Faits:
A. Par arrêt du 12 juin 2007, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a déclaré X._ coupable de service de renseignements économiques (art. 273 CP) et concurrence déloyale (art. 23 LCD) en relation avec l'obtention de deux fichiers informatiques dits « ROD » et « MBE ». Elle l'a condamné à une peine de 100 jours-amende d'un montant de 50 fr. l'un, avec sursis pendant deux ans, mettant à sa charge des frais de procédure par 10'000 fr. L'intéressé a, en revanche, été acquitté des autres chefs d'accusation, ceux relatifs à un fichier dit « planning ROD », en particulier.
Saisi d'un recours en matière pénale par le condamné, le Tribunal fédéral l'a partiellement admis par arrêt du 9 avril 2008 (dossier 6B_495/2007). En bref, la cour de céans a considéré que le recourant avait été reconnu coupable à deux reprises pour des faits identiques, ce qui avait influencé négativement la quotité de la peine prononcée. La cause a été renvoyée au premier juge afin qu'il rende une nouvelle décision.
B. Par lettre du 7 mai 2008, le Tribunal pénal fédéral a informé le Ministère public de la Confédération et X._ que le jugement serait rendu par écrit et les a invités à se déterminer de la même manière. L'accusé a également été prié de dresser un état actuel de sa situation personnelle et financière, ce qu'il a fait en date du 4 juillet 2008.
Par arrêt du 5 février 2009, la Cour des affaires pénales a déclaré X._ coupable de service de renseignements économiques (art. 273 CP) et de concurrence déloyale (art. 23 LCD) en ce qui concerne l'obtention d'un fichier informatique dit « ROD », l'acquittant, par ailleurs, des chefs d'inculpation liés à l'obtention du fichier « MBE ». Le tribunal a prononcé une peine pécuniaire de septante jours-amende d'un montant de 50 fr. chacun, avec sursis pendant deux ans. La somme de 6000 fr. a été mise à la charge du condamné à titre de participation aux frais de la cause. La somme de 15'227 fr. 80 a été allouée à son défenseur d'office. Aucune autre indemnité ne lui a été accordée.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut avec suite de dépens à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouveau jugement au sens des considérants. Il requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire et la restitution de l'effet suspensif.
Invités à déposer des observations sur la question du montant du jour-amende, par courrier du 6 août 2009, le Tribunal pénal fédéral y a renoncé en se référant aux considérants de sa décision, par lettre du 10 août suivant, cependant que le Ministère public de la Confédération a pris position. Dans ses observations du 13 août 2009, il souligne que le recourant a eu l'occasion de présenter sa situation personnelle. Aux yeux du Ministère public, le peu d'efforts entrepris par le recourant pour retrouver un travail et le fait qu'il demeure en Suisse alors qu'aucune attache ne l'y retient justifierait le montant du jour-amende fixé par l'autorité judiciaire.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 III 629 consid. 2, p. 630 et les arrêts cités).
1.2 Dans la mesure où il statue sur l'action pénale et sur les frais de justice, l'arrêt de la Cour des affaires pénales du TPF peut faire l'objet d'un recours en matière pénale, au sens des art. 78 al. 1 et 80 al. 1 in fine LTF. En sa qualité d'accusé, acquitté partiellement mais néanmoins condamné en application des art. 273 CP et 23 LCD, le recourant est habilité à former un tel recours au Tribunal fédéral, en application de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF.
1.3 Quant à la disposition par laquelle la Cour des affaires pénales a statué sur la demande d'indemnité (art. 122 en corrélation avec l'art. 176 PPF) du recourant, elle porte sur une prétention en responsabilité fondée sur le droit public fédéral, qui ressortit au recours en matière de droit public (ATF 135 IV 43 consid. 1.1.2 p. 46; arrêt non publié du 13 novembre 2007, 6B_300/2007, consid. 1.2 et 1.3; sur la notion de responsabilité de droit public au sens de cette disposition, v. ATF 135 V 98 consid. 5 p. 101 ss).
Le recourant ne prend pas de conclusions chiffrées, mais demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente, qui lui a refusé toute indemnité. On peut cependant comprendre de ses écritures, qu'il prétend au versement d'une indemnité qu'il chiffre forfaitairement à 154'500 fr. et qui correspond aux conclusions prises devant l'autorité précédente (cf. art. 51 al. 1 let. a LTF). Il s'ensuit que la valeur litigieuse excède la limite fixée par l'art. 85 al. 1 let. a LTF. La cour de céans est, par ailleurs, compétente pour examiner cette question (art. 30 al. 1 let. c ch. 1 et art. 33 RTF).
2. Le recourant reproche tout d'abord à l'autorité précédente d'avoir violé son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) en ne lui donnant pas une nouvelle occasion de s'exprimer ensuite de l'arrêt de renvoi du 9 avril 2008.
2.1 Ainsi articulé, le grief tombe à faux. Il s'agissait uniquement, à la suite de l'arrêt de la cour de céans du 9 avril 2008, de fixer à nouveau la peine compte tenu des considérants de la décision de renvoi. Saisie derechef, l'autorité de première instance a invité le recourant à se déterminer et à dresser un état actuel de sa situation personnelle et financière par lettre du 7 mai 2008. L'intéressé a donné suite à cette invitation le 18 juillet 2008 et déposé des conclusions par mémoire du 4 juillet et mémoire complémentaire du 8 septembre 2008. Il a, de la sorte, eu tout loisir de s'exprimer avant que soit rendue la décision entreprise. Le Tribunal fédéral a, du reste, déjà eu l'occasion de constater, dans un cas similaire, qu'une telle manière de procéder ne violait pas les garanties de procédure offertes par les art. 29 al. 2 et 6 par. 1 CEDH (arrêt non publié du 1er septembre 2000, 6P.104/2000, consid. 2 et 3).
2.2 Au demeurant, bien que la renonciation au droit d'être entendu, et plus particulièrement à la tenue d'une audience publique, ne doive pas être admise trop facilement, mais doit être établie de manière non équivoque et s'entourer d'un minimum de garanties correspondant à sa gravité, la jurisprudence admet qu'elle peut être tacite (ATF 121 I 30 consid. 5f p. 37 ss).
En l'espèce, dans ses observations adressées à l'autorité précédente le 4 juillet 2008, le recourant indiquait prendre « acte que la reprise de la procédure en vue du nouveau jugement que doit rendre le Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral se déroulera sans débats, sur la base du dossier » et qu'il pouvait « comprendre que la procédure proposée est vraisemblablement motivée par un souci d'économie de procédure et de célérité ». Il ajoutait que « compte tenu de la durée anormalement longue de la procédure [...] la renonciation aux débats pourrait, a priori, être justifiée » en relevant toutefois que cette procédure ne garantissait pas son droit d'être entendu. Il se réservait en conséquence, après avoir pris connaissance des conclusions du Ministère public de la Confédération, « de compléter ses moyens écrits et de modifier ses conclusions, ainsi que de requérir formellement la tenue de débats ». Dans son mémoire complémentaire du 8 septembre 2008, le recourant demandait expressément que des débats soient tenus. Il soulignait, sur ce point, que dans ses déterminations du 25 juillet 2008, le Ministère public de la Confédération s'écartait singulièrement de l'acte d'accusation du 16 février 2007 et des considérants de l'arrêt du 9 avril 2008. Le recourant concluait: « Dans la mesure où le Tribunal pénal fédéral devait accepter de rejuger la cause à la lumière de la nouvelle mise en accusation du MPC, et non pas à la lumière de l'acte d'accusation initial du 16 février 2007, M. X._ doit obligatoirement être invité à se déterminer oralement, devant l'autorité de jugement ».
Ce faisant, le recourant a indiqué qu'il ne demandait formellement des débats que dans la mesure où la Cour des affaires pénales serait amenée à se prononcer sur des nouvelles accusations. En d'autres termes, il y a clairement renoncé en ce qui concernait les autres points, soit en particulier la fixation de la peine, les indemnités et les frais. Seules ces dernières questions ayant été abordées par l'autorité précédente, le grief de violation du droit d'être entendu est infondé.
3. Le recourant soutient ensuite que l'absence de débats publics violerait diverses dispositions de la loi de procédure pénale fédérale, les art. 24 al. 1, 140 al. 2, 167 al. 3, 4 et 5 et 178 PPF en particulier.
On ne voit cependant pas que ces normes empêcheraient toute renonciation à la tenue d'une audience publique, moins encore lorsqu'il s'agit uniquement, comme en l'espèce, de statuer à nouveau sur la fixation de la peine ensuite d'un arrêt de renvoi du Tribunal fédéral. On peut dès lors se borner à renvoyer à ce qui a été exposé ci-dessus (v. supra consid. 2.2). Le grief est infondé.
4. Le recourant invoque la violation du principe de célérité (art. 6 par. 1 CEDH et 29 al. 1 Cst.). Il relève la durée de la procédure dans son ensemble (près de huit ans) ainsi que celle de certaines phases de la procédure (quatorze mois entre le dépôt du rapport du juge d'instruction fédéral et l'établissement de l'acte d'accusation, dix mois entre l'arrêt de renvoi et le nouveau jugement). Il allègue également que les faits retenus à sa charge ont été établis rapidement (en 2003 déjà), que les opérations de la procédure d'instruction étaient disproportionnées et que les vices entachant les décisions des autorités précédentes, qui ont donné lieu à deux procédures, soit une plainte et un recours, ont inutilement allongé la procédure dans son ensemble.
4.1 Le principe de célérité impose aux autorités, dès le moment où l'accusé est informé des soupçons qui pèsent sur lui, de mener la procédure pénale sans désemparer, afin de ne pas maintenir inutilement l'accusé dans les angoisses qu'elle suscite (ATF 124 I 139 consid. 2a p. 140). Il s'agit d'une exigence posée à l'égard des autorités pénales, qui se distingue de la circonstance atténuante du temps relativement long (art. 64 avant-dernier al. CP dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006; art. 48 let. e CP, dont la teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007 n'a subi que des modifications purement rédactionnelles [Message du Conseil fédéral concernant la modification du Code pénal suisse, du 21 septembre 1998, FF 1999 II 1787 ss, spéc. p. 1868]), liée à l'approche de la prescription et qui suppose que l'accusé se soit bien comporté dans l'intervalle (WIPRÄCHTIGER, Commentaire bâlois, n. 31 ad art. 64 CP). Comme les retards dans la procédure pénale ne peuvent être guéris, le Tribunal fédéral a fait découler de la violation du principe de la célérité des conséquences sur le plan de la peine. Le plus souvent, la violation de ce principe conduira ainsi à une réduction de la peine, parfois même à la renonciation à toute peine ou encore à une ordonnance de non-lieu (en tant qu'ultima ratio dans des cas extrêmes; ATF 117 IV 124 consid. 4d p. 129; 124 I 139 consid. 2a p. 140/141). La jurisprudence a ainsi créé praeter legem des sanctions autonomes de nature matérielle (ATF 130 IV 54 consid. 3.3.1 p. 54 s.).
4.2 Le caractère raisonnable de la durée d'une procédure s'apprécie suivant les circonstances de la cause, lesquelles commandent généralement une évaluation globale, en tenant compte notamment de la complexité de l'affaire, du comportement de l'accusé et de celui des autorités compétentes (ATF 130 I 312 consid. 5.2 p. 332; 124 I 139 consid. 2c p. 142 et les références citées). Comme on ne peut pas exiger de l'autorité pénale qu'elle s'occupe constamment d'une seule et unique affaire, il est inévitable qu'une procédure comporte quelques temps morts. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut. Des périodes d'activités intenses peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires (ATF 124 I 139 consid. 2c p. 142). Selon la jurisprudence européenne, apparaissent comme des carences choquantes une inactivité de treize ou quatorze mois au stade de l'instruction, un délai de quatre ans pour qu'il soit statué sur un recours contre l'acte d'accusation, un délai de dix ou onze mois pour que le dossier soit transmis à l'autorité de recours (ATF 124 I 139 consid. 2c p. 144; 119 IV 107 consid. 1c p. 110). Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute; elles ne sauraient exciper des insuffisances de l'organisation judiciaire (ATF 130 IV 54 consid. 3.3.3 p. 56 s.).
4.2 Le caractère raisonnable de la durée d'une procédure s'apprécie suivant les circonstances de la cause, lesquelles commandent généralement une évaluation globale, en tenant compte notamment de la complexité de l'affaire, du comportement de l'accusé et de celui des autorités compétentes (ATF 130 I 312 consid. 5.2 p. 332; 124 I 139 consid. 2c p. 142 et les références citées). Comme on ne peut pas exiger de l'autorité pénale qu'elle s'occupe constamment d'une seule et unique affaire, il est inévitable qu'une procédure comporte quelques temps morts. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut. Des périodes d'activités intenses peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires (ATF 124 I 139 consid. 2c p. 142). Selon la jurisprudence européenne, apparaissent comme des carences choquantes une inactivité de treize ou quatorze mois au stade de l'instruction, un délai de quatre ans pour qu'il soit statué sur un recours contre l'acte d'accusation, un délai de dix ou onze mois pour que le dossier soit transmis à l'autorité de recours (ATF 124 I 139 consid. 2c p. 144; 119 IV 107 consid. 1c p. 110). Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute; elles ne sauraient exciper des insuffisances de l'organisation judiciaire (ATF 130 IV 54 consid. 3.3.3 p. 56 s.).
4.3 4.3.1 En l'espèce, il ressort du dossier de la cause, soit en particulier de l'arrêt du 12 juin 2007, que la procédure a été ouverte le 15 octobre 2001 par une plainte contre le recourant et contre inconnu. Elle a été étendue à d'autres accusés au mois de novembre 2002.
4.3.2 Dès ce moment, l'enquête a concerné quatre accusés au total. Elle portait sur des questions techniques (la nature des informations obtenues par le recourant), qui ont nécessité une expertise, réalisée entre le 14 avril et le 9 octobre 2003. Parallèlement, des mesures d'instruction ont été effectuées par voie de commission rogatoire, exécutée à fin août 2003, en République Tchèque, où était sise l'entreprise qui employait le recourant.
4.3.3 Le 27 septembre 2004, le Ministère public de la Confédération a requis l'ouverture d'une instruction préparatoire. Le Juge d'instruction fédéral y a donné suite le 22 novembre 2004. Il a remis son rapport de clôture le 16 décembre 2005. Le recourant ne soulève aucun grief sur ce point, de sorte qu'il n'est pas nécessaire d'examiner de manière plus approfondie si le laps de temps nécessaire à l'établissement de ce rapport était excessif au regard des exigences de célérité.
4.3.4 Le recourant soutient, en revanche, que le Ministère public de la Confédération aurait tardé en ne saisissant le Tribunal pénal fédéral de l'acte d'accusation que le 16 février 2007.
Dans l'intervalle, le recourant et l'un de ses coaccusés ont cependant saisi la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral de recours, le 21 novembre 2005, qui ont été tranchés respectivement les 27 février et 1er mars 2006. La Cour des plaintes a précisé, à cette occasion, que la poursuite des infractions en cause (art. 273 CP) était soumise à autorisation en vertu de l'art. 105 PPF. Dite autorisation a été délivrée le 4 août 2006. Ces aléas de procédure expliquent ainsi, en grande part, le temps écoulé entre le dépôt du rapport de clôture et l'établissement de l'acte d'accusation qui n'est, dès lors, pas imputable à l'inaction des autorités.
4.3.5 Le recourant reproche encore à l'autorité précédente d'avoir mis près de dix mois pour rendre son nouveau jugement, du 5 février 2009, ensuite de l'arrêt de renvoi du 9 avril 2008.
Par courrier du 7 mai 2008, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a fixé au recourant un délai au 30 mai 2008 pour actualiser sa situation personnelle et déposer ses conclusions. Ce délai a été prolongé au 4 juillet 2008 à la demande du recourant, par décision du 2 juin 2008. Par lettre du 30 juillet 2008, un délai au 25 août suivant lui a, par ailleurs, été fixé pour se déterminer sur la prise de position du Ministère public, du 25 juillet de la même année. Ce délai a encore été prolongé au 8 septembre 2008 à la demande de l'intéressé. Il s'ensuit que l'échange des écritures explique en grande partie la durée de la procédure à ce stade, sans que l'on puisse reprocher à l'autorité précédente d'inutiles atermoiements. Pour le surplus, si la consultation du dossier de la cause n'explique guère les cinq mois écoulés ensuite jusqu'au jugement, il n'apparaît pas que la procédure ait, dans son ensemble été inutilement prolongée dans une mesure telle que le principe de la célérité en aurait été violé. Le grief est infondé.
5. Le recourant reproche ensuite à l'autorité précédente de n'avoir pas retenu la circonstance atténuante liée à l'écoulement du temps (art. 48 let. e CP).
Ce grief est infondé. La Cour des affaires pénales a certes relevé, dans son arrêt, qu'elle n'était « pas tenue de considérer » cette circonstance atténuante en raison des infractions à la LCR commises par le recourant les 4 juillet et 19 décembre 2001, en relevant, au surplus, que l'infraction du 15 novembre 2007 était, par ailleurs, « postérieure à l'établissement des faits, le 12 juin 2007 ». Elle a cependant jugé que le seul temps écoulé depuis la commission du complexe d'infraction lié à la transmission du fichier ROD, qui pouvait être mis en parallèle avec la proximité de la prescription de l'action pénale, l'incitait à en tenir compte au sens d'une atténuation, dans une juste proportion (arrêt entrepris, consid. 5, p. 6 s.). Pour le surplus, la question de l'effet de cette atténuation sera examinée en relation avec les griefs formés par le recourant à propos de la fixation de sa peine.
6. Le recourant soutient encore, en substance, qu'en ramenant sa peine de 100 à 70 jours-amende, la Cour des affaires pénales aurait insuffisamment tenu compte du fait qu'une seule infraction devait être sanctionnée et non plus deux, d'une part, et, d'autre part, du fait que la circonstance atténuante de l'art. 48 let. e CP était réalisée. Le recourant mentionne également, dans ce contexte, l'art. 49 CP.
6.1 En ce qui concerne le concours d'infractions, l'autorité précédente a relevé à juste titre que le concours réel d'infractions retenu dans l'arrêt du 12 juin 2007 tombait ensuite de l'acquittement du recourant pour l'un des deux complexes d'infractions, mais qu'une part correspondant à l'augmentation proportionnée alors prononcée devait être maintenue, dans la mesure où un concours idéal demeurait (art. 273 CP et 23 LCD).
Il s'agit dès lors uniquement d'examiner si l'autorité précédente a excédé son pouvoir d'appréciation en réduisant la quotité de la peine de 100 à 70 jours en tenant compte de ce facteur d'atténuation et de l'art. 48 let. e CP.
6.2 L'arrêt entrepris ne précise pas quel poids il a accordé à chacun de ces deux facteurs. Quant à l'arrêt du 12 juin 2007, on recherche en vain dans ses considérants une indication sur la manière dont la peine a été augmentée pour tenir compte du concours.
Il ressort, en revanche, de ce dernier arrêt les éléments pertinents suivants. Le fichier ROD, transmis au printemps 2001 (consid. 3) constituait un fichier excel contenant le retour d'information de la production par machines/mois ainsi que la synthèse pour la globalité du parc machines (consid. 3.2.2). Ces informations étaient mises à jour à fin 2000. Elles n'étaient pas de nature à renseigner sur la technologie utilisée pour la fabrication des produits et constituaient ainsi des secrets d'affaires (consid. 3.2.3). Il a, par ailleurs, été établi que le recourant avait transmis le dossier « MBE » comprenant notamment les sous-fichiers « ROD », mis à jour à fin 2000 (consid. 9.1). Il s'agissait de tableaux excel relatifs à une analyse de rendement pour six machines ROD « base sur trois équipes » de même qu'un graphique et un tableau excel récapitulatifs de ces données (consid. 5.1). Le dossier « MBE », transmis en juin 2001 (consid. 5) contenait des observations instantanées, constituant une méthode de calcul pour connaître la rentabilité des machines. Ces sous-fichiers fournissaient cependant aussi des informations précises sur le rendement des machines utilisées (consid. 5.2).
Le premier juge a certes considéré - à tort - que la transmission de ces deux documents constituait deux infractions distinctes. On peut cependant déduire de l'état de fait sur lequel il a fondé sa décision qu'à ses yeux, le second document ne fournissait guère plus d'informations que le premier. Cela étant, compte tenu de la proximité dans le temps des faits, qui s'inscrivent en outre dans le même contexte, il faut admettre, en l'absence de toute précision spécifique sur la quotité de l'augmentation de la peine justifiée, aux yeux du premier juge, par ce prétendu concours d'infractions, que ce facteur n'a constitué qu'un élément minime dans la fixation de la peine.
Dans ces conditions, la réduction d'un tiers de la peine, tenant compte à la fois de la suppression du concours réel et de l'application de l'art. 48 let. e CP n'apparaît pas procéder d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation du premier juge. Le grief est infondé.
7. En ce qui concerne le montant du jour-amende, l'autorité précédente a constaté, après avoir rappelé les éléments principaux de la situation économique du recourant au moment de l'arrêt du 12 juin 2007, que l'intéressé annonçait à peu de chose près la même situation personnelle et financière. Le montant de ses dettes s'élevait toutefois à 150'000 fr. et non plus 93'000 fr. Il arrivait au bout de sa période de droit aux indemnités de chômage à l'été 2008 et espérait retrouver du travail auprès de son ancien employeur, pour un salaire brut de l'ordre de 3500 fr., qui devait lui permettre de faire revenir sa famille en Suisse dès septembre 2008. Son épouse avait trouvé un emploi. Au vu d'une situation personnelle et financière toujours relativement précaire, la Cour des affaires pénales a fixé le montant du jour-amende à 50 fr., « montant en-dessous duquel la peine perd tout caractère sanctionnateur et revient de fait à une exemption de peine non prévue par les art. 52 ss CP » (arrêt entrepris, consid. 6 p. 7).
Le recourant soutient que cette manière de procéder violerait l'art. 34 al. 2 CP en ce sens que le montant de 50 fr. par jour ne correspondrait pas à sa situation personnelle et financière. Il reproche également à l'autorité précédente d'avoir établi sa situation financière entre les mois de juillet et septembre 2008 et de s'être, de la sorte, fondée sur un état de fait qui ne correspondait plus à la réalité au moment où elle a statué, le 5 février 2009. Le recourant allègue sur ce point avoir perdu toute source de revenu après l'extinction de son droit aux indemnités de chômage.
7.1 Le Tribunal fédéral a exposé de manière détaillée les principes régissant la fixation de la peine pécuniaire, la quotité du jour-amende en particulier, dans l'arrêt publié aux ATF 134 IV 60 consid. 5 et 6 (v. également l'arrêt X. c. Ministère public du canton de Vaud du 13 mai 2008, 6B_541/2007 consid. 6). On peut y renvoyer en soulignant les points suivants.
La quotité du jour-amende doit être fixée conformément au principe du revenu net, soit celui que l'auteur réalise en moyenne quotidiennement, quelle qu'en soit la source, ce qui inclut notamment les prestations d'aide sociale. Le principe du revenu net exige que seul le disponible excédant les frais d'acquisition du revenu soit pris en considération, dans les limites de l'abus de droit. Ce qui est dû en vertu de la loi ou ce dont l'auteur ne jouit pas économiquement doit en être soustrait (consid. 6.4.1). Il en va ainsi des obligations d'assistance pour autant que le condamné s'en acquitte effectivement (consid. 6.4.4).
L'évaluation du revenu net peut, dans la règle, être effectuée sur la base des données de la déclaration d'impôt (cf. art. 34 al. 3 CP). La notion pénale de revenu au sens de l'art. 34 al. 2 CP ne se confond cependant pas avec celle du droit fiscal, ce qui peut notamment avoir une incidence pour les indépendants, les propriétaires d'habitations ou les bénéficiaires de bourses. Si les revenus fluctuent fortement, il est nécessaire de se référer à une moyenne représentative des dernières années, sans que cela remette en cause le principe selon lequel la situation déterminante est celle existant au moment où statue le juge du fait (art. 34 al. 2 deuxième phrase CP). Cette règle ne signifie en effet rien d'autre que le tribunal doit établir de manière aussi exacte et actuelle que possible la capacité économique de l'intéressé, en tenant compte si possible de la période durant laquelle la peine pécuniaire devra être payée. Il s'ensuit que les augmentations ou les diminutions attendues du revenu doivent être prises en considération. Elles ne doivent toutefois l'être que si elles sont concrètes et imminentes (ATF 134 IV 60 consid. 6.1 in fine p. 69 et les références citées).
Le revenu net ainsi défini en droit pénal est le point de départ pour fixer la quotité du jour-amende. Dans ce contexte, le minimum vital mentionné à l'art. 34 al. 2 CP constitue un correctif permettant au juge de s'écarter du principe du revenu net et d'arrêter le jour-amende à un niveau sensiblement inférieur. Pour les condamnés qui vivent en-dessous ou au seuil du minimum vital, le jour-amende doit être réduit dans une mesure telle que, d'une part, le caractère sérieux de la sanction soit rendu perceptible par l'atteinte portée au niveau de vie habituel et que, d'autre part, l'atteinte apparaisse supportable au regard de la situation personnelle et économique. Un abattement du revenu net de la moitié au moins apparaît adéquat à titre de valeur indicative. Pour une peine ferme, ce sont avant tout les facilités de paiement accordées par l'autorité d'exécution (art. 35 al. 1 CP) qui doivent permettre de pallier une charge excessive. Lorsque le nombre des jours-amende est considérable - en particulier au-delà de nonante jours-amende - une réduction supplémentaire de 10 à 30% est indiquée car la contrainte économique, partant la pénibilité de la sanction, croît en proportion de la durée de la peine. La situation financière concrète est toujours déterminante. La fixation de la quotité du jour-amende dans le cas concret procède d'un pouvoir d'appréciation exercé avec soin.
7.2 En l'espèce, l'autorité précédente n'a établi précisément ni le revenu brut ni le revenu net du recourant. Pour ce motif déjà, la décision entreprise doit être annulée sur ce point et la cause renvoyée à la Cour des affaires pénales afin qu'elle procède aux constatations nécessaires. Il convient de préciser également que la situation déterminante est celle au moment où l'autorité statue (art. 34 al. 2 CP).
7.3 L'autorité précédente a certes considéré, forfaitairement, que le montant de 50 fr. par jour-amende constituait un seuil minimum au-dessous duquel la peine n'avait plus d'effet sanctionnateur. Un seuil minimum ne peut cependant se concevoir que pour les auteurs les plus démunis, ce qui suppose tout d'abord de déterminer si le recourant se trouvait, au moment du jugement, au seuil ou au-dessous du minimum vital. Or, on ignore concrètement l'étendue des obligations d'assistance du recourant, dont l'épouse paraît avoir trouvé un travail en Suisse (arrêt entrepris, consid. 6, p. 7). Par ailleurs, la cour de céans a jugé, dans un arrêt récent, qu'une peine pécuniaire ne peut plus être considérée comme symbolique lorsque le montant du jour-amende atteint la somme de dix francs, en ce qui concerne les auteurs les plus démunis (arrêt du 18 juin 2009, 6B_769/2008, consid. 1.4.2 destiné à la publication aux ATF). Il s'ensuit que l'autorité précédente ne pouvait se dispenser d'examiner plus précisément la situation personnelle et financière du recourant au seul motif que le montant du jour-amende, par 50 fr., aurait constitué un seuil minimum.
Il sied encore de souligner, dans ce contexte, en réponse à l'argumentation développée par le Ministère public de la Confédération dans ses observations, que compte tenu de la peine pécuniaire fixée en l'espèce (70 x 50 fr. = 3500 fr.) l'on ne saurait sérieusement présumer que le recourant se prive délibérément depuis plusieurs mois de tout ou partie de son revenu professionnel, de l'ordre de 3500 fr. par mois (v. supra consid. 7), ou qu'il demeure en Suisse au lieu de retourner dans son pays d'origine dans le seul dessein d'obtenir une réduction de sa peine pécuniaire.
7.4 La décision entreprise doit, dès lors, être annulée en tant qu'elle fixe à 50 fr. le montant du jour-amende et la cause renvoyée à l'autorité précédente afin qu'elle complète l'instruction et rende une nouvelle décision sur ce point.
8. Le recourant conteste encore le refus de lui accorder une indemnité en cas d'acquittement.
8.1 Pour cette hypothèse, l'art. 176 PPF prévoit que la cour saisie doit statuer, conformément aux principes énoncés à l'art. 122 al. 1 PPF, sur l'allocation d'une indemnité en faveur de l'accusé acquitté. Le TPF considère que cette règle est également applicable en cas d'acquittement partiel (arrêt entrepris, consid. 7 et la référence citée).
8.2 En l'espèce, l'autorité précédente a estimé « que la partie spécifique de la procédure ayant conduit à l'acquittement partiel du recourant ne lui avait pas causé de dommage économique ou de tort moral susceptible d'être réparé ». Quant aux frais de défense, le recourant avait été assisté d'un défenseur d'office (arrêt entrepris, consid. 7, p. 8).
En d'autres termes, l'autorité précédente a estimé que les faits à raison desquels le recourant avait été acquitté (obtention du fichier MBE) n'avaient pas nécessité de mesures de procédure distinctes de celles justifiées par les faits ayant entraîné la condamnation (obtention du fichier ROD). On ne saurait lui en faire grief, compte tenu de la proximité dans le temps des faits, qui s'inscrivaient dans le même contexte (v. aussi supra consid. 6.2). Il s'ensuit que la procédure, dans son ensemble, est imputable au recourant, condamné en relation avec l'obtention de l'un des deux fichiers, ce qui permettait déjà de lui refuser toute indemnité (art. 122 al. 1 dernière phrase PPF).
8.3 Le recourant objecte que ses prétentions ne sont pas fondées sur le principe même de la procédure pénale ouverte à son encontre, mais sur l'ampleur de cette dernière, qu'il juge « invasive et disproportionnée ».
Autant qu'on peut le comprendre de cette argumentation, le recourant ne paraît donc pas déduire ses prétentions de son acquittement au sens des art. 122 et 176 PPF, mais allègue qu'un dommage lui aurait été causé par la procédure elle-même. Une telle prétention, indépendante de l'acquittement, pourrait tout au plus être invoquée dans la procédure instituée par l'art. 10 de la Loi sur la responsabilité de la Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires (Loi sur la responsabilité; RS 170.32). Il n'y a donc pas lieu d'examiner plus avant l'argumentation du recourant à ce sujet.
9. Le recourant conteste encore les frais mis à sa charge. Il soutient qu'il n'aurait pas été suffisamment tenu compte de sa situation économique précaire ainsi que du fait que nombre d'opérations d'instructions antérieures au mois de mai 2004 étaient inutiles et disproportionnées.
9.1 La décision entreprise condamne le recourant, qui a écopé de la peine la plus lourde, à s'acquitter de 6000 fr. sur le total de 57'275 fr. 10 (émoluments et débours) des frais de la procédure - qui concernait quatre accusés -, soit à peine plus de dix pour cent de ce montant. Il a, de la sorte, été tenu compte équitablement des deux acquittements partiels dont a successivement bénéficié le recourant (arrêt entrepris, p. 9; v. aussi supra consid. A. et B.). Le grief est infondé dans cette mesure.
9.2 Pour le surplus, la Cour des affaires pénales étant appelée à établir la situation financière du recourant, il lui incombera, sur la base des éléments ainsi déterminés, d'examiner si le recourant réalise de ce fait un motif spécial justifiant une remise supplémentaire au sens de l'art. 172 al. 1 PPF et de fixer à nouveau la part de ces frais à sa charge en tenant compte, le cas échéant, de cette circonstance.
10. Le recourant obtient partiellement gain de cause. Il peut prétendre une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 LTF). Sa demande d'assistance judiciaire est sans objet (art. 64 al. 2 LTF). Il supporte des frais réduits tenant compte notamment de sa situation financière qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis partiellement. L'arrêt entrepris est annulé et la cause renvoyée à la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral afin qu'elle complète l'instruction et rende une nouvelle décision au sens des considérants.
2. La Confédération versera en main du conseil du recourant la somme de 3000 fr. au titre des dépens dus à ce dernier.
3. La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 27 août 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le juge présidant: Le Greffier:
Schneider Vallat