Faits :
A.
Le 12 août 2005, Y._ (née le xx.xxx.xxxx) a saisi le Ministère public d'une plainte pénale contre son père X._ pour des viols et actes d'ordre sexuel (en particulier, sodomies et fellations) commis au domicile familial, à 50/60 reprises, de 1985 à mai 2000. X._ a toujours contesté être l'auteur des faits qui lui étaient reprochés et a dénoncé un complot ourdi à son encontre par son épouse et ses trois enfants à la suite de la séparation du couple.
B.
La Cour d'assises de la République et canton de Genève a, par décision du 11 décembre 2009, reconnu X._ coupable de viols et de contraintes sexuelles, commis à réitérées reprises sur sa fille Y._ du 12 août 1995 à mai 2000 et l'a condamné à une peine privative de liberté de 36 mois, dont 6 mois fermes, le solde étant assorti du sursis pendant 3 ans, et à payer 20'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 12 août 1995 à Y._ à titre d'indemnité pour tort moral. Elle a déclaré l'action pénale prescrite pour les faits antérieurs à 1995. La Cour d'assises est arrivée à une conviction de culpabilité sur la base de différents éléments cités dans son jugement, notamment les déclarations de Y._, le témoignage de son frère A._ ainsi que certains dessins faits par ce dernier, la disposition des lieux, l'état mental et les blocages de Y._ du point de vue sexuel, le culte du secret et du mensonge érigé en mode de vie dans la famille ainsi que les dysfonctionnements du couple que formait X._ avec son épouse B._ et les analyses de la personnalité de Y._ auxquelles se sont livrés des spécialistes.
C.
Le 17 décembre 2010, la Cour de cassation de la République et canton de Genève a partiellement admis le pourvoi de X._ en acquittant ce dernier de viols, dans la mesure où la Cour d'assises avait retenu, sans que cela ne soit contesté par la partie civile ou le Procureur, que les abus n'avaient plus été des actes sexuels complets dès le moment où Y._ avait eu ses règles, soit vers l'âge de 13 ans. Cela excluait la qualification de viols, de sorte que tous les faits incriminés devaient être taxés de contrainte sexuelle au sens de l'art. 189 al. 1 CP. La cause a été renvoyée à l'autorité de première instance pour fixation de la peine.
D.
Le 20 avril 2011, la Cour de céans a déclaré les recours en matière pénale interjetés par Y._ et X._ contre la décision du 17 décembre 2010, irrecevables, dans la mesure où elle ne constituait pas une décision finale au sens de l'art. 90 LTF (arrêts 6B_47/2011 et 6B_73/2011). A teneur de ces arrêts, la cour cantonale avait statué sur le verdict de culpabilité et laissé ouverte la question de la fixation de la peine, renvoyant la cause en première instance sur ce point, sans que celle-ci n'ait à revoir les faits constitutifs de contrainte sexuelle (cf. consid. 2.3).
Le 13 juillet 2012, la Ière Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la demande de X._ portant sur la récusation du président du Tribunal correctionnel auquel avait été renvoyée l'affaire pour nouveau jugement (arrêt 1B_199/2012).
E.
Le 15 mai 2013, la Chambre pénale de recours de la République et canton de Genève a rejeté le recours de X._ contre le refus du Ministère public de lui notifier, conformément à sa demande, un nouvel acte d'accusation suite à l'entrée en vigueur du nouveau CPP, considérant que X._ connaissait les faits qui lui étaient reprochés et savait pertinemment, au vu des divers arrêts prononcés, que la nouvelle autorité saisie ne l'était que sur la question de la mesure de la peine.
F.
Statuant sur renvoi, sur la peine et les conclusions civiles, le Tribunal correctionnel genevois a, par jugement du 31 mai 2013, réduit la peine privative de liberté à 30 mois, dont 6 mois fermes, le solde étant assorti du sursis et le délai d'épreuve étant fixé à 3 ans. Il a par ailleurs confirmé la condamnation de X._ à payer à sa fille 20'000 fr. d'indemnité pour tort moral.
G.
Le 9 janvier 2014, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice de la République et canton de Genève a admis partiellement l'appel de X._ et, prenant en compte la circonstance atténuante de l'écoulement du temps (art. 48 let. e CP), l'a condamné à une peine privative de liberté de 2 ans pour contrainte sexuelle, le mettant au bénéfice du sursis en fixant le délai d'épreuve à 2 ans. Elle l'a condamné à la moitié des frais de première instance et l'a débouté de ses conclusions en indemnisation. Pour le surplus, elle a confirmé le jugement du Tribunal correctionnel en mettant la moitié des frais d'appel à la charge du recourant.
H.
Y._ forme un recours en matière pénale concluant à l'annulation de l'arrêt de la Cour de cassation genevoise du 17 décembre 2010 et de l'arrêt de la Chambre pénale d'appel et de révision du 9 janvier 2014, à la confirmation du verdict de culpabilité rendu par la Cour d'assises le 11 décembre 2009, à la condamnation de tout opposant aux frais et dépens ainsi qu'à l'allocation d'une équitable indemnité pour ses dépens, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision, avec suite des frais et dépens également. Elle demande à être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite.
X._ forme également un recours en matière pénale contre l'arrêt de la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise du 9 janvier 2014 concluant à l'annulation de ce dernier, au constat que la prescription déploie ses effets pour tous les faits antérieurs au 26 novembre 1998, subsidiairement au 20 novembre 1997, à son acquittement, à l'octroi d'une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. a CPP de montants de 6'123.50 fr. (frais et débours) et 20'000 fr. (tort moral) et à la condamnation du canton de Genève aux dépens de la procédure. Il invoque dans un mémoire de plus de cent pages une non-conformité de l'acte d'accusation, la violation de l'interdiction de l'arbitraire et de son droit d'être entendu, la prescription et s'en prend au refus de l'indemniser. Il conteste également la décision de la Cour de cassation genevoise du 17 décembre 2010 en invoquant une constatation arbitraire des faits et la violation du principe in dubio pro reo ainsi que la violation de son droit d'être entendu. Il demande que son recours ait un effet suspensif.
X._ a pris position sur le recours de Y._ le 9 mai 2014. Il conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La cour cantonale se réfère à ses considérants et le Ministère public renonce à prendre position. En réplique, Y._ confirme les conclusions de son recours.
Il n'a pas été requis d'observations de la part de Y._ sur le recours de son père.
Considérant en droit :
1.
Les recours de Y._ et X._ sont dirigés contre les mêmes décisions, opposent les mêmes parties et portent sur un état de faits identique. Il se justifie donc de joindre les causes et de statuer dans un seul arrêt (art. 24 al. 2 let. b PCF, applicable par renvoi de l'art. 71 LTF).
Recours de Y._ (6B_189/2014)
2.
Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Au 1er janvier 2011, le champ d'application de cette disposition, visant auparavant uniquement la victime, a été étendu à la partie plaignante. La condition que la décision attaquée puisse avoir des effets sur le jugement des prétentions civiles a toutefois été maintenue. La jurisprudence rendue sous l'ancien droit concernant cette exigence garde donc toute sa portée (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1 p. 247 s.).
A la lumière de cette jurisprudence, la partie plaignante n'est habilitée à recourir contre un jugement prononçant l'acquittement (partiel) du prévenu que si elle a, autant que cela pouvait raisonnablement être exigé d'elle, exercé l'action civile, en prenant des conclusions chiffrées en réparation de tout ou partie de son dommage matériel ou de son tort moral (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1 p. 248). Constituent des prétentions civiles celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO.
Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir (ATF 138 III 537 consid. 1.2 p. 539; 133 II 353 consid. 1 p. 356). Par conséquent, la partie plaignante est tenue d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé et dans quelle mesure la décision attaquée a une incidence sur celles-ci (ATF 131 IV 95 consid. 1.1.1 p. 196).
Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au Ministère public ni d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort, de faç on suffisamment précise, de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées (cf. ATF 127 IV 185 consid. 1a p. 187 et les références citées).
2.1. La procédure pénale a été menée jusqu'au stade du jugement, ce qui aurait dû permettre à la recourante de faire valoir ses prétentions civiles. Elle a conclu devant la Cour d'assises à ce qu'une indemnité pour tort moral de 35'000 fr. lui soit octroyée ; un montant de 20'000 fr. lui a été accordé. Y._ n'a pas recouru en cassation contre ce jugement, bien que les art. 338 al. 1 et 340 let. a aCPP/GE lui en donnaient la possibilité. La Cour de cassation a ensuite acquitté le recourant des infractions de viols et renvoyé la cause pour nouveau jugement sur la mesure de la peine.
Le Tribunal correctionnel a à nouveau statué sur la question civile le 31 mai 2013 et a également alloué à la plaignante 20'000 fr. d'indemnité pour tort moral, ce sur la base des faits retenus par la Cour d'assises (cf. jugement du Tribunal correctionnel du 31 mai 2013, consid. 6.12), malgré l'acquittement du recourant pour viols et alors que la recourante réclamait 35'000 fr. Par ailleurs, à teneur du jugement, la plaignante ne pouvait prétendre avoir subi des dépenses obligatoires occasionnées par la procédure étant donné qu'elle était au bénéfice de l'assistance judiciaire. La recourante s'est à nouveau abstenue de recourir contre cette décision et a même demandé sa confirmation devant la Chambre pénale d'appel et de révision.
Par conséquent, on ne discerne pas, et la recourante n'expose au demeurant pas, en quoi un recours contre l'acquittement partiel prononcé par la Cour de cassation concluant à la confirmation du jugement de la Cour d'assises pourrait avoir des effets sur ses prétentions civiles. En effet, en admettant les conclusions de la recourante et en confirmant le jugement de la Cour d'assises, l'indemnité pour tort moral serait de 20'000 fr., donc identique à celle retenue par la Chambre pénale d'appel et de révision.
D'éventuelles indemnités de procédure valant participation aux honoraires d'avocat ne constituent pas des prétentions civiles au sens rappelé ci-dessus et ne peuvent pas fonder la qualité pour recourir de la plaignante (cf. arrêts 6B_1001/2013 du 16 janvier 2014 consid. 1.2 et 6B_768/2013 du 12 novembre 2013 consid. 1.3). Enfin, même si le recours de X._ concluant à son acquittement pur et simple pourrait avoir des effets sur les prétentions civiles de la recourante, ce n'est pas ce recours mais celui de la recourante qui doit fonder la qualité pour recourir de cette dernière. Dans ces conditions, faute d'intérêt juridique, la qualité pour recourir au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF doit être déniée à la recourante. Dès lors, elle ne peut pas contester, comme elle le fait, l'application de la loi matérielle ou l'établissement des faits. Le recours est à cet égard irrecevable. Il appartenait au Ministère public, qui avait recouru en cassation contre la mesure de la peine, de s'en prendre à l'acquittement partiel du prévenu, ce dont il s'est abstenu.
2.2. Indépendamment de sa qualité pour recourir sur le fond, celui qui se prétend lésé par une infraction peut invoquer la violation de droits que la loi de procédure applicable ou le droit constitutionnel lui reconnaît comme partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (ATF 136 IV 41 consid. 1.4 p. 44; 133 IV 228 consid. 2.3.2 p. 232 s. et les références citées). La possibilité d'invoquer des garanties procédurales ne lui permet cependant pas de remettre en cause, même de façon indirecte, le jugement au fond. Le recourant ne peut ni critiquer l'appréciation des preuves ni faire valoir que la motivation n'est pas correcte d'un point de vue matériel (ATF 136 IV 41 consid. 1.4 p. 44).
Au cas particulier, la recourante s'en prend à la motivation de l'arrêt attaqué libérant X._ de la prévention de viols. Faute de qualité pour recourir sur le fond, cette question ne peut pas être examinée. Au demeurant, la motivation est suffisante pour comprendre les raisons qui ont conduit la Cour de cassation à sa décision et pour permettre d'interjeter recours contre l'arrêt rendu, ce qu'a d'ailleurs fait la recourante.
Partant, le recours de Y._ doit être déclaré irrecevable.
Recours de X._ (6B_195/2014)
3.
Le recourant invoque la prescription de l'action pénale. Comme il l'admet, les faits s'étant déroulés avant l'entrée en vigueur des nouvelles dispositions du CP sur la prescription, c'est le droit le plus favorable qui doit s'appliquer (cf. art. 389 al. 1 CP). Or, dans le cas particulier, les faits pris en considération se sont déroulés du 12 août 1995 à mai 2000 ; l'action pénale selon le nouveau droit n'est donc pas prescrite puisqu'un jugement de première instance de condamnation a été rendu le 11 décembre 2009, soit avant l'échéance du délai de 15 ans (art. 97 al. 1 let. b et al. 3 ; ATF 134 IV 328 consid. 2.1 p. 331).
Il en est de même sous l'ancien droit. L'action pénale était en tout cas prescrite lorsque le délai ordinaire était dépassé de moitié, soit, dans le cas particulier au bout de 15 ans (prescription absolue; art. 72 ch. 2 al. 2 aCP dans sa teneur en vigueur jusqu'au 30 septembre 2002). Cependant, la prescription de l'action pénale cessait de courir après le prononcé d'un jugement de condamnation si celui-ci était exécutoire et ne pouvait plus faire l'objet que d'une voie de recours extraordinaire analogue au pourvoi en nullité fédéral (ATF 127 IV 220 consid. 2 p. 224; 121 IV 64 consid. 2 p. 65 et les références citées). Le pourvoi en cassation genevois sous l'ancien droit était une voie de recours extraordinaire, en raison de son pouvoir d'examen limité, tel que cela ressort de l'arrêt de la Chambre pénale d'appel et de révision du 9 janvier 2014 (consid. 3.1, p. 12) et non en fonction du caractère exécutoire du jugement de l'autorité inférieure. Le recourant ne démontre pas que cette interprétation du droit cantonal serait arbitraire et il n'y a pas lieu de l'examiner (art. 106 al. 2 LTF). Le pouvoir de cognition de la Cour de cassation ayant été clairement défini par l'autorité cantonale, il apparaît que les faits ont été souverainement établis à la date du jugement de première instance, le 11 décembre 2009, date de la décision de la Cour d'assises, soit moins de 15 ans après leur déroulement. La prescription a cessé de courir dès cette date. Elle aurait recommencé à courir en cas de renvoi ensuite de l'admission d'un moyen de droit fédéral ou cantonal extraordinaire et dans la mesure où le renvoi portait sur l'infraction dont la prescription est litigieuse (cf. ATF 129 IV 305 consid. 6.2 p. 313 s.; arrêts 6B_472/2011 et 6B_531/2011 du 14 mai 2012 consid. 8.3). Tel n'est pas le cas en l'espèce, puisque, à la suite de l'arrêt de renvoi de la Cour de cassation cantonale du 17 décembre 2010, l'autorité à laquelle la cause était renvoyée n'avait pas à revoir les faits en lien avec les infractions retenues (cf. dans la présente cause: arrêts 6B_47/2011 et 6B_73/2011 du 20 avril 2011 consid. 2.3 in fine ).
Recours contre l'arrêt incident de la Cour de cassation genevoise du 17 décembre 2010
4.
Le recourant s'en prend à l'arrêt de la Cour de cassation genevoise du 17 décembre 2010. Dans la mesure où il s'agit d'une décision incidente (cf. arrêts 6B_47/2011 et 6B_73/2011 du 20 avril 2011 consid. 2.3), ses griefs sont recevables dans le cadre d'un recours dirigé contre une décision finale (art. 93 al. 3 LTF; cf. arrêt 6B_597/2011 du 10 avril 2012 consid. 1).
4.1. Selon le recourant, la Cour d'assises a refusé de statuer immédiatement sur les conclusions qu'il avait déposées quant aux pièces à écarter du dossier, conclusions qui auraient dû être traitées comme une question préjudicielle au sens de l'art. 281 al. 2 aCPP/GE. En considérant qu'il avait adopté un comportement passif ne pouvant être compris autrement que comme une renonciation à se prévaloir de ses conclusions, la Cour de cassation aurait violé son droit d'être entendu (mémoire de recours, p. 48 et ss).
4.2. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par les art. 29 al. 2 Cst. et 3 al. 1 let. c CPP, comprend notamment pour le justiciable le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277 et les arrêts cités). Le magistrat peut renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (ATF 136 I 229 consid. 5.3 p. 236).
4.3. Il ressort de l'arrêt du 17 décembre 2010, lequel renvoie à celui de la Cour d'assises (p. 6), que le Président a fait savoir au recourant d'entrée de cause qu'il était préférable de débattre de la question soulevée au moment où les pièces litigieuses seraient traitées en cours de débats et a invité les mandataires à réactiver leur demande durant les débats s'ils l'estimaient toujours fondée. Le recourant ne démontre pas que cette façon de faire procédait d'une interprétation arbitraire de l'ancien code de procédure pénale cantonale, applicable à l'époque de la décision, se contentant d'y opposer sa propre interprétation. Dès lors, si, comme il ressort de l'arrêt attaqué, des conclusions ont bien été déposées in limine litis par les mandataires du recourant ayant pour but d'écarter diverses pièces, dont des photos prises par B._ de prétendues blessures infligées par son mari et un certificat médical de la Dresse C._, il est également établi que, à la suite des instructions données par le Président, les mandataires du recourant ne se sont pas opposés à la manière de faire proposée et qu'ils n'ont pas répété leur demande, même lors de l'audition de la Dresse C._ le 8 décembre 2009 aux débats (cf. arrêt du 17 décembre 2010, consid. 5.2 p. 23 s.). Par conséquent, l'interprétation qui a été faite d'une renonciation par le recourant à sa requête n'est en rien insoutenable et le recourant ne démontre pas le contraire (cf. art. 106 al. 2 LTF), ce qui exclut toute violation de son droit d'être entendu. Enfin, la Cour d'assises ne fait pas référence dans son jugement aux pièces contestées par le recourant, de telle sorte que le grief de ce dernier est dénué de toute pertinence.
4.4. Le recourant s'en prend au refus d'ordonner un complément d'expertise ayant pour but d'établir si ses enfants avaient été victimes de violence. Les premiers juges ont considéré que ce complément d'expertise, qui consistait à obtenir le dossier médical du pédiatre de l'époque qui n'était plus en état de fournir des renseignements, réclamé seulement au stade des débats, était une manoeuvre dilatoire. L'expertise ne portait pas sur la maltraitance mais sur la question d'une éventuelle contamination du papillomavirus. La maltraitance éventuelle avait fait l'objet d'autres investigations sans qu'elle ne soit pénalement reprochée au recourant. Ces arguments sont repris et confirmés par l'arrêt de la Cour de cassation qui précise que le climat de terreur imposé par le recourant résultait principalement de l'attitude tyrannique de celui-ci envers ses enfants. Le verdict ne fait nulle référence à des violences physiques mais à la personnalité particulière du recourant, à un système de valeurs fausses ou à son culte du secret et du mensonge. Même si le complément d'expertise arrivait à la conclusion qu'aucune trace de violence n'avait été détectée, ce fait serait sans pertinence en l'espèce (cf. arrêt du 17 décembre 2010, consid. 5.3 p. 24). Au vu de cette absence de pertinence et de la tardiveté de sa requête, le recourant ne pouvait se prévaloir d'une violation de son droit d'être entendu.
Le recourant prétend, sans aucunement l'établir, que c'est sans sa faute et par pur hasard qu'il est apparu en dernière minute que les dossiers du pédiatre étaient disponibles. De même il soutient que l'examen des dossiers médicaux était un élément de preuve décisif, contestant qu'une prétendue violence physique de sa part n'ait pas été retenue contre lui. Ce faisant, il oppose sa propre version à celle des juges cantonaux et ne démontre pas en quoi l'appréciation opérée par la Cour d'assises et reprise et confirmée dans l'arrêt de la Cour de cassation serait arbitraire, ce qui ne permet pas l'examen de son grief (art. 106 al. 2 LTF).
4.5. Le recourant voit également une violation de son droit d'être entendu dans le refus des premiers juges d'écouter des enregistrements datant de 1984-1985 de conversations téléphoniques entre le recourant et son épouse, destinés à établir les menaces et insultes dont il faisait l'objet.
Cependant, il ressort de l'arrêt du 17 décembre 2010 (consid. 5.4 et 5.5 p. 25) que le seul but de la requête du recourant était de faire entendre la voix de sa femme au téléphone, car le recourant a eu l'occasion de confronter B._ avec certains morceaux choisis de ces enregistrements datant de plus de 20 ans et que la retranscription des enregistrements figure au dossier et qu'elle est suffisamment parlante pour permettre d'apprécier les propos tenus et la dynamique des diverses discussions dans lesquelles ils s'insèrent sans qu'on comprenne en quoi leur audition directe serait pertinente ni ce qu'elle pourrait ajouter (cf. arrêt du 17 décembre 2010, consid. 5.3 et 5.4 p. 24 ss).
Le recourant ne démontre à nouveau pas en quoi le refus qui lui a été signifié procéderait d'une appréciation anticipée des preuves arbitraire, ni d'une violation du principe d'oralité et d'immédiateté des débats, de telle sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner plus avant son grief (art. 106 al. 2 LTF).
4.6. Le recourant reproche à la Cour de cassation cantonale d'avoir insuffisamment motivé (mémoire de recours p. 56 ss) la question de savoir quand les infractions qui lui étaient reprochées avaient été commises et quel en serait le nombre.
L'arrêt de la Cour de cassation explique qu'à la lecture du verdict et de l'arrêt de la Cour d'assises dans son ensemble, le recourant était à même de comprendre parfaitement et sans équivoque qu'il a été reconnu coupable d'infractions commises à plusieurs reprises entre le 12 août 1995 et le mois de mai 2000, de façon épisodique et non régulière, à un nombre de reprises inférieur à ce qui correspondrait à la moyenne d'une infraction commise tous les deux à trois mois. Elle ne voit pas comment faire autrement ni mieux s'agissant d'apprécier les faits de cette nature (rapports sexuels intrafamiliaux), répétés sur une longue période sans imposer à l'accusation un fardeau de la preuve insurmontable (arrêt du 17 décembre 2010, consid. 6 p. 27 à 30).
La motivation est suffisante pour répondre au grief du recourant, qui s'est contenté de nier les infractions en bloc, invoquant un complot ourdi contre lui. A cet égard, il ne peut guère prétendre avoir été empêché de préparer sa défense, ce qui exclut une violation de son droit d'être entendu.
5.
5.1. Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 313). En bref, pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable ou qu'une autre solution puisse entrer en considération ou même soit préférable. Il faut que la décision soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat (ATF 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.; 137 I 1 consid. 2.4 p. 5).
Le reproche d'arbitraire se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst.; art. 10 CPP; art. 6 par. 2 CEDH) au stade de l'appréciation des preuves (ATF 138 V 74 consid. 7 p. 81 s.; 124 IV 86 consid. 2a p. 87 s.). Comme principe présidant à l'appréciation des preuves, la présomption d'innocence est violée si le juge du fond se déclare convaincu de faits défavorables à l'accusé sur lesquels, compte tenu des éléments de preuve qui lui sont soumis, il aurait au contraire dû, objectivement, éprouver des doutes (ATF 138 V 74 consid. 7 p. 82; 127 I 38 consid. 2a p. 41). L'invocation de ces moyens ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (art. 106 al. 2 LTF), suppose une argumentation claire, détaillée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287) et circonstanciée (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 5).
Lorsque le pouvoir d'examen de l'autorité cantonale de dernière instance est, comme en l'espèce, limité à l'arbitraire en matière de constatation des faits (art. 340 let. f aCPP/GE), le Tribunal fédéral examine librement la manière dont elle a fait usage de sa cognition limitée, c'est-à-dire si elle a, à tort, admis ou nié l'arbitraire (ATF 116 III 70 consid. 2b p. 71 s., arrêts 6B_1022/2009 du 26 août 2010 consid. 2.1; 6P.151/2000 du 19 décembre 2000 consid. 1b). La Cour de cassation genevoise n'est pas fondée à substituer, à la manière d'une instance d'appel, sa propre appréciation à celle de l'autorité de première instance. Elle ne peut annuler l'arrêt attaqué que si l'autorité précédente a attribué aux faits une force probante ensuite d'une interprétation absurde, déraisonnable ou incompréhensible. Le pouvoir d'examen de la Cour de cassation genevoise sur ces points est ainsi limité à l'arbitraire. Elle ne doit pas s'engager dans une analyse complète de l'affaire qui lui est soumise; il ne lui appartient pas de remettre en cause le déroulement de l'instruction ni de se livrer à une nouvelle appréciation des témoignages, et elle n'a pas à dire si elle aurait jugé comme l'autorité de jugement. Elle jouit donc du même pouvoir d'examen que le Tribunal fédéral en ce qui concerne l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. C'est dire qu'elle est en principe liée par les faits constatés et par les preuves retenues dans la décision attaquée et ne peut donc compléter l'état de fait (ATF 128 I 177 consid. 2.2 p. 182; arrêt 6B_1022/2009 du 26 août 2010 consid. 2.1).
5.2. Le recourant prétend que les débats ont essentiellement porté sur des faits prescrits et que les différents témoins n'ont apporté aucun élément concernant la période pénalement relevante.
Il ressort de l'arrêt attaqué qu'au contraire, à l'exception de constatations visuelles du frère de la victime, le verdict retient toute une série d'indices qui ne sont nullement confinés à la période prescrite et demeurent pertinents indépendamment de la période de commission des actes imputés au recourant (cf. supra, consid. B). Ce dernier ne motive pas en quoi l'arrêt attaqué porterait atteinte à ses droits constitutionnels ou violerait le droit de telle sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner davantage son grief.
5.3. Le recourant conteste que les déclarations de A._ portant sur des faits prescrits puissent être utilisées pour établir des faits non prescrits.
Or, même si les déclarations de A._ portaient essentiellement sur des faits prescrits, ce que les premiers juges n'ont pas ignoré, cela n'empêchait pas ces derniers d'apprécier, en plus des nombreux autres éléments du dossier relevés par la cour cantonale (arrêt du 17 décembre 2010, consid. 2.7 p. 10 s.), les déclarations du frère de la victime qui se prétend témoin direct de faits similaires en juin 1995 (sur cette question, cf. arrêt 6B_929/2008 du 5 mars 2009 consid. 1.1). Il ne saurait être reproché à la cour cantonale d'avoir, à tort, nié l'arbitraire de la décision de première instance à cet égard.
5.4. Le recourant prétend que l'utilisation des dessins de A._ comme moyen de preuve est arbitraire. Or, d'une part, les premiers juges n'ont pas ignoré que certains dessins pouvaient trouver leur source ailleurs que dans des observations directes de A._. D'autre part, ils ont aussi tenu compte du fait que le témoin lui-même en avait relativisé la portée, expliquant qu'ils étaient de l'ordre de la psychothérapie. Enfin, ils se sont appuyés sur les déclarations du témoin qui a expliqué qu'il datait parfois ses dessins, habitude prise à l'école, et que ceux-ci exprimaient une émotion. Ils ont ainsi admis que A._ n'avait pas mis en scène les abus après les révélations que lui a faites sa soeur pour lui venir en aide. C'était notamment le cas d'un dessin représentant une scène de viol avec mains sur le cou, daté de novembre 2001.
Le recourant se contente à nouveau d'opposer sa propre appréciation à celle des juges cantonaux. Il allègue que plusieurs dessins sont invraisemblables et ne correspondent pas à ce que le témoin A._ prétend avoir vu en 1995, conteste que le témoin ait pu faire des dessins de la scène avant d'avoir eu connaissance d'éventuels abus subis par sa soeur et prétend qu'il a antidaté deux dessins et que toute appréciation contraire est insoutenable. Son grief ne répondant pas aux exigences de motivation rappelées ci-dessus, il n'a pas à être examiné plus avant.
5.5. Les juges cantonaux ont admis que les rideaux étaient déjà entrouverts avant que le recourant n'entre dans la chambre de sa fille, ce qui permettait à A._ d'apercevoir un reflet de lumière sur l'armoire du corridor avant que la porte ne se referme. Les rideaux pouvaient ensuite être ouverts davantage pour augmenter la luminosité de la pièce sans aller jusqu'à exposer les occupants au regard des voisins. Ces constatations étaient largement compatibles avec les pièces du dossier et les déclarations de A._ ainsi qu'avec les constatations du juge d'instruction selon lesquelles les rideaux ne pouvaient être fermés si les portes-fenêtres étaient ouvertes. Il a été admis que le recourant ne parvenait pas à démontrer en quoi ces faits seraient contraires à la configuration des lieux.
En reprenant ses critiques, et en soutenant que le verdict se base sur des faits erronés, que A._ mentait et que l'appréciation de ses déclarations relatives à la configuration des lieux est insoutenable eu égard aux constatations faites lors d'un transport sur place en instruction, le recourant ne fait qu'opposer sa propre appréciation des preuves à celle retenue, sans motiver conformément aux exigences rappelées ci-dessus (cf. supra consid. 5.1), une violation de ses droits constitutionnels, ce qui exclut l'examen de son grief.
5.6. Le recourant invoque encore que la commission des abus décrits n'est pas compatible avec différents éléments factuels figurant au dossier.
La cour de cassation a tenu pour appellatoire une partie de son argumentation sur laquelle il n'y a pas lieu de revenir (cf. arrêt du 17 décembre 2010, consid. 3.4-3.7 p. 15 ss), le recourant ne démontrant pas en quoi cette décision porterait atteinte à ses droits constitutionnels ou constituerait un déni de justice.
Il a été admis par les juges cantonaux que les éventuels propos des protagonistes n'ont pas été tenus à haute et intelligible voix, que les déclarations de D._, qui aurait entendu parfois sa soeur pleurer, ne sont pas incompatibles avec les considérations du jury, dès lors que le frère de la victime ne pouvait penser à l'époque que ces pleurs étaient liés à la commission par le recourant des infractions qui lui sont reprochées aujourd'hui et que, dès lors que la victime n'a jamais crié ni rendu audibles ses souffrances, le fait que sa mère ait pu entendre geindre sa belle-mère dans la chambre attenante à la sienne n'est pas en opposition avec le constat selon lequel elle n'aurait rien entendu d'anormal dans la chambre de sa fille, également attenante à la sienne.
A nouveau, en affirmant qu'il n'est pas possible que la mère de la victime qui dormait dans la chambre contiguë à celle de sa fille n'ait jamais entendu quoi que ce soit alors qu'elle entendait sa belle-mère geindre, qu'il ressort des déclarations de la victime que les abus ne se déroulaient pas dans le silence complet, que D._ n'aurait pas dû seulement entendre des bruits de draps et des pleurs mais encore d'autres bruits provoqués par les soi-disant actes de violence, le recourant oppose une nouvelle fois son appréciation à celle retenue, sans démontrer le caractère insoutenable de celle-ci.
5.7. Le recourant conteste que le raisonnement des autorités inférieures puisse s'appuyer sur les déclarations contradictoires et mensongères de la victime pour fonder une condamnation.
5.7.1. Le recourant reproche tout d'abord à la cour cantonale de ne pas avoir démontré que son argumentation était appellatoire tout en lui reprochant d'avoir, à tort, refusé d'examiner ses arguments. Ce faisant, il ne motive pas correctement son grief, se limitant à de simples affirmations. Au demeurant, la cour cantonale a tout de même examiné ses arguments (cf. arrêt du 17 décembre 2010, consid. 3.5 p. 16 ss), ce qui exclut tout déni de justice.
5.7.2. La victime aurait menti en disant qu'elle n'avait pas pu avoir des relations sexuelles avec ses compagnons avant d'avoir atteint l'âge de 24 ans. Le recourant reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir examiné les raisons de ce mensonge et ses conséquences. Cet élément ne ressort cependant pas des faits constatés (cf. arrêt du 17 décembre 2010, consid. 3.5 p. 16), de telle sorte que son grief tombe à faux. Au demeurant, il a été admis à titre d'indices d'une agression sexuelle que la victime avait des blocages sexuels et un dégoût pour les rapports vaginaux et le sperme, ce que le recourant ne conteste pas. On ne voit pas et le recourant n'expose pas, en quoi les raisons pour lesquelles la jeune fille aurait menti sur le point de savoir si elle avait eu d'autres relations sexuelles avant l'âge de 24 ans rendraient insoutenable l'appréciation faite par les premiers juges.
5.7.3. A nouveau, le recourant ne démontre pas qu'admettre que la victime ait pu se montrer dominante du point de vue sexuel, voire qu'elle ait fait des propositions d'échangisme pouvait être l'expression de ses lourdes difficultés sexuelles et de ses rapports particuliers avec les hommes, mis en lumière auparavant par son psychologue, serait insoutenable. Au demeurant, on ne discerne aucun arbitraire, dans un tel raisonnement (cf. art. 106 al. 2 LTF).
5.7.4. Le jury et l'arrêt attaqué ont tenu compte, en qualifiant le comportement de la victime d'irrationnel, que celle-ci était revenue au domicile familial alors qu'elle bénéficiait d'une possibilité de se loger à l'extérieur et de sa soumission à son père alors qu'elle avait un caractère affirmé, était robuste et avait un véritable arsenal d'armes et fait son service militaire (arrêt du 17 décembre 2010, consid. 3.5 p. 17). Affirmer le contraire ou opposer sa propre appréciation du comportement de la victime à celle retenue n'est pas suffisant pour motiver une violation de l'interdiction de l'arbitraire.
5.8. La cour cantonale a qualifié d'appellatoire la démarche du recourant tendant à décrédibiliser les propos de A._ et a rappelé les raisons du silence observé par ce dernier retenues par le jury. Le recourant reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir démontré l'aspect soi-disant appellatoire de son argumentation et d'avoir refusé de statuer, puis s'en prend aux motifs énoncés par le jury et y oppose sa propre interprétation. A nouveau, la motivation de son grief est insuffisante pour permettre son examen.
5.9. Dans un dernier moyen et sous l'angle du principe in dubio pro reo, le recourant considère que les éléments à charge concernant la période non prescrite ne permettent pas une condamnation et que les juges auraient dû éprouver un doute insurmontable, notamment eu égard au fait que la victime disposait de son propre domicile et avait le goût des armes. Cependant, d'une part, les éléments soulevés par le recourant n'ont pas été ignorés dans l'arrêt de la Cour de cassation et, d'autre part, le recourant se contente à nouveau d'opposer sa propre appréciation à celle retenue pour motiver son grief, ce qui n'est pas suffisant (art. 106 al. 2 LTF).
Recours contre l'arrêt de la Chambre pénale d'appel et de révision du 9 janvier 2014
6.
Le recourant soutient que c'est à tort que les juridictions pénales lui ont refusé la rédaction d'un acte d'accusation respectant les exigences posées par le nouveau CPP (art. 325 ss CPP) qui s'appliquait à la procédure devant le Tribunal correctionnel et la Chambre pénale d'appel et de révision auxquels la cause a été renvoyée.
6.1. Il peut être renvoyé au consid. 4.6 ci-dessus, qui nie toute violation du droit d'être entendu du recourant, et partant du principe d'accusation, aux décisions rendues sur la culpabilité, soit les décisions de la Cour d'assises du 11 décembre 2009 et de la Cour de cassation du 17 décembre 2010, tous les actes de viol pour lesquels le recourant avait été acquitté par la cour cantonale devant être considérés comme des cas de contraintes sexuelles. Il en est de même des décisions rendues sur la mesure de la peine, qui se basent sur le même état de fait, étant rappelé qu'il n'y avait, à ce stade, pas lieu de revoir les faits constitutifs des infractions (cf. dans la présente cause, arrêts 6B_47/2011 et 6B_73/2011 du 20 avril 2011 consid. 2.3).
Au demeurant, selon le nouveau droit, l'acte d'accusation est dressé avant les débats de première instance et la réception de l'acte d'accusation crée la litispendance (art. 328 CPP). Il est évident que dans le cas particulier, la litispendance était déjà créée sous l'ancien droit et que la saisie du nouveau Tribunal pour fixer la peine, même soumise au nouveau droit, ne nécessitait pas la rédaction d'un nouvel acte d'accusation (cf. arrêt 6B_544/2012 du 11 février 2013 consid. 3).
Partant, le grief du recourant doit être rejeté.
7.
Le recourant invoque une violation de l'art. 398 al. 2 CPP et estime arbitraire que la Chambre pénale d'appel et de révision ait refusé d'ouvrir à nouveau les débats sur la question de la culpabilité et ait rejeté ses réquisitions de preuves à cet égard.
Ce grief tombe à faux, dans la mesure où le recourant omet le principe général de la limitation du pouvoir d'examen d'une autorité saisie après un arrêt de renvoi, lequel s'applique tant sous l'angle de l'ancienne procédure pénale genevoise (art. 356 al. 1 aCPP/GE) que selon le nouveau CPP (arrêt 6B_597/2011 du 10 avril 2012 consid. 5.3.3). En l'espèce, la question de la culpabilité avait été définitivement tranchée par les autorités cantonales compétentes, de sorte que, à la suite de l'arrêt de renvoi de la Cour de cassation cantonale du 17 décembre 2010, l'autorité à laquelle la cause était renvoyée n'avait pas à revoir les faits liés à la culpabilité (cf. supra consid. 3 in fine; dans la présente cause, arrêts 6B_47/2011 et 6B_73/2011 du 20 avril 2011 consid. 2.3 in fine ).
Pour cette raison, la Chambre pénale d'appel et de révision pouvait sans arbitraire et sans violer l'art. 398 al. 2 CPP, refuser d'administrer les preuves réclamées par le recourant sur la question de la culpabilité, motivation qui est suffisante et exclut toute violation du droit d'être entendu du recourant.
8.
Le recourant semble s'en prendre au refus de lui accorder une indemnité en réparation du dommage économique suite au classement d'une partie des infractions pour cause de prescription. Cependant, comme il ressort des faits constatés, auxquels le recourant oppose sa version sans en démontrer l'arbitraire, ce dernier n'a pas justifié ses prétentions découlant de la libération des charges liées à la période prescrite; partant, le refus de lui accorder une indemnisation ne viole pas le droit fédéral.
S'agissant du refus de lui octroyer une indemnité pour tort moral en raison de l'acquittement partiel prononcé par la Cour de cassation cantonale, il ressort des faits constatés que, même si le recourant a été acquitté de viols, tous les actes retenus par le verdict ont été qualifiés de contraintes sexuelles. Seule la qualification juridique d'une partie des faits incriminés a changé. Dans ces conditions, le refus de lui allouer une indemnité ne viole pas le droit fédéral et à tout le moins doit-on admettre que la cour cantonale n'a pas violé le large pouvoir d'appréciation qui est le sien en lui refusant une telle indemnité alors que le recourant a provoqué la poursuite pénale par un comportement illicite (art. 430 al. 1 let. a CPP ; cf. ATF 137 IV 352 consid. 2.4.1 p. 356 s. ; arrêts 6B_77/2013 du 4 mars 2013 consid. 2.3 et 6B_331/2012 du 22 octobre 2012 consid. 2.3) . Pour cette raison, il en est de même du refus de lui allouer une indemnité pour ses frais de défense (débours de ses conseils), d'autant plus qu'il ressort des faits constatés que ses conseils ont choisi de le défendre gratuitement.
Enfin, statuant en équité, la Chambre pénale d'appel et de révision a mis les frais de première instance et d'appel par moitié seulement à charge du recourant et a précisé que ce dernier n'avait pas à supporter les frais de la procédure de récusation (arrêt du 9 janvier 2014, consid. 7.2 p. 25). Par conséquent, l'arrêt attaqué ne viole pas l'art. 59 al. 4 CPP.
9.
Au vu de ce qui précède, le recours de X._ doit être rejeté dans la mesure où il est recevable et les frais de cette partie de la procédure mis à sa charge. La cause étant jugée, la requête d'effet suspensif devient sans objet. Il n'est pas alloué de dépens à Y._ qui ne s'est pas prononcée sur ce recours.
Le recours de Y._ doit être déclaré irrecevable. Le recours étant d'emblée dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF). La recourante qui succombe supporte les frais de procédure de son recours qui seront limités compte tenu de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). L'intimé ayant été invité à se déterminer sur le recours, il y a lieu de lui allouer des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 6B_189/2014 et 6B_195/2014 sont jointes.
2.
Le recours de X._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recours de Y._ est irrecevable.
4.
La requête d'assistance judiciaire de Y._ est rejetée.
5.
Un émolument judiciaire de 6'000 fr. est mis à la charge de X._.
6.
Un émolument judiciaire de 1'600 fr. est mis à la charge de Y._.
7.
Y._ versera à X._ une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
8.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 2 octobre 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Mathys
La Greffière : Boëton