Faits:
A. Depuis 1984, X._ (ci-après: l'intéressée) est propriétaire d'un immeuble à A._ dans lequel elle a habité du 30 juillet 1985 au 31 juillet 2003. Le 21 février 2003, elle a acquis un autre bien immobilier à B._ dans lequel elle a emménagé le 1er août 2003, mettant en location l'immeuble de A._ dès le 1er septembre 2003.
Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2003 en matière d'impôt cantonal et communal, l'intéressée a inscrit l'immeuble de A._ sous "immeuble locatif ou loué" auquel elle a appliqué un abattement de 40% (1'534'194 fr.). Elle a inscrit l'immeuble de B._ sous la rubrique "occupé par le propriétaire" et appliqué un abattement de 4% à sa valeur fiscale (5'760'000 fr.).
De même, dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2004 en matière d'impôt cantonal et communal, l'intéressée a appliqué un abattement de 40% et déclaré une fortune de 1'534'194 fr. pour l'immeuble de A._. Elle a appliqué un abattement de 8% à la valeur de l'immeuble de B._ et déclaré une valeur fiscale de 5'520'000 fr.
Par décision du 19 mai 2005, l'Administration fiscale cantonale a fixé la valeur fiscale de l'immeuble de A._ pour l'impôt cantonal et communal 2003 à 2'487'742 fr. sans admettre l'abattement de 40%. Celui de B._ a été imposé conformément à la déclaration.
Par décision du 5 décembre 2005 concernant l'impôt cantonal et communal 2004, l'Administration fiscale cantonale a refusé l'abattement de 40%, retenant une valeur fiscale pour l'immeuble de A._ de 2'487'742 fr. Celui de B._ a été imposé conformément à la déclaration.
Par décisions des 7 et 18 décembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations déposées par l'intéressée contre les décisions de taxation des 19 mai et 5 décembre 2005. Par décision du 29 septembre 2008, la Commission de recours en matière administrative a confirmé les décisions sur réclamation des 7 et 18 décembre 2006. L'intéressée a déposé un recours contre cette dernière décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève.
B. Par arrêt du 29 juillet 2009, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours. L'art. 7 let. e de la loi cantonale du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune (LIPP-III; en vigueur depuis le 1er janvier 2001; remplacée, depuis le 1er janvier 2010, par la loi cantonale du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [LIPP; RSGE D 3 08], dont l'art. 50 let. e a une teneur identique) n'accordait pas d'abattement de 40% sur la valeur de l'immeuble de A._, puisque l'abattement ne se justifiait que par le fait que le propriétaire occupant son immeuble n'en tire aucun revenu lui permettant de s'acquitter de l'impôt. Or, l'immeuble en cause était loué à un tiers depuis le 1er septembre 2003.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'intéressée demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 29 juillet 2009 par le Tribunal administratif et de fixer la valeur fiscale de l'immeuble de A._ à 1'534'194 fr., subsidiairement de fixer la valeur fiscale de l'immeuble de B._ à 4'977'240 fr., de nouveaux bordereaux d'impôt cantonal et communal pour les périodes 2003 et 2004 étant établis en ce sens. Elle se plaint de la violation des art. 127 Cst. et 7 let. e LIPP-III.
Le Tribunal administratif n'a pas formulé d'observation sur le recours. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours sous suite d'émolument.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Etant particulièrement atteinte par l'arrêt attaqué et ayant un intérêt digne de protection à sa modification, la recourante a qualité pour recourir (art. 89 LTF).
2. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID, loi fédérale sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14).
D'après l'art. 106 al. 2 LTF en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.). Dans ce cas, l'art. 106 al. 2 LTF exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).
3. Le litige porte sur l'importance de l'abattement applicable à la valeur fiscale, au titre de l'impôt sur la fortune des personnes physiques des années 2003 et 2004 du canton de Genève, de deux immeubles appartenant à la recourante.
3.1 Réglé aux art. 13 et 14 LHID, l'impôt sur la fortune des personnes physiques a pour objet l'ensemble de la fortune nette (art. 13 al. 1 LHID) qui se détermine selon les règles d'évaluation prévues à l'art. 14 LHID. Selon l'art. 14 al. 1 LHID, la fortune est estimée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en considération de façon appropriée.
La loi sur l'harmonisation fiscale ne prescrivant pas au législateur cantonal une méthode d'évaluation précise pour déterminer cette valeur, les cantons disposent en la matière d'une marge de manoeuvre importante pour élaborer et appliquer leur réglementation. Les cantons ne peuvent toutefois pas prévoir de règles d'évaluation tendant de manière générale à une sur- ou sous-estimation des immeubles, par exemple en instituant un abattement automatique de leur valeur vénale pour en déterminer la valeur fiscale, ou en fondant l'imposition sur un pour-cent de la valeur vénale (cf. sur ces questions: ATF 134 II 207 consid. 3.6 p. 214; 131 I 291 consid. 3.2.2 p. 307 s.; 128 I 240 consid. 3.2.3 et 3.2.4 p. 249 s.). Le Tribunal fédéral a notamment jugé qu'une disposition de droit fiscal cantonal qui fixait à 60%, "en règle générale", la valeur imposable des immeubles au titre de l'impôt sur la fortune, était contraire à l'article 14 al. 1 LHID, qui s'en tenait, sous réserve d'exceptions non pertinentes en l'espèce, à la valeur vénale, et n'admettait donc pas une "réduction" générale de celle-ci à 60% (ATF 124 I 145 consid. 6b et 6c p. 158 s.).
3.2 Dans le canton de Genève, l'art. 4 LIPP-III précise que la fortune mobilière et immobilière, établie au 31 décembre de l'année pour laquelle l'impôt est dû (al. 1), est en règle générale estimée à sa valeur vénale (al. 2), sous réserve - outre les marchandises (al. 4) - des biens immatériels et de la fortune mobilière (al. 3). Les immeubles situés dans le canton sont estimés d'après l'art. 7 LIPP-III dont la teneur est la suivante:
Art. 7 Immeubles
I. Principe d'estimation; II. Expertises
L'évaluation des immeubles situés dans le canton est faite d'après les principes suivants:
[...]
e) les autres immeubles, notamment les villas, parcs, jardins d'agrément, ainsi que les immeubles en copropriété par étage, sont estimés en tenant compte du coût de leur construction, de leur état de vétusté, de leur ancienneté, des nuisances éventuelles, de leur situation, des servitudes et autres charges foncières les grevant, de prix d'achats récents ou d'attribution ensuite de succession ou de donation et des prix obtenus pour d'autres propriétés de même nature qui se trouvent dans des conditions analogues, à l'exception des ventes effectuées à des prix de caractère spéculatif.
Cette estimation est diminuée de 4% par année d'occupation continue par le même propriétaire ou usufruitier, jusqu'à concurrence de 40%. Il est également tenu compte de la durée d'occupation continue par le précédent propriétaire, lorsqu'il s'agit, en cas de liquidation du régime matrimonial, de donation, d'acquisition par avancement d'hoirie ou par succession, du conjoint, de ses parents en ligne directe ou de ses frères et s?urs. [...]
3.3 Comme la loi sur l'harmonisation fiscale laisse une marge de manoeuvre importante au législateur cantonal en matière d'estimation de la valeur fiscale des immeubles (cf. consid. 3.1 ci-dessus), le Tribunal fédéral ne peut se saisir que des griefs motivés conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 2.1 ci-dessus). Le Tribunal fédéral doit par conséquent s'en tenir aux seuls griefs énoncés par la recourante, qui ne portent pas sur la comptabilité de l'abattement automatique prévu par l'art. 7 LIPP-III avec l'art. 14 LHID, que le Tribunal administratif n'a du reste lui-même pas non plus examinée.
4. Invoquant l'art. 127 Cst., la recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir violé le droit cantonal et par conséquent de porter atteinte à ses droits fondamentaux que sont le principe de la légalité et le droit à l'égalité.
4.1 Selon l'art. 127 al. 1 Cst., les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi. L'art. 127 al. 2 Cst. prévoit que, dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
4.2 Les dispositions d'impôt cantonal sur la fortune immobilière, dont se réclame la recourante, se trouvent à l'art. 7 let. e LIPP-III. Il n'est pas contesté que la loi cantonale du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune est une loi cantonale au sens formel, de sorte que les griefs de violation du principe de la légalité et du droit à l'égalité formulés par la recourante se confondent avec le grief de violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'interprétation et l'application du droit cantonal (sur cette notion: ATF 135 V 2 consid. 1.3, p. 4 s.).
4.3 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a jugé que l'art. 7 let. e LIPP-III ne conférait pas à la recourante le droit de bénéficier de l'abattement de 40%, puisqu'elle occupait de manière effective un autre immeuble que celui pour lequel elle réclamait l'abattement. Il a encore ajouté que l'institution du remploi en matière d'impôt cantonal sur les bénéfices et les gains immobiliers impliquait une aliénation et qu'une telle aliénation était inexistante dans le cas de la recourante qui avait conservé son immeuble de A._ tout en déménageant dans son immeuble de B._.
4.4 Dans son mémoire, la recourante se borne à opposer son point de vue à celui du Tribunal administratif sur l'interprétation et l'application du droit cantonal sans exposer concrètement en quoi la solution adoptée dans l'arrêt attaqué serait insoutenable dans sa motivation et arbitraire dans son résultat (ATF 131 I 57 consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée). Ne répondant pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, les griefs de la recourante sont irrecevables.
5. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section.
Lausanne, le 24 février 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey