Faits:
A. Y._ SA s'est occupée, en tant qu'entreprise générale, de la construction de la villa de A._, lequel administre et exploite l'entreprise de gypserie-peinture X._ SA. Le contrat portant sur cette construction, passé le 12 juillet 1993 sur formule préimprimée, prévoyait en particulier qu'étaient comprises dans le prix forfaitaire de 400'000 fr. toutes les prestations et fournitures de l'entrepreneur général et ses sous-traitants et fournisseurs nécessaires à l'exécution conforme au descriptif de l'ouvrage et aux plans contractuels, ce qui impliquait nécessairement pour Y._ SA le choix de ses sous-traitants et fournisseurs. Dans une deuxième version de ce contrat, signée le 25 octobre 1993, Y._ SA et A._ ont modifié l'échéancier de paiement, sans toutefois que le prix total convenu ne soit modifié.
Aucun contrat d'entreprise écrit n'a jamais été conclu entre X._ SA et Y._ SA dans le cadre de la construction de la villa de A._. En outre, le témoin B._ - expert dans une procédure qui a précédemment opposé Y._ SA à A._ - a indiqué se souvenir qu'il n'avait pas vu de soumission pour les travaux de plâtrerie-peinture et que le maître de l'ouvrage était lui-même peintre. X._ SA n'a présenté aucune offre ni devis à Y._ SA et n'a pas rempli de document de soumission en relation avec ces travaux qui n'ont fait l'objet d'aucune adjudication de la part de Y._ SA; enfin, X._ SA n'a jamais adressé de facture à Y._ SA pour les travaux qu'elle a exécutés en relation avec la construction de la villa de A._.
Le témoin B._ a rapporté que le devis des travaux excluait la plâtrerie et la peinture, ce qui avait pour conséquence logique que l'entrepreneur général ne s'en occupait pas. En outre, A._ a admis qu'il avait lui-même commandé à X._ SA les travaux de plâtrerie-peinture qui devaient être exécutés pour la construction de sa villa et même les avoir dirigés.
Lors des rendez-vous de chantier, Y._ SA donnait des directives aux entreprises. L'administrateur de X._ SA figure sur les procès-verbaux de chantier, en sa qualité de maître de l'ouvrage. En revanche, X._ SA n'y est pas indiquée comme telle et les procès-verbaux sont pratiquement muets sur les travaux qu'elle a effectués. De même, il n'a pas été retenu que ces derniers ont été agréés, tout au long de leur évolution, par Y._ SA, étant précisé que selon le témoin C._, ils étaient pris en dehors du calcul du forfait.
Dans le procès qui a opposé Y._ SA à A._, la Cour civile a retenu, dans les considérants en droit de sa décision, que l'estimation du coût de la construction ne comprenait pas les travaux de plâtrerie-peinture, et que Y._ SA avait donc droit au prix forfaitaire de 400'000 francs.
Jusqu'au présent litige, X._ SA n'avait jamais réclamé un quelconque paiement à Y._ SA en relation avec les travaux de plâtrerie-peinture. Aucun versement n'a été effectué par celle-ci à celle-là pour ces travaux et aucune créance contre Y._ SA n'a jamais été inscrite dans les comptes de X._ SA. Celle-ci n'a pas non plus mentionné dans ses comptes une créance à l'encontre de A._ en relation avec les travaux effectués pour la construction de sa villa.
B. Par demande du 7 septembre 2005, X._ SA a conclu à ce qu'il plaise à la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois dire que Y._ SA est sa débitrice d'un montant de 111'050 fr. - correspondant au total de trois factures datées du 16 octobre 1998 - avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er juin 1994.
Par jugement du 24 novembre 2008, la Cour civile a rejeté l'action. En bref, elle a considéré que les conclusions de X._ SA ne pouvaient pas lui être allouées sur la base d'un contrat de sous-traitance; par ailleurs, celle-ci n'avait aucunement démontré être titulaire, directement ou à la suite d'une cession, d'une quelconque créance à l'égard de Y._ SA.
C. X._ SA (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral; elle conclut, avec suite de frais et dépens des instances cantonale et fédérale, à la réforme, soit à la modification du jugement du 24 novembre 2008 en ce sens que ses conclusions prises en première instance sont admises, à savoir que son adverse partie est sa débitrice d'un montant de 111'050 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er juin 1994.
Y._ SA (l'intimée) propose, sous suite de dépens, le rejet du recours et la confirmation du jugement entrepris.
Considérant en droit:
1. Invoquant l'art. 97 LTF, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir établi des faits de manière manifestement incorrecte, c'est-à-dire arbitraire (cf. ATF 135 II 145 consid. 8.1).
Ce moyen est d'emblée irrecevable. En effet, en procédure civile vaudoise, le jugement rendu par la Cour civile peut faire l'objet d'un recours en nullité cantonal à la Chambre des recours pour violation des règles essentielles de la procédure, notamment pour arbitraire dans l'établissement des faits (art. 444 al. 3 du code de procédure civile [du canton de Vaud] du 14 décembre 1966 [CPC/VD; RSV 270.11]). Ces griefs ne sont dès lors pas recevables dans le cadre d'un recours au Tribunal fédéral dirigé contre le jugement de la Cour civile, faute d'épuisement des voies de recours cantonales (cf. art. 75 al. 1 LTF).
2. La recourante se plaint d'une violation du principe de la confiance ainsi que des art. 1 et 363 CO s'agissant de la qualification de la relation la liant à l'intimée; elle estime que l'existence d'un contrat de sous-traitance - à tout le moins tacite - serait évidente.
A cet égard, les juges cantonaux ont notamment souligné l'absence de contrat écrit d'entreprise ou de sous-traitance, d'offre, de devis, de document de soumission, d'adjudication et de facture; ils ont également relevé que A._ avait lui-même commandé à la recourante les travaux litigieux, que le devis des travaux de l'entreprise générale excluait la plâtrerie et la peinture et que les travaux y relatifs n'avaient pas été agréés par l'intimée; ils ont enfin considéré que le fait que la recourante ait effectué les travaux de plâtrerie-peinture au vu et au su de l'intimée ne suffisait pas à démontrer qu'un contrat, même par actes concluants, liait les parties, mais au contraire que les procédures soulignaient l'absence d'accord, notamment sur le principe de la rémunération, pour lesdits travaux; ils en ont conclu que la recourante n'avait pas rapporté la preuve de ce que, de manière réciproque et concordante, elle aurait conclu avec l'intimée un contrat de sous-traitance portant sur les travaux de plâtrerie-peinture intervenus dans la villa de A._.
Il apparaît ainsi que, se fondant sur un ensemble d'éléments de preuves, la cour cantonale a constaté l'absence de volonté réelle et concordante des parties de conclure un contrat de sous-traitance et, partant, retenu l'inexistence d'un tel contrat. Elle a donc tranché une question de fait et il n'y avait pas lieu de recourir à une interprétation en application du principe de la confiance (cf. ATF 133 III 675 consid. 3.3 p. 681 s.; 131 III 606 consid. 4.1 p. 611).
Cela étant, l'argumentation de la recourante revient en réalité à critiquer l'appréciation des preuves faite par les juges cantonaux, grief comme précédemment relevé irrecevable, faute d'épuisement des voies de droit (cf. infra consid. 1). Pour le surplus, l'on ne voit pas en quoi la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en statuant comme elle l'a fait sur la base de l'état de fait déterminant.
3. A titre subsidiaire, la recourante invoque - ce qu'elle n'avait pas fait en instance cantonale - l'application des art. 419 ss CO relatifs à la gestion d'affaires sans mandat; elle soutient avoir fait, au vu et au su de l'intimée, un travail que celle-ci devait assumer. Ses développements reposent notamment sur le fait que les travaux de plâtrerie-peinture auraient été prévus par le contrat d'entreprise générale. A cet égard, elle se réfère en particulier à un passage du jugement attaqué selon lequel la Cour civile avait, dans la décision rendue dans le cadre du procès ayant précédemment divisé l'intimée de A._, "néanmoins admis que les travaux de plâtrerie-peinture étaient inclus dans le forfait".
C'est toutefois en vain que la recourante se focalise sur cette phrase sortie de son contexte, car il ressort très clairement de l'ensemble de la décision entreprise que les juges cantonaux ont précisément jugé le contraire. En effet, ceux-ci ont notamment relevé que dans sa précédente décision susmentionnée, la Cour civile avait en particulier retenu, dans ses considérants en droit, que "l'estimation du coût de la construction (...) ne comprend pas les travaux de plâtrerie-peinture"; par ailleurs, les juges cantonaux se sont fondés sur les déclarations du témoin B._, selon lesquelles "le devis des travaux de l'entreprise générale excluait la plâtrerie et la peinture, (l'intimée) ne s'en occupant pas", ainsi que sur celles du témoin C._, d'après lesquelles "les travaux effectués par la recourante étaient « pris en dehors du calcul du forfait »". En définitive, l'intimée n'avait donc pas à se charger desdits travaux, de sorte que la recourante ne pouvait en aucun cas, selon ses propres termes, "s'immisc(er) dans les intérêts de (l'intimée) en accomplissant les travaux de plâtrerie-peinture". A défaut d'affaire de l'intimée à gérer, la thèse de la recourante ne résiste pas à l'examen et son grief doit être rejeté.
4. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimée sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi que art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 6'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 5 janvier 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz