherrschaft die sexgewerbliche Nutzung einer Wohnung in einem Mehrfamilienhaus in der Wohnzone "W3 60 %" in Brüttisellen und ordnete die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands innert 60 Tagen an. Als Vertreterin der Bauherrschaft wurde X._ aufgeführt. Auf den von X._ hiergegen erhobenen Rekurs trat die Baurekurskommission III des Kantons Zürich mit Entscheid vom 5. Mai 2010 nicht ein. Die von X._ gegen diesen Nichteintretensentscheid geführte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 3. November 2010 ab. Mit Urteil 1C_571/2012 vom 18. April 2011 hiess das Bundesgericht die von X._ eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gut und wies die Sache zur neuen Beurteilung im Sinn der Erwägungen an die Baurekurskommission III des Kantons Zürich (ab dem 1. Januar 2011: Baurekursgericht des Kantons Zürich) zurück.
Mit Entscheid vom 15. Juni 2011 hiess das Baurekursgericht den Rekurs von X._ teilweise gut und setzte die Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands neu auf 120 Tage ab Rechtskraft der Verfügung vom 14. Dezember 2009 an. Im Übrigen wies es den Rekurs ab. Am 17. August 2011 erhob X._ gegen diesen Entscheid Beschwerde ans Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 21. Dezember 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 6. Februar 2012 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 21. Dezember 2011 sei aufzuheben, und es sei festzustellen, dass sie berechtigt sei, die von ihr gemietete Wohnung in Brüttisellen in der betreffenden Wohnzone sexgewerblich zu nutzen. Eventualiter sei ihr die sexgewerbliche Nutzung der Wohnung zu bewilligen. Subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen und diese oder die Baubehörde Wangen-Brüttisellen sei anzuweisen, ihr die sexgewerbliche Nutzung der Wohnung zu bewilligen.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Baurekursgericht und die Baubehörde Wangen-Brüttisellen stellen Antrag auf Beschwerdeabweisung. Der am Verfahren beteiligte Y._ - Eigentümer der Wohnung, in welcher sich das Atelier "A._" befindet - liess sich nicht vernehmen. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme vom 20. April 2012 an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine Bauverweigerung (Verweigerung der sexgewerblichen Nutzung) und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG besteht nicht (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251; 409 E. 1.1 S. 411). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid, mit welchem ihre Beschwerde abgewiesen wurde, besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung. Ihre Beschwerdelegitimation ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zu bejahen (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.3 S. 252 ff.). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Die Umwandlung der Wohnung in einen sexgewerblichen Betrieb erfolgte ohne Bewilligung und ist deshalb grundsätzlich rückgängig zu machen. Die Wiederherstellung kann jedoch unterbleiben, wenn die Umnutzung materiell nicht rechtswidrig ist und nachträglich bewilligt werden kann. Bei der Prüfung der Frage, ob eine baurechtliche Bewilligung bei rechtzeitiger Einreichung des Gesuchs hätte erteilt werden können, ist grundsätzlich auf den Rechtszustand abzustellen, der zum Zeitpunkt der Nutzungsänderung galt. Eine Ausnahme rechtfertigt sich, wenn im Beurteilungszeitpunkt für den Betroffenen milderes Recht gilt (BGE 123 II 248 E. 3a/bb S. 251 f. mit Hinweis; Urteil 1P.771/2001 vom 5. Mai 2003 E. 7, in: ZBl 105/2004 S. 111). Vorliegend ist strittig, ob die sexgewerbliche Nutzung zonenkonform und damit nachträglich bewilligungsfähig ist.
2.2 Nach Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG (SR 700) müssen Bauten und Anlagen dem Zweck der Nutzungszone entsprechen. Gemäss § 52 des Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (Planungs- und Baugesetz; PBG/ZH [LS 700.1]) sind Wohnzonen in erster Linie für Wohnbauten bestimmt; dieser Nutzweise zugerechnet werden auch Arbeitsräume, die mit einer Wohnung zusammenhängen und in einem angemessenen Verhältnis zur eigentlichen Wohnfläche stehen. Mässig störende Betriebe sind gestattet, wo die Bau- und Zonenordnung sie zulässt; stark störende und solche, die unverhältnismässigen Verkehr auslösen, sind unzulässig.
Art. 17 der Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Wangen-Brüttisellen (BZO) vom 26. September 2006, vom Regierungsrat des Kantons Zürich genehmigt am 24. Oktober 2007, bestimmt, dass in allen Wohnzonen (nur) nicht störende Betriebe zulässig sind. Der gewerblich genutzte Anteil darf in den Wohnzonen "W2 30 %", "W2 50 %" und "W3 60 %" die Hälfte der gesamten zulässigen anrechenbaren Fläche nach § 255 PBG/ZH nicht übersteigen. In diesen Wohnzonen sind sexgewerbliche Nutzungen und Betriebe sowie Spielsalons und dergleichen verboten.
Vorliegend erfolgte die Umnutzung unbestrittenermassen vor Inkrafttreten der BZO am 24. Oktober 2007 - nämlich nach Auffassung der Beschwerdeführerin bereits 1999, respektive nach Angabe der Gemeinde spätestens anfangs 2006.
Gemäss Art. 17 der bisherigen Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Wangen-Brüttisellen vom 26. Juni 1984 (aBZO), in Kraft bis 24. Oktober 2007, sind in der Wohnzone "W3 60 %" nur nicht störende Betriebe zulässig. Ausdrückliche Regelungen über die Zulässigkeit sexgewerblicher Nutzungen enthält die aBZO nicht, wobei im Anhang "Beispiele für Betriebskategorien nach verwaltungsgerichtlicher Praxis" aufgezählt sind. Als "nicht störend" gelten etwa Bäckereien, Coiffeurläden, ärztliche Praxisräume oder Ateliers für stille Berufe.
Da das neue Recht sexgewerbliche Nutzungen und Betriebe in der Wohnzone "W3 60 %" explizit verbietet und somit für die Beschwerdeführerin nicht milder ist, findet vorliegend Art. 17 aBZO Anwendung.
2.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe Art. 17 aBZO willkürlich angewendet, indem sie das von ihr betriebene sexgewerbliche Atelier als zumindest mässig störend qualifiziert habe. Bei der Beurteilung, ob ein Betrieb als störend einzustufen sei, sei der örtliche Kontext zu beachten. In unmittelbarer Umgebung des Ateliers befinde sich eine Gewerbezone mit diversen Einkaufszentren. Nebst der Nähe zum Autobahnkreuz Brüttisellen werde dadurch zusätzlicher intensiver Einkaufsverkehr generiert. Verglichen hiermit sei das zusätzliche Störpotenzial des sehr diskret auftretenden Ateliers sehr gering. Die Vorinstanz habe vorliegend die vom Atelier verursachten ideellen Immissionen verglichen mit den von in der Wohnzone zulässigen Betrieben ausgehenden materiellen Immissionen viel zu stark gewichtet. Eine solche Ungleichbehandlung verletze das Rechtsgleichheitsgebot (Art. 8 BV) und sei willkürlich (Art. 9 BV).
2.4 Die Vorinstanz hat erwogen, ein Betrieb könne nur dann als "nicht störend" eingestuft werden, wenn die betreffende Nutzung ein gesundes und ruhiges Wohnen im Allgemeinen nicht beeinträchtige und einwandfrei in eine Wohnzone passe. Dies sei vorliegend nicht der Fall, denn zwischen der sexgewerblichen Nutzung und der Wohnnutzung bestehe ein Konfliktpotenzial, das prinzipiell dazu geeignet sei, die Wohnqualität in der Umgebung zu vermindern. Auch wenn sich in unmittelbarer Nachbarschaft des Ateliers eine grosse Gewerbezone mit diversen Einkaufszentren und ein Autobahnkreuz befänden, bleibe das Störpotenzial zumindest bezüglich der übrigen Wohnungen im Mehrfamilienhaus bestehen. Das Atelier, in dem nebst der Beschwerdeführerin noch zwei weitere Frauen arbeiteten, habe denn auch zu entsprechenden Klagen von Stockwerkeigentümern Anlass gegeben. Demnach sei die sexgewerbliche Umnutzung der streitbetroffenen Wohnung schon gemäss Art. 17 aBZO nicht bewilligungsfähig gewesen. Erst recht sei eine Bewilligung der betreffenden Nutzung nach Art. 17 der geltenden BZO ausgeschlossen, da dieser sexgewerbliche Nutzungen und Betriebe in Wohnzonen explizit verbiete.
2.5 Das Gleichbehandlungsgebot nach Art. 8 Abs. 1 BV und das Willkürverbot nach Art. 9 BV sind eng miteinander verbunden. Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen). Ein Entscheid verletzt das Rechtsgleichheitsgebot, wenn er rechtliche Unterscheidungen trifft, für die ein vernünftiger Grund in den tatsächlichen Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder Unterscheidungen unterlässt, die sich aufgrund der Verhältnisse aufdrängen, wenn also Gleiches nicht nach Massgabe seiner Gleichheit gleich und Ungleiches nicht nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Vorausgesetzt ist, dass sich die ungerechtfertigte Gleich- bzw. Ungleichbehandlung auf eine wesentliche Tatsache bezieht. In dieser Hinsicht erscheint ein Verstoss gegen die Rechtsgleichheit als eine besondere Form der Willkür (vgl. BGE 131 I 394 E. 4.2 S. 399 mit Hinweisen).
2.6 Bei der Beurteilung, ob es sich um eine in raum- und ortsplanerischer Hinsicht "nicht", "mässig" oder "stark störende" Nutzung handelt, können namentlich ideelle Immissionen, die das seelische Empfinden verletzen bzw. unangenehme psychische Eindrücke erwecken, berücksichtigt werden. Wenn ein Betrieb zur Folge hat, dass die Umgebung unsicher, unästhetisch oder sonst wie unerfreulich wirkt, so kann dies die Attraktivität einer Gegend für Geschäfte und Wohnungen mindern. Auch solche Einwirkungen können mithin die Wohnqualität, und sei es auch nur über den Ruf der Wohngegend, in erheblichem Mass beeinträchtigen (Urteil 1P.160/2004 vom 27. Januar 2005 E. 4.1). Dabei wird nicht vorausgesetzt, dass die Störungen des Wohlbefindens an nach aussen in Erscheinung tretende Vorgänge anknüpfen, wie beispielsweise bei Betrieben des Sexgewerbes an aufreizende Werbung oder die Begegnung mit Freiern und dergleichen.
Bei der Anwendung von Normen mit Bezug auf ideelle Immissionen ist der Charakter der fraglichen Umgebung zu berücksichtigen. Die Qualifizierung ideeller Immissionen als stark störend bedingt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ein erhebliches Konfliktpotenzial zwischen den sich entgegenstehenden Nutzungen, insbesondere zu Wohnnutzungen. Umgekehrt lässt sich nicht sagen, dass eine Einstufung als "nicht störend" das Fehlen jeglichen Konfliktpotenzials voraussetzt. Vielmehr ist eine Gesamtschau unter Einbezug des geplanten Vorhabens und der bestehenden Umgebung anzustellen (BGE 136 I 395 E. 4.3.2 und 4.3.3 S. 401 f. mit Hinweisen). Nach diesem Massstab hat es das Bundesgericht etwa als vertretbar bezeichnet, in einer Zone mit einem Wohnanteil von mindestens 60 % sexgewerbliche Betriebe aufgrund ihrer ideellen Immissionen als stark störend einzustufen (Urteil 1P.771/2001 vom 5. Mai 2003 E. 9.2, in: ZBl 105/2004 S. 111).
2.7 Die Auslegung und die Anwendung von Art. 17 aBZO durch die Vorinstanz ist im Lichte von Art. 9 BV nicht zu beanstanden und steht in Einklang mit der eben zitierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung. Art. 17 aBZO legt fest, dass die Wohnzone in erster Linie für Wohnbauten bestimmt ist und nur nicht störende Betriebe zulässig sind. Die funktionale Betrachtungsweise der Vorinstanz, wonach in der Wohnzone nur Gewerbe zugelassen werden, die dem Bedarf der Bewohner dienen, entspricht durchaus den Zielen und dem Zweck der Regelung. Eine sexgewerbliche Nutzung unterscheidet sich hinsichtlich der Bedeutung für die Versorgung der Bevölkerung klarerweise etwa von Bäckereien, Coiffeurläden, ärztlichen Praxisräumen oder Ateliers für stille Berufe. Die sexgewerbliche Nutzung einer Wohnung in einem Mehrfamilienhaus kann - wie im zu beurteilenden Fall - dazu führen, dass sich die Bewohner belästigt fühlen, und sie ist geeignet, den guten Ruf des Quartiers zu beeinträchtigen und dadurch die Vermietbarkeit von Wohnungen in der Umgebung der betroffenen Liegenschaft, insbesondere an Familien mit Kindern, zu erschweren. Solche nachteiligen ideellen Auswirkungen haben die als zulässig eingestuften Betriebe nicht. Die ideellen Immissionen eines sexgewerblichen Betriebs stärker zu gewichten als die mit anderen Betrieben verbundenen materiellen Immissionen in Form von zusätzlichem Verkehr verletzt das Rechtsgleichheitsgebot gemäss Art. 8 BV nicht, da die unterschiedlichen Immissionen nach Massgabe ihrer Ungleichheit auch ungleich zu behandeln sind.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Gemeinde habe das sexgewerbliche Atelier "A._", welches sie 2008 von ihrer Vorgängerin übernommen habe, seit 1999 geduldet. Die Nutzungsänderung könne deshalb aus Gründen des Vertrauensschutzes nicht mehr verweigert werden. Ihr könne insoweit auch nicht vorgeworfen werden, bösgläubig gewesen zu sein. Als Brasilianerin, welche die einschlägigen bau- und planungsrechtlichen Bestimmungen nur sehr rudimentär kenne, sei ihr nicht bewusst gewesen, dass eine derartige Nutzungsänderung, welche mit keinerlei baulichen Massnahmen verbunden gewesen sei, einer baurechtlichen Bewilligung bedürfe. Bei der Übernahme des Ateliers 2008 habe ihr die Vorgängerin zudem versichert, von Seiten der Gemeinde sei die Rechtmässigkeit des sexgewerblichen Betriebs bestätigt worden. Unter diesen Umständen sei die Rechtswidrigkeit für sie bei zumutbarer Sorgfalt nicht erkennbar gewesen.
Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, mit dem Wiederherstellungsbefehl verstosse die Vorinstanz gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Die Abweichung vom Erlaubten sei nur gering, sodass keine gewichtigen öffentlichen Interessen gegen eine Beibehaltung des sexgewerblichen Betriebs sprechen würden. Demgegenüber würde ihr durch die Aufgabe des jetzigen Standorts ein erheblicher Schaden drohen, da sie mit dem Verlust des mit der Lokalität verbundenen Kundenstamms rechnen müsste.
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, es könne dahingestellt bleiben, wann die Gemeinde von der sexgewerblichen Nutzung der streitbetroffenen Wohnung erfahren habe, und ob die behördliche Untätigkeit bis zur formellen Bauverweigerung am 14. Dezember 2009 einen Vertrauenstatbestand darstelle, denn selbst bei langjähriger Duldung des baurechtswidrigen Zustands könne sich die Bauherrschaft dann nicht auf Vertrauensschutz berufen, wenn sie die Rechtswidrigkeit bei zumutbarer Sorgfalt hätte erkennen können, also insofern bösgläubig gewesen sei. Bei der Umnutzung einer Wohnung in einen Erotikbetrieb sei das Bewilligungserfordernis ohne Weiteres erkennbar. Dass ein Massagesalon, in dem sexgewerbliche Dienstleistungen angeboten würden, in baurechtlicher Hinsicht eine wesentlich andere und immissionsreichere Nutzung darstelle als eine Wohnung, müsse auch einem baurechtlichen Laien bewusst sein. Im zu beurteilenden Fall deute zudem nichts auf eine vertrauensbegründende Handlung oder Zusicherung der Baubehörde gegenüber der Beschwerdeführerin oder deren Rechtsvorgängerin hin.
Die Vorinstanz hat weiter ausgeführt, die Wiederherstellung sei verhältnismässig, da die Abweichung vom Erlaubten angesichts des wirtschaftlichen Interesses der Bauherrschaft nicht geringfügig sei. Ausserdem könne die jahrelange zonenwidrige Nutzung einer ganzen Wohnung nicht mehr als geringfügige Abweichung von einer Bauvorschrift betrachtet werden. Hinzu komme, dass es der Beschwerdeführerin freigestanden wäre, ihr Atelier in einer Zone einzurichten und bewilligen zu lassen, die eine entsprechende Nutzung zulasse. Stattdessen habe sie sich für die Übernahme der streitbetroffenen Wohnung entschieden, ohne sich um die Einholung einer baurechtlichen Bewilligung zu bemühen. Damit seien die geltend gemachten beträchtlichen Investitionen in das Atelier selbst verschuldet und bei der Interessenabwägung nicht zu berücksichtigen. Demgegenüber stelle die Vermeidung ideeller Immissionen ein berechtigtes öffentliches Interesse dar, welches das wirtschaftliche Interessen der Beschwerdeführerin im Ergebnis überwiege.
3.3 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist grosse Zurückhaltung geboten bei der Deutung einer behördlichen Untätigkeit als Duldung. Aber selbst wenn Baubehörden durch eine langjährige Duldung eines baurechtswidrigen Zustands einen Vertrauenstatbestand schaffen, kann sich die betroffene Person nur dann auf den Vertrauensschutz berufen, wenn sie die Rechtswidrigkeit bei zumutbarer Sorgfalt nicht hätte erkennen können, also insofern gutgläubig ist (BGE 111 Ib 213 E. 6a S. 221 ff.; Urteil 1P.768/2000 E. 4c, in: ZBl 103/2002 S. 188 ff.). Wusste die Bauherrschaft um das Bewilligungserfordernis für die vorgenommene Nutzungsänderung oder hätte sie darum wissen müssen, so ist sie in ihrem Vertrauen in die behördliche Duldung nicht zu schützen (Urteil 1P.198/2003 vom 19. August 2003 E. 3.4).
Nach der Rechtsprechung kann sich zwar auch die Bauherrschaft, die nicht gutgläubig gehandelt hat, gegenüber einem Wiederherstellungsbefehl auf den Grundsatz der Verhältnismässigkeit berufen. Sie muss aber in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, nämlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baurechtlichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beilegen und die der Bauherrschaft allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen. Vor dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit hält eine Massnahme stand, wenn sie zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich ist und das verfolgte Ziel in einem vernünftigen Verhältnis zu den eingesetzten Mitteln, d.h. den zu ihrer Verwirklichung notwendigen Freiheitsbeschränkungen, steht. Ein Wiederherstellungsbefehl erweist sich dann als unverhältnismässig, wenn die Abweichung vom Gesetz gering ist und die berührten allgemeinen Interessen den Schaden, der dem Eigentümer durch die Wiederherstellung entstünde, nicht zu rechtfertigen vermögen (BGE 111 Ib 213).
3.4 Die Beschwerdeführerin kann sich nicht mit Erfolg auf einen Vertrauenstatbestand berufen. Die pflichtgemässe Sorgfalt walten zu lassen, hätte bedeutet, sich nicht auf die in keiner Weise belegte Auskunft ihrer Vorgängerin, wonach die kommunalen Behörden den sexgewerblichen Atelierbetrieb als zulässig erachteten, zu verlassen, sondern sich bei der Übernahme des Betriebs bei den Baubehörden nach dem Erfordernis einer Nutzungsbewilligung zu erkundigen. Dies wäre erst recht geboten gewesen, da die Beschwerdeführerin gemäss eigenen Angaben mit dem schweizerischen Rechtssystem nicht vertraut ist.
Die Wiederherstellung erweist sich als verhältnismässig. Die Auffassung der Vorinstanz, die jahrelange zonenwidrige Nutzung einer ganzen Wohnung als Sexgewerbe könne nicht mehr als geringfügige Abweichung von einer Bauvorschrift betrachtet werden, verletzt kein Bundesrecht. Wie hoch der wirtschaftliche Nutzen der Beschwerdeführerin aus dem Betrieb ist, kann insoweit offen bleiben. Das gewichtige planerische Interessen, in Wohnzonen keine sexgewerblichen Einrichtungen zuzulassen, überwiegt das betriebswirtschaftliche Interesse der Beschwerdeführerin an der Weiterführung des sexgewerblichen Ateliers. Dies gilt im zu beurteilenden Fall umso mehr, als dass mit der Nutzungsänderung keine baulichen Massnahmen verbunden gewesen sind, weshalb auch keine kostspieligen baulichen Instandstellungsarbeiten vorgenommen werden müssen. Nicht begründet erscheint ferner die in diesem Zusammenhang geäusserte Befürchtung der Beschwerdeführerin, bei einem Umzug ihren Kundenstamm zu verlieren, ist doch die Adressänderung über den Internetauftritt des Ateliers leicht kommunizierbar.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Gemeinde, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Baubehörde Wangen-Brüttisellen, dem Baurekursgericht des Kantons Zürich, dem weiteren Beteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juli 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner