Faits:
A. Il est reproché à X._ et Y._ d'avoir, à Genève et dans le canton de Vaud, en 1998 et 1999, commis, en qualité de coauteurs, une escroquerie (art. 146 al. 1 CP), un faux dans les titres (art. 251 ch. 1 CP) et une gestion déloyale aggravée (art. 158 ch. 1 CP) au préjudice des sociétés A._ SA et B._ SA avec la précision que Y._ a été poursuivi pour instigation à gestion déloyale (art. 24 al. 1 CP).
B. Par jugement du 7 mars 2006, la Cour correctionnelle genevoise, siégeant avec jury, a reconnu X._ et Y._ coupables de faux dans les titres et gestion déloyale aggravée, mais les a libérés du chef d'accusation d'escroquerie.
Le 26 janvier 2007, la Cour de cassation genevoise a confirmé le verdict de culpabilité pour faux dans les titres. Elle a en revanche annulé l'acquittement de X._ et Y._ pour escroquerie ainsi que la condamnation de X._ pour gestion déloyale aggravée et de Y._ pour instigation à gestion déloyale aggravée et par voie de conséquence la mesure de la peine, les suites civiles et la créance compensatrice.
Ce jugement ayant fait l'objet de deux recours au Tribunal fédéral, ce dernier les a tous deux déclarés irrecevables, motifs pris que l'arrêt cantonal ne constituait pas une décision finale, ni une décision partielle ou incidente susceptible d'un recours immédiat (ATF 133 IV 137).
C. Le 16 mai 2008, la Cour correctionnelle genevoise, siégeant avec le concours du jury, a notamment acquitté X._ des préventions d'escroquerie et de gestion déloyale et Y._ des préventions d'escroquerie et d'instigation à gestion déloyale.
Cette partie de son arrêt, ainsi que la fixation des peines et le rejet des conclusions civiles ont été annulés par la Cour de cassation cantonale le 13 mars 2009. Le recours interjeté au Tribunal fédéral par X._ contre ce dernier arrêt a été déclaré irrecevable le 18 mai 2009.
D. Par arrêt du 21 janvier 2010, la Cour correctionnelle avec jury a condamné X._ à une peine pécuniaire de deux cents jours-amende d'un montant de cinquante francs pour escroquerie, faux dans les titres et gestion déloyale aggravée. Cette peine, complémentaire à celles prononcées le 17 août 2007 et le 15 décembre 2008 par le juge d'instruction de Lausanne, a été assortie du sursis pendant deux ans. Y._ a été condamné à quatorze mois de peine privative de liberté pour escroquerie, faux dans les titres et instigation à gestion déloyale aggravée. Cette peine, complémentaire à celles prononcées le 21 février 2000 par la Cour de cassation pénale de Lausanne et le 7 septembre 2007 par le juge d'instruction de Lausanne, a été assortie du sursis pendant deux ans.
E. Les faits de la cause tels qu'établis par l'autorité de jugement sont en résumé les suivants:
a) En 1996, C._ était l'actionnaire unique d'A._ SA, société dont le but était l'acquisition et l'exploitation de cafés, restaurants et hôtels constituant le groupe D._. Par la suite, son fils, E._, l'a représenté dans la société et s'est occupé des affaires de son père.
b) A._ SA était l'actionnaire unique de B._ SA et F._ l'administrateur des deux sociétés. B._ SA était propriétaire de fonds de commerce et avait notamment pour but l'exploitation d'un café-restaurant, le G._, à Lausanne, exploité par Y._.
c) Le 5 janvier 1996, A._ SA a vendu à Y._ le capital-actions de B._ SA pour le prix de 1,1 million de francs. Malgré le non-paiement de cette somme, l'acheteur a été autorisé à exploiter l'établissement et à entreprendre des travaux dans ses locaux. Ce contrat a fait l'objet de divers avenants, dont l'un, conclu le 20 mars 1997, relatif à un crédit-vendeur partiel de 400'000 francs. Quatre mensualités de 9'500 fr. chacune ont été versées.
d) L'exploitation de l'établissement le G._ a généré des pertes, ce qui a amené Y._ à passer de l'exploitation d'une pizzeria à celle d'un bar à l'enseigne le H._. De nouvelles pertes ont néanmoins été subies.
e) En 1997, K._ Lausanne Sàrl (ci-après: K._ Sàrl) a été constituée avec, pour associés, Y._ et Z._.
Le 23 avril 1998, A._ SA a vendu à K._ Sàrl le capital-actions de B._ SA pour le prix de 1'118'000 fr., payable comme suit: 110'000 fr. à la signature du contrat, puis quatre-vingt-quatre mensualités de 12'000 fr. chacune. Il a été stipulé qu'A._ SA demeurait propriétaire des actions et ayant droit économique de B._ SA jusqu'au complet paiement du prix de vente, les titres étant déposés à l'UBS au nom du vendeur. Le contrat, qui annulait celui du 5 janvier 1996 et ses avenants, a été signé par F._ et Y._. 206'000 fr. ont été versés par l'acheteur au vendeur, soit 110'000 fr. à la signature ainsi que huit mensualités de 12'000 fr. jusqu'à fin 1998.
f) La comptabilité de K._ Sàrl était tenue par L._, société fiduciaire exploitée en raison individuelle par X._, propriétaire, qui fut nommé administrateur de B._ SA en septembre 1998, F._ le restant aux fins de contrôle de la bonne exécution du contrat de vente.
g) Le 23 décembre 1998, agissant comme si elle en était propriétaire, K._ Sàrl, représentée par Y._, a vendu le fonds de commerce le H._, avec l'accord de B._ SA, représentée par l'un de ses administrateurs, X._, à la société M._ AG pour le prix de 1,2 million de francs, payable comme suit : 100'000 fr. à la signature du contrat, représentant la commission de courtage de la société N._ Ltd, 500'000 fr. le 28 décembre 1998 lors de la reprise des locaux, et 600'000 fr. le 15 janvier 1999. Les fonds ont été intégralement versés sur le compte de K._ Sàrl auprès de la Banque de dépôt et de gestion à Lausanne (ci-après: la BDGL). A hauteur de 600'000 fr., ils ont notamment servi à payer des dettes de K._ Sàrl et de B._ SA par l'intermédiaire de l'Office des poursuites de Lausanne. 364'000 fr. ont transité par le compte de L._ rubrique K._ Sàrl, auprès de l'UBS. Tant Y._ que X._ ont effectué d'importants retraits en argent liquide, dont l'affectation n'a été que partiellement justifiée.
h) Début janvier 1999, Y._ et X._ ont proposé à A._ SA un avenant au contrat de vente du 23 avril 1998, soit le versement immédiat d'un montant de 500'000 fr. moyennant une diminution du prix de vente des actions à 671'900 fr. et un nouvel échelonnement du paiement du solde, savoir le versement de 60 mensualités de 2'865 fr. chacune dès le mois de février 1999. Ces versements ne sont pas intervenus.
i) Cet avenant a été signé le 15 janvier 1999 par F._ pour A._ SA, par Y._, tant pour K._ Sàrl qu'à titre personnel comme débiteur conjoint et solidaire, et par X._ pour B._ SA en qualité de débitrice conjointe et solidaire de K._ Sàrl. Cette dernière a remis à A._ SA un chèque de 500'000 fr. tiré sur le compte de K._ Sàrl auprès de la BDGL. L'avenant prévoyait le transfert immédiat à K._ Sàrl de la propriété des actions de B._ SA.
j) Le 6 mai 1999, la faillite de K._ Sàrl a été prononcée. La procédure, suspendue pour défaut d'actifs, a été clôturée le 15 janvier 2001.
k) En décembre 1999, l'expert-comptable P._, de CRM Expertises SA, organe de révision de B._ SA, a reçu de X._ le bilan de la société au 30 avril 1999. En interrogeant X._ au sujet de cette comptabilité, il a découvert que K._ Sàrl avait vendu le fonds de commerce du H._ pour 1,1 million de francs à M._ AG, sans qu'aucune écriture comptable ne soit passée au sujet de cette aliénation. Le bilan attestait faussement que la société en était toujours propriétaire. K._ Sàrl avait encaissé le prix de vente en lieu et place de B._ SA. P._ a obtenu de X._ qu'il établisse un nouveau bilan de la société conforme à la réalité économique.
l) E._ et F._ ont affirmé avoir ignoré, jusqu'en décembre 1999, le fait que le fonds de commerce avait été vendu en décembre 1998 et avoir été trompés par Y._ et X._. Selon eux, s'ils avaient eu connaissance de cette vente et de ses effets, ils n'auraient pas signé l'avenant du 15 janvier 1999.
m) Devant le refus de X._ et de Y._ de leur verser le moindre montant, A._ SA et B._ SA ont déposé plainte pénale en raison de ces faits le 13 mars 2002.
F. Le 1er juin 2010, la Cour de cassation cantonale a rejeté les pourvois formés par X._ et Y._ contre l'arrêt de la Cour correctionnelle du 21 janvier 2010.
G. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral, dans lequel il conclut à l'annulation de l'arrêt de la cour de cassation cantonale du 1er juin 2010, au prononcé de son acquittement des chefs d'accusation d'escroquerie, gestion déloyale et faux dans les titres et subsidiairement à une diminution de la peine prononcée à 100 jours-amende.
Y._ forme également un recours en matière pénale au Tribunal fédéral, dans lequel il conclut à l'annulation des arrêts cantonaux et à son acquittement des chefs d'escroquerie, de faux dans les titres et d'instigation à gestion déloyale aggravée. Subsidiairement, il conclut au constat que l'action pénale dirigée contre lui serait devenue irrecevable. Il invoque une violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst), de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst) et des art. 47, 50, 146, 158 ch. 1 al. 3 CP, 110 al. 5 et 251 al.1 aCP.
Considérant en droit:
1. Les deux recourants ont été condamnés dans le cadre du même contexte de faits et la cour cantonale a statué sur les recours dans le même arrêt. Il se justifie dès lors de joindre les recours et de statuer dans un seul arrêt.
2. Les recourants s'en prennent tout d'abord à leur condamnation pour escroquerie.
2.1 Aux termes de l'art. 146 CP, se rend coupable d'escroquerie celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers.
L'escroquerie ne sera consommée que s'il y a un dommage (CORBOZ, Les infractions en droit suisse, 3e éd. 2010, n. 32 ad art. 146 CP). Sur le plan subjectif, l'escroquerie est une infraction intentionnelle, l'intention devant porter sur tous les éléments constitutifs de l'infraction. L'auteur doit en outre agir dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, soit un avantage patrimonial correspondant au désavantage patrimonial constituant le dommage (ATF 134 IV 210 consid. 5.3 p. 213 s.).
Il est reproché aux recourants d'avoir déterminé A._ SA à accepter un abattement sur le prix convenu le 23 avril 1998 pour la vente à K._ Sàrl du capital-actions de B._ SA, en profitant du fait qu'ils savaient qu'A._ SA avait besoin de liquidités et en offrant à cette société un versement immédiat de 500'000 fr. tout en lui cachant que cet argent provenait du produit de la vente passée sans droit par K._ Sàrl du seul actif de B._ SA, société dont A._ SA était encore propriétaire.
2.2 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., implique pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision afin que l'intéressé puisse en comprendre la portée et l'attaquer utilement s'il y a lieu. Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88) et expose les motifs qui fondent son prononcé, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient. Elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277). Le Tribunal fédéral examine librement si les exigences posées par l'art. 29 al. 2 Cst. ont été respectées (ATF 124 I 49 consid. 3a p. 51 et les arrêts cités). Il n'examine en revanche que sous l'angle de l'arbitraire l'application des dispositions cantonales.
L'escroquerie consiste à tromper la dupe par des affirmations fallacieuses, par la dissimulation de faits vrais ou par un comportement qui la conforte dans son erreur. Il ressort clairement de l'arrêt cantonal, qui se réfère sur ce point à ses décisions précédentes, que le jury a bien retenu l'existence d'une tromperie. Au demeurant, l'existence d'une tromperie ressort des questions posées au jury et de la motivation du verdict de culpabilité reprise par l'arrêt cantonal. Quant à la caractérisation de la tromperie, elle n'a pas échappé à la cour de cassation cantonale, qui a clairement dit que la tromperie, soit la dissimulation de la vente du fonds de commerce à M._ AG, ne consistait pas en une omission, mais en une commission, dans la mesure où les auteurs avaient négocié et conclu un avenant en présentant une vision tronquée de la réalité et en omettant sciemment d'évoquer certains faits. On ne discerne ainsi aucune application arbitraire du droit cantonal, tel que motivé par le recourant Y._, ni aucune violation du droit d'être entendu des recourants. Le premier grief ne peut dès lors qu'être rejeté.
2.3 Pour qu'il y ait escroquerie, une simple tromperie ne suffit cependant pas. Il faut qu'elle soit astucieuse. Le juge pénal n'a pas à accorder sa protection à celui qui est tombé dans un piège qu'un peu d'attention et de réflexion lui aurait permis d'éviter. Selon la jurisprudence, la tromperie est astucieuse lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il donne simplement de fausses informations, si leur vérification est impossible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire en raison d'un rapport de confiance particulier (ATF 133 IV 256 consid. 4.4.3 p. 264; 128 IV 18 consid. 3a p. 20).
2.3.1 Comme relevé ci-dessus, il n'appartenait pas à l'autorité de jugement de traiter tous les arguments soulevés par les recourants sur l'existence ou non d'un lien de confiance particulier excluant une négligence de la société dupée. Elle devait exposer les raisons pour lesquelles elle admettait l'existence d'un tel lien, ce qu'elle a fait, sur demande de la cour de cassation. En effet, cette dernière avait jugé que l'hypothèse selon laquelle A._ SA et B._ SA, parties civiles, devaient se douter que l'argent provenait de la vente du fonds de commerce ne reposait sur aucun élément du dossier et qu'il appartenait, dans ces conditions à l'autorité de jugement d'examiner s'il existait entre parties un rapport de confiance particulier de nature à exclure l'astuce. Ainsi, l'autorité de jugement, suivie par la cour cantonale a exclu toute négligence de la dupe en raison d'un rapport de confiance particulier entre les parties, déduit de constatations dont elle a fait état et à propos desquelles la cour cantonale a exclu tout arbitraire. Cette motivation ne viole pas le droit d'être entendu des recourants.
S'agissant de la soi-disant absence de toute motivation dans l'arrêt attaqué au sujet du grief d'arbitraire dirigé contre l'appréciation des premiers juges du fait qu'un des recourants n'aurait pas eu l'intention de s'acquitter des mensualités prévues à l'avenant du 15 janvier 1999, elle ne viole pas non plus le droit d'être entendu des recourants, qui n'établissent à aucun moment en quoi ce fait aurait été pertinent et utilisé dans le cas particulier pour retenir l'astuce.
2.3.2 L'autorité de jugement, suivie par la cour cantonale, a admis l'existence d'un lien de confiance particulier entre parties sur la base d'un ensemble de faits. C._ et E._ étaient en relation d'affaires avec Y._ depuis 1996. Alors que le prix n'avait pas encore été payé, C._ avait autorisé Y._ à commencer l'exploitation du café-restaurant le G._ dès le 15 janvier 1996 et même à entreprendre des travaux dans les locaux. Après la conclusion de la vente du capital-actions de B._ SA à K._ Sàrl, X._ était devenu administrateur de B._ SA, société propriétaire du fonds de commerce de l'ancien G._, devenu le H._, aux côtés de F._, administrateur d'A._ SA. Il avait par conséquent l'obligation de défendre les intérêts de B._ SA. Le même X._, qui était comptable de K._ Sàrl et administrateur de B._ SA, était un ancien élève de P._, organe de contrôle d'A._ SA et de B._ SA. De plus, K._ Sàrl avait, malgré ses difficultés financières, respecté ses obligations de paiement découlant du contrat de vente du 23 avril 1998 du capital-actions de B._ SA.
Le recourant Y._, bien qu'il l'invoque, ne démontre pas, d'une manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, que ces faits auraient été établis de manière arbitraire, de telle sorte qu'ils lient la cour de céans.
On doit admettre qu'A._ SA pouvait, sur la base de ces différents éléments, renoncer à toute vérification, d'autant plus qu'il n'est pas établi qu'elle devait se douter que l'argent offert par K._ Sàrl provenait de la vente du fonds de commerce du H._ et qu'au contraire, les recourants ont eu la volonté claire de lui cacher l'existence de la vente de ce fonds en utilisant leur rôle respectif dans les différentes sociétés. Le rôle joué par X._, administrateur de B._ SA et chargé de veiller sur ses intérêts, est à ce titre déterminant et clairement de nature à endormir toute méfiance et à dissuader la dupe de procéder à des vérifications. En plus d'omettre volontairement de mentionner la vente du fonds de commerce dans la comptabilité commerciale, et alors qu'il ne pouvait pas engager B._ SA seul, il a non seulement donné son accord à la vente dudit fonds, mais a ensuite négocié l'avenant début janvier 1999 avec Y._ et engagé B._ SA en qualité de débitrice conjointe et solidaire de K._ Sàrl envers A._ SA lors de la signature de cet avenant portant sur le transfert de propriété du capital-actions de B._ SA, alors qu'il savait que B._ SA ne disposait plus du fonds de commerce, seul bien de la société et que cette dernière était une coquille vide. Dans ce contexte, l'expérience des administrateurs de la société dupée ou du réviseur n'est pas suffisante pour permettre de conclure à une négligence de la dupe. Par conséquent, en admettant que la tromperie était astucieuse, l'arrêt cantonal ne viole pas le droit fédéral et n'est à tout le moins pas arbitraire.
2.4 La tromperie astucieuse doit amener la dupe, dans l'erreur, à accomplir un acte préjudiciable à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers. La dupe doit conserver une certaine liberté de choix (CORBOZ, op. cit., n. 28 ad art. 146 CP). L'erreur créée ou confortée par la tromperie doit motiver l'acte (ATF 119 IV 210 consid. 3d p. 214).
Le recourant Y._ conteste le rapport de causalité ou de motivation car il serait uniquement déduit des déclarations de MM. E._ et F._, ce qu'il considère comme une appréciation arbitraire des preuves.
Contrairement à ce qu'il prétend, admettre qu'A._ SA n'aurait pas conclu l'avenant de janvier 1999 si elle avait eu connaissance de la vente du fonds de commerce du H._ sur la base des déclarations de MM. E._ et F._, renforcées encore par celles du réviseur, n'est en rien insoutenable et le recourant Y._, qui se contente d'alléguer que ces déclarations ne feraient que refléter l'opinion de personnes directement intéressées au procès et ne seraient pas corroborées par des éléments objectifs, ne démontre pas le contraire.
Les éléments cités par le recourant, soit qu'A._ SA n'a pas invalidé le contrat lorsqu'elle s'est rendue compte de son erreur ou que le réviseur a réclamé par la suite le paiement du solde prévu par l'avenant, ne permettent pas non plus de qualifier d'insoutenable la volonté, admise par l'autorité de jugement, d'A._ SA au moment de la conclusion de l'avenant. Il en est de même du transfert de propriété sur le fonds de commerce, admis par l'avenant. Il aurait certes permis à K._ Sàrl, devenue propriétaire de B._ SA, de vendre le fonds de commerce de cette dernière, mais il ne dit rien sur la volonté ou la motivation d'A._ SA au moment de la conclusion de l'avenant. En revanche, l'avenant prévoyait que B._ SA était, en plus de K._ Sàrl, débitrice conjointe et solidaire. Que l'avenant contienne une telle clause conforte les déclarations de MM. E._, F._ et du réviseur, et permet de nier tout arbitraire dans l'appréciation faite par l'autorité de jugement de la volonté d'A._ SA de ne pas conclure l'avenant si elle avait su que B._ SA était une coquille vide. Il n'était pas non plus insoutenable d'admettre qu'A._ SA a été motivée par le paiement immédiat de 500'000 fr. pour accepter l'avenant au contrat de vente du 15 janvier 1999, ce qui n'aurait pas été le cas si elle avait eu connaissance de la provenance de ce montant.
Cette appréciation ne procède pas non plus d'un renversement du fardeau de la preuve. Il n'a en effet pas été demandé aux recourants de prouver leur innocence et notamment d'établir que les dupes auraient conclu l'avenant au contrat même si elles avaient eu connaissance de la tromperie. L'autorité cantonale a admis sans arbitraire sur la base des éléments ci-dessus la volonté et la motivation des dupes. Il appartenait aux recourants qui entendaient contester cette appréciation d'en démontrer l'arbitraire, ce qui ne constitue pas un renversement du fardeau de la preuve contraire à la présomption d'innocence. Que la motivation de l'arrêt cantonal ne mentionne pas l'examen de ce grief, qui est sans pertinence, ne viole pas le droit d'être entendu des recourants.
Au demeurant, les recourants ne contestent pas le lien de causalité entre la tromperie astucieuse et la signature de l'avenant, qui pouvait, au vu des éléments ci-dessus, être admis sans violer le droit fédéral.
2.5 Le dommage est une lésion du patrimoine sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif, mais aussi d'une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique. Il n'est pas nécessaire que le dommage corresponde à l'enrichissement de l'auteur, ni qu'il soit chiffré. Il suffit qu'il soit certain (ATF 123 IV 17 consid. 3d p. 22; 121 IV 104 consid. 2c p. 107).
2.5.1 La cour cantonale a admis que le dommage consistait dans le fait que B._ SA avait été dépouillée de son seul actif sans contrepartie correspondante. Cette motivation, certes très succincte, permettait aux recourants de savoir en quoi consistait le dommage et de le contester devant la cour de céans, qui a un pouvoir d'examen libre sur cette question. Le dommage n'avait pas besoin d'être chiffré et pouvait consister en une mise en danger du patrimoine de la dupe. Le droit d'être entendu du recourant Y._ n'a par conséquent pas été violé.
2.5.2 Etant établi que B._ SA a été dépouillée de son seul actif sans contrepartie correspondante, cette situation n'est pas la conséquence d'un acte de la dupe, mais bien de la vente du fonds de commerce, seul actif de B._ SA, par K._ Sàrl à M._ AG. Cependant, la dupe a conclu l'avenant sans savoir que B._ SA était une coquille vide privée de son unique actif. L'avenant a été signé par X._ au nom de B._ SA, qui s'est engagée en tant que débitrice conjointe et solidaire de K._ Sàrl vis-à-vis de la dupe. Or, lorsque l'acte de la dupe consiste à conclure un contrat, il faut examiner si celui-ci comporte moins de droits ou plus de risques que ne le pensait la dupe sur la base de la tromperie (CORBOZ, op. cit., n. 35 ad art. 146 CP). Tel est le cas en l'espèce, puisque l'avenant prévoyait que la dupe pouvait s'adresser pour le paiement des mensualités dues par l'avenant aussi bien à K._ Sàrl qu'à B._ SA, débitrice conjointe et solidaire. Or, cette dernière était une coquille vide, privée d'actif par la vente de son fonds de commerce sans contrepartie, vente dont A._ SA n'avait pas connaissance au moment de la signature de l'avenant. Par conséquent, la garantie que croyait avoir la dupe quant au paiement des acomptes n'existait pas et l'avenant comportait plus de risques pour A._ SA. D'ailleurs, les acomptes ne lui ont jamais été versés et K._ Sàrl est tombée en faillite le 6 mai 1999, soit peu après la transaction.
Peu importe ce qu'aurait pu retirer A._ SA de la faillite de K._ Sàrl si elle n'avait pas conclu l'avenant. En effet, dans cette dernière hypothèse, A._ SA aurait gardé la propriété du capital-actions de B._ SA, qui était elle-même propriétaire du fonds de commerce du H._. De plus, un dommage temporaire ou provisoire suffit (ATF 122 II 422 consid. 3b/aa p. 430). L'avenant préjudiciable aux intérêts pécuniaires de A._ SA ayant été conclu, peu importe qu'il ait été annulable par la suite pour cause de dol (cf. Donatsch, Strafrecht III, 9e éd. 2008, p. 214; Corboz, op. cit., n. 36 ad art. 146 CP). Au vu de la motivation des recours, point n'est besoin d'examiner plus avant la question du dommage.
Les griefs des recourants tirés de leur condamnation pour escroquerie sont ainsi tous rejetés.
3. Les recourants contestent leur condamnation pour faux dans les titres.
3.1 L'art. 251 CP vise non seulement le faux matériel, qui consiste dans la fabrication d'un titre faux ou la falsification d'un titre, mais aussi le faux intellectuel, qui consiste dans la constatation d'un fait inexact, en ce sens que la déclaration contenue dans le titre ne correspond pas à la réalité. Ainsi, constitue un faux matériel, un titre dont l'auteur réel ne coïncide pas avec l'auteur apparent, alors que le faux intellectuel vise un titre qui émane de son auteur apparent mais qui est mensonger dans la mesure où son contenu ne correspond pas à la réalité (ATF 126 IV 65 consid. 2a p. 67).
La confiance dans le fait qu'un titre ne soit pas faux ou falsifié est plus grande que la confiance dans le fait que quelqu'un ne mente pas dans la forme écrite. C'est pourquoi l'existence d'un faux intellectuel ne doit être retenue que si le document a une capacité accrue de convaincre, parce qu'il présente des garanties objectives de la vérité de son contenu. La question de savoir si l'on se trouve en présence d'un mensonge écrit ou d'un faux intellectuel doit être tranchée de cas en cas, en fonction des circonstances concrètes (ATF 126 IV 65 consid. 2a p. 67 s. et les arrêts cités).
Sur le plan subjectif, l'infraction réprimée par l'art. 251 CP suppose que l'auteur ait agi intentionnellement et dans un dessein spécial, qui peut se présenter sous deux formes alternatives, soit le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui ou le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite.
Sur le plan subjectif, l'infraction réprimée par l'art. 251 CP suppose que l'auteur ait agi intentionnellement et dans un dessein spécial, qui peut se présenter sous deux formes alternatives, soit le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui ou le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite.
3.2 3.2.1 Dans son arrêt du 26 janvier 2007, la cour de cassation cantonale a considéré à juste titre que le bilan lacunaire de B._ SA établi par X._ était un titre et que les comptes de la société, qui étaient aussi faux dans la mesure où aucune écriture n'avait été passée dans les livres sur l'aliénation d'un avoir de la société, étaient également un titre. Peu importe que X._ ait aussi activé le fonds de commerce de B._ SA pour 1 fr. seulement les années précédentes dans un but fiscal. Il est clairement constaté en fait que le bilan et les comptes ne mentionnaient pas la vente du fonds de commerce, soit d'un avoir de B._ SA, et les recourants, qui se limitent à contester que les écrits incriminés ne soient assimilables à des comptes ou à un bilan en opposant leur propre appréciation des faits, ne démontrent pas l'arbitraire des constatations cantonales d'une manière répondant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Partant, les recourants ne sauraient s'en écarter dans l'examen de l'infraction de faux dans les titres.
S'agissant de la comptabilité commerciale d'une entreprise, il a été déduit des art. 957 et 963 CO qu'elle fait preuve, de par la loi, de la véracité de la situation et des opérations qu'elle présente (ATF 132 IV 12 consid. 8.1 p. 15; 125 IV 17; consid. 2a/aa p. 23). Au demeurant, même un bilan provisoire doit être exact (Corboz, op. cit. n. 43 ad art. 251 CP). Peu importe dès lors que la comptabilité devait encore être soumise au réviseur. Cette comptabilité commerciale, établie par X._, co-administrateur de la société et directeur de la fiduciaire qui s'occupait des comptes de K._ Sàrl, était, selon les constatations cantonales, destinée à tromper la société B._ SA et son actionnaire A._ SA et à porter atteinte aux droits de ces dernières. Ce faisant, X._ a bien commis un faux intellectuel et en l'admettant la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral.
3.2.2 Dans son arrêt du 26 janvier 2007, la cour cantonale a considéré que Y._ n'avait pas démontré l'arbitraire de la constatation des premiers juges relative au fait qu'il avait eu connaissance du faux perpétré par X._ et aurait déterminé ce dernier à le commettre.
Y._ se plaint de ne pas comprendre pourquoi son grief d'arbitraire a été rejeté et invoque une violation de son droit d'être entendu. Il ressort cependant clairement de l'arrêt cantonal que ce grief n'a pas été examiné faute d'avoir été motivé correctement. Y._ ne saurait dès lors se plaindre d'une violation de son droit d'être entendu. Dans son recours devant la cour de céans, Y._ ne fait que critiquer la constatation de fait retenue par l'autorité de jugement. Or, faute de décision de dernière instance cantonale sur l'arbitraire de celle-ci (art. 80 al. 1 LTF) et faute pour le recourant de démontrer que l'absence d'une décision sur ce point violerait ses droits constitutionnels, son grief tiré de l'arbitraire n'a pas à être examiné. Au demeurant, ce grief n'est pas motivé conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF et serait de toute manière irrecevable.
3.2.3 Au vu des constatations de faits cantonales rappelées ci-dessus, c'est également en vain que les recourants contestent l'élément subjectif de l'infraction. En effet, il est établi que Y._ a déterminé X._ à commettre le faux pour cacher le plus longtemps possible à A._ SA la vente du fonds de commerce de B._ SA, seul actif de cette dernière société, et permettre à K._ Sàrl d'en encaisser indûment le prix. Une éventuelle erreur ou inexpérience de X._ a été clairement écartée, compte tenu du fait qu'il exploitait une fiduciaire et que l'établissement de la comptabilité commerciale faisait partie de ses tâches habituelles. Les recourants, qui se limitent à nouveau à contester cette appréciation en y opposant la leur, n'en démontrent pas l'arbitraire d'une manière conforme aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Par conséquent, les faits constatés établissent clairement la conscience et la volonté des recourants. Il est également admis qu'ils ont agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite. Par conséquent, les éléments subjectifs de l'infraction sont aussi réalisés et c'est sans violer le droit fédéral que l'arrêt cantonal admet que les recourants ont commis un faux dans les titres.
4. L'art. 158 CP punit celui qui, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, aura porté atteinte à ces intérêts ou aura permis qu'ils soient lésés (ch. 1 al. 1). Le cas de la gestion déloyale aggravée est réalisé lorsque l'auteur a agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime (ch. 1 al. 3).
Il est établi, et les recourants ne démontrent pas que ce soit de manière arbitraire, qu'au moment de la vente du fonds de commerce de B._ SA à M._ AG le 23 décembre 1998, A._ SA était restée propriétaire des actions et demeurait l'ayant droit économique de B._ SA jusqu'à complet paiement du prix de vente. X._, en sa qualité d'administrateur de B._ SA, était inscrit au registre du commerce et avait le devoir de sauvegarder les intérêts pécuniaires de la société, devoir qu'il a violé en acceptant la vente du seul actif de celle-ci à K._ Sàrl. En décembre 2008, K._ Sàrl, qui a initié la vente et encaissé le produit, n'était pas juridiquement la détentrice du capital-actions de B._ SA. Elle a bénéficié de l'aliénation d'un actif d'une société dont elle n'était pas encore l'ayant droit économique.
Les recourants contestent cette interprétation en prétendant que toute l'opération de vente était soumise à la condition qu'un bail soit obtenu, ce qui ne s'est passé qu'à fin janvier 1999. Ils prétendent également que le moment déterminant pour juger qui était l'ayant droit économique n'est pas le moment où la vente du fonds de commerce est intervenu, le 23 décembre 1998, mais le moment où la vente est devenue définitive en raison de l'obtention du bail. Or, à ce moment-là, c'était K._ Sàrl qui était l'actionnaire unique de B._ SA, grâce à l'avenant signé le 15 janvier 1999 par A._ SA, qui était l'ayant droit économique du fonds de commerce.
La cour de céans doit cependant statuer sur la base des faits constatés desquels elle ne saurait s'écarter, faute pour les recourants d'en avoir démontré l'arbitraire. Or, il est établi que M._ AG, qui a payé le prix de la vente, a été mis immédiatement en possession du fonds de commerce vendu. Le contrat ne peut dès lors pas être interprété comme une sous-location, mais doit être considéré comme une vente. Que cette vente soit soumise à la condition résolutoire du transfert de bail n'y change rien. De plus, le recourant Y._ est de mauvaise foi lorsqu'il prétend que B._ SA aurait pu s'opposer au transfert de bail pour empêcher la vente, étant donné qu'il ressort des faits constatés que cette dernière n'a eu connaissance de la vente de son seul actif que bien après le transfert de bail, en décembre 1999.
X._, qui était administrateur de B._ SA et qui avait de ce fait le devoir de veiller sur les intérêts de la société, était au courant de toute l'opération menée par Y._. Il a favorisé cette dernière et a donné son accord à la vente du fonds de commerce par K._ Sàrl à M._ AG avant que cette société ne devienne actionnaire unique de B._ SA et à l'encaissement par K._ Sàrl du produit de la vente. Ce faisant, il a clairement violé son devoir de gestion.
K._ Sàrl a encaissé 100'000 fr. à la signature du contrat, 500'000 fr. le 28 décembre 1998 à la reprise des locaux et 600'000 fr. le 15 janvier 1999, jour de la signature de l'avenant et du transfert de la propriété du capital-actions de B._ SA à K._ Sàrl. La violation du devoir de gestion a donc permis à K._ Sàrl, qui n'était pas encore propriétaire de B._ SA - donc qui n'était pas actionnaire unique, ce qui exclut la jurisprudence invoquée par les recourants -, de même qu'à des tiers, dont les recourants, de bénéficier du produit de la vente à la place de B._ SA, en disposant de manière illicite d'un bien confié. Peu importe que le 15 janvier 1999, K._ Sàrl ait acquis la propriété du capital- actions de B._ SA. Peu importe également que la vente n'ait été que conditionnelle, comme le prétendent les recourants. Un préjudice temporaire suffit (ATF 123 IV 17 consid. 3d p. 22).
C'est dès lors sans violer le droit fédéral que l'arrêt cantonal condamne les recourants pour gestion déloyale aggravée.
5. Les recourants s'en prennent à la mesure de la peine.
5.1 Selon l'art. 47 CP, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Celle-ci doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution (objektive Tatkomponente); du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur (subjektive Tatkomponente). A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même (Täterkomponente), à savoir les antécédents (judiciaires et non judiciaires), la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (ATF 129 IV 6 consid. 6.1).
Dans sa décision, le juge doit exposer les éléments essentiels - relatifs à l'acte et à l'auteur - qu'il prend en compte (art. 50 CP). Ainsi, le condamné doit connaître les aspects pertinents qui ont été pris en considération, et comment ils ont été appréciés. Le juge peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui paraissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté. Cependant, le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentage l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (ATF 134 IV 17 consid. 2.1 p. 19; 129 IV 6 consid. 6.1 p. 20). Plus la peine est élevée, plus la motivation doit être complète (ATF 117 IV 112 consid. 2b/cc p. 117).
L'art. 47 CP confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'art. 47 CP, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (ATF 134 IV 17 consid. 2.1; 129 IV 6 consid. 6.1 et les références citées).
5.2 L'autorité de jugement a qualifié la faute de relativement lourde pour Y._ et de moins lourde pour X._. Elle a tenu compte du fait qu'ils ont exploité le lien de confiance existant entre les différents protagonistes qui se connaissaient et travaillaient ensemble, tout en précisant que Y._ avait joué le rôle le plus important, amenant en particulier X._ à violer ses devoirs d'administrateur et à établir un faux bilan. Elle a estimé que, par leur comportement, les recourants avaient causé un important préjudice aux parties civiles, B._ SA ayant été spoliée de son unique actif. Elle a considéré que les recourants ne pouvaient tirer aucun bénéfice de leur modeste collaboration à l'enquête. L'autorité de jugement a par ailleurs retenu la circonstance atténuante du temps relativement long en ce qui concerne les infractions d'escroquerie et de gestion déloyale aggravée et a opéré une réduction de peine suffisamment importante pour réparer les conséquences dommageables de la durée de la procédure. Elle a retenu aussi la circonstance aggravante du concours d'infractions.
X._ a été condamné à une peine pécuniaire de deux cents jours-amende d'un montant de 50 fr. avec sursis pendant 2 ans, peine complémentaire à celles prononcées les 17 août 2007 et 15 décembre 2008. Y._ a été condamné à quatorze mois de peine privative de liberté avec sursis pendant 2 ans, peine complémentaire à celles prononcées le 21 février 2000 et le 7 septembre 2007.
La peine a été fixée sur la base de critères pertinents et ne sort pas du cadre légal. Sa motivation est suffisante pour permettre aux recourants de suivre le raisonnement de l'autorité de jugement et l'attaquer à bon escient, de telle sorte que toute violation de l'art. 50 CP ou du droit d'être entendu des recourants est exclue.
5.3 Comme le relève l'arrêt cantonal, la peine n'a pas été justifiée eu égard à un montant chiffré précis du préjudice subi. Les droits des parties civiles ayant été réservées, ce dernier devra être fixé ultérieurement.
Le préjudice a été qualifié d'important, attendu que les recourants avaient privé B._ SA de son seul actif. Compte tenu du fait que les recourants ont notamment, en commettant une gestion déloyale aggravée, privé au moins momentanément B._ SA de son seul actif sans contrepartie correspondante, l'autorité de jugement pouvait qualifier ce dommage d'important. Ce qualificatif pourrait être également employé si le montant réel du préjudice s'élevait, comme le prétend le recourant Y._, à 412'000 fr.
5.4 Les recourants se plaignent de l'application qui a été faite de l'art. 48 let. e CP. Ils soutiennent qu'ils auraient aussi dû bénéficier de la circonstance atténuante du temps relativement long pour l'infraction de faux dans les titres. Ils estiment qu'on n'arrive pas à discerner si l'application de l'art. 48 e CP a été correcte.
La circonstance atténuante du temps relativement long (art. 64 avant-dernier alinéa CP dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006; art. 48 let. e CP, dont la teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007 n'a subi que des modifications purement rédactionnelles [Message du 21 septembre 1998 du Conseil fédéral concernant la modification du Code pénal suisse, FF 1999 II 1787 ss, spéc. p. 1868]) est liée à l'approche de la prescription et suppose que l'accusé se soit bien comporté dans l'intervalle. Selon la jurisprudence, on ne peut considérer qu'un temps relativement long s'est écoulé que si la prescription de l'action pénale est près d'être acquise. Pour les infractions soumises à la prescription ordinaire, cette condition est réalisée lorsque les deux tiers du délai de prescription de l'action pénale sont écoulés (ATF 132 IV 1 consid. 6.2 p. 2 ss). Le délai écoulé peut cependant aussi être plus court pour tenir compte de la nature et de la gravité de l'infraction. Pour déterminer si l'action pénale est proche de la prescription, le juge doit se référer à la date à laquelle les faits ont été souverainement établis et non au jugement de première instance. Ainsi, lorsque le condamné a fait appel et qu'en vertu de la procédure cantonale, ce recours a un effet dévolutif et suspensif, il faut prendre en considération le moment où le jugement de seconde instance a été rendu (ATF 115 IV 95 consid. 3).
L'arrêt attaqué applique correctement cette jurisprudence en constatant que les faits à la base de l'infraction de faux dans les titres, commise entre avril et décembre 1999, ont été établis par jugement de la Cour correctionnelle du 7 mars 2006, la cour de cassation n'étant pas autorité d'appel, et que par conséquent, le temps écoulé entre la commission de l'infraction et la date du jugement (moins de 7 ans) était encore trop éloigné du délai de prescription de 15 ans pour que la circonstance atténuante du temps relativement long soit retenue. Même si cette circonstance atténuante devait être retenue, dans la mesure où les premiers juges ne se sont prononcés sur la peine qu'en 2010, on ne voit pas et les recourants n'en disent rien, en quoi cela aurait une influence sur la mesure de la peine étant donné que l'autorité de jugement a admis la circonstance atténuante du temps relativement long pour l'escroquerie et la gestion déloyale aggravée et a de plus largement tenu compte du temps écoulé pour réparer les conséquences dommageables de la procédure. L'arrêt attaqué ne porte donc pas à critique dans son résultat.
5.5 En définitive, les recourants ne citent aucun élément important, propre à modifier la peine, qui aurait été omis ou pris en considération à tort. La peine a été fixée dans le cadre légal. Compte tenu du concours d'infractions, le maximum de peine était de 7 ans et demi. Au vu des circonstances, les peines prononcées ne peuvent être qualifiées d'à ce point sévères qu'elles procéderaient d'un excès du large pouvoir d'appréciation conféré à l'autorité de jugement.
La différence de peine entre les deux recourants se justifie, eu égard à la faute moins lourde de X._ et à leurs situations personnelles respectives. Ce dernier n'a été qu'un instrument nécessaire manipulé par Y._, qui a joué le rôle décisif. Une comparaison avec les peines prononcées dans la même affaire par la cour correctionnelle dans des jugements qui ont été annulés, n'a en revanche aucune pertinence. Le recourant Y._ ne démontre pas concrètement une violation de l'art. 47 CP sous l'angle du principe de l'égalité de traitement.
6. Les recours doivent être rejetés dans la mesure où ils sont recevables. Les frais sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux et par moitié.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de X._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours de Y._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 8000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux et par moitié.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 22 décembre 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay