Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das kantonale Gericht hat die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod), insbesondere in Fällen mit Schleuderverletzungen (BGE 119 V 337 Erw. 1, 118 V 289 Erw. 1b, 117 V 360 Erw. 4a und b), zur vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (nicht veröffentlichte Erw. 5a von BGE 127 V 102; BGE 125 V 461 Erw. 5a mit Hinweisen) und bei psychischen Unfallfolgen (BGE 127 V 103 Erw. 5b/bb, 123 V 99 Erw. 2a, 115 V 133 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
b) aa) Zu ergänzen ist, dass bei der Beurteilung der Adäquanz von organisch nicht (hinreichend) nachweisbaren Unfallfolgeschäden wie folgt zu differenzieren ist: Es ist zunächst abzuklären, ob die versicherte Person beim Unfall ein Schleudertrauma der HWS, eine dem Schleudertrauma äquivalente Verletzung (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 Erw. 2) oder ein Schädel-Hirntrauma erlitten hat. Ist dies nicht der Fall, gelangt die Rechtsprechung gemäss BGE 115 V 140 Erw. 6c/aa zur Anwendung. Ergeben die Abklärungen indessen, dass die versicherte Person eine der soeben erwähnten Verletzungen erlitten hat, muss beurteilt werden, ob die zum typischen Beschwerdebild einer solchen Verletzung gehörenden Beeinträchtigungen (vgl. dazu: BGE 119 V 337 Erw. 1, 117 V 360 Erw. 4b) zwar teilweise vorliegen, im Vergleich zur psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten. Trifft dies zu, sind für die Adäquanzbeurteilung ebenfalls die in BGE 115 V 140 Erw. 6c/aa für Unfälle mit psychischen Folgeschäden aufgestellten Grundsätze massgebend; andernfalls erfolgt die Beurteilung der Adäquanz gemäss den in BGE 117 V 366 Erw. 6a und 382 Erw. 4b festgelegten Kriterien (BGE 127 V 103 Erw. 5b/bb mit Hinweisen).
Im Gegensatz zu den bei psychischen Fehlentwicklungen relevanten Kriterien gemäss BGE 115 V 140 Erw. 6c/aa wird für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen einem Unfall mit HWS-Schleudertrauma (oder einer äquivalenten Verletzung) und in der Folge eingetretenen Beschwerden auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet, weil es nicht entscheidend ist, ob Beschwerden medizinisch eher als organischer und/oder psychischer Natur bezeichnet werden (BGE 117 V 367 Erw. 6a, 382 Erw. 4b).
bb) Es ist Aufgabe des Unfallmediziners und allenfalls des Psychiaters, sämtliche Auswirkungen eines Unfalles auf den Gesundheitszustand, namentlich auch die psychischen Unfallfolgen sowie allfällige Wechselwirkungen zwischen physischen und psychischen Gesundheitsstörungen zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, bezüglich welcher konkreter Tätigkeiten und in welchem Umfang der Versicherte arbeitsunfähig ist. Die ärztlichen Auskünfte sind sodann eine wichtige Grundlage für die Beurteilung der Frage, welche Arbeitsleistungen dem Versicherten im Hinblick auf seine persönlichen Verhältnisse noch zugemutet werden können. Im Streitfall entscheidet der Richter (BGE 125 V 261 Erw. 4, 115 V 134 Erw. 2, je mit Hinweisen).
Hinsichtlich des Beweiswerts eines Arztberichts ist entscheidend, ob er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet und nachvollziehbar sind (BGE 125 V 352 Erw. 3a; RKUV 2000 Nr. KV 124 S. 214).
2.- Die Diagnose eines Schleudertraumas der HWS ist aufgrund der Akten erstellt und unbestritten.
Hingegen ist die von Dr. med. W._ in den Zeugnissen vom 27. Januar 1995 und 3. März 1995 zunächst diagnostizierte leichte commotio cerebri mit postcommotionellen Beschwerden nicht mit dem im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (BGE 125 V 195 Erw. 2 mit Hinweisen) erstellt. Denn im Bericht vom 10. März 1995 sprach Dr. med. W._ nunmehr von einer "möglichen" leichten commotio. Und der Kreisarzt Dr. med. Z._ hegte im Bericht vom 17. Mai 1995 Zweifel an der Diagnose einer commotio cerebri. Im Weiteren konnte Dr. med. A._, Neurologe FMH, keine neurologischen Ausfälle objektivieren (Bericht vom 1. Dezember 1995). Schliesslich legte der Neuropsychologe Prof. Dr. phil. P._ am 13. Januar 1996 dar, eine commotio cerebri lasse sich auf neuropsychologischer Ebene nicht nachweisen. Es ist daher davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin keine commotio cerebri erlitten hat.
3.- In BGE 119 V 335, worin das Eidgenössische Versicherungsgericht die Rechtsprechung zur natürlichen Kausalität von Unfallfolgen nach Schleudertrauma der HWS zusammenfasste und sich mit der dazu ergangenen Kritik auseinandersetzte, begegnete es u.a. auch der Kritik, das Gericht habe sich die Formel "post hoc, ergo propter hoc" zu eigen gemacht. Es hielt diesbezüglich fest: "Auch bei Schleudermechanismen der HWS bilden zuallererst die medizinischen Fakten, wie die fachärztlichen Erhebungen über Anamnese, objektiven Befund, Diagnose, Verletzungsfolgen, unfallfremde Faktoren, Vorzustand usw. die massgeblichen Grundlagen für die Kausalitätsbeurteilung durch Verwaltung und Gerichtsinstanzen. Das Vorliegen eines Schleudertraumas wie seine Folgen müssen somit durch zuverlässige ärztliche Angaben gesichert sein." (S. 340 Erw. 2b/aa). Dies bedeutet, dass es nicht genügt, das Vorliegen eines Schleudertraumas der HWS nachzuweisen, um dann eine Reihe von Beschwerden, auch wenn sie zum typischen Beschwerdebild einer solchen Verletzung gehören, dem Schleudertrauma zuzuschreiben, ohne dass untersucht werden dürfte, ob die einzelnen Beschwerden wirklich Folge des Schleudertraumas sind. Zwar können Beschwerden, die zum typischen Bild gehören, dem Schleudertrauma zugeordnet werden, wenn sie erst nachher aufgetreten sind und andere Ursachen nicht geltend gemacht werden oder sich nicht aufdrängen. Dem Versicherer muss es aber vorbehalten bleiben nachzuweisen, dass einzelne Beschwerden mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nicht auf das Schleudertrauma zurückzuführen sind (vgl. auch RKUV 2001 Nr. U 412 S. 79).
Der Einwand der Beschwerdeführerin, eine Unterteilung der verschiedenen Beschwerden widerspreche der Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts, geht damit fehl. Dem in RKUV 1998 Nr. U 297 S. 243 zitierten Urteil kann nichts anderes entnommen werden. Dieses betraf einen Fall, in welchem kein Anlass bestand, die einzelnen Komponenten des Beschwerdebildes daraufhin zu überprüfen, ob sie als natürliche Folgen des Schleudertraumas der HWS zu betrachten seien. Dass diese Prüfung nicht vorzunehmen sei, wenn der natürliche Kausalzusammenhang zwischen einzelnen Beschwerden und der Schleuderverletzung fraglich erscheint, wurde darin nicht gesagt.
4.- Nachfolgend ist zu prüfen, ob und bejahendenfalls welche Beschwerden der Versicherten auf die Schleuderverletzungen der HWS zurückzuführen sind.
a) Hirnfunktionsstörungen
aa) Die Aussage des Prof. P._, dass die bestehenden Hirnfunktionsstörungen leichten bis mittelschweren Grades ihre eigentliche Ursache nicht in den Schleuderverletzungen haben (Bericht vom 13. Januar 1996), ist überzeugend, weshalb darauf abzustellen ist.
bb) Hingegen haben Verwaltung und Vorinstanz dem Hinweis des Prof. P._ ungenügend Rechnung getragen, dass die Störungen durch die Schleudertraumata ausgelöst bzw. verstärkt worden sein könnten - wenn die Gleichzeitigkeit von Trauma und Funktionsstörung nachweisbar sei -, was nur durch eine Fremdanamnese geklärt werden könne.
Die Vorinstanz führte diesbezüglich aus, die Gleichzeitigkeit von Trauma und Funktionsstörung könne fremdanamnestisch nicht nachgewiesen werden. Denn es stehe fest, dass bereits früher mögliche Hirnschädigungen bestanden haben könnten, da die Versicherte gemäss Angaben des Dr. med. W._ vom 3./10. März 1995 bereits 1990 eine vasovagale Synkope (einen vaskulär bedingten Bewusstseinsverlust) mit commotio cerebri und anschliessendem öfterem Kopfdruck und Kribbelsensationen erlitten habe; zudem habe sie schon vor dem Unfall vom 6. Januar 1995 an psychosomatischen Beschwerden gelitten, die dann durch die Kündigung verschlimmert und durch den Unfall nochmals aktiviert worden seien.
Dieser Argumentation der Vorinstanz kann nicht gefolgt werden. Die Hirnfunktionsstörungen hätten sich, wenn sie schon vor den Schleuderverletzungen manifest gewesen wären, sehr wahrscheinlich in dem doch anspruchsvollen Beruf der Versicherten als Direktionsassistentin/Sekretärin mit Fremdsprachen auswirken müssen. Sie arbeitete während 25 Jahren im gleichen Betrieb (X._ AG) und erhielt im November 1994 die Kündigung per 31. Januar 1995. Zwar soll die Kündigung nach Angaben der Beschwerdeführerin aus Rationalisierungsgründen erfolgt sein. Solche Gründe werden jedoch oftmals vorgeschoben. Aber selbst wenn sie zutreffen sollten, so tangieren solche Rationalisierungsmassnahmen weniger die Tüchtigen, sondern überwiegend schwächere Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. In den Akten finden sich keine Angaben, welche darauf schliessen liessen, dass bei der Arbeitgeberin abgeklärt worden wäre, ob die Beschwerdeführerin bereits vor der Kündigung in ihren Leistungen auffallenderweise abgefallen wäre, und zwar in einer Weise, dass der Schluss nahe liegen würde, es seien Hirnfunktionsstörungen die Ursache. Auch die vorhandenen Arztberichte enthalten hierzu keine rechtsgenüglichen Angaben. Diese Abklärung ist somit nachzuholen, wobei selbstredend auch ausserberufliche Bereiche einbezogen werden können.
b) Beschwerden im Kopf- und HWS-Bereich und weitere
Beschwerden
Die Versicherte hat bereits nach dem ersten Unfall folgende Beschwerden im Kopf- und Nackenbereich angegeben: diffuse Kopfschmerzen, vor allem im Scheitelbereich, Kopfdruck, Ziehen im Kopf, Konzentrationsstörungen, Nackenschmerzen, depressive Grundstimmung, Lärm- und Lichtunverträglichkeit, Zwicken im Scheitelbereich, Schmerzen im HWS-Bereich/Nadelstiche (Berichte des Dr. med. W._ vom 27. Januar, 3. und 10. März, 8. Mai sowie 18. Juli 1995); Nacken-, Rücken- und Kopfschmerzen, Konzentrationsschwäche, Hitzegefühl über der Kopfkalotte mit Ausstrahlungen bis in den Nacken, Kribbeln über der Schädelkalotte nach vermehter Belastung wie z.B. Staubsaugen (Berichte des Kreisarztes Dr. med. Z._ vom 17. Mai und 8. November 1995); occipitale Kopfschmerzen kribbelnden Charakters, messerstichartige Kopfschmerzen, allgemeine Kraftlosigkeit und geringe Belastbarkeit, Lärm- und Lichtempfindlichkeit (Bericht der Rehaklinik T._ vom 7. September 1995); occipitale, z.T. kribbelnde Kopfschmerzen, in der Folge messerstichartig über dem Scheitel ausgeprägt (Bericht des Dr. med. A._ vom 1. Dezember 1995). Diese Angaben ziehen sich durch alle Akten hindurch. Dass solche Beschwerden bestanden haben, bestreitet die SUVA nicht. Sie und die Vorinstanz vertreten indessen aufgrund des abschliessenden Berichts vom 10. Dezember 1997 (Dr. med. Q._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, und Dr. med. R._, Neurologe, beide vom Ärzteteam Unfallmedizin der SUVA) die Auffassung, somatische Unfallfolgen könnten mangels eines pathologischen Substrates nicht festgestellt werden. Als Begründung für die Annahme, es lägen keine Beschwerden mehr vor, genügt dies jedoch nicht, weil sich bei Schleudertraumen der HWS ein organisches Substrat in vielen Fällen nicht (hinreichend) nachweisen lässt (BGE 127 V 103 Erw. 5b/bb mit Hinweisen).
Ferner hat Dr. med. R._ die Beschwerden im Kopfbereich phänomenologisch als "am ehesten einem chronischen Spannungstyp-Kopfweh" entsprechend bezeichnet. Eine solche Erklärung genügt indessen nicht, um die Kopfbeschwerden nicht als Unfallfolge erscheinen zu lassen, zumal die SUVA nicht einmal versucht hat darzulegen, dass die Versicherte schon vor den beiden Unfällen an Kopfschmerzen dieses Typs gelitten hätte.
Die genannten Leiden sind, da sie zum typischen Beschwerdebild von Schleuderverletzungen der HWS gehören und keine anderen Ursachen zu finden sind, den beiden Schleudertraumen zuzuordnen, es wäre denn, dass die in Erw. 4a aufgeführten, noch durchzuführenden Abklärungen ergeben sollten, dass sie Ausdruck von Hirnfunktionsstörungen sind, die bereits vor den Unfällen manifest waren. In diesem Falle wäre, wiederum vom Ergebnis der Abklärungen ausgehend, festzustellen, ob und allenfalls welche Beschwerden mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf die Hirnleistungsstörungen zurückzuführen oder als Folge der Schleuderverletzungen der HWS zu betrachten sind.
c) Ophthalmologische Beschwerden
Diesbezüglich stellte Frau Dr. med. U._, Fachärztin für Ophthalmologie, im Bericht vom 27. November 1995 eine typische Störung der Akkommodations-Konvergenz nach Schleudertrauma fest. Die Versicherte klage über Sehstörungen wie Verschwommen- und Verzogensehen, die nachts aufträten. Am 19. September 1996 stellte Frau Dr. med. U._ fest, beim zweiten Unfall habe die Versicherte fast die gleichen Beschwerden (verschwommenes Sehen, Augenbrennen, Kopfschmerzen, Konzentrationsschwierigkeiten, Lichtüberempfindlichkeit) erlitten wie beim ersten Unfall, jedoch in geringerem Ausmass. Im Blickfeldbereich sei nach wie vor eine angedeutete Leitungsstörung im Sehnervbereich zu sehen, jedoch in kleinerem Ausmass als beim ersten Unfall (rückgängig). Aus rein ophthalmologischer Sicht könne die Arbeitsfähigkeit bald auf 100 % gesteigert werden. Am 16. Mai 1997 legte die Ärztin schliesslich dar, die Akkommodationsbreite und das Blickfeld hätten sich normalisiert; vor allem sei der blinde Fleck normal gross, und somit seien keine Leitungsstörungen mehr vorhanden. Aufgrund der ophthalmologischen Untersuchungen und der deutlichen Besserung bei der letzten Kontrolle sei es wahrscheinlich, dass das Schleudertrauma den grössten Teil der Beschwerden verursacht habe.
Die Haftung der SUVA für das Augenleiden bestand daher grundsätzlich bis zur aktenmässig belegten Heilung per 16. Mai 1997, weshalb sie ihre Leistungspflicht (Heilbehandlung, Taggeld) bis zu diesem Zeitpunkt zu prüfen und darüber neu zu verfügen hat.
d) LWS-Beschwerden
Dr. med. Z._ stellte im Bericht vom 16. Mai 1995 erstmals fest, die Beschwerdeführerin spüre in letzter Zeit auch Rückenschmerzen. Im Schreiben an die SUVA vom 12. November 1995 gab die Versicherte an, sie sei ohne jegliche Rücken- und Beinschmerzen nach T._ (Aufenthalt vom 21. bis 23. August 1995) gekommen; das dortige Schwimmen in zu kaltem Wasser habe aber zu Rücken- und Beinschmerzen geführt. In den darauf folgenden Untersuchungen bis zum zweiten Unfall vom 11. April 1996 wurden keine Rückenschmerzen mehr angegeben oder diagnostiziert (Berichte des Dr. med. A._ vom 1. Dezember 1995 und des Prof. P._ vom 13. Januar 1996).
Beim zweiten Unfall diagnostizierte Dr. med. K._ u.a. eine LWS-Kontusion (Berichte vom 26. und 27. April 1996). Indessen wurden bis zum massgebenden Zeitpunkt des Einspracheentscheides (BGE 116 V 248 Erw. 1a) in keinem der nachfolgenden Arztberichte mehr invalidisierende LWS-Beschwerden diagnostiziert oder angegeben (Berichte des Dr. med. W._ vom 23. Mai 1996, des Kreisarztes Dr. med. G._ vom 30. Juli 1996, der Dr. med. U._ vom 19. September 1996, des Dr. med. N._ vom 25. September 1996, des Dr. med. H._ vom 4. und 20. März 1997, der Dres. med. Q._ und R._ vom 10. Dezember 1997). Die Versicherte verneint diesbezüglich denn auch ausdrücklich invalidisierende Beschwerden. In diesem Punkt ist daher eine Leistungspflicht der SUVA zu verneinen, zumal weder behauptet wird noch ausgewiesen ist, dass diesbezüglich separate Behandlungskosten entstanden sind.
Nicht stichhaltig ist der Einwand der Versicherten, die Kausalität der nicht invalidisierenden LWS-Beschwerden müsste im Hinblick auf spätere Verschlimmerungen korrekt beurteilt werden. Denn hierüber ist erst zu entscheiden, wenn eine Verschlimmerung tatsächlich eintreten sollte.
5.- Entgegen der Meinung von SUVA und Vorinstanz ist hinsichtlich der Adäquanzprüfung die Schleudertraumapraxis anzuwenden. Denn es ist keineswegs so, dass eine psychische Fehlentwicklung die übrigen Beschwerden ganz in den Hintergrund treten lassen würde. Die im Vordergrund stehenden Beschwerden wie Kopfweh, Nackenbeschwerden, Konzentrationsschwäche, Lärm- und Lichtempfindlichkeit stellen vorliegend nicht eine psychische Fehlentwicklung dar.
Ob der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den beiden Unfällen und den Beschwerden zu bejahen ist, kann erst beurteilt werden, wenn deren Ursache (vorbestehende Hirnfunktionsstörungen oder Schleuderverletzungen der HWS) rechtsgenüglich geklärt ist.
Die Sache ist daher im dargelegten Sinne an die SUVA zurückzuweisen.
6.- Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend steht der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu (Art. 159 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG).
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts
des Kantons Zug vom 24. Februar 2000 und
der Einspracheentscheid vom 30. März 1998 aufgehoben
werden und die Sache an die SUVA zurückgewiesen wird,
damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über
die Leistungsansprüche neu verfüge. Im Übrigen (LWSBeschwerden)
wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde
abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die SUVA hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren
vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung
von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer)
zu bezahlen.
IV. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zug wird über eine
Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend
dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses
zu befinden haben.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht
des Kantons Zug, dem Bundesamt für Sozialversicherung
und der Helsana Versicherungen AG zugestellt.
Luzern, 8. Juli 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: