Sachverhalt:
A. X._ arbeitet als _. Er war mit Y._ verheiratet. Seit Juli 1992 leben die Ehegatten getrennt, im Jahre 1996 wurde die Ehe geschieden. Zwischen den Ehegatten bestand Gütertrennung. Y._ betrieb zusammen mit ihrer Schwester A._ das private Alters- und Pflegeheim B._ in C._. Neben den beiden Betriebsinhaberinnen arbeiteten auch X._ (zu ca. 50 %) und der gemeinsame Sohn Z._ (in geringem Umfang) im Altersheim mit. Z._ bezog einen Lohn, X._ erhielt keinen Lohn ausbezahlt.
Wegen finanzieller Schwierigkeiten des Altersheims beschlossen die Beteiligten, ein "Schwarzgeldkonto" einzurichten (das später durch andere Konten abgelöst wurde). Es wurden darauf ab März 1988 in der Buchhaltung nicht erfasste Pensionsgelder von Altersheimbewohnern einbezahlt. Inhaber des Kontos war X._. Im März 1988 wurde auf den Namen Z._ ein weiteres Konto eröffnet, auf welches überhöhte Lohnzahlungen flossen.
Am 1. Dezember 1993 erstatteten Y._, A._ und Z._ Strafanzeige gegen X._ wegen Veruntreuung, ev. Unterschlagung, Betrug usw. Am 4. Juli 1996 unterzeichneten die Ehegatten eine Ehescheidungskonvention, wonach X._ der Ehefrau aus Güterrecht noch einen Betrag von Fr. 90'000.-- schuldet. Die Strafanträge wurden hierauf (bezüglich der Antragsdelikte) zurückgezogen. In der Folge wurde X._ durch das zuständige Kreisgericht wegen Veruntreuung verurteilt. Das Obergericht des Kantons Bern stellte das Strafverfahren infolge Verjährung mit Urteil vom 15. April 2002 ein.
B. Im Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren gegen X._ kam die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Erbschafts-, Schenkungs- und Nachsteuer, zum Schluss, dass X._ aus der "Schwarzgeldwirtschaft" insgesamt Fr. 100'000.-- bezogen habe.
Mit Nachsteuer- und Bussenverfügung N 40213/02 A 01 vom 4. Februar 2005 auferlegte die kantonale Steuerverwaltung X._ für die direkte Bundessteuer der Jahre 1995-2000 insgesamt Fr. 8'190.55 für Nachsteuern, Busse und aufgelaufene Verzugszinsen. Die Busse von Fr. 4'007.50 betrug das 1.25-fache der Nachsteuer (Fr. 3'206.--). Weitere Verfügungen ergingen zu den kantonalen direkten Steuern. Hinsichtlich der direkten Bundessteuer kam es zu den folgenden Aufrechnungen:
Steuerperiode 1995/96
Nebeneinkommen X._ "Altersheim B._" Fr. 1'855.--
Übrige Bezüge X._ "Altersheim B._" Fr. 300.--
Zinserträge Fr. 8'833.--
Steuerperiode 1997/98
Alimentenzahlungen Y._ an X._ Fr. 4'500.--
Zinserträge Fr. 7'159.--
Steuerperiode 1999/2000
Zinserträge Fr. 593.--.
Mit Einspracheverfügung vom 8. April 2005 bestätigte die kantonale Steuerverwaltung die Nachsteuer- und Bussenverfügung für die direkte Bundessteuer.
C. X._ führte Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese wies mit Entscheid vom 12. August 2008 die Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuern (Nachsteuern und Busse) ab, auferlegte dem Beschwerdeführer die Kosten des Nachsteuerverfahrens und - anteilsmässig - des Strafsteuerverfahrens und sprach ihm eine Parteientschädigung für das Obsiegen im Strafsteuerverfahren betreffend die bernische Strafsteuer pro 1991/92 zu.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern sei hinsichtlich der Nachsteuern und Busse für die direkte Bundessteuer der Jahre 1995 bis 2000 aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Einem Gesuch des Beschwerdeführers, es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, gab der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung mit Verfügung vom 23. Oktober 2008 nicht statt.
Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern beantragen dem Bundesgericht, es sei die Beschwerde abzuweisen.
Hinsichtlich der kantonalen Steuern erhob der Steuerpflichtige Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Mit Verfügung vom 18. September 2008 sistierte dieses das Verfahren bis zum Entscheid des Bundesgerichts.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) von einer durch den angefochtenen Entscheid besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG) eingereicht. Sie richtet sich gegen den Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Die sich nach der Rechtsprechung aus der Steuerharmonisierung ergebende Verpflichtung der Kantone, für die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen, wenn - wie im Kanton Bern - für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher kantonaler Instanzenzug besteht (vgl. BGE 130 II 65 ff.), kommt im vorliegenden Fall noch nicht zur Anwendung, da die Frist von acht Jahren, die den Kantonen gemäss Art. 72 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) offen steht, in der hier in Frage stehenden Steuerperiode 1999/2000 noch nicht abgelaufen war. Art. 146 DBG bildet die nach Art. 86 Abs. 2 BGG erforderliche spezialgesetzliche Grundlage, um während der Übergangsfrist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausnahmsweise gegen den Entscheid einer unteren richterlichen Behörde zuzulassen (s. auch Esther Tophinke, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 15 zu Art. 86 BGG mit Hinweis auf die Botschaft vom 28. Februar 2001 in: BBl 2001 S. 4326 f. ad Art. 80 Abs. 2). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht geltend gemacht werden (Art. 95 lit. a BGG). Zum Bundesrecht zählt auch das Bundesverfassungsrecht. Das Bundesgericht prüft frei, ob der angefochtene Entscheid Bundesrecht oder die kantonalen verfassungsmässigen Rechte verletzt (Art. 106 Abs. 1 BGG). Inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt, ist in der Beschwerde darzulegen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht, namentlich wenn sie offensichtlich unrichtig ist (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. Gemäss Art. 152 Abs. 1 DBG (SR 642.11) erlischt das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben ist. Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt nach Absatz 3 dieser Vorschrift 15 Jahren nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht. Die Strafverfolgung verjährt bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach dem Ablauf der Steuerperiode, für welche der Steuerpflichtige nicht oder unvollständig veranlagt wurde (Art. 184 Abs. 1 lit. b DBG). Die Verjährung wird durch jede Strafverfolgungshandlung unterbrochen, kann aber insgesamt um nicht mehr als die Hälfte der ursprünglichen Dauer hinausgeschoben werden (Art. 184 Abs. 2 DBG).
Am 26. September 2002 leitete die kantonale Steuerverwaltung gegenüber dem Beschwerdeführer das Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren betreffend die Steuerjahre 1991/92 und 1993/94 ein. Spätestens mit Schreiben vom 23. Mai 2003 gab die Steuerverwaltung dem Vertreter des Beschwerdeführers Kenntnis, dass sich die Aufrechnungen auch auf die Steuerperioden 1993/94 bis 1999/2000 beziehen, und gab ihm Gelegenheit zur Stellungnahme. Mit Schreiben vom 9. August 2004 orientierte die Steuerverwaltung den Vertreter über die vorgesehenen Aufrechnungen und Steuerbussen für die direkte Bundessteuer 1995 bis 2000. Zugleich räumte sie dem Beschwerdeführer das Recht ein, eine persönliche Anhörung zu verlangen.
Daraus erhellt, dass hinsichtlich der hier in Frage stehenden Steuerjahre 1995 bis 2000 sowohl das Nachsteuer- wie auch das Strafverfahren rechtzeitig eingeleitet und mehrmals unterbrochen wurden. Die Verjährung ist bis heute nicht eingetreten.
3. Der Beschwerdeführer rügt, die kantonale Steuerverwaltung (Nachsteuerabteilung) habe im gleichen Verfahren verschiedene Berechnungsmethoden angewendet. Einerseits habe sie ihm die Zinserträge des Schwarzgeldkontos nach dem Zuflussprinzip aufgerechnet. Begründet worden sei dies mit der Verbuchung der Erträge auf dem Schwarzgeldkonto und damit, dass er den Nachweis nicht erbracht habe, dass diese Erträge dem Heim zugeflossen seien. Andererseits habe die Nachsteuerabteilung in Bezug auf die Verwendung der Gelder auf dem Schwarzgeldkonto den Zeitpunkt des Abflusses als massgebend erachtet. Die Verwendung von mehreren Berechnungsmethoden und die Beweislastumkehr bei der Zuflussmethode bezüglich der Zinserträge stelle eine Rechtsverletzung dar.
Dazu ist Folgendes zu bemerken: Anfänglich rechnete die Veranlagungsbehörde die Zinsen und Kapitalbestände auf den Schwarzgeldkonten bei der Bank in C._, Nr. 1._ (Nachfolgekonto SBV 1A._) und Nr. 2._, dem Beschwerdeführer zu. Diese Konten lauteten auf seinen Namen, weshalb die Veranlagungsbehörde davon ausging, dass er wirtschaftlich Berechtigter sei (s. Einspracheverfügung vom 8. April 2005 betreffend die kantonalen Steuern 1991-1992). Andererseits rechnete sie die auf die Schwarzgeldkonten einbezahlten Pensionsgelder von Heimbewohnern - ebenfalls nach dem Zuflussprinzip - je zur Hälfte der damaligen Ehefrau des Beschwerdeführers und ihrer Schwester als Teilhaberinnen zu (vgl. Schreiben der Steuerverwaltung vom 23. Mai 2003 betreffend Steuerperiode 1991/92 und zugehörige Berechnung S. 2).
Aufgrund der Umstände, wie sie namentlich im Schreiben der Steuerverwaltung vom 9. August 2004 an den Vertreter des Beschwerdeführers dargestellt sind, konnte jedoch die Veranlagungsbehörde für den einkommenssteuerrechtlich relevanten Realisierungszeitpunkt der Einnahmen aus dem Altersheim B._ (Pensionsgelder) nicht auf den Zeitpunkt der Gutschrift auf dem Schwarzgeldkonto abstellen, welches vom Beschwerdeführer verwaltet wurde, da die Einnahmen aus dem Altersheim nicht ohne Weiteres den Betriebsinhaberinnen zugerechnet werden. Erforderlich war vielmehr, dass diese den Mittelzufluss auch erkennen konnten oder mussten. Aus diesen Gründen hat die Veranlagungsbehörde auf den Zeitpunkt der Mittelverwendung bzw. der definitiven Abdisposition auf den Schwarzgeldkonten abgestellt. Die gleiche Berechnungsweise hat sie auch zugunsten des Beschwerdeführers angewendet, soweit dieser Pensionsgeldzahlungen für eigene Zwecke (Auto, Steuern) verwendet hat. Diese Berechnungsmethode betrifft indessen nur die Pensionsgeldzahlungen, nicht auch die dem Beschwerdeführer zugerechneten Zinserträge. Für diese Einkommenszuflüsse stellte die Veranlagungsbehörde zu Recht weiterhin auf den Zeitpunkt der Gutschrift auf dem Konto als Zahlungseingang ab. Was die Einnahmen aus dem Betrieb des Altersheims betrifft, verfiel die Steuerverwaltung in keinen Methodendualismus. Dem Beschwerdeführer ist aus den gerügten Berechnungsmethoden kein Nachteil erwachsen. Jedenfalls legt er nicht dar, dass er Kapital- und Zinserträge auf dem Schwarzgeldkonto für Zwecke des Altersheims oder zugunsten der Teilhaberinnen verwendet hätte.
4. In der am 4. Juli 1996 zwischen dem Beschwerdeführer und seiner Ehefrau Y._ geschlossenen Ehescheidungskonvention verpflichtete sich der Beschwerdeführer, seiner Ehefrau "aus Güterrecht den Betrag von Fr. 90'000.--" zu bezahlen. Die Forderung wurde mit einer Forderungsabtretung sowie durch einen Pfandvertrag gesichert. Der Beschwerdeführer macht geltend, mit der vereinbarten Zahlung aus Güterrecht habe er gegenüber seiner geschiedenen Ehefrau die ihm aus der Schwarzgeldwirtschaft im Laufe der Jahre zugekommenen Vorteile wettgemacht. Das hätte bewiesen werden können, wenn ihm Einblick in die Steuerdossiers seiner geschiedenen Ehefrau und deren Schwester A._ gewährt worden wäre. Sein Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV wie auch die allgemeinen Grundsätze eines fairen Strafverfahrens im Sinne von Art. 6 Ziff. 3 lit. a-d EMRK seien verletzt. Die Unterlassung durch die Vorinstanzen führe ausserdem dazu, dass der Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt worden sei.
Alle diese Rügen dringen nicht durch: Die Ausgleichszahlung von Fr. 90'000.-- wurde im Rahmen einer Ehescheidungskonvention vereinbart und als Zahlung "aus Güterrecht" bezeichnet. Dass die Parteien Gütertrennung vereinbart hatten, schliesst eine solche pauschale Ausgleichszahlung nicht aus. Es deutet nichts darauf hin, dass die Zahlung etwas anderes abgelten würde als vom Beschwerdeführer selber (in der Konvention) angegeben. Die Zahlungsverpflichtung allein gegenüber der Ehefrau (unter Ausschluss der Schwester, des Sohnes, des Altersheims bzw. der Heimbewohner) spricht dafür, dass es um eine Abfindung gestützt auf Eherecht ging. Soweit der Ehefrau bekanntermassen Vorteile aus der Schwarzgeldwirtschaft zugeflossen sind, wurden sie einkommenssteuerrechtlich bei ihr erfasst. Eine Zahlung aus Güterrecht ist zudem beim Verpflichteten nicht abzugsfähig und bildet beim Empfänger kein Einkommen.
Der Beschwerdeführer hätte daher zumindest in Umrissen darstellen müssen, dass und weshalb es sich nach seiner Meinung um eine Zahlung aus der Schwarzgeldwirtschaft handelte. Dann hätten auch die allenfalls vorhandenen, erheblichen Beweise abgenommen werden können. Über die Hintergründe der Zahlungsverpflichtung kann der Beschwerdeführer am ehesten Auskunft geben, sofern es sich nicht um eine Zahlung aus Eherecht gehandelt haben sollte. Dass er eine solche Sachdarstellung gegeben hätte, macht der Beschwerdeführer nicht geltend. Allein der Umstand, dass das Mobilhome und das Fahrzeug BMW 325 schon immer ihm gehörten, beweist nicht, dass der Zahlung "aus Güterrecht" andere Motive zugrunde lagen. Unter diesen Umständen musste nicht vermutet werden, dass die Zahlung aus Güterrecht steuerlich als etwas anderes behandelt wurde oder dass die beiden Frauen in den sie betreffenden Verfahren Aussagen gemacht hätten, die auf einen anderen Zahlungszweck schliessen liessen. Die Vorinstanz durfte in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung ohne Verletzung der erwähnten Verfassungs- und Konventionsgarantien den Beizug der Steuerdossiers der beiden Frauen ablehnen.
5. Hinsichtlich der weiteren Aufrechnungen für "Nebeneinkommen X._ 'Altersheim B._'", "Übrige Bezüge X._ 'Altersheim B._'" und "Alimentenzahlungen Y._ an X._" legte der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern sie zu Unrecht erfolgt sein sollen. Es ist darauf nicht weiter einzugehen. Das Bundesgericht beschränkt sich auch bei der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG) auf die vorgetragenen Beschwerdegründe (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
6. Schliesslich stellt der Beschwerdeführer auch die vorsätzliche Steuerhinterziehung und die Bemessung der Busse nicht in Frage. Er macht bloss geltend, bei der Zahlung aus Güterrecht handle es sich in Wirklichkeit um eine Zahlung aus der Schwarzgeldwirtschaft und es sei ihm durch Verweigerung von Akteneinsicht der Beweis vereitelt worden. Hierzu hätte er indessen, wie dargelegt, eine substantiierte Sachdarstellung geben können, so dass hierüber hätte Beweis erhoben werden können.
7. Das führt zur Abweisung der Beschwerde. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung und der Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann