Fatti:
A. Il 6 febbraio 2006 A._ aveva chiesto al Municipio di Y._ il permesso di insediare un salone per cani in due locali al pianterreno della sua casa di abitazione, sita a valle della strada cantonale. Alla domanda si erano opposti i vicini C.B._ e B.B._. Il 23 giugno 2006 il Municipio, respinta l'opposizione dei vicini, ha rilasciato la richiesta licenza. Il 9 gennaio 2007 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, adito dagli opponenti, ha confermato il permesso. Con giudizio del 28 settembre 2007, il Tribunale cantonale amministrativo ha annullato la decisione governativa e rinviato gli atti all'Esecutivo cantonale, affinché accertasse in particolare se il posteggio supplementare per i clienti del salone canino costituisse un pericolo per la sicurezza della circolazione.
B. Dopo aver esperito un sopralluogo, con decisione del 2 aprile 2008, il Consiglio di Stato ha nuovamente confermato la licenza edilizia. Esso ha ritenuto che il posteggio supplementare, realizzato sulla curva della strada d'accesso alle case delle parti, non avrebbe creato pericolo o intralcio alla circolazione. Adito dai vicini, con giudizio del 21 luglio 2008, il Tribunale cantonale amministrativo ne ha accolto il ricorso: ha quindi annullato la decisione governativa, riformandola nel senso che la licenza edilizia è confermata a eccezione del posteggio, rinviando gli atti al Municipio, affinché fissi il contributo sostitutivo.
C. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare gli atti al Tribunale cantonale amministrativo per nuovo giudizio.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale emanata in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.1). La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.2 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono presentate nella sede federale. Per di più, quando il ricorrente invoca, come in concreto, la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito), il Tribunale federale esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 134 II 244 consid. 2.2): ciò vale anche per la critica d'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove (DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1; 134 I 83 consid. 3.2).
1.3 Riservati i casi dell'art. 95 lett. c-e LTF, la violazione del diritto cantonale o comunale non costituisce di per sé un motivo di ricorso, ma può configurare una violazione del diritto federale giusta l'art. 95 lett. a LTF, segnatamente qualora disattenda il divieto dell'arbitrio ai sensi dell'art. 9 Cost. (DTF 134 II 349 consid. 3). Non basta, inoltre, che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (DTF 134 II 124 consid. 4.1), ciò che spetta al ricorrente dimostrare (DTF 133 II 396 consid. 3.2).
2. 2.1 La Corte cantonale ha stabilito che unico oggetto del litigio sono rimasti gli inconvenienti derivanti alla sicurezza della circolazione dal previsto posteggio supplementare. In tale ambito, essa ha applicato l'art. 52 cpv. 3 delle norme di attuazione del piano regolatore di Y._ (NAPR), concernente la visibilità e gli accessi, del seguente tenore:
"Porte, cancelli, catene, barriere ecc. di accesso a garages o posteggi prospicienti a piazze, strade cantonali, comunali, consortili o private aperte al pubblico transito, devono avere una distanza minima di almeno 5.50 dal confine con l'area carrozzabile o pedonale della strada. [...]".
Essa ha ritenuto che, imponendo di lasciare uno spazio libero di m 5.50 dal ciglio della strada, la citata norma mira essenzialmente a evitare che le manovre dei veicoli in entrata o in uscita dai posteggi intralcino la sicurezza e la fluidità della circolazione. Ha poi rilevato che il richiesto posteggio, largo m 2.30 e lungo m 5.00, verrebbe realizzato sulla soletta pensile che raccorda alla strada cantonale la strada d'accesso alle abitazioni delle parti. Previsto proprio sulla curva, esso verrebbe a collocarsi a una distanza variante tra m 3.30 e m 4.40 dal ciglio stradale. Ha quindi ritenuto ch'esso non rispetta la distanza di m 5.50 imposta dall'art. 52 cpv. 3 NAPR. Per di più, hanno aggiunto i giudici cantonali, il nuovo posteggio determina anche una sensibile riduzione dello spazio di manovra, ostacolando in particolare l'inversione del senso di marcia dei veicoli che si immettono sulla strada d'accesso, inducendoli a uscire in retromarcia sulla strada cantonale. Ciò poiché la configurazione della soletta pensile non è casuale, ma funzionale all'agevolazione dell'acceso veicolare e dell'inversione del senso di marcia.
2.2 La ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe fondato in maniera arbitraria il criticato rifiuto sull'art. 52 cpv. 3 NAPR, poiché, al suo dire, detta norma non si applicherebbe a semplici posteggi prospicienti a strade cantonali. Scopo di questa norma sarebbe di garantire la sicurezza della circolazione stradale nei casi in cui porte cancelli barriere ecc. renderebbero difficoltoso l'accesso da una proprietà privata a una strada aperta al pubblico, ma non quando si tratterrebbe di realizzare un semplice posteggio. Adduce poi, in maniera del tutto generica, che le finalità di tali distanze sarebbero difficilmente pregiudicate dal posteggio litigioso, realizzato a livello del terreno, poiché i veicoli in entrata non dovrebbero sostare sulla strada cantonale in attesa di aprire una porta o un cancello. Ne deduce che nel caso in esame non sarebbe necessario rispettare la distanza di m 5.50 fissata dalla citata norma.
2.3 L'assunto non regge. In effetti, se già le porte, i cancelli o una semplice catena devono rispettare una distanza minima di m 5.50 dal confine della strada, non è fuori luogo considerare che il posteggio medesimo non possa essere ubicato a una distanza inferiore, segnatamente a soli m 3.30 come verrebbe a trovarsi nella fattispecie. D'altra parte, la ricorrente, insistendo sull'asserita non pericolosità del posteggio per la circolazione stradale, disattende che l'art. 52 cpv. 3 NAPR, fissando la citata distanza, non esige la dimostrazione della sussistenza di un pericolo reale, ragione per cui la conclusione dei giudici cantonali non è arbitraria.
3. 3.1 La ricorrente critica poi l'accertamento del Tribunale cantonale amministrativo circa l'accertata pericolosità del posteggio. Al riguardo rileva, sempre in maniera generica, che i giudici cantonali non hanno esperito il sopralluogo (richiesto dai vicini) per accertare la situazione dei luoghi. Accennando implicitamente a una lesione del diritto di essere sentito, la ricorrente non tenta tuttavia di dimostrare che, rinunciando al sopralluogo sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove (al riguardo vedi DTF 131 I 153 consid. 3; 130 II 425 consid. 2.1), la Corte cantonale sarebbe incorsa nell'arbitrio. L'accenno di critica, che disattende le esigenze di motivazione dell'art. 42 LTF, è quindi inammissibile. Del resto, visto il tenore dell'art. 52 cpv. 3 NAPR, l'assunzione di questo mezzo di prova, a ragion veduta, non era necessaria.
3.2 Riguardo alla pericolosità del posteggio, la ricorrente accenna poi alle risultanze del sopralluogo esperito dal Consiglio di Stato il 29 gennaio 2008 e richiama un passaggio della decisione governativa del 2 aprile 2008, secondo cui il posteggio litigioso risulterebbe convenientemente accessibile, senza creare intralcio o pericolo alla circolazione.
Ora, insistendo su questa constatazione, la ricorrente omette di precisare che questa conclusione si riferisce alla conformità del posteggio sotto il profilo dell'art. 4 cpv. 1 del regolamento concernente la formazione di posteggi lungo le strade cantonali, normativa tuttavia non ritenuta applicabile dal Governo al caso di specie. Certo, la ricorrente richiama un ulteriore passaggio della decisione governativa, secondo cui, considerata la buona visuale del tratto stradale, non esisterebbe alcun pericolo per la circolazione. Essa sottace nondimeno che nella richiamata decisione anche il Consiglio di Stato riconosce come, con la formazione del nuovo posteggio, per i veicoli in partenza dal posteggio della ricorrente, non potendo invadere la proprietà dei vicini, sarebbe necessario procedere in retromarcia fino sul piazzale (dove si collocherebbe il nuovo posteggio) per poterli girare e mettere in posizione di marcia in avanti. Per andare verso Y._, le automobili potrebbero poi immettersi senza ulteriori problemi sulla carreggiata. L'Esecutivo cantonale ha però anche accertato che per proseguire verso X._ occorrerebbe effettuare due manovre sulla strada cantonale, non essendo possibile curvare in una sola volta. Si può quindi ritenere, come stabilito dai giudici cantonali, che la realizzazione del nuovo posteggio comporti pregiudizi per la circolazione stradale, per cui l'impugnata decisione non è arbitraria neppure nel suo risultato.
4. Ne segue, che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Y._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.