Faits :
A.
X._ SA est une société anonyme inscrite au registre du commerce du canton de Genève dont le but statutaire est: " production, commerce et exploitation de films, développement et commerce de leurs projets; acquisition, participation, réalisation, exploitation et vente de biens immobiliers exclusivement à l'étranger; prise de participations, à l'exclusion de toute participation dans des sociétés possédant des immeubles en Suisse ". Jusqu'au 10 janvier 2011, Y._ était administrateur unique de cette société, avec signature individuelle.
B.
Le 28 novembre 2007, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a ouvert une procédure de rappel d'impôts à l'encontre de X._ SA pour les années 2004 et 2005 ( recte pour l'année fiscale 2004). Le 23 décembre 2010, elle a adressé deux bordereaux de supplément d'impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) et d'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) à la société pour un montant total de 16'675 fr., ainsi que deux amendes pour un montant total de 6'035 fr. Elle a confirmé ces montants dans une décision sur réclamation du 20 octobre 2011. Saisi d'un recours de l'intéressée du 21 novembre 2011, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a confirmé le prononcé de l'Administration fiscale par jugement du 22 avril 2013. X._ SA a contesté cette décision auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) le 28 mai 2013. Par arrêt du 16 décembre 2014, la Cour de justice a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 16 décembre 2014 de la Cour de justice et de renvoyer la cause à cette dernière afin qu'elle procède à une instruction complémentaire et rende une nouvelle décision. Elle se plaint de violation du droit d'être entendu et d'établissement inexact des faits.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent toutes deux au rejet du recours. Dans des observations finales, X._ SA a confirmé ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal (2C_109/2015) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C_110/2015). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
Dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, le recours en matière de droit public est en principe ouvert conformément aux art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors qu'il porte sur la correction du bilan commercial de la recourante, par la prise en compte de prestations appréciables en argent accordées à son administrateur dans le cadre d'une procédure de rappel d'impôt, soit une matière harmonisée figurant aux art. 25 et 53 LHID. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est par conséquent recevable.
3.
Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF) doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
4.
La recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue en ce que la Cour de justice a refusé d'administrer un moyen de preuve proposé. Il convient d'examiner en premier lieu ce grief d'ordre formel (ATF 132 V 387 consid. 5.1 p. 390).
4.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 I 279 consid. 2.3 p. 282). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 137 III 208 consid. 2.2 p. 210; 134 I 140 consid. 5.2 p. 147 s.; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429).
En droit fiscal, le principe de l'art. 8 CC s'exprime dans le sens où il appartient à l'autorité de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158; arrêt 2C_649/2012 du 23 octobre 2012 consid. 5.2, in SJ 2013 I p. 199).
4.2. En l'occurrence, il ressort des faits retenus par l'autorité précédente, que l'Administration fiscale a ouvert une procédure de rappel d'impôt à l'encontre de la recourante en raison de charges inscrites au bilan qui, selon cette Administration, n'étaient pas justifiées par l'usage commercial. S'agissant de faits diminuant la dette fiscale, la Cour de justice a relevé que le fardeau de la preuve incombait à la contribuable. Cette dernière, dans le cadre de la procédure de recours cantonal, a proposé l'audition en tant que témoin de son ancien administrateur avec signature individuelle, afin d'établir la réalité des dépenses effectuées. Les juges cantonaux ont en substance jugé qu'au vu des éléments figurant au dossier, la recourante n'était pas parvenue à démontrer le caractère commercial des charges inscrites au bilan de cette dernière, raison pour laquelle ils ont rejeté le recours. Ils ne se sont pas prononcés sur l'audition du témoin, demandée par la recourante.
4.3. Comme le fait à prouver est un fait qui a pour conséquence de réduire l'obligation fiscale de la recourante, c'est effectivement à celle-ci qu'il appartient d'en apporter la preuve (cf. consid. 4.1 ci-dessus). La recourante a valablement proposé l'audition d'un témoin devant la Cour de justice. La façon de procéder de cette autorité, c'est-à-dire ne pas avoir procédé à l'audition dudit témoin et ne pas s'être expressément prononcée quant à cette audition par une appréciation anticipée des preuves, ne saurait être admise au vu de l'issue donnée au recours et à la motivation de celui-ci. En ne se prononçant pas sur la demande d'audition alors qu'elle avait expressément relevé que la recourante supportait le fardeau de la preuve, la Cour de justice est tombée dans l'arbitraire. Elle ne pouvait en effet mettre à la charge de la recourante la preuve du fait consistant à établir le caractère commercial des charges inscrites au bilan et la priver sans aucune explication d'un moyen de preuve permettant éventuellement d'établir ce caractère. On ne saurait certes exiger d'un arrêt qu'il se prononce expressément sur chacun des différents moyens de preuve à disposition. Si l'on considère que la Cour de justice a procédé de manière implicite à une appréciation anticipée du témoignage requis, force est cependant de constater qu'une telle "motivation" n'emporte pas conviction. En effet, il faut reconnaître que l'état de fait tel que présenté par l'autorité précédente est fort peu étoffé. La Cour de justice fait notamment référence à des pièces internes au groupe de l'administrateur dont l'audition a été requise et leur dénie toute force probante. En outre, elle écarte également diverses transactions et dépenses de voyages effectuées par ledit administrateur. Par conséquent, une audition de ce dernier ne pouvait d'emblée être considérée comme étant dénuée d'intérêt, dès lors que celui-ci est, de près ou de loin, concerné par tous les moyens de preuve écartés. Dans le cas d'espèce, si la Cour de justice avait voulu refuser le témoignage proposé par la recourante, elle aurait non seulement dû expliquer en quoi les moyens de preuve à disposition emportaient sa conviction, mais également en quoi l'audition de l'ancien administrateur de la recourante n'était pas de nature à la modifier (cf. arrêts 2C_692/2014 du 17 avril 2015 consid. 2.4; 6B_358/2013 du 20 juin 2013 consid. 3.4). En ne procédant pas de la sorte, la Cour de justice a violé le droit d'être entendu de la recourante en ce qu'il confère le droit de faire administrer des preuves pertinentes et prohibe l'arbitraire dans l'appréciation anticipée des preuves. Ces vices ne peuvent pas être guéris devant le Tribunal fédéral. Le recours, tant en matière d'IFD que d'ICC, est par conséquent admis pour ce motif, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours en matière de droit public et à l'annulation de l'arrêt attaqué. La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la République et canton de Genève, dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1 et 4 LTF). La République et canton de Genève doit en outre verser à la recourante une indemnité à titre de dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_109/2015 et 2C_110/2015 sont jointes.
2.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.
3.
Le recours est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la République et canton de Genève.
5.
Une indemnité de dépens, arrêtée à 3'000 fr., est allouée à la recourante, à la charge de la République et canton de Genève.
6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2 ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 1er septembre 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
Le Greffier : Tissot-Daguette