Faits:
A. X._ (ci-après: l'intéressé) est inscrit au tableau des mandataires professionnellement qualifiés du canton de Genève en qualité d'architecte indépendant depuis 1987. Durant l'année 1999, il a fait l'objet d'une procédure disciplinaire menée par la Chambre des architectes et ingénieurs (ci-après: la Chambre) ayant abouti le 30 août 1999 à sa radiation provisoire du tableau précité pour une durée de six mois et au prononcé d'une amende de 5'000 fr. Cette radiation a déployé ses effets du 8 novembre 2000 au 9 mai 2001.
B. Par courrier du 14 octobre 2008, la Chambre a informé le recourant de l'ouverture d'une procédure disciplinaire à son encontre suite à la dénonciation du Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le Département des constructions). A l'origine de l'ouverture de la procédure disciplinaire se trouvait également un arrêt rendu le 11 décembre 2007 par le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) relatif à l'immeuble situé rue***, à Genève, que cette Instance avait communiqué directement à la Chambre. Cet arrêt avait confirmé une amende de 10'000 fr. infligée à l'intéressé parce qu'il n'avait pas obtempéré à un ordre d'arrêt de chantier du 12 juin 2007 concernant des travaux effectués dans l'appartement n° 12 de l'immeuble précité. Faute de recours, l'arrêt était devenu définitif et exécutoire. En outre, l'attention de la Chambre avait été attirée sur trois dossiers susceptibles de constituer des infractions au sens des art. 6 et 7 de la loi genevoise sur l'exercice des professions d'architectes et d'ingénieurs du 17 décembre 1982 (LPAI; L 5 40), ainsi que sur plusieurs amendes dont l'une avait été prononcée par le Département des constructions le 2 août 2007 pour non-respect d'une décision d'arrêt de chantier du 21 octobre 2004 confirmée mais réduite à 5'000 fr. par le Tribunal administratif et relative à une villa sise route***.
C. Par décision du 3 mars 2009, la Chambre a prononcé la radiation provisoire de X._ du tableau des mandataires professionnellement qualifiés pour une durée de deux ans. Elle lui a également infligé une amende de 5'000 fr. en application de l'art. 13 al. 1 let. b et c LPAI. Le 3 avril 2009, l'intéressé a interjeté recours auprès du Tribunal administratif en concluant à l'annulation de la décision du 3 mars 2009.
D. Par arrêt du 16 février 2010, Le Tribunal administratif a partiellement admis le recours et réduit à un an la durée de la radiation provisoire de l'intéressé du tableau des mandataires professionnellement qualifiés. Les motifs ayant conduit le Tribunal administratif à réduire la mesure disciplinaire n'ont pas trait au non-respect des deux ordres d'interruption des travaux mentionnés ci-dessus mais à des questions de fixation de loyers, qui ne font pas l'objet de la présente procédure.
E. Agissant par la voie du recours de droit public le 29 mars 2010, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 février 2010 par le Tribunal administratif dans la mesure où il confirme une sanction disciplinaire à son encontre. En substance, il estime que la mesure disciplinaire dont il fait l'objet ne dispose pas de la base légale suffisante (art. 5 al. 1 Cst.), est, de ce fait, arbitraire (art. 9 Cst.) et porte une atteinte illicite à sa liberté économique (art. 27 et 36 Cst.). Il requiert également l'octroi de l'effet suspensif à son recours.
Par ordonnance du 11 mai 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par l'intéressé.
Appelé à se déterminer sur le recours, le Tribunal administratif a déclaré se rapporter à son arrêt.
Considérant en droit:
1. 1.1 Quand bien même on pourrait attendre de la part d'un mandataire professionnel une juste désignation de la voie de droit ouverte en l'espèce, dès lors que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur depuis plusieurs années, l'intitulé erroné du recours ("de droit public") ne saurait nuire au recourant dans la mesure où son écriture respecte les conditions de recevabilité du recours en matière de droit public.
1.2 Interjeté par une partie directement touchée par la décision attaquée (cf. art. 89 al. 1 lettres a et b LTF), le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF). Il est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai et la forme prévus par la loi (cf. art. 42 et 100 al. 1 LTF) et qu'aucune des exceptions mentionnées par l'art. 83 LTF n'est réalisée.
1.3 En vertu de l'art. 106 al. 2 LTF toutefois, les griefs relatifs à la violation des droits constitutionnels doivent être invoqués et motivés de façon détaillée, sous peine d'irrecevabilité (ATF 134 I 313, consid. 2 p. 315).
2. 2.1 Le recourant fait valoir deux griefs qui, dans leur formulation, se recoupent assez largement. Il se prévaut d'abord de la violation du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst.) en relation avec la prohibition de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Il estime en effet que la mesure dont il fait l'objet ne reposerait pas sur une base légale suffisamment claire et que celle retenue par le Tribunal administratif ne saurait sanctionner le comportement d'un architecte dans ses relations avec les autorités, mais uniquement les manquements constatés dans celles entre l'architecte et son mandant. Il se plaint ensuite de la violation de la liberté économique (art. 27 Cst.), restreinte selon lui de manière incompatible avec l'art. 36 Cst. A cet égard, il soutient que la restriction grave à sa liberté économique devrait reposer sur une norme prévoyant explicitement les comportements donnant lieu à une radiation, ce que le Tribunal administratif aurait méconnu.
2.2 Le principe de la légalité figurant à l'art. 5 al. 1 Cst. n'est pas un droit fondamental, mais simplement un principe constitutionnel. Comme le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit fédéral en général (art. 95 let. a LTF), il est possible d'invoquer le principe de la légalité, comme d'ailleurs celui de la proportionnalité, directement et indépendamment d'un droit fondamental (ATF 134 I 153 consid. 4.1 p. 156 s. et les références; arrêts 2C_81/2008 du 21 novembre 2008, consid. 5.1; 2C_444/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2).
Dans la mesure où le recourant fait valoir le défaut de base légale en relation avec la prohibition de l'arbitraire, ce grief n'a pas de portée propre au regard de l'analyse plus large à laquelle le Tribunal fédéral doit procéder en relation avec les art. 27 et 36 Cst.
3. Le recourant considère que la radiation prononcée à son encontre pour une durée d'un an par le Tribunal administratif viole sa liberté économique.
3.1 Selon l'art. 27 al. 1 Cst., la liberté économique est garantie. Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (art. 27 al. 2 Cst.). Cette liberté protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (ATF 128 I 19 consid. 4c/aa p. 29), comme la profession d'architecte en l'espèce.
3.2 Conformément à l'art. 36 al. 1 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale; les restrictions graves doivent être prévues par une loi; les cas de danger sérieux, direct et imminent sont réservés. Toute restriction d'un droit fondamental doit être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (art. 36 al. 2 Cst.) et proportionnée au but visé (art. 36 al. 3 Cst.).
3.2.1 Sont autorisées les mesures de police, les mesures de politique sociale ainsi que les mesures dictées par la réalisation d'autres intérêts publics (ATF 125 I 322 consid. 3a p. 326). Se justifient notamment par un intérêt public les mesures qui tendent à sauvegarder la tranquillité, la sécurité, la santé et la moralité publiques, de même que celles qui visent à prévenir les atteintes à la bonne foi en affaires par des procédés déloyaux et propres à tromper le public (ATF 119 Ia 41 consid. 4a p. 43 et la jurisprudence citée; cf. arrêt 2P.32/1990 du 28 juin 1991 consid. 3, s'agissant des architectes). Sont en revanche prohibées les mesures de politique économique ou de protection d'une profession qui entravent la libre concurrence en vue de favoriser certaines branches professionnelles ou certaines formes d'exploitation (ATF 125 I 209 consid. 10a p. 221, 322 consid. 3a p. 326 et la jurisprudence citée).
3.2.2 Les cantons peuvent donc faire dépendre l'autorisation de pratiquer une profession libérale (par exemple médecin, pharmacien, avocat,...) de conditions personnelles, notamment de capacité, d'honorabilité, de loyauté ("Vertrauenswürdigkeit") et de bonne réputation, lorsque le danger que comporte une activité pour le public peut dans une large mesure être diminué en restreignant l'exercice de celle-ci aux seuls professionnels particulièrement qualifiés (ATF 119 Ia 374 consid. 2b p. 376; 116 Ia 355 consid. 3a p. 356 s.; 112 Ia 33 consid. 4b p. 325 et les références citées). Les cantons qui réglementent l'accès à la profession d'architecte ou d'ingénieur le font par voie directe ou indirecte, respectivement par les deux voies. Ils le font de manière directe lorsqu'ils exigent une inscription dans un registre cantonal ou une autorisation spécifique de pratiquer (p. ex. Fribourg, Genève, Neuchâtel ou Tessin). Ils le font de manière indirecte lorsqu'ils permettent à leurs autorités de subordonner la participation à une procédure sélective de marchés publics à une inscription sur une liste permanente (Fribourg, Jura, Neuchâtel, Vaud, Valais ou Berne) ou quand, sans exiger d'inscription ou d'autorisation spécifiques, certaines prestations définies sont assujetties par la police des constructions à la participation d'un architecte ou ingénieur spécialement qualifié au regard de la législation cantonale. Les exigences légales formulées par les différents cantons en ce domaine sont fort disparates et les prestations réservées aux mandataires reconnues vont d'un régime minimaliste - comme c'est le cas en Valais - à un régime très réglementé - comme c'est le cas à Genève. En Suisse allemande, la profession d'architecte et d'ingénieur n'est en règle générale même pas réglementée (cf. JEAN-BAPTISTE ZUFFEREY/ISABELLE ROMY, La construction et son environnement en droit public, 2010, p. 53 ss et 56).
3.3 Lorsque l'atteinte est grave, le Tribunal fédéral examine librement si elle repose sur une base légale formelle. De même, il examine librement si une mesure répond à un intérêt public suffisant (ATF 130 I 65 consid. 3.3 p. 68 et les références citées) et satisfait au principe de la proportionnalité (ATF 134 I 153 consid. 4.2.1 et 4.2.2 p. 157 s.).
3.4 En tant qu'elle prononce la radiation provisoire du tableau des mandataires professionnellement qualifiés pour une durée d'un an, la sanction prononcée constitue une atteinte grave à la liberté économique garantie par l'art. 27 Cst. Par conséquent, l'art. 36 Cst. exige qu'elle repose sur une base légale formelle, qu'elle soit justifiée par un intérêt public, ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui, et proportionnée au but visé.
4. Le canton de Genève a adopté la loi du 17 décembre 1982 sur l'exercice des professions d'architecte et d'ingénieur (LPAI; RSGE L 5 40). L'art. 1 LPAI prévoit que l'exercice indépendant de la profession d'architecte ou d'ingénieur civil ou de professions apparentées sur le territoire du canton est restreint, pour les travaux dont l'exécution est soumise à autorisation en vertu de la loi sur les constructions et les installations diverses, du 14 avril 1988, aux mandataires professionnellement qualifiés (ci-après : mandataires) reconnus par l'Etat. D'après l'art. 2 LPAI, il est dressé un tableau des mandataires qui est tenu à jour et rendu public. L'art. 5 LPAI prévoit que la radiation a lieu lorsque les conditions d'inscription ne sont plus réalisées, en cas de manquements graves ou réitérés aux devoirs de la profession ou pour d'autres motifs majeurs et qu'elle est décidée par le Conseil d'Etat, sur préavis de la Chambre des architectes et des ingénieurs, sous réserve notamment des dispositions de l'art. 13, alinéa 1, let. c, LPAI qui réserve la compétence de prononcer une radiation provisoire de deux ans maximum à la Chambre.
L'art. 6 LPAI dispose que le mandataire est tenu de faire définir clairement son mandat et de s'acquitter avec soin et diligence des tâches que lui confie son mandant dont il sert au mieux les intérêts légitimes tout en s'attachant à développer, dans l'intérêt général, des réalisations de bonne qualité au titre de la sécurité, de la salubrité, de l'esthétique et de l'environnement.
D'après l'art. 11 al. 1 LPAI, la Chambre a pour mission de conseiller l'autorité compétente, de veiller au respect des devoirs professionnels et de réprimer les infractions à la loi genevoise sur l'exercice des professions d'architectes et d'ingénieurs. Parmi ses attributions principales figurent le devoir de sanctionner les violations de dite loi, les manquements aux usages professionnels et les actes de concurrence déloyale (art. 11 al. 2 let. b LPAI).
5. Le recourant ne nie pas que la sanction infligée est expressément prévue par la loi à l'art. 13 al. 1 let. c LPAI. Il conteste par contre le fait que l'art. 13 al. 1 let. c LPAI soit suffisamment précis. Selon lui, la liste des comportements réprimés devrait être expressément établie par la loi.
5.1 Le principe de la légalité trouve en droit disciplinaire une application différenciée (cf. URSULA MARTI/ROSWITHA PETRY, La jurisprudence en matière disciplinaire rendue par les juridictions administratives genevoises, in RDAF 2007 I 226, 235). Il s'applique en effet strictement aux sanctions en ce sens que l'autorité ne peut pas infliger une sanction qui n'est pas prévue par la loi. En revanche, en ce qui concerne la définition des manquements susceptibles d'entraîner des sanctions, les clauses générales satisfont à l'exigence de légalité (arrêt 2A_191/2003 du 22 janvier 2004, consid. 7.2; DOMINIQUE FAVRE, Les principes pénaux en droit disciplinaire, in Mélanges Robert Patry, Lausanne 1988, p. 331-332). La mesure disciplinaire n'a pas en premier lieu pour but d'infliger une peine, mais de maintenir l'ordre à l'intérieur du groupe de personnes auquel il s'applique et, s'agissant des professions libérales, d'assurer l'exercice correct de la profession et de préserver la confiance du public à l'égard des personnes qui l'exercent (arrêt 2A_448/2003 du 3 août 2004, consid. 1; ATF 108 Ia 230 consid. 2b p. 232, 316 consid. 5b p. 321; GABRIEL BOINAY, Le droit disciplinaire dans la fonction publique et dans les professions libérales, particulièrement en Suisse romande, Revue jurassienne de jurisprudence 1998 p. 1 ss, 10).
L'art. 12 let. a de la loi fédérale sur la libre circulation des avocats (Loi sur les avocats, LLCA; RS 935.61) contient par exemple une base légale suffisante selon la jurisprudence en prévoyant une clause générale selon laquelle l'avocat exerce sa profession avec soin et diligence (arrêt 2A_448/2003 du 3 août 2004, consid. 3, avec références). De même, dans le domaine du droit disciplinaire de l'architecte, le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de dire que, pour savoir ce qui était usuel en matière de publicité autorisée aux architectes, il était possible de se référer aux usages de la profession, en particulier à ceux codifiés par la norme SIA 154 (arrêt 2P.32/1990 du 28 juin 1991 consid. 3b pour la loi genevoise sur les professions d'architecte et d'ingénieur; ATF 104 Ia 473 pour la loi vaudoise sur la profession d'architecte). Indirectement, la Haute cour a ainsi reconnu que le droit disciplinaire n'a pas à prévoir expressément toutes les situations susceptibles de fonder une sanction disciplinaire, ce qui se révèlerait d'ailleurs impossible (voir aussi GABRIEL BOINAY, op. cit., p. 18 in initio). Tout agissement, manquement ou omission, dès lors qu'il est incompatible avec le comportement que l'on est en droit d'attendre de celui qui occupe une fonction ou qui exerce une activité soumise au droit disciplinaire, peut provoquer une sanction (GABRIEL BOINAY, op. cit., p. 28). Dans les professions libérales, les règles de comportement applicables ne sont souvent pas écrites et dépendent d'usages locaux ou professionnels. Ceci a pour conséquence que les membres de ces professions sont tenus d'observer une quantité de règles professionnelles qui ne sont pas expressément prévues par une loi (GABRIEL BOINAY, op. cit., p. 30).
5.2 En l'espèce, le canton de Genève a prévu à l'art. 11 al. 2 let. b LPAI, de manière très claire, qu'une des principales missions de la Chambre est de sanctionner les violations de la loi genevoise sur l'exercice des professions d'architectes et d'ingénieurs, les manquements aux usages professionnels et les actes de concurrence déloyale. Cette disposition, très générale, suffit à fonder le droit des sanctions disciplinaires. Le grief doit ainsi être rejeté.
6. Le recourant soutient que seuls les manquements constatés dans les relations contractuelles entre l'architecte et son mandant sont propres à fonder une sanction disciplinaire.
6.1 L'art. 6 al. 2 LPAI, incorporé au chapitre II de la loi intitulé Droits et devoirs prévoit certes l'obligation de l'architecte de s'acquitter avec soin et diligence des tâches que lui confie son mandant dont il doit servir au mieux les intérêts légitimes. Mais cette même disposition précise toutefois qu'il doit agir de la sorte "tout en s'attachant à développer, dans l'intérêt général, des réalisations de bonne qualité au titre de la sécurité, de la salubrité, de l'esthétique et de l'environnement". Le respect du droit public est donc l'un des devoirs incombant à l'architecte (voir aussi Blaise Knapp, La profession d'architecte en droit public, in Le droit de l'architecte, 3ème éd., p. 487 ss, 510) et sa violation susceptible d'aboutir à une sanction disciplinaire.
Si des doutes devaient subsister sur ce point, il suffirait de renvoyer à l'arrêt rendu par le Tribunal administratif, non contesté sur ce point par le recourant, selon lequel il ressort des débats ayant présidé à l'adoption de la loi genevoise sur l'exercice des professions d'architectes et d'ingénieurs que la ratio legis était d'atteindre, par des restrictions appropriées au libre exercice de cette activité économique, un ou plusieurs buts d'intérêts publics prépondérant à l'intérêt privé - opposé - des particuliers. Dans l'arrêt attaqué (consid. 3b), également partiellement cité par le recourant dans la mesure où il s'agit de rapporter les débats du Grand Conseil (MGC 1982/IV p. 5204), le Tribunal administratif a ainsi précisé les objectifs de la loi:
"Il s'agit d'assurer aux mandants, à l'instar des capacités professionnelles exigées des mandataires dans le domaine médical ou juridique, des prestations d'une certaine qualité nécessitée par la nature ou l'importance des intérêts du mandant. Il peut s'agir aussi de l'intérêt social de la communauté dans son ensemble, aux titres de la sécurité, de la santé, de l'esthétique et de la protection de l'environnement, à ce que les constructions ne déparent l'aspect général des lieux. Il peut s'agir notamment de l'intérêt des autorités compétentes à ce que leurs interlocuteurs, lors de la présentation et de l'instruction de dossiers ou de demandes d'autorisations de construire, respectivement lors de l'exécution des travaux, soient des personnes qualifiées, contribuant ainsi, d'une manière générale, à une meilleure application de la loi."
Il s'ensuit que les manquements professionnels de l'architecte concernés par la loi genevoise sur l'exercice des professions d'architectes et d'ingénieurs peuvent aussi être trouvés dans les relations qu'entretient ce dernier avec les autorités administratives, respectivement dans l'exécution scrupuleuse des injonctions qu'elles formulent et d'une manière générale dans le respect des règles juridiques du droit de la construction justifiant l'existence même du tableau des architectes habilités.
6.2 En l'espèce, le jugement attaqué expose que le recourant a été condamné à deux reprises à des amendes administratives suite au non-respect de deux décisions d'arrêt de chantier. Un tel comportement constitue une violation des devoirs professionnels de l'architecte, tels que compris par la loi genevoise sur l'exercice des professions d'architectes et d'ingénieurs, dans la mesure où il ne contribue certainement pas à une meilleure application de la loi et qu'il dénote un certain mépris pour les ordres donnés par l'autorité administrative avec laquelle l'architecte est amené à collaborer de manière étroite. Le comportement réprimé correspond donc à l'un de ceux que le droit disciplinaire de l'architecte a pour but de sanctionner. Le Tribunal administratif n'a par conséquent nullement violé le principe de la légalité et l'arrêt entrepris n'est sous cet angle ni arbitraire ni illégal.
7. Le libre examen par le Tribunal fédéral de la violation grave d'un droit fondamental - comme ici la liberté économique garantie par l'art. 27 Cst. - n'a lieu que dans la stricte limite des griefs invoqués et dûment motivés par le recourant en conformité avec les exigences de l'art. 106 al. 2 LTF.
En l'espèce, le recourant ne fait nullement valoir que la mesure serait disproportionnée, de sorte que cette condition à la restriction d'un droit fondamental (art. 36 al. 3 Cst.) n'a pas à être analysée. Au demeurant, il appartient en premier lieu à l'autorité de surveillance compétente de déterminer les mesures disciplinaires à prendre. Si le Tribunal fédéral revoit librement le point de savoir s'il y a eu violation des règles professionnelles, il s'impose en revanche une certaine retenue lors de l'examen de la sanction disciplinaire prononcée. Il n'intervient à cet égard que lorsque l'autorité de surveillance a excédé les limites de son pouvoir d'appréciation, de sorte que la sanction apparaît clairement disproportionnée et confine à l'arbitraire (arrêt 2C_889/2008 du 21 juillet 2009, consid. 3.2 et les références citées). En l'espèce, la mesure prononcée ne saurait souffrir de critique au regard des faits reprochés au recourant, d'autant moins qu'il a fait l'objet de nombreuses amendes administratives et l'objet d'une radiation pour une durée de six mois en 1999, mesure renforcée par une amende de 5'000 fr.
Le Tribunal administratif n'a donc pas violé l'art. 27 Cst. et le grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
8. Succombant, le recourant supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Chambre des architectes et des ingénieurs, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 18 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey