Faits:
A.
Par jugement du 12 août 2012, le Tribunal de police du canton de Genève a ordonné la confiscation et la vente de l'immeuble, district de la Glâne, Registre foncier de la commune de E._, art. fol. xxxx, chemin Z._, champ de 886 m2, l'affectation du prix de vente à l'hoirie de feu B.Y._ à hauteur de 50'000 fr., avec intérêt à 5 % dès le 21 septembre 2006, et donné acte à l'hoirie qu'elle cédait sa créance à l'Etat.
B.
Statuant sur l'appel de X._ contre le jugement précité, la Chambre pénale d'appel et de révision genevoise l'a rejeté par arrêt du 30 mai 2013. En bref, il en ressort que le 21 septembre 2006, X._ a acquis une parcelle sise sur la commune de E._ pour 88'600 francs. Il avait reçu 50'000 fr. de sa mère C._, laquelle les avait obtenus de B.Y._. Ce montant était censé couvrir la part de ce dernier à une opération immobilière. Selon un arrêt sur appel du 6 septembre 2011, C._ a été condamnée pour abus de confiance pour s'être appropriée sans droit les 50'000 fr. remis par B.Y._. Pour la Chambre pénale d'appel et de révision, rien ne permettait de douter des déclarations de B.Y._ selon lesquelles X._ savait que celui-ci prévoyait de participer à l'opération immobilière par le biais des 50'000 fr. remis. Il se justifiait ainsi de confisquer la parcelle acquise au moyen du produit de l'infraction (l'abus de confiance commis par C._).
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de dépens, à son annulation et à la levée de la confiscation. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.
A.Y._ conclut au rejet du recours. La cour cantonale s'est référée à son arrêt et le ministère public ne s'est pas déterminé.
Considérant en droit:
1.
La décision attaquée a été rendue en matière pénale et le recourant dispose de la qualité pour recourir (cf. arrêt 6B_1035/2008 du 11 mai 2009 consid. 1.1 et 1.4). Le recours en matière pénale est ainsi ouvert.
2.
En référence à l'art. 398 al. 3 let. b CPP, le recourant invoque une violation de son droit à la preuve dans la procédure d'appel. Il conteste le refus par la cour cantonale de la production d'une pièce en appel, soit un courrier du 13 juin 2007 du notaire D._ ayant instrumenté l'acte d'acquisition de la parcelle.
2.1. Dans sa déclaration d'appel, le recourant a notamment requis l'audition du notaire D._. Par ordonnance du 5 décembre 2012, la cour cantonale a rejeté cette requête, ordonné le traitement de l'appel en procédure écrite et fixé au recourant un délai pour le dépôt d'un mémoire. A l'appui de son mémoire, le recourant a produit le courrier du notaire D._ du 13 juin 2007. Dans l'arrêt attaqué (p. 7), la cour cantonale a considéré que la production de cette pièce était "manifestement tardive" car elle aurait pu être produite en première instance et qu'elle n'était pas pertinente à ce stade de la procédure car il était acquis aux débats [de première instance] que le versement de 50'000 fr. par B.Y._ était destiné à l'acquisition de la parcelle. Elle a ainsi refusé la production de la pièce.
2.2. La procédure cantonale menée en l'espèce équivaut à une procédure de confiscation indépendante au sens des art. 376 ss CPP. En effet, le tribunal de police qui a statué en première instance a été saisi par l'arrêt sur appel du 6 septembre 2011 rendu dans le cadre de la procédure pénale dirigée contre C._. Selon cet arrêt, il incombait au tribunal de police de traiter de la confiscation de la parcelle en incluant le recourant, tiers propriétaire de dite parcelle, lequel n'avait pas participé à la procédure pénale. Or, la décision rendue dans une procédure de confiscation indépendante est susceptible d'un recours au sens des art. 393 ss CPP et non d'un appel comme retenu par la cour cantonale (cf. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2 e éd. 2013, n o 11 ad art. 377 CPP).
Quoi qu'il en soit, à l'instar de l'appel (art. 398 al. 3 let. b CPP), le recours peut être formé pour constatation incomplète ou erronée des faits (art. 393 al. 2 let. b CPP). Autrement dit, l'autorité de recours dispose d'un libre pouvoir d'examen en fait. Le recours fait l'objet d'une procédure écrite (art. 397 al. 1 CPP). Il résulte des dispositions générales en matière de voies de recours (cf. CPP, Titre 9, Chapitre 1), que l'autorité de recours peut néanmoins ordonner des débats, d'office ou à la demande d'une partie (cf. art. 390 al. 5 CPP). La partie doit indiquer dans son mémoire les moyens de preuves qu'elle invoque (art. 385 al. 1 let. c CPP). Conformément à l'art. 389 al. 3 CPP, l'autorité de recours administre d'office ou à la demande d'une partie, les preuves complémentaires nécessaires au traitement du recours. Cette disposition concrétise la volonté de recherche de la vérité matérielle, pour laquelle l'autorité a un rôle actif à jouer. Les preuves sont nécessaires lorsqu'elles pourraient avoir une influence sur le sort du litige (cf. Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure, FF 2005 1057, p. 1294). L'autorité peut néanmoins refuser des preuves nouvelles, lorsqu'une administration anticipée non arbitraire de ces preuves démontre que celles-ci ne seront pas de nature à modifier le résultat de celles déjà administrées (arrêt 6B_614/2012 du 15 février 2013 consid. 3.2.3 et les références citées).
2.3. Le recourant a produit la pièce qu'il invoque avec son mémoire cantonal. L'appréciation de la cour cantonale pour qui cette production serait "manifestement tardive" n'est pas conforme au droit fédéral (cf. art. 385 al. 1 let. c CPP). Il n'apparaît par ailleurs pas que la cour cantonale aurait entendu écarter cette pièce au travers d'une appréciation anticipée des preuves. Sa remarque selon laquelle cette pièce n'était pas pertinente à ce stade de la procédure n'est pas conciliable avec son libre pouvoir d'examen en fait (art. 393 al. 2 let. b CPP), dans le cadre duquel il lui incombait d'éclaircir ce que savait le recourant. En effet, le prononcé d'une confiscation au détriment de celui-ci, tiers propriétaire de l'immeuble, n'est envisageable au regard de l'art. 59 ch. 1 al. 2 aCP - qui correspond à l'art. 70 al. 2 CP - que s'il a eu une connaissance certaine de faits justifiant la confiscation ou, à tout le moins, s'il a eu des indices sérieux que les valeurs provenaient d'une infraction (cf. arrêt 6S.298/2005 du 24 février 2006 consid. 4.2 publié in SJ 2006 I p. 461). Autrement dit, se pose la question de la bonne foi du recourant. Contrairement à ce que suppose la cour cantonale en se référant à l'arrêt précité 6S.298/2005 consid. 4.1, on ne se trouve pas dans un cas où le recourant aurait reçu les valeurs délictueuses directement de l'infraction, ce qui exclurait qu'il puisse échapper à la confiscation. En effet, dites valeurs ont, dans un premier temps, été obtenues par sa mère. Le recourant n'en était donc pas le bénéficiaire immédiat (cf. arrêt 6B_80/2011 du 8 septembre 2011 consid. 4.2 et 4.3). Le courrier du notaire du 13 juin 2007 n'apparaît pas dépourvu d'intérêt car celui-ci y indique qu'il n'a jamais été question que B.Y._ acquière la parcelle et que le prix de vente a été payé au moyen d'un ordre de paiement correspondant et non directement en espèces. Il aurait été nécessaire que la cour cantonale confronte ces éléments avec ceux qu'elle a pris en compte pour retenir que B.Y._ avait remis à la signature de l'acte de vente la somme litigieuse à C._, qui l'avait aussitôt confiée au recourant, ce qui aurait dû conduire celui-ci à s'interroger sur le motif du transfert (arrêt p. 9). C'est en vain que l'intimé s'efforce de défendre la solution cantonale en discutant librement des faits dans une démarche appellatoire, qui est irrecevable. Au vu de ce qui précède, la pièce produite aurait dû être prise en compte et apparaît de surcroît suffisamment importante pour légitimer sa production d'office par la cour cantonale (art. 389 al. 3 CPP). Il se justifie ainsi d'admettre le recours et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale, à qui il incombera de procéder à une nouvelle appréciation globale des preuves, y compris le courrier du 13 juin 2007, en ordonnant le cas échéant, si elle l'estime nécessaire, un complément d'instruction, par exemple l'audition du notaire. A l'issue de son appréciation des preuves, elle examinera si les conditions pour une confiscation sont réunies ou non, aspect sur lequel il n'y a pas lieu de se prononcer plus avant ici.
3.
Dans les circonstances d'espèce, il peut être statué sans frais. Le recourant peut prétendre à une indemnité de dépens, à la charge pour moitié chacun, d'une part, du canton de Genève, d'autre part de l'intimé (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La demande d'assistance judiciaire du recourant devient ainsi sans objet (art. 64 al. 2 LTF). Pour le cas où les dépens ne pourraient pas être recouvrés auprès de l'intimé, ils seront pris en charge par la Caisse du Tribunal fédéral (cf. art. 64 al. 2 LTF).
La cause étant jugée, la requête d'effet suspensif est sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Une indemnité de 3000 fr., à verser au recourant à titre de dépens, est mise pour moitié à la charge du canton de Genève et pour moitié à la charge de l'intimé.
4.
La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
5.
Pour le cas où les dépens dus par l'intimé ne pourraient pas être recouvrés, la Caisse du Tribunal fédéral versera au mandataire du recourant une indemnité de 1'500 fr. à titre d'honoraires d'avocat d'office.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 31 octobre 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet