Sachverhalt:
A. A._, geboren 1972, erlitt am 2. Januar 1994 einen Autounfall. Die Invalidenversicherung bezahlte als berufliche Massnahme die Kosten einer kaufmännischen Ausbildung sowie eines Sprachdiploms. In der Folge war A._ voll berufstätig. Wegen eines Rückfalls meldete sie sich am 25. November 2002 wieder zum Leistungsbezug an. Am 18. Juni 2004 und am 30. Januar 2006 war A._ erneut in einen Autounfall verwickelt. Die IV-Stelle des Kantons Zürich verneinte am 24. Februar 2006 den Anspruch auf berufliche Massnahmen. Am 29. Juni 2006 ersuchte A._ um Leistungen infolge eines Invaliditätsgrades von 50 %. Die IV-Stelle zog das im Rahmen des Unfallversicherungsverfahrens vom medizinischen Zentrum X._ am 23. Oktober 2006 erstattete polydisziplinäre Gutachten bei und sprach ihr mit Verfügungen vom 8. November 2007 von August bis Oktober 2003 eine Viertelsrente bei einem Invaliditätsgrad von 44 %, von November 2003 bis August 2004 eine halbe Rente bei einem Invaliditätsgrad von 50 % sowie von September 2004 bis Oktober 2006 eine ganze Rente bei einem Invaliditätsgrad von 100 % zu.
A._ liess dagegen unter Beilage des von ihr in Auftrag gegebenen Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 Beschwerde erheben. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde mit Entscheid vom 12. Februar 2009 ab. Mit Urteil 8C_271/2009 vom 1. Oktober 2009 hob das Bundesgericht diesen Entscheid auf, sprach A._ von August bis September 2003 eine halbe Invalidenrente zu und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit sie den Experten des medizinischen Zentrums X._ Gelegenheit zur Stellungnahme zum Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ gewähre und hernach zur Beurteilung des Leistungsanspruchs nach dem 1. November 2006 über die Massgeblichkeit der beiden Gutachten entscheide oder allenfalls ein Obergutachten in Auftrag gebe.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich stellte am 19. Juli 2010 die anscheinend von der IV-Stelle eingeholte Stellungnahme der Gutachter des medizinischen Zentrums X._ vom 19. Februar 2010 den Parteien zur Gewährung des rechtlichen Gehörs zu. A._ liess ihrer Eingabe vom 14. September 2010 den von der IV-Stelle angeforderten Bericht des Dr. med. M._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 27. April 2010 beilegen. Mit Entscheid vom 15. Oktober 2010 lehnte das Sozialversicherungsgericht die Gewährung einer Invalidenrente ab 1. November 2006 gestützt auf das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei ihr auch nach dem 1. November 2006 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen und die IV-Stelle sei zur Übernahme der Kosten des Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ von Fr. 14'890.-, eventualiter von Fr. 7'445.-, zu verpflichten.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Stellungnahme.
D. Mit Eingabe vom 1. April 2011 lässt A._ den Bericht der Frau Prof. Dr. med. W._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 29. März 2011 nachreichen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in Art. 106 Abs. 2 BGG genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die geradezu in die Augen springen (BGE 133 IV 286 E. 6.2 S. 288; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
2. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 135 V 194). Solche Umstände können namentlich in formellrechtlichen Mängeln des angefochtenen Entscheides liegen, mit denen die Partei nicht rechnete und nach Treu und Glauben nicht zu rechnen brauchte, oder darin, dass die Vorinstanz materiell in einer Weise urteilt, dass bestimmte Sachumstände neu und erstmals rechtserheblich werden. Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können. Das Vorbringen von Tatsachen, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereigneten oder entstanden (echte Noven), ist vor Bundesgericht unzulässig (Urteil 8C_500/2010 vom 5. Januar 2011 E. 4.1 mit Hinweis).
Der unaufgefordert und nachträglich eingereichte Bericht der Frau Prof. Dr. med. W._ vom 29. März 2011 ist ein unzulässiges Novum im dargelegten Sinne. Auf ihn ist in der Folge nicht weiter einzugehen.
3. Die IV-Stelle hatte in ihren Verfügungen vom 8. November 2007 die Zusprechung einer Invalidenrente bis zum 31. Oktober 2006 befristet und einen weitergehenden Anspruch gestützt auf die im Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 23. Oktober 2006 attestierte zumutbare Arbeitsfähigkeit von 80 % in einer angepassten Tätigkeit abgelehnt. Das Bundesgericht hat mit Urteil 8C_271/2009 vom 1. Oktober 2009 die Sache zur weiteren Abklärung und neuem Entscheid über den Anspruch auf eine Invalidenrente nach dem 1. November 2006 an die Vorinstanz zurückgewiesen. Streitig ist somit nur noch der Anspruch ab 1. November 2006.
4. Die Versicherte rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) infolge grundsätzlicher Nichtbeachtung des Berichts des Dr. med. M._ vom 27. April 2010, eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 61 lit. c ATSG) infolge Nichtbeachtung der Aussagen des Dr. med. M._ in seinem Bericht vom 27. April 2010 über den Gesundheitszustand der Versicherten bis zum Erlass der strittigen Verwaltungsverfügungen sowie eine willkürliche Beweiswürdigung (Art. 9 BV) infolge einseitiger Gewichtung der beiden Gutachten.
5. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz hat das Bundesgericht die Sache nicht gestützt auf einen als offensichtlich unrichtig erachteten Sachverhalt im Sinne von Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 105 Abs. 2 BGG zurückgewiesen, sondern weil es eine rechtsfehlerhafte und damit bundesrechtswidrige Beweiswürdigung feststellte, indem die Vorinstanz in ihrem Entscheid vom 12. Februar 2009 ungenügend begründete, weshalb das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ inhaltlich überzeugender sei als das formell gleichwertige Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._.
6. 6.1 Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) umfasst das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Aktes zur Sache äussern zu können. Er verlangt von der Behörde, dass sie seine Vorbringen tatsächlich hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und in ihrer Entscheidfindung angemessen berücksichtigt. Dies gilt für alle form- und fristgerechten Äusserungen, Eingaben und Anträge, die zur Klärung der konkreten Streitfrage geeignet und erforderlich erscheinen (BGE 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188; 135 III 670 E. 3.3.1 S. 677).
6.2 Die Vorinstanz hat unter Beachtung des Anspruchs auf rechtliches Gehör der Versicherten die Möglichkeit zur Vernehmlassung zur Stellungnahme des medizinischen Zentrums X._ vom 19. Februar 2010 eingeräumt. Allerdings hat sie das von der Versicherten im Rahmen dieser Vernehmlassung eingereichte Beweismittel, den Bericht des Dr. med. M._ vom 27. April 2010, nicht berücksichtigt.
6.3 Mit der Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und Rückweisung zur erneuten Abklärung und Entscheidung in der Sache für allfällige Leistungen nach dem 1. November 2006 ist das Verfahren vor der Vorinstanz bezüglich der noch offenen Fragen wieder in jenen Zustand zurückversetzt worden, in welchem es sich vor dem Entscheid vom 12. Februar 2009 befand. Somit gelten auch die Verfahrensregeln von Art. 61 ATSG, einschliesslich des Untersuchungsgrundsatzes gemäss lit. c, wieder. Gemäss dem kantonalen Verfahrensrecht hat das Sozialversicherungsgericht auch unaufgefordert in einem späteren Verfahrensstadium eingereichte Beweismittel auf Grund des Untersuchungsgrundsatzes von Amtes wegen zu berücksichtigen, wenn sie zur Feststellung des rechtlich erheblichen Sachverhalts beizutragen vermögen (ZÜND/PFIFFNER RAUBER [Hrsg.], Gesetz über das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, 2. Aufl., N. 5 zu § 18a GSVGer; vgl. auch N. 18 zu § 18 GSVGer). Dementsprechend wäre die Vorinstanz gehalten gewesen, den Bericht des Dr. med. M._ vom 27. April 2010, soweit er sich zum massgebenden Sachverhalt, d.h. zu Begebenheiten in der Zeit bis zum 8. November 2007 äussert, in ihre Entscheidfindung miteinzubeziehen oder aber zu begründen, weshalb dieser den Anforderungen an einen ärztlichen Bericht nicht entspricht. Die Vorinstanz hält diesbezüglich lediglich fest, aus dem einverlangten Bericht des Dr. med. M._ lasse sich schliessen, dass die IV-Stelle daran sei, den Sachverhalt, soweit dieser in die vorliegend nicht mehr zu beurteilende Zeit falle, abzuklären. Diese Ausführungen halten im Rahmen des nach Art. 61 lit. c ATSG geltenden Untersuchungsgrundsatzes nicht stand.
7. 7.1 Dr. med. M._ begründete die in seinem von der IV-Stelle einverlangten Bericht vom 27. April 2010 attestierte volle Arbeitsunfähigkeit in der angestammten Tätigkeit als Bankangestellte mit einer seit dem Suizidversuch von 1987 bestehenden bipolaren Störung, zzt. manisch (ICD-10: F 31.1), einem seit 2006/07 vorliegenden Alkoholismus (ICD-10: F 10.2), einem seit Jahren andauernden Abhängigkeitssyndrom (NSAR; ICD-10: F 55.2) sowie dem Status nach HWS-Distorsionstraumata in den Jahren 1994, 2004 und 2006 (ICD-10: F 54); infolge der depressiven und manischen Phasen bestehe in einer angepassten Tätigkeit seit April resp. Juni 2007 eine Arbeitsfähigkeit von 20 %. Bei medikamentöser Stabilisierung der bipolaren Störung sei die Arbeitsfähigkeit in der angepassten Tätigkeit als Podologin steigerbar. Er habe die Versicherte bereits in den Jahren 1992/93 sowie von 1994 bis 1999 behandelt. Nach einem längeren Unterbruch sei sie seit April 2007 wieder bei ihm in Behandlung. Dr. med. M._ gibt eine ausführliche familiäre und medizinische Anamnese seit den Achtzigerjahren wieder. Auch legt er einlässlich seine seit Wiederaufnahme der Behandlung festgestellten Befunde und Beschwerden dar. Weiter nennt er die ihm zur Verfügung gestandenen medizinischen Akten.
7.2 Ob bezüglich der Beurteilung der psychischen Beschwerden auf den Bericht des Dr. med. M._ abzustellen ist, kann offen bleiben. Er ist zumindest geeignet, Zweifel an der psychiatrischen Einschätzung gemäss dem Gutachten des medizinischen Zentrums X._ zu wecken. Die Vorinstanz legt in ihrem Entscheid vom 15. Oktober 2010 erneut nicht dar, weshalb das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ inhaltlich überzeugender sein soll als das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._, sondern verweist lediglich auf ihre entsprechenden Ausführungen im vom Bundesgericht aufgehobenen Entscheid vom 12. Februar 2009. Da, wie die Versicherte selbst einräumt, auch das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ mit Fehlern behaftet ist, indem es die von ihm attestierte zumutbare Arbeitsfähigkeit unzureichend begründet, drängt sich die Einholung eines polydisziplinären Obergutachtens auf, welches Aufschluss über den seit 1. November 2006 massgebenden Gesundheitszustand zu geben hat. Somit ist die Vorinstanz in Aufhebung des Entscheids vom 15. Oktober 2010 anzuweisen, ein Obergutachten zur Klärung des Gesundheitszustandes der Versicherten nach dem 1. November 2006 einzuholen und erneut über den Anspruch auf eine Invalidenrente ab 1. November 2006 zu entscheiden. Dabei ist es unzulässig, die Einholung dieses Gutachtens an die IV-Stelle zu delegieren, wie dies das kantonale Gericht anscheinend bei der Einholung der Stellungnahme der Gutachter des medizinischen Zentrums X._ - entgegen der Anweisung des Bundesgerichts - im Nachgang zum Urteil vom 1. Oktober 2009 getan hat. Denn nach der Rechtsprechung haben ein Gerichtsgutachten und ein von der Verwaltung eingeholtes Gutachten externer Spezialärzte im Rahmen der Beweiswürdigung nicht denselben Stellenwert (BGE 125 V 351 E. 3b/aa S. 352 und E. 3b/bb S. 353, bestätigt mit BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232); unterschiedliche Bestimmungen gelten auch für die (verfahrensrechtliche) Stellung der Parteien und der Ärzte als Sachverständige (Art. 44 ATSG für das Verwaltungsverfahren, § 28 lit. a des zürcherischen Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht vom 7. März 1993 [GSVGer; 212.81] in Verbindung mit Art. 183 ff. der Schweizerischen Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008 [Zivilprozessordnung, ZPO; SR 272] bezüglich des im kantonalen Verfahren angeordneten Gerichtsgutachtens; vgl. dazu auch BÜHLER, Der rechtliche Rahmen der medizinischen Begutachtung in der Schweiz, in: Murer [Hrsg.], Möglichkeiten und Grenzen der medizinischen Begutachtung, 2010, S. 29 ff.).
8. 8.1 Die Kosten eines von der versicherten Person veranlassten Gutachtens sind vom Versicherungsträger dann zu übernehmen, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst aufgrund des neu beigebrachten Untersuchungsergebnisses schlüssig feststellen lässt und dem Sozialversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186 ff. [U 282/00]).
8.2 Die Versicherte beantragt erneut die Übernahme der Kosten des von ihr in Auftrag gegebenen Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._. Zwar ist der strittige medizinische Sachverhalt auch gestützt auf dieses Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ nicht schlüssig feststellbar; es war jedoch Anlass dafür, dass inhaltliche Zweifel am Gutachten des medizinischen Zentrums X._ aufkamen, welche zu weiteren Abklärungen führten und somit eine Verletzung des der IV-Stelle (und der Vorinstanz) obliegenden Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG) offen legten. In Anbetracht der gesamten Umstände (paralleles Verfahren in der Invaliden- und obligatorischen Unfallversicherung; erneute Rückweisung zur Einholung eines Obergutachtens) hat die IV-Stelle der Versicherten die Hälfte der Kosten des Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._, d.h. Fr. 7'445.-, zurückzuerstatten.
9. Das Verfahren ist kostenpflichtig. In der Regel sind die Gerichtskosten der unterliegenden Partei aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Gemäss Art. 66 Abs. 3 BGG hat derjenige unnötige Kosten zu tragen, der sie verursacht hat. Gestützt auf diese Norm können ausnahmsweise auch den Vorinstanzen bzw. dem Gemeinwesen, dem diese angehören, die Gerichtskosten auferlegt werden, namentlich wenn diese in qualifizierter Weise die Rechte einer Partei verletzen oder infolge einer falschen Rechtsmittelbelehrung einen überflüssigen Prozess provozieren (vgl. GEISER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 25 zu Art. 66 BGG). So richtet sich bei qualifizierter Verletzung der Pflicht zur Justizgewährleistung die Verlegung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung nach dem Verursacherprinzip von Art. 66 Abs. 3 resp. Art. 68 Abs. 4 BGG (Urteil 9C_251/2009 vom 15. Mai 2009, E. 2.1 mit Hinweisen; vgl. zum Ganzen auch Urteil 8C_830/2009 vom 4. Januar 2010 E. 3.1).
Der kantonale Entscheid wird zum zweiten Mal infolge (derselben) Verletzung der Regeln zur Beweiswürdigung aufgehoben. Somit rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten ausnahmsweise der Vorinstanz resp. dem Kanton Zürich aufzuerlegen. Er hat zudem der obsiegenden Versicherten eine Parteientschädigung zu zahlen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 15. Oktober 2010 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf eine Invalidenrente nach dem 1. November 2006 neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin Kosten in der Höhe von Fr. 7'445.- für das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ zurückzuerstatten.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Mai 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold