Fatti:
A. In data 24 maggio 2005, G._, nato nel 1960, all'epoca dei fatti alle dipendenze della ditta X._ in qualità di consulente assicurativo e in quanto tale assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso la Mobiliare Svizzera Società d'assicurazioni (in seguito: Mobiliare), è rimasto vittima di un incidente della circolazione a seguito del quale ha riportato una contusione della colonna cervicale. La Mobiliare ha assunto il caso e corrisposto le prestazioni di legge.
Per decisione del 29 giugno 2006, sostanzialmente confermata il 13 luglio 2007 anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessato, l'assicuratore infortuni ha negato, con effetto dal 1° dicembre 2005, ogni ulteriore obbligo di prestazione per difetto del necessario nesso di causalità (naturale) tra i disturbi lamentati e l'infortunio del 24 maggio 2005.
B. Adito dall'assicurato, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, per giudizio del 9 giugno 2008, ne ha accolto il gravame e, annullata la decisione su opposizione del 13 luglio 2007, ha rinviato gli atti alla Mobiliare per complemento istruttorio (allestimento di una perizia medica) e nuovo provvedimento.
C. Patrocinata dall'avv. Mattia A. Ferrari, la Mobiliare si è aggravata al Tribunale federale con un ricorso in materia di diritto pubblico. Con esso, protestate spese e ripetibili, chiede l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della decisione su opposizione del 13 luglio 2007.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. Giusta l'art. 29 cpv. 1 LTF, il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza. Esso statuisce così liberamente sulla ricevibilità dei ricorsi che gli sono sottoposti (DTF 133 I 185 consid. 2 pag. 188 con riferimenti).
2. Dal momento che non pone termine alla procedura e che non contiene ordini vincolanti di natura materiale suscettibili di sottrarre all'amministrazione ogni margine decisionale (cfr. SVR 2008 IV no. 39 pag. 131, consid. 1.1 [9C_684/2007]; cfr. pure sentenza 8C_682/2007 del 30 luglio 2008 non ancora pubblicata nella Raccolta ufficiale), il giudizio impugnato costituisce una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF (DTF 133 V 477 consid. 4.2 pag. 481). L'ammissibilità del ricorso presuppone di conseguenza - in via alternativa - che la pronuncia possa causare un pregiudizio irreparabile (cpv. 1 lett. a) oppure che l'accoglimento del ricorso comporti immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cpv. 1 lett. b).
3. 3.1 Un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF è un danno di natura giuridica che non può essere riparato ulteriormente da un giudizio finale o da un'altra decisione favorevole al ricorrente (DTF 133 IV 139 consid. 4 pag. 141, 288 consid. 3.1 pag. 291). Per contro, un danno meramente fattuale, come può essere il prolungamento della procedura o un aumento delle sue spese, non può essere considerato irreparabile (DTF 133 I 57 consid. 1 pag. 59 e le sentenze ivi citate).
3.2 Un giudizio cantonale di rinvio per complemento istruttorio e nuova decisione è atto a causare un danno irreparabile all'amministrazione soltanto se contiene delle istruzioni sul modo in cui questa dovrà statuire su determinati aspetti del rapporto giuridico litigioso e se restringe significativamente la sua latitudine di giudizio, impedendole di scostarvisi (DTF 133 V 477 consid. 5.2 pag. 483).
3.3 L'ammissibilità del ricorso per motivi di economia processuale (art. 93 cpv. 1 lett. b LTF) contro una decisione incidentale costituisce un'eccezione e va interpretata restrittivamente, tanto più che le parti non subiscono alcun pregiudizio se non impugnano immediatamente tali decisioni che possono essere contestate contestualmente con la decisione finale (art. 93 cpv. 3 LTF). Il Tribunale federale esamina liberamente se l'accoglimento del ricorso permetterebbe di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa. A tal proposito ha tuttavia precisato che il rinvio della causa all'amministrazione per istruzione complementare e nuova decisione non si traduce di principio in una procedura probatoria provocante un dispendio di tempo e di denaro importanti (sentenza 9C_898/2007 del 24 luglio 2008, consid. 1.2 con riferimenti).
4. 4.1 In concreto, le due condizioni di cui all'art. 93 cpv. 1 LTF non sono soddisfatte. In particolare, contrariamente a quanto pretende l'assicuratore ricorrente, la decisione di rinvio non gli causa un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF poiché non ne restringe in alcun modo la latitudine di giudizio, determinando unicamente una dilazione della procedura quale potrebbe del resto ugualmente provocare l'impugnazione autonoma di una decisione incidentale (DTF 133 V 477 consid. 5.2.1 pag. 483).
4.2 Nel caso di specie, inoltre, neppure si realizzano i presupposti di ammissibilità di cui all'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF (v. sentenze 9C_218/2007 del 19 novembre 2007 e 9C_586/2007 del 12 ottobre 2007 con i rispettivi riferimenti).
4.3 Ne segue che le conclusioni della ricorrente volte ad ottenere l'annullamento della decisione di rinvio della Corte cantonale sono irricevibili.
5. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e devono pertanto essere poste a carico dell'assicuratore infortuni ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). L'introduzione del ricorso da parte della Mobiliare non ha per contro provocato spese al resistente poiché egli non è stato invitato a determinarsi sul gravame.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.