Fatti:
A. Con sentenza del 17 luglio 2007 il giudice della Pretura penale del Cantone Ticino ha riconosciuto E._ autore colpevole di carente diligenza in operazioni finanziarie per avere, a Lugano, Melide e Minusio, nel periodo compreso tra il 12 ottobre 2000 e sino al 6 dicembre 2000, agendo a titolo professionale, nella sua qualità di fiduciario, accettato di amministrare, trasferire, prendere in custodia e collocare valori patrimoniali altrui senza accertarsi, con la diligenza richiesta dalle circostanze, dell'identità dell'avente economicamente diritto, in particolare per avere assunto l'amministrazione della società D._, titolare del conto xxx presso C._, senza avere personalmente e preventivamente accertato l'identità dell'avente economicamente diritto di tale relazione bancaria già prima del 6 dicembre 2000. Il giudice cantonale lo ha condannato al pagamento di una multa di fr. 1'000.--, fissando la pena detentiva in caso di mancato pagamento in 10 giorni.
B. Adita dal condannato, la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello (CCRP) ha respinto in quanto ammissibile il ricorso con giudizio del 31 gennaio 2008. Ha tuttavia confermato la condanna sulla base di motivi diversi da quelli stabiliti dal primo giudice, rilevando che l'interessato, prima di assumere il mandato, avrebbe dovuto conoscere a fondo la situazione della D._, segnatamente per quanto concerneva la titolarità dei beni da amministrare, considerata in particolare un'incongruenza fra gli aventi economicamente diritto dei fondi originariamente trasferiti sul conto societario. La Corte cantonale ha inoltre considerato che la pena inflitta teneva conto del lungo tempo trascorso ed implicitamente della buona condotta dell'interessato, ritenendo per finire l'ammontare della multa proporzionato alle sue responsabilità.
C. E._ impugna con un ricorso in materia penale al Tribunale federale questa sentenza, chiedendo in via principale di annullarla e di proscioglierlo dall'accusa di carente diligenza di operazioni finanziarie. In via subordinata, chiede di rinviare la causa alla Corte cantonale per un nuovo giudizio. Il ricorrente fa valere l'arbitrio nell'applicazione di disposizioni della procedura penale cantonale, l'accertamento arbitrario dei fatti, la violazione degli art. 305ter e 47 seg. CP, nonché di garanzie convenzionali.
Il Procuratore pubblico e la Corte cantonale non formulano osservazioni e si rimettono al giudizio del Tribunale federale.
Diritto:
1. Presentato dall'imputato, che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza e le cui conclusioni sono state disattese (art. 81 cpv. 1 lett. b), diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità di ultima istanza cantonale (art. 80 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia penale è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e di massima ammissibile.
2. 2.1 Il ricorrente lamenta l'applicazione arbitraria dell'art. 295 cpv. 1 seconda proposizione CPP/TI, secondo cui la CCRP è vincolata dagli accertamenti di fatto del giudice del merito. Sostiene di essere stato condannato per una fattispecie diversa da quella ritenuta in prima istanza. Rileva altresì che l'accertamento per il quale egli avrebbe dovuto scorgere incongruenze circa le modalità originarie di alimentazione del conto della D._ sarebbe arbitrario, siccome fondato unicamente sul decreto d'accusa del Procuratore pubblico, che il giudice della Pretura penale non ha tuttavia ritenuto dimostrato.
2.2 Il giudice di prime cure ha condannato il ricorrente per avere assunto a partire dal 12 ottobre 2000 e fino al 6 dicembre 2000 il mandato di amministratore della società D._, titolare del conto xxx presso C._, senza avere preventivamente accertato personalmente l'identità dell'avente diritto economico di tale relazione bancaria. La CCRP ha per contro rilevato che, in fondo, l'identità del presunto avente diritto economico (F._) era nota sin dall'inizio al ricorrente, anche se, come è risultato in seguito, non era lui il vero detentore dei fondi. La Corte cantonale ha nondimeno confermato la condanna, perché, con riferimento al periodo preso in considerazione, il ricorrente, contrariamente ai suoi obblighi, aveva assunto il mandato senza prima conoscere a fondo la situazione della società sia per quanto concerneva gli aspetti finanziari e amministrativi, sia, soprattutto, per quanto riguardava la titolarità dei beni da amministrare. In particolare, ha ritenuto che l'incongruenza tra l'avente economicamente diritto dei conti originari www e zzz presso C._ Lugano, intestati a G._, e quella relativa al conto xxx presso C._, intestato a D._, dove è confluito il denaro dei conti originari e il cui avente diritto economico risultava essere F._, non poteva non essere scorta dal ricorrente ed avrebbe dovuto allarmarlo, se non addirittura convincerlo, che non era F._ il vero avente diritto economico.
Ora, la CCRP ha dato sostanzialmente per scontato che il ricorrente conoscesse l'incongruenza o potesse quantomeno avvedersene. Non ha però spiegato sulla base di quali indizi ha tratto questa conclusione e si è scostata dagli accertamenti del giudice della Pretura penale, di principio vincolanti nell'ambito di un ricorso per cassazione (cfr. art. 288 lett. c e 295 cpv. 1 CPP/TI). In effetti, il primo giudice ha sì richiamato taluni indizi e segnatamente le dichiarazioni del precedente amministratore e di un altro fiduciario, che avevano riferito di avere informato il ricorrente della discrepanza tra gli aventi economicamente diritto dei conti www e zzz e quello del conto di D._. Ha però per finire negato sia l'esistenza di prove circa la conoscenza da parte del ricorrente dell'incongruenza sia l'esistenza di fatti tali da dovergli fare sorgere il dubbio che F._ non fosse il vero avente diritto economico. La diversa motivazione del giudizio di condanna addotta dalla CCRP non considera né si confronta con le circostanze accertate dal primo giudice e viola quindi il divieto dell'arbitrio (cfr. DTF 129 I 8 consid. 2.1).
3. 3.1 Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, segnatamente dell'art. 305ter CP, sostenendo ch'egli aveva comunque accertato colui che riteneva essere l'avente diritto economico dei fondi e che la norma penale non gli imponeva di conoscere in modo approfondito la situazione della società o di indagare sulla provenienza dei fondi. Dall'incongruenza relativa alle modalità del trasferimento dei fondi originari sul conto della società quand'egli non era ancora in funzione, non si potrebbe concludere che avrebbe intenzionalmente omesso di verificare se l'accertato avente diritto economico fosse quello vero.
3.2 L'art. 305ter cpv. 1 CP, nel tenore in vigore dal 1° gennaio 2007, prevede che chiunque, a titolo professionale, accetta, prende in custodia, aiuta a collocare o a trasferire valori patrimoniali altrui senza accertarsi, con la diligenza richiesta dalle circostanze, dell'identità dell'avente economicamente diritto, è punito con una pena detentiva sino a un anno o con una pena pecuniaria. Nel tenore previgente, la disposizione comminava la detenzione fino a un anno, l'arresto o la multa. La fattispecie dell'art. 305ter CP costituisce un reato di messa in pericolo astratto contro l'amministrazione della giustizia. Il comportamento vietato consiste nell'accettare nell'esercizio della propria professione nel campo finanziario, valori patrimoniali senza verificare l'identità dell'avente diritto economico, nonostante degli indizi lascino pensare ch'egli non corrisponda alla parte contrattuale. Al riguardo, la violazione dell'obbligo d'identificazione è sufficiente, non essendo rilevante che i valori patrimoniali siano pervenuti all'avente economicamente diritto mediante un reato. L'oggetto del dovere di diligenza previsto dalla norma è quindi l'identificazione dell'avente diritto economico (DTF 129 IV 329 consid. 2.5.3 pag. 335, 125 IV 139 consid. 3b). Sotto il profilo soggettivo, il reato presuppone l'intenzione, perlomeno nella forma del dolo eventuale. L'agente deve pertanto almeno prospettare ed accettare l'eventualità di non avere identificato correttamente l'avente economicamente diritto dei valori patrimoniali. L'intenzione può essere ammessa quand'egli non prenda le misure destinate a chiarire l'identità che un intermediario finanziario diligente avrebbe preso sulla base delle circostanze concrete (DTF 125 IV 139 consid. 4 pag. 147 in fine; cfr. inoltre Ursula Cassani, Commentaire du droit pénal suisse, vol. 9, Berna 1996, n. 24 all'art. 305ter; Marlène Kistler, La vigilance requise en matière d'opérations financières, tesi, Losanna 1994, pag. 221 seg.).
3.3 Certo, la discrepanza tra l'avente economicamente diritto del conto D._ e quelli dei conti che l'hanno originariamente alimentato avrebbe dovuto suscitare dubbi riguardo al vero avente diritto economico dei fondi. Come visto, la conoscenza di tale fatto da parte del ricorrente non è però stata accertata in sede cantonale, né dedotta da circostanze specifiche. La CCRP non ha d'altra parte rilevato ulteriori indizi sulla base dei quali si sarebbe comunque potuto concludere che il ricorrente avesse accettato la possibilità di non identificare correttamente in F._ il vero avente economicamente diritto dei fondi. La mancanza di accertamenti in questo senso non permette quindi, allo stadio attuale, di ritenere che il ricorrente abbia agito con intenzione.
4. 4.1 Ne segue che il ricorso deve essere accolto. Ciò non impone tuttavia di pronunciare in questa sede il proscioglimento del ricorrente, come da lui richiesto nella domanda principale. L'accoglimento del gravame potrebbe infatti comportare, impregiudicata la questione della prescrizione dell'azione penale, l'esecuzione di ulteriori accertamenti in sede cantonale, sicché si giustifica unicamente di annullare la sentenza impugnata e di rinviare gli atti alla CCRP per un nuovo giudizio, tenendo conto di quanto esposto nei precedenti considerandi (cfr. art. 107 cpv. 2 LTF).
4.2 Non si prelevano spese giudiziarie, mentre si giustifica di assegnare al ricorrente un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 66 cpv. 4 e 68 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto. La sentenza impugnata è annullata e la causa è rinviata alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino per una nuova decisione.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.