Sachverhalt:
A. Das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG) hat die Kapitalgewinnbesteuerung bei land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken massgeblich geändert, weshalb beim Übergang vom alten zum neuen System (per 1. Januar 2001) die Anlagekosten, zulässigen Abschreibungen und Buchwerte festzulegen sind. Das erfolgte im Falle der Eheleute A.X._ und B.X._ im Rahmen der Veranlagung für das Steuerjahr 2001. Einen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau teilweise gut und bestimmte die Werte neu.
B. Auf Beschwerde hin legte das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 27. August 2008 die massgeblichen Werte wie folgt fest:
Anlagekosten
Abschreibungen
Buchwert
Gebäude
380'484
256'410
124'074
Boden
49'000
49'000
Wald
8'500
8'500
Streitig waren u.a. (1) die Berücksichtigung zusätzlicher Kosten für den Bau einer Güllengrube, welche die Beschwerdeführer vollumfänglich (Fr. 55'632.-- ) zu den Anlagekosten rechnen wollten, (2) die Abschreibungen auf Gebäuden, welche die Beschwerdeführer nur für vier Jahre und zum Satz von 2,5 % anerkannten, sowie (3) die Sofortabschreibungen im Rahmen der Ersatzbeschaffung 1993/94, welche nach Ansicht der Beschwerdeführer im Rahmen der kumulierten Abschreibungen per 1. Januar 2001 einkommenssteuerrechtlich nicht berücksichtigt werden dürfen.
C. Gegen diesen Entscheid führen die Steuerpflichtigen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien die Anlagekosten für Gebäude auf Fr. 316'664.--, die Abschreibungen für Gebäude auf Fr. 177'530.-- und der Buchwert für Gebäude auf Fr. 139'134.-- festzulegen. Die Werte für Boden und Wald blieben unbestritten.
Das Steueramt des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Verwaltungsgericht verzichtete auf Vernehmlassung. In der Stellungnahme zu den Vernehmlassungen hielten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht worden und richtet sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) gefällten Endentscheid (Art. 90 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Unabhängig davon, ob und wie sich die verlangten Korrekturen bei den Anlagekosten und kumulierten Abschreibungen auf die konkrete Veranlagung auswirken können, ist ein schutzwürdiges Interesse der Beschwerdeführer im Sinne von Art. 89 Abs. 1 BGG an der Überprüfung dieser Werte im Hinblick auf künftige Veranlagungen und Veräusserungen zu bejahen, wie das Bundesgericht bereits in einem vergleichbaren Fall erkannt hat (Urteil 2A.116/2007 vom 13. Juni 2008 E. 1.3). Auf die Beschwerde ist - unter Vorbehalt der ausreichenden Begründung der Beschwerde - einzutreten.
1.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten dient der Rüge von Bundesrechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 BGG. Zum Bundesrecht gehören auch die Regeln und Grundsätze, die sich aus dem Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; SR 642.14) ergeben. Soweit sich die Besteuerung nach dem kantonalem Recht richtet, prüft das Bundesgericht dessen Auslegung und Anwendung nur unter dem Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte, namentlich des Willkürverbots (Art. 9 BV). Hierfür gilt die qualifizierte Rügepflicht gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG.
Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt, ist in der Beschwerde darzulegen (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2. Die Beschwerdeführer rügen, dass die Vorinstanz auf den Anlagekosten für die Jauchegrube über die gesamte Dauer Abschreibungen berechnet habe, obschon diese hauptsächlich der Rindviehzucht (und nicht der Schweinezucht) gedient habe und damit bereits im Jahre 1991 verpachtet worden sei.
Richtig ist, dass die Beschwerdeführer den Landwirtschaftsbetrieb ab 1. Januar 1991 an den Sohn verpachtet hatten. Das anerkannte auch die Vorinstanz, weshalb Abschreibungen auf den zum Hof gehörenden Wertobjekten lediglich bis zu diesem Zeitpunkt berücksichtigt wurden (angefochtenes Urteil E. II/3).
Das gilt jedoch nicht für den Schweinezuchtbetrieb, den der Beschwerdeführer über dieses Datum hinaus weiterführte und für welchen die Vorinstanz die Abschreibungen für die ganze Dauer berechnete. Die Vorinstanz führte die Abschreibungen auch für die Jauchegrube bis 2000 fort, weil diese nach ihrer Ansicht zum Schweinestall gehörte (vgl. angefochtenes Urteil E. II/3 und II/7 in fine). Es handelt sich um eine Feststellung tatsächlicher Art, die nur gerügt werden kann, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Eine solche Rüge erheben die Beschwerdeführer nicht. Sie legen nicht dar, inwiefern die fragliche Feststellung, wonach die Jauchegrube für den Schweinezuchtbetrieb bestimmt war, aufgrund der damaligen Aktenlage offensichtlich unrichtig sein soll oder die Vorinstanz Anlass gehabt hätte, in dieser Frage weitere Sachverhaltsabklärungen vorzunehmen und insbesondere Beweise abzunehmen. Unter diesen Umständen ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Abschreibungen für die Jauchegrube ebenfalls für die ganze Dauer berechnete.
3. Was die Abschreibungssätze betrifft (2 % auf Haus und Ökonomiegebäude, 4 % auf Schweinestall und Jauchegrube) stützt sich das Verwaltungsgericht auf die Merkblätter A/1993 und A/1979 über Abschreibungen auf dem Anlagevermögen land- und forstwirtschaftlicher Betriebe. Es erwog, dass die damaligen und nicht die heutigen Ansätze zu verwenden seien, weil es um die Folgen der Abschreibungen gehe, die in den seinerzeitigen Erfahrungszahlen und Pauschalen für die Bestimmung des landwirtschaftlichen Einkommens enthalten gewesen seien. Inwiefern das Verwaltungsgericht hiermit Bundesrecht verletzt und insbesondere kantonales Recht in willkürlicher, Art. 9 BV verletzender Weise angewendet haben könnte, legen die Beschwerdeführer nicht dar. Die Beschwerde enthält diesbezüglich keine Begründung im Sinne von Art. 106 Abs. 2 BGG, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
4. 4.1 Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführer im Zuge der Verpachtung des Hofes und Abtretung von Inventar (vermutlich im Jahre 1991) eine Rückstellung für Ersatzbeschaffung in der Höhe von Fr. 97'700.-- bildeten. In den Jahren 1993 und 1994 tätigten sie Investitionen im Gesamtbetrag von Fr. 63'820.--, für welche sie die Ersatzbeschaffungsrückstellung beanspruchten. Die Ersatzbeschaffung bewirkte eine "Sofortabschreibung" auf dem neuen Wirtschaftsgut in gleicher Höhe gemäss dem damaligen § 24bis des Steuergesetzes vom 26. Januar 1988 (aStG) und § 6 Abs. 4 der Verordnung vom 13. Juli 1984 zum Steuergesetz.
Die Beschwerdeführer verlangen, dass die bei der Ersatzbeschaffung vorgenommene Sofortabschreibung am 1. Januar 2001 nicht einkommenswirksam berücksichtigt werde. Sie machen geltend, beim Systemwechsel müsse auf die Art der Abschreibung Rücksicht genommen werden. Sofortabschreibungen infolge von Ersatzbeschaffungen seien keine ordentlichen Abschreibungen. Durch die Ersatzbeschaffung entstehe nicht neues, abschreibungsfähiges Anlagevermögen. Aus diesen Gründen dürfe im Falle von altrechtlichen Ersatzbeschaffungen keine Sofortabschreibung per 1. Januar 2001 berücksichtigt werden.
Wie es sich damit verhält, ist im Folgenden zu prüfen.
4.2 Das Verwaltungsgericht qualifizierte die mit der Ersatzbeschaffung verbundene Sofortabschreibung im Übergang zum neuen System per 1. Januar 2001 als wiedereingebrachte Abschreibung, welche vollumfänglich einkommenswirksam zu berücksichtigen sei und zur Folge habe, dass der Buchwert dieser Investition auf Fr. 0 festzusetzen sei. Im Falle der Veräusserung würde darauf die Einkommenssteuer erhoben. Diese Auffassung des Verwaltungsgerichts entspricht der Praxis des kantonalen Steueramtes. Bei einer künftigen Veräusserung des ersatzweise beschafften Objekts würde ein Gewinn in der Höhe der Sofortabschreibung (gleich wie die "wiedereingebrachten" periodischen Abschreibungen) nach der aargauischen Praxis als Gewinn mit der Einkommenssteuer erfasst (vgl. Jürg Altdorfer/Julia von Ah, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, N. 160 ff. zu § 27 StG; Marianne Klöti-Weber, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, N. 7 zu § 106 StG). Das gilt nach der Praxis des Kantonalen Steueramtes und des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau auch bei Sofortabschreibungen, die für die Ersatzbeschaffung nach altem Recht erfolgten (Marianne Klöti-Weber, a.a.O., N. 1 ff. und 7 zu § 106 StG).
4.3 Diese Praxis ist nicht zu beanstanden. Zur Frage, wie Sofortabschreibungen im Zuge von altrechtlichen Ersatzbeschaffungen nach aargauischem Recht beim Übergang zum neuen System zu behandeln seien, nahm das Bundesgericht bereits im Urteil 2A.116/2007 vom 13. Juni 2008 Stellung. Es erwog, kantonale Regelungen, wie sie auch in § 106 Abs. 2 und 3 des Steuergesetzes des Kantons Aargau enthalten sei, hätten zum Zweck, Wertzuwachsgewinne (auch von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken) der kantonalen Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen. Buchgewinne hingegen unterlägen der Einkommenssteuer. Das entspreche dem mit der Steuerharmonisierung in Art. 8 Abs. 1 und 12 Abs. 1 StHG verfolgten Zweck (Urteil 2A.116/2007, a.a.O., E. 3.2.1). Es spiele keine Rolle, ob es sich um ordentliche Abschreibungen im Rahmen von Wertberichtigungen handle oder um Sofortabschreibungen im Rahmen eines Steueraufschubtatbestands. Hierfür sprächen bereits Gründe der Praktikabilität. Unbehelflich sei der Hinweis auf Treu und Glauben. Der Steuerpflichtige könne im Falle eines Steueraufschubs nicht in guten Treuen davon ausgehen, dass die rechtliche Qualifikation des Mehrwerts für immer beibehalten werde (Urteil 2A.116/2007, a.a.O., E. 3.2.2).
Das zitierte Urteil ist dem Vertreter der Beschwerdeführer bekannt. Es geht in beiden Fällen um die Frage der steuerlichen (intertemporalrechtlichen) Behandlung einer Sofortabschreibung, welche für eine Ersatzbeschaffung unter altem Recht vorgenommen wurde, beim Übergang zum neuen System per 1. Januar 2001. Die vorliegende Beschwerde enthält keine neuen Gesichtspunkte, die geeignet wären, dieses Urteil in Frage zu stellen. Inwiefern die Leistungsfähigkeit der Beschwerdeführer tangiert sein soll, ist nicht zu sehen. Auf diese Rechtsprechung zurückzukommen besteht daher kein Anlass.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann