Faits :
A.
B._, titulaire du brevet d'avocat, a été engagé en 1997 par la société A.A._, devenue par la suite A._ SA. Il a été rattaché au département juridique.
A._ SA a résilié le contrat de travail de B._ le 2 août 2012.
B.
Par requête de citation en conciliation du 18 décembre 2012, puis, celle-ci ayant échoué, par demande du 6 février 2013 adressée au Tribunal des prud'hommes de Genève, B._ a ouvert contre A._ SA une action en paiement d'un montant total de 604'023 fr. avec intérêts, comprenant une indemnité pour résiliation abusive de son contrat de travail, 175 unités de performance selon le plan d'intéressement à long terme et des dommages-intérêts pour tort moral.
Dans sa réponse du 19 juin 2013, A._ SA a conclu au rejet de la demande.
Dans un premier temps (à l'audience de débats d'instruction du 3 octobre 2013), le Tribunal a décidé d'entendre comme partie sept représentants de la société, dont notamment les six personnes suivante: C._, D._, E._, F._, G._ et H._.
C.
Puis, dans son " ordonnance d'instruction et ordonnance de preuves " du 23 décembre 2013, le Tribunal a décidé, notamment, d'entendre C._ en qualité de partie (ch. 8) et, parmi d'autres témoins, les autres personnes susmentionnées, sauf Mme H._, en qualité de témoin (ch. 7).
A l'audience du 6 janvier 2014, tenue avant l'échéance du délai de recours contre l'ordonnance du 23 décembre 2013, l'avocat de A._ SA s'est présenté accompagné non de C._, mais de D._. Le défendeur s'étant opposé à ce que D._ représente la société contrairement à l'ordonnance de preuves du 23 décembre 2013, le tribunal a décidé que celui-ci sera entendu en qualité de témoin, et non en qualité de partie et qu'il ne pouvait donc assister aux audiences sans y être convoqué, ensuite de quoi D._ a quitté la salle d'audience.
A._ SA a interjeté un recours à la Cour de justice du canton de Genève contre l'ordonnance du 23 décembre 2013 et la décision intervenue à l'audience du 6 janvier 2014, remettant en cause plusieurs points tranchés, dont seule est encore litigieuse la question de la représentation de la société par C._ seulement (comme partie), les autres personnes susmentionnées devant être entendues en qualité de témoins. La société a conclu à ce qu'elle soit représentée aussi par les cinq personnes suivantes: D._, E._, F._, G._ et H._.
Statuant par arrêt du 30 mai 2014, la Cour de justice a déclaré le recours irrecevable pour trois motifs. Premièrement, elle a considéré que seul C._ est inscrit au registre du commerce en tant qu'administrateur et que la question de savoir si les cinq personnes susmentionnées participent également à la formation de la volonté sociale peut rester indécise, puisque la société a pu répondre en détail aux allégués de l'employé, qu'elle a donc largement instruit son avocat sur les faits de la cause et que rien ne permet de penser que l'impossibilité pour celles-ci d'assister aux actes d'instruction pourrait avoir des conséquences préjudiciables difficilement réparables pour la société. Deuxièmement, elle a jugé qu'en cas de jugement au fond qui lui serait défavorable, la société aurait la possibilité de former appel et d'attaquer cette décision avec la décision au fond, et que, si la cour estimait que certaines de ces personnes auraient dû être entendues en tant que partie et non en tant que témoin, elle pourrait apprécier la valeur probante de leurs déclarations. Troisièmement, elle a estimé que, puisque l'instruction n'est pas terminée, il n'est en l'état pas exclu que la décision soit modifiée à un stade ultérieur de la procédure et que le tribunal reconnaisse la qualité de partie à l'une ou l'autre de ces cinq personnes si sa qualité d'organe devait apparaître évidente en cours d'instruction.
D.
Contre cet arrêt, A._ SA a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 2 juillet 2014, concluant en substance à ce que les cinq personnes susmentionnées représentent la société et soient entendues en qualité de partie, et non en qualité de témoins, et à ce qu'il soit constaté que D._ a été exclu de manière contraire au droit de l'audience du 6 janvier 2014. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à la Cour de justice. Elle soutient que la décision prise par le tribunal, confirmée par la Cour de justice, a pour effet concret de l'empêcher de choisir elle-même ses représentants lors des audiences et que les cinq personnes en question ne peuvent assister aux audiences, alors que leur rôle est crucial pour seconder l'avocat lors de celles-ci. Selon elle, il s'agit d'une décision qui lui cause un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF et donc a fortiori un préjudice difficilement réparable au sens de l'art. 319 let. b ch. 2 CPC. Elle invite le Tribunal fédéral à réformer l'arrêt attaqué, dès lors que, bien que la cour ait prononcé un arrêt d'irrecevabilité, elle a statué au fond, les parties s'étant exprimées sur le fond. Elle invoque la violation de l'art. 55 CC et de l'art. 159 CPC.
La recourante allègue un fait nouveau, à savoir que le contrat de travail de C._ a été résilié le 27 mai 2014 pour le 31 août 2014.
L'intimé a conclu à l'irrecevabilité, respectivement au rejet du recours. La recourante a formulé de brèves observations. L'intimé a renoncé à y répondre.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 139 III 252 consid. 1; 139 V 42 consid. 1 p. 44).
1.1. Le recours en matière civile au Tribunal fédéral n'est recevable que contre les décisions finales (art. 90 LTF), contre les décisions partielles (art. 91 LTF) et, sous réserve des cas visés par l'art. 92 LTF, contre les décisions incidentes (art. 93 al. 1 LTF) si celles-ci peuvent causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
En l'espèce, les décisions attaquées sont des décisions incidentes au sens de l'art. 93 LTF.
1.2. Conformément à l'art. 93 al. 1 let. a LTF, une décision incidente ne peut faire séparément l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable. Cela suppose que la partie recourante soit exposée à un préjudice de nature juridique, qui ne puisse pas être ultérieurement réparé ou entièrement réparé par une décision finale qui lui serait favorable; un dommage économique ou de pur fait n'est pas considéré comme un dommage irréparable de ce point de vue (ATF 138 III 333 consid. 1.3.1; 134 III 188 consid. 2.1 p. 190 et consid. 2.2). Cette condition s'apprécie par rapport à la décision de première instance, et non par rapport à la décision d'irrecevabilité du recours rendue par le tribunal supérieur. En particulier, si la question qui a fait l'objet de la décision incidente de première instance peut être soulevée à l'appui d'un recours contre la décision finale (art. 93 al. 3 LTF), il n'y a pas de préjudice irréparable (arrêts 4A_248/2014 du 27 juin 2014 consid. 1.2.3; 5A_435/2010 du 28 juillet 2010 consid. 1.1.1; 5D_72/2009 du 9 juillet 2009 consid. 1.1). Tel est en principe le cas des décisions sur l'administration des preuves dans le procès principal, puisqu'il est normalement possible, en recourant contre la décision finale, d'obtenir l'administration de la preuve refusée à tort ou d'obtenir que la preuve administrée à tort soit écartée du dossier (arrêt 5A_435/2010 précité consid. 1.1.1; pour des exceptions, cf. notamment les arrêts 5A_315/2012 du 28 août 2012 consid. 1.2.1; 4A_64/2011 du 1er septembre 2011 consid. 3 publié in sic! 1/2012 p. 52; 4A_195/2010 du 8 juin 2010 consid. 1.1.1; 5A_603/2009 du 26 octobre 2009 consid. 3.1). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure, le Tribunal fédéral ne devant en principe s'occuper d'une affaire qu'une seule fois, lorsqu'il est certain que la partie recourante subit effectivement un dommage définitif (ATF 134 III 188 consid. 2.2). Il incombe au recourant de démontrer l'existence d'un tel préjudice lorsque celui-ci n'est pas d'emblée évident (ATF 137 III 522 consid. 1.3).
1.3. La première décision à l'origine de l'arrêt attaqué, bien qu'elle soit intitulée " ordonnance sur preuves ", est en réalité matériellement une décision portant sur la capacité d'ester en justice de la société anonyme.
La capacité d'ester en justice est le corollaire en procédure de l'exercice des droits civils (art. 67 al. 1 CPC). La personne morale a l'exercice des droits civils, à condition qu'elle possède les organes que la loi et les statuts exigent à cet effet (art. 54 CC). Elle exerce ses droits civils par l'intermédiaire de ses organes, qui expriment sa volonté à l'égard des tiers (art. 55 al. 1 CC). Il y a lieu d'entendre par là les organes exécutifs, et non l'organe législatif ou l'organe de contrôle (Leuenberger/Uffer-Tobler, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, n° 9.127; Bohnet, in La personne morale et l'entreprise en procédure, Bâle 2014, p. 15 n. 35, p. 18 n. 44 et p. 42 n. 122; Brönnimann, in Berner Kommentar, n° 3-4 et 9 ad art. 159 CPC; Hasenböhler, in Kommentar zum Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger (éd.), 2e éd. 2013, n° 3 ad art. 159 CPC).
Les organes exécutifs, mais aussi toutes les personnes qui peuvent valablement représenter la société anonyme dans les actes juridiques avec des tiers en vertu des règles du droit civil, peuvent accomplir des actes judiciaires en son nom, comme signer des écritures, donner procuration à un avocat et comparaître aux audiences. Sont en premier lieu légitimés à représenter la société en justice les membres du conseil d'administration et, à moins que les statuts ou le règlement d'organisation ne l'exclue, un seul des membres de celui-ci (art. 718 al. 1 CO). En second lieu, la société peut être représentée en justice par un ou plusieurs des membres du conseil d'administration (délégués) ou par des tiers (directeurs), auxquels le conseil d'administration a délégué son pouvoir de représentation (art. 718 al. 2 CO; Leuenberger/Uffer-Tobler, loc. cit.; Bohnet, loc. cit.; Leu, in Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Brunner/Gasser/Schwander (éd.), 2011, n° 6 ad art. 159 CPC). Toutes ces personnes sont organes, expriment directement la volonté de la société et sont inscrites au registre du commerce (art. 720 CO). En troisième lieu, sans avoir la qualité d'organes, en vertu de leurs pouvoirs de représentation, peuvent représenter la société en justice les fondés de procuration (art. 458 CO), qui sont inscrits au registre du commerce et n'ont pas besoin de pouvoir spécial pour plaider, à moins que leur procuration n'ait été restreinte (art. 460 al. 3 CO), ainsi que les mandataires commerciaux (art. 462 CO), qui ne sont pas inscrits au registre du commerce, à condition qu'ils aient reçu le pouvoir exprès de plaider (art. 462 al. 2 CO; dans ce sens déjà, pour la comparution à l'audience de conciliation: ATF 140 III 70 consid. 4.3 p. 72; cf. Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5e éd., 2000, n° 1a ad art. 83 aCPC/BE). Chacune des personnes habilitée à représenter la société en justice doit justifier de sa qualité et de son pouvoir en produisant soit un extrait du registre du commerce, soit l'autorisation qui lui a été délivrée pour plaider et transiger dans l'affaire concrète dont le tribunal est saisi (cf. art. 68 al. 3 CPC).
Savoir quelle (s) personne (s) est (sont) habilitée (s) à représenter la société anonyme en procédure ressortit ainsi à la capacité d'ester en justice de celle-ci. Il s'agit d'une condition de recevabilité de la demande (art. 59 al. 2 let. c CPC). Le fait que cette ou ces personnes ne doivent ensuite être interrogées que comme partie (art. 159 CPC en relation avec les art. 163-164 et 191-192 CPC), et non comme témoin (art. 169 ss en relation avec les art. 165-167 CC), qu'elles peuvent donc avoir des contacts avec l'avocat de la société anonyme, peuvent assister aux audiences au cours desquelles sont notamment interrogés les témoins, n'en est qu'une conséquence.
1.4. En l'espèce, la cour cantonale n'a pas dénié à la société défenderesse la capacité d'ester en justice, ayant choisi qu'elle serait représentée au procès par C._, de sorte que la question de la recevabilité du recours sous l'angle de l'art. 93 al. 1 let. b LTF n'entre pas en considération.
En n'admettant comme représentant de la société défenderesse qu'une seule personne, C._ - qui, au demeurant, n'a que la signature collective à deux -, la cour cantonale a privé la société de son droit de désigner le membre du conseil d'administration, le directeur, le fondé de procuration ou le mandataire commercial, ce dernier avec pouvoir exprès pour plaider, qui ont personnellement connaissance des faits de la cause pour la représenter en justice. Une telle décision est susceptible de causer un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, dès lors que la question de savoir si une autre personne ou d'autres personnes auraient pu également représenter la société ne pourra pratiquement pas être soulevée avec la décision finale.
Les mêmes considérations valent pour la décision prise en audience du 6 janvier 2014, laquelle n'est que la conséquence de la décision du 23 décembre 2014.
2.
Il s'ensuit que c'est à tort que la cour cantonale a refusé d'entrer en matière sur le recours interjeté par la société, la condition du préjudice irréparable admise ici au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF réalisant a fortiori la condition du préjudice difficilement réparable de l'art. 319 let. b ch. 2 CPC (ATF 137 III 380 consid. 2 p. 384).
L'arrêt attaqué doit donc être annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle entre en matière sur le recours de la société défenderesse.
Contrairement à ce que demande la recourante, le Tribunal fédéral n'est en effet pas en mesure de statuer sur le fond: il ne résulte pas de l'extrait du registre du commerce figurant au dossier que C._ - qui aurait d'ailleurs quitté entre-temps la société - serait administrateur, ni qu'il aurait le pouvoir de représenter à lui seul la société, puisqu'il ne dispose que de la signature collective à deux. Il en est de même de D._, administrateur secrétaire, et des quatre autres personnes par lesquelles la recourante souhaite être représentée. Au demeurant, si la société doit pouvoir désigner pour la représenter la personne qui a connaissance des faits de la cause, il appartient au tribunal de diriger la procédure et l'administration des preuves et, en particulier, de désigner parmi les différentes personnes que la société entend faire interroger celle qui le sera (cf. pour la procédure fédérale, l'art. 63 al. 2 PCF).
3.
Vu le sort du recours, les frais de la procédure doivent être mis à la charge de l'intimé, qui a conclu à l'irrecevabilité, respectivement au rejet du recours (art. 66 al. 1 LTF). L'intimé devra verser en outre une indemnité de dépens à la recourante (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais de la procédure, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
L'intimé versera à la recourante une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 12 janvier 2015
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget