Sachverhalt:
A. Mit Eingabe vom 6. April 2011 ersuchte X._ die Sozialbehörde Eglisau, ihm unter Anordnung vorsorglicher Massnahmen ein Besuchs- und Ferienrecht für seinen Sohn A._, geb. 23. März 2007, einzuräumen.
Am 7. April 2011 sandte Z._, Sekretärin der Sozialbehörde Eglisau, diese Eingabe an X._ zurück mit der Begründung, B._ sei seit längerem nicht mehr in Eglisau wohnhaft, weshalb sie auf das Gesuch nicht eintreten könnten.
Mit Eingabe vom 27. April 2011 hielt X._ der Sozialbehörde Eglisau u.a. vor, sie sei nicht befugt, ihm sein Gesuch zurückzusenden, sondern verpflichtet, es der zuständigen Behörde weiterzuleiten.
Am 2. Mai 2011 teilte Z._ X._ mit, sie habe sein Gesuch nun an die zuständige Verwaltungsbehörde weitergeleitet.
B. Am 22. August 2011 erstattete X._ bei der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland Strafanzeige wegen Amtsmissbrauchs und ungetreuer Amtsführung. Darin führt er aus, sein Gesuch sei nunmehr an die zuständige Sozialbehörde weitergeleitet worden. Er wisse nicht, um welche es sich handle, da sich die Sozialbehörde Eglisau unter Berufung auf eine ihm nie eröffnete und damit nicht rechtskräftige Adresssperre weigere, sie ihm zu nennen. Die Mitglieder der zuständigen, ihm nicht bekannten Verwaltungsbehörde - die Beschuldigten - seien nunmehr seit vier Monaten im Besitz seines Gesuchs, hätten ihm aber weder eine Eingangsbestätigung zugestellt, noch vorsorgliche Massnahmen angeordnet noch einen erstinstanzlichen Entscheid erlassen, was nach den §§ 4a und 10 Abs. 2 des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) zwingend gewesen wäre. Dadurch hätten sie sich des Amtsmissbrauchs und der ungetreuen Amtsführung schuldig gemacht.
Am 30. April 2012 überwies die Staatsanwaltschaft die Sache ans Obergericht mit dem Antrag, über die Erteilung bzw. Nichterteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung zu entscheiden.
Am 6. Juli 2012 beschloss das Obergericht, der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Strafverfolgung von Z._ und Unbekannt nicht zu erteilen.
C. Mit Beschwerde vom 30. Juli 2012 beantragt X._, diesen obergerichtlichen Beschluss aufzuheben, die Sache an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen und diese anzuweisen, die unbekannte, geheime Vormundschaftsbehörde bekannt zugeben. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung.
Z._ verzichtet in ihrer Vernehmlassung auf einen Antrag, weist aber daraufhin, dass das Obergericht des Kantons Zürich als Aufsichtsbehörde der Vormundschaftsbehörden am 28. Februar 2012 die Zuständigkeit zur Behandlung der Besuchsrechtsbegehren von X._ geregelt habe. Dabei habe es angeordnet, ihm die Wohnsitzgemeinde der früheren Ehefrau und des Sohnes A._ nicht bekannt zugeben; für die Behandlung des Gesuchs von X._ vom 6. April 2011 sei die Vormundschaftsbehörde einer Drittgemeinde eingesetzt worden. Vor dem Hintergrund des in Rechtskraft erwachsenen Obergerichtsentscheids vom 28. Februar 2012 sei die Behauptung X._s, ihm werde die für seine Familienrechtsangelegenheit zuständige Behörde widerrechtlich nicht bekannt gegeben, nicht nachvollziehbar.
X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest und weist erneut darauf hin, dass sich seine Strafanzeige nicht gegen Z._, sondern gegen die Mitglieder der "unbekannten" Sozialbehörde gerichtet habe.
Erwägungen:
1. Nach Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO i.V.m. § 148 des Zürcher Gerichtsorganisationsgesetzes vom 10. Mai 2010 (GOG) entscheidet das Obergericht über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Strafuntersuchung gegen Beamte im Sinn von Art. 110 Abs. 3 StGB wegen im Amt begangener Vergehen oder Verbrechen. Mit dem angefochtenen Entscheid hat es das Obergericht abgelehnt, die Staatsanwaltschaft zur Strafverfolgung der Sekretärin der Sozialbehörde Eglisau und der Mitglieder der "unbekannten" Sozialbehörde zu ermächtigen. Damit fehlt es an einer Prozessvoraussetzung für die Durchführung des Strafverfahrens, womit das Verfahren abgeschlossen ist. Angefochten ist damit ein Endentscheid (Art. 90 BGG), gegen den nach der Rechtsprechung die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist (BGE137 IV 269 E. 1.3.1). Der Beschwerdeführer war am kantonalen Verfahren als Partei beteiligt (Art. 89 Abs. 1 lit. a BGG). Ob er mit Blick auf die durch die Art. 312 und 314 StGB geschützten Rechtsgüter auch als unmittelbar in ihren Rechten verletzte Person im Sinne von Art. 115 StPO gelten kann (vgl. dazu Urteil des Bundesgerichts 1B_432/2011 vom 20. September 2012, E. 2, zur Publikation bestimmt) und als möglicher Geschädigter über ein schutzwürdiges Interesse an der Anfechtung des obergerichtlichen Entscheids verfügt (vgl. Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG), erscheint hinsichtlich des Tatbestands von Art. 314 StGB als von vornherein ausgeschlossen und in Bezug auf Art. 312 StGB zumindest fraglich. Die Frage kann jedoch aufgrund der nachfolgenden Erwägungen offen bleiben.
2. Unangefochten ist der Entscheid des Obergerichts insoweit, als er die Ermächtigung zur Strafverfolgung der Sekretärin der Sozialbehörde Eglisau verweigert. Der Beschwerdeführer hat deren Verhalten zwar sowohl in seiner Strafanzeige als auch im weiteren Verfahren stets kritisiert, sie indessen nie strafbarer Handlungen bezichtigt. Seine Strafanzeige richtete sich ausdrücklich allein gegen die Mitglieder der "unbekannten Sozialbehörde", und auch in der Beschwerde verlangt er einzig deren Strafverfolgung.
3. Des Amtsmissbrauchs im Sinn von Art. 312 StGB macht sich schuldig, wer als Mitglied einer Behörde seine Amtsgewalt missbraucht, um sich oder einem anderen einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen oder einem anderen einen Nachteil zuzufügen. Das Obergericht legt im angefochtenen Entscheid zutreffend dar, dass keine Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die Mitglieder der "unbekannten" Sozialbehörde diesen Tatbestand erfüllten. Es ist weder ersichtlich, inwiefern sie durch eine allfällig schleppende Behandlung des Gesuchs des Beschwerdeführers ihre Amtsgewalt missbraucht haben sollten, noch bestehen irgendwelche Hinweise dafür, dass sie sich damit einen unrechtmässigen Vorteil verschafft oder einem anderen einen Nachteil zugefügt haben könnten. Das Obergericht weist zudem unwidersprochen daraufhin, dass der Beschwerdeführer wusste, dass die "unbekannte" Sozialbehörde der Aufsicht des Bezirksrats Bülach untersteht, und er sich dementsprechend an diesen hätte wenden können, um deren seiner Auffassung nach rechtswidrige Amtsführung korrigieren zu lassen.
Ebenfalls zu Recht führt das Obergericht aus, auch in Bezug auf den Vorwurf der ungetreuen Amtsführung im Sinn von Art. 314 StGB bestehe kein relevanter Tatverdacht. Der Tatbestand dieser Strafbestimmung setzt voraus, dass ein Behördenmitglied bei einem (privatrechtlichen) Rechtsgeschäft die von ihm zu wahrenden öffentlichen Interessen schädigt, um sich oder einem Dritten einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Die Mitglieder der "unbekannten" Sozialbehörde haben einerseits kein Rechtsgeschäft im Sinne dieser Strafbestimmung abgeschlossen, und anderseits bestehen keinerlei Hinweise, dass sie sich oder Dritten einen unrechtmässigen Vorteil verschafften bzw. verschaffen wollten.
Was der Beschwerdeführer in seiner Strafanzeige vorbrachte, ist somit nicht geeignet, einen Anfangsverdacht zu begründen, der die Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen die Mitglieder der "unbekannten" Sozialbehörde rechtfertigen könnte. Es ist daher nicht zu beanstanden, dass das Obergericht der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zu ihrer Verfolgung nicht erteilte.
4. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf eintreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches jedoch abzulehnen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1
und 2 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (vgl. Art. 68 BGG), da Z._ auf die Ausübung von Parteirechten verzichtet hat.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Winterthur/ Unterland sowie der Oberstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi