Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, verurteilte X._ am 2. Juli 2009 zweitinstanzlich wegen mehrfacher Misswirtschaft (Art. 165 Ziff. 1 StGB), Unterlassung der Buchführung (Art. 166 StGB), mehrfachen Vergehens gegen Art. 105 Abs. 1 AVIG, mehrfachen Betrugs (Art. 146 Abs. 1 StGB), mehrfacher Veruntreuung (Art. 138 Ziff. 1 Abs. 2 StGB), Veruntreuung (Art. 138 Ziff. 1 Abs. 1 StGB), Freiheitsberaubung in mittelbarer Täterschaft (Art. 183 Ziff. 1 Abs. 1 StGB) und mehrfacher Widerhandlung gegen Art. 95 Ziff. 1 al. 1 SVG i.V.m. Art. 147 Ziff. 1 al. 1 VZV zu einer Freiheitsstrafe von 3 Jahren und 6 Monaten sowie zu einer bedingt vollziehbaren Geldstrafe von 180 Tagessätzen à Fr. 30.--, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Bezirksgerichts Aarau vom 12. Juni 2002, zum Strafentscheid des Bezirksamts Lenzburg vom 15. August 2005 und zu den Strafmandaten des Einzelrichteramts des Kantons Zug vom 2. November 2005 sowie vom 26. Januar 2006. Vom Vorwurf des mehrfachen Betrugs im Sinne von Art. 146 Abs. 1 StGB, angeblich begangen durch Erschleichung von Arbeitslosenentschädigungen, wurde X._ freigesprochen. Das Obergericht stellte fest, das erstinstanzliche Urteil des Bezirksgerichts Zürich, 9. Abteilung, vom 21. Mai 2008 sei hinsichtlich der Schuldsprüche betreffend Betrug (Art. 146 Abs. 1 StGB) im Falle von ND 9, mehrfachen Pfändungsbetrug (Art. 163 Ziff. 1 StGB) und falsche Anschuldigung (Art. 303 Ziff. 1 Abs. 1 StGB) in Rechtskraft erwachsen.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 14. September 2009 beantragt X._, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 2. Juli 2009 sei aufzuheben, und die Sache sei zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Unter Kosten- und Entschädigungsfolge.
C. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer ficht seine Verurteilung wegen mehrfachen Betrugs (ND 33, 34) an. Die Vorinstanz geht diesbezüglich von folgendem Sachverhalt aus (angefochtenes Urteil S. 28 f.):
Der Beschwerdeführer liess der Geschädigten A._Versicherung am 4. März 2005 über B._, Mitglied des Verwaltungsrats der C._AG, eine Rechnung vom 12. Februar 2005 betreffend die Reparatur der Frontscheibe eines Cars durch die "D._Autowerkstatt" in Serbien zukommen. Diese Rechnung lautete auf Dinar 390'000.--. Ihr waren zwei Fotografien einer beschädigten Frontscheibe eines Cars beigelegt. Die Geschädigte überwies der C._AG gestützt darauf Fr. 7'600.--. Es war tatsächlich zu einem Frontscheibenschaden gekommen, aber der Beschwerdeführer hatte mit der "D._Autowerkstatt" die Ausstellung einer gegenüber dem effektiven Reparaturpreis um Fr. 2'000.-- erhöhten Rechnung vereinbart. Die beigelegten Fotografien waren von einem anderen Fahrzeug aufgenommen worden.
Am 21. April 2005 meldete B._ der Geschädigten, derselbe Bus der C._AG habe in Ungarn einen Scheibenschaden erlitten, der im "E._Busbetrieb" repariert worden sei. Gemäss Schadenmeldung des Beschwerdeführers vom 2. Mai 2005 zuhanden der Geschädigten war am 15. April 2005 ein Fasan mit der Frontscheibe des Busses kollidiert und der Schaden in Ungarn für ca. Fr. 9'800.-- repariert worden. Er legte der Meldung eine um ca. Fr. 3'000.-- überhöhte Rechnung des "F._Busbetriebs" über Florint 1'528'800.-- (ca. Fr. 9'800.--) und eine Fotografie einer defekten Car-Windschutzscheibe bei. Gestützt auf diese Meldung bezahlte die Geschädigte der C._AG Ende Mai 2005 den aufgrund eines Expertenberichts gegenüber der Forderung des Beschwerdeführers reduzierten Betrag von Fr. 7'200.--. Der Bus hatte tatsächlich einen Frontscheibenschaden erlitten. Die der Schadenmeldung beigelegte Fotografie betraf aber einen anderen Bus.
Die Vorinstanz erwägt, die Verwendung von rechtswidrig erlangten Urkunden und Belegen stelle grundsätzlich eine besondere Machenschaft dar und sei daher arglistig im Sinne des Betrugstatbestands. Der Beschwerdeführer habe dieses Kriterium erfüllt. Der Geschädigten könne nicht vorgeworfen werden, sie habe die Rechnungen respektive die gemeldeten Schäden keiner näheren Prüfung unterzogen. Dies wäre im Zeitpunkt der Einreichung der Unterlagen auch nicht möglich gewesen, da die Reparaturen bereits erfolgt seien. Hinsichtlich der Rechnungen und der geltend gemachten Beträge hätten keine Anhaltspunkte für Unregelmässigkeiten vorgelegen. Im Fall des Schadens in Ungarn sei gestützt auf einen Expertenbericht ein geringerer Betrag ausbezahlt worden. Die Geschädigte habe somit eine gewisse Diligenz walten lassen. Die den Rechnungen beigelegten Fotografien würden zusätzlich eine Machenschaft darstellen. Ein durchschnittlich sorgfältiger Sachbearbeiter könne nicht erkennen, dass es sich nicht um das Unfallfahrzeug handle. Da betrügerische Machenschaften vorlägen und nicht einfache Lügen, könne offenbleiben, ob und inwieweit der Beschwerdeführer davon ausgegangen sei, dass seine Angaben nicht überprüft würden (angefochtenes Urteil S. 29-31).
1.2 Gemäss Art. 146 Abs. 1 StGB macht sich des Betrugs schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt oder ihn in einem Irrtum arglistig bestärkt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt.
Den Tatbestand erfüllt nur eine arglistige Täuschung. Arglist ist unter anderem gegeben, wenn der Täter zur Täuschung eines anderen ein Lügengebäude errichtet oder sich besonderer Machenschaften bedient, d.h. den andern durch intensive, planmässige und systematische Vorkehren, namentlich durch Verwendung von rechtswidrig erlangten oder gefälschten Urkunden und Belegen, täuscht. Dabei ist auch der Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung zu berücksichtigen. Die vom Opfer erwartete Aufmerksamkeit richtet sich nach einem individuellen Massstab. Es kommt auf die Lage und Schutzbedürftigkeit des Betroffenen im Einzelfall an. So sind beispielsweise die allfällige besondere Fachkenntnis und Geschäftserfahrung des Opfers zu berücksichtigen. Die Erfüllung des Tatbestands erfordert nicht, dass das Täuschungsopfer die grösstmögliche Sorgfalt walten lässt und alle erdenklichen ihm zur Verfügung stehenden Vorkehren trifft. Arglist scheidet lediglich aus, wenn es die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet. Entsprechend entfällt der strafrechtliche Schutz nicht bei jeder Fahrlässigkeit des Opfers, sondern nur bei Leichtfertigkeit, welche das betrügerische Verhalten des Täters in den Hintergrund treten lässt. Arglist wird aber auch bei einfachen falschen Angaben bejaht, wenn deren Überprüfung nicht oder nur mit besonderer Mühe möglich oder nicht zumutbar ist, und wenn der Täter das Opfer von der möglichen Überprüfung abhält oder nach den Umständen voraussieht, dass dieses die Überprüfung der Angaben aufgrund eines besonderen Vertrauensverhältnisses unterlassen werde. Der Gesichtspunkt der Überprüfbarkeit der falschen Angaben ist nach der Rechtsprechung auch bei einem Lügengebäude und bei betrügerischen Machenschaften von Bedeutung. Auch in diesen Fällen ist das Opfer somit zu einem Mindestmass an Aufmerksamkeit verpflichtet. Ob eine Täuschung arglistig ist, hängt nicht von ihrem Gelingen ab (BGE 135 IV 76 E. 5.2 S. 79 ff.; 128 IV 18 E. 3a S. 20 f.; je mit Hinweisen).
1.3 Der Beschwerdeführer reichte zur Täuschung der Versicherungsgesellschaft unwahre Rechnungen ein, die von der Autogarage, die angeblich die betreffende Reparatur vorgenommen hatte, erstellt worden waren. Dieses Vorgehen ist jeweils als arglistige Täuschung zu qualifizieren. Der Umstand, dass das Erstellen der überhöhten Rechnung nicht als Falschbeurkundung strafbar ist, ändert daran nichts (BGE 120 IV 14 E. 2b S. 16; Urteil des Bundesgerichts 6S.110/2004 vom 8. Juli 2004 E. 7.2.2). Die Täuschung war aufgrund der konkreten Umstände erschwert durchschaubar, was dem Beschwerdeführer auch bewusst gewesen sein muss. Unter den gegebenen Umständen ist nicht entscheidend, ob der Beschwerdeführer mit einer Überprüfung der eingereichten Rechnungen rechnete. Dass der in Rechnung gestellte Betrag in einem Fall aufgrund einer Expertise herabgesetzt wurde, ändert an der Arglist nichts, da diese nicht vom Gelingen der Täuschung abhängt. Der Geschädigten kann nicht vorgeworfen werden, die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet bzw. leichtfertig gehandelt zu haben.
Der Beschwerdeführer behauptet, es werde ihm in der Anklageschrift lediglich ein Fall vorgeworfen, in welchem er eine Fotografie einer defekten Frontscheibe eingereicht habe. Dem ist nicht so, wie sich aus der Anklageschrift (S. 35 ff.) ergibt. Unbegründet ist auch die Rüge der Verletzung des Anklagegrundsatzes. Die vom Beschwerdeführer beigelegten Fotografien stammten gemäss den Ausführungen im angefochtenen Urteil (S. 29) von einem anderen Bus. Dies stimmt im Anklagepunkt ND 33 mit der Anklageschrift überein. Allerdings stammten die Fotografien im Anklagepunkt ND 34 laut Anklageschrift "nicht vom genannten Vorfall". Insoweit weicht die Feststellung der Vorinstanz, die Fotografien stammten von einem anderen Bus, möglicherweise von der Anklage ab. Diese geringfügige Abweichung stellt jedoch keine Verletzung des Anklageprinzips dar, gemäss welchem die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens bestimmt. Entscheidend ist, dass der in Rechnung gestellte Schaden nicht dem durch die beigelegten Fotografien dokumentierten Schaden entspricht.
Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer ficht auch seine Verurteilung wegen mehrfacher Veruntreuung (ND 1, 2, 19-32) an. Die Vorinstanz führt aus, der objektive Tatbestand der Veruntreuung nach Art. 138 Ziff. 1 Abs. 2 StGB sei erfüllt. Anerkanntermassen seien weder die Reise an den Gardasee durchgeführt noch den Geschädigten die für diese Reise einbezahlten Beträge zurückerstattet worden. Es sei unbestritten, dass die Geschädigten ihre Zahlung zweckgebunden für das vom Beschwerdeführer bzw. von der G._AG angepriesene Arrangement tätigten. Der Beschwerdeführer habe in Kauf genommen, mangels Liquidität und angesichts der völligen Überschuldung der G._AG unfähig zu sein, die Reisen zu organisieren und zu bezahlen. Dass die Reise nach seiner Darstellung wegen ungenügender Teilnehmerzahl annulliert worden sei, ändere daran nichts. Da in der Ausschreibung kein entsprechender Vorbehalt angebracht worden sei, müsse die Nichtdurchführung der Reise vollumfänglich dem Beschwerdeführer bzw. der G._AG angelastet werden. Er habe den Geschädigten die einbezahlten Beträge nicht zurückerstatten können. Dies beweise, dass er auch Hotel und Treibstoff nicht hätte bezahlen können. Der Beschwerdeführer habe beinahe alle von den Kunden für das Gardasee-Arrangement einbezahlten Beträge fast unmittelbar nach deren Eingang in bar abgehoben und zur Begleichung offener Schulden verwendet. Damit habe er die entsprechenden Beträge im Sinne von Art. 138 Ziff. 1 Abs. 2 StGB unrechtmässig verwendet.
2.2 Der Veruntreuung nach Art. 138 Ziff. 1 Abs. 2 StGB macht sich schuldig, wer ihm anvertraute Vermögenswerte unrechtmässig in seinem oder eines anderen Nutzen verwendet. Anvertraut ist, was jemand mit der Verpflichtung empfängt, es in bestimmter Weise im Interesse des Treugebers zu verwenden, insbesondere es zu verwahren, zu verwalten oder abzuliefern. Der Tatbestand von Art. 138 Ziff. 1 Abs. 2 StGB soll nur jenes Unrecht erfassen, das mit dem in Abs. 1 umschriebenen strukturell gleichwertig ist. In den Fällen, in denen Abs. 2 zur Anwendung kommt, erwirbt der Treuhänder an den erhaltenen Vermögenswerten Eigentum. Er erlangt daher nicht nur eine tatsächliche, sondern auch eine rechtliche Verfügungsmacht. Die ins Eigentum des Treuhänders übergegangenen Vermögenswerte sind jedoch bestimmt, wieder an den Berechtigten zurückzufliessen oder an einen Dritten weitergeleitet zu werden. In diesem Sinne sind sie wirtschaftlich fremd. Der Treuhänder ist deshalb verpflichtet, dem Treugeber den Wert des Empfangenen ständig zu erhalten. Nur wo diese besondere Werterhaltungspflicht besteht, befindet sich der Treuhänder in einer vergleichbaren Stellung mit demjenigen, der eine fremde bewegliche Sache empfangen und das Eigentum des Treugebers daran zu wahren hat (BGE 133 IV 21 E. 6.1.2 und 6.2 S. 27 f. mit Hinweisen). Wird Geld ausgehändigt, um eigene Verpflichtungen gegenüber dem Empfänger zu erfüllen, kann der Betrag nicht als anvertraut gelten. Dies gilt auch, wenn die Zahlung dem Empfänger die Honorierung der Ansprüche eines Dritten ermöglichen soll. Unterlässt es jemand entgegen den von einer oder beiden Seiten gehegten Erwartungen, einen ihm ausbezahlten Betrag an einen Dritten weiterzuleiten, kann das Geld nur als anvertraut gelten, wenn er diese Aufgabe als direkter oder indirekter Stellvertreter des Zahlenden oder des Dritten zu erfüllen hat. Der Tatbestand ist nicht gegeben, wenn der Empfänger das Geld auf eigene Rechnung erhält, auch wenn er sich gegenüber der einen oder anderen Seite zur Weiterleitung verpflichtet hat (Rehberg/ Schmid/Donatsch, Strafrecht III, 8. Aufl. 2003, S. 112).
2.3 Die von den Geschädigten an den Beschwerdeführer überwiesenen Beträge stellen Leistungen für eine vertraglich vereinbarte Gegenleistung dar. Es handelt sich nicht um Beträge, die dieser in fremdem Interesse in einer bestimmten Weise hätte investieren müssen. Die Geschädigten waren keine Investoren, sondern Kunden, die eine Reise erwarben. Der Beschwerdeführer war vertraglich nicht verpflichtet, die ihm überwiesenen Zahlungen in einer bestimmten Weise zu verwenden. Er nahm die Gelder für sich selbst bzw. für sein Unternehmen ein. Aus gegenseitigen Zuwendungen aus synallagmatischen Verträgen entstehen nur Ansprüche auf Gegenleistungen, nicht aber auf Werterhaltung (BGE 133 IV 21 E. 7.2 S. 30 mit Hinweisen). Die von den Kunden überwiesenen Vermögenswerte waren daher nicht im Sinne von Art. 138 Ziff. 1 StGB anvertraut.
Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bestreitet, sich der Freiheitsberaubung in mittelbarer Täterschaft schuldig gemacht zu haben.
Die Vorinstanz hält fest, der Beschwerdeführer habe eine Verhaftung von H._ aufgrund der falschen Anschuldigung zumindest in Kauf genommen. Dieser sei vom 31. August 2005 um 6.05 Uhr bis am 1. September 2005 um 13.00 Uhr inhaftiert gewesen. Die Untersuchung gegen H._ sei eingestellt und diesem eine Genugtuung zugesprochen worden. Es könne kein Zweifel an den (letztlich auch eingestandenen) Absichten des Beschwerdeführers hinsichtlich der Inhaftierung von H._ bestehen. Er habe unter anderem ausgesagt, H._ habe die Verhaftung verdient. Zudem sei der Beschwerdeführer selbst aufgrund des Verdachts, einen Betrug bezüglich des Frontscheibenvorfalls in Serbien begangen zu haben, am 30. August 2005 verhaftet worden. Er könne nicht ernsthaft behaupten, nicht mit der Verhaftung von H._ gerechnet zu haben, wenn er diesen der Beteiligung am fraglichen Betrug bezichtigt habe.
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, andere von ihm als Mitbeteiligte bezeichnete Personen hätten sich nicht in Untersuchungshaft befunden. Die Verhaftung von H._ sei überflüssig gewesen. Er habe nicht damit rechnen müssen. Damit mangle es ihm am Vorsatz.
3.3 Freiheitsberaubung begeht nach Art. 183 Ziff. 1 Abs. 1 StGB, wer jemanden unrechtmässig festnimmt oder gefangen hält oder jemandem in anderer Weise unrechtmässig die Freiheit entzieht. Der Tatbestand kann auch in mittelbarer Täterschaft erfüllt werden, etwa dadurch, dass jemand wissentlich eine falsche Anzeige erstattet im Bewusstsein respektive unter Inkaufnahme, dass der falsch Angeschuldigte in der Folge in Untersuchungshaft versetzt wird oder diese Möglichkeit besteht (DELNON/RÜDY, in: Basler Kommentar, StGB, 2. Aufl. 2007, N. 13 zu Art. 183 StGB mit Hinweis auf weitere Autoren). Gemäss Art. 12 Abs. 2 StGB verübt ein Verbrechen oder ein Vergehen vorsätzlich, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (BGE 133 IV 9 E. 4.1 S. 16 mit Hinweis).
3.4 Was der Beschwerdeführer gegen die Feststellung der Vorinstanz, er habe die Verhaftung von H._ in Kauf genommen, vorbringt, erschöpft sich grösstenteils in appellatorischer Kritik. Er legt nicht in rechtsgenüglicher Weise dar, inwiefern die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz willkürlich sein sollen. Zudem ist nicht dargetan und nicht ersichtlich, weshalb die Vorinstanz von den willkürfrei festgestellten Umständen nicht auf eventualvorsätzliche Vorgehensweise hätte schliessen dürfen. Weder die Sachverhaltsfeststellung noch der Schluss auf Eventualvorsatz sind zu beanstanden.
Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4. 4.1 Die Vorinstanz hält unter Hinweis auf Art. 97 Abs. 3 StGB, Art. 104 StGB und Art. 109 StGB fest, dass nach der Ausfällung des erstinstanzlichen Urteils keine Verjährung mehr eintreten könne und daher die Widerhandlungen gegen das SVG und die Unterlassung der Buchführung nicht verjährt seien. Auch nach altem Recht wäre die Unterlassung der Buchführung nicht verjährt, da die altrechtliche siebeneinhalbjährige Verjährungsfrist einen Tag nach der Konkurseröffnung über die G._AG vom 30. April 2002 begonnen hätte und im Zeitpunkt der Ausfällung des Berufungsurteils noch nicht abgelaufen wäre.
4.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe hinsichtlich verschiedener Delikte zu Unrecht nicht die Bestimmungen des alten Rechts als "lex mitior" angewandt. Die mehrfachen Widerhandlungen gegen Art. 95 Ziff. 1 al. 1 SVG sowie die inkriminierte Unterlassung der Buchführung seien verjährt. Die Verjährung von Konkursdelikten beginne nicht am Tag der Konkurseröffnung, sondern am Tag, an welchem die Handlungen bzw. Unterlassungen begangen worden seien.
4.3 Die Bestimmungen des Strafgesetzbuchs betreffend die Verfolgungsverjährung sind durch das Bundesgesetz vom 5. Oktober 2001, in Kraft seit 1. Oktober 2002, geändert worden. Danach verjährt die Strafverfolgung in sieben Jahren, wenn die Tat mit einer anderen Strafe als Gefängnis von mehr als drei Jahren oder Zuchthaus bedroht ist. Die Verjährung tritt nicht ein, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil erging (Art. 70 Abs. 1 lit. c und Abs. 3 StGB gemäss Fassung vom 1. Oktober 2002). Diese Regelung entspricht mit einer terminologischen Anpassung (Freiheitsstrafe statt Zuchthaus und Gefängnis) derjenigen, wie sie heute aufgrund des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen revidierten Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuchs Geltung hat (Art. 97 Abs. 1 und 3 StGB). Nach der ursprünglichen (bis 30. September 2002 massgebenden) Fassung des Gesetzes betrug die Verjährungsfrist für andere als mit Gefängnis von mehr als drei Jahren oder Zuchthaus bedrohte Straftaten fünf Jahre. Die Verjährung endete nicht mit dem erstinstanzlichen Urteil, wurde aber mit jeder Untersuchungshandlung und jeder Verfügung des Gerichts unterbrochen und begann neu zu laufen, wobei die ordentliche Verjährungsfrist nicht um mehr als die Hälfte überschritten werden durfte (Art. 72 StGB in der Fassung vom 21. Dezember 1937). Übertretungen verjähren altrechtlich relativ in einem Jahr (Art. 109 aStGB) und absolut in zwei Jahren (Art. 102 i.V.m. Art. 72 Ziff. 2 aStGB). Sie verjähren neurechtlich in drei Jahren (Art. 109 StGB in der Fassung vom 1. Oktober 2002 respektive Art. 109 StGB in der Fassung vom 1. Januar 2007). Inhaltlich gleich blieb über alle Revisionen des Gesetzes hinweg die Bestimmung über den Beginn der Verjährung, wonach die Verjährung mit dem Tag beginnt, an dem der Täter die strafbare Tätigkeit ausführt. Wenn er die strafbare Tätigkeit zu verschiedenen Zeiten ausführt, beginnt die Verjährung mit dem Tag, an dem er die letzte Tätigkeit ausführt, und wenn das strafbare Verhalten dauert, mit dem Tag, an dem dieses Verhalten aufhört. Auch in Bezug auf die Verjährung gilt der Grundsatz der "lex mitior" (Art. 2 Abs. 2 StGB; BGE 134 IV 297 E. 4.1 S. 299 f. mit Hinweisen).
4.4 Der Beschwerdeführer beging die Widerhandlungen im Sinne von Art. 95 Ziff. 1 al. 1 SVG im Zeitraum vom 5. März 2004 bis 2. August 2005, indem er neunmal ohne erforderlichen Führerausweis ein Motorfahrzeug führte (erstinstanzliches Urteil S. 7). Nachdem die Verjährungsfrist drei Jahre beträgt (vgl. oben E. 4.3), waren diese Delikte zum Zeitpunkt der Ausfällung des erstinstanzlichen Urteils vom 21. Mai 2008 verjährt, soweit sie vor dem 21. Mai 2005 verübt wurden.
4.5 Der Beschwerdeführer unterliess die ordnungsgemässe Buchführung nach Art. 166 StGB in der Zeit vom 27. Februar 2001 (Kauf des Aktienmantels) bis zur Konkurseröffnung am 30. April 2002. Die diesbezügliche Strafandrohung lautet auf Freiheitsstrafe bis zu 3 Jahren oder Geldstrafe. Die Strafverfolgung verjährt somit altrechtlich (vgl. oben Erw. 4.3) in fünf respektive bei Unterbrüchen der Verjährung in maximal siebeneinhalb Jahren. Bei Ausfällung des zweitinstanzlichen Urteils vom 2. Juli 2009 war folglich die Frist von fünf Jahren, nicht aber jene von siebeneinhalb Jahren, abgelaufen. Die Verjährung wurde zumindest mit Anklageschrift vom 20. Dezember 2006 und mit erstinstanzlichem Urteil vom 21. Mai 2008 unterbrochen und begann jeweils neu zu laufen. Somit war die Verjährung im Zeitpunkt der Ausfällung des zweitinstanzlichen Urteils noch nicht eingetreten. Nach seit 1. Oktober 2002 bzw. 1. Januar 2007 geltendem Recht war das Delikt bei einer Verjährungsfrist von sieben Jahren im Zeitpunkt der Ausfällung des erstinstanzlichen Urteils vom 21. Mai 2008 ebenfalls nicht verjährt.
4.6 Die Beschwerde ist in diesem Punkt hinsichtlich der Widerhandlungen im Sinne von Art. 95 Ziff. 1 al. 1 SVG teilweise gutzuheissen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Strafzumessung. Gemäss Art. 47 Abs. 1 StGB misst das Gericht die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben, die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Das Verschulden wird gemäss Art. 47 Abs. 2 StGB nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Bei der Strafzumessung steht dem Sachrichter ein erheblicher Spielraum des Ermessens zu. Die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts greift auf Beschwerde in Strafsachen hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen beziehungsweise in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (BGE 134 IV 17 E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen; zum alten Recht: BGE 120 IV 67 E. 2a S. 70 mit Hinweisen).
5.2 Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers berücksichtigt die Vorinstanz, dass die Staatsanwaltschaft ihren Strafantrag von viereinhalb auf vier Jahre reduzierte, indem sie die Bestätigung des auf vier Jahre Freiheitsstrafe lautenden erstinstanzlichen Urteils verlangte (angefochtenes Urteil S. 7).
5.3 Die Vorinstanz verneint eine Verletzung des Beschleunigungsgebots. Die Dauer des Verfahrens sei insbesondere angesichts der im Raum stehenden Vorwürfe, deren Komplexität und des Umstands, dass der Beschwerdeführer bis weit ins Jahr 2006 delinquierte, nicht übermässig lange. Der Beschwerdeführer habe lediglich in der Zeit zwischen Juni 2002 und September 2003 nicht delinquiert. Es sei nicht zu beanstanden, dass die Staatsanwaltschaft den Themenkomplex "G._" nicht vor September 2003 anklagte.
Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht eine Verletzung des Beschleunigungsgebots hinsichtlich der ersten Deliktsphase verneint und damit eine Strafreduktion verweigert. Das Verfahren habe seit der Anzeige des Konkursamtes vom 24. Mai 2002 bis zu seiner Verurteilung durch die Vorinstanz über sieben Jahre gedauert. Während eines Zeitraums von deutlich über zwei Jahren habe er keine deliktischen Handlungen begangen. Als Ende der ersten Deliktsphase könne nicht einfach der Zeitpunkt der Konkurseröffnung über die G._AG (20. April 2002) angenommen werden. Ein Datum für den Beginn der zweiten Deliktsphase sei nicht ersichtlich. Die Strafverfolgungsbehörden hätten die erste Deliktsphase vor Ende August 2005 und somit vor seiner zweiten Verhaftung zur Anklage bringen müssen. Zweieinhalb Jahre seien dafür mehr als ausreichend gewesen.
Das in Art. 29 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 14 Ziff. 3 lit. c UNO-Pakt II festgeschriebene Beschleunigungsgebot verpflichtet die Behörden, das Strafverfahren voranzutreiben, um den Beschuldigten nicht unnötig über die gegen ihn erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen. Welche Verfahrensdauer angemessen ist, hängt von den Umständen des Einzelfalls ab, die in ihrer Gesamtheit zu würdigen sind. Von den Behörden und Gerichten kann nicht verlangt werden, sich ständig einem einzigen Fall zu widmen. Deshalb sowie aus Gründen wie faktischer und prozessualer Schwierigkeiten sind Zeiten, in denen das Verfahren stillsteht, unumgänglich. Wenn keiner dieser Zeitabschnitte stossend wirkt, ist eine Gesamtbetrachtung vorzunehmen. Zeiten mit intensiver behördlicher oder gerichtlicher Tätigkeit können andere Zeitspannen kompensieren, in denen aufgrund der Geschäftslast keine Verfahrenshandlungen erfolgten (BGE 133 IV 158 E. 8 S. 170; 130 IV 54 E. 3 S. 54 ff.; 124 I 139 E. 2a S. 140 f.; 117 IV 124 E. 3 und 4 S. 126 ff.).
Der Beschwerdeführer setzt sich nicht näher mit den Ausführungen der Vorinstanz hinsichtlich der gegen ihn erhobenen Vorwürfe, deren Komplexität und seiner bis ins Jahr 2006 dauernden Delinquenz auseinander. Er legt nicht dar, inwiefern die Gesamtdauer des bisherigen Verfahrens dazu in einem Missverhältnis steht. Dass nach der ersten Deliktsphase einige Zeit bis zur Anklageerhebung verstrich, ist angesichts der Komplexität der inkriminierten Delikte verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden. Gemäss Darstellung im vorinstanzlichen Urteil endete die erste Deliktsphase im Juni 2002 und begann die zweite Deliktsphase im September 2003. Der Beschwerdeführer legt nicht in rechtsgenüglicher Weise dar, inwiefern diese tatsächliche Feststellung im angefochtenen Urteil willkürlich sein soll. Unter den konkreten Umständen und angesichts der Intensität der Delinquenz des Beschwerdeführers ist die Verfahrensdauer insgesamt sowie hinsichtlich einzelner Abschnitte nicht übermässig lange und stellt keine relevante Verfahrensverzögerung dar.
Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
5.4 5.4.1 Es ist entgegen den Einwänden in der Beschwerde nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz das Verhalten des Beschwerdeführers als "ausserordentlich egoistisch" bezeichnet. Auch strafbares Verhalten zwecks Rettung der eigenen Geschäftstätigkeit kann egoistisch sein. Es muss sich hierbei nicht zwingend um eine direkte persönliche Bereicherung handeln. Die Vorinstanz berücksichtigt bei der Strafzumessung entgegen den weiteren Einwänden in der Beschwerde die Einkommens- und Familienverhältnisse sowie die Tatmotive des Beschwerdeführers.
5.4.2 Der Beschwerdeführer rügt weiter, die Vorinstanz setze sich nicht mit der Wirkung der Strafe auf sein Leben bzw. das Leben seiner Familie auseinander. Da die Vorinstanz Arbeitsstelle und Familie des Beschwerdeführers in ihren Erwägungen berücksichtigt, kann davon ausgegangen werden, dass sie die Auswirkungen einer unbedingten Freiheitsstrafe auf die Familie implizit in ihre Überlegungen einfliessen liess. Im Übrigen ist nicht ersichtlich und auch nicht dargelegt, inwiefern dieser Umstand unter Berücksichtigung aller übrigen Strafzumessungskriterien einen massgebenden Einfluss auf die Höhe der Strafe haben sollte, zumal keine besonderen Verhältnisse vorliegen. Es ist nicht dargetan, inwiefern die Vorinstanz bei der Gewichtung der wesentlichen Strafzumessungskriterien das ihr zustehende Ermessen missbraucht oder überschreitet und inwiefern die ausgefällte Strafe unhaltbar hoch ist.
5.5 Der Beschwerdeführer beanstandet, dass bei der konkreten Strafzumessung im angefochtenen Urteil nähere Hinweise auf die früheren Verurteilungen und die teilweise retrospektive Konkurrenz fehlen.
Die Vorinstanz fällte eine teilweise Zusatzstrafe zu folgenden Verurteilungen aus:
- Urteil des Bezirksgerichts Aarau vom 12. Juni 2002 wegen Veruntreuung und Widerhandlung gegen das SVG zu 2 Monaten Gefängnis, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von 2 Jahren, und zu einer Busse von Fr. 300.--,
- Strafentscheid des Bezirksamts Lenzburg vom 15. August 2005 wegen Missbrauchs von Ausweisen und Schildern im Sinne von Art. 97 Ziff. 1 SVG zu einer Busse von Fr. 300.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von 2 Jahren (recte wohl: bedingt vorzeitig löschbar),
- Strafmandat des Einzelrichteramts des Kantons Zug vom 2. November 2005 wegen Missbrauchs von Ausweisen und Schildern im Sinne von Art. 97 Ziff. 1 SVG zu einer Busse von Fr. 200.-- und
- Strafmandat des Einzelrichteramts des Kantons Zug vom 26. Januar 2006 wegen Missbrauchs von Ausweisen und Schildern im Sinne von Art. 97 Ziff. 1 SVG zu einer Busse von Fr. 300.--.
Hat das Gericht eine Tat zu beurteilen, die der Täter begangen hat, bevor er wegen einer anderen Tat verurteilt worden ist, so bestimmt es die Zusatzstrafe in der Weise, dass der Täter nicht schwerer bestraft wird, als wenn die strafbaren Handlungen gleichzeitig beurteilt worden wären (Art. 49 Abs. 2 StGB). Hat der Richter Straftaten zu beurteilen, die der Täter teils vor und teils nach einer früheren Verurteilung begangen hat, so ist grundsätzlich eine Gesamtstrafe auszufällen. Bei deren Bildung hat der Richter nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung wie folgt vorzugehen. Wenn die vor dem ersten Entscheid verübte Tat schwerer wiegt, so ist hiefür eine - hypothetische - Zusatzstrafe zum ersten Urteil auszufällen und deren Dauer wegen der nach dem ersten Urteil begangenen Tat angemessen zu erhöhen. Wenn hingegen die nach dem ersten Urteil verübte Tat schwerer wiegt, so ist von der für diese Tat verwirkten Strafe auszugehen und deren Dauer wegen der vor dem ersten Urteil begangenen Tat angemessen zu erhöhen, und zwar unter Berücksichtigung des Umstands, dass für diese frühere Tat eine - hypothetische - Zusatzstrafe zum ersten Urteil auszufällen ist (BGE 115 IV 17 E. 5b/bb S. 25; Urteil des Bundesgerichts 6B_414/2009 vom 21. Juli 2009 E. 3.4.3). Die Rechtsprechung zur identischen Regelung nach Art. 68 aStGB bleibt massgebend (Urteil des Bundesgerichts 6B_28/2008 vom 10. April 2008 E. 3.3.2).
Die Vorinstanz verfährt nicht nach diesen Grundsätzen. Sie prüft vielmehr, welche Strafe sie für sämtliche Taten ausgesprochen hätte, die der Beschwerdeführer vor und nach seinen verschiedenen Verurteilungen begangen hatte, und sie setzt diese Strafe auf 3 Jahre und 7 Monate sowie eine Geldstrafe von 180 Tagessätzen à Fr. 30.-- fest. Sie führt in der Folge aus, die drei Bussen für die Vergehen im Sinne von Art. 97 Ziff. 1 SVG wären nicht anders ausgefallen, wenn die damit befassten Richter die bis zum Zeitpunkt ihres Entscheids vom Beschwerdeführer verübten Delikte gekannt und mitberücksichtigt hätten. Nach den weiteren Ausführungen der Vorinstanz hätte das Bezirksgericht Aarau in seinem Entscheid vom 12. Juni 2002 bei gleichzeitiger Beurteilung der vom Beschwerdeführer bis zum damaligen Zeitpunkt verübten Delikte im Zusammenhang mit der G._AG die Strafe wegen der Veruntreuung nach dem Asperationsprinzip wohl nicht um zwei Monate, sondern lediglich um einen Monat erhöht. Aufgrund dieser Überlegungen verurteilt die Vorinstanz den Beschwerdeführer zu einer teilweisen Zusatzstrafe von 3 Jahren und 6 Monaten.
Dieses Vorgehen entspricht nicht den von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung entwickelten Grundsätzen für die Strafzumessung bei teilweiser retrospektiver Konkurrenz. Die Vorinstanz fällt unter anderem eine Freiheitsstrafe als teilweise Zusatzstrafe zu mehreren Bussen aus. Die ungleichartigen Strafen sind aber kumulativ zu verhängen. Es ist ausgeschlossen, eine Freiheitsstrafe als Zusatzstrafe zu einer Busse auszusprechen. Voraussetzung für eine Zusatzstrafe ist stets, dass die Voraussetzungen für eine Gesamtstrafe überhaupt vorgelegen hätten (Urteil des Bundesgerichts 6S.164/2005 vom 20. Dezember 2005 E. 3.2.4 mit Hinweisen; JÜRG-BEAT ACKERMANN, in: Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 36 f. und N. 55 zu Art. 49 StGB). Die Vorinstanz hätte somit lediglich eine teilweise Zusatzstrafe zum Urteil des Bezirksgerichts Aarau vom 12. Juni 2002 ausfällen dürfen, durch welche der Beschwerdeführer wegen Veruntreuung zu einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von 2 Monaten verurteilt worden war. Dieses fehlerhafte Vorgehen der Vorinstanz führt jedoch nicht zur Gutheissung der Beschwerde. Denn inwiefern es im konkreten Fall zu einer für den Beschwerdeführer härteren und damit im Ergebnis bundesrechtswidrigen Strafe geführt hat, wird in der Beschwerde nicht einmal ansatzweise dargelegt und ist auch nicht ersichtlich.
5.6 Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer auch wegen mehrfacher Vergehen im Sinne von Art. 105 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG; SR 837.0) schuldig gesprochen, begangen dadurch, dass er zu Unrecht Versicherungsleistungen erwirkte. Die Vorinstanz hat diesem Schuldspruch bei der Strafzumessung dadurch Rechnung getragen, dass sie den Beschwerdeführer mit einer Geldstrafe von 180 Tagessätzen bestrafte. Der Beschwerdeführer macht geltend, eine Begründung hierfür fehle gänzlich und sei auch weder ersichtlich noch nachvollziehbar.
Vergehen im Sinne von Art. 105 AVIG wurden nach dem alten Recht mit Gefängnis bis zu 6 Monaten oder mit Busse bis zu Fr. 30'000.-- bestraft, wobei beide Strafen miteinander verbunden werden konnten. Sie werden nach dem neuen, seit 1. Januar 2007 geltenden Recht mit Geldstrafe bis zu 180 Tagessätzen bestraft (vgl. Art. 333 Abs. 2 lit. c StGB). Das neue Recht ist milder als das alte und daher vorliegend anwendbar. Die Vorinstanz musste somit in Anbetracht des Schuldspruchs wegen mehrfacher Vergehen im Sinne von Art. 105 Abs. 1 AVIG zusätzlich zur - grundsätzlich unangefochtenen - Freiheitsstrafe wegen der übrigen Schuldsprüche von Bundesrechts wegen zwingend eine Geldstrafe ausfällen, worauf im angefochtenen Entscheid (S. 37) zutreffend hingewiesen wird.
5.7 Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer zu einer Freiheitsstrafe von 3 Jahren und 6 Monaten sowie zu einer Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 30.-- verurteilt. Den Vollzug der Geldstrafe hat sie unter Ansetzung einer Probezeit von 4 Jahren aufgeschoben. Der Beschwerdeführer macht geltend, gemäss Art. 42 Abs. 4 StGB könne zwar eine bedingte Strafe mit einer unbedingten Geldstrafe verbunden werden, die Kombination einer unbedingten Freiheitsstrafe und einer bedingten Geldstrafe sei aber nicht vorgesehen. Zudem sei in der Anklageschrift keine Geldstrafe beantragt worden, und erstinstanzlich sei auch keine solche ausgesprochen worden. Die Staatsanwaltschaft habe ihre Anschlussberufung zurückgezogen, und er selbst habe keine Geldstrafe beantragt. Die Vorinstanz verletze die Bestimmungen des Strafgesetzbuchs, wenn sie die erstinstanzlich ausgefällte Freiheitsstrafe von 4 Jahren um 6 Monate reduziere, aber zusätzlich eine Geldstrafe von 180 Tagessätzen ausspreche. Dieses Vorgehen stelle eine "reformatio in peius" dar und sei willkürlich. Da er nicht habe mit der Verhängung einer Geldstrafe rechnen müssen und ihm keine Gelegenheit gegeben worden sei, sich zur Thematik der Geldstrafe zu äussern, sei zudem sein Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden.
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführer durch die Vorgehensweise der Vorinstanz beschwert sein soll. Die Vorinstanz hat die erstinstanzlich ausgefällte Freiheitsstrafe von 4 Jahren um 6 Monate reduziert, und sie hat zusätzlich eine bedingt vollziehbare Geldstrafe von 180 Tagessätzen à Fr. 30.-- ausgefällt. Nach der Rechtsprechung ist die Geldstrafe stets milder als die Freiheitsstrafe (BGE 134 IV 82 E. 7.2.2 S. 90). Es liegt keine "reformatio in peius" vor.
Die Vorinstanz verurteilte den Beschwerdeführer wegen der inkriminierten Erschleichung von Arbeitslosenentschädigungen abweichend von der Anklage und von der ersten Instanz nicht wegen Betrugs (Art. 146 StGB), sondern wegen Widerhandlung im Sinne von Art. 105 Abs. 1 AVIG. Der Beschwerdeführer wurde in der Berufungsverhandlung ausdrücklich auf die allenfalls mögliche Subsumtion unter Art. 105 Abs. 1 AVIG statt Art. 146 StGB hingewiesen (siehe angefochtenes Urteil S. 19), in welchem Fall zwingend eine Geldstrafe auszufällen war. Der Anspruch auf rechtliches Gehör war damit gewahrt.
6. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen, soweit sie sich gegen die Verurteilung wegen mehrfacher Veruntreuung (vgl. oben E. 3) und wegen mehrfacher Widerhandlung im Sinne von Art. 95 Ziff. 1 al. 1 SVG (vgl. oben E. 4.6) richtet. Im Übrigen ist sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten in leicht reduziertem Umfang zu tragen und hat ihm der Kanton Zürich eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 2. Juli 2009 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu zahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Februar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Häne