Sachverhalt:
A. Die 1952 geborene R._ meldete sich am 27. April 2005 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an, nachdem sie ihre seit 1988 ausgeübte Tätigkeit als Kassierin bei der Firma X._ aufgegeben hatte. Die IV-Stelle des Kantons Aargau klärte den medizinischen sowie erwerblichen Sachverhalt ab und wies das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 26. Juni 2006 ab. Aufgrund der dagegen erhobenen Einsprache gab sie beim Zentrum Y._ das am 11. März 2008 erstellte Gutachten in Auftrag und veranlasste Abklärungen im Haushalt der als Teilerwerbstätige eingestuften Versicherten, deren Ergebnisse Gegenstand des Berichts über die Abklärung an Ort und Stelle vom 18. Juli 2008 bildeten. Am 11. September 2008 nahm die Abklärungsperson zu den von R._ gegen die Einschätzung der Einschränkungen im Haushalt erhobenen Einwänden Stellung. Med. pract. P._ und Dr. med. G._, Facharzt für Rehabilitation und Rheumatologie vom Regionalen Ärztlichen Dienst nahmen am 14. Oktober 2008 eine Beurteilung der medizinischen Akten vor. Mit Einspracheentscheid vom 7. November 2008 wies die IV-Stelle die Einsprache in Anwendung der gemischten Bemessungsmethode mangels anspruchsbegründender Invalidität ab. Sie ging dabei von einer Einbusse im auf 85 Prozent festgesetzten Erwerbsanteil von 41.41 Prozent sowie einer Einschränkung im Haushalt von 15.5 Prozent aus, was gewichtet einen Invaliditätsgrad von insgesamt 37.53 Prozent ([0,85 x 41.41 %] + [0,15 x 15.5 %]) ergab.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde der R._ wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 1. Juli 2009 ab.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihr rückwirkend ab Februar 2005 eine angemessene Invalidenrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache zwecks ergänzender Abklärungen und Neubeurteilung des Invaliditätsgrades an die IV-Stelle zurückzuweisen. Zudem beantragt sie unentgeltliche Rechtspflege.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über den Umfang des Invalidenrentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis Ende 2007 gültig gewesenen und Art. 28 Abs. 2 IVG in der seither geltenden Fassung), die Bemessung des Invaliditätsgrades bei teilerwerbstätigen Versicherten nach der gemischten Methode (Art. 28 Abs. 2ter IVG in der bis Ende 2007 gültig gewesenen und Art. 28a Abs. 3 IVG in der seither geltenden Fassung), die Rechtsprechung zur Frage, nach welchen Kriterien zu beurteilen ist, ob eine versicherte Person als ganztägig oder teilweise erwerbstätig oder als nichterwerbstätig einzustufen sei (BGE 125 V 146 E. 2c S. 150), sowie die Grundsätze zu Beweiswürdigung und Beweiskraft ärztlicher Berichte und Gutachten (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 3a S. 352 und E. 3b/bb S. 353) zutreffend wiedergegeben, so dass darauf verwiesen wird. Richtig ist auch, dass die im Rahmen der 5. IV-Revision am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen des IVG und anderer Erlasse, wie das Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG), hinsichtlich der Invaliditätsbemessung materiellrechtlich keine Änderung gegenüber der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Rechtslage gebracht hat (Urteil 8C_450/2009 vom 20. August 2009 E. 2.1). Korrekt ist auch, dass die allfällige verminderte Leistungsfähigkeit im erwerblichen Bereich oder im Aufgabenbereich (gemäss Art. 27 IVV [in der seit 1. Januar 2004 geltenden Fassung]) infolge der Beanspruchung im jeweils anderen Tätigkeitsfeld nur unter besonderen Voraussetzungen zu berücksichtigen ist (BGE 134 V 9 E. 7 S. 11 ff.).
3. Es ist unbestritten, dass der Invaliditätsgrad der Beschwerdeführerin nach der gemischten Methode mit Anteilen von 85 Prozent Erwerbstätigkeit und 15 Prozent Haushalt zu bemessen ist. Hinsichtlich der Einschränkungen im erwerblichen Bereich hat die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten des Zentrums Y._ vom 11. März 2008 festgestellt, die Versicherte leide an anhaltender somatoformer Schmerzstörung und mittelgradiger depressiver Episode sowie als Nebenbefund an degenerativen Veränderungen an der Wirbelsäule und beginnender Gonarthrose. Gemäss Einschätzung der Gutachter könne sie jede leichte bis mittelschwere körperliche Tätigkeit ausüben. Unter Berücksichtigung der medizinischen Faktoren betrage die Arbeitsfähigkeit 50 Prozent und zwar sowohl in der ursprünglich ausgeübten Tätigkeit als Kassierin wie auch in jeder anderen leichten bis mittelschweren Tätigkeit. Gegen diese Sachverhaltsfeststellungen bringt die Versicherte keine Einwände vor. Insbesondere stimmt sie mit der Vorinstanz darin überein, dass auf das Gutachten des Zentrums Y._ abzustellen sei. Das Bundesgericht ist nach dem Gesagten an die angeführten vorinstanzlichen Feststellungen gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Ebenfalls unbestritten ist der mittels Einkommensvergleich ermittelte Invaliditätsgrad von ungewichtet 41.17 Prozent.
4. 4.1 Bezüglich der Einschränkungen im häuslichen Aufgabenbereich stellte die Vorinstanz auf den Abklärungsbericht Haushalt vom 18. Juli 2008 und die dort angegebene Behinderung von ungewichtet 15.5 Prozent ab. Die - als Ermessensfrage einzustufende - Gewichtung der einzelnen Bereiche der Haushaltstätigkeit wird von der Beschwerdeführerin zu Recht nicht in Frage gestellt. Hinsichtlich der prozentualen Festlegung der konkreten Einschränkungen in den verschiedenen Wirkungsbereichen wirft sie der Vorinstanz eine unzulässige Berücksichtigung der Mithilfe der nicht mit ihr im gleichen Haushalt lebenden Töchter und Schwiegertöchter vor. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung werde im Rahmen der Schadenminderungspflicht von im Haushalt tätigen Versicherten lediglich verlangt, die im häuslichen Bereich anfallenden Aufgaben unter den Hausgenossen neu zu verteilen, während die Mithilfe von Personen, die nicht im gleichen Haushalt lebten, wegen der für diese damit verbundenen unverhältnismässigen Belastung und mangels entsprechender gesetzlicher Grundlage nicht in Frage komme. Zudem treffe die Schadenminderungspflicht nur die versicherte Person und nicht die Familiengemeinschaft. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin ist daher die gesundheitsbedingte Limitierung im Haushalt ohne Einbezug der Unterstützung der nicht mit ihr zusammen lebenden Personen neu zu ermitteln.
4.2 Das Bundesgericht hat sich in BGE 133 V 504 E. 4.2 S. 509 f., auf welchen sich auch die Vorinstanz beruft, eingehend mit der Schadenminderungspflicht von im Haushalt tätigen Versicherten befasst, welche wegen ihrer Behinderung gewisse Haushaltarbeiten nur noch mühsam und mit viel höherem Zeitaufwand erledigen können. Dabei hat es erwogen, diese müssten in einem üblichen Umfang auch die Mithilfe von Familienangehörigen in Anspruch nehmen, wobei deren im Rahmen der Invaliditätsbemessung zu berücksichtigende Mithilfe weiter gehe als die ohne Gesundheitsschädigung üblicherweise zu erwartende Unterstützung. Für deren Umfang ist sodann nicht die rechtliche Durchsetzbarkeit massgebend, sondern das was in der sozialen Realität üblich und zumutbar ist. Ein invaliditätsbedingter Ausfall darf nur insoweit angenommen werden, als die Aufgaben, welche nicht mehr erfüllt werden können, durch Drittpersonen gegen Entlöhnung oder durch Angehörige verrichtet werden, denen dadurch nachgewiesenermassen eine Erwerbseinbusse oder eine unverhältnismässige Belastung entsteht.
4.3 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz helfen bereits seit dem Jahr 2003 die beiden Töchter und Schwiegertöchter sowie der Ehemann aktiv im Haushalt mit. Aufgrund der bestehenden Familienkonstellation sei davon auszugehen, dass diese ohne Erwartung einer Entschädigung entsprechend reagiert hätten. Auch sei nicht nachgewiesen, dass diesen eine Erwerbseinbusse oder eine unverhältnismässige Belastung entstanden sei. Deren Mitarbeit wurde im Abklärungsbericht lediglich punktuell bei der Ernährung, Wohnungspflege, Wäsche und Kleiderpflege berücksichtigt, wobei sich die Abklärungsperson auf die Angaben der Versicherten selbst stützte. Dass den Töchtern und Schwiegertöchtern die erwartete Mithilfe aus achtenswerten Gründen konkret nicht zumutbar wäre, wird nicht geltend gemacht und ist denn auch nicht ersichtlich. Eine unzulässige Berücksichtigung der aufgrund der Schadenminderungspflicht anrechenbaren Mithilfe liegt damit nicht vor, weshalb kein Anlass besteht, den häuslichen Bereich in diesem Punkt neu zu beurteilen.
4.4 Ferner beanstandet die Beschwerdeführerin, das kantonale Gericht habe die körperliche Belastung in der erwerblichen Tätigkeit als Kassierin unterschätzt und es zu Unrecht abgelehnt, bei der Bemessung der Einschränkung im Haushalt die Wechselwirkung zwischen der vom Beruf ausgehenden Belastung und deren Auswirkung auf die Leistungsfähigkeit im Haushalt zu berücksichtigen. Das von der Beschwerdeführerin angeführte Urteil I 156/04 vom 13. Dezember 2005, in: SVR 2006 IV Nr. 42 S. 151 wurde mit BGE 134 V 9 präzisiert, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist. Danach kann das infolge der Beanspruchung in der Erwerbstätigkeit oder im häuslichen Aufgabenbereich im jeweils anderen Tätigkeitsbereich reduzierte Leistungsvermögen nur berücksichtigt werden, wenn es offenkundig ist und ein gewisses normales Mass überschreitet (BGE 134 V 9 E. 7.3.6 S. 14). Allfällige Wechselwirkungen sind stets vom anteilsmässig bedeutenderen zum weniger bedeutenden Bereich zu berücksichtigen. Weiter gilt, dass gesundheitliche Auswirkungen vom Erwerbs- in den Haushaltbereich nur angenommen werden können, wenn die verbleibende Arbeitsfähigkeit im erwerblichen Tätigkeitsbereich voll ausgenützt wird, d.h. der - für den Gesundheitsfall geltende - Erwerbsanteil die Arbeitsfähigkeit im Erwerbsbereich übersteigt oder mit dieser identisch ist (BGE 134 V 9 E. 7.3.3 und E. 7.3.5 S. 13 f.). Da der Anteil an Arbeit im erwerblichen Betätigungsbereich (85 %) höher ist als der Anteil an Arbeit im Haushalt (15 %), wäre in der hier zu beurteilenden Sache eine leistungseinschränkende Wechselwirkung allenfalls für die häusliche Beschäftigung von Relevanz. Im Rahmen einer ergänzenden Sachverhaltsabklärung durch das Bundesgericht (Art. 105 Abs. 2 BGG) ergibt sich aus den Akten und insbesondere dem Abklärungsbericht Haushalt vom 18. Juli 2008, dem Fragebogen betreffend Erwerbstätigkeit und Haushalt vom 11. April 2008 und dem Gutachten des Zentrums Y._ vom 11. März 2008, dass die Versicherte seit 2004 nicht mehr als Kassierin tätig ist. Seit einem Arbeitsversuch im Beschäftigungsprogramm des RAV von Februar bis April 2007 geht sie zudem überhaupt keiner Erwerbstätigkeit mehr nach. Da sich bis zum massgebenden Zeitpunkt des Einspracheentscheids vom 7. November 2008 keine Anhaltspunkte dafür ergeben, dass die Versicherte ihre verbleibende Arbeitsfähigkeit ausnützt, fällt die Berücksichtigung einer allfälligen Wechselwirkung ausser Betracht. Es kann daher offen bleiben, ob die beiden Tätigkeitsgebiete Kassierin und Haushalt komplementären Anforderungsprofilen entsprechen (vgl. dazu BGE 134 V 9 E. 7.3.1 S. 12).
4.5 Weiter sind Wechselwirkungen nur dann zu berücksichtigen, wenn aus den Akten erhellt, dass die Arzt- und Haushaltsabklärungsberichte nicht bereits in Kenntnis der im jeweils anderen Aufgabenbereich vorhandenen Belastungssituation erstellt worden sind, und konkrete Anhaltspunkte bestehen, dass eine wechselseitige Verminderung der Leistungsfähigkeit vorliegt, die in den vorhandenen Berichten nicht hinreichend gewürdigt worden ist (BGE 134 V 9 E. 7.3.2 S. 13).
4.6 Nach Auffassung der Beschwerdeführerin haben Vorinstanz und IV-Abklärungsperson nicht berücksichtigt, dass sie bei der ärztlich attestierten Arbeitsfähigkeit von 50 Prozent in einer leichten bis mittelschweren Tätigkeit die übrige Zeit vollumfänglich zur Erholung und Regeneration benötige und diese somit nicht für den Haushalt zur Verfügung stehe, auch wenn nun gegenüber früher 35 Prozent mehr dafür veranschlagt worden seien. Die Abklärungsperson hat im Ergänzungsbericht vom 11. September 2008 zur Berücksichtigung der Wechselwirkungen im Bereich Haushalt ausgeführt, der Abklärungsbericht vom 18. Juli 2008 gehe nicht davon aus, dass die Versicherte den Haushalt nun voll erfüllen könne. Es sei ihr jedoch zumutbar, den neben der Ausübung einer Erwerbstätigkeit verbleibenden halben Tag dem Haushalt zu widmen. Das kantonale Gericht hat erwogen, da die Kinder erwachsen seien und die Versicherte auch keinen sonstigen Betreuungspflichten nachzukommen habe, stehe ihr mit der Reduktion der ausserhäuslichen Erwerbstätigkeit von 85 Prozent auf 50 Prozent mehr Zeit zur Verfügung für den häuslichen Bereich, den sie bisher mit einem 15 prozentigen Pensum habe erledigen müssen. Mit einem Anteil der Betätigung im Haushalt von der Hälfte der Gesamtaktivität verbleibt genügend Spielraum für eine der gesundheitlichen Beeinträchtigung Rechnung tragende Einteilung der Arbeit der Beschwerdeführerin, weshalb keine das normale Mass überschreitende und somit zusätzlich zu berücksichtigende Reduktion des Leistungsvermögens im Haushalt infolge der allfälligen Beanspruchung im Beruf offenkundig ist.
4.7 Dem angefochtenen Entscheid lässt sich sodann überzeugend entnehmen, dass der Abklärungsbericht Haushalt vom 18. Juli 2008 den rechtlichen Anforderungen genügt (vgl. Urteil I 246/05 vom 30. Oktober 2007 E. 5.1.1, nicht publ. in: BGE 134 V 9, aber in: SVR 2008 IV Nr. 34 S. 111). Insbesondere ist darin auch die somatische und die psychiatrische Begutachtung berücksichtigt worden. Bei der Haushaltabklärung handelt es sich um einen Betätigungsvergleich, bei dem für die Bemessung der Leistungsfähigkeit nicht die ärztliche Zumutbarkeitsschätzung für sich allein relevant ist. Massgebend ist vielmehr die Unmöglichkeit, sich im bisherigen Aufgabenbereich zu betätigen, was unter Berücksichtigung der konkreten Verhältnisse im Einzelfall festzustellen ist. Anhaltspunkte für offensichtliche Fehleinschätzungen der Abklärungsperson sind nicht erkennbar. Damit erweist sich der beschwerdeführerische Einwand der fehlenden Beachtung der ärztlichen Einschätzung der Arbeitsfähigkeit im Haushaltbereich als unbegründet.
4.8 Indem die Vorinstanz von der von der IV-Stelle im Abklärungsbericht vom 18. Juli 2008 ermittelten Einschränkung im Haushalt von 15,5 Prozent ausgegangen ist, hat sie weder den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder in Verletzung von Bundesrecht festgestellt (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 95 lit. a BGG), noch Art. 28a Abs. 3 IVG betreffend die Invaliditätsbemessung im gemischten Verfahren und die dabei nach neuester Rechtsprechung massgebenden Grundsätze zur Beachtung von Wechselwirkungen zwischen Erwerbs- und Aufgabenbereich und zur Mithilfe von Familienangehörigen im Rahmen der Schadenminderungspflicht missachtet. Da der rechtserhebliche Sachverhalt rechtsgenüglich abgeklärt worden ist, ist dem Eventualantrag nicht stattzugeben, es sei die Sache zur Vornahme ergänzender Abklärungen und neuer Entscheidung zurückzuweisen. Der vom kantonalen Gericht in Anwendung der gemischten Invaliditätsbemessungsmethode bundesrechtskonform ermittelte Gesamtinvaliditätsgrad von gerundet 37 Prozent vermag keinen Anspruch auf eine Invalidenrente zu begründen.
5. Die unentgeltliche Rechtspflege kann gewährt werden (Art. 64 BGG), da die Bedürftigkeit aktenkundig ist und die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen war (BGE 125 V 201 E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt André Largier, Zürich, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Hofer