Sachverhalt:
A. A. X._ betreibt in Zollikofen die Einzelfirma C._; über diese betreibt er einen Handel mit elektrotechnischen Artikeln und Verbindungselementen. Er ist zudem Inhaber der D._ AG, welche neben der Verarbeitung, Herstellung und Handel sowie Import und Export von technischen Lederwaren etc. das Führen eines Geschäfts der Litho-, Werbe- und Verpackungsbranche bezweckt.
Nachdem die Steuerverwaltung des Kantons Bern festgestellt hatte, dass A.X._ in seinen persönlichen Steuererklärungen ein Aktionärspassivdarlehen bzw. ein Guthaben von rund 1,66 Millionen Franken gegenüber der D._ AG nicht als Vermögen deklariert hatte, eröffnete sie gegen ihn und seine Ehefrau u.a. ein Nachsteuerverfahren.
Mit Verfügung vom 18. Februar 2005 erhob die Steuerverwaltung des Kantons Bern bei A.X._ und B. X._ bei der Direkten Bundessteuer für die Jahre 1995 bis 2001 eine Nachsteuer im Betrag von Fr. 266'997.10. Eine Einsprache der Steuerpflichtigen blieb ohne Erfolg; ihre Beschwerde wurde am 11. Dezember 2007 von der Rekurskommission des Kantons Bern abgewiesen.
B. Gegen den Entscheid der Rekurskommission gelangten die Steuerpflichtigen am 15. Januar 2008 entsprechend der Rechtsmittelbelehrung mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses übermittelte die Beschwerde mit Verfügung vom 11. März 2008 dem Bundesgericht; das gleichzeitig hängige Rekursverfahren betreffend die Staats- und Gemeindesteuern wurde bis zum Entscheid des Bundesgerichts über die Direkte Bundessteuer eingestellt.
Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern erfasst, soweit die Direkte Bundessteuer betroffen ist, die Steuerjahre 1995 bis 2001. In Bezug auf die Steuerjahre 1995 bis 2000 handelt es sich um ein auf Bundesrecht gestütztes, letztinstanzliches Urteil, gegen welches die Beschwerde ans Bundesgericht offen steht (Art. 9 Abs. 2 der kantonalen Verordnung vom 19. Oktober 1994 über den Vollzug der direkten Bundessteuer [BStV/BE]; Art. 146 DBG [SR 642.11]). Die sich nach der Rechtsprechung aus der Steuerharmonisierung ergebende Verpflichtung der Kantone, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen, wenn - wie im Kanton Bern - für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher gerichtlicher Instanzenzug besteht (vgl. BGE 130 II 65 ff.), kommt hier nicht zur Anwendung; die Frist von acht Jahren, die den Kantonen gemäss Art. 72 StHG zur Anpassung ihrer Gesetzgebung an die Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes offen stand, war in den hier in Frage stehenden Steuerperioden 1995 bis 2000 noch nicht abgelaufen. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist insoweit grundsätzlich zulässig (vgl. Urteil 2A.679/2005 vom 3. November 2006 E. 2). Davon gehen zu Recht auch das Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie die Eidgenössische und die Kantonale Steuerverwaltung aus.
1.2 In Bezug auf die direkte Bundessteuer für das Steuerjahr 2001 ist hingegen nach der oben erwähnten Rechtsprechung die Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern gegeben (Art. 9 Abs. 3 BStV/BE). Dieses erachtet es jedoch mit der Kantonalen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung aus Gründen der Prozessökonomie und der Beschleunigung des Verfahrens als sinnvoll, dass das Bundesgericht auch das Steuerjahr 2001 (für welches die Nachsteuer zudem lediglich Fr. 9'710.-- beträgt) mitbeurteilt.
Die Beschwerdeführer haben sich zur Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts bzw. des Bundesgerichts trotz ausdrücklicher entsprechender Anfrage durch das Verwaltungsgericht nicht vernehmen lassen. Sie haben auch den vom Bundesgericht verlangten Kostenvorschuss ohne Vorbehalt bezahlt. Unter diesen Umständen und unter Berücksichtigung der gebotenen einheitlichen Betrachtung des in Frage stehenden Zeitraumes sowie des Gebotes der Beschleunigung des Verfahrens steht einer Mitbeurteilung des Steuerjahres 2001 nichts im Wege.
2. 2.1 Nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil hat der Beschwerdeführer gemäss Kontoauszügen der D._ AG (Kontokorrent M. Michel bzw. Kassa) in den Jahren 1991 bis 2001 in die D._ AG Einlagen von Fr. 1'294'563.-- gemacht; davon entfielen Fr. 1'273'700.-- auf die Steuerjahre 1995 bis 2001. Darüber hinaus ist in der Buchhaltung der Einzelfirma C._ ein "Passivdarlehen" von Fr. 500'000.-- ausgewiesen worden, welches der Beschwerdeführer als eine von ihm als Firmeninhaber vorgenommene Einlage bezeichnet hat. Die von der Steuerverwaltung vorgenommene Aufrechnung nicht verbuchter Geschäftserträge der Einzelfirma stützt sich auf die Entwicklung des Einkommens und Vermögens gemäss der Taxationsberechnung der jeweiligen Jahre.
Die Beschwerdeführer bestreiten in ihrer Beschwerde die in Frage stehenden Zahlungen nicht. Sie hätten die gebuchten Darlehen für die Finanzierung der nicht deklarierten und finanziell darbenden D._ AG verwendet. Es sei ihnen bewusst, dass sie ohne Belege über die Herkunft der Mittel Nachsteuern auf das nicht deklarierte Vermögen zahlen müssen. Bereits in seiner Einsprache vom 23. März 2005 gegen die Bussenverfügung räumte der Beschwerdeführer sogar selber ein, es könne als erwiesen gelten, dass die in seine Geschäftstätigkeit gesteckten Geldmittel vorhanden gewesen sein müssen; entsprechendes Vermögen in Form von nicht deklarierten Geldmitteln bzw. von Forderungen gegen die D._ bzw. von Ausgleichsforderungen des Privatvermögens an die Einzelfirma (soweit diese nicht wertberichtigt werden müssten) müsse demnach nachbesteuert werden.
2.2 Die Steuerrekurskommission hat festgehalten, die Beschwerdeführer hätten keine Belege eingereicht, die die Herkunft der eingesetzten Mittel belegen könnten. Von der Steuerrekurskommission zu einer mündlichen Einvernahme eingeladen, verzichtete der Beschwerdeführer auf eine solche mit der Begründung, er habe mit seinem Rekurs lediglich Rechtsfragen aufgeworfen; er könne und wolle zum Sachverhalt keine weiteren Angaben machen. Die Steuerrekurskommission hat daher erkannt, die Beschwerdeführer hätten ihre gemäss Art. 153 Abs. 3 DBG auch im Nachsteuerverfahren geltenden Verfahrens- bzw. Mitwirkungspflichten im Sinne von Art. 130 Abs. 2 DBG verletzt. Dies wird von den Beschwerdeführern weder in Abrede gestellt noch widerlegt. Sie räumen sogar ausdrücklich ein, bei den in Frage stehenden Mitteln handle es sich gerade nicht um belegbares Vermögen.
3. 3.1 Bei der Überprüfung von Ermessenstaxationen kann das Bundesgericht frei prüfen, ob die Voraussetzungen für eine solche Taxation gegeben waren; die Schätzung als solche hebt es nur bei Ermessensüberschreitung auf, das heisst, wenn der kantonalen Behörde in die Augen springende Fehler oder Irrtümer unterlaufen sind und sie eine offensichtlich falsche Schätzung vorgenommen hat (BGE 131 II 548, nicht in der amtlichen Sammlung publizierte E. 3.2, mit Hinweisen).
3.2 Dass unter den erstellten Umständen gemäss der erwähnten Bestimmung eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vorzunehmen war, wird von den Beschwerdeführern nicht bestritten. Sie rügen denn auch lediglich eine pflichtwidrige Ausübung des Ermessens durch die Steuerrekurskommission.
3.3 Die Folgerung der Steuerrekurskommission, bei den von den Beschwerdeführern eingesetzten finanziellen Mitteln müsse es sich um bisher nicht versteuertes Einkommen handeln, stützt sich auf die von den Beschwerdeführern vorgelegten Buchhaltungsunterlagen und die sich daraus ergebende Entwicklung der Einlagen und des Vermögens der Beschwerdeführer. Was die Beschwerdeführer dagegen vorbringen, erschöpft sich in einer abweichenden Darstellung ihrer Sicht der Dinge und lässt diese Würdigung weder als in die Augen springend fehlerhaft noch als irrig oder offensichtlich falsch erscheinen.
3.4 Dies gilt auch für Annahme der Steuerrekurskommission, die aus den Einlagen resultierende Beteiligung des Beschwerdeführers an der D._ AG sei als Privatvermögen zu qualifizieren. Es kann insoweit auf die ausführliche Begründung im angefochtenen Entscheid (E. 7 und 8) verwiesen werden, der nichts beizufügen ist. Hervorzuheben ist, dass die Beschwerdeführer selber zugestehen, diese Beteiligung nie deklariert zu haben.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng