Faits:
A. A.a Le 31 mars 2008, X._ a requis l'Office des poursuites de Genève de notifier à la Caisse suisse de compensation à Genève (ci-après: la Caisse) un commandement de payer le montant de 167'334 fr. avec intérêts, au titre de rentes extraordinaires d'invalidité du 1er avril 1998 au 31 mars 2008 (acte interruptif de la prescription) et pour 1'000 fr. au titre de dommage supplémentaire fondé sur l'art. 106 CO.
A.b Le commandement de payer (n° xxx) est daté du 9 avril 2008. Le 18 avril 2008, suite à un entretien téléphonique avec l'office, la Caisse lui a retourné cet acte, qui n'avait pas été notifié selon les formes, et a déclaré former opposition par précaution. L'exemplaire du commandement de payer destiné au créancier indique que la notification a été effectuée le 24 avril 2008 et que le débiteur a fait opposition.
Le créancier a requis la mainlevée définitive de l'opposition dans un recours adressé le 19 mai 2008 au Tribunal cantonal des assurances du canton de Vaud.
B. Le 20 mai 2008, l'office a annulé la poursuite, après avoir constaté que la Caisse suisse de compensation ne pouvait être poursuivie en tant que telle, puisque la Confédération était le véritable débiteur; il a alors transmis la réquisition de poursuite à l'Office des poursuites de Bern-Mittelland.
La plainte formée par le créancier contre cette décision a été rejetée par décision de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève du 4 juillet 2008, notifiée le 16 du même mois au créancier.
C. Le 25 août 2008, ce dernier a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, indiquant comme partie adverse la Confédération suisse, Caisse suisse de compensation, à Genève. Il conclut principalement à l'annulation des décisions de la Commission cantonale de surveillance et de l'office, et à ce qu'il soit dit que le commandement de payer notifié le 24 avril 2008 est valable. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à la Commission de surveillance pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Confédération, par le Département fédéral des finances, Centrale de compensation, Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger, a renoncé à prendre position. L'autorité précédente se réfère aux considérants de sa décision. L'office conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai de 10 jours (art. 100 al. 2 let. a et 46 al. 1 let. b LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 350 consid. 1.2) rendue en dernière (unique) instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF) par la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève, le recours en matière civile est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). Le recourant qui a succombé en instance cantonale a la qualité pour recourir (art. 76 LTF).
2. L'autorité de surveillance a considéré que le commandement de payer avait été notifié de manière irrégulière auprès de la Caisse suisse de compensation à Genève, alors que le débiteur était la Confédération à Berne; la Caisse aurait pu déposer plainte contre cette notification et si tel avait été le cas, la Commission aurait prononcé la nullité de la poursuite, la désignation du débiteur étant manifestement erronée; le résultat aurait donc été le même que celui qui résulte de l'annulation prononcée par l'office.
En outre, selon l'autorité de surveillance, l'office devait vérifier d'office sa compétence à raison du lieu; constatant la désignation inexacte du débiteur, partant son incompétence, il pouvait donc constater la nullité de la poursuite et transmettre la réquisition à l'office compétent conformément à l'art. 22 al. 2 LP.
Le recourant invoque une violation de l'art. 22 LP. Il estime que la Commission de surveillance ne pouvait pas admettre la nullité du commandement de payer dès lors que, en vertu de la jurisprudence, l'incompétence à raison du lieu n'est pas une cause de nullité mais d'annulabilité du commandement de payer. Dès lors qu'il invoque la théorie de l'annulabilité, il fait ensuite valoir plusieurs violations du droit fédéral et de l'arbitraire en ce qui concerne la notification du commandement de payer, de façon à réfuter l'argumentation subsidiaire de la Commission. Il soutient en substance qu'un premier commandement de payer aurait été notifié le 17 avril 2008, auquel la lettre de la Caisse du 18 avril 2008 ferait référence, et que le second commandement de payer du 24 avril 2008 n'aurait donc pas pu faire l'objet d'une plainte.
3. En l'occurrence, le créancier, qui est domicilié en France, a requis la poursuite pour des rentes extraordinaires d'invalidité et a indiqué comme débiteur dans sa réquisition de poursuite la« Caisse suisse de compensation [... à] Genève ».
3.1 Contrairement à ce que soutient le recourant et à ce que pouvait faire croire la motivation subsidiaire de la Commission de surveillance, la question litigieuse n'est pas un problème d'incompétence ratione loci de l'office des poursuites. La Commission de surveillance a considéré que la Caisse suisse de compensation ne pouvait pas être poursuivie en tant que telle et que le véritable débiteur était la Confédération helvétique. C'est donc la question de la personne du débiteur contre laquelle la poursuite doit être dirigée qui fait problème.
3.2 Les caisses de compensation ont notamment pour attribution de verser les rentes et les indemnités journalières (art. 60 al. 1 let. c LAI et 63 LAVS). Les caisses de compensation professionnelles ont la personnalité juridique (art. 56 al. 3 LAVS); les caisses de compensation cantonales ont le caractère d'établissements autonomes de droit public (art. 61 al. 1 LAVS); en revanche, les caisses de compensation de la Confédération, soit la Caisse de compensation fédérale (art. 62 al. 1 LAVS et 110 RAVS) et la Caisse suisse de compensation (art. 62 al. 2 LAVS et 113 RAVS) n'ont pas la personnalité juridique. En particulier, la Caisse suisse de compensation, qui verse les rentes d'invalidité aux ayants droit habitant à l'étranger (art. 44 RAI en relation avec l'art. 123 al. 1 RAVS; art. 62 al. 2 LAVS), est créée auprès de la Centrale de compensation (CdC; art. 113 RAVS) et constitue avec celle-ci, ainsi que la Caisse de compensation fédérale et l'Office AI pour les assurés résidant à l'étranger, une division principale de l'Administration fédérale des finances (art. 1 de l'Ordonnance sur la CdC; RS 831.143.32).
Le recourant devait donc diriger sa poursuite contre la Confédération suisse. La poursuite pour des créances dirigées contre une branche de l'administration ne possédant pas la personnalité juridique doit en effet être dirigée contre l'Etat (P.-R. Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, n. 32 ad art. 65 LP). La poursuite contre la Confédération suisse est soumise à la LP (art. 30 LP a contrario) et les actes de poursuite doivent être notifiés au président de l'autorité exécutive ou au service désigné par cette autorité (art. 65 al. 1 ch. 1 LP; ATF 103 II 227 consid. 4 p. 236; DAVID JENNY, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, n. 21 ad art. 30 LP), au siège à Berne (art. 58 LOGA; RS 172.010).
3.3 Aux termes de l'art. 22 al. 1 LP, sont nulles les mesures contraires à des dispositions édictées dans l'intérêt public ou dans l'intérêt de personnes qui ne sont pas parties à la procédure. Dès lors que le commandement de payer indique comme débiteur une entité sans personnalité juridique, qu'il a été notifié à une telle entité, en un lieu où le débiteur contre lequel le créancier aurait dû diriger sa poursuite n'a pas son siège, il doit être considéré comme nul.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs du recourant concernant la date de la notification du commandement de payer (17 avril ou 24 avril 2008), qui est sans incidence sur le sort du recours.
Les frais de la procédure doivent être mis à la charge de son auteur. Il n'y a pas lieu à allocation de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 24 novembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Raselli Fellay