Faits:
A. Au bénéfice d'une autorisation de type A délivrée par la ville de Lausanne lui conférant le droit de stationner sur le domaine public, X._ exploite, sous forme de raison individuelle, une entreprise de taxis de deux véhicules. L'intéressée conduit le véhicule portant le numéro d'immatriculation VD ** et sa fille, Y._, celui portant le numéro d'immatriculation VD ** (respectivement VD ** pour la période courant du 18 mai 1998 au 8 avril 1999).
A la suite d'un contrôle fiscal, intervenu les 8 et 9 juillet 2003, X._ a été inscrite au registre des contribuables obligatoirement assujettis à la TVA, avec effet rétroactif au 1er janvier 1998. A teneur de deux décomptes du 9 juillet 2003, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, (ci-après: l'Administration fédérale) a arrêté le montant de l'impôt à 17'333 fr. avec intérêts pour la période du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2000, soumise à l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) et à 16'884 fr. avec intérêts pour la période du 1er janvier 2001 au 30 juin 2003, soumise à la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20). Ces montants ont été fixés sur la base d'une estimation du chiffre d'affaires réalisé pendant les périodes considérées, compte tenu des lacunes de la comptabilité présentée.
B. Par décisions sur réclamation du 30 août 2007, l'Administration fédérale a confirmé l'inscription de X._ sur le registre des assujettis à la TVA et a persisté à réclamer les impôts résultant des décomptes du 9 juillet 2003. Elle a exposé qu'elle avait procédé à l'évaluation du chiffre d'affaires réalisé par l'intéressée sur la base des kilomètres parcourus ressortant des disques tachygraphes pour deux périodes représentatives en raison d'un meilleur suivi. Après déduction des kilomètres privés, qu'elle avait dû estimer en l'absence de documents justificatifs appropriés, elle avait valorisé les kilomètres professionnels retenus selon un rendement kilométrique moyen pour une activité de chauffeur de taxi dans la région lausannoise.
Le 30 septembre 2007, X._ a déposé deux recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions précitées de l'Administration fédérale. Elle a fait valoir que sa comptabilité avait été tenue de manière probante, que les exigences de l'Administration fédérale n'étaient pas appropriées, que le calcul du chiffre d'affaires par estimation, notamment l'utilisation des coefficients retenus, n'était pas justifiée et était contestable et que le résultat obtenu était sans lien avec la réalité économique.
Dans ses dupliques du 10 avril 2008, l'Administration fédérale, sur la base des pièces nouvelles produites par X._ à teneur de ses répliques du 4 février 2008, a corrigé le rendement kilométrique applicable aux courses effectuées par l'intéressée pour le compte de la commune de A._ et a indiqué qu'elle établirait, dès l'entrée en force de la décision du Tribunal administratif fédéral, deux avis de crédit, l'un de 3'563 fr. pour la période du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2000, l'autre de 3'741 fr. pour la période du 1er janvier 2001 au 30 juin 2003.
Dans son arrêt du 19 mai 2009, le Tribunal administratif fédéral, après avoir joint les deux causes, a partiellement admis le recours en ce sens que les montants devant faire l'objet de la reprise fiscale ont été fixés respectivement à 13'770 fr. et 13'413 fr., conformément aux conclusions formulées par l'Administration fédérale dans ses dupliques du 10 avril 2008. Il a considéré, en substance, que l'autorité fiscale avait procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité de X._ en l'absence d'une comptabilité tenue régulièrement, que le calcul du nombre de kilomètres professionnels déterminant, le recours à des coefficients expérimentaux pour établir le rendement kilométrique moyen et la fixation de la date de l'immatriculation rétroactive de l'intéressée ne prêtaient pas le flanc à la critique.
C. Le 29 juin 2009, X._ a déposé un recours au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 19 mai 2009. Elle conclut, sous suite de dépens, principalement, à la modification de l'arrêt entrepris en ce sens que les montants réclamés ne sont pas dus, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi du dossier "à l'autorité inférieure que Justice dira pour complément d'informations". Pour l'essentiel, elle conteste la fixation du nombre de kilomètres professionnels retenu par l'Administration fédérale et fait valoir que les coefficients expérimentaux appliqués ne tiennent pas compte de la différence de statut et de la manière de travailler existant entre un chauffeur dépendant et un chauffeur indépendant. X._ requiert la mise en oeuvre d'une enquête ou d'une expertise aux fins de déterminer le rendement kilométrique moyen des chauffeurs de taxis indépendants par rapport aux chauffeurs de taxis salariés.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer une réponse. L'Administration fédérale conclut, sous suite de frais, au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 II 94 consid. 1 p. 96).
1.1 L'intéressée n'a pas indiqué expressément par quelle voie de recours elle voulait procéder au Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait lui nuire si son mémoire peut être considéré comme un recours remplissant les conditions de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. ATF 133 I 300 consid. 1.2 p. 302 s.). Dès lors que le présent litige relève du droit public et que le recours constitutionnel subsidiaire est exclu à l'encontre des arrêts du Tribunal administratif fédéral (art. 113 LTF), seul le recours en matière de droit public est envisageable (cf. art. 82 ss LTF).
1.2 Interjeté par une partie directement touchée par l'arrêt attaqué et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF). Déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi et ne tombant sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83 LTF, il est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.3 Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
1.4 Lors de l'examen d'une taxation par estimation, le contribuable peut uniquement faire valoir devant le Tribunal fédéral que les conditions d'une telle taxation n'étaient pas remplies ou qu'il y aurait abus du pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral n'annule pareille taxation que lorsque des fautes ou des erreurs manifestes ont échappé à l'autorité inférieure et qu'elle a procédé à une estimation manifestement erronée. Est manifestement erronée toute appréciation qui n'a pas pris en considération des points de vue essentiels ou les a interprétés de manière inexacte. Le Tribunal fédéral est donc lié par la taxation d'office lorsqu'elle repose sur une constatation des faits correcte et complète ainsi que sur une prise en considération objective de l'ensemble des circonstances déterminantes pour la taxation. A cet égard, les autorités compétentes disposent d'une certaine marge dans l'évaluation chiffrée du résultat de leur instruction (arrêts 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 1.3, in RDAF 2008 II p. 20, et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 1.2).
2. La recourante requiert la mise en oeuvre d'une enquête ou d'une expertise aux fins de déterminer le rendement kilométrique moyen des chauffeurs de taxis indépendants par rapport aux chauffeurs de taxis salariés.
Conformément à l'art. 55 LTF, il est possible, dans un recours en matière de droit public, d'ordonner les mesures probatoires nécessaires en vue d'élucider les faits. Selon la jurisprudence, de telles mesures d'instruction doivent toutefois conserver un caractère exceptionnel (arrêt 2C_118/2009 du 15 septembre 2009 consid. 3); il n'appartient pas au Tribunal fédéral comme dernière instance d'instruire pour la première fois les faits pertinents (cf. arrêts 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 2 et 2A.297/2005 du 3 février 2006 consid. 2, in Archives 76 p. 779). En l'espèce, les dossiers du Tribunal administratif fédéral ainsi que ceux de l'Administration fédérale contiennent tous les éléments utiles permettant au Tribunal fédéral de se prononcer, de sorte que la requête doit être écartée.
3. L'OTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée par la loi sur la TVA, entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'OTVA s'applique dès lors au présent litige pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1998 au quatrième trimestre 2000 et la loi sur la TVA pour les périodes fiscales ultérieures.
En vertu du principe de l'auto-taxation consacré aux art. 37 OTVA et 46 LTVA, l'assujetti est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'Administration fédérale. Selon les art. 47 al. 1 OTVA et 58 al. 1 LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt puissent y être constatés aisément et de manière sûre; l'Administration fédérale peut édicter des dispositions particulières à cet égard.
Aux termes de l'art. 48 OTVA, respectivement 60 LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une estimation du chiffre d'affaires. Lorsqu'elle agit de la sorte, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité (arrêt 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2, in RDAF 2008 II p. 20, et la jurisprudence citée; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, Archives 69 p. 546 ss).
Dans la procédure de recours, l'assujetti peut remettre en cause, d'une part la réalisation de la procédure d'estimation, d'autre part l'évaluation du chiffre d'affaires. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'incombe la preuve du caractère inexact de l'estimation (cf. arrêt 2A.580/1999 du 21 juin 2000 consid. 3). En outre, il appartient au contribuable qui a présenté une comptabilité inexacte ou lacunaire et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'autorité fiscale ne correspond pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (arrêt 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine).
4. 4.1 La recourante critique en premier lieu la pratique de l'Administration fédérale consistant à retenir forfaitairement 100 km par semaine, soit 5'200 km par année, pour fixer le nombre de kilomètres parcourus à titre privé. Elle fait valoir que l'Administration fédérale, qui s'est fondée sur les disques tachygraphiques produits pour arrêter le nombre de kilomètres totaux, devait également se référer aux indications fournies sur ces disques pour déterminer les kilomètres parcourus à titre privé, nonobstant l'absence de livrets de travail et de cartes de contrôle. L'appréciation théorique des kilomètres privés retenus était d'autant plus contestable que selon une étude menée par le Touring Club Suisse, la moyenne suisse des kilomètres parcourus dans le cadre privé par un véhicule avoisinait les 13'000 km. En outre, l'intéressée avait produit plusieurs attestations de particuliers ou d'institutions établissant qu'elle avait effectué pour leur compte certaines prises en charge à titre bénévole, ce dont ni l'Administration fédérale, ni le Tribunal administratif fédéral n'avaient tenu compte.
4.2 En l'espèce, il est établi que la comptabilité de la recourante ne répond pas aux exigences des art. 47 OTVA et 58 LTVA. La recourante n'a en effet tenu aucun livre de caisse détaillé et n'a pas établi de rapports journaliers précis des courses effectuées, rendant de la sorte impossible le contrôle des trajets parcourus et des prix pratiqués. La tenue d'un livre de caisse est pourtant importante pour les entreprises de taxis, car leurs clients s'acquittent généralement de leur facture par un paiement en espèces. Quant aux livrets de travail journaliers, ils étaient d'autant plus nécessaires que la recourante allègue avoir effectué un certain nombre de courses à un tarif préférentiel, voire à titre bénévole.
Lorsque l'OTVA a été adoptée, l'Administration fédérale a édicté des instructions (automne 1994) qu'elle a modifiées et adaptées à la loi sur la TVA (printemps 1997, été 2000, décembre 2007). Selon ces instructions - quelle qu'en soit l'édition -, les recettes et les dépenses doivent être inscrites chronologiquement, avec les indications appropriées, dans les livres de caisse, de chèques postaux ou de banque. Les chiffres ressortant de ces livres, additionnés au fur et à mesure et soldés périodiquement, doivent présenter des soldes concordants avec les espèces en caisse, les avis de situation de l'office de chèques postaux ou les relevés bancaires. De plus, chaque écriture doit être justifiée par une pièce. En l'absence de livrets de travail et de cartes de contrôle à mettre en relation avec les disques tachygraphiques, il n'est pas possible de distinguer avec précision les kilomètres privés des kilomètres professionnels parcourus.
Dans le cas particulier, l'Administration fédérale a arrêté les kilomètres privés en fonction des renseignements fournis par la recourante lors du contrôle (trajets du lieu de domicile au lieu de travail, vacances, jours de repos, courses privées, etc.) et des données d'expérience. Contrairement à ce que soutient la recourante, la seule référence aux disques tachygraphiques était insuffisante pour fixer le nombre de kilomètres parcourus à titre privé. D'une part, la tenue de ces disques était lacunaire (absence de diverses séries, erreurs d'enregistrement en raison de manipulations erronées), d'autre part la méthode préconisée par la recourante, soit la comparaison des deux traits superposés d'épaisseur différente sur les disques - lorsqu'ils étaient existants - n'était pas de nature à établir à satisfaction la distinction entre les kilomètres privés et les kilomètres professionnels. Cette preuve incombait d'ailleurs à la recourante à teneur de l'ordonnance du 6 mai 1981 sur le durée du travail et du repos des conducteurs professionnels de véhicules légers affectés au transport de personnes et de voitures de tourisme lourdes (OTR2; RS 822.222). Or, la recourante a renoncé à fournir elle-même le détail de son analyse des tachygraphes, comme elle l'a exposé dans ses répliques du 4 février 2008 au Tribunal administratif fédéral, parce qu'il ne lui était pas possible, sur cette base, de fournir des moyens de preuve suffisants pour distinguer clairement les kilomètres privés des kilomètres professionnels. Elle est donc malvenue de reprocher à l'autorité fiscale l'absence d'investigations dont elle admet elle-même qu'elles ne seraient pas de nature à atteindre le résultat escompté. C'est donc sans arbitraire que l'Administration fédérale a arrêté le nombre de kilomètres privés selon la méthode d'estimation. Dans ce cadre, elle n'était pas liée par les données statistiques de tiers, en particulier par celles du Touring Club Suisse auxquelles la recourante se réfère sans fournir la moindre explication sur les critères et les méthodes retenus.
Pour le surplus, le grief de la recourante selon lequel l'Administration fédérale et le Tribunal administratif fédéral ont fait preuve d'arbitraire dans l'appréciation des preuves produites en refusant de prendre en compte les courses qu'elle effectuait occasionnellement à titre bénévole, ne saurait être retenu. En effet, les indications fournies à ce sujet par les écoles B._ et C._ ainsi que par certains particuliers étaient trop imprécises pour permettre de quantifier les prestations gratuites alléguées. Si la recourante avait produit des justificatifs probants, l'Administration fédérale en aurait assurément tenu compte, comme elle l'a fait dans ses dupliques du 10 avril 2008 au Tribunal administratif fédéral en modifiant en faveur de la recourante le coefficient de multiplication à appliquer au nombre de kilomètres parcourus pour les transports d'élèves effectués pour le compte de la commune de A._, en fonction des renseignements précis et complets fournis par celle-ci.
5. 5.1 Dans un moyen qu'elle invoque pour la première fois devant le Tribunal fédéral, la recourante fait encore valoir que la méthode d'estimation du chiffre d'affaires à laquelle l'Administration fédérale a recouru était contestable dès lors que les données récoltées et les résultats obtenus ne tenaient pas compte des différences dans la manière de travailler entre les chauffeurs de taxis dépendants et indépendants. Ceux-ci ne refusaient pas d'aller chercher un client au loin, quitte à parcourir plusieurs kilomètres qui ne leur étaient pas payés, alors que ceux-là avaient intérêt à refuser des commandes éloignées afin de ne pas compromettre le rendement kilométrique qui déterminait le pourcentage de leur salaire. Il importait donc de tenir compte du nombre plus élevé de kilomètres parcourus à vide par les chauffeurs indépendants dans la reconstitution de leur chiffre d'affaires.
5.2 Le Tribunal fédéral a déjà examiné et réfuté cette argumentation dans deux arrêts du 3 février 2006 (causes 2A.253/2005 consid. 4.2, in RDAF 2007 II p. 318, et 2A.297/2005 consid. 4.3, in Archives 76 p. 779). Il y a souligné que le rendement moyen retenu par l'Administration fédérale pour estimer le chiffre d'affaires résultait de l'examen du rendement kilométrique de tous les chauffeurs de taxis d'une localité déterminée - en l'espèce, la ville de Lausanne - au bénéfice d'une concession A, avec prise en charge tant de jour que de nuit, de sorte que ce rendement moyen tenait compte du lieu, des tarifs en vigueur, des périodes concernées, des concessions octroyées, de l'activité diurne ou nocturne, de l'affiliation ou non à une centrale, de la taxe de base ainsi que des temps d'attente. Le rendement kilométrique sur lequel l'Administration fédérale s'appuyait constituait donc une moyenne qui tenait suffisamment compte des circonstances particulières de la profession de chauffeur de taxi à Lausanne et permettait ainsi une approximation suffisamment précise du chiffre d'affaires réalisé. La recourante doit donc s'accommoder de l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne, puisqu'elle est elle-même responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par voie d'estimation.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 9 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Dupraz