Sachverhalt:
A. Am 29. Februar 2012 richtete X._ folgendes Schreiben an die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl:
"Hiermit stelle ich Strafantrag gegen A._ wegen Ehrverletzung/Verleumdung, da sie u.a. Herrn B._ (xxx/xxx'xx'xx) wider besseres Wissen gesagt hat, ich habe sie überfahren, der Wagen sei über ihre Beine gerollt und habe dabei ihre Beine gebrochen. Ich möchte an allen Beweismassnahmen im Rahmen dieses Strafverfahrens gegen A._ teilnehmen."
Am 8. März 2012 erteilte die Staatsanwaltschaft der Stadtpolizei Zürich einen Vorermittlungsauftrag im Sinn von Art. 309 Abs. 2 StPO. Sie erwog, im Zusammenhang mit der Anzeige sei festzuhalten, dass zur Zeit ein Strafverfahren gegen X._ wegen fahrlässiger Körperverletzung hängig sei. Dabei gehe es um den Vorwurf, am 2. September 2010, um ca. 18:15 Uhr, ihren Personenwagen aus der nicht vortrittsberechtigten Eisfeldstrasse auf das parallel zur Thurgauerstrasse verlaufende Trottoir bzw. den Radweg gelenkt und dabei die auf dem Radweg stadtauswärts fahrende A._ umgefahren und verletzt zu haben. Da aufgrund der aktuellen Aktenlage kein hinreichender Tatverdacht gegeben sei, solle die Polizei X._ als polizeiliche Auskunftsperson zum von ihr gestellten Strafantrag wegen Verleumdung zu befragen. X._ machte in der Folge gegenüber der Stadtpolizei keine Aussagen.
Am 27. April 2012 nahm die Staatsanwaltschaft das Verfahren nicht an die Hand. Sie erwog, aufgrund des Schreibens von X._ vom 29. Februar 2012 allein bestehe kein für die Eröffnung eines Strafverfahrens hinreichender Anfangsverdacht. X._ habe es abgelehnt, vor dem Abschluss des gegen sie geführten Strafverfahrens wegen Körperverletzung Aussagen zu machen, obwohl sie darauf hingewiesen worden sei, dass das Verfahren gegen A._ mangels hinreichenden Anfangsverdachts nicht an die Hand genommen werde, falls sie ihren Strafantrag nicht mit Aussagen ergänze, die einen solchen begründen könnten.
Am 17. Oktober 2012 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerde von X._ gegen die Nichtanhandnahme des Verfahrens ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Obergerichts aufzuheben.
C. Das Obergericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die Leitende Staatsanwältin legt dar, dass die Beschwerde unbegründet sei.
X._ hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid bestätigt, dass das von der Beschwerdeführerin angestrebte Strafverfahren nicht an die Hand genommen wird. Er schliesst damit das Verfahren ab. Es handelt sich um den Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin hat einen Strafantrag gestellt und ist damit Privatklägerin (Art. 118 Abs. 1 und 2 StPO). Sie hat am kantonalen Verfahren teilgenommen, und der angefochtene Entscheid könnte sich auf die von ihr in Aussicht gestellten Genugtuungsansprüche auswirken; sie ist damit zur Beschwerde befugt (Art. 81 Abs. 1 lit. a und lit. b Ziff. 5 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Gegenstand des Verfahrens ist einzig die Frage, ob die Staatsanwaltschaft Bundesrecht verletzte, indem sie am 27. April 2012 das von der Beschwerdeführerin gegen die Beschwerdegegnerin angestrengte Strafverfahren nicht an die Hand nahm. Für den Ausgang des Verfahrens unerheblich ist daher, was die Beschwerdeführerin nach dem Erlass der Nichtanhandnahmeverfügung dem Obergericht neu vortrug.
2.2 Art. 309 Abs. 4 StPO lautet: "Die Staatsanwaltschaft verzichtet auf die Eröffnung, wenn sie sofort eine Nichtanhandnahmeverfügung oder einen Strafbefehl erlässt." Die Beschwerdeführerin wirft der Staatsanwaltschaft eine Verletzung dieser Bestimmung vor. Sie habe den Strafantrag am 1. März 2012 entgegengenommen und das Verfahren nicht sofort, sondern rund zwei Monate später eingestellt, was unzulässig sei.
Art. 309 Abs. 4 StPO kann nicht isoliert, sondern nur im Zusammenhang mit den anderen die Eröffnung regelnden Bestimmungen ausgelegt werden. Nach Art. 309 Abs. 2 StPO steht es im Ermessen der Staatsanwaltschaft, eine Strafanzeige, aus der sich kein für die Eröffnung eines Strafverfahrens hinreichender Tatverdacht ergibt, der Polizei zur Durchführung ergänzender Ermittlungen zu überweisen. Aus dieser Befugnis ergibt sich zwangsläufig, dass die Staatsanwaltschaft den Abschluss dieser polizeilichen Vorermittlungen abwarten kann, bevor sie das Verfahren gemäss Art. 309 Abs. 4 StPO entweder eröffnet oder aber durch Nichtanhandnahme oder den Erlass eines Strafbefehls abschliesst. "Sofort" im Sinn von Art. 309 Abs. 4 StPO bezieht sich somit entweder auf den Zeitpunkt des Eingangs der Strafanzeige oder, wenn diese in einem polizeilichen Vorermittlungsverfahren ergänzt wurde, auf den Zeitpunkt seines Abschlusses und bedeutet, dass die Staatsanwaltschaft das Verfahren danach in der Regel innert Tagen und ohne Vornahme von Untersuchungshandlungen durch Nichtanhandnahme oder Strafbefehl erledigen muss, wenn sie nicht formell eine Strafuntersuchung eröffnen will.
2.3 Ein Strafantrag im Sinn von Art. 30 StGB ist rechtsgültig, wenn darin der bedingungslose Willen zur Strafverfolgung der Täterin zum Ausdruck gebracht und die Fakten mitgeteilt werden, aus denen sich ergeben soll, dass ein für die Eröffnung eines Strafverfahrens ausreichender Anfangsverdacht besteht und die Antragsfrist eingehalten ist (Zusammenfassung der Rechtsprechung im Urteil 6B_267/2008 vom 9. Juli 2008 E. 3.3).
Der Strafantrag vom 29. Februar 2012 (vorn im Sachverhalt unter A.) enthält weder Angaben zur Einhaltung der Antragsfrist noch zu den näheren Umständen des angeblich strafbaren Verhaltens (Tatzeit, Tatort, Vorgehen) der Beschwerdegegnerin noch zum konkreten Hintergrund des Vorfalls. Die Einschätzung der Staatsanwaltschaft, aus diesem Strafantrag ergebe sich kein "deutlicher Tatverdacht" im Sinn von Art. 309 Abs. 2 StPO, ist zutreffend. Da sich aus der Eingabe aber immerhin der bedingungslose Wille der Beschwerdeführerin ergibt, die Beschwerdegegnerin verfolgen zu lassen, ist das Vorgehen der Staatsanwaltschaft, der Beschwerdeführerin Gelegenheit zu geben, ihren Strafantrag im Zuge eines polizeilichen Ermittlungsverfahrens zu ergänzen, auch unter dem Gesichtspunkt von Art. 303 Abs. 1 StPO, wonach die Einleitung eines Vorverfahrens bei Antragsdelikten das Vorliegen eines (gültigen) Strafantrags voraussetzt, nicht zu beanstanden. Die Staatsanwaltschaft hat kein Bundesrecht verletzt, indem sie die Angelegenheit der Polizei zur Durchführung ergänzender Ermittlungen überwies. Deren Schlussbericht ging am 25. April 2012 bei der Staatsanwaltschaft ein, worauf sie zwei Tage später die Nichtanhandnahmeverfügung erliess. Dieser Zeitbedarf ist angemessen und mit der gesetzlichen Vorgabe "sofort" vereinbar. Die Rüge, die Nichtanhandnahmeverfügung sei schon deshalb rechtswidrig, weil sie zu spät erlassen worden sei, ist unbegründet.
Für die von der Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang aufgestellte Behauptung, der Vorermittlungsauftrag der Staatsanwaltschaft an die Polizei vom 8. März 2012 sei falsch datiert, spricht nichts, wobei ohnehin unerfindlich ist, was ein Datierungsfehler am Ausgang des Verfahrens ändern könnte.
2.4 Als Strafantragsstellerin trifft die Beschwerdeführerin jedenfalls insoweit eine Mitwirkungspflicht, als sie einen rechtsgültigen Strafantrag stellen muss. Ihre Eingabe vom 29. Februar 2012 entspricht den Anforderungen nicht, und im polizeilichen Ermittlungsverfahren, in dem ihr Gelegenheit geboten wurde, den Strafantrag zu vervollständigen, verweigerte sie jede Aussage zur Sache. Selbstredend fällt in diesem Stadium des Verfahrens eine Sistierung nach Art. 314 StPO ausser Betracht, da eine Strafuntersuchung nicht sistiert werden kann, bevor sie eröffnet wurde. Die Staatsanwaltschaft hat die Beschwerdeführerin zu Recht auf die Konsequenzen hingewiesen, die eine Aussageverweigerung haben würde.
2.5 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass am 27. April 2012 kein gültiger Strafantrag vorlag, womit die Staatsanwaltschaft gar keine andere Möglichkeit hatte, als das Verfahren nicht an die Hand zu nehmen (vgl. Art. 303 Abs. 1 StPO).
3. Die Beschwerde ist unbegründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi