Sachverhalt:
A. A.a Die im Bereich der Managementausbildung tätige X._ AG mit Sitz in M._ wurde 1974 von B._ als Einzelfirma gegründet und 1977 in eine AG übergeführt. Sie ist Stifterin der C._ und verfügt über ein voll liberiertes Aktienkapital von 1,3 Mio. Franken, eingeteilt in 13'000 Namenaktien à nominell Fr. 100.--. Mehrheitsaktionär, Verwaltungsratspräsident und Delegierter des Verwaltungsrats war damals B._. Im Jahr 2001 wurde D._ zu seiner Nachfolgerin und Schulleiterin bestimmt. Zur Umsetzung der Unternehmensnachfolge wurden am 17. Februar 2001 folgende Verträge abgeschlossen:
1. Arbeitsvertrag zwischen der X._ AG und D._ mit Festlegung der Entlöhnung (Grundgehalt von Fr. 60'000.-- sowie Umsatzprovisionen);
2. Vereinbarung zwischen der X._ AG und D._ betreffend "Einstieg in die Unternehmensleitung und Mitarbeiterbeteiligung"; darin ist u.a. vorgesehen, dass die Provisionen grundsätzlich durch Abgabe von X._-Aktien zum festen Anrechnungswert von Fr. 300.-- pro Aktie abgegolten werden, und ferner ist die sukzessive Abtretung von X._-Aktien zum selben Fixpreis stipuliert;
3. Vereinbarung betr. Verkauf von 4'333 X._-Aktien (entsprechend 1/3 des Aktienkapitals) durch B._ an D._ zum Nennwert von Fr. 100.--; darin enthalten ist die Verpflichtung zur Hinterlegung sämtlicher im Eigentum beider Vertragspartner stehenden X._-Aktien bei der Revisionsstelle;
4. Vereinbarung zwischen B._ und der X._ AG betreffend Verkauf von 2'297 X._-Aktien durch B._ an die X._ AG zwecks Bereitstellung von Aktien, die nach der Vereinbarung 2 laufend an D._ abzugeben sind; dazu Kaufrecht der X._ AG für weitere Aktien aus dem Portefeuille von B._.
Die Vereinbarungen 2 und 3 enthalten spezielle Bestimmungen betreffend die vorzeitige Vertragsbeendigung und die damit verbundene Rückabwicklung der Aktienübertragungen. Tatsächlich wurden die X._-Aktien in der Folge nur wirtschaftlich (rechnungsmässig), nicht aber zivilrechtlich (eigentumsrechtlich) übertragen; ebenso wenig wurden die Aktien bei der Revisionsstelle hinterlegt.
A.b Nachdem D._ per 1. April 2001 in die Dienste der X._ AG eingetreten war und am Mitarbeiterbeteiligungsplan partizipiert hatte, kam es im Herbst 2003 zu Unstimmigkeiten zwischen den Beteiligten, und im Oktober 2003 wurden die mit D._ bestehenden Verträge gekündigt. Dies führte zu einem Rechtsstreit zwischen D._ und der X._ AG vor dem Handelsgericht Zürich, der am 15. November 2005 vergleichsweise erledigt wurde. Danach erhielt D._ von der X._ AG in Abgeltung sämtlicher Ansprüche aus den Vereinbarungen 1 - 3 den Betrag von 4 Mio. Franken. Dieser wurde von der X._ AG buchmässig wie folgt behandelt:
Gutschrift Kontokorrent B._ (Rückgabe der 4'333 Akten)
Fr. 433'333.--
Tilgung von Provisionsansprüchen von D._ der Vorjahre
Fr. 1'215'331.--
Ausserordentlicher Aufwand gestützt auf den Vergleich
Fr. 2'351'368.--
Total
Fr. 4'000'000.--
B. Für die Steuerperiode 2005 würdigte das kantonale Steueramt Zürich die Zahlung von 4 Mio. Franken an D._ im Umfang von 1,95 Mio. Franken aufgrund folgender Berechnung als verdeckte Gewinnausschüttung an B._:
Zahlung aus Vergleich
Fr. 4'000'000.--
- davon Vergütung offene Lohnguthaben
- Fr. 1'290'000.--
- davon Rückkauf 4'333 Aktien
- Fr. 433'300.--
Sonstige Entschädigung
Fr. 2'276'700.--
- davon Anteil für ungerechtfertigte Entlassung
- Fr. 376'700.--
Restbetrag (= geldwerte Leistung B._)
Fr. 1'950'000.--
Gestützt darauf veranlagte das kantonale Steueramt die X._ AG am 17. April 2009 für die Steuerperiode 2005 mit einem sowohl bei der direkten Bundes- als auch bei der Staats- und Gemeindesteuer steuerbaren Gewinn von Fr. 1'925'100.-- und einem Eigenkapital per 31. Dezember 2005 (direkte Bundessteuer) bzw. einem steuerbaren Kapital (Staats- und Gemeindesteuer) von je Fr. 4'654'000.--. Einsprachen hiergegen wies das kantonale Steueramt Zürich am 17. August 2009 ab. Einen Rekurs bzw. eine Beschwerde hiergegen hiess die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich mit Entscheiden vom 26. April 2010 gut und setzte die steuerbaren Gewinne auf Fr. 0.-- fest, indem sie eine verdeckte Gewinnausschüttung an B._ verneinte. Dagegen erhobene Beschwerden des kantonalen Steueramtes Zürich an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess dieses am 8. Dezember 2010 gut und stellte wieder die Steuerfaktoren gemäss Einspracheentscheid her.
C. Gegen diese Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Dezember 2010 führt die X._ AG mit separaten Eingaben vom 21. Februar 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundes- sowie die Staats- und Gemeindesteuern 2005 an das Bundesgericht. Sie beantragt, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich 8. Dezember 2010 seien aufzuheben und die steuerbaren Gewinne seien für beide Steuern mit Null zu veranlagen. Sie rügt die Verletzung von Bundesrecht und eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung.
D. Während das kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung (betreffend die direkte Bundessteuer) die Abweisung der Beschwerde beantragen, verzichtet die Bundesbehörde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern auf einen Antrag.
Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Die Beschwerden sind zulässig (vgl. Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] bzw. mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254). Diesen Begründungsanforderungen genügt die Beschwerdeschrift nur teilweise. Soweit sie nicht erfüllt sind, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
1.5 Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Dabei hat ein Beschwerdeführer, der sich auf diese Ausnahmeregel beziehen will, klar aufzuzeigen, dass die gesetzlichen Voraussetzungen für eine Berücksichtigung neuer Tatsachen und Beweismittel erfüllt sind.
2. Vorab gilt es diverse Fragen zum Sachverhalt zu klären:
2.1 Zunächst ist auf die Rüge der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz einzugehen. Die Beschwerdeführerin beanstandet die in der Sachverhaltsschilderung der Vorinstanz (vgl. angefochtenes Urteil lit. A in fine) bzw. in E. 4.1 enthaltene Aussage, wonach sie die bezahlte Vergleichssumme von 4 Mio. Franken in ihrer Jahresrechnung 2005 als ausserordentlichen Aufwand (erfolgswirksam) verbucht habe. Diese bereits in der Sachverhaltsschilderung des Entscheids der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich vom 26. April 2010 (vgl. Sachverhalt lit. A, S. 3) enthaltene Aussage erweist sich als offensichtlich unzutreffend, wurden doch effektiv nur Fr. 2'351'368.-- der Erfolgsrechnung 2005 als ausserordentlicher Aufwand belastet. Dies geht bereits aus dem sich in den Veranlagungsakten des kantonalen Steueramtes Zürich befindenden Kontoblatt betreffend die a.o. Aufwendungen der Beschwerdeführerin des Jahres 2005 hervor, weshalb es sich hier nicht um ein unzulässiges Novum handelt. Im Übrigen ist dieses Sachverhaltselement gar nicht entscheidrelevant, zumal die bestrittene Aufrechnung von Fr. 1'950'000.-- tiefer ist als der tatsächlich in der Erfolgsrechnung 2005 verbuchte ausserordentliche Aufwand von Fr. 2'351'368.--.
2.2 Die Vorinstanzen gingen davon aus, dass die in Frage stehenden X._-Aktien von B._ effektiv auf die Beschwerdeführerin zu einem Vorzugspreis übergegangen waren und von dieser sukzessive D._ abgegeben wurden. Entsprechend gingen sie von einer verdeckten Kapitaleinlage durch B._ bei der Beschwerdeführerin aus. Im Rekurs bzw. in der Beschwerde an die Steuerrekurskommission vom 17. September 2009 wird jedoch darauf hingewiesen, dass die Parteien die Indossierung der Aktienzertifikate unterlassen und die Verträge nur "wirtschaftlich so gelebt (hatten), wie sie vereinbart wurden". Gleichwohl ging die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich in ihren Entscheiden vom 26. April 2010 von einer abmachungskonformen Abwicklung der getroffenen Vereinbarungen aus. Erst in Zusammenhang mit den Beschwerden des kantonalen Steueramtes an das Verwaltungsgericht wies die damalige Beschwerdegegnerin detailliert nach, dass die X._-Aktien das Portefeuille von B._ effektiv nie verlassen hatten und der Transfer der Namenaktien nur rein rechnungsmässig abgewickelt worden war. Die Vorinstanz ging auf diese neuen Beweismittel nicht ein, mit der Begründung, es handle sich um unzulässige Nova (vgl. E. 1.2 bzw. 5.1 des angefochtenen Entscheids). Allerdings gaben erst die Entscheide der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich vom 26. April 2010 der damaligen Beschwerdegegnerin Anlass, diesen Aspekt detailliert zu belegen. In einem solchen Fall ist auch die grundsätzlich zulässige Kognitionsbeschränkung der zweiten kantonalen Gerichtsinstanz zu relativieren (vgl. BGE 131 II 548 E. 2.4 S. 552). Die Vorinstanz hätte daher diese neuen Beweismittel nicht zurückweisen dürfen.
Die Vorinstanz erwägt in diesem Zusammenhang bloss, "am rechtlichen Befund" würde sich nichts ändern, wenn B._ seiner Verpflichtung zur Aktienübertragung nicht nachgekommen wäre (vgl. E. 4.4 des angefochtenen Entscheids). Allerdings werden die Rechtsfolgen dieses "alternativen Sachverhalts" nicht vertieft analysiert. Wenn aber die fraglichen Titel gar nie der Beschwerdeführerin übertragen worden sind, erweisen sich die Ausführungen über verdeckte Kapitaleinlagen nach altem und neuem Recht und die steuerlichen Konsequenzen einer Rückabwicklung derselben letztlich als überflüssig. Eine verdeckte Gewinnausschüttung fällt auf dieser Argumentationslinie jedenfalls ausser Betracht.
2.3 Ähnlich verhält es sich mit dem Sachverhaltselement, B._ habe die X._-Aktien, auf die D._ aufgrund des Vergleichs vom 15. November 2005 verzichten musste, "unentgeltlich" an sich genommen bzw. die Beschwerdeführerin habe "diese ohne Entgelt ihrem Anteilsinhaber B._ überlassen" (vgl. Einspracheentscheide des kantonalen Steueramtes vom 17. August 2009 Ziff. 5). Diese Behauptung wird zwar im Rekurs bzw. in der Beschwerde vom 17. September 2009 widerlegt, aber die Steuerrekurskommission I übernimmt dieses unzutreffende Sachverhaltselement ("um sie danach wiederum B._ zu überlassen", vgl. E. 2 in fine); entsprechend liegt es auch der Beschwerde des kantonalen Steueramtes Zürich an die Vorinstanz zugrunde. In der Beschwerdeantwort der damaligen Beschwerdegegnerin vom 26. Juli 2010 zuhanden der Vorinstanz wird diese Fehlannahme erneut widerlegt, ohne dass dies im Urteil der Vorinstanz zum Ausdruck kommt. Mit der vorliegenden Eingabe weist die Beschwerdeführerin nach, dass die "Rückübertragung" der X._-Aktien an B._ zu denselben Konditionen erfolgte wie die seinerzeitige "Übertragung" (vgl. Ziff. 71 der Beschwerde). Diese beweismässige Klarstellung unter Hinweis auf die einzelnen Buchungen ist mithin nicht neu bzw. durch das angefochtene Urteil (mit)veranlasst, weshalb es sich hierbei nicht um ein unzulässiges Novum handelt (vgl. E. 1.5 hiervor).
2.4 Erstmals in den Einspracheentscheiden des kantonalen Steueramtes Zürich vom 17. August 2009 (Ziff. 5) wird u.a. ein über dem Anrechnungspreis von Fr. 300.-- liegender höherer Verkehrswert der X._-Aktien thematisiert. Diesen Ansatz vertiefen die Entscheide der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich vom 26. April 2010 (E. 2.c/dd/fff.). In der Beschwerde des kantonalen Steueramtes Zürich an die Vorinstanz bildet dieser Punkt eines der Hauptargumente (Ziff. 3.6 lit. c). Dieser Ansatz wird zwar in der Beschwerdeantwort der damaligen Beschwerdegegnerin vom 26. Juli 2010 klar bestritten und unter Hinweis auf die beim Verkauf sämtlicher X._-Aktien an einen Dritten erzielten Preisverhältnisse belegt. Auch dieses neue Argument hat die Vorinstanz zu Unrecht - mit der Begründung des Novenverbots - nicht berücksichtigt (vgl. E. 5.4 angefochtener Entscheid).
2.5 Daraus ergibt sich, dass die Vorinstanz sämtliche Argumente bzw. Beweismittel der Beschwerdeführerin, die den relevanten Sachverhalt zu erhellen geeignet gewesen wären, mittels eines zu restriktiv gehandhabten Novenverbots zurückgewiesen hat. Dies wirkt sich hier besonders problematisch aus, weil das Vorliegen einer geldwerten Leistung an B._ im Laufe des Verfahrens mit stets wechselnder Argumentation begründet wurde. Es darf aber der Beschwerdeführerin nicht zum Nachteil gereichen, dass sie sich in ihren Eingaben jeweils auf die jeweilige Hauptstossrichtung der entsprechenden Eingaben konzentrierte und nicht zahllose Gegenbeweise für jede - noch so theoretische - Eventualität unterbreitete.
I. Direkte Bundessteuer
3. 3.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss Art. 58 Abs. 1 DBG zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c).
Zum steuerbaren Reingewinn gehören namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Masse gewährt würden. Solche geldwerte Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn
(a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält,
(b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahe stehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und
(c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (BGE 131 II 593 E. 5.1 S. 607; Urteil 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.1, in: StR 64/2009 S. 915; je mit Hinweisen).
3.2 Als geldwerte Leistungen gelten insbesondere Ertragsverzichte zugunsten des Aktionärs oder einer ihm nahe stehenden Person, die bei der Gesellschaft zu einer entsprechenden Kürzung des in der Erfolgsrechnung ausgewiesenen Gewinnes führen. Diese Form der geldwerten Leistung wird als "Gewinnvorwegnahme" bezeichnet, obwohl handelsrechtlich gar keine Gewinne "vorweggenommen" werden können. Solche Ertragsverzichte liegen vor, wenn die Gesellschaft auf ihr zustehende Einnahmen ganz oder teilweise verzichtet und die entsprechenden Erträge direkt dem Aktionär oder diesem nahestehenden Personen zufliessen bzw. wenn diese nicht jene Gegenleistung erbringen, welche die Gesellschaft von einem unbeteiligten Dritten fordern würde (Urteil 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.2, in: StR 64/2009 S. 915 mit Hinweisen).
3.3 Was die Beweislastverteilung betrifft, so gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen und die steuerpflichtige Person für steueraufhebende oder -mindernde Tatsachen trägt (BGE 121 II 257 E. 4c/aa S. 266). Bei geldwerten Leistungen ist es grundsätzlich an der Steuerbehörde, den Nachweis zu erbringen, dass einer Leistung der Gesellschaft keine oder keine angemessene Gegenleistung gegenübersteht. Gelingt ihr dies nicht, so trägt sie die Folgen der Beweislosigkeit (Urteil 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.4, in: StR 64/2009 S. 915 mit Hinweisen).
3.4 Wie bereits erwähnt (vgl. E. 2.5 hiervor), wurde im vorinstanzlichen Verfahren das Vorliegen einer verdeckten Gewinnausschüttung an B._ durch die Beschwerdeführerin mit stets wechselnder Argumentation begründet. Die einzelnen Argumentationslinien sind im Folgenden näher zu untersuchen.
3.4.1 Das kantonale Steueramt Zürich bejahte eine geldwerte Leistung aufgrund der unentgeltlichen Überlassung der X._-Aktien durch die X._ AG zugunsten ihres Aktionärs; es handle sich um Kosten des "Rückkaufs" der Aktien durch B._, welche von ihm zu tragen seien. Das Steueramt erblickte daher in der Vergleichszahlung von 4 Mio. Franken an D._ - teilweise - eine geldwerte Leistung an B._. Dies würde aber bedeuten, dass nur ein Teil dieser Zahlung effektiv von der Beschwerdeführerin geleistet worden und der Rest über B._ (im Dreiecksverhältnis) an D._ geflossen wäre, wobei der Rechtsgrund dieses Leistungsflusses von B._ an D._ unklar bliebe. Die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich hat diese Version in ihren Entscheiden vom 26. April 2010 überzeugend verworfen: Die Zahlung der Beschwerdeführerin von 4 Mio. Franken an D._ war - soweit sie erfolgswirksam verbucht wurde - isoliert betrachtet geschäftsmässig begründet und ist deshalb steuerlich nicht zu beanstanden. Entgegen der Ansicht des kantonalen Steueramtes hätte die Beschwerdeführerin ihre Zahlung gegenüber D._ keineswegs im Ausmass von Fr. 1'950'000.-- reduzieren können, wenn sie auf der Verpflichtung von B._ zur Lieferung von Aktien beharrt hätte. Es trifft mithin nicht zu, dass sie einen Aufwand von mindestens Fr. 1'950'000.-- hätte vermeiden können, denn im Vergleich wurde offensichtlich ein vertragsgemässes Verhalten unterstellt, sodann gedanklich rückabgewickelt und (u.a.) dafür eine Entschädigungszahlung geleistet. Diese wäre genau gleich geschuldet gewesen, wie wenn von Anfang an vertragsgemäss gehandelt worden wäre. Dabei kann offen gelassen werden, ob dieser Mehrbetrag auf einen höheren Wert der X._-Aktien oder auf eine "Ablösesumme" für eine nicht mehr erwünschte Kaderkraft zurückzuführen war.
3.4.2 Allerdings verneint die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich in ihren Entscheiden vom 26. April 2010 in E. 2 in fine ebenso eine geldwerte Leistung an B._ durch Verzicht auf an sich der Beschwerdeführerin zustehende Leistungen. Für diesen Ertragsverzicht ("Gewinnvorwegnahme") werden drei verschiedene Versionen angeführt:
3.4.2.1 Die Beschwerdeführerin überliess die von D._ zurückerhaltenen X._-Aktien B._ unentgeltlich. Diese Version erweist sich - wie bereits in E. 2.3 hiervor ausgeführt - als unzutreffend.
3.4.2.2 Die Beschwerdeführerin überliess die von D._ zurückerhaltenen X._-Aktien B._ insoweit unentgeltlich, als deren wirklicher Wert höher war als die angerechneten Fr. 300.--. Man könne - vor Einführung des Kapitaleinlageprinzips per 1. Januar 2011 - nicht die seinerzeitige verdeckte Kapitaleinlage gewinn- und einkommenssteuerneutral zurücknehmen. Da aber die X._-Aktien nur rein rechnungsmässig der Beschwerdeführerin bzw. D._ "angedient" wurden, lässt sich diese Version ebenso wenig aufrechterhalten: Zu einer eigentlichen "Rückübertragung" von X._-Aktien durch D._ an die Beschwerdeführerin bzw. von dieser an B._ ist es gar nie gekommen. Damit fällt auch eine "gewinnsteuerlich zu erfassende Rücknahme einer verdeckten Kapitaleinlage" ausser Betracht (vgl. auch E. 2.2 hiervor).
3.4.2.3 Einzig in ihrer Eventualbegründung (E. 4.4 des angefochtenen Entscheids) untersucht die Vorinstanz die steuerlichen Folgen des tatsächlich verwirklichten Sachverhalts (d.h. keine zivilrechtlich gültige Übertragung der Aktien durch B._ auf die Beschwerdeführerin): "Hätte die Pflichtige nämlich einen unerfüllten Anspruch auf Übertragung einer bestimmten Anzahl von Aktien zu einem vertraglich fixierten Preis gegenüber einem Dritten gehabt, hätte sie diesen zweifellos durchgesetzt und durchsetzen müssen, um so verlustfrei ihren Verpflichtungen gegenüber D._ nachkommen zu können. Dass sie allenfalls gegenüber B._ davon absah, auf der Erfüllung der Vereinbarung mit diesem vom 17. Februar 2001 zu beharren, und demzufolge selber für die Differenz zwischen dem im Vergleich mit D._ vereinbarten Verkehrswert der auf Provisionsbasis erworbenen Aktion und dem tieferen Wert von Fr. 300.-- pro Titel aufkam, lässt sich beim Stand der Akten nur mit der dominanten Aktionärsstellung von B._ erklären".
Genau hierin liegt die einzig plausible Begründung für eine geldwerte Leistung der Beschwerdeführerin: Es läge mithin ein Ertragsverzicht zugunsten des Hauptaktionärs vor, da die Beschwerdeführerin im Ergebnis einen Vermögensabgang übernahm, den gemäss der ursprünglichen Vereinbarung B._ hätte tragen müssen. Diese Begründung für eine geldwerte Leistung beruht aber auf der Annahme, dass der ausserordentliche Aufwand 2005 effektiv auf eine Höherbewertung der X._-Aktien gegenüber dem Anrechnungswert von Fr. 300.-- zurückzuführen ist. Dies wird jedoch von der Beschwerdeführerin mit beachtlichen Argumenten bestritten, indem sie darauf hinweist, dass es ihr hauptsächlich darum gegangen sei, die in Missgunst geratene Kaderkraft "loszuwerden". Aus den Rechtsschriften im Prozess vor dem Handelsgericht Zürich ergibt sich zudem, dass D._ zunächst die Vertragserfüllung bzw. die Anfechtung der ihrer Ansicht nach ungerechtfertigten Kündigung anstrebte, wogegen die Beschwerdeführerin die gegenteilige Ansicht vertrat. Erst im Laufe der Vergleichsverhandlungen traten dann Bewertungsfragen bzw. die Höhe einer allfälligen Ablösesumme in den Vordergrund. Wenn man sich schliesslich auf einen Globalbetrag einigte, heisst dies keineswegs, dass damit nur gerade die Bewertungsfrage einvernehmlich geregelt wurde. Vielmehr wurden damit auch die Trennung mit D._ per 1. November 2003, der Rücktritt aus dem Verwaltungsrat sowie aus sämtlichen Stiftungsräten abgegolten. Entgegen der Auffassung des kantonalen Steueramtes in ihrer Beschwerde an die Vorinstanz vom 29. Mai 2010 lassen die Zahlen des Vergleichs nicht direkt auf einen "Drittpreis" bezüglich des Aktienwertes schliessen; allzu viele Ansprüche werden dadurch global entschädigt. Der damalige Wert der X._-Aktien ist vielmehr durch eine Unternehmensbewertung zu ermitteln. Dabei ist zu berücksichtigen, dass nur für einen Teil der "rückübertragenen" Aktien der Verkehrswert, für einen anderen Teil der Anrechnungswert von Fr. 300.-- massgebend war. Alle diese Fragen sind mithin noch zu wenig geklärt. Im Übrigen trägt die Steuerbehörde die Beweislast für diesen allfälligen Mehrwert bzw. die damit einher gehende verdeckte Gewinnausschüttung im Sinne eines Ertragsverzichts (vgl. E. 3.3 hiervor; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, Rz. 168 ff. zu Art. 58 DBG). Dieser Nachweis ist vom Steueramt aber noch nicht schlüssig erbracht worden.
3.5 Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer ist damit begründet und gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Dezember 2010 ist aufzuheben und die Sache an das kantonale Steueramt Zürich zurückzuweisen zur Ergänzung des Sachverhalts und Neuverfügung im Sinne der Erwägungen. Die Steuerverwaltung wird insbesondere zu prüfen haben, wie hoch der Verkehrswert der X._-Aktien im Zeitpunkt der Entschädigungsregelung bzw. der Rückübertragung auf B._ war und entsprechend eine allfällige Differenz zwischen diesem höheren Verkehrswert und dem Anrechnungswert von Fr. 300.-- als geldwerte Leistung zu erfassen haben.
II. Staats- und Gemeindesteuern
4. 4.1 § 64 Abs. 1 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) harmoniert mit Art. 24 Abs. 1 StHG und entspricht wörtlich Art. 58 Abs. 1 DBG. Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer für die kantonalen Steuern analog massgebend sind, und es ergibt sich dasselbe Ergebnis.
4.2 Demnach erweist sich die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gleichermassen als begründet und ist ebenfalls gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Dezember 2010 ist aufzuheben und die Sache an das kantonale Steueramt Zürich zurückzuweisen zur Ergänzung des Sachverhalts und Neuverfügung im Sinne der Erwägungen.
III. Kosten und Entschädigung
5. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Kanton Zürich, der Vermögensinteressen verfolgt aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin zudem eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Die Festsetzung der Kosten und Entschädigung für das kantonale Verfahren wird der Vorinstanz übertragen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_180/2011 und 2C_181/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer (2C_181/2011) wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Dezember 2010 aufgehoben.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_180/2011) wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Dezember 2010 aufgehoben.
4. Die Angelegenheit wird zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung und zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an das Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
6. Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 10'000.-- auszurichten.
7. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger