Faits:
A. Par jugement du 1er juillet 2010, le Tribunal correctionnel du canton du Jura a condamné A._ à cinq ans de réclusion, sous déduction de 29 jours de détention préventive, pour actes d'ordre sexuel, contraintes sexuelles, tentative de ces infractions et viols, infractions commises sur sa fille.
A._ a recouru auprès de la Cour pénale du canton du Jura qui, par arrêt du 22 février 2011, a confirmé la condamnation (à l'exception de la tentative) et a réduit la peine à quatre ans et demi de réclusion. Lors du prononcé de son arrêt, la Cour pénale a ordonné l'arrestation immédiate de A._, en raison des risques de fuite et de réitération.
B. Le 25 février 2011, A._ a demandé à la Cour pénale sa mise en liberté, faisant valoir que les conditions posées par le code de procédure pénale jurassien (CPP/JU) n'étaient pas réalisées. La Cour pénale a rejeté cette demande par arrêt du 3 mars 2011. Appliquant le CPP/JU, elle a considéré que l'intéressé, originaire du Kosovo, résidait en Suisse depuis plus de trente ans, avait acquis la nationalité suisse et n'était retourné dans son pays d'origine qu'à trois reprises durant les sept dernières années. Toutefois, selon un rapport médical du 18 février 2011, il avait gardé des liens étroits avec son pays d'origine où résidaient deux frères et deux soeurs, qu'il aidait financièrement. Par ailleurs, la communauté kosovare en Suisse, au sein de laquelle il était très actif, insisterait pour qu'il "punisse" sa fille, de sorte qu'un passage à l'acte violent n'était pas exclu.
C. A._ forme un recours en matière pénale assorti d'une demande d'assistance judiciaire. Il conclut à l'annulation de l'arrêt du 3 mars 2011 et à sa mise en liberté provisoire.
La Cour pénale se réfère à son arrêt et conclut, comme le Ministère public, au rejet du recours.
Le recourant a répliqué, confirmant ses motifs et ses conclusions.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 78 LTF, le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions rendues en matière pénale, notamment les décisions en matière de détention provisoire ou pour des motifs de sûreté.
1.1 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 1 LTF, l'accusé a qualité pour agir. Le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF.
1.2 Le code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0) est entré en vigueur le 1er janvier 2011, et s'applique en principe aux procédures pendantes à cette date (art. 448 CPP). La Cour pénale a statué sur le fond selon l'ancien droit, considérant qu'elle était saisie d'un recours contre une condamnation prononcée le 1er juillet 2010 (art. 453 CPP). Toutefois, les décisions de mise en détention du 22 février 2011 et de refus de mise en liberté du 3 mars 2011 sont indépendantes du fond, de sorte que l'on peut se demander si le principe général d'application immédiate du nouveau droit de procédure (art. 448 CPP) ne devait pas trouver à s'appliquer, y compris en instance de recours (art. 454 CPP). La question peut demeurer indécise car le maintien en détention satisfait, comme on le verra, aux conditions tant du CPP/JU que du CPP.
2. Le recourant invoque en premier lieu son droit d'être entendu, ainsi que le principe d'accusation. La cour ne l'ayant informé de la possibilité d'une arrestation immédiate qu'après la clôture de l'administration des preuves, le recourant n'aurait pas pu préparer sa défense sur ce point.
2.1 Tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de consulter le dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 II 286 consid. 5.1 p. 293; 129 II 497 consid. 2.2 p. 504 s.; 127 I 54 consid. 2b p. 56 et les arrêts cités).
2.2 En matière de détention préventive, le droit d'être entendu ne peut être exercé par la personne concernée avant l'exécution de la mesure, faute de quoi l'objectif poursuivi, soit la prévention d'un risque de fuite, de collusion ou de réitération, pourrait se trouver compromis. Dans un tel cas, le droit d'être entendu est respecté s'il peut être exercé sans retard après la mise en détention. L'art. 5 par. 2 CEDH prévoit ainsi que toute personne arrêtée doit être informée dans le plus court délai des raisons de l'arrestation; elle peut ensuite s'exprimer devant l'autorité judiciaire prévue à l'art. 5 par. 3 CEDH, puis dans le cadre de la procédure de recours au sens de l'art. 5 par. 4 CEDH (cf. art. 224 CPP). Le recourant ne saurait dès lors se prévaloir d'un droit d'être informé, de participer à l'administration des preuves et de pouvoir se défendre avant même la décision de mise en détention. Dès lors qu'il a pu faire valoir ses objections sans délai, dans le cadre de sa demande de mise en liberté, son droit d'être entendu a été respecté.
2.3 Le recourant se plaint aussi de ce que la Cour pénale n'ait pas traité la question du dépôt des papiers à la police, en tant qu'alternative à la détention préventive. Il est vrai que le recourant proposait une telle mesure dans sa demande de mise en liberté. Toutefois, cette dernière a été écartée non seulement en raison du risque de fuite, mais aussi compte tenu du risque de récidive. Le dépôt des papiers ne saurait évidemment constituer une mesure de substitution efficace au regard de ce dernier risque, de sorte que la cour cantonale pouvait s'abstenir de traiter de cette question. Comme on le verra ci-dessous, la mesure proposée serait d'ailleurs également insuffisante pour prévenir le risque de fuite. Il n'y a pas non plus de violation du droit d'être entendu sous cet angle.
3. Invoquant les dispositions constitutionnelles et conventionnelles relatives à la liberté personnelle ainsi que l'art. 387 al. 2 CPP/JU (cf. également l'art. 221 al. 1 let. a CPP), le recourant conteste l'existence de risques de fuite et de récidive. Au sujet du premier, il relève que l'enquête a été ouverte en mai 2005, et qu'il aurait pu prendre la fuite depuis de nombreuses années déjà. Arrivé en Suisse il y a plus de trente ans, le recourant a acquis la nationalité suisse il y a plus de sept ans; à la tête d'une entreprise de peinture, son intégration serait parfaitement réussie. Hormis deux frères et deux soeurs au Kosovo, il n'aurait plus aucun lien avec ce pays alors que sa femme, malade, ainsi que ses enfants se trouvent en Suisse.
3.1 Le risque de fuite doit s'analyser en fonction d'un ensemble de critères tels que le caractère de l'intéressé, sa moralité, ses ressources, ses liens avec l'Etat qui le poursuit ainsi que ses contacts à l'étranger (ATF 117 Ia 69 consid. 4a p. 70 et la jurisprudence citée). La gravité de l'infraction ne peut pas, à elle seule, justifier la prolongation de la détention, même si elle permet souvent de présumer un danger de fuite en raison de l'importance de la peine dont le prévenu est menacé (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62; 117 Ia 69 consid. 4a p. 70; 108 Ia 64 consid. 3 p. 67).
3.2 En l'occurrence, malgré des liens indéniables avec la Suisse, le recourant a conservé certaines attaches avec le Kosovo. Deux frères et deux soeurs vivent dans ce pays, et le recourant leur aurait régulièrement apporté une aide financière. Le recourant conteste ce dernier point, mais la cour cantonale s'est fondée sur un rapport d'expert psychiatre dressé le 18 février 2011 à la demande du recourant et sur la base de ses propres indications. Il n'y a dès lors rien d'arbitraire à retenir ce fait. Par ailleurs, s'il est vrai que le recourant n'a pas pris la fuite pendant l'instruction, ni après le jugement de première instance, la perspective d'une incarcération de longue durée apparaît désormais beaucoup plus concrète depuis la confirmation de la condamnation en appel. Le rapport précité relève également que l'entreprise dirigée par le recourant connaît des difficultés, notamment en raison des investisseurs qui ne veulent plus traiter avec le recourant en raison des actes qui lui sont reprochés. Selon les constatations de l'arrêt attaqué, le fils du recourant s'occupe d'ailleurs déjà de l'entreprise, de sorte que cette dernière ne constitue pas un obstacle suffisant à un départ à l'étranger. Le risque de fuite apparaît dès lors suffisamment concret.
3.3 Bien qu'il évoque la question dans son grief de violation du droit d'être entendu, le recourant ne propose plus, à ce stade, de déposer ses papiers d'identité à la police. Une telle mesure n'est d'ailleurs manifestement pas suffisante pour prévenir un risque de fuite, car un départ à l'étranger est toujours possible, même sans documents d'identité.
3.4 L'affirmation d'un risque de fuite dispense d'examiner s'il existe aussi un risque de réitération, au sens notamment de l'art. 221 al. 1 let. c CPP.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. Le recourant a demandé l'assistance judiciaire et les conditions en sont réunies. Me Mathias Eusebio est désigné comme avocat d'office, rétribué par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise; Me Mathias Eusebio est désigné comme défenseur d'office du recourant et une indemnité de 2000 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à verser par la caisse du Tribunal fédéral; il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Procureure générale suppléante et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 1er avril 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Fonjallaz Kurz