Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts von Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz. Am 3. Dezember 2010 erliess das (damals noch zuständige) Bezirksamt Brugg eine Beschlagnahme- und Vernichtungsverfügung (betreffend Hanfwaren, Hanf-Indooranlage und verbotene Kakteen). Gegen die ihr am 7. Dezember 2010 eröffnete Verfügung erhob die Beschuldigte mit Eingabe vom 17. Januar 2011 Beschwerde (soweit gewisse Kakteen von der Vernichtungsanordnung betroffen waren). Mit Entscheid vom 24. Mai 2011 trat das Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, wegen Fristablaufs auf die Beschwerde nicht ein.
B. Gegen den Entscheid des Obergerichts gelangte X._ mit Beschwerde vom 30. Juni (Posteingang: 5. Juli) 2011 an das Bundesgericht.
Sie beantragt im Hauptstandpunkt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2011 ist die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) in Kraft getreten. Ist ein Entscheid vor Inkrafttreten dieses Gesetzes gefällt worden, so werden Rechtsmittel dagegen nach bisherigem Recht, von den bisher zuständigen Behörden, beurteilt (Art. 453 Abs. 1 StPO). Ausschlaggebend für die Anwendbarkeit des alten oder neuen Prozessrechts ist insofern das erstinstanzliche Verfügungsdatum (vgl. Art. 454 Abs. 1 StPO; BGE 137 IV 145 E. 1.1 S. 147; 219 E. 1.1 S. 221; nicht amtl. publizierte E. 1 von BGE 137 IV 189). Die streitige erstinstanzliche Verfügung datiert vom 3. Dezember 2010, weshalb hier das bisherige kantonale Strafprozessrecht zur Anwendung gelangt.
Im angefochtenen Entscheid wird (in Anwendung der Vorschriften des kantonalen Rechts) wegen Fristablaufs auf eine Beschwerde gegen die erstinstanzliche strafprozessuale Verfügung nicht eingetreten. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Vertrauensschutzprinzipes von Art. 9 BV. Die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 78 ff. BGG sind erfüllt.
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, in der erstinstanzlichen Verfügung, die bei ihr am 7. Dezember 2010 eingegangen sei, habe ihr die damals zuständige Untersuchungsrichterin (gestützt auf § 213 StPO/AG) zwar eine Beschwerdefrist bis am 27. Dezember 2010 angesetzt. In einer E-Mail an ihren Rechtsvertreter vom 24. Dezember 2010 habe ihr die Untersuchungsrichterin jedoch mitgeteilt, dass die Beschwerdefrist angesichts der Gerichtsferien erst im Januar 2011 ablaufe. Gestützt auf diese Zusicherung habe sie, die Beschwerdeführerin, erst am 17. Januar 2011 Beschwerde beim Obergericht eingereicht. Dass die Vorinstanz auf die Beschwerde nicht eingetreten sei, verletze den Vertrauensschutz von Art. 9 BV. Die Rechtsauskunft betreffend Gerichtsferien und Fristenlauf sei "von der offensichtlich zuständigen Behörde" erfolgt. Darüber hinaus sei die Vorinstanz bereits auf die Beschwerde "eingetreten", indem sie ihr am 31. Januar 2011 die aufschiebende Wirkung gewährt habe. Damit habe das Obergericht (im angefochtenen Entscheid) widersprüchlicherweise und ohne sachlichen Grund seinen Rechtsstandpunkt gewechselt.
3. Nach der Praxis des Bundesgerichts dürfen den Rechtsuchenden aus einer falschen Rechtsmittelbelehrung grundsätzlich keine Nachteile erwachsen (vgl. Art. 49 BGG, Art. 9 BV). Vertrauensschutz geniesst in diesem Sinne allerdings nur, wer die Unrichtigkeit der Rechtsmittelbelehrung nicht kennt und sie auch bei gebührender Aufmerksamkeit nicht hätte erkennen können. Rechtsuchende geniessen keinen Vertrauensschutz, wenn der Mangel für sie bzw. ihren Rechtsvertreter allein schon durch Konsultierung der massgeblichen Verfahrensbestimmung ersichtlich ist. Dagegen wird nicht verlangt, dass neben den Gesetzestexten auch noch die einschlägige Rechtsprechung oder Literatur nachgeschlagen wird (BGE 134 I 199 E. 1.3.1 S. 202 f. mit Hinweisen).
4. § 52 Abs. 1 StPO/AG bestimmt (unter dem Randtitel "2. Fristen, a) Berechnung der Fristen, Gerichtsferien") Folgendes:
Für die Berechnung der Fristen, die Fristeinhaltung bei elektronischer Übermittlung und für die Gerichtsferien sind die Bestimmungen der Zivilprozessordnung anwendbar. Im Ermittlungs- und Untersuchungsverfahren sowie in Haftfällen wird der Lauf der Fristen durch die Gerichtsferien nicht unterbrochen.
5. Wie sich aus den Akten ergibt, enthält die erstinstanzliche Verfügung vom 3. Dezember 2010 (mit Hinweis auf die 20-tägige Beschwerdefrist von § 213 StPO/AG) eine zutreffende Rechtsmittelbelehrung. Wie die Beschwerdeführerin selber einräumt, war angesichts der am 7. Dezember 2010 erfolgten Eröffnung der Verfügung davon auszugehen, dass die Beschwerdefrist am 27. Dezember 2010 ablief. Zwar äusserte die Untersuchungsrichterin in einer E-Mail vom 24. Dezember 2010 an den Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin die (offensichtlich falsche) Ansicht, die Beschwerdefrist laufe "wegen den Gerichtsferien" erst im Januar 2011 ab. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin hat diese unzutreffende informelle Äusserung jedoch nicht zur Folge, dass ihr die Frist ohne Weiteres bis 17. Januar 2011 verlängert worden wäre. Nach der dargelegten Praxis hätten selbst unzutreffende förmliche Rechtsmittelbelehrungen keinen Vertrauensschutz zur Folge, wenn für die Rechtsuchenden bzw. ihren Rechtsvertreter allein schon durch Konsultierung der massgeblichen Verfahrensbestimmung ersichtlich wird, dass die Belehrung falsch ist. Umso mehr muss dies für informelle rechtliche Meinungsäusserungen einer Untersuchungsrichterin betreffend Gerichtsferien gelten. Es erscheint im Rahmen einer sorgfältigen Mandatsausübung zumutbar und geboten, dass der Anwalt zur Wahrung der Rechte seiner Klientschaft solche Informationen überprüft. § 52 Abs. 1 Satz 2 StPO/AG bestimmt klar und unmissverständlich, dass im Untersuchungsverfahren "der Lauf der Fristen durch die Gerichtsferien nicht unterbrochen" wird. Im Übrigen musste es für die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin auch klar sein, dass die Untersuchungsrichterin im hier zu beurteilenden Zusammenhang keine für die Beschwerdeinstanz verbindlichen Zusicherungen zum Lauf von gesetzlichen Beschwerdefristen abgeben konnte. Im vorliegenden Fall war der drohende Fristablauf für die Beschwerdeführerin durch blosse Konsultation des Gesetzes ohne Weiteres erkennbar.
Offensichtlich nicht zu folgen ist schliesslich dem Argument, die Vorinstanz sei bereits verbindlich auf die Beschwerde "eingetreten", indem sie dieser die aufschiebende Wirkung gewährt habe. Der vorsorgliche prozessuale Rechtsschutz hat (zumindest im hier zu beurteilenden Kontext) keine präjudizierende Wirkung auf die noch hängige Prüfung von gesetzlichen Sachurteilsvoraussetzungen. Eine willkürliche oder treuwidrige Anwendung von kantonalem Prozessrecht liegt nicht vor. Der angefochtene Nichteintretensentscheid erweist sich als verfassungskonform.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen.
Die Beschwerdeführerin stellt ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt erscheinen (und insbesondere die finanzielle Bedürftigkeit der Gesuchstellerin ausreichend dargetan wird), kann dem Begehren entsprochen werden (Art. 64 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Advokat Daniel Wagner, Basel, wird für das Verfahren vor Bundesgericht als unentgeltlicher Rechtsvertreter ernannt, und es wird ihm aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster