Faits :
A.
Le 21 juillet 2011, Y._ SA et X._ SA en liquidation (ci-après: les parties plaignantes), agissant par leur administrateur Z._, ont déposé plainte pénale contre inconnu " pour violation du secret de fonction et pour disparition voire suppression de pièces au dossier " . En substance, elles exposaient qu'une décision rendue le 9 avril 2010 par l'Autorité régionale de conciliation de Neuchâtel (ci-après : ARC) dans un litige de bail à loyer, avait été portée à la connaissance de la Présidente suppléante du Tribunal civil du district de Neuchâtel dans le cadre d'une requête de mesures provisionnelles, alors que la décision concernée relevait d'une autre procédure et que les parties ne l'avaient pas transmise au Tribunal de district. En outre, la pièce qui conférait à Z._ le pouvoir de représenter X._ SA en liquidation avait été retirée du dossier avant que l'ARC ne statue, conduisant celle-ci à prononcer une décision erronée.
Par ordonnance du 21 octobre 2011, le Ministère public a refusé d'entrer en matière sur la plainte. Saisie d'un recours des parties plaignantes, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois l'a rejeté et confirmé l'ordonnance de non-entrée en matière par arrêt du 17 juillet 2012.
Laissant la question de la recevabilité du recours ouverte, le Tribunal fédéral a confirmé la décision cantonale par arrêt du 24 juin 2013 (arrêt 1B_526/2012). S'agissant de la transmission de la décision du 9 avril 2010 entre autorités judiciaires, celle-ci était couverte par l'ancien art. 247d al. 3 CO qui consacrait la maxime d'office et autorisait notamment la juridiction saisie à ordonner la production de dossiers pertinents. Quant à la méconnaissance de la procuration de Z._, aucun indice concret ne permettait d'exclure que la décision de l'ARC était fondée sur une simple inadvertance, laquelle aurait pu être réparée par la voie d'un recours ordinaire.
B.
Le 21 septembre 2012, s'appuyant sur un échange de courriels survenu le 27 avril 2010 entre le greffe de l'ARC et celui du Tribunal civil du district de Neuchâtel s'agissant de la transmission de la décision rendue le 9 avril 2010 par l'ARC, les parties plaignantes ont sollicité du Ministère public neuchâtelois " la reprise de la procédure préliminaire suite à la plainte du 21 juillet 2011 "et lui ont demandé " de prendre d'urgence des mesures de sauvegarde d'un courriel incriminé et d'autres pièces à conviction ". La plainte pénale initiale n'était alors plus portée contre inconnu mais contre des membres et greffiers de l'ARC et du Tribunal civil du district de Neuchâtel.
Par courrier du 25 janvier 2013, le Ministère public a pris position en indiquant qu'aucun élément susceptible de le faire changer d'avis n'avait été présenté et que l'enquête ne serait dès lors par reprise. Après un nouvel échange de correspondance, le Ministère public a précisé, par courrier du 16 janvier 2014, que les parties plaignantes pouvaient recourir contre la prise de position du 25 janvier 2013 si elles s'estimaient en droit de le faire.
Par arrêt du 18 juillet 2014, l'Autorité de recours en matière pénale du canton de Neuchâtel a rejeté le recours des parties plaignantes, déposé le 26 juin 2014 contre les courriers du Ministère public, pour déni de justice. En bref, elle a considéré que le motif pour lequel les recourantes sollicitaient la reprise de la procédure préliminaire - à savoir l'échange de courriels du 27 avril 2010 - avait été pris en compte dans l'arrêt de l'Autorité de recours en matière pénale du 17 juillet 2012 et dans celui du Tribunal fédéral du 24 juin 2013. La communication de la décision précitée de l'ARC était de surcroît couverte par l'ancien art. 274d al. 3 CO.
Par arrêt du 18 novembre 2014, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours en matière pénale formé contre la décision cantonale du 18 juillet 2014, faute de qualité pour recourir des parties plaignantes (arrêt 6B_905/2014).
C.
Par acte du 25 août 2014, les parties plaignantes ont adressé un nouveau " recours contre la lettre du ministère public du 25 janvier 2013 et/ou éventuellement contre la lettre du Ministère public du 16 janvier 2014 (avec dans tous les cas une requête de restitution de délai, art. 94 CPP) ".
Par arrêt du 26 septembre 2014, la cour cantonale a déclaré l'acte du 25 août 2014 irrecevable dans la mesure où il tendait à obtenir exactement la même chose que ce qu'elle avait écarté dans son arrêt du 18 juillet 2014, qui avait abouti à l'arrêt du Tribunal fédéral du 18 novembre 2014 (arrêt 6B_905/2014).
D.
Les parties plaignantes interjettent un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 26 septembre 2014. Elles concluent en substance, à titre principal, d'ordonner au Ministère public neuchâtelois de reprendre, avec le nouveau moyen de preuve déposé (échange du courriel du 27 avril 2010), l'instruction de la plainte déposée le 21 juillet 2011. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elles sollicitent l'octroi de l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4).
S'agissant de la qualité pour recourir des parties plaignantes sur le fond de la cause, il est renvoyé à l'arrêt du Tribunal fédéral 6B_905/2014 du 18 novembre 2014, rendu dans l'affaire opposant les mêmes parties au sujet de la même plainte pénale (cf. consid. 2.1). En substance, les recourantes ne disposant que d'une prétention de droit public à faire valoir contre l'Etat (en l'espèce, le Ministère public, un greffier et le personnel administratif d'autorités judiciaires), elles ne peuvent l'invoquer dans le procès pénal par voie d'adhésion. Elles ne disposent dès lors pas de prétentions civiles au sens de l'art. 81 al. 1 let. a et b. ch. 5 LTF, à raison des actes qu'elles dénoncent (cf. ATF 138 IV 86 consid. 3.1 p. 88; 133 IV 228 consid. 2.3.3 p. 234; 128 IV 188 consid. 2 p. 190 ss).
Ainsi, c'est en vain que les recourantes tentent de faire valoir un dommage qu'elles évaluent à plus de 3 millions de francs (mémoire de recours, p. 2-4).
Au vu de ce qui précède, force est de constater que les recourantes n'ont pas la qualité pour recourir sur le fond de la cause.
1.2. L'hypothèse visée à l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF n'entre pas en considération, la contestation des recourantes ne portant pas sur leur droit de porter plainte.
1.3. Indépendamment des conditions posées par l'art. 81 al. 1 LTF, les recourantes seraient habilitées à se plaindre d'une violation de leurs droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (cf. ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 5 et les références citées).
Si les recourantes, de manière irrecevable, s'en prennent alternativement à une multitude de décisions judiciaires (ordonnance de non-entrée en matière, jugement cantonal civil, décision de l'ARC, arrêts cantonaux et fédéraux en matière civile et pénale; cf. art. 80 al. 1 LTF), elles font systématiquement valoir des moyens visant à établir les infractions qu'elles dénoncent. Cela découle notamment des conclusions du mémoire de recours, qui visent exclusivement à ordonner au Ministère public neuchâtelois de reprendre la procédure relative à la plainte pénale. Or ces moyens, pour autant qu'ils soient dirigés contre une décision attaquable (art. 80 al. 1 LTF), ne peuvent être séparés du fond de la cause et sont par là-même, irrecevables. En tout état, seules des conclusions remettant en cause les fondements de la décision d'irrecevabilité de l'autorité cantonale seraient admissibles en l'espèce.
C'est ainsi en vain que les recourantes suggèrent que la cour cantonale aurait violé leurs droits procéduraux en retenant que la pièce supposée démontrer l'existence d'une violation du secret de fonction (courriel du du 27 avril 2010) avait été prise en compte par le Ministère public, pour maintenir son refus d'entrer en matière sur la plainte pénale. Il est d'ailleurs relevé à cet égard que l'impact de cette pièce a fait l'objet d'une décision cantonale du 17 juillet 2012, confirmée par le Tribunal fédéral le 24 juin 2013 (arrêt 1B_526/2012) puis d'une demande de révision rejetée par arrêt du 1er novembre 2013 (arrêt 1F_32/2013).
Au surplus, les recourantes ne justifient d'aucun d'intérêt juridique à se plaindre d'un refus de restitution du délai de recours (art. 94 CPP) contre les courriers du Ministère public des 25 janvier 2013 et 16 janvier 2014, puisque la cour cantonale est précisément entrée en matière sur le recours dirigé contre ces courriers dans son arrêt du 18 juillet 2014, lequel a abouti à un arrêt d'irrecevabilité rendu par le Tribunal fédéral, dans la même affaire (arrêt 6B_905/2014 du 18 novembre 2014).
En définitive, les recourantes échouent à faire valoir une violation de leurs droits de parties équivalent à un déni de justice formel.
2.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être déclaré irrecevable. Les recourantes, qui succombent, devront supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). En qualité de personnes morales, les recourantes ne sauraient prétendre à l'assistance judiciaire (cf. ATF 131 II 306 consid. 5.2.1 et 5.2.2 p. 326 s.).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Autorité de recours en matière pénale.
Lausanne, le 18 septembre 2015
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke