Faits :
A.
Un immeuble de six étages (plus un attique) a été construit sur la parcelle n o 2'683 du registre foncier de la commune de Genève, au 5 chemin des Crêts-de-Champel, en 1966. Le 23 août 1983, un géomètre officiel a dressé le cahier de répartition des locaux de la propriété par étages (PPE) de cet immeuble et a inscrit que le 6ème étage comportait deux appartements de quatre pièces, chacun de 106,70 m2 et avec un balcon. Ledit cahier de répartition a été visé par le registre foncier, le cadastre et la centrale des autorisations de construire.
Le 21 février 1985, une réquisition d'inscription de mise en PPE de l'immeuble concerné a été déposée au registre foncier par le notaire mandaté par la société immobilière propriétaire de l'immeuble. Cette réquisition indiquait notamment que deux appartements de quatre pièces avec balcon se trouvaient au 6ème étage, sous les lots n° 9.01 et 9.02.
Un nouveau cahier de répartition des locaux relatif à la PPE de l'immeuble érigé sur la parcelle n° 2'683, remplaçant celui déposé au registre foncier en 1985, a été établi par un géomètre officiel, signé le 28 novembre 2005 et enregistré au registre foncier le 22 décembre 2005. Le plan et le tableau de répartition des locaux rectifiés prévoyaient désormais, pour le 6ème étage, un seul appartement de huit pièces d'une surface de 213 m2 avec balcon valant 142 o/oo, sous lot n° 9.02, le n° 9.01 correspondant à l'escalier et à la partie de l'étage extérieure à l'appartement.
Par décision du 4 décembre 2009, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (devenu le Département de l'urbanisme, puis le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie [ci-après : le Département]), a donné une suite favorable à une demande définitive d'autorisation de construire portant sur la surélévation de deux étages en attique de l'immeuble précité, déposée le 23 septembre 2009 par la PPE B._, représentée par C._ SA.
Le 17 février 2011, A._ SA est devenue propriétaire de l'appartement de huit pièces du 6ème étage susmentionné, pour la somme de 2'450'000 francs.
B.
Le 27 mars 2012, le Département a écrit à A._ SA que, à la suite du dépôt de la demande d'autorisation de construire précitée et après vérification sur place, il avait constaté que l'appartement propriété de A._ SA résultait de la réunion de deux appartements, soit les lots n° 9.01 et 9.02; une telle réunion en un seul logement n'était autorisable que si elle était destinée au propriétaire ayant l'intention de l'occuper au titre d'habitation principale; n'ayant été saisi d'aucune requête en autorisation concernant la réunion litigieuse, A._ SA devait lui fournir, dans un délai de quinze jours dès réception dudit courrier, toutes les explications utiles, précisant que "toutes mesures et/ou sanction restaient réservées". Par courrier du 5 avril 2012, A._ SA a répondu qu'elle n'avait pas procédé à la réunification des lots n° 9.01 et 9.02; cette société avait acquis l'appartement en question en un seul lot, le n° 9.02; depuis plus de vingt-cinq ans, il n'y avait qu'un appartement de huit pièces au 6ème étage de l'immeuble en cause.
Par décision du 7 mai 2012, le Département a ordonné à A._ SA de rétablir une situation conforme au droit en procédant à la remise en état des deux appartements de quatre pièces situés au 6ème étage de l'immeuble, au motif que la situation constituait une infraction aux art. 1 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05) et 1 à 4 de la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (mesures de soutien en faveur des locataires et de l'emploi) du 25 janvier 1996 (LDTR; RSG L 5 20); cette mesure ferait l'objet de l'inscription d'une restriction du droit de propriété, par voie de mention, au registre foncier conformément à l'art. 153 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05); lors de la mise en PPE de l'immeuble concerné en février 1985, il y avait deux logements de quatre pièces au 6ème étage, soit les lots n° 9.01 et 9.02, comme mentionné sur le cahier de répartition des locaux enregistré au registre foncier; or, le Département n'avait été saisi d'aucune requête en autorisation pour la réunion de ces deux appartements.
A._ SA a interjeté un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. Après avoir procédé à une inspection locale le 9 octobre 2012, celui-ci a rejeté le recours, par jugement du 29 octobre 2012. Par arrêt du 11 novembre 2014, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours déposé par A._ SA contre ce jugement. Elle a considéré en substance que le délai de trente ans de péremption n'était pas échu au jour du prononcé de la décision du Département du 7 mai 2012, que l'ordre de remise en état ne violait pas le principe de la bonne foi et respectait le principe de la proportionnalité.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et la décision du 7 mai 2012, de constater que le 6 ème étage de l'immeuble sis au chemin des Crêts-de-Champel 5 à Genève distribue un unique appartement de huit pièces, que la remise en état des deux appartements de quatre pièces ne peut pas être ordonnée, que l'inscription de la mention ordonnée au sens de l'art. 153 LCI est sans objet et qu'aucune infraction à la LDTR et à la LCI n'a été commise par A._ SA. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle se réfère notamment à un jugement du Tribunal administratif de première instance du 10 octobre 2013, dans lequel il a été admis que la réunion de deux appartements au 3 ème étage du même immeuble remontait à plus de trente ans, alors que le cahier de répartition des locaux de 1983 et la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985 indiquaient deux appartements de quatre pièces.
Invitée à se déterminer, la Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie conclut au rejet du recours. La recourante a renoncé à répliquer par courrier du 2 mars 2015.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice. En tant que propriétaire de l'appartement dont est ordonnée la remise en état, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation. Elle a donc qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Dans un premier argument d'ordre formel, la recourante fait grief à l'instance précédente d'avoir refusé d'entendre deux témoins, D._ dont la famille aurait vécu dans l'appartement litigieux de 1976 à 2002 et E._, ancien propriétaire de l'immeuble en cause. Elle considère que leurs témoignages auraient permis d'établir que les deux appartements ont été réunis il y a plus de trente ans et que par conséquent le délai de péremption de 30 ans pour exiger une remise en état est atteint.
A cet égard, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.). Elle fait aussi valoir l'arbitraire dans l'application du droit cantonal de procédure (art. 19 et 20 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA-GE; RSG E 5 10]). Ces deux griefs se confondent, de sorte qu'il y a lieu de les examiner ensemble.
2.1. Garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes et de participer à l'administration des preuves essentielles lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 99 et les références citées). Toutefois, le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, lorsque les preuves résultent déjà de constatations versées au dossier ou lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 99 et les références citées).
Les art. 19 et 20 LPA-GE n'offrent pas de garantie supplémentaire au justiciable. L'art. 19 LPA-GE prévoit que l'autorité établit les faits d'office sans être liée par les allégués et offres de preuves des parties. L'art. 20 LPA-GE précise que l'autorité réunit les renseignements et procède aux enquêtes nécessaires pour fonder sa décision, en recourant "s'il y a lieu" aux moyens de preuve que sont les documents, les interrogatoires et renseignements des parties, les témoignages et renseignements de tiers, l'examen par l'autorité et l'expertise.
Selon la maxime inquisitoire, qui prévaut en particulier en droit public, l'autorité définit les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés; elle oblige notamment les autorités compétentes à prendre en considération d'office l'ensemble des pièces pertinentes qui ont été versées au dossier. Elle ne dispense pas pour autant les parties de collaborer à l'établissement des faits; il leur incombe d'étayer leurs propres thèses, de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles, spécialement lorsqu'il s'agit d'élucider des faits qu'elles sont le mieux à même de connaître. En l'absence de collaboration de la partie concernée par de tels faits et d'éléments probants au dossier, l'autorité qui met fin à l'instruction du dossier en retenant qu'un fait ne peut être considéré comme établi, ne tombe ni dans l'arbitraire ni ne viole l'art. 8 CC relatif au fardeau de la preuve (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les références citées).
2.2. Selon la jurisprudence, la compétence d'exiger la démolition d'une installation pour rétablir une situation conforme au droit est soumise en principe à un délai de péremption de trente ans; exceptionnellement, cette compétence peut être exercée au-delà du délai en question si des motifs de police au sens strict imposent une telle mesure et, inversement, l'autorité peut en être déchue avant l'écoulement des trente ans lorsque le principe de la bonne foi le commande. Le délai de trente ans commence à courir seulement dès l'achèvement du bâtiment ou des parties litigieuses de celui-ci (ATF 136 II 359 consid. 8 p. 367 et les références citées).
2.3. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que seuls le cahier de répartition des locaux de la PPE de l'immeuble établi en août 1983 et la réquisition d'inscription au registre foncier de février 1985 devaient être pris en compte. Elle a affirmé qu'aucun élément n'était propre à prouver la survenance d'une erreur lors de l'élaboration dudit cahier ou de ladite réquisition au registre foncier: même en prenant en compte le fait que la famille de D._ a habité depuis 1976 au 6 ème étage dans un appartement de huit pièces et non de quatre, cela ne permettrait pas d'en conclure que ledit cahier et ladite réquisition au registre foncier seraient erronés sur ce point: "en effet, vu son importance et le fait qu'il portait sur l'un des six étages ajoutés à l'attique de l'immeuble, ce point ne pouvait manifestement pas échapper à l'attention du géomètre officiel et de la propriétaire; la réquisition du 21 décembre 2005 ne pouvait être comprise comme faisant état de modifications intervenues dans les appartements de quatre pièces du 6 ème étage après les inscriptions au registre foncier des mois d'août 1983 et de février 1985 et non d'une erreur à corriger". L'instance précédente ajoute encore que, quoi qu'il en soit, seule la connaissance du Département doit être retenue, celui-ci n'ayant aucunement la possibilité de se rendre compte que l'information dont il disposait aurait pu ne pas correspondre à la réalité: or le Département ignorait jusqu'en mars 2012 que les deux appartements avaient été réunis. Dès lors, la cour cantonale a refusé d'entendre les témoins dont l'audition était requise au motif que de "tels actes d'instruction ne seraient pas de nature à influer sur l'issue du litige".
Partant, la Cour de justice n'a pas cherché à établir la date de la réunion des deux appartements; or cet élément est un fait important pour la solution du litige, dans la mesure où il fait partir le délai de péremption de 30 ans. L'instance précédente a au contraire pris en considération le fait que le Département n'avait pas eu connaissance de la réunion des appartements avant mars 2012. Cet élément est toutefois sans pertinence pour établir le point de départ du délai de péremption; seule est déterminante la date d'achèvement des travaux illicites (cf. supra consid. 2.2).
Afin de déterminer cette date, la recourante a allégué plusieurs éléments tendant à démontrer que la réunion des appartements avait déjà eu lieu en 1976. Elle a produit un relevé de loyers établi informatiquement par la régie F._ SA, selon lequel le 6 ème étage de l'immeuble était occupé au 30 décembre 1988 par un appartement de huit pièces, dont le locataire était G._ (père de D._); elle a versé au dossier un état locatif au 24 novembre 2003 établi par la régie H._ Cie, duquel il ressort que E._ était propriétaire de l'immeuble en question, notamment d'un appartement de huit pièces au 6ème étage, habité par un locataire; elle a allégué qu'il n'existait qu'un seul compteur d'électricité au 6ème étage; elle a encore produit un courrier de D._ daté du 1er février 2013, indiquant que sa famille avait été locataire de l'appartement en cause de 1976 à 2002 et que ledit appartement était le seul du 6ème étage, avec deux portes d'entrée, quatre chambres à coucher, deux salles de bain, deux WC, deux réduits, une cuisine, un salon et une salle à manger. La recourante a enfin requis l'audition de D._ et de E._, arguant que les auditions sollicitées permettraient de démontrer que ladite réquisition d'inscription de 1985 ne correspondait pas à la réalité des faits.
La Cour de justice a ignoré les éléments avancés par la recourante et s'en est tenue au contenu du cahier de répartition des locaux de 1983 et à la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985. Il existe certes une présomption d'exactitude de faits se trouvant dans un registre public (art. 9 al. 1 CC). Il est cependant possible de renverser cette présomption. En refusant de manière anticipée de prendre en compte les éléments avancés par la recourante au seul motif que "vu son importance et le fait qu'il portait sur l'un des six étages ajoutés à l'attique de l'immeuble, ce point ne pouvait manifestement pas échapper à l'attention du géomètre officiel et de la propriétaire", la cour cantonale a privé arbitrairement la recourante de tout moyen de preuve pour renverser la présomption d'exactitude de la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985. L'offre de preuve requise était pertinente et l'appréciation anticipée des preuves à laquelle a procédé la cour cantonale est insoutenable. Cette appréciation anticipée des preuves est d'autant plus arbitraire qu'un jugement du Tribunal administratif de première instance du 10 octobre 2013 a admis que la réunion de deux appartements au 3ème étage du même immeuble remontait à plus de trente ans, alors que le cahier de répartition des locaux de 1983 et la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985 indiquaient deux appartements de quatre pièces.
De plus, cette violation du droit d'être entendu est renforcée par le devoir du juge, en droit public, d'établir les faits d'office (maxime inquisitoire ancrée notamment à l'art. 19 LPA-GE).
Cette violation du droit d'être entendu ne peut pas être guérie dans la présente procédure de recours, ne serait-ce que parce que le Tribunal fédéral ne revoit pas librement les faits (art. 97 et 105 LTF; ATF 133 I 201 consid. 2.2 p. 204 et les références citées). Le recours doit donc être admis pour ce motif, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante. Il appartiendra à la Cour de justice ou au Tribunal administratif de première instance si la cause lui est renvoyée, de procéder aux auditions requises.
3.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué. La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.
Il n'est pas perçu de frais pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 66 al. 4 LTF). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, la recourante a droit à des dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.
2.
Il n'est pas perçu des frais judiciaires.
3.
Une indemnité de dépens, arrêtée à 3'000 francs, est allouée à la recourante à la charge du canton de Genève.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie, et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 10 août 2015
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Merkli
La Greffière : Tornay Schaller