Faits:
A. X._ SA est une société anonyme, ayant son siège à V._, chez A._, qui a notamment pour but le commerce de produits à base d'oligo-éléments et de produits cosmétiques. N'étant pas une pharmacie, elle n'a pu poursuivre la vente directe de ses produits avec l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2002, de la loi fédérale du 15 décembre 2000 sur les médicaments et les dispositifs médicaux (LPTh; RS 812.21).
X._ SA a alors trouvé un modus operandi avec la société Y._ SA, ayant son siège à V._, également auprès de A._, son administrateur président, laquelle avait pour but l'exploitation de pharmacies et, à ce titre, était autorisée à vendre des médicaments et autres substances thérapeutiques aux consommateurs. X._ SA vendait et facturait ses produits à Y._ SA, qui exploitait la pharmacie de "W._" à Nyon. Y._ SA - par l'intermédiaire de la pharmacie de "W._" qui recevait les colis préparés, les contrôlait, les fermait et les livrait - les revendait ensuite à sa propre clientèle et établissait des factures à son nom. Les montants relatifs à ces ventes étaient ensuite encaissés sur le compte courant BCV no ... dont Y._ SA était titulaire. Une fois les factures encaissées, Y._ SA acquittait à son tour celles qui correspondaient aux produits que X._ SA lui avait vendus.
Les exercices 2004 et 2005 de la société Y._ SA se sont soldés par une perte d'exploitation. Le 21 juillet 2006, les actionnaires de la société ont tenu une assemblée générale extraordinaire qui décida alors de déposer le bilan. La faillite de la société fut prononcée le 19 septembre 2006.
Entre le 1er juillet 2006 et le 19 septembre 2006, divers montants ont été prélevés du compte BCV no ..., au nom de Y._ SA, notamment 53'000 fr. le 24 juillet 2006, 40'000 fr. le 16 août 2006 et 6'742 fr. le 19 septembre 2006 en faveur de X._ SA.
Le 18 décembre 2006, la liste des productions dans la faillite de Y._ SA faisait état de trente-deux productions. X._ SA a produit le 27 avril 2007, soit après le délai de production fixé au 27 novembre 2006, une créance de 599'101 fr. 95. La cause de l'obligation mentionnée est "participation, prêt et produits livrés".
Le 25 octobre 2006, la masse en faillite de Y._ SA a informé X._ SA que l'administration de la faillite avait inventorié contre elle les actes accomplis avant l'ouverture de la faillite soumis à révocation selon les art. 285 ss LP et elle a requis de X._ SA le remboursement de divers versements effectués entre août et septembre 2006.
B. Le 7 juin 2007, la masse en faillite de Y._ SA a ouvert une action révocatoire à l'encontre de X._ SA auprès du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte. Elle a requis le remboursement de 53'000 fr., 40'000 fr. et 6'742 fr., ces montants ayant été prélevés entre juillet et septembre 2006.
X._ SA s'est opposée à la demande. Elle conteste devoir restituer les montants en question en s'appuyant sur l'art. 401 CO, prétendant que ces sommes lui appartiennent, même si elles se trouvaient sur le compte courant ouvert au nom de Y._ SA.
Par jugement du 15 mai 2008, le Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte a admis la demande, considérant que les conditions de la révocation étaient réalisées et que X._ SA avait échoué dans la preuve de l'existence d'un contrat de fiducie, base contractuelle nécessaire à l'application de l'art. 401 CO.
La Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours en réforme interjeté par X._ SA et confirmé entièrement la décision entreprise par arrêt du 19 décembre 2008. Constatant que les sommes d'argent encaissées par Y._ SA n'étaient pas créditées sur un compte spécial, séparé du patrimoine du mandataire, dont ce dernier ne peut plus disposer, et qu'elles n'étaient donc pas suffisamment individualisées, elle a jugé que l'une des conditions d'application de l'art. 401 CO n'était pas réalisée et conclu que X._ SA ne saurait dès lors invoquer la distraction des sommes litigieuses de la masse en faillite de Y._ SA.
C. X._ SA a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 19 décembre 2008. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir violé son droit à la preuve en ne tenant pas compte des diverses pièces, déposées devant l'autorité cantonale, ou dont la recourante a requis la production, qui démontreraient qu'un compte spécial et distinct avait été ouvert. Elle considère également que l'instance inférieure a sombré dans l'arbitraire. Invoquant l'art. 99 LTF, elle produit devant le Tribunal fédéral certaines pièces écartées par la cour cantonale et requiert la production d'autres pièces. La recourante conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la réforme de celui-ci en ce sens que les versements litigieux ne sont pas révoqués et qu'elle n'est donc pas la débitrice de l'intimée et, subsidiairement, à l'annulation de cette décision et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure.
L'intimée conclut au rejet du recours.
Par ordonnance du 2 juin 2006, la Présidente de la Ire Cour de droit civil a admis la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 63) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140). Une modification de l'état de fait ne peut cependant être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
L'art. 99 LTF, invoqué par la recourante, n'y change rien. L'alinéa premier de cette disposition autorise l'allégation de faits nouveaux et l'offre de preuves nouvelles devant le Tribunal fédéral dans les cas où la décision de l'autorité précédente justifie pour la première fois de soulever ces moyens. Le message du Conseil fédéral cite à titre d'exemple l'allégation des faits de procédure nécessaires pour établir que l'autorité précédente a violé le droit d'être entendu du recourant, ainsi que l'allégation de faits que la décision attaquée a pour la première fois rendus pertinents (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4137 ch. 4.1.3.3; cf. également les exemples donnés par BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, no 20 ss ad art. 99 LTF). L'art. 99 al. 1 LTF ne permet dès lors pas au Tribunal fédéral de tenir compte de faits déjà invoqués devant la cour cantonale, mais que celle-ci a refusé de prendre en considération pour des raisons de procédure. Dans une telle situation seule l'admission d'un grief d'application arbitraire du droit cantonal de procédure, soulevé et dûment motivé par la recourante (cf. art. 106 al. 2 LTF), autoriserait à tenir compte de ces faits (arrêt 6B.52/2007 du 17 mai 2007 consid. 2.1).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF).
2. 2.1 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté les offres de preuves qu'elle lui a présentées. Elle prétend que l'exigence, découlant de l'art. 401 CO, de l'individualisation des sommes d'argent n'est apparue pour la première fois que dans le jugement du tribunal de première instance. La cour cantonale aurait ainsi dû accepter les pièces que la recourante a produites devant elle et donner suite aux réquisitions de production de pièces qui lui ont été adressées, ces documents permettant de constater que la recourante gérait un compte spécial, au nom de Y._ SA, distinct de l'autre compte que Y._ SA utilisait pour ses affaires usuelles. Reprochant à la cour cantonale d'avoir ainsi violé son droit à la preuve, la recourante ne nomme pas expressément les dispositions légales qui auraient été transgressées. Elle reprend, en la critiquant, l'argumentation de l'instance cantonale qui se fonde sur les art. 452 ss du Code de procédure civile vaudois du 14 décembre 1966 (CPC/VD; RSV 270.11).
2. 2.1 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté les offres de preuves qu'elle lui a présentées. Elle prétend que l'exigence, découlant de l'art. 401 CO, de l'individualisation des sommes d'argent n'est apparue pour la première fois que dans le jugement du tribunal de première instance. La cour cantonale aurait ainsi dû accepter les pièces que la recourante a produites devant elle et donner suite aux réquisitions de production de pièces qui lui ont été adressées, ces documents permettant de constater que la recourante gérait un compte spécial, au nom de Y._ SA, distinct de l'autre compte que Y._ SA utilisait pour ses affaires usuelles. Reprochant à la cour cantonale d'avoir ainsi violé son droit à la preuve, la recourante ne nomme pas expressément les dispositions légales qui auraient été transgressées. Elle reprend, en la critiquant, l'argumentation de l'instance cantonale qui se fonde sur les art. 452 ss du Code de procédure civile vaudois du 14 décembre 1966 (CPC/VD; RSV 270.11).
2.2 2.2.1 A supposer qu'elle invoque la violation de son droit à la preuve déduit de l'art. 8 CC, la recourante ne motive pas le grief conformément aux réquisits de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF.
2.2.2 La question soulevée par la recourante a trait au droit cantonal. Or, le recours au Tribunal fédéral n'est pas ouvert pour se plaindre d'une mauvaise application de ce droit (cf. art. 95 et 96 LTF; ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il reste néanmoins possible de se plaindre d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., ce qui constitue une violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF; ATF 133 I 201 consid. 1 p. 203, 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il faut garder à l'esprit que l'examen du Tribunal fédéral se limite à dire si la cour cantonale est ou non tombée dans l'arbitraire.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
En l'espèce, la recourante n'invoque aucun grief motivé (cf. art. 106 al. 2 LTF) d'application insoutenable du droit de procédure civile vaudois.
2.2.3 Fût-il recevable, le grief d'arbitraire serait de toute manière mal fondé.
En vertu de l'art. 197 LP, les biens propriété du débiteur lors de la déclaration de faillite tombent dans la masse et sont affectés au paiement des créanciers. L'art. 401 CO institue une exception en faveur du mandant. Selon cette règle, le mandant qui a satisfait à ses obligations est légalement subrogé aux droits du mandataire, qui a acquis en son propre nom, mais pour le compte du mandant, des créances contre des tiers ou des choses mobilières. Il peut revendiquer dans la faillite du mandataire lesdites créances et les biens meubles acquis pour son compte (ATF 102 II 103 consid. 1 p. 106, 297 consid. 2c p. 301). En règle générale, l'art. 401 CO ne s'applique pas à une somme d'argent encaissée par le mandataire avant la faillite. Pour que cette disposition trouve néanmoins application, il faut que l'argent perçu par le mandataire soit individualisé. Les sommes qui lui sont versées doivent être créditées sur un compte spécial, distinct du patrimoine du mandataire, dont celui-ci ne peut plus disposer librement (cf. ATF 102 II 103 consid. 5 p. 110; 102 II 297 consid. 3b p. 303 s.; PIERRE TERCIER, Les contrats spéciaux, 4e éd. 2009, n. 5180 p. 778). Le compte spécial doit en outre être établi au nom du mandant seul (arrêt B.116/1990 du 20 juillet 1990, publié dans la SJ 1990 p. 637; cf. ATF 102 II 297 consid. 3b p. 303 s.; entre autres auteurs: TERCIER, op. cit., avec les références citées).
La recourante tend à démontrer - par les nouvelles pièces produites devant la cour cantonale, ou dont elle requiert la production - qu'elle gérait un compte spécial et distinct ouvert, au nom de Y._ SA, pour l'activité déployée pour son propre compte. Y._ SA n'en conservait pas moins la liberté d'en disposer. La cour cantonale a en effet retenu (art. 105 al. 1 CO) qu'une fois le produit de la vente des médicaments encaissé sur le compte au nom de Y._ SA, celle-ci acquittait alors à son tour les factures correspondant aux produits que X._ SA lui avait vendus. La recourante soutient qu'elle gérait elle-même le compte. Cette allégation, d'ailleurs de nature purement appellatoire, ne permet pas encore de conclure que Y._ SA ne pouvait plus disposer librement de ce même compte. Enfin, au dire même de la recourante, ce dernier n'était pas établi au nom de X._ SA (la mandante). Les exigences strictes tirées de l'art. 401 CO ne sont ainsi pas réalisées. Le point soulevé par la recourante n'est donc pas de nature à modifier la décision.
3. 3.1 La recourante revient à la charge en considérant que la solution retenue par la cour cantonale, accordant la totalité des créances litigieuses à l'intimée, est choquante dans la mesure où elle consacre la gratuité des produits X._ SA. Selon elle, la masse en faillite de Y._ SA recevrait en effet un cadeau de plus de 100'000 fr. et la recourante n'ayant pas pu produire dans la faillite ne toucherait pas un centime pour les produits qu'elle a pourtant fabriqués et vendus.
3.2 En retenant que les conditions d'application de l'art. 401 CO n'étaient pas remplies en l'espèce, la cour cantonale est arrivée à la conclusion que la recourante ne saurait invoquer la distraction des sommes litigieuses de la masse en faillite de Y._ SA. L'autorité cantonale n'a nullement qualifié de gratuits les produits de la recourante, mais uniquement jugé que ces sommes étaient tombées dans la masse en faillite et qu'elles étaient ainsi affectées au paiement des créanciers de la masse. Il incombait dès lors à la recourante de veiller à produire les créances litigieuses au sein de la faillite de Y._ SA . Le grief est donc inconsistant.
4. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 23 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget