Faits:
A. X._ en tant que locataire et Y._ Sàrl en tant que bailleresse ont conclu le 12 mars 2011 un contrat de bail portant sur un appartement sis dans le canton de Vaud. Par courrier daté du 4 septembre 2011, la bailleresse a résilié le contrat pour le 31 mars 2012. Devant la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district concerné, la locataire a contesté la validité de la résiliation et le montant du loyer; la Commission a soumis une proposition de jugement que la locataire a rejetée.
Par acte du 30 novembre 2011 notifié le 1er décembre 2011, la Commission de conciliation a délivré une autorisation de procéder à la locataire. La décision écrite contient notamment le passage suivant en caractères gras: la locataire "est en droit de porter l'action devant le Tribunal des baux dans un délai de trente jours à compter de la délivrance de la présente autorisation. Ce délai n'est pas suspendu par les féries (art. 145 al. 1 à 3 CPC)".
B. Le 16 janvier 2012, la locataire a ouvert action devant le Tribunal des baux, concluant notamment à l'annulation de la résiliation, à la nullité du loyer de 950 fr. et à la fixation d'un nouveau loyer initial de 500 fr. par mois avec effet au 1er avril 2011. Par décision du 31 janvier 2012, le Tribunal a déclaré la demande irrecevable pour cause de tardiveté.
La locataire a restitué l'appartement le 15 février 2012. La bailleresse l'a libérée de ses obligations contractuelles avec effet au 29 février 2012.
Le 24 février 2012, la locataire a interjeté appel, concluant à ce que sa demande du 16 janvier 2012 soit déclarée recevable. Statuant par arrêt du 2 mai 2012, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a confirmé la décision d'irrecevabilité; elle a jugé que durant les féries (art. 145 al. 1 CPC), le délai pour ouvrir action ensuite de la délivrance d'une autorisation de procéder après tentative de conciliation n'était pas suspendu (art. 145 al. 2 let. a et art. 209 al. 4 CPC).
C. La locataire (ci-après: la recourante) saisit le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile, concluant à ce que sa demande du 16 janvier 2012 soit déclarée recevable. La bailleresse (ci-après: l'intimée) déclare se rallier à l'arrêt attaqué.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière civile est recevable indépendamment de la valeur litigieuse si la contestation soulève une question juridique de principe (art. 74 al. 2 let. a LTF). Une telle hypothèse est réalisée lorsque la résolution du litige implique de trancher une question juridique donnant lieu à une incertitude caractérisée, laquelle appelle de manière pressante un éclaircissement de la part du Tribunal fédéral en tant qu'autorité judiciaire suprême chargée de dégager une interprétation uniforme du droit fédéral (ATF 137 III 580 consid. 1.1).
En l'espèce, il s'agit de déterminer si les délais pour porter l'action devant le tribunal après l'échec de la conciliation et la délivrance d'une autorisation de procéder (art. 209 al. 3 et 4 CPC) sont ou non suspendus durant les féries (art. 145 al. 1 et al. 2 let. a CPC). Les questions de délai pour procéder sont fondamentales pour la pratique judiciaire; dans l'intérêt de tous les acteurs au procès, elles doivent être clarifiées au plus tôt. La doctrine est divisée sur la question soulevée dans le cas concret (pour un aperçu, cf. THOMAS SUTTER-SOMM, Das Schlichtungsverfahren der ZPO: Ausgewählte Problempunkte, RSPC 2012 p. 82); à ce jour, le Tribunal fédéral ne s'est pas prononcé. Dans ces circonstances, il y a lieu d'admettre, comme le soutient la recourante, que le présent recours soulève une question de principe.
2. La question à juger est celle de savoir si l'art. 145 al. 2 let. a CPC s'applique aux délais prévus par l'art. 209 CPC.
2.1 L'art. 209 CPC figure dans la deuxième partie du CPC traitant des "dispositions spéciales"; il se trouve, sous le titre "conciliation", dans le chapitre 3 intitulé "conciliation et autorisation de procéder", qui suit le chapitre 2 relatif à la "procédure de conciliation". L'art. 209 CPC traite de l'autorisation de procéder, délivrée lorsque la tentative de conciliation n'aboutit pas. A teneur de l'art. 209 al. 3 CPC, le demandeur est en droit de porter l'action devant le tribunal dans un délai de trois mois à compter de la délivrance de l'autorisation de procéder; l'art. 209 al. 4 CPC réduit ce délai à trente jours notamment pour les litiges relatifs aux baux à loyer.
L'art. 145 CPC, qui ressortit aux "dispositions générales" du code (partie 1), figure dans le chapitre relatif aux délais. Selon l'art. 145 al. 1 CPC, les délais légaux et les délais fixés judiciairement ne courent pas durant les féries; l'art. 145 al. 2 let. a CPC précise toutefois que la suspension des délais ne s'applique pas "à la procédure de conciliation".
2.2 Les auteurs sont majoritairement d'avis que la suspension s'applique aux délais de l'art. 209 CPC. Ils soutiennent que ces délais courent dès la notification de l'autorisation de procéder, c'est-à-dire à un moment où la procédure de conciliation est terminée; ils ne feraient ainsi pas partie de la procédure de conciliation (SUTTER-SOMM, op. cit., p. 82 s.; BARBARA MERZ, n° 13 ad art. 145 CPC, et URS EGLI, n° 21 ad art. 209 CPC, in Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kommentar, Brunner/Gasser/Schwander [éd.], 2011; FRANÇOIS BOHNET, in Code de procédure civile commenté, 2011, n° 15 ad art. 209 CPC; JURIJ BENN, n° 6 ad art. 145 CPC, et DOMINIK INFANGER, n°s 21 et 25 ad art. 209 CPC, in Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010; GASSER/RICKLI, Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kurzkommentar, 2010, n° 5 ad art. 209 CPC; URS H. HOFFMANN-NOWOTNY, in ZPO, Kurzkommentar, Oberhammer [éd.], 2010, n° 8 ad art. 145 CPC; Le droit suisse du bail à loyer - Commentaire SVIT, adaptation française de Burkhalter/Martinez-Favre, 2011, p. 767; BASTIEN SANDOZ, La conciliation, in Procédure civile suisse - Les grands thèmes pour le praticien, 2010, p. 84 n. 80; DAVID LACHAT, Procédure civile en matière de baux et loyers, 2011, p. 109 n. 10.10; JACQUES HALDY, Les procédures spéciales, in Le Code de procédure civile - Aspects choisis, 2011, p. 135).
D'autres auteurs, certains non sans hésitations, sont d'avis que la suspension ne s'applique pas. Ils se fondent sur le fait que l'art. 209 CPC se trouve dans le titre consacré à la conciliation et que les délais prévus dans cette disposition doivent dès lors être considérés comme faisant partie de la procédure de conciliation; ils relèvent aussi que cette solution est conforme au but du législateur de ne pas retarder à l'excès la procédure au fond (TAPPY/NOVIER, La procédure de conciliation et la médiation dans le CPC, in Il Codice di diritto processuale civile svizzero, 2011, p. 137; DENIS TAPPY, in Code de procédure civile commenté, op. cit., n° 14 ad art. 145 CPC; LEUENBERGER/UFFER-TOBLER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, p. 205 n. 8.63; JÖRG HONEGGER, in Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [éd.], 2010, n° 10 ad art. 209 CPC). La Cour d'appel relève en outre que dans un article à paraître, un auteur (KATIA ELKAIM) ferait en substance observer que les seuls délais mentionnés dans le chapitre 2 consacré à la procédure de conciliation sont des délais d'ordre (art. 203 al. 1 et al. 4 CPC), de sorte que l'art. 145 al. 2 let. a CPC serait dépourvu de portée pratique si l'on devait considérer, avec la doctrine majoritaire, que cette disposition vise uniquement la procédure de conciliation au sens étroit (publication désormais parue: cf. KATIA ELKAIM-LÉVY, Premières expériences avec le nouveau code de procédure civile, Le point de vue du magistrat, in Nouvelle procédure civile et espace judiciaire européen, 2012, p. 35).
2.3 L'art. 145 al. 2 let. a CPC exclut la suspension des délais dans le cadre de la "procédure de conciliation" (Schlichtungsverfahren, procedura di conciliazione). Cette même notion de "procédure de conciliation" (Schlichtungsverfahren, procedura) forme l'intitulé du chapitre englobant les art. 202 à 207 CPC; ces dispositions règlent la procédure de conciliation proprement dite. Le chapitre suivant, intitulé "conciliation et autorisation de procéder" (Einigung und Klagebewilligung, intesa e autorizzazione ad agire), précise à l'art. 208 CPC, sous l'intitulé "conciliation" (Einigung, avvenuta conciliazione), la suite de la procédure en cas d'aboutissement de la conciliation, respectivement à l'art. 209 CPC, sous l'intitulé "autorisation de procéder" (Klagebewilligung, autorizzazione ad agire), la suite de la procédure en cas d'échec de la conciliation. L'art. 209 CPC se trouve ainsi dans un chapitre de la loi qui ne règle pas la procédure de conciliation, mais en précise les suites. Il n'y a aucune raison de considérer que la notion de "procédure de conciliation" n'aurait pas la même portée à l'art. 145 al. 2 let. a CPC que dans l'intitulé du chapitre englobant les art. 202 à 207 CPC; tel semble aussi avoir été l'avis des experts ayant rédigé l'avant-projet (voir ci-après).
Le délai de l'art. 209 CPC commence à courir avec la notification de l'autorisation de procéder, à savoir à un moment où il n'y a plus de procédure de conciliation en cours. Ce délai, à fortiori, s'écoule alors que cette procédure est close et l'autorité de conciliation dessaisie. On ne saurait dès lors admettre sans autre qu'il est un élément de la procédure de conciliation.
La consultation des travaux législatifs n'appelle pas une autre conclusion. L'avant-projet des experts incluait déjà l'équivalent de l'actuel art. 145 al. 2 let. a CPC, en ce sens que les règles sur les féries ne devaient pas s'appliquer à la "procédure de conciliation" (cf. art. 138 al. 2 let. a AP-CPC). Après la délivrance de l'autorisation de procéder, le demandeur disposait d'un délai de deux mois pour porter l'action devant le tribunal; il était expressément précisé que ce "délai ne peut pas être suspendu" ("diese Frist kann nicht stillstehen"; art. 202 al. 3 phrase 2 AP-CPC). Le rapport explicatif soulignait qu'il n'était pas question d'accorder un délai plus long, car il s'agissait de favoriser la rapidité de la procédure (Rapport accompagnant l'avant-projet de la commission d'experts, juin 2003, p. 100 ad art. 202, accessible sur le site internet de l'Office fédéral de la justice [www.ejpd.admin.ch], en sélectionnant les rubriques Thèmes/Etat & Citoyen/Législation/Projets terminés).
Toutefois, dans le cadre de la procédure de consultation, d'aucuns ont préconisé de porter ce délai à trois mois, respectivement de suspendre le délai pendant les féries (cf. Classement des réponses à la procédure de consultation, 2004, p. 526 ss ad art. 202). Dans son projet, le Conseil fédéral a augmenté le délai à trois mois et a supprimé la clause qui excluait toute suspension du délai (FF 2006 7064, art. 206 al. 3 du projet). Il a simplement précisé que la raison d'être du délai était d'éviter que le défendeur ne reste pendant une période indéterminée sans savoir si la procédure allait se poursuivre ou non (Message du 28 juin 2006 relatif au code de procédure civile suisse [CPC], FF 2006 6941 ch. 5.13 ad art. 206).
Au vu de ce qui précède, la volonté de ne pas retarder la procédure doit être relativisée. Les féries peuvent prolonger le délai ordinaire d'un mois supplémentaire au maximum (cf. art. 145 al. 1 let. b CPC), ce qui ne paraît pas aller à l'encontre du but de la loi. Dans cette mesure, l'intérêt du défendeur à être fixé sur la poursuite du litige peut céder le pas face à l'intérêt du demandeur à ne pas devoir déposer une demande pendant les féries, sachant par ailleurs que si cette écriture devait être produite dans le délai non suspendu de l'art. 209 CPC, la procédure judiciaire n'en serait pas moins ralentie par les féries (cf. SUTTER-SOMM, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2e éd. 2012, p. 187 n. 750; EGLI, op. cit., n° 21 ad art. 209 CPC; KARIN FISCHER, Vom Friedensrichteramt zur Schlichtungsbehörde, 2008, p. 62, à propos de l'ancienne procédure zurichoise). Et si la suspension s'applique au délai ordinaire de trois mois, il en va nécessairement de même pour le délai plus court concernant les litiges en matière de bail (art. 209 al. 4 CPC). Une différenciation entre les divers délais de l'art. 209 CPC n'entre pas en ligne de compte, d'autant moins que le délai de 30 jours de l'alinéa 4 n'a été introduit qu'au cours des débats devant le parlement (BO 2008 CN 956-958, CE 728). L'on ne saurait dès lors accorder une importance particulière au fait que, sous l'ancien droit, le délai de 30 jours imparti par le droit fédéral (art. 274f al. 1 aCO; RO 1990 822) pour saisir le juge après un acte de non-conciliation dans un litige de bail à loyer n'était pas suspendu par les féries du droit cantonal (cf. ATF 123 III 67 consid. 2). Au demeurant, la Conseillère nationale et avocate Anita Thanei, qui a oeuvré pour maintenir une réglementation semblable aux art. 274 ss aCO (cf. BO 2008 CN 957), admet elle-même que le délai de 30 jours de l'art. 209 al. 4 CPC est suspendu pendant les féries (THANEI, Auswirkungen der neuen Schweizerischen Zivilprozessordnung auf die mietrechtlichen Verfahren, insbesondere auf das Schlichtungsverfahren, mp 2009 p. 189 s.).
Enfin, même si le fait de restreindre l'application de l'art. 145 al. 2 let. a CPC à la procédure de conciliation proprement dite (art. 202-207 CPC) avait pour conséquence qu'aucun délai légal impératif ne tombe sous le coup de cette disposition, elle n'en serait pas pour autant dépourvue de portée. Car elle s'applique aux délais fixés aux parties par l'autorité de conciliation (cf. p. ex. art. 202 al. 4 CPC) et aux délais à tenir par l'autorité elle-même. L'objection est, pour ce motif déjà, infondée.
2.4 En résumé, il y a lieu de retenir que les délais pour ouvrir action ensuite de la délivrance d'une autorisation de procéder (art. 209 al. 3 et al. 4 CPC) sont suspendus pendant les féries (art. 145 al. 1 CPC).
3. L'autorisation de procéder a été notifiée à la recourante le jeudi 1er décembre 2011. Le délai de trente jours pour ouvrir action a commencé à courir le 2 décembre 2011; le cours a été suspendu du 18 décembre 2011 au 2 janvier 2012 inclus (seize jours; art. 145 al. 1 let. c CPC). Le délai arrivait ainsi à échéance le lundi 16 janvier 2012. La demande déposée ce jour-là l'a été en temps utile.
Il s'ensuit l'admission du recours, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres arguments de la recourante. L'arrêt de la Cour d'appel civile est annulé et la cause lui est renvoyée pour suite de la procédure.
L'intimée a déclaré se rallier entièrement à l'arrêt attaqué. Cette réponse ne peut qu'être interprétée comme une conclusion en confirmation de cet arrêt et, partant, en rejet du recours. Ainsi, l'intimée succombe et doit en conséquence supporter les frais et dépens de la présente procédure de recours (art. 66 et 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
4. L'intimée versera à la recourante une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile.
Lausanne, le 20 septembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
La Greffière: Monti