Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführerin) mietete ab 1. August 2002 eine 1-Zimmerwohnung an der E._strasse 55 in Bern. Im Mietvertrag wurde als Vermieterschaft die Eigentümerschaft gemäss Grundbuchauszug, als deren Vertreterin die X._ AG (nachfolgend "Liegenschaftsverwaltung") angegeben. Nach diversen Mahnungen wegen Zahlungsverzugs, nach einer im September 2008 per Ende November 2008 ausgesprochenen Kündigung, deren Gültigkeit noch nicht rechtskräftig beurteilt wurde, sowie nach einer unbestrittenermassen ungültigen Kündigung am 18. Februar 2009 setzte die Liegenschaftsverwaltung der Beschwerdeführerin am 23. Februar 2009 eine Frist von 30 Tagen an zur Begleichung des Zahlungsausstands "Miete/Schadenersatz Februar 2009" von Fr. 713.--. Nachdem innert dieser Frist keine Zahlung eingegangen war, kündigte die Liegenschaftsverwaltung das Mietverhältnis am 9. April 2009 per 31. Mai 2009.
B. Im Mai 2009 focht die Beschwerdeführerin diese Kündigung beim Mietamt der Stadt Bern an, das die Kündigung mit Entscheid vom 13. August 2009 als gültig erachtete. Am gleichen Tag stellten D._, C._ und die Erbengemeinschaft B._, bestehend aus: D._ und C._ (Beschwerdegegnerinnen) ein Exmissionsgesuch, mit dem sie beantragten, die Beschwerdeführerin zu verpflichten, das Mietobjekt zu räumen und zu verlassen. Im September 2009 reichte die Beschwerdeführerin beim Gerichtskreis VIII Bern-Laupen Klage ein und beantragte die Feststellung der Nichtigkeit und Aufhebung der Kündigung vom 9. April 2009. Mit Verfügung des Gerichtspräsidenten 1 wurde das Anfechtungsverfahren dem Exmissionsrichter zum Entscheid zugewiesen und mit dem Verfahren betreffend Ausweisung vereinigt.
C. Der Gerichtspräsident 1 als Exmissionsrichter stellte am 12. Oktober 2009 unter anderem fest, die Kündigung vom 9. April 2009 sei gültig, wies das Anfechtungsbegehren ab und verpflichtete die Beschwerdeführerin, die von ihr benützte Wohnung innert drei Tagen zu räumen und zu verlassen. Das Obergericht des Kantons Berns bestätigte auf Appellation der Beschwerdeführerin am 11. Dezember 2009 im Wesentlichen diesen Entscheid.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, die Nichtigkeit der Kündigung vom 9. April 2009 festzustellen. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Dem Gesuch um aufschiebende Wirkung, zu welchem sich die Beschwerdegegnerinnen vernehmen liessen, gab das Bundesgericht am 28. Januar 2010 statt. Weitere Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG ist die Beschwerde in Zivilsachen in mietrechtlichen Fällen nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 15'000.-- beträgt. Bei einem Ausweisungsverfahren, bei dem auch die Gültigkeit der Kündigung streitig ist, bestimmt sich der Streitwert aufgrund der Miete, die für diejenige Dauer geschuldet ist, während welcher der Mietvertrag unter der Annahme, dass die Kündigung zu Recht angefochten wurde, zwingend weiter bestehen würde, bevor eine neue Kündigung ausgesprochen werden könnte (Urteil 4A_516/2007 vom 6. März 2008 E. 1.1; vgl. BGE 119 II 147 E. 1 S. 149). Da die Beschwerdeführerin bei einer Gutheissung der Anfechtung von einem dreijährigen Kündigungsschutz profitieren würde (Art. 271a Abs. 1 lit. e OR), ist der Streitwert von Fr. 15'000.-- unter Berücksichtigung des monatlichen Mietzinses, der nach den Feststellungen der Vorinstanz mindestens Fr. 713.-- (bzw. Fr. 790.-- gemäss Mietvertrag) beträgt, erreicht.
2. Da die Ausweisung eines Mieters im Kanton Bern gestützt auf Art. 326 Ziff. 2 des Gesetzes vom 7. Juli 1918 über die Zivilprozessordnung (BSG 271.1; ZPO) über den Erlass einer vorsorglichen Massnahme erfolgt und nach Art. 98 BGG mit Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann, ist vorab zu prüfen, welche Rügegründe zulässig sind.
Gemäss Botschaft zum BGG sind unter vorsorglichen Massnahmen einstweilige Verfügungen zu verstehen, die eine rechtliche Frage so lange regeln, bis über sie in einem späteren Hauptentscheid definitiv entschieden wird. Mit der Beschränkung der Kognition soll verhindert werden, dass sich das Bundesgericht mehrmals mit identischen Fragen in derselben Angelegenheit zu befassen hat (s. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4336).
Ist wie im zu beurteilenden Fall sowohl ein Anfechtungsverfahren gegen eine ausserordentliche Kündigung als auch ein Ausweisungsverfahren hängig, wird die Rechtsetzungsbefugnis der Kantone (Art. 122 BV; Art. 274 OR) durch die prozessuale Sondervorschrift in Art. 274g OR eingeschränkt. Nach dessen Absatz 1 hat der Ausweisungsrichter beide Begehren endgültig und mit voller Kognition zu beurteilen. Seinem Entscheid kommt von Bundesrechts wegen materielle Rechtskraft zu (vgl. BGE 122 III 92 E. 2c und 2d S. 94 f.). Es ergeht somit kein späterer Hauptentscheid, dessen Überprüfung durch das Bundesgericht unter dem Rügespektrum von Art. 95 - 97 BGG gewährleistet wäre (vgl. MARKUS SCHOTT, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, N. 10 zu Art. 98 BGG). Deshalb findet Art. 98 BGG entgegen dem Hinweis der Vorinstanz in der Rechtsmittelbelehrung keine Anwendung. Die Beschwerdeführerin hat dies richtig erkannt, weshalb ihr aus der unrichtigen Rechtsmittelbelehrung kein Nachteil erwachsen ist (Art. 49 BGG).
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe die in Art. 274d Abs. 3 OR statuierte Untersuchungsmaxime verletzt. Das Exmissionsgesuch sei für die Beschwerdegegnerin 2 und 3 sowie - neu hinzugekommen - die Erbengemeinschaft B._, bestehend aus den Beschwerdegegnerinnen, gestellt worden. Gemäss Grundbuchauszug seien diese je zu einem Drittel Eigentümer. Die Beschwerdeführerin habe sich an dieser Parteibezeichnung orientiert, während die erste Instanz die Erbengemeinschaft weggelassen habe. Die Vorinstanz habe auf Vermieterseite die Beschwerdegegnerinnen gemeinsam bildend die Erbengemeinschaft B._ als Parteien bezeichnet. Die kantonalen Instanzen hätten sich ohne Begründung nicht an die Parteibezeichnung der Parteien gehalten und hätten von Amtes wegen Abklärungen darüber treffen müssen, aus welchen Personen sich die Erbengemeinschaft zusammensetze, zumal sie von sich aus eine Änderung der Parteibezeichnung vorgenommen hätten. Zu beachten sei, dass lediglich im Rubrum des Exmissionsgesuchs behauptet worden sei, die Erbengemeinschaft setze sich aus den Beschwerdegegnerinnen zusammen; der Beweis dafür sei weder erbracht noch angeboten worden.
3.1 Unter der Geltung der sozialpolitisch begründeten Untersuchungsmaxime hat der Richter zwar den Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen (Art. 274d Abs. 3 Halbsatz 1 OR), doch wird der Untersuchungsgrundsatz insoweit erheblich eingeschränkt, als es Aufgabe der Parteien ist, dem Gericht das in Betracht kommende Tatsachenmaterial zu unterbreiten (Art. 274d Abs. 3 Halbsatz 2 OR). Das Gesetz sieht somit keine umfassende Untersuchungsmaxime vor. Vielmehr ist es auch bei Mietrechtsstreitigkeiten Sache der Parteien, bei der Feststellung des entscheidwesentlichen Sachverhalts aktiv mitzuwirken (BGE 125 III 231 E. 4a S. 238 f. mit Hinweisen). Sie tragen die Verantwortung für die Ermittlung des Sachverhalts. Das Gericht hat lediglich seine Fragepflicht auszuüben, die Parteien auf ihre Pflicht zur Mitwirkung und Beweisführung hinzuweisen und sich über die Vollständigkeit der Behauptungen und Beweise zu versichern, wenn diesbezüglich ernsthafte Zweifel bestehen.
3.2 Das Urteil entfaltet gegenüber den im Rubrum erwähnten Parteien Rechtskraft. Während des gesamten Verfahrens wurden dieselben beiden Personen, nämlich die Beschwerdegegnerinnen, aufgeführt. Eine Erbengemeinschaft ist keine juristische Person, sondern eine Gemeinschaft aller Rechte und Pflichten bis zur Teilung der Erbschaft (Art. 602 Abs. 1 ZGB) und als solche nicht parteifähig (Vogel/Spühler, Grundriss des Zivilprozessrechts und des internationalen Zivilprozessrechts der Schweiz, 8. Aufl. 2006, S. 137). Den Prozess führen die natürlichen Personen, welche die Erbengemeinschaft bilden. Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die Erbengemeinschaft könnte sich neben den Beschwerdegegnerinnen aus anderen Personen zusammensetzen, legt sie nicht dar, dass sie Entsprechendes vor den kantonalen Instanzen behauptet hätte. Damit ist ihr Vorbringen neu und unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG) und war überdies die Vorinstanz trotz der Untersuchungsmaxime nach Art. 274d Abs. 3 OR nicht gehalten, weitere Abklärungen zu machen. Inwiefern sich eine allfällige Fehlbezeichnung zum Nachteil der Beschwerdeführerin ausgewirkt haben soll, legt sie nicht dar und ist nicht ersichtlich. Die beantragte Rückweisung zur Abklärung an die Vorinstanz dient offensichtlich einzig der Verzögerung des Verfahrens. Auf derartige Vorbringen ist nicht einzutreten.
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt sodann, sie habe vor den kantonalen Instanzen von der Gegenpartei die Edition eines Kontoauszugs über ihre Zahlungen verlangt, womit sie den Nachweis habe erbringen wollen, dass sie seit Beginn des Vertragsverhältnisses die geschuldeten Mietzinse immer pünktlich überwiesen habe. Die Vorinstanz hat indessen festgestellt, es sei in den Akten dokumentiert, dass die Beschwerdeführerin die Mietzinse Februar, März und April 2009 weder fristgerecht noch in der geschuldeten Höhe entrichtet habe. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern diese Feststellung offensichtlich unrichtig sein soll. Auch unter der Geltung der sozialen Untersuchungsmaxime ist das Gericht nicht verpflichtet, sämtliche denkbaren oder angebotenen Beweismittel abzunehmen, wenn es aufgrund der abgenommen Beweismittel seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür davon ausgehen kann, die weiteren Beweismittel seien nicht geeignet, an dieser Überzeugung etwas zu ändern. Die Rüge ist unbegründet.
3.4 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 266l OR verletzt, wonach der Vermieter von Wohnräumen schriftlich mit einem vom Kanton genehmigten Formular kündigen muss. Es gehöre zu den Mindestanforderungen, dass die Parteien im Kündigungsformular namentlich genannt würden. In der Rubrik "Vermieter" stehe im verwendeten amtlichen Formular jedoch nur "Der Hauseigentümer vertreten durch X._ AG". Damit sei dem Formerfordernis nicht Genüge getan und die Kündigung nach Art. 266o OR nichtig. Die Mieterschaft müsse wissen, wer Prozessgegner sei, wenn sie die Kündigung anfechten wolle. Dies müsse nicht die Vermieterschaft im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses sein, da das Mietverhältnis bei einem Wechsel der Eigentümerschaft mit dem Eigentum an der Sache auf den Erwerber übergehe, was der Mieter nicht zwingend erfahre. Auch im Mietvertrag sei die Vermieterschaft nicht namentlich genannt. Aufgrund der Untersuchungsmaxime hätte die Vorinstanz diesem Umstand von Amtes wegen Rechnung tragen müssen, um festzustellen, ob damit eine Formvorschrift verletzt worden sei, was sie unterlassen habe.
3.4.1 Gemäss Art. 9 Abs. 1 der Verordnung über die Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen vom 9. Mai 1990 (SR 221.213.11; VMWG) müssen folgende Angaben im amtlichen Formular enthalten sein: die Bezeichnung des Mietgegenstands, auf den sich die Kündigung bezieht (lit. a), der Zeitpunkt, auf den die Kündigung wirksam wird (lit. b), der Hinweis, dass der Vermieter die Kündigung auf Verlangen des Mieters begründen muss (lit. c), die gesetzlichen Voraussetzungen der Anfechtung der Kündigung und der Erstreckung des Mietverhältnisses (lit. d) sowie das Verzeichnis der Schlichtungsbehörden und ihre örtliche Zuständigkeit (lit. e). Nach dem Wortlaut von Art. 9 VMWG wird die namentliche Nennung des Vermieters nicht verlangt. In der Literatur wird zwar - wie die Beschwerdeführerin ausführt - die Meinung vertreten, eine gültige Kündigung müsse unter anderem auch die Bezeichnung der Person, welche die Kündigung ausspricht, enthalten (LACHAT/THANEI, Mietrecht für die Praxis, 8. Aufl. 2009, Rz. 25/8.2; ROGER WEBER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4. Aufl. 2007, N. 2 zu Art. 266l OR; HIGI, Zürcher Kommentar, 1995, N. 121 Vorbemerkungen zu Art. 266-266o OR). Allerdings wird es für zulässig erachtet, dass der Vermieter das Recht zur Kündigung auf einen Dritten überträgt, der die Kündigung in dessen Namen ausspricht (Art. 32 Abs. 1 OR; vgl. HIGI, a.a.O., N. 69 ff. Vorbemerkungen zu Art. 266-266o OR). Bei einer Stellvertretung muss für die gekündigte Partei nach den Grundsätzen des Vertrauensprinzips aus der Kündigung bzw. aus den weiteren Umständen dazu klar ersichtlich sein, dass der Kündigende als ermächtigter Vertreter des Vertragspartners handelt, da Kündigungen klare Verhältnisse voraussetzen und schaffen sollen (HIGI, a.a.O., N. 70 Vorbemerkungen zu Art. 266-266o OR mit Hinweisen). Ist dem Mieter bekannt, dass die Liegenschaft von einer Verwaltung betreut wird oder musste ihm dies aufgrund der Umstände bekannt sein, wird der Hinweis auf das Vertretungsverhältnis als nicht nötig erachtet, zumal Art. 9 VMWG dies nicht verlange (SVIT-Kommentar, Das schweizerische Mietrecht, 3. Aufl. 2008, N. 28b zu Art. 266l-266o OR). Muss nicht auf das Vertretungsverhältnis hingewiesen werden bzw. genügt, dass der Mieter aus den Gesamtumständen das Vertretungsverhältnis erkennt (HIGI, a.a.O., N. 70 Vorbemerkungen zu Art. 266-266o OR mit Hinweisen), folgt daraus, dass die Vermieterschaft auf dem amtlichen Formular in diesen Fällen nicht aufgeführt werden muss.
3.4.2 Im Mietvertrag wird als Vermieter "der Hauseigentümer gemäss Grundbucheintrag", vertreten durch die X._ AG, aufgeführt; im Kündigungsformular steht "Der Hauseigentümer vertreten durch X._ AG". Die Liegenschaftsverwaltung forderte die Beschwerdeführerin am 23. Februar 2009 denn auch zur Zahlung von "Miete/Schadenersatz" auf. Für die Beschwerdeführerin konnte daher kein Zweifel daran bestehen, dass die Kündigung vom ermächtigten Vertreter der Vermieterschaft ausging, weshalb es nicht erforderlich ist, die Vermieterschaft namentlich zu erwähnen. Das Argument der Beschwerdeführerin, der Eigentümer könne in der Zwischenzeit gewechselt haben, ist unbehelflich, da sich ein allfälliger neuer Eigentümer die Handlungen des Vertreters anrechnen lassen muss, wenn er den Mieter nicht in Kenntnis über den Eigentümerwechsel setzt und dieser davon ausgehen kann, das Vertretungsverhältnis bestehe nach wie vor. Auch diese Rüge ist unbegründet.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Den Beschwerdegegnerinnen steht nur eine reduzierte Parteientschädigung zu, da lediglich eine Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung eingeholt wurde.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann