Erwägungen:
1. Die Eidgenössische Finanzkontrolle teilte dem Bundesgericht mit Brief vom 3. September 2009 mit, dass das Bundesverwaltungsgericht am Arbeitsort Zollikofen den Ortszuschlag Stufe 13 statt Stufe 12 ausrichtet, und beantragte dem Bundesgericht, mittels Weisung dafür zu sorgen, dass das Bundesverwaltungsgericht die gesetzmässige Ortszulage auszahle.
2. Das Bundesgericht lud das Bundesverwaltungsgericht nach Einholen einer Stellungnahme am 7. Oktober 2009 ein, die nötige Anordnung selbst zu treffen. Am 19. Oktober 2009 teilte das Bundesverwaltungsgericht dem Bundesgericht mit, die Verwaltungskommission habe entschieden, ab dem 1. November 2009 für den Arbeitsort Zollikofen den Ortszuschlag Stufe 12 auszuzahlen. Damit wird das Aufsichtsverfahren gegenstandslos.
Demnach verfügt das Bundesgericht:
1. Das Verfahren wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Diese Verfügung wird dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt. Der Finanzkontrolle wird eine Orientierungskopie zugestellt.
Lausanne, 22. Oktober 2009
Im Namen der Verwaltungskommission
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Generalsekretär:
Meyer Tschümperlin