Erwägungen:
1. X._ begann im Herbstsemester 2009 den Joint Degree Master-Studiengang "Quantitative Finance" an der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich und am Departement Mathematik der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich, wobei die Universität als "Leading House" fungiert. Mit Verfügung vom 21. März 2011 schloss die Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät X._ wegen Überschreitens der maximalen Anzahl zulässiger Fehlversuche bzw. auch im Wiederholungsfall ungenügender Bewertung der Masterarbeit vom Studiengang aus. Den gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs wies die Rekurskommission der Zürcher Hochschulen am 2. Februar 2012 ab, soweit sie darauf eintrat. Dagegen erhob X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich; die vom 29. Februar 2012 datierte Rechtsschrift wurde am 10. März 2012 durch die ukrainische Post in Odessa abgestempelt. Das Verwaltungsgericht trat mit Verfügung des Einzelrichters vom 21. März 2012 darauf nicht ein, weil sie erst am 15. März 2012, nach Ablauf der Beschwerdefrist an die Schweizerische Post gelangt war.
Am 8. Oktober 2012 reichte X._ beim Bundesgericht ein Fristwiederherstellungsgesuch ein. Er erwähnte, er habe eine Einschreibesendung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. April 2012, trotz einem diesbezüglichen per 4. Mai 2012 unterzeichneten Rückschein, nie erhalten. Mit Schreiben vom 10. Oktober 2012 wurde X._ über die Modalitäten eines Fristwiederherstellungsgesuchs gemäss Art. 50 Abs. 1 BGG informiert. Am 15. Oktober 2012 wurde er bei einer persönlichen Vorsprache beim Bundesgericht ergänzend über die verfahrensrechtliche Lage belehrt, wobei klargestellt wurde, dass Gegenstand eines Rechtsmittels an das Bundesgericht allein die Verfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 21. März 2012 bilden könne. Mit Fristwiederherstellungsgesuch und Beschwerde vom 29. Oktober 2012 beantragt X._, die Verfügung des Verwaltungsgerichts vom 21. März 2012 sei aufzuheben, gleich wie die Verfügung der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät vom 21. März 2011 und der Beschluss der Rekurskommission der Zürcher Hochschulen vom 2. Februar 2012.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Gemäss Art. 100 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde gegen einen Entscheid innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen. Als einziger anfechtbarer Entscheid fällt die Verfügung des Verwaltungsgerichts vom 21. März 2012 in Betracht (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer bestreitet, dass die deren Empfang bestätigende Unterschrift vom 4. Mai 2012 auf dem Rückschein von einer zur Entgegennahme berechtigten Person stamme. Wie es sich damit verhält, namentlich ob - gegebenenfalls - ein Fristwiederherstellungsgrund im Sinne von Art. 50 Abs. 1 BGG vorläge, kann dahingestellt bleiben, ist doch auf die Beschwerde aus einem anderen Grund nicht einzutreten.
2.2 Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Nicht unmittelbar gerügt werden kann die Verletzung von kantonalem Gesetzesrecht, sondern allein die Verletzung von schweizerischem Recht (Art. 95 BGG). Beruht ein Entscheid auf kantonalem Recht, kann im Wesentlichen bloss gerügt werden, dessen Anwendung verstosse gegen verfassungsmässige Rechte; entsprechende Rügen bedürfen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG spezieller Geltendmachung und Begründung (BGE 135 III 513 E. 4.3 S. 521 f.; 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351 f.; 133 III 462 E. 2.3 S. 466).
Die angefochtene Verfügung beruht auf kantonalem Recht, namentlich auf §§ 53 und 70 in Verbindung mit §§ 11 und 22 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG). Danach beträgt die Frist zur Einreichung der Beschwerde an das Verwaltungsgericht 30 Tage; sie beginnt am Tag nach der Eröffnung des Beschlusses der Rekurskommission zu laufen (vorliegend Eröffnung am 11. Februar 2012, erster zählender Tag 12. Februar 2012, Fristende 12. März 2012); sie muss spätestens am letzten Tag der Frist beim Verwaltungsgericht selber eintreffen oder aber zu dessen Handen der schweizerischen Post übergeben sein (im vorliegenden Fall Eintreffen bei der Schweizerischen Post am 15. März 2012); die Postaufgabe bei einer ausländischen Post (die Aufgabe der an das Verwaltungsgericht adressierten Beschwerdeschrift bei der ukrainischen Post ist vorliegend mit Poststempel für den 10. März 2012 dokumentiert) genügt zur Fristwahrung nicht.
Der Beschwerdeführer erwähnt zwar diese gesetzlichen Bestimmungen. Seinen Ausführungen lässt sich aber nicht entnehmen, dass und wie das Verwaltungsgericht bei deren Anwendung und durch die Annahme, die Beschwerde sei verspätet erhoben worden, schweizerisches Recht verletzt bzw. gegen welche verfassungsmässigen Rechte es dabei verstossen haben könnte. Namentlich bleibt unerfindlich, inwiefern sich mit den Darlegungen in der Beschwerdeschrift über die für die ukrainische Post geltenden Regeln das Eintreffen der am 10. März 2012 (Samstag) in Odessa aufgegebenen Sendung bei der Schweizerischen Post erst am 15. März 2012 widerlegen bzw. eine frühere Übergabe an diese fingieren liesse.
2.3 Die Beschwerde enthält mithin offensichtlich keine hinreichende Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), sodass darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
2.4 Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller