Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 16. August 2010 entschied die Eidgenössische Steuerverwaltung (EStV), dem Internal Revenue Service der Vereinigten Staaten von Amerika (IRS) sei Amtshilfe zu leisten in Bezug auf den Nachlass der verstorbenen E._ per Adresse von C._ als wirtschaftlich Berechtigter an der D._ Stiftung. Diese Verfügung stützte die EStV auf das Abkommen vom 19. August 2009 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und den Vereinigten Staaten von Amerika (USA) über ein Amtshilfegesuch des IRS betreffend die UBS AG, einer nach schweizerischem Recht errichteten Aktiengesellschaft (in der von der Bundesversammlung am 17. Juni 2010 genehmigten Fassung; SR 0.672.933.612). In der Verfügung der EStV wird darauf hingewiesen, dass die an den IRS zu übermittelnden Unterlagen nur in Verfahren gegen den Nachlass der verstorbenen E._ per Adresse von C._ als wirtschaftlich Berechtigter an der D._ Stiftung für den im Ersuchen des IRS vom 31. August 2009 genannten Tatbestand verwendet werden dürfen (Spezialitätsvorbehalt). Auf bestimmten zu übermittelnden Dokumenten seien zum Schutz von unbeteiligten Dritten Abdeckungen vorgenommen worden.
B. Mit Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vom 15. September 2010 beantragten C._ und die D._ Stiftung unter anderem, die Verfügung der EStV vom 16. August 2010 sei aufzuheben und die Amts- und Rechtshilfe an den IRS sei zu verweigern. In einem Eventualantrag verlangten sie, die EStV sei anzuweisen, die Hinweise in den betreffenden Bankdokumenten auf alle unbeteiligten Dritten, insbesondere die Beschwerdeführer sowie unter anderen A._ und die B._ AG, seien aus den Akten zu entfernen oder zu schwärzen.
C. Am 17. Januar 2011 teilten die Rechtsvertreter von C._ und der D._ Stiftung dem Bundesverwaltungsgericht mit, sie hätten sich aufgrund der anwaltschaftlichen Sorgfaltspflicht von im Dossier erwähnten Drittpersonen, deren Daten nicht von Amtes wegen abgedeckt worden seien, bevollmächtigen lassen, um für jede betroffene Person eine separate Verfügung der EStV zu erwirken. Sie beantragten deshalb die Sistierung des Verfahrens in Sachen C._ und der D._ Stiftung vor Bundesverwaltungsgericht bis über die Zulässigkeit der Weitergabe von Daten unbeteiligter Dritter, welche selbst die Kriterien des Anhangs zum Staatsvertrag mit den USA nicht erfüllten, letztinstanzlich entschieden sei. Diesem Sistierungsgesuch lag ein Gesuch an die EStV vom 17. Januar 2011 um Schwärzung bzw. Erlass je einer separaten Verfügung betreffend die Herausgabe von Personendaten über A._ und die B._ AG bei.
Mit Zwischenverfügung vom 4. Februar 2011 wies der Instruktionsrichter am Bundesverwaltungsgericht das Sistierungsgesuch ab. Die EStV teilte den Beschwerdeführern mit Schreiben vom 21. Februar 2011 mit, sie beabsichtige aus den in der Verfügung des Bundesverwaltungsgerichts vom 4. Februar 2011 genannten Gründen nicht, in diesem "Drittpersonenverfahren" formelle Verfügungen zu erlassen.
D. Mit Eingabe an das Bundesverwaltungsgericht vom 14. Februar 2011 machten die Rechtsvertreter von C._ und der D._ Stiftung geltend, sie hätten das Sistierungsgesuch vom 17. Januar 2011 nicht im Namen der genannten Beschwerdeführer, sondern für die ebenfalls durch sie vertretenen, im Gesuch namentlich erwähnten unbeteiligten Dritten eingereicht. Sie stellten unter anderem die Anträge, die Zwischenverfügung vom 4. Februar 2011 sei zu berichtigen, in Revision zu ziehen und es sei neu zu entscheiden.
In einer weiteren Zwischenverfügung vom 25. Februar 2011 wies der Instruktionsrichter am Bundesverwaltungsgericht das Gesuch um Berichtigung und Revision der Zwischenverfügung vom 4. Februar 2011 ab.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 21. März 2011 beantragen A._ und die B._ AG, die Zwischenverfügungen des Bundesverwaltungsgerichts vom 4. und 25. Februar 2011 seien aufzuheben. Zudem sei die EStV anzuweisen, den Beschwerdeführern vor der EStV Parteistellung einzuräumen und die Frage unter Beizug des Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten (EDÖB) zu entscheiden. Die Vorinstanz sei anzuweisen, dass bis zum Entscheid der EStV über die Drittparteien (Beschwerdeführer) das Verfahren vor der Vorinstanz in Sachen C._ und D._ Stiftung sistiert werde. Eventualiter sei den Beschwerdeführern Parteistellung vor der Vorinstanz einzuräumen. Dabei sei die Vorinstanz anzuweisen, in einem separat anfechtbaren Teilentscheid über die datenschutzrechtliche Vorfrage der Behandlung der nach dem UBS-Amtshilfeabkommen unbeteiligten Dritten zu entscheiden und den EDÖB zu konsultieren. Sie stützen ihre Beschwerde auf Art. 94 BGG und werfen der Vorinstanz Rechtsverweigerung und Rechtsverzögerung sowie die Verletzung von Art. 8 EMRK und des Bundesgesetzes vom 19. Juni 1992 über den Datenschutz (DSG; SR 235.1) vor.
In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragen die Beschwerdeführer, die Vorinstanz sei vorsorglich anzuweisen, dass bis zum Entscheid des Bundesgerichts über die vorliegende Beschwerde das Verfahren vor der Vorinstanz in Sachen C._ und D._ Stiftung sistiert werde.
F. Das Bundesverwaltungsgericht teilt mit, bei ihm sei kein Verfahren betreffend die Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren hängig. Diese hätten weder eine Verfügung einer Vorinstanz des Bundesverwaltungsgerichts angefochten noch hätten sie in einem am Bundesverwaltungsgericht hängigen Verfahren die Einräumung einer Parteistellung verlangt. Es könne deshalb zu den Ausführungen in der Beschwerdeschrift keine Stellung nehmen.
Die EStV führt aus, ein "Drittpersonenverfahren" mache nur Sinn, wenn die Amtshilfe gewährt werde. Bei Verweigerung der Amtshilfe bestehe kein legitimes Interesse an einer Klärung der Frage, welche Hinweise auf Drittpersonen hätten abgedeckt oder geschwärzt werden müssen. Die Anträge der Beschwerdeführer führten zu einer unzulässigen Verlängerung und Verzögerung des Verfahrens.
C._ und die D._ Stiftung beantragen sinngemäss die Gutheissung der Beschwerde. In ihrer Replik vom 2. Mai 2011 halten die Beschwerdeführer am Sachverhalt und den Anträgen in der Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG).
1.1 In der vorliegenden Angelegenheit hat die Vorinstanz am 4. Februar 2011 eine Verfügung über das Sistierungsgesuch erlassen und in einer zweiten Verfügung vom 25. Februar 2011 entschieden, dass kein Anlass zur Berichtigung oder Revision der Verfügung vom 4. Februar 2011 bestehe. Die erstinstanzliche Verfügung der EStV vom 16. August 2010 stützt sich auf internationales Amtshilferecht, nämlich auf das Doppelbesteuerungsabkommen mit den USA (DBA-USA [SR 0.672.933.61] mit Änderungsprotokoll vom 23. September 2009 [BBl 2010 4359; BBl 2010 235, 247]; s. auch Verordnung vom 15. Juni 1998 zum DBA-USA [SR 672.933.61]; Verordnung vom 1. September 2010 über die Amtshilfe nach Doppelbesteuerungsabkommen [ADV; SR 672.204]) sowie auf das Abkommen vom 19. August 2009 zwischen der Schweiz und den USA über ein Amtshilfegesuch betreffend die UBS AG (Schweiz) mit Änderungsprotokoll vom 31. März 2010 (Abkommen USA/UBS [SR 0.672.933.612; AS 2010 1459; BBl 2010 3001, 3027], genehmigt von der Bundesversammlung mit Bundesbeschluss vom 17. Juni 2010 [AS 2010 2907, 2909; BBl 2010 2965 ff.]). Die EStV bewilligte in ihrer Verfügung ein Amtshilfeersuchen der USA.
1.2 Das Bundesverwaltungsgericht entscheidet in diesem Sachbereich auf Beschwerde hin endgültig (Art. 31 und Art. 33 lit. d VGG i.V.m. Art. 83 lit. h BGG; BGE 1C_485/2010 vom 20. Dezember 2010 E. 2.2.2 mit zahlreichen Hinweisen). Die Zuständigkeit des Bundesgerichts kann in solchen Fällen nicht mit seiner Zuständigkeit zur Beurteilung bestimmter Fälle betreffend die internationale Rechtshilfe in Strafsachen gemäss Art. 84 BGG begründet werden (vgl. BGE 1C_485/2010 vom 20. Dezember 2010 E. 2.3 mit Hinweisen). Auch eröffnet die Rüge, das Datenschutzrecht des Bundes verbiete die Übermittlung der Namen der Beschwerdeführer im Rahmen der Amtshilfe an die USA, keine Zuständigkeit des Bundesgerichts. Soweit sich bei der Prüfung eines Amtshilfegesuchs Fragen des Datenschutzes stellen, sind diese im gesetzlich vorgesehenen Amtshilfeverfahren durch die dazu zuständigen Behörden zu beurteilen (vgl. BGE 126 II 126 E. 4 S. 130; 123 II 534 E. 1b S. 536; je mit Hinweisen).
1.3 Den Sachentscheid des Bundesverwaltungsgerichts werden die Beschwerdeführer somit in Beachtung von Art. 83 lit. h BGG nicht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundes-gericht anfechten können. Damit können auch die verfahrensrechtlichen Zwischenentscheide über die Sistierung sowie die Berichtigung oder Revision des Sistierungsentscheids nicht beim Bundesgericht angefochten werden (vgl. Urteile 2C_176/2007 vom 3. Mai 2007 E. 2; 2C_46/2007 vom 8. März 2007 mit Hinweisen). Ausser Betracht fällt die subsidiäre Verfassungsbeschwerde, welche nur zur Anfechtung von Entscheiden letzter kantonaler Instanzen zur Verfügung steht (vgl. Art. 113 BGG).
2. Die Beschwerdeführer machen im Wesentlichen geltend, die Weigerung der Vorinstanzen, in Bezug auf die amtshilfeweise Weitergabe ihrer Personendaten ein Drittverfahren durchzuführen, stelle eine Rechtsverweigerung dar. Gegen diese Rechtsverweigerung sei in Anwendung von Art. 94 BGG die Beschwerde an das Bundesgericht zulässig. Sie übersehen dabei, dass auch Beschwerden wegen des unrechtmässigen Verweigerns oder Verzögerns eines anfechtbaren Entscheids im Sinne von Art. 94 BGG die Zuständigkeit des Bundesgerichts im betreffenden Sachbereich voraussetzen. Diese ist hier wie in E. 1.2 dargelegt nicht gegeben.
Im Übrigen führt das Bundesverwaltungsgericht zutreffend aus, dass die Beschwerdeführer am bundesverwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren weder als Partei noch sonst wie beteiligt sind und der Erlass weiterer Verfügungen im Amtshilfeverfahren betreffend C._ und die D._ Stiftung durch die EStV wegen der Rechtshängigkeit beim Bundesverwaltungsgericht grundsätzlich - unter Vorbehalt der Wiedererwägung - ausgeschlossen ist (Devolutiveffekt; Art. 54 i.V.m. Art. 58 VwVG). Im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht haben die Beschwerdeführer C._ und die D._ Stiftung den Eventualantrag gestellt, die EStV sei anzuweisen, die Hinweise (in den betreffenden Bankdokumenten) auf unbeteiligte Dritte seien aus den Akten zu entfernen oder zu schwärzen. Diesen Eventualantrag wird das Bundesverwaltungsgericht zu behandeln haben, wenn sich ergeben sollte, dass die EStV die Voraussetzungen für die Gewährung der Amtshilfe grundsätzlich zu Recht bejaht hat. Falls die Beschwerdeführer im Amtshilfeverfahren betreffend C._ und die D._ Stiftung darüber hinaus selbst Parteistellung beanspruchen wollen, um für den Fall der Beschwerdeabweisung die Weitergabe ihrer Personendaten an die USA zu verhindern, steht ihnen die Möglichkeit offen, ein Gesuch um Beteiligung am Beschwerdeverfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht einzureichen. Ein solches Gesuch lag dem Bundesverwaltungsgericht bisher nicht vor. Die Beschwerdeführer verlangen erstmals im vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren in ihrem Eventualantrag die Einräumung der Parteistellung vor der Vorinstanz. Diesem Begehren kann insoweit entsprochen werden, als dieses Gesuch dem Bundesverwaltungsgericht zur Behandlung überwiesen wird (Art. 30 Abs. 2 BGG). Zur Prüfung des weiter gehenden Eventualantrags, die Vorinstanz sei anzuweisen, in einem separat anfechtbaren Teilentscheid über die datenschutzrechtliche Vorfrage der Behandlung der nach dem UBS-Amtshilfeabkommen unbeteiligten Dritten zu entscheiden und den EDÖB zu konsultieren, ist das Bundesgericht nicht zuständig (vgl. E. 1.2). Das Bundesverwaltungsgericht wird die entsprechenden datenschutzrechtlichen Fragen im Fall einer Bejahung der Voraussetzungen der Amtshilfe im hängigen Beschwerdeverfahren zu beurteilen haben.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass auf die vorliegende Beschwerde nicht eingetreten werden kann. Das Gesuch der Beschwerdeführer um Einräumung der Parteistellung vor der Vorinstanz ist an das Bundesverwaltungsgericht zur Behandlung zu überweisen. Mit diesem Entscheid wird das Gesuch der Beschwerdeführer um vorsorgliche Massnahmen gegenstandslos.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind den unterliegenden Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um Einräumung der Parteistellung vor der Vorinstanz wird an das Bundesverwaltungsgericht zur Behandlung überwiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Eidgenössischen Steuerverwaltung, den weiteren Beteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Mai 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Haag