Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat Stäfa bewilligte der TDC Switzerland AG (heute Sunrise Communications AG) am 5. September 2006 die Erweiterung der bestehenden Mobilfunkanlage mit einer UMTS-Antennenanlage auf dem Gebäude Industriestrasse 9 in Stäfa (Grundstück Kat.-Nr. 10'154). Auf demselben Gebäude betreibt auch die Orange Communications SA eine Mobilfunk-Antennenanlage. Gegen den Beschluss rekurrierten die X._ AG, Y._ und Z._ an die Baurekurskommission II des Kantons Zürich. Im Lauf des Rekursverfahrens reichte die TDC Switzerland AG ein neues Standortdatenblatt ein, gemäss welchem die aktuellen Antennendaten der Orange Communications SA sowie das Neubauprojekt für ein Einfamilienhaus auf der Parzelle Kat.-Nr. 10'635 berücksichtigt wurden. Mit Entscheid vom 17. April 2007 wies die Baurekurskommission den Rekurs ab.
Am 21. Mai 2007 erhoben die unterlegenen Rekurrenten beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde gegen den Entscheid der Baurekurskommission und beantragten, der Entscheid sei aufzuheben und die Baubewilligung zu verweigern, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 7. November 2007 in Bezug auf die Kostenregelung der Baurekurskommission teilweise gut und änderte die Kostenverlegung. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 8. Januar 2008 beantragen die X._ AG, Y._ und Z._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 7. November 2007 sei aufzuheben, soweit damit die von den Beschwerdeführern erhobene Beschwerde abgewiesen wurde. Die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie rügen die Verletzung von Bundesrecht (Bundesverfassung und Umweltrecht des Bundes, insbesondere Vorschriften der Verordnung vom 23. Dezember 1999 über den Schutz vor nichtionisierender Strahlung [NISV; SR 814.710]).
C. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Sunrise Communcations AG stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen und der angefochtene Entscheid sei zu bestätigen. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Schluss, dass die umstrittene Mobilfunkanlage die Anforderungen der NISV erfülle. Die Beurteilungsgrundlagen seien jedoch in verschiedener Hinsicht mangelhaft gewesen, was erst im Beschwerdeverfahren erkannt worden sei. Die eingegangenen Stellungnahmen wurden den Verfahrensbeteiligten zur Kenntnisnahme zugestellt. Sie haben sich dazu teilweise wiederum geäussert und halten in ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.
D. Mit Verfügung vom 4. Februar 2008 legte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung bei.
Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über eine Mobilfunkanlage, welcher der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unterliegt (Art. 82 ff. BGG; BGE 133 II 409 E. 1.1 S. 411). Die Beschwerdeführer sind Eigentümer bzw. Mieter von Liegenschaften, welche sich innerhalb des praxisgemäss (BGE 128 II 168) berechneten Einspracheradius befinden. Sie sind als Adressaten des angefochtenen Entscheids vom umstrittenen Vorhaben besonders berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung des Urteils des Verwaltungsgerichts (Art. 89 Abs. 1 BGG, BGE 133 II 249 E. 1.3 S. 252 f.). Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. Umstritten ist die Erweiterung der beiden bestehenden Mobilfunkantennen auf dem Dach des Gebäudes Industriestrasse 9 (Grundstück Kat.-Nr. 10'154) in Stäfa mit einer UMTS-Antennenanlage durch die Sunrise Communications AG. Neben der umstrittenen Antennenanlage besteht auf demselben Dach eine Antennenanlage der Orange Communications SA. Die Beschwerdeführer bringen im vorliegenden Verfahren unter anderem verschiedene Rügen vor, die sie auf das USG (SR 814.01) und die NISV (SR 814.710) abstützen. Sie machen geltend, ein ohne Bewilligung erfolgter Austausch der Antennen der Orange Communications SA sowie ein Bauvorhaben auf der benachbarten Parzelle Kat.-Nr. 9900 seien im Rahmen des Baubewilligungsverfahrens für die umstrittene Anlage zu Unrecht nicht berücksichtigt worden. Weiter bezeichnen sie Art. 3 Ziff. 6 NISV als bundesrechtswidrig, da bei der Berechnung des Anlagegrenzwerts gestützt auf Art. 8 USG die gesamte Mobilfunkstrahlung zu berücksichtigen sei und nicht nur diejenige einer einzigen Anlage. Schliesslich widerspreche die umstrittene Anlage einer aufgrund der "Initiative für antennenfreie Wohn- und Industriezonen" von der Gemeinde am 4. Juni 2007 beschlossenen neuen Bestimmung in der kommunalen Bauordnung.
3. Anlagen, die nichtionisierende Strahlung (NIS) emittieren, müssen so erstellt und betrieben werden, dass sie die in Anhang 1 NISV festgelegten vorsorglichen Emissionsbegrenzungen respektieren (Art. 4 Abs. 1 NISV). So muss jede Mobilfunkanlage für sich (vgl. Art. 3 Abs. 6 NISV) im massgebenden Betriebszustand an allen Orten mit empfindlicher Nutzung (OMEN; Art. 3 Abs, 3 NISV) den massgebenden Anlagegrenzwert von Ziff. 64 Anhang 1 NISV einhalten (Ziff. 65 Anhang 1 NISV). Als eine Anlage gelten nach Ziff. 62 Abs. 1 Anhang 1 NISV alle Sendeantennen, die auf demselben Mast angebracht sind oder die in einem engen räumlichen Zusammenhang, namentlich auf dem Dach des gleichen Gebäudes, stehen (Urteil des Bundesgerichts 1A.10/2002 vom 8. April 2002, in: URP 2002 S. 427 E. 3; bestätigt in Urteil 1C_40/2007 vom 6. November 2007 E. 6). Zudem müssen gemäss Art. 13 Abs. 1 NISV die in Anhang 2 NISV festgelegten Immissionsgrenzwerte überall eingehalten werden, wo sich Menschen aufhalten können (sog. Orte für kurzfristigen Aufenthalt, OKA). Im Bewilligungsverfahren hat der Inhaber einer Mobilfunkanlage, für die Anhang 1 NISV Emissionsbegrenzungen festlegt, ein Standortdatenblatt vorzulegen, das über den geplanten Betrieb der Anlage und die Strahlung in ihrer Umgebung Auskunft gibt (Art. 11 NISV). Darin sind unter anderem der am stärksten belastete OKA und die drei höchstbelasteten OMEN zu dokumentieren (Art. 11 Abs. 2 lit. c Ziff. 1 und 2 NISV). Einwirkungen werden gestützt auf Art. 8 USG sowohl einzeln als auch gesamthaft und nach ihrem Zusammenhang beurteilt.
3.1 Nicht umstritten ist, dass die Antennenanlagen der Sunrise Communications AG und der Orange Communications SA auf den beiden Masten als eine Anlage im Sinne der NISV zu beurteilen sind. Das Verwaltungsgericht hält im angefochtenen Entscheid fest, dass die Orange Communications SA ihre ursprünglich bewilligten Antennen zu einem nicht näher bezeichneten Zeitpunkt ohne Baubewilligung ausgetauscht hat, was offenbar weder der Baubehörde noch der Sunrise Communications AG bekannt war und daher im baurechtlichen Bewilligungsverfahren nicht berücksichtigt wurde. Dieser Antennenaustausch war nach Auffassung des Verwaltungsgerichts im vorinstanzlichen Verfahren betreffend die Antennen der Sunrise auf derselben Anlage nicht zu berücksichtigen, weil er nicht Gegenstand des erstinstanzlichen Bewilligungsverfahrens gebildet habe. Die Baubehörde habe in einem weiteren Verfahren von der Orange Communications SA ein vollständiges und aktualisiertes Standortdatenblatt mit den neu angebrachten Antennentypen zu verlangen. Gestützt darauf müsse die kommunale Baubehörde zusammen mit der kantonalen NIS-Fachstelle die Bewilligungspflicht und Bewilligungsfähigkeit der Antennenmutation beurteilen. Dabei sei die erstinstanzlich bewilligte, hier umstrittene Erweiterung der Sendeanlage der Sunrise zu berücksichtigen, auch wenn die Baubewilligung noch nicht rechtskräftig sei. Sollte sich ergeben, dass die Anlagegrenzwerte durch die Antennenmutation an OMEN überschritten werden, müsste die Anlage der Orange Communications SA entsprechend angepasst werden.
Weiter verzichtete das Verwaltungsgericht darauf, einen neuen OMEN in einem geplanten Anbau zu einem Bürotrakt auf der an das Baugrundstück für die Antennenanlage angrenzenden Parzelle Kat.-Nr. 9'900 zu berücksichtigen, obwohl ihr dieses Vorhaben bekannt war. Massgebend sind nach Auffassung der Vorinstanz die Verhältnisse zum Zeitpunkt des erstinstanzlichen Entscheids, selbst wenn der neu geschaffene OMEN Auswirkungen auf das Standortdatenblatt haben und einen der drei OMEN darstellen sollte, an denen die Strahlung am stärksten sei. Die Beschwerdeführer erblicken im Vorgehen des Verwaltungsgerichts eine unvollständige Feststellung des Sachverhalts sowie einen Verstoss gegen das Willkürverbot (Art. 9 BV) und gegen Art. 11 Abs. 2 lit. c Ziff. 2 NISV.
3.2 Die von den Beschwerdeführern beanstandeten Erwägungen des Verwaltungsgerichts beruhen auf der Annahme einer Priorität erstinstanzlich zuerst bewilligter Anlagen, welcher das Bundesgericht in seiner Rechtsprechung ausdrücklich nicht gefolgt ist (vgl. Urteile 1A.10/2001 vom 8. April 2002 E. 3.6 und 1C_40/2007 vom 6. November 2007 E. 7). Aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ergibt sich, dass die Strahlung von Antennen mehrerer Mobilfunkanbieter, die eine gemeinsame Anlage mit bereits rechtskräftig bewilligten Antennen betreiben wollen, gesamthaft beurteilt werden muss (vgl. Art. 3 Abs. 6 NISV i.V.m. Art. 8 USG). Auf diese Weise soll verhindert werden, dass die kumulierte Strahlung den massgeblichen Anlagegrenzwert der NISV an Orten mit empfindlicher Nutzung überschreitet. Zwar hat der Verordnungsgeber in Kauf genommen, dass es an einzelnen Orten, wo sich die Strahlung mehrerer Anlagen überlagert, zu einer den Anlagegrenzwert übersteigenden Strahlung kommen kann (BUWAL, Erläuternder Bericht zur NISV vom 23. Dezember 1999, Ziff. 33 S. 7); dies gilt aber gerade nicht für die kumulierte Strahlung von Antennen, die sich in engem räumlichem Zusammenhang befinden und deshalb eine Anlage im Rechtssinne bilden. Das überwiegende öffentliche Interesse am Schutz der Umwelt und der Bevölkerung spricht dafür, Änderungen der Rechts- und der Sachlage, namentlich der bestehenden Umweltbelastung, im Rechtsmittelverfahren noch zu berücksichtigen, jedenfalls sofern dies prozessual möglich ist (Urteil des Bundesgerichts 1C_40/2007 vom 6. November 2007 E. 7.1-7.3).
3.3 Im Rahmen des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens bestanden keine ernsthaften prozessualen Hindernisse, das Bauvorhaben auf der Nachbarparzelle Kat.-Nr. 9'900 und die von der Orange Communications SA vorgenommenen Änderungen der Anlage sofort nach deren Bekanntwerden zu berücksichtigen. Das Verwaltungsgericht hätte die Vervollständigung der Gesuchsunterlagen entweder selbst verlangen oder die Sache zu diesem Zweck an eine seiner Vorinstanzen zurückweisen können. Bei der Änderung einer bestehenden Anlage im Sinne von Ziff. 62 Abs. 2 Anhang 1 NISV, wie sie hier vorliegt, muss der Inhaber der bestehenden, zu ändernden Anlage zum Verfahren beigezogen werden. Für das Bewilligungsverfahren ist ein neues Standortdatenblatt mit sämtlichen zur Gesamtanlage zählenden Antennen unter Angabe ihrer Frequenz, Strahlungsleistung und -richtung einzureichen. Dieses neue Standortdatenblatt ersetzt ab Rechtskraft der Bewilligung das alte Standortdatenblatt und wird somit auch für die Orange Communications SA als Inhaberin der bestehenden Anlage verbindlich (vgl. Urteile des Bundesgerichts 1A.4/2007 vom 25. Juni 2007 E. 2.3 und 1C_40/2007 vom 6. November 2007 E. 7.4).
Im vorliegenden Fall kommt hinzu, dass das neue Standortdatenblatt in Anwendung von Art. 11 Abs. 2 lit. c Ziff. 2 NISV auch den neuen OMEN auf Parzelle Kat.-Nr. 9'900 auszuweisen hat, wenn dieser zu den drei am stärksten belasteten OMEN gehört, wie dies das BAFU und die Sunrise Communication AG darlegen. Das Bauvorhaben für diesen OMEN wurde am 16. März 2007 während der Hängigkeit des Beschwerdeverfahrens öffentlich ausgeschrieben. Der Anlagegrenzwert von 5 V/m gemäss Ziff. 64 lit. c Anhang 1 NISV soll nach den Angaben der Sunrise Communcations AG und des BAFU bei diesem OMEN mit einer elektrischen Feldstärke von 4.11 V/m eingehalten sein. Dieser vom BAFU als zutreffend bezeichnete Wert ergibt sich aus einem ergänzenden, nicht unterzeichneten Standortdatenblatt vom 11. März 2008, welches die Sunrise Communications AG dem Bundesgericht mit seiner Beschwerdeantwort am 17. März 2008 eingereicht hat.
3.4 Die Orange Communications SA wurde als Mitbetreiberin der umstrittenen Anlage in die vorinstanzlichen Verfahren entgegen der in E. 3.3 hiervor zitierten Rechtsprechung zu Unrecht nicht miteinbezogen. Zudem lag im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids und der zu Grunde liegenden baurechtlichen Bewilligung kein Standortdatenblatt vor, welches den zu beurteilenden Verhältnissen entsprach. Die während des Rechtsmittelverfahrens nachgereichten nachgebesserten Standortdatenblätter lassen nach den Ausführungen des BAFU zwar die Einhaltung des Anlagegrenzwerts bei den massgebenden OMEN erwarten. Die in den Akten enthaltenen Angaben wurden jedoch nur teilweise von den zuständigen Behörden geprüft und lassen zum Teil auch die für eine Baubewilligung erforderliche Verbindlichkeit und Vollständigkeit vermissen. Insbesondere auch der Vollzug des in Ziff. 4.3 des kommunalen baurechtlichen Entscheids vom 5. September 2006 verlangten, auf weitgehender Eigenverantwortung der Netzbetreiber basierenden Qualitätssicherungssystems setzt voraus, dass die Bauteile und Einstellungen verbindlich festgelegt sind, welche einen Einfluss auf die Berechnung der NIS-Belastung haben (vgl. Rundschreiben des BAFU "Qualitätssicherung zur Einhaltung der Grenzwerte der NISV bei Basisstationen für Mobilfunk und drahtlose Teilnehmeranschlüsse" vom 16. Januar 2006; BGE 128 II 378 E. 4 S. 379 ff.; Urteile des Bundesgerichts 1A.160/2004 vom 10. März 2005, in: URP 2005 S. 576 E. 3.3; 1A.6/2007 vom 6. September 2007 E. 5.3; 1C_148/2007 vom 15. Januar 2008 E. 3). Die von den kommunalen und kantonalen Instanzen beigezogenen Angaben über die umstrittene Anlage genügen den bundesrechtlichen Voraussetzungen für die Bewilligung der Anlage nicht. Ein vollständiges, korrekt ausgefülltes Standortdatenblatt stellt den eigentlichen Kern eines Baugesuchs für eine Mobilfunkanlage dar und muss alle wesentlichen Angaben enthalten (vgl. Benjamin Wittwer, Bewilligung von Mobilfunkanlagen, 2. Auflage 2008, S. 146 f.). Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, die festgestellten Mängel im bundesgerichtlichen Verfahren zu beheben. Die Beschwerde ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid im umstrittenen Umfang aufzuheben. Dies führt zur Rückweisung der Angelegenheit an die Gemeinde Stäfa zur ordnungsgemässen Durchführung des baurechtlichen Bewilligungsverfahrens unter Einbezug der gesamten Anlage (Art. 107 Abs. 2 Satz 2 i.V.m. Art. 106 Abs. 1 BGG).
4. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens sind die weiteren Rügen der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht mehr zu prüfen. Aus prozessökonomischen Gründen ist jedoch kurz auf eine für den weiteren Verlauf des Bewilligungsverfahrens massgebende Kontroverse einzugehen.
4.1 Die Beschwerdeführer legen dar, dass auf dem Dach des Gebäudes Industriestrasse 13, 80 m von der hier umstrittenen Antennenanlage entfernt, eine Mobilfunkantenne der Swisscom Mobile AG bewilligt wurde (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_148/2007 vom 15. Januar 2008). Werde die Strahlung dieser Antenne zusammen mit der hier umstrittenen Anlage beurteilt, ergebe sich im obersten Stockwerk des Produktionsgebäudes der X._ AG auf dem Grundstück Kat.-Nr. 11'263 eine elektrische Feldstärke von 5.8 V/m, womit der massgebende Anlagegrenzwert überschritten sei. Art. 3 Abs. 6 NISV, wonach der Anlagegrenzwert als Emissionsbegrenzung für die von einer Anlage allein erzeugte Strahlung beschrieben werde, verstosse gegen Art. 8 USG, da er zur Folge habe, dass die auf das Grundstück der X._ AG einwirkende Strahlung nicht gesamthaft und nach ihren Zusammenwirken beurteilt würde. Die Beschwerdeführer verlangen nicht die Beurteilung der erwähnten Antenne der Swisscom Mobile AG auf dem Gebäude Industriestrasse 13 sowie der Antennen der Orange Communications SA und der Sunrise Communications AG auf dem Gebäude Industriestrasse 9 als eine einzige Anlage, sondern beantragen die gesamthafte Berücksichtigung der von den beiden Anlagen ausgehenden Strahlung beim OMEN im Gebäude der X._ AG.
4.2 Das Bundesgericht hatte sich zur Frage, in welchen Fällen benachbarte Antennenanlagen eigenständig oder gemeinsam zu beurteilen sind, wiederholt zu äussern. Im Urteil 1C_40/2007 vom 6. November 2007 (E. 6 mit Hinweisen) hat es seine Rechtsprechung zusammengefasst und bestätigt, dass das in der Vollzugsempfehlung des BAFU enthaltene Anlagenperimeter-Modell keine Stütze in der NISV findet. Die NISV geht demnach von einer Abstandsregel aus (Ziff. 62 Abs. 1 Anhang 1 NISV). Der Vorsteher des Eidgenössischen Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) nahm das erwähnte Urteil zum Anlass, das vom BAFU bevorzugte Anlagenperimeter-Modell im Rahmen einer Revision der NISV auf Verordnungsebene zu verankern. Die Vernehmlassungsfrist zur beabsichtigten Verordnungsänderung läuft bis 28. Februar 2009. Die Beschwerdeführer verlangen ungeachtet der von der NISV-Änderung betroffenen Streitfrage die gesamthafte Berücksichtigung der von beiden Anlagen auf das Grundstück einwirkenden Strahlung.
Das BAFU führt hierzu aus, der Sinn des Anlagegrenzwerts als vorsorglicher Emissionsgrenzwert nach Art. 3 Abs. 6 NISV sei nicht primär der Schutz vor schädlicher Einwirkung, wie dies die Immissionsgrenzwerte bezweckten, sondern es gehe um die Vermeidung unnötiger Einwirkung. Jede einzelne Anlage soll ihre Emissionen auf ein betrieblich und technisch mögliches und wirtschaftlich tragbares Minimum beschränken (Vorsorgeprinzip, Art. 11 Abs. 2 USG), auch wenn kein Gefährdungswert erreicht werde. Deshalb werde im Rahmen der Vorsorge nur die Strahlung einer Anlage allein begrenzt. Die Strahlung der Sendeanlage der Swisscom Mobile AG wäre nur miteinzubeziehen, wenn es sich bei den Sunrise/Orange- und den Swisscom Antennen um eine einzige Anlage im Sinne von Ziff. 62 Abs. 1 Anhang 1 NISV handeln würde.
Den erwähnten Ausführungen des BAFU kann unter Hinweis auf die bundesgerichtliche Praxis grundsätzlich zugestimmt werden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1A.10/2001 vom 8. April 2002 E. 3.4.3 und 3.4.4.1). Zu präzisieren ist lediglich, dass es sich beim Anlagegrenzwert abweichend von den Ausführungen des BAFU nicht um einen vorsorglichen Emissionsgrenzwert handelt, sondern wie beim Planungswert nach Art. 23 USG um eine Massnahme der vorsorglichen Emissionsbegrenzung, die nach Art. 11 Abs. 1 USG eine bestimmte Quelle (Antennenanlage) betrifft und ihre Wirkung durch eine im Verhältnis zum Immissionsgrenzwert reduzierte Belastung am massgebenden Immissionspunkt entfaltet. Damit mit dem Anlagegrenzwert eine wirksame vorsorgliche Emissionsbegrenzung erreicht werden kann, wurde er wesentlich tiefer angesetzt als der Immissionsgrenzwert. Dieser Unterschied zwischen Anlagegrenzwert und Immissionsgrenzwert soll gewährleisten, dass auch an einem Ort, an welchem sich die Strahlung mehrerer Anlagen überlagert, der Immissionsgrenzwert nicht überschritten wird (BUWAL, Erläuternder Bericht zur NISV vom 23. Dezember 1999, S. 7).
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid im umstrittenen Umfang aufzuheben ist. Die Angelegenheit ist an die Gemeinde Stäfa zur ordnungsgemässen Durchführung des baurechtlichen Bewilligungsverfahrens unter Einbezug der Anlageteile beider Betreiberinnen (Orange Communications SA und Sunrise Communications AG) zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 Satz 2 i.V.m. Art. 106 Abs. 1 BGG).
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat den Beschwerdeführern eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 7. November 2007 aufgehoben, soweit damit die Beschwerde an das Verwaltungsgericht abgewiesen wurde. Die Sache wird an die Gemeinde Stäfa zur Durchführung des baurechtlichen Bewilligungsverfahrens unter Einbezug der gesamten Anlage zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Stäfa, dem Regierungsrat sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag