Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegnerin) arbeitete seit dem 1. Juli 2001 für die X._ AG (Beschwerdeführerin). Am 17. Mai 2004 wurde ihr ein ärztliches Zeugnis ausgestellt, wonach sie ab dem 13. Mai 2004 zu 100 % arbeitsunfähig sei. Am 26. Mai 2004 kündigte die Beschwerdeführerin das Arbeitsverhältnis per 30. Juni 2004. Beide Parteien gelangten in der Folge an das Arbeitsgericht Lenzburg, welches die Verfahren am 11. August 2004 zufolge eines am gleichen Tag zwischen den Parteien geschlossenen Vergleiches abschrieb. Mit Brief vom 20. August 2004 kündigte die Beschwerdeführerin das Arbeitsverhältnis erneut per Ende Oktober 2004. Am 25. August 2004 erhielt die Beschwerdegegnerin von der Versicherung den Bescheid, diese lehne für die Zeit ab 1. Juli 2004 die Zahlung von Krankentaggeldern ab, da die Beschwerdegegnerin ab diesem Zeitpunkt zu 100 % arbeitsfähig gewesen sei.
B. Mit Klage vom 26. Oktober 2004 verlangte die Beschwerdegegnerin vor dem Arbeitsgericht Lenzburg von der Beschwerdeführerin Fr. 13'156.-- brutto. Diese verkündete der Versicherung den Streit, welche dem Streit indessen nicht beitrat. Das Arbeitsgericht trat auf die Klage, soweit sie den Zeitraum vom 1. Juli 2004 bis 11. August 2004 betraf, nicht ein, und wies sie betreffend den Zeitraum vom 12. August 2004 bis 31. Oktober 2004 ab. Auf Appellation der Beschwerdegegnerin sprach ihr das Obergericht des Kantons Aargau Fr. 4'947.-- zu. Für den Zeitraum vom 1. Juli 2004 bis 11. August 2004 kam es wie das Arbeitsgericht zum Schluss, der abgeschlossene Vergleich stehe weiteren Forderungen entgegen. Im Gegensatz zum Arbeitsgericht erachtete das Obergericht aber den Nachweis der Arbeitsunfähigkeit für die Zeit vom 12. August 2004 bis 31. Oktober 2004 für erbracht. Der Nettolohn für diesen Zeitraum ergibt nach der Berechnung des Obergerichts Fr. 6'665.--. Da die Beschwerdegegnerin mit einem Eventualantrag für diesen Zeitraum nur Fr. 4'947.-- verlangt hatte, sprach ihr das Obergericht diesen Betrag zu.
C. Gegen das Urteil des Obergerichtes erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht. Sie beantragt im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben. Der Beschwerdegegnerin wurde für die Vernehmlassung eine Frist bis zum 29. Oktober 2007 angesetzt. Die Beschwerdegegnerin reichte dem Bundesgericht eine vom 29. Oktober 2007 datierte Vernehmlassung ein, ebenso wie ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung. Auf Nachfrage des Bundesgerichts teilte die Beschwerdegegnerin mit, die Eingabe vom 29. Oktober 2007 sei am 2. November 2007 der Post übergeben worden.
Erwägungen:
1. Nach Art. 48 BGG müssen Eingaben spätestens am letzten Tag einer Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der schweizerischen Post oder einer Schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben werden. Die Vernehmlassung der Beschwerdegegnerin wurde der Post erst nach Ablauf der angesetzten Frist übergeben. Ein Gesuch um Wiederherstellung der Frist (Art. 50 BGG) hat die Beschwerdegegnerin nicht gestellt. Ihre Vernehmlassung bleibt daher unberücksichtigt.
2. Der für die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen in arbeitsrechtlichen Fällen grundsätzlich erforderliche Streitwert von Fr. 15'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG) wird, wie die Beschwerdeführerin selbst anerkennt, nicht erreicht. Die Beschwerdeführerin ist aber der Auffassung, es stelle sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG), weshalb die Beschwerde in Zivilsachen dennoch zulässig sei. Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung ist indessen sehr restriktiv auszulegen. Soweit es bei der aufgeworfenen Frage lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht, handelt es sich nicht um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (BGE 133 III 493 E. 1 S. 494 ff.). Im zu beurteilenden Fall geht es um die Würdigung ärztlicher Berichte und Zeugnisse, welche von den kantonalen Instanzen unterschiedlich vorgenommen wurde. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, die Vorinstanz halte sich dabei nicht an die bundesgerichtlichen Vorgaben. Es geht mithin lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Einzelfall. Daher erweist sich die Beschwerde in Zivilsachen als unzulässig, und es ist nicht darauf einzutreten.
3. Da die Beschwerde in Zivilsachen nicht offen steht, erweist sich die Verfassungsbeschwerde mit Blick auf Art. 113 BGG als zulässig.
3.1 Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist ein reformatorisches Rechtsmittel (Art. 107 Abs. 2 i.V.m. Art. 117 BGG). Daher darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen (vgl. BGE 133 III 489 E. 3.1 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin beantragt formell nur die Aufhebung des angefochtenen Entscheides in gewissen Punkten. Da sie aber ausdrücklich die Aufhebung von Ziff. 1 des Dispositives des angefochtenen Entscheides verlangt, in der die Vorinstanz die kantonale Appellation teilweise gutheisst, beantragt sie dem Bundesgericht, gleich wie das Arbeitsgericht zu entscheiden. Dem Erfordernis eines materiellen Antrags ist damit genüge getan, zumal die Beschwerdeführerin zur Begründung ihrer Anträge ausdrücklich ausführt, die Klage sei zu Unrecht teilweise gutgeheissen worden.
3.2 Mit der Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 116 BGG). Der Beschwerdeführer muss angeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde, und substantiiert darlegen, worin die Verletzung besteht (BGE 133 III 439 E. 3.2 S. 444 mit Hinweis). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechtes nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG). Es legt dabei seinem Urteil grundsätzlich den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 118 BGG), und kann nur davon abweichen, wenn die Sachverhaltsfeststellung unter Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts zustande kam (Art. 118 Abs. 2 und Art. 116 BGG), was der Beschwerdeführer wiederum präzise geltend zu machen hat (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 439 E. 3.2 S. 445 mit Hinweis).
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt formell eine ungenügende Feststellung des Sachverhalts, eine falsche Anwendung der massgebenden Gesetzesbestimmungen, sowie eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör und ein faires Verfahren. Materiell beanstandet sie aber unter allen diesen Titeln, dass die Vorinstanz gestützt auf Arztzeugnisse von zwei Ärzten, welche die Klägerin behandeln, den Nachweis der Arbeitsunfähigkeit für erbracht hielt, ohne zu begründen, weshalb sie nicht auf den ausführlichen von einem durch die Versicherung beauftragten Rheumatologen verfassten Bericht abgestellt habe. Dieser Bericht habe das Gewicht eines Gutachtens, zumal er sich auf das gesamte Aktendossier der Krankentaggeldversicherung, das Röntgendossier, die Angaben der Patientin und Untersuchungsbefunde stütze. Darin werde der Beschwerdegegnerin eine volle Arbeitsfähigkeit attestiert. Wenn die Vorinstanz von diesem Bericht hätte abweichen wollen, hätte sie dies zumindest eingehend begründen beziehungsweise weitere Beweismassnahmen anordnen müssen.
3.4 Die Arztzeugnisse, auf die sich die Vorinstanz stützt, stammen von einem Facharzt für orthopädische Chirurgie und einem Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, bei welchen die Beschwerdegegnerin in Behandlung war. Die Vorinstanz hat nicht nur auf die Arztzeugnisse abgestellt, sondern auch auf ausführlichere Berichte der beiden Ärzte vom 8. Juni 2005 und vom 25. August 2005, welche auf längerdauernder Behandlung und damit auch Beobachtung der Beschwerdegegnerin beruhen. Nach den Feststellungen der Vorinstanz weist der Rheumatologe in seinem Bericht darauf hin, eine das Verhalten der Beschwerdegegnerin erklärende psychische Erkrankung (Depression oder Ähnliches) sei vom externen psychiatrischen Dienst nicht vorgefunden worden. Der Bericht des Facharztes für Psychiatrie erwähnt demgegenüber psychische Beschwerden in Form einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung in Verbindung mit einer psychogenen Anpassungsstörung. Die Vorinstanz führt aus, die Ärzte, welche der Beschwerdegegnerin eine Arbeitsunfähigkeit bescheinigen, lokalisierten die Probleme der Klägerin schwergewichtig in einer somatoformen Schmerzstörung, die ein psychisches Leiden mit Krankheitswert darstelle.
3.5 Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin erklärt die Vorinstanz sehr wohl, weshalb sie nicht auf den Bericht des Rheumatologen abstellt. Zum einen berücksichtigt sie, dass die Ärzte, welche die Beschwerdegegnerin behandelten, diese über einen längeren Zeitraum beobachten konnten. Gestützt auf ihre Berichte, kam sie zum Schluss, die Probleme der Beschwerdegegnerin seien vornehmlich psychischer Natur. Psychische Leiden fallen nicht in das Spezialgebiet des Rheumatologen, der diesbezüglich lediglich die Erkenntnisse des externen psychiatrischen Dienstes wiedergibt. Damit liegt im Abweichen von seiner Einschätzung keine Willkür, denn diese Einschätzung beruht auf der Prämisse, dass keine psychische Erkrankung vorliegt. Es könnte sich die Frage stellen, ob die Vorinstanz allenfalls dadurch verfassungsmässige Rechte der Beschwerdeführerin verletzt hat, dass sie statt auf die Erkenntnisse des externen psychiatrischen Dienstes auf den Bericht des Facharztes für Psychiatrie abgestellt hat. Eine entsprechende Rüge bringt die Beschwerdeführerin nicht vor. Sie legt nicht dar, inwiefern die Ausführungen des Facharztes für Psychiatrie unglaubwürdig sein sollten und setzt sich auch sonst mit den Arztberichten, auf die sich die Vorinstanz stützt, in keiner Weise auseinander, sondern will ausschliesslich auf den Bericht des Rheumatologen abstellen. Damit kommt sie ihrer Begründungspflicht nicht hinreichend nach, weshalb der angefochtene Entscheid diesbezüglich nicht zu überprüfen ist (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 439 E. 3.2 S. 445 mit Hinweis).
3.6 Insgesamt vermag die Beschwerdeführerin weder darzulegen, dass ihr Anspruch auf ein faires Verfahren verletzt worden wäre, noch dass die Vorinstanz in der Würdigung der Beweismittel in Willkür verfallen ist und den Sachverhalt ungenügend abgeklärt hätte. Entgegen ihren Ausführungen lässt sich dem angefochtenen Entscheid ohne Weiteres entnehmen, weshalb die Vorinstanz dem Gutachten des Rheumatologen nicht gefolgt ist. Auch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist daher nicht ersichtlich.
4. Damit erweist sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als unbegründet, soweit überhaupt darauf einzutreten ist. Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig. Da es sich um eine Streitigkeit aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert unter Fr. 30'000.-- handelt, kommt eine reduzierte Gerichtsgebühr in Ansatz (Art. 65 Abs. 4 lit. c BGG). Die Beschwerdegegnerin hat sich binnen der angesetzten Frist nicht vernehmen lassen, weshalb ihr keine Parteientschädigung zusteht. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak