Erwägungen:
1. Die Einwohnergemeinde Y._ wies mit zwei Entscheiden vom 6. Oktober 2010 die Gesuche von X._ um Erlass der Staats- und Gemeindesteuern 2009 in der Höhe von Fr. 1'951.90 bzw. der direkten Bundessteuer 2009 in der Höhe von Fr. 42.35 ab. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel (Rekurs bzw. Beschwerde) wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern am 29. September 2011 ab. Die gegen diese Entscheide erhobenen Beschwerden wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil der Einzelrichterin vom 13. August 2012 ab; ebenso wies es das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab, unter Auferlegung von Gerichtskosten in Form einer reduzierten Pauschalgebühr von Fr. 500.--.
Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts ist X._ am 14. September 2012 mit als subsidiärer Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmender (vgl. Art. 83 lit. m BGG) Rechtsschrift an das Bundesgericht gelangt; er beantragt, die definitiven Veranlagungen der Kantons-, Gemeinde- und Bundessteuern 2009 seien "abzuweisen, nicht gerechtfertigt", und die Verwaltungsgerichtskosten von Fr. 500.-- seien abzuweisen. Am 26. September 2012 hat er der Auflage, das angefochtene Urteil nachzureichen, fristgerecht Folge geleistet. Weitere Instruktionsmassnahmen sind nicht angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 116 BGG kann mit der Verfassungsbeschwerde die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Das Bundesgericht prüft die Verletzung solcher Rechte nur insofern, als eine entsprechende Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer nennt kein verfassungsmässiges Recht, welches das Verwaltungsgericht im Hinblick auf den einzigen zulässigen Verfahrensgegenstand - Vorliegen der gesetzlichen bzw. tatsächlichen Voraussetzungen für den Erlass der Staats- und Gemeindesteuern bzw. der direkten Bundessteuer 2009 - verletzt haben könnte. Ohnehin stossen seine Ausführungen über die angeblich unzulässige Steuererhebung angesichts der Rechtskraft besagter Veranlagungen ins Leere. Was die Kostenauflage durch das Verwaltungsgericht betrifft, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf, inwiefern dieses bei der gegebenen Verfahrenskonstellation unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten die unentgeltliche Rechtspflege hätte bewilligen müssen oder bei der Festsetzung der reduzierten Pauschalgebühr in Willkür verfallen sei.
Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), sodass darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde nicht entsprochen werden (Art. 64 BGG). Damit sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer als unterliegende Partei aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller