Faits:
A. X._ est immatriculé auprès de la Facultés des Sciences Economiques et Sociales (ci-après: la Faculté) de l'Université de Genève depuis le mois d'octobre 2001. Il a subi un premier échec au terme de l'année académique 2001/2002, qu'il a répétée avec succès en 2002/2003. Comme il n'avait pas obtenu de crédits suffisants à la fin de l'année académique 2003/2004, la Faculté a prononcé son exclusion par décision du 15 octobre 2004; cette élimination a ensuite été levée le 1er novembre 2004, l'intéressé ayant validé certains crédits.
Comme il n'a pas obtenu non plus de crédits suffisants (84 sur 91) au terme de l'année académique 2004/2005, notamment en raison d'un deuxième échec en "Méthodes statistiques", la Faculté a prononcé son exclusion par décision du 21 octobre 2005, confirmée le 9 novembre suivant. Par décision du 4 janvier 2006 sur opposition de X._, qui exposait avoir perdu sa grand-mère le 12 juin 2005 et s'être rendu en Espagne pendant trois jours, le doyen de la Faculté l'a autorisé, à titre exceptionnel, à s'inscrire une troisième fois à l'enseignement de "Méthodes statistiques"; il devait obtenir sa licence au mois d'octobre 2006 au plus tard.
En août 2006, X._ a sollicité une prolongation du délai pour terminer son mémoire de licence jusqu'au mois de février 2007. Le 6 octobre 2006, en raison de crises d'angoisse et de panique, confirmées par une attestation médicale, l'intéressé ne s'est pas présenté à l'examen de "Comptabilité financière II" qu'il devait passer pour la deuxième fois. A l'issue de cette session d'examen néanmoins, l'intéressé avait validé le stage et réussi l'examen de "Droit des sociétés". Par décision du 20 octobre 2006, il a toutefois été exclu de la Faculté au motif que le délai de cinq ans dès l'inscription en Faculté pour réussir la licence était échu.
Le 5 décembre 2006, le doyen de la Faculté a accepté de lever la décision d'exclusion du 20 octobre 2006 et autorisé X._, à titre exceptionnel, à s'inscrire une troisième fois à l'examen de "Comptabilité financière II"; il devait obtenir la note minimale de 4 à cet examen et remettre son mémoire avant fin février 2007. Le 22 février 2007, il a déposé son mémoire et obtenu la note de 5,25. Durant la session d'examen de mars 2007, il a en revanche obtenu la note 3 à l'examen de "Comptabilité financière II". Par décision du 9 mars 2007, X._ a été une nouvelle fois exclu de la Faculté.
Le 20 mars 2007, X._ a formé opposition contre la décision d'exclusion du 9 mars 2007. Après avoir déposé son mémoire de licence en janvier 2007, il avait dû se rendre en Espagne en raison du décès de sa deuxième grand-mère survenu le 19 janvier 2007.
Par décision du 8 juin 2007, le doyen de la Faculté a rejeté l'opposition. La défection de son partenaire dans la rédaction du mémoire de licence et le décès de sa grand-mère ne constituaient pas des circonstances suffisantes pour expliquer que X._, qui disposait d'un semestre supplémentaire pour terminer son mémoire et passer un seul examen, ne puisse s'acquitter de ces obligations.
X._ a interjeté recours auprès de la Commission de recours de l'Université contre la décision rendue le 8 juin 2007, réclamant le bénéfice d'une dernière chance.
B. Par décision du 10 septembre 2007, la Commission de recours de l'Université a rejeté le recours. En octobre 2006, X._ n'avait pas comptabilisé les 240 crédits nécessaires à l'obtention de sa licence. Il avait néanmoins disposé d'un semestre supplémentaire. A la fin du mois de février 2007, il avait certes achevé son stage et obtenu une bonne note pour son mémoire de licence, mais avait échoué définitivement à l'examen de "Comptabilité financière II". Les conditions pour prononcer son élimination étaient ainsi remplies. Il ne pouvait être mis au bénéfice d'aucune circonstance exceptionnelle. Il avait obtenu un délai supplémentaire pour terminer son mémoire. Le décès de sa grand-mère et son séjour en Espagne n'avaient pas notablement entravé la préparation de l'examen pour lequel le recourant s'était déjà préparé pour octobre 2006. Enfin, le fait que l'échec soit survenu en fin de cursus ne constituait pas non plus une circonstance exceptionnelle.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et par celle du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 10 septembre 2007 par la Commission de recours de l'Université et de renvoyer la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de la violation de son droit d'être entendu par la Commission de recours de l'Université et produit un certificat médical daté du 11 octobre 2007.
La Commission de recours de l'Université a renoncé à déposer des observations. Le Rectorat de l'Université conclut au rejet du recours.
Par acte du 10 janvier 2008, le recourant a déposé, sans y avoir été invité, des observations complémentaires.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF).
1.1 Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions sur les résultats d'examens ou d'autres évaluations des capacités en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession (art. 83 let. t LTF)
En l'espèce, le recourant se plaint de la violation de son droit d'être entendu dans l'examen par la Commission de recours de l'Université des circonstances exceptionnelles dont doit tenir compte le doyen lorsqu'il prend une décision d'élimination au sens de l'art. 22 al. 3 du règlement du 7 septembre 1988 de l'université (RU; RSGE C 1 30.06). Il est vrai que cette disposition permet au doyen de la faculté de s'écarter des conditions de promotion usuelles (en particulier du critère des notes obtenues); il n'en demeure pas moins que l'examen des circonstances exceptionnelles, qui ont trait à la situation personnelle du candidat, équivaut à une évaluation globale de sa capacité au sens de l'art. 83 lettre t LTF (cf. arrêt 2D_16/2007 du 14 mai 2007, consid. 2.1 et 2D_34/2007 du 20 juillet 2007, consid. 1.2).
Le recours en matière de droit public est par conséquent irrecevable.
1.2 Déposé en temps utile par le destinataire contre une décision finale prise en dernière instance cantonale (art. 62 al. 2 de la loi du 26 mai 1973 sur l'université (LU; RSGE C 1 30), qui ne peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public, le présent recours est en principe recevable comme recours constitutionnel subsidiaire, dans la mesure où le recourant invoque une violation du droit constitutionnel d'être entendu (cf. art. 113 et 166 LTF).
2. Le recourant soutient que la Commission de recours de l'Université a violé son droit d'être entendu et la maxime inquisitoire, en omettant de tenir compte de ses antécédents médicaux lorsqu'elle a examiné son recours contre la décision sur opposition rendue par le doyen de la Faculté.
2.1 Le contenu du droit d'être entendu et la portée de la maxime inquisitoire sont déterminés en premier lieu par les dispositions cantonales de procédure, dont le Tribunal fédéral ne contrôle l'application et l'interprétation que sous l'angle de l'arbitraire; dans tous les cas, l'autorité cantonale doit cependant respecter les garanties minimales déduites directement de l'art. art. 29 al. 2 Cst., dont le Tribunal fédéral examine librement le respect (ATF 127 III 193 consid. 3 p. 194; 125 I 257 consid. 3a p. 259).
2.2 Le recourant invoque l'art. 29 al. 2 Cst. et cite également l'art. 31 du règlement interne du 25 février 1977 relatif aux procédures d'opposition et de recours (RIOR), selon lequel les parties ont le droit d'être entendues, ainsi que l'art. 32 RIOR, selon lequel avant de prendre une décision, la commission de recours apprécie tous les allégués pertinents qu'une partie a soumis en temps utile. Il se réfère aussi à l'art. 19 de la loi du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative genevoise (LPA; RSGE E 5 10), applicable à la procédure de recours devant la Commission de recours de l'Université (art. 34 RIOR), selon lequel l'autorité établit les faits d'office, sans être limitée par les allégués et les offres de preuves des parties. Le recourant n'allègue pas que les dispositions du droit cantonal lui confèrent une meilleure garantie que l'art. 29 al. 2 Cst. et tel ne semble pas être le cas. Dès lors, le grief soulevé doit être examiné exclusivement à la lumière des principes déduits directement de l'art. 29 al. 2 Cst.
2.3 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 132 II 485 consid. 3.2 p. 494; 127 III 576 consid. 2c p. 578 s.; 124 II 132 consid. 2b p. 137 et la jurisprudence citée).
La procédure administrative est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle les autorités définissent les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'elles ordonnent et apprécient d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (ATF 128 II 139 consid. 2b p. 142; 120 V 357 consid. 1a p. 360). Le devoir de collaboration des parties concerne tout d'abord l'administré qui adresse une demande à l'autorité dans son propre intérêt. L'administré doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête, en particulier en procédure contentieuse (cf. art. 52 PA; ATF 119 III 70 consid. 1 p. 71 s. et la jurisprudence citée; Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, 2e éd., Berne 2002, n. 2.2.6.3, p. 258 ss; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2e éd., Berne 1983, p. 284 s.). Un devoir de collaboration incombe aussi à l'administré en ce qui concerne les faits qu'il est mieux à même de connaître, parce qu'ils ont trait spécifiquement à sa situation personnelle, qui s'écarte de l'ordinaire (Pierre Moor, op. cit., n. 2.2.6.3, p. 260; cf. aussi Fritz Gygi, op. cit., p. 208/209).
2.4 En l'espèce, dans son opposition du 20 mars 2007, le recourant a fait valoir que son échec était la conséquence de plusieurs facteurs: le retard qu'il avait accumulé sans sa faute dans la rédaction du mémoire et son absence d'une semaine en Espagne en janvier 2007 en raison du décès de sa deuxième grand-mère. Il n'a en revanche pas allégué avoir subi des atteintes à sa santé qui auraient expliqué son échec en février ni même fait allusion à cet aspect. Dans le recours qu'il a déposé auprès de la Commission de recours de l'Université, le recourant a certes rappelé les problèmes de santé dont il avait souffert en octobre 2006, mais a également précisé qu'il avait consulté son médecin en janvier 2007 pour ne pas revivre ce difficile épisode. Il n'a d'ailleurs offert le témoignage du Dr Y._ que pour confirmer une santé déficiente durant le mois de juin 2003.
Il résulte de ce qui précède qu'à aucun moment de la procédure d'opposition ou de la procédure de recours devant la Commission de l'Université, le recourant n'a laissé entendre que son échec pouvait être dû à un problème de santé, alors même qu'il avait montré précédemment qu'il savait faire valoir, le cas échéant, un état de santé déficient. S'il entendait véritablement invoquer que sa santé était déficiente au moment de la passation d'examen - ce qu'il était mieux à même de connaître que les autorités universitaires -, il devait l'alléguer en bonne et due forme en fournissant des éléments de preuve, ce qu'il n'a pas fait. En réalité, ce n'est qu'après avoir reçu l'arrêt attaqué précisant que parmi les circonstances exceptionnelles dont doit tenir compte le doyen lorsqu'il prend une décision d'élimination au sens de l'art. 22 al. 3 RU figurent les problèmes graves de santé que le recourant a invoqué cette circonstance.
Dans ces conditions, la Commission de recours de l'Université n'avait pas à procéder spontanément à l'instruction de l'état de santé du recourant au moment de la passation de l'examen de février 2007. Elle n'a pas violé l'art. 29 al. 2 Cst.
2.5 Le recourant présente par conséquent un fait nouveau et une preuve nouvelle irrecevables (art. 99 LTF), en produisant pour la première fois devant le Tribunal fédéral un certificat médical daté du 11 octobre 2007 à propos de son état de santé déficient lorsqu'il s'est présenté à l'examen de mars 2007, du moment que les faits n'ont pas été établis en violation du droit d'être entendu (art. 105 al. 2 LTF).
3. Les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours en matière de droit public et au rejet du recours constitutionnel subsidiaire dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). II n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est irrecevable.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de recours de l'Université de Genève.
Lausanne, le 23 janvier 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey