Faits:
A. A.a A._ et B._ sont les filles de X._ et de dame X._. X._ est décédé en 1991; par testament, il a laissé à son épouse l'usufruit de la totalité de ses biens.
Par pacte successoral du 8 mai 1998, dame X._ et A._ ont cédé à B._, à titre d'avancement d'hoirie et de partage, la totalité de leurs droits sur les 55 actions de la société X._ SA, ainsi que tous leurs droits et créances éventuels envers cette société. En contrepartie, B._ s'est engagée à ce que l'immeuble constituant la parcelle n° 2'151 de la commune de Y._ soit attribué en pleine propriété à A._, au moment de la liquidation de la succession de dame X._; il est précisé que cette attribution sera faite à la valeur vénale. Enfin, dame X._ a légué à A._ la quotité disponible de sa succession, afin de l'aider, le moment venu, à assumer les charges de la villa familiale.
A.b Le 18 mars 2003, B._ a emprunté à A._ la somme de 200'000 fr., signant une reconnaissance de dette. Il y est prévu que cette somme portera intérêts à un taux toujours inférieur de 1% au taux hypothécaire de la Banque Cantonale de Genève, ce du 18 mars 2003 jusqu'au jour de la signature du partage de la succession de leur mère.
A.c Dame X._ est décédée le 28 novembre 2003; la succession de son époux n'avait pas été liquidée avant son décès.
B. B.a Le 22 novembre 2005, B._ a ouvert action en partage successoral.
B.b Une expertise portant sur la valeur vénale de la propriété de Y._, tant actuelle qu'au mois de novembre 2003, a été ordonnée. Selon le rapport déposé le 16 janvier 2007, l'expert désigné a fixé la valeur vénale de ce bien immobilier à 2'570'000 fr. en novembre 2003, et à 3'680'000 fr. en janvier 2007; pour ce faire, il s'est fondé sur la seule valeur intrinsèque de la villa.
B.c Par jugement du 13 mars 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a ordonné le partage des successions de feux les époux X._, dit que les biens extants se composent de la villa de Y._ pour 3'680'000 fr., des 55 actions de la société X._ SA pour 186'402 fr., du mobilier pour 55'570 fr. et des créances ou autres titres pour leur valeur résultant des relevés bancaires au jour du partage effectif, et attribué à A._ la pleine propriété sur la villa de Y._, sous réserve du versement par l'intéressée d'une soulte à B._, dont le montant devra être calculé en tenant compte de la valeur des créances et autres titres.
B.d Statuant sur appel de A._, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a modifié ce jugement par arrêt du 20 mars 2009. Entre autres points, elle a dit que les actifs successoraux de la succession de X._ se composent de la villa de Y._ pour une valeur de partage de 3'680'000 fr., ainsi que des créances et autres titres pour la valeur résultant des relevés bancaires au jour du décès de X._, dit que les actifs successoraux de dame X._ se composent des créances et autres titres pour leur valeur résultant des relevés bancaires au jour du partage effectif de la succession de dame X._ et des 55 actions de la société X._ SA pour une valeur de 186'402 fr., dit que l'avance sur soulte, octroyée par A._ à B._ d'un montant de 200'000 fr. portant intérêts à un taux inférieur de 1% au taux hypothécaire de la Banque Cantonale de Genève du 18 mars 2003 jusqu'au jour du présent jugement, sera imputée sur la soulte due, et désigné un notaire avec mission de procéder à toutes les opérations utiles à l'exécution du partage.
C. A._ interjette le 7 mai 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa modification en ce sens que, d'une part, la valeur de partage de la villa de Y._ devra être actualisée par l'expert désigné par le tribunal à la date la plus proche possible de celle du partage effectif de la succession de ses parents et, d'autre part, l'avance sur soulte de 200'000 fr. octroyée à B._ portera intérêt à un taux inférieur de 1% au taux hypothécaire de la Banque Cantonale de Genève du 18 mars 2003 jusqu'au jour de la signature du partage de la succession de dame X._.
L'intimée n'a pas été invitée à déposer des déterminations.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), en matière civile (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le présent recours est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours pour d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2 p. 550). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Il ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), les exigences de motivation correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 133 III 393 consid. 6 p. 397).
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2. Demeurent seules litigieuses la valeur de la villa de Y._ et la question relative aux intérêts de l'avance sur soulte de 200'000 fr. versée par la recourante à l'intimée. Il convient d'examiner successivement ces deux points.
3. S'agissant de la valeur de la villa familiale, la cour cantonale a considéré qu'on ne pouvait déduire du pacte successoral conclu le 8 mai 1998 par les parties que celles-ci aient eu l'intention de fixer la valeur du bien immobilier au jour du décès de la mère, comme le soutenait la recourante devant les instances précédentes. Par conséquent, c'est le principe de l'art. 617 CC qui s'applique, l'immeuble devant être imputé sur les parts héréditaires à la valeur vénale qu'il a au moment du partage. Les juges précédents ont écarté la méthode d'évaluation consistant en la prise en compte d'une moyenne pondérée entre la valeur intrinsèque et la valeur de rendement du bien, dont la recourante invoquait l'application, pour s'en tenir à la valeur intrinsèque. Dans la mesure où celle-ci, telle qu'elle résulte du rapport d'expertise du 16 janvier 2007, n'était plus remise en cause en deuxième instance, à tout le moins jusqu'en mars 2009 s'agissant de l'intimée (cf. infra, consid. 3.3), la cour cantonale a considéré que cette expertise restait récente et digne de foi, de sorte que la question d'une nouvelle expertise ne se posait pas.
3.1 La recourante soutient qu'il serait infondé et arbitraire de retenir la valeur arrêtée par l'expert au mois de janvier 2007, à savoir il y a plus de deux ans; celle-ci ne correspondrait plus aux valeurs actuelles du marché immobilier genevois, dont il serait notoire que les prix gonflés par la spéculation durant ces dernières années retrouvent actuellement des niveaux plus normaux. Selon elle, le "moment du partage" devrait correspondre soit au décès de sa mère soit à la signature de l'acte de mutation, mais en tous cas pas à une date "totalement arbitraire, située au milieu du processus". Dans la mesure où la cour cantonale a dit que les comptes bancaires devront être pris en considération à leur valeur résultant des relevés bancaires au jour du partage effectif de la succession, il n'y aurait aucune raison que la valeur de l'immeuble soit arrêtée à celle du mois de janvier 2007. L'autorité cantonale ne donnerait aucune explication, se limitant à affirmer que, selon les parties, l'expertise restait récente et digne de foi encore en mars 2009, ce que la recourante conteste avoir admis. Elle fait valoir que depuis son recours daté du mois d'avril 2008, les prix de l'immobilier ont notoirement baissé, alors que tel n'a pas été le cas entre le mois de janvier 2007 (date de l'expertise) et celui de mars 2008 (date du jugement de première instance), et estime ne pas être responsable du long délai qui s'est écoulé entre son recours et l'arrêt rendu. Elle est d'avis que la cour cantonale aurait dû s'abstenir de fixer une valeur et charger le notaire de faire actualiser l'expertise à une date proche du partage effectif, comme elle l'a fait pour les actifs bancaires.
3.2 Aux termes de l'art. 617 CC, les immeubles doivent être imputés sur les parts héréditaires à la valeur vénale qu'ils ont au moment du partage. Lorsque les héritiers ne peuvent se mettre d'accord sur le prix d'attribution, il est fixé définitivement par des experts officiels (art. 618 CC). Le droit fédéral établit selon quels principes juridiques (méthode, critères) l'estimation doit être effectuée, tandis que l'estimation de la valeur selon ces critères constitue une question de fait, tranchée définitivement par la juridiction cantonale (ATF 133 III 416 consid. 6.3.3 p. 418). Les immeubles sont sujets à des fluctuations de valeur; c'est pourquoi, les parties peuvent requérir, sur la base de l'art. 618 CC, une réévaluation quand une procédure dure très longtemps, car alors il est possible que la valeur de l'immeuble ait augmenté ou diminué de façon importante par exemple à cause d'une modification du marché, du plan de zones ou des circonstances de fait (arrêt 5A_141/2007 du 21 décembre 2007 consid. 4.1.3).
L'action en partage est soumise à la maxime de disposition (ATF 130 III 550 consid. 2.1.3 p. 553). En outre, selon la jurisprudence et la doctrine, l'art. 617 CC étant de nature dispositive, le tribunal ne peut ordonner, même en cas de longue procédure, une réévaluation des immeubles sans une requête en ce sens déposée par une partie. Le fait que le jour du partage soit déterminant pour fixer la valeur vénale des immeubles n'oblige pas le juge à ordonner d'office l'administration de preuves ou d'admettre en tout temps les offres de preuve d'une partie, sans égard aux règles de procédure civile applicables. La question de savoir jusqu'à quand il peut être invoqué que la valeur s'est modifiée durant la procédure - et partant jusqu'à quand de nouvelles offres de preuve peuvent être offertes - est déterminée par le droit cantonal (arrêt 5C.40/2001 du 23 mai 2001 consid. 3d; SPAHR, Valeur et valorisme en matière de liquidations successorales, Fribourg 1994, n° 2.3.2 p. 120; PETER SCHAUFELBERGER/KATRIN KELLER, in Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 3e éd. 2007, n° 2a ad art. 617 CC).
3.3 En l'espèce, il résulte de l'arrêt attaqué que, dans ses conclusions après enquêtes, déposées le 23 novembre 2007, l'intimée avait requis que l'expert procède à une actualisation des estimations figurant dans son rapport. Cette requête a été rejetée par le Tribunal de première instance du canton de Genève, pour le motif que les enquêtes avaient été closes lors de l'audience du 9 octobre 2007. Dans sa réponse sur appel du 27 juin 2008, l'intimée a requis derechef qu'une réévaluation de la villa soit effectuée par l'expert, dans l'hypothèse où la liquidation de la succession n'aurait pas eu lieu au 31 mars 2009. La cour cantonale a considéré cette demande comme sans objet, dans la mesure où son arrêt était rendu avant cette date. Pour sa part, la recourante n'a jamais requis la réévaluation de l'immeuble litigieux, ni n'a remis en question les valeurs arrêtées par l'expert dans son rapport du mois de janvier 2007. Dans son appel du 25 avril 2008 contre le jugement de première instance du 13 mars 2008, elle s'est bornée en effet à soutenir que la date du décès de sa mère (novembre 2003), devait être retenue pour l'évaluation de la villa et que la valeur vénale devait être déterminée par la combinaison des valeurs intrinsèque et de rendement de l'immeuble, sans critiquer par ailleurs les valeurs fixées par l'expert. Dans ces circonstances, c'est à juste titre que la cour cantonale a retenu que les valeurs résultant du rapport d'expertise n'étaient pas remises en cause par les parties au moment où elle a statué. Au surplus, elle n'avait pas à ordonner d'office, comme on l'a vu, une révision de l'expertise pour déterminer la valeur de l'immeuble au jour de son jugement. Partant, c'est à tort que la recourante reproche aux juges précédents d'avoir retenu la valeur vénale arrêtée par l'expert au mois de janvier 2007.
4. 4.1 Dans un second grief, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir admis que les intérêts relatifs à l'avance sur soulte de 200'000 fr. qu'elle a octroyée à l'intimée le 18 mars 2003 courraient jusqu'au jour de son arrêt. Elle considère que cette limitation au 20 mars 2009 est infondée et arbitraire. En effet, comme le mentionne l'arrêt attaqué, la reconnaissance de dette signée le 18 mars 2003 par les parties prévoit que la somme portera intérêts à un taux toujours inférieur à 1% au taux hypothécaire de la Banque Cantonale de Genève, ce du 18 mars 2003 "jusqu'au jour de la signature du partage de la succession de leur mère". Selon elle, les intérêts devraient ainsi courir jusqu'au jour de l'exécution du partage, laquelle a été confiée à un notaire.
4.2 Vu sa formulation, la reconnaissance de dette litigieuse a manifestement été rédigée dans l'idée que les parties concluraient une convention de partage au décès de leur mère. Or, le jugement (formateur) en partage remplace le contrat de partage que les héritiers concluent normalement (ATF 130 III 550 consid. 2.1.1 p. 552 et les références). Ainsi, la cour cantonale a arrêté la valeur de l'immeuble de Y._ au jour de son jugement, la valeur retenue par l'expert au mois de janvier 2007 étant considérée par les juges précédents comme toujours d'actualité au moment de rendre leur décision. Dans ces circonstances, on ne voit pas en quoi la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en arrêtant au jour de son arrêt également le cours des intérêts de l'avance sur soulte, laquelle doit logiquement être fixée à cette même date. Le fait que l'exécution du partage ait été confiée à un notaire n'y change rien, les calculs devant être effectués - sous réserve du partage des comptes bancaires - au jour du jugement en partage.
5. Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 6 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet