Sachverhalt:
A. X._ wirft Y._ vor, dieser habe am 10. Januar 2007 im Rahmen von Verhandlungen über ein Bauvorhaben ein relevantes Telefongespräch zwischen ihnen ohne seine Einwilligung und sein Wissen elektronisch aufgezeichnet. Wortwahl, Satzbau und Detaillierungsgrad des Protokolls liessen darauf schliessen, dass dieses nur mit Hilfe einer zeitgleichen Aufzeichnung des Telefongesprächs verfasst worden sein könne, zumal der Beschwerdegegner keine Stenographie beherrsche. X._ erhob in der Folge Strafanzeige wegen unbefugten Aufnehmens von Gesprächen im Sinne von Art. 179ter StGB.
B. Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland stellte das Strafverfahren am 8. Mai 2012 ein. Die von X._ gegen den Einstellungsbeschluss erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich am 20. Dezember 2012 ab.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der angefochtene Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben. Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland sei anzuweisen, gegen Y._ ein Strafverfahren zu eröffnen und die notwendigen Untersuchungshandlungen durchzuführen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 81 Abs. 1 BGG ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat; und b) ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Die Liste gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG ist, wie sich aus dem Wort "insbesondere" ergibt, als nicht abschliessend zu verstehen (BGE 136 IV 29 E. 1.2).
1.2 Nach Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 6 BGG kommt der Person, die den Strafantrag stellt, soweit es um das Strafantragsrecht als solches geht, ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zu. Dies ist etwa der Fall, wenn ein Beschwerdeführer geltend macht, er habe seinen Strafantrag entgegen der vorinstanzlichen Auffassung innerhalb der gesetzlich vorgesehenen Frist von drei Monaten seit Kenntnis der Tat und des Täters eingereicht (so im Urteil 6B_559/2009 vom 3. November 2009 E. 1.2).
1.3 Der Beschwerdeführer begründet seine Legitimation damit, dass er Partei des vorinstanzlichen Verfahrens gewesen sei und als Person, die den Strafantrag gegen den Beschwerdegegner gestellt habe, nach Art. 81 Abs. 1 lit. a und lit. b Ziff. 6 BGG legitimiert sei.
1.4 Er rügt in seiner Beschwerde, bei gegebenem Anfangsverdacht könne die Staatsanwaltschaft nicht mit einer Vorwegprognose zu den Erfolgsaussichten der Anklage keine Untersuchungshandlungen durchführen und das Verfahren einstellen. Er wirft der Vorinstanz zudem vor, sie treffe falsche Sachverhaltsfeststellungen, die weder durch Untersuchungshandlungen noch anderweitig bewiesen seien.
Die Beschwerde hat somit offensichtlich nicht das Strafantragsrecht als solches zum Gegenstand, weshalb der Beschwerdeführer nicht gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 6 BGG zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert ist.
1.5 Ein Beschwerderecht steht auch dem Privatkläger zu, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG).
Der Beschwerdeführer legt nicht dar und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern er Opfer (Art. 116 Abs. 1 StPO/Art. 1 Abs. 1 OHG) oder einfacher Geschädigter einer Straftat geworden ist bzw. wie sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann. Er zeigt auch nicht auf, aus welchen anderen Gründen er zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert wäre.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. April 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Keller