Faits:
A. Le 25 août 2008, A._, ressortissant géorgien en détention préventive depuis le 23 janvier 2008, a été condamné par le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne à dix-huit mois de privation de liberté. Cette condamnation a été confirmée le 3 octobre 2008 par la Cour de cassation du Tribunal cantonal vaudois, dont les motifs ont été notifiés le 11 décembre 2008.
Le 8 décembre 2008, A._ a requis, auprès du Président de la Cour de cassation (le Président), la suspension de l'exécution de l'arrêt du 3 octobre 2008, jusqu'à droit connu sur le recours en matière pénale qu'il entendait former auprès du Tribunal fédéral. Le 10 décembre 2008, le Président a admis la demande de suspension, "jusqu'à ce que le condamné passe sous l'autorité de la juridiction fédérale". Par lettre du 12 décembre 2008, le Président précisa que sa décision précédente n'équivalait pas à une remise en liberté; elle visait uniquement à sauvegarder les droits de l'intéressé jusqu'à la saisine du Tribunal fédéral; la précédente décision de refus de mise en liberté, rendue le 24 octobre 2008 et confirmée le 4 novembre 2008 par le Tribunal fédéral (arrêt 1B_275/2008) restait en vigueur. Sur recours de A._, le Tribunal fédéral a, par arrêt du 17 décembre 2008 (1B_330/2008), renvoyé la cause au Président afin qu'il rende une nouvelle décision motivée.
Le 18 décembre 2008, la Cour de cassation a confirmé le refus du Juge d'application des peines d'accorder la libération conditionnelle après exécution des deux tiers de la peine, en raison du comportement du condamné et du pronostic défavorable.
B. Statuant à nouveau le 23 décembre 2008, le Président a rejeté la requête de mise en liberté, en raison du risque de récidive et de fuite.
Par arrêt du 19 janvier 2009, la Cour de cassation cantonale a confirmé cette décision. Le condamné ayant recouru au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Cour de cassation du 3 octobre 2008, le Président de la Cour de droit pénal avait, par ordonnance du 15 janvier 2009, statué sur la demande d'effet suspensif et de mise en liberté. Le recours avait effet suspensif de plein droit, de sorte que la requête formée par le recourant était sans objet; un retrait de l'effet suspensif - requis par le Ministère public - n'était envisageable qu'en cas d'exécution anticipée. Quant à la mise en liberté provisoire, elle n'avait pas de connexité suffisante avec l'objet du recours sur le fond; elle devait au demeurant être refusée compte tenu du risque de fuite. La Cour de cassation a estimé que la question de l'effet suspensif avait été traitée par le Tribunal fédéral, et qu'elle n'avait plus à l'être par l'autorité cantonale; le recours était sans objet sur ce point. Les conditions posées à la détention préventive, soit l'existence de charges suffisantes, le risque de fuite et, subsidiairement, le risque de récidive, restaient remplies.
C. Par un même acte daté du 27 février 2009, A._ forme un recours en matière pénale contre l'arrêt du 18 décembre 2008 (liberté conditionnelle, affaire 1B_163/2009 traitée par la Cour de droit pénal), ainsi que contre celui du 19 janvier 2009; s'agissant de ce dernier, il en demande la réforme en ce sens que le recourant est immédiatement mis en liberté provisoire, soit par le biais de l'effet suspensif, soit en annulation de la détention préventive. Il demande l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été demandé de réponse.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision relative au maintien en détention.
1.1 Le recourant a qualité pour agir au sens de l'art. 81 al. 1 let. a LTF; il a agi en temps utile (art. 100 al. 1 LTF).
1.2 Le recourant estime que l'admission de son recours contre le refus de libération conditionnelle pourrait rendre sans objet le recours concernant la détention. Il n'y a toutefois pas lieu de suspendre la présente cause: dans la mesure où le recourant conteste l'existence d'un titre de détention ainsi que les motifs de son maintien en détention préventive, il doit être statué dans les plus brefs délais sur la légalité de la privation de liberté (art. 31 al. 4 Cst.).
2. Le recourant estime que la situation juridique ne serait pas claire lorsque le condamné en détention préventive forme recours auprès du Tribunal fédéral. Selon l'art. 103 al. 2 let. b LTF, l'effet suspensif serait automatique, ce qui impliquerait la libération du recourant, sauf décision contraire du juge instructeur selon l'art. 103 al. 3 LTF. Dès la saisine du Tribunal fédéral, les autorités cantonales ne seraient plus compétentes. Le recourant soutient, contrairement à ce qui ressort de l'ordonnance d'effet suspensif rendue le 15 janvier 2009 par le Président de la Cour de droit pénal, que celui-ci était compétent pour statuer sur la détention provisoire.
2.1 Selon l'art. 434 al. 3 CPP/VD, lorsque l'arrêt de condamnation peut faire l'objet d'un "pourvoi à la Cour de cassation du Tribunal fédéral" (selon l'ancienne terminologie de la loi fédérale d'organisation judiciaire), le condamné demeure sous l'autorité du Président de la Cour de cassation cantonale jusqu'à ce qu'il passe sous celle de la juridiction fédérale, ou jusqu'à ce que l'arrêt cantonal soit devenu définitif faute de recours au Tribunal fédéral. Cette disposition a pour but d'éviter un conflit négatif de compétence lorsque le condamné saisit le Tribunal fédéral et qu'il y a lieu de rendre une décision sur sa détention. Selon l'art. 103 al. 2 let. b LTF, le recours en matière pénale a effet suspensif dans la mesure des conclusions formulées, s'il est dirigé contre une décision qui prononce une peine ferme ou une mesure privative de liberté.
2.2 Contrairement à ce que soutient le recourant, cette dernière disposition tend à éviter l'exécution immédiate du jugement de condamnation à l'égard d'un condamné jusqu'alors en liberté (Basler Kommentar zum BGG, 2008, p. 1013-1014). La suspension de l'exécution de l'arrêt de condamnation est toutefois sans incidence sur la question, distincte, de la détention préventive, de sorte que le dépôt d'un recours en matière pénale ne saurait avoir pour conséquence l'élargissement du condamné déjà détenu à titre préventif. Tel est le sens de l'ordonnance présidentielle du 15 janvier 2009, et la Cour cantonale a relevé, avec raison, que le mandat d'arrêt du 23 janvier 2008 continuait à déployer ses effets jusqu'à l'entrée en force d'un jugement sur le fond. La détention du recourant est donc toujours fondée sur les dispositions cantonales relatives à la détention préventive, et repose dès lors sur une base légale suffisante.
2.3 Le recourant conteste également en vain la compétence du Président selon l'art. 343 al. 4 CPP/VD. En effet, le Président de la Cour de droit pénal ayant refusé de statuer sur la détention préventive, le recourant ne se trouve pas, en ce qui concerne cette question, "sous l'autorité" de la juridiction fédérale. La compétence du Président sur ce point n'a donc pas pris fin en raison du dépôt du recours au Tribunal fédéral.
Les griefs relatifs à la base légale et à la compétence de l'autorité intimée doivent par conséquent être écartés.
3. Le recourant soutient que l'émolument mis à sa charge dans l'arrêt du 29 janvier 2009 serait excessif, par rapport notamment aux frais des précédentes décisions. Le recourant se plaint d'arbitraire, mais il ne précise pas quelle disposition du droit cantonal aurait ainsi été violée. Le montant de l'émolument (soit 1007 fr. 60, comprenant l'indemnité de 107 fr. 60 allouée au défenseur d'office) n'est d'ailleurs pas manifestement disproportionné, par rapport notamment aux frais fixés dans l'arrêt du 17 septembre 2008 (845 fr. 20); la différence paraît justifiée par le fait que l'arrêt attaqué traite de questions procédurales supplémentaires. Rien ne permet par conséquent d'affirmer, comme le fait le recourant, que la cour cantonale aurait voulu récupérer les dépens qui lui ont été alloués dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 23 décembre 2008.
4. Sur le fond et à titre subsidiaire, le recourant estime que la possibilité d'un sursis partiel devrait être prise en compte à ce stade, de même que la libération conditionnelle. Il invoque le principe de la proportionnalité et relève qu'il ne lui reste que trois mois de détention à exécuter. Il conteste les risques de fuite et de réitération retenus dans l'arrêt attaqué.
4.1 Le refus de prendre en compte la possibilité d'un sursis, dans l'examen de la détention préventive, est conforme à la jurisprudence (ATF 133 I 270 consid. 3.4.2 p. 282; 125 I 60 consid. 3d p. 64 et les arrêts cités); le fait que la question du sursis fasse l'objet du recours sur le fond n'y change rien. Quant à la libération conditionnelle, elle a fait l'objet d'une décision formelle séparée et n'a dès lors pas non plus à être examinée dans le présent cadre.
4.2 S'agissant du risque de fuite, le recourant est de nationalité étrangère et n'a aucune attache familiale ou professionnelle avec la Suisse. Sa demande d'asile a été rejetée, de sorte que plus rien ne saurait le dissuader de se soustraire, en cas de libération, à l'exécution du solde de peine, quelle qu'en soit la durée. Ces considérations, émises par la Cour de céans dans l'arrêt du 4 novembre 2008, conservent leur pertinence et conduisent au rejet du recours. La question du risque de récidive n'a ainsi pas à être examinée.
5. Le recours doit par conséquent être rejeté. La demande d'assistance judiciaire est admise; Me Gruber est désignée comme avocate d'office du recourant et une indemnité lui est allouée, à titre d'honoraires. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours dirigé contre l'arrêt du 29 janvier 2009 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise; Me Kathrin Gruber est désignée comme avocate d'office du recourant et une indemnité de 1000 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral; il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, au Procureur général et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 10 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz