Sachverhalt:
A. Die A._ AG mit Sitz in X._ ist die Nachfolgegesellschaft der B._ SA. Sie gehört zur C._ GmbH & Co. KG, die ihren Sitz in Deutschland hat. Der Zweck der B._ SA war ursprünglich der Kauf, Verkauf und Betrieb von Liegenschaften. Die Gesellschaft war in den letzten Jahren nicht mehr aktiv und besass als einziges Aktivum ein unüberbautes Grundstück in Y._. Per 31. Dezember 2000 wies sie einen Bilanzverlust von Fr. ._.-- aus. Mit Statutenänderung vom 12. Oktober 2001 nahm sie eine Zweckerweiterung vor. Der Gesellschaftszweck lautet seither: "Acquisition et vente d'immeubles, commerce et exploitation d'immeubles, étude, planification et réalisation de constructions en tant qu'entrepreneur total ou général etc". Mit Statutenänderung vom 5. September 2002 änderte sie auch ihre Firma.
Bereits am 1. September 2000 hatte die damalige B._ SA mit der ebenfalls zur C._ Unternehmensgruppe gehörenden D._ GmbH & Co. KG einen "Generalübernehmervertrag" abgeschlossen, womit sie sich verpflichtete, zum Preise von Fr. _.-- die von der Auftraggeberin erworbenen Hotels E._ und F._ und die D._ umzubauen und zu modernisieren sowie Bereiche des Dorfplatzes D._ zu gestalten. Aus dieser Tätigkeit resultierte für die A._ AG ein Gewinn von Fr. _.--, welcher in der Steuererklärung 2001 vollständig mit Verlusten aus früheren Geschäftsjahren verrechnet wurde.
B. Die Kommission für die Einschätzung juristischer Personen des Kantons Wallis akzeptierte diese Verlustverrechnung nicht und nahm in der ordentlichen Veranlagung 2001 für die Kantons- und Gemeindesteuer sowie für die direkte Bundessteuer eine entsprechende Aufrechnung vor. Eine dagegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 17. September 2003 ab. Da die Gesellschaft B._ SA in den letzten Jahren nicht mehr aktiv gewesen war und ihre letzten Betriebsaktiven (Grundstücke) veräussert hatte, ging die Steuerbehörde davon aus, es handle sich steuerrechtlich um eine Liquidation mit anschliessender Neugründung. Die Steuerpflichtige habe die Zweckänderung nur durchgeführt, um die noch bestehenden Verluste verrechnen zu können. Sie habe kein Personal und trete nur als Rechnungsstellerin (Fakturierungsgesellschaft) auf. Die gewählte Rechtsgestaltung sei ungewöhnlich und den wirtschaftlichen Gegebenheiten unangemessen. Es liege eine Steuerumgehung vor.
C. Die A._ AG focht den Einspracheentscheid bei der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis an. Mit Entscheid vom 25. Mai 2005 (zugestellt am 21. August 2007) hiess diese die Beschwerde gut und legte den steuerpflichtigen Gewinn der Beschwerdeführerin für das Jahr 2001 bei der Kantons- und Gemeindesteuer und der direkten Bundessteuer unter Berücksichtigung der steuerlich anerkannten Verluste der Vorjahre auf null Franken fest. Die Steuerrekurskommission verneinte das Vorliegen einer Steuerumgehung. Es komme nicht selten vor, dass eine im Immobiliengeschäft tätige Gesellschaft gleichzeitig auch als Generalunternehmerin auftrete. Im Übrigen habe die Steuerpflichtige zwischenzeitlich ihre Tätigkeit als Generalunternehmerin fortgesetzt. So sei sie bei der Sanierung des Hotels G._ in Z._ beschäftigt gewesen. Das sei als weiteres Indiz dafür zu werten, dass die Zweckänderung bzw. die fragliche Tätigkeit als Generalunternehmerin in D._ nicht einzig im Hinblick auf allfällige Steuerersparnisse vorgenommen worden sei, sondern einen dauerhaften Charakter aufweise. Es treffe auch nicht zu, dass die Gesellschaft kein eigenes Personal beschäftige. So sei gemäss Handelsregistereintrag vom 20. Februar 2001 eine Person im Angestelltenverhältnis für die Administration zuständig gewesen. Die technische Abwicklung des Generalunternehmervertrags sei zwar an die deutsche H._ GmbH (mit Sitz in I._) ausgelagert worden, doch sei auch diese Vorgehensweise im Wirtschaftsalltag nicht ungewöhnlich und stelle keine missbräuchliche Rechtsgestaltung dar. Selbst wenn aber eine Steuerumgehung vorliegen sollte, würde dies der Steuerbehörde noch nicht gestatten, eine Verlustverrechnung einfach abzulehnen. In jenem Fall müsste sich die Steuerbehörde auf jene rechtliche und tatsächliche Situation stützen, welche eigentlich vorliegen sollte. Im vorliegenden Fall wäre danach davon auszugehen, dass die Arbeiten nicht von der Steuerpflichtigen, sondern von einer Drittunternehmung ausgeführt worden seien, was dazu führen würde, dass der Gewinn nicht bei der Steuerpflichtigen, sondern bei der Drittunternehmung zu besteuern wäre.
D. Gegen diesen Entscheid hat die Steuerverwaltung des Kantons Wallis beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Sie beantragt dessen Aufhebung.
Die A._ AG beantragt die Abweisung der Beschwerde, während die Steuerrekurskommission sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung auf Vernehmlassung verzichtet haben.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid erging vor dem 1. Januar 2007. In verfahrensrechtlicher Hinsicht sind daher noch die Bestimmungen des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) anwendbar (Art. 132 Abs. 1 BGG).
1.2 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer wie der Kantons- und Gemeindesteuer zulässig (Art. 97 ff. OG, Art. 146 DBG, Art. 73 Abs. 1 StHG). Die Steuerverwaltung des Kantons Wallis ist zu ihrer Erhebung legitimiert (Art. 146 DBG und 73 Abs. 2 StHG, in Verbindung mit Art. 2 Abs. 2 des kantonalen Ausführungsgesetzes zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer vom 24. September 1997). Aufgrund der geänderten Bestimmungen über die Rechtspflege im Kanton Wallis entscheidet die Steuerrekurskommission über Beschwerden in Sachen der Staatssteuer und der direkten Bundessteuer als letzte kantonale Instanz (Art. 150 Abs. 2 des Steuergesetzes vom 10. März 1976 sowie Art. 8 Abs. 3 des Ausführungsgesetzes zum DBG vom 24. September 1997, in der Fassung gemäss Gesetz betreffend die Änderung der Rechtspflegeordnung vom 9. November 2006). Die Verfahrensänderungen finden mit Inkraftsetzung des Gesetzes auf den 1. Juli 2007 auf hängige Verfahren sofort Anwendung (IX. Abschnitt Ziff. 7 des Gesetzes vom 9. November 2006).
2. Gemäss Art. 67 Abs. 1 DBG können Verluste aus sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren vom Reingewinn der Steuerperiode abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
Es ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin per 31. Dezember 2000 einen Verlustvortrag von Fr. _.-- auswies und dass dieser Verlust grundsätzlich mit dem in der Steuerperiode 2001 erzielten Gewinn verrechnet werden konnte. Die Beschwerdeführerin will die Verlustverrechnung deswegen nicht zulassen, weil es an der hierfür erforderlichen wirtschaftlichen Kontinuität fehle und weil überdies eine Steuerumgehung vorliege.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin räumt ein, dass die Statutenrevision, mit welcher die Firma und der Zweck der Beschwerdegegnerin geändert wurde, zivilrechtlich keine Neugründung darstellt. Sie beruft sich jedoch auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach im Falle des sogenannten Mantelhandels bzw. einer Fusion die Verlustverrechnung unabhängig vom Vorliegen einer eigentlichen Steuerumgehung nicht zugelassen wird, wenn die übernommene Gesellschaft bereits vor der Fusion wirtschaftlich (faktisch) liquidiert oder in liquide Form gebracht wurde oder wenn sie kurze Zeit nach der Übernahme wirtschaftlich liquidiert wird. In solchen Fällen fehlt es an der betrieblichen bzw. wirtschaftlichen Kontinuität, die nach Sinn und Zweck der gesetzlich vorgesehenen Verlustverrechnung vorausgesetzt ist, und es muss angenommen werden, dass die Fusion einzig vorgenommen wurde, um sonst nicht bestehende Verlustverrechnungsmöglichkeiten zu schaffen (vgl. das Urteil 2A.583/2003 vom 31. Januar 2005 i.S. F. AG, publiziert in StE 2005 B 72.15.2 Nr. 7, E. 2.2, mit Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung).
3.2 Es ist unbestritten, dass sich das Aktionariat der Beschwerdegegnerin im massgebenden Zeitraum nicht verändert hat. Es geht somit weder um einen Mantelhandel noch um eine Fusion. Schon deswegen lässt sich die erwähnte Rechtsprechung nicht unbesehen auf den vorliegenden Fall übertragen. Im Übrigen verkaufte die Beschwerdegegnerin ihr Grundstück in Y._ mit einem Buchwert von Fr. _.-- erst im Dezember 2001 (Grundbucheintrag per 8. Februar 2002), während sie den "Generalübernehmervertrag" bereits am 1. September 2000 unterzeichnet und im Jahre 2001 mit ihrer Tätigkeit als Generalunternehmerin einen Gewinn von Fr. _.-- erzielt hatte. Eine Immobiliengesellschaft, die über ein Grundstück im Millionenwert verfügt, kann aber nicht als faktisch liquidiert gelten, weshalb von einer fehlenden wirtschaftlichen Kontinuität nicht gesprochen werden kann. Ob bei gleichbleibenden Eigentumsverhältnissen überhaupt auf dieses Kriterium zurückgegriffen werden darf, kann unter diesen Umständen dahingestellt bleiben (vgl. dazu Robert Danon, in: Yersin/Noël, Impôt fédéral direct, N. 14 zu Art. 67 LIFD).
4. 4.1 Eine Steuerumgehung wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. BGE 131 II 627 E. 5.2 S. 635 f.; StR 59/2004 S. 127, 2A.470/2002, E. 4.1 u.5.1; StE 2001 A 12 Nr. 10, 2A.580/2000, E. 2c; ASA 55 S. 129 E. 2; BGE 107 Ib 315 E. 4 S. 322 f., je mit Hinweisen) angenommen, wenn (1.) eine von den Beteiligten gewählte Rechtsgestaltung als ungewöhnlich (insolite), sachwidrig oder absonderlich, jedenfalls den wirtschaftlichen Gegebenheiten völlig unangemessen erscheint, (2.) anzunehmen ist, dass die gewählte Rechtsgestaltung missbräuchlich lediglich deshalb getroffen wurde, um Steuern einzusparen, die bei sachgemässer Ordnung der Verhältnisse geschuldet wären, und (3.) das gewählte Vorgehen tatsächlich zu einer erheblichen Steuerersparnis führen würde, sofern es von den Steuerbehörden hingenommen würde. Ob diese Voraussetzungen erfüllt sind, ist aufgrund der konkreten Umstände des Einzelfalls zu prüfen. Wird eine Steuerumgehung bejaht, ist der Besteuerung die Rechtsgestaltung zugrunde zu legen, die sachgemäss gewesen wäre, um den erstrebten wirtschaftlichen Zweck zu erreichen.
4.2 Dass eine Immobiliengesellschaft ihren Zweck erweitert und nunmehr als Generalunternehmerin tätig ist, ist keineswegs ungewöhnlich, zumal es sich um einen verwandten Tätigkeitsbereich handelt. Es kann einer Gesellschaft grundsätzlich nicht verwehrt sein, eine unrentable Geschäftstätigkeit aufzugeben und eine neue aufzunehmen, ohne dabei steuerliche Nachteile befürchten zu müssen (Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, N. 7 zu Art. 67). Das räumt im Grunde genommen auch die Beschwerdeführerin ein. Ungewöhnlich ist die Rechtsgestaltung der Beschwerdegegnerin aus einem anderen Grund: Diese hat nämlich die ihr übertragenen Arbeiten nicht selber ausgeführt, sondern an die ebenfalls mit der C._ Gruppe verbundene H._ GmbH mit Sitz in I._ übertragen. Sie selber wäre dazu gar nicht in der Lage gewesen. Zwar soll sie nach den Feststellungen im angefochtenen Entscheid über einen Angestellten verfügt haben, der für die Administration zuständig gewesen sei. Der Personalaufwand belief sich aber gemäss der bei den Akten liegenden Erfolgsrechnung im Jahre 2001 auf lediglich Fr. 8'009.23. Damit musste sich die Tätigkeit der Beschwerdegegnerin abgesehen von den fehlenden Fachkenntnissen schon mangels Personal darauf beschränken, die von der H._ GmbH erbrachten Leistungen an die Auftraggeberin weiterzuverrechnen. Dass die Beschwerdegegnerin ein eigenes unternehmerisches Risiko getragen haben soll, ist unglaubhaft und wäre angesichts der bestehenden Überschuldung ohnehin bedeutungslos. Bei dieser Sachlage erweist es sich in der Tat als ungewöhnlich, dass die Auftraggeberin, die D._ GmbH & Co. KG., den Auftrag nicht direkt der zum gleichen Konzern gehörenden H._ GmbH erteilt hat. Dass die Beschwerdegegnerin dazwischengeschaltet wurde, macht wirtschaftlich nur dann einen Sinn, wenn damit Steuern eingespart werden konnten. Es liegt denn auch auf der Hand, dass die Beschwerdegegnerin nur deswegen zur Generalunternehmerin umfunktioniert wurde, weil damit ihr Verlustvortrag steuerwirksam zum Verschwinden gebracht werden sollte, was nicht möglich gewesen wäre, wenn die H._ GmbH diese Aufgabe übernommen hätte. So betrachtet würde das gewählte Vorgehen auch tatsächlich zu einer erheblichen Steuerersparnis führen.
4.3 Wird eine Steuerumgehung in diesem Sinne bejaht, ist der Besteuerung nach dem Gesagten die Rechtsgestaltung zugrunde zu legen, die sachgemäss gewesen wäre, um den erstrebten wirtschaftlichen Zweck zu erreichen. Die sachgerechte Lösung hätte im vorliegenden Fall darin bestanden, den Generalunternehmerauftrag direkt der H._ GmbH zu übertragen, die den Auftrag ja auch ausgeführt hat und bei der in Wirklichkeit der nur pro forma bei der Beschwerdegegnerin ausgewiesene Gewinn angefallen war. Wären die Beteiligten so vorgegangen, hätte die Beschwerdegegnerin zwar keine Verlustverrechnung vornehmen können. Es wäre bei ihr aber auch kein Ertrag aus Generalunternehmertätigkeit angefallen. Mit anderen Worten hätte ihr steuerbarer Gewinn bei sachgerechter Rechtsgestaltung im Ergebnis ebenfalls nur null Franken betragen. Unter diesen Umständen besteht kein Grund, die Verlustverrechnung nicht zuzulassen. Es wäre widersprüchlich, einerseits die Beschwerdegegnerin bei der Ermittlung des steuerbaren Gewinns bei der von ihr gewählten formellen Rechtsgestaltung zu behaften, anderseits aber bei der Verlustverrechnung dieser Rechtsgestaltung die Anerkennung zu versagen. Der angefochtene Entscheid ist daher im Ergebnis nicht zu beanstanden, und die Beschwerde erweist sich hinsichtlich der direkten Bundessteuer als unbegründet.
Ob die in Deutschland domizilierte H._ GmbH im Kanton Wallis für die dort faktisch ausgeübte Generalunternehmertätigkeit besteuert werden kann oder hätte besteuert werden können, ist nicht Verfahrensgegenstand.
5. Die kantonalen Vorschriften betreffend die Verlustverrechnung lauten gleich wie diejenigen im Bundesrecht (vgl. Art. 88 StG/VS). Das soeben Gesagte gilt daher auch für die Kantons- und Gemeindesteuer.
6. Die Beschwerde ist somit sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer als auch der Kantons- und Gemeindesteuer abzuweisen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65, 66 Abs. 1 und 4 BBG). Diese hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren überdies eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer als auch der Kantons- und Gemeindesteuer abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. März 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann