Erwägungen:
1. Beim Gerichtspräsidenten 18 des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen ist ein Strafverfahren gegen X._ hängig wegen Betrugs und Versuchs dazu, evtl. Veruntreuung, Urkundenfälschung sowie Widerhandlungen gegen die Verkehrszulassungsverordnung. Nach der ersten Einvernahme vom 8. Mai 2009 teilte der Gerichtspräsident den Parteien mit Verfügung vom 15. Mai 2009 u.a. mit, dass bei einem Experten für Gebäudehüllen ein Gutachten in Auftrag gegeben werde. Dieser habe die Frage zu beantworten, ob die vom Angeschuldigten angeblich in Rechnung gestellten Arbeiten tatsächlich ausgeführt worden seien. Mit Schreiben vom gleichen Datum ernannte der Gerichtspräsident einen gerichtlichen Sachverständigen und beauftragte ihn, ein schriftliches Gutachten zu verfassen.
2. X._ erhob am 8. Juni 2009 Beschwerde. Er verlangte die Aufhebung der Begutachtungsanordnung und stellte den Antrag, es sei das Einvernahmeprotokoll vom 8. Mai 2009 von Rosmarie Albarracin aus den Akten zu entfernen. Ausserdem ersuchte er um Ablehnung des Gerichtspräsidenten 18 des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen. Die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern hiess mit Beschluss vom 7. September 2009 die Beschwerde gut, soweit sie darauf eintrat und hob die Verfügung betreffend Ernennung eines gerichtlichen Sachverständigen inkl. Gutachtensauftrag auf. Das Ablehnungsgesuch wies sie ab. Zur Begründung führte sie zusammenfassend aus, dass den Parteien bei der Person des Gutachters und der Fragestellung kein Mitwirkungsrecht eingeräumt worden sei, weshalb die Beschwerde insoweit gutzuheissen sei. Hinsichtlich des Antrages auf einen amtlichen Verteidiger und die damit zusammenhängende Entfernung des Einvernahmeprotokolls, sei festzuhalten, dass die Anordnung eines amtlichen Verteidigers der Verfahrensleitung obliege. Erst ein negativer Entscheid könnte an die Anklagekammer weitergezogen werden. Ausserdem stehe es dem Angeschuldigten frei, bis zum Entscheid über ein allfälliges Gesuch einen privaten Verteidiger beizuziehen. Das Ablehnungsgesuch wies die Anklagekammer ab, da das prozessual fehlerhafte Verhalten des Gerichtspräsidenten nicht ausreiche, um objektiv den Anschein der Voreingenommenheit zu begründen. Er habe den Gutachterauftrag sofort - unter Umgehung des Mitwirkungsrechts - erteilt, um eine aus seiner Sicht gefährdete Beweislage zu sichern.
3. X._ führt mit Eingabe vom 24. Oktober 2009 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Ausführungen der Anklagekammer, die zum Nichteintreten auf seine Beschwerde und zur Abweisung seines Ablehnungsgesuchs führten, nicht auseinander. Er legt somit nicht dar, inwiefern die Anklagekammer Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzt haben sollte, soweit sie auf die Beschwerde nicht eintrat und das Ablehnungsgesuch abwies. Da die vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen des angefochtenen Beschlusses darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gerichtskreis VIII Bern-Laupen, Gerichtspräsident 18, und dem Obergericht des Kantons Bern, Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli