Faits:
A. Par contrat du 29 mars 1982, H.Z._, qui est marié à F.Z._, a pris à bail un appartement au deuxième étage d'un immeuble sis chemin W._ à Genève, dont la propriétaire actuelle, et ce depuis une date indéterminée, est X._; initialement conclu pour une durée de trois ans et quinze jours, du 15 avril 1982 au 30 avril 1985, le contrat était ensuite renouvelable tacitement d'année en année; en dernier lieu, le loyer mensuel a été fixé à 1'776 fr., plus 240 fr. de charges. Par contrat du lendemain, H.Z._ a également loué une place de parking au deuxième sous-sol du même immeuble; le bail a été conclu pour une durée d'une année et quinze jours, du 15 avril 1982 au 30 avril 1983, et s'est ensuite renouvelé tacitement d'année en année; le loyer mensuel a été fixé en dernier lieu à 85 francs.
En 1991, F.A._, mère de F.Z._, est arrivée en Suisse comme réfugiée politique et a été accueillie par les époux Z._ dans leur appartement. Le 1er octobre 1991, ceux-ci ont emménagé dans un appartement sis chemin V._ à Genève, dont ils sont copropriétaires. Par courrier du 2 octobre 1991, H.Z._ a indiqué à la régie alors en charge de l'immeuble qu'il entendait "continuer le bail de l'appartement sis chemin W._" et qu'il ne sous-louait pas ce logement. Depuis cette date, les époux Z._ ont continué à payer régulièrement le loyer de cet appartement; ils n'ont pas informé la bailleresse du changement d'occupants. A une date indéterminée, H.A._, également réfugié politique, a rejoint son épouse F.A._ dans l'appartement litigieux. Le 22 juin 1995, tous deux ont obtenu une autorisation d'établissement en Suisse. A teneur de certificats médicaux produits en instance cantonale, leur santé est précaire.
A une date indéterminée, la régie d'alors a requis une "enquête, renseignements et filiation" visant à déterminer l'identité des personnes occupant l'appartement litigieux et à la renseigner sur les époux A._. Par courrier du 16 janvier 2006, ladite régie a mis les époux Z._ en demeure de mettre leur situation en conformité avec leurs contrats de bail et de réintégrer les locaux dans un délai de trente jours, à défaut de quoi les baux seraient résiliés. Par courrier du 27 janvier 2006, le conseil des époux Z._ a indiqué à la régie qu'il s'agissait d'une occupation familiale, F.A._ étant réfugiée politique et dépendante financièrement de sa fille; il précisait également que cette situation était connue de la régie, dont des employés avaient déjà rencontré F.A._. Par avis du 2 février 2006, la propriétaire a résilié les baux de l'appartement et de la place de parking pour le 31 mars 2006.
B. Le 2 mars 2006, les locataires ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève d'une requête en constatation de l'inefficacité de la résiliation des baux. L'affaire ayant été déclarée non conciliée, les locataires l'ont portée devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève qui, par jugement du 29 mai 2008, a déclaré les congés inefficaces. Saisie par la bailleresse et statuant par arrêt du 20 avril 2009, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève a confirmé le jugement du 29 mai 2008.
C. La bailleresse (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, dont elle sollicite qu'il annule l'arrêt du 20 avril 2009 et déclare valables les résiliations notifiées le 2 février 2006 avec effet au 31 mars 2006, avec suite de dépens des procédures cantonale et fédérale. Les locataires (les intimés) proposent la confirmation de l'arrêt entrepris et le déboutement de leur adverse partie de toutes ses conclusions, sous suite de dépens, et subsidiairement le renvoi de la cause aux juges cantonaux "afin de confirmer, si besoin était, la gratuité de la cession d'usage et la connaissance de la présence des époux A._ par les auxiliaires de la bailleresse".
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 329 consid. 1).
1.1 Les contestations portant sur l'usage d'une chose louée sont de nature pécuniaire (arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000 consid. 1a, in SJ 2001 I p. 17), de sorte qu'elles ne peuvent être soumises au Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière civile, que si elles atteignent la valeur litigieuse prescrite par la loi. En matière de droit du bail à loyer, elle doit s'élever à au moins 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF). C'est le montant encore litigieux devant la dernière instance cantonale qui la détermine (art. 51 al. 1 let. a LTF).
Les baux en cause, qui se renouvellent tacitement s'il ne sont pas résiliés, sont réputé conclus pour une durée indéterminée (art. 255 al. 3 CO). En cas de litige portant sur la validité de la résiliation de tels baux, la valeur litigieuse se détermine selon le loyer dû pour la période durant laquelle le contrat subsiste nécessairement, en supposant que l'on admette la contestation, et qui s'étend jusqu'au moment pour lequel un nouveau congé aurait pu être donné ou l'a été effectivement (cf. 119 II 147 consid. 1 p. 149; 111 II 385 consid. 1 p. 386; plus récemment, cf. également arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000 consid. 1a, in SJ 2001 I p. 17; 4C.310/1996 du 16 avril 1997 consid. 2a, in SJ 1997 p. 493). Pour déterminer la prochaine échéance possible, il faut donc supposer que l'on admette la contestation, c'est-à-dire que le congé litigieux ne soit pas valable. Lorsque le bail bénéficie de la protection contre les congés des art. 271 ss CO, il convient, sauf exceptions, de prendre en considération la période de trois ans prévue à l'art. 271a al. 1 let. e CO (cf. arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000 consid. 1a, in SJ 2001 I p. 17; 4C.310/1996 du 16 avril 1997 consid. 2a, in SJ 1997 p. 493).
En l'occurrence, le loyer annuel s'étant élevé en dernier lieu à 24'192 fr. charges comprises pour l'appartement et 1'020 fr. pour la place de parking, la valeur litigieuse ouvrant la voie du recours en matière civile est largement atteinte.
1.2 Par ailleurs interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), le recours présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1 et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.3 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral n'est lié ni par les moyens invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par la juridiction cantonale; il peut dès lors admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par la partie recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104).
2. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 257f al. 3 et 262 CO.
2.1 A titre liminaire, il convient de préciser que les autorités cantonales ont admis que la situation d'espèce était assimilable à une sous-location, nonobstant l'absence du paiement d'un loyer par les époux A._. Ce point de vue, initialement contesté par les locataires, n'est plus remis en cause devant le Tribunal fédéral, de sorte qu'il n'est pas nécessaire d'y revenir.
2.2 Il y a encore lieu de relever que la cour cantonale semble confondre deux problématiques distinctes lorsqu'elle expose notamment, dans ses considérants en droit, la théorie concernant l'art. 271 CO relatif à l'annulabilité du congé qui contrevient aux règles de la bonne foi et conclut, à l'issue de son syllogisme, que "dans cette mesure, la résiliation des baux en raison de sous-location contrevient aux règles de la bonne foi, ce qui justifie son annulation (art. 271 al. 1 CO). En conclusion, le jugement entrepris sera confirmé et les congés déclarés inefficaces". En effet, il ne s'agit pas en l'espèce de statuer sur le caractère abusif et, partant, annulable, d'une résiliation ordinaire donnée en relation avec une sous-location, mais de se prononcer sur la validité d'une résiliation anticipée de bail en cas de sous-location sans accord préalable du bailleur, étant rappelé à cet égard qu'un congé qui ne satisfait pas aux exigences légales ou contractuelles auxquelles est subordonné son exercice est un congé inefficace, c'est-à-dire dénué d'effet (arrêt 4A_89/2009 du 1er mai 2009, destiné à la publication aux ATF, consid. 3.1; ATF 121 III 156 consid. 1c/aa p. 161).
2.3 L'art. 257f al. 3 CO, sur lequel est fondé le congé litigieux, permet notamment au bailleur de résilier un bail d'habitation dans un délai de trente jours pour la fin d'un mois lorsque le locataire, malgré un avertissement écrit, persiste à enfreindre son devoir de diligence de manière à rendre le maintien du bail insupportable pour son cocontractant ou les habitants de l'immeuble.
Selon la jurisprudence, une sous-location sans le consentement du bailleur - notamment lorsque le locataire s'abstient de demander l'autorisation de sous-louer - peut justifier une résiliation anticipée du bail selon l'art. 257f al. 3 CO. Le seul fait de ne pas requérir le consentement du bailleur ne suffit toutefois pas à justifier un congé anticipé, sans avertissement préalable. Pour respecter la condition de la protestation prescrite à l'art. 257f al. 3 CO, le bailleur qui apprend que l'objet remis à bail est sous-loué sans son consentement doit inviter le locataire, par écrit, à se conformer aux exigences légales, en l'enjoignant à mettre un terme à la sous-location ou en protestant contre l'absence de demande d'autorisation. Si le bailleur choisit la première injonction, le preneur a tout de même la possibilité de requérir le consentement de son cocontractant, qui peut être donné après coup. Si le locataire ne réagit pas à l'avertissement écrit du bailleur, un congé anticipé sera fondé, en tout cas, lorsqu'un examen rétrospectif des faits permet de conclure que le bailleur aurait disposé d'un motif valable au sens de l'art. 262 al. 2 CO pour s'opposer à la sous-location. Dans ce cas, l'exigence du caractère insupportable du maintien du contrat pour le bailleur posée à l'art. 257f al. 3 CO n'a pas de portée indépendante (ATF 134 III 300 consid. 3.1 p. 302 s., 446 consid. 2.2).
2.4 L'art. 262 CO prévoit que le locataire peut sous-louer tout ou partie de la chose avec le consentement du bailleur (al. 1). Le bailleur ne peut refuser son consentement que si le locataire refuse de lui communiquer les conditions de la sous-location (al. 2 let. a), si ces conditions, comparées à celles du contrat de bail principal, sont abusives (al. 2 let. b) ou si la sous-location présente pour le bailleur des inconvénients majeurs (al. 2 let. c).
2.5 En l'occurrence, il a été retenu en fait qu'en octobre 1991, les intimés avaient indiqué à la régie d'alors qu'ils ne sous-louaient pas leur logement et ne l'avaient pas informée du changement d'occupants. Par ailleurs, en janvier 2006, la régie avait mis les intimés en demeure de mettre leur situation en conformité avec leurs contrats de bail et de réintégrer les locaux litigieux, sous peine de résiliation. Faute pour les intimés d'avoir obtempéré, la recourante aurait ainsi été fondée à signifier un congé anticipé, pour autant toutefois que l'un des motifs d'opposition à la sous-location soit réalisé.
A cet égard, la recourante ne prétend à juste titre pas qu'elle aurait vainement requis des intimés qu'ils lui communiquent les conditions de la sous-location ou que celles-ci seraient abusives - étant au demeurant relevé que dans le cas particulier, le loyer a précisément toujours été versé directement par les intimés, qui mettaient gratuitement l'appartement à disposition des époux A._ - de sorte que les hypothèses visées par l'art. 262 al. 2 let. a et b CO n'entrent manifestement pas en ligne de compte.
Pour le surplus, la cour cantonale a considéré, à l'issue de l'instruction, qu'aucun élément probant ne permettait de conclure que les intimés - qui ont quitté l'appartement litigieux il y a dix-huit ans et qui habitent depuis dans un appartement dont ils sont copropriétaires - avaient définitivement renoncé à réintégrer l'appartement, bien au contraire; elle a en particulier retenu que ceux-ci continuaient à payer eux-mêmes le loyer de l'appartement directement à la bailleresse en précisant qu'il s'agissait d'une mise à disposition du logement aux époux A._ qui étaient des personnes âgées et sans ressources financières; elle a de surcroît rappelé qu'ils avaient toujours affirmé qu'ils entendaient rester locataires de l'appartement. La recourante entreprend de critiquer le point de vue des juges cantonaux, mais en vain, car elle se limite à présenter une argumentation dans laquelle elle ne fait qu'opposer sa propre vision des choses à celle de la cour cantonale, sans démontrer en quoi celle-ci aurait commis arbitraire dans l'appréciation des preuves (art. 106 al. 2 LTF) - étant d'ailleurs souligné qu'elle expose elle-même, dans la partie "recevabilité" de son recours, ne pas avoir de "grief recevable concernant l'établissement des faits" -, ou méconnu quelqu'autre principe juridique. Cela étant, la volonté des intimés de réintégrer le logement doit être tenue pour établie, et il ne saurait ainsi être question de transfert de bail déguisé, situation susceptible de constituer un inconvénient majeur au sens de l'art. 262 al. 2 let. c CO (cf. ATF 134 III 446 consid. 2.4 et 2.5, affaire dans laquelle la locataire avait préalablement demandé le transfert du bail, démontrant que son intention n'était pas de réintégrer un jour l'appartement en cause, mais bien de se libérer définitivement des obligations découlant du bail). Pour le surplus, la recourante n'allègue ni a fortiori ne démontre d'autre inconvénient majeur que la sous-location pourrait lui causer.
2.6 En définitive, il n'y a donc pas de motif de refus du consentement au sens de l'art. 262 CO. L'une des conditions d'application de l'art. 257f al. 3 CO faisant défaut, les congés sont bel et bien inefficaces, ce qui entraîne le rejet du recours.
3. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens des intimés, créanciers solidaires, sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 5'000 fr., à verser aux intimés, créanciers solidaires, à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 5 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz