Sachverhalt:
A. Die X._ AG in Liquidation (nachfolgend X._ AG oder Steuerpflichtige) erhob am 19. September 2008 beim Kantonsgericht Freiburg, Steuergerichtshof, Beschwerde gegen einen Einspracheentscheid der Kantonalen Steuerverwaltung. Mit eingeschriebener Post vom 24. September 2008 setzte das Kantonsgericht der Steuerpflichtigen eine Frist bis zum 27. Oktober 2008 zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 2'000.--. Nachdem die eingeschriebene Sendung nicht abgeholt worden war, sandte das Kantonsgericht das Schreiben nochmals mit einfacher Post. Mit Entscheid vom 11. November 2008 trat das Kantonsgericht auf die Beschwerde nicht ein mit der Begründung, der Kostenvorschuss sei bis zum Urteilszeitpunkt bzw. innert der gesetzten Frist nicht geleistet worden.
B. Gegen den Entscheid vom 11. November 2008, zugestellt am 25. November 2008, reichte die X._ AG am 10. Dezember 2008 ein Wiedererwägungsgesuch und/oder Revisionsgesuch beim Kantonsgericht Freiburg ein. Zudem erhob die X._ AG gegen den Entscheid vom 11. November 2008 am 27. Dezember 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht und beantragte, der Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur materiell-rechtlichen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 2C_908/2008). Das Kantonsgericht Freiburg und die kantonale Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde.
C. Mit Verfügung vom 5. Januar 2009 sistierte das präsidierende Mitglied der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Beschwerdeverfahren 2C_908/2008 bis über das beim Kantonsgericht Freiburg, Steuergerichtshof, eingereichte Wiedererwägungs- und Revisionsgesuch entschieden worden sei.
D. Mit Entscheid vom 15. Dezember 2009 wies das Kantonsgericht Freiburg das Wiedererwägungs-/Revisionsgesuch vom 10. Dezember 2008, welches es ausschliesslich im Lichte der Bestimmungen über die Revision prüfte, ab, soweit es darauf eintrat.
E. Gegen den Entscheid vom 15. Dezember 2009 erhob die X._ AG am 27. Januar 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht (Verfahren 2C_78/2010) und beantragte, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Steuergerichtshof des Kantonsgerichtes Freiburg sei anzuweisen, das Revisionsgesuch gutzuheissen und somit auf den Rekurs vom 19. September 2008 gegen den Einspracheentscheid einzutreten sowie diesen in materiell-rechtlicher Hinsicht zu beurteilen. Eventuell sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und der Steuergerichtshof des Kantonsgerichtes Freiburg sei anzuweisen, über den geltend gemachten Revisionsgrund der Verletzung des rechtlichen Gehörs zu befinden. Das Kantonsgericht Freiburg und die kantonale Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde.
F. Am 9. Februar 2010 verfügte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts die Wiederaufnahme des Verfahrens 2C_908/2008 und die Vereinigung der Verfahren 2C_908/2008 und 2C_78/2010.
Erwägungen:
1. 1.1 Den angefochtenen Entscheiden des Kantonsgerichts Freiburg vom 11. November 2008 bzw. vom 15. Dezember 2009 liegt eine Streitigkeit betreffend die direkten Steuern des Kantons und des Bundes zugrunde. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen.
1.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht zulässig ist (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die Kantone setzen dabei als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde ans Bundesgericht unterliegen (Art. 86 Abs. 2 BGG).
1.2.1 Beim Kantonsgericht des Kantons Freiburg, welches die beiden, je mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochtenen Entscheide (Nichteintretensentscheid vom 11. November 2008 und Revisionsentscheid vom 15. Dezember 2009) gefällt hat, handelt es sich zwar um eine letzte kantonale Instanz im genannten Sinne. Zu prüfen ist indessen, inwieweit der Zulässigkeit der Beschwerde bezüglich des ersten Entscheids vom 11. November 2008, mit welchem das Kantonsgericht auf eine gegen den Einspracheentscheid der Steuerverwaltung gerichtete Beschwerde wegen nicht fristgerechter Bezahlung des Kostenvorschusses nicht eingetreten ist, allenfalls der Umstand entgegenstehen könnte, dass mit der Revision gestützt auf Art. 105 des freiburgischen Gesetzes vom 23. Mai 1991 über die Verwaltungsrechtspflege (VRG/FR) bzw. die betreffenden besonderen Bestimmungen des eidgenössischen und kantonalen Steuerrechts ein kantonales Rechtsmittel zur Verfügung stand und von der Beschwerdeführerin parallel zur Beschwerde ans Bundesgericht auch ergriffen wurde, mit welchem die beanstandeten rechtlichen Mängel vom Kantonsgericht selber hätten beseitigt werden können.
1.2.2 Es stellt sich mithin die Frage, ob der Begriff der Letztinstanzlichkeit gemäss Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG, mit welchem das Erfordernis der Erschöpfung des kantonalen Instanzenzugs zum Ausdruck gebracht wird (vgl. ESTHER TOPHINKE, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 10 zu Art. 86; ALAIN WURZBURGER, in: Commentaire de la LTF, Bern 2009, N. 18 zu Art. 86; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, Commentaire, Bern 2008, N. 2055 ff. und 3000 f.), sämtliche - wirksame - ordentliche und ausserordentliche Rechtsmittel und Rechtsbehelfe umfasst, die im Kanton gegen Entscheide eines oberen kantonalen Gerichts zur Verfügung stehen. Würde dies bejaht, wäre vorliegend der Instanzenzug - jedenfalls bezüglich jener Rügen, welche mit Revision dem Kantonsgericht unterbreitet werden konnten - erst erschöpft, wenn das Kantonsgericht über das Revisionsgesuch entschieden hat, und es könnte insofern auf die gegen den ersten Entscheid erhobene Beschwerde nicht eingetreten werden. In diesem Sinne war denn auch die frühere staatsrechtliche Beschwerde nach der Rechtsprechung zu Art. 86 Abs. 1 des vormaligen Bundesrechtspflegegesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) erst dann zulässig, wenn von sämtlichen kantonalen Rechtsbehelfen Gebrauch gemacht worden war, welche dem Beschwerdeführer Anspruch auf einen Entscheid der angerufenen Behörde gaben und geeignet waren, den behaupteten rechtlichen Nachteil zu beseitigen (vgl. BGE 131 I 372 E. 1.2.1 S. 374; 120 Ia 61 E. 1a S. 62; 112 Ia 180 E. 1c S. 183; 110 Ia 136 E. 2a S. 137 f.). Dies war bei der Revision dann der Fall, wenn in kantonalen Gesetzen Tatbestände als Revisionsgründe angeführt wurden, welche kassatorischer Natur sind, wie etwa bei Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften (so u.a. Verletzung des rechtlichen Gehörs), Nichtberücksichtigung sich aus den Akten ergebender wesentlicher Tatsachen, Berichtigung prozessualer Fehler (vgl. BGE 110 Ia 136 E. 2a S. 137; in steuerrechtlichem Zusammenhang: Urteil 2P.180/2001 vom 25. Februar 2002 E. 3; ferner: ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, Rz. 847). Demgegenüber galt im Verfahren der früheren Verwaltungsgerichtsbeschwerde ein kantonaler Entscheid bereits dann als letztinstanzlich im Sinne von Art. 98 lit. g OG, wenn er innerkantonal mit keinem ordentlichen Rechtsmittel mehr angefochten werden konnte (BGE 98 V 119; Urteil 2A.249/2000 vom 14. Februar 2001 E. 1a). Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde blieb namentlich auch dann zulässig, wenn gegen den kantonalen Entscheid das ausserordentliche Rechtsmittel der Revision ergriffen wurde, es sei denn, diese sei gutgeheissen worden, womit die Sache - zufolge Wegfall des Anfechtungsobjekts - gegenstandslos geworden wäre (vgl. Urteil 2A.66/1997 vom 29. Juni 1998 E. 1a).
1.2.3 Nach Massgabe von Art. 111 Abs. 3 Satz 1 BGG (in Verbindung mit Art. 95-98 BGG) muss die letzte kantonale Instanz im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG als unmittelbare Vorinstanz mindestens die gleichen Rügen prüfen können wie das Bundesgericht. Davon ausgenommen ist gemäss Art. 111 Abs. 3 Satz 2 BGG einzig - soweit vom kantonalen Recht überhaupt vorgesehen - die zusätzliche kantonale Gerichtsinstanz mit beschränkter Überprüfungsbefugnis im Sinne von Art. 100 Abs. 6 BGG, an welche der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts weitergezogen werden kann und in welchem Fall die Beschwerdefrist erst mit der Eröffnung des Entscheids dieser Instanz für die Beschwerde ans Bundesgericht zu laufen beginnt (vgl. BGE 133 III 687 E. 1.3 S. 690; 134 III 92; 135 III 337 E. 1.3 S. 339 f.; ferner: Bernard Corboz, in: Commentaire de la LTF, Bern 2009, N. 28-34 zu Art. 100).
Die kassatorische Revision, mit welcher Verfahrensverletzungen geltend gemacht werden können, erlaubt nur eine eingeschränkte Überprüfung des angefochtenen Entscheids. Mit Blick auf die erwähnte gesetzliche Konzeption ist für die Erschöpfung des kantonalen Instanzenzuges im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG daher grundsätzlich nicht erforderlich, dass vor der Erhebung der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht das allenfalls kantonal gegebene Rechtsmittel der Revision ergriffen wird. Diese wird zudem regelmässig als nicht devolutives Rechtsmittel vom urteilenden Gericht selber behandelt, weshalb es an der Voraussetzung gebricht, dass es sich bei der Kassationsinstanz gemäss Art. 100 Abs. 6 BGG um eine "zusätzliche", d.h. um eine andere Gerichtsinstanz als das kantonale obere Gericht handeln muss (vgl. den französischen Gesetzestext: "Si la décision d'un tribunal cantonal supérieur peut être déférée à une autre autorité judiciaire cantonale..."; vgl. auch Donzallaz, a.a.O., N. 4099, wonach die Regelung gemäss Art. 100 Abs. 6 BGG nicht direkt auf andere ausserordentliche kantonale Rechtsmittel übertragbar ist).
1.2.4 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (oberes Gericht oder vom Bundesgesetz vorgesehene andere richterliche Behörde) dann unmittelbar mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht weitergezogen werden kann, wenn dagegen innerkantonal kein Rechtsmittel offensteht, mit welchem mindestens die gleichen Rügen überprüft werden können wie vor Bundesgericht. Dass das betreffende kantonale Erkenntnis von der Entscheidinstanz allenfalls noch revisionsweise überprüft werden könnte, ändert nichts an dessen Letztinstanzlichkeit im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG (analog in Bezug auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde: BGE 133 III 439 E. 3.1 S. 444). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als zulässig und zwar auch dann, wenn das ausserordentliche Rechtsmittel der Revision ergriffen wurde, es sei denn, diese sei gutgeheissen worden, womit das Anfechtungsobjekt im bundesgerichtlichen Verfahren (nachträglich) entfallen ist.
1.2.5 Damit erweisen sich vorliegend sowohl der Nichteintretensentscheid des Kantonsgerichts vom 11. November 2008 als auch der Entscheid vom 15. Dezember 2009, mit welchem das Kantonsgericht das bei ihm gegen das erstere Erkenntnis eingereichte Revisionsgesuch abwies (soweit es darauf eintrat), als letztinstanzlich im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG, womit gegen beide Erkenntnisse je die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ergriffen werden kann. Zu beachten ist dabei allerdings, dass sich die mit den beiden Rechtsmitteln erhobenen Rügen auf den Streitgegenstand des jeweiligen Verfahrens beziehen müssen.
1.3 Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichten Beschwerden ist grundsätzlich einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.4 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG), hier namentlich über die Steuerharmonisierung. Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts (Art. 95 lit. a BGG). Im übrigen kann die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts lediglich im Lichte der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze, insbesondere des Willkürverbots (Art. 9 BV), sowie der kantonalen verfassungsmässigen Rechte (Art. 95 lit. c BGG) geprüft werden (BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351). Solche Rügen sind ausdrücklich zu erheben (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 349 E. 3 S. 351 f.).
1.5 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde auch aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Nach Art. 147 Abs. 1 DBG bzw. Art. 51 Abs. 1 StHG kann eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden, wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden (lit. a), wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat (lit. b), oder wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat (lit. c). Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können (Art. 147 Abs. 2 DBG bzw. Art. 51 Abs. 2 StHG). Die gleichen Revisionsgründe sowie eine entsprechende Einschränkung der Revisionsmöglichkeit sieht das Recht des Kantons Freiburg in Bezug auf die kantonalen Steuern in Art. 188 des Gesetzes vom 6. Juni 2000 über die direkten Kantonssteuern (DStG/FR; vgl. Urteil 2A.585/2005 vom 8. Mai 2006 E. 2, in: StE 2007 B 97.41 Nr. 19) und analog, mit allgemeiner Tragweite für Entscheide von Verwaltungsjustizbehörden, in Art. 105 VRG/FR vor.
2.2 Gestützt auf Art. 105 VRG/FR und unter anderem mit Verweis auf Art. 147 Abs. 1 und 2 DBG bzw. Art. 51 Abs. 1 und 2 StHG hat die Vorinstanz im Revisionsentscheid vom 15. Dezember 2009 erkannt, dass angesichts des offenstehenden Rechtsmittels der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht im kantonalen Revisionsverfahren nur insoweit Rügen erhoben werden könnten, als sie mit dem Rechtsmittel an das Bundesgericht nicht geltend gemacht werden könnten. Dies bedeute, dass im vorliegenden Revisionsverfahren nur allfällige neue Tatsachen und Beweismittel vorgebracht werden könnten sowie die Rüge erhoben werden könne, der angefochtene Entscheid beruhe auf einer falschen Tatsachenfeststellung. Betreffend weiterer erhobener Rügen (insbesondere Verletzung des rechtlichen Gehörs und Willkür), sei das Revisionsgesuch hingegen unzulässig. Die Beschwerdeführerin beanstandet in diesem Zusammenhang, dass die von ihr erhobene Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs vom Kantonsgericht nicht behandelt worden sei, obgleich dies ein in Art. 105 Abs. 1 lit. c VRG/FR ausdrücklich vorgesehener Revisionsgrund darstelle. Sie tut jedoch nicht dar und es ist auch nicht ersichtlich, inwieweit dadurch Bundesrecht verletzt worden wäre (oben E. 1.4).
2.3 Als allfällige neue Tatsache geprüft hat das Kantonsgericht im Entscheid vom 15. Dezember 2009 die Frage, ob der Beschwerdeführerin die Fristansetzung für die Leistung des Kostenvorschusses - wie von ihr behauptet - erst mit der Eröffnung des Nichteintretensentscheides zur Kenntnis gelangt sei. Es legt in seinem Urteil die bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Zustellung von behördlichen Akten, zur Beweislastverteilung sowie zur - widerlegbaren - Vermutung der ordnungsgemässen Zustellung korrekt dar und es kann auf ihre Ausführungen verwiesen werden. Die Vorinstanz kommt zum Schluss, unter den gegebenen Umständen könne im vorliegenden Fall mit klar überwiegender Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden, dass die Zahlungsaufforderung tatsächlich in den Herrschaftsbereich der Gesuchstellerin gelangt sei.
Die Vorbringen der Beschwerdeführerin vermögen nicht nachzuweisen, dass diese - grundsätzlich für das Bundesgericht bindende (vgl. E. 1.5) - Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig ist. Zwar handelt es sich bei der Annahme, eine Mitteilung des Gerichts sei korrekt übermittelt worden, um eine sog. natürliche Vermutung, welche durch den Nachweis einer überwiegenden Wahrscheinlichkeit von Fehlern bei der Zustellung widerlegt werden kann (vgl. Urteil 2C_38/ 2009 vom 5. Juni 2009 E. 4.1). Die Beschwerdeführerin übersieht jedoch, dass für diesen Nachweis der allgemein gehaltene Hinweis darauf nicht genügen kann, jedes Jahr würden viele Briefsendungen bei der Verarbeitung oder auf dem Transportweg entweder zerstört oder verloren gehen. Ebenso wenig genügt das unspezifische Vorbringen, unter Umständen habe ein Mitarbeiter des Gerichts vergessen, die Briefsendung der Post zu übergeben. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin beruhen die Sachverhaltsfeststellungen sodann auch nicht auf einer Rechtsverletzung. Sie macht geltend, das Verfahrensrecht des Kantons Freiburg kenne keine gesetzliche Vermutung bezüglich der ordnungsgemässen Zustellung von gerichtlichen Verfügungen, Urteilen oder sonstigen Mitteilungen. Es liege diesbezüglich ein qualifiziertes Schweigen des Gesetzgebers vor. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Zwar trifft es zu, dass das Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Freiburg, anders als beispielsweise das Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG; SR 172.021) in Art. 20 Abs. 2bis oder das Bundesgerichtsgesetz in Art. 44 Abs. 2, keine Bestimmung enthält, wonach eine Mitteilung, die nur gegen Unterschrift des Adressaten überbracht wird, spätestens am siebten Tag nach dem ersten erfolglosen Zustellungsversuch als erfolgt gilt. Vorliegend geht es jedoch nicht um die Frage dieser Zustellfiktion, sondern um die Frage, wem die Beweislast für die Zustellung obliegt und welches das Beweismass ist. Die Beschwerdeführerin übersieht, dass diese Frage unabhängig davon, ob das Gesetz eine diesbezügliche Regelung enthält, geklärt werden muss. Im Übrigen legt sie nicht dar, inwiefern die Rechtsanwendung durch die Vorinstanz, welche sich an die bundesgerichtliche Rechtsprechung hält, verfassungsmässige Rechte und Grundsätze verletzten würde.
2.4 Die Feststellung der Vorinstanz, das Revisionsgesuch sei unbegründet, soweit geltend gemacht werde, es würden erhebliche neue Tatsachen vorliegen, ist damit nicht zu beanstanden. Die weitere Feststellung der Vorinstanz, wonach der Nichteintretensentscheid auch nicht in Missachtung einer aktenkundigen erheblichen Tatsache ergangen sei, wird von der Beschwerdeführerin nicht angefochten.
2.5 Damit ist die Beschwerde betreffend den Entscheid vom 15. Dezember 2009 als unbegründet abzuweisen.
3. 3.1 Mit der Beschwerde betreffend den Nichteintretensentscheid vom 11. November 2008 rügt die Beschwerdeführerin vorab, die Vorinstanz habe den Sachverhalt betreffend Zustellung der Aufforderung zur Bezahlung des Gerichtskostenvorschusses willkürlich festgestellt, insbesondere indem sie die Beweislast falsch verteilt habe. Auch die Vorbringen der Beschwerdeführerin in dieser Beschwerde vermögen weder nachzuweisen, dass die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind noch dass sie auf einer Rechtsverletzung beruhen. Nachdem die Beschwerde in diesem Punkt inhaltlich weitgehend derjenigen gegen den Entscheid vom 15. Dezember 2009 entspricht, kann auf das zu dieser letztgenannten Beschwerde Ausgeführte verwiesen werden (vgl. oben E. 2.3).
Für die von der Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang geltend gemachte Aktenwidrigkeit des angefochtenen Entscheides gibt es keine Anhaltspunkte.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt im Weiteren eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV bzw. Art. 29 Abs. 2 KV/FR), da sie vor Erlass des Nichteintretensentscheides (entgegen der diesbezüglichen Vorgabe von Art. 57 Abs. 1 VRG/FR) nicht angehört worden sei. Die Beschwerdeführerin bestreitet zu Recht nicht, dass der hier einschlägige Art. 128 VRG/FR eine präzise formellgesetzliche und somit rechtsgenügliche Grundlage sowohl für die Erhebung eines Kostenvorschusses unter Fristansetzung als auch für die Androhung des Nichteintretens im Säumnisfall darstellt. Nach der willkürfreien Auffassung der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid schliesst die formellgesetzlich statuierte Pflicht zur Androhung des Nichteintretens im Säumnisfall zugleich die Befugnis zur tatsächlichen Anordnung der angedrohten Rechtsfolge bei Nichtleistung des Kostenvorschusses ein. Dies zumal die Sanktionsandrohung andernfalls ins Leere stiesse (vgl. Urteil 9C_715/2007 vom 17. Juni 2008 E. 6.2.2). Für eine zusätzliche Anhörung eines Beschwerdeführers besteht in einem solchen Falle kein Raum und ein derartiger Anspruch ergibt sich auch nicht aus dem Grundsatz auf rechtliches Gehör.
3.3 Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, der angefochtene Entscheid sei überspritzt formalistisch. Fristen in Rechtsmittelverfahren haben zum Zweck, den geordneten Gang der Rechtspflege sicherzustellen. Eine Fristwiederherstellung wäre möglich, wenn eine unverschuldete Verhinderung an der rechtzeitigen Einreichung der Beschwerde vorläge (vgl. Art. 50 BGG bzw. Art. 31 VRG/FR). Was die Beschwerdeführerin gegen diese Beurteilung gestützt auf das Verbot des überspitzten Formalismus bzw. den Anspruch auf ein faires Verfahren (Art. 29 Abs. 1 BV) vorbringt, ändert hieran nichts. Es handelt sich nicht um eine unnötige Formenstrenge, wenn das Gesetz eine Fristwiederherstellung nur bei unverschuldetem Hindernis ermöglicht. Die Nichteintretensfolge bei verspäteter Leistung des Kostenvorschusses erscheint nicht überspitzt formalistisch, wenn - wie vorliegend - bereits die (erste) Zahlungsaufforderung mit der Nichteintretensandrohung versehen war und keine Nachfrist angesetzt worden war. Die Kantone sind denn auch nicht verpflichtet, die für die Rechtsmittel ans Bundesgericht geltende Regelung von Art. 62 Abs. 3 BGG zu übernehmen (vgl. Urteil 2C_645/2008 vom 24. Juni 2009 E. 2.2). Nichts anderes ergibt sich diesbezüglich zudem aus den besonderen verfahrensrechtlichen Bestimmungen des Steuerrechts.
3.4 Damit erweist sich auch die Beschwerde gegen den Entscheid vom 11. November 2008 als unbegründet, weshalb sie ebenso abzuweisen ist.
4. Entsprechend dem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten 2C_908/ 2008 betreffend den Entscheid vom 11. November 2008 wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten 2C_78/2010 betreffend den Entscheid vom 15. Dezember 2009 wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung und dem Kantonsgericht des Kantons Freiburg (Steuergerichtshof) und der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. August 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Moser