Fatti:
A. Nel 2002, nei confronti dell'avv. dott. A._ è stato aperto un procedimento penale per ipotesi di violazione di domicilio (art. 186 CP). L'11 febbraio 2009, il Procuratore pubblico (PP) ha poi emanato un decreto di accusa proponendone la condanna a quindici aliquote giornaliere da fr. 2'160.-- ciascuna, sospese condizionalmente per un periodo di prova di due anni e al pagamento di una multa.
B. In seguito all'opposizione presentata dall'interessato, il 23 febbraio 2009 l'incarto è stato trasmesso alla Pretura penale. Per quanto qui interessa, il presidente della Pretura penale, respinte numerose richieste di sospensione e di posticipazione del dibattimento, lo ha poi fissato per il 22 settembre 2009 alle ore 9.00.
C. Il 21 settembre 2009, un nuovo, terzo patrocinatore dell'accusato ha comunicato d'averne assunto il mandato unitamente alla collega di studio, sorella del presidente della Pretura penale: in seguito ella ha annunciato che il mandante le avrebbe revocato il mandato. Preso atto di queste comunicazioni, dopo aver contattato telefonicamente la sorella, il presidente della Pretura penale, prima di aprire il dibattimento, ne ha comunicato la posticipazione alle ore 14.00 dello stesso giorno, precisando che sarebbe stato presieduto da un altro pretore. Con fax delle ore 13.39, il terzo patrocinatore ha eccepito la nullità del predetto verbale, sostenendo che il presidente della Pretura penale avrebbe dovuto escludersi il giorno precedente e non avrebbe potuto citare le parti al dibattimento per il pomeriggio. Adduceva una violazione dell'art. 42 CPP/TI, secondo cui il giudice della Pretura penale doveva notificare la sua esclusione alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello (CRP), la quale, verificata la causa di esclusione, doveva provvedere alla sostituzione. Il pomeriggio del 22 settembre 2009, l'altro pretore, procedendo in via contumaciale, ha ritenuto A._ colpevole di violazione di domicilio, condannandolo alla pena proposta nel decreto d'accusa.
D. Contro questa decisione, il condannato ha presentato un'istanza di ricusa nei confronti del presidente della Pretura penale, perché invece di escludersi aveva rinviato il dibattimento, provveduto a farsi sostituire da un altro pretore e citato le parti per il pomeriggio, un ricorso alla CRP, nonché un ricorso per cassazione. Con giudizio del 26 agosto 2010, la CRP ha ritenuto l'istanza di ricusa irricevibile, poiché tardiva e ha inoltre respinto il ricorso in quanto ricevibile.
In seguito, il 14 ottobre 2009, ha avuto luogo il dibattimento per lo spurgo della contumacia, conclusosi con la condanna del ricorrente. Con giudizio del 26 aprile 2011 (impugnato dinanzi al Tribunale federale, cause 6B_411-419-420/2011, attualmente in istruzione), la Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino lo ha invece prosciolto.
E. Avverso la decisione della CRP, A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullarla, in via subordinata, relativamente all'istanza di ricusa, di rinviare gli atti alla CRP per nuovo giudizio; nel merito postula di accertare la sussistenza di un motivo di esclusione del presidente della Pretura penale e la nullità di tutti gli atti da lui compiuti dopo il 21 settembre 2009, ciò che in particolare comporterebbe la prescrizione del reato.
F. La CRP ha ammesso che nel calcolo della tempestività/tardività dell'istanza di ricusa non è stata considerata, per inavvertenza, la scadenza del termine in un giorno festivo. Il presidente della Pretura penale, esprimendosi sulla portata degli atti da lui compiuti, non formula proposte di giudizio, come l'altro pretore.
La causa, sospesa con decreto presidenziale del 15 novembre 2010, è stata riattivata il 16 giugno 2011, dopo l'emanazione del giudizio 26 aprile 2011 della Corte di appello e di revisione penale.
Nel proseguimento dello scambio degli scritti, la CRP si rimette al giudizio del Tribunale federale, il ricorrente si riconferma nelle proprie motivazioni e conclusioni, mentre B._ chiede di respingere il ricorso in quanto ammissibile, subordinatamente di rimettersi al giudizio del Tribunale federale circa il postulato rinvio della causa alla CRP. Nelle ulteriori osservazioni le parti hanno ribadito le loro tesi.
Diritto:
1. 1.1 La legittimazione del ricorrente (art. 81 LTF), la tempestività del gravame (art. 100 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità del ricorso, nella misura in cui concerne una decisione incidentale su una domanda di ricusazione (art. 92 cpv. 2 LTF), emanata dall'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), sono pacifiche.
1.2 Nella decisione impugnata, la CRP ha rilevato che la posticipazione del dibattimento e la sostituzione del giudice sono stati comunicati ai patrocinatori del ricorrente alle ore 09.00 del 22 settembre 2009. Alle ore 11.28 la Pretura penale ha poi trasmesso per fax allo studio del patrocinatore del ricorrente copia del verbale del mattino, dal quale non risulta l'esclusione del presidente della Pretura penale ed è riportata la posticipazione al pomeriggio del dibattimento con l'intervento di un altro pretore. Essa ha ritenuto che il termine ricorsuale di cinque giorni iniziava a decorrere il giorno successivo e scadeva, al suo dire, il 27 settembre 2009. Ha pertanto stabilito che l'istanza di ricusa, recante il timbro postale del 29 settembre 2009, ma imbucata secondo una relativa dichiarazione il 28 settembre precedente, era tardiva e quindi irricevibile, per cui non l'ha esaminata nel merito. Per questo motivo essa neppure ha vagliato l'asserita nullità degli atti compiuti dal magistrato ricusato.
Questa conclusione è stata ripresa dalla Corte di appello e di revisione penale nel suo giudizio del 26 aprile 2011.
1.3 Il ricorrente adduce che il termine di cinque giorni previsto per l'inoltro della domanda di ricusa (art. 46 CPP/TI) è stato rispettato, poiché l'ultimo giorno del termine, il 27 settembre 2009, era una domenica. Conformemente all'art. 20 cpv. 3 CPP/TI, la sua scadenza era quindi protratta al prossimo giorno feriale, ossia lunedì 28 settembre, giorno in cui egli ha imbucato l'istanza litigiosa.
Nella risposta al ricorso, la CRP ammette di non aver tenuto conto nel calcolo della tempestività/tardività della domanda di ricusa, per inavvertenza, della scadenza del termine in giorno di festa. Nelle proprie osservazioni, B._ rileva che la CRP non ha esaminato le motivazioni dell'istanza di ricusa: aggiunge ch'essa avrebbe nondimeno vagliato l'eventuale obbligo del pretore di escludersi, per cui un rinvio della causa alla CRP non sarebbe necessario, la svista potendo essere sanata dal Tribunale federale.
1.4 Questa tesi non può essere seguita. Non spetta infatti al Tribunale federale esaminare, quale prima e ultima istanza, la domanda di ricusa litigiosa. Ciò a maggior ragione ritenuto che, contrariamente alla tesi dell'opponente, la sua asserita infondatezza è tutt'altro che manifesta, per cui le relative censure ricorsuali dovranno essere esaminate, compiutamente e in maniera approfondita, da parte della CRP.
2. 2.1 Ne segue che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata, che a torto non si è espressa sulla domanda di ricusa, dev'essere annullata. In siffatte condizioni, le altre censure ricorsuali non devono essere esaminate, ritenuto che un eventuale accoglimento dell'istanza di ricusa le renderebbe prive di oggetto.
2.2 Poiché l'accoglimento del ricorso è stato provocato da un increscioso errore della Corte cantonale, non si giustifica accollare le spese giudiziarie all'opponente. Le stesse non sono poste a carico del Cantone Ticino (art. 66 cpv. 4 LTF), che dovrà nondimeno rifondere al ricorrente un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la decisione emanata dalla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello il 26 agosto 2010 è annullata. La causa viene rinviata a detta Camera per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Non si prelevano spese giudiziarie. La Repubblica e Cantone Ticino rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, alla Pretura penale, alla Camera dei ricorsi penali (ora Corte dei reclami penali) del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e, per conoscenza, alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.