Sachverhalt:
A. Am 6. Januar 2005 liess X._ durch seinen Anwalt Strafklage wegen Ehrverletzung gegen den Zuger Regierungsrat A._, gegen den Rechtsvertreter der Zuger Sicherheitsdirektion, Rechtsanwalt lic. iur. B._, sowie gegen Unbekannt einreichen. Mit Schreiben des Untersuchungsrichteramts des Kantons Zug vom 25. Januar 2005 wurde X._ darüber in Kenntnis gesetzt, dass Regierungsrat A._ gemäss § 19bis der Verfassung des Kantons Zug Immunität geniesse. Am 19. Mai 2005 liess X._ dem Friedensrichteramt Zug mitteilen, dass er auf die Einleitung eines Strafverfahrens gegenüber Regierungsrat A._ "verzichte". Nach der Sühneverhandlung ersuchte er das Untersuchungsrichteramt Zug, das Strafverfahren gegen die noch verbleibenden B._ und Unbekannt weiterzuführen, nachdem der Strafantrag gegen A._ "zurückgezogen" worden sei. In der Folge wies ihn das Untersuchungsrichteramt Zug auf die Unteilbarkeit des Strafantrags und auf die Wirkungen des Rückzugs nach Art. 31 Abs. 3 StGB hin und forderte ihn zur Stellungnahme auf. Der Beschwerdeführer stellte sich auf den Standpunkt, lediglich wegen der voraussichtlich unaufhebbaren Immunität A._s auf die Weiterführung des Strafverfahrens gegen diesen "verzichtet" zu haben. Am 14. September 2005 stellte der Untersuchungsrichter die Untersuchung ein unter Verweis auf die Unteilbarkeit des Strafantrags gemäss Art. 31 Abs. 3 StGB.
B. Mit Urteil vom 22. Dezember 2005 wies die Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug den von X._ gegen die Einstellungsverfügung erhobenen Rekurs ab.
C. Dagegen führt X._ staatsrechtliche Beschwerde und eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde. Er beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Justizkommission des Obergerichts schliesst auf Abweisung der Beschwerden unter Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil. Das Untersuchungsrichteramt des Kantons Zug verzichtet auf Gegenbemerkungen. B._ beantragt auf Vernehmlassung hin die Abweisung der Beschwerden.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
I. Staatsrechtliche Beschwerde
1. Der Beschwerdeführer rügt die willkürliche Anwendung von Art. 28 StGB. Ferner stelle die Einstellung des Strafverfahrens gegen sämtliche Beschuldigten einen überspitzten Formalismus dar, womit Art. 29 Abs. 1 BV verletzt werde.
1.1 Die staatsrechtliche Beschwerde ist nur zulässig, wenn die behauptete Rechtsverletzung nicht sonstwie durch Klage oder Rechtsmittel beim Bundesgericht oder einer anderen Bundesbehörde gerügt werden kann (Art 84 Abs. OG). Die Verletzung von Bestimmungen des Strafgesetzbuches ist mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde geltend zu machen (Art. 269 Abs. 1 BStP).
1.2 Mit seiner Rüge bestreitet der Beschwerdeführer in der Sache die richtige Anwendung von Art. 31 Abs. 3 StGB, was nach dem Gesagten mit Nichtigkeitsbeschwerde vorzubringen ist. Auf seine staatsrechtliche Beschwerde wird somit nicht eingetreten.
II. Eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde
2. Der Beschwerdeführer stützt seine Legitimation zur Beschwerde unter anderem auf Art. 270 lit. f BStP. Danach ist der Strafantragsteller zur Beschwerde legitimiert, soweit es um das Strafantragsrecht als solches geht (vgl. BGE 127 IV 185 E. 2; 120 IV 107 E. 1b, 120 IV 44 E. 3 und 7). Vorliegend ist streitig, ob sich der Untersuchungsrichter bei der Einstellung des vom Beschwerdeführer gemäss § 65 ff. StPO/ZG eingeleiteten Ehrverletzungsverfahrens auf die Unteilbarkeit des Strafantrags gemäss Art. 31 Abs. 3 StGB stützen konnte. Es geht somit um das Strafantragsrecht als solches. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, Art. 31 Abs. 3 StGB verletzt zu haben, indem sie im Rückzug des Strafantrags gegenüber Regierungsrat A._ zugleich den Rückzug des Strafantrags gegenüber allen Beschuldigten erblickte. Diese Bestimmung komme nicht zur Anwendung, wenn ernsthafte sachliche Anhaltspunkte dafür bestünden, dass die Person, gegenüber der der Strafantrag zurückgezogen werde, entweder nicht an der Tat beteiligt gewesen oder offensichtlich unschuldig sei. Im Unterschied zu offensichtlich Unschuldigen könne bei Personen, die Immunität geniessen, ein Strafverfahren gar nicht erst durchgeführt werden, weshalb eine Ausnahme vom Grundsatz der Unteilbarkeit des Strafantrags erst recht zuzulassen sei. Der Beschwerdeführer habe einzig wegen der Immunitätsproblematik Abstand vom Strafverfahren gegen Regierungsrat A._ genommen.
3.2 Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass keine Ausnahme vom Grundsatz der Unteilbarkeit des Strafantrags angenommen werden könne. Der Beschwerdegegner stellt sich auf den Standpunkt, dass dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer die Konsequenzen eines Rückzugs klar gewesen sein müssten. Art. 31 Abs. 3 StGB sei insoweit unmissverständlich, und für eine Ausnahme von der gesetzlichen Unteilbarkeitsregel bestünde kein Raum.
3.2 Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass keine Ausnahme vom Grundsatz der Unteilbarkeit des Strafantrags angenommen werden könne. Der Beschwerdegegner stellt sich auf den Standpunkt, dass dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer die Konsequenzen eines Rückzugs klar gewesen sein müssten. Art. 31 Abs. 3 StGB sei insoweit unmissverständlich, und für eine Ausnahme von der gesetzlichen Unteilbarkeitsregel bestünde kein Raum.
3.3 3.3.1 Stellt ein Antragsberechtigter gegen einen an der Tat Beteiligten Strafantrag, so sind alle Beteiligten zu verfolgen (Art. 30 StGB). Mit dem in Art. 30 StGB statuierten Grundsatz der Unteilbarkeit des Strafantrags soll verhindert werden, dass der Verletzte nach seinem Belieben nur einen einzelnen am Antragsdelikt Beteiligten herausgreift und unter Ausschluss der anderen bestrafen lässt (BGE 121 IV 150 E. 3a/aa.). Zieht der Berechtigte seinen Strafantrag gegenüber einem Beschuldigten zurück, so gilt der Rückzug für alle Beschuldigten (Art. 31 Abs. 3 StGB). Der Unteilbarkeitsgrundsatz von Art. 30 StGB soll nicht dadurch umgangen werden können, dass zwar Antrag gegen alle Beteiligten gestellt, dieser dann aber in Bezug auf einzelne wieder zurückgezogen wird. Es gilt somit grundsätzlich auch die Unteilbarkeit des Rückzugs (BGE 80 IV 209 E. 1; Christof Riedo, Der Strafantrag, Diss. Fribourg 2004, S. 617 f.). Wer seinen Strafantrag zurückgezogen hat, kann ihn nicht nochmals stellen (Art. 31 Abs. 2 StGB). Beim Rückzug handelt es sich somit um eine grundsätzlich unwiderrufliche Willenserklärung.
3.3.2 Im erwähnten Entscheid aus dem Jahr 1954 warf das Bundesgericht die Frage auf, ob der Rückzug der Privatstrafklage gegen den einen Beklagten die Weiterverfolgung der anderen nicht ausschliesse, wenn ernsthafte Anhaltspunkte bestehen, dass der Beklagte, gegen den die Klage zurückgezogen wird, in Wirklichkeit nicht tatbeteiligt war, und der Rückzug mit dieser Erkenntnis begründet wurde. Denn es erscheine als stossend, dass der Kläger, nur um das Recht zur Weiterverfolgung der anderen nicht zu verlieren, genötigt sein sollte, das Privatstrafklageverfahren gegen jemanden fortzusetzen, den er selbst mit guten Gründen für unschuldig hält (BGE 80 IV 209 E. 3).
3.3.3 Dieses obiter dictum wurde von der Lehre zustimmend aufgenommen. Nach Max Waiblinger, ZBJV 92/1956 S. 214, sollten Ausnahmen vom Unteilbarkeitsgrundsatz möglich sein. Nach vielen kantonalen Prozessgesetzen bestehe ein Kostenrisiko für den Strafantragsteller, wenn diesem nicht durch ein Rückzugsrecht die Möglichkeit eingeräumt werde, die Weiterverfolgung nicht Tatbeteiligter zu unterbinden. Martin Schubarth, ZStrR 112/1994 S. 222, stellt die Unteilbarkeit des Strafantrags in Frage unter Hinweis auf den zivilprozessualen Charakter des Privatstrafklageverfahrens. Mit Blick auf das Kostenrisiko sei fraglich, ob der Privatstrafkläger verpflichtet sein könne, auch (bloss) möglicherweise Beteiligte ins Recht zu ziehen, auf die Gefahr hin, deren Tatbeteiligung nicht nachweisen zu können. In weiteren Stellungnahmen aus dem Schrifttum wird die Frage nach allfälligen Ausnahmen vom Unteilbarkeitsprinzip bereits als entschieden unterstellt. Der Privatstrafkläger könne den Strafantrag zurückziehen gegenüber einem Beschuldigten, von dessen Unschuld er aufgrund ernstlicher Anhaltspunkte überzeugt sei, ohne dass sich dieser Rückzug auf andere Beschuldigte auswirke. Der Unteilbarkeitsgrundsatz schliesse nur den Rückzug gegenüber "Beschuldigten" aus. Ein Rückzug gegenüber unbeteiligten Beschuldigten soll deshalb zulässig sein (Hans Schultz/Alfred Wilhelm/ M. Roth-Willener, ZBJV 101/1965 S. 272 f.; Hans Mahnig, Die Unteilbarkeit des Strafantrags bei prinzipalen Privatstrafklagen, SJZ 57/1961 S. 20 f.; Jörg Rehberg, Der Strafantrag, ZStrR 85/1969 S. 285; Walter Huber, Die allgemeinen Regeln über den Strafantrag (...), Diss. Zürich 1967, S. 68; i.d.S. zum künftigen Art. 33 Abs. 3 StGB auch Andreas Donatsch, in: ebd. (Hrsg.), StGB, 17. Aufl., Zürich 2006, S. 87). Gegen die herrschende Lehre wurde von Christof Riedo, Basler Kommentar StGB I, Art. 31 N 33, zu Recht eingewendet, dass es Sache des Gerichts sei, über Schuld oder Unschuld eines Verdächtigten zu entscheiden, weshalb eine entsprechende Überzeugung des Antragstellers oder eine unklare Beweislage kein Rückzugsrecht begründen könne. Ausnahmen vom Unteilbarkeitsgrundsatz mögen rechtspolitisch wünschbar sein, mit dem Gesetzeswortlaut lassen sie sich nicht vereinbaren (so bereits Arthur Grawehr-Butty, Rechtsfragen auf dem Gebiete des Strafantrags (...), Diss. Fribourg 1959, S.68). Zieht der Berechtigte seinen Strafantrag gegenüber einem Beschuldigten zurück, so gilt der Rückzug für alle Beschuldigten (Art. 31 Abs. 3 StGB). Trotz der Kritik in der Lehre wurde denn auch bei der Totalrevision des Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuchs an der Unteilbarkeit des Strafantrags festgehalten (Art. 33 Abs. 3 revStGB, AS 2006 3468). Die vom Bundesgericht 1954 aufgeworfene und offen gelassene Frage nach möglichen Ausnahmen vom Unteilbarkeitsgrundsatz ist somit zu verneinen. Kommt der Strafantragsteller indessen im Laufe des Strafverfahrens zum Schluss, die Voraussetzungen der strafrechtlichen Verfolgung seien gegenüber einem ins Recht gefassten Beschuldigten nicht oder nicht mehr gegeben, so kann er in Bezug auf diesen bei den Strafverfolgungsbehörden die Einstellung des Strafverfahrens verlangen. Dieses strafprozessuale Einstellungsbegehren darf nicht in einen Rückzug des Strafantrags uminterpretiert werden.
3.3.4 Der Beschwerdeführer liess dem Friedensrichteramt Zug mitteilen, dass er an den Strafklagen gegen B._ und Unbekannt festhalte und auf die Einleitung eines Strafverfahrens gegenüber Regierungsrat A._ "verzichte". Dem Untersuchungsrichteramt gegenüber erklärte er, dass die Strafanzeige gegen A._ "zurückgezogen" worden sei, und beantragte im Übrigen die Fortführung des Strafverfahrens. Er hielt an diesem Antrag auch noch fest, nachdem er vom Untersuchungsrichter auf die Unteilbarkeit des Strafantrags hingewiesen worden war. In der Folge stellte der Untersuchungsrichter das Verfahren ein unter Verweis auf Art. 31 Abs. 3 StGB. Unter diesen Umständen verlangt der Beschwerdeführer vergeblich, dass eine Ausnahme von der Unteilbarkeit des Strafantragsrückzugs hätte angenommen werden sollen. Die Vorinstanz hielt sich zu Recht an den Wortlaut von Art. 31 Abs. 3 StGB. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen.
III. Kosten- und Entschädigungsfolgen:
4. Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten. Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen. Bei diesem Ausgang der Verfahren wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 278 Abs. 1 BStP; Art. 156 Abs. 1 OG). Der obsiegende Beschwerdegegner ist für seine beiden kurzen Vernehmlassungen aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen. Der Beschwerdeführer wird verpflichtet, der Bundesgerichtskasse hierfür Ersatz zu leisten (Art. 278 Abs. 3 BStP).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
3. Dem Beschwerdeführer wird eine Gebühr von Fr. 4'000.-- auferlegt.
4. Der Beschwerdegegner wird mit Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt. Der Beschwerdeführer hat der Bundesgerichtskasse hierfür Ersatz zu leisten.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Untersuchungsrichteramt des Kantons Zug und dem Obergericht des Kantons Zug, Justizkommission, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2006
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: