Faits:
A. Le 11 mars 2008, A._ SA et B._ ont signé un contrat de dépôt. Celui-ci prévoyait la mise à disposition de deux containers « 20 pieds » contre une rémunération mensuelle de deux fois 240 fr. Il contenait par ailleurs, en caractère gras, la clause suivante: « En cas de non paiement, ce document fait foi de reconnaissance de dette exigible au sens de l'art. 82 LP. Par la présente signature, le déposant autorise l'entrepositaire à évacuer ou à réaliser les objets déposés lorsque la taxe d'entrepôt est impayée depuis 3 mois ou plus ».
B. Du 1er avril 2008 au 26 mars 2010, A._ SA a adressé à B._ neuf factures pour un total de 14'222 fr. 88 en paiement de la rémunération convenue. Celle du 5 octobre 2009, portant sur les mois d'octobre à décembre 2009, comportait la « remarque importante » suivante: « Sans paiement ou information de votre part dans les trois mois à réception de cette facture, nous serons dans l'obligation de considérer vos effets personnels comme abandonnés et devrons procéder à leur destruction ». Le même avis figurait dans celles des 4 janvier et 26 mars 2010 envoyées pour les mois de janvier à mars 2010, respectivement d'avril à juin 2010.
Dans l'intervalle, par courriel du 16 novembre 2009, B._ avait réclamé un décompte et s'était engagée à effectuer un paiement de 3'000 fr. dès la fin du mois de novembre, puis à s'acquitter du solde par mensualités de 2'000 fr. Le 18 novembre 2009, A._ SA avait accepté la proposition et annoncé un solde à payer de 10'624 fr. 32.
Le 4 juin 2010, A._ SA a informé B._ que les effets personnels avaient été considérés comme abandonnés et détruits.
Un « relevé de compte - dernière sommation » a encore été dressé le 14 juin 2010. Il faisait état d'un arriéré de 16'309 fr. 35, soit 14'222 fr. 88, plus une facture de 1'614 fr., 792 fr. 47 d'intérêts de retard et 120 fr. de frais de dossier, le tout sous déduction de 440 fr. encaissés le 10 avril 2008. Il a été suivi d'un autre dans lequel la facture de 1'614 fr. a été retranchée.
C. Le 20 août 2010, A._ SA a fait notifier à B._ un commandement de payer (poursuite no xxxx) la somme de 16'309 fr. 35, avec intérêts à 5% dès le 30 juin 2010. La société invoquait comme titre de la créance et cause de l'obligation: « Garde-meubles impayé depuis le 01.04.2008 ».
Le 9 décembre 2010, le Juge de paix du district d'Aigle a refusé de lever, à concurrence de 12'988 fr. 48, l'opposition formée par la poursuivie. Il a jugé en bref que celle-ci avait rendu vraisemblable le moyen libératoire tiré de la compensation avec la créance en réparation du dommage qu'elle invoquait à la suite de la destruction de ses biens par la poursuivante.
Le 7 juillet 2011, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours interjeté par la poursuivante et confirmé ce prononcé.
D. Agissant le 26 août 2011, A._ SA exerce un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral. Elle conclut à la mainlevée provisoire de l'opposition formée à son commandement de payer, à concurrence de 13'428 fr. 48, plus intérêts à 5% dès le 1er mai 2009, sous déduction de la somme de 400 fr. versée le 10 avril 2008 et au renvoi de la cause pour nouvelle décision sur les dépens de la procédure cantonale.
Il n'a pas été demandé de réponse.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le prononcé de mainlevée (définitive ou provisoire) de l'opposition peut faire l'objet d'un recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF) lorsque la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF; ATF 133 III 399 consid. 1.3 p. 399/400) ou, exceptionnellement et pour autant que cela soit démontré (art. 42 al. 2 LTF; cf. ATF 133 III 439 consid. 2.2.2.1 p. 442), lorsque la contestation soulève une question juridique de principe (art. 74 al. 2 let. a LTF). Lorsqu'aucune de ces conditions n'est remplie, le prononcé de mainlevée doit être attaqué, ainsi que l'a fait la recourante, par la voie du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF).
1.2 Le présent recours a été interjeté - compte tenu des féries d'été (art. 46 al. 1 let. b OJ) - dans le délai légal (art. 100 al. 1 et 117 LTF) à l'encontre d'un prononcé rendu par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (art. 75 et 114 LTF). La recourante qui a succombé dans ses conclusions tendant à la levée de l'opposition, a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision (art. 115 LTF).
1.3 Lorsqu'il admet un recours constitutionnel, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond (art. 107 al. 2 par renvoi de 117 LTF) et donc prononcer la mainlevée de l'opposition, s'il dispose de tous les faits nécessaires; en effet, à l'instar du recours en matière civile, le recours constitutionnel est une voie de recours réformatoire. Les conclusions de la recourante tendant à ce que l'opposition soit provisoirement levée sont ainsi en principe recevables.
2. S'agissant d'un recours formé pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF), la partie recourante doit indiquer précisément quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste la violation alléguée (art. 106 al. 2 et 117 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 134 II 244 consid. 2.2 p. 246). Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été retenus en violation d'un droit constitutionnel (art. 118 al. 2 et 116 LTF), ce que le recourant doit invoquer avec précision (art. 106 al. 2 LTF applicable par le renvoi de l'art. 117 LTF). Aucun fait nouveau ou preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision attaquée (art. 99 al. 1 et 117 LTF).
3. En vertu de l'art. 82 LP, le créancier dont la poursuite se fonde sur une reconnaissance de dette constatée par acte authentique ou sous seing privé peut requérir la mainlevée provisoire (al. 1); le juge la prononce si le débiteur ne rend pas immédiatement vraisemblable sa libération (al. 2).
Le débiteur n'a donc pas à apporter la preuve absolue (ou stricte) de ses moyens libératoires, mais seulement leur simple vraisemblance (Glaubhaftmachung; semplice verosimiglianza), en principe par titre (dans ce sens, l'art. 254 al. 1 CPC en vigueur depuis le 1er janvier 2011). Le juge n'a pas à être persuadé de l'existence des faits allégués; il doit, en se fondant sur des éléments objectifs, avoir l'impression que les faits allégués se sont produits, sans exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (ATF 132 III 140 consid. 4.1.2 p. 143; 130 III 321 consid. 3.3 p. 325; D. STAEHELIN, in: Basler Kommentar, SchKG I, 2e éd., 2010, n° 87 ss ad art. 82 LP, avec les références).
Le débiteur peut se prévaloir de tous les moyens de droit civil - exceptions ou objections - qui infirment la reconnaissance de dette, notamment de la compensation (art. 120 ss CO; D. STAEHELIN, ibid., n° 93/94 et les nombreuses citations). S'agissant de ce dernier moyen, il doit rendre vraisemblable non seulement son droit d'opposer la compensation (cf. art. 125 CO) mais aussi la cause et le montant de la créance.
4. La recourante reproche à la Cour des poursuites et des faillites d'avoir violé de façon arbitraire l'art. 82 al. 2 LP en admettant que l'intimée a rendu immédiatement vraisemblable le moyen libératoire tiré de la compensation.
4.1 Sur ce point, l'autorité cantonale a d'abord discuté le fondement de la créance en dommages-intérêts découlant de la destruction ou de l'endommagement des objets déposés que la poursuivie opposait en compensation. Dans ce cadre, elle a plus précisément examiné si la poursuivante avait le droit de détruire les biens litigieux en vertu de la clause contractuelle autorisant le dépositaire à évacuer ces derniers en cas de non-paiement prolongé de la taxe d'entrepôt, ou de la loi. A cet égard, elle a jugé qu'il était douteux que la poursuivante puisse déduire un tel droit de la disposition contractuelle telle qu'elle était formulée et que, si elle le pouvait, celle-là se heurtait à l'interdiction du pacte commissoire. Elle a en outre considéré qu'aucune des pièces produites n'établissant une résiliation du contrat de dépôt, la poursuivante ne pouvait prétendre que la poursuivie avait manqué à son incombance de reprendre ses affaires et que, en tout état de cause, même si l'intéressée s'était trouvée en demeure de le faire, elle n'était pas en droit de détruire les meubles, mais aurait dû les consigner ailleurs que chez elle conformément à l'art. 92 al. 1 CO.
Les juges cantonaux ont ensuite admis que la poursuivie a rendu vraisemblable son dommage. Après avoir relevé que le contrat versé en cause ne comportait pas la « liste annexée » qu'il mentionnait, elle a retenu que l'estimation (24'600 fr., valeur à neuf) des biens manquants ou détruits telle qu'elle résultait de la liste produite par la poursuivie était plausible au regard du volume non négligeable des containers mis à disposition (« 2 containers de 20 pieds »). On pouvait en outre raisonnablement supposer que la valeur des affaires déposées dépassait le coût de leur placement en garde-meubles pendant plus de deux ans.
4.2 La recourante taxe ces considérations d'insoutenables tant en ce qu'elles admettent le fondement juridique de la créance en dommages-intérêts de l'intimée que le caractère vraisemblable de son montant.
4.2.1 Contrairement à ce qu'elle soutient en citant au demeurant des références doctrinales non pertinentes, le juge de la mainlevée provisoire peut trancher la validité d'une clause contractuelle. Seule est controversée la question de savoir si le bien fondé juridique du fondement de la créance invoquée comme moyen libératoire s'examine sous l'angle de la vraisemblance ou doit faire l'objet d'un examen exhaustif (arrêt 5A_905/2010 du 10 août 2011 consid. 2.1 et l'arrêt cité), question qui n'est toutefois pas soulevée en l'espèce (cf. supra, consid. 2). Pour le reste, les arguments avancés ne démontrent pas le caractère insoutenable de la décision cantonale qui admet l'existence de la créance en dommages-intérêts découlant de la destruction ou de l'endommagement des biens déposés.
La Cour des poursuites et faillites a considéré que la clause contractuelle permettant à la recourante de faire « évacuer » les affaires entreposées en cas de défaut de paiement prolongé n'emportait pas le droit de les faire détruire. Recourant à plusieurs motivations subsidiaires, elle a jugé qu'il était douteux que la formulation de la disposition litigieuse confère une telle faculté et que, pourrait-on l'admettre, les règles régissant le droit de rétention (art. 895 et 898 CC applicables en vertu de l'art. 485 CO) et prohibant le pacte commissoire (art. 894 CC) s'y opposeraient. Elle a encore retenu qu'il ne ressortait, au surplus, pas des pièces du dossier que le contrat aurait été résilié par la poursuivante, qui ne pouvait dès lors pas prétendre que la poursuivie aurait manqué à son incombance de reprendre ses affaires et que, même si celle-là s'était trouvée en demeure de le faire, elle n'aurait pas été en droit de détruire les meubles, mais aurait dû les consigner ailleurs que chez elle, conformément à l'art. 92 al. 1 CO.
La recourante ne discute pas vraiment chacun de ces motifs. Elle se contente de prétendre qu'elle avait le droit de prévoir l'évacuation ou la réalisation des objets déposés, ce qu'a parfaitement admis la cour cantonale. Lorsqu'elle oppose que le terme « évacuer » signifie « débarrasser » ou « éliminer », ce dernier mot étant lui-même, selon le Petit Robert, un synonyme de « détruire », elle semble oublier que les juges cantonaux ont considéré que, quand bien même pourrait-on interpréter l'expression litigieuse en ce sens, les règles régissant le droit de rétention (art. 895 et 898 CC ainsi que 485 CO) et prohibant le pacte commissoire (art. 894 CC) ne permettraient pas d'aller dans cette direction. Or, sur ce point, la recourante se borne à soutenir qu'elle était en droit de détruire les meubles, qui, de toute façon, avaient été abandonnés par l'intimée et à affirmer péremptoirement que la clause litigieuse ne viole pas l'art. 895 CC et qu'il est inacceptable de lui imposer la consignation ailleurs que chez elle, conformément à l'art. 92 al. 1 CO. Elle laisse par ailleurs intacte la motivation fondée sur l'interdiction du pacte commissoire (cf. supra, consid. 2).
4.2.2 Selon la recourante, l'autorité cantonale aurait arbitrairement admis que l'intimée a rendu vraisemblable son dommage. Elle soutient en bref que la liste établie et produite par la poursuivie ne démontre pas, sous l'angle de la vraisemblance, que les biens qui y sont mentionnés ont été entreposés chez elle, qu'ils auraient été endommagés ou détruits au point de causer un préjudice et que leur valeur s'élève effectivement au montant allégué.
Par une telle critique, la recourante semble méconnaître que le juge n'a pas à être persuadé de l'existence des faits allégués; il doit, en se fondant sur des éléments objectifs, avoir l'impression que ceux-là se sont produits, sans exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (cf. supra, consid. 3). Or, en l'espèce, il ressort de l'arrêt entrepris que l'annexe au contrat censée faire état des biens déposés n'a pas été produite. La poursuivie a en revanche versé en cause la liste de ses objets manquants ou détruits dont elle a arrêté la valeur totale - à neuf - à 24'600 fr. Lorsqu'elle prétend que la preuve de l'endommagement ou de la destruction des meubles litigieux n'a pas été apportée, la recourante méconnaît qu'en plaidant son droit de détruire découlant du contrat, elle reconnaît implicitement cet état de chose et qu'il résulte, au demeurant, de sa lettre du 4 juin 2010 qu'elle a procédé à la destruction. Pour le reste, le contrat de dépôt signé par les parties avait pour objet la mise à disposition de deux containers de « 20 pieds », ce qui correspond à des dimensions intérieures de 5867 mm [longueur] par 2330 mm [largeur] et 2350 mm [hauteur]. Le volume ainsi offert permet de retenir sans arbitraire, sous l'angle de la vraisemblance, qu'un certain nombre d'affaires ont été entreposées. Il n'est par ailleurs pas insoutenable de considérer que l'intimée n'aurait vraisemblablement pas laissé ses meubles en dépôt aussi longtemps si leur valeur avait été inférieure au coût de l'entreposage, lequel s'élevait à 480 fr. par mois (240 fr. par container). Que l'intimée ne se soit pas acquittée de la rémunération convenue n'est à cet égard pas pertinent.
5. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supportera les frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de la procédure, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 10 novembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Jordan