Sachverhalt:
A. A._ (Kläger und Beschwerdegegner) war für die X._ AG (Beklagte und Beschwerdeführerin) tätig. Neben Lohn und weiteren Leistungen war im Arbeitsvertrag eine Beteiligung an einem "Carried Interest Pool" vorgesehen. Strittig ist zwischen den Parteien, ob diverse Zusätze zum Arbeitsvertrag Vertragsbestandteil geworden sind und ob nach erfolgter Kündigung dem Kläger mit Blick auf den "Carried Interest Pool" Ansprüche zustehen.
B. Mit Klageschrift vom 24. April 2008 verlangte der Kläger vor dem Arbeitsgericht Zürich im Wesentlichen Fr. 30'000.-- nebst Zins und beantragte, die Beklagte sei zu verpflichten, über die Erlöse aus den "Carried Interest Pool"-relevanten Anlagen und Verkäufen sowie die sich daraus für den Kläger ergebenden Ansprüche abzurechnen und allfällige Forderungsverzichte und Verzichte auf vereinbarte Kompensationszahlungen mit Bezug auf die Verkäufe der relevanten Anlagen offen zu legen.
C. Mit Urteil vom 8. Dezember 2010 wies das Arbeitsgericht die Klage mangels hinreichender Substanziierung ab. Das Obergericht des Kantons Zürich erkannte dagegen mit Beschluss vom 25. Mai 2012 in den Begehren des Klägers eine Stufenklage, die es als hinreichend substanziiert erachtete. Es wies die Sache an das Arbeitsgericht zurück, damit dieses zunächst über die Hilfsansprüche befinde und vorab abkläre, ob dem Kläger ein Anspruch auf Carried Interest zustehe. Dabei müsse auch die Frage geklärt werden, ob die Arbeitsvertragszusätze Vertragsbestandteil geworden seien. Das Arbeitsgericht habe die streitigen Tatsachen nicht ermittelt. Beweiserhebungen erschienen daher nicht ausgeschlossen.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, die Klage abzuweisen. Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten und diese eventuell abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Obwohl kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde, haben die Parteien eine Replik und eine Duplik eingereicht.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid beendet weder das Verfahren für eine Prozesspartei, noch beurteilt er einen Teil der Begehren abschliessend. Auch über die Auskunftsbegehren, welche die Vorinstanz als Teil einer Stufenklage interpretiert, ist noch nicht entschieden. Der angefochtene Entscheid erweist sich damit, unabhängig davon, ob die Klage als Stufenklage anzusehen ist, als Zwischenentscheid, der nicht die Zuständigkeit oder ein Ausstandsbegehren betrifft (vgl. Art. 92 BGG).
1.1 Damit ist die Beschwerde nur zulässig, wenn eine der folgenden Voraussetzungen erfüllt ist: Erstens, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), wobei der mögliche Nachteil nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts rechtlicher Natur sein muss, also auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid des Bundesgerichts nicht mehr behoben werden könnte (BGE 138 III 46 E. 1.2 S. 47; 137 III 380 E. 1.2.1 S. 382). Zweitens, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahmebestimmung, die restriktiv auszulegen ist. Dies umso mehr, als die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Zwischenentscheid nicht selbständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG; BGE 133 IV 288 E. 3.2 S. 292 mit Hinweis).
1.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe dem Arbeitsgericht über die Rückweisung zur Neubeurteilung hinaus Weisungen dazu erteilt, wie weiter zu verfahren sei, dessen Beurteilungsspielraum eingeschränkt und insbesondere festgelegt, was Prozessgegenstand sei. Darin erblickt die Beschwerdeführerin einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Inwiefern ein nicht wieder gutzumachender Nachteil drohen könnte, ist aber nicht ersichtlich. Dass die obere Instanz der unteren im Rückweisungsentscheid Anweisungen für das weitere Verfahren gibt, ist nicht aussergewöhnlich und führt nicht zu einem rechtlichen Nachteil, da der Rückweisungsentscheid zusammen mit dem Endentscheid angefochten werden kann, soweit er sich darauf auswirkt. Nur wenn der unteren Instanz überhaupt kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, kann sich die Frage stellen, ob die Anfechtung zuzulassen sei (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Davon kann hier aber nicht die Rede sein. Aufgrund des vorinstanzlichen Entscheides steht noch nicht fest, ob überhaupt ein Anspruch auf Beteiligung am "Carried Interest Pool" und damit eine Pflicht zur Abrechnung besteht.
1.3 Die Beschwerdeführerin ist sodann der Auffassung, das Bundesgericht könne, sollte es ihrer Rechtsauffassung folgen und die Klage als nicht hinreichend substanziiert betrachten, einen verfahrensabschliessenden Endentscheid herbeiführen (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
1.3.1 Das Bundesgericht prüft nach freiem Ermessen, ob die Voraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG erfüllt ist. Auf eine Beschwerde ist von vornherein nicht einzutreten, wenn der Beschwerdeführer überhaupt nicht dartut, weshalb die Voraussetzung erfüllt sei und die Eintretensfrage schlechthin ignoriert. Wenn er aber geltend macht, die Voraussetzung des Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG sei erfüllt, ist zu differenzieren: Geht bereits aus dem angefochtenen Urteil oder der Natur der Sache hervor, dass ein bedeutender Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erforderlich sein wird, darf auf lange Ausführungen verzichtet werden (vgl. BGE 138 III 46 E. 1.2 S. 47). Andernfalls hat der Beschwerdeführer im Einzelnen darzutun, welche Tatfragen offen sind und welche weitläufigen Beweiserhebungen in welchem zeit- und kostenmässigen Umfang erforderlich sind (BGE 137 III 324 E. 1.1 S. 329 mit Hinweisen). Zudem hat er unter Aktenhinweis darzulegen, dass er die betreffenden Beweise im kantonalen Verfahren bereits angerufen oder entsprechende Anträge in Aussicht gestellt hat (BGE 133 III 629 E. 2.4.2 S. 633 mit Hinweisen).
1.3.2 Dass das Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin teilen, einen Endentscheid fällen könnte, trifft wohl zu. Inwiefern dies aber einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde, tut die Beschwerdeführerin nicht dar und ist nicht ersichtlich. Im angefochtenen Entscheid wird lediglich festgehalten, Beweiserhebungen seien nicht ausgeschlossen. Dass sie notwendig und zeit- und kostenaufwändig wären, ergibt sich daraus nicht.
2. Die Beschwerdeführerin zeigt in der Beschwerdeschrift nicht hinreichend auf, dass die Voraussetzungen für die Anfechtung eines Zwischenentscheides gegeben wären. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak