Faits:
A. Lors de la rentrée académique 2003, compte tenu de ses deux années préalables d'études à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne, A._ (ci-après: l'intéressée) a été admise en deuxième année de la filière Informatique du Département Electricité+Informatique (ci-après: le Département E+I) de l'Ecole d'ingénieurs du Canton de Vaud (devenue par la suite Haute Ecole d'ingénierie et de gestion; heig-vd; ci-après: la Haute Ecole d'ingénierie).
En septembre 2004, l'intéressée a terminé sa deuxième année avec des résultats insuffisants, obtenant toutefois une note suffisante (4.1) pour le cours Systèmes d'exploitation. La Conférence du Département E+I l'a autorisée à se réinscrire en deuxième année. Un courrier du Département E+I, adressé à l'intéressée le 28 septembre 2004, l'a avertie qu'elle ne pouvait refaire qu'une seule fois la 2ème année d'études et que, dès qu'elle aurait confirmé vouloir reprendre ses études, le Département E+I établirait un programme personnalisé en raison de son intégration au système d'enseignement modulaire mis en place dès la rentrée 2004. Une fois établi, le programme a été accepté par l'intéressée.
Selon le certificat de notes établi le 11 octobre 2005, A._ a terminé l'année académique 2004/2005 avec cinq modules réussis, cinq non terminés et un échoué. Par lettre du 3 mai 2006, le Département E+I lui a écrit qu'il l'avait autorisée à tort à suivre une troisième fois le cours de "Programmation concurrente" après son échec en juin 2005. Il aurait dû décider soit de la promotion exceptionnelle, soit de l'échec définitif, la matière pouvant néanmoins être considérée comme acquise.
En octobre 2006, A._ a terminé l'année académique 2005/2006 avec neuf modules réussis, deux non terminés et deux échoués. Elle s'est donc présentée en août 2007 aux examens dits de "remédiation", auxquels elle n'a pas obtenu de résultats suffisants.
Par lettre du 28 août 2007 du chef du Département des technologies de l'information et de la communication, elle a été informée de son ex-matriculation en raison de son échec définitif au module "Système d'exploitation et de sécurité (SSP)" avec une note moyenne de 3,9 (3,92 en tenant compte des centièmes), l'une des trois notes prises en compte dans la moyenne étant celle de 3,5 obtenue au cours portant sur les systèmes d'exploitation répété par l'intéressée.
Par courrier du 12 septembre 2007, le chef du Département des technologies de l'information et de la communication a indiqué à A._ que la Conférence du Département de l'information et de la communication avait rejeté sa demande de promotion exceptionnelle et confirmé son ex-matriculation.
B. Le 24 septembre 2007, A._ a interjeté recours contre la décision du 12 septembre 2007 auprès du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture du canton de Vaud.
Le 25 septembre 2007, un courrier adressé à l'intéressée et signé par le directeur de la Haute Ecole d'ingénierie et le chef du département des technologies de l'information et de la communication a confirmé l'échec définitif.
Le 29 octobre 2007, le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture a rejeté la demande de mesures provisionnelles déposée par l'intéressée.
Par décision du 18 mars 2008, le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture a rejeté le recours de A._.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public pour violation de l'interdiction de l'arbitraire et de la protection de la bonne foi, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, d'annuler la décision rendue le 18 mars 2008 par le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture a transmis le dossier de la cause.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 29 al. 1 LTF; ATF 134 IV 36 consid. 1 p. 37).
1.1 Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions sur les résultats d'examens ou d'autres évaluations des capacités en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession (art. 83 let. t LTF)
En l'espèce, la recourante se plaint de la violation de l'application arbitraire du règlement de promotion de la Haute Ecole d'ingénierie du 9 octobre 2006 (ci-après: RPA ou règlement de promotion), selon lequel, dans des cas exceptionnels, la Conférence des maîtres de départements peut octroyer les crédits du module à un étudiant qui est en échec, avec la qualification passable (art. 7.2 RPA). Même si la recourante expose ne pas remettre en cause les résultats des examens et que cette disposition permet à la Conférence des maîtres de départements de s'écarter du critère des notes obtenues, il n'en demeure pas moins que l'examen des cas exceptionnels, qui ont trait à la situation personnelle du candidat, équivaut à une évaluation globale de sa capacité au sens de l'art. 83 lettre t LTF (cf. arrêts 2C_573/2007 du 23 janvier 2008, consid. 1.1; 2D_16/2007 du 14 mai 2007, consid. 2.1 et 2D_34/2007 du 20 juillet 2007, consid. 1.2).
Son mémoire est par conséquent irrecevable comme recours en matière de droit public.
2. D'après l'art. 113 LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours constitutionnels contre les décisions des autorités de dernières intances qui ne peuvent, comme en l'espèce, faire l'objet d'aucun recours selon les art. 72 à 89 LTF. L'intitulé erroné du mémoire de recours ne porte pas préjudice à la recourante, pour autant que son écriture remplisse les conditions formelles de la voie de droit en cause (ATF 133 I 300 consid. 1.2 p. 302 s., 308 consid. 4.1 p. 314; 133 II 396 consid. 3.1 p. 399).
2.1 A qualité pour former un recours constitutionnel subsidiaire quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (art. 115 LTF). La qualité pour soulever le grief d'arbitraire par la voie du recours constitutionnel subsidiaire selon l'art. 115 let. b LTF suppose que le recourant puisse se prévaloir d'une situation juridique protégée par la loi ou par un droit fondamental spécifique (ATF 133 I 185 consid. 6 p. 197 ss).
En l'espèce, la recourante ne prétend pas, à juste titre, ni ne démontre avoir droit à une promotion exceptionnelle. La lettre de l'art. 7.2 RPA, selon laquelle la Conférence du Département peut octroyer un module, n'en confère aucun. Par conséquent, le grief d'application arbitraire du règlement de promotion est irrecevable. Le droit d'être entendu et la protection de la bonne foi étant en revanche des droits fondamentaux spécifiques, la recourante peut se plaindre de leur violation par la voie du recours constitutionnel subsidiaire.
2.2 Déposé en temps utile par la destinataire d'une décision finale rendue par le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture, qui a statué en dernière instance cantonale (art. 123D de la loi scolaire vaudoise du 12 juin 1984 [LS; RS/VD 400.01]), le présent recours est en principe recevable comme recours constitutionnel subsidiaire dans la mesure où la recourante invoque une violation du droit constitutionnel d'être entendu et du droit à la protection de la bonne foi (cf. art. 113 et 166 LTF).
2.3 D'après l'art. 86 al. 2 LTF, applicable par renvoi de l'art. 114 LTF, les cantons doivent en principe instituer des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral. Ils disposent toutefois pour ce faire d'un délai de deux ans à compter de l'entrée en vigueur de la loi sur le Tribunal fédéral (art. 130 al. 3 LTF). En l'occurrence, le Département de la formation de la jeunesse et de la culture ne constitue pas un tribunal supérieur au sens de l'art. 86 al. 2 LTF. Toutefois, le délai de l'art. 130 al. 3 LTF n'étant pas écoulé, la décision de cette autorité peut être déférée au Tribunal fédéral.
3. Aux termes de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Cette disposition reprend le principe d'allégation (Rügeprinzip) que la pratique relative au recours de droit public avait établi en relation avec l'art. 90 OJ. Selon cette pratique, l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254; 133 III 393 consid. 6 p. 397 et la jurisprudence citée).
4. Invoquant implicitement l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue. Elle soutient que la décision de la Conférence des professeurs du Département de l'information et de la communication puis celle du directeur de la Haute Ecole étaient extrêmement peu motivées.
4.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu consacré à l'art. 29 al. 2 Cst. - dont le Tribunal fédéral examine librement le respect (ATF 127 III 192 consid. 3 et les références citées) - le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 129 I 232 consid. 3.2 p. 236). Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision; elle n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les arguments invoqués par les parties. Il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner les problèmes pertinents (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540).
Par exception au principe de la nature formelle du droit d'être entendu, une violation de celui-ci est considérée comme réparée lorsque l'intéressé jouit de la possibilité de s'exprimer librement devant une autorité de recours disposant du même pouvoir d'examen que l'autorité inférieure, et qui peut ainsi contrôler librement l'état de fait et les considérations juridiques de la décision attaquée (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa; 126 V 130 consid. 2b).
4.2 En l'espèce, la décision de la Conférence des professeurs du Département des technologies de l'information et de la communication du 28 août 2007 indiquait que, suite aux remédiations d'août 2007, la recourante avait échoué au module "SSP systèmes d'exploitation et de sécurité"; celle du directeur du Département du 12 septembre 2007 précisait en outre que la demande de promotion exceptionnelle avait été examinée en séance du 11 septembre 2007 et que la réponse était négative; celle du directeur de la Haute Ecole d'ingénierie datée du 25 septembre 2007 confirmait les premières. Il est vrai que la décision du 28 août 2007 ne mentionnait pas les notes obtenues ni la moyenne de ces notes. La recourante pouvait néanmoins comprendre que cette moyenne était inférieure à la note de 4,0 et entraînait un échec. Elle a d'ailleurs déposé une demande de promotion exceptionnelle.
La décision du 12 septembre 2007 annonçant le refus d'accorder la promotion exceptionnelle sollicitée n'est pas motivée. Toutefois, comme elle le reconnaît elle-même dans son mémoire de recours, la recourante a eu connaissance des arguments de la Haute Ecole d'ingénierie après le dépôt de son recours devant le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture et, le 19 novembre 2007, elle s'est déterminée sur les observations de la Haute Ecole d'ingénierie. Dans ces conditions, la recourante a pu s'exprimer sur les motifs de la décision du 12 septembre 2007 devant le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture qui disposait en tant qu'autorité de recours d'un pouvoir d'examen (cf. art. 4 du règlement fixant la procédure de recours devant les autorités administratives inférieures [RPRA; RSVD 172.53.1]) aussi large que celui du directeur de la Haute Ecole d'ingénierie. Par conséquent, le défaut de motivation de la décision du 12 septembre 2007 a été guéri en procédure de recours devant le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture. Mal fondé, le grief de violation du droit d'être entendu est par conséquent rejeté.
5. 5.1 La Haute Ecole d'ingénierie et de gestion du canton de Vaud fait partie de la Haute Ecole spécialisée de Suisse occidentale (HES-SO) mise sur pied par le Concordat intercantonal du 9 janvier 1997 signé par les cantons de Fribourg, Genève, Jura, Neuchâtel, Valais et Vaud. La Haute Ecole spécialisée de Suisse occidentale a édicté le règlement-cadre de promotion des écoles d'ingénieurs des 17 août et 9 septembre 1999 ainsi que les directives cadres d'organisation des études bachelor HES-SO du 10 mars 2006 modifiées le 25 mai 2007 qui fixent les règles communes aux études dans les écoles d'ingénieurs.
Selon l'art. 31 du Règlement du 4 décembre 2003 sur la Haute école vaudoise (RHEV; RSVD; 419.01.1), chaque école élabore, en y associant la conférence des enseignants, un règlement interne définissant les modalités de fonctionnement de l'établissement. Se fondant sur cette disposition, le Conseil de direction de la Haute Ecole d'ingénierie a approuvé le règlement de promotion du 9 octobre 2006 qui définit les conditions générales d'évaluation et de promotion (art. 1.1. RPA).
5.2 D'après les art. 2 et 3 RPA, la formation est organisée sous forme modulaire et dure au maximum 4 ans à plein temps, un module étant une unité de promotion, constituée d'un certain nombre d'unités d'enseignement qui sont sanctionnées par une note finale exprimée de 1 (minimum) à 6 (maximum) et arrondie au dixième de point (art. 4.2 RPA). A l'issue d'un module, la prestation de l'étudiant est sanctionnée par une note de module (exprimée de 1 à 6, arrondie au dixième de point) calculée sur la base des notes finales de toutes les unités d'enseignement du module (art. 4 RPA). Chaque module obligatoire doit être réussi. Un module est réussi lorsque l'étudiant y obtient une note d'au moins 4,0 (art. 5 RPA), faute de quoi il est en échec (art. 7.1 RPA). Les étudiants n'ont le droit de répéter qu'une seule fois chacun des modules (art. 9.1 RPA). Dans certains modules, les étudiants en échec peuvent bénéficier d'une remédiation qui conduit à la réussite du module lorsque les conditions de la remédiation sont remplies (art. 8 RPA). Pour obtenir le titre de bachelor, l'étudiant doit réussir un nombre de modules suffisants pour obtenir au minimum 180 crédits ECTS ("European credit transfer system") dans le temps d'étude maximum (art. 2 RPA). Dans des cas exceptionnels, la Conférence des maîtres de département peut octroyer les crédits du module à un étudiant qui est en échec, avec la qualification passable (art. 7.2 RPA).
6. La recourante se plaint de la violation du droit à la protection de la bonne foi.
6.1 Découlant directement de l'art. 9 Cst., le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636 s.; 129 I 161 consid. 4.1 p. 170 et les arrêts cités). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (a) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (b) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (c) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement («ohne weiteres») de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (d) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, et (e) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636 s. et les références citées).
6.2 Le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture a jugé que la recourante ne pouvait pas demander la suppression de la note 3,5 obtenue en 2005 au profit de la note de 4,1 obtenue en 2004 pour recalculer la moyenne du module échoué et obtenir 4,084, du moment qu'elle avait, après discussion avec la doyenne du Département E+I, pris la décision de suivre à nouveau le cours de systèmes d'exploitation et de se présenter une nouvelle fois à l'examen sur ce cours.
La recourante soutient en revanche qu'en fin 2004, elle a mal été renseignée sur les modalités de passage d'un système d'enseignement à l'autre, notamment sur la possibilité de valider les cours réussis sous l'ancien système. Cette erreur l'aurait conduite à l'échec. Elle devrait pouvoir se prévaloir de la note de 4,1 déjà obtenue en 2004 en systèmes d'exploitation et éviter ainsi le préjudice qu'elle subit du fait de son ex-matriculation.
6.3 Il ressort du dossier (cf. lettre de S. Vila du 15 novembre 2007) que tout cours réussi dans le système antérieur d'enseignement pouvait donner lieu à un statut "acquis" pour ce même cours dans le système d'enseignement modulaire, sans report de la note, parce que les modalités de réussite des études n'étaient pas comparables dans les deux systèmes. Or, dans le système modulaire - dans lequel un module est acquis si la moyenne des cours est d'au moins 4,0 - les cours ayant le statut "acquis" n'entraient pas dans le calcul de la moyenne. La présence dans un module d'un cours ayant le statut "acquis" sans report de note réduisait par conséquent le nombre de notes entrant dans le calcul de la moyenne et limitait les compensations possibles tout en augmentant le risque d'échec.
La recourante ne démontre pas avoir obtenu l'assurance du chef de Département E+I que la note qui entrerait dans le calcul de la note moyenne du module dans lequel elle a échoué serait la meilleure des notes obtenues sous l'ancien ou le nouveau système d'enseignement. Le comportement de la recourante, qui a suivi une nouvelle fois le cours et s'est préparée à passer une nouvelle fois l'examen sur les systèmes d'exploitation, démontre d'ailleurs qu'elle ne pouvait pas ne pas avoir compris les modalités du changement de l'ancien système au nouveau système d'enseignement. Les enjeux sous l'angle des notes lui étaient connus, comme cela ressort de la lettre de S. Vila du 15 novembre 2007 avec qui elle avait eu les entretiens à ce sujet. Dans ces conditions, le fait que les exigences formelles de l'art. 9.4 RPA, en vertu duquel en cas de changement de plan de formation, le chef de département établit pour chaque étudiant en échec un programme de répétition notifié par écrit que l'étudiant s'engage à suivre par sa signature, n'aient pas été respectées n'a aucune influence en l'espèce. Cette disposition n'était d'ailleurs pas directement applicable à la situation de la recourante. A supposer au demeurant que la recourante ait eu des doutes sur la nécessité de se soumettre à un nouvel examen en matière de systèmes d'exploitation, elle devait réagir durant l'année académique et non pas seulement une fois connu le résultat de l'examen de remédiation et son échec définitif.
A cela s'ajoute que la recourante ne démontre pas non plus avoir pris des dispositions auxquelles elle ne saurait renoncer sans subir de préjudice. En effet, au moment où la recourante a fait son choix, qu'elle considérait alors comme l'option la plus favorable pour elle, le résultat des examens n'était pas encore connu et ne dépendait que de ses compétences en la matière, de sorte que l'on ne saurait rendre les autorités de la Haute Ecole d'ingénierie responsables de son échec qui n'est intervenu qu'à la fin de l'année académique.
Par conséquent, en rejetant le recours, le Département de la formation, de la jeunesse et de la culture n'a pas violé le droit à la protection de la bonne foi.
7. Les considérants qui précèdent conduisent à déclarer irrecevable le mémoire considéré comme recours en matière de droit public et à le rejeter comme recours constitutionnel subsidiaire, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). EIIe n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 1'200 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Département de la formation, de la jeunesse et de la culture du canton de Vaud.
Lausanne, le 11 juin 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey