Faits:
A. Par acte d'accusation du 7 décembre 2007 dressé par le Ministère public de la Confédération, A._, B._, C._, D._ et E._ ont été renvoyés devant la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral (ci-après: la Cour des affaires pénales) pour infraction de blanchiment de fonds provenant d'actes de corruption commis par des fonctionnaires fiscaux brésiliens.
Par fax du 14 juin 2008, Daniel Tunik, avocat, a indiqué être constitué pour la défense des intérêts de la République fédérative du Brésil.
Cette dernière s'est constituée partie civile à l'ouverture des débats préparatoires le 16 juin 2008. Elle a déposé des conclusions civiles le 25 juin 2008.
Dans ses observations du 11 juillet 2008, A._ s'est opposé à l'admission de la qualité de partie civile de la République fédérative du Brésil.
B. Par arrêt du 17 juillet 2008, la Cour des affaires pénales a admis la constitution de la République fédérative du Brésil en qualité de partie civile. Elle a également précisé qu'elle ne statuerait que sur le principe de l'action civile. Enfin, elle a fait interdiction au représentant de la République fédérative du Brésil de communiquer à sa mandante le contenu du dossier et à cette dernière d'utiliser tout élément de la procédure pénale dans toute procédure hors de Suisse, de quelque nature qu'elle soit.
Par courrier du 23 juillet 2008, la Cour des affaires pénales a indiqué que, l'examen du principe de l'action civile pouvant entraîner d'importants retards dans la procédure, avec le risque de prescription en découlant, elle ne statuerait en définitive que sur la question pénale dans un premier temps.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale en date du 28 juillet 2008, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler les décisions rendues les 17 et 23 juillet 2008 par la Cour des affaires pénales en ce sens qu'elles autorisent le mandataire de la République fédérative du Brésil à participer aux débats devant avoir lieu dès le 28 juillet 2008 et de faire interdiction à la Cour des affaires pénales de transmettre les pièces de la procédure à Me Daniel Tunik. Il estime que la décision attaquée souffre d'un défaut de motivation et que le droit à l'égalité des armes est violé. Il requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif.
Il n'a pas été demandé de réponse au recours.
Considérant en droit:
1. La décision de la Cour des affaires pénales du 17 juillet 2008 admettant la qualité de partie civile de la République fédérative du Brésil peut faire l'objet d'un recours en matière pénale au sens des art. 78 et ss LTF.
2. L'arrêt de la Cour des affaires pénales est une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure pénale. Il ne s'agit pas d'une décision séparée portant sur la compétence ou sur une demande de récusation; l'art. 92 LTF n'est donc pas applicable. Contre la présente décision incidente, le recours en matière pénale n'est recevable qu'aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF. Il faut donc que celle-ci puisse causer un préjudice irréparable au recourant, conformément à l'art. 93 al. 1 let. a LTF; la seconde hypothèse, énoncée à l'art. 93 al. 1 let. b LTF, n'entre en effet manifestement pas en considération en l'espèce (cf. ATF 133 IV 288 consid. 3.2 p. 292). Dans la procédure de recours en matière pénale, la notion de préjudice irréparable se rapporte à un dommage de nature juridique, qui ne puisse pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure: en tant que cour suprême, le Tribunal fédéral doit en principe ne s'occuper qu'une seule fois d'un procès, et cela seulement lorsqu'il est certain que le recourant subit effectivement un dommage définitif.
2.1 Le recourant estime que la décision entreprise lui cause un préjudice irréparable dès lors que la présence du mandataire de la République fédérative du Brésil aurait pour conséquence de porter à la connaissance de cette dernière des faits ressortissant à la procédure sans être contrainte de répondre aux questions légitimes des accusés, notamment sur le crime de base prétendument commis au Brésil.
Il précise que par fax du 22 juillet 2008, la Cour des affaires pénales a communiqué le calendrier des débats devant avoir lieu entre le 28 juillet et le 8 août. Par fax du 24 juillet suivant, le mandataire du recourant a requis auprès de celle-ci la présence aux fins d'audition des personnes et des autorités habilitées à représenter le Brésil en tant que partie civile. Le recourant indique avoir été informé par téléphone le 25 juillet 2008 qu'aucune disposition n'avait été prise pour interroger un représentant du Brésil.
2.2 Le refus d'audition d'un représentant de la République fédérative du Brésil ne peut pas être déduit de la décision entreprise et n'en constitue dès lors pas l'objet. Cette dernière ne saurait ainsi causer un préjudice irréparable au recourant pour le seul motif qu'il ne lui serait pas possible d'interroger des représentants du Brésil sur les prétendus crimes préalables commis dans ce pays. Le recourant n'indique au demeurant pas en quoi l'exclusion de la République fédérative du Brésil de la procédure serait susceptible d'y remédier.
2.3 Pour le surplus, l'admission d'un lésé en qualité de partie civile n'est en règle générale pas susceptible de causer de préjudice irréparable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 1P.582/1994,1P.461/1994 et 1P.450/1994). En l'espèce, le recourant ne démontre pas en quoi l'admission aux débats de l'Etat brésilien en qualité de partie civile serait en soi susceptible de lui causer un tel préjudice, compte tenu en particulier des restrictions ordonnées par la Cour des affaires pénales quant à l'accès au dossier.
3. Il s'ensuit que le recours doit être déclaré irrecevable. Compte tenu de cette issue, la requête d'effet suspensif n'a plus d'objet. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). Il n'est pas alloué de dépens, la République fédérative du Brésil n'ayant pas été invitée à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La requête d'effet suspensif est sans objet.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral ainsi qu'au Ministère public de la Confédération.
Lausanne, le 30 juillet 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Reeb Truttmann