Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 21. März 2012 sprach das Bundesstrafgericht, Strafkammer, X._ von der durch die Bundesanwaltschaft gegen ihn erhobenen Anklage frei. Gleichzeitig entschied die Strafkammer, dass die beschlagnahmten Vermögenswerte des Freigesprochenen nach Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils freizugeben seien. Am 30. Januar 2013 stellte die Strafkammer die Begründung des Strafurteils den Parteien zu.
B. Am 20. Juni 2012 wies das Bundesstrafgericht, Strafkammer, das Gesuch des Freigesprochenen um Aufhebung der ihn betreffenden Beschlagnahmung ab. Die von ihm dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, mit Beschluss vom 30. November 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen den Entscheid vom 30. November 2012 der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts gelangte X._ mit Beschwerde vom 21. Dezember 2012 an die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts (Verfahren 1B_781/2012). Er beantragt in der Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Entscheides.
Die Bundesanwaltschaft beantragt mit Vernehmlassung vom 11. Februar 2013 die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts machte (in ihrem Übermittlungsschreiben vom 16. Januar 2013) keine inhaltlichen Bemerkungen. Die Strafkammer des Bundesstrafgerichts liess sich am 30. Januar 2013 vernehmen. Der Beschwerdeführer bzw. die Bundesanwaltschaft reichten am 11. Februar bzw. 5. März 2013 unaufgefordert je eine Stellungnahme ein. Eine weitere Vernehmlassung erfolgte seitens der Strafkammer des Bundesstrafgerichts am 12. März 2013. Der Beschwerdeführer replizierte am 14., 15., 25. und 28. März 2013.
D. Am 4. März 2013 erhoben sowohl X._ als auch die Bundesanwaltschaft je Beschwerden bei der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts gegen das Urteil vom 21. März 2012 der Strafkammer des Bundesstrafgerichts (Verfahren 6B_247/2013 bzw. 6B_238/2013). Die Beschwerde der Bundesanwaltschaft (6B_238/2013) richtet sich insbesondere gegen die Aufhebung der Beschlagnahmung.
E. Mit Schreiben vom 12. März 2013 nahm die Strafkammer des Bundesstrafgerichts in Aussicht, angesichts des eingetretenen Zeitablaufs (und noch während der hängigen Beschwerdeverfahren 1B_781/2012, 6B_238/2013 und 6B_247/2013 vor Bundesgericht) neu über die streitige Beschlagnahme zu entscheiden. Mit Schreiben vom 21. März 2013 eröffnete die Strafkammer einen entsprechenden Schriftenwechsel bei den Parteien
F. Mit prozessleitender Verfügung vom 16. April 2013 sistierte die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts das Verfahren 1B_781/2012 längstens bis zum hängigen Entscheid der Strafkammer des Bundesstrafgerichts über die Fortsetzung oder Aufhebung der Beschlagnahme.
G. Am 18. April 2013 verfügte die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts im Verfahren 6B_238/2013 superprovisorisch, dass (bis zum Entscheid über das Gesuch vom 15. April 2013 der Bundesanwaltschaft betreffend aufschiebende Wirkung der Beschwerde) jegliche Vollziehungsvorkehren zu unterbleiben haben.
H. Mit Beschluss vom 30. April 2013 stellte die Strafkammer des Bundesstrafgerichts fest, dass ihr Urteil vom 21. März 2012 "vollumfänglich in Rechtskraft erwachsen" sei. Die Strafkammer erwog, dass der Vollzug der Aufhebung der Beschlagnahme angesichts der prozessleitenden superprovisorischen Verfügung vom 18. April 2013 der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts (im Verfahren 6B_238/2013) aber derzeit "nicht möglich" sei. Erst nach einer allfälligen Abweisung des Gesuches der Bundesanwaltschaft vom 15. April 2013 um aufschiebende Wirkung der Beschwerde werde das Urteil (im Hinblick auf die hier streitige Beschlagnahmung) vollziehbar.
Erwägungen:
1. In ihrem Beschluss vom 30. April 2013 erwägt die Strafkammer des Bundesstrafgerichts, dass es Sache der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts sein werde, in den hängigen Beschwerdeverfahren 6B_238/2013 und 6B_247/2013 (materiell bzw. im Rahmen eines prozessleitenden Entscheides betreffende aufschiebende Wirkung) über die hier streitige Beschlagnahmung zu entscheiden. Damit ist das am 16. April 2013 sistierte Beschwerdeverfahren 1B_781/2012 wieder aufzunehmen und es ist zu prüfen, ob die Beschwerde in der vorliegenden prozessualen Konstellation zulässig erscheint.
2. Als oberste rechtsprechende Behörde des Bundes soll sich das Bundesgericht in der Regel nur einmal mit der gleichen Streitsache befassen müssen. Nach ständiger Praxis zu Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist ein Vor- oder Zwischenentscheid daher nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen (für die rechtsuchende Partei günstigen) Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 136 IV 92 E. 4 S. 95; 135 I 261 E. 1.2 S. 263; je mit Hinweisen). Zwischenentscheide sind grundsätzlich mit Beschwerde gegen den Endentscheid anzufechten, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (Art. 93 Abs. 3 BGG).
Der angefochtene Entscheid schliesst das Strafverfahren nicht ab. Es handelt sich um einen strafprozessualen Zwischenentscheid. Die Bestimmung von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG soll vermeiden, dass sich das Bundesgericht mehrmals hintereinander, zumal innert kurzer Frist, mit der gleichen Sache befassen muss. Beschwerden gegen Zwischenentscheide sind nur zulässig, wenn ein Rechtsnachteil droht, der im Rahmen einer Anfechtung des Endentscheides nicht mehr wirksam behoben werden könnte. Zwar wird bei strafprozessualen Vermögensbeschlagnahmen während hängigen Untersuchungsverfahren ein solcher Nachteil in der Regel bejaht. Bei solchen Zwangsmassnahmen im Vorverfahren ist jedoch zu berücksichtigen, dass dort eine Anklageerhebung und baldige gerichtliche Beurteilung regelmässig noch nicht unmittelbar in Aussicht steht und deshalb (ohne Anfechtung des Zwischenentscheides) eine jahrelange wirtschaftliche Beeinträchtigung droht. Im vorliegenden Fall ist die prozessuale Konstellation deutlich anders: Bereits am 21. März 2012 ist die gerichtliche Beurteilung durch die Strafkammer des Bundesstrafgerichts erfolgt. Seit dem 4. März 2013 sind Beschwerden der Bundesanwaltschaft und des Beschwerdeführers gegen das erstinstanzliche Urteil bei der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hängig. Am 18. April 2013 verfügte die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts (im Verfahren 6B_238/2013) superprovisorisch, dass (bis zum Entscheid über das Gesuch vom 15. April 2013 der Bundesanwaltschaft betreffend aufschiebende Wirkung der Beschwerde) jegliche Vollziehungsvorkehren zu unterbleiben haben. Mit dem ausstehenden Entscheid in der Sache (oder noch früher im Rahmen einer allfälligen separaten Verfügung über das Gesuch vom 15. April 2013 um aufschiebende Wirkung) wird die Strafrechtliche Abteilung in absehbarer Zeit auch über das Schicksal der hier streitigen Beschlagnahmung zu entscheiden haben. Mit dem ausstehenden baldigen Endentscheid in der Sache ist ein ausreichender Rechtsschutz durch das Bundesgericht gewährleistet. Daher droht hier kein Rechtsnachteil, der im Rahmen des Endentscheides der Strafrechtlichen Abteilung nicht mehr rechtzeitig behoben werden könnte. Dass verschiedene Abteilungen des Bundesgerichts innert kurzer Zeit zwei Mal über dieselbe Streitsache zu befinden hätten, käme vielmehr einem Prozessleerlauf nahe.
3. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das am 16. April 2013 sistierte Beschwerdeverfahren wird wieder aufgenommen.
2. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, und dem Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Mai 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster