Erwägungen:
1. Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ mit Urteil vom 6. September 2010 wegen fahrlässiger grober Verletzung der Verkehrsregeln durch Nichtbeachten von Haltesignalen zu einer Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 30.-- sowie einer Busse von Fr. 400.--. X._ wird vorgeworfen, am 9. Juni 2009 die Kreuzung Rudolf-Brun-Brücke/Limmatquai praktisch ungebremst passiert zu haben. Er habe dabei nicht auf das Haltezeichen der den Verkehr regelnden Securitasmitarbeiterin reagiert. Diese habe nur durch ein Ausweichmanöver einer Kollision mit dem Angeschuldigten entgehen können.
Das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau entzog X._ mit Verfügung vom 19. Mai 2011 den Führerausweis für die Dauer von drei Monaten. Dagegen erhob X._ am 14. Juni 2011 Beschwerde, welche das Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau mit Entscheid vom 25. April 2012 abwies. Gegen den Departementsentscheid erhob X._ am 11. September 2012 Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies die Beschwerde mit Urteil vom 17. Januar 2013 ab. Es kam zusammenfassend zum Schluss, dass die Voraussetzungen für einen Warnungsentzug vorliegen würden. Die verfügte Mindestentzugsdauer von drei Monaten erweise sich als rechtmässig.
2. X._ führt mit Eingabe vom 8. April 2013 (Postaufgabe 10. April 2013) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 17. Januar 2013. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer legt mit seinen Ausführungen nicht dar, inwiefern die dem angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts zugrunde liegende Begründung bzw. das Urteil selber im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt, dem Departement Volkswirtschaft und Inneres, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Strassen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli