Sachverhalt:
A. Die X._ AG verkaufte in der Zeit vom 14. April 1999 bis zum 28. Februar 2000 verschiedene Stockwerkeigentumseinheiten und Parkplätze eines Grundstücks in Zug. Mit Verfügung vom 17. Mai 2005 setzte die Grundstückgewinnsteuer-Kommission der Einwohnergemeinde Zug den steuerbaren Gewinn für diese Veräusserungen auf Fr. 1'330'959.-- und die geschuldete Steuer auf Fr. 133'095.-- fest. Dabei zog sie vom Erlös nebst anderen Anlagekosten (anrechenbaren Aufwendungen) den für das Jahr 1974 geschätzten Verkehrswert von Fr. 176'550.-- ab und nicht - wie die Pflichtige in ihrer Steuererklärung - den per Ende 1998 massgebenden Buchwert von Fr. 845'000.--. Diesen Punkt der Veranlagung focht die X._ AG erfolglos mit Einsprache und danach mit Rekurs an das Verwaltungsgericht des Kantons Zug an.
B. Am 5. November 2007 hat die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 25. September 2007 aufzuheben und den vom Erlös abziehbaren Erwerbspreis aufgrund des Buchwerts per Ende 1998 und nicht des Verkehrswerts von 1974 festzusetzen.
C. Das Grundstückgewinnsteueramt der Stadt Zug schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht auf eine Stellungnahme verzichtet haben.
D. Mit Präsidialverfügung vom 5. Dezember 2007 ist der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug betreffend die Grundstückgewinnsteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (vgl. Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Auf die Beschwerde der gemäss Art. 89 BGG legitimierten Beschwerdeführerin ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die vorliegende Beschwerdeschrift genügt diesen Anforderungen nicht vollumfänglich; soweit das nicht der Fall ist, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Die Besteuerung der Grundstückgewinne ist in den Kantonen nicht einheitlich. Grundstückgewinne werden entweder alle mit einer besonderen Wertzuwachs- oder Grundstückgewinnsteuer erfasst (sog. monistisches System), oder dann unterliegen nur Grundstückgewinne des Privatvermögens der Grundstückgewinnsteuer und werden Grundstückgewinne des Geschäftsvermögens der ordentlichen Einkommens- oder Gewinnsteuer unterstellt (sog. dualistisches System). Das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) folgt in seinem Grundsatz dem dualistischen System. Gleichzeitig hat es den Kantonen freigestellt, die Besteuerung monistisch zu regeln. Diese Freiheit der Kantone ist in Art. 12 Abs. 4 StHG ausdrücklich vorgesehen.
Soweit die Kantone - zulässigerweise - auch geschäftliche Gewinne der Grundstückgewinnsteuer unterstellen, ist eine Verlustverrechnung im Allgemeinen nicht vorgesehen. Denn im monistischen System werden Grundstückgewinne objektiv bemessen, d.h. allein nach dem auf der Liegenschaft erzielten Mehrwert und ohne Rücksicht auf die übrige geschäftliche Situation bzw. die gesamte wirtschaftliche Leistungsfähigkeit des Pflichtigen. Dieses System ermöglicht unter anderem, den "unverdienten" - insbesondere durch infrastrukturelle und planerische Massnahmen des Gemeinwesens bewirkten - Wertzuwachs für alle Steuersubjekte mit dem gleichen (progressiven) Steuergrundtarif zu erfassen. Dadurch soll ein Teil der Leistungen der öffentlichen Hand wieder dem Staat zugeführt werden, was auch dem Sinn der Bestimmung von Art. 5 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (RPG; SR 700) entspricht (vgl. zum Ganzen BGE 131 II 722 E. 2.1 S. 723 f., 131 I 249 E. 6.3 S. 261 f., 130 II 202 E. 3.2 S. 207, Pra 2000 Nr. 25 S. 143 E. 3c, StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18 E. 3.5 u. 4).
2.2 Auf den vorliegend zu beurteilenden Sachverhalt ist das Harmonisierungsgesetz noch nicht anwendbar. Es geht hier um die steuerlichen Folgen von Veräusserungen der Jahre 1999 und 2000. Dafür galt noch das Gesetz des Kantons Zug über die Grundstückgewinnsteuer vom 2. November 1990 (GStG). Art. 72 Abs. 1 StHG verbietet den Bundesbehörden einen Eingriff in die kantonale Steuerhoheit für Sachverhalte, die noch in die achtjährige Anpassungsfrist bis zum 31. Dezember 2000 fallen (vgl. u.a. BGE 128 II 56 E. 1a/b S. 58 f.; 123 II 588 E. 2d/e S. 593 f.; siehe auch StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18 E. 3.2). Der Kanton Zug hat mit seinem auf den 1. Januar 1991 in Kraft getretenen Gesetz auch nicht seine bundesstaatliche Treuepflicht in dem Sinne verletzt, dass er während der Anpassungsfrist seine Gesetzgebung gezielt in einer den harmonisierungsrechtlichen Vorschriften zuwiderlaufenden Weise geändert hätte (vgl. u.a. BGE 124 I 101 E. 4 S. 106; 124 I 145 E. 2 S. 151 f.; StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18 E. 3.3). Somit kann hier offen bleiben, ob sich die zugerische Regelung vollumfänglich im Rahmen des von Art. 12 Abs. 4 StHG zulässig erklärten monistischen Systems hält.
2.3 Gemäss § 3 Abs. 1 GStG wird die Grundstückgewinnsteuer auf (sämtlichen) Gewinnen erhoben, die sich bei Handänderungen von Grundstücken oder Anteilen von solchen ergeben. Grundstückgewinn ist der Betrag, um welchen der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis und anrechenbare Aufwendungen) übersteigt. Massgebend für die Berechnung des Gewinnes und der Besitzesdauer ist die letzte steuerpflichtige Handänderung (§ 8 Abs. 1 und 2 GStG). Als Erwerbspreis gilt der Kaufpreis mit Einschluss aller weiteren Leistungen des Erwerbers (§ 9 Abs. 1 GStG). Liegt die massgebende Handänderung mehr als 25 Jahre zurück, kann der Steuerpflichtige anstelle des Erwerbspreises den Verkehrswert des Grundstückes vor 25 Jahren in Anrechnung bringen. In diesem Fall beträgt die anrechenbare Besitzesdauer ebenfalls 25 Jahre (§ 9 Abs. 3 GStG).
Die Beschwerdeführerin wendet sich nicht gegen diese Regelung als solche, sondern nur gegen deren Anwendung im konkreten Fall. Die hier umstrittene Veranlagung beruht auf folgenden Umständen: Die Beschwerdeführerin hatte die massgebliche Parzelle mehr als 25 Jahre vor der nun zu beurteilenden Veräusserung verschiedener Stockwerkeigentumseinheiten und Parkplätze zum Preis von Fr. 99'500.-- erworben. In der Geschäftsbuchhaltung der Jahre 1992 bis 1994 wertete sie das Grundstück auf. Nach Abschreibungen in den Jahren 1997 und 1998 betrug dessen steuerlich massgebender Buchwert per Ende 1998 Fr. 845'000.--. In Anwendung von § 9 Abs. 3 GStG haben die Zuger Behörden den vom Verkaufserlös abziehbaren Erwerbspreis gemäss dem "Verkehrswert vor 25 Jahren" festgelegt und diesen für das Jahr 1974 auf Fr. 150.-- pro m2 geschätzt, d.h. auf gesamthaft Fr. 176'550.--. Insofern sind sie von der Steuererklärung der Beschwerdeführerin abgewichen und haben nicht auf den per Ende 1998 massgeblichen Buchwert von Fr. 845'000.-- abgestellt.
2.4 Dagegen macht die Beschwerdeführerin geltend, der genannte Buchwert umfasse in den Jahren 1992 bis 1994 erzielte Aufwertungen, die schon bei der Ertragssteuer erfasst worden seien. Würden diese Aufwertungsgewinne bei der Besteuerung des Grundstückgewinns nicht berücksichtigt, so ergebe sich eine unzulässige Doppelbelastung, die sowohl eine willkürliche Anwendung des kantonalen Rechts als auch einen Verstoss gegen den Grundsatz der Allgemeinheit und Gleichmässigkeit der Besteuerung (Art. 127 Abs. 2 BV) darstelle:
2.4.1 Die Beschwerdeführerin beruft sich in erster Linie auf § 12 GStG, wonach für die Veranlagung von Veräusserungen von Grundstücken des Geschäftsvermögens die bei der ordentlichen Steuerveranlagung ermittelten Grundlagen massgebend sind. Daraus lasse sich ableiten, dass bei den hier interessierenden Verkäufen 1999/2000 der Buchwert Ende 1998 als Anlagewert heranzuziehen sei. Das würde tatsächlich jede Doppelbelastung vermeiden. Die Zuger Behörden haben diese Bestimmung indessen verfassungskonform anders ausgelegt:
Aus den allgemeinen Auslegungsgrundsätzen (vgl. BGE 132 II 200 E. 1.6 S. 203, mit Hinweisen) ergibt sich, dass der Wortlaut von § 12 GStG unklar ist. Es sind auch keine Materialien mehr greifbar, so dass sich der genaue Grund für dessen Aufnahme ins Gesetz nicht mehr festlegen lässt. Somit kommt es in erster Linie auf den Zweck der Regelung, die dem Text zugrunde liegenden Wertungen sowie auf den Sinnzusammenhang an, in dem die Norm steht. Aus diesen teleologischen und systematischen Überlegungen ergibt sich, dass die von der Beschwerdeführerin vertretene Auslegung das erklärte Ziel des Gesetzes unterlaufen würde. Zudem würden Grundstückgewinne des Geschäftsvermögens gegenüber jenen des Privatvermögens privilegiert, was der Idee der Grundstückgewinnbesteuerung nach monistischem System - und somit dem Gesamtkonzept einer objektiven Planungsgewinnsteuer (vgl. oben E. 2.1) zuwiderliefe. Mit den von der Vorinstanz angeführten Zweck- und Systemüberlegungen setzt sich die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich auseinander, so dass auf ihre diesbezügliche Kritik am angefochtenen Entscheid nicht näher einzugehen ist (vgl. oben E. 1.2, siehe dazu auch schon StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18 E. 4).
Beim hier massgeblichen, weit zurückreichenden Erwerb des veräusserten Basisgrundstücks kann die Bedeutung von § 12 GStG nur sein, dass der Verkehrswert vor 25 Jahren mindestens dem damaligen Buchwert entsprechen muss. Die Auslegung der Zuger Behörden verstösst somit weder gegen Art. 127 Abs. 2 BV (soweit dieser Grundsatz hier überhaupt zum Tragen kommen kann, vgl. StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18 E. 4) noch gegen das Willkürverbot (vgl. zu dessen Kriterien u.a. BGE 132 III 209 E. 2.1 S. 211, mit Hinweisen).
2.4.2 Ebenso wenig kann die Beschwerdeführerin aus dem Urteil 2P.158/1990 vom 4. Oktober 1991 ableiten. Dort erklärte das Bundesgericht als unzulässig, denselben Vermögenszugang sowohl mit der Grundstückgewinnsteuer als auch mit der Einkommenssteuer zu erfassen. Das bezog sich aber auf einen Sachverhalt, der mit dem vorliegenden nicht vergleichbar war, weil sich die beiden Besteuerungen gegenseitig logisch ausschlossen. Hier sind zwei unterschiedliche Vorgänge (Aufwertung und Verkauf) zu beurteilen, die zumindest vor Inkrafttreten des Harmonisierungsgesetzes von den Kantonen zulässigerweise mit verschiedenen Steuerfolgen belegt werden konnten.
2.4.3 Etwas anderes ergibt sich auch nicht aus den Einzelumständen des konkreten Falls. Wie die Beschwerdeführerin selber hervorhebt, hatten die Aufwertungsgewinne der Jahre 1992 bis 1994 bei ihr keine ertragssteuerlichen Folgen und konnte sich daraus bei ihr also keine effektive Doppelbelastung ergeben. Die Aufwertungen dienten nämlich ausschliesslich der Verlustverrechnung bzw. der Vermeidung von Unterbilanzen.
Unbegründet ist schliesslich der Vorwurf der Beschwerdeführerin, nicht sie habe verlangt, den Ersatzwert vor 25 Jahren heranzuziehen; vielmehr hätten die Steuerbehörden diesen von Amtes wegen berücksichtigt. Da jedoch der tatsächliche Erwerbspreis hier deutlich tiefer lag, wirkte sich diese Massnahme zugunsten der Beschwerdeführerin aus. Dazu kommt, dass die kantonalen Behörden nebst dem - wohlwollend geschätzten - Verkehrswert vor 25 Jahren irrtümlicherweise den tatsächlich bezahlten Erwerbspreis kumulativ (statt alternativ) berücksichtigt haben. Ein noch höherer Buchwert vor 25 Jahren erscheint zumindest unwahrscheinlich.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 65 f. BGG). Parteientschädigung ist keine auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Einschätzungskommission für die Grundstückgewinnsteuern der Stadt Zug, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Matter