Faits:
A. A.a Par contrat du 19 septembre 1986, la SI X._ a remis à bail à Z._ un appartement de quatre pièces et demie situé en attique au 6e étage de l'immeuble dont elle est propriétaire à Genève, ainsi que la cave qui est attachée au logement. Le contrat, qui prenait effet le 1er octobre 1986 pour se terminer le 30 septembre 1989, fixait le loyer annuel à 9'600 fr., plus un acompte de charges pour chauffage et eau chaude de 1'500 fr. par an.
Dès le 1er octobre 1996, le loyer a été porté à 13'500 fr. par an, sans les charges.
Par avenant du 5 janvier 1998, Y._ est devenue colocataire dudit appartement avec Z._, les précitées agissant désormais conjointement et solidairement envers la bailleresse.
A.b Par avis officiel adressé le 18 septembre 2000 à chacune des locataires, la SI X._ a résilié le bail des prénommées pour l'échéance du 31 décembre 2000. La bailleresse avait alors fait valoir que les actions de la SI X._ étaient propriété de la Fondation V._ (ci-après: la fondation), active dans le domaine de la recherche médicale, et que celle-ci avait besoin des locaux loués pour y loger du personnel médical ou para-médical.
Saisie par les locataires qui avaient contesté ce congé, la Commission de conciliation en matière de baux et loyers de Genève, par décision du 17 mai 2001, a considéré que la SI X._ n'avait pas établi le motif du congé donné aux premières.
La bailleresse n'a pas contesté cette décision.
B. B.a Par deux avis officiels du 15 juin 2006, la bailleresse a derechef résilié le bail des locataires pour le 30 septembre 2006. Il a été constaté que la bailleresse s'est prévalue de deux motifs justifiant le congé: d'une part, le désir d'obtenir un rendement normal de l'objet loué, le loyer actuellement payé par les locataires étant notoirement inférieur aux prix du marché; d'autre part, le souhait de remettre la chose louée en location à A._, directrice de la fondation, celle-ci étant propriétaire du capital-actions de la bailleresse.
Statuant le 16 janvier 2007, la Commission de conciliation a déclaré valables les congés et accordé aux locataires une unique prolongation de leur bail d'une durée de quatre ans.
B.b Le 16 février 2007, les locataires ont saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève; elles ont contesté la validité du congé et, à titre tout à fait subsidiaire, requis une prolongation de leur bail de quatre ans, soit jusqu'au 30 septembre 2010.
La bailleresse, défenderesse, a conclu principalement à ce que le tribunal constate la validité du congé et, subsidiairement, à ce qu'il lui soit donné acte qu'elle ne s'oppose pas à une unique prolongation de bail de deux ans échéant le 30 septembre 2008.
Après avoir entendu la locataire Y._, B._, administrateur de la bailleresse, ainsi que trois témoins, dont A._, le Tribunal des baux et loyers a imparti à la défenderesse un délai pour produire des pièces attestant de la détention des actions de la SI X._ par la fondation.
Le 11 avril 2008, la SI X._ a produit au greffe du tribunal un courrier du notaire C._, père de l'administrateur précité B._, confirmant que la totalité de son capital-actions est la propriété de la fondation, domiciliée à Genève.
Par jugement du 1er septembre 2008, le Tribunal des baux et loyers a annulé le congé notifié par la bailleresse le 15 juin 2006 pour le 30 septembre 2006 aux deux locataires, les parties étant déboutées de toutes autres conclusions.
B.c Saisie d'un appel de la SI X._, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève, par arrêt du 19 juin 2009, a confirmé le jugement du 1er septembre 2008.
Les motifs de cette décision seront exposés ci-dessous dans la mesure utile.
C. SI X._ exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal susmentionné. Elle conclut, principalement, à l'annulation de cette décision et, cela fait, à ce qu'il soit constaté la validité du congé notifié aux deux locataires par la bailleresse le 15 juin 2006 pour le 30 septembre 2006, relatif à l'appartement de quatre pièces et demie qu'elles ont loué au 6e étage d'un immeuble à Genève. Subsidiairement, elle requiert que la cause soit retournée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Les intimées proposent, à la forme, que le recours soit déclaré irrecevable dans la mesure où les conditions de motivation ne sont pas réalisées; au fond, elles concluent à la confirmation de l'arrêt déféré.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie défenderesse qui a succombé dans ses conclusions principales tendant à ce que la résiliation du bail soit déclarée valable et qui a ainsi la qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), le recours est par principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
La cause porte en particulier sur la validité d'une résiliation de bail. Dans un tel cas, la valeur litigieuse se détermine selon le loyer dû pour la période durant laquelle le contrat subsiste nécessairement si la contestation est admise; lorsque le bail bénéficie - à l'instar du contrat conclu par les intimées - de la protection contre les congés des art. 271 ss CO, la période entrant en ligne de compte est celle de trois ans prévue à l'art. 271a al. 1 let. e CO (arrêt 4A_181/2008 du 24 juin 2008 consid. 1.1 et les références, non publié in ATF 134 III 446; arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000, in SJ 2001 I p. 17 consid. 1a). Le loyer payé pour la chose louée se montant à 13'500 fr. par an, le seuil de 15'000 fr. prévu en matière de droit du bail par l'art. 74 al. 1 let. a LTF est manifestement atteint.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés, ou à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité). Il s'en tient cependant d'ordinaire aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Il n'examine la violation de droits constitutionnels que s'il est saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les constatations factuelles de l'autorité cantonale ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 III 397 consid. 1.5; 134 V 53 consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. Le recourant ne peut de toute manière demander une correction de l'état de fait que si celle-ci est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. L'autorité cantonale a examiné si le congé du 15 juin 2006 pouvait être annulé parce qu'il serait contraire à la bonne foi au sens de l'art. 271 al. 1 CO. Dans ce cadre, elle a successivement contrôlé la validité des deux motifs de congé avancés par la bailleresse, lesquels ont été mentionnés ci-dessus.
Elle a tout d'abord considéré que la bailleresse n'avait pas établi à satisfaction de droit que le nouveau loyer que celle-ci souhaitait obtenir en louant l'appartement litigieux à A._ serait non abusif au sens des art. 269 ss CO. La cour cantonale a relevé que la défenderesse n'avait notamment pas fourni de pièces permettant de procéder à un calcul du rendement locatif ni communiqué d'exemples de loyers comparatifs.
S'agissant du second motif de congé - souhait de mettre l'appartement à la disposition de A._, directrice de la fondation -, la Chambre d'appel a observé que le lien de parenté étroit existant entre le notaire C._ et l'administrateur de la défenderesse B._ relativisait singulièrement la valeur de l'attestation dudit notaire, confirmant que le capital-actions de la bailleresse appartenait à la fondation. Au vu de cet élément, elle a retenu que cette fondation n'avait pas établi qu'elle se trouvait propriétaire de l'entier du capital social de la SI X._, de sorte que le besoin de reloger A._ ne peut pas être reconnu comme reposant sur un intérêt digne de protection.
Elle a déduit de cette double motivation que la résiliation de bail litigieuse, qui n'est fondée sur aucun intérêt digne de protection, n'est pas valable.
3. La recourante s'en prend en premier lieu à la motivation de l'autorité cantonale fondée sur l'absence de preuve de la maîtrise économique de la bailleresse par la fondation. Elle déclare, sous l'intitulé « La preuve par acte notarié », que la Chambre d'appel a écarté l'attestation du notaire C._ en raison du lien de famille existant avec B._, administrateur de la bailleresse. Faisant état de la grande expérience professionnelle de ce notaire, elle affirme que ce n'est pas le fils du notaire C._ qui est concerné dans l'affaire en cause, mais une société tierce dont il est administrateur. Se référant en particulier à l'art. 9 de la loi genevoise sur le notariat, la recourante soutient que l'acte rédigé par le notaire précité n'est pas contraire à cette norme de droit cantonal, si bien qu'il doit être admis en tant que moyen de preuve.
Puis, sous l'intitulé « La preuve par témoin », elle ajoute, citant en passant une disposition du droit de procédure civile genevois et l'art. 8 CC, que l'autorité cantonale aurait également dû retenir le témoignage de A._, et non purement l'ignorer. La recourante y voit de l'arbitraire au sens de l'art. 4 Cst. (sic).
3.1 A côté d'une liste d'exemples où une résiliation émanant du bailleur est annulable (art. 271a al. 1 CO), la loi prévoit, de manière générale, que le congé, donné par l'une ou l'autre des parties, est annulable lorsqu'il contrevient aux règles de la bonne foi (art. 271 al. 1 CO).
Selon la jurisprudence (ATF 120 II 31 consid. 4a), la protection accordée par l'art. 271 al. 1 CO procède à la fois du principe de la bonne foi (art. 2 al. 1 CC) et de l'interdiction de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC).
Les cas typiques d'abus de droit (absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, utilisation d'une institution juridique contrairement à son but, disproportion grossière des intérêts en présence, exercice d'un droit sans ménagement, attitude contradictoire) justifient l'annulation du congé; à cet égard, il n'est toutefois pas nécessaire que l'attitude de l'auteur du congé puisse être qualifiée d'abus de droit "manifeste" au sens de l'art. 2 al. 2 CC (ATF 120 II 105 consid. 3 p. 108).
Ainsi, le congé doit être considéré comme abusif s'il ne répond à aucun intérêt objectif, sérieux, et digne de protection (arrêt 4C.61/2005 du 27 mai 2005 consid. 4.1, in SJ 2006 I p. 34). Est abusif le congé purement chicanier dont le motif n'est manifestement qu'un prétexte (ATF 120 II 31 consid. 4a p. 32).
Le motif pour lequel un congé est donné ressortit aux constatations de fait (ATF 127 III 86 consid. 2a; 115 II 484 consid. 2b p. 486).
C'est au destinataire du congé qu'il incombe de démontrer que celui-ci contrevient aux règles de la bonne foi (ATF 120 II 105 consid. 3c; arrêt 4C.430/2004 du 8 février 2005, consid. 3.1, in SJ 2005 I p. 310). Toutefois, l'auteur du congé - généralement le bailleur - doit contribuer loyalement à la manifestation de la vérité, en donnant les raisons de la résiliation (ATF 120 II 105 consid. 3c) et en les rendant au moins vraisemblables.
3.2 En l'espèce, il apparaît que le grief susrappelé de la recourante est dirigé contre l'appréciation effectuée par la Chambre d'appel des moyens de preuve constitués du courrier du notaire C._ et de la déposition de A._, tous deux invoqués pour établir que la fondation est propriétaire de tout le capital-actions de la bailleresse. Pour le reste, le moyen, à supposer qu'il entende encore invoquer une transgression insoutenable du droit cantonal et une violation de l'art. 8 CC, est irrecevable, faute de motivation (cf. art. 42 al. 1 et 2 et 106 al. 2 LTF).
3.3 En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, l'autorité verse dans l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsqu'elle tire des conclusions insoutenables à partir des éléments recueillis (ATF 134 V 53 consid. 4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
3.3 En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, l'autorité verse dans l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsqu'elle tire des conclusions insoutenables à partir des éléments recueillis (ATF 134 V 53 consid. 4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
3.4 3.4.1 In casu, l'autorité cantonale, appréciant le courrier du notaire C._ déposé le 11 avril 2008 par la bailleresse, a jugé qu'il était dénué de force probante, à considérer que le notaire est le père de l'administrateur de la recourante.
La recourante, qui ne se prévaut même pas d'arbitraire dans la branche du grief relatif à l'acte notarié, se borne à présenter sa propre vision des choses et à esquisser une comparaison entre diverses lois cantonales sur le notariat. Une telle critique est totalement impropre à démontrer qu'est arbitraire la constatation selon laquelle il n'a pas été prouvé par l'attestation notariale en question, à défaut d'autres preuves documentaires, que toutes les actions de la recourante sont en mains de la fondation.
3.4.2 S'agissant de la déposition de A._, la Chambre d'appel, loin de l'ignorer, en a rappelé au contraire avec soin le contenu au consid. B let. m de l'arrêt déféré. Il résulte de cette déposition que A._, qui affirme vivre principalement chez son ex-mari depuis 17 ans tout en confirmant avoir le désir de prendre en location l'appartement des intimées, a déclaré n'avoir pas été intéressée au logement voisin de celui occupé par ces dernières, lequel était libre en 2004 ou 2005, « parce qu'elle vivait alors avec quelqu'un d'autre ». Elle a ajouté qu'elle devait reloger le bureau de la fondation, car le propriétaire desdits locaux lui avait laissé entendre qu'il entendait les récupérer.
Devant le flou de cette déposition, qui ne permet pas de savoir si A._ veut louer l'appartement des locataires pour y habiter elle-même ou plutôt pour y mettre le bureau de la fondation, il n'est nullement insoutenable d'admettre que n'a pas été établi le besoin allégué du témoin de prendre à bail le logement en cause.
Ce pan du grief doit être rejeté pour autant qu'il corresponde aux réquisits de motivation ancrés à l'art. 106 al. 2 LTF.
3.5 Dès l'instant où les intimées ont démontré que le congé était contraire aux règles de la bonne foi, la cour cantonale pouvait, sans violer le droit fédéral, annuler le congé litigieux.
4. Il suit de là que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimées, créancières solidaires, une indemnité de 3'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 23 octobre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Ramelet