Fatti:
A. A.a Con contratto 1° settembre 1999, che annulla quello precedente stipulato dalla locatrice con C._ il 26 ottobre 1995, la A._SA ha locato alla B._SA diverse parti di uno stabile a Lugano adibite a centro fitness e wellness, fissando l'inizio della locazione retroattivamente al 1° gennaio 1998. Con riferimento alle spese accessorie il contratto di locazione prevede unicamente quanto segue:
"spese accessorie: CHF 5'000.- (cinquemila) mensili quale acconto a partire dal 01.01.1998 da pagarsi contemporaneamente al canone d'affitto.
Il relativo conguaglio sarà da versare entro 30 (trenta) giorni dalla presentazione del conteggio definitivo."
A.b Il 29 aprile 2005 la locatrice ha invano chiesto alla conduttrice il versamento di fr. 118'583.50 a titolo di conguaglio delle spese accessorie per l'anno 2004. Dopo aver adito il competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione, la A._SA si è rivolta al Pretore del distretto di Lugano per ottenere la condanna della B._SA al pagamento di fr. 116'026.46. Il Pretore ha respinto l'azione.
B. Con sentenza 14 novembre 2011 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto un appello dell'attrice. La Corte cantonale ha innanzi tutto richiamato l'art. 257a cpv. 2 CO e ha indicato che le spese accessorie sono a carico del conduttore unicamente se le parti lo hanno concordato in maniera chiara e precisa, dettagliando le poste effettive. Dopo aver rilevato che dal versamento regolare di acconti non può essere dedotta una pattuizione secondo cui le spese accessorie sono a carico della convenuta, ha considerato infondate o inammissibili le argomentazioni del rimedio cantonale avanzate dall'attrice per ottenere il pagamento delle spese accessorie, perché da tali censure non risultavano né un'espressa pattuizione, né motivi idonei a rimediare alla sua assenza.
C. Con ricorso in materia civile del 13 gennaio 2012 la A._SA postula, previa concessione dell'effetto sospensivo al rimedio, l'annullamento della sentenza di appello e la sua riforma nel senso che la convenuta sia condannata a versarle fr. 116'026.46, oltre interessi, e che l'opposizione interposta da quest'ultima al relativo precetto esecutivo sia rigettata. La ricorrente narra una propria versione della fattispecie, lamenta segnatamente una violazione dell'art. 18 CO e afferma che le parti avrebbero concordato che le spese accessorie devono essere assunte dalla conduttrice. Sostiene poi che la Corte cantonale non avrebbe tenuto conto di una presunzione secondo cui nei rapporti commerciali le spese di consumo andrebbero a carico del conduttore e ritiene che il comportamento dell'inquilina sia abusivo.
La Presidente della Corte adita ha respinto, con decreto del 3 febbraio 2012, la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio.
Con risposta 16 febbraio 2012 la B._SA propone la reiezione del ricorso nella misura in cui è ricevibile.
Diritto:
1. Il tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF combinato con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF) ricorso in materia civile è diretto contro una decisione finale emanata su ricorso dal Tribunale di ultima istanza del Cantone Ticino in una controversia in materia di diritto di locazione con un valore di lite manifestamente superiore a fr. 15'000.-- e si rivela quindi ammissibile dal profilo degli art. 72 cpv. 1, 74 cpv. 1 lett. a e 75 LTF.
2. 2.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF), considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (DTF 134 III 102 consid. 1.1). Le esigenze sono più severe quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali: in questo caso l'art. 106 cpv. 2 LTF esige una motivazione puntuale e precisa (DTF 136 I 65 consid. 1.3.1; 134 II 244 consid. 2.2). Per lamentare con un'ammissibile censura la violazione del divieto dell'arbitrio non è segnatamente sufficiente formulare una critica meramente appellatoria (DTF 136 II 489 consid. 2.8) e contestare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, nella quale l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale (DTF 134 II 349 consid. 3).
Di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene o completarlo solo se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
Se rimprovera all'autorità cantonale un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - ossia arbitrario (DTF 137 III 268 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) - il ricorrente deve motivare la censura conformemente alle esigenze poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 136 II 304 consid. 2.5 pag. 314). Deve indicare chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati e precisare in cosa consiste la violazione (DTF 134 II 244 consid. 2.2). Siccome il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale nel campo dell'apprezzamento delle prove (o dell'accertamento dei fatti in genere), chi invoca l'arbitrio deve dimostrare che la sentenza impugnata ha ignorato il senso e la portata di un mezzo di prova preciso, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (DTF 137 I 58 consid. 4.1.2 pag. 62; 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62; 129 I 8 consid. 2.1).
2.2 In concreto il ricorso, in cui l'attrice nemmeno indica a quali passaggi del giudizio impugnato essa abbia inteso riferire le sue argomentazioni, è un coacervo quasi inestricabile di argomenti di fatto e di diritto. La ricorrente dà per acquisita una fattispecie che non risulta dalla sentenza d'appello o che è addirittura esplicitamente smentita dagli accertamenti effettuati dalla Corte cantonale, ma non formula una qualsiasi censura che soddisfi le esigenze di motivazione previste dall'art. 106 cpv. 2 LTF per un'ammissibile critica delle constatazioni fattuali. Ciò vale segnatamente per l'affermazione che vi sarebbe una "continuità" fra il contratto concluso il 26 ottobre 1995 e quello del 1° settembre 1999, che la ricorrente ripete più volte senza però confrontarsi con la dettagliata motivazione della sentenza impugnata, in cui viene spiegato che non solo il secondo contratto, sottoscritto da un nuovo conduttore, indicava espressamente di annullare il primo, ma che pure il teste D._, già amministratore della locatrice, aveva dichiarato che esso era stato voluto da quest'ultima "per definire una volta per tutte la pigione e l'ammontare delle spese accessorie" ed è stato concluso "per partire da zero con una situazione pulita che fosse chiara per tutti". Inoltre, pur asserendo che la conduttrice avrebbe pagato i conguagli delle spese accessorie per gli anni 1998 - 1999, la ricorrente omette di enunciare una qualsiasi censura sufficientemente motivata contro la constatazione della decisione d'appello secondo cui dall'istruttoria nemmeno risulta che tali conteggi siano effettivamente stati emessi. La ricorrente sembra anche dimenticare che - secondo gli accertamenti dei Giudici cantonali - la teste, su cui essa si era fondata per sostenere che inizialmente la contestazione verteva unicamente sulla ripartizione delle spese, aveva relativizzato tale affermazione con un "se non erro".
Nella presente sentenza il Tribunale federale si fonderà quindi sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità cantonale e si limiterà a trattare le censure che hanno potuto essere individuate in maniera attendibile, le altre argomentazioni ricorsuali rivelandosi di primo acchito inammissibili.
3. Giusta l'art. 257a cpv. 2 CO le spese accessorie sono a carico del conduttore soltanto se specialmente pattuito. Nel caso di locali di abitazione o commerciali, le spese accessorie sono la remunerazione per i costi effettivamente sostenuti dal locatore per prestazioni connesse con l'uso, quali i costi di riscaldamento e di acqua calda e analoghe spese d'esercizio, come pure per tributi pubblici risultanti dall'uso della cosa (art. 257b cpv. 1 CO). Se non vi è una pattuizione speciale, le spese accessorie sono incluse nella pigione. La giurisprudenza ha inoltre già avuto modo di precisare che le spese accessorie poste a carico del conduttore devono essere descritte in maniera chiara e precisa nel contratto; se sono ad esempio elencate nelle condizioni generali annesse, possono essere fatturate al conduttore solo nella misura in cui concretizzano spese già poste a carico di quest'ultimo nel contratto (DTF 135 III 591 consid. 4.3.1 pag. 595).
3.1 La Corte cantonale ha rilevato che non risulta alcuna pattuizione speciale - in forma scritta, verbale o per atti concludenti - ai sensi della predetta norma che specifica quali spese accessorie vanno a carico della conduttrice. Ha considerato insufficiente a questo proposito il versamento degli acconti di fr. 5'000.-- mensili previsti dal contratto di locazione.
3.2 La ricorrente invoca una violazione dell'art. 18 CO e afferma, citando segnatamente estratti di testimonianze, che le parti hanno stipulato una locazione in cui le spese accessorie a cui si riferiscono le richieste di pagamento devono essere sopportate dalla conduttrice.
3.3 In concreto - a giusta ragione - nemmeno la ricorrente pretende che dal testo del contratto di locazione del 1° settembre 1999 possa essere dedotta una valida pattuizione che precisa quali spese accessorie vanno assunte dall'opponente. Infatti tale contratto indica l'obbligo di pagare un acconto mensile di fr. 5'000.-- per le spese accessorie e quello di versare il relativo conguaglio entro 30 giorni dalla presentazione del conteggio definitivo, ma non menziona affatto di quali spese accessorie si tratti. La ricorrente esterna invece, inammissibilmente (sopra, consid. 2), una critica puramente appellatoria diretta contro gli accertamenti di fatto della sentenza impugnata e tra l'altro anche fondata sulla pretesa continuità fra l'appena menzionato contratto e quello del 26 ottobre 1995. Per dimostrare l'esistenza di una manifestazione concorde della volontà, che non avrebbe trovato riscontro nel testo del contratto, non basta poi nemmeno - come invece fatto nell'impugnativa - indicare di aver discusso sulle spese accessorie e di averle definite senza che risulti che l'altro contraente le abbia accettate. Giova infine rilevare che, contrariamente a quanto ritiene la ricorrente, la sentenza impugnata va anche condivisa quando indica che l'art. 257a cpv. 2 CO si applica pure alle locazioni commerciali e che il pagamento di acconti non supplisce alla necessaria pattuizione sulle spese accessorie: infatti da tale pagamento non può essere dedotto quali sarebbero le spese accessorie che le parti avrebbero convenuto di porre a carico della conduttrice. Altrettanto inutile a tal fine è l'argomentazione ricorsuale secondo cui le pigioni si rivelano piuttosto contenute. Così stando le cose, è del tutto superfluo esaminare se, come pare aver ritenuto la Corte cantonale, una pattuizione concernente le spese accessorie avrebbe inoltre dovuto rivestire la forma scritta, perché nel contratto di locazione le parti avevano previsto che questo avrebbe unicamente potuto essere modificato rispettando tale forma.
4. La Corte cantonale ha pure ritenuto che gli importi oggetto della lite non riguardano spese di consumo, ma spese accessorie. Essa ha indicato che dagli atti risulta infatti che si tratta di costi che rientrano nella definizione dell'art. 257b cpv. 1 CO, concernendo in concreto spese di riscaldamento, costi di elettricità dei vani comuni, pulizia scale e vani comuni, servizio portineria, tassa canalizzazione, manutenzione giardino, sgombero neve e altri costi di esercizio.
La ricorrente afferma invece che nei rapporti locativi commerciali esisterebbe una presunzione secondo cui le spese di consumo, come quelle a cui ritiene si riferiscano le sue richieste di pagamento, sono pacificamente a carico del conduttore. Ora, la censura si rivela inammissibile perché parte apoditticamente dal presupposto che le spese in questione siano spese di consumo senza minimamente confrontarsi con la summenzionata argomentazione della sentenza impugnata.
5. Infine la ricorrente ritiene che la Corte cantonale abbia protetto un abuso di diritto, perché l'opponente avrebbe inizialmente solo contestato la ripartizione delle spese fra gli inquilini, avrebbe pagato i conguagli per gli anni 1998 e 1999 nonché gli acconti mensili. Ora, i primi due fatti su cui è basata tale censura non risultano dalla sentenza impugnata, rispettivamente sono addirittura in contrasto con gli accertamenti della Corte cantonale (sopra, consid. 2.2), motivo per cui essa si rivela in tale misura inammissibile. Senza pertinenza risulta poi il fatto che la conduttrice abbia pagato gli acconti previsti nel contratto, atteso che con l'azione in rassegna la ricorrente chiede il pagamento di ulteriori montanti.
6. Da quanto precede discende che il ricorso, nella ridotta misura in cui si rivela ammissibile, si appalesa infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 6'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.