Faits:
A. A.X._ et B.X._ sont domiciliés à Genève. A.X._, né en 1934 (ci-après: l'intéressé), exerce une activité indépendante de psychiatre.
Dans sa déclaration fiscale pour la période 2005, l'intéressé a déclaré un bénéfice net provenant de l'activité indépendante de 46'230 fr. Il a en outre mentionné une déduction portant sur les cotisations AVS/AI, APG et chômage s'élevant à 4'675 fr.
Par décisions de taxation du 2 octobre 2006, le revenu soumis à l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2005 s'élevait à 59'713 fr. et le revenu soumis à l'impôt fédéral direct à 86'700 fr. Le bénéfice déclaré a été redressé par l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève de 46'230 fr. à 56'721 fr. Le montant de cotisations AVS/AI, APG et chômage de 4'675 fr. a été repris.
Par décisions sur réclamation du 20 février 2007 concernant l'impôt fédéral direct ainsi que l'impôt cantonal et communal, l'Administration fiscale cantonale a corrigé la déduction des frais bancaires et n'a admis que 2'771 fr. de déductions au titre de cotisations AVS/AI, APG et chômage pour l'année 2005, ce qui correspondait au montant des acomptes versés par A.X._.
Par actes déposés le 19 mars 2007, le contribuable a recouru contre les décisions sur réclamation du 20 février 2007 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue depuis le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative, concluant à l'admission d'une déduction de 3'628 fr. au titre de cotisations AVS/AI, APG et chômage, en lieu et place du montant de 2'771 fr. A l'appui de son recours, l'intéressé a produit une correspondance de la caisse AVS datée du 18 janvier 2008 l'informant de ce que les acomptes de cotisations AVS/AI, APG et chômage dus pour l'année 2005 s'élevaient à 2'770 fr. 80.
Par décision du 23 novembre 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative a joint les recours et les a rejetés. La décision du 23 novembre 2009 a fait l'objet d'un recours du 18 décembre 2009 déposé par les époux X._ auprès du Tribunal administratif du canton de Genève pour les mêmes motifs.
B. Par arrêt du 3 août 2010, le Tribunal administratif a rejeté le recours déposés par les intéressés le 18 décembre 2009. Il a jugé que A.X._ tenait un état de ses recettes et dépenses, ce qui signifiait que les revenus étaient comptabilisés au moment de l'encaissement. Une fois le système de comptabilisation choisi, le contribuable devait s'y tenir, ce qui signifiait que seules les cotisations effectivement payées en 2005 pouvaient être portées en déduction du revenu imposable.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 3 août 2010 par le Tribunal administratif et de constater que le montant qui doit être repris au titre de déductions AVS pour 2005 s'élève à 3'628 fr. au lieu de 2'771 fr.
Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale qui concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible du moment que l'établissement du revenu imposable d'un contribuable exerçant une activité lucrative indépendante est identique (Markus Reich, Bundes-gesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2e éd., Zweifel/Athanas éd., n° 23 ss ad art. 8 LHID) pour les deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 ss). Par conséquent, déposé en temps utile par les destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des art. 82 ss LTF, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts cantonaux et communaux (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire (cf. mémoire de recours, p. 3) que la partie recourante s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 ss).
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 Sont déduits du revenu les primes, cotisations et montants légaux, statutaires ou réglementaires versés à l'assurance-vieillesse et survivants, à l'assurance-invalidité et à des institutions de la prévoyance professionnelle (art. 33 al. 1 let. f LIFD).
2.2 D'après l'art. 125 al. 2 LIFD, les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés. L'art. 125 al. 2 LIFD ne précise pas les exigences auxquelles doivent répondre ces états et relevés, qui dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (arrêt 2A.128/2007 du 14 mars 2008, in RF 63/2008, 630, consid. 5.2 et les références citées).
Les cotisations se calculent sur la base du revenu découlant du résultat de l'exercice commercial clos au cours de l'année de cotisation et du capital propre investi dans l'entreprise à la fin de l'exercice commercial (art. 22 al. 2 du règlement fédéral du 31 octobre 1947 sur l'assurance-vieillesse et survivants [RAVS; RS 831.101]). Pour établir le revenu déterminant, les autorités fiscales cantonales se fondent sur la taxation passée en force de l'impôt fédéral direct (art. 23 al. 1 RAVS). Les cotisations définitives ne peuvent donc être déterminées, au plus tôt, que l'année suivant celle en cause. Pendant l'année de cotisation, les personnes tenues de payer des cotisations doivent verser périodiquement des acomptes de cotisations (art. 24 al. 1 RAVS).
Qu'elles soient considérées comme privées ou commerciales, les cotisations sociales d'un indépendant peuvent être comptabilisées, soit à la date de la facture, soit à celle du paiement, selon la méthode comptable choisie. Elles peuvent, de plus, faire l'objet d'une provision si le contribuable tient une comptabilité en partie double. Le contribuable peut choisir une méthode plus simple et enregistrer les cotisations, soit à la date de la facture (des acomptes et des décisions définitives), soit à celle du paiement, même si cela ne coïncide pas avec l'année pour laquelle les cotisations sont dues. Lorsque le contribuable a choisi une des méthodes admises, il doit s'y tenir (arrêt 2A.128/2007 du 14 mars 2008, in RF 63/2008, 630, consid. 5.4 et les références citées).
2.3 En l'espèce, il est établi que, pour la période fiscale 2005, le recourant tenait un relevé des recettes et des dépenses selon le principe de l'encaissement. Par conséquent, les cotisations du recourant au titre de l'AVS/AI, APG et chômage dues pour l'année 2005 ne peuvent être déduites de son revenu d'activité lucrative indépendante qu'à la date de leur paiement. C'est en effet la conséquence directe du choix du recourant d'être imposé à l'encaissement. Il n'importe pas dans ce cas que la déduction ait lieu dans le relevé des recettes et des dépenses ou directement dans sa déclaration fiscale. Ce sont dans les deux cas les primes et cotisations "versées" en vertu de la réglementation qui sont déductibles selon l'art. 33 al. 1 let. f LIFD, ce qui correspond en l'espèce aux acomptes versés en 2005 par le recourant pour l'AVS/AI, APG et chômage.
Par conséquent, en jugeant que seul le montant des acomptes versés en 2005 par le recourant pour l'AVS/AI, APG et chômage était déductible de l'impôt sur le revenu de l'activité lucrative indépendante soumis à l'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2005, le Tribunal administratif a correctement appliqué le droit fédéral. Le recours doit être rejeté en tant qu'il est dirigé contre l'impôt fédéral direct 2005.
II. Impôt cantonal et communal
3. L'art. 3 al. 3 let. g de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques (LIPP-V) - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la profession à froid du 22 septembre 2000 (Recueil des lois 2000, p. 754; dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010 applicable en l'espèce) ainsi que l'art. 29 al. 2 de la loi genevoise sur la procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc; RSGE D 3 17), ont pratiquement la même teneur quant aux obligations des contribuables exerçant une activité lucrative indépendante et quant aux déductions admises que celle des art. 33 al. 1 let. f et 125 al. 2 LIFD, dont le contenu correspond également à celui des art. 9 al. 2 let. f et 42 al. 3 LHID.
Par conséquent en tant qu'il est dirigé contre l'impôt cantonal et communal 2005, le recours doit être rejeté pour les mêmes motifs que ceux qui sont exposés ci-dessus pour l'impôt fédéral direct.
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct et du recours en matière d'impôts directs cantonal et communal.
Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire, solidairement entre eux (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté en tant qu'il est concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est rejeté en tant qu'il est concerne l'impôt cantonal et communal.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, chambre administrative, qui a remplacé le Tribunal administratif depuis le 1er janvier 2011, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 2 février 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey