Sachverhalt:
A. X._ und Y._ gehörten u.a. sämtliche Aktien der R._ AG sowie 50 % der Aktien der U._ AG. Die Beteiligung an der U._ AG hatte X._ mit Vereinbarung vom 19. Dezember 1995 zum symbolischen Preis von Fr. 1.-- erworben, und er war als Verwaltungsratspräsident der R._ AG in der Folge dafür verantwortlich, dass diese Gesellschaft gewisse laufende Rechnungen und Lohnkosten der U._ AG bezahlte. Entsprechend wies die R._ AG erstmals per 31. Dezember 1997 ein Kontokorrent-Guthaben von Fr. 47'161.60 gegenüber der U._ AG aus, und dieses wuchs im Laufe des Jahres 1998 bis auf Fr. 143'557.-- an. Nachdem am 22. September 1998 über die U._ AG der Konkurs eröffnet und dieser einen Monat später mangels Aktiven eingestellt werden musste, wurde dieses Darlehen gegenüber der U._ AG bei der R._ AG vollständig abgeschrieben. Diese Abschreibung wurde allerdings von den Steuerbehörden des Kantons Schwyz nicht als geschäftsmässig begründet erachtet und aufgerechnet. Die Aufrechnung bei der R._ AG wurde zuletzt mit Einspracheentscheid vom 22. Mai 2001 rechtskräftig bestätigt.
B. Mit Veranlagungsverfügung vom 19. April 2000 betreffend die direkte Bundessteuer 1999/2000 wurde das steuerbare Einkommen von X._ und Y._ aufgrund ihrer Selbstdeklaration auf Fr. 65'300.-- festgesetzt. Diese Verfügung blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft.
C. Am 20. Juli 2001 leitete die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz gegen X._ und Y._ eine Strafuntersuchung wegen vollendeter Steuerhinterziehung bezüglich der Veranlagungsperiode 1999/2000 ein, weil die bei der R._ AG erfolgte Aufrechnung (vgl. vorne lit. A, am Ende) beim Alleinaktionär nicht als geldwerte Leistung deklariert worden war.
Mit Verfügung vom 8. Juli 2003 befand die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz X._ der vollendeten Steuerhinterziehung für schuldig und verpflichtete die Eheleute unter solidarischer Haftung, für die Steuerperiode 1999/2000 Nachsteuern in der Höhe von Fr. 18'281.50 (inklusive Verzugszinsen) und eine Busse von insgesamt Fr. 16'358.-- zu bezahlen (Totalbetrag Fr. 34'639.50). Das Steuerstrafverfahren gegen Y._ wurde eingestellt.
Die hiegegen erhobene Einsprache der Ehegatten X._ - Y._ hiess die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz mit Entscheid vom 12. November 2007 teilweise gut und setzte die Busse auf insgesamt Fr. 9'814.80 (60 % der Normalbusse) herab. Die geforderten Nachsteuern und Verzugszinsen blieben unverändert auf Fr. 18'281.50 (vgl. Anhang 5 und 6 des Einspracheentscheides).
D. Gegen diesen Entscheid gelangten die Eheleute X._ - Y._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses hiess ihre Beschwerde mit Entscheid vom 29. August 2008 insoweit ("im Sinne der Erwägungen") teilweise gut, als es die geschuldeten Nach- und "Strafsteuern" (recte: Bussen) auf der Basis einer steuerbaren geldwerten Leistung im Durchschnitt der Bemessungsjahre 1997/98 auf Fr. 47'195.-- (statt Fr. 87'195.--) bestimmte und die Sache zur Festsetzung entsprechend korrigierter Nachsteuern und Bussen an die Vorinstanz zurückwies. Das Gericht ging davon aus, dass die Darlehensgewährung im Umfang von Fr. 80'000.-- geschäftsmässig begründet gewesen sei, weshalb sich die X._ und Y._ zugeflossene geldwerte Leistung um durchschnittlich Fr. 40'000.-- reduziere.
E. Mit Eingabe vom 17. Oktober 2008 erhebt die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) gegen das genannte Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 29. August 2008 (versandt am 16. September 2008) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei insoweit aufzuheben, als der Verlust auf dem Darlehen an die U._ AG in vollem Umfang - zusätzlich zu den unbestrittenen Aufrechnungen - als nicht deklarierte geldwerte Leistung der Nach- und "Strafsteuer" zu unterstellen sei. Sie rügt eine Verletzung von Bundesrecht.
Die Eheleute X._ - Y._ beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz hat sich nicht vernehmen lassen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen den Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 bzw. Art. 86 BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 [DBG, SR 642.11]). Zwar geht es hier formal um einen Rückweisungsentscheid, aber die Rückweisung dient nur der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten, weshalb es sich materiell um einen Endentscheid handelt (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor. Gestützt auf Art. 5 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 11. Dezember 2000 (OV-EFD, SR 172.215.1) ist die Eidgenössische Steuerverwaltung zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt (vgl. Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Im vorliegenden Beschwerdeverfahren gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts, welches die Bemessung einer nach- und strafsteuerlich relevanten geldwerten Leistung betrifft, verlangen die Beschwerdegegner - nebst der Abweisung der Beschwerde -, es sei auf die Erfassung einer geldwerten Leistung von Fr. 143'557.-- überhaupt zu verzichten, eventuell seien die Nach- und Strafsteuern auf Fr. 0.-- zu reduzieren. Diese weiter gehenden Anträge sind unbeachtlich und es ist darauf nicht einzugehen, da das Bundesgerichtsgesetz keine Anschlussbeschwerde kennt (vgl. BGE 134 III 332 E. 2.5 S. 335), und die Beschwerdegegner deshalb den Streitgegenstand nicht durch neue Anträge erweitern können. Auch die von den Beschwerdegegnern geltend gemachte Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips, des Gleichbehandlungsgebots sowie des Prinzips der Rechtssicherheit hätte in einer selbständigen Beschwerde substantiiert gerügt werden müssen, weshalb auf diese Vorbringen ebenso wenig einzugehen ist.
2. Nach Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderen auch die so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten, denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Bei diesem Drittvergleich sind in jedem Einzelfall alle konkreten Umstände des zwischen der Gesellschaft und dem Anteilseigner abgeschlossenen Geschäfts zu berücksichtigen, und es muss davon ausgehend bestimmt werden, ob das Geschäft in gleicher Weise mit einem mit der Gesellschaft nicht Verbundenen auch abgeschlossen worden wäre (Urteil 2C_72/2007 vom 23. August 2007 E. 2.1, mit Hinweisen). Als Kriterien, die dafür sprechen, dass ein Dritter das Darlehen nicht gewährt hätte und damit ein simuliertes Darlehensverhältnis vorliegt, fallen unter anderen in Betracht die Höhe der Darlehenssumme im Verhältnis zu den eigenen Mitteln des Darlehensnehmers, die fehlende Bonität der Schuldnerin, das Fehlen von Sicherheiten und von Bestimmungen über die Rückzahlung des Darlehens, ebenso die tatsächlich fehlende Rückzahlung, das Fehlen eines schriftlichen Darlehensvertrages, ein Klumpenrisiko bei der darlehensgebenden Gesellschaft sowie die Tatsache, dass die Darlehenszinsen nicht bezahlt bzw. zum Kapital geschlagen werden und die Gewährung des Darlehens mit dem statutarischen Zweck der darlehensgebenden Gesellschaft in keinerlei Zusammenhang steht (Urteile 2C_461/2008 vom 23. Dezember 2008 E. 2.1; 2C_72/ 2007 vom 23. August 2007 E. 2.1; 2A.475/2001 vom 30. April 2002 E. 3.2.1, [StR 57, 558 S. 561 f].). Zudem ist zu differenzieren zwischen ursprünglich und nachträglich simulierten Darlehensverhältnissen (Louis Bochud, Darlehen an Aktionäre aus wirtschaftlicher, zivil- und steuerrechtlicher Sicht, Diss. BE 1991, S. 114 ff.; Robert Danon, in: Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008, N 164 ss. ad art. 57-58 LIFD; Reto Heuberger, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, Diss. BE 2001 S. 284 ff.; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, Therwil/Basel 2004, Rz. 114 zu Art. 58 DBG; Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. Basel 2008, Rz. 168 ff zu Art. 58 DBG).
3. 3.1 Vorliegend spielt allerdings die Unterscheidung von ursprünglich und nachträglich simulierten Darlehensverhältnissen keine Rolle, weil die Begründung des Guthabens und dessen Abschreibung in dieselbe Bemessungsperiode 1997/98 fallen. Ferner ist hier jedenfalls im Umfang von Fr. 63'557.-- evident, dass insoweit ein simuliertes Darlehen vorlag, dessen erfolgswirksame Abschreibung nicht anerkannt werden konnte und das gleichzeitig zu einer geldwerten Leistung an die Beschwerdegegner geführt hat. Denn angesichts der offensichtlich nicht gegebenen Bonität der Schuldnerin, der fehlenden Schriftlichkeit des Vertrages, des Fehlens von Sicherheiten und von Rückzahlungsmodalitäten sowie der "Kapitalisierung" der Darlehenszinsen ist ein solches Resultat von der Vorinstanz zu Recht bejaht worden. Streitgegenstand bildet denn auch nicht dieser Aspekt, sondern einzig die Frage, ob es dabei sein Bewenden hat oder ob sich diese geldwerte Leistung entsprechend dem Antrag der Beschwerdeführerin auf den vollen Betrag des seinerzeitigen Guthabens von Fr. 143'557.-- bezieht.
3.2 Die Vorinstanz betrachtet einen Teil des Darlehens aufgrund des damit verfolgten schützenswerten Zwecks, welcher mit der (Vor)Finanzierung verfolgt wurde, insoweit als in "geschäftsmässigem Zusammenhang" stehend. Nur im Ausmass von Fr. 63'557.-- (Fr. 143'557.-- ./. Fr. 80'000.--) habe die Darlehensgewährung dem Drittvergleich nicht entsprochen. Damit freilich übersieht die Vorinstanz, dass einerseits die Zahlung als solche (die Tilgung von laufenden Verpflichtungen der U._ AG) und das daraus entstandene Guthaben der R._ AG auseinandergehalten werden müssen. Wenn diese Überweisungen wirklich geschäftsmässig begründet gewesen wären, wie dies die Beschwerdegegner behaupten und wie dies von der Vorinstanz - teilweise - als plausibel erachtet wurde, dann hätten diese Ausgaben selbst direkt erfolgswirksam verbucht werden können. Vor diesem Hintergrund ist nicht einzusehen, weshalb die R._ AG in vollem Umfang eine Kontokorrent-Forderung unter ihren Aktiven eingestellt hat. Damit brachte sie selbst implizit zum Ausdruck, diese Zahlungen seien nicht erfolgswirksam (nicht "geschäftsmässig begründeter Aufwand" im Sinne von Art. 59 DBG), sondern bildeten vielmehr einen erfolgsneutralen Geschäftsvorfall. Für das daraus entstandene Darlehensgeschäft sind aber die vorerwähnten Kriterien massgebend (vgl. E. 2), und es geht nicht an, die früher konkludent verneinte geschäftsmässige Begründetheit nunmehr im Zusammenhang mit der Abschreibung des Darlehens gewissermassen nachzuholen. Ein solches Verhalten ist widersprüchlich und kann nicht geschützt werden.
3.3 Die Beschwerdeführerin nimmt allerdings an, die Vorinstanz gehe im angefochtenen Urteil grundsätzlich davon aus, das fragliche Darlehen von Fr. 143'557.-- halte an sich in vollem Umfang einem Drittvergleich nicht stand, sei aber aufgrund von "Synergieüberlegungen" bzw. "Einsparpotential" (Abstimmung des Veranstaltungskalenders, gemeinsamer Wareneinkauf und Personaleinsatz) um Fr. 80'000.-- zu reduzieren. In der Tat ist im Urteil davon die Rede, die R._ AG habe durch diese (Vor)Finanzierung handfeste "finanzielle Vorteile" erlangt. Wäre der freilich alles andere als klar begründete "Einschlag" im Sinne eines "Gegengeschäfts" zur geldwerten Leistung zu verstehen, verstiesse die Vorinstanz gegen den Grundsatz der Einzelbetrachtung und würde einen - nur im engsten Rahmen und hier nicht zulässigen - Vorteilsausgleich praktizieren (LOCHER, a.a.O., Rz. 66 f. zu Art. 58 DBG). Auch unter diesem Gesichtswinkel könnte das Vorgehen der Vorinstanz nicht geschützt werden.
4. Damit stellt der gesamte Betrag des nicht mehr einbringlichen Darlehens von Fr. 143'557.-- bei den Beschwerdegegnern eine geldwerte Leistung dar. Diese kann im Rahmen einer Nachsteuer nach Art. 151 DBG nachträglich erfasst werden, und zugleich ist das Vorgehen steuerstrafrechtlich zu ahnden. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als begründet und ist gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben, und die Nachsteuer sowie die Busse sind gemäss Einspracheentscheid vom 12. November 2007 (Anhang 5 und 6) festzusetzen. Die Sache ist zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz zurückzuweisen.
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdegegnern aufzuerlegen (Art. 65/66 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 29. August 2008 aufgehoben; Nachsteuer und Busse werden gemäss Einspracheentscheid vom 12. November 2007 (Anhang 5 und 6) festgesetzt.
2. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdegegnern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, sowie der Kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Klopfenstein