Faits:
A. Par décision du 16 février 2004, l'Autorité de surveillance des fondations du canton de Vaud a prononcé la dissolution et l'entrée en liquidation avec effet au 1er mars 2004 de la Fondation de prévoyance des Entreprises du Centre X._ (ci-après: la Fondation de prévoyance). Eu égard au découvert existant, le Fonds de garantie LPP a garanti les prestations légales et réglementaires dues par la Fondation de prévoyance, à l'exception de celles concernant les anciens membres du Conseil de fondation.
B. D._ a été membre du Conseil de fondation de la Fondation de prévoyance du 1er mai 2000 jusqu'au jour de sa dissolution, en qualité de représentant des employés. Durant le courant de l'automne 2006, il a requis le versement de sa prestation de libre passage auprès de sa nouvelle institution de prévoyance. Dans un courrier du 24 janvier 2007, le Fonds de garantie LPP a expliqué à l'intéressé qu'il ne garantirait pas sa prestation de libre passage et que le liquidateur de la Fondation de prévoyance n'effectuerait aucun transfert de cette prestation auprès d'une quelconque institution de prévoyance jusqu'à ce qu'il se soit clairement prononcé sur sa responsabilité dans l'insolvabilité de la Fondation de prévoyance.
D._ est décédé en août 2008, laissant pour héritiers ses trois enfants, soit A._, B._ et C._. Leur mandataire a, par courrier du 26 août 2008, requis du Fonds de garantie LPP que celui-ci débloque la prestation de libre passage qui avait été retenue jusqu'à ce jour. Le Fonds de garantie LPP a refusé de revenir sur la position exprimée le 24 janvier 2007. A la demande des héritiers, le Fonds de garantie LPP a rendu le 17 septembre 2010 une décision formelle à l'intention de la Fondation de prévoyance relative au "paiement de la garantie des prestations de feu Monsieur D._ pour cause d'insolvabilité de la Fondation de prévoyance des Entreprises du Centre X._ en vertu des articles 56 al. 1 lit. b et c LPP et 25 al. 1 et 2 OFG".
C. Par jugement du 20 juin 2011, le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours formé par A._, B._ et C._ contre la décision du Fonds de garantie LPP du 17 septembre 2010, faute de qualité pour recourir.
D. A._, B._ et C._ interjettent un recours en matière de droit public contre ce jugement dont ils demandent l'annulation. Ils concluent à l'admission de leur qualité pour recourir contre la décision du Fonds de garantie LPP du 17 septembre 2010 et au renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision.
La Fondation de prévoyance s'en est remise à justice, alors que le Fonds de garantie LPP a présenté des observations. Quant à l'Office fédéral des assurances sociales, il a renoncé à se déterminer. Les recourants ont déposé des contre-observations.
Considérant en droit:
1. Dans une procédure administrative régie par le droit fédéral, l'auteur d'un recours déclaré irrecevable pour défaut de qualité pour agir est habilité à contester ce prononcé par un recours en matière de droit public lorsque, comme c'est le cas en l'espèce (cf. art. 82 al. 1 let. a et 86 al. 1 let. a LTF), la décision de l'autorité intimée peut, sur le fond, faire l'objet d'un tel recours auprès du Tribunal fédéral (ATF 135 II 145 consid. 3.2 p. 149; 131 II 497 consid. 1 p. 500 et les arrêts cités).
2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3. 3.1 Conformément à l'art. 33 let. h de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF; RS 173.32), en corrélation avec l'art. 54 al. 4 LPP, les décisions du Fonds de garantie LPP sont susceptibles d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral (voir également MEYER/UTTINGER, Commentaire LPP et LFLP, 2010, n. 10 ad art. 74 LPP).
3.2 La question de la qualité pour recourir auprès du Tribunal administratif fédéral doit être tranchée au regard de l'art. 48 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021), applicable par renvoi de l'art. 37 LTAF. Selon l'art. 48 al. 1 PA, a qualité pour recourir quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (let. b), et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). D'après l'art. 48 al. 2 PA, a également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
3.3 Constitue un intérêt digne de protection, au sens de l'art. 48 al. 1 let. c PA, tout intérêt pratique ou juridique à demander la modification ou l'annulation de la décision attaquée que peut faire valoir une personne atteinte par cette dernière. L'intérêt digne de protection consiste ainsi dans l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait à la partie recourante, en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait. Il implique que la partie recourante soit touché de manière directe, concrète et dans une mesure et une intensité plus grande que la généralité des administrés. L'intérêt invoqué - qui n'est pas nécessairement un intérêt juridique protégé, mais peut être un intérêt de fait - doit se trouver, avec l'objet de la contestation, dans un rapport étroit, spécial et digne d'être pris en considération. Le recours d'un particulier formé dans l'intérêt général ou dans l'intérêt d'un tiers est exclu. Cette exigence a été posée de manière à empêcher l'action populaire au niveau de la juridiction administrative fédérale, notamment quand un particulier conteste une autorisation donnée à un autre particulier (ATF 133 II 468 consid. 1 p. 469 et les références).
3.4 De façon générale, la jurisprudence et la doctrine n'admettent que de manière relativement stricte la présence d'un intérêt propre et direct lorsqu'un tiers désire recourir contre une décision dont il n'est pas le destinataire (ATF 133 V 239 consid. 6.3 p. 243 et les arrêts cités). Les tiers ne sont en effet pas touchés par une décision de la même manière que son destinataire formel et matériel, dans la mesure où elle ne leur octroie pas directement des droits ou leur impose des obligations. En plus d'un intérêt concret, par exemple un intérêt économique au contenu de la décision litigieuse, la qualité pour recourir du tiers suppose qu'il se trouve, avec l'objet de la contestation, dans un rapport suffisamment étroit, respectivement qu'il soit touché avec une intensité supérieure que les autres personnes, ce qui doit être examiné en rapport avec les circonstances concrètes (ATF 133 V 188 consid. 4.3.1 p. 192; 124 II 499 consid. 3b p. 504). A défaut, la qualité pour recourir doit être niée. Ainsi, le fait qu'une personne est créancière du destinataire de la décision ne suffit pas à fonder un intérêt digne de protection et, partant, sa qualité pour recourir. Si un intérêt de fait (économique) à la modification de la décision existe, la proximité nécessaire du rapport avec l'objet du litige n'est en revanche donnée que lorsque la décision litigieuse entraîne un préjudice direct pour le tiers (ATF 130 V 560 consid. 3.5 p. 564 et les références).
3.5 D'après l'art. 24 al. 1 de l'ordonnance du 22 juin 1998 sur le "fonds de garantie LPP" (OFG; RS 831.432.1), seule l'institution de prévoyance devenue insolvable ou le détenteur des droits du collectif d'assurés devenu insolvable peut déposer une demande directe de prestations du fonds de garantie, à l'exclusion de la personne assurée (voir également BEAT CHRISTEN, in Commentaire LPP et LFLP, 2010, n. 8 ad art. 56 LPP).
3.6 En l'occurrence, les recourants ne sont donc pas les destinataires formels de la décision incriminée. Pour se voir reconnaître la qualité pour recourir en tant que tiers concernés, il est par conséquent nécessaire qu'ils bénéficient d'un intérêt propre et direct à l'annulation de la décision du Fonds de garantie LPP.
3.6.1 D'après l'art. 26 al. 1 OFG, le Fonds de garantie LPP s'engage jusqu'à concurrence du montant permettant à l'institution de prévoyance de remplir ses engagements légaux ou règlementaires. Cela signifie que le Fonds de garantie LPP prend uniquement en charge la somme manquant à l'institution de prévoyance insolvable et qui permettra à cette dernière d'honorer ses engagements légaux et réglementaires. En revanche, le Fonds de garantie LPP ne se substitue pas à une institution de prévoyance devenue insolvable, celle-ci restant seule et unique débitrice des prestations dues aux assurés (cf. Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 41 du 1er juillet 1998, p. 22). Sous réserve de la faculté offerte à l'art. 56a al. 1 LPP, le Fonds de garantie LPP n'a aucune compétence légale pour se prononcer matériellement sur le droit aux prestations des assurés ou, plus généralement, pour donner des instructions à une institution de prévoyance (arrêt 9C_918/2009 du 24 décembre 2009 consid. 4.3.1, in SVR 2010 BVG n° 22 p. 86). En ce sens, le courrier du 24 janvier 2007 adressé à D._ par le Fonds de garantie LPP, en tant qu'il semblait préjuger de la position de la Fondation de prévoyance quant à son droit aux prestations, n'avait, dans les faits, absolument aucune portée juridique à l'égard de l'intéressé. Il est le lieu de rappeler que la compétence pour examiner les litiges en matière de prestations de la prévoyance professionnelle relève exclusivement du tribunal prévu à l'art. 73 LPP. En cas de refus de prester de la part d'une institution de prévoyance, l'assuré a, quel que soit le motif invoqué, toute liberté pour ouvrir action contre l'institution de prévoyance; il appartient alors à l'institution de prévoyance de faire valoir les éventuelles exceptions qu'elle a à l'encontre de la prétention de l'assuré.
3.6.2 De l'avis des recourants, l'insolvabilité de la Fondation de prévoyance l'empêcherait d'exécuter, sans intervention du Fonds de garantie LPP, un jugement qui serait éventuellement rendu en leur faveur. Cette crainte est toutefois infondée. Lorsqu'il est saisi d'une demande de prestations, le Fonds de garantie LPP examine si l'institution de prévoyance est, au moment précis de la demande, insolvable, et statue en conséquence. Contrairement à ce que soutiennent les recourants, la décision qui est prise n'acquiert pas force matérielle à l'égard de futures demandes de garantie. Si la situation financière de l'institution de prévoyance se modifie au cours du temps, elle peut à tout moment déposer une nouvelle demande de garantie que le Fonds de garantie LPP devra examiner compte tenu de la situation nouvelle (arrêt 9C_918/2009 précité consid. 5.2). Peut constituer une telle situation le fait que l'assuré, pour lequel le Fonds de garantie LPP aurait refusé de garantir les prestations au motif que l'institution de prévoyance disposait d'une créance opposable en compensation (p. ex. une créance en responsabilité), obtient gain de cause dans l'action en paiement de la prestation de libre passage qu'il a intentée contre son institution de prévoyance. Le Fonds de garantie LPP commettrait en pareilles circonstances un abus de droit s'il refusait d'allouer sa garantie alors même que l'exception de compensation invoquée par l'institution de prévoyance a été examinée et rejetée.
3.7 Dans la mesure où les recourants peuvent, sans aucun préjudice de quelque nature que ce soit, faire valoir leurs droits dans une procédure selon l'art. 73 LPP, ils n'ont aucun intérêt direct et concret à recourir contre le refus du Fonds de garantie LPP de garantir les prestations de D._. Dans ces conditions, le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé le droit fédéral en déclarant le recours contre la décision du Fonds de garantie LPP du 17 septembre 2010 irrecevable, faute de qualité pour recourir.
4. Mal fondé, le recours doit être rejeté. Vu l'issue du litige, les frais de la présente procédure sont mis à la charge des recourants qui succombent (art. 66 al. 1 LTF). En leur qualité d'institutions chargées d'une tâche de droit public, les institutions intimées n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 5 avril 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Piguet