Sachverhalt:
A. Am 22. März 2010 erstattete X._ Strafanzeige gegen ihren Ehemann, Y._, wegen gleichentags erfolgten Tätlichkeiten bzw. Körperverletzung sowie einer am 27. Juni 2008 begangenen Drohung. Die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis führte daraufhin eine Strafuntersuchung gegen Y._ durch.
B. Am 23. März 2010 verfügte die Kantonspolizei Zürich Schutzmassnahmen nach Gewaltschutzgesetz gegen Y._ (Wegweisung aus der ehelichen Wohnung; Rayon- und Kontaktverbot). Am 6. April 2010 wies der Haftrichter des Bezirksgerichts Horgen das Begehren von X._ um Verlängerung der Schutzmassnahmen ab, weil eine Gefährdung nicht glaubhaft gemacht sei.
C. Am 21. März 2011 stellte die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis das Strafverfahren gegen Y._ nach Art. 319 Abs. 1 lit. a der Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) ein, weil sich der Tatverdacht weder hinsichtlich der Drohung vom 27. Juni 2008 noch der Tätlichkeit, eventuell Körperverletzung vom 22. März 2010 anklagegenügend erhärtet habe .
D. Gegen den Einstellungsbeschluss erhob X._ Beschwerde an das Obergericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 23. August 2011 ab.
E. Dagegen hat X._ am 7. Oktober 2011 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Fortsetzung und zum Abschluss der Untersuchung an die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis zurückzuweisen.
F. Y._ wie auch das Obergericht und die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Einstellung einer Strafuntersuchung. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG grundsätzlich gegeben. Näher zu prüfen ist die Legitimation der Beschwerdeführerin.
1.1 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b); ein solches Interesse wird insbesondere der Privatklägerschaft zuerkannt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG in der seit 1. Januar 2011 geltenden Fassung).
Im Falle der Einstellung des Strafverfahrens wird nicht vorausgesetzt, dass die geschädigte Person ihre Zivilforderungen bereits adhäsionsweise im Strafverfahren geltend gemacht hat; dagegen wird verlangt, dass sie im Verfahren vor Bundesgericht darlegt, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderungen auswirken kann (BGE 137 IV 246 E. 1.3.1 S. 248 mit Hinweisen), es sei denn, dies sei - etwa aufgrund der Natur der untersuchten Straftat - ohne Weiteres aus den Akten ersichtlich (BGE 137 IV 219 E. 2.4 S. 223 mit Hinweisen).
1.2 Vorliegend äussert sich die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin mit keinem Wort zu den Zivilansprüchen, die sie gegen den Beschwerdegegner erheben will. Diese sind auch nicht ohne Weiteres aus den Akten ersichtlich: Obwohl das Strafverfahren bis zur Einstellung bereits ein Jahr gedauert hatte und die Beschwerdeführerin anwaltlich vertreten war, finden sich keine Hinweise auf allfällige Genugtuungsforderungen. In den vorinstanzlichen Verfahren wurden vielmehr die Auswirkungen des Straf- und des parallelen Gewaltschutzverfahrens auf das damals hängige Ehetrennungsverfahren und insbesondere auf die zwischen den Parteien streitige Zuteilung der Obhut über die gemeinsamen Kinder und die eheliche Wohnung thematisiert. Dabei handelt es sich jedoch nicht um Zivilansprüche i.S.v. Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG, die adhäsionsweise im Strafverfahren geltend gemacht werden könnten. Schliesslich ist auch aufgrund der Natur der untersuchten Straftat (Drohung und Tätlichkeiten bzw. Körperverletzung) nicht evident, dass Genugtuungsansprüche im Raum stehen: Nach dem von der Beschwerdeführerin selbst beigebrachten Arztbericht vom 23. März 2010 hat sie jedenfalls keine schwerwiegenden Verletzungen erlitten.
2. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 BGG) und hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Dezember 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber