Faits:
A. A.X. et B.X._ travaillent tous deux pour la banque A._ SA (ci-après: la Banque). Conformément au règlement interne de la Banque, A.X._, en tant que directeur, a reçu en 2003 une indemnité forfaitaire mensuelle de 700 fr. destinée à couvrir ses frais de représentation, de prospection et d'entretien des relations avec les clients. Ce règlement qui fixe le montant des indemnités forfaitaires et les modalités de paiement a été approuvé par l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) le 4 août 2000.
B. Dans sa déclaration d'impôt 2003, A.X._ a, notamment, revendiqué la déduction des frais de déplacement pour un montant de 2'496 fr., des frais de repas à hauteur de 1'500 fr., des frais de formation d'un montant de 2'692 fr. et, sous la rubrique "autres frais professionnels", la déduction forfaitaire de 3'800 fr.
Par décision de taxation du 10 novembre 2004, l'Office d'impôt de district de Morges (ci-après: l'Office d'impôt) a fixé le revenu imposable de la période fiscale 2003 pour l'impôt cantonal et communal à 333'573 fr. et pour l'impôt fédéral direct à 340'001 fr. L'Office d'impôt a refusé la déduction forfaitaire de 3'800 fr. pour autres frais professionnels au motif que l'indemnité forfaitaire versée par l'employeur, destinée à couvrir les frais de représentation, excluait les déductions pour dépenses professionnelles des salariés, sauf en ce qui concernait les frais de transport entre le domicile et le lieu de travail. A.X._ a élevé réclamation à l'encontre de cette décision.
Le 4 juillet 2007, l'Office d'impôt a notifié aux intéressés une décision de taxation pour les impôts cantonaux et communaux, ainsi que pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2004. La déduction pour autres frais professionnels y était également refusée, compte tenu du versement par l'employeur de A.X._ d'une indemnité forfaitaire pour frais de représentation. Celui-ci a formé une réclamation à l'encontre de cette décision de taxation. Il en est allé de même en ce qui concerne la décision de taxation du 17 juillet 2007 pour les impôts cantonaux et communaux ainsi que pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2005 qui n'accordait pas non plus la déduction forfaitaire pour autres frais professionnels.
C. Par décision sur réclamation du 26 septembre 2007, l'Administration cantonale des impôts a partiellement admis la réclamation des époux X._ relative à l'impôt cantonal, communal et l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2003, et a arrêté le revenu imposable à, respectivement, 328'900 fr. et 333'500 fr. La fortune imposable était de 1'115'000 fr. Ladite Administration a toutefois refusé la réclamation en ce qui concerne la déduction de 3'800 fr. des autres frais professionnels. L'Administration cantonale des impôts a rejeté les réclamations concernant les impôts cantonal et communal ainsi que l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2004 et 2005 par décisions sur réclamation du 26 septembre 2006.
D. Par arrêt du 2 avril 2008, le Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A.X._ et B.X._. Il a rappelé que l'indemnité forfaitaire que percevait l'intéressé était censée couvrir tous ses frais de représentation et les autres frais professionnels. Dès lors, il ne pouvait de surcroît réclamer la déduction forfaitaire pour les autres frais professionnels de 3'800 fr. En revanche, si lesdits frais n'étaient pas couverts par l'indemnité perçue de son employeur, A.X._ pouvait réclamer la déduction du montant effectif de ses dépenses. Dans cette hypothèse, il devait établir par pièces le montant de ses dépenses. Or, en l'espèce, le recourant n'avait produit aucun justificatif des frais encourus.
E. Par un "recours" adressé au Tribunal fédéral, A.X._ et B.X._ lui demandent d'annuler l'arrêt du 2 avril 2008 du Tribunal cantonal, de rejeter les trois décisions sur réclamation du 26 septembre 2007 concernant les périodes fiscales 2003, 2004 et 2005 et d'ordonner la déduction pour chaque période d'un montant de 3'800 fr. à titre d'"autres frais professionnels" pour les impôts cantonal et communal et pour l'impôt fédéral direct ainsi que de leur restituer l'émolument de 1'500 fr. perçu par le Tribunal cantonal.
L'Administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours pour autant qu'il soit recevable. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants et dispositif de son arrêt du 2 avril 2008. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux conclusions de l'Administration cantonale des impôts et aux considérants de l'arrêt du Tribunal cantonal.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'acte déposé n'indique pas la voie de recours utilisée ce qui ne permet pas de préjuger de sa recevabilité, une telle omission ne nuisant pas au recourant, pour autant que les conditions de forme de l'une des voies de droit prévues par la loi sur le Tribunal fédéral soient respectées (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382; 131 I 291 consid. 1.3 p. 296).
1.2 L'arrêt attaqué concerne aussi bien l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2003, 2004 et 2005. Il est donc fondé sur le droit public, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte en vertu de l'art. 82 LTF, les exceptions de l'art. 83 LTF n'étant pas réalisées.
1.3 Les tribunaux cantonaux doivent rendre deux décisions - qui peuvent toutefois figurer dans un seul acte - , l'une pour l'impôt fédéral direct et l'autre pour les impôts cantonal et communal, avec des motivations séparées - ce qui n'exclut pas des renvois - et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif qui distingue expressément les deux impôts (ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511), ce qui n'a pas été le cas dans l'arrêt entrepris. Deux recours différents, qui peuvent aussi être contenus dans la même écriture, doivent également être introduits devant le Tribunal fédéral avec des conclusions adaptées à chacun des impôts.
Dès lors, comme les recourants n'ont pas distingué, dans leur recours, l'impôt fédéral direct des impôts cantonal et communal, il est douteux que celui-ci remplisse les conditions de l'art. 42 LTF. Le Tribunal cantonal a toutefois suscité la confusion, en rendant une seule décision pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal, et en confondant les motivations, de sorte qu'il y a lieu de ne pas être trop sévère quant à la forme du recours, ce d'autant que les recourants ne sont pas représentés par un mandataire professionnellement qualifié.
1.4 La conclusion des recourants tendant à l'annulation des trois décisions sur réclamation du 26 septembre 2007 de l'Administration cantonale des impôts est irrecevable, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (ATF 126 II 300 consid. 2a p. 302/303), dont la décision - de dernière instance cantonale - peut seule être attaquée devant le Tribunal fédéral (art. 86 al. 1 lettre d LTF).
1.5 Au surplus, interjeté par une partie directement touchée par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (art. 89 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) et déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, le recours en matière de droit public est en principe recevable.
2. Dans la mesure où les recourants invoquent la violation de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.), leur grief n'est pas motivé à suffisance de droit (art. 106 al. 2 LTF; cf. ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143) et est partant irrecevable.
I. Impôt fédéral direct
3. Le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés notamment à l'art. 26 LIFD (art. 25 LIFD).
L'art. 26 LIFD prévoit:
"1 Les frais professionnels qui peuvent être déduits sont:
a. les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail;
b. les frais supplémentaires résultant des repas pris hors du domicile et du travail par équipe;
c. les autres frais indispensables à l'exercice de la profession;
d. les frais de perfectionnement et de reconversion professionnels en rapport avec l'activité exercée.
Les frais professionnels mentionnés à l'al. 1, let. a à c, sont estimés forfaitairement; dans le cas de l'al. 1, let. a et c, le contribuable peut justifier des frais plus élevés."
3.1 En vertu de l'art. 3 de l'ordonnance du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'Ordonnance; RS 642.118.1), le Département fédéral des finances fixe les déductions forfaitaires et les publie dans un appendice joint à l'Ordonnance. Les forfaits correspondent à des moyennes qui sont réputées correspondre aux dépenses effectives des contribuables. Leur montant est périodiquement mis à jour pour tenir compte de l'évolution du coût de la vie. Si, au lieu de la déduction forfaitaire, le contribuable fait valoir des frais plus élevés, il doit justifier la totalité des dépenses effectives ainsi que leur nécessité sur le plan professionnel (art. 4 de l'Ordonnance).
Selon l'art. 7 de l'Ordonnance, sont réputés autres frais professionnels pouvant faire l'objet d'une déduction forfaitaire au sens de l'art. 3 de l'Ordonnance, les dépenses indispensables à l'exercice de la profession, soit l'outillage professionnel (y compris le matériel informatique et les logiciels), les ouvrages professionnels, l'utilisation d'une chambre de travail privée, les vêtements professionnels, l'usure exceptionnelle des chaussures et des vêtements, l'exécution de travaux pénibles, etc. Sont réservées la justification de frais plus élevés (art. 4 de l'Ordonnance) et la déduction des frais de perfectionnement et de reconversion professionnels (art. 8 de l'Ordonnance). Selon l'appendice, cette déduction est de 3% du salaire net et, pour les années en cause, au minimum 1'900 fr. et au maximum 3'800 fr. par an.
4. A.X._ perçoit de son employeur une indemnité forfaitaire de 8'400 fr. par an visant à compenser les frais de représentation que sa fonction au sein de la Banque engendrent. Il estime que, malgré cette compensation, il devrait pouvoir déduire de son revenu brut les 3'800 fr. forfaitaires pour autres frais professionnels (cf. art. 26 al. 1 lettre c LIFD) prévus par l'art. 7 et l'appendice de l'Ordonnance. Selon lui, l'indemnité forfaitaire perçue ne couvrirait pas les mêmes frais que ceux pour lesquels la déduction forfaitaire de 3'800 fr. peut être invoquée.
4.1 A la suite de l'accord conclu par la Banque avec l'Administration cantonale des impôts le 4 août 2000, l'indemnité annuelle de 8'400 fr. touchée par A.X._ n'est pas imposée puisqu'elle vise à couvrir les frais que celui-ci supporte dans l'exercice de son activité professionnelle. Cela signifie que, en l'espèce, ces frais ont été reconnus par l'autorité fiscale comme des frais professionnels déductibles au sens de l'art. 26 LIFD, notamment comme des frais nécessaires à l'acquisition du revenu (cf. Jean-Marc Barilier, Les frais d'acquisition du revenu des simples particuliers, p. 91).
Selon le règlement interne de la Banque, l'indemnité sert notamment à compenser les invitations de partenaires commerciaux à des petits repas au restaurant ou à la maison, les cadeaux remis lors des invitations émises par des partenaires commerciaux (fleurs, boissons alcoolisées, etc.), les repas intermédiaires, les appels téléphoniques à des fins professionnelles à partir du domicile privé, les pourboires, les invitations et les cadeaux à des collaborateurs, les contributions à des institutions, associations et autres, des dépenses secondaires pour et avec des clients, les petites dépenses lors de réunions et discussions, les trajets en tram, en bus et en taxi, les frais de stationnement, les déplacements professionnels en véhicule privé dans un rayon local, les porteurs et frais de vestiaire, les frais de téléphone et d'affranchissement et le pressing. Ainsi, un large éventail des dépenses que peut rencontrer un employé dans le cadre de son activité a été prévu par ledit règlement et est compris dans l'indemnité.
4.2 Les frais d'acquisition du revenu sont à distinguer des frais d'entretien du contribuable, les seconds n'étant pas déductibles (cf. art. 34 lettre a LIFD et art. 1 al. 2 de l'Ordonnance), nonobstant le fait qu'ils résultent de la situation professionnelle de celui-ci. Ainsi, les frais de nourriture, d'habillement ou de logement ne sont en principe pas déductibles. Les frais professionnels ne peuvent être déduits du revenu brut que s'ils n'ont pas été remboursés au contribuable par son employeur (Bruno Knüsel, in: Martin Zweifel/Peter Athanas (éd.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundegesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), Art. 1-82, 2e éd., no 22 ad art. 26 p. 392).
Si l'employeur verse au travailleur une indemnité pour compenser les dépenses de celui-ci, comme c'est ici le cas, on doit admettre que cette indemnité couvre effectivement les frais encourus (Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 1ère éd., p. 117, Jean-Marc Barilier, op. cit., p. 37). Dès lors, il n'est pas possible de faire valoir en plus la déduction forfaitaire pour les autres frais professionnels. Toutefois, à supposer que l'indemnité soit insuffisante, le contribuable pourrait toujours prouver, le cas échéant, que ses frais effectifs, qui devraient être, en l'espèce, des frais entrant dans la catégorie des autres frais professionnels indispensables à l'exercice de la profession au sens de l'art. 26 al. 1 lettre c LIFD, sont plus élevés que l'indemnité perçue (cf. art. 4 de l'Ordonnance) et invoquer la déduction pour le surplus soit, en l'occurrence, pour les frais qui dépasseraient 8'400 fr. par an. En l'espèce, les recourants ne prétendent pas que l'indemnité de 8'400 fr. ne couvrirait pas la totalité des frais indispensables à l'exercice de la profession de A.X._.
4.3 Les recourants soutiennent que l'indemnité versée par la Banque ne concernerait pas les mêmes frais que ceux pour lesquels la déduction forfaitaire de 3'800 fr. pour autres frais professionnels (art. 26 al. 1 lettre c LIFD et 7 de l'Ordonnance) peut être invoquée. Dans le premier cas, il s'agirait de frais qui sont à la charge de l'employeur et, dans le deuxième cas, de frais professionnels assurés par le contribuable et qui ne seraient pas remboursables par l'employeur.
Cet argument n'est pas pertinent. En effet, dans un cas comme dans l'autre, pour être déductibles, les frais encourus doivent être des frais indispensables à l'exercice de la profession. Il s'agit donc de la même catégorie de frais. Si, effectivement, les frais imposés par l'exécution du travail doivent être remboursés par l'employeur au travailleur (art. 327a CO), cela ne signifie pas que tous les frais indispensables à l'acquisition du revenu sont effectivement remboursés par l'employeur. Il n'est dès lors pas exclu que le bénéficiaire d'une indemnité forfaitaire soutienne que celle-ci est inférieure aux frais effectivement encourus comme on l'a vu ci-dessus (cf. consid. 4.2).
4.4 En revanche, les frais mentionnés dans le recours pour lesquels les recourants demandent la déduction forfaitaire de 3'800 fr., soit l'achat de costumes, chemises, cravates et chaussures, ainsi qu'une part privée pour l'utilisation d'un agenda électronique, d'un ordinateur, d'une imprimante et de l'utilisation d'un bureau à leur domicile, ne sont pas des dépenses indispensables à l'exercice de la profession mais des frais d'entretien (sur ces notions, outre les auteurs susmentionnés, cf. Philip Funk, Der Begriff der Gewinnungskosten nach Schweizerischem Einkommenssteuerrecht, p. 120).
En effet, les habits décrits ne constituent pas des habits de travail particuliers (RDAF 1952 p. 219 consid. 2 p. 221). En matière d'habillement, tout ce qui peut être utilisé en dehors du milieu professionnel ne saurait constituer une dépense déductible (Jean-Blaise Eckert, in: Danielle Yersin/Yves Noël (éd.), Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, no 11 ad art. 26 p. 441), cela même si la position professionnelle requiert un style d'habits particulier (Bruno Knüsel, op. cit., no 23 ad art. 26 p. 392).
En ce qui concerne l'ordinateur et l'imprimante, A.X._ ne prétend pas qu'il ne dispose pas du matériel nécessaire à son lieu de travail - en outre, il est douteux que la Banque ne fournisse pas un ordinateur portable à son employé -, pas plus qu'il ne démontre en quoi ces outils seraient indispensables à l'acquisition de son revenu. Quant à l'agenda électronique, les recourants ne démontrent à nouveau en rien qu'il serait indispensable à l'exercice de la profession de A.X._.
Finalement, le contribuable qui, pour des raisons de convenance personnelle, préfère s'acquitter de tâches professionnelles à la maison alors qu'il pourrait utiliser un local à sa place de travail n'a aucun droit à la déduction pour une chambre de travail privée (ASA 60 p. 341). Tel est le cas de A.X._ qui ne prouve pas qu'il doit exécuter chez lui régulièrement une part importante de son travail parce que son employeur ne lui mettrait pas à disposition un bureau approprié, et qu'il dispose dans son logement privé d'un local particulier utilisé essentiellement à des fins professionnelles et non privées (ASA 60 p. 341).
4.5 Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôt cantonal et communal
5. Comme la loi sur l'impôt fédéral direct, la loi fédérale d'harmonisation prévoit que les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables (art. 9 al. 1 LHID).
L'art. 30 al. 1 lettre c de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux reprend mot pour mot les termes de l'art. 26 al. 1 lettre c LIFD. Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives à la déduction pour autres frais professionnels s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonal et communal.
Par conséquent, le recours doit également être rejeté dans la mesure où il est recevable en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal.
Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires solidairement entre eux (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3. Un émolument judiciaire de 2'500 fr. est mis à la charge des recourants solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux recourants, à l'Office d'impôt du district de Morges, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 23 septembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
T. Merkli E. Kurtoglu-Jolidon