Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 5. August 2008 stellte das Amt für die Aufsicht über die Stiftungen und die berufliche Vorsorge des Kantons Freiburg (ab 1. Januar 2012 im Zuständigkeitsbereich der Bernischen BVG- und Stiftungsaufsicht, nachfolgend: Aufsichtsbehörde) fest, dass die Personalfürsorgestiftung der Firma X._ AG (kurz: Personalfürsorgestiftung) in Verletzung der gesetzlichen Bestimmungen der Arbeitgeberfirma, der X._ AG, ein Darlehen gewährt und Arbeitgeberbeiträge aus ihren freien Mitteln finanziert habe (Dispositiv-Ziff. III). Sie wies die Personalfürsorgestiftung an - gegebenenfalls in Erstellung eines Rückzahlungsplans - bis zum 30. September 2008 die notwendigen Schritte zu unternehmen, um Fr. 214'740.90 per 31. Dezember 2004 von der X._ AG zurückzuerhalten, zuzüglich eines marktkonformen Zinses und abzüglich der Rückzahlung von Fr. 45'000.- mit Valuta vom 28. Dezember 2006. In der selben Frist sei die Jahresrechnung 2007 gemäss den Fachempfehlungen zur Rechnungslegung von Personalvorsorgeeinrichtungen Swiss GAAP FER 26 zu erstellen und einzureichen (Dispositiv-Ziff. IV); der Rückforderungsbetrag von Fr. 214'740.90 setzte sich aus einem der Arbeitgeberfirma gewährten Darlehen von Fr. 171'576.80 per 31. Dezember 2004 und der Begleichung von Arbeitgeberbeiträgen im Jahr 2004 in der Höhe von Fr. 43'164.10 zusammen. Im Weiteren stattete die Aufsichtsbehörde die Verfügung mit dem Hinweis auf die Strafdrohung gemäss Art. 292 StGB und Art. 79 BVG aus (Dispositiv-Ziff. V). Ferner rief sie den Organen der Personalfürsorgestiftung Art. 158 StGB und die Strafbestimmungen des BVG wie auch die Verantwortlichkeit gemäss Art. 52 BVG in Erinnerung (Dispositiv-Ziff. VI).
B. Am 25. Oktober 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde der Personalfürsorgestiftung teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es änderte Dispositiv-Ziff. IV der Verfügung vom 5. August 2008 dahingehend ab, als es die Personalfürsorgestiftung verpflichtete, "die nötigen Schritte zu unternehmen, gegebenenfalls in der Erstellung eines Rückzahlungsplanes, damit ihr der Betrag von Fr. 166'439.35, zuzüglich marktkonformen Zins ab 31. Dezember 2006, nötigenfalls unter Ansetzung einer neuen Frist, von der Arbeitgeberfirma X._ AG zurückbezahlt wird". Im Übrigen bestätigte das Bundesverwaltungsgericht die angefochtene Verfügung. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, die Aufsichtsbehörde habe den Rückzahlungsbetrag per 31. Dezember 2006 auf netto Fr. 169'740.90 beziffert, nämlich Fr. 214'740.90 per 31. Dezember 2004 abzüglich der Rückzahlung von Fr. 45'000.- mit Valuta 28. Dezember 2006. Ausserdem habe sie in E. 13 ihrer Verfügung die zurückzuverlangenden Darlehen und Arbeitgeberbeiträge per 31. Dezember 2006 moniert. Aufgrund der Jahresrechnungen per 31. Dezember 2004-2006 sowie der Kontrollstellenberichte ergebe sich per 31. Dezember 2006 jedoch ein Total von Fr. 117'322.- an ausgerichteten und zurückzufordernden Arbeitgeberbeiträgen sowie eine zurückzufordernde Überschreitung aus Darlehensgewährung an die X._ AG von Fr. 49'117.35, zusammen also Fr. 166'439.35.
C. Die Personalfürsorgestiftung reicht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein und beantragt in materieller Hinsicht, es seien das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 25. Oktober 2011 sowie Dispositiv-Ziff. III, IV (ausgenommen letzter Satz), V und VI der Verfügung vom 5. August 2008 aufzuheben. Zudem sei festzustellen, dass sie berechtigt sei, Arbeitgeberbeiträge der Stifterfirma X._ AG mit dem freien Stiftungsvermögen zu bezahlen. In formeller Hinsicht stellt die Personalfürsorgestiftung Antrag auf Erteilung der aufschiebenden Wirkung.
Die Aufsichtsbehörde und das Bundesverwaltungsgericht schliessen in ihren Stellungnahmen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) äussert sich ausschliesslich zu dem der X._ AG gewährten Darlehen und beantragt diesbezüglich die Abweisung der Beschwerde im Sinne der Ausführungen, wobei der Umfang der Rückzahlungspflicht neu zu überprüfen sei.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), prüft indessen - unter Beachtung der Begründungspflicht in Beschwerdeverfahren (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) - grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
2. Die Beschwerdeschrift enthält lediglich Ausführungen zu den beiden Fragen, ob in den Jahren 2004 bis 2006 Arbeitgeberbeiträge der Firma X._ AG aus dem freien Stiftungsvermögen bezahlt werden durften und ob Art. 71 BVG bzw. die diesbezüglichen Durchführungsbestimmungen (Art. 49 ff. BVV 2) auf patronale Wohlfahrtsfonds anzuwenden sind. Soweit die gestellten Anträge (vgl. Sachverhalt lit. C) darüber hinausgehen, ist darauf mangels Begründung (E. 1.2) nicht einzutreten. Ebenso wenig ist auf das Feststellungsbegehren einzutreten, da das schutzwürdige Interesse mit dem rechtsgestaltenden Antrag auf Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und des entsprechenden Verfügungsteils hinreichend gewahrt wird (Urteil 5A_353/2012 vom 19. Juni 2012 E. 1.2 m.H.a. BGE 123 III 49 E. 1a S. 51 und 126 II 300 E. 2c S. 303).
3. Indem das Bundesverwaltungsgericht den Betrag, den die Beschwerdeführerin von der Stifterfirma zurückfordern muss, per Ende 31. Dezember 2006 berechnet hat, bewegte es sich im Rahmen des Streitgegenstands. Massgebend ist, dass dem vorinstanzlichen Entscheid der Sachverhalt zugrunde liegt, wie er zur Zeit des Verfügungserlasses gegeben war (BGE 130 V 138 E. 2.1 S. 140).
4. Es ist unbestritten, dass es sich bei der Beschwerdeführerin seit ihrer Organisations- und Zweckänderung, die per 1. Januar 1985 erfolgte, um einen patronalen Wohlfahrtsfonds im Sinne des zur Publikation vorgesehenen Urteils 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 3.1.1 Abs. 1 handelt. Wie die Vorinstanz diesbezüglich für das Bundesgericht verbindlich festgestellt hat (vgl. E. 1.1), besteht seitdem keine reglementarische Personalvorsorge mehr. Ebenso wenig wurde die Stiftung seither mit Arbeitnehmerbeiträgen finanziert. Es besteht keine Veranlassung, von dieser grundsätzlichen und allseits anerkannten Qualifizierung abzuweichen (vgl. auch E. 5.1 unten).
5. Im Vordergrund steht die Streitfrage, ob und inwieweit die Beschwerdeführerin ihre freien Mittel für die Bezahlung von Arbeitgeberbeiträgen der X._ AG verwenden darf. Die Vorinstanz verneinte eine solche Berechtigung für die Jahre 2004-2006, weil das per 31. Dezember 1984 vorhandene freie Stiftungskapital von den Arbeitnehmern mitfinanziert und daraus keine Arbeitgeberbeitragsreserve ausgesondert worden sei.
5.1 Der seit 1. Januar 1985 gültige Stiftungszweck sieht einerseits die Fürsorge für die Arbeitnehmer der Stifterfirma und ihre Angehörigen und Hinterlassenen sowie für die Personen, für die der Arbeitnehmer nachweisbar bis zuletzt gesorgt hat, gegen die wirtschaftlichen Folgen von Alter, Tod, Invalidität, Krankheit, Unfall und in besonderen Notlagen vor (Art. 2 Abs. 1 Stiftungsurkunde). Anderseits wird der Stiftungszweck auch verfolgt durch Zuweisung von Beiträgen aus der Arbeitgeber-Beitragsreserve an die Personalvorsorgeeinrichtung der Stifterfirma. Diese Beiträge gelten als Beiträge der Firma im Sinne von Art. 331 OR bzw. Art. 66 BVG (Abs. 2). Die Stiftung kann zudem mit bestehenden oder neuen Mitteln zugunsten steuerbefreiter Personalvorsorge-Einrichtungen der Stifterfirma eine Beitragsreserve gemäss Art. 331 OR errichten (Abs. 3) oder Zuwendungen oder Leistungen gemäss Art. 338 f. OR direkt an andere steuerbefreite Personalvorsorge-Einrichtungen einer Firma erbringen (Abs. 4).
5.2 Die Beschwerdeführerin bemängelt, die Vorinstanz habe übersehen, dass sie bereits vor dem 1. Januar 1985 die Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge lediglich "treuhänderisch" erhoben habe, indem diese im gleichen Jahr wieder insgesamt an die Versicherungsgesellschaft weitergeleitet worden seien. Das Kapital per 31. Dezember 1984 habe allein aus Mutationsgewinnen und Kapitalerträgen bestanden, wobei Erstere keine Arbeitnehmerbeiträge umfasst hätten, da früher - vor dem 1. Januar 1985 - bei einem Austritt eines Mitarbeiters dessen Beiträge vollständig, inklusive Zinsen, mitzugeben waren, von den Arbeitgeberbeiträgen dagegen nur ein Anteil.
Damit ist indessen nicht belegt, dass sich im freien Stiftungsvermögen, das unverändert in die Jahresrechnung 1985 überging, nicht auch Kapital befand, das von den Arbeitnehmern mitfinanziert worden war. Im Gegenteil erhellt aus der Bilanz per 31. Dezember 1983, dass die Beschwerdeführerin infolge eines Todesfalls eine Versicherungsleistung von Fr. 142'340.- eingenommen, an die Erben aber nur Fr. 60'000.- ausbezahlt hatte. Ferner wurden gemäss dem altrechtlichen Reglement vom Juli 1961 die Arbeitnehmerbeiträge jeweils bei der Lohnauszahlung in Abzug gebracht und der Stiftung überwiesen (Art. 13 Abs. 3), während die Beitragsleistung der Firma in einem jährlichen Beitrag bestand (Art. 13 Abs. 2). In logischer Konsequenz dieser getroffenen Regelung - wie sich aber auch aus der Darlegung der Beschwerdeführerin selber ergibt - erfolgte die Überweisung der Prämienzahlung an die Versicherung ebenfalls als jährliche "Einmalleistung". Demzufolge verblieben die Arbeitnehmerbeiträge zumindest für eine gewisse Zeit in der Stiftung resp. auf deren Bankkonto und erwirtschafteten Zinsen. Bei dieser Sachlage kann die Beschwerdeführerin - losgelöst vom Stiftungszweck - von vornherein nicht als Finanzierungsstiftung gelten (vgl. Urteil 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 3.1.1 Abs. 2).
5.3 Die Vorsorgeeinrichtungen waren nur noch bis Ende 1984 berechtigt, freies Vorsorgevermögen, das auch durch die Arbeitnehmer mitgeäufnet wurde, als Arbeitgeberbeitragsreserve auszuweisen, sei es durch Abspaltung aus dem vorbestandenen freien Stiftungskapital in eine separate Bilanzposition, sei es durch Aussonderung aus dem vorbestandenen freien Stiftungskapital unter gleichzeitiger Überführung in einen rechtlich verselbständigten patronalen Wohlfahrtsfonds. Die derart als Beitragsreserve gebuchten oder auf eine separate Stiftung übertragenen Mittel können auch nach 1985 ihre Funktion als Beitragsreserve erfüllen. Darauf konnte nur im Falle einer Finanzierungsstiftung verzichtet werden, wenn also das Stiftungsvermögen insgesamt rein patronal finanziert war und dieses gemäss Stiftungsurkunde zur Erbringung von Arbeitgeberbeiträgen herangezogen werden durfte (Urteil 9C_804/2010 vom 20. Dezember 2010 E. 3.6, in: SVR 2011 BVG Nr. 20 S. 74).
Nachdem in concreto weder eine sogenannte Finanzierungsstiftung gegeben ist noch - bilanzmässig - eine Arbeitgeberbeitragsreserve ausgeschieden worden war (vgl. E. 5.2), hat die Vorinstanz das Heranziehen von freien Stiftungsmitteln, um Arbeitgeberbeiträge zu finanzieren, zu Recht als unzulässig bewertet. Dies gilt hier umso mehr, als Art. 2 Abs. 2 der Stiftungsurkunde ausdrücklich festhält, dass die Zuweisung von Beiträgen aus der Arbeitgeber-Beitragsreserve an die Personalvorsorgeeinrichtung der Stifterfirma erfolgt (vgl. E. 5.1).
5.4 Die Höhe der in den Jahren 2004-2006 unrechtmässig ausgerichteten Arbeitgeberbeiträge von insgesamt Fr. 117'322.- bleibt unangefochten. Dabei hat es sein Bewenden. Es bestehen keine Anhaltspunkte, die auf eine offensichtliche Unrichtigkeit hinweisen (vgl. E. 1.1).
6. Streitig und zu prüfen ist sodann die Vermögensanlage beim Arbeitgeber. Diesbezüglich schreibt Art. 57 Abs. 1 BVV 2 - unabhängig von der jeweiligen Fassung - im Wesentlichen vor, dass das Vermögen der Vorsorgeeinrichtung, soweit es zur Deckung der Freizügigkeitsleistungen sowie zur Deckung der laufenden Renten gebunden ist, nicht ungesichert beim Arbeitgeber angelegt werden darf (Abs. 1) sowie dass ungesicherte Anlagen beim Arbeitgeber 20 % (Fassung bis zum 31. Dezember 2005; AS 2004 1709, 1712 Übergangsbestimmungen) bzw. dass ungesicherte Anlagen und Beteiligungen 5 % (Fassung ab 1. Januar 2006) des Vermögens nicht übersteigen dürfen (Abs. 2).
6.1 Mit Grundsatzurteil 9C_2/2012 vom 30. August 2012 hat das Bundesgericht entschieden, dass patronale Wohlfahrtsfonds vom Anwendungsbereich von Art. 89bis Abs. 6 ZGB nicht ausgenommen sind. Indes darf der darin stipulierte Kriterienkatalog nicht integral und strikt übertragen werden. Er ist auf patronale Wohlfahrtsfonds analog anzuwenden, wenn und soweit die BVG-Normen mit deren Charakter vereinbar sind (a.a.O., E. 4.5).
Einer solchen Analogie zugänglich sind grundsätzlich die BVG-Bestimmungen betreffend die Revisionsstelle (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 7 ZGB mit Verweis auf Art. 53 BVG), die Aufsicht (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 12 ZGB mit Verweis auf Art. 61, 62 und 64 BVG) sowie betreffend die Rechtspflege (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 19 ZGB mit Verweis auf Art. 73 und 74 BVG; Urteil 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 4.6). Ebenfalls analog anwendbar ist, wie im besagten Grundsatzurteil neu entschieden wurde, Art. 53b BVG (vgl. Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 9 ZGB), welche Bestimmung das Verfassen eines Teilliquidationsreglements vorschreibt (a.a.O., E. 5.6). Mit (ebenfalls zur Publikation vorgesehenem) Urteil 9C_125/2012 vom 12. Oktober 2012 hat das Bundesgericht sodann festgehalten, dass auch die Bestimmungen über die Vermögensverwaltung (Art. 71 BVG und Art. 49-58a BVV 2), worauf in Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 18 ZGB verwiesen wird, analog für patronale Wohlfahrtsfonds gelten. Dabei hat es grundsätzlich eine grosszügige Auslegung von Art. 49 ff. BVV 2 befürwortet, da patronale Wohlfahrtsfonds - anders als reglementarische Vorsorgeeinrichtungen - kaum feste zukünftige Verpflichtungen aufweisen. Insbesondere ist ein hinreichend enger sachlicher Zusammenhang zwischen den (analog) anwendbaren Bestimmungen und den konkreten Gegebenheiten des patronalen Wohlfahrtsfonds unabdingbar. Damit bleibt die Möglichkeit bestehen, der Situation im Einzelfall Rechnung zu tragen und nicht alle Anlagebestimmungen tel quel zur Anwendung zu bringen. Im Normalfall sollten auch die Erweiterungen gemäss Art. 50 Abs. 4 BVV 2 in Anspruch genommen werden können (a.a.O., E. 3, insbesondere E. 3.3.1). Im Übrigen ist vor allem nach der Grösse des patronalen Wohlfahrtsfonds und seinen Leistungsausschüttungen zu differenzieren (a.a.O., E. 3.3.2).
Zwar steht hier eine Vermögensverwaltung zur Beurteilung, die (teilweise) vor der 1. BVG-Revision (per 1. Januar 2005) bzw. vor der Revision der Anlagevorschriften von Art. 49 ff. BVV 2 (per 1. Januar 2009) ihren Niederschlag gefunden hat. Dies schliesst deren analoge Anwendung (in der damals gültigen Fassung) indessen nicht aus. Einerseits hat Art. 89bis Abs. 6 ZGB bereits vor der 1. BVG-Revision auf Art. 71 BVG resp. Art. 49 ff. BVV 2 verwiesen. Anderseits beschränken sich die Argumente, die für ihre Analogie sprechen (vgl. 9C_125/2012 vom 12. Oktober 2012 E. 3.2; vgl. auch 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 4.5 Abs. 1), nicht auf einen bestimmten Zeitraum.
6.2 Wie das Bundesverwaltungsgericht richtig erkannt hat, hat die Beschwerdeführerin als patronaler Wohlfahrtsfonds weder für die Deckung von Freizügigkeitsleistungen noch von laufenden Renten einzustehen. Gemäss verbindlicher Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz (vgl. E. 1.1) richtete sie einzig in den Jahren 1995 (Fr. 7'000.-) und 1996 (Fr. 4'000.-) Leistungen an Destinatäre aus. Dessen ungeachtet gilt es im Bewusstsein zu behalten, dass die Mittel eines patronalen Wohlfahrtsfonds, selbst wenn zu 100 % vom Arbeitgeber geäufnet, nicht ihm gehören und er über diese Gelder nicht frei verfügen kann (Urteil 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 5.3 Abs. 2 und E. 6.5.2 Abs. 2). Es ist deshalb nicht einsichtig, weshalb patronale Wohlfahrtsfonds von der Anwendung von Art. 57 BVV 2 ausgenommen sein sollen. Die darin statuierte Anlagebeschränkung dient der angemessenen Verteilung der Risiken, was einen allgemeinen Vermögensverwaltungsgrundsatz darstellt.
6.3 Die Senkung der Anlagebeschränkung von 20 % auf 5 % erfolgte, weil sich in der Praxis erwiesen hatte, dass Anlagen bei der Stifterfirma problematisch sind, da sie bei wirtschaftlichen Schwierigkeiten des Arbeitgebers oft neu eingegangen oder erhöht werden und bei nachfolgendem Konkurs des Arbeitgebers trotz Konkursprivileg der 1. Klasse gar nicht mehr oder nicht mehr voll gedeckt sind (Mitteilung des BSV Nr. 72 vom 8. April 2004 über die berufliche Vorsorge S. 9). Die Destinatäre eines patronalen Wohlfahrtsfonds sind somit im Rahmen einer Anlage bei der Stifterfirma gleich wie bezüglich der reglementarischen Vorsorgeeinrichtung einem doppelten Verlustrisiko ausgesetzt: einerseits dem Verlust des Arbeitsplatzes, anderseits demjenigen von Vorsorgemitteln. Dass es beim patronalen Wohlfahrtsfonds wohl nur - aber immerhin - um Ansprüche "minderer Verbindlichkeit" geht (vgl. Urteil 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 3.1.1), ändert an dieser prinzipiellen Wechselwirkung nichts. Den Anlagebeschränkungen von Art. 57 BVV 2 kommt daher auch betreffend patronale Wohlfahrtsfonds eine nicht zu vernachlässigende Relevanz zu. Mit anderen Worten verbleibt - wenn überhaupt - höchstens dann Spielraum für eine large(re) Handhabung, wenn die Zahlungsfähigkeit des Schuldners längerfristig stabil erscheint.
6.4 Gemäss rechnerischer Zusammenstellung der Vorinstanz, an die das Bundesgericht gebunden ist (vgl. E. 1.1), überschritt die Beschwerdeführerin die Vermögensanlage (Darlehensgewährung) beim Arbeitgeber in den Jahren 2004-2006 erheblich. Danach ergibt sich für das Jahr 2004 ein Anlagevolumen in der Höhe von 60 %, für das Jahr 2005 ein solches von über 50 % und für das Jahr 2006 ein solches von über 25 %.
Die Kontrollstelle der Beschwerdeführerin hat die Höhe der Anlage ab der Jahresrechnung 2002 beanstandet. Die wirtschaftliche Situation bei der Arbeitgeberfirma war, wie sich aus den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz ergibt (vgl. E. 1.1), angespannt. Jedenfalls macht auch die Beschwerdeführerin nicht geltend, es hätten finanziell stabile Verhältnisse geherrscht. Ebenso wenig beruft sie sich darauf, dass ihr die Option einer Erweiterung im (analogen) Sinne von aArt. 59 BVV 2 resp. Art. 50 Abs. 4 BVV 2 offengestanden wäre. Unter diesen Umständen erweist sich die von der Vorinstanz angeordnete Rückzahlung des Darlehens bis auf die gesetzliche Limite nicht als bundesrechtswidrig.
6.5 Die Höhe der Anlageüberschreitung per 31. Dezember 2006 von Fr. 49'117.35 bleibt unangefochten. Dabei hat es ebenfalls sein Bewenden. Es bestehen auch hier keine Anhaltspunkte, die auf eine offensichtliche Unrichtigkeit hinweisen (vgl. E. 1.1).
7. Zusammengefasst erweist sich die Beschwerde - soweit darauf einzutreten ist - als unbegründet und ist abzuweisen. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 66 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. November 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Keel Baumann