Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe eine Richterin der Vorinstanz als befangen abgelehnt, weil sie an einem anderen Urteil mitgewirkt habe, in welchem ihm die Ausreden einer Schuldigen angekreidet worden seien. Mit diesem Vorbringen vermag er nicht in einer genügenden Weise darzutun, dass die Richterin ihm gegenüber befangen gewesen sein könnte. Die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht hinreichend begründet (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, da die Vorinstanz auf seine Vorbringen nicht eingegangen sei. Da er nicht im Einzelnen ausführt, auf welche Vorbringen die Vorinstanz hätte eingehen müssen, ist die Beschwerde auch in diesem Punkt nicht hinreichend begründet.
3. Der Beschwerdeführer klagte wegen Ehrverletzung, weil der Beschwerdegegner in einem Schreiben vom Dezember 2006 an eine Behörde erklärt hatte, der Beschwerdeführer habe einen Glimmbrand bzw. einen Minibrand verursacht, und in seiner Wohnung habe erhöhte Brandgefahr geherrscht (angefochtener Entscheid S. 3 E. 3). Die Vorinstanz kommt zum Schluss, der Beschwerdegegner habe aus Sorge um die Sicherheit der Hausbewohner gehandelt und nur möglichen Schaden verhindern wollen. Da er keinen Vorsatz zur üblen Nachrede gehabt habe, sei er freizusprechen (angefochtener Entscheid S. 5).
Diese tatsächlichen Feststellungen können vor Bundesgericht nur angefochten werden, wenn sie offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV sind. Willkür liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid im bemängelten Punkt offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dass eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint, genügt nicht (BGE 137 I 1 E. 2.4). Die angebliche Willkür ist in der Beschwerde präzise zu rügen, und die Rüge ist zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Dieser Voraussetzung genügt die Eingabe des Beschwerdeführers nicht. Mit den Behauptungen, der Beschwerdegegner lüge, sei im Übrigen "blöd", und es fehle ihm als Pfarrer an Versöhnlichkeit, lässt sich nicht dartun, dass die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz willkürlich sein könnten. Dies gilt auch für die übrigen Vorbringen in der Beschwerde.
4. Da es in Bezug auf den subjektiven Tatbestand beim angefochtenen Entscheid bleibt, muss sich das Bundesgericht mit dem objektiven Tatbestand und dem Wahrheitsbeweis nicht befassen.
5. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung auszurichten, weil er vor Bundesgericht keine Umtriebe hatte.
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juli 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Schneider C. Monn