Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach führt gegen X._ (und Mitbeschuldigte) eine Strafuntersuchung wegen des Verdachts der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Der Beschuldigte wurde am 29. März 2012 verhaftet und am 31. März 2012 in Untersuchungshaft versetzt.
B. Mit Verfügung vom 4. April 2012 wies die Staatsanwaltschaft ein Gesuch des Beschuldigten ab um Bekanntgabe der Einvernahmetermine von Mitbeschuldigten sowie um Zulassung des Beschuldigten und seines Verteidigers an die betreffenden Einvernahmen.
C. Mit separater Verfügung vom 4. April 2012 wies die Staatsanwaltschaft ein weiteres Gesuch des Beschuldigten ab, wonach der amtliche Dolmetscher auch für Instruktionsgespräche zwischen dem Beschuldigten und seinem Verteidiger (anlässlich von Einvernahmen) zur Verfügung zu stellen sei.
D. Eine vom Beschuldigten gegen die genannten Verfügungen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, mit Entscheid vom 22. Mai 2012 ab.
E. Gegen den Entscheid des Obergerichts gelangte der Beschuldigte mit Beschwerde vom 7. Juli 2012 an das Bundesgericht. Neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheides beantragt er seine Zulassung (und die seines Verteidigers) zu den Einvernahmen von Mitbeschuldigten. Ausserdem sei ihm "für die Instruktion mit seinem Verteidiger bei und während der staatsanwaltlich angeordneten Beweiserhebung, insbesondere Einvernahmen, der amtlich bestellte Übersetzer zur Verfügung zu stellen".
Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht haben auf Stellungnahmen je ausdrücklich verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 78 ff. BGG sind grundsätzlich erfüllt und geben zu keinen Vorbemerkungen Anlass.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, sein Ausschluss von den Einvernahmen von Mitbeschuldigten verletze seine (insbesondere von Art. 147 Abs. 1 StPO gewährleisteten) Parteirechte. Das Verhalten der kantonalen Instanzen versetze ihn gegenüber den Mitbeschuldigten in ein Aussagedilemma und unterhöhle sein prozessuales Schweigerecht. Er sei in Untersuchungshaft versetzt und zu den Tatvorwürfen schon mehrmals einvernommen worden. Entgegen der Ansicht des Obergerichts sei ihm daher Gelegenheit zu geben, an den Beweiserhebungen teilzunehmen. Ein Ausschlussgrund im Sinne von Art. 108 Abs. 1 lit. a StPO liege nicht vor.
2.1 Gestützt auf Art. 146 Abs. 1 StPO (Verfahrensgrundsatz der "getrennten" Einvernahme) verneint die Vorinstanz einen Anspruch des Beschuldigten auf Teilnahme an den Einvernahmen von Mitbeschuldigten. Dies entspreche auch der Praxis des Zürcher Obergerichts. In seinem zur amtlichen Publikation bestimmten Grundsatzurteil 1B_264/2012 vom 10. Oktober 2012 hat das Bundesgericht diese Argumentation geprüft und ausdrücklich verworfen:
2.1.1 Die Artikel 142-146 StPO regeln (im Rahmen des 2. Abschnitts "Einvernahmen", im 1. Kapitel "Allgemeine Bestimmungen" unter dem 4. Titel "Beweismittel") die allgemeinen Modalitäten der strafprozessualen Einvernahmen. Art. 146 StPO trägt den Randtitel "Einvernahmen mehrerer Personen und Gegenüberstellungen". Er ordnet im Wesentlichen einvernahmetechnische Fragen der genannten Befragungsfälle. Art. 146 Abs. 1 StPO bestimmt, dass mehrere zu befragende Personen im Regelfall "getrennt einvernommen" werden. "Getrennt" voneinander bedeutet zunächst, dass Befragte (insbesondere Zeugen oder Mitbeschuldigte) im Rahmen der gleichen Einvernahmesitzung nicht gemeinsam (d.h. gleichzeitig oder wechselseitig) befragt werden, sondern nacheinander. Vorbehalten ist der Sonderfall der Konfrontationseinvernahme verschiedener Personen nach erfolgten ersten Befragungen (Art. 146 Abs. 2 StPO; vgl. Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005, BBl 2006, S. 1085 ff., 1186). Sinn und Zweck von Art. 146 Abs. 1 StPO ist in diesem Sinne die ungestörte Wahrheitsfindung, insbesondere die Verhinderung von gegenseitigen Beeinflussungen bzw. Kollusion. Die Bestimmungen von Art. 142-146 StPO sind allgemeiner Natur und gelten für alle Einvernahmearten (Befragungen von Beschuldigten, Privatklägern, Zeugen, Auskunftspersonen usw.). Sie enthalten keine Vorschriften zu den Teilnahmerechten der Parteien bei Beweiserhebungen (namentlich bei Einvernahmen). Insbesondere lässt sich dem Wortlaut von Art. 146 Abs. 1 StPO nicht entnehmen, dass die Parteien zu den getrennten Einzeleinvernahmen nicht zuzulassen seien. Die Teilnahmerechte der Parteien werden (im sich anschliessenden 3. Abschnitt) in Art. 147-148 StPO separat geregelt (Urteil 1B_264/2012 E. 4.1).
2.1.2 Art. 147 Abs. 1 Satz 1 StPO statuiert den Grundsatz der Parteiöffentlichkeit der Beweiserhebungen im Untersuchungs- und Hauptverfahren und bestimmt, dass die Parteien das Recht haben, bei Beweiserhebungen durch die Staatsanwaltschaft und die Gerichte anwesend zu sein und einvernommenen Personen Fragen zu stellen. Dieses spezifische Teilnahme- und Mitwirkungsrecht fliesst aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 107 Abs. 1 lit. b StPO). Es kann nur unter den gesetzlichen Voraussetzungen (vgl. Art. 108, Art. 146 Abs. 4 und Art. 149 Abs. 2 lit. b StPO; s. auch Art. 101 Abs. 1 StPO) eingeschränkt werden (vgl. Botschaft StPO, S. 1187). Beweise, die in Verletzung von Art. 147 Abs. 1 StPO erhoben worden sind, dürfen nicht zulasten der Partei verwertet werden, die nicht anwesend war (Art. 147 Abs. 4 StPO). Zwischen Konfrontationseinvernahmen mehrerer Personen (Art. 46 Abs. 2 StPO) und der Teilnahme an parteiöffentlichen Einzelbefragungen mit dem Recht, dem einzeln Befragten in der Folge Ergänzungsfragen zu stellen (Art. 147 Abs. 1 Satz 1 i.V.m. Art. 146 Abs. 1 StPO), ist im Übrigen zu differenzieren (Urteil 1B_264/2012 E. 4.2). Die in Art. 146 Abs. 1 StPO verankerte Verfahrensregel der "getrennten" Einvernahme bildet keine selbstständige gesetzliche Ausnahme zu den spezifischen Parteirechten nach Art. 147 Abs. 1 StPO. Ein prinzipieller Teilnahmeanspruch beschuldigter Personen wird denn auch von der überwiegenden Literatur sowie von der baselstädtischen, Berner und Waadtländer Gerichtspraxis zutreffend bejaht (vgl. dazu Urteil 1B_264/2012 E. 5.1-5.3).
2.2 Gegenüber bereits staatsanwaltschaftlich zu den Tatvorwürfen einvernommenen Beschuldigten drängt sich nach der Praxis des Bundesgerichtes auch keine Beschneidung der Parteirechte im Lichte von Art. 101 Abs. 1 Satz 1 StPO mehr auf. Ein Ausschluss der in Art. 147 Abs. 1 StPO gewährleisteten Parteiöffentlichkeit käme hier grundsätzlich nur noch gestützt auf Art. 108 Abs. 1 lit. a StPO in Frage (vgl. zur amtl. Publikation bestimmtes Urteil 1B_264/2012 E. 5.5.6-5.5.11).
2.3 Bei noch nicht einschlägig einvernommenen Beschuldigten kann die Staatsanwaltschaft hingegen - ähnlich wie bei der Akteneinsicht nach Art. 101 Abs. 1 Satz 1 StPO - im Einzelfall prüfen, ob sachliche Gründe für eine vorläufige Beschränkung der Parteiöffentlichkeit bestehen. Solche Gründe liegen insbesondere vor, wenn im Hinblick auf noch nicht erfolgte Vorhalte eine konkrete Kollusionsgefahr gegeben ist. Falls die Befragung von Mitbeschuldigten sich auf untersuchte Sachverhalte bezieht, welche den (noch nicht einvernommenen) Beschuldigten persönlich betreffen, und zu denen ihm noch kein Vorhalt gemacht werden konnte, darf der Beschuldigte von der Teilnahme ausgeschlossen werden (vgl. zur amtl. Publikation bestimmtes Urteil 1B_264/2012 E. 5.5.2-5.5.5).
2.4 Wie sich aus den Akten ergibt (insbesondere dem Haftverlängerungsentscheid des Zwangsmassnahmengerichts des Kantons Aargau vom 26. Juni 2012), wurde der Beschwerdeführer am 29. März 2012 verhaftet und am 31. März 2012 vom Zwangsmassnahmengericht in Untersuchungshaft versetzt. Nach seiner polizeilichen Verhaftung wurde er mehrmals, sowohl polizeilich als auch staatsanwaltlich, zu den Tatvorwürfen (Heroinhandel) einvernommen (vgl. Art. 219 Abs. 2 und Art. 224 Abs. 1 StPO). Damit ist kein Ausschlussgrund im Sinne von Art. 101 Abs. 1 Satz 1 StPO mehr ersichtlich (vgl. zur amtl. Publikation bestimmtes Urteil 1B_264/2012 E. 5.5.2-5.5.5). Ebenso wenig wird von den kantonalen Instanzen ein drohender Rechtsmissbrauch (im Sinne von Art. 108 Abs. 1 lit. a StPO) oder ein anderer gesetzlicher Ausschlussgrund dargetan (vgl. Urteil 1B_264/2012 E. 5.5.6-5.5.11). Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in diesem Punkt teilweise gutzuheissen und dem Beschwerdeführer (sowie seinem Verteidiger) die Teilnahme an den fraglichen Beweiserhebungen zu ermöglichen.
3. Weiter ficht der Beschwerdeführer einen strafprozessualen Zwischenentscheid betreffend Inanspruchnahme eines amtlichen Dolmetschers an.
3.1 Streitig ist hier nicht die Frage, ob die Verteidigung (für die Instruktionsgespräche mit dem Beschwerdeführer) überhaupt einen Dolmetscher beiziehen kann und ob dafür Kostengutsprache erteilt wird. Die kantonalen Instanzen haben diesbezüglich keine Gesuche des Beschwerdeführers abschlägig behandelt. Streitig ist lediglich dessen Antrag, der gleiche Dolmetscher, der für amtliche Untersuchungshandlungen beigezogen wurde bzw. wird, sei auch für Instruktionsgespräche zwischen der Verteidigung und dem Beschwerdeführer aufzubieten. Die kantonalen Instanzen stellen sich auf den Standpunkt, die Verteidigung habe zu diesem Zweck einen "eigenen" Dolmetscher beizuziehen. Die Kosten für diese Übersetzung seien der Verteidigung als notwendige Auslagen zu ersetzen (vgl. Art. 422 Abs. 2 lit. b StPO). Hingegen treffe die Verfahrensleitung keine Verpflichtung, den von ihr bestellten amtlichen Übersetzer auch der Verteidigung für deren interne Instruktion mit ihrer Mandantschaft zur Verfügung zu stellen.
3.2 Der Beschwerdeführer verlangt, der amtliche Dolmetscher sei ihm "auch für die unmittelbar vor und während der Einvernahme notwendigen Instruktionen mit dem Verteidiger zur Verfügung zu stellen". Für die fraglichen (kurzen) Verfahrensvorgänge habe sein Verteidiger bisher keinen eigenen Übersetzer finden können. Indem sie den amtlichen Dolmetscher hier nicht beizogen, hätten die kantonalen Instanzen eine ausreichende Instruktion bzw. Verteidigung verhindert und Art. 68 Abs. 1 StPO verletzt. Dem Gesuch sei auch aus "prozessökonomischen" Gründen zu folgen.
3.3 Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, kann offen bleiben, ob die Ablehnung des fraglichen Antrages zu einem nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteil des Beschwerdeführers (im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) führen könnte. Die in diesem Zusammenhang erhobenen materiellen Rügen erweisen sich jedenfalls als unbegründet:
3.4 Versteht eine am Verfahren beteiligte Person die Verfahrenssprache nicht oder kann sie sich darin nicht genügend ausdrücken, so zieht die Verfahrensleitung eine Übersetzerin oder einen Übersetzer bei (Art. 68 Abs. 1 Satz 1 StPO). Das Gesetz gewährt indessen keinen Anspruch auf personelle "Identität" zwischen diesem amtlichen Dolmetscher (der insbesondere Einvernahmen übersetzt) und einem Übersetzer von Instruktionsgesprächen der Verteidigung. Etwas anderes ist auch der einschlägigen Literatur nicht zu entnehmen (vgl. Daniela Brüschweiler, in: Zürcher Kommentar StPO, Zürich 2010, Art. 68 N. 5; Niklaus Schmid, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, Zürich 2009, Art. 68 N. 4; Adrian Urwyler, in: Basler Kommentar StPO, Basel 2011, Art. 68 N. 8 in fine). Ebenso wenig liesse sich ein solcher Anspruch aus den Grundrechten des Beschuldigten ableiten. Im Gegenteil sprechen regelmässig gewichtige sachliche Gründe dagegen, dass der gleiche Dolmetscher, der die vertraulichen Instruktionsgespräche (zwischen der Verteidigung und dem Beschuldigten) übersetzt hat, auch noch als amtlicher Dolmetscher die förmlichen Einvernahmen übersetzt. Dem stehen namentlich das Verteidigungsgeheimnis entgegen sowie das Gebot der prozessualen Wahrheitsfindung bzw. der Vermeidung von Interessenkollisionen (vgl. Art. 139 Abs. 1 i.V.m. Art. 6 Abs. 1 sowie Art. 56 lit. b und lit. f i.V.m. Art. 68 Abs. 5 StPO).
3.5 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers gilt dies auch für Absprachen zwischen der Verteidigung und dem Beschuldigten "unmittelbar vor" Einvernahmen (oder in Einvernahmepausen). "Während der Einvernahme" finden keine vertraulichen Instruktionsgespräche statt, sondern hat der amtliche Dolmetscher die Befragung zu übersetzen. Falls die Verteidigung faktische Schwierigkeiten haben sollte, einen (separaten) geeigneten Übersetzer für ihre Instruktionsgespräche mit der Mandantschaft zu finden, stünde es ihr frei, bei der Verfahrensleitung um eine amtliche Liste geeigneter Dolmetscherinnen und Dolmetscher nachzufragen (vgl. Art. 183 Abs. 1 i.V.m. Art. 68 Abs. 5 StPO). Dass ein solches Begehren vom Beschwerdeführer oder seinem Verteidiger gestellt und von der Staatsanwaltschaft abgelehnt worden wäre, wird nicht vorgebracht. Die Vorinstanz erwägt in diesem Zusammenhang mit Recht, dass für Übersetzungen zwischen der deutschen und der albanischen Sprache eine genügende Anzahl an qualifizierten Dolmetschern zur Auswahl stehen sollte.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde teilweise gutzuheissen ist. Der Beschwerdeführer und sein Verteidiger sind zu den fraglichen Einvernahmen zuzulassen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Da auch der Kostenpunkt des kantonalen Verfahrens neu zu regeln sein wird, ist der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen zur Neubeurteilung des Kostenpunktes und zur Anordnung der Zulassung zu den fraglichen Einvernahmen. Die von der Vorinstanz abschlägig entschiedene Frage einer allfälligen Entfernung von Einvernahmeprotokollen aus den Untersuchungsakten wurde in der Beschwerdeschrift nicht mehr aufgeworfen; ebenso wenig wurden diesbezüglich Anträge gestellt. In diesem Punkt ist der angefochtene Entscheid in Rechtskraft erwachsen.
Da der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer in der Hauptsache obsiegt, hat er Anspruch auf eine angemessene Parteientschädigung (Art. 68 BGG). Aufgrund seines Gesuches um unentgeltliche Rechtspflege ist dem Offizialverteidiger die Parteientschädigung persönlich zuzusprechen. Da der gesamte Aufwand des Rechtsvertreters über die zugesprochene Parteientschädigung gedeckt werden kann, ist ihm im Rahmen des Gesuches um unentgeltliche Rechtspflege keine weitere Entschädigung (aus der Bundesgerichtskasse) zuzusprechen (Art. 64 Abs. 2 Satz 2 BGG). Gerichtskosten sind nicht zu erheben (Art. 66 Abs. 4 und Art. 64 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen.
2. Der Entscheid vom 22. Mai 2012 des Obergerichts des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, wird aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen zur Zulassung des Beschwerdeführers und seines Verteidigers zu den fraglichen Einvernahmen sowie zur Neuregelung des Kostenpunktes des kantonalen Verfahrens. Was die im kantonalen Verfahren abschlägig entschiedene Entfernung von Einvernahmeprotokollen aus den Untersuchungsakten betrifft, ist der angefochtene Entscheid in Rechtskraft erwachsen.
3. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
4. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
5. Der Kanton Aargau hat eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- (pauschal, inkl. MWST) an Rechtsanwalt Kenad Melunovic zu entrichten.
6. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster