Faits:
A. Le 13 octobre 2009, le Département de l'intérieur du canton de Vaud a constaté l'aboutissement de l'initiative populaire intitulée "Pour un rabais d'impôt qui protège les assuré-e-s plutôt que les actionnaires". Il s'agit d'une initiative populaire législative rédigée de toutes pièces au sens de l'art. 102 de la loi vaudoise sur l'exercice des droits politiques du 16 mai 1989 (LEDP; RSV 160.01), qui tend à abroger les articles 21 (portant sur l'imposition partielle des revenus produits par les participations commerciales), 23 al. 1bis (traitant de l'imposition des dividendes à hauteur de 70%), 118a al. 1 (relatif à l'imputation de l'impôt sur le bénéfice) et 123 al. 3 (relatif à l'imputation de l'impôt sur les recettes brutes) de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11) et à modifier ou à introduire les articles 21 al. 2, 23 al. 1 let. c, 47a et 132 al. 1 LI/VD dont la teneur est la suivante:
Art. 21 Principe
2. Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20% au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.
Art. 23 Rendement de la fortune mobilière
1. Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier :
c. les dividendes, les parts de bénéfice, l'excédent de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.). Lorsque des droits de participation sont vendus conformément à l'article 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA), à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, l'excédent de liquidation est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance de l'impôt anticipé prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé);
Art. 47a Rabais d'impôt en fonction de la prime de référence
1. Le montant de l'impôt sur le revenu fixé selon le coefficient annuel est réduit de la différence entre le montant global des primes de l'assurance obligatoire des soins du contribuable et le 10% de son revenu déterminant. Cette réduction ne peut excéder le montant de l'impôt.
2. Le montant des primes de l'assurance obligatoire des soins, au sens de l'alinéa 1, est celui de la prime cantonale de référence fixé selon l'article 17 LVLAMal pour l'année précédant la période fiscale. Sont prises en considération pour le calcul du montant global des primes à la charge du contribuable :
a. la prime du contribuable célibataire, veuf, divorcé ou imposé séparément selon l'article 10;
b. les primes des époux pour les couples vivant en ménage commun (article 9);
c. les primes des enfants mineurs, en apprentissage ou aux études à la charge du contribuable et dont il assure l'entretien complet. Si la part de quotient de 0.5 à laquelle l'enfant doit donner droit est répartie entre plusieurs contribuables, il en va de même de la prime qui le concerne. Le montant des subsides auxquels ces personnes ont droit pour le paiement de leurs primes d'assurance obligatoire des soins est déduit du montant global des primes.
3. Le revenu déterminant au sens de l'alinéa 1 est constitué :
a. du revenu net au sens de l'article 29 augmenté des déductions prévues à l'article 37, lettres h, hbis et i;
b. du vingtième de la fortune globale nette réduite de la valeur imposable nette du logement affecté au domicile principal du contribuable.
Art. 132 Principes régissant l'établissement des barèmes
1. Le Conseil d'Etat fixe le barème des retenues d'après les taux de l'impôt sur le revenu des personnes physiques (article 47). Il prend en considération l'article 47a. Les taux prévus aux articles 48 et 49 sont applicables aux prestations en capital.
Selon les documents explicatifs présentés à son appui, l'initiative litigieuse poursuit un double but. Elle cherche d'une part à alléger la charge fiscale des contribuables dont les primes d'assurances-maladie dépassent le 10 % du revenu net: une déduction nouvelle portant non pas sur l'assiette mais sur l'impôt lui-même (rabais d'impôt) est accordée pour cette partie excédentaire de la prime annuelle. Elle veut d'autre part revenir sur les allégements fiscaux en faveur des actionnaires, introduits par l'adoption de la loi fédérale sur la réforme de l'imposition des entreprises et la modification de la LI/VD du 8 février 2009. L'une des mesures finance l'autre, "selon un mécanisme de solidarité". Le rabais d'impôt a pour but de corriger les distorsions de la charge fiscale pour les contribuables qui, en raison de l'importance de leur revenu, n'ont plus droit aux subsides prévus par la législation sur l'assurance-maladie.
B. Dans son préavis du 9 juin 2010 au Grand Conseil du canton de Vaud, le Conseil d'Etat vaudois proposait de constater la validité de l'initiative (projet A) ou la nullité partielle de l'initiative, en ce sens que ses articles 47a et 132 étaient déclarés nuls (projet B).
Par décret du 4 septembre 2011, publié dans la Feuille des avis officiels du 18 octobre 2011, le Grand Conseil vaudois a, contrairement à la proposition du Conseil d'Etat, constaté l'invalidité de l'initiative en raison de sa non-conformité au droit supérieur, en se fondant sur un avis de droit du Professeur Yves Noël du 15 décembre 2009. Le Grand Conseil a également retenu qu'il n'était pas possible de valider partiellement l'initiative sans remettre en question le projet dans son ensemble.
Le Parti socialiste vaudois et consorts ont recouru contre cette décision auprès de la Cour constitutionnelle du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: la Cour constitutionnelle).
C. Par arrêt du 9 mai 2012, la Cour constitutionnelle a admis partiellement le recours. Elle a réformé l'art. 1er du décret du Grand Conseil du 4 septembre 2011, en constatant la nullité partielle de l'initiative populaire cantonale, en ce sens que ses art. 47a et 132 sont déclarés nuls et que, pour le surplus, la validité de l'initiative est constatée.
D. Cet arrêt fait l'objet de deux recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Le recours 1C_302/2012, formé par le Parti socialiste vaudois et consorts, tend à l'annulation de l'arrêt de la Cour constitutionnelle et à la constatation de la validité de l'initiative. Le Parti libéral vaudois et le Parti radical-démocratique vaudois (devenus depuis le 26 septembre 2012 le "PLR Les Libéraux-Radicaux Vaud"), l'Union démocratique du Centre-Vaud et cinq consorts demandent quant à eux la réforme de l'arrêt attaqué, en ce sens que l'invalidité totale de l'initiative, prononcée par le décret du Grand Conseil du 4 septembre 2011, est confirmée (cause 1C_303/2012).
Invitée à se prononcer sur les recours, chacune des parties conclut au rejet de celui formé par l'autre. La Cour constitutionnelle et le Grand Conseil renoncent à se déterminer. Chacune des parties a en outre déposé des observations ultérieures, dans lesquelles elles ont confirmé les conclusions de leurs mémoires de recours.
Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre une même décision d'invalidation partielle rendue en dernière instance cantonale. Bien que les motifs invoqués et les conclusions prises soient opposés, il y a lieu de joindre les deux procédures et de statuer par un même arrêt, de façon à permettre une pesée globale des intérêts en présence.
2. Selon l'art. 82 let. c LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
2.1 Cette disposition reprend la règle de l'art. 85 let. a OJ et permet de recourir contre l'ensemble des actes affectant les droits politiques (cf. Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 4118). Le recours en matière de droits politiques permet en particulier au citoyen de se plaindre de ce qu'une initiative populaire a été indûment soustraite au scrutin populaire, parce qu'elle a été déclarée totalement ou partiellement invalide par l'autorité cantonale chargée de cet examen (ATF 134 I 172 consid. 1.1 p. 174).
Les recours 1C_302/2012 et 1C_303/2012 sont formés par des citoyens vaudois qui ont, à ce titre - et indépendamment de tout intérêt juridique personnel -, qualité pour se plaindre d'une violation de leur droit de vote (art. 89 al. 3 LTF). La jurisprudence reconnaît également la qualité pour recourir pour violation du droit de vote aux partis politiques et aux organisations à caractère politique formées pour l'occasion, à la condition qu'ils exercent leur activité dans la collectivité publique concernée par l'élection ou la votation en cause et qu'ils soient constitués en personne morale (ATF 121 I 334 consid. 1a p. 337; 115 Ia 148 consid. 1b p. 153; 114 Ia 267 consid. 1c p. 270; 112 Ia 208 consid. 1a p. 211). Tel est le cas du Parti socialiste vaudois, de l'Union démocratique du centre-Vaud et du PLR "Les Libéraux-Radicaux Vaud", dont les recours sont recevables à ce titre.
Le PLR "Les Libéraux-Radicaux Vaud" et consorts n'ont certes pas participé à la procédure devant l'instance précédente, mais ils n'avaient pas à le faire puisque l'initiative a d'abord été déclarée invalide par le Grand Conseil. La condition posée à l'art. 89 al. 1 let. a 2ème hypothèse LTF est dès lors satisfaite.
2.2 Les autres conditions de recevabilité étant réunies, il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
3. Le Parti socialiste vaudois et consorts reprochent à la Cour constitutionnelle d'avoir considéré à tort que l'initiative litigieuse n'était pas conforme au droit supérieur.
3.1 L'art. 80 al. 1 Cst./VD et l'art. 97a LEDP, de même teneur, prévoient que le Grand Conseil valide les initiatives et constate la nullité de celles qui sont contraires au droit supérieur (let. a).
D'une manière générale, une initiative populaire cantonale, quelle que soit sa formulation, doit respecter les conditions matérielles qui lui sont imposées. Elle ne doit, en particulier, rien contenir de contraire au droit supérieur, qu'il soit cantonal, intercantonal, fédéral ou international (ATF 133 I 110 consid. 4.1 p. 115 s.). En vertu du principe de la force dérogatoire du droit fédéral ancré à l'art. 49 al. 1 Cst., les cantons ne sont pas autorisés à légiférer dans les matières exhaustivement réglementées par le droit fédéral. Dans les autres domaines, ils peuvent édicter des règles de droit pour autant qu'elles ne violent ni le sens ni l'esprit du droit fédéral, et qu'elles n'en compromettent pas la réalisation (ATF 134 I 125 consid. 2.1 p. 128; 133 I 286 consid. 3.1 p. 290 et les arrêts cités).
3.2 Selon la pratique constante, l'autorité appelée à statuer sur la validité matérielle d'une initiative doit en interpréter les termes dans le sens le plus favorable aux initiants. Lorsque, à l'aide des méthodes reconnues, le texte d'une initiative se prête à une interprétation la faisant apparaître comme conforme au droit supérieur, elle doit être déclarée valable et être soumise au peuple. L'interprétation conforme doit ainsi permettre d'éviter autant que possible les déclarations d'invalidité (ATF 132 I 282 consid. 3.1 p. 286).
La marge d'appréciation de l'autorité de contrôle est plus grande lorsqu'elle examine une initiative non formulée que lorsqu'elle se trouve en présence d'une initiative rédigée de toutes pièces, sous la forme d'un acte normatif (ATF 124 I 107 consid. 5b/aa p. 119 et les arrêts cités).
3.3 En l'espèce, il convient de déterminer si la prise en compte des primes d'assurances-maladie comme rabais d'impôt est compatible avec la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). En d'autres termes, il s'agit de savoir s'il est possible d'ajouter à une déduction générale harmonisée (déduction limitée des primes d'assurances-maladie) un rabais d'impôt permettant une seconde déductibilité (de l'impôt cette fois) de la même dépense. S'il n'est pas contesté que la LHID ne proscrit pas le système du rabais d'impôt, la question du contenu de ce rabais doit être examinée.
3.3.1 En matière d'impôt direct des cantons et des communes, le législateur fédéral a entendu unifier l'assiette de l'impôt sur le revenu et sur le bénéfice ainsi que de l'impôt sur la fortune et le capital. La LHID définit donc précisément la composition du revenu imposable et les déductions autorisées. Les cantons demeurent en revanche libres d'appliquer à cette assiette leur taux, leurs déductions pour enfants et leurs autres déductions sociales (art. 9 al. 4 LHID).
L'art. 9 al. 2 let. g LHID prévoit, à titre de déductions générales, "les versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances-maladie et ceux d'assurances-accidents qui ne tombent pas sous le coup de la let. f ainsi que les intérêts des capitaux d'épargne du contribuable et des personnes à l'entretien desquelles il pourvoit, jusqu'à concurrence d'un montant déterminé par le droit cantonal; ce montant peut revêtir la forme d'un forfait". La liste des déductions prévues par l'art. 9 al. 2 LHID est exhaustive; les cantons sont tenus de la reprendre intégralement (ATF 128 II 66 consid. 4b p. 71 s. et les références citées). Le canton de Vaud s'est soumis à cette exigence et a édicté, afin de concrétiser l'art. 9 al. 2 let. g LHID, l'art. 37 al. 1 let. g LI/VD dont la teneur est la suivante:
"1 Sont déduits du revenu:
g. les versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances-maladie et d'assurances-accidents qui ne tombent pas sous le coup de la let. f, ainsi que les intérêts des capitaux d'épargne du contribuable et des personnes à l'entretien desquelles il pourvoit, jusqu'à concurrence d'un montant total maximal de:
- 3'200 fr. par année pour le contribuable célibataire, veuf, divorcé ou imposé séparément selon l'article 10;
- 6'400 fr. par année pour les époux vivant en ménage commun.
2 Les versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances-maladie et d'assurances-accidents ne sont déductibles à l'intérieur de la limite maximale que jusqu'à concurrence de: - 1'800 fr. par année [montant porté à 1'900 fr. en 2006] pour le contribuable célibataire, veuf, divorcé ou imposé séparément selon l'article 10; - 3'600 fr. par année [3'800 fr. en 2006] pour les époux vivant en ménage commun.
3 La déduction est augmentée de 1'200 fr. [1'300 fr. en 2006] pour chaque enfant ou personne nécessiteuse pour lesquels le contribuable a droit à une part de 0,5 (art. 43, al. 2, let. d) ou à une déduction pour personne à charge (art. 40). L'article 45 est réservé. [...]"
3.3.2 Le calcul du montant objet du rabais d'impôt tel qu'il est prévu à l'art. 47a LI/VD est complexe: ledit montant est calculé non pas à partir des primes d'assurance-maladie effectivement payées, mais en fonction de la prime cantonale de référence, fixée annuellement par le Conseil d'Etat et dont le montant diffère selon la catégorie d'âge et selon le domicile dans le canton. De ce montant théorique sont déduits les subsides dont bénéficie le contribuable et qui varient en fonction de la situation familiale et économique de l'assuré. Le solde est alors comparé au 10 % du revenu. Le montant qui dépasse cette limite est déduit de l'impôt cantonal dû.
3.3.3 Pour démontrer que le rabais d'impôt litigieux est conforme à la LHID, le Parti socialiste vaudois et consorts articulent leur raisonnement en trois temps. Ils avancent d'abord que le rabais d'impôt n'est pas une déduction générale au sens de l'art. 9 al. 2 LHID puisqu'il ne remplace pas la déduction prévue à l'art. 37 al. 1 let. g LI/VD. Cet argument manque de pertinence dans la mesure où il n'est pas contesté que le rabais d'impôt ne se substitue pas à la déduction ordinaire prévue à l'art. 37 al. 1 let. g LI/VD, mais s'y ajoute. On ne saurait déduire du seul fait que "les contribuables vaudois continueraient à pouvoir déduire de leur revenu leurs dépenses effectives liées notamment aux primes d'assurance-maladie dans la mesure prévue par l'art. 37 al. 1 let. g LI/VD" que le rabais d'impôt prévu à l'art. 47a LI/VD n'est pas une déduction générale.
Ensuite, le Parti socialiste vaudois et consorts prétendent que le rabais d'impôt ne constitue pas une double déduction prohibée par la LHID, aux motifs qu'il ne profiterait pas à l'ensemble des contribuables mais uniquement à une catégorie de ceux-ci (soit ceux dont les montants globaux des primes d'assurance-maladie obligatoire calculés selon des critères prédéfinis représentent théoriquement plus de 10% de leur revenu déterminant) et qu'il ne concernerait que le montant de l'impôt cantonal à l'exclusion de l'impôt communal.
Ils perdent cependant de vue qu'avant le calcul du rabais d'impôt, l'entier du montant autorisé par le droit cantonal en vertu de l'art. 37 al. 1 let. g LI/VD a déjà été déduit lors de l'établissement de l'assiette du revenu net. Tout franc de déduction supplémentaire pour la même dépense contourne ce maximum et aboutit en définitive à une double déduction du même montant, ce qui contourne les limites impératives fixées par l'art. 9 LHID. C'est donc avec raison que la Cour constitutionnelle, à l'instar du Grand Conseil, a retenu que l'art. 47a LI/VD faisait double emploi avec la déduction de l'art. 37 al. 1 let. g LI/VD, correspondant à l'art. 9 al. 2 let. g LHID et aboutissait de fait à une double déduction qui entrave l'application du droit harmonisé sur ce point.
Enfin, pour le Parti socialiste vaudois et consorts, le rabais d'impôt constitue une déduction sociale au sens de l'art. 9 al. 4 LHID.
A cet égard, il est déterminant de distinguer les déductions générales des déductions sociales. Par déductions sociales, on entend celles qui ne tiennent pas compte des dépenses effectives (Bosshard/Bosshard/ Lüdin, Sozialabzüge und Steuertarife im schweizerischen Steurerrecht, 2000, p. 104; Markus Reich, Steuerrecht, 2012, p. 351 s.; Danielle Yersin, Harmonisation fiscale et droit cantonal, RDAF 1994, p. 169, p. 183), mais du statut social du contribuable et de l'influence que ce statut produit sur la capacité économique individuelle (ATF 131 I 377 consid. 4.2 p. 384). Il s'agit, en d'autres termes, d'équilibrer la charge fiscale entre divers groupes de contribuables, selon leur capacité économique. Cela concerne en premier lieu les relations familiales du contribuable et les charges qui en découlent (ATF 131 I 377 consid. 4.2 pp. 384/385 et les références citées). De ce point de vue, les déductions sociales s'apparentent à une mesure touchant au barème de l'impôt (Markus Reich, in Kommentar zum StHG, 2002, n. 67 ad art. 9 LHID). Par rapport au but du législateur fédéral d'harmoniser l'assiette de l'impôt, la notion de déduction sociale s'interprète de manière restrictive (Bosshard/Bosshard/Lüdin, op. cit., p. 106; Markus Reich, op. cit., n° 68 ad art. 9 LHID; Danielle Yersin, L'impôt sur le revenu, étendue et limites de l'harmonisation in Archives de droit fiscal suisse 61, p. 298).
En l'occurrence, le rabais d'impôt litigieux prend en compte la situation concrète du contribuable. Même si l'on recourt à la prime cantonale de référence, celle-ci varie en fonction de l'âge et du domicile du contribuable; il faut en outre tenir compte du fait que le contribuable a - ou n'a pas - reçu de subsides pour ses primes d'assurance-maladie. Contrairement à ce que soutiennent le Parti socialiste vaudois et consorts, le contribuable qui requiert cet avantage fiscal doit donc détailler sa situation effective (en particulier les subsides touchés pour ses primes-maladie), et non simplement déduire des montants forfaitaires selon son seul état civil. Le rabais d'impôt est ainsi fondé sur la situation de décaissement effectif du contribuable, ce qui est la caractéristique d'une déduction générale. Même si l'objectif de l'art. 47a LI/VD est de rééquilibrer la charge fiscale des contribuables en fonction de leur situation relativement aux primes d'assurance-maladie, une telle déduction ne peut être considérée comme une déduction sociale au sens de la LHID, puisqu'elle dépend des dépenses effectives et n'est pas applicable sans autre calcul à l'entier d'une catégorie de contribuables.
3.4 En définitive, ce n'est pas le rabais d'impôt en tant que tel qui est contraire à la LHID, mais le fait qu'il soit fondé sur des dépenses dont la déductibilité ne peut intervenir qu'au titre de déductions générales de l'art. 9 al. 2 LHID. Or, l'interdiction de prévoir des déductions générales ne peut être contournée en recourant non pas à des déductions sociales sur l'assiette, mais à une déduction directement opérée sur le montant de l'impôt lui-même (rabais d'impôt). Dès lors que la déduction autorisée par l'art. 9 al. 2 let. g LHID est instituée à l'art. 37 al. 2 let. g LI/VD, il n'y a pas de place pour une nouvelle déduction de tout ou partie de la même dépense, qu'elle intervienne sur l'assiette ou sur le montant de l'impôt. Le système proposé en l'espèce a matériellement pour conséquence de contourner la limite posée à la déductibilité des primes d'assurance-maladie.
Le texte de l'initiative, clairement rédigé, est contraire à l'art. 9 al. 2 LHID et ne laisse pas de place pour une interprétation conforme au droit supérieur. L'invalidation de l'art. 47a LI/VD entraîne celle de l'art. 132, qui lui est lié. Par conséquent, il y a lieu de confirmer l'analyse faite par le Grand Conseil et de retenir que les articles 47a et 132 LI/VD, tels que proposés par l'initiative litigieuse, violent le principe de la primauté du droit fédéral (art. 49 Cst.).
4. Dès lors que les articles 47a et 132 LI/VD sont invalidés, il convient d'examiner si la partie de l'initiative demandant l'abrogation des articles 21, 21b et 23 LI/VD (en relation avec la suppression des allégements de l'imposition des dividendes) et des articles 118a et 123 LI/VD (relatifs à la suppression de l'imputation de l'impôt sur le bénéfice sur l'impôt sur le capital) peut être soumise seule à la votation populaire.
4.1 Une initiative peut être partiellement invalidée. Même si la loi cantonale vaudoise ne le prévoit pas expressément, cette possibilité découle du principe selon lequel une initiative doit être interprétée dans le sens le plus favorable aux initiants, selon l'adage "in dubio pro populo". Elle apparaît également comme une concrétisation, en matière de droits populaires, du principe général de la proportionnalité (art. 36 al. 3 Cst.) qui veut que l'intervention étatique porte l'atteinte la plus restreinte possible aux droits des citoyens, et que les décisions d'invalidité soient autant que possible limitées en retenant la solution la plus favorable aux initiants. Ainsi, lorsque seule une partie de l'initiative paraît inadmissible, la partie restante peut subsister comme telle, pour autant qu'elle forme un tout cohérent, qu'elle puisse encore correspondre à la volonté des initiants et qu'elle respecte en soi le droit supérieur. L'invalidité d'une partie de l'initiative ne doit entraîner celle du tout que si le texte ne peut être amputé sans être dénaturé (ATF 134 I 172 consid. 2.1 p. 177 et la jurisprudence citée).
L'invalidation partielle est soumise à deux conditions, l'une subjective, l'autre objective. Il faut en premier lieu que l'on puisse raisonnablement admettre que les signataires auraient aussi approuvé la partie valable de l'initiative, si elle leur avait été présentée seule (ATF 125 I 21 consid. 7b p. 44). Il faut en second lieu qu'amputée de certaines parties viciées, les dispositions restantes représentent encore un tout assez cohérent pour avoir une existence indépendante et correspondre à l'objectif principal initialement visé par les initiants, tel qu'il pouvait être objectivement compris par les signataires (ATF 130 I 185 consid. 5 p. 202). Tel est le cas lorsque la partie restante de l'initiative forme un tout homogène qui suit la direction donnée par l'initiative complète, de sorte que l'initiative ne soit pas dépouillée de son contenu essentiel (ATF 125 I 21 consid. 7b p. 44).
4.2 En l'occurrence, une initiative qui a pour objet jusque dans son titre un avantage fiscal nouveau en faveur d'une catégorie de contribuables, soit les assurés dont les montants globaux des primes d'assurance-maladie obligatoire calculés selon des critères prédéfinis représentent plus de 10% de leur revenu déterminant, semble altérée lorsqu'elle est amputée de ce dispositif. Dans les documents des initiants présentant leur initiative, la partie de l'initiative concernant l'abrogation de certaines des dispositions relatives aux allègements fiscaux en faveur des actionnaires et des entreprises a été présentée comme le moyen de financer le coeur du projet, soit l'allègement par la fiscalité du poids des primes-maladie. Privée de l'avantage procuré aux assurés-maladie, l'initiative ne correspond plus à l'objectif initial du projet. "Le mécanisme de solidarité" et le lien voulu par les initiants entre "les plus riches contribuables" et "ceux qui ne peuvent supporter le poids de leurs primes" (cf. document des initiants intitulé "Questions et réponses sur l'initiative") disparaissent. Faire voter les citoyens vaudois sur le seul financement d'un projet déclaré nul revient à dénaturer l'initiative, ce d'autant plus que les recettes nouvelles dégagées par la suppression des allègements fiscaux en faveur des actionnaires pourront être attribuées par le canton à des objets différents de ceux voulus par les initiants et signataires de l'initiative. L'allègement de la charge fiscale des assurés-maladie est à tout le moins étroitement lié à l'objectif poursuivi par les initiants, de sorte qu'il ne peut pas être soustrait au texte de l'initiative sans le dénaturer.
Une annulation partielle de l'initiative litigieuse n'est dès lors pas possible. Par conséquent, c'est à juste titre que le Grand Conseil vaudois a procédé à une invalidation totale.
5. Il s'ensuit que le recours 1C_303/2012 est admis et que le recours 1C_302/2012 est rejeté. Le décret du Grand Conseil du 4 septembre 2011 invalidant l'initiative populaire cantonale "Pour un rabais d'impôt qui protège les assuré-e-s plutôt que les actionnaires" est confirmé. L'arrêt cantonal est annulé à l'exception du point III du dispositif relatif à l'émolument d'arrêt. Les frais judiciaires des causes 1C_302/2012 et 1C_303/2012, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du Parti socialiste vaudois et consorts, qui succombent (art. 68 al. 1 LTF). Une indemnité de dépens de 2'500 francs est allouée au PLR "Les Libéraux-Radicaux Vaud" et consorts, à la charge solidaire du Parti socialiste vaudois et consorts.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours 1C_302/2012 et 1C_303/2012 sont joints.
2. Le recours 1C_302/2012 est rejeté.
3. Le recours 1C_303/2012 est admis. L'arrêt attaqué est annulé à l'exception du point III du dispositif. Le décret du Grand Conseil du canton de Vaud du 4 septembre 2011 invalidant l'initiative populaire cantonale "Pour un rabais d'impôt qui protège les assuré-e-s plutôt que les actionnaires" est confirmé.
4. Les frais judiciaires des causes 1C_302/2012 et 1C_303/2012, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du Parti socialiste vaudois et consorts. Une indemnité de dépens de 2'500 francs est allouée au PLR-Vaud et consorts à la charge solidaire du Parti socialiste vaudois et consorts.
5. Le présent arrêt est communiqué au Grand Conseil du canton de Vaud, au Parti socialiste vaudois et consorts, au PLR-Vaud, à l'Union démocratique du centre - Vaud et consorts et à la Cour constitutionnelle du canton de Vaud.
Lausanne, le 27 février 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
La Greffière: Tornay Schaller