Sachverhalt:
A. Die Y._ AG wurde im Mai 2006 von der Kantonalen Steuerkommission Schaffhausen für die Kantons- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer der Steuerperioden 1999 bis 2004 mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 0.-- und - kantonal - einem steuerbaren Kapital von Fr. 1'200'000.-- eingeschätzt. Abweichend von der Selbstdeklaration der Pflichtigen legte die Veranlagungsbehörde für 1999 den Buchwert bestimmter Kieslandgrundstücke nicht auf 3,2 Mio. Franken, sondern auf Fr. 932'000.-- fest; für 2000 rechnete die Steuerverwaltung Fr. 1'512'000.-- beim Erlös eines Aktienverkaufs auf. Gegen diese Korrekturen erhob die Y._ AG erfolglos Einsprachen und danach Beschwerden an das Obergericht des Kantons Schaffhausen.
B. Als Rechtsnachfolgerin der Y._ AG hat die X._ AG am 7. Mai 2009 Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, die obergerichtlichen Entscheide vom 3. April 2009 in Bezug auf die Staats- (2C_293/2009) und die direkte Bundessteuer (2C_292/2009) aufzuheben. Die Veranlagungen seien gemäss den Selbstdeklarationen vorzunehmen.
C. Die Kantonale Steuerkommission Schaffhausen schliesst auf Abweisung der Beschwerden. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet, ebenso wie die Eidgenössische Steuerverwaltung im Bereich der Kantons- und Gemeindesteuern; für die direkte Bundessteuer beantragt sie, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR. 642.14) zulässig. Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf ihre Rechtsmittel ist somit grundsätzlich einzutreten.
1.3 Es ist jedoch fraglich, ob die Beschwerdeführerin überhaupt ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung der angefochtenen Entscheide hat. Praxisgemäss fehlt es an einem solchen Interesse, wenn der im massgeblichen Veranlagungsjahr erlittene Verlust unstreitig ist und die steuerpflichtige Gesellschaft nur die Höhe der auf das Folgejahr vortragbaren Verluste festgestellt haben will; ob ein rechtsgenügliches Interesse an der Feststellung der Höhe des im Veranlagungsjahr massgeblichen Verlustes unabhängig davon besteht, ob im betreffenden Jahr Steuern zu bezahlen sind, ist bislang offen gelassen worden (vgl. zum Ganzen u.a. ASA 77 257 E. 4.2; StE 2001 B 96.11 Nr. 6 E. 1b; mit weiteren Hinweisen).
Diese Frage scheint sich hier zu stellen, beantragt die Beschwerdeführerin doch, gemäss ihren Selbstdeklarationen veranlagt zu werden, welche auch die Verluste in den jeweiligen Veranlagungsjahren beziffern. Die Frage kann jedoch auch hier unbeantwortet bleiben, weil schon aus einem anderen Grund ein schutzwürdiges Interesse fehlt: Indem die Steuerverwaltung den Landwert von 3,2 Mio. Franken auf Fr. 932'000.-- senkte, erhöhte sich - angesichts der unbestrittenen Vorjahresverluste - der deklarierte Verlust für 1999 um den entsprechenden Differenzbetrag. Im folgenden Jahr wurden zwar aus dem Aktienverkauf Fr. 1'512'000.-- aufgerechnet, wodurch sich der Verlustvortrag in den folgenden Jahren verringerte, aber immer noch höher war als deklariert. Wenn die Beschwerdeführerin gemäss ihren Steuererklärungen veranlagt werden will, beantragt sie somit eine Verminderung der von der Steuerverwaltung festgestellten Verluste. An einer solchen Feststellung hat der Pflichtige aber im Normalfall kein schutzwürdiges Interesse, denn dadurch wird seine Aussicht, zukünftige Gewinne mit diesen Verlusten verrechnen zu können, verringert; zumindest muss von ihm in einem solchen Fall erwartet werden, dass er begründet, weshalb er dennoch ein Interesse an der Gutheissung der Beschwerde hat (vgl. u.a. BGE 133 II 249 E. 1.1 S. 251).
Was die Beschwerdeführerin diesbezüglich vorbringt, vermag ein schutzwürdiges Interesse nicht darzutun, soweit überhaupt ein erkennbarer Zusammenhang mit den beiden hier streitigen Korrekturen besteht. Das gilt namentlich, wenn geltend gemacht wird, durch die Korrekturen reduziere sich die per Ende 2004 ausgewiesene Summe der steuerlich abzugsfähigen Verluste aus den vergangenen Steuerjahren, was sich für die Veranlagungen ab 2005 negativ auswirken werde; die Höhe der abzugsfähigen Verluste per Ende 2003 war aber von der Steuerverwaltung gar nicht korrigiert worden, so dass es insofern auf die Wertberichtung des Landwertes nicht ankam. Weiter werden haftungsrechtliche Risiken angeführt, da die Aktienverkäufe auf der steuerrechtlichen Zulässigkeit der Aufwertung des Kieslandes beruht hätten; die genannten Risiken werden indessen nicht konkret dargelegt und könnten ein schutzwürdiges Interesse auch deshalb nicht begründen, weil der Zivilrichter ohnehin nicht an die steuerrechtliche Qualifikation der betreffenden Vorgänge gebunden wäre. Eine plausible(re) Erklärung für das Vorgehen der Beschwerdeführerin liegt je nachdem in der Befürchtung, dass die im Jahr 1999 vorgenommene Wertkorrektur bei den Aktionären als verdeckte Gewinnausschüttung aufgerechnet werden könnte; sich dagegen zu wehren, wäre aber Sache der Beteiligungsinhaber und nicht im persönlichen Interesse der Beschwerdeführerin, welche ein solches Interesse übrigens nicht geltend gemacht hat.
2. Nach dem Gesagten kann auf die Beschwerden mangels eines schutzwürdigen Interesse nicht eingetreten werden. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_292/2009 und 2C_293/2009 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Kantonalen Steuerkommission Schaffhausen und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter