Sachverhalt:
A. X._ war Mitglied des Stiftungsrates der Stiftung Y._, bis er von dieser mit Beschluss vom 23. März 2006 abberufen wurde. Mit Beschwerde vom 24. März 2006 an das Eidgenössische Departement des Innern (GS, Eidgenössische Stiftungsaufsicht) machte er geltend, seine Abberufung sei ungerechtfertigt; zudem beanstandete er das Geschäftsgebaren der Stiftung Y._ in finanzieller Hinsicht (zu hoher Anteil der Verwaltungskosten im Verhältnis zu den Vergabungen bzw. zu den Gesamtauslagen). Mit Entscheid vom 28. September 2007 verfügte das EDI, dass der Beschwerde gegen die Abwahl von X._ als Stiftungsrat keine weitere Folge gegeben werde (Dispo. Ziff.1), während sich aus der Begründung des Entscheides ergibt, dass der Verwaltungsaufwand der Stiftung nicht zu beanstanden sei.
B. Eine hiergegen am 26. Oktober 2007 erhobene Beschwerde von X._, die indes seine Abwahl als Mitglied des Stiftungsrates nicht betraf, wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 14. Oktober 2008 ab, soweit darauf einzutreten war.
C. Gegen diesen Entscheid gelangt X._ mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Er beantragt die Überprüfung des Verhältnisses zwischen Verwaltungskosten und Gesamtaufwand der Stiftung und stellt überdies einen Antrag betreffend seine Abwahl als Stiftungsrat.
Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Wie der Beschwerdeführer in seiner Beschwerde selbst einräumt, war seine Abberufung als Stiftungsrat nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens, obwohl er "dies wohl auch ... hätte ... vorbringen sollen". Damit ist er aber vor Bundesgericht mit diesem neuen Begehren ausgeschlossen (Art. 99 Abs. 2 BGG), und es kann daher insofern auf seine Beschwerde nicht eingetreten werden.
1.2 Ist der Beschwerdeführer dementsprechend definitiv nicht mehr Mitglied des Stiftungsrates der Beschwerdegegnerin, so fehlt es ihm an einem rechtlich geschützten Interesse an der Anfechtung des Entscheides hinsichtlich des beanstandeten Aufwandes (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG). Dieses wäre nur noch gegeben, wenn der Beschwerdeführer tatsächlicher oder potentieller Destinatär der Beschwerdegegnerin wäre, was er nicht ist, wie die Vorinstanz unangefochten festgestellt hat. Es kann demnach auch insofern auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
1.3 Auf die Beschwerde ist mithin insgesamt nicht einzutreten.
2. Ausgangsgemäss wird der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Zusprechung einer Parteientschädigung (Art. 68 BGG) entfällt mangels Einholung einer Vernehmlassung.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Zbinden