Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1952) war Direktorin mit Einzelunterschrift der Y._ AG mit - zuletzt - Sitz im Kanton Basel-Stadt. Das Zivilgericht Basel-Stadt hatte gemäss Handelsregisterauszug gegenüber dieser Gesellschaft am 25. Januar 2007 auf Konkurs erkannt. Mit Verfügung des Konkursrichters vom 6. Januar 2009 wurde das Konkursverfahren für geschlossen erklärt, und die Gesellschaft wurde von Amtes wegen gelöscht.
X._ hatte sich als Geschäftsführerin der Y._ AG (Zweigniederlassung N._) u.a. in den Jahren 1999, 2000, 2001 und 2002 Löhne von Fr. 67'019.--, Fr. 174'333.--, Fr. 111'636.-- und Fr. 117'770.-- auszahlen lassen.
Die Zweigniederlassung N._ der Y._ AG war am A._weg domiziliert, an derselben Adresse, an welcher X._ auch privat gemeldet war und wo diese - mit Kaufvertrag vom 18. August 2000 - die dort stehende Liegenschaft (GB-Nr. _) zum Preis von Fr. 620'000.-- erworben hatte.
B. Mit Kaufvertrag vom 25. November 2005 veräusserte X._ die letztgenannte Liegenschaft zum Preis von Fr. 830'000.-- an Z._.
C. Mit Veranlagungsverfügung vom 13. August 2009 setzte die Steuerkommission Rheinfelden den aus dieser Veräusserung erzielten steuerbaren Grundstückgewinn auf Fr. 135'247.-- fest und verpflichtete X._ zur Bezahlung einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 40'574.--.
Hiegegen erhob X._ Einsprache und verlangte, die Kosten für die Erstellung eines Wintergartens seien bei der Bemessung des Grundstückgewinns als Aufwendungen zu berücksichtigen. Als Beleg reichte sie drei Rechnungen aus dem Jahre 2001 der B._ GmbH mit Sitz in Deutschland im Gesamtbetrag von etwas über 31'000 Euro ein, welche alle auf die "Firma Y._ AG, A._weg, in C._" ausgestellt worden waren.
Nachdem X._ vom Steueramt aufgefordert worden war, einen entsprechenden Zahlungsnachweis beizubringen, reichte sie am 23. Dezember 2009 eine an sie persönlich adressierte "Zahlungsbestätigung" der B._ GmbH mit folgendem Wortlaut ein:
"Sehr geehrte Frau X._
wir bestätigen Ihnen hiermit, dass der von unserer Firma (....) im Jahre 2001 bezogene Wintergarten, damals von Ihnen auch in voller Höhe (DM 62'000,--) bezahlt wurde."
Nach weiterer Korrespondenz - aus welcher hervorgeht, dass das Steueramt die zugestellten Unterlagen nicht für ausreichend erachtete und X._ geltend machte, die Zahlung sei von ihr "privat und zwar in einzelnen Raten in bar erfolgt" - wurde die Letztere schliesslich aufgefordert, "sämtliche Kontoblätter" sowie den "Geschäftsabschluss 2001" der Y._ AG einzureichen, ebenso "Verbuchungsnachweise" für die drei Rechnungen der B._ GmbH.
Am 25. Mai 2010 teilte X._ dem Steueramt mit, die Y._ AG sei im Jahre 2006 in Konkurs gegangen.
D. Am 16. September 2010 wies die Steuerkommission Rheinfelden die Einsprache von X._ betreffend die Festsetzung der Grundstückgewinnsteuer mit der Begründung ab, die Steuerpflichtige habe den ihr obliegenden Nachweis für die von ihr geleisteten Zahlungen nicht erbracht. Auch ein Abgleich mit dem Buchhaltungsabschluss der Y._ AG habe infolge nicht eingereichter Unterlagen nicht durchgeführt werden können.
Der von X._ hiegegen erhobene Rekurs beim Steuerrekursgericht des Kantons Aargau blieb erfolglos, und mit Urteil vom 7. März 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts vom 26. Mai 2011 gerichtete Beschwerde ebenfalls ab.
E. Mit Eingabe vom 9. Mai 2012 führt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (eventualiter subsidiäre Verfassungsbeschwerde) mit dem Hauptantrag, das letztgenannte Urteil aufzuheben und die Anlagekosten "neu um die Auslagen für den Wintergartenanbau zu erhöhen (damals DM 62'000)".
Das gleichzeitig gestellte Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung wies der Abteilungspräsident mit Verfügung vom 14. Mai 2012 ab.
Die kantonalen Akten sind eingeholt, ein Schriftenwechsel ist nicht durchgeführt worden.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) unterliegen Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine - wie hier - in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie betreffen, nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht (vgl. auch Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Für die eventualiter miterhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde besteht daher kein Raum (vgl. Art. 113 BGG).
2. Die vorliegende - grundsätzlich zulässige (E. 1) - Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich als offensichtlich unbegründet (soweit überhaupt darauf eingetreten kann), und sie ist im Verfahren nach Art. 109 BGG mit summarischer Begründung zu erledigen:
2.1 Gemäss Art. 42 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten (Abs. 1). In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Abs. 2). In der Beschwerdebegründung muss konkret auf die für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen der Vorinstanz selber eingegangen werden; diesem Erfordernis genügt nicht, wer dem Bundesgericht eine Begründung vorlegt, die weitgehend deckungsgleich mit derjenigen ist, die der Vorinstanz präsentiert worden ist und womit sich diese befasst hat (BGE 134 II 244 E. 2.3 S. 246 f.).
Die Beschwerdeführerin legt dem Bundesgericht eine Rechtsschrift vor, die auf den Seiten 5-9 praktisch wortwörtlich mit den Seiten 4-8 ihrer Eingabe vom 22. Juni 2011 an das kantonale Verwaltungsgericht übereinstimmt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift aber nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1). Dies tut die Beschwerdeführerin weitestgehend nicht; auf ihre diesbezüglichen Ausführungen ist nicht weiter einzugehen. Dies gilt ganz besonders auch für ihre Kritik an der Auslegung und Anwendung von § 104 Abs. 3 des kantonalen Steuergesetzes (Zurechnungen von Leistungen Dritter zum Veräusserungsgewinn): Die Vorinstanz hat sich mit diesen Einwendungen befasst (E. 4 des angefochtenen Entscheides), ohne dass sich die Beschwerdeführerin - auch nicht im Geringsten - mit den Überlegungen des Verwaltungsgerichts auseinandersetzen würde.
2.2 Soweit die Beschwerdeführerin rügt, die Beweiswürdigung durch das Verwaltungsgericht sei willkürlich (S. 4 unten der Beschwerdeschrift), ist ihr vorab entgegenzuhalten, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (BGE 120 Ia 31 E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offensichtlichen Versehen beruht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 130 II 425 E. 2.1 S. 428; 124 I 208 E. 4a S. 211).
Davon kann vorliegend keine Rede sein:
Zunächst hat sich das Verwaltungsgericht zutreffend zu den Fragen der Beweislastverteilung, dem Risiko der Beweislosigkeit und der Beweiswürdigung im Allgemeinen sowie im (Grundstückgewinn-)Steuerrecht im Besonderen geäussert; diesen Ausführungen (vgl. S. 4 und 5 des angefochtenen Entscheides) ist nichts beizufügen und es kann auf sie verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG). Es ist alsdann nicht willkürlich, wenn das Verwaltungsgericht erkannte, aus der vorgelegten Zahlungsbestätigung der B._ GmbH (vorne lit. C) ergebe sich nicht, dass die Beschwerdeführerin - auch angesichts ihrer leitenden Stellung in der Gesellschaft - die Rechnungen privat (und nicht für die Y._ AG, an welche die Rechnungen gerichtet waren) bezahlt habe. Dass die Beschwerdeführerin aufgrund ihrer Lohnbezüge (vgl. vorne lit. A) in der Lage gewesen wäre, die Rechnungen privat zu bezahlen - wie sie geltend macht - ändert nichts (vgl. die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zu den verdeckten Gewinnausschüttungen in E. 3 seines Entscheides [wobei es den zutreffenden Schluss zieht, der geforderte Nachweis liesse sich nur durch entsprechende Zahlungsbelege der Beschwerdeführerin selbst oder durch die Buchhaltung der inzwischen in Konkurs gegangenen Y._ AG erbringen]).
Auch der Einwand, die Grundstückgewinnsteuerveranlagung sei erst rund vier Jahre nach dem Verkauf der Liegenschaft vorgenommen worden, was es der Beschwerdeführerin verunmöglicht habe, Geschäftsunterlagen der konkursiten und inzwischen untergegangenen Y._ AG beizubringen, ist im Lichte der in zahlreichen Erlassen normierten Regeln über die Aufbewahrung von Geschäftsunterlagen (vgl. etwa Art. 957 in Verbindung mit Art. 962 OR, Art. 70 in Verbindung mit Art. 46 Abs. 2 MWSTG, ferner Art. 13 ff. der Verordnung vom 13. Juli 1911 über die Geschäftsführung der Konkursämter [KOV, SR 281.32]) nicht geeignet, den Vorwurf der Willkür zu begründen: Dass die Beschwerdeführerin entsprechende Bemühungen unternommen hätte, an die heute zweifellos noch vorhandenen Geschäftsunterlagen der Y._ AG - mit welchen es ihr allenfalls gelungen wäre, den Nachweis einer privaten Kostentragung der Aufwendungen für den Wintergarten zu erbringen - zu gelangen, ist weder dargetan noch ersichtlich.
3. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65/66 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Stadtrat Rheinfelden, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht (2. Kammer) des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein