Sachverhalt:
A. Die 1967 geborene J._ war zuletzt als Chauffeuse und Lageristin der A._ AG erwerbstätig gewesen, als sie sich am 19. November 2002 unter Hinweis auf einen am 8. Juni 2001 erlittenen Unfall bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau (nachfolgend: die IV-Stelle) zum Leistungsbezug anmeldete und die Umschulung auf eine neue Tätigkeit beantragte. Am 11. Juli 2007 sprach die IV-Stelle der Versicherten rückwirkend die Kosten für die zwischen August 2003 und Juli 2006 absolvierte Umschulung zur kaufmännischen Angestellten an der Schule O._ gut. Demgegenüber verneinte die IV-Stelle nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens mit Verfügung vom 3. März 2009 bei einem Invaliditätsgrad von 24 % einen Rentenanspruch der Versicherten.
B. Die von J._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 9. September 2009 ab, soweit es auf sie eintrat.
C. Mit Beschwerde beantragt J._ sinngemäss, die IV-Stelle sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, rückwirkend ab Beendigung des Praktikums bei der B._ AG eine ganze Invalidenrente auszurichten; eventuell sei die Sache an die Beschwerdegegnerin zu weiteren Abklärungen zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
D. Ein von J._ gestelltes Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wies das Bundesgericht mit Entscheid vom 21. Mai 2010 ab, da die Versicherte ihre Bedürftigkeit nicht hinreichend nachgewiesen hatte.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
2. 2.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss Art. 8 Abs. 1 ATSG die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
2.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
2.3 Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, als sie einen Rentenanspruch der Versicherten für die Zeit nach Abschluss ihres Praktikums bei der B._ AG, mithin für die Zeit ab 30. April 2008, verneinte.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere gestützt auf die Gutachten der MEDAS vom 5. Januar 2005 und des medizinischen Zentrums Y._ vom 20. Februar 2007 für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass die Versicherte in der Lage wäre, mit einem Arbeitspensum von 70 % als kaufmännische Angestellte tätig zu sein.
3.2 Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, sind die Gutachten entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht deshalb unvollständig, weil an der Begutachtung kein Neuropsychologe beteiligt war: Bereits den Gutachtern der MEDAS, Dr. med. M._, Facharzt für Neurologie, für Allgemeinmedizin und für Psychiatrie und Psychotherapie und Dr. med. H._, Facharzt für Innere Medizin/Rheumatologie lagen der neuropsychologische Bericht der lic. phil. E._, Psychologin FSP in der Rehaklinik X._, vom 23. September 2002 vor. Wie sich aus dem Gutachten ergibt, hat der Neurologe die von der Psychologin festgestellte mittelschwere Störung der kognitiven Leistungsfähigkeit in seine Beurteilung miteinbezogen; eine eigene neuropsychologische Testung war somit entbehrlich. Mindestens das Gutachten der MEDAS vom 5. Januar 2005 stellt demnach eine umfassende Begutachtung dar.
3.3 Das Gericht darf den im Verfahren nach Art. 44 ATSG eingeholten, den Anforderungen der Rechtsprechung entsprechenden Gutachten externer Spezialärzte hohen Beweiswert zuerkennen, solange nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen (BGE 135 V 465 E. 4.4 S. 470 mit weiteren Hinweisen). Solche konkrete Indizien ergeben sich entgegen den Vorbringen der Versicherten nicht aus dem Bericht des Dr. phil. N._, Fachpsychologe für Neuropsychologie FSP und Fachpsychologe für Kinder und Jugendliche FSP, vom 15. Oktober 2008. Wie der Psychologe darin ausführt, besteht eine sehr grosse Übereinstimmung zwischen seinen Erhebungen und den im Jahre 2002 in der Rehaklinik X._ erhobenen Befunden. Die vom Psychologen abweichend von den Gutachtern tiefer eingeschätzte Arbeitsfähigkeit beruht demnach nicht auf neuropsychologischen Erkenntnissen, zu denen die Gutachter keinen Zugang gehabt hätten. Damit erscheint die Feststellung der Arbeitsfähigkeit der Vorinstanz aufgrund der Angaben der Gutachter nicht als bundesrechtswidrig.
3.4 Durfte die Vorinstanz, ohne Bundesrecht zu verletzen, von einer 70%igen Arbeitsfähigkeit der Versicherten als kaufmännische Angestellte ausgehen, so ist die Abweisung des Leistungsgesuches unbestrittenermassen nicht zu beanstanden. Die Beschwerde der Versicherten ist demnach abzuweisen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Juli 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer