Faits:
A. A._ est titulaire d'un permis de conduire pour véhicules automobiles (catégorie B) depuis le 20 avril 2004. Le 11 juin 2007, le Service des automobiles et de la navigation (SAN), devenu depuis l'Office cantonal des automobiles et de la navigation (OCAN), a retiré à A._ son permis de conduire pour une durée de trois mois pour avoir dépassé la vitesse autorisée sur l'autoroute de 41 km/h, marge de sécurité déduite.
Le 30 mars 2011 vers 20h30, en sortant du giratoire situé à la hauteur du magasin M-Parc sur l'avenue Vibert à Carouge, A._ a perdu la maîtrise de son véhicule, dont l'avant droit a alors percuté l'arrière gauche d'un bus des Transports publics genevois (TPG) qui se trouvait à son terminus. La voiture a fait un tête-à-queue à la suite du choc. A._ a signé un document intitulé "Déclaration manuscrite - Prévenu" de la teneur suivante: "En quittant le giratoire, j'ai senti que ma voiture réagissait bizarrement. J'ai essayé de contrebraquer et malheureusement je n'ai rien pu faire pour éviter le bus qui était à l'arrêt des Tours de Carouge. Je précise que ce n'est pas un défaut technique". Selon le rapport de police, A._ avait déclaré aux gendarmes que lorsqu'il s'était engagé dans le giratoire, le compteur indiquait une vitesse comprise entre 50 et 60 km/h. Par ailleurs, l'intéressé présentant des signes d'ébriété, il s'était soumis, à 21h25, au test de l'éthylomètre qui avait révélé une alcoolémie de 0,62 g o/oo. Sur le tronçon considéré, la vitesse était limitée à 50 km/h et la route était sèche. Il faisait nuit à l'heure de l'accident et la visibilité était normale.
B. Par décision du 4 mai 2011, l'OCAN a retiré le permis de conduire de A._ pour une durée de douze mois. Cette décision a été confirmée par le Tribunal administratif de première instance par jugement du 4 août 2011. Statuant par arrêt du 5 juin 2012, la Chambre administrative de la Cour de justice a rejeté le recours de A._. Elle a considéré que l'intéressé avait circulé en état d'ébriété non qualifié, à une vitesse excessive, et avait perdu la maîtrise de son véhicule. Ces infractions constituaient une faute grave pour laquelle un retrait de permis d'une durée minimale de douze mois s'imposait au vu des antécédents du conducteur.
C. A._ forme un recours de droit public contre l'arrêt de la Cour de justice. Il conclut à ce que la durée du retrait de permis ne dépasse pas un mois, subsidiairement au renvoi de la cause auprès de l'instance de recours cantonale pour nouvelle décision. La Cour de justice se réfère à son arrêt. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours.
Par ordonnance du 27 août 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est ouverte contre les décisions prises en dernière instance cantonale au sujet de mesures administratives de retrait du permis de conduire. Aucun motif d'exclusion au sens de l'art. 83 LTF n'entre en considération. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable.
2. Le recourant se plaint d'une constatation arbitraire des faits. La cour cantonale aurait retenu sans fondement aucun une forte urbanisation de la zone dans laquelle l'accident a eu lieu et son importante fréquentation par des piétons. Le recourant fait également valoir, à l'égard de ces éléments, une violation de son droit d'être entendu, puisqu'ils ne lui ont jamais été soumis et qu'il n'a de la sorte jamais eu l'occasion de les discuter.
2.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 LTF, il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (art. 105 al. 2 LTF) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 304 consid. 2.4 p. 314).
Le droit d'être entendu garantit notamment le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. (ATF 137 I 195 consid. 2 p. 197 s.; 133 I 100 consid. 4.5 p. 103; 133 I 98 consid. 2.2 p. 99).
2.2 Le rapport de police auquel se réfère l'arrêt attaqué ne contient aucun élément relatif au type d'environnement du lieu de l'accident. La cour cantonale n'a pas mis en ?uvre d'inspection locale, mais a tout de même retenu ce qui suit: "le lieu de l'accident se situe dans une zone fortement urbanisée; à la sortie du giratoire se trouve un passage pour piétons généralement fréquenté en raison de la présence de l'arrêt de bus et de deux centres commerciaux de part et d'autre de la route". L'urbanisation de la zone, la présence de centres commerciaux alentour et le passage pour piétons à proximité sont des faits que l'on peut considérer comme étant notoires. La visualisation de photographies aériennes disponibles sur internet, dont le recourant a lui-même intégré un extrait dans son recours auprès de la Cour de justice, permet si nécessaire de confirmer cet état de fait. La fréquentation du passage pour piétons, notamment hors des heures d'ouverture des commerces ne saurait en revanche être considérée comme un fait notoire et le dossier ne contient rien qui permette de fonder cette appréciation. Cela étant, à supposer que cet élément n'ait pas suffisamment été instruit et qu'il doive être retranché de l'état de fait, ce serait sans incidence sur le sort de la cause. En effet, peu importe que le passage pour piétons soit "généralement" fréquenté ou non. Il se trouve à proximité d'un arrêt des TPG et on ne peut exclure la présence régulière de piétons à cet endroit. Bien plus, un bus y était garé, de sorte qu'il était probable que des piétons convergent vers cet arrêt. Le degré de fréquentation effective du passage pour piétons n'est dès lors pas décisif pour déterminer les prescriptions légales violées par le recourant et il n'y a ainsi pas lieu de s'écarter des faits retenus dans l'arrêt attaqué.
3. Le recourant fait valoir que la cour cantonale a violé les art. 32 al. 1, ainsi que 16a à 16c LCR (RS 741.01). Il considère que la Chambre administrative a insuffisamment tenu compte des circonstances concrètes du cas d'espèce. Les lieux étant "déserts" et les conditions de circulation bonnes, sa vitesse n'aurait pas été inadaptée. Il n'aurait ainsi commis qu'une violation moyennement grave des règles de la circulation.
3.1 A teneur de l'art. 32 al. 1 LCR, la vitesse doit toujours être adaptée aux circonstances, notamment aux particularités du véhicule et du chargement, ainsi qu'aux conditions de la route, de la circulation et de la visibilité. On ne peut rouler à la vitesse maximum autorisée par la limitation générale que si les conditions de la route, du trafic et de la visibilité sont bonnes (ATF 121 IV 286 consid. 4b p. 291; cf. art. 4a de l'ordonnance sur les règles de la circulation routière; OCR; RS 741.11). L'art. 41b al. 1 OCR précise qu'avant d'entrer dans un carrefour à sens giratoire, le conducteur doit ralentir et accorder la priorité aux véhicules qui, sur sa gauche, surviennent dans le giratoire. Cette règle définit, d'une part, quel usager de la route est prioritaire dans un giratoire et impose, d'autre part, à tout conducteur - débiteur de priorité ou non - de ralentir à l'entrée d'un rond-point (cf. arrêt 6P.75/2004 du 3 juillet 2004 consid. 2.3). Cette obligation constitue une exigence de prudence particulière qui s'impose à tout véhicule s'engageant sur un giratoire (ATF 124 IV 81 consid. 2b p. 85; arrêt 6B_448/2009 du 1er septembre 2009 consid. 1).
3.1.1 En l'espèce, la cour cantonale a retenu que le recourant circulait, selon l'estimation la plus basse qu'il a lui-même donnée dans ses déclarations à la police, à 50 km/h, soit au maximum de la vitesse autorisée. Dans ses dernières déterminations, le recourant prétend qu'il n'est pas établi qu'il n'aurait pas ralenti à l'approche du giratoire. Or, selon ses propres explications, c'est en s'engageant dans le giratoire qu'il circulait à 50 km/h. Partant, il ne saurait soudainement prétendre qu'il avait alors ralenti - et sous-entendre qu'il circulait à une vitesse supérieure à la limitation prescrite en cet endroit. Sa présentation des faits est appellatoire et dès lors irrecevable (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356 et les références citées).
3.1.2 Ainsi que cela ressort de la jurisprudence exposée ci-dessus, l'art. 41b al. 1 OCR prescrit de ralentir à l'approche d'un giratoire indépendamment de la question des priorités. Il s'agit d'un devoir général de prudence qui est justifié non seulement par les interactions qu'un tel carrefour suppose avec les autres usagers de la route, mais également par le changement de trajectoire que l'entrée dans un giratoire implique. N'est ainsi pas uniquement déterminant le fait que le recourant était seul au moment où il a abordé le giratoire. De même, à côté des conditions de circulation (intensité du trafic, visibilité, météo, etc.), il y a lieu de tenir compte, comme l'a fait la cour cantonale, de la configuration des lieux. En l'espèce, à l'entrée d'un giratoire à 4 branches, avec un passage pour piétons situé à sa sortie et un arrêt de bus à proximité immédiate, une vitesse de 50 km/h était excessive. Aussi le recourant aurait-il dû ralentir, conformément aux art. 32 al. 1 LCR et 41b al. 1 OCR. Faute de l'avoir fait, il ne circulait pas à une vitesse adaptée aux circonstances. Cette infraction s'ajoute ainsi aux autres infractions retenues par la cour cantonale, et non contestées par le recourant (perte de maîtrise du véhicule et conduite en état d'ébriété).
3.2 La LCR distingue les infractions légères, moyennement graves et graves (art. 16a-16c LCR). Selon l'art. 16a al. 1 let. a LCR, commet une infraction légère la personne qui, en violant les règles de la circulation, met légèrement en danger la sécurité d'autrui et à laquelle seule une faute bénigne peut être imputée. Commet une infraction moyennement grave selon l'art. 16b al. 1 let. a LCR la personne qui, en violant les règles de la circulation, crée un danger pour la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Dans cette hypothèse, le permis est retiré pour un mois au minimum (art. 16b al. 2 let. a LCR) et les retraits antérieurs à deux ans ne sont pas un facteur aggravant (art. 16b al. 2 let. b à e). Commet une infraction grave selon l'art. 16c al. 1 let. a LCR la personne qui, en violant gravement les règles de la circulation, met sérieusement en danger la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Conformément à l'art. 16c al. 2 let. c LCR, après une infraction grave le permis de conduire est retiré pour douze mois au minimum si, au cours des cinq années précédentes, le permis a été retiré une fois en raison d'une infraction grave. Le législateur conçoit l'art. 16b al. 1 let. a LCR comme l'élément dit de regroupement. Cette disposition n'est ainsi pas applicable aux infractions qui tombent sous le coup des art. 16a al. 1 let. a et 16c al. 1 let. a LCR. Dès lors, l'infraction est toujours considérée comme moyennement grave lorsque tous les éléments constitutifs qui permettent de la privilégier comme légère ou au contraire de la qualifier de grave ne sont pas réunis. Tel est par exemple le cas lorsque la faute est grave et la mise en danger bénigne ou, inversement, si la faute est légère et la mise en danger grave (ATF 135 II 138 consid. 2.2.2 p. 141; arrêt 6A.16/2006 du 6 avril 2006 consid. 2.1.1 in JdT 2006 I 442). Une infraction grave suppose ainsi le cumul d'une faute grave et une mise en danger grave.
3.2.1 Le recourant conteste que la mise en danger puisse être qualifiée de grave. Il se livre toutefois à une appréciation partielle des faits. Certes, aucun piéton ne se trouvait sur la chaussée lorsqu'il a perdu la maîtrise de son véhicule, mais il n'en demeure pas moins que la mise en danger abstraite est grave, d'autant plus que recourant circulait en état d'ébriété. L'accident démontre qu'il a perdu la maîtrise de son véhicule à la sortie du giratoire sans faire preuve des réflexes suffisants pour ne pas heurter le bus des TPG qui se trouvait à l'arrêt, non directement sur la chaussée. S'il n'a pu l'éviter, il n'aurait à l'évidence pas non plus pu éviter un piéton qui se serait trouvé là. A 50 km/h, les conséquences auraient été dramatiques. Il n'était que 20h30 et la nuit venait de tomber. A proximité d'un arrêt des transports publics, au moment même où un bus était présent, le risque de collision avec un piéton ou tout autre usager de la route - sur ou hors chaussée - était élevé, ce même après la fermeture des commerces.
Comme le relève à juste titre la cour cantonale, la conduite en état d'ébriété accompagnée d'une autre infraction aux règles de la circulation routière est déjà en elle-même une infraction moyennement grave (art. 16b al. al. 1 let. b LCR). En l'espèce, il y a eu non seulement la conduite à une vitesse non adaptée, mais surtout la perte de maîtrise du véhicule en une zone urbanisée sans raison particulière. C'est ainsi à juste titre que la cour cantonale a retenu une infraction grave aux règles de la circulation routière.
3.2.2 La durée du retrait de permis a été fixée au minimum légal de douze mois prévu par l'art. 16c al. 2 let. c LCR, pour tenir compte du retrait de permis de quatre mois prononcé en 2007 pour faute grave (dépassement de la vitesse autorisée de 41 km/h). L'art. 16 al. 3 LCR conférant aux durées de retrait minimales prévues par la loi un caractère incompressible (cf. ATF 132 II 234 consid. 2.3 p. 236 s.), le retrait de permis de douze mois doit être confirmé.
4. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté aux frais du recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Office cantonal des automobiles et de la navigation et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 29 janvier 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Sidi-Ali