Sachverhalt:
A. Die Stadt Zürich beansprucht zur Realisierung eines Strassenprojekts auf dem Enteignungsweg einen Teil der Parzelle Kat.-Nr. AU3445, die der X._ AG gehört.
Im Rahmen des Schätzungsverfahrens wurde der Eigentümerin eine Frist angesetzt, um zu verschiedenen Unterlagen Stellung zu nehmen, welche die Stadt Zürich der Schätzungskommission in Abtretungsstreitigkeiten des Kantons Zürich (1. Kreis) eingereicht hatte. Deren Präsidentin erstreckte die Frist letztmals bis am 30. Januar 2012. An diesem Datum ersuchte die X._ AG die Schätzungskommission, von der Stadt Zürich zusätzliche Unterlagen einzufordern und die Frist zur Stellungnahme auch zu den bereits zuvor eingereichten Unterlagen neu anzusetzen. Die Präsidentin der Schätzungskommission lehnte dies mit Verfügung vom 16. Februar 2012 ab und verpflichtete die X._ AG, ihr die zugestellten Unterlagen zurückzuschicken.
Die X._ AG focht diese Verfügung mit Rekurs beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich an. Dieses trat am 25. Oktober 2012 auf das Rechtsmittel nicht ein.
B. Die X._ AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und subsidiärer Verfassungsbeschwerde, den erwähnten Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Nichtigkeit der Verfügung der Präsidentin der Schätzungskommission vom 16. Februar 2012 festzustellen. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, auf den bei ihr eingereichten Rekurs einzutreten. Prozessual beantragt sie die Durchführung einer öffentlichen mündlichen Verhandlung.
Die Stadt Zürich und das Verwaltungsgericht stellen den Antrag, es sei die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Schätzungskommission teilt dem Bundesgericht mit, dass sie bei dem inzwischen von ihr gefällten Entscheid die fraglichen Akten nicht verwendet habe und somit der X._ AG durch die versäumte Stellungnahme kein Nachteil entstanden sei. Letztere hält in einer weiteren Eingabe an den in der Beschwerde gestellten Anträgen fest und verweist darauf, dass sie gegen den Entscheid der Schätzungskommission einen Rekurs erhoben habe.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Nichteintretensentscheid bezieht sich auf eine prozessleitende Verfügung, mit welcher eine weitere Fristerstreckung und die Einholung zusätzlicher Unterlagen abgelehnt wird. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, handelt es sich bei dieser Verfügung um einen Zwischenentscheid. Dasselbe gilt auch für den Nichteintretensentscheid der Vorinstanz selber, denn auch dieser beendet das Schätzungsverfahren nicht.
1.1 Gegen kantonal letztinstanzliche Entscheide in Enteignungssachen steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen; insbesondere liegt weder ein Ausnahmetatbestand nach Art. 83 BGG vor, noch besteht eine Streitwertgrenze gemäss Art. 85 BGG. Unter diesen Umständen besteht von vornherein kein Raum für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde (Art. 113 BGG).
1.2 Nach Art. 93 Abs. 1 sind selbstständig eröffnete Zwischenentscheide beim Bundesgericht nur mit Beschwerde anfechtbar, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung des Rechtsmittels sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutsamen Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Die Beschwerdeführerin behauptet zu Recht nicht, dass die zuletzt genannte Voraussetzung erfüllt sei.
Die Vorinstanz hat bereits dargelegt, dass die Verweigerung der Fristerstreckung und Akteneinholung keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirke, weil sich eine allfällige Rechtswidrigkeit dieser Verfügung noch durch einen günstigen Entscheid beheben liesse. Bei ihrer Kritik an dieser Auffassung verkennt die Beschwerdeführerin, dass die von ihr behauptete Verletzung der Verfahrensfairness und des rechtlichen Gehörs gemäss Art. 29 Abs. 1 und 2 BV auch in einem Rechtsmittelverfahren gegen den Endentscheid mit freier Kognition zu prüfen wäre.
1.3 Gleiches gilt, soweit die Beschwerdeführerin die Zusprechung einer Parteientschädigung an die Stadt Zürich beanstandet: Auch diese Rüge kann sie noch mit Beschwerde gegen den Endentscheid geltend machen, und zwar selbst dann, wenn dieser zu ihren Gunsten ausfallen sollte (BGE 135 III 329 E. 1.2 S. 331 ff.).
Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist aus diesen Gründen nicht einzutreten.
2. Kann das Bundesgericht nicht angerufen werden, so besteht unter den gegebenen Umständen auch kein Anlass, die von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Nichtigkeit der Verfügung der Präsidentin der Schätzungskommission vom 16. Februar 2012 zu prüfen. In der jüngsten Rechtsprechung hat das Bundesgericht zwar vereinzelt die Nichtigkeit von Akten auch in Fällen untersucht, in denen das erhobene Rechtsmittel nicht zulässig war (so etwa in BGE 136 II 383 E. 4 S. 389 ff. und 136 II 415 E. 2 und 3 S. 418 ff.). Gegen diese Praxis ist jedoch der Einwand erhoben worden, es sei nicht Aufgabe des Bundesgerichts, ausserhalb seiner Zuständigkeit gewissermassen als Aufsichtsbehörde zu amten (PIERRE MOOR, "La nullité doit être constatée en tout temps et par toute autorité", in: Festschrift für Tobias Jaag, hrsg. von Markus Rüssli et al., 2012, S. 41 ff.). Eine nähere Auseinandersetzung mit dieser Kritik erübrigt sich an dieser Stelle.
Auch nach der zitierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist für die Feststellung der Nichtigkeit jedenfalls ein Rechtsschutzinteresse erforderlich (BGE 136 II 415 E. 1.2 und 1.3 S. 417), d.h. ein genügendes Interesse an der Feststellung der Nichtigkeit durch das Bundesgericht. Wie die Beschwerdeführerin selbst geltend macht, ist das Verfahren vor der Schätzungskommission inzwischen abgeschlossen; gegen den Schätzungsentscheid wurde bereits Rekurs angemeldet. Im Rekursverfahren kann die streitige verfahrensleitende Verfügung mitangefochten oder deren Nichtigkeit geltend gemacht werden, soweit sie sich auf die formelle und/oder materielle Richtigkeit des Endentscheids auswirkt. Gegen den Rekursentscheid stehen der Beschwerdeführerin weitere Rechtsmittel zu Verfügung.
3. Aus diesen Gründen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Es erübrigt sich daher, eine öffentliche mündliche Verhandlung durchzuführen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Zürich, der Schätzungskommission in Abtretungsstreitigkeiten des Kantons Zürich 1. Kreis, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber