Sachverhalt:
A. Die X._ AG hat gemäss Handelsregistereintrag von 22. November 2001 folgenden Zweck: "à titre lucratif, commerce d'objets d'art, prise de participations dans des magasins et galeries d'art; à titre non lucratif, promotion et soutien d'artistes et de projets artistiques en tous genres; toutes opérations financières ou commerciales convergentes à ses buts". In den fraglichen Steuerperioden waren unter anderem A._ und B._ Aktionäre der X._ AG.
Im Juni 2007 führte ein Experte des Steuerinspektorats bei der X._ AG eine Bücherkontrolle durch, bei der er feststellte, dass für das Firmenflugzeug in den Geschäftsjahren 2003 bis 2006 je Nettoverluste zwischen Fr. 36'034.-- und Fr. 56'183.-- verbucht worden waren. Da er der Auffassung war, das Firmenflugzeug sei auch durch Aktionäre oder diesen nahestehende Personen zu privaten Zwecken verwendet worden, schlug er vor, für den Privatanteil pauschale Aufrechnungen von jährlich je Fr. 15'000.-- (2004 und 2006) bzw. je Fr. 20'000.-- (2003 und 2005) vorzunehmen. Ferner erachtete er Beratungshonorare von insgesamt Fr. 120'000.--, welche die X._ AG der C._ GmbH in den Jahren 2004 bis 2006 geleistet hatte, als geschäftsmässig nicht begründet und schlug deren Aufrechnung vor.
Die zuständige Veranlagungsbehörde des Kantons Wallis folgte den Anträgen des Experten grundsätzlich, nahm bezüglich der Flugzeugkosten jedoch nicht eine pauschale Aufrechnung vor, sondern berechnete den Privatanteil ausgehend von den aus dem Bordbuch hervorgehenden Flugstunden.
Die gegen die Veranlagung vom 4. Juli 2008 erhobene Einsprache wies die Kantonale Steuerverwaltung des Kantons Wallis am 25. März 2009 ab. Die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde betreffend die Veranlagung der Kantons- und Gemeindesteuern 2003 bis 2006 sowie betreffend die Direkte Bundessteuer 2003 bis 2006 wies die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis am 18. Juni 2010 (Zustellung am 21. Oktober 2010) ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 17. November 2010 beantragt die X._ AG, das Urteil der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis vom 18. Juni 2010 aufzuheben und die Steuerverwaltung des Kantons Wallis anzuweisen, den steuerbaren Gewinn der Beschwerdeführerin für die fraglichen Steuerperioden im Sinne ihrer nachfolgenden Erwägungen neu festzusetzen.
Die Kantonale Steuerverwaltung des Kantons Wallis und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Vernehmlassung der Kantonalen Steuerrekurskommission des Kantons Wallis erfolgte verspätet.
Mit Eingabe vom 23. März 2011 hat sich die X._ AG unaufgefordert zur Vernehmlassung der Kantonalen Steuerverwaltung geäussert.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde kann namentlich eine Rechtsverletzung nach Art. 95 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss Art. 58 DBG zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c). Zum steuerbaren Reingewinn gehören namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Masse gewährt würden. Solche geldwerte Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn (a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahestehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (BGE 131 II 593 E. 5.1 S. 607; Urteile 2C 265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.1, in: StR 64/2009 S. 915; 2A.204/2006 vom 22. Juni 2007 E. 6, in: RtiD 2008 I S. 946, je mit Hinweisen).
2.2 Vorliegend steht fest, dass die Beschwerdeführerin in den Jahren 2003 bis 2006 insgesamt Fr. 120'000.-- an die C._ GmbH überwiesen hat unter dem Titel Beratungshonorare. Umstritten ist die Qualifizierung dieser Beratungshonorare als geldwerte Leistung.
2.2.1 Die Vorinstanz ist aufgrund der von ihr dargelegten Umstände zum Schluss gekommen, diese Beraterhonorare seien nur wegen der Nähe des Alleininhabers der C._ GmbH zur Beschwerdeführerin erfolgt; sie würden daher ihre Begründung im Beteiligungsrecht finden. Mit einer Drittperson wäre der fragliche Beratungsvertrag so nicht abgeschlossen worden. Die geleisteten Beratungshonorare seien daher geschäftsmässig nicht begründet und entsprechend aufzurechnen. Demgegenüber vertritt die Beschwerdeführerin die Auffassung, einerseits habe die C._ GmbH für die geleisteten Beratungshonorare tatsächlich Gegenleistungen erbracht, andererseits seien die fraglichen Zahlungen nicht an eine nahestehende Person erbracht worden.
2.2.2 Die Frage, ob die Beschwerdeführerin für die geleisteten Beraterhonorare gleichwertige Gegenleistungen erhielt, betrifft vorab die Feststellung des Sachverhaltes.
Die Vorinstanz hat ausgeführt, aus den Akten gingen keinerlei Anhaltspunkte hervor, welche belegen könnten, dass für die geleisteten Beratungshonorare auch tatsächlich eine Gegenleistung erfolgte, sprich Kontakte geknüpft worden seien. Die Beschwerdeführerin könne beispielsweise kein einziges in Asien abgeschlossenes Geschäft vorweisen, welches auf Grund der Vermittlungstätigkeit der C._ GmbH zu Stande gekommen wäre. Hinzu komme, dass die Beschwerdeführerin im Kunstbereich tätig sei, während die C._ GmbH ihr Standbein in einer ganz anderen Branche, dem Handel mit Uhrenkomponenten habe. Zudem seien nicht erfolgsabhängige Zahlungen, welche erst bei der erfolgreichen Vermittlung eines Kontaktes geschuldet gewesen wären, vereinbart worden, sondern Pauschalzahlungen, welche geflossen seien, ohne dass dafür klar definierte, überprüfbare Gegenleistungen der C._ GmbH festgelegt worden wären.
Die Vorbringen der Beschwerdeführerin vermögen nicht aufzuzeigen, dass diese Feststellungen der Vorinstanz falsch, geschweige denn offensichtlich unrichtig sind. Abgesehen davon, dass die geschäftsmässige Begründetheit der fraglichen Leistungen bereits vor der Veranlagungsbehörde umstritten war und demzufolge die im Verfahren vor Bundesgericht neu eingereichte Bestätigung der C._ GmbH vom 9. November 2010 nicht berücksichtigt werden kann (vgl. E. 1.3), erscheint es als offensichtlich, dass eine allgemein gehaltene Bestätigung der Empfängerin der allfällig als geldwerte Leistung qualifizierten Beträge, wonach sie Gegenleistungen erbracht habe, von zweifelhaftem Beweiswert ist. Die Beschwerdeführerin macht sodann zwar geltend, es hätten bis zum Jahr 2006 erste neue Kontakte aufgebaut werden können. Sie weist jedoch nicht nach, dass solche Kontakte auf die Tätigkeit der C._ GmbH zurückzuführen sind und räumt zudem - namentlich in der Beschwerde vom November 2010, also etliche Jahre nach angeblicher Anbahnung der Kontakte - selber ein, dass sich daraus keine konkreten Geschäfte ergaben. Es ist somit von der vorinstanzlichen Feststellung auszugehen, dass die C._ GmbH der Beschwerdeführerin für die bezahlten Beratungshonorare keine Gegenleistungen erbrachte.
2.2.3 Die Vorinstanz hat weiter ausgeführt, die Beratungshonorare seien nur wegen der Nähe des Alleininhabers der C._ GmbH zur Beschwerdeführerin erfolgt. Sie stellte fest, zum Zeitpunkt des Abschlusses des für 4 Jahre unkündbaren Vertrages über die Beratungshonorare im Jahre 2004 sei B._ Aktionär der X._ AG und Alleininhaber der C._ GmbH gewesen. Diese Sachverhaltsfeststellung wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Sie bringt jedoch vor, B._ sei zu keinem Zeitpunkt in der fraglichen Periode zu mehr als 27,5% an der Beschwerdeführerin beteiligt gewesen. Sodann sei er bereits per Ende 2004 als Gesellschafter der Beschwerdeführerin ausgeschieden.
Aufgrund dieser Sachverhaltsfeststellungen ergibt sich entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin, dass die C._ GmbH aufgrund ihrer Verbindungen zur Beschwerdeführerin via ihren Alleininhaber durchaus als nahestehende Person qualifiziert werden kann und dass die Vorinstanz zu Recht prüfte, ob die Beschwerdeführerin die zur Diskussion stehenden Leistungen nicht im eigenen Interesse, sondern in jenem der Beteiligten bzw. dem von diesen nahestehenden Personen erbrachte. Daran vermag der Einwand der Beschwerdeführerin nichts zu ändern, der Einfluss von B._ habe es nicht erlaubt, gegen den Willen der Mehrheitsaktionäre einen für die Beschwerdeführerin nachteiligen Vertrag mit einer von ihm selbst beherrschten Gesellschaft abzuschliessen. Zwar kann in der beherrschenden Stellung eines Beteiligten ein Indiz dafür erblickt werden, dass es sich bei der Leistung an den nahestehenden Dritten um geldwerte Vorteilszuwendung handelt (vgl. Urteil 2P.280/2001 vom 30. April 2002 E. 3.1, in: StR 57/2002 S. 558; Urteil 2A.146/1992 vom 7. Juni 1993 E. 2a, in: ASA 63 S. 61), allein entscheidend ist jedoch, ob tatsächlich eine Leistung erbracht worden ist, die "causa societatis" erfolgt ist (vgl. PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, N 107 zu Art. 58 DBG). Dass nur ein Gesellschafter, der nicht selber Hauptaktionär ist, bzw. eine diesem nahestehende Person eine Leistung erhält, bedeutet daher lediglich, dass zusätzlich überprüft werden muss, ob die Zuwendung durch die beteiligungsrechtliche Verbindung motiviert ist oder ob diese Leistung an den Gesellschafter bzw. die diesem nahestehende Person in ihrer Eigenschaft als "unabhängiger Dritter" gewährt worden ist (vgl. PETER BRÜLISAUER/FLURIN POLTERA, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, N 109 zu Art. 58 DBG). Es erübrigt sich daher, auf die von der Steuerverwaltung in ihrer Vernehmlassung aufgeworfene Frage der Beteiligung der verschiedenen Personen an weiteren involvierten Gesellschaften näher einzugehen, und es ist daher nicht relevant, dass sich die Steuerverwaltung diesbezüglich auf - für einen ernstzunehmenden Nachweis grundsätzlich nicht genügende - blosse Mutmassungen stützt.
2.2.4 Nachdem die Beschwerdeführerin nicht aufzuzeigen vermochte, dass ihren Leistungen eine angemessene Gegenleistung gegenüberstand, mit der Leistung eine einem Anteilsinhaber nahestehende Person begünstigt wurde und angesichts fehlender Gegenleistung das Missverhältnis offensichtlich war, ist der Schluss der Vorinstanz, die geleisteten Beratungshonorare seien geschäftsmässig nicht begründet und entsprechend aufzurechnen, nicht zu beanstanden.
2.3 Die Vorinstanz hat im Weiteren die Aufrechnung eines Privatanteils auf den von der Beschwerdeführerin verbuchten Kosten eines von ihr gehaltenen Flugzeuges "Beauty" geschützt.
2.3.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass das fragliche Flugzeug privat benutzt wurde und dementsprechend ein Privatanteil an den verbuchten Unkosten auszuscheiden ist. Hingegen bringt sie vor, die Berechnung des Privatanteils durch die Vorinstanz sei unrichtig, zudem habe die Vorinstanz nicht berücksichtigt, dass sie im Jahre 2006 Fr. 10'000.-- als Privatanteil verbucht habe und nicht Fr. 5'000.--. Sie rügt damit die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz.
2.3.2 Die Kantonale Steuerverwaltung führt aus, sofern die Steuerpflichtige im Jahre 2006 effektiv Fr. 10'000.-- als Privatanteil verbucht habe, würden sich die Aufrechnungen in diesem Jahr um Fr. 5'000.-- reduzieren.
Aus den Akten ergibt sich, dass das Vorbringen der Beschwerdeführerin korrekt ist und sie im Abschluss 2006 mit dem Text "A._ Benutzung Flugzeug" einen Privatanteil von Fr. 10'000.-- verbucht hat. Entsprechend den Ausführungen der Kantonalen Steuerverwaltung ist daher die Aufrechnung im Jahre 2006 um Fr. 5'000.-- zu reduzieren.
2.3.3 Die Vorinstanzen sind für die Berechnung der Privatanteile von den Flugstunden gemäss Bordbuch ausgegangen. Diese Flugstunden wurden mit den Ansätzen, wie sie bei Vermietung an eine Drittfirma veranschlagt wurden, in die Berechnung einbezogen. Die entsprechenden Zahlen werden nicht bestritten.
Im Weiteren haben die Vorinstanzen eine Aufrechnung vorgenommen betreffend Flugstunden, welche die mietende Drittgesellschaft, die diese Flugstunden gegenüber A._ erbrachte, jeweils von den ihr gestellten Rechnungen abzog. Sodann haben sie diverse Kosten (Miete Hangar, etc.) sowie die Kosten einer Reise in die USA im Jahre 2003 aufgerechnet. Die Beschwerdeführerin bringt vor, es sei methodendualistisch, wenn den Berechnungen des Privatanteils die Tarife der Vermietung an eine Drittfirma zugrunde gelegt werde, zusätzlich aber noch einzelne Kostenkomponenten pauschal aufgerechnet würden. Sie weist jedoch nicht nach, dass die verschiedenen aufgerechneten Aufwandpositionen bei der Festsetzung des Preises für die an Dritte berechneten Flugstunden berücksichtigt wurden. Ferner belegt sie nicht, dass die Kosten der Reise in die USA in den aufgerechneten Flugstunden gemäss Bordbuch bereits enthalten waren, was angesichts der für 2003 ausgewiesenen Flugstunden auch als unwahrscheinlich erscheint. Auf jeden Fall vermag die Beschwerdeführerin nicht nachzuweisen, dass die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig wären. Diese sind daher für das Bundesgericht verbindlich.
2.4 Abgesehen von der Rüge, der aufzurechnende Privatanteil sei falsch berechnet worden, bestreitet die Beschwerdeführerin die vorgenommene Aufrechnung nicht. Gestützt auf die Feststellungen der Vorinstanz ergibt sich daher, dass die Aufrechnungen grundsätzlich nicht zu beanstanden sind. Sie sind lediglich insofern zu korrigieren, als für das Jahr 2006 zusätzlich ein bereits verbuchter Privatanteil von weiteren Fr. 5'000.-- zu berücksichtigen ist. Insoweit ist die Beschwerde betreffend die Direkte Bundessteuer 2003 bis 2006 gutzuheissen und die Sache zur neuen Veranlagung für das Jahr 2006 an die Kantonale Steuerverwaltung zurückzuweisen; im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
II. Kantons- und Gemeindesteuern
3. Die einschlägigen Bestimmungen des Steuergesetzes des Kantons Wallis vom 10. März 1976 (StG/VS; SGS 642.1) stimmen mit denjenigen betreffend die direkte Bundessteuer in den hier interessierenden Punkten überein (vgl. Art. Art. 81 Abs. 1 lit. b StG/VS). Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer ebenfalls für die kantonalen Steuern massgebend sind (Urteil 2C_103/2009 vom 10. Juli 2009 E. 5, in: StR 64/2009 S. 906 sowie StE 2009 B 27.5 Nr. 15). Dies führt für die kantonalen Steuern zum gleichen Ergebnis wie bei der direkten Bundessteuer.
Das Verwaltungsgericht hat demnach grundsätzlich nicht gegen Bundesrecht verstossen, indem es die fraglichen Aufrechnungen bei den Kantons- und Gemeindesteuern vorgenommen hat. Die Aufrechnung ist auch betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern insofern zu korrigieren, als für das Jahr 2006 zusätzlich ein bereits verbuchter Privatanteil von weiteren Fr. 5'000.-- zu berücksichtigen ist. Insoweit ist die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 bis 2006 gutzuheissen und die Sache zur neuen Veranlagung für das Jahr 2006 an die Kantonale Steuerverwaltung zurückzuweisen; im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
III. Kosten und Entschädigung
4. Die Beschwerde erweist sich damit als teilweise begründet und ist im Übrigen abzuweisen. Angesichts des minimalen Obsiegens der Beschwerdeführerin sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer wird teilweise gutgeheissen und die Sache wird zur neuen Veranlagung für das Jahr 2006 an die Kantonale Steuerverwaltung zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern wird teilweise gutgeheissen und die Sache wird zur neuen Veranlagung für das Jahr 2006 an die Kantonale Steuerverwaltung zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Wallis, der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
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