Sachverhalt:
A. X._ wurde ab April 2004 am UniversitätsSpital Zürich (USZ) als Oberarzt beschäftigt. Mit Verfügung vom 23. Oktober 2007 entliess das USZ X._ per 30. April 2008. Am 14. Dezember 2007 stellte es ihn frei.
B. X._ rekurrierte am 8. November 2007 bzw. 4. Januar 2008 gegen die Kündigung und gegen die Freistellung.
Am 22. Januar 2008 lehnte der Spitalrat des USZ es ab, die Weiterbeschäftigung von X._ superprovisorisch anzuordnen. Eine dagegen gerichtete Beschwerde von X._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 29. Februar 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Am 30. November 2007 erhob X._ zusätzlich Aufsichtsbeschwerde mit dem Antrag, zur Abklärung der von ihm erhobenen Mobbing-Vorwürfe sei eine Administrativuntersuchung durchzuführen. Mit Zwischenverfügung vom 21. Februar 2008 sistierte der Spitalrat das Aufsichtsbeschwerde-Verfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung des Rekurses.
Dagegen erhob X._ Rechtsverzögerungsbeschwerde an das Verwaltungsgericht und an den Regierungsrat des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht trat mit Beschluss vom 26. März 2008 auf die Beschwerde nicht ein; der Regierungsrat gab der Beschwerde mit Beschluss vom 22. Oktober 2008 keine Folge.
D. Der Spitalrat vereinigte beide Rekursverfahren und verfügte am 13. Juni 2008, dass im Rahmen der Sachverhaltsermittlungen Befragungen von Beteiligten und Auskunftspersonen unter Ausschluss der Parteiöffentlichkeit durchzuführen seien. Über die Befragungen würden Protokolle erstellt, die den Parteien zur Stellungnahme unterbreitet würden.
Dagegen erhob X._ am 8./9. Juli 2008 Beschwerde ans Verwaltungsgericht und beantragte, der Spitalrat sei anzuweisen, bei der Befragung von Beteiligten und Auskunftspersonen die Parteiöffentlichkeit zu gewährleisten und den Parteien Gelegenheit zu geben, Ergänzungsfragen zu stellen. Am 3. September 2008 trat das Verwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein.
E. Dagegen hat X._ am 10. Oktober 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Spitalrat sei anzuweisen, bei der Befragung von Beteiligten und Auskunftspersonen im Rahmen der Sachverhaltsermittlungen in den vereinigten Rekursverfahren 2007/10 und 2008/1 die Parteiöffentlichkeit zu gewährleisten und den Parteien Gelegenheit zu geben, Ergänzungsfragen zu stellen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
F. Der Spitalrat schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Spitaldirektion beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
G. Mit Verfügung vom 5. November 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid ist ein Nichteintretensentscheid. Grundsätzlich schliessen Nichteintretensentscheide das Verfahren ab und werden deshalb als Endentscheid qualifiziert. Betrifft die Beschwerde jedoch eine Zwischenverfügung, beendet der Nichteintretensentscheid lediglich den Streit um die Zwischenverfügung und nicht das Hauptverfahren; ein solcher Entscheid ist daher seinerseits ein Zwischenentscheid (Urteil 9C_740/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 1 mit Hinweisen).
2. Die streitige Zwischenverfügung erging im Rahmen eines Rekursverfahrens, das die Kündigung eines öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisses und damit verbundene Entschädigungsforderungen betrifft. Es handelt sich somit um eine vermögensrechtliche Streitigkeit, weshalb der Ausschlussgrund nach Art. 83 lit. g BGG nicht vorliegt. Auch das Streitwerterfordernis von 15'000 Franken ist erfüllt (Art. 85 Abs. 1 lit. b i.V.m Art. 51 Abs. 1 lit. a und c BGG). Ist somit in der Hauptsache die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegeben, steht diese grundsätzlich auch gegen Zwischenentscheide offen, sofern die besonderen Voraussetzungen gemäss Art. 92 f. BGG erfüllt sind.
3. Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde gemäss Art. 92 Abs. 1 BGG zulässig. Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde nach Art. 93 Abs. 1 BGG nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
3.1 Ein Endentscheid kann im vorliegenden Verfahren offensichtlich nicht herbeigeführt werden. Im Folgenden ist daher zu prüfen, ob der angefochtene Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte.
3.2 Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, mit dem Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts werde ihm ein effektiver Rechtsschutz verweigert, weil er sein Recht auf Teilnahme und Mitwirkung an den Befragungen in den vereinigten Rekursverfahren nicht zeitgerecht, d.h. noch im laufenden Rekursverfahren selbst, durchsetzen und wahrnehmen könne. Der Grundsatz der Waffengleichheit verlange, dass er noch im laufenden Verfahren und nicht erst in einem Rechtsmittelverfahren gegen den späteren Rekursentscheid wirkungsvoll geschützt werde. Die Parteiöffentlichkeit diene dazu, Mängel in der Befragung unmittelbar aufzuzeigen und diese durch geeignete Ergänzungsfragen aufzudecken. Sie könne daher nicht durch andere Mittel des rechtlichen Gehörs (wie z.B. nachträgliche schriftliche Stellungnahmen) ersetzt oder in einem späteren Rechtsmittelverfahren gegen den Endentscheid geheilt werden. Die vom Spitalrat begangenen Rechtsverletzungen würden deshalb durch den Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts quasi perpetuiert.
Das Verwaltungsgericht hat dargelegt, dass der Beschwerdeführer die Möglichkeit hat, die Verletzung des Grundsatzes der Parteiöffentlichkeit und der weiteren von ihm angerufenen Verfahrensrechte mit Beschwerde gegen den Rekurs-Endentscheid zu rügen; dies wird auch vom Beschwerdeführer nicht bestritten. Insofern werden allfällige Grundrechtsverletzungen nicht "perpetuiert", sondern ihre Prüfung lediglich auf ein späteres Verfahrensstadium verschoben.
Die Verletzung von Verfahrensrechten führt regelmässig zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids und zur Rückweisung der Sache an die Vorinstanz, insbesondere wenn diese - wie der Spitalrat - über eine umfassendere Kognition verfügt als das Verwaltungsgericht. Im Falle der Rückweisung würde der Beschwerdeführer Gelegenheit erhalten, seine Verfahrensrechte im Rekursverfahren wahrzunehmen. Ob und unter welchen Voraussetzungen eine Heilung im verwaltungsgerichtlichen Verfahren möglich wäre, braucht zum jetzigen Zeitpunkt nicht geprüft zu werden; entscheidend ist, dass auch in diesem Fall ein effektiver Rechtsschutz gewährleistet werden müsste.
3.3 Der Beschwerdeführer ist allerdings der Auffassung, auch bei einer parteiöffentlichen Wiederholung der Befragungen drohe ihm ein Nachteil, weil Auskunftspersonen bei einer zweiten Einvernahme durch ihre Aussagen in der ersten Einvernahme beeinflusst werden könnten. Zudem bestehe die Gefahr, dass der Spitalrat durch die in den Akten verbleibenden Protokolle der ersten (widerrechtlich unter Ausschluss der Parteiöffentlichkeit durchgeführten) Befragungen beeinflusst werden könnte.
Das Verwaltungsgericht hielt diese Bedenken für unbegründet, weil es keinen Unterschied mache, ob eine Auskunftsperson zunächst unter Ausschluss der Parteiöffentlichkeit aussage und anschliessend nochmals in einer parteiöffentlichen Verhandlung befragt werde, oder ob sie in einer parteiöffentlichen Vernehmung zunächst auf Fragen der Behörden antworten müsse und den Parteien anschliessend gestattet werde, mit Ergänzungsfragen nachzuhaken. Auch für die Beweiswürdigung mache es keinen Unterschied, ob allenfalls widersprüchliche Aussagen einer Person in einem Protokoll oder in mehreren stünden.
Mit diesen Erwägungen des Verwaltungsgerichts setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander und legt nicht dar, weshalb sie unzutreffend seien. Dies ist auch nicht ersichtlich. Grundsätzlich ist der zuständigen Behörde zuzutrauen, Widersprüche zwischen der ersten (nicht parteiöffentlichen) und einer allfälligen zweiten (parteiöffentlichen) Einvernahme sachgerecht zu würdigen.
4. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 BGG). Die Spitaldirektion als mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Organisation hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem UniversitätsSpital und dem Spitalrat des UniversitätsSpitals Zürich sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber