Faits:
A. A.a X._, né en 1959, et dame X._, née en 1959, se sont mariés le 25 avril 1986 à Pully.
Deux enfants sont issus de cette union: A._, née en 1988, et B._, née en 1992.
A.b X._ souffre d'un cancer du poumon, diagnostiqué en 2000, ainsi que de dépression. Depuis le 1er septembre 2001, il bénéficie d'une rente entière d'invalidité d'un montant mensuel de 2'210 fr. Il perçoit également chaque mois de sa caisse de pension une rente d'invalidité qui se chiffre à 3'514 fr. 35.
A.c Par jugement du 4 juillet 2003, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a notamment condamné dame X._ à sept ans de réclusion pour le meurtre de sa fille cadette et pour la tentative de meurtre de sa fille aînée.
Ces infractions pénales sont survenues le 14 février 2002, dans le cadre d'un conflit conjugal opposant les parties depuis plusieurs années.
B. Le divorce des époux a été prononcé le 20 janvier 2009, par jugement du Tribunal d'arrondissement de Lausanne. X._ a notamment été condamné à verser à son ex-épouse une rente mensuelle de 1'000 fr. à titre d'indemnité équitable au sens de l'art. 124 CC.
Statuant sur recours de X._ et recours joint de dame X._, la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le second et partiellement admis le premier, réduisant le montant de la rente à 500 fr. et limitant son versement jusqu'au mois de mai 2024. L'arrêt, rendu le 10 juin 2009, a été notifié aux parties le 27 août 2009.
C. Par acte du 28 septembre 2009, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant l'interdiction de l'abus de droit, il conclut à être libéré du versement de toute rente mensuelle à titre d'indemnité équitable selon l'art. 124 CC.
L'intimée n'a pas été invitée à répondre.
D. Par ordonnance présidentielle du 7 janvier 2010, l'effet suspensif a été attribué au recours.
Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF), prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Vaud (art. 75 al. 1 LTF), dans une affaire civile de nature pécuniaire (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant a par ailleurs pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (art. 76 al. 1 LTF), de sorte que le recours en matière civile est en principe recevable.
2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale (cf. ATF 130 III 297 consid. 3.1); iI peut donc admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid 1.4 in fine, 297 consid. 3.1).
3. 3.1 En tant qu'un cas de prévoyance est d'ores et déjà survenu - le recourant est en effet entièrement invalide -, la Chambre des recours a considéré que seule une indemnité équitable au sens de l'art. 124 CC entrait en considération, à l'exclusion d'un partage selon l'art. 122 s. CC.
Examinant d'abord s'il existait une exception au versement d'une indemnité selon l'art. 124 CC, les juges cantonaux se sont alors référés à la jurisprudence fédérale rendue en application de l'art. 123 al. 2 CC, disposition permettant l'exclusion totale ou partielle du partage des avoirs de prévoyance lorsque celui-ci se révèle manifestement inéquitable. Observant que le Tribunal de céans, suivi par la doctrine majoritaire, admettait le refus du partage des prestations de sortie lorsque celui-ci contrevenait à l'interdiction de l'abus de droit, elle a considéré qu'il était en l'occurrence abusif "d'exiger du recourant invalide qu'il partage sa rente d'invalidité avec celle qui avait contribué à l'aggravation de son état de santé en tuant l'un de ses enfants". Cette circonstance justifiait ainsi une réduction de l'indemnité au sens de l'art. 124 CC, la juridiction cantonale appliquant l'art. 125 al. 3 ch. 3 CC par analogie. Néanmoins, si l'infraction pénale de l'ex-épouse justifiait de la priver de toute contribution d'entretien au sens de cette dernière disposition, les juges cantonaux ont ensuite estimé qu'elle ne saurait priver l'intimée de toute participation au capital de prévoyance épargné par l'époux entre 1986 (date du mariage) et 2001 (date de survenance du cas de prévoyance), à savoir la période antérieure à l'infraction pénale. La durée du mariage des parties, de même que le fait que l'ex-épouse s'était consacrée à l'éducation de ses deux filles sans pouvoir ainsi accumuler des prestations de prévoyance professionnelle, devaient être pris en considération. L'intimée pouvait donc prétendre au versement d'une indemnité de prévoyance réduite, que la Chambre des recours a chiffré à 500 fr. en prenant en considération les besoins concrets de prévoyance des deux époux.
3.2 Si le recourant approuve la cour cantonale lorsque celle-ci admet que le comportement de son ex-épouse justifierait l'application de l'art. 2 al. 2 CC, il s'oppose en revanche aux conséquences juridiques qu'elle en déduit: plutôt que de réduire l'indemnité à laquelle prétend l'intimée, la juridiction cantonale aurait dû au contraire la supprimer, l'abus de droit ne pouvant en effet qu'entraîner la paralysie du droit garanti par l'art. 124 CC. En tant qu'il conclut à la seule suppression de l'indemnité équitable en faveur de son épouse, le recourant ne s'en prend pas au raisonnement cantonal consistant à fixer concrètement le montant de ladite indemnité.
4. 4.1 Les art. 122 s. CC règlent les droits issus de la prévoyance professionnelle lorsqu'un époux au moins est affilié à une institution de prévoyance professionnelle et qu'aucun cas de prévoyance n'est survenu. Selon l'art. 122 al. 1 CC, les prestations de sortie de la prévoyance professionnelle des époux doivent en principe être partagées entre eux par moitié. Exceptionnellement, le juge peut refuser le partage, en tout ou en partie, lorsque celui-ci s'avère manifestement inéquitable pour des motifs tenant à la liquidation du régime matrimonial ou à la situation économique des époux après le divorce (art. 123 al. 2 CC). La jurisprudence admet, avec retenue, qu'outre les circonstances économiques postérieures au divorce ou des motifs tenant à la liquidation du régime matrimonial, le juge peut également refuser le partage si celui-ci contrevient à l'interdiction de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC; entre autres: ATF 135 III 153 consid. 6.1; 133 III 497 consid. 4; Thomas Sutter/Dieter Freiburghaus, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, 1999, n. 16 ad art. 123 CC; Hermann Walser, Basler Kommentar, 3e éd., 2006, n. 17 ad art. 123; Thomas Geiser, Übersicht über die Rechtsprechung zum Vorsorgeausgleich, FamPra 2008, p. 314).
Lorsqu'un cas de prévoyance est déjà survenu, l'art. 124 al. 1 CC prévoit le versement d'une indemnité équitable. Si la faculté de renoncer au droit et la possibilité de refuser le partage au sens de l'art. 123 CC ne sont pas expressément prévues dans le cadre de l'art. 124 CC, le juge doit néanmoins en tenir compte sous l'angle de l'équité (ATF 129 III 481 consid. 3.3; arrêt 5C.276/2001 du 1er mai 2002, consid. 4b publié in SJ 2002 I p. 538; Message concernant la révision du code civil suisse [état civil, conclusion du mariage, divorce, droit de la filiation, dette alimentaire, asiles de famille, tutelle et courtage matrimonial] du 15 novembre 1995, FF 1996 I 1, p. 108; Sutter/Freiburghaus, op. cit., n. 15 ad art. 124 CC; Walser, op. cit., n. 13 ad art. 124 CC; Geiser, op. cit., p. 316). L'interdiction de l'abus de droit devra ainsi nécessairement être prise en considération sous cet angle-là.
4.2 Seules sont contestées en l'espèce les conséquences de l'interdiction de l'abus de droit, le recourant ne s'en prenant pas à l'application de cette clause générale qui lui est favorable.
4.2.1 Aux termes de l'art. 2 al. 2 CC, l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi. Le tribunal possède ainsi le pouvoir de corriger les effets de l'application (formelle) de la loi lorsque celle-ci se heurte aux impératifs (matériels) des intérêts à protéger selon la justice (notamment: ATF 107 Ia 206 consid. 3b; 134 III 52 consid. 2.1 p. 58; Henri Deschenaux, Le Titre préliminaire du code civil, in Traité de droit privé suisse, tome II/1, 1969, p. 146; Max Baumann, Zürcher Kommentar, 1998, n. 21 ad art. 2 CC; Mihaela Amoos, La théorie de l'abus de droit en relation avec les droits absolus, 2002, p. 49). Il appartient dès lors au juge de décider, au vu du cas concret, selon quelles modalités ce correctif doit être apporté et quelles conséquences il convient d'en tirer (Paul-Henri Steinauer, Le Titre préliminaire du code civil, in Traité de droit privé suisse, tome II/1, 2008, n. 426 et 480 ss). La fonction correctrice de l'abus de droit permet ainsi au juge non seulement de s'écarter de l'application formelle des règles légales lorsqu'il le juge nécessaire, mais également de restreindre l'exercice du droit invoqué. Il statue à cet égard en équité (art. 4 CC; Steinauer, op. cit., n. 426 et 482), de sorte que le Tribunal fédéral se montre particulièrement réservé: il n'intervient que si l'autorité cantonale a pris en considération des éléments qui ne jouent pas de rôle au sens de la loi ou a omis de tenir compte de facteurs essentiels, ou bien encore si, d'après l'expérience de la vie, les montants arrêtés apparaissent manifestement inéquitables au regard des circonstances (ATF 131 III 1 consid. 4.2 p. 4; arrêts 5A_63/2009 du 20 août 2009 consid. 6 publié in FamPra 2009 p. 1045; 5A_55/2007 du 14 août 2007 consid. 4.3 publié in FamPra 2008 p. 181).
4.2.2 En l'espèce, après avoir jugé qu'il serait abusif que la recourante pût bénéficier de la moitié des avoirs de prévoyance professionnelle de son ex-époux, la juridiction cantonale a néanmoins considéré que l'on ne saurait la priver de la perception d'une indemnité équitable recouvrant la période de vie commune antérieure à la commission de l'infraction pénale, soulignant le fait que les ex-époux avaient été mariés 16 ans lors de la commission du crime et que, depuis la naissance des enfants, l'épouse s'était principalement vouée à leur éducation sans pouvoir se constituer de ce fait une prévoyance suffisante. Les juges cantonaux ont ainsi implicitement tenu compte de l'objectif visé par le partage de la prévoyance professionnelle, à savoir la compensation de la perte de prévoyance de l'époux qui se consacre au ménage et à l'éducation des enfants en renonçant totalement ou partiellement à exercer une activité lucrative, sans perdre de vue le crime commis par l'intimée contre ses propres enfants, crime qui n'a pas causé l'invalidité du recourant et pour lequel celui-ci a obtenu une indemnité pour tort moral. Faisant usage du pouvoir d'appréciation que lui réservait l'art. 4 CC, la cour cantonale a ainsi déterminé le correctif qu'elle souhaitait apporter à la situation de fait concrète, soit la réduction de l'indemnité plutôt que sa suppression. Or, dans la mesure où le recourant se limite à affirmer qu'elle se devait de pleinement sanctionner l'intimée par la seule suppression de la rente à laquelle elle prétendait, il ne démontre aucunement en quoi la juridiction cantonale aurait abusé de son pouvoir d'appréciation en optant pour sa réduction.
5. En tant que le recourant ne conteste pas le calcul par lequel la Chambre des recours a fixé le montant de l'indemnité équitable due à son ex-épouse, il n'y a pas lieu de le remettre en question.
6. Vu ce qui précède, le recours est rejeté, au frais de son auteur (art. 66 al. 1 CC). Il n'est accordé aucun dépens à l'intimée qui s'est abstenue de se déterminer sur la requête d'effet suspensif présentée par le recourant et qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 8 février 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret