Faits:
A. A.a La société X._ SA (ci-après la société contribuable), précédemment dénommée A._ SA, a pour but le conseil et les services dans le domaine notamment de la distribution et de l'organisation de la vente de marchandises. La société a déplacé son siège social de B._ à Zoug le 17 décembre 2000. C._ en était l'actionnaire et l'administrateur.
La société D._ SA, à E._, avait pour but la maintenance de lignes électriques et téléphoniques. C._ en était l'administrateur. D._ SA a été radiée du registre du commerce en 2008.
La société F._ SA, à Zoug, détenait la société D._ SA et s'occupait de sa restructuration. C._ en était l'actionnaire et l'administrateur. F._ SA a été déclarée en faillite le 3 janvier 2007 et se trouve en liquidation.
A.b Au cours de l'exercice 1998, la société contribuable a repris une partie de l'exploitation de la société F._ SA, en particulier les travaux en cours réalisés par celle-ci en faveur de D._ SA. Se substituant à F._ SA, la société contribuable a accordé à D._ SA des prestations sous forme de travail administratif et fiduciaire.
Au 31 décembre 1998, la créance de la société contribuable à l'égard de D._ SA se montait à CHF 199'024.70. Au 31 décembre 1999, cette créance s'élevait à CHF 494'642.85. Pour la même année 1999, la société contribuable a constitué des provisions à hauteur de CHF 300'000.- sur cette créance. Le 31 mars 2000, la société contribuable a postposé ses créances contre D._ SA au profit des autres créanciers de la société.
A.c La société contribuable a déposé sa déclaration d'impôt pour l'année 1999 le 29 septembre 2000, en présentant un bénéfice imposable nul et un capital imposable dans le canton de Vaud de CHF 50'000.-. Par décisions de taxation en matière d'impôts fédéral, cantonal et communal datées du 10 octobre 2002, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après l'Office cantonal) a fixé le bénéfice imposable à zéro franc et le capital imposable dans le canton à CHF 260'000.-.
Le 8 novembre 2002, l'Office cantonal a rendu de nouvelles décisions de taxation, portant le bénéfice imposable à CHF 298'400.- et le capital imposable dans le canton à CHF 325'000.-. Il précisait que ces décisions remplaçaient celles du 10 octobre 2002 et qu'elles prenaient en compte le refus de la provision de CHF 300'000.- sur la créance contre D._ SA.
La société contribuable a formé réclamation contre ces nouvelles décisions de taxation le 7 décembre 2002 auprès de l'Administration cantonale des impôts (ci-après l'Administration cantonale). Le 4 avril 2011, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation.
B. La société contribuable a recouru le 4 mai 2011 contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après le Tribunal cantonal). Par arrêt du 29 mai 2012, celui-ci a rejeté le recours. Il a retenu en substance que les décisions du 8 novembre 2002 avaient valablement remplacé celles du 10 octobre 2002, que la créance fiscale relative aux impôts cantonal et communal n'était pas prescrite et le serait au plus tôt à fin 2012, et que la provision constituée sur la créance contre D._ SA n'était pas justifiée par l'usage commercial, les prestations consenties par la société contribuable en faveur de cette société ne s'expliquant que parce qu'elles étaient décidées par l'actionnaire commun, C._.
C. Par acte du 29 juin 2012, X._ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 29 mai 2012, sous suite de frais et dépens.
L'Administration cantonale propose le rejet du recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, et son irrecevabilité, subsidiairement son rejet, en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et s'en remet à justice s'agissant des impôts cantonal et communal.
La recourante a déposé d'ultimes observations le 1er octobre 2012.
Considérant en droit:
I. Recevabilité
1. Le présent litige porte sur la détermination du bénéfice imposable de la recourante pour la période fiscale 1999, tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Le Tribunal cantonal a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts ce qui est admissible (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt fédéral direct (2C_638/2012), l'autre les impôts cantonal et communal (2C_637/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent en partie, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2. Le recours est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est ouverte. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Le recours a en outre été déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF).
Les conclusions de la recourante portent uniquement sur l'annulation de l'arrêt attaqué. Des conclusions purement cassatoires ne sont en principe pas suffisantes (art. 107 al. 2 LTF). Dès lors que l'on comprend sans peine qu'en concluant à l'annulation de l'arrêt attaqué, la recourante requiert également la réforme de l'arrêt attaqué dans le sens de la prise en compte de la provision de CHF 300'000.- lors du calcul de son bénéfice imposable, il convient de ne pas se montrer trop formaliste, d'autant plus que la recourante n'est pas représentée par un mandataire professionnel (ATF 133 Il 409 consid. 1.4 p. 414 s.).
Il convient donc d'entrer en matière.
3. 3.1 Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (cf. ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400 s.). A cet égard, le recourant doit se déterminer au moins brièvement par rapport aux considérants de l'arrêt entrepris et exposer, ne serait-ce que succinctement, en quoi l'autorité cantonale supérieure viole le droit fédéral (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.1 p. 245 s.).
3.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Sous réserve de cas non réalisés en l'espèce (cf. art. 95 let. c et d LTF), le Tribunal fédéral ne revoit pas le droit cantonal en tant que tel, à moins que son application se révèle contraire au droit fédéral, qui comprend le droit constitutionnel (cf. art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas cette question d'office, mais uniquement si le grief est soulevé et dûment motivé par le recourant (cf. art. 106 al. 2 LTF). Celui-ci doit énoncer le droit ou principe constitutionnel violé et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.2. p. 246).
3.3 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitrairement (cf. ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 313 s.), ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). A ce défaut, un état de fait divergent de celui de la décision attaquée ne peut être pris en compte. En particulier, l'autorité de céans n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322).
II. Impôt fédéral direct
4. Compte tenu de l'écoulement du temps, il convient d'examiner si le droit de taxer la recourante en matière d'impôt fédéral direct pour la période 1999 n'est pas atteint par la prescription absolue. S'agissant de droit fédéral, le Tribunal fédéral examine ce point d'office (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 et 3.3 p. 171 s.).
Selon l'art. 120 al. 1 LIFD (RS 642.11), le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. La prescription ne court cependant pas ou est suspendue pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision (art. 120 al. 2 let. a LIFD). Enfin, la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale (art. 120 al. 4 LIFD).
En l'espèce, le litige porte sur la période fiscale 1999. La prescription du droit de procéder à la taxation est suspendue depuis le 7 décembre 2002, date du dépôt de la réclamation qui est à l'origine de la présente procédure, soit moins de trois ans après la fin de la période fiscale en cause. Quant au droit absolu de procéder à la taxation, il ne parviendra à échéance que le 31 décembre 2014. La prescription n'est par conséquent pas acquise en matière d'impôt fédéral direct.
5. La recourante allègue que la décision de taxation du 8 novembre 2002 n'a pas été notifiée en temps utile pour valablement annuler la décision de taxation du 10 octobre 2002.
5.1 En matière d'impôt fédéral direct, il est admis que l'autorité fiscale peut revenir sur une décision de taxation jusqu'à l'échéance du délai de réclamation ou de recours, sans être soumise à des conditions particulières, et rectifier la taxation au désavantage du contribuable (cf. ATF 121 II 273 consid. 1a/bb p. 278; confirmé récemment in arrêts 2C_653/2012 du 28 août 2012 consid. 4.2.3 et 2C_156/2010 du 7 juin 2011 consid. 3.1).
Le délai pour déposer une réclamation à l'encontre d'une décision de taxation est de trente jours dès la notification (cf. art. 132 al. 1 LIFD). Le délai de réclamation court jusqu'au dernier jour à minuit (cf. HUGO CASANOVA, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 7 ad art. 133 LIFD; MARTIN ZWEIFEL, in MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS (ÉD.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2e éd. 2008, n° 10 ad art. 133 LIFD). Le délai est considéré comme respecté si la réclamation a été remise à l'autorité de taxation ou à un office de poste suisse le dernier jour du délai (cf. art. 133 al. 1 LIFD). Il importe peu de savoir à quel moment cette réclamation est effectivement reçue par l'autorité compétente.
Le délai dont dispose l'autorité de taxation pour revoir sa décision doit obéir aux mêmes principes. Il suffit qu'elle rende et expédie une nouvelle décision le dernier jour du délai de réclamation. Le moment auquel le contribuable en prend connaissance n'est ainsi pas déterminant pour qu'elle remplace valablement la première décision. Seule la notification au contribuable fait en revanche partir le délai dont celui-ci dispose pour déposer une réclamation à l'encontre de la nouvelle décision (cf. LYDIA MASMEJAN-FEY, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 17 ad art. 116 LIFD; ZWEIFEL, op. cit., n° 20 ad art. 116 LIFD).
5.2 En l'espèce, la première décision de taxation porte la date du 10 octobre 2002. Devant la Cour de céans, la recourante ne fait plus valoir qu'elle aurait été postdatée et notifiée le 9 octobre 2002 déjà. Mais même si l'on devait admettre cette date de notification, le délai de réclamation serait arrivé à échéance le 8 novembre 2002. Dans cette hypothèse également, la décision de taxation pouvait par conséquent encore être modifiée le 8 novembre 2002 au plus tard. La nouvelle décision a été rendue et expédiée à cette date. Le délai de réclamation de trente jours de l'art. 132 al. 1 LIFD a donc été respecté. Le fait que la recourante n'ait pris connaissance de cet envoi que le 16 novembre 2002 n'est pas pertinent. Au moment où il a rendu sa nouvelle décision, l'Office cantonal était encore en droit de revenir sur la première taxation. La décision du 8 novembre 2002 a par conséquent valablement remplacé celle du 10 octobre 2002. Le grief de la recourante relatif à l'invalidité de la nouvelle décision doit dès lors être rejeté.
6. Sur le fond, la recourante allègue que les provisions auxquelles elle a procédé en raison de ses créances ouvertes à l'encontre de la société D._ SA devaient être portées en déduction lors du calcul de son bénéfice imposable.
6.1 Selon l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, le bénéfice net imposable comprend les provisions qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial. Des provisions sont justifiées par l'usage commercial lorsqu'elles répondent aux exigences de l'économie d'entreprise. Avec une provision, on met à charge du compte de résultat de l'exercice commercial en cours un engagement qui deviendra une dépense commerciale, qui existe ou du moins est vraisemblable à la clôture du bilan, mais dont le montant exact ne sera connu que lors du ou des prochains exercices commerciaux. Les faits qui sont à l'origine de la perte effective ou vraisemblable doivent avoir lieu durant l'exercice commercial en cours (cf. arrêt 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 2.2, in RDAF 2011 II 70). Si les transactions interviennent au sein d'un groupe d'entreprises ou entre deux sociétés ayant des liens étroits, la société créancière peut en principe opérer des corrections de valeur découlant des difficultés financières de la société qui lui est liée. En revanche, dès qu'il apparaît que la société créancière a fait des attributions à la société en difficulté appartenant au même groupe, sans contre-prestation équivalente, en raison des liens les unissant, et qu'elle ne les aurait jamais accordées à des tiers dans des relations d'affaires normales, ce qui donne à l'opération un caractère insolite reconnaissable pour ses organes, il faut en tenir compte sur le plan fiscal (cf. arrêt 2C_788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.2). Savoir si l'on est en présence d'une provision justifiée par l'usage commercial dépend donc des faits de la cause.
6.2 Selon les faits constatés par le Tribunal cantonal, les prestations effectuées par la recourante en faveur de la société D._ SA ont été consenties sans garantie et dans une situation financière obérée. En concluant qu'elles n'auraient pas été effectuées par un tiers et ne s'expliquent que par le fait que D._ SA et la recourante étaient des sociétés s?urs en mains d'un même actionnaire, de sorte qu'elle ne sont pas justifiées par l'usage commercial, le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit fédéral. Partant, c'est à juste titre que les autorités cantonales n'ont pas tenu compte, sur le plan fiscal, des provisions y relatives.
Pour toute motivation, la recourante se contente de présenter une version des faits qui s'écarte des constatations de l'instance cantonale, sans alléguer ni a fortiori démontrer en quoi les faits figurant dans l'arrêt attaqué seraient manifestement inexacts ou arbitraires, ce qui n'est pas admissible (cf. supra consid. 3.3.).
Le recours doit par conséquent être rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
III. Impôts cantonal et communal
7. En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (cf. arrêt 2P.291/2000 du 23 novembre 2001 consid. 5b, RDAF 2002 II 89; DANIELLE YERSIN, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 104 ad Remarques préliminaires; ERNST BLUMENTSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 2002, p. 162).
Le présent litige porte sur la période fiscale 1999. Aux termes de l'art. 72 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), les cantons devaient adapter leur législation à la loi sur l'harmonisation fiscale dans les huit ans qui suivaient l'entrée en vigueur de cette loi, soit jusqu'au 1er janvier 2001 puisque la LHID est entrée en vigueur le 1er janvier 1993. La loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 (LI; RS-VD 642.11) est entrée en vigueur le 1er janvier 2001. En l'occurrence, les impôts cantonal et communal pour l'année 1999 restent dès lors soumis à la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 26 novembre 1956 (aLI), applicable à l'impôt communal par renvoi de l'art. 5 de la loi vaudoise du 5 décembre 1956 sur les impôts communaux (LICom; RS-VD 650.11).
L'imposition de la recourante en matière d'impôts cantonal et communal pour l'année 1999 se fonde par conséquent exclusivement sur le droit cantonal.
8. La recourante fait valoir qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal pour l'année 1999, la prescription absolue du droit de taxer est acquise depuis le 31 décembre 2011.
La recourante allègue une mauvaise application des dispositions cantonales. Elle n'invoque toutefois la violation d'aucun droit constitutionnel et ne prétend pas que l'arrêt attaqué serait contraire au droit fédéral ou arbitraire. Dans ces conditions, faute d'une motivation suffisante, son recours est irrecevable sur ce point (cf. supra consid. 3.2).
Au demeurant, on relèvera que le délai de prescription absolue prévu par l'art. 98a al. 4 aLI (applicable à l'impôt communal par renvoi de l'art. 42 LICom), à savoir douze ans après la fin de la période de taxation, arrivera à échéance le 31 décembre 2012, dès lors que présent litige porte sur l'exercice 1999, qui fait l'objet de la période de taxation qui se terminait le 31 décembre 2000 (cf. art. 73 al. 2 et 3 aLI, applicable à l'impôt communal par renvoi de l'art. 5 LICom).
9. 9.1 En matière d'impôts cantonal et communal également, la recourante allègue que la décision de taxation du 8 novembre 2002 n'a pas été notifiée en temps utile pour valablement annuler la décision de taxation du 10 octobre 2002. Elle n'invoque toutefois aucune disposition de droit cantonal qui aurait été appliquée arbitrairement et ne présente aucune motivation à l'appui de son grief qui se distingue des critiques formulées en matière d'impôt fédéral direct. Son recours est donc irrecevable sur ce point (cf. supra consid. 3.2).
9.2 Il en va de même en ce qui concerne le refus de prendre en compte les provisions constituées sur ses créances envers la société D._ SA. La recourante ne se plaignant d'aucune violation du droit cantonal, son grief est irrecevable (cf. supra consid. 3.2).
Par conséquent, le recours est irrecevable en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
IV. Frais et dépens
10. Succombant en tous points, la recourante supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_637/2012 et 2C_638/2012 sont jointes.
2. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3. Le recours est irrecevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 3'500.-, sont mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 4 octobre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti