Sachverhalt:
A. X._ wurde vom Obergericht des Kantons Zürich am 11. Oktober 1994 wegen mehrfacher sexueller Handlungen mit einem Kind zu drei Jahren Zuchthaus verurteilt. Er hatte als Gottheit eine kleine Gläubigengemeinde um sich geschart und sich ab 1983 einige "Tempelmädchen" gehalten. Von 1989 bis 1991 war es zwischen ihm und einem der Mädchen zu mehreren sexuellen Handlungen gekommen, wobei jede Schuld von sich wies und erklärte, nicht er habe das Mädchen missbraucht, sondern der in ihm wohnende Dämon August Holenweger. Die von X._ gegen seine Verurteilung ergriffenen Rechtsmittel blieben erfolglos.
B. X._ wurde am 31. Mai 1996 zum Strafantritt auf den 21. August 1996 vorgeladen. Er rekurrierte gegen den Strafantrittsbefehl. In der Folge kam es zu verschiedenen Verfahren, in denen es im Wesentlichen um die Hafterstehungsfähigkeit des X._ ging. Das von ihm ins Recht gelegte Gutachten von Dr. B._ und das vom (damaligen) Amt für Straf- und Massnahmenvollzug eingeholte Gutachten von Dr. C._ vom 12. November 1998 bescheinigten X._, geisteskrank - er leide u.a. an einer chronisch-paranoiden Schizophrenie - und hafterstehungsunfähig zu sein.
Am 24. August 2001 schob das Amt für Justizvollzug den Vollzug der Strafe bis auf Weiteres auf und auferlegte X._, jährlich einen aktuellen Arztbericht über seine Hafterstehungsfähigkeit einzulegen. Der Entscheid erwuchs in Rechtskraft.
In den Jahren 2001 bis 2008 bescheinigte Dr. B._ X._ in jährlichen Berichten Hafterstehungsunfähigkeit.
C. Unter dem Eindruck der bald eintretenden Vollstreckungsverjährung lud der Strafvollzugsdienst X._ am 1. Juli 2008 zum Strafantritt auf den 10. September 2008 vor.
Die Justizdirektion des Kantons Zürich hiess den Rekurs von X._ gut und hob die Vorladung auf. Sie wies das Amt für Justizvollzug an, ein Gutachten über die Hafterstehungsfähigkeit von X._ einzuholen, namentlich auch zur Klärung der Frage, ob aufgrund der in den letzten Jahren eingetretenen Änderungen des Strafvollzugs eine für X._ geeignete Vollzugsform zur Verfügung stehe.
X._ erhob gegen diesen Entscheid entsprechend der Rechtsmittelbelehrung Beschwerde ans Bundesgericht, welches das Rechtsmittel am 3. März 2009 dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zur Beurteilung überwies. Dieses wies die Beschwerde am 24. Juni 2009 ab.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts sowie diejenigen der Vorinstanzen aufzuheben. Das Amt für Justizvollzug bzw. die Justizdirektion seien anzuweisen, in Zukunft von weiteren Strafantrittsbefehlen und der Einholung von zusätzlichen Gutachten abzusehen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Mit dem angefochtenen Entscheid wird die Frage, ob und wie der Beschwerdeführer seine Strafe anzutreten hat, nicht beurteilt. Das Verfahren ist damit nicht abgeschlossen, es handelt sich um einen Zwischenentscheid. Gegen einen solchen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig, wenn er einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Lit. b kommt in Strafverfahren kaum je zur Anwendung (Entscheid des Bundesgerichts 6B_782/2008 vom 12. Mai 2009, E. 1.4) und fällt auch im vorliegenden Fall nicht in Betracht.
Es ist Sache des Beschwerdeführers nachzuweisen, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sind (BGE 134 III 426 E. 1.2; 133 III 629 E. 2.4.2; 133 IV 288 E. 3.2; Entscheid des Bundesgerichts 6B_516/2007 E. 1.3). Schweigt er sich dazu wie hier vollständig aus, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Es ist im Übrigen auch nicht ersichtlich, dass die Erstellung eines neuen Gutachtens über die Hafterstehungsfähigkeit einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur bewirken könnte.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG). Den ungünstigen finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von 800 Franken sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi