Sachverhalt:
A. X._ erwarb im Jahre 2000 durch Erbteilung den Landwirtschaftsbetrieb seines Vaters in P._. Er deklarierte in seiner Steuererklärung für das Jahr 2003 Unterhaltskosten von Fr. 102'202.35 für das über hundertjährige Wohnhaus. Die Veranlagungsbehörde liess jedoch sowohl bei den Staats- und Gemeindesteuern als auch bei der direkten Bundessteuer nur Fr. 26'745.-- zum Abzug zu. Die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau bestätigte am 12. Dezember 2006 auf Rekurs bzw. Beschwerde hin diese Haltung. Das darauf angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau trat am 11. Juli 2007 auf die Beschwerde gegen den Rekursentscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern nicht ein, weil das Rechtsmittel nicht innert Frist begründet worden war. Die Beschwerde gegen den Entscheid betreffend die direkte Bundessteuer wies es im gleichen Urteil ab, soweit sich dieser auf die Unterhaltskosten bezog.
B. X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts, soweit dieses seinen Begehren nicht entsprochen hat. Er verlangt weiter, es sei festzustellen, dass die von ihm übernommene Liegenschaft nicht vernachlässigt war, und es sei vom ursprünglich deklarierten Liegenschaftsaufwand der Betrag von Fr. 74'447.73 zum Abzug zuzulassen. Schliesslich sei auf sein Rechtsmittel betreffend die Staats- und Gemeindesteuern einzutreten.
Das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung stellen den Antrag auf Abweisung der Beschwerde.
Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau hat sich nicht vernehmen lassen.
C. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde am 7. Januar 2008 die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst, dass die Vorinstanz auf sein Rechtsmittel nicht eingetreten ist, soweit es die Staats- und Gemeindesteuern betraf. Er hatte bei ihr innert der 20-tägigen Beschwerdefrist lediglich mehrere Anträge gestellt und erklärt, er werde die Begründung so rasch als möglich nachreichen. Seine Eingabe genügte damit § 57 des kantonalen Gesetzes vom 23. Februar 1981 über die Verwaltungsrechtspflege (VRG/TG) nicht, wonach die Beschwerdeschrift eine Begründung enthalten muss. Die Vorinstanz lehnte es ab, § 46 VRG/TG anzuwenden, der bei mangelhaften Rekursschriften die Ansetzung einer Nachfrist zur Behebung des Mangels vorsieht, da § 57 VRG/TG für die Beschwerde an das Verwaltungsgericht eine spezielle Regelung enthalte. Der Beschwerdeführer kritisiert diese Auffassung, legt aber nicht dar, inwiefern sie geradezu willkürlich sein oder sonst gegen Grundrechte verstossen sollte. Die Eingabe genügt daher den Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten, soweit sie sich gegen Ziff. 2 des angefochtenen Entscheids richtet.
1.2 Weiter wendet sich der Beschwerdeführer gegen die Veranlagung der direkten Bundessteuer für das Jahr 2003. Er verlangt in diesem Zusammenhang die Feststellung, dass seine Liegenschaft nicht vernachlässigt war. Dieses Begehren geht in den gleichzeitig gestellten weiteren Anträgen auf und bedarf keiner gesonderten Prüfung.
1.3 Der Beschwerdeführer hat dem Bundesgericht eine CD eingereicht, die belegen soll, dass seine Liegenschaft vor der Renovation im Jahre 2003 normal bewohnt und ohne Mängel war. Es handelt sich dabei um ein neues Beweismittel. Ein solches ist nach Art. 99 BGG nur zulässig, wenn der vorinstanzliche Entscheid zu dessen Einreichung Anlass gibt. Diese Voraussetzung ist nicht erfüllt, war der Zustand der Liegenschaft doch bereits im vorinstanzlichen Verfahren umstritten, und der Beschwerdeführer hätte die CD schon im kantonalen Verfahren einreichen müssen. Das neue Beweismittel hat daher ausser Acht zu bleiben.
2. 2.1 Streitgegenstand bildet die Höhe der abzugsfähigen Unterhaltskosten für das Wohnhaus bei der direkten Bundessteuer 2003. Die Vorinstanz schützt die Auffassung der kantonalen Steuerverwaltung, wonach lediglich ein Betrag von Fr. 26'745.-- abzugsfähig ist. Der Beschwerdeführer verlangt dagegen, es sei ein Betrag von Fr. 74'447.73 zum Abzug zuzulassen.
2.2 Der angefochtene Entscheid stützt sich auf die sogenannte Dumont-Praxis. Danach sind die Aufwendungen, die ein Steuerpflichtiger zur Instandstellung einer neuerworbenen, vom bisherigen Eigentümer vernachlässigten Liegenschaft in den ersten fünf Jahren erbringt, gemäss Art. 32 Abs. 2 DBG grundsätzlich nicht abziehbar (Art. 1 Abs. 1 der Verordnung vom 24. August 1992 über den Abzug der Kosten von Liegenschaften des Privatvermögens bei der direkten Bundessteuer [SR 642.116]; BGE 123 II 218 E. 1).
Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass sich das fragliche Wohnhaus beim Erwerb in einem vernachlässigten Zustand befand. Ausserdem könnten einzelne der fraglichen Aufwendungen nicht als normaler periodischer Unterhalt gelten; teilweise komme ihnen sogar wertvermehrender Charakter zu.
2.3 Der Beschwerdeführer anerkennt, dass die von der Vorinstanz als wertvermehrend bezeichneten Arbeiten (Treppe mit Deckendurchbruch, Mauerdurchbrüche, Heizkörper und elektrische Anschlüsse) nicht abgezogen werden können. Ebenso stellt er nicht mehr in Frage, dass lediglich 50% der Auslagen für Energiesparmassnahmen abziehbar sind (vgl. Art. 8 der erwähnten Verordnung). Dementsprechend reduziert er den beanspruchten Unterhaltsabzug von insgesamt Fr. 102'202.35 (wovon von der Steuerverwaltung Fr. 26'745.-- anerkannt werden) auf Fr. 74'447.73. Dieser Betrag umfasst die Aufwendungen, die nach Auffassung des Beschwerdeführers normalen periodischen Unterhalt darstellen, der nach der Dumont-Praxis abzugsfähig ist. Er bestreitet insbesondere, dass das Wohnhaus vor der Renovation vernachlässigt gewesen sei und dass die umstrittenen Arbeiten als Gesamtsanierung zu qualifizieren seien.
3. 3.1 Das Wohnhaus, in dem der Beschwerdeführer die fraglichen Arbeiten vornehmen liess, ist Teil einer landwirtschaftlichen Siedlung am Ufer des Bodensees. Es handelt sich um eine denkmalschützerisch erhaltenswerte Baute, die jedenfalls über hundert Jahre alt ist. Der Preis, zu dem der Beschwerdeführer das Gebäude erwarb, ist nicht bekannt. Er verweist jedoch auf eine neuere Schätzung, wonach der Ertragswert Fr. 102'704.-- beträgt, und auf eine Prämienrechnung der Gebäudeversicherung aus dem Jahre 1996, wonach sich der Neubauwert auf Fr. 1'015'000.-- beläuft.
3.2 Die kantonalen Instanzen erklären, dass die im Jahre 2003 getätigten Investitionen von Fr. 102'202.35 im Verhältnis zum Wert der Liegenschaft jedenfalls erheblich seien, was für das Vorliegen einer Gesamtsanierung bzw. den Erwerb einer im Unterhalt vernachlässigten Liegenschaft spreche. Bei dieser Beurteilung übersehen sie jedoch, dass in diesem Betrag auch - nunmehr vom Beschwerdeführer anerkannte - wertvermehrende Aufwendungen von rund Fr. 10'000.-- enthalten sind. Nach der Rechtsprechung sind nur die werterhaltenden Aufwendungen zu berücksichtigen (vgl. BGE 123 II 318 E. 2 S. 224). Auch aufgrund des hohen Alters des Hauses kann für sich allein noch nicht auf einen vernachlässigten baulichen Zustand geschlossen werden. Weiter steht fest, dass in den Jahren nach 1991 für das fragliche Wohnhaus regelmässig ein nicht unerheblicher Unterhaltsaufwand erbracht wurde. Nach der Aufstellung, welche die Eidgenössische Steuerverwaltung gestützt auf die Akten des Beschwerdeführers erstellt hat (Vernehmlassung vom 12. März 2008), war der durchschnittliche jährliche Aufwand allerdings deutlich kleiner als im Jahre 2003. Aus diesem Umstand folgt indessen nicht zwingend, dass sich das Wohnhaus beim Erwerb durch den Beschwerdeführer in einem vernachlässigten Zustand befunden hat. Aufgrund der längeren Lebensdauer einzelner Materialien und Einrichtungen ist es normal, dass der periodische Unterhalt gewissen Schwankungen unterliegt. Denn es ist oft zweckmässig, mehrere Instandstellungsarbeiten zusammen auszuführen. Gegen die Annahme einer Vernachlässigung des Unterhalts spricht, dass der Beschwerdeführer den Mietzins nach der Renovation nicht erhöht hat. Allerdings ist anzunehmen, dass bei der Mietzinsfestsetzung die bevorstehenden Renovationen bereits mitberücksichtigt wurden (vgl. den Hinweis bei den besonderen Bedingungen im Mietvertrag vom 16. Mai 2003).
3.3 Aufgrund der erwähnten Umstände lässt sich nicht eindeutig beurteilen, ob die Liegenschaft beim Erwerb durch den Beschwerdeführer vernachlässigt gewesen war. Es ist daher zu prüfen, ob die Art und der Umfang der vorgenommenen Arbeiten auf eine frühere Vernachlässigung schliessen lassen. Dies ist nach der Rechtsprechung zu bejahen, wenn die ausgeführten Renovationen wirtschaftlich einem Um- oder Neubau gleichkommen, sie eine Änderung der bisherigen Nutzung bewirken und zu einer Steigerung ihres Ertrags führen. Entscheidend ist, ob die fraglichen Arbeiten zum normalen periodischen Unterhalt zählen oder ob sie als Nachholen unterbliebenen Unterhalts anzusehen sind (BGE 123 II 218 E. 1c S. 223).
4. 4.1 Die Vorinstanz erachtet bei den umstrittenen Aufwendungen lediglich einzelne Maler- und Tapezierarbeiten in den Wohnräumen als normalen periodischen Unterhalt, zählt dagegen die Kosten für eine neue Küche, die Erneuerung des Badezimmers und einzelner Böden, die Verbesserung der Isolation und der elektrischen Anlagen (unter anderem Einbau neuer Schalter und Steckdosen), das Verlegen einzelner neuer Leitungen sowie verschiedene kleinere Ausbesserungen nicht dazu. Eine nähere Begründung für diese uneinheitliche Beurteilung der angefallenen Kosten fehlt im angefochtenen Entscheid. Es ist jedoch offensichtlich, dass die erwähnten Arbeiten teilweise dazu dienen, im Haus des Beschwerdeführers weiterhin eine zeitgemässe Wohnnutzung im bisherigen Umfang zu ermöglichen. Bei den aufgezählten Arbeiten handelt es sich um Auslagen für Reparaturen, die jedenfalls zu einem grossen Teil nicht wertvermehrende Aufwendungen darstellen und in diesem Umfang somit nach Art. 1 Abs. 1 lit. a der Verordnung über die abziehbaren Kosten von Liegenschaften des Privatvermögens bei der direkten Bundessteuer vom 24. August 1992 (SR 642.116.2) grundsätzlich zum abziehbaren Unterhalt zählen. Diese Qualifikation ist nach der Rechtsprechung - wie schon erwähnt - insbesondere dann nicht mehr angebracht, wenn alle Renovationsarbeiten zusammen einen bedeutenden Umfang annehmen und auch noch wertvermehrende Umbauten dazukommen, so dass sie den Wert des Grundstücks nicht bloss vorübergehend, sondern dauernd und nachhaltig erhöhen (BGE 123 II 218 E. 1c S. 222). In diesem Fall führen die Arbeiten regelmässig zu einer Änderung der bisherigen Nutzung und einer Erhöhung der Miet- oder Pachterträge (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, Bern 2001, Art. 32 N. 46).
4.2 Die renovierte Liegenschaft des Beschwerdeführers war ohne Unterbruch bewohnt. Der Umfang der im Jahre 2003 erfolgten Renovationsarbeiten ist zwar erheblich; doch erfassen sie keineswegs das gesamte Haus. Die in Frage stehenden Arbeiten scheinen auch keine nennenswerte Änderung oder Erweiterung der Nutzung bewirkt zu haben. Wie erwähnt, ist auch keine Erhöhung des Mietzinses vereinbart worden für die Zeit nach Abschluss der Renovation. Offensichtlich bezweckte der Beschwerdeführer mit den Arbeiten, die Vermietbarkeit der Liegenschaft zu erhalten und nicht deren Ertrags- und Verkehrswert dauerhaft zu erhöhen. Eine eigentliche Sanierung bzw. ein Umbau, die den normalen periodischen Unterhalt übersteigt und ohne weiteres auf eine frühere Vernachlässigung der Liegenschaft schliessen lässt, liegt jedenfalls nicht vor. Aus den Akten ergibt sich nichts Gegenteiliges. Es ist zwar nicht bekannt, zu welchen Bedingungen der Beschwerdeführer die Liegenschaft bei der Erbteilung übernommen hat. Das Ausmass der vorgenommenen Arbeiten lässt sich aber nicht mit anderen Fällen vergleichen, in denen eine Vernachlässigung angenommen worden ist (vgl. BGE 122 II 318 und Urteile 2A.71/2006 vom 21. Juni 2006, 2A.480/2004 vom 2. Februar 2005 und 2A.389/2003 vom 10. März 2004).
Die Dumont-Praxis ist daher entgegen der Auffassung der Vorinstanz im vorliegenden Fall in Bezug auf die nicht wertvermehrenden Aufwendungen nicht anwendbar.
4.3 Der Anteil der wertvermehrenden Arbeiten ist jedoch bisher nicht zuverlässig ermittelt worden: Die kantonalen Behörden haben die vom Beschwerdeführer vorgelegten Rechnungen nicht im Einzelnen daraufhin überprüft, ob die vorgenommenen Arbeiten Unterhalts- oder wertvermehrenden Charakter haben. Soweit sie einen Abzug verweigerten, geschah dies einzig deswegen, weil sie der unzutreffenden Auffassung waren, es komme die Dumont-Praxis zur Anwendung. Soweit sie einen Abzug von 1/6 zuliessen, lag der Grund darin, dass sie davon ausgingen, die Dumont-Praxis könne dem Beschwerdeführer für den ihm bereits vor der Erbteilung gehörenden entsprechenden Erbanteil nicht entgegengehalten werden. Damit bejahten sie im Ergebnis aber bereits die grundsätzliche Abzugsfähigkeit dieser Kosten.
Soweit die kantonalen Instanzen nicht alle Aufwendungen zum Abzug zulassen wollen, haben sie nunmehr darzutun, welche Kosten ihres Erachtens wertvermehrend sein sollen.
5. 5.1 Unter diesen Umständen ist die Beschwerde in dem Umfang, in dem darauf einzutreten ist, gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben, soweit er die Unterhaltskosten bei der direkten Bundessteuer 2003 betrifft. Die Sache ist zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese eine Abgrenzung der wertvermehrenden von den werterhaltenden Aufwendungen vornimmt (vgl. Art. 107 Abs. 2 BGG).
5.2 Bei diesem Ausgang sind die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht dem Kanton Thurgau aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Dem nicht anwaltschaftlich vertretenen Beschwerdeführer ist praxisgemäss keine Parteientschädigung zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 11. Juli 2007 wird aufgehoben, soweit er die Unterhaltskosten bei der direkten Bundessteuer 2003 betrifft. Die Sache wird zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Kanton Thurgau auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng