Faits :
A.
A.a. Par jugement du 30 août 2013, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a constaté que X._ avait commis des actes de contrainte sexuelle et d'ordre sexuel sur une personne incapable de discernement, alors qu'il était en état d'irresponsabilité, et a ordonné qu'il soit soumis à un traitement institutionnel effectué dans un établissement psychiatrique approprié ou dans un établissement d'exécution des mesures (art. 59 al. 2 CP).
A.b. Le 19 novembre 2013, X._ a été placé à la clinique A._, à l'unité de réhabilitation B._, sur demande du Service d'application des peines et des mesures du canton de Genève (ci-après: le SAPEM).
Le 23 décembre 2013, le SAPEM a sommé X._, qui avait fugué à de nombreuses reprises de l'établissement, de respecter le cadre des soins et les règles en vigueur dans la clinique A._. Le 22 janvier 2014, comme l'intéressé continuait à fuguer et à consommer du cannabis, le SAPEM lui a adressé un avertissement formel. Le 25 mars 2014, les médecins de l'unité B._ ont fait part au SAPEM de leurs inquiétudes relatives au comportement de X._; celui-ci continuait à consommer régulièrement du cannabis et en fournissait à d'autre patients; en outre, aucune évolution positive n'avait été constatée.
A.c. Par décision du 4 avril 2014, le SAPEM a donc ordonné le placement de X._ en milieu pénitentiaire fermé dans l'attente de la décision du Tribunal d'application des peines et des mesures genevois (ci-après: le TAPEM) quant à la poursuite de la mesure au sens de l'art. 59 al. 2 CP. Le même jour, ce service a adressé à la direction de la prison de Champ-Dollon un ordre d'écrou visant X._.
B.
Par jugement du 13 janvier 2015, le TAPEM a rejeté les conclusions en nullité de la décision et de l'ordre d'écrou du 4 avril 2014 du SAPEM, ainsi que la demande d'indemnité pour détention illicite. Il a ordonné la poursuite du traitement institutionnel (art. 59 al. 2 CP) et a invité le SAPEM à placer X._ dans un autre établissement permettant la mise en oeuvre dudit traitement.
C.
Par arrêt du 13 mai 2015, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a déclaré irrecevables les recours formés par X._ contre la décision et l'ordre d'écrou du 4 avril 2014 du SAPEM. Il a admis le recours formé contre le jugement rendu le 13 janvier 2015 par le TAPEM en tant qu'il rejetait la demande d'indemnité pour détention illicite et a renvoyé la cause à ce tribunal pour nouvelle décision sur ce point.
D.
Contre l'arrêt du 13 mai 2015, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce que le Tribunal fédéral déclare nuls la décision de placement en milieu fermé et l'ordre d'écrou du SAPEM et qu'il ordonne à l'Etat de Genève de lui verser un montant de 59'000 fr. avec intérêt à 5 % dès le 28 août 2014, à titre de réparation morale, pour détention injustifiée dans un établissement non approprié. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le recourant soutient que la décision du 4 avril 2014 du SAPEM ordonnant son transfert en milieu fermé est nulle, car elle a été rendue par l'autorité d'exécution et non par un juge; en outre, il n'aurait pas pu s'expliquer sur les reproches qui lui avaient été faits (fugues et consommation de cannabis), et la décision serait dépourvue de motivation. Il fait également valoir que l'ordre d'écrou serait nul, car il ordonnerait sa détention, pour une durée indéterminée, à la prison de Champ-Dollon qui ne constituerait pas un établissement pénitentiaire au sens des art. 59 al. 3 et 76 al. 2 CP.
1.2. La cour cantonale a constaté que le recours cantonal indiquait être dirigé contre le jugement du 13 janvier 2015 du TAPEM. En tant qu'il était dirigé contre la décision de placement en milieu fermé du 4 avril 2014, il était irrecevable, faute d'avoir été déposé dans le délai; pour le surplus, cette décision n'était pas nulle, puisque, conformément à la jurisprudence (arrêt 6B_629/2009 du 21 décembre 2009 consid. 1.2.3), le SAPEM, en tant qu'autorité d'exécution, était compétent pour ordonner un placement dans un établissement fermé selon l'art. 59 al. 3 CP. Le recours dirigé contre l'ordre d'écrou était également irrecevable, puisque, en tant qu'acte matériel, celui-ci n'était pas susceptible de recours.
En revanche, la cour cantonale a admis le recours sur la question d'une éventuelle indemnisation pour détention illicite. Le recourant se plaignait d'avoir été détenu dans des conditions " inhumaines, sans suivi psychiatrique ni thérapeutique durant 295 jours, enfermé 23 heures sur 24 ". En tant que personne soumise à un traitement institutionnel au sens de l'art. 59 al. 3 CP, il pouvait également invoquer l'art. 5 CEDH (cf. ATF 136 IV 156 consid. 3.2 p. 161; arrêt 6B_445/2013 du 14 janvier 2014, consid. 4.2). Saisi du contrôle de la mesure, le TAPEM devait donc intervenir en cas d'allégations crédibles de violations de la CEDH et constater, le cas échéant, de telles violations (arrêt 6B_445/2013 du 14 janvier 2013 consid. 4.2). La cour cantonale a donc renvoyé la cause au TAPEM pour qu'il se prononce sur le caractère licite ou non des conditions de détention et sur une éventuelle indemnisation.
2.
2.1. Selon l'art. 81 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, à savoir, en particulier, l'accusé (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF). Le recourant doit avoir un intérêt actuel et pratique au traitement de son recours (ATF 136 I 274 consid. 1.3; 133 II 81 consid. 3). Selon la jurisprudence, lorsque la détention préventive a pris fin, il n'y a en règle générale plus d'intérêt pratique et actuel à traiter un recours contre cette dernière (ATF 125 I 394 consid. 4a p. 397).
2.2. En l'espèce, le recourant a été transféré à la prison de Champ-Dollon le 4 avril 2014. Il a obtenu gain de cause devant le TAPEM et a été placé à nouveau à la clinique A._ le 23 janvier 2015. N'étant actuellement plus incarcéré dans un établissement pénitentiaire, il n'a donc plus d'intérêt juridique à faire constater la nullité des décisions des 4 avril 2015, en vue de son transfert dans un autre établissement.
2.3. Le recourant conserve toutefois un intérêt juridique à la constatation de la nullité des décisions du SAPEM du 4 avril 2015, en relation avec sa requête en indemnisation pour détention illicite.
La cour cantonale a cependant renvoyé la cause au TAPEM pour se prononcer sur l'indemnité pour détention illicite, le chargeant d'examiner s'il y avait d'éventuelles violations de la CEDH. Pour fonder la nullité de ces décisions, le recourant fait valoir que son placement ne repose pas sur une décision prononcée par un juge mais par une autorité administrative et que son droit d'être entendu a été violé. Contrairement à ce que soutient le recourant, cet examen ne se limite pas à la taille de la cellule ou au nombre de personnes avec qui le détenu partage sa cellule (cf. mémoire p. 21). L'art. 5 § 5 CEDH garantit un droit à réparation à toute personne victime d'une arrestation ou d'une détention dans des conditions contraires aux règles énoncées aux § 1 à 4 de cette disposition. L'art. 5 CEDH exige aussi la conformité de la privation de liberté aux dispositions du droit interne, de telle sorte que la violation de ces dernières dispositions donne légalement ouverture au droit à la réparation au titre de l'art. 5 § 5 CEDH ( PIQUEREZ/MACALUSO, Manuel de procédure pénale suisse, 2011, n° 2297, p. 731). Dans la requête en indemnisation, la personne détenue peut également faire valoir les garanties posées à l'art. 6 § 3 CEDH (ATF 125 IV 394 consid. 5b p. 399).
La cour cantonale ne s'est donc pas prononcée sur ces questions, lesquelles pourront être traitées dans le cadre du renvoi au TAPEM. En l'état, faute de décision de dernière instance sur ces points (art. 80 al. 1 LTF) et compte tenu du caractère incident de l'arrêt de renvoi (cf. art. 93 LTF), les griefs du recourant sont irrecevables.
3.
Le recours doit être déclaré irrecevable. Il était d'emblée dénué de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant supporte les frais de la cause, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 27 août 2015
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin