Fatti:
A. A.a I._, nato nel 1956, al momento dei fatti alle dipendenze della C._ SA in qualità di cameriere e, in quanto tale, assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso la Swica Assicurazioni SA, in data 27 luglio 2003 ha battuto il ginocchio destro in seguito ad una scivolata, riportando una contusione ed una distorsione.
La risonanza magnetica eseguita in data 18 agosto 2003 ha inoltre posto in evidenza un'ampia rottura del menisco mediale ed un importante versamento intra-articolare. Il 19 settembre 2003 I._ è quindi stato sottoposto ad artroscopia con meniscectomia mediale parziale da parte del dott. O._, specialista in chirurgia generale.
L'assicuratore infortuni ha assunto il caso, corrispondendo le prestazioni di legge. I._ ha ripreso la propria attività a tempo pieno dal 17 novembre 2003.
A.b Il 7 febbraio 2004 l'assicurato ha annunciato una ricaduta dell'evento del 27 luglio 2003, consistente in dolori e gonfiori al ginocchio destro (versamenti articolari). Una seconda ricaduta è stata notificata alla Swica il 31 marzo 2004.
Esperiti numerosi accertamenti medici tramite il dott. Z._, specialista in ortopedia, il quale ha fatto capo ad altri specialisti, tra cui il prof. G._, specialista in radiologia - in particolare per stabilire se vi fosse una lesione del legamento crociato anteriore -, la Swica, con decisione 16 aprile 2007, confermata su opposizione il 3 luglio 2007, ha posto termine alle prestazioni di corta durata, segnatamente alla cura medica dal 12 dicembre 2005 e alle indennità giornaliere dal 1° luglio 2006, ritenuta un'inabilità lavorativa del 30%. L'assicuratore ha inoltre assegnato all'assicurato un'indennità per menomazione dell'integrità del 15% negando per il resto il diritto a una rendita d'invalidità per mancanza di perdita di guadagno.
A.c Con decisione del 30 maggio 2007 l'Ufficio AI del Cantone Ticino ha dal canto suo respinto la domanda di rendita di invalidità dell'assicurato, in quanto il grado di incapacità lavorativa e di guadagno del 30% non giustificava l'assegnazione della prestazione richiesta. Per giudizio del 3 giugno 2009 il Tribunale amministrativo federale ha respinto il gravame interposto da I._.
B. Contro la decisione su opposizione della Swica, I._, rappresentato dall'avv. Zandrini, è insorto presso il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Zurigo, che ha trasmesso il gravame al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, per competenza, chiedendone l'annullamento, con riconoscimento di un'inabilità lavorativa del 50%.
Con giudizio del 4 dicembre 2008 il Presidente del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha accolto parzialmente il gravame, nel senso che ha annullato la decisione su opposizione del 3 luglio 2007, accertato che lo stato del ginocchio destro andava considerato stabilizzato dal 12 dicembre 2005 e rinviato gli atti alla Swica per nuovi accertamenti ai sensi dei considerandi 2.5.3 e 2.6.3. Il Tribunale ha inoltre precisato che in relazione all'intervento eseguito al ginocchio destro nel luglio 2008 la Swica avrebbe dovuto procedere conformemente al considerando 2.7.
C. I._, ancora rappresentato dall'avv. Zandrini, interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiede di accoglierlo integralmente e di annullare il dispositivo concernente la presunta stabilizzazione del ginocchio destro, con protesta di spese e ripetibili. Delle motivazioni si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto.
Tramite l'avv. Notari, la Swica, protestate spese e ripetibili, propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (art. 97 cpv. 2 LTF); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 3 LTF).
2. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso né è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte ricorrente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella ritenuta nel giudizio impugnato. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1 pag. 254; sentenza 1B_222/2007 del 29 novembre 2007, consid. 1.3).
3. Nel proprio gravame il ricorrente sostiene che il 12 dicembre 2005 lo stato del ginocchio destro non era per nulla stabilizzato; dai referti del dott. M._ e del dott. A._, successivi a quelli del prof. J._ e del Servizio X._ risulterebbe infatti un'instabilità. Egli ritiene quindi che l'operazione del legamento crociato, eseguita nel luglio 2008 in Italia, avrebbe dovuto essere posta in atto già nel 2003, alfine di evitare un deterioramento dello stato del ginocchio.
Il Tribunale di prime cure dal canto suo ha ritenuto che a partire dalla data contestata le condizioni di salute dell'assicurato in relazione al ginocchio destro si erano stabilizzate e che non vi erano proposte terapeutiche volte a migliorare lo stato dell'interessato. Inoltre nel lasso di tempo intercorso tra la perizia eseguita dal prof. J._ e il 2007 non era intervenuto alcun cambiamento.
4. Nei considerandi del giudizio impugnato l'autorità cantonale ha indicato in modo corretto le norme legali e l'ordinamento giurisprudenziale applicabili in concreto, sia per quanto concerne l'assunzione delle spese di cura (art. 10 LAINF), sia per quel che riguarda l'assegnazione di indennità giornaliere (art. 16 LAINF e art. 6 LPGA). A questa esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
Al riguardo va precisato che una cura medica è appropriata ai sensi dell'art. 10 cpv. 1 LAINF solo se è in grado di migliorare lo stato di salute, e meglio se si può ammettere che il trattamento non rappresenta unicamente una remota possibilità di miglioramento (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 252/01 del 17 giugno 2002, consid. 3a).
Il diritto alla rendita inoltre nasce qualora dalla continuazione della cura medica non sia da attendersi un sensibile miglioramento della salute dell'assicurato e siano conclusi eventuali provvedimenti d'integrazione dell'AI. Il diritto alla cura medica ed alle indennità giornaliere cessa con la nascita del diritto alla rendita (art. 19 cpv. 1 LAINF).
Poiché l'assicurazione sociale contro gli infortuni si riferisce a persone che svolgono attività lavorativa (si confronti l'art. 1 [dal 1° gennaio 2003 art. 1a, con testo invariato] e l'art. 4 LAINF), per interpretare il concetto di "sensibile miglioramento" ("namhafte Besserung" e "sensible amélioration" nella versione tedesca e francese dell'art. 19 cpv. 1 LAINF) si farà riferimento ad un incremento rispettivamente ad un recupero dell'abilità lavorativa, nella misura in cui si è deteriorata in seguito all'infortunio. L'aggettivo "sensibile" illustra inoltre che il miglioramento dev'essere importante. Progressi trascurabili non bastano, così come neppure la mera possibilità di un risultato positivo (DTF 134 V 109 consid. 4.3 pag. 115; v. pure sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni U 244/04 del 20 maggio 2005, in RAMI 2005 no. U 557 pag. 388, consid. 2, non pubblicato, e U 412/00 del 5 luglio 2001, consid. 2a; cfr. inoltre Maurer, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, 2a ed., Berna 1989, pag. 274). Lo stesso vale per provvedimenti terapeutici che contribuiscono a lenire i sintomi di un danno alla salute stazionario per un periodo limitato nel tempo (v. ancora sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 244/04 del 20 maggio 2005, in RAMI 2005 no. U 557 pag. 388 consid. 1, non pubblicato, e 3).
5. 5.1 Preliminarmente va rilevato che fin dall'inizio incontestata era la rottura, in seguito all'infortunio, del menisco mediale. Pendente causa amministrativa è pure stata accertata una rottura parziale del legamento crociato anteriore, che non aveva potuto essere rilevata immediatamente dopo l'incidente.
Contestata è per contro la necessità di procedere, prima della sospensione delle prestazioni di corta durata, ad ulteriori cure e meglio ad un intervento chirugico - cui l'assicurato si è sottoposto in Italia nel luglio 2008 - atto a sanare la rottura del legamento crociato del ginocchio destro, alfine di evitare un peggioramento dello stato di salute, e meglio la questione se dall'intervento in esame ci si poteva aspettare un sensibile miglioramento delle condizioni dell'interessato (e quindi della sua capacità lavorativa).
5.2 Al riguardo va rilevato che il prof. G._, specialista in radiologia, nel proprio rapporto all'attenzione del dott. Z._ del 13 ottobre 2005 ha accertato la rottura del legamento crociato anteriore, rilevando che quest'ultimo era "en bonne voie d'évolution favorable".
Il dott. Z._ nel proprio referto del 26 ottobre 2005 ha per contro evidenziato che "in una persona giovane in piena forza dell'età una meniscectomia parziale artroscopica come in questo caso consente la guarigione entro una, al massimo tre settimane ed un'instabilità anteriore di grado I-II non costituisce necessariamente un'indicazione chirurgica nella misura in cui può venire compensata bene col rinforzo della muscolatura del quadricipite. Per il signor I._ la situazione è diversa. Ha subito l'infortunio all'età di 46 anni quando alla sua insaputa era già affetto da alterazioni degenerative delle superfici articolari della rotula e del compartimento mediale nonché del corno posteriore del rispettivo menisco. Ha poi dimostrato il massimo impegno per recuperare la mobilità e la forza muscolare... Ciononostante non riesce a controllare attivamente l'instabilità anteriore...". Egli ha quindi concluso che "l'instabilità...non costituisce necessariamente un'indicazione chirurgica soprattutto in un soggetto giovane ma in questo caso giocoforza è ammettere che un intervento di plastica del crociato anteriore pare indicato per evitare un ulteriore lento degrado dell'articolazione...". Secondo il medico della Swica quindi, trattandosi di un caso limite, l'indicazione e la sua realizzazione avrebbero dovuto essere affidati ad uno specialista del ginocchio a livello universitario.
Sul caso si è quindi espresso il prof. J._, primario presso la Clinica F._, il quale in data 18 gennaio 2006 ha tuttavia sconsigliato di procedere all'intervento ventilato essendoci tra il ginocchio sano e quello leso una differenza molto discreta. Al riguardo egli ha precisato che spesso dopo una plastica persisteva in ogni caso una differenza di 2-3 mm. Infatti nella misura del 10% detti interventi non davano risultati soddisfacenti, soprattutto per quel che riguardava la stabilità. Inoltre potevano subentrare delle complicazioni ulteriori soprattutto in caso di ginocchio già affetto da artrosi. L'esperto ha pertanto concluso che se fosse stato il primo medico curante non avrebbe posto l'indicazione per un intervento chirurgico e che, ritenuta una differenza di 2 mm, il ginocchio doveva essere considerato sufficientemente stabile da permettere la ripresa di un'attività lavorativa al 100%.
Alla luce di questo referto il dott. Z._ in data 7 febbraio 2006 ha quindi modificato la propria opinione, asserendo che ulteriori cure non erano più necessarie, così come non era più giustificata una capacità lavorativa ridotta a partire dal 12 dicembre 2005.
Il dott. U._, specialista in chirurgia ortopedica, nella propria perizia del 26 ottobre 2006, esperita nell'ambito della procedura tendente all'assegnazione di prestazioni dell'assicurazione invalidità, ha attestato l'esistenza di una moderata gonartrosi del compartimento femoro-tibiale mediale, finora senza segni di chiara evoluzione, una funzione articolare ancora ben conservata e una leggera instabilità antero-posteriore di 1° grado, che si poteva spiegare con uno stato dopo elongazione rispettivamente lesione parziale del legamento crociato anteriore, precisando che "sulla base delle osservazioni cliniche e della documentazione radiologica oggi non vi è ancora un'indicazione formale per misure chirurgiche più invasive. Il paziente stesso si attende la soluzione dei suoi disturbi dalla chirurgia. L'indicazione però per eventuali interventi chirurgici deve essere posta con molta prudenza. Soprattutto al paziente non bisogna dare delle speranze troppo ottimi-stiche... Una plastica ricostruttiva del legamento crociato anteriore del ginocchio non appare nelle condizioni attuali indicata". A proposito della capacità lavorativa residua il perito ha attestato un'abilità lavorativa del 70% nell'attività di cameriere (6 ore al giorno) e del 100% in un'attività leggera, non troppo lontana dal luogo di domicilio, nel settore della ristorazione o del turismo.
Il 13 novembre 2006 I._ è stato visitato anche dal dott. M._, chirurgo ortopedico e medico fiduciario della Swica, in quanto aveva rilevato un leggero peggioramento dello stato di salute, consistente in dolore mediale e difficoltà a muoversi su terreno irregolare. Nel marzo 2005 il medesimo medico aveva constatato lassità/insufficienza del legamento asintomatico (senza cedimenti) nella vita quotidiana.
Nel proprio rapporto del 30 dicembre 2006 il dott. D._, specialista in ortopedia, contattato dall'assicurato in Italia, concordava con i medici svizzeri sia per quanto riguardava la diagnosi che in relazione alla prognosi e altresì con il fatto che la situazione "non appare migliorabile né con provvedimenti di tipo medico, né con improbabili interventi chirurgici, ed è altresì destinata a progressivo peggioramento". Il medico considerava l'assicurato abile al lavoro soltanto nella misura del 50%.
In un ulteriore referto del 6 febbraio 2007, il dott. Z._ ha ribadito che "per il momento ulteriori cure non sono più necessarie a patto che il paziente continui come finora a fare del suo meglio per mantenere la mobilità del ginocchio...Ma lo stato attuale del ginocchio destro non può venire considerato definitivamente stabilizzato in quanto suscettibile di peggiorare coll'andare del tempo...", concludendo che a tre anni e mezzo dall'infortunio lo stato del ginocchio poteva essere considerato stabilizzato per poter procedere alla definizione della pratica per concessione di prestazioni di lunga durata.
5.3 Il 22 gennaio 2008 I._ si è sottoposto ad artroscopia esplorativa, eseguita dal dott. A._, alfine di procedere alla ricostruzione del legamento crociato anteriore del ginocchio destro. Per la presenza di sinovite, l'intervento ha potuto essere posto in atto solo il 14 luglio 2008.
Nel protocollo rieducativo riguardante le lesioni del legamento crociato anteriore del dott. A._, risulta che l'intervento è consigliato per chi svolge attività sportiva amatoriale ma continuativa, al paziente di giovane età con attività lavorativa a rischio e al paziente con cedimenti regolari durante lo svolgimento di normali attività.
6. Quanto alla valenza probatoria d'un rapporto medico, determinante è che i punti litigiosi importanti siano stati oggetto di uno studio approfondito, che il rapporto si fondi su esami completi, che consideri parimenti le censure espresse, che sia stato approntato in piena conoscenza dell'incarto (anamnesi), che la descrizione del contesto medico sia chiara e che le conclusioni del perito siano ben motivate. Determinante per stabilire se un rapporto medico ha valore di prova non è quindi né l'origine del mezzo di prova, né la denominazione, ad esempio, quale perizia o rapporto (DTF 125 V 351 consid. 3a pag. 352; 122 V 157 consid. 1c pag. 160; Hans-Jakob Mosimann, Zum Stellenwert ärztlicher Beurteilungen, in: Aktuelles im Sozialversicherungsrecht, Zurigo 2001, pag. 266). Nella sentenza I 128/98 del 24 gennaio 2000, pubblicata in VSI 2001 pag. 106 segg., il Tribunale federale delle assicurazioni ha però ritenuto conforme al principio del libero apprezzamento delle prove definire delle direttive in relazione alla valutazione di determinate forme di rapporti e perizie.
In presenza di rapporti medici contraddittori il giudice non può inoltre evadere la vertenza senza valutare l'intero materiale e indicare i motivi per cui si fonda su un rapporto piuttosto che su un altro (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 673/00 dell'8 ottobre 2002). Al riguardo va tuttavia precisato che non si può pretendere dal giudice che raffronti i diversi pareri medici e parimenti esponga correttamente da un punto di vista medico, come farebbe un perito, i punti in cui si evidenziano delle carenze e qual è l'opinione più adeguata (SVR 2000 UV no. 10 pag. 35 consid. 4b).
In relazione infine alle certificazioni del medico curante, questa Corte ha già ripetutamente stabilito che il giudice può ritenere, secondo la generale esperienza della vita, che, nel dubbio, alla luce del rapporto di fiducia esistente col paziente, egli tenda ad esprimersi a suo favore (VSI 2001 pag. 109 consid. 3b/cc; DTF 124 I 170 consid. 4 pag. 175 con riferimenti).
7. Dalla convergente documentazione medica suesposta emerge che al momento indicato dalla Swica e successivamente confermato dal Tribunale di prime cure, rispettivamente nell'istante della pronuncia della decisione su opposizione contestata, non vi era in concreto alcuna cura medica appropriata e meglio atta a migliorare in modo sensibile lo stato di salute dell'assicurato nonché la sua capacità lavorativa. In effetti tre esperti in materia, interpellati in proposito, e meglio il prof. J._, il dott. U._ e il dott. D._ (come pure il dott. Z._ che si è fondato sul parere del prof. J._), hanno concordemente negato l'indicazione per un intervento chirurgico di plastica del legamento crociato, in quanto i rischi (l'imponderabilità del risultato, vista l'instabilità molto limitata, rispettivamente le complicanze legate all'artrosi già presente) superavano gli eventuali vantaggi (un miglioramento della stabilità). In concreto non solo il miglioramento auspicato non appariva importante, ma addirittura avrebbe potuto anche non subentrare per nulla vista la lieve instabilità, mentre avrebbero potuto manifestarsi effetti collaterali negativi.
Contrariamente a quanto sostenuto dal ricorrente, inoltre, i rapporti del dott. A._ e del dott. M._ non sono atti a mettere in discussione le citate conclusioni. Al riguardo va da un lato rilevato che entrambi i medici non si sono per nulla espressi sul tema in esame. In effetti il dott. A._ ha posto l'indicazione per una plastica oltre due anni dopo la sospensione delle prestazioni di corta durata, rispettivamente posteriormente alla pronuncia della decisione su opposizione contestata, mentre il dott. M._ ha attestato eventualmente un lieve peggioramento dello stato di salute, senza tuttavia proporre alcun intervento chirurgico.
Rilevante è pure il fatto che nel momento determinante l'instabilità era lieve (2mm, motivo per cui il prof. J._ aveva precisato che difficilmente si poteva conseguire un miglioramento), mentre il ginocchio aveva manifestato solo dei lievi cedimenti. L'assicurato ha infatti dichiarato delle vere e proprie cadute solo nel 2008 al dott. Z._. Anche gli episodi relativi al 2006 sono stati comunicati soltanto al dott. Z._ nel 2008, non anche al dott. U._ nell'ottobre 2006 e al prof. J._. Anche in occasione della visita presso il dott. M._, infine, nel novembre 2006 egli si è unicamente lamentato di dolori e difficoltà di deambulazione su terreno irregolare.
Sia il prof. J._ che il dott. U._ ritenevano poi il ginocchio sufficientemente stabile da permettere lo svolgimento di un'attività lucrativa a tempo pieno (seppur solo in attività leggere adeguate, secondo il dott. U._). Pertanto difficilmente l'intervento avrebbe provocato un miglioramento della capacità lavorativa residua.
Da ultimo dev'essere evidenziato che il ricorrente confonde l'instabilità del ginocchio, che era effettiva, ma che al momento determinante era di lieve entità, con la stabilizzazione dello stato di salute, a seguito dell'assenza di provvedimenti appropriati.
8. Alla luce delle considerazioni suesposte, il giudizio impugnato non può che essere confermato, mentre il ricorso in materia di diritto pubblico, in quanto infondato, va integralmente respinto.
Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). La Swica, vittoriosa in causa, non ha diritto all'assegnazione di spese ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.