Sachverhalt:
A. Mit Strafverfügungen vom 29. Mai 2009 büsste das Statthalteramt des Bezirkes Horgen A._, B._ und C._ wegen Störung der öffentlichen Sicherheit durch Abbrennen von Feuerwerk ohne Bewilligung im Sinne von Art. 12 Abs. 2 und Art. 60 der Polizeiverordnung der Gemeinde Horgen, in Anwendung von Art. 61 der Polizeiverordnung und § 334 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO), mit je 800.-- Franken. Ausserdem auferlegte es ihnen Verfahrenskosten von je 1'238.-- Franken.
Am 9. Juni 2009 erhoben A._, B._ und C._ Einsprachen gegen die Strafbefehle und verlangten deren gerichtliche Beurteilung. Mit gleicher Eingabe beschwerten sie sich zudem darüber, dass ihnen die Akteneinsicht verweigert worden sei.
Mit Schreiben vom 16. Juni 2009 teilte das Statthalteramt dem Vertreter von A._, B._ und C._, D._, mit, sie gewähre gestützt auf § 17 StPO vorerst keine Akteneinsicht. Diese Verfügung erfolgte ohne Rechtsmittelbelehrung.
Mit Eingaben vom 19. und vom 21. Juni 2009 erhoben A._, B._ und C._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich gegen die Verweigerung von Akteneinsicht.
Am 22. Juni 2009 teilten A._, B._ und C._ dem Statthalteramt mit, dass sie gegen seine Verfügung vom 16. Juni 2009 beim Verwaltungsgericht Beschwerde erhoben hätten und ersuchten es, die zwischenzeitlich an sie ergangenen Vorladungen aufgrund der aufschiebenden Wirkung der Verwaltungsgerichtsbeschwerden zu sistieren.
Mit Verfügung vom 25. Juni 2009 lehnte es das Statthalteramt ab, die Vorladungen zu sistieren und wies A._, B._ und C._ daraufhin, dass gegen die Verweigerung von Akteneinsicht durch das Statthalteramt gemäss § 402 Ziff. 10 StPO der Rekurs an die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich zur Verfügung stehe. Diesem Rechtsmittel komme aufschiebende Wirkung nur zu, wenn die Rekursinstanz dies anordne.
Am 28. Juni 2009 zogen A._, B._ und C._ die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zurück mit der Begründung, sie hätten es wegen der unterbliebenen Rechtsmittelbelehrung versäumt, zunächst an die Sicherheitsdirektion zu rekurrieren.
Mit Verfügung vom 30. Juni 2009 schrieb der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts das Verfahren als durch Rückzug der Beschwerde erledigt ab. Er setzte die Gerichtsgebühr auf 560.-- Franken fest und auferlegte sie A._, B._ und C._ "unter subsidiärer Haftung füreinander zu je einem Drittel". In der Rechtsmittelbelehrung verwies er auf die Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht.
B. Mit Beschwerde "in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten oder Strafsachen" beantragen A._, B._ und C._ im Wesentlichen, diese Verfügung des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit ihnen Kosten auferlegt worden seien. Ausserdem ersuchen sie um unentgeltliche Rechtspflege.
C. Das Statthalteramt beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. A._, B._ und C._ halten in ihrer Stellungnahme zur Vernehmlassung des Statthalteramtes an der Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Abschreibungsbeschluss ist kantonal letztinstanzlich (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) und schliesst das Verfahren ab (Art. 90 BGG). Strittig ist einzig, ob das Verwaltungsgericht nach § 13 i.V.m. § 70 des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) befugt war, den Beschwerdeführern die Kosten des Abschreibungsbeschlusses aufzuerlegen, nachdem diese ihre irrtümlich beim sachlich unzuständigen Verwaltungsgericht eingereichte Beschwerde zurückgezogen hatten. Es handelt sich mithin um eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von Art. 82 lit. a BGG, auch wenn dem Streit die Frage des Akteneinsichtsrechts in einem Strafverfahren zu Grunde liegt. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit gegeben. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Beschwerdeführer rügen Willkür im Sinn von Art. 9 BV und damit eine Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a BGG). Sie sind befugt, sich gegen die ihnen auferlegten Verfahrenskosten zu wehren (Art. 89 Abs. 1 BGG). Im Verfahren der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten herrscht kein Anwaltszwang (Art. 40 Abs. 1 BGG), weshalb es den Beschwerdeführern frei steht, sich durch eine nicht über das Anwaltspatent verfügende Person vertreten zu lassen. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Das Verwaltungsgericht war, wie sich aus seinem Entscheid ergibt, für die Behandlung der Beschwerde sachlich unzuständig. Es wäre nach § 5 Abs. 1 und 2 i.V.m. § 70 VRG verpflichtet gewesen, die Sache von Amtes wegen an die zuständige Behörde weiterzuleiten. Zu einer Weiterleitung kam es indessen nicht. Die Beschwerdeführer zogen ihre Beschwerde unverzüglich zurück, nachdem ihnen vom Statthalteramt das zutreffende Rechtsmittel nachträglich mitgeteilt worden war. Das Verwaltungsgericht schrieb das Verfahren daraufhin als durch Rückzug erledigt ab, was jedenfalls nicht willkürlich ist, und zwar unabhängig davon, ob die Beschwerdeführer gleichzeitig einen entsprechenden Rekurs bei der Sicherheitsdirektion erhoben und ob dem Verwaltungsgericht dies bekannt war oder nicht.
2.2 Im zürcherischen Verwaltungsgerichtsverfahren gilt für die Verteilung der Gerichtskosten grundsätzlich das Unterliegerprinzip (§ 13 Abs. 1 und 2 i.V.m. § 70 VRG). Nach der Praxis gilt, wer ein Rechtsmittel zurückzieht, als unterliegende Partei, wobei bei der Kostenverlegung auch Billigkeitsüberlegungen zum Zuge kommen (Kölz/Bosshard/Röhl, Kommentar zum VRG, 2. A. Zürich 1999, N. 16 zu § 13).
2.3 Das Statthalteramt hat seine Verfügungen vom 4. und vom 16. Juni 2009 entgegen seiner in § 188 des Zürcher Gerichtsverfassungsgesetzes vom 13. Juni 1976 (GVG) verankerten Verpflichtung nicht mit einer Rechtsmittelbelehrung versehen und damit eine wichtige Verfahrensregel verletzt. Aus einer fehlenden Rechtsmittelbelehrung darf der betroffenen Partei nach Treu und Glauben grundsätzlich kein Nachteil entstehen, es sei denn, dass zulässige Rechtsmittel ergäbe sich ohne Weiteres aus dem Gesetz (BGE 129 I 151 nicht publ. E. 2; 122 IV 344 E. 4 f.). Für die Beschwerdeführer, die wie ihr Vertreter augenscheinlich alles juristische Laien sind, war die Wahl des richtigen Rechtsmittels keineswegs offenkundig, dass sie gegen die Akteneinsichtsverweigerung in einem Strafverfahren an eine Verwaltungsbehörde rekurrieren müssten, lag für sie jedenfalls nicht auf der Hand. Unter diesen Umständen erscheint es krass unbillig und damit willkürlich, dass das Verwaltungsgericht ihnen die Abschreibungsgebühren auferlegte, zumal sie die Beschwerde unverzüglich zurückzogen, als sie vom Statthalteramt nachträglich auf ihren Irrtum aufmerksam gemacht worden waren. Die Rüge ist begründet.
3. Damit ist der angefochtene Entscheid aufzuheben, soweit den Beschwerdeführern Kosten auferlegt wurden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Damit wird das Gesuch der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Einen Anspruch auf eine Parteientschädigung haben sie nicht, da sie nicht anwaltlich vertreten waren.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Dispositiv-Ziff. 2 und 3 der angefochtenen Verfügung vom 30. Juni 2009 aufgehoben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Statthalteramt des Bezirkes Horgen und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi