Faits:
A. R._, né en 1961, a travaillé depuis le 15 septembre 2003 en qualité d'employé de plonge à la Clinique X._. A ce titre, il était au bénéfice d'une assurance collective d'indemnité journalière en cas de maladie conclue par son employeur auprès de Helsana Assurances SA (ci-après : Helsana).
Le 11 août 2005, l'intéressé a subi une récessotomie L5-S1 gauche et une décompression de la racine S1 à gauche à la Clinique Y._. La doctoresse S._, spécialiste FMH en neurochirurgie ayant pratiqué l'intervention, a préconisé un arrêt de travail post-opératoire de trois mois (rapport du 25 octobre 2005).
Le 9 novembre 2005, l'assuré a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité sous la forme d'un reclassement dans une nouvelle profession. Se fondant sur un rapport de son Service médical régional (SMR) du 24 mars 2006, selon lequel une activité légère et adaptée était exigible de la part de l'assuré à partir du 12 novembre 2005, l'office cantonal AI (ci-après: l'OCAI) a rejeté cette demande (décision de refus de rente du 21 avril 2006 et décision de refus de mesures d'ordre professionnel du 24 avril 2006).
Le 28 avril 2006, R._ a été licencié avec effet au 31 juillet suivant.
Par décision du 14 juillet 2006, confirmée sur opposition le 11 décembre 2006, Helsana a mis fin, avec effet au 31 juillet 2006, au versement des indemnités journalières allouées à l'assuré depuis le 10 août 2005.
B. Par jugement du 12 juin 2007, le Tribunal cantonal des assurances du Valais a rejeté le recours formé par R._ contre la décision sur opposition. Il a nié le droit aux indemnités journalières au-delà du 31 juillet 2006 au motif que le recourant était apte à travailler à 100% depuis novembre 2005 et qu'il aurait dû s'adresser à l'assurance-chômage.
C. R._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement en concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation ainsi qu'à celle de la décision sur opposition du 11 décembre 2006.
Helsana conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral de la santé publique ne s'est pas déterminé.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 in fine). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF - sanctionnée par l'irrecevabilité des recours dont la motivation est manifestement insuffisante (art. 108 al. 1 let. b LTF) -, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui.
1.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, sinon il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. Le litige porte sur le droit du recourant à des indemnités journalières de la part de l'intimée au-delà du 31 juillet 2006.
3. 3.1 Aux termes de l'art. 67 LAMal, toute personne domiciliée en Suisse ou qui y exerce une activité lucrative, âgée de quinze ans révolus, mais qui n'a pas atteint 65 ans, peut conclure une assurance d'indemnités journalières avec un assureur (al. 1). L'assurance d'indemnités journalières peut être conclue sous la forme d'une assurance collective (al. 3 première phrase). L'art. 71 LAMal dispose que lorsqu'un assuré sort de l'assurance collective parce qu'il cesse d'appartenir au cercle des assurés défini par le contrat ou parce que le contrat est résilié, il a le droit de passer dans l'assurance individuelle de l'assureur (al. 1er, 1ère phrase). Celui-ci doit faire en sorte que l'assuré soit renseigné par écrit sur son droit de passage dans l'assurance individuelle; s'il omet de le faire, l'assuré reste dans l'assurance collective; l'assuré doit faire valoir son droit de passage dans les trois mois qui suivent la réception de la communication (al. 2).
3.2 Selon une jurisprudence rendue sous l'empire de la LAMA, le droit aux prestations d'un assureur-maladie est lié à l'affiliation; à l'extinction du rapport d'assurance, le droit aux prestations n'est plus donné et il est mis fin à celles éventuellement en cours. Cette jurisprudence est également applicable sous le régime de la LAMal, le législateur n'ayant pas apporté de changement à cet égard. Pour l'assurance facultative d'indemnités journalières selon les art. 67 ss LAMal, le droit s'éteint, notamment, en cas de résiliation par l'assuré de l'assurance ou par son exclusion, qui peut être prononcée par l'assureur sous certaines conditions (ATF 125 V 106 consid. 3 p. 110).
3.3 Selon l'art. 72 al. 2 LAMal, le versement d'une indemnité journalière d'assurance-maladie suppose une incapacité de travail. Est considéré comme incapable de travailler l'assuré qui, à la suite d'une atteinte à la santé, ne peut plus exercer son activité habituelle ou ne peut l'exercer que d'une manière limitée ou encore avec le risque d'aggraver son état (ATF 129 V 51 consid. 1.1 p. 53; Gebhard Eugster, Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2ème édition, Bâle 2007, p. 783 ch. 1124). Pour déterminer le taux de l'incapacité de travail, il faut, selon la jurisprudence, établir dans quelle mesure l'assuré ne peut plus, en raison de l'atteinte à la santé, exercer son activité antérieure, compte tenu de sa productivité effective et de l'effort que l'on peut raisonnablement exiger de lui. En revanche, l'estimation médico-théorique de l'incapacité de travail n'est pas déterminante (RAMA 2005 KV 342 p. 356; ATF 114 V 281 consid. 1c p. 283; cf. également Eugster, ibidem).
3.4 Le degré de l'incapacité de travail doit être fixé sur la base de la profession exercée jusqu'alors, aussi longtemps qu'on ne peut raisonnablement exiger de l'assuré qu'il mette à profit sa capacité de travail résiduelle dans une autre branche professionnelle (obligation de diminuer le dommage; ATF 129 V 460 consid. 4.2 p. 463, 114 V 281 consid. 1d p. 283). Ce principe a été codifié à l'art. 6 deuxième phrase LPGA, qui prévoit qu'en cas d'incapacité de travail de longue durée, l'activité raisonnablement exigible peut aussi relever d'une autre profession ou d'un autre domaine d'activité (Eugster, op. cit., p. 784 ch. 1127). Dans l'hypothèse où un assuré, en vertu de son obligation de diminuer le dommage, doit s'astreindre à changer de profession, la caisse doit l'avertir à ce propos et lui accorder un délai adéquat - pendant lequel l'indemnité journalière versée jusqu'à présent est due - pour s'adapter aux nouvelles conditions ainsi que pour trouver un emploi (RAMA 2000 KV 112 p. 122 consid. 3a p. 123; cf. aussi art. 21 al. 4 LPGA). Dans la pratique, un délai de trois à cinq mois imparti dès l'avertissement de la caisse doit en règle générale être considéré comme adéquat (SJ 2000 II consid. 2b p. 440).
4. La juridiction cantonale a constaté que tant le que la doctoresse S._ avaient retenu que l'assuré était à même de reprendre une activité lucrative adaptée (sans port de charges de plus de 10 kilos ni travaux lourds et avec alternance des positions) à 100% dès le 12 novembre 2005. Cette exigence avait été confirmée par décision de l'AI du 21 avril 2006, laquelle n'avait pas été contestée par l'assuré. Le recourant était donc apte au placement depuis novembre 2005 et aurait pu s'annoncer à l'assurance-chômage afin de percevoir des allocations à l'échéance de son contrat de travail le 31 juillet 2006. L'octroi d'un délai d'adaptation pour retrouver un emploi, pendant lequel les indemnités journalières de l'intimée continueraient de lui être versées, "n'était dans ces conditions pas obligatoire".
5. Le recourant se plaint d'une violation de son droit à une décision motivée découlant du droit d'être entendu, dans la mesure où l'autorité de première instance n'aurait pas expliqué les raisons pour lesquelles elle ne tenait pas compte du rapport du docteur M._, du 10 janvier 2007.
5.1 La jurisprudence a notamment déduit du droit d'être entendu le devoir pour les autorités de motiver leurs décisions (ATF 129 I 232 consid. 3.2 p. 236). La motivation d'une décision doit être telle qu'elle permette au destinataire de celle-ci de la comprendre et de l'attaquer utilement s'il y a lieu, et à l'autorité de recours d'exercer son contrôle. Cela suppose que tant le destinataire que l'autorité de recours puissent saisir la portée de la décision en cause. Cela n'est possible que si l'autorité de jugement mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, même si elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 126 I 97 consid. 2b p. 102 s.). L'étendue de la motivation dépend au demeurant de la liberté d'appréciation dont jouit le juge et de la gravité des conséquences de sa décision (ATF 112 Ia 107 consid. 2b p. 110; cf. également ATF 129 I 232 consid. 3.3 p. 239).
5.2 Comme le fait valoir le recourant, la cour cantonale n'a effectivement pas fait référence au rapport du docteur M._. La lecture du jugement entrepris permet toutefois de comprendre pourquoi elle n'en a pas tenu compte (cf. consid. 3c, 3ème paragraphe du jugement cantonal). En effet, la juridiction cantonale a considéré que le droit à des indemnités journalières en raison d'une nouvelle incapacité de travail totale du recourant ayant débuté le 23 novembre 2006 ne faisait pas l'objet de la décision litigieuse. Dans ces circonstances, la question d'une violation du droit d'être entendu n'entre pas en ligne de compte.
6. Le recourant se prévaut en outre de l'arbitraire du jugement querellé en ce sens que les premiers juges ne se seraient pas penchés avec un regard critique sur les rapports médicaux du docteur P._, ni prononcés sur le rapport du docteur M._, du 10 janvier 2007.
6.1 Lorsque le recourant s'en prend, comme en l'espèce, à l'appréciation des preuves par l'autorité judiciaire cantonale et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raisons sérieuses, de tenir compte d'un moyen de preuve important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40, 118 Ia 28 consid. 1b p. 30).
6.2 En ce qui concerne les certificats établis par le docteur P._, la juridiction cantonale a déjà expliqué de manière exhaustive et circonstanciée pourquoi ils n'étaient pas pertinents en l'espèce, de sorte que, sur ce point, il suffit de renvoyer au jugement cantonal, singulièrement à son considérant 3b, 2ème paragraphe.
Dans son rapport du 10 janvier 2007, le docteur M._ a indiqué avoir vu le recourant pour la première fois le 10 août 2006 en raison de lombosciatalgies gauches invalidantes attribuées à une aggravation progressive de la discopathie L4-L5 sur un status après discectomie en 1998. Selon ce dernier, la symptomatologie était alors résistante à tout traitement conservateur, raison pour laquelle l'indication pour un traitement chirurgical avait été posée. Il ressort en outre de ce rapport que le recourant a été hospitalisé à l'hôpital Z._ du 23 novembre 2006 au 2 janvier 2007 pour une intervention chirurgicale de décompression, résection radicale et spondylodèse instrumentée L4-L5. Un arrêt de travail à 100 % était préconisé pour une durée indéterminée mais au moins pendant 4 mois après l'intervention.
En ne déduisant pas du rapport précité que l'incapacité de travail du recourant n'avait jamais cessé depuis l'intervention chirurgicale du 11 août 2005, les premiers juges n'ont pas procédé à une appréciation insoutenable de sa situation médicale. En effet, bien qu'il mentionne une aggravation progressive de la discopathie L4-L5 depuis 1998 ainsi que l'échec des traitements conservateurs, le docteur M._ n'atteste aucune incapacité de travail pour la période antérieure à l'intervention du mois de novembre 2006. Par conséquent, en l'absence de rapport médical contraire, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant que le recourant disposait d'une capacité de travail de 100 % dans une activité adaptée à son handicap depuis le 12 novembre 2005. Cette constatation de fait lie dès lors le Tribunal fédéral.
7. 7.1 Il reste à savoir si c'est à bon droit que la juridiction cantonale a confirmé la suppression du versement des prestations par l'intimée au 31 juillet 2006.
En l'espèce, les premiers juges ont constaté que par décision du 14 juillet 2006, l'intimée avait mis fin au versement des indemnités journalières avec effet au 31 juillet 2006 au motif que le recourant était apte à travailler à 100% dans une activité adaptée dès novembre 2005, conformément à la décision de l'AI du 21 avril 2006 et qu'il lui incombait de solliciter des prestations de l'assurance-chômage dès le 1er août 2006. Ils en ont déduit qu'un délai d'adaptation convenable n'était par conséquent pas nécessaire.
7.2 On ne saurait suivre le raisonnement des premiers juges, lequel est contraire au droit fédéral. En effet, il ressort de l'art. 21 al. 4 LPGA, également applicable en matière d'assurance-maladie, qu'avant de réduire ou refuser temporairement ou définitivement des prestations si l'assuré se soustrait ou s'oppose, ou encore ne participe pas spontanément, dans les limites de ce qui peut être exigé de lui, à un traitement ou à une mesure de réinsertion professionnelle raisonnablement exigible et susceptible d'améliorer notablement sa capacité de travail ou d'offrir une nouvelle possibilité de gain, l'assureur doit lui avoir adressé une mise en demeure écrite l'avertissant des conséquences juridiques et lui impartissant un délai de réflexion convenable.
Selon les constatations des premiers juges, l'intimée a laissé un délai d'adaptation de dix-sept jours au recourant pour retrouver un emploi (du 14 au 31 juillet 2006), lequel est manifestement insuffisant au regard de la jurisprudence rappelée ci-dessus (cf. consid. 3.4). Sous cet angle, le droit du recourant au versement des indemnités journalières de la part de l'intimée perdure au-delà du 31 juillet 2006, pendant une période à fixer par les premiers juges en fonction des circonstances du cas. Encore faudrait-il, pour que l'intimée soit tenue de verser des prestations au-delà du 31 juillet 2006, que le recourant fût toujours affilié auprès d'elle pendant la période en question. A cet égard, la juridiction cantonale a laissé ouvert le point de savoir si le recourant avait fait usage de son droit de passer dans l'assurance d'indemnité journalière individuelle de l'intimée à l'échéance de son contrat de travail au 31 juillet 2006.
En l'espèce, les constatations de la juridiction cantonale sont insuffisantes pour permettre au Tribunal fédéral de statuer lui-même sur l'existence d'un rapport d'assurance entre le recourant et l'intimée au-delà du 31 juillet 2006. Par conséquent, il convient de renvoyer la cause aux premiers juges afin qu'ils examinent en premier lieu l'existence d'un rapport d'assurance entre l'intimée et le recourant postérieurement au 31 juillet 2006 puis fixent, le cas échéant, un délai d'adaptation compris entre trois et cinq mois à compter du 14 juillet 2006 pendant lequel l'indemnité journalière serait encore due.
8. Vu ce qui précède, le recours est partiellement admis et la cause renvoyée au Tribunal cantonal des assurances pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Le recourant n'obtient que partiellement gain de cause. Il y a donc lieu de laisser une partie des frais à sa charge et de lui allouer une indemnité de dépens réduite.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis en ce sens que le jugement du Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais du 12 juin 2007 est annulé, la cause lui étant renvoyée pour complément d'instruction au sens des considérants et nouveau jugement.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis pour moitié à la charge du recourant et pour l'autre moitié à la charge de l'intimée.
3. L'intimée versera au recourant la somme de 1'500 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
Lucerne, le 28 août 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz