Sachverhalt:
A. Der 1972 geborene M._ war ab März 2000 selbstständigerwerbender Bodenleger und ist seit 1. Oktober 2002 als Bodenleger in seiner eigenen Firma X._ GmbH, angestellt. Am 8. Januar 2003 erlitt er bei einem Autounfall unter anderem eine Hirnerschütterung, eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) und eine Schulterkontusion links. Am 11. Mai 2004 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an. Am 20. Dezember 2004 und 20. April 2005 zog er sich bei Heckauffahrunfällen erneut HWS-Distorsionen zu. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) als zuständiger Unfallversicherer sprach ihm mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 3. Mai 2005 eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 25 % und ab 1. März 2005 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 40 % zu. Die IV-Stelle gewährte ihm mit ebenfalls unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 5. September 2005 ab 1. Januar 2004 eine Viertelsrente (Invaliditätsgrad 40 %). Im Rahmen des im Mai 2010 eingeleiteten Revisionsverfahrens hob die IV-Stelle mit Verfügung vom 30. Juni 2011 die Rente rückwirkend seit 1. Oktober 2005 auf, da der Versicherte ein rentenausschliessendes Einkommen erziele; für die Zeit ab 1. Oktober 2005 liege eine Meldepflichtverletzung vor, weshalb die in dieser Zeit zu Unrecht bezogenen Leistungen zurückzuerstatten seien. Mit Verfügung vom 12. Dezember 2011 forderte die IV-Stelle von ihm die vom 1. Oktober 2005 bis 30. Juni 2011 ausgerichteten Renten in Höhe von Fr. 86'268.- zurück.
B. Die gegen die Verfügung vom 30. Juni 2011 erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde gegen die Verfügung vom 12. Dezember 2011 änderte es diese insoweit ab, als es feststellte, dass der Versicherte der IV-Stelle Fr. 79'492.-, nämlich die ab Mai 2006 erbrachten Invalidenrenten, zurückzuerstatten habe; im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 19. Dezember 2012).
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die IV-Stelle anzuweisen, auf die rückwirkende Einstellung der Rentenleistungen und auf deren Rückforderung zu verzichten; eventuell sei die Sache zur erneuten Abklärung und anschliessenden Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Trotzdem prüft es - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG in Verbindung mit Art. 105 Abs. 2 BGG). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen sowie die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG. Die konkrete Beweiswürdigung ist Tatfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397; nicht publ. E. 4.1 des Urteils BGE 135 V 254, veröffentlicht in SVR 2009 IV Nr. 53 S. 164 [9C_204/2009]).
2. Die Vorinstanz hat die Grundlagen über die Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG; Art. 4 Abs. 1 IVG), die Invaliditätsbemessung nach dem Einkommensvergleich (Art. 16 ATSG; Art. 28a Abs. 1 IVG) und die Rentenrevision (Art. 17 Abs. 1 ATSG; Art. 88a Abs. 1 IVV; BGE 134 V 131 E. 3 S. 132) richtig dargelegt. Gleiches gilt hinsichtlich der Rückerstattung unrechtmässig bezogener Leistungen (Art. 25 Abs. 1 und 2 ATSG) sowie die in der Invalidenversicherung geltende Spezialregelung des Art. 88bis Abs. 2 lit. b in Verbindung mit Art. 77 IVV (BGE 136 V 45 E. 6.2 S. 47, 118 V 214 E. 2a S. 218; SVR 2012 IV Nr. 12 S. 61 E. 4.2.1 [9C_226/2011]; Urteil 9C_245/2012 vom 29. Oktober 2012 E. 4.1). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat mit einlässlicher Begründung erkannt, dass der Versicherte - unabhängig davon, ob für sein Valideneinkommen auf das vor dem Unfall vom 8. Januar 2003 aus selbstständiger Tätigkeit erzielte Höchsteinkommen von Fr. 184'700.- oder auf den von der Firma X._ GmbH im Jahre 2002 ausbezahlten Lohn von Fr. 108'000.- abgestellt werde - ab dem Jahr 2005 trotz des Gesundheitsschadens ein rentenausschliessendes Invalideneinkommen von durchschnittlich Fr. 184'619.- erzielt habe.
3.2 Der Versicherte erhebt keine Rügen, die zur Bejahung einer Rechtsverletzung führen oder die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung als offensichtlich unrichtig oder als Ergebnis willkürlicher Beweiswürdigung oder als rechtsfehlerhaft nach Art. 95 BGG erscheinen lassen (E. 1 hievor).
3.2.1 Er wendet im Wesentlichen als Erstes ein, im Rahmen der rentenzusprechenden Verfügung vom 5. September 2005 sei eine genaue Ermittlung der Vergleichseinkommen nicht möglich gewesen, weshalb die IV-Stelle im Sinne eines Betätigungsvergleichs richtigerweise angenommen habe, der Grad seiner medizinisch ausgewiesenen Einschränkung entspreche dem Grad der Gewinneinbusse und damit dem Invaliditätsgrad. Mit keinem Wort würdige die Vorinstanz die Tatsache, dass die IV-Stelle erst mit der rentenaufhebenden Verfügung vom 30. Juni 2011 einen Einkommensvergleich und somit eine andere Invaliditätsbemessung vorgenommen habe. Solle dennoch der Invaliditätsgrad rückwirkend neu berechnet werden, sei der Sachverhalt genügend abzuklären, wozu eine rechtsgenügliche Feststellung des ohne Gesundheitsschaden erzielbaren Valideneinkommens gehöre; es sei die mutmassliche Geschäftsentwicklung mitzuberücksichtigen, weil sein Geschäft hätte wachsen können und das Valideneinkommen somit jährlich angestiegen wäre.
Hierzu ist Folgendes festzuhalten: In der rentenzusprechenden Verfügung vom 5. September 2005 führte die IV-Stelle unter Verweis auf Art. 16 ATSG aus, der Versicherte arbeite weiterhin an seinem angestammten Arbeitsplatz. Von der Haftpflichtversicherung seien ihm geeignete Arbeitsmittel finanziert worden. Er sollte damit in der Lage sein, trotz der verbleibenden Unfallrestfolgen eine Leistung von mindestens 60 % zu erbringen, was einen Invaliditätsgrad von 40 % ergebe. Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass die IV-Stelle damit einen Prozentvergleich - der eine zulässige Variante des Einkommensvergleichs ist - durchgeführt hat, zumal der Versicherte selber einräumt, im Rahmen der rentenzusprechenden Verfügung vom 5. September 2005 sei eine genaue Ermittlung der Vergleichseinkommen nicht möglich gewesen (vgl. nicht publ. E. 3 des Urteils BGE 138 V 339, in SVR 2012 IV Nr. 56 S. 200 [9C_302/2012]; BGE 114 V 310 E. 3a S. 312; Urteile 8C_501/2011 vom 1. März 2012 E. 4.4 und 8C_327/2011 vom 12. August 2011 E. 3.3.2.2; zur Abgrenzung zwischen Prozent- und Betätigungsvergleich siehe auch ULRICH MEYER, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, 2. Aufl. 2010, S. 298 ff.). Wenn im nachfolgenden Revisionsverfahren die beiden Vergleichseinkommen hinreichend genau eruiert werden konnten, ist es nicht zu beanstanden, dass die IV-Stelle in der Verfügung vom 30. Juni 2011 bzw. die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid den Rentenanspruch anhand eines eigentlichen Einkommensvergleichs prüften (vgl. auch Urteil 8C_210/2012 vom 27. April 2012 E. 4.1).
3.2.2 Nicht stichhaltig ist das Vorbringen des Versicherten, die IV-Stelle habe bei der Rentenzusprache gewusst, dass er im Jahre 2002 ein Einkommen von Fr. 173'411.75 erzielt habe. Denn dies bestätigt die vorinstanzliche Feststellung, dass sein Einkommen ab 2005 im Durchschnitt höher war als dasjenige vor dem Unfall. Sein Vorbringen, für das Jahr 2002 seien die ausserordentlichen Kosten für die Gründung der GmbH zu berücksichtigen, substanziiert er in keiner Weise.
Unbehelflich ist sein weiterer pauschaler Einwand, es sei nicht berücksichtigt worden, dass auch sein Valideneinkommen aufgrund der mutmasslichen Geschäftsentwicklung jährlich angestiegen wäre. Denn er legt nicht dar, inwiefern das ab 1. Oktober 2002 hypothetisch erzielte Valideneinkommen als angestellter Bodenleger der Firma X._ GmbH das dort ab 2005 tatsächlich erhaltene Invalideneinkommen von durchschnittlich Fr. 184'619.- in einem Ausmass überstiegen hätte, das zu einem rentenbegründenden Invaliditätsgrad von 40 % geführt hätte.
4. 4.1 Für den Tatbestand der Meldepflichtverletzung ist ein schuldhaftes Fehlverhalten erforderlich, wobei nach ständiger Rechtsprechung bereits eine leichte Fahrlässigkeit genügt (BGE 118 V 214 E. 2a S. 218; SVR 2012 IV Nr. 12 S. 61 E. 4.2.1; Urteil 9C_245/2012 E. 4.1).
4.2 In der rentenzusprechenden Verfügung vom 5. September 2005 wurde ausdrücklich auf die Meldepflicht hingewiesen bei jeder Veränderung in persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnissen, welche den Leistungsanspruch beeinflussen kann. Als Beispiele wurden unter anderem "Änderungen in den Einkommens- und Vermögensverhältnissen, z.B. Aufnahme oder Aufgabe einer Erwerbstätigkeit" genannt. Zudem wurde der Versicherte darin darauf aufmerksam gemacht, dass er bei Verletzung der Meldepflicht rückerstattungspflichtig werden könne.
Der Vorinstanz ist beizupflichten, dass es dem Versicherten bei Beachtung der ihm als selbstständigem Geschäftsunternehmer zumutbaren Aufmerksamkeit und Sorgfalt hätte auffallen müssen, dass er ab dem Jahr 2005 ein Einkommen in der Grössenordnung des vor dem Unfall erreichten Verdienstes erzielte und sich eine derartige Einkommenslage auf den Rentenanspruch auswirken konnte. Damit verletzte er die ihm obliegende Meldepflicht mindestens in leicht fahrlässiger Weise, was genügt.
4.3 Die Einwendungen des Versicherten vermögen an diesem Ergebnis nichts zu ändern.
4.3.1 Er bringt vor, im Urteil 9C_942/2012 E. 4.3.2 werde explizit auf den Wissensstand der versicherten Person abgestellt, namentlich auf die Tatsache, dass bei ihr bereits eine Rentenreduktion wegen einer Verbesserung des Verdientes erfolgt sei und sie damit hätte wissen müssen, eine Meldepflichtverletzung begangen zu haben. Dieser Einwand ist unbehelflich. Denn dieses Urteil betraf eine versicherte Person, die sich darauf berief, ihr Vater habe sich um ihre Versicherungsangelegenheiten gekümmert, weshalb sie die an sie adressierten Verfügungen, worin sie auf die Meldepflicht hingewiesen worden sei, nicht zu Kenntnis genommen habe. Letzteres traf beim Beschwerdeführer nicht zu.
4.3.2 Er macht weiter geltend, er habe in guten Treuen davon ausgehen können, dass die IV-Stelle bei der Leistungszusprache vom 5. September 2005 auf die medizinisch ausgewiesene Arbeitsunfähigkeit in seinem Betrieb abgestellt habe; immerhin habe zu keinem Zeitpunkt eine in eine andere Richtung deutende Abklärung der erwerblichen Verhältnisse stattgefunden. Die nachträgliche Änderung der Bemessungsgrundlagen widerspreche Treu und Glauben und verletze Bundesrecht, insbesondere weil die IV-Stelle auf der Basis dieses Einkommensvergleichs den Regress abgeschlossen habe.
In E. 3.2.1 hievor wurde dargelegt, weshalb es nicht zu beanstanden ist, dass die IV-Stelle in der Rentenverfügung vom 5. September 2005 einen Prozentvergleich und in der Revisionsverfügung vom 30. Juni 2011 einen eigentlichen Einkommensvergleich durchführte. Dies ändert indessen nichts an der dem Beschwerdeführer obliegenden Pflicht, Änderungen seiner Einkommensverhältnisse unverzüglich zu melden. Es ist gegebenenfalls allein Sache der Verwaltung, darüber zu befinden, ob eine gemeldete Änderung revisionsrelevante Auswirkungen zeitigt (vgl. auch Urteil 8C_210/2012 E. 4.1).
5. Der Versicherte wendet ein, für die Rückforderung fehle ein Rückkommenstitel in Form einer prozessualen Revision (Art. 53 Abs. 1 ATSG) oder Wiedererwägung (Art. 53 Abs. 2 ATSG). Dem ist entgegenzuhalten, dass hier nicht von einer ursprünglich rechtswidrigen Rentenzusprache auszugehen ist, was einen Rückforderungstitel nach Art. 53 ATSG erfordern würde. Vielmehr geht es um eine Verletzung der Meldepflicht nach Art. 88bis Abs. 2 lit. b in Verbindung mit Art. 77 IVV, die eine Rückerstattungspflicht zur Folge hat (vgl. E. 2 hievor; KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, Art. 25 N 12).
6. Wie die Vorinstanz richtig feststellte, erlangte die IV-Stelle mit dem Eingang des Auszugs aus dem individuellen Konto (kurz: IK-Auszug) vom 1. Juni 2010 Kenntnis von den effektiven Einkommensverhältnissen des Versicherten ab dem Jahr 2005 und damit von einem allfälligen Rückforderungsanspruch. Der Versicherte wendet ein, die IV-Stelle habe danach ein ganzes weiteres Jahr zugewartet, bevor sie die Revisionsverfügung erlassen habe. Soweit er damit geltend machen will, der Rückforderungsanspruch sei erloschen, ist dem entgegenzuhalten, dass die IV-Stelle die einjährige Verwirkungsfrist mit dem Vorbescheid vom 18. April 2011 eingehalten hat (Art. 25 Abs. 2 ATSG; BGE 133 V 579 E. 4.1 S. 582, 119 V 431 E. 3c S. 434).
7. Der unterliegende Versicherte trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Jancar