Faits:
A.
A.a. B._, née le 20 novembre 1918, est décédée le 12 février 2006. Elle avait deux soeurs, A._ et C._, ainsi qu'un cousin, D._.
B._ était propriétaire de plusieurs biens-fonds dans la commune de Y._, dont la valeur vénale totale a été estimée en 2006 à 5'136'400 fr., à savoir les parcelles n os 5 sise en zone bois et forêts, 41 et 123 sises en zone agricole, 58 et 174 sises en zone 4B protégée, 177 sise principalement en zone 4B protégée et 178 sise à raison de 8/9èmes en zone 4B protégée et 1/9ème en zone agricole. Elle était en outre propriétaire de biens mobiliers d'une valeur totale de 616'925 fr.
A.b. B._ a rédigé un testament olographe le 10 août 1990, dont la teneur est la suivante:
"Je lègue
à Madame C._ de Y._
et Madame A._ de Y._
La maison de famille et terrains agricoles
Monsieur D._ aura la jouissance
d'un appartement et terrains agricoles
ceci jusqu'à sa mort.
Je lègue également
Hôpital de E._
deux cent mille francs 200'000.-
Communauté de F._
cent mille francs 100'000.-
Paroisse de G._
cent mille francs 100'000.-
Paroisse de H._
cinquante mille francs 50'000.-
Paroisse de I._
cinquante mille francs 50'000.-
Le reste de mes biens au foyer
X._.
Le présent testament annule l'ancien déjà déposé".
Un litige est né entre l'Association X._ et A._ au sujet de l'interprétation de ce testament, chacune d'elles soutenant avoir été instituée héritière de la défunte.
A.c. Par acte du 22 mai 2007, l'Association X._ a assigné A._ devant le Tribunal de première instance de Genève, concluant à la constatation qu'elle est instituée unique héritière des biens de la succession de B._ et à son inscription au Registre foncier en qualité de propriétaire des parcelles n os 41, 58, 174, 177 et 178 de la commune de Y._. A._ a conclu au déboutement de l'Association de toutes ses conclusions; pour le cas où il serait admis que celle-ci est héritière instituée, elle a conclu à la constatation de sa qualité de co-légataire avec C._ des parcelles nos 5, 41, 58, 123, 174, 177 et 178 de la commune de Y._, ainsi que de la totalité du matériel d'exploitation agricole dépendant de la succession de ce domaine.
B.
B.a. Par jugement du 29 janvier 2009, le Tribunal de première instance de Genève a débouté l'Association X._ de ses conclusions, après avoir procédé à l'interprétation du testament de la défunte.
B.b. Statuant sur appel de la demanderesse, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé cette décision par arrêt du 16 octobre 2009, pour défaut de légitimation passive, opérant ainsi une substitution de motifs.
C.
L'Association X._ interjette le 23 novembre 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour qu'elle statue sur le fond. Elle fait grief aux juges précédents d'avoir considéré que A._ n'avait pas la légitimation passive, dans la mesure où sa soeur C._ avait la qualité de consort nécessaire, et se plaint également d'une violation de son droit d'être entendue.
L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer.
Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 p. 117).
1.1. Interjeté dans le délai légal (art. 100 al. 1 LTF) par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par la dernière juridiction cantonale (art. 75 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2. Le recours en matière civile peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2 p. 550). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104/105).
1.3. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF); il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2.
La recourante conteste l'appréciation de la cour cantonale, selon laquelle la soeur de l'intimée a la qualité de consort nécessaire, de sorte que l'action doit être rejetée pour défaut de légitimation passive. Elle se plaint également d'une violation de son droit d'être entendue, dans la mesure où les juges précédents ne l'ont pas invitée à se déterminer sur la problématique de la consorité avant de rejeter sa demande par substitution de motifs.
3.
Le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) étant une garantie constitutionnelle de caractère formel, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond, il se justifie d'examiner en premier lieu ce moyen (ATF 124 I 49 consid. 1 p. 50, 121 I 230 consid. 2a p. 232 et la jurisprudence citée). La recourante ne se plaignant pas de la violation de règles du droit cantonal de procédure régissant son droit d'être entendue, c'est à la lumière de l'art. 29 al. 2 Cst. qu'il convient d'examiner son grief (ATF 126 I 15 consid. 2a p. 16 et les arrêts cités).
3.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504 s.; 127 I 54 consid. 2b p. 56; 124 I 48 consid. 3a p. 51 et les arrêts cités). Selon la jurisprudence, le juge n'a pas, en revanche, à soumettre à la discussion des parties les principes juridiques sur lesquels il va fonder son jugement (ATF 126 I 97 consid. 2b p. 102, 19 consid. 2c p. 22). En vertu de la règle jura novit curia, il n'est en principe pas lié par les moyens de droit développés par les parties. Le juge peut ainsi appliquer d'office, sans avoir à attirer préalablement l'attention des parties sur l'existence de tel ou tel problème de droit, une autre disposition de droit matériel pour allouer les conclusions du demandeur (arrêt 4P.277/1998 du 22 février 1999, publié in RSDIE 2000 p. 575, consid. 3d; arrêt 4P.7/1998 du 17 juillet 1998 consid. 2a/bb). Le juge n'a pas non plus à aviser spécialement une partie du caractère décisif d'un élément de fait sur lequel il s'apprête à fonder sa décision, pour autant que celui-ci ait été allégué et prouvé selon les règles (ATF 126 I 97 consid. 2b p. 102; 19 consid. 2c p. 22; 108 Ia 293 consid. 4c p. 294). La jurisprudence aménage toutefois une exception au principe jura novit curia lorsque le juge s'apprête à fonder sa décision sur une norme ou un principe juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence in casu (arrêt 4P.260/2000 du 2 mars 2001 consid. 6a et les arrêts cités).
3.2. La cour cantonale a considéré qu'il n'était pas nécessaire d'attirer préalablement l'attention des parties sur la question de la consorité et de recueillir leurs points de vue avant de rendre son arrêt. En effet, celles-ci étaient toutes deux représentées par un avocat et la problématique de la consorité nécessaire des héritiers est bien connue; l'appelante y a du reste fait expressément allusion dans son mémoire d'appel.
3.3. C'est en vain que la recourante affirme le contraire, en prétendant que la question litigieuse n'a pas été discutée dans les écritures des parties au cours de la procédure d'appel. La recourante a, en effet, mentionné dans son acte d'appel que son action était dirigée contre l'intimée seulement, "dès lors que la seule autre personne [c'est-à-dire la soeur de l'intimée] dont les droits sont susceptibles d'être touchés par la présente cause a renoncé à contester l'interprétation du testament donnée par Me J._", exécuteur testamentaire institué par la recourante. En outre, elle alléguait dans sa demande que, "avec la demanderesse, Madame C._ considère que la volonté de Mademoiselle B._ était d'instituer héritière l'Association X._, et de ne donner que les parcelles en zone agricole et le bâtiment d'habitation sis sur la parcelle No 177 à ses deux soeurs" et que, "ainsi confortée dans son interprétation du testament, l'association X._ intente la présente action à Madame A._ afin de faire constater sa qualité d'héritière unique de feu Mademoiselle B._, et d'être inscrite en conséquence comme unique propriétaire des parcelles non agricoles que comporte la succession". Dans ces conditions, la recourante ne saurait faire grief à la cour cantonale de s'être saisie d'office de la question de la légitimation passive, dont la pertinence lui était manifestement apparue et dont on doit admettre, avec les juges précédents, qu'elle est bien connue en matière de successions. Partant, la cour cantonale n'a pas violé le droit d'être entendu de l'intéressée.
4.
4.1. Sur la question de la consorité, la cour cantonale a exposé que, selon la doctrine, lorsque les héritiers légaux refusent de remettre la succession à l'héritier institué qui a seul droit à celle-ci, ce dernier peut en demander la restitution par l'action en pétition d'hérédité, qui est dirigée contre tout possesseur d'un bien de la succession, sans être héritier; en outre, l'action en constatation de la qualité d'héritier est dirigée par celui qui se prétend héritier contre tous les autres héritiers qui forment une consorité nécessaire. En l'espèce, s'il était constaté que l'Association était l'héritière unique de la défunte, elle serait de plein droit propriétaire des biens dépendant de la succession et ainsi légitimée à se faire inscrire au registre foncier comme seule propriétaire des parcelles litigieuses. Cette solution consacrerait l'exclusion de la qualité d'héritière des deux soeurs de la défunte. Il s'ensuit que la situation juridique de l'intimée et de sa soeur est directement touchée par l'issue de la présente procédure. Selon les juges précédents, à l'instar de ce qui prévaut en matière d'action en constatation de la nullité des dispositions pour cause de mort où l'action doit être dirigée contre toutes les personnes qui bénéficieraient de la disposition inefficace, l'action de l'Association doit être ouverte contre les personnes qui bénéficieraient de l'absence de qualité d'héritière instituée de celle-ci, à savoir les héritières légales de la défunte. Il résulte de la qualité d'héritières légales des deux soeurs qu'elles possèdent collectivement les parcelles litigieuses à titre provisoire. Par ailleurs, l'action de l'Association tendant à la constatation de sa qualité d'héritière instituée unique, elle devait assigner toutes les héritières légales, dès lors que celles-ci succèderaient à titre universel et formeraient la communauté héréditaire, pour le cas où elle ne serait pas reconnue héritière unique de la défunte. Pour le surplus, il ne ressort pas de la procédure que la soeur de l'intimée ait déclaré à l'avance se soumettre au jugement et reconnaître qu'il lui soit opposable. Il s'ensuit que l'Association devait également assigner la soeur de l'intimée conjointement avec celle-ci, ces deux formant une consorité nécessaire. Lorsque des litisconsorts nécessaires ne sont pas tous attraits dans la procédure, il y a défaut de légitimation passive, qui entraîne le rejet de l'action.
4.2. La recourante admet que son action constitue pour partie une action en constatation de la qualité d'héritier institué, mais conteste que l'on soit en présence, au surplus, d'une action en pétition d'hérédité; celle-ci est, en effet, dirigée contre le possesseur de biens successoraux qui n'est pas héritier, alors que l'intimée était héritière légale lorsqu'elle a ouvert action contre elle. Selon la recourante, il ne s'agirait pas en l'espèce d'une cause opposant un membre de l'hoirie aux autres, puisqu'elle se considère comme seule héritière de la défunte, ni d'une affaire portant sur un droit appartenant à la succession, mais d'une action tendant à déterminer qui est titulaire de droits successoraux. Partant, la recourante serait fondée à ouvrir action contre la seule des héritières légales qui conteste sa qualité d'héritière instituée, à savoir l'intimée; la soeur de celle-ci ayant indiqué qu'elle se désintéressait du sort de ce litige et s'en remettait à un accord des intéressées ou à une décision de justice, il était légitime qu'elle la laisse hors de cause, étant précisé que le jugement à intervenir ne serait pas opposable à la soeur de l'intimée, laquelle conserverait la possibilité de contester ultérieurement l'inscription au registre foncier de la recourante comme propriétaire des parcelles litigieuses.
4.3.
Il convient de qualifier l'action de la recourante afin de déterminer qui a la légitimation passive.
4.3.1. Selon la jurisprudence, l'objet du litige est déterminé par les conclusions de la demande et par les faits invoqués à l'appui de celle-ci, à savoir par le complexe de faits sur lequel les conclusions se fondent (ATF 116 II 738 consid. 2 p. 743; 105 II 268 consid. 2 p. 270; 97 II 390 consid. 4 p. 396). En l'espèce, la demanderesse a conclu à la constatation de sa qualité d'héritière instituée unique de la défunte - le testament n'attribuant, selon elle, aux soeurs de celle-ci que les parcelles sises en zone agricole ainsi que le bâtiment sis sur la parcelle n° 177 - et requis son inscription au registre foncier en qualité de propriétaire des parcelles nos 41, 58, 174, 177 et 178, à savoir celles sises en zone protégée. Elle invoque la teneur du testament, soutenant que, puisqu'elle se voit attribuer le reste des biens de la défunte, elle serait héritière instituée, alors que les soeurs ne seraient que légataires. Pour sa part, la défenderesse conteste que la demanderesse soit héritière instituée aux termes du testament et invoque que sa soeur et elle-même sont les héritières instituées de la défunte, la demanderesse n'étant que légataire; à titre subsidiaire, pour le cas où la demanderesse serait reconnue héritière, elle conclut à sa qualité de co-légataire avec sa soeur des parcelles nos 5, 41, 58, 123, 174, 177 et 178 de la commune de Y._.
Dans ces circonstances, sur la base des conclusions de la demanderesse, l'action doit être qualifiée d'action en constatation de droit assortie d'une action en pétition d'hérédité. Tout d'abord, son action tend à la constatation de sa qualité d'héritière unique aux termes mêmes du testament, tel qu'il est rédigé et doit être, selon elle, compris et interprété. Ainsi, elle n'a pas pour objet l'annulation d'une disposition pour cause de mort au sens de l'art. 519 CC, laquelle n'a pas à être introduite contre tous les héritiers en qualité de consorts nécessaires, ni à l'inefficacité d'une telle disposition. Ensuite, l'action tend à ce que, pour une partie des biens, à savoir les parcelles non agricoles, elle soit inscrite comme propriétaire au registre foncier.
4.3.2. L'action en constatation de droit est recevable, puisque la constatation de la qualité d'héritière unique a une portée propre (ATF 131 III 319 consid. 3.5 p. 324 s.; 123 III 414 consid. 7b p. 429; 120 II 20 consid. 3a p. 22; 110 II 352 consid. 2 p. 357). En effet, au-delà de l'inscription au registre foncier en tant que propriétaire des immeubles, la recourante a un intérêt à ce que soit constatée sa qualité d'héritière en relation avec le solde des biens meubles, dont elle ne demande pas la mise en possession dans le cadre de la présente procédure.
Quant à l'inscription en qualité de propriétaire des immeubles en cause, c'est à tort que la recourante soutient qu'il ne s'agit pas d'une action en pétition d'hérédité. En effet, dans la mesure où elle se prétend seule héritière instituée, son action n'est pas ouverte contre un ou des co-héritiers comme elle le prétend; elle n'agit pas non plus en partage, mais elle veut obtenir que soit jugée une prétention qui exclut l'intimée et sa soeur de la succession (ATF 91 II 264 consid. 2 p. 268). Or, les héritiers légaux étant possesseurs provisoires des biens de la succession (Steinauer, Le droit des successions, Berne 2006, n° 885, p. 434), la recourante doit nécessairement agir contre eux pour obtenir son inscription au registre foncier comme propriétaire.
4.4. Il y a donc lieu d'examiner si la recourante a valablement ouvert son action en constatation de droit et en pétition d'hérédité en la dirigeant contre l'intimée seule ou si elle devait agir contre les deux soeurs de la défunte, en qualité de consorts nécessaires.
4.4.1. Il y a consorité matérielle nécessaire en vertu du droit fédéral lorsque plusieurs personnes sont ensemble le titulaire (consorité active) ou le sujet passif (consorité passive) d'un seul droit, de sorte que chaque cotitulaire ne peut pas l'exercer seul ou être actionné seul en justice (ATF 118 II 168 consid. 2b p. 169/170). Il y a également consorité matérielle nécessaire lorsque l'action est formatrice et tend à la suppression d'un rapport de droit qui touche plusieurs personnes; ainsi, l'action en partage contre un héritier doit être en principe ouverte par tous les autres héritiers, comme consorts nécessaires (ATF 86 II 451 consid. 3 p. 455; 100 II 440 consid. 1 p. 441). Fait exception l'action (formatrice) en nullité du testament des art. 519 ss CC; la jurisprudence admet que le jugement rendu dans une telle procédure n'a d'effets qu'entre les parties au procès, car elle ne met en jeu aucun intérêt public pouvant exiger que le jugement qui la déclare fondée produise ses effets envers chacun. Il est, en effet, loisible aux intéressés de décider si et, le cas échéant, dans quelle mesure, ils entendent admettre la validité d'une disposition de dernière volonté (ATF 81 II 33 consid. 3 p. 36 et les autres arrêts cités).
Les consorts matériels nécessaires doivent donc agir ensemble ou être mis en cause ensemble. Toutefois, selon la jurisprudence, si un membre de la communauté déclare autoriser les autres à agir ou déclare formellement se soumettre par avance à l'issue du procès, ou encore reconnaît d'emblée formellement la demande, sa participation au procès n'est pas nécessaire (ATF 116 Ib 447 consid. 2a p. 449; 86 II 451 consid. 3 p. 455).
4.4.2. En l'espèce, la recourante a allégué que, puisque la soeur de l'intimée n'avait pas contesté son interprétation du testament, elle ne dirigeait son action que contre l'intimée. Or, la disposition testamentaire par laquelle la défunte a attribué à ses deux soeurs la maison de famille et les terrains agricoles - dont l'interprétation est litigieuse - est indivisible entre elles. Elles sont co-titulaires (propriété commune) des droits de propriété sur ces biens; la clause ne peut pas valoir pour l'une et pas pour l'autre. La recourante ne le conteste d'ailleurs pas; elle prétend seulement qu'elle n'avait pas à ouvrir action contre la soeur de l'intimée car celle-ci n'aurait pas contesté son interprétation du testament. Ce n'est toutefois que si le co-titulaire du droit déclare formellement se soumettre par avance à l'issue du procès ou reconnaît d'emblée la demande que sa participation au procès n'est pas nécessaire. Or, ces conditions ne sont pas remplies dans le cas d'espèce, comme l'a constaté la cour cantonale. La recourante ne démontre pas l'arbitraire de cette constatation; elle se borne à affirmer que la soeur de l'intimée "se désintéressait du sort de ce litige et s'en remettait à un accord des intéressés ou à une décision de justice", mais ne prétend pas avoir prouvé ceci devant les instances cantonales. Quant à l'argument tiré du fait que l'intimée n'aurait pas contesté que sa soeur était d'accord avec l'interprétation du testament, il est sans pertinence. En effet, l'admission de ce fait ne saurait pallier à l'absence de déclaration formelle de la soeur de l'intimée.
4.4.3. Enfin, la pièce nouvelle produite par la recourante, à savoir une déclaration légalisée de la soeur de l'intimée, datée du 7 novembre 2009, aux termes de laquelle celle-ci déclare se soumettre par avance au jugement définitif qui sera rendu dans l'affaire opposant les parties au sujet de l'interprétation du testament de la défunte, est irrecevable.
Selon l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut, en effet, être présenté devant le Tribunal fédéral, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Sont visés par cette exception les faits qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée. C'est ainsi que les critiques relatives à la régularité de la procédure devant l'instance précédente (par exemple une violation du droit d'être entendu lors de mesures probatoires) doivent pouvoir être soutenues par des faits qui n'ont pas été invoqués devant cette instance. De même, lorsque la décision de l'instance précédente a été fondée sur un nouvel argument juridique auquel les parties n'avaient pas été confrontées précédemment, les recourants peuvent avancer devant le Tribunal fédéral les faits nouveaux qui démontrent que l'argumentation de l'instance précédente est contraire au droit. S'y ajoutent encore les faits qui ne pouvaient pas être invoqués devant l'autorité précédente, à savoir, par exemple, le respect du délai pour recourir au Tribunal fédéral (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, in FF 2001 p. 4000 ss, p. 4137).
En revanche, ne peuvent être allégués devant le Tribunal fédéral les faits que le recourant a négligé de présenter devant les autorités cantonales et qui, par conséquent, n'ont pas pu être examinés par les instances inférieures. Le recourant ne peut ainsi démontrer, par de nouvelles allégations de faits qu'il aurait pu invoquer auparavant, que les faits retenus par l'autorité inférieure sont manifestement erronés ou procèdent d'une appréciation arbitraire des preuves (arrêt 4A_36/2008 du 18 février 2008 consid. 4.1 et les références citées). Il en va ainsi, en l'espèce, de la nouvelle pièce produite par la recourante, laquelle ne peut réparer de cette façon la négligence qu'elle a commise en omettant d'alléguer et de prouver la déclaration de la soeur de l'intimée, consort nécessaire, de se soumettre au jugement à intervenir.
5.
Vu ce qui précède, le recours est rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 10 mars 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Aguet