Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Bern trat mit Beschluss vom 6. März 2009 auf einen kantonalen Rekurs des Beschwerdeführers nicht ein. Dass sich seine Eingabe ans Bundesgericht vom 16. März 2009 gegen den genannten Beschluss richtet, ergibt sich daraus, dass er den Beschluss beigelegt und auf dessen Seite 8 handschriftlich angemerkt hat, er erhebe dagegen Einsprache. Da es um eine Strafsache geht, ist die Einsprache als Beschwerde gemäss Art. 78 ff. BGG entgegenzunehmen.
2. Die Vorinstanz trat auf den Rekurs nicht ein, weil dieser keine hinlängliche Begründung enthielt (angefochtener Entscheid S. 7 mit Hinweis auf S. 5). Inwieweit diese Schlussfolgerung nach Auffassung des Beschwerdeführers gegen das schweizerische Recht im Sinne von Art. 95 BGG verstossen könnte, wird in der weitschweifigen Eingabe vom 16. März 2009 nicht dargelegt. Folglich genügen die Ausführungen, die sich auf Vorwürfe gegen die Justiz und insbesondere gegen einen Richter beschränken, den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Teilweise sind sie im Übrigen rechtsmissbräuchlich im Sinne von Art. 42 Abs. 7 BGG (z.B: "So ungefähr gingen die Nazis vor, als sie die Kristallnacht angeordnet und verfügt haben"). Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
3. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Umfang der Beschwerdeschrift ist bei der Höhe der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn