Faits:
A.
Par jugement du 8 mai 2012, le Tribunal de police du canton de Genève a acquitté A._ du chef d'accusation de viol à l'encontre de X._.
B.
Par arrêt du 10 juin 2013, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel de X._ et l'appel joint du Ministère public.
C.
Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour qu'elle condamne A._ pour viol. Elle conclut également à ce qu'il soit ordonné à la cour cantonale de demander la production des plaintes pénales pour faux témoignage déposées contre B._ ainsi que la production du téléphone portable et de la carte SIM de celle-ci. En outre, elle sollicite l'assistance judiciaire.
Considérant en droit:
1.
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b). Un tel intérêt juridique est reconnu à la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF). Selon la jurisprudence, la partie plaignante n'est habilitée à recourir contre un jugement prononçant l'acquittement du prévenu que si elle a, autant que cela pouvait raisonnablement être exigé d'elle, exercé l'action civile, en prenant des conclusions chiffrées en réparation de tout ou partie de son dommage matériel ou de son tort moral (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1 p. 248). Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir (cf. ATF 138 III 357 consid. 1.2 p. 359; 133 II 353 consid. 1 p. 356). En l'espèce, la recourante a participé à la procédure cantonale en tant que partie plaignante, elle a pris des conclusions civiles et le jugement peut avoir des effets sur celles-ci. Sa qualité pour recourir doit donc être admise.
1.2. Le Tribunal fédéral peut soit réformer l'arrêt attaqué soit l'annuler et renvoyer la cause à l'instance précédente (art. 107 al. 2 LTF). Les conclusions de la recourante tendant à ce qu'il soit ordonné à la cour cantonale de procéder à telles ou telles mesures d'instruction sont donc irrecevables.
2.
La recourante s'en prend à l'établissement des faits, qu'elle qualifie de manifestement inexact (art. 97 al. 1 LTF).
2.1. Le Tribunal fédéral est un juge du droit. Il ne peut revoir les faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire arbitraire (cf. ATF 136 II 447 consid. 2.1, p. 450). On peut renvoyer, sur la notion d'arbitraire, aux principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral (voir par ex: ATF 138 III 378 consid. 6.1 p. 379; 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560 ; 135 V 2 consid. 1.3 p. 4/5; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités). En bref, pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat.
Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (art. 106 al. 2 LTF). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel (ATF 133 IV 286). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 5; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356 ; 133 III 393 consid. 6 p. 397).
Dans la mesure où, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves est critiquée en référence avec le principe in dubio pro reo, celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 41).
2.2. La cour cantonale a constaté que les versions de la recourante et de l'intimé étaient contradictoires. Alors que, selon la recourante, l'intimé avait consciemment outrepassé son refus, l'intimé soutient que, si la recourante avait dit " non ", son comportement signifiait " oui " et qu'il n'avait pas dû lutter pour entretenir une relation sexuelle. Il s'était du reste arrêté au moment où il s'était aperçu qu'elle pleurait.
Après avoir mentionné que les certificats médicaux ne constataient aucune trace de violence, la cour cantonale a relevé les incohérences du comportement de la recourante. Elle a trouvé étonnant que celle-ci ait accepté de se retrouver seule avec l'intimé chez elle alors qu'elle connaissait le comportement lourd et insistant de celui-ci. Après les faits, elle avait discuté et plaisanté avec son agresseur pendant un long moment avant de lui faire ses adieux et ne s'était pas rendue immédiatement à l'hôpital après son départ. De l'autre côté, le comportement de l'intimé apparaissait plus cohérent. Lorsqu'il avait appris que la recourante avait mal perçu ce qui s'était passé entre eux, il avait immédiatement souhaité en parler avec elle et lui présenter ses excuses. Il avait collaboré durant toute la procédure, et n'avait jamais nié avoir entretenu une relation sexuelle avec la recourante, alors même qu'aucune preuve d'un tel rapport n'avait pu être recueillie. Enfin, il s'était retiré au moment où il s'était aperçu qu'elle pleurait, ce qui faisait douter de son intention de la contraindre à subir un acte auquel elle n'avait pas consenti.
Se fondant sur les déclarations de l'intimé et de la recourante, la cour cantonale a admis qu'il existait un doute sérieux sur la conscience qu'avait eue l'intimé du fait que sa partenaire ne consentait pas à la relation sexuelle et qu'il la contraignait, mais également, au vu de l'incohérence de son comportement, sur les réelles intentions de la recourante.
2.3. Dans son acte de recours, qui s'apparente à un mémoire d'appel, la recourante oppose, pour l'essentiel, sa propre version des faits à celle qui figure dans l'arrêt attaqué. Elle cite nombre de déclarations faites par les parties et relève des prétendues contradictions de l'arrêt cantonal, sans pour autant établir que les faits ont été établis de manière arbitraire. Purement appellatoire, son argumentation est irrecevable.
Tel est en particulier le cas des aspects suivants:
2.3.1. La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir versé dans l'arbitraire, en retenant qu'elle n'avait pas explicitement exprimé son refus et que l'intimé ne l'avait pas entendu.
La cour cantonale a considéré que, si la recourante avait dit " non ", son comportement et ses gestes corporels étaient en opposition avec le refus formulé et que l'intimé n'avait pas eu conscience que sa partenaire ne consentait pas à la relation sexuelle. Elle a fondé ses constatations essentiellement sur les déclarations de l'intimé, expliquant pourquoi celles-ci lui paraissaient plus convaincantes que celles de la recourante. En soutenant que l'intimé a consciemment outrepassé le refus de la recourante, celle-ci présente sa propre version des faits sans établir en quoi la version de la cour cantonale est arbitraire. Les déclarations de l'intimé, citées par la recourante, ne permettent pas de conclure à l'arbitraire de la version retenue. Purement appellatoire, l'argumentation de la recourante est irrecevable.
2.3.2. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir retenu qu'elle avait fait des " adieux passionnels " à l'intimé sur la base des seules déclarations de B._, qui faisait l'objet d'une plainte pour faux témoignage. Elle fait également grief à la cour cantonale d'avoir constaté, sur la base des déclarations du même témoin, que l'intimé n'outrepassait jamais un refus, alors que ce témoin aurait fait l'objet d'un placage au sol de vingt minutes de la part de l'intimé.
En affirmant qu'elle n'a pas fait ses adieux à l'intimé et que l'intimé avait plaqué au sol B._ pendant vingt minutes, la recourante se borne à affirmer des faits, sans démontrer que la version retenue par la cour cantonale est arbitraire. Cette argumentation est purement appellatoire. Ses griefs sont donc irrecevables.
2.3.3. La recourante reproche à la cour cantonale de s'être arbitrairement accommodée du fait que l'intimé n'a pas posé la question si elle voulait aller plus loin.
La cour cantonale a admis que l'intimé avait interprété le comportement de la recourante comme un consentement et qu'il n'avait pas eu conscience d'outrepasser son refus. La recourante part du fait qu'elle a clairement exprimé son refus et que son comportement nécessitait des explications. Ce faisant, elle s'écarte des faits retenus par la cour cantonale, sans démontrer en quoi ceux-ci sont arbitraires. Purement appellatoire, son argumentation est irrecevable.
2.3.4. La recourante soutient que la cour cantonale a versé dans l'arbitraire en ne retenant pas que l'intimé avait usé de force.
La recourante se borne à reprendre sa propre version des faits, que la cour cantonale a écartée pour des motifs convaincants. Purement appellatoire, le grief est irrecevable.
2.4. La recourante se plaint enfin du rejet de certaines mesures d'instruction. En particulier, elle fait grief à la cour cantonale d'avoir refusé d'ordonner à B._ de verser à la procédure pénale son téléphone portable et sa carte SIM, qui contenaient les sms que la recourante lui avaient envoyés pour lui demander de la débarrasser de l'intimé resté dormir dans son appartement. Elle reproche également à la cour cantonale d'avoir rejeté la production de la plainte pour faux témoignage à l'encontre de B._. Enfin, elle se plaint du défaut de confrontation des parties.
Par ces différents griefs, la recourante n'expose pas en quoi la cour cantonale aurait établi les faits de manière arbitraire. Dans cette mesure, ces griefs sont irrecevables. Pour le surplus, elle ne fait pas valoir de violation de règles du CPP ou de son droit d'être entendue.
3.
La recourante soutient que l'intimé a agi par dol éventuel (art. 12 al. 2 CP).
Ce grief doit être rejeté, dans la mesure où la cour cantonale a retenu, de manière non arbitraire, que l'intimé n'avait pas eu conscience d'outrepasser le refus de la recourante.
4.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). La recourante devra donc supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimé qui n'a pas déposé de mémoire dans la procédure devant le Tribunal fédéral.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 11 novembre 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Schneider
La Greffière: Kistler Vianin