Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête pénale ouverte contre les administrateurs de la société C._ (ci-après: la société, déclarée en faillite en 2009) notamment pour des délits dans la faillite, l'autorité d'instruction a ordonné, le 23 avril 2010, le séquestre d'un bien immobilier appartenant à A._. Cet immeuble avait été acheté à la société en janvier 2002 pour 2,1 millions de francs, alors qu'il valait entre 4 et 5,6 millions de francs. Le transfert avait donc pu léser la société, ou ses créanciers.
Le 7 juillet 2011, le Parquet régional de La Chaux-de-Fonds a autorisé la levée partielle du séquestre de l'immeuble, afin de permettre sa vente à la ville de La Chaux-de-Fonds pour un montant de 3,2 millions de francs. Le produit net de la vente, après déduction de la dette hypothécaire, des créances fiscales liées à la vente et d'une dette de 36'343 fr. de A._, devait en revanche demeurer séquestré.
A._ a recouru contre cette ordonnance en faisant valoir que la décision de séquestre du 23 avril 2010 ne lui avait pas été notifiée et que les conditions d'un séquestre n'étaient pas réunies, l'immeuble ayant été acquis à un prix justifié. L'opération avait favorisé la société.
B. Par arrêt du 25 août 2011, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le recours. Même si la première décision n'avait pas été régulièrement notifiée, la validité formelle de la seconde décision permettait de guérir ce vice. Compte tenu des diverses estimations figurant au dossier, l'immeuble avait été acquis à un prix largement sous-estimé, même si la banque créancière hypothécaire avait abandonné une partie de sa créance pour 1,2 millions de francs. L'immeuble avait été acheté par une société apparentée (administrations et actionnariats communs) qui avait ensuite loué les locaux à la venderesse. La vente à des conditions défavorables avait pu accentuer les difficultés financières que la société connaissait déjà en 2002. La libération de 36'343 fr., en faveur d'un créancier de A._ ayant requis la faillite de cette dernière, n'affectait pas la légalité du séquestre dans son principe.
C. Par acte du 21 septembre 2011, A._ forme un recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire par lesquels il demande l'annulation de l'arrêt cantonal et la levée du séquestre, subsidiairement le renvoi de la cause au Ministère public pour nouvelle décision.
La cour cantonale se réfère à son arrêt. Le Ministère public persiste dans sa décision. Les plaignants B._ et Caisse cantonale neuchâteloise d'assurance-chômage concluent au rejet du recours en matière pénale et à l'irrecevabilité du recours constitutionnel.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision de séquestre prise au cours de la procédure pénale, et confirmée en dernière instance cantonale (art. 80 LTF).
1.1 La décision par laquelle le juge ordonne ou maintient un séquestre pénal constitue une décision incidente (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, car le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 89 I 185 consid. 4 p. 187 et les références).
1.2 La société recourante, propriétaire d'un l'immeuble séquestré, a qualité au sens de l'art. 81 al. 1 LTF pour recourir contre le maintien du séquestre sur le prix de vente.
1.3 Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation et l'application des conditions posées par le droit fédéral pour les atteintes aux droits fondamentaux (art. 95 let. a LTF; cf. ATF 128 II 259 consid. 3.3 p. 269). La décision relative aux mesures de contrainte règle de manière définitive l'atteinte aux droits fondamentaux. Il ne s'agit dès lors pas d'une décision sur mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF. La limitation des griefs prévue par cette disposition, de même que le principe d'allégation au sens de l'art. 106 al. 2 LTF (qui va au-delà de l'obligation de motiver posée à l'art. 42 al. 2 LTF), ne s'appliquent donc pas. Cela vaut également pour le séquestre d'objets ou de valeurs patrimoniales (ATF 129 I 103 consid. 2 p. 105 ss). Dès lors que le sort des biens saisis n'est décidé définitivement qu'à l'issue de la procédure pénale, et dans la mesure où les conditions de l'art. 93 al. 1 LTF sont réunies pour statuer à propos d'une décision incidente, le Tribunal fédéral examine librement l'admissibilité de la mesure malgré son caractère provisoire compte tenu de la gravité de l'atteinte et afin d'assurer le respect des garanties de la CEDH (art. 36 et 190 Cst.; cf. ATF 131 I 333 consid. 4 p. 339; 425 consid. 6.1 p. 434 et les références). S'agissant en revanche de l'application de notions juridiques indéterminées, le Tribunal fédéral respecte la marge d'appréciation qui appartient aux autorités compétentes (cf. ATF 136 IV 97 consid. 4 p. 100 et les références).
1.4 La recevabilité du recours en matière pénale, y compris pour les griefs d'ordre constitutionnel (art. 95 let. a LTF), entraîne l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF).
2. La recourante conteste que les conditions d'une confiscation au sens de l'art. 70 al. 2 CP soient réunies. Elle estime avoir acheté l'immeuble, en janvier 2002, à sa valeur réelle. La société en aurait même retiré un avantage puisque la banque, créancière hypothécaire, avait abandonné une créance de 1,2 millions de francs. Aucun créancier n'avait été lésé et la société avait poursuivi ses activités longtemps après la vente. Il n'y aurait par ailleurs aucun indice de gestion fautive (l'opération n'avait causé aucun surendettement) ou de diminution de l'actif au préjudice des créanciers (la société était incapable de financer les travaux urgents sur l'immeuble et la banque avait exigé le remboursement de la dette hypothécaire). Sous l'angle de la proportionnalité, il n'y aurait pas de lien suffisant entre le préjudice des plaignants - qui ont notamment obtenu un ajournement de faillite en 2008 - et le produit d'une vente intervenue en 2002. La recourante se plaint enfin d'une constatation inexacte de certains faits.
2.1 Le séquestre pénal ordonné par une autorité d'instruction est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, le séquestre est fondé sur l'art. 263 CPP, disposition selon laquelle les objets et les valeurs patrimoniales appartenant au prévenu ou à des tiers peuvent être séquestrés notamment lorsqu'il est probable qu'ils devront être confisqués (let. d). Une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral (ATF 126 I 97 consid. 3d/aa p. 107 et les références citées). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
2.2 La valeur de l'immeuble au moment de sa vente en 2002 a fait l'objet de plusieurs évaluations. D'après l'expertise d'un architecte en 2001, elle serait de 5,6 millions de francs. Selon un document interne de la société, elle serait de 4 à 4,5 millions de francs. Rien ne permet de penser que ces évaluations (notamment la seconde, élaborée à des fins internes) aient été exagérées. L'estimation cadastrale de l'immeuble (2'853'000 fr.) dépasse elle aussi largement le prix de vente. Un abandon de créance a certes été consenti au moment de la vente par la banque en faveur de la société; toutefois, il était indépendant du prix convenu entre les parties, et ne paraissait pas lié à la vente elle-même. La modicité du prix de vente, le fait que les parties étaient apparentées (dans leur actionnariat et leur administration) et que la venderesse a ensuite loué les locaux à l'acheteuse, permettent de soupçonner un transfert de patrimoine à des conditions défavorables pour la société. Selon l'arrêt cantonal, cette dernière connaissait déjà des difficultés en 2002, qui ont abouti à une faillite prononcée en 2009. Ces éléments suffisent pour rendre vraisemblable la commission d'une infraction visée aux art. 164 ss CP et, par conséquent, une confiscation fondée sur l'art. 70 al. 2 CP.
La recourante tente de démontrer que la société n'était pas en état de surendettement (art. 165 CP) au moment de la vente et qu'il n'y avait pas volonté de causer un dommage aux créanciers de la société au sens de l'art. 164 CP. Il s'agit là de questions qui ne peuvent encore être tranchées à ce stade de l'enquête et que le juge du séquestre n'a dès lors pas à résoudre de manière définitive. Comme le relève la cour cantonale, le fait que l'immeuble a pu être revendu pour 3,3 millions de francs (ce qui correspondrait au prix d'achat, plus 1,2 million de francs de travaux) ne permet pas non plus de conclure que le prix payé en 2002 était justifié. En définitive, le séquestre de l'immeuble est fondé sur une vraisemblance suffisante et la saisie du produit de la vente l'est par conséquent également (cf. art. 266 al. 5 CPP).
2.3 Sous l'angle du principe de la proportionnalité il y a lieu de relever que la vente de l'immeuble a été autorisée conformément à la volonté de la recourante. Celle-ci ne prétend pas que, faute de pouvoir disposer du produit de la vente, elle se trouverait dans l'impossibilité de faire face à des dépenses obligatoires ou empêchée de poursuivre son activité, le Ministère public ayant d'ailleurs autorisé le paiement d'un créancier. La durée du séquestre n'apparaît pas non plus disproportionnée compte tenu de la nature de l'enquête et des investigations nécessaires.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable et le recours en matière pénale doit être rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante. Une indemnité de dépens est allouée aux intimées qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière pénale est rejeté.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée aux intimées, à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public de la République et canton de Neuchâtel, Parquet régional de la Chaux-de-Fonds, et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Autorité de recours en matière pénale.
Lausanne, le 23 novembre 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz