Fatti:
A. Allievo della scuola dell'infanzia di Montagnola, A._ il 24 luglio 2008 ha formulato attraverso sua madre una richiesta di intervento logopedico e di copertura delle relative spese. Inoltrata tramite la logopedista B._, la richiesta verteva sue due sedute settimanali di 60 minuti l'una per il periodo compreso tra il 21 luglio 2008 e il 31 dicembre 2009. Con decisione del 27 agosto 2008, l'Incaricato per la logopedia dell'Ufficio delle scuole comunali del Cantone Ticino ha accolto parzialmente l'istanza, limitando la durata delle singole sedute a 45 minuti. Su reclamo, il 10 settembre 2008 l'Ufficio delle scuole comunali ha confermato detta restrizione nei tempi di terapia.
B. In rappresentanza del paziente, la logopedista è allora insorta dinanzi al Consiglio di Stato, lamentando in particolare la carenza di motivazione della decisione di base così come di quella su reclamo. Con pronuncia del 9 dicembre 2008 il Governo cantonale ha tuttavia respinto il gravame. Esso ha in sostanza rilevato che la durata di 45 minuti per seduta di terapia è stabilita quale regola sia da una circolare emessa dall'Ufficio delle scuole comunali all'indirizzo delle logopediste attive privatamente sia da una convenzione conclusa tra il Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport (DECS) e l'Associazione dei logopedisti della Svizzera italiana (ALOSI). Ai beneficiari delle misure che intendono ottenere tempi di terapia più lunghi incomberebbe pertanto l'onere di motivare adeguatamente la richiesta di deroga. Nel caso concreto, dalla domanda di intervento non emergevano per contro motivi per distanziarsi dalla regola.
C. Il 14 gennaio 2009 A._ ha presentato un ricorso al Tribunale federale con cui postula in particolare l'annullamento della decisione governativa ed il riconoscimento dell'intervento logopedico in ragione di due sedute settimanali di 60 minuti l'una.
Chiamati ad esprimersi, il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, il Dipartimento cantonale dell'educazione, della cultura e dello sport propone la reiezione dell'impugnativa, mentre il Dipartimento federale dell'interno non presenta richieste di giudizio.
Diritto:
1. 1.1 Fino al 2007 i trattamenti logopedici su cui è incentrata la controversia rientravano nel campo dell'assicurazione per l'invalidità. Quest'ultima assegnava infatti sussidi per provvedimenti di natura pedagogico-terapeutica necessari oltre all'istruzione speciale, tra cui figuravano anche i corsi di ortofonia e la logopedia per assicurati colpiti da gravi difficoltà d'eloquio che frequentavano la scuola pubblica (cfr. gli art. 8 cpv. 3 lett. c e 19 cpv. 2 lett. c LAI, nel tenore in vigore fino al 31 dicembre 2007 [RU 1968 30; RU 1995 1129] nonché gli art. 8 cpv. 4 lett. e e 9 cpv. 2 lett. a dell'ordinanza del 17 gennaio 1961 sull'assicurazione per l'invalidità [OAI; RS 831.201], pure nel tenore vigente fino al 31 dicembre 2007 [RU 1996 3135]). La nuova impostazione della perequazione finanziaria e della ripartizione dei compiti tra la Confederazione e i Cantoni (NPC), entrata in vigore il 1° gennaio 2008 (RU 2007 5817), ha comportato l'abolizione di dette norme e il trasferimento dell'istruzione scolastica speciale, e quindi anche delle terapie logopediche, sotto la competenza esclusiva dei Cantoni, in virtù del nuovo art. 62 cpv. 3 Cost. (cfr. il n. II.25 della legge federale del 6 ottobre 2006 che emana e modifica atti legislativi per la NPC [RU 2007 5779, in part. 5809] e il n. I.17 dell'ordinanza del 7 novembre 2007 che adegua il diritto regolamentare alla NPC [RU 2007 5823, in part. 5847]; cfr. anche il Messaggio del 7 settembre 2005 concernente la legislazione esecutiva della NPC, FF 2005 5359, in part. 5536 segg.).
1.2 Questa nuova ripartizione dei compiti si ripercuote di principio anche sulla suddivisione delle cause tra le Corti del Tribunale federale. In effetti le vertenze attinenti a misure logopediche relative a periodi precedenti il 1° gennaio 2008, in quanto cause in materia di assicurazione per l'invalidità, vanno di per sé attribuite alle Corti di diritto sociale (art. 34 lett. a e art. 35 lett. b del regolamento del Tribunale federale, del 20 novembre 2006 [RTF; RS 173.110.131]). Quelle relative a periodi successivi vanno invece considerate come procedimenti in ambito di istruzione e formazione e devono perciò venir trattate dalla II Corte di diritto pubblico (art. 30 cpv. 1 lett. c n. 2 RTF). Riferito ad una richiesta di intervento logopedico per il periodo compreso tra il 21 luglio 2008 e il 31 dicembre 2009, l'incarto in esame è pertanto di competenza della II Corte di diritto pubblico.
2. 2.1 Il gravame riguarda una causa di diritto pubblico che non ricade sotto le eccezioni dell'art. 83 LTF, segnatamente sotto l'art. 83 lett. k LTF. Dinanzi al Tribunale federale è quindi di principio esperibile un ricorso in materia di diritto pubblico. La mancanza di precisione nella designazione del mezzo d'impugnazione non comporta alcun pregiudizio per il ricorrente (DTF 133 I 300 consid. 1.2; 133 II 396 consid. 3.1).
2.2 Fino al 27 gennaio 2009 contro le decisioni in materia scolastica emanate dal Consiglio di Stato e riferite all'ambito litigioso non era data la possibilità di insorgere dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. La decisione impugnata è quindi di ultima istanza cantonale e rispetta l'art. 86 cpv. 1 lett. d LTF (cfr. l'art. 95 della legge cantonale della scuola, del 1° febbraio 1990 [LSc; RL/TI 5.1.1.1], nella versione precedentemente in vigore [BU/TI 1991 287; cfr. anche BU/TI 2009 26]). Il Consiglio di Stato non costituisce però un tribunale cantonale superiore, come invece richiesto dall'art. 86 cpv. 2 LTF. I Cantoni disponevano tuttavia di un termine di due anni dall'entrata in vigore della legge sul Tribunale federale, ovvero fino al 1° gennaio 2009, per adattare le loro legislazioni alle esigenze dell'art. 86 cpv. 2 LTF (art. 130 cpv. 3 LTF; RU 2006 1069). Determinante è la data della decisione impugnata (sentenza 2C_35/2009 del 13 febbraio 2009 consid. 1). Nel caso concreto non è perciò necessario che la procedura cantonale rispetti le condizioni poste dall'art. 86 cpv. 2 LTF.
2.3 Inoltrato in tempo utile (art. 100 cpv. 1 LTF) contro una decisione di natura finale (art. 90 LTF) e presentato per conto del minorenne destinatario dell'intervento logopedico, a cui va riconosciuto un interesse degno di protezione all'annullamento della risoluzione governativa (art. 89 cpv. 1 LTF), il ricorso è quindi di massima ammissibile. Esso può inoltre venir evaso sulla base degli atti, senza dar seguito alla richiesta di ordinare accertamenti peritali (cfr. art. 99 cpv. 1 e 105 cpv. 2 LTF).
3. Nel gravame, il ricorrente lamenta di non aver potuto sottoporre la vertenza ad un'autorità giudiziaria, ciò che costituirebbe una violazione degli art. 29a e 30 Cost. nonché dell'art. 6 n. 1 CEDU. Egli sostiene inoltre che il Consiglio di Stato avrebbe disatteso l'obbligo di motivare le proprie decisioni sancito dall'art. 29 cpv. 2 Cost. e dall'art. 26 cpv. 1 della legge cantonale di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966 (LPAmm; RL/TI 3.3.1.1). Analogamente alle istanze inferiori, non avrebbe in effetti spiegato per quali motivi la terapia non è stata riconosciuta nella misura richiesta. A questo proposito secondo l'insorgente non basterebbe far riferimento alla circolare dipartimentale e alla convenzione tra il DECS e l'ALOSI che sanciscono quale regola una durata di 45 minuti per seduta di logopedia poiché tali atti sarebbero a loro volta stati adottati senza fornire alcuna motivazione, in particolare senza essere supportati da verifiche in grado di dimostrarne l'adeguatezza. Nel merito, la decisione impugnata sarebbe poi contraria all'art. 19 vLAI nonché agli art. 8 cpv. 4 lett. e, 8ter, 9 e 10 vOAI, che i cantoni sarebbero transitoriamente tenuti a rispettare nonostante la loro abrogazione. L'assicurazione per l'invalidità avrebbe in effetti sempre riconosciuto adeguato un intervento logopedico con sedute di durata superiore a 45 minuti. Il limite fissato sarebbe infine discriminatorio e lesivo del principio di uguaglianza (art. 8 Cost.) perché imporrebbe un trattamento diverso ai bambini seguiti dai logopedisti attivi privatamente rispetto a quelli che fanno capo a terapisti impiegati nel servizio pubblico e perché a pazienti di altri logopedisti sarebbero più facilmente concesse deroghe.
4. 4.1 L'art. 29a Cost. prevede che, salvo casi eccezionali, nelle controversie giuridiche ognuno ha diritto al giudizio da parte di un'autorità giudiziaria. Concretizzata dall'art. 86 cpv. 2 e 3 LTF, questa garanzia soggiace anch'essa al termine transitorio di due anni previsto dall'art. 130 cpv. 3 LTF per l'adeguamento delle disposizioni cantonali di procedura e di organizzazione giudiziaria. Quanto già rilevato in relazione all'art. 86 cpv. 2 LTF (cfr. consid. 2.2) vale pertanto, nel merito, anche per l'art. 29a Cost. Il ricorrente non può dunque appellarsi a tale norma perché la pronuncia impugnata è stata emanata ancora nel 2008 (sentenza 2D_71/2008 del 9 marzo 2009 consid. 3.1). D'altro canto, l'art. 30 Cost. si limita a specificare le esigenze che un'autorità giudiziaria deve soddisfare laddove vi è il diritto ad essere giudicato da una simile istanza, ma non definisce gli ambiti in cui deve sussistere un controllo giudiziario né tantomeno sancisce una garanzia generale della via giudiziaria (DTF 132 I 140 consid. 2.2; 126 II 377 consid. 8d/bb).
Su questo aspetto determinante è quindi semmai solo l'art. 6 n. 1 CEDU. L'insorgente invero non spiega perché ed in che misura tale disposto sarebbe applicabile alla fattispecie. In relazione alla violazione di diritti fondamentali, tra cui rientrano anche le garanzie previste dalla CEDU, l'atto di ricorso deve tuttavia soddisfare esigenze formali accresciute (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 134 V 443 consid. 3.3; Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, Commentaire, 2008, n. 4250), esponendo le censure in modo chiaro e circostanziato (DTF 134 II 244 consid. 2.2; 134 I 83 consid. 3.2). Ci si potrebbe perciò chiedere se su questo punto il ricorso risulti sufficientemente motivato. Per i motivi che seguono, la questione può comunque rimanere aperta.
4.2 L'art. 6 n. 1 CEDU trova in particolare applicazione nel caso di controversie su diritti di carattere civile. Un litigio non verte su diritti se concerne un ambito in cui gli interessati non possono vantare alcuna pretesa ed in cui le decisioni rientrano nel potere discrezionale dell'autorità (DTF 132 V 6 consid. 2.3.2; 127 I 121 consid. 5b/bb). L'art. 8 cpv. 1 LAI conferisce per contro un diritto soggettivo a beneficiare di determinati provvedimenti d'integrazione, fra i quali, in virtù delle norme già menzionate (cfr. consid. 1.1), figurano anche le prestazioni di logopedia chieste dall'insorgente. Certo, le disposizioni in questione sono state abolite con effetto dal 1° gennaio 2008 e l'istruzione scolastica speciale non è più a carico dell'assicurazione per l'invalidità. L'art. 197 n. 2 Cost. prevede tuttavia che fino all'adozione di una propria strategia in tale settore, ma almeno per tre anni dall'entrata in vigore della NPC, i Cantoni sono tenuti ad assumere le medesime prestazioni. Il Canton Ticino ha peraltro ripreso detto obbligo all'art. 62a LSc. La procedura in esame ha di conseguenza per oggetto contributi finanziari a cui, se le relative condizioni sono adempiute, sussiste un diritto.
La nozione relativa al carattere civile di un diritto deve essere interpretata in modo autonomo ed include perciò anche atti amministrativi emanati da un'autorità nell'esercizio del pubblico potere, nella misura in cui si ripercuotono su diritti e doveri di natura privatistica (DTF 134 I 140 consid. 5.2; 130 I 388 consid. 5.1). In questo senso hanno tra l'altro carattere civile i litigi sul diritto all'ottenimento di prestazioni da parte di assicurazioni sociali (DTF 132 V 6 consid. 2.6; 131 V 70 consid. 3.3) nonché le vertenze sulla concessione o la restituzione di sussidi statali riguardo ai quali sussiste una pretesa (sentenza 2D_76/2008 del 16 marzo 2009 consid. 5.3-5.5). Tale natura va quindi riconosciuta anche alla fattispecie che, viste le modifiche legislative intercorse, rientra di per sé in questa seconda categoria. Di principio il procedimento in esame soggiace pertanto alle esigenze poste dall'art. 6 n. 1 CEDU.
4.3 In virtù delle regole della buona fede processuale, la violazione dell'art. 6 n. 1 CEDU dev'essere sostanzialmente addotta già nell'ambito del procedimento cantonale. In caso contrario si considera che l'interessato abbia rinunciato a prevalersene (DTF 131 I 467 consid. 2.2; 123 I 87 consid. 2b; 120 Ia 19 consid. 2c/bb; sentenza 2D_76/2008 del 16 marzo 2009 consid. 3.1). Benché si sia limitato a menzionare la norma nell'elenco dei disposti legali inserito prima delle domande di giudizio, il ricorrente ha di per sé fatto riferimento all'art. 6 n. 1 CEDU già nell'impugnativa al Consiglio di Stato. Oltre a ciò ha espressamente rivendicato il diritto al giudizio di un'autorità giudiziaria con lettera separata inoltrata subito dopo aver ricevuto, sempre nell'ambito della procedura di ricorso cantonale, le osservazioni del DECS. Certo, egli non ha espressamente chiesto di poter replicare, ma di fatto vi ha comunque provveduto in tempi rapidi dopo la risposta (cfr. DTF 133 I 98 consid. 2.2; 132 I 42 consid. 3.3). Considerato che la violazione dell'art. 6 CEDU può essere fatta valere anche in replica (DTF 134 I 331 consid. 2 e 3), il diritto di appellarsi alle garanzie previste da tale disposizione non può dunque essere ritenuto perento.
4.4 La mancanza di un'autorità giudiziaria indipendente ed imparziale può venir sanata nell'ambito della procedura dinanzi al Tribunale federale qualora quest'ultimo abbia la facoltà di esaminare liberamente tutte le questioni di fatto e di diritto rilevanti per il giudizio (DTF 129 I 103 consid. 3; 120 Ia 19 consid. 3a; 119 Ia 88 consid. 5c/aa). In pratica occorre che la controversia non riguardi l'accertamento dei fatti né l'interpretazione o l'applicazione del diritto cantonale, poiché di principio il Tribunale federale verifica questi aspetti unicamente sotto l'angolo ristretto dell'arbitrio (DTF 129 I 103 consid. 3; 123 I 87 consid. 3b; sentenza 2D_71/2008 del 9 marzo 2009 consid. 6.5).
In concreto, il Consiglio di Stato non contesta l'anamnesi, la valutazione globale nonché la descrizione del linguaggio e del relativo disturbo contenuti nel rapporto sul quale è fondata la richiesta di intervento logopedico. Di per sé il litigio non verte quindi su aspetti di fatto. Per quanto attiene al diritto, è vero che la competenza nella materia è ora cantonale e che il procedimento riguarda formalmente l'applicazione dell'art. 62a LSc. Questa disposizione rinvia però alle prestazioni previste dall'assicurazione per l'invalidità, segnatamente all'art. 19 vLAI. Nell'ambito del particolare regime giuridico applicabile, questa norma non può venir considerata quale disciplina di diritto cantonale suppletorio, riguardo a cui il Tribunale federale gode di un potere di esame limitato all'arbitrio (cfr. Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 12 ad art. 106 LTF). In virtù dell'obbligo istituito dall'art. 197 n. 2 Cost., nel periodo transitorio l'applicazione di tale disposto di legge e delle relative norme d'ordinanza deve in effetti poter essere esaminata con pieno potere di cognizione, come per le usuali disposizioni di diritto federale. In caso contrario il rispetto della Costituzione, segnatamente dell'obbligo che impone ai Cantoni di garantire ancora le prestazioni dell'assicurazione per l'invalidità, verrebbe verificato solo in misura limitata. Per quanto concerne poi la pretesa insufficienza della motivazione contenuta nella decisione impugnata, l'insorgente non pretende che l'art. 26 cpv. 1 LPAmm offra garanzie più estese dell'art. 29 cpv. 2 Cost. Anche questo aspetto viene quindi esaminato liberamente (DTF 127 III 193 consid. 3; 126 I 15 consid. 2a; 124 I 49 consid. 3a).
Ne discende che il Tribunale federale può fungere esso stesso da autorità giudiziaria ai sensi dell'art. 6 n. 1 CEDU. Nella misura in cui è ammissibile, la censura risulta perciò in definitiva infondata.
5. 5.1 Le autorità hanno l'obbligo di motivare le loro decisioni. Laddove le norme cantonali di procedura non pongono esigenze particolari al riguardo, vanno rispettati i requisiti minimi dedotti dalla garanzia costituzionale del diritto di essere sentito, sancita dall'art. 29 cpv. 2 Cost. (DTF 126 I 15 consid. 2a; 125 I 257 consid. 3a). Sotto questo profilo occorre che l'autorità menzioni almeno brevemente i motivi che l'hanno ispirata e sui quali ha fondato la propria decisione, in modo che le parti interessate possano rendersi conto della portata del provvedimento e, se del caso, impugnarlo con cognizione di causa. Ciò non significa che l'istanza adita sia tenuta a pronunciarsi in modo esplicito ed esaustivo su tutte le argomentazioni addotte; essa può in effetti occuparsi delle sole circostanze rilevanti per il giudizio, atte ad influire sulla decisione di merito (DTF 134 I 83 consid. 4.1; 133 III 439 consid. 3.3; 130 II 530 consid. 4.3; 129 I 232 consid. 3.2).
5.2 La decisione impugnata spiega che i provvedimenti logopedici non sono stati riconosciuti nella misura richiesta perché la domanda non motivava in maniera adeguata la necessità di accordare tempi di terapia più lunghi rispetto alla durata usuale di 45 minuti stabilita dalla circolare dipartimentale e dalla convenzione conclusa tra il DECS e l'ALOSI. La pronuncia governativa illustra quindi in modo chiaro e preciso le ragioni per cui le autorità cantonali non hanno accolto integralmente la domanda del ricorrente. Sotto questo profilo poco importa stabilire se negli atti menzionati la regola dei 45 minuti sia stata sancita senza alcuna spiegazione riguardo alla sua fondatezza. In effetti, quand'anche fosse il caso, la questione riguarderebbe il merito della vertenza e nulla muterebbe al fatto che la decisione impugnata sia di per sé comunque motivata. Lo stesso vale per il problema di sapere se in virtù di una tale regola l'autorità possa esimersi da un esame specifico dei singoli casi in assenza di domande che giustifichino in maniera puntuale l'esigenza di deroghe. In definitiva non è perciò ravvisabile alcuna violazione dell'art. 29 cpv. 2 Cost.
6. 6.1 Come già accennato, ribadendo l'obbligo previsto dall'art. 197 n. 2 Cost., l'art. 62a LSc stabilisce che il Cantone Ticino almeno per tre anni dall'entrata in vigore della norma, ovvero almeno fino al 1° gennaio 2011, assicura le prestazioni dell'assicurazione invalidità in materia di educazione speciale, compresa quella precoce di natura pedagogico-terapeutica secondo l'art. 19 vLAI (cpv. 1). I criteri di base che determinano l'impegno del Cantone in questo settore rimangono quelli in vigore al 31.12.2007 a livello federale (cpv. 2). In virtù dei pure già menzionati art. 8 cpv. 3 lett. c e 19 cpv. 2 lett. c vLAI nonché 8 cpv. 4 lett. e e 9 cpv. 1 e cpv. 2 lett. a vOAI, la legislazione federale prevedeva che l'assicurazione per l'invalidità assumeva le spese per l'esecuzione di provvedimenti logopedici necessari per permettere la frequentazione della scuola pubblica. Occorre quindi valutare se nel caso specifico due sedute settimanali di terapia di 60 minuti l'una costituiscono una misura necessaria e nel contempo adeguata, semplice e appropriata, come richiesto dall'art. 1a lett. a LAI, a cui rinvia espressamente l'art. 62a cpv. 3 LSc, oppure se tali requisiti risultano adempiuti già grazie a sedute di 45 minuti.
6.2 Il Tribunale federale ha già avuto modo di esprimersi su un caso, relativo peraltro alla medesima logopedista, in cui le autorità cantonali avevano ridotto la durata delle sedute di terapia rispetto ai tempi richiesti dall'interessato (sentenza I 423/06 del 30 agosto 2007). Più precisamente, a fronte di una domanda per sedute di 50 minuti l'una, l'Incaricato per la logopedia aveva concesso interventi di 45 minuti, mentre su opposizione l'Ufficio cantonale dell'assicurazione invalidità aveva limitato le singole terapie a 30 minuti. Tale decisione era poi stata confermata dal Tribunale cantonale delle assicurazioni.
Pronunciatasi senza essere vincolata all'accertamento dei fatti operato dall'istanza precedente e con potere di cognizione esteso anche all'esame dell'adeguatezza della decisione querelata (sentenza cit., consid. 1.2), la II Corte di diritto sociale ha considerato che nella richiesta di intervento logopedico la terapista aveva illustrato con precisione i disturbi di cui soffriva il paziente. In sede di opposizione e di ricorso cantonale ella aveva poi fornito ulteriori indicazioni e confutato in maniera dettagliata le conclusioni espresse dalla Commissione della logopedia dell'Ufficio cantonale dell'educazione speciale, secondo cui non erano ravvisabili problematiche rilevanti di sviluppo del bambino. Malgrado queste chiare prese di posizioni, l'Ufficio cantonale dell'assicurazione invalidità non si era pronunciato sull'esatta natura dei disturbi evidenziati dalla logopedista, ma si era limitato a raccogliere le dichiarazioni di due esperte internazionali in merito all'adeguatezza di tempi di terapia di 45 minuti. Queste dichiarazioni non si esprimevano tuttavia sul caso concreto, erano poco chiare e risultavano addirittura tra loro contraddittorie (sentenza cit., consid. 4.1-4.5).
Il Tribunale federale ne ha concluso che le indicazioni addotte dall'amministrazione non permettevano di giustificare la riduzione a 30, ma nemmeno a 45 minuti, della durata per intervento, tanto più che in determinati settori pubblici sembravano correnti sedute di 60 minuti e che il ricorrente aveva versato agli atti le dichiarazioni di vari esperti, scettici sulle tesi delle autorità inferiori (sentenza cit., consid. 4.6). Di conseguenza, ha accolto il ricorso e rinviato gli atti all'amministrazione per complemento istruttorio e segnatamente per l'allestimento di una perizia specialistica volta a determinare i tempi settimanali necessari per la terapia in funzione della situazione specifica del bambino richiedente (sentenza cit., consid. 4.7).
6.3 Nemmeno nel caso ora in esame le autorità cantonali hanno verificato in maniera specifica la natura ed i problemi d'eloquio del ricorrente, nonostante la domanda d'intervento fosse corredata da un circostanziato referto della logopedista curante sui disturbi riscontrati e da un ulteriore rapporto di valutazione, allestito da una seconda logopedista. Rispetto alla situazione precedentemente esaminata, in cui si erano basate essenzialmente sulle dichiarazioni generali delle due esperte, le istanze inferiori hanno tuttavia giustificato la riduzione dei tempi di terapia richiamandosi alla circolare emanata il 25 gennaio 2006 dall'Ufficio delle scuole comunali e alla convenzione DECS-ALOSI del 14 luglio 2008. Si tratta quindi di verificare se l'adozione di questi atti conduce a conclusioni differenti per rapporto alla soluzione ritenuta nella sentenza del 30 agosto 2007.
6.3 Nemmeno nel caso ora in esame le autorità cantonali hanno verificato in maniera specifica la natura ed i problemi d'eloquio del ricorrente, nonostante la domanda d'intervento fosse corredata da un circostanziato referto della logopedista curante sui disturbi riscontrati e da un ulteriore rapporto di valutazione, allestito da una seconda logopedista. Rispetto alla situazione precedentemente esaminata, in cui si erano basate essenzialmente sulle dichiarazioni generali delle due esperte, le istanze inferiori hanno tuttavia giustificato la riduzione dei tempi di terapia richiamandosi alla circolare emanata il 25 gennaio 2006 dall'Ufficio delle scuole comunali e alla convenzione DECS-ALOSI del 14 luglio 2008. Si tratta quindi di verificare se l'adozione di questi atti conduce a conclusioni differenti per rapporto alla soluzione ritenuta nella sentenza del 30 agosto 2007.
6.4 6.4.1 La circolare del 25 gennaio 2006 rientra nella categoria delle cosiddette ordinanze amministrative, al pari, ad esempio, di direttive, istruzioni di servizio o promemoria. Si tratta in effetti di un documento mediante il quale l'autorità amministrativa ha esplicitato l'interpretazione da essa attribuita a determinate disposizioni legali, segnatamente, nel caso concreto, alle norme che stabiliscono il concetto di necessità dei provvedimenti. Simili atti servono a favorire un'applicazione uniforme del diritto e a garantire la parità di trattamento. Essi non hanno forza di legge e non fondano quindi diritti ed obblighi dei cittadini né vincolano gli amministrati, i tribunali o la stessa amministrazione. Ciò non significa tuttavia che siano irrilevanti per le istanze di ricorso. Queste ultime verificano in effetti se le direttive riflettono il senso reale del testo di legge e ne tengono conto nella misura in cui propongono un'interpretazione corretta ed adeguata al caso specifico. Più specificatamente, tali autorità non si scostano senza motivi importanti da un'ordinanza amministrativa, se la stessa concretizza in modo convincente i presupposti di legge e di regolamento a cui è subordinato l'ottenimento di una determinata prestazione (DTF 133 II 305 consid. 8.1; 133 V 394 consid. 3.3; 130 V 163 consid. 4.3.1; 128 I 167 consid. 4.3).
6.4.2 La controversa circolare del 25 gennaio 2006 è stata emessa non solo prima della pronuncia del Tribunale federale, ma anche prima del giudizio del Tribunale cantonale delle assicurazioni nell'ambito della causa analoga già evocata (I 423/06). Tuttavia in quel contesto la sua esistenza non è verosimilmente stata segnalata dalle parti. In effetti nessuna delle due sentenze contiene il benché minimo accenno a tale documento. Ne discende che il Tribunale federale non si è ancora espresso sulla sua portata e sui suoi effetti.
A questo proposito si deve ammettere che, stando alla documentazione agli atti, l'amministrazione non ha completato la propria comunicazione con dati scientifici o referti peritali che supportino la tesi secondo cui la durata massima di 45 minuti per seduta di logopedia può di regola fungere da parametro di riferimento. L'unica parziale spiegazione in questo senso è stata fornita nella risposta ad una delle diverse interrogazioni parlamentari sul tema, citata nelle osservazioni al gravame. In tale occasione il Consiglio di Stato ha in effetti affermato che non vi sarebbero dati oggettivi che attestino un significativo peggioramento dell'esito delle terapie se queste durano 45 minuti piuttosto che 50 o 60 minuti. Nella medesima risposta ha pure rilevato che il modello ticinese, rispetto a quanto adottato in altri cantoni, risulta generoso sia per i tempi che per la durata degli interventi (risposta del 7 novembre 2006 all'interrogazione n. 180.06 del 21 agosto 2006 "DECS e logopedia: perché ridurre le prestazioni?"). Queste considerazioni, peraltro non riprese nella decisione impugnata, risultano comunque prive di concreti riscontri documentali.
Ritenuto che la necessità dei provvedimenti di logopedia dipende essenzialmente da una valutazione di natura medico-pedagogica, se ne deve concludere che in relazione alla circolare le autorità cantonali non hanno fornito sufficienti elementi per poter esaminare se la stessa propone un'interpretazione corretta del testo legale. Sulla base di quest'unico documento ben difficilmente si potrebbe quindi giustificare una riduzione dei tempi di terapia rispetto a quanto richiesto, respingendo per di più la domanda senza nemmeno valutare se nel caso concreto vi siano le condizioni per poter ammettere una deroga alla durata di 45 minuti per seduta.
6.5 La convezione DECS-ALOSI costituisce un accordo tra l'autorità preposta al finanziamento dei provvedimenti e l'associazione professionale di una determinata categoria di terapisti, in merito, tra l'altro, al tipo d'intervento ritenuto necessario e alla tariffa applicabile alle prestazioni dispensate.
6.5.1 La giurisprudenza si è già pronunciata sul significato e la portata di accordi tariffali, segnatamente per quanto concerne la concessione di mezzi ausiliari ai sensi dell'art. 21 LAI, a cui, come per l'istruzione scolastica speciale, sussiste un diritto se si tratta di provvedimenti necessari ed idonei (art. 8 cpv. 1 lett. a LAI). L'esame ha in particolare riguardato l'accordo concluso tra l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ed i fornitori di apparecchi acustici.
Il Tribunale federale delle assicurazioni ha rilevato che un simile tariffario ha lo scopo, da un lato, di tutelare l'assicurazione per l'invalidità dall'assunzione di spese eccessive per le relative misure e, dall'altro, di offrire alle persone assicurate la garanzia di poter disporre di un'apparecchiatura sufficiente senza dover sopportare costi aggiuntivi (DTF 130 V 163 consid. 3.2.2). Alla stessa stregua di un'ordinanza amministrativa, un accordo tariffale, che l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali è legittimato a concludere in virtù di una valida delega legislativa (DTF 130 V 163 consid. 4.2), non enuncia regole giuridiche, ma rappresenta una concretizzazione delle norme legali e regolamentari. Tale accordo non è quindi di per sé vincolante, ma le autorità di ricorso comunque non se ne distanziano se fornisce un'interpretazione convincente di dette norme (cfr. consid. 6.4.1; DTF 130 V 163 consid. 4.3.1).
Al riguardo è stato considerato che la convenzione è il risultato di una collaborazione interdisciplinare pluriennale, che nel caso specifico ha coinvolto gli esperti del settore audiologico, i produttori ed i commercianti di apparecchi acustici nonché l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali quale autorità di vigilanza. Dal profilo del diritto non vi sono motivi per intervenire, in virtù di considerazioni di principio, nella latitudine di giudizio delle parti contraenti e rimettere così in discussione il risultato contrattuale elaborato dall'Ufficio federale, che concretizza il contenuto normativo delle condizioni a cui soggiace l'erogazione delle prestazioni. Al contrario, la consegna di un apparecchio acustico corrispondente alle tariffe convenzionali va ritenuta una misura che è presunta rispondere sufficientemente ai bisogni d'integrazione dell'assicurato e al diritto ad un mezzo semplice e adeguato. L'obiezione secondo cui nel singolo caso, per motivi specifici derivanti dall'invalidità, occorre un apparecchio più caro rimane lecita. Spetta tuttavia all'assicurato provare l'esistenza di una situazione eccezionale che giustifica l'assunzione di costi eccedenti i prezzi tariffari massimali. Egli deve perciò spiegare in maniera circostanziata perché l'apparecchio acustico che gli verrebbe messo a disposizione nel suo caso specifico non sarebbe sufficiente per raggiungere l'obiettivo del provvedimento d'integrazione e garantirgli quindi un'adeguata capacità uditiva (DTF 130 V 163 consid. 4.3.4; sentenza I 676/02 del 17 maggio 2004 consid. 5.2, in SVR 2004 IV n. 44 pag. 147; sentenza I 340/05 del 12 maggio 2006 consid. 2.4, riassunta in RtiD 2006 II n. 49, pag. 220).
6.5.2 Questi principi possono essere applicati, per analogia, anche alla fattispecie in esame. Con risoluzione del 27 novembre 2007, adottata per disciplinare l'intervento del Cantone Ticino in materia di educazione speciale a decorrere dal 1° gennaio seguente, il Consiglio di Stato ha in effetti abilitato il DECS a concludere convenzioni con gli operatori privati per stabilire i requisiti professionali richiesti, le modalità, i tempi d'intervento e le tariffe, al fine di garantire le prestazioni precedentemente a carico dell'assicurazione per l'invalidità. Sulla base di tale delega di competenza, il DECS ha stipulato il contestato accordo con l'ALOSI che, oltre alla tariffa oraria e alle prestazioni computabili, stabilisce la durata usuale delle terapie in 45 minuti. Il ricorrente invero non pretende che l'ALOSI non sia sufficientemente rappresentativa dei logopedisti privati attivi in Ticino né sostiene che l'introduzione nella convenzione della clausola menzionata si sia scontrata ad un'estesa opposizione in seno all'associazione. La presenza alle relative assemblee dell'Incaricato per la logopedia, egli stesso membro dell'ALOSI, non appare suscettibile di mutare in termini sostanziali questo consenso. Di conseguenza si deve ritenere che, avuto riguardo agli obiettivi sottesi all'art. 19 vLAI, in generale gli operatori ticinesi del settore considerano appropriato stabilire in 45 minuti la durata ordinaria delle sedute e riconoscere tempi d'intervento superiori solo in situazioni particolari, adeguatamente motivate.
6.5.3 Del resto, se è vero che le attestazioni di vari esperti in materia versate agli atti dall'insorgente possono mettere in dubbio le conclusioni tratte dall'amministrazione nella fattispecie già giudicata, in cui la durata delle terapie era stata ridotta a 30 minuti (cfr. sentenza I 423/06 del 30 agosto 2007 consid. 4.6), altrettanto non si può dire in riferimento alla regola stabilita nella convenzione DECS-ALOSI. Due esperti hanno infatti semplicemente espresso parere contrario a fissare un tempo massimo assoluto di 45 minuti, un terzo professionista ha indicato in 45 minuti la durata minima, precisando poi che tale durata risulta adatta per bambini in età prescolastica, mentre l'ultima logopedista interpellata ha giudicato problematico stabilire tempi massimi in maniera generalizzata e si è limitata a riferire che nell'istituto in cui opera le unità terapeutiche durano 50 minuti. Nessuna di queste attestazioni risulta pertanto contraria ad istituire una regola di 45 minuti a cui in casi specifici è possibile derogare, come previsto dalla convenzione.
Tali dichiarazioni non confortano nemmeno la tesi secondo cui l'assicurazione per l'invalidità riconosceva in maniera generalizzata lo svolgimento di sedute di 60 minuti. Questa tesi non è invero stata sostanziata neppure in altro modo dall'insorgente. Per di più, quand'anche fosse comprovata l'esistenza di una prassi precedente più generosa, ci si dovrebbe comunque chiedere se la disciplina proposta dalla convenzione DECS-ALOSI non concretizzi già in maniera convincente il senso e lo scopo delle disposizioni legali.
Detta disciplina non risulta in ogni caso lesiva del principio della parità di trattamento per rapporto agli allievi seguiti da logopedisti attivi all'interno delle strutture scolastiche. In effetti, come rilevato dall'autorità dipartimentale, notoriamente le unità didattiche nel contesto scolastico ordinario e nell'ambito del Servizio di sostegno pedagogico hanno una durata di 45 minuti. Il ricorrente non contesta d'altronde che questo principio si applichi pure alle sedute di logopedia svolte in tali strutture. Per quanto concerne la pretesa differenza con bambini di scuola speciale presi a carico dal Servizio ortopedagogico itinerante, va invece considerato che le necessità di questi assicurati non sono comparabili con la situazione ed i bisogni dei bambini che seguono una terapia logopedica, ma frequentano una scuola regolare. Come affermato in una lettera dell'Ufficio dell'educazione speciale agli atti, per i primi i disturbi del linguaggio si inseriscono in effetti in problematiche di sviluppo più complesse. Un'eventuale prassi differente in materia di tempi di terapia deriverebbe quindi da premesse fattuali differenti.
6.5.4 In queste circostanze, dal profilo del diritto non v'è perciò motivo di ritenere che il contenuto della convenzione DECS-ALOSI riguardo alla durata delle sedute di logopedia non concretizzi il concetto di necessità dei provvedimenti ai sensi dell'art. 19 cpv. 2 lett. c vLAI e delle norme che ne derivano. Analogamente a quanto stabilito dalla giurisprudenza in relazione alla portata della convenzione tariffale sugli apparecchi acustici, incombeva perciò al ricorrente esporre in maniera dettagliata per quali motivi una terapia consistente in due sedute settimanali di 45 minuti l'una non sarebbe sufficiente ed occorrerebbero invece due interventi di un'ora. Sennonché, malgrado un esplicito invito a precisare la richiesta in questo senso sia stato formulato dapprima dal DECS e poi anche dal Consiglio di Stato, l'insorgente non ha mai completato la propria domanda d'intervento logopedico. Anche nel ricorso al Tribunale federale egli si è limitato a considerazioni generali sulla durata delle singole sedute di terapia, senza minimamente spiegare perché gli elementi diagnostici segnalati dalla sua logopedista imporrebbero una deroga ai tempi usuali indicati nella convenzione DECS-ALOSI. In assenza di motivazione specifica su questo punto, la decisione di non concedere due sedute settimanali di 60 minuti l'una non appare pertanto lesiva del diritto.
7. 7.1 In base alle considerazioni che precedono, il gravame, nella misura in cui è ammissibile, deve perciò essere respinto.
7.2 Il ricorrente ha chiesto di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria (art. 64 LTF). A questo proposito, il 17 febbraio 2009 è stato invitato a documentare lo stato di indigenza dei suoi genitori. Invece di darvi seguito, la sua rappresentante ha inoltrato le proprie notifiche di tassazione ed ha chiesto che le fosse riconosciuta la legittimazione a ricorrere a titolo personale e che le fosse concessa l'assistenza giudiziaria in ragione della sua propria situazione finanziaria.
Sennonché, come già spiegatole in diverse sentenze (cfr. sentenza 9C_62/2007 del 26 settembre 2007 consid. 7.6 e 7.7; sentenza I 224/05 del 29 settembre 2005 consid. 6.2.1 e 6.2.2; sentenza 2C_912/2008 consid. 5.3.1; sentenza 2C_913/2008 consid. 3.2 e 3.3) ella non ha un interesse personale cioè diretto o sufficientemente connesso all'esito del litigio, motivo per cui non le può essere riconosciuta la legittimazione ad agire iure proprio. Di conseguenza, non essendo parte in causa, la sua situazione finanziaria personale non è di rilievo ai fini di un giudizio in merito al beneficio richiesto.
Indipendentemente dalle possibilità di esito favorevole del gravame, il beneficio dell'assistenza giudiziaria non può di conseguenza essere accordato né al ricorrente, per mancanza di prove sull'assenza di mezzi, né alla propria rappresentante, per carenza di legittimazione.
7.3 In queste circostanze il ricorrente, in quanto parte soccombente, è tenuto al pagamento delle spese giudiziarie (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
4. Comunicazione alla rappresentante del ricorrente, al Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, nonché al Dipartimento federale dell'interno.