Faits:
A. X._, né en 1967, est double-national suisse et français. Il a déposé ses papiers de légitimation à Y._ le 15 mars 1998. Un livret de service a été établi à son nom et il a été informé qu'il était astreint au paiement de la taxe d'exemption de l'obligation de servir (ci-après: la taxe d'exemption). Le 20 février 2003, le Service de la sécurité civile et militaire du canton de Neuchâtel (ci-après: le Service cantonal) lui a notifié les taxes d'exemption pour les années 1998 à 2001. Le 30 juillet 2003 puis le 16 juin 2004, des décisions provisoires de perception de la taxe d'exemption pour les années 2002 et 2003 lui ont été notifiées.
Par courrier du 24 juin 2005 au Service cantonal, X._ a indiqué qu'il avait accompli son service militaire en France et qu'il n'était pas soumis à la taxe d'exemption. Le 25 août 2005, le Service cantonal a rejeté la réclamation de X._ contre la fixation des taxes des années d'assujettissement 1998 à 2003. Cette décision sur réclamation a été annulée par un arrêt rendu le 20 décembre 2005 au motif que la réclamation, tardive, devait être déclarée irrecevable. Une nouvelle décision sur réclamation du 20 janvier 2006 déclarant la réclamation irrecevable a été confirmée par arrêt du Tribunal administratif du 7 mars 2006 puis par arrêt du Tribunal fédéral du 1er septembre 2006 (arrêt 2A.197/2006).
Le 20 septembre 2006, le Service cantonal a notifié à l'intéressé une nouvelle décision de taxation provisoire pour les années 2002 et 2003. Une réclamation contre ces décisions a été rejetée par décision du 19 février 2007. Par arrêt rendu le 16 février 2009 par le Tribunal administratif, la décision sur réclamation du 19 février 2007 a été annulée au motif que la réclamation déposée contre la décision provisoire du 20 septembre 2006 devait être déclarée irrecevable.
Par décisions du 26 mars 2007, le Service a notifié les taxations définitives de la taxe d'exemption de l'obligation de servir pour les années 2001, 2002 et 2003. Ces décisions ont été confirmées par décision sur réclamation du 14 mai 2007. Le 14 juin 2007, X._ a formé recours contre la décision sur réclamation du 14 mai 2007 auprès du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel.
B. Par arrêt du 16 février 2009, le Tribunal administratif du canton de Neuchâtel a rejeté le recours de X._ contre la décision sur réclamation du 14 mai 2007. En substance, il a considéré que ce dernier n'avait pas produit le certificat de "modèle C" avant le 31 décembre 2004 qui marquait la fin de ses obligations militaires en Suisse et qu'en vertu du droit applicable, une décision d'exonération avait un effet constitutif et ne déployait de conséquences que pour l'avenir. L'intéressé n'avait jamais prouvé avoir fourni tous les documents utiles à son arrivée en 1998. En particulier, la carte de recensement pour Suisse de l'étranger datée du 2 février 1987 ne constituait pas une décision formelle d'exonération, puisqu'elle n'avait pas été rendue par l'autorité compétente et était fondée sur des dispositions légales qui n'étaient plus en vigueur. Le certificat de situation "modèle C" qu'il avait fourni datait du 12 septembre 2005, de sorte qu'il était postérieur à la date ultime du 31 décembre 2004 jusqu'à laquelle il pouvait être affecté aux doubles nationaux non incorporés.
C. Par courrier du 16 mars 2009, X._ déclare déposer un recours contre le jugement du 16 février 2009 concernant la taxe d'exemption de l'obligation de servir pour les années 2001, 2002 et 2003. Il répète qu'il aurait fourni tous les documents nécessaires à son exonération, en particulier sa carte de recensement pour Suisses de l'étranger, qui indiquerait incontestablement qu'il est libéré de l'obligation militaire et donc de la taxe.
Le Service de la sécurité civile et militaire du canton de Neuchâtel conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif n'a pas formulé d'observations. L'Administration fédérale des contributions renonce à déposer des observations.
Considérant en droit:
1. Déposé par une partie directement touchée par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (art. 89 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un jugement rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF). Interjeté dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) prévu par la loi, il est sous cet angle recevable.
2. Aux termes de l'art. 42 al. 1et 2 LTF, les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. En l'espèce, le contenu du courrier que le recourant a adressé au Tribunal fédéral ne remplit manifestement pas les conditions de motivation de l'art. 42 al. 2 LTF. En effet, ce dernier se borne à répéter, comme il l'a déjà fait devant l'instance précédente, qu'il a produit les documents qui devaient conduire à son exonération, notamment qu'il a produit sa carte de recensement pour Suisses de l'étranger. Il n'explique cependant en aucune manière en quoi, dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif aurait violé le droit fédéral en jugeant que les documents qui ont été produits ne suffisaient pas pour obtenir l'exonération de la taxe de l'exemption de l'obligation de servir en tant que binational. Le courrier du recourant doit par conséquent être déclaré irrecevable.
3. Le considérant qui précède conduit à l'irrecevabilité du courrier du recourant considéré comme recours en matière de droit public. Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1, 1ère phrase LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Service de la sécurité civile et militaire et à la Cour dr droit public du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, section taxe d'exemption de l'obligation de servir.
Lausanne, le 29 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey