Sachverhalt:
A. Nachdem X._ ein Strafmandat des Verhöramts des Kantons Glarus vom 28. Juli 2005 nicht akzeptiert hatte, verurteilte ihn die Strafgerichtskommission des Kantonsgerichts am 3. August 2006 wegen fahrlässiger Widerhandlung gegen das Umweltschutzgesetz im Sinne von dessen Art. 60 Abs. 1 lit. e und Abs. 2 i.V.m. Art. 29 sowie dem Anhang 4.5 Ziff. 33 Abs. 1 lit. b zur Stoffverordnung zu einer Busse von 400 Franken. Sie hielt für erwiesen, dass er zwischen dem 11. und dem 22. Oktober 2004 im Gebiet "Riet" auf dem Oberstafel der Mürtschenalp, einem Flachmoor von nationaler Bedeutung, Dünger ausgebracht hatte.
Auf Appellation von X._ hin bestätigte das Obergericht des Kantons Glarus die vorinstanzliche Verurteilung im Schuldpunkt und verhängte in Anwendung des revidierten Strafgesetzbuches eine unbedingte Geldstrafe von 8 Tagessätzen zu je 50 Franken.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, dieses obergerichtliche Urteil aufzuheben.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt, das Obergericht habe seinen Antrag auf Durchführung eines Augenscheins abgelehnt und dadurch sein rechtliches Gehör verletzt. Wie er stets vorgebracht und an der Hauptverhandlung mit einem Foto belegt habe, würden die vier Fotografien der Kantonspolizei Glarus, auf welche das Obergericht die Überzeugung stütze, es sei auf dem Flachmoor Gülle ausgebracht worden, die Situation nicht zutreffend wiedergeben.
1.1 Nach den aus Art. 29 BV fliessenden Verfahrensgarantien sind alle Beweise abzunehmen, die sich auf Tatsachen beziehen, die für die Entscheidung erheblich sind (BGE 117 Ia 262 E. 4b; 106 Ia 161 E. 2b; 101 Ia 169 E. 1, zu Art. 4 aBV, je mit Hinweisen). Das hindert aber den Richter nicht, einen Beweisantrag abzulehnen, wenn er in willkürfreier Überzeugung der bereits abgenommenen Beweise zur Überzeugung gelangt, der rechtlich erhebliche Sachverhalt sei genügend abgeklärt, und er überdies in willkürfreier antizipierter Würdigung der zusätzlich beantragten Beweise annehmen kann, seine Überzeugung werde auch durch diese nicht mehr geändert (BGE 122 V 157 E. 1d; 119 Ib 492 E. 5b/bb, zu Art. 4 aBV).
Es ist somit zu prüfen, ob das Obergericht in willkürfreier Würdigung der vorhandenen Beweismittel davon ausgehen konnte, dass Gülle aufs Flachmoor ausgebracht wurde und ein Augenschein - notabene mehrere Jahre nach dem Vorfall - an seiner Überzeugung nichts ändern könnte.
1.2 Aus den Fotos der Kantonspolizei ergibt sich, dass auf der Ebene unterhalb (südlich) der Alphütten der Mürtschenalp, Oberstafel, Gülle ausgebracht wurde, und zwar in dem Gebiet, das auf der Landeskarte 1:25'000 als "Riet" bezeichnet und mit der entsprechenden Signatur versehen ist. Im Bundesinventar der Flachmoore von nationaler Bedeutung ist es als Objekt 1919 (Anhang 1 der Verordnung über den Schutz der Flachmoore von nationaler Bedeutung, SR 451.33) enthalten und im Biotopverzeichnis des Kantons Glarus als Flachmoor von nationaler Bedeutung ausgeschieden. Auf Vorhalt des Biotopverzeichnisses bei der polizeilichen Befragung hat der Beschwerdeführer ausdrücklich anerkannt, dass die gedüngte Fläche als "Riet und Moorgebiet" ausgeschieden ist. Auf den Polizeifotos ist dies zudem auch für den Laien deutlich ersichtlich, beweist doch schon das Vorhandensein der Entwässerungsgräben, in deren unmittelbarer Nähe gedüngt wurde, dass es sich um feuchtes, nicht um trockenes Land handelt. Mit einem grossformatigen Foto versucht der Beschwerdeführer nachzuweisen, dass Kühe auf der gedüngten Fläche weiden, woraus zu schliessen sei, dass es sich dabei nicht um eine Moorfläche handeln könne, da Kühe das darauf wachsende Gras nur ungern frässen. Das Foto vermag diesen Entlastungsbeweis nicht zu leisten, weil nicht ersichtlich ist, dass die darauf abgebildeten Kühe auf der damals unzulässig gedüngten Stelle weiden. Auch wenn zu Gunsten des Beschwerdeführers davon auszugehen ist, dass ihm die Ausscheidung des Gebiets als Flachmoor nicht bekannt war, so konnte das Obergericht jedenfalls auf Grund der Akten ohne Willkür davon ausgehen, dass er als gelernter Landwirt und erfahrener Älpler hätte erkennen können und müssen, dass es sich bei der umstrittenen Fläche um ein Feuchtgebiet handelt, auf dem das Ausbringen von Gülle verboten ist. Unter diesen Umständen konnte es ohne Verfassungsverletzung von einem Augenschein absehen.
2. Unbestritten ist, dass das Ausbringen von Dünger auf Rietgebieten und Mooren verboten ist (Art. 29 USG, SR 814.01, i.V.m. Ziff. 3.3.1 Abs. 1 lit. b Anhang 2.6 der Chemikalien-Risikoreduktionsverordnung vom 18. Mai 2005, SR 814.81; im Tatzeitpunkt war das Verbot in identischer Weise im Anhang 4.5 Ziff. 33 Abs. 1 lit. b der bis zum 1. August 2005 geltenden Stoffverordnung, AS 1986 S. 1254, enthalten), und die fahrlässige Übertretung dieses Verbots mit Gefängnis bis zu sechs Monaten oder Busse bestraft wird (Art. 60 Abs. 1 lit. e i.V.m. Abs. 2 USG). In objektiver Hinsicht ist der Tatbestand somit erfüllt, wenn der Beschwerdeführer Gülle auf Moorgebiet ausgebracht hat. In subjektiver Hinsicht ist erforderlich, dass er sich pflichtwidrig über das Verbot hinweggesetzt hat.
Nach den Ausführungen in E. 1 ist die obergerichtliche Feststellung keineswegs unhaltbar, dass beim fraglichen Vorfall verbotenerweise Gülle auf einem Moor ausgebracht wurde, welches für den Beschwerdeführer als solches erkennbar war. Unbestritten ist, dass dieser die Pumpe bediente und der polnische Praktikant die Gülle mit dem Rohr ausbrachte. Die Einschätzung des Obergerichts, dass der Beschwerdeführer das Ausbringen der Gülle anordnete und dem Praktikanten die zu düngenden Flächen zuwies, ist ebenfalls nicht zu beanstanden. Es konnte seine Behauptung, wonach der Alppächter - der Sohn des Beschwerdeführers - den Praktikanten mit der Düngung beauftragt und er für diesen ausschliesslich die Pumpe in Gang gehalten habe, ohne Willkür als reine Schutzbehauptung zurückweisen, nachdem er in der polizeilichen Einvernahme noch unmissverständlich erklärt hatte, sein Sohn habe mit dieser Sache nichts zu tun, und er selber sei für die Alp verantwortlich gewesen. Dass der Kanton bis anhin noch keine Beschränkungen für die Alpnutzung erliess - darüber sind seit Jahren Verhandlungen zwischen dem Kanton und der Alpgenossenschaft im Gange - vermag den Beschwerdeführer nicht zu entlasten. Derjenige, der Gülle ausbringt, ist dafür verantwortlich, dass er dabei die umweltrechtlichen Vorschriften einhält. Seine Verurteilung verletzt damit Bundesrecht nicht, die Rüge ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesen Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Glarus schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi