Sachverhalt:
A. Das Strafgericht des Kantons Basel-Landschaft sprach X._ mit Urteil vom 14. Juni 2007 unter anderem des Betrugs schuldig und verurteilte ihn zu einer Gefängnisstrafe von 18 Monaten. Ausserdem widerrief es die bedingte Gefängnisstrafe von vier Monaten des Bezirksgerichtsausschusses Maloja vom 6. Mai 2003. Dagegen appellierte X._. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft hiess am 27. Mai 2008 die Appellation teilweise gut und verurteilte ihn zu einer teilbedingt vollziehbaren Gesamtfreiheitsstrafe von 22 Monaten.
B. Gegen dieses Urteil führten die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft und X._ Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht. Dieses wies die Beschwerde von X._ ab (Urteil 6B_694/ 2008 vom 3. Februar 2009). Die Beschwerde der Staatsanwaltschaft hiess das Bundesgericht gut (Urteil 6B_600/2008 vom 3. Februar 2009) und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies am 6. Oktober 2009 die Appellation von X._ ab und bestätigte den erstinstanzlichen Schuld- und Strafpunkt.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Kantonsgerichts sei teilweise aufzuheben, und er sei zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten zu verurteilen. Auf den Widerruf der Vorstrafe sei zu verzichten. Die erlittene Untersuchungshaft sei auf die Strafe anzurechnen. Zudem ersucht X._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Das Kantonsgericht und die Staatsanwaltschaft beantragen in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. X._ beantragt in seiner Stellungnahme vom 16. April 2010 zu den Ausführungen des Kantonsgerichts, es rechtfertige sich, die erlittene Untersuchungshaft an die im vorliegenden Verfahren ausgesprochene Freiheitsstrafe anzurechnen, da er das Urteil des Strafgerichts Basel-Landschaft vom 5. Februar 2010 weitergezogen habe und dessen Rechtskraft nicht absehbar sei.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Art. 43 StGB. Zudem wendet er sich gegen den Widerruf der Vorstrafe.
1.1 Das Kantonsgericht wertete in seinem Urteil vom 27. Mai 2008 die einschlägigen Vorstrafen des Beschwerdeführers und dessen Delinquieren während laufendem Verfahren und innerhalb der Probezeit als Gründe für eine schlechte Legalprognose. Hingegen berücksichtigte es als positiv, dass der Beschwerdeführer seit Verübung der zu beurteilenden Delikte nicht mehr straffällig geworden und seit April 2008 arbeitstätig sei. Das Kantonsgericht stellte ihm insgesamt eine gute Prognose unter der Bedingung, dass er einen Teil der Strafe unbedingt verbüsst. Die Probezeit setzte es auf die maximale Dauer von fünf Jahren an. Das Bundesgericht hat die Anordnung des teilbedingten Strafvollzuges nicht beanstandet (s. Urteil 6B_694/2008 E. 3.1 und 3.3.5). Die Beschwerde der Staatsanwaltschaft hat es betreffend die Festsetzung des aufgeschobenen und des zu vollziehenden Strafteils sowie die Ausfällung einer Gesamtstrafe gutgeheissen (s. Urteil 6B_600/2008 E. 3.3.5).
1.2 Die Vorinstanz führt aus, sie sei am 27. Mai 2008 davon ausgegangen, dass der Beschwerdeführer seit April 2008 arbeite. Dieser habe an der Hauptverhandlung zugegeben, das Protokoll der Generalversammlung des Vereins A._ gefälscht zu haben. Da der Verein für die von ihm betreuten Projekte offenkundig über kein Geld verfüge, sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer mit dieser Tätigkeit seinen Lebensunterhalt nicht dauerhaft und ernsthaft erwirtschaften könne. Auch durch den Abschluss eines Saisonarbeitsvertrags mit dem Restaurant B._ stehe noch nicht fest, ob er damit erneut im Erwerbsleben Fuss fassen werde. Der Beschwerdeführer verfüge zwar über ein gewisses soziales Netz. Zu beachten sei aber, dass er seit Februar 2009 formell von seiner Ehefrau getrennt sei und nicht mehr im gleichen Haushalt wohne. Zudem habe er die ihm zur Last gelegten Delikte trotz damals intakter familiärer Verhältnisse begangen. Ferner laute der Vollzugsbericht des Amts für Justizvollzug Graubünden vom 16. Juli 2009 zwar positiv. Da der Beschwerdeführer jedoch während des Vollzugs keine Möglichkeit zur Begehung von Vermögensdelikten gehabt habe, stelle dieser Bericht die schlechte Prognose nicht in Frage. Daran vermöge auch der Bericht der psychiatrischen Dienste Graubünden vom 22. Juli 2009 nichts zu ändern. Schliesslich sei zu beachten, dass der Beschwerdeführer mangels Erbringung finanzieller Leistungen noch keine effektive Wiedergutmachung geleistet habe. Auch für die Schuldentilgung habe er erst eine Zahlung getätigt (angefochtenes Urteil E. 3.1 S. 4 ff.).
1.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe eine zehn Monate dauernde Untersuchungshaft und den Privatkonkurs hinter sich. Seine Zukunft liege in der Stabilisierung der Verhältnisse. Der Verein A._ sei in der Absicht, auf ehrliche Art und Weise Geld zu verdienen, gegründet worden. Er habe den Lohn in der angegebenen Höhe unabhängig von der Frage der Finanzierung der Projekte erhalten. Seit seiner Entlassung aus der Untersuchungshaft habe er sich um eine Arbeitsstelle bemüht und zwischenzeitlich zwei Arbeitsstellen gefunden. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, seine familiäre Situation habe sich stabilisiert. Er habe mit seiner Ehefrau das Familienleben in der gemeinsamen Wohnung wieder aufgenommen. Ebenfalls sei nicht nachvollziehbar, dass die positiven Berichte des Amts für Justizvollzug sowie der psychiatrischen Dienste nichts an der Prognose ändern würden. Schliesslich verkenne die Vorinstanz, dass er noch nicht die Möglichkeit gehabt habe, eine Wiedergutmachung effektiv zu beginnen, da er bis Mitte August 2009 in Untersuchungshaft gewesen sei und erst seit kurzem über eine Arbeitsstelle verfüge. Aus den gleichen Gründen sei auf den Widerruf der Vorstrafe zu verzichten.
1.4 Gemäss Art. 43 Abs. 1 StGB kann das Gericht den Vollzug einer Freiheitsstrafe von mindestens einem Jahr und höchstens drei Jahren nur teilweise aufschieben, wenn dies notwendig ist, um dem Verschulden des Täters genügend Rechnung zu tragen. Grundvoraussetzung für die teilbedingte Strafe im Sinne von Art. 43 StGB ist eine begründete Aussicht auf Bewährung. Dies ergibt sich aus Sinn und Zweck von Art. 43 StGB. Wenn und soweit die Legalprognose des Täters nicht schlecht ausfällt, verlangt die Bestimmung, dass zumindest ein Teil der Strafe auf Bewährung ausgesetzt wird. Umgekehrt gilt, dass bei einer Schlechtprognose auch ein bloss teilweiser Aufschub der Strafe nicht gerechtfertigt ist. Denn wo keinerlei Aussicht besteht, der Täter werde sich in irgendeiner Weise durch den - ganz oder teilweise - gewährten Strafaufschub beeinflussen lassen, muss die Strafe in voller Länge vollzogen werden (BGE 134 IV 1 E. 5.3.1 S. 10 mit Hinweisen).
Die Prüfung der Bewährungsaussichten des Täters ist anhand einer Gesamtwürdigung aller wesentlichen Umstände vorzunehmen. In die Beurteilung miteinzubeziehen sind neben den Tatumständen auch das Vorleben und der Leumund sowie alle weiteren Tatsachen, die gültige Schlüsse auf den Charakter des Täters und die Aussichten seiner Bewährung zulassen. Für die Einschätzung des Rückfallrisikos ist ein Gesamtbild der Täterpersönlichkeit unerlässlich. Relevante Faktoren sind etwa strafrechtliche Vorbelastung, Sozialisationsbiografie und Arbeitsverhalten, das Bestehen sozialer Bindungen, Hinweise auf Suchtgefährdungen usw. Dabei sind die persönlichen Verhältnisse bis zum Zeitpunkt des Entscheides miteinzubeziehen (BGE 134 IV 140 E. 4.4 S. 143 mit Hinweisen).
1.5 Die Vorinstanz berücksichtigt den Umstand, dass der Beschwerdeführer für die Neubeurteilung der Legalprognose ein gefälschtes Protokoll eingereicht hat. Sie bringt zu Recht vor, es sei nicht relevant, ob sich der Beschwerdeführer damit strafbar gemacht habe oder nicht. Angesichts dieses Verhaltens sowie der Vorstrafen des Beschwerdeführers und dessen Delinquieren während laufendem Verfahren und innerhalb der Probezeit geht die Vorinstanz davon aus, dass ein teilbedingter Vollzug nicht genüge, um ihn vor einer erneuten Rückfälligkeit in die einschlägige Kriminalität zu bewahren (s. angefochtenes Urteil E. 3.1 S. 5). Was der Beschwerdeführer gegen die negative Prognose vorbringt, erweist sich als unbegründet. Seine Ausführungen zur Wiederaufnahme des Familienlebens im Dezember 2009 und des Abschlusses eines Arbeitsvertrages Ende Oktober 2009 beziehen sich auf Tatsachen, die erst nach dem angefochtenen Urteil aufgetreten sind. Solche Vorbringen sind als echte tatsächliche Noven nicht zu berücksichtigen (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 134 IV 97 E. 5.1.3 S. 103 mit Hinweis). Den Arbeitsvertrag im Restaurant B._, welchen der Beschwerdeführer im August 2009 abgeschlossen hat, berücksichtigt die Vorinstanz aufgrund noch nicht erfolgter Arbeitsaufnahme nicht als dauerhaften Einstieg ins Arbeitsleben. Auch die Bemühungen des Beschwerdeführers um Wiedergutmachung zieht sie mangels effektiver Leistungen nicht in ihre Beurteilung ein. Dies gilt ferner für die Berichte des Amts für Justizvollzug sowie der psychiatrischen Dienste, welche die Vorinstanz nicht als aussagekräftig erachtet. Schliesslich ist zu beachten, dass das Kantonsgericht im Urteil vom 27. Mai 2008 die maximale Dauer für die Probezeit festgelegt hat, was darauf schliessen lässt, dass die Gewährung des teilbedingten Strafvollzugs zumindest eher knapp zugunsten des Beschwerdeführers ausfiel. Die Vorinstanz verletzt nicht ihr Ermessen, wenn sie nunmehr von keiner "bedingt" guten Prognose, sondern von einer eigentlichen Schlechtprognose ausgeht.
1.6 Die Verweigerung des teilbedingten Strafvollzuges und somit auch der Widerruf der bedingten Vorstrafe (Art. 46 Abs. 1 Satz 1 StGB) sind bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Im Übrigen hat der Beschwerdeführer den Widerruf anlässlich der Hauptverhandlung selber beantragt (s. angefochtenes Urteil S. 3). Auf seine Rüge, die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen seien überdies offensichtlich unrichtig, ist mangels rechtsgenügender Begründung nicht einzutreten (Art. 106 Abs. 2 BGG).
2. Der Beschwerdeführer rügt weiter die Verletzung von Art. 51 StGB, indem die Vorinstanz die verbüsste Untersuchungshaft nicht auf die Strafe anrechne.
Nachdem der Beschwerdeführer in der Zwischenzeit mit Urteil des Strafgerichtes Basel-Landschaft vom 5. Februar 2010 zu einer Freiheitsstrafe von 6 Jahren verurteilt und ihm dabei die fragliche Untersuchungshaft von 319 Tagen angerechnet worden ist, besteht kein Grund mehr, über die Anrechnung im vorliegenden Verfahren zu befinden. Dass das Urteil wegen Weiterzugs an das Kantonsgericht noch nicht rechtskräftig ist, spielt keine Rolle. Der Beschwerdeführer legt denn auch nicht dar, weshalb die Haft aus einem parallel laufenden Verfahren anzurechnen ist. Solches lässt sich aus dem Sinn und Zweck des Art. 51 StGB nicht herleiten (vgl. BGE 133 IV 150 E. 5.1 S. 154 mit Hinweisen).
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist abzuweisen, da es von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG). Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdegegnerin sind keine Kosten aufzuerlegen und es ist ihre keine Entschädigung auszurichten (Art. 66 Abs. 4 und Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. April 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch