Sachverhalt:
A. Am 31. Mai 2006 verkaufte die im Bereich der Futtermittelproduktion (insb. Betrieb einer Futtermühle mit eigener Produktionsanlage) tätige A._ AG der X._ AG, beide mit Sitz in Y._, zwei Grundstücke in Y._ mitsamt verschiedenen Gebäuden. Der Kaufpreis betrug insgesamt Fr. 1'189'000.--. Zusätzlich veräusserte die A._ AG der X._ AG die auf einem der Grundstücke befindliche Tankanlage für Benzin und Diesel und die dazugehörigen unterirdischen Tankanlagen für Fr. 35'000.--.
Mit Veranlagungsverfügung vom 15. September 2006 erhob der Gemeinderat Y._ von der X._ AG für dieses Rechtsgeschäft eine Handänderungssteuer im Betrag von Fr. 55'917.--. Deren Festsetzung erfolgte nach Massgabe der Katasterschatzungen der Grundstücke. Die von der X._ AG dagegen erhobene Einsprache blieb ohne Erfolg. Den Einspracheentscheid focht die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern an. Dieses sistierte das Beschwerdeverfahren bis zum Abschluss des von der X._ AG gleichzeitig mit der Einsprache veranlassten Verfahrens um Revision der Katasterschatzungen.
Die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern überprüfte die rechtskräftigen Schatzungen und kam im Entscheid vom 25. April 2008 zum Ergebnis, dass die Werte zum Bewertungszeitpunkt korrekt ermittelt worden seien; eine Revision bzw. Änderung der Katasterwerte sowie eine Neuschatzung wurden demzufolge abgelehnt. Nachdem dieser Entscheid unangefochten in Rechtskraft erwachsen war, nahm das Verwaltungsgericht am 12. Juni 2008 das Beschwerdeverfahren wieder auf.
Am 1. Juli 2008 ersuchte die X._ AG erneut um Sistierung des Beschwerdeverfahrens, nachdem sie zuvor ein neues Gesuch um Revision der Schatzung gestellt hatte.
Mit Urteil vom 23. September 2008 wies das Verwaltungsgericht sowohl das Sistierungsgesuch als auch die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, das Verfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung der Revisionsschatzung zu sistieren und den angefochtenen Entscheid aufzuheben.
Die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Der Gemeinderat schliesst sinngemäss auf Abweisung der Beschwerde.
Das Verwaltungsgericht stellt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid den Antrag, die Beschwerde abzuweisen.
C. Mit Verfügung vom 25. November 2009 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung die Gesuche um Sistierung und Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die Beschwerdeführerin hat vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen, ist als Abgabepflichtige durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung; sie ist daher zur Beschwerde berechtigt (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2 Mit der Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Gemäss Art. 106 Abs. 1 BGG wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an. Die Rechtsschrift hat die Begehren und deren Begründung zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG); im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird.
1.3 Der angefochtene Entscheid ist ausschliesslich in Anwendung von kantonalem Recht ergangen. Für dessen Anfechtung gilt die qualifizierte Rügepflicht nach Art. 106 Abs. 2 BGG; das heisst, das Bundesgericht prüft die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts unter dem Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte nur insoweit, als eine entsprechende Rüge erhoben worden ist.
1.4 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Im Kanton Luzern wird eine Handänderungssteuer von 1,5 Prozent des Handänderungswertes erhoben (§ 6 des Luzerner Gesetzes vom 28. Juni 1983 über die Handänderungssteuer; HStG/LU), wobei Letzterer sich grundsätzlich nach den Leistungen des Erwerbers bemisst (§ 7 Abs. 1 HStG/LU). Ist der Erwerbspreis nicht feststellbar, so wird für die Steuerbemessung subsidiär der Katasterwert herangezogen (§ 7 Abs. 2 Satz 1 HStG/LU); gleiches gilt, wenn der vereinbarte Erwerbspreis unter dem Katasterwert liegt (§ 7 Abs. 2 Satz 2 HStG/LU).
Nach § 2 HStG/LU gilt als steuerbegründende Handänderung u.a. der Übergang des Eigentums an einem Grundstück im Sinn von Art. 655 Abs. 2 ZGB (Ziff. 1). Steuerpflichtig ist der Erwerber (§ 4 Abs. 1 HStG/LU).
2.2 Gewisse Handänderungen sind steuerfrei, so namentlich der Übergang eines Grundstücks bei Umstrukturierungen im Sinne der §§ 26 und 75 des Steuergesetzes (§ 3 Ziff. 5 HStG/LU). Die beiden Normen, auf welche verwiesen wird, umschreiben die Voraussetzungen, unter denen bei Umstrukturierungen stille Reserven einer Personenunternehmung von der Einkommenssteuer (§ 26 ff. StG/LU) bzw. solche einer juristischen Person von der Gewinnsteuer (§ 75 StG/LU) befreit sind. Als Umstrukturierung gelten gemäss § 75 Abs. 1 des Luzerner Steuergesetzes vom 22. November 1999 (StG/LU) namentlich die Fusion, Spaltung oder Umwandlung; in diesen Fällen (lit. a bis d) werden die stillen Reserven einer juristischen Person nicht besteuert, sofern die Steuerpflicht in der Schweiz weiterbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden.
2.3 Der Steuerbefreiungstatbestand von § 75 Abs. 1 StG/LU deckt sich mit dem Wortlaut von Art. 24 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und Art. 61 DBG. Die beiden Normen des Bundesrechts wurden mit dem Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (Fusionsgesetz, FusG; SR 221.301) geändert bzw. eingeführt. Dessen Art. 103 verbietet ab dem 1. Juli 2009 die Erhebung von kantonalen und kommunalen Handänderungsabgaben bei Umstrukturierungen u.a. im Sinne von Art. 24 Abs. 3 StHG.
Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung von Art. 24 Abs. 3 StHG rügt, ist darauf nicht einzutreten, da diese Bestimmung lediglich die direkten Steuern erfasst (Art. 1 f. StHG) und in Verbindung mit Art. 103 FusG für die kantonalen Handänderungsabgaben im hier massgeblichen Zeitpunkt noch nicht analog anwendbar war.
3. 3.1 Die Vorinstanz ist wie schon die kantonale Steuerverwaltung davon ausgegangen, dass im Falle der Beschwerdeführerin einzig der Tatbestand von § 75 Abs. 1 lit. b StG/LU in Frage kommt. Dieser erfasst die Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen.
3.2 Die Beschwerdeführerin vertritt die Auffassung, der Verkauf der Liegenschaften sei als steuerbefreite Umstrukturierung im Sinne von § 3 Ziff. 5 HStG/LU zu qualifizieren; indem die Vorinstanz die Voraussetzungen für eine Steuerbefreiung als nicht gegeben erachtet habe, sei der Begriff der handänderungssteuerbefreiten Vermögensübertragung gemäss § 3 Abs. 5 HStG/LU und § 75 StG/LU sowie Art. 24 Abs. 3 StHG willkürlich ausgelegt worden.
3.3 Willkürlich (Art. 9 BV) ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem und offensichtlichem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 127 I 54 E. 2b).
3.4 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die A._ AG verkauft werden sollte. Um einen Käufer zu finden, waren zunächst die für den Mühlebetrieb nicht notwendigen Parzellen der Beschwerdeführerin übereignet worden. Die beiden beteiligten Gesellschaften werden beherrscht von B._ und C._, die je 50 % (X._ AG) bzw. 53 und 47 % (A._ AG) der Aktien besitzen; es handelt sich aufgrund der Identität der Aktionäre (ausschliesslich natürliche Personen) somit um Schwestergesellschaften. Da die schliesslich gefundene Käuferschaft keine Liegenschaften erwerben wollte, wurden auch die beiden letzten - hier betroffenen - Grundstücke der A._ AG vorgängig auf die Beschwerdeführerin übertragen. Gemäss Kaufvertrag vom 31. Mai 2006 wurde dabei der Kaufpreis von insgesamt Fr. 1'224'000.-- von der Beschwerdeführerin durch Übernahme der Schuld- und Zinspflicht einer auf beiden Grundstücken lastenden Hypothekarschuld von Fr. 835'000.-- sowie durch Übernahme einer Aktionärsdarlehensschuld der Verkäuferin gegenüber dem Darlehensgeber C._ im Betrag von Fr. 389'000.-- beglichen. Zugleich verpflichtete sich die Käuferin, der Verkäuferin durch separaten Vertrag die Bauten und Anlagen auf den beiden Parzellen weiterzuvermieten bzw. zu verpachten. Eigenkapital wurde nicht übertragen.
Dieser Sachverhalt wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten; sie räumt ausdrücklich ein, beim Verkauf sei keine Eigenkapitalquote abgetreten worden.
3.5 Die Vorinstanz hat diesen von den beiden Gesellschaften frei gewählten Vorgang rechtlich grundsätzlich zutreffend als Abspaltung im Sinne von Art. 61 Abs. 1 lit. b DBG bzw. Art. 24 Abs. 3 lit. b StHG qualifiziert (vgl. MARKUS REICH, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2. Aufl., 2008, N. 90 zu Art. 61 DBG; dazu auch PETER RIEDWEG/DIETER GRÜNBLATT, in: Basler Kommentar, Fusionsgesetz, 2005, N. 1 vor Art. 29 FusG).
Charakteristisch für die Spaltung ist eine Entreicherung der übertragenden Gesellschaft (MARKUS REICH, a.a.O., N. 97 zu Art. 61). Abgesehen vom Erfordernis, dass die übertragenen Vermögenswerte in sich geschlossene Betriebsteile bilden müssen, wird in Praxis und Lehre zusätzlich verlangt, dass der übertragene Betrieb mit einer hinreichenden Eigenkapitalbasis ausgestattet ist und die in der angestammten Gesellschaft zurückgebliebenen Vermögensrechte weiterhin einen Betrieb im steuerrechtlichen Sinn darstellen (MARKUS REICH, a.a.O., N. 101 zu Art. 61 DBG). Die Vorinstanz hat offen gelassen, ob dieses doppelte Betriebserfordernis hier erfüllt wäre. Dass bei Spaltungen zusätzlich die Übertragung von angemessenem Eigenkapital verlangt wird bzw. dass die Abspaltung stets zu Lasten des Eigenkapitals des bisherigen Rechtsträgers erfolgen muss, entspricht der Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung bei der Gewinnsteuer und wird auch in der Lehre von zahlreichen Autoren vertreten; dies mit der Folge, dass der blosse Verkauf eines Betriebes an eine Schwestergesellschaft keine steuerneutrale Spaltung darstellt (Kreisschreiben Nr. 5 der eidgenössischen Steuerverwaltung vom 1. Juni 2004 "Umstrukturierungen" Ziff. 4.3.2.4 und 4.3.2.13 sowie Anhang Beispiel Nr. 11; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 43 und 46 zu Art. 61 DBG und N. 83 zu Rev.Art. 61 DBG, mit Hinweisen; kritisch dazu: MARKUS REICH, a.a.O., N. 7 und N. 94 zu Art. 61 DBG; THOMAS LINDER/MARTIN JAU, Umstrukturierungen im Steuerrecht, 2005, Ziff. 2.1.3 und 3.2.3, insb. S. 85; PETER R. ALTENBURGER UND ANDERE, Schweizerisches Umstrukturierungsrecht, 2004, Rz. 1663; mit Einschränkungen: PETER RIEDWEG/DIETER GRÜNBLATT, a.a.O., N. 94 vor Art. 29 FusG).
3.6 Das Bundesgericht hat denn auch in einem Fall die Rechtsprechung des luzernischen Verwaltungsgerichts, nach welcher eine steuerpflichtige Handänderung auch dann gegeben ist, wenn der Alleinaktionär von seiner Aktiengesellschaft ein Grundstück für sich privat oder für eine andere ihm gehörende Gesellschaft erwirbt, nicht beanstandet (Urteil 2P.243/1996 vom 28. Oktober 1998 E. 5).
3.7 Der Beschwerdeführerin ist darin zuzustimmen, dass die Aufzählung der steuerneutralen Umstrukturierungen in § 75 StG/LU ("... insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung") an sich nicht abschliessend ist (Peter Locher, a.a.O., N. 3 zu Rev.Art. 61 DBG, mit weiteren Literaturhinweisen). Dies ändert aber nichts daran, dass auch bei Vermögensübertragungen, die wirtschaftlich einer Abspaltung gleichkommen, die grundsätzlichen Voraussetzungen für steuerneutrale Umstrukturierungen erfüllt sein müssen (Peter Locher, a.a.O., N. 83 zu Rev.Art. 61 DBG).
Der Vorwurf der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe sich mit ihren diesbezüglichen Vorbringen (Ziff. 12 bis 30) nicht auseinandergesetzt und dadurch Art. 29 BV verletzt, geht fehl. Denn die Vorinstanz hat keineswegs erkannt, die gesetzliche Aufzählung sei abschliessend.
3.8 Die Vorinstanz hat sich bei der Auslegung und Anwendung der hier in Frage stehenden Normen des kantonalen Rechts auf die Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung und die wohl überwiegende Lehre zu den entsprechenden Bestimmungen des Bundesrechts gestützt. Es braucht nicht entschieden zu werden, ob diese Auffassung bei freier Prüfung von Art. 61 DBG bzw. Art. 24 Abs. 3 StHG standhält. Auf jeden Fall ist es nicht geradezu willkürlich, wenn sich die Vorinstanz bei der Anwendung des kantonalen Rechts daran hält.
Dasselbe gilt für die Folgerung, es liege mangels eines Konzernverhältnisses auch keine steuerneutrale Vermögensübertragung im Sinne von Art. 66 ff. FusG vor. Denn eine solche ist schon daher ausgeschlossen, weil im vorliegenden Fall unbestrittenermassen kein Konzern besteht (vgl. PETER ALTENBURGER UND ANDERE, a.a.O., Rz. 1663).
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet sodann eine offensichtlich unrichtige und willkürliche Annahme des Katasterwertes als massgebendem Handänderungswert; dies verletze § 7 Abs. 2 HStG/LU.
4.2 Der Handänderungswert besteht aus sämtlichen Leistungen des Erwerbers (§ 7 Abs. 1 HStG/LU). Erreicht der vereinbarte Kaufpreis den Katasterwert des Grundstücks nicht, so bemisst sich die Handänderungssteuer - subsidiär - nach dem Katasterwert (§ 7 Abs. 2 HstG/LU).
Die im Verkaufszeitpunkt rechtskräftigen Katasterschatzungen der beiden Grundstücke aus den Jahren 1999 und 2002 weisen für diese einen Wert von insgesamt Fr. 3'727'800.-- aus; der Verkaufspreis (einschliesslich Tankanlage) beträgt laut Kaufvertrag Fr. 1'224'000.--.
Da damit der Verkaufspreis - aus welchem Grund auch immer - weit unter dem Katasterwert liegt, durfte die Vorinstanz ohne Willkür entsprechend der gesetzlichen Regelung den Katasterwert der Grundstücke als Grundlage der Besteuerung betrachten (vgl. Urteil 2P.9/2007 vom 17. Januar 2007 E. 3). Denn der Katasterwert wird in einem gesetzlich geregelten Schatzungsverfahren ermittelt und er entspricht im Kanton Luzern zudem ausdrücklich dem Verkehrswert (§ 17 des kantonalen Gesetzes vom 27. Juni 1961 über die amtliche Schatzung des unbeweglichen Vermögens; Schatzungsgesetz).
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin rügt sodann die willkürliche Abweisung ihres Sistierungsgesuches durch die Vorinstanz.
5.2 Gemäss § 41 des Luzerner Gesetzes vom 3. Juli 1972 über die Verwaltungsrechtspflege kann das Gericht aus Gründen der Zweckmässigkeit das Verfahren aussetzen, namentlich wenn sein Entscheid von einem anderen abhängt oder wesentlich beeinflusst werden könnte.
5.3 Die Vorinstanz hat das Beschwerdeverfahren sistiert, um das Ergebnis der von der Beschwerdeführerin in die Wege geleiteten Revisionsschatzung für beide Grundstücke abzuwarten. Nachdem die rechtskräftigen Schatzungen im Revisionsverfahren umfassend überprüft worden waren, ist die kantonale Steuerbehörde zum Schluss gekommen, dass die Werte im massgeblichen Bewertungszeitpunkt korrekt ermittelt worden seien, was zur Abweisung des Revisionsbegehrens führte; dieser Entscheid ist von der Beschwerdeführerin nicht angefochten worden. Nach der Wiederaufnahme des Verfahrens stellte die Beschwerdeführerin ein erneutes Revisionsgesuch und zugleich vor der Vorinstanz ein zweites Sistierungsgesuch.
5.4 Unter den gegebenen Umständen durfte die Vorinstanz ohne Willkür von einer erneuten Sistierung des Beschwerdeverfahrens absehen, da auch die neu von der Beschwerdeführerin vorgetragenen Argumente (insb. "Jahresmietwert Eigennutzung") aus den von der Vorinstanz dargelegten Gründen (angefochtenes Urteil E. 3d), die keineswegs unhaltbar erscheinen, nicht geeignet waren, das Ergebnis der rechtskräftigen Schatzungen als falsch erscheinen zu lassen. Im Übrigen hat es die Beschwerdeführerin zu vertreten, dass sie die Anfechtung der Ablehnung einer Revision der Schatzung unterlassen hat; sie muss sich darauf behaften lassen. Die Vorinstanz durfte schon aus diesem Grund ohne in Willkür zu verfallen von einer weiteren Sistierung absehen.
5.5 Soweit die Beschwerdeführerin neue Tatsachen (verändertes wirtschaftliches Umfeld) geltend macht, ist darauf nicht einzutreten (Art. 99 BGG).
6. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng