Sachverhalt:
A. Nordöstlich der Altstadt von Wil liegt das rund 109'000 m2 grosse Gebiet Weierhofhang-Sonnhalden-Grund, für das am 21. Mai 1976 der Gestaltungsplan "Neualtwil" als Sondernutzungsplan erlassen wurde. Diesem lag die Grundidee einer Gesamtüberbauung mit etappenweiser Erstellung von ungefähr 500 Wohnungen zugrunde, wobei moderner Wohnkomfort mit den städtebaulichen Vorzügen der Wiler Altstadt verschmolzen werden sollten. Nachdem das westliche Plangebiet gemäss dem Sondernutzungsplan überbaut worden war, gerieten die Bautätigkeiten ins Stocken. Ende der 1990er Jahre wurden im östlichsten Teil noch zwei Mehrfamilienhäuser erstellt. Ein zwischen den beiden bebauten Teilen liegendes Gebiet von rund 40'000 m2 blieb unbebaut. Dabei handelte es sich um die Grundstücke Nrn. aaa und bbb sowie ccc, ddd und eee, die der W._ AG mit Sitz in Wil bzw. der Politischen Gemeinde Wil selbst gehören.
B. Am 19. Januar 2007 schloss die Stadt Wil mit der V._ AG mit Sitz in Frauenfeld einen Kaufvertrag über die ihr gehörenden Grundstücke ab. Dieser beruhte auf der Vereinbarung, dass der Sondernutzungsplan abzuändern sei und enthielt die auflösende Bedingung, dass die Grundbuchanmeldung für die Eigentumsübertragung erst mit Besitzantritt bzw. 30 Tage nach Rechtskraft des überarbeiteten Gestaltungsplans erfolge. In der Folge initiierten die Gemeindebehörden die Anpassung des Sondernutzungsplans mit dem Ziel, eine an die geänderten Gewohnheiten angepasste zeitgemässe Wohnüberbauung für Miet- und Eigentumswohnungen zu verwirklichen. Am 3. Dezember 2009 erliess der Stadtrat Wil den Gestaltungsplan "Neualtwil II". Dieser lag vom 13. Januar 2010 bis zum 11. Februar 2010 öffentlich auf, worauf zahlreiche Einsprachen eingingen. Im Wesentlichen verlangten die Einsprecher, dass auf die Planänderung verzichtet werde. Mit Entscheid vom 3. November 2010 wies der Stadtrat die Einsprachen ab.
C. Gegen die abschlägigen Einspracheentscheide erhoben sämtliche Einsprecher Rekurs beim Baudepartement des Kantons St. Gallen, wobei später zehn Rekurrenten das Rechtsmittel zurückzogen. Das Baudepartement holte eine interne Vernehmlassung des Amtes für Raumentwicklung und Geoinformation (AREG) ein und führte am 14. Juli 2011 in Anwesenheit der Verfahrensbeteiligten und von Behördenvertretern einen Augenschein durch. Mit Entscheid vom 18. August 2011 schrieb das Baudepartement den Rekurs ab, soweit dieser zurückgezogen worden war, und wies ihn im Übrigen ab, soweit es darauf eintrat. Am 31. August 2011 genehmigte das Baudepartement des Kantons St. Gallen den neuen Sondernutzungsplan.
D. Gegen den abweisenden Rekursentscheid reichten am 2. September 2011 37 Rekurrenten Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen ein und beantragten im Wesentlichen die Aufhebung des Rekursentscheides. Am 29. September 2011 zog die U._ AG ihre Beschwerde mit der Begründung zurück, dass sie sich mit der W._ AG und der V._ AG verglichen habe und dass sich diese zu Änderungen des angefochtenen Gestaltungsplanes verpflichtet hätten. Die übrigen 36 Beschwerdeführer modifizierten in ihrer Replik vom 13. Februar 2012 ihr Rechtsbegehren in dem Sinne, dass der Rekursentscheid bloss soweit aufzuheben sei, als er sie selbst betreffe. Mit Urteil vom 3. Juli 2012 schrieb das Verwaltungsgericht die Beschwerde der U._ AG und jene der übrigen 36 Beschwerdeführer als gegenstandslos ab, soweit diese die Beschwerde zurückgezogen hatten. Gleichzeitig hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde der übrigen 36 Beschwerdeführer im Sinne der Erwägungen teilweise gut und wies sie darüber hinaus ab. Aus den Erwägungen ergibt sich, dass sich der strittige Gestaltungsplan "Neualtwil II" nach Auffassung des Verwaltungsgerichts mit Ausnahme der Baute C1 als rechtmässig erweist. Wegen übermässiger Beeinträchtigung der Nachbarschaft änderte das Verwaltungsgericht einzig Art. 7 der besonderen Vorschriften in dem Sinne ab, dass für die Hauptbaute C1 maximal drei Vollgeschosse zulässig sind, und ergänzte Art. 8 Abs. 1 der besonderen Vorschriften dahingehend, dass das Gebäude C1 die Grundfläche eines Attikageschosses gemäss den reglementarischen Vorschriften des Baureglements einzuhalten hat.
E. Am 10. September 2012 erhoben noch drei Personen, nämlich X._, Y._ und Z._, beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben, soweit damit die vor dem Verwaltungsgericht erhobene Beschwerde unter Kosten- und Entschädigungsfolge abgewiesen worden sei. Zur Begründung wird im Wesentlichen die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts sowie ein Verstoss gegen Bundesrecht, insbesondere gegen den Grundsatz der Planbeständigkeit, geltend gemacht.
F. In einer gemeinsamen Beschwerdeantwort vom 10. Oktober 2012 schliessen die W._ AG und die V._ AG auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Baudepartement und das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen stellen Antrag auf Abweisung, die Stadt Wil auf Abweisung, soweit auf die Beschwerde eingetreten werden könne. Die Stadt Wil weist ergänzend darauf hin, dass die im Vertrag über den Verkauf der stadteigenen Grundstücke enthaltene Klausel über die Resolutivbedingung verlängert worden sei; neu falle der Vertrag entschädigungslos und ohne gegenseitige Schadenersatzforderungen dahin, wenn bis zum 31. Dezember 2013 kein rechtskräftiger überarbeiteter Gestaltungsplan zustande komme.
G. In Replik und Duplik halten X._, Y._ und Z._ einerseits sowie die W._ AG und die V._ AG andererseits an ihren Standpunkten fest. Das kantonale Baudepartement und die Stadt Wil haben auf weitere Stellungnahmen verzichtet. Das Verwaltungsgericht liess sich innert Frist nicht verlauten.
H. Am 28. Januar 2013 reichten X._, Y._ und Z._ eine weitere Eingabe ein, wozu sich die W._ AG und die V._ AG am 12. Februar 2013 nochmals äusserten. Andere Rechtsschriften gingen beim Bundesgericht nicht mehr ein.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Nach Art. 34 Abs. 1 RPG gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251; 133 II 409 E. 1.1 S. 411). Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen anfechtbaren kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG).
1.2 Die verbliebenen drei Beschwerdeführer sind Eigentümer des vom bisherigen Gestaltungsplan erfassten Gebiets sowie direkte Adressaten des angefochtenen Entscheids. Sie sind vom neuen Sondernutzungsplan bzw. von der Teilaufhebung des bisherigen Plans im mittleren Bereich von dessen Anwendungsgebiet insoweit in eigenen Interessen betroffen, als der neue Plan darin eine andersartige Überbauung zulässt. Unmittelbare Auswirkungen liegen etwa darin, dass auf ursprünglich vorgesehene Gemeinschaftsanlagen im fraglichen Gebiet verzichtet und eine zusätzlich verdichtete Überbauung ermöglicht wird. Die Beschwerdeführer machen demnach nicht nur öffentliche Interessen ohne eigenen praktischen Nutzen geltend, was für die Beschwerdeberechtigung nicht genügen würde (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1C_236/2010 vom 16. Juli 2010 E. 1.4 und 1.5, in: ZBl 112/2011 S. 608). Sie sind daher aufgrund dieser Sachlage gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Entgegen ihrer Auffassung können sie allerdings nicht aus prozessökonomischen Gründen stellvertretend die Interessen der nicht mehr beteiligten Beschwerdeführer des vorinstanzlichen Verfahrens vertreten. Sie können sich einzig auf ihre eigenen sowie auf eventuell massgebliche öffentliche Interessen berufen, die sich gegebenenfalls immerhin mit denjenigen anderer früherer Beschwerdeführer decken können.
1.3 Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerinnen genügt der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides den Anforderungen an die Stellung eines Rechtsbegehrens gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG. Wird der angefochtene Entscheid antragsgemäss (ersatzlos) aufgehoben, bleibt es in der Sache beim bisherigen Gestaltungsplan, wie dies die Beschwerdeführer beabsichtigen. Im Rahmen des Streitgegenstandes kommt selbst dann in maiore minus subsidiär auch eine Rückweisung in Frage, wenn dies nicht ausdrücklich beantragt ist. Weshalb das gestellte Rechtsbegehren ungenügend sein sollte, ist daher nicht ersichtlich.
2. Nach Art. 99 BGG dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Soweit diese Voraussetzung nicht erfüllt ist, sind die von den Verfahrensbeteiligten erst im bundesgerichtlichen Verfahren nachgereichten Unterlagen aus dem Recht zu weisen. Soweit die Beschwerdeführer im Übrigen beanstanden, die von den Beschwerdegegnerinnen mit deren Duplik vom 21. Dezember 2012 eingereichte Beilage nicht erhalten zu haben, müssen sie sich entgegenhalten lassen, eine Zustellung derselben rechtzeitig, um sich dazu innert Vernehmlassungsfrist noch äussern zu können, vom Bundesgericht auch nicht verlangt zu haben.
3. 3.1 Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist ein Nutzungsplan, zu dem kein Genehmigungsentscheid der zuständigen kantonalen Behörde nach Art. 26 RPG vorliegt, nicht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anfechtbar (Urteil des Bundesgerichts 1C_190/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 2, in: ZBl 109/2008 S. 679).
3.2 Bereits am 31. August 2011 genehmigte das kantonale Amt für Raumentwicklung und Geoinformation (AREG) die Teilaufhebung des bisherigen Gestaltungsplans "Neualtwil" und den für das davon betroffene Gebiet erlassenen neuen Gestaltungsplan "Neualtwil II". Durch den angefochtenen Entscheid bzw. die durch das Verwaltungsgericht angeordnete Reduktion des Bauvolumens der Hauptbaute C1 ergab sich nachträglich eine geringfügige Anpassung des Gestaltungsplanes "Neualtwil II". Diese im Interesse der Beschwerdeführer erfolgte Anpassung wird von allen Verfahrensbeteiligten akzeptiert und es ist nicht ersichtlich, dass sie mit öffentlichen Interessen in Konflikt geraten könnte. Die Genehmigung des strittigen Sondernutzungsplanes ist dadurch demnach nicht in Frage gestellt. Nicht mehr Streitgegenstand bilden die Anpassungen am Gestaltungsplan "Neualtwil II" gemäss der Vereinbarung der Beschwerdegegnerinnen mit der U._ AG vom 20./22. September 2011, nachdem das Verwaltungsgericht die entsprechende Beschwerde zufolge Rückzugs als gegenstandslos abgeschrieben hat. Insoweit kann es ausnahmsweise demnach im vorliegenden Verfahren nicht darauf ankommen, ob ein Genehmigungsentscheid schon vorliegt oder nicht.
4. 4.1 Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten (vgl. Art. 95 lit. a-c BGG) sowie die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) gerügt werden. Soweit sich die Beschwerdeführer auf kantonales bzw. kommunales Recht berufen, kann dessen Auslegung und Anwendung vom Bundesgericht nur auf Verfassungsmässigkeit hin, insbesondere auf Vereinbarkeit mit dem Willkürverbot nach Art. 9 BV, überprüft werden.
4.2 Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (BGE 133 II 249 E. 1.4 S. 254 f.). Die eingereichte Beschwerdeschrift erfüllt diese Voraussetzungen weitgehend. Nicht eingetreten werden kann jedoch auf die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs, wird doch nicht in nachvollziehbarer Weise dargelegt, worin ein solcher Verfassungsverstoss liegen soll.
4.3 Eine offensichtlich unrichtige bzw. willkürliche Sachverhaltsfeststellung liegt vor, wenn diese widersprüchlich oder aktenwidrig ist oder auf einem offensichtlichen Versehen beruht bzw. klarerweise den tatsächlichen Verhältnissen widerspricht. Ob ein solcher Mangel im vorliegenden Fall gegeben ist, wird nachfolgend im Zusammenhang mit den sich stellenden einzelnen Rechtsfragen zu prüfen sein. Vorweg ist hier einzig festzuhalten, den Beschwerdeführern jedenfalls insoweit nicht gefolgt werden kann, als sie einen Augenschein durch das Bundesgericht anregen. Nicht nur wurde ein solcher bereits vom Baudepartement durchgeführt, sondern es ist auch nicht ersichtlich, weshalb es erneut einen Augenschein bräuchte. Vielmehr erscheinen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als genügend, um deren inhaltliche Richtigkeit und deren korrekte rechtliche Subsumtion, soweit das Bundesgericht dazu berufen ist, zu überprüfen.
5. 5.1 Die Beschwerdeführer rügen, die Planänderung verstosse gegen den in Art. 21 Abs. 2 RPG enthaltenen Grundsatz der Planbeständigkeit und die vom Verwaltungsgericht in diesem Zusammenhang vorgenommenen tatsächlichen Feststellungen seien offensichtlich unrichtig.
5.2 Nach Art. 21 Abs. 2 RPG werden die Nutzungspläne überprüft und nötigenfalls angepasst, wenn sich die Verhältnisse erheblich geändert haben. Ein Zonenplan kann seinen Zweck nur erfüllen, wenn er eine gewisse Beständigkeit aufweist (BGE 120 Ia 227 E. 2b S. 231 mit Hinweisen). Hingegen hat der Grundeigentümer keinen Anspruch auf dauernden Verbleib seines Landes in derselben Zone. Planung und Wirklichkeit müssen bei Bedarf in Übereinstimmung gebracht werden (BGE 123 I 175 E. 3a S. 182 f.). Für die Beurteilung, ob die Veränderung der Verhältnisse erheblich ist und damit ein öffentliches Interesse an einer Planänderung besteht, bedarf es einer Interessenabwägung unter Berücksichtigung namentlich der Geltungsdauer des anzupassenden Zonenplans, seines Inhalts, des Ausmasses der beabsichtigten Änderung und deren Begründung (vgl. BGE 128 I 190 E. 4.2 S. 198 f.; WALDMANN/HÄNNI, Raumplanungsgesetz, 2006, Art. 21 N. 16 ff.). Je neuer ein Zonenplan ist, umso mehr darf mit seiner Beständigkeit gerechnet werden, und je einschneidender sich die beabsichtigte Änderung auswirkt, umso gewichtiger müssen die Gründe sein, die für die Planänderung sprechen (BGE 120 Ia 227 E. 2c S. 233; 113 Ia 444 E. 5a S. 455). Nach Ablauf des Planungshorizonts, der für Bauzonen 15 Jahre beträgt (Art. 15 lit. b RPG), sind Zonenpläne grundsätzlich einer Überprüfung zu unterziehen und nötigenfalls anzupassen (Urteil des Bundesgerichts 1P.293/1994 vom 20. Dezember 1994 E. 3c, in: ZBl 97/1996 S. 36). Je näher eine Planungsrevision dieser Frist kommt, desto geringer ist deshalb das Vertrauen auf die Beständigkeit des Plans, und umso eher können auch geänderte Anschauungen und Absichten der Planungsorgane als zulässige Begründung für eine Revision berücksichtigt werden (Urteil des Bundesgerichts 1P.611/2001 vom 25. Januar 2002 E. 3.2, in: ZBl 104/2003 S. 654; vgl. hierzu auch das Urteil des Bundesgerichts 1C_202/2009 vom 12. Oktober 2009 E. 3.3). Schliesslich sind Sondernutzungspläne, wovon das Verwaltungsgericht mit Grund ausging, besonders auf eine rasche Umsetzung ausgerichtet.
5.3 Die hier strittige Planänderung erfolgte mehr als 30 Jahre nach Erlass des bisherigen Gestaltungsplans. Dieser erfasst ein Gebiet von insgesamt etwas über 100'000 m2. Eine Fläche von rund 40'000 m2 ist bis heute unüberbaut geblieben. Die Geltungsdauer des bisherigen Gestaltungsplans betrug mithin mehr als doppelt so viel, als Art. 15 lit. b RPG für Nutzungspläne in Bauzonen grundsätzlich voraussetzt. Überdies handelt es sich um einen Sondernutzungsplan, dessen Realisierung in relativ kurzer Zeit erwartet wurde, was teilweise auch eintrat, im hier fraglichen Gebiet aber nicht zutraf. Nur schon der zeitliche Ablauf legt daher die Notwendigkeit einer Planänderung nahe bzw. spricht dafür, keine allzu strengen Voraussetzungen für eine solche zu verlangen. Namentlich können bereits geänderte Anschauungen eine Planänderung rechtfertigen.
5.4 Im angefochtenen Urteil kommt das Verwaltungsgericht zum Schluss, der bestehende Gestaltungsplan verhindere eine Überbauung des noch unüberbauten Gebietes. Das Verwaltungsgericht führt aus, dass die sonderbaurechtlichen Bestimmungen zumindest in architektonischer Hinsicht nicht mehr zeitgemäss seien. Dabei handelt es sich entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer um massgebliche Verhältnisse, die eine Planänderung grundsätzlich zu rechtfertigen vermögen.
5.4.1 Das Konzept das bisherigen Gestaltungsplanes besteht im Wesentlichen darin, gruppierte Wohnbauten im Verbund mit Gassen mit sich öffnenden Platzräumen und Verengungen zu errichten, wobei nicht das einzelne Haus, sondern die Raumverteilung durch gute Proportionierung auffallen soll. Die Gassen dienen nicht nur dem Verkehr, sondern auch der Kommunikation, was etwa durch Gemeinschaftsräume, die von den Wohneinheiten getrennt sind, unterstrichen wird. Ein besonderes Augenmerk ist den Grünräumen gewidmet. Der neue Gestaltungsplan sieht demgegenüber, unter Aufrechterhaltung der verdichteten Bauweise und von Grünflächen, weniger verwinkelte und gruppierte Bauten unter Zulassung grossräumigerer, in sich geschlossener Wohneinheiten vor. Damit soll dem moderneren architektonischen Trend Rechnung getragen werden. Die Projektoren machten eine solche Planänderung denn auch zur Bedingung für den Erwerb des fraglichen Baulandes von der Stadt Wil.
5.4.2 Auf diese Zusammenhänge abzustellen, verstösst weder gegen Bundesrecht noch liegt darin eine unzulässige, weil offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz. Es liegt im Gegenteil auf der Hand, dass neu erstellte Wohnungen den aktuellen Bedürfnissen und Anschauungen der wohnungssuchenden Personen entsprechen sollten. Angesichts des langen Zeitablaufs erweist sich auch die Feststellung des Verwaltungsgerichts nicht als unhaltbar, dass niemand mehr bereit gewesen sei, das noch verfügbare Plangebiet nach den bisherigen Regeln zu überbauen. Dass es Projekte gab, die scheiterten, widerlegt diese Feststellung nicht, sondern könnte im Gegenteil sogar als Bestätigung derselben erachtet werden, worauf es aber nicht ankommt, da die Feststellung jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig ist.
5.5 Mit Blick auf die erforderliche Interessenabwägung machen die Beschwerdeführer geltend, der neue Gestaltungsplan gehe weit über das hinaus, was für eine Anpassung an die allenfalls geänderten Verhältnisse und für die Schaffung einer Überbauungsmöglichkeit überhaupt notwendig und gerechtfertigt sei.
5.5.1 Die Beschwerdeführer sind nicht selbst Eigentümer der von der Planänderung betroffenen Grundstücke. Ihre eigenen Interessen konzentrieren sich im Wesentlichen darauf, dass bisher geplante Gemeinschaftsanlagen nicht wegfallen und dass insbesondere die bauliche Einheitlichkeit des gesamten Quartiers bzw. betroffenen Gebiets gewahrt bleibt. Die Beschwerdeführer stellen namentlich diesen zweiten Gesichtspunkt des einheitlichen Charakters der Siedlung "Neualtwil" in den Vordergrund. Insoweit machen sie nicht nur private, sondern auch öffentliche Interessen geltend; dies wird im Übrigen beim vor Bundesgericht verbleibenden Streitgegenstand noch dadurch unterstrichen, dass das Verwaltungsgericht die als übermässig beurteilten Beeinträchtigungen der eigentlichen Nachbarrechte durch Anpassung der Vorschriften für die Hauptbaute C1 korrigierte, was unangefochten blieb.
5.5.2 Bei der Änderung eines Nutzungsplanes ist nicht bloss an die Interessenabwägung der anpassungsbedürftigen Planung anzuknüpfen. Vielmehr hat die Planänderung unter Einbezug aller aktuellen raum- und umweltrelevanten Gesichtspunkte und unter Berücksichtigung der gesetzlichen Planungsgrundsätze zu erfolgen (vgl. WALDMANN/ HÄNNI, a.a.O., Art. 21 N. 24). Angesichts des Zeitablaufs und der in Frage stehenden verbleibenden Fläche von rund 40'000 m2 ist es nicht zu beanstanden, wenn das Verwaltungsgericht davon ausging, die neue Überbauung müsse sich architektonisch und konzeptionell nicht eng an die nach dem bisherigen Gestaltungsplan realisierte Siedlung anlehnen. Unter Interessengesichtspunkten genügt es, dass der überarbeitete Plan die bereits früher verfolgten Planungsgrundsätze weiterführt. Ein Anspruch auf Weitergeltung der damals gewählten Gassen- und Platzsituation sowie der gruppierten Wohnbauten besteht nicht. Soweit die Beschwerdeführer geltend machen, die bisherige Grundphilosophie sei weiter zu führen, bleibt ohnehin unklar, wie eine solche im vorliegenden Zusammenhang zu definieren bzw. wie weit die Grundphilosophie von lediglich ergänzenden Regeln abzugrenzen wäre. Wie der alte richtet sich der neue Gestaltungsplan grundsätzlich an einer verdichteten Bauweise in Kombination mit Grünflächen aus, auch wenn Bauart der Gebäude und Ausgestaltung der Grünflächen anders ausfallen und mehr Gewicht auf Individualität und Offenheit und weniger auf Gemeinschaftlichkeit gelegt wird. Es leuchtet ein, dass es bei der gegebenen Ausgangslage nicht bei bloss punktuellen Änderungen einzelner Bestandteile des Gestaltungsplanes sein Bewenden haben kann, sondern ein in sich geschlossenes Konzept erforderlich ist und sich auch rechtfertigt. Der strittige Plan bricht nicht völlig mit den bisherigen Planungsgrundsätzen, sondern setzt diese, ausgerichtet an einer zeitgemässen Architektur, durch neue Haustypen verbunden mit neuen gestalterischen Vorschriften, einer neuen Raumaufteilung sowie einem Ausbau des Angebots an unterirdischen Parkplätzen um. Gerade zum letzten Punkt ist offensichtlich, dass sich die Bedürfnisse seit 1976 geändert haben. Analoges gilt aber, wie bereits dargelegt, auch für die anderen massgeblichen Gesichtspunkte. Somit widerspricht der neue Gestaltungsplan der Interessenlage nicht.
5.6 Weder verstösst die Planänderung demnach gegen den Grundsatz der Planbeständigkeit noch beruht der angefochtene Entscheid insoweit auf einer offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhaltes.
6. 6.1 Die Beschwerdeführer rügen weiter, die Abweichungen des strittigen Gestaltungsplans "Neualtwil II" von der Regelbauweise liefen auf eine verdeckte Zonenplanänderung hinaus. Abgesehen davon, dass dies für einen grundsätzlich an die Zonenregelung gebundenen Sondernutzungsplan schon per se unzulässig sei, liege die Zuständigkeit dafür nicht beim Stadtrat, sondern beim Stadtparlament und, mit Blick auf die Möglichkeit des fakultativen Referendums, dem Stimmvolk. Allerdings überpüft das Bundesgericht die Auslegung des entsprechenden kommunalen Rechts durch die Vorinstanz lediglich auf Willkür hin.
6.2 Es ist charakteristisch für Sondernutzungspläne, dass sie gerade Abweichungen von den Regeln vorsehen bzw. zulassen, die grundsätzlich in der Bauzone gelten, in der sich das davon erfasste Gebiet befindet. Andernfalls käme Sondernutzungsplänen kein selbständiger Sinn zu (vgl. WALDMANN/HÄNNI, a.a.O., Art. 14 N. 13). Das zuständige Gemeinwesen kann sogar zum Erlass von Sondernutzungsplänen verpflichtet sein (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1C_57/2011 vom 17. Oktober 2011 E. 2). Umgekehrt bedarf es besonderer Rechtfertigung, wenn über solche Sonderregeln von den im Baurecht vorgesehenen Regeln und der darauf gestützten Zonenordnung gänzlich abgewichen wird. Erlauben Sondernutzungspläne für ein grösseres Gebiet insgesamt eine Überbauung, die ansonsten nur in einer anderen Zonenart oder in einer höheren Bauklasse möglich wäre, ist dies mithin besonders zu begründen. Ob ein Gestaltungsplan in diesem Sinne zu weit geht, muss gemessen an den konkreten Umständen anhand der vorgesehenen Abweichungen geprüft werden.
6.2.1 Die Beschwerdeführer beschränken sich im Wesentlichen auf punktuelle Gesichtspunkte. Entscheidend ist jedoch eine Gesamtbeurteilung der Sonderregeln.
6.2.2 Das vom Gestaltungsplan "Neualtwil II" erfasste Gebiet von 40'000 m2 umschliesst fünf Grundstücke und liegt gemäss dem Zonenplan der Gemeinde Wil vom 25. November 1992 vollständig in der Zone W3. Nach Art. 12 und 13 Abs. 2 des Baureglements der Stadt Wil (BauR) sind in der Zone W3 Wohnbauten mit drei Vollgeschossen, eine Ausnützungsziffer von 0,60, eine Gebäudehöhe von 10 m und eine Firsthöhe von 14 m, ein grosser Grenzabstand von 10 m bzw. ein kleiner von 5 m sowie eine Gebäudelänge von 40 m zulässig. Möglich ist ein Mehrlängenzuschlag von 6 m (Art. 40 Abs. 2 BauR). Beim Gestaltungsplan kann insbesondere auf die Beschränkung der Ausnützung ganz verzichtet werden (Art. 22 Abs. 1 BauR) und das Dachgeschoss sowie das zufolge Hangneigung freiliegende Untergeschoss dürfen ausgebaut werden (Art. 14 und 36 BauR). Der Gestaltungsplan "Neualtwil II" sieht zwei Haustypen vor mit vier Vollgeschossen und einem Attikageschoss sowie einem Sockelgeschoss beim einen Haustyp. Angesichts der Ausgestaltung gilt das Attikageschoss gemäss dem angefochtenen Entscheid als zusätzliches Vollgeschoss.
6.2.3 Nach den von der Vorinstanz vorgenommenen Anpassungen besteht die Überbauung gemäss dem neuen Gestaltungsplan auf dem davon erfassten Gebiet von rund 40'000 m2 aus 16 Haupt- ohne Nebenbauten. Unter Anrechnung des Attikageschosses als volles Stockwerk handelt es sich um 13 fünfgeschossige, zwei viergeschossige und eine dreigeschossige Baute. Zugelassen sind mithin bis zu zwei Stockwerke mehr als bei der Regelnorm für die Wohnzone W3. Der neue Plan unterscheidet sich insoweit jedoch nur hinsichtlich der Anzahl mehrgeschossiger Bauten, nicht aber hinsichtlich der zulässigen Geschosszahl von den zwei- bis fünfgeschossigen Baumöglichkeiten gemäss dem bisherigen Gestaltungsplan "Neualtwil". Die Ausnützungsziffer beträgt 0,7159 und liegt damit um knapp 20 % höher als in der Wohnzone W3 und ist ebenfalls nicht übermässig höher als die 12- bis 14-prozentige Abweichung, die der bisherige Sondernutzungsplan vorsieht. Die gemäss Art. 21 BauR mögliche Mehrausnützung von 25 % wird nicht erreicht, ganz abgesehen davon, dass die Festlegung einer Ausnützungsziffer nach Art. 22 BauR sogar ganz entfallen könnte. Die Freiräume ausserhalb der Bauten sind grösser als es die Regelbauweise in der Wohnzone W3 erfordern würde. Unterschritten werden die reglementarischen Gebäudeabstände innerhalb des zu überbauenden Sondernutzungsgebiets. Hingegen wird der kleine Grenzabstand von 5 m ebenso wie der seitliche Gebäudeabstand von 10 m eingehalten.
6.2.4 Die Beschwerdeführer rügen, die Freiräume hätten lediglich einen vorgeschobenen Charakter als Grünbereich und bildeten keine echte Grünzone. Die anders lautende Einschätzung durch die Vorinstanz sei offensichtlich unrichtig. Da nach dem Gestaltungsplan jedoch durchlaufende Wiesen mit Obstbäumen vorgeschrieben sind, ist keine offensichtlich falsche Sachverhaltsfeststellung ersichtlich. Sodann vermögen die Beschwerdeführer nicht darzutun, inwiefern sich die reglementarischen Grenzabstände in unzulässiger Weise überschneiden sollten, wie sie behaupten. Soweit solche Überschneidungen allenfalls unter Berücksichtigung des Mehrlängenzuschlages auftreten, sind sie jedenfalls untergeordneter Natur.
6.2.5 Das Verwaltungsgericht schloss aufgrund einer Gesamtbeurteilung der besonderen Bauregeln zum Gestaltungsplan "Neualtwil II", dessen Sondervorschriften wichen nicht derart grundlegend von den Regelnormen der einschlägigen Wohnzone W3 ab, dass von einer eigentlichen verdeckten Umzonung auszugehen sei. Die entsprechenden tatsächlichen Feststellungen sind nicht offensichtlich unrichtig und daher vom Bundesgericht nicht zu beanstanden. Gestützt auf die dargelegten Zusammenhänge erweist sich sodann die rechtliche Einschätzung der Vorinstanz als jedenfalls nicht unhaltbar bzw. willkürlich. Eine Verletzung von Bundesrecht liegt mithin nicht vor.
6.3 Liegt keine Umzonung vor, kann von vornherein auch nicht die für eine solche geltende Zuständigkeitsordnung verletzt sein. Im Übrigen ist mit den Beschwerdegegnerinnen darauf zu verweisen, dass zwar der Beschluss über den Verkauf der stadteigenen Grundstücke in die Kompetenz des Stadtparlamentes, der Erlass von Überbauungs- und Gestaltungsplänen hingegen gemäss Art. 2 BauR abschliessend in diejenige des Stadtrates fällt. Diese Kompetenzordnung kann nicht dadurch unterlaufen werden, dass das Stadtparlament im Verkaufsbeschluss verbindliche Vorgaben für die Ausgestaltung der Zonenordnung gibt, jedenfalls nicht, solange nicht eigentliche Bedingungen für einen Verkauf formuliert werden, was im vorliegenden Fall nicht zutrifft. Im Gegenteil sieht der auf den Beschluss des Stadtparlements vom 2. November 2006 gestützte Kaufvertrag vom 19. Januar 2007 die Überarbeitung des Gestaltungsplans im vorgenommenen Sinne als Resolutivbedingung vor.
7. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang werden die unterliegenden Beschwerdeführer unter Solidarhaft kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5, Art. 65 BGG). Überdies haben sie in solidarischer Haftung die Beschwerdegegnerinnen als Solidargläubigerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben unter Solidarhaft die Beschwerdegegnerinnen als Solidargläubigerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Stadt Wil, dem Baudepartement des Kantons St. Gallen und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Uebersax