Faits:
A. Par jugement du 16 juin 2008, le Tribunal de police du district du Val-de-Ruz a condamné X._ pour homicide par négligence et infraction à l'art. 19a LStup à dix jours-amende à 35 fr. avec sursis pendant trois ans.
Les faits à l'origine de cette condamnation sont en substance les suivants:
Le 1er octobre 2007, vers 6h40, X._ circulait à une vitesse d'environ 30 à 40 km/h au guidon de son cyclomoteur sur le chemin goudronné reliant Cernier à Fontaines, en direction de Fontaines. Ce chemin, d'une largeur de 2,50 m, destiné aux piétons et cyclistes, est aménagé parallèlement à la route cantonale dont il est séparé par une bande herbeuse large de 1,15 m, bordée de poiriers. Peu après le giratoire des Daverniers, ébloui par les phares d'un véhicule circulant sur la route cantonale adjacente en direction de Cernier, X._ a remarqué tardivement la présence du piéton Y._, âgé de 78 ans, qui avançait sur le chemin dans le même sens que lui. X._ a alors freiné énergiquement et tenté une manoeuvre d'évitement par la gauche. En raison de poires qui jonchaient le chemin et rendaient le revêtement glissant, le cyclomoteur a cependant continué sa course tout droit pour heurter le piéton. Grièvement blessé, Y._ est décédé des suites de l'accident le même jour.
A teneur du rapport de police établi à la suite de l'accident, une trace de freinage provenant du cyclomoteur de X._ a été observée vers le bord gauche du chemin. Le lieu du choc n'a pas pu être déterminé avec exactitude. La police n'a pas exclu qu'il se situe au milieu du chemin et que Y._ ne se tenait donc pas sur le bord de la chaussée, au moment de l'accident. À l'époque des faits, seul un indicateur de direction "itinéraire pour cyclistes" à fond rouge avec le logo "cycle" et la mention de la destination était placé aux extrémités du chemin ainsi qu'au droit du giratoire des Daverniers. Le chemin ne comportait aucune autre signalisation.
B. Par arrêt du 20 mai 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le pourvoi en cassation formé par X._ le 14 juillet 2008.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à l'acquittement du chef d'inculpation d'homicide par négligence et à la réduction de la peine prononcée, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'instance inférieure. Il sollicite l'octroi de l'effet suspensif.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits et de la violation de la présomption d'innocence. Il reproche à la Cour de cassation d'avoir ignoré les doutes retenus par le Tribunal de police quant à la place exacte occupée par la victime sur la chaussée au moment du choc et la faute de cette dernière.
Les constatations de fait ne sont réexaminées par le Tribunal fédéral que si les faits ont été établis de façon arbitraire et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 134 IV 36 consid. 1.4.1 p. 39). Concernant l'appréciation des preuves, le grief déduit du principe in dubio pro reo se confond avec celui tiré de l'interdiction de l'arbitraire de l'art. 9 Cst. (cf. ATF 127 I 38 consid. 2a p. 41; 120 Ia 31 consid. 2c et d). Au regard des considérants ci-après, les griefs du recourant ne sont pas susceptibles d'influer sur le sort de la cause, de sorte qu'ils sont irrecevables.
2. Le recourant conteste s'être rendu coupable d'homicide par négligence. Il nie avoir violé les règles de la circulation routière et soutient que le lien de causalité entre l'inattention qui lui est imputée et le décès de la victime a été rompu par le comportement fautif de cette dernière, car il ne pouvait sérieusement s'attendre, à 6h du matin, alors qu'il avait effectué ce trajet à réitérées reprises auparavant sans rencontrer personne, qu'un piéton, habillé de couleur sombre, marche au milieu de la chaussée. Le recourant invoque le principe de la confiance.
2.1 L'art. 117 CP réprime le comportement de celui qui, par négligence, aura causé la mort d'une personne. La réalisation de cette infraction suppose la réunion de trois conditions: le décès d'une personne, une négligence et un lien de causalité naturelle et adéquate entre la négligence et la mort (ATF 127 IV 34 consid. 2a p. 38; 122 IV 145 consid. 3 p. 147). Seuls prêtent à discussion en l'espèce la négligence et le rapport de causalité.
2.2 Il y a négligence si, par une imprévoyance coupable, l'auteur agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur de l'acte n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle (art. 12 al. 3 CP). Pour qu'il y ait négligence, il faut tout d'abord que l'auteur ait, d'une part, violé les règles de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et que, d'autre part, il n'ait pas déployé l'attention et les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à son devoir (ATF 135 IV 56 consid. 2.1 p. 64; 133 IV 158 consid. 5.1 p. 161 s.; 122 IV 17 consid. 2b p. 19 s.). S'agissant en l'espèce d'un accident de la route, il convient de se référer aux règles de la circulation routière pour déterminer plus précisément quels étaient les devoirs imposés par la prudence (ATF 122 IV 133 consid. 2a p. 135).
2.3 L'art. 26 al. 1 LCR prescrit à chacun un devoir de prudence qui lui impose de se comporter, dans la circulation, de manière à ne pas gêner ni mettre en danger ceux qui utilisent la route conformément aux règles établies. En particulier, le conducteur devra rester constamment maître de son véhicule de façon à pouvoir se conformer aux devoirs de la prudence (art. 31 al. 1 LCR). La vitesse doit toujours être adaptée aux circonstances, notamment aux particularités du véhicule et du chargement, ainsi qu'aux conditions de la route, de la circulation et de la visibilité (art. 32 al. 1 première phrase LCR). Le conducteur ne doit pas circuler à une vitesse qui l'empêcherait de s'arrêter sur la distance à laquelle porte sa visibilité. Lorsque le croisement est malaisé, il doit pouvoir s'arrêter sur la moitié de cette distance (art. 4 al. 1 OCR). Il circulera lentement lorsque la route est recouverte de neige, de glace, de feuilles humides ou de gravillon (art. 4 al. 2 OCR). La vitesse doit être adaptée dès que devient reconnaissable le caractère glissant d'un revêtement pour tenir compte de l'état de la route (v. Bussy / Rusconi, Code suisse de la circulation routière, Lausanne 1996, art. 32 LCR, n. 6.1). Le conducteur qui circule de nuit doit pouvoir s'arrêter sur la distance éclairée la plus courte (cf. ATF 126 IV 91 consid. 4a p. 92 ss).
2.4 Alors même qu'il ne dépassait pas la vitesse maximale autorisée, le recourant a manifestement violé son devoir de prudence en roulant à une allure qui ne lui permettait pas de s'arrêter sur la distance à laquelle portait sa visibilité et l'exposait ainsi au risque de heurter un piéton. Selon les constatations cantonales qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), le recourant avait, en tout cas depuis le giratoire des Daverniers, ressenti au guidon de son cyclomoteur que le goudron était rendu particulièrement glissant par la présence des poires, tantôt entières, tantôt pourries et écrasées sur la chaussée. Il était donc tenu de réduire sa vitesse en fonction de l'état glissant de la route. L'instance inférieure a retenu à juste titre que l'éblouissement dû aux phares du véhicule roulant en sens inverse ne permettait pas de disculper le recourant, car il lui incombait alors de réduire sa vitesse et s'arrêter au besoin. Rien n'empêchait le recourant de se conformer à son devoir. L'inattention et la vitesse inadaptée lui sont donc imputables à faute.
2.5 Si le recourant avait roulé plus lentement, comme l'exigeait le manque de visibilité et le revêtement glissant du chemin goudronné, il aurait pu et dû, en maîtrisant son cyclomoteur correctement, s'arrêter en temps utile et éviter le choc. L'inattention et la vitesse inadaptée étaient, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, propres à entraîner un accident du genre de celui qui s'est produit. Le comportement fautif du recourant était donc bien la cause naturelle et adéquate de l'accident qui a provoqué la mort de Y._ (cf. ATF 133 IV 158 consid. 6.1 p. 167 s.; 131 IV 145 consid. 5.1 et 5.2 p. 147 s.; 122 IV 17 consid. 2c/aa et bb p. 23 ss).
2.6 La causalité adéquate peut être exclue, si une autre cause concomitante, par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou d'un tiers, constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire que l'on ne pouvait s'y attendre. L'imprévisibilité d'un acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le rapport de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à l'amener et notamment le comportement de l'auteur (ATF 134 IV 255 consid. 4.4.2 p. 265 s.; 133 IV 158 consid. 6.1 p. 168; 131 IV 145 consid. 5.2 p. 148). La présence d'un piéton sur un chemin également destiné aux piétons ne constitue de loin pas un fait extraordinaire ou imprévisible qui relègue à l'arrière-plan le rôle causal joué par la faute du recourant. Même à supposer que la victime ait commis une faute propre en ne se tenant pas sur le bord de la chaussée, cette faute ne serait pas suffisamment grave pour interrompre le lien de causalité adéquate. La question de savoir si la victime cheminait au milieu de la chaussée ou, au contraire, comme l'exige l'art. 49 al. 1 in fine LCR, sur le bord gauche, où se situe la trace de freinage du cyclomoteur du recourant, peut donc rester indécise.
2.7 La jurisprudence a déduit de l'art. 26 al. 1 LCR le principe de la confiance, selon lequel l'usager de la route qui se comporte réglementairement est en droit d'attendre des autres usagers, aussi longtemps que des circonstances particulières ne doivent pas l'en dissuader, qu'ils se comportent également de manière conforme aux règles de la circulation, c'est-à-dire ne le gênent pas ni ne le mettent en danger. Seul celui qui s'est comporté réglementairement peut invoquer le principe de la confiance. Celui qui ne se conforme pas aux règles de la circulation et crée ainsi une situation confuse ou dangereuse ne peut pas attendre des autres qu'ils parent à ce danger par une attention accrue (ATF 129 IV 282 consid. 2.2.1 p. 285; 120 IV 252 consid. 2d/aa p. 253 s.; 118 IV 277 consid. 4a p. 280 s.). En n'adaptant pas sa vitesse, le recourant a commis une faute. Il ne saurait par conséquent se prévaloir du principe de la confiance.
2.8 Vu ce qui précède, les griefs sont infondés. La condamnation du recourant pour homicide par négligence ne viole pas le droit fédéral.
3. Le recourant fait encore valoir que la Cour de cassation a admis dans l'arrêt attaqué que le premier juge avait assimilé à tort le chemin où s'est déroulé l'accident à une piste cyclable. En admettant formellement ce moyen invoqué dans son pourvoi, la Cour aurait dû, selon le recourant, casser le jugement et renvoyer la cause au premier juge, ce qu'elle n'a pas fait.
Cette critique tombe à faux. Le pourvoi à la Cour de cassation pénale neuchâteloise présente de très grandes similitudes avec le pourvoi en nullité selon les art. 268 ss PPF, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006 (arrêt du Tribunal fédéral 6B_3/2007 du 14 juin 2007 consid. 4.2). Conformément à l'art. 252 al. 1 du Code de procédure pénale neuchâtelois, le jugement est cassé dans la mesure où les motifs du pourvoi sont reconnus fondés. Un pourvoi ne saurait toutefois être admis simplement pour améliorer ou compléter la motivation lorsque la décision rendue apparaît conforme au droit (ATF 127 IV 101 consid. 2c p. 105; 122 IV 265 consid. 2d p. 269). En l'occurrence, la Cour de cassation a statué que le Tribunal de police avait faussement assimilé le chemin reliant Cernier à Fontaines à une "piste cyclable" au sens de l'art. 33 al. 1 OSR, alors qu'il s'agissait d'une simple voie ouverte à la circulation, tant au recourant, en application de l'art. 54a OSR, qu'au piéton, en vertu de l'art. 49 al. 1 LCR. Elle a considéré que cette erreur était sans conséquence pour la qualification juridique des faits reprochés au recourant, étant donné que dans les deux cas celui-ci comme la victime avaient le droit d'emprunter ce chemin. Il ne se justifiait donc pas de casser le jugement pour ce motif, dans la mesure où le pourvoi s'est avéré infondé.
4. Dès lors, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais de la cause sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Le prononcé sur le recours rend la requête d'effet suspensif sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 31 août 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Unseld