Faits:
A. L'extrémité du périmètre compris entre le chemin G._ et la route H._, à Sion, fait l'objet d'un plan de structuration adopté le 21 avril 2005 par le Conseil municipal de Sion. Il comprend actuellement les parcelles nos 16092 à 16097 et 16099 sur lesquelles ont été édifiées cinq villas mitoyennes, un immeuble de quatre appartements et un garage, le tout formant un lotissement dénommé "Les Jardins de Gravelone" (ci-après: le lotissement). Il s'y trouve également les parcelles n° 16259 (avec un immeuble de huit appartements), 16335 (avec une villa individuelle) et, en son centre, la parcelle n° 11630, non bâtie et appartenant à Y._. Un dépassement de la densité admissible (soit 0,5) a été constaté sur le périmètre du lotissement, nécessitant une compensation équivalant à 390 m2 de surface dans le périmètre du plan de structuration.
Au mois d'avril 2008, une modification du périmètre du plan a été mise à l'enquête, portant sur l'adjonction de la parcelle n° 5254, non bâtie, située au nord-ouest. Elle fit l'objet de l'opposition de E._ et F._, C._ et D._, A._ et B._ (ci-après: les opposants), tous propriétaires de parts de PPE d'immeubles situés dans le lotissement. Ces oppositions furent rejetées le 10 juin 2009 par le Conseil municipal de la ville de Sion, et celui-ci adopta le nouveau plan de structuration avec pour condition, notamment, l'inscription d'une servitude de non-bâtir de 390 m2 sur la parcelle n° 11630 en faveur des parcelles constituant le lotissement et de la ville de Sion.
Cette décision a fait l'objet, d'une part, d'un recours formé par Y._, qui s'opposait à l'inscription d'une servitude grevant sa parcelle et, d'autre part, de quatre recours formés par les opposants précités, qui contestaient l'intégration de la parcelle n° 5254.
B. Par décision du 22 juin 2011, le Conseil d'Etat valaisan a admis le recours de Y._. Ce dernier n'avait jamais consenti à une cession de droits à bâtir en faveur des parcelles situées à l'est et aucune disposition légale ne permettait, en dehors d'une procédure d'expropriation, de déposséder un propriétaire de l'indice d'utilisation de sa parcelle. Le transfert de densité étant une condition sine qua non à l'intégration de la parcelle n° 5254, l'ensemble de la décision municipale a été annulée.
Par décision du même jour, le Conseil d'Etat a également admis le recours formé par les opposants. Il a constaté la nullité de la décision du Conseil communal, car l'extension du périmètre du plan de structuration était de la compétence du Conseil général. La parcelle n° 5254 se trouvait dans une zone différente (zone individuelle coteau sensible), de sorte qu'une cession de densité n'était pas possible.
C. Par arrêt du 13 janvier 2012, La Cour de droit public du Tribunal cantonal valaisan a rejeté le recours formé par les opposants contre la décision du Conseil d'Etat admettant le recours de Y._. Les recourants persistaient à demander l'inscription d'une servitude de densité grevant la parcelle n° 11630, une telle servitude ayant été promise par Y._ en sa qualité de promoteur immobilier et imposée dans deux décisions rendues en 2007. La Cour de droit public a considéré qu'indépendamment des éventuelles promesses faites par Y._, celui-ci avait toujours refusé de grever sa parcelle et ne pouvait y être contraint selon le droit public. Par ailleurs, la décision du 10 juin 2009 ayant été annulée, la condition qui y était liée n'avait plus de raison d'être. Enfin, lors de ses séances des 6 et 20 septembre 2007, le Conseil municipal n'avait pris aucune décision contraignante à l'égard de Y._.
D. Par acte du 16 février 2012, les opposants, soit A._, B._, C._ et D._, F._ et E._ forment un recours en matière de droit public par lequel ils demandent l'annulation de l'arrêt cantonal et l'inscription d'une servitude de non-bâtir à charge de la parcelle n° 11630, en faveur des fonds constituant le lotissement et de la ville de Sion.
La cour cantonale a renoncé à se déterminer. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. Y._ conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
A l'invitation du Tribunal fédéral, l'avocat des recourants a produit les procurations en sa faveur, à l'exception de celle de D._ qui fait défaut.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit public au sens de l'art. 82 let. a LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
1.1 L'arrêt attaqué est final (art. 90 LTF) et émane de la dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF). Les recourants, dont la démarche tend à l'inscription d'une hypothèque en faveur de leurs fonds, ont participé à la procédure devant l'autorité précédente. Ils ont qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Ils ont par ailleurs recouru en temps utile (art. 100 al. 1 LTF).
1.2 Les recourants ont produit une procuration dans le délai accordé à cette fin en application de l'art. 42 al. 5 LTF, à l'exception toutefois de D._. Le recours sera dès lors déclaré irrecevable en tant qu'il émane de ce dernier.
2. Invoquant les art. 9 Cst. et 78 de la loi cantonale sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA, RS/VS 172.6), les recourants se plaignent de constatation arbitraire des faits. Ils reprochent à la cour cantonale d'avoir, à l'instar du Conseil d'Etat, fait abstraction des faits antérieurs à l'adoption du plan de structuration, notamment de l'existence d'une servitude de non-bâtir à la charge de la parcelle n° 11630, mentionnée dans l'autorisation de construire du 23 décembre 2004, ainsi que d'un échange de courriels du mois de janvier 2006 avec le promoteur du lotissement, faisant état de la création d'une telle servitude. Les liens d'alliance entre Y._ et le promoteur auraient également été ignorés.
2.1 En principe, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Toutefois, selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recourant peut critiquer les constatations de faits à la double condition que ceux-ci aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce qu'il doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62 et les arrêts cités).
2.2 L'arrêt cantonal repose sur une double motivation. En premier lieu, la cour cantonale a retenu que le droit cantonal ne permettait pas d'imposer au propriétaire actuel de la parcelle n° 11630 la création d'une servitude de non-bâtir, à défaut d'accord de ce même propriétaire et en dehors d'une procédure d'expropriation. Les recourants ne contestent pas cette appréciation. Les faits qu'ils invoquent (soit notamment l'autorisation de construire accordée à des tiers) ne permettent pas de retenir que Y._ aurait donné son accord en tant que propriétaire actuel de la parcelle concernée. Les éventuelles promesses faites antérieurement à des particuliers ne sauraient permettre à l'autorité administrative de rendre une décision contraignante à son égard. Les faits évoqués par les recourants sont également sans pertinence à l'égard du deuxième motif retenu par la cour cantonale - dont le bien-fondé est confirmé ci-dessous -, qui voit dans la création d'une servitude une condition posée à l'extension du plan de structuration, devenue sans objet après l'annulation de celle-ci.
L'argument relatif à l'établissement des faits doit, par conséquent être écarté.
3. Les recourants considèrent que les questions de l'extension du plan de structuration et de la création de la servitude étaient indépendantes l'une de l'autre et qu'il serait arbitraire de retenir le contraire, ce que n'avait d'ailleurs pas fait le Conseil d'Etat.
3.1 L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62 ).
3.2 La décision municipale prise en séance du 9 juin 2009 écarte les oppositions et adopte la modification du plan de structuration par l'adjonction de la parcelle n° 5254, considérant que le nouveau périmètre est plus cohérent et que cela permet de régulariser le surplus de densité du lotissement. Cette décision prévoit sans doute possible que cette extension est subordonnée, notamment, à l'inscription d'une servitude de non-bâtir de 390 m2 à charge de la parcelle n° 11630 en faveur des parcelles constituant le lotissement, ainsi qu'en faveur de la ville de Sion. Dès lors, indépendamment de l'opinion exprimée dans ses décisions par le Conseil d'Etat, la cour cantonale pouvait, sans aucun arbitraire, considérer que l'extension du plan de structuration et la création d'une servitude de densité étaient indissociables, la seconde apparaissant comme une clause accessoire de la première. Dès lors, l'annulation prononcée par le Conseil d'Etat s'étendait à l'ensemble de la décision municipale. Le grief doit donc être rejeté.
3.3 Les recourants estiment aussi que l'art. 7 de l'ordonnance sur les constructions du 2 octobre 1996 (ci-après: OC, RS/VS 705.100; disposition selon laquelle les propriétaires concernés peuvent convenir d'un transfert d'indice par la constitution d'une servitude) constituait une base légale suffisante pour imposer la constitution d'une servitude. En tant que professionnel de l'immobilier ayant participé à l'ensemble de la promotion et du fait de ses liens avec le promoteur, Y._ connaissait, lors de l'acquisition de sa parcelle, tant les problèmes de densité que les conditions posées à ce propos dans les précédentes autorisations de construire.
Dans la mesure où, comme cela est confirmé ci-dessus, la création d'une servitude n'était qu'une condition à l'extension du plan, et que la décision municipale a été, sur ce point, définitivement annulée, le grief tombe à faux.
Au demeurant, même si l'intimé connaissait les problèmes de densité et si la constitution d'une servitude faisait l'objet d'une autorisation délivrée en 2004 déjà (ce qui est contesté), l'intimé n'était alors ni destinataire de l'autorisation, ni propriétaire de la parcelle. Quant aux décisions municipales prises en 2007, elles se limitent à des constatations et n'imposent nullement la création d'une servitude sur la parcelle n° 11630. C'est donc sans arbitraire que la cour cantonale a considéré que la création d'une nouvelle servitude de densité n'avait pas, comme l'exige l'art. 7 OC, fait l'objet d'un consentement de la part du propriétaire concerné.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais des recourants (art. 66 al. 1 LTF). Conformément à l'art. 68 al. 2 LTF, une indemnité de dépens est allouée à l'intimé Y._, à la charge solidaire des recourants.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est allouée à l'intimé Y._, à la charge solidaire des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public.
Lausanne, le 23 mai 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz