Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête dirigée contre X._, Y._, Z._ et autres pour blanchiment d'argent, faux dans les titres et les certificats notamment, le Ministère public de la Confédération (MPC) a procédé, le 9 juin 2011, au séquestre d'un compte bancaire détenu par A._ AG auprès de la banque B._ à Genève, qui présentait un solde de plus de 44 millions d'USD. X._ (administrateur et actionnaire de la fiduciaire A._ AG) est soupçonné d'avoir prêté son concours notamment à Z._ pour fournir de fausses identités à des bénéficiaires de comptes, et d'avoir dissimulé en Suisse des fonds provenant d'escroqueries commises aux Etats-Unis. Ce séquestre a été confirmé sur le principe par arrêt du 12 octobre 2011 de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF), mais son montant a été limité à l'équivalent de deux versements de 6 et 4 millions d'USD, effectués en 2007, avec intérêts. Par arrêt du 9 février 2012 (1B_640/2011), le Tribunal fédéral a confirmé cette dernière décision.
Par décision du 3 avril 2012, le MPC a rejeté diverses requêtes tendant à la levée du séquestre. A._ AG a à nouveau saisi la Cour des plaintes. Le 17 août 2012, elle a aussi formé un recours pour déni de justice concluant également à la levée du séquestre ou à la libération des fonds excédant les montants fixés dans l'arrêt du 12 octobre 2011.
B. Par arrêt du 6 novembre 2012, la Cour des plaintes a rejeté les deux recours. Les explications au sujet de la provenance des fonds (prêt ou investissement) étaient contradictoires. La personne désignée comme ayant droit économique du compte avait démenti les affirmations faites à son propos. Le recours pour déni de justice évoquait la récusation de certains juges de la Cour des plaintes, sans y conclure formellement. Une telle demande serait au demeurant tardive, voire abusive. Aucun élément nouveau n'imposait au MPC de rendre une nouvelle décision sur le séquestre. Les investigations s'étaient poursuivies, de sorte qu'il n'y avait pas de déni de justice.
C. Par acte du 7 décembre 2012, A._ AG forme un recours en matière pénale par lequel elle demande, après que l'état fait a été complété, la réforme de l'arrêt de la Cour des plaintes en ce sens que le séquestre est levé. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la Cour des plaintes pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt et le MPC conclut au rejet du recours. La recourante a répliqué et maintenu ses conclusions.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contrainte. Les décisions relatives au séquestre d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (ATF 136 IV 92 consid. 2.2 p. 94).
1.1 La décision ordonnant ou maintenant un séquestre pénal est incidente (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, car le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131). La société recourante, titulaire du compte séquestré, a qualité pour agir au sens de l'art. 81 al. 1 LTF.
1.2 Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation et l'application des conditions posées par le droit fédéral pour les atteintes aux droits fondamentaux (art. 95 let. a LTF; cf. ATF 128 II 259 consid. 3.3 p. 269). La décision relative au séquestre ne constitue pas une décision sur mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF. La limitation des griefs prévue par cette disposition, de même que le principe d'allégation au sens de l'art. 106 al. 2 LTF ne s'appliquent donc pas (ATF 129 I 103 consid. 2 p. 105 ss). Le Tribunal fédéral examine librement l'admissibilité de la mesure malgré son caractère provisoire compte tenu de la gravité de l'atteinte et afin d'assurer le respect des garanties de la CEDH (art. 36 et 190 Cst.; cf. ATF 131 I 333 consid. 4 p. 339; 425 consid. 6.1 p. 434 et les références). S'agissant en revanche de l'application de notions juridiques indéterminées, le Tribunal fédéral respecte la marge d'appréciation qui appartient aux autorités compétentes (cf. ATF 136 IV 97 consid. 4 p. 100 et les références).
2. Se plaignant d'une violation de son droit d'être entendue, la recourante entend compléter les faits retenus par la Cour des plaintes, s'agissant des versements opérés en Australie par Z._ entre juin et septembre 2006 en faveur de la société soeur A._ Ltd. Au mois de mai 2007 (soit avant les versements suspects sur le compte de la recourante), ces avoirs ne s'y trouvaient plus. Le 12 avril 2007, le compte ne présentait pas un solde suffisant. Il aurait ensuite été alimenté par deux versements, de 15 et 14 millions d'USD provenant de clients de la recourante, de sorte qu'il n'y aurait aucun lien possible entre les avoirs de Z._ et les deux versements des mois de mai et juin 2007.
2.1 Ces explications n'ont toutefois pas été méconnues par la Cour des plaintes, qui les a rappelées au consid. 3.2 et 3.3 de son arrêt et en a tenu compte en relevant que l'ensemble des avoirs de Z._ ne semblait plus se trouver sur le compte australien lorsque les transferts litigieux ont été effectués (consid. 4.3). Par ailleurs, la recourante perd de vue que les transferts entre les comptes de A._ Ltd et le sien ne sont pas les seuls motifs du maintien du séquestre. L'autorité d'instruction considère en effet que l'identité de l'ayant droit économique n'est pas suffisamment établie, et que les justifications concernant la provenance des fonds sont contradictoires. Compte tenu de cette motivation, les faits allégués ne sauraient dès lors être tenus pour déterminants au sens de l'art. 105 al. 2 LTF (cf. arrêt 1B_702/2012 du 16 janvier 2013 concernant la même enquête).
2.2 La recourante estime aussi que la provenance illicite des fonds de Z._ ne serait pas prouvée, mais il ressort du dossier que celui-ci est mis en cause par les autorités américaines, pour des transactions frauduleuses commises entre 2005 et 2007 sous la forme d'une manipulation de cours boursiers au détriment d'investisseurs. Ces renseignements peuvent constituer, au stade du séquestre, des soupçons suffisants.
3. La recourante se plaint d'une violation des art. 197 et 263 ss CPP, subsidiairement d'une application arbitraire de ces dispositions, ce dernier grief apparaissant toutefois sans portée propre. Elle relève qu'il serait désormais démontré que les montants versés par Z._ en juin et septembre 2006 ne se trouvaient plus sur le compte de A._ Ltd lors des deux versements opérés en mai et juin 2007. Il n'y aurait dès lors aucun lien possible entre ces fonds et les agissements reprochés à Z._. Après plus de trois ans d'enquête, il n'existerait que des soupçons d'ordre général, et aucune vraisemblance. La recourante conteste l'existence d'une infraction préalable, ainsi que d'actes de blanchiment.
3.1 Le séquestre pénal au sens de l'art. 263 CPP est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. Une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des valeurs dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront faire l'objet d'une créance compensatrice en application du droit pénal fédéral (ATF 126 I 97 consid. 3d/aa p. 107 et les références citées). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation, respectivement de créance compensatrice (SJ 1994 p. 90 et 102).
3.2 La recourante conteste en vain l'existence d'infractions préalables. En effet, Z._ est clairement mis en cause par les autorités américaines, en particulier la SEC, pour des manipulations de cours au préjudice d'investisseurs. S'agissant de son propre compte, la recourante méconnaît que les soupçons de l'autorité d'instruction reposent en premier lieu sur les incertitudes concernant les deux versements de 10 millions d'USD au total, ainsi que la provenance des fonds parvenus sur le compte australien. Les explications à ce sujet ont varié. Dans un premier temps, la recourante a évoqué un prêt, mais cela a été contesté tant par la collaboratrice de X._ que par le bénéficiaire du prétendu prêt. La recourante a ensuite soutenu qu'il s'agissait de fonds investis, mais la même collaboratrice a également contredit les explications fournies à ce sujet. Comme le relève la Cour des plaintes, il subsiste également des incertitudes quant à l'ayant droit économique du compte, la personne indiquée par X._ ayant nié détenir des avoirs en Suisse. Compte tenu de ces incertitudes et contradictions, le séquestre (d'ores et déjà limité aux montants des deux versements considérés comme suspects) demeure justifié dès lors que le compte de la recourante s'est bien trouvé en relation avec le compte australien alimenté par les fonds de Z._.
3.3 La recourante invoque incidemment le principe de proportionnalité. Elle se contente toutefois d'affirmer que le séquestre a été ordonné il y a plus d'un an et demi et qu'il porte sur des sommes très élevées. Sa propre viabilité serait mise en péril si elle était appelée à restituer les avoirs à l'ayant droit. Même avéré, un tel risque ne saurait faire échec à une mesure de contrainte dont le bien-fondé est par ailleurs reconnu. La recourante ne prétend pas que l'enquête aurait connu des retards inadmissibles et, compte tenu des soupçons et incertitudes relevés ci-dessus, on ne saurait qualifier d'investigatoires les recherches du MPC (cf. arrêt 1B_702/2012 du 16 janvier 2013 concernant un autre séquestre dans la même procédure).
3.4 C'est également en vain que la recourante se plaint d'un renversement du fardeau de la preuve, contraire selon elle aux art. 6 par. 2 CEDH, 32 al. 1 Cst. et 10 al. 1 CPP. La présomption d'innocence impose certes à l'accusation de démontrer la culpabilité de la personne poursuivie; cette règle s'applique toutefois à l'accusation sur le fond. Or, à ce stade, il ne s'agit pas de s'interroger définitivement sur la question de la culpabilité, ni même sur une confiscation, mais seulement sur mesure provisoire fondée sur la vraisemblance quant à la provenance délictueuse des fonds saisis. En dépit des arguments à décharge présentés par la recourante, une telle vraisemblance subsiste.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Cour des plaintes.
Lausanne, le 25 février 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge Présidant: Merkli
Le Greffier: Kurz