Erwägungen:
1. Am 1. April 2009 begann vor dem Bundesstrafgericht die Hauptverhandlung gegen X._ und acht Mitbeteiligte. X._ wird durch Fürsprecher A._ erbeten verteidigt.
2. In einer Verhandlungspause am 5. Mai 2009 sprach Rechtsanwältin Angelika Haucke-D'Aiello aus München den Vorsitzenden im Korridor an, stellte sich als Anwältin von X._ vor und ersuchte um Zutritt in den Gerichtssaal, was unmittelbar abgewiesen wurde.
Vor Wiederaufnahme der Hauptverhandlung am 6. Mai 2009 verschaffte sich Rechtsanwältin Angelika Haucke-D'Aiello Zutritt zum Gerichtssaal und ersuchte erfolglos um Zulassung zu den Zeugeneinvernahmen vom 6. und 7. Mai 2009 als Verteidigerin von X._.
3. Mit Faxschreiben vom 13. Mai 2009 ersuchte Rechtsanwältin Angelika Haucke-D'Aiello mit Vollmacht von X._ als dessen Verteidigerin neben Fürsprecher A._ für die Hauptverhandlungstermine vom 18. und 19. Mai 2009 zugelassen zu werden. Der Präsident der Strafkammer des Bundesstrafgerichts wies das Gesuch mit Verfügung vom 14. Mai 2009 ab. Zur Begründung führte er zusammenfassend aus, ausnahmsweise könnten zwei Verteidiger für einen Beschuldigten zur Hauptverhandlung zugelassen werden. Rechtsanwältin Angelika Haucke-D'Aiello begründe ihr Gesuch ausschliesslich mit einem eingestellten deutschen Strafverfahren und nicht mit dem vorliegenden schweizerischen Prozess. X._s Verteidigung sei durch Fürsprecher A._ ausreichend sichergestellt.
4. X._, vertreten durch Rechtsanwältin Angelika Haucke-D'Aiello, führt mit Eingabe vom 20. Mai 2009 Beschwerde in Strafsachen gegen die Verfügung des Präsidenten der Strafkammer des Bundesstrafgerichts. Das Bundesgericht forderte die Rechtsanwältin mit Verfügung vom 25. Mai 2009 auf, die angefochtene Präsidialverfügung und eine Vollmacht einzureichen sowie ein Zustellungsdomizil in der Schweiz zu verzeigen. Fristgemäss kam sie dieser Aufforderung nach.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
5. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Aus der Eingabe vom 20. Mai 2009 ergibt sich nicht, inwiefern der Präsident der Strafkammer des Bundesstrafgerichts Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzt haben sollte, als er das Gesuch von Rechtsanwältin Angelika Haucke-D'Aiello abwies als Verteidigerin von X._ neben Fürsprecher A._ für die Hauptverhandlungstermine vom 18. und 19. Mai 2009 zugelassen zu werden. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
6. Bei diesem Verfahrensausgang kann offen bleiben, ob die Voraussetzungen gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zur Anfechtung eines Zwischenentscheides gegeben sind und ob der Beschwerdeführer noch ein schutzwürdiges Interesse im Sinne von Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG an der Aufhebung oder Änderung der angefochtenen Verfügung hat.
7. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, Präsident der Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli