Faits:
A. Par jugement du 4 mars 2008, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a reconnu X._ coupable de viol et l'a condamné à une peine privative de liberté de trois ans avec sursis pendant dix-huit mois et délai d'épreuve de cinq ans. La condamnation repose en substance sur les faits suivants.
A.a Le 28 décembre 2005, X._ et A._ se sont retrouvés dans un café de Genève, avant de passer une partie de la nuit en discothèque jusqu'aux environs de 4h30 du matin suivant. A._ a alors exprimé le désir de rentrer chez elle. Se trouvant à cours d'argent, elle a partagé un taxi avec X._ qui a spontanément indiqué son adresse personnelle au chauffeur. Arrivé à destination, le couple est monté à l'appartement pour un dernier verre. X._ a conduit A._ jusqu'à une pièce meublée d'un simple matelas où il lui a proposé de s'asseoir avant de fermer la porte. Il lui a alors demandé de se dénuder, ce qu'elle a refusé. Anéantissant la résistance de la jeune femme, X._ l'a dévêtue de force et giflée avant de lui imposer deux rapports sexuels complets ainsi qu'une fellation. A._ a regagné ensuite son domicile avant de se rendre chez son beau-frère plus tard dans la journée.
A.b Le 4 janvier 2006, A._ s'est rendue à l'hôpital cantonal pour une visite médicale. Selon le rapport établi consécutivement le 13 janvier suivant, elle avait souffert de diverses douleurs dans les jours suivant son agression et présentait une ecchymose sur la face interne de la cuisse droite. L'examen gynécologique n'avait en revanche mis en évidence aucune lésion. Au cours de la consultation, A._ avait signalé qu'au moment des faits, elle portait un tampon hygiénique qu'en raison de l'agression, elle n'avait pu retirer que quelques jours plus tard.
B. Saisie d'un pourvoi du condamné, la Cour de cassation l'a rejeté par arrêt du 16 octobre 2008.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement dont il requiert l'annulation en concluant principalement à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire gratuite.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant se prévaut de la violation de la présomption d'innocence.
1.1 Consacrée par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH, la présomption d'innocence et le principe "in dubio pro reo", qui en est le corollaire, sont des garanties de rang constitutionnel (ATF 120 Ia 31 consid. 2b p. 35 s. et 2e p. 38), dont la violation peut être invoquée par la voie du recours en matière pénale (art. 95 let. a LTF). Elles concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (ATF 120 Ia 31 consid. 2c p. 36). En tant que règles sur le fardeau de la preuve, ces principes signifient, au stade du jugement, que le fardeau de la preuve incombe à l'accusation et que le doute doit profiter à l'accusé. Autrement dit, le juge ne peut prononcer un verdict de culpabilité au seul motif que l'accusé n'a pas établi son innocence (ATF 127 I 38 consid. 2 p. 40;124 IV 86 consid. 2a p. 88; 120 Ia 31 consid. 2c p. 37). Le Tribunal fédéral examine librement cette question, cependant que son examen est restreint à l'arbitraire quant à l'appréciation des preuves (ATF 127 I 38 consid. 2 p. 40; 124 IV 86 consid. 2a p. 88; 120 Ia 31 consid. 2e p. 38).
1.2 La notion d'arbitraire a été rappelée dans divers arrêts récents, auxquels on peut se référer. En bref, il ne suffit pas, pour qu'il y ait arbitraire, que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148 et les arrêts cités).
L'appréciation des preuves est en particulier arbitraire lorsque le juge de répression n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9). Il en va de même lorsqu'il retient unilatéralement certaines preuves ou lorsqu'il rejette des conclusions pour défaut de preuves, alors que l'existence du fait à prouver résulte des allégations et du comportement des parties (ATF 118 Ia 28 consid. 1b p. 30). Il ne suffit pas qu'une interprétation différente des preuves et des faits qui en découlent paraisse également concevable pour que le Tribunal fédéral substitue sa propre appréciation des preuves à celle effectuée par l'autorité de condamnation, qui dispose en cette matière d'une grande latitude. En serait-il autrement, que le principe de la libre appréciation des preuves par le juge du fond serait violé (ATF 120 Ia 31 consid. 2d p. 37 s.).
1.3 Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre une décision d'une autorité cantonale de dernière instance dont la cognition était limitée à l'arbitraire, l'examen du Tribunal fédéral porte concrètement sur l'arbitraire du jugement de l'autorité inférieure, à la lumière des griefs soulevés dans l'acte de recours. Pour satisfaire cependant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit, matériellement, remettre en cause l'appréciation des preuves du jugement de première instance et, puisque seule la décision de l'autorité de dernière instance peut être attaquée, il doit également démontrer pourquoi celle-ci a refusé à tort de qualifier d'arbitraire l'appréciation des preuves de l'autorité inférieure. Il ne peut pas simplement reprendre les critiques qu'il avait formulées en instance cantonale, mais il doit s'en prendre également à la motivation de la décision de l'autorité supérieure (ATF 125 I 492 consid. 1a/cc et 1b et les arrêts cités).
2. Les autorités cantonales ont reconnu X._ coupable de viol (cf. art. 190 CP) pour avoir contraint A._ à subir plusieurs actes sexuels au petit matin du 29 décembre 2005.
2.1 A l'appui de cette condamnation, elles se sont fondées principalement sur la déposition de la victime à la police judiciaire et au juge d'instruction, considérée comme détaillée et cohérente à quelques imprécisions mineures près. Elles se sont également appuyées sur les témoignages de son beau-frère et de son compagnon qui ont déclaré l'avoir rencontrée, dans la journée du 29 décembre 2005, en pleurs et en état de choc, gênée de leur révéler que l'accusé, après l'avoir conduite jusqu'à son domicile, dévêtue et frappée, l'avait violée à plusieurs reprises. Sa soeur avait confirmé avoir entendu le même récit deux ou trois jours après les faits de la bouche de A._, encore bouleversée et en proie à une vive émotion. Le rapport médical du 13 janvier 2006 relatait le même déroulement des faits, précisant que l'ecchymose relevée sur la face interne de la cuisse droite confortait les allégations selon lesquelles l'accusé s'était aidé du genou pour contraindre sa victime. Enfin, la doctoresse D._ (médecin légiste auprès de la consultation de médecine de prévention de la violence) avait décrit, à l'issue de cinq entrevues, une patiente en état de choc, présentant tous les symptômes d'un syndrome de stress post-traumatique et particulièrement embarrassée de rapporter des événements au cours desquels elle avait consenti de se soumettre à son agresseur par crainte de mourir. Les conséquences de l'agression sur son état de santé psychique étaient importantes, son état dépressif s'aggravant. Pour autant, elle ne souffrait cependant d'aucun trouble psychiatrique et ses déclarations se révélaient crédibles. P._, psychologue qui avait rencontré la victime à sept reprises, avait confirmé ces constatations. Au reste, le condamné avait admis qu'au moment des faits, A._ lui avait exprimé son opposition et son désarroi à diverses reprises.
2.2 Dans l'acte de recours, X._ reproche à la Cour correctionnelle d'avoir versé dans l'arbitraire en procédant à une appréciation insoutenable de la déposition de la partie civile qu'il considère comme contradictoire et invraisemblable au regard des allégations selon lesquelles elle portait un tampon hygiénique au moment des faits, avait par la suite entretenu des rapports intimes avec son compagnon et patienté une semaine avant de se soumettre à une visite médicale. En outre, il leur fait grief d'avoir procédé à un tri sélectif de ses propres allégations, ne retenant que celles corroborant la version de la victime. Ce faisant, il se limite à reprendre les critiques exposées devant la juridiction cantonale sans exposer en quoi cette dernière aurait refusé à tort de les examiner ou de les qualifier d'arbitraires, de sorte que, sur ces points, l'acte de recours ne répond pas aux exigences de motivation rappelées au consid. 1.3 ci-dessus.
2.3 Le recourant se prévaut également d'appréciation arbitraire des preuves entraînant la violation du principe "in dubio pro reo".
2.3.1 En particulier, il reproche aux autorités cantonales d'avoir tenu pour avérées les violences prétendument subies par la victime, alors qu'aucune preuve matérielle n'en a été rapportée. D'une part, il ressort au contraire du rapport médical du 13 janvier 2006 qu'aucune lésion gynécologique n'a été constatée et, d'autre part, le beau-frère de A._ a déclaré n'avoir observé aucune trace de violence sur cette dernière lorsqu'il l'a rencontrée quelques heures après les faits. En alléguant ainsi que si les violences prétendument subies avaient été réelles, elles auraient immanquablement laissé des traces, le recourant fait valoir une argumentation à caractère appellatoire qui ne démontre pas l'arbitraire de l'arrêt attaqué. En effet, la Cour cantonale y a exposé que, selon le rapport médical précité, l'absence de lésion gynécologique s'expliquait par le déroulement des événements tel que relaté par A._ et par le fait qu'une semaine s'était écoulée entre le viol et la consultation gynécologique du 4 janvier 2006. En outre, le témoignage du beau-frère de la victime est infirmé par ledit rapport d'où il ressort qu'une semaine après les faits, la victime présentait encore une ecchymose sur la face interne de la cuisse droite.
2.3.2 Par ailleurs, le recourant tente d'établir la fausseté des déclarations de la victime, en se prévalant d'un appel lancé à 7h46 par cette dernière au moyen de son téléphone portable lequel a alors activé la borne située à proximité du domicile du condamné. Il en déduit qu'elle ne l'a pas quitté à 6h30 comme prétendu, mais plus tard. Sur ce point, la Cour cantonale a admis dans l'arrêt attaqué que les doutes qui demeuraient au sujet de la chronologie exacte des événements n'étayaient en rien la thèse ainsi défendue par le recourant, cela d'autant moins que l'appel en question pouvait avoir été lancé de l'appartement aussi bien que de la rue. Se contenter de se référer derechef à cet appel téléphonique, de même que soulever une nouvelle fois le fait que la victime n'aurait pas appelé son beau-frère à 6h30 mais ultérieurement, ne suffit à l'évidence pas non plus à remplir les exigences de motivation (cf. consid. 1.3 supra), ni à démontrer que l'appréciation cantonale serait insoutenable.
2.4 Enfin, le recourant reproche à la Cour cantonale une violation du principe "in dubio pro reo" en tant que règle sur la répartition du fardeau de la preuve, en lui opposant le fait d'avoir formulé de manière purement spéculative «plusieurs motivations envisageables» de la victime aux fins de démontrer la fausseté des accusations retenues contre lui. Une telle argumentation qui se limite à constater que le condamné a tenté de discréditer les déclarations de la victime par de pures spéculations qui n'ont pas été suivies par les premiers juges, ne constitue à l'évidence pas une inversion du fardeau de la preuve qui équivaudrait à exiger du recourant qu'il prouve son innocence. Ce grief, s'il est recevable, ne peut qu'être rejeté.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours se révèle mal fondé dans la mesure où il est recevable.
Comme les conclusions en étaient d'emblée vouées à l'échec, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice, dont le montant sera toutefois arrêté au regard de sa situation économique (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 20 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Gehring