Faits:
A. Par avis paru dans le Bulletin officiel (B.O.) du 16 novembre 2007, les Communes de Collonges et de Dorénaz ont mis à l'enquête publique un plan d'aménagement détaillé (PAD) en vue de la construction du parc éolien "Dents du Midi" et le règlement y relatif. Le projet consistait à installer trois nouvelles éoliennes - dont la hauteur du mât s'élève à environ 100 m - sur le territoire de ces communes, à proximité de la machine test réalisée en 2005. Il a suscité sept oppositions d'habitants de Collonges, dont celle de A._, propriétaire de la parcelle n°537 située sur la commune de Collonges. Une séance de conciliation s'est déroulée le 7 décembre 2007, mais l'intéressée a maintenu son opposition. Le Conseil municipal a levé dite opposition le 13 mai 2008.
B. A._ a formé recours auprès du Conseil d'Etat du canton du Valais contre l'adoption du PAD. Elle se plaignait de l'augmentation des nuisances sonores et contestait la valeur probante des analyses effectuées sur ce point; celles-ci réalisées sur une courte durée ne permettaient pas d'évaluer de manière probante des nuisances qui fluctuaient au gré des conditions météorologiques. Elle soutenait également que la réalisation de ce projet portait atteinte au paysage, n'était pas conforme à l'affectation de la zone et dévalorisait son patrimoine immobilier.
C. Dans le cadre de la procédure d'approbation du PAD, le Service de la protection de l'environnement du canton du Valais (ci-après: SPE) a requis une expertise en matière de bruit, en complément à celle figurant dans la notice d'impact sur l'environnement datée de 2007 (ci-après: NIE 2007) jointe au PAD. Le rapport de cette nouvelle expertise, réalisée en janvier et février 2009, a été établi le 5 mars 2009. Durant la procédure, plusieurs modifications ont été apportées au PAD et à son règlement, tels qu'approuvés par les deux Communes concernées; entre autre, le projet ne prévoyait plus que la construction de deux nouvelles éoliennes.
D. Par décision du 9 juin 2010, le Conseil d'Etat a déclaré irrecevable le recours déposé par A._. En substance, il a considéré que celle-ci n'était pas légitimée à recourir contre l'adoption du PAD dès lors que sa parcelle se situait respectivement à 1'281 m et à 1'619 m des deux éoliennes projetées; en raison de cette distance, ces nouvelles installations ne présenteront pas un impact visuel dérangeant ou oppressant et n'occasionneront pas de nuisances sonores supérieures aux valeurs de planification prévues dans cette zone selon le rapport d'expertise du 5 mars 2009. Le même jour, le Conseil d'Etat a approuvé le PAD et le règlement relatifs au parc éolien, dans leur nouvelle version; cette décision a été publiée au B.O. du 25 juin 2010.
E. A._ a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) qui a, par arrêt du 3 décembre 2010, confirmé que l'intéressée n'était pas légitimée à recourir contre l'adoption du PAD. Le Tribunal cantonal relevait notamment qu'on ne pouvait considérer que l'exploitation du parc éolien entraînerait pour la recourante des nuisances sonores nettement perceptibles et objectivement de nature à troubler la tranquillité.
F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de lui reconnaître la qualité pour recourir dans la procédure d'adoption du PAD pour le parc éolien "Dents du Midi".
Le Tribunal cantonal a renoncé à formuler des observations. La Commune de Collonges s'est déterminée et a conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a présenté des déterminations. A._ et la Commune de Collonges se sont prononcées sur les déterminations de l'OFEV.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 329 consid. 1 p. 331).
1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt qui confirme en dernière instance cantonale une décision d'irrecevabilité; sur le fond, la contestation porte sur l'adoption d'un PAD. Le recours est dès lors recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF et 34 al. 1 LAT (RS 700), aucune des exceptions définies à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
1.2 Aux termes de l'art. 89 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (let. c). En l'espèce, l'objet du litige se limite à l'examen de la qualité pour agir de la recourante à l'encontre de l'adoption du PAD et de son règlement. La recourante peut se prévaloir d'un intérêt digne de protection à faire constater que sa légitimation active lui a été déniée en violation de ses droits de partie (cf. ATF 129 II 297 consid. 2.3 p. 301; 124 II 124 consid. 1b p. 126; 104 Ib 307 consid. 3a p. 317 et la jurisprudence citée). Elle a donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
1.3 Pour le surplus, formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 80 LTF), le recours est recevable.
2. La recourante estime que le Conseil d'Etat et le Tribunal cantonal lui auraient à tort dénié la qualité pour recourir contre l'adoption du PAD faute d'intérêt digne de protection. Elle se prévaut à cet égard de la jurisprudence fédérale relative à l'art. 103 let. a aOJ en particulier à l'arrêt du Tribunal fédéral 1A.1/2005 du 11 novembre 2005. Elle considère qu'une distance de 1'200 m par rapport au parc éolien comprenant des installations d'une hauteur d'environ 150 m devrait suffire à fonder sa qualité pour recourir. Elle fait également grief à l'autorité de ne pas avoir effectué des mesures de bruit sur sa parcelle afin de tenir compte de tous les paramètres pertinents (vents, altitude de sa parcelle construite sur le coteau, situation par rapport à la ligne CFF, à l'autoroute et la route cantonale), alors qu'elle l'avait expressément sollicité; elle se prévaut à cet égard d'une violation de son droit d'être entendue.
2.1 En vertu de l'art. 33 al. 3 let. a LAT, la qualité pour recourir devant les instances cantonales doit être reconnue dans les mêmes limites que pour le recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral contre les décisions et les plans d'affectation fondés sur la LAT et sur les dispositions cantonales et fédérales d'exécution de cette loi. Une exigence analogue ressort de l'art. 111 al. 1 LTF. Les cantons demeurent cependant libres de concevoir la qualité pour recourir devant les autorités cantonales de manière plus étendue (cf. BERNHARD EHRENZELLER, in Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, n. 4 ss ad art. 111 LTF; arrêt 1C_379/2008 du 12 janvier 2009 consid. 3.2, in ZBl 111/2010 p. 588).
La qualité pour agir devant le Conseil d'Etat est définie à l'art. 37 de la loi cantonale du 23 janvier 1987 concernant l'application de la LAT (LcAT; RS/VS 701.1). Selon cette disposition, le recours au Conseil d'Etat n'est ouvert qu'aux personnes qui maintiennent leur opposition et à celles qui sont touchées par les modifications éventuelles apportées au projet initial, à condition qu'elles aient un intérêt digne de protection à leur annulation ou leur modification (al. 2). Cette dernière exigence est également prescrite à l'art. 44 al. 1 let. a de la loi du 6 octobre 1976 sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA; RS/VS 172.6) concernant les recours devant le Tribunal cantonal. Elles n'ont pas de portée différente de celle prévue à l'art. 89 al. 1 LTF. La recourante ne prétend d'ailleurs pas que le droit cantonal admettrait la qualité pour agir de manière plus large que le droit fédéral. En définitive, il convient donc d'examiner la qualité pour recourir sous l'angle de l'art. 89 al. 1 LTF. S'agissant de droit fédéral (art. 111 al. 1 LTF), le Tribunal fédéral examine cette question librement.
2.2 L'art. 89 al. 1 LTF reprend les exigences qui prévalaient sous l'empire de la loi fédérale d'organisation judiciaire pour le recours de droit administratif (cf. art. 103 let. a aOJ; Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4126), de sorte que l'on peut se référer en principe à la jurisprudence rendue en cette matière. Selon cette jurisprudence, le recourant doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation. Il faut donc que l'admission du recours procure au recourant un avantage, de nature économique, matérielle ou idéale. Le recours d'un particulier formé dans l'intérêt général ou dans l'intérêt d'un tiers est en revanche irrecevable (ATF 121 II 39 consid. 2c/aa p. 43 s., 171 consid. 2b p. 174; 120 Ib 48 consid. 2a p. 51 s., 379 consid. 4b p. 386 s. et les arrêts cités).
2.3 Le propriétaire d'un immeuble directement voisin de la construction ou de l'installation litigieuse a en principe la qualité pour recourir (ATF 121 II 171 consid. 2b p. 174; 115 Ib 508 consid. 5c p. 511). Cette qualité peut être reconnue même en l'absence de voisinage direct, lorsqu'une distance relativement faible sépare l'immeuble du ou des recourants de la construction litigieuse (cf. ATF 121 II 171 consid. 2b p. 74 et la jurisprudence citée, où il est fait référence à des distances de 45 m, 70 m ou 120 m). Le critère de la distance n'est pas le seul déterminant; s'il est certain ou très vraisemblable que l'installation ou la construction litigieuse sera à l'origine d'immissions - bruit, poussières, vibrations, lumière, fumée - atteignant spécialement les voisins, même situés à une certaine distance, ces derniers peuvent avoir qualité pour recourir (cf. ATF 125 II 10 consid. 3a p. 15; arrêt 1A.179/1996 du 8 avril 1997 in RDAF 1997 I p. 242). Le voisin doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de l'arrêt contesté qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la commune (ATF 133 II 249 consid. 1.3.1 p. 252; Message précité, FF 2001 p. 4127; cf. ATF 120 Ib 431 consid. 1 p. 433).
2.4 Dans l'examen de la qualité pour recourir, il ne s'agit pas de se prononcer sur le respect des exigences de la législation fédérale sur la protection de l'environnement en matière de bruit, car cette question relève du fond. Pour déterminer si le propriétaire voisin d'une installation litigieuse est particulièrement atteint, il convient néanmoins d'examiner la nature et l'intensité du bruit provoqué par cette installation ainsi que le niveau des nuisances existantes. Lorsque l'établissement en cause est situé dans un environnement déjà relativement bruyant, il ne suffit pas d'invoquer un quelconque bruit supplémentaire pour avoir la qualité pour recourir (cf. arrêts 1A.1/2005 du 11 novembre 2005 consid. 2.1.1; 1A.47/2002 du 16 avril 2002 consid. 3.3 et les références). L'augmentation des nuisances doit être nettement perceptible (ATF 136 II 281 consid. 2.3.2 p. 285; 120 Ib 379 consid. 4c p. 387; 113 Ib 225 consid. 1c p. 228).
2.5 Le Tribunal cantonal a retenu sur la base du rapport d'expertise du 5 mars 2009 que les valeurs de planification du degré de sensibilité au bruit, tant pour la période diurne que nocturne, étaient largement respectées s'agissant du point de mesure P1 (situé en zone de degré de sensibilité II); l'autorité cantonale relevait en outre que la parcelle de la recourante était située à 200 m plus loin des installations que le point P1 et qu'en définitive le parc ne comprendrait plus, au total, que trois éoliennes. Le rapport d'expertise mentionnait également que le bruit de ces installations n'était pas audible en situation de vent contraire, ni lorsque la vitesse du vent à la hauteur du moyeu était inférieure à 6 m/s ou supérieure à 9 m/s, dans ce dernier cas le bruit du vent couvrait le bruit des installations. Enfin, le Tribunal cantonal précisait que selon les données enregistrées durant l'année 2006 pour la période de nuit, ces situations correspondaient à plus de 80 % du temps. Il en concluait que, la plupart du temps, les éoliennes n'étaient pas audibles dans la zone d'habitation de Collonges. Par conséquent, l'exploitation du parc éolien n'entraînerait pas de nuisances sonores nettement perceptibles et objectivement de nature à troubler sa tranquillité de la recourante.
2.6 A litre liminaire, il convient de relever que l'étude NIE 2007 réalisée durant toute l'année 2006 ne contient aucune mesure effectuée sur la commune de Collonges, mais uniquement sur les communes de la Balmaz et de Dorénaz. Quant à l'expertise complémentaire du 5 mars 2009 sollicitée par le SPE, elle a pour objet la réalisation de mesures de réception dans les environs des éoliennes déjà construites à Collonges et Martigny afin d'examiner le respect des exigences légales en matière de bruit; selon le préavis du 2 décembre 2008 du SPE, les mesures à effectuer devaient être représentatives de la période de nuit (19h à 7h) et intégrer les différentes conditions météorologiques, telles la vitesse du vent, sa direction, la température. Cinq campagnes de mesures ont donc été réalisées (les 26 janvier, 1er, 5, 13 et 24 février 2009) à différents endroits. Sur celles-ci, seules deux mesures - effectuées le 1er février 2009 à 15h04 et le 24 février 2009 à 1h50 - concernent la commune de Collonges (point P1); en outre, lors de ces mesures diurne et nocturne, un vent du sud-est, respectivement du nord dominait.
Cette expertise a fait l'objet de plusieurs critiques de l'OFEV qui a estimé que les résultats des mesures acoustiques menées devaient être considérés avec réserve dès lors que les valeurs de certains paramètres utilisés dans le calcul du niveau sonore moyen Leq notamment n'étaient pas connues; le niveau acoustique du Leq étant déterminant pour estimer la perceptibilité de l'augmentation des immissions due au projet litigieux (selon l'OFEV, un bruit n'est plus objectivement perceptible si son niveau sonore Leq est inférieur d'au moins 10 dB au bruit ambiant). En outre, l'OFEV a estimé, sur la base des mesures in situ des éoliennes en service (y compris documentation de basses fréquences, potentiellement mieux perceptibles à grandes distances, et du niveau sonore moyen pondéré LAeq, max d'environ 33 dB(A) au point de référence P1), qu'il n'était pas exclu (en raison du manque d'informations représentatives dans le dossier quant au bruit de fond ambiant de nuit par vents forts provenant du sud, situation favorable à une perception en direction de la recourante) que le son des éoliennes ne puisse être perçu occasionnellement sur la parcelle de la recourante, par exemple de nuit lorsque la sensibilité pour les personnes touchées est maximale.
2.7 Le parc éolien "Dents du Midi" projeté est une installation fixe nouvelle au sens des art. 7 al. 7 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01) et 2 al. 1 de l'ordonnance sur la protection contre le bruit (OPB; RS 814.41), dont l'exploitation produit du bruit extérieur. A ce titre, il ne peut être construit, en vertu des art. 25 al. 1 LPE et 7 al. 1 let. b OPB, que si les immissions sonores dues à cette seule installation de production d'énergie ne dépassent pas les valeurs de planification fixées à l'annexe 6 de l'OPB. Enfin, les émissions de bruit doivent être limitées par des mesures préventives dans la mesure où cela est réalisable sur le plan de la technique et de l'exploitation et économiquement supportable (art. 11 al. 2 LPE et 7 al. 1 let. a OPB).
Sur mandat de l'OFEV, l'EMPA a réalisé une étude sur le bruit des éoliennes. Le rapport EMPA n°452 460 du 22 janvier 2010 "Evaluation des émissions de bruit et mesures de limitation des émissions pour les installations éoliennes" donne des indications pour déterminer les nuisances sonores dues aux éoliennes selon l'annexe 6 OPB. L'OFEV recommande de se référer à la méthode présentée dans ce rapport (cf. recommandations pour la planification d'installation éoliennes du 1er mars 2010).
2.8 Force est de reconnaître que l'expertise complémentaire se révèle à plusieurs égards incomplète. Ainsi, comme relevé par l'OFEV, si le rapport d'expertise indique que le bruit du vent domine nettement le bruit de fond à partir d'une vitesse élevée, il ne donne aucune indication quant au bruit de fond ambiant durant la nuit lorsqu'un vent portant (in casu provenant du sud) souffle entre 5 et 9 m/s, à savoir lorsque le bruit du vent est trop faible pour couvrir celui des éoliennes. Cette précision s'avère pourtant importante dans la mesure où la charge sonore du parc éolien s'avère plus facilement perceptible la nuit lorsque le bruit issu des voies de communications (autoroute, route, chemin de fer) est moindre et qu'une tranquillité particulière est généralement souhaitée. En outre, l'expertise se limite en ce qui concerne la localité de Collonges à une seule mesure nocturne réalisée le 24 février 2009 au point P1. Cette mesure n'est par ailleurs pas représentative d'une situation favorable à la perception du son des éoliennes par les habitants de cette commune, et notamment la recourante, puisqu'un vent contraire soufflait (vent du nord). L'expertise aurait donc dû comprendre au minimum une évaluation nocturne du bruit de fond en présence d'un vent portant du sud oscillant entre 5 et 9 m/s. Cette démarche s'imposait d'autant plus que le rapport mentionne expressément que pour une situation de vent portant, le vent (recte: le son des éoliennes) est audible jusqu'à une distance d'au moins 1 km à des conditions de vitesse de vent de 5 à 9 m/s à la hauteur du moyeu. De plus, selon les données enregistrées durant l'année 2006, un vent du sud soufflant entre 6 et 9 m/s prévaut pendant plus de 10 % de la période nocturne. Cette situation n'est donc pas insignifiante, comme semble le prétendre le Tribunal cantonal.
Au vu de ces constatations, les mesures effectuées se révèlent en l'état insuffisantes pour dénier la qualité pour recourir à la recourante dont la parcelle est située à près de 1,2 km du parc éolien projeté. Il conviendra dès lors de procéder à une nouvelle analyse acoustique, qui devra être représentative de la charge sonore supplémentaire subie par la recourante en situation nocturne.
Vu l'admission du recours sur ce point, il n'y a pas lieu d'examiner plus avant les autres griefs formulés par la recourante à l'encontre de l'arrêt entrepris, en particulier la violation de son droit d'être entendue. Ainsi, la question de savoir si les nuisances visuelles causées par l'implantation du parc éolien - dont se prévaut la recourante - permettent de fonder la qualité pour recourir de celle-ci peut en l'état rester indécise.
3. Le recours doit donc être admis et l'arrêt attaqué annulé. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il mette en oeuvre les mesures d'instruction nécessaires. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF). La recourante, assistée d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge de l'Etat du Valais (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis; l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée au Tribunal cantonal du canton du Valais pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 2'000 fr. est allouée à Me Jacques Philippoz à titre de dépens, à la charge de l'Etat du Valais.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la Commune de Collonges, au Conseil d'Etat et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 12 juillet 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Fonjallaz Arn