Faits:
A. Par arrêt du 16 novembre 2005, la Cour correctionnelle genevoise statuant sans jury a notamment reconnu Y._ coupable de faux dans les titres et l'a condamné à six mois d'emprisonnement avec sursis pendant 2 ans. En outre, Y._ a été condamné à verser, conjointement et solidairement avec un autre condamné, la somme de 144'000 fr. avec suite d'intérêts à la Masse en faillite X._ SA. Pour le surplus, les droits de la partie civile ont été réservés.
La condamnation en question sanctionnait la perception d'une rémunération salariale supplémentaire "au noir" par Y._ alors qu'il était employé par X._ SA.
B. Statuant le 28 juin 2006 sur recours de Y._, la Cour de cassation genevoise a considéré que celui-ci devait être mis au bénéfice de la présomption d'innocence. Partant, elle a annulé l'arrêt de la Cour correctionnelle, acquitté Y._ et précisé en tant que besoin que les condamnations civiles prononcées à son encontre au titre de débiteur conjoint et solidaire de la Masse en faillite X._ SA étaient mises à néant.
C. La Masse en faillite X._ SA forme un recours de droit public et un pourvoi en nullité contre cet arrêt.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 126 IV 107 consid. 1 p. 109; 126 I 81 consid. 1 p. 83 et les arrêts cités). La question de savoir si la recourante est une victime au sens de l'art. 2 de la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5) et peut ainsi se prévaloir de l'art. 8 al. 1 let. c LAVI influe sur la recevabilité du pourvoi en nullité ainsi que sur le cercle des griefs recevables dans le recours de droit public. Il se justifie donc de déroger à l'art. 275 al. 5 PPF et d'examiner le pourvoi en premier lieu.
I. Pourvoi en nullité
2. Conformément à l'art. 270 let. e PPF, la victime peut se pourvoir en nullité à certaines conditions. Cette faculté est cependant réservée à la victime telle qu'elle est définie par l'art. 2 al. 1 LAVI, savoir la personne qui a subi, du fait d'une infraction, une atteinte directe à son intégrité corporelle, sexuelle ou psychique (ATF 127 IV 185 consid. 1, 236 consid. 2b/bb).
La recourante ne prétend pas qu'elle aurait subi une telle atteinte, de sorte qu'elle ne saurait se prévaloir de la qualité de victime pour former un pourvoi en nullité.
Aux termes de l'art. 270 let. f PPF, le plaignant peut se pourvoir en nullité pour autant qu'il s'agisse de son droit de porter plainte. Or l'infraction litigieuse se poursuit d'office, ce qui exclut la qualité de plaignante au sens de cette disposition, et de surcroît la recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé les art. 18 et 251 CP, de sorte qu'aucun de ses griefs n'a trait à son droit de porter plainte.
Enfin, l'art. 270 let. g PPF permet à l'accusateur privé de se pourvoir en nullité si, conformément au droit cantonal, il a soutenu l'accusation à lui seul, sans intervention de l'accusateur public. La légitimation de l'accusateur privé n'est donnée qu'à la condition que la législation cantonale exclue toute possibilité pour l'accusateur public de soutenir l'accusation (ATF 127 IV 236 consid. 2b/aa). Tel n'est pas le cas en l'espèce et il appert d'ailleurs d'emblée à la lecture de l'arrêt cantonal que la cause oppose l'intimé à la recourante et au Procureur général.
Dans ces circonstances, force est de constater que la recourante n'a pas qualité pour se pourvoir en nullité.
3. Le pourvoi devant être déclaré irrecevable, les frais afférents à celui-ci doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 278 al. 1 PPF).
4. II. Recours de droit public
5. La recourante, qui n'est pas une victime au sens de l'art. 2 al. 1 LAVI, ne saurait fonder sa qualité pour recourir directement sur l'art. 8 al. 1 let. c LAVI. Elle ne peut donc agir par la voie du recours de droit public qu'en vertu de l'art. 88 OJ (voir ATF 127 IV 189 consid. 3). Selon la jurisprudence, cette voie n'est ouverte qu'à celui qui est atteint par l'acte attaqué dans ses intérêts personnels et juridiquement protégés (ATF 126 I 43 consid. 1a). Comme le droit de punir n'appartient qu'à l'État, le lésé n'est pas atteint dans un droit qui lui soit propre par une décision pénale qu'il juge trop favorable à l'accusé. Il n'a donc pas qualité pour se plaindre de l'appréciation des preuves et des conséquences que l'autorité en tire. Dès lors, celui qui n'a pas qualité pour recourir sur le fond ne peut former un recours de droit public qu'en invoquant une violation, équivalant à un déni de justice formel, d'un droit procédural qui lui est reconnu, en tant que partie, par le droit cantonal ou par le droit constitutionnel (ATF 121 IV 317 consid. 3b p. 324 et les références citées).
En l'espèce, le seul grief invoqué par la recourante a trait à l'appréciation des preuves, de sorte que le recours de droit public doit également être déclaré irrecevable.
6. Vu le sort du recours de droit public, les frais afférents à celui-ci doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 156 al. 1 OJ).
Par ces motifs, vu l'art. 36a OJ, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le pourvoi en nullité est irrecevable.
2. Le recours de droit public est irrecevable.
3. Un émolument judiciaire de 300 fr. est mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties ainsi qu'au Procureur général et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 17 août 2006
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le juge présidant: La greffière: