Sachverhalt:
A. Am 26. März 2004 schlossen Z._ und Y._ (Beschwerdegegner) als Bauherrschaft mit der X._ SA (Beschwerdeführerin) je einen Vertrag für die Ausführung von Erd- und Baumeisterarbeiten im Hinblick auf die Errichtung eines Einfamilienhauses. Mit der Begründung, die Schlussrechnung sei nicht bezahlt worden, verlangte die Beschwerdeführerin von den Beschwerdegegnern Fr. 47'737.50 nebst 5 % Zins seit dem 9. Juni 2005. Die Beschwerdegegner machten geltend, gewisse Arbeiten seien nicht oder nicht zufriedenstellend ausgeführt worden, gewisse Kosten seien nicht berechtigt, und sie machten verrechnungsweise Gegenforderungen geltend. Das Zivilgericht des Seebezirks hiess die Klage mit Urteil vom 22. Februar 2010 teilweise gut und verpflichtete die Beschwerdegegner solidarisch zur Zahlung von Fr. 21'305.15 nebst 5 % Zins seit dem 24. August 2005.
B. Mit kantonalrechtlicher Berufung beantragten die Beschwerdegegner dem Obergericht des Kantons Freiburg, die Klage abzuweisen, während die Beschwerdeführerin mit Anschlussberufung Fr. 47'737.50 nebst 5 % Zins seit dem 24. August 2005 verlangte. Das Obergericht hiess die Berufung der Beschwerdegegner mit Urteil vom 17. Februar 2011 teilweise gut und verpflichtete diese in teilweiser Gutheissung der Klage solidarisch, der Beschwerdeführerin Fr. 13'391.10 nebst 5 % Zins seit dem 24. August 2005 zu bezahlen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen wiederholt die Beschwerdeführerin im Wesentlichen das vor Obergericht gestellte Begehren. Die Beschwerdegegner schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Kantonsgericht auf Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat trotz Abschluss des Schriftenwechsels Bemerkungen zur Beschwerdeantwort eingereicht.
Erwägungen:
1. Zwischen den Parteien ist unbestritten, dass in den Werkverträgen die Anwendbarkeit der SIA-Norm 118 vereinbart wurde. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf Art. 154 Abs. 3 SIA-Norm 118 und ist der Auffassung, die Bauleitung habe die Schlussrechnung unterschrieben und verbindlich anerkannt.
1.1 Gemäss Art. 154 Abs. 2 SIA-Norm 118 prüft die Bauleitung die Schlussrechnung innert Monatsfrist und gibt dem Unternehmer unverzüglich über das Ergebnis Bescheid. Ergeben sich bei der Prüfung keine Differenzen, so gilt die Schlussabrechnung mit dem Prüfungsbescheid der Bauleitung als beidseitig anerkannt (Art. 154 Abs. 3 SIA-Norm 118). Die Vorinstanz ging unter Bezugnahme auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (BGE 109 II 452 E. 3) davon aus, ein Branchenfremder (in diesem Sinne "einmaliger") Bauherr müsse nicht damit rechnen, der bauleitende Architekt sei aufgrund der SIA-Norm 118 befugt, ihn durch die Anerkennung der Schlussabrechnung zur Zahlung des vom Unternehmer geforderten Betrages zu verpflichten. Dies sei auch für den Unternehmer, der dem Bauherrn die Übernahme der SIA-Norm vorschlage, erkennbar. Die Vorinstanz ging davon aus, die Beschwerdegegner seien nicht branchenkundig, weshalb die Ungewöhnlichkeitsregel zur Anwendung komme und die Globalübernahme mit Bezug auf Art. 154 Abs. 3 SIA-Norm 118 keine Wirkung entfalte.
1.2 Dieses Resultat wird nach Auffassung der Vorinstanz dadurch bestätigt, dass die Beschwerdeführerin selbst sich erst im Berufungsverfahren auf die Regel von Art. 154 Abs. 3 SIA-Norm 118 berufen habe. Während des gesamten erstinstanzlichen Verfahrens sei diese Regel, beziehungsweise der Umstand, dass der Architekt verbindlich für den Bauherrn die Schlussabrechnung anerkennen durfte, nie aufgeworfen worden, was dafür spreche, dass selbst die Beschwerdeführerin, welche offensichtlich branchenkundig sei, die Bedeutung des Prüfungsbescheides nicht erfasst hatte.
1.3 Die Beschwerdeführerin zeigt mit Aktenhinweis auf, dass sie im kantonalen Verfahren behauptet hat, die Werkverträge seien gar nicht von ihr, sondern durch die von den Beschwerdegegnern beauftragte A._ AG verfasst worden. Daher könnten sich die Beschwerdegegner, die überdies geschäftserfahren seien, nicht auf die Ungewöhnlichkeitsregel berufen. Sie rügt überdies eine Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes und von Art. 8 ZGB, da die Beschwerdegegner selbst sich nie auf die Ungewöhnlichkeitsregel berufen hätten.
2. Vorformulierte Vertragsbestimmungen sind grundsätzlich nach den gleichen Regeln wie individuell verfasste Vertragsklauseln auszulegen (BGE 135 III 1 E. 2 S. 6 mit Hinweisen).
2.1 Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. Art. 18 Abs. 1 OR). Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist. Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum. Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 132 III 626 E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen).
2.2 Darauf, dass der Vertragspartner eine Vereinbarung nach Treu und Glauben in einem gewissen Sinne hätte verstehen müssen, darf sich die Gegenpartei nur berufen, soweit sie selbst die Bestimmung tatsächlich so verstanden hat (vgl. BGE 105 II 16 E. 3a S. 19; Urteil des Bundesgerichts 4A_219/2010 vom 28. September 2010 E. 1, nicht publ. in: BGE 136 III 528; KRAMER, in: Berner Kommentar, 1986, N. 122 ff. und N. 146 zu Art. 1 OR). Die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip kann mithin nicht zu einem normativen Konsens führen, der so von keiner der Parteien gewollt ist.
2.3 Die Geltung vorformulierter allgemeiner Geschäftsbedingungen wird durch die Ungewöhnlichkeitsregel eingeschränkt. Danach sind von der global erklärten Zustimmung zu allgemeinen Vertragsbedingungen alle ungewöhnlichen Klauseln ausgenommen, auf deren Vorhandensein die schwächere oder weniger geschäftserfahrene Partei nicht gesondert aufmerksam gemacht worden ist. Der Verfasser von allgemeinen Geschäftsbedingungen muss nach dem Vertrauensgrundsatz davon ausgehen, dass ein unerfahrener Vertragspartner ungewöhnlichen Klauseln nicht zustimmt. Die Ungewöhnlichkeit beurteilt sich aus der Sicht des Zustimmenden im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses (BGE 135 III 1 E. 2.1 S. 7 f. mit Hinweisen).
2.4 Die Verträge, welche die Anwendbarkeit der SIA-Norm 118 vorsehen, wurden gemäss den Behauptungen der Beschwerdeführerin von einer Beauftragten der Beschwerdegegner verfasst. Ob unter diesen Umständen die Anwendung der Ungewöhnlichkeitsregel ausgeschlossen ist oder davon abhängt, dass die Beschwerdegegner oder die mit der Ausarbeitung der Verträge Beauftragte nicht geschäftserfahren sind, kann indessen offen bleiben. Die Vorinstanz schloss in tatsächlicher Hinsicht aus dem Prozessverhalten der Beschwerdeführerin, diese selbst habe die Bedeutung des Prüfungsbescheides nicht erfasst. Soweit die Beschwerdeführerin im Rahmen ihrer Sachverhaltsdarstellung demgegenüber behauptet, sie habe sich schon vor erster Instanz auf die für die Beschwerdegegner verbindliche Anerkennung der Schlussrechnungen durch die Bauleitung berufen, ist sie damit nicht zu hören, da sie ihre Sachdarstellung nicht auf eine hinreichend begründete Sachverhaltsrüge stützt (Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG). Unter diesen Umständen würde aber die Annahme einer Genehmigungsbefugnis durch die Bauleitung dem tatsächlichen Verständnis beider Parteien widersprechen. Insoweit kommt die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht zum Zuge (vgl. E. 2.2 hiervor).
2.5 Bei dieser Sachlage geht die Rüge der Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegner hätten sich nicht auf die Ungewöhnlichkeit von Art. 154 Abs. 3 SIA-Norm 118 berufen, an der Sache vorbei. Es genügt, dass sie bestritten, aus Art. 154 Abs. 3 SIA-Norm 118 lasse sich eine Genehmigungsbefugnis ableiten. Eine solche Bestreitung ergibt sich aus der von der Beschwerdeführerin zur Rüge der Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes angegebenen Aktenstelle ohne Weiteres. Die Beschwerdeführerin verkennt zudem, dass es zwar Art. 8 ZGB verletzt, wenn das kantonale Prozessrecht die Behauptungslast für eine Tatsache einer Partei überbindet, die dafür nicht die Beweislast trägt. Gemäss Art. 8 ZGB sind die das behauptete Recht erzeugenden Tatsachen zu beweisen. Ob diese von den Parteien zu behaupten sind, regelt nicht Art. 8 ZGB (BGE 78 II 97 f.; Urteil des Bundesgerichts 4A_623/2011 vom 10. Februar 2012 E. 2.3), sondern das einschlägige Prozessrecht. Eine willkürliche und damit gegen Art. 9 BV verstossende Anwendung des kantonalen Prozessrechts ist indessen nicht hinreichend (Art. 106 Abs. 2 BGG) dargetan.
3. Nach dem Gesagten ist der angefochtene Entscheid im Ergebnis nicht zu beanstanden. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, I. Zivilappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. März 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak