Sachverhalt:
A. Mit Strafbefehl vom 30. Juni 2011 sprach die Staatsanwaltschaft des Kantons Solothurn X._ der einfachen Verkehrsregelverletzung durch Vortrittsrechtsmissachtung (Art. 90 Ziff. 1 SVG i.V.m. Art. 14 Abs. 1 VRV, Art. 36 Abs. 2 SSV, Art. 27 Abs. 1 SVG) und der groben Verkehrsregelverletzung durch brüskes Bremsen (Art. 90 Ziff. 2 SVG i.V.m. Art. 12 Abs. 2 VRV, Art. 26 Abs. 1 und Art. 37 Abs. 1 SVG) schuldig. Sie hielt für erwiesen, dass X._ am 3. August 2010, um ca. 07:30 Uhr, am Steuer eines Personenwages bei der Kreuzung Schöneggstrasse/Hofweg in Grenchen dem vortrittsberechtigten Motorradfahrer A._ den Vortritt abschnitt, anschliessend in der Schmelzistrasse grundlos brüsk bremste und dadurch den hinter ihm fahrenden A._ ernsthaft gefährdete. Die Staatsanwaltschaft verurteilte ihn wegen dieses Vorfalls und weiterer, hier nicht interessierender gemeinrechtlicher Delikte, zu einer bedingten Geldstrafe von 50 Tagessätzen à Fr. 130.-- und einer Busse von Fr. 600.--. Der Strafbefehl blieb unangefochten.
B. Am 30. August 2011 entzog das Departement des Innern, vertreten durch die Motorfahrzeugkontrolle, X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit, mindestens aber für zwei Jahre. X._ erhob gegen diesen Sicherungsentzug Beschwerde beim Obergericht des Kantons Solothurn.
C. Am 11. Oktober 2011 wies die Beschwerdekammer des Obergerichts ein von X._ eingereichtes Gesuch zur Wiederherstellung der Frist zur Anfechtung des Strafbefehls ab. Der Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen.
D. Am 27. Februar 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn die Beschwerde von X._ gegen den Sicherungsentzug ab, soweit des darauf eintrat.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung unter Anwendung von Art. 16a SVG oder eventuell Art. 16b SVG an das Departement des Innern zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
F. Am 5. Juni 2012 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
G. Die Motorfahrzeugkontrolle und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen und verzichten auf weitere Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. BGG offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (Art. 83 BGG). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss Art. 16a SVG begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). Gemäss Art. 16b SVG begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von Art. 90 Ziff. 1 SVG als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (BGE 135 II 138 E. 2.4 S. 143). Gemäss Art. 16c SVG begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer schweren Widerhandlung, welche einer groben Verkehrsregelverletzung im Sinne von Art. 90 Ziff. 2 SVG entspricht (BGE 132 II 234 E. 3 S. 237), wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (Abs. 2 lit. a). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern ist ausgeschlossen (Art. 16 Abs. 3 SVG).
2.2 Die mittelschwere Widerhandlung nach Art. 16b Abs. 1 lit. a SVG stellt einen Auffangtatbestand dar. Sie liegt vor, wenn nicht alle privilegierenden Elemente einer leichten Widerhandlung nach Art. 16a Abs. 1 lit. a SVG und nicht alle qualifizierenden Elemente einer schweren Widerhandlung nach Art. 16c Abs. 1 lit. a SVG gegeben sind (Urteil 6A.16/2006 vom 6. April 2006 E. 2.1.1, in: JdT 2006 I S. 442; Botschaft vom 31. März 1999 zur Änderung des Strassenverkehrsgesetzes, BBl 1999 4487). Die Annahme einer schweren Widerhandlung setzt kumulativ eine qualifizierte objektive Gefährdung und ein qualifiziertes Verschulden voraus. Ist die Gefährdung gering, aber das Verschulden hoch, oder umgekehrt die Gefährdung hoch und das Verschulden gering, liegt eine mittelschwere Widerhandlung vor (Botschaft a.a.O. 4489; CÉDRIC MIZEL, Die Grundtatbestände der neuen Warnungsentzüge des SVG und ihre Beziehung zum Strafrecht, in ZStrR 124/2006, S. 31 ff., insbesondere S. 63 f.).
2.3 Ein Strafurteil vermag die Verwaltungsbehörde grundsätzlich nicht zu binden. Allerdings gebietet der Grundsatz der Einheit der Rechtsordnung, widersprüchliche Entscheide im Rahmen des Möglichen zu vermeiden, weshalb die Verwaltungsbehörde beim Entscheid über die Massnahme von den tatsächlichen Feststellungen des Strafrichters nur abweichen darf, wenn sie Tatsachen feststellt und ihrem Entscheid zugrunde legt, die dem Strafrichter unbekannt waren, wenn sie zusätzliche Beweise erhebt oder wenn der Strafrichter bei der Rechtsanwendung auf den Sachverhalt nicht alle Rechtsfragen abgeklärt, namentlich die Verletzung bestimmter Verkehrsregeln übersehen hat. In der rechtlichen Würdigung des Sachverhalts - namentlich auch des Verschuldens - ist die Verwaltungsbehörde demgegenüber frei, ausser die rechtliche Qualifikation hängt stark von der Würdigung von Tatsachen ab, die der Strafrichter besser kennt, etwa weil er den Beschuldigten persönlich einvernommen hat (BGE 136 II 447 E. 3.1; 127 II 302 nicht publ. E. 3a; 124 II 103 E. 1c/aa und bb).
3. Der Beschwerdeführer bestreitet, den Motorradfahrer durch brüskes Bremsen in Gefahr gebracht zu haben. Er habe vielmehr die Bremse bloss angetippt, um den Motorradfahrer hinter ihm auf den ungenügenden Abstand aufmerksam zumachen. Selbst dieser habe ausgesagt, er habe sich nicht ausbremsen lassen, sondern den Beschwerdeführer einfach überholt. Es sei damit sachverhalts- und rechtswidrig, ihm wegen eines "Schikanestopps" eine schwere Widerhandlung im Sinn von Art. 16c SVG anzulasten.
Auszugehen ist davon, dass das umstrittene Bremsmanöver im Strafverfahren als grobe Verkehrsregelverletzung beurteilt wurde. Eine Verurteilung nach Art. 90 Ziff. 2 SVG setzt in objektiver Hinsicht voraus, dass der Täter eine wichtige Verkehrsvorschrift in grober Weise missachtete und die Verkehrssicherheit ernstlich gefährdete. Subjektiv erfordert der Tatbestand ein rücksichtsloses oder sonst schwerwiegend verkehrswidriges Verhalten (BGE 131 IV 133 E. 3.2 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer hat die strafrechtliche Verurteilung akzeptiert und damit in tatsächlicher Hinsicht den Vorwurf, durch ein krass verkehrswidriges Verhalten die Verkehrssicherheit ernstlich gefährdet zu haben. Er kann daher im Verwaltungsverfahren nach Treu und Glauben nicht mit Erfolg behaupten, die Bremse nur angetippt und den Motorradfahrer hinter ihm nicht gefährdet zu haben. Entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers hat im Übrigen der Motorradfahrer klar ausgesagt, er sei durch das umstrittene Bremsmanöver gefährdet worden (Konfrontationseinvernahme vom 19. Januar 2011, Zeile 99 f. S. 4 [Beleg 7 der Beschwerdebeilage]). Das Verwaltungsgericht hat den Vorfall damit zu Recht entsprechend der strafrechtlichen Beurteilung als schwere Widerhandlung im Sinn von Art. 16c SVG beurteilt.
4. Nach einer schweren Widerhandlung ist der Führerausweis auf unbestimmte Zeit, mindestens aber für 2 Jahre, zu entziehen, wenn in den vorangegangenen zehn Jahren der Ausweis zweimal wegen schweren Widerhandlungen entzogen war (Art. 16c Abs. 2 lit. d). Das ist der Fall. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass ihm der Ausweis wegen schweren Widerhandlungen am 23. Februar 2006 für sechs Monate und am 20. Oktober 2006 für 14 Monate entzogen worden war. Da eine Unterschreitung der gesetzlichen Entzugsdauer unzulässig ist, ist der gegen den Beschwerdeführer verhängte Sicherungsentzug nicht zu beanstanden.
5. Die Beschwerde erweist sich somit als offensichtlich unbegründet und ist abzuweisen. Damit wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Departement des Innern des Kantons Solothurn, dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Strassen Sekretariat Administrativmassnahmen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi