Sachverhalt:
A. Am 5. Juli 2006 zeigte das Betreibungsamt Zürich 4 der X._ AG in Liquidation in der gegen sie laufenden Betreibung auf Grundpfandverwertung Nr. xxxx die betreibungsamtliche Schätzung des Grundstücks GBBl. yyyy, Kat. Nr. zzzz, Plan 10, Geschäftshaus an der Strasse S._ in Zürich, an. Der Wert wurde vom Experten auf Fr. 1'900'000.-- festgesetzt. Am 17. Juli 2006 verlangte die X._ AG in Liquidation eine Neuschätzung ihres Grundstückes, welchem Gesuch das Bezirksgericht nach Leistung des Kostenvorschusses am 2. Oktober 2006 stattgab. Das Bezirksgericht schlug V._ als Sachverständigen vor, wogegen keine Einwendungen erhoben wurden. In seinem Schätzungsbericht vom 6. Dezember 2006 setzte dieser den Verkehrswert der Liegenschaft auf Fr. 1'666'000.-- fest. Dagegen erhob die X._ AG in Liquidation verschiedene Einwendungen und verlangte, den Verkehrswert auf Fr. 2'998'500.-- festzulegen. Der Experte wurde vom Bezirksgericht zur Stellungnahme und allfälligen Ergänzung seines Berichtes aufgefordert, worauf er an seiner bisherigen Schätzung festhielt. Mit Zirkulationsbeschluss vom 5. März 2007 wies das Bezirksgericht das Betreibungsamt Zürich 4 an, die Verkehrswertschätzung vom 6. Dezember 2006 zu übernehmen. Es erkannte keinen triftigen Grund, eine Ergänzung des Gutachtens anzuordnen oder davon abzuweichen.
B. Die X._ AG in Liquidation gelangte daraufhin an das Obergericht des Kantons Zürich als obere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen und verlangte, den Schätzungswert der Liegenschaft auf Fr. 2'998'500.-- festzusetzen und ein Obergutachten zur Festlegung des Verkehrswertes zu erstellen. Das Obergericht wies den Rekurs am 15. Juni 2007 ab und bestätigte den angefochtenen Beschluss.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 6. Juli 2007 beantragt die X._ AG in Liquidation dem Bundesgericht, den obergerichtlichen Beschluss aufzuheben und eine Oberexpertise anzuordnen.
Die Y._ Versicherungs-Gesellschaft als Gläubigerin und Beschwerdegegnerin hat sich zum Gesuch um aufschiebende Wirkung nicht vernehmen lassen.
Mit Verfügung vom 22. August 2007 gewährte der Präsident der II. zivilrechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der angefochtene Beschluss ist nach Inkrafttreten des Bundesgesetzes über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ergangen, weshalb das neue Recht anzuwenden ist (Art. 132 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Entscheide in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen, welche in diesem Bereich an die Stelle der Beschwerde in Betreibungssachen tritt (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 19 SchKG). Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen (Art. 75 Abs. 1 BGG). Beschwerdeentscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden über Verfügungen der Vollstreckungsorgane gemäss Art. 17 SchKG sind Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, zumal diese Verfügungen im laufenden Vollstreckungsverfahren grundsätzlich nicht mehr in Frage gestellt werden können (BGE 133 III 350 E. 1.2 S. 351). Sie sind unabhängig von einer gesetzlichen Streitwertgrenze anfechtbar (Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Auf die fristgerecht erhobene Beschwerde ist demnach einzutreten (Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG).
2.2 Mit der Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonaler verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (Art. 95 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin ist nur soweit einzutreten, als sie den Begründungsanforderungen genügen. Die Beschwerde nach Art. 72 ff. BGG hat nebst einem Antrag eine Begründung zu enthalten, in welcher in gedrängter Form dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 133 III 350 E. 1.3 S. 351). Auch Verfassungsrügen sind in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Begründung hat sich aus der Beschwerde selber zu ergeben, womit die Verweise der Beschwerdeführerin auf ihre kantonalen Eingaben nicht zulässig sind.
3. Nach Eingang des Verwertungsbegehrens ordnet der Betreibungsbeamte die Schätzung des grundpfandbelasteten Grundstückes an. Diese soll den mutmasslichen Verkehrswert des Grundstückes und seiner Zugehör bestimmen, unabhängig von einer allfälligen Kataster- oder Brandassekuranzschätzung (Art. 9 Abs. 1 VZG in Verbindung mit Art. 99 Abs. 1 VZG). Gegen Vorschuss der Kosten kann jeder Beteiligte innert zehn Tagen bei der Aufsichtsbehörde eine Neuschätzung durch einen Sachverständigen verlangen. Streitigkeiten über die Höhe der Schätzung werden endgültig durch die kantonale Aufsichtsbehörde beurteilt (Art. 9 Abs. 2 VZG in Verbindung mit Art. 99 Abs. 2 VZG). Den Beteiligten steht kein Anspruch auf Einholung einer Oberexpertise zu. Das Bundesgericht kann lediglich prüfen, ob das massgebende Verfahren eingehalten sei und ob die kantonale Aufsichtsbehörde das ihr zustehende Ermessen überschritten oder missbraucht habe. Letzteres trifft dann zu, wenn Kriterien mitberücksichtigt worden sind, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn umgekehrt rechtserhebliche Umstände ausser Acht geblieben sind (BGE 110 III 69 E. 2 S. 71; 120 III 79 E. 1 S. 80 f., 135 E. 2 S. 136). Erfasst die Schätzung ein Grundstück, welches im konkreten Fall nicht der Zwangsverwertung unterliegt, so ist die Beschwerde auf jeden Fall gegeben (BGE 133 III 537 E. 4.2 S. 538).
4. Die Schätzung des zu verwertenden Grundstückes sagt nichts über den an der Versteigerung tatsächlich erzielten Erlös aus, sondern gibt dem Interessenten allenfalls einen Anhaltspunkt über das vertretbare Angebot. Deshalb soll die Schätzung nicht "möglichst hoch" sein, sondern den mutmasslichen Verkehrswert des Grundstücks bestimmen. Diesem Zweck dient das Recht der Beteiligten, ohne nähere Begründung eine Neuschätzung zu verlangen (BGE 129 III 595 E. 3.1 S. 597). Wie bei der Schätzung des Verkehrswertes vorzugehen ist, legt das Gesetz nicht fest. Aus dem angefochtenen Urteil und der in kantonalen Akten liegenden Neuschätzung geht hervor, dass der Sachverständige den Verkehrswert aus dem gewichteten Mittel aus Ertrags- und Realwert ermittelt hat, was als Methode anerkannt und verbreitet ist (vgl. Naegeli/Wenger, Der Liegenschaftenschätzer, 4. Aufl. Zürich 1997, S. 99 f.; Canonica, Schweiz. Immobilienschätzer-Verband [Hrsg.], Die Immobilienschätzung, Bern 2000, S. 119). Aus diesem Grunde kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie dem Sachverständigen in allgemeiner Weise vorwirft, er gehe von einer veralteten Schätzungsmethode aus. Zudem ist fraglich, ob die von ihr als massgebend angeführte hedonische Methode im vorliegenden Fall überhaupt sachgerecht wäre. Zur Verwertung steht hier ein Wohn- und Geschäftshaus im Zentrum von Zürich. Die hedonische Methode, welche anhand von Datenbanken ein Bündel von Eigenschaften berücksichtigt, wird indessen in der Praxis für die Schätzung von Eigentumswohnungen und Einfamilienhäusern angewendet (vgl. Wipfli, Bemessung immissionsbedingter Minderwerte von Liegenschaften, Diss. Zürich 2007, S. 44 f.; Fierz, Der Schweizer Immobilienwert, 5. Aufl. Zürich 2005, S. 264). Vor diesem Hintergrund kann der Vorinstanz weder ein Verfahrensfehler noch eine Überschreitung oder ein Missbrauch des Ermessens vorgeworfen werden, weil sie die der Neuschätzung zugrunde liegende Methode geschützt hat. Was die von der Beschwerdeführerin im Hinblick auf den Ertragswert der Liegenschaft als einzig massgeblich erachteten Nettomieten ihrer Liegenschaft betrifft, hat die Vorinstanz in einlässlicher Weise dargelegt, dass diese nicht nachhaltig und nicht quartierüblich seien und daher die vom Experten beigezogenen Vergleichswerte an der Strasse S._ und in unmittelbarer Umgebung vorzuziehen sind. Mit diesen Ausführungen setzt sich die Beschwerdeführerin nicht in rechtsgenüglicher Weise auseinander, weshalb auf ihre diesbezügliche Kritik nicht einzutreten ist (Art. 42 Abs. 2 BGG). Schliesslich ist der Antrag der Beschwerdeführerin auf Anordnung eines Obergutachtens unzulässig, da gemäss Art. 9 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 99 Abs. 2 VZG nur Anspruch auf eine neue Schätzung durch Sachverständige besteht (E. 3).
5. Nach dem Gesagten ist der Beschwerde kein Erfolg beschieden. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht sprechen, da in der Sache keine Vernehmlassung eingeholt worden ist und der Beschwerdegegnerin keine Kosten entstanden sind.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin (Y._ Versicherungs-Gesellschaft), dem Betreibungsamt Zürich 4 und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Oktober 2007
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber: