Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête pénale dirigée notamment contre C._, un certificat portant sur 65 actions de la société B._ a été saisi en mains de D._, société dirigée par C._. Ce dernier était soupçonné d'avoir falsifié une décision du conseil d'administration de B._ autorisant la cession des actions de E._ à A._, alors que 24 d'entre elles étaient gagées en faveur d'un tiers.
Le 1er juillet 2011, le Ministère public de la Confédération (MPC) a rejeté une demande de D._ et de C._ tendant à la restitution du certificat d'actions à A._, considérant notamment qu'il s'agissait d'un moyen de preuve et/ou qu'il devrait être restitué au lésé. Le 18 novembre 2011, le MPC a déclaré qu'il n'était "sur le principe pas opposé" à ce que le certificat d'actions soit scindé en deux certificats portant sur 24 et 41 titres, à condition que les 24 actions soient au nom de E._ (détenteur avant le transfert litigieux) et que les plaignants donnent leur accord. Le 7 août 2012, A._ a requis que les deux certificats nouvellement émis soient établis uniquement à son nom. Le MPC répondit, le 14 août 2012, que cela ne correspondait pas aux conditions fixées précédemment, de sorte que le séquestre était maintenu.
B. Par arrêt du 14 septembre 2012, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a rejeté le recours formé contre cette dernière décision par A._ (représentée par C._). Les soupçons de faux dans les titres étaient suffisants, s'agissant de la décision du conseil d'administration de B._; le certificat d'actions pouvait ainsi constituer le produit de l'infraction, susceptible de confiscation. Le MPC n'avait aucune obligation de lever, même partiellement le séquestre, ce d'autant moins que la recourante avait brusquement changé d'attitude à ce sujet.
C. Par acte du 22 septembre 2012, A._, représentée par D._, forme un recours assorti d'une demande l'effet suspensif. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et à ce que le MPC soit enjoint de diviser le certificat d'actions en deux certificats, dont l'un de 41 actions qui lui soit remis.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Le MPC conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Par ordonnance du 11 octobre 2012, la demande d'effet suspensif a été rejetée.
Le 6 novembre 2012, la recourante a produit des documents relatifs à une plainte pénale déposée par D._ contre les Procureurs fédéraux chargés de la cause.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contrainte.
1.1 La recourante a participé à la procédure devant la Cour des plaintes (art. 81 al. 1 let. a). Il se pose la question de savoir si elle dispose en outre d'un intérêt juridique (art. 81 al. 1 let. b LTF) à la restitution partielle des titres (après création de deux certificats portant sur 41, respectivement 24 actions), dès lors que ceux-ci ont été saisis en mains de D._ et que la validité de leur transfert est contestée dans la procédure pénale. La question peut demeurer indécise.
1.2 L'arrêt attaqué a un caractère incident, puisqu'il ne met pas fin à la procédure pénale. La question de savoir s'il cause à la recourante un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF peut elle aussi demeurer indécise, compte tenu des considérants qui suivent.
2. Pour l'essentiel, la recourante se prévaut de la décision du MPC acceptant de restituer 41 actions à la recourante, les 24 autres demeurant sous main de justice. Elle relève aussi que la société émettrice serait en voie de faillite, ce qui pourrait rendre ses titres sans valeur alors qu'il y a encore six mois, 41 actions auraient pu être vendues pour 4,1 millions d'USD. Cette dernière allégation de fait est toutefois nouvelle et, partant, irrecevable (art. 99 al. 1 LTF). Il en va de même des dernières pièces produites par la recourante, lesquelles sont au surplus sans pertinence pour statuer sur le bien-fondé du maintien du séquestre.
2.1 La recourante ne conteste pas que les conditions posées à l'art. 263 CPP pour la mise sous séquestre des titres litigieux sont bien réalisées. Il est en effet allégué que C._ aurait falsifié une décision du conseil d'administration de la société émettrice (dont il était membre), approuvant le transfert de 65 actions à la recourante alors que 24 d'entre elles étaient frappées d'un droit de gage. Directement liées à l'infraction, les valeurs saisies sont ainsi susceptibles d'être confisquées.
2.2 La recourante se prévaut de l'accord de principe du MPC à ce qu'une partie des actions lui soit remise. Elle méconnaît toutefois que cette restitution n'était pas inconditionnelle. En effet, dans sa décision du 18 novembre 2011, le MPC a exigé que la situation prévalant avant le transfert litigieux soit rétablie, et que dès lors le nouveau certificat portant sur 24 actions soit créé au nom de l'ancien détenteur E._; les sociétés concernées devaient également donner leur accord. Cette décision n'a pas été contestée et est dès lors entrée en force. La recourante n'en remet d'ailleurs pas en cause le bien-fondé. Les sociétés concernées - notamment la plaignante - ont donné leur accord le 12 juillet 2012. Or, dans sa lettre du 7 août 2012, la recourante a proposé la création de deux certificats d'actions à son propre nom, ce qui ne satisfait pas aux conditions posées. On ne voit pas dès lors en quoi le refus du MPC violerait le droit fédéral ou le principe de la proportionnalité.
3. Dans la mesure où il est suffisamment motivé, le recours doit donc être rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Cour des plaintes.
Lausanne, le 9 novembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz