Faits:
A. A._, né en 1966, travaillait depuis le 1er octobre 1998 comme magasinier au service de X._. A ce titre, il était assuré contre le risque d'accidents auprès de la société d'assurance La Suisse (ci-après : La Suisse).
Le 3 mars 2002, le prénommé s'est tordu le genou gauche en jouant au football. Il a subi une déchirure du ligament croisé antérieur ainsi que des ménisques interne et externe. Sur la base d'une expertise médicale (du 24 décembre 2003) du docteur W._, La Suisse a, par décision du 26 janvier 2004, informé l'assuré qu'elle le considérait désormais apte, du point de vue médical, à travailler dans une activité adaptée à 100 %, si bien qu'elle allait supprimer son droit aux indemnités journalières dès le 1er mai 2004. L'assuré s'est opposé à cette décision, puis a retiré son opposition oralement le 25 mars 2004. Dans une deuxième décision du 14 juillet 2004, l'assureur-accidents a aussi interrompu la prise en charge des frais de traitement (sauf pour des antalgiques). Entre-temps, A._ a présenté une demande de rente à l'assurance-invalidité. Après avoir entrepris les mesures d'instruction nécessaires qui ont inclus un stage d'observation professionnelle, l'Office AI du canton de Genève (ci-après : l'office AI) a rejeté la demande. Il a fixé le revenu d'invalide de l'assuré à 36'590 fr. (eu égard à une capacité de travail de 70 %) et le revenu sans invalidité à 57'041 fr., ce qui portait le degré d'invalidité à 36 %, soit un taux insuffisant pour ouvrir le droit à une rente (décision du 10 janvier 2006). Cette décision n'a pas été contestée.
Le 1er juin 2006, la société Helsana Assurances SA (repreneur du portefeuille LAA de La Suisse; ci-après : Helsana) a rendu une décision, par laquelle elle a dénié à l'assuré l'octroi d'une rente d'invalidité LAA, motif pris que le degré d'invalidité était inférieur à 10 % (9,4 %). Saisie d'une opposition, elle l'a écartée dans une nouvelle décision du 24 avril 2007.
B. Par jugement du 28 août 2007, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales a partiellement admis le recours de l'assuré. Il a annulé les décisions de Helsana des 1er juin 2006 et 24 avril 2007, constaté que A._ a droit à une rente d'invalidité de 15 % dès le 1er mai 2004, et renvoyé le dossier à l'intimée pour qu'elle prenne une nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a également alloué à l'assuré une indemnité de dépens de 1'000 fr.
C. Helsana interjette un recours en matière de droit public dans lequel elle conclut à l'annulation du jugement cantonal.
A._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. La procédure porte sur l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, de sorte que le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'état de fait constaté par la juridiction précédente (art. 97 al. 2 et art. 105 al. 3 LTF).
2. Est uniquement litigieux le degré d'invalidité présenté par A._, plus particulièrement la détermination de son revenu d'invalide. La capacité de travail exigible du prénommé (pour les seules séquelles en relation de causalité avec l'accident assuré), fixée par la recourante à 100 % dans une activité adaptée permettant l'alternance des positions assise/debout et n'impliquant ni le port de charges ni de grands déplacements, n'est plus remise en discussion à ce stade de la procédure. De même, le point de départ du droit éventuel de la rente - le 1er mai 2004 - n'est pas contesté.
3. Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales et les principes jurisprudentiels applicables en matière d'évaluation de l'invalidité et de coordination entre l'assurance-invalidité et l'assurance-accidents (voir notamment à ce sujet : ATF 131 V 362 et VSI 2004 p. 182), de sorte qu'on peut y renvoyer.
En l'espèce, pour déterminer le revenu d'invalide de l'assuré, les premiers juges se sont basés sur les données économiques statistiques résultant de L'enquête suisse sur la structure des salaires [ESS] 2004, moment de la naissance possible du droit à la rente. Ils ont retenu le salaire de référence des hommes effectuant des activités simples et répétitives dans le secteur privé pour un niveau de qualification 4, soit 55'056 fr. an, montant qu'ils ont ensuite mis en rapport avec un horaire hebdomadaire de travail de 41,6 heures (valeur 2004) [55'056 x 41,6 : 40 = 57'258 fr. 25]. Ils ont en outre procédé à une réduction de ce salaire de 15 %, comme l'avait fait l'office AI, en raison des limitations fonctionnelles de l'assuré (nécessité d'alterner les positions, incapacité d'effectuer des travaux lourds, besoin de pauses plus importantes qu'un travailleur en bonne santé), ce qui donnait un revenu d'invalide annuel de 48'669 fr. 50 [= 57'258 fr. 25 - 15 %]. Les juges cantonaux ont en effet estimé qu'il n'y avait pas d'autres facteurs propres à influencer la capacité de gain de A._. Quant au revenu sans invalidité, ils l'ont établi à 57'041 fr. par an, montant correspondant au dernier salaire réalisé en 2003 après adaptation au renchérissement pour l'année 2004. Il en ressortait un degré d'invalidité de 15 % [57'041 - 48'669.50 : 57'041 x 100].
4. Les critiques de Helsana portent essentiellement sur le taux de réduction du salaire statistique opérée par les premiers juges, taux qu'elle estime surévalué par rapport aux circonstances personnelles entrant en ligne de compte dans le cas de l'assuré. En effet, si le tribunal cantonal avait, à raison, jugé que parmi les facteurs à considérer, seul celui des limitations fonctionnelles était de nature à influencer négativement les perspectives de gain de l'intimé - comme elle l'avait elle-même admis dans sa décision par la prise en compte d'un facteur de réduction de 10 % -, il s'était en revanche substitué sans motif pertinent à sa propre appréciation en augmentant ce taux à 15 %.
5. 5.1 Lorsque le revenu d'invalide est évalué sur la base des statistiques salariales, la mesure dans laquelle les salaires ressortant des statistiques doivent être réduits dépend de l'ensemble des circonstances personnelles et professionnelles du cas particulier (limitations liées au handicap, âge, années de service, nationalité/catégorie d'autorisation de séjour et taux d'occupation). Une déduction ne doit pas être opérée automatiquement mais seulement lorsqu'il existe des indices qui montrent que l'assuré n'est en mesure, en raison de l'un ou l'autre de ces éléments, de mettre en valeur sa capacité de travail résiduelle qu'avec des perspectives de gain inférieures à la moyenne. Il convient d'évaluer globalement l'influence de tous les facteurs sur le revenu d'invalide, la déduction globale maximum admise étant de 25 % (ATF 126 V 75; consid. 3b publié à la RAMA 2002 U 467 p. 513 de l'arrêt ATF 128 V 174).
5.2 Cette évaluation ressortit en premier lieu à l'administration, qui dispose pour cela d'un large pouvoir d'appréciation. Le juge doit faire preuve de retenue lorsqu'il est amené à vérifier le bien-fondé d'une telle appréciation. L'examen porte alors sur le point de savoir si une autre solution que celle que l'autorité, dans le cas concret, a adopté dans le cadre de son pouvoir d'appréciation et en respectant les principes généraux du droit, n'aurait pas été plus judicieuse quant à son résultat. Pour autant, le juge ne peut, sans motif pertinent, substituer son appréciation à celle de l'administration; il doit s'appuyer sur des circonstances de nature à faire apparaître sa propre appréciation comme la mieux appropriée (ATF 126 V 75 consid. 6 p. 81, 123 V 150 consid. 2 et les références p. 152; arrêt M. du 30 avril 2007, I 381/06, consid. 6.1).
5.3 On doit en l'occurrence donner raison à la recourante. L'âge, la nationalité, les années de service auprès de l'ancien l'employeur et le taux d'occupation exigible ne constituent pas, dans le cas de A._, des éléments susceptibles d'avoir un effet sur le montant du salaire que celui-ci pourrait prétendre sur le marché du travail. Le prénommé est encore relativement jeune et titulaire d'une autorisation d'établissement (cf. arrêt S. du 16 avril 2002, I 640/00, consid. 4d/bb [résumé in : REAS 2002 p. 308]). Au moment de son accident, il travaillait pour son employeur depuis 4 ans, ce qui n'est pas une durée assez longue, en règle générale, pour bénéficier de conditions particulières liées à l'ancienneté (de telles conditions n'ont d'ailleurs pas été alléguées). Enfin, il serait en mesure d'exercer une activité à plein temps. Restent ses limitations fonctionnelles, qui justifient assurément une réduction du salaire statistique. En évaluant leur effet à 10 %, la recourante n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation. En elles-mêmes, ces limitations ne présentent en tout cas pas des caractéristiques si contraignantes qu'elles devraient se voir accorder une pondération encore plus importante que celle effectuée par la recourante. Or, les premiers juges ont porté la déduction de 10 à 15 pour cent sans l'étayer par une argumentation distincte, sauf à dire qu'un taux de 15 % est conforme à la jurisprudence. A cet égard, leur jugement ne saurait donc être confirmé.
Cela étant, le calcul de l'invalidité de la recourante se révèle néanmoins inexact dans la mesure où elle n'a pas effectué la comparaison des revenus au moment déterminant de l'ouverture du droit éventuel à la rente comme l'exige la jurisprudence (ATF 128 V 174 consid. 4a p. 175) - in casu 2004 -, mais à celui de la décision sur opposition. Sous réserve du taux de déduction du salaire statistique, les premiers juges ont correctement déterminé les termes des revenus avec et sans invalidité de l'intimé en 2004, si bien qu'on peut s'y référer. En définitive, il y a lieu de fixer le revenu d'invalide de A._ à 51'532 fr. par an [57'258 - 10 %] au lieu de 48'669 fr. 50 (jugement entrepris) ou 52'792 fr. (décision sur opposition de Helsana), ce qui conduit à un degré d'invalidité arrondi au pour cent de 10 % [57'041 - 51'532 : 57'041 x 100 = 9,657]. Par conséquent, celui-ci a droit à une rente d'invalidité LAA de 10 % dès le 1er mai 2004 (art. 18 al. 1 LAA).
6. La recourante obtient seulement partiellement gain de cause. Vu l'issue du recours, il convient de répartir les frais de la procédure également entre l'assureur-accidents et A._ (art. 66 al. 1 LTF). Par ailleurs, l'intimé a droit à des dépens réduits (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Pour le surplus, il ne se justifie pas de modifier le montant des dépens alloués à l'intimé pour la procédure cantonale.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et le jugement du Tribunal cantonal genevois des assurances sociales du 28 août 2007 est réformé en ce sens que A._ a droit à une rente d'invalidité LAA fondée sur une incapacité de gain de 10 % dès le 1er mai 2004.
2. Les frais de justice, arrêtés à 500 fr., sont mis pour moitié à la charge de la recourante et pour moitié à charge de l'intimé.
3. Helsana versera à l'intimé un montant de 1'000 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de dépens pour la procédure fédérale.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 7 avril 2008
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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