Sachverhalt:
A. X._, geb. 1958, ledig, ist Geschäftsführer der Y._ AG in A._/UR. Er verlegte Mitte 2005 seinen Wohnsitz wieder nach A._/UR, nachdem er diesen zuvor nach B._/NW verlegt hatte. X._ meldete sich am 29. Dezember 2006 auf der Gemeindekanzlei A._/UR nach C._/SZ ab. Nach eigenen Angaben wohnte er ab dem 20. Dezember 2006 in Untermiete in einer Wohngemeinschaft in C._/SZ.
B. Mit definitiver Veranlagungsverfügung vom 9. Mai 2008 legte das Amt für Steuern des Kantons Uri für X._ in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2006 ein steuerbares Einkommen von Fr. 267'000.-- bzw. ein steuerbares Vermögen von Fr. 525'000.-- fest. Die dagegen erhobene Einsprache wies die Kantonale Steuerkommission Uri mit Entscheid vom 3. April 2009 ab und stellte fest, dass sich das Steuerdomizil von X._ in der Steuerperiode 2006 nach wie vor im Kanton Uri befunden habe. Mit Urteil vom 7. Mai 2010 wies das Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, die dagegen erhobene Beschwerde ab.
C. Mit Eingabe vom 30. August 2010 erhebt X._ gegen den Entscheid des Obergerichts des Kantons Uri Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Weiter sei die Steuerkommission Uri anzuweisen, von einer Besteuerung des Beschwerdeführers im Kanton Uri für das Steuerjahr 2006, mit Ausnahme der Liegenschaftssteuer, abzusehen. Gerügt wird im Wesentlichen die Verletzung von Bundesrecht, insbesondere des interkantonalen Doppelbesteuerungsverbots.
D. Die Kantonale Steuerkommission Uri beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Uri und die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichten auf eine Stellungnahme. Die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz hat sich nicht geäussert.
Mit Eingabe vom 12. Januar 2011 reicht der Beschwerdeführer unaufgefordert eine Replik ein und hält im Wesentlichen an seinen Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Obergerichts des Kantons Uri betreffend die Feststellung der Steuerpflicht in der Steuerperiode 2006 ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG).
Der angefochtene Entscheid befasst sich ausschliesslich mit der Frage des Steuerdomizils betreffend die Staats- und Gemeindesteuern und nimmt keinen Bezug auf die Veranlagung der direkten Bundessteuer. Mit Schreiben vom 5. Oktober 2010 hat der Beschwerdeführer bestätigt, dass sich die vorliegende Beschwerde nur auf die Staats- und Gemeindesteuern bezieht.
Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Anfechtung des vorinstanzlichen Urteils legitimiert. Auf sein frist- und formgerecht eingereichtes Rechtsmittel ist einzutreten (vgl. Art. 100 und Art. 42 BGG).
1.2 Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte kann eine allenfalls bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mit angefochten werden (vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG), obwohl diese in der Regel kein Urteil im Sinne von Art. 86 BGG bildet (BGE 133 I 300 E. 2.4 S. 307, 308 E. 2.4 S. 313). Im vorliegenden Fall richtet sich die Beschwerde gemäss Beschwerdeschrift nur gegen den Kanton Uri. Da der Entscheid im vorliegenden Verfahren jedoch auch Auswirkungen auf die Steuerpflicht im Kanton Schwyz haben kann, richtet sich die Beschwerde materiell ebenso gegen den Kanton Schwyz; dieser wurde praxisgemäss zur Stellungnahme eingeladen, hat sich zum Stand seines Veranlagungsverfahrens jedoch nicht geäussert und stillschweigend auf eine Vernehmlassung verzichtet.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG); von deren Sachverhaltsfeststellungen kann nur abgewichen werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Angesichts der Besonderheiten des Beschwerdeverfahrens in Doppelbesteuerungssachen ist das Bundesgericht selbst bei Vorliegen des Entscheids einer letztinstanzlichen kantonalen richterlichen Behörde nicht in jedem Fall davon entbunden, den Sachverhalt frei zu überprüfen, z.B. wenn der andere Kanton den Sachverhalt bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, wozu sich der Beschwerdeführer unter Umständen äussern können muss; das ist hier indessen nicht der Fall. Das neue Recht schreibt selbst bei Steuerkompetenzkonflikten gemäss Art. 127 Abs. 3 BV vor, dass der kantonale Instanzenzug zumindest in einem Kanton durchlaufen werden muss. Insoweit muss der Beschwerdeführer seine Behauptungen sowie Beweismittel bereits im kantonalen Verfahren vorbringen und sind die dort getroffenen Feststellungen für das Bundesgericht im Rahmen von Art. 105 BGG verbindlich. Demgemäss kann sich der Beschwerdeführer nicht damit begnügen, die Feststellungen der Vorinstanz einfach zu bestreiten; vielmehr muss er den Nachweis erbringen, dass deren Sachverhaltsermittlung qualifiziert mangelhaft ist (vgl. zum Ganzen BGE 133 I 300 E. 2.3 S. 306; 131 I 145 E. 2.4 S. 149; Urteil 2C_397/2010 vom 6. Dezember 2010 E. 1.3, in: RDAF 2011 II S. 127).
2. Der Beschwerdeführer macht vorab eine Verletzung von Art. 29 BV geltend, weil der Präsident der Kantonalen Steuerkommission Uri, Z._, gleichzeitig als leitender Angestellter der Steuerverwaltung des Kantons Schwyz tätig und "überdies bevorzugter Jasspartner des Vorsitzenden der Vorinstanz" sei. Da es vorliegend um die Frage der Missachtung des Doppelbesteuerungsverbots betreffend die Kantone Uri und Schwyz gehe, wäre Z._ ausstandspflichtig gewesen.
2.1 Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK sind verletzt, wenn bei einem Richter - objektiv betrachtet - Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Solche Umstände können entweder in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Für den Ausstand wird nicht verlangt, dass der Richter tatsächlich befangen ist. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken (BGE 133 I 1 E. 6.2 S. 6 mit Hinweisen). Mit anderen Worten muss gewährleistet sein, dass der Prozess aus Sicht aller Beteiligten als offen erscheint.
2.2 Für nichtgerichtliche Behörden enthält Art. 29 Abs. 1 BV eine analoge Garantie. Die Rechtsprechung zur Unabhängigkeit und Unparteilichkeit von Gerichtsbehörden kann jedoch nicht ohne Weiteres auf erstinstanzliche Verwaltungsverfahren übertragen werden. Vielmehr müssen die Anforderungen an die Unparteilichkeit von Verwaltungs- und Exekutivbehörden unter Berücksichtigung ihrer gesetzlich vorgegebenen Funktion und Organisation ermittelt werden. Im verwaltungsinternen Verfahren bejaht das Bundesgericht eine Ausstandspflicht in der Regel nur dann, wenn das betreffende Behördenmitglied oder der Beamte ein persönliches Interesse an dem zu behandelnden Geschäft hat (BGE 125 I 119 E. 3f S. 124 f., 209 E. 8a S. 217 f.; Urteil 2C_8/2007 vom 27. September 2007 E. 2.3; je mit Hinweisen).
2.3 Das Obergericht hat auf diese Rechtsprechung ausführlich Bezug genommen (vgl. angefochtener Entscheid E. 9 und 10) und mit Blick auf den konkreten Fall festgestellt, der Umstand, dass der Präsident der Kantonalen Steuerkommission Uri sich auch hauptberuflich im Kanton Schwyz (als Abteilungsleiter für juristische Personen) mit Steuerfragen auseinandersetze, genüge für sich allein nicht, um eine Befangenheit in der Entscheidfindung anzunehmen. Ein persönliches Interesse sei weder ersichtlich noch geltend gemacht worden. Die vom Beschwerdeführer angeführte Loyalität von Z._ zum Kanton Schwyz als seinem Arbeitgeber würde sich vorliegend geradezu zugunsten des Beschwerdeführers auswirken, da er ja eine Verlegung seines steuerrechtlichen Wohnsitzes in den Kanton Schwyz geltend mache.
2.4 Der Beschwerdeführer setzt sich mit dieser Argumentation nicht rechtsgenüglich auseinander (Art. 106 Abs. 2 BGG), sondern übt in erster Linie appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid. Seine Ausführungen im bundesgerichtlichen Verfahren liefern keine Anhaltspunkte, welche auf eine Befangenheit von Z._ schliessen lassen würden. Dieser ist denn auch im Kanton Schwyz, unter dessen Steuerhoheit der Beschwerdeführer in der Steuerperiode 2006 ja gerade fallen möchte, als Abteilungsleiter für juristische - und nicht natürliche - Personen tätig. Auch die nicht näher belegte "Jassfreundschaft" zwischen Z._ und dem Präsidenten des Obergerichts vermögen hier keinen Ausstandsgrund zu begründen. Soweit auf diese Rüge überhaupt einzutreten ist, ist sie abzuweisen.
3. 3.1 Eine gegen Art. 127 Abs. 3 BV verstossende Doppelbesteuerung liegt vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung).
3.2 Im vorliegenden Fall wird das Steuerdomizil des Beschwerdeführers bis zum 31. Dezember 2006 aufgrund des angefochtenen Urteils vom Kanton Uri beansprucht. Ob der Beschwerdeführer für die Steuerperiode 2006 im Kanton Schwyz schon rechtskräftig eingeschätzt worden ist, geht weder aus dem angefochtenen Urteil noch aus den Akten hervor. Damit steht nicht fest, ob durch den angefochtenen Entscheid eine aktuelle Doppelbesteuerung resultiert. Nachdem der Kanton Schwyz auf eine Vernehmlassung verzichtet hat, bleibt auch offen, ob er die Steuerhoheit des Kantons Uri für den fraglichen Zeitraum anerkennt oder bestreitet. Nach Auffassung des Beschwerdeführers befindet sich sein Steuerdomizil im fraglichen Zeitraum nicht (mehr) im Kanton Uri, sondern (bereits) im Kanton Schwyz, womit er implizit einen Verstoss gegen das Verbot der virtuellen Doppelbesteuerung rügt.
4. 4.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 127 Abs. 3 BV ist der steuerrechtliche Wohnsitz (Hauptsteuerdomizil) einer unselbständig erwerbenden Person derjenige Ort, wo sich die betreffende Person mit der Absicht dauernden Verbleibens aufhält (vgl. auch Art. 6 Abs. 2 des Steuergesetzes [des Kantons Uri] vom 17. Mai 1992 [StG/UR; RB 3.2211], Art. 3 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], Art. 3 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 23 Abs. 1 ZGB) bzw. wo sich faktisch der Mittelpunkt ihrer Lebensinteressen befindet (vgl. BGE 125 I 54 E. 2 S. 56; 123 I 289 E. 2a S. 293). Dieser Mittelpunkt der Lebensinteressen bestimmt sich nach der Gesamtheit der objektiven, äusseren Umstände, aus denen sich diese Interessen erkennen lassen, nicht nach den bloss erklärten Wünschen der steuerpflichtigen Person. Auf die gefühlsmässige Bevorzugung eines Ortes kommt es nicht an; der steuerrechtliche Wohnsitz ist insofern nicht frei wählbar. Dem polizeilichen Domizil, wo die Schriften hinterlegt sind oder wo die politischen Rechte ausgeübt werden, kommt dagegen keine entscheidende Bedeutung zu; das sind bloss äussere Merkmale, die ein Indiz für den steuerrechtlichen Wohnsitz bilden können, wenn auch das übrige Verhalten der Person dafür spricht (statt vieler: BGE 132 I 29 E. 4.1 S. 35 f.). Wenn sich eine Person abwechslungsweise an zwei Orten aufhält, ist für die Bestimmung des steuerrechtlichen Wohnsitzes darauf abzustellen, zu welchem Ort sie die stärkeren Beziehungen unterhält. Bei unselbständig erwerbenden Steuerpflichtigen ist das gewöhnlich der Ort, wo sie für längere oder unbestimmte Zeit Aufenthalt nehmen, um von dort aus der täglichen Arbeit nachzugehen, ist doch der Zweck des Lebensunterhalts dauernder Natur. Die Frage, zu welchem der Aufenthaltsorte die steuerpflichtige Person die stärkeren Beziehungen unterhält, ist jeweils aufgrund der Gesamtheit der Umstände des Einzelfalls zu beurteilen (BGE 132 I 29 E. 4.2 S. 36 f. mit Hinweisen).
4.2 In Bezug auf die Beweisführung und den relevanten Zeitpunkt gilt das Folgende: Der steuerrechtliche Wohnsitz als steuerbegründende Tatsache ist grundsätzlich von der Steuerbehörde nachzuweisen. Der steuerpflichtigen Person kann allerdings der Gegenbeweis für die von ihr behauptete subjektive Steuerpflicht an einem neuen Ort auferlegt werden, wenn die von der Steuerbehörde angenommene bisherige subjektive Steuerpflicht als sehr wahrscheinlich gilt. Diese ursprünglich für das internationale Verhältnis aufgestellte Regel ist nach der Praxis des Bundesgerichts auch im interkantonalen Verhältnis anwendbar (Urteile 2C_625/2009 vom 16. Februar 2010 E. 3.2; 2C_827/2008 vom 16. Juni 2009 E. 4.1; 2C_175/2008 vom 22. August 2008 E. 3.2; 2C_183/2007 vom 15. Oktober 2007 E. 3.2; 2P.7/2004 vom 8. Juni 2004 E. 4; ASA 39 S. 288).
Im vorliegenden Fall befand sich das Hauptsteuerdomizil des Beschwerdeführers erst seit dem 1. August 2005 (wieder) in A._/UR, nachdem er seinen Wohnsitz zuvor per 1. Dezember 2003 nach B._/NW verlegt hatte. Vor dem 1. Dezember 2003 befand sich sein Wohnsitz gemäss eigenen Angaben jahrelang in A._/UR (vgl. Beschwerdeschrift S. 3). Bei dieser Ausgangslage sowie aufgrund der Tatsache, dass die Verlegung des steuerrechtlichen Wohnsitzes in einem "Letter of Commitment and Understanding" vom 28. April 2005 zwischen dem Beschwerdeführer und den kantonalen Steuerbehörden des Kantons Uri festgehalten und sogar mit einer Pressemitteilung publik gemacht wurde, ist es nicht am Kanton Uri, das Weiterbestehen des Hauptsteuerdomizils in seinem Kanton darzutun, sondern vielmehr am Beschwerdeführer, die Verlegung des Hauptsteuerdomizils in den Kanton Schwyz nachzuweisen. Dabei besteht gemäss Art. 68 Abs. 1 StHG bei Wechsel des steuerrechtlichen Wohnsitzes innerhalb der Schweiz die Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit für die laufende Steuerperiode im Kanton, in welchem die steuerpflichtige Person am Ende dieser Periode, im vorliegenden Fall am 31. Dezember 2006, ihren Wohnsitz hat.
4.3 Hier ist die Vorinstanz mit ausführlicher Begründung zum Ergebnis gekommen, dem Beschwerdeführer sei der Nachweis einer Wohnsitznahme in C._/SZ per Ende 2006 nicht gelungen. Es sei wenig glaubhaft, dass der Beschwerdeführer - unter Berücksichtigung seines Alters und seiner beruflichen Stellung - seinen Lebensmittelpunkt in ein einziges Zimmer in einer Wohngemeinschaft verlegt habe. Zudem seien seine Fahrzeuge alle im Kanton Uri eingelöst und der Mietvertrag für das Zimmer in der Wohngemeinschaft lege den Mietbeginn auf den 1. Januar 2007 fest. Es seien keine Anhaltspunkte für ein gepflegtes Beziehungsnetz im Kanton Schwyz erkennbar. Die zeitliche Komponente sowie die Tatsache, dass der Beschwerdeführer selber einräume, aufgrund von Meinungsdifferenzen mit der Gemeinde A._/UR seinen Wohnsitz verlegt zu haben, wiesen darauf hin, dass der Beschwerdeführer aus "emotionalen Gründen" seinen Wohnsitz "pro forma" in den Kanton Schwyz verlegt habe.
4.4 Der Beschwerdeführer vermag nicht darzutun, inwiefern die Ausführungen der Vorinstanz bundesrechtswidrig sein sollen.
4.4.1 Alleine die Tatsache, dass er sich - genau zwei Tage vor dem Jahreswechsel - am 29. Dezember 2006 auf der Gemeindekanzlei A._/UR abgemeldet hat, lässt auf jeden Fall noch nicht auf einen neuen steuerrechtlichen Wohnsitz schliessen, da dem polizeilichen Domizil keine entscheidende Bedeutung zukommt. Hingegen hat die Vorinstanz zu Recht auf den Mietvertrag vom 27. Dezember 2006 über ein Zimmer in der Wohngemeinschaft an der S._strasse in C._/SZ abgestellt. Darin ist der Mietbeginn per 1. Januar 2007, 12.00 Uhr, vorgesehen. Der Einwand des Beschwerdeführers, der Vermieter habe ihm den Mietzins für die Zeit vom 20. bis 31. Dezember 2006 entgegenkommenderweise nicht in Rechnung Stellung wollen, erscheint unter den gegebenen Umständen wenig glaubhaft. Daran vermag auch die ins Recht gelegte, handschriftlich verfasste "Kaufquittung" vom 14. Dezember 2006 für ein Bettgestell mit Lattenrost und Matratze über Fr. 3'300.-- sowie eine schriftliche "Bestätigung" des Vermieters, betreffend den vorzeitigen Einzug des Beschwerdeführers nichts zu ändern. Nicht entscheidend ist in diesem Zusammenhang, ob in der Wohngemeinschaft in C._/SZ zwei (gemäss Beschwerdeführer) oder drei Mitbewohner (gemäss Steuerbehörden) lebten. Hingegen erscheint es nachvollziehbar, dass die Vorinstanzen die Verschiebung des Lebensmittelpunkts eines (angesichts seines steuerbaren Einkommens bzw. Vermögens gemäss Steuerveranlagung) durchaus erfolgreichen fünfzigjährigen Geschäftsführers mit Restaurantbetrieb in A._/UR in ein einziges Zimmer einer Wohngemeinschaft in C._/SZ in Zweifel gezogen haben.
4.4.2 Zwar ist dem Beschwerdeführer zuzustimmen, wenn er ausführt, die Niederlassungsfreiheit erlaube es jedem Schweizer, den Wohnsitz jederzeit zu wechseln und das Motiv eines Wohnsitzwechsels spiele dabei keine Rolle. Hier geht es jedoch um etwas Anderes: der steuerrechtliche Wohnsitz bestimmt sich wie erwähnt nach dem Mittelpunkt der Lebensinteressen. Der Beschwerdeführer hätte deshalb primär aufzuzeigen, dass er zum Kanton Schwyz die stärkeren Beziehungen unterhält als zum Kanton Uri. Aus den ausführlichen Darlegungen zur angeblichen formellen Wohnsitzverlegung kann der Beschwerdeführer daher nichts Entscheidendes zu seinen Gunsten ableiten.
4.4.3 Für die Annahme, dass im Dezember 2006 in C._/SZ noch kein neuer Wohnsitz begründet worden ist, spricht neben der zeitlichen Komponente (Abmeldung zwei Tage vor Jahreswechsel, Bezug eines möblierten Zimmers in einer Wohngemeinschaft, Mietbeginn gemäss Vertrag 1. Januar 2007) auch der fehlende Nachweis, dass sich der Mittelpunkt der Lebensinteressen des Beschwerdeführers bereits Ende Dezember 2006 im Kanton Schwyz befunden haben soll. So hat die Vorinstanz etwa verbindlich (vgl. E. 1.3 hiervor) festgestellt, dass die Jacht des Beschwerdeführers seit mindestens zehn Jahren in D._/SZ stationiert war und seine von ihm gesteuerten (Geschäfts-)Fahrzeuge alle im Kanton Uri registriert sind. Der Beschwerdeführer führt zwar - ohne dies allerdings näher zu belegen - aus, sein Lebensmittelpunkt habe sich im Jahre 2006 immer mehr in den Kanton Schwyz verlagert, wo seine damalige Freundin wohnte und wo er viele Kollegen hatte und neu dazugewann. Aufgrund der Gesamtheit der Umstände durfte aber die Vorinstanz durchaus den Schluss ziehen, dass die hauptsächliche Motivation für den behaupteten Wohnsitzwechsel vielmehr in den Differenzen mit der Gemeinde A._/UR bzw. den Behörden des Kantons Uri zu erblicken war. Schliesslich hat der Beschwerdeführer auch in der Ende Februar 2007 eingereichten Steuererklärung 2006 und dem Wertschriftenverzeichnis 2006 den angeblichen Wegzug in den Kanton Schwyz gar nicht aufgeführt, was angesichts der offensichtlichen Brisanz der Frage seines Wohnsitzes doch erstaunlich erscheint.
4.4.4 Ebenfalls nichts zu seinen Gunsten kann der Beschwerdeführer ableiten, wenn er ausführt, der Verzicht der Vorinstanz auf eine Befragung seines Vermieters und Mitbewohners bzw. seines Buchhalters und Treuhänders als Zeugen verstosse gegen das Willkürverbot sowie gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör. Die Vorinstanz durfte, ohne hierdurch gegen das Willkürverbot (Art. 9 BV) sowie den Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) zu verstossen, auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichten, wenn sie aufgrund der bereits abgenommenen Beweise ihre Überzeugung gebildet hatte und in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen konnte, dass ihre Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148; 131 I 153 E. 3 S. 157; je mit Hinweisen). Zudem war es ohnehin fraglich, ob von den beiden dem Beschwerdeführer nahestehenden Personen ein unbeeinflusstes Zeugnis zu erwarten gewesen wäre.
4.4.5 Die Folgerung der Vorinstanz, dem Beschwerdeführer sei der Nachweis der Verlegung des Hauptsteuerdomizils vom Kanton Uri in den Kanton Schwyz per Ende Dezember 2006 nicht gelungen, ist daher nicht zu beanstanden. Durch den Verzicht auf eine Vernehmlassung hat sich auch die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz nicht gegen diese Betrachtungsweise gewehrt. Das Hauptsteuerdomizil des Beschwerdeführers für die Steuerperiode 2006 wird somit zu Recht vom Kanton Uri beansprucht.
5. 5.1 Die Beschwerde erweist sich mithin als unbegründet und ist abzuweisen.
5.2 Bei diesem Verfahrensausgang werden die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer, der mit seinem Antrag nicht durchdringt, auferlegt (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Amt für Steuern Uri, der Kantonalen Steuerkommission Uri, der Steuerverwaltung des Kantons Schwyz, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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