Erwägungen:
1. Das Gerichtspräsidium Zofingen sprach E.X._ mit Urteil vom 31. März 2009 vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Kindern frei. Die dagegen erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Aargau am 21. Dezember 2009 ab. Sowohl A.X._ als auch B.X._ und C.X._ wenden sich mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Sie verlangen die Schuldigsprechung und Bestrafung von E.X._ sowie die Zahlung von Genugtuung.
2. Eine Beschwerde ans Bundesgericht ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen (Art. 100 Abs. 1 BGG).
Das obergerichtliche Urteil wurde den Beschwerdeführerinnen B.X._ und C.X._, gesetzlich vertreten durch D.X._, gemäss Gerichtsurkunde am 25. Januar 2010 zugestellt. Die 30-tägige Beschwerdefrist endete damit am 24. Februar 2010. Die Beschwerde wurde der Post gemäss Poststempel erst am 25. Februar 2010 - und damit verspätet - übergeben. Darauf ist nicht einzutreten.
A.X._ holte die Gerichtsurkunde auf der Poststelle hingegen nicht ab. Es ist deshalb von der Fiktion auszugehen, dass ihr das angefochtene Urteil am letzten Tag der sieben Tage betragenden Abholfrist, d.h. am 29. Januar 2010 zugestellt wurde. Ihre am 25. Februar 2010 (Poststempel) erhobene Beschwerde ist rechtzeitig im Sinne von Art. 100 Abs. 1 BGG.
3. A.X._ macht sinngemäss eine willkürliche Beweiswürdigung geltend. Was sie in der Beschwerde vorbringt, betrifft teilweise nicht den angefochtenen Entscheid (vgl. beispielsweise Beschwerde, "Beweis 3.", "Beweis 5.", "Beweis 7.") oder geht sonst an der Sache vorbei (vgl. z.B. Beschwerde, "Beweis 15"). Im Übrigen erschöpfen sich ihre Ausführungen in der Darlegung der eigenen Sicht der Dinge und damit in unzulässiger appellatorischer Kritik, aus der sich nicht ergibt, dass und inwiefern die Vorinstanz bei der Beweiswürdigung in Willkür verfallen sein könnte. Insoweit vermag die Beschwerde den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG nicht zu genügen. Soweit in der Beschwerde überdies sinngemäss ein Interessenkonflikt der amtlichen Verteidigerin des Beschwerdegegners geltend gemacht wird, ist das Vorbringen nicht nur neu und damit unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG), sondern auch unsubstanziiert, indem überhaupt nicht aufgezeigt wird, dass und inwiefern sich der angebliche Interessenkonflikt im Verfahren nachteilig auf die Beschwerdeführerin ausgewirkt haben könnte.
4. Soweit die Beschwerdeführerin mit ihren Vorbringen auch die rechtliche Würdigung anfechten will, ist nicht ersichtlich, dass und inwieweit das Obergericht den bundesrechtlichen Begriff der sexuellen Handlungen verkannt haben sollte. Auf die zutreffenden Ausführungen im angefochtenen Entscheid kann verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG).
5. Auf die Beschwerden von B.X._ und C.X._ ist nicht einzutreten. Diejenige von A.X._ ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege sind in Anwendung von Art. 64 BGG infolge Aussichtslosigkeit abzuweisen. Der finanziellen Lage der Beschwerdeführerinnen ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerden von B.X._ und C.X._ wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde von A.X._ wird abgewiesen, soweit da-rauf einzutreten ist.
3. Die Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege werden abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden den Beschwerdeführerinnen solidarisch auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Mai 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill