Sachverhalt:
A. A.a Am 1. Januar 2008 ist das Bundesgesetz vom 23. März 2007 über die Stromversorgung (Stromversorgungsgesetz, StromVG; SR 734.7) in Kraft getreten. Gemäss Art. 18 Abs. 1 dieses Gesetzes wird das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene von der nationalen Netzgesellschaft betrieben. Die Netzgesellschaft muss Eigentümerin des von ihr betriebenen Netzes sein (Art. 18 Abs. 2 StromVG). Die Elektrizitätsversorgungsunternehmen überführen bis spätestens fünf Jahre nach dem Inkrafttreten des Gesetzes (d.h. bis spätestens 1. Januar 2013) das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene auf die nationale Netzgesellschaft (Art. 33 Abs. 4 StromVG). Kommen die Elektrizitätsversorgungsunternehmen dieser Verpflichtung nicht nach, erlässt die Elektrizitätskommission (ElCom) auf Antrag der nationalen Netzgesellschaft oder von Amtes wegen die erforderlichen Verfügungen (Art. 33 Abs. 5 StromVG).
A.b Am 1. Juni 2010 stellte die nationale Netzgesellschaft swissgrid ag bei der ElCom ein Gesuch mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass das gesamte 220/380-kV-Netz als Übertragungsnetz gelte (mit den in den Beilagen definierten Ausnahmen) und das Eigentum daran an die nationale Netzgesellschaft zu übertragen sei. Die ElCom stellte das Gesuch am 5. Juli 2010 allen Übertragungsnetzeigentümern zu und gab ihnen Gelegenheit, dazu Stellung zu nehmen.
A.c Am 9. Juli 2010 reichte die Nordostschweizerische Kraftwerke Grid AG (nachfolgend: NOK Grid AG) ebenfalls ein Feststellungsbegehren betreffend Definition und Abgrenzung des Übertragungsnetzes bei der ElCom ein. Sie beantragte, das Übertragungsnetz sei aufgrund einer an den Funktionen ausgerichteten Betrachtungsweise zu definieren und vom Verteilnetz abzugrenzen. Das Feststellungsbegehren der swissgrid ag mit der spannungsbasierten Zuordnung sei abzuweisen.
A.d Mit Verfügung vom 11. November 2010 erklärte die ElCom grundsätzlich den spannungsbasierten Ansatz als gesetzeskonform und bestimmte, dass alle vermaschten Leitungen und die erforderlichen Nebenanlagen auf der Spannungsebene 220/380 kV zum Übertragungsnetz gehörten. Neben weiteren hier nicht interessierenden Präzisierungen legte sie sodann, gestützt auf Art. 2 Abs. 2 lit. d der Stromversorgungsverordnung vom 14. März 2008 (StromVV; SR 734.71) fest:
"8. Schaltfelder vor dem Transformator beim Übergang zu einer anderen Netzebene oder zu einem Kraftwerk gehören zum Übertragungsnetz und sind auf die swissgrid ag zu überführen. Zu den Schaltfeldern gehören unter anderem die Leistungsschalter, die Leitungstrenner, die Messeinrichtungen, die Erdtrenner sowie die Überspannungsableiter. Die Gesuche der Grande Dixence S.A., der Energie Electrique du Simplon S.A., der Forces Motrices Hongrin-Léman S.A. und Electra Massa betreffend die Schaltfelder werden abgewiesen."
Die Verfügung wurde der swissgrid ag, der NOK Grid AG sowie den Eigentümern von Übertragungsnetzen eröffnet, darunter der Misoxer Kraftwerke AG.
B. Mit Eingabe vom 7. Januar 2011 erhob die Misoxer Kraftwerke AG gegen die Verfügung der ElCom vom 11. November 2010 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. In der Hauptsache stellte sie folgende Anträge:
"1. Dispositiv Ziffer 8 der angefochtenen Verfügung sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass Schaltfelder vor dem Transformator beim Übergang zu einer anderen Netzebene oder zu einem Kraftwerk, welche Gegenstand eines konzessionsrechtlichen Heimfalls sind, sowie die dazugehörigen Elemente, nicht zum Übertragungsnetz gehören und daher nicht auf swissgrid ag zu übertragen sind;
2. Eventuell sei Dispositiv Ziffer 8 aufzuheben und es sei festzustellen, dass der swissgrid ag an Schaltfeldern vor dem Transformator beim Übergang zu einer anderen Netzebene oder zu einem Kraftwerk, welche Gegenstand eines konzessionsrechtlichen Heimfalls sind, sowie die dazugehörigen Elemente, lediglich ein zeitlich unbefristetes, entgeltliches Nutzungsrecht einzuräumen ist;
3. Subeventuell sei Dispositiv Ziffer 8 aufzuheben und es sei festzustellen, dass das Eigentum an Schaltfeldern vor dem Transformator beim Übergang zu einer anderen Netzebene oder zu einem Kraftwerk, welche Gegenstand eines konzessionsrechtlichen Heimfalls sind, sowie die dazugehörigen Elemente, erst im Zeitpunkt des Eintritts des konzessionsrechtlichen Heimfalls an swissgrid ag zu übertragen sind und bis zu diesem Zeitpunkt swissgrid ag lediglich ein entgeltliches Nutzungsrecht an diesen Anlagen einzuräumen ist."
Mit Zwischenverfügung vom 3. März 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht den Antrag der Beschwerdeführerin um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung gut und stellte die von der ElCom entzogene aufschiebende Wirkung der Beschwerde in Bezug auf Dispositiv Ziff. 8 der Verfügung vom 11. November 2010 wieder her. Mit Verfügung vom 5. Dezember 2011 lud der Instruktionsrichter des Bundesverwaltungsgerichts den Kanton Graubünden zum Verfahren bei. Mit Urteil vom 12. April 2012 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C. Mit Eingabe vom 4. Juni 2012 erhebt die Misoxer Kraftwerke AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht und wiederholt das vorinstanzlich gestellte Rechtsbegehren. Zudem beantragt sie Erteilung der aufschiebenden Wirkung.
Das Bundesverwaltungsgericht und das Eigenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation verzichten auf Vernehmlassung. Die ElCom und die swissgrid ag beantragen die Abweisung und die Regierung des Kantons Graubünden die Gutheissung der Beschwerde. Mit Eingabe vom 6. November 2012 äussert sich die Misoxer Kraftwerke AG zu den eingegangenen Stellungnahmen.
Mit Verfügung vom 5. Juli 2012 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a, Art. 90 BGG) und die Beschwerdeführerin als Eigentümerin von Anlagen, die Gegenstand des angefochtenen Urteils bilden, zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
2. Näher zu prüfen ist der Streitgegenstand:
2.1 Die Beschwerdeführerin beantragt eine Aufhebung oder Änderung der Ziff. 8 der (von der Vorinstanz bestätigten) Verfügung der ElCom vom 11. November 2010 nur in Bezug auf Anlagen, die vom konzessionsrechtlichen Heimfall betroffen sind. Andere Anlagen als diese bilden damit nicht Streitgegenstand.
2.2 Eine Verfügung regelt grundsätzlich im Einzelfall bestimmte Rechte oder Pflichten (Art. 5 VwVG; SR 172.021). Die Verfügung der ElCom vom 11. November 2010 bezog sich im Wortlaut des Dispositivs jedoch nicht auf konkret individualisierte Leitungen oder Anlagen, sondern klärte die Rechtslage in Bezug auf eine unbestimmte Mehrzahl von Anlagen, so namentlich auch in der hier umstrittenen Ziff. 8. Sie nahm darin zwar Bezug auf Gesuche einiger Kraftwerkgesellschaften (worunter sich die Beschwerdeführerin nicht befindet), doch geht aus den Erwägungen der Verfügung (E. 4.2.15 Rz. 78 bzw. E. 4.7 Rz. 158 ff.) hervor, dass sich auch diese Gesuche nicht auf konkrete Anlagen bezogen. Auch ihr Rechtsbegehren vor der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin nicht auf konkrete Anlagen bezogen. In der Beschwerdebegründung hat sie zwar in Rz. 10 bestimmte Anlagen der Schaltanlage Soazza angeführt, welche von Ziff. 8 der Verfügung betroffen seien, und in Rz. 36 f. ausgeführt, diese Anlagen würden nicht im Zusammenhang mit dem Übertragungsnetz genutzt. Sie hat aber ihre Begründung, wonach die Anlagen keine Übertragungsfunktion hätten und demzufolge nicht dem Übertragungsnetz zugeordnet werden könnten, überwiegend nicht in Bezug auf diese konkreten Anlagen, sondern in allgemeiner Weise formuliert (vgl. Beschwerde vom 7. Januar 2011 S. 9 ff.). Die Vorinstanz setzte sich in ihrem Entscheid weder in der Begründung noch im Dispositiv mit konkreten Anlagen auseinander. Insbesondere hält das angefochtene Urteil nicht fest, dass die in Rz. 10 der Beschwerde vom 7. Januar 2011 genannten Anlagen zum Übertragungsnetz gehören.
2.3 Die Beschwerdeführerin stellt auch vor Bundesgericht keine Rechtsbegehren, die sich auf konkrete Anlagen oder Anlageteile beziehen. Sie rügt allerdings in der Beschwerdebegründung, die Vorinstanz habe Sachverhaltsfeststellung und rechtliche Würdigung vermischt; namentlich habe sie nicht geprüft, ob die vom vorliegenden Verfahren betroffenen Anlagen der Übertragung oder dem Verbund dienten und sich nicht mit den Ausführungen der Beschwerdeführerin befasst, wonach diesen Anlagen keine Übertragungsfunktion zukomme. Dadurch habe die Vorinstanz das rechtliche Gehör und die Untersuchungsmaxime verletzt. Allerdings beziehen sich die Ausführungen in der Beschwerde wiederum nicht im Einzelnen auf die in Rz. 10 der Beschwerde vor Bundesverwaltungsgericht genannten Anlagen, sondern in genereller Weise auf die von Ziff. 8 der Verfügung erfassten Anlagen oder jedenfalls einer nicht näher definierten Mehrheit davon. Streitgegenstand kann vorliegend somit nicht die rechtliche Qualifikation bestimmter einzelner Anlagen sein, auch nicht der in Rz. 10 der Beschwerde vom 7. Januar 2011 genannten Anlagen, sondern bloss die in der Verfügung vom 11. November 2010 geregelten allgemeinen Fragen.
3. Die Beschwerdeführerin bestreitet die Übertragungspflicht zwar nur in Bezug auf die vom konzessionsrechtlichen Heimfall betroffenen Anlagen (vgl. E. 2.1 hiervor), begründet dies aber nicht nur damit, das Heimfallsrecht stehe dem Eigentumsübergang entgegen (vgl. E. 5 hiernach), sondern auch damit, Art. 2 Abs. 2 StromVV in der Auslegung der Vorinstanz sei gesetzes- und verfassungswidrig; diese Frage ist vorab zu prüfen (vgl. E. 4 hiernach).
4. 4.1 Die Zuständigkeit der nationalen Netzgesellschaft gemäss Art. 18 Abs. 1 StromVG und die Übertragungspflicht an diese nach Art. 33 Abs. 4 StromVG gilt für "das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene". Art. 4 Abs. 1 lit. h StromVG definiert das Übertragungsnetz wie folgt: "Elektrizitätsnetz, das der Übertragung von Elektrizität über grössere Distanzen im Inland sowie dem Verbund mit den ausländischen Netzen dient und in der Regel auf der Spannungsebene 220/380 kV betrieben wird". Nach Art. 4 Abs. 2 StromVG kann der Bundesrat die Begriffe nach Abs. 1 sowie weitere in diesem Gesetz verwendete Begriffe näher ausführen und veränderten technischen Voraussetzungen anpassen. Gestützt darauf hat der Bundesrat Art. 2 StromVV erlassen. Dessen Abs. 2 lautet wie folgt:
"Zum Übertragungsnetz gehören insbesondere auch:
a. Leitungen inklusive Tragwerke;
b. Kuppeltransformatoren, Schaltanlagen, Mess-, Steuer- und Kommunikationseinrichtungen;
c. gemeinsam mit anderen Netzebenen genutzte Anlagen, die mehrheitlich im Zusammenhang mit dem Übertragungsnetz genutzt werden oder ohne die das Übertragungsnetz nicht sicher oder nicht effizient betrieben werden kann;
d. Schaltfelder vor dem Transformator beim Übergang zu einer anderen Netzebene oder zu einem Kraftwerk."
4.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die gesetzliche Definition des Übertragungsnetzes enthalte drei Elemente, nämlich (1) dass das Netz der Übertragung von Elektrizität über grössere Distanzen im Inland oder dem Verbund mit ausländischen Netzen diene, (2) dass es in der Regel auf der Spannungsebene 220/380 kV betrieben werde und (3) dass es vom Verteilnetz gemäss Art. 4 Abs. 1 lit. i StromVG abzugrenzen sei. Schaltanlagen und Schaltfelder vor den Transformatoren gehörten entweder zum Übertragungsnetz oder zum Verteilnetz. Dem in der Verfügung aufgezeichneten Beispiel lasse sich entnehmen, dass sich Schaltfelder vor dem Transformator beim Übergang zu einer anderen Netzebene befänden und somit in Bezug auf die Abgrenzung von der Netzebene 1 zur Netzebene 2 mit einer Spannung von 220/380 kV betrieben würden, womit ein Zuordnungskriterium für das Übertragungsnetz erfüllt sei. Zur Frage, ob Schaltanlagen und Schaltfelder vor den Transformatoren zum Übertragungsnetz gehören sollen, habe sich der Gesetzgeber nicht ausdrücklich geäussert. Der Begriff des Übertragungsnetzes sei aber weit auszulegen, damit die nationale Netzgesellschaft ihre Aufgabe wahrnehmen könne. Das Eigentum an Schaltfeldern erleichtere der nationalen Netzgesellschaft die Erfüllung ihrer Aufgaben. Schaltfelder vor den Transformatoren gehörten deshalb zum Übertragungsnetz; Art. 2 Abs. 2 lit. d StromVV habe somit eine genügende gesetzliche Grundlage. Die Übertragung des Eigentums liege auch im öffentlichen Interesse und sei verhältnismässig.
4.3 Die von der Vorinstanz bestätigte Ziff. 8 der Verfügung vom 11. November 2010 entspricht im ersten Satz weitgehend der Formulierung von Art. 2 Abs. 2 lit. d StromVV. Die Beschwerdeführerin behauptet nicht, dass Satz 2 von Ziff. 8, der den Begriff des Schaltfeldes konkretisiert, verordnungswidrig wäre. Sie bestreitet auch mit Recht nicht, dass Art. 2 Abs. 2 StromVV formell auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage (Art. 4 Abs. 2 StromVG) beruht. Sie macht aber geltend, die Verordnungsbestimmung sei nur solange gesetzeskonform, als sie sich an die in Art. 4 Abs. 1 lit. h StromVG enthaltene Definition des Übertragungsnetzes halte; dazu gehörten kumulativ die Spannungsebene von (in der Regel) 220/380 kV und dass die Anlage der Übertragung über grössere Distanzen im Inland sowie dem Verbund mit ausländischen Netzen diene. Art. 2 Abs. 2 StromVV sei daher - gesetzeskonform ausgelegt - nur auf solche Anlagen anwendbar, die der Übertragung oder dem Verbund im genannten Sinne dienten. Die Beschwerdeführerin habe bereits vor der Vorinstanz darauf hingewiesen, dass diese Voraussetzung für die betroffenen Anlagen nicht erfüllt sei.
4.4 Der Beschwerdeführerin ist insoweit zuzustimmen, dass der Wortlaut von Art. 2 Abs. 2 lit. d StromVV - für sich allein betrachtet - zu weit gefasst ist; so gehören selbstverständlich Transformatoren der Netzebenen 4 oder 6 oder die Schaltfelder zwischen untergeordneten Netzebenen nicht zum Übertragungsnetz. Art. 2 Abs. 2 lit. d StromVV ist vielmehr systematisch im Zusammenhang mit dem Ingress von Abs. 2 sowie mit Blick auf Art. 4 Abs. 1 lit. h des Gesetzes so auszulegen, dass die dort genannten Anlagen nur, aber immerhin, dann zum Übertragungsnetz gehören, wenn sie als Anschluss eines Kraftwerks oder einer nachgelagerten Netzebene an das Übertragungsnetz im Sinne der eigentlichen Übertragungsleitungen (Netzebene 1) dienen. Das ist denn offensichtlich auch der Sinn des angefochtenen Entscheids. In der von der Vorinstanz bestätigten Verfügung vom 11. November 2010 hat die ElCom in den Erwägungen festgehalten, Art. 2 Abs. 2 lit. d StromVV komme nur beim direkten Übergang vom Übertragungsnetz zu einer anderen Netzebene oder zu einem Kraftwerk zur Anwendung. Ob diese Voraussetzung für die Schaltanlage Soazza der Beschwerdeführerin zutreffen, ist nicht im vorliegenden Verfahren zu entscheiden (vgl. E. 2 hiervor). Die ElCom hat sodann entsprechend ihrer Rechtsauffassung, wonach Stichleitungen nicht zum Übertragungsnetz gehörten (vgl. Ziff. 10 der Verfügung der ElCom vom 11. November 2010), erwogen, auch Anlagen beim Übergang einer Stichleitung zu einer tieferen Netzebene oder zu einem Kraftwerk seien nicht Teil des Übertragungsnetzes (Rz. 164 der Erwägungen). In ihrer Vernehmlassung vor Bundesgericht bestätigt die ElCom, dass insoweit keine Differenz bestehe zwischen der Auffassung der Beschwerdeführerin und der Verfügung der ElCom; sie weist allerdings darauf hin, dass gemäss Rechtsprechung des Bundesverwaltungsgerichts entgegen der ursprünglichen Auffassung der ElCom Stichleitungen zum Übertragungsnetz gehörten. Dazu ist zu bemerken, dass diese Rechtsauffassung des Bundesverwaltungsgerichts nur für die Leitungen derjenigen Netzeigentümer gilt, welche die Ziff. 10 der Verfügung angefochten haben (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2C_731/2011 bis 2C_737/2011 vom 8. Juni 2012).
4.5 Abgesehen von dieser besonderen Situation ist jedoch nicht ersichtlich, inwiefern der angefochtene Entscheid gesetzwidrig sein soll: Ein Elektrizitätsnetz umfasst gemäss der Legaldefinition in Art. 4 Abs. 1 lit. a StromVG nebst den Leitungen auch die erforderlichen Nebenanlagen. Zum Übertragungsnetz gehören deshalb nebst den Leitungen auch die Nebenanlagen. Vorausgesetzt ist dabei nach dem Wortlaut des Gesetzes entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht, dass jede einzelne Nebenanlage mehrheitlich der Übertragung dient, sondern nur, dass es erforderliche Nebenanlagen (lit. a) sind für ein Elektrizitätsnetz, das als solches der Übertragung über grössere Distanzen im Inland oder dem Verbund mit ausländischen Netzen dient (lit. h). Es leuchtet ein, dass dazu auch Anlagen an der Schnittstelle zwischen den Übertragungsleitungen und den nachgeordneten Netzebenen gehören, auch wenn naturgemäss die Schnittstellen für beide Ebenen von Bedeutung sind. Die von der Beschwerdeführerin angesprochenen praktischen betrieblichen Abgrenzungsfragen, die sich daraus ergeben können, müssen unabhängig von der Eigentumsfrage geregelt werden, wozu sich die angefochtene Entscheidung jedoch nicht äussert. Die vom Bundesrat in Art. 2 Abs. 2 lit. d StromVV festgelegte Zuordnung sprengt insoweit den Rahmen der gesetzlichen Delegation nicht. Es besteht auch kein Widerspruch zu Art. 2 Abs. 2 lit. c StromVV bzw. Ziff. 9 der Verfügung der ElCom vom 11. November 2010; denn die dort enthaltenen Voraussetzungen gelten nur für diejenigen Anlagen, die nicht unter Art. 2 Abs. 2 lit. b oder d StromVV fallen.
4.6 Die Beschwerdeführerin verweist auf eine Abbildung aus der Branchenempfehlung "Netznutzungsmodell für das Schweizerische Verteilnetz" des Verbandes Schweizerischer Elektrizitätsunternehmen (NNMV - CH Ausgabe 2011), wonach die Schaltanlagen vor dem Transformator nicht zum Übertragungsnetz gehören. Indessen enthält der Begleittext zu dieser Abbildung in der Branchenempfehlung S. 15 Ziff. 3.2.2 eine Fussnote 2 mit dem Wortlaut: "Wenn der Schalter und der zugehörige Anteil der Sammelschiene sich an der Grenze der NE 1 und NE 2 befinden, werden sie der NE 1 (Übertragungsnetz) zugeordnet". Der angefochtene Entscheid entspricht damit der Branchenempfehlung.
4.7 Gehören die Anlagen im dargelegten Sinne zu dem gesetzlich definierten Übertragungsnetz, so sind das öffentliche Interesse an der Eigentumsübertragung sowie deren Verhältnismässigkeit durch Art. 18 Abs. 2 und Art. 33 Abs. 4 StromVG für die Gerichte verbindlich festgelegt (Art. 190 BV).
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin und der Beigeladene machen geltend, dem Kanton Graubünden und den betroffenen Gemeinden stehe ein Heimfallsrecht gemäss Art. 67 des Bundesgesetzes vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (Wasserrechtsgesetz, WRG; SR 721.80) an den streitbetroffenen Anlagen zu. Der Gesetzgeber habe mit dem Erlass des Stromversorgungsgesetzes nicht beabsichtigt, dass auch mit einem Heimfall belastetes Eigentum auf die nationale Netzgesellschaft übertragen werde. Vielmehr habe er die kantonalen Zuständigkeiten für die Verleihung von Wasserrechten nicht einschränken wollen. Der Grundsatz der lex posterior sei nicht anwendbar, da ein allfälliger Konflikt nicht zwischen dem älteren Wasserrechtsgesetz und dem neueren Stromversorgungsgesetz bestehe, sondern nur zwischen dem Wasserrechtsgesetz und der Stromversorgungsverordnung, so dass nach dem Grundsatz der lex superior das Wasserrechtsgesetz vorgehe.
5.2 Das letztgenannte Argument ist von vornherein nicht stichhaltig, da - wie soeben dargelegt - die Stromversorgungsverordnung dem Stromversorgungsgesetz entspricht (vgl. E. 4 hiervor).
5.3 Das Heimfallsrecht ist Ausfluss der kantonalen Hoheit über die Wasservorkommen (Art. 76 Abs. 4 BV; Art. 2 WRG). Die Kantone können die Wasservorkommen selber nutzen oder das Recht zur Benutzung andern verleihen (Art. 3 Abs. 1 WRG), was normalerweise, aber nicht zwingend, in der Form der Konzession erfolgt (Art. 3 Abs. 2 und Art. 38 ff. WRG). Dabei kann ein Heimfallsrecht vorgesehen werden, wonach mit Ablauf der Konzessionsdauer die erstellten Anlagen an das verleihungsberechtigte Gemeinwesen übergehen. Ein solches Heimfallsrecht besteht allerdings nicht von Bundesrechts wegen, sondern kann sich nur aus dem kantonalen Recht oder der Konzession ergeben (Art. 48 Abs. 1 WRG). Art. 67 WRG, auf den sich die Beschwerdeführerin und der Beigeladene berufen, begründet nicht selber ein Heimfallsrecht, sondern regelt nur die Modalitäten seiner Ausübung (vgl. Urteil 2C_258/2011 vom 30. August 2012 E. 3). Hat somit das Heimfallsrecht seine Grundlage nicht im Bundes-, sondern im kantonalen Recht, so geht ihm eine bundesrechtliche Regelung vor, soweit ein Regelungswiderspruch besteht (Art. 49 Abs. 1 BV).
5.4 Nach Art. 33 Abs. 4 StromVG überführen die "Elektrizitätsversorgungsunternehmen" das Übertragungsnetz auf die nationale Netzgesellschaft. Das Gesetz umschreibt nicht näher, welche Unternehmen dazu verpflichtet sind. Aus dem Sinn und Zweck des Gesetzes ergibt sich, dass die jeweiligen Unternehmen gemeint sind, welche bisher (d.h. spätestens am 31. Dezember 2012) Eigentümer von Übertragungsnetzen sind. Entsprechend der kantonal und privatwirtschaftlich geprägten Struktur der schweizerischen Elektrizitätswirtschaft können das sowohl Gemeinwesen als auch privatrechtlich organisierte Unternehmen sein. Die Verpflichtung gilt für beide. Sie wird auch dadurch nicht berührt, dass der bisherige Eigentümer obligatorisch oder dinglich (z.B. mittels eines im Grundbuch vorgemerkten Vorkaufs-, Rückkaufs- oder Kaufsrechts, Art. 959 ZGB) verpflichtet ist, die Anlagen später einem Dritten zu übertragen, denn die Übertragungspflicht würde auch für den Kaufs-, Vorkaufs- oder Rückkaufsberechtigten gelten. Ebenso wenig kann das Heimfallsrecht der Pflicht zur Eigentumsübertragung gemäss Stromversorgungsgesetz entgegenstehen: Hätte das Gemeinwesen das Wassernutzungsrecht überhaupt nie übertragen, sondern von Anfang an selber ausgeübt (vgl. E. 5.3 hiervor), so wäre es seit je Eigentümer der streitbetroffenen Anlagen und zur Eigentumsübertragung verpflichtet. Dasselbe würde gelten, wenn es infolge Ablaufs der Konzession das Heimfallsrecht bereits ausgeübt hätte und dadurch heute Eigentümer der Anlagen wäre. Es kann sich nicht anders verhalten, wenn das Heimfallsrecht erst in einem künftigen Zeitpunkt ausgeübt werden kann. Ob das verleihungsberechtigte Gemeinwesen dann allenfalls Anteil hat an der Entschädigung, die nach Art. 33 Abs. 4 Satz 2 und 3 StromVG auszurichten sein wird, betrifft nicht die Übertragungspflicht, sondern das Verhältnis zwischen Gemeinwesen und Konzessionär, und ist nicht im vorliegenden Verfahren zu entscheiden.
6. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt die unterliegende Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdegegnerin und der Beigeladene, die nicht anwaltlich vertreten bzw. Gemeinwesen sind, haben keinen Anspruch auf Parteientschädigung.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der swissgrid ag, dem Kanton Graubünden, der Eidgenössischen Elektrizitätskommission ElCom, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation, und dem Bundesamt für Energie schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger