Faits:
A. Sise à Z._, X._ SA est une société dont le but est la conception et la réalisation d'éléments préfabriqués en béton pour la construction. Elle a pour unique actionnaire Y._, ingénieur EPFL de formation, qui assume la fonction de directeur de la société. Hormis celui-ci, cinq employés travaillent en moyenne pour X._ SA.
Selon la déclaration de X._ SA pour les impôts cantonal et communal (ci-après ICC) ainsi que pour l'impôt fédéral direct (ci-après IFD) de la période 2004, le bénéfice net de la société s'élevait à 15'807 fr., pour un chiffre d'affaires brut de 2'072'461 fr. Le salaire brut comptabilisé de Y._ se montait à 288'000 fr.
S'agissant de la période 2005, X._ SA a déclaré pour l'ICC et l'IFD un bénéfice net de 26'780 fr. Le chiffre d'affaires brut s'élevait à 2'371'026 fr. et le salaire du directeur à 295'957 fr.
En avril 2007, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a procédé à une expertise portant sur les exercices 2003 à 2005 de X._ SA.
B. Par bordereaux du 9 novembre 2007, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais, suivant l'expert, a procédé à des reprises de 48'000 fr. pour 2004 et de 40'000 fr. pour 2005 sur les salaires versés à Y._, arrêtant le bénéfice net imposable de X._ SA à 77'742 fr. pour 2004 et à 101'148 fr. pour 2005.
Le 28 janvier 2008, la réclamation formée par X._ SA a été rejetée, la Commission cantonale précitée confirmant que les salaires de Y._ qui avaient été admis fiscalement, à savoir 240'000 fr. pour 2004 et 255'000 fr. pour 2005, étaient conformes au marché de l'emploi.
Le 25 mars 2009, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais a rejeté le recours interjeté par X._ SA à l'encontre de la décision sur réclamation du 28 janvier 2008. Rendant une seule décision valant tant pour l'ICC que pour l'IFD, les juges ont considéré en substance que les salaires versés au directeur n'étaient pas admissibles fiscalement et constituaient une distribution dissimulée de bénéfice. Sur la base d'une enquête sur les salaires 2006 de la Société suisse des ingénieurs et des architectes (ci-après SIA), ils ont retenu comme salaire de base le montant de 180'000 fr., qui correspondait au revenu annuel moyen supérieur des ingénieurs en chef dans le domaine de la construction, auquel ont été ajoutés un supplément pour chiffre d'affaires de 20'284 fr. pour 2004 et 22'680 fr. pour 2005, ainsi qu'un montant à titre de participation au bénéfice d'un peu plus de 39'000 fr. pour 2004 et de 51'000 fr. pour 2005.
C. Contre la décision du 25 mars 2009, X._ SA a déposé un recours au Tribunal fédéral, dans lequel elle conclut à l'annulation des reprises fiscales pour les années 2004-2005 et à l'acceptation des salaires versés durant ces périodes comme des charges justifiées par l'usage commercial.
La Commission cantonale de recours a renoncé à présenter des observations, renvoyant au prononcé attaqué. Le Service cantonal des contributions, tout en se référant à ses observations devant l'instance cantonale et à la décision attaquée, conclut au rejet du recours sous suite de frais, à l'instar de l'Administration fédérale des contributions.
Considérant en droit:
1. 1.1 La recourante a déposé un recours au Tribunal fédéral, mais sans qualifier la voie de droit par laquelle elle entend agir. Cette désignation lacunaire ne saurait toutefois lui porter préjudice, pour autant qu'un recours soit ouvert et que l'écriture présentée en remplisse les conditions de recevabilité (cf. ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382; 131 I 291 consid. 1.3 p. 296).
1.2 L'arrêt attaqué concerne le calcul du bénéfice imposable au titre de l'ICC et de l'IFD pour les périodes fiscales 2004 et 2005. Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'IFD. Il en va de même pour l'ICC : l'imposition du bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est donc aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
1.3 La Commission de recours a rendu une seule décision valant pour l'ICC et l'IFD, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.; voir infra consid. 4). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264).
1.4 Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 - RS/VS 642.1; ci-après LF-VS). Par ailleurs, il a été interjeté par la société contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé avec les dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
I. Impôt fédéral direct
3. La recourante conteste que la rémunération versée à son directeur, telle que déclarée en 2004 et 2005, puisse constituer un salaire excessif. En substance, elle relève que cette rémunération correspond au marché de l'emploi. Elle critique également l'approche adoptée par les autorités cantonales consistant à fixer le salaire annuel en se fondant sur l'enquête des salaires 2006 de la SIA, car l'employeur doit être en principe libre de fixer les rémunérations. Enfin, le caractère particulier de X._ SA (complexité des mandats, expérience et formation professionnelle du chef d'entreprise, structure et taille de l'entreprise) aurait dû être pris en compte.
3.1 L'art. 57 LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par ledit usage (art. 58 al. 1 let. b in fine LIFD). Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - qui devra être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société, lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607); il faut encore que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêts 2C_265/2009 du 1er septembre 2009 consid. 2.1, RF 64/2009 p. 915; 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2). Le versement d'un salaire disproportionné accordé à un actionnaire-directeur constitue une situation classique de distribution dissimulée de bénéfice (Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, no 142 ad art. 57-58 LIFD; cf. arrêt 2A.562/2004 du 6 octobre 2004 consid. 3, StE 2005 B 72.13.22 no 43). Certes, comme le relève la recourante, l'employeur dispose d'une liberté d'appréciation étendue dans la fixation du salaire de son personnel (arrêt 2A.71/2004 du 4 février 2005 consid. 2, StE 2005 B 72.13.22 no 44). Pour déterminer si, malgré cette liberté, l'on a affaire à une rémunération excessive constituant une distribution dissimulée de bénéfice, il convient de prendre en compte l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, étant précisé qu'il n'appartient pas à l'administration fiscale de substituer sa propre appréciation en matière de salaire à celle de la société (arrêt 2A.71/2004 précité consid. 2). Parmi les critères pertinents, on peut notamment citer la rémunération des personnes de rang et de fonction identiques ou similaires, les salaires versés par d'autres entreprises opérant dans le même domaine, la taille de l'entreprise et sa situation financière, ainsi que la position du salarié dans l'entreprise, sa formation et son expérience (Peter Brülisauer/Flurin Poltera, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2e éd., 2008, nos 165 ss ad art. 58 LIFD; Danon, op. cit., no 143 ad art. 57-58 LIFD; Peter Locher, Kommentar zum DGB, 2004, no 118 ad art. 58 LIFD).
3.2 Y._, né en 1944, a plus de 35 ans d'expérience professionnelle. Il exerce la fonction de directeur auprès de la recourante, tout en étant l'unique actionnaire de cette dernière. En 2004, il a touché, à titre de salaire brut, un montant de 288'000 fr. et, en 2005, un montant de 295'957 fr. Le chiffre d'affaires de la recourante était de 2'027'461 fr. en 2004 et de 2'371'036 fr. en 2005, pour un bénéfice s'élevant respectivement à 15'807 fr. et à 26'780 fr. Hormis son directeur, la société recourante compte cinq employés en moyenne. Selon l'enquête de la SIA, le salaire pour un ingénieur civil EPFZ en 2006 s'élevait à 180'000 fr. (quartile moyen supérieur), alors que le quartile inférieur ascendait à 135'000 fr.
Si l'on tient compte de l'ensemble de ces circonstances, le versement au directeur et actionnaire unique de la recourante, qui a certes une longue expérience, mais qui dirige une petite société, d'une rémunération dépassant de plus de 100'000 fr. le salaire moyen supérieur versé dans la branche, peut être qualifié d'excessif et justifier une reprise pour distribution dissimulée de bénéfice au sens où l'entend la jurisprudence (cf. supra consid. 3.1). En confirmant l'appréciation de l'autorité fiscale, selon laquelle, pour qu'ils puissent être admis en déduction sur le plan fiscal, les salaires bruts déclarés devaient être réduits de 48'000 fr. en 2004 et de 40'000 fr. en 2005, de manière à ce qu'ils correspondent au salaire moyen de la branche, plus un supplément pour le chiffre d'affaires et la participation au bénéfice, la Commission de recours n'a donc pas violé l'art. 58 LIFD.
3.3 Les critiques de la recourante sont par ailleurs dépourvues de tout fondement. Lorsqu'elle reproche à la Commission de recours de s'être fondée exclusivement sur l'enquête de la SIA, elle perd de vue que le salaire finalement retenu par les autorités fiscales après la reprise dépasse le salaire moyen supérieur de 180'000 fr. résultant de cette étude statistique, puisqu'il est de l'ordre de 240'000 fr. pour 2004 et de 255'000 fr. pour 2005. La recourante affirme que ce salaire ne correspond pas aux conditions usuelles du marché, mais sans le démontrer. Au contraire, elle fait référence à des salaires de l'ordre de 180'000 à 200'000 fr., plus une indemnité pour frais annuels de 24'000 fr., ce qui est encore inférieur aux montants admis après la reprise. De même, la recourante ne peut soutenir qu'il n'a pas été tenu compte de ses particularités, puisque la rémunération moyenne issue de l'étude SIA a été majorée. Enfin, il n'est pas contesté que l'employeur est en principe libre de fixer les salaires de ses employés, mais cela vaut seulement, au plan fiscal, pour autant qu'il ne franchisse pas les limites de la distribution cachée de bénéfice. En l'occurrence, les autorités fiscales pouvaient, sans s'immiscer dans l'appréciation de l'employeur, considérer que la rémunération versée au directeur-actionnaire était excessive (cf. supra consid. 3.2). Partant, la recourante ne peut reprocher aux autorités fiscales d'avoir cherché à établir la rémunération usuelle d'une autre manière. Le point de savoir si la "méthode valaisanne" appliquée par les autorités fiscales en l'espèce et qui privilégie une approche schématique, partant d'un salaire de base, augmenté d'un pourcentage du chiffre d'affaires et du bénéfice de la société (à ce sujet, cf. Danon, op. cit., no 144 ad art. 57-58 LIFD; pour un exemple, voir RDAF 1997 II 507 ss) est de manière générale appropriée, peut demeurer indécis, dès lors que le montant des reprises finalement retenu paraît adapté compte tenu des circonstances d'espèce.
Par conséquent, c'est à tort que la recourante conteste les reprises opérées pour l'IFD des périodes 2004 et 2005 au titre de distribution dissimulée de bénéfice.
II. Impôts cantonal et communal
4. L'art. 81 al. 1 LF-VS pose le même principe que l'art. 58 al. 1 LIFD en ce qui concerne la réintégration dans le bénéfice imposable des prélèvements qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial. Il en va de même de l'art. 24 al. 1 LHID (cf. arrêts 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.5; 2C_162/2008 du 7 juillet 2008 consid. 6). Par conséquent, il peut être renvoyé s'agissant de l'ICC à la motivation présentée en matière d'IFD. Partant, les reprises effectuées sur les montants déduits à titre de salaire du directeur-actionnaire pour le calcul de l'ICC 2004 et 2005 de la recourante n'apparaissent pas non plus contraires au droit.
5. Il en découle que le recours doit être rejeté, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (cf. art. 65 et 66 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 11 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Vianin