Faits:
A. Par décision du 7 septembre 2009, le Service de la sécurité et de l'espace publics de la Ville de X._ a infligé à Y._ SA une amende d'un montant de 400 francs, du fait d'affiches apposées sur le domaine public, en dehors des supports autorisés, le 1er septembre 2009.
B. Par décision du 28 janvier 2010, la Commission cantonale genevoise de recours en matière administrative a rejeté le recours de Y._ SA.
C. Par arrêt du 22 juin 2010, le Tribunal administratif de Genève a admis le recours de cette dernière et annulé la décision du 7 septembre 2009.
En bref, cette autorité a considéré que ni la loi genevoise du 9 juin 2000 sur les procédés de réclame (LPR - F 3 20), ni les dispositions générales du code pénal, appliquées à titre de droit cantonal supplétif, ne permettent de sanctionner une personne morale de l'amende prévue par l'art. 32 LPR, ni ne prévoient de responsabilité solidaire de celle-là pour le paiement de cette amende. Le Tribunal administratif a dès lors estimé que le prononcé du 7 septembre 2009 était dépourvu de base légale expresse et violait le principe de la légalité.
D. La Ville de X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au rétablissement de la décision du 7 septembre 2009.
E. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 V 141, consid. 1 p. 142).
1.1 Le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions rendues en matière pénale (art. 78 al. 1 LTF).
1.1.1 La notion de décision rendue en matière pénale comprend toute décision fondée sur le droit pénal matériel ou sur le droit de procédure pénale. En d'autres termes, toute décision relative à la poursuite ou au jugement d'une infraction fondée sur le droit fédéral ou sur le droit cantonal est en principe susceptible d'un recours en matière pénale (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4000 ss., ch. 4.1.3.2).
1.1.2 L'arrêt attaqué porte sur la question de savoir si une amende prévue par une disposition pénale contenue dans une loi cantonale peut être prononcée contre une personne morale. Il constitue donc une décision rendue en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF contre laquelle seul le recours en matière pénale est ouvert (cf. arrêts 2C_440/2008 du 10 novembre 2008 consid. 1; 6B_567/2008 du 4 septembre 2008 consid. 2; 6B_205/2007 du 27 octobre 2007 consid. 1; 6B_384/2007 du 27 octobre 2007 consid. 1.1). La recourante devait donc agir par cette voie et non par celle du recours en matière de droit public. En soi, cette dénomination inexacte ne porte pas préjudice à la recourante, pour autant que les conditions de recevabilité du recours en matière pénale soient réunies.
1.2 La décision attaquée a été rendue le 22 juin 2010. La qualité pour recourir de l'intéressée s'examine par conséquent au regard de l'art. 81 LTF dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010 (arrêt 6B_1019/2010 du 11 janvier 2011 consid. 1).
1.2.1 Aux termes de l'alinéa 1 de cette disposition, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque (let. a) a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et, cumulativement, (let. b) a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. L'art. 81 al. 2 et 3 LTF reconnaît en outre la qualité pour former un recours en matière pénale à des autorités nommément citées, indépendamment de la réalisation des conditions posées par l'art. 81 al. 1 LTF.
1.2.2 La recourante ne peut invoquer en sa faveur le bénéfice de l'art. 81 al. 2 ou de l'art. 81 al. 3 LTF, n'étant pas visée par ces dispositions.
1.2.3 La question de savoir si la recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente au sens de l'art. 81 al. 1 let. a LTF est une question de droit fédéral. Il est à cet égard sans pertinence que la procédure cantonale prévoie ou admette que la recourante passe d'autorité de première instance à partie dans le cadre d'une procédure de recours à l'encontre de l'une de ses décisions (cf. ATF 133 IV 121 consid. 1.2, p. 124; également arrêt 6b_351/2009 du 13 août 2009 consid. 1.2).
En l'espèce, la recourante est l'autorité désignée par l'art. 33 al. 1 LPR pour prononcer l'amende visée par l'art. 32 LPR, objet du recours. Aucun élément ne permet de retenir qu'elle aurait participé aux instances cantonales à un autre titre, en particulier en qualité d'accusateur public. Dans le canton de Genève, cette fonction était expressément réservée au Procureur général (art. 4 al. 1 du Code de procédure pénale genevois du 29 septembre 1977, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010; aCPP/GE; E 4 20). Aucune réserve au sens de l'art. 4 al. 3 aCPP/GE n'existait en faveur de la recourante. Celle-ci ne peut dès lors être considérée comme étant intervenue dans la procédure cantonale qu'à titre d'autorité de première instance et non comme partie, notamment comme accusateur public. Sauf à admettre que toute autorité précédente, sur cette seule qualité, a pris part à la procédure cantonale au sens de l'art. 81 al. 1 let. a LTF - ce qui n'est pas le but de cette disposition (ATF 133 IV 121 consid. 1.2, p. 124; arrêt 6b_351/2009 du 13 août 2009 consid. 1.3) - , il ne se justifie pas de reconnaître cette qualité à la recourante.
A défaut de remplir l'une des conditions cumulatives posées par l'art. 81 al. 1 LTF, respectivement de pouvoir invoquer en sa faveur le bénéfice de l'art. 81 al. 2 ou de l'art. 81 al. 3 LTF, la recourante n'a pas qualité pour former un recours en matière pénale.
1.2.4 De surcroît, l'intérêt juridique exigé par l'art. 81 al. 1 let. b LTF constitue la condition matérielle de la qualité pour recourir. Un intérêt général ou de fait ne suffit pas, l'intéressé devant au surplus être personnellement touché par la décision (cf. ATF 133 IV 121 consid. 1.2, p. 124).
En l'espèce, la recourante invoque une violation de son autonomie communale, estimant que la décision ne lui permet plus de gérer son domaine public. Contrairement à ce que prévoit l'art. 89 al. 2 let. c LTF pour le recours en matière de droit public, l'invocation d'une violation de l'autonomie communale ne fonde pas en tant que telle la qualité pour former un recours en matière pénale. Pour le surplus, la recourante n'est pas personnellement touchée par la décision, dans la mesure où celle-ci ne fait qu'entraver l'exécution de tâches publiques, en l'espèce la gestion du domaine public et de l'affichage et le prononcé d'amendes aux contrevenants. La recourante ne peut donc faire valoir d'intérêt financier propre à la modification de la décision.
L'accusateur public, visé par l'art. 81 al. 1 let. b ch. 3 LTF, est la personne ou l'autorité qui, en vertu du droit cantonal, est chargée, en qualité de partie, de défendre l'intérêt public devant le juge pénal cantonal de dernière instance. Lorsque le droit cantonal institue un procureur général ou un ministère public compétent pour la poursuite de toutes les infractions commises sur l'ensemble du territoire cantonal, il est considéré comme seul accusateur public du canton habilité à interjeter un recours au Tribunal fédéral. Cela vaut aussi lorsque le droit cantonal charge en plus d'autres autorités de défendre l'intérêt public devant le juge pénal cantonal de dernière instance, que ce soit dans des causes relatives à des matières particulières ou à une partie du territoire cantonal. Même dans les cas où ces autorités ont agi seules en dernière instance cantonale, elles ne peuvent pas recourir auprès du Tribunal fédéral (cf. ATF 131 IV 142 consid. 1 et références citées). Compte tenu du rôle accordé par la législation cantonale à la recourante (cf. supra consid. 1.2.3), celle-ci ne peut être considérée comme accusateur public au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 3 LTF. L'institution de l'accusateur privé, visée par l'art. 81 al. 1 let. b ch. 4 LTF, disposition abrogée au 31 décembre 2010, n'existait quant à elle pas sous l'empire de l'ancien CPP/GE (ATF 128 IV 37 consid. 3). La recourante ne saurait dès lors, pour cette raison déjà, être reconnue comme tel.
1.2.5 Il suit de là que la recourante n'a pas qualité pour former un recours en matière pénale.
1.3 Le recours constitutionnel subsidiaire n'est ouvert que contre les décisions de dernière instance cantonale qui ne peuvent faire l'objet d'aucun recours ordinaire (art. 113 LTF). N'est pas considéré comme tel le cas où la voie de recours ordinaire est fermée à défaut de qualité pour recourir (arrêt 6B_945/2010 du 12 novembre 2010 consid. 1).
La voie du recours en matière pénale étant en principe ouverte, au vu de l'objet du recours, celle du recours constitutionnel subsidiaire ne l'est par conséquent pas.
2. Le recours est irrecevable, et ce nonobstant le fait que la recourante a reçu une indication erronée au sujet de la voie de droit à disposition. Une telle indication ne saurait en effet créer un recours qui n'existe pas (ATF 129 III 197 consid. 1.5, p. 201).
3. Dans ces circonstances, il convient de statuer sans frais (art. 66 al. 4 LTF). Il n'est pas alloué de dépens, puisque l'intimée n'a pas été invitée à procéder (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours, traité comme recours en matière pénale, est irrecevable.
2. Il n'est pas perçu de frais, ni alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 7 février 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Cherpillod