Erwägungen:
1. Die Z._ AG reichte am 21. Februar 2007 bei der Einwohnergemeinde Ferenbalm ein Baugesuch für die Erweitung der Siloanlage, den Neubau eines Geräte- und Autounterstandes sowie die Erstellung von Parkplätzen ein. Gegen das Bauvorhaben gingen verschiedene Einsprachen ein, darunter jene der Erbengemeinschaft A.X._ und der Stockwerkeigentümergemeinschaft Gebrüder Y._. Der Regierungsstatthalter von Laupen erteilte dem Vorhaben am 9. Juni 2008 die nachgesuchte Baubewilligung inkl. einer Ausnahmebewilligung für das Überschreiten der Gebäudehöhe.
2. Gegen diesen Entscheid erhoben die Erbengemeinschaft A.X._ und die Stockwerkeigentümergemeinschaft Gebrüder Y._ am 30. Juni 2008 Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern. Diese führte den Schriftenwechsel durch und gab den Parteianwälten anschliessend Gelegenheit, ihre Kostennoten einzureichen. Im Anschluss daran reichten die Beschwerdeführer diverse baupolizeiliche Anzeigen, die sie zwischen dem 31. Juli und 2. September 2008 wegen Immissionen aus dem Betrieb der Mühle bei der Gemeinde deponiert hatten, als Beweismittel bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion ein, beantragten den Beizug der entsprechenden Baupolizeiakten und die Sistierung des Beschwerdeverfahrens bis zum Abschluss dieser "aufsichtsrechtlichen Verfahren". Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion wies mit Verfügung vom 24. September 2008 namentlich den Antrag auf Sistierung des Verfahrens ab.
Gegen diese Verfügung erhoben die Erbengemeinschaft A.X._ und die Stockwerkeigentümergemeinschaft Gebrüder Y._ am 6. Oktober 2008 Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragten, die Ziffern 2 (Sistierung) und 4 (Verfahrenskosten) der angefochtenen Verfügung seien aufzuheben. Dabei sei die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion anzuweisen, "das Baubewilligungsverfahren gemäss dem hier massgebenden Gesuch zu sistieren". Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern trat mit Urteil der Einzelrichterin vom 28. Oktober 2008 auf die Beschwerde nicht ein. Zur Begründung führte sie zusammenfassend aus, dass eine Sistierungsverfügung als Zwischenverfügung selbständig nur anfechtbar sei, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könne. Mit der Fortführung des Baubeschwerdeverfahrens würden die Beschwerdeführer keinen nicht wiedergutzumachenden Nachteil erleiden.
3. Die Erbengemeinschaft Ernst Abmühl sowie B.Y._, C.Y._ und D.Y._ führen mit Eingabe vom 1. Dezember 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 28. Oktober 2008. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Das Urteil ist im Rahmen eines Baubeschwerdeverfahrens ergangen, ohne dieses Verfahren jedoch abzuschliessen. Das angefochtene Urteil stellt somit einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar.
4.1 Gegen Vor- und Zwischenentscheide - die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen (s. dazu Art. 92 BGG) - ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder - was indes hier von vornherein ausser Betracht fällt - wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
4.2 Liegt wie hier ein Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG vor, hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sein sollen. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, hierzu von Amtes wegen Nachforschungen anzustellen. Auf eine Beschwerde ist von vornherein nicht einzutreten, wenn der Beschwerdeführer überhaupt nicht dartut, weshalb die Voraussetzung erfüllt sei und die Eintretensfrage schlechthin ignoriert.
Die Beschwerdeführer äussern sich nicht explizit zu den Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG. Aber auch aus der Kritik, die sie gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vorbringen, ergibt sich nicht, inwiefern ihnen ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG drohen sollte, der sich auch durch einen für sie günstigen Endentscheid nicht oder nicht mehr vollständig beheben liesse. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Entsprechend dem Verfahrensausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Einwohnergemeinde Ferenbalm, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli