Faits:
A. Le 7 juin 2007, alors qu'il venait de pénétrer en Suisse par la "Douane de Landecy", X._ (ci-après: l'intéressé) n'a pas été en mesure de présenter sa carte d'identité ou son passeport à la demande des gardes-frontière suisses. II leur a déclaré être suisse et leur a présenté son permis de conduire français, duquel il ressortait qu'il était né et domicilié en France. Sur la base de ces informations, les agents ont appelé la centrale d'engagement afin de vérifier l'identité de l'intéressé. Ils n'ont toutefois pu obtenir aucune confirmation de sa citoyenneté suisse et l'ont dès lors empêché de poursuivre sa route en Suisse.
Par courrier du 22 juin 2007, l'intéressé s'est plaint à l'Auditeur en chef de l'armée suisse de cet incident et a requis d'en être dédommagé. Par lettre du 4 juillet 2007, le Corps des gardes-frontière a informé l'intéressé que l'Office de l'auditeur en chef de l'armée suisse lui avait transmis son courrier du 22 juin 2007 comme objet de sa compétence. Par courrier du 20 juillet 2007, le Corps des gardes-frontière a répondu à l'intéressé que les agents ne disposaient que d'un accès limité aux fichiers de recherche de police, raison pour laquelle ils n'avaient pu établir sa citoyenneté. Dans ces conditions, les douaniers avaient appliqué les dispositions en vigueur avec proportionnalité. La demande en réparation était par conséquent rejetée.
Le 17 août 2007, l'intéressé a demandé à l'Office de l'auditeur en chef de l'armée suisse l'ouverture d'une ou de plusieurs procédures judiciaires afin de donner suite à sa lettre du 22 juin 2007, le retrait de la signalisation exigeant des voyageurs qu'ils soient en possession de documents d'identité pour passer la frontière, ainsi que l'octroi de l'assistance judiciaire. Par courrier du 11 septembre 2007, l'Office lui a répondu qu'aucune enquête pénale militaire ne serait ordonnée et qu'il ne pouvait prétendre au statut de victime au sens de la réglementation sur l'aide aux victimes d'infraction. Le 4 décembre 2007, l'intéressé a aussi requis du Tribunal administratif fédéral et du Tribunal cantonal de Genève la poursuite pénale des gardes-frontière, la suppression de la signalisation impliquée, ainsi qu'un dédommagement de 20'000 fr. au moins pour tous les torts causés. Le dossier lui ayant été transmis, le Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports a rejeté la requête de l'intéressé par décision du 19 mars 2008.
B. Le 3 avril 2008, l'intéressé a adressé une nouvelle demande d'indemnité de 20'000 fr. au moins au Département fédéral des finances, reprenant les conclusions de sa requête du 4 décembre 2007.
Par décision du 5 août 2008, le Département fédéral des finances a rejeté la demande de dédommagement de 20'000 fr. de l'intéressé et n'est pas entré en matière sur ses autres conclusions. Il a en outre refusé la demande d'assistance judiciaire et mis à la charge de ce dernier les frais de la procédure.
Par courrier du 26 août 2008, l'intéressé a interjeté recours contre la décision du 5 août 2008 auprès du Tribunal administratif fédéral, formulant derechef les mêmes conclusions.
C. Par arrêt du 5 mars 2009, le Tribunal administratif fédéral n'est pas entré en matière sur les conclusions tendant à ce que les gardes-frontière soient poursuivis pénalement, ni sur les conclusions tendant à l'application de la loi fédérale du 23 mars 2007 sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5) ni sur l'enlèvement des panneaux de signalisation aux postes de douanes, le Département des finances n'étant pas compétent en ces matières. Il a rejeté le recours pour le surplus, aucun acte illicite ne pouvant être imputé aux gardes-frontière, qui avaient correctement appliqué les art. 100 de la loi fédérale du 18 mars 2005 sur les douanes (LD; RS 631.0) et 226 de l'ordonnance du 1er novembre 2006 sur les douanes (OD; RS 631.01). La condition de la gravité de l'atteinte n'était pas non plus réalisée.
D. Par courrier du 9 avril 2009, X_ demande au Tribunal fédéral d'accueillir les conclusions qu'il a déjà formulées dans les procédures antérieures, notamment l'octroi d'un dédommagement d'au moins 20'000 fr. ainsi que l'annulation de l'arrêt rendu le 5 mars 2009 par le Tribunal administratif fédéral ainsi que celle de la décision rendue le 5 août 2008 par le Département fédéral des finances (cf. courrier, p. 9). Il requiert l'octroi de l'assistance judiciaire.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. Le Département fédéral des finances conclut à l'irrecevabilité du recours.
Malgré un courrier du Tribunal fédéral l'y invitant, l'intéressé n'a pas élu de domicile en Suisse.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 29 al. 1 LTF; ATF ATF 134 III 379 consid. 1 p. 381; 134 V 138 consid. 1 p. 140). Toutefois, conformément à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, dans la mesure où elles ne sont pas immédiatement données, le recourant doit exposer en quoi les conditions de recevabilité sont réunies, en particulier en quoi la cause pose une question juridique de principe, sous peine d'irrecevabilité (ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356 et les références citées; arrêt 1C_20/2009 du 30 janvier 2009).
2. 2.1 Dans les affaires pécuniaires, le recours en matière de droit public n'est recevable en matière de responsabilité étatique que si la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (art. 85 al. 1 let. a LTF). En cas de recours contre une décision finale, cette valeur est déterminée par les conclusions - recevables - restées litigieuses devant l'autorité précédente juste avant que celle-ci prononce le jugement (art. 51 al. 1 let. a LTF; cf. arrêt 5A_765/2008 du 29 juin 2009, consid. 1.2.1). Toutefois, d'après l'art. 85 al. 2 LTF, même lorsque la valeur litigieuse n'atteint pas le montant déterminant, le recours est recevable si la contestation soulève une question juridique de principe.
2.2 En l'espèce, le recourant a conclu devant le Tribunal administratif fédéral à un dédommagement d'au moins 20'000 fr. pour les torts qui lui auraient été causés par les agents de la Confédération lors du contrôle douanier du 7 juin 2007. C'est en outre la seule conclusion qui était recevable devant le Tribunal administratif fédéral, les autres conclusions ayant été déclarées irrecevables parce qu'elles n'avaient pas fait l'objet de la décision rendue le 5 août 2008 par le Département fédéral des finances. Elles n'entraient en effet pas dans la compétence de ce dernier Département ou avaient déjà fait l'objet de décision de la part d'autres départements fédéraux. La conclusion tendant au versement d'un dédommagement d'au moins 20'000 fr. a été rejetée par l'arrêt attaqué. Devant le Tribunal fédéral, le recourant formule une nouvelle fois une conclusion tendant au versement d'un dédommagement d'au moins 20'000 fr. Il est douteux que cette conclusion soit recevable au regard des art. 42 al. 1, 51 et 107 al. 1 LTF. En effet, les termes "au moins" placent le Tribunal fédéral dans la situation de statuer sur des conclusions illimitées incompatibles avec l'art. 107 al. 1 LTF, qui interdit à ce dernier d'aller au-delà des conclusions des parties. A supposer qu'une telle conclusion puisse être appréciée en application de l'art. 51 al. 2 LTF, il y aurait lieu de considérer au vu du cas d'espèce que les termes "au moins" sont dénués de portée. La valeur de la contestation devrait ainsi être arrêtée, par appréciation, à 20'000 fr. et serait inférieure au montant déterminant prévu par l'art. 85 al. 1 lettre a LTF rendant irrecevable le recours en matière de droit public à moins que la contestation ne soulève une question juridique de principe. Dans ce cas, pour que son courrier soit recevable en tant que recours en matière de droit public, le recourant aurait encore dû exposer en quoi la contestation soulevait une question juridique de principe, ce qu'il n'a pas fait.
Par conséquent, tous les griefs relatifs à la responsabilité de la Confédération, en particulier ceux qui tendent de près ou de loin à établir un comportement illicite des autorités fédérales, que le recourant exposent dans son courrier du 9 avril 2009, considéré comme recours en matière de droit public, sont irrecevables.
La voie du recours constitutionnel subsidiaire pour violation des droits constitutionnels n'est en aucun cas ouverte, puisque les décisions des autorités fédérales, notamment celles du Tribunal administratif fédéral ne peuvent faire l'objet de ce recours (art. 113 LTF a contrario).
3. Au vu de ce qui précède, le courrier du 9 avril 2009 doit être déclaré irrecevable. Succombant, le recourant doit en principe supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1, 1ère phrase LTF); compte tenu des circonstances, il se justifie cependant de statuer sans frais (art. 66 al. 1, 2e phrase LTF). La requête d'assistance judiciaire est dès lors sans objet.
Malgré une demande du Tribunal fédéral dans ce sens, le recourant n'a pas élu de domicile en Suisse. Conformément à l'art. 39 al. 3 LTF, le présent arrêt n'est pas notifié au recourant qui en est seulement avisé par écrit (cf. arrêt 2D_18/2009 du 22 juin 2009).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. La requête d'assistance judiciaire est sans objet.
4. Le présent arrêt n'est pas notifié au recourant qui en est seulement avisé par écrit.
5. Le présent arrêt est communiqué au Département fédéral des finances et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 17 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey