Sachverhalt:
A. Der 1967 geborene F._ meldete sich im November 2002 bei der Invalidenversicherung an und beantragte Berufsberatung, Umschulung und eine Rente. Nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse (u.a. Expertise Zentrum X._ vom 22. Juni 2006) verneinte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen mit Verfügungen vom 10. April 2007 den Anspruch auf berufliche Massnahmen sowie eine Invalidenrente. Die Beschwerde des F._ gegen die rentenablehnende Verfügung wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 16. März 2009 ab. Mit Urteil 9C_418/2009 vom 24. August 2009 hob das Bundesgericht dieses Erkenntnis und die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit sie nach ergänzenden Abklärungen im Sinne der Erwägungen neu verfüge.
Mit Verfügung vom 24. November 2011 verneinte die IV-Stelle erneut den Anspruch des F._ auf eine Rente der Invalidenversicherung.
B. Die Beschwerde des F._ wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 7. Dezember 2012 ab, soweit darauf eingetreten wurde.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, der Entscheid vom 7. Dezember 2012 sei aufzuheben und ihm eine ganze unbefristete IV-Rente zuzusprechen und es sei festzustellen, dass das kantonale Versicherungsgericht das Beschleunigungsgebot gemäss Art. 29 Abs. 1 BV verletzt habe.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt, die lange Verfahrensdauer von über drei Jahren vor der IV-Stelle und dem kantonalen Versicherungsgericht seit dem bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid vom 24. August 2009 verletze seinen verfassungsmässigen Anspruch auf eine beförderliche Behandlung seiner Rechtsmittel nach Art. 29 Abs. 1 BV. Er beantragt unter Hinweis auf BGE 129 V 411, dass die Verletzung im Dispositiv festgehalten werde.
1.1 In E. 1 des Urteils 9C_418/2009 vom 24. August 2009 sind die Grundsätze zum Anspruch auf Feststellung (im Dispositiv) einer Verletzung des Beschleunigungsgebotes, insbesondere im Verwaltungs- und im erstinstanzlichen Beschwerdeverfahren in Streitigkeiten des Bundessozialversicherungsrechts und die diesbezüglich (nicht ganz einheitliche) Rechtsprechung des Eidg. Versicherungsgerichts dargelegt worden. Darauf wird verwiesen (vgl. auch Urteil 9C_624/2008 vom 10. September 2008 E. 5.2.1).
1.2 Dem Beschwerdeführer ist darin beizupflichten, dass das Verwaltungsverfahren nach dem bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid vom 24. August 2009 übermässig lange dauerte, dies in Anbetracht, dass die durchzuführenden Abklärungen wenig Zeit in Anspruch nehmen sollten und zudem einen bereits mehr als sieben Jahre zurückliegenden Sachverhalt betrafen. Der Vorbescheid erging erst am 23. August 2011, ohne dass sich aus den Akten Umstände ergäben, die eine beinahe zweijährige Verfahrensdauer zu begründen oder sogar zu rechtfertigen vermöchten. Indessen wäre es dem Rechtsvertreter zuzumuten bzw. der Versicherte aufgrund der aus der prozessualen Sorgfaltspflicht und dem Grundsatz von Treu und Glauben abgeleiteten Prinzipien verpflichtet gewesen, viel früher als erstmals in der Mail vom 28. Juni 2011 die IV-Stelle zu einer beförderlichen Erledigung zu mahnen (vgl. BGE 125 V 373 E. 2b S. 375); er durfte nicht zuwarten, um dann die Säumnis nach Erlass der Verfügung vor den Beschwerdeinstanzen zu rügen (Urteil 9C_83/2012 vom 9. Mai 2012 E. 2.1 mit Hinweis; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 25/99 vom 14. Februar 2000 vgl. auch Urteil 12T_2/2007 vom 16. Oktober 2007 E. 4.3). Unter diesen Umständen ist ein schutzwürdiges Interesse an der (dispositivmässigen) Feststellung einer unzulässigen Rechtsverzögerung durch die IV-Stelle zu verneinen. Das vorinstanzliche Verfahren kann nicht als übermässig lang bezeichnet werden.
2. Die Vorinstanz hat den von der Beschwerdegegnerin ermittelten Invaliditätsgrad von 37 % ([Fr. 58'473.- - Fr. 36'742.-]/Fr. 58'473.- x 100 %; Art. 16 ATSG in Verbindung mit Art. 28a Abs. 1 IVG) bestätigt. Das Valideneinkommen (Fr. 58'473.-) entspricht dem Verdienst, den der Beschwerdeführer ohne gesundheitliche Beeinträchtigung 2006 als Schichtführer bei der Firma A._ AG erzielt hätte. Ein zusätzliches Einkommen aus einem Nebenerwerb im Bereich Finanz- und Versicherungsberatung hat die Vorinstanz nicht berücksichtigt, weil die Beibehaltung einer solchen Tätigkeit nicht überwiegend wahrscheinlich gewesen wäre. Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, diese Feststellung sei Ergebnis willkürlicher Beweiswürdigung.
2.1 Die vorinstanzliche Beweiswürdigung ist willkürlich, unhaltbar (BGE 134 V 53 E. 4.3 S. 63) und die darauf gestützte Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig, namentlich wenn sie den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; Urteil 9C_724/2012 vom 29. Oktober 2012 E. 4.3).
Das Bundesgericht prüft die Rüge einer willkürlichen Beweiswürdigung grundsätzlich nur, soweit sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet wird. Auf bloss appellatorische Kritik an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung tritt es nicht ein (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356; Urteil 9C_294/2012 vom 7. Mai 2012 E. 3.1).
2.2 Das vorinstanzliche Beweisergebnis, die Beibehaltung einer Nebenerwerbstätigkeit im Bereich Finanz- und Versicherungsberatung sei nicht überwiegend wahrscheinlich, stützt sich auf verschiedene Feststellungen, die vom Beschwerdeführer allesamt bestritten werden, indessen letztlich ohne Erfolg:
2.2.1 Es kann zwar nicht gesagt werden, er habe seine im Zeitraum von November 2001 bis (Früh-)Sommer 2002 ausgeübte Tätigkeit bei der B._ GmbH bis zur Erhebung der (ersten) Beschwerde vom 11. Mai 2007 geradezu verschwiegen. Immerhin hatte er sie nicht erwähnt. Bei zumutbarer Aufmerksamkeit hätte die Beschwerdegegnerin indessen sehen müssen, dass gemäss IK-Auszug für den Beschwerdeführer im Zeitraum von Oktober 2001 bis August 2002 von einer Firma C._ AG auf Erwerbseinkommen Beiträge abgerechnet und bezahlt worden waren. Dabei konnte es sich aufgrund der Akten nicht um Löhne (Provisionen) der D._ AG handeln, wie auch in E. 3.2.2 des Urteils 9C_418/2009 vom 24. August 2009 festgestellt worden ist. Sie hätte daher diesem Sachverhalt von Amtes wegen nachgehen müssen (Art. 43 Abs. 1 ATSG). Das hat sie jedoch nicht getan, weshalb dem Beschwerdeführer daraus, dass infolge Konkurs der B._ GmbH im Mai 2006 - das Verfahren wurde im Juli 2006 mangels Aktiven eingestellt - später offenbar keine Unterlagen erhältlich gemacht werden konnten, die allenfalls etwas zur Klärung der vom Bundesgericht aufgeworfenen offenen Fragen hätten beitragen können, insbesondere aus welchen Gründen das Arbeitsverhältnis nicht fortgesetzt worden war.
Allerdings muss es doch als erstaunlich bezeichnet werden, dass der Beschwerdeführer selber über kein einziges Dokument zu verfügen scheint, aus dem sich zumindest Anhaltspunkte ergeben, die sein Vorbringen stützen, dass er die Tätigkeit bei der B._ GmbH aus gesundheitlichen Gründen aufgeben musste, etwa ein ärztliches Arbeitsunfähigkeitsattest oder ein Schreiben der Firma, das die Beendigung des Arbeitsverhältnisses festhält. Er nannte auch keinen Arzt, bei dem er seinerzeit in Behandlung stand und der die gesundheitlich bedingte Aufgabe der Tätigkeit allenfalls hätte bestätigen können. Das offenbare Fehlen solcher Unterlagen ist auch deshalb schwer nachvollziehbar, weil er eine verantwortungsvolle Position inne gehabt hatte. Gemäss der vom Geschäftsführer der B._ GmbH unterzeichneten «Stufenbestätigung» vom 9. April 2002 war er mit allen Rechten und Pflichten eines Direktors und Geschäftsstellenleiters eingesetzt.
2.2.2 Das Vorstehende wiederum stützt die Feststellung der Vorinstanz, bei der Tätigkeit für die B._ GmbH habe es sich überwiegend wahrscheinlich um eine leidensadaptierte (körperlich leichte, wechselbelastende) Tätigkeit gehandelt. Dagegen bringt der Beschwerdeführer einzig vor, sein Gesundheitszustand habe sich seit November 2001 dermassen verschlechtert, dass er seine Arbeitsstelle habe aufgeben müssen. Einen Widerspruch zu den medizinischen Akten macht er nicht geltend, insbesondere nicht, die Gutachter des Zentrums X._ hätten die ihnen bekannte Tätigkeit im Bereich Finanz- und Versicherungsberatung als unzumutbar bezeichnet. Unter diesen Umständen kann die vorinstanzliche Feststellung, die Tätigkeit für die B._ GmbH sei dem Rückenleiden angepasst gewesen, nicht als offensichtlich unrichtig bezeichnet werden. In diesem Zusammenhang ist auch zu beachten, dass es sich bei dieser Tätigkeit wie schon bei derjenigen für die D._ AG lediglich um einen Nebenerwerb handelte. Das Arbeitspensum dürfte somit bedeutend weniger als 100 % betragen haben. Hauptberuflich versah der Beschwerdeführer ein Vollzeitpensum als Schichtführer in einem Baumwollspinnereibetrieb.
2.2.3 Schliesslich durfte die Vorinstanz bei der Beurteilung der Frage nach einer im Gesundheitsfall ausgeübten Nebenerwerbstätigkeit berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer seit der Anstellung bei der B._ GmbH keine ähnliche Tätigkeit wieder aufgenommen hatte, wie die Vorinstanz unwidersprochen festgestellt hat. Er macht auch nicht geltend, wenigstens versucht zu haben, eine solche Anstellung zu finden. Ebenfalls ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer in kaufmännischer Hinsicht und im schriftlichen Ausdruck der deutschen Sprache Defizite aufweist. Allerdings habe er mit seinen Tätigkeiten für die D._ AG und die B._ GmbH bewiesen, dass die Deutsch- und Buchhaltungskenntnisse hiefür gar nicht von dermassen grosser Bedeutung gewesen seien und den Geschäftserfolg nicht geschmälert hätten. Diese Erfahrung hätte ihn indessen ermuntern und veranlassen müssen, eine ähnliche (Teilzeit-)Stelle wenigstens zu suchen, was er offenbar nicht getan hat.
2.2.4 Nicht ersichtlich ist, inwiefern Vorinstanz und Beschwerdegegnerin den Abklärungsauftrag gemäss Urteil 9C_418/2009 vom 24. August 2009 in bundesrechtswidriger Weise auf die Frage der leidensangepassten Nebenerwerbstätigkeit ausgedehnt haben sollen und auf die Frage, ob der Beschwerdeführer ohne Gesundheitsschaden weiterhin bei der B._ GmbH tätig gewesen wäre.
2.3 Nach dem Gesagten verletzt das Ausserachtlassen eines Nebenerwerbs aus einer Tätigkeit im Finanz- und Versicherungsberatungsbereich bei der Ermittlung des Valideneinkommens kein Bundesrecht, uns zwar selbst dann nicht, wenn angenommen wird, der Beschwerdeführer habe die Stelle bei der B._ GmbH aus gesundheitlichen Gründen aufgegeben.
3. Die vorinstanzlich bestätigte Invaliditätsbemessung der Beschwerdegegnerin ist weiter nicht angefochten. Es besteht kein Anlass zu einer näheren Prüfung.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. März 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Fessler