Fatti:
A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito.
B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti cartacei e informatici, posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi DTF 132 IV 63). L'8 giugno 2006, considerata la voluminosa documentazione sequestrata e le divergenze sull'utilità o no della documentazione, il giudice delegato ha comunicato alle parti, le quali hanno aderito alla proposta, che la Corte avrebbe statuito autonomamente su tutti gli incarti sequestrati, rinunciando alla procedura in contraddittorio.
C. Con decisione del 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso concernenti la contabilità dello studio legale. Mediante sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale, ritenuta sbrigativa e superficiale detta tesi, ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale.
D. Il 16 ottobre 2007 la I CRP, comunicata alle parti la sua volontà di procedere a tappe, ha restituito agli indagati una ventina di incarti ritenuti inutili per l'inchiesta. Con giudizio del 12 novembre 2007 essa ha statuito sugli incarti bancari restanti. Ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e l'anonimizzazione dei relativi documenti avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, essa ha versato agli atti solo determinati atti bancari, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere, vietando all'AFC di utilizzarli o di trasmetterli a terzi per altre procedure senza il consenso della Corte. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata.
E. La I CRP, con decisione del 19 novembre 2007, si è pronunciata sui documenti restanti relativi agli anni 2001 e seguenti. Rilevato che si tratta di migliaia di atti, in gran parte contenenti nomi di terzi, e richiamati i motivi addotti nella sentenza del 12 novembre 2007, ha ribadito che la cernita e l'anonimizzazione dei nomi rappresenterebbe un lavoro totalmente sproporzionato, per cui ne ha ordinato la restituzione agli opponenti, stabilendo quanto segue:
"1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S10 (parziale), S11 (parziale), S12 (parziale), S21 (parziale), S25 (parziale), S27 (parziale), S29 (parziale), S94 (parziale), S95 (parziale), S399 (parziale), S408 (parziale), S410 (parziale), S411 (parziale), S414 (parziale), S417 (parziale), S419 (parziale), S421 (parziale).
2. I seguenti incarti devono essere versati agli atti ai sensi dei considerandi: S10 (parziale), S11 (parziale), S12 (parziale), S21 (parziale), S25 (parziale), S27 (parziale), S29 (parziale), S94 (parziale), S95 (parziale), S399 (parziale), S408 (parziale), S410 (parziale), S411 (parziale), S414 (parziale), S417 (parziale), S419 (parziale), S421 (parziale).
3. (spese)".
F. Avverso questo giudizio l'AFC presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i susseguenti ricorsi che saranno inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e, in sostanza, di versare agli atti del procedimento penale in forma integrale e non anonimizzata i libri base (cassa, posta, banca, debitori e creditori) per verificare la completezza e la correttezza delle registrazioni contabili, il libro mastro delle relative registrazioni, le liste delle corrispondenti registrazioni di ogni singolo conto e le pezze giustificative, con il divieto di utilizzare le informazioni riguardanti terzi in altri procedimenti, salvo autorizzazione della I CRP; postula inoltre di versare agli atti tutte le fatture concernenti l'attività tipica e atipica dei legali in forma integrale; in via subordinata, chiede di versarli in maniera anonimizzata.
La I CRP chiede la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. I coniugi A._ postulano, proceduralmente, di stralciare dall'incarto gli allegati n. da 2 a 19 prodotti dalla ricorrente, in via principale, di dichiarare inammissibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo.
Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.
Diritto:
1. 1.1 Come già stabilito dal Tribunale federale (sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 consid. 1.2), la domanda ricorsuale di congiungere le differenti cause dev'essere respinta, a maggior ragione visto che le motivazioni dei vari ricorsi sono differenti.
1.2 L'ammissibilità del gravame è pacifica. La legittimazione della ricorrente è stata ammessa nella citata sentenza del 30 settembre 2008 (consid. 1.4).
2. 2.1 La ricorrente, richiamando l'art. 125 cpv. 2 LIFD, secondo cui le persone fisiche con reddito da attività lucrativa indipendente devono allegare alla dichiarazione i conti annuali firmati (bilanci e conti profitti e perdite), precisa di possederli. Essa insiste nondimeno sulla necessità di poter accedere ai libri contabili dello studio legale dai quali sono state estratte le cifre riportate sul conto d'esercizio e sul bilancio, allo scopo di procedere alle necessarie verifiche (art. 130 LIFD), ricordato che in ambito penale non sono ammesse le regole valide per la tassazione d'ufficio. Essa espone poi quattro esempi che dimostrerebbero l'impossibilità di proseguire nell'inchiesta fondandosi soltanto sulla documentazione messa a disposizione dalla I CRP. Sottolinea che il segreto professionale sarebbe venuto meno, per cui occorrerebbe poter disporre anche delle fatture relative alle prestazioni tipiche dell'attività d'avvocato. Critica infine l'assunto secondo cui l'anonimizzazione degli atti costituirebbe un lavoro sproporzionato, potendo procedere al loro annerimento automatico.
2.2 Nella risposta, i legali ripropongono l'argomentazione secondo cui la domanda principale del ricorso, segnatamente di versare agli atti tutti i documenti bancari in forma integrale e non anonimizzata, sarebbe inammissibile, siccome costitutiva di "res iudicata". Pure la domanda ricorsuale formulata in via subordinata sarebbe inammissibile, poiché la ricorrente sarebbe d'accordo per la prima volta con il principio dell'anonimizzazione. Contestano quindi la possibilità di esaminare l'apprezzamento compiuto dalla I CRP circa l'utilità o no di un documento per l'inchiesta. Nel merito, essi criticano l'asserita mancata separazione diligente dell'attività tipica dell'avvocato da quella commerciale e contestano il fatto che non potrebbero prevalersi del segreto professionale, rilevando infine che l'istanza precedente avrebbe proceduto a una cernita "quantomeno sommaria". Queste critiche, come pure le osservazioni della I CRP, sono già state respinte nelle sentenze del 30 settembre 2008. D'altra parte, come si vedrà, di massima, allo stadio attuale gli opponenti non possono più prevalersi del segreto professionale, per cui anche le loro ulteriori critiche, secondo cui l'apprezzamento operato dalla I CRP costituirebbe un accertamento fattuale insindacabile, non sono decisive (cause 1B_288/2007 e 1B_286/2007).
2.3 Come visto, la I CRP si è limitata in sostanza a ribadire che la cernita e l'eventuale anonimizzazione dei documenti comporterebbero un lavoro "totalmente sproporzionato".
Nel giudizio impugnato, la I CRP ha ripreso l'argomentazione esposta nella sua precedente decisione del 12 novembre 2007, secondo cui l'esame dell'effettiva esistenza di un segreto professionale e l'anonimizzazione dei relativi documenti costituirebbero misure troppo dispendiose e sproporzionate. Questa pronunzia è stata annullata dal Tribunale federale con la citata sentenza 1B_288/2007: è stato ribadito, come già esposto nella sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007, che detta tesi sbrigativa e superficiale non era condivisibile.
È stato rilevato che l'argomentazione della I CRP, secondo cui in caso di dubbio si sarebbe in presenza di documenti coperti dal segreto professionale, ma che, considerato il dispendio di tempo richiesto, la loro anonimizzazione non potrebbe essere pretesa, contraddiceva manifestamente quanto espresso dal Tribunale federale. In effetti, anche nell'ambito del procedimento in esame, l'unione nella medesima persona delle funzioni di amministratore e di avvocato non permette più di distinguere chiaramente quanto rientra in ciascun tipo di attività, per cui il richiamo alla tutela del segreto professionale dell'avvocato è di massima escluso. Visto il coinvolgimento dei legali nell'inchiesta e il fatto che gran parte dei documenti concernono attività estranee a quella tipica dell'avvocato e che tale distinzione non può essere operata in maniera chiara, nella fattispecie l'interesse pubblico a perseguire le gravi sospettate infrazioni prevale sulla tutela del segreto professionale, per di più invocato in modo generico ed essendo peraltro manifesto che A.A._ in nessun caso poteva invocarlo. Un'eventuale anonimizzazione potrebbe quindi limitarsi a determinati documenti: rientra comunque nel potere di apprezzamento della I CRP esprimersi al riguardo (1B_288/2007 consid. 3 e 4).
3. 3.1 Come visto, la I CRP si è limitata in sostanza a ritenere che la cernita e l'eventuale anonimizzazione dei documenti comporterebbero un lavoro "totalmente sproporzionato". Riguardo ai singoli incarti, la I CRP ha stabilito quanto segue:
S10/S11/S12: essi contengono bilanci e conti economici relativi agli anni 2001 e 2002, nei quali figurano nomi di clienti, la cui anonimizzazione rappresenterebbe, secondo la I CRP, un lavoro considerevole e sproporzionato. Ha aggiunto che da verifiche da essa effettuate risulterebbe che dette liste concordano con le diverse voci del conto economico, per cui tali atti non sarebbero interessanti per l'inchiesta: ne ha quindi deciso la restituzione agli opponenti. Poiché i bilanci e i conti economici non contengono nomi di clienti, essa li ha per contro versati agli atti dell'inchiesta.
La tesi, sbrigativa, fondata su un criterio meramente quantitativo e sul fatto che si sarebbe in presenza di documenti soggetti al segreto professionale, senza tuttavia effettivamente procedere al relativo esame, non può essere avallata, a maggior ragione visto che, di massima, non si è più in presenza di un segreto professionale tutelabile. Spetterà inoltre all'AFC esaminare tutti i documenti per verificare se, effettivamente, i conti dello studio legale sono completi riguardo ai redditi conseguiti e a quelli dichiarati.
S21 (parziale): esso contiene estratti e avvisi di addebito e di accredito relativi a un conto postale per gli anni 2002 e 2003. La I CRP, rilevato che gli avvisi e gli estratti intermediari contengono nomi di terzi, la cui anonimizzazione costituirebbe un lavoro sproporzionato, ne ha ordinato la restituzione agli opponenti. Essa ha per contro versato agli atti gli estratti al 31 dicembre 2002 e il documento di chiusura.
Come si è visto, questa generica argomentazione, per i motivi suesposti, non regge. I documenti devono pertanto, di massima, essere versati agli atti, in forma non anonimizzata, ritenuto inoltre che solo sulla base degli estratti intermediari, dove sono indicate semmai le causali delle singole transazioni, la ricorrente potrà ricostruire compiutamente i flussi di denaro confluiti nella sostanza e nei redditi imponibili degli opponenti.
S25: esso contiene copie di note d'onorario incassate nel 2002. Si tratta di poche fatture concernenti attività non coperte dal segreto professionale. La I CRP, rilevato che alcune fatture a prima vista concernerebbero attività tipiche dell'avvocato, le ha sostituite con copie anonimizzate, versando quindi l'incarto agli atti.
L'utilità delle note d'onorario per l'inchiesta è palese, per cui anche quelle riferibili all'attività tipica d'avvocato, nella fattispecie di massima non più tutelata dal segreto professionale, devono essere versate agli atti, di principio in forma integrale.
S27: esso contiene estratti conti e avvisi di addebito e di accredito concernenti un conto postale per l'anno 2002, la cui anonimizzazione costituirebbe, secondo la I CRP, un lavoro sproporzionato. Ha quindi deciso di versare agli atti soltanto gli estratti al 31 dicembre 2002 e di restituire agli opponenti gli avvisi intermediari.
Per i motivi appena citati, anche questi documenti devono essere versati agli atti, di massima in forma non anonimizzata.
S29: esso contiene diversi bilanci e conti economici del 2002. Poiché l'anonimizzazione dei nomi di clienti rappresenterebbe un lavoro considerevole e sproporzionato e poiché da verifiche effettuate dalla I CRP risulterebbe che le liste delle operazioni concorderebbero con le diverse voci del conto economico, la stessa non le ha ritenute interessanti per l'inchiesta e non le ha versate agli atti. Sono stati per contro versati agli atti i bilanci e i conti economici, che non contengono nomi di clienti. Le conclusioni suesposte si applicano pure a questa fattispecie.
S94: l'incarto contiene due copie di note d'onorario inerenti apparentemente all'attività tipica dell'avvocato e liste di fatture da incassare al 10, al 30 settembre e all'8 ottobre 2002. Queste liste, secondo la I CRP, non parrebbero utili per l'inchiesta, per cui l'incarto può essere restituito agli opponenti, eccezion fatta per un documento di due pagine, nel quale non figurano nomi di clienti, che potrebbe essere interessante per l'inchiesta.
Ribadita l'ovvia utilità delle note di onorario e delle fatture per l'inchiesta, anche questi atti devono essere versati agli atti nella forma appena descritta.
S95: esso contiene copie di note d'onorario allestite tra il 2001 e il 2004. Quelle relative a prestazioni effettuate nel 2003 e 2004 non concernerebbero il periodo fiscale oggetto dell'inchiesta, per cui la I CRP ha deciso di restituirle agli opponenti. Ritenuto che l'anonimizzazione di quelle presumibilmente inerenti a prestazioni tipiche dell'avvocato rappresenterebbe un lavoro sproporzionato, l'istanza precedente ha deciso di versare agli atti solo le fatture relative a prestazioni manifestamente atipiche, segnatamente in rapporto alla gestione di società.
La ricorrente rileva che non si tratterrebbe di note d'onorario emesse nel 2003 e 2004, ma di prestazioni rientranti nell'oggetto dell'inchiesta. Sia come sia, il semplice criterio del lavoro considerevole non regge e la tutela del segreto professionale è venuta meno per cui, anche le fatture inerenti a prestazioni tipiche dell'avvocato, determinanti per l'inchiesta, devono essere versate agli atti nel descritto modo.
S399: esso contiene centinaia di copie di note d'onorario relative a prestazioni effettuate prima del 31 dicembre 1998, ma incassate posteriormente. Poiché la loro anonimizzazione rappresenterebbe un lavoro totalmente sproporzionato, la I CRP ha deciso di versare agli atti soltanto una tabella riassuntiva degli incassi, i cui dati coinciderebbero con la somma corretta delle differenti rubriche.
Ritenuto che la tabella riassuntiva non permette chiaramente di verificare con cognizione di causa i redditi effettivi degli opponenti, pure tali atti devono essere versati agli atti, di massima in forma non anonimizzata.
S408: esso contiene il libro di cassa e svariate decine di pezze giustificative di esborsi contabilizzati durante il 2001. Secondo la I CRP, l'anonimizzazione dei molti nomi contenuti nel libro di cassa, tenuto conto dell'esiguo interesse che potrebbe avere per l'inchiesta, sarebbe sproporzionata, per cui dev'essere restituito agli opponenti, precisato che gli incassi sono costituiti quasi esclusivamente da prelievi da un determinato conto bancario. Essa ha poi rilevato che le pezze giustificative menzionano alcuni documenti indicanti nomi di clienti potenziali: visto ch'esse concernono importi modesti non sarebbero comunque utili per l'inchiesta. Queste sono quindi state tolte dall'incarto che, per il resto, è stato versato agli atti, poiché alcune fatture, con importi rilevanti, riguardano spese che parrebbero corrispondere a deduzioni fiscalmente ammissibili (viaggio in elicottero, fornitura di vini, pasti, ecc.).
Ricordato che il mero criterio quantitativo non è determinante, ritenuta la decadenza di massima del segreto professionale e considerato che l'interesse di tali atti per l'inchiesta non è del tutto escluso e che spetta alla ricorrente esprimersi sull'ammissibilità o meno delle citate deduzioni, anche tali documenti devono essere versati agli atti.
S410/411: gli incarti contengono centinaia di fotocopie di note d'onorario incassate nel 2001. La loro anonimizzazione, secondo la I CRP; rappresenterebbe un lavoro sproporzionato, per cui essa ha deciso di versare agli atti soltanto le prestazioni chiaramente atipiche.
Per i motivi già citati, pure questi documenti, utili all'inchiesta, devono essere versati agli atti.
S414 (parziale) e S417: i due incarti contengono estratti di avvisi di addebito e di accredito concernenti due conti postali relativi al 2001 e l'estratto di un conto deposito. La loro anonimizzazione costituirebbe un lavoro sproporzionato, per cui la I CRP ha deciso di versare agli atti soltanto gli estratti al 31 dicembre 2001.
Le medesime conclusioni valgono anche per questi incarti.
S419: l'incarto contiene bilanci e conti economici del 2001. Secondo la I CRP, l'anonimizzazione delle diverse voci contabili, contenenti nomi di clienti, rappresenterebbe un lavoro considerevole e sproporzionato. D'altra parte, da non meglio precisate verifiche, risulterebbe che dette liste corrisponderebbero alle diverse voci del conto economico, per cui non si potrebbero ritenere interessanti per l'inchiesta e andrebbero restituite agli opponenti. Per contro, i bilanci e i conti economici, che non contengono nomi di clienti, possono essere versati agli atti.
Come si è visto, decisiva non è la questione di sapere se gli atti litigiosi contengano o no nomi che eventualmente devono essere anonimizzati se del caso con un lavoro considerevole. Anche questi documenti, per nulla inutili per l'inchiesta, devono pertanto essere versati agli atti.
S421: sotto "note portate a perdita" figurano due fatture per un totale di fr. 1'472.35 concernenti prestazioni tipiche dell'avvocato. La I CRP, ritenendo la loro esigua importanza ai fini dell'inchiesta, ne ha deciso la restituzione agli opponenti. Riguardo alla rubrica "note incassate 2002", composta di centinaia di copie di note d'onorario, essa ha ritenuto che l'anonimizzazione comporterebbe un lavoro sproporzionato, per cui ha estratto e versato agli atti soltanto le fatture atipiche, restituendo per il resto l'incarto agli opponenti.
Per i motivi sopraesposti, e ritenuta la manifesta utilità di questi atti per l'inchiesta, questi devono essere versati agli atti, di massima in forma non anonimizzata.
3.2 Nel giudizio impugnato la I CRP, verosimilmente per una svista, ha omesso di indicare espressamente nel dispositivo, contrariamente alle sue precedenti decisioni, il menzionato divieto imposto alla ricorrente di utilizzare, senza la sua autorizzazione, gli atti litigiosi per altri scopi. Ciò non è comunque decisivo, ritenuto che l'AFC sia nelle conclusioni sia nelle motivazioni del ricorso richiama espressamente questo divieto, per cui deve lasciarselo opporre.
4. 4.1 Ne segue, che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata nel senso dei considerandi.
4.2 Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
4.3 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la decisione emanata dalla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale il 19 novembre 2007 è annullata. La causa viene rinviata alla I Corte dei reclami penali per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico degli opponenti.
3. Comunicazione alla ricorrente, ai patrocinatori degli opponenti e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.