Sachverhalt:
A. Die X._ AG erwarb mit Kaufvertrag vom 10. Mai 2007 von der Genossenschaft R._ mehrere Grundstücke zu einem Preis von 12.51 Mio. Franken. Im Kaufvertrag ist die bedingungs- und vorbehaltlose Grundbuchanmeldung vorgesehen. Am 30. Mai 2007 trat die X._ AG ihren Anspruch auf Eigentumsübertragung gewisser Grundstücke auf die S._ AG für 7.76 Mio. Franken ab. Zuvor wurde eine Parzellierung mit Dienstbarkeitsbereinigungen vorgenommen. Als Folge davon verlangte das Grundbuchinspektorat des Kantons Graubünden am 7. Juni 2007, dass die Genossenschaft R._ eine entsprechende schriftliche Willenserklärung abzugeben habe. Diese wurde danach eingereicht.
B. Das Grundbuchamt Davos veranlagte am 3. September 2007 die folgenden Handänderungssteuern: gestützt auf den Kaufvertrag vom 10. Mai 2007 wurde u.a. die X._ AG verpflichtet, Fr. 62'550.-- (0,5 % von 12.51 Mio. Fr.) zu bezahlen, und gestützt auf den Abtretungsvertrag (Forderungsabtretung gemäss Art. 164 OR) vom 30. Mai 2007, Fr. 77'600.-- (1 % von 7.76 Mio Fr.). Der Kleine Landrat der Landschaft Davos Gemeinde wies die dagegen erhobene Einsprache ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden bestätigte den Entscheid der Vorinstanz.
C. Vor Bundesgericht beantragt die X._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 24. Februar 2009 aufzuheben, den Eigentumsübergang verschiedener Grundstücke nur einmal zu besteuern und die Steuerforderung auf Fr. 23'750.-- festzusetzen. Das Verwaltungsgericht und mit ausführlicher Vernehmlassung die Landschaft Davos Gemeinde beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist unter Berücksichtigung des Stillstands der Fristen (Art. 46 Abs. 1 lit. a BGG) innert der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) eingereicht worden und richtet sich gegen den Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG), die unter keinen Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG fällt. Die Beschwerdeführerin ist als Abgabepflichtige vor kantonaler Instanz unterlegen: Sie ist durch den angefochtenen Entscheid deshalb besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht (einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte) gerügt werden (Art. 95 Abs. 1 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Der angefochtene Entscheid beruht auf kantonalem Recht, dessen Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nach Art. 95 lit. a BGG nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (Art. 9 BV) überprüft.
2. 2.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist ein Entscheid nicht schon dann willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheides, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (BGE 135 V 2 E. 1.3 S. 4 f.; 133 I 149 E. 3.1 S. 153; 132 I 13 E. 5.1 S. 17 f.; 131 I 467 E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
2.2 Nach Art. 14 des damals noch geltenden Steuergesetzes vom 25. Juni 1989 der Landschaft Davos (aStGDavos) unterliegen Handänderungen an Grundstücken oder Anteilen von solchen der Handänderungssteuer; diese sind, ohne anderslautende Vereinbarung, vom Erwerber zu bezahlen (Art. 17 aStGDavos). Handänderungen an Grundstücken sind, unbekümmert um einen Grundbucheintrag, jeder Eigentumswechsel und jede Übertragung der tatsächlichen oder wirtschaftlichen Verfügungsgewalt über ein Grundstück (Art. 15 aStGDavos). Von einer wirtschaftlichen Handänderung kann dann gesprochen werden, wenn der wesentliche Teil der Verfügungsgewalt über das Grundstück auf den Käufer übertragen wird (vgl. ROBERT MARTIN SCHWARZ, Die Handänderungssteuer im Kanton Graubünden, 1985, S. 165; siehe auch FELIX RICHNER U.A., Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N 63 zu § 216 StGZH). Eine wirtschaftliche Handänderung ist insbesondere auch beim Vorliegen eines sogenannten Kettengeschäftes gegeben (dazu SCHWARZ, a.a.O., S. 144 in Verbindung mit S. 162 ff.). Dieses liegt vor, wenn ein Grundstück vom Veräusserer über eine oder mehrere Personen, welchen nur eine eigentümerähnliche Stellung zukommt, auf einen neuen zivilrechtlichen Eigentümer übertragen wird (SCHWARZ, a.a.O., S. 162). Das am häufigsten anzutreffende Kettengeschäft ist der Kaufvertrag, in dem bereits vertraglich zwischen dem zivilrechtlichen Eigentümer und dem wirtschaftlichen Ersterwerber ein Eintrittsrecht Dritter in den abgeschlossenen, aber noch nicht grundbuchlich vollzogenen Vertrag vereinbart wird (vgl. RICHNER U.A., a.a.O., N 86 zu § 216 StGZH). Dabei ist es nicht notwendig, dass im Rahmen einer wirtschaftlichen Handänderung in der Form des Kettengeschäfts der Kaufvertrag explizit eine solche Substitutionsklausel enthält. Massgebend sind die gesamten Umstände.
2.3 Einen Kettenhandel erblicken die Veranlagungsbehörden und die Vorinstanz im Vorgehen der Beschwerdeführerin. Diese macht allerdings geltend, dass sie nie selber über die Grundstücke verfügen konnte. Sie bezieht sich dabei auf die oben erwähnte Aufforderung des kantonalen Grundbuchinspektorats vom 7. Juni 2007. Zur Beurteilung der Frage, ob eine wirtschaftliche Handänderung vorliegt, ist massgebend, ob die Beschwerdeführerin den wesentlichen Teil der Verfügungsgewalt erwirbt. Aus dem Vertrag vom 10. Mai 2007 ergibt sich, dass die Verkäuferin mehrere Grundstücke an die Beschwerdeführerin vorbehaltlos verkauft hat. Dabei wurde ebenfalls festgehalten, dass der Kaufvertrag dem Grundbuch zum Vollzug anzumelden ist. Auch die Beschwerdeführerin ist in ihrem Abtretungsvertrag vom 30. Mai 2007 davon ausgegangen, dass sie vorbehaltlos über die Grundstücke verfügen kann. So wird darin u.a. die Eigentumsübertragung einschliesslich der Grundbuchanmeldung von der Beschwerdeführerin auf die S._ AG geregelt. Auf Veranlassung des kantonalen Grundbuchinspektorats gab die Verkäuferin am 29. Juni 2007 ohne Gegenleistung schliesslich eine Vollmacht zur modifizierten Grundbuchanmeldung ab. Wenn die Vorinstanz in ihrem Entscheid festgehalten hat, dass dadurch lediglich eine formelle Bereinigung des ursprünglich vorbehaltlosen Willens der Verkäuferin zur Übertragung der Verfügungsgewalt manifestiert wurde, und diese somit bereits von Anfang an ihre Verfügungsmacht aufgegeben und auf die Beschwerdeführerin übertragen hatte, handelte sie nicht willkürlich. Die Verfügungsmacht wird - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - somit nicht rückwirkend zugesprochen, sondern sie bestand bereits zu Beginn. Diese Auffassung wird zudem durch den letzten Passus in der Vollmacht zur modifizierten Grundbuchanmeldung unterstützt: Die Verkäuferin erblickte darin lediglich die korrekte Erfüllung des ursprünglichen Kaufvertrages. Kommt hinzu, dass - wie sich aus den Akten ergibt - die Beschwerdeführerin durch Umparzellierungen und Dienstbarkeitserrichtungen Anlass für die modifizierte Grundbuchanmeldung gab. Insgesamt ist nicht ersichtlich, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar sein sollte.
3. 3.1 Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist demnach abzuweisen, soweit darauf eingetreten wird.
3.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Errass