Fatti:
A. Il Ministero pubblico del Cantone Ticino (MP) ha aperto diversi procedimenti penali nei confronti di B._ per reati patrimoniali, sfociati nell'atto di accusa del 14 agosto 2012 mediante il quale l'imputato è stato rinviato davanti alla Corte delle assise correzionali di Lugano. Tra gli accusatori privati figura anche A._. Con scritto del 12 settembre 2012 quest'ultimo ha contestato la competenza del tribunale di primo grado, adducendo che i fatti oggetto dell'atto di accusa realizzerebbero anche le condizioni del reato di cui all'art. 243 CP (imitazione di biglietti di banca) di competenza, in assenza di delega, della giurisdizione federale (art. 23 cpv. 1 lett. e CPP). Questa contestazione è stata riproposta il 14 settembre successivo in sede di dibattimento.
B. Con decreto 14 settembre 2012, la Corte delle assise correzionali di Lugano ha respinto l'istanza. Mediante sentenza di stessa data, essa si è pronunciata anche sull'episodio riguardante il denunciante: questi aveva dato all'accusato CHF 100'000.-- in cambio di EUR 100'000.--, ricevendo tuttavia, coperte da una fascia, soltanto quattro banconote autentiche da EUR 500, mentre le altre erano facsimili. I giudici cantonali hanno ritenuto l'accusato colpevole di furto aggravato, per aver sottratto denaro contante per un importo complessivo di CHF 100'000.-- ai danni di A._, condannandolo a una pena detentiva di 14 mesi e a versare a quest'ultimo, a titolo di risarcimento danni, gli importi di CHF 97'600.-- e di CHF 6'500.-- oltre interessi.
C. A._ ha impugnato il citato decreto dinanzi alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), che con giudizio del 4 ottobre 2012 ha dichiarato il reclamo, diretto contro una decisione ordinatoria semplice, irricevibile.
D. Avverso questa sentenza A._ presenta un ricorso in materia penale e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo, di annullare sia il decreto del 14 settembre 2012 sia la sentenza di condanna, di dichiarare l'incompetenza della Corte delle assise correzionali e di trasmettere l'incarto all'autorità federale competente, come pure di porre il condannato in carcere di sicurezza.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 Il ricorso in materia penale diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), relativo in sostanza a una decisione pregiudiziale o incidentale notificata separatamente e concernente la competenza (art. 92 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile.
1.2.1 Riguardo alla legittimazione a ricorrere giova ricordare che secondo l'art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 5 LTF l'accusatore privato che ha partecipato alla procedura dinanzi all'istanza precedente è abilitato ad adire il Tribunale federale, se la decisione impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili. Quando questi non ha addotto le sue conclusioni civili nel procedimento penale, gli incombe spiegare nella sede federale, conformemente alle esigenze dell'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (DTF 138 IV 86 consid. 3; 136 I 49 consid. 1.4.1), quali pretese intenda fare valere e in quale misura la decisione impugnata potrebbe avere un'incidenza sul loro giudizio. Ciò in particolare laddove l'influenza sulla decisione relativa alle pretese civili non sia deducibile d'acchito e senza ambiguità (DTF 137 IV 246 consid. 1.3.1, 219 consid. 2.4; sentenza 1B_236/2011 del 15 luglio 2011 consid. 1.3.1).
1.2.2 Secondo l'art. 115 cpv. 1 CPP, il danneggiato è la persona i cui diritti sono stati "direttamente" lesi dal reato (al riguardo vedi sentenza 1B_432/2011 del 20 settembre 2012 consid. 2.2.-2.4 destinata a pubblicazione). Certo, in concreto il ricorrente è stato direttamente leso ai sensi dell'art. 115 cpv. 1 CPP dal reato giudicato dalla Corte delle assise correzionali. Decisiva è tuttavia la circostanza ch'egli non espone in che modo la decisione impugnata potrebbe influire sul giudizio sulle sue pretese civili, come richiesto dall'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF, ritenuto che un relativo giudizio, ch'egli ha impugnato in appello, è già stato pronunciato e che, pertanto, oggetto del litigio sarebbe unicamente l'ammontare del danno da lui subito (GORAN MAZZUCCHELLI/MARIO POSTIZZI, in: Basler Kommentar zur StPO, 2011, n. 42 ad art. 115).
1.2.3 Ora, circa la sua legittimazione, il ricorrente ammette, rettamente, che è già stata emanata una decisione sulle sue pretese civili. Aggiunge, in maniera del tutto generica, che i beni sequestrati e confiscati, tuttavia non meglio precisati, rilevato che nel dispositivo della sentenza di condanna non figurano beni sequestrati di un certo valore che gli apparterrebbero, non sarebbero stati messi a sua disposizione come chiesto in sede di dibattimento. Ricordato ch'egli ha annunciato l'appello contro la sentenza di condanna, riproponendo la censura d'incompetenza e la richiesta di devolvergli i beni sequestrati, mal si comprende in che misura la decisione impugnata potrebbe influire sul giudizio, già deciso in suo favore, sulle sue pretese civili.
1.2.4 Su questo punto, decisivo, il ricorrente asserisce semplicemente che la sentenza di condanna le coprirebbe solo "parzialmente", ciò che non risulta affatto dagli atti di causa, ritenuto che per l'importo di CHF 100'000.-- consegnati all'accusato, quest'ultimo è stato condannato a versargli l'importo di CHF 97'600.--, dopo che aveva già ricevuto EUR 2'000.--, e CHF 6'500.-- oltre interessi. Al riguardo, il ricorrente adduce soltanto la congettura secondo cui il condannato non sarebbe in grado di restituirgli la somma di CHF 100'000.-- e l'ipotesi che, al suo dire, il caso sarebbe diverso qualora le autorità reperissero chi starebbe a monte di questi reati, poiché si potrebbe supporre che, in tal caso, sarebbe "molto più probabile che vi siano beni da sequestrare e da confiscare". Aggiunge che la questione litigiosa della competenza avrebbe quindi un effetto "indiretto" sulle sue pretese civili.
1.2.5 Nella fattispecie è manifesto che la decisione impugnata non ha più alcun influsso sulle pretese civili del ricorrente, già riconosciute dal tribunale di merito. Del resto, insistendo, per di più soltanto nella descrizione dei fatti, sull'ipotesi secondo cui, accertata la sua competenza, il Ministero pubblico della Confederazione avrebbe potuto effettuare ricerche più approfondite allo scopo di rintracciare le persone che starebbero a monte dei reati perpetrati dal condannato per evitare che simili casi possano ripetersi, e rilevando che lo Stato non potrebbe accontentarsi "di aver acciuffato un ultimo anello della catena", il ricorrente (che peraltro non fa valere d'aver inoltrato una denuncia all'autorità federale) disattende che la pretesa punitiva spetta allo Stato e che non compete al danneggiato difendere siffatti interessi: né spetta al Tribunale federale esprimersi su mere ipotesi e congetture in assenza di un interesse giuridicamente protetto, concreto e attuale all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (art. 81 cpv. 1 lett. b LTF). Né il danneggiato, che non è vittima ai sensi della LAV (RS 312.5), è legittimato a contestare il principio della colpevolezza penale dell'accusato (DTF 136 IV 29 consid. 1.6 e 1.7).
Il generico accenno alla legittimazione del danneggiato sulla base dell'art. 73 CP (DTF 136 IV 29 consid. 1.9 in fine), norma della quale il ricorrente non rende per nulla verosimile l'adempimento delle condizioni di applicazione, non muta tale esito, ricordato peraltro che contro la sentenza di condanna egli ha annunciato l'appello (sul principio dell'unità di procedura di cui all'art. 29 CPP e sulla competenza ai sensi dell'art. 39 CPP vedi sentenza 1B_258/2012 del 10 luglio 2012 consid. 3.1 e 3.2 destinata a pubblicazione).
2. 2.1 Per di più si può rilevare che nel ricorso in materia penale il ricorrente fa solo riferimento ai motivi addotti nel reclamo alla CRP. Ora, il semplice rinvio a detti argomenti di merito invece della contestazione dell'impugnata decisione di inammmissibilità, unico oggetto del litigio (DTF 136 IV 29 consid. 1.8 pag. 40), è inammissibile per carenza di motivazione (art. 42 LTF; DTF 134 II 244 consid. 2.1-2.3; 134 I 303 consid. 1.3). D'altra parte, in tale ambito, il ricorrente si limita ad addurre, a torto, che la CRP si sarebbe fondata soltanto su un'opinione dottrinale, mentre invero, per concludere che il contestato decreto non è impugnabile, ne ha citate diverse. Al riguardo, il ricorrente sostiene, in maniera del tutto generica e quindi inammissibile, che interpretando "e contrario" una delle tesi dottrinali richiamate dalla CRP si dovrebbe dedurre che il decreto litigioso sarebbe impugnabile.
2.2 Nel ricorso sussidiario in materia costituzionale, oltre a un generico e quindi inammissibile accenno alla violazione dei suoi diritti costituzionali (art. 42 LTF; DTF 133 II 396 consid. 3.1), egli si limita ad esporre una pretesa lesione dei diritti dell'accusato: adduce poi che un ulteriore procedimento nei confronti del condannato violerebbe il principio "ne bis in idem". Ora, egli non è legittimato a far valere l'asserita lesione di diritti di terzi. Inoltre, anche in questo gravame, invece di spiegare perché l'impugnata decisione d'irricevibilità violerebbe i suoi diritti costituzionali (art. 116 LTF), egli fa valere in sostanza l'errata applicazione dell'art. 243 CP e l'affermata violazione di norme penali e processuali in materia di competenza, critiche attinenti alla sostenuta errata applicazione del diritto federale e quindi inammissibili.
3. 3.1 Ne segue che i ricorsi sono inammissibili. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
3.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo e quella, peraltro inammissibile, di porre il condannato in carcere di sicurezza.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia penale è inammissibile.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e, per conoscenza, alla Corte delle assise correzionali di Lugano.