Faits:
A. Les sociétés A.X._ SA, C.X._ SA, D.X._ SA et B.X._ SA (ci-après: les assujetties ou les recourantes), sises à Genève, constituées respectivement en 1972, 1986, 1991 et 1992, font partie du groupe international X._. Selon les inscriptions au registre du commerce, leurs buts sont respectivement les suivants:
- l'achat, la distribution et la vente de combustibles, de produits pétroliers raffinés et de produits semblables (A.X._ SA);
- le commerce, la production, la transformation, le stockage et le transport de produits générateurs d'énergie et en particulier de produits pétroliers et de dérivés de produits pétroliers (C.X._ SA);
- le commerce et la fourniture de prestations de services et conseils dans le domaine des métaux, minéraux, minerais et tous produits dérivés, ainsi que le commerce de produits pétroliers (D._ SA);
- l'importation, l'exportation et le commerce en général, y compris sur le marché à terme, de sucre et autres produits et matières premières (B.X._ SA).
Les sociétés précitées sont immatriculées dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995.
A la suite de contrôles effectués dans le courant des années 1998 à 2001, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale ou l'intimée) a établi, pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999, les décomptes complémentaires suivants:
- no 115'486 du 1er décembre 2000, d'un montant de 418'564 fr., concernant A.X._ SA;
- no 115'487 du 1er décembre 2000, d'un montant de 6'659 fr., concernant C.X._ SA;
- no 115'502 du 26 février 2001, d'un montant de 45'586 fr., concernant B.X._ SA;
- no 115'503 du 26 février 2001, d'un montant de 282'770 fr., concernant D._ SA.
Ces reprises étaient motivées pour l'essentiel comme suit:
- les assujetties avaient omis de soumettre à l'impôt des prestations de services acquises de l'étranger;
- les assujetties effectuaient, à des fins de couverture des risques liés à leurs autres opérations, des transactions portant sur des "futures", qui n'aboutissaient pas à la livraison des valeurs sous-jacentes; ces transactions constituant des opérations exclues du champ de l'impôt (exonération au sens impropre, sans droit à la déduction de l'impôt préalable), les assujetties auraient dû procéder à une réduction de la déduction de l'impôt préalable, ce qu'elles n'avaient pas fait.
Les assujetties ayant contesté ces reprises, l'Administration fédérale les a confirmées par décisions du 15 octobre 2001.
B. Ces prononcés ont été contestés par les assujetties.
Par décomptes complémentaires nos 115'935 et 115'931 du 1er décembre 2005, l'Administration fédérale a augmenté les reprises concernant B.X._ SA et D._ SA de respectivement 8'393 fr. et 2'933 fr. Par avis de crédit nos 115'225 et 115'226 de la même date, les reprises afférentes à A.X._ SA et C.X._ SA ont été réduites de respectivement 90'468 fr. et 2'109 fr. Ces modifications étaient liées à de nouveaux calculs de la réduction de la déduction de l'impôt préalable.
Par décisions du 18 septembre 2006, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation formée par B.X._ SA et partiellement admis celles interjetées par D._ SA, A.X._ SA et C.X._ SA. Les montants dus par ces sociétés pour les périodes fiscales en cause ont été fixés à respectivement 53'979 fr., 266'181 fr. 68, 328'096 fr. et 4'460 fr. 10.
A l'encontre de ces décisions, les assujetties ont recouru à la Commission fédérale de recours en matière de contributions, à laquelle a succédé, le 1er janvier 2007, le Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 19 mars 2009, ce dernier a rejeté les recours après avoir joint les causes. Suivant la position de l'Administration fédérale dans les déci- sions attaquées, il a estimé que les transactions portant sur les "futures" étaient des opérations exclues du champ de l'impôt (exonération au sens impropre). Il a par ailleurs confirmé que les prestations de services que les assujetties acquéraient de leurs succursales à l'étranger étaient imposables en Suisse. L'exonération au sens impropre des transactions portant sur les "futures" entraînait une réduction de la déduction de l'impôt préalable grevant les opérations préalables - dont les prestations acquises de l'étranger, puisque celles-ci s'avéraient imposables.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les assujetties demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 19 mars 2009 en disant que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne constituent pas des opérations exclues du champ de l'impôt, mais des "non-opérations" n'entrant pas dans le champ d'application de la TVA, et qu'elles ont un droit intégral à la déduction de l'impôt préalable. Elles ne contestent en revanche plus l'imposition des prestations de services acquises de l'étranger.
L'autorité précédente a renoncé à se déterminer sur le recours.
Par courrier du 22 juin 2009, l'Administration fédérale a indiqué qu'elle n'était pas en mesure de se prononcer sur le recours. Elle était en effet sur le point d'adopter une nouvelle pratique relative au traitement fiscal des "futures" "ayant pour seule finalité de se prémunir contre les risques de fluctuation défavorable des cours des marchandises ('hedging')", telles que le café, le sucre, le thé, le pétrole, les métaux et les minéraux. L'état du dossier de la cause ne lui permettait pas de se prononcer sur les effets que cette modification de la pratique pourrait avoir sur l'issue de la présente procédure. Des mesures d'instruction complémentaires étaient nécessaires: il fallait soit que le Tribunal de céans invite les recourantes à produire les documents établissant les résultats (profits ou pertes) des opérations litigieuses portant sur des "futures" liquidés ou revendus avant l'échéance, soit qu'elle puisse effectuer un nouveau contrôle sur place.
Il a été décidé de procéder à un second échange d'écritures.
Par courrier du 23 septembre 2009, les recourantes ont relevé que, selon les contacts qu'elles avaient eus avec l'Administration fédérale, celle-ci avait abandonné, dans l'élaboration de sa nouvelle pratique, le critère qui justifiait sa demande de complément d'instruction. Les conditions qui demeuraient posées pour que les opérations portant sur des "futures" n'entraînent pas de réduction de l'impôt préalable déductible étaient au demeurant remplies, de sorte que le recours devait être admis.
Dans une écriture du 20 octobre 2009, l'Administration fédérale a exposé sa nouvelle pratique relative au traitement fiscal des opérations de couverture au moyen de "futures", qu'elle applique à partir du 1er octobre 2009 à tous les cas pendants. Cette pratique pose quatre conditions qui doivent cumulativement être remplies pour qu'un négociant en matières premières puisse être considéré comme effectuant exclusivement des transactions sur "futures" liées à des livraisons physiques et ne donnant dès lors pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable. Dans le cas particulier, il ressortirait "à l'évidence" du dossier que les quatre conditions posées étaient réunies. L'Administration fédérale a par conséquent conclu à l'admission du recours. Elle a en outre demandé que l'indemnité de dépens qui serait éventuellement mise à sa charge soit réduite, pour tenir compte du fait que la nouvelle pratique a été introduite après le dépôt du recours au Tribunal de céans.
Par courrier du 23 décembre 2009, les mandataires des recourantes ont produit une liste résumant les opérations accomplies pour la défense de leurs intérêts en procédure fédérale.
Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 86 al. 1 lettre a LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public. Interjeté par des parties directement touchées par la décision attaquée et qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF), il a, en effet, été déposé dans le délai - compte tenu des féries - (cf. art. 46 al. 1 lettre a et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (cf. art. 42 LTF) prévus par la loi et ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83 LTF.
1.2 En vertu de l'art. 99 al. 2 LTF, toute conclusion nouvelle est irrecevable. Une conclusion est nouvelle dès lors qu'elle n'a pas été soumise à l'autorité précédente et qu'elle tend à élargir l'objet du litige. Il est en revanche possible aux parties de réduire leurs prétentions (cf. arrêts 4A_9/2009 du 7 avril 2009 consid. 1.4 non publié aux ATF 135 III 410; 1C_323/2008 du 27 mars 2009 consid. 2.2).
En l'espèce, le litige ne porte plus que sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable. Devant le Tribunal administratif fédéral, les recourantes ont conclu à l'annulation des décisions sur réclamation du 18 septembre 2006 - notamment en tant qu'elles portaient sur les reprises en question - et à ce qu'il soit dit que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne sont pas des transactions exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 de l'ordonnance fédérale du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures; en vigueur du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000; ci-après: aOTVA). Dès lors, dans la présente procédure, les recourantes peuvent demander que le Tribunal fédéral annule l'arrêt du 19 mars 2009 - en tant qu'il porte sur les reprises en cause - en disant qu'elles ont le droit de déduire intégralement l'impôt préalable. En revanche, elles ne peuvent conclure à ce que le Tribunal de céans dise au surplus que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne sont pas des transactions exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 aOTVA, mais des "non-opérations" TVA, car cela représente une conclusion nouvelle tendant à élargir l'objet du litige. En outre, cette conclusion porte sur les motifs. Or, l'intérêt des recourantes est suffisamment protégé dès lors que la reprise est annulée, sans qu'elles puissent au surplus exiger que les autorités fiscales procèdent de la sorte pour un motif déterminé.
Ainsi, dans la mesure où les recourantes demandent que le Tribunal fédéral se prononce en outre sur la qualification de "non-opérations" TVA des transactions portant sur les "futures", leurs conclusions sont irrecevables.
1.3 L'Administration fédérale ayant conclu à l'admission du recours, il convient de déterminer ce que cela implique pour l'examen de la cause par le Tribunal de céans.
1.3.1 Sous le régime de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; RS 3 521 et les modifications ultérieures; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006), s'agissant du recours de droit administratif (art. 97 ss OJ), l'art. 114 al. 1 posait le principe selon lequel le Tribunal fédéral ne pouvait aller au-delà des conclusions des parties, à l'avantage ou au détriment de celles-ci (cf. aussi art. 63 al. 1 1ère phrase OJ en ce qui concerne le recours en réforme). Une exception était faite en matière de contributions publiques: dans ce domaine, le Tribunal fédéral était habilité à aller au-delà des conclusions des parties, lorsque la décision attaquée était entachée d'une violation du droit fédéral ou d'une constatation inexacte ou incomplète des faits. La faculté de s'écarter des conclusions des parties devait permettre d'effectuer la taxation qui était objectivement justifiée dans le cas particulier (cf. Patrick M. Müller, Aspekte der Verwaltungsrechtspflege, 2006, p. 305). En pratique, le Tribunal fédéral ne faisait usage de cette faculté que si l'arrêt attaqué était manifestement inexact et que la correction revêtait une importance notable (arrêt 2A.618/1998 du 7 février 2000 consid. 4b/bb, in Archives 69 p. 811, RDAF 2000 II p. 235). En faisant prévaloir la maxime d'office en matière de contributions publiques, l'art. 114 al. 1 OJ permettait en outre de continuer à mener la procédure nonobstant le retrait du recours (arrêt 2A.408/2002 du 13 février 2004 consid. 1.4, in Archives 75 p. 159, StE 2004 B 96.12 no 14).
1.3.2 Dans le nouveau droit, l'art. 107 al. 1 LTF, qui fait partie des dispositions générales régissant la procédure (unifiée) de recours, prévoit que le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties. Cette règle vaut également dans les causes de nature fiscale, le nouveau droit n'ayant pas repris l'exception de l'art. 114 al. 1 OJ. Selon le Message - datant d'avant l'arrêt 2A.408/2002 précité -, il ne se justifiait pas de maintenir la faculté de réformer la décision attaquée au détriment du recourant, du moment que celui-ci pouvait empêcher le Tribunal fédéral de statuer de la sorte en faisant usage de son droit de retirer le recours. Le Message réserve au surplus les cas où une autre loi fédérale permet aux autorités judiciaires de statuer librement, sans être liées par les conclusions des parties (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4142).
Le nouveau droit a par ailleurs introduit une disposition qui habilite le juge instructeur à statuer comme juge unique "sur la radiation du rôle des procédures devenues sans objet ou achevées par un retrait ou une transaction judiciaire" (art. 32 al. 2 LTF). Cette disposition ne mentionne pas l'acquiescement de l'intimé. Selon un auteur, il s'agirait là d'un silence qualifié. En cas d'acquiescement, il ne serait ainsi pas possible de rendre un arrêt de classement. Le Tribunal fédéral, qui applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), devrait examiner le bien-fondé du recours et rendre un arrêt sur le fond (Matthias Härri, in Commentaire bâlois, Bundesgerichtsgesetz, 2008, no 18 ad art. 32 LTF).
1.3.3 Dans la doctrine relative à la procédure administrative, certains auteurs considèrent l'acquiescement (ou passé-expédient: Benoît Bovay, Procédure administrative, 2000, p. 429 s.) comme une forme de transaction et distinguent - tout au moins en procédure de recours, à l'exclusion de l'action de droit administratif - l'acquiescement et la transaction, d'une part, du retrait du recours et des cas où la procédure devient sans objet, d'autre part: alors que, dans ces dernières hypothèses, l'autorité judiciaire peut rendre une décision formelle de classement, elle doit, en présence d'une transaction ou d'un acquiescement, rendre une décision sur le fond, laquelle peut toutefois être sommairement motivée. Cette distinction est justifiée notamment par le fait que le prononcé d'une décision de classement laisse subsister et entrer en force la décision attaquée, ce qui n'est voulu qu'en cas de retrait du recours (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2e éd., 1999, no 7 ad § 28, nos 4 s. ad § 63, qui se réfèrent à la pratique du Tribunal administratif du canton de Zurich). Ces mêmes auteurs relèvent que, lorsque c'est l'autorité de première instance qui propose d'admettre le recours, celle-ci a fréquemment la faculté de reconsidérer sa décision; elle rend alors une nouvelle décision qui se substitue à la première et au vu de laquelle l'autorité de recours classe la procédure comme étant sans objet (Kölz/Bosshart/Röhl, op. cit., no 26 ad § 28, no 6 ad § 63). D'autres auteurs ne font pas la distinction mentionnée ci-dessus (voir les références in Kölz/Bosshart/Röhl, op. cit., no 7 ad § 28). Parmi ceux-ci, Merkli/Aeschlimann/Herzog relèvent que le désistement ou l'acquiescement ne sont admissibles et ne lient l'autorité judiciaire - laquelle rend une décision formelle de classement - que dans la mesure où les parties peuvent disposer de l'objet du litige (Merkli/ Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, 1997, no 6 ad art. 39).
1.3.4 En l'occurrence, l'Administration fédérale propose d'admettre le recours au vu de sa nouvelle pratique. Devant le Tribunal fédéral, elle ne dispose pas de la faculté de rendre une nouvelle décision jusqu'à l'envoi de sa détermination, comme elle le peut dans le cadre de la procédure devant l'autorité précédente (art. 58 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS 172.021], applicable en vertu de l'art. 37 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF; RS 173.32]). Dans ces conditions, il n'est pas possible de rendre une décision de classement et de rayer la cause du rôle, car cela reviendrait à laisser subsister l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, ce qui ne saurait correspondre à la volonté des parties. Pour ce motif déjà, il convient de rendre une décision sur le fond.
S'agissant de l'art. 107 al. 1 LTF, la nouvelle loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; entrée en vigueur le 1er janvier 2010; RS 641.20), dont les dispositions de procédure s'appliquent à toutes les procédures pendantes lors de son entrée en vigueur (art. 113 al. 3 LTVA), ne contient pas de règle qui autoriserait le Tribunal fédéral à s'écarter des conclusions des parties, en dérogation à cette disposition.
Toutefois, dès lors que l'Administration fédérale n'est pas en droit de rendre une nouvelle décision dans la procédure devant le Tribunal fédéral, ses conclusions tendant à l'admission du recours ne dispensent pas le Tribunal de céans d'examiner la cause au fond. Admettre le contraire reviendrait en effet à réintroduire cette faculté d'une manière détournée. En outre, le cas d'espèce a ceci de particulier que l'acquiescement de l'Administration fédérale est lié au développement d'une nouvelle pratique. Or, il existe un intérêt public à ce que le Tribunal de céans n'entérine pas, sans autre examen, cette nouvelle pratique - qui ne lie pas les autorités judiciaires (cf. consid. 3.5 ci-après) -, mais vérifie si elle est conforme au droit fédéral. Par conséquent, l'Administration fédérale ne saurait en l'occurrence disposer de l'objet du litige et soustraire la cause à l'examen du Tribunal fédéral. Il se justifie donc d'examiner le bien-fondé du recours à la lumière de la nouvelle pratique, en rendant une décision sur le fond (cf. également arrêt 2C_229/2008 du 13 octobre 2008 consid. 2, rés. in RF 64/2009 p. 600).
2. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée a été remplacée par la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, du 2 septembre 1999 (RO 2000 1300 et les modifications ultérieures; ci-après: aLTVA), entrée en vigueur le 1er janvier 2001, qui a elle-même été abrogée avec effet au 31 décembre 2009 par la nouvelle loi sur la TVA. Selon l'art. 93 al. 1 aLTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999.
3. La question litigieuse revient à déterminer si les transactions à terme sur marchandises ("futures") sont ou non exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 aOTVA.
3.1 L'art. 14 aOTVA contient la liste des opérations exclues du champ de l'impôt, qui ne sont pas imposables, mais ne donnent pas non plus droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. art. 13 aOTVA; exonération au sens impropre).
L'art. 14 ch. 15 aOTVA exclut du champ de l'impôt certaines opérations réalisées dans les domaines du marché monétaire et des capitaux. Selon la lettre e de cette disposition, cela vaut pour
"les opérations "(au comptant et à terme), y compris la négociation, portant sur les papiers-valeurs, sur les droits-valeurs et dérivés ainsi que sur des parts de sociétés et d'autres associations; sont toutefois imposables la garde et la gestion de papiers-valeurs, de droits-valeurs et dérivés, ainsi que la garde et la gestion de parts (dépôts, etc.), y compris les placements fiduciaires".
Sous réserve de divergences d'ordre purement rédactionnel, les art. 18 ch. 19 lettre e aLTVA et 21 al. 2 ch. 19 lettre e LTVA ont la même teneur. La règle a donc été reprise dans les législations qui ont remplacé l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée.
L'exonération par l'art. 14 ch. 15 aOTVA de la plupart des opérations dans les domaines du marché monétaire et du marché des capitaux était conforme à la réglementation des Etats membres de l'Union européenne. S'agissant en particulier de l'émission de papiers-valeurs et des transactions qui leur sont associées, l'exonération se justifiait en outre par le fait que de telles opérations étaient déjà soumises au droit de timbre (Département fédéral des finances, Commentaire de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994, FF 1994 III 534 ss, ad art. 14 ch. 15).
En ce qui concerne la notion de "dérivés", le texte de l'art. 18 ch. 19 lettre e aLTVA - comme celui de l'art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA - n'indique pas si celle-ci englobe l'ensemble des produits dérivés ou seulement ceux qui ont pour sous-jacents des papiers-valeurs ou des parts de sociétés etc. La question se pose en particulier pour les dérivés portant sur des marchandises ou de l'énergie, dont la livraison constitue une opération imposable. En doctrine, certains auteurs ont ainsi proposé que les opérations portant sur les dérivés suivent en principe le même sort que celles ayant pour objet la valeur de base. Ils ont toutefois réservé les cas où les dérivés sont utilisés comme de purs produits financiers, en étant entièrement découplés des opérations de base portant sur le sous-jacent (Philip Robinson/Cristina Oberheid, in Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2000, no 55 ad art. 18 ch. 19 aLTVA).
3.2 L'Administration fédérale a exposé sa pratique dans la brochure no 14 "Finance", valable à partir de l'entrée en vigueur de la loi sur la TVA le 1er janvier 2001, dont le chiffre 5.8 traite des opérations de couverture au moyen d'"options" et de "futures" (hedging). Les brochures applicables sous le régime de l'ordonnance régissant la TVA (brochure no 3 "Banques et sociétés financières", éditée en mai 1995, et brochure no 3a, éditée en mai 1998, constituant un supplément se rapportant aux changements de pratique intervenus au 1er janvier 1997 et au 1er juillet 1998) ne contenaient apparemment pas de réglementation relative à ce type d'opérations.
Selon le chiffre 5.8 de la brochure no 14, les opérations de couverture des risques propres au secteur financier (not. fluctuation des cours de bourse) ne posent pas de problèmes spécifiques du point de vue de la TVA. En effet, tant le négoce de droits-valeurs/dérivés ("options" et "futures") que celui de leurs sous-jacents (p. ex. actions, devises) constituent des opérations exclues du champ de l'impôt. Peu importe dès lors que la mise en oeuvre des droits-valeurs/dérivés aboutisse à la livraison des sous-jacents ou que les "options" ou "futures" soient "revendus" ou liquidés avant l'échéance.
D'après la brochure précitée, la situation est différente lorsque les sous-jacents des droits-valeurs/dérivés ("options", "futures") sont des marchandises comme le pétrole, le thé, le café, dont la livraison représente des chiffres d'affaires imposables. Il faut alors distinguer selon que la mise en oeuvre des droits-valeurs/dérivés aboutit à des livraisons physiques des marchandises en question ou que les droits-valeurs/dérivés sont vendus ou liquidés avant l'échéance, les transactions étant exclues du champ de l'impôt seulement dans ce second cas. Le chiffre d'affaires exclu du champ de l'impôt doit alors être estimé selon une formule mentionnée dans la brochure (cf. à ce sujet Olivier Straub/Thibaut de Haller, TVA et Futures, Les incertitudes de la détermination du chiffre d'affaires exclu, L'Expert-comptable suisse 2007 p. 911 ss). Ces règles valent aussi lorsque, dans la branche considérée, les risques liés à la fluctuation des cours sont tels qu'ils imposent de recourir à des instruments de couverture (ch. 5.8).
Au vu des liens étroits existant entre le commerce physique des marchandises et celui des dérivés, il n'est pratiquement pas possible d'attribuer, aux fins de procéder à la réduction de la déduction de l'impôt préalable, les opérations préalables grevées d'impôt à l'une ou l'autre des deux catégories de transactions. Par conséquent, l'Administration fédérale a développé deux méthodes spéciales de réduction de la déduction de l'impôt préalable, qui l'emportent sur les méthodes générales de réduction pour double affectation de l'art. 32 aOTVA (voir à ce sujet Olivier Straub/Thibaut de Haller, TVA et Futures, Le choix de la méthode de réduction de la déduction de l'impôt préalable, L'Expert-comptable suisse 2007 p. 950 ss).
3.3 La pratique relative aux opérations servant à la couverture des risques dans les transactions physiques sur marchandises, décrite ci-avant (consid. 3.2), a été modifiée avec effet au 1er octobre 2009 et la brochure no 14 adaptée en conséquence.
3.3.1 Selon le nouveau chiffre 5.8.2 de la brochure en question, le traitement fiscal des opérations de couverture dépend du point de savoir si le droit-valeur/dérivé est lié à une livraison physique ou que, ayant été acquis dans un but purement spéculatif, il est détaché de toute livraison physique: alors que dans le premier cas les produits issus du droit-valeur/dérivé ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable, cette conséquence se produit dans le second cas.
L'Administration fédérale admet, selon cette nouvelle pratique, qu'un négociant en matières premières effectue exclusivement des transactions sur droits-valeurs/dérivés liés à des livraisons physiques - ne donnant pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable - lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies:
- le négociant opère pour son propre compte ou pour le compte d'autres sociétés du groupe;
- il opère au moyen de dérivés portant sur des marchandises principalement à des fins de couverture (le cas échéant à l'échelle du groupe);
- il n'opère pas principalement dans le secteur financier, que le négociant soit envisagé pour lui-même ou en fonction de son rôle au sein du groupe;
- lorsque des organismes de clearing réglementés sont affiliés à la bourse, le négociant conclut ses opérations en bourse par leur intermédiaire.
Une condition supplémentaire, à savoir que les produits issus des opérations sur "options" et "futures" "revendus" ou liquidés avant l'échéance ne doivent pas représenter plus de 5% du chiffre d'affaires annuel total, a été abandonnée selon "rectificatif" du 20 août 2009.
3.3.2 Les règles sur la réduction de la déduction de l'impôt préalable ont également été modifiées (cf. ch. 5.8.3 de la brochure). Elles s'appliquent lorsque - les conditions ci-dessus n'étant pas remplies - le négociant effectue des transactions portant à la fois sur des droits-valeurs/dérivés liés à des livraisons physiques et sur d'autres qui en sont détachés.
3.4 Dans la mesure où elle prévoit que certaines opérations sur dérivés - celles portant sur des dérivés dont le sous-jacent est constitué par des marchandises, lorsqu'il existe un lien entre les opérations sur dérivés et celles sur marchandises - ne tombent pas sous le coup de l'art. 18 ch. 19 lettre e aLTVA, la pratique de l'Administration fédérale consacre une interprétation nuancée, dès lors que cette disposition envisage les opérations sur dérivés, sans faire de distinction. L'exception introduite par la pratique est motivée par le lien existant entre les opérations sur dérivés et les opérations sur marchandises, lorsque les premières ne sont pas effectuées pour elles-mêmes dans un but purement spéculatif, mais qu'il s'agit d'opérations de couverture ayant pour but de limiter les risques liés aux secondes. Les opérations sur dérivés sont alors traitées fiscalement de la même manière que les opérations sur marchandises en ce qui concerne le droit de déduire l'impôt préalable. La modification de la pratique décidée avec effet au 1er octobre 2009 a établi des critères (conditions) permettant de déterminer si les opérations sur dérivés sont effectuées pour elles-mêmes, dans un but spéculatif, ou si elles sont liées aux opérations sur marchandises, dont elles doivent couvrir les risques. La réalisation des quatre conditions cumulatives conduit à admettre que les opérations sur dérivés effectuées dans ces circonstances poursuivent un but de couverture, sont liées aux opérations sur marchandises et ne donnent pas lieu à une réduction de l'impôt préalable déductible. Il est en effet généralement admis que les sociétés de négoce de matières premières recourent à des produits dérivés - notamment à des "futures" (cf. Straub/de Haller, TVA et Futures, Les incertitudes de la détermination du chiffre d'affaires exclu, op. cit., p. 911) - dans le but de couvrir les risques liés au commerce de ces marchandises. Dès lors, l'on peut considérer que les transactions portant sur des dérivés sont économiquement si étroitement liées aux opérations sur marchandises qu'il y a lieu d'admettre entre elles l'existence d'une unité (principe de l'unité de la prestation) ou que les premières sont accessoires aux secondes - en ce sens qu'elles conduisent à en diminuer les risques. Compte tenu de ce lien, il paraît justifié d'admettre, à l'instar de la doctrine, la possibilité de les traiter de la même manière en ce qui concerne le droit à la déduction de l'impôt préalable (sur le rôle du principe de l'unité de la prestation et du principe selon lequel l'accessoire suit le principal dans l'interprétation des règles sur les exonérations, cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, Traité TVA, 2009, chap. 2 nos 342 ss). Le maintien du droit à la déduction intégrale de l'impôt préalable, résultant d'une interprétation nuancée des art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA, peut en outre s'appuyer sur le principe selon lequel les règles sur les exonérations improprement dites doivent être interprétées de manière plutôt restrictive (cf. Robinson/Oberheid, loc. cit.), dans la mesure notamment où ces règles peuvent aboutir à des distorsions de concurrence ainsi qu'à des taxes occultes (cf. ATF 124 II 372 consid. 6 p. 377, 193 consid. 5e p. 202; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 2 nos 336 s.).
Il apparaît ainsi que la nouvelle pratique n'est pas contraire aux art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA.
3.5 Selon la jurisprudence, les brochures et autres instructions édictées par l'Administration fédérale constituent des ordonnances administratives indiquant l'interprétation généralement donnée à certaines dispositions légales (ATF 133 II 305 consid. 8.1 p. 315). Ne contenant aucune règle de droit au sens strict, elles sont en principe applicables dans le temps de la même manière que les dispositions qu'elles interprètent (arrêt 2A.555/1999 du 15 mai 2000 consid. 5b, Archives 70 p. 589, RDAF 2000 II p. 300, RF 55/2000 p. 584, SJ 2000 I p. 620). En outre, lors d'un contrôle, l'Administration fédérale accepte généralement d'appliquer une nouvelle pratique à des périodes fiscales antérieures à son entrée en vigueur, lorsque celle-ci est en faveur du contribuable (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 6 no 9).
La pratique en cause ici a été développée sous le régime de l'ancienne loi fédérale régissant la TVA, du 2 septembre 1999, alors que le cas d'espèce est encore régi par l'ordonnance antérieure. Les art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA étant en substance identiques (cf. consid. 3.1 ci-dessus), cette pratique peut aussi valoir dans le cas particulier. Cela se justifie d'autant plus qu'elle est plus favorable aux recourantes, dans la mesure où elle admet, aux conditions indiquées ci-dessus, que les transactions sur dérivés servent à couvrir les risques liés aux opérations sur marchandises et ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
3.6 En l'occurrence, l'Administration fédérale admet expressément que les recourantes remplissent "à l'évidence" les conditions que la nouvelle pratique a posées pour que les transactions portant sur des dérivés soient considérées comme liées à des opérations sur marchandises et traitées fiscalement comme ces dernières. Il s'ensuit qu'en application de cette nouvelle pratique les transactions portant sur des "futures" effectuées par les recourantes ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
4. Vu ce qui précède, le recours doit être admis dans la mesure où il est recevable. La décision attaquée doit être partiellement annulée en tant qu'elle porte sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable liée aux transactions portant sur des "futures" et la cause doit être renvoyée à l'Administration fédérale pour qu'elle fixe à nouveau, sur la base de sa nouvelle pratique, les montants dus par les recourantes pour les périodes fiscales en cause. L'arrêt attaqué est entré en force en ce qui concerne l'imposition des prestations de services acquises de l'étranger, point qui n'est pas contesté dans la présente procédure.
L'Administration fédérale, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. art. 66 al. 4 LTF), doit supporter les frais judiciaires en vertu de l'art. 66 al. 3 LTF. Il n'y a au surplus pas lieu de les réduire, comme le demande l'Administration fédérale, dès lors que le changement de pratique n'a pas dispensé le Tribunal fédéral saisi d'examiner la cause sur le fond.
L'Administration fédérale versera en outre des dépens aux recourantes, créancières solidaires (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF). Il s'agit uniquement des frais nécessaires causés par le litige, qui sont fixés selon le règlement du Tribunal fédéral sur les dépens, du 31 mars 2006 (RS 173.100.210.3), sur la base d'une évaluation (cf. art. 68 al. 2 LTF). Dans ce cadre, le Tribunal fédéral ne prend en considération que les opérations habituelles liées au dépôt du recours, en fonction des critères posés par ledit règlement.
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la possibilité offerte par l'art. 67 LTF et renverra la cause au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant lui.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. La décision attaquée est partiellement annulée en tant qu'elle porte sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable en raison des transactions portant sur des "futures" et la cause est renvoyée à l'Administration fédérale pour qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants du présent arrêt.
2. Des frais judiciaires de 10'000 fr. sont mis à la charge de l'Administration fédérale.
3. L'Administration fédérale versera aux recourantes, créancières solidaires, une indemnité de dépens de 10'000 fr.
4. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant lui.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 28 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Vianin