Faits:
A. A.a Le 17 décembre 2011, B._ a demandé à la Justice de paix du district d'Aigle (ci-après: Justice de paix) de pouvoir conserver l'autorité parentale sur son fils, A._, devenu majeur le 11 décembre 2011, et d'ouvrir une enquête en interdiction civile à l'égard de ce dernier.
A.b Le 5 janvier 2012, le Juge de paix du district d'Aigle (ci-après: Juge de paix) a procédé à l'audition de B._ et l'a informée à l'issue de l'audience qu'il ouvrait une enquête en interdiction civile à l'endroit de son fils.
A.c Le 22 mars 2012, le médecin traitant de A._ a remis à l'autorité tutélaire un rapport établi à la requête du Juge de paix expliquant que le jeune homme souffrait depuis longtemps d'un retard mental léger, pour lequel il bénéficiait de mesures d'éducation spécialisée dans une fondation et qu'il n'était pas en mesure d'apprécier pleinement la portée de ses actes, de gérer ses affaires sans les compromettre et de se passer d'une assistance permanente. Selon lui, le jeune homme était d'accord avec une prolongation de l'autorité parentale mais ne souhaitait pas que sa mère devienne sa tutrice.
A.d Le 21 mai 2012, un expert-psychiatre a remis le rapport établi à la demande du Juge de paix aux termes duquel il préconisait l'instauration d'une mesure tutélaire précisant toutefois que le représentant légal devait être choisi en-dehors du cercle familial. Il a en outre relevé que l'expertisé, qu'il a entendu à deux reprises, était tout à fait en mesure d'être entendu par l'autorité tutélaire.
A.e Le 22 mai 2012, le Juge de paix a cité à comparaître B._ à l'audience de la Justice de paix du 31 mai 2012.
A.f Le 31 mai 2012, la Justice de paix a procédé à l'audition de B._ qui était accompagnée de son fils, ainsi qu'à celle d'un assistant social de Pro Infirmis Vaud. L'autorité tutélaire a d'emblée précisé avoir prévu d'examiner l'opportunité d'entendre A._ séparément. Le Juge de paix a lu aux intervenants les extraits les plus essentiels du rapport d'expertise, précisant pouvoir leur remettre le rapport dans son intégralité s'ils le souhaitaient. Au terme de la lecture du rapport, A._ et sa mère ont déclaré s'opposer à l'instauration d'une tutelle. L'assistant social a, quant à lui, réaffirmé qu'une mesure d'aide et d'accompagnement était nécessaire et qu'une tutelle s'imposait. Le Juge de paix a expliqué qu'une mesure de placement avait été faite et que la Justice de paix devait se prononcer sur le degré d'incapacité civile de A._. B._ s'est déclarée prête à assumer la charge de tutrice; A._ a, pour sa part, déclaré ne rien vouloir.
A.g Par décision du 31 mai 2012, la Justice de paix a prononcé l'interdiction civile de A._ au sens de l'art. 369 aCC (ch. I), désigné le Tuteur général en qualité de tuteur (ch. II), chargé celui-ci de remettre l'inventaire d'entrée prévu par le Règlement, dans les soixante jours dès la communication de la décision, directement à l'assesseur Jean-Marc Berger (ch. III), publié la décision dans la Feuille des Avis Officiels (ch. IV) et mis les frais à la charge de l'Etat (ch. V).
A.h Le 12 juin 2012, le Tuteur général a déclaré accepter le mandat confié.
B. Par arrêt du 20 septembre 2012, la Chambre des tutelles du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: Chambre des tutelles) a rejeté l'appel formé le 5 juillet 2012 par le pupille et sa mère contre cette décision.
C. Par acte du 10 décembre 2012, le pupille et sa mère exercent un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral. Ils concluent principalement à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens qu'aucune mesure tutélaire n'est prononcée en faveur de A._; subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause aux autorités cantonales pour nouvelle décision au sens des considérants. Les recourants invoquent, à l'appui de leurs conclusions, la violation des principes de proportionnalité et de subsidiarité dans le cadre du recours en matière civile et la violation du droit d'être entendu dans le cadre du recours constitutionnel subsidiaire. Ils ont au demeurant sollicité d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invitées à se déterminer, la Justice de paix s'en est remise à justice et la Chambre des tutelles - désormais dénommée Chambre des curatelles - s'est référée aux considérants de l'arrêt entrepris.
Considérant en droit:
1. 1.1 Les nouvelles dispositions sur les mesures prises par l'autorité dans le domaine de la protection de l'adulte (art. 388 à 439 CC), introduites par la révision du 19 décembre 2008, sont entrées en force le 1er janvier 2013. Elles ne sont toutefois pas applicables au cas d'espèce, s'agissant d'un recours contre une décision prononçant l'interdiction civile du recourant au sens de l'art. 369 aCC rendue le 31 mai 2012 et confirmée sur appel le 20 septembre 2012 (arrêt 5A_19/2013 du 28 janvier 2013 consid. 1.1; dans le même sens, s'agissant de privation de liberté à des fins d'assistance: arrêt 5A_8/2013 du 16 janvier 2013 consid. 1).
1.2 Le présent recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en application de normes de droit public dans une matière connexe au droit civil (art. 72 al. 2 let. b ch. 6 LTF) et rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Le recours en matière civile a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (art. 42 LTF), de sorte qu'il est en principe recevable au regard de ces dispositions.
Selon l'art. 76 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière civile quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et est particulièrement touché par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (let. b, dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2011 [RO 2010 1739], l'arrêt attaqué ayant été rendu après cette date, cf. art. 132 al. 1 LTF).
Le pupille capable de discernement peut contester une décision en matière de tutelle; il a notamment la faculté de former un recours en matière civile au Tribunal fédéral pour faire valoir un droit strictement personnel (arrêts 5A_559/2012 du 17 janvier 2013 consid. 1.2; 5A_17/2011 du 20 juillet 2011 consid. 1; 5A_884/2010 du 7 janvier 2011 consid. 2.1). En tant que le recours a été formé par A._, les conditions de l'art. 76 al. 1 LTF sont clairement remplies, de sorte que le recours est recevable.
Sa mère a également la qualité pour recourir en tant qu'intéressée (ATF 137 III 67 consid. 3.1; 121 III 1 consid. 2a). Elle ne peut toutefois contester le choix du tuteur (ATF 118 Ia 229 consid. 2; 117 Ia 506 p. 507; 107 II 504 consid. 3; 107 Ia 343 consid. 2; arrêts 5A_439/2009 du 14 septembre 2009 consid. 1.2.2; 5A_443/2008 du 14 octobre 2008 consid. 2.2), si ce n'est pour cause de déni de justice formel (arrêt 5P.394/2002 du 17 janvier 2003 consid. 2.2 et les références).
1.3 La voie du recours en matière civile étant ouverte en l'espèce, le recours constitutionnel subsidiaire est d'emblée irrecevable (art. 113 LTF). Cela étant, l'intitulé erroné d'un recours ne nuit pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui aurait dû être interjeté soient réunies (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 et les arrêts cités). Dans ces conditions, les griefs soulevés dans la partie du recours intitulée "recours constitutionnel subsidiaire" peuvent être traités dans le cadre du recours en matière civile.
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4; 134 III 102 consid. 1.1; 133 III 545 consid. 2.2). Néanmoins, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux - notion qui englobe les droits constitutionnels (ATF 133 III 638 consid. 2) - que si ce grief a été soulevé et motivé (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit ainsi satisfaire au principe d'allégation, en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 IV 286 consid. 1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF).
3. Les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. dans la mesure où le rapport d'expertise rendu à l'égard du pupille ne leur a pas été communiqué préalablement à l'audience au terme de laquelle la décision d'instauration d'une mesure tutélaire a été rendue, de sorte qu'ils estiment ne pas avoir pu valablement préparer leur défense.
3.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (ATF 133 I 270 consid. 3.1; 126 I 15 consid. 2a/aa; 124 I 49 consid. 3a), mais il ne garantit pas le droit de s'exprimer oralement devant l'autorité appelée à statuer (ATF 125 I 209 consid. 9b, 122 II 464 consid. 4c). Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa p. 437). Ce moyen doit par conséquent être examiné en premier lieu (ATF 124 I 49 consid. 1 p. 50) et avec un plein pouvoir d'examen (ATF 127 III 193 consid. 3 p. 194 et la jurisprudence citée).
Le droit à l'audition de la personne à interdire découle en revanche de l'art. 374 aCC. Bien que la loi ne pose cette obligation que pour les cas d'interdiction fondés sur l'art. 370 aCC, elle vaut, selon la jurisprudence, aussi en cas d'interdiction pour cause de maladie mentale ou de faiblesse d'esprit (ATF 117 II 379 consid. 2, 132 consid. 1; 109 II 295 consid. 2 p. 296). L'audition n'est pas seulement un droit inhérent à la défense de l'intéressé, mais elle constitue également un moyen pour l'autorité d'élucider d'office les faits et de se forger une opinion personnelle tant sur la disposition mentale de la personne concernée que sur la nécessité d'ordonner ou de maintenir la mesure tutélaire (ATF 117 II 379 consid. 2 et les références citées). Dès lors que l'audition de la personne à interdire constitue une règle procédurale découlant du droit fédéral, son respect doit être examiné d'office par le Tribunal fédéral, même si ce grief n'a pas été soulevé devant l'instance cantonale (ATF 117 II 379 consid. 2 in fine et la jurisprudence citée). L'obligation d'entendre l'intéressé incombe à l'autorité compétente pour prononcer l'interdiction (arrêt 5A_187/2007 du 13 août 2007 consid. 2.1 et les références citées). Le principe de l'instruction d'office exige de celle-ci qu'elle entende la personne à interdire même contre sa volonté. Si cette dernière ne se présente pas, l'autorité doit la citer à nouveau, se déplacer pour l'entendre, voire la faire entendre par délégation (ATF 109 II 295 consid. 2). La personne à interdire doit pouvoir se déterminer sur tous les faits essentiels qui pourraient conduire à son interdiction (ATF 96 II 15 consid. 3; arrêt 5A_91/2011 du 29 septembre 2011 consid. 4.1). Une exception est prévue pour le cas où une expertise médicale déclare l'audition de l'intéressé inadmissible (art. 374 al. 2 aCC). L'expert ne doit pas se prononcer sur l'utilité de l'audition, mais uniquement sur son admissibilité d'un point de vue médical. En d'autres termes, il doit dire si l'audition est de nature à provoquer un dommage à la santé chez l'intéressé (arrêt 5A_55/2010 du 9 mars 2010 consid. 4.1, publié in: SJ 2011 I p. 130).
3.2 En l'espèce, il ressort des faits retenus par l'autorité cantonale que les recourants ont pris connaissance pour la première fois du rapport d'expertise concernant A._ lors de l'audience du 31 mai 2012. Le Juge de paix a alors lu aux recourants les extraits les plus essentiels du rapport, précisant toutefois qu'il pouvait le leur mettre à disposition dans son intégralité s'ils le souhaitaient. Il n'y a donc pas de violation du droit d'être entendu des recourants, dès lors que, contrairement à ce qu'ils soutiennent, le rapport d'expertise leur a valablement été communiqué et qu'ils leur appartenaient, cas échéant, de solliciter un délai pour se déterminer à son sujet.
En revanche, l'autorité amenée à prononcer l'interdiction de A._ n'a jamais procédé à l'audition de ce dernier. Si l'autorité avait envisagé de donner l'occasion à l'intéressé de se déterminer en audience sur le rapport d'expertise, le Juge de paix y a en définitive renoncé. L'art. 374 aCC lui imposait pourtant d'auditionner A._, dès lors qu'il ressort clairement du rapport d'expertise que ce dernier était parfaitement en mesure d'être entendu par l'autorité tutélaire. Le fait qu'il se soit mis à pleurer ou encore ait déclaré ne rien vouloir au terme de l'audience n'est pas suffisant pour justifier la renonciation à toute forme d'audition de la personne à interdire, dès lors que cette dernière doit être entendue même contre sa volonté, le Juge de paix pouvant cas échéant citer l'intéressé à une audience ultérieure conformément à ce que préconise la jurisprudence en cas de défaut de la personne à interdire (cf. supra consid. 3.1 2ème paragraphe). Il convient en outre de rappeler ici que A._ s'est présenté de sa propre initiative à l'audience du 31 mai 2012 à laquelle il n'avait toutefois pas été personnellement convoqué, de sorte qu'il ne pouvait légitimement s'attendre à être entendu à cette occasion, rendant ainsi une convocation à des fins d'audition à une date ultérieure d'autant plus pertinente. Il apparaît en définitive que si des extraits du rapport d'expertise lui ont bien été lus en audience, l'occasion de se déterminer sur les faits essentiels qui ont conduit à son interdiction ne lui a toutefois jamais été offerte, de sorte que son droit à l'audition au sens de l'art. 374 aCC a été violé.
Le recours devant être admis pour ce seul motif, il n'est pas nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés.
4. En conclusion, le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Vu l'issue du litige, les recourants n'ont pas à supporter de frais de justice. Le canton de Vaud n'a pas à supporter de frais (art. 66 al. 4 LTF), mais doit verser aux recourants une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La requête d'assistance judiciaire des recourants pour la procédure devant le Tribunal fédéral devient ainsi sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière civile est admis. La décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Une indemnité de 1'500 fr., à verser aux recourants à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Vaud.
5. La requête d'assistance judiciaire des recourants est sans objet.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Justice de paix du district d'Aigle et à la Chambre des tutelles du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 12 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Hildbrand