Faits:
A. L'hoirie de feu A._ - soit son épouse B._ et leurs trois enfants, C._, D._ et E._ - est propriétaire de la parcelle n° 760 du registre foncier de la commune de Jussy (GE). Acquis le 20 décembre 1989 par les époux A._ et B._, ce bien-fonds est situé en zone agricole. Il supporte un bâtiment d'habitation, un gararge et une annexe. Le 23 janvier 2006, un inspecteur de la police des constructions du département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le département) a constaté que diverses constructions avaient été édifiées sans autorisation sur cette parcelle. Il s'agissait d'un auvent appuyé au garage, d'un auvent et d'un jardin d'hiver accolés à l'annexe, ainsi que d'un biotope et d'une piscine ronde d'un diamètre d'environ 7 m, creusée dans le sol et affleurante au niveau du terrain.
Par décision du 7 mars 2006, le département a ordonné à B._ de démolir les constructions et installations susmentionnées, au motif qu'elles constituaient une infraction à l'art. 1 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05) ainsi qu'à l'art. 20 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LaLAT; RSG L 1 30). Par arrêt du 26 juillet 2006, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours formé par B._ contre cette décision. L'hoirie de A._ a recouru contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral, qui a admis le recours par arrêt du 12 mars 2007 (arrêt 1A.196/2006, publié in SJ 2007 I p. 472). Il a été considéré en substance que le Tribunal administratif avait commis un déni de justice et violé le droit d'être entendu des recourants en omettant d'examiner si les constructions litigieuses pouvaient être autorisées sur la base de l'art. 24c de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700) et de l'art. 27c LaLAT. L'arrêt du 26 juillet 2006 a été annulé et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision.
B. Le Tribunal administratif a rendu un nouvel arrêt le 27 août 2008. Il a considéré que l'art. 24c LAT ne s'appliquait pas aux deux auvents, au jardin d'hiver et au biotope, ces constructions étant postérieures au 1er juillet 1972 et les travaux n'ayant pas été autorisés. Le Tribunal administratif semble aboutir à la même conclusion s'agissant de la piscine, dans la mesure où il considère que la piscine existante diffère de celle qui avait été cadastrée en 1982 et que la recourante n'avait "pas apporté la preuve que la prescription trentenaire était acquise". L'art. 24c LAT n'étant pas applicable, il n'y avait pas lieu d'examiner les conditions d'application de l'art. 42 OAT.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'hoirie de A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour annulation de la décision du département du 7 mars 2006, subsidiairement pour application de l'art. 42 OAT. Elle se plaint notamment d'une violation de l'art. 24c LAT. Elle requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif. Le département s'est déterminé; il conclut au rejet du recours. L'Office fédéral du développement territorial a présenté des observations. Le Tribunal administratif a renoncé à se déterminer. L'hoirie de A._ a présenté des observations complémentaires.
D. Par ordonnance du 14 novembre 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal et est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué, qui confirme l'ordre de démolir des constructions et installations érigées sur sa parcelle. Elle a donc la qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Pour le surplus, interjeté en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours est recevable au regard des art. 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. La recourante se plaint d'une application erronée de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, en particulier de l'art. 24c LAT.
2.1 Aux termes de cette disposition, les constructions et installations sises hors de la zone à bâtir, qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone, bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise (al. 1). L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement. Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être satisfaites (al. 2).
Le champ d'application de l'art. 24c LAT est restreint aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées conformément au droit matériel en vigueur à l'époque, mais qui sont devenues contraires à l'affectation de la zone à la suite d'une modification de la législation ou des plans d'aménagement (art. 41 OAT). La date déterminante est en principe celle du 1er juillet 1972, date de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 8 octobre 1971 sur la protection des eaux contre la pollution, qui a introduit expressément le principe de la séparation du territoire bâti et non bâti (ATF 129 II 396 consid. 4.2.1 p. 398). La garantie de la situation acquise de l'art. 24c LAT profite ainsi aux constructions érigées ou transformées de manière conforme au droit matériel alors en vigueur et elle ne saurait s'appliquer aux constructions et installations transformées ou érigées illégalement, même si le rétablissement de l'état conforme au droit n'a pas pu être effectué pour des raisons de proportionnalité, de prescription ou de péremption (Bernhard Waldmann/Peter Hänni; Raumplanungsgesetz, 2006, n. 4 ad art. 24c LAT; Piermarco Zen-Ruffinen/Christine Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, n. 598 p. 280 et les références).
2.2 En l'occurrence, la recourante admet que les constructions litigieuses - soit l'auvent appuyé au garage, l'auvent et le jardin d'hiver accolés à l'annexe, ainsi que le biotope et la piscine - ont été réalisées dans les années 1990 et elle ne soutient pas que leur constructeur était au bénéfice d'une autorisation. Elle prétend cependant que ces constructions peuvent être autorisées au titre d'agrandissement mesuré au sens des art. 24c al. 2 LAT et 42 OAT. Le Tribunal administratif a considéré que ces dispositions n'étaient pas applicables, d'une part parce que les constructions et installations susmentionnées étaient postérieures au 1er juillet 1972 et, d'autre part, parce qu'elles avaient été construites sans autorisation. Il perd ainsi de vue que ces exigences concernent les constructions susceptibles d'être agrandies mais non pas les agrandissements eux-mêmes. Or, l'arrêt attaqué ne retient pas que la maison d'habitation, le garage et l'annexe sis sur la parcelle n° 760 ont été construits après le 1er juillet 1972 et qu'ils n'ont pas été érigés en conformité avec le droit en vigueur à l'époque. Il apparaît donc que ces constructions bénéficient de la garantie de la situation acquise au sens de l'art. 24c al. 1 LAT, de sorte qu'elles peuvent en principe faire l'objet d'un agrandissement mesuré au sens des art. 24c al. 2 LAT et 42 OAT. Le fait que les constructions litigieuses aient été réalisées sans autorisation n'y change rien, l'examen de la conformité aux normes en vigueur étant inhérent à toute procédure de remise en état; la démolition peut en effet être évitée notamment si les dérogations à la règle sont mineures et s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (cf. ATF 123 II 248 consid. 3bb p. 252; 111 Ib 213 consid. 6b p. 224s.; 102 Ib 64 consid. 4 p. 69).
Le Tribunal administratif devait donc examiner cette question et déterminer quelles constructions et installations pouvaient être considérées comme des agrandissements des constructions préexistantes et si ces agrandissements pouvaient être admis au regard des critères fixés par les dispositions précitées. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'examiner ces questions pour la première fois, de sorte que la cause doit à nouveau être renvoyée au Tribunal administratif.
3. Il s'ensuit que le recours doit être admis, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs présentés par la recourante. L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF). La recourante, assistée d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge de l'Etat de Genève (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis; l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève, pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 2'000 fr. est allouée à la recourante à titre de dépens, à la charge de l'Etat de Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département des constructions et des technologies de l'information, et au Tribunal administratif du canton de Genève ainsi qu'à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 10 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Rittener