Faits:
A. P._ et B._ se sont mariés le 8 avril 2002. Par jugement du 31 mars 2008, devenu définitif et exécutoire le 26 septembre 2008, le Tribunal d'arrondissement de La Côte a prononcé le divorce des époux. Sous chiffre VII du dispositif, il a ordonné le partage par moitié des avoirs de prévoyance acquis par les conjoints durant leur mariage et transféré d'office l'affaire au Tribunal des assurances du canton de Vaud pour qu'il procède au calcul des prestations de sortie.
B. Par jugement du 20 janvier 2009, rectifié le 4 février 2009, la Juge unique de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud a ordonné au Fonds de prévoyance du Crédit Agricole (Suisse) SA de prélever sur le compte de P._ la somme de 15'865 fr. 20 en capital (valeur au 26 septembre 2008), plus un intérêt compensatoire d'au moins 2,75 % l'an du 26 septembre au 31 décembre 2008 et d'au moins 2 % l'an du 1er janvier 2009 jusqu'au jour du transfert ou de la demeure, et de verser ce montant sur le compte de B._ auprès de la Caisse de pension d'UBS. La Cour des assurances sociales a également réservé le paiement d'un intérêt moratoire d'au moins 3 % l'an sur le montant à transférer courant à compter du 31ème jour suivant l'entrée en force du jugement ou, en cas de recours, à compter du prononcé du Tribunal fédéral.
C. Le Fonds de prévoyance du Crédit Agricole (Suisse) SA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande la réforme, en ce sens qu'il lui soit ordonné de prélever sur le compte de libre passage ouvert au nom de P._ la somme de 15'865 fr. 20 en capital (valeur au 26 septembre 2008), à l'exclusion de tout intérêt compensatoire pour les années 2008 et 2009. A titre subsidiaire, il conclut au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
P._, B._, la Caisse de pension d'UBS et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. La Cour cantonale a déposé des observations.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF).
2. 2.1 L'institution recourante invoque à titre subsidiaire une violation des dispositions cantonales de procédure. Elle soutient que la composition de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal était irrégulière au regard des art. 94 et 111 al. 2 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36), en tant que la cause a été jugée par un juge unique en lieu et place de trois juges. D'ordre formel, ce grief doit être examiné en premier lieu, car son admission pourrait amener le Tribunal fédéral à renvoyer la cause à l'autorité cantonale sans en examiner le fond (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa p. 437 et la référence).
2.2 Selon l'art. 30 al. 1, 1ère phrase, Cst., toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Le droit des parties à une composition régulière du tribunal impose des exigences minimales en procédure cantonale; il interdit les tribunaux d'exception et la mise en oeuvre de juges ad hoc ou ad personam et exige dès lors, en vue d'empêcher toute manipulation et afin de garantir l'indépendance nécessaire, une organisation judiciaire et une procédure définies par un texte légal (ATF 129 V 335 consid. 1.3.1 p. 338 et les arrêts cités). Ce droit constitue par ailleurs une composante du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. (ATF 127 I 128 consid. 4c p. 132).
2.3 C'est en premier lieu à la lumière des règles cantonales topiques d'organisation et de procédure qu'il convient d'examiner si une autorité judiciaire a statué dans une composition conforme à la loi (ATF 131 I 31 consid. 2.1.2.1 p. 34; 129 V 335 consid. 1.3.2 p. 338). Sur ce point, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité à l'arbitraire. Indépendamment de cela, le Tribunal fédéral examine librement si l'interprétation et l'application du droit cantonal, reconnues non arbitraires, sont compatibles avec la garantie d'un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial (ATF 131 I 31 consid. 2.1.2.1 p. 34; 129 V 335 consid. 1.3.2 p. 338).
2.4 Selon le droit cantonal vaudois de procédure, lorsque le juge instructeur est saisi en application de l'art. 142 al. 2 CC ou de l'art. 33 de la loi fédérale du 18 juin 2004 sur le partenariat enregistré du même sexe (LPart; RS 211.231), il fixe d'office à chacune des institutions de prévoyance professionnelle concernées un délai pour produire un relevé des avoirs déterminants courus durant le mariage ou le partenariat enregistré, complété par une attestation confirmant que le partage de la prestation de sortie de l'ex-époux ou de l'ex-partenaire concerné est réalisable (art. 110 al. 1 LPA-VD; voir également art. 55d al. 1 de la loi du 2 décembre 1959 sur le Tribunal des assurances [LTAs; RSV 173.41], applicable jusqu'au 31 décembre 2008 dans les litiges en matière d'assurances sociales). Le juge instructeur transmet d'office ces documents aux ex-époux ou aux ex-partenaires en leur fixant un délai pour produire leurs déterminations et formuler des réquisitions (art. 110 al. 2 LPA-VD et 55d al. 2 LTAs). En cas de contestation de l'un des ex-époux ou des ex-partenaires, le juge instructeur la transmet à l'autre et aux institutions de prévoyance professionnelle concernées en leur fixant un délai pour produire leurs déterminations et formuler des réquisitions (art. 110 al. 3 LPA-VD et 55e al. 1 LTAs). En l'absence de contestation des parties, le juge instructeur statue comme juge unique sur la base du dossier (art. 111 al. 1 LPA-VD et 55d al. 3 LTAs). En cas de contestation, l'art. 94 LPA-VD est applicable par analogie (art. 111 al. 2 LPA-VD). Selon l'art. 94 al. 1 let. a LPA-VD, un membre du Tribunal cantonal statue en tant que juge unique dans le domaine des assurances sociales, sur les recours dont la valeur litigieuse n'excède pas 30'000 fr. et sur ceux interjetés contre un prononcé d'amende (voir également art. 55e al. 2 LTAs). Le juge peut toutefois soumettre la cause à la Cour si l'affaire présente une certaine complexité (art. 94 al. 3 LPA-VD).
2.5 Si l'on examine en détail le déroulement de la procédure devant la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal, il apparaît que les institutions de prévoyance concernées ont été interpellées le 17 novembre 2008 afin qu'elles communiquent le montant des prestations de sortie des ex-époux. Les informations données par les institutions de prévoyance ont été transmises le 3 décembre 2008 aux ex-époux, lesquels n'ont formulé aucune remarque. Dans le certificat qu'elle a établi, l'institution recourante a toutefois indiqué qu'elle verserait, quoi qu'il arrive, les avoirs de prévoyance de P._ sur un compte bloqué de libre passage le 1er janvier 2009. Le 26 novembre 2008, la Juge unique a invité l'institution recourante à surseoir audit versement jusqu'à droit connu dans la procédure de partage. Celle-ci a répondu le 28 novembre qu'elle ne donnerait pas suite à cette injonction. Elle a indiqué à cette occasion que les avoirs de prévoyance des assurés assujettis auprès d'elle avaient été rémunérés à un taux zéro durant les années 2007 et 2008.
2.6 Sur le vu de ce qui précède, rien n'indique que la Juge unique de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal ait appliqué les dispositions cantonales de procédure de manière arbitraire. Contrairement à ce qu'affirme l'institution recourante, le principe du partage des avoirs de prévoyance et les modalités de celui-ci n'ont pas été sujets à controverse - au sens d'une remise en cause - au cours de la procédure cantonale. La déclaration selon laquelle l'institution recourante ne rémunérait pas les avoirs de prévoyance de ses assurés avait uniquement un caractère informatif. Elle ne constituait à tout le moins pas un motif qui aurait dû inciter la Juge unique à se demander si la cause ne devait pas être soumise à une cour composée de trois juges, conformément à l'art. 94 LPA-VD. D'ailleurs, l'institution recourante n'avait pas lieu de penser, à ce moment précis, que la Juge unique ne tiendrait pas compte de cette information dans le cadre de son appréciation. Pour le reste, on ne voit pas - et l'institution recourante ne l'explique pas non plus - en quoi le droit constitutionnel de l'institution recourante à voir sa cause être jugée par un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial au sens de l'art. 30 al. 1 Cst. aurait été violé. Le grief doit par conséquent être rejeté.
3. 3.1 Sur le fond, le litige porte sur la quotité du taux de l'intérêt compensatoire à verser sur la prestation de sortie de P._ entre la date de l'entrée en force du jugement de divorce et celle du transfert de cet avoir. Alors que la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal a considéré qu'il fallait appliquer le taux d'intérêt minimal fixé à l'art. 12 OPP 2, l'institution recourante soutient qu'il convient de se fonder sur le taux d'intérêt réglementaire, soit en l'occurrence un taux d'intérêt nul.
3.2 3.2.1 Dans les limites de la loi, les institutions de prévoyance sont libres d'adopter le régime de prestations, le mode de financement et l'organisation qui leur conviennent (art. 49 al. 1, 1ère phrase, LPP). Lorsqu'elles étendent la prévoyance au-delà des prestations minimales, elles doivent tenir compte des dispositions expressément réservées à l'art. 49 al. 2 LPP et se conformer aux principes de l'égalité de traitement, de l'interdiction de l'arbitraire et de la proportionnalité (ATF 132 V 278 consid. 3.1 p. 279 et la référence).
3.2.2 En cas de divorce, les prestations de sortie acquises durant le mariage sont partagées conformément aux art. 122, 123, 141 et 142 CC; les art. 3 à 5 LFLP s'appliquent par analogie au montant à transférer (art. 22 al. 1 LFLP). Pour chaque conjoint, la prestation de sortie à partager correspond à la différence entre la prestation de sortie, augmentée des avoirs de libre passage existant éventuellement au moment du divorce, et la prestation de sortie, augmentée des avoirs de libre passage existant éventuellement au moment de la conclusion du mariage (cf. art. 24 LFLP). Pour ce calcul, on ajoute à la prestation de sortie et à l'avoir de libre passage existant au moment de la conclusion du mariage les intérêts dus au moment du divorce. Les paiements en espèces effectués durant le mariage ne sont pas pris en compte (art. 22 al. 2 LFLP). Par ailleurs, des intérêts compensatoires sont dus sur le montant à transférer pour la période courant depuis le moment du divorce jusqu'au moment du transfert ou de la demeure (ATF 129 V 251 consid. 3.2 et 3.3 p. 255).
3.2.3 En ce qui concerne la prévoyance professionnelle obligatoire, le taux d'intérêt - rémunératoire et compensatoire - applicable à la prestation de sortie à transférer est fixé par le Conseil fédéral (art. 26 al. 3 LFLP). Aux termes de l'art. 8a al. 1 OLP, ce taux d'intérêt correspond au taux minimal fixé à l'art. 12 OPP 2. Si le règlement prévoit un taux d'intérêt supérieur pour l'avoir de vieillesse, ce taux est alors applicable (ATF 129 V 251 consid. 4.1 p. 257).
3.2.4 Les institutions de prévoyance qui pratiquent aussi bien la prévoyance obligatoire que la prévoyance plus étendue (institutions dites « enveloppantes ») doivent verser sur le montant de la prestation de sortie à transférer l'intérêt minimal réglementaire, pour autant que l'avoir de vieillesse relevant de la prévoyance professionnelle obligatoire soit rémunéré conformément au taux minimal selon la LPP. Les institutions de prévoyance sont en revanche libres de prévoir un taux d'intérêt inférieur au taux minimal fixé par la LPP, voire même un taux d'intérêt nul, pour la part de l'avoir de vieillesse relevant de la prévoyance surobligatoire (ATF 132 V 278 consid. 4.2 p. 281; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, 2005, p. 219 n. 581). Si le règlement ne fixe aucun taux d'intérêt, il se justifie d'appliquer à titre subsidiaire le taux d'intérêt minimal selon l'art. 12 OPP 2 (ATF 129 V 251 consid. 4.1 p. 257).
3.3 L'institution recourante est une institution de prévoyance qui pratique aussi bien la prévoyance obligatoire que la prévoyance plus étendue (institution dite « enveloppante »). Afin de tenir compte de la baisse des marchés boursiers et de l'incertitude régnant sur les places financières mondiales, le Conseil de fondation de l'institution recourante a, en conformité avec l'art. 99 ch. 2 du règlement de prévoyance, décidé, s'agissant du taux d'intérêt 2007 à attribuer aux « capitaux d'épargne » des assurés, d'attendre que les comptes 2007 soient clôturés et approuvés et, s'agissant du taux d'intérêt 2008, de le fixer provisoirement à zéro (procès-verbal de la réunion du Conseil de fondation du 12 décembre 2007). Selon les explications fournies en procédure fédérale par l'institution recourante, celle-ci a choisi d'appliquer le principe dit de l'imputation, lequel lui permettait de financer l'avoir de prévoyance obligatoire au détriment de l'avoir de prévoyance surobligatoire.
3.3 L'institution recourante est une institution de prévoyance qui pratique aussi bien la prévoyance obligatoire que la prévoyance plus étendue (institution dite « enveloppante »). Afin de tenir compte de la baisse des marchés boursiers et de l'incertitude régnant sur les places financières mondiales, le Conseil de fondation de l'institution recourante a, en conformité avec l'art. 99 ch. 2 du règlement de prévoyance, décidé, s'agissant du taux d'intérêt 2007 à attribuer aux « capitaux d'épargne » des assurés, d'attendre que les comptes 2007 soient clôturés et approuvés et, s'agissant du taux d'intérêt 2008, de le fixer provisoirement à zéro (procès-verbal de la réunion du Conseil de fondation du 12 décembre 2007). Selon les explications fournies en procédure fédérale par l'institution recourante, celle-ci a choisi d'appliquer le principe dit de l'imputation, lequel lui permettait de financer l'avoir de prévoyance obligatoire au détriment de l'avoir de prévoyance surobligatoire.
3.4 3.4.1 Selon l'art. 65 al. 1 LPP, les institutions de prévoyance sont tenues d'offrir en tout temps la garantie qu'elles peuvent remplir leurs engagements. Elles doivent en particulier régler leur système de cotisation et leur financement de telle manière que les prestations prévues par la loi puissent être fournies dès qu'elles sont exigibles (art. 65 al. 2 LPP). D'après les art. 48 et 49 al. 2 LPP, cette disposition est valable aussi bien pour la prévoyance professionnelle obligatoire que pour la prévoyance professionnelle plus étendue gérée par les institutions enregistrées. Elle contient un principe fondamental qui s'applique à toutes les institutions de prévoyance, qu'elles soient de droit privé ou de droit public, qu'elles assument elles-mêmes les risques ou qu'elles aient conclu un contrat d'assurance collectif. Les engagements pris doivent être garantis, pleinement et en tout temps. En d'autres termes, les institutions de prévoyance ne peuvent surseoir, même provisoirement, à cette exigence de sécurité (ATF 132 II 258 consid. 3.2 p. 263).
3.4.2 Avant le 1er janvier 2005, lorsqu'il existait un découvert, l'institution de prévoyance était tenue de le résorber elle-même et d'informer l'autorité de surveillance à la fois du découvert et des mesures prises pour y remédier (art. 44 OPP 2 dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004). Ni la loi, ni l'ordonnance ne définissaient quelles mesures d'assainissement devaient être entreprises, encore moins à quelles conditions de telles mesures devaient répondre pour être admissibles. Des solutions diverses ont néanmoins été appliquées dans la pratique, tel le splitting d'intérêts consistant à rémunérer l'avoir de prévoyance obligatoire au taux légal et à ne rémunérer l'avoir surobligatoire qu'à un taux moindre voire nul, ou encore, une variante de ce système consistant à rémunérer l'ensemble de l'avoir de prévoyance à un taux inférieur au taux légal, certaines institutions ayant même choisi de fixer un taux nul, mettant ainsi l'intérêt légal de l'avoir de prévoyance obligatoire à charge de l'avoir de prévoyance surobligatoire, ce qui conduisait à une diminution de l'avoir de prévoyance surobligatoire (principe de l'imputation; Hans-Ulrich Stauffer, op. cit., n° 1487 p. 565). Le 21 mai 2003, le Conseil fédéral a arrêté les directives concernant des mesures destinées à résorber les découverts dans la prévoyance professionnelle applicable à compter du 1er juillet 2003 à toutes les institutions de prévoyance enregistrées (FF 2003 3863). D'après le chiffre 33 des Directives, les institutions de prévoyance qui étendaient la prévoyance au-delà des prestations minimales de la LPP (institutions dites « enveloppantes ») pouvaient, en cas de découvert, appliquer à l'ensemble de l'avoir d'épargne un taux d'intérêt réduit ou nul en application du principe d'imputation, une telle mesure n'étant licite que si cette possibilité était prévue dans le règlement et seulement durant la période pendant laquelle existait un découvert. Le Tribunal fédéral a précisé par la suite qu'un taux d'intérêt nul pouvait être appliqué même sans modification du règlement, l'obligation d'éviter la survenance d'un découvert (art. 65 al. 1 LPP) devant l'emporter sur toute disposition réglementaire commandant le versement d'un intérêt annuel sur les avoirs en compte (arrêt 2A.562/2005 du 28 juin 2006 consid. 4).
3.4.3 Le 1er janvier 2005 est entrée en vigueur la novelle du 18 juin 2004 modifiant la LPP (RO 2004 4635), laquelle a fixé dans la loi les mesures destinées à résorber les découverts dans la prévoyance professionnelle. En vertu de l'art. 65c al. 1 LPP, un découvert limité dans le temps et, partant, une dérogation au principe de garantie prévu à l'art. 65 al. 1 LPP est autorisé sous certaines conditions. D'une part, il faut garantir que les prestations légales puissent être fournies à leur échéance (let. a); d'autre part, l'institution de prévoyance doit prendre des mesures afin de rétablir dans un délai approprié la couverture intégrale de ses engagements (let. b). Les mesures destinées à résorber un découvert doivent se fonder sur une base légale réglementaire et tenir compte de la situation particulière de l'institution de prévoyance, notamment des structures de sa fortune et de ses engagements, telles que plans de prévoyance, structure et évolution probable de l'effectif de ses destinataires de prestations (assurés, bénéficiaires de rente). Ces mesures doivent être proportionnelles et adaptées au degré du découvert et s'inscrire dans un concept global équilibré. Elles doivent être de nature à résorber le découvert dans un délai approprié (art. 65d al. 2 LPP; voir également art. 44 OPP 2).
3.4.4 Dans le contexte légal actuel, il convient d'admettre que les institutions de prévoyance dites « enveloppantes » puissent, dans le cadre de mesures destinées à résorber un découvert s'inscrivant dans un concept global équilibré (art. 65d al. 2 LPP et 44 al. 2 OPP 2), rémunérer l'avoir de prévoyance surobligatoire à un taux moindre voire nul selon le principe de l'imputation, pour autant que cette mesure se fonde sur une base réglementaire, soit limitée dans le temps et que le devoir d'information envers les assurés et l'autorité de surveillance ait été respecté (art. 65c al. 2 LPP).
3.4.5 En l'absence d'un découvert, une telle latitude ne saurait en revanche être admise. L'application du principe de l'imputation aboutit souvent au versement d'un intérêt dit négatif, dans la mesure où l'avoir net de prévoyance surobligatoire se voit amputer de la somme nécessaire à couvrir le taux d'intérêt minimal qu'il y a lieu de verser légalement sur l'avoir de prévoyance obligatoire. Or, dans la mesure où la situation financière de l'institution de prévoyance n'atteint pas le seuil reconnu par la loi à partir duquel des mesures d'assainissement doivent être entreprises (art. 44 al. 1 OPP 2), rien ne justifie qu'il soit porté atteinte à la substance de l'avoir de prévoyance acquis jusqu'à ce jour. On peut certes se demander s'il ne serait pas souhaitable qu'une institution de prévoyance puisse prendre des mesures d'assainissement immédiates, si ce n'est préventives, lui permettant d'éviter un découvert prévisible (cf. arrêt 2A.562/2005 du 28 juin 2006 consid. 4). Il convient cependant d'admettre que le législateur a entendu régler de manière exhaustive la question des mesures destinées à résorber les découverts dans la prévoyance professionnelle, de sorte qu'il convient de nier la faculté pour une institution de prévoyance de pouvoir anticiper une situation de découvert par des mesures qui touchent à la substance de l'avoir de prévoyance (sur cette question, voir ERICH PETER, Unterdeckung und Sanierung - Rechte und Pflichten des Vorsorgeeinrichtung, PJA 2009 p. 793; HANS-ULRICH STAUFFER, Admissibilité de la rémunération nulle, SPV/PPS 8/2006 p. 59).
3.5 En résumé, le taux d'intérêt rémunératoire et compensatoire applicable à la prestation de sortie à transférer à la suite d'un divorce doit, s'agissant de l'avoir de prévoyance obligatoire - et sous réserve de la situation prévue à l'art. 65d al. 4 LPP -, correspondre au taux minimal fixé à l'art. 12 OPP 2. En revanche, l'institution de prévoyance peut fixer librement le taux d'intérêt applicable à l'avoir de prévoyance surobligatoire, celui-ci pouvant être inférieur au taux minimal, voire nul. Cette latitude ne saurait toutefois conduire, en l'absence d'un découvert, au versement d'un intérêt dit négatif sur l'avoir de prévoyance surobligatoire.
4. Sur le vu de ce qui précède, la Juge unique de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal ne pouvait appliquer au taux d'intérêt compensatoire applicable à la part surobligatoire de la prestation de sortie versée par P._ le taux d'intérêt minimal fixé à l'art. 12 OPP 2. Compte tenu des indications données le 28 novembre 2008 par l'institution recourante, selon lesquelles les avoirs de prévoyance des assurés assujettis auprès d'elle avaient été rémunérés à un taux zéro durant les années 2007 et 2008, il convenait d'examiner plus avant la question de la quotité du taux applicable. Au regard des informations versées par l'institution recourante en procédure fédérale, et notamment du procès-verbal de la réunion du Conseil de fondation du 12 décembre 2007 (cf. supra consid. 3.3), il n'est pas possible en l'état de déterminer si les dispositions prises à cette occasion s'inscrivent dans un plan concerté de mesures destinées à résorber un découvert au sens de l'art. 44 al. 1 OPP 2 et, partant, de dire si elle peut appliquer le principe d'imputation et servir un intérêt dit négatif sur l'avoir de prévoyance surobligatoire de P._. De plus, le Conseil de fondation n'a fixé formellement que le taux d'intérêt applicable pour l'année 2008 à l'exclusion des périodes postérieures et antérieures à cette année. En conséquence, il convient de renvoyer la cause à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour qu'elle procède aux actes d'instruction nécessaires. Il lui appartiendra notamment de recueillir une attestation de la part de l'institution recourante distinguant les avoirs de la prévoyance obligatoire et ceux de la prévoyance surobligatoire de P._ au moment de l'entrée en force du jugement de divorce, d'établir la nature et le fondement juridique précis de la décision prise par le Conseil de fondation le 12 décembre 2007 et d'examiner les décisions prises à propos des années antérieures et postérieures à 2007. Ce renvoi doit être toutefois assorti de la réserve suivante. L'examen ne pourra porter que sur la quotité du taux de l'intérêt compensatoire, à l'exclusion du taux de l'intérêt rémunératoire, celui-ci ne faisant pas l'objet du litige en procédure fédérale.
5. Le recours est bien fondé. Eu égard à la nature particulière du litige, la Cour de céans renonce à percevoir des frais judiciaires auprès des autres parties concernées par la procédure (art. 66 al. 1 LTF, 2e phrase). Même si elle obtient gain de cause, l'institution recourante n'a pas droit à une indemnité de dépens (art. 68 al. 3 LTF; cf. ATF 126 V 143 consid. 4a p. 150 et les références).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et la décision de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 4 février 2009 est annulée. La cause est renvoyée à la juridiction de première instance pour complément d'instruction au sens des considérants et nouveau jugement. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 25 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Piguet