Sachverhalt:
A. X._, wohnhaft in A._/AG, ist Eigentümer einer bebauten Parzelle in B._/ZH. Das Steueramt des Kantons Zürich mass der Parzelle in der Steuerperiode 2009 einen höheren Vermögenssteuerwert bei. Die angefochtene Verfügung bestätigte es mit Entscheid vom 6. Juli 2011. X._ nahm ihn am 12. Juli 2011 entgegen und erhob am 20. August 2011 Rekurs an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich.
B. Das Steuerrekursgericht lud X._ mit Verfügung vom 24. August 2011 ein, zur Frage der Fristwahrung Stellung zu nehmen. In seiner Eingabe vom 7. September 2011, welches das Steuerrekursgericht als Fristwiederherstellungsgesuch entgegennahm, führte X._ im Wesentlichen aus, nach Konsultierung der online zugänglichen Loseblattfassung der Gesetzessammlung des Kantons Zürich sei er zur Auffassung gelangt, vom 10. Juli bis zum 20. August stünden die Fristen still. Dem damaligen Stand der Website sei nicht zu entnehmen gewesen, dass die "Gerichtsferien" kurz zuvor aufgehoben worden seien. Nachdem die elektronisch einsehbare Loseblattfassung der Gesetzessammlung des Kantons Zürich im Zeitpunkt seiner Abfrage noch das frühere Recht wiedergegeben habe, sei er in seinem berechtigten Vertrauen auf den Fristenstillstand zu schützen.
Durch einzelrichterlichen Entscheid vom 18. Oktober 2011 trat das Steuerrekursgericht auf den Rekurs nicht ein und wies das Fristwiederherstellungsgesuch ab. Dagegen gelangte X._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, dessen 2. Abteilung am 14. März 2012 die Beschwerde vom 25. November 2011 abwies.
C. Mit Eingabe vom 7. Mai 2012 an das Bundesgericht erhebt X._ (hiernach: der Steuerpflichtige) den Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Die Frist zur Einreichung des Rekurses sei wiederherzustellen und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Während die Vorinstanz und das Steueramt des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, verzichtet die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Vernehmlassung. Mit Schreiben vom 12. Juli 2012 nimmt der Steuerpflichtige zu den drei Schreiben Stellung.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (BGE 138 III 471 E. 1 S. 475; 137 III 417 E. 1).
1.2 Die Beschwerde richtet sich gegen den (End-)Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden kann (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, 90 BGG). Die Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Sache ist materiell einzutreten.
1.3 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen.
Die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts prüft das Bundesgericht mit freier Kognition, ebenso, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; Urteile 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 1.4; 2C_519/2011 vom 24. Februar 2012 E. 1.3.1, in: StR 67/2012 S. 367, StE 2012 B 97.3 Nr. 9). Zur Sicherstellung der vertikalen Steuerharmonisierung ist bei der Anwendung des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Praxis zu den entsprechenden Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) analog heranzuziehen (Urteil 2C_91/2012 vom 17. August 2012 E. 1.4 und 3.3; BGE 133 II 114 E. 3.2 S. 116).
Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 BGG), an sich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389; 134 III 102 E. 1.1 S. 104; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur, soweit eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Dies ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden (Art. 9 BV) oder dessen Feststellung unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze zustande gekommen ist (BGE 135 II 145 E. 8.1 S. 153; 135 III 397 E. 1.5 S. 401). Zudem muss aufgezeigt werden, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Aufgrund der Steuerharmonisierungsgesetzgebung haben die Kantone gegen Einspracheentscheide der Veranlagungsbehörde die Möglichkeit der Beschwerde an eine verwaltungsunabhängige Justizbehörde vorzusehen. Die Rechtsmittelfrist beträgt 30 Tage seit Zustellung des Einspracheentscheids (Art. 50 Abs. 1 StHG). Dementsprechend kennt auch der hier massgebende § 147 Abs. 1 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) eine 30-tägige Frist zur Einreichung der Beschwerde (hier: Rekurs) an das Steuerrekursgericht.
2.2 Dem kantonalen Gesetzgeber bleibt es im Bereich von Art. 50 StHG anheimgestellt, die "Einzelheiten über den Fristenlauf" zu regeln (so ULRICH CAVELTI, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, StHG, 2. Aufl., 2002, N. 12 zu Art. 50 StHG). Im Kanton Zürich sah die Verordnung vom 1. April 1998 zum Steuergesetz (hiernach: StV/ZH; LS 631.11) in der ursprünglichen Fassung "Gerichtsferien" vor, die während eines bestimmten Zeitraums den Fristenlauf zu hemmen vermochten (vgl. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., 2006, N. 10 zu § 129 StG/ZH). Gemäss § 13 StV/ZH in der genannten ursprünglichen Fassung galt, dass in der Zeit vom 10. Juli bis und mit 20. August sowie vom 20. Dezember bis und mit 8. Januar die im Steuergesetz genannten Rechtsmittelfristen, mit Ausnahme der Revisionsfrist gemäss § 156 StG/ZH, stillstünden.
2.3 Am 2. Februar 2011 beschloss der Regierungsrat des Kantons Zürich die ersatzlose Aufhebung von § 13 StV/ZH, was er am 11. Februar 2011 im Amtsblatt des Kantons Zürich veröffentlichte. Die Publikation in der Offiziellen Gesetzessammlung des Kantons Zürich erfolgte am 20. Mai 2011. Die Änderung vom 2. Februar 2011 trat am 1. Juni 2011 in Kraft. Mit der Revision der Verordnung verfolgte der Regierungsrat das Ziel, neben dem Beginn auch den Lauf der Rechtsmittelfristen vor Steuerverwaltung, Steuerrekursgericht und Verwaltungsgericht zu vereinheitlichen. Dabei liess er sich im Wesentlichen von zwei Überlegungen leiten: Zum einen kam er einer parlamentarischen Initiative nach, welche die gleichzeitige Eröffnung von kantonssteuerlicher Einschätzung und bundessteuerlicher Veranlagung anstrebte. Zum andern berücksichtigte er die bundesgerichtliche Praxis, die sich zunehmend kritisch mit der Frage der Zulässigkeit kantonalrechtlicher "Gerichtsferien" im Bereich des harmonisierten Steuerrechts auseinandersetzte.
2.4 So hatte das Bundesgericht mit Bezug auf das Bundessteuerrecht, insbesondere Art. 133 und 140 DBG, schon im Urteil 2A.248/2003 vom 8. August 2003 erwogen, wie das Vorgängerrecht (Bundesratsbeschluss vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer [BdBSt; BS 6 390]) regle auch das DBG den Fristenlauf abschliessend. Abweichende oder weitergehende kantonale Vorschriften wie etwa Gerichtsferien im Bereich des Bundessteuerrechts seien deswegen unzulässig. Im Leiturteil vom 19. Dezember 2003 (BGE 130 II 65) erkannte es in der Folge, die Kantone seien von Bundesrechts wegen gehalten, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer und die harmonisierten kantonalen Steuern einen einheitlichen Instanzenzug zu schaffen. Diese Überlegung veranlasste das Bundesgericht im Urteil 2A.70/2006 vom 15. Februar 2006 zur Frage, ob unterschiedliche Fristbestimmungen für die harmonisierten kantonalen Steuern und die direkte Bundessteuer vor diesem Hintergrund überhaupt noch angängig seien. Im konkreten Fall konnte dies offenbleiben. In der Folge hielt es fest, sollten eidgenössische und kantonale Frist vom kantonalen Gesetzgeber angeglichen werden, habe dies durch Anpassung der kantonalen an die eidgenössische Frist zu geschehen (und nicht umgekehrt; Urteil 2C_503/2010 vom 11. November 2010 E. 2, in: StE 2011 B 92.8 Nr. 16).
2.5 Die Frage der Zulässigkeit kantonaler "Gerichtsferien" im Bereich des harmonisierten Steuerrechts muss auch hier nicht abschliessend beurteilt werden. Im massgebenden Zeitraum kannte das Steuerrecht des Kantons Zürich bereits keine Gerichtsferien mehr. So hatte der Regierungsrat des Kantons Zürich die Aufhebung von § 13 StV/ZH eigens deshalb auf den 1. Juni (2011) angesetzt, um sicherzustellen, dass die Revision der Verordnung noch "vor den nächsten Gerichtsferien" wirksam werde (ABl/ZH 2010 S. 395 a.E.).
3. 3.1 Die Vorinstanz sieht von einer abschliessenden Beurteilung des Standes der elektronisch einsehbaren Loseblattsammlung des Rechts des Kantons Zürich ab. Der Steuerpflichtige habe nicht nachgewiesen, dass die Loseblattsammlung auf der Website des Kantons Zürich im Zeitraum vom 12. bis 15. Juli 2011 betreffend § 13 StV/ZH tatsächlich noch nicht nachgeführt gewesen sei. Der Steuerpflichtige kritisiert dem Sinn nach, dieser Beweis sei ihm zu Unrecht auferlegt worden, lasse sich der Stand einer Website, den diese in einem bestimmten Zeitraum aufwies, durch einen Dritten doch gar nicht bzw. kaum beweisen. Er scheint daraus zu schliessen, dass aufgrund der fehlenden Beweismöglichkeit vom Sachverhalt auszugehen ist, wie er ihn für gegeben hält. Wie nachfolgend aufzuzeigen ist, braucht auf diesen Punkt indessen nicht weiter eingegangen zu werden.
3.2 Zur Wiederherstellung einer versäumten Frist bedarf es gemäss Art. 133 Abs. 3 i.V.m. Art. 140 Abs. 4 DBG, der klaren Schuldlosigkeit der betroffenen steuerpflichtigen Person und gegebenenfalls ihrer Vertretung (ausführlich dazu Urteil 2C_699/2012 vom 22. Oktober 2012 E. 3.1 und 3.2). Nicht anders verhält es sich, wenn - wie die Vorinstanz dies tut - § 15 Abs. 1 StV/ZH herangezogen wird. An der für die Wiedereinsetzung in den früheren Stand erforderlichen Schuldlosigkeit fehlt es hier: Ohne zwingenden Anlass stellte der Steuerpflichtige auf eigene Faust Recherchen zum Verfahrensrecht des Nachbarkantons Zürich an, obwohl die Rechtsmittelbelehrung klar, unzweideutig und im Einklang mit der revidierten Rechtsordnung eine Frist von "30 Tagen nach Zustellung" nennt.
Seine Annahme, aufgrund der vermeintlich herrschenden Gerichtsferien entgegen der Rechtsmittelbelehrung seinen Rekurs nach Verstreichen der 30-tägigen Frist einreichen zu dürfen, ohne fachkundigen Rat einzuholen, steht in Kontrast zu sorgfältigem Verhalten, wie es hier geboten gewesen wäre. Der Steuerpflichtige beruft sich nicht erst vor Bundesgericht auf seine fehlende Rechtskunde. Gerade als Laie wäre er aber gehalten gewesen, sich an die Angaben in der Rechtsmittelbelehrung zu halten. Der Ansicht, die Vorinstanz hätte in der Rechtsmittelbelehrung Ausführungen zur (Nicht-)Anwendbarkeit der Gerichtsferienregelung machen müssen, findet keine rechtliche Stütze. Zwar darf sich der Verfügungsadressat unter dem Gesichtspunkt von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 BV) auf eine (nicht erkennbar) falsche Rechtsmittelbelehrung verlassen (BGE 134 I 199 E. 1.3 S. 202 f.). Hingegen bietet die Praxis keinerlei Anlass für den Glauben, man dürfe, auf das Ergebnis der eigenhändigen (fehlerhaften) Rechtsabklärungen vertrauend, mit Recht von einer (zutreffenden) Rechtsmittelbelehrung abweichen.
Der Steuerpflichtige beruft sich darauf, er habe auf die Online-Loseblattsammlung vertrauen dürfen. Er führt aber selber aus, die Loseblattsammlung werde nur periodisch nachgeführt, und weist auf die Aussage in der elektronischen "ZH-Lex-Seite" hin, wonach die Offizielle Gesetzessammlung den massgeblichen Text enthält. Dass die Offizielle Sammlung und die Loseblattsammlung verschiedene Sammlungen sind, muss dem Betrachter ebenfalls klar werden. Unter diesen Umständen stellt sich nicht die Frage, ob man sich auf eine (von der massgebenden Fassung allenfalls abweichende) elektronische Gesetzesfassung verlassen kann, sondern entscheidend ist das Verhältnis zwischen der Loseblattsammlung und der Offiziellen Sammlung. Aber selbst wenn dem Beschwerdeführer tatsächlich nicht klar gewesen sein sollte, dass bei Abweichung von Wortlaut und Stand die Offizielle Gesetzessammlung gegenüber der Loseblattsammlung vorgeht (§ 3 Abs. 1 PublG/ZH) und im Verhältnis von Papier- und Internetversion die gedruckte Fassung massgebend ist (§ 16 Abs. 3 der Publikationsverordnung [des Kantons Zürich] vom 2. Dezember 1998 [PublV/ZH; LS 170.51]), berechtigt dies nicht zur Abkehr vom klaren kantonalen Recht. Aus mangelnder Rechtskenntnis lässt sich nichts ableiten (Urteil 2C_674/2011 vom 7. Februar 2012 E. 4, in: StR 67/2012 S. 357). Die Sichtweise der Vorinstanz erweist sich als zutreffend.
3.3 Daran ändert auch der vom Beschwerdeführer angerufene Vertrauensschutz nichts: Ein Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in vom Gesetz abweichende behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörde setzt gemäss ständiger bundesgerichtlicher Praxis u.a. grundsätzlich voraus, dass das Verhalten sich auf eine konkrete, die betreffende Person berührende Angelegenheit bezieht (BGE 137 I 69 E. 2.5.1 S. 73; 137 II 182 E. 3.6.2 S. 193; 132 II 240 E. 3.2.2 S. 244; 131 II 627 E. 6.1 S. 636 f.).
In Abgrenzung zu solchem individuell-konkretem behördlichen Verhalten vermögen generell-abstrakte Normen lediglich schützenswertes Vertrauen zu begründen, soweit es beispielsweise um die Änderung eines bestehenden Rechtssatzes (PIERRE TSCHANNEN/ULRICH ZIMMERLI/ MARKUS MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., 2009, § 24 N. 14; ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, 6. Aufl., 2010, § 641), die Rückwirkungsproblematik (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, § 342), das intertemporale Recht (Übergangsfristen) oder wohlerworbene Rechte geht (zum Ganzen REGINA KIENER/WALTER KÄLIN, Grundrechte, 2007, S. 343 f.). Im vorliegenden Fall herrscht eine andere Konstellation. Wer ausnahmsweise auf die vom Kanton veröffentliche elektronische Fassung einer Loseblattsammlung vertrauen können will, die publikationsrechtlich hinter die massgebende Offizielle Sammlung zurückzutreten hat, bedarf hierzu einer individuell-konkret geschaffenen Vertrauensgrundlage. Eine solche wird zu Recht nicht behauptet. Individuell-konkret war einzig die Rechtsmittelbelehrung, die korrekt die Rekursfrist nannte, ohne einen Fristenstillstand zu erwähnen.
3.4 Nicht gefolgt werden kann dem Steuerpflichtigen von vornherein, soweit er die Rüge der verletzten "Garantie eines fairen Verfahrens" erhebt. Was er damit meint, bleibt aufgrund der ausgebliebenen Begründung und Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Urteil unklar. Mit Blick auf Art. 106 Abs. 2 BGG ist darauf nicht einzugehen.
4. 4.1 Fehlt es an sorgfältigem Verhalten, kann kein Hinderungsgrund im Sinne von Art. 133 DBG vorliegen. Dem angefochtenen Entscheid ist mithin keine Verletzung von Bundesrecht zu entnehmen. Die Beschwerde ist unbegründet und abzuweisen.
4.2 Der Beschwerdeführer hat aufgrund seines Unterliegens die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Dem Kanton Zürich, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher