Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Nell'autunno 2007 A._, nato nel 1993, è rimasto gravemente ferito dopo essere caduto sotto un vagone mentre tentava di salire su un treno della Cisalpino SA in movimento nella stazione di Lugano.
A._, la madre B._ e la sorella C._ hanno convenuto in giudizio innanzi al Pretore di Lugano la Cisalpino SA, le Ferrovie Federali Svizzere (FFS) e la Confederazione Svizzera chiedendo il pagamento di complessivi fr. 1'708'595.40 a titolo di risarcimento danni e torto morale per il predetto incidente. Con sentenza 23 dicembre 2010 - limitata alla delimitazione della responsabilità - il Pretore ha riconosciuto una responsabilità solidale della Cisalpino SA e delle FFS nei confronti degli attori in ragione del 35 % del danno patito e nella misura in cui esso sia tutelabile giurisdizionalmente, mentre ha negato qualsiasi responsabilità della Confederazione Svizzera.
2. Con sentenza 28 agosto 2012 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto l'appello inoltrato dalla Cisalpino SA, ma ha accolto l'appello delle FFS e respinto la petizione nei loro confronti.
3. La Cisalpino SA è insorta al Tribunale federale con un ricorso in materia civile del 27 settembre 2012 in cui postula l'annullamento della sentenza di appello e la sua riforma nel senso che la petizione nei suoi confronti sia integralmente respinta, perché la colpa grave di A._ esclude ogni sua responsabilità.
Il 18 ottobre 2012 la Confederazione Svizzera ha comunicato al Tribunale federale la sua rinuncia a determinarsi sul ricorso. Con osservazioni 12 novembre 2012 le FFS rilevano che il dispositivo della sentenza impugnata in cui è stata negata la loro legittimazione passiva è cresciuto in giudicato e formulano una presa di posizione "a sostegno della tesi della ricorrente". Con risposta 9 novembre 2012 A._, B._ ed C._ propongono la reiezione del ricorso e chiedono di essere posti al beneficio dell'assistenza giudiziaria.
4. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; 138 III 471 consid. 1.1).
4.1 La decisione impugnata non è finale, atteso che in concreto è attaccata la pronunzia che riconosce il principio di una parziale responsabilità della ricorrente per il menzionato incidente ferroviario.
4.1.1 Un ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente dal merito e che non concernono la competenza e la ricusazione, è ammissibile se possono causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF). Questa possibilità non entra in linea di conto nella fattispecie e nemmeno la ricorrente pretende il contrario.
4.1.2 Decisioni pregiudiziali e incidentali possono pure essere impugnate se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. b LTF). La prima delle due condizioni previste da tale norma è in concreto palesemente data, atteso che l'accoglimento del ricorso comporterebbe la reiezione della petizione. Con riferimento al secondo presupposto è necessario rilevare che qualora esso non sia manifesto, spetta al ricorrente dimostrare che l'immediata pronuncia di una decisione finale permetterebbe di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa; egli deve in particolare indicare quali prove - già offerte o richieste - devono ancora essere assunte e per quale motivo esse creerebbero almeno uno dei citati inconvenienti (DTF 133 III 629 consid. 2.4.2). Giova inoltre ricordare che il ricorso immediato al Tribunale federale contro una decisione incidentale o pregiudiziale per motivi di economia processuale secondo l'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF ha carattere eccezionale e va ammesso in modo restrittivo (DTF 134 III 426 consid. 1.3.2 pag. 430), atteso che le parti hanno la facoltà di impugnare con la sentenza finale le decisioni che l'hanno preceduta e hanno influito sul suo contenuto (art. 93 cpv. 3 LTF).
In concreto dalla sentenza impugnata nulla risulta sul proseguo dell'istruttoria e la ricorrente si limita ad indicare con riferimento all'impugnabilità della sentenza cantonale che "il ricorso è ammissibile perché il suo accoglimento comporterebbe immediatamente una decisione finale, consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante e dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. b). Se verrà esclusa ogni responsabilità della ricorrente, la causa non dovrà proseguire per la determinazione dell'entità del danno lamentato dagli attori". Così facendo, la ricorrente non spiega minimamente per quale motivo la - da lei sottintesa - ulteriore procedura probatoria si rivelerebbe defatigante o dispendiosa e il Tribunale federale dovrebbe, per eventualmente evitarla, chinarsi sul presente gravame.
5. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela inammissibile. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF). La domanda di assistenza giudiziaria degli opponenti è quindi divenuta priva d'oggetto, mentre non si giustifica assegnare ripetibili alle FFS, che si sono espresse a sostegno della ricorrente.
per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 10'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà agli opponenti complessivi fr. 12'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, agli altri partecipanti al procedimento e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.