Sachverhalt:
A. X._ erlitt im Februar 2007 bei einer Auffahrkollision eine Halswirbelverletzung. Sie machte darauf Arbeitsunfähigkeit geltend. Die B._ Versicherungs-Gesellschaft beauftragte am 5. Juli 2007 A._, X._ zu überwachen. Damit sollte festgestellt werden, ob die Arbeitsunfähigkeit und die Beschwerden tatsächlich bestehen.
B. Im März 2008 zeigte X._ A._ wegen Verletzung des Geheim- und Privatbereichs durch Aufnahmegeräte an. Die Staatsanwaltschaft Zürich Limmat stellte das Strafverfahren mit Verfügung vom 5. Januar 2009 ein. Dagegen erhob X._ Rekurs, welchen das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 3. Juni 2009 abwies.
C. X._ wendet sich mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben, und die Strafverfolgungsbehörden seien anzuweisen, die Strafuntersuchung gegen A._ und die weiteren angezeigten Personen weiterzuführen.
Erwägungen:
1. 1.1 Nach Art. 81 Abs. 1 BGG ist zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (lit. b). Das Opfer weist ein rechtlich geschütztes Interesse auf, soweit sich der Entscheid auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin Opfer ist.
1.2 Gemäss Art. 1 Abs. 1 des seit 1. Januar 2009 geltenden OHG (SR 312.5) hat jede Person, die durch eine Straftat in ihrer körperlichen, psychischen oder sexuellen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist, Anspruch als Opferhilfe. Sie gilt als Opfer. Im revidierten Opferhilfegesetz wurde der bisherige gesetzliche Begriff des Opfers unverändert übernommen (BGE 134 II 33 E. 5.5 S. 38 f. mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung muss die Beeinträchtigung von einem gewissen Gewicht sein. Bagatelldelikte wie z.B. Tätlichkeiten, die nur unerhebliche Beeinträchtigungen bewirken, sind vom Anwendungsbereich des Opferhilfegesetzes grundsätzlich ausgenommen. Entscheidend ist jedoch nicht die Schwere der Straftat, sondern die Betroffenheit der geschädigten Person. So kann etwa eine Tätlichkeit Opferstellung begründen, wenn sie zu einer nicht unerheblichen psychischen Beeinträchtigung führt (vgl. BGE 129 IV 216 E. 1.2.1 S. 218 f. mit Hinweisen). Die Beeinträchtigung muss hinreichend dargelegt bzw. zumindest glaubhaft gemacht werden (BGE 131 IV 78 E. 1.2 S. 80 f. mit Hinweis).
1.3 Die Beschwerdeführerin reichte ein Arztzeugnis des medizinischen Zentrums vom 10. November 2008 ein. Darin diagnostizieren ein Arzt und ein Psychologe eine "posttraumatische Belastungsstörung auf Grund der Videodetektive der B._ Versicherungs-Gesellschaft über drei Monate". Im Zeugnis stellen sie sowohl zu den aktuellen Beschwerden als auch zur Störungsentwicklung ausschliesslich auf ihre Angaben ab. Diese sind eine blosse Parteibehauptung und reichen nicht zur Glaubhaftmachung der Opferstellung aus.
Im Befund selbst gehen die Fachleute auf das äussere Erscheinungsbild der Beschwerdeführerin, ihre Stimmung und ihr weiteres Verhalten ein. Die Diagnose, die Belastungsstörung sei Resultat der Beobachtung durch die Versicherung, erfolgt in einem Satz und ohne weitere Begründung. Die Fachleute äussern sich insbesondere nicht, seit wann welche Beschwerden bestehen, z.B. ab wann die Verfolgungsängste aufgetreten sind, und was aus ärztlicher Sicht die Ursache dafür ist. Damit bleibt unklar, ob der Unfall im Februar 2007 oder aber die Beobachtung durch die B._ Versicherungs-Gesellschaft kausal für die festgestellten Störungen ist. Wären aus ärztlicher Sicht die Handlungen des Detektivs ursächlich, so müsste differenziert werden, ob diese von der Beobachtung oder aber vom kurzzeitigen Filmen herrühren. Denn das Beobachten einer Person in der Öffentlichkeit begründet im Strafverfahren noch keine Opferstellung. Insgesamt ist die Opferstellung durch das eingereichte Arztzeugnis nicht glaubhaft gemacht, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch