Sachverhalt:
A. Die X._ GmbH mit Sitz in Wagenhausen (nachfolgend: Gesellschaft) wurde am 24. April 2009 in das Handelsregister des Kantons Thurgau eingetragen. Ihre Stammanteile werden von der einzigen Gesellschafterin und Geschäftsführerin Y._ gehalten. Rückwirkend per 1. Januar 2009 übernahm die Gesellschaft von Y._ das Geschäft deren bislang im Handelsregister eingetragenen, am 24. April 2009 gelöschten Einzelunternehmung, ohne die Geschäftsliegenschaft.
B. Für die Steuerperiode 2009 deklarierte die Gesellschaft gemäss Erfolgsrechnung einen Reingewinn von Fr. 26'597.--, dem u.a. ein verbuchter Mietaufwand für die Geschäftsliegenschaft im Betrag von Fr. 30'660.-- zugrunde lag.
Am 8. März 2011 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau (nachfolgend: Steuerverwaltung) die Gesellschaft für die Steuerperiode 2009 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 59'562.--, wobei sie u.a. Fr. 16'260.-- für übersetzte Mietzinsen aufrechnete.
Die von der Gesellschaft gegen die Veranlagung erhobene Einsprache wies die Steuerverwaltung am 19. April 2011 ab, sowohl betreffend die direkte Bundessteuer wie auch betreffend die Staats- und Gemeindesteuern. Die gegen die Einspracheentscheide erhobenen Rechtsmittel, in welchen die Gesellschaft u.a. beantragte, auf die Aufrechnung von Fr. 16'260.-- für übersetzte Mietzinszahlungen sei zu verzichten, wies die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 26. September 2011 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau bestätigte diese Entscheide auf Beschwerde hin mit Urteil vom 25. Januar 2012.
C. Mit Beschwerde vom 23. März 2012 beantragt die Gesellschaft vor Bundesgericht, die Entscheide der Vorinstanzen seien aufzuheben, die Beschwerde sei gutzuheissen und der in Abzug gebrachte Mietzins sei zu akzeptieren, wobei aus der Begründung hervorgeht, dass sie die vollumfängliche Anerkennung des verbuchten Mietaufwands verlangt.
Die Steuerverwaltung, das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Die Beschwerdeführerin lässt sich mit Replik vom 3. Juli 2012 vernehmen.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit damit auch die Entscheide der unteren Instanzen angefochten werden; diese sind durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144).
1.2 Stehen sowohl die direkte Bundessteuer als auch die Kantons- und Gemeindesteuern zur Diskussion, so hat das Verwaltungsgericht grundsätzlich zwei Entscheidungen zu treffen, wobei beide im gleichen Akt ergehen können (vgl. BGE 135 II 260 E. 1.3.1 S. 262, auch zum Folgenden). Die steuerpflichtige Person hat ihrerseits grundsätzlich zwei Beschwerden an das Bundesgericht einzureichen, welche jedoch wiederum beide in der gleichen Rechtsschrift enthalten sein können, mit allfällig an die jeweilige Steuer angepassten Folgerungen.
Vorliegend hat die Beschwerdeführerin lediglich eine Beschwerde eingereicht, in welcher sie nicht zwischen der direkten Bundessteuer und den kantonalen Steuern unterscheidet und für beide Steuern die gleichen Folgerungen zieht. Das Bundesgericht tritt dennoch auf die Beschwerde ein, wurde doch die Vermischung durch den angefochtenen Entscheid verursacht, welcher seinerseits die beiden Steuern weder im Dispositiv noch in den Erwägungen auseinanderhält (vgl. BGE 135 II 260 E. 1.3.3 S. 264).
Das Bundesgericht hat - nachdem sowohl die Veranlagung der direkten Bundessteuer als auch diejenige der Staats- und Gemeindesteuern zur Diskussion steht - zwei Dossiers angelegt. Da beide Steuerarten auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen, sind die beiden Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde ist in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis, vgl. auch Urteile 2C_47/2012 vom 28. Juni 2012 E. 1; 2C_1027/2011 vom 14. Juni 2012 E. 1).
1.3 Mit der Beschwerde kann namentlich eine Rechtsverletzung nach Art. 95 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss Art. 58 DBG zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c). Zum steuerbaren Reingewinn gehören namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Masse gewährt würden. Solche geldwerte Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn (a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahestehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (BGE 131 II 593 E. 5.1 S. 607; Urteile 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.1, in: StR 64/2009 S. 915; 2A.204/2006 vom 22. Juni 2007 E. 6, in: RtiD 2008 I pag. 946, je mit Hinweisen).
2.1.1 Bei den geldwerten Leistungen geht es um Zuwendungen an Inhaber von Kapitalanteilen oder an solche Nichtbeteiligte, die der Gesellschaft und/oder den Inhabern der gesellschaftlichen Beteiligungsrechte nahestehen. Solche Leistungen, die ihren Rechtsgrund im Beteiligungsverhältnis haben, sind beim steuerbaren Ertrag der Gesellschaft aufzurechnen, soweit sie einem unbeteiligten Dritten unter gleichen Umständen nicht oder nicht im gleichen Ausmass eingeräumt würden und auch keine Kapitalrückzahlung darstellen. Diese Regel des sog. Drittvergleichs (oder Prinzips des "dealing at arm's length") verlangt also, dass selbst Rechtsgeschäfte mit Beteiligungsinhabern zu den gleichen Bedingungen abzuwickeln sind, wie sie mit aussenstehenden Dritten zu Wettbewerbs- und Marktbedingungen vereinbart würden (vgl. insb. BGE 131 II 593 E. 5 S. 607 ff.; 119 Ib 116 E. 2 S. 119 f.; 119 Ib 431 E. 2b S. 435; 115 Ib 111 E. 5 S. 116 f., 274 E. 9b S. 279; 113 Ib 23 E. 2 S. 24 f.).
2.1.2 Im Bereich der geldwerten Leistungen gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen trägt, die steuerpflichtige Gesellschaft dagegen diejenige für all das, was die Steuer aufhebt oder mindert. Der Behörde obliegt insbesondere der Nachweis dafür, dass die Gesellschaft eine Leistung erbracht hat und dieser keine oder keine angemessene Gegenleistung gegenübersteht. Hat die Behörde ein solches Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung dargetan, so ist es Sache der steuerpflichtigen Gesellschaft, die damit begründete Vermutung zu entkräften. Gelingt ihr dies nicht, trägt sie die Folgen der Beweislosigkeit (Urteil 2C_88/2011 vom 3. Oktober 2011 E. 2.1.2).
3. Vorliegend steht fest, dass die Beschwerdeführerin ihrer einzigen Gesellschafterin und Geschäftsführerin für die Miete der Geschäftsliegenschaft, welche sich im Eigentum der Gesellschafterin befindet, im Jahr 2009 einen Jahresmietzins von Fr. 30'660.-- entrichtete. Umstritten ist, ob dieser Mietzins marktkonform ist oder ob er übersetzt ist und teilweise als geldwerte Leistung der Beschwerdeführerin an die Gesellschafterin qualifiziert werden muss.
3.1 Die Vorinstanz stützt sich in ihrem Entscheid auf die amtliche Grundstückschätzung vom 20. Dezember 2007. Mit Verweis auf den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau geht sie davon aus, beim dannzumal geschätzten Mietwert von Fr. 14'400.-- handle es sich um den Marktmietwert. Bei dieser Jahresmiete resultiere in Bezug auf den geschätzten Realwert der Liegenschaft von Fr. 252'574.-- ein Bruttomietertrag von 5,7%. Dies entspreche angesichts der Referenzzinssätze im Jahr 2009 (3,5 bis 3,0%) einem marktüblichen Mietertrag. Aufgrund der erheblichen Differenz zwischen dem Mietwert gemäss amtlicher Schätzung (Fr. 14'400.--) und der deklarierten, der Gesellschafterin ausbezahlten Geschäftsmiete von Fr. 30'660.-- sei auf ein offensichtliches Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung und damit auf eine verdeckte Gewinnausschüttung zu schliessen. Daher hätte die Beschwerdeführerin den Gegenbeweis dafür erbringen müssen, dass nicht von einer verdeckten Gewinnausschüttung auszugehen sei.
Die Beschwerdeführerin hat demgegenüber vor der Vorinstanz eine von ihr in Auftrag gegebene Verkehrswertschätzung der Liegenschaft mit Stichtag 29. Oktober 2011 aufgelegt, wonach der Verkehrswert der Liegenschaft Fr. 440'000.-- beträgt und der Mietwert p.a. Fr. 31'960.--. Vor Bundesgericht rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe die Liegenschaft nicht marktgerecht bewertet. Zudem seien die Estrichfläche von 60 m2, der Lager- und Packraum von 52 m2 sowie die acht Aussenparkplätze von der Vorinstanz in willkürlicher Weise nicht berücksichtigt worden.
3.2 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 138 I 49 E. 7.1 S. 51; 137 I 1 E. 2.4 S. 5).
3.3 Die von der Beschwerdeführerin aufgelegte Verkehrswertschätzung vom 29. Oktober 2011 weist eine Mietfläche von total 268 m2 aus. Die Vorinstanz äussert sich nicht zu den vermieteten bzw. vermietbaren Flächen, stellt jedoch nicht in Frage, dass die Beschwerdeführerin die ganze Liegenschaft nutzt. Die Steuerverwaltung berücksichtigt in ihrer Vernehmlassung nur Büroflächen von 52 m2 und Verkaufsflächen von 104 m2, insgesamt 156 m2. Die Vorinstanz legt nicht dar, ob oder warum der Mietzinsberechnung eine andere Quadratmeterfläche zugrunde zu legen sei als jene, welche die Beschwerdeführerin unter Bezugnahme auf das Gutachten angibt.
Bei Berücksichtigung der Gesamtfläche von 268 m2 ergibt sich gemäss Gutachten vom 29. Oktober 2011 ein durchschnittlicher Quadratmeterpreis von Fr. 119.25. Wird die Dachgeschossfläche von 60 m2, welche im Gutachten mit einem Mietwert von Fr. 1'800.-- angegeben ist, nicht berücksichtigt, so ergibt sich ein durchschnittlicher Quadratmeterpreis von Fr. 145.-- (Fr. 30'160.-- ./. 208 m2). Geht man dagegen vom Mietwert gemäss der amtlichen Schätzung vom 20. Dezember 2007 aus, resultiert ein Quadratmeterpreis von Fr. 53.75 bzw. Fr. 69.25 (ohne Dachgeschoss).
3.4 Die Vorinstanz verwirft die Verkehrswertschätzung vom 29. Oktober 2011 pauschal, ohne auf die (teilweise enormen) Divergenzen konkret einzugehen. Der angefochtene Entscheid enthält weder eine Erklärung zur Frage der abzugsberechtigten Mietfläche, noch begründet er die Abweichungen von den geltend gemachten Quadratmeterpreisen in nachvollziehbarer Weise. Auch durch den Umstand, dass der von der Beschwerdeführerin beauftragte Schätzer offensichtlich die fragliche Liegenschaft bereits im Jahr 2007 einmal geschätzt hatte, werden die Berechnungen der aufgelegten Verkehrswertschätzung nicht per se entkräftet. Schliesslich vermag die Vorinstanz die erheblichen Unterschiede der Kubikmeterpreise zwischen der Schätzung der Thurgauer Gebäudeversicherung vom 23. Oktober 2007 und der amtlichen Schätzung der Steuerverwaltung vom 20. Dezember 2007 nicht plausibel zu erklären.
Angesichts dieser Divergenzen ist der Schluss der Vorinstanz willkürlich, wonach die Beschwerdeführerin in für die Gesellschaftsorgane erkennbarer Weise ihrer Gesellschafterin einen überhöhten Mietzins bezahlt haben soll. Entgegen der Feststellung der Vorinstanz haben die Steuerbehörden nicht nachgewiesen, dass ein offensichtliches Missverhältnis zwischen der Mietpreiszahlung der Beschwerdeführerin und dem Mietwert der Liegenschaft bestand. Angesichts der Rechtslage, wonach die Aufrechnung einer geldwerten Leistung dann vorgenommen werden kann, wenn u.a. die Gesellschaft für ihre Leistung keine gleichwertige Gegenleistung erhält und insbesondere dieser Umstand für die Gesellschaftsorgane erkennbar war, hätten sich die Steuerbehörden mit der vorliegenden Verkehrswertschätzung detaillierter auseinandersetzen und aufzeigen müssen, inwiefern die dortigen Berechnungen falsch und auch für die Gesellschaftsorgane unmassgeblich sind. Mit einer Vermutung, eine Schätzung aus dem Jahr 2007 könnte erheblich tiefer gewesen sein, kommen sie auf jeden Fall diesen Anforderungen nicht nach.
3.5 Weil die Vorinstanz sich in willkürlicher Weise nicht mit den Vorbringen der Beschwerdeführerin zum Sachverhalt auseinandergesetzt hat, ist die Aufrechnung der fraglichen geldwerten Leistung bundesrechtswidrig; eine substituierte Begründung durch das Bundesgericht ist nicht möglich. Es obliegt der Vorinstanz abzuklären, welche Flächen der Liegenschaft als vermietet gelten können und welcher Quadratmeterpreis für die jeweiligen Flächen auf dem Markt im Jahr 2009 erzielt werden konnte. Gestützt darauf ist der anrechenbare Mietaufwand der Beschwerdeführerin neu festzusetzen und die direkte Bundessteuer 2009 zu berechnen.
3.6 Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2009 gutzuheissen ist, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache ist zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
II. Kantons- und Gemeindesteuern
4. 4.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss § 76 des Thurgauer Gesetzes über die Staats- und Gemeindesteuern vom 14. September 1992 (Steuergesetz; RB 640.1) zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahres (Ziff. 1), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (Ziff. 2), wie insbesondere offenen und verdeckten Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründeten Zuwendungen an Dritte (lit. e). Diese Bestimmungen entsprechen Art. 58 Abs. 1 DBG bzw. Art. 24 Abs. 1 StHG. Das zum DBG Festgestellte gilt damit ebenfalls für die kantonalen Steuern.
4.2 Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2009 ist damit ebenfalls gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache ist zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
III. Kosten und Entschädigung
5. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Kanton Thurgau, der Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Der nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_278/2012 und 2C_279/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_278/2012) wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3. Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_279/2012) wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Kanton Thurgau auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Genner