Faits:
A. A.a A._, né en 1969, et dame A._, née en 1971, se sont mariés le 21 juin 1996 à Gruyères. Trois enfants, encore mineurs, sont issus de leur union.
A.b Le 14 mai 2010, A._ a introduit une procédure de mesures protectrices de l'union conjugale, transformée ultérieurement en procédure de mesures provisionnelles lors de l'audience du 24 juin 2010, au cours de laquelle les parties ont déposé une requête commune de divorce avec accord partiel.
Le Président du Tribunal civil de la Gruyère a rendu son ordonnance de mesures provisionnelles le 10 août 2010.
Saisi d'un recours déposé le 2 septembre 2010 par A._, le Tribunal civil de la Gruyère a rendu son jugement le 8 mars 2011, mentionnant à titre de "voie de droit" que sa décision était susceptible d'appel dans un délai de 10 jours dès réception.
Statuant sur l'appel interjeté par A._ contre le jugement précité, la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg l'a déclaré irrecevable par arrêt du 24 mai 2011, aux motifs, d'une part que la décision querellée était une décision de seconde instance et que le nouveau Code de procédure civile fédéral n'avait pas pour vocation "d'ouvrir une troisième instance cantonale", d'autre part que l'indication erronée de la voie de droit "ne saurait créer un recours qui n'existe pas".
B. Par acte du 17 juin 2011, A._ (ci-après : le recourant) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. En substance et se référant notamment à l'arrêt 5A_162/2011 du 19 avril 2011 [désormais publié : ATF 137 III 238], il conclut principalement à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle traite son appel, subsidiairement à la constatation de la nullité du jugement rendu par le Tribunal civil de la Gruyère et à la transmission de son recours contre l'ordonnance du Président du Tribunal civil à la Cour d'appel civil pour instruction.
Invités à se déterminer, le Tribunal cantonal ne formule aucune observation tandis que l'intimée conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 1, consid. 1.1 p. 3 et les références citées).
2. En vertu de l'art. 75 al. 2 1ère phr. LTF, les cantons instituent des tribunaux supérieurs comme autorités cantonales de dernière instance.
2.1 Jusqu'au 31 décembre 2010, en vertu de l'art. 130 al. 2 LTF, les juridictions cantonales inférieures pouvaient continuer à statuer, notamment sur recours, conformément au droit cantonal. Ainsi, en droit cantonal fribourgeois, le Tribunal civil d'arrondissement pouvait statuer sur appel contre une ordonnance de mesures provisionnelles rendue par le Président du Tribunal civil d'arrondissement dans le cadre d'une procédure de divorce (art. 48 de la loi d'application du Code civil suisse pour le canton de Fribourg [LACC/FR], disposition abrogée suite à l'entrée en vigueur du Code de procédure civile du 19 décembre 2008 [ci-après CPC], et art. 376 al. 1 de l'ancien code de procédure civile fribourgeois [aCPC/FR]); aucune voie de recours cantonale n'était toutefois ouverte contre son jugement (art. 376 al. 1 aCPC/FR; Revue fribourgeoise de jurisprudence [RFJ] 2000 p. 284, 287 et la référence), qui pouvait et devait être entrepris directement par un recours en matière civile au Tribunal fédéral au sens de l'art. 98 LTF.
2.2 D'ici à l'entrée en vigueur du CPC, le 1er janvier 2011, les cantons devaient avoir édicté des dispositions d'exécution conformes notamment à l'art. 75 al. 2 LTF; ils devaient en particulier avoir institué comme autorités de recours - de dernière instance - des tribunaux supérieurs (art. 75 al. 2 1ère phrase LTF). Le délai transitoire qui leur avait été accordé pour adapter leur législation est échu à cette date (ATF 137 III 238, consid. 2.2 p. 239 s.).
Sauf à violer le principe de la primauté du droit fédéral (art. 49 Cst.), les cantons doivent donc désormais soumettre au tribunal supérieur, c'est-à-dire au tribunal cantonal (ou à l'un ou plusieurs de ses membres) les recours pendants au 1er janvier 2011 qui seront jugés après cette date (ATF 137 III 238, consid. 2.2 p. 240).
En effet, à dater du 1er janvier 2011, le recours en matière civile au Tribunal fédéral, comme d'ailleurs le recours constitutionnel subsidiaire (art. 114 LTF), ne sont recevables que contre une décision cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), prise par un tribunal supérieur (art. 75 al. 2 1ère phrase LTF) et, sauf exceptions expresses, rendue sur recours (art. 75 al. 2 2e phrase LTF; ATF 137 III 238, consid. 2.2 p. 240).
2.3 Au vu de ce qui précède, la décision par laquelle le Tribunal cantonal fribourgeois a déclaré irrecevable l'appel interjeté par le recourant viole l'art. 75 al. 2 1ère phrase LTF. Dans le cas particulier, le seul moyen dont disposait le recourant était en effet l'appel au Tribunal cantonal, la décision objet de l'appel, rendue sur mesures provisionnelles par le Tribunal civil de la Gruyère, ne pouvant être immédiatement déférée au Tribunal fédéral.
3. Le présent recours doit par conséquent être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle examine les moyens soulevés par le recourant.
S'agissant du sort des frais et dépens, les motifs du présent arrêt, à savoir la carence de l'autorité cantonale, constituent des circonstances justifiant de s'écarter du principe selon lequel ceux-ci sont mis à la charge de la partie qui succombe. Ainsi, bien que l'intimée ait conclu au rejet du recours, il convient de renoncer à mettre à sa charge tant les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) que les dépens du recourant (art. 68 al. 1 LTF). En tant que, par ailleurs, des frais ne peuvent être imposés aux cantons, le présent arrêt sera rendu sans frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Quant aux dépens du recourant, représenté par un avocat et qui obtient gain de cause, ils doivent être mis à la charge du canton de Fribourg (arrêt 5A_183/2009 du 18 mai 2009 consid. 3; ATF 129 V 335 consid. 4 p. 342). Enfin, l'intimée, qui a succombé, n'a par contre pas droit à des dépens (4A_252/2007 du 15 novembre 2007 consid. 3.2).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour instruction et nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 1'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Fribourg.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg.
Lausanne, le 26 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin