Sachverhalt:
A. A.a Am 3. März 2006 schloss A.D._ (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit F._ einen bis zum 30. April 2007 befristeten Kaufrechtsvertrag, in welchem sie diesem das Recht einräumte, alle 200 Namenaktien der X.A._ AG mit Sitz in Q._ - die ihrerseits alleinige Gesellschafterin der X.B._ GmbH mit Sitz in R._ ist - sowie 75 % des Stammkapitals der X.C._ GmbH mit Sitz in S._ zu kaufen. Es wurde ein Preis von Fr. 4'500'000.-- verabredet und eine Preisminderung vereinbart für den Fall, dass der Gewinn 2006 vor Steuern der X.A._ AG den budgetierten Betrag von Fr. 1'200'000.-- nicht erreichen sollte. F._ nahm am 1. Mai 2006 Einsitz in die Geschäftsleitung der X.A._ AG. Zudem amtete er ab Juni 2006 als Geschäftsführer der X.C._ GmbH.
A.b Nach Durchführung einer Due-Diligence-Prüfung entschloss sich F._, das Kaufrecht auszuüben, wobei er den Kaufgegenstand (Aktien und Stammkapitalanteil) in der Folge nicht persönlich, sondern über die zu diesem Zweck gegründete X._ Holding AG mit Sitz in T._ (Klägerin, Beschwerdeführerin) zum Gesamtpreis von Fr. 4'375'000.-- erwarb (Kaufvertrag vom 30. April 2007). Nachdem der Kaufpreis am 30. April 2007 bezahlt wurde, schied der Ehemann von A.D._, A.E._, aus dem Verwaltungsrat der X.A._ AG aus. Zeitgleich nahm F._ Einsitz in den Verwaltungsrat und war fortan einziges Verwaltungsratsmitglied.
A.c Mit Brief vom 7. April 2008 an A.D._ machte die X._ Holding AG geltend, im Zuge der Erstellung der Jahresabschlüsse 2007 der X.A._ AG, der X.C._ GmbH und der X.B._ GmbH sowie "deren Revision und Besprechung" seien verschiedene im Brief einzeln aufgelistete "Mängel" entdeckt worden, "welche die Zeit vor dem 31.12.2006" beträfen und daher unter die im Kaufvertrag vom 30. April 2007 vereinbarten "Vertragsgarantien" fallen würden. Entsprechend machte sie eine Schadenersatzforderung im Betrag von Fr. 344'481.17 geltend.
Mit Brief vom 29. April 2008 teilte die X._ Holding AG A.D._ mit, sie habe zusätzlich zu den im Brief vom 7. April 2008 "gestellten Ansprüchen" einen weiteren "Mangel" entdeckt, indem die für einen vor dem Handelsgericht St. Gallen hängigen Patentprozess gebildeten Rückstellungen ungenügend seien. Mit Brief ihres Rechtsvertreters vom 30. April 2008 liess A.D._ das Vorliegen von Schadenersatzansprüchen bestreiten, worauf die X._ Holding AG Ende Mai 2008 den Betrag von Fr. 344'481.15 nebst Zins gegen A.D._ in Betreibung setzte, wogegen diese Rechtsvorschlag erhob.
B. Mit Eingabe vom 12. September 2008 erhob die X._ Holding AG beim Kreisgericht St. Gallen Klage mit dem im Laufe des Verfahrens abgeänderten Begehren, A.D._ sei zu verpflichten, ihr Fr. 333'281.10 nebst 5 % Zins seit 11. Mai 2008 zu bezahlen, in diesem Umfang sei der erhobene Rechtsvorschlag zu beseitigen. Darüber hinaus sei A.D._ zur Bezahlung von Fr. 16'707.95 nebst 5 % seit 1. Juni 2008, unter Nachklagevorbehalt, zu verpflichten.
A.D._ beantragte die Abweisung der Klage und verkündete F._ den Streit, der sich in der Folge jedoch nicht am Verfahren beteiligte.
Mit Entscheid vom 19. November 2010 wies das Kreisgericht St. Gallen die Klage ab, soweit sie von der Klägerin noch aufrechterhalten worden war.
Eine von der Klägerin dagegen erhobene Berufung wurde vom Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 18. April 2012 abgewiesen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, der Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 18. April 2012 sei aufzuheben und die Klage sei im Betrag von Fr. 198'381.25 zuzüglich Zins zu 5 % seit 11. Mai 2008 gutzuheissen. Eventualiter sei die Streitsache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik eingereicht.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 137 III 417 E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 BGG). Der für die Beschwerde in Zivilsachen bei vermögensrechtlichen Angelegenheiten erforderliche Streitwert nach Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG ist zweifellos gegeben. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2. 2.1 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 135 III 397 E. 1.5 S. 401). Die Beschwerdeführerin, die die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (BGE 136 II 508 E. 1.2 S. 511 f.; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 462 E. 2.4 S. 466, 393 E. 7.1 S. 398, 350 E. 1.3 S. 351 f.).
Dabei ist zu beachten, dass eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung nicht schon dann vorliegt, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheids als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (BGE 136 I 316 E. 2.2.2 S. 318 f.).
Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn vom Sachrichter gezogene Schlüsse nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmen, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (BGE 135 II 356 E. 4.2.1 S. 362; 129 I 8 E. 2.1 S. 9; 116 Ia 85 E. 2b S. 88). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; 120 Ia 31 E. 4b S. 40). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. BGE 116 Ia 85 E. 2b S. 88).
2.2 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Neu und damit unbeachtlich ist die von der Beschwerdeführerin erst im Beschwerdeverfahren eingereichte Stellungnahme von G._ vom 29. Mai 2012.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe im kantonalen Verfahren - mangels entsprechender Behauptung durch die Beschwerdegegnerin - weder Veranlassung noch Gelegenheit gehabt, sich zu der Feststellung der Vorinstanz, bezüglich des Wissens und der Zustimmung von F._ in Bezug auf die Korrekturbuchung bei der X.A._ AG, zu äussern, weshalb die Einreichung der Stellungnahme nicht zu spät erfolge. Dabei kann der Beschwerdeführerin jedoch nicht gefolgt werden. Es ist nicht ersichtlich, weshalb sie diese Stellungnahme nicht bereits im vorinstanzlichen Verfahren hat vorbringen können, zumal sie selber der Vorinstanz, zusammen mit ihrer Berufungsschrift, das Kontoblatt 01.01.-31.12.07 eingereicht hat, worin die fragliche Korrekturbuchung aufgeführt war.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Beschwerdegegnerin habe mehrere in Ziffer 5 des Kaufvertrages vom 30. April 2007 vereinbarte Garantien verletzt, und macht Schadenersatz aus Schlechterfüllung des Vertrages geltend.
Vor der Vorinstanz waren insgesamt fünf verschiedene Schadensposten im Betrag von Fr. 292'795.80 strittig, welche sich auf "Mängel" in der X.A._ AG, der X.C._ GmbH und der X.B._ GmbH bezogen. Die Beschwerdeführerin hat sich mit der Abweisung von zwei dieser Schadensposten (Ersatzforderungen wegen angeblich unterlassener Verbuchung bei der X.C._ GmbH und wegen angeblich ungenügenden Rückstellungen bei der X.A._ AG wegen eines Patentprozesses) abgefunden, weshalb vor Bundesgericht nur noch drei Schadensposten im Betrag von insgesamt Fr. 198'381.25 strittig sind. Dabei handelt es sich um die folgenden Schadenersatzforderungen:
1. Ersatzforderung wegen ungenügender passiver Rechnungsabgrenzungen per 31. Dezember 2006 für noch nicht ausbezahlten Personalaufwand in der Höhe von Fr. 170'269.65 bei der X.A._ AG.
2. Ersatzforderung wegen fehlender Ausbuchung von Kunden-kontozahlungen im Jahr 2006, was eine nachträgliche Korrekturbuchung im Jahr 2007 im Betrag von EUR 13'608.--bzw. Fr. 21'904.25 bei der X.C._ GmbH zur Folge hatte.
3. Ersatzforderung wegen steuerlicher Nachbelastung für die Jahre 2003 und 2004 von total EUR 3'856.32 bzw. Fr. 6'207.35 bei der X.B._ GmbH, da steuerbefreite Ausfuhrlieferungen nicht belegt werden konnten.
3.2 Die Vorinstanz kam bezüglich des ersten im bundesgerichtlichen Verfahren noch strittigen Schadensposten betreffend der mutmasslich ungenügenden passiven Rechnungsabgrenzungen für noch nicht ausbezahlten Personalaufwand zum Schluss, dass der Schaden nicht ausgewiesen und die rechtzeitige Mängelrüge nicht nachgewiesen sei. Im Wesentlichen mit den gleichen Argumenten hat die Vorinstanz auch die beiden weiteren noch streitigen Schadensposten - die mutmasslich fehlende Ausbuchung von Kunden-Akontozahlungen und die mutmasslich steuerliche Nachbelastung - abgewiesen.
Unter Ziffer 6.2 des Kaufvertrages vom 30. April 2007 haben die Parteien vereinbart, dass die Käuferin Schadenersatzansprüche aufgrund der Nichterfüllung der gemäss Ziffer 5 des Vertrages von der Verkäuferin übernommenen Garantien nur geltend machen kann, wenn die Summe aller Schadenersatzansprüche Fr. 50'000.-- überschreiten. Deshalb ist bezüglich der beiden letzteren geltend gemachten Schadensposten zu beachten, dass diese für sich alleine den notwendigen minimalen Betrag von Fr. 50'000.-- nicht erreichen. Erweist sich die Beschwerde somit bezüglich des ersten Schadensposten als nicht begründet, sind die beiden weiteren Posten für das vorliegende Verfahren nicht mehr von Bedeutung.
4. Gemäss den vorstehenden Ausführungen ist somit vorerst zu klären, ob der erste noch umstrittene Schadensposten - die mutmasslich ungenügende passive Rechnungsabgrenzung für noch nicht ausbezahlten Personalaufwand bei der X.A._ AG - rechtzeitig gerügt worden ist.
4.1 Die Beschwerdeführerin macht abermals, wie bereits vor den kantonalen Instanzen geltend, bei den unter Ziffer 5 des Kaufvertrages vom 30. April 2007 unter dem Titel "Selbständige Garantieversprechen der Verkäuferin" aufgeführten Garantieerklärungen handle es sich - dem Wortlaut folgend - um selbstständige Garantieversprechen und nicht um blosse Zusicherungen im Sinne des Sachgewährleistungsrechts, wie dies die Vorinstanz angenommen habe. Demnach hätten die Parteien nicht nur die Mängelrügepflicht nach Art. 201 OR und die kurze Verjährungsfrist nach Art. 210 OR, sondern auch die Prüfungspflicht nach Art. 200 Abs. 2 OR wegbedungen.
4.2 Es ist unbestritten, dass zwischen den Parteien ein Unternehmenskaufvertrag vereinbart und abgewickelt worden ist. Auf diese Geschäfte sind nach ständiger Rechtsprechung die Gesetzesbestimmungen über den Fahrniskauf (Art. 187 ff. OR) anwendbar (BGE 107 II 419 E. 1 S. 422). Beim Share Deal (Erwerb von Aktien oder Anteilen), wie dieser vorliegend zur Diskussion steht, bezieht sich die gesetzliche Gewährleistung aber nicht auf die Vermögenswerte der Gesellschaft, sondern ist auch bei einem Verkauf aller Aktien bloss für den Bestand und Umfang der damit veräusserten Rechte gegeben, unabhängig davon, ob die Aktien als Urkunden ausgegeben worden sind oder nicht. Für den wirtschaftlichen Wert der Aktien haftet der Verkäufer gemäss Art. 197 OR nur dann, wenn er dafür besondere Zusicherungen abgegeben hat (BGE 107 II 419 E. 1 S. 422; 108 II 102 E. 2a S. 104). Soweit die Parteien nichts anderes vereinbart haben, kommen auf diese Zusicherungen auch die Vorschriften des Art. 201 OR zur Anwendung.
Wie die Vorinstanz zu Recht erwogen hat, ist die Unterscheidung zwischen Zusicherungen im Sinne des Sachgewährleistungsrechts und selbstständigen Garantieerklärungen insoweit von Bedeutung, weil sich die Rechtsfolgen bei Verletzung letzterer nach Art. 97 ff. OR richten, womit die Rügeobliegenheiten nach Art. 201 OR entfallen und die kurze Verjährungsfrist von Art. 210 OR nicht gilt.
Die Beschwerdeführerin verkennt jedoch, dass die Frage, ob die Beschwerdegegnerin im zu beurteilenden Fall mit ihren Abreden in Ziffer 5 ff. des Kaufvertrages vom 30. April 2007 Zusicherungen oder Garantieversprechen abgegeben hat, für den Ausgang des Verfahrens ohne Relevanz ist. Die Bestimmungen über die kaufrechtliche Sachgewährleistung sind grundsätzlich dispositiver Natur (vgl. Urteil 4A_492/2012 vom 22. November 2012 E. 3; vgl. auch Urteil 4C.103/1995 vom 27. März 1996 E. 2), womit die Parteien die Möglichkeit haben, die Folgen eines Mangels und das Verfahren für dessen Geltendmachung vertraglich abweichend zu regeln, soweit dabei nicht die Haftung für absichtliche Täuschung wegbedungen wird. Von dieser vertraglichen Gestaltungsmöglichkeit haben die Parteien in Ziffer 6.4 des Kaufvertrages vom 30. April 2007 Gebrauch gemacht und vereinbart, dass die Käuferin der Verkäuferin Mängel innert dreissig Tagen nach deren Entdeckung schriftlich mitzuteilen hat.
4.3 Ob die Frist nach Ziffer 6.4 des Vertrages erst ab sicherer Kenntnis oder schon von jenem Zeitpunkt an zu laufen beginnt, in dem die Käuferin vom Mangel bei ordentlicher Aufmerksamkeit Kenntnis haben sollte, entscheidet sich nicht danach, ob Art. 200 Abs. 2 OR anwendbar ist oder nicht. Vielmehr ist entscheidend, wie die genannte Vereinbarung zwischen den Parteien auszulegen ist.
4.3.1 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (Art. 18 Abs. 1 OR). Wenn dieser unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen, die ihnen vorausgegangen und unter denen sie abgegeben worden sind, verstanden werden durften und mussten (BGE 132 III 24 E. 4 S. 27 f.; 131 III 606 E. 4.1 S. 611; je mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 133 III 61 E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen).
4.3.2 Ziffer 6.4 des Kaufvertrages vom 30. April 2007 bestimmt, dass die dreissigtägige Rügefrist mit der "Entdeckung" des Mangels beginnt, ohne dass jedoch präzisiert wird, was darunter zu verstehen ist. Die Vorinstanz hat nicht festgestellt, ob die Parteien damit eine gesicherte tatsächliche Kenntnis eines Mangels gemeint haben oder ob sie damit auch Tatbestände erfassen wollten, bei denen die Käuferin bei Anwendung der gebotenen Aufmerksamkeit im Geschäftsverkehr, den Mangel hätte erkennen müssen. Die Vertragsauslegung hat damit nach der normativen oder objektivierten Vertragsauslegung zu erfolgen, welche das Bundesgericht als Rechtsfrage überprüfen kann. Zu beachten ist dabei, dass es sich um geschäftserfahrene und beim Vertragsabschluss durch Anwälte beratene Parteien handelte. Von daher konnten beide Seiten davon ausgehen, dass die jeweilige Gegenseite auch bei der Abwicklung des Geschäfts bzw. bei der Ausarbeitung des Kaufvertrages nach jenen Regeln vorging, welche im Geschäftsleben nach Treu und Glauben zu erwarten sind. Entsprechend ist auch die genannte Vertragsbestimmung in dem Sinne zu verstehen, dass es für den Fristenlauf genügt, wenn die Käuferin nach der gebotenen Sorgfalt vom Mangel Kenntnis haben musste.
Ob diese Voraussetzung strenger ist als die bloss gewöhnliche Aufmerksamkeit nach Art. 200 Abs. 2 OR, kann dabei offen bleiben. Wohl kann nicht davon ausgegangen werden, dass die Käuferin bereits aufgrund der Due-Dilligence-Prüfung den Mangel hätte erkennen müssen. Sinn der ausdrücklichen Zusicherung im Vertrag ist es, dass hier die Verantwortung gerade nicht auf die Käuferin abgewälzt wird. Die Vorinstanz hält aber in für das Bundesgericht verbindlicher Weise fest, dass am 31. Dezember 2007 eine mit "Korr. Ferienabgrenzung 12.20 F 50050" bezeichnete Buchung mit einem Saldobetrag von Fr. 169'892.16 erfolgt ist. Zu diesem Zeitpunkt amtete F._ bereits seit über einem halben Jahr als einziger Verwaltungsrat der X.A._ AG. Die Vorinstanz hält zu Recht fest, dass er in dieser Funktion auch für die Jahresrechnung 2007 verantwortlich war und somit eine solche Korrekturbuchung ordentlicherweise nicht ohne sein Wissen erfolgen konnte. Mit Blick auf den im Kaufvertrag für das Jahr 2006 versprochenen Gewinn (vor Steuern) von Fr. 1'200'000.-- und für diese Gesellschaft vereinbarten Kaufpreis von Fr. 3'875'000.--, handelt es sich um eine gewichtige Korrekturbuchung, deren Kenntnisnahme sehr wohl zu den Aufgaben des Verwaltungsrates gehört.
Die Vorinstanz hat gestützt darauf festgestellt, dass sich die Beschwerdeführerin nicht darauf berufen könne, sie habe von den angeblich ungenügenden passiven Rechnungsabgrenzungen für Personalaufwand bei der X.A._ AG erst mit dem Brief der Revisionsstelle vom 3. April 2008 erfahren. Hatte F._ Ende 2007 Kenntnis vom Mangel, ist die dreissigtägige Rügefrist gemäss Ziffer 6.4 des Kaufvertrages mit Schreiben vom 7. April 2008 mit Sicherheit nicht gewahrt.
4.3.3 Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerdeschrift kann der Vorinstanz bei diesen Feststellungen keine Willkür vorgeworfen werden. Es geht nicht darum, aus den Sachumständen den in der Tat fraglichen Schluss zu ziehen, dass F._ Ende 2007 tatsächlich von der genannten Buchung Kenntnis hatte. Es geht nur um die Feststellung, dass er davon Kenntnis haben konnte und musste, sofern er seinen Verpflichtungen als einziger Verwaltungsrat der Aktiengesellschaft nachgekommen ist. Es muss der Beschwerdeführerin verwehrt bleiben, sich zu Lasten der Beschwerdegegnerin darauf berufen zu können, dass F._, sich entgegen seiner Rechtspflichten als Verwaltungsrat nicht um die erhebliche Korrekturbuchung gekümmert hat, was einem Rechtsmissbrauch gleichkommen würde (Art. 2 ZGB). Insofern ist - wie dargelegt - der Kaufvertrag in diesem Sinne auszulegen, dass es für den Beginn des Fristenlaufes auch genügt, wenn die Käuferin nach der gebotenen Sorgfalt vom Mangel Kenntnis haben musste. Dass dies aber nicht der Fall war und die Beschwerdeführerin bzw. F._ Ende 2007 unter Anwendung der gebotenen Sorgfalt als einziger Verwaltungsrat nicht hätte von dieser Buchung Kenntnis haben können und müssen, legt die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde nicht dar.
4.4 Damit ergibt sich, dass der Mangel nicht rechtzeitig gerügt worden ist und schon deshalb jede Entschädigungspflicht der Beschwerdegegnerin dafür entfällt. Auf die weiteren im angefochtenen Entscheid in diesem Punkt aufgeführten Argumente braucht deshalb nicht mehr eingegangen zu werden.
5. Die Beschwerde hat sich bezüglich des ersten noch strittigen Schadensposten, der mutmasslich ungenügenden passiven Rechnungsabgrenzungen für noch nicht ausbezahlten Personalaufwand, als unbegründet erwiesen. Die beiden anderen geltend gemachten Schadensposten (Ersatzforderungen wegen fehlender Ausbuchung von Kunden-Akontozahlungen und wegen steuerlicher Nachbelastung) erreichen zusammen nur einen Betrag von Fr. 28'111.60 und liegen damit unter der Grenze von Fr. 50'000.-- gemäss Ziffer 6.2 des Kaufvertrages vom 30. April 2007 für die Geltendmachung von Schadenersatzansprüchen. Damit erübrigt es sich, auf die Rügen der Beschwerdeführerin bezüglich dieser beiden Posten einzugehen.
6. Aus den dargelegten Gründen erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Januar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze