Faits:
A. Le 5 mai 2004, lors la remise de sa déclaration d'impôts 2003, la société X._ SA, avec siège social à Neuchâtel (ci-après: la société ou la recourante), a informé le Service des contributions du canton de Neuchâtel (ci-après: le Service des contributions) qu'elle avait cédé le 30 novembre 2003 à sa filiale Y._ BV, sise aux Pays-Bas et dont elle détient l'entier du capital, un certain nombre d'actifs. Parmi ceux-ci figurait notamment la participation (100 %) qu'elle détenait dans la société Z._ SA, sise à Neuchâtel, transférée à sa valeur vénale de 1'066'236 fr. 30 (valeur comptable de 100'000 fr.). La société avait ainsi comptabilisé, dans ses produits, 966'236 fr. 30 à titre de réévaluation de participations cédées et créé, dans les charges, une réserve du même montant. L'intéressée a ensuite précisé que la société Z._ SA était entrée en liquidation le 8 mai 2003 et que sa radiation au registre du commerce avait eu lieu le 18 octobre 2004. Le gain sur cession de participation de 966'236 fr. 30 devait donc être qualifié d'excédent de liquidation et bénéficier de la réduction pour participation.
Le 21 décembre 2004, le Service des contributions a notifié à X._ SA la taxation pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2003. Il a notamment inclus dans le bénéfice imposable le montant de la réévaluation de la participation cédée, non réduite. Le 26 janvier 2005, ledit Service a rejeté la réclamation de l'intéressée contre la décision précitée.
Par jugement du 30 avril 2007, le Tribunal fiscal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal fiscal) a très partiellement admis le recours de X._ SA contre la décision du Service des contributions du 21 décembre 2004. Il a retenu en substance que l'intéressée détenait l'intégralité du capital-actions de Z._ SA avant le 1er janvier 1997 et qu'elle avait cédé cette participation avant le 1er janvier 2007. Le bénéfice en capital généré par cette opération était devenu imposable dès le moment où Z._ SA avait été liquidée. L'intéressée ne pouvait au demeurant tirer aucun avantage de la théorie du manteau d'actions.
B. Saisi d'un recours de X._ SA contre le jugement du Tribunal fiscal du 30 avril 2007, le Tribunal administratif du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal administratif) l'a rejeté par arrêt du 24 janvier 2008. Il a considéré pour l'essentiel que l'une des conditions permettant d'admettre l'existence de la vente d'un manteau d'actions n'était pas réalisée en l'espèce. Il n'y avait en effet pas eu un véritable changement du détenteur des actions en cause: si la société X._ SA avait bien cédé à Y._ BV l'entier de ses actifs d'exploitation, qui comprenaient notamment sa participation à Z._ SA, elle était devenue parallèlement actionnaire unique de la cessionnaire, conservant ainsi entre ses mains la participation cédée. Par ailleurs, l'art. 207a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), respectivement l'art. 288 de la loi neuchâteloise du 21 mars 2000 sur les contributions directes (ci-après: LCdir/NE; RSN 631.0), s'appliquaient au cas d'espèce, dans la mesure où l'intéressée détenait la participation litigieuse avant le 1er janvier 1997, respectivement le 1er janvier 2000, et avait réalisé son bénéfice avant le 1er janvier 2007. Le recours était donc mal fondé.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 24 janvier 2008, de dire que le revenu de 966'236 fr. 30, réalisé en 2003, est qualifié d'excédent de liquidation en application de la théorie du manteau d'actions et bénéficie ainsi de la réduction pour participation, et de renvoyer le dossier à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante fait valoir que l'autorité intimée a violé le droit fédéral en refusant l'application de la réduction pour participations, ce qui entraînait une charge fiscale indue de 200'000 fr. A l'appui de ses griefs, elle invoque les art. 69 et 207a LIFD ainsi que 28 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi fédérale d'harmonisation; RS 642.14).
Le Tribunal administratif n'a formulé aucune observation sur le recours, dont il demande le rejet, et le Service cantonal ne s'est pas prononcé.
L'Administration fédérale des contributions propose le rejet du recours, sous suite de frais.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué concerne aussi bien l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2003. Dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public en vertu des art. 82 ss LTF. De plus, comme il porte sur la réduction de l'impôt sur le bénéfice des sociétés de participations, question réglée au titre 3ème de la loi fédérale d'harmonisation, soit l'une les matières harmonisées visées par l'art. 73 al. 1 LHID, il est dès lors également recevable comme recours en matière de droit public en vertu de cette dernière disposition (sur le rapport entre la loi sur le Tribunal fédéral et l'art. 73 al. 1 LHID, cf. ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 189).
1.2 Les tribunaux cantonaux doivent en principe rendre deux décisions - qui peuvent toutefois figurer dans un seul acte - , l'une pour l'impôt fédéral direct et l'autre pour les impôts cantonal et communal, avec des motivations séparées - ce qui n'exclut pas des renvois - et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif qui distingue expressément les deux impôts (ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511). Cette exigence, valable sous l'empire de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; RO 3 521), garde toute sa justification depuis l'entrée en vigueur de la loi sur le Tribunal fédéral, quand bien même les conditions du recours en matière de droit public sont désormais identiques pour les deux impôts (cf. ATF 134 II 186 consid. 1.5 p. 190 ss). Il n'en demeure effectivement pas moins que l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal sont des impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et font l'objet de taxations séparées.
En l'espèce, comme la recourante n'a pas distingué, dans son recours, l'impôt fédéral direct des impôts cantonal et communal, il est douteux que celui-ci remplisse les conditions de l'art. 42 LTF. Le Tribunal administratif a toutefois suscité la confusion, en rendant une seule décision pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal et en confondant les motivations, de sorte qu'il y a lieu de ne pas être trop sévère, sur ce point, quant à la forme du recours.
1.3 Dans ses conclusions, la recourante demande notamment au Tribunal fédéral de "dire que le revenu de 966'236 fr. 30 réalisé en 2003 [est] qualifié d'excédent de liquidation en application de la théorie du manteau d'actions et qu'il bénéficie ainsi de la réduction pour participation". En réalité, il ne s'agit pas d'une conclusion constatatoire, mais plutôt d'une conclusion "préparatoire" ou "préjudicielle", à savoir d'un grief qui pourrait constituer un motif d'annulation de l'arrêt entrepris (cf. consid. 5 ci-après; sur la notion de conclusion "préjudicielle", cf. Jean-François Poudret/Suzette Sandoz-Monod, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. 2, Berne 1990, n. 1.2 ad art. 44 OJ, p. 198). Au demeurant, considérée comme une conclusion en constatation, cette requête serait irrecevable, du moment que l'autorité intimée a rendu une décision formatrice.
1.4 Au surplus, le recours ayant été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42 LTF), il y a lieu d'entrer en matière.
I Impôt fédéral direct
2. 2.1 Les personnes morales sont soumises à un impôt sur le bénéfice net (art. 57 LIFD). Le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultat, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (art. 58 al. 1 lettre a LIFD), ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation (art. 58 al. 1 lettre c LIFD).
L'impôt sur le bénéfice des sociétés de capitaux est de 8,5 % du bénéfice net (art. 68 LIFD). Les sociétés de capitaux détenant des participations dans d'autres sociétés (sociétés de participations) peuvent cependant bénéficier de la réduction pour participations, à condition qu'elles possèdent 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou une participation représentant une valeur vénale d'au moins 2 millions de francs; l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net de ces participations et le bénéfice net total (art. 69 LIFD). Aux termes de l'art. 70 al. 1 LIFD, "le rendement net des participations au sens de l'art. 69 correspond au revenu de ces participations, diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de cinq pour cent destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Font également partie du revenu des participations les bénéfices en capital provenant de participations ainsi que le produit de la vente de droits de souscription y relatifs. L'art. 207a est réservé".
Les rendements de participations - qui ne sont pas définis par la loi (cf. art. 70 al. 2 LIFD a contrario) - comprennent les versements opérés en faveur du détenteur qui ne proviennent pas de l'aliénation de sa participation, mais uniquement de distributions de bénéfice opérées directement par la société détenue. Ils englobent ainsi, entre autres, les distributions ordinaires de bénéfice (dividendes, revenus de parts sociales, etc.) et les distributions extraordinaires de bénéfice (bonus, excédents de liquidation, etc.) (cf. circulaire no 9 de l'Administration fiscale fédérale du 9 juillet 1998 sur les conséquences de la loi fédérale sur la réforme 1997 de l'imposition des sociétés relative à la réduction d'impôt sur les rendements des participations des sociétés de capitaux et des coopératives, ch. 2.4; ci-après: la circulaire no 9; Marco Duss/Jürg Altdorfer, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, DBG, 2ème éd. Bâle 2008, n. 4 ss ad art. 70 LIFD, p. 1144 ss; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3ème éd. Bâle 2007, p. 232). Quant au bénéfice en capital, il correspond au bénéfice réalisé lors de l'aliénation d'une participation par son détenteur. Les notions de rendement de participations et de bénéfice en capital, qui entrent toutes deux dans la composition du bénéfice net imposable (cf. art. 58 LIFD), ne se recoupent donc pas et leur traitement fiscal est différencié (cf. art. 70 al. 3 et 4 LIFD; cf. également circulaire no 9 ch. 2.4.1 et 2.4.2).
Les art. 69 et 70 LIFD, modifiés par la loi fédérale du 10 octobre 1997 sur la réforme de l'imposition des sociétés, sont entrés en vigueur le 1er janvier 1998 (RO 1998 669 ss). Les bénéfices en capital sur les participations déterminantes font désormais partie du rendement des participations - dont ils constituent ainsi une catégorie particulière - et sont donc indirectement exonérés de l'impôt, ce qui n'était pas le cas auparavant (cf. art. 70 al. 2 lettre c LIFD dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 1997, RO 1991 1211). C'est pourquoi, d'après le nouveau droit, le transfert de participations à des sociétés du groupe à l'étranger n'entraîne plus de réalisation pour des raisons de systématique fiscale (cf. circulaire no 10 de l'Administration fiscale fédérale du 10 juillet 1998 relative au transfert de participations à des sociétés du groupe à l'étranger, ch. 1; ci-après: la circulaire no 10). Une réglementation transitoire s'applique cependant jusqu'au 31 décembre 2006 (cf. art. 207a LIFD).
2.2 L'art. 207a LIFD a la teneur suivante:
1. Les bénéfices en capital provenant de participations ainsi que le produit de la vente de droits de souscription y relatifs n'entrent pas dans le calcul du rendement net au sens de l'art. 70, al. 1, si la société de capitaux ou la société coopérative détenait les participations concernées avant le 1er janvier 1997 et réalise ces bénéfices avant le 1er janvier 2007.
2. [...]
3. Si une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation qu'elle détenait avant le 1er janvier 1997 à une société du même groupe sise à l'étranger et que cette participation est égale à 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société, la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de cette participation est ajoutée au bénéfice net imposable. Dans ce cas, les participations en cause sont considérées comme ayant été acquises avant le 1er janvier 1997. Simultanément, la société de capitaux ou la société coopérative peut constituer une réserve non imposée égale à cette différence. Cette réserve sera dissoute et imposée si la participation est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée. La société de capitaux ou la société coopérative joindra à sa déclaration d'impôt une liste des participations qui font l'objet d'une réserve non imposée au sens du présent article. La réserve non imposée est dissoute sans incidence fiscale le 31 décembre 2006.
4. [...]
L'art. 207a al. 1 LIFD prévoit une période de blocage pour les "anciennes participations", c'est-à-dire pour celles qui ont été acquises avant le 1er janvier 1997; si ces participations sont réalisées avant le 1er janvier 2007, le bénéfice en capital n'est pas pris en compte pour le calcul du rendement net des participations (cf. art. 70 al. 1 LIFD) et est alors imposé en tant que tel. Le but de ce délai transitoire était d'éviter que les dispositions des art. 69 et 70 LIFD conduisent à un exode des sociétés de participations vers l'étranger (cf. Message du 26 mars 1997 concernant la réforme 1997 de l'imposition des sociétés, FF 1997 II 1058, p. 1070; Denis Berdoz, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, n. 2 ad art. 207a, p. 1629; Marco Duss/Jürg Altdorfer, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2b, DBG, 2ème éd. Bâle 2008, n. 2 ad art. 207a LIFD, p. 989).
En outre, selon l'art. 207a al. 3 LIFD, une réglementation transitoire particulière s'applique au transfert des anciennes participations déterminantes à une société du groupe à l'étranger: la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale d'une telle participation (réserve latente non imposée) sera ajoutée au bénéfice net imposable (réalisation pour des raisons de systématique fiscale du fait du transfert du groupe à l'étranger). La société de participations peut toutefois constituer, à la charge du bénéfice imposable, une réserve non imposée égale à cette différence (report de l'imposition) qui permet de neutraliser le bénéfice en capital. Ce report est cependant révoqué notamment si la société dont les participations ont été transférées est liquidée pendant le délai qui dure jusqu'au 31 décembre 2006 (cf. circulaire no 10, ch. 2).
3. En l'espèce, le litige porte sur l'imposition du produit de 966'236 fr. 30 correspondant à la différence entre le montant de la participation à Z._ SA (1'066'235 fr. 30), cédée le 30 novembre 2003 par la recourante à sa filiale Y._ BV, sise aux Pays-Bas, et la valeur inscrite au bilan le 31 décembre 2002 (100'000 fr.). L'autorité intimée a retenu qu'en cédant sa participation Z._ SA à Y._ BV, la recourante avait réalisé un bénéfice en capital qui ne pouvait pas bénéficier d'une réduction de l'impôt au sens de l'art. 69 LIFD, dans la mesure où l'intéressée détenait cette participation avant le 1er janvier 1997 et avait réalisé son bénéfice avant le 1er janvier 2007. La recourante, quant à elle, estime que le bénéfice en capital doit être "requalifié" d'excédent de liquidation par l'application de la théorie du manteau d'actions et pouvoir ainsi bénéficier de la réduction pour participations.
4. La société a transféré, le 30 novembre 2003, l'ensemble de ses actifs et passifs - dont sa participation à la société Z._ SA, dissoute le 6 mai 2003 - à sa filiale Y._ BV. Les modalités exactes de la transaction ne ressortent pas clairement du dossier: on ne peut pas déterminer s'il y a eu apport des actifs (réévalués) et passifs en échange d'actions ou aliénation ordinaire de la participation à sa valeur vénale. Toujours est-il que la recourante a procédé à une "réévaluation des participations cédées" de 966'236 fr. 30, en créant simultanément dans les charges une réserve du même montant. Elle a ainsi soit réévalué la participation avant de la céder, générant un bénéfice de réévaluation, soit elle l'a aliénée à sa valeur vénale, générant un bénéfice d'aliénation ou de réalisation. Quelle que soit la dénomination exacte de ce produit, il constitue un bénéfice en capital et représente un revenu imposable (cf. art. 58 al. 1 lettres a et c LIFD).
4.1 L'intéressée ne conteste pas que sa participation à Z._ SA est une ancienne participation, puisqu'elle la détenait avant le 1er janvier 1997 (cf. mémoire de recours p. 3, ch. 1). Le bénéfice provenant de la cession de ladite participation a été réalisé en 2003, soit avant le 1er janvier 2007, si bien qu'il ne peut en principe bénéficier de la réduction pour participations de l'art. 69 LIFD (cf. art. 207a al. 1 LIFD).
4.2 Par ailleurs, la recourante a neutralisé le bénéfice imposable en constituant une provision, conformément à l'art. 207a al. 3 LIFD. Or, lors du transfert de la participation, le 30 novembre 2003, la société Z._ SA était déjà formellement entrée en liquidation; elle a été ultérieurement liquidée et radiée du registre du commerce en octobre 2004, soit durant le délai de blocage de l'art. 207a al. 3 LIFD. Ainsi, la réserve constituée doit être dissoute et imposée, et le rendement issu de cette liquidation ne peut être pris en compte dans le cadre du calcul du rendement net des participations selon l'art. 70 LIFD. Cette conséquence résulte du texte même de l'art. 207a LIFD, qui est clair. Contrairement à ce que soutient la recourante, le Tribunal fédéral ne peut donc s'écarter de l'interprétation littérale de cette disposition (cf. ATF 130 II 49 consid. 3.2.1 p. 53). Comme l'a relevé l'Administration fédérale des contributions dans ses observations, l'opération litigieuse relève d'un échange transfrontalier d'une ancienne participation, ce qui constitue un cas de réalisation selon la systématique fiscale et déclenche l'imposition. Par conséquent, c'est à juste titre que l'autorité intimée a confirmé que le bénéfice en capital de 966'236 fr. 30 devait être imposé au taux ordinaire.
5. La recourante se prévaut de la théorie du manteau d'actions pour qualifier le produit litigieux d'excédent de liquidation. Dans cette hypothèse, il s'agirait d'un rendement de participations qui bénéficierait de la réduction de l'art. 69 LIFD - et la période transitoire de l'art. 207a LIFD, instaurée pour les bénéfices en capital, ne trouverait pas application.
5.1 Le transfert d'un cadre (ou d'un manteau) d'actions consiste en une vente de droits de participation permettant à leur acquéreur de disposer d'une société non encore dissoute juridiquement, mais économiquement liquidée, alors même qu'elle peut avoir conservé au bilan certains actifs en liquide (argent comptant, avoirs en banques, titres cotés) déterminant la valeur vénale des actions. Cette opération est assimilée à une liquidation de société, suivie d'une nouvelle création, car elle présente les caractéristiques de l'abus de droit. En effet, le vendeur de ces actions cherche, en principe, à éviter les frais et les impôts liés à une dissolution de la société, alors que l'acquéreur souhaite éluder le droit de timbre d'émission et les frais liés à la fondation d'une nouvelle société. Dans de telles circonstances, le montant perçu par l'actionnaire doit donc être assimilé à un bénéfice de liquidation assujetti à l'impôt anticipé, déduction faite de sa part au capital-actions; même si ce montant ne lui est pas alloué par la société mais reste en possession de celle-ci sous forme de liquidités, il entre en effet dans le prix qui lui est versé par l'acquéreur du cadre d'actions et est assimilé, d'un point de vue économique, à un excédent de liquidation (arrêt 2A.107/1999 du 23 septembre 1999, RDAF 2000 II 227, consid. 4b et les références). Pour être qualifiée de transfert d'un cadre d'actions, une vente doit aboutir économiquement au même résultat que la liquidation d'une ancienne et la fondation d'une nouvelle société. Divers indices permettent de retenir l'existence d'un tel transfert, notamment des changements au sein du conseil d'administration ou la modification du siège, du but ou de la raison sociale (arrêt 2A.107/1999 précité, consid. 4c et les références). Enfin, pour pouvoir imposer la vente d'un cadre d'actions au titre de l'impôt anticipé ou du droit de timbre d'émission, deux conditions cumulatives doivent être réunies: d'une part, la majorité du capital-actions doit avoir changé de mains, en un ou plusieurs paquets; d'autre part, la société doit être économiquement liquidée ou ses actifs avoir été rendus liquides (cf. arrêt 2A.107/1999 précité, consid. 4b et 4c).
5.2 En l'occurrence, le Tribunal administratif n'a mis en évidence aucun des indices permettant de retenir l'existence d'un transfert d'un cadre d'actions au sens de la jurisprudence précitée. L'arrêt attaqué ne contient notamment aucune indication relative à un changement au sein du conseil d'administration, à la modification du siège, du but ou de la raison sociale de la société. Dans la mesure où la théorie du manteau d'actions devrait être susceptible de s'appliquer à l'impôt sur le bénéfice des personnes morales - ce qui peut rester indécis en l'espèce - aucun élément de fait retenu par l'autorité intimée, de manière à lier le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1 LTF), ne saurait établir le transfert même du cadre d'actions. Il incombait en conséquence à la recourante de se plaindre d'un établissement inexact des faits (cf. art. 97 al. 1 LTF), respectivement de montrer que ces derniers auraient été établis de manière arbitraire, en motivant ce grief de manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF.
5.3 Quoi qu'il en soit, il apparaît que l'on n'est pas en présence d'un transfert d'un manteau d'actions. Le fait que la société Z._ SA ait été radiée du registre du commerce quelques mois après le transfert de ses actions à Y._ BV est en effet un élément qui démontre que l'opération en cause ne peut être assimilée ni à la liquidation d'une ancienne, ni à la fondation d'une nouvelle société. Par ailleurs, si l'opération d'apport ou de vente de participations à la société Y._ BV devait être qualifiée de transfert d'un manteau d'actions, Z._ SA aurait dû déclarer et prélever l'impôt anticipé sur l'excédent de liquidation. La recourante, actionnaire de Z._ SA et bénéficiaire de l'excédent au moment du transfert des actions, aurait alors pu prétendre au remboursement de l'impôt anticipé prélevé. Or, celle-ci n'a jamais déposé de demande de remboursement de l'impôt anticipé dû sur l'excédent de liquidation. Et finalement, on peut relever qu'il est surprenant que la recourante tente de tirer parti de la théorie du manteau d'actions, soit d'une construction juridique tendent à empêcher un abus de droit, afin d'obtenir une réduction des impôts dus en application de la loi sur l'impôt fédéral direct.
Partant, la recourante ne peut rien déduire de la théorie du cadre d'actions et le bénéfice litigieux ne saurait être qualifié d'excédent de liquidation.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II Impôt cantonal et communal
7. Comme la loi sur l'impôt fédéral direct, la loi fédérale d'harmonisation prévoit que les sociétés de participations peuvent bénéficier d'une réduction pour les rendements de participations (art. 28 al. 1 LHID). En vigueur depuis le 1er janvier 1998, l'art. 28 al. 1bis LHID donne aux cantons la possibilité d'étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs. Dans la mesure où la loi fédérale d'harmonisation ne contient pas de disposition transitoire restreignant jusqu'au 1er janvier 2007 l'application de la nouvelle réglementation relative aux bénéfices en capital, les cantons sont libres d'adopter ou non la solution de la loi sur l'impôt fédéral direct.
Les art. 95 et 96 LCdir/NE reprennent mot pour mot les termes des art. 69 et 70 LIFD. Dans le canton de Neuchâtel, les bénéfices en capital peuvent ainsi également profiter de la réduction pour participations. L'art. 96 al. 1 in fine LCdir/NE réserve l'art. 288 LCdir/NE; cette disposition a une teneur identique à l'art. 207a LIFD, à la seule différence qu'elle prévoit un délai transitoire plus bref, soit du 1er janvier 2000 (au lieu du 1er janvier 1997 de l'art. 207a al. 1 LFID) au 1er janvier 2007. Les dispositions cantonales topiques sont ainsi conformes à l'art. 28 al. 1 et 1bis LHID.
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives à la réduction de l'impôt pour participations en matière d'impôt fédéral direct s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonal et communal. En particulier, la participation concernée est également une "ancienne participation" selon le droit cantonal, puisque la société la détenait avant le 1er janvier 2000 (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Par conséquent, le recours est également infondé en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
8. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable, tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service des contributions et au Tribunal administratif du canton de Neuchâtel ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 26 août 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Mabillard