Sachverhalt:
A. A.a R._ war von Dezember 1998 bis Juli 2002 bei der Firma M._ GmbH tätig und in dieser Eigenschaft bei der Bâloise-Sammelstiftung für die obligatorische berufliche Vorsorge versichert. Auf den 1. August 2002 trat R._ in die U._ AG ein; hierdurch war er bei der Pensionskasse comPlan versichert. Am 10. April 2003 überwies die Bâloise-Sammelstiftung das aufgelaufene Freizügigkeitsguthaben über Fr. 147'826.10 an die Stiftung Auffangeinrichtung BVG. R._ verstarb am 30. November 2006; er hinterliess seine Tochter B._ (geb. 1995) als Alleinerbin. Die Pensionskasse comPlan teilte am 8. Januar 2007 mit, B._ habe Anspruch auf eine monatliche Waisenrente von Fr. 1'060.10 sowie auf ein einmaliges Todesfallkapital in Höhe von Fr. 127'209.-.
Mit Schreiben vom 4. Mai 2007 forderte die Pensionskasse comPlan die Stiftung Auffangeinrichtung BVG auf, ihr die bei Eintritt des R._ in die U._ AG nicht eingebrachte Freizügigkeitsleistung zu überweisen. Am 5. Mai 2007 ersuchte die Mutter von B._ als gesetzliche Vertreterin die Stiftung Auffangeinrichtung BVG um Auszahlung des Freizügigkeitsguthabens an sie. Die Auszahlung erfolgte an die Pensionskasse comPlan.
A.b B._ erhob beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die Stiftung Auffangeinrichtung BVG Klage auf Zahlung des Betrages von Fr. 155'765.05, zuzüglich Zinsen von 5 Prozent seit dem 14. Mai 2007. Das kantonale Gericht trat mit der Begründung, es sei örtlich unzuständig, auf die Klage nicht ein; die Akten würden nach Eintritt der Rechtskraft an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zur Beurteilung der Klage überwiesen (Beschluss vom 16. Oktober 2010).
A.c Das Bundesgericht hiess die gegen den Zuständigkeitsentscheid erhobene Beschwerde gut und wies die Sache zur materiellen Beurteilung an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurück (Urteil 9C_1016/2010 vom 30. Mai 2011).
B. Mit Entscheid vom 12. Januar 2012 wies das Sozialversicherungsgericht die Klage ab.
C. B._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Stiftung Auffangeinrichtung BVG zu verpflichten, ihr Fr. 155'765.05, zuzüglich Zinsen von 5 Prozent seit dem 14. Mai 2007, zu bezahlen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin ersuchte die Stiftung Auffangeinrichtung BVG, ihr das Freizügigkeitsguthaben auszubezahlen; die Auffangeinrichtung überwies den fraglichen Betrag indes an die Pensionskasse comPlan. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Auffangeinrichtung habe sich damit nicht rechtsgültig von ihrer Schuld ihr gegenüber als Begünstigter befreit.
2. 2.1 Treten Versicherte in eine neue Vorsorgeeinrichtung ein, so muss die frühere Vorsorgeeinrichtung die Austrittsleistung zur Erhaltung des Vorsorgeschutzes an die neue Vorsorgeeinrichtung überweisen (vgl. Art. 3 Abs. 1 FZG). Nach Art. 4 Abs. 2bis zweiter Satz FZG melden die Versicherten der Freizügigkeitseinrichtung ihren Eintritt in die neue Vorsorgeeinrichtung (lit. a) sowie der neuen Vorsorgeeinrichtung die bisherige Freizügigkeitseinrichtung sowie die Form des Vorsorgeschutzes (lit. b). Weiter haben die Versicherten der Vorsorgeeinrichtung Einsicht in die Abrechnungen über die Austrittsleistung aus dem früheren Vorsorgeverhältnis zu gewähren (Art. 11 Abs. 1 FZG). Die Vorsorgeeinrichtung kann die Austrittsleistung aus dem früheren Vorsorgeverhältnis sowie das Vorsorgekapital aus einer Form der Vorsorgeschutzerhaltung für Rechnung der Versicherten einfordern (Art. 11 Abs. 2 FZG).
Wie das kantonale Gericht zutreffend festgehalten hat, bleibt nach BGE 129 V 440 der Grundsatz der obligatorischen Übertragung der Austrittsleistung an die neue Vorsorgeeinrichtung auch dann vollumfänglich bestehen, wenn in der Zwischenzeit ein Vorsorgefall eingetreten und der Versicherte seiner Meldepflicht nicht nachgekommen ist. Diese Rechtsprechung ist mit Blick auf die seit dem 1. Januar 2001 geltende Fassung von Art. 4 Abs. 2bis und Art. 11 Abs. 2 FZG auch mit Bezug auf Leistungen von Freizügigkeitseinrichtungen massgebend (SVR 2009 BVG Nr. 1 S. 1, 9C_790/2007 vom 5. Juni 2008 E. 5 mit Hinweisen).
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, nach Art. 15 Abs. 1 lit. b FZV sei sie hinsichtlich des bei der Beschwerdegegnerin liegenden Freizügigkeitsguthabens Begünstigte gewesen. Der Wortlaut dieser Bestimmung zeigt indes, dass die angerufene Berechtigung im Rahmen der "Erhaltung des Vorsorgeschutzes" zu sehen ist. Die Beschwerdeführerin kann keinen davon losgelösten Anspruch auf das fragliche Guthaben geltend machen. Vielmehr korreliert dieses nach der in E. 2.1 hiervor dargestellten Ordnung mit ihrer gesetzlichen und reglementarischen Anspruchsberechtigung als Waise gegenüber der Pensionskasse comPlan. Die Auffangeinrichtung durfte das Guthaben somit nur der leistungspflichtigen Pensionskasse überweisen; sie hatte von vornherein nicht die Möglichkeit, dem anderslautenden Auszahlungsbegehren der gesetzlichen Vertreterin der Beschwerdeführerin nachzukommen.
Aus der Vorgabe des Art. 4 Abs. 2bis FZG, wonach die Versicherten beim Eintritt in eine neue Vorsorgeeinrichtung dieser sowie der Freizügigkeitseinrichtung jeweils Meldung erstatten, lässt sich nicht ableiten, das Gesetz sehe keine Übertragung von Vermögenswerten ohne Mitwirkung der versicherten Person vor, die Beschwerdegegnerin hätte daher, unter Vorbehalt gerichtlicher Anordnung, das Freizügigkeitsguthaben (nach dem Tod des Versicherten) nur mit Einwilligung der Beschwerdeführerin übertragen dürfen. Die (neue) Vorsorgeeinrichtung kann das Vorsorgekapital ihrerseits für Rechnung der versicherten Person einfordern (Art. 11 Abs. 2 FZG). Unterlässt sie es, von Amtes wegen Nachforschungen über Austrittsleistungen aus früheren Vorsorgeverhältnissen anzustellen und entsprechende Guthaben einzufordern, so schränkt dies die (hier sinngemässe) Tragweite von Art. 3 Abs. 1 FZG nicht ein (vgl. BGE 129 V 440). Diese Bestimmung schliesst Eigenmächtigkeit der Beschwerdegegnerin aus. Entgegen den Ausführungen in der Beschwerdeschrift ändert auch der Eintritt des Vorsorgefalls (Tod des Vorsorgenehmers), wie erwähnt, nichts an der - im Zeitpunkt der Überweisung andauernden - Notwendigkeit, den gesetzmässigen Zustand wieder herzustellen. Eine andere Betrachtungsweise führte dazu, dass begünstigte Personen der beruflichen Vorsorge gewidmetes Vermögen in solchen Fällen dem gesetzlichen Obligatorium entziehen könnten. Was schliesslich die letztinstanzlich erneuerte Rüge eines Verstosses gegen Datenschutzrecht (durch Austausch von Daten unter den beteiligten Vorsorgeträgern) anbelangt, so kann auf die Erwägung 3.2.4 des angefochtenen Entscheids verwiesen werden.
2.3 Nach dem Gesagten hat sich die Stiftung Auffangeinrichtung BVG mit der Überweisung des Freizügigkeitsguthabens an die Pensionskasse comPlan von ihrer Verbindlichkeit gegenüber der Beschwerdeführerin (vgl. Art. 11 Abs. 2 FZG) gültig befreit.
Nicht Gegenstand dieses Verfahrens ist im Übrigen das Verhältnis zwischen dem auf die Pensionskasse comPlan übertragenen Freizügigkeitsguthaben und den von dieser an die Beschwerdeführerin ausgerichteten Hinterlassenenleistungen.
3. Angesichts des Verfahrensausgangs trägt die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Februar 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Traub