Faits :
A.
A._ était l'actionnaire et le président du Conseil d'administration de X._ SA (ci-après: X._) et de X._ Fiduciaire SA (ci-après: X._ Fiduciaire), deux sociétés dont le siège social était situé à B._.
Le 22 décembre 1988, X._ a acquis pour 345'000 fr. la propriété par étages n° **** (immeuble neuf) de la parcelle de base n° *** sise sur la commune de B._, portant sur un appartement et une cave, ainsi qu'une servitude de place de parc. Après avoir investi 35'000 fr. pour l'agencement et le mobilier de l'appartement, elle a loué les locaux à X._ Fiduciaire pour un loyer annuel de 30'000 fr.
Le 5 juin 2003, X._ a vendu le lot de propriété par étages n° **** et la servitude de place de parc à X._ Fiduciaire pour le prix de 251'557.55 fr. La valeur comptable de l'immeuble aliéné s'élevait alors à 310'000 fr.
Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2003, X._ a annoncé un bénéfice net de 12'965 fr. Le compte de pertes et profits de l'exercice 2003 faisait état d'une "perte sur cession immeuble" de 60'000 fr., correspondant à la différence, arrondie, entre la valeur comptable de l'immeuble et son prix de vente.
Le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a fait procéder à une estimation de la valeur vénale de l'immeuble vendu à X._ Fiduciaire, qui a abouti à une valeur de 400'000 fr.
B.
Par décision de taxation du 2 septembre 2005, le Service cantonal a repris le bénéfice imposable de X._ à hauteur de 60'000 fr. tant pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) que pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), au titre de prestation à un prix de faveur.
X._ a contesté le bien-fondé de cette reprise par la voie de la réclamation le 28 septembre 2005. Selon l'estimation effectuée le 25 septembre 2005 par la fiduciaire C._ SA, à D._, qu'elle avait mandatée, la valeur vénale du bien vendu s'élevait à 230'000 fr. Le prix appliqué à X._ Fiduciaire n'était donc pas infé- rieur à sa valeur vénale. La contribuable faisait également valoir qu'elle avait acquis l'immeuble à un moment correspondant au plus haut de la période de bulle spéculative des années quatre-vingts.
Le 18 octobre 2005, le Service cantonal a indiqué à X._ qu'étant donné l'état de l'immeuble et sa situation, il ne pouvait accepter le coefficient de vétusté de 10% que la fiduciaire C._ SA avait appliqué dans son estimation (pour déterminer la valeur intrinsèque de l'immeuble). Par ailleurs, la différence existant entre la valeur de rendement qu'il avait obtenue et celle retenue par la fiduciaire provenait principalement du fait que cette dernière avait pris en considération un revenu locatif annuel de 13'920 fr., au lieu du revenu revenu effectif net de 26'500 fr. (soit 30'000 fr. moins 3'500 fr. de charges), qui devait s'appliquer. Le Service cantonal aboutissait désormais, sur la base de la moyenne entre la valeur intrinsèque et la valeur de rendement doublée, à une valeur vénale de 380'000 fr. Il en découlait que la prestation de la société équivalait à la différence entre la valeur vénale de 380'000 fr. et la valeur de cession immobilière du 5 juin 2003 de 251'557 fr.
Par courrier du 12 décembre 2005, X._ a demandé au Service cantonal qu'il applique, aux fins de la détermination de la valeur intrinsèque de l'immeuble, un coefficient de vétusté de 10%, car l'immeuble n'avait pas été l'objet de travaux de rénovation importants depuis 1989. Concernant la valeur de rendement, elle soutenait qu'il ne fallait pas tenir compte du revenu locatif effectivement encaissé (soit 30'000 fr.), qui était supérieur aux loyers du marché dès lors qu'il avait été fixé à une époque où les taux d'intérêts hypothécaires étaient supérieurs à 7%, que ceux-ci avaient baissé depuis l'effondrement du marché immobilier dans la région et qu'il fallait prendre en considération ce fait pour déterminer un loyer conforme au marché pour l'année 2003. La contribuable suggérait encore au Service cantonal qu'il mandate un architecte pour qu'il procède à une estimation.
Le 21 décembre 2005, le Service cantonal a procédé à une vision locale et à une enquête sur le marché locatif des bureaux sur la commune de B._. L'enquête a débouché sur le constat que le loyer annuel de 30'000 fr. était correct, voire inférieur aux locations perçues dans le même immeuble pour des locaux semblables. Le 18 janvier 2006, le Service cantonal a par ailleurs communiqué à X._ le rapport d'estimation effectué par la section des taxes cadastrales du Service cantonal, qui concluait à une valeur vénale de 400'000 fr.
Par décision du 22 février 2006, le Service cantonal a rejeté la réclamation du 28 septembre 2005 et fixé la reprise au titre de prestation à un prix de faveur à 148'443 fr., ce montant correspondant à la différence entre la valeur vénale du bien vendu (400'000 fr.) et son prix de vente (251'557 fr.). Le bénéfice imposable qui en découlait s'élevait désormais à 161'408 fr.
Le 23 mars 2006, X._ a recouru contre cette décision sur réclamation auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours), concluant à l'annulation de la reprise. A titre de mesure probatoire, elle sollicitait la mise en oeuvre d'une expertise. Déférant à cette demande, la Commission de recours a mandaté, avec l'accord de la contribuable et celui du Service cantonal, l'agence immobilière E._ SA, à D._. Cet expert a estimé la valeur vénale du bien vendu à 373'000 fr. Ce montant était obtenu par la moyenne arrondie entre la valeur de rendement doublée (soit 2 x 360'400 fr.) et la valeur de réalisation (354'000 fr.), à quoi devaient s'ajouter 15'000 fr. pour la servitude de place de parc. X._ a contesté les conclusions de ce rapport, mais déclaré être prête à accepter une valeur proche de 300'000 fr.
Par décision du 26 mars 2014, la Commission de recours a fixé la valeur vénale du bien vendu à 350'000 fr. en s'inspirant de l'expertise réalisée par E._ SA, mais en tenant compte des "données de l'expérience et des connaissances personnelles de ses membres". Il en découlait une reprise de 98'443 fr. dans le bénéfice imposable 2003 de X._. La Commission de recours a en conséquence partiellement admis le recours de la contribuable et fixé son bénéfice imposable 2003 à 111'408 fr. au lieu des 161'408 fr. retenus par le Service cantonal.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler la décision du 6 (recte: 26) mars 2014 et de fixer son bénéfice imposable 2003 à 12'965 fr.; subsidiairement, d'annuler la décision du 6 (recte: 26) mars 2014 et de renvoyer la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Service cantonal s'est déterminé et a conclu au rejet du recours. La Commission de recours a renoncé à déposer des observations et a conclu au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions s'est ralliée à l'arrêt attaqué et a proposé le rejet du recours. La recourante a déposé des observations finales.
Considérant en droit :
1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt valant pour l'ICC, d'une part, et pour l'IFD, d'autre part, ce qui est admissible, dès lors que les questions juridiques à trancher sont réglées de la même façon pour ces deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262). L'intéressée a formé un recours qui contient les mêmes griefs et les mêmes conclusions pour ces deux catégories, ce qui est conforme à la jurisprudence (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux arrêts sont rendus, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'ICC (2C_598/2014) et l'autre l'IFD (2C_599/2014). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2.
La décision attaquée, qui concerne le bénéfice imposable de la recourante pour la période fiscale 2003, est finale (art. 90 LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF; RSVS 642.1]), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11], ainsi que l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14] pour ce qui concerne l'ICC). Par ailleurs, le recours a été déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF) par la destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'elle a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
3.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF; arrêt 2C_14/2014 du 27 août 2014 consid. 2.1, non publié in ATF 140 II 345), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Aux termes de cet alinéa, le Tribunal fédéral n'examine les droits fondamentaux que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant.
4.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (cf. ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234; 135 III 127 consid. 1.5 p. 129 s.). Conformément aux art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 137 III 226 consid. 4.2 p. 234; 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal de céans (art. 99 al. 1 LTF).
Impôt fédéral direct
5.
La recourante ne conteste pas l'état de fait établi par les précédents juges, sauf en ce qui concerne l'estimation de la valeur vénale de l'immeuble vendu à X._ Fiduciaire. Elle se plaint à cet égard, et c'est là l'unique grief qu'elle formule à l'encontre de l'arrêt attaqué (le reproche de violation arbitraire de l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD qu'elle invoque également se confondant avec celui-ci), d'une constatation manifestement inexacte des faits (art. 97 al. 1 LITF).
5.1. L'appréciation des preuves est arbitraire (soit manifestement inexacte au sens de l'art. 97 al. 1 LTF), lorsqu'elle est clairement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62 et les références).
Lorsque l'autorité cantonale juge une expertise concluante et en fait sien le résultat, le Tribunal fédéral n'admet le grief d'appréciation arbitraire des preuves que si l'expert n'a pas répondu aux questions posées, si ses conclusions sont contradictoires ou si, d'une quelconque autre façon, l'expertise est entachée de défauts à ce point évidents et reconnaissables, même sans connaissances spécifiques, que le juge ne pouvait tout simplement pas les ignorer. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de vérifier si toutes les affirmations de l'expert sont exemptes d'arbitraire; sa tâche se limite bien plutôt à examiner si l'autorité intimée pouvait, sans arbitraire, se rallier au résultat de l'expertise (ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 p. 391; arrêt 1C_557/2014 du 9 décembre 2014 consid. 3).
5.2. En l'espèce, la Commission de recours a pris comme point de référence la valeur retenue par l'expertise E._ SA, aux motifs que cette expertise avait été réalisée de manière détaillée et qu'elle revêtait une force probante importante, la recourante n'ayant par ailleurs formulé aucune objection au sujet de la désignation de l'expert. Faisant toutefois usage de son pouvoir d'appréciation, la Commission de recours s'est écartée, en faveur de la recourante, de la valeur à laquelle avait abouti l'expert (373'000 fr.) pour fixer la valeur vénale du bien vendu à 350'000 fr.
5.3. La recourante reproche d'abord à la Commission de recours de ne pas avoir tenu compte de pièces qu'elle lui avait communiquées le 5 septembre 2013, en cours de procédure, qui contenaient des valeurs d'estimation de deux appartements "identiques" au bien vendu à X._ Fiduciaire et situés dans le même bâtiment que celui-ci. Il s'agit, d'une part, d'un document établi en 2003 par la commune de B._, évaluant à 190'000 fr. un appartement situé au premier étage du bâtiment et, d'autre part, d'un document faisant état de la vente, en 2008, d'un appartement situé au 2 ème étage du bâtiment, pour le prix de 260'000 fr.
La recourante n'expose toutefois pas en quoi la Commission de recours aurait versé dans l'arbitraire en privilégiant, comme point de référence, la valeur découlant de l'expertise réalisée par E._ SA au détriment des valeurs ressortant de ces documents. Elle ne prouve pas que ces deux appartements présenteraient des caractéristiques identiques à celles de l'immeuble vendu ni que ces valeurs correspondaient effectivement à la valeur vénale de ces appartements.
5.4. La recourante s'en prend ensuite au contenu de l'expertise E._ SA.
Se référant d'abord à une phrase du préambule du rapport, selon laquelle "la valeur de rendement acceptée en 2003 servira d'élément de précision pour fixer la valeur vénale du marché à l'époque", la recourante relève que l'expert a établi la valeur de rendement par la capitalisation d'un loyer théorique qu'il a lui-même déterminé, de sorte que l'on ne sait pas à quoi correspondrait cette valeur de rendement "acceptée en 2003".
Sur le fond, la recourante soutient que l'expertise comporterait des lacunes et des inexactitudes qui auraient conduit à une valorisation "irréaliste" de l'immeuble. Il conviendrait ainsi de prendre pour base de calcul une surface de 103.45 m2 et non pas de 106 m2 comme l'avait retenu l'expert. En outre, il faudrait tenir compte du fait que l'appartement a été utilisé comme bureau et non pas comme habitation, et prendre également en considération son état de vétusté pour déterminer la valeur de rendement. Elle relève que la seule modification du taux de capitalisation de 5% à 6% suffirait à aboutir à une valeur de rendement de 300'400 fr. au lieu des 360'400 fr. calculés par l'expert. La recourante s'en prend par ailleurs à la méthode de calcul de la valeur intrinsèque, et critique le fait que l'expert a pris en compte deux fois la valeur de rendement. Selon elle, cette valeur ne devrait être prise en compte qu'une seule fois. Elle suggère alternativement que la valeur du marché soit réputée être la valeur la plus basse entre la valeur de rendement et la valeur intrinsèque. Établissant la valeur de rendement à 250'000 fr. sur la base d'une surface de 100m2, d'un loyer de 150 fr. au m 2et d'un taux de capitalisation de 6%, auquel s'ajouteraient 10'000 fr. pour le prix de la servitude de la place de parc, la recourante en déduit que la valeur vénale du bien vendu ne dépasserait que "de peu" le prix effectif de 251'557 fr.
5.5. On relèvera en premier lieu que la remarque que la recourante formule en relation avec le libellé du préambule du rapport, qui fait état d'une valeur de rendement "acceptée", n'a aucun impact sur la question de la pertinence de l'expertise; la recourante relève d'ailleurs elle-même que l'expert a bien établi lui-même cette valeur.
La recourante tente ensuite de démontrer que le prix de vente effectivement appliqué serait conforme au marché (elle admet toutefois que la valeur vénale dépasse "de peu" le prix effectif) en proposant un calcul d'estimation sur la base de données (surface, loyer au mètre carré et taux de capitalisation) qui ne reposent que sur de simples allégations ou desiderata de sa part, mais pas sur des faits établis par l'arrêt attaqué ni sur des pièces figurant au dossier. Elle ne démontre pas plus pour quelle raison les données de référence prises en compte dans l'expertise ou la méthode de calcul retenue seraient insoutenables. En particulier, on ne voit pas qu'il serait désormais arbitraire de prendre en considération deux fois la valeur de rendement, alors même que l'expert qu'elle avait elle-même mandaté avait procédé ainsi (art. 105 al. 2 LTF) sans qu'elle ne s'en plaigne; au demeurant, cette pratique correspond à une méthode d'évaluation reconnue (méthode des praticiens). En définitive, la recourante présente sa propre méthode d'évaluation, mais n'apporte en rien la preuve que l'expertise aurait été entachée de défauts si évidents et reconnaissables que la Commission de recours ne pouvait les ignorer. Cette dernière pouvait donc, sans arbitraire, prendre comme référence initiale la valeur estimée par l'expertise.
5.6. Au surplus, la recourante ne démontre pas non plus que le résultat de 350'000 fr. auquel aboutit la Commission de recours serait arbitraire, notamment au regard du fait que cette autorité a fait usage de son pouvoir d'appréciation en s'écartant, en sa faveur, de la valeur vénale de l'immeuble de 373'000 fr. qui avait été établie par l'expert.
5.7. Au vu de ce qui précède, le grief tiré de l'art. 97 al. 1 LTF est infondé et doit être rejeté. Il en découle également qu'en tenant compte d'une valeur de 350'000 fr. pour déterminer le montant de la reprise à effectuer dans le bénéfice imposable de la recourante au titre de distribution dissimulée de bénéfice pour la période fiscale 2003, la Commission de recours n'a pas violé l'art. 58 al. 1 let. b 5 ème tiret LIFD.
Impôt cantonal et communal
6.
Conformément à l'art. 24 al. 1 let. a LHID, l'art. 81 al. 1 let. b LF contient la même règle que l'art. 58 al. 1 let. b 5ème tiret LIFD en ce qui concerne la réintégration dans le bénéfice imposable des distributions dissimulées de bénéfice. Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer à l'impôt cantonal et communal (cf. ATF 140 II 88 consid. 10 p. 101; arrêt 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 7).
Conséquences, ainsi que frais et dépens
7.
Ce qui précède conduit au rejet du recours en ce qui concerne l'IFD et l'ICC 2003. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_598/2014 et 2C_599/2014 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2003.
3.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal 2003.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service des contributions du canton du Valais, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 5 mars 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
La Greffière : Vuadens