Sachverhalt:
A. Am 20. April 2004 schätzte das Kantonale Steueramt Zürich Y._ und X._ für die Staats- und Gemeindesteuern 2002 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 121'200.-- (satzbestimmendes Einkommen Fr. 129'200.--) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 0.-- ein. Der Einschätzungsentscheid wurde der in der Steuererklärung als Vertreterin der Steuerpflichtigen bezeichneten A._ AG zugestellt.
Auf die von den Steuerpflichtigen gegen diese Veranlagung erhobene Einsprache trat das kantonale Steueramt wegen Verspätung nicht ein. Dieser Entscheid ist nicht angefochten worden und in Rechtskraft erwachsen.
Gegen den Einspracheentscheid betreffend die Veranlagung der direkten Bundessteuer 2002 vom 28. Mai 2004 gelangten die Steuerpflichtigen an die Steuerrekurskommission, die in Gutheissung der Beschwerde das steuerbare Einkommen auf Fr. 9'600.-- reduzierte.
Am 12. Mai 2007 stellten die Steuerpflichtigen ein Gesuch um Wiederherstellung der Einsprachefrist für die Einschätzung der Staats- und Gemeindesteuern 2002 welches vom kantonalen Steueramt abgewiesen wurde, soweit es darauf eintrat. Die von den Steuerpflichtigen dagegen ergriffenen kantonalen Rechtsmittel blieben ohne Erfolg.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. Mai 2009 beantragt X._ (Y._ ist am 8. Januar 2009 verstorben) dem Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. März 2009 aufzuheben und das Gesuch um Fristwiederherstellung gutzuheissen.
Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Nach Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer, welcher die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind. Andernfalls kann ein vom angefochtenen Entscheid abweichender Sachverhalt nicht berücksichtigt werden (vgl. BGE 130 III 138 E. 1.4 S. 140).
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine unvollständige Feststellung des Sachverhalts, die sie darin erblickt, dass die Vorinstanz "zu wenig" auf ihren Einzelfall eingegangen sei und lediglich auf die angeblich Bevollmächtigte Bezug nehme. Zugleich macht sie eine Verletzung ihres Anspruches auf Gewährung des rechtlichen Gehörs geltend; dies mit der Begründung, die Vorinstanz sei auf die Vorgeschichte nicht eingegangen.
3. 3.1 Aus den Akten ergibt sich, dass die in Frage stehende Steuererklärung 2002 von beiden Steuerpflichtigen unterschrieben worden ist. Als für die Entgegennahme von Auflagen und Entscheiden bevollmächtigte Vertreterin ist die A._ AG bezeichnet. Die Beschwerdeführerin bestätigt in der vorliegenden Beschwerde, dass sie und ihr Ehemann die Steuererklärung 2002 im Büro des Treuhänders unterschrieben haben. Die A._ AG ist auch im Wertschriften- und Guthabenverzeichnis 2002, welches vom Ehemann der Beschwerdeführerin unterzeichnet ist, als bevollmächtigte Vertreterin aufgeführt. Die Einschätzungsverfügung vom 20. April 2004 wurde der als solchen bezeichneten Vertreterin zugestellt.
3.2 Die Vorinstanz hat erkannt, die verspätete Kenntnisnahme des Einspracheentscheides durch die Steuerpflichtigen auf Grund der Zustellung der Verfügung an einen in der Steuererklärung bezeichneten, aber im internen Verhältnis angeblich nicht gehörig bevollmächtigten Vertreter sei von den Steuerpflichtigen zu verantworten und stelle keinen Grund für die Wiederherstellung der Einsprachefrist im Sinne von § 15 der Verordnung vom 1. April 1998 (VO StG/ZH) zum kantonalen Steuergesetz vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) dar.
3.3 Diese Folgerung beruht insoweit auf einem offensichtlichen Versehen, als es nicht um die Zustellung des Einspracheentscheides geht, sondern um jene des Einschätzungsentscheides vom 20. April 2004, welcher der Vertreterin der Steuerpflichtigen zugestellt wurde. Das Versehen ist von Amtes wegen zu berichtigen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
3.4 Dass sich die Vertreterin "gegen den Willen" der Steuerpflichtigen nachträglich, d.h. nach Unterzeichnung durch die Beschwerdeführerin und ihren Ehemann, in der Steuererklärung als Vertreterin bezeichnete, hätte ohne weiteres dadurch verhindert werden können, dass auf der ersten Seite der Steuererklärung an der dafür vorgesehenen Stelle ein Strich angebracht worden wäre. Da dies nicht geschehen ist, durften die kantonalen Steuerbehörden nach Treu und Glauben im Rechtsverkehr und wegen der auch in Steuerangelegenheiten gebotenen Aufmerksamkeit und Sorgfalt der Steuerpflichtigen davon ausgehen, dass die Veranlagungsverfügung - wie dies § 127 Abs. 2 StG/ZH vorschreibt - deren Vertreterin zuzustellen war. Dies schon deshalb, weil es für die rechtsgültige Bevollmächtigung genügt, dass der Steuerpflichtige in der Steuererklärung einen Vertreter bezeichnet (FELIX RICHNER und andere, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., 2006, N 8 ff. zu § 127 StG/ZH). Die Beschwerdeführerin legte denn auch, soweit ersichtlich, nie eine Kopie der Steuererklärung vor, auf welcher kein ermächtigter Vertreter aufgeführt ist. Die von ihr beigebrachte, nicht unterzeichnete Vollmacht vom 23. Juli 2003 vermag in dieser Hinsicht keinen Beweis zu liefern, da die "Bestimmung" eines Vertreters bereits mit dessen Bezeichnung auf der Steuererklärung erfolgt ist. Die Vorinstanz durfte daher ohne Verletzung von Bundesrecht auf weitere diesbezügliche Ausführungen und die Würdigung des Einzelfalles bzw. der in dieser Hinsicht nicht massgeblichen Vorgeschichte verzichten.
3.5 Die Vorinstanz hat gestützt auf diese Feststellungen erkannt, die Voraussetzungen von § 15 VO StG/ZH seien im Falle der Zustellung an den als solchen bezeichneten Vertreter von vornherein nicht erfüllt. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, erschöpft sich in einer appellatorischen Kritik bzw. der Darstellung des Sachverhalts aus eigener Sicht. Da damit nicht dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid in dieser Hinsicht Bundesrecht verletzt (Art. 42 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 95 BGG), kann darauf nicht eingetreten werden.
3.6 Es ist der Beschwerdeführerin darin zuzustimmen, dass bereits ihr Schreiben vom 14. Juli 2004 an das Sekretariat der Rekurskommission des Kantons Zürich sinngemäss als Gesuch um Wiederherstellung der Einsprachefrist hätte entgegengenommen werden können. Da in diesem Gesuch aber kein Fristwiederherstellungsgrund (§ 15 VO StG/ZH) sondern nur das angeblich nicht bestehende Vertretungsverhältnis angerufen wurde, hätte dies zu keiner abweichenden Beurteilung geführt.
3.7 Dass allenfalls die als Wiederherstellungsgrund zu betrachtenden Krankheiten der Steuerpflichtigen - entgegen der Darstellung der Vorinstanz - innert 30 Tagen seit Wegfall des Hinderungsgrundes geltend gemacht worden sind, legt die Beschwerdeführerin weder dar, noch wäre dies für den Ausgang des Verfahrens entscheidend, da die Steuerverwaltung nach dem oben Dargelegten zur Zustellung an den Vertreter befugt und sogar verpflichtet war.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da die Beschwerdeführerin nicht darlegt, inwiefern sie nicht über ausreichende Mittel zur Bezahlung der Gerichtskosten verfügt, und zudem die gestellten Rechtsbegehren als von vornherein aussichtslos erschienen, kann ihr die unentgeltliche Rechtspflege nicht gewährt werden (Art. 64 BGG). Sie hat deshalb die Kosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng