Faits:
A. B._, né en 1963, a travaillé en tant que pompiste auprès du Garage X._ à N._, tout en occupant par ailleurs un poste de concierge allround chez Y._ à R._. Dans l'exercice de cette dernière activité, l'intéressé a été victime d'un accident le 25 mai 2002. Alors qu'il était en train de changer une ampoule, il a pris une décharge électrique et a chuté d'environ quatre mètres sur l'escalier situé en contrebas.
Le 1er mai 2003, B._ a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Se fondant sur les renseignements médicaux recueillis auprès du docteur K._, médecin traitant de l'assuré, des spécialistes de la Clinique Z._ et de V._, ainsi que des experts mandatés de l'Institut A._, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Berne (ci-après: l'OAI) a nié le droit de l'assuré à des prestations par décision du 13 décembre 2004, confirmée sur opposition le 13 avril 2005. Saisi d'un recours contre cette décision, le Tribunal administratif du canton de Berne l'a admis, a annulé la décision sur opposition et renvoyé la cause à l'OAI pour instruction complémentaire et nouvelle décision (jugement du 11 août 2005).
Après avoir mis en oeuvre une nouvelle expertise auprès de l'Institut A._, l'OAI a nié le droit de l'assuré à toutes prestations par décision du 7 juin 2006. L'opposition de l'assuré a été rejetée par une nouvelle décision du 11 juillet 2008.
B. B._ a recouru contre la décision sur opposition dont il a requis l'annulation, en concluant à l'octroi d'une rente entière d'invalidité. Il sollicitait en outre la mise en oeuvre d'une nouvelle expertise pluridisciplinaire.
Statuant le 15 mai 2009, le Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, a débouté l'assuré.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre cette décision dont il demande l'annulation, concluant principalement à l'octroi d'une rente entière d'invalidité et, subsidiairement, à ce qu'une expertise pluridisciplinaire soit ordonnée auprès d'un organisme distinct de l'Institut A._.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Eu égard à l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine que les griefs invoqués, pour autant que les vices ne soient pas évidents. Le Tribunal fédéral fonde par ailleurs son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (art. 105 al. 2 LTF).
2. Le litige porte sur le droit du recourant à une rente de l'assurance-invalidité. A cet égard, le jugement entrepris expose correctement les normes légales et la jurisprudence sur la notion d'invalidité et son évaluation. Il suffit d'y renvoyer.
3. La juridiction cantonale s'est fondée sur les conclusions de l'expertise interdisciplinaire des spécialistes de l'Institut A._, du 22 mai 2006. Ceux-ci ont fait état, au nombre des affections ayant des répercussions sur la capacité de travail, d'un trouble anxieux et dépressif mixte (F 41.2), d'un trouble dissociatif mixte (F 44.7), avec tétraparésie d'origine fonctionnelle, ainsi que d'un trouble somatoforme douloureux persistant (F 45.4), avec un syndrome douloureux non spécifique pluriloculaire (R 52.9). Quant à l'appréciation de la capacité de travail résiduelle du recourant, les experts notaient que l'examen neurologique n'avait pas permis de trouver un corrélat organique à l'hémisymptomatique diffuse. En outre, de manière générale, aucun examen ou aucune pièce médicale au dossier ne permettait de conclure à une atteinte somatique objectivable. Selon les experts, il n'existait une restriction de la capacité de travail d'un point de vue somatique que pour des activités physiques lourdes et ce en raison du déconditionnement. Sur le plan psychiatrique, aucune divergence objective importante ne pouvait être constatée par rapport aux examens antérieurs du recourant, si ce n'était l'autolimitation qui s'était aggravée massivement depuis le dernier examen pratiqué. Sur la base du trouble anxieux dépressif, du trouble dissociatif, ainsi que du trouble somatoforme douloureux persistant, seule une faible restriction du rendement d'au maximum 20 % pouvait être admise, d'un point de vue purement médico-théorique. La juridiction cantonale a considéré que cette expertise était probante. Elle a notamment expliqué les motifs à l'origine des divergences entre les experts de l'Institut A._ et les médecins traitants du recourant, soit les docteurs D._, psychiatre, et J._, neurologue. Les premiers juges ont par ailleurs dûment répondu aux critiques formulées par le recourant quant au caractère concluant de l'expertise de l'Institut A._ du 22 mai 2006. Leur motivation est convaincante et il n'y a pas lieu de s'en écarter. Devant le Tribunal fédéral, le recourant s'en tient à de longues descriptions confuses et dépourvues de toute pertinence par rapport aux constatations de fait de l'autorité précédente. Ainsi, les griefs du recourant à l'encontre des premiers juges ne font aucunement apparaître que leurs constatations de fait seraient manifestement inexactes ou auraient été établies en violation du droit (art. 97 al. 1 LTF). Par conséquent, le recours est mal fondé.
4. Etant donné l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être supportés par le recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 12 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz