Faits:
A. Le 26 novembre 2009, la société A._ (ci-après: la Fiduciaire) a porté plainte contre B._ pour escroquerie, gestion déloyale, faux dans les titres et blanchiment d'argent. Elle reproche à B._, engagé en qualité de responsable de groupe et membre de la direction dans le secteur juridique et fiscal, d'avoir ouvert un dossier fictif, au nom de C._, pour facturer des prestations, vraisemblablement pour des clients tombant sous le coup de la loi sur le blanchiment d'argent (LBA; RS 955.0). Ce dossier aurait présenté un solde de 9'113,70 francs en faveur de la Fiduciaire, qui n'aurait pas pu être encaissé. En outre, B._ aurait établi des notes d'honoraires à titre personnel ou au nom de D._ pour des montants sensiblement plus importants que les seuls montants qu'il a facturés au nom de la Fiduciaire.
Par ordonnance du 24 juin 2011, le Ministère public central du canton de Vaud, division entraide, criminalité économique et informatique (ci-après: le Ministère public) a ordonné le classement de ladite procédure pénale, faute d'intention criminelle de la part de B._. Il a également rejeté les réquisitions de preuve formulées dans le délai de prochaine clôture.
B. Par arrêt du 14 juillet 2011, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours formé par la Fiduciaire contre cette ordonnance.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, la Fiduciaire demande principalement au Tribunal fédéral de réformer cet arrêt, en ce sens que l'ordonnance de classement du 24 juin 2011 est annulée et la cause renvoyée au Ministère public "pour qu'il procède à l'audition de E._ et à toute autre mesure d'instruction qu'impliquerait la découverte de nouvelles informations lors de la mise en oeuvre des mesures d'instruction requises, puis qu'il engage l'accusation contre le prévenu, à tout le moins pour faux dans les titres et gestion déloyale qualifiée". Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. B._ conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué confirme le classement de la procédure pénale ouverte à l'encontre de l'intimé. Rendu en matière pénale (art. 78 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 80 al. 1 LTF), il met fin à la procédure pénale (art. 90 LTF). Partant, il peut faire l'objet d'un recours en matière pénale selon les art. 78 ss LTF.
1.1 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO.
Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsque ces faits ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (cf. ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
Lorsque le recours est dirigé contre une décision de classement de l'action pénale, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1 p. 248). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (ATF 137 IV 219 consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
1.2 En l'espèce, la recourante, qui a pris part à la procédure devant le Tribunal cantonal, prétend avoir subi un préjudice de 9'113,70 francs au minimum, montant des notes d'honoraires qui n'ont pas pu être encaissées en raison du comportement de l'intimé. Dans cette mesure, elle articule des prétentions civiles suffisantes sur lesquelles la décision de classement pour faux dans les titres, escroquerie et gestion déloyale peut avoir des effets. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'art. 81 al. 1 LTF.
1.3 Les autres conditions de recevabilité sont par ailleurs réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint de violations de son droit à obtenir une décision motivée (art. 29 al. 2 Cst.) et de l'art. 112 al. 1 let. b LTF.
2.1 Selon l'art. 112 al. 1 let. b LTF, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral doivent indiquer "les motifs déterminants de fait et de droit" sur lesquels l'autorité s'est fondée. Si la décision attaquée ne satisfait pas à ces exigences, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (art. 112 al. 3 LTF).
Cette disposition concrétise le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), lequel oblige notamment l'autorité à motiver sa décision, afin que son destinataire puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 133 III 439 consid. 3.3 p. 445). Selon la jurisprudence, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 135 III 670 consid. 3.3.1 p. 677; voir aussi ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités).
2.2 En l'espèce, la recourante reproche à l'instance précédente de s'être contentée d'affirmer que, s'agissant de l'infraction de faux dans les titres, le but du prévenu n'était pas de spolier son employeur de 9'113,70 francs, sans expliquer sur quels faits elle se fondait pour retenir ce défaut d'intention.
La motivation de l'arrêt attaqué, certes brève, permet toutefois de comprendre pour quelles raisons l'instance précédente a considéré que l'intention de l'intimé faisait défaut. Le Tribunal cantonal a en effet estimé que les montants que B._ avait perçus et comptabilisés par le biais du dossier ouvert au nom de C._ avaient été versés à la Fiduciaire, à l'exception d'une somme de 9'113,70 francs; ce montant correspondait à des factures pour des clients autres que C._, que la Fiduciaire n'avait pas pu encaisser puisqu'elle n'en connaissait pas l'identité à la suite du licenciement abrupt de B._. L'instance précédente en a déduit que le prévenu n'avait à l'évidence pas agi dans le but de spolier son employeur de ce montant et que le dommage était d'ordre purement civil. Elle a encore précisé que la recourante n'apportait aucun élément démontrant que B._ aurait eu le dessein de porter atteinte à ses intérêts pécuniaires ou à ses droits.
Dans la mesure où la recourante critique la pertinence de ces motifs et prétend que l'intimé a créé et utilisé un titre faux dans le but de dissimuler des manquements à son travail, elle soulève une question de fond qui sera examinée ci-après. Mal fondé, le grief de la violation du droit d'être entendu doit être écarté.
3. La recourante fait ensuite valoir une constatation arbitraire des faits (art. 97 al. 1 LTF). Elle reproche au Tribunal cantonal d'avoir "pris pour argent comptant" les explications données par B._. Elle lui fait grief de ne pas avoir tenu compte de certains éléments et prétend que les dénégations de l'intimé ne peuvent constituer un motif de classement, puisque celui-là aurait menti.
3.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La recourante ne peut critiquer la constatation de faits qui importent pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (art. 97 al. 1 LTF; ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135), ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF.
3.2 La recourante fait d'abord valoir que les explications de l'intimé relatives à la création du dossier litigieux sont en contradiction avec les déclarations de C._. La recourante n'expose cependant pas devant le Tribunal de céans en quoi consistent ces divergences, alors qu'il lui incombait de le faire. Partant, elle ne démontre pas en quoi la constatation de cet élément permettrait de trancher différemment la question du classement de la procédure pénale. Faute d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, ce grief doit être écarté.
La recourante avance ensuite que les explications de B._ ne sont pas crédibles, dès lors qu'il disposait d'outils au sein de la société pour enregistrer les prestations pour lesquelles il a utilisé le dossier litigieux (code dit de "prospection", possibilité de procéder à des abattements sur les factures), sans avoir à recourir à un faux dossier. La Fiduciaire semble encore reprocher au Tribunal cantonal de ne pas avoir retenu que chacun des clients concerné par une facturation dans le dossier C._ faisait l'objet d'un dossier propre au sein de la société recourante. Partant, elle procède par pure affirmation et n'établit pas de manière détaillée et circonstanciée, conformément aux exigences accrues de motivation en matière de violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 II 244 consid. 2.2 p. 246; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287), en quoi ces éléments seraient de nature à rendre insoutenables les constatations du Tribunal cantonal sur l'absence de dessein de nuire. Le grief est donc irrecevable.
En définitive, la recourante ne démontre pas en quoi les conditions permettant de s'écarter des faits constatés dans l'arrêt attaqué seraient réunies, de sorte qu'il y a lieu de s'en tenir à ces faits.
3.3 La recourante soutient également que l'intimé a commis une infraction par dol éventuel. Elle avance que l'intimé ne pouvait ignorer qu'en introduisant de fausses données dans ce dossier, il créait un document contenant une altération de la vérité qui avait une force probante à cet égard. Elle se plaint d'une violation de l'art. 12 CP.
Savoir ce que l'auteur voulait, savait ou ce dont il s'accommodait relève du contenu de la pensée, donc de l'établissement des faits, lesquels ne peuvent être revus devant le Tribunal fédéral que sous l'angle restreint de l'arbitraire (ATF 135 IV 152 consid. 2.3.2 p. 156).
En l'espèce, à l'instar du Ministère public, l'autorité précédente a retenu que rien ne permettait d'affirmer que l'intimé ait agi au préjudice de la recourante en étant animé d'une intention criminelle et que le dommage subi par la recourante était d'ordre purement civil (cf. consid. 2.2 supra). Dans la mesure où la recourante soutient que l'intimé a eu la conscience et la volonté d'inscrire des informations fausses dans le dossier litigieux ou qu'il s'accommode de l'idée que sa manière de faire pourrait nuire à son employeur, elle s'écarte de l'état de fait cantonal, de sorte que son grief est irrecevable.
4. La recourante prétend encore que même si l'on suivait l'explication du prévenu selon laquelle il avait peur d'avoir à justifier des heures improductives, raison pour laquelle il aurait passé des opérations dans le dossier C._ et aurait réglé lui-même les factures y relatives, cela signifierait que l'intimé a créé et utilisé un titre faux dans le but de dissimuler des manquements à son travail, ce qui serait selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, constitutif d'un dessein de se procurer un avantage illicite (ATF 121 IV 90 consid. 2b p. 92).
L'arrêt cité par la recourante fait état d'un collaborateur d'une compagnie d'assurances qui avait fabriqué de faux courriers à l'en-tête de ladite compagnie, confirmant à des clients que l'augmentation d'un prêt hypothécaire grevant leur villa avait été acceptée par la compagnie, alors qu'elle avait en réalité été refusée; les clients avaient cru à l'authenticité de ces lettres et les avaient transmises à leur notaire; le collaborateur avait, pendant une période, négligé de suivre de manière diligente les dossiers de ces clients et avait voulu ainsi se prémunir contre les conséquences de sa négligence, en envoyant aux clients des documents de nature à les satisfaire, agissant avec la volonté de les tromper sur leur authenticité. Le Tribunal fédéral a considéré qu'en créant des titres faux pour échapper à ses responsabilités, l'employé avait agi dans le dessein de se procurer un avantage illicite (ATF 121 IV 90).
Cette jurisprudence ne s'applique cependant pas en l'espèce, dans la mesure où la recourante ne démontre pas que le dossier litigieux est un titre au sens des art. 110 al. 4 et 251 CP. Elle n'expose pas non plus quel avantage illicite se serait procuré l'intimé, ce d'autant moins qu'elle précise que celui-ci aurait pu enregistrer ces opérations sous le code dit "de prospection", ce qui lui aurait permis de ne pas les facturer. Le grief doit être rejeté.
5. La recourante fait enfin grief au Tribunal cantonal de ne pas avoir procédé à l'audition de E._, administrateur-président de la société F._, auprès de laquelle l'intimé était employé avant de travailler pour elle. Elle se plaint de violations de son droit d'être entendue et de l'art. 318 du code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 (CPP; RS 312.0).
5.1 Le droit d'être entendu comprend également le droit pour l'intéressé d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 II 286 consid. 5.1 p. 293 et les arrêts cités).
Toutefois, le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, lorsque les preuves résultent déjà de constatations versées au dossier ou lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (ATF 136 I 229 consid. 5.3 p. 236; sur la notion d'arbitraire, voir ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5).
5.2 A teneur de l'art. 318 al. 2 CPP, le Ministère public ne peut écarter une réquisition de preuves que si celle-ci exige l'administration de preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés en droit. Il rend sa décision par écrit et la motive brièvement. L'art. 139 al. 2 CPP prévoit quant à lui qu'il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés.
De la sorte, le législateur a consacré le droit des autorités pénales de procéder à une appréciation anticipée des preuves (Message relatif à l'unification du droit de la procédure pénale du 21 décembre 2005, FF 2006 p. 1161). Cette faculté s'inscrit dans les limites de la jurisprudence du Tribunal fédéral développée sur le sujet avant l'entrée en vigueur du CPP (Bénédict/Treccani, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 15 ss. ad art. 139 CPP; Sabine Gless, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n° 48 ad art. 139 CPP).
Dès lors, le grief de la violation de l'art. 318 al. 2 CPP se confond avec celui de la violation du droit d'être entendue de la recourante.
5.3 En l'espèce, la recourante sollicite l'audition de E._ dans le but notamment de confirmer le fait que B._ aurait réglé lui-même certaines notes d'honoraires lorsqu'il travaillait au sein de la société F._, ce qui permettrait de mieux cerner le mode opératoire de l'intimé et son but.
Le Tribunal cantonal a considéré que ce complément d'enquête n'était pas utile dans la mesure où le comportement dénoncé n'impliquait pas un dommage pour l'employeur de l'époque et ne saurait dès lors être l'indice d'une intention délictueuse pour les faits présentement dénoncés.
Ce faisant, l'instance précédente a procédé à une appréciation anticipée des preuves, en considérant que le moyen offert n'était pas de nature à modifier son opinion sur le caractère délictueux des faits reprochés dans la présente procédure. Cette appréciation n'est pas manifestement insoutenable. L'arbitraire de l'appréciation anticipée des preuves n'est dès lors pas démontré. Mal fondé, le grief doit être écarté.
6. Il s'ensuit que le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). Elle versera en outre une indemnité à titre de dépens à l'intimé, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 1'500 francs est allouée à l'intimé à titre de dépens, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public central et à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 19 mars 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller