Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer erstattete am 4. Juni 2009 Strafanzeige gegen den Stadtpräsidenten und den Tierschutzbeauftragten der Stadt S._ wegen Sachbeschädigung, Nichtanzeigens eines Fundes, Amtsmissbrauchs und Tierquälerei. Die Anklagekammer des Kantons St. Gallen bejahte am 12. August 2009 die Voraussetzungen für die Eröffnung eines Strafverfahrens ausschliesslich in Bezug auf die geltend gemachte Widerhandlung gegen das Tierschutzgesetz, ansonsten verneinte es diese. Dagegen gelangt der Beschwerdeführer mit Beschwerde an das Bundesgericht. Er hält daran auch nach einer Rückfrage (act. 5) ausdrücklich fest und macht geltend, der angefochtene Entscheid sei in Bezug auf die angezeigten Straftatbestände der Sachbeschädigung, des Amtsmissbrauchs und der Fundunterschlagung nicht nachvollziehbar.
Weil die Staatsanwaltschaft am kantonalen Verfahren beteiligt war, ist der Beschwerdeführer nicht Privatstrafkläger im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 BGG. Da er durch die angeblichen Straftaten nicht in seiner körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar im Sinne eines traumatischen Erlebnisses beeinträchtigt wurde, ist er auch nicht Opfer im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG in Verbindung mit Art. 1 Abs. 1 OHG. Als Anzeigesteller bzw. Geschädigter, der nicht Opfer im Sinne des OHG ist, ist er zur vorliegenden Beschwerde nicht legitimiert (vgl. BGE 133 IV 228). Im Übrigen enthält die Beschwerdeeingabe weder ein Begehren noch genügt sie sonst den Begründungsanforderungen von Art. 42 BGG. Auf die Beschwerde ist daher im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill