Sachverhalt:
A. Der 1959 geborene L._ war als Selbstständigerwerbender seit dem 18. Mai 1993 mit einem versicherten Jahresverdienst von Fr. 69'600.-- freiwillig bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 6. September 2000 während der Arbeit rückwärts etwa 4 Meter in die Tiefe fiel. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses. Nach eigenen Angaben bemerkte der Versicherte aufgrund dieses Unfalles, dass sein versicherter Jahresverdienst zu tief angesetzt war, und schloss am 17. Oktober 2000 mit der SUVA eine Vereinbarung ab, wonach dieser Verdienst per 1. Januar 2001 auf das zulässige Maximum von Fr. 106'800.-- erhöht wurde. Am 3. Juli 2001 meldete der Versicherte der SUVA einen Rückfall. Diese erbrachte daraufhin ab 26. August 2001 Taggelder gestützt auf einen versicherten Jahresverdienst von Fr. 106'800.-- Nach umfassender medizinischer Behandlung und Abklärung sprach die Verwaltung dem Versicherten mit Verfügung vom 30. Dezember 2005 und Einspracheentscheid vom 1. Juni 2006 ab dem 1. September 2005 eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 62 % bei einem massgebenden versicherten Jahresverdienst von Fr. 69'600.-- und eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 20 % zu.
B. Die von L._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. November 2007 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt L._, der versicherte Verdienst für die Rentenleistungen sei unter Anpassung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides auf Fr. 106'800.-- festzusetzen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob der massgebende versicherte Jahresverdienst für die Rentenleistungen aufgrund der Vereinbarung vom 18. Mai 1993 (Fr. 69'600.--) oder aufgrund der Vereinbarung vom 17. Oktober 2000 (Fr. 106'800.--) zu bestimmen ist.
3. 3.1 In der Schweiz wohnhafte Selbstständigerwerbende und ihre nicht obligatorisch versicherten mitarbeitenden Familienglieder können sich gemäss Art. 4 Abs. 1 UVG freiwillig versichern. Nach Art. 5 Abs. 1 UVG gelten die Bestimmungen über die obligatorische Versicherung sinngemäss für die freiwillige Versicherung. Der Bundesrat erlässt ergänzende Vorschriften über die freiwillige Versicherung. Er ordnet namentlich den Beitritt, den Rücktritt und den Ausschluss sowie die Prämienbemessung (Art. 5 Abs. 2 UVG).
3.2 In der freiwilligen Versicherung wird das Versicherungsverhältnis gemäss Art. 136 UVV durch schriftlichen Vertrag begründet. Nach Art. 138 UVV werden die Prämien und Geldleistungen im Rahmen von Art. 22 Abs. 1 nach dem versicherten Verdienst bemessen, der bei Vertragsabschluss vereinbart wird und jeweils auf Beginn eines Kalenderjahres angepasst werden kann. Dieser Verdienst darf bei Selbstständigerwerbenden nicht weniger als die Hälfte und bei Familiengliedern nicht weniger als ein Drittel des Höchstbetrages des versicherten Verdienstes betragen. Wie die Vorinstanz zutreffend dargelegt hat, darf dabei der vereinbarte versicherte Verdienst nicht dauerhaft wesentlich höher als das tatsächlich erzielte Erwerbseinkommen liegen (RKUV 1994 Nr. U 183 S. 49 [U 59/92], vgl. auch RKUV 2001 Nr. U 433 S. 326 E. 2c [U 107/99]).
3.3 In der obligatorischen Versicherung gilt als versicherter Verdienst für die Bemessung der Taggelder der letzte vor dem Unfall bezogene Lohn, für die Bemessung der Renten der innerhalb eines Jahres vor dem Unfall bezogene Lohn (Art. 15 Abs. 2 UVG). Art. 23 Abs. 8 UVV legt unter dem Titel "Massgebender Lohn für das Taggeld in Sonderfällen" fest, dass zur Bemessung der Taggelder bei Rückfällen der unmittelbar vor dem Rückfall bezogene Lohn dem versicherten Verdienst entspricht. Art. 24 UVV, welcher die Bemessung des versicherten Verdienstes zur Bemessung der Renten in Sonderfällen regelt, kennt keine Art. 23 Abs. 8 UVV entsprechende Bestimmung. Da ein Rückfall nicht als neuer Unfall im Rechtssinne zu qualifizieren ist, ist der Rentenberechnung rechtsprechungsgemäss auch nach einem Rückfall der Verdienst zugrunde zu legen, den die versicherte Person innerhalb eines Jahres vor dem Unfall verdient hat, und nicht derjenige, den sie vor der Meldung des Rückfalles erzielte (BGE 118 V 293 E. 2b und c S. 295 f.).
3.4 Überträgt man diesen Grundsatz aus der obligatorischen in die freiwillige Versicherung, so folgt daraus, dass für die Rentenberechnung derjenige Verdienst massgebend ist, der sich aus dem im Zeitpunkt des Unfalles (und nicht des Rückfalles) gültigen Vertrag ergibt. Vorliegend ist unbestritten, dass der im Zeitpunkt des Unfalles am 6. September 2000 geltende Vertrag den massgebenden Jahresverdienst auf Fr. 69'600.-- festlegte. Die Invalidenrente des Beschwerdeführers ist somit aufgrund dieses Verdienstes zu berechnen; da die am 17. Oktober 2000 abgeschlossene Vereinbarung, welche eine Erhöhung des massgebenden Verdienstes per 1. Januar 2001 auf Fr. 106'800.-- vorsah, daran nichts zu ändern vermag, braucht deren Rechtsgültigkeit nicht geprüft zu werden.
3.5 Beginnt die Rente mehr als fünf Jahre nach dem Unfall oder dem Ausbruch der Berufskrankheit, so ist in der obligatorischen Versicherung gemäss Art. 24 Abs. 2 UVV der Lohn massgebend, den der Versicherte ohne den Unfall oder die Berufskrankheit im Jahre vor dem Rentenbeginn bezogen hätte, sofern er höher ist als der letzte vor dem Unfall oder dem Ausbruch der Berufskrankheit erzielte Lohn. Wie die Vorinstanz in Würdigung der medizinischen Akten zutreffend erwogen hat, erfolgte der Fallabschluss per 1. September 2005 und damit der Rentenbeginn jedenfalls nicht zu früh - dies wird vom Versicherten letztinstanzlich auch nicht mehr bestritten. Es braucht daher nicht geprüft zu werden, ob Art. 24 Abs. 2 UVV in der freiwilligen Versicherung analog anwendbar ist.
4. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. April 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
i.V. Lustenberger i.V. Flückiger