Faits:
A. Par jugement du 21 janvier 2009, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._ pour banqueroute frauduleuse à une peine pécuniaire de nonante jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 20 fr. Il a, en outre, renoncé à révoquer le sursis accordé par le Juge d'instruction de l'arrondissement de l'Est vaudois le 21 novembre 2003.
B. Statuant le 31 mars 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par X._. En substance, cet arrêt repose sur les faits suivants:
B.a A la demande du couple A._, Y._, B._ et C._ ont créé le 5 avril 2004 la société D._ SA, dont le but était l'achat, la vente et la location de tout commerce. Les époux A._, qui ne voulaient pas apparaître comme actionnaires dans cette nouvelle entité, ont libéré le capital-actions de 100'000 fr. Toutefois, trois mois après sa création et alors que la société n'avait pas encore eu d'activité, ils ont récupéré leurs fonds propres, laissant subsister ainsi un manteau d'actions sans actif. Y._ a racheté au couple ce manteau d'actions pour la somme de 4'500 fr., montant correspondant aux frais de constitution de la société. Le 14 septembre 2004, il l'a revendu, pour le prix de 6'000 fr., à E._, qui lui avait été présenté par X._. En annexe au contrat figurait un bilan mensonger, selon lequel 97'500 fr. se trouvaient en caisse. Le bilan montrait ainsi, avec les frais de constitution de la société, un actif total de 100'000 fr., contrebalancé au passif par un capital du même montant.
X._, dirigeant effectif de la société D._ SA, a cherché un local à Vevey pour l'exploitation du magasin D._ SA. Il a fourni l'agencement du magasin et a assuré la fourniture des vêtements durant la brève vie de la société. La société H._, dont X._ était le gérant, a fourni le matériel à D._ SA pour 19'353 euros, mais celle-ci n'a pas payé cette facture. En outre, D._ SA a conclu avec F._ SA une convention, par laquelle cette dernière s'engageait à fournir des habits jusqu'au 31 décembre 2014 à son cocontractant, moyennant le versement d'une licence d'achat pour la somme de 50'000 fr. X._ a reçu deux actions au porteur de F._ et deux actions de D._ SA.
Lorsque D._ SA a cessé son activité à la fin de l'année 2004, X._ a récupéré le matériel d'agencement et les habits encore en stock. Il a laissé momentanément une partie des habits dans les locaux de F._ SA et a déposé d'autres, ainsi que le matériel d'agencement, dans le nouveau commerce d'habits ouvert par E._, à Bulle, au début de l'année 2005. Ce nouveau commerce a toutefois cessé toute activité trois mois plus tard, et X._ a vendu à F._ SA le reste du matériel récupéré à Bulle, à savoir des habits et de l'équipement, pour une valeur d'environ 15'000 fr.
La faillite de D._ SA a été prononcée le 18 août 2005. Le 16 janvier 2006, l'Office des poursuites et faillites de Vevey a requis la suspension de la faillite faute d'actif, au sens de l'art. 230 LP, au Président du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois, qui a dénoncé X._, Y._ et E._ le 17 janvier 2006. Finalement, l'un des créanciers a fait des avances de frais qui ont permis le traitement de la faillite. Le découvert de la faillite s'élève à 466'495 fr.
C. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un "recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire". Il conclut à son acquittement ou à l'octroi du sursis et, à titre subsidiaire, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause aux autorités cantonales.
D. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le jugement attaqué a été rendu, en dernière instance cantonale, dans une cause de droit pénal. Il peut donc faire l'objet d'un recours en matière pénale au sens des art. 78 ss LTF, de sorte que le recours constitutionnel subsidiaire est exclu (art. 113 LTF). Il convient d'examiner l'ensemble des griefs soulevés par le recourant dans la procédure du recours en matière pénale, l'intitulé erroné d'un recours ne nuisant pas à son auteur, si les conditions d'une conversion en la voie de droit adéquate sont réunies (ATF 131 I 291 consid. 1.3 p. 296; 126 II 506 consid. 1b p. 509 et les arrêts cités).
2. Le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir discuté son argumentation à l'appui du moyen tiré de l'art. 411 let. i CPP/VD. Se fondant sur cette disposition, il reprochait au juge de première instance d'avoir retenu, de manière arbitraire, qu'il avait joué un rôle de dirigeant au sein de D._ SA et qu'il savait que la société était en situation de faillite.
2.1 Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (ATF 117 Ia 116 consid. 3a p. 117).
2.1.1 Selon l'art. 411 let. i CPP/VD, le recours en nullité vaudois est ouvert s'il existe des doutes sur l'existence des faits admis et importants pour le jugement de la cause. Selon la jurisprudence constante du Tribunal cantonal vaudois, la cour de cassation pénale vaudoise n'est toutefois pas une juridiction d'appel, et cette disposition ne doit pas permettre au recourant de discuter à nouveau librement les faits devant l'autorité de recours (BOVAY ET AL., Procédure pénale vaudoise, 3 éd., 2008, n. 11 ad art. 411, p. 487 ss).
2.1.2 Dans l'arrêt attaqué, la cour cantonale n'a pas omis de traiter le grief soulevé, mais a refusé d'entrer en matière sur celui-ci, considérant que le recourant ne faisait que contester l'appréciation des premiers juges en opposant sa propre version des faits, sans démontrer en quoi ceux-ci auraient fait preuve d'arbitraire (arrêt attaqué p. 10). A la lecture du recours cantonal, dont le recourant reproduit le passage topique dans son recours fédéral, la cour de céans ne peut que constater, à la suite de la cour cantonale, le caractère appellatoire de son argumentation. Aussi, la cour cantonale n'a-t-elle pas commis de déni de justice formel en n'entrant pas en matière sur le grief soulevé. Elle n'a pas non plus appliqué le droit de procédure cantonal de manière arbitraire. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
2.2 Lorsque - comme en l'espèce - la cour cantonale arrive à la conclusion qu'un grief tiré de l'établissement arbitraire de l'état de fait est irrecevable faute de motivation suffisante, le recourant ne peut se plaindre que d'un déni de justice ou de la violation du droit d'être entendu. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'examiner, à la place de l'autorité de recours cantonale, si les faits ont été établis de manière arbitraire. Un tel examen serait contraire au principe de l'épuisement des instances cantonales (art. 80 LTF). Partant, le grief, par lequel le recourant soutient que le premier juge et, à sa suite, la cour cantonale auraient violé la présomption d'innocence et établi les faits de manière arbitraire en retenant qu'il a joué un rôle de dirigeant effectif au sein de D._ SA, est irrecevable.
3. Le recourant conteste l'application de l'art. 163 CP. En effet, n'ayant pas été impliqué dans la gestion de D._ SA, il ne pouvait connaître la situation financière de celle-ci. En outre, aucun élément du dossier n'établirait un lien de causalité entre le transfert frauduleux des habits et de l'agencement et la faillite et la survenance de la faillite.
3.1 Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits (ATF 135 IV 152 consid. 2.3.2 p. 156), que le Tribunal fédéral ne peut réexaminer que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (art. 97 al. 1 LTF), à savoir d'arbitraire (ATF 134 IV 36 consid. 1.4.1 p. 39). On peut renvoyer, sur la notion d'arbitraire, aux principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral (voir p. ex.: ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4/5; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148, 133 I 149 consid. 3.1 p. 153). En bref, pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat.
En l'espèce, l'arrêt cantonal retient, en fait, que le recourant occupait une position dirigeante au sein de la société. Le grief d'arbitraire sur ce point ayant été déclaré irrecevable (cf. consid. 1 ci-dessus), cette constatation lie la cour de céans (art. 105 al. 1 LTF). Compte tenu de sa position dirigeante, il n'est pas arbitraire d'admettre que le recourant était au courant des difficultés financières que connaissait la société D._ SA à la fin de l'année 2004 et qu'il avait en conséquence conscience du risque d'insolvabilité quand il a récupéré l'agencement et les vêtements qui se trouvaient dans le magasin de Vevey. Sur la base de ces faits, établis sans arbitraire, la cour cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral en admettant que le recourant avait agi intentionnellement. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
3.2 L'infraction définie à l'art. 163 CP n'est punissable que si le débiteur a été déclaré en faillite ou si un acte de défaut de biens a été dressé contre lui. Il n'est toutefois pas exigé qu'il y ait un rapport de causalité entre le comportement fautif et la survenance de la faillite (Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. I, 2002, n. 32 ad art. 163 CP, p. 461). Le grief du recourant tiré du défaut de lien de causalité entre les actes reprochés et la faillite est donc infondé.
4. Le recourant soutient que le sursis aurait dû lui être accordé.
4.1 Selon l'art. 42 al. 1 CP, le juge suspend en règle générale l'exécution d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou d'une peine privative de liberté de six mois au moins et de deux ans au plus lorsqu'une peine ferme ne paraît pas nécessaire pour détourner l'auteur d'autres crimes ou délits.
En l'espèce, le recourant a été condamné à une peine pécuniaire de 90 jours-amende, de sorte que la condition objective du sursis est réalisée. Il s'agit donc de déterminer si la condition subjective est réalisée.
4.2 Sur le plan subjectif, le juge doit poser, pour l'octroi du sursis, un pronostic quant au comportement futur de l'auteur. Selon le nouveau droit, il suffit qu'il n'y ait pas de pronostic défavorable. Le sursis est désormais la règle dont on ne peut s'écarter qu'en présence d'un pronostic défavorable (ATF 134 IV 1 consid. 4.2.2 p. 5 s.). Pour émettre un pronostic, le juge doit se livrer à une appréciation d'ensemble, tenant compte des circonstances de l'infraction, des antécédents de l'auteur, de sa réputation et de sa situation personnelle au moment du jugement, notamment de l'état d'esprit qu'il manifeste. Il doit tenir compte de tous les éléments propres à éclairer l'ensemble du caractère de l'accusé et ses chances d'amendement. Il ne peut accorder un poids particulier à certains critères et en négliger d'autres qui sont pertinents (ATF 134 IV 1 consid. 4.2.1 p. 5).
De même qu'en matière de fixation de la peine, la motivation du jugement (art. 50 CP) doit permettre la vérification de la correcte application du droit fédéral (cf. ATF 134 IV 5 consid. 4.2.1). Dans l'émission du pronostic, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation, de sorte que le Tribunal fédéral n'intervient qu'en cas d'excès ou d'abus, notamment lorsque le juge a omis de tenir compte de critères pertinents (ATF 133 IV 201 consid. 2.3 p. 204 en cas de libération conditionnelle; arrêt du Tribunal fédéral 6B_303/2007 du 6 décembre 2007, consid. 6).
4.3 La cour cantonale a refusé d'octroyer le sursis au recourant au vu de ses antécédents et de son attitude à l'audience (absence de prise de conscience). Le recourant a été condamné à deux reprises, à savoir en 2002, pour infraction à la loi fédérale sur la concurrence déloyale, et, en 2003, pour infraction à la loi fédérale sur les stupéfiants, ainsi qu'à trois reprises en France (en 1994, 2002 et 2007; cf. jugement de première instance p. 7). Certes, ces infractions n'ont pas été commises dans le même domaine et certaines sont déjà anciennes. Elles dénotent cependant, en raison de leur nombre, une propension du recourant à la délinquance. En outre, il découle de l'attitude du recourant à l'audience que ce dernier n'a pas pris conscience de sa faute (jugement de première instance p. 16). Le défaut de prise de conscience est une constatation de fait, qui lie la cour de céans (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elle ne soit entachée d'arbitraire. En l'espèce, la cour cantonale a tiré cette conclusion de l'attitude du recourant à l'audience, et un "ancrage" complémentaire dans le dossier n'est pas nécessaire. En conséquence, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir abusé de son large pouvoir d'appréciation en estimant que les antécédents et l'attitude du recourant conduisaient à l'établissement d'un pronostic défavorable quant à sa conduite future en liberté. Ce grief est donc également mal fondé.
5. Le recourant se plaint d'arbitraire, au motif que la cour cantonale aurait refusé la production de pièces nouvelles, l'audition d'un témoin et la mise en oeuvre d'une expertise.
5.1 Le droit d'être entendu permet au justiciable de participer à la procédure probatoire en exigeant l'administration des preuves déterminantes (ATF 126 I 15 consid. 2a/aa p. 16 et les arrêts cités). Le droit de faire administrer des preuves n'existe toutefois que si l'offre de preuve a été formulée en temps utile et dans les formes prescrites, si elle se rapporte à un fait pertinent qui n'est pas déjà établi et si le moyen proposé est apte à apporter la preuve ( ATF 122 III 219 consid. 3c p. 223).
5.2 En l'espèce, la cour cantonale a rejeté la requête de production de pièces nouvelles au motif que celles-ci portaient sur des faits antérieurs au jugement de première instance et que l'administration de telles pièces mettrait à néant le principe selon lequel le tribunal de première instance établit les faits (arrêt attaqué p. 8/9). Elle a refusé d'entrer en matière sur les autres mesures d'instruction (audition d'un témoin et expertise), dès lors que le motif d'annulation fondant le recours en nullité n'était pas fondé, le jugement de première instance n'étant ni insuffisant ni lacunaire (arrêt attaqué p. 13/14).
Dans la mesure où le recourant n'a pas produit les pièces en temps utile selon les règles de procédure cantonale, il ne peut pas se plaindre du rejet de son offre de preuve. Son grief doit dès lors être rejeté. S'agissant des autres mesures d'instruction, le recourant n'explique pas en quoi le raisonnement de la cour cantonale serait erroné et, en particulier, en quoi l'était de fait cantonal serait insuffisant ou lacunaire et justifierait en conséquence des mesures d'instruction complémentaires. Insuffisamment motivé (art. 106 al. 2 LTF), le grief soulevé est irrecevable.
6. Le recourant invoque enfin la violation du droit d'être entendu (motivation insuffisante) et de la présomption d'innocence. Ces griefs sont insuffisamment motivés et donc irrecevables.
7. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant qui succombe doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 14 janvier 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin