Faits:
A. A.a B._ (née en 1952), aide soignante en médecine dentaire de profession, a été mise au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité à partir du 1er juillet 1997 (décision du 18 septembre 1998), puis d'une rente entière fondée sur un taux d'invalidité de 80 % dès le 1er juillet 1998 (décision du 15 avril 1999). Au cours de deux procédures de révision successives en 2000 et 2005, le droit aux prestations a été maintenu.
A.b En juillet 2009, l'office AI a initié une nouvelle procédure de révision, au cours de laquelle B._ a confirmé travailler de manière ponctuelle comme aide de bureau (ce qu'elle avait précédemment annoncé à l'administration). A la suite d'un entretien avec l'assurée, le 15 septembre 2009, au cours duquel celle-ci a notamment expliqué avoir voyagé dès 2003 comme accompagnatrice pour des voyages à l'étranger, l'office AI a suspendu la rente au 30 septembre 2009 "jusqu'au nouveau droit connu" et retiré l'effet suspensif à un éventuel recours (décision du 16 septembre 2009). Cette décision est entrée en force à la suite de recours successifs de l'assurée au Tribunal cantonal vaudois, Cour des assurances sociales (jugement du 2 novembre 2009), puis au Tribunal fédéral (arrêt du 3 mars 2010).
A la demande de l'office AI, B._ a été examinée par le docteur A._, spécialiste FMH en rhumatologie et médecine physique et rééducation, du Service médical X._. Dans son rapport du 21 décembre 2009, le médecin a conclu à une aggravation de l'état de santé depuis mars 2004 et indiqué que l'assurée présentait une incapacité totale de travail dans l'activité de secrétaire médicale et une capacité de travail de 40 % dans l'activité de secrétaire comptable ou dans une activité adaptée aux limitations fonctionnelles décrites, depuis mars 2004. Par décision du 7 juin 2010, l'office AI a réduit la rente entière d'invalidité à un trois quarts de rente à partir du 1er avril 2007.
B. Statuant le 5 octobre 2010 sur le recours formé par B._ contre cette décision, le Tribunal cantonal vaudois, Cour des assurances sociales, l'a partiellement admis; il a réformé la décision du 7 juin 2010 en ce sens que la rente entière est réduite à trois quarts de rente dès le 1er août 2010.
C. B._ et l'office AI interjettent tous deux un recours en matière de droit public contre ce jugement.
Sous suite de frais et dépens, l'assurée conclut à la réforme du jugement cantonal en ce sens que son droit à une rente entière d'invalidité soit maintenu au-delà du 31 juillet 2010 (cause 9C_13/2011).
L'administration conclut à l'annulation du jugement cantonal et au renvoi de la cause à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois pour instruction complémentaire (cause 9C_9/2011).
Les parties se sont déterminées sur leur recours respectif, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à s'exprimer à leur sujet.
Considérant en droit:
1. Les deux recours concernent l'un et l'autre le même complexe de faits, portent sur des questions juridiques communes et sont dirigés contre le même jugement. Il y a donc lieu de joindre les causes et de statuer par un seul arrêt (art. 24 PCF en corrélation avec l'art. 71 LTF; cf. ATF 131 V 59 consid. 1 p. 60).
2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération (cf. art. 97 al. 2 LTF).
3. Le litige porte sur la réduction, par la voie de la révision ou de la reconsidération (par substitution de motifs), de la rente entière d'invalidité allouée à l'assurée à un trois quarts de rente à partir du 1er avril 2010. A cet égard, le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales et la jurisprudence applicables au présent cas, de sorte qu'il suffit d'y renvoyer.
4. Se fondant sur le rapport du docteur A._ du 21 décembre 2009, la juridiction cantonale a constaté que ni l'état de santé de l'assurée, ni sa capacité de gain ne s'étaient améliorés depuis la décision initiale du 24 février 1999 (recte 15 avril 1999). Depuis que B._ avait présenté une incapacité totale de travail le 27 avril 1998 dans son activité d'assistante médicale, son état de santé s'était au contraire aggravé progressivement (présence d'une gonarthrose tri-compartimentale modérée du genou droit [mars 2004]; évolution de la pathologie lombaire vers une discarthrose avancée aux deux derniers étages lombaires [août 2007]; protrusions discales étagées au niveau cervical [août 2009]). Depuis mars 2004, sa capacité de travail résiduelle dans une activité adaptée respectant les limitations fonctionnelles décrites par le médecin de X._ était de 40 %. Selon les premiers juges, les conditions d'une révision de la décision par laquelle une rente entière avait été octroyée n'étaient dès lors pas réalisées.
L'autorité cantonale de recours a ensuite retenu que la réduction de la rente entière à un trois quarts de rente était en revanche justifiée sous l'angle de la reconsidération de la décision initiale (du 15 avril 1999). Celle-ci reposait en effet sur un rapport du docteur R._ du 31 août 1998, qui attestait un arrêt de travail complet depuis le 27 avril 1998 et selon lequel le "degré d'invalidité" (en réalité le taux d'incapacité fonctionnelle) pouvait être estimé à 80 %. Dès lors que l'office AI avait à l'époque statué sans procéder à la comparaison du revenu sans invalidité avec le revenu que l'assurée aurait pu obtenir en exerçant une activité adaptée à ses limitations fonctionnelles - point sur lequel aucune investigation n'avait été effectuée -, mais s'était uniquement fondé sur le taux d'incapacité fonctionnelle dans l'activité habituelle d'assistante médicale, la décision initiale apparaissait sans nul doute erronée. Les premiers juges ont alors comparé le revenu que pouvait prétendre l'assurée si elle avait pu poursuivre son activité habituelle de secrétaire médicale avec le revenu d'invalide qu'elle pouvait obtenir en exerçant à 40 % une activité adaptée (en 2004) et fixé à 67,5 % le degré d'invalidité. Aussi ont-ils conclu que la reconsidération de la décision initiale aboutissait à retenir à partir de 2004 un degré d'invalidité arrondi de 68 %. La réduction de la rente qui en résultait devait cependant prendre effet à partir du 1er août 2010 seulement, conformément à l'art. 88bis al. 2 let. a RAI; le fait que l'assurée n'avait pas annoncé la reprise d'une activité bénévole (en tant qu'accompagnatrice de voyages) ne jouait en effet pas de rôle dans la réduction de la rente.
5. 5.1 Sous l'angle de la révision, l'office AI reproche à la juridiction cantonale de n'avoir pas quantifié, ni tenu compte de la valeur économique de l'activité réalisée par l'assurée en travaillant comme accompagnatrice de voyages entre 2003 et 2009 (même si elle n'avait pas été rémunérée selon ses dires). Il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale de recours pour instruction complémentaire dans ce sens.
5.2 Dans la mesure où le recourant entend critiquer les constatations de fait de la juridiction cantonale sous l'angle de l'art. 97 al. 2 LTF (consid. 2 supra) en invoquant leur caractère incomplet, il n'explique pas de façon circonstanciée en quoi les faits relatifs à la capacité de travail encore exigible de l'assurée et l'incapacité de gain qui en résulte seraient manifestement inexacts ou incomplets. En alléguant que l'activité d'accompagnatrice de voyage "aurait pu engendrer un revenu propre à diminuer" le préjudice économique et le droit aux prestations de l'assurée, le recourant ne démontre pas par une argumentation suffisamment claire et précise que les constatations de la juridiction cantonale sur l'absence d'influence de la reprise, par l'assurée, d'une activité bénévole en tant qu'accompagnatrice de voyages sur la réduction du droit à la rente sont manifestement inexactes, incomplètes ou contraires au droit.
Pour le surplus, l'argumentation du recourant apparaît également mal fondée au regard des conclusions médicales suivies par la juridiction cantonale, puisque le docteur A._ de X._ a qualifié d'inadaptée l'activité d'accompagnatrice de voyage au regard des limitations fonctionnelles qu'il a retenues (cf. rapport du 21 décembre 2009). Les conclusions du recourant doivent dès lors être rejetées.
6. 6.1 Pour sa part, la recourante conteste que les conditions de la reconsidération de la décision initiale d'octroi d'une rente entière d'invalidité (du 15 avril 1999) soient réalisées. Elle fait valoir qu'à l'époque déjà, elle n'aurait pas pu exercer une activité qui fût physiquement plus légère que celle de secrétaire médicale exercée jusqu'alors. L'office AI avait par conséquent renoncé à juste titre à examiner quel autre travail que celui qu'elle avait précédemment effectué aurait été exigible. Sa décision n'était donc pas manifestement erronée.
6.2 Au regard des pièces recueillies par l'office AI à l'époque déterminante, la décision du 15 avril 1999 est fondée non seulement sur le rapport du docteur R._ (dont ont fait état les premiers juges), mais également sur l'avis du médecin conseil de l'assurance-invalidité. Dans son appréciation du 31 août 1998, le docteur R._ a, en transmettant également à l'administration un rapport d'hospitalisation du 30 juin précédent, attesté un arrêt complet de travail dans l'activité d'assistante médicale à partir du 27 avril 1998. Il a encore précisé que sa patiente ne pouvait vraisemblablement pas reprendre son travail et qu'il n'y avait aucune possibilité d'améliorer sa capacité de travail, de sorte que son "degré d'invalidité" devait être fixé à 80 % environ. L'office AI a ensuite soumis le dossier à son médecin conseil qui, interpellé sur le point de savoir si "une invalidité de 80 % dès le 01.07.1998 (soit dès trois mois sans interruption notable)" pouvait être acceptée, a répondu par l'affirmative en se fondant sur les conclusions de son confrère R._. Si celles-ci ont pu apparaître a posteriori comme sommaires, il en ressort cependant que le médecin a admis une incapacité de travail de 80 % tant dans l'activité exercée jusqu'alors que dans une autre occupation, puisqu'il a nié toute possibilité pour sa patiente d'améliorer sa capacité de travail.
Compte tenu de ces constatations médicales, confirmées par l'avis du propre médecin conseil de l'office AI, l'appréciation à laquelle a procédé l'administration à l'époque ne peut pas être considérée comme manifestement erronée. Il n'était en effet pas insoutenable de renoncer à procéder à une comparaison des revenus ou à examiner la question de l'exigibilité, tant on pouvait admettre, sur la base des deux avis médicaux en question, que l'assurée n'était pas en mesure de reprendre une activité lucrative à plus de 20 %. On rappellera à cet égard qu'une inexactitude manifeste ne saurait être admise lorsque l'octroi de la prestation dépend de conditions matérielles dont l'examen suppose un pouvoir d'appréciation, quant à certains de leurs aspects ou de leurs éléments, et que la décision initiale paraît admissible compte tenu de la situation de fait et de droit. S'il subsiste, comme en l'espèce, des doutes raisonnables sur le caractère erroné de la décision initiale, les conditions de la reconsidération ne sont pas réalisées (par exemple arrêts 9C_760/2010 du 17 novembre 2010 [Plädoyer 2011/1 p. 65] et 9C_575/2007 du 18 octobre 2007).
6.3 En conséquence de ce qui précède, c'est à tort que la juridiction cantonale a conclu au caractère manifestement erroné de la décision du 15 avril 1999, de sorte que le jugement entrepris et la décision litigieuse doivent être annulés. Le recours de B._ est par conséquent bien fondé.
7. Vu l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par l'office AI qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Celui-ci versera également à B._ une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 9C_9/2011 et 9C_13/2011 sont jointes.
2. Le recours de B._ est admis. Le jugement du Tribunal cantonal vaudois, Cour des assurances sociales, du 5 octobre 2010 et la décision de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud du 7 juin 2010 sont annulés.
3. Le recours de l'office AI est rejeté.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'office AI.
5. L'office AI versera à B._ la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
6. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal vaudois, Cour des assurances sociales, pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure antérieure.
7. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 21 septembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
La Greffière: Moser-Szeless