Sachverhalt:
A. Der 1970 geborene A._ arbeitete als Geschäftsführer und Gesellschafter bei der Firma X._ in N._ und absolvierte daneben eine Ausbildung als Telematiktechniker. Am 18. Juli 2003 erlitt er als Lenker eines Personenwagens einen Auffahrunfall und zog sich dabei eine Distorsion der Halswirbelsäule zu. Er meldete sich am 10. September 2004 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Bern zog in der Folge Berichte des behandelnden Arztes, Dr. med. B._, Allgemeine Medizin FMH, und insbesondere die Akten der zuständigen Unfallversicherung (Schweizerische National Versicherungs Gesellschaft) bei, welche unter anderem ein Gutachten des Dr. med. M._, Spezialarzt FMH für Physikalische Medizin und Rehabilitation, spez. Rheumatologie, Kantonsspital Y._, sowie ein darin enthaltenes Teilgutachten der Dres. med. K._ und E._, vom Ärztlichen Zentrum für Gehör- und Gleichgewichtsstörungen, Z._, vom 16. Dezember 2004 beinhaltete. Nach Konsultation des Dr. med. L._, Regionaler ärztlicher Dienst (RAD), gewährte die IV-Stelle dem Versicherten mit Verfügung vom 24. November 2005 eine vom 1. Juli 2004 bis 31. März 2005 befristete ganze Invalidenrente. Die Verfügung wurde damit begründet, gemäss RAD fehle es bei A._ ab Januar 2005 an einem erheblichen Befund zur Annahme eines körperlichen oder psychischen Gesundheitsschadens, womit keine Invalidität vorliege. Die dagegen erhobene Einsprache, mit welcher ein Gutachten des Dr. med. H._, Facharzt FMH für Neurologie, eingereicht wurde, wies die IV-Stelle mit Entscheid vom 30. November 2006 ab.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die Beschwerde, mit welcher die Aufhebung des Einspracheentscheides und die Weiterausrichtung von Rentenleistungen der Invalidenversicherung über den 31. März 2005 hinaus sowie die Übernahme der Kosten für die vom Versicherten veranlassten medizinischen Abklärungen beantragt wurde, mit Entscheid vom 3. Mai 2007 ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die IV-Stelle zu verpflichten, eine volle [recte wohl: ganze] Invalidenrente ab 1. April 2005 auszurichten und auf die nachzuzahlenden Leistungen einen Verzugszins zu zahlen. Es seien ihm zudem die Kosten für die von ihm veranlassten Abklärungen zurückzuerstatten. Eventuell sei eine weitere Begutachtung zu veranlassen.
Die IV-Stelle des Kantons Bern schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 105 Abs. 1 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG). Zu den Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 lit. a BGG gehören namentlich auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (Urteil 9C_40/2007 vom 31. Juli 2007, E. 1; Urteil 9C_360/2007 vom 30. August 2007, E. 3; Ulrich Meyer, N 25, 36 und 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008 [nachfolgend: BSK BGG]) und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Urteile 8C_364/2007 vom 19. November 2007, [E. 3.3]; BSK BGG-Meyer, N 60 zu Art. 105; vgl. auch Markus Schott, N 17 zu Art. 97, in: BSK BGG).
2. Die Beschwerde richtet sich gegen die Befristung des vom 1. Juli 2004 bis 31. März 2005 geltenden ganzen Rentenanspruchs. In der Sache selber ist strittig, ob die Vorinstanz die Arbeitsfähigkeit ohne Verletzung von Bundesrecht beurteilt hat.
2.1 Das kantonale Gericht hat die Begriffe der Invalidität (Art. 4 Abs. 1 und 2 IVG in Verbindung mit Art. 8 Abs. 1 ATSG) und der Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG) sowie die Bestimmungen über die Bemessung der Invalidität nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 28 Abs. 2 IVG in Verbindung mit Art. 16 ATSG) zutreffend wiedergegeben. Darauf kann verwiesen werden. Hinzuzufügen bleibt, dass bei rückwirkender Zusprechung einer abgestuften und/oder befristeten Invalidenrente die revisionsrechtlichen Regeln gelten (Art. 17 ATSG in Verbindung mit Art. 88a IVV ; BGE 121 V 264 E. 6b/dd [mit Hinweis] S. 275).
2.1 Das kantonale Gericht hat die Begriffe der Invalidität (Art. 4 Abs. 1 und 2 IVG in Verbindung mit Art. 8 Abs. 1 ATSG) und der Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG) sowie die Bestimmungen über die Bemessung der Invalidität nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 28 Abs. 2 IVG in Verbindung mit Art. 16 ATSG) zutreffend wiedergegeben. Darauf kann verwiesen werden. Hinzuzufügen bleibt, dass bei rückwirkender Zusprechung einer abgestuften und/oder befristeten Invalidenrente die revisionsrechtlichen Regeln gelten (Art. 17 ATSG in Verbindung mit Art. 88a IVV ; BGE 121 V 264 E. 6b/dd [mit Hinweis] S. 275).
2.2 2.2.1 Das Administrativverfahren vor der IV-Stelle, wie auch der kantonale Sozialversicherungsprozess sind vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG). Danach haben IV-Stelle und Sozialversicherungsgericht den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen. Diese Untersuchungspflicht dauert so lange, bis über die für die Beurteilung des streitigen Anspruchs erforderlichen Tatsachen hinreichende Klarheit besteht. Der Untersuchungsgrundsatz weist enge Bezüge zum - auf Verwaltungs- und Gerichtsstufe ebenfalls in gleicher Weise geltenden - Prinzip der freien Beweiswürdigung (Art. 61 lit. c in fine ATSG; Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, Zürich/Basel/Genf 2003, N 26 zu Art. 43) auf (einschliesslich die antizipierte Beweiswürdigung; vgl. BGE 124 V 90 E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162): Führt die pflichtgemässe, umfassende und sachbezogene Beweiswürdigung (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352) den Versicherungsträger oder das Gericht zur Überzeugung, der Sachverhalt sei hinreichend abgeklärt, darf von weiteren Untersuchungen (Beweismassnahmen) abgesehen werden. Ergibt die Beweiswürdigung jedoch, dass erhebliche Zweifel an Vollständigkeit und/oder Richtigkeit der bisher getroffenen Tatsachenfeststellungen bestehen, ist weiter zu ermitteln, soweit von zusätzlichen Abklärungsmassnahmen noch neue wesentliche Erkenntnisse zu erwarten sind.
2.2.2 Die Beweiswürdigung im Allgemeinen wie auch die antizipierte Beweiswürdigung (als Teil derselben; s. in BGE 133 III 638 nicht publizierte E. 3 des Urteils 5A_453/2007 vom 3. Oktober 2007) - betreffen Tatfragen (Entscheid I 9/07 vom 9. Februar 2007, E. 4; BSK BGG-Meyer, N 34 zu Art. 105 und BSK BGG-Schott, N 29 zu Art. 95, je mit Hinweisen), die das Bundesgericht lediglich auf offensichtliche Unrichtigkeit und Rechtsfehlerhaftigkeit hin zu überprüfen befugt ist (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. E. 1 hievor). Unter diesem Blickwinkel hält ein Verzicht der Vorinstanz auf weitere Beweisvorkehren aufgrund antizipierter Beweiswürdigung etwa dann nicht stand, wenn die Sachverhaltsfeststellung unauflösbare Widersprüche enthält oder wenn eine entscheidwesentliche Tatsache auf unvollständiger Beweisgrundlage - beispielsweise ohne Beizug des notwendigen Fachwissens unabhängiger Experten/Expertinnen, obwohl im Einzelfall unabdingbar - beantwortet wird (vgl. Urteil I 1051/06 vom 4. Mai 2007, E. 3.3 und 3.4 [publ. in: SVR 2007 IV Nr. 39 S. 132]).
3. Mit Verfügung vom 24. November 2005 sprach die IV-Stelle dem Beschwerdeführer eine vom 1. Juli 2004 bis zum 31. März 2005 befristete ganze Invalidenrente zu. Die Terminierung des Rentenanspruchs ist nur unter der Voraussetzung einer wesentlichen Verbesserung der Erwerbsfähigkeit, sei dies in medizinischer oder in erwerblicher Hinsicht, somit unter den Voraussetzungen einer Revision gemäss Art. 17 ATSG möglich. Dabei hat die Versicherung die anspruchsaufhebenden Sachverhaltselemente mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zu belegen.
3.1 In der genannten Verfügung wird geltend gemacht, die durchgeführten verschiedenen ärztlichen Gutachten liessen den Ärztlichen Dienst der IV-Stelle darauf schliessen, dass es ab jenem Zeitpunkt an einem erheblichen Befund zur Annahme eines körperlichen und/oder psychischen Gesundheitsschadens fehle, welche eine Invalidität begründen könnten. Gestützt auf das Gutachten des Kantonsspitals Y._ vom 16. Dezember 2004 werde die laufende Rente eingestellt. Hinsichtlich der Frage, inwiefern sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers seit Rentenbeginn verändert habe, fehlt es sowohl in der Verfügung vom 24. November 2005, als auch im Einspracheentscheid vom 30. November 2006 an irgendwelchen Aussagen. Auch dem kantonalen Entscheid vom 3. Mai 2007 ist nicht zu entnehmen, ob es den Sachverhalt dahingehend überprüft hat, ob die Voraussetzungen für eine Revision nach Art. 17 ATSG im Sinne einer Anpassung an veränderte Verhältnisse gegeben sind. Diese Unterlassung erweist sich als eine Verletzung von Bundesrecht gemäss Art. 95 BGG.
3.2 Hinzu kommt vorliegend, dass sich das kantonale Gericht in seiner Sachverhaltsfeststellung vor allem auf die Ausführungen im Gutachten des Dr. med. M._, Spezialarzt FMH für Physikalische Medizin und Rehabilitation, spez. Rheumatologie, ärztlicher Leiter am Kantonsspital Y._, vom 16. Dezember 2004 stützt. Dieser verneint das Vorliegen einer fassbaren Gesundheitsschädigung mangels medizinisch gesicherter Pathogenese beziehungsweise Ätiologie ("Zusammenfassend kann also für keine der multiplen anhaltenden Beschwerden von Herrn A._ medizinisch eine ursächliche Interpretation gegeben werden. Ich persönlich nehme ... im Umgang mit Patienten mit diesen Schädigungen den Standpunkt ein, dass bei Vorliegen der folgenden Umstände bei Abwesenheit von nachweisbaren unfallfremden Faktoren die nach dem Trauma auftretenden Beschwerden selbstlimitierend sind und nach Monaten remissionieren"). Indem die Vorinstanz massgeblich auf diese "persönliche Meinung" eines Gutachters abgestellt hat, die nicht auf allgemein anerkannter wissenschaftlicher Basis steht, ist sie von einem rechtlich unzutreffenden Begriff der Gesundheitsschädigung im Sinne von Art. 6 bis 8 ATSG ausgegangen (vgl. RKUV 2005 U 4550 S. 242 U 287/04 E. 6.2). Ihre Sachverhaltsfeststellung ist daher insoweit für das Bundesgericht unverbindlich. Weder IV-Stelle noch Vorinstanz haben zudem berücksichtigt, dass die Dres. med. E._ und K._ vom Ärztlichen Zentrum für Gehör- und Gleichgewichtsstörungen, Z._, gemäss ihrem Gutachten vom 25. Februar 2005 für die vom Beschwerdeführer geklagten Gleichgewichtsstörungen ein objektives somatisches Korrelat in Form eines Nachweises eines pathologischen Nystagmusmusters gefunden haben. Dies allein belegt bereits einen relevanten Gesundheitsschaden. Die genannten Ärzte haben sich nicht konkret zu den Auswirkungen ihrer Befunde auf die Arbeitsfähigkeit des Exploranden geäussert, sondern nur festgestellt, die Arbeitsunfähigkeit des Patienten basiere auf der eingeschränkten Konzentrationsfähigkeit, der Gleichgewichtsstörung und der Schmerzsymptomatik, wobei lang dauernder Schwindel auch eine psychische Auswirkung zur Folge habe. Ob eine solche vorliegt und, wenn ja, ob sie sich rechtserheblich auf die Erwerbsfähigkeit des Beschwerdeführers auswirkt, wurde bisher nicht abgeklärt.
3.3 Zusammenfassend steht fest, dass auf Grund der bestehenden Aktenlage nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt ist, dass sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers - verglichen mit dem Zeitpunkt des Rentenbeginns am 1. Juli 2004 - bis Ende Dezember 2004 wesentlich verbessert und der Leistungsanspruch damit auf den 1. April 2005 weggefallen ist. Die Sache ist daher an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie Abklärungen darüber trifft, ob, und gegebenenfalls inwiefern, sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers ab dem Jahre 2005 wesentlich verbessert habe und ob sich eine solche Verbesserung auf den Anspruch auf Versicherungsleistungen auswirke.
4. Im Weiteren stellt der Beschwerdeführer den Antrag, die IV-Stelle sei zu verpflichten, ihm auf den nachzuzahlenden Rentenleistungen Verzugszins auszurichten. Dieses erst vor Bundesgericht erhobene Rechtsbegehren ist neu, da weder in der Einsprache vom 21. Dezember 2005, noch in der kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 22. Dezember 2006 ein entsprechendes Ersuchen gestellt worden war. Es liegt damit eine Ausweitung des Streitgegenstandes vor, die gemäss Art. 99 Abs. 2 BGG unzulässig ist, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann.
5. Ausgangsgemäss hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 68 Abs. 1 BGG) zu tragen und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 2 BGG). Hingegen besteht unter dem Titel Parteientschädigung kein Anspruch auf Vergütung der Kosten für die vom Versicherten veranlassten Gutachten, da diese für die Entscheidfindung nicht massgeblich sind (BGE 115 V 62; RKUV 2000 Nr. U 362 S. 44 Erw. 3b in fine).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird so weit darauf einzutreten ist, teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 3. Mai 2007 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über die Beschwerde gegen die Verfügung vom 30. November 2006 neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. April 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer