Fatti:
A. Il 30 novembre 2005 X._ è stato posto in detenzione estradizionale sulla base di una domanda di estradizione formulata dal Tribunale d'appello di Timisoara (Romania). Egli è poi stato rilasciato il 6 dicembre successivo: un confronto delle sue impronte digitali con quelle della persona ricercata ha in effetti dimostrato la sua estraneità ai fatti oggetto del procedimento estero.
B. Il 23 gennaio 2007 l'arrestato ha presentato all'Ufficio federale di giustizia (UFG) un'istanza di indennità per ingiusta carcerazione tendente al versamento di fr. 7'000.-- per torto morale, fr. 9'139.50 per perdita di salario e fr. 4'476.80 per spese legali, oltre interessi. Con decisione dell'11 dicembre 2007, l'UFG l'ha parzialmente accolta, fissando l'indennità per torto morale a fr. 1'750.-- e a fr. 500.-- quella per le spese di patrocinio.
C. Adita dall'interessato, la II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale, statuendo il 17 aprile 2008, ne ha parzialmente accolto il ricorso, confermando l'indennità per il torto morale e aumentando a fr. 3'quella per le spese di patrocinio.
D. Avverso questa decisione X._ presenta un ricorso ai sensi dell'art. 85 LTF al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare l'incarto all'istanza precedente per trasmetterla all'UFG affinchè proceda, di comune accordo con il ricorrente, all'allestimento di una perizia medica.
E. Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza e se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 134 IV 36 consid. 1).
1.2 Il ricorrente ha presentato un ricorso ai sensi dell'art. 85 LTF, rilevando che la sua pretesa, relativa all'indennità per ingiusta carcerazione, è fondata sulla responsabilità causale dello Stato prevista dall'art. 15 della legge federale del 20 marzo 1981 sull'assistenza internazionale in materia penale (AIMP; RS 351.1). Il valore litigioso è inferiore a quanto richiesto dall'art. 85 cpv. 1 lett. a LTF, segnatamente fr. 30'000.--, ma secondo il ricorrente il gravame sarebbe nondimeno ammissibile, visto che si porrebbe una questione di diritto di importanza fondamentale (art. 85 cpv. 2 LTF). Ciò poiché nell'ambito dell'istruttoria avrebbe dovuto essere allestita una perizia medica per accertare l'esistenza di un nesso causale tra il danno patrimoniale da lui subito e la sua carcerazione, l'incidenza di altri fattori di natura medica sulla realizzazione del danno e, infine, l'esistenza, sotto il profilo medico, di una sua predisposizione a un'inabilità lavorativa, accertamenti minimi usualmente richiesti in una vertenza di responsabilità civile. Il ricorrente sostiene, in maniera del tutto generica, che le modalità di assunzione di queste prove e la procedura da seguire nel caso in esame non sarebbero ancora state chiarite né dalla giurisprudenza né dalla dottrina. Egli sostiene che la perizia allestita nell'ambito della procedura AI si concentrerebbe solo sulla sua inabilità lavorativa, "ma non si esprime circa l'incidenza di fattori sullo stato attuale dell'assicurato". Al riguardo egli neppure tenta tuttavia di dimostrare che la conclusione dell'istanza precedente fondata sulla citata perizia, secondo cui le sue precarie condizioni di salute sono da ricollegare alla sua infanzia e alla traumatica esperienza vissuta in un campo di concentramento in Bosnia e non alla detenzione estradizionale, sarebbe incostituzionale.
1.3 Nell'indicazione dei rimedi di diritto della decisione impugnata è stato precisato, accennando all'art. 84 LTF, che contro detto giudizio non era dato nessun rimedio giuridico ordinario. Secondo l'accennata norma, contro le decisioni emanate nel campo dell'assistenza internazionale in materia penale il ricorso è ammissibile soltanto se concerne un'estradizione, un sequestro, la consegna di oggetti o beni oppure la comunicazione di informazioni inerenti alla sfera segreta e si tratti di un caso particolarmente importante (cpv. 1). Si è segnatamente in presenza di un caso particolarmente importante, la cui presenza dev'essere ammessa in maniera restrittiva allo scopo di limitare l'accesso al Tribunale federale, laddove vi sono motivi per ritenere che sono stati violati elementari principi procedurali o che il procedimento all'estero presenta gravi lacune (cpv. 2: al riguardo v. DTF 133 IV 131 consid. 3; 134 IV 156 consid. 1.3.1-1.3.3). Il Tribunale federale giudica nella composizione di tre giudici circa la non entrata nel merito su ricorsi soggetti alle condizioni dell'art. 84 LTF (art. 109 cpv. 1 LTF; DTF 133 IV 125 consid. 1.2).
2. 2.1 Nel quadro dell'indennità per ingiusta carcerazione prevista dall'art. 15 AIMP sono applicabili per analogia, sotto il profilo sostanziale, la legge federale del 15 giugno 1934 sulla procedura penale (PP; RS 312.0) e la legge federale del 22 marzo 1974 sul diritto penale amministrativo (DPA; RS 313.0), segnatamente l'art. 122 PP e 99 DPA relativi all'indennità per ingiusta carcerazione: è per contro esclusa l'applicabilità della legge federale del 14 marzo 1958 sulla responsabilità della Confederazione (LResp; RS 170.32), ritenuto che, secondo l'art. 3 cpv. 2 LResp, quando la responsabilità per determinati fatti è disciplinata in atti legislativi speciali, questi sono applicabili alla responsabilità della Confederazione. Sotto il profilo procedurale si applica per analogia il DPA (DTF 113 IV 93 consid. 1, 101 consid. 2a; 117 IV 209 consid. 4b pag. 217 seg.; Laurent Moreillon (editore), Entraide internationale en matière pénale, Basilea 2004, n. 2 all'art. 15).
2.2 L'art. 15 AIMP concerne le detenzioni lecite, ma che risultano poi di fatto ingiustificate perché l'estradizione non viene concessa: per queste detenzioni vige il principio della responsabilità causale della Svizzera, indipendentemente dalla responsabilità dei suoi funzionari (DTF 118 IV 420 consid. 2b pag. 423; Robert Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 2a ed., Berna 2004, n. 263; Moreillon, op. cit., n. 4 all'art. 15; cfr. anche il messaggio del 29 marzo 1995 concernente la modifica dell'AIMP, FF 1995 III 17).
2.3 Per contro, nel quadro di un'indennità derivante da una carcerazione illegale, ossia per un danno causato illecitamente a terzi da un funzionario nell'esercizio delle sue funzioni, si applica l'art. 3 cpv. 1 LResp: queste pretese devono essere fatte valere, secondo l'art. 10 LResp, nell'ambito di un'azione (DTF 117 IV 209 consid. 4c pag. 218; Moreillon, op. cit., n. 10 all'art. 15; cfr. al riguardo sentenze 2A.212/2006 del 9 ottobre 2006 consid. 2 apparsa in Pra 2007 n. 54 pag. 360; 2A.253/2002 del 13 novembre 2002 consid. 2; Stefan Heimgartner, Auslieferungsrecht, tesi, Zurigo 2002, pag. 61, nota a piè di pagina n. 403). In questi casi l'art. 15 AIMP non è applicabile, per cui eventuali istanze di indennità devono essere fatte valere, semmai, in ultima istanza, con un ricorso ai sensi dell'art. 85 LTF.
3. 3.1 Come si è visto, la II Corte dei reclami penali ha implicitamente ritenuto, modificando l'indicazione usuale dei rimedi giuridici, che non era dato nessun rimedio ordinario. Il ricorrente, dissentendo da questa conclusione, ha nondimeno proposto un gravame fondato sull'art. 85 LTF, senza esprimersi del tutto sull'applicabilità dell'art. 84 LTF. Egli non ha d'altra parte osservato il termine ricorsuale di dieci giorni previsto dall'art. 100 cpv. 2 lett. b LTF per siffatti ricorsi, la cui ammissibilità nel caso in esame non parrebbe esclusa d'acchito.
3.2 In concreto non occorre comunque esaminare oltre il quesito di sapere quale sia il rimedio ammissibile e in particolare se il ricorrente doveva proporre tempestivamente, se del caso, un ricorso ai sensi dell'art. 84 LTF.
3.3 In effetti, il ricorso in esame non può comunque essere esaminato nel merito per carenza di motivazione. Come si è visto, il ricorrente non dimostra infatti del tutto, conformemente alle severe esigenze di motivazione poste dall'art. 42 cpv. 2 secondo periodo LTF, perché in concreto sarebbero adempiuti i presupposti dell'art. 84 LTF. D'altra parte egli, riferendosi all'art. 85 cpv. 2 LTF, si limita ad addurre in maniera del tutto generica, disattendendo anche in quest'ambito le citate esigenze di motivazione (DTF 134 V 138 consid. 1.3), che si sarebbe effettivamente in presenza di "una questione di diritto di importanza fondamentale". Del resto, il "caso particolarmente importante" quale presupposto per l'applicazione dell'art. 84 LTF è differente della citata questione di diritto di importanza fondamentale ai sensi dell'art. 85 LTF (Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz (BGG), Berna 2007, n. 8 all'art. 85; sul contenuto di questa nozione vedi DTF 134 I 184 consid. 1.2 e 1.3).
4. Ne segue che il ricorso dev'essere dichiarato inammissibile. Viste le particolarità della fattispecie e le precarie condizioni di salute del ricorrente, che non gli permettono più di lavorare, si può eccezionalmente rinunciare a prelevare spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 secondo periodo LTF).
Il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale e all'Ufficio federale di giustizia, Sezione estradizioni.