Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug erhob am 12. Januar 2010 Anklage gegen X._ wegen strafbarer Handlungen gegen das Vermögen (gewerbsmässiger Betrug, eventualiter mehrfache qualifizierte Veruntreuung; Unterlassung der Buchführung), Urkundenfälschung und gewerbsmässiger Geldwäscherei.
Das Strafgericht des Kantons Zug verurteilte X._ am 16. August 2011 wegen gewerbsmässigen Betrugs, Unterlassung der Buchführung und Urkundenfälschung zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von 12 Monaten als Zusatzstrafe zum Urteil des Landgerichts Dortmund vom 8. September 2010. Vom Vorwurf der gewerbsmässigen Geldwäscherei sprach es ihn frei. Dieses Urteil wurde X._ am 7. September 2011 direkt in begründeter Form eröffnet.
X._ reichte am 27. September 2011 Berufung ein, auf welche das Obergerichtspräsidium des Kantons Zug am 11. November 2011 mangels Fristwahrung betreffend Einreichung der Berufungserklärung nicht eintrat.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, es sei die Präsidialverfügung vom 11. November 2011 aufzuheben und das Obergericht des Kantons Zug anzuweisen, auf die Berufung einzutreten. Eventualiter sei festzustellen, dass er mit der Berufung vom 27. September 2011 die Berufungsfrist eingehalten und die Berufung fristgerecht eingereicht habe.
C. Das Obergericht des Kantons Zug beantragt unter Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug verzichtet auf eine Stellungnahme.
Erwägungen:
1. Seit dem 1. Januar 2011 ist die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) in Kraft. Soweit ein Entscheid vor Inkrafttreten der StPO gefällt worden ist, werden dagegen erhobene Rechtsmittel nach bisherigem Recht und von den bisher zuständigen Behörden beurteilt (Art. 453 Abs. 1 StPO). Für Rechtsmittel gegen erstinstanzliche Entscheide, die nach dem 31. Dezember 2010 gefällt werden, gilt das neue Recht (Art. 454 Abs. 1 StPO). Ausschlaggebend für die Anwendbarkeit des alten oder des neuen Prozessrechts ist das erstinstanzliche Entscheiddatum (BGE 137 IV 189 E. 1 und 219 E. 1.1 mit Hinweisen). Der erstinstanzliche Entscheid datiert vom 16. August 2011 und die angefochtene Präsidialverfügung vom 11. November 2011. Damit ist die Schweizerische StPO anwendbar (Art. 454 Abs. 1 StPO).
2. 2.1 Die StPO sieht für die Einlegung der Berufung ein zweistufiges Verfahren vor. Nach Art. 399 Abs. 1 StPO ist die Berufung dem erstinstanzlichen Gericht innert 10 Tagen seit Eröffnung des Urteils schriftlich oder mündlich zu Protokoll anzumelden. Nach Ausfertigung des begründeten Urteils übermittelt das erstinstanzliche Gericht die Anmeldung zusammen mit den Akten dem Berufungsgericht (Art. 399 Abs. 2 StPO). Die Partei, die Berufung angemeldet hat, reicht dem Berufungsgericht gemäss Art. 399 Abs. 3 StPO innert 20 Tagen seit der Zustellung des begründeten Urteils eine schriftliche Berufungserklärung ein. Die am Prozess beteiligten Parteien, welche mit dem erstinstanzlichen Urteil nicht einverstanden sind, müssen mithin in der Regel zweimal ihren Willen kundtun, das Urteil nicht zu akzeptieren, nämlich einmal im Rahmen der Anmeldung der Berufung bei der ersten Instanz nach Eröffnung des Dispositivs (siehe Art. 84 StPO zur Eröffnung sowie Art. 81 Abs. 4 StPO zum Inhalt des Dispositivs) und ein zweites Mal nach Eingang des begründeten Urteils durch eine Berufungserklärung beim Berufungsgericht.
2.2 Wird das Urteil weder mündlich noch schriftlich im Dispositiv eröffnet, sondern direkt in begründeter Form zugestellt, ist eine Anmeldung der Berufung nicht nötig. Es genügt, eine Berufungserklärung einzureichen. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts und entgegen einer in der Lehre vertretenen Auffassung (vgl. MARKUS HUG, in: Andreas Donatsch/Thomas Hansjakob/Victor Lieber, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2010, Art. 399 Rz. 11) gilt dabei nicht die für die Anmeldung der Berufung massgebliche Frist von 10 Tagen, sondern stehen dem Berufungskläger im Sinne von Art. 399 Abs. 3 StPO 20 Tage zur Verfügung. Es sind keine Gründe ersichtlich, weshalb die Frist für die Einreichung der Berufungserklärung von 20 auf 10 Tage reduziert werden sollte (Urteil des Bundesgerichts 6B_444/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2.5).
2.3 Das erstinstanzliche Urteil vom 16. August 2011 wurde dem Beschwerdeführer unstreitig weder mündlich noch schriftlich im Dispositiv eröffnet, sondern am 7. September 2011 direkt in begründeter Form zugestellt. Der Beschwerdeführer brauchte deshalb die Berufung nicht anzumelden, sondern konnte sich auf die Einreichung der Berufungserklärung beschränken. Davon geht auch die Vorinstanz aus. Entgegen ihrer Ansicht standen ihm hierfür allerdings nicht nur 10 Tage, also die für die Anmeldung nach Art. 399 Abs. 1 StPO massgebliche Frist, zur Verfügung, sondern 20 Tage seit der Zustellung des begründeten Urteils. Dafür spricht auch die Rechtsmittelbelehrung des erstinstanzlichen Urteils vom 16. August 2011, wonach innert 10 Tagen seit Eröffnung des Urteils Berufung anzumelden und innert 20 Tagen seit Zustellung des begründeten Urteils eine Berufungserklärung einzureichen war. Der Beschwerdeführer reichte die Berufungserklärung fristgerecht am 27. September 2011 ein. Die Vorinstanz trat in Verletzung von Bundesrecht darauf nicht ein. Die Sache ist daher an sie zur neuen Beurteilung zurückzuweisen.
Die Frage, ob die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug Anschlussberufung wird erheben können (Beschwerde, S. 7 Ziff. 4), bildet nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens und braucht daher nicht geklärt zu werden.
2.4 Die Beschwerde ist gutzuheissen. Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zug hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 2 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos geworden.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, die angefochtene Präsidialverfügung vom 11. November 2011 aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zug hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Strafabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. März 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill