Faits:
A. Par contrat du 27 janvier 1996, E.X._ et F.X._ (ci-après : les bailleurs) ont cédé à Y._ (ci-après : l'association), moyennant un loyer annuel indexé fixé initialement à 21'600 fr., l'usage d'un local commercial d'environ 100 m2 dans l'immeuble sis en zone industrielle, à A._, dont ils sont propriétaires. Le local mis à disposition était destiné à recevoir des réunions de l'association, qui est un centre religieux et culturel hindou. Conclu initialement pour une durée de cinq ans, le contrat prenait effet le 1er avril 1996 pour se terminer le 31 mars 2001.
E.X._ s'est adressé à plusieurs reprises à l'association, dès le mois de juillet 1996, pour lui reprocher divers manquements dans l'utilisation des locaux (cuisine commune laissée en désordre et sale, chaussures qui s'accumulent dans les couloirs, utilisation indue des parkings des autres locataires, saleté dans la montée d'escaliers et les WC). Les bailleurs ont résilié le contrat par deux fois, le 28 février 2000 et le 5 avril 2001. Les parties ont finalement décidé de poursuivre leur relation contractuelle sur la base d'un nouveau contrat prenant effet le 1er avril 2001 et arrivant à échéance le 31 mars 2006, le loyer annuel étant fixé en définitive à 24'000 francs. Ce bail devait se renouveler ensuite tacitement d'année en année, sauf congé donné six mois avant l'échéance.
Le loyer a été fixé en dernier lieu, dès le 1er avril 2007, à 25'200 francs.
Des locataires voisins se sont plaints des désagréments causés par l'activité de l'association, à savoir le bruit des prières, des chants, de la musique religieuse ainsi que d'une cloche, de même que l'émanation de fumée d'encens et d'odeurs de cuisine. Il était également reproché aux membres de laisser traîner des chaussures dans les corridors, d'occuper les parkings loués aux autres locataires et de maintenir la porte d'entrée ouverte de jour comme de nuit, y compris le week-end. Une entreprise locataire a même quitté les lieux.
Par avis officiel du 24 septembre 2007, les bailleurs ont résilié le bail pour sa prochaine échéance, le 31 mars 2008.
B. L'association a demandé l'annulation du congé et, subsidiairement, une prolongation du bail pour une durée de six ans. Les bailleurs se sont opposés à la demande.
Par décision du 25 avril 2008, la Commission de conciliation en matière de baux et loyers a déclaré le congé valable et a accordé à la locataire une unique prolongation du bail jusqu'au 31 décembre 2008.
L'association a saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, tandis que les bailleurs ont déposé une demande en évacuation.
Par jugement du 25 janvier 2010, le Tribunal des baux et loyers a déclaré valable le congé et a octroyé à la locataire une unique prolongation de bail de dix-huit mois échéant le 30 septembre 2009, de sorte qu'elle a condamné l'association à évacuer les locaux.
Statuant sur appel de l'association par arrêt du 11 octobre 2010, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers a annulé le congé donné à l'association.
Saisi d'un recours des bailleurs, le Tribunal fédéral, par arrêt du 4 février 2011, l'a admis et a annulé l'arrêt du 11 octobre 2010; il a déclaré que le congé était valable et a renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue sur la demande en prolongation du bail et en évacuation (cause 4A_631/2010).
La cause a donc été remise au rôle de la Cour de justice, Chambre des baux et loyers. L'association a conclu principalement à une prolongation du bail d'une durée de six ans, soit jusqu'au 31 mars 2014. Les bailleurs se sont opposés à la demande et ont conclu à l'évacuation.
Par arrêt du 12 décembre 2011, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice a accordé à l'association une unique prolongation de bail de trois ans échéant le 31 mars 2011 et a, par voie de conséquence, condamné l'association à évacuer les locaux.
C. L'association exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire dans la constatation des faits et une violation de son droit à la preuve, une transgression des art. 272 et 272b CO, ainsi qu'une violation de sa liberté religieuse, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à l'octroi d'une prolongation du bail de six ans échéant au 31 mars 2014; subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente.
Les bailleurs proposent le rejet du recours.
Les parties ont répliqué et dupliqué.
Considérant en droit:
1. 1.1 Lorsque le litige - comme dans le cas présent - porte sur la prolongation d'un bail, la valeur litigieuse correspond au montant du loyer qui serait dû pendant la période de prolongation demandée et contestée qui reste à courir à compter de l'arrêt cantonal (ATF 113 II 406 consid. 1 p. 407 s.; arrêt 4A_105/2009 du 5 juin 2009 consid. 2). Comme la prolongation du bail, entièrement contestée, était demandée devant l'autorité précédente jusqu'au 31 mars 2014 et que le loyer annuel s'élevait à 25'200 fr., il n'est pas douteux que la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. requise en matière de droit du bail à loyer est ici atteinte (art. 74 al. 1 let . a LTF).
Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en prolongation du bail et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité supérieure statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc aussi être formé pour violation d'un droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut ainsi admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 137 II 313 consid. 4 p. 317 s.; 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 137 III 580 consid. 1.3 p. 584; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
Lorsque - comme c'est le cas en l'espèce -, le Tribunal fédéral, à la suite d'un arrêt de renvoi, est saisi pour la deuxième fois du même litige, il est lui-même lié par sa précédente décision; bien que l'art. 66 al. 1 OJ n'ait pas été repris dans la LTF, il faut retenir qu'un arrêt de renvoi lie aussi bien la cour cantonale que le Tribunal fédéral sur tous les points de fait et de droit qui sont couverts par le précédent arrêt (FF 2001 p. 4143; ATF 135 III 334 consid. 2.1 p. 335 s.; sous l'ancien droit : ATF 122 I 250 consid. 2).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire telle que l'entend l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 I 184 consid. 1.2 p. 187). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). De surcroît, il n'est pas possible de revenir sur les faits établis dans le précédent arrêt de renvoi (cf. ci-dessus, consid. 1.2).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 La recourante se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits, ce qui revient à se plaindre d'une constatation manifestement inexacte des faits (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF). Un tel grief doit être motivé conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62).
Il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits lorsque le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
In casu, la recourante ne critique pas l'état de fait dressé par la cour cantonale, mais la manière dont celle-ci a apprécié les circonstances. Il s'agit là d'une question de droit, et non de fait. La cour cantonale a bien retenu que le Tribunal fédéral avait rendu un arrêt entre les parties le 4 février 2011 (let. A, p. 2, de l'arrêt attaqué, ). Il en découle nécessairement, sans qu'il soit nécessaire de le dire, que les parties n'ont reçu cet arrêt que quelques semaines plus tard. La cour cantonale a également relevé que la recourante avait conclu un contrat de courtage en avril 2011 (consid. 4.2, p. 9, de l'arrêt attaqué). Il n'y a donc pas lieu de rectifier ou de compléter l'état de fait. Le grief est dépourvu de consistance.
2.2 La recourante se plaint également d'une violation de son droit à la preuve, en reprochant à la cour cantonale de ne pas avoir élucidé les causes de l'échec du projet de s'installer au lieu-dit ... à B._.
Lorsqu'une prétention relève du droit fédéral - comme c'est le cas en l'espèce -, il a été jugé que le droit à la preuve était régi de manière spéciale par l'art. 8 CC, et non par l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêt 5A_726/2009 du 30 avril 2010 consid. 3.1, non publié in ATF 136 III 365). Quel que soit son fondement, le droit à la preuve ne peut être reconnu que s'il s'agit d'établir un fait pertinent, qui n'est pas déjà prouvé, au moyen d'une mesure probatoire adéquate, laquelle doit avoir été valablement offerte selon les règles de la loi de procédure applicable; par ailleurs, le droit à la preuve n'est pas violé si le juge, à la suite d'une appréciation anticipée des preuves, parvient à la conclusion que l'administration de la preuve sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (ATF 129 III 18 consid. 2.6 p. 24 s.).
En l'espèce, la cour cantonale a énuméré les démarches entreprises par la recourante pour trouver une solution de remplacement, démarches qu'elle a jugé insuffisantes (consid. 4.2, p. 8/9, de l'arrêt attaqué). Elle n'a cependant jamais affirmé que la recourante aurait laissé passer une occasion qui aurait pu aboutir. Il est donc sans pertinence, pour le raisonnement adopté, de démontrer que l'un des projets ne pouvait pas réussir. Le reproche formé par la cour cantonale concerne le peu de démarches entreprises, et non pas leur échec. En conséquence, la recourante ne pouvait pas exiger, sous l'angle du droit à la preuve, des mesures probatoires destinées à prouver un fait sans pertinence.
2.3 La recourante fait grief à l'autorité cantonale de ne pas lui avoir accordé une prolongation du bail pour la durée maximale de six ans prévue pour les locaux commerciaux (art. 272 b al. 1 CO).
Pour déterminer, dans les limites légales, la durée de la prolongation du bail, le juge doit procéder à une pesée des intérêts en présence, en tenant compte de toutes les circonstances pertinentes (art. 272 al. 2 CO).
Le juge apprécie librement, selon les règles du droit et de l'équité (art. 4 CC), s'il y a lieu de prolonger le bail et, dans l'affirmative, pour quelle durée. Il doit procéder à la pesée des intérêts en présence et tenir compte du but d'une prolongation, qui est de donner du temps au locataire pour trouver des locaux de remplacement. Il lui incombe de prendre en considération tous les éléments du cas particulier, tels que la durée du bail, la situation personnelle et financière de chaque partie, leur comportement, de même que la situation sur le marché locatif (ATF 136 III 190 consid. 6 p. 195 et les arrêts cités). Il peut tenir compte du délai qui s'est écoulé entre le moment de la résiliation et celui où elle devait prendre effet, ainsi que du fait que le locataire n'a pas entrepris de démarches sérieuses pour trouver une solution de remplacement (ATF 125 III 226 consid. 4c p. 230; arrêt 4C.425/2004 du 9 mars 2005 consid. 3.4, SJ 2005 I p. 397). Il se demandera aussi s'il est particulièrement difficile pour le locataire de trouver des locaux de remplacement (ATF 136 III 190 consid. 6 p. 195/196), notamment en raison de la nature particulière de ses activités (DAVID LACHAT, Le bail à loyer, 2008, p. 781), ainsi que du besoin plus ou moins urgent pour le bailleur de voir partir le locataire (ATF 136 III 190 consid. 6 p. 196).
En l'espèce, la recourante voudrait bénéficier d'une prolongation de six ans, en se référant expressément à l'affaire dite du " Relais de l'Entrecôte " publiée à l'ATF 136 III 190. Dans ce précédent, les voisins ne se plaignaient pas de désagréments causés par l'exploitation du restaurant et le bailleur n'avait pu démontrer aucune urgence à réaliser son projet de changer l'affectation du bâtiment. Par ailleurs, les nuisances causées par l'exploitation d'un restaurant semblent notablement moindres que celles qui ont été constatées en l'espèce. En conséquence, les deux cas ne sont pas comparables.
En l'espèce, il ressort des faits constatés - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que les bailleurs ont reçu de manière régulière des réclamations de la part des locataires voisins et une entreprise a même quitté les lieux. L'existence d'une nuisance a été dûment constatée. En conséquence, les bailleurs sont exposés, en raison des désagréments résultant de l'activité de la recourante, à voir leur immeuble se vider ou, à tout le moins, à avoir de la difficulté à relouer des surfaces qui deviendraient vacantes. Il y a donc une certaine urgence pour les bailleurs à voir la recourante quitter les lieux, puisque leur activité ne paraît guère compatible avec celle des voisins actuels et qu'elle est ressentie comme une cause de désagréments sérieux. Il faut d'ailleurs relever que l'utilisation, par les membres de l'association, de places de stationnement réservées à d'autres locataires constitue même un usage de la chose louée qui n'est pas conforme au contrat. Il existe manifestement un intérêt sérieux des bailleurs au départ des locataires.
Cet intérêt doit être mis en balance avec celui de l'association recourante. Il est évident, pour les mêmes raisons, que le voisinage de celle-ci n'est pas particulièrement souhaité et qu'il lui est donc difficile de trouver des locaux de remplacement. Son intérêt à poursuivre son activité ne saurait être mis en doute. Elle a expliqué d'une manière crédible qu'il lui est difficile de trouver des locaux à louer et qu'elle envisageait un achat. Tenant compte du fait que le congé a été donné par avis officiel du 24 septembre 2007, la cour cantonale a reproché à la recourante de n'avoir entrepris depuis lors que quelques démarches en vue de trouver une solution de remplacement. La recourante considère que ce reproche est injustifié. Elle n'a pas entièrement tort, en ce sens que l'on ne voit pas que l'on puisse reprocher à la recourante d'avoir tardé à réagir après l'arrêt du Tribunal fédéral du 4 février 2011, en concluant un contrat de courtage en avril de la même année. Il n'empêche que les efforts entrepris, considérés depuis la date de la résiliation, ne paraissent pas particulièrement fournis. On déduit des circonstances que la recourante a aussi un intérêt sérieux à la prolongation du bail.
En présence de deux intérêts importants qui s'opposent, la détermination de la durée de prolongation est une question d'appréciation. Le juge ne transgresse pas le droit fédéral en exerçant le pouvoir d'appréciation que la loi lui accorde. Le droit fédéral n'est violé que s'il sort des limites fixées par la loi, s'il se laisse guider par des considérations étrangères à la disposition applicable, s'il ne prend pas en compte les éléments d'appréciation pertinents ou s'il tire des déductions à ce point injustifiables que l'on doive parler d'un abus du pouvoir d'appréciation (ATF 135 III 121 consid. 2 p. 123; 125 III 226 consid. 4b p. 230; de façon générale: ATF 130 III 28 consid. 4.1 p. 32, 213 consid. 3.1 p. 220, 571 consid. 4.3 p. 576). Saisi d'un recours, le Tribunal fédéral ne doit pas substituer sa propre appréciation à celle de l'autorité inférieure (ATF 135 III 121 consid. 2 p. 123 s.; 132 III 97 consid. 1 p. 99, 109 consid. 2 p. 111).
L'art. 272 b al. 1 CO prévoit, pour les locaux commerciaux, que le bail peut être prolongé pour une durée maximale de six ans. Il incombait à la cour cantonale, selon son appréciation, de déterminer la durée de la prolongation à l'intérieur de cette limite, en procédant à une pesée des intérêts en présence. L'arrêt attaqué, qui a fixé la prolongation à trois ans, est manifestement fondé sur l'idée que les deux intérêts s'équilibrent et qu'il fallait choisir une durée intermédiaire entre l'absence de prolongation et la durée maximale. On peut bien sûr en discuter, comme c'est toujours le cas avec les questions d'appréciation. Il faut cependant aussi considérer que la recourante a aujourd'hui bénéficié, dans les faits, d'une prolongation de plus de quatre ans. Le recours ne présenterait d'intérêt pour elle que si l'on pouvait affirmer que le droit fédéral imposait dans les circonstances d'espèce une prolongation encore supérieure. Si l'on tient compte du large pouvoir d'appréciation accordé au juge du fait et de l'intérêt du bailleur résultant des nuisances constatées plus en détail dans l'arrêt rendu précédemment entre les parties par le Tribunal fédéral, on ne peut parvenir à une telle conclusion. Il se justifie donc de rejeter le recours, puisque la recourante ne peut prétendre à une prolongation d'une plus longue durée et que le jugement d'évacuation prononcé ne viole donc pas le droit fédéral.
2.4 La recourante invoque enfin la violation de diverses dispositions constitutionnelles, à savoir les art. 15, 72 et 35 Cst. Elle n'explique cependant pas de manière précise en quoi chacune de ces dispositions aurait été violée, de sorte que ce grief ne respecte pas les exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
De la brève argumentation présentée, on comprend seulement que la recourante se plaint d'une violation de la liberté du culte. Il faut cependant rappeler que les libertés individuelles garanties par la Constitution sont destinées à protéger le citoyen contre des atteintes de la part de l'Etat. Ce n'est qu'exceptionnellement qu'elles peuvent avoir des effets sur les rapports entre les particuliers (cf. art. 35 al. 3 Cst.). La liberté du culte ne saurait permettre d'exiger d'un particulier qu'il mette à disposition, contre sa volonté, des locaux qui lui appartiennent. La liberté du culte est alors bornée par la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), qui constitue également un droit garanti par la Constitution. L'argumentation d'ordre constitutionnel présentée par la recourante ne lui est donc d'aucun secours.
3. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 29 juin 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Ramelet