Faits:
A.
A.a. X._ SA - actuellement en liquidation concordataire -, société ayant son siège à ... et active dans le commerce international de céréales, a vendu, par contrat du 23 juin 1997, 15'000 tonnes métriques, plus ou moins 10%, de blé canadien au prix unitaire de 196,50 USD à A._ Corporation (ci-après: A._). Par un second contrat du 15 juillet 1997, X._ SA a vendu à la même société une quantité supplémentaire de 5'000 tonnes métriques de blé canadien au prix unitaire de 185,75 USD, selon les mêmes conditions.
La marchandise devait être livrée à V._ (Russie), puis transportée en train à W._ (Russie), où elle devait être stockée dans un entrepôt sous douane appartenant à B._, où elle demeurerait la propriété de X._ SA jusqu'au paiement du prix convenu.
X._ SA a chargé la société de surveillance française C._ de contrôler le déchargement à V._, le transport jusqu'à W._ et l'entreposage sous scellés. A destination, C._ devait assurer la garde et la conservation du blé, lequel ne pouvait quitter l'entrepôt que moyennant une autorisation écrite de X._ SA.
Le 21 juillet 1997, X._ SA, C._ et A._ ont conclu un " contrat de surveillance " prévoyant notamment que A._, désignée comme propriétaire des magasins d'entreposage, s'engageait à les mettre à disposition de C._ pour la durée du contrat, avec la précision que les employés de C._ devaient être les seuls à y avoir accès. Il était également indiqué que X._ SA était tenue d'assurer à ses frais la marchandise.
Conformément au contrat de vente, 16'500 et 5'000 tonnes métriques ont été déchargées à V._ dans la première quinzaine de septembre 1997, puis acheminées à leur destination finale. 16'100 tonnes métriques ont ensuite été revendues et distribuées dans la Fédération russe entre le 12 septembre 1997 et le 27 avril 1998. Le solde, soit un peu plus de 5'400 tonnes métriques, est resté dans l'entrepôt de B._ à W._.
Par courrier du 23 décembre 1998, C._ a résilié le contrat de surveillance.
A.b. Pour remplacer C._, X._ SA est entrée en contact avec la société Y._ SA (ci-après: Y._) qui a son siège à Genève et pour but social des opérations de contrôle, d'inspection, d'évaluation et d'études techniques sur toutes matières, équipements, machines ou installations, de même que des tests et des analyses physiques ou chimiques.
X._ SA a demandé à Y._ de reprendre la surveillance du blé conservé à W._; le 8 janvier 1999, la première a accepté de payer la rémunération mensuelle de 2'500 USD demandée par la seconde pour cette prestation.
Egalement le 8 janvier 1999, X._ SA a adressé à Y._ et à A._ un projet de contrat intitulé " supervision and storage contract " (ci-après: SSC), qui devait lier ces trois sociétés. Il n'est pas établi que ce texte ait été signé par l'une des trois sociétés, ni que A._ en ait jamais accepté les termes. Ce projet de contrat prévoyait que Y._ aurait l'accès libre et exclusif aux lieux d'entreposage, que X._ SA devait assurer à ses frais la marchandise et que Y._ répondait uniquement des pertes et des dommages résultant de sa propre négligence ou de celle de ses employés ou auxiliaires.
Le 25 janvier 1999, des représentants de Y._, de C._ et de B._ ont procédé à un contrôle du stock; les scellés de Y._ ont été apposés sur les silos. Il a été attesté l'existence de 5'400,7 tonnes métriques de blé.
Le 2 mars 1999, Y._ a établi un " warehouse receipt " au nom de X._ SA, dans lequel elle certifiait avoir reçu 5'400,7 tonnes métriques de blé apparemment en bon état et conservées dans les silos de W._.
Toujours le 2 mars 1999, X._ SA a relancé A._ en l'invitant à retourner signé le SSC. Cette démarche est restée vaine.
Par la suite, Y._ a envoyé régulièrement à X._ SA des rapports sur son activité de surveillance. Si certains d'entre eux étaient de nature à rassurer X._ SA, d'autres faisaient état de difficultés à accéder à la marchandise. Déjà en janvier 1999, Y._ avait avisé X._ SA qu'elle n'avait pas eu la possibilité de mesurer ou de peser le grain et que le chiffre de 5'400,7 tonnes métriques était arrêté sur la base de documents. En mars 1999, X._ SA a été avisée que l'inspecteur de Y._ s'était vu refuser l'accès à l'entrepôt alors qu'il voulait procéder à un prélèvement d'échantillons. Ces difficultés ont encore été évoquées les 6 avril et 26 juillet 1999, avant que les échantillons n'aient pu être obtenus le 19 août 1999. Les 2 février et 2 août 2000, le prélèvement d'échantillons a de nouveau été refusé, avant d'être obtenu dans la première semaine de septembre 2000. Au mois de décembre 2000, un inspecteur de Y._ n'a pas pu procéder à de nouveaux prélèvements; les rapports indiquaient alors qu'une fraction du blé serait endommagée.
Le 2 mars 2001, Y._ a relevé dans ses rapports destinés à X._ SA que son inspecteur n'avait " toujours " pas la permission de pénétrer dans l'entrepôt, ni celle de prélever des échantillons ou encore de relever les niveaux des silos. Les rapports établis à partir de cette date précisaient que les quantités de blé étaient communiquées sur la base de documents. Toujours le 2 mars 2001, X._ s'est plainte de cette situation auprès de Y._, de sorte que des prélèvement ont pu être effectués le 20 mars 2001.
A.c. Dès le début d'avril 2001, il a été constaté que les scellés apposés par Y._ avaient été progressivement enlevés. En juin 2001, X._ SA a appris que le blé ne se trouvait plus dans les silos.
X._ SA a obtenu d'un tribunal arbitral, le 22 novembre 2002, une sentence rendue à l'encontre de A._ confirmant que X._ SA était propriétaire exclusif des 5'400 tonnes métriques de blé précédemment entreposées à W._.
En définitive, X._ SA n'a jamais pu récupérer ce blé.
A.d. Agissant sur instruction de X._ SA, Y._ avait assuré le blé, à partir du 29 janvier 1999, pour une valeur de 1'500'000 USD, contre divers risques comprenant le vol, le détournement et les possessions illicites, au moyen d'une police conclue par l'entremise des courtiers genevois D._ SA avec E._ à Londres. Cette police a par la suite été renouvelée.
Dans l'attestation d'assurance établie le 5 décembre 2000 pour Y._ et transmise à X._ SA, les courtiers précités ont indiqué que le blé était conservé sur la base d'un CMA, soit d'un " collateral management agreement ". Selon un témoin, un " collateral management agreement " correspondait au SSC mentionné ci-dessus. qui n'a jamais été signé.
Au dire d'une collaboratrice de Y._, un CMA aurait supposé que le blé soit sous la maîtrise exclusive de ladite société; comme cela n'était pas le cas, il s'agissait, selon les dénominations de ce secteur professionnel, d'un " stock monitoring agreement ". Il a été retenu que ni les courtiers ni l'assureur n'ont été informés de cette situation.
Le 14 février 2003, les assureurs E._ ont signifié à X._ SA leur refus de couvrir la disparition des céréales.
B.
Par demande du 7 mai 2007 déposée au Tribunal de première instance de Genève, X._ SA a ouvert une action en paiement contre Y._, lui réclamant les sommes de 1'080'000 USD et 123'562,36 USD, avec intérêts. Par la suite, elle a réduit ses conclusions à 1'100'000 USD avec intérêts. Elle a soutenu avoir conclu avec sa partie adverse le SSC, équivalant à un contrat de dépôt, et que cette dernière lui devait la contre-valeur de la marchandise qu'elle était incapable de lui restituer; par ailleurs, elle a reproché à Y._ de ne pas avoir exécuté correctement son obligation d'assurer la marchandise, de sorte qu'elle lui devait le montant que l'assureur aurait dû payer.
Y._ s'est opposée à la demande en totalité. Elle a formé une demande reconventionnelle pour le montant de 24'633,48 GBP en raison de frais d'avocat qu'elle a assumés pour des démarches auprès de l'assureur à Londres.
Par jugement du 1er juin 2011, le Tribunal de première instance a rejeté aussi bien la demande principale que la demande reconventionnelle.
X._ SA a appelé de ce jugement et Y._ a formé un appel joint, chacune des parties reprenant ses conclusions de première instance.
Par arrêt du 17 septembre 2012, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement attaqué, sous réserve de l'indemnité de procédure allouée à Y._ qui a été portée à 50'000 fr.
C.
X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Invoquant une violation des art. 919 ss CC, 16, 398 al. 2 et 472 ss CO, elle conclut à la condamnation de sa partie adverse à lui payer la somme de 1'100'000 USD avec intérêts à 5% dès le 31 mars 2002 sur 681'000 USD et dès le 15 mai 2004 pour le surplus; subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
L'intimée - qui n'a pas formé de recours pour le rejet de sa demande reconventionnelle - a conclu au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Considérant en droit:
1.
1.1. Interjeté par une partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF.
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 138 II 331 consid. 1.3 p. 336; 137 II 313 consid. 4 p. 317 s.). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 137 III 580 consid. 1.3 p. 584; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
1.3. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). La partie qui invoque l'arbitraire dans l'appréciation des preuves doit présenter une motivation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4. Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2.
2.1. La recourante, à la suite de la cour cantonale, discute longuement de savoir si l'intimée est entrée en possession de la marchandise (art. 919 ss CC).
Il faut cependant observer que la recourante n'exerce pas une action réelle, à l'instar d'une revendication fondée sur la propriété (art. 641 al. 2 CC) ou la possession antérieure (art. 934 ss CC), mais bien une action contractuelle tendant à l'octroi de dommages-intérêts pour inexécution d'une obligation (art. 97 al. 1 CO).
Il faut ainsi tout d'abord déterminer si les parties ont conclu un contrat et, dans l'affirmative, quel en est le contenu. Cette question amène à rechercher quelles ont été les obligations qui ont pu être convenues entre les parties.
Un transfert de possession peut constituer l'exécution d'une obligation, mais il ne faut pas confondre le stade de l'exécution et celui de la conclusion. Pour dire s'il y a eu un contrat et quel en est l'objet, il y a lieu de rechercher les engagements qui ont été pris.
2.2. Comme les deux parties ont leur siège en Suisse et qu'elles n'ont pas fait élection en faveur d'un droit étranger, leurs relations contractuelles ne présentent aucun caractère international et le droit suisse est applicable sans qu'il y ait lieu - contrairement à ce qu'a pensé la cour cantonale - d'appliquer la loi fédérale sur le droit international privé du 18 décembre 1987 (LDIP; RS 291).
2.3. La cour cantonale a considéré que le rapport contractuel allégué devrait plutôt être qualifié de contrat d'entrepôt au sens de l'art. 482 CO.
Pour qu'il y ait contrat d'entrepôt, l'entrepositaire doit offrir publiquement de recevoir des marchandises en dépôt (art. 482 al. 1 CO). L'offre publique est un élément caractéristique pour la qualification (Thomas Koller, in Basler Kommentar, Obligationenrecht, vol I, 5e éd. 2011, n° 5 ad art. 482 CO). L'offre publique peut résulter du but social de l'entrepositaire ou de n'importe quelle autre annonce publiée (Richard Barbey, in Commentaire romand, Code des obligations, vol I, 2e éd. 2012, n° 4 ad art. 482 CO).
En l'espèce, il ne ressort nullement des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que l'intimée aurait annoncé publiquement qu'elle disposait d'entrepôts pour stocker des marchandises ou que cela ressortirait de son but social. En l'absence d'une offre publique, la qualification de contrat d'entrepôt - contrairement à l'opinion de la cour cantonale - doit être écartée.
2.4. La recourante soutient que les parties ont conclu un contrat de dépôt au sens des art. 472 ss CO.
Le contrat de dépôt se caractérise par trois obligations prises par le dépositaire: recevoir une chose mobilière, la garder en lieu sûr et ensuite la restituer. Les deux premières obligations sont prévues à l'art. 472 al. 1 CO et la troisième résulte des art. 475 à 477 CO (cf. Koller, op. cit., n°s 1 et 2 ad art. 472 CO; Barbey, op. cit., n° 1 ad art. 472 CO). L'obligation de restituer revêt un caractère essentiel pour qualifier le contrat (ATF 126 III 192 consid. 2c p. 196). Le contrat de dépôt ne requiert aucune forme spéciale; il peut être conclu expressément ou par actes concluants (ATF 126 III 192 ibidem).
2.5. L'idée de la cour cantonale de se concentrer sur la première obligation (recevoir une chose mobilière) est malheureuse.
En effet, une société de surveillance - comme c'est le cas de l'intimée selon son but social - est couramment chargée par mandat (art. 394 al. 1 CO) de réceptionner de la marchandise, d'en contrôler la quantité et la qualité et de veiller à ce qu'elle soit stockée correctement et en lieu sûr. La réception de la marchandise ne permet pas à elle seule de distinguer entre un mandat et un dépôt. Il ne peut y avoir de dépôt que si le dépositaire a pris les trois obligations caractéristiques de ce contrat, en particulier l'obligation de restituer qui est essentielle.
Il faut donc se demander, pour qu'un dépôt soit envisageable, si l'intimée a adressé à la recourante une manifestation de volonté qui, telle qu'elle doit être interprétée selon le principe de la confiance, permet de conclure qu'elle s'est engagée à restituer elle-même le reste du blé qui se trouvait dans des entrepôts à W._.
2.6. La recourante soutient que les obligations caractéristiques d'un dépositaire ressortent du contrat intitulé " supervision and storage contract ", qui constitue un " collateral management agreement ".
Comme on l'a vu, le contrat de dépôt n'est soumis à aucune exigence de forme. Les parties peuvent cependant convenir de le soumettre à une forme spéciale et de n'être liées que lorsque cette forme est accomplie (art. 16 al. 1 CO).
Convenir d'une forme spéciale selon l'art. 16 al. 1 CO ne requiert aucune forme particulière et l'accord peut résulter d'actes concluants; ainsi, lorsqu'une partie envoie à l'autre des exemplaires d'un projet de contrat écrit pour qu'elle les signe, on doit présumer qu'elle n'entendait s'engager que dans la forme écrite (arrêt 4C.1/2000 du 27 mars 2000 consid. 3a; cf. également: Gauch et al., Präjudizienbuch OR, 8e éd. 2012, n° 3 ad art. 16 CO; Ingeborg Schwenzer, in Basler Kommentar, op. cit., n° 5 ad art. 16 CO; Julia Xoudis, in Commentaire romand, op. cit., n° 8 ad art. 16 CO).
En l'espèce, il ressort des constatations cantonales que la recourante avait conçu un contrat qui devait être signé par trois parties (X._, Y._ et A._); elle a envoyé son projet à A._ pour que cette société le signe, mais elle n'a jamais obtenu cette signature, de sorte qu'en définitive personne n'a signé ce document. La recourante ne prétend pas que ces faits auraient été établis arbitrairement et on ne voit pas pourquoi ils le seraient. Le Tribunal fédéral est en conséquence lié par cet état de fait (art. 105 al. 1 LTF). Il convient d'en inférer juridiquement que la recourante a manifesté, par actes concluants, la volonté de n'être liée qu'en la forme écrite, sans qu'il y ait trace d'une renonciation ultérieure (cf. ATF 105 II 75 consid. 1 p. 78). Qu'elle ait insisté, le 2 mars 1999, pour obtenir la signature de A._, le confirme. Ainsi, il convient d'admettre que la forme écrite a été réservée; dès lors qu'elle n'a pas été observée, le contrat envisagé n'est pas venu à chef, de sorte que la recourante ne peut tirer aucun argument de son texte.
2.7. La recourante pense aussi pouvoir déduire les obligations d'un dépositaire de l'existence du " warehouse receipt " émis le 2 mars 1999 par Y._.
Contrairement à ce que suggère la recourante, ce document n'est en tout cas pas un reçu lié à un prêt sur gage (cf. art. 909 CC).
Il est vrai, si un contrat de dépôt a été conclu, que la remise d'un reçu peut servir de moyen de preuve pour établir la réception de la chose par le dépositaire, car il constitue alors un document assimilable à une quittance au sens de l'art. 88 CO (Barbey, op. cit., n° 14 ad art. 472 CO). La quittance, envisagée par l'art. 88 CO, atteste la réception d'une prestation déterminée et constitue un moyen de preuve, qui n'exclut cependant pas la preuve contraire (Ingeborg Schwenzer, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 6e éd. 2012, n°s 76.03 et 76.06, p. 512 s.; Denis Loertscher, in Commentaire romand, op. cit., n°s 1 et 8 ad art. 88 CO; Urs Leu, in Basler Kommentar, op. cit., n°s 1 et 7 ad art. 88 CO).
L'erreur de raisonnement consiste à nouveau à se placer au stade d'un acte d'exécution, et non pas au stade de la conclusion du prétendu contrat. Le document peut parfaitement signifier que l'intimée, chargée d'un mandat de surveillance, atteste avoir contrôlé la quantité de blé et son bon état " apparent ". On ne peut pas en déduire - en tout cas clairement - que l'intimée se serait engagée, par ce document, à restituer elle-même le blé à la recourante.
Il est vrai que ce document se réfère à un " collateral management agreement " (CMA). Il ressort cependant bien des échanges entre les parties, relatés en détail par la cour cantonale, qu'elles envisageaient à l'origine la conclusion d'un tel contrat. C'est la raison pour laquelle la recourante a rédigé son projet intitulé " supervision and storage contract " (SSC), qui constitue un CMA. Cependant, la recourante avait bien vu que la conclusion d'un tel contrat supposait un engagement de A._, qui semblait, par l'entremise de B._, avoir la maîtrise effective des entrepôts. Or A._ n'a jamais accepté de signer le contrat et de s'engager. Du même coup, l'intimée, face à A._ et B._, n'a jamais obtenu la maîtrise exclusive de la marchandise enfermée dans les entrepôts. Dans ces conditions, on ne conçoit pas qu'elle se serait engagée - ce qui constitue l'essence d'un CMA - à restituer elle-même la marchandise à la recourante.
En tout cas, le fardeau de la preuve incombait à la recourante, en tant que partie demanderesse (art. 8 CC). Elle n'est toutefois pas parvenue à prouver des faits permettant de constater que l'intimée se serait engagée envers elle à lui restituer elle-même la marchandise. Un accord sur une obligation de restitution n'ayant pas été établi, la conclusion d'un contrat de dépôt est exclue.
La recourante ne prétend pas que l'intimée aurait mal exécuté son mandat de surveillance, si bien qu'il n'y a pas à examiner la question sous cet angle.
2.8. La recourante a chargé l'intimée de conclure pour son compte un contrat d'assurance couvrant la marchandise. La cour cantonale y a vu à juste titre un mandat (art. 394 al. 1 CO).
La recourante soutient que l'intimée a mal exécuté cette mission (art. 398 CO) et qu'elle répond du préjudice qui en résulte (art. 97 al. 1 CO).
L'autorité cantonale a rejeté cette prétention en faisant une série de constatations et de déductions factuelles que le Tribunal fédéral ne peut revoir que sous l'angle restreint de l'arbitraire (consid. 1.3 ci-dessus). Elle a ainsi constaté que l'attestation d'assurance établie le 5 décembre 2000 - qui est déterminante pour l'époque où la marchandise a été enlevée - prévoyait que l'intimée gardât le blé sous forme d'un CMA. Entendue comme témoin, une collaboratrice de l'intimée a reconnu qu'elle n'avait pas informé les assureurs ou leurs courtiers que celle-ci ne bénéficiait pas d'un accès exclusif à la marchandise, de sorte que la situation ne correspondait pas à un CMA. Les magistrats genevois en ont déduit que le risque pour les assureurs était accru et qu'il en serait résulté - si la vérité avait été révélée - une prime d'assurance plus élevée. Ils ont aussi retenu que la recourante était rompue à ce type d'opérations et d'assurances, qu'elle avait reçu l'attestation d'assurance se référant à un CMA et qu'elle savait, par les messages de l'intimée, que cette dernière n'avait en réalité pas la maîtrise exclusive de la marchandise. Ils en ont déduit que la recourante avait accepté que les renseignements donnés aux assureurs fussent inexacts, ce qui serait à l'origine - selon lesdits magistrats - du refus de couvrir la disparition des céréales.
La recourante ne démontre pas que ces constatations de fait et les déductions factuelles qui en ont été tirées seraient arbitraires.
D'un point de vue juridique, le mandataire n'assume aucune responsabilité s'il a suivi les instructions précises du mandant (art. 397 al. 1 CO). Il en va de même si le comportement du mandataire a été approuvé par le mandant (cf. Franz Werro, in Commentaire romand, op. cit., n° 14 ad art. 397 CO).
Si la recourante a consenti, à un moment où elle aurait encore pu changer le cours des choses, à ce que son mandataire renseigne l'assureur de manière inexacte, elle ne peut ensuite, sans violer le principe de la bonne foi, reprocher à son mandataire de l'avoir fait.
Ainsi, le rejet de la prétention fondée sur le mandat ne viole pas le droit fédéral.
Il n'y a pas lieu de réexaminer le rejet de la demande reconventionnelle, puisque l'intimée n'a pas recouru de son côté.
En définitive, le recours doit être rejeté.
3.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 14'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 3 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Ramelet