Faits:
A. A.a Dame A._, née en 1954 à Douar Ezzaoua (Maroc), et A._, né en 1947 à Trana (Italie), se sont mariés le 13 mai 1991 à Bussigny-près-Lausanne.
Aucun enfant n'est issu de cette union.
A._ est le père d'une enfant aujourd'hui majeure, B._, née d'une précédente union. Cette dernière a vécu avec les parties jusqu'à l'âge de dix-sept ans.
Les époux A._ sont séparés selon prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale du 7 octobre 2003.
A.b A._ a exploité un café-restaurant à C._ de 1982 à 1998, puis a repris dès 1998 un café-bar à D._. Dès 2006, il a cessé d'exploiter personnellement cet établissement et l'a sous-loué à un tiers pour un loyer mensuel global de 5'000 fr., comprenant la location de trois places de parc. S'acquittant pour sa part d'un loyer de 2'987 fr. 60, il retire en fin de compte un loyer mensuel de 2'012 fr. 40 de la sous-location de son établissement.
Désormais sans activité lucrative, A._ perçoit une rente mensuelle de l'assurance invalidité d'un montant de 2'413 fr.
Ses charges mensuelles ont été arrêtées à 2'693 fr.02.
A.c Dame A._ a participé à l'exploitation du café-restaurant de son époux jusqu'en 2004. Entre 1998 et 2004, sa collaboration à l'exploitation du café-restaurant correspondait à un travail à temps complet. A._ était en effet à cette époque dans l'incapacité d'assumer seul l'exploitation de son établissement. L'épouse se chargeait en outre de l'intégralité des tâches ménagères du foyer, à l'exception de la préparation des repas, qui étaient consommés au restaurant.
Dame A._ effectue actuellement des travaux de ménage et d'entretien, à raison de dix heures par mois, pour un salaire mensuel net de 233 fr. 71. Malgré de nombreuses démarches en vue de trouver un emploi, elle n'est à ce jour pas parvenue à se réinsérer professionnellement de manière significative. Elle perçoit toutefois un montant de 60 fr. par mois de l'aide sociale et une pension de 1'500 fr. par mois de la part de son ex-époux.
Les charges mensuelles de l'épouse ont été arrêtées à 1'985 fr.
B. Par jugement du 27 octobre 2010, le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne (ci-après le Tribunal d'arrondissement) a prononcé le divorce des époux A._ (chiffre I) et a notamment condamné le mari à verser à son épouse la somme de 80'000 fr. à titre d'indemnité équitable au sens de l'art. 165 al. 1 CC, payable en une fois dès jugement de divorce définitif et exécutoire (chiffre II), ainsi qu'une pension de 1'500 fr. par mois, jusqu'à ce que l'épouse ait atteint l'âge de la retraite (chiffre IV), dite contribution devant être indexée à l'indice suisse des prix à la consommation (chiffre V).
Statuant sur recours de A._ le 7 avril 2011, la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après la Chambre des recours ou l'autorité cantonale) a supprimé le chiffre II du jugement de première instance, libérant ainsi le recourant du paiement de l'indemnité due à son ex-épouse en vertu de l'art. 165 al. 1 CC. L'arrêt a été notifié aux parties en date du 18 août 2011.
C. Par acte du 16 septembre 2011, dame A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt de la Chambre des recours et à la confirmation du jugement du Tribunal d'arrondissement en ce qui concerne la condamnation de son ex-époux au paiement d'un montant de 80'000 fr. à titre d'indemnité équitable au sens de l'art. 165 al. 1 CC; subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'instance inférieure. A l'appui de ses conclusions, elle invoque la violation de l'art. 165 al. 1 CC.
La recourante sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
L'intimé n'a pas été invité à répondre.
Considérant en droit:
1. Seule demeure litigieuse la question de l'indemnité équitable due en vertu de l'art. 165 al. 1 CC. Il s'agit d'une contestation civile de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 72 al. 1, 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF). Interjeté en temps utile, par une partie ayant qualité pour recourir, contre une décision finale prise par une autorité cantonale supérieure de dernière instance statuant sur recours, le recours est également recevable au regard des art. 75, 76 al. 1, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. Le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2 p. 550).
3. L'autorité cantonale a retenu, en se fondant sur l'expertise rendue le 19 novembre 2008 par Me X._, notaire mandaté par l'autorité de première instance, que le commerce de A._ valait 85'484 fr., mais ne pouvait toutefois être réalisé puisque lui-même le sous-louait à un tiers. Elle a également retenu qu'il disposait d'un revenu mensuel de 4'425 fr. pour un minimum vital de 2'693 fr. 02, mais d'aucune fortune. Finalement, elle a estimé que la contribution de dame A._ à l'entreprise de son mari n'avait pas permis à ce dernier de constituer une fortune ou d'apporter une amélioration durable à sa situation économique, mais avait uniquement servi à soutenir la faible viabilité du commerce, unique source de revenus des époux, et à améliorer leur train de vie. Elle en a par conséquent déduit qu'il n'y avait pas lieu de reconnaître à l'épouse un droit à une indemnité équitable puisque son mari n'était, d'une part, pas en mesure de lui verser une telle indemnité au vu de sa situation financière et que, d'autre part, sa contribution ne présentait pas un caractère notablement supérieur à celui normal de l'entretien de la famille, condition pourtant nécessaire à l'octroi d'une telle indemnité.
4. 4.1 La recourante reproche premièrement à l'autorité cantonale d'avoir refusé de lui allouer une indemnité au sens de l'art. 165 al. 1 CC, au motif que sa contribution ne présentait pas un caractère extraordinaire, et ce malgré le fait qu'elle eût travaillé quotidiennement pendant plus de six ans dans l'établissement de son mari, sans être au bénéfice d'un contrat de travail et sans percevoir de salaire. La Chambre des recours aurait selon elle, également dû tenir compte de la nécessité du travail fourni par ses soins, son conjoint, fréquemment sous l'emprise de l'alcool, ayant été dans l'incapacité d'assumer cette charge. Enfin, le caractère notablement supérieur à celui de l'entretien normal de la famille devait également être reconnu à sa contribution en raison des inconvénients que lui avait causés sa collaboration dans l'établissement de son époux: au bénéfice d'une formation de vendeuse en pharmacie acquise au Maroc, elle soutient avoir dû renoncer à une carrière dans le domaine d'activité choisi, avoir été empêchée de se constituer une prévoyance professionnelle et ne jamais avoir pu retrouver un emploi après le temps passé à s'occuper de l'établissement de son époux.
4.2 Aux termes de l'art. 165 al. 1 CC, lorsqu'un époux a collaboré à la profession ou à l'entreprise de son conjoint dans une mesure notablement supérieure à ce qu'exige sa contribution à l'entretien de la famille, il a droit à une indemnité équitable.
4.2.1 Cette disposition s'insère dans le cadre des normes générales sur l'entretien de la famille, en vertu desquelles, du fait de leur devoir général d'assistance (art. 159 al. 3 CC), mari et femme contribuent chacun selon ses facultés à l'entretien convenable de la famille (art. 163 al. 1 CC). Selon leur accord, cette contribution peut consister dans l'aide qu'un époux prête à son conjoint dans sa profession ou son entreprise (art. 163 al. 2 CC). Exercée dans ce cadre, l'aide apportée au conjoint ne donne droit à aucune rémunération, sous réserve du droit éventuel à un montant libre à disposition au sens de l'art. 164 CC. En revanche, lorsqu'en l'absence de tout contrat de travail (art. 165 al. 3 CC), l'aide fournie par l'un des époux dans l'entreprise de son conjoint dépasse ce que le devoir général d'assistance permet normalement d'exiger de lui, l'équité commande que cette collaboration accrue fasse l'objet d'une compensation pécuniaire au sens de l'art. 165 al. 1 CC (ATF 120 II 280 consid. 6a p. 282 s.; arrêt 5C.199/2005 du 12 octobre 2005 consid. 2.1, publié in: FamPra.ch 2006 p. 125). Seule une collaboration notablement supérieure à ce qu'exige la contribution à l'entretien de la famille donne le droit à une indemnité. A défaut d'accord entre les époux sur la répartition des tâches, la mesure de leur coopération doit s'apprécier selon les circonstances objectives existantes au moment où celle-ci a été apportée, sans égard au fait que l'époux bénéficiaire était ou non conscient que l'aide de son conjoint dépassait les devoirs imposés par le droit matrimonial. Il importe de prendre en compte dans chaque cas la nature et l'ampleur de la collaboration professionnelle et de la mettre en rapport avec les autres prestations fournies comme contribution ordinaire aux charges du mariage (ATF 120 II 280 consid. 6a p. 282 s.; arrêt 5C.290/2006 du 9 mars 2007 consid. 2.1, publié in: FamPra.ch 2007 p. 633).
Les éléments à mettre en balance pour qualifier une contribution de "notablement supérieure à ce qu'exige la contribution à l'entretien de la famille" sont en particulier la durée, l'importance et la régularité du travail fourni, ainsi que les autres tâches accomplies par l'époux collaborant. Une collaboration doit notamment être considérée comme notablement supérieure lorsque la participation de l'époux collaborant équivaut quasiment aux services d'un employé salarié (ATF 120 II 280 consid. 6c; BERNHARD ISENRING/MARTIN A. KESSLER, in Basler Kommentar, 4e éd. 2010, n° 5 ad. art. 165 CC; PASCAL PICHONNAZ, in Commentaire romand, 2010, no 7 ad art. 165 CC; HENRI DESCHENAUX/PAUL-HENRI STEINAUER/MARGARETA BADDELEY, Les effets du mariage, 2e éd. 2009, p. 258 n° 480). Il faut en particulier tenir compte de la nécessité que représente son travail pour la rentabilité de l'entreprise. En effet, même si l'aide fournie par l'époux collaborant s'est imposée au début du mariage par souci de rentabilité ou de nécessité, ce qui est fréquent dans les petites entreprises, son activité ne doit pas pour autant être considérée comme gratuite (ATF 120 II 280 consid. 6c; PICHONNAZ, op. cit., no 9 ad art. 165 CC). En raison des inconvénients que l'époux collaborant a pu retirer de sa participation, une indemnité est en particulier pleinement justifiée lorsque l'époux collaborant ne participe pas au bénéfice de son travail dans le cadre de la liquidation du régime matrimonial, ce qui est principalement le cas lorsque les époux sont séparés de biens (ATF 120 II 280 consid. 6a; ISENRING/KESSLER, op. cit., n° 5 ad. art. 165 CC; PICHONNAZ, op. cit., nos 11-12 ad art. 165 CC). Quant à l'avantage que représente l'augmentation générale du niveau de vie engendrée par la collaboration, il ne s'agit pas d'un critère de nature à écarter le droit à l'indemnité, mais en revanche d'un élément dont il faut tenir compte dans la fixation du montant de celle-ci (infra consid. 5; ATF 120 II 280, consid. 6c; 113 II 414 consid. 2b/cc p. 418).
4.2.2 Le juge statue en équité en se fondant sur les particularités importantes de l'espèce (art. 4 CC). La nature et la mesure de la participation de l'un des conjoints à l'activité professionnelle de l'autre ressortit au domaine des faits; savoir si cette collaboration est notablement supérieure aux obligations découlant des devoirs généraux du mariage est en revanche une question de droit, que le Tribunal fédéral revoit librement. Il s'impose toutefois une certaine retenue, compte tenu du pouvoir d'appréciation laissé au juge cantonal en la matière (ATF 120 II 280 consid. 6a p. 282 s.; arrêt 5C.290/2006 du 9 mars 2007 consid. 2.1, publié in: FamPra.ch 2007 p. 633). Le Tribunal fédéral n'intervient que si la décision attaquée s'écarte des règles établies par la doctrine et la jurisprudence en matière de libre appréciation, si elle s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle ou, à l'inverse, si elle n'a pas tenu compte d'éléments qui auraient absolument dû être pris en considération. Il sanctionne en outre les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une inéquité choquante (ATF 135 III 121 consid. 2; 133 III 201 consid. 5.4 p. 211).
4.3 Il ressort en l'espèce des constatations de fait cantonales que, pendant la vie commune des parties et plus particulièrement entre 1998 et 2004, la recourante s'est investie à temps complet dans l'activité de café-restaurant de son époux, assurant quotidiennement le service de la clientèle, ainsi que le paiement des factures. L'intimé était en effet dans l'incapacité d'assumer seul l'exploitation de son établissement à cette époque. La recourante ne percevait aucun salaire pour son travail et aucun contrat de travail n'avait été établi entre elle et son époux. Au surplus, elle se chargeait également de l'intégralité des tâches ménagères, à l'exception de la préparation des repas qui étaient consommés au restaurant. La recourante n'est pas parvenue à se réinsérer professionnellement de manière significative depuis la séparation, malgré de nombreuses démarches en vue de trouver un emploi. Concernant les avantages qu'elle a retirés de sa participation, l'autorité cantonale a estimé qu'elle bénéficiait d'un train de vie correct, voire confortable, eu égard notamment aux voyages que les époux ont réalisés. Enfin, bien que la Chambre des recours ait retenu que la contribution de la recourante n'avait pas permis à l'intimé de se constituer une fortune ou d'apporter une amélioration durable à sa situation économique, elle a néanmoins estimé que sa contribution avait permis de maintenir la viabilité du commerce, unique source de revenus des époux et d'améliorer leur train de vie notamment en ce qui concerne les voyages que les époux ont réalisés.
Au vu des constatations de fait cantonales qui précèdent, il y a lieu d'admettre que le travail fourni par la recourante durant six ans dans l'établissement de son époux revêtait, quant à sa durée, son importance et sa régularité, le caractère de "notablement supérieur à ce qu'exige sa contribution à l'entretien de la famille", ce d'autant plus qu'il était nécessaire au maintien de la rentabilité de l'entreprise. L'augmentation générale du niveau de vie des époux, qui n'est pas en soi un critère de nature à écarter le droit à l'indemnité, mais davantage un élément dont il faut tenir compte dans la fixation du montant de l'indemnité (infra consid. 5), n'est pas de nature à compenser les répercussions négatives subies par la recourante, en particulier sur sa capacité à se réinsérer dans le monde du travail. Il s'ensuit que l'autorité cantonale a excédé le pouvoir d'appréciation dont elle disposait en omettant d'examiner si les critères susceptibles de justifier le droit de la recourante à une indemnité équitable étaient réalisés. En l'occurrence, le droit à une indemnité équitable au sens de l'art. 165 al. 1 CC est fondé dans son principe.
5. Il reste dès lors à examiner si un montant peut être concrètement mis à la charge de l'intimé.
5.1 La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir nié la capacité de l'intimé à lui verser une indemnité équitable au motif que le commerce de ce dernier ne pouvait être aisément réalisé, étant donné que lui-même le sous-louait à un tiers. Selon la recourante, le caractère difficilement réalisable du capital ne serait pas déterminant, le juge des affaires matrimoniales n'ayant pas à se substituer à la protection offerte au débiteur par la Loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite. Le plafond de l'indemnité équitable devrait par conséquent correspondre à la fortune de l'intimé, évaluée à hauteur de la valeur de son commerce estimée à 85'484 fr. par Me X._. La recourante soutient en outre qu'il faudrait prendre en compte les revenus qui ne pourront être retirés que plus tard de l'entreprise, étant donné que c'est grâce au travail qu'elle a fourni durant plusieurs années que l'établissement de son ex-époux est resté viable et que ce dernier peut par conséquent actuellement en retirer un loyer mensuel de plus de 2'000 fr.
5.2 Le juge arrête le montant de l'indemnité selon les règles de l'équité et l'ensemble des circonstances, en tenant compte en particulier des autres avantages dont bénéficie l'épouse du fait de l'activité en cause (ATF 113 II 414 consid. 2b/cc p. 418). Il est admis en doctrine qu'il faut essentiellement tenir compte de la situation financière du débiteur au moment de la fixation de l'indemnité (VERENA BRÄM, in Zürcher Kommentar, 3e éd. 1998, n° 55 ad art. 165 CC; PICHONNAZ, op. cit., no 25 ad art. 165 CC; DESCHENAUX/STEINAUER/BADDELEY, op. cit., p. 261 n° 488). L'octroi d'une indemnité sur la base de l'art. 165 al. 1 CC ne doit pas entraîner le surendettement de l'époux débiteur et sa capacité financière constitue par conséquent la limite supérieure du montant octroyé (BRÄM, op. cit., n° 59 ad art. 165 CC; HEINZ HAUSHEER, in Berner Kommentar, 2e éd. 1999, n° 27 ad art. 165 CC; ISENRING/KESSLER, op. cit., n° 12 ad. art. 165 CC; PICHONNAZ, op. cit., no 25 ad art. 165 CC; GABI HUBER, Ausserordentliche Beiträge eines Ehegatten (art. 165 ZGB), innerhalb der unterhaltsrechtlichen Bestimmungen, 1990, p. 248). En tant que norme d'équité, l'art. 165 al. 1 CC vise en effet avant tout à compenser l'inégalité créée par le fait que seul l'époux bénéficiaire tire profit des avantages financiers engendrés par l'investissement de l'époux collaborant (HUBER, op. cit., p. 250) et c'est précisément pour pallier de telles situations, qui peuvent être ressenties comme injustes, que le législateur a adopté cette règle (ATF 120 II 280 consid. 6c p. 285). La situation ne peut toutefois être qualifiée d'inéquitable lorsque l'époux n'a retiré aucune fortune de la collaboration de son conjoint.
5.3 Il ressort des constatations de fait cantonales que le disponible de l'intimé s'élève à 1'731 fr. 98 [4'425 fr.-2'693 fr. 02] par mois et lui permet tout juste de verser la contribution d'entretien de 1'500 fr. due à son ex-épouse, selon jugement du Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne du 27 octobre 2010. Une indemnité accordée sur la base de l'art. 165 al. 1 CC serait par conséquent de nature à endetter l'intimé. Dans la mesure où elle impliquerait la vente - au demeurant difficilement réalisable - de son fonds de commerce, elle le priverait au surplus de sa principale source de revenus et priverait, par la même occasion, la recourante de la contribution d'entretien qui lui revient. A supposer qu'il faille également tenir compte des revenus futurs de l'intimé, comme le soutient la recourante, force est de constater que l'intégralité de ces revenus sera utilisée pour couvrir les charges de l'intimé, ainsi que pour payer la contribution d'entretien due à son ex-épouse.
Il s'ensuit que, bien que l'octroi d'une indemnité équitable se justifie dans son principe (consid. 4 supra), il appartenait à la recourante de démontrer que contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, l'établissement de l'intimé était effectivement réalisable et que ce dernier était par conséquent en mesure de lui verser une telle indemnité sans pour autant s'endetter, ce qu'elle n'a pas fait. Le résultat auquel est parvenue l'autorité cantonale peut donc être confirmé par substitution de ces motifs.
6. Le recours se révèle par conséquent mal fondé et doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les conclusions de la recourante étant dépourvues de toutes chances de succès, sa requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF) et les frais judiciaires mis à sa charge (art. 66 al. 1 LTF). L'intimé n'ayant pas été invité à se déterminer, il n'y a pas lieu de lui allouer une indemnité de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La requête d'assistance judiciaire de la recourante est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 14 mars 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Hildbrand