Sachverhalt:
A. Im Anschluss an eine Kontrolle bezüglich des 4. Quartals 1995 bis zum 2. Quartal 2000 verlangte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) mit Ergänzungsabrechnung vom 14. September 2000 von der Genossenschaft X._ eine Nachzahlung auf die Mehrwertsteuer von Fr. 805'964.-- für die Zeit vom 4. Quartal 1995 bis zum 4. Quartal 1998. Ausserdem forderte sie auf diesem Betrag einen Verzugszins von 5 % ab dem sog. mittleren Verfalldatum, das sie auf den 5. Dezember 1997 festsetzte. Ihren Entscheid bestätigte sie mit Verfügung vom 13. März 2001. Die von der Genossenschaft X._ bis vor das Bundesverwaltungsgericht erhobenen Rechtsmittel blieben erfolglos (Einspracheentscheid der ESTV vom 16. Dezember 2004 und Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 16. November 2007). Darauf wandte sie sich am 4. Januar 2008 an das Bundesgericht. Dieses hiess ihre Beschwerde nur betreffend die Verzugszinsen gut; es wies die Sache zur Neufestsetzung des mittleren Verfalldatums an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Urteil 2C_11/2008 vom 16. Mai 2008).
B. Die Eidgenössische Steuerverwaltung setzte hierauf am 27. Oktober 2008 das Datum für den Beginn des Verzugszinsenlaufs neu auf den 15. Mai 1998 fest. Dagegen erhob die Genossenschaft X._ Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte dort, die Mehrwertsteuerforderung um Gutschriften von Fr. 22'227.60 und Fr. 2'265.-- zu reduzieren und den Verzugszins sowie das mittlere Verfalldatum auf dem dadurch verbleibenden Betrag von Fr. 781'471.-- neu zu erheben.
Das Bundesverwaltungsgericht hiess die Beschwerde mit Urteil vom 6. Februar 2010 teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es wies die Sache zur "Neuberechnung der Verzugszinse" im Sinne seiner Erwägungen an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück. Dabei folgte es nicht der Argumentation der Genossenschaft X._. Vielmehr erkannte es von Amtes wegen, dass es die Eidgenössische Steuerverwaltung unterlassen habe, einen Teilbetrag der Steuernachforderung in Höhe von Fr. 10'737.--, der vor Bundesgericht nicht mehr streitig war, bei der Ermittlung des mittleren Verfalldatums mitzuberücksichtigen.
C. Mit Beschwerde vom 15. März 2010 beantragt die Genossenschaft X._ dem Bundesgericht, "die Steuerforderung von Fr. 805'964.-- plus Verzugszinsen auf diesem Betrag [...] vollumfänglich aufzuheben, da die Festsetzungsverjährung nach Art. 42 MWSTG eingetreten" sei. Eventualiter sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 6. Februar 2010 aufzuheben und die Sache "zur Neuberechnung der Verzugszinsen im Sinne der Erwägungen" an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückzuweisen.
Diese stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit ergänzender Eingabe vom 21. Juni 2010 hält die Genossenschaft X._ an ihren Anträgen fest.
D. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde mit Verfügung vom 30. April 2010 antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist gemäss Art. 90 BGG zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Die Vorinstanz hat die Sache zur Neuberechnung der Verzugszinsen an die Steuerverwaltung zurückgewiesen. Damit handelt es sich um einen Rückweisungsentscheid. Solche Entscheide sind grundsätzlich Zwischenentscheide, gegen die nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht Beschwerde erhoben werden kann. Allerdings werden Rückweisungsentscheide wie Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG behandelt, falls der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteil 2C_596/2007 vom 24. Juni 2008 E. 1.2, in: RDAF 2008 II S. 390). Das ist hier der Fall. Deshalb ist die fristgerecht eingereichte Beschwerde grundsätzlich zulässig.
1.2 Mit Blick auf die Begründungsanforderungen nach Art. 42 Abs. 2 BGG prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht vor Bundesgericht und damit überhaupt erstmals im gesamten Verfahren geltend, das Recht zur Festsetzung der interessierenden Steuerforderungen sei verjährt. Es sei nämlich davon auszugehen, dass die Steuernachforderung von Fr. 805'964.-- sowie die Verzugszinsen hierauf bis heute nicht rechtskräftig festgesetzt worden seien. Sie beruft sich auf Art. 42 des neuen Bundesgesetzes vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG; SR 641.20, AS 2009 5203).
2.2 Die Beschwerdeführerin begnügt sich mit der Wiedergabe des Textes von Art. 42 MWSTG. Sie legt nicht näher dar, inwiefern die Verjährung nach dieser Bestimmung eingetreten sein soll. Ihre Rüge ist mit Blick auf Art. 42 Abs. 2 BGG dennoch zulässig, zumal sich die Vorinstanz zur Verjährung nicht geäussert hat und das Bundesgericht gemäss Art. 106 Abs. 1 BGG das Recht - wie auch das Bundesverwaltungsgericht - von Amtes wegen anwendet. Das gilt in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auch für die Verjährung (vgl. BGE 101 Ib 348 ff.; 98 Ib 351 E. 2a S. 355; Urteil des Bundesgerichts A.133/1987 vom 29. Oktober 1987 E. 4a, in: ASA 59 S. 250). Hier kommt eine Verjährung vor allem aufgrund der absoluten Verjährungsfrist von zehn Jahren nach Art. 42 Abs. 6 MWSTG in Betracht.
Da sich das Bundesgericht bereits im Urteil 2C_11/2008 vom 16. Mai 2008 materiell mit der Sache befasst hat, ist die Rüge der Verjährung allerdings nur in beschränktem Umfang zu hören (vgl. erwähntes Urteil in ASA 59 S. 250 E. 2 und 4a). Es kann nur darum gehen, ob die Verjährung seit dem erwähnten Bundesgerichtsentscheid aus dem Jahre 2008 eingetreten ist bzw. ob der inzwischen eingeführte Art. 42 MWSTG - soweit hier anzuwenden - einen früheren Verjährungseintritt als das bisherige Recht vorschreibt.
Im Übrigen ist die Steuerforderung über Fr. 805'964.-- spätestens mit dem Urteil des Bundesgerichts 2C_11/2008 vom 16. Mai 2008 rechtskräftig festgesetzt worden (vgl. Art. 61 BGG; BGE 122 I 250 E. 2b S. 252). Denn insoweit wurde die Beschwerde abgewiesen. Das Bundesgericht wies die Sache lediglich betreffend die Verzugszinsen an die Steuerverwaltung zurück. Daher sind nur die Verzugszinsen bisher nicht rechtskräftig festgesetzt worden.
2.3 Das neue Mehrwertsteuergesetz vom 12. Juni 2009 ist am 1. Januar 2010 in Kraft getreten. Es hat das Mehrwertsteuergesetz vom 2. September 1999 (aMWSTG; AS 2000 1300) abgelöst. Dieses war vom 1. Januar 2001 bis am 31. Dezember 2009 in Kraft. Vor dem 1. Januar 2001 galt die Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV; AS 1994 1464). Vorliegend sind ausschliesslich vor dem Jahr 2001 erbrachte Leistungen bzw. entstandene Rechtsverhältnisse zu beurteilen. Daher ist gemäss den Übergangsbestimmungen der Art. 93 f. aMWSTG und Art. 112 f. MWSTG materiell noch die Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 anzuwenden, während gemäss Art. 113 Abs. 3 MWSTG das neue Verfahrensrecht - unter Vorbehalt der Bezugsverjährung nach Art. 91 MWSTG - auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängigen Verfahren anwendbar ist.
2.4 Die Beschwerdeführerin meint, das alte Recht gelte gemäss den erwähnten Regelungen nur für die Bezugsverjährung fort, nicht jedoch für die Festsetzungsverjährung nach Art. 42 MWSTG, die bei allen noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Fällen greifen soll. Denn diese sei neu in das Mehrwertsteuergesetz vom 12. Juni 2009 eingeführt worden und habe vorher nicht existiert. Damit sollten lange Verfahren beendet werden und Rechtssicherheit einkehren. Dementsprechend werde in Art. 113 MWSTG auch nur die Bezugsverjährung nach Art. 91 MWSTG erwähnt, die nicht bereits für alte Sachverhalte anzuwenden sei. Eine solche Erwähnung finde für die Festsetzungsverjährung hingegen nicht statt.
2.5 Sowohl bei der Festsetzungs- als auch bei der Bezugsverjährung handelt es sich um materiell-rechtliche Institute, obwohl die betreffenden Bestimmungen im Gesetz teilweise unter dem Titel des Verfahrensrechts zu finden sind (vgl. zur direkten Bundessteuer BGE 126 II 1 E. 2a S. 2 f.; Urteil 2P.291/2000 vom 23. November 2001 E. 5b, in: StR 57/2002 S. 343 und RDAF 2002 II S. 89). Daher gilt das alte Recht gemäss den erwähnten Übergangsregelungen auch für die Verjährung betreffend Rechtsverhältnisse bzw. Tatsachen, die vor dem Inkrafttreten des neuen Mehrwertsteuergesetzes entstanden bzw. eingetreten sind. Wenn in Art. 113 Abs. 3 MWSTG die Bezugsverjährung nach Art. 91 MWSTG explizit von der Anwendung auf alte, aber noch hängige Verfahren ausgeschlossen wird, so ist das als blosse Klarstellung zu verstehen, weil die Bezugsverjährung im Gesetz unter dem 5. Titel mit der Überschrift "Verfahrensrecht" zu finden ist. Im Übrigen wird - als Zusatz gegenüber dem Gesetzesentwurf des Bundesrates - in Art. 112 Abs. 1 Satz 2 MWSTG ausdrücklich erklärt, dass sich die Verjährung auf alte Sachverhalte "weiterhin nach den Artikeln 49 und 50 des bisherigen Rechts" richtet. Mit bisherigem Recht ist das Mehrwertsteuergesetz vom 2. September 1999 gemeint.
Aus diesen Regelungen ist somit eindeutig zu entnehmen, dass auf Rechtsverhältnisse, die unter dem früheren Recht entstanden sind, die Verjährungsbestimmungen des Mehrwertsteuergesetzes vom 12. Juni 2009 nicht anzuwenden sind. Das gilt auch für die Festsetzungsverjährung nach Art. 42 MWSTG. Die Botschaft des Bundesrates vom 25. Juni 2008 zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer spricht insoweit von einem "Rückwirkungsverbot". Nach altem Recht nicht verjährte Forderungen sollten nicht mit Inkrafttreten des neuen Gesetzes unter die Festsetzungsverjährung fallen und dadurch plötzlich verjährt sein (BBl 2008 S. 7027 zu Art. 111 E-MWSTG).
2.6 Somit kann sich einzig fragen, ob und inwieweit vorliegend wegen dem erwähnten Art. 112 Abs. 1 Satz 2 MWSTG die Verjährungsbestimmungen des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (dort Art. 49) oder diejenigen der Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 (dort Art. 40) anzuwenden sind (vgl. zudem BGE 126 II 1 E. 3 S. 6). Das kann hier indes offen gelassen werden. Denn weder nach der einen noch nach der anderen Regelung ist bisher die Verjährung eingetreten (zu den verjährungsunterbrechenden Handlungen Urteil des Bundesgerichts 2C_426/2008 vom 18. Februar 2009 E. 6.6; s. zudem erwähntes Urteil in ASA 59 S. 250 E. 4d). Davon geht auch die Beschwerdeführerin aus, weswegen sich weitere Ausführungen erübrigen.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, die Vorinstanzen hätten bei der Berechnung der Verzugszinsen Gutschriften von Fr. 22'228.-- und Fr. 2'265.-- nicht berücksichtigt. Die Steuernachforderung würde demnach nicht mehr Fr. 805'964.--, sondern nach Abzug der Gutschriften nur noch Fr. 781'472.-- betragen. Auch wenn die Gutschriften nicht derart anzurechnen seien, könne die Steuerverwaltung ihr nicht den vollen Verzugszins während der Zeit berechnen, in der die Gutschriften Bestand hatten.
3.2 Die erwähnten Gutschriften aus dem Jahre 2000 stehen im Zusammenhang mit der Kontrolle, die zur Nachforderung der Steuern über Fr. 805'964.-- führte. Insoweit räumte die Steuerverwaltung der Beschwerdeführerin höhere Vorsteuerabzüge ein, woraus sich die Gutschriften ergaben.
Die Beschwerdeführerin erhob im ersten Verfahren beim Bundesgericht (2C_11/2008) zwar bereits Rügen wegen der Verzugszinsen. Dabei führte sie jedoch nicht die erwähnten Gutschriften an, welche sie gemäss den Feststellungen der Vorinstanz im Übrigen schon bei Bezahlung der Mehrwertsteuern des 3. Quartals 2000 eingelöst hatte. Das Bundesgericht hat die Sache am 16. Mai 2008 denn auch nicht zur Neufestsetzung des mittleren Verfalldatums wegen unzureichender Berücksichtigung der Gutschriften zurückgewiesen. Entsprechendes brachte die Beschwerdeführerin erst nach diesem Rückweisungsentscheid vor, obwohl hiezu nicht erst das anschliessende Verfahren Anlass gab. Mit der erneuten Beschwerde können keine Rügen erhoben werden, die schon in der ersten Beschwerde an das Bundesgericht hätten vorgebracht werden können (vgl. BGE 111 II 94 E. 2 S. 95; 117 IV 97 E. 4a S. 104; erwähntes Urteil des Bundesgerichts in ASA 59 S. 250 E. 2; Peter Münch, Berufung und zivilrechtliche Nichtigkeitsbeschwerde Rz. 4.81 und Fussnote 201, und Hans Wiprächtiger, Nichtigkeitsbeschwerde in Strafsachen, Rz. 6.142, beide in: Geiser/Münch [Hrsg.], Prozessieren vor Bundesgericht, 2. Aufl. 1998; Bernard Corboz, in: Commentaire de la LTF, 2009, N. 44 zu Art. 99 BGG; Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, N. 1695 und 1697; Stefan Heimgartner/Hans Wiprächtiger, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 28 zu Art. 61 BGG). Daher ist auf die Rüge betreffend die Gutschriften nicht einzutreten.
4. Nach dem Dargelegten erweist sich die Beschwerde als unbegründet, soweit auf sie einzutreten ist. Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 f. BGG). Parteientschädigungen werden nicht geschuldet (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. August 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Merz