Sachverhalt:
A. XZ._ und YZ._ kauften am 29. Mai 2006 das Einfamilienhaus A._ in Uetikon am See für Fr. 2'010'000.--, das sie anschliessend selbst bewohnten. Am 30. März 2007 verkauften sie die vorher ebenfalls selbst bewohnte Eigentumswohnung an der B._ in Stäfa für Fr. 1'130'000.--. Für diese Vorausbeschaffung gewährte die Gemeinde Stäfa mit Einspracheentscheid vom 15. April 2008 den Aufschub der Grundstückgewinnsteuer infolge Ersatzbeschaffung von selbstgenutztem Wohneigentum. Am 3. Mai 2010 erwarben die Eheleute Z._ das Wohnhaus C._ in Männedorf zum Preis von Fr. 3'450'000.--, das sie ebenfalls selbst bewohnten. Das Einfamilienhaus in Uetikon am See verkauften sie am 15. Juli 2010 für Fr. 2'600'000.--.
B. Infolge des Weiterverkaufs des Einfamilienhauses in Uetikon am See verweigerte der Grundsteuerausschuss der Gemeinde Uetikon am See den Eheleuten Z._ den Steueraufschub der Grundstückgewinnsteuer am 25. November 2010 und veranlagte einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 569'800.-- und eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 217'320.--. Er ging von einer kurzfristigen Kaskadenersatzbeschaffung aus, weil die Eheleute Z._ weniger als fünf Jahre Eigentümer des Grundstücks waren. Den gegen den abweisenden Einspracheentscheid vom 16. Juni 2011 gerichteten Rekurs wies das Steuerrekursgericht mit Entscheid vom 4. Oktober 2011 ab. Die in der Folge erhobene Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess dieses mit Urteil vom 14. März 2012 teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an das Steuerrekursgericht zurück. Danach hat das Steuerrekursgericht abzuklären, ob eine rechtsmissbräuchliche Kaskadenersatzbeschaffung vorliege.
C. Vor Bundesgericht beantragt der Grundsteuerausschuss der Gemeinde Uetikon am See, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 14. März 2012 aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer entsprechend dem Einspracheentscheid des Grundsteuerausschusses Uetikon am See vom 16. Juni 2011 auf Fr. 217'320.-- festzulegen. Er rügt eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG [SR 642.14]).
D. Während die Beschwerdegegner, das Kantonale Steueramt Zürich sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Abweisung der Beschwerde beantragen, verzichtet die Eidgenössische Steuerverwaltung auf einen Antrag.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (BGE 137 III 417 E. 1 S. 417).
1.2 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von Art. 83 BGG ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d in Verbindung mit Art. 73 Abs. 2 StHG).
1.3 Die zürcherischen Gemeinden sind zur Beschwerdeführung gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG in grundstückgewinnsteuerrechtlichen Angelegenheiten legitimiert (Urteil 2C_776/2009 vom 25. Februar 2010 E. 1.2).
2. 2.1 Nach Art. 90 BGG steht die Beschwerde an das Bundesgericht offen gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Endentscheide). Angefochten ist hier jedoch ein Rückweisungsentscheid. Ein solcher gilt grundsätzlich als Zwischenentscheid, weil er das Verfahren nicht abschliesst (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127 f.; 133 V 477 E. 4 S. 480 ff.). Anders verhält es sich bloss, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient; diesfalls handelt es sich um einen Endentscheid (Urteil 2C_846/2012 vom 13. September 2012 E. 2.1 mit Hinweisen). Ein solcher Fall liegt jedoch hier nicht vor, hat doch das Steuerrekursgericht ausdrücklich zusätzliche Abklärungen vorzunehmen und gestützt darauf neu zu entscheiden, weshalb kein End-, sondern ein Zwischenentscheid vorliegt.
2.2 Da dieser Zwischenentscheid seinem Inhalt nach nicht unter Art. 92 BGG fällt, ist die dagegen gerichtete Beschwerde gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Erscheinen diese Eintretensvoraussetzungen nicht ohne Weiteres gegeben, obliegt es der beschwerdeführenden Partei, deren Vorhandensein darzulegen. Die Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG besteht auch hinsichtlich von nicht evidenten Eintretensvoraussetzungen (Urteil 2C_846/2012 vom 13. September 2012 E. 2.2 mit Hinweisen).
2.2.1 Ein solcher irreversibler Nachteil liegt unter anderem dann vor, wenn die beschwerdeführende Behörde einen neuen Entscheid fällen müsste, den sie in der Folge nicht weiterziehen könnte (BGE 134 II 124 E. 1.3 i.f. S. 128). Vorliegend muss aber nicht die beschwerdeführende Behörde, sondern das Steuerrekursgericht einen neuen Entscheid fällen, den die Gemeinde ohne Weiteres wieder in vollem Umfang anfechten kann. Es liegt mithin hier kein nicht wieder gutzumachender Nachteil und damit kein ausnahmsweise anfechtbarer Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG vor.
2.2.2 Die Beschwerdeführerin stützt sich freilich auf Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG. Nach ihrer Auffassung kann durch einen sofortigen Entscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren zum Nachweis eines rechtsmissbräuchlichen Vorgehens erspart werden. Es mag dahin gestellt bleiben, ob das Bundesgericht im Eintretensfall wirklich direkt einen Endentscheid fällen könnte. Die Beschwerdeführerin begründet indes nicht näher, weshalb dadurch ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte. Die Ausnahmeklausel von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG ist nicht leichthin als erfüllt zu betrachten, sondern restriktiv zu handhaben, was die Anforderungen an die diesbezüglich der Partei obliegenden Begründungspflicht noch erhöht (Urteil 2C_846/2012 vom 13. September 2012 E. 2.1 mit Hinweisen). Deshalb sind auch die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG hier nicht erfüllt.
3. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin, die Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 65 f. BBG). Diese hat den Beschwerdegegnern zudem eine Parteientschädigung auszurichten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern als Solidargläubigern eine Parteientschädigung von Fr. 5'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass