Faits:
A. L'hoirie de feu B.A._ (ci-après: l'hoirie), composée de A.A._, C.A._, D.A._ et E.A._, était propriétaire d'une parcelle sise sur la commune de Lutry. Le 15 septembre 2005, l'hoirie a demandé à la Municipalité de Lutry (ci-après: la Municipalité) l'autorisation de démolir la maison qui se trouvait sur cette parcelle afin de construire une nouvelle villa familiale et un couvert ainsi que d'aménager une place de parc supplémentaire. La Municipalité a délivré l'autorisation le 7 novembre 2005.
B. Le 17 novembre 2005, la commune de Lutry a notifié à l'hoirie deux bordereaux provisoires: le premier, relatif au raccordement au réseau d'eau, se montait à 6'307 fr. 85 et le deuxième, concernant le raccordement au réseau d'égouts, était de 9'468 fr. 80.
L'hoirie a recouru contre ces bordereaux. Elle faisait valoir que l'ancien bâtiment était déjà raccordé aux réseaux d'eau et d'égouts et que la nouvelle construction ne supposerait pas de prestation supplémentaire de commune. Après des explications fournies par la Municipalité le 12 janvier 2006, A.A._, devenu entre-temps seul propriétaire de la parcelle en question, a décidé de maintenir le recours. Celui-ci a été transmis à la Commission communale de recours en matière d'impôts de la commune de Lutry (ci-après: la Commission communale de recours), laquelle l'a rejeté par décision du 28 février 2007.
C. Par arrêt du 26 septembre 2007, le Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de A.A._. Il a jugé en substance que les travaux entrepris ne pouvaient être considérés comme une simple reconstruction du bâtiment préexistant: l'implantation, l'orientation et la disposition de la nouvelle maison étaient différentes de l'ancienne. De plus, la surface et le volume de celle-ci étaient plus importants. Ainsi, l'impact sur le réseau de distribution d'un bâtiment reconstruit, après démolition volontaire, dans des dimensions supérieures n'était pas le même que l'impact de la reconstruction dans le même volume d'un bâtiment détruit après un incendie ou une catastrophe naturelle. Dans le premier cas, le réseau public était mis à contribution de manière accrue. En outre, la taxe de raccordement, qualifiée par le Tribunal administratif de charge de préférence, avait pour but de compenser en partie la plus-value conférée aux immeubles par les réseaux d'eau et d'égouts et il était normal que la construction d'une villa nouvelle, de valeur considérablement plus élevée que celle qu'elle remplaçait, donne lieu à une contribution. Les immeubles démolis pour laisser place à de nouvelles constructions étaient généralement anciens. Leur coût, y compris la taxe qui avait pu être prélevée à l'origine, était donc amorti, ce qui justifiait l'obligation de payer une taxe complète pour le nouvel immeuble. Finalement, un bâtiment de dimensions supérieures à l'ancien entraînait une contre-prestation de la part de la collectivité. Ni le principe d'égalité ni ceux d'équivalence et de couverture des frais n'avaient donc été violés.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de dire que la décision du 28 février 2007 de la Commission communale de recours est réformée en ce sens que les bordereaux provisoires de contribution de raccordement au réseau d'égouts et au réseau d'eau sont réduits à respectivement 4'734 fr. 40 et à 3'153 fr. 90. Il soutient que les dispositions topiques des règlements en cause viole le principe de l'égalité.
La Municipalité conclut au rejet de recours. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt.
E. Par ordonnance du 19 novembre 2007, le Président de la IIe Cour de droit public a partiellement admis la demande d'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. 1.1 D'après la loi sur le Tribunal fédéral, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF) ou contre les décisions partielles (art. 91 LTF), notamment qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (lettre a). En revanche, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 LTF).
1.2 Les bordereaux du 17 novembre 2005 sont des bordereaux provisoires. Formellement, il s'agit de décisions incidentes, qui ne peuvent en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si les conditions des art. 92 et 93 LTF sont réalisées, quand bien même une partie des questions matérielles sont tranchées (ATF 133 V 477 consid. 4.2 et 4.3 p. 481 s.; 132 III 785 consid. 3.2 p. 790; 129 I 313 consid. 3.2 p. 316). Toutefois, lorsque, comme en l'espèce, il ne reste à l'autorité de taxation plus rien d'autre qu'une simple calculation de la taxe en fonction de la valeur d'assurance-incendie du bâtiment dont la fixation définitive dépend d'une autre autorité (en l'espèce, l'Etablissement cantonal d'assurance), les bordereaux en cause constituent en réalité des décisions finales au sens de l'art. 90 LTF, qui peuvent faire l'objet du recours en matière de droit public, à l'instar de décisions de renvoi qui ne laissent plus aucune liberté de jugement à l'autorité précédente (arrêt 9C_684/2007 du 27 décembre 2007, consid. 1.1 et les références citées).
1.3 La conclusion du recourant tendant à l'annulation de la décision du 28 février 2007 de la Commission communale de recours est irrecevable, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal administratif (ATF 126 II 300 consid. 2a p. 302/303), dont la décision - de dernière instance cantonale - peut seule être attaquée devant le Tribunal fédéral (art. 86 al. 1 lettre d LTF).
1.4 Aux termes de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Cette disposition reprend le principe d'allégation (Rügeprinzip) que la pratique relative au recours de droit public avait établi en relation avec l'art. 90 OJ (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, p. 4142 ad art. 100). Selon cette pratique, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254; 133 III 393 consid. 6 p. 397 et la jurisprudence citée).
2. Le règlement communal de Lutry du 23 décembre 1968 du Service des Eaux (ci-après: RSE) prévoit à son art. 40:
"Taxe unique de raccordement
Pour tout bâtiment ou ouvrage nouvellement raccordé directement ou indirectement au réseau d'eau, il est perçu du propriétaire une taxe unique de raccordement calculée au taux de 7,7 ‰ de la valeur d'assurance incendie (valeur ECA) dudit bâtiment, rapportée à l'indice 100 de 1990.
(...)
Tout bâtiment ou ouvrage reconstruit après démolition complète et volontaire d'immeubles préexistants est assimilé à un nouveau raccordement."
L'art. 41 RSE dispose:
"Taxe unique de raccordement complémentaire
En cas de travaux de transformation, d'agrandissement et/ou de reconstruction, soumis à permis de construire, d'un bâtiment ou d'un ouvrage déjà raccordé au réseau d'eau, il est perçu du propriétaire une taxe unique de raccordement complémentaire au taux de l'art. 40 réduit de 50 % (...).
(...)
Tout bâtiment reconstruit après sinistre, ou démolition partielle d'immeubles préexistants, est assimilé à un cas de transformation et assujetti au présent complément de taxe unique."
2.1 L'art. 45 du règlement communal de Lutry du 20 mars 2006 sur l'évacuation et l'épuration des eaux usées (ci-après: REE) prescrit:
"Taxe unique de raccordement eaux usées et eaux claires
Pour tout bâtiment ou ouvrage nouvellement raccordé directement ou indirectement aux collecteurs publics d'eaux usées (EU) et d'eaux claires (EC), il est perçu du propriétaire une taxe unique de raccordement calculée aux conditions de l'annexe.
(...)
Tout bâtiment ou ouvrage reconstruit après démolition complète et volontaire d'immeubles préexistants est assimilé à un nouveau raccordement."
L'art. 48 REE précise:
"Taxe unique de raccordement complémentaire EU + EC ou EC ou EU
En cas de travaux de transformation, d'agrandissement et/ou de reconstruction, soumis à permis de construire, d'un bâtiment ou d'un ouvrage déjà raccordé aux collecteurs publics, il est perçu du propriétaire une taxe unique de raccordement complémentaire EU + EC ou EC ou EU aux conditions de l'annexe.
Tout bâtiment reconstruit après sinistre ou démolition partielle d'immeubles préexistants, est assimilé à un cas de transformation et assujetti au présent complément de taxe unique."
L'annexe au règlement sur l'évacuation et l'épuration des eaux de la commune de Lutry fixe le taux de la taxe unique de raccordement à 11‰ de la valeur d'assurance incendie (valeur ECA) du bâtiment (art. 2 de l'annexe) et celui de la taxe unique de raccordement complémentaire à 50% du taux susmentionné de l'art. 2 de l'annexe (art. 3 de l'annexe).
3. Le recourant ne conteste pas que les art. 40 RSE et 45 REE constituent une base légale suffisante au prélèvement d'une taxe unique de raccordement au réseau d'eau et d'évacuation et d'épuration des eaux usées en cas de reconstruction d'un immeuble après démolition complète et volontaire du bâtiment préexistant, une telle reconstruction étant assimilée à un nouvel immeuble.
Il soutient toutefois que les deux règlements en cause violent doublement le principe de l'égalité: Premièrement, en soumettant le propriétaire qui procède à une reconstruction de son bâtiment après démolition complète et volontaire à une taxe complète alors que le propriétaire qui entreprend des travaux de transformation ou d'agrandissement n'est soumis qu'à une taxe complémentaire. Cette différence ne serait pas justifiée puisque, dans les deux cas, les immeubles sont déjà raccordés au réseau et ils ne nécessitent donc pas de prestation particulière de la commune. Secondement, rien ne justifierait la distinction entre la reconstruction après démolition volontaire qui génère une taxe complète et celle après un sinistre qui n'est assujettie qu'à une taxe complémentaire. Selon le recourant, seule une taxe complémentaire devrait être prélevée à la suite de la reconstruction d'un immeuble après une démolition volontaire.
4. Le recourant s'en prend à la constitutionnalité des art. 40 al. 3 RSE et 45 al. 3 REE. Il se plaint de l'inégalité (art. 8 Cst.) que les règlements susmentionnés créeraient. Son grief est recevable dans la mesure où la constitutionnalité d'une disposition peut être examinée à titre préjudiciel, dans le cadre d'un contrôle concret de la norme, c'est-à-dire en rapport avec un acte d'application. Si cette norme s'avérait inconstitutionnelle, le Tribunal fédéral ne saurait, formellement, annuler celle-ci (cf. en matière de recours de droit public ATF 131 I 313 consid. 2.2 p. 315; 131 I 272 consid. 3.1 p. 274 et les arrêts cités) mais il pourrait uniquement modifier la décision qui l'applique .
Une norme viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer, ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 132 I 157 consid. 4.1 p. 162; 131 I 394 consid. 4.2 p. 399; 130 I 65 consid. 3.6 p. 70 et la jurisprudence citée).
5. 5.1 La commune de Lutry connaît le système de la contribution unique, dite de raccordement, au réseau d'eau (art. 40 RSE) et aux canalisations d'égouts (art. 45 REE), exigible au moment de l'octroi du permis de construire (art. 41bis RSE et art. 49 REE). La taxe unique de raccordement est destinée à couvrir les frais d'investissement et de construction du réseau d'alimentation en eau potable et/ou des canalisations d'égouts (arrêt non publié 2C_153/2007 du 10 octobre 2007 consid. 4). Avec cette contribution, l'assujetti achète en quelque sorte le droit d'utiliser le réseau (arrêt non publié 2C_153/2007 du 10 octobre 2007 consid. 4).
5.2 Que ce soit en matière de contributions liées aux ouvrages de distribution d'eau (art. 41 RSE) ou d'évacuation des eaux usées (art. 48 RSE), la commune de Lutry prélève une taxe, dite "complémentaire", lorsqu'un immeuble est transformé, agrandi ou reconstruit après un sinistre. Ceci pour tenir compte du fait que les travaux entraînent une augmentation potentielle de la consommation, due à la modification ou à la prolongation de la durée de vie de l'immeuble, qui n'était pas comprise dans la taxe initiale. Comme la taxe initiale, la taxe complémentaire est un émolument de raccordement.
6. 6.1 Le recourant ne remet pas en cause la distinction opérée entre, d'une part, les bâtiments nouvellement raccordés au réseau d'eau qui sont soumis à une taxe complète et, d'autre part, ceux déjà raccordés qui sont transformés, agrandis ou reconstruits après sinistre ou démolition partielle d'un immeuble préexistant, qui sont soumis à une taxe complémentaire. Il est effectivement justifié que la modification d'un bâtiment, pour lequel une taxe complète a déjà été payée, ne soit pas soumis une nouvelle fois à une telle taxe. Pour des motifs tirés de l'égalité de traitement entre assujettis, il est également justifié que le propriétaire qui entreprend de tels travaux s'acquitte d'une redevance qui le mette dans la même situation que celle des propriétaires qui ont réalisé ces aménagements déjà au moment de la construction (arrêt non publié 2C_153/2007 du 10 octobre 2007 consid. 4; RDAF 2005 I 594 consid. 5.3 = ZBl 105/2004 p. 263, 2P.45/2003; Marc-Olivier Buffat, op. cit., p. 168 et 223).
6.2 En outre, le Tribunal fédéral a jugé (RDAF 1995 p. 284, 2P.161/1992), dans une cause où trois bâtiments avaient été entièrement démolis pour laisser place à deux nouveaux immeubles locatifs et un parking souterrain, qu'il s'agissait d'une construction nouvelle et non d'une transformation ou agrandissement et qu'une taxe de raccordement complète devait être prélevée. En effet, les installations de raccordement et par conséquent les taxes précédemment payées pouvaient être considérées comme amorties. Il n'était donc pas contraire à l'égalité de traitement de concevoir un système simple permettant de prélever des taxes de raccordement lors d'une construction ou d'une reconstruction, et de percevoir un complément lors des transformations ou agrandissements, plutôt que de demander à chaque propriétaire un complément chaque fois que la collectivité faisait un investissement nouveau.
Dans un autre arrêt (non publié 2C_153/2007 du 10 octobre 2007), des immeubles industriels avaient été démolis pour être remplacés par des bureaux. En considérant le but de la taxe, soit que la taxe de raccordement ne constituait pas une contre-prestation pour l'entretien des installations mais pour la construction de celles-ci et que le point déterminant était de savoir si le nouvel immeuble mettrait les installations publiques à plus forte contribution et s'il en résulterait des coûts de construction supplémentaires pour la collectivité, le Tribunal de céans a estimé qu'il n'était pas justifié de traiter différemment les nouvelles constructions après démolition volontaire et les transformations, agrandissements et reconstructions après un sinistre, pour autant qu'une taxe de raccordement initiale ait été payée et que le bâtiment démoli n'ait pas été vétuste. Dès lors, seule une taxe complémentaire pouvait être prélevée pour la nouvelle construction en cause.
6.3 Les communes sont libres de choisir les critères qui leur semblent déterminant afin d'établir si une taxe complète ou complémentaire est due. En l'espèce, il est vrai que le prélèvement des taxes de raccordement, tel qu'arrêté dans les règlements susmentionnés, n'est guère nuancé et ne permet pas de tenir compte de toutes les situations particulières qui peuvent se produire. Il pourrait aboutir à des inégalités puisqu'il ne tient pas compte, notamment, de l'âge du bâtiment volontairement démoli. Tel serait, par exemple, le cas si un immeuble relativement récent était démoli pour être remplacé par une nouvelle construction plus modeste. Les règlements en cause pourraient également poser problème par rapport à la jurisprudence rappelée ci-dessus (non publié 2C_153/2007 du 10 octobre 2007). Tel n'est toutefois pas le cas en l'espèce qui ne porte pas sur des immeubles industriels transformés en bureaux mais sur une villa.
Quoiqu'il en soit, le recourant ne dit pas en quoi les art. 40 al. 3 RSE et 45 al. 3 REE créerait concrètement une inégalité dans son cas. Or, le Tribunal fédéral ne peut examiner la constitutionnalité d'une disposition à titre préjudiciel que par rapport à un acte d'application concret (cf. consid. 4). L'intéressé ne donne pas l'âge de la maison démolie, ni son volume et la surface; il n'indique pas non plus si une taxe de raccordement avait été prélevée à l'époque et, le cas échéant, son montant. Sur la base des éléments retenus par le Tribunal administratif, une taxe complète se justifie: l'ancien bâtiment a été totalement démoli et la villa construite est entièrement nouvelle; l'implantation, l'orientation et la disposition du nouveau bâtiment sont différentes de l'ancienne et la surface et le volume sont plus importants. La situation est donc différente de celle d'un propriétaire qui ne fait que transformer ou agrandir un immeuble ou même le reconstruire à l'identique. Pour le surplus, le Tribunal fédéral n'a pas à examiner dans l'abstrait les situations rares telles que la démolition par cas fortuit.
Le moyen du recourant n'est donc pas fondé.
7. II résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 al. 1 LTF). II n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Municipalité de Lutry et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 30 mai 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey