Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 9. Mai 2008 wurde der Beschwerdeführer zweitinstanzlich der Vergewaltigung (Art. 190 Abs. 2 StGB), der mehrfachen einfachen Körperverletzung (Art. 123 Ziff. 1 und 2 StGB), der Sachbeschädigung (Art. 144 Abs. 1 StGB), der mehrfachen Drohung (Art. 180 Abs. 1 und 2 lit. a StGB) sowie des Hausfriedensbruchs (Art. 186 StGB) für schuldig befunden. Er wurde bestraft mit 30 Monaten Freiheitsstrafe, wovon 20 Monate bedingt aufgeschoben wurden. Die Probezeit wurde auf 3 Jahre festgesetzt.
B. Gegen dieses Urteil richtet sich die Beschwerde in Strafsachen. Der Beschwerdeführer verlangt im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Gewährung unentgeltlicher Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich ausschliesslich gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung.
1.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht sowie behauptete Mängel in der Sachverhaltsfeststellung prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und substantiiert begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 IV 286 E. 1).
1.2 Art. 9 BV gewährleistet den Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (BGE 134 I 140 E. 5.4; 127 I 38 E. 2a; 124 IV 86 E. 2a m. H.).
1.3 Die Vorinstanz hält aufgrund der Opfer- und verschiedener Zeugenaussagen, polizeilichen Abklärungen, Sachbeweisen sowie unter Verweis auf das erstinstanzliche Urteil folgenden Sachverhalt für erstellt: Am späteren Abend des 26. August 2006 verschaffte sich der Beschwerdeführer durch ein gekipptes Küchenfenster Zugang zur Wohnung seiner von ihm getrennt lebenden damaligen Ehefrau und vergewaltigte diese unter der Dusche. Am 31. Oktober 2005 verschaffte er sich auf die selbe Art und Weise Zugang zur Wohnung, um seiner Ehefrau 'abzupassen'. Mit Todes-, Suizid- und Vergewaltigungsdrohungen versuchte er, seine Ehefrau dazu zu bewegen, zu ihm zurückzukehren. Am 2. November 2005 schliesslich öffnete der Beschwerdeführer die Wohnungstüre seiner Ehefrau gewaltsam mit einem Fusstritt. In der Wohnung kam es zu einer tätlichen Auseinandersetzung mit einem Arbeitskollegen seiner Ehefrau. Der Beschwerdeführer verletzte diesen dabei mit einer zu seinem Wagenheber gehörenden Metallstange. Seine Ehefrau stiess er in der Folge die Treppe hinunter.
1.4 Der Beschwerdeführer verkennt, dass die Beschwerde in Strafsachen kein appellatorisches Rechtsmittel ist. Das Bundesgericht ist keine dritte Tatsacheninstanz, welche die im kantonalen Verfahren bereits vorgebrachten und abgehandelten Rügen nochmals mit voller Kognition in tatsächlicher Hinsicht überprüfen kann. Vielmehr ist aufzuzeigen, inwiefern die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz qualifiziert fehlerhaft sind. Diesen Begründungsanforderungen genügt die Beschwerde nicht. Soweit der Beschwerdeführer nicht Vorbringen wiederholt, die bereits von der Vorinstanz zu Recht verworfen wurden (sorgerechtsbedingtes Rachemotiv des Opfers für Falschanzeige; Belastungsaussagen der angeblich verfeindeten Zeugin), beschränkt er sich darauf, seine Interpretation der Geschehnisabläufe (Anzeigezeitpunkt; Unmöglichkeit erzwungenen Geschlechtsverkehrs in der Badewanne; Kinderübergabe vom 31. Oktober 2005) und Beweise (Küchenfenster; Türfalle und -schloss; angeblich nachträglich angebrachter Schuhabdruck) vorzutragen, ohne Willkür im angefochtenen Urteil aufzuzeigen. Der Vorwurf, entlastende Momente konsequent ausser Acht gelassen zu haben, bleibt ungenügend substantiiert. Das gleiche gilt für die bestrittene Glaubwürdigkeit des Opfers und der Belastungszeugin sowie die für diesbezügliche Kritik, zwei zusätzliche Zeugen nicht einvernommen zu haben. Soweit der Beschwerdeführer schliesslich rechtfertigende oder entschuldbare Notwehr nach Art. 15 und Art. 16 Abs. 2 StGB geltend macht, weicht er vom willkürfrei festgestellten Sachverhalt ab, wonach er die Auseinandersetzung in Gang gesetzt hatte. Darauf ist nicht einzugehen.
2. Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann infolge Aussichtslosigkeit der Begehren nicht stattgegeben werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Thommen