Sachverhalt:
A. A.A._betrieb in den zu beurteilenden Steuerperioden als Einzelunternehmer die "X._ Conseil" (vormals: "X.Z._ Conseil"). Mit dieser Einzelfirma war er im Bereich der Unternehmensberatung tätig; sie bezweckte die Analyse, Bewertung, Umstrukturierung und Finanzierung von Unternehmungen sowie die Begleitung von Unternehmensführungen und die Investorensuche.
Die Geschäftsabschlüsse der X.Z._ Conseil wiesen Verluste von Fr. 190'225.-- (2001) bzw. Fr. 276'276.-- (2002) aus. Diese wurden in den Steuererklärungen der Jahre 2001 und 2002 der Eheleute A._ als (negatives) Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit deklariert. Veranlagt wurden die Steuerpflichtigen gemäss Veranlagungsverfügungen vom 10. Juni 2005 für die Kantons- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 423'100.-- (2001) bzw. Fr. 96'600.-- (2002) und für die direkte Bundessteuer mit Fr. 440'000.-- (2001) bzw. Fr. 104'900.-- (2002). Die von der Veranlagungsbehörde gegenüber den deklarierten Verlusten in den Steuererklärungen vorgenommenen Aufrechnungen resultierten vor allem aus den Erfolgskorrekturen bei der X.Z._ Conseil von Fr. 398'000.-- (2001) bzw. Fr. 207'702.-- (2002). Zusammen mit den Veranlagungsverfügungen erhob die Steuerverwaltung Bussen wegen versuchter Steuerhinterziehung für die Kantons- und Gemeindesteuern von Fr. 66'000.-- (2001) bzw. Fr. 20'000.-- (2002) sowie für die direkte Bundessteuer von Fr. 60'000.-- (2001) bzw. Fr. 10'000.-- (2002). Die dagegen erhobenen Einsprachen wurden mit Entscheid vom 10. September 2007 abgewiesen.
B. Gegen den Einsprachentscheid führten A.A._ und B.A._ am 10. Oktober 2007 Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern, welche die Rechtsmittel mit Entscheid vom 20. Oktober 2009 abwies.
Die gegen diesen Entscheid am 26. November 2009 erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil vom 25. April 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Eingabe vom 1. Juni 2012 führen A.A._ und B.A._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 25. April 2012 sei aufzuheben, soweit dieser die Kantons- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer 2001 und 2002 betreffe, und die Veranlagung sei nach Massgabe der Selbstdeklaration der Beschwerdeführer vorzunehmen. Eventualiter sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Mit Schreiben vom 2. November 2012 halten die Beschwerdeführer an den gestellten Rechtsbegehren fest.
Mit Verfügung vom 6. Juni 2012 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die vorliegenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen denselben Entscheid und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) zulässig. Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichten Beschwerden ist grundsätzlich einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Diesen Begründungsanforderungen genügt die Beschwerdeschrift nur teilweise (vgl. auch E. 2.3 hiernach).
2. 2.1 Soweit die Beschwerdeführer beantragen, es sei die Veranlagung betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer "nach Massgabe der Selbstdeklaration der Beschwerdeführer vorzunehmen", ist Folgendes zu bemerken: Streitgegenstand vor der kantonalen Steuerrekurskommission (wie schon im Einspracheverfahren) bildeten gemäss Rekurs- und Beschwerdeschrift vom 10. Oktober 2007 die Veranlagung der Management-Honorare, die Verbuchung von Spesen, die Rückstellung "Wechsel S._ GmbH" und die ausgefällten Bussen wegen versuchter Steuerhinterziehung. Streitig waren somit vor der Steuerrekurskommission nur noch die erwähnten Aufrechnungen betreffend die Erwerbstätigkeit der Steuerpflichtigen. Demgegenüber beinhalten die Veranlagungsverfügungen für die Jahre 2001 und 2002 noch weitere Aufrechnungen, beispielsweise Aufrechnungen von Privatanteilen und geldwerten Leistungen. Soweit die Beschwerdeführer in ihrer Eingabe an das Bundesgericht nun eine Veranlagung "nach Massgabe der Selbstdeklaration" verlangen, geht dieser Antrag über das hinaus, was Streitgegenstand im vorinstanzlichen Verfahren bildete. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2.2 Streitgegenstand und durch das Bundesgericht grundsätzlich zu beurteilen sind demnach die vor der Vorinstanz strittigen Fragen der Steuerjahre 2001 und 2002 bezüglich der Managementhonorare, der Rückstellung "Wechsel" und der Begründetheit von Spesen im Zusammenhang mit der selbständigen Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers, sowie die ausgefällten Bussen.
2.3 Mit dem Antrag auf Aufhebung des Entscheides der Vorinstanz, soweit diese die Kantons- und Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer für die Jahre 2001 und 2002 betreffen, wird implizit auch die vom Verwaltungsgericht beurteilte Frage bezüglich der Begründetheit von Spesen im Zusammenhang mit der selbständigen Erwerbstätigkeit angefochten (vgl. angefochtener Entscheid E. 5). Eine diesbezügliche Begründung in der Eingabe an das Bundesgericht fehlt jedoch gänzlich, weshalb auf diesen Punkt mangels Begründung ebenfalls nicht einzutreten ist (vgl. E. 1.4 hiervor).
I. Direkte Bundessteuer
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung von Art. 58 DBG (Berechnung des Reingewinns) und damit verbunden eine Verletzung von verschiedenen Grundsätzen und Prinzipien (Privatautonomie, kaufmännische Grundsätze der Buchführung nach Art. 959 OR; Realisationsprinzip bzw. Grundsatz der Massgeblichkeit) geltend, weil die von ihm im Jahre 2000 verbuchten Managemententschädigungen handelsrechtlich zulässig gewesen sein sollen.
3.2 Unbestritten ist im vorliegenden Fall, dass der Beschwerdeführer als Selbständigerwerbender buchführungspflichtig ist und auch eine Buchhaltung geführt hat. Bei der Ermittlung des steuerbaren Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit sind für Buchführungspflichtige die Bestimmungen über die Berechnung des Reingewinns bei der Gewinnsteuer sinngemäss anwendbar (Art. 18 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 58 DBG, vgl. Urteil 2C_515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.1, in: StE 2011 B 23.41 Nr. 5).
3.2.1 Ausgangspunkt für die Berechnung des Reingewinns bildet der Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages aus dem Vorjahr (Art. 58 Abs. 1 lit. a DBG). Demnach setzt sich der steuerbare Reingewinn aus dem Saldo der Erfolgsrechnung und dem der Erfolgsrechnung belasteten, geschäftsmässig nicht begründeten Aufwand, den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen sowie den Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinnen zusammen. Das Steuerrecht knüpft damit an die Handelsbilanz an, welche Ausgangspunkt und Grundlage für die steuerrechtliche Gewinnermittlung ist (vgl. statt vieler: BGE 133 I 19 E. 6.3 S. 26 sowie Urteil 2A.275/1998 vom 6. März 2000 E. 3a mit Hinweisen).
Art. 959 OR verlangt, dass Betriebsrechnung und Jahresbilanz nach allgemein anerkannten kaufmännischen Grundsätzen vollständig, klar und übersichtlich aufzustellen sind. Für das Steuerrecht finden mit anderen Worten grundsätzlich die handelsrechtlichen Gewinnermittlungsvorschriften Anwendung. Dies ergibt sich aus dem Massgeblichkeitsgrundsatz der Handelsbilanz, der sich indirekt aus den oben genannten steuerrechtlichen Bestimmungen ableitet. Aus dem Massgeblichkeitsgrundsatz folgt, dass die Steuerverwaltungen auf die ordnungsgemäss erstellte Bilanz und Erfolgsrechnung abzustellen haben, soweit daneben nicht steuerrechtliche Vorschriften Abweichungen ermöglichen oder verlangen. Abgestellt werden kann auf die Bilanz und Erfolgsrechnung allerdings nur, wenn diese handelsrechtskonform erstellt wurde (zum Verhältnis von Handels- und Steuerbilanz und zum Massgeblichkeitsgrundsatz vgl. u.a. MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 15 N. 54 ff., insb. N. 61; BLUMENSTEIN/LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl. 2002, S. 269 ff.; PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, S. 910 ff.)
3.2.2 Was die zeitliche Bemessung und Abgrenzung von Einkünften betrifft, so ist davon auszugehen, dass für die steuerliche Bemessung von Selbständigerwerbenden auf das Einkommen des in der massgebenden Steuerperiode abgeschlossenen Geschäftsjahres abzustellen ist (Art. 210 Abs. 2 DBG). Damit wird zwingend eine periodengerechte Abgrenzung von Aufwand und Ertrag verlangt. Dies ergibt sich auch aus dem in Lehre und Rechtsprechung verschiedentlich erwähnten Periodizitätsprinzip und aus dem für eine ordnungsgemässe Buchführung massgebenden Realisationsprinzip (vgl. Urteil 2C_429/2010 vom 9. August 2011 E. 2.1 mit Hinweisen, in: ASA 80 S. 404; REICH, a.a.O. § 15 N. 77 ff.).
Der periodengerechten Abgrenzung kommt im Rahmen von Bemessungslücken, wie sie beim hier zur Diskussion stehenden Wechsel von der zweijährigen Pränumerandobesteuerung mit Vergangenheitsbemessung zur einjährigen Postnumerandobesteuerung mit Gegenwartsbemessung entstehen, besondere Bedeutung zu. Dies vor allem deshalb, weil solche Lücken zur Erlangung von ungerechtfertigten Steuervorteilen verleiten können.
3.2.3 Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdeführer in der Bemessungslücke, d.h. im Jahre 2000, basierend auf einer Rechnung vom 18. Juni 2001 einen Ertrag von insgesamt Fr. 200'000.-- als Managemententschädigung erfolgswirksam verbucht hat. Bei diesem Honorarertrag handelt es sich um Einnahmen, die der Beschwerdeführer aufgrund einer Vereinbarung vom 26. Juni 2001 vereinnahmt hatte, welche zwischen der Q._ AG und seiner Einzelfirma, der X.Z._ Conseil, abgeschlossen wurde. Von Bedeutung ist, dass der Beschwerdeführer bei der Q._ AG als Geschäftsführer eingesetzt wurde, wobei er auch als Verwaltungsrat tätig war; er hat mit dieser Firma einen Managementvertrag mit Datum vom 16. Februar 2000 abgeschlossen, mit dem für den Einsatz als Geschäftsführer ein festes Honorar von jährlich Fr. 120'000.-- vereinbart wurde. Dieser Betrag wurde später handschriftlich auf Fr. 100'000.-- reduziert (vgl. Ziffer 6.1 dieses Vertrages). Handschriftlich gestrichen wurden zudem die Ziffern 2.3 und 6.2 des Vertrags, welche eine Regelung über Ansprüche bei nicht begründeter Kündigung und im Zusammenhang mit einem Erfolgsbonus enthielten. Die Ziffer 2.3 wurde durch einen Zusatz zum Managementvertrag vom 16. Februar 2000 ersetzt, welcher vom 3. November 2000 datiert und mit dem eine neue Ziffer 2.3 formuliert wurde. Mit dieser wurde bestimmt, dass nach Auflösung des Managementvertrages für die Dauer von zwei Jahren sämtliche bis zum Kündigungsdatum erbrachten Zahlungen, wie Honorare und Beiträge an die Pensionskasse von A.A._durch die Q._ AG geleistet werden.
3.2.4 Der Beschwerdeführer trägt nun vor, dass das ursprünglich vereinbarte Honorar von Fr. 100'000.-- aufgrund von ausserordentlichen Leistungen des Beschwerdeführers im Jahre 2000 um Fr. 200'000.-- erhöht worden und dass diese Forderung aufgrund der Vertragsauflösung gemäss Ziffer 4 der Vereinbarung vom 26. Juni 2001 nun fällig geworden sei. Weiter habe man in Ziffer 4 festgehalten, dass die X.Z._ Conseil auf das Honorar für das Jahr 2001 sowie auf die aufgelaufenen Spesen verzichte. Für die erbrachten Leistungen des Beschwerdeführers im Geschäftsjahr 2000 habe man damit insgesamt vier Managementhonorare in Rechnung gestellt und verbucht. Die ersten drei Tranchen von insgesamt Fr. 111'667.-- habe man als Debitoren und die Fr. 200'000.-- als transitorisches Aktivum verbucht. Wenn nun die Vorinstanz die Verbuchung der Managemententschädigung im Jahre 2000 als transitorisches Aktivum nicht zulasse, so verstosse dies gegen folgende Grundsätze: a) gegen die Privatautonomie, die es den Parteien überlasse, einen einmal abgeschlossenen Vertrag abzuändern; b) gegen die in Art. 959 OR verankerten Grundsätze der kaufmännischen Buchführung, die aufgrund der Bilanzwahrheit und -klarheit eine getreue Darstellung der wirtschaftlichen Lage im entsprechenden Geschäftsjahr verlangten; c) gegen das Realisationsprinzip, das davon ausgehe, dass ein Ertrag in dem Zeitpunkt realisiert werde, in welchem das Unternehmen eine rechtlich und tatsächlich durchsetzbare Forderung auf die Gegenleistung erworben habe, wobei der Forderungserwerb nicht in jedem Fall die Fälligkeit voraussetze sowie d) gegen den Grundsatz der Massgeblichkeit.
3.3 Die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Argumente vermögen bei näherer Betrachtung nicht zu überzeugen.
3.3.1 Zunächst bleibt unklar, was dieser aus dem Anspruch auf Privatautonomie für den konkreten Fall ableiten will. Zwar mag es zutreffen, dass das Steuerrecht grundsätzlich auf zivilrechtliche Erscheinungen und Vertragsverhältnisse abstellt, bzw. dass vertragliche Vereinbarungen durch die Parteien nachträglich abgeändert werden können und solche Änderungen, wenn sie nicht missbräuchlich erfolgen, steuerrechtlich anzuerkennen sind (vgl. dazu u.a. LOCHER, a.a.O., S. 30). Wesentlich ist dabei allerdings, dass sich aus dem genannten Vertragsverhältnis der konkret behauptete Sachverhalt schlüssig ergibt, bzw. dieser nachgewiesen werden kann.
Nachdem es sich beim Abzug der Zahlung für Managemententschädigungen in der Buchhaltung 2000 um eine steuermindernde Tatsache handelt, trägt der Beschwerdeführer hierfür die Beweislast (vgl. Urteil 2C_29/2012 vom 16. August 2012 E. 2.2 mit Hinweis, in: StE 2012 B 72.11 Nr. 22). Wenn der Beschwerdeführer davon ausgeht, aus der Vereinbarung vom 26. Juni 2001 könne geschlossen werden, dass aufgrund von ausserordentlichen Leistungen des Beschwerdeführers diese dem Jahre 2000 zuzurechnen sind und dass demzufolge die Fälligkeit im Jahre 2000 eingetreten ist, so kann ihm nicht gefolgt werden: Aus der am 26. Juni 2001 abgeschlossenen Vereinbarung über die Auflösung der Zusammenarbeit per Ende September 2001 ist nämlich nicht ersichtlich, dass eine Fälligkeit der Forderung von Fr. 200'000.-- für das Jahr 2000 gegeben wäre. Es wird zu Recht nur davon gesprochen, dass dieser Betrag fällig wird. Gegen eine rückwirkende Fälligkeit noch für das Jahr 2000 spricht sodann die Tatsache, dass die Bezahlung der Fr. 200'000.-- erst im Juni 2001 vereinbart wurde. Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer weder vor dem Verwaltungs- noch vor dem Bundesgericht konkret darlegt, weshalb und in welchem Umfang Mehrleistungen im Jahre 2000 erbracht wurden, die eine solche Nachzahlung für das Jahr 2000 rechtfertigen könnten. Weder aus dem Vertragstext des ursprünglichen Managementvertrages noch aus der Zusatzvereinbarung ergibt sich, dass für das Jahr 2000 weitere Zahlungen geschuldet wären. Aufgrund der Vereinbarung vom 16. Februar 2000 steht vielmehr fest, dass die entsprechende Formulierung über einen Erfolgsbonus in Ziffer 6.2 handschriftlich gestrichen wurde und aus der nicht gestrichenen Ziffer 6.3 ist ersichtlich, dass ein Erfolgsbonus 30 Tage seit Genehmigung der Jahresrechnung durch die Generalversammlung fällig würde, was frühestens im Jahre 2001 der Fall sein konnte.
Ebenso wenig kann der Beschwerdeführer aus dem Umstand, dass er im Jahre 2001 auf sein Honorar und die aufgelaufenen Spesen bis zur Auflösung des Vertragsverhältnisses Ende September verzichtet hat, etwas zu seinen Gunsten ableiten. Vielmehr könnte man daraus schliessen, dass solche Leistungen durch die vereinbarte, nachträgliche Entschädigung von Fr. 200'000.-- abgedeckt worden sind. Auffallend ist zudem, dass die am 26. Juni 2001 vereinbarte Entschädigung von Fr. 200'000.-- der mit der Zusatzvereinbarung vom 3. November 2000 für den Fall der Auflösung des Managementvertrages für die Dauer von zwei Jahren vereinbarten zusätzlichen Abgeltung von zwei Jahreshonoraren von je Fr. 100'000.-- entspricht. Die Vorinstanz weist zu Recht darauf hin, dass die im Jahre 2000 gestellten Rechnungen zusammen mit dem im Jahre 2000 bezahlten Honorar zu einer Verdreifachung des normalen Jahreshonorares führten, was steuerlich nur dann anerkannt werden könnte, wenn hierfür schlüssige vertragliche Grundlagen vorhanden wären.
Zusammenfassend ergibt sich aufgrund der vorliegenden vertraglichen Grundlagen und aller damit verbundenen Umstände, dass es sich bei der in der Bemessungslücke 2000 verbuchten Zahlung von Fr. 200'000.-- um eine Zahlung handelte, welche nicht nur im Jahr 2001 geschuldet, sondern auch fällig war. Ist eine zusätzliche Entschädigung für das Jahr 2000 damit nicht erstellt, so kann hier offen gelassen werden, ob es sich beim Vorgehen des Steuerpflichtigen um eine Steuerumgehung handelt, wie die Vorinstanz angenommen hat (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.3).
3.3.2 Nicht weiter zu prüfen ist die vom Beschwerdeführer geltend gemachte Verletzung von kaufmännischen Grundsätzen, weil diese Grundsätze nur dann zur Anwendung kommen, wenn Bilanz und Erfolgsrechnung handelsrechtskonform erstellt wurden. Eine solche Verletzung könnte nur dann vorliegen, wenn erstellt wäre, dass die genannten Fr. 200'000.-- im Jahre 2000 zu Recht hätten verbucht werden müssen. Nachdem dies - wie soeben unter E. 3.3.1 dargelegt - nicht der Fall ist, ist auf diese Rüge nicht weiter einzugehen.
3.3.3 Nicht beachtlich sind im Weiteren auch die vom Beschwerdeführer gemachten Ausführungen im Zusammenhang mit dem Realisationsprinzip, weil nicht erstellt ist, dass die mit Rechnung vom 18. Juli 2001 fakturierte und bis spätestens am 20. Juli 2001 zahlbare Entschädigung aus Managementvertrag von Fr. 200'000.-- (total Fr. 215'200.-- mit Mehrwertsteuer) eine Forderung darstellt, die aufgrund von Leistungen im Jahre 2000 entstanden ist.
3.3.4 Was die Verletzung des Grundsatzes der Massgeblichkeit der Handelsbilanz betrifft, so geht dieser Grundsatz davon aus, dass die nach handelsrechtlichen Grundsätzen ordnungsgemäss erstellte Bilanz und Erfolgsrechnung für die steuerrechtliche Gewinnermittlung verbindlich ist, soweit das Steuerrecht keine eigenen Gewinnermittlungsvorschriften enthält, welche entsprechende Abweichungen von der Handelsbilanz erlauben oder gebieten (vgl. auch E. 3.2.1 hiervor; ROLAND BURKHALTER, Massgeblichkeitsgrundsatz, 2003, S. 215; REICH, a.a.O., § 20 N. 1 ff.). Voraussetzung für ein Abstellen auf die Handelsbilanz ist, dass diese handelsrechtskonform erstellt wurde. Kann jedoch - wie im vorliegenden Fall - nicht davon ausgegangen werden, dass die als transitorisches Aktivum im Jahre 2000 erfolgswirksam verbuchte Forderung von Fr. 200'000.-- als Ertrag dem Jahre 2000 hätte zugerechnet werden müssen, so liegt weder für das Jahr 2000 noch für das Jahr 2001 eine handelsrechtskonform erstellte Bilanz vor; es kann damit nicht von einer Verletzung des Massgeblichkeitsgrundsatzes gesprochen werden, weil auf diese Bilanzen nicht abgestellt werden durfte. Die Steuerverwaltung hat sich deshalb zu Recht nicht auf die mangelhafte Handelsbilanz abgestützt und die steuerlichen Korrekturen richtigerweise im Jahre 2001 vorgenommen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht im Weiteren geltend, dass die von der Steuerverwaltung bei der X.Z._ Conseil vorgenommenen Erfolgskorrekturen von Fr. 175'000.-- (2001) bzw. Fr. 174'702.-- (2002) wegen nicht begründeten Rückstellungen zu Unrecht erfolgt seien.
4.2 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind gemäss Art. 29 Abs. 1 DBG u.a. zulässig für im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist (lit. a), für Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind (lit. b) und für andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen (lit. c). Zu den Rückstellungen im engeren Sinne zählen dabei zu Lasten der Erfolgsrechnung gebildete Passiven, welche im Rechnungsjahr bestehende Verpflichtungen oder Verlustrisiken berücksichtigen, deren Rechtsbestand oder Höhe nicht genau feststehen. Die oben genannten Gesetzesbestimmungen sprechen dagegen auch bei Verlustrisiken im Zusammenhang mit Aktiven und bei anderen drohenden Verlustrisiken von Rückstellungen, obwohl es sich dabei um vorübergehende Wertberechtigungen handelt (vgl. Urteil 2C_945/2011 vom 12. Oktober 2012 E. 2, in: StE 2012 B 72.14.1 Nr. 27; BLUMENSTEIN/LOCHER, a.a.O., S. 258, REICH, a.a.O., § 15 N. 91 f.; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2001, Art. 29 DBG N. 1 ff.).
4.3 Nach den unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.3) hat die Bank R._ AG für den Beschwerdeführer einen von diesem im Februar 2000 erworbenen auf die S._ GmbH gezogenen Wechsel über DM 750'000.-- (umgerechnet Fr. 616'282.--) entgegen genommen, nachdem dieser von der Bank R._ AG für gut befunden worden war. Am 28. März 2000 stornierte die Bank diesen Betrag, weil sie ihn als gefährdet einstufte. Dies führte zu einem Prozess vor dem Landgericht Bremen, das die S._ GmbH am 19. Mai 2000 zur Bezahlung der Wechselforderung verurteilte. Das Vollstreckungsverfahren hatte aufgrund von Pfändungs- und Überweisungsbeschlüssen des Amtsgerichtes Berlin-Köpenick zur Folge, dass Teilzahlungen von insgesamt DM 379'047.-- geleistet wurden, die dem Beschwerdeführer nach Abzug der Anwaltskosten im Umfange von Fr. 266'581.-- zuflossen und er entsprechend verbuchte. Die verbleibende Wechselforderung belief sich danach noch auf Fr. 349'702.--. Über die S._ GmbH wurde die provisorische und am 1. September 2000 die definitive Insolvenzverwaltung angeordnet, womit die den deutschen Banken zugestellten Pfändungs- und Überweisungsbeschlüsse gemäss deutschem Insolvenzrecht unwirksam wurden. Mit verschiedenen Schreiben im Monat November 2000 sowohl an den deutschen Anwalt als auch an den Beschwerdeführer wurden diese aufgefordert, die "zu Unrecht vereinnahmten" Teilzahlungen zurückzuerstatten, was mangels Zahlung zu einer Klage vor den bernischen Gerichten führte. Die Klage wurde vor der ersten Instanz zunächst abgewiesen, am 21. Mai 2003 vom Appellationsgericht des Kantons Bern jedoch gutgeheissen und der Beschwerdeführer zur Rückleistung verpflichtet.
4.4 Umstritten ist, ob für die oben erwähnte verbleibende Restforderung von Fr. 349'702.-- bereits im Jahre 2000 eine Rückstellung hätte gebildet werden müssen. Der Beschwerdeführer bestreitet dies und bringt vor, dass nach der Eröffnung des Insolvenzverfahrens aus der Verpfändung Teilzahlungen über Fr. 266'580.55 geleistet worden seien und er demnach berechtigterweise habe annehmen dürfen, dass die Bezahlung des Restes ebenfalls erfolgen werde. Im Weiteren macht er geltend, dass er bereits am 28. März 2000 mit der Bank R._ AG über Schadenersatzzahlungen verhandelt habe, was von dieser mit Schreiben vom 1. Juli 2005 auch bestätigt worden sei. Aufgrund des Verhaltens der Bank R._ AG habe er am Ende des Jahres 2000 mit einer Schadloshaltung rechnen dürfen.
4.4.1 Handelsrechtlich müssen Rückstellungen gemäss Art. 669 Abs. 1 OR vorgenommen werden, soweit sie nach allgemein anerkannten kaufmännischen Grundsätzen notwendig sind. Nach diesen Regeln sind die Aktiven gestützt auf das Vorsichtsprinzip zu dem Wert zu bilanzieren, der ihnen am Bilanzstichtag zukommt (Art. 960 Abs. 2 OR). Den in Betreibung gesetzten oder generell unsicheren Verpflichtungen, deren Höhe ungewiss aber schätzbar ist, ist mit einer Rückstellung in der Bilanz entsprechend Rechnung zu tragen. Rückstellungen dienen der periodenkonformen Erfassung von Aufwendungen und Verlusten, die am Bilanzstichtag dem Grunde, nicht aber der Höhe nach bekannt sind oder von Verbindlichkeiten und Lasten, die am Bilanzstichtag bereits bestehen, sich nach Betrag und Fälligkeit aber nicht genau bestimmen lassen, oder deren Bestand zweifelhaft ist (vgl. Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, 2009, Band 1, S. 238).
Steuerrechtlich ist in Lehre und Rechtsprechung unbestritten, dass die Handelsbilanz aufgrund des Massgeblichkeitsprinzips insoweit anzuerkennen ist, als sie den Anforderungen entspricht, die das Handelsrecht verlangt. Andernfalls ist sie zu berichtigen (vgl. dazu E. 3.2.1 hiervor).
4.4.2 Die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Argumente überzeugen nicht: So wurde bereits mit Schreiben vom 11. Oktober bzw. 8. November 2000 der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers in Deutschland zur Rückzahlung der zu Unrecht vereinnahmten Teilzahlungen aufgefordert. Die gleiche Mitteilung erging mit Schreiben vom 8. bzw. 28. November 2000 auch an den Beschwerdeführer. Die Eröffnung des Insolvenzverfahrens am 15. Juni 2000 führte zur Unwirksamkeit der erst später zugestellten Pfändungs- und Überweisungsbeschlüsse. Aus diesem Grund und aus der Tatsache des eingeleiteten Insolvenzverfahrens hätte der Beschwerdeführer die Rückstellung des gesamten Betrages bereits im Jahre 2000 vornehmen müssen, weil bereits in diesem Zeitpunkt die gesamte Forderung als gefährdet eingestuft werden musste. Der Beschwerdeführer kann deshalb aus den zu Unrecht erfolgten Teilzahlungen nichts zu seinen Gunsten ableiten, nachdem noch vor dem Eingang dieser Zahlungen das Insolvenzverfahren eröffnet und er noch im Jahre 2000 zur Rückleistung aufgefordert worden war. Daran ändert das Urteil der ersten Gerichtsinstanz im Kanton Bern nichts, die mit Entscheid vom 29. Januar 2003 die Rückerstattungsklage noch abgewiesen hatte; in der Folge hiess der Appellationshof des Kantons Bern die Klage am 21. Mai 2003 vollumfänglich gut.
Nichts an dieser Beurteilung ändert auch die Stellungnahme des beratenden Wirtschaftsprüfers, der davon ausging, dass nach seiner Risikoeinschätzung zu diesem Zeitpunkt eine Rückstellung nicht erforderlich gewesen sei. Ob ihm die gesamten Umstände im Zusammenhang mit dem Insolvenzverfahren bei der Abschlussprüfung und Beratung im Jahre 2000 bekannt waren, ergibt sich aus den Unterlagen nicht abschliessend. Wäre dies der Fall gewesen, hätte er nach dem oben Gesagten per Ende 2000 eine Rückstellung verlangen müssen, nachdem nicht erst bei der Abschlussgestaltung der Bilanz per 31. Dezember 2001 im Verlaufe des Jahres 2002 bekannt war, dass eine Rückforderung aufgrund des deutschen Insolvenzverfahrens geltend gemacht worden ist, sondern bereits im Jahre 2000 eine Forderung bestand, deren Bestand zweifelhaft war. Dies hätte im Übrigen auch zu gelten, wenn es sich um eine Ereignis handeln würde, das erst nach dem Bilanzstichtag vom 31. Dezember 2000 bekannt wurde, weil solche Ereignisse noch zu berücksichtigen sind (vgl. Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, a.a.O., Band 1, S. 299).
Nachdem es sich bei der Frage der korrekten Bildung von Rückstellungen um eine Rechtsfrage handelt, die aufgrund der tatsächlichen Gegebenheiten zweifelsfrei beurteilt werden kann, ist ein entsprechendes Rechtsgutachten nicht erforderlich. Ein solches wäre von der Vorinstanz oder der Veranlagungsbehörde allenfalls dann anzuordnen, wenn ihre eigene Sachkenntnis zur Beurteilung nicht ausreichen würde (vgl. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, Art. 123 DBG N. 31). Dass dies hier der Fall wäre, ist aber weder ersichtlich noch dargelegt.
4.4.3 Nichts zu seinen Gunsten ableiten kann der Beschwerdeführer schliesslich aus seinen Darlegungen im Zusammenhang mit der Bank R._ AG. So geht aus dem Schreiben der Bank R._ AG vom 1. Juli 2005 nicht hervor, dass diese bereits per Ende 2000 oder im Jahre 2001 irgendeine Schadenersatzpflicht aus dem Wechselgeschäft anerkannt hätte. Bestätigt wird damit lediglich, dass ab der Stornierung des Wechsels per 28. März 2000 Verhandlungen über die Schadloshaltung geführt wurden. Ob im fraglichen Zeitpunkt eine Zahlungsbereitschaft überhaupt bestand - und gegebenenfalls in welchem Umfang - geht aus diesem Schreiben oder anderen Unterlagen hingegen nicht hervor. Aufgrund des Schreibens der Bank R._ AG vom 1. Juli 2005 steht sodann lediglich fest, dass "Herrn A.A._infolge der Beratung durch die Bank R._ AG ein Schaden entstanden" und dieser "zwischenzeitlich vergleichsweise per Saldo aller Ansprüche erledigt" worden sei. Dass die Entschädigung in vergünstigten Bankkonditionen bestanden habe, weshalb eine entsprechende Verbuchung nicht habe vorgenommen werden können, ist daraus hingegen nicht ersichtlich.
4.5 Zusammenfassend ist demnach festzuhalten, dass die Beschwerde in Bezug auf die von der Vorinstanz zu beurteilenden Veranlagungsfragen, also der in die Bemessungslücke 2000 verschobenen Managemententschädigung (vgl. E. 3 hiervor) bzw. der im Jahre 2000 nicht vorgenommenen Rückstellungen (vgl. E. 4 hiervor) abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Näher zu prüfen bleiben im Folgenden noch die Ausführungen des Beschwerdeführers zu den ausgefällten Bussen (vgl. E. 5 hiernach).
5. 5.1 Nach dem Prinzip der gemischten Veranlagung (Art. 123 Abs. 1 DBG) stellen die Veranlagungsbehörden zusammen mit dem Steuerpflichtigen die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest. Daraus geht hervor, dass Behörden und steuerpflichtige Personen grundsätzlich gemeinsam auf eine richtige und vollständige Veranlagung hinarbeiten. Die steuerpflichtige Person hat alles zu tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 126 Abs. 1 DBG). Insbesondere muss sie das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen (Art. 124 Abs. 2 DBG). Für Selbständigerwerbende gilt, dass sie der Steuerklärung die korrekt erstellte und unterzeichnete Bilanz (Jahresrechnung) beilegen müssen (Art. 125 Abs. 2 DBG). Die steuerpflichtige Person trägt Verantwortung für die Richtigkeit und Vollständigkeit ihrer Steuererklärung und ihrer Abschlüsse.
5.2 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, wird gemäss Art. 175 Abs. 1 DBG mit Busse bestraft. Wird die strafbare Hinterziehung von der Steuerbehörde vor Erlass der definitiven Veranlagung festgestellt, so wird wegen versuchter Steuerhinterziehung mit Busse bestraft, wer eine Steuer zu hinterziehen versucht (Art. 176 Abs. 1 DBG). Die Busse beträgt zwei Drittel der Busse, die bei vorsätzlicher und vollendeter Steuerhinterziehung festzusetzen wäre (Art. 176 Abs. 2 DBG). Die versuchte Steuerhinterziehung ist nur bei vorsätzlicher Tatbegehung strafbar, was sich nicht direkt aus dem Gesetz, jedoch aus dem Begriff des Versuchs ergibt. Eventualvorsatz ist dem Vorsatz gleich gestellt. Nach konstanter Rechtsprechung gilt der Nachweis des Vorsatzes als erbracht, wenn mit hinreichender Sicherheit feststeht, dass der Steuerpflichtige sich der Unrichtigkeit oder der Unvollständigkeit der gemachten Angaben bewusst war, so dass angenommen werden muss, er habe eine Täuschung der Steuerbehörden beabsichtigt und eine zu niedrige Veranlagung bezweckt (direkter Vorsatz) oder zumindest in Kauf genommen (Eventualvorsatz). Eventualvorsatz ist zu bejahen, wenn sich dem Täter der Erfolg seines Verhaltens als so wahrscheinlich aufgedrängt hat, dass sein Verhalten vernünftigerweise nur als Inkaufnahme, als Billigung des Erfolgs ausgelegt werden kann. Das trifft namentlich dann zu, wenn sich die steuerpflichtige Person überhaupt nicht darum kümmert, ob die von ihr gemachten Angaben richtig sind (vgl. zum Ganzen BGE 130 IV 58 E. 8.2 S. 61; 114 Ib 27 E. 3a S. 29 f.; Urteil 2C_291/2011 vom 12. September 2011 E. 2.1 mit Hinweisen).
5.3 Der Beschwerdeführer bestreitet hier das Vorliegen einer versuchten Steuerhinterziehung, weil seines Erachtens sachliche Gründe für die Verbuchung des Managementhonorars und für die Bildung der Rückstellung auf dem Wechsel bestanden hätten.
5.3.1 Damit verkennt er, dass die Bücher (Bilanz und Erfolgsrechnung) gemäss Art. 957 OR ordnungsgemäss zu führen sind. Dies bedingt, dass die Vermögenslage eines Geschäftes, die mit dem Geschäftsbetrieb zusammenhängenden Schuld- und Forderungsverhältnisse sowie die Betriebsergebnisse in den einzelnen Geschäftsjahren eindeutig feststellbar sein müssen. Überdies sind Betriebsrechnung und Jahresbilanz gemäss Art. 959 OR vollständig, klar und übersichtlich darzustellen. Nur wenn alle Aktiven und Passiven vollständig aufgeführt und die Erträge periodenkonform erfasst und verbucht sind, kann von einer ordnungsgemäss geführten Buchhaltung gesprochen werden (vgl. URS R. BEHNISCH, Das Steuerstrafrecht im Recht der direkten Bundessteuer, Bern 1991, S. 59). Dies gilt auch für Verbindlichkeiten, deren Rechtsbestand ungewiss ist. Für solche Fälle sind unter den Passiven - wie in E. 4.4 hiervor dargelegt - entsprechende Rückstellungen zu bilden.
Werden - wie im vorliegenden Fall - Management-Erträge, welche dem Jahre 2001 zuzurechnen sind, im Bemessungslückenjahr 2000 verbucht, so ist der Abschluss für das Jahr 2001 nicht vollständig und es handelt sich - ebenso wie bei der Vornahme von im Jahre 2001 und 2002 nicht zulässigen Rückstellungen - um handelsrechtswidrige Buchungen (vgl. BGE 135 II 86 E. 3 S.88 f.). Solche fehlerhafte Buchhaltungen erfüllen ohne Weiteres den objektiven Tatbestand der Steuerhinterziehung.
5.3.2 Was den subjektiven Tatbestand der Strafbarkeit betrifft, so liegt eine versuchte Steuerhinterziehung nur vor, wenn der Steuerpflichtige vorsätzlich oder eventualvorsätzlich gehandelt hat (vgl. E. 5.2 hiervor). Lehre und Rechtsprechung gehen dabei davon aus, dass der Wille zur Steuerhinterziehung vorausgesetzt werden kann, wenn mit hinreichender Sicherheit feststeht, dass sich der Steuerpflichtige der Unrichtigkeit oder der Unvollständigkeit der gegenüber der Steuerbehörde gemachten Angaben bewusst war (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., Art. 175 N. 46), wobei das gesamte Deklarationsverhalten zu berücksichtigen ist. Dies setzt u.a. voraus, dass die Steuerbarkeit oder die Nichtsteuerbarkeit des entsprechenden Sachverhalts für die steuerpflichtige Person erkennbar war. Der Steuerpflichtige kann sich von seiner Verantwortlichkeit auch nicht dadurch entledigen, dass er geltend macht, er habe einen Berater oder Vertreter beigezogen (Urteile 2C_290/2011 vom 12. September 2011 E. 6.1; 2A.168/2006 vom 8. März 2007 E. 4.2 mit Hinweisen, in: StE 2007 B 101.21 Nr. 17).
Im vorliegenden Falle steht fest, dass der Beschwerdeführer klare Rechnungslegungsgrundsätze missachtet und damit verbunden unwahre und unrichtige Abschlüsse eingereicht hat. Dass die aufgrund der abgeschlossenen Vereinbarung im Jahre 2001 fälligen und auch ausbezahlten Managementgebühren im Bemessungslückenjahr verbucht und damit erhebliche Steuern gespart wurden, ist augenfällig. Dies trifft auch für die Nichtvornahme von Wertberechtigungen zu, nachdem dem Beschwerdeführer aufgrund der an ihn und an seinen Anwalt gerichteten Schreiben und der gesamten Umstände des Insolvenzverfahrens in Deutschland die Einbringbarkeit unzweifelhaft bewusst gewesen sein muss. Wenn aufgrund der vorgenommenen und mit seinem Berater besprochenen Buchungen in den Bemessungslückenjahren 1999 ein Gewinn von Fr. 323'000.-- bzw. für das Jahr 2000 von Fr. 663'200.-- ausgewiesen wird, daneben aber für die der ordentlichen Besteuerungen unterliegenden Jahre 2001 ein Verlust von Fr. 190'200.-- und für das Jahr 2002 ein solcher von Fr. 276'200.-- ausgewiesen wird, so handelt es sich nicht um geringfügige Gewinnverschiebungen, sondern um erhebliche Steuerersparnisse. Das Verschulden wiegt deshalb schwer, weil durch die Verschiebung von Erträgen und Aufwendungen in die Bemessungslücke eine Nichtbesteuerung erreicht worden wäre. Die Offensichtlichkeit des gewählten Vorgehens und die selbst für einen Laien erkennbaren Differenzen lassen im vorliegenden Falle den Schluss zu, dass das gewählte Vorgehen wissentlich und willentlich erfolgt ist. Hinzu kommt, dass es sich beim Steuerpflichtigen um einen erfahrenen Unternehmer handelt, der als Unternehmensberater mit den Grundsätzen der Buchführung vertraut war, und der im Rahmen seiner Tätigkeit auch selber Unternehmungen geführt hat.
5.4 Der Beschwerdeführer macht sodann im Zusammenhang mit der versuchten Steuerhinterziehung eine Verletzung von Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK (Unschuldsvermutung) geltend.
5.4.1 Beim Hinterziehungsverfahren im Recht der direkten Bundessteuer handelt es sich um ein echtes Strafverfahren, für welches die strafprozessualen Garantien, insbesondere auch jene der in Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 EMRK verankerten Unschuldsvermutung, gelten (BGE 121 II 273 E. 3a/b S. 281 ff.). Aus der Unschuldsvermutung und dem darin enthaltenen Grundsatz "in dubio pro reo" ergibt sich, dass der Strafsteuer keine Sachverhaltselemente zugrunde gelegt werden dürfen, über deren Verwirklichung bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage Zweifel bestehen müssen oder die nur als wahrscheinlich gelten (Urteil 2C_290/2011 vom 12. September 2011 E. 5.2 mit Hinweis).
5.4.2 Die Vorinstanz ist hier aufgrund der vorliegenden Akten und Bilanzen und nach Würdigung der gesamten Umstände unzweifelhaft zum Schluss gekommen, dass die Veranlagungsbehörde zu Recht auf eine versuchte Steuerhinterziehung geschlossen hat. Das Verfahren entspricht dabei vollumfänglich den Anforderungen, wie sie sich aus den genannten Bestimmungen der Verfassung und der EMRK ergeben. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, zeigt nicht auf, dass die Vorinstanz bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage sich aufdrängende Zweifel daran hätte hegen müssen, dass sich der Sachverhalt anders zugetragen hat. Eine Verletzung der Unschuldsvermutung ist damit nicht dargetan.
5.5 Schliesslich rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK), weil eine persönliche Einvernahme für die Beurteilung des subjektiven Tatbestandes unerlässlich sei.
Zwar umfasst der Anspruch auf rechtliches Gehör u.a. auch das Recht der Betroffenen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden. Jedoch ist dieser Anspruch nicht verletzt, wenn ein Gericht deshalb auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148 mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen waren vorliegend ohne Weiteres erfüllt: Auf die persönliche Einvernahme des Steuerpflichtigen oder von Zeugen durfte die Vorinstanz verzichten, nachdem aufgrund der gesamten Umstände die Voraussetzungen des subjektiven Tatbestandes unzweifelhaft geklärt werden konnten. Die Bestellung von Gutachtern war deshalb nicht erforderlich, weil Vorinstanz und Verwaltung über genügend Sachkenntnis verfügten, um eine korrekte Beurteilung der sich stellenden buchhalterischen und daraus resultierenden handelsrechtlichen Fragen zu beurteilen.
II. Kantons- und Gemeindesteuern
6. 6.1 Art. 34 Abs. 1 (zulässige Rückstellungen) und Art. 85 Abs. 2 (Berechnung des Reingewinns) des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 (StG/BE; BSG 661.11) entsprechen weitgehend Art. 10 Abs. 1 StHG und Art. 24 Abs. 1 StHG bzw. Art. 29 Abs. 1 DBG und Art. 58 Abs. 1 DBG. Im Übrigen umschreiben Art. 217 Abs. 1 lit. a und Art. 218 StG/BE die Voraussetzungen und den Tatbestand für die vollendete und versuchte Steuerhinterziehung im Wesentlichen gleich wie Art. 56 Abs. 1 und 2 StHG für die harmonisierten direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie Art. 175 Abs. 1 und 176 DBG für die direkte Bundessteuer. Für die Kantons- und Gemeindesteuern ergibt sich mithin kein Resultat, das von demjenigen bezüglich der direkten Bundessteuer abweicht.
6.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher auch betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
III. Kosten und Entschädigung
7. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Es ist keine Parteientschädigung geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_533/2012 und 2C_534/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer (2C_534/2012) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern (2C_533/2012) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 9'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger