Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 7. Mai 2009 hob die IV-Stelle des Kantons Aargau die A._ seit 1. Februar 2002 ausgerichtete ganze Invalidenrente auf.
B. Hiegegen erhob A._ mit Eingabe vom 19. Mai 2009 Beschwerde. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau forderte die Beschwerdeführerin am 20. Mai 2009 innert einer Frist von zehn Tagen unter Androhung des Nichteintretens auf, die angefochtene Verfügung einzureichen und die Beschwerde hinsichtlich Antrag und Begründung zu verbessern. Mit Eingabe vom 25. Mai 2009 reichte A._ die Verfügung vom 7. Mai 2009 ein und schrieb Folgendes:
"hiermit erhebe ich Einspruch gegen die Verfügung, die Rentenzahlung einzustellen.
Die ärztliche Dokumentation wird eingereicht.
Wir bitten um eine Verlängerung der Einreichefrist bis Ende Juni 09.
Wir bitten um Ihre Bestätigung."
Mit Entscheid vom 3. Juni 2009 trat das Versicherungsgericht des Kantons Aargau auf die Beschwerde nicht ein.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das kantonale Gericht zu verpflichten, auf die Beschwerde vom 19. Mai 2009 samt Verbesserung vom 25. Mai 2009 einzutreten.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 134 V 250 E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; 133 III 545 E. 2.2 S. 550; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Nach Art. 61 lit. b ATSG muss die Beschwerde eine gedrängte Darstellung des Sachverhaltes, ein Rechtsbegehren und eine kurze Begründung enthalten. Genügt sie diesen Anforderungen nicht, so setzt das Versicherungsgericht der Beschwerde führenden Person eine angemessene Nachfrist zur Verbesserung und verbindet damit die Androhung, dass sonst auf die Beschwerde nicht eingetreten wird. Diese Vorschrift stimmt inhaltlich überein mit dem bis 31. Dezember 2002 in Kraft gestandenen Art. 85 Abs. 2 lit. b AHVG, mit Art. 52 VwVG (SR 172.021) sowie mit Art. 10 Abs. 1 und 5 ATSV (SR 830.11). Die zu diesen Bestimmungen ergangene Rechtsprechung ist somit auch im Anwendungsbereich des Art. 61 lit. b ATSG anwendbar (BGE 134 V 163 E. 2 mit Hinweisen).
2.2 Das kantonale Gericht hat aus dem im Sachverhalt wiedergegebenen Wortlaut der Eingabe vom 25. Mai 2009 zu Recht den Schluss gezogen, dass eine minimale sachbezogene Begründung fehlt. Die Beschwerdeführerin setzt sich darin - wie in der Beschwerde vom 19. Mai 2009 auch - mit der angefochtenen Verfügung der IV-Stelle nicht ansatzweise auseinander. Sie legt nicht wenigstens summarisch dar, auf welche Tatsachen sie sich beruft und inwiefern die Rentenaufhebung unrichtig sein sollte. Eine Bundesrechtsverletzung liegt auch insoweit nicht vor, als das kantonale Gericht noch während der laufenden Rechtsmittelfrist eine Nachfrist zur Verbesserung der Beschwerde, gerechnet ab Zustellung der Verfügung, angesetzt hat (Urteil H 181/05 des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 16. März 2006). Da die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren keine weitere Eingabe mehr eingereicht hat, würde es ihr auch nicht zum Vorteil gereichen, wenn die Nachfrist ab Ablauf der Beschwerdefrist gerechnet würde. Angesichts der fehlenden Begründung kann offenbleiben, ob ein rechtsgenüglicher Antrag vorliegt. Aus diesem Grund kam auch die Einräumung einer zusätzlichen Frist zur Einreichung einer ärztlichen Dokumentation nicht in Frage.
3. 3.1 Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a), ohne Durchführung eines Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung erledigt wird.
3.2 Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, der Ausgleichskasse des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Borella Nussbaumer