Fatti:
A. Con decisione 4 dicembre 2009 la Divisione della giustizia del Dipartimento delle Istituzioni del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza sulle fondazioni, ha destituito con effetto immediato C._, A._ e B._ dal consiglio della Fondazione D._ e ha stabilito che eventuali ricorsi non avrebbero effetto sospensivo.
B. C._, A._ e B._ sono insorti contro la predetta decisione con appello del 12 gennaio 2010 alla I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino, il cui Presidente ha respinto, con decreto 18 gennaio 2010, la richiesta intesa alla restituzione dell'effetto sospensivo e ha dichiarato irricevibile la richiesta di provvedimenti cautelari. Con riferimento alla prima domanda ha ritenuto che andava privilegiata la soluzione adottata nella decisione impugnata di lasciar gestire la fondazione da un consiglio a ranghi incompleti rispetto a quella scaturente dalla concessione dell'effetto sospensivo di affidare la gestione ad un amministratore esterno, chiamato a curare gli affari correnti e a preservare i beni della fondazione d'intesa con l'autorità di vigilanza.
C. C._, A._ e B._ propongono contro il decreto in questione con allegato 17/19 febbraio 2010 il presente ricorso "in materia di vigilanza sulle fondazioni", chiedendo che sia accolta la domanda di restituzione dell'effetto sospensivo al loro appello, in subordine l'emanazione di provvedimenti provvisionali.
Non sono state chieste determinazioni.
Diritto:
1. 1.1 In materia di vigilanza sulle fondazioni è di principio dato il ricorso in materia civile al Tribunale federale (art. 71 cpv. 2 lett. b n. 4 LTF); nel caso di specie non sono riscontrabili interessi pecuniari, ragione per cui non si pongono questioni legate al valore di lite (art. 74 cpv. 1 LTF e contrario). Il decreto impugnato è di ultima istanza cantonale (art. 75 cpv. 1 LTF), mentre i ricorrenti, nella loro qualità di consiglieri rimossi, hanno partecipato al procedimento innanzi all'autorità inferiore ed hanno un interesse giuridicamente protetto all'annullamento della decisione impugnata (art. 76 cpv. 1 lett. a e lett. b LTF; sentenza 5A_274/2008 del 19 gennaio 2009 consid. 1; tacitamente ammesso nella sentenza 8C_473/2009 del 3 agosto 2009 consid. 4.3.2, in SJ 2010 I pag. 37).
1.2 Il decreto impugnato non pone fine al procedimento avanti all'autorità inferiore, bensì si limita a decidere sul conferimento dell'effetto sospensivo all'appello cantonale, rifiutandolo, e sull'emanazione di misure provvisionali per la durata del procedimento, pure rifiutandole. Notificato separatamente, esso rappresenta una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF (DTF 134 II 192 consid. 1.3 per il rifiuto dell'effetto sospensivo; v. anche sentenza 8C_473/2009 del 3 agosto 2009 consid. 2, in SJ 2010 I pag. 37; implicitamente sentenza 2C_378/2007 del 14 gennaio 2008 consid. 2.2 e 2.3, in RTiD 2008 II pag. 179. DTF 134 I 83 consid. 3.1, per le misure provvisionali). Come tale, il decreto in questione è suscettibile di essere impugnato con ricorso in materia civile unicamente se può causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF; l'ipotesi di cui alla lett. b non entra in linea di conto, poiché data la natura provvisionale della decisione impugnata il Tribunale federale non può in nessun caso pronunciare una decisione finale, v. DTF 134 I 83 consid. 3.1; per analogia già DTF 133 III 634 consid. 1.2).
La nozione di pregiudizio irreparabile è stata ripresa dall'art. 87 cpv. 2 OG, di modo che ci si può riferire alla relativa giurisprudenza per interpretare l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF (DTF 134 III 426 consid. 1.3 con richiami). Conformemente a questa prassi, il pregiudizio deve essere di natura giuridica e non di mero fatto; esso è irreparabile se sussiste il rischio che neppure una decisione finale favorevole al ricorrente lo elimini completamente. Semplici inconvenienti di fatto, come ad esempio un prolungamento dei tempi procedurali o un aumento dei costi legati alla causa, non rappresentano un danno di natura irreparabile, poiché non si tratta di pregiudizi di natura giuridica (DTF 135 II 30 consid. 1.3.4; 133 V 477 consid. 5.2.1; 133 IV 139 consid. 4 e rispettivi rinvii). Incombe al ricorrente l'onere di allegare e dimostrare che la decisione incidentale sia suscettibile di causargli un danno irreparabile, a meno che tale eventualità appaia evidente di primo acchito (DTF 133 III 629 consid. 2.3.1).
1.3 Decisioni relative alla concessione dell'effetto sospensivo sono considerate di natura provvisionale; ad esse trovano applicazione le limitazioni dei motivi di ricorso contemplate all'art. 98 LTF (DTF 134 II 192 consid. 1.5), cosicché gli art. 95, 97 e 105 cpv. 2 LTF non sono applicabili (DTF 133 III 393 consid. 5 e 7.1; 133 III 585 consid. 3.3 e 4.1). Può essere pertanto fatta valere unicamente la violazione di diritti costituzionali. Per quanto riguarda l'accertamento dei fatti, tuttavia, l'applicazione dell'art. 9 Cost. conduce in pratica al medesimo risultato: il Tribunale federale non interviene sulle constatazioni di fatto dell'autorità inferiore se queste non sono arbitrarie e non hanno un influsso sull'esito della decisione (sentenza 5A_858/2009 del 10 marzo 2010 consid. 1.4; sentenza 5A_283-284/2009 del 31 luglio 2009 consid. 1.3). Il Tribunale federale esamina censure di tale natura unicamente se il ricorrente le ha puntualmente sollevate e motivate (art. 106 cpv. 2 LTF): in altre parole egli deve, discutendo la motivazione della decisione impugnata, dimostrare l'avvenuta violazione di diritti costituzionali in modo chiaro e dettagliato (DTF 135 III 232 consid. 1.2; 133 III 393 consid. 6).
1.4 Infine, il ricorrente può addurre nuovi fatti e nuovi mezzi di prova unicamente se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF), ciò che gli incombe di allegare e dimostrare (DTF 133 III 393 consid. 3).
2. 2.1 Alla luce dei principi testè esposti va esaminata l'ammissibilità del gravame.
2.2 Quale pregiudizio irreparabile (supra, consid. 1.2), i ricorrenti allegano la possibilità che i reintegrati membri del consiglio nominino per cooptazione nuovi membri, come previsto dallo statuto - membri ovviamente fedeli a chi li sceglie e, dunque, votati a sostenere gli interessi dell'associazione E._. A sostegno della loro censura, essi citano uno stralcio delle osservazioni 10 febbraio 2010 al loro appello proposte dalla parte appellata. L'obiezione è di natura puramente ipotetica - come peraltro ammettono i ricorrenti medesimi. Le osservazioni all'appello non sono atte a suffragare l'ipotesi dei ricorrenti: esse rappresentano infatti una nuova prova, inammissibile poiché in nessun modo traente origine dalla decisione impugnata (art. 99 cpv. 1 LTF).
2.3 Sulla base della motivazione addotta dai ricorrenti, non si può ritenere soddisfatto il requisito del pregiudizio irreparabile. Da cui l'inammissibilità del gravame.
3. Gravame che, peraltro, è inammissibile anche per altri motivi.
3.1 In una prima parte, i ricorrenti espongono i fatti di causa e la cronistoria procedurale. Lo fanno, tuttavia, adducendo disinvoltamente dettagli che non emergono dalla decisione impugnata, e che - nuovi - non possono essere tenuti in considerazione (art. 99 cpv. 1 LTF; supra consid. 1.4). Peraltro, i ricorrenti nemmeno evocano la possibilità che la base fattuale del decreto impugnato sia stata ritenuta in violazione di un qualsivoglia diritto costituzionale (art. 106 cpv. 2 LTF; supra consid. 1.3).
3.2 Laddove i ricorrenti discutono la motivazione delle decisioni di prima istanza 4 dicembre 2009 nel merito, trascurano che la decisione impugnata deve emanare dall'autorità giudiziaria cantonale superiore (art. 75 cpv. 1 LTF; supra consid. 1.1).
3.3 In diritto, la critica ricorsuale si esaurisce essenzialmente in un'appellatoria discussione dei criteri d'intervento dell'autorità di sorveglianza giusta l'art. 84 CC, e meglio dell'applicazione che ne ha fatto l'autorità amministrativa di prima sede. Tale critica, oltre che inconferente in quanto relativa a decisioni diverse da quella impugnata, non soddisfa le esigenze di motivazione formulate all'art. 106 cpv. 2 LTF, facendo addirittura difetto l'indicazione del diritto costituzionale che si pretende violato.
3.4 I ricorrenti eccepiscono poi, sempre in diritto, che - contrariamente a quanto ritenuto dal Presidente della I Camera civile del Tribunale di appello - sarebbero dovuti essere applicati alla vertenza i principi della procedura per cause amministrative e non quelli della procedura civile; conseguentemente, la concessione dell'effetto sospensivo al proprio gravame sarebbe stata la regola alla quale in casu attenersi. Anche qui, tuttavia, si constata che i ricorrenti non menzionano alcun principio costituzionale erroneamente o non applicato a loro detrimento, limitandosi ad esporre in termini appellatori il loro punto di vista.
3.5 Nel merito, il Presidente della I Camera civile del Tribunale di appello ha ravvisato la questione da risolvere nella scelta fra il mantenimento dell'amministrazione esterna (conseguenza della concessione dell'effetto sospensivo) ed il ripristino delle facoltà gestionali del consiglio, seppur a ranghi incompleti, privilegiando in astratto la prima evenienza nel caso in cui l'appello fosse apparso a prima vista destinato a buon esito, ciò che non avviene nel caso di specie. Le obiezioni dei ricorrenti sono, ancora una volta, generiche ed apodittiche, esaurendosi di fatto nell'esposizione del proprio punto di vista, consistente nel privilegiare la soluzione del mantenimento dell'amministrazione esterna, e nell'espressa convinzione che il proprio ricorso non sia destituito di fondamento. Una tale motivazione, che peraltro fraintende almeno in parte i considerandi del decreto impugnato, è manifestamente appellatoria e non soddisfa i requisiti dell'art. 106 cpv. 2 LTF (supra consid. 1.3).
3.6 Resta da discutere la domanda (eventuale) di provvedimenti provvisionali. I ricorrenti la ripropongono fondandosi sull'art. 21 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative (LPAmm) e motivandola con la necessità di impedire che il consiglio assuma obblighi, in particolare a favore dell'associazione E._. Così facendo, essi omettono di confrontarsi con la motivazione del decreto impugnato, ove viene esposto che nelle circostanze del caso fa difetto la competenza del Presidente della Camera, e viene censurata l'omissione da parte dei ricorrenti di rendere verosimili i presupposti per l'emanazione di misure cautelari.
4. Da quanto precede si evince che il ricorso si appalesa integralmente inammissibile per carente motivazione e per non essere i ricorrenti riusciti a rendere plausibile l'eventualità di un danno irreparabile. Il ricorso va pertanto respinto in ordine, con conseguenza di tassa e spese a carico dei ricorrenti soccombenti (art. 66 cpv. 1 LTF). Non sono dovute ripetibili, non essendo state chieste determinazioni (art. 68 cpv. 1 LTF e contrario).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione alle parti e al Presidente della I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.