Faits:
A. Le Ministère public central du canton de Vaud mène depuis le 25 novembre 2011, sur plainte de A._, une instruction pénale contre B._ et C._. La plaignante leur reproche notamment d'avoir créé une société à responsabilité limitée alors qu'ils étaient encore sous contrat avec elle, d'y avoir travaillé et d'avoir démarché l'un de ses clients, contrevenant ainsi à l'art. 5 LCD. Les 5 et 10 septembre 2012, A._ a sollicité du Procureur en charge du dossier la suspension de la procédure pénale jusqu'à droit connu sur la demande en paiement et en cessation de concurrence déloyale qu'elle a introduite le 15 août 2012 devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois contre B._ et C._.
Par décision du 11 septembre 2012, le Procureur a refusé de suspendre la procédure pénale. Il a indiqué sommairement que celle-ci se trouvait en état d'être jugée.
Par arrêt du 26 septembre 2012, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: la Chambre des recours pénale) a déclaré irrecevable le recours interjeté par A._ contre cette décision. Suivant la doctrine majoritaire sur cette question ainsi que sa propre jurisprudence, elle a en effet considéré que la décision de refus de suspendre l'instruction n'était pas susceptible d'un recours cantonal fondé sur le code de procédure pénale du 5 octobre 2007 (CPP; RS 312.0).
B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ conclut principalement à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle instruction et décision, avec suite de frais et dépens. Subsidiairement, elle forme un recours constitutionnel avec les mêmes conclusions.
La cour cantonale renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de sa décision. B._ et C._ ont renoncé à se déterminer, estimant que la décision entreprise ne concernait pas le fond du litige.
Par ordonnance du 29 novembre 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif de la recourante.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision d'irrecevabilité prise en dernière instance cantonale; sur le fond, la contestation porte sur le refus de suspendre la procédure pénale. Le recours est dès lors en principe recevable comme recours en matière pénale selon les art. 78 ss LTF.
1.1 Indépendamment de sa qualité pour recourir sur le fond, la recourante a qualité, selon l'art. 81 al. 1 LTF, pour contester l'irrecevabilité de son recours cantonal (ATF 136 IV 41 consid. 1.4. p. 44).
1.2 La décision du Ministère public refusant de suspendre la procédure pénale est de nature incidente puisqu'elle ne met pas fin à la procédure pénale (cf. ATF 137 III 522 consid. 1.2 p. 524). En principe, le recours ne serait recevable qu'aux conditions restrictives posées à l'art. 93 LTF. Toutefois, le recours est formé pour déni de justice formel et porte sur la question de l'existence même d'un recours cantonal. Dans un tel cas, le Tribunal fédéral renonce à l'exigence d'un préjudice irréparable (arrêt 1B_432/2011 du 20 septembre 2012 consid. 1, destiné à la publication).
1.3 Le recours en matière pénale est par conséquent recevable, ce qui entraîne l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF).
2. La recourante se plaint d'une violation des art. 314 al. 5 et 380 CPP. Elle estime qu'à l'instar d'une décision de suspension de la procédure pénale, une décision refusant une telle suspension devrait pouvoir faire l'objet d'un recours cantonal.
2.1 Aux termes de l'art. 314 al. 1 CPP, le ministère public peut suspendre une instruction, notamment dans le cas visés aux lettres a à d de cet alinéa. Le ministère public communique sa décision de suspendre la procédure au prévenu, à la partie plaignante et à la victime (art. 314 al. 4 CPP). Au surplus, la procédure est réglée par les dispositions applicables au classement (art. 314 al. 5 CPP), de sorte que les parties disposent d'un recours dans un délai de dix jours devant l'autorité de recours (art. 322 al. 2 CPP). Ce recours peut être formé pour violation du droit, constatation incomplète ou erronée des faits et inopportunité (art. 393 al. 2 CPP).
L'art. 315 CPP traite de la reprise de l'instance. Le ministère public reprend d'office une instruction suspendue lorsque le motif de la suspension a disparu (al. 1). La reprise de l'instruction n'est pas sujette à recours (al. 2).
2.2 La cour cantonale a considéré que si la suspension de la procédure pouvait faire l'objet d'un recours, il en allait différemment d'un refus de suspendre, les parties n'ayant pas de droit à une telle mesure. Le recours était également irrecevable en tant qu'il portait sur une violation du droit d'être entendu.
Plusieurs auteurs s'expriment dans le même sens. Ils insistent sur le fait qu'il n'existe pas de droit à obtenir la suspension d'une procédure pénale, ce que démontre la rédaction du texte légal sous la forme d'une norme potestative ("Kannvorschrift"); en outre, le large pouvoir d'appréciation de l'autorité de poursuite priverait les parties d'un droit de recours (Patrick Guidon, Die Beschwerde gemäss Schweizerischer Strafprozessordnung, p. 50 note 341; Nathan Landshut, Kommentar Donatsch/Hansjakob/Lieber, n. 25 ad art. 314; Esther Omlin, Basler Kommentar, n. 8 ad art. 314; Jo Pitteloud, Code de procédure pénale suisse, n. 784 p. 535; Riedo/Fiolka/Niggli, Strafprozessrecht sowie Rechtshilfe in Strafsachen, n. 2342); enfin, la nature de la décision, sur laquelle le ministère public peut en tout temps revenir si les conditions venaient à changer, justifierait l'absence de voie de droit (Jo Pitteloud, loc. cit.). Quant à Niklaus Schmid, il adopte sans réserve cette opinion dans l'un de ses ouvrages (Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, n. 1239, note 91), alors que, dans un autre, il considère seulement comme douteuse ("fraglich") l'existence d'une voie de recours contre le refus de suspension (StPO-Praxikommentar, n. 13 ad art. 314).
Seul Christian Coquoz exprime une opinion contraire. Selon lui, le refus de suspendre une instruction constitue une décision déployant un effet externe, même s'il s'agit d'une abstention; par ailleurs, dans la mesure où l'autorité de recours est également juge de l'opportunité des décisions portées devant elle, l'absence de voie de recours en raison du caractère potestatif de la norme ne semble "pas très convaincante" (Christian Coquoz, Les recours pendant la procédure préliminaire, RPS 2010 p. 365).
2.3 Pour trancher cette question, il convient de chercher à mieux comprendre le système des voies de recours prévu par le CPP.
2.3.1 A teneur de l'art. 393 al. 1 let. a CPP, le recours est recevable contre les décisions et les actes de procédure de la police, du ministère public et des autorités pénales compétentes en matière de contraventions. Cependant, les décisions qualifiées de définitives ou de non sujettes à recours par le CPP ne peuvent pas être attaquées par le biais d'un recours (art. 380 en lien avec les art. 379 et 393 CPP). Il découle ainsi de la systématique légale que, sauf exceptions prévues expressément par la loi, toutes les décisions de procédure, qu'elles émanent du ministère public, de la police ou des autorités compétentes en matière de contraventions, sont susceptibles de recours. Le législateur a eu en vue de soumettre de manière générale à recours "tout acte de procédure (...), y compris toute abstention ou toute omission" (Message du Conseil fédéral relatif à l'unification du droit de la procédure pénale du 21 décembre 2005, FF 2006 p. 1296). En d'autres termes, la méthode législative n'est plus celle d'un catalogue énumérant les décisions sujettes à recours, à l'instar de ce que prévoyaient plusieurs anciens codes de procédure cantonaux (cf. Niklaus Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3ème édition 2012, n. 1544), mais consiste à appliquer un principe (universalité des recours) puis à le limiter par des exceptions exhaustivement prévues dans la loi (Piquerez/Macaluso, Procédure pénale suisse, 3ème édition 2011, n. 1965).
La loi soumet toutefois la qualité pour recourir à l'existence d'un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification de la décision litigieuse (art. 382 al. 1 CPP). Cet intérêt doit être actuel et pratique. De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique (ATF 136 I 274 consid. 1.3 p. 276). Ainsi, une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède pas la qualité pour recourir et son recours est irrecevable (Niklaus Oberholzer, op. cit., n. 1561; Piquerez/Macaluso, op. cit., n. 1911).
2.3.2 En l'espèce, aucune disposition du code ne qualifie de définitive ou de non sujette à recours la décision de refus de suspendre l'instruction. Rien de tel n'était non plus prévu dans l'avant-projet du CPP (cf. art. 345 AP-CPP). Seul l'art. 315 al. 2 CPP, qui n'existait pas dans l'avant-projet, prévoit que la décision de reprise de l'instruction - que le ministère public doit prononcer d'office lorsque le motif de la suspension a disparu (al. 1) - n'est pas sujette à recours. Le législateur estime en effet que, dans un tel cas, les personnes qui entendraient recourir pourraient difficilement faire valoir un intérêt digne de protection (FF 2006 p. 1250). En revanche, la décision qui refuse de reprendre l'instruction - considérant que les motifs de suspension perdurent - n'est pas visée par l'art. 315 al. 2 CPP: elle est donc sujette à recours, selon le principe général (Christian Coquoz, op. cit., ibid.; Niklaus Oberholzer, op. cit., n. 1388).
Il apparaît ainsi que, à défaut d'exclusion expresse du recours pour la décision de refus de suspension, la voie de droit de l'art. 393 al. 1 let. a CPP devrait être ouverte (arrêt 1B_657/2012 du 8 mars 2013, consid. 2.3.2).
2.3.3 Il convient toutefois encore d'examiner la question de la qualité pour recourir contre une décision de refus de suspension de l'instruction.
Comme on vient de le voir, le législateur a exclu le recours dirigé contre la décision de reprise de l'instruction (art. 315 al. 2 CPP). Dans de telles situations, il a en effet estimé que les personnes qui entendraient recourir pourraient difficilement faire valoir un intérêt digne de protection (FF 2006 p. 1250). De même, est exclu le recours contre l'ordonnance d'ouverture de l'instruction (art. 309 al. 3 3ème phrase CPP) pour les motifs suivants: une telle décision ne lie pas définitivement le ministère public quant à la suite de la procédure (Niklaus Schmid, StPO-Praxiskommentar, n. 14 ad art. 309); les parties disposent en outre, dans le cadre de la procédure judiciaire qui s'ouvre, de toutes les voies de droit prévues par la loi (Niklaus Oberholzer, op. cit., n. 1374). Pareillement, les parties sont privées de tout recours contre l'acte d'accusation (art. 324 al. 2 CPP), d'une part, parce que celui-ci est examiné d'office et provisoirement par le tribunal du fond dès sa saisine et, d'autre part, parce qu'il appartient à ce même tribunal de déterminer si les accusations portées contre le prévenu l'ont été à bon droit (FF 2006 p. 1258).
La situation n'est pas différente lorsque - hypothèse non envisagée expressément par le CPP - le ministère public refuse de suspendre la procédure et conséquemment poursuit l'instruction. Dans ces situations-là, les parties ne subissent aucun préjudice actuel et concret causé par l'acte litigieux. Elles bénéficient de la protection juridique assurée aux étapes ultérieures de la procédure; par ailleurs, le refus de suspendre la procédure ne lie pas définitivement le ministère public, lequel peut revenir en tout temps - au gré de l'évolution de la procédure - sur sa décision.
2.4 En l'espèce, la recourante a requis la suspension de la procédure pénale dans le délai de prochaine clôture, le Procureur ayant considéré que le cause était en l'état d'être jugée. Si le refus de suspendre l'instruction constitue une décision susceptible en principe de faire l'objet d'un recours (consid. 2.3.2), il apparaît cependant que la qualité pour recourir doit être déniée à l'intéressée. D'une part, la recourante aura tout loisir de saisir la direction de la procédure, lors de la préparation des débats (art. 329 al. 2 CPP) ou le tribunal, à l'ouverture des débats (art. 339 al. 2 CPP; Max Hauri, Basler Kommentar, n. 10 ad art. 339), de l'opportunité de suspendre la procédure; dans cette mesure, la décision litigieuse n'est pas susceptible de causer un préjudice irréparable, ce qui autorise la limitation des voies de recours (arrêt 1B_569/2011 du 23 décembre 2011 consid. 2, in Pra 2012 p. 464). D'autre part, la recevabilité d'un recours au stade actuel de la procédure contreviendrait ainsi au principe de célérité qui gouverne la procédure pénale (art. 5 CPP). Enfin, puisque la décision du Ministère public peut être revue en tout temps, il est douteux que l'intérêt de la recourante soit actuel.
Par conséquent, la cour cantonale qui a déclaré irrecevable le recours dirigé contre la décision de refus de suspendre l'instruction de la présente cause n'a pas violé le droit fédéral (arrêt 1B_657/2012 précité, consid. 2.3.3-2.4).
3. C'est également en vain que la recourante invoque son droit d'être entendue. L'arrêt attaqué comporte en effet une référence à la doctrine et à la jurisprudence, et rappelle pertinemment que les parties ne disposent pas d'un droit à la suspension de l'instruction. Il ne se prononce certes pas sur la portée du renvoi opéré à l'art. 314 al. 4 CPP (application des dispositions relatives au classement). Toutefois dès lors qu'un tel renvoi ne pourrait suppléer à l'absence de qualité pour recourir contre une décision de refus de suspension, l'argumentation de la recourante apparaissait dénuée de pertinence et n'appelait pas, par conséquent de motivation spécifique.
4. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens dès lors que les intimés ont renoncé à procéder.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière pénale est rejeté.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public central et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 12 mars 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
Le Greffier: Kurz