Fatti:
A. A._ è stata arrestata nell'ambito di un procedimento penale una prima volta il 4 aprile 2007 ed è poi stata posta in libertà provvisoria il 21 giugno 2007. La procedura è sfociata in un atto d'accusa del 20 ottobre 2008, che l'ha rinviata a processo per le imputazioni di truffa aggravata (da gennaio 2003 a dicembre 2006) per un importo di fr. 1'111'404.-- e ripetuta falsità in documenti. Il procedimento è pendente presso il Tribunale penale cantonale: il dibattimento non è ancora stato aggiornato.
B. Il Ministero pubblico, in seguito a una denuncia del 2 settembre 2009 della fondazione B._, ha aperto sempre nei confronti di A._ un nuovo procedimento penale, per titolo di appropriazione indebita, falsità in documenti e subordinatamente truffa. Il 22 settembre 2009 il Procuratore pubblico (PP) ha quindi emanato un ordine di arresto, confermato il giorno successivo dal Giudice dell'istruzione e dell'arresto (GIAR). Il 30 settembre seguente l'interessata ha chiesto di essere posta in libertà provvisoria. Il perito psichiatrico intervenuto nel primo procedimento, nuovamente interpellato, ha ribadito in sostanza quanto indicato nel primo referto. Il PP ha preavvisato negativamente la domanda, ritenendo esistere seri indizi di colpevolezza, bisogni dell'istruzione e un grave pericolo di recidiva. Il 9 ottobre seguente il GIAR ha respinto l'istanza di libertà, scartando, in assenza di un progetto terapeutico concreto e dettagliato, l'adozione di eventuali misure sostitutive. Con giudizio del 20 ottobre 2009 la Camera dei ricorsi penali del Tribunale di appello del Cantone Ticino (CRP) ha respinto il ricorso introdotto dell'arrestata contro il giudizio del GIAR.
C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di concederle l'immediata libertà provvisoria, assegnandole un termine di tre settimane entro il quale comunicare al PP il nome del medico psichiatra che la curerà e, per il suo tramite, la consegna al PP di un programma terapeutico.
D. La CRP e il GIAR si rimettono al giudizio del Tribunale federale, il PP propone la reiezione del gravame. Esprimendosi al riguardo, la ricorrente insiste sulla violazione del principio della proporzionalità.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 IV 36 consid. 1).
1.2 Il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) contro una decisione emanata dall'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF) relativa a una domanda di scarcerazione è ammissibile, il rimedio è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e la legittimazione della ricorrente pacifica (art. 89 cpv. 1 LTF). Si tratta di una decisione processuale incidentale riguardante un provvedimento coattivo, che espone l'accusata mantenuta in detenzione a un pregiudizio irreparabile giusta l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF (DTF 134 IV 237 consid. 1.3 pag. 240). Secondo l'art. 107 cpv. 2 LTF, il Tribunale federale, se accoglie un ricorso e se non rinvia la causa all'autorità inferiore, può giudicare esso stesso nel merito, motivo per cui la domanda di immediata scarcerazione è ammissibile (DTF 133 I 270 consid. 1.1).
2. 2.1 Il carcere preventivo è compatibile con la libertà personale, garantita dall'art. 10 cpv. 2 Cost., solo se si fonda su una base legale (art. 31 cpv. 1 e art. 36 cpv. 1 Cost.; DTF 133 I 270 consid. 2.2): questa è data in concreto dagli art. 95 segg. CPP/TI. La legittimità della detenzione va esaminata innanzitutto secondo le disposizioni del diritto cantonale (DTF 114 Ia 281 consid. 3). Per l'interpretazione e l'applicazione del diritto alla libertà personale il Tribunale federale considera inoltre le garanzie minime contenute nell'art. 5 CEDU, in quanto esse contribuiscano a concretizzarlo (DTF 115 Ia 293 consid. 4; 114 Ia 281 consid. 3). Infine, la privazione della libertà dev'essere giustificata dall'interesse pubblico e rispettare il principio della proporzionalità (art. 36 cpv. 2 e 3 Cost.; DTF 123 I 268 consid. 2c).
2.2 Giusta l'art. 95 cpv. 2 CPP/TI l'accusato può essere arrestato se esistono a sua carico gravi e concreti indizi di colpabilità per un crimine o un delitto e in presenza di preminenti motivi di interesse pubblico, quali il pericolo di fuga, i bisogni dell'istruzione, il pericolo di recidiva. La giurisprudenza, citata dalla CRP, ha ulteriormente definito nel solco di quella del Tribunale federale questa disposizione.
2.3 Secondo la giurisprudenza, la detenzione preventiva fondata su un pericolo di recidiva serve a impedire all'accusato di commettere altri reati e ha quindi innanzitutto uno scopo di prevenzione speciale, ciò che è compatibile con la Costituzione e l'art. 5 n. 1 lett. c CEDU (DTF 133 I 270 consid. 2.1). Essa può anche perseguire lo scopo processuale di accelerare la procedura, impedendo che il procedimento si complichi e si prolunghi in seguito alla commissione di nuovi reati (DTF 135 I 71 consid. 2.2 e rinvii).
2.4 Essa è rispettosa del principio della proporzionalità, se la prognosi di una ricaduta è molto sfavorevole e si prospettano reati gravi. La possibilità soltanto ipotetica che l'accusato possa commettere altri reati o la probabilità che si prospettino reati solo lievi non sono per contro sufficienti a giustificare la detenzione (DTF 133 I 270 consid. 2.2; 125 I 60 consid. 3a; 124 I 208 consid. 5 pag. 213). Perché sia realizzato un rischio di recidiva non occorre che l'interessato abbia già eseguito atti concreti volti a commettere i reati, ma è sufficiente che la probabilità ch'essi si verifichino risulti molto alta in base a una valutazione complessiva delle circostanze e della situazione personale del detenuto (DTF 125 I 361 consid. 5). Infine il carcere preventivo, come ogni forma di privazione della libertà, può essere ordinato o mantenuto solo quale "ultima ratio": dove possa essere sostituito da provvedimenti meno incisivi, si deve prescindere dall'ordinarlo o mantenerlo e al suo posto dev'essere predisposta una misura sostitutiva, quale l'imposizione di misure di assistenza medica, di controlli periodici o di altre misure di sostegno stazionarie (cfr. art. 96 CPP/TI; DTF 135 I 71 consid. 2.3; 133 I 270 consid. 2.2).
2.5 Secondo l'art. 31 cpv. 1 Cost., il Tribunale federale rivede con libero potere l'interpretazione e l'applicazione del diritto cantonale di livello legislativo e regolamentare; invece, le constatazioni di fatto dell'autorità cantonale sono rivedute soltanto dal profilo dell'arbitrio, e l'esercizio del potere di apprezzamento, che le compete, è pure sindacato nel ristretto ambito dell'abuso o dell'eccesso di apprezzamento (DTF 135 I 71 consid. 2.5 e rinvii).
3. 3.1 La ricorrente non contesta la sussistenza di seri indizi di colpevolezza, ma fa valere una violazione del principio della proporzionalità, poiché la CRP non si sarebbe pronunciata sulla sua osservazione secondo cui il pericolo di recidiva sarebbe scongiurabile con un'adeguata terapia, ch'ella si impegnerebbe a seguire una volta ritrovata la libertà. Critica in particolare il fatto che la Corte cantonale non si è espressa sulla possibilità di adottare misure sostitutive.
Essa sostiene inoltre che, in concreto, il pericolo di recidiva non verterebbe su reati di particolare pericolosità sociale, come quelli inerenti al traffico di stupefacenti o ai reati contro la vita, l'integrità della persona o quella sessuale, né si sarebbe in presenza di un'accusata incline ad assumere comportamenti violenti o di elevata pericolosità sociale. Sostiene che la recidiva non sarebbe così altamente probabile da apparire senz'altro inevitabile e quindi scongiurabile soltanto con la detenzione, detto pericolo potendo essere evitato, come rilevato dal perito, con l'impegno della ricorrente a seguire una psicoterapia, integrata da una terapia farmacologica, che le permetta di curare i suoi disturbi.
3.2 La CRP, con riferimento alla dottrina (NIKLAUS SCHMID, Strafprozessrecht, 4a ed. 2004, n. 701b), ha ritenuto che la fattispecie in esame assurgerebbe a caso scolastico di pericolo di recidiva, la ricorrente essendo stata arrestata per gravi e importanti malversazioni finanziarie e, scontati circa due mesi e mezzo di detenzione preventiva, prima ancora del dibattimento, in condizioni di libertà provvisoria ha compiuto ulteriori malversazioni dello stesso genere, e in più occasioni, anche se per importi più contenuti. Ha poi rilevato che il perito ha riconfermato l'esistenza di un pericolo di recidiva, qualificato come non importante, ma legato alla situazione personale della ricorrente, necessitante un trattamento psicoterapeutico, cessato dopo la prima scarcerazione. Ne ha concluso che i fatti dimostrano che l'assenza della terapia ha attualizzato il pericolo di recidiva.
La Corte cantonale, ha ritenuto rispettati i principi della proporzionalità e della celerità considerando che la carcerazione preventiva subita appare inferiore alla pena che potrebbe essere inflitta alla ricorrente in caso di condanna (cfr. DTF 128 I 149 consid. 2.2; 126 I 172 consid. 5a). Ha rilevato che i due procedimenti penali confluiranno in un unico dibattimento e in un unico giudizio con un'eventuale pena complessiva, ricordato che il primo procedimento è in attesa dell'aggiornamento e che il secondo è vicino alla sua conclusione.
3.3 Nel rapporto 6 febbraio 2008, il perito psichiatrico concludeva che non si poteva escludere che la ricorrente infrangesse di nuovo la legge, ritenendo tuttavia questa eventualità piuttosto remota, poiché dalle osservazioni effettuate non affioravano elementi tali da lasciar intravedere un rischio importante di recidiva, soprattutto se la peritanda avesse beneficiato di una presa a carico psichiatrica e psicoterapeutica. Ciò poiché i reati da lei perpetrati apparivano cronologicamente connessi con un periodo di grande stress, una situazione che - con un'adeguata amministrazione delle proprie risorse psicofisiche e in particolare emotive, che il sostegno medico specialistico dovrebbe favorire - non si dovrebbe ripresentare. Aggiungeva che la probabilità di compiere nuovi reati era da ritenere bassa. Rilevava infine che, dovendo indicare un tipo di reati più a rischio, si poteva immaginare la stessa tipologia di quelli commessi nel [primo] procedimento penale (reati contro il patrimonio) e che non vi era ragione di considerare probabile il rischio ch'ella commettesse reati di altro tipo (reati contro la persona). Il perito esponeva che il rischio di recidiva poteva essere verosimilmente ridotto al minimo qualora la ricorrente avesse continuato il percorso terapeutico regolare in corso all'epoca, essendo sufficiente la terapia ambulatoriale intrapresa in modo autonomo.
Nella rivalutazione del 5 ottobre 2009, lo psichiatra afferma che i nuovi fatti non lo portano a modificare la sua precedente valutazione, rilevando che la ricorrente si trova, semmai, in uno stato migliore di allora, sebbene la sua struttura depressiva sia percettibile e il suo stato clinico non possa ancora essere considerato ristabilito. Le modalità d'esecuzione delle nuove malversazioni ricalcherebbero quelle del primo procedimento, il "modus operandi" essendo sostanzialmente lo stesso, come anche il tentativo di far ricadere la colpa su altre persone, modalità sintomatica di una struttura ancora immatura, perlomeno settorialmente, e bisognosa di un sostegno terapeutico più importante di quello attualmente in corso. A suo dire, una presa a carico più intensa e mirata è verosimilmente la miglior profilassi contro eventuali ricadute. Sotto la pressione di un'affettività instabile, con ansia, angoscia e depressività, la ricorrente potrebbe nuovamente ricadere in agiti di questo tipo, pericolo che tuttavia, secondo il perito, potrebbe essere efficacemente arginato con un intervento terapeutico accurato.
Nella risposta al ricorso, il PP precisa che per i fatti oggetto del secondo procedimento è stata promossa l'accusa per i reati di appropriazione indebita, furto, truffa e falsità in documenti e che si tratta quindi di reati patrimoniali gravi, ossia crimini. Sottolinea che, contrariamente all'assunto ricorsuale, la ricorrente ha delinquito ancora nel 2009 (marzo/aprile), formando documenti falsi per celare le malversazioni commesse, per cui misure sostitutive, come proposte dalla difesa, non potrebbero entrare in linea di conto.
3.4 La CRP, disattendendo il principio di proporzionalità (art. 5 cpv. 2 e 36 cpv. 3 Cost.) e il diritto di essere sentito della ricorrente (art. 29 cpv. 2 Cost.), contrariamente al GIAR che aveva illustrato i motivi del suo rifiuto di ordinarle, non si è del tutto espressa sull'eventuale adozione di misure sostitutive della carcerazione preventiva, né essa ha spiegato perché quelle proposte dalla ricorrente non potrebbero entrare in linea di conto. La Corte cantonale ha quindi disatteso l'obbligo di esaminare diligentemente possibili misure sostitutive della detenzione preventiva, segnatamente, ricordato che non spetta di massima in primo luogo al Tribunale federale valutare e ordinare l'adozione di tali provvedimenti (DTF 133 I 270 consid. 3.3), quella del trattamento medico richiesto dalla ricorrente.
Ricordato che il carcere preventivo costituisce l'ultima ratio (DTF 135 I 71 consid. 2.3), essa non poteva limitarsi ad addurre che si sarebbe in presenza di un caso scolastico di recidiva, richiamando semplicemente l'esempio addotto dal citato autore (commissione dopo poco tempo di un furto con scasso in seguito alla condanna per 50 furti con scasso), considerato pure che, sebbene non si sia in presenza di reati di lieve entità visto l'importo delle malversazioni oggetto del primo procedimento, non si è confrontati con gravi reati contro l'integrità della persona.
Ciò vale a maggior ragione poiché anche la rinuncia ad adottare misure sostitutive dev'essere esaminata e sufficientemente motivata, ritenuto che in concreto la ricorrente si è dichiarata disponibile a seguire una terapia presso un medico psichiatra e un programma terapeutico, se del caso pure con la somministrazione di determinati medicamenti (sentenza 1B_44/2008 del 13 marzo 2008 consid. 8 e 9). Per di più, dagli atti di causa risulta che attualmente la ricorrente non esercita più, né ella lo sostiene, un'attività lavorativa, nell'ambito della quale potrebbe nuovamente perpetrare, come nel passato, i menzionati reati.
3.5 D'altra parte, la Corte cantonale nemmeno si è pronunciata, se non in maniera sommaria, sulla portata della perizia e della nota nuova valutazione compiuta dallo psichiatra, secondo le quali il rischio di recidiva potrebbe essere ridotto al minimo con adeguate cure terapeutiche, ricordato invero che le conclusioni contenute nel primo referto parrebbero, per lo meno parzialmente, essere state contraddette dalle successive malversazioni compiute dalla ricorrente (cfr. Rusca/Salmina/ Verda, Commento del Codice di Procedura Penale ticinese, 1997, n. 31 ad art. 95).
4. 4.1 Ne segue che il ricorso dev'essere accolto, la sentenza impugnata annullata e la causa rinviata alla CRP per nuovo giudizio. Ciò non comporta comunque l'accoglimento della domanda di scarcerazione, ricordato altresì che il nuovo giudizio dovrà essere emanato in termini brevi.
4.2 Non si prelevano spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF). La Repubblica e Cantone del Ticino rifonderà alla ricorrente un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la decisione emanata il 20 ottobre 2009 dalla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino è annullata. La causa viene rinviata all'istanza precedente per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. La richiesta di scarcerazione è respinta.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà alla ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
5. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Ministero pubblico, al Giudice dell'istruzione e dell'arresto e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.