Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête pénale ouverte à Genève pour blanchiment d'argent contre A._, les comptes bancaires de ce dernier ont été bloqués le 11 juillet 2006. L'Office fédéral de la justice (OFJ) a ensuite transmis aux autorités françaises une demande de délégation de la poursuite pénale. Les 6 et 29 novembre 2007, A._ a demandé à l'OFJ la levée du séquestre sur son compte auprès de la BCG. L'OFJ s'est déclaré incompétent et a transmis la demande au Procureur genevois qui a, lui aussi, refusé de statuer.
Par arrêt du 8 avril 2008, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) a notamment considéré que l'OFJ était compétent pour statuer sur les mesures relatives au séquestre tant que durait la procédure de délégation à l'étranger. La cause lui a été renvoyée afin qu'il invite les autorités françaises, dans les meilleurs délais, à se déterminer sur la demande de délégation et à déposer, dans les deux mois dès l'entrée en force de l'arrêt du TPF, une demande de blocage du compte concerné.
Par arrêt du 21 mai 2008, le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par l'OFJ, en se référant à l'ATF 129 II 449: l'autorité fédérale était mieux à même de s'enquérir, durant la procédure de délégation, des besoins de la procédure étrangère et du sort de la demande de délégation.
Le 9 juin 2008, l'OFJ a invité les autorités françaises à présenter une demande d'entraide judiciaire jusqu'au 21 juillet 2008.
B. Par arrêt du 17 juillet 2008, le TPF a admis un recours pour déni de justice formé par A._; l'OFJ avait attendu jusqu'au 9 juin 2008 pour interpeller les autorités françaises, empêchant celles-ci de répondre dans le délai imparti dans l'arrêt du 8 avril 2008. Constatant ce déni de justice, le TPF a toutefois refusé de lever le séquestre car les déterminations des autorités françaises étaient imminentes, et la levée du séquestre contreviendrait aux obligations de collaboration de la Suisse.
C. L'OFJ forme un recours en matière de droit public contre ce dernier arrêt. Il relève que l'arrêt du TPF n'est entré en force qu'au jour du prononcé du Tribunal fédéral du 21 mai 2008, même si le recours formé auprès de cette juridiction n'avait pas d'effet suspensif, de sorte que le délai fixé aux autorités françaises n'était pas excessif.
Le TPF persiste dans les termes de son arrêt. A._ conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. Le Ministère public genevois appuie les conclusions du recours.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 109 al. 1 LTF, la cour siège à trois juges lorsqu'elle refuse d'entrer en matière sur un recours soumis à l'exigence de l'art. 84 LTF.
1.1 Selon cette disposition, le recours est recevable, à l'encontre d'un arrêt du Tribunal pénal fédéral en matière d'entraide judiciaire internationale, notamment si celui-ci a pour objet une saisie, le transfert d'objets ou de valeurs ou la transmission de renseignements concernant le domaine secret. Il doit toutefois s'agir d'un cas particulièrement important (al. 1). Un cas est particulièrement important "notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves" (al. 2). Selon l'art. 42 al. 2 LTF, c'est au recourant qu'il appartient de démontrer que ces conditions sont réunies.
1.2 L'OFJ estime qu'en raison des compétences dont il dispose dans le domaine de l'entraide judiciaire, ainsi qu'en tant qu'autorité de surveillance, il lui appartiendrait de veiller à une application uniforme et raisonnable du droit fédéral, s'agissant en l'occurrence de la notion d'entrée en force d'une décision judiciaire. Le présent cas pourrait se représenter dans des circonstances plus délicates, par exemple lorsque l'OFJ est chargé d'interpeller l'autorité étrangère en vue d'une éventuelle mise en liberté, dans le cadre d'une procédure d'extradition.
1.3 Dans son arrêt, le TPF maintien certes la mesure de saisie du compte bancaire de l'intimé (point 2 du dispositif), mais tel n'est pas l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral. L'OFJ conclut en effet uniquement à l'annulation des points 1 et 4 du dispositif de cet arrêt, soit la constatation d'un déni de justice formel et l'allocation de 1000 fr. de dépens à l'intimé, à la charge de l'OFJ. Dans la mesure où le recours ne porte pas sur la mesure de saisie proprement dite, la première condition posée à l'art. 84 al. 1 LTF n'est pas remplie.
1.4 La seconde, soit l'existence d'un cas particulièrement important, ne l'est pas non plus. Admettre le point de vue de l'OFJ reviendrait à lui reconnaître un droit de recours chaque fois que sa pratique serait mise en cause par le TPF. Tel n'est manifestement pas le sens de la disposition restrictive de l'art 84 LTF. En l'occurrence, l'arrêt attaqué n'a - mise à part l'obligation de verser des dépens à l'intimé - aucun effet contraignant à l'égard de l'OFJ, et se limite à une simple constatation. Il est par ailleurs peut vraisemblable que le problème posé se représente dans les mêmes circonstances, puisque le TPF et l'OFJ sont désormais conscients des incertitudes liées à l'interprétation de la notion d'entrée en force. Si l'OFJ devait contester une obligation d'interpeller un Etat étranger, il pourrait faire valoir ses motifs et requérir au besoin la restitution de l'effet suspensif (art. 103 al. 3 LTF).
2. Le recours est par conséquent irrecevable. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires. En revanche, l'OFJ versera à l'intimé A._ une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de dépens de 1000 fr. est allouée à l'intimé A._, à la charge de la Confédération (Office fédéral de la justice).
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 13 août 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz