Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegnerin) schloss zwischen Mai 2002 bis Januar 2003 sechs Mietverträge mit der X._ AG (Beschwerdeführerin) ab, mit welchen sie Gewerberäume in einer Liegenschaft in B._ mietete. Sie beabsichtigte, darin eine Brockenstube zu betreiben. Zwischen den Parteien kam es in der Folge zu Streitigkeiten über angebliche Zahlungsrückstände der Beschwerdegegnerin, welche ihrerseits behauptete, durch eindringendes Wasser seien gelagerte Gegenstände beschädigt worden. Zudem bestand Uneinigkeit über die Gültigkeit von Kündigungen, welche die Beschwerdeführerin ausgesprochen hatte. Im Rahmen dieser Auseinandersetzungen schlossen die Parteien diverse Vergleiche, und die Beschwerdegegnerin hinterlegte Fr. 62'460.-- beim Gemeindekassieramt B._. Schliesslich wurde vereinbart, sämtliche noch bestehenden Mietverträge per 30. Juni 2005 zu beenden. Am 9. August 2005 gab die Beschwerdegegnerin die Räume zurück.
B. Mit Schreiben vom 8. September 2004 hatte die Beschwerdegegnerin beim Kreisgericht Rheintal Klage eingereicht, woraufhin die Beschwerdeführerin Widerklage erhob. Beide Parteien stellten diverse Forderungs- und Feststellungsbegehren und verlangten die Auszahlung des hinterlegten Betrages. Das Kreisgericht entschied, der hinterlegte Betrag sei im Umfang von Fr. 47'796.70 an die Beschwerdegegnerin und im Umfang von Fr. 14'663.30 der Beschwerdeführerin herauszugeben und die aufgelaufenen Zinsen den Parteien je zur Hälfte auszurichten. Während die Beschwerdegegnerin diesen Entscheid akzeptierte, erhob die Beschwerdeführerin kantonale Berufung mit dem Antrag, die Klage abzuweisen und den hinterlegten Betrag zu ihren Gunsten freizugeben. Am 11. August 2008 entschied das Kantonsgericht St. Gallen im Wesentlichen gleich wie das Kreisgericht. Es sprach den Parteien allerdings keinen Zins zu, da die hinterlegte Miete nicht verzinst werde.
C. Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen und Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Das Kassationsgericht trat mit Zirkulationsentscheid vom 17. April 2009 auf die Beschwerde nicht ein, da die Nichtigkeitsbeschwerde nicht gegeben ist, wenn das Bundesrecht wie in Art. 274d Abs. 1 OR ein rasches Verfahren vorschreibt. Vor Bundesgericht hält die Beschwerdeführerin im Wesentlichen an ihren vor Kantonsgericht gestellten Begehren fest, während die Beschwerdegegnerin auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde schliesst, soweit darauf einzutreten ist.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz erkannte, die Beschwerdegegnerin habe grundsätzlich Anspruch auf Fr. 36'344.-- Ersatz für Schäden, die durch eindringendes Wasser an den in der Liegenschaft eingelagerten Gegenständen entstanden seien. Ferner erachtete sie einen Mietzinsherabsetzungsanspruch von Fr. 12'850.40 als ausgewiesen. Gestützt auf diese Erkenntnis schützte sie die Verteilung des hinterlegten Betrages (mit Ausnahme des Zinses) nach Massgabe des Entscheides des Kreisgerichtes, welchen die Beschwerdegegnerin nicht angefochten hatte. Vor Bundesgericht ist umstritten, ob der Beschwerdegegnerin diese beiden Ansprüche zustehen.
2. Die Beschwerdeführerin beanstandet zunächst, die Vorinstanz habe Art. 8 ZGB verletzt, indem sie gestützt auf zwei Privatgutachten der Beschwerdegegnerin und den Augenschein der ersten Instanz zum Schluss kam, die Dachhaut sei undicht. Die Vorinstanz habe das von der Beschwerdeführerin beantragte gerichtliche Gutachten nicht angeordnet und so deren Anspruch auf Zulassung zum Gegenbeweis verletzt.
2.1 Art. 8 ZGB gibt der beweispflichtigen Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht (BGE 133 III 295 E. 7.1 S. 299 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts gewährleistet Art. 8 ZGB ebenfalls das Recht zum Gegenbeweis, d.h. er gibt dem Gegner der beweisbelasteten Partei einen Anspruch darauf, zum Beweis von konkreten Umständen zugelassen zu werden, die beim Gericht Zweifel an der Richtigkeit der Gegenstand des Hauptbeweises bildenden Sachbehauptung wach halten und diesen dadurch vereiteln können (BGE 130 III 321 E. 3.4 S. 326; 115 II 305 je mit Hinweisen). Art. 8 ZGB wird indessen auch hinsichtlich des Gegenbeweises gegenstandslos, wenn das dem Hauptbeweis unterstellte Tatbestandsmerkmal beweismässig bereits feststeht. Dies gilt mindestens insoweit, als das Sachgericht seine Feststellungen nicht allein auf Erfahrungssätze oder mittelbare Indizien stützt (BGE 115 II 305; 120 II 393 E. 4b S. 397). Mithin gibt Art. 8 ZGB keinen Anspruch auf Weiterungen eines erfolgreichen Beweisverfahrens, weil die Bestimmung stets an den Begriff und die Folgen der Beweislosigkeit anknüpft.
2.2 Da die Vorinstanz den Beweis in Würdigung der konkreten Umstände für erbracht erachtete, fällt eine Verletzung von Art. 8 ZGB ausser Betracht und kann das Bundesgericht lediglich prüfen, ob die Beweiswürdigung willkürlich und damit offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG ist. Diesbezüglich erhebt die Beschwerdeführerin indessen keine hinreichend begründete Rüge (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen) und ist der angefochtene Entscheid im Übrigen auch nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz war sich wohl bewusst, dass sie sich auf die Würdigung von Privatgutachten einliess. Sie durfte aber in Betracht ziehen, dass der eine Experte der Beschwerdegegnerin vom erstinstanzlichen Gericht empfohlen worden war. Zudem hat sie die Gutachten vor dem Hintergrund des erstinstanzlichen Augenscheines und dem in den Gutachten enthaltenen Bildmaterial auf ihre Plausibilität überprüft. Von Willkür kann keine Rede sein.
3. Bezüglich der Höhe des Schadens hat die Vorinstanz auf ein von der ersten Instanz in Auftrag gegebenes gerichtliches Gutachten abgestellt. Auch dies beanstandet die Beschwerdeführerin. Die Begutachtung habe stattgefunden, als sich die Gegenstände nicht mehr im Mietobjekt befanden. Die im Mietobjekt gelagerten Gegenstände seien mit anderen vermischt worden. Dass die begutachteten Gegenstände je im Mietobjekt gelagert gewesen seien, habe die Beschwerdegegnerin nicht bewiesen. Daher könne auf das Gutachten nicht abgestellt werden. Zudem sei nicht erwiesen, dass allfällige Mängel und Beschädigungen durch in das Mietobjekt eindringendes Wasser entstanden seien. Indem die Vorinstanz von der Beschwerdeführerin verlange, sich detailliert dazu zu äussern, welcher Gegenstand sich nicht in den Mieträumlichkeiten befunden habe, beziehungsweise bei welchem Gegenstand die Schadensschätzung um welchen Betrag zu korrigieren sei, werde der Beschwerdeführerin diesbezüglich die Beweislast überbunden und damit Art. 8 ZGB verletzt.
3.1 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin hat ihr die Vorinstanz nicht die Beweislast dafür auferlegt, dass die begutachteten Gegenstände sich im massgebenden Zeitpunkt im Mietobjekt befunden haben.
3.1.1 Die Vorinstanz prüfte vielmehr zunächst die Vorbringen der Beschwerdegegnerin auf ihre Glaubwürdigkeit. Sie hielt fest, im Gutachten sei bei verschiedenen Gegenständen vermerkt: "kein Wasserschaden", so dass abgeschätzt werden kann, ob ein Wasserschaden vorliegt. Zwar trifft zu, dass der Gutachter oftmals nicht mit Sicherheit feststellen konnte, ob es sich um einen neuen Wasserschaden gehandelt habe, oder ob die Gegenstände aufgrund der Schäden bereits verbilligt eingekauft worden seien. Damit zeigt der Gutachter indessen lediglich die Grenzen seines Expertenwissens auf, so dass sich die Vorinstanz insoweit nicht allein auf das Gutachten stützen konnte. Sie erachtete es in tatsächlicher Hinsicht aber für erwiesen, dass die Beschwerdegegnerin einen grossen Bestand an Möbeln, Bildern usw. eingelagert hatte. Ebenso sah sie den Beweis für das Eindringen des Wassers als erbracht an. Dass es damit zu Schäden an den eingelagerten Gegenständen kommen konnte, ist evident. Der Gutachter hat berücksichtigt, dass es sich bei den gelagerten Gegenständen um Liquidationswaren handelt. Die erste Instanz hatte zusätzlich einen Abzug von 30 % vorgenommen, da die Beschwerdegegnerin Lagerungs- und Verkaufskosten eingespart hatte und durch inadäquate Lagerung zusätzlicher Schaden entstanden sei. Wenn die Vorinstanz vor diesem Hintergrund zur Überzeugung gelangt, der Schaden sei im von der ersten Instanz angenommenen Umfang ausgewiesen, handelt es sich dabei um Beweiswürdigung.
3.1.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, zwischen der ersten Kontaktaufnahme des Gutachters und der eigentlichen Begutachtung seien fast zwei Monate vergangen, da sich die Beschwerdegegnerin wiederholt und entgegen ihrer Zusagen nicht beim Gutachter gemeldet habe. Damit habe sie genug Zeit gehabt, die zu begutachtenden Gegenstände zusammenzustellen. Ob aufgrund dieser Vorbringen Zweifel an den Behauptungen der Beschwerdegegnerin angebracht sind, ist ebenfalls eine Frage der Beweiswürdigung.
3.2 Soweit die Beschwerdeführerin die Beweiswürdigung der Vorinstanz sinngemäss als offensichtlich unrichtig und damit willkürlich ausgeben wollte, genügt sie wiederum den strengen Begründungsanforderungen nicht (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen) und ist überdies keine Willkür ersichtlich. Ihre Vorbringen laufen darauf hinaus, einen Prozessbetrug zu behaupten. Wenn die Vorinstanz dies nicht genügen lässt, um Zweifel an der Version der Beschwerdegegnerin aufkommen zu lassen, ist dies nicht offensichtlich unhaltbar. Eine Verletzung von Art. 8 ZGB liegt nicht vor.
4. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, die Beschwerdegegnerin habe ihre Schadenminderungspflicht verletzt, indem sie die Prämien für die von ihr abgeschlossene Versicherung nicht bezahlt habe. Die Vorinstanz ist indessen der Auffassung, die Versicherung hätte auf die Beschwerdeführerin zurückgreifen können, so dass der Abschluss der Versicherung nicht zur Schadenminderung beigetragen hätte. Inwiefern diese Auffassung Recht verletzt, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf und genügt damit den Anforderungen an die Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 2 BGG) nicht. Ebenso legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern die Annahme, die Beschwerdegegnerin sei nach dem Mietvertrag nicht verpflichtet gewesen, eine Versicherung abzuschliessen, Recht verletzt. Schliesslich verkennt die Beschwerdeführerin, dass grundsätzlich niemand gehalten ist, sich gegen bloss abstrakte Möglichkeiten rechtswidriger Eingriffe in sein Vermögen zu sichern (BGE 97 II 221 E. 6 S. 229 f.). Dass die Beschwerdeführerin die Versicherungsprämien nicht bezahlte und keine Versicherungsdeckung bestand, genügt nach dem Gesagten nicht, um eine Verletzung der Schadenminderungspflicht aufzuzeigen (vgl. BREHM, Berner Kommentar, 3. Aufl. 2006, N. 52 ff. zu Art. 44 OR).
5. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe offen gelassen, ob die Hagelzüge im Juni 2002 höhere Gewalt darstellten, mit der Begründung, solche seien jedenfalls nicht die alleinige Ursache des Schadens. Die Mitwirkung höherer Gewalt hätte nach Auffassung der Beschwerdeführerin aber zu einer Reduktion des Schadens führen müssen. Der Richter kann mitwirkenden Zufall bei der Festsetzung des Schadenersatzes zwar berücksichtigen (Art. 43 in Verbindung mit Art. 99 OR). Voraussetzung ist indessen, dass der Schaden ohne den Zufall nicht oder nicht im gleichen Ausmass eingetreten wäre. Die Vorinstanz hält indessen fest, Wasser sei nicht nach einem bestimmten Ereignis, sondern fortwährend in das Gebäude eingedrungen. Unter diesen Umständen hätte die Beschwerdeführerin darlegen müssen, dass gewöhnliche Schauer oder Gewitter den Schaden nicht oder nicht im gleichen Ausmass verursacht hätten. Dass die Vorinstanz für entsprechende Behauptungen prozesskonform angebotene Beweismittel nicht abgenommen hätte, zeigt die Beschwerdeführerin nicht hinreichend auf. Allein mit Amtsberichten der meteorologischen Zentralanstalt, die nach Auffassung der Beschwerdeführerin hätten eingeholt werden müssen, liesse sich der entsprechende Beweis nicht führen. Eine Bundesrechtsverletzung ist nicht ersichtlich.
6. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde insgesamt als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig und kommt der von der Beschwerdegegnerin aufgeworfenen Frage, ob die Beschwerde rechtzeitig aufgegeben wurde, keine massgebende Bedeutung zu.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juni 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak