Sachverhalt:
A. X._, Y._ und Z._ sind Geschwister und stehen in einem Erbteilungsprozess aufgrund des Todes ihrer Eltern. Dabei geht es praktisch nur noch um das Schicksal der Seeparzelle Nr. xxxx in S._/TG; über weitere strittige Punkte (Schmuck, weitere Objekte sowie ein Bankkonto) ist ein Teilvergleich zustande gekommen. Mit Klage vom 23. September 2004 gegen Z._ und X._ beantragte Y._ (Kläger, Beschwerdegegner 1), dass ihm die fragliche Parzelle zuzuteilen sei, unter Einräumung eines durch Dienstbarkeitsrecht gesicherten Nutzungsrechts zugunsten von Z._; eventualiter sei die Parzelle unter den Erben real zu teilen. Z._ (Beklagte, Beschwerdegegnerin 2) anerkannte die Klage, währenddem X._ (Beklagter, Beschwerdeführer) die Zuteilung der Parzelle an ihn beantragte (unter Einräumung einer Dienstbarkeit an Z._); eventualiter verlangte er die öffentliche Versteigerung.
B. Mit Urteil vom 29. Juni 2005 wies das Bezirksgericht die umstrittene Parzelle Y._ zu, und zwar zum Anrechungswert von Fr. 153'000.-- und unter Einräumung eines durch Dienstbarkeit gesicherten Nutzungsrechts von Z._ für das Badehäuschen "A". Sodann wurde zugunsten von X._ und Z._ ein Gewinnbeteiligungsrecht bei Veräusserung der Parzelle innert 20 Jahren nach Rechtskraft des Teilurteils eingeräumt. Hiergegen gelangte X._ mit Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau. Mit Urteil vom 29. August 2006 hiess das Obergericht die Berufung gut und wies die Streitsache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zu neuer Entscheidung an die Erstinstanz zurück.
C. X._ führt mit Eingabe vom 14. März 2007 staatsrechtliche Beschwerde und beantragt dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
D. In der gleichen Sache hat X._ auch Berufung erhoben, auf welche das Bundesgericht mit Urteil vom heutigen Tag nicht eingetreten ist (Verfahren 5C.49/2007).
Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil ist vor dem 1. Januar 2007 ergangen (vgl. Art. 132 Abs. 1 BGG), so dass auf das Verfahren das Bundesgesetz über die Bundesrechtspflege (OG) anzuwenden ist.
2. Der angefochtene Entscheid stellt keinen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid gemäss Art. 86 OG dar. Nach der Rechtsprechung ist die gegen einen letztinstanzlichen Zwischenentscheid gerichtete staatsrechtliche Beschwerde aus der Sicht von Art. 87 OG nur zulässig, falls gleichzeitig eine im Sinne von Art. 50 OG zulässige Berufung erhoben worden ist (BGE 117 II 349 E. 2 S. 350). Das Gleiche gilt für ein Teilurteil. Die gegen ein Teilurteil geführte staatsrechtliche Beschwerde ist ebenfalls nur zulässig, falls die gleichzeitig erhobene Berufung zulässig ist (Urteil vom 7. November 1995, E. 1, Rep 1995 S. 97 f.).
Im vorliegenden Fall ist die Berufung gegen den angefochtenen Entscheid unzulässig, weil die Voraussetzungen gemäss Art. 50 OG zu dessen Anfechtung nicht erfüllt sind (Verfahren 5C.49/2007). Aus diesem Grund ist auch die vorliegende staatsrechtliche Beschwerde unzulässig.
3. Nach dem Dargelegten kann auf die staatsrechtliche Beschwerde nicht eingetreten werden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht zu sprechen, da keine Vernehmlassungen eingeholt wurden und den Beschwerdegegnern keine Kosten entstanden sind.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Januar 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Levante