Faits:
A. La société X._ SA, dont le siège est à Y._, est inscrite au registre du commerce depuis 1987 et a pour but la réalisation de toutes affaires immobilières. A.X._ en est l'administrateur unique. Dans le bilan de la société au 31 décembre 2006, il était inscrit comme débiteur-actionnaire pour un montant de 479'093.35 fr.
Par acte notarié du 30 mars 2007, les consorts B.-C._ ont vendu à terme à X._ SA les parcelles nos ****, **** et **** du cadastre communal d'Y._. Dans le même acte, les consorts D._ ont vendu à terme à X._ SA un bien-fonds de *** m2 détaché de la parcelle n° ****. Ces derniers lui ont également promis-vendu le solde de cette parcelle. X._ SA avait prévu de réaliser plusieurs bâtiments d'habitation sur ces parcelles.
Le prix convenu était de 2'600'000 fr. dont 1'300'000 fr. pour les immeubles vendus à terme et 1'300'000 fr. pour l'immeuble promis-vendu. La durée de validité du contrat de vente à terme expirait le 31 mai 2007, celle de la promesse de vente le 30 juin 2007. Les parties ont également stipulé qu'une fois ces délais passés, elles étaient déliées de toutes obligations, sauf prorogation du terme. Il a aussi été convenu que la partie non défaillante pouvait, à son choix, soit poursuivre l'exécution du contrat en demandant des dommages-intérêts moratoires, soit renoncer à l'exécution en exigeant une peine conventionnelle de 130'000 fr.
Le 29 mai 2007, la Banque E._ a octroyé un crédit de construction de 1'990'000 fr. à X._ SA et à A.X._. Elle a exigé que ce dernier devienne le seul propriétaire des lots, à l'exclusion de la société, en raison de la dette, inscrite au bilan, qu'il avait envers X._ SA.
Par acte notarié du 31 mai 2007, les parties ont annulé les contrats de vente à terme du 30 mars 2007 "sans dédit, dommages-intérêts ou peine conventionnelle à verser de part, ni d'autre". A titre préliminaire, il était rappelé que la banque assurant le financement partiel des immeubles avait exigé que ceux-ci soient acquis par A.X._ à titre personnel en lieu et place de la société.
Dans le même acte, les consorts B.-C._ et les consorts D._ ont vendu à A.X._ les immeubles précédemment vendus à terme à X._ SA pour le prix total de 1'300'000 fr. et les consorts D._ ont en outre promis-vendu à celui-ci le solde de la parcelle n° **** pour un montant de 1'300'000 fr.
B. Le 29 août 2007, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud a notifié à X._ SA un bordereau de droit de mutation calculé sur 1'300'000 fr. en raison de la cession par la société à son administrateur des droits acquis sur les immeubles de Y._. Le 8 juillet 2008, la réclamation de X._ SA contre cette décision a été rejetée par l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale), à qui le dossier avait été transmis comme objet de sa compétence.
Par arrêt du 27 janvier 2009, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ SA contre la décision de l'Administration cantonale du 8 juillet 2008; en outre, le Tribunal cantonal a modifié ladite décision en ce sens que le droit de mutation dû par la société a été calculé sur la moitié de la valeur des immeubles vendus et promis-vendus, soit 2'600'000 fr., (reformatio in pejus) et il l'a confirmée pour le surplus, tout en renvoyant la cause à l'autorité intimée pour notification d'un nouveau bordereau d'impôt.
C. Le 27 février 2009, X._ SA a interjeté un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 27 janvier 2009 en concluant, sous suite de dépens, à sa réforme dans le sens que la renonciation au droit d'acquérir les parcelles nos ****, **** et **** sises à Y._ est intervenue gratuitement et ne peut dès lors donner lieu au prélèvement d'un droit de mutation.
Le Tribunal cantonal a renoncé à répondre au recours. L'Administration cantonale conclut, sous suite de frais, au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité.
D. Par ordonnance du 8 avril 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué est une décision en matière fiscale émanant d'une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance et qui ne tombe pas sous le coup des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. Il peut donc en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public (cf. art. 82 let. a ainsi que 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF).
1.2 Selon l'art. 90 LTF, le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. Les décisions de renvoi sont en principe considérées comme des décisions incidentes contre lesquelles un recours immédiat auprès du Tribunal fédéral n'est possible que si les conditions des art. 92 ou 93 LTF sont réalisées. Toutefois, lorsque l'instance inférieure à qui la cause est renvoyée n'a plus de marge de manoeuvre et doit seulement transcrire en chiffres ce qui a été décidé dans l'arrêt attaqué, il s'agit alors en réalité d'une décision finale (ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 127 et les références).
C'est précisément ce qui se produit en l'espèce: le Tribunal cantonal a fixé l'étendue du droit de mutation dû par la recourante en indiquant que celui-ci devait se calculer sur la moitié de la valeur des immeubles vendus et promis-vendus, soit 2'600'000 fr., tout en renvoyant la cause à l'autorité intimée pour notification d'un nouveau bordereau d'impôt. Cette dernière n'a donc plus aucune marge d'appréciation et doit seulement calculer l'impôt dû. Partant, l'arrêt attaqué doit être qualifié de décision finale au sens de l'art. 90 LTF.
1.3 Le recours a en outre été interjeté en temps utile et dans les formes requises (art. 42 et 100 al. 1 LTF) par la société partie à la procédure cantonale qui, en tant qu'elle se voit tenue de payer le droit de mutation, a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Il est donc recevable.
1.4 Il convient de rappeler que le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Les exceptions figurant dans l'OJ, notamment en matière de contributions publiques (cf. art. 114 al. 1 OJ), ont été supprimées. Dès lors que la recourante ne prend aucune conclusion concernant la parcelle n° ****, le bien-fondé d'un droit de mutation lié aux opérations en relation avec cette parcelle ne sera pas revu dans la présente procédure. Seul demeure litigieux le droit de mutation mis à la charge de la recourante en relation avec sa renonciation au droit d'acquérir les parcelles nos ****, **** et **** sises à Y._.
2. L'imposition de la recourante repose sur la loi vaudoise du 27 février 1963 concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations (LMSD; RSV 648.11). Il s'agit d'un impôt qui relève exclusivement du droit cantonal (cf. ATF 127 II 1 consid. 2b/aa p. 4).
Sous réserve d'exceptions (cf. art. 95 let. c et d LTF) non réalisées en l'espèce, le Tribunal fédéral ne contrôle pas l'application du droit cantonal en tant que tel, mais examine uniquement si celle-ci viole le droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, qui comprend les droits constitutionnels des citoyens. Lorsque, comme en l'occurrence, il est question de la violation de droits fondamentaux et du droit cantonal, le Tribunal fédéral n'examine pas le droit d'office, mais se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de façon suffisante par le recourant (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 23 consid. 5.2 p. 30 s.; 133 II 249 consid. 1.4 p. 254).
3. Il ressort de l'arrêt attaqué que les parties au contrat de vente à terme ont commencé par annuler le jour de l'échéance, soit le 31 mai 2007, la vente à terme convenue le 30 mars 2007, afin de réaliser l'opération immobilière prévue malgré l'exigence de la banque selon laquelle A.X._ devait se porter lui-même acquéreur des lots. Puis, dans le même acte, les propriétaires des parcelles nos ****, **** et **** ont vendu celles-ci à A.X._, au prix qui avait été prévu initialement avec la recourante. Le Tribunal cantonal, replaçant l'opération dans son contexte, a analysé celle-ci comme une renonciation de la part de la recourante à son droit d'acquérir les parcelles. S'interrogeant sur l'existence d'une contre-prestation en faveur du renonçant, les juges cantonaux ont retenu d'une part que, si la renonciation n'avait donné lieu à aucune discussion, c'était parce que A.X._ se substituait à la recourante. Sans cela, il était certain que les vendeurs se seraient retournés contre la recourante, puisque celle-ci, privée du crédit nécessaire à la réalisation de son projet, n'avait plus les moyens d'exécuter ses obligations. D'autre part, la recourante, bien qu'elle fût sortie de l'opération, en demeurait la principale bénéficiaire, dès lors que la promotion à l'origine de la conclusion du contrat initial avait été réalisée et que 80 % des appartements composant les immeubles construits sur ces parcelles avaient été vendus. Les juges cantonaux en ont conclu que la renonciation de la recourante était intervenue à titre onéreux, ce qui générait un droit de mutation.
4. La recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir violé l'art. 2 al. 2 LMSD et, partant, d'être tombée dans l'arbitraire en interprétant cette disposition contrairement à son texte clair et à la jurisprudence cantonale.
4.1 Il convient de rappeler que l'arbitraire et la violation de la loi ne sauraient être confondus; une violation de la loi doit être manifeste et reconnaissable d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle interprétation correcte l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire préférable (ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 132 I 13 consid. 5.1 p. 18).
4.2 Les deux premiers alinéas de l'art. 2 LMSD prévoient:
"1Le droit de mutation est perçu en cas de transfert entre vifs à titre onéreux de la propriété d'un immeuble ou d'une part d'immeuble situé dans le canton.
2Est également considérée comme un transfert immobilier soumis au droit de mutation la cession du droit d'acquérir un immeuble ou une part d'immeuble situé dans le canton. Il en va de même de la renonciation à ce droit, lorsqu'elle a fait l'objet d'une contre-prestation en faveur du renonçant."
Il en découle que le droit de mutation ne peut être perçu, en cas de renonciation au droit d'acquérir un immeuble, que lorsque celle-ci a fait l'objet d'une contre-prestation en faveur du renonçant; en revanche, une cession du droit d'acquérir un immeuble permet le prélèvement d'un droit de mutation, même sans contre-prestation.
Dans un arrêt du 20 avril 1999, le Tribunal fédéral a eu l'occasion de préciser que le texte même de l'art. 2 al. 2 LMSD ne reflétait pas exactement la volonté du législateur qui, d'après les travaux préparatoires, était de frapper de manière plus large que dans l'ancienne loi les transferts économiques, selon la tendance de la jurisprudence qui avait déjà assimilé le droit d'emption à une promesse de vente. Cette imposition se justifiait par le fait que le bénéficiaire d'une promesse de vente ou d'un pacte d'emption pouvait, par la cession de son droit, tirer profit de l'immeuble comme s'il en était juridiquement propriétaire. C'est donc pour éviter que le droit afférent à la cession ne soit éludé, que l'imposition de la renonciation au droit d'acquérir un immeuble a été prévue, lorsqu'elle intervient à titre onéreux (cf. Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud Printemps 1963, p. 1035 s.). Dès que le renonçant a bénéficié de quelque manière de l'opération, on est en présence d'une cession indirecte ou déguisée qui devra être imposée, sous peine de permettre d'éluder l'impôt (cf. Bulletin précité, p. 1122; arrêt 2P.31/1999 du 20 avril 1999 consid. 5a/bb, in RDAF 1999 II p. 527). En revanche, l'abandon pur et simple du droit d'acquérir un immeuble ne tombe pas sous le coup du droit de mutation, car il ne s'agit pas d'un droit onéreux (Bulletin précité, p. 1036).
4.3 En l'espèce, il n'y a pas eu formellement de cession des droits de la recourante à un tiers, en l'occurrence à A.X._, ce qui exclut la perception d'un droit de mutation, en vertu de l'art. 2 al. 2 1ère phrase LMSD. Les parties ont opté pour une autre construction juridique qui parvient cependant au même résultat: par acte notarié du 31 mai 2007, elles ont annulé la vente à terme sur les parcelles nos ****, **** et ****, tout en précisant qu'il n'y aurait ni dédit, ni dommages-intérêts ni peine conventionnelle à verser de part ou d'autre. Puis, dans le même acte, les propriétaires ont vendu lesdites parcelles à A.X._ au prix prévu dans l'acte du 30 mars 2007. Sur la base de ces éléments, le Tribunal cantonal pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, se demander si l'on n'était pas en présence d'une cession indirecte assimilable à une mutation économique (cf., sur cette question, Olivier Thomas, Les droits de mutation, 1991, p. 119 et 128 s.), imposable en application de l'art. 2 al. 2 2ème phrase LMSD.
4.4 Reste à savoir si c'est de manière insoutenable que l'arrêt attaqué retient que les conditions permettant de prélever un droit de mutation en application de l'art. 2 al. 2 2ème phrase LMSD étaient réunies en l'espèce, comme le prétend la recourante.
La cour cantonale, envisageant la première partie de l'acte notarié du 31 mai 2007, a interprété celle-ci comme une renonciation de la part de la recourante à acquérir les parcelles en cause. Juridiquement, une vente à terme est un contrat de vente dont seule l'exécution est différée (Pierre Tercier/Pascal G. Favre, Les contrats spéciaux, 4e éd. 2009, p. 81 n. 584). L'acte notarié du 30 mars 2007 concrétisait donc la vente des immeubles dont seule l'exécution devait s'effectuer jusqu'au 31 mai 2007 au plus tard, sous peine des sanctions prévues par les parties. L'annulation intervenue le 31 mai 2007 n'est donc pas un acte unilatéral par lequel la recourante aurait renoncé au droit d'acquérir les immeubles, mais un nouveau contrat conclu dans les mêmes formes que celui du 30 mars 2007, par lequel les parties se sont déclarées d'accord d'annuler la vente à terme et de renoncer aux pénalités y afférentes. L'interprétation du Tribunal cantonal, qui a vu dans ce second contrat une renonciation de la part de la société acheteuse uniquement est toutefois défendable. En effet, seule la recourante a en définitive renoncé à la transaction; les vendeurs, pour leur part, n'ont pas vu leur position modifiée, puisqu'ils ont, immédiatement après avoir annulé la vente à terme, vendu dans le même acte leurs parcelles aux conditions prévues dans le contrat du 30 mars 2007. Seule l'identité de l'acheteur a changé pour eux. Dans ces circonstances, il n'était pas arbitraire d'envisager l'acte du 31 mai 2007 comme une renonciation de la part de la recourante à acquérir les parcelles.
4.5 En présence d'une renonciation, le prélèvement d'un droit de mutation en application de l'art. 2 al. 2 2ème phrase LMSD suppose que le renonçant ait retiré une contre-prestation de cette opération.
4.5.1 Pour les juges cantonaux, la contre-prestation était double: d'une part, la recourante avait été libérée des clauses pénales prévues dans l'acte du 30 mars 2007 et, d'autre part, elle était la principale bénéficiaire de l'opération immobilière, puisqu'elle avait bâti les immeubles sur les parcelles en cause. L'arrêt attaqué contient donc, sur ce point, deux motivations indépendantes, chacune d'elles suffisant à justifier le prélèvement d'un droit de mutation. La recourante s'en est prise à ces deux motivations, de sorte qu'il convient d'entrer en matière (cf. ATF 133 IV 119 consid. 6.3 p. 120). Il suffit toutefois que l'une d'elles permette de maintenir l'arrêt attaqué pour que le recours doive être rejeté (ATF 133 III 221 consid. 7 p. 228; 132 I 13 consid. 6 p. 20).
4.5.2 Pour déterminer si la recourante a obtenu un avantage de l'annulation de la vente à terme du 30 mars 2007, il n'est nullement insoutenable de tenir compte de l'ensemble des circonstances entourant la conclusion de l'acte du 31 mai 2007. En effet, l'art. 2 al. 2 2ème phrase LMSD a été introduit pour couvrir les cas dans lesquels les parties cherchent, par une construction juridique, à éluder le paiement du droit de mutation qui serait dû en cas de cession. L'examen du caractère onéreux de la renonciation implique donc de replacer celle-ci dans son contexte général.
4.5.3 En outre, on ne voit pas que, comme l'affirme la recourante, il serait contraire au texte même de l'art. 2 al. 2 LMSD de considérer qu'un acte de renonciation qui a pour effet de libérer le renonçant de pénalités qu'un cocontractant aurait pu faire valoir à son encontre n'est pas gratuit. Or, c'est bien ce dont a bénéficié la recourante, puisque, si le contrat de vente à terme du 30 mars 2007 n'avait pas été annulé, elle aurait été exposée aux pénalités prévues dans ce contrat. L'arrêt attaqué constate en effet que la renonciation impliquait nécessairement que A.X._, qui disposait de moyens de financement, acquiert les immeubles aux mêmes conditions que celles prévues le 30 mars 2007. A défaut, il était certain que les vendeurs se seraient retournés contre la recourante (arrêt attaqué p. 8 s.). Sur ce point, la recourante, qui reproche au Tribunal cantonal de présumer qu'elle ne se serait pas exécutée "sur la base d'aucun fait au dossier", perd de vue que la banque lui avait expressément refusé son financement, ce que l'acte du 31 mai 2007 rappelle expressément. La recourante étant dans l'incapacité d'honorer les obligations découlant de la vente à terme, il n'était nullement arbitraire de retenir que, sans l'annulation du contrat du 30 mars 2007, la recourante aurait été exposée aux pénalités prévues dans cet acte. Celle-ci a donc obtenu un avantage consistant dans la non-diminution de son actif, de sorte qu'il n'y a rien de choquant à considérer que sa renonciation n'était pas gratuite.
4.5.4 La recourante cite de la jurisprudence cantonale. Toutefois, rien dans les arrêts mentionnés ne démontre l'arbitraire du raisonnement du Tribunal cantonal. En effet, la recourante se prévaut d'un arrêt qui rappelle que, lorsque le titulaire d'un droit d'acquérir un immeuble renonce à son droit sans en avoir tiré aucun profit, une imposition ne se justifie pas, peu importe que la renonciation soit immédiatement suivie d'une vente conclue avec un tiers indiqué par le renonçant (arrêt de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du 27 juin 1983 consid. 3b, in RDAF 1984 p. 148). Elle cite ensuite des arrêts dans lesquels la renonciation a été considérée comme onéreuse, lorsque le promettant-vendeur contraint le futur acquéreur à confier un mandat d'architecte et d'ingénieur en faveur du renonçant (cf. arrêt de la Commission de recours précitée du 19 juin 1990) ou si le renonçant force le promettant-vendeur à agir de manière à le favoriser, par exemple en lui permettant de bénéficier de l'opération de construction (arrêt du Tribunal administratif FI.2007.0116 du 28 juillet 2008). Le caractère onéreux a aussi été admis si le renonçant se fait rembourser une partie des frais auxquels il a été exposé (arrêt du Tribunal administratif FI 2004.0108 du 15 décembre 2004). Ces principes jurisprudentiels ne sont toutefois pas en contradiction claire avec l'arrêt attaqué, qui admet le caractère onéreux d'une renonciation, lorsque celle-ci permet au renonçant de se soustraire à des pénalités que la partie venderesse aurait fait valoir de manière certaine à son encontre.
4.5.5 Il apparaît ainsi que l'arrêt attaqué qui admet l'existence des conditions permettant le prélèvement d'un droit de mutation en application de l'art. 2 al. 2 2ème phrase LMSD, en relation avec l'annulation de la vente à terme des parcelles nos ****, **** et ****, ne viole pas l'art. 9 Cst.
Cette motivation suffisant à fonder l'arrêt attaqué, il n'y a pas lieu d'examiner si, au surplus, le caractère onéreux de la renonciation pouvait aussi, sans arbitraire, être déduit des bénéfices retirés par la recourante de l'opération immobilière réalisée ultérieurement sur les terrains vendus (cf. supra consid. 4.5.1).
Dans ces circonstances, le recours doit être rejeté.
5. Les frais seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 8 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Dupraz