Sachverhalt:
A. Die Baubehörde der Gemeinde A._ erteilte Y._ sowie Z.b._ und Z.a._ am 13. Dezember 2010 die Baubewilligung zur Erstellung eines Ein- und eines Zweifamilienhauses auf der Parzelle Nr. yyy an der S._strasse in A._. Das bisher unüberbaute Grundstück liegt in der Wohnzone 1.35 und fällt gegen den See hin ab. Für beide Häuser soll eine gemeinsame Unterniveaugarage mit 12 Abstellplätzen erstellt werden. Der Zugang erfolgt durch einen Autolift, der in das Zweifamilienhaus integriert ist.
B. X._ focht als Eigentümerin einer angrenzenden Parzelle die Baubewilligung beim Baurekursgericht des Kantons Zürich an. Dieses hiess ihren Rekurs am 9. August 2011 teilweise gut, soweit er die Fensterfläche und die Fassadengestaltung des als "Reduit Pool" bezeichneten Raums betraf; im Übrigen wies es ihr Rechtsmittel ab. Die Beschwerde, die X._ gegen dieses Urteil erhob, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 8. Februar 2012 ab.
C. Am 26. April 2012 bewilligte die Baubehörde der Gemeinde A._ die Projektänderungen, welche die Bauherrschaft vorgenommen hatte, um dem Entscheid des Baurekursgerichts vom 9. August 2011 Rechnung zu tragen. X._ hat gegen diesen neuen Entscheid keinen Rekurs erhoben.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 1. Juni 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 8. Februar 2012 aufzuheben und die nachgesuchte Baubewilligung zu verweigern, eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Die privaten Beschwerdegegner stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde A._ verzichtet auf Vernehmlassung, bemerkt aber, dass die Beschwerde offensichtlich verspätet eingereicht worden sei. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
F. Die Beschwerdeführerin hat zur Vernehmlassung der privaten Beschwerdegegner Stellung genommen und hält an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin erhob ihr Rechtsmittel beim Bundesgericht erst im Anschluss an die neue Baubewilligung vom 26. April 2012. Eine solche wurde erforderlich, weil das Baurekursgericht die frühere Bewilligung teilweise beanstandet und die Sache an die Baubehörde A._ zurückgewiesen hatte. Die Beschwerde richtet sich indessen gegen das zuvor ergangene Urteil des Verwaltungsgerichts vom 8. Februar 2012, welches das Rechtsmittel, das die Beschwerdeführerin gegen den Entscheid des Baurekursgerichts ergriffen hatte, abwies. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin handelte es sich beim Urteil des Verwaltungsgerichts um einen Zwischenentscheid, der nicht selbständig anfechtbar war und gegen den die Beschwerde deshalb erst nach Vorliegen des Endentscheids - der neuen Baubewilligung vom 26. April 2012 - zulässig ist. Die Beschwerdegegner halten diese Ansicht für unzutreffend und machen geltend, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 8. Februar 2012 sei als Endentscheid zu qualifizieren, da er bereits alle wesentlichen Punkte regle und er der Baubehörde beim neuen Entscheid keinen nennenswerten Spielraum mehr belasse.
Nach Art. 93 Abs. 3 BGG können Zwischenentscheide, gegen welche die Beschwerde an das Bundesgericht nicht zulässig war oder wenn von ihr kein Gebrauch gemacht wurde, mit Beschwerde gegen den Endentscheid angefochten werden, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken. Dabei kann direkt im Anschluss an den Endentscheid Beschwerde beim Bundesgericht geführt werden, wenn - nach einer Rückweisung an die Vorinstanz - nur der frühere Zwischenentscheid, nicht aber der Endentscheid, der diesen ausführt, in Frage gestellt wird (Urteil 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.3.1). Gestützt auf diese Rechtslage erhebt die Beschwerdeführerin ihr Rechtsmittel unmittelbar nach Ergehen der neuen Baubewilligung vom 26. April 2012, richtet es aber allein gegen den früheren Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 8. Februar 2012, der sich offenkundig auf die neue Baubewilligung ausgewirkt hat. Dieses Vorgehen entspricht Art. 93 Abs. 3 BGG, sofern das fragliche Urteil vom 8. Februar 2012 tatsächlich einen Zwischenentscheid darstellt.
Die Rechtsprechung zählt die Rückweisungsentscheide grundsätzlich zu den Zwischenentscheiden im Sinne von Art. 93 BGG. Einzig soweit der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, liegt ein Endentscheid vor (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Das vom Verwaltungsgericht am 8. Februar 2012 bestätigte Urteil des Baurekursgerichts verlangte wohl nur Änderungen untergeordneter Natur (Reduktion der Fensterfläche und Neugestaltung der Fassaden des als "Reduit Pool" bezeichneten Raums), doch war deren Inhalt keineswegs bereits vollständig durch den Rückweisungsentscheid vorgezeichnet. Dementsprechend kann nicht von einem Endentscheid gesprochen werden. Wie die Beschwerdeführerin zu Recht hervorhebt, können auch untergeordnete Punkte Anlass zu Rechtsstreitigkeiten geben, so dass eine Erweiterung des Begriffs des Endentscheids, wie er den Beschwerdegegnern vorschwebt, der mit Art. 93 BGG bezweckten Entlastung des Bundesgerichts zuwiderlaufen würde. Die Beschwerde erweist sich demnach unter dem Gesichtspunkt von Art. 93 BGG als zulässig.
Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind ebenfalls erfüllt. Nicht einzutreten ist allerdings auf die geltend gemachte Verletzung des Gesetzmässigkeitsprinzips gemäss Art. 5 BV, da in der Beschwerde nicht in rechtsgenügender Weise dargetan wird, inwiefern diesem Grundsatz neben der gerügten willkürlichen Anwendung kantonalen und kommunalen Rechts noch eine eigenständige Bedeutung zukommt.
2. Streitgegenstand bildet die Bestimmung der zulässigen Ausnützung der Bauparzelle Nr. yyy an der S._strasse in A._. Sie weist eine Fläche von 1'525 m2 auf und ist in der Wohnzone W 1.35 gelegen, für welche Art. 15 der Bau- und Zonenordnung der Gemeinde A._ vom 26. Juni 1996 (BZO) die erlaubte Baumasse auf 1.35 m3/m2 für Hauptgebäude mit Flachdach und für besondere Gebäude auf 0.20 m3/m2 festsetzt.
Das von der Gemeinde bewilligte Bauvorhaben weist ein Bauvolumen von 2'335,74 m3 auf. Es handelt sich dabei um ein Ein- und ein Zweifamilienhaus. Beide Gebäude verfügen über eine gemeinsame Unterniveaugarage, die über einen Autolift zugänglich ist. Dieser Lift ist in das Zweifamilienhaus integriert. Nach Auffassung der Vorinstanz gilt der Autolift als besonderes Gebäude im Sinne von Art 15 BZO. Bei dieser Betrachtungsweise beträgt die erlaubte Ausnützung 2'363,75 m3 (2'058,75 m3 für das Hauptgebäude und 305 m3 für besondere Gebäude), so dass das Bauvorhaben die erlaubte Ausnützung nicht überschreitet. Die Beschwerdeführerin macht demgegenüber geltend, es sei willkürlich, den Autolift angesichts seiner Integration in das Zweifamilienhaus bei der Berechnung der zulässigen Ausnützung als besonderes Gebäude zu betrachten. Er sei deshalb der Baumasse der Hauptgebäude zuzurechnen, womit diese das zulässige Bauvolumen von 2'058,75 m3 überschritten.
Zu prüfen ist demnach, ob die vorinstanzliche Qualifikation des Autolifts als besonderes Gebäude auf einer willkürlichen Auslegung und Anwendung der massgeblichen kantonalen und kommunalen Vorschriften beruht.
3. Art. 15 BZO umschreibt den Begriff des besonderen Gebäudes nicht selber, sondern verweist in der Fussnote 2 auf § 49 Abs. 3 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG; LS 700.1). Als solches gelten nach dieser Bestimmung Gebäude und Gebäudeteile, die nicht für den dauernden Aufenthalt von Menschen bestimmt sind und deren grösste Höhe 4 Meter, bei Schrägdächern 5 Meter nicht übersteigt. Die Norm erfasst damit Kleinbauten wie namentlich Garagen, offene Abstellplätze, Geräte- und Gartenhäuschen, solange sie die erwähnte Höhe nicht übersteigen. Die erwähnte Fussnote in Art. 15 BZO präzisiert zusätzlich, dass die Baumasse von Garagen und Fahrzeugunterständen, die in Hauptgebäuden integriert sind, der Baumassenziffer für besondere Gebäude anzurechnen sind.
Die Vorinstanz sieht den Autolift, den die Beschwerdegegner erstellen wollen, als Teil der Garage - nämlich als deren Zufahrt - an. Da der Lift in das Zweifamilienhaus integriert ist, rechnet sie seine Baumasse gemäss der zuletzt zitierten präzisierenden Norm jener für besondere Gebäude zu. Sie behandelt ihn also ausnützungsmässig als besonderes Gebäude. Die Beschwerdeführerin kritisiert diese Auslegung als willkürlich, da der Autolift auch bei der Integration in ein Hauptgebäude nur den besonderen Gebäuden gleichgestellt werden dürfe, wenn er die für besondere Gebäude geltende Höhe nicht überschreite. Diese Voraussetzung sei nicht erfüllt, da der Lift eine Höhe von 5,3 Metern aufweise und damit die bei Flachdächern geltende Maximalhöhe von 4 Metern klar überschreite.
Der Wortlaut der erwähnten Fussnote zu Art. 15 BZO böte zwar durchaus Raum für die von der Beschwerdeführerin vertretene Auslegung. Doch erscheint ein solches Verständnis keineswegs zwingend, und die gegenteilige Interpretation der Vorinstanz kann nicht als willkürlich bezeichnet werden. Die Sonderregelung für Garagen und Fahrzeugunterstände, die in ein Hauptgebäude integriert sind, bezweckt offenkundig, deren ausnützungsmässige Schlechterstellung gegenüber freistehenden solchen Gebäuden zu vermeiden. Bei einer Integration in ein Hauptgebäude kommt der höhenmässigen Beschränkung der fraglichen Gebäudeteile indessen nicht die gleiche Bedeutung zu wie bei einer freistehenden Baute, da sie sich der Architektur des Hauptgebäudes anpassen müssen. Die vorinstanzliche Auslegung der Fussnote 2 von Art. 15 BZO erscheint daher sachlich vertretbar und keineswegs als willkürlich.
4. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin verstösst es auch gegen übergeordnete kantonale Vorschriften, den Autolift bei der Ausnützungsberechnung als besonderes Gebäude zu behandeln. Sie wirft der Vorinstanz vor, Art. 13 der Verordnung über die nähere Umschreibung der Begriffe und Inhalte der baurechtlichen Institute sowie über die Mess- und Berechnungsweisen (Allgemeine Bauverordnung) des Kantons Zürich vom 22. Juni 1977 (ABV; LS 700.2) willkürlich ausgelegt zu haben.
Nach der genannten Bestimmung können die Gemeinden die Baumassenziffer aufteilen und je gesondert regeln für Hauptgebäude (lit. a), besondere Gebäude im Sinne von § 273 PBG (lit. b) und für verglaste Balkone, Veranden und andere Vorbauten ohne heiztechnische Installationen, soweit sie dem Energiesparen dienen (lit. c). § 273 PBG umschreibt den Begriff des besonderen Gebäudes in gleicher Weise wie § 49 Abs. 3 PBG. Wie bereits dargelegt übernimmt Art. 15 Fussnote 2 BZO diesen Begriff des besonderen Gebäudes, erweitert ihn aber etwas, indem er ihn auch auf in Hauptgebäude integrierte Garagen und Fahrzeugunterstände erstreckt. Die Vorinstanz übersieht nicht, dass Art. 15 BZO damit nicht exakt der in § 13 ABV vorgezeichneten Aufteilung folgt. Sie erklärt jedoch, dass § 13 ABV die Aufteilung nicht abschliessend regle und die Gemeinden auch andere Aufteilungen vornehmen könnten. Aus der Entstehungsgeschichte von § 13 ABV gehe hervor, dass diese Norm lediglich klarstellen wollte, dass die Baumassenziffer für verschiedene Gebäudetypen unterschiedlich festgesetzt werden dürfe, ohne die Freiheit der Gemeinden bei der Aufteilung einzuschränken. Ein solches Verständnis sei auch aufgrund von § 49 Abs. 1 und 2 lit. a PBG geboten, der den Gemeinden die Freiheit belasse, wie sie die Baumassenziffer zur Regelung der zulässigen Ausnützung einsetzen wollten. Der Beschwerdeführerin ist zwar darin zuzustimmen, dass eine solche Auslegung - angesichts des Wortlauts - nicht naheliegen mag. Sie kann jedoch angesichts der besonderen Entstehungsgeschichte nicht als unsachlich und damit als willkürlich bezeichnet werden. Bei dieser verfassungsrechtlich vertretbaren Auslegung von § 13 ABV verstösst die Ausnützungsberechnung der Vorinstanzen nicht gegen übergeordnetes kantonales Recht.
5. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie hat ausserdem die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren insgesamt mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Baubehörde A._ und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Geisser