Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 20. Mai 2008 stellte die Eidgenössische Bankenkommision (EBK) fest, dass die X._-Gruppe kollektive Kapitalanlagen verwaltet, aufbewahrt, öffentlich anbietet und vertreibt, ohne über die notwendigen Bewilligungen zu verfügen, womit sie gegen das Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die kollektiven Kapitalanlagen (Kollektivanlagengesetz, KAG; SR 951.31) verstosse (Ziff. I/1 des Dispositivs); überdies nehme sie gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegen, was dem Bundesgesetz vom 8. November 1934 (Bankengesetz, BankG; SR 952.0) widerspreche (Ziff. I/2 des Dispositivs). Die EBK eröffnete gestützt hierauf über die X._ AG den Konkurs (Ziff. II des Dispositivs).
B. Das Bundesverwaltungsgericht hiess am 31. Juli 2009 die von der X._ AG in Liquidation hiergegen eingereichte Beschwerde insofern teilweise gut, als es feststellte, dass diese als Teil der "X._-Gruppe" nicht gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegengenommen und damit gegen das Bankengesetz verstossen habe (Ziff. I/2 des Dispositivs der EBK-Verfügung). In diesem Punkt hob es die angefochtene Verfügung auf; im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Das Bundesverwaltungsgericht hielt fest, dass es mit Blick auf die verfahrensrechtliche Situation nicht zu prüfen habe, ob die EBK die von der X._ AG initiierten Sachwert-Beteiligungs-Kommanditgesellschaften, die mit ihr eine Gruppe gebildet hätten, zu Recht als unterstellungspflichtige Kollektivanlagen qualifiziert habe oder nicht; das Bankengesetz sei nicht verletzt worden, da die von den Kommanditären geleisteten Zahlungen aus der Sicht der Gesellschaften Eigenmittel und keine Publikumseinlagen gebildet hätten.
C. Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (als Nachfolgebehörde der EBK) beantragt vor Bundesgericht, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben, soweit darin eine Verletzung des Bankengesetzes verneint worden sei. Bei den umstrittenen Geldern der Kommanditäre habe es sich um fremde Mittel aus dem Publikum und nicht Eigenkapital gehandelt, weshalb die X._ AG in Liquidation (auch) gegen das bankenrechtliche Verbot der Entgegennahme von Publikumsgeldern verstossen habe.
Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Die X._ AG in Liquidation beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. sie eventuell abzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit eines Rechtsmittels von Amtes wegen und mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.1). Immerhin hat der Beschwerdeführer seine Eingabe hinreichend zu begründen und in diesem Rahmen nötigenfalls auch darzulegen, dass und inwiefern er die gesetzlichen Legitimationsvoraussetzungen erfüllt (BGE 133 II 249 E. 1.1). Nach Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG sind Personen, Organisationen und Behörden vor Bundesgericht beschwerdeberechtigt, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt. Für die Bankenkommission war das bis zum 1. Januar 2009 gestützt auf Art. 24 Abs. 1 BankG (in der Fassung vom 1. Januar 2007) der Fall; die Finanzmarktaufsicht verfügt heute nach Art. 54 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (Finanzmarktaufsichtsgesetz, FINMAG; SR 956.1) über die gleiche Befugnis. Das Beschwerderecht der FINMA soll in deren Aufsichtsbereich den richtigen und rechtsgleichen Vollzug des Bundesverwaltungsrechts sicherstellen; sie hat diesbezüglich kein zusätzliches öffentliches Interesse an der Anfechtung des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts darzutun (vgl. BGE 129 II 1 E. 1.1 S. 4; 128 II 193 E. 1 S. 195 f., je mit Hinweisen). Immerhin muss sie ein mit Blick auf die einheitliche Anwendung des Bundesrechts in vergleichbaren Fällen zureichendes Interesse an der Beurteilung der aufgeworfenen Problematik haben. Dies ist praxisgemäss etwa dann der Fall, wenn dem Gericht eine neue Rechtsfrage unterbreitet oder eine konkret drohende und nicht anders abwendbare bundesrechtswidrige Rechtsentwicklung verhindert werden soll (BGE 134 II 201 E. 1.1 mit Hinweisen). Die Behördenbeschwerde darf nicht der Behandlung einer vom konkreten Fall losgelösten abstrakten Frage des objektiven Rechts dienen. Sie hat sich auf konkrete Probleme eines tatsächlich bestehenden Einzelfalls mit Auswirkungen über diesen hinaus zu beziehen und muss auch für ihn selber noch von einer gewissen Aktualität und (wenigstens potentiellen) Relevanz sein (vgl. BGE 135 II 338 E. 1.2.1 S. 342; 134 II 201 E. 1.1; zur EBK: Urteil 2C_171/2007 vom 19. Oktober 2007 E. 3.3).
1.2 Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht legt nicht dar, inwiefern sie im vorliegenden Zusammenhang über ein entsprechendes schutzwürdiges Interesse verfügen würde; ein solches ist auch nicht ersichtlich: Die Vorinstanz hat die Verfügung der EBK vom 20. Mai 2008 bezüglich der von dieser festgestellten Verletzung des Bankengesetzes aufgehoben. Im Resultat beeinflusste dies den konkreten Verfahrensausgang indessen nicht. Wie bereits das Bundesverwaltungsgericht festgestellt hat, kommen der teilweisen Gutheissung im konkreten Fall keine Auswirkungen auf den Hauptpunkt, die verfügte Konkurseröffnung, zu. Selbst wenn die Beschwerde gutgeheissen würde, änderte sich weder für die FINMA noch die Beschwerdegegnerin irgendetwas am Ausgang des Aufsichtsverfahrens. Auch der Kostenpunkt der vorinstanzlichen Verfahren wird dadurch nicht betroffen. Zwar mag allenfalls ein gewisses öffentliches Interesse daran bestehen, dass sich das Bundesgericht dazu äussert, was beim umstrittenen Anlagemodell finanzmarktrechtlich als Fremd- und was als Eigenkapital zu gelten hat, doch wird es dies im Parallelverfahren bezüglich der X._ & Co. VIII Sachwert-Beteiligung Kommanditgesellschaft zusammen mit der Unterstellungsfrage unter das Kollektivanlagengesetz so oder anders umfassend tun müssen (2C_571/2009). Die FINMA verfügt deshalb über kein schutzwürdiges Interesse daran, dass das Bundesgericht die von ihr aufgeworfene Frage der Anwendbarkeit des Bankengesetzes im vorliegenden Zusammenhang prüft, wo sie keinerlei Einfluss auf den Ausgang des Aufsichtsverfahrens hat. Auf ihre Beschwerde ist deshalb nicht einzutreten.
2. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind keine Kosten geschuldet (vgl. Art. 66 Abs. 3 BGG). Die FINMA muss die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. 2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. März 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar