Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. X._ wurde durch das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Urteil vom 23. September 2008 im Appellationsverfahren der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, der Sachbeschädigung, der Meuterei von Gefangenen, des Verstosses gegen das Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer sowie der fahrlässigen ordnungswidrigen Führung der Geschäftsbücher schuldig erklärt und zu einer Freiheitsstrafe von sechseinhalb Jahren und einer Busse von Fr. 500.-- verurteilt.
X._ wendet sich mit Beschwerde ans Bundesgericht und beantragt, das Urteil des Kantonsgerichts sei aufzuheben und die Sache zur neuen Verhandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei das Strafmass angemessen zu reduzieren. Dem Beschwerdeführer sei die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
2. In Bezug auf die Beweiswürdigung ist davon auszugehen, dass auf einer in einem Hobbyraum aufgefundenen Drogenpresse ein Fingerabdruck sichergestellt werden konnte. Zu den Fragen, ob der Fingerabdruck vom Beschwerdeführer stamme und inwieweit daraus geschlossen werden könne, dass dieser in die vom Hobbyraum aus abgewickelten Drogengeschäfte involviert war, hat sich die Vorinstanz geäussert, worauf hier in Anwendung von Art. 109 Abs. 3 BGG verwiesen werden kann (angefochtener Entscheid S. 9/10). Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt (Beschwerde S. 3 Ziff. 1), beschränkt sich auf appellatorische Kritik, die im vorliegenden Verfahren unzulässig ist (BGE 130 I 258 E. 1.3).
Der Beschwerdeführer macht zum Beispiel geltend, auf der Drogenpresse seien keine Drogenspuren festgestellt worden, wodurch erstellt sei, dass die Presse nie zur Verarbeitung von Drogen benutzt worden sei. Die Vorinstanz stellt indessen nicht fest, dass die Presse effektiv gebraucht wurde. Der Fingerabdruck auf der im Hobbyraum aufgefundenen Drogenpresse war für sie dennoch ein Indiz dafür, dass der Beschwerdeführer in die vom Hobbyraum aus abgewickelten Drogengeschäfte involviert war (angefochtener Entscheid S. 10). Dass diese Schlussfolgerung offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV wäre, ergibt sich aus der Beschwerde nicht. Willkürlich ist eine tatsächliche Feststellung nämlich nicht bereits, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint, sondern erst, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (BGE 133 I 149 E. 3.1; 132 I 13 E. 5.1; 127 I 54 E. 2b). Dass diese Voraussetzung erfüllt wäre, lässt sich der Beschwerde nicht entnehmen. In diesem Punkt ist darauf nicht einzutreten.
3. Der Beschwerdeführer macht geltend, bei der Beweiswürdigung seien illegal erhobene Beweismittel verwendet worden (Beschwerde S. 4 Ziff. 2). Zwar trifft es zu, dass ein ehemaliger Mitgefangener des Beschwerdeführers im Gefängnis von der Polizei ein Tonbandaufnahmegerät erhielt und damit Aufnahmen von Gesprächen machte. Die Vorinstanz stellt indessen fest, im vorliegenden Verfahren seien keine mit dem Beschwerdeführer oder mit einem anderen Gefangenen aufgezeichneten Gespräche verwertet worden (angefochtener Entscheid S. 6). Der Beschwerdeführer vermag denn auch konkret keine Stelle im angefochtenen Entscheid zu nennen, die sich auf eines der in Frage stehenden Gespräche stützen würde. Die Angabe, "der Grundtenor ... sei sehr wohl in die gesamte Untersuchung und das Strafverfahren eingeflossen" (Beschwerde S. 4 Ziff. 2), ist zu vage, um darzutun, inwieweit sich die Verurteilung auf ein widerrechtlich erhobenes Beweismittel stützen könnte.
Unter diesen Umständen kann sich das Bundesgericht mit der weiteren Feststellung der Vorinstanz, der Mitgefangene sei von der Polizei nicht als Informant eingesetzt und mit dem Ausspionieren des Beschwerdeführers oder anderer Gefangener beauftragt worden (angefochtener Entscheid S. 6), nicht befassen. Ob dies "jeglicher Lebenserfahrung" widerspricht (Beschwerde S. 4), muss offenbleiben. Auf die Beschwerde ist auch in diesem Punkt nicht einzutreten.
4. Die Untersuchungsbehörde befragte einen Bruder des Beschwerdeführers in Albanien, indessen wurde diese Einvernahme, an der der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers nicht hatte teilnehmen können, bereits durch die erste Instanz aus dem Recht gewiesen. Der Beschwerdeführer beantragte vor der Vorinstanz, die Person sei nochmals im Beisein seines Rechtsvertreters insbesondere über ihr Wissen über Drogengeschäfte des Beschwerdeführers zu befragen. Die Vorinstanz wies den Antrag ab, da die Aussagen des Bruders im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt worden seien und überdies nicht ersichtlich sei, inwiefern die beantragte Befragung relevante Erkenntnisse bringen könnte (angefochtener Entscheid S. 7).
Der Beschwerdeführer rügt, durch die Verweigerung einer erneuten Einvernahme seines Bruders sei sein Anspruch auf ein faires Verfahren verletzt worden (Beschwerde S. 4/5 Ziff. 4). Soweit er damit das Recht eines Angeschuldigten im Auge hat, Fragen an einen Belastungszeugen stellen zu können, ist die Rüge von vornherein unbegründet, nachdem auf die in Albanien gemachten Aussagen des Bruders nicht abgestellt wurde. Im Übrigen legt er auch vor Bundesgericht nicht dar, welche Erkenntnisse von einer erneuten Befragung des Bruders seiner Ansicht nach zu erwarten gewesen wären. Der Hinweis auf eine "vertiefte Wahrheitsfindung" (Beschwerde S. 4) genügt nicht. In diesem Punkt ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
5. Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Angesichts der oben in den E. 3 und 4 erwähnten besonderen Umstände, die es verständlich machen, dass der Beschwerdeführer an das Bundesgericht gelangt ist, ist das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege in Anwendung von Art. 64 BGG teilweise gutzuheissen. Dem Beschwerdeführer sind in Bezug auf das oben in E. 2 Behandelte reduzierte Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird teilweise gutgeheissen.
3. Die reduzierten Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Monn