Fatti:
A. A.a Nell'ambito di una procedura di misure a protezione dell'unione coniugale, il Presidente del Tribunale distrettuale Moesa aveva, il 13 gennaio 2005, segnatamente condannato C.A._ a versare a A.A._ un contributo alimentare mensile di fr. 4'080.--. Con decreto 4 maggio 2006 egli ha confermato un'ordinanza superprovvisionale del 25 maggio 2005, con cui aveva ridotto, a partire dal mese di giugno 2005, il contributo alimentare a fr. 2'315.-- mensili. A.A._ ha impugnato tale decreto alla Presidenza del Tribunale cantonale. Quest'ultima lo ha annullato con giudizio del 19 settembre 2006 e ha rinviato alla prima istanza la causa per nuova decisione nel senso dei considerandi. Il 19 dicembre 2006 il Presidente del Tribunale distrettuale Moesa ha respinto un'istanza supercautelare di modifica del contributo alimentare inoltrata da A.A._ e ha convocato le parti ad un'udienza di discussione. C.A._ è deceduto nel marzo 2007 e il 19 aprile seguente il Presidente del Tribunale distrettuale ha stralciato dal ruolo la procedura di misure a protezione dell'unione coniugale.
A.b Nel mese di maggio 2007, fondandosi sul decreto del 13 gennaio 2005, A.A._ ha fatto spiccare nei confronti del coerede B.A._ un precetto esecutivo per l'incasso dei contributi alimentari scoperti. L'escusso non ha interposto opposizione, ma ha inoltrato un'azione di accertamento dell'inesistenza del debito ai sensi dell'art. 85a LEF innanzi al predetto Tribunale distrettuale, chiedendo al Presidente di sospendere provvisoriamente l'esecuzione.
B. La Camera di vigilanza sulla giustizia del Tribunale cantonale dei Grigioni ha respinto con decreto 4 settembre 2007 la domanda 23 luglio 2007, con cui A.A._ ha ricusato il Presidente del Tribunale distrettuale Moesa. Secondo il Tribunale cantonale, non costituisce un motivo di ricusa il fatto che tale giudice abbia in precedenza fissato i contributi alimentari nel quadro di una procedura di misure a protezione dell'unione coniugale, atteso che nell'ambito dell'azione di accertamento dell'inesistenza del debito egli è invece chiamato a statuire sulla questione a sapere se A.A._ può esigere gli importi non ancora ricevuti. Nemmeno dall'annullamento del decreto emanato il 4 maggio 2006 dal Presidente del Tribunale distrettuale risulta una parvenza di prevenzione.
C. C.a Con ricorso in materia civile dell'11 ottobre 2007 A.A._ chiede, previo conferimento dell'effetto sospensivo, al Tribunale federale di annullare la decisione cantonale e di pronunciare la ricusa del Presidente del Tribunale distrettuale. La ricorrente domanda altresì di essere posta al beneficio dell'assistenza giudiziaria. Dopo aver narrato e completato i fatti, richiamato gli art. 30 cpv. 1 Cost. e 6 n. 1 CEDU con la relativa giurisprudenza, ella rimprovera arbitrio all'autorità cantonale, perché essa avrebbe limitato il suo giudizio alla sola procedura provvisionale di sospensione dell'esecuzione. La ricorrente afferma poi che nella decisione del 19 settembre 2006 la Presidenza del Tribunale cantonale aveva ritenuto inammissibile il comportamento del giudice ricusato e sostiene che quest'ultimo ha rifiutato di modificare la decisione superprovvisionale nella procedura di misure a protezione dell'unione coniugale; quest'ultimo fatto costituirebbe una grave violazione dei suoi obblighi. Ritiene altresì che nella procedura attinente all'azione con cui viene chiesto l'accertamento dell'inesistenza del debito, il Presidente del tribunale distrettuale dovrebbe nuovamente pronunciarsi sulla sussistenza di un debito su cui aveva già deciso emanando misure a protezione dell'unione coniugale. Afferma infine che tale magistrato potrebbe pure essere condizionato nella sua decisione dalla possibilità che ella inoltri, qualora dovesse soccombere, un'azione di responsabilità a causa della palese violazione di "una considerazione sostanziale del Presidente del Tribunale cantonale".
C.b Con le proprie osservazioni alla domanda di effetto sospensivo, B.A._ ha segnalato al Tribunale federale che a favore della ricorrente era stata istituita una tutela. Così sollecitato dal Presidente della Corte adita, il 13 dicembre 2007 il patrocinatore della ricorrente ha prodotto la procura del tutore con il consenso dell'autorità tutoria per la presente procedura.
C.c Il 17 dicembre 2007 il Presidente della Corte adita ha dichiarato priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.
C.d Non è stata chiesta una risposta al ricorso.
Diritto:
1. La decisione impugnata è stata emanata dall'ultima istanza cantonale e concerne una domanda di ricusa presentata nell'ambito di un'azione fondata sull'art. 85a LEF. Il tempestivo ricorso è quindi ammissibile dal profilo degli art. 72, 75 e 92 LTF.
2. Secondo la ricorrente, la sentenza cantonale avrebbe unicamente esaminato la domanda di ricusa con riferimento alla domanda provvisionale, con cui veniva chiesta la sospensione dell'esecuzione. Afferma che così facendo la Corte cantonale avrebbe effettuato un accertamento dei fatti arbitrario, perché la ricusa del Presidente del Tribunale distrettuale è stata chiesta per tutta la procedura, e quindi anche per quanto attiene alla procedura di merito concernente la domanda di accertamento dell'inesistenza del debito.
Il tema sollevato nell'argomentazione ricorsuale non concerne in realtà l'accertamento dei fatti, ma semmai un diniego di giustizia. Sennonché, dalla motivazione della decisione impugnata emerge che la Corte cantonale non si è limitata ad esaminare la domanda di ricusa unicamente per quanto attiene alla procedura di sospensione dell'esecuzione, ma ha pure spiegato perché ha ritenuto l'istanza della ricorrente infondata con riferimento alla procedura di merito. Nella loro sentenza, i Giudici cantonali hanno segnatamente menzionato che "negli atti della procedura di protezione dell'unione coniugale e in quella di accertamento in corso" non vi sono "vistosità" che permetterebbero di ritenere una prevenzione nei confronti della ricorrente. La critica ricorsuale si rivela quindi manifestamente infondata.
3. La garanzia di un tribunale indipendente e imparziale prevista dagli art. 30 cpv. 1 Cost. e 6 n. 1 CEDU permette, indipendentemente dal diritto di procedura cantonale, di esigere la ricusa di un giudice la cui situazione o il cui comportamento è tale da suscitare dubbi riguardo alla sua imparzialità. Tale garanzia non impone la ricusa di un giudice unicamente quando la sua malevolenza è effettivamente accertata, ma è sufficiente che le circostanze concrete diano l'impressione di una prevenzione e facciano temere un'attività del magistrato viziata da parzialità. Solo le circostanze oggettivamente constatate possono essere prese in considerazione, mentre impressioni puramente soggettive di una parte non entrano in linea di conto (DTF 131 I 24 consid. 1.1, con rinvii).
3.1 La ricorrente scorge un motivo di ricusa nel comportamento del Presidente del Tribunale distrettuale e sostiene che quest'ultimo avrebbe rifiutato di modificare il contributo alimentare fissato in precedenza, nonostante la decisione con cui la Presidenza del Tribunale cantonale aveva annullato il decreto del 4 maggio 2006, e avrebbe così commesso una grave violazione dei suoi obblighi.
3.1.1 Per costante giurisprudenza le critiche inerenti a comuni scorrettezze di procedura sono di regola inadatte a giustificare un sospetto di prevenzione e devono seguire il normale corso d'impugnazione, atteso che al giudice della ricusa non compete di esaminare la conduzione del processo come se egli fosse un'istanza d'appello (DTF 116 Ia 14 consid. 5b pag. 20). Solo errori particolarmente gravi o ripetuti, che devono essere considerati delle violazioni gravi di doveri e denotano l'intenzione di nuocere, possono avere per conseguenza la ricusazione (DTF 125 I 119 consid. 3e pag. 124; 116 Ia 135 consid. 3a pag. 138).
3.1.2 Nella fattispecie in esame occorre innanzi tutto rilevare che, contrariamente a quanto indicato nel ricorso, nell'ordinanza del 19 settembre 2006 la Presidenza del Tribunale cantonale non era giunta alla conclusione che il comportamento del Presidente del Tribunale distrettuale fosse inammissibile, ma ha invece ritenuto che era inammissibile "in una procedura modificativa" non procedere ad un nuovo accertamento dei componenti del reddito del marito che esulavano dal suo salario. Il giudice di cui è chiesta la ricusa non si è poi semplicemente rifiutato di modificare il contributo alimentare che l'autorità di seconda istanza ha ritenuto determinato in modo errato: egli ha respinto la domanda con cui la qui ricorrente postulava già in via supercautelare la modifica, ma ha convocato le parti a un'udienza di discussione. Ora, se per ipotesi si volesse ritenere che i presupposti per una modifica del contributo in via supercautelare fossero dati, la decisione contraria del giudice di primo grado sarebbe semplicemente sbagliata, ma non costituirebbe certo una violazione grave dei suoi obblighi che giustificherebbe la ricusa. Non sono poi ravvisabili, né la ricorrente spiega i motivi che le avrebbero impedito di insistere - se del caso impugnando la decisione di stralcio della procedura - per avere una nuova decisione sugli alimenti a cui avrebbe avuto diritto per il periodo antecedente alla morte del marito nel mese di marzo 2007.
3.2 La ricorrente ritiene inoltre che la domanda di ricusa deve pure essere accolta, perché nella procedura di accertamento dell'inesistenza del debito il Presidente del Tribunale distrettuale dovrebbe nuovamente statuire sull'esistenza di un debito che era già oggetto della sua decisione supercautelare del 25 maggio 2005.
3.2.1 Il fatto che un giudice si sia già occupato della procedura in uno stadio anteriore può suscitare il sospetto di parzialità. La giurisprudenza ha rinunciato a risolvere in modo definitivo la questione a sapere se un cumulo di funzioni giudiziarie contravviene o no agli art. 30 cpv. 1 Cost. e 6 n. 1 CEDU. Essa esige tuttavia che l'esito di una causa non sia già determinato in partenza, ma che rimanga indeciso con riferimento all'accertamento dei fatti e alla soluzione dei quesiti giuridici. Occorre in particolare esaminare le funzioni procedurali che il giudice era chiamato ad esercitare nel suo precedente intervento, considerare le successive questioni che dovranno essere decise in ogni stadio della procedura, mettendo in evidenza una loro eventuale analogia o interdipendenza, nonché l'estensione del potere decisionale con riferimento a ciascuna di esse (DTF 131 I 24 consid. 1.2, con rinvii). Nella giurisdizione civile, in cui l'apparenza di prevenzione viene riconosciuta con maggiore riserbo rispetto all'ambito penale, il Tribunale federale ha ritenuto compatibile con le predette norme l'unione personale fra il giudice del rigetto dell'opposizione e quello dell'azione di riconoscimento (o disconoscimento) del debito, fra il giudice delle misure a protezione dell'unione coniugale e quello del divorzio, fra il giudice delle misure cautelari e quello del merito, nonché fra il giudice che ha rifiutato la concessione dell'assistenza giudiziaria e quello del merito (DTF 131 I 26 consid. 1.3, con rinvii). Ha per contro ritenuto inammissibile che un magistrato si occupi della causa in prima istanza e quale membro dell'autorità di ricorso (DTF 114 Ia 50 consid. 3d) o dapprima quale giudice dell'ammissibilità dell'opposizione ai sensi dell'art. 265a cpv. 1 LEF e poi quale giudice dell'azione di contestazione del ritorno a miglior fortuna (DTF 131 I 26 consid. 2.4).
3.2.2 In concreto, contrariamente a quanto afferma la ricorrente, nella decisione sull'azione ai sensi dell'art. 85a LEF il Presidente del Tribunale distrettuale non potrà semplicemente "giudicare sull'esistenza un debito su cui aveva già deciso con il decreto supercautelare del 25 maggio 2005", ma dovrà invece stabilire se il credito fondato sul decreto del 13 gennaio 2005 esiste dopo che sono stati emanati il citato decreto supercautelare 25 maggio 2005, il decreto cautelare del 4 maggio 2006 che lo conferma, l'ordinanza 19 settembre 2006 con cui la Presidenza del Tribunale cantonale ha accolto un rimedio della qui ricorrente e il decreto di stralcio del 19 aprile 2007. Nell'ambito di una siffatta azione di accertamento dell'inesistenza del debito le eccezioni del debitore sono limitate: è possibile far valere eccezioni che risultano dalla sentenza medesima e veri nova, che sono intervenuti dopo la crescita in giudicato della sentenza (Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 7a ed., Berna 2003, § 20 n. 19 segg.), ma non temi che erano già oggetto di una precedente sentenza (cfr. Pierre-Robert Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. 1, Losanna 1999, n. 31 seg. ad art. 85a LEF). La procedura ai sensi dell'art. 85a LEF non costituisce quindi, nemmeno da un punto di vista meramente funzionale, un rimedio di diritto contro la decisione sulle misure a protezione dell'unione coniugale, motivo per cui il Presidente del Tribunale distrettuale non potrà fissare alcun nuovo contributo. Nel decreto supercautelare del 25 maggio 2005 il giudice di cui è chiesta la ricusa ha ridotto, in applicazione del diritto di famiglia, il contributo alimentare stabilito nel precedente decreto del 13 gennaio 2005; nel giudizio sull'azione ai sensi dell'art. 85a LEF egli dovrà invece decidere se quest'ultimo decreto è effettivamente risorto dopo la serie di decisioni che lo hanno seguito. Ora, a giusta ragione, nemmeno la ricorrente afferma che il Presidente del Tribunale distrettuale si sia già pronunciato su tale quesito. Ne discende che l'esito dell'azione fondata sull'art. 85a LEF appare del tutto aperto, motivo per cui pure questa censura si rivela infondata.
3.3 Infine, la ricorrente afferma che, qualora dovesse soccombere nell'ambito della procedura fondata sull'art. 85a LEF, ella potrebbe inoltrare un'azione in responsabilità contro il giudice di cui ha chiesto la ricusa, perché questi avrebbe "violato in modo palese una considerazione sostanziale del Presidente del Tribunale cantonale". Ella ritiene che l'eventualità di una siffatta azione potrebbe condizionare il Presidente del Tribunale distrettuale.
In concreto, nemmeno questa argomentazione, sollevata per la prima volta nella sede federale e basata su congetture, è idonea a mostrare una parvenza di prevenzione del Presidente del Tribunale distrettuale.
4. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela manifestamente infondato e come tale dev'essere respinto. Anche la domanda di assistenza giudiziaria dev'essere respinta, indipendentemente dall'indigenza della ricorrente, poiché il rimedio era fin dall'inizio privo di probabilità di esito favorevole (art. 64 LTF). Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF). Nella determinazione delle ripetibili viene tenuto conto del fatto che l'opponente ha unicamente dovuto determinarsi sulla domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria della ricorrente è respinta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente B.A._ fr. 500.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti e alla Camera di vigilanza sulla giustizia del Tribunale cantonale dei Grigioni.