Sachverhalt:
A. Die TDC Switzerland AG (heute Sunrise Communications AG) stellte am 5. Januar 2006 bei der Einwohnergemeinde Wahlern ein Gesuch für den Neubau einer Mobilfunkanlage auf Parzelle Nr. 3865 an der Thunstrasse 6 in Schwarzenburg. Gegen das Bauvorhaben erhoben unter anderem X._ und Y._ Einsprache. Das kantonale Amt für Berner Wirtschaft (beco) kam in einem Fachbericht betreffend Immissionsschutz zum Schluss, das Vorhaben stehe mit der Verordnung vom 23. Dezember 1999 über den Schutz vor nichtionisierender Strahlung (NISV; SR 814.710) im Einklang. Mit Entscheid vom 9. Mai 2007 wies die Hochbaukommission der Einwohnergemeinde Wahlern das Baugesuch ab. Sie erwog unter anderem, dass sich der Antennenstandort in unmittelbarer Nähe der Schulanlagen befinde und das gesamte Schulareal als Ort mit empfindlicher Nutzung (OMEN) gelten müsse.
Gegen die ablehnende Verfügung der Gemeinde erhob die Baugesuchstellerin Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Am 7. Juni 2007 stellte die BVE den Einsprechern eine Kopie der Beschwerde zu und setzte ihnen Frist zur allfälligen Beteiligung am Beschwerdeverfahren; gleichzeitig wies sie darauf hin, dass Stillschweigen als Verzicht auf die Beteiligung am weiteren Verfahren gelte. Die Einsprecher reagierten nicht auf dieses Schreiben. Am 20. Juli 2007 stellte die BVE fest, dass die Einsprecher stillschweigend auf eine Beteiligung am Beschwerdeverfahren verzichtet hätten. Mit Entscheid vom 29. August 2007 hiess die BVE die Beschwerde gut, hob den Entscheid der Hochbaukommission der Gemeinde auf und erteilte der TDC Switzerland AG die Gesamtbaubewilligung. Aus dem Situationsplan zum Standortdatenblatt ergebe sich, dass das ganze Schulhausareal ausserhalb des Anlageperimeters liege. Das Projekt entspreche den Anforderungen der NISV. Die kommunale Hochbaukommission stellte den Entscheid der BVE den Einsprechern am 19. Oktober 2007 zu.
X._ und Y._ gelangten gegen den Entscheid der BVE vom 29. August 2007 an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Sie beantragten unter anderem die Aufhebung der Baubewilligung und die Wiederherstellung der Rechte der Einsprecher. Das Verwaltungsgericht trat auf die Beschwerde mit Urteil vom 15. November 2007 nicht ein. Es führte aus, die Beschwerdeführer hätten sich bewusst, aus freien Stücken und in Kenntnis des Rechtsbegehrens der Bauherrschaft, welche die Erteilung der Baubewilligung beantragt habe, aus dem Verfahren zurückgezogen. Damit hätten sie auch in Kauf genommen, dass sie einen allfälligen missliebigen Entscheid der Direktion nicht mehr anfechten könnten.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen X._ und Y._ im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts und der Entscheid der BVE seien aufzuheben und die Rechte der Einsprecher seien wiederherzustellen. Sie rügen eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör und halten den angefochtenen Entscheid für überspitzt formalistisch.
Die Sunrise Communications AG stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid die Abweisung der Beschwerde. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Gemeinde Wahlern schliesst sich im Ergebnis den Argumenten der Beschwerdeführer an.
C. Mit Verfügung vom 21. Januar 2008 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung ein Gesuch der Beschwerdeführer um aufschiebende Wirkung ab.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, mit welchem auf eine Beschwerde von Einsprechern gegen die Baubewilligung für eine Mobilfunkantenne nicht eingetreten wird, weil sie sich nicht am vorangehenden Beschwerdeverfahren vor der zuständigen Direktion beteiligt hätten. Die umstrittene Baubewilligung stützt sich unter anderem auf die NISV und damit auf Bundesverwaltungsrecht, dessen Anwendung im Rahmen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zu beurteilen ist (Art. 82 ff. BGG). Tritt eine kantonale Rechtsmittelinstanz in einer bundesrechtlichen Materie gestützt auf kantonales Verfahrensrecht auf eine Beschwerde nicht ein, ist ihr Nichteintretensentscheid geeignet, die richtige Anwendung des Bundesrechts zu vereiteln. Die Rüge, das kantonale Verfahrensrecht sei in bundesverfassungs- oder bundesrechtswidriger Weise angewendet worden, kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vorgebracht werden (Art. 95 lit. a BGG; BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251).
1.2 Die Beschwerdeführer machen geltend, das Verwaltungsgericht sei auf ihre Beschwerde zu Unrecht nicht eingetreten und habe somit ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Zu dieser Rüge sind sie nach Art. 89 BGG befugt, ungeachtet ihrer Legitimation in der Sache. Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.3 Nicht einzutreten ist allerdings auf die Anträge, die sich auf den Entscheid in der Sache selbst beziehen. Das verwaltungsgerichtliche Verfahren war auf die Frage der Zulässigkeit der Beschwerde beschränkt. Nur dies ist somit auch Streitgegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens.
2. Die Beschwerdeführer erklären, sie hätten sich nicht am Beschwerdeverfahren vor der BVE beteiligt, da die Gemeinde die Baubewilligung aus zonenplanerischen Gründen verweigert habe, während sie sich in ihren Einsprachen auf andere Gründe gestützt hätten, zu welchen sich die Sunrise in ihrer Beschwerde an die BVE nicht geäussert habe. Da die Baubewilligung durch die Gemeinde bereits aus zonenplanerischen Überlegungen verweigert worden sei und nur diese Begründung im Verfahren vor der BVE umstritten gewesen sei, hätten sie keinen Anlass gehabt, sich an diesem Verfahren zu beteiligen. Sie hätten nach Treu und Glauben davon ausgehen dürfen, dass die Angelegenheit bei einer Gutheissung der Beschwerde durch die BVE praxisgemäss an die Gemeinde zur Prüfung der Einsprachegründe zurückgewiesen würde. Der Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts verhindere, dass die Einsprachen überhaupt geprüft würden, was eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör darstelle. Überdies bezeichnen sie die Auffassung des Verwaltungsgerichts, sie hätten mit dem Verzicht, im Verfahren vor der BVE eine Vernehmlassung einzureichen, die Parteistellung und die Beschwerdeberechtigung im weiteren Rechtsmittelverfahren verloren, als überspitzt formalistisch.
2.1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung, auf Beurteilung innert angemessener Frist sowie auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV). Nach der Praxis des Bundesgerichts begeht eine Behörde eine Gehörsverletzung im Sinne einer formellen Rechtsverweigerung, wenn sie auf eine ihr frist- und formgerecht unterbreitete Sache nicht eintritt, obschon sie darüber entscheiden müsste (BGE 117 Ia 116 E. 3a S. 117 f.). Ob eine solche Rechtsverweigerung vorliegt, prüft das Bundesgericht frei (BGE 128 II 139 E. 2a S. 142 mit Hinweisen). Die Auslegung und Anwendung des einschlägigen kantonalen Rechts untersucht es indessen nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür (BGE 131 I 217 E. 2.1 S. 219, 467 E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
Überspitzter Formalismus als besondere Form der Rechtsverweigerung liegt vor, wenn für ein Verfahren rigorose Formvorschriften aufgestellt werden, ohne dass die Strenge sachlich gerechtfertigt wäre, wenn die Behörde formelle Vorschriften mit übertriebener Schärfe handhabt oder an Rechtsschriften überspannte Anforderungen stellt und damit dem Bürger den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperrt (BGE 130 V 177 E. 5.4.1 S. 183 mit Hinweisen). Das Verbot des überspitzten Formalismus weist einen engen Bezug zum Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 BV) auf. Nach der bundesgerichtlichen Praxis erscheint es überspitzt formalistisch, eine Prozesserklärung buchstabengetreu auszulegen, ohne zu fragen, welcher Sinn ihr vernünftigerweise beizumessen sei (BGE 113 Ia 94 E. 2 S. 96 f. mit Hinweisen; vgl. auch unveröffentlichte Entscheide 1P.723/1991 vom 20. Mai 1992, E. 2c und 1P.192/2001 vom 14. Mai 2001, E. 2c). Parteierklärungen, die im Rahmen eines Prozesses abgegeben werden, sind unter Berücksichtigung von Treu und Glauben auszulegen (BGE 105 II 149 E. 2a S. 152 mit Hinweisen), d.h. sie müssen so ausgelegt werden, wie sie der Empfänger nach den gesamten Umständen in guten Treuen verstehen durfte und verstehen musste (BGE 116 Ia 56 E. 3b S. 58 mit Hinweisen). Dies gilt umso mehr, wenn es sich bei den Verfahrensbeteiligten - wie hier - um juristische Laien handelt (Urteil des Bundesgerichts 1A.80/2002 vom 18. Juni 2002 E. 4.3).
2.2 Das Verwaltungsgericht legt im angefochtenen Entscheid dar, dass zur kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde befugt ist, wer ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung des Entscheids hat (Art. 79 lit. a des Gesetzes vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern [VRPG]). Ein Rechtsmittel einlegen und damit Parteirechte im Beschwerdeverfahren könne beanspruchen, wer im Verfahren vor der Vorinstanz mit seinen Anträgen nicht durchgedrungen und somit durch den angefochtenen Entscheid formell beschwert sei. Im Beschwerdeverfahren könne daher grundsätzlich nur Partei sein, wer bereits vor der Vorinstanz Parteirechte ausgeübt habe und dies weiterhin tun wolle (Art. 12 Abs. 2 lit. a VRPG; Thomas Merkli/Arthur Aeschlimann/Ruth Herzog, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, Bern 1997, Art. 12 N. 15 f., Art. 79 N. 10). Einsprecher in einem Baubewilligungsverfahren seien befugt, im Beschwerdeverfahren Parteirechte auszuüben. Eine Verpflichtung zur Stellungnahme bestehe nicht. Am vorinstanzlichen Verfahren beteiligte Personen, die trotz Gelegenheit keine Stellungnahme mit Anträgen und Begründung abgäben, verzichteten auf die Ausübung von Parteirechten und hätten auch kein Kostenrisiko. Sie könnten sich jedoch später nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens nicht wieder am Beschwerdeverfahren beteiligen. Auf einen Verzicht könne die Partei später nur zurückkommen, wenn sie neu, in nicht vorhersehbarem Mass berührt werde. Dies sei jedoch nicht der Fall, wenn die Beschwerdeinstanz den Beschwerdebegehren entgegen den Erwartungen der sich nicht mehr Beteiligenden stattgebe und ein von diesen bekämpftes Vorhaben bewillige (Merkli/Aeschlimann/ Herzog, a.a.O., Art. 12 N. 22, Art. 69 N. 5).
2.3 Beim Grundsatz der Einheit des Verfahrens handelt es sich um einen allgemeinen verfahrensrechtlichen Grundsatz, der für die Rechtsmittel an das Bundesgericht in Art. 111 BGG näher umschrieben wird. Wer zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt ist, muss sich am Verfahren vor allen kantonalen Vorinstanzen beteiligen können (Art. 111 Abs. 1 BGG). Dem entsprechend setzt die Beschwerdeberechtigung nach Art. 89 BGG voraus, dass ein Beschwerdeführer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (Art. 89 lit. a BGG). Insoweit ergibt sich für die Beschwerdeführer aus dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens grundsätzlich die Obliegenheit, sich am kantonalen Verfahren als Partei zu beteiligen. Eine Ausnahme gilt, wenn jemand keine Möglichkeit zur Teilnahme am vorinstanzlichen Verfahren erhalten hat.
Die vom Verwaltungsgericht angewendeten kantonalen Bestimmungen sollen grundsätzlich den im Bundesrecht verankerten Grundsatz der Einheit des Verfahrens auf kantonaler Ebene sicherstellen. Der Verzicht auf eine Verfahrensbeteiligung vor einer unteren Instanz hat zur Folge, dass einer Partei der Zugang zu den höheren Instanzen verschlossen bleibt. Angesichts dieser weitreichenden Folgen, sind an das Verfahren, welches die Annahme eines Verzichts auf Verfahrensbeteiligung durch Stillschweigen rechtfertigt, hohe Anforderungen zu stellen. Im vorliegenden Verfahren beanstanden die Beschwerdeführer und die Gemeinde, dass die BVE die Baubewilligung im Beschwerdeverfahren direkt erteilte, ohne auf die Einsprachen einzugehen. Die Beschwerdeführer behaupten nicht, die Erteilung der Baubewilligung durch die BVE sei grundsätzlich unzulässig. Sie halten dies aber im vorliegenden Fall für unrechtmässig, weil ihre Einsprachegründe bei der Bewilligungserteilung unberücksichtigt geblieben seien. Die Gemeinde habe die Baubewilligung nicht gestützt auf ihre Einsprachen verweigert, sondern habe sich auf andere Gründe, insbesondere auf solche der Nutzungsplanung und möglicher Alternativstandorte berufen. Diese Bewilligungsverweigerung mit der von der Gemeinde abgegebenen Begründung sei Gegenstand der Beschwerde der Baugesuchstellerin an die BVE gewesen. Da die Einsprachegründe (Gesundheitsschädigung, problematischer Standort, unklare Bauherrschaft, ungenügendes Qualitätssicherungssystem, fehlende Messbarkeit der UMTS-Strahlung usw.) weder im Bauabschlag der Gemeinde noch in der Beschwerde der Sunrise an die BVE behandelt worden seien, hätten sie keinen Anlass gehabt, sich am Beschwerdeverfahren zu beteiligen.
2.4 Mit ihren Vorbringen bestreiten die Beschwerdeführer nicht, dass die BVE ihnen Gelegenheit zur Teilnahme am Verfahren eingeräumt hat. Sie machen jedoch geltend, sie hätten nach der Verweigerung der Baubewilligung durch die Gemeinde keinen Anlass gehabt, ihre Einsprachegründe im Beschwerdeverfahren erneut vorzubringen.
2.4.1 Wie in E. 2.1 hiervor erwähnt, hat jede Person gestützt auf Art. 29 Abs. 1 und 2 BV in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung, auf Beurteilung innert angemessener Frist sowie auf rechtliches Gehör. In Bezug auf die Beschwerdeführer bedeutet dies, dass sie als Einsprecher Anspruch auf grundsätzlich kostenlose Behandlung ihrer Einsprachen haben (vgl. Aldo Zaugg/Peter Ludwig, Kommentar zum Baugesetz des Kantons Bern vom 9. Juni 1985, 3. Auflage, Bern 2007, Art. 35/35a N. 15, Art. 38/39 N. 18 und 19). Kommt die zuständige Behörde zum Schluss, dass ein Baugesuch ohnehin abzuweisen ist, ist es im Lichte von Art. 29 Abs. 1 und 2 BV nicht erforderlich, dass sie sich zu den Einsprachen äussert, wenn den Anliegen der Einsprecher im Ergebnis entsprochen wird. Ein solcher Entscheid begründet denn auch keine Beschwer für die Einsprecher. Dementsprechend verlieren im vorinstanzlichen Verfahren Obsiegende grundsätzlich ihre Parteistellung nicht, selbst wenn sie sich nicht mehr mit eigenen Anträgen am weiteren Verfahren beteiligen (Alfred Kölz/Jürg Bosshart/Martin Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Auflage, Zürich 1999, § 21 N. 104).
Nach der Praxis zum bernischen VRPG soll hingegen ein Verzicht auf die Teilnahme der obsiegenden Partei am nachfolgenden Beschwerdeverfahren zum Verlust ihrer Parteistellung führen. Der Verzicht auf eine Beteiligung am Beschwerdeverfahren wird als grundsätzlich endgültig und unwiderruflich bezeichnet (Merkli/Aeschlimann/Herzog, a.a.O., Art. 12 N. 20). Diese Praxis erscheint vor dem Hintergrund von Art. 29 Abs. 1 und 2 BV als grundsätzlich problematisch, doch kann ihre verfassungsrechtliche Zulässigkeit im vorliegenden Fall aufgrund des Ergebnisses der nachfolgenden Prüfung offen bleiben.
2.4.2 Zur Wahrung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) bestimmt Art. 38 Abs. 2 Satz 2 des kantonalen Baugesetzes vom 9. Juni 1985 (BauG), dass sich der Bauentscheid mit den unerledigten Einsprachen auseinandersetzen muss. Der Nichteinbezug von Gesichtspunkten, die für den Entscheid wesentlich sind, verletzt den Anspruch auf rechtliches Gehör (vgl. Aldo Zaugg/Peter Ludwig, a.a.O., Art. 38/39 N. 19).
Im vorliegenden Verfahren hat die BVE in ihrem Bauentscheid die Baubewilligung erteilt, ohne sich mit den Einsprachen auseinanderzusetzen. Es ist nicht ersichtlich, dass die Beschwerdeführer keine Einsprachebefugnis hätten, und es liegt weder eine Einigung im Rahmen des Baubewilligungsverfahrens noch ein ausdrücklicher Rückzug der Einsprachen vor. Mit der Verweigerung der Baubewilligung durch die Gemeinde im erstinstanzlichen Verfahren sind die Einsprecher als obsiegende Parteien zu betrachten, die durch den kommunalen Entscheid nicht beschwert wurden, da sie mit ihren Anträgen nicht unterlegen sind. Die in E. 2.3 hiervor genannte Obliegenheit, an einem Beschwerdeverfahren gegen die Verweigerung einer Baubewilligung teilzunehmen, setzt jedoch grundsätzlich voraus, dass die Verfahrenspartei durch das Anfechtungsobjekt beschwert ist, was hier wie erwähnt auf die Beschwerdeführer nicht zutrifft. Erst die Erteilung der Baubewilligung durch die BVE im Bauentscheid vom 29. August 2007 beschwerte die Einsprecher.
Aus den Verfahrensakten ergibt sich, dass die Gemeinde Wahlern in ihrem Bauabschlag vom 9. Mai 2007 die Baubewilligung wegen der Nähe zu den Schulanlagen (Gesundheitsvorsorge), gewisser Veränderungen in Bezug auf OMEN in der näheren Umgebung (mögliche Nutzungsänderungen und Nutzungsreserven) sowie verschiedener netzplanerischer Mängel und der erforderlichen Suche nach Alternativstandorten verweigerte. Diese Punkte hat die Sunrise in ihrer Beschwerde an die BVE denn auch kritisiert. Nicht geäussert haben sich die Gemeinde und die BVE im Rahmen ihrer Entscheide zu den von den Einsprechern vorgebrachten Einwänden, zu welchen die Sunrise im kommunalen Baubewilligungsverfahren Stellung genommen hatte. Der Bauentscheid muss sich mit den unerledigten Einsprachen auseinandersetzen. Die Gemeinde hatte im Rahmen des Bauabschlags keine Pflicht, auf die Argumente der Einsprecher weiter einzugehen, da sie die Baubewilligung bereits aus anderen Gründen verweigerte. Hingegen hätte sich die BVE vor dem Erlass ihres Bauentscheids vom 29. August 2007, in welchem sie die Baubewilligung erteilte, mit den Argumenten der Einsprecher auseinandersetzen müssen, da es sich dabei um unerledigte Einsprachen handelte. Daran ändert nichts, dass die BVE den Einsprechern mit Verfügung vom 7. Juni 2007 mitteilte, dass Stillschweigen im Beschwerdeverfahren als Verzicht auf die Beteiligung am weiteren Verfahren ausgelegt werde. Das Beschwerdeverfahren betraf für die Einsprecher erkennbar zunächst die Begründung, mit welcher die Gemeinde die Baubewilligung verweigert hatte. Dass die BVE im Beschwerdeverfahren selbst die Baubewilligung erteilen würde und das Stillschweigen der Einsprecher im Ergebnis als Rückzug der Einsprachen interpretieren würde, ergab sich aus der Verfügung der BVE vom 7. Juni 2007 nicht. Vielmehr war die BVE unter den gegebenen Umständen nach Art. 29 BV verpflichtet, die in den unerledigten Einsprachen erhobenen Einwände im Rahmen der Erteilung der Baubewilligung zu behandeln. Dass die Beschwerdeführer ihre Einsprachegründe im Beschwerdeverfahren nicht wiederholten, ändert daran nichts. Der Verfügung der BVE vom 7. Juni 2007 war nicht zu entnehmen, dass der dort erwähnte "Verzicht auf die Beteiligung am weiteren Verfahren" auch zu einem Verlust der Parteistellung als Einsprecher im Baubewilligungsverfahren führen würde.
2.4.3 Die BVE hat die Einsprachen der Beschwerdeführer entgegen Art. 29 BV und Art. 38 Abs. 2 BauG nicht behandelt, obwohl diese mit dem Bauabschlag der Gemeinde noch nicht erledigt waren und das Stillschweigen der Einsprecher nach Erhalt der Verfügung der BVE vom 7. Juni 2007 nach Treu und Glauben nicht als Verzicht auf die Einsprachen, sondern nur als Verzicht auf eine Stellungnahme zur Beschwerde der Sunrise verstanden werden durfte. Der angefochtene Entscheid, mit welchem das Verwaltungsgericht auf die kantonale Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht eingetreten ist, weil die Beschwerdeführer stillschweigend auf eine Beteiligung am weiteren Verfahren verzichtet hätten, erscheint unter diesen Umständen als überspitzt formalistisch im Sinne der vorne (E. 2.1) wiedergegebenen Rechtsprechung und stellt damit eine formelle Rechtsverweigerung dar. Er ist somit aufzuheben und das Verwaltungsgericht wird dafür zu sorgen haben, dass der Anspruch der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör gewahrt wird und die zuständige Instanz sich mit den unerledigten Einsprachen auseinandersetzt (Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 38 Abs. 2 BauG).
3. Es ergibt sich, dass die vorliegende Beschwerde gutzuheissen ist. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zur weiteren Behandlung zurückgewiesen (Art. 107 Abs. 2 BGG).
Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Den anwaltlich nicht vertretenen Beschwerdeführern ist praxisgemäss keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 15. November 2007 aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur weiteren Behandlung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Einwohnergemeinde Wahlern, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. April 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag