Faits:
A. Par décision du 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports a approuvé, moyennant diverses charges et réserves, les plans portant sur la construction de la liaison ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse. Il a notamment rejeté l'opposition déposée contre ce projet par la Caisse d'assurance A._ en tant qu'il concernait les parcelles nos 3183, 1718 et 2996 de la commune de Genève-Plainpalais, propriété de la Ville de Genève, de l'Etat de Genève et des Services industriels de Genève.
Le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours formé contre cette décision par la Caisse d'assurance A._ au terme d'un arrêt rendu le 20 octobre 2008.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Caisse d'assurance A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, de lui reconnaître la capacité d'ester en justice et la qualité pour recourir devant le Tribunal administratif fédéral contre la décision de l'Office fédéral des transports du 5 mai 2008 et de dire que les conclusions sur la transmission des demandes d'indemnisation à la Commission d'estimation fédérale sont recevables, respectivement de transmettre ces demandes à ladite commission. Elle conclut à titre subsidiaire au renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral, respectivement à l'Office fédéral des transports pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif fédéral conclut au rejet du recours. Les Chemins de fer fédéraux suisses et l'Etat de Genève proposent de le déclarer irrecevable, subsidiairement de le rejeter dans la mesure où il est recevable. L'Office fédéral des transports n'a pas déposé d'observations.
Considérant en droit:
1. Dans une procédure administrative, l'auteur d'un recours déclaré irrecevable pour défaut de qualité pour agir est habilité à contester l'arrêt d'irrecevabilité par un recours en matière de droit public lorsque, comme en l'espèce (cf. art. 82 al. 1 let. a et 86 al. 1 let. a LTF), l'arrêt au fond de l'autorité intimée aurait pu être déféré au Tribunal fédéral par cette voie (arrêt 2C_504/2008 du 28 janvier 2009 consid. 3.1 destiné à la publication; sous l'ancien droit, voir ATF 131 II 497 consid. 1 p. 500 et les arrêts cités). Les intimés contestent en vain la qualité pour recourir de la Caisse d'assurance A._ aux motifs qu'elle n'aurait pas la capacité d'ester en justice et qu'elle ne ferait valoir aucun intérêt digne de protection au sens de l'art. 89 al. 1 let. c LTF à obtenir l'annulation ou la modification de l'arrêt attaqué afin que ses demandes d'indemnités soient transmises à la Commission fédérale d'estimation. Ces questions se recoupent avec celles qui font l'objet du litige et doivent pouvoir être examinées par le Tribunal fédéral à défaut de quoi des décisions d'irrecevabilité fondées sur de tels motifs ne pourraient jamais être contestées et contrôlées quant à leur conformité au droit fédéral (cf. ATF 133 V 239 consid. 4 p. 241; s'agissant de la capacité d'ester en justice, voir ATF 118 Ia 236 consid. 3a p. 239/240; 100 III 19 consid. 1 p. 21 et les arrêts cités).
2. Le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours de la Caisse d'assurance A._ aux motifs que cette dernière ne disposait pas de la capacité d'ester en justice dans le cadre de la procédure litigieuse, que la procuration produite par sa mandataire ne portait pas la signature du président du Comité de gestion comme l'exigeaient ses statuts et qu'elle n'avait pas qualité pour recourir au sens de l'art. 48 PA à défaut de pouvoir faire valoir un intérêt pratique à modifier le dispositif de la décision entreprise. L'arrêt attaqué repose ainsi sur plusieurs motivations indépendantes, fondant chacune l'irrecevabilité du recours, auxquelles s'en prend la recourante, de telle sorte qu'il convient d'entrer en matière sur le recours (ATF 133 IV 119 consid. 6.3 p. 121).
3. L'autorité intimée a notamment dénié à la recourante la qualité pour agir en application de l'art. 48 PA parce qu'elle ne pouvait se prévaloir d'un intérêt pratique à la transmission de ses prétentions en indemnités à la Commission fédérale d'estimation étant donné que le dispositif de la décision attaquée prévoyait déjà une telle mesure. Pour la recourante, le Tribunal administratif fédéral aurait retenu à tort que si les considérants de la décision attaquée traitant son opposition ne mentionnaient pas que l'Office fédéral des transports procéderaient à la transmission de ses demandes d'indemnités, celle-ci résultait de la procédure d'expropriation appliquée. Il aurait insuffisamment motivé sa décision sur ce point et violé son droit d'être entendue garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. en n'expliquant pas les différences de traitement faites entre les opposants qui s'étaient vus indiquer dans les considérants de la décision attaquée que leurs demandes étaient transmises et les autres opposants qui ont vu leur opposition rejetée sans autre indication quant au sort de leur demande d'indemnisation. Il ne pouvait procéder à une interprétation de cette décision sans avoir au préalable requis de l'Office fédéral des transports qu'il se détermine sur ses conclusions, au besoin en lui renvoyant la cause à cet effet. Face à cette incertitude, elle aurait dû se voir reconnaître un intérêt évident à recourir et à ce que le dispositif soit complété dans ce sens.
En l'occurrence, la recourante a précisé dans son mémoire de recours qu'elle n'entendait pas contester la décision d'approbation des plans en tant que telle dans la mesure où celle-ci la satisfaisait au vu des charges imposées aux Chemins de fer fédéraux. Elle s'en prenait ainsi uniquement aux demandes d'indemnisation formulées pour chacune des parcelles qu'elle gère au nom de la Ville de Genève, des Services industriels de Genève et du personnel, que l'Office fédéral des transports aurait indûment refusé de transmettre à la Commission fédérale d'estimation, de sorte que c'est au regard de ce seul objet de contestation que devait être examinée la recevabilité du recours au regard de l'art. 48 PA. La qualité pour agir au sens de cette disposition est définie dans la même mesure qu'à l'art. 89 al. 1 LTF. Elle est subordonnée à l'existence d'un intérêt digne de protection à demander l'annulation ou la modification de la décision entreprise. Selon la jurisprudence, l'intérêt digne de protection consiste en l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait au recourant en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait (ATF 133 II 400 consid. 2.2 p. 404, 409 consid. 1.3 p. 413).
Il est vrai que pour certains intervenants, l'Office fédéral des transports a précisé, dans les considérants de sa décision, que leur demande d'indemnisation serait transmise à la Commission fédérale d'estimation comme objet de sa compétence conformément à l'art. 18k de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Il ne l'a en revanche pas fait en ce qui concerne la recourante alors même qu'elle avait aussi fait valoir des demandes d'indemnités pour chacun des immeubles qu'elle gère pour le compte de la Ville de Genève, des Services Industriels de Genève et de l'Etat de Genève. On peut se demander si une telle indication s'imposait dès lors que l'obligation pour l'Office fédéral des transports de transmettre les prétentions en indemnité produites découle de la loi. Quoi qu'il en soit, le dispositif de la décision d'approbation des plans n'en est pas moins clair à ce sujet. Il consacre un chiffre spécifique aux demandes d'indemnités, déclarant irrecevable celle de B._ SA (chiffre 10.1) et prévoyant la transmission des autres demandes d'indemnités à la Commission fédérale d'estimation après clôture de la procédure d'approbation des plans (chiffre 10.2). Enfin, il comporte un chiffre relatif à la procédure d'expropriation, qui reprend la teneur de l'art. 18k LCdF en chargeant l'Office fédéral des transports de transmettre au président de la Commission fédérale d'estimation les plans approuvés, le plan d'expropriation, le tableau des droits expropriés ainsi que les prétentions qui ont été produites (chiffre 13). Rien n'indique que la transmission des demandes d'indemnités ne vaudrait pas pour celles produites par la recourante. On ne saurait le déduire du fait que les considérants consacrés à son opposition ne mentionnaient pas expressément que ses demandes d'indemnisation seraient transmises à la Commission fédérale d'estimation en vertu de l'art. 18k al. 2 LCdF ou que l'Office fédéral des transports ne s'est pas déterminé sur son recours. Seul le dispositif est déterminant et celui-ci est dépourvu à cet égard de toute équivoque qui en nécessiterait l'interprétation ou la rectification, de sorte que c'est à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a considéré que la recourante n'était pas lésée par la décision attaquée sur ce point et qu'elle n'avait aucun intérêt pratique à obtenir son annulation ou la modification de son dispositif.
Il aurait d'ailleurs été formaliste à l'excès de renvoyer la cause à l'Office fédéral des transports à seule fin de préciser dans les considérants de sa décision consacrés à l'opposition de la recourante que les demandes d'indemnités seront transmises à la Commission fédérale d'estimation comme objet de sa compétence en application de l'art. 18k al. 2 LCdF. Au demeurant, comme le relève à juste titre l'autorité intimée, sous réserve d'exceptions qui ne sont pas réalisées en l'espèce, le recours n'est pas ouvert pour se plaindre de la motivation d'une décision dans la mesure où le dispositif est clair et ne renvoie pas aux considérants (cf. ATF 131 II 587 consid. 4.2.1 p. 591; 120 V 233 consid. 1a p. 237; arrêts 1P.551/2003 du 9 mars 2004 consid. 3.1 in ZBl 106/2005 p. 198 et 1P.336/1993 du 16 février 1994 consid. 4b in ZBl 96/1995 p. 185). Enfin, le Tribunal administratif fédéral n'a pas ignoré que la décision d'approbation des plans précisait pour certains opposants que leurs demandes d'indemnités seraient transmises à la Commission fédérale d'estimation et qu'elle ne contenait aucune indication expresse en ce sens s'agissant de la recourante. Il a jugé cette omission comme non déterminante pour les raisons convaincantes évoquées dans l'arrêt attaqué qui la dispensaient de se prononcer sur le grief tiré d'une inégalité de traitement entre les opposants. Dans ces conditions, elle n'a pas violé le droit d'être entendue de la recourante en ne développant pas d'argumentation plus précise sur ce point.
La motivation de l'irrecevabilité du recours tirée de l'absence d'intérêt à recourir résiste ainsi à la critique de la recourante. Comme elle est indépendante et suffisante pour maintenir l'arrêt attaqué, il n'y a pas lieu d'examiner les autres motifs retenus par le Tribunal administratif fédéral pour conclure à l'irrecevabilité du recours (cf. ATF 133 III 221 consid. 7 p. 228).
4. Le recours doit par conséquent être rejeté aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Cette dernière versera une indemnité de dépens aux intimés qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'000 fr. est allouée aux intimés, créanciers solidaires, à titre de dépens, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à l'Office fédéral des transports et au Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 16 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Parmelin