Fatti:
A. A._ è proprietario dei fondi sss, di 1081 m2, ttt, di 681 m2, e uuu di 210 m2, del Comune di X._, ubicati in località Y._. Nella seduta del 13 marzo 2006 il Consiglio comunale di X._ ha adottato la revisione del piano regolatore del 1984: i citati fondi, la particella sss limitatamente alla parte non boschiva, sono stati nuovamente attribuiti alla zona agricola.
B. Il proprietario è insorto al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, chiedendo di estendere la zona edificabile alle sue particelle. Con deliberazione del 9 luglio 2008, l'Esecutivo cantonale, rilevato l'eccessivo sovradimensionamento delle zone edificabili, ha respinto il gravame. Adito dall'interessato, il 14 ottobre 2009 il Tribunale cantonale amministrativo, dopo aver esperito un sopralluogo, ha respinto il ricorso.
C. Avverso questa sentenza A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Postula di annullarlo e di rinviare gli atti alla Corte cantonale, affinché attribuisca i suoi fondi alla zona edificabile.
Il Tribunale cantonale amministrativo si riconferma nel giudizio impugnato, condiviso anche dal Consiglio di Stato, mentre il Comune di X._ si rimette al giudizio del Tribunale federale.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 135 III 483 consid. 1).
1.2 Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.1). La legittimazione del ricorrente è pacifica.
1.3 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Il Tribunale federale vaglia la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale unicamente se tale censura è stata sollevata e motivata (art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che il ricorrente deve dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione impugnata li leda (DTF 136 I 49 consid. 1.4.1, 65 consid. 1.3.1). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (DTF 134 IV 36). In concreto le censure ricorsuali, generiche e appellatorie, disattendono in larga misura queste esigenze di motivazione.
2. Il ricorrente fa valere in primo luogo una violazione del diritto di essere sentito (art. 29 cpv. 2 Cost.), poiché il giudizio impugnato non sarebbe sufficientemente motivato. La censura, generica, è priva di qualsiasi fondamento. La criticata decisione, come si vedrà si esprime infatti compiutamente su tutti i punti decisivi per il giudizio (al riguardo vedi DTF 134 I 83 consid. 4.1).
3.1 Il ricorrente ravvisa poi una lesione della garanzia della proprietà (art. 26 Cost.), adducendo in sostanza l'asserito mancato rispetto dei principi fissati dagli art. 15 e 16 LPT. Al riguardo rileva che i suoi fondi, di superficie ridotte e con una morfologia asseritamente non adatta all'agricoltura, sono ubicati tra zone edificabili e terreni già edificati. Contesta poi, sempre in maniera generica, la delimitazione dei limiti delle zone edificabili operata nel caso di specie.
3.2 Giusta l'art. 15 cpv. 1 LPT, le zone edificabili comprendono i terreni idonei all'edificazione già edificati in larga misura (lett. a) o prevedibilmente necessari all'edificazione e urbanizzati entro quindici anni (lett. b).
3.2.1 Nella decisione di approvazione riguardo alle prevedibili necessità di terreni edificabili entro 15 anni, il Consiglio di Stato rileva che il Comune intende limitarne gli ampliamenti e confermare le zone edificabili già delimitate nel piano regolare previgente. Richiamati l'autonomia comunale, la contenibilità del piano regolatore e il dimensionamento delle zone edificabili, esso non ha approvato una loro ulteriore estensione nel comparto in esame. Ha infatti accertato che le unità insediative (UI) nel 2006 erano 9'283 e che il Comune ipotizza un aumento del 15 % della popolazione e del 20 % dei posti di lavoro nei prossimi 15 anni, ossia un aumento complessivo di 1'500-1'550 UI, per cui la contenibilità residua (1'600 UI) sarebbe di per sé già sufficiente a coprire il fabbisogno futuro. Poiché la contenibilità del piano regolatore a pieno sfruttamento è pari a 16'300 UI, rispetto alle attuali 10'950 UI, con il previsto aumento di 1'500 UI il nuovo piano regolatore è chiaramente sovradimensionato. La Corte cantonale, esaminati questi dati, ha confermato l'inadempimento delle condizioni previste dall'art. 15 lett. b LPT.
3.2.2 Il ricorrente, che non si confronta del tutto con queste cifre, neppure tenta di contestare gli accertamenti di fatto relativi alla contenibilità del nuovo piano regolatore e ancor meno di dimostrarne l'arbitrarietà. Essi sono quindi vincolanti per il Tribunale federale (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF; DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 e 1.4.3). Ora, da questi risulta chiaramente che un'ulteriore estensione delle zone edificabili né è necessaria né auspicabile sotto il profilo dell'art. 15 lett. b LPT, per cui l'accenno ricorsuale, secondo cui l'attribuzione dei suoi fondi non esplicherebbe alcun effetto apprezzabile sulla contenibilità del piano regolatore, non è decisivo.
In effetti, sottolineando l'entità della superficie dei suoi fondi, il ricorrente sostiene, a torto, che in concreto la misura pianificatoria litigiosa non poggerebbe su un interesse pubblico sufficiente. La Corte cantonale ha infatti rettamente respinto l'argomento dell'esiguità delle particelle litigiose, ricordando che secondo la giurisprudenza anche fondi di modeste proporzioni contribuiscono a definire le zone edificabili giusta l'art. 15 LPT: occorre quindi tenerne conto sotto il profilo del loro possibile sovradimensionamento (DTF 116 Ia 236), chiaramente dato in concreto. Alla postulata attribuzione dei fondi del ricorrente alla zona edificabile osta infatti il notorio interesse generale a impedire la formazione di zone edificabili troppo estese. Contrariamente all'assunto ricorsuale, le misure idonee a impedire la formazione di zone edificabili troppo vaste o a ridurne l'estensione sono dettate dall'interesse pubblico: zone edificabili dimensionate in modo troppo ampio non sono soltanto inappropriate, ma anche illegali (DTF 117 Ia 302 consid. 4b; sentenza 1C_119/2007 del 13 novembre 2008 consid. 3.2.3 in: ZBl 110/2009 pag. 315 segg.). In effetti, quando la zona edificabile è già notevolmente sovradimensionata, per un ulteriore ampliamento devono sussistere motivi imperativi, inesistenti in concreto (DTF 1C_220/2009 del 26 aprile 2010 consid. 7 e 7.1 destinata a pubblicazione). Del resto, la tutela dell'interesse pubblico può indurre l'autorità di pianificazione a escludere dalla zona edificabile non solo terreni situati nelle immediate vicinanze di fondi edificati o ai margini del territorio urbanizzato, ma addirittura, a determinate condizioni, terreni che si trovano in aree già edificate (DTF 113 Ia 444 consid. 4d/da e rinvii; sentenza 1P.522/1997 dell'11 febbraio 1998 consid. 4a e 4b, in RDAT 1998 II n. 47 pag. 174).
Rientra inoltre nell'interesse pubblico anche il mantenimento di superfici coltive idonee (art. 3 cpv. 2 lett. a LPT), ritenuto che il ricorrente non contesta, se non in modo del tutto generico, tale idoneità.
3.3 Il Tribunale cantonale amministrativo ha poi stabilito che neppure la condizione dei terreni già edificati in larga misura, richiesta dall'art. 15 lett. a LPT, è adempiuta. I fondi ttt e uuu, confinanti e formanti un tutt'uno, di una superficie complessiva di 891 m2, si situano a est del nucleo di Y._ e sono delimitati da una strada che presenta alcuni tornanti. Le particelle sono inedificate, tenute a verde e in media pendenza. A ovest confinano con il fondo vvv, edificato con una piccola abitazione, particella che segna l'inizio della zona residenziale estensiva (R2). A est sono contigue alla particella www, di 431 m2, attribuita come quelli del ricorrente alla zona agricola che termina sul confine con un altro Comune, separati da un ruscello, oltre il quale il territorio è nuovamente assegnato alla zona residenziale (R2). Il fondo sss, di 1081 m2, di cui 135 m2 di bosco, presenta caratteristiche analoghe agli altri due, essendo inedificato, prativo e in media pendenza: ubicato sopra di esse, si trova tra due terreni edificati con abitazioni, attribuiti anch'essi alla zona agricola.
Sul territorio interessato sono sparse una dozzina di abitazioni, realizzate prima dell'avvento della pianificazione del territorio e che il primo piano regolatore del 1984 ha cercato nel limite del possibile di assegnare alla zona fabbricabile. Di conseguenza, il confine di quest'ultima nel comparto in discussione non è lineare, ma tracciato come una scala a gradini, a dipendenza dell'edificazione preesistente descritta minuziosamente dalla Corte cantonale. Essa ha accertato che il territorio in esame è edificato in maniera dispersa e disordinata, dovuta al ritardo con il quale la pianificazione lo ha gestito. Il Tribunale cantonale amministrativo non ha esaminato oltre i requisiti dell'art. 15 lett. a LPT (al riguardo vedi DTF 132 II 218 consid. 4.1 e rinvii), poiché anche nell'ipotesi di una loro eventuale realizzazione una ponderazione globale degli interessi avrebbe comunque comportato l'esclusione dei fondi del ricorrente dalla zona edificabile, a causa dell'imprescindibile necessità di porre un limite alla già vasta zona edificabile e realizzare, tra le zone edificabili dei due Comuni, un'indispensabile fascia di stacco verde, con finalità paesaggistiche, ricreative e ambientali. L'alternanza tra territorio insediato e quello ancora libero, segnato dalla presenza di aree agricole e di ambienti naturali, rappresenta infatti un elemento qualificante e caratterizzante del fondovalle del Cantone. Il modesto, ma comunque prezioso corridoio verticale costituito dai fondi del ricorrente contribuisce, sempre secondo i giudici cantonali, al mantenimento di queste qualità.
3.3.1 Il ricorrente adduce, peraltro sempre in maniera generica, che in concreto il limite della zona edificabile sarebbe stato stabilito senza tener conto delle regole pianificatorie fondamentali, segnatamente dei confini sia naturali sia dei fondi circostanti, nonché della rete viaria esistente, e insiste sul fatto che le sue particelle confinano con la zona edificabile, sono urbanizzate e di superficie relativamente ridotta. Egli, disattendendo il suo obbligo di motivazione (art. 42 LTF), non si confronta tuttavia con i motivi appena citati, posti a fondamento della decisione impugnata, né ne dimostra l'insostenibilità e quindi l'arbitrarietà e che non sarebbero sorretti da ragioni obiettive o non conformi alla situazione di fatto, accertata anche nel quadro di un sopralluogo (sulla nozione di arbitrio vedi DTF 134 II 124 consid. 4.1). D'altra parte, la valutazione operata dai giudici cantonali appare fondata su motivi obiettivi, seri, plausibili e comprensibili. Per di più, il ricorrente nemmeno adduce motivi o cambiamenti, intervenuti dopo l'approvazione del piano regolatore del 1984, che indurrebbero a scostarsi dalla criticata attribuzione dei suoi fondi, rimasta immutata.
3.3.2 Del resto, accennando al principio della proporzionalità, egli si limita a sostenere che l'attribuzione delle sue particelle alla zona edificabile non pregiudicherebbe in modo significativo l'interesse pubblico perseguito. La tesi non regge, ritenuto che l'obiettivo di separare le due zone edificabili comunali, mantenendo una fascia di stacco verde, può essere conseguita soltanto con l'adozione della contestata misura pianificatoria.
3.3.3 Non è inoltre ravvisabile l'asserita disparità di trattamento riguardo ai proprietari dei fondi vicini, ritenuto che le loro particelle, anch'esse attribuite alla zona agricola, sono state edificate, come si è visto, prima dell'entrata in vigore del piano regolatore. Non si è quindi in presenza di situazioni analoghe.
Infine, come rettamente stabilito dai giudici cantonali, neppure l'addotta urbanizzazione dei fondi litigiosi è decisiva, poiché questa circostanza non conferisce di per sé un diritto alla loro attribuzione alla zona edificabile (DTF 122 II 326 consid. 6a; 117 Ia 434 consid. 3g).
4. Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alla patrocinatrice del ricorrente, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.