Faits:
A. Le 14 juin 2004, B._ a déposé une plainte pénale auprès du Juge d'instruction du canton de Vaud, expliquant que le compte de l'un de ses clients à Curaçao avait été frauduleusement débité de 660'000 USD au total. Cet argent était parvenu sur le compte de la société uruguayenne A._ auprès de C._. Les 14 et 16 juin 2004, le Juge d'instruction a bloqué ce dernier compte, à concurrence de 660'000 USD. Il a également ouvert une enquête pénale contre inconnu pour blanchiment d'argent.
Après avoir rejeté deux demandes de levée du blocage, en juillet 2005 puis en septembre 2006, le Juge d'instruction a levé le séquestre le 4 juin 2008 et ordonné la restitution de 660'000 USD à B._. Cette décision, confirmée par le Tribunal d'accusation vaudois, a été annulée par arrêt du Tribunal fédéral du 11 mai 2009 (6B_1035/2008). Une restitution au lésé par l'autorité d'instruction ne pouvait avoir lieu que sur la base d'une situation juridique claire. En l'occurrence, on ignorait si le compte avait été débité en raison d'un comportement astucieux, si la banque avait engagé sa responsabilité en exécutant un ordre falsifié et si elle revêtait la qualité de lésé direct. Les prétentions de A._, qui disait être de bonne foi et avoir fourni une contre-prestation adéquate, n'avaient pas non plus été examinées. Le séquestre des valeurs était maintenu.
Le 20 novembre 2009, le Juge d'instruction a, une nouvelle fois, refusé de lever le séquestre et a confirmé le blocage. Par ordonnance du 7 mai 2010, en revanche, il a levé le séquestre et autorisé A._ à disposer de la somme de 660'000 USD. En substance, il a estimé que les autorités étrangères concernées semblaient se désintéresser de l'affaire et que, faute de collaboration avec celles-ci, il n'était pas possible d'établir la mauvaise foi de A._, qui prétendait avoir reçu les fonds dans le cadre d'une opération de compensation. Cette décision a été réformée par le Tribunal d'accusation vaudois qui a maintenu le séquestre. Le recours de A._ contre cette décision a été rejeté par arrêt du Tribunal fédéral du 8 décembre 2010 (1B_312/2010).
B. Répondant à une requête de A._ du 22 mai 2012, le Procureur général du Ministère public central du canton de Vaud a, par décision du 1er juin 2012, dit que B._ avait la qualité de partie plaignante (ch. I) et refusé de lever le séquestre (ch. II), confirmant ainsi le blocage de la somme de 660'000 USD (ch. III). Le recours interjeté par A._ auprès de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a été rejeté par arrêt du 29 juin 2012.
C. Par acte du 13 août 2012, A._ forme un recours en matière pénale par lequel elle demande, principalement, la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que la levée complète du séquestre du 14 juin 2004 est prononcée et que A._ peut disposer librement de la somme de 660'000 USD. Subsidiairement, elle sollicite le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recours ne porte pas sur la question de la participation d'B._ à la procédure en qualité de partie plaignante.
La Chambre des recours pénale se réfère à son arrêt. B._ renonce à se déterminer et le Ministère public n'a pas fait parvenir de prise de position.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué, qui confirme notamment le maintien du séquestre provisoire, est une décision rendue en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF. En tant que titulaire des avoirs saisis, la recourante peut se prévaloir d'un intérêt juridique à obtenir l'annulation ou la modification de cette décision, de sorte qu'elle a la qualité pour recourir au sens de l'art. 81 al. 1 LTF (ATF 133 IV 278 consid. 1.3 p. 282 s.; 128 IV 145 consid. 1a p. 148). La décision par laquelle le juge prononce, maintient ou refuse un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure. Cela étant, la jurisprudence admet que le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141; 128 I 129 consid. 1 p. 131). Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2. La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 70 al. 2 CP ainsi que le principe de présomption d'innocence en rapport avec la problématique de la contre-prestation au versement de 660'000 USD sur son compte auprès de B._.
Dans son arrêt du 8 décembre 2010, la Cour de céans avait retenu que, sous l'angle de la vraisemblance, les sommes bloquées avaient été détournées au moyen d'une infraction. Elle avait ensuite considéré que la recourante n'avait pas fait la démonstration de sa bonne foi, respectivement qu'elle avait reçu les fonds en fournissant une contre-prestation adéquate. Sur ce dernier point, il lui était reproché de ne pas avoir suffisamment collaboré à l'établissement des faits, se limitant à énoncer de simples affirmations, à l'appui desquelles elle n'avait produit aucun document. La Cour de céans était ainsi arrivée à la conclusion que, faute de fournir les explications nécessaires en relation avec la prétendue contre-prestation concernant les transferts litigieux, la recourante pouvait, sans arbitraire, subir les conséquences de l'absence d'éléments probants.
Comme le relève à juste titre la cour cantonale, la situation factuelle ne s'est pas modifiée depuis décembre 2010. La recourante ne prétend d'ailleurs pas qu'il existerait des éléments de fait nouveaux susceptibles de rendre vraisemblable la contre-prestation adéquate qu'elle allègue. En réalité, la recourante reprend l'argumentation déjà développée en son temps et à laquelle la Cour de céans a répondu de manière circonstanciée au consid. 3.3 de l'arrêt précité, sans qu'il soit nécessaire d'y revenir (cf. art. 61 LTF). Pour le surplus, elle semble évoquer une modification de la situation juridique. La recourante cite en effet la jurisprudence à teneur de laquelle le Tribunal fédéral examine librement l'admissibilité d'un séquestre (arrêt 1B_694 du 12 janvier 2012 consid. 1.3), la qualifiant de "récente", et en déduit que la Cour de céans serait ainsi habilitée à revoir la question de la vraisemblance de la prétendue contre-prestation avec "plein pouvoir d'examen". Outre le fait que cet arrêt se réfère à des arrêts publiés plus anciens - ce qui ôte à cette jurisprudence son caractère prétendument récent - l'appréciation libre à laquelle il fait référence vise uniquement la discussion des notions juridiques applicables. En revanche, l'appréciation des faits, sur laquelle repose la vraisemblance d'une éventuelle contre-prestation, reste gouvernée par l'art. 97 al. 1 LTF. Dans la mesure où la Cour de céans dispose ainsi du même pouvoir d'appréciation que lorsqu'elle a rendu son arrêt du 10 décembre 2010, il n'y pas non plus lieu de revenir sur ce point dans la présente décision.
Par conséquent, les griefs de violation de l'art. 70 al. 2 CP et de la présomption d'innocence peuvent être rejetés dans la même mesure que précédemment.
3. La recourante se plaint de l'établissement manifestement inexact des faits en rapport avec l'état d'avancement des commissions rogatoires auprès des autorités néerlandaises et brésiliennes; dans le même contexte, elle estime que le séquestre ne respecte aujourd'hui plus le principe de la proportionnalité. Ces deux griefs, qui se confondent, méritent d'être examinés ensemble.
3.1 Le séquestre, comme mesure restreignant le droit de propriété, n'est compatible avec la Constitution que s'il repose sur une base légale, est justifié par un intérêt public suffisant et respecte le principe de la proportionnalité (art. 26 al. 1 Cst. en relation avec l'art. 36 al. 1 à 3 Cst.; cf. ATF 126 I 219 consid. 2a p. 221, 2c p. 221/222). Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive; en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (ATF 124 I 40 consid. 3e p. 44/45; 118 Ia 394 consid. 2b p. 397 et les arrêts cités).
Le séquestre pénal est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. Elle est proportionnée lorsqu'elle porte sur des avoirs dont on peut admettre qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués en application du droit pénal. Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre conservatoire peut être maintenu tant que subsiste la probabilité d'une confiscation, l'intégralité des fonds devant demeurer à disposition de la justice aussi longtemps qu'il existe un doute sur la part des fonds qui pourrait provenir d'une activité criminelle (arrêt 1B_175/2012 du 5 septembre 2012 consid. 4.1; arrêt 1P.405/1993 du 8 novembre 1993 consid. 3 publié in SJ 1994 p. 97; cf. également LEMBO/JULEN BERTHOD, in Commentaire romand CPP, 2011, n. 27 ad art. 263 CPP). En outre, pour que le maintien du séquestre pendant une période prolongée se justifie, il importe que les présomptions se renforcent en cours d'enquête (ATF 122 IV 91 consid. 4 p. 96; LEMBO/JULEN BERTHOD, op. cit., n. 26 ad art. 263 CPP). Selon la jurisprudence, un séquestre peut apparaître disproportionné lorsque la procédure dans laquelle il s'inscrit s'éternise sans motifs suffisants (cf. ATF 132 I 229 consid. 11.6 p. 247). Si une telle mesure provisoire se prolonge indûment, un délai raisonnable peut encore être fixé pour procéder aux actes nécessaires et clôturer l'enquête. Cette faculté n'est cependant pas toujours ouverte lorsque le retard dépend de résultats de commissions rogatoires à l'étranger (arrêt 1B_179/ 2009 du 24 novembre 2009 consid. 3.2).
3.2 La cour cantonale a estimé que la présente procédure ne s'éternisait pas sans motif suffisant et que, au contraire, elle présentait des signes d'avancement. A l'appui de cette appréciation, elle s'est référée aux explications données par le Procureur sur les commissions rogatoires auprès des autorités étrangères et a qualifié ces explications de "convaincantes". Cette motivation est certes succincte, voire elliptique. Elle a néanmoins été comprise par la recourante qui l'a, à juste titre, mise en relation avec l'ordonnance du Ministère public refusant la levée du séquestre qui, elle, énonce les opérations entreprises par le Ministère public et les autorités étrangères depuis le mois d'août 2010.
Au titre des démarches pertinentes pour juger de l'avancement de la présente procédure, on trouve l'acte d'accusation établi le 19 avril 2011 par le Ministère public de l'Etat de Rio de Janeiro et transmis par les autorités du Brésil. Cet acte d'accusation, qui vise un tiers par rapport à la présente procédure, fait néanmoins état de l'utilisation fréquente de la société recourante "pour effectuer des opérations bancaires par les fraudeurs brésiliens afin de dissimuler l'origine et le propriétaire des valeurs". En outre, le Ministère public vaudois affirme que les autorités brésiliennes envisageraient désormais de solliciter la remise des valeurs incriminées. En ce qui concerne l'entraide demandée aux Antilles néerlandaises, les documents recueillis sur la base de la requête suisse du 12 janvier 2007 ont été transmis en février 2008. Depuis lors, en revanche, les demandes complémentaires adressées en août 2010, 15 juillet et 14 novembre 2011 sont toutes restées sans réponse, ainsi qu'en atteste un courrier de relance de l'Office fédéral de la justice du 7 mai 2012.
3.3 Dans son arrêt du 8 décembre 2012, la Cour de céans avait déjà relevé que la durée du séquestre, soit alors six ans, était en soi importante mais pouvait s'expliquer par la complexité de la cause et l'attitude des Etats étrangers. La Cour partait toutefois du point de vue que les Etats interpelés pourraient répondre dans un délai raisonnable et que le magistrat instructeur veillerait à un suivi particulier des investigations.
3.4 Or, il ressort de ce qui précède que depuis février 2008, à part la référence à la recourante dans un acte d'accusation établi le 19 avril 2011 par le Ministère public de Rio de Janeiro, les éléments recueillis à l'étranger n'ont pas permis de faire sensiblement progresser l'enquête suisse pour blanchiment d'argent. En outre, aucun document officiel ne démontre l'intérêt des autorités brésiliennes à requérir la remise des valeurs saisies en Suisse. Dans ces circonstances, le maintien du séquestre sine die apparaît disproportionné.
3.5 Ces circonstances ne permettent cependant pas encore de faire droit à la requête de la recourante en libération immédiate et à son bénéfice des fonds séquestrés.
Depuis le 1er janvier 2011, la présente procédure d'enquête, impliquant des mesures de contrainte au sens du titre 5 du Code de procédure pénale, doit être qualifiée en tant que procédure d'instruction (art. 309 al. 1 let. b en lien avec l'art. 263 CPP). Une telle procédure doit être close dans les formes prévues par l'art 318 al. 1 CPP, soit par une ordonnance pénale, par une ordonnance de mise en accusation ou par une ordonnance de classement. Dans la dernière de ces hypothèses, le Ministère public octroie un délai aux parties pour présenter leurs éventuelles réquisitions de preuve (art. 318 al. 1 in fine CPP), puis statue sur les mesures de contrainte en vigueur, soit en les levant soit en prononçant la confiscation des valeurs patrimoniales séquestrées (art. 320 al. 2 CPP; cf. SARA SCHÖDLER, Dritte im Beschlagnahme- und Einziehungsverfahren, Zurich 2012, p. 136-138). Au vu du temps écoulé depuis le prononcé de la présente mesure provisoire, il appartient maintenant au Ministère public de clore l'instruction avec diligence (cf. art. 5 al. 1 CPP), dans les formes prévues par la loi et en respectant le droit des parties de requérir des administrations de preuve. En outre, l'autorité tiendra compte des éventuelles requêtes formelles de confiscation qui pourraient lui être adressées par les autorités étrangères, pour autant qu'elles interviennent à bref délai.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté, au sens des considérants qui précèdent. La recourante n'obtenant pas gain de cause, les frais judiciaires doivent être mis à sa charge (art. 66 al. 1 LTF). Ils peuvent toutefois être réduits, compte tenu des circonstances.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public central et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 22 novembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Merkli
Le Greffier: Kurz