Erwägungen:
1. X._ bestand im Herbst 2006 die Basisprüfung der ETH Zürich in der Studienrichtung A._. Im Frühjahr 2007 legte er den Prüfungsblock 1 der obligatorischen Fächer des übrigen Bachelor-Studiums ab. Sowohl in "A1._" als auch in "A2._", welche beide einfach gewichtet werden, erhielt er je die (genügende) Note 4,0. In "A3._", welche zweifach gewichtet wird, erhielt er mit 3,75 eine ungenügende Note, weshalb er insgesamt einen ungenügenden Notendurchschnitt von 3.88 erzielte.
In der Prüfungssession Herbst 2007 musste X._ den gesamten Prüfungsblock 1 wiederholen, wobei er diesmal in den Fächern "A1._" (2,75) und "A2._" (2,0) ungenügende Noten, in "A3._" hingegen die Note 5,25 erzielte; dies ergab einen ungenügenden Notendurchschnitt von 3,81. Gleichzeitig absolvierte er den Prüfungsblock 2, welchen er mit einem Notendurchschnitt von 4,04 bestand.
Mit Verfügung vom _ eröffnete die ETH Zürich X._ die vorerwähnten Noten und die hierbei erzielten ECTS (European Credit Transfer and Accumulations System)-Kreditpunkte pro Prüfungsblock (Prüfungsblock 1: Null Kreditpunkte; Prüfungsblock 2: 26 Kreditpunkte). Diese Verfügung focht X._ bei der ETH-Beschwerdekommission an; er beantragte, es sei zu anerkennen, dass er in den Fächern "A2._" und "A1._ " im Frühjahr 2007 sowie im Fach "A3._" im Herbst 2007 genügende Noten erreicht und damit die Anforderungen gemäss Bologna-Modell erfüllt habe, und entsprechend sei das gesamte bisherige Bachelor-Studium A._ als bestanden zu erklären. Weitere Anträge bezogen sich auf die Prüfungsbewertungen der Fächer des Prüfungsblocks 1 im Herbst 2007. Die ETH-Beschwerdekommission wies die Beschwerde am _ ab. Mit Urteil vom 19. Mai 2009 wies das Bundesverwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde im Wesentlichen ab; es hiess sie insofern teilweise gut, als dass sie die ETH Zürich verpflichtete, einen ergänzten Leistungsüberblick über alle absolvierten Prüfungen auszustellen, wobei die ECTS-Punkte im Zusammenhang mit dem Prüfungsblock 1 in der Soll-Spalte einzutragen seien.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. Juni 2009 beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass das ETH-Prüfungssystem nicht konform mit den Bologna-Richtlinien sei; weiter sei festzustellen, dass der Beschwerdeführer, unter korrekter Anwendung der Bologna-Richtlinien und in Anlehnung an die Umsetzung der Bologna-Richtlinien an der Schwesteruniversität ETH Lausanne, den Prüfungsblock 1 und somit das gesamte Bachelor-Studium bestanden hätte, und entsprechend sei das gesamte Bachelor-Studium des Beschwerdeführers für "bestanden" zu erklären.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 83 lit. t BGG ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig gegen Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung. Diese Ausschlussbestimmung zielt einerseits auf Prüfungsergebnisse im eigentlichen Sinn ab und ist zusätzlich anwendbar auf alle Entscheide, die auf einer Bewertung der intellektuellen oder physischen Fähigkeiten eines Kandidaten beruhen. So ist die Beschwerde auch ausgeschlossen, wenn es um die Bewertung von Berufserfahrung oder der Gleichwertigkeit von Diplomen geht, ebenso wenn darüber zu entscheiden war, ob einem Kandidaten trotz nicht vollständig erfüllter Bedingungen (im Sinne einer Härtefallregelung) ein Fähigkeitsausweis erteilt werden soll. Ob der Ausschlussgrund zur Anwendung kommt, hängt grundsätzlich vom Gegenstand des angefochtenen Entscheids, nicht vom Inhalt der erhobenen Rügen ab (Urteil 2C_136/2009 vom 16. Juni 2009 mit Hinweisen auf weitere nicht publizierte Urteile).
Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, Art. 83 lit. t BGG greife darum nicht, weil es ihm um das Rechtsgleichheitsgebot und um die "richtige" Umsetzung der Ziele der Bologna-Reform gehe; er kritisiert das von der ETH Zürich praktizierte Blockprüfungssystem, welches zum Nichtbestehen der Bachelor-Prüfung führe, obwohl alle Prüfungsfächer (zu verschiedenen Zeitpunkten) einmal bestanden wurden. Er verkennt, dass Ausgangspunkt des Verfahrens und damit Gegenstand des angefochtenen Urteils und der vorliegenden Beschwerde ein eigentlicher Prüfungsentscheid ist. Die ETH Zürich hat ihm mit Verfügung vom 12. November 2007 eröffnet, dass die nach dem von der ETH geübten Prüfungssystem erzielten massgeblichen Noten insgesamt zu einer ungenügenden Leistungsbewertung führten. Da es auf die Art der erhobenen Rügen nicht ankommt, fällt die vorliegende Beschwerde unter den Ausschlussgrund von Art. 83 lit. t BGG. Sie ist mithin offensichtlich unzulässig (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
Da das angefochtene Urteil vom Bundesverwaltungsgericht ausgeht und mithin nicht ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz ist, kann die Beschwerde nicht als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegengenommen werden (vgl. Art. 113 BGG).
Auf die Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der ETH Zürich, der ETH-Beschwerdekommission und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller