Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête pénale ouverte en mars 2007 contre A._ pour blanchiment d'argent, les comptes dont les ayants droit économiques étaient le prénommé ou son épouse B._, ont été bloqués. Par ordonnances du 8 mars 2007, le Juge d'instruction du canton de Genève (ci-après: le Juge d'instruction) a ainsi ordonné la saisie confiscatoire de deux comptes auprès des établissements bancaires Y._ et Z._. Le 29 juin 2007, il a confirmé la saisie confiscatoire de deux comptes auprès de la banque W._.
L'origine des fonds bloqués pourrait être liée aux infractions de recel d'un trafic de drogue portant sur plus de 100 kilos de cocaïne, pour lesquelles A._ avait été condamné en dernière instance, le 12 juin 2000, par les autorités judiciaires espagnoles à sept ans d'emprisonnement ainsi qu'à une amende de 70 millions de pesetas. Ledit trafic était orchestré par C._, un ami d'enfance du prénommé. A._ avait purgé sa peine du 25 novembre 2002 au 25 octobre 2006. Il ressort d'un rapport établi par les autorités espagnoles et daté du 4 décembre 2007 que C._ s'adonnerait toujours au trafic de drogue et serait assisté par A._ dans le blanchiment du produit de cette activité.
L'analyse des flux financiers enregistrés sur les comptes saisis a fait l'objet d'un rapport de synthèse établi par la brigade financière du canton de Genève le 19 février 2009. Il en ressort que les fonds saisis proviennent tous de versements en espèces ou de virements effectués entre 1994 et 2000 sur des comptes ouverts antérieurement auprès de la banque X._ ainsi qu'auprès des trois banques susmentionnées. En particulier, un compte de A._ auprès de la banque X._ a été alimenté en 1994 et 1995 par des versements en espèces à hauteur de trois millions de francs suisses. Un autre compte auprès de cette banque a été crédité des montants de 1'745'077 de dollars américains en mai 1998 et de 662'000 de dollars américains le 9 juin 1998 en provenance d'un compte ouvert, également chez X._, au nom de D._, relation elle-même créditée le 4 juin 1998 de la somme de 662'014 de dollars américains, débitée d'un compte Z._ appartenant à A._ et alimenté par un transfert de 100 millions de pesetas. Un autre versement en pesetas, d'un montant équivalent à 662'000 dollars américains, a été effectué en liquide le 10 juin 1998, sur un compte ouvert au nom de A._ auprès de la banque Y._. Plus de six millions de francs suisses ont ainsi été transférés, entre 1994 et 1998, sur les comptes visés, montant qui ne correspond pas aux chiffres annoncés par l'intéressé comme étant ses bénéfices non déclarés résultant de son activité d'entrepreneur. En outre, un compte actuellement saisi auprès de la banque W._ a été récipiendaire de deux versements enregistrés les 15 juin 1999 et 23 mars 2000 s'élevant respectivement à 661'113 de dollars américains et 1'020'978 de dollars américains, et provenant d'un établissement bancaire sis à Lisbonne pour le premier et aux îles Cayman pour le second.
De plus, des virements ont été effectués à partir du compte n° xxx (banque X._) en faveur des sociétés E._ et F._. Or, selon des informations émanant de la Drug Enforcement Agency (DEA), E._ apparaissait dans le cadre d'une enquête ouverte pour blanchiment d'argent, précisément en 1998. Quant à F._, elle était également impliquée dans une enquête pour blanchiment d'argent en relation avec un trafic de stupéfiants afférent à l'Amérique du Sud.
B. Par courrier du 9 février 2009, A._ a notamment demandé au Juge d'instruction de lever la saisie confiscatoire à concurrence d'un million de francs suisses, afin d'honorer ses charges et d'éviter la faillite de son entreprise. Il déplorait également de ne pas disposer des fonds nécessaires au paiement des frais de traduction ainsi que d'une provision pour son mandataire. Il affirmait enfin que les avoirs transférés en Suisse provenaient de l'activité professionnelle qu'il avait développée en Espagne depuis son jugement.
Par décision du 5 mars 2009, le Juge d'instruction a rejeté sa demande, au motif que les fonds bloqués ne semblaient pas correspondre à de l'évasion fiscale liée à des profits commerciaux non déclarés, mais paraissaient plutôt liés aux infractions de recel de trafic de drogue pour lesquelles A._ avait été condamné. Ce magistrat observait à cet égard que le compte de l'intéressé ouvert auprès de la banque X._ le 8 août 1994 avait été alimenté le 13 septembre 1994 puis le 24 avril 1995 par quatre versements totalisant 300 millions de pesetas, provenant de G._, ces fonds ayant été préalablement déposés en espèces sur le compte de cette société par une personne non identifiée. La somme de 50 millions de pesetas avait aussi été virée le 19 juin 1995 d'un compte non identifié. Les comptes de A._ avaient ainsi été crédités de la contre-valeur de 3'150'000 de francs suisses à une période antérieure à la création de sa société de construction, intervenue en 1996, mais concomitante aux activités illégales qui lui avaient été imputées. Ces mêmes avoirs avaient ensuite été transférés sur un autre compte ouvert chez X._ et dont A._ était aussi titulaire, lequel a ensuite été alimenté, entre le 19 et le 26 mai 1998 par des apports en espèces des sommes de 2'028'797 de dollars américains et de 57'315'000 de pesetas. Le Juge d'instruction rappelait encore que le compte banque X._ n° xxx tout comme le compte de D._ avaient alimenté, entre mai et juin 1998, des relations ouvertes aux Etats-Unis et au Panama au nom de sociétés offshore, dont les ayants droit économiques n'avaient pas encore été identifiés.
Le magistrat estimait en conséquence qu'avant d'ordonner une levée de saisie, la destination finale de ces fonds devait être déterminée. Il a en revanche indiqué qu'il était disposé à autoriser le paiement du solde de l'amende due aux autorités espagnoles, par le débit d'un des comptes séquestrés.
C. Par ordonnance du 22 avril 2009, la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre d'accusation) a rejeté le recours formé par A._ contre cette décision.
D. Par actes du 24 mai 2009 intitulé "recours de droit pénal et recours de droit public" et "recours de droit public en arbitraire et inégalité de traitement", A._ demande au Tribunal fédéral principalement d'annuler l'ordonnance de la Chambre d'accusation et de lever le blocage des comptes à hauteur d'un million d'euros plus les montants nécessaires à la couverture des frais de traduction des pièces en espagnol et 30'000 francs à titre de provision pour son conseil, subsidiairement de renvoyer la cause à la Chambre d'accusation pour nouvelle décision. Il requiert en outre l'assistance judiciaire.
Le Procureur général du canton de Genève conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La Chambre d'accusation renonce à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 235 consid. 1 p. 236). Le recourant a indiqué déposer un "recours de droit pénal et recours de droit public" et un "recours de droit public en arbitraire et inégalité de traitement" auprès du Tribunal fédéral. L'intitulé erroné du recours ne saurait porter préjudice au recourant, pour autant que son écriture remplisse les conditions formelles de la voie de droit qui lui est ouverte (au sujet d'une voie erronée de recours, ATF 133 I 300 consid. 1.2 p. 302 s., 308 consid. 4.1 p. 314), soit en l'occurrence le recours en matière de droit pénal.
1.1 Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision de saisie prise au cours de la procédure pénale, et confirmée en dernière instance cantonale (art. 80 LTF).
1.2 La décision par laquelle le juge prononce, maintient ou refuse un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Conformément à l'art. 93 al. 1 let. a LTF, une telle décision ne peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable. Selon la jurisprudence relative à l'art. 87 al. 2 OJ, et reprise dans le cadre de l'art. 93 LTF, (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 89 I 185 consid. 4 p. 187 et les références).
1.3 Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (art. 98 LTF; cf. ATF 126 I 97 consid. 1c p. 102). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'art. 106 al. 2 LTF prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée en quoi consiste sa violation (cf. ATF 134 III 186 consid. 5 p. 187; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 130 I 26 consid. 2.1. p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261s). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4. p. 589; 130 I 258 consid. 1.3 et les arrêts cités).
En l'espèce, le "recours de droit public et recours de droit pénal" ne satisfait aucunement à ces exigences, le recourant ne se prévalant de la violation d'aucun droit constitutionnel et ne démontrant a fortiori pas en quoi les considérants de la Chambre d'accusation seraient contraires à la Constitution. Il doit dès lors être déclaré irrecevable. En revanche, il y a lieu d'entrer en matière sur le "recours de droit public en arbitraire et inégalité de traitement", dans la mesure où il comporte des griefs fondés sur la violation de droits constitutionnels.
2. Dans la première partie de son écriture, le recourant présente son propre exposé des événements. Il se plaint implicitement d'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'appréciation des preuves.
2.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Dans le cadre d'un recours dirigé contre une mesure provisionnelle, le recourant ne peut critiquer la constatation des faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis en violation de droits fondamentaux, ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité, pratiquement, à l'arbitraire (cf. ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (ATF 134 I 263 consid. 3.1 p. 266; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17; 131 I 217 consid. 2.1 p. 219, 57 consid. 2 p. 61; 129 I 173 consid. 3.1 p. 178).
2.2 Pour autant qu'on le comprenne, le recourant tente la démonstration que les fonds saisis correspondent à de l'évasion fiscale liée à des profits non déclarés réalisés dans le cadre de ses activités immobilières et que l'appréciation cantonale sur ce point est arbitraire. Il est douteux que le recourant satisfasse aux exigences de motivation (art. 106 al. 2 LTF) en matière d'appréciation arbitraire des faits et des preuves, dès lors qu'il substitue sa propre appréciation à celle effectuée par l'autorité cantonale. En outre, il ne se prononce pas sur la majeure partie des éléments qui ont conduit la Chambre d'accusation à maintenir la saisie; à cela s'ajoute qu'il n'étaie pas sérieusement ni ne justifie la provenance ainsi que les motifs ayant fondé les opérations mises en exergue par le Juge d'instruction. Il n'explique notamment pas les transferts opérés en mai et juin 1998 entre les comptes auprès de la banque X._ (n° xxx), de Z._ ainsi que de Y._ et totalisant 3'059'114 de dollars américains. Il ne fournit pas non plus d'explication convaincante sur les virements effectués en faveur des entités E._ et F._, impliquées dans des enquêtes ouvertes pour blanchiment d'argent en relation avec des trafics de stupéfiants. Il ne démontre pas non plus pourquoi les virements de 661'113 et de 1'020'978 de dollars américains émanaient d'établissements bancaires sis à Lisbonne et aux îles Cayman.
L'argumentation du recourant ne va, en réalité, pas au-delà de la simple présentation, faite du reste sur un mode purement appellatoire, de sa propre version des faits. Partant, le grief est infondé, dans la faible mesure de sa recevabilité.
3. Le recourant reproche ensuite à la Chambre d'accusation d'avoir arbitrairement refusé la traduction en français d'une expertise comptable privée et de ne pas avoir débloqué une partie des fonds au titre de provision pour son conseil. A cet égard, il se prévaut également d'une violation de l'art. 29 al. 3 Cst. "en regard de l'art. 84 § 1 let. a OJF" et d'une inégalité de traitement.
Après avoir rappelé que le dossier pénal espagnol avait été traduit et versé à la présente cause, l'instance précédente a considéré que si le recourant avait établi qu'il était endetté auprès de certains établissements bancaires en relation avec différents projets d'investissements immobiliers, il ne soutenait toutefois pas qu'il était démuni ou qu'il ne disposait pas d'autres comptes personnels sans lien avec ces opérations. La Chambre d'accusation a encore relevé que les nombreux biens acquis par le recourant sont a priori susceptibles d'être gagés, voire vendus, notamment pour acquitter les frais de traduction et la provision sollicitée par son mandataire.
Le recourant ne discute pas les motifs avancés dans l'ordonnance attaquée. Comme s'il plaidait devant une cour d'appel, il se contente de revendiquer le déblocage des comptes saisis, "aucun moyen financier permettant à court terme d'assurer la défense de ses intérêts", sans démontrer concrètement et précisément en quoi et pour quel motif l'appréciation de la Chambre d'accusation serait insoutenable. Faute de motivation satisfaisant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 1.3), le grief doit être déclaré irrecevable. Il en va de même du grief d'inégalité de traitement, dont se prévaut sommairement le recourant, puisque celui-ci n'expose pas non plus en quoi l'ordonnance attaquée porterait atteinte au droit à l'égalité de traitement.
4. Invoquant la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), le recourant prétend implicitement que le principe de la proportionnalité a été violé dans la mesure où la saisie va paralyser son activité économique.
4.1 Pour qu'une mesure soit conforme au principe de la proportionnalité, il faut qu'elle soit apte à parvenir au but visé, que ce dernier ne puisse être atteint par une mesure moins incisive et qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de l'administré et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (ATF 132 I 229 consid. 11.3 p. 246; 125 I 474 consid. 3 p. 482 et les arrêts cités). S'agissant d'un séquestre provisoire, le respect du principe de la proportionnalité se limite pour l'essentiel à la garantie du minimum vital (arrêt 1P.21/2007 du 2 mai 2007; ATF 106 III 107). En effet, une mesure de séquestre est en principe proportionnée du simple fait qu'elle porte sur des valeurs dont on peut vraisemblablement admettre qu'elles pourront être confisquées en application du droit pénal.
4.2 En l'occurrence, le recourant ne prétend pas que le maintien du séquestre le priverait de moyens d'existence, ni que la durée du séquestre serait disproportionnée. Ses critiques portent sur les conséquences économiques du refus de lever la saisie. Sans aucunement démontrer en quoi le montant séquestré serait sans rapport raisonnable avec le but visé, le recourant se dit exposé à des actes de poursuite, sans toutefois alléguer que des poursuites seraient déjà en cours. Il soutient également que la levée partielle de la saisie à concurrence d'un million d'euros lui permettrait de négocier une postposition de ses dettes bancaires par le paiement d'acomptes jusqu'à ce qu'il arrive à vendre tout ou partie de ses appartements. Il n'étaie cependant son allégation par aucune pièce.
Dans ces conditions, le grief doit être rejeté.
5. Le recourant estime enfin qu'il y a une absence de connexité immédiate entre les fonds séquestrés et l'infraction. Il se plaint implicitement d'une application arbitraire de l'art. 181 du code de procédure pénale genevoise du 29 septembre 1977 (CPP/GE; RSG E 4 20).
5.1 Le séquestre pénal est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, l'arrêt cantonal est fondé sur l'art. 181 al. 1 CPP/GE, disposition selon laquelle le juge saisit les objets ou valeurs susceptibles notamment d'être confisqués. En l'occurrence, il s'agit de la saisie conservatoire du produit présumé de l'infraction (producta sceleris). Comme cela ressort du texte de l'art. 181 CPP/GE, une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral. Une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines; en outre, le juge doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire, ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99; 103 Ia 8 consid. III/1c p. 13; 101 Ia 325 consid. 2c p. 327). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
5.2 En l'occurrence, le recourant se borne à affirmer que les fonds saisis proviennent des profits réalisés dans le cadre de son entreprise et non déclarés au fisc espagnol. Partant, il ne fait pas la démonstration de l'origine licite de fonds qui ont transité sur les comptes bloqués ni du bien-fondé des différents transferts mentionnés par le Juge d'instruction à l'appui de sa décision. Sur le vu des accusations précises portées par ledit juge, auxquelles le recourant ne répond pas, la provenance délictueuse des fonds apparaît en l'état suffisamment vraisemblable pour justifier une mesure de séquestre pénal.
Dans ces conditions, la Chambre d'accusation n'a pas fait preuve d'arbitraire en estimant qu'il y avait lieu de mener à terme les investigations sur la provenance des fonds ayant transité par les comptes du recourant et sur l'identité des réels bénéficiaires des fonds ayant transité sur lesdits comptes.
6. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF). Largement appellatoire, le recours paraissait d'emblée voué à l'échec. En conséquence, l'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Procureur général et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 11 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Tornay Schaller