Faits:
A. A la suite d'une procédure de rappel d'impôts, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a reproché à X._, ingénieur architecte actif dans le domaine de l'immobilier, de ne pas avoir déclaré un abandon de créance de 2'130'500 fr. octroyé par la banque A._ dans le cadre d'une opération immobilière menée avec B._ sur la commune de C._ dans le canton de Vaud. L'abandon de créance était soumis à la condition que X._ paie à la banque A._ 50'000 fr. et que B._ paie 250'000 fr.
L'opération immobilière ayant entraîné une perte, le canton de Vaud a constaté l'absence de gain immobilier imposable.
Le 5 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale genevoise a notifié à X._ un bordereau de rappel pour l'impôt cantonal et communal 2002 de 215'199 fr. 25 plus 11'259 fr. 70 d'intérêts de retard, un bordereau de rappel pour l'impôt cantonal et communal 2003 de 178'681 fr. 65 plus 5'760 fr. 50 d'intérêts de retard ainsi qu'une amende de 295'410 fr. représentant 0,75% de l'impôt soustrait, pour tenir compte de la bonne collaboration de l'intéressé ainsi que de celle de son mandataire.
Le 29 septembre 2006, X._ a déposé une réclamation visant uniquement le bordereau d'amende. Le 5 octobre 2006, l'Administration fiscale cantonale a maintenu le bordereau d'amende tel qu'il avait été notifié.
Par décision du 24 novembre 2008, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue depuis le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative a rejeté le recours de X._ contre la décision du 5 octobre 2006 et confirmé l'amende.
Le 6 janvier 2009, X._ a saisi le Tribunal administratif d'un recours contre la décision du 24 novembre 2008. Il a soutenu n'avoir eu ni conscience, ni volonté, même par dol éventuel, d'omettre l'abandon de créance. Il s'était fait assister par son associé pour remplir la déclaration. Il ne pouvait pas réaliser qu'une opération, dont les autorités vaudoises admettaient qu'elle avait entraîné une perte, soit considérée comme un revenu dans le canton de Genève. L'opération s'était soldée par une perte pour lui et il ignorait que l'extinction partielle d'une dette, par un abandon de créance, devait être annoncée en tant que revenu. Il devait être sanctionné en tenant compte de son appréciation des faits, en application des art. 13 al. 1 et art. 19 du Code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP; RS 311.0).
Le Tribunal administratif a entendu X._, qui a précisé qu'il confiait sa déclaration d'impôt à un bureau de comptabilité ainsi qu'à titre de témoin, B._, qui a déclaré notamment qu'il ignorait aussi que l'abandon de créance était imposable.
B. Par arrêt du 16 mars 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève a admis le recours de X._ et annulé l'amende notifiée le 5 septembre 2006 par l'Administration fiscale cantonale. L'intéressé n'avait pas de connaissances particulières dans le domaine de la fiscalité. Il reportait les chiffres que lui communiquait son associé, comptable de profession, dans sa déclaration d'impôts. Ce dernier avait aussi omis de mentionner l'abandon de créance en tant que revenu, ce que les circonstances de l'affaire expliquaient. En effet, l'intéressé et son associé avaient perdu d'importantes sommes d'argent dans une promotion immobilière et, malgré l'abandon de créance de la banque A._, ne s'étaient pas concrètement enrichis, ce que les autorités fiscales vaudoises avaient admis en ne percevant pas d'impôt sur les gains immobiliers. Par ailleurs, le contribuable s'était entouré d'auxiliaires compétents et avait pris les précautions nécessaires, tant objectivement que subjectivement, au vu de la situation.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 mars 2010 par le Tribunal administratif et de confirmer la décision du 5 octobre 2006. Elle se plaint de la violation du droit fédéral.
L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours en faisant siennes les considérations de l'Administration fiscale cantonale. X._ conclut au rejet du recours sous suite de dépens. Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations.
Considérant en droit:
1. Les décisions cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral. La voie pénale est exclue (art. 57bis al. 2 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 542.14]).
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, l'autorité de céans n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254/255; 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288; voir aussi arrêt 4A_326/2007 du 29 novembre 2007, consid. 4.1).
2.2 En l'espèce, la recourante et l'intimé font état de nombreux faits dans leur mémoire de recours respectivement de réponse (chap. 3) qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué, sans exposer concrètement, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi l'arrêt attaqué est arbitraire à cet égard. Ces faits sont irrecevables. Il n'est par conséquent pas possible de les prendre en considération et de s'écarter de ceux retenus par l'arrêt de l'Instance précédente.
3. 3.1 D'après l'art. 56 al. 1 LHID, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète sera puni d'une amende proportionnée à sa faute, allant du tiers au triple de l'impôt soustrait; en règle générale, l'amende sera égale au montant simple de l'impôt soustrait.
L'art. 59 al. 3 LHID impose aux cantons de déclarer les dispositions générales du code pénal applicable, mais cette disposition ne concerne que le délit de fraude fiscale et pas la soustraction fiscale.
3.2 D'après l'art. 69 al. 1 et 2 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; RSGE D 3 17), le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
D'après l'art. 82 LPFisc, les dispositions générales du Code pénal sont applicables à la soustraction fiscale sanctionnée par l'art. 69 LPFisc qui figure dans la troisième partie de la loi.
Ces dispositions sont conformes aux exigences de la loi sur l'harmonisation fiscale (verticale et horizontale), notamment en ce qu'elles renvoient aux dispositions générales du Code pénal (Roman Sieber, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Bundessteuern der Kantone und der Gemeinden (StHG), n° 3 ad Rem prél. art. 55 - 58 LHID; Diane Monti, Les contraventions fiscales en droit fiscal harmonisé, Thèse Lausanne 2001, p. 19 s.).
3.3 En l'espèce, il n'est pas contesté que l'abandon de créance dont a bénéficié le recourant de la part de la banque A._ constitue un revenu imposable au sens de l'art. 7 LHID et de l'art. 3 de la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - impôt sur le revenu (revenu imposable) (LIPP-IV; remplacée depuis le 1er janvier 2010 par la loi du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [RSGE D 3 08]).
Reste à établir si, comme le soutient l'Administration fiscale cantonale dans son recours, l'intimé a agi par dol éventuel.
4. Les éléments subjectifs d'une soustraction d'impôt consommée supposent que le contribuable agisse intentionnellement ou par négligence (art. 56 al. 1 LHID et 69 al. 1 LPFisc).
4.1 D'après l'art. 12 al. 2 CP, agit intentionnellement quiconque commet un crime ou un délit avec conscience et volonté. L'auteur agit déjà intentionnellement lorsqu'il tient pour possible la réalisation de l'infraction et l'accepte au cas où celle-ci se produirait (dol éventuel).
Etablir ce que sont la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), sauf si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). En revanche, déterminer s'il faut admettre qu'il y a intention en se fondant sur la conscience et la volonté du contribuable, donc si l'on est parti de la notion exacte d'intention, est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement (arrêts 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.5; 2A.538/1998 du 30 juin 1999 in RDAF 1999 II p. 535 consid. 3a).
La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale. Cette preuve est toutefois facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n° 7 consid. 4). Selon la jurisprudence, la preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée, lorsqu'il est établi de façon suffisamment sûre, que le contribuable était conscient que les informations données étaient incorrectes ou incomplètes. Si tel est le cas, il faut présumer qu'il a volontairement voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins qu'il a agi par dol éventuel afin d'obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l'on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations qu'il sait incorrectes ou incomplètes (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; confirmé in arrêts 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.5, 2A.168/2006 consid. 3 et 2A.351/2002 consid. 3.3). Cela est d'autant plus vrai que le contribuable peut compter avec la possibilité que l'autorité fiscale s'en tienne à sa déclaration sans l'examiner de manière plus approfondie (StE 1988 B 101.21 n° 7 consid. 4 et les arrêts cités). Le contribuable ne peut dès lors échapper aux sanctions en soutenant que l'autorité fiscale aurait pu découvrir à temps les lacunes de la déclaration si elle avait procédé plus tôt aux contrôles appropriés (StE 1987 B 101.2 n° 4 consid. 3, B 101.9 n° 5). Ainsi, celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou incomplètes; de la sorte, il agit intentionnellement (Archives 46 p. 57, consid. 3 p. 62 et la jurisprudence citée).
4.2 En l'espèce, l'intimé est ingénieur-architecte et promoteur immobilier. Il a mené de nombreuses opérations immobilières. En association avec B._, en tant qu'entrepreneur général, ils ont construit environ deux cents immeubles, principalement des HLM. La comptabilité des opérations immobilières était gérée par le recourant, avec l'aide de B._, tandis qu'un bureau comptable s'occupait de la comptabilité du bureau d'architecte et de la déclaration d'impôts, sur la base des informations reçues de B._. L'opération immobilière de C._ avait entraîné des pertes. En mai 2002, le solde du compte hypothécaire lié à l'opération de C._, au nom de B._ et X._ en qualité de débiteurs solidaires, s'élevait à 11'061'000. Eu égard à une offre d'achat de l'immeuble de 6'500'000 fr., la banque A._ proposait un abandon de créance d'un montant de 4'261'000 fr. (de 2'130'500 fr. chacun) conditionné au versement à la banque A._ de 50'000 fr. par l'intimé et de 250'000 fr. par B._. Par courrier du 16 janvier 2003, l'Office des impôts du district de D._ a corrigé la déclaration d'impôt sur les gains immobiliers déposée par B._ et constaté qu'aucun gain immobilier n'avait été réalisé sur l'opération de C._.
Les faits montrent que l'intimé savait qu'il était débiteur solidaire d'un crédit hypothécaire de plus de 11 millions. Rompu aux affaires immobilières, il savait qu'il était de la sorte personnellement responsable du remboursement de ce montant vis-à-vis de la banque A._ au titre de débiteur solidaire. Il n'ignorait pas que la vente de l'immeuble de C._ ne couvrirait pas les investissements auxquels il avait consenti avec son associé. Il pouvait et devait comprendre qu'en abandonnant une créance hypothécaire de 2'130'000 fr. contre le paiement d'une somme modique de 50'000 fr. (en tout de 300'000 fr. avec la part de son associé), la banque renonçait à diminuer son patrimoine d'un tel montant et par conséquent sa capacité économique d'entrepreneur général tenu de déposer une comptabilité.
Il importe peu à cet égard que, soi-disant, l'intimé méconnaissait la technique comptable. Il a bien compris que le détail de l'opération n'apparaissait pas dans les documents qu'il a remis aux autorités fiscales que ce soit dans le décompte de l'opération immobilière établi par B._ ou dans la décision sur les gains immobiliers rendue par les autorités fiscales vaudoises. Il sautait aux yeux que le décompte de l'opération C._ n'était accompagné que de cette dernière décision et non pas d'un compte d'exploitation détaillé, comme les autres décomptes immobiliers simultanément fournis par l'intimé aux autorités fiscales genevoises, ce qui constitue l'indice de sa volonté de cacher au fisc un élément de sa capacité économique et financière. De même, en rappelant que les pertes d'exploitation concernant des exercices antérieurs ne peuvent pas être prises en considération comme impenses, parce que ces dernières influencent uniquement les revenus imposables dans les déclarations d'impôt ordinaires, la décision des autorités vaudoises du 16 janvier 2003 faisait savoir à l'intimé qu'il ne pouvait se prévaloir de celle-ci dans son chapitre fiscal ordinaire dans le canton de Genève. L'intimé avait ainsi connaissance et conscience que le montant de l'abandon de créance, d'un montant non négligeable de 2'130'500 fr., n'apparaissait dans aucun document remis au fisc, ce que l'arrêt attaqué ne nie d'ailleurs pas. Dans ces conditions, on peut présumer que l'intimé s'est accommodé d'une éventuelle soustraction fiscale au cas où elle se produirait. Il a agi pour le moins par dol éventuel.
4.3 Reste à examiner si cette présomption doit être écartée comme l'a jugé le Tribunal administratif, parce que "les spécificités du droit fiscal rendent parfois ce dernier ardu à comprendre pour le commun des mortels".
Il est vrai que, dans un arrêt ancien, le Tribunal fédéral a jugé que la présomption selon laquelle le contribuable agit intentionnellement lorsqu'il a conscience de déposer une déclaration d'impôt incomplète, garde sa valeur aussi longtemps que le caractère imposable de l'élément soustrait ne pose aucun problème. En revanche, il avait jugé en 1984 que, lorsque l'imposition, ou non, d'une prestation en capital provenant d'une assurance-vie non susceptible de rachat dans le canton de Schwyz posait de sérieux problèmes, il n'était plus possible de présumer que celui qui avait consciemment déposé une déclaration d'impôt incomplète avait pour intention de se soustraire à l'impôt (arrêt du 7 décembre 1984 in StE 1985 B 101.21 n° 2 consid. 1c). Toutefois et contrairement à la question de l'imposition de l'abandon de créance en cause en l'espèce, l'imposition de la prestation en capital provenant d'une assurance-vie non susceptible de rachat revêtait en 1984 dans le canton de Schwyz une complexité qu'il était difficile de surmonter pour un commerçant actif dans le domaine de la confection, mais aussi et surtout par le fonctionnaire fiscal, qui s'était lui-même trompé sur le sujet (arrêt du 7 décembre 1984 in StE 1985 B 101.21 n° 2 consid. 1c). Le soin avec lequel le Tribunal fédéral a précisé les circonstances très concrètes dans lesquelles il a finalement jugé que la présomption d'intention ne pouvait plus être retenue montre qu'une telle hypothèse ne peut être admise que dans des situations exceptionnelles, sous peine de vider les obligations légales qui incombent au contribuable en matière fiscale.
En droit fiscal suisse, le régime d'imposition de l'abandon de créance au profit d'un contribuable exerçant une activité lucrative indépendante ne fait l'objet d'aucune controverse ni en doctrine ni en jurisprudence dans la mesure où il s'agit d'une dette commerciale (cf. arrêt 2C_120 et 121/2008 du 13 août 2008 in StE 2009 B 21.1 n° 18 = RDAF 2009 II p. 34, consid. 2.2 pour les références, arrêt qui confirme également le caractère imposable de l'abandon de créance dans le chapitre d'une personne privée) et n'a d'ailleurs pas été mis en doute par l'intimé lui-même dans la procédure de rappel d'impôt. Enfin, contrairement à ce qu'affirme le Tribunal administratif dans l'arrêt attaqué, on ne saurait non plus lever la présomption en constatant - de façon pour le moins surprenante - que l'intimé et son associé ne se sont pas enrichis, bien au contraire.
Les circonstances qui permettraient à titre exceptionnel de renverser la présomption que l'intimé a agi au moins par dol éventuel ne sont donc manifestement pas réunies en l'espèce.
4.4 Par conséquent en jugeant que l'omission par l'intimé de déclarer l'abandon de créance en tant que revenu n'apparaît pas fautive même par négligence viole le droit fédéral.
5. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt rendu le 16 mars 2010 est annulé et la décision du 5 octobre 2006 de l'Administration fiscale cantonale confirmée.
Succombant, le contribuable intimé doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF) et n'a pas droit à des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable.
2. L'arrêt rendu le 16 mars 2010 par le Tribunal administratif est annulé et la décision de l'Administration fiscale cantonale du 5 octobre 2006 confirmée.
3. Les frais de justice, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de X._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, en section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 7 octobre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey