Faits:
A. Par arrêt du 18 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a notamment condamné X._, pour blanchiment d'argent, à une peine privative de liberté de 486 jours, avec sursis pendant trois ans, à une peine pécuniaire ferme de 54 jours-amende de 400 fr. par jour et au paiement des frais de la cause à hauteur de 59'073 fr.
Cette condamnation repose, en résumé et pour l'essentiel, sur les éléments suivants.
A.a En 1999, le gouvernement de l'Etat de Rio de Janeiro a constitué une nouvelle entité de contrôle fiscal des grandes sociétés implantées dans l'Etat, soit l'Inspectorat des grands contribuables, qui était dirigé par A._ et chargé du redressement fiscal desdites entreprises, comprenant tant l'encaissement des impôts soustraits que les amendes y relatives. Cette structure rapportait plus de 80 % de la recette fiscale de l'Etat précité.
Les agents de cette structure ont rapidement mis en place un système pour obtenir des sociétés inspectées qu'elles versassent des pots-de-vin en échange d'arrangements sur les amendes et redressements à encaisser par l'administration. En bref, ils désignaient un inspecteur qui se rendait dans les locaux de l'entreprise et lui demandait de produire divers documents à bref délai, sous peine d'amende. La brièveté du délai imparti avait pour but et conséquence de mettre l'entreprise dans l'impossibilité de l'observer, ce qui entraînait une série d'amendes et, avec la mise sous pression de la société, créait les conditions utiles au chantage. Apparaissait alors un intermédiaire étranger à l'administration fiscale, venant proposer à la société un accord de clôture d'inspection et/ou de remise finale d'amende contre paiement d'un pot-de-vin. Par l'acceptation de cet accord, l'entreprise voyait l'inspection clôturée, ce qui lui permettait, d'une part, d'éviter de payer de nouvelles amendes et, d'autre part, d'échapper à un redressement fiscal plus important.
Par arrêt du 19 septembre 2007, le Tribunal régional fédéral de la 2ème région, statuant en appel, a confirmé la condamnation des trois agents fiscaux A._, B._ et C._, pour corruption passive notamment.
A.b A._, B._ et C._ ont transféré, par le biais des services d'un changeur, l'argent issu du système de corruption exposé ci-dessus sur des comptes ouverts auprès de la banque D._, dont le siège était à Genève et qui disposait de succursales à Zurich et Lugano.
Cette banque a été dissoute sans liquidation le 26 juin 2002, la banque E._ en ayant repris l'actif et le passif. Elle comprenait un Conseil d'administration et son Comité du Conseil, un Comité de Direction générale, un Comité de Direction locale pour chacune des succursales, un Comité de conformité, un organe de révision interne, des services juridiques et de compliance auprès du siège comme des succursales, ainsi que des chefs de groupe, des gestionnaires et des assistants gestionnaires. La banque D._ agissait également par ses Bureaux de représentation à l'étranger, fonctionnant notamment comme pourvoyeurs d'affaires.
A.c Le Comité de Direction locale de la succursale de Zurich était notamment composé de X._, directeur du 1er janvier 2000 au 19 juin 2002, et de F._, directeur adjoint et chef du groupe Amérique latine et Brésil I du 1er janvier 1991 au 19 juin 2002. G._ en était le secrétaire.
Le 30 mai 2000, ce dernier a attiré l'attention du Comité de Direction locale sur le fait que A._ était mentionné comme auditeur fiscal pour deux comptes et vendeur de machines agricoles pour un troisième. La question de la possibilité de l'exercice d'une activité accessoire pour un agent public PEP était ainsi posée. De même, l'existence de transferts internes exécutés en faveur d'autres fonctionnaires fiscaux et l'importance des avoirs en compte étaient également relevées. Lors de sa séance du 4 août 2000, le Comité de conformité a chargé X._ d'enquêter sur place sur la compatibilité de l'activité publique de A._ avec le maintien de ses comptes auprès de la banque D._ et de lui adresser un rapport.
Le 9 février 2001, le Comité de Direction locale a pris connaissance du tableau établi par G._ montrant l'accroissement des avoirs des clients « fonctions publiques » entre le 1er janvier 2000 et le 5 février 2001. Ainsi, les avoirs de B._ avaient augmenté de 330.10% à près de 6'000'000 USD, ceux de A._ de 257% à plus de 10'000'000 USD sur un compte, son deuxième compte présentant un solde supérieur à 1'000'000 USD et le troisième un montant dépassant 400'000 USD. Les avoirs de C._, déposés sur deux comptes, dépassaient 2'300'000 USD. Les membres du Comité de la Direction locale ont alors chargé F._ de contacter le représentant à Rio de Janeiro pour lui demander des informations complémentaires sur A._. Les éléments disponibles laissaient pourtant déjà présumer que les fonds des agents brésiliens pouvaient avoir une origine criminelle.
Lors des quatre séances suivantes, soit les 13, 20, 27 février et 6 mars 2001, les membres du Comité de la Direction locale n'ont pas abordé la question des comptes des fiscalistes brésiliens. A l'occasion de la séance du 13 mars 2001, ils ne pouvaient que constater qu'ils n'avaient reçu aucune réponse aux questions soulevées par les comptes des agents susmentionnés. Ils devaient par conséquent soumettre ces cas au Comité de Direction générale, ce qu'ils n'ont toutefois pas fait, violant leurs obligations et empêchant de la sorte que les comptes fussent annoncés au Bureau de communication et les avoirs bloqués. Ces manquements se sont perpétués jusqu'à la fusion de la banque D._ avec la banque E._, le 19 juin 2002.
B. X._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il a conclu, principalement, à son acquittement et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la Cour des affaires pénales pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a également requis l'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint d'une motivation insuffisante sur plusieurs points.
1.1 Le droit d'être entendu, garanti notamment par la disposition précitée, implique que l'autorité motive sa décision, afin que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu. Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige et expose les motifs qui fondent son prononcé, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient. Elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540).
1.2 Le recourant reproche à la Cour des affaires pénales de ne pas avoir traité la question de l'intention, ni explicité les mobiles, ni examiné l'impact des tromperies commises par les membres du Bureau de représentation à Rio de Janeiro.
1.2.1 Il résulte de la page 98 de l'arrêt entrepris que la Cour des affaires pénales a dûment motivé sa décision quant à l'aspect subjectif de l'infraction retenue. Elle a en effet constaté que le recourant était parfaitement conscient de l'origine vraisemblablement illicite des avoirs et a exposé les éléments, et plus particulièrement les déclarations et messages de l'intéressé, qui lui permettaient d'aboutir à ce résultat.
L'autorité précédente a également considéré, à la page 111 de sa décision, les motivations de l'accusé, précisant en particulier que les clients brésiliens avaient contribué à grossir les résultats de la succursale zurichoise et qu'ils avaient ainsi servi les intérêts professionnels et économiques du recourant.
Enfin, le Tribunal pénal fédéral a mentionné les activités des employés du Bureau de représentation à Rio de Janeiro, précisant que ceux-ci n'avaient pas à contrôler les informations fournies par les clients à l'ouverture des comptes, ni à exiger des documents justificatifs, alors que l'obligation légale de procéder ou de faire procéder à des clarifications approfondies sur les personnes et les activités professionnelles des agents fiscaux brésiliens et l'origine de leurs valeurs en compte incombait, de manière indépendante, à chacun des coaccusés (arrêt attaqué p. 20 s et p. 94).
1.2.2 Partant, le prononcé sur l'intention et les mobiles du recourant, ainsi que sur les diverses obligations des employés de la banque, a été motivé. Il n'est pas douteux que cette motivation était suffisante pour que le recourant pût comprendre comment ces diverses questions ont été tranchées et exercer son droit de recours à bon escient. Le grief est donc vain.
1.3 Le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral de ne pas avoir motivé la question de l'admission de la République fédérative du Brésil en tant que partie civile.
Cette critique est également vaine. En effet, il résulte de la page 75 de l'arrêt entrepris, que la Cour des affaires pénales a admis, par décision du 17 juillet 2008, la République intéressée en qualité de partie civile, au motif qu'il ne pouvait être exclu qu'elle eut été effectivement lésée dans ses intérêts patrimoniaux par le crime préalable de corruption. Elle a toutefois décidé de ne statuer, dans la présente procédure, que sur le principe de l'action civile et de renvoyer la lésée devant les tribunaux civils pour le reste en application de l'art. 210 al. 2 PPF, le jugement des prétentions civiles exigeant un travail disproportionné.
2. Invoquant une violation des art. 34, 210 al. 3 et 211 PPF, le recourant reproche à l'instance inférieure d'avoir admis la constitution de partie civile de la République fédérative du Brésil et l'action civile de cette dernière.
2.1 L'art. 34 PPF prévoit qu'aux termes de la présente loi, sont considérés comme parties l'inculpé, le procureur général et tout lésé qui se constitue partie civile. L'art. 210 al. 3 PPF dispose que dans les cas où le jugement complet des prétentions civiles exigerait un travail disproportionné, le tribunal peut se limiter à adjuger l'action civile dans son principe et renvoyer le lésé pour le reste devant les tribunaux civils. Dans la mesure du possible, il doit cependant juger complètement des prétentions de faible importance. Selon l'art. 211 PPF, le lésé doit se constituer partie civile au plus tard à l'ouverture des débats.
2.2 Le recourant conteste tout d'abord la constitution formelle de partie civile de la République précitée, au motif que les démarches effectuées par l'avocat de celle-ci ne reposent pas sur des documents suffisants.
L'argumentation de l'intéressé repose sur de simples allégations. Il ne se réfère à aucune pièce du dossier pour étayer ses affirmations, comme il lui appartient de le faire en vertu de l'art. 42 al. 2 LTF, et il n'appartient pas au Tribunal fédéral, qui est un juge du droit, de compulser un volumineux dossier pour tenter de retrouver les éléments invoqués (ATF 99 Ia 586 consid. 3). Par ailleurs, aucun indice concret ne vient appuyer ses propos, alors qu'un avocat ne s'engage pas, en principe, dans une longue et coûteuse procédure sans être au bénéfice d'une procuration et que l'Etat concerné n'a jamais contesté cette représentation alors qu'il était tenu au courant de la procédure. La critique est donc vaine.
2.3 Le recourant conteste ensuite la qualité de partie civile de la République fédérative du Brésil, niant que celle-ci puisse être considérée comme lésée.
2.3.1 Par lésé, il faut entendre la personne qui prétend être atteinte, immédiatement et personnellement, dans ses droits protégés par la loi, par la commission d'une infraction (ATF 126 IV 42 consid. 2a p. 43-44; 117 Ia 135 consid. 2a p. 136). Ainsi, en cas de délits contre des particuliers, le lésé est le titulaire du bien juridique protégé. Lorsque l'infraction protège en première ligne l'intérêt collectif, les particuliers ne sont considérés comme lésés que si leurs intérêts privés ont été effectivement touchés par les actes en cause, de sorte que leur dommage apparaît comme la conséquence directe de l'acte dénoncé (ATF 129 IV 95 consid. 3.1 p. 99; 123 IV 184 consid. 1c p. 188; 120 Ia 220 consid. 3).
Le Tribunal fédéral a admis que les actes de blanchiment punissables au sens de l'art. 305bis CP pouvaient fonder une responsabilité civile de l'auteur à l'égard de la personne lésée par l'infraction principale, dont le produit avait été blanchi (cf. ATF 129 IV 322 consid. 2 p. 323 ss).
2.3.2 En l'espèce, les actes de blanchiment ont porté sur des sommes issues d'opérations de corruption par des agents du fisc de l'Etat de Rio de Janeiro (cf. supra consid. A.a). Selon les faits retenus, l'intégralité des fonds déposés sur les comptes en Suisse par trois de ces agents, à savoir A._, B._ et C._, provient de cette corruption, puisqu'obtenue sous forme de pots-de-vin versés par des entreprises inspectées aux fonctionnaires précités en échange de la clôture de l'inspection et de rabais sur les montants effectivement dus à l'Etat par ces contribuables. Ainsi, par le système mis en place par ses propres employés, l'Etat a manifestement subi un dommage dans la mesure où ces derniers ont détourné des rentrées fiscales qui devaient en réalité lui revenir. Par ailleurs, de manière générale, la corruption d'agents publics pervertit le processus de décisions au sein de l'administration, dessert l'intérêt public et affaiblit l'Etat.
Au regard de ces éléments, on peut admettre que, dans le cas particulier, l'Etat a été lésé. Le grief doit donc être rejeté.
3. Invoquant les art. 29 Cst. et 6 CEDH, le recourant se plaint d'une violation du principe de célérité.
3.1 L'art. 29 al. 1 Cst. garantit notamment à toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. A l'instar de l'art. 6 par. 1 CEDH, qui n'offre, à cet égard, pas une protection plus étendue, cette disposition consacre le principe de la célérité, en ce sens qu'elle prohibe le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie constitutionnelle lorsqu'elle ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable (ATF 130 I 312 consid. 5.1 p. 331).
Pour déterminer la durée du délai raisonnable, il y a lieu de se fonder sur des éléments objectifs. Doivent notamment être pris en compte le degré de complexité de l'affaire, l'enjeu que revêt le litige pour l'intéressé ainsi que le comportement de ce dernier et des autorités compétentes. L'attitude de l'intéressé s'apprécie avec moins de rigueur en procédure pénale et administrative qu'en procédure civile. Celui-ci doit néanmoins entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence. Par ailleurs, on ne saurait reprocher à l'autorité quelques temps morts, qui sont inévitables dans une procédure. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut. Des périodes d'activité intense peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires. Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute. Celles-ci ne sauraient donc exciper des insuffisances de leur organisation judiciaire (ATF 130 IV 54 consid. 3.3.3 p. 56 s.; 130 I 312 consid. 5.2 p. 332).
Une violation du principe de célérité doit en principe être prise en compte au stade de la fixation de la peine. Le plus souvent, elle conduit à une réduction de la peine, parfois même à l'abandon de la poursuite (ATF 124 I 139 consid. 2a p. 140 s.). Il incombe au juge d'indiquer comment et dans quelle mesure il a tenu compte de cette circonstance (ATF 117 IV 124 consid. 3 et 4 p. 126 ss).
3.2 Le recourant estime que la durée de la procédure a été trop longue, dès lors que les faits ont été révélés à la justice en date du 23 juillet 2002. Il considère également comme disproportionné le délai écoulé entre son inculpation et la clôture de l'instruction.
3.2.1 A elles seules, les allégations de l'intéressé ne suffisent pas à faire admettre une durée déraisonnable de la procédure. Encore faudrait-il qu'il soit établi que la durée de celle-ci ne se justifie pas au vu des critères à prendre en considération pour apprécier son caractère raisonnable. Le recourant n'en fait aucune démonstration. En particulier, il n'établit pas que la procédure d'instruction aurait été d'une durée excessive au vu des investigations à mener, ni qu'elle aurait comporté des temps morts d'une durée choquante. Il n'établit pas non plus que l'autorité de jugement serait, sans raison suffisante, demeurée inactive durant une longue période, le jugement entrepris étant volumineux, incluant de nombreux coaccusés et tiers saisis, l'examen de multiples pièces et la discussion de plusieurs problèmes juridiques. Une violation du principe de la célérité n'est dès lors pas démontrée à suffisance de droit, ce qui entraîne l'irrecevabilité du grief.
3.2.2 Au demeurant, supposée recevable, la critique devrait être écartée. En effet, la Cour des affaires pénales a constaté, dans le cadre de la fixation de la peine, qu'un temps relativement long s'était écoulé depuis la commission des faits qui étaient reprochés au recourant. En conséquence, la décision rendue est conforme au droit quant à son résultat.
4. Invoquant les art. 97 LTF et 9 Cst., le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits.
4.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4).
De jurisprudence constante, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable. Il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148).
4.2 Se référant à divers témoignages, le recourant soutient que les membres du Bureau de représentation à Rio de Janeiro ne se contentaient pas d'accueillir et de conseiller les clients pour le compte de la banque D._, mais qu'ils connaissaient personnellement leurs clients et étaient chargés de contrôler et de clarifier l'origine des fonds de ces derniers. Il explique que les informations reçues du Bureau étaient considérées comme crédibles et que la succursale à Zurich pouvait donc s'y fier. Il souligne que les membres du Bureau ont délibérément trompé, entre autres, la succursale zurichoise et que les indices de corruption n'ont finalement été révélés qu'à la suite de l'absorption de la banque par la banque E._ et les aveux de H._. Il estime, en définitive, qu'au regard de l'ensemble de ces éléments, l'instance inférieure devait admettre qu'il n'avait lui-même pas connaissance de l'origine illicite des fonds.
4.2.1 Le recourant ne conteste pas les faits retenus au sujet de son propre cahier des charges et les diverses obligations qui lui incombaient à la tête de la Direction locale de la succursale de Zurich. Or, le fait que les membres du Bureau de représentation à Rio de Janeiro aient éventuellement eu plus de responsabilités que celles retenues par les premiers juges (cf. arrêt p. 20 et 21) ne permet pas d'exonérer l'intéressé de ses propres obligations et responsabilités en matière de blanchiment et est par conséquent sans pertinence pour l'issue du litige.
4.2.2 Le Tribunal pénal fédéral a considéré, notamment au vu de la question de la possibilité de l'exercice d'une activité accessoire par un agent public PEP, l'existence de transferts internes exécutés en faveur de plusieurs fonctionnaires et l'importance des avoirs en compte de ces agents brésiliens, qu'il convenait, dès le début de l'année 2001, de prendre des mesures immédiates pour déterminer si les fonds de A._, B._ et C._ avaient une origine licite et, dans le cas contraire ou en l'absence de réponse satisfaisante, de soumettre le cas au Comité de la Direction générale pour décision (cf. arrêt p. 96).
Dans son argumentation, le recourant tente d'imputer toutes les responsabilités en matière de blanchiment aux membres du Bureau de représentation. Il ne conteste toutefois pas, conformément aux exigences légales (cf. supra consid. 4.1), les éléments, qui laissaient penser, en février 2001 déjà, que les fonds des agents brésiliens pouvaient avoir une origine criminelle, à savoir les indices de corruption qui étaient à sa disposition à cette époque-là. Par ailleurs, au regard notamment des montants très élevés placés sur les comptes de plusieurs agents travaillant pour le fisc brésilien, de l'accroissement important et régulier de leurs avoirs, des informations contradictoires en rapport avec les diverses activités de ces personnes et de leur statut de fonctionnaire, l'autorité fédérale pouvait, sans arbitraire, admettre que l'ensemble de ces indices fondait un soupçon suffisant de l'existence d'une opération de blanchiment et appelait par conséquent des clarifications immédiates.
4.2.3 La Cour des affaires pénales n'a pas ignoré les informations transmises par les membres du Bureau de représentation. Elle a en effet exposé le contenu des mémos et déclarations reçus depuis Rio de Janeiro au sujet des comptes de A._, B._ et C._ (cf. arrêt p. 32 à 40). Elle a toutefois retenu, qu'à l'occasion de la séance du 13 mars 2001, les membres du Comité de la Direction locale ne pouvaient que constater qu'ils n'avaient reçu aucune réponse aux questions soulevées par les comptes des personnes susmentionnées (cf. arrêt p. 97).
Dans son argumentation, le recourant se contente d'affirmer que les membres du Bureau, qui étaient crédibles, ont menti à la Direction locale de la succursale de Zurich, ce qui n'a toutefois pas été nié par la Cour précédente. En revanche, il ne démontre pas que les informations transmises depuis le Brésil au sujet des comptes des agents brésiliens étaient suffisantes et plausibles. Du reste, l'appréciation selon laquelle les réponses obtenues étaient clairement insuffisantes n'est pas manifestement insoutenable. En effet, d'une part, ces dernières n'étaient jamais documentées, ce contrairement au prescrit de la loi (cf. art. 7 al. 1 LBA); d'autre part, elles n'étaient jamais très significatives quant à la provenance des fonds et comportaient parfois des contradictions évidentes (cf. arrêt p. 37 et 38). Enfin, les banquiers responsables en Suisse n'ont eux-mêmes jamais été convaincus par les informations reçues depuis Rio, dès lors qu'ils ont chargé successivement plusieurs personnes de se renseigner à ce sujet, ce qui atteste manifestement de l'insuffisance des informations reçues et des doutes persistant en relation avec l'origine des avoirs des agents fiscaux.
4.2.4 La Cour des affaires pénales a retenu que le recourant était parfaitement conscient de l'origine illicite des avoirs en se fondant sur diverses déclarations de l'intéressé (cf. arrêt attaqué p. 98 et infra consid. 4.5.1).
Dans son argumentation, ce dernier se contente de nier ces faits en procédant à sa propre appréciation des preuves, ce qui ne suffit toutefois pas à faire admettre l'arbitraire allégué. Insuffisamment motivée et largement appellatoire, sa critique est par conséquent irrecevable (cf. supra consid. 4.1 et infra consid. 4.5).
4.2.5 Sur le vu de ce qui précède, le grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.3 Se référant notamment à la tradition orale de la banque D._, le recourant conteste ne pas avoir accompli la mission qui lui avait été confiée, le 4 août 2000, par le Comité de conformité et estime que l'autorité inférieure ne pouvait lui reprocher cette omission.
La question de savoir si le recourant a effectué quelques démarches ou non suite à la mission qui lui a été confiée au mois d'août 2000 (cf. arrêt p. 96) est sans pertinence, dès lors qu'elle ne peut avoir d'effet sur l'issue de la cause. En effet, les premiers juges ont admis, au vu des indices à disposition, que, dès le 9 février 2001, il convenait de prendre des mesures immédiates pour clarifier, dans les plus brefs délais, la situation des trois agents brésiliens, déterminer si les fonds avaient une origine illicite et, dans le cas contraire ou en l'absence de réponse satisfaisante, soumettre le cas au Comité de Direction générale pour décision. Ils ont ensuite retenu que, dès le 13 mars 2001, les membres du Comité de Direction locale ne pouvaient que constater qu'ils n'avaient reçu aucune réponse aux questions soulevées par les comptes des fiscalistes brésiliens et qu'ils n'avaient par conséquent d'autre choix que de soumettre ces cas au Comité de Direction générale (cf. arrêt attaqué p. 96 et 97). Ils ont par conséquent considéré que, dès cette date, le recourant s'était rendu coupable de blanchiment par omission, relevant encore que tous les manquements antérieurs au 19 septembre 2001 étaient prescrits (cf. arrêt attaqué p. 95; infra consid. 9).
4.4 Le recourant reproche à la Cour des affaires pénales de ne pas avoir admis que la Direction générale de la banque D._ était informée, ce depuis le mois de mai 2000, de la problématique des fonctionnaires brésiliens. Il relève, d'une part, que les procès-verbaux du Comité de la Direction locale zurichoise étaient communiqués à la Direction générale et, d'autre part, que le Directeur I._ n'ignorait rien de la situation des agents précités. Il conteste ainsi ne pas avoir informé la Direction générale de la problématique de ces comptes.
4.4.1 Dans son argumentation, le recourant tente de démontrer que les membres de la Direction générale de la banque D._, par le biais de J._, étaient au courant de la problématique des comptes des agents brésiliens. Or, ces faits n'ont pas été ignorés par la Cour des affaires pénales, dès lors que cette dernière a également condamné J._, reconnaissant que ce dernier disposait des informations relatives aux cas douteux, mais qu'il n'avait rien fait pour que le Comité de la Direction générale communiquât les comptes et bloquât les avoirs des fiscalistes (cf. arrêt p. 104).
4.4.2 Par ailleurs, le recourant ne conteste pas qu'il lui appartenait, en sa qualité de directeur de la succursale de Zurich et conformément à son cahier des charges, de s'assurer que les fonds parvenant sur les comptes n'avaient pas une origine illicite et de soumettre les cas suspects au Comité de Direction générale pour décision quant à la communication de ces comptes ou à leur blocage. En outre, l'intéressé n'exclut pas la possibilité de responsabilités multiples au sein de la banque D._, étant du reste rappelé qu'il n'y a pas de compensation des fautes en matière pénale (cf. ATF 122 IV 17 consid. 2c/bb, p. 24). Enfin, aucun des éléments invoqués par le recourant atteste que celui-ci aurait valablement rempli les obligations qui lui incombaient et qu'il aurait ainsi soumis les cas suspects au Comité de Direction générale pour décision quant à la communication de ces comptes ou à leur blocage.
4.4.3 Sur le vu de ce qui précède, le grief est infondé.
4.5 Le recourant conteste avoir connu la provenance illicite des avoirs des fonctionnaires brésiliens. Il relève que les éléments ne permettaient pas de retenir une telle intention et se prévaut des garanties qui lui avaient été données par le Bureau de représentation, à Rio de Janeiro. Il précise que ce n'est qu'après avoir appris, en mai 2002, de G._ l'incohérence de l'accroissement des entrées de fonds sur le compte de A._ qu'il a douté de la crédibilité qu'il fallait accorder aux assurances données par ledit Bureau. Il estime alors avoir réagi en conséquence en dénonçant immédiatement le cas.
4.5.1 Selon la Cour des affaires pénales, le recourant était parfaitement conscient de l'origine vraisemblablement illicite des avoirs. En effet, il avait déclaré, devant le Juge d'instruction, que l'exercice d'une activité accessoire de consultant par un fonctionnaire fiscal occupant un poste élevé dans l'administration publique générait des conflits d'intérêts avec risque de fraude majeure. Selon lui, tout le monde avait conscience que A._ pouvait travailler dans un système corrompu. Ayant résidé lui-même en Asie durant plusieurs années, il aurait dû, selon ses propres déclarations, être aveugle, sourd et stupide pour ne pas se rendre compte que, dans beaucoup de pays en voie de développement, le système fiscal était corrompu. Dans ce contexte, il avait manifestement eu une idée d'ensemble de la situation. Enfin, la formule qui clôturait son message du 25 juin 2002, soit ses salutations « d'un Zurich de plus en plus propre » montrait qu'il était conscient de la nécessité de procéder à un minimum de nettoyage au sein de la succursale qu'il dirigeait (cf. arrêt p. 98).
4.5.2 Pour l'essentiel, le recourant se borne à présenter sa propre version des faits et appréciation des preuves. En effet, il ne s'en prend pas aux éléments retenus ci-dessus par le Tribunal pénal fédéral pour admettre qu'il avait conscience de la provenance illicite des avoirs en question. En particulier, il ne remet pas en cause ses propres déclarations à ce sujet et ne prétend pas, ni ne démontre, que celles-ci ne permettaient pas d'aboutir à la conclusion finalement retenue. Nier simplement les faits en relation avec l'aspect subjectif de l'infraction retenue en procédant à sa propre appréciation des preuves ne suffit pas à faire admettre l'arbitraire allégué. Dans une très large mesure, son argumentation est purement appellatoire et par conséquent irrecevable (cf. supra consid. 4.1).
Pour le reste, il résulte des constatations de fait, qui ne sont pas contestées par l'intéressé, que dès le 30 mai 2000, G._ a attiré l'attention du recourant sur le fait que A._ était mentionné comme auditeur fiscal pour deux comptes et vendeur de machines agricoles pour un troisième. De plus, le 9 février 2001, le Comité de Direction locale a pris connaissance du tableau établi par G._ montrant l'accroissement des avoirs des clients « fonctions publiques » entre le 1er janvier 2000 et le 5 février 2001. Ainsi, les avoirs de B._ avaient augmenté de 330.10% à près de 6'000'000 USD, ceux de A._ de 257% à plus de 10'000'000 USD sur un compte, son deuxième compte présentant un solde supérieur à 1'000'000 USD et le troisième un montant de plus de 400'000 USD. Les avoirs de C._, déposés sur deux comptes, dépassaient 2'300'000 USD. Ainsi, dés le début de l'année 2001, les indices étaient suffisants, notamment au regard des entrées très élevées sur les comptes des agents brésiliens, l'existence des transferts pour plusieurs fonctionnaires fiscaux, les informations contradictoires en rapport avec leurs diverses activités et leur statut professionnel, pour que le recourant dût avoir des doutes quant à la provenance de ces fonds. Par ailleurs, ce dernier ne pouvait se satisfaire des quelques explications qui lui étaient fournies par les responsables du Bureau de représentation à Rio de Janeiro, celles-ci ne permettant pas de se prononcer valablement sur la provenance et l'arrière-plan économique de ces transactions inusuelles, ni de dissiper les doutes relatifs à ces comptes.
Sur le vu de ce qui précède, la critique doit être rejetée dans la mesure où elle est recevable.
5. Le recourant invoque une violation de la présomption d'innocence et du principe « in dubio pro reo ». Il soutient que l'autorité de première instance ne pouvait écarter tout doute raisonnable sur son absence d'intention, sur l'accomplissement de la mission qui lui avait été confiée le 4 août 2000 et sur le fait que la Direction générale de la banque D._ était informée du cas des fonctionnaires brésiliens.
5.1 La présomption d'innocence, garantie par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe "in dubio pro reo", concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (ATF 120 Ia 31 consid. 2c p. 36).
En tant que règles sur le fardeau de la preuve, ces principes signifient, au stade du jugement, que le fardeau de la preuve incombe à l'accusation et que le doute doit profiter à l'accusé. Comme règles de l'appréciation des preuves, ils sont violés lorsque le juge, qui s'est déclaré convaincu, aurait dû éprouver des doutes quant à la culpabilité de l'accusé au vu des éléments de preuve qui lui étaient soumis. Le Tribunal fédéral examine librement si ces principes ont été violés en tant que règles sur le fardeau de la preuve. Il examine uniquement sous l'angle de l'arbitraire la question de savoir si le juge aurait dû éprouver un doute, c'est-à-dire celle de l'appréciation des preuves (ATF 124 IV 86 consid. 2a p. 88).
5.2 En l'espèce, il n'appert nullement, et le recourant ne le prétend d'ailleurs lui-même pas, que l'autorité fédérale aurait renversé le fardeau de la preuve, ni qu'elle aurait éprouvé un doute qu'elle aurait interprété en défaveur de l'accusé. La seule question soulevée par le recourant est celle de savoir si la Cour des affaires pénales aurait dû éprouver un doute, de sorte que son grief tiré de la violation de la présomption d'innocence se confond avec celui d'appréciation arbitraire des preuves, qui a été examiné ci-dessus (cf. supra consid. 4).
6. Invoquant une violation des art. 11, 305bis CP, 9 al. 1 et 10 al. 1 LBA, le recourant conteste sa condamnation pour blanchiment d'argent. Il nie avoir eu une position de garant au sein de la banque (cf. infra consid. 6.2) et soutient qu'aucune omission ne saurait lui être reprochée (cf. infra consid. 6.3).
6.1 Aux termes de l'art. 305bis CP, celui qui aura commis un acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de valeurs patrimoniales dont il savait ou devait présumer qu'elles provenaient d'un crime, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Le blanchiment d'argent peut être commis par n'importe qui, la disposition précitée n'apportant aucune restriction quant à l'auteur de l'infraction. Si cette dernière a été commise au sein d'une entreprise, il convient d'examiner les responsabilités individuelles compte tenu de la division et de la répartition interne des tâches.
Le blanchiment d'argent est une infraction de mise en danger abstraite, et non pas de résultat (ATF 128 IV 117 consid. 7a p. 131; 127 IV 20 consid. 3a p. 25 s.). Le comportement délictueux consiste à entraver l'accès de l'autorité pénale au butin d'un crime, en rendant plus difficile l'établissement du lien de provenance entre la valeur patrimoniale et le crime. Il peut être réalisé par n'importe quel acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de la valeur patrimoniale provenant d'un crime (ATF 122 IV 211 consid. 2 p. 215; 119 IV 242 consid. 1a p. 243). Ainsi, le fait de transférer des fonds de provenance criminelle d'un pays à un autre constitue un acte d'entrave (ATF 127 IV 20 consid. 2b/cc p. 24 et 3b p. 26). De même, le recours au change est un moyen de parvenir à la dissimulation de l'origine criminelle de fonds en espèces, qu'il s'agisse de convertir les billets dans une monnaie étrangère ou d'obtenir des coupures de montants différents (cf. U. CASSANI, Commentaire du droit pénal suisse, partie spéciale, vol. 9, n° 37 ad art. 305bis CP).
6.2 Le blanchiment d'argent peut aussi être réalisé par omission si l'auteur se trouvait dans une position de garant qui entraînait pour lui une obligation juridique d'agir (cf. Message concernant la modification du code pénal suisse du 12 juin 1989 in FF 1989 II p. 983; J-B ACKERMANN, Geldwäscherei, in Kommentar Band I, n° 371 et les références citées). En effet, selon l'art. 11 al. 1 CP, un crime ou un délit peut aussi être commis par un comportement passif contraire à une obligation d'agir. Tel est le cas, d'après l'alinéa 2 de cette disposition, lorsque l'auteur n'empêche pas la mise en danger ou la lésion du bien juridique protégé, bien qu'il y soit tenu à raison de sa situation juridique, notamment en vertu de la loi, d'un contrat, d'une communauté de risques ou de la création d'un risque. N'importe quelle obligation juridique ne suffit pas. Il faut qu'elle ait découlé d'une position de garant, c'est-à-dire que l'auteur se soit trouvé dans une situation qui l'obligeait à ce point à protéger un bien déterminé contre des dangers indéterminés (devoir de protection), ou à empêcher la réalisation de risques connus auxquels des biens indéterminés étaient exposés (devoir de surveillance), que son omission peut être assimilée au fait de provoquer le résultat par un comportement actif (ATF 134 IV 255 consid. 4.2.1 p. 259 s.).
Ainsi, pour déterminer si un délit de commission par omission a été réalisé, il faut rechercher si la personne à laquelle l'infraction est imputée se trouvait dans une situation de garant. La question de savoir si un intermédiaire financier peut, de par sa seule passivité et indépendamment de tout autre acte, se rendre coupable d'une violation de l'art. 305bis CP n'a encore jamais été tranchée par le TF et est controversée en doctrine.
6.2.1 Avant l'entrée en vigueur de la nouvelle Loi fédérale concernant la lutte contre le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme dans le secteur financier du 10 octobre 1997 (LBA; RS 955.0), les auteurs ont, de manière générale, répondu négativement à cette question. Se référant à l'ATF 106 IV 276 - qui exclut qu'un témoin puisse se rendre coupable d'entrave à l'action pénale sous la forme d'un délit par omission improprement dit, en refusant de nommer un inconnu suspecté d'avoir commis une infraction aux règles de la circulation et qui l'a chargé de réparer le dommage causé lors d'un accident dans lequel il était seul impliqué - G. ARZT estime que la violation de l'obligation d'annonce ne crée pas une responsabilité pénale du banquier, seul un fonctionnaire pouvant être reconnu coupable de blanchiment par omission (G. ARZT, Das schweizerische Geldwäschereiverbot im Lichte amerikanischer Erfahrungen, in RPS 1989 p. 192). CH. GRABER suit l'avis précité, estimant que l'infraction de blanchiment par omission ne peut être commise que par un fonctionnaire et non un employé de banque qui viole l'obligation d'annonce contenue dans son cahier des charges (CH. GRABER, Geldwäscherei, Dissertation, Berne 1990, p. 137). Il admet toutefois, comme d'autres auteurs, que le supérieur hiérarchique qui sait que ses employés commettent des actes de blanchiment et ne fait rien pour les en empêcher, peut se rendre coupable de blanchiment par omission, son devoir d'agir découlant alors de son devoir de surveillance (cf. CH. GRABER, op cit, p. 138; U. CASSANI, op cit, ad art. 305bis n° 44; S. TRECHSEL et al., Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, ad art. 305bis, n° 20). Selon U. CASSANI, n'importe quel citoyen, fût-il un professionnel de la finance, n'a pas un devoir juridique spécial d'agir pour sauvegarder les intérêts de la justice. En matière bancaire, le réviseur a toutefois, en application de l'ancienne loi sur les banques, le devoir de dénoncer l'infraction constatée à la Commission fédérale des banques (art. 21 al. 4 aLB), qui a elle-même le devoir d'avertir les autorités pénales compétentes en application de l'art. 23ter al. 4 aLB. Lorsque les personnes physiques agissant au sein de l'organe de révision ou de la Commission fédérale des banques s'abstiennent de dénoncer les actes de blanchiment constatés, la question d'une violation par abstention de l'art. 305bis CP peut alors se poser (U. CASSANI, op cit, n° 43 ad art. 305bis).
Suite à l'entrée en vigueur de la LBA, une partie des auteurs répond toujours négativement à la question de savoir si un intermédiaire financier peut se rendre coupable d'une violation de l'art. 305bis CP par omission. Ainsi, M. PIETH estime que l'obligation de communiquer au sens de l'art. 9 LBA, dont la violation est sanctionnée séparément à l'art. 37 LBA, ne fonde pas un devoir juridique d'agir du financier (M. PIETH, Basler Kommentar, Strafrecht II, ad art. 305bis CP, n° 45 p. 2217). CH. EGGER TANNER soutient le même avis, relevant que si les intermédiaires financiers doivent, par le biais de l'art. 9 LBA, participer à la lutte de l'Etat contre le blanchiment, le devoir d'annonce ne fait pas partie intégrante de leurs obligations professionnelles (CH. EGGER TANNER, Die strafrechtliche Erfassung der Geldwäscherei, Ein Rechtsvergleich zwischen der Schweiz und der Bundesrepublik Deutschland, Dissertation, 1999 p. 137). En revanche, B. CORBOZ admet que, selon la LBA, les intermédiaires financiers sont, dans une certaine mesure, tenus de collaborer à la lutte contre le blanchiment et, dans cette limite, ont une position de garant (B. CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. II, ad art. 305bis CP n° 23). J-B ACKERMANN considère également que celui qui est responsable, selon l'organigramme de la banque, des questions de blanchiment et qui n'annonce pas le cas, viole son contrat de travail et son cahier des charges et peut ainsi se rendre coupable de blanchiment par omission (J-B ACKERMANN, in SCHMID (Hrsg.), Kommentar Einziehung, organisiertes Verbrechen und Geldwäscherei, Bd I, Zurich 1998, ad art. 305bis StGB, n° 385).
6.2.1.1 La LBA, en vigueur depuis le 1er avril 1998, définit les règles auxquelles sont astreints les intermédiaires financiers en matière de lutte contre le blanchiment d'argent. Ceux-ci ont désormais des obligations de diligence (art. 3 à 8 LBA) et des devoirs en cas de soupçons de blanchiment d'argent (art. 9 à 11 LBA).
Ainsi, en application de l'art. 6 al. 1 LBA, l'intermédiaire financier est tenu d'identifier l'objet et le but de la relation d'affaires souhaitée par le cocontractant. L'étendue des informations à collecter est fonction du risque que représente le cocontractant. L'art. 7 LBA prévoit une obligation d'établir et de conserver les documents relatifs aux transactions effectuées ainsi qu'aux clarifications requises. L'art. 8 LBA précise que les intermédiaires financiers prennent dans leur domaine les mesures nécessaires pour empêcher le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme. Ils veillent notamment à ce que leur personnel reçoive une formation suffisante et à ce que des contrôles soient effectués. Selon l'art. 9 al. 1 let. a LBA, l'intermédiaire financier informe immédiatement le Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent au sens de l'art. 23 (bureau de communication), s'il sait ou présume, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales impliquées dans la relation d'affaires ont un rapport avec une des infractions mentionnées aux art. 260ter, ch. 1, ou 305bis CP, proviennent d'un crime, sont soumises au pouvoir de disposition d'une organisation criminelle ou servent au financement du terrorisme (art. 260quinquies, al. 1, CP). Aux termes de l'art. 10 LBA, l'intermédiaire financier doit bloquer immédiatement les valeurs patrimoniales qui lui sont confiées si elles ont un lien avec les informations communiquées en vertu de l'art. 9 (al. 1). Il maintient le blocage des avoirs jusqu'à la réception d'une décision de l'autorité de poursuite pénale compétente, mais au maximum durant cinq jours ouvrables à compter du moment où il a informé le bureau de communication (al. 2).
6.2.1.2 La Commission fédérale des banques (ci-après: CFB) a établi des directives relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux du 26 mars 1998 (ci-après: Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux). Ces directives, applicables à la période concernée, prévoient notamment ce qui suit:
Les intermédiaires financiers ne doivent pas accepter d'avoirs d'origine criminelle. Les organes ou les employés desdits intermédiaires financiers se rendent coupables de blanchiment de capitaux s'ils acceptent, gardent en dépôt ou aident à placer ou à transférer des valeurs patrimoniales, dont ils savent ou doivent présumer qu'elles proviennent d'un crime (art. 305bis CP). Les intermédiaires financiers ne doivent pas accepter des fonds dont ils savent ou doivent présumer qu'ils proviennent de la corruption ou de détournements de fonds publics. Ils doivent dès lors examiner avec une attention particulière s'ils veulent entrer en relations d'affaires, accepter et garder des avoirs appartenant, directement ou indirectement, à des personnes exerçant des fonctions publiques importantes pour un Etat étranger ou à des personnes et sociétés qui, de manière reconnaissable, leur sont proches. Les intermédiaires financiers doivent, dans le cadre des conditions fixées par la circulaire, éclaircir l'arrière-plan économique et le but d'une transaction ou d'une relation d'affaires lorsque, d'une part, elles paraissent inhabituelles ou, d'autre part, des indices permettent de soupçonner que des valeurs patrimoniales proviennent d'un crime ou qu'une organisation criminelle exerce un pouvoir de disposition sur ces valeurs. Lorsque l'intermédiaire financier sait ou présume, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales impliquées dans la relation d'affaires ont un rapport avec une infraction au sens de l'art. 305bis CP, qu'elles proviennent d'un crime ou qu'une organisation criminelle exerce un pouvoir de disposition sur ces valeurs, il doit en informer sans délai le Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent. L'obligation de communiquer vaut également si un client refuse de coopérer aux clarifications exigées par les directives (cf. Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux, p. 6 ss).
6.2.1.3 Les Directives internes de la banque D._ relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux du 29 juin 1998, entrées en vigueur le 1er juillet 1998, prévoyaient que l'entrée en relation d'affaires avec des personnes exerçant des fonctions publiques importantes pour l'Etat suisse ou un Etat étranger, ou avec des personnes ou sociétés qui, de manière reconnaissable, leur étaient proches, était de la compétence du Comité de Direction du siège, respectivement de chaque succursale, en application des directives y relatives du Comité de Direction générale. Le Comité de Direction locale concerné s'assurait, avant d'autoriser l'entrée en relations, que les fonds ne provenaient pas de corruption ou du détournement de biens publics. Si l'entrée en relation était autorisée, le gestionnaire du compte s'assurait, sur base continue, que le compte n'était pas utilisé à des fins illicites, respectivement que les fonds parvenant sur le compte n'avaient pas une origine illicite. En cas de doute, il soumettait immédiatement le cas au Comité de Direction locale. Celui-ci examinait au moins une fois par année les comptes dont il avait autorisé l'ouverture.
6.2.1.4 Le 6 juillet 1998, le Comité de Direction générale de la banque D._ a adopté des Directives sur les clients potentiels ou les clients existants, qui exercent des fonctions publiques dans leurs pays, fixant notamment les principes suivants:
1. Il était formellement interdit d'accepter des fonds provenant de la corruption ou du détournement de biens publics, que ce fût au détriment de l'Etat suisse ou d'un Etat étranger.
2. Par décision de principe, la banque n'ouvre pas de comptes à des chefs d'Etat ou à leurs proches ni à des membres de gouvernement ou à leurs proches (PEP I), sauf accord exprès du Comité de Direction générale.
3. La banque pouvait ouvrir des comptes à des fonctionnaires ou d'autres personnes n'exerçant que des fonctions publiques subalternes et à leurs proches (PEP II). Dans ce cas, les Comités de Direction visaient l'ouverture et chargeaient le gestionnaire de chaque compte de s'assurer, sur base continue, que le compte n'était pas utilisé à des fins illicites, respectivement que les fonds parvenant sur le compte n'avaient pas une origine illicite. Cette exigence s'appliquait également aux comptes déjà existants.
Au moins une fois par année, les Comités de Direction demandaient aux gestionnaires concernés de leur remettre un rapport écrit sur l'évolution du compte, notamment au niveau des entrées/sorties. Si ce rapport (ou la relation en tant que telle) ne soulevait pas de doutes, ils le visaient et le remettaient au fichier central pour conservation dans le dossier du client. Si le rapport (ou la relation en tant que telle) soulevait des doutes que des clarifications complémentaires éventuelles n'avaient pas permis de lever, les Comités de Direction soumettaient le cas au Comité de Direction générale pour décision, en concours avec le Comité de conformité s'il y avait lieu.
6.2.2 Il convient d'admettre, avec la doctrine minoritaire (cf. supra consid. 6.2.1) et conformément à la théorie générale exposée ci-dessus (cf. supra consid. 6.2), que les intermédiaires financiers se trouvent, depuis l'entrée en vigueur de la LBA, dans une situation juridique particulière qui les oblige notamment à clarifier l'arrière-plan économique et le but d'une relation d'affaires lorsque des indices laissent supposer que des valeurs patrimoniales proviennent d'un crime et à informer immédiatement le Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent s'ils savent ou présument, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales impliquées dans la relation d'affaires ont un rapport avec un acte de blanchiment ou proviennent d'un crime, ce en application des art. 6 et 9 LBA et des directives de la CFB. Il résulte désormais des normes concernant la lutte contre le blanchiment d'argent que les intermédiaires financiers doivent, dans les limites fixées par la loi (cf. art. 3 à 10 LBA), collaborer avec les autorités compétentes. Ces obligations légales créent une position de garant.
En l'espèce, le recourant était membre du Comité de Direction locale en qualité de directeur de la succursale de Zurich. En tant que tel, il occupait une position de garant, ses obligations en matière de blanchiment découlant non seulement de la LBA et de la Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux, mais également des directives internes de la banque D._ et par conséquent de son propre cahier des charges.
6.3 Lorsque l'auteur a un devoir de garant, il faut encore déterminer l'étendue du devoir de diligence découlant de cette position et les actes concrets qu'il était tenu d'accomplir.
6.3.1 Le recourant avait tout d'abord des obligations d'analyse des comptes, puis de clarification en cas d'indices de blanchiment.
En application des Directives internes de la banque D._ relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux du 29 juin 1998, il devait effectivement examiner, au moins une fois par année, les comptes dont le Comité avait autorisé l'ouverture afin notamment de s'assurer que les fonds parvenant sur ceux-ci n'avaient pas une origine illicite. Il devait aussi, en vertu des Directives sur les clients potentiels ou les clients existants qui exercent des fonctions publiques dans leurs pays du 6 juillet 1998, demander, au moins une fois par année, aux gestionnaires concernés de lui remettre un rapport écrit sur l'évolution de ces comptes, notamment au niveau des entrées et sorties.
Conformément à la LBA et à la Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux, l'intermédiaire financier doit clarifier l'arrière-plan économique et le but d'une transaction ou d'une relation d'affaires lorsque celles-ci paraissent inhabituelles ou lorsque des indices laissent supposer que des valeurs patrimoniales proviennent d'un crime (cf. art. 6 LBA; Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 3). Cette obligation de clarification est accrue lorsque l'intermédiaire financier ouvre et administre des comptes ouverts pour des personnes exerçant des fonctions publiques. Ces clarifications sont notamment nécessaires lorsque, au cours d'une relation d'affaires, le montant d'une transaction ou le nombre de transactions apparaît anormalement élevé eu égard à l'activité et à la situation financière connue du client et/ou lorsque l'intermédiaire financier constate l'existence d'indices de blanchiment de capitaux au sens de l'annexe aux directives de la CFB et/ou constate l'existence d'autres indices lui faisant soupçonner que des valeurs patrimoniales sont d'origine criminelle (cf. art. 6 LBA; Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 6).
Des transactions présentent des risques particuliers de blanchiment, par exemples, lorsque leur construction indique un but illicite, lorsque leur but économique n'est pas reconnaissable, voire lorsqu'elles apparaissent absurdes d'un point de vue économique ou encore lorsqu'elles ne sont pas compatibles avec les informations et les expériences de l'intermédiaire financier concernant le client ou le but de la relation d'affaires. Doit également être considéré comme suspect tout client qui donne à l'intermédiaire financier des renseignements faux ou fallacieux ou qui, sans raison plausible, refuse de lui fournir les informations et les documents nécessaires, admis par les usages de l'activité concernée (cf. Annexe n° 1 chif. II à la Cir-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux).
L'intermédiaire financier doit exiger du cocontractant qu'il fournisse les informations propres à clarifier toutes situations inusuelles ou à dissiper tous doutes raisonnables. Il doit se procurer les informations, dont il doit vérifier la plausibilité et qui puissent lui permettre de porter une appréciation suffisante de l'arrière-plan économique des transactions (cf. Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 6). Ainsi, il ne peut accepter n'importe quelles explications de son cocontractant et, nonobstant le rapport de confiance qu'il entretient avec son client, il doit procéder, avec un esprit critique, à un examen de la vraisemblance de ses dires. Le degré de cette analyse dépend en particulier de la nature de la relation d'affaires et des motifs ayant justifié la clarification. Celle-ci doit en particulier porter sur la provenance des fonds déposés, sur l'activité professionnelle ou commerciale du cocontractant ainsi que sur sa situation financière (cf. Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 6).
6.3.2 Le recourant avait ensuite une obligation d'informer la Direction générale de l'existence des cas PEP susceptibles de faire l'objet d'une communication ou d'un blocage.
Il lui incombait en effet de soumettre les cas suspects, soit lorsque le rapport (ou la relation en tant que telle) soulevait des doutes que des clarifications complémentaires éventuelles n'avaient pas permis de lever, au Comité de Direction générale pour décision quant à la communication de ces comptes ou à leur blocage (cf. Directives sur les clients potentiels ou les clients existants qui exercent des fonctions publiques dans leurs pays du 6 juillet 1998; art. 9 LBA; Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 6).
6.3.3 Selon les faits établis, en décembre 1998, le Comité de Direction locale de la succursale de Zurich a décidé que les comptes des clients exerçant des fonctions publiques devaient être analysés au moins deux fois par an. Aussi, le 1er mars 1999, G._ lui a adressé un bilan des transactions sur les comptes en question entre le 1er juillet 1998 et le 13 février 1999. Parmi ceux-ci, ceux de C._ et A._ présentaient, pour le premier, des sorties de 66'890 USD et des entrées de 161'622 USD entre le 20 juillet et le 24 décembre 1998 et un solde de 1'165'470 USD au 23 février 1999 et, pour le second, des entrées de 689'789 USD entre le 1er octobre et le 26 novembre 1998 et un solde de 2'179'165 au 23 février 1999.
Le 29 février 2000, K._ SA, réviseur externe de la banque D._, a adressé à la Direction locale de Zurich des recommandations relatives notamment à la nécessité de mieux documenter l'arrière-plan économique des fonds déposés et des transactions et d'actualiser de manière périodique la liste des relations dont l'ayant droit économique était une personne exerçant des fonctions publiques et de la faire approuver par la Direction générale.
Par courrier électronique du 30 mai 2000, adressé notamment au recourant, G._ a rappelé que A._ était mentionné sous différentes professions sur ses comptes, à savoir comme auditeur fiscal pour deux comptes et vendeur de machines agricoles pour un troisième. Il avait déjà demandé, à plusieurs reprises, comment et même s'il était possible qu'un agent public exerçât une activité accessoire. Il rappelait aussi qu'en janvier de cette année-là des transferts importants avaient été exécutés en faveur d'autres fonctionnaires fiscaux, soit B._ et C._, qui avaient également des comptes auprès de la banque, et demandait comment cela devait être interprété. Il mentionnait enfin l'importance des montants déposés.
Le 9 février 2001, le recourant a pris connaissance d'un tableau montrant l'accroissement considérable des avoirs des clients PEP entre le 1er janvier 2000 et le 5 janvier 2001. Ainsi, les avoirs de B._ avaient augmenté de 330.10% à près de 6'000'000 USD, ceux de A._ de 257% à plus de 10'000'000 USD sur un compte, alors que ses deux autres comptes présentaient des soldes supérieurs à 1'000'000 USD et 400'000 USD. Les avoirs de C._ déposés sur deux comptes dépassaient 2'300'000 USD.
Le 26 novembre 2001, le recourant a reçu en copie le courrier électronique envoyé par L._ à M._ contenant les rapports sur les comptes PEP établis par les gestionnaires, aux termes duquel elle précisait qu'à son avis la plupart des rapports sur les comptes qui avaient enregistré des transactions du 1er janvier au 31 octobre 2001 étaient peu significatifs et qu'elle était disposée à demander aux gestionnaires des informations qui le seraient plus.
Dans un courrier électronique du 31 mai 2002, adressé notamment au recourant, G._ a indiqué que 499'900 USD étaient arrivés sur l'un des comptes de A._, via le changeur. Depuis le début de l'année, ce compte avait été crédité de 2'638'848 USD, alors que, selon les informations transmises, les entrées normales ne devaient pas excéder 50'000 USD par mois. Le recourant a répondu à G._ que cette situation était hautement problématique. Si la fusion aboutissait, ce compte devrait de toute façon être fermé. En l'absence de fusion, ils devraient en discuter sérieusement.
6.3.4 Au regard de l'ensemble de ces éléments, le recourant devait prendre les mesures nécessaires pour clarifier, dans les plus brefs délais, la situation des agents brésiliens et déterminer si leurs fonds avaient une origine illicite, dès lors que les indices étaient suffisants pour douter de la provenance desdits avoirs. Par ailleurs, il ne pouvait manifestement se contenter des renseignements obtenus du Bureau de représentation tels qu'exposés aux pages 32 à 40 de l'arrêt entrepris, ceux-ci n'étant pas documentés et ne permettant en aucune manière d'écarter les doutes existant, les montants entrés sur les comptes de A._ ne correspondant d'ailleurs pas aux indications transmises par F._ dans son rapport du 10 juillet 2001. Enfin, le recourant n'a pas davantage alerté le Comité de Direction générale et ne lui a pas non plus soumis les cas pour décision, alors que les informations collectées au sujet des comptes étaient clairement insuffisantes et que les éléments disponibles laissaient déjà présumer que les fonds en question pouvaient avoir une origine criminelle. Ainsi, le recourant a omis l'accomplissement d'actes qu'il était tenu juridiquement d'accomplir. Il a par conséquent violé, par omission, les devoirs qui lui incombaient.
7. Invoquant une violation des art. 11, 305bis CP, 9 al. 1 et 10 al. 1 LBA et contestant sa condamnation pour blanchiment d'argent, le recourant soutient que le lien de causalité fait défaut, dès lors que la Direction générale et le Comité de conformité, qui étaient tous deux informés de la situation, n'ont pas dénoncé les comptes des fonctionnaires brésiliens au Bureau de communication.
7.1 La causalité ne se présente pas sous le même aspect selon que l'auteur a violé son devoir de prudence par action ou par omission.
7.1.1 Une action est l'une des causes naturelles d'un résultat dommageable si, dans l'enchaînement des événements tels qu'ils se sont produits, elle a été, au regard de règles d'expérience ou de lois scientifiques, une condition sine qua non de la survenance de ce résultat, soit si, en la retranchant intellectuellement des événements qui se sont produits en réalité, et sans rien ajouter à ceux-ci, on arrive à la conclusion, sur la base des règles d'expérience et des lois scientifiques reconnues, que le résultat dommageable ne se serait très vraisemblablement pas produit. La série des événements à prendre en considération pour cette opération intellectuelle commence par l'action reprochée à l'auteur, finit par le dommage et ne comprend rien d'autre que les événements qui ont relié ces deux extrémités de la chaîne d'après les règles d'expérience et les lois scientifiques. La causalité naturelle ne cesse dès lors pas lorsque le dommage résulte effectivement de l'action reprochée à l'auteur, mais serait survenu quand même sans cette cause, à raison d'autres événements qui l'auraient entraîné si l'auteur ne l'avait pas lui-même causé (ATF 133 IV 158 consid. 6.1 p. 167).
Par ailleurs, une action qui est l'une des causes naturelles d'un résultat dommageable en est aussi une cause adéquate si elle était propre, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit (ATF 133 IV 158 consid. 6.1 p. 168). Il s'agit là d'une question de droit que la cour de céans revoit librement.
Il y a rupture du lien de causalité adéquate, l'enchaînement des faits perdant sa portée juridique, si une autre cause concomitante, par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou celui d'un tiers, propre au cas d'espèce constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire que l'on ne pouvait pas s'y attendre. Cependant, cette imprévisibilité de l'acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le rapport de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à celui-ci, notamment le comportement de l'auteur (ATF 133 IV 158 consid. 6.1 p. 168).
7.1.2 En cas de violation du devoir de prudence par omission, il faut procéder par hypothèses et se demander si l'accomplissement de l'acte omis aurait, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, évité la survenance du résultat qui s'est produit, pour des raisons en rapport avec le but protecteur de la règle de prudence violée. Pour l'analyse des conséquences de l'acte supposé, il faut appliquer les concepts généraux de la causalité naturelle et de la causalité adéquate (ATF 134 IV 255 consid. 4.4.1 p. 264 s.; 133 IV 158 consid. 6.1 p. 168).
7.2 En l'espèce, si le recourant avait avisé le Comité de Direction générale et lui avait soumis les cas des trois agents brésiliens pour décision, il est hautement vraisemblable que celui-ci, qui à ce moment là aurait été dûment saisi d'une annonce formelle émanant de la Direction locale responsable, les aurait annoncés au Bureau de communication en matière de blanchiment et aux autorités pénales. Par ailleurs, selon les faits retenus, les cas suspects étaient traités par le Comité de Direction générale lorsqu'ils lui étaient soumis, comme cela ressort de diverses relations d'affaires. De plus, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, le fait que la Direction générale soit formellement avisée des cas suspects est propre à assurer un traitement et une annonce aux autorités compétentes des cas suspects. Dans ces conditions, il existe un rapport de causalité naturelle et adéquate entre les actes omis et l'absence de communication.
Certes, d'autres personnes, y compris au sein du Comité de Direction générale, connaissaient également la problématique relative aux comptes des fonctionnaires brésiliens. Reste que les fautes et manquements commis par les autres protagonistes de l'affaire ne constituent pas des comportements si imprévisibles ou extraordinaires que l'on ne pouvait s'y attendre. Leurs omissions ne sont pas d'une importance telle qu'elles relègueraient à l'arrière-plan les propres manquements du recourant, et plus particulièrement celui de signaler les cas suspects à la Direction générale. Une rupture du lien de causalité à raison du comportement des autres intermédiaires financiers ne saurait donc être admise.
8. Invoquant une violation des art. 12 et 305bis CP et contestant sa condamnation pour blanchiment d'argent, le recourant conteste la réalisation de l'aspect subjectif de cette infraction.
8.1 L'infraction de blanchiment est intentionnelle, le dol éventuel étant suffisant. L'auteur doit vouloir ou accepter que le comportement qu'il choisit d'adopter soit propre à provoquer l'entrave prohibée. Au moment d'agir, il doit s'accommoder d'une réalisation possible des éléments constitutifs de l'infraction. L'auteur doit également savoir ou présumer que la valeur patrimoniale provenait d'un crime; à cet égard, il suffit qu'il ait connaissance de circonstances faisant naître le soupçon pressant de faits constituant légalement un crime et qu'il s'accommode de l'éventualité que ces faits se soient produits (ATF 122 IV 211 consid. 2e p. 217; 119 IV 242 consid. 2b p. 247).
Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait, même s'il ne le souhaite pas (ATF 133 IV 9 consid. 4.1 p. 16; 131 IV 1 consid. 2.2 p. 4). La négligence consciente s'en distingue par l'élément volitif. Alors que celui qui agit par dol éventuel s'accommode du résultat dommageable pour le cas où il se produirait, celui qui agit par négligence consciente escompte - ensuite d'une imprévoyance coupable - que ce résultat, qu'il envisage aussi comme possible, ne se produira pas (ATF 133 IV 9 consid. 4.1 p. 16; 130 IV 58 consid. 8.3 p. 61). La distinction entre le dol éventuel et la négligence consciente peut parfois s'avérer délicate, notamment parce que, dans les deux cas, l'auteur est conscient du risque de survenance du résultat. En l'absence d'aveux de la part de l'auteur, la question doit être tranchée en se fondant sur les circonstances extérieures, parmi lesquelles figurent la probabilité, connue de l'auteur, de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont élevées, plus l'on sera fondé à conclure que l'auteur a accepté l'éventualité de la réalisation du résultat. Peuvent aussi constituer des éléments extérieurs révélateurs, les mobiles de l'auteur et la manière dont il a agi (ATF 133 IV 9 consid. 4.1 p. 16; 130 IV 58 consid. 8.4 p. 62).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception du dol éventuel et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (ATF 133 IV 1 consid. 4.1 p. 4).
8.2 L'application de la loi matérielle s'examine sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 2 LTF). Or, le recourant, qui, avec raison, ne prétend pas que la Cour des affaires pénales aurait méconnu la notion de dol éventuel, n'indique pas en quoi, fondée sur les faits qu'elle a retenus, celle-ci aurait fait une fausse application de cette notion. L'argumentation qu'il présente n'est qu'une rediscussion de l'appréciation des preuves, dont il n'a pas établi à satisfaction de droit (cf. supra consid. 4.5), et n'établit pas plus dans le cadre du présent grief, qu'elle serait arbitraire au sens défini par la jurisprudence (cf. supra consid. 4.1). Le moyen est par conséquent irrecevable.
Au demeurant, sur la base des faits pertinents qu'elle a tenu pour établis au terme de son appréciation des preuves (cf. supra consid. 4.5.1), la Cour des affaires pénales n'a pas violé le droit fédéral en admettant que le recourant s'était rendu coupable de blanchiment d'argent par omission. En effet, selon les faits retenus, dès 2001, les éléments et indices disponibles laissaient présumer que les fonds des agents brésiliens pouvaient avoir une origine criminelle. De plus, au vu de ses propres déclarations, le recourant était parfaitement conscient de l'origine illicites de ces avoirs. En restant passif, il s'est accommodé d'une réalisation possible des éléments objectifs constitutifs de l'infraction de blanchiment.
Le grief doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
9. Invoquant une violation des art. 97 al. 1 let. c et 98 let. c CP, le recourant reproche à l'instance inférieure d'avoir retenu à son encontre des omissions en tout état prescrites.
9.1 L'art. 97 al. 1 CP dispose que l'action pénale se prescrit: par 30 ans si l'infraction est passible d'une peine privative de liberté à vie (let. a); par quinze ans si elle est passible d'une peine privative de liberté de plus de trois ans (let. b); par sept ans si elle est passible d'une autre peine (let. c). Aux termes de l'art. 98 CP, la prescription court: dès le jour où l'auteur a exercé son activité coupable (let. a); dès le jour du dernier acte si cette activité s'est exercée à plusieurs reprises (let. b); dès le jour où les agissements coupables ont cessé s'ils ont eu une certaine durée (let. c).
Le Tribunal fédéral a abandonné la figure du comportement durablement contraire au droit sous l'angle de la prescription, ce délai devant dorénavant être calculé pour chaque infraction de manière séparée. Il a toutefois admis des exceptions pour les infractions représentant une unité juridique ou naturelle d'actions, celles-ci devant toujours être considérées comme un tout et le délai de prescription ne commençant alors à courir qu'avec la commission du dernier acte délictueux ou la cessation des agissements coupables (cf. art. 71 let. b et c CP; ATF 131 IV 83 consid. 2.4. p. 90 ss).
L'unité juridique d'actions existe lorsque le comportement défini par la norme présuppose la commission d'actes séparés, tel le brigandage (art. 140 CP), mais aussi lorsque la norme définit un comportement durable se composant de plusieurs actes, par exemple les délits de gestion fautive (art. 165 CP), ou de services de renseignements politiques ou économiques (art. 272 et 273 CP). L'unité naturelle d'actions existe lorsque des actes séparés procèdent d'une décision unique et apparaissent objectivement comme des événements formant un ensemble en raison de leur relation étroite dans le temps et dans l'espace. Elle vise ainsi la commission répétée d'infractions - par exemple, une volée de coups - ou la commission d'une infraction par étapes successives - par exemple, le sprayage d'un mur avec des graffitis pendant plusieurs nuits successives - , une unité naturelle étant cependant exclue si un laps de temps assez long s'est écoulé entre les différents actes, quand bien même ceux-ci seraient liés entre eux (ATF 131 IV 83 consid. 2.4.5 p. 93 s.).
9.2 Certes, la Cour des affaires pénales a admis, dans le cadre de l'examen de l'infraction, que le recourant s'était rendu coupable de blanchiment d'argent, ce dès le 13 mars 2001 et jusqu'au 19 juin 2002 (cf. arrêt p. 97 et 98). Elle a toutefois précisé, tant dans le cadre de l'examen des conditions de l'infraction que dans celui de l'appréciation de la peine, que tous les actes et omissions antérieurs au 19 septembre 2001 étaient prescrits, l'arrêt de première instance ayant été rendu le 18 septembre 2008 (cf. arrêt p. 95 et 110). Ainsi, contrairement à ce que semble penser l'intéressé, le Tribunal pénal fédéral n'a pas tenu compte des manquements antérieurs au 19 septembre 2001 et le grief invoqué tombe par conséquent à faux.
Pour le reste, il n'est pas nécessaire d'examiner si l'infraction visée par l'art. 305bis CP constitue une unité juridique ou naturelle au sens de l'art. 98 let. b ou c CP, la solution retenue étant de toute évidence plus favorable au recourant.
10. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF).
Vu l'issue du présent recours, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 3 novembre 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani