Sachverhalt:
A.
Die A._ AB (Gesuchstellerin, Beschwerdeführerin) beantragte dem Bundespatentgericht mit Eingabe vom 25. April 2013, es seien gegenüber der B._ AG (Gesuchsgegnerin, Beschwerdegegnerin) vorsorgliche Massnahmen anzuordnen (Verbot nach Antrags-Ziff. 1 und Verpflichtung zum Rückruf in Verkehr gebrachter Arzneimittel nach Antrags-Ziff. 2); über das Gesuch sei zudem "unter Kosten- und Entschädigungsfolgen [...] zu Lasten der Gesuchsgegnerin" (Antrags-Ziff. 3) zu entscheiden.
B.
Mit Urteil vom 12. Mai 2014 schrieb das Bundespatentgericht das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen in Bezug auf Antrags-Ziff. 1 wegen Gegenstandslosigkeit als erledigt ab und wies Antrags-Ziff. 2 ab (Dispositiv-Ziff. 1). Es setzte die Gerichtskosten auf Fr. 25'000.-- fest (Dispositiv-Ziff. 2), die es der Gesuchstellerin zu 15 % (Fr. 3'750.--) und der Gesuchsgegnerin zu 85 % (Fr. 21'250.--) auferlegte und mit dem von der Gesuchstellerin geleisteten Kostenvorschuss verrechnete, wobei es die Gesuchsgegnerin im Betrag von Fr. 21'250.-- zum Ersatz verpflichtete (Dispositiv-Ziff. 3). Zudem verpflichtete das Bundespatentgericht die Gesuchsgegnerin, der Gesuchstellerin eine auf 70 % reduzierte Parteientschädigung von Fr. 13'040.-- zu bezahlen (Dispositiv-Ziff. 4).
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Gesuchstellerin dem Bundesgericht, die Gesuchsgegnerin sei - sinngemäss unter Aufhebung von Dispositiv-Ziff. 4 des angefochtenen Entscheids - zu verpflichten, ihr die Auslagen für den beigezogenen Patentanwalt in der Höhe von Fr. 35'645.80.-- zu bezahlen. Zudem sei Dispositiv-Ziff. 3 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und es seien der Beschwerdegegnerin 100 % der Gerichtskosten des Vorverfahrens, d.h. Fr. 25'000.--, aufzuerlegen; ausserdem sei diese zum Ersatz des von der Beschwerdeführerin geleisteten Kostenvorschusses in der Höhe von Fr. 25'000.-- zu verpflichten. Eventualiter sei der Kostenentscheid aufzuheben und die Sache zur Neuverlegung der Gerichtskosten und zur Festlegung der Entschädigung für den beigezogenen Patentanwalt an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde; eventualiter sei die von der Beschwerdeführerin beantragte Entschädigung von Fr. 35'645.80 für den patentanwaltlichen Aufwand angemessen - mindestens jedoch um 2/3 - zu reduzieren und die Beschwerde sei im Übrigen abzuweisen. Die Vorinstanz äusserte sich mit Eingabe vom 7. Juli 2014 zum Antrag auf Ersatz der Patentanwaltskosten und verzichtete im Übrigen auf eine Vernehmlassung.
Die Beschwerdeführerin reichte dem Bundesgericht eine Replik, die Beschwerdegegnerin eine Duplik ein.
Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 139 III 133 E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
1.1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Massnahmeentscheid des Bundespatentgerichts (Art. 75 Abs. 1 BGG). Entscheide über vorsorgliche Massnahmen gelten nur dann als Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbstständig eröffnete Massnahmeentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, stellen Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG dar (BGE 138 III 76 E. 1.2 mit Hinweis).
Der angefochtene Entscheid betrifft vorsorgliche Massnahmen, die in einem von der Einleitung eines ordentlichen Hauptverfahrens unabhängigen Verfahren beurteilt wurden. Mit dem angefochtenen Entscheid wurde das Gesuch teilweise als gegenstandslos geworden abgeschrieben und teilweise abgewiesen, womit das Gesuchsverfahren zum Abschluss gebracht wurde. Es handelt sich folglich um einen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG (vgl. auch BGE 138 III 76 E. 1.2 mit Hinweis).
Gegen den angefochtenen Entscheid des Bundespatentgerichts steht - unabhängig vom Streitwert (Art. 74 Abs. 2 lit. e BGG) - die Beschwerde in Zivilsachen offen. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
1.2. Bei einem Entscheid, der eine vorsorgliche Massnahme zum Gegenstand hat, kann vor Bundesgericht nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (Art. 98 BGG). Die Verletzung dieser Rechte kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 138 I 171 E. 1.4; 136 I 65 E. 1.3.1 S. 68; 133 III 439 E. 3.2 S. 444 f.; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer muss klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darlegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (BGE 139 I 229 E. 2.2; 135 III 232 E. 1.2; 133 III 589 E. 2). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 9 BV geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (BGE 139 III 334 E. 3.2.5 S. 339; 138 IV 13 E. 5.1 S. 22; 134 II 349 E. 3 S. 352).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt. Dazu gehören namentlich die Anträge der Parteien, ihre Tatsachenbehauptungen, rechtlichen Erörterungen, Prozesserklärungen und Beweisvorbringen, der Inhalt einer Zeugenaussage, einer Expertise oder die Feststellungen anlässlich eines Augenscheins (BGE 140 III 16 E. 1.3.1).
Da gegen den angefochtenen Entscheid nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann (Art. 98 BGG), kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen nur dann in Frage, wenn die Vorinstanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat. Wird Letzteres geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern diese verfassungswidrig, insbesondere willkürlich, sein soll (BGE 136 I 332 E. 2.2; 133 III 393 E. 7.1 S. 398, 585 E. 4.1 S. 588 f.; je mit Hinweisen). Ausserdem hat der Beschwerdeführer mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen genannt hat (vgl. BGE 140 III 86 E. 2 S. 90 mit Hinweisen).
2.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie habe die Gerichtskosten im Zusammenhang mit der Abweisung ihres Rechtsbegehrens nach Antrags-Ziff. 2 willkürlich (Art. 9 BV) verteilt.
2.1. Die Vorinstanz führte zur Begründung des Kostenentscheids aus, das Verfahren betreffend das Unterlassungsbegehren nach Antrags-Ziff. 1 wäre mutmasslich zugunsten der Beschwerdeführerin ausgegangen. Indem die Beschwerdegegnerin erst nach Rechtshängigkeit des Massnahmebegehrens die entsprechende Unterlassungserklärung abgegeben habe, habe sie zudem die Gegenstandslosigkeit in Bezug auf Antrags-Ziff. 1 verursacht. Es rechtfertige sich daher, die auf dieses Rechtsbegehren anfallenden Kosten vollumfänglich der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen.
Hinsichtlich der Abweisung von Antrags-Ziff. 2 des Gesuchs (Verpflichtung zum Rückruf in Verkehr gebrachter Arzneimittel) erwog die Vorinstanz, die Abweisung erfolge nicht zuletzt aufgrund der relativ langen Verfahrensdauer, was nicht allein der Beschwerdeführerin angelastet werden könne. Es erscheine daher gerechtfertigt, die entsprechenden Prozesskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen.
2.2. Die Beschwerdeführerin bringt vor, es dürfte nicht willkürlich sein, wenn sich die Vorinstanz auf den Standpunkt stelle, ein Rückruf gemäss Antrags-Ziff. 2 sei im Urteilszeitpunkt kaum mehr eine verhältnismässige Massnahme, um weitere Patentverletzungen zu verhindern, wenn man auf die Feststellung der Vorinstanz abstelle, wonach die Beschwerdegegnerin seit dem 2. Mai 2013 keine patentverletzenden Produkte mehr vertreibe. Der Grund für den Umstand, dass es zum Urteilszeitpunkt kaum mehr patentverletzende Tabletten auf dem schweizerischen Markt gehabt habe, die hätten zurückgerufen werden können, liege allerdings darin, dass die Beschwerdegegnerin sich nach Erhalt des Massnahmebegehrens dem Unterlassungsbegehren nach Antrags-Ziff. 1 vollständig unterzogen und nach dem 2. Mai 2014 keine patentverletzenden Produkte mehr vertrieben habe. Der Umstand, dass sich die Beschwerdegegnerin dem Rechtsbegehren nach Antrags-Ziff. 1 nach Erhalt des Massnahmegesuchs vollumfänglich unterzogen habe und deshalb im Urteilszeitpunkt kaum mehr zurückzurufende Produkte auf dem Markt vorhanden waren, hätte auch bei der Verlegung der Kosten im Zusammenhang mit dem Rechtsbegehren nach Antrags-Ziff. 2 berücksichtigt werden müssen.
Die Vorinstanz verkenne mit ihrer Begründung für die hälftige Aufteilung der Gerichtskosten im Zusammenhang mit der Abweisung von Antrags-Ziff. 2"auf stossende Weise, dass die Verfahrensdauer (wenn überhaupt) höchstens sekundär relevant ist für die Begründetheit des [...] beantragten Rückrufs". Hätte sich die Beschwerdegegnerin dem Rechtsbegehren nach Antrags-Ziff. 1 nicht vollumfänglich unterzogen, wären im Urteilszeitpunkt von der Beschwerdegegnerin noch patentverletzende Tabletten vertrieben worden, und diese hätten zurückgerufen werden müssen, selbst wenn das Verfahren vor der Vorinstanz noch länger gedauert hätte als bis am 12. Mai 2014. In diesem Sinne habe die Vorinstanz eine andere Gesuchsgegnerin in einem parallelen Verfahren zum Rückruf ihrer patentverletzenden Tabletten verpflichtet, auch wenn das betreffende Verfahren gleich lange gedauert habe. Die Verfahrensdauer sei also offensichtlich irrelevant für die Behandlung dieses Rechtsbegehrens; der Entscheid der Vorinstanz, der Beschwerdeführerin aufgrund der angeblich langen Verfahrensdauer im Zusammenhang mit Antrags-Ziff. 2 einen Teil der Gerichtskosten aufzuerlegen, sei sachlich nicht nachvollziehbar.
Die vorinstanzliche Begründung, wonach der Beschwerdeführerin aufgrund der angeblich langen Verfahrensdauer ein Teil der Prozesskosten im Zusammenhang mit diesem Rechtsbegehren aufzuerlegen sei, erscheine auch deshalb willkürlich, weil die Vorinstanz nicht ansatzweise begründe, inwiefern die Beschwerdeführerin das Verfahren verzögert haben soll. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin hätte die Vorinstanz "aus den genau gleichen Gründen wie bei der Beurteilung des Rechtsbegehrens Nr. 1 auch im Zusammenhang mit dem Rechtsbegehren Nr. 2 sämtliche Prozesskosten der Beschwerdegegnerin auferlegen müssen".
2.3.
2.3.1. Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (BGE 138 I 305 E. 4.3; 138 IV 13 E. 5.1 S. 22; 137 I 1 E. 2.4; je mit Hinweisen).
2.3.2. Die Kosten des Verfahrens werden vom Gericht nach Art. 30 ff. des Bundesgesetzes vom 20. März 2009 über das Bundespatentgericht (Patentgerichtsgesetz, PatGG; SR 173.41) sowie Art. 104 ff. ZPO (vgl. Art. 27 PatGG) festgesetzt und verteilt. Dabei werden die Prozesskosten nach den Verteilungsgrundsätzen von Art. 106 Abs. 1 Satz 1 ZPO der unterliegenden Partei auferlegt. Das Gericht kann in den in Art. 107 Abs. 1 ZPO erwähnten Fällen von den gesetzlichen Verteilungsgrundsätzen abweichen und die Prozesskosten nach Ermessen verteilen.
In Anwendung dieser Grundsätze hat die Vorinstanz die Kosten im Zusammenhang mit dem Rechtsbegehren nach Antrags-Ziff. 1, bezüglich dessen das Verfahren als gegenstandslos abgeschrieben wurde, nach Ermessen verteilt (vgl. Art. 107 Abs. 1 lit. e ZPO). Dabei hat sie berücksichtigt, dass das Verfahren betreffend dieses Unterlassungsbegehren mutmasslich zugunsten der Beschwerdeführerin ausgegangen wäre und die Beschwerdegegnerin zudem mit der Abgabe ihrer Unterlassungserklärung erst nach Rechtshängigkeit des Massnahmebegehrens die Gegenstandslosigkeit verursacht hat. Hinsichtlich der beantragten Verpflichtung zum Rückruf in Verkehr gebrachter Arzneimittel nach Antrags-Ziff. 2 ist zu beachten, dass die Vorinstanz dieses Rechtsbegehren abgewiesen hat. Sie erwog, die Beschwerdegegnerin importiere seit mehr als einem Jahr keine entsprechenden Arzneimittel mehr, weshalb bei ihren Abnehmern kaum noch solche vorhanden sein dürften; ausserdem bestehe keine Rückgabepflicht für die Abnehmer. Die Anordnung eines Rückrufs erscheine daher als nicht zielführende und daher unverhältnismässige Massnahme.
Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht ist zunächst durchaus nachvollziehbar, dass die bei der Kostenverteilung berücksichtigte Verfahrensdauer einen Einfluss auf die Beurteilung der beantragten Rückrufverpflichtung haben konnte, zumal die Beschwerdegegnerin bereits per 1. März 2013 (mithin noch vor Rechtshängigkeit des Massnahmebegehrens) auf modifizierte Produkte umgestellt hatte und daher davon auszugehen ist, dass bei einem früheren Entscheid eine höhere Wahrscheinlichkeit dafür bestanden hätte, dass im Urteilszeitpunkt noch patentverletzende Produkte im Umlauf gewesen wären. Die Beschwerdeführerin geht zudem nicht darauf ein, dass ihr Rechtsbegehren nach Antrags-Ziff. 2 (Rückrufverpflichtung) im Gegensatz zum Unterlassungsbegehren nach Antrags-Ziff. 1 abgewiesen wurde, weshalb sie als unterliegende Partei nach Art. 106 Abs. 1 Satz 1 ZPO grundsätzlich kosten- und entschädigungspflichtig ist, geschweige denn darauf, dass die Vorinstanz bei der Kostenverteilung zu ihren Gunsten von diesem Grundsatz abwich und die Kosten - sinngemäss in Anwendung von Art. 107 Abs. 1 lit. b ZPO - in Ausübung ihres Ermessens den Parteien je zur Hälfte auferlegte. Insoweit trifft nicht zu, dass die Vorinstanz unberücksichtigt gelassen hätte, dass die Beschwerdeführerin auch das Begehren nach Antrags-Ziff. 2 in guten Treuen gestellt hatte. Ohnehin zeigt die Beschwerdeführerin mit der blossen Behauptung, sie sei in guten Treuen zur Prozessführung veranlasst gewesen, nicht auf, inwiefern die Vorinstanz bei der Ausübung ihres weiten Ermessens im Rahmen der Verteilung der Prozesskosten (vgl. Art. 107 Abs. 1 ZPO) in Willkür verfallen wäre.
Ausserdem kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie vorbringt, Antrags-Ziff. 2 sei nur deshalb abgewiesen worden, weil sich die Beschwerdegegnerin dem Rechtsbegehren nach Antrags-Ziff. 1 vollumfänglich unterzogen habe. Die Vorinstanz berücksichtigte bei der Beurteilung der Rückrufverpflichtung unter anderem, dass die Beschwerdegegnerin bereits per 1. März 2013 - also noch vor Rechtshängigkeit des Massnahmebegehrens - auf modifizierte Arzneimittel umgestellt hatte und diese seit dem 15. April 2013 vertreibt. Die Vorinstanz erachtete die Anordnung eines Rückrufs zudem nicht nur aus dem Grund als nicht zielführende und daher unverhältnismässige Massnahme, dass mittlerweile kaum mehr strittige Arzneimittel bei Abnehmern vorhanden seien, sondern berücksichtigte ausserdem, dass die Abnehmer keine Rückgabepflicht treffe. Der erhobene Willkürvorwurf ist auch unter diesem Gesichtspunkt ungerechtfertigt.
2.3.3. Im Übrigen zeigt die Beschwerdeführerin mit der von ihr in diesem Zusammenhang geübten Kritik an der Urteilsbegründung keine Verletzung des Gehörsanspruchs (Art. 29 Abs. 2 BV) auf. Der aus dem verfassungsmässigen Anspruch auf rechtliches Gehör fliessenden Begründungspflicht ist Genüge getan, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (BGE 136 V 351 E. 4.2 S. 355; 134 I 83 E. 4.1 S. 88; 133 III 439 E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen). Inwiefern ihr die vorinstanzliche Begründung eine sachgerechte Anfechtung verunmöglicht hätte, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe ihre mit Eingabe vom 21. Oktober 2013 eingereichte Kostennote für den Aufwand des beigezogenen Patentanwalts übersehen und daher bei der Kostenverteilung in Verletzung des Gehörsanspruchs (Art. 29 Abs. 2 BV) unberücksichtigt gelassen.
3.1. Das rechtliche Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, der in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines solchen Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (BGE 135 I 187 E. 2.2; 135 II 286 E. 5.1; 132 II 485 E. 3.2 S. 494; 127 I 54 E. 2b S. 56).
3.2. Die Beschwerdeführerin bringt vor, sie habe im vorinstanzlichen Verfahren in ihrer Eingabe vom 21. Oktober 2013 in Randziffer 14 unter dem Titel "Kostennoten" eine vorläufige Entschädigung für den von ihr beratend beigezogenen Patentanwalt in der Höhe von Fr. 33'958.30 geltend gemacht und hierzu die entsprechende Kostennote eingereicht. Zusammen mit ihrer Eingabe vom 11. November 2013 habe sie zudem als Beilage eine ergänzende Kostennote ihres Patentanwalts in der Höhe von Fr. 1'687.50 eingereicht. Damit habe sie Auslagen von insgesamt Fr. 35'645.80 für den Beizug eines beratenden Patentanwalts geltend gemacht und belegt.
Aus der vorinstanzlichen Erwägung zur Parteientschädigung, in der unter anderem erwähnt wird, es sei kein patentanwaltlicher Aufwand geltend gemacht worden, gehe hervor, dass die Vorinstanz ihren Antrag auf Kostenersatz und die eingereichten Kostennoten offenbar übersehen habe, womit ihr Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden sei.
3.3. Die Vorinstanz anerkennt in ihrer Vernehmlassung vom 7. Juli 2014, die Vorbringen der Beschwerdeführerin zu den angefallenen Patentanwaltskosten übersehen zu haben. Damit steht fest, dass die Vorinstanz die entsprechenden Vorbringen samt Kostennoten bei ihrem Entscheid über die Festsetzung der Parteienschädigung (Dispositiv-Ziffer 4) unberücksichtigt gelassen hat. Dadurch wurde der Beschwerdeführerin verunmöglicht, ihren Standpunkt hinsichtlich der Entschädigungsfolgen in das Verfahren einzubringen, worin eine Verletzung des Gehörsanspruchs (Art. 29 Abs. 2 BV) zu erblicken ist. Die Sache ist daher zu neuer Beurteilung der Parteientschädigung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4.
Soweit sich die Beschwerde gegen die Festsetzung der Parteientschädigung (Dispositiv-Ziffer 4) richtet, erweist sie sich als teilweise begründet. Entsprechend ist Dispositiv-Ziffer 4 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und die Sache ist zu neuer Beurteilung der Parteientschädigung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die Beschwerdeführerin dringt mit ihren Begehren nur teilweise durch und es erscheint gerechtfertigt, die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Beschwerdeverfahren den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen sowie auf eine Zusprechung von Parteientschädigungen zu verzichten (vgl. Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird Dispositiv-Ziff. 4 des Urteils des Bundespatentgerichts vom 12. Mai 2014 aufgehoben und die Sache wird zu neuer Beurteilung der Parteientschädigung an das Bundespatentgericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Dezember 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann