Sachverhalt:
A. X._ war Gesellschafter und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der A._ GmbH. Am 16. Januar 2004 wurde über diese Gesellschaft der Konkurs eröffnet. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau erhob gegen X._ Anklage wegen verschiedener Wirtschaftsdelikte im Zusammenhang mit der A._ GmbH, mehrfacher Falschbeurkundung mit der B._ GmbH, Veruntreuung bei einem Kreditvermittlungsgeschäft, mehrfacher Urkundenfälschung als "C._" sowie mehrfacher Betrugsdelikte, allenfalls Zechprellerei und Urkundenfälschung zum Nachteil verschiedener Gastrobetriebe.
B. Das Bezirksgericht Steckborn verurteilte X._ am 14. Mai 2009 wegen Veruntreuung (Ziff. 6 der Anklage), mehrfacher ungetreuer Geschäftsbesorgung (Ziff. 3), mehrfachen gewerbsmässigen Betrugs und Zechprellerei (Ziff. 8), mehrfachen betrügerischen Konkurses (Ziff. 4), Misswirtschaft (Ziff. 1), mehrfacher Unterlassung der Buchführung (Ziff. 2) sowie Urkundenfälschung (Ziff. 5 und 7). Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren, wovon es ein Jahr als vollziehbar erklärte, unter Anrechnung von 80 Tagen Polizei- und Untersuchungshaft. Zwei Jahre schob es bei einer Probezeit von fünf Jahren auf. Für die Dauer der Probezeit ordnete es eine Bewährungshilfe an und verbot X._, eine selbständige Geschäftstätigkeit auszuüben. Das Gericht verpflichtete ihn ausserdem, den Geschädigten insgesamt rund Fr. 11'000.-- auszurichten.
Die von X._ gegen dieses Urteil erhobene Berufung hiess das Obergericht des Kantons Thurgau am 6. April 2011 teilweise gut. Es bestätigte die Schuldsprüche und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren, unter Anrechnung von 80 Tagen Polizei- und Untersuchungshaft. Den Vollzug der Strafe schob das Obergericht bei einer Probezeit von fünf Jahren auf. Es bestätigte ausserdem die Anordnung einer Bewährungshilfe, das Verbot, eine selbständige Geschäftstätigkeit auszuüben, sowie die Zahlungen an die Geschädigten.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und "Verfassungsbeschwerde". Er beantragt, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 6. April 2011 sei aufzuheben. Die Sache sei zum Beizug der Akten des Strafverfahrens der Staatsanwaltschaft St. Gallen gegen D._ und andere, zur Konfrontation mit den bezeichneten Belastungszeugen sowie zur Neubeurteilung an die erste Instanz zurückzuweisen. Eventualiter seien die Ziff. 1-4 des angefochtenen Entscheides aufzuheben und er von den Anklagen der Misswirtschaft, der ungetreuen Geschäftsführung (recte: Geschäftsbesorgung), der Falschbeurkundung, des Betrugs zum Nachteil des Ferien- und Bildungszentrums E._ sowie des gewerbsmässigen Betrugs freizusprechen. Er sei mit einer bedingten Freiheitsstrafe von maximal sieben Monaten, bei einer Probezeit von vier Jahren und unter Anrechnung von 80 Tagen Polizei- und Untersuchungshaft, zu bestrafen.
X._ verlangt unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung.
D. Das Obergericht des Kantons Thurgau beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau stellt die Anträge, auf die Verfassungsbeschwerde sei nicht einzutreten, und die Beschwerde in Strafsachen sei abzuweisen.
Erwägungen:
1. Mit Beschwerde in Strafsachen gemäss Art. 78 ff. BGG kann grundsätzlich jede Rechtsverletzung geltend gemacht werden, die bei der Anwendung von materiellem Strafrecht oder Strafprozessrecht begangen wird (BGE 134 IV 36 E. 1.4.3 S. 41). Dies gilt auch für die Verletzung von Verfassungsrecht (Art. 95 lit. a BGG). Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist somit ausgeschlossen (Art. 113 BGG). Sie ist als Beschwerde in Strafsachen entgegenzunehmen. Im Übrigen ist auf sie nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Ansprüche auf rechtliches Gehör und Waffengleichheit sowie des Rechts auf Entlastungsbeweis (Art. 29 und 32 BV). Er habe die Vorinstanzen ersucht, die Akten des Strafverfahrens der Staatsanwaltschaft St. Gallen gegen D._ und andere beizuziehen und einsehen zu dürfen. Das Dispositiv des Kreisgerichts Wil und die Anklageschrift der St. Galler Staatsanwaltschaft seien ihm bekannt. Daraus sei ersichtlich, dass es teilweise um dieselben Liegenschaften, Verkehrswertschätzungen und um die gleichen Akteure gegangen sei. Die Haupttäter hätten eine erste Gruppe von Strohleuten ("Käufer 1") unattraktive Liegenschaften kaufen lassen, um diese mit falschen Schätzungen zu überhöhten Preisen einer zweiten Gruppe von Strohleuten ("Käufer 2") zu verkaufen. Diese hätten mit falschen Schätzungen und Einkommensausweisen bei Banken übersetzte Hypothekardarlehen erwirkt, die zu den Haupttätern geflossen seien. Die "Käufer 2" hätten die Hypothekarzinsen der stark überbelehnten Liegenschaften nicht mehr bezahlen können. Sie hätten daraufhin versucht, ihm (dem Beschwerdeführer) bzw. der A._ GmbH die überbelehnten Liegenschaften zum Preis der Hypothekarschuld weiter zu verkaufen. Da er keine Bank zur Finanzierung gefunden habe, seien die "Käufer 2" nicht aus ihren Hypothekarverpflichtungen entlassen worden. Einige hätten jedoch gegen ihn wegen Misswirtschaft und ungetreuer Geschäftsbesorgung Anzeige erstattet (Beschwerde, S. 4 f.). Die "Käufer 2" seien im vorliegenden Verfahren als Belastungszeugen gegen ihn aufgetreten und hätten sich als Geschädigte ausgegeben. Er habe keine Gelegenheit gehabt, diesen Personen Fragen zu stellen. Die Vorinstanzen hätten das Belastungsmaterial direkt und indirekt verwertet (Beschwerde, S. 6).
2.2 Die Vorinstanz erwägt, es sei nicht nachvollziehbar, weshalb der Beschwerdeführer die im Zusammenhang mit der Akteneröffnung angesetzte Frist bis zum 3. Juli 2006 bzw. die Frist nach Zustellung neu ergangener Akten am 10. Dezember 2008 nicht für Beweisergänzungsanträge genutzt habe. Erst nach Anklageeröffnung am 17. Februar 2009 habe dieser umfangreiche Beweisergänzungsanträge gestellt. Er habe auch im Berufungsverfahren nicht begründen können, weshalb es nicht möglich gewesen wäre, vor Abschluss der Strafuntersuchung bzw. vor Eröffnung der Anklage Beweisergänzungen zu beantragen. Vorliegend sei allerdings ohnehin entscheidend, dass diese Anträge an der Überzeugung des Richters nichts zu ändern vermöchten. Aus den dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Tatbeständen sei ersichtlich, dass auch ohne die beantragten Konfrontationseinvernahmen ein strafbares Verhalten des Beschwerdeführers erwiesen sei (Urteil, S. 10 f.).
Die Vorinstanz führt weiter aus, es gebe keinen Hinweis, dass der Beschwerdeführer wegen Delikten im vorliegenden Verfahren bereits verurteilt oder freigesprochen worden wäre. Es gehe nicht um den D._ und Konsorten zur Last gelegten Immobilienbetrug. Das Verfahren umfasse vielmehr Straftatbestände rund um die A._ GmbH des Beschwerdeführers. Ein Bericht der Kantonspolizei Thurgau aus dem Jahre 2006 halte zwar fest, dass die St. Galler Untersuchungsbehörden ein Verfahren gegen ihn eingestellt hätten. Die St. Galler Behörden hätten jedoch betont, es sei gegen den Beschwerdeführer nie eine Untersuchung geführt worden. Er sei in der Geschäftskontrolle des Verfahrens gegen D._ und Konsorten als Beteiligter und nicht als Angeschuldigter geführt worden. Es bestehe insgesamt kein Anlass, die Akten der im Kanton St. Gallen hängigen oder durchgeführten Strafverfahren beizuziehen (Urteil, S. 11 f.).
2.3 Der in Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK garantierte Anspruch des Angeschuldigten, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, ist ein besonderer Aspekt des Rechts auf ein faires Verfahren. Eine belastende Zeugenaussage ist grundsätzlich nur verwertbar, wenn der Beschuldigte wenigstens einmal während des Verfahrens angemessene und hinreichende Gelegenheit hatte, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Fragen an den Belastungszeugen zu stellen. Damit die Verteidigungsrechte gewahrt sind, muss der Beschuldigte namentlich in der Lage sein, die Glaubhaftigkeit einer Aussage prüfen und den Beweiswert in kontradiktorischer Weise auf die Probe und in Frage stellen zu können (BGE 133 I 33 E. 2.2; 131 I 476 E. 2.2; 129 I 151 E. 3.1 und 4.2; je mit Hinweisen). Dieser Anspruch wird als Konkretisierung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) auch durch Art. 32 Abs. 2 BV gewährleistet (BGE 131 I 476 E. 2.2; 129 I 151 E. 3.1 mit Hinweisen).
2.4 Dem Anspruch, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, kommt grundsätzlich ein absoluter Charakter zu (BGE 131 I 476 E. 2.2; 129 I 151 E. 3.1). Auf eine Konfrontation des Angeklagten mit dem Belastungszeugen oder auf die Einräumung der Gelegenheit zu ergänzender Befragung des Zeugen kann nur unter besonderen - hier nicht zutreffenden - Umständen verzichtet werden (hierzu ausführlich Urteil 6B_125/2012 vom 28. Juni 2012 E. 3.3.1 mit Hinweisen). Die Beantwortung von Fragen der Verteidigung an den Belastungszeugen darf nicht mittels antizipierter Beweiswürdigung als nicht notwendig erklärt werden (BGE 129 I 151 E. 4). Dies gilt entgegen dem Hinweis in BGE 129 I 151 E. 4.3 und der vorinstanzlichen Auffassung auch, wenn das streitige Zeugnis nicht den einzigen oder einen wesentlichen Beweis darstellt. Unerheblich ist, dass die belastende Aussage lediglich eines von mehreren Gliedern einer Indizienkette bildet (Urteil 6B_125/2012 vom 28. Juni 2012 E. 3.3.1 mit zahlreichen Hinweisen).
2.5 Die Konfrontation kann entweder im Zeitpunkt der Aussage des Belastungszeugen erfolgen oder auch in einem späteren Verfahrensstadium (BGE 125 I 127 E. 6b mit Hinweisen). Der Beschuldigte kann den Behörden grundsätzlich nicht vorwerfen, gewisse Zeugen nicht vorgeladen zu haben, wenn er es unterlässt, rechtzeitig und formgerecht die entsprechenden Beweisanträge zu stellen (BGE 131 I 476 E. 2.1; 125 I 127 E. 6c/bb mit Hinweisen). Ob ein Antrag auf Befragung von Belastungszeugen unter dem Gesichtswinkel von Treu und Glauben rechtzeitig vorgebracht wurde, hängt von den konkreten Umständen des Einzelfalls ab (Urteil 6B_373/2010 vom 13. Juli 2010 E. 3.3).
2.6 Der Beschwerdeführer (bzw. sein damaliger Verteidiger) beantragte nach Eröffnung der Anklage unter anderem, 23 Belastungszeugen einzuvernehmen. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen hatte der Beschwerdeführer weder im Rahmen der ersten Akteneröffnung im Jahre 2006 noch nach der Zustellung neuer Akten Ende 2008 entsprechende Anträge gestellt.
Der Beschwerdeführer verstösst entgegen der Vorinstanz nicht gegen Treu und Glauben, indem er nach Erhalt der Anklageschrift die Konfrontation mit Belastungszeugen verlangt. Ein Antrag auf Konfrontationseinvernahmen ist nach der Praxis des Bundesgerichts verspätet, wenn der Antrag nicht bis zum Abschluss der erstinstanzlichen Hauptverhandlung erfolgt, sofern der Beschwerdeführer bis dahin nach Treu und Glauben zur Antragsstellung Anlass gehabt hätte (Urteile 6B_647/2011 vom 29. Dezember 2011 E. 1.3; 6B_223/2011 vom 12. September 2011 E. 1.3; 6B_64/2010 vom 26. Februar 2010 E. 2.4; 6B_10/2009 vom 6. Oktober 2009 E. 2.2.5).
2.7 Die Vorinstanz zieht nicht in Erwägung, dass erst mit Eröffnung der Anklageschrift verbindlich feststeht, was dem Beschuldigten strafrechtlich vorgeworfen wird. Entsprechend sieht das vorliegend noch anwendbare Gesetz des Kantons Thurgau vom 30. Juni 1970 über die Strafrechtspflege (Strafprozessordnung) in der bis zum 31. Dezember 2010 in Kraft stehenden Fassung (Art. 453 Abs. 1 StPO) ausdrücklich vor, dass mit der Zustellung der Anklageschrift eine Frist von zehn Tagen angesetzt wird, innert der die Parteien beim Gerichtspräsidenten schriftlich Anträge auf Beweisergänzungen stellen und die Akten einsehen können (§ 143 Abs. 2 StPO/TG). Dass der Beschwerdeführer bereits früher die Möglichkeit gehabt hätte, entsprechende Anträge zu stellen, kann ihm nicht zum Nachteil gereichen.
2.8 Um den Gang der Hauptverhandlung nicht durch zahlreiche Einvernahmen von Belastungszeugen zu behindern, hätten die Untersuchungsbehörden dem Beschwerdeführer rechtzeitig die Gelegenheit einräumen können, an den Einvernahmen teilzunehmen. Damit hätten sie dem Anspruch auf zumindest einmalige Konfrontation während des gesamten Verfahrens Genüge getan. Die Vorinstanz führt nicht aus, dass dem Beschwerdeführer entsprechende Teilnahmerechte eingeräumt worden wären. Die Vorinstanz hält allerdings fest, dass auch ohne die beantragten Konfrontationseinvernahmen das strafbare Verhalten des Beschwerdeführers erwiesen sei (Urteil, S. 11).
2.9 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die angerufenen Grundrechte verstossen soll. Der Beschwerdeführer begründet in weiten Teilen seiner Beschwerde nicht hinreichend, inwiefern aufgrund der nicht durchgeführten Konfrontationseinvernahmen seine verfassungsmässigen Rechte verletzt worden sind. Der allgemeine Vorwurf, dass Konfrontationseinvernahmen hätten durchgeführt werden sollen, genügt nicht. Der Beschwerdeführer müsste bei den einzelnen, von der Vorinstanz behandelten Anklagesachverhalten dartun, inwiefern sie sich auf Zeugen abstützt, mit denen er nicht konfrontiert wurde. Seine Behauptung, die Vorinstanz habe das belastende Material der befragten Zeugen direkt oder indirekt verwertet, obwohl sie es abgestritten habe, reicht als Begründung nicht aus. Insoweit ist auf seine Beschwerde nicht einzutreten.
3. 3.1 In Bezug auf den Betrugsvorwurf im Falle des Ferien- und Bildungszentrums E._ macht der Beschwerdeführer mit genügender Begründung geltend, dass die Vorinstanz das Tatbestandsmerkmal der arglistigen Täuschung aus den Äusserungen der Ordensschwester F._ ableite, obwohl er trotz entsprechenden Antrages nie Gelegenheit erhalten habe, dieser Person Fragen zu stellen (Beschwerde, S. 11 f. und S. 23). Er begründet in der Folge ausführlich, weshalb er nicht arglistig gehandelt habe. Er argumentiert, dass seine einfachen Lügen leicht überprüfbar waren und die Gastgeberinnen sehr leichtsinnig gehandelt hätten. Hätten Sie nur schon eine Vorauszahlung oder eine Kreditkarte verlangt, wäre seine Zahlungsunfähigkeit sofort offenbar geworden (Beschwerde, S. 21-24).
3.2 Die Vorinstanz hält fest, dass der Beschwerdeführer den Tatvorwurf der Zechprellerei einräume, nicht jedoch des Betrugs. Das Tatbestandselement der Arglist begründet die Vorinstanz ausschliesslich mit den von F._ in ihrem Strafantrag ausführlich dargestellten Vorwürfen und den von ihr eingereichten Unterlagen (Urteil, S. 47 f.). Eine protokollierte polizeiliche oder untersuchungsrichterliche Befragung fand nicht statt. Aus den Akten ergibt sich einzig indirekt, dass zwischen dem Untersuchungsrichter und F._ mündlich und schriftlich (per Fax) kommuniziert wurde. Entsprechende Dokumente und Gesprächsnotizen fehlen jedoch in den Akten. Die von der Vorinstanz weiter erwähnten Belegstellen (Einvernahmen des Beschwerdeführers, Ermittlungsbericht der Polizei) liefern keine Hinweise, dass der Beschwerdeführer arglistig gehandelt hätte. Indem die Vorinstanz einzig auf die Begründung in der Strafanzeige von F._ abstellt, hat sie den Sachverhalt, insbesondere zur Frage der Arglist, ungenügend abgeklärt. Die Verurteilung wegen Betrugs verletzt Bundesrecht.
4. Der vom Beschwerdeführer verlangte Beizug der St. Galler Akten im Verfahren gegen D._ und Konsorten weist die Vorinstanz mit zutreffenden Argumenten ab. Der Umstand, dass er in dieser 633-seitigen Anklageschrift 27 mal und die A._ GmbH 20 mal erwähnt wird, begründet den Beizug der St. Galler Akten nicht. Die Vorinstanz erwähnt, dass der Beschwerdeführer in der Geschäftskontrolle des St. Galler Verfahrens als Beteiligter und nicht als Angeschuldigter geführt wurde, was seine mehrfache Erwähnung in der Anklageschrift ohne weiteres erklärt. Die Rüge des Beschwerdeführers ist unbegründet.
5.1 5.1.1 In materieller Hinsicht rügt der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe den Straftatbestand der Misswirtschaft (Art. 165 StGB) falsch angewendet. Bei den in Frage stehenden Liegenschaftenkäufen habe er sich im Vergleich mit den tatsächlichen Verkehrswerten auf wesentlich höhere Schätzungen abgestützt. Es könne ihm keine Misswirtschaft angelastet werden, auch wenn er die Schätzungen nicht auf ihre Plausibilität überprüft habe. Diesen Schätzungen hätten selbst die Hypothekarbanken vertraut, die sich professionell im Liegenschaftenwesen betätigten. Er als Laie habe die Experten jedoch nicht kontrollieren können. Eine krasse Sorgfaltspflichtverletzung könne ihm nicht vorgeworfen werden. Das vorinstanzliche Argument, die Banken seien im Gegensatz zu seinem Unternehmen nicht in Konkurs gefallen, sei sachfremd (Beschwerde, S. 12-16).
5.1.2 Der Beschwerdeführer macht ausserdem einen Sachverhaltsirrtum geltend. Wenn geschäftserprobte Banken der gleichen falschen Vorstellung der Werthaltigkeit der in Frage stehenden Grundstücke erlegen seien, habe er sich dieselben Überlegungen machen dürfen. Die Vorinstanz verletze Art. 13 Abs. 1 StGB, wenn sie ihn nicht nach dem Sachverhalt beurteile, den er sich vorgestellt habe (Beschwerde, S. 16 f.).
5.2 Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer betrachte sich zu Unrecht als Opfer. Er sei höchstens Opfer seiner Leichtsinnigkeit, was er selber zu verantworten habe. Er habe eingeräumt, bei den Immobiliengeschäften Zweifel gehabt zu haben. Trotzdem habe er es unterlassen, sich die notwendigen Kenntnisse über die Kaufobjekte zu verschaffen und die ihm vorgelegten Schätzungen auf ihre Plausibilität hin zu überprüfen. Er habe erst nach dem Kauf Preisvergleiche mit anderen Objekten vorgenommen. Dass die kreditgebenden Banken die Schätzungen der Liegenschaften akzeptiert hätten, nütze ihm nichts. Die Banken seien im Gegensatz zur A._ GmbH nicht in Konkurs gefallen. Sie hätten zudem einer Ablösung der Hypotheken nicht zugestimmt. Der Wert einer Liegenschaft könne etwa wegen mangelnden Unterhalts und konjunktureller Entwertung sinken, während die Hypothek bestehen bleibe. Der Beschwerdeführer habe daher aufgrund der Höhe der Hypotheken nicht folgern können, dass der Verkehrswert der Liegenschaften grösser sei. Es sei üblich, die Banken zu kontaktieren, ob sie einem Schuldnerwechsel zustimmen würden, zumal der Beschwerdeführer nicht über eigene finanzielle Mittel verfügt habe. Er habe damit sorgfaltswidrig gehandelt (Urteil, S. 18 f.).
In subjektiver Hinsicht habe der Beschwerdeführer zugegeben, dass er nicht über die notwendige Ausbildung verfügt habe, eine GmbH zu gründen und mit Immobilien zu handeln. Er habe sich dennoch unter Missachtung elementarster Verhaltensregeln und Sorgfaltspflichten auf Immobiliengeschäfte eingelassen, ohne über eigene Mittel zu verfügen. Dies habe zum Konkurs der A._ GmbH geführt. Der Beschwerdeführer könne nichts zu seinen Gunsten ableiten, dass ihn D._ zu diesem Geschäft gedrängt habe. Angesichts seiner bisherigen Erfahrungen in der Liegenschaftenverwaltung und mit D._ habe er verantwortungslos gehandelt. Er könne sich daher auch nicht auf einen Sachverhaltsirrtum berufen, da er vor diesem Hintergrund keine Grundstücke ohne vorgängige Abklärungen hätte erwerben dürfen. Indem er dies dennoch getan habe, habe er hoch spekulativ und leichtsinnig gehandelt (Urteil, S. 19 f.).
5.3 Wegen Misswirtschaft wird ein Schuldner nach Art. 165 Ziff. 1 StGB mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft, wenn über ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist, sofern er durch ungenügende Kapitalausstattung, unverhältnismässigen Aufwand, gewagte Spekulationen, leichtsinniges Gewähren oder Benützen von Kredit, Verschleudern von Vermögenswerten oder arge Nachlässigkeit in der Berufsausübung oder Vermögensverwaltung, seine Überschuldung herbeiführt oder verschlimmert, seine Zahlungsunfähigkeit herbeiführt oder im Bewusstsein seiner Zahlungsunfähigkeit seine Vermögenslage verschlimmert.
5.4 Die Vorinstanz führt zutreffend aus, dass der Beschwerdeführer elementarste Abklärungen und Vorsichtsmassnahmen nicht unternommen hat, obwohl ihm das Wissen im Immobilienhandel, aber auch die finanziellen Mittel gefehlt haben. Sie legt ausführlich dar, inwiefern der Beschwerdeführer im Zusammenhang mit seinen Aktivitäten seine Sorgfaltspflichten verletzt hat. Dies ist nicht zu beanstanden. Die Vorbringen des Beschwerdeführers gehen an der Sache vorbei. Er räumt denn auch ein, dass er die Verkehrswertschätzungen der in Frage stehenden Liegenschaften nicht auf ihre Plausibilität hin überprüft hat.
Er macht vor Bundesgericht erneut geltend, dass von einem Mehrwert von 20 % gegenüber der hypothekarischen Belehnung eines Grundstücks ausgegangen werden kann, was die Vorinstanz mit zutreffender Argumentation verneint. Der Verkehrswert der Grundstücke hätte vielmehr durch sachverständige Grundstückschätzer bewertet werden müssen. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kann er aus dem Umstand, dass die kreditgebenden Banken ebenfalls auf überhöhte Liegenschaftenwerte abgestellt haben, nichts zu seinen Gunsten ableiten.
Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, indem sie den objektiven und subjektiven Tatbestand der Misswirtschaft bejaht. Über den Beschuldigten wurde der Konkurs eröffnet. Die Zahlungsunfähigkeit führte der Beschwerdeführer durch ungenügende Kapitalausstattung bzw. arge Nachlässigkeit in der Vermögensverwaltung bei.
5.5 Die Vorinstanz verneint auch zutreffend einen Sachverhaltsirrtum beim Beschwerdeführer. Da er aufgrund seiner früheren schlechten Erfahrungen keine Grundstücke ohne vorgängige Abklärungen und Schätzungen hätte erwerben dürfen, dies jedoch wider besseres Wissen dennoch getan hat, kann er sich nicht auf einen Sachverhaltsirrtum berufen. Er handelte nicht in einer irrigen Vorstellung über den Sachverhalt, sondern setzte sich über offensichtliche Risiken leichtsinnig hinweg.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, indem sie den Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung bejahe. Es hätten kein Auftrag und kein Rechtsgeschäft existiert, die erklärten, aus welchem Grund und mit welchem Zweck die Mietzinsen aus seinen Liegenschaften zur A._ GmbH statt zu den Strohleuten hätten überwiesen werden müssen. Diesen sei es gleichgültig gewesen, wohin die Mietzahlungen geflossen seien. Davon gehe auch die Vorinstanz aus. Zu Unrecht erachte die Vorinstanz diesen Umstand als unerheblich. Eine Vermögensfürsorgepflicht habe richtigerweise nicht bestanden. Ein Vermögensfürsorgeverhältnis setze eine bestimmte, zumindest konkludente Interessenlage voraus. Blosse Geldzuflüsse genügten nicht, um ein Rechtsverhältnis zwischen einem Geschäftsherrn und einem Geschäftsführer zu begründen (Beschwerde, S. 18 f.).
6.2 Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer habe mit den Mietzinseinnahmen der von ihm verwalteten Liegenschaften nicht die damit verbundenen laufenden Kosten, wie etwa Hypothekarzinsen, bezahlt, sondern Kreditvermittlungsgeschäfte und persönliche Lebenshaltungskosten finanziert. Anspruch auf Ersatz dieser Auslagen hätte er nur gehabt, wenn diese ausgewiesen und im legitimen Interesse der A._ GmbH angefallen wären. Dies sei jedoch nicht der Fall gewesen. Zudem habe er mangels Buchhaltung ohnehin keine persönlichen Ansprüche gegenüber der A._ GmbH geltend machen können.
Das Vorgehen des Beschwerdeführers habe für seine Gläubiger wirtschaftliche Nachteile zur Folge gehabt. Auch wenn über die konkrete Verwendung der Mietzinse nichts vereinbart worden sei, bestünden keine Zweifel, dass sämtliche Mietzinseinnahmen, die dem Beschwerdeführer zugeflossen seien, im Interesse der Auftraggeber beziehungsweise zur Deckung der Liegenschaftenkosten hätten verwendet werden müssen. Ihm sei dies in subjektiver Hinsicht bewusst gewesen. Er habe absichtlich das von ihm verwaltete Vermögen Dritter zweckentfremdet, um sich einen Vermögensvorteil zu verschaffen (Urteil, S. 32-34).
6.3 Nach dem sogenannten Treuebruchtatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 StGB) wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer aufgrund des Gesetzes oder eines Rechtsgeschäfts damit betraut ist, Vermögen eines andern zu verwalten oder eine solche Vermögensverwaltung zu beaufsichtigen, und dabei unter Verletzung seiner Pflichten bewirkt oder zulässt, dass der andere am Vermögen geschädigt wird (ausführlich zum Wesen und Inhalt der ungetreuen Geschäftsbesorgung vgl. die Ausführungen im Urteil des Bundesgerichts 6B_223/2010 vom 13. Januar 2011 E. 3.3.1, 3.3.2 und 3.3.3 mit Hinweisen; zum Begriff des Vermögensschadens BGE 129 IV 124 E. 3.1). Als Qualifikationsgrund tritt in Art. 158 Ziff. 1 Abs. 3 StGB das Handeln in Bereicherungsabsicht hinzu.
6.4 Die Vorinstanz begründet nachvollziehbar, inwiefern der Beschwerdeführer die Vermögensinteressen derjenigen Personen, deren Gelder er bzw. die A._ GmbH verwaltete, verletzt hat. Der Beschwerdeführer hat die Mietzinseinnahmen mit Wissen und Willen nicht für die laufenden Liegenschaftenkosten verwendet, sondern für Kreditgeschäfte und seine persönlichen Lebenshaltungskosten eingesetzt.
Entgegen dem Beschwerdeführer kann der Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung auch erfüllt werden, wenn über die konkrete Verwendung der verwalteten Gelder, vorliegend die bezahlten Mietzinse, nichts vereinbart worden ist. Tatbestandsmässig handelt, wer die ihm obliegenden Pflichten aus der Vermögensverwaltung verletzt. Die Vorinstanz begründet zutreffend, dass sämtliche Mietzinseinnahmen nicht zum eigenen Vorteil, sondern im Interesse der Vermieter, Eigentümer oder Auftraggeber beziehungsweise zur Deckung der Liegenschaftenkosten hätten verwendet werden müssen.
Nicht zu beanstanden sind auch die Ausführungen der Vorinstanz zum subjektiven Tatbestand. Darin wird aufgezeigt, dass sich der Beschwerdeführer seiner Handlungen bewusst war und das verwaltete Vermögen in der Absicht zweckentfremdet hat, sich einen Vermögensvorteil zu verschaffen. Der vorinstanzliche Schuldspruch der qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung gemäss Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB verletzt kein Bundesrecht.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz sei zu Unrecht vom Straftatbestand der Falschbeurkundung ausgegangen, weil er D._ eine unwahre Quittung ausgestellt und dieser erwähnt habe, die Quittung für seine Buchhaltung zu benötigen. Die Vorinstanz sei fälschlicherweise von einer erhöhten Beweiskraft der Quittung ausgegangen (Beschwerde, S. 19 f.).
7.2 Das Vorbringen des Beschwerdeführers geht fehl. Das Bundesgericht hat erst kürzlich bestätigt, dass Rechnungen zu Urkunden werden, wenn sie als Buchhaltungsbelege Eingang in die kaufmännische Buchhaltung finden (BGE 138 IV 130 E. 2.2.1). Dasselbe hat für Quittungen zu gelten, die als Buchhaltungsbeleg erstellt werden. Die kaufmännische Buchführung und ihre Bestandteile (Belege, Bücher, Buchhaltungsauszüge über Einzelkonten, Bilanzen oder Erfolgsrechnungen) sind kraft Gesetzes (Art. 957 OR) bestimmt und geeignet, Tatsachen von rechtlich erheblicher Bedeutung zu beweisen. Für den Urkundencharakter spielt der mit der Buchführung verfolgte Zweck keine Rolle. Ist ein Schriftstück bereits bei der Erstellung objektiv und subjektiv dazu bestimmt, Bestandteil der kaufmännischen Buchführung zu sein, kommt ihm nicht erst mit der Verbuchung der darin enthaltenen Angaben, sondern bereits mit dessen Ausfertigung Urkundencharakter zu (BGE 138 IV 130 E. 2.2.1).
8. 8.1 Die Beschwerde ist insoweit gutzuheissen, als der Beschwerdeführer einen Anspruch auf Konfrontation mit F._ geltend macht (E. 3.2). Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 6. April 2011 ist aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung des Betrugsvorwurfs im Falle des Ferien- und Bildungszentrums E._ an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz hat dem Anspruch des Beschwerdeführers auf Konfrontation zu entsprechen und gegebenenfalls die Strafzumessung unter Berücksichtigung der bundesrechtlichen Anforderungen, die das Bundesgericht in BGE 136 IV 55 E. 5, festgehalten hat, neu vorzunehmen.
8.2 Soweit der Beschwerdeführer obsiegt, wird sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Im Übrigen ist sein Gesuch abzuweisen, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG). Der Kanton Thurgau hat keine Verfahrenskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 4 BGG). Er hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, im Übrigen wird sie abgewiesen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 6. April 2011 wird aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Kanton Thurgau hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Otmar Kurath, eine Entschädigung von Fr. 750.-- auszurichten.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. November 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Keller