Sachverhalt:
A. Die Baukommission der Gemeinde Küsnacht verweigerte X._ mit Beschluss vom 28. April 2009 nachträglich die baurechtliche Bewilligung für die Erstellung eines Gartengeflechtzauns beim Gebäude Vers.-Nr. 1202 auf dem Grundstück Kat.-Nr. 11896 an der Seestrasse 210 in Küsnacht und befahl dessen Entfernung. Auf den dagegen am 19. Juni 2009 erhobenen Rekurs von X._ trat die Baurekurskommission II des Kantons Zürich mit Entscheid vom 7. Juli 2009 mangels Begründung der Rekursschrift nicht ein. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies eine von X._ gegen den Nichteintretensentscheid erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 21. Oktober 2009 ab.
B. X._ führt mit Eingabe vom 18. Januar 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und auf ihren Rekurs vom 19. Juni 2009 an die Baurekurskommission II sei einzutreten; es sei ihr eine angemessene Nachfrist zur Verbesserung des Rekurses anzusetzen.
C. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass der Nichteintretensentscheid der Baurekurskommission II überspitzt formalistisch gewesen sei. Ihr hätte eine Nachfrist zur Verbesserung der Rekursschrift angesetzt werden müssen. Wenn das Verwaltungsgericht dies verneine, verstosse dies gegen Treu und Glauben (Art. 9 BV) und sei überspitzt formalistisch.
1.1 Gemäss § 23 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG) muss die Rekursschrift einen Antrag und dessen Begründung enthalten. Der angefochtene Entscheid ist beizulegen oder genau zu bezeichnen (Abs. 1). Genügt die Rekursschrift diesen Erfordernissen nicht, so wird dem Rekurrenten eine kurze Frist zur Behebung des Mangels angesetzt unter der Androhung, dass sonst auf den Rekurs nicht eingetreten würde.
1.2 Nach Ansicht des Verwaltungsgerichts ist in Bezug auf formelle Mängel nicht in allen Fällen unbesehen eine Nachfrist anzusetzen. Mit der genannten Bestimmung soll lediglich vermieden werden, dass die Anforderungen an Rekurseingaben überspitzt formalistisch gehandhabt werden. Die Bestimmung soll vor allem rechtsunkundige und prozessual unbeholfene Rekurrierende vor den Folgen einer mangelhaften Prozessführung bewahren. Hingegen sei einer - wie vorliegend - rechtskundig vertretenen Partei keine Gelegenheit zur Verbesserung einzuräumen, wenn die Begründung eines Rekurses trotz vollständiger Rechtsmittelbelehrung fehle. Andernfalls liesse sich auf dem Weg über eine Nachfristansetzung eine vom Gesetzgeber nicht gewollte Verlängerung der gesetzlichen Rechtsmittelfrist erwirken. Die Rekurseingabe der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin habe zum Hauptantrag keine Begründung enthalten. In der Begründung des Sistierungsantrags sei erläutert worden, dass auf eine Begründung des Hauptantrags verzichtet werde, da der Rekurs rein vorsorglich und zur Wahrung der Rechtsmittelfrist erfolge. Von einem beruflichen Rechtsvertreter sei zu erwarten, dass er sich der Unabdingbarkeit formeller Erfordernisse für die Eintretensfrage bewusst sei. Der Umstand, dass gleichzeitig mit einer Rekurseingabe ein Sistierungsbegehren gestellt werde und begründete Aussicht auf eine Einigung mit der Baukommission Küsnacht bestehe, könne kein ausschlaggebendes Kriterium für die Ansetzung einer Nachfrist sein.
1.3 Wie das Bundesgericht immer wieder betont, stellt nicht jede prozessuale Formstrenge einen überspitzten Formalismus dar, sondern nur jene, die durch kein schutzwürdiges Interesse mehr gerechtfertigt ist und zum blossen Selbstzweck wird. Prozessuale Formen sind unerlässlich, um die ordnungsgemässe Abwicklung des Verfahrens sowie die Durchsetzung des materiellen Rechts zu gewährleisten. Ein-gaben an Behörden, vor allem Rechtsmittelschriften, haben daher im allgemeinen bestimmten formellen Anforderungen zu genügen: Es soll aus ihnen hervorgehen, dass und weshalb der Rechtsuchende einen Entscheid anficht und inwieweit dieser geändert oder aufgehoben werden soll. Wird daher die Gültigkeit eines Rechtsmittels kraft ausdrücklicher gesetzlicher Bestimmung davon abhängig gemacht, dass es eine minimale Begründung enthält, so liegt darin weder eine Verweigerung des Anspruchs auf rechtliches Gehör noch kann darin ein überspitzter Formalismus gesehen werden (BGE 134 II 244 E. 2.4.2 S. 248 mit Hinweisen).
1.4 Das Bundesgericht führte zur Auslegung von § 23 VRG in BGE 108 Ia 209 E. 3 aus, dass Abs. 1 vorschreibe, es sei ein Rekurs mit Antrag und Begründung innert der Rekursfrist einzureichen. Diese Bestimmung würde wirkungslos, wenn sich jeder Rekurrent dadurch, dass er den Rekurs ohne Begründung einreiche, über die Nachfrist von Abs. 2 eine zusätzliche Begründungsfrist erwirken könnte. Hätte der Gesetzgeber dies gewollt, so hätte er dem Richter allgemein die Befugnis zur Erstreckung der Begründungsfrist eingeräumt. Daraus, dass dies nicht geschehen sei, dürfe mit den kantonalen Instanzen ohne Willkür geschlossen werden, die Anwendung von § 23 Abs. 2 VRG auf die Rekursbegründung solle die Ausnahme und nicht die Regel sein, auch wenn das in der Bestimmung nicht ausdrücklich gesagt werde. Auf jeden Fall könnten die kantonalen Instanzen mit Grund annehmen, es könne sicher nicht derjenige Rekurrent eine Nachfrist nach Abs. 2 beanspruchen, welcher die Erfordernisse von Abs. 1 bewusst nicht erfüllt habe mit dem Zweck, sich auf Abs. 2 berufen zu können.
1.5 Im vorliegenden Fall war die Beschwerdeführerin im Rekursverfahren vor der Baurekurskommission II anwaltlich vertreten. Ihrem Rechtsvertreter mussten die Begründungsanforderungen von § 23 Abs. 1 BGG bekannt sein. Mit Blick auf das gestellte Sistierungsbegehren und die in Aussicht stehende mögliche Einigung mit der Baukommission Küsnacht hat ihr Rechtsvertreter jedoch bewusst auf eine Begründung des Hauptantrags verzichtet. Wenn die rechtskundig vertretene Beschwerdeführerin aufgrund von prozessökonomischen oder -taktischen Gründen darauf verzichtet, die Rekurseingabe mit der nötigen Begründung zu versehen, ist es verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, wenn ihr keine Nachfrist im Sinne von § 23 Abs. 2 VRG gewährt wird. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin lässt sich BGE 108 Ia 209 nicht dahingehend interpretieren, die Ansetzung einer Nachfrist zur Verbesserung sei nur bei rechtsmissbräuchlichen Absichten zu verweigern. Die kantonalen Behörden durften demnach, ohne in überspitzten Formalismus zu verfallen oder gegen Treu und Glauben zu verstossen, die Ansetzung einer Nachfrist im Sinne von § 23 Abs. 2 VRG verweigern.
1.6 Fehl geht die Beschwerdeführerin bei ihrem Versuch, einen Anspruch auf Vertrauensschutz aus einer angeblichen Auskunft des Stellvertreters des Bausekretärs der Baukommission Küsnacht abzuleiten. Vorliegend fehlt es bereits an einer massgeblichen Vertrauensgrundlage (BGE 131 II 627 E. 6.1 S. 636 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin legt weder dar noch ist dies ersichtlich, inwiefern ein kommunaler Mitarbeiter zuständig sein soll oder als zuständig betrachtet werden durfte, Auskunft über eine angebliche Praxis der kantonalen Baurekurskommission zu geben.
2. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Baukommission Küsnacht sowie der Baurekurskommission II und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Februar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli