Faits:
A. R._ était administrateur unique de la société X._ et président du conseil de fondation de la Caisse de pensions Y._.
X._ a déposé une demande de sursis concordataire le 16 mars 1998, qui a abouti à l'homologation d'un concordat par abandon d'actifs le 22 juin 1999.
Le 2 décembre 1998, Y._ a été mise en liquidation et R._ a quitté le conseil de fondation.
B. Le 24 août 2007, Y._ en liquidation a introduit une action en dommage-intérêts contre R._. Elle a conclu au paiement de 4'681'632 fr. avec intérêts à 5 % dès le 20 mars 1998 et de 4'670'601 fr. avec intérêts à 5 % dès le 3 décembre 1998. Elle a considéré que R._, en sa qualité de président du conseil de fondation, avait permis à X._ de ne pas verser régulièrement les cotisations dues causant ainsi une perte de 4'681'632 fr. De plus, en faisant financer des immeubles par la fondation dans le but de favoriser l'activité de X._, R._ lui avait occasionné des pertes à hauteur de 4'670'601 fr.
Celui-ci a conclu au rejet des conclusions de la demande en invoquant la prescription de l'action.
Par arrêt du 19 juin 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a rejeté la demande, admettant l'exception de prescription.
C. Y._ en liquidation interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut à ce qu'il soit constaté que son action n'est pas prescrite et que l'affaire soit retournée à l'autorité cantonale pour statuer sur le fond.
R._ conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
D. Le 7 juillet 2010, la IIe Cour de droit social a tenu une audience publique.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140).
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
2. Est seule litigieuse la question de savoir si l'action de Y._ en liquidation était prescrite au moment où elle a été introduite le 24 août 2007.
3. 3.1 L'art. 52 LPP, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004, ne contenait aucun délai de péremption ou de prescription pour introduire l'action en dommages-intérêts contre les personnes chargées de l'administration, de la gestion et du contrôle des institutions de prévoyance. Dans un arrêt rendu le 4 mars 2005, le Tribunal fédéral a jugé qu'en l'absence de délai fixé par l'art. 52 LPP en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004, il y avait lieu d'admettre que cette action était soumise au délai de prescription décennale de l'art. 127 CO et que le délai débutait avec la fin du mandat d'organe. Etait réservé le cas où la violation des obligations avait été corrigée avant ce moment (ATF 131 V 55 consid. 3 p. 56-59).
Dans le cadre de la 1ère révision de la LPP, le législateur fédéral a introduit un alinéa 2 à l'art. 52 LPP, qui stipule que le droit à la réparation du dommage que la personne lésée pourra faire valoir auprès des organes responsables, se prescrit à l'expiration d'un délai de cinq ans à compter du jour où la personne lésée a eu connaissance du dommage et de la personne tenue à effectuer le dédommagement, en tout état de cause à l'écoulement de la dixième année à partir du jour où le dommage a été commis. Cette novelle, entrée en vigueur le 1er janvier 2005, ne contient pas de disposition transitoire en rapport avec ce nouvel alinéa.
3.2 Lorsque, comme en l'occurrence, la loi ne contient pas de disposition transitoire en ce qui concerne le régime de prescription applicable, il appartient à l'autorité de jugement d'examiner quel droit transitoire doit être appliqué, en se basant sur les principes généraux du droit intertemporel (ATF 131 V 425 consid. 5.1 p. 429, 104 Ib 87 consid. 2b p. 89; Meyer/Arnold, Intertemporales Recht, Eine Bestandesaufnahme anhand der Rechtsprechung der beiden öffentlich-rechtlichen Abteilungen des Bundesgerichts und des Eidgenössischen Versicherungsgerichts in : RDS 2005 p. 115 ss, en part. p. 127 ss).
La jurisprudence (ATF 132 V 159 consid. 2 p. 161, 131 V 425 consid. 5.2 p. 429 s., 111 II 193, 107 1b 198 consid. 7b/aa p. 203, 102 V 206 consid. 2 p. 207 s.) et la doctrine (ATTILIO GADOLA, Verjährung und Verwirkung im öffentlichen Recht, in PJA 1995 p.58; ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, p. 150) considèrent qu'une nouvelle réglementation introduisant des délais de prescription ou de péremption est applicable aux prétentions relevant de l'ancien droit, si celles-ci, bien que nées et exigibles avant l'entrée en vigueur du nouveau droit, ne sont pas encore prescrites ou périmées à ce moment-là.
En l'occurrence, dès lors que le recourant a quitté le conseil de fondation le 2 décembre 1998 sans qu'il ait pu ou voulu remédier aux problèmes liés au non-paiement des cotisations LPP par X._ et à l'éventuelle surévaluation des actifs immobiliers, le délai de dix ans consacré par la jurisprudence pour ouvrir action en réparation du dommage n'était pas écoulé à l'entrée en vigueur de l'art. 52 al. 2 LPP. Il y a par conséquent lieu d'admettre que les délais prévus par cette nouvelle disposition légale s'appliquent à la créance de la recourante.
4. Reste à examiner si l'action en réparation du dommage intentée par la recourante était prescrite selon l'art. 52 al. 2 LPP, respectivement si les deux délais nouvellement introduits par cette disposition ont commencé à courir avec son entrée en vigueur au 1er janvier 2005 ou s'il y a lieu de leur imputer le temps déjà écoulé sous l'ancien droit.
4.1 En ce qui concerne tout d'abord le délai absolu de dix ans prévu par l'art. 52 al. 2 LPP, en vigueur depuis le 1er janvier 2005, il constitue une reprise dans la loi de la prescription décennale introduite par la jurisprudence (ATF 131 V 57). Lorsque le nouveau droit introduit un délai de prescription identique à celui prévu par l'ancien droit, c'est en principe le nouveau droit qui s'applique. Toutefois, même sous l'empire du nouveau droit, ce délai part du fait déclenchant qui s'est produit sous l'ancien droit, ce qui a pour effet d'imputer sur le nouveau délai le temps écoulé avant l'entrée en vigueur de la loi nouvelle (cf. PAUL MUTZNER, in Commentaire bernois, CC, Titre final, 2ème éd. 1926, n° 9 ad art. 49 Tit. fin. CC). Selon l'art. 52 al. 2 LPP, le délai absolu de dix ans commence à courir à partir du jour où le dommage a été commis. Plus précise, la version allemande du texte de loi indique que le délai court «vom Tag der schädigenden Handlungen». En utilisant le pluriel, le législateur a voulu montrer que le dommage est le plus souvent la conséquence d'un ensemble de comportements s'étendant sur une certaine période. Aussi, il n'y a lieu de faire courir la prescription qu'à partir du jour où les comportements dommageables ont pris fin (MÉLANIE FRETZ, La responsabilité selon l'art. 52 LAVS: une comparaison avec les art. 78 LPGA et 52 LPP in REAS 3/2009, p. 246). Ce sont au demeurant les mêmes considérations qui sous-tendent la jurisprudence ayant soumis l'action en responsabilité de l'art. 52 aLPP en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004 à la prescription décennale de l'art. 127 CO, en faisant toutefois partir le délai avec la fin effective de la position d'organe, sauf lorsque la violation des obligations avait été corrigée auparavant (ATF 131 V 58; UELI KIESER, in BVG und FZG, n° 42 ad art. 52 LPP). En l'espèce, la prescription décennale prévue par l'art. 52 al. 2 LPP étant identique à la prescription de l'ancien droit introduite par la voie de la jurisprudence, celle-ci a commencé à courir à partir du fait déclenchant qui s'est produit sous l'ancien droit, soit avec la fin effective du mandat d'organe le 2 décembre 1998. La prescription décennale n'était donc pas encore accomplie lorsque la recourante a introduit son action en réparation du dommage le 24 août 2007.
4.2 Le litige revient à déterminer si l'arrêt entrepris retient à juste titre que l'action en réparation du dommage était atteinte par la prescription de cinq ans introduite par l'art. 52 al. 2 LPP.
Pour aboutir à cette conclusion, la juridiction cantonale a appliqué l'art. 49 al. 1 Tit. fin. CC, lequel prescrit que lorsque le code civil introduit une prescription de cinq ans ou davantage, il y a lieu de tenir compte du temps écoulé pour les prescriptions commencées avant la date de l'entrée en vigueur de la loi nouvelle, ces prescriptions n'étant toutefois considérées comme accomplies que deux ans au moins à partir de cette date. Au moment de l'ouverture de l'action, le 24 août 2007, tant le délai de cinq ans dès la connaissance du dommage et de la personne tenue à réparation que celui de deux ans dès l'entrée en vigueur de l'art. 52 al. 2 LPP étaient échus, de sorte que les prétentions de la caisse recourante étaient frappées de la prescription. Les premiers juges ont retenu qu'il était constant que Y._ avait eu connaissance, au plus tard le 8 mars 2001, de la personne tenue pour responsable du dommage et de ce dernier. A cette date, les liquidateurs de Y._ avaient adressé une note préliminaire portant sur la responsabilité des membres du conseil de fondation de Y._ au Fonds de garantie LPP, dont il ressortait sans ambiguïté que les membres du conseil de fondation (dont R._ était le président) étaient tenus pour responsables du dommage chiffré à 4'681'632 fr. en relation avec les cotisations impayées par X._ et de celui fixé à 4'670'601 fr. correspondant à la perte sur les investissements immobiliers.
4.3 La règle de droit intertemporel posée à l'art. 49 al. 1 Tit. fin. CC s'applique lorsque le nouveau droit introduit un délai de cinq ans ou plus qui n'existait pas sous l'ancien droit et ce, également dans les cas où le délai introduit par le nouveau droit est plus court que celui prévu par l'ancien droit. Toutefois, lorsque le temps écoulé sous l'ancien droit est imputé sur le cours du délai introduit par le nouveau droit, c'est l'ancien droit qui définit le début du délai (PAUL MUTZNER, op. cit., n° 14 ad art. 49 Tit. fin. CC). Si l'on appliquait l'art. 49 al. 1 Tit. fin. CC dans le cas d'espèce, cela signifierait que le début du délai de cinq ans devrait être défini par les règles valables sous l'empire de l'art. 52 aLPP, à savoir que la prescription quinquennale prévue par l'art. 52 al. 2 LPP devrait commencer à courir avec la fin effective de la position d'organe. Cette solution n'est cependant pas compatible avec le nouveau droit applicable en l'espèce, de sorte que l'art. 49 al. 1 Tit. fin. CC ne saurait s'appliquer dans le présent cas. En effet, l'art. 52 al. 2 LPP fixe le début de la prescription au moment de la connaissance du dommage. Or, dans la mesure où le fait déclenchant du nouveau délai de prescription ne constituait pas un point d'ancrage juridique reconnu sous l'empire de l'art. 52 aLPP, le délai de prescription de cinq ans ne pouvait pas commencer à courir sous l'empire de cette ancienne disposition. Le temps écoulé sous l'ancien droit ne peut donc pas être pris en compte dans le calcul du délai de prescription de cinq ans. Celui-ci n'ayant pu commencé à courir qu'à partir de l'entrée en vigueur du nouveau droit, soit au 1er janvier 2005, l'action en réparation du dommage ouverte le 24 août 2007 n'était dès lors pas prescrite.
Le recours est par conséquent admis et l'affaire est renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue sur le fond.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être supportés par l'intimé qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). La recourante qui obtient gain de cause a droit à une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al.1 LTF; ATF 128 V 124 consid. 5b p. 134).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 19 juin 2009 est annulée, la cause étant renvoyée à l'autorité judiciaire de première instance pour décision sur le fond.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 24'000 fr. sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera à la recourante la somme de 10'000 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 7 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz Perrin