Fatti:
A. Nel settembre del 2002 un cittadino olandese residente in Ticino si è rivolto all'attuale banca A._SA prospettando la creazione di una struttura societaria per eseguire investimenti nel mercato dei bulbi di tulipano attraverso la società intermediaria C._B.V. La D._SA, di cui è amministratore unico B._, è in seguito stata incaricata di allestire i contratti necessari per gli investimenti. Sono quindi state create la E._LPP, detenuta per il 2 % dalla F._Ltd. (società controllata dalla D._SA) e, per il rimanente 98 %, dalla G._Ltd. Nel periodo dal 20 al 22 ottobre 2003, ventuno clienti della banca A._SA hanno versato a scopo di investimento complessivi EUR 5'880'006.44 su un conto intestato alla G._Ltd., aperto presso la stessa banca. L'importo è poi stato trasferito alla E._LPP, che lo ha investito il 29 ottobre 2003 nella C._B.V. Nei confronti di quest'ultima società, il 3 dicembre 2003, è tuttavia stato decretato il fallimento.
B. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il 4 aprile 2008 la banca A._SA ha presentato un esposto penale contro ignoti, evidenziando tuttavia il ruolo svolto da B._ nell'ambito dei suddetti investimenti. Questi è stato interrogato il 18 aprile 2011 quale imputato dal Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP). Pronunciandosi sulla relativa richiesta presentata in quell'occasione dal patrocinatore dell'imputato, con decisione del 16 giugno 2011 il PP ha estromesso la banca A._SA dal procedimento penale. Il Magistrato inquirente ha ritenuto che la banca non poteva essere considerata quale danneggiata, siccome non era lesa direttamente dal prospettato reato di truffa.
C. Contro la decisione del PP, la banca A._SA ha presentato un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) che, con sentenza del 19 agosto 2011, lo ha respinto in quanto ricevibile.
D. La banca A._SA impugna questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo come pure di annullare la decisione del PP e di rinviargli gli atti perché statuisca nuovamente sulla fattispecie nel senso dei considerandi. La ricorrente fa valere la violazione del diritto federale e costituzionale, nonché l'accertamento inesatto dei fatti.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. Nei confronti della ricorrente la decisione impugnata è di natura finale, siccome la esclude definitivamente dal procedimento penale in questione (art. 90 LTF; DTF 128 I 215 consid. 2.2-2.3). La ricorrente ha introdotto la causa dinanzi alla precedente istanza ed è legittimata giusta l'art. 81 LTF a fare valere che le sarebbe stata negata a torto la qualità di parte nel procedimento penale. Presentato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) contro una decisione in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF), pronunciata da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), il gravame è sotto i citati aspetti ammissibile.
2. 2.1 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia penale al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (DTF 136 II 101 consid. 3; 134 IV 36 consid. 1.4.1). Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. La ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove la ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1). Trattandosi di garanzie di rango costituzionale, a norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina infatti le relative censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 136 I 49 consid. 1.4.1; 134 I 83 consid. 3.2; 134 II 244 consid. 2.2; 133 IV 286 consid. 1.4). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (DTF 134 I 83 consid. 3.2; 129 I 113 consid. 2.1).
2.2 L'atto di ricorso disattende in larga misura le esposte esigenze di motivazione. La ricorrente infatti non si confronta con i considerandi della sentenza della Corte cantonale, la sola a costituire oggetto di impugnativa, spiegando con chiarezza e precisione per quali ragioni si fonderebbe su accertamenti di fatto arbitrari o violerebbe il diritto. Essa critica piuttosto la decisione del PP, rimproverandogli una motivazione insufficiente, senza tuttavia considerare l'argomentazione della CRP, che ha ulteriormente spiegato perché la decisione del PP andava confermata. Laddove lamenta poi la mancata presa in considerazione di accertamenti relativi all'esistenza di ordini di bonifici falsi, la ricorrente si riferisce a un diverso procedimento penale riguardante un ex direttore della banca e un'altra persona. Disattende che la fattispecie in esame concerne il procedimento nei confronti di B._ e che, dinanzi alla precedente istanza, non aveva addotto una simile argomentazione, ma aveva ravvisato un'eventuale falsità in documenti unicamente a carico di B._ per una pretesa falsificazione nella compilazione del formulario A concernente suoi conti bancari presso la ricorrente. Le censure riguardanti la rilevanza di fatti relativi ad altri procedimenti penali per il giudizio sulla sua qualità di danneggiata nella procedura nei confronti di B._ avrebbero potuto e dovuto essere presentate già dinanzi alla precedente istanza. Addotte per la prima volta in questa sede, esse sono inammissibili (cfr. art. 99 LTF; DTF 135 I 91 consid. 2.1). In concreto, l'oggetto del presente litigio è quindi circoscritto alla questione di sapere se, in base alla fattispecie considerata in sede cantonale, la CRP ha violato l'art. 115 CPP nel negare alla ricorrente la qualifica di danneggiata.
3. 3.1 Secondo la ricorrente, dovrebbe esserle riconosciuta la qualità di danneggiata diretta giusta l'art. 115 CPP e conseguentemente anche di accusatrice privata ai sensi dell'art. 118 CPP. Essa fonda tuttavia tali qualità su fatti diversi da quelli considerati dalla precedente istanza, dipartendosi in particolare da pretesi ordini di bonifici falsi, da lei eseguiti inconsapevolmente. Come visto, tale fattispecie riguarda però un altro procedimento penale e, per le ragioni suesposte, non può essere presa qui in considerazione. Secondo i fatti accertati dalla Corte cantonale (e dal PP), vincolanti per il Tribunale federale (art. 105 LTF), il procedimento penale nei confronti di B._ non concerne malversazioni sui conti dei clienti della banca, ma investimenti da loro eseguiti volontariamente, presumibilmente dietro consiglio dei funzionari. Nella misura in cui le censure di violazione del diritto sono basate su fatti diversi da quelli contenuti nel giudizio impugnato, il gravame è pertanto inammissibile.
3.2 Giusta l'art. 115 cpv. 1 CPP, il danneggiato è la persona i cui diritti sono stati direttamente lesi dal reato. Secondo l'art. 118 cpv. 1 CPP, il danneggiato può costituirsi accusatore privato dichiarando espressamente di partecipare al procedimento penale con un'azione penale o civile. Nella nozione di danneggiato generalmente riconosciuta dal diritto processuale penale e dalla dottrina rientra la persona fisica o giuridica direttamente e personalmente lesa nel suo bene giuridico. Ne è per contro escluso chi risulta solo indirettamente leso dal reato perseguito (cfr. messaggio concernente l'unificazione del diritto processuale penale, del 21 dicembre 2005, FF 2006, pag. 1076 seg.; DTF 129 IV 95 consid. 3.1; 126 IV 42 consid. 2a; GÉRARD PIQUEREZ/ALAIN MACALUSO, Procédure pénale suisse, 3a ed. 2011, n. 850 segg.).
3.3 Nel procedimento penale in discussione, concernente B._, le autorità inferiori prospettano eventuali reati contro il patrimonio, segnatamente di truffa, che sarebbero stati commessi a danno di clienti della banca. Questi ultimi avrebbero infatti attuato investimenti pregiudizievoli per il loro patrimonio, subendo perdite finanziarie ingenti dopo avere collocato una parte dei loro averi in società sospette. In tali circostanze è quindi il patrimonio dei clienti ad essere stato danneggiato direttamente dai reati. Un eventuale pregiudizio indiretto, che potrebbe subire la ricorrente per il fatto che potrebbe essere tenuta a risarcire dal profilo civile i clienti per l'operato dei suoi funzionari, non basta a conferirle la veste di danneggiata nel procedimento riguardante B._. Il giudizio impugnato non viola quindi l'art. 115 cpv. 1 CPP. Né esso viola il diritto di essere sentita della ricorrente siccome è sufficientemente motivato, spiegando in modo comprensibile le ragioni per cui le è stata negata la qualità di danneggiata.
3.4 Laddove lamenta infine una pretesa contraddizione della sentenza impugnata con una precedente decisione del giudice dei provvedimenti coercitivi, che avrebbe ammesso la qualità di parte della banca in un procedimento penale analogo, la ricorrente non spiega con una motivazione conforme alle esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, per quali ragioni le fattispecie sarebbero simili. Richiamando ordini di bonifici falsi in base ai quali sarebbero stati addebitati i conti dei clienti, la ricorrente stessa accenna anzi a possibili situazioni diverse.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.