Erwägungen:
1. Das Regionale Zwangsmassnahmengericht Berner Jura-Seeland verlängerte mit Beschluss vom 23. März 2011 X._ die Untersuchungshaft um drei Monate, d.h. bis zum 30. Juni 2011. Der Beschluss wurde X._ am 23. bzw. 24. März 2011 zugestellt. Gegen diesen Beschluss ging am 16. Mai 2011 bei der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern eine auf den 1. April 2011 datierte Beschwerde von X._ ein; der Beschwerdeführer hatte die Beschwerde am 12. Mai 2011 dem Aufsichtspersonal übergeben. Die Beschwerdekammer in Strafsachen trat mit Beschluss vom 31. Mai 2011 auf die Beschwerde gegen den Entscheid des Regionalen Zwangsmassnahmengerichts Berner Jura-Seeland wegen Verspä-tung nicht ein (Ziffer 1) und überwies die Beschwerde zur Behandlung im Sinne eines Haftentlassungsgesuchs an die Regionale Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland, Staatsanwalt Jenzer. Die Anträge auf Durchführung einer mündlichen Verhandlung sowie auf Erkennung von Dokumenten zu den Beschwerdeaktern schrieb die Beschwerdekammer als gegenstandslos ab (Ziffer 2), da es aufgrund des Nichteintretensentscheids zu keiner Beurteilung der Beschwerde komme. Soweit weitergehend trat sie mangels Zuständigkeit auf die Beschwerde nicht ein (Ziffer 3). Weiter trat sie auf das Ausstandsgesuch gegen Staatsanwalt Jenzer nicht ein (Ziffer 4), da ein Ausstandsgrund in den nächsten Tagen nach Kenntnisnahme, d.h. innerhalb einer Frist unter einer Woche, geltend zu machen sei. Vorliegend habe der Beschwerdeführer ausschliesslich das Verhalten des Staatsanwaltes anlässlich der Geschehnisse vom 8. September 2010 beanstandet, weshalb das am 12. Mai 2011 gestellte Ausstandsbegehren verspätet erfolgt sei.
2. X._ führt gegen den Beschluss der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern mit Eingabe vom 1. Juli 2011 Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Im vorliegenden Beschwerdeverfahren bildet die erstinstanzliche Verfügung d.h. der Beschluss des Regionalen Zwangsmassnahmengerichts Berner Jura-Seeland vom 23. März 2011 den äussersten Rahmen des Streitgegenstandes. Soweit der Beschwerdeführer Rechtsbegehren stellt, die ausserhalb des Streitgegenstandes liegen, kann von vornherein darauf nicht eingetreten werden.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
4.1 Aus den Ausführungen des Beschwerdeführers ergibt sich nicht, inwiefern die Beschwerdekammer rechts- oder verfassungswidrig gehandelt haben sollte, als sie wegen Verspätung auf die Beschwerde gegen den Entscheid des Zwangsmassnahmengerichts nicht eintrat. Gleich verhält es sich, soweit der Beschwerdeführer beanstandet, dass die Beschwerdekammer die Anträge auf Durchführung einer mündlichen Verhandlung sowie auf Erkennung von Dokumenten zu den Beschwerdeakten aufgrund des Nichteintretensentscheids als gegenstandslos abschrieb. Weiter vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, inwiefern die Beschwerdekammer in rechts- bzw. verfassungswidriger Weise auf nicht in ihre Zuständigkeit fallende Anträge nicht eingetreten sein soll (vgl. hiezu auch vorstehende Ziffer 3).
4.2 Hinsichtlich des von der Beschwerdekammer als verspätet beurteilten Ausstandsbegehrens macht der Beschwerdeführer geltend, er hätte nicht nur das Verhalten des Staatsanwaltes anlässlich der Geschehnisse vom 8. September 2010 beanstandet, sondern beispielsweise auch dessen Begründung zum Haftverlängerungsgesuch. Der Beschwerdeführer legt indessen nicht dar, dass dadurch das Ausstandsbegehren rechtzeitig gestellt worden wäre; der beanstandete Haftverlängerungsantrag erging am 15. März 2011 und das Ausstandsbegehren erfolgte erst am 12. Mai 2011. Somit ergibt sich auch insoweit nicht, inwiefern das Nichteintreten auf das Ausstandsgesuch rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll.
4.3 Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde den gesetzlichen Formerfordernissen nicht genügt, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Regionalen Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland, dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, sowie dem Verteidiger des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Y._, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juli 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Aemisegger Pfäffli