Sachverhalt:
A. Die 1956 geborene S._ war zuletzt als "Mitarbeiterin B._" bei der Firma X._ erwerbstätig gewesen, als sie sich am 5. Mai 2004 bei der IV-Stelle Schwyz zum Leistungsbezug anmeldete und eine Rente beantragte. Die IV-Stelle Schwyz verneinte zunächst mit Verfügung vom 11. Mai 2004 und Einspracheentscheid vom 20. Juli 2005 einen Rentenanspruch der Versicherten; zog diesen Einspracheentscheid jedoch auf Beschwerde hin mit Entscheid vom 21. September 2005 in Wiedererwägung und veranlasste weitere Abklärungen. Im Zuge dieser Abklärungen nahm sie insbesondere einen Bericht des Dienstes Y._ vom 5. Oktober 2005 zu den Akten und liess die Versicherte bei Dr. med. C._ psychiatrisch begutachten (Gutachten vom 8. Oktober 2007). Mit Einspracheentscheid vom 31. Dezember 2007 hielt die IV-Stelle Schwyz bei einem Invaliditätsgrad von 33 % an ihrer Rentenablehnung fest, sprach der Versicherten jedoch berufliche Massnahmen in Form von Arbeitsvermittlung zu.
B. Die von S._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 12. November 2008 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt S._, ihr sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides eine ganze IV-Rente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zwecks weiterer medizinischen Abklärungen an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
Während das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichten die IV-Stelle Schwyz und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
D. In ihren weiteren Eingaben hielt S._ an ihren Begehren fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Da der vorinstanzliche Entscheid nicht Geldleistungen der Unfall- oder der Militärversicherung betrifft, prüft das Bundesgericht nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde.
2. 2.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss Art. 8 Abs. 1 ATSG (SR 830.1) die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
2.2 Wie das kantonale Gericht zutreffend erwogen hat, ist hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind. Ausschlaggebend für den Beweiswert ist grundsätzlich somit weder die Herkunft eines Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352).
2.3 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie das Vorliegen eines invalidisierenden Gesundheitsschadens verneinte.
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung der gesamten medizinischen Akten für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdeführerin eine leidensangepasste Tätigkeit vollzeitlich zumutbar wäre. Die Versicherte macht geltend, Vorinstanz und Verwaltung hätten in psychiatrischer Hinsicht zu Unrecht dem Gutachten des Dr. med. C._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 8. Oktober 2007 vollen Beweiswert zuerkannt; diese Begutachtung sei in verschiedener Hinsicht fehlerbehaftet.
4.2 Die Versicherte bringt gegen das Gutachten vor, der Gutachter habe sich nicht für die Inzestproblematik interessiert. Dr. med. C._ hat im vorinstanzlichen Verfahren zu diesem Vorwurf mit Schreiben vom 15. April 2008 Stellung genommen. In dieser Stellungnahme führt er aus, die Versicherte habe beim Begutachtungsgespräch vom 31. Mai 2007 einen Missbrauch in ihrer Kindheit mit keinem Wort erwähnt und auch in den Akten fänden sich keine Hinweise auf solche traumatischen Erfahrungen. Diese Behauptung des Gutachters ist jedoch aktenwidrig: Bereits im Bericht des Dienstes Y._ vom 5. Oktober 2005 - mithin in jenem Bericht, der erst Anlass zu einer psychiatrischen Begutachtung gab - wurden sexuelle Übergriffe auf die Versicherte in ihrer Jugend thematisiert. Dass der Gutachter die Darstellung der Anamnese in jenem Bericht nicht zur Kenntnis genommen hat, spricht dafür, dass er bei der Ausarbeitung seines Gutachtens nicht die notwendige Sorgfalt aufgewendet hat. Zudem ist ein Gutachten, welches die medizinischen Vorakten unzureichend berücksichtigt, unvollständig und vermag daher nicht zu Ergebnissen zu führen, welche auf gesamthafter Würdigung der medizinischen Lage beruhen. Einer solchen Expertise fehlt rechtsprechungsgemäss die erforderliche Überzeugungs- und Beweiskraft selbst dann, wenn die auf der Grundlage der vom Experten selbst erhobenen Befunde gezogenen Schlüsse an sich einleuchten und vom Rechtsanwender prüfend nachvollzogen werden können (Urteil 9C_51/2008 vom 15. Juli 2008 E. 2.2 mit weiteren Hinweisen). Somit haben Vorinstanz und Verwaltung gegen Bundesrecht verstossen, als sie dem Gutachten des Dr. med. C._ vom 8. Oktober 2007 uneingeschränkten Beweiswert zuerkannt haben. Bei dieser Ausgangslage braucht auf die weiteren Vorbringen der Versicherten gegen die Begutachtung nicht näher eingegangen zu werden.
4.3 Kommt dem erwähnten Gutachten kein voller Beweiswert zu, so erweist sich der Sachverhalt in psychiatrischer Hinsicht als zu wenig abgeklärt, um ohne Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes über den Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin befinden zu können. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen, der Einsprache- und der kantonale Gerichtsentscheid sind aufzuheben und die Sache ist an die IV-Stelle Schwyz zurückzuweisen, damit sie nach Durchführung einer bundesrechtskonformen psychiatrischen Begutachtung der Versicherten durch eine andere Gutachtensperson über den Leistungsanspruch neu entscheide.
5. Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren werden der Beschwerdegegnerin auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin hat für das bundesgerichtliche Verfahren Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 12. November 2008 und der Einspracheentscheid der IV-Stelle Schwyz vom 31. Dezember 2007 werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle Schwyz zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch der Beschwerdeführerin neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 300.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer