Sachverhalt:
A. Auf dem in der Landwirtschaftszone liegenden Grundstück Kat.-Nr. 162 in der Gemeinde Hüttikon steht das Wohn- und Ökonomiegebäude Oetwilerstrasse 61. Darin wohnen A und B X._ (Letzterer mit Familie), welche auf der Parzelle einen landwirtschaftlichen Nebenerwerbsbetrieb führen. Das Gebäude wurde als räumlich verschobener Ersatzbau für das frühere Wohn- und Ökonomiegebäude gemäss Baubewilligung vom 17. November 1997 bzw. Ergänzungsbewilligung vom 3. August 1998 erstellt.
Auf Aufforderung der Gemeinde Hüttikon hin ersuchten A und B X._ am 29. März 2006 um die nachträgliche Baubewilligung für sechs Dachflächenfenster. Mit Verfügung vom 25. Februar 2008 verweigerte die Baudirektion des Kantons Zürich die Bewilligung für den bereits vorgenommenen Ausbau des Dachgeschosses und den Einbau der Dachflächenfenster. Gleichzeitig lud sie die Baubehörde Hüttikon ein, innert drei Monaten nach Eintritt der Rechtskraft dieser Verfügung gegenüber den Pflichtigen die erforderlichen Massnahmen zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzuordnen, dies unter Einräumung einer angemessenen Frist. Mit Beschluss vom 25. März 2008 verweigerte daraufhin die Gemeinde Hüttikon die nachträgliche Baubewilligung und forderte die Bauherren unter Androhung der Ersatzvornahme auf, den rechtmässigen Zustand bis spätestens 30. September 2008 wieder herzustellen. Zusammen mit diesem Beschluss wurde den Adressaten auch die Verfügung der Baudirektion vom 25. Februar 2008 eröffnet, die ihnen schon vorher zugestellt worden war.
B. A und B X._ gelangten sowohl gegen die kommunale Verfügung auch als gegen diejenige der Baudirektion an die Baurekurskommission I des Kantons Zürich. Mit Entscheid vom 8. August 2008 vereinigte die Baurekurskommission I die beiden Verfahren, wies den Rekurs ab und setzte die Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands neu auf drei Monate ab Rechtskraft ihres Entscheids an.
C. Dagegen erhoben die Gebrüder X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 5. Februar 2009 ab. Es erachtete weder die Voraussetzungen von Art. 34 Abs. 4 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV; SR 700.1) noch diejenigen der Art. 24 ff. des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700) als erfüllt.
D. A und B X._ beantragen mit ihrer als "Verwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichneten Eingabe vom 23. März 2009 die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 5. Februar 2009, des Rekursentscheids der Baurekurskommission I vom 8. August 2008 sowie der Entscheide der kantonalen Baudirektion (25. Februar 2008) und der Gemeinde Hüttikon (25. März 2008). Eventualiter sei die Sache an die Bewilligungsbehörden zurückzuweisen mit der Einladung, die nachgesuchte Ausnahmebewilligung zu erteilen, eventualiter, von der Anordnung des Rückbaus abzusehen. Subeventualiter sei die Sache an die Bewilligungsbehörden zurückzuweisen mit der Einladung, das Vorliegen der übrigen Voraussetzungen zu prüfen, von denen die Zonenkonformität der Wohnnutzung in der Landwirtschaftszone abhängt. In prozessualer Hinsicht stellen die Beschwerdeführer Antrag auf Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Der Gemeinderat Hüttikon schliesst auf Abweisung der Beschwerde, ebenso wie die Baudirektion des Kantons Zürich. Auch das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) verzichtet auf eine Stellungnahme, da die Beschwerde keine grundsätzlichen planerischen oder planungsrechtlichen Fragen aufwerfe.
Mit Verfügung vom 8. Mai 2009 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Die beiden Beschwerdeführer nehmen - ohne anwaltliche Vertretung - in einem Schreiben vom 10. August 2009 Stellung zur Vernehmlassung des Gemeinderates Hüttikon.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 90 BGG). Gestützt auf Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251).
1.2 Die Beschwerdeführer als Bauherren, welchen die nachträgliche Bewilligung für den Dachausbau und den Einbau von sechs Dachflächenfenstern abgesprochen wurde, sind ohne Weiteres zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG siehe BGE 133 II 249 E. 1.3.3 S. 253 f.). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (dazu E. 1.3 hiernach) grundsätzlich einzutreten ist.
1.3 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt.
1.4 Nicht zu hören sind die Beschwerdeführer mit ihren Begehren, die übrigen vorinstanzlichen Entscheide von Baurekurskommission, Baudirektion und Gemeinde aufzuheben. Diese sind durch den Entscheid des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (BGE 129 II 438 E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
2. Das Verwaltungsgericht hat das nachträgliche Baugesuch der Beschwerdeführer um Erweiterung des Dachgeschosses unter verschiedenen Rechtstiteln geprüft und ist zum Schluss gekommen, es sei nicht bewilligungsfähig. Die Beschwerdeführer machen in einem ersten Schritt geltend, die Vorinstanzen seien zu Unrecht davon ausgegangen, dass die Patentante nicht mehr auf dem Hof wohne. Sie habe jedoch nach wie vor in Hüttikon ihren Wohnsitz, weshalb der Anspruch auf die Einrichtung eines Altenteils zu Unrecht verneint worden sei.
2.1 Beim Wohn- und Oekonomiegebäude der Beschwerdeführer handelt es sich gemäss den unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz um einen in der Lage verschobenen Ersatzbau für ein früheres Gebäude. Die Beschwerdeführer hatten aufgrund einer am 22. Dezember 1995 gemischten Schenkung das Landwirtschaftsland ihrer Tante und Patin (geboren 1920) übernommen. Diese hatte zusammen mit ihrem Lebenspartner bis zu dessen Tod 1977 einen Landwirtschaftsbetrieb geführt und danach das Land an Dritte verpachtet, wobei sie weiterhin auf dem Gut wohnte. Mit Vorentscheid vom 19. November 1996 sowie Verfügung vom 10. Dezember 1997 hatte die Baudirektion festgestellt, dass der geplante Ersatzbau keine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 aRPG benötige. In der Begründung es Vorentscheids war festgehalten worden, es handle sich beim Betrieb der Beschwerdeführer um einen gut arrondierten kleinen Nebenerwerbsbetrieb, der rund 900 Arbeitskraftstunden pro Jahr benötige und daher kein landwirtschaftliches Gewerbe im Sinne des Bundesgesetzes über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1991 (BGBB; SR 211.412.11) darstelle. Die betriebliche Notwendigkeit und die angemessene Dimensionierung des Ersatzbaus wurden bejaht. Die Baubewilligung der Gemeinde wurde darum gestützt auf Art. 22 RPG erteilt. Im Ersatzbau wurden eine 21⁄2- sowie eine 41⁄2-Zimmer-Wohnung von insgesamt knapp 200 m2 Nettogeschossfläche eingerichtet, was gemäss dem angefochtenen Urteil rund 220 m2 Bruttogeschossfläche entspricht. Gemäss ihren eigenen Angaben im kantonalen Verfahren (dazu sogleich E. 2.5 hiernach) teilten sich die Beschwerdeführer den Wohnraum ursprünglich mit ihrer Patentante. Laut den Feststellungen des Verwaltungsgerichts ist die Tante im Jahr 2000 in ein Alters- und Pflegeheim übersiedelt. Heute wohnen die beiden Beschwerdeführer mit der Familie des einen (Frau und zwei Kinder) im Gebäude. Der streitige Dachgeschossausbau umfasst rund 70 m2 zusätzliche Bruttogeschossfläche. Eingerichtet wurden zwei Zimmer, eine Nasszelle und ein Vorplatz, zu deren Belichtung die sechs Dachflächenfenster im Mass von 55 x 98 cm dienen.
2.2 Das Bundesgericht hat sich bereits verschiedentlich mit der Zonenkonformität von Wohnbauten in der Landwirtschaftszone befasst (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 1C_67/2007 vom 20. September 2007). Es hat darin dargelegt, dass auch mit dem neuen Art. 16a RPG an den Kriterien, welche die bundesgerichtliche Rechtsprechung für die Zonenkonformität von Wohnbauten aufgestellt hatte, festgehalten werden sollte (vgl. Botschaft des Bundesrats zu einer Teilrevision des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Mai 1996, BBl 1996 III 533; RUDOLF MUGGLI, Kurzkommentar zum Entwurf für eine Änderung des Raumplanungsgesetzes vom 20. März 1998, Raum & Umwelt 1998, Art. 16a Rz. 4; Urteil des Bundesgerichts 1A.19/2001 vom 22. August 2001, publ. in ZBl 103/2002 S. 582, E. 3b). Davon ging auch der Verordnungsgeber beim Erlass der neuen konkretisierenden Norm von Art. 34 Abs. 3 RPV aus. Danach sind Bauten für den Wohnbedarf in der Landwirtschaftszone zonenkonform, wenn sie für den Betrieb des entsprechenden landwirtschaftlichen Gewerbes unentbehrlich sind. Das setzt voraus, dass aus betrieblichen Gründen die ständige Anwesenheit der bewirtschaftenden Personen erforderlich und die nächste Wohnzone weit entfernt und schwer erreichbar ist (BGE 125 III 175 E. 2b S. 177/178; 121 II 307 E. 3b S. 310 f., je mit Hinweisen). Art. 34 Abs. 3 RPV kodifiziert die bisherige Rechtsprechung, die weiterhin wegleitend sein soll (Urteile des Bundesgerichts 1A.78/2006 vom 1. Dezember 2006, E. 2.3; 1A.19/2001 vom 22. August 2001, publ. in ZBl 103/2002 S. 582, E. 3b und 1A.205/2004 vom 11. Februar 2005, in RDAF 2005 I p. 365, E. 3.3). Wohnraum ausserhalb der Bauzone ist nur zulässig, wenn die Bewirtschaftung aus objektiven Gründen nicht von der Bauzone aus möglich ist (Urteil des Bundesgerichts 1C_67/2007 vom 20. September 2007 E. 3.1 mit Hinweis). Die Beurteilung der Zonenkonformität hängt insbesondere von Art und Umfang der betriebsnotwendigen Überwachungsaufgaben, von der Distanz zur nächsten Wohnzone sowie von der Frage ab, ob das Gewerbe hauptberuflich ausgeübt wird. Ist die Betriebsführung auch von einer Wohnzone aus möglich oder verlangen die betrieblichen Verhältnisse keine dauernde Anwesenheit, fehlt es am erforderlichen sachlichen Bezug des Bauvorhabens zur landwirtschaftlichen Produktion (BERNHARD WALDMANN/PETER HÄNNI, Raumplanungsgesetz, Bern 2006, N. 14 zu Art. 16a). Auf subjektive Vorstellungen und Wünsche der Einzelnen kann es ebenso wenig ankommen wie auf die persönlich Zweckmässigkeit und Bequemlichkeit. In jedem einzelnen Fall ist nach objektiven Kriterien aufgrund einer gesamthaften, mehr an qualitativen als quantitativen Faktoren anknüpfenden Betrachtungsweise zu beurteilen, ob eine betriebliche Notwendigkeit besteht, ausserhalb der Bauzone Wohnsitz zu nehmen (BGE 121 II 67 E. 3a S. 68 f.; Urteil des Bundesgerichts 1A.184/2006 vom 15. Februar 2007 E. 3.3). Schon vor Inkrafttreten der RPG-Revision vom 20. März 1998 hat die Rechtsprechung auch Wohnraum für die abtretende Generation, die ein Leben lang in der Landwirtschaft tätig war, als zonenkonform anerkannt. Massgeblich war, dass es einem betagten Bauern nach Übergabe des Gewerbes an einen jüngeren Inhaber nicht zugemutet werden könne, seinen Hof zu verlassen. Ausserdem sei der frühere Landwirt in der Lage, mit Besorgungen oder Ratschlägen weiterhin wertvolle Dienste für die Bewirtschaftung des Hofes zu leisten, namentlich in Zeiten grosser Arbeitsbelastung oder bei Krankheit oder Militärdienst des Betriebsinhabers. Auf diese Weise könne die bäuerliche Sozialstruktur, zu der auch das Verbleiben der abtretenden Generation auf dem Hof gehöre, aufrechterhalten werden (BGE 116 Ib 228 E. 3a S. 230 f.; Urteil des Bundesgerichts 1A.78/2006 vom 1. Dezember 2006 E. 2.2). Art. 34 Abs. 3 RPV nennt denn auch ausdrücklich den Wohnbedarf der abtretenden Generation als grundsätzlich zonenkonform.
2.3 Das Verwaltungsgericht hat in Berücksichtigung dieser Rechtsprechung zunächst gestützt auf die unbestritten gebliebene Stellungnahme der kantonalen Fachbehörde festgehalten, dass es sich beim Betrieb der Beschwerdeführer nicht um ein landwirtschaftliches Gewerbe im Sinne von Art. 7 BGBB handle. Der zum Nebenerwerb betriebene Landwirtschaftsbetrieb der Beschwerdeführer umfasst einen Futterbaubetrieb mit Rinder- und Mutterkuhhaltung, rund sieben Grossvieheinheiten, sowie eine Betriebsfläche von 7.63 ha. Davon sind 4.88 ha Kulturland. Nach den ebenfalls unbestrittenen Berechnungen des Amts für Landschaft und Natur erfordert die Bewirtschaftung rund 0.4 Standardarbeitskräfte im Sinn von Art. 7 Abs. 1 BGBB. Es ist denn auch nie in Frage gestellt worden, dass der Betrieb nur zum Nebenerwerb geführt wird und nie ein landwirtschaftliches Gewerbe im Ausmass von Art. 7 BGBB dargestellt hat. Die kantonalen Instanzen haben sodann offen gelassen, ob der Betrieb längerfristig überlebensfähig wäre oder ob die ständige Anwesenheit einer Person zur Überwachung der Tiere notwendig sei. Sie erachteten dies nicht als notwendig, weil die Wohnraumerweiterung aus ihrer Sicht bereits das zulässige Höchstmass überschritten hat.
2.4 Wie gesehen nimmt der bewilligte Wohnraum bereits heute eine Bruttogeschossfläche von rund 220 m2 ein. Diese Fläche entspricht derjenigen, die nach dem Merkblatt der kantonalen Baudirektion "Landwirtschaftliches Wohnen" für eine Betriebsleiterwohnung zur Verfügung stehen darf, sofern weitere Voraussetzungen (mind. 2.5 Standardarbeitskräfte nach Art. 7 Abs. 1 BGBB und 300 m Entfernung von der Wohnzone) erfüllt sind. Demzufolge erschien den Vorinstanzen eine zusätzliche Erweiterung um 70 m2 als ausgeschlossen.
Das Verwaltungsgericht sah auch die Voraussetzungen für die Gewährung eines Altenteils als nicht erfüllt an, sei doch die Patentante der beiden Beschwerdeführer gemäss der Rekursschrift vom 1. April 2008 pflegebedürftig und wohne seit dem Jahr 2000 in einem Alters- und Pflegeheim. Im Zusatzformular zum Baugesuch vom 23. November 2006 werde die Tante denn auch nicht unter den auf dem Betrieb lebenden Personen aufgezählt. Da sie nicht mehr auf dem Hof wohnhaft sei, könnten die Beschwerdeführer die für einen Altenteil zulässigen 100 m2 Bruttogeschossfläche nicht neu in Anspruch nehmen. Ein vertraglich eingeräumtes, aber nicht ausgeübtes Wohnrecht könne nicht beachtlich sein.
2.5 Die Feststellungen des Verwaltungsgerichts zur zulässigen Grösse für eine Betriebsleiterwohnung sind bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Daran ändert nichts, dass das am 15. Februar 2009 überarbeitete Merkblatt neu eine Bruttogeschossfläche von 120 m2 für den Altenteil vorsieht. Die Argumentation des Verwaltungsgerichts steht insgesamt in Übereinstimmung mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung. Die Beschwerdeführer bestreiten die von der Vorinstanz gemachten Berechnungen auch nicht und stellen ebenso wenig in Abrede, dass es sich bei ihrem Betrieb um einen Nebenerwerbsbetrieb handelt. Sie bringen aber erstmals vor Bundesgericht vor, ihre Tante wohne sehr wohl noch in Hüttikon. Sie werfen dem Verwaltungsgericht darum eine offensichtlich falsche Feststellung des Sachverhalts vor. Der fehlende Eintrag auf dem Baugesuchsblatt sei auf einen Irrtum zurückzuführen. Sie hätten aber auf einen in das Gebäude integrierten Altenteil verwiesen. Darauf hätten sie bereits in ihrer Beschwerde ans Verwaltungsgericht aufmerksam gemacht. Zur Zeit des Ausbaus sei die Tante nicht nur noch in Hüttikon angemeldet gewesen, was sie auch heute noch sei, sondern habe effektiv noch weitgehend auf dem Hof gewohnt. Die Beschwerdeführer hätten sich hinsichtlich des amtlichen Wohnsitzes bei ihrer Rekurseingabe geirrt. Als das Baugesuch für den nicht bewilligten Ausbau hätte gestellt werden müssen, habe daher noch Bedarf für den Altenteil bestanden. Für die Beurteilung der materiellen Rechtmässigkeit des Ausbaus seien die tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse bei der Errichtung massgebend.
2.6 Abgesehen davon, dass es sich bei der Wohnsitzbestätigung um ein unzulässiges Novum vor Bundesgericht handelt (Art. 99 Abs. 1 BGG), auf welches nicht einzutreten ist, erwecken die nachgeschobenen Erklärungen den Anschein einer reinen Schutzbehauptung. Einzig aufgrund des amtlichen Wohnsitzes lässt sich nicht auch die faktische Wohnsituation belegen. Schon gar nicht ist dem Verwaltungsgericht eine falsche Feststellung des Sachverhalts vorzuwerfen, hat es doch auf die eigenen Angaben der Beschwerdeführer abgestellt. Wie die Gemeinde im Übrigen in ihrer Vernehmlassung ans Bundesgericht zu Recht zu bedenken gibt, ist ein Heimaufenthalt nicht gleichbedeutend mit dem gesetzlichen Wohnsitz. Gemäss ihrer Darstellung lebt die Tante seit 2000 im Alters- und Pflegeheim Sunnewies in Tobel. Die Gemeinde belegt dies mittels einer per E-mail zugestellten Bestätigung der Heimleitung. Danach wohnt die Tante seit dem 6. April 2000 ohne Unterbruch im Heim. In ihrer ohne anwaltliche Vertretung eingereichten Replik gestehen denn die Beschwerdeführer auch zu, die Tante lebe seit ihrem Sturz im Jahr 2000 im Alterszentrum Sunnewies. Eine Rückkehr sei aber nicht ausgeschlossen. Lediglich gestützt auf ungewisse Prognosen lässt sich kein Anspruch auf einen Altenteil ableiten. Das Urteil des Verwaltungsgerichts ist auch in diesem Punkt in Übereinstimmung mit dem Bundesrecht ergangen.
3. Weiter bemängeln die Beschwerdeführer, dass es das Verwaltungsgericht abgelehnt habe, die weiteren Voraussetzungen für eine Bewilligung nach Art. 34 Abs. 4 RPV zu prüfen.
3.1 Das Verwaltungsgericht hat die Gründe für dieses Vorgehen dargetan. Es erachtete zusammen mit den Vorinstanzen eine weitergehende Prüfung als nicht notwendig, da die Beschwerdeführer schon vor dem Ausbau des Dachgeschosses die zulässige Bruttogeschossfläche für eine Betriebsleiterwohnung ausserhalb der Bauzone konsumiert hatten. Den entsprechenden Ausführungen im angefochtenen Urteil ist ohne Weiteres zu folgen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
4. Wie bereits vor Verwaltungsgericht machen die Beschwerdeführer sinngemäss geltend, die Verweigerung der nachträglichen Bewilligung für den Dachstockausbau stehe in Widerspruch zu den früheren Bewilligungen aus den Jahren 1996/97 für den Ersatzbau. Dannzumal sei die Ersatzbaute als zonenkonform qualifiziert und ihr Betrieb als kleiner Nebenerwerbsbetrieb bezeichnet worden. Mit der Abweisung des nachträglichen Baugesuches seien die Vorinstanzen in unzulässiger Weise auf die früheren Verfügungen zurückgekommen, was einen Verstoss gegen das Vertrauensprinzip bedeute.
4.1 Zu Recht hat das Verwaltungsgericht in einem ersten Schritt festgestellt, dass kein formeller Widerruf der Bewilligungen vom 19. November 1996 resp. 10. Dezember 1997 erfolgt sei. Nach eingehenden Erwägungen gelangt es zum Schluss, die Zulässigkeit des Erweiterungsbaus im Dachgeschoss sei unabhängig von der Zonenkonformität des Betriebs und der ursprünglich bewilligten Wohnfläche wegen der Entbehrlichkeit des zusätzlichen Wohnraums zu verneinen. Dieser Grund sei mit den früheren Verfügungen vereinbar. Dem ist vollumfänglich zuzustimmen.
4.2 Der Vollständigkeit halber äussert sich das Verwaltungsgericht trotzdem zur Argumentation seiner Vorinstanzen und hält letzteren entgegen, sie könnten den beschwerdeführerischen Betrieb nicht einfach als nicht überlebensfähig und damit zonenwidrig bezeichnen, nur weil es sich um einen Nebenerwerbsbetrieb handle. Nebenerwerbsbetriebe seien in der Landwirtschaftszone nach wie vor zulässig. Für Wohnbauten setze allerdings Art. 34 Abs. 3 RPV das Vorliegen eines landwirtschaftlichen Gewerbes voraus. Laut Bundesgericht sei für die Frage, ob Wohnraum in der Landwirtschaftszone zulässig sei, u.a. massgeblich, ob das Gewerbe hauptberuflich ausgeübt werde. Das Vorliegen eines landwirtschaftlichen Gewerbes und die Haupterwerbstätigkeit könnten allerdings nicht unbesehen gleichgesetzt werden.
4.3 Die Beschwerdeführer bringen keine hinreichend substantiierten Gründe vor, welche diese Schlussfolgerungen widerlegen würden. Zum einen wurden die Bewilligungen aus den Jahren 1996/97 nicht widerrufen, weshalb sich die Vertrauensschutzproblematik nicht stellt. Zum andern können sie nicht aus dem Umstand, dass der Nebenerwerbsbetrieb 1996/97 als zonenkonform beurteilt wurde, einen beliebigen Anspruch auf Wohnraum ableiten (vgl. dazu die vom Verwaltungsgericht zitierten Urteile des Bundesgerichts 1A.312/2005 vom 27. September 2006 E. 3.2 und 1C_67/2007 vom 20. September 2007 E. 3.1). Auch diese Rüge ist mit Verweis auf das angefochtene Urteil (Art. 109 Abs. 3 BGG) abzuweisen.
5. Schliesslich fordern die Beschwerdeführer, ihr Ausbau sei unter dem Rechtstitel von Art. 24c RPG zu bewilligen, nachdem die Baudirektion die Baute als nicht zonenkonform bezeichnet habe. Auch das Verwaltungsgericht gehe trotz gegenteiliger Behauptung offenbar davon aus, die Baute sei nicht mehr zonenkonform, spreche es ihr doch die "Landwirtschaftlichkeit" ab. Indem die Behörden ihren Betrieb plötzlich als zonenwidrig qualifizierten, hätten die Beschwerdeführer dieselben Folgen zu gewärtigen, wie wenn ihr Gebäude zufolge Änderung von Erlassen oder Plänen nachträglich zonenwidrig geworden wäre. Deswegen sei Art. 24c RPG anwendbar.
5.1 Gemäss Art. 24c Abs. 1 RPG sind bestimmungsgemäss nutzbare Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen, die nicht mehr zonenkonform sind, in ihrem Bestand geschützt. Solche Bauten und Anlagen können mit Bewilligung der zuständigen Behörde erneuert, teilweise geändert, massvoll erweitert oder wiederaufgebaut werden, sofern sie rechtmässig erstellt oder geändert worden sind. In jedem Fall bleibt die Vereinbarkeit mit den wichtigen Anliegen der Raumplanung vorbehalten (Abs. 2). Präzisierend dazu hält Art. 41 RPV fest, Art. 24c RPG sei anwendbar auf Bauten und Anlagen, die seinerzeit in Übereinstimmung mit dem materiellen Recht erstellt oder geändert wurden, durch die nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen jedoch zonenwidrig geworden sind.
5.2 Die Bestandesgarantie von Art. 24c RPG erstreckt sich nur auf Bauten, die erstens ausserhalb der Bauzonen liegen, zweitens rechtmässig erstellt oder geändert wurden, drittens eine Rechtsänderung erfahren haben (im Rahmen derer sie neu einer Nichtbauzone zugewiesen wurden), viertens infolge dieser Rechtsänderung zonenwidrig geworden sind (da sie nicht landwirtschaftlich genutzt waren) und fünftens noch bestimmungsgemäss nutzbar sind. Im Falle des Wiederaufbaues muss schliesslich an der Nutzung ein ununterbrochenes Interesse bestehen. Für über längere Zeit verlassene Bauten kommt ein Wiederaufbau von vornherein nicht in Betracht (Art. 42 Abs. 4 RPV; Bundesamt für Raumentwicklung, Erläuterungen zur Raumplanungsverordnung, S. 46; Bundesamt für Raumentwicklung, Bewilligungen nach Art. 24c RPG: Änderungen an zonenwidrig gewordenen Bauten und Anlagen, S. 5). Es geht damit in erster Linie um Bauten, die vor dem 1. Juli 1972 in Übereinstimmung mit dem materiellen Recht erstellt und aufgrund einer späteren Rechtsänderung zonenwidrig geworden sind. Die Bestandesgarantie bezieht sich nicht auf Bauten, bei denen die Zonenwidrigkeit ohne Rechtsänderung, sondern allein durch tatsächliche Änderungen, wie namentlich die Aufgabe des Landwirtschaftsbetriebes, entstanden ist (BGE 129 II 28 E. 4.2.1; PETER KARLEN, Die Ausnahmebewilligung nach Art. 24-24d RPG, System der neuen Regelung, in: ZBl 102/2001 S. 291, 296 f.).
5.3 Die Beschwerdeführer verkennen mit ihrer Argumentation, dass das Verwaltungsgericht ihren Betrieb eben nicht als grundsätzlich zonenwidrig beurteilt hat. Lediglich das Anrecht auf zusätzlichen Wohnraum wurde dem Nebenerwerbsbetrieb abgesprochen. Dazu kann auf E. 4.2 und 4.3 hiervor verwiesen werden. Ein Anwendungsfall von Art. 24c RPG liegt darum schon aus diesem Grund nicht vor. Es besteht gestützt auf Art. 34 Abs. 4 RPV auch bei einem Haupterwerbsbetrieb kein unbegrenzter Anspruch auf Wohn- oder Ökonomiefläche ausserhalb der Bauzone. Abzustellen ist jeweils auf die konkreten Gegebenheiten und die individuelle Betriebsstruktur. Das Verwaltungsgericht hat entgegen der Behauptung nicht die "Landwirtschaftlichkeit" des Betriebs verneint, sondern in E. 4.4 ausgeführt, das Vorliegen eines landwirtschaftlichen Gewerbes und die Haupterwerbstätigkeit dürften nicht unbesehen gleichgesetzt werden. Bei der längerfristigen Überlebensfähigkeit bzw. Wirtschaftlichkeit im Sinn von Art. 34 Abs. 4 lit. c und Abs. 5 RPV handle es sich um weitere, für Wohn- und Ökonomiegebäude gleichermassen geltende, zusammenhängende Anforderungen. Diese Betrachtungsweise hält vor Bundesrecht stand.
6. Die Beschwerdeführer haben die Verhältnismässigkeit des geforderten Rückbaus nicht beanstandet. Auf Grund der vorstehenden Ausführungen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Entsprechend sind die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Gemeinde Hüttikon, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer