Sachverhalt:
A. Am 15. Juni 1999 erhielt X._ als Schenkung von ihrem Vater verselbständigtes Miteigentum von 1/3 an einem Grundstück mit einer Fläche von 10'831 m2 in Schaffhausen. Die drei Miteigentümer - neben der Beschenkten die A._ AG und B._ GmbH - liessen die Parzelle am 25. November 2002 in 20 Parzellen (mit gleichbleibendem Miteigentum von je 1/3) aufteilen. Für die neuen Parzellen wurden mit Blick auf eine durch die C._ GmbH geplante Überbauung gegenseitig Grenzbaurechte und ein Durchgangsrecht für Werkleitungen eingeräumt. Gleichzeitig verkaufte X._ ihre Miteigentumsanteile an vier Grundstücken an die Baugesellschaft G._ (bestehend aus C._ AG und B._ GmbH), die damit Alleineigentümerin dieser vier Grundstücke war. Schliesslich verpflichtete sich X._ durch einen Kaufrechtsvertrag, der Baugesellschaft G._ ihre Drittel Miteigentum an den restlichen Parzellen im Laufe der nächsten 10 Jahre zum Preis von Fr. 400.--/m2 zu veräussern.
In der Folge veräusserten X._ und die B._ GmbH am 6. März 2003 (zwei), 28. April 2004 (zwei), 3. Januar 2006 (vier) und 30. März 2007 (vier) Miteigentumsanteile an die jeweils ihr Kaufrecht ausübende Baugesellschaft G._.
Nachdem auf den zuvor vorgenommenen Verkäufen gegenüber X._ lediglich die Grundstückgewinnsteuer erhoben worden war, wurde ihr Gewinn aus dem Verkauf vom 28. April 2004 bei der Veranlagung der direkten Bundessteuer und der Kantons- und Gemeindesteuern für das Steuerjahr 2004 als Einkommen aus Liegenschaftenhandel besteuert. Die Veranlagung ist unangefochten geblieben.
Mit Veranlagungsverfügung vom 28. Januar 2008 wurde X._ der Gewinn aus dem Verkauf der Miteigentumsanteile im Betrag von Fr. 117'694.-- für das Steuerjahr 2006 bei der direkten Bundessteuer und den Kantons- und Gemeindesteuern als Einkommen aus Liegenschaftenhandel aufgerechnet; das steuerpflichtige Einkommen von X._ und Y._ wurde auf insgesamt Fr. 209'600.-- (Direkte Bundessteuer) bzw. Fr. 215'600.-- (Kantons- und Gemeindesteuern) festgesetzt.
Eine gegen die Veranlagung bzw. ihre Einstufung als Liegenschaftenhändler erhobene Einsprache der Steuerpflichtigen blieb ohne Erfolg. Ihr gegen den Einspracheentscheid gerichteter Rekurs (Kantons- und Gemeindesteuern) bzw. ihre Beschwerde (Direkte Bundessteuer) wurden vom Obergericht des Kantons Schaffhausen am 15. Mai 2009 abgewiesen.
B. Mit Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen X._ und Y._ dem Bundesgericht, die Entscheide des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 15. Mai 2009 aufzuheben und ihr steuerbares Einkommen auf Fr. 91'900.-- (Bundessteuer) bzw. Fr. 97'900.-- (Kantons- und Gemeindesteuern) festzusetzen.
Die Steuerkommission des Kantons Schaffhausen und die Eidgenössische Steuerverwaltung (in Bezug auf die direkte Bundessteuer) beantragen, die Beschwerden abzuweisen.
Das Obergericht des Kantons Schaffhausen und die Eidgenössische Steuerverwaltung (betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern) haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten sind zwei Entscheide einer letzten kantonalen Instanz in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts; gegen diese kann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben werden (Art. 82 bzw. Art. 86 BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG [SR 642.11] und Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Eine Ausnahme (Art. 83 BGG) liegt nicht vor. Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden der direkt betroffenen Steuerpflichtigen ist einzutreten.
1.2 Die im Wesentlichen gleichlautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien und den gleichen Sachverhalt. Da sie auch grösstenteils übereinstimmende Rechtsfragen aufwerfen, rechtfertigt es sich, sie gemeinsam zu behandeln und die Verfahren zu diesem Zweck zu vereinigen.
1.3 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht im Sinne von Art. 95 lit. a BGG gerügt werden.
1.4 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), und es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 BGG).
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte mit Ausnahme der Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen (Art. 16 Abs. 1 und Abs. 3 DBG).
Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit (Art. 18 Abs. 1 DBG).
2.2 Unter den Begriff der selbständigen Erwerbstätigkeit fällt allgemein jede Tätigkeit, bei der ein Unternehmer auf eigenes Risiko, unter Einsatz von Arbeit und Kapital, in einer frei gewählten Organisation und mit der Absicht der Gewinnerzielung am Wirtschaftsverkehr teilnimmt. Eine solche Tätigkeit kann haupt- oder nebenberuflich, dauernd oder temporär ausgeübt werden. Ob eine selbständige Erwerbstätigkeit vorliegt, ist stets nach den gesamten Umständen des Einzelfalls zu beurteilen; die einzelnen Begriffsmerkmale dürfen nicht isoliert betrachtet werden und können auch in unterschiedlicher Intensität auftreten (BGE 125 II 113 E. 5b).
2.3 Keine selbständige Erwerbstätigkeit liegt vor, wenn lediglich das eigene Vermögen verwaltet wird, insbesondere etwa durch die Vermietung eigener Liegenschaften. Dies gilt selbst dann, wenn das Vermögen umfangreich ist, professionell verwaltet wird und kaufmännische Bücher geführt werden (Urteil 2C_869/2008 vom 7. April 2009 E. 2.3).
2.4 Nach der Praxis des Bundesgerichts, auf welche die Vorinstanz sowohl in Bezug auf das kantonale Recht als auch das Bundesrecht abgestellt hat, liegt steuerbarer Immobilienhandel im Sinne einer selbständigen Erwerbstätigkeit immer dann vor, wenn die steuerpflichtige Person An- und Verkäufe von Liegenschaften nicht nur im Rahmen der privaten Vermögensverwaltung bei sich zufällig bietender Gelegenheit tätigt, sondern wenn sie dies systematisch und mit der Absicht der Gewinnerzielung tut; erforderlich ist die Entwicklung einer Tätigkeit, die in ihrer Gesamtheit auf Erwerb gerichtet ist. Als Indizien hierfür kommen in Betracht: die systematische bzw. planmässige Art und Weise des Vorgehens (aktives, wertvermehrendes Tätigwerden durch Parzellierung, Überbauung, Werbung usw.; Erwerb in der offenkundigen Absicht, die Liegenschaft möglichst rasch mit Gewinn weiterzuverkaufen; Ausnützung der Marktentwicklung), die Häufigkeit der Liegenschaftsgeschäfte, der enge Zusammenhang eines Geschäfts mit der beruflichen Tätigkeit der steuerpflichtigen Person, der Einsatz spezieller Fachkenntnisse, die kurze Besitzesdauer, der Einsatz erheblicher fremder Mittel zur Finanzierung der Geschäfte oder die Realisierung derselben im Rahmen einer Personengesellschaft (BGE 125 II 113 E. 6a; 122 II 446 E. 3b).
In einem neusten Entscheid hat das Bundesgericht seine für gewerbsmässigen Liegenschaften- und Wertschriftenhandel entwickelte Praxis dahingehend präzisiert, dass beim Wertschriftenhandel - wo die Verhältnisse allerdings etwas anders liegen als beim Liegenschaftenhandel - die systematische und planmässige Vorgehensweise sowie der Einsatz spezieller Fachkenntnisse nur noch eine untergeordnete Bedeutung haben; dagegen sind die Kriterien der Höhe des Transaktionsvolumens und der Einsatz erheblicher fremder Mittel stärker zu gewichten (Urteil 2C_868/2008 vom 23. Oktober 2009 E. 2.7).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin, die seit 1991 ein Reinigungsunternehmen betreibt, hat ihren Drittel am in Frage stehenden Grundstück, das in der Folge im Hinblick auf den Verkauf in zwanzig Parzellen aufgeteilt wurde, als Schenkung von ihrem Vater erhalten. Fremdkapital wurde somit nicht eingesetzt.
3.2 Nach den Akten erwirbt und überbaut die Baugesellschaft G._ , an welcher die Beschwerdeführerin nicht beteiligt ist, jeweils die Grundstücke mit Doppeleinfamilienhäusern; ihr gehört auch die B._ GmbH (Zweck: Haltung, Erwerb, Überbauung, Belastung und Verkauf von Grundeigentum). Zwischen der A._ AG (Architekturbüro und tätig als Generalunternehmerin) und der an der Baugesellschaft beteiligten C._ GmbH besteht dadurch eine Verbindung, dass S._ deren Verwaltungsrat bzw. Geschäftsführer und Gesellschafter ist. Die beiden Miteigentümerinnen der Beschwerdeführerin sind Unternehmen der Immobilienbranche.
3.3 Die Vorinstanz hat erkannt, die Beschwerdeführerin sei durch die Parzellierung und anschliessende Einräumung von Grenzbaurechten und Rechten für Wegleitungen (recte: Werkleitungen) im Hinblick auf ein bereits geplantes Bauprojekt der C._ GmbH aktiv wertvermehrend tätig geworden. Neben der grossen Anzahl bzw. Häufigkeit von Liegenschaftsgeschäften und der eher kurzen Besitzdauer liege darin insbesondere eine systematische und planmässige Art des Vorgehens, die über die Verwaltung des Privatvermögens hinausgehe. Ihre im Zusammenhang mit den Liegenschaften stehende Tätigkeit sei in ihrer Gesamtheit auf Erwerb ausgerichtet gewesen, womit gewerbsmässiger Liegenschaftenhandel vorliege.
3.4 Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Vor der Vorinstanz legte die Beschwerdeführerin dar, das Vorgehen mit dem Abschluss eines einzigen Kaufrechtsvertrages sei gewählt worden, weil die Erwerberin nicht über jene Mittel verfügt habe, die es ihr erlaubt hätten, den Kauf uno acto und sofort zu vollziehen. Sie habe sich auch in keiner Art und Weise an irgendwelchen geschäftlichen Verrichtungen der Käuferschaft beteiligt - auch nicht indirekt oder passiv. Sie habe weder aktiv noch passiv an der Überbauung und am Verkauf der Parzellen durch die Baugesellschaft mitgewirkt.
Diese Darstellung wird von der Vorinstanz nicht in Frage gestellt. Sie erscheint denn auch glaubhaft, sollten die 20 Parzellen doch jeweils mit einem Doppeleinfamilienhaus überbaut werden, was erhebliche Mittel erfordert. Diese hätten wohl auch durch einen Bankkredit erlangt werden können, was aber mit zusätzlichen, ins Gewicht fallenden Finanzierungskosten verbunden gewesen wäre. Es kommt hinzu, dass Miteigentumsanteile an unüberbauten Grundstücken nur schwer an aussenstehende Dritte zu verkaufen sind, da sich eine angestrebte Überbauung nur gemeinsam mit den anderen Miteigentümern realisieren lässt. Weder aus dem angefochtenen Entscheid noch aus den Akten ergeben sich irgendwelche Hinweise darauf, dass die Beschwerdeführerin - ausser der unterschriftlichen Zustimmung zum jeweiligen Verkauf der Parzellen an die Baugesellschaft - in irgendeiner Form an der weiteren Detailplanung, Erschliessung oder Überbauung der Parzellen tätig geworden wäre. Ein systematisches und planmässiges Vorgehen, dem für sich allein keine entscheidende Bedeutung zukommt, liegt damit nicht vor.
Auch die Anzahl der in der Folge verkauften Parzellen führt zu keiner anderen Beurteilung. Mit dem Abschluss des einzigen Kaufrechtsvertrages vom 25. November 2002 war die Beschwerdeführerin nicht mehr zur freien Verfügung über ihren Eigentumsanteil bzw. ihre Eigentumsanteile befugt; sodann war sie zufolge der gleichzeitigen Fixierung des Kaufpreises für eine Dauer von zehn Jahren nicht mehr an allfälligen konjunkturellen oder anderen Wertvermehrungen der Liegenschaft beteiligt. Die Steuerverwaltung hat denn auch den gleichentags vorgenommenen Verkauf von vier Parzellen und den Verkauf von weiteren zwei Parzellen am 6. März 2003 lediglich der Grundstückgewinnsteuer unterworfen. Erst den Erlös aus dem Verkauf von zwei Parzellen am 28. April 2004 hat sie als steuerbares Einkommen (im Betrag von Fr. 62'141.--) aus Liegenschaftenhandel qualifiziert; diese Veranlagung ist von den Beschwerdeführern allerdings "zu Folge eines Versehens" nicht angefochten worden und in Rechtskraft erwachsen.
Unter Berücksichtigung aller Umstände des vorliegenden Falles ist davon auszugehen, dass sich das Tätigwerden der Beschwerdeführerin zur Hauptsache im Abschluss des Kaufrechtsvertrages und der gleichzeitigen Einräumung der erforderlichen Rechte am 25. November 2002 erschöpfte. In diesem Vertragsabschluss hat die Beschwerdeführerin bereits ihren verbindlichen Willen zum Ausdruck gebracht, ihre(n) Grundstücksanteil(e) zu einem Preis von Fr. 400.--/m2 zu verkaufen; das ausdrücklich als übertragbar bezeichnete Kaufrecht - ein Gestaltungsrecht - wurde für eine Dauer von zehn Jahren (d.h. bis 25. November 2012) eingeräumt. Damit erscheinen die nachfolgenden, allein durch Ausübung des Kaufrechts durch die Baugesellschaft ausgelösten Grundstückanteilsverkäufe lediglich als etappenweiser Vollzug des ihnen zu Grunde liegenden Rechtsgeschäfts, die ohne ein eigentliches Tätigwerden der Beschwerdeführerin zu Stande kamen. Mit der Einräumung eines Kaufrechts über eine derart lange Dauer und der bereits erfolgten Festsetzung des Kaufpreises hat die Beschwerdeführerin wesentliche Teile der dem Grundeigentum innewohnenden Verfügungsmacht rechtsgeschäftlich übertragen; dieses Vorgehen rückt daher in die Nähe einer wirtschaftlichen Handänderung (vgl. Urteil 2C_500/2008 vom 23. Dezember 2008 E. 2.1).
Es ist somit davon auszugehen, dass im vorliegenden Fall auch die gestützt auf denselben Kaufrechtsvertrag vorgenommenen späteren Verkäufe von Grundstücksanteilen der ursprünglichen Parzelle im Rahmen der privaten Vermögensverwaltung durch die Beschwerdeführerin erfolgten.
Die diesem Ergebnis widersprechende Auslegung und Anwendung von Art. 18 Abs. 1 DBG durch die Vorinstanz verletzt somit Bundesrecht, weshalb die Beschwerde gutzuheissen ist und das angefochtene Urteil sowie der Einspracheentscheid aufzuheben sind.
II. Staats- und Gemeindesteuern
4. Art. 17 Abs. 1, Art. 19 Abs. 1 und Art. 26 lit. b des Schaffhauser Gesetzes vom 20. März 2000 über die direkten Steuern [StG/SH]) entsprechen Art. 16 Abs. 1 und Abs. 3 sowie Art. 18 Abs. 1 DBG bzw. Art. 7 und Art. 8 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14). Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer auch für die kantonalen Steuern gelten (Urteil 2C_868/ 2008 vom 23. Oktober 2009 E. 2.1). Damit ist auch die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gutzuheissen und das angefochtene Urteil sowie der Einspracheentscheid sind aufzuheben.
III. Kosten und Entschädigung
5. Bei diesem Ausgang hat der Kanton Schaffhausen die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 BGG) und die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_403/2009 und 2C_404/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer wird gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 15. Mai 2009 sowie der Einspracheentscheid der Kantonalen Steuerkommission Schaffhausen vom 26. August 2008 werden aufgehoben.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern wird gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 15. Mai 2009 sowie der Einspracheentscheid der Kantonalen Steuerkommission Schaffhausen vom 26. August 2008 werden aufgehoben.
4. Die Sache wird zur Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an die Vorinstanz und zur neuen Veranlagung im Sinne der Erwägungen an die Kantonale Steuerverwaltung Schaffhausen zurückgewiesen.
5. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 3'000.-- (für beide Verfahren) werden dem Kanton Schaffhausen auferlegt.
6. Der Kanton Schaffhausen hat die Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht mit insgesamt Fr. 3'000.-- (für beide Verfahren) zu entschädigen.
7. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. März 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng