Faits:
A. A.a P._, consultant informatique indépendant et traducteur, a conclu le 27 novembre 2002 un contrat d'assurance sur la vie relevant de la prévoyance individuelle liée (pilier 3a) avec Zurich Compagnie d'Assurances sur la Vie (ci-après: la Zurich). Selon la police n° x_ du 17 février 2003, laquelle prenait effet rétroactivement le 1er janvier 2003, les prestations assurées étaient, moyennant le versement d'une prime annuelle de 19'000 fr., un capital en cas de vie d'un montant de 337'354 fr. payable le 1er janvier 2024, un capital en cas de décès d'un montant de 437'354 fr., une rente annuelle en cas d'incapacité de gain par suite de maladie d'un montant de 60'000 fr. et la libération du paiement des primes en cas d'incapacité de gain.
A.b Au mois d'octobre 2003, P._ a été engagé à temps partiel par la société Y._. SA. A ce titre, il a été affilié dès le 1er janvier 2004 à la PAX, Fondation collective LPP.
A.c La prime de la police n° x_ s'avérant être une charge financière trop élevée pour l'assuré, les parties au contrat ont, le 7 décembre 2004, modifié la police avec effet au 1er octobre 2004 pour ne conserver que la rente en cas d'incapacité de gain par suite de maladie et la libération du paiement des primes en cas d'incapacité de gain. La prime annuelle s'élevait désormais à 3'408 fr.
A.d Par courrier des 23 mars, 18 avril et 30 mai 2006, P._ a demandé, sur la base d'une attestation fournie par les autorités fiscales compétentes, le remboursement d'un montant de 12'885 fr. au titre des primes qu'il avait versées en trop durant l'année 2004 et la prise en compte dans sa police de la part épargne des primes payées durant la période courant du 1er janvier 2003 au 31 octobre 2004. La Zurich n'est pas entrée en matière sur les demandes de l'assuré, alléguant que la police d'assurance ne présentait aucune valeur de rachat au moment où celle-ci avait été modifiée et que les primes versées avaient servi à couvrir, entre autres charges, les risques assurés ainsi que les frais de clôture et d'administration du dossier.
B. Le 3 octobre 2007, P._ a ouvert action contre la Zurich devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, en concluant à la condamnation de l'assureur au paiement de la somme de 12'885 fr. avec intérêts à 5 % à compter du 18 avril 2006 (conclusion 1), à la constatation de la nullité de la modification de la police d'assurance n° X._ intervenue en octobre 2004 (conclusion 2) et à la constatation que la part épargne constituée durant la période du 1er janvier 2003 au 31 octobre 2004 dans le cadre de cette police - déduction faite de la somme de 12'885 fr. - devait être conservée par la Zurich pour le compte de l'assuré (conclusion 3). Par jugement du 28 mai 2008, le Tribunal cantonal des assurances a rejeté la demande, motif pris que les prétentions formulées par l'assuré étaient prescrites.
C. P._ interjette un recours en matière de droit public dans lequel il reprend les conclusions formulées en première instance.
La Zurich conclut au rejet du recours dans la mesure où celui-ci est recevable, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. La IIe Cour de droit social du Tribunal fédéral est compétente pour connaître en dernière instance des litiges en matière de prévoyance individuelle liée (art. 73 al. 1 let. b LPP en corrélation avec les art. 82 al. 2 LPP, 82 let. a LTF et 35 let. e du règlement du 20 novembre 2006 du Tribunal fédéral [RTF; RS 173.110.131]).
2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3. 3.1 Dans un premier grief d'ordre formel, le recourant invoque une violation de son droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. Il reproche au Tribunal cantonal des assurances sociales de n'avoir pas procédé à un échange d'écritures complémentaire relatif à l'exception de prescription soulevée par l'intimée dans son mémoire de réponse.
3.2 Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens de l'art. 29 al. 1 Cst. (voir également l'art. 6 par. 1 CEDH), le droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute observation ou pièce soumise au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Il appartient en effet d'abord aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Elles doivent à cette fin pouvoir s'exprimer dans le cadre de la procédure, ce qui suppose que la possibilité leur soit concrètement offerte de faire entendre leur point de vue. En ce sens, il existe un véritable droit à la réplique qui vaut pour toutes les procédures judiciaires, y compris celles qui ne tombent pas dans le champ d'application de l'art. 6 par. 1 CEDH, l'art. 29 al. 2 Cst. offrant, en la matière, la même protection que la disposition conventionnelle précitée (ATF 133 I 98 consid. 2.1 p. 99, 100 consid. 4.3 - 4.6 p.102).
3.3 Si le droit de procédure applicable prévoit qu'il n'y a en principe qu'un seul échange d'écriture - comme c'est le cas devant le Tribunal fédéral (cf. art. 102 al. 1 et 3 LTF) -, l'autorité peut se limiter, dans un premier temps, à communiquer la prise de position à titre d'information, sans avis formel de la possibilité de répliquer; pour autant que le juge n'ait pas clôturé l'échange d'écritures, la partie est ainsi mise en situation de faire ou non usage de son droit de réplique; si elle s'en abstient, elle est censée y avoir renoncé après l'écoulement d'un certain délai (ATF 133 I 98 consid. 2.2 p. 99; 132 I 42 consid. 3.3.3 - 3.3.4 p. 46; arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme Göç contre Turquie du 11 juin 2002, Recueil CourEDH 2002-V p. 221, par. 57; Milatova contre République tchèque du 21 juin 2005, par. 61).
3.4 Le 6 décembre 2007, le Tribunal cantonal des assurances sociales a transmis au recourant la réponse de l'intimée. La cause a été gardée à juger à l'issue de l'audience qui s'est tenue le 30 janvier 2008. Que cela soit à réception de la réponse de l'intimée ou au cours de l'audience qui a suivi, le recourant s'est toutefois abstenu de faire part de ses observations quant à l'exception de prescription soulevée par l'intimée. Cela étant, il convient d'admettre que le recourant avait renoncé à faire usage de son droit de répliquer. Dans ces conditions, le Tribunal cantonal des assurances sociales n'a pas violé le droit d'être entendu du recourant en ne l'interpellant pas directement sur cette question. Le grief est par conséquent mal fondé.
4. 4.1 Sous réserve de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral examine d'office les conditions formelles de validité et de régularité de la procédure précédente (ATF 107 V 246 consid. 1b p. 248; Ulrich Meyer, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, n° 8 ad art. 106).
4.2 Selon la jurisprudence, commet un déni de justice formel et viole l'art. 29 al. 1 Cst. l'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis, alors qu'elle devrait le faire (ATF 117 Ia 116 consid. 3a p. 117 et les références). L'interdiction du déni de justice est un droit de nature formelle dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée, indépendamment du sort du recours sur le fond (ATF 121 I 230 consid. 2a p. 232 et les références).
4.3 En l'espèce, le Tribunal cantonal des assurances sociales a considéré que l'ensemble des prétentions du recourant étaient prescrites. Se fondant sur l'art. 46 al. 1 LCA, il a retenu ce qui suit: « En l'espèce, l'obligation litigieuse qui dérive du contrat est la question du rachat de la part épargne à la suite de la modification de la police intervenue au 1er octobre 2004 et signée par le preneur le 7 décembre 2004 (sic) de sorte que l'assuré avait un délai de deux ans dès cette date pour interrompre le délai de prescription. Le seul acte interruptif de prescription accompli par le demandeur est l'introduction, le 3 décembre (recte: octobre) 2007, de la présente demande en paiement, qui est intervenue après le 1er octobre 2006, alors que ses prétentions étaient déjà prescrites ».
4.3 En l'espèce, le Tribunal cantonal des assurances sociales a considéré que l'ensemble des prétentions du recourant étaient prescrites. Se fondant sur l'art. 46 al. 1 LCA, il a retenu ce qui suit: « En l'espèce, l'obligation litigieuse qui dérive du contrat est la question du rachat de la part épargne à la suite de la modification de la police intervenue au 1er octobre 2004 et signée par le preneur le 7 décembre 2004 (sic) de sorte que l'assuré avait un délai de deux ans dès cette date pour interrompre le délai de prescription. Le seul acte interruptif de prescription accompli par le demandeur est l'introduction, le 3 décembre (recte: octobre) 2007, de la présente demande en paiement, qui est intervenue après le 1er octobre 2006, alors que ses prétentions étaient déjà prescrites ».
4.4 4.4.1 A teneur des conclusions formulées en première instance par le recourant et reprises devant la Cour de céans, le litige a pour objet deux questions bien distinctes, à savoir le remboursement des cotisations versées par le recourant au pilier 3a qui excédent les montants maximaux déductibles selon l'art. 7 OPP 3 (conclusion 1), d'une part, et, d'autre part, la validité de la modification du contrat de prévoyance opérée au mois d'octobre 2004 et les conséquences de celle-ci sur la part épargne accumulée jusqu'alors en vertu du contrat initial (conclusions 2 et 3).
4.4.2 Des motifs du jugement attaqué, il ressort que le Tribunal cantonal des assurances sociales s'est prononcé sur la question du bien-fondé de la créance faisant l'objet de la première conclusion du mémoire de demande, de sorte qu'elle peut être examinée par le Tribunal fédéral dans le cadre du présent recours. En revanche, c'est en vain que l'on cherche dans le jugement attaqué une réponse à la seconde question soulevée par le recourant dans sa demande. Faute d'éléments permettant à la Cour de céans de statuer elle-même sur le fond quant à cet aspect du litige, il y a lieu d'annuler la décision entreprise et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale de première instance pour qu'elle rende une nouvelle décision motivée en fait et en droit.
5. 5.1 Les formes de prévoyance individuelle assimilées à la prévoyance professionnelle (art. 82 al. 1 LPP) sont exhaustivement énumérées à l'art. 1 de l'ordonnance du 13 novembre 1985 sur les déductions admises fiscalement pour les cotisations versées à des formes reconnues de prévoyance (OPP 3; RS 831.461.3). Il s'agit des contrats de prévoyance liée, soit de contrats spéciaux d'assurance de capital et de rentes sur la vie ou en cas d'invalidité ou de décès, y compris d'éventuelles assurances complémentaires en cas de décès par accident ou d'invalidité, souscrits auprès d'une institution d'assurance soumise à la surveillance des assurances ou d'une institution d'assurance de droit public satisfaisant aux exigences fixées à l'art. 67 al. 1 LPP, ainsi que des conventions de prévoyance liée, soit de contrats spéciaux d'épargne conclus avec des fondations bancaires, qui peuvent être complétés par un contrat de prévoyance risque. La spécificité de ces contrats d'assurance et de ces conventions d'épargne réside dans le fait que, contrairement à ceux relevant de la prévoyance individuelle libre (pilier 3b) régis par le principe de la liberté contractuelle, ils sont soumis au restrictions prévues par l'OPP 3 dans le but de garantir l'objectif de prévoyance: limitation du choix des bénéficiaires (art. 2) et des possibilités de versement des prestations (art. 3), interdiction de cession et de mise en gage du droit aux prestations, sous réserve d'acquisition de la propriété du logement et de divorce (art. 4; GLADYS LAFFELY MAILLARD, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 67 ad art. 33 LIFD).
5.2 Le pilier 3a ayant pour objectif de compléter les mesures du 2e pilier ou de s'y substituer pour les salariés et les indépendants, l'ampleur des déductions est fonction de l'affiliation ou non à une institution de prévoyance exonérée au sens de l'art. 80 al. 2 LPP. Les contributions annuelles des salariés et des indépendants assurés auprès d'une institution de prévoyance s'élèvent au maximum à 8 % du montant limite supérieur fixé à l'art. 8 al. 1 LPP (art. 7 al. 1 let. a OPP 3; 6'566 fr. pour 2009), alors que pour les contribuables qui ne sont pas affiliés auprès d'une institution de prévoyance, elles peuvent s'élever au maximum à 20 % du revenu provenant d'une activité lucrative, mais au maximum jusqu'à 40 % du montant limite supérieur fixé à l'art. 8 al. 1 LPP (art. 7 al. let. b OPP 3; 32'832 fr. pour 2009).
5.3 Les contributions annuelles au pilier 3a ne sauraient excéder les montants maximaux déductibles selon l'art. 7 OPP 3. Cette limitation trouve sa justification dans le fait que l'argent versé au titre de la prévoyance individuelle liée n'est pas soumis à l'impôt (cantonal et communal) sur la fortune et le rendement de cet argent n'est pas soumis à l'impôt anticipé. En limitant les déductions autorisées, le législateur a voulu donner une portée nettement définie au privilège fiscal accordé au pilier 3a. Il ne s'agit donc pas seulement de limiter la déduction du revenu des montants versés pour le pilier 3a, mais également de limiter la portée de l'exonération de l'impôt anticipé et de l'impôt sur la fortune (CONFÉRENCE SUISSE DES IMPÔTS, Prévoyance et impôts, Cas d'application n° B.2.3.1; GLADYS LAFFELY MAILLARD, op. cit., n° 70 ad art. 33 LIFD; AGNER/JUNG/STEINMANN, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2001, n° 18 ad. art. 33 LIFD). Tout versement excédentaire constitue par conséquent une contribution de prévoyance individuelle libre (pilier 3b). Les produits mixtes d'assurance combinant piliers 3a et 3b n'étant pas admissibles (arrêt 2A.292/2006 du 15 janvier 2007 consid. 4), les versements excédentaires doivent être remboursés, sur requête de l'autorité fiscale, et ne sauraient être compensés par l'absence de versement une année précédente ni reportés sur l'année suivante. Les contributions maximales étant annuelles, il n'y a pas non plus de rachat possible des lacunes passées ou futures (RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, 2003, n° 102 s. ad art. 33 LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2001, n° 63 ad art. 33 LIFD; MAUTE/STEINER/RUFENER, Steuern und Versicherungen, 2e éd. 1999, p. 125). Le remboursement n'est cependant possible que pour la part épargne de la prime. La prime de risque ne peut en effet pas être remboursée, dès lors que le risque a déjà été couvert pas l'assureur (CONFÉRENCE SUISSE DES IMPÔTS, op. cit., Cas d'application n° B.2.3.10).
6. 6.1 Avant de pouvoir examiner la question de savoir si l'action en restitution de primes versées à tort est prescrite, il convient d'examiner la nature de cette action, singulièrement de déterminer si celle-ci est fondée sur le contrat ou sur un enrichissement illégitime. En effet, contrat et enrichissement illégitime s'excluent l'un l'autre, puisqu'un contrat représente une cause juridique, et qu'une prétention découlant de l'enrichissement illégitime suppose précisément qu'il n'y ait pas de cause juridique. Aussi longtemps que l'on peut faire valoir une créance découlant d'un contrat, les règles de l'enrichissement illégitime ne peuvent être appliquées. C'est pourquoi il faut examiner si la partie demanderesse à une telle action a effectué des prestations découlant d'un contrat et si elle peut également en réclamer la restitution sur la base de ce contrat. La grande différence entre les prétentions contractuelles et celles qui résultent de l'enrichissement illégitime est la divergence des délais de prescription applicables (art. 46 al. 1 LCA pour les prétentions contractuelles; art. 67 CO pour celles qui découlent de l'enrichissement illégitime; sur la question en général, ATF 133 III 356).
6.2 Sous réserve d'un délai conventionnel plus long (art. 98 al. 1 LCA), les créances qui dérivent du contrat d'assurance se prescrivent par deux ans à dater du fait d'où naît l'obligation (art. 46 al. 1, 1ère phrase, LCA). Cette disposition est applicable à toutes les créances qui, en vertu de la loi ou du contrat, ont leur source dans les rapports d'assurance. Les deux principales situations visées par cette dispositions concernent, d'une part, la prétention de l'assureur en paiement de la prime et, d'autre part, la prétention de l'ayant droit à l'exécution de la prestation d'assurance. Les prétentions qui ont certes un rapport avec le contrat d'assurance, mais qui ne constituent pas des prétentions légales ou contractuelles, ne tombent pas dans le champ d'application de l'art. 46 LCA (VINCENT BRULHART, Droit des assurances privées, 2008, p. 385 n. 385; CHRISTOPH GRABER, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, 2001, n° 3 ad art. 46 LCA; JEAN BENOÎT MEUWLY, La durée de la couverture d'assurance privée, L'échéance du contrat d'assurance et la prescription de l'article 46 alinéa 1 LCA, 1994, p. 207 s.; ROELLI/KELLER/TÄNNLER, Kommentar zum Schweizerischen Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, Tome I, 1968, p. 664 ss). Ainsi, une créance en restitution de prestations versées à tort ne dérive pas du contrat d'assurance lui-même, mais ressortit à l'enrichissement illégitime (ATF 42 II 674 consid. 2a p. 680). Par analogie, il y a lieu de tenir le même raisonnement s'agissant de la créance en restitution de primes versées à tort (pour un cas relatif à des primes de la prévoyance professionnelle obligatoire et surobligatoire, arrêt B 149/06 du 11 juin 2007 consid. 6.2, in SVR 2008 BVG n° 3 p. 9).
7. 7.1 Conformément à l'art. 67 CO, l'action pour cause d'enrichissement illégitime se prescrit par un an à compter du jour où la partie lésée a eu connaissance de son droit de répétition, et, dans tous les cas, par dix ans dès la naissance de ce droit. Le lésé n'a connaissance de son droit que lorsqu'il a la possibilité d'intenter une action en justice et qu'il possède les éléments suffisants pour motiver une telle demande (ATF 132 V 404 consid. 3 p. 407; 129 III 503 consid. 3.4 p. 505).
7.2 Dans la mesure où il est exclu qu'un établissement d'assurances ou une fondation bancaire rembourse des montants versés au titre de la prévoyance individuelle liée sur simple demande du contribuable (art. 3 OPP 3 a contrario), le remboursement de versements excédentaires ne peut intervenir que sur la base d'un décompte établi par l'autorité fiscale compétente constatant que les primes versées excèdent le montant déductible autorisé à l'art. 7 al. 1 OPP 3 et indiquant clairement le montant à rembourser (CONFÉRENCE SUISSE DES IMPÔTS, op. cit., Cas d'application n° B.2.3.10).
7.3 En l'espèce, c'est en date du 23 février 2006 que l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève a adressé au recourant un courrier l'invitant à demander dans les plus brefs délais le remboursement du montant de 12'885 fr. à l'institution de prévoyance concernée. Le moment déterminant pour le départ de la prescription annale se situait au plus tôt au moment de la réception de ce courrier par le recourant. S'il n'est pas possible de fixer précisément la date de réception, il ressort néanmoins du dossier que le recourant a pris connaissance de ce courrier au plus tard le 18 avril 2006, puisqu'il a interpellé ce jour-là l'intimée sur la teneur de cette invitation. Lorsque le recourant a introduit, le 3 octobre 2007, sa demande auprès du Tribunal cantonal des assurances sociales, la prétention en restitution des versements excédentaires qu'il a effectués au titre de la prévoyance individuelle liée était par conséquent prescrite. Au demeurant, le recourant ne pouvait se prévaloir de la déclaration de renonciation à l'exception de prescription signée par l'intimée le 22 mai 2007, celle-ci ayant expressément réservé le cas où la prescription était déjà intervenue (voir également arrêt 5C.42/2005 du 21 avril 2005, consid. 2.2 et les références). Sur le vu de ce qui précède, il s'ensuit que le recours est mal fondé s'agissant de la conclusion 1 du mémoire de demande et que le recours doit être rejeté dans cette mesure.
8. 8.1 Vu l'issue du litige, le recourant n'obtient que partiellement gain de cause. Il y a donc lieu de laisser une partie des frais à sa charge et de lui allouer une indemnité de dépens réduite.
8.2 En principe, des frais judiciaires et des dépens ne peuvent être mis à la charge d'un canton s'il s'adresse au Tribunal fédéral dans l'exercice des attributions officielles sans que son intérêt patrimonial soit en cause ou si ses décisions font l'objet d'un recours (art. 66 al. 4 LTF). Toutefois, il y a lieu de déroger à ce principe lorsque la décision attaquée viole de manière qualifiée les règles d'application de la justice et cause de ce fait des frais aux parties (art. 66 al. 3 LTF; ATF 133 V 402 consid. 5 p. 407 et les arrêts cités; Hansjörg Seiler, in Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, n° 43 ad art. 66; Thomas Geiser, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, n° 25 ad art. 66). En ne statuant que sur une partie des conclusions qui lui étaient soumises, le Tribunal cantonal des assurances sociales a commis un déni de justice formel, ce qui justifie de mettre les frais de justice et les dépens à la charge de la République et canton de Genève en lieu et place de l'intimée.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis en ce sens que le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 28 mai 2008 est annulé, la cause étant renvoyée à l'autorité judiciaire de première instance pour qu'elle statue à nouveau en procédant conformément aux considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis pour 600 fr. à charge du recourant et pour 600 fr. à charge de la République et canton de Genève.
3. La République et canton de Genève versera au recourant la somme de 1'400 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, à la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 3 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Piguet