Faits:
A. Le 6 août 2007, la Municipalité de Pully a délivré à X._ l'autorisation de construire un bâtiment de trois logements et un parking souterrain de quatorze places sur la partie est de la parcelle n° 1810 du cadastre de Pully, située au sud de l'avenue de Belmont, en zone de villas. Le projet, qui implique la destruction de la villa existante, comporte trois niveaux habitables de près de 300 m2 chacun. Le bâtiment, d'une longueur de 28 m, d'une largeur maximale de 17 m et d'une hauteur de près de 10 m, possède un toit arrondi (toit cintré) avec deux lucarnes au nord; au sud, trois avancements, de tailles différentes (2, 3,5 et 5 m), prolongent la toiture, qui comprend en outre cinq vélux. Le projet avait suscité les oppositions de propriétaires voisins, qui ont été écartées par la Municipalité.
B. Par arrêt du 2 décembre 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (CDAP) a rejeté le recours formé par dix-neuf opposants. En cours de procédure, la constructrice avait produit de nouveaux plans concernant le garage dont la façade sud, légèrement arrondie, avait été reculée de 1,6 m et dont la capacité avait été réduite à dix places de stationnement. Il s'agissait d'une modification de peu d'importance. Le garage était en majeure partie (plus de 70%) sous le terrain naturel et s'y intégrait harmonieusement, de sorte qu'il n'y avait pas à tenir compte de sa surface dans le calcul du coefficient d'occupation du sol (COS). Le Tribunal a confirmé le calcul de la Municipalité, selon lequel la surface bâtie ne dépassait pas les 385,6 m2 admissibles pour un COS de 20%. Les lucarnes sur la façade nord s'intégraient à la forme de la toiture. Les trois ouvertures en façade sud constituaient des corps secondaires certes inhabituels, mais conformes à la réglementation. Les distances aux limites de propriétés étaient respectées. Le chemin des Graminées pouvait absorber le trafic supplémentaire occasionné par les dix places de stationnement. L'augmentation du trafic sur l'avenue de Belmont serait minime (1%). Le projet impliquait une augmentation du volume construit par rapport aux villas voisines, mais cela ne justifiait pas une interdiction fondée sur des motifs d'esthétique. L'abattage de douze arbres protégés - moyennant une arborisation compensatoire - était nécessaire pour réaliser la densification de la zone. Les trois pins dont l'abattage devait permettre la réalisation de la rampe d'accès au parking n'étaient pas "d'une santé exceptionnelle". L'implantation du bâtiment permettait de conserver les arbres de qualité sur la partie sud-ouest de la parcelle.
C. A._ et consorts, soit une partie des recourants au niveau cantonal, forment un recours en matière de droit public tendant à l'annulation de l'arrêt cantonal et du permis de construire.
La CDAP se réfère à son arrêt. La Municipalité de Pully conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. X._ conclut au rejet du recours en se référant aux déterminations de la Municipalité. Les recourants ont produit de nouvelles observations, auxquelles la Municipalité a répondu.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal, quand bien même Mmes A._, B._, C._ et D._ ne sont pas mentionnées dans l'arrêt attaqué. Les recourants relèvent qu'ils sont tous propriétaires d'immeubles situés à proximité du projet, en particulier le long du chemin des Graminées. La CDAP a considéré que la qualité pour agir devait en tout cas être reconnue aux consorts A._, dont le bien-fonds est situé immédiatement au sud de la parcelle n° 1810; la qualité des autres recourants a été laissée indécise. Il peut en aller de même à ce stade de la procédure.
Les autres conditions de recevabilité sont par ailleurs réunies, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2. La première critique des recourants porte sur le respect du coefficient d'occupation du sol (COS). Dans un grief d'ordre formel, les recourants reprochent à la CDAP de ne pas avoir précisé comment elle est parvenue à la conclusion que la surface bâtie ne dépassait pas 380 m2, alors que le bâtiment présente des formes particulièrement découpées.
2.1 Conformément au droit d'être entendu, l'autorité doit indiquer dans son prononcé les motifs qui la conduisent à sa décision (ATF 123 I 31 consid 2c p. 34; 112 Ia 107 consid. 2b p. 109). Elle n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties et peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540; 126 I 97 consid. 2b, et les arrêts cités).
Ces exigences sont réalisées en l'occurrence: l'arrêt attaqué explique pour quelle raison la surface du garage souterrain n'a pas été prise en considération, ce que les recourants contestent dans leur grief sur le fond. Il précise en outre que la surface déterminante a été prise au niveau du rez-de-chaussée, sans tenir compte des balcons situés en façade ouest; après vérifications faites par ses assesseurs spécialisés, la CDAP a confirmé les chiffres retenus par la Municipalité. L'arrêt n'expose certes pas en détail de quelle manière a été calculée la surface bâtie, mais cela n'empêchait pas les recourants de procéder à leurs propres calculs et de démontrer ainsi que la surface admissible aurait été dépassée. Leur droit d'être entendus est par conséquent respecté.
2.2 Les recourants se plaignent d'une application arbitraire de l'art. 26 du règlement sur l'aménagement du territoire et les constructions de la commune de Pully (ci-après: RCATC), dont la teneur est la suivante:
La Municipalité peut autoriser la construction de petites dépendances au sens de l'art. 39 RATC ou de dépendances souterraines dans les espaces réglementaires entre bâtiments ou entre bâtiments et limites de propriété.
La surface des dépendances est comptée pour 50% de sa valeur dans le calcul de la surface bâtie. Cette surface ne peut excéder la moitié de celle du bâtiment principal.
Ne sont pris en compte ni dans le calcul de la surface bâtie ni dans celui de la distance aux limites:
- les dépendances dont la surface est équivalente ou inférieure à 36 m2,
- les garages souterrains lorsque:
- la moitié de leur volume est située en dessous du terrain naturel,
- ils n'ont qu'une façade entièrement visible,
- ils s'intègrent harmonieusement dans le terrain.
Les recourants estiment que la surface totale du parking excéderait la moitié de celle du bâtiment principal, de sorte que l'art. 26 al. 2 RCATC devrait impliquer la prise en compte de ce parking dans le calcul de la surface admissible. La CDAP avait omis d'examiner la question, violant ainsi le droit d'être entendu et l'interdiction de l'arbitraire.
2.2.1 Sur ce point également, l'arrêt attaqué est suffisamment motivé: il retient que le parking projeté répond aux exigences posées à l'art. 26 al. 3 RCATC (une seule façade visible, volume enterré à plus de 50%, intégration harmonieuse dans le terrain), considérant implicitement qu'il s'agissait là d'une disposition spéciale excluant l'application de l'art. 26 al. 2 RCATC. Les recourants sont à même de contester cette appréciation, conformément à leur droit d'être entendus.
2.2.2 L'appréciation de la CDAP à ce sujet n'a d'ailleurs rien d'insoutenable. L'art. 26 al. 3 RCATC prévoit expressément que les garages souterrains, lorsqu'ils remplissent les trois conditions précitées et quelle que soit leur taille, ne sont pas pris en compte dans le calcul de la surface bâtie, au même titre que les dépendances ne dépassant pas 36 m2. Il s'agit dès lors clairement d'une lex specialis destinée à favoriser la réalisation de garages souterrains, en dérogation à la règle de l'art. 26 al. 2 RCATC, et il n'y a dès lors aucun arbitraire à faire abstraction de cette dernière disposition.
2.2.3 Les recourants relèvent que selon l'art. 84 de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC), le règlement communal peut prévoir que les constructions souterraines ou semi-enterrées ne sont pas prises en considération dans le calcul de la distance aux limites ou entre bâtiments et dans le coefficient d'occupation ou d'utilisation du sol, dans la mesure seulement où le profil et la nature du sol ne sont pas sensiblement modifiés et s'il n'en résulte pas d'inconvénient pour le voisinage. La CDAP aurait donc dû se demander si les deux conditions posées par cette disposition étaient respectées en l'espèce. Compte tenu de la hauteur cumulée des niveaux en façade sud du bâtiment, tel ne serait pas le cas.
La CDAP a exclusivement examiné la conformité du projet à la réglementation communale. Toutefois, les conditions posées par celle-ci paraissent conformes à l'art. 84 LATC puisque les exigences relatives au volume enterré et à la limitation des façades apparentes ont pour but de limiter les modifications apportées au terrain naturel, et que l'exigence d'intégration tend à éviter les inconvénients pour le voisinage. A cet égard, la cour cantonale a considéré que le parking souterrain, selon les nouveaux plans déposés en cours de procédure, était à plus de 70% en-dessous du terrain naturel, et que la façade sud, partiellement enterrée, située en retrait et de forme arrondie, s'intégrait harmonieusement dans le terrain. Les recourants prétendent que les voisins situés du côté sud subiront des nuisances visuelles et phoniques, et devront subir l'utilisation du toit du parking en tant que terrasse d'agrément. Toutefois, la façade sud du parking est partiellement enterrée et ne dépasse que de peu le terrain naturel. Les atteintes redoutées par les recourants sont ainsi négligeables par rapport à l'impact du bâtiment principal, d'une hauteur d'une dizaine de mètres et qui, depuis le sud, se situe directement à l'arrière-plan. Il n'y a, par conséquent, pas d'application arbitraire de l'art. 84 LATC.
3. Les recourants se plaignent également d'une violation des prescriptions sur les distances aux limites de propriété. Compte tenu de la longueur du mur du garage, cette distance devrait être de 9,8 m, alors qu'elle serait, selon les plans, de 3,2 à 4,3 m.
Dès lors que le garage peut, comme cela est relevé ci-dessus, bénéficier de la dérogation prévue à l'art. 26 al. 3 RCATC, il n'y avait, en vertu de la même disposition, pas à en tenir compte dans le calcul de la distance aux limites. C'est dès lors à juste titre que la CDAP a calculé la distance à partir des angles extérieurs des éléments de construction du bâtiment, et a tenu compte de la longueur de ce dernier (environ 28 m) pour fixer la distance minimum (soit 5 m pour une façade de 16 m plus 0,30 m pour chaque mètre supplémentaire, selon l'art. 16 RCATC). Le grief doit par conséquent être écarté, de même que l'argumentation fondée sur la garantie de la propriété, qui n'a pas en l'occurrence de portée propre.
4. Les recourants critiquent ensuite la présence de trois corps secondaires en façade sud, d'une longueur variable (de 2 à 5 m) et surmontés d'une toiture cintrée. En tant que lucarnes, ces éléments de toitures ne pouvaient être autorisées en vertu de l'art. 24 LCATC. Les recourants semblent toutefois admettre que ces ouvertures en toitures ne peuvent - en tout cas pour la façade sud - être assimilées à des lucarnes, soit des fenêtres de petite taille sans incidence sensible sur le volume de la toiture. La cour cantonale pouvait en effet sans arbitraire considérer que l'on se trouvait en présence de corps de bâtiment secondaires dont la toiture ne pouvait être assimilée à une lucarne en saillie. Il en découle que la disposition spécifique de l'art. 24 LCATC, qui limite la largeur des lucarnes à la moitié de celle de la façade correspondante, n'était pas applicable aux toitures du côté sud du bâtiment.
4.1 S'agissant des ouvertures côté nord, la CDAP a considéré qu'il s'agissait de lucarnes pour lesquelles les exigences de l'art. 24 LCACT étaient satisfaites. Les recourants ne contestent pas cette appréciation. Ils affirment que la forme de la toiture augmenterait l'effet de masse du bâtiment, sans aucun rapport avec les villas environnantes. Cet effet de masse est dû essentiellement à l'exploitation de la densité admissible, compte tenu de la surface de la parcelle. D'un point de vue esthétique, la toiture des lucarnes et des différents corps secondaires de bâtiment s'accorde avec la forme cintrée de la toiture principale, expressément autorisée par la réglementation communale.
4.2 Dans leur réplique spontanée, les recourants exposent qu'une motion déposée en mai 2008, tendant à modifier les art. 22 et 23 RCATC et à interdire les toits cintrés, a été acceptée par le Conseil communal de Pully le 8 octobre 2008. Conformément à l'art. 77 LATC, la Municipalité avait annoncé, le 30 janvier 2009, qu'elle envisageait de refuser les permis de constructions contraires à la nouvelle réglementation. Cet effet anticipé négatif devrait s'appliquer au permis litigieux, lequel n'est ni définitif, ni exécutoire.
L'art. 77 LATC prévoit que "le permis de construire peut être refusé par la municipalité lorsqu'un projet de construction, bien que conforme à la loi et aux plans et aux règlements, compromet le développement futur d'un quartier ou lorsqu'il est contraire à un plan ou à un règlement d'affectation communal ou intercommunal envisagé, mais non encore soumis à l'enquête publique". En l'occurrence, la motion en question n'avait pas encore été déposée lorsque le permis de construire a été délivré, le 6 août 2007. Il n'était dès lors pas possible de faire application de l'art. 77 LATC. Cette disposition - au demeurant purement potestative - ne s'applique qu'à l'autorité communale; compte tenu des exigences strictes en matière de base légale, s'agissant d'un effet anticipé négatif (ATF 119 Ia 254 consid. 4), les recourants ne démontrent pas qu'il aurait été arbitraire de ne pas l'appliquer en procédure de recours.
5. Les recourants critiquent l'abattage de plusieurs arbres figurant sur le plan de classement adopté avec le règlement communal sur la protection des arbres (RCPA) et approuvé le 26 juillet 2006 par le département cantonal. Ils estiment que l'abattage de ces arbres nécessitait l'autorisation du département cantonal compétent. Par ailleurs, le règlement communal prévoyant que les arbres classés ne peuvent en principe être abattus, un intérêt de rentabilisation maximale du terrain ne saurait justifier un tel abattage.
5.1 Selon l'art. 5 de la loi vaudoise sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS), sont protégés, notamment, les arbres faisant l'objet d'une décision ou d'un plan de classement cantonal (let. a) ou ceux que désignent les communes par voie de classement ou de règlement communal et qui doivent être maintenus en raison de leur valeur esthétique ou de leurs fonctions biologiques (let. b). Leur abattage est toutefois possible, selon l'art. 6 LPNMS, lorsque leur état sanitaire n'est pas satisfaisant, lorsqu'ils empêchent une exploitation agricole rationelle ou lorsque des impératifs techniques ou économiques l'imposent. Le règlement cantonal d'application (RPNMS) précise à son art. 15 les conditions d'abattage, parmi lesquelles le fait qu'une plantation nuit notablement à l'exploitation rationnelle d'un bien-fonds ou d'un domaine agricole (ch. 2). L'autorité communale peut exiger des plantations compensatoires ou une contribution aux frais d'arborisation (art. 6 al. 2 LPNMS, 16 et 17 RLPNMS). Le règlement communal renvoie à la réglementation cantonale s'agissant des conditions d'abattage (art. 6). L'art. 7 RCPA précise qu'en principe, les arbres classés ne peuvent être abattus, que la Municipalité doit tenir compte de leur valeur historique, botanique et paysagère, et qu'il y a lieu d'examiner si d'autres mesures peuvent être substituées à l'abattage.
5.2 Le groupe de pins et le hêtre visés par l'autorisation d'abattage ont fait l'objet d'un classement au niveau communal. Les recourants ne sauraient ainsi prétendre que l'autorisation du département était nécessaire en vertu de l'art. 23 LPMNS. Tel n'est en effet le cas que pour les objet ayant fait l'objet d'un classement cantonal au sens des art. 5 al. 1 let. a et 20 ss de la loi. Pour les objets classée en vertu de l'art. 5 al. 1 let. b de la loi, l'autorité communale est en revanche seule compétente (cf. art. 15 RLPNMS).
5.3 Comme cela ressort des art. 6 al. 3 LPNMS, 15 RLPNMS et 7 RCPA, les arbres concernés par une mesure de classement ne bénéficient pas d'une protection absolue. L'autorisation d'abattage peut être accordée au terme d'une pesée d'intérêts dans le cadre de laquelle l'autorité doit tenir compte des motifs qui ont conduit au classement, et des différents intérêts en jeu. Parmi ces derniers figure l'intérêt, concrétisé par la planification locale, à la densification des constructions.
La cour cantonale rappelle à cet égard que les possibilités de bâtir ont été concentrées dans la partie est de la parcelle, afin notamment de permettre le maintien des plantations de valeur sur la partie ouest. La constructrice a par ailleurs tenté d'éviter l'abattage des trois pins en prévoyant l'accès au parking souterrain soit par un ascenseur, ce à quoi les recourants se sont opposés pour des motifs tenant au respect des distances aux limites, soit par une rampe depuis l'avenue de Belmont, variante présentant des inconvénients importants et ne garantissant pas la survie des arbres concernés. Selon le rapport établi à la demande de la constructrice, les trois arbres ne seraient "pas d'une santé exceptionnelle" et présenteraient une "statique plus que douteuse" du côté ouest, avec de nombreuses branches sèches. La partie est a été élaguée plusieurs fois "de manière vigoureuse". Le tronc nord présente une résistance mécanique faible et un risque moyen; son sommet a été coupé. Selon ce même rapport, un développement des arbres est possible pour autant que des mesures soient prises pour les sécuriser (nettoyage, coupe des branches sèches et haubanage des troncs et de certaines branches). Contrairement à ce que soutiennent les recourants, ce rapport, fondé sur une analyse visuelle et tomographique, ne saurait être qualifié de complaisant. S'agissant de la santé des arbres, il ne contredit d'ailleurs pas les appréciations, toutes générales, faites en 2003 à l'occasion de la décision de classement.
Compte tenu de l'implantation du bâtiment, qui laisse subsister les plantations sur la partie est de la parcelle, et des contraintes relatives à l'accès au parking souterrain, l'autorisation d'abattage, assortie de l'obligation de replanter trois arbres majeurs, procède d'une pesée correcte des intérêts en présence. Le grief doit lui aussi être rejeté.
6. Les recourants se plaignent enfin du traitement par la cour cantonale de leur grief relatif à l'accès par le chemin des Graminées. Ils estimaient que l'accès par ce chemin, très étroit, présenterait des dangers pour les piétons. Alors qu'elle en était requise, la Municipalité n'avait pas produit de renseignements sur le nombre de places de stationnement déjà desservies par ce chemin. La cour cantonale a néanmoins considéré, dans son arrêt, que celui-ci ne desservait pas plus qu'une dizaine d'habitations pouvant comporter chacune trois places de stationnement, soit 30 places au total, sans expliquer comment elle parvenait à cette appréciation. Le droit d'être entendu des recourants aurait ainsi été violé.
Invitée à produire notamment les comptages de trafic effectués sur l'avenue de Belmont et le chemin des Graminées, la Municipalité a communiqué, le 21 décembre 2007, un rapport sur le réaménagement de l'avenue de Beaumont, précisant que le secteur concerné était déjà situé en zone 30 km/h et qu'aucun comptage n'avait été effectué pour le chemin des Graminées dès lors qu'il était considéré comme une desserte de quartier. Les recourants en ont été informés. Dès lors, à défaut d'éléments plus précis, la CDAP s'est manifestement fondée sur les plans disponibles pour estimer le nombre d'habitations desservies par le chemin des Graminées. En tant que propriétaires voisins, les recourants étaient facilement à même de contester cette évaluation, de sorte que leur droit d'être entendus est respecté. Pour le surplus, ils ne contestent ni l'extrapolation du nombre de places de stationnement, ni celle du trafic journalier, fondée sur les normes VSS de l'Union suisse des professionnels de la route.
7. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont à la charge des recourants. L'intimée X._ s'est simplement référée à la réponse de la Municipalité, sans produire d'observations particulières; elle n'a pas demandé de dépens et il n'y a pas lieu de lui en allouer. Selon l'art. 68 al. 3 LTF, aucun dépens ne sont alloués à la commune.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge des recourants. Il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 29 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz