Faits:
A. A.a Par jugement du 11 décembre 2007, le Tribunal d'arrondissement de B._ (Pologne), a prononcé la faillite de la société polonaise à responsabilité limitée A._. Le 24 juin 2010, sur requête du syndic de la masse en faillite de ladite société, le Tribunal de première instance du canton de Genève a, conformément aux art. 166 ss LDIP, reconnu en Suisse le jugement de faillite en question et ordonné l'exécution de la faillite ancillaire. Selon publication de l'Office des faillites du canton de Genève du 22 décembre 2010, cette faillite ancillaire devait être liquidée selon la procédure sommaire (art. 231 LP).
A.b Le 21 janvier 2011, par l'entremise de son conseil suisse, le syndic de la masse en faillite polonaise a demandé à l'office des faillites genevois de porter à l'inventaire de la faillite des créances de 12'155'747.16 USD et 49'437.75 PLN (17'521.18 USD) à l'encontre de Z._ SA et de 23'539'943.31 USD à l'encontre de X._ SA, ainsi que, à concurrence des mêmes montants, des prétentions en annulation de compensations effectuées au détriment de la faillie par ces sociétés et en dommages et intérêts contre les organes de celles-ci et de Y._ SA. L'office a donné suite à cette demande.
A.c Par courrier du 4 mars 2011, l'office a transmis l'inventaire, sur lequel avaient été portées les créances et prétentions susmentionnées, à l'administrateur des trois sociétés concernées, en l'invitant à lui faire savoir de quelle manière il entendait se libérer de ces prétentions. Le 4 avril 2011, dans le délai qui lui a été imparti, l'administrateur a contesté l'ensemble des prétentions et fait valoir que seules les créances à l'encontre de Z._ SA et de Y._ SA pouvaient être admises à l'inventaire.
A.d L'office a modifié sa première décision. Le dépôt de l'état de collocation et de l'inventaire, sur lequel ne figuraient, à son point 1, que les créances des deux débitrices précitées pour les sommes de 12'155'747.16 USD et 49'437.75 PLN (17'521.18 USD), a été annoncé par publication dans la FOSC du 27 avril 2011. X._ SA est la seule créancière à avoir été admise à l'état de collocation en « gage mobilier » pour une créance de 1'576'756 fr. 49 garantie par le nantissement des créances de A._ figurant au chiffre 1 de l'inventaire. Le 14 novembre 2011, le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé contre l'arrêt cantonal prononçant l'irrecevabilité pour cause de tardiveté de la plainte formée par la masse en faillite polonaise contre l'inventaire (5A_543/2011).
A.e Par circulaire du 28 juin 2011, l'office a déclaré renoncer au recouvrement des prétentions portées au chiffre 1 de l'inventaire et a offert à X._ SA, seule créancière colloquée, la cession des droits de la masse conformément à l'art. 260 LP, que celle-ci a acceptée par courrier du 5 juillet 2011. Sur plainte de la masse en faillite polonaise, l'Autorité de surveillance a annulé la décision de l'office du 28 juin 2011 et l'a invité à céder les droits de la masse à la plaignante, par arrêt du 9 février 2012. Cette affaire est l'objet de l'arrêt du Tribunal fédéral 5A_170/2012 de ce jour.
B. B.a Le 27 février 2012, l'Office des faillites a, sur requête du mandataire de la masse en faillite polonaise, modifié l'inventaire en ce sens qu'il a précisé que les créances à hauteur de 12'155'747.16 USD et 49'437.75 PLN (17'521.18 USD) sous chiffre 1 consistaient en une action en paiement pour le solde impayé de factures de la faillie et une prétention en annulation des compensations à due concurrence.
B.b Par décision du 28 juin 2012, la Cour de justice du canton de Genève, autorité de surveillance des Offices des poursuites et faillites, a déclaré irrecevables les plaintes formées par X._ SA, Y._ SA et Z._ SA contre le complètement de l'inventaire par l'office.
C. Le 9 juillet 2012, X._ SA, Y._ SA et Z._ SA interjettent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette décision concluant à son annulation ainsi qu'au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue sur le fond. À titre subsidiaire, elles demandent que l'Office des faillites de Genève soit invité à supprimer le complément inséré dans l'inventaire de la faillite de A._ le 27 février 2012. Elles requièrent également que l'effet suspensif soit octroyé au recours. À l'appui de leurs conclusions, elles se plaignent de ce que la qualité pour former plainte leur a été déniée et font valoir que le complément de l'inventaire est inadmissible. Elles invoquent l'art. 17 LP ainsi que les art. 25 et 27 de l'ordonnance du 13 juillet 1911 sur l'administration des offices de faillite (OAOF, RS 281.32).
Suite à la détermination de l'intimée, qui a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif et a requis le prononcé de mesures provisionnelles, la Présidente de la Cour de céans a rejeté la requête d'effet suspensif et déclaré sans objet la requête de mesures provisionnelles de l'intimée - pour le motif que l'office avait d'ores et déjà pris les mesures nécessaires à la préservation du délai de l'art. 292 ch. 2 LP - par ordonnance du 19 juillet 2012.
Des réponses sur le fond n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai (art. 100 al. 2 let. a LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale de surveillance de dernière (unique) instance (art. 75 al. 1 LTF), le recours est en principe recevable, et ce indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). En tant que les recourantes remettent en cause le refus de l'autorité de surveillance d'admettre leur qualité pour déposer plainte, elles disposent de la qualité pour recourir au sens de l'art. 76 LTF (arrêts 5A_194/2011 du 30 mai 2011 consid. 3.2 et 5A_150/2011 29 juin 2011 consid. 1).
2. 2.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il ne connaît cependant de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit ainsi satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (ATF 133 IV 286 consid. 1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2).
2.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
3. 3.1 En substance, la cour cantonale a dénié la qualité pour former plainte aux recourantes pour le motif que X._ SA, créancière gagiste, n'était pas lésée du fait de la précision apportée à l'inventaire et que Y._ SA et Z._ SA, débitrices de la faillie, n'étaient pas habilitées à se plaindre de l'inventorisation d'une créance à leur encontre dès lors que l'inventaire ne préjugeait pas de l'existence de cette prétention, question matérielle échappant à la connaissance de l'autorité de surveillance.
3.2 Les recourantes font valoir que l'indication, en sus d'action en paiement, de prétention en annulation des compensations à l'inventaire de la faillite de A._ porte atteinte à leur intérêts juridiques. D'une part, X._ SA est créancière gagiste de la faillie et son gage porte précisément sur les créances portées à l'inventaire objet de la modification en cause. D'autre part, Y._ SA et Z._ SA seraient atteintes dès lors qu'elles sont les débitrices des créances modifiées.
4. La question litigieuse est celle de savoir si les recourantes sont habilitées à former plainte contre la modification par l'office de l'inventaire de la faillite ancillaire de A._.
4. La question litigieuse est celle de savoir si les recourantes sont habilitées à former plainte contre la modification par l'office de l'inventaire de la faillite ancillaire de A._.
4.1 4.1.1 La qualité pour porter plainte, selon l'art. 17 LP, est reconnue à toute personne lésée ou exposée à l'être dans ses intérêts juridiquement protégés, ou à tout le moins atteinte dans ses intérêts de fait, par une mesure ou une omission d'un organe de la poursuite (ATF 138 III 219 consid. 2.3; 129 III 595 consid. 3; 120 III 42 consid. 3). Ainsi, les créanciers ont, de manière générale, le droit de se plaindre de ce que les actes de l'administration de la faillite n'ont pas été accomplis conformément à la loi (ATF 138 III 219 consid. 2.3; 119 III 81 consid. 2). En revanche, les tiers à la procédure d'exécution forcée n'ont en principe pas la qualité pour former une plainte, à moins qu'un acte de poursuite ne leur soit directement préjudiciable (GILLIÉRON, Commentaire de la LP, 1999, n° 154 ad art. 17 LP; ERARD, Commentaire romand, 2005, n° 28 ad art. 17 LP; JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 1997, n°s 25 ss ad art. 17 LP; DIETH, Beschwerde gemäss Art. 17 ff. SchKG, in PJA 2002 p. 363 ss, spéc. p. 368). Le plaignant doit dans tous les cas poursuivre un but concret; il doit être matériellement lésé par les effets de la décision attaquée et avoir un intérêt digne de protection à sa modification ou à son annulation (ATF 138 III 219 consid. 2.3; 120 II 5 consid. 2a).
4.1.2 L'établissement de l'inventaire est une mesure interne de l'administration de la faillite qui ne produit aucun effet à l'égard des tiers et ne fixe pas encore définitivement l'appartenance des biens à la masse; il n'a d'autre but et d'autre conséquence que d'énumérer et d'établir les biens et les droits que la masse considère comme appartenant au failli (ATF 90 III 18 consid. 1; arrêts 5A_543/2011 du 14 novembre 2011 consid. 2.1 et 5A_352/2008 du 13 novembre 2008 consid. 2.3.3). Le fait d'inventorier une créance ne préjuge pas non plus de son existence (ATF 36 I 102 consid. 2; arrêt 5C.140/2003 du 23 février 2004 consid. 3.3.1).
Les créanciers, qui ont un intérêt manifeste à ce que tout l'actif soit effectivement considéré comme appartenant à la masse active et soit réalisé pour les désintéresser, ont qualité pour attaquer, par la voie de la plainte et du recours aux autorités de surveillance, le refus ou l'omission de porter certains droits patrimoniaux à l'inventaire, alors qu'ils ne peuvent, en principe, faire retrancher, par cette voie, un droit patrimonial inventorié (ATF 114 III 22 consid. 5b; 104 III 23 consid. 1; 64 III 35, p. 36; 38 I 734 consid. 2; LUSTENBERGER, Basler Kommentar, 2010, n° 33 ad art. 221 LP; VOUILLOZ, Commentaire romand, 2005, n° 21 ad art. 221 LP). En revanche, les tiers, à l'égard desquels la prise d'inventaire ne produit pas d'effets, n'ont pas qualité pour se plaindre de ce que des biens ont été ou non inventoriés (ATF 54 III 15 consid. 2; 38 I 734 consid. 2 et 3; LUSTENBERGER, op. cit., n° 34 ad art. 221 LP; VOUILLOZ, op. cit., n° 14 et 22 ad art. 221 LP; GILLIÉRON, Commentaire de la LP, 2001, n° 41 ad art. 221 LP).
4.2 En l'occurrence, la décision de l'Office des faillites de Genève du du 27 février 2012, laquelle n'inventorie aucune nouvelle créance, ne peut être comprise qu'en ce sens que l'administration de la faillite s'oppose à toute compensation que les débitrices ont objectée ou objecteraient contre les créances d'ores et déjà inventoriées.
S'agissant de la qualité pour former plainte contre cette décision, Y._ SA et Z._ SA sont les débitrices des créances inventoriées dans la faillite ancillaire de A._; elles doivent dès lors être considérées comme des tiers dans la procédure d'exécution forcée en cause. La prise d'inventaire ne déployant aucun effet à leur égard, elles n'ont pas qualité pour former une plainte contre la modification de l'inventaire effectuée par l'administration de la faillite.
Quant à X._ SA, elle est créancière gagiste de la faillie et son gage porte précisément sur les créances objet de la modification en cause. Son intérêt à agir n'existe cependant que si la décision prise lui est préjudiciable (cf. supra consid. 4.1.1). Or, tel n'est pas le cas en l'espèce. La précision apportée par l'administration de la faillite ne porte ni sur la prise en compte des créances dans l'inventaire ni sur le montant pour lequel elles ont été inventoriées mais indique uniquement qu'il y a opposition à toute compensation de ces montants de la part des débitrices. Par ailleurs, l'ATF 99 III 66 n'est d'aucune aide à la créancière gagiste en l'espèce dès lors que le complément en cause ne concerne pas l'étendue du gage qui, selon l'inventaire, s'étend à l'ensemble des créances figurant au chiffre 1 avec la précision apportée. Il s'ensuit que la modification de l'inventaire ne porte pas atteinte à la situation juridique de X._ SA, ni ne lui est préjudiciable. Celle-ci n'a donc pas non plus qualité pour se plaindre de cette mesure auprès de l'autorité de surveillance.
5. En définitive, le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes qui succombent (art. 66 al. 1 LTF). Elles verseront en outre solidairement une indemnité de dépens à hauteur de 500 fr. à l'intimée pour sa détermination sur la requête d'effet suspensif. Il n'y a en revanche pas lieu d'allouer de dépens sur le fond puisque des réponses n'ont pas été requises (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3. Une indemnité de 500 fr., à payer, à titre de dépens, à l'intimée est mise solidairement à la charge des recourantes.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office des faillites de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, autorité de surveillance des Offices des poursuites et faillites.
Lausanne, le 24 août 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Richard