Erwägungen:
1. Auf Begehren der Beschwerdeführerin eröffnete der Konkursrichter des Kantons Basel-Stadt am 8. Januar 2009 den Konkurs über Z._; das Konkursverfahren wurde am 20. Januar 2009 mangels Aktiven eingestellt. Nach Rechtskraft des Entscheids stellte das Konkursamt der Beschwerdeführerin die gestützt auf Art. 169 Abs. 1 SchKG erstellte Kostenrechnung von Fr. 1'272.85 zu. Dagegen wandte sich die Beschwerdeführerin an die Aufsichtsbehörde über das Betreibungs- und Konkursamt A._. Diese wies die Beschwerde mit Urteil vom 19. Mai 2009 ab. Gegen das ihr am 29. September 2009 zugestellte Urteil hat die Beschwerdeführerin am 30. September 2009 Beschwerde in Zivilsachen erhoben, mit der sie sinngemäss die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Aufhebung der Rechnung verlangt.
2. 2.1 Die Aufsichtsbehörde hat erwogen, nach Art. 169 Abs. 1 SchKG hafte derjenige Gläubiger, welcher das Konkursbegehren gestellt habe, für die bis und mit der Einstellung des Konkursverfahrens entstehenden Kosten. Aus diesem Grund habe das Konkursamt der Beschwerdeführerin die fragliche Rechnung zugestellt. Die Beschwerdeführerin lege nicht dar, inwiefern die Rechnung fehlerhaft sein könnte oder sonstwie zu beanstanden wäre. Aus der Kostenabrechnung ergäben sich die Kosten der Konkurseinstellung (Gerichtsgebühr), der Feststellung der Konkursmasse (Inventur) und der Protokollerstellung, weiter die Gebühren und Auslagen laut Protokoll sowie die Gebühr für nicht tarifierte Leistungen. Aus der Kostenrechnung gehe zudem hervor, auf welche Bestimmungen der Gebührenverordnung zum SchKG sich die einzelnen Positionen stützten. Die Kosten des Konkursverfahrens seien in Anwendung der Gebührenverordnung zum SchKG und damit rechtmässig festgesetzt worden. Artikel 400 OR komme nicht zur Anwendung. Soweit die Beschwerdeführerin geltend mache, Z._ habe ihr Waren im Wert von Fr. 3'000.-- angeboten, rüge sie in zulässiger Weise eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts. Die Beschwerdeführerin habe aber den Zeitpunkt des behaupteten Warenangebots nicht genannt. Sei dieses vor Einstellung des Konkurses erfolgt, so könnte es nicht berücksichtigt werden, da die Beschwerdeführerin nicht darlege, dass ein früheres Vorbringen nicht möglich gewesen sei oder dass dazu keine Veranlassung bestanden habe. Falls aber das Warenangebot nach Einstellung des Konkurses erfolgt wäre, wäre es ebenso nicht zu berücksichtigen, zumal das Konkursverfahren auch mit diesen zusätzlichen Aktiven von Fr. 3'000.-- nicht durchgeführt werden könnte, da die Kosten des durchgeführten Konkurses diesen Betrag voraussichtlich überschreiten würden.
2.2 Die Beschwerde ist zu begründen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, welche Vorschriften und warum sie vom Obergericht verletzt worden sein sollen. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen vorgebracht werden, genügen nicht (BGE 116 II 745 E. 3 S. 749; 5A_92/2008 vom 25. Juni 2008 E. 2.3). Verfassungsverletzungen werden nur geprüft, wenn sie gerügt und gehörig begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 IV 286 E. 1.4 S. 287; BGE 134 I 83 E. 3.2. S. 88 mit Hinweisen).
2.3 Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht den obgenannten Ausführungen entsprechend mit den Erwägungen der Aufsichtsbehörde auseinander und sagt nicht, inwiefern diese Ausführungen Bundesrecht verletzen. Die Beschwerdeführerin fragt sich lediglich, wie die Aufsichtsbehörde auf die Aktiven von Fr. 3'000.-- komme. Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich klar, dass dieser Wert aus der Vernehmlassung des Konkursamtes vom 14. April 2009 stammt. Inwiefern dieser Wert willkürlich oder sonstwie bundesrechtswidrig festgestellt worden sein soll, wird nicht erörtert. Die Beschwerdeführerin behauptet einfach, es habe höhere Aktiven gegeben. Auf diese appellatorische Kritik ist nicht einzutreten. Soweit die Beschwerdeführerin die vom Konkursamt für die Rechnung des Konkursamtes von Fr. 1'272.85 eingeleitete Betreibung beanstandet, wird nicht erörtert, wogegen dieses Vorgehen verstossen sollte. Soweit die Beschwerdeführerin schliesslich geltend macht, Z._ müsse sein Vermögen beweisen, so wird damit nicht erörtert, inwiefern die Feststellung des Vermögens durch das Konkursamt rechtsfehlerhaft sein könnte.
2.4 Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde ist somit im vereinfachten Verfahren (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG) durch die Präsidentin der Abteilung unter Kostenfolge für die Beschwerdeführerin (Art. 66 BGG) nicht einzutreten.
Demnach erkennt die Präsidentin:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Aufsichtsbehörde über das Betreibungs- und Konkursamt A._ schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden