Faits:
A. Feue F._ était propriétaire des parcelles nos ** et ** sises en zone de village sur le territoire de la commune de G._. A son décès, en 2000, D._, B.X._, C.X._, E._ et A.X._ sont devenus propriétaires indivis de ces deux parcelles. Par contrat de cession de droits successifs du 2 juillet 2001, A.X._ a racheté aux autres membres de l'hoirie les quatre cinquièmes de la propriété des parcelles susmentionnées pour un prix de 200'000 fr. Il en est ainsi devenu seul propriétaire.
Le 2 mai 2002, A.X._ a encore acquis la parcelle no ** de la commune de G._, également située en zone de village, pour un prix de 16'500 fr.
Le 19 juillet 2005, A.X._ et son épouse H.X._ ont acquis chacun pour une moitié les parcelles nos *** et *** de la commune de G._, sises en zone agricole, au prix de 202'700 fr.
Le 22 février 2006, les époux X._ ont conclu un contrat de vente à terme conditionnelle et droit d'emption portant sur les parcelles nos **, ** et ** de la commune de G._ pour un prix global de 625'000 fr. La réquisition de transfert immobilier a eu lieu le 11 juillet 2006.
Dans sa déclaration d'impôt pour l'imposition des gains immobiliers du 31 octobre 2006, A.X._ a indiqué que les immeubles nos **, ** et ** avaient été affectés à son domicile principal du 2 juillet 2001 au 11 juillet 2006, en faisant partie de sa fortune privée. Il a en outre allégué avoir réinvesti le produit de la vente dans la construction d'un rural et d'une maison d'habitation sur la parcelle no *** pour un montant de 1'074'688 fr.
Par décision du 12 décembre 2007, l'Office d'impôt de Nyon a retenu un gain immobilier de 537'000 fr. correspondant à un impôt de 37'590 fr. Il a par ailleurs décidé que l'imposition ne pouvait être reportée comme le demandait le contribuable.
B. Sur réclamation de A.X._, l'Office d'impôt a établi un bordereau rectificatif fixant le gain immobilier imposable à 500'000 fr.
A.X._ ayant maintenu sa réclamation sur le point du report d'impôt, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud l'a rejetée par décision du 30 octobre 2009.
Le recours interjeté contre cette décision a été rejeté par arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) du 25 mai 2010. Les juges cantonaux ont considéré que l'imposition ne pouvait être reportée ni en vertu de la lettre e (aliénation d'un immeuble agricole), ni selon la lettre f (aliénation de l'habitation) de l'art. 65 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS/VD 642.11).
C. Par écriture parvenue au Tribunal fédéral le 3 septembre 2010, A.X._ a formé un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 25 mai 2010.
L'autorité précédente et l'Administration cantonale des impôts concluent au rejet du recours, tandis que l'Administration fédérale des contributions s'en remet à justice.
Considérant en droit:
1. 1.1 La décision entreprise est une décision d'une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale, rendue dans une cause de droit public et qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'article 83 LTF. Le recours en matière de droit public est ouvert (cf. art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF en relation avec l'art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). En effet, les aliénations qui font l'objet de l'imposition cantonale litigieuse ont eu lieu durant une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001, soit après l'échéance du délai de huit ans prévu par l'art. 72 al. 1 LHID.
Le recourant a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteint par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et art. 100 al. 1 LTF), le recours est en principe recevable.
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits retenus par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 et art. 97 al. 1 LTF).
1.3 Le législateur fédéral a décrit à l'article 12 al. 3 LHID de manière exhaustive les états de fait qui fondent un report d'imposition. Ceux-ci doivent être repris par les cantons dans leur législation sur l'imposition des gains immobiliers. Le législateur fédéral a en même temps recherché une harmonisation matérielle des législations cantonales en ce qui concerne le report d'imposition (ATF 130 II 202 consid. 3.2 p. 207 s.). Il ne reste donc aux cantons aucune marge de manoeuvre qui donnerait lieu à un examen par le Tribunal fédéral sous l'angle restreint de l'arbitraire. Il s'ensuit qu'en l'espèce l'examen de la décision entreprise se fait avec une pleine cognition (cf. arrêts 2C_308/2009 du 14 octobre 2009 consid. 1.3, in Archives 78 p. 690, RDAF 2010 II p. 429; 2C_119/2009 du 29 mai 2009 consid. 2.1, in StE 2009 B 44.13.5 no 9).
2. 2.1 L'art. 12 LHID a la teneur suivante:
"1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2 [...].
3 L'imposition est différée:
[...]
c. en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d. en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e. en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
4 [...].
5 [...]."
L'art. 65 LI prévoit pour sa part:
"1 L'imposition est différée:
[...]
e. en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition, en Suisse, d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles, sis en Suisse, appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
f. en cas d'aliénation de l'habitation (immeuble ou part d'immeuble) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
2 La soulte ou le produit de l'aliénation non réinvesti, dans les cas prévus sous lettres d à f, sont entièrement imposables dans la mesure où ils représentent un gain.
3 [...]."
La prorogation ou report de l'imposition signifie qu'un transfert constituant en soi un acte d'aliénation n'est cependant pas soumis à l'impôt. Tout se passe, sous l'angle de l'impôt sur les gains immobiliers, comme si le transfert n'avait pas eu lieu ou, en d'autres termes, comme s'il n'y avait pas eu réalisation d'un gain (ATF 100 Ia 209 consid. 2c p. 212). La prorogation n'implique toutefois pas une exemption définitive, qui serait d'ailleurs contraire à l'art. 12 LHID. L'augmentation de valeur qui s'est produite entre la dernière aliénation imposable et l'acte prorogeant l'imposition n'est provisoirement pas taxée (arrêt 2C_164/2009 du 13 août 2009 consid. 6.3, in RDAF 2009 II p. 531 et les références).
3. 3.1 Le Tribunal cantonal a retenu que les parcelles nos **, ** et ** se situaient en zone de village de la commune de G._. Entre, d'une part, respectivement, le 2 juillet 2001 pour les immeubles nos ** et ** et le 2 mai 2002 pour la parcelle no ** et, d'autre part, le 22 février 2006, date de la vente des trois immeubles, ceux-ci ont été affectés à l'habitation du recourant et de sa famille. Le jugement entrepris n'indique pas si ces immeubles, en tout ou en partie, comprenaient une partie non construite telle qu'une aire de dégagement. Il est en revanche établi qu'à cette époque le recourant prenait à ferme les ruraux nécessaires à l'exploitation de son domaine.
Pour l'autorité précédente, le réinvestissement au sens de l'art. 65 al. 1 let. e LI ne peut être retenu au motif que la parcelle no ** était affectée à l'habitation du recourant et qu'elle n'était, du fait de cet usage et de son implantation en zone de village, "nullement utilisée à des fins d'exploitation agricole". Le principe voudrait que "des parcelles sises en zone village et affectées à l'habitation exclusivement ne peuvent être remplacées par une parcelle sise en zone agricole sur laquelle se trouve une habitation permettant de loger la famille exploitant l'entreprise agricole. En effet, l'aménagement en général et l'habitation en particulier sont réglés de manière plus restrictive en zone agricole". Le recourant conteste cette approche en se prévalant essentiellement des dispositions de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11).
3.2 La première question qui se pose est donc de savoir si, sur le principe, un immeuble d'habitation situé en zone de construction peut bénéficier du report d'imposition en cas de vente dans le but d'acquérir un autre immeuble d'habitation situé en zone agricole, question à laquelle le Tribunal cantonal a répondu par la négative.
Il convient d'abord de remarquer que ni la LHID, ni la LI ne définit les notions d'"immeuble agricole" et d'"entreprise agricole".
En ce domaine, trois corps de lois peuvent essentiellement jouer un rôle: la LDFR, la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) et la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (LAgr; RS 910.1). Il est largement reconnu que le fait que ces lois ont des champs d'application différents ne doit pas faire obstacle à une interprétation coordonnée prenant en compte les exigences de base de la législation agricole, sans ignorer les impératifs déduits d'autres lois fédérales consacrant des objectifs d'intérêt public d'égal intérêt (ATF 121 II 307; arrêts 5A.32/2004 du 4 février 2005 consid. 4.1; 1A.29/2004 du 21 septembre 2004 consid. 2.4; Y. Donzallaz, Les mutations de la LDFR dans un contexte législatif évolutif: Constitution fédérale, LAT, LAgr, RNRF 2004 p. 22). Il en va spécialement ainsi s'agissant de la relation LAT/LDFR/LAgr (R. Hotz, Einfluss anstehender Neuerungen des Raumlanungsrechts auf das bäuerliche Bodenrecht, CDA 1996 p. 3 ss; voir déjà F. Wegelin, Wie geht es weiter mit dem Bauen ausserhalb der Bauzonen [Ergebnis der Vernehmlassung und Spielraum zur Öffnung der geltenden Ordnung], CDA 1996 p. 43; Y. Donzallaz, Traité de droit agraire suisse: droit public et droit privé [ci-après: Traité], Tome 2, 2006, p. 64 s. avec d'autres références). En effet, ces législations, fondées sur des approches différentes et sectorielles de la problématique rurale, ont pour finalité commune de maintenir en mains des exploitants agricoles la propriété du sol agricole qui représente un facteur de production déterminant. Des problèmes de coordination existent également entre le droit régissant cette matière et le droit fiscal (sur la fiscalité de l'agriculture, cf. p. ex. S. Gerber, Die Besteuerung der Landwirtschaft, CDA 1982 p. 42 ss; Idem, Nachtrag zum Referat "Die Besteuerung der Landwirtschaft", CDA 1982 p. 111 ss; H. P. Späti, Empfindet die Landwirtschaft ihre Besteuerung als gerecht?, CDA 1982 p. 97 ss; J.-B. Paschoud, Problèmes fiscaux liés aux transferts, à titre gratuit ou onéreux, d'immeubles agricoles, CDA 1982 p. 62 ss; L. Savoy, L'imposition du revenu agricole, 1993).
Le Tribunal cantonal s'est exclusivement fondé sur la LAT pour retenir, en substance, que l'habitation située en zone de construction ne pouvait, du simple fait de cette implantation et abstraction faite de toute autre considération, être qualifiée d'agricole, alors que le recourant estime cette approche insoutenable au regard des dispositions de la LDFR qui prévoient un régime particulier. Ces dispositions ont la teneur suivante:
"Art. 2 Champ d'application général
1 La présente loi s'applique aux immeubles agricoles isolés ou aux immeubles agricoles faisant partie d'une entreprise agricole:
a. qui sont situés en dehors d'une zone à bâtir au sens de l'art. 15 de la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire, et
b. dont l'utilisation agricole est licite.
2 La loi s'applique en outre:
a. aux immeubles et parties d'immeubles comprenant des bâtiments et installations agricoles, y compris une aire environnante appropriée, qui sont situés dans une zone à bâtir et font partie d'une entreprise agricole;
b. aux forêts qui font partie d'une entreprise agricole;
c. aux immeubles situés en partie dans une zone à bâtir, tant qu'ils ne sont pas partagés conformément aux zones d'affectation;
d. aux immeubles à usage mixte, qui ne sont pas partagés en une partie agricole et une partie non agricole.
3 [...]".
"Art. 7 Entreprise agricole; en général
1 Par entreprise agricole, on entend une unité composée d'immeubles, de bâtiments et d'installations agricoles qui sert de base à la production agricole et qui exige, dans les conditions d'exploitation usuelles dans le pays, au moins une unité de main-d'oeuvre standard. Le Conseil fédéral fixe, conformément au droit agraire, les facteurs et les valeurs servant au calcul de l'unité de main-d'oeuvre standard.
2 Aux mêmes conditions, les entreprises d'horticulture productrice sont assimilées à des entreprises agricoles.
3 Pour apprécier s'il s'agit d'une entreprise agricole, on prendra en considération les immeubles assujettis à la présente loi (art. 2).
4 Doivent, en outre, être pris en considération:
a. les conditions locales;
b. la possibilité de construire des bâtiments manquants nécessaires à l'exploitation ou de transformer, rénover ou remplacer ceux qui existent, lorsque l'exploitation permet de supporter les dépenses correspondantes;
c. les immeubles pris à ferme pour une certaine durée.
5 Une entreprise mixte est une entreprise agricole lorsqu'elle a un caractère agricole prépondérant."
La doctrine qui s'est prononcée en matière de LHID sur le contenu à donner à la notion d'"immeuble agricole" au sens de l'art. 12 al. 1 de cette loi a mis en évidence les pratiques cantonales qui définissent ce concept en se basant largement sur la LDFR (B. Zwahlen, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, no 21 ad art. 12 LHID). Selon ce dernier auteur (loc. cit.), ces pratiques ne sont ni restreintes ni élargies par la LHID. Il doit ainsi s'agir d'immeubles qui, dans leur globalité, servent à utiliser les matières organiques du sol et qui procurent à une famille, moyennant une exploitation appropriée, l'essentiel de ses ressources économiques. Cette approche intègre l'art. 6 al. 1 LDFR qui qualifie d'agricole "l'immeuble approprié à un usage agricole ou horticole" (cf. M. Klöti-Weber, in Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3e éd., 2009, no 3 ad § 99; Kantonales Steueramt St. Gallen, St. Galler Steuerbuch, StB 132 no 4 [état au 1.1.1999] pt 2.2). Par ailleurs, la doctrine s'exprimant sur les lois cantonales fait dépendre le report d'imposition de la condition que les deux immeubles entrent dans le champ d'application de la LDFR et soient exploités par un exploitant à titre personnel au sens de l'art. 9 LDFR et donc affectés à un usage agricole (C. Zumbühl, in Kurzkommentar zum st. gallischen Steuerrecht für natürliche Personen, 2001, p. 123 et 2e éd., 2004, p. 219 s. nos 701 ss; d'avis contraire s'agissant de la condition de l'exploitation personnelle de l'immeuble aliéné en droit argovien: Klöti-Weber, op. cit., no 3 ad § 99).
La reprise des concepts s'étend à celui d'"entreprise agricole" de l'art. 7 LDFR (Zwahlen, op. cit., no 22 ad art. 12 LHID; Klöti-Weber, op. cit., no 3 ad § 99). Il n'est ainsi nullement nécessaire que l'immeuble aliéné soit incorporé à la zone agricole pour être soumis au champ d'application de la LDFR. En effet, selon l'art. 2 al. 2 let. a LDFR, cette loi s'applique également "aux immeubles et parties d'immeubles comprenant des bâtiments et installations agricoles, y compris une aire environnante appropriée, qui sont situés dans une zone à bâtir et font partie d'une entreprise agricole". Les bâtiments en question peuvent être d'exploitation ou, dans certains cas, d'habitation. L'obligation de disposer d'une habitation comme élément constitutif d'une entreprise agricole dépend du type d'exploitation (ATF 121 III 75 consid. 3c p. 78 ss; Donzallaz, Traité, op. cit., Tome 2, p. 350 ss nos 2540 ss et les références citées.)
Au vu de ce qui précède, il n'est pas admissible de considérer, à défaut même de tout ancrage dans le texte de la loi, que la seule incorporation en zone de construction d'un immeuble bâti - en l'occurrence d'habitation, mais l'arrêt entrepris semble viser également les bâtiments d'exploitations agricoles situés en zone à bâtir - exclut par principe le report d'imposition en cas de réinvestissement dans une autre habitation située en zone agricole. Dans la mesure, toutefois, où la question n'est ici traitée que sous l'angle du remploi agricole, il est nécessaire de faire constater par l'autorité compétente si le recourant était propriétaire d'une entreprise agricole au moment déterminant. C'est en effet à cette seule condition que l'habitation a pu être soumise à la LDFR. Pour le reste, quoi qu'en dise l'autorité précédente, le fait que le recourant ait pris à ferme des immeubles agricoles ne conduit pas à nier l'existence d'une entreprise agricole, dès lors que l'art. 7 al. 4 let. c LDFR prévoit qu'il faut prendre en compte les immeubles pris à ferme pour décider de l'existence d'une telle entreprise. En l'état, le Tribunal fédéral n'est donc pas en mesure de trancher cette question, l'arrêt entrepris étant muet sur le genre d'activité agricole exercée par le recourant, sur son extension géographique et sur son importance. On ignore en particulier si le recourant était, au moment du remploi, à la tête d'une entreprise agricole au sens de l'art. 7 LDFR, ce que l'Administration cantonale des impôts semble nier, dans la mesure où elle fait état d'une grande dispersion des immeubles, notamment d'une distance excessive entre l'ancien domicile du recourant et les immeubles exploités. De telles circonstances, si elles sont avérées, sont en effet de nature à faire douter de l'existence d'une entreprise agricole, en l'absence de l'unité géographique prévue par l'art. 7 al. 1 LDFR, dont le défaut est sanctionné par l'art. 8 let. b LDFR. De ce premier point de vue, le recours doit être admis et la cause renvoyée à l'instance précédente (cf. art. 107 al. 2 LTF).
Il convient encore d'ajouter que, contrairement à l'opinion du recourant, un immeuble ne saurait être qualifié d'agricole du seul fait qu'il sert de logement à un agriculteur.
3.3 La deuxième question est de savoir s'il doit y avoir identité de fonction entre l'immeuble cédé et l'immeuble acquis en remplacement. Le Tribunal fédéral l'a admis dans l'arrêt 2C_308/2009, précité, en se fondant sur une interprétation systématique et historique de l'art. 12 al. 3 let. d LHID (consid. 2.5). Cette jurisprudence est basée sur les dispositions légales applicables jusqu'à l'entrée en vigueur - le 1er janvier 2009 s'agissant des modifications de la LHID (RO 2008 2901) - de la réforme de l'imposition des entreprises II, qui a élargi la notion de remploi des art. 8 al. 4 LHID, 30 et 64 LIFD, en renonçant à l'exigence de l'identité de fonction du bien acquis en remplacement (voir Message du 22 juin 2005 concernant la loi fédérale sur l'amélioration des conditions fiscales applicables aux activités entrepreneuriales et aux investissements [Loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II], FF 2005 4469 ss, en particulier ch. 4.2.1; cf. aussi S. Kuhn/P. Sebestyen/C. Gadola, Steuerliche Ersatzbeschaffung im neuen Kleid, RF 64/2009 p. 538). Dans la présente cause, les opérations déterminantes ont eu lieu avant le 1er janvier 2009, de sorte que ce sont également les dispositions antérieures à l'entrée en vigueur de la réforme de l'imposition des entreprises II qui sont applicables.
Dans le cas particulier, savoir si les immeubles aliénés étaient voués à une activité agricole, spécialement à l'habitation nécessaire de l'agriculteur, est une question qui doit être tranchée au regard des dispositions de la LDFR mentionnées plus haut. Si tel est le cas, le réinvestissement ne pourra être purement et simplement ignoré sous l'angle du report d'imposition, dans la mesure où l'habitation cédée a permis la construction d'une nouvelle habitation agricole. Le fait que d'autres constructions aient bénéficié du réinvestissement, au-delà du remploi au sens strict, ne saurait priver l'agriculteur du bénéfice d'un report au moins partiel. Le Tribunal fédéral ne dispose toutefois pas des éléments de fait nécessaires pour trancher ces questions.
4. A titre subsidiaire, le recourant fait valoir un report d'imposition fondé sur l'art. 65 al. 1 let. f LI. L'autorité précédente a estimé que les conditions d'application de cette disposition ne sont pas réunies, du moment que la nouvelle parcelle no *** est aussi en partie affectée à l'exploitation agricole.
La question de l'application de la let. f de l'art. 65 al. 1 LI ne se posera que si l'autorité précédente parvient à la conclusion, au terme de son instruction complémentaire, que l'habitation aliénée ne faisait pas partie d'une entreprise agricole et n'avait ainsi pas un caractère agricole. Au demeurant, le fait que la nouvelle construction comprenne, outre une habitation, des bâtiments agricoles - et ce dans une mesure qui n'a pas été précisée dans le jugement attaqué -, n'empêche pas le recourant de bénéficier du report pour une part du produit d'aliénation. En effet, contrairement à l'avis de l'autorité précédente, la condition de l'usage propre exclusif contenue à l'art. 65 al. 1 let. f LI ne conduit pas à refuser le report d'imposition lorsque le produit de l'aliénation est réinvesti dans un immeuble qui ne sert pas exclusivement d'habitation, mais comporte d'autres installations. Elle vise plutôt la situation dans laquelle le contribuable met tout ou partie d'un immeuble dont il est propriétaire en location, sans l'utiliser personnellement (cf. Zwahlen, op. cit., no 75 ad art. 12 LHID).
Au demeurant, le Tribunal fédéral a déjà jugé qu'il n'était pas contraire à l'art. 12 al. 3 let. e LHID de n'accorder qu'un report d'imposition partiel dans un cas où l'immeuble vendu comprenait deux appartements dont un seul était utilisé par les contribuables (arrêt 2A.107/2006 du 2 mars 2006 consid. 3). De même, lorsque, comme en l'espèce, c'est l'immeuble acquis en remplacement qui ne sert que partiellement d'habitation au contribuable, ce dernier peut (pleinement) bénéficier du report d'imposition pour la part du produit de l'aliénation qui est réinvestie dans la partie lui servant de logement. Cela suppose toutefois qu'il n'y ait pas de changement du système d'imposition; il faut donc que l'immeuble acquis en remplacement soit lui aussi soumis à l'impôt sur le gain immobilier, condition qui est réalisée en l'occurrence.
5. Vu ce qui précède, le recours doit être admis. La décision attaquée doit être annulée et la cause être renvoyée à l'autorité précédente afin qu'elle procède à une instruction complémentaire dans le sens des considérants du présent arrêt. Le Tribunal cantonal examinera également si le fait que le recourant était seul propriétaire des parcelles aliénées, alors qu'il a acquis les parcelles nos *** et *** avec son épouse, a une incidence du point de vue du report de l'imposition.
Succombant, le canton de Vaud, dont l'intérêt pécuniaire est en cause, doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 et 4 LTF). Il versera en outre des dépens au recourant (cf. art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 25 mail 2010 est annulé et la cause renvoyée à cette autorité pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants du présent arrêt.
2. Des frais judiciaires de 3'000 fr. sont mis à la charge du canton de Vaud qui versera au recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué à la représentante du recourant, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 15 décembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
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