Faits:
A. Depuis le début des années quatre-vingt, Y._ SA, devenue entre-temps X._ SA, collaborait avec les Etablissements Hospitaliers du Nord Vaudois (ci-après: EHNV). Le 10 octobre 2006, les EHNV ont résilié la convention du 25 février 2003, qui les liait à Y._ SA, avec effet au 31 janvier 2007. Les 14 novembre 2006 et 17 février 2007 par contrat de cinq ans tacitement tacitement d'année en année, les EHNV ont confié leurs analyses médicales externes à Z._ SA. Sur recours de X._ SA, le Tribunal cantonal, par arrêt du 6 novembre 2009 dans la cause GE.2007.0013, a constaté que la décision des EHNV d'adjuger de gré à gré le marché des analyses médicales litigieux à Z._ SA était illicite. Injonction a été faite aux EHNV de lancer un appel d'offres public, en faisant procéder à la publication prescrite à l'art. 13 du règlement d'application du 7 juillet 2004 de la loi vaudoise sur les marchés publics (RLMP/VD; RSV 726.01.1), dans un délai échéant au 31 mars 2010. Cet arrêt est définitif et exécutoire.
B. Le 30 mars 2010, les EHNV ont fait publier un appel d'offres portant sur un partenariat de laboratoire sur les différents sites des EHNV.
Par arrêt MPU.2010.0008 du 6 décembre 2010, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours formé par X._ SA et annulé l'appel d'offres du 30 mars 2010 considérant notamment qu'il y avait un problème de préimplication et que la pondération du critère du prix était trop faible. Il a enjoint aux EHNV de lancer un nouvel appel d'offres public, en faisant procéder à la publication prescrite à l'art. 13 RLMP/VD.
Par arrêt 2C_66/2011 du 1er septembre 2011, le Tribunal fédéral a rejeté le recours interjeté contre cet arrêt par les EHNV.
C. Le 21 septembre 2011, le juge instructeur de la cause MPU.2010.0008 a enjoint aux EHNV de lancer un appel d'offres public, en faisant procéder à la publication prescrite à l'art. 13 RLMP-VD dans un délai échéant au 31 décembre 2011. Le 27 septembre 2011, les EHNV ont informé le juge instructeur de ce que les analyses faisant l'objet du marché seraient internalisées et traitées désormais par son personnel. Les EHNV ont en conséquence déclaré la procédure d'appel d'offres sans objet, dès lors que le marché à l'origine de la procédure n'existait plus.
Le 10 octobre 2011, le Tribunal cantonal a indiqué qu'il n'entendait prendre aucune mesure d'exécution forcée.
X._ SA a recouru contre la décision du 27 septembre 2011, auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Elle en a demandé l'annulation, injonction étant faite aux EHNV de lancer un appel d'offres public en faisant procéder à la publication prescrite à l'art. 13 RLMP/VD dans un délai échéant au 31 décembre 2011.
Après avoir entendu les parties en audience, le Tribunal cantonal a retenu que, dans un premier temps, l'externalisation devait être confinée aux analyses bactériologiques. Un nouveau directeur ayant pris ses fonctions, les EHNV avaient finalement opté pour une internalisation plus étendue et renoncé ainsi à sous-traiter pour environ 200'000 fr. par an d'analyses à Z._ SA. L'objectif pour l'autorité intimée était, désormais, d'achever les travaux du bâtiment destiné à abriter le nouveau laboratoire, d'exploiter celui-ci et, par conséquent, de cesser tout lien avec Z._ SA d'ici au 31 juillet 2012. Les EHNV gardaient la possibilité de confier les analyses spécialisées aux laboratoires du CHUV ou des HUG, c'est-à-dire à d'autres entités publiques. Par arrêt du 16 mars 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours.
D. Le 21 novembre 2011, X._ SA a dénoncé les EHNV au Département des infrastructures (ci-après: DINF), autorité cantonale chargée de la surveillance pour l'application de la loi cantonale du 24 juin 1996 sur les marchés publics du 24 juin 1996 (LMP-VD; RSV 726.01), vu son article 14 al. 2.
E. Le 8 février 2012, X._ SA a requis du Tribunal fédéral l'interprétation de l'arrêt 2C_66/2011 du 1er septembre 2011 dans la cause 2G_1/2012. Cette demande a été rejetée dans la mesure où elle était recevable par arrêt de ce jour.
F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 mars 2012 et de donner l'ordre aux EHNV, sous la menace des sanctions de l'art. 292 CPS, de lancer un appel d'offres public à bref délai en faisant procéder à la publication prescrite par la règlementation cantonale sur les marchés publics.
Le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer sur le recours. Les EHNV ont conclu à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet des recours sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué émane d'un tribunal cantonal supérieur statuant en dernière instance en matière de marchés publics (art. 82 let. a LTF) auquel s'appliquent l'accord intercantonal des 25 novembre 1994/15 mars 2001 sur les marchés publics (AIMP; RSVD 726.91), la loi vaudoise du 24 juin 1996 sur les marchés publics (LMP/VD; RSVD 726.01), et son règlement d'application du 7 juillet 2004 (RSVD 726.01.1), sans qu'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral ne soit ouvert (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il peut donc en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, à condition qu'il ne tombe pas sous le coup de l'exception prévue à l'art. 83 let. f LTF.
1.2 Selon cette disposition, le recours en matière de droit public n'est recevable contre les décisions en matière de marchés publics qu'à la double condition que la valeur du mandat à attribuer soit supérieure ou égale aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (ATF 135 II 49; 134 II 192 consid. 1.2 p. 194 s.; ATF 133 II 396 consid. 2.1 p. 398). Il incombe à la partie recourante, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de ces deux conditions (cf. ATF 133 II 396 consid. 2.2 p. 398 s.).
L'existence d'une question juridique de principe s'apprécie en fonction du contenu de l'objet litigieux soumis au Tribunal fédéral et doit n'être admise que de manière restrictive. Ainsi, lorsque le point soulevé ne concerne que l'application de principes jurisprudentiels à un cas particulier, il ne peut être qualifié de question juridique de principe. La seule circonstance que la question n'ait encore jamais été tranchée ne suffit pas non plus à réaliser cette condition. Il faut encore qu'il s'agisse d'une question juridique dont l'importance pratique est telle qu'elle nécessite d'être éclaircie par la plus haute instance judiciaire. A l'inverse, il peut arriver qu'une question déjà résolue par le Tribunal fédéral revête néanmoins la qualité d'une question juridique de principe. Tel est notamment le cas si la jurisprudence rendue sur le sujet n'est pas claire, n'est pas constante ou qu'elle suscite d'importantes critiques dans la doctrine (cf. ATF 135 II 49; 134 III 354 consid. 1.3 p. 357 et les nombreuses références citées). Dès lors que le Tribunal fédéral jouirait, dans le cadre du recours en matière de droit public, du même pouvoir de cognition qu'en examinant la cause sous l'angle du recours constitutionnel subsidiaire, seul ce dernier entre en considération. L'ouverture du recours ordinaire est en effet motivée par la nécessité d'un examen libre par le Tribunal fédéral de la question juridique soumise. En particulier, lorsqu'est en cause une contrariété de l'application du droit cantonal avec le droit constitutionnel, et donc que l'examen de la cause par le Tribunal fédéral est limité, seule est ouverte la voie du recours constitutionnel subsidiaire.
1.3 En l'espèce, les principes prévalant en matière d'interruption de passation de marchés publics ont fait l'objet d'un arrêt du Tribunal fédéral publié récemment et cité par la recourante (ATF 134 II 192). La circonstance voulant que la cause tranchée se rapportait à un marché public de la Confédération et non à celui d'un canton ne justifie pas de retenir que le présent litige pose une question juridique de principe. Cette condition n'étant pas remplie, il n'y a pas à examiner celle du seuil déterminant ni une éventuelle violation de l'art. 7 AIMP ou encore l'application arbitraire de l'art. 4 al. 3 let. b RLMP/VD. Au surplus, les questions liées à l'application du droit cantonal et à la mise en oeuvre de la loi sur le Tribunal fédéral, qui ne relève pas du droit des marchés publics, ne constituent pas des questions juridiques de principe. Le recours en matière de droit public est par conséquent irrecevable. Seule reste la voie du recours constitutionnel subsidiaire.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire, déposé simultanément dans une même écriture conformément à l'art. 119 al. 1 LTF, est en principe recevable aux conditions des art. 113 ss LTF.
2.1 En tant que partie à la procédure cantonale, la recourante dispose de la qualité pour recourir; elle peut justifier d'un intérêt juridique à obtenir l'annulation ou la modification de la décision attaquée (cf. art. 115 let. a et b LTF).
2.2 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF par renvoi de l'art. 117 LTF). Cette dernière disposition reprend le principe d'allégation (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). En application de ce principe, la partie recourante ne peut, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme elle le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Elle doit au contraire préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (cf. ATF 133 II 396 consid. 3.1 p. 399 s. et les arrêts cités).
Une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211). Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5 et les arrêts cités). S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560 et les arrêts cités).
2.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (art. 118 al. 2 LTF en relation avec l'art. 116 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée et précise, conformément aux exigences de motivation posées à l'art. 106 al. 2 LTF (par renvoi de l'art. 117 LTF; cf. ATF 133 III 439 consid. 3.2 p. 444 s.).
2.4 Selon la jurisprudence enfin, l'objet de la contestation qui peut être portée devant le Tribunal fédéral est déterminé par la décision attaquée (arrêt 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées).
L'arrêt attaqué ne porte pas sur la requête en exécution de l'arrêt 2C_66/2011 du 1er septembre 2011 du Tribunal fédéral. Il s'ensuit que les griefs de violation de la force de chose jugée des arrêts du Tribunal fédéral (art. 61 et 71 LTF) et du principe de la primauté du droit fédéral (art. 49 al. 1 Cst.) sont irrecevables.
3. La recourante se plaint de l'établissement arbitraire des faits.
3.1 Selon elle, le Tribunal cantonal est tombé dans l'arbitraire en retenant que les EHNV ont renoncé à sous-traiter pour environ 200'000 fr. par an d'analyses à Z._ SA et en retenant la réalité de la volonté des EHNV d'internaliser les travaux de laboratoire, alors que ceux-ci ont affirmé vouloir agir de la sorte en tant que possible, s'engageant pour le reste à publier un appel d'offres en procédure ouverte si tel ne devait pas être le cas.
3.2 L'instance précédente a retenu, d'une part, que "l'idée de l'autorité intimée est d'internaliser ces analyses (de biochimie), sans pouvoir être certaine de pouvoir le faire" (arrêt attaqué, consid. 3b p. 11), qu'il en va de même pour les analyses de bactériologie et de sérologie (ibid.) et, d'autre part, que dans l'hypothèse où ces discussions ne devaient pas aboutir et qu'elle ne parvenait pas à internaliser les prestations, les représentants de l'autorité intimée ont assuré qu'ils publieraient un appel d'offres en procédure ouverte.
Ces extraits de l'arrêt attaqué démontrent que l'instance précédente a considéré comme établis non pas la "réalité de l'internalisation" (comme cela ressort faussement de la conclusion du consid. 3b de l'arrêt attaqué), mais bien la réalité de la volonté d'internaliser, puisqu'elle a également retenu qu'il ne s'agissait que d'assurances qui suscitaient "le plus grand doute". C'est d'ailleurs la raison pour laquelle elle a chargé le Département des infrastructures et celui de la santé et de l'action sociale du canton de Vaud "de s'assurer de la dénonciation de la convention du 16 février 2007 liant l'autorité intimée à Z._ SA et de vérifier la réalité de cette internalisation et sa mise en place effective" (arrêt attaqué, consid. 3d). Le grief d'établissement des faits et d'appréciation arbitraire des preuves est par conséquent rejeté.
4. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante estime que son droit d'être entendue a été violé.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 I 279 consid. 2.3 p. 282; 133 I 270 consid. 3.1 p. 277). Le juge peut cependant refuser une mesure probatoire parce qu'il considère qu'elle est inapte à apporter la preuve ou lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 428; 125 I 127 consid. 6c/cc in fine p. 135).
4.2 La recourante soutient en vain que les faits retenus par l'autorité précédente ne ressortaient pas de la procédure cantonale ni des faits établis et qu'elle n'a "pas eu la possibilité de s'exprimer à ce sujet et en particulier de faire valoir des contre-preuves, ou, à tout le moins, de requérir que les déclarations des EHNV soient étayées par une preuve". En effet, la recourante n'allègue pas que le Tribunal cantonal aurait refusé d'administrer des moyens de preuve dûment requis durant l'audience du 23 février 2012 en relation avec les déclarations en audience des parties. Au demeurant, le contenu de ces déclarations reprenait en substance, hormis l'idée de renoncer à sous-traiter l'ensemble des analyses, celui qui ressortait de la correspondance des EHNV au Tribunal cantonal du 27 septembre 2011. Le grief est par conséquent rejeté.
5. Invoquant le principe de protection de la bonne foi, la recourante soutient qu'en fondant partiellement la décision d'abandonner le marché en raison de la longueur de la procédure d'adjudication provoquée par les procédures judiciaires, les EHNV ont violé l'art. 9 Cst., ce que le Tribunal cantonal aurait dû constater. Ce grief revient à examiner la question de l'interruption de la procédure d'adjudication, dont la licéité fait l'objet d'un grief indépendant avec lequel il se confond. En effet, la recourante se plaint de l'application arbitraire des art. 13 let. i AIMP, 8 let. h LMP/VD et 41 RLMP/VD.
5.1 Aux termes de l'art. 13 let. i AIMP, les dispositions d'exécution cantonales doivent garantir la possibilité d'interrompre et de répéter la procédure de passation en cas de justes motifs uniquement. L'art. 8 lit. h LMP/VD prévoit que le Conseil d'Etat fixe par voie de règlement la possibilité d'interrompre, ou le cas échéant de répéter ou renouveler, la procédure de passation en cas de justes motifs uniquement. Sous le titre "Interruption, répétition et renouvellement de la procédure (LMP-VD art. 8, let. h), l'art. 41 RLMP/VD a la teneur suivante:
"1 L'adjudicateur peut interrompre, répéter ou renouveler la procédure pour des raisons importantes, notamment lorsque:
a. aucune offre satisfaisant les exigences techniques et les critères définis dans les documents d'appel d'offres ou dans l'appel d'offres n'a été déposée;
b. en raison de modifications des conditions-cadres ou marginales, des offres plus avantageuses sont attendues;
c. les offres déposées ne permettent pas de garantir une concurrence efficace;
d. toutes les offres dépassent le montant du crédit prévu ou octroyé à cet effet;
e. le projet est modifié ou retardé de manière importante.
2 L'interruption, la répétition ou le renouvellement de la procédure doivent être notifiées par écrit aux soumissionnaires."
5.2 L'instance précédente a longuement discuté les raisons qui sont à l'origine de la décision des EHNV d'interrompre la procédure de marché public ainsi que leur attitude dans cette affaire. Au terme de son examen, non seulement elle a jugé que ces raisons constituaient de justes motifs au sens du droit cantonal, mais encore, elle a chargé le Département des infrastructures et celui de la santé et de l'action sociale du canton de Vaud "de s'assurer de la dénonciation de la convention du 16 février 2007 liant l'autorité intimée à Z._ SA et de vérifier la réalité de cette internalisation et sa mise en place effective" (arrêt attaqué, consid. 3d). Au vu de la motivation circonstanciée de l'arrêt attaqué et des précautions prises par l'instance précédente, la recourante aurait dû discuter l'intégralité des éléments du raisonnement de cette dernière. Eu égard aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, elle ne pouvait pas se contenter d'affirmer en substance qu'il "ne fait aucun doute que les EHNV cherchent simplement par ce biais à se soustraire à toutes les décisions de justice et visent manifestement à discriminer délibérément la recourante". Le grief est par conséquent irrecevable.
6. Invoquant l'application arbitraire du droit de procédure cantonal, la recourante estime que l'instance précédente a considéré de manière insoutenable la lettre du 27 septembre 2011 des EHNV comme une décision au sens de l'art. 3 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA/VD; RSVD 173.36).
La recourante a déclaré elle-même, le 14 octobre 2011, "faire recours contre la décision du 27 septembre 2011 des EHNV d'interrompre la procédure d'appel d'offres (art. 10 al. 1 let. d LPM/VD)". Le courrier du 27 septembre 2011 constituait bien une décision. En réalité, la recourante confond le pouvoir de rendre une décision avec son éventuelle illicéité. Le fait de rendre une décision le cas échéant illicite n'empêche nullement l'acte d'être qualifié de décision. Au demeurant, le caractère licite de la décision du 27 septembre 2011 a déjà été examiné ci-dessus (cf. consid. 5) et la recourante n'expose pas en quoi les dispositions cantonales relatives aux marchés publics devraient s'effacer devant le droit de procédure cantonal. Le grief doit être rejeté.
7. Invoquant encore l'application arbitraire de l'art. 92 al. 1 LPA/VD qui désigne, sauf disposition contraire, le Tribunal cantonal comme autorité de recours contre les décisions et décisions sur recours rendues par les autorités administratives, la recourante fait grief à l'instance précédente d'avoir accepté de prendre en compte la modification, en audience, de la décision des EHNV du 27 septembre 2011 affirmant leur volonté d'internaliser également les analyses à hauteur de 200'000 fr. par an encore confiées dans la décision du 27 septembre 2011 à Z._ SA.
La recourante est d'avis que son recours portait sur la décision du 27 septembre 2011 et non pas sur le contenu de cette dernière, telle qu'ultérieurement modifié en cours de procédure. L'instance précédente aurait commis un déni de justice en examinant la décision telle que modifiée en audience en lieu et place de celle du 27 septembre 2011 qui faisait seule l'objet de son recours sur le plan cantonal. Le grief n'est pas motivé conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF et est donc irrecevable. Il part pour le reste du principe que l'autorité administrative ne serait pas habilitée à modifier son point de vue en cours de procédure, ce qu'il incombait à la recourante de démontrer.
8. Invoquant encore les art. 59 et 61 LPA/VD, qui déterminent les autorités d'exécution des décisions cantonales et fédérales et la manière dont les décisions non pécuniaires doivent être exécutées, la recourante estime que l'instance précédente est tombée dans l'arbitraire en renonçant à procéder à l'exécution de l'arrêt du Tribunal fédéral du 1er septembre 2011. Le grief est manifestement mal fondé. En effet, c'est par décision du 10 octobre 2011 que l'instance précédente a refusé de procéder à toute exécution forcée. C'est donc contre cette décision qu'il fallait recourir pour se plaindre d'un tel refus. L'objet du présent litige étant exclusivement circonscrit par l'arrêt du Tribunal cantonal rendu le 16 mars 2012 (cf. consid. 2.4 ci-dessus), le grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
9. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF). Les EHNV, qui ont obtenu gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles, n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 30 août 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey