Erwägungen:
1. Die X._ AG reichte am 20. Februar 2009 beim Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 20. Januar 2009 betreffend Mehrwertsteuer 1. Quartal 2001 - 3. Quartal 2003 ein. Die Instruktionsrichterin des Bundesverwaltungsgerichts erliess am 26. Februar 2009 eine Zwischenverfügung, womit sie unter Hinweis auf die Möglichkeit eines Ausstandsbegehrens den Spruchkörper für den Entscheid in der Sache bekanntgab (Ziff. 1 und 2), die X._ AG zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von F. 6'000.-- bis zum 19. März 2009 aufforderte (Ziff. 3), unter Androhung des Nichteintretens bei Säumnis (Ziff. 4), und ihr eine Frist von fünf Tagen seit Zustellung der Zwischenverfügung einräumte, um die Beschwerde in einem bestimmten Punkt zu verbessern (Ziff. 5). Die Zwischenverfügung war mit der Rechtsmittelbelehrung versehen, dass gegen deren Ziffer 3 innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden könne, sofern die Voraussetzungen gemäss Bundesgerichtsgesetz gegeben sind.
Mit Beschwerde vom 28. März (Postaufgabe 30. März) 2009 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, der (ihr vom Bundesverwaltungsgericht auferlegte) Kostenvorschuss sei auf höchstens Fr. 3'000.-- herabzusetzen. Das Bundesverwaltungsgericht, das die Akten eingereicht hat, sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf Vernehmlassung verzichtet.
2. Gemäss Art. 42 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten (Abs. 1). Dabei ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Abs. 2).
Die Beschwerdeführerin erwähnt im ersten Satz der Beschwerdebegründung, worum es in ihrer bei der Vorinstanz eingereichten Beschwerde geht, um alsdann festzuhalten: "Unter diesem Gesichtspunkt erachten wir einen Kostenvorschuss von CHF 6'000.00 als unverhältnismässig hoch. Es ist wohl kaum anzunehmen, dass unsere Beschwerde angesichts der relativen Einfachheit der Fragestellung einen derart grossen Aufwand verursachen wird." Zuletzt weist sie darauf hin, dass ihre sämtlichen Bankguthaben von der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt gesperrt worden seien und sie darüber bis auf Weiteres nicht verfügen könne. Es ist fraglich, ob damit in genügender Form dargelegt wird, dass ein Kostenvorschuss von Fr. 6'000.-- schweizerisches Recht (Art. 95 BGG) verletzt.
Allerdings enthält die angefochtene Zwischenverfügung keine Begründung zur Höhe des Kostenvorschusses; soweit sie überhaupt der Beschwerde ans Bundesgericht unterliegt, müsste sie an sich eine solche enthalten (Art. 112 Abs. 1 lit. a BGG sieht dies für in kantonalen Verfahren ergangene Entscheide ausdrücklich vor); auch in der Vernehmlassung ist keine Begründung nachgeschoben worden. Es fragt sich daher zunächst, ob in analoger Anwendung von Art. 112 Abs. 3 (in Verbindung mit Art. 112 Abs. 1 lit. a) BGG die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen oder die angefochtene Zwischenverfügung aufzuheben sei.
Nun entspricht es allerdings der Praxis wohl fast sämtlicher Rechtsmittelbehörden, dass Kostenvorschussverfügungen nicht begründet werden. Sieht sich die betroffene Partei nicht in der Lage, den Vorschuss in der geforderten Höhe zu bezahlen, kann sie gegebenenfalls um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen (allerdings nicht die Beschwerdeführerin als juristische Person), was von vornherein nicht in Form einer Beschwerde ans Bundesgericht möglich ist; vielmehr muss mit einem solchen Gesuch an die zur Vorschusszahlung einladende Behörde gelangt werden, welche dazu eine mit Begründung versehene Verfügung erlässt. Dieselbe Vorgehensweise liegt nahe, wenn allein um Herabsetzung der Vorschusssumme ersucht werden soll und nicht sonstige Rechtsverletzungen behauptet werden (z.B. grundsätzliche Kostenfreiheit eines Verfahrens; Fehlen besonderer Voraussetzungen für die Erhebung eines Kostenvorschusses); ein solches Begehren lässt vorerst die Zahlungsfrist dahinfallen und veranlasst die Behörde, im Nachhinein eine Verfügung mit Begründung zu erlassen, die (erst) dann sachgerecht angefochten werden kann. Bei direkter Anfechtung beim Bundesgericht hingegen ist dieses gehalten, sich - auch hinsichtlich Tatfragen (vgl. Art. 99 Abs. 1 BGG) - als erste Behörde überhaupt mit der Streitfrage auseinanderzusetzen, was mit dem vom Bundesgerichtsgesetz gewollten System nur schwer vereinbar ist. Sodann erscheint fraglich, ob die angefochtene Zwischenverfügung, wenn vor der Vorinstanz selber Einwendungen dagegen erhoben werden könnten, unmittelbar einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt, was Voraussetzung für die Zulässigkeit der Beschwerde ans Bundesgericht wäre (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG).
Unter diesen Umständen ist die Eingabe der Beschwerdeführerin nicht als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, sondern als Gesuch um Reduktion der Kostenvorschussforderung zu betrachten und zuständigkeitshalber an das Bundesverwaltungsgericht zu überweisen. Dieses wird darüber zu entscheiden haben, wie es sich mit dem Umstand verhält, dass die Beschwerdeführerin innert der am 19. März 2009 abgelaufenen Zahlungsfrist keine Einwendungen gegen den Kostenvorschuss erhoben hat und namentlich die ans Bundesgericht adressierte Beschwerde erst am 30. März 2009 zur Post gegeben wurde; ebenso wird mitzuberücksichtigen sein, dass der Beschwerdeführerin, wie in der Rechtsmittelbelehrung ausdrücklich festgehalten war, eine Beschwerdefrist von 30 Tagen zur Verfügung stand.
Bei einer Überweisung an eine andere Behörde ist das bundesgerichtliche Verfahren mit Verfügung des Abteilungspräsidenten abzuschreiben (Art. 32 Abs. 2 in Verbindung mit Abs. 1 BGG).
Auf die Erhebung von Kosten wird verzichtet (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG).
Demnach verfügt der Präsident:
1. Die Beschwerde wird zwecks Behandlung als Gesuch um Reduktion des Kostenvorschusses mitsamt den Akten an das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, weitergeleitet.
2. Das bundesgerichtliche Verfahren wird abgeschrieben.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Diese Verfügung wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller