Fatti:
A. L'8 agosto 1995, in applicazione dell'ora abrogato art. 94 della legge cantonale di applicazione della legge federale sulla pianificazione del territorio, del 23 maggio 1990 (LALPT), il Dipartimento del territorio del Cantone Ticino promise al Comune di Intragna un sussidio di fr. 32'100.-- nell'ambito dell'elaborazione del nuovo piano regolatore; un primo acconto di fr. 21'400.-- fu versato il 4 novembre 2003.
B. Nell'ambito delle misure di contenimento della spesa pubblica per il 2004 fu decisa l'abrogazione dell'art. 94 LALPT a far stato dal 1° gennaio 2006; a titolo transitorio fu garantito il pagamento delle promesse stipulate fino al 31 dicembre 2005 (cfr. Messaggio n. 5432 del 17 ottobre 2003 del Consiglio di Stato concernente il preventivo del Cantone per il 2004, punto n. 11.7 nonché pubblicazione sul Foglio ufficiale del Cantone Ticino del 23 dicembre 2003 n. 102-103/2003). Il 23 febbraio 2004 il Dipartimento del territorio comunicò quindi a tutti i municipi interessati dalle promesse di sussidio per la pianificazione locale fatte prima del 1997, tra cui quello di Intragna, che per potere essere onorata la richiesta di acconto (ad esame preliminare avvenuto) o di saldo (a seguito dell'approvazione del Consiglio di Stato) del sussidio pattuito doveva essere inoltrata all'autorità competente entro il 30 ottobre 2005.
C. Il Consiglio di Stato approvò il nuovo piano regolatore del Comune di Intragna il 22 agosto 2006. Il 17 agosto 2007 il Comune di Intragna chiese il versamento del saldo del sussidio promesso (fr. 10'700.--). Il 30 agosto successivo la Divisione dello sviluppo territoriale e della mobilità respinse la richiesta, ritenendola irrimediabilmente tardiva. Sollecitata nuovamente dal Comune il 12 novembre 2007 la citata autorità, con decisione del 22 novembre 2007 confermò il rifiuto. Essa richiamò tra l'altro l'art. 22 della legge sui sussidi cantonali del 22 giugno 1994, secondo cui le decisioni relative al sussidio sono fondate sul diritto in vigore al momento della decisione.
Adito tempestivamente, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha avallato la decisione del 22 novembre 2007 e respinto il gravame con giudizio del 23 aprile 2008.
D. Il 29 maggio 2008 il Comune di Intragna ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso di diritto pubblico con cui chiede che la decisione governativa venga annullata e che il saldo richiesto, oltre a interessi di ritardo, gli sia versato. Adduce, in sintesi, la violazione del principio della legalità e delle regole generali del diritto amministrativo (principio della buona fede; tutela dei diritti acquisiti; difetto di una base legale per poter revocare una decisione attributiva di diritti).
Chiamati ad esprimersi il Consiglio di Stato non ha formulato osservazioni, mentre la Divisione dello sviluppo territoriale e della mobilità propone la reiezione del gravame.
E. Il 12 agosto 2008 il Comune ricorrente ha fatto pervenire al Tribunale federale una replica alle osservazioni dell'autorità di prime cure.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 134 IV 36 consid. 1; 133 II 249 consid. 1.1 con riferimenti). Ciononostante giusta l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF incombe al ricorrente dimostrare che sono adempiute le condizioni di ricevibilità del rimedio di diritto esperito, se le stesse non sono manifeste, pena l'inammissibilità del medesimo (DTF 133 II 353 consid. 1 e riferimenti; sentenze 1C_20/2009 del 30 gennaio 2009 e 2C_692/2008 del 24 febbraio 2009, quest'ultima prevista per una pubblicazione parziale).
2. 2.1 Contro decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) che, come in concreto, emanano da un'autorità cantonale di ultima istanza (cfr. sentenza 2D_76/2008 del 16 marzo 2009 consid. 1.3) e non sono impugnabili al Tribunale amministrativo federale (cfr. art. 86 cpv. 1 lett. d LTF e art. 31 LATF combinato con l'art. 5 PA), è di massima esperibile il ricorso ordinario in materia di diritto pubblico, a meno che la fattispecie ricada sotto una delle eccezioni previste dagli art. 83-85 LTF. Tra queste, l'art. 83 lett. k LTF esclude il rimedio ordinario contro le decisioni concernenti sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto.
2.2 Oggetto del contendere è il versamento del saldo di una promessa di sussidio. Orbene il Comune ricorrente - patrocinato da un avvocato - non spende una parola sulla questione, cioè non spiega e ancora meno dimostra che, in virtù della legislazione cantonale applicabile, segnatamente l'art. 94 LALPT oppure la legge sui sussidi cantonali, avrebbe diritto ad ottenere il sussidio oggetto della presente vertenza. Al riguardo occorre poi precisare che, contrariamente a quanto addotto, oggetto del contendere non è una decisione di revoca, rispettivamente di restituzione di sussidi già percepiti (essendo in tal caso data la via del ricorso ordinario, cfr. sentenza 2D_76/2008 del 16 marzo 2009, consid. 1.1 e richiami) ma il versamento del saldo di una promessa di sussidio. Visto quanto precede è quindi dubbio che sia aperta la via del ricorso in materia di diritto pubblico. Il quesito può comunque rimanere irrisolto dato che il gravame, per i motivi esposti di seguito (cfr. consid. 3), sfugge comunque ad esame di merito.
3. 3.1 Giusta l'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico hanno diritto di ricorrere se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla Costituzione federale o da quella cantonale. Possono segnatamente lamentarsi d'ingerenze nella loro autonomia, nella loro esistenza o nel loro territorio (cfr. Messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 3886). In determinati casi i Comuni possono ugualmente ricorrere in virtù dell'art. 89 cpv. 1 LTF quando sono toccati o in modo analogo a un privato cittadino oppure nei loro interessi superiori degni di protezione, ad esempio come beneficiari di un sussidio al cui ottenimento la legislazione conferisce loro un diritto (DTF 134 II 45 consid. 2.2.1; 134 V 53 consid. 2.3.3.2; 133 II 400 consid. 2.4.2). Incombe tuttavia al Comune indicare chiaramente su quale base (cpv. 1 o 2 dell'art. 89 LTF) fonda la propria legittimazione ricorsuale, pena l'inammissibilità dell'impugnativa (cfr. consid. 1 e riferimenti).
3.2 Nel caso specifico il Comune ricorrente è del tutto silente su tale questione. Infatti, non pretende e ancora meno dimostra che il rifiuto di versargli il saldo litigioso lo toccherebbe in modo analogo ad un privato cittadino oppure nei suoi interessi superiori, e che quindi sarebbe legittimato a ricorrere ai sensi dell'art. 89 cpv. 1 LTF. Esso non adduce altresì una lesione della propria autonomia, richiamandosi in tal caso all'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF. Occorre poi aggiungere che il fatto di avere partecipato alla procedura cantonale e di subire un pregiudizio finanziario a causa della decisione litigiosa non è sufficiente affinché sia ammessa la sua legittimazione a ricorrere (cfr. DTF 134 II 124 consid. 2.1; 134 V 53 consid. 2.3.3.2 e richiami).
Nelle siffatte circostanze il ricorso sfugge ad un esame di merito.
3.3 A titolo abbondanziale va osservato infine che, nella misura in cui l'impugnativa non soddisfa minimamente le esigenze di motivazione degli art. 116 e 117 LTF in relazione con l'art. 106 cpv. 2 LTF per il ricorso sussidiario in materia costituzionale, anche trattato come tale (cfr. art. 113 LTF) e indipendentemente dal quesito di sapere se il comune ricorrente sia legittimato ad agire (art. 115 LTF; cfr. sentenza 2C_725/2008 del 23 febbraio 2009 consid. 5), il gravame sarebbe comunque irricevibile.
4. Le spese seguono la soccombenza e vanno poste a carico del Comune ricorrente, il quale ha un interesse pecuniario alla causa (art. 65 e 66 cpv. 1 e 4 LTF). Non si concedono ripetibili alle autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alla patrocinatrice del ricorrente, alla Divisione dello sviluppo territoriale e della mobilità del Dipartimento del territorio e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino.