Faits:
A. Par contrat de bail du 27 septembre 2001, A._ a loué un appartement de 3 pièces, situé au 5e étage d'un immeuble à Genève, propriété de l'assurance X._ (ci-après : la bailleresse).
Le bail, conclu pour une durée de onze mois à compter du 1er novembre 2001, est renouvelable ensuite de six mois en six mois. Le loyer initial, charges non comprises, a été fixé à 877 fr. par mois, soit 10'524 fr. par année.
Le bail a été transféré au nom de A._ et Y._ puis, le 27 janvier 2004, ce dernier est devenu le seul locataire de l'appartement.
Par avis officiel du 2 mars 2007, la bailleresse a résilié le bail pour le 30 septembre 2007, sans indiquer les motifs. Suite à la demande de Y._, la bailleresse lui a expliqué, par courrier du 26 mars 2007, que des motifs économiques étaient à l'origine de la résiliation; celle-ci lui permettait de relouer à un tiers l'appartement à un loyer sensiblement supérieur à celui alors perçu.
B. B.a Suite à l'opposition du locataire, la Commission de conciliation en matière de baux et loyers a annulé le congé par décision du 21 novembre 2007.
B.b Le 21 décembre 2007, la bailleresse a saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève d'une demande en validation du congé. Elle a notamment exposé que les motifs économiques invoqués à l'appui de la résiliation se fondaient sur les loyers usuels du quartier. Pour le démontrer, elle a spontanément produit une fiche descriptive de l'appartement occupé par Y._; il en ressort qu'il s'agit d'un appartement qualifié d'ancien, dans un "état moyen" d'une surface de 80 m2. La bailleresse a également fournit treize fiches descriptives d'appartements dont les loyers seraient, selon elle, comparables.
Contestant que les exemples présentés par la bailleresse soient comparables au logement qu'il occupe, le locataire a indiqué que l'état de son appartement est vétuste, que ce dernier est affecté de plusieurs défauts, que les salles d'eau et les installations sont anciennes et qu'à l'exception d'un petit et vieux frigo, la cuisine n'est ni équipée, ni agencée.
Dans une de ses écritures, la bailleresse a sollicité l'octroi d'un délai supplémentaire pour produire des pièces complémentaires, entendre des témoins et effectuer un transport sur place dans l'appartement concerné, ainsi que dans les immeubles où sont situés les appartements comparatifs et pour lesquels les fiches descriptives ont été produites. Elle a encore remis neuf exemples supplémentaires de loyers comparatifs.
Par jugement du 1er septembre 2008, le Tribunal des baux et loyers a annulé le congé notifié le 2 mars 2007 et débouté les parties de toutes autres conclusions.
B.c La bailleresse a formé appel contre ce jugement. A l'appui de son mémoire, elle a produit de nouvelles fiches descriptives d'appartements, citées comme exemples de loyers comparatifs, non soumises aux premiers juges.
Par arrêt du 15 juin 2009, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement du tribunal de première instance. Admettant la recevabilité des fiches produites devant elle, l'autorité cantonale a examiné une par une toutes les fiches remises par la bailleresse au cours de la procédure cantonale (soit 42 fiches au total). Elle a alors considéré que, même en se fondant sur la description de l'appartement litigieux donnée par la bailleresse (description qui lui est plus favorable que celle effectuée par le locataire), seuls trois appartements pouvaient être considérés comme comparables (soit ceux décrits dans les fiches nos 27, 30 et 39) et que le minimum de cinq exigé par la loi et la jurisprudence du Tribunal fédéral (ATF 123 III 317 consid. 4a p. 319) n'était pas atteint. Elle a jugé qu'il n'y avait pas lieu d'administrer les mesures d'instruction requises par la bailleresse, celles-ci étant inutiles ou visant uniquement à apporter des précisions, voire des renseignements supplémentaires, aux informations déjà données par la bailleresse à qui il incombait de fournir des données complètes.
C. La bailleresse exerce un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 15 juin 2009. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 8 CC, 274d al. 3 CO et 269a CO. La recourante conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour instruction complémentaire et, subsidiairement, à ce que la validité du congé du 2 mars 2007 soit constatée et qu'aucune prolongation de bail ne soit accordée au locataire.
L'intimé conclut à la confirmation de l'arrêt entrepris.
Considérant en droit:
1. 1.1 La valeur litigieuse est déterminée, en cas de recours contre une décision finale, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF). En l'espèce, les conclusions principales prises par la bailleresse devant la Chambre d'appel visaient à s'opposer à l'annulation du congé. En raison du délai de protection prévu par l'art. 271a al. 1 let. e CO, la valeur litigieuse, en cas de contestation d'un congé, s'élève au moins à trois ans de loyer (arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000 publié in SJ 2001 I p. 17 consid. 1a; ATF 119 II 147 consid. 1 p. 149; ATF 111 II 384 consid. 1 p. 386). Il en résulte que la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. requise en matière de droit du bail (art. 74 al. 1 let. a LTF) est ici atteinte.
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en validation du congé (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. b LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 63) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait qu'en expliquant de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140) et pour autant que la correction du vice allégué soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF)
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 Invoquant la violation des art. 8 CC et 274d al. 3 CO, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir refusé d'ordonner la comparution personnelle des parties, des transports sur place, ainsi que des enquêtes (production d'un extrait du registre foncier, audition de témoins), ce qui a eu pour effet, selon la recourante, de la priver de la possibilité de prouver que le loyer de l'appartement litigieux était inférieur aux loyers usuels du quartier et, par conséquent, que la résiliation pour motifs économiques était valable. La recourante ajoute que cette première violation de son droit à la preuve "se double d'une seconde violation consistant en une appréciation anticipée des preuves in casu arbitraire" dès lors que l'autorité précédente a considéré que, quelles que soient les mesures d'instruction qui auraient pu être ordonnées, les appartements apportés en comparaison ne réalisaient de toute façon pas les exigences fixées par la jurisprudence du Tribunal fédéral.
2.2 Le moyen tiré de la violation du droit à la preuve découlant de l'art. 8 CC n'a, en l'occurrence, pas de portée propre, mais se confond avec le grief de la violation de l'art. 274d al. 3 CO (arrêt 4C.199/2000 du 21 décembre 2000, publié in SJ 2001 I p. 278 consid. 2c; arrêt 4C.161/1997 du 18 mai 1998, publié in SJ 1998 p. 645 consid. 2b et les arrêts cités).
En alléguant une "double violation", la recourante semble indiquer que la violation des prescriptions de l'art. 274d al. 3 CO doit être appréciée sous deux angles distincts. Cette approche ne peut être suivie; il s'agit simplement d'examiner si la cour cantonale pouvait, sans enfreindre l'art. 274d al. 3 CO, refuser d'ordonner les mesures d'instruction requises par la recourante, notamment en opérant une appréciation anticipée des preuves. A supposer qu'en indiquant que l'appréciation anticipée des preuves "est in casu arbitraire", elle entendait faire valoir le grief distinct de la violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst, la recourante ne motive pas ce grief conformément aux réquisits de l'art. 106 al. 2 LTF.
Le grief de la violation de l'art. 274d al. 3 CO doit être examiné en rapport avec les éléments de comparaison encore discutés par la bailleresse dans le présent recours, soit les objets décrits dans les fiches nos 9, 10, 11 et 31.
2.3 Le Tribunal fédéral n'étant pas lié par la jurisprudence cantonale, c'est en vain que la recourante consacre plusieurs pages de son mémoire à reprocher à la juridiction précédente de s'être laissée guidée par l'un de ses précédents qui traiterait d'une situation non comparable avec le cas d'espèce.
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, l'art. 274d al. 3 CO prescrit au juge d'établir d'office l'état des faits, les parties devant lui soumettre toutes les pièces nécessaires à trancher le litige. Il pose le principe d'une maxime inquisitoriale sociale, laquelle ne constitue cependant pas une maxime officielle absolue. Cela découle déjà de la réserve expresse, selon laquelle les parties présentent toutes les pièces nécessaires à l'appréciation du litige. Le juge ne doit pas instruire d'office le litige lorsqu'une partie renonce à expliquer sa position, mais il doit interroger les parties et les informer de leur devoir de collaboration et de production des preuves. Il n'est tenu de s'assurer que les allégations et offres de preuves sont complètes seulement lorsqu'il a des motifs objectifs d'éprouver des doutes sur ce point. L'initiative du juge ne va pas au-delà de l'invitation faite aux parties de mentionner les preuves et de les présenter. La maxime inquisitoire prévue par le droit du bail ne permet pas d'étendre à bien plaire l'administration des preuves et de recueillir toutes les preuves possibles (arrêt 4C.199/2000 du 21 décembre 2000, publié in SJ 2001 I p. 278 consid. 2a; ATF 125 III 231 consid. 4a p. 238); en outre, elle n'exclut pas l'appréciation anticipée des preuves, qui permet au juge de renoncer à l'administration des preuves supplémentaires s'il dispose des éléments nécessaires pour rendre une décision conforme aux faits (arrêt 4A.127/2008 du 2 juin 2006, publié in SJ 2008 I p. 467 consid. 3.2; ATF 130 III 734 consid. 2.2.3 p. 735 et les arrêts cités).
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, l'art. 274d al. 3 CO prescrit au juge d'établir d'office l'état des faits, les parties devant lui soumettre toutes les pièces nécessaires à trancher le litige. Il pose le principe d'une maxime inquisitoriale sociale, laquelle ne constitue cependant pas une maxime officielle absolue. Cela découle déjà de la réserve expresse, selon laquelle les parties présentent toutes les pièces nécessaires à l'appréciation du litige. Le juge ne doit pas instruire d'office le litige lorsqu'une partie renonce à expliquer sa position, mais il doit interroger les parties et les informer de leur devoir de collaboration et de production des preuves. Il n'est tenu de s'assurer que les allégations et offres de preuves sont complètes seulement lorsqu'il a des motifs objectifs d'éprouver des doutes sur ce point. L'initiative du juge ne va pas au-delà de l'invitation faite aux parties de mentionner les preuves et de les présenter. La maxime inquisitoire prévue par le droit du bail ne permet pas d'étendre à bien plaire l'administration des preuves et de recueillir toutes les preuves possibles (arrêt 4C.199/2000 du 21 décembre 2000, publié in SJ 2001 I p. 278 consid. 2a; ATF 125 III 231 consid. 4a p. 238); en outre, elle n'exclut pas l'appréciation anticipée des preuves, qui permet au juge de renoncer à l'administration des preuves supplémentaires s'il dispose des éléments nécessaires pour rendre une décision conforme aux faits (arrêt 4A.127/2008 du 2 juin 2006, publié in SJ 2008 I p. 467 consid. 3.2; ATF 130 III 734 consid. 2.2.3 p. 735 et les arrêts cités).
2.4 2.4.1 Il faut rappeler à la recourante, qui requiert la comparution personnelle des parties et laisse entendre que celle-ci aurait permis d'apporter des compléments aux fiches discutées (nos 9, 10, 11 et 31), qu'elle a elle-même produit les fiches descriptives des appartements (aussi bien de l'appartement litigieux que des 42 éléments de comparaison). L'intimé ayant pu se prononcer sur ces pièces, on ne voit pas ce qu'une audience de comparution personnelle aurait pu apporter de plus eu égard à la question juridique à résoudre, et la recourante ne fournit d'ailleurs aucune explication à cet égard.
En ce qui concerne le transport sur place dans l'appartement occupé par l'intimé, cette mesure d'instruction aurait pu se révéler utile étant donné que la bailleresse n'en donne pas la même description que le locataire, la première indiquant en particulier que l'état de l'appartement est "moyen", le deuxième que ce logement est vétuste et affecté de plusieurs défauts. En l'occurrence, le transport sur place s'avère toutefois inutile puisque la cour précédente s'est appuyée sur la description de l'appartement donnée par la recourante pour arriver à la conclusion que cette dernière n'était pas parvenue à produire les cinq exemples de loyers comparatifs exigés par la jurisprudence du Tribunal fédéral (ATF 123 III 317 consid. 4a p. 319).
Dans ces conditions, l'art. 274d al. 3 CO n'imposait nullement à la cour cantonale d'ordonner ces mesures d'instruction.
2.4.2 La recourante a encore requis la production d'un extrait du registre foncier, le transport sur place dans les appartements comparatifs, ainsi que l'audition de témoins. Il s'agit donc d'examiner si ces mesures d'instruction auraient dû, comme l'affirme la recourante, être ordonnées de façon à compléter le contenu des quatre fiches descriptives non retenues par la cour cantonale, à savoir les fiches nos 9, 10, 11 et 31.
En ce qui concerne la fiche descriptive no 9, celle-ci, n'indiquant pas le nom du propriétaire de l'appartement, est incomplète; elle ne mentionne pas un élément important, dès lors qu'il faut établir que les éléments de comparaison n'appartiennent pas tous au même propriétaire (ATF 123 III 317 consid. 4c/bb p. 323). Il s'agit toutefois d'une information élémentaire et aisément déterminable que la bailleresse se devait de fournir (cf. arrêt 4C.199/2000 du 21 décembre 2000 consid. 2b).
Ainsi, en estimant que la recourante avait omis de lui présenter ce renseignement élémentaire, puis en considérant, par une appréciation anticipée des moyens proposés, que la production d'un extrait du registre foncier ne pouvait pas utilement étayer des allégations déjà insuffisantes en elles-mêmes au regard de la loi et de la jurisprudence en la matière, le refus des juges précédents d'administrer la preuve proposée ne contredit pas, contrairement à ce que pense la recourante, les exigences de la maxime inquisitoire prévue par l'art. 274d al. 3 CO (cf. arrêt 4C.199/2000 du 21 décembre 2000 consid. 2b).
Concernant la fiche no 10, la recourante, s'appuyant sur l'arrêt 4A_214/2007 du 12 novembre 2007, reproche à la cour cantonale de n'avoir pas ordonné un transport sur place et l'audition du gérant de l'immeuble dans lequel est situé le logement comparatif, dès lors que ce document était incomplet. Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a constaté que l'offre de preuve était "très insuffisante"; il a jugé que les pièces fournies par le défendeur, décrivant les logements comparatifs, étaient lacunaires et inutilisables et que le défendeur n'avait en outre pas produit les documents nécessaires à un calcul du rendement de l'appartement loué (arrêt cité consid. 5). La situation d'espèce n'est pas comparable. Dans l'arrêt attaqué du 15 juin 2009, l'autorité cantonale a jugé que l'exemple comparatif présenté dans la fiche no 10 ne pouvait être retenu, non pas en raison du caractère lacunaire des informations à sa disposition, mais en se fondant sur les éléments de description contenus dans cette fiche, telle qu'elle lui a été communiquée par la bailleresse (pour l'examen de ces éléments, cf. supra consid. 3.2.3). En réalité, la recourante n'entend pas remédier à des descriptions lacunaires et inutilisables, mais elle vise à fournir des compléments d'informations, en quelque sorte pour "corriger" le contenu de la fiche produite, afin que l'exemple fourni en procédure cantonale puisse être considéré comme comparable. Il lui appartenait d'apporter ces compléments d'informations. La cour cantonale n'avait aucune raison de douter de la réalité du contenu de la fiche descriptive (cf. infra consid. 2.3) et c'est donc sans violer l'art. 274d al. 3 CO qu'elle a renoncé à ordonner d'autres mesures d'instruction.
S'agissant de la fiche no 11, la recourante soutient que la cour cantonale ne pouvait se limiter à constater que l'appartement était en "bon état", alors que le logement de l'intimé a été qualifié de "moyen". Elle estime qu'un examen plus approfondi, par des mesures probatoires, s'imposait. Il n'est pas nécessaire d'examiner le grief sous cet angle. L'autorité précédente n'a pas uniquement relevé l'état des appartements comparés, mais a constaté que la fiche no 11 était également incomplète parce qu'elle ne mentionnait pas l'évolution du loyer de sorte que l'on ne sait si ce loyer ne se révèle pas lui-même abusif (sur l'exigence de cette information, cf. ATF 123 III 317 consid. 4d p. 325). Dans la maxime inquisitoriale sociale, l'initiative du juge ne va pas au-delà de l'invitation faite aux parties de mentionner les preuves et de les présenter. Or, ces preuves ont bien été produites par la bailleresse puisqu'elle a pris l'initiative de fournir plus de quarante fiches descriptives en vue d'établir que l'augmentation de loyer qu'elle entendait effectuer permettait de rester dans le cadre des loyers usuels du quartier. On ne saurait déduire de la maxime prévue à l'art. 274d al. 3 CO le devoir supplémentaire du juge de contrôler que la bailleresse a bien rempli chacun des postes de toutes les fiches descriptives produites et de l'interpeller formellement en lui indiquant précisément les postes qui se révèleraient, le cas échéant, encore lacunaires. Il appartenait à la bailleresse de donner toutes les informations requises sur les fiches descriptives. En l'espèce, il ressort d'ailleurs des constatations cantonales qu'elle avait la possibilité de fournir des renseignements complets. D'une part, elle avait largement le temps de demander, entre le moment de la résiliation du bail (2 mars 2007) et la date de son appel devant la cour cantonale (16 octobre 2008), auprès de la gérance concernée, l'information manquante. D'autre part, la Cour de justice revoyant en l'espèce la cause librement (cf. arrêt attaqué consid. 1 p. 4 s. et les références citées), la bailleresse avait l'occasion de compléter les fiches soumises à la première instance suite au jugement rendu par celle-ci, en demandant des informations supplémentaires directement auprès des personnes qui ont établi ces pièces; elle a cependant choisi d'y renoncer pour présenter de nouveaux éléments de comparaison devant la cour cantonale. Elle ne saurait aujourd'hui reprocher à cette dernière de ne pas l'avoir interpellée. En n'ordonnant aucune mesure probatoire supplémentaire, les juges cantonaux ont dès lors respecté les exigences de la maxime inquisitoriale sociale prévue par l'art. 274d al. 3 CO.
Quant à l'appartement décrit dans la fiche no 31, nous verrons plus loin (supra consid. 3.2.4) que sa prise en compte ne permettrait pas de porter à cinq le nombre d'appartements considérés comme comparables avec le logement litigieux. Un examen sous l'angle de l'art. 274d al. 3 CO n'est dès lors pas nécessaire.
3. 3.1 A l'appui de ses conclusions subsidiaires tendant à la validation du congé, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 269a let. a CO. Elle reconnaît qu'il lui incombe de prouver qu'elle est à même de demander à un nouveau locataire un loyer plus élevé, correspondant aux loyers usuels du quartier. Elle estime toutefois que la cour précédente, en ne retenant que trois exemples de comparaison, a fait une application trop restrictive des principes dégagés par le Tribunal fédéral - selon lesquels les éléments de comparaison doivent présenter pour l'essentiel les mêmes caractéristiques que le logement litigieux, l'impression d'ensemble devant prédominer - s'agissant de l'examen des loyers comparatifs lors des résiliations pour justes motifs. Elle considère que c'est à tort que la cour cantonale a écarté les appartements décrits dans les fiches nos 9, 10, 11 et 31 en raison de la non-concordance d'un seul critère parmi plus d'une vingtaine de critères de comparaison, alors que tous les autres critères sont semblables, sinon identiques aux caractéristiques de l'objet de référence.
3. 3.1 A l'appui de ses conclusions subsidiaires tendant à la validation du congé, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 269a let. a CO. Elle reconnaît qu'il lui incombe de prouver qu'elle est à même de demander à un nouveau locataire un loyer plus élevé, correspondant aux loyers usuels du quartier. Elle estime toutefois que la cour précédente, en ne retenant que trois exemples de comparaison, a fait une application trop restrictive des principes dégagés par le Tribunal fédéral - selon lesquels les éléments de comparaison doivent présenter pour l'essentiel les mêmes caractéristiques que le logement litigieux, l'impression d'ensemble devant prédominer - s'agissant de l'examen des loyers comparatifs lors des résiliations pour justes motifs. Elle considère que c'est à tort que la cour cantonale a écarté les appartements décrits dans les fiches nos 9, 10, 11 et 31 en raison de la non-concordance d'un seul critère parmi plus d'une vingtaine de critères de comparaison, alors que tous les autres critères sont semblables, sinon identiques aux caractéristiques de l'objet de référence.
3.2 3.2.1 Concernant la fiche descriptive no 9, l'autorité cantonale a écarté l'objet de comparaison qui y était décrit, le nom du propriétaire n'étant pas indiqué. Il s'agit pourtant d'une information essentielle que la recourante se devait de communiquer (cf. infra consid. 2.4.2) et l'on ne saurait dès lors reprocher à la cour cantonale d'avoir fait une application trop restrictive de l'art. 269a let. a CO.
3.2.2 S'agissant de la fiche no 10, force est de constater que l'état du logement qui y est décrit diffère de celui de l'appartement litigieux (sur le critère de l'état du logement: art. 11 al. 1 OBLF; ATF 123 III 317 consid. 4a p. 319). D'un côté, l'appartement litigieux a été qualifié d'ancien et dans un "état moyen" par la bailleresse elle-même. En outre, il ne ressort pas des faits établis par la cour cantonale (art. 105 al. 1 LTF) que cet appartement est doté d'une cuisine équipée et agencée et la recourante ne critique pas sur ce point les constatations cantonales. D'un autre côté, l'appartement objet de la fiche no 10 est, lui, dans un "excellent état" et il est pourvu d'une cuisine équipée et agencée. Il est manifeste que l'état de l'appartement comparatif n'est pas, pour l'essentiel, le même que celui de l'appartement litigieux. Déjà en fonction de ces descriptions, c'est à bon droit que la cour cantonale n'a pas retenu cet exemple.
C'est donc en vain que la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir sombré dans l'arbitraire en omettant de retenir que le nom du propriétaire du logement décrit dans la fiche no 10 figurait dans le dossier cantonal. La correction du vice allégué n'est en effet pas susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Enfin, la recourante tente d'expliquer que la qualification d'"excellent état" ne doit pas être considérée comme déterminante étant donné que l'appartement en question n'a pas fait l'objet d'une quelconque rénovation alors que l'immeuble dans lequel se situe l'objet litigieux a été complètement rénové en 2001. Ces faits ne ressortent toutefois pas de l'arrêt cantonal et le Tribunal fédéral, qui conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), ne saurait s'écarter de ces derniers, la recourante n'ayant pas expliqué de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réunies.
3.2.3 S'agissant de la fiche no 11, la cour cantonale a constaté que la bailleresse n'avait fourni aucune information quant à l'évolution du loyer de sorte que l'on ne sait si ce loyer ne se révèle lui-même abusif (cf. infra consid. 2.4.2). La recourante conteste ces faits en alléguant que "l'évolution du loyer est parfaitement connue, puisque le loyer a été fixé pour la dernière fois le 1er décembre 2006 avec un taux hypothécaire à 3%". Dès lors qu'elle critique les constatations de fait, la recourante se devait d'indiquer de manière précise, dans son acte de recours, en citant les pièces du dossier utiles, en quoi les conditions d'une rectification seraient réalisées (arrêt 4A_46/2009 du 1er avril 2009 consid. 2.3 et la référence; Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, Berne 2009, no 19 ad art. 97 LTF). En l'espèce, la recourante ne fait référence à aucune pièce du dossier. A supposer qu'elle entendait, à l'appui de ses critiques, invoquer la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst), elle ne motive pas le grief conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (arrêt 5A.169/2008 du 29 janvier 2009, consid. 1.3 non publié in ATF 135 III 321). Elle ne le mentionne notamment pas expressément. Le moyen invoqué par la recourante est irrecevable.
3.2.4 Il n'est dès lors pas nécessaire d'analyser l'exemple décrit dans la fiche no 31; sa prise en compte amènerait à quatre le nombre d'appartements considérés comme comparables avec le logement litigieux et ce nombre est de toute façon insuffisant pour établir les loyers usuels du quartier.
3.3 Au vu de ce qui précède, on ne voit pas que la cour cantonale ait violé le droit fédéral en confirmant, à la suite du Tribunal des baux et loyers, le rejet de la demande en validation du congé fondée sur l'art. 269a let. a CO.
3.4 La recourante estime enfin que les statistiques cantonales genevoises font apparaître des loyers largement supérieurs au loyer litigieux.
Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion d'expliquer que, selon les cas, des statistiques officielles sérieuses, mais qui ne remplissent pas à tout point de vue les exigences de l'art. 11 al. 1 OBLF, peuvent au moins être prises en compte comme un instrument livrant des points de repère objectifs et utilisables comme relevé grossier pour l'établissement des loyers usuels, permettant le cas échéant d'en inférer que le loyer susceptible d'être obtenu d'un nouveau locataire ne peut être qualifié d'abusif au regard d'une nette différence de prix en rapport avec les données statistiques. Il a jugé que tel n'est toutefois pas le cas des statistiques cantonales genevoises, qui ne sont pas assez précises (arrêt 4A_472/2007 du 11 mars 2008 consid. 2.4). La recourante n'ignore pas le contenu de cet arrêt, mais estime que la situation d'espèce est sensiblement différente puisqu'elle a produit des exemples de comparaison en suffisance pour démontrer la validité de son congé et que les statistiques doivent être utilisées comme un indice venant corroborer le bien-fondé du congé. L'argument de la recourante est dénué de pertinence dès lors qu'elle n'est pas parvenue à produire les cinq éléments de comparaison exigés par la jurisprudence du Tribunal fédéral. Le moyen est donc mal fondé.
3.5 Il est retenu que l'argumentation des juges cantonaux relative à l'annulation du congé ne viole pas le droit fédéral. La question de la prolongation de bail, également discutée dans le présent recours, devient sans pertinence.
4. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 21 octobre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget