Faits:
A. Le 1er juin 2004, Y._ a été engagé, en qualité de cuisinier à plein temps, par la société X._ SA. Les rapports de travail ont pris fin le 30 septembre 2005. Du 22 juillet au 30 septembre 2005, l'employé a été en incapacité de travail totale pour cause de maladie.
B. Le 23 juin 2006, Y._ a ouvert action contre X._ SA devant la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Sarine. Il requérait le paiement de 30'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2005, à titre de treizième salaire, de dommages-intérêts pour des heures supplémentaires, de jours de repos et de vacances non prises et de solde d'indemnités journalières, le tout sous déduction de 7'612 fr.10 représentant deux mois de salaire reçus en trop. L'employé fondait ses prétentions sur la Convention collective nationale de travail pour les hôtels, restaurants et cafés, conclue le 6 juillet 1998, et ci-après la convention ou CCNT.
Le 27 août 2007, la Chambre des prud'hommes a rendu un jugement par défaut. Statuant le 21 février 2008, sur demande de relief présentée par X._ SA, la Chambre des prud'hommes a condamné celle-ci à verser à Y._ le montant net de 1'231 fr.40 et le montant brut de 35'407 fr.30, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2005, sous déduction du montant net de 7'612 fr.10 plus intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2005.
Statuant par arrêt du 26 septembre 2008, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a confirmé le jugement rendu le 21 février 2008 par la Chambre des prud'hommes. Les magistrats cantonaux ont tout d'abord jugé que la convention était applicable aux parties et ont, sur cette base, rejeté les griefs fondés sur la non-application de la CCNT. Ils ont ensuite considéré que le grief se rapportant à l'établissement du nombre d'heures de travail effectuées par l'employé était irrecevable, à défaut d'être suffisamment motivé. Les juges ont enfin rejeté le moyen relatif à l'art. 8 CC, estimant qu'il remettait en cause l'appréciation des preuves et non pas l'application par les premiers juges des règles sur le fardeau de la preuve.
X._ SA a interjeté un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral, en concluant à l'annulation de l'arrêt du 26 septembre 2008 et à ce que la partie adverse soit astreinte à lui verser le montant de 6'933 fr.20, avec intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2005, sous suite de frais et dépens.
Par arrêt du 4 février 2009, la Cour de céans a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité. Il a été jugé, s'agissant de la question de l'assujettissement à la CCNT, que l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en estimant que X._ SA tombait sous le champ d'application de l'art. 1 CCNT.
C. C.a X._ SA demande la révision de l'arrêt du Tribunal fédéral du 4 février 2009. Elle conclut à ce que la demande de révision soit admise, à ce que l'arrêt rendu le 4 février 2009 soit annulé, à ce qu'une nouvelle décision soit rendue sur le recours introduit le 28 octobre 2008 et à ce que les frais et dépens soient mis à la charge de la partie adverse. A titre de mesures provisionnelles, X._ SA a requis que l'effet suspensif soit accordé.
Invité à se déterminer, Y._ a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif. Il a également conclu au rejet de la demande de révision, dans la mesure où elle est recevable.
C.b Par ordonnance présidentielle du 15 avril 2009, l'effet suspensif au recours « jusqu'à décision sur la requête d'effet suspensif » a été accordé, à titre de mesures superprovisoires.
Considérant en droit:
1. La révision d'un arrêt du Tribunal fédéral peut être demandée pour les motifs énumérés aux art. 121 à 123 LTF.
1.1 La requérante fonde sa demande de révision sur l'art. 123 al. 2 let. b (recte: let. a) LTF, en invoquant la découverte d'un moyen de preuve concluant qu'elle dit avoir découvert après coup et n'avoir pas pu invoquer dans la procédure précédente. Il s'agit de la confirmation écrite, établie par l'Office de contrôle pour la convention collective nationale de travail pour les hôtels, restaurants et cafés, selon laquelle les traiteurs sont soumis à la CCNT depuis le 1er octobre 2005, soit ultérieurement à la fin des rapports contractuels liant les parties.
La recourante explique que la confirmation a été obtenue le 6 mars 2009, alors que l'arrêt du Tribunal fédéral date du 4 février 2009. Ce moyen a donc été découvert après coup; il ne pouvait pas être invoqué dans la procédure précédente, dès lors qu'il n'a pas pu être obtenu auparavant. La requérante prétend encore que le moyen en question n'est pas postérieur à l'arrêt, puisqu'il « ne fait que confirmer un fait remontant au 1er octobre 2005 ». Enfin, elle affirme que le moyen est concluant, puisqu'il aurait conduit le juge à statuer autrement s'il en avait eu connaissance dans la procédure principale; pour la recourante, le juge aurait fait application des règles du CO et de la LTr, et non de la CCNT.
1.2 Aux termes de l'art. 123 al. 2 let. a LTF, la révision peut être demandée dans les affaires civiles si le requérant découvre après coup des faits pertinents ou des moyens de preuve concluants qu'il n'avait pas pu invoquer dans la procédure précédente, à l'exclusion des faits ou moyens de preuve postérieurs à l'arrêt.
Selon les propres déclarations de la requérante, la lettre invoquée à titre de moyen de preuve date du 5 mars 2009. Il est donc manifeste que ce document est postérieur à l'arrêt du Tribunal fédéral rendu le 4 février 2009. On ne voit par ailleurs pas ce qui aurait empêché la requérante de se procurer le titre en question dans la procédure précédente. En tout état de cause, le moyen invoqué se rapporte à une question de droit et non pas de fait. Il n'apporte aucun élément nouveau au sujet des faits du litige et en cela sort du cadre de l'art. 123 al. 2 let. a LTF. Dès lors que la requérante conteste en réalité, à travers sa demande de révision, la solution juridique apportée souverainement au litige par le Tribunal fédéral, la demande est inadmissible.
Il s'ensuit que la requête d'effet suspensif devient sans objet.
2. Comme elle succombe, la requérante supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et versera des dépens à l'opposant (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. La demande de révision est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la requérante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'opposant à titre de dépens, est mise à la charge de la requérante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 25 mai 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin