Sachverhalt:
A. Die 1985 geborenen H._ leidet u.a. an einer Paraplegie und bezieht deswegen seit Mai 2000 Leistungen der Invalidenversicherung (Massnahmen für besondere Schulung, Hilfsmittel, medizinische und berufliche Massnahmen, Hilflosenentschädigung). Sie absolvierte in der Gemeindeverwaltung X._ erfolgreich eine kaufmännische Lehre und ist seit deren Beendigung im Rahmen eines 60%-Pensums in der Stadtverwaltung Y._ erwerbstätig. Den von ihrem Berufsberater gestellten Antrag auf eine Invalidenrente wies die IV-Stelle des Kantons St. Gallen mit Verfügung vom 10. Dezember 2007 ab. Das dagegen eingeleitete Beschwerdeverfahren wurde als gegenstandslos abgeschrieben, nachdem die Verwaltung die angefochtene Verfügung lite pendente in Wiedererwägung gezogen hatte. Nach weiteren Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 29. Mai 2009 erneut einen Rentenanspruch.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde der H._ wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 6. Juli 2011 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, die Verfügung vom 29. Mai 2009 und der Entscheid vom 6. Juli 2011 seien aufzuheben und die Sache sei an die IV-Stelle zurückzuweisen mit der Anordnung, ihr eine Viertelsrente auszurichten.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat nach eingehender und nachvollziehbarer Würdigung der diversen Berichte des Schweizer Zentrums Z._ und des interdisziplinären Gutachtens der MEDAS vom 17. Juli 2008 diesem Beweiskraft beigemessen und gestützt darauf eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit um 20 % festgestellt.
2.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.), welche das Bundesgericht seiner Urteilsfindung zugrunde zu legen hat (E. 1). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4 mit Hinweisen), die das Bundesgericht im Rahmen der den Parteien obliegenden Begründungs- bzw. Rügepflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG und Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254) frei überprüfen kann (Art. 106 Abs. 1 BGG).
2.3 Was die Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung vorbringt, hält nicht stand: Durch MEDAS (vgl. Art. 59 Abs. 3 IVG) erstellte Gutachten gelten unter den Aspekten der Unabhängigkeit und Objektivität grundsätzlich als beweiskräftig (BGE 137 V 210 E. 2.1-2.3 S. 229 ff.; 136 V 376 E. 4 S. 377 ff.), und konkrete Anhaltspunkte für eine Befangenheit der Gutachter wurden nicht geltend gemacht. Das MEDAS-Gutachten genügt auch den materiellen bundesrechtlichen Anforderungen an die Beweiskraft (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis), zumal es auf eingehender Untersuchung der Beschwerdeführerin beruht und die - fachärztlich qualifizierten - Experten sich ausführlich und einleuchtend mit der Notwendigkeit hygienischer und therapeutischer Massnahmen auseinandersetzten und zudem den Aufwand für das regelmässig durchgeführte Sporttraining berücksichtigten. Schliesslich unterzieht sich die Versicherte nicht nur regelmässigen Kontrollen beim Schweizer Zentrum Z._, sondern wurde sie dort auch stationär behandelt. Bei der Beweiswürdigung ist daher auch der Verschiedenheit von Behandlungs- und Begutachtungsauftrag Rechnung zu tragen (BGE 125 V 351 E. 3b/cc S. 353; Urteile 8C_740/2010 vom 29. September 2011 E. 6; 9C_842/2009 vom 17. November 2009 E. 2.2). Ohnehin beschränkt sich die Beschwerdeführerin im Wesentlichen lediglich darauf, die Beweise abweichend von der Vorinstanz zu würdigen und daraus andere Schlüsse zu ziehen, was nicht genügt (Urteile 9C_688/2007 vom 22. Januar 2008 E. 2.3 und 4A_28/2007 vom 30. Mai 2007 E. 1.3 [in BGE 133 III 421 nicht publiziert]).
2.4 Nach dem Gesagten sind die vorinstanzliche Beweiswürdigung und Sachverhaltsfeststellung nicht offensichtlich unrichtig und beruhen auch nicht auf einer Rechtsverletzung. Sie sind daher für das Bundesgericht verbindlich (E. 1). Das kantonale Gericht hat folglich zu Recht einen Rentenanspruch mangels eines genügenden Invaliditätsgrades (vgl. Art. 28 IVG) verneint. Im Übrigen hätte das Abstellen auf den Bericht des Schweizer Zentrums Z._ vom 7. April 2009, worin schliesslich eine Arbeitsfähigkeit von 70 % attestiert wurde, zum gleichen Ergebnis geführt: Es fehlt an der erforderlichen durchschnittlichen Arbeitsunfähigkeit von mindestens 40 % (Art. 28 Abs. 1 lit. b IVG resp. Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung).
3. 3.1 Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet und wird im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a und Abs. 3 BGG erledigt.
3.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. November 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Dormann