Sachverhalt:
A. B X._ ersuchte die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen/BE am 8. Juli 2004, einen Teil seines Grundstücks Lauterbrunnen Gbbl. Nr. 2572 ausserhalb der ordentlichen Ortsplanungsrevision von der Landwirtschafts- in die Bauzone umzuzonen. Der Gemeinderat erklärte sich dazu unter der Voraussetzung bereit, dass B X._ einen Teil des durch die Einzonung resultierenden Mehrwerts der Einwohnergemeinde Lauterbrunnen abtrete. In der Folge schlossen B X._ und die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen/BE am 23. Mai 2005 einen Infrastrukturvertrag ab, mit welchem sich der Grundeigentümer verpflichtete, der Einwohnergemeinde einen Infrastrukturbeitrag im Umfang von 25 % des planungsbedingten Mehrwerts seines abparzellierten Grundstücks Lauterbrunnen Gbbl. Nr. 6222, ausmachend Fr. 77'862.--, zu leisten.
B. Mit Vertrag vom 27. Oktober 2005 veräusserte B X._ das Grundstück Lauterbrunnen Gbbl. Nr. 6222 zu einem Kaufpreis von Fr. 353'020.--. Mit Veranlagungsverfügung vom 8. Februar 2006 - bestätigt mit Einspracheentscheid vom 25. Januar 2007 - veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Grundstückgewinnsteuer, B X._ pro 2005 auf einen Grundstückgewinn von Fr. 105'400.--. Der geleistete Infrastrukturbeitrag von Fr. 77'862.-- wurde dabei vom Gemeindeanteil der Grundstückgewinnsteuer (Fr. 14'753.--) in Abzug gebracht, so dass im Ergebnis für die Gemeinde eine Steuerforderung von Fr. 0.-- resultierte. Ein dagegen am 23. Februar 2007 erhobener Rekurs wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern mit Entscheid vom 10. Juni 2008 ab. Die hiergegen am 17. Juli 2008 erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern am 31. August 2009 ab. Es ging dabei übereinstimmend mit der Steuerverwaltung sowie der Steuerrekurskommission davon aus, dass der Infrastrukturbeitrag keine bei der Berechnung des steuerbaren Rohgewinns abziehbare Aufwendung darstelle, sondern an den Gemeindeanteil der Grundstückgewinnsteuer anzurechnen sei.
C. Mit Eingabe vom 12. Oktober 2009 führt die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sowie subsidiäre Verfassungsbeschwerde beim Bundesgericht. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und der steuerbare Grundstückgewinn pro 2005 auf Fr. 82'059.--, eventualiter auf Fr. 92'507.--, festzusetzen. Subeventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz bzw. die Steuerrekurskommission oder die Steuerverwaltung zurückzuweisen.
D. Das Verwaltungsgericht und die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdegegnerin hat sich nicht geäussert, währenddem die Eidgenössische Steuerverwaltung auf die Einreichung einer Vernehmlassung verzichtet hat.
E. Mit Verfügung vom 8. April 2010 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung festgestellt, dass B X._ am 17. Juli 2007 verstorben ist und das Verfahren mit seiner Ehefrau A X._ als Beschwerdegegnerin weitergeführt wird.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 135 III 1 E. 1.1 S. 3).
2. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]).
Im Folgenden zu prüfen ist indes, ob die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert ist.
3. Nach Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG sind Personen, Organisationen und Behörden zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten befugt, wenn ihnen ein Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3.1 Gemäss Art. 73 Abs. 1 StHG unterliegen kantonal letztinstanzliche Entscheide, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 dieses Gesetzes geregelte Materie betreffen, nach Massgabe des BGG der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Die Beschwerdebefugnis steht gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG den Steuerpflichtigen, der nach kantonalem Recht zuständigen Behörde sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu.
3.2 Die Regelung der Grundstückgewinnsteuer (Art. 12 StHG) befindet sich im zweiten Titel des StHG und betrifft mithin einen harmonisierten Bereich. Die Beschwerde gemäss Art. 73 StHG steht daher grundsätzlich offen und es sind die in Art. 73 Abs. 2 StHG genannten Personen und Behörden zur Beschwerdeführung legitimiert (vgl. BGE 2C_372/2009 vom 14. April 2010 E. 3.3; 134 I 303 E. 1.2 S. 305 f.). Abzuklären bleibt, ob die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen von dieser Bestimmung erfasst wird.
3.3 Damit eine Gemeinde nach Art. 73 Abs. 2 StHG zur Beschwerde befugt ist, bedarf es in jedem Fall einer ausdrücklichen materiellrechtlichen Ermächtigung. Im Weiteren fällt die Legitimation der Gemeinde bei einer kantonalen Steuer nur in Betracht, wenn der Gemeinde besondere Kompetenzen bzw. ein eigener Anwendungsspielraum zukommt (BGE 2C_372/2009 vom 14. April 2010 E. 3.4 mit Hinweisen). Bejaht wurde dies etwa bei der Erhebung der kantonalen Grundstückgewinnsteuer durch die Gemeinde im Kanton Zürich (Urteil 2C_776/2009 vom 25. Februar 2010 E. 1.2). Vorliegend fehlt es jedoch bereits - im Gegensatz etwa zum Kanton Zürich - an einer Ermächtigung im kantonalen Recht: Das Steuergesetz [des Kantons Bern] vom 21. Mai 2000 (StG/BE; BSG 661.11) räumt den beteiligten Gemeinden zwar namentlich die Befugnis ein, gegen Einspracheentscheide der kantonalen Steuerverwaltung Rekurs an die kantonale Steuerrekurskommission sowie gegen Rekursentscheide Beschwerde an das Verwaltungsgericht zu erheben (Art. 195 Abs. 2 und 201 Abs. 2 StG/BE). In Bezug auf die Beschwerde an das Bundesgericht fehlt aber eine Bestimmung, welche die Gemeinden als beschwerdebefugt erklären würde. Die Beschwerdelegitimation der Einwohnergemeinde Lauterbrunnen gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG (in Verbindung mit Art. 73 Abs. 2 StHG) scheidet somit aus.
3.4 Soweit die Beschwerdeführerin das spezialgesetzliche Beschwerderecht zudem aus Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 34 Abs. 2 RPG (SR 700) ableiten will, ist ihr entgegenzuhalten, dass im vorliegenden Fall nicht "Entschädigungen als Folge von Eigentumsbeschränkungen" streitig sind, sondern vielmehr die Frage, ob die kantonale Steuerverwaltung zu Recht den von der Beschwerdegegnerin geleisteten Infrastrukturbeitrag (im Sinne von Art. 148 Abs. 2 StG/BE) an den Gemeindeanteil der Grundstückgewinnsteuer anrechnen durfte.
4. Die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen beruft sich sodann auf die allgemeine Legitimationsklausel von Art. 89 Abs. 1 BGG, wonach zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt ist, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist und überdies ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
4.1 Die allgemeine Beschwerdebefugnis ist auf Privatpersonen zugeschnitten; sie bezweckt in erster Linie den Schutz des Bürgers gegen fehlerhafte Verwaltungsakte und nicht den Schutz des Gemeinwesens (BGE 133 II 400 E. 2.4.2 S. 406 f.). Verwaltungsverbände (Bund, Kantone, Gemeinden, etc.) sind deshalb vorab dann zur Beschwerde an das Bundesgericht ermächtigt, wenn sie sich auf eine der in Art. 89 Abs. 2 lit. a - d BGG umschriebenen besonderen Legitimationsklauseln berufen können (vgl. E. 3 hiervor und E. 5 hiernach; BGE 134 II 45 E. 2 S. 46 ff. mit Hinweisen). Auf die allgemeine Beschwerdebefugnis von Art. 89 Abs. 1 BGG kann sich das Gemeinwesen zudem dann stützen, wenn es durch den angefochtenen Entscheid gleich oder ähnlich wie ein Privater betroffen ist (BGE 134 II 45 E. 2.2.1 S. 46 f; 133 II 400 E. 2.4.2 S. 406 f.; je mit Hinweisen). Das ist hier indessen nicht der Fall.
4.2 Unbestrittenermassen berührt der angefochtene Entscheid die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen in ihren fiskalischen Interessen. Es handelt sich hierbei jedoch nur um eine Betroffenheit in ihrer Eigenschaft als Hoheitsträgerin. Ein Gemeinwesen kann zwar in bestimmten Fällen auch in hoheitlichen Interessen derart berührt sein, dass die Rechtsprechung von einem schutzwürdigen Interesse im Sinne von Art. 89 Abs. 1 BGG ausgeht (BGE 134 II 45 E. 2.2.1 S. 46 f; zur Heranziehung der früheren Praxis bei der Auslegung BGE 133 II 400 E. 2.4.1 S. 405 f.). Bei Eingriffen in spezifische eigene Sachanliegen wird die Beschwerdebefugnis des Gemeinwesens etwa dann bejaht, wenn ein Hoheitsakt wesentliche öffentliche Interessen in einem Politikbereich betrifft, der ihm zur Regelung zugewiesen ist (BGE 135 II 12 E. 1.2 S. 15 f.). Bejaht wurde das schutzwürdige Interesse sodann bei wichtigen vermögensrechtlichen Interessen wie dem interkommunalen Finanzausgleich, der für den Handlungsspielraum einer Gemeinde von zentraler Bedeutung ist (BGE 135 I 43 E. 1.3 S. 46 f.), bei namhaften Subventionsbeträgen (BGE 122 II 382 E. 2b S. 383 f.) oder wenn das Gemeinwesen in seiner Funktion als lohnzahlungspflichtiger öffentlicher Arbeitgeber berührt ist (BGE 124 II 409 E. 1e S. 417 f.).
4.3 Generell gilt jedoch, dass Gemeinwesen, wenn sie die Durchsetzung hoheitlicher Anliegen anstreben, nur restriktiv gestützt auf die allgemeine Legitimationsklausel von Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerdeführung zugelassen werden dürfen (BGE 135 I 43 E. 1.3 S. 46 f.). Das allgemeine Interesse an der richtigen Rechtsanwendung oder der Einbezug in das Verfahren als Mitbetroffener oder -adressat reicht hierfür nicht aus (BGE 134 II 45 E. 2.2.1 S. 46 f. mit Hinweisen). Ebenso wenig genügt das blosse Interesse an der Optimierung des Steuerertrages, um der Gemeinde ein hinreichendes Schutzinteresse zuzugestehen (Urteil 2P.204/2006 vom 21. Mai 2007 E. 5.2 und E. 7): In Steuerangelegenheiten, insbesondere im harmonisierten Bereich der direkten Steuern, hat der Gesetzgeber bereits durch die Bezeichnung der beschwerdeberechtigten Behörden im Sinne von Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG dafür gesorgt, dass das Gemeinwesen den öffentlichen Interessen wenn nötig auf dem Beschwerdeweg Nachachtung verschaffen kann (vgl. E. 3 und E. 4.1 hiervor; Art. 73 Abs. 2 StHG). Das allgemeine Beschwerderecht des Gemeinwesens im Sinne von Art. 89 Abs. 1 BGG erscheint daher in solchen Fällen entbehrlich und scheidet regelmässig aus. Eine generell restriktive Handhabung der Legitimationspraxis bezüglich des bloss in fiskalischen Interessen betroffenen Gemeinwesens drängt sich auch deshalb auf, weil derjenige, dem die Beschwerdeberechtigung vor Bundesgericht zusteht, bereits unterinstanzlich Gelegenheit zur Ausübung der Verfahrensrechte erhalten muss (Art. 111 Abs. 1 BGG): Wollte man jede Betroffenheit in fiskalischen Interessen genügen lassen, um die Beschwerdeberechtigung eines Gemeinwesens zu bejahen, würde dadurch der Verfahrensablauf vor den Vorinstanzen über Gebühr erschwert. Im Regelfall muss es deshalb in Fiskalsachen mit der Beschwerdeberechtigung der vom Bundesgesetzgeber als vertretungsbefugt bezeichneten Behörden (Art. 89 Abs. 2 BGG) sein Bewenden haben (BGE 2C_372/2009 vom 14. April 2010 E. 4.2 mit Hinweisen).
4.4 Vorliegend geht es in der Sache um die Auslegung von Art. 148 Abs. 1 und 2 StG/BE. Danach erfolgt der Ausgleich planungsbedingter Mehrwerte mit der Erhebung der Grundstückgewinnsteuer (Abs. 1). Hat eine Gemeinde Ausgleichsleistungen für planungsbedingte Mehrwerte an einem Grundstück erhalten, so werden diese Leistungen an ihre Grundstückgewinnsteuerforderung angerechnet, soweit sie nicht bereits als Aufwendungen im Sinne von Art. 142 StG/BE berücksichtigt worden sind (Abs. 2). Die massgebenden Vorschriften finden sich damit nicht im kommunalen, sondern ausschliesslich im übergeordneten Recht. Der betroffenen Gemeinde steht keine Regelungsbefugnis in Bezug auf die Berechnung der Grundstückgewinnsteuer zu. Sie ist durch den Entscheid bloss in fiskalischen Interessen betroffen. Gemäss den obenstehenden Erwägungen berührt der angefochtene Entscheid die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen in ihren hoheitlichen Interessen nicht so qualifiziert bzw. so intensiv, dass ihr das allgemeine Beschwerderecht gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG zustehen würde.
5. 5.1 Soweit sich die Beschwerdeführerin schliesslich auf die Verletzung ihrer Gemeindeautonomie beruft, ist sie als Gemeinde gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG grundsätzlich zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert, da sie die Verletzung von Garantien rügt, welche ihr die Kantons- und die Bundesverfassung gewähren (Art. 50 Abs. 1 BV, Art. 109 KV/BE [SR 131.212]).
Für das Eintreten ist allein entscheidend, dass die Gemeinde durch einen Akt in ihrer Eigenschaft als Trägerin hoheitlicher Gewalt berührt ist und eine Verletzung der Autonomie geltend macht. Ob die beanspruchte Autonomie tatsächlich besteht, ist hingegen keine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung. Dasselbe gilt für die Frage, ob die Autonomie im konkreten Fall tatsächlich verletzt worden ist (BGE 135 I 43 E. 1.2 S. 45 mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall trifft der angefochtene Entscheid die Gemeinde in ihren hoheitlichen Befugnissen und macht diese die Verletzung ihrer Autonomie geltend, womit sie ohne Weiteres zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert ist.
5.2 Nach der Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Der Schutz der Gemeindeautonomie setzt eine solche nicht in einem ganzen Aufgabengebiet, sondern lediglich im streitigen Bereich voraus. Im Einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht (vgl. BGE 133 I 128 E. 3.1 S. 130 f.; 129 I 290 E. 2.1 S. 294; je mit Hinweisen).
5.3 Die Voraussetzungen für die Anerkennung eines geschützten kommunalen Autonomiebereichs sind vorliegend offensichtlich nicht erfüllt: Wie bereits dargelegt, steht die von der Steuerverwaltung gestützt auf Art. 148 Abs. 2 StG/BE vorgenommene Anrechnung des Infrastrukturbeitrags an die Grundstückgewinnsteuerforderung der Gemeinde im Streit. Damit kann sich die Beschwerdeführerin weder auf eine Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften noch auf einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts berufen. Die einschlägigen Vorschriften sind vielmehr von den kantonalen Behörden und nicht von der betroffenen Gemeinde zu handhaben. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde hinsichtlich der gerügten Verletzung der Gemeindeautonomie zwar zulässig ist, sich aber wegen Fehlens eines geschützten Autonomiebereichs als zum Vornherein unbegründet erweist.
6. Die Beschwerdeführerin erhebt gleichzeitig Verfassungsbeschwerde. Diese ist im Verhältnis zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten subsidiär (Art. 113 BGG), weshalb darauf nicht eingetreten werden kann.
7. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist nicht einzutreten.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin, die Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 4 BGG e contrario). Der Beschwerdegegnerin, die der Aufforderung zur Vernehmlassung nicht nachkam und anwaltlich nicht vertreten ist, ist keine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juli 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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