Sachverhalt:
A. Die Zürcher Schulgemeinden Nürensdorf, Rorbas-Freienstein-Teufen, Feuerthalen und Hittnau, die Gemeinde Seuzach, die Schulpflege Erlenbach, die Oberstufenschule Bülach, die Primarschulen Benken, Bachenbülach, Marthalen und Höri, die Sekundarschule Kreis Marthalen sowie die Städte Zürich und Kloten ersuchten im Zeitraum von September 2007 bis Juni 2008 beim Volksschulamt des Kantons Zürich um die Ausrichtung von Staatsbeiträgen für die im Jahr 2007 angefallenen Kosten des allgemeinen Schulbetriebes bzw. bestimmter schulbedingter Ausgaben. Das Volksschulamt wies die Gesuche mit jeweils separaten Verfügungen vom 23. Oktober 2008 ab.
B. Die dagegen erhobenen Rekurse wies die Bildungsdirektion des Kantons Zürich mit Entscheiden vom 15. Dezember 2010 ab. Hierauf gelangten die genannten Gemeinden an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches die erhobenen Beschwerden am 17. Mai bzw. am 1. Juni 2011 teilweise guthiess und die Sachen an das Volksschulamt des Kantons Zürich zur Neuberechnung der auszurichtenden Staatsbeiträge zurückwies.
C. Mit Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. und 8. Juli 2011 beantragen die vorgenannten Gemeinden in jeweils gleichlautender Weise die Aufhebung der Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 17. Mai 2011 bzw. vom 1. Juni 2011. Weiter beantragen sie die Rückweisung der Angelegenheiten an das Volksschulamt des Kantons Zürich mit der Verpflichtung, den genannten Gemeinden sämtliche Staatsbeiträge 2007 nach dem im Jahr 2007 geltenden Recht auszurichten, ohne dabei die im Jahr 2008 nach dem Volksschulgesetz vom 7. Februar 2005 ausgerichteten Beiträge anzurechnen. Im Übrigen seien die Verfahren zu vereinigen.
Das Volksschulamt beantragt die Abweisung der Beschwerden. Die Bildungsdirektion des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerden seien abzuweisen, soweit auf diese einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich verzichtet auf die Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die vorliegenden Beschwerden richten sich gegen vier praktisch übereinstimmende Urteile, welche identische Rechtsfragen aufwerfen. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren 2C_571/2011, 2C_572/2011, 2C_573/2011 und 2C_574/2011 zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
2. 2.1 Gegen die kantonal letztinstanzlichen Entscheide des Verwaltungsgerichts ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor; insbesondere handelt es sich vorliegend nicht um Ermessenssubventionen im Sinne von Art. 83 lit. k BGG, sondern um Kostenanteile, auf die ein gesetzlicher Anspruch besteht (vgl. § 2 des Staatsbeitragsgesetzes des Kantons Zürich vom 1. April 1990 [LS 132.2]).
Die Beschwerdeführerinnen sind als Empfängerinnen von kantonalen Finanzleistungen für den Schulbetrieb gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Obschon diese Regelung auf die Beschwerdeführung durch Private zugeschnitten ist, kann sich auch das Gemeinwesen darauf berufen, sofern es durch den angefochtenen Hoheitsakt gleich oder ähnlich wie ein Privater betroffen, oder aber in qualifizierter Weise in schutzwürdigen eigenen hoheitlichen Interessen berührt ist (BGE 135 I 43 E. 1.3 S. 46 f.; 135 II 156 E. 3 S. 157 f.; Urteil 2C_366/2009 E. 2.4 vom 3. März 2010; je mit Hinweisen). Die vorliegend angefochtenen Entscheide betreffen die kantonalen Kostenbeiträge an die von den Gemeinden zu führenden Volksschulen (vgl. § 61 ff. bzw. § 41 Abs. 1 des Volksschulgesetzes des Kantons Zürich vom 7. Februar 2005 [LS 412.100]). Die Beschwerdeführerinnen sind somit in eigenen schutzwürdigen hoheitlichen Interessen betroffen.
Soweit sich die Beschwerdeführerinnen überdies auf die Gemeindeautonomie (vgl. Art. 85 Abs. 1 und 2 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 [KV/ZH; SR 131.211]) berufen, sind sie gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG ohne Weiteres zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Es genügt hierfür, dass sie durch die angefochtenen Entscheide in ihrer Stellung als Hoheitsträgerinnen berührt sind. Ob ihnen die beanspruchte Autonomie tatsächlich zukommt, ist alsdann eine Frage der materiellen Beurteilung (BGE 135 I 43 E. 1.2 S. 45 f.).
2.2 Gemäss Art. 90 f. BGG steht die Beschwerde an das Bundesgericht offen gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (End- und Teilentscheide). Angefochten sind vorliegend vier Rückweisungsentscheide. Diese schliessen die Verfahren nicht ab, weshalb sie nach der Regelung des Bundesgerichtsgesetzes keine Endentscheide darstellen. Auch gelten Rückweisungsentscheide, mit denen eine materielle Grundsatzfrage entschieden wird, nicht als Teilentscheide im Sinne von Art. 91 lit. a BGG, da es sich dabei nicht um Entscheide über Begehren handelt, die unabhängig von den anderen Fragen beurteilt werden können. Es handelt sich vielmehr um Zwischenentscheide, die (nur, aber immerhin) unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 Abs. 1 BGG selbständig angefochten werden können (BGE 9C_310/2011 vom 18. Juli 2011 E. 1 mit Hinweis auf BGE 133 V 477 E. 4.2 S. 482). Wenn jedoch der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der mechanischen bzw. rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, werden Rückweisungsentscheide wie Endentscheide behandelt. (BGE 134 II 124 E.1.3 S. 127 mit Hinweisen).
2.3 Vorliegend hat das Volksschulamt die Staatsbeiträge für die angefallenen Kosten des Schulbetriebes des Jahres 2007 nach Massgabe des neuen Rechts bemessen, während sie gemäss dem vorinstanzlichen Entscheid nach bisherigem Recht zu beurteilen sind. Gemäss den Ausführungen der Vorinstanz wurden nach altem Recht die Kantonsanteile teilweise nicht pauschalisiert, sondern separat ausgerichtet. Dies lässt als sehr wahrscheinlich erscheinen, dass im Rahmen dieser separaten Berechnung auch noch einzelne Posten umstritten sein können. Die Beschwerdeführerinnen machen ihrerseits geltend, es seien zur Umsetzung komplizierte Berechnungen notwendig. In Folge dessen kann nicht von einer rein mechanischen Umsetzungsoperation gesprochen werden. Die Entscheide sind daher als selbständig eröffnete Zwischenentscheide zu betrachten und nur nach Massgabe von Art. 93 BGG anfechtbar.
2.4 Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 Abs. 1 BGG können selbständig angefochten werden, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (lit. a, vgl. E. 2.4.1 hiernach) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b, vgl. E. 2.4.2 hiernach).
2.4.1 Der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG muss rechtlicher Natur sein (BGE 133 IV 137 E. 2.3 S. 139; 134 III 188 E. 2.1 S. 190; je mit Hinweisen). Die blosse Verlängerung des Verfahrens gilt nicht als derartiger Nachteil (BGE 136 II 165 E. 1.2.1 S. 170). Diese Praxis rechtfertigt sich vorab dadurch, dass die selbständige Anfechtung eines Zwischenentscheids ihrerseits regelmässig zu einer Verlängerung und Verteuerung des Verfahrens führt und ihre Zulassung für sich allein somit keine Verbesserung des Rechtsschutzes darstellen würde (BGE 133 V 477 E. 5.2 S. 483). Mithin erweist sich die Anfechtung von Zwischenentscheiden unter den Aspekten der Verfahrensdauer und Prozessökonomie als zumindest ambivalent. Dass aufgrund der Verfahrensverlängerung den Beschwerdeführerinnen die Beiträge allenfalls verspätet ausbezahlt werden, stellt für diese keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil dar, zumal die Vorinstanz ausdrücklich festgelegt hat, dass der Kanton einen Verzugszins zu berücksichtigen haben wird. Ein relevanter Nachteil ergibt sich auch nicht aus dem Hinweis der Beschwerdeführerinnen, für die Budgetplanung seien sie auf eine baldige Klärung der Streitfrage angewiesen. Die möglichst rasche Klärung einer Streitfrage ist grundsätzlich für jedermann von Vorteil. Trotzdem bedeutet der Umstand, dass ein bestimmter Einnahmen- oder Ausgabenposten nicht feststeht und somit die Budgetierung mit gewissen Unsicherheiten verbunden ist, keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil; kann doch diesen durch Vorbehalte oder Rückstellungen Rechnung getragen werden. Schliesslich gilt es den gesetzgeberischen Willen zu berücksichtigen, wonach die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG die Entlastung des Bundesgerichts bezwecken. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen (BGE 1B_273/2011 vom 31. August 2011 E. 1.1; 134 III 188 E. 2.2 S. 191; 133 III 629 E. 2.1 S. 631; je mit Hinweisen). Der Gesetzgeber hat deshalb nur im Falle von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG (vgl. nachfolgend E. 2.4.2) das Argument der raschen Verfahrenserledigung höher gewichtet. Nach dem Gesagten ergibt sich, dass die angefochtenen Zwischenentscheide keine nicht wieder gutzumachenden Nachteile für die Beschwerdeführerinnen bewirken, weshalb sich unter diesem Aspekt kein Eintreten auf die Beschwerden rechtfertigt.
2.4.2 Zu prüfen bleibt, ob hier Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG zur Anwendung kommt. Demnach sind Zwischenentscheide unter zwei kumulativen Voraussetzungen selbständig anfechtbar: Zum einen muss bei einer Gutheissung ein sofortiger Endentscheid möglich sein. Zum anderen muss sich eine bedeutende Aufwand- und Kostenersparnis durch die Vermeidung eines weitläufigen Beweisverfahrens realisieren lassen. Letzteres ist von den Beschwerdeführerinnen zu substantiieren (BGE 133 III 629 E. 2.4.2 S. 633 f.) und wird praxisgemäss nur zurückhaltend angenommen (BGE 133 IV 288 E. 3.2 S. 292 f.).
Vorliegend fehlt es bereits an der ersten Voraussetzung, denn die Beschwerdeführerinnen stellen kein reformatorisches Rechtsbegehren, sondern beantragen auch für den Fall des Obsiegens ihrer Rechtsauffassung die Rückweisung an das Volksschulamt, damit dieses die (bisher nicht erfolgte) Berechnung nach dem im Jahre 2007 geltenden Recht vornehme. Mithin begehren die Beschwerdeführerinnen keinen Endentscheid durch das Bundesgericht. Die Eintretensvoraussetzungen wären damit auch dann nicht erfüllt, wenn noch ein aufwendiges Beweisverfahren erforderlich wäre (vgl. Urteil 4A_453/2007 vom 9. Januar 2008 E. 1, nicht publ. in: BGE 134 III 188), was die Beschwerdeführerinnen im Übrigen nicht weiter darzulegen vermögen.
Zusammengefasst ergibt sich, dass die angefochtenen Zwischenentscheide nicht mittels Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden können.
3. Auf die Beschwerden ist nicht einzutreten. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang und mit Blick auf die betroffenen Vermögensinteressen (Art. 66 Abs. 4 BGG) den Beschwerdeführerinnen aufzuerlegen. Der Kanton Zürich erhält keine Parteientschädigung zugesprochen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_571/2011, 2C_572/2011, 2C_573/2011 und 2C_574/2011 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 8'000.-- werden zu je Fr. 2'000.-- der Stadt Zürich, der Stadt Kloten, der Schulgemeinde Hittnau sowie (unter sich unter solidarischer Haftung) der Schulgemeinde Nürensdorf und Mitbeteiligten auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Volksschulamt, der Bildungsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Oktober 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger