Sachverhalt:
A. M._, geboren 1946, war zuletzt als Generalagent einer Versicherung tätig. Sein Vertrag wurde ihm per 30. April 2004 gekündigt und eine Anstellung als Verkaufsleiter angeboten. Auf Grund psychischer Probleme war er ab 24. Januar 2004 zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Am 2. Dezember 2004 ersuchte er um eine Rente der Invalidenversicherung. Mit Verfügung vom 1. Juli 2005 lehnte die IV-Stelle des Kantons Bern sein Begehren ab. Auf Einsprache hin veranlasste die IV-Stelle weitere medizinische und berufliche Abklärungen und hob die Verfügung vom 1. Juli 2005 auf (Einspracheentscheid vom 26. Juli 2006). Mit Verfügung vom 23. November 2007 gewährte sie M._ von 1. Januar 2005 bis 30. Juni 2006 eine ganze Invalidenrente.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 22. April 2009 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die IV-Stelle zu verpflichten, ihm ab 1. Juli 2006 weiterhin eine ganze Invalidenrente zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch BGE 132 V 393).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über das zeitlich anwendbare Recht (BGE 130 V 445 mit Hinweisen), den Begriff der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG), insbesondere bei psychischen Gesundheitsschäden (BGE 131 V 49, 130 V 352, je mit Hinweisen), den Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis 31. Dezember 2007 in Kraft gewesenen Fassung; seit 1. Januar 2008 Art. 28 Abs. 2 IVG) und die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG; BGE 128 V 29 E. 1 S. 30 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für das Vorgehen bei Aufhebung oder Herabsetzung einer Invalidenrente (Art. 17 ATSG; Art. 88a Abs. 1 IVV; BGE 130 V 343 E. 3.5 S. 349 mit Hinweisen), die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht und dessen Würdigung (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232 mit Hinweis) sowie die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat mit einlässlicher und überzeugender Begründung gestützt auf das Gutachten des Instituts X._ vom 19. Mai 2006, und den Bericht des Dr. med. E._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, RAD, vom 24. April 2007, sowie unter Berücksichtigung des Gutachtens des Prof. Dr. med. R._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 27. Dezember 2007 und der Berichte der Frau Dr. phil. S._, Fachpsychologin für Neuropsychologie FSP vom 26. August 2005 und des Dr. med. W._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie vom 6. April 2005 in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 1) festgestellt, dass der bisherige Beruf als Generalagent seit Januar 2004 nicht mehr, eine weniger anspruchsvolle kaufmännische Tätigkeit ohne besondere Verantwortung hingegen ab April 2006 ganztags zumutbar ist.
3.2 Der Versicherte rügt, die Vorinstanz habe willkürlich im Sinne von Art. 9 BV gehandelt, indem sie auf das Gutachten des Instituts X._ und nicht auf das Gutachten des Prof. Dr. med. R._ abgestellt habe. Im Gutachten des Instituts X._ fehle die nach wie vor gegebene depressive Störung und es enthalte eine widersprüchliche Beurteilung der Belastungsfähigkeit und Zumutbarkeit. Zudem sei die Tätigkeit im Rahmen des Hundesports kein Beleg für die Zumutbarkeit. Diesen Einwänden kann nicht gefolgt werden. Das Gutachten des Instituts X._ entspricht den Anforderungen der Rechtsprechung an ein (polydisziplinäres) Gutachten. So legt der psychiatrische Experte des Instituts X._ unter Verweis auf die erhobenen Befunde dar, weshalb im Zeitpunkt der Begutachtung nicht mehr von einer Depression auszugehen ist. Entgegen der Ansicht des Versicherten ergeben sich aus den festgehaltenen akzentuierten (narzisstischen) Persönlichkeitszügen und der postulierten vollen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit auch keine Widersprüche; denn das Institut X._ umschreibt die zumutbare Arbeitsstelle gerade unter Berücksichtigung der Persönlichkeit des Versicherten. Das Gutachten des Prof. Dr. med. R._ vermag dagegen die Beurteilung der Experten im Gutachten des Instituts X._ nicht in Zweifel zu ziehen. Zwar gibt er dieses Gutachten bei der Aktenzusammenfassung ausführlich wieder, setzt sich aber in seiner Beurteilung nicht mit dessen Schlussfolgerungen auseinander und begründet seine davon abweichenden Einschätzungen nicht. Damit fehlt aber dem Gutachten des Prof. Dr. med. R._ eine kritische Auseinandersetzung mit den Vorakten im Sinne der höchstrichterlichen Anforderungen. Wie es sich mit dem gerügten Verweis der Vorinstanz auf die Tätigkeit des Versicherten im Rahmen des Hundesports zur Untermauerung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit verhält, kann offen bleiben, da sich die Zumutbarkeit einer angepassten Tätigkeit mit einem vollen Pensum auch ohne diesen Bezug direkt aus dem Gutachten des Instituts X._ ergibt. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung ist demnach weder willkürlich noch offensichtlich unrichtig oder bundesrechtswidrig und es ist im Rahmen der grundsätzlich zulässigen antizipierten Beweiswürdigung (SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4b mit Hinweisen, I 362/99) das Begehren um eine erneute umfassende psychiatrische Abklärung abzuweisen.
3.3 Schliesslich ist auch den Einwänden bezüglich des Einkommensvergleichs nicht zu folgen. Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, hat der Versicherte seine Stellung als Generalagent nicht aus gesundheitlichen Gründen, sondern infolge Umstrukturierung verloren, so dass zur Ermittlung des Valideneinkommens auf statistische Werte zurückgegriffen werden muss. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass ihm eine andere Position im Unternehmen angeboten wurde, wo ihm - jedoch nur für das erste Jahr - ein Einkommen von Fr. 170'000.- garantiert wurde. Zwar hat er diesen Vertrag mit Arbeitsantritt am 1. Mai 2004 unterzeichnet, aber nie angetreten, sodass aufgrund der weitgehend variablen Lohnbestandteile offen ist, wieviel er auf Dauer tatsächlich verdient hätte. Zudem liegen die statistischen Werte zur Ermittlung des Valideneinkommens beim Anforderungsniveau 1 und 2 für den privaten Sektor nicht einzeln, sondern nur zusammen vor (vgl. Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik [LSE] 2004, Tabelle TA1). Ob die Vorinstanz eine rechtsfehlerhafte Ermessensausübung begangen hat, indem sie mit der Verwaltung beim Invalideneinkommen keinen leidensbedingten Abzug gewährte, kann offen bleiben, da der Versicherte weder begründet, weshalb ihm der verlangte maximale Abzug zustehen sollte, noch sich aus den Akten Anhaltspunkte ergeben, wonach er im Rahmen einer kaufmännischen Tätigkeit im Anforderungsniveau 3 eingeschränkt wäre.
3.4 Nach dem Gesagten hat es beim vorinstanzlichen Entscheid sein Bewenden.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Dezember 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold