Sachverhalt:
A. A.X._ und B.X._ wurden am 1. Dezember 2006 von der Steuerkommission W._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 veranlagt. Mit Urteil vom 27. Januar 2010 befand das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau kantonal letztinstanzlich über diese Veranlagung.
B. Am 12. März 2010 haben die Eheleute X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Im Wesentlichen beantragen sie sinngemäss, das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben. Ferner hätten die Bundesrichter Müller, Merkli und Zünd wegen Befangenheit in den Ausstand zu treten.
C. Das Kantonale Steueramt Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf einen Antrag verzichtet.
Erwägungen:
1. Die sich hier stellenden Fragen stimmen verfahrens- und materiellrechtlich im Wesentlichen mit denjenigen überein, die das Bundesgericht gegenüber dem gleichen Parteivertreter namentlich im Urteil 2C_5/2010 vom 22. April 2010 zu behandeln hatte. Die betreffenden Fragen sind auch vollumfänglich gleich zu beantworten. In mehreren Punkten kann es hier somit genügen, auf das genannte Urteil und die dort angeführte Rechtsprechung zu verweisen, ohne dass dem noch etwas hinzuzufügen wäre.
2. 2.1 Auch die vorliegende Beschwerde erweist sich bestenfalls in beschränktem Umfang als zulässig. Wie schon in zahlreichen früheren Verfahren setzt sich der Vertreter der Beschwerdeführer nur wenig mit dem angefochtenen Urteil auseinander und selbst dann noch in grossteils ungenügender Form. Entscheidende Argumente der Vorinstanz (oder des Bundesgerichts in früheren Verfahren) scheint er nicht zur Kenntnis genommen zu haben (vgl. z.B. 2C_5/2010 E. 2.2 in fine in Bezug auf die fehlende Aussagekraft der neurechtlichen Materialien für die massgebliche übergangsrechtliche Problematik). In all diesen Punkten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (vgl. u.a. Urteil 2C_5/2010 E. 1.2). Dagegen kann nicht eingewendet werden, wenn eine Parteischrift zwölf Seiten umfasse, müsse sie als substituiert (recte: substantiiert) eingestuft werden.
2.2 Ebenso unzulässig ist das Ausstandsbegehren gegenüber den genannten Bundesrichtern. Der Vertreter der Beschwerdeführer behauptet, die betreffenden Richter hätten in der gleichen Frage schon mehrmals klassische Fehlurteile bzw. unzulässige Willkürentscheide gefällt und seien somit als befangen einzustufen. Diese Sichtweise weicht von dem sich wirklich stellenden Problem (vgl. unten E. 4) beträchtlich ab. Unabhängig davon erweist sich ein Ausstandsbegehren, welches ausschliesslich damit begründet wird, dass Gerichtsmitglieder an einem Entscheid mitgewirkt haben, der für die betreffende Partei (oder deren Vertreter) negativ ausgefallen ist, als untauglich und unzulässig; eine angeblich falsche Rechtsauffassung begründet für sich allein noch keinen Anschein der Befangenheit; die vom Ausstandsbegehren betroffenen Gerichtspersonen dürfen am (Nichteintretens-)Entscheid darüber mitwirken (vgl. u.a. BGE 135 II 430 E. 3.3.2 S. 438; Pra 1997 Nr. 118 S. 631 E. 3d).
2.3 Gänzlich unberücksichtigt bleiben muss ferner das hier eingereichte Rechtsgutachten. Es ist dem Bundesgericht erst deutlich nach Ende der Beschwerdefrist von Art. 100 BGG unterbreitet worden, ohne dass das unvermeidbar oder auch nur irgendwie gerechtfertigt gewesen wäre; insbesondere kann nicht gesagt werden, erst die (sich ausnahmslos auf die Äusserung des jeweiligen Rechtsstandpunkts beschränkenden und ohne jegliche Begründung eingereichten) Vernehmlassungen der beteiligten Behörden hätten zum Gutachten Anlass gegeben.
3. Materiellrechtlich stellt sich eine Frage, die u.a. im Urteil 2C_5/2010 dargelegt wird (vgl. dort E. 2). Was der Vertreter der Beschwerdeführer hier gegen die diesbezüglich bestehende Praxis einwendet, erweist sich, soweit auf seine Vorbringen überhaupt einzutreten ist (vgl. oben E. 2.1), als blosse Wiederholung schon mehrmals entkräfteter Argumente aus früheren Verfahren. Unter den gegebenen Umständen kann es genügen, auf die Ausführungen im besagten Urteil und die dort genannten Präjudizien zu verweisen.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens grundsätzlich den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Es muss jedoch gefragt werden, ob die Kosten hier nicht ausnahmsweise dem Parteivertreter aufzuerlegen sind:
4.1 Gemäss Art. 66 Abs. 3 BGG hat unnötige Kosten zu bezahlen, wer sie verursacht. Im Einklang mit dieser Bestimmung (bzw. dem zuvor gültigen Art. 156 Abs. 6 OG) hat das Bundesgericht wiederholt Prozesskosten u.a. denjenigen Rechtsvertretern auferlegt, welche unter Verkennung elementar(st)er Sorgfaltspflichten eine offensichtlich unzulässige Beschwerde einreichen (vgl. u.a. BGE 129 IV 206 E. 2 S. 207 f.). Es hat die genannte Regelung aber auch, nach entsprechender Vorwarnung, in anderen Fällen qualifiziert problematischer Prozessführung zur Anwendung gebracht (vgl. u.a. Urteil 1A.116/1999 vom 19. August 1999 E. 8).
4.2 Eine in besonderem Ausmass zu Zweifeln Anlass gebende Prozessführung ist beim Vertreter der Beschwerdeführer schon länger festzuhalten. Seit Jahren führt er so etwas wie einen persönlichen Feldzug in derselben, hier einmal mehr zum Gegenstand der Beschwerde gemachten Rechtsfrage. Inhaltlich hatte und hat sein Unterfangen kaum Erfolgschancen, in mehreren Fällen sogar offensichtlich keine Aussicht auf Gutheissung. Das hätte ihm an sich aufgrund der bundesgerichtlichen Urteilsbegründungen klar werden müssen. Dennoch hat er im Namen von rechtsunkundigen Steuerpflichtigen immer wieder bis vor Bundesgericht prozessiert. Soweit die jeweiligen Kunden keine oder nur ungenügende Kenntnis von der Anzahl und der Deutlichkeit der vorausgegangenen Misserfolge (gehabt) haben sollten, könnte das unter vertretungsdeontologischen bzw. -rechtlichen Gesichtspunkten kaum hingenommen werden.
Unnötige Kosten hat der Vertreter seinen Klienten auf jeden Fall in folgender Hinsicht verursacht: Es sind ihm in den genannten Verfahren immer wieder die gleichen, teilweise gravierenden Unzulänglichkeiten auf prozessualer Ebene unterlaufen (namentlich eine oftmals qualifiziert ungenügende Beschwerdebegründung sowie die Verkennung des Fristengebots oder des Novenverbots, usw.). Durch diese Unzulänglichkeiten sind die sonst schon geringen Erfolgsaussichten noch weiter geschmälert worden, u.a. in dem Sinne, dass das Bundesgericht sich häufig nur in beschränktem Ausmass (wenn überhaupt) inhaltlich mit den Beschwerden auseinanderzusetzen hatte.
4.3 Nach all den Jahren hat der Vertreter der Beschwerdeführer nun ein Rechtsgutachten vorgelegt, das seine persönliche Auffassung zumindest in gewissem Umfang zu teilen scheint. Dieses Gutachten vermag an den (teilweise sehr) geringen Erfolgsaussichten der bisherigen Verfahren (inkl. des vorliegenden) nichts zu ändern. Allgemein besagt ein solches Gutachten nur, dass auf einer theoretischen Ebene gegebenenfalls auch ein anderer Rechtsstandpunkt vertreten werden kann, ohne dass die ihm entgegen stehende Praxis deswegen weniger überzeugend oder gar rechtswidrig würde. Hier muss das Gutachten jedoch, wie schon erwähnt (vgl. oben E. 2.3), gänzlich ausser Betracht bleiben. Als weiteres Beispiel für die genannten Unzulänglichkeiten ist es auf eine Art und Weise eingereicht worden, die seine Berücksichtigung zum Vornherein ausschliessen musste (vgl. auch die genauso unzulängliche Verwendung desselben Gutachtens im Rahmen des Revisionsverfahrens 2F_8/2010 E. 2.4; zur gleichen verfehlten Ergreifung des Rechtsmittels der Revision: siehe u.a. schon das Urteil A.657/1987 vom 14. Juli 1988 E. 1c).
4.4 Gesamthaft liegen hier die Umstände so, dass Art. 66 Abs. 3 BGG (gerade) noch nicht zur Anwendung zu bringen ist, insbesondere ohne eine entsprechende Vorwarnung, wie sie aus den obigen Ausführungen hervorgeht. Die Beschwerdeführer sind indessen gegenüber ihrem Vertreter auf die Handlungsmöglichkeiten hinzuweisen, welche das Vertragsrecht ihnen gegebenenfalls zur Verfügung stellt, namentlich dann, wenn sie zur Beteiligung an den Gutachtenskosten herangezogen werden sollten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf das Ausstandsbegehren wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. November 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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