Fatti:
A. Il 12 agosto 2010 C._, cittadino italiano residente a Lugano, ha venduto l'intero pacchetto azionario (2'500 azioni al portatore del valore nominale di fr. 100.-- ciascuna, interamente liberate) della A._ SA con sede a Lugano, di cui era amministratore unico e azionista unico, a B._, cittadina italiana domiciliata in Ticino, al prezzo di fr. 1'500'000.--. Con decisione del 26 agosto 2010 l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della legge federale del 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE; RS 211.412.41), essendo giunta alla conclusione che la nuova azionista della società non era soggetta a detta normativa e che il modo di finanziamento del prezzo di acquisto delle azioni era comprovato, ha disposto il non assoggettamento dell'operazione alla LAFE, imponendo nel contempo l'obbligo di sollecitare una decisione di accertamento prima di ogni modifica dell'azionariato.
B. Adita il 23 settembre 2010 dall'Autorità cantonale di sorveglianza per l'applicazione della LAFE, la quale nutriva dubbi sulla validità della cessione delle azioni e sull'origine dei fondi, la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE ne ha accolto il ricorso il 28 giugno 2012. Essa ha pertanto annullato la decisione contestata e rinviato la causa all'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano affinché effettui tutti gli accertamenti necessari alla verifica dell'esatta origine del finanziamento dell'acquisto del pacchetto azionario e decida nuovamente.
C. Il 14 settembre 2012 la A._ SA e B._ hanno presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiedono che sia confermato il non assoggettamento dell'acquisto in questione alla LAFE.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43).
2. 2.1 La decisione impugnata è stata pronunciata in una causa di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) dall'ultima istanza cantonale (art. 15 cpv. 1 lett. c LAFE in relazione con gli art. 18 e 19 della legge cantonale del 21 marzo 1988 di applicazione alla LAFE [LALAFE; RL/TI 4.1.8.1]; art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), quale tribunale superiore (art. 86 cpv. 2 LTF; causa 2C_733/2009 del 16 marzo 2010 consid. 2.1). Non essendovi motivi di esclusione (art. 83 LTF), il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF), tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e presentato da persone legittimate ad agire (art. 89 cpv. 1 LTF combinato con gli art. 20 cpv. 2 lett. a e 21 cpv. 2 LAFE), è quindi di principio ammissibile.
2.2 La sentenza impugnata non conclude la procedura, ma rinvia gli atti per ulteriori accertamenti e nuova decisione all'autorità di prima istanza. I giudizi di rinvio sono di principio decisioni incidentali e sono quindi impugnabili soltanto se risultano adempiuti i presupposti dell'art. 93 LTF, segnatamente se possono causare un pregiudizio irreparabile (cpv. 1 lett. a; su questa nozione cfr. DTF 134 III 188 consid. 2.1 pag. 190 e riferimenti) o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cpv. 1 lett. b). L'adempimento delle condizioni poste dall'art. 93 cpv. 1 LTF, se non è evidente, dev'essere allegato e dimostrato (DTF 134 III 426 consid. 1.2 in fine pag. 429 e rinvii).
2.3 Sennonché le ricorrenti non si sono avvedute affatto di questo aspetto. Esse non fanno valere, e d'altronde non si scorge neppure, l'esistenza di un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, ricordato che per pregiudizio irreparabile s'intende un pregiudizio di natura giuridica, ossia un pregiudizio a cui non può essere posto ulteriormente rimedio con una sentenza finale o un'altra decisione favorevole al ricorrente (DTF 135 I 261 consid. 1.2 pag. 263). Inoltre nemmeno la condizione dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF è realizzata nel caso concreto perché l'eventuale accoglimento del ricorso non comporterebbe affatto una decisione finale immediata, consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa.
2.4 Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente inammissibile e va deciso secondo la procedura semplificata dell'art. 108 cpv. 1 lett. a LTF.
3. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vanno poste a carico delle ricorrenti con vincolo di solidarietà (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti, con vincolo di solidarietà.
3. Comunicazione al patrocinatore delle ricorrenti, all'Autorità cantonale di sorveglianza in materia di LAFE, all'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano in materia LAFE, alla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE del Cantone Ticino e all'Ufficio federale di giustizia.