Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Mit Strafbefehl vom 25. September 2007 bestrafte das Verkehrsstrafamt des Kantons Schaffhausen den Beschwerdeführer wegen einfacher Verletzung der Verkehrsregeln und Tätlichkeiten mit einer Busse von Fr. 600.--, ersatzweise mit einer Freiheitsstrafe von sechs Tagen. Nach erfolgter Einsprache erhob die Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen Anklage gegen den Beschwerdeführer bei der Einzelrichterin in Strafsachen des Kantonsgerichts Schaffhausen. Diese verurteilte ihn am 26. März 2008 angeklagegemäss wegen einfacher Verletzung der Verkehrsregeln und Tätlichkeiten und bestrafte ihn mit einer Busse von Fr. 600.--, ersatzweise mit einer Freiheitsstrafe von sechs Tagen. Die dagegen erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde des Beschwerdeführers wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen am 6. März 2009 ab, soweit es darauf eintrat. Dagegen gelangt der Beschwerdeführer an das Bundesgericht.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG muss die Beschwerde die Begehren und deren Begründung enthalten. Gemäss Abs. 2 der genannten Bestimmung ist darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dieser Voraussetzung genügt die Eingabe des Beschwerdeführers nicht. So wiederholt dieser vor Bundesgericht - in wortwörtlicher Wiedergabe seiner kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde - ausschliesslich, was er schon vor Vorinstanz vorbrachte, ohne sich mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid auch nur im Geringsten auseinanderzusetzen. Auf die Beschwerde ist deshalb mangels einer hinreichenden Begründung im Sinne Art. 42 Abs. 2 BGG und 106 Abs. 2 BGG im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
3. Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das nachgereichte Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Den finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist durch eine herabgesetze Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill