Faits:
A. Les époux A._ et B._ sont propriétaires, sur le territoire de la commune d'Etoy, de la parcelle n° 229 du registre foncier. Ce bien-fonds, au lieu-dit "Chentres", a une surface de 4'913 m2; il s'y trouve une maison d'habitation, construite dans les années 1950.
Selon le plan des zones de la commune entré en vigueur le 29 novembre 1985, la partie nord de la parcelle (avec la maison) est classée en zone intermédiaire. Le règlement sur le plan des zones de 1985 définit cette zone comme une "zone d'attente destinée à être affectée ultérieurement sur la base de plans partiels d'affectation ou de plans de quartier"; elle est en outre "caractérisée par l'interdiction de bâtir", les constructions agricoles et viticoles étant réservées (art. 39 dudit règlement). Cette zone intermédiaire est composée de deux bandes de terrain, chacune large d'environ 50 m, de part et d'autre de la route de Villars à l'entrée du village d'Etoy. Au sud, à l'est et au nord de cette zone intermédiaire, les terrains sont classés dans la zone agricole. Il en va ainsi de la partie sud de la parcelle n° 229. Avant le plan des zones de 1985, un plan d'extension communal de 1969 classait cette parcelle en zone sans affectation spéciale.
La villa de la parcelle n° 229 est proche de deux autres villas, construites à la même époque. Une de ces villas se trouve sur une parcelle contiguë, également en zone intermédiaire. La dernière villa a été édifiée sur une parcelle voisine à l'est, au-delà d'un chemin, dans la zone agricole du plan de 1985.
B. Les autorités communales ont élaboré un projet de nouveau plan général d'affectation, qui a été mis à l'enquête publique à la fin de l'année 2000. Ce projet prévoit le classement de la parcelle n° 229 dans la zone agricole, plus précisément dans le "secteur A" de cette zone, qui est "soumis à des conditions restrictives de construction en vue de protéger le site" (art. 17.1 du projet de nouveau règlement sur le plan général d'affectation et la police des constructions [RPGA]). Le nouveau plan supprime la zone intermédiaire au lieu-dit "Chentres".
Les époux A._ et B._ ont formé opposition, en demandant l'inclusion de leur maison et du jardin attenant dans la zone à bâtir. Le 26 mars 2001, le conseil communal d'Etoy a adopté le plan général d'affectation (à l'exception du régime applicable à certaines parties de la zone agricole, dans d'autres secteurs que celui de "Chentres") et il a rejeté l'opposition des époux A._ et B._. Ces derniers ont recouru contre cette décision auprès du Département des infrastructures du canton de Vaud. Ce département, après une inspection locale, a rejeté le recours par une décision rendue le 30 août 2002. En substance, il a considéré que la parcelle n ° 229, "techniquement apte à la construction" mais située en périphérie du village d'Etoy (plus précisément du hameau central de la commune, dit du Prieuré), ne faisait pas partie des terrains déjà largement bâtis au sens de l'art. 15 let. a LAT. Analysant ensuite les capacités des zones constructibles du nouveau plan général d'affectation en relation avec les objectifs de développement de la commune, énoncés notamment dans le plan directeur communal de 1999, le département cantonal a estimé qu'un transfert de la zone intermédiaire litigieuse en zone de villas ne répondrait pas aux exigences de l'art. 15 let. b LAT. Il a encore considéré que le classement de la parcelle litigieuse et des terrains voisins en zone agricole ne violait pas l'art. 16 LAT.
C. Les époux A._ et B._ ont recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud contre la décision du département cantonal. Ils ont conclu à ce que la partie nord de leur parcelle, ainsi que le cas échéant les parcelles voisines, classées en 1985 en zone intermédiaire, soient désormais affectées en zone de villas. A titre subsidiaire, ils ont demandé l'exécution d'une péréquation réelle entre les diverses zones intermédiaires de la commune.
Par un arrêt rendu le 20 décembre 2004, le Tribunal administratif a admis le recours des époux A._ et B._, annulé la décision du 26 mars 2001 du conseil communal d'Etoy et renvoyé l'affaire à cette autorité pour nouvelle décision. Retenant que la contestation portait sur l'application de l'art. 15 let. a LAT, le Tribunal administratif a considéré en substance que le département cantonal avait limité de façon arbitraire son pouvoir d'examen, en renonçant à une appréciation d'ensemble et à un contrôle de l'opportunité.
D. La commune d'Etoy a formé un recours de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif, pour violation de son autonomie. Le Tribunal fédéral a admis ce recours par un arrêt rendu le 25 avril 2005, et il a annulé la décision attaquée (arrêt 1P.71/2005). Il a été constaté que le Tribunal administratif avait en définitive renoncé à examiner les griefs des époux A._ et B._ au sujet de la légalité du classement de leur terrain en zone agricole - ou plutôt de son non-classement dans la zone à bâtir - alors que tel était l'objet de la contestation et que l'on ne voyait pas a priori quelles questions d'opportunité auraient dû être résolues. Le Tribunal fédéral a partant considéré que la commune recourante avait été victime d'un déni de justice formel, le Tribunal administratif ayant refusé à tort de contrôler la légalité de la mesure de planification avant de renvoyer l'affaire au conseil communal.
E. Le Tribunal administratif a repris l'instruction de l'affaire après l'annulation de son arrêt du 20 décembre 2004. Par un nouvel arrêt, rendu le 26 novembre 2007, il a rejeté le recours de A._ et B._ et dit que la décision du Département des institutions et des relations extérieures du 30 août 2002 était maintenue. Appliquant les critères définis sur la base de l'art. 15 LAT, le Tribunal administratif a considéré en substance que les trois villas (dont celle des recourants) situées à la sortie est du village d'Etoy ne constituaient pas un élément de l'agglomération faisant partie des terrains déjà largement bâtis, au sens de l'art. 15 let. a LAT; la création d'une zone de villas à cet endroit, comprenant la totalité de l'ancienne zone intermédiaire (12'000 m2 au sud de la route de Villars et 9'000 m2 au nord de cette route), serait incompatible avec la protection du bourg d'Etoy. Le Tribunal administratif a encore retenu qu'une procédure de péréquation réelle n'entrait pas en considération.
F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal administratif du 26 novembre 2007 en ce sens qu'ordre est donné à la commune d'Etoy de modifier son plan général d'affectation de manière à ce que leur parcelle n° 229 soit incluse dans une zone à bâtir, vraisemblablement dans une zone de villas, dans la même mesure où elle était précédemment incluse en zone intermédiaire selon le plan des zones approuvé par le Conseil d'Etat le 29 novembre 1985. A titre subsidiaire, ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de l'affaire à la juridiction cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, afin que la partie de leur parcelle qui était en zone intermédiaire soit désormais affectée en zone de villas. Les recourants se plaignent de violations des art. 15 et 16 LAT, ainsi que de leur droit d'être entendus.
La commune d'Etoy conclut au rejet du recours. La Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal propose le rejet du recours. Le service cantonal du développement territorial a renoncé à déposer des observations. Les recourants se sont déterminés sur la réponse de la commune.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) est ouverte contre une décision prise par l'autorité cantonale de dernière instance dans une contestation portant sur l'application du droit de l'aménagement du territoire. Les propriétaires fonciers qui attaquent un plan d'affectation communal en critiquant le régime applicable à leur bien-fonds ont manifestement qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2. Le recours est formé pour violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a LTF). Les recourants se plaignent d'une mauvaise application des art. 15 et 16 LAT, en reprochant en premier lieu au Tribunal administratif de ne pas avoir examiné si leur propriété ainsi que les propriétés voisines se prêtaient à une exploitation agricole; ce refus d'appliquer l'art. 16 LAT constituerait en outre une violation du droit d'être entendu ou un déni de justice formel. Les recourants affirment ensuite qu'en se fondant sur les critères de l'art. 15 LAT, il se justifierait de classer en zone à bâtir la bande de terrain longeant au sud la route de Villars, précédemment classée en zone intermédiaire.
2.1 La modification de l'affectation de la parcelle des recourants, passant de la zone intermédiaire à la zone agricole, est intervenue dans le cadre d'une révision du plan général d'affectation. La commune n'a pas sorti cette parcelle de la zone à bâtir, car la zone intermédiaire, telle que définie par le règlement du plan des zones de 1985, n'est pas une zone constructible. Le droit cantonal vaudois prévoit en effet la possibilité pour les communes de créer des zones intermédiaires (art. 51 de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions [LATC]), qui sont des zones d'attente, ou des zones "dont l'affectation est différée" au sens de l'art. 18 al. 2 LAT, et par conséquent ne sont pas des zones à bâtir au sens de l'art. 15 LAT (cf. Eric Brandt/Pierre Moor, Commentaire LAT, Zurich 1999, Art. 18, n. 58). Avant le plan de 1985, la parcelle litigieuse n'était pas non plus en zone à bâtir, la zone sans affectation spéciale ne répondant pas à la définition de l'art. 15 LAT (cf. Brandt/Moor, ibid.).
2.2 Les recourants ne demandent pas le maintien en zone intermédiaire de la partie nord de leur bien-fonds. Ils ne font pas non plus valoir, ni à titre principal ni subsidiairement, que leur terrain devrait plutôt être classé en zone à protéger (art. 17 LAT) ou dans une autre zone non constructible. Leur critique vise uniquement le refus de classer en zone à bâtir et, comme ils prétendent que les exigences de l'art. 15 LAT sont remplies, ils nient la justification d'un classement dans la zone agricole, définie à l'art. 16 LAT.
2.2.1 Il est vrai que, comme l'allèguent les recourants, le Tribunal administratif n'a pas examiné, dans les considérants de droit de son arrêt, si le classement en zone agricole correspondait aux exigences de l'art. 16 LAT. Il a seulement été exposé, dans cette motivation succincte, que l'affectation en zone à bâtir n'était pas imposée sous l'angle de l'art. 15 LAT. Toutefois, à propos des critères de l'art. 15 LAT, le considérant 1 de l'arrêt renvoie à l'exposé des faits, où sont reproduits in extenso les considérants de la décision du département cantonal du 30 août 2002 et ceux du premier arrêt du Tribunal administratif, du 20 décembre 2004.
Dans la décision du département cantonal, le "transfert de la zone intermédiaire litigieuse" a d'abord été examiné au regard de l'art. 15 LAT (vu la demande de classement en zone de villas), puis "du point de vue des principes d'aménagement prévus par la LAT". Dans ce cadre, le département a retenu que la zone agricole A du nouveau plan d'affectation "permet[ait] de réaliser les objectifs liés à la production agricole, mais [avait] également pour fonction de permettre la protection du paysage aussi bien construit (silhouette du village) que non construit (espace rural)". Il a ensuite considéré que la limite choisie pour la zone à bâtir dans cette partie du village était conforme à ces objectifs de protection; en conséquence, le classement en zone agricole ne violait pas l'art. 16 LAT (p. 7-8 de l'arrêt attaqué). Quant au premier arrêt du Tribunal administratif, il ne se prononce pas au sujet de la portée de l'art. 16 LAT.
2.2.2 Aux termes de l'art. 16 al. 1 LAT, les zones agricoles servent à garantir la base d'approvisionnement du pays à long terme, à sauvegarder le paysage et les espaces de délassement et à assurer l'équilibre écologique; elles devraient être maintenues autant que possible libres de toute construction en raison des différentes fonctions de la zone agricole et comprennent les terrains qui se prêtent à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice et sont nécessaires à l'accomplissement des différentes tâches dévolues à l'agriculture (let. a), ainsi que les terrains qui, dans l'intérêt général, doivent être exploités par l'agriculture (let. b). L'art. 16 al. 3 LAT prescrit aux cantons de tenir compte de façon adéquate, dans leurs plans d'aménagement, des différentes fonctions des zones agricoles.
2.2.3 En l'espèce, la situation est particulière parce que, dans le cadre d'une révision générale du plan d'affectation, l'autorité communale renonce au maintien d'une zone intermédiaire parce que l'affectation "différée" - ou plutôt la perspective d'un classement futur du secteur concerné en zone à bâtir - n'est plus actuelle. La conséquence de l'abandon de cette affectation décidée en 1985, conçue comme provisoire ou temporaire (dans l'attente de la création éventuelle d'une zone à bâtir), doit être un classement en zone non constructible si les exigences de l'art. 15 LAT, en relation avec l'art. 21 al. 2 LAT, ne sont pas remplies. On pourrait théoriquement envisager d'appliquer à nouveau le régime juridique antérieur à celui du plan de 1985; il faudrait cependant que ce régime soit lui-même conforme à la loi fédérale sur l'aménagement du territoire. En l'occurrence, le terrain était classé en zone sans affectation spéciale. Or ce type de zone n'existe plus en tant que tel en droit cantonal vaudois. On peut néanmoins considérer, de façon générale, que l'ancienne zone sans affectation spéciale correspond à la zone agricole au sens de l'art. 16 LAT (cf. notamment, à propos de l'évolution du droit vaudois avant la LAT, ATF 112 Ib 105 consid. 3a p. 110).
Dans cette situation particulière, la possibilité d'exploiter effectivement à des fins agricoles la totalité du périmètre concerné (cf. art. 16 al. 1 let. a LAT) n'est pas déterminante. C'est bien plutôt le critère de l'intérêt général au classement en zone agricole (cf. art. 16 al. 1 let. b LAT) qui entre en considération et on peut retenir qu'un tel intérêt est établi si, d'une part, le classement en zone à bâtir est exclu en vertu de l'art. 15 LAT, et si d'autre part un classement dans la zone à protéger au sens de l'art. 17 LAT, voire dans une autre zone inconstructible selon l'art. 18 LAT, ne s'impose pas (cf., à propos d'une situation comparable, arrêt 1P.387/1994 du 12 décembre 1995, consid. 7c, in ZBl 98/1997 p. 266 ss).
En d'autres termes, comme dans le cas particulier il n'est pas question d'un classement dans une autre zone inconstructible, l'affectation en zone agricole peut être considéré comme un simple retour à la situation antérieure, avant la création de la zone intermédiaire. Il incombait donc à l'autorité cantonale de recours de se prononcer sur l'application de l'art. 15 LAT. Si cette autorité constatait que les conditions de l'art. 15 LAT n'étaient pas remplies, elle admettait implicitement l'intérêt public à un classement en zone agricole. La décision du département cantonal, reproduite dans l'arrêt attaqué, interprète en définitive ainsi les portées respectives des art. 15 et 16 LAT dans la présente affaire. Il n'était pas nécessaire d'analyser plus avant les notions contenues dans l'art. 16 LAT. Le Tribunal administratif n'a donc pas commis de déni de justice formel en renonçant à examiner directement et de façon explicite, dans les considérants de son arrêt, l'application de l'art. 16 LAT. En outre, ce n'est que si une affectation en zone à bâtir s'imposait que l'affectation en zone agricole serait contraire au droit fédéral; cette question a été traitée par le Tribunal administratif. Il reste donc à contrôler l'application, en l'espèce, de l'art. 15 LAT.
2.3 Les recourants demandent le classement en zone à bâtir de leur bien-fonds et de terrains voisins, en faisant valoir qu'il y a à cet endroit trois villas qui se suivent (sur les parcelles nos 230, 229 et 547), datant du milieu du XXe siècle; ces terrains sont accessibles depuis la route cantonale, ils sont équipés et ne sont séparés du village que par un terrain non construit dont ils estiment la surface à 2'000 m2. Ils se réfèrent à ce propos à la notion de brèches non bâties dans le milieu bâti. Les recourants précisent que la création d'une zone de villas incluant leur parcelle n'implique pas nécessairement le transfert en zone à bâtir de la totalité de l'ancienne zone intermédiaire du lieu-dit "Chentres". Ils contestent au demeurant les calculs du Tribunal administratif, reprenant des données fournies par la commune, qui retiennent que ce secteur représenterait 21'000 m2; selon les recourants, il n'est pas question d'affecter une surface si importante à la zone à bâtir.
2.3.1 La contestation porte sur l'application de l'art. 15 let. a LAT, aux termes duquel les zones à bâtir comprennent les terrains propres à la construction qui sont déjà largement bâtis. Les recourants ne prétendent en effet pas que la zone à bâtir devrait être étendue, dans cette partie de la commune, en application de l'art. 15 let. b LAT (besoins pour la construction dans les quinze ans à venir). Il ressort en effet de l'arrêt attaqué que le choix des autorités communales, dans la planification directrice et dans le plan général d'affectation, est de concentrer le développement des constructions à l'ouest du village.
Le Tribunal administratif a retenu, à propos des trois villas auxquelles se réfèrent les recourants, qu'il s'agissait d'une portion de territoire prélevée en son temps sur le territoire agricole-viticole environnant. Ces trois villas ne déparent pas le site, grâce à la riche arborisation qui les entoure et à la qualité des constructions, mais elles n'en constituent pas pour autant un élément de l'agglomération; elles n'ont aucun rapport avec le bâti traditionnel qui constitue l'extrémité est du village et l'espace, certes réduit, qui les sépare des premières constructions du village ne doit pas être considéré comme une brèche dans les constructions (consid. 1 p. 16 de l'arrêt attaqué).
2.3.2 La notion de "terrains déjà largement bâtis", qu'il incombait au Tribunal administratif d'interpréter dans le cadre du contrôle de la légalité (cf. arrêt 1P.71/2005 du 25 avril 2005, consid. 2.3), a été précisée par la jurisprudence. Cette notion doit être comprise de manière étroite. Cela ne dépend pas uniquement du nombre de constructions existantes; il faut en outre que le groupe de bâtiments présente les caractéristiques d'une "agglomération", avec les infrastructures habituelles ("Siedlungsstruktur"). Il ne suffit pas qu'un ensemble de maisons n'ait plus de fonctions agricoles pour qu'il réponde à cette définition (cf. ATF 132 II 218 consid. 4.1 p. 223; 121 II 417 consid. 5a p. 424; 113 Ia 444 consid. 4d/da p. 451 et les arrêts cités ).
Dans le cas particulier, il apparaît clairement que les trois villas en cause, qui longent la route cantonale, ne forment pas un hameau ni un ensemble structuré. Le terrain des recourants et les deux terrains voisins ne représentent donc pas, ensemble, un secteur déjà largement bâti de la commune, au sens de l'art. 15 let. a LAT. Il s'agit bien plutôt de bâtiments d'habitation isolés dans le territoire agricole, construits à une époque où le droit fédéral et le droit cantonal n'imposaient pas encore une séparation stricte entre le territoire constructible et le territoire non constructible. C'est dans ce sens qu'il faut comprendre l'arrêt attaqué, qui évoque des surfaces "prélevées" sur les terrains agricoles et viticoles.
Dès lors que la parcelle des recourants ne fait pas partie des terrains déjà largement bâtis, l'espace intermédiaire entre les trois villas existantes et les bâtiments du village n'est ipso facto pas une brèche dans la continuité du milieu bâti (à propos de la notion de brèche ["Baulücke"], qui peut faire partie des terrains visés à l'art. 15 let. a LAT, cf. ATF 132 II 218 consid. 4.1 p. 223; Alexandre Flückiger, Commentaire LAT, art. 15, n. 63).
2.3.3 Les motifs qui précèdent sont suffisants pour justifier le refus de classement du terrain litigieux dans la zone à bâtir. Il est donc inutile d'examiner les arguments du Tribunal administratif selon lesquels, si une zone à bâtir était créée dans ce secteur de la commune, elle devrait nécessairement s'étendre sur la totalité de l'ancienne zone intermédiaire. Le Tribunal administratif n'a en définitive pas violé le droit fédéral de l'aménagement du territoire en confirmant la mesure prise par la commune.
3. Il s'ensuit que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté. Les recourants doivent supporter les frais de justice (art. 65 al. 1 et 66 al. 1 LTF). La commune, qui obtient gain de cause dans l'exercice de ses attributions officielles, n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF; cf. arrêt destiné à la publication 1C_82/2008 du 28 mai 2008, consid. 7).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Service du développement territorial et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 10 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Jomini