Erwägungen:
1. Mit Schreiben vom 13. Dezember 2007 orientierte die Oberzolldirektion (OZD) X._, sie beabsichtige eine Nachforderung betreffend die Leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (LSVA) in der Höhe von insgesamt Fr. 39'136.20 zu stellen. Sie führte dazu aus, eine Überprüfung bei zwei Sattelschleppern (ZH Y._ und ZH Z._) habe ergeben, dass diese - aufgrund absichtlich falsch vorgenommener Deklaration am Erfassungsgerät - zu tief veranlagt worden seien. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs stellte die OZD mit Verfügung vom 16. April 2008 fest, dass weder ihre Fragen beantwortet noch die verlangten Unterlagen eingereicht worden seien; die OZD hielt an der Forderung von Fr. 39'136.20 vollumfänglich fest. Das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, wies mit Urteil vom 31. August 2010 die dagegen erhobene Beschwerde ab.
2. Mit Eingabe vom 30. September 2010 führt X._ "Einsprache" (recte: Beschwerde) beim Bundesgericht und beantragt, "eine Reduktion der Nachbelastung der LSVA auf die Hälfte". Er macht geltend, die Nachforderung würde für ihn eine schwere Härte bedeuten. Die OZD habe die Fahrten mit dem höchsten Gesamtzugsgewicht registriert; bei einer Abrechnung nach dem tatsächlichen Gewicht würde die Belastung um mindestens die Hälfte niedriger ausfallen.
Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet und kann im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG mit summarischer Begründung abgewiesen werden.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bestreitet die Feststellungen des Sachverhalts im vorinstanzlichen Entscheid grundsätzlich nicht: Er ist für die Sattelschlepper ZH Y._ und ZH Z._ und die damit gezogenen Anhänger in Bezug auf die LSVA sowohl deklarationspflichtig als auch abgabepflichtig. Er stellt auch nicht in Frage, dass er seiner Deklarationspflicht nicht nachgekommen ist und die OZD aus diesem Grund eine Ermessenstaxation vorgenommen hat (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.1). Sinngemäss macht der Beschwerdeführer geltend, die OZD habe ihr Ermessen überschritten.
3.2 Soweit der Beschwerdeführer für die Erhebung der LSVA auf das effektive Gewicht abstellen möchte, verkennt er zunächst, dass sich die Abgabe gemäss Art. 6 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 1997 über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (Schwerverkehrsabgabegesetz, SVAG; SR 641.81) nach dem höchstzulässigen Gesamtgewicht des Fahrzeuges und den gefahrenen Kilometern bemisst (Abs. 1). Bei Fahrzeugkombinationen kann das höchstzulässige Gesamtzugsgewicht des Zugfahrzeuges als Bemessungsgrundlage der Abgabe herangezogen werden (Abs. 2). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kommt es für die Bemessung der LSVA somit nicht darauf an, ob dieser Leerfahrten oder Fahrten mit geringer Auslastung vorgenommen hat.
3.3 Die sonstigen Vorbringen des Beschwerdeführers genügen den Begründungsanforderungen offensichtlich nicht: Nach Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift Begehren und Begründung zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich ein Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweis).
Der Beschwerdeführer führt hier lediglich aus, er verlange eine "realistische Einschätzung"; man könne auch "eine landesweite Statistik beiziehen über die Auslastung von LKW's". Im Übrigen könne er nicht mehr jede einzelne Fahrt rekonstruieren. Es sei nicht auszuschliessen, dass einzelne Fehlbuchungen vorgekommen seien, aber sicher nicht im von der OZD aufgelisteten Ausmass. Das ganze System sei "sehr kompliziert und sehr ungenau". Aus diesen Ausführungen - welche zudem zu einem wesentlichen Teil mit den vor der Vorinstanz vorgebrachten wörtlich übereinstimmen - lässt sich nicht entnehmen, inwiefern der angefochtene Entscheid rechtsverletzend sein könnte, weshalb nicht näher darauf einzugehen ist.
4. Zu prüfen bleibt noch, ob die Eingabe des Beschwerdeführers allenfalls als Erlassgesuch betrachtet werden könnte. Gemäss Art. 17 SVAG kann die für die Veranlagung zuständige Behörde der abgabepflichtigen Person, für die infolge einer Notlage die Bezahlung der Steuer oder eines Zinses eine grosse Härte bedeuten würde, die geschuldeten Beträge ganz oder teilweise erlassen. Das Erlassgesuch ist schriftlich begründet bei der OZD einzureichen; es können nur rechtskräftig festgesetzte Abgabenbeträge erlassen werden (Art. 52 Abs. 2 lit. b und Abs. 3 der Verordnung über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe [SVAV; SR 641.811]). Über einen Erlass kann deshalb nicht im vorliegenden Verfahren entschieden werden.
5. Die im Sinne von Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG offensichtlich unbegründete Beschwerde ist demzufolge im vereinfachten Verfahren abzuweisen. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG). Parteientschädigung ist keine auszurichten (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Oberzolldirektion und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Winiger