Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1967) war Geschäftsführer der A._ (Schweiz) AG mit Sitz in S._, einer Tochtergesellschaft der A._ GmbH mit Sitz in R._ (D). Am 3. Januar 2003 schloss die A._ (Schweiz) AG mit der A._ GmbH einen "Alleinvertriebsvertrag", wonach letztere ihrer schweizerischen Tochtergesellschaft im Sinne eines Ausschliesslichkeitsrechts den Vertrieb eines Teils ihrer Produkte für das gesamte Gebiet der Schweiz und des Fürstentums Liechtenstein übertrug. Im Gegenzug verpflichtete sich die Tochtergesellschaft, im Vertragsgebiet keine Konkurrenzprodukte zu vertreiben, die Kundschaft zu betreuen und auf eigene Kosten die "notwendige Werbung" zu betreiben.
Dieser Vertrag war auf drei Jahre (bis zum 31. Dezember 2005) fest abgeschlossen und auf das genannte Datum hin erstmals kündbar. Für die A._ (Schweiz) AG unterzeichnete X._ den Vertrag.
B. Mit Kaufvertrag vom 3. April 2003 erwarb X._ von der A._ GmbH sämtliche Aktien der A._ (Schweiz) AG zum Preis von Fr. _ ("einschliesslich" Fr. 180'000.-- für den Goodwill aus dem dreijährigen Exklusiv-Gebietsrecht). X._ wurde damit zum Alleinaktionär der A._ (Schweiz) AG.
Seit dem 11. April 2003 firmiert die A._ (Schweiz) AG als "B._ AG". Die Gesellschaft mit einem Aktienkapital von Fr. _ hat ihren Sitz neu in H._.
C. Mit "Vereinbarung" vom 28. April 2003 übertrug X._ zum Preis von Fr. 180'000.-- das Alleinvertriebsrecht (Exklusiv-Gebietsrecht) für die Produkte der A._ GmbH für die Dauer von 3 Jahren auf die B._ AG. Ausserdem erhielt X._ das Recht, im Falle eines Konkurses der B._ AG oder bei Übernahme der Gesellschaft durch einen Dritten das Gebietsrecht zum aktuellen Zeitwert zurückzuerwerben.
D. Mit Eingabe vom 25. September 2003 gelangte die Treuhandgesellschaft der B._ AG an den leitenden Steuerexperten im Steueramt des Kantons Solothurn (Abteilung juristische Personen), Z._, und machte unter anderem geltend, X._ wolle den im Kaufvertrag vom 3. April 2003 erwähnten Goodwill von Fr. 180'000.-- zum selben Preis an die B._ AG übertragen und den Goodwill über die Dauer von 3 Jahren abschreiben. Die Treuhänderin fragte an, ob es mit dieser Vorgehensweise "ein Problem" gebe.
Nachdem das Steueramt den Alleinvertriebsvertrag vom 3. Januar 2003 und die Übereignungsvereinbarung vom 28. April 2003 einverlangt hatte, antwortete Z._ für das Steueramt des Kantons Solothurn (Abteilung juristische Personen) der Treuhänderin auf die eingangs genannte Anfrage wie folgt (Schreiben vom 2. Oktober 2003):
"Aufgrund der uns vorliegenden Unterlagen kann der Alleinvertriebsvertrag im Sinne einer Lizenz übertragen bzw. aktiviert werden. Aufgrund der dreijährigen Vertragsdauer erscheint uns eine Abschreibung innert drei Jahren zwingend."
E. Im Rahmen der Veranlagung von X._ und seiner Ehefrau für die Staatssteuer und die direkte Bundessteuer des Jahres 2003 rechnete die Veranlagungsbehörde L._ den Preis von Fr. 180'000.-- aus dem Verkauf des Exklusiv-Gebietsrechts als Einkommen (geldwerte Leistung aus Beteiligung) auf.
Die vom Ehepaar X._ - Y._ hiegegen erhobene Einsprache wies die Veranlagungsbehörde L._ am 28. Februar 2005 ab und setzte das satzbestimmende Einkommen der Eheleute bei der direkten Bundessteuer auf Fr. _ und bei der Staatssteuer auf Fr. _ fest. Rekurs und Beschwerde gegen diesen Einspracheentscheid wies das Steuergericht des Kantons Solothurn mit Urteil vom 3. November 2008 ebenfalls ab.
F. Mit gemeinsamer Eingabe vom 7. Januar 2009 führen die Eheleute X._ - Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit den Anträgen, das Urteil des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 3. November 2009 aufzuheben und das steuerbare Einkommen sowohl bei der Staatssteuer als auch bei der direkten Bundessteuer um je Fr. 180'000.-- zu reduzieren und auf Fr. _ (im Kanton) bzw. auf Fr. _ (im Bund) festzusetzen.
Das Steueramt des Kantons Solothurn beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Steuergericht des Kantons Solothurn stellt denselben Antrag. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
G. Mit Verfügung vom 10. Februar 2009 hat der Abteilungspräsident der Beschwerde - antragsgemäss -aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen Endentscheid eines im Sinne von Art. 86 Abs. 2 BGG oberen kantonalen Gerichts über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG); neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
II. Direkte Bundessteuer
2. Nach Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Zu den steuerbaren geldwerten Vorteilen zählen unter anderem auch die in Art. 58 Abs. 1 lit. b DBG bei der Unternehmensbesteuerung ausdrücklich erwähnten so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten, denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Beim Drittvergleich sind in jedem Einzelfall alle konkreten Umstände des zwischen der Gesellschaft und dem Anteilseigner abgeschlossenen Geschäfts zu berücksichtigen, und es muss davon ausgehend bestimmt werden, ob das Geschäft in gleicher Weise mit einem mit der Gesellschaft nicht Verbundenen auch abgeschlossen worden wäre. Voraussetzung für die Annahme einer verdeckten Gewinnausschüttung ist schliesslich, dass sich der Leistungserbringer des Charakters der Leistung bewusst ist (Urteil 2P.129/2003 vom 13. August 2004 E. 3.1 mit Hinweisen, in: StR 60/2005 S. 24; vgl. auch PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I. Teil, 2001, N. 121 ff. zu Art. 20; MARKUS REICH, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 46 ff. zu Art. 20).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, er sei beim Abschluss des Kaufvertrages vom 3. April 2003 (vgl. vorne lit. B) angesichts der von der A._ GmbH als Verkäuferin gewählten Formulierung ("einschliesslich CHF 180'000.-- für Goodwill [3 Jahre Exklusiv-Gebietsrecht]") davon ausgegangen, dass er nicht nur Aktien, sondern eben auch Goodwill (also das Exklusiv-Gebietsrecht) für Fr. 180'000.-- erworben habe. Dass seiner Gesellschaft im Alleinvertriebsvertrag vom 3. Januar 2003 (vorne lit. A) der exklusive Vertrieb für die Schweiz und das Fürstentum Liechtenstein bis mindestens 31. Dezember 2005 bereits zugesichert worden sei, habe dem keinen Abbruch getan, weil er aufgrund des Kaufvertrages habe davon ausgehen müssen, dass der Goodwill ihm und nicht seiner Gesellschaft verkauft worden sei.
Dieser Einwand dringt nicht durch: Aufgrund des Alleinvertriebsvertrages vom 3. Januar 2003 war die B._ AG (die damalige A._ [Schweiz] AG) bereits im Besitz des Alleinvertriebsrechts und konnte folglich nicht nochmals das gleiche Recht vom Beschwerdeführer käuflich erwerben. Im Kaufvertrag vom 3. April 2003 wurde der Goodwill für das "Exklusiv-Gebietsrecht" von drei Jahren mit Fr. 180'000.-- im Kaufpreis zwar berücksichtigt. Das bedeutet aber nicht, dass deswegen das Alleinvertriebsrecht aus der B._ AG herausgelöst und auf den Beschwerdeführer übertragen worden wäre.
Gegenstand des Kaufvertrages vom 3. April 2003 zwischen der A._ GmbH und X._ war gemäss dessen Ziff. 1.1 explizit das Aktienkapital (100 %) der A._ (Schweiz) AG, so dass das Exklusiv-Gebietsrecht auch mit Abschluss dieses Kaufvertrages nicht auf den Beschwerdeführer überging. Es verblieb bei der AG, welche das Recht mit dem Alleinvertriebsvertrag vom 3. Januar 2003 zuvor selber erworben hatte. Mit der "Vereinbarung" vom 28. April 2003 "übertrug" der Beschwerdeführer daher entgeltlich (zum Preis von Fr. 180'000.--) ein exklusives Vertriebsrecht, dessen Träger er nicht war; die Gesellschaft ihrerseits erbrachte mit der Zahlung des Kaufpreises eine Leistung, ohne dass sie hierfür eine Gegenleistung erhalten hätte. Diese Leistung wird damit beim Beschwerdeführer zum geldwerten Vorteil und ist als steuerbares Einkommen zu erfassen (Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG [vorne E.2]).
Nichts an diesem Ergebnis ändert die Argumentation des Beschwerdeführers, weder er noch die Gesellschaft hätten erkennen können bzw. seien sich bewusst gewesen, dass es sich allenfalls um die Erbringung einer Leistung ohne Gegenleistung gehandelt haben könnte: Die Feststellung, was eine Person in einem gewissen Zeitpunkt wusste oder nicht wusste, beschlägt den Sachverhalt und bindet das Bundesgericht (BGE 124 III 182 E. 3 S. 184). Das Steuergericht hat festgestellt (vgl. S. 4 des angefochtenen Entscheides), es sei für den Beschwerdeführer - als Organ der Gesellschaft und damit für die Gesellschaft - ohne weiteres erkennbar gewesen, dass die Gesellschaft mit Vertrag vom 3. Januar 2003 das Alleinvertriebsrecht bereits erworben hatte und ebenso, dass für dieses Recht nicht nochmals eine Leistung in Form einer Zahlung von Fr. 180'000.-- erbracht werden musste. Inwiefern diese Feststellungen offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich sein sollten, ist nicht ersichtlich (vgl. auch vorne E. 1.2).
Sämtliche Voraussetzungen eines steuerbaren geldwerten Vorteils im Sinne von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind damit erfüllt.
3.2 Die Beschwerdeführer berufen sich auf den Anspruch auf Schutz ihres berechtigten Vertrauens in eine behördliche Auskunft. Sie machen geltend, nachdem sie von der Abteilung "juristische Personen" des kantonalen Steueramtes den Bescheid erhalten hätten, bei dem in der Eingabe vom 25. September 2003 geschilderten Vorgang liege keine geldwerte Leistung vor, hätten sie ohne weiteres Nachfragen davon ausgehen dürfen, dass sie die für den Goodwill vereinnahmten Fr. 180'000.-- nicht als Einkommen würden versteuern müssen (S. 7 der Beschwerdeschrift). Sie seien in ihrem Vertrauen auf die ihnen erteilte Auskunft vom 2. Oktober 2003 deshalb zu schützen.
3.2.1 Der in Art. 9 BV verankerte Grundsatz von Treu und Glauben statuiert ein Verbot widersprüchlichen Verhaltens und verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden (BGE 131 II 627 E. 6.1). Voraussetzung für eine Berufung auf Vertrauensschutz ist indes, dass die betroffene Person sich berechtigterweise auf die Vertrauensgrundlage verlassen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann; die Berufung auf Treu und Glauben scheitert sodann, wenn ihr überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (BGE 131 II 627 E. 6 S. 636 ff.; 129 I 161 E. 4.1 S. 170; 127 I 31 E. 3a S. 36; Häfelin/Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Auflage 2006, S. 130 ff.).
3.2.2 Für eine Berufung auf Vertrauensschutz fehlt es vorliegend bereits an einer genügenden Vertrauensgrundlage:
Die Auskunft des Steueramtes (Abteilung juristische Personen) vom 2. Oktober 2003 betreffend die Möglichkeit einer Aktivierung bzw. Abschreibung eines entgeltlich erworbenen Goodwills ist zwar inhaltlich richtig (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Rz. 10 zu Art. 28 DBG), jedoch gründet sie auf einem von den Beschwerdeführern (bzw. von der Treuhandfirma der B._ AG) falsch dargestellten Sachverhalt. In der Anfrage vom 25. September 2003 hatte die Treuhänderin - deren Verhalten sich die Beschwerdeführer anrechnen lassen müssen - suggeriert, das das Alleinvertriebsrecht X._ zustehe, welches (in der Zukunft) auf die B._ AG übertragen werden solle. Weder das eine noch das andere von der Treuhänderin geschilderte Sachverhaltselement war richtig: Wie ausgeführt, stand das Alleinvertriebsrecht der Gesellschaft bereits zu; und ausserdem gelangte die Treuhänderin erst an die Steuerbehörden, als alle hier relevanten Verträge und Vereinbarungen unter den Beteiligten bereits verbindlich abgeschlossen waren. Ohnehin richtete sich die Anfrage an die "Abteilung juristische Personen" des kantonalen Steueramtes; die am 2. Oktober 2003 erteilte Auskunft betrifft daher die Gesellschaft und nicht die Beschwerdeführer. Aufgrund des falsch dargestellten Sachverhaltes vermag die Auskunft das kantonale Steueramt aber jedenfalls so oder anders nicht zu binden und es kann unter diesen Umständen dahingestellt bleiben, ob die Beschwerdeführer - wie sie geltend machen (S. 10 der Beschwerdeschrift) - im Vertrauen auf die erteilte Auskunft nachteilige, nicht mehr rückgängig zu machende Dispositionen getroffen haben.
Damit ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer unbegründet und abzuweisen.
III. Staatssteuern
4. 4.1 § 26 Abs. 1 lit. b Satz 1 des solothurnischen Gesetzes vom 1. Dezember 1985 über die Staats- und Gemeindesteuern (Steuergesetz, StG) harmoniert mit Art. 7 Abs. 1 StHG und entspricht vollständig Art. 20 Abs. 1 lit. c Satz 1 DBG. Die verfassungsrechtlichen Grundsätze zum Vertrauensschutz (Art. 9 BV) gelten sodann auch im kantonalen Recht. Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer für die kantonalen Steuern analog massgebend sind, und es ergibt sich dasselbe Ergebnis.
4.2 Demnach erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staatssteuern gleichermassen als unbegründet und ist ebenfalls abzuweisen.
IV. Kosten und Entschädigung
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 65, Art. 66 Abs. 5 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde betreffend die Staatssteuer wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'800.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt und dem Kantonalen Steuergericht Solothurn und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. August 2009
Im Namen der II. Öffentlich-rechtlichen Abteilung des
Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Klopfenstein