Fatti:
A. A.a La B._ ha avviato due esecuzioni in via di realizzazione del pegno nei confronti della A._ SA. Il 18 settembre 2009 l'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Leventina ha pubblicato l'avviso d'incanto di una serie di fondi dell'escussa e ha precisato che la particella n. 1588 era soggetta alla legge federale sul diritto fondiario rurale (LDFR), "che sottopone l'acquisizione a un'autorizzazione da parte della Sezione dell'agricoltura, Bellinzona, giusta i disposti dell'art. 67 LDFR".
A.b Le condizioni d'asta, depositate con l'elenco oneri il 23 ottobre 2009, sono state allestite in forma di tre documenti: uno relativo al mappale n. 1588, uno attinente alle altre particelle e il terzo riguardante tutti i fondi. Ognuno dei tre documenti prevedeva un piede d'asta specifico e le due condizioni d'asta che concernevano - anche - il fondo n. 1588 contenevano pure un richiamo all'art. 67 LDFR.
A.c In una lettera del 28 ottobre 2009 l'Ufficiale aveva comunicato alla legale che rappresentava l'escussa che avrebbe proceduto a un doppio turno d'asta: in una prima delibera la particella n. 1588 sarebbe stata aggiudicata provvisoriamente singolarmente e gli altri fondi in blocco; nella seconda tutti i fondi sarebbero stati aggiudicati provvisoriamente in blocco. Il maggior provento avrebbe determinato l'aggiudicazione definitiva.
A.d All'inizio dell'incanto del 10 novembre 2009 un rappresentante della creditrice ha consegnato all'Ufficiale una copia di uno scritto 8 novembre 2009 in cui la Sezione dell'agricoltura confermava che la compravendita del mappale n. 1588 non necessitava dell'autorizzazione cantonale ai sensi dell'art. 2 LDFR. Dopo aver informato oralmente sul contenuto di tale scritto e vista la nuova situazione, l'Ufficiale ha proposto che tutti i fondi venissero aggiudicati in blocco, con un doppio turno d'asta limitato ad eventuali contratti di locazione. Nessuno dei presenti si è opposto a tale modo di procedere e i fondi sono stati aggiudicati per fr. 70'000.-- alla C._ SA, senza l'aggravio di eventuali contratti di locazione.
B. Con sentenza 21 gennaio 2010 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza, ha dichiarato irricevibile un ricorso della debitrice contro l'aggiudicazione. L'autorità di vigilanza ha richiamato, pur criticandone l'applicazione all'escusso, la giurisprudenza del Tribunale federale, secondo cui colui che non ha contestato le condizioni d'asta al momento della loro lettura all'incanto non può successivamente impugnarle con un ricorso.
C. Con ricorso in materia civile del 4 febbraio 2010 la A._ SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, l'annullamento della decisione dell'autorità di vigilanza e, in via principale, la sua riforma nel senso che l'aggiudicazione è annullata e la procedura d'incanto ripetuta previa pubblicazione delle nuove condizioni d'asta. In via subordinata domanda il rinvio dell'incarto all'autorità cantonale per nuova decisione nel senso dei considerandi. Indica di essersi resa conto del cambiamento della procedura d'incanto solo al momento dell'aggiudicazione e sostiene che, con la modifica delle condizioni d'incanto effettuata all'ultimo momento, l'Ufficiale non ha solo violato la LEF, ma pure l'obbligo di trattare i cittadini secondo la buona fede, perché avrebbe dovuto rendere attenti i presenti che in caso di mancata immediata contestazione del cambiamento non sarebbe più stato possibile ricorrere. Ritiene che ignorare la giurisprudenza di questo tribunale non può avere per conseguenza la soppressione di un termine di ricorso espressamente previsto dalla legge. Assevera inoltre che la fattispecie posta a fondamento della contestata giurisprudenza era diversa da quella in esame, perché nella sentenza del Tribunale federale la modifica delle condizioni d'asta sarebbe stata comunicata al ricorrente 4 giorni prima dell'incanto, e afferma che in ogni caso la decisione impugnata sarebbe priva di base legale nonché inficiata da un rigore formale fine a sé stesso. Continua il suo ricorso affermando che la decisione dell'Ufficio e la sentenza impugnata violerebbero gli art. 29 cpv. 3 Cost. e 6 n. 1 CEDU, perché la priverebbero della possibilità di sottoporre il merito della vertenza ad una giurisdizione ordinaria investita di un libero potere di cognizione in fatto e in diritto. Asserisce infine che la criticata giurisprudenza violerebbe pure il principio della separazione dei poteri, perché l'autorità giudiziaria vanificherebbe quanto previsto dalla legge.
Con decreto del 3 marzo 2010 la Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.
Diritto:
1. Il gravame è stato interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 2 lett. a LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in materia di esecuzione e fallimento (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF). Trattandosi di una decisione dell'autorità cantonale di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento, il valore di causa è privo di rilievo (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2). Il ricorso in materia civile è quindi in linea di principio ammissibile.
2. Giova innanzi tutto rilevare che - contrariamente a quanto affermato dalla ricorrente - la Corte cantonale non ha accertato "l'agire inammissibile costituito dalla modifica rilevante delle condizioni d'asta", ma si è limitata ad indicare che, caduta l'esigenza di un'autorizzazione in base alla LDFR, "sarebbe potuto essere opportuno procedere ad un rinvio dell'asta, onde procedere ad una nuova pubblicazione delle nuove condizioni d'asta"; ha tuttavia potuto esimersi dall'approfondire la questione, perché ha dichiarato il ricorso inammissibile a causa della mancata contestazione delle condizioni d'incanto all'inizio dell'asta. Per tale motivo possono unicamente essere esaminate le censure dirette contro la decisione di irricevibilità (sentenza 9C_681/2008 del 10 ottobre 2008; DTF 123 V 335; 118 Ib 134 consid. 3; cfr. anche DTF 135 III 232 consid. 2.5) e tutte le argomentazioni ricorsuali concernenti l'illiceità della modifica delle condizioni d'incanto e la violazione del principio della massimizzazione del prezzo di vendita si rivelano inammissibili, ricordato che nemmeno la ricorrente pretende - a giusta ragione - che le asserite violazioni comportino la nullità dell'incanto.
3. 3.1 Nella DTF 128 III 339 consid. 5b il Tribunale federale ha specificato che nemmeno il debitore può passivamente attendere l'aggiudicazione, ma deve attirare l'attenzione sui vizi della procedura di preparazione (in quel caso un'aggiunta alle condizioni d'incanto non adottata conformemente alla procedura applicabile), pena il decadimento del diritto di ricorso su questo punto, alla stregua di quanto accade quando un offerente si sottopone tacitamente alle condizioni d'incanto. Tale sentenza è stata accolta dalla dottrina senza critiche (Dominik Gasser, Die Rechtsprechung des Bundesgerichts im Schuldbetreibungs- und Konkursrecht des Jahres 2002, ZBJV 2003 pag. 457; Daniel Hunkeler, Revue einiger Entscheidungen der Schuldbetreibungs- und Konkurskammer des Bundesgerichts (1. Teil), Anwaltsrevue 2003, pag. 14 segg.)
L'obbligo di non restare passivo discende dal principio della buona fede che impone la segnalazione di un vizio in un momento in cui può ancora essere corretto, e non permette ad una parte di attendere la fine della procedura per lamentarsi - a seconda del suo esito - dell'irregolarità unicamente in sede di ricorso (sentenza 4P.72/2001 del 10 settembre 2001 consid. 4, non pubblicato nella DTF 127 III 576; DTF 119 II 386 consid. 1). Non bisogna del resto dimenticare che un pubblico incanto - a differenza della maggioranza delle operazioni previste dalla LEF - non coinvolge unicamente il debitore, i creditori e le autorità di esecuzione forzata, ma pure terzi che intendono fare delle offerte. Tale particolarità richiede dalle persone coinvolte un comportamento conforme ai dettami del citato principio.
3.2 Con riferimento alle censure ricorsuali occorre inoltre osservare che il verbale d'incanto fa fede fino a prova del contrario (art. 8 cpv. 2 LEF) e che esso non dev'essere firmato dall'escusso. La ricorrente non contesta di aver presenziato all'incanto e di aver essa stessa allegato innanzi all'autorità di vigilanza che all'inizio dell'asta lo scritto 8 novembre 2009 della Sezione dell'agricoltura è stato riassunto oralmente. Nemmeno asserisce che il predetto verbale non sia veritiero, perché avrebbe omesso di menzionare una sua obbiezione. Essa si limita ad affermare di essersi unicamente accorta del cambiamento della procedura al momento dell'aggiudicazione in blocco di tutti i fondi e di non aver capito che l'eliminazione dell'assoggettamento alla LDFR del mappale n. 1588 avrebbe portato alla vendita dei fondi in blocco. Tale argomentazione appare inconferente. In base alla lettera inviata dall'Ufficio alla legale della ricorrente e riprodotta nel ricorso in esame, la vendita separata di tale mappale sarebbe dovuta avvenire prima di quella in blocco, motivo per cui il cambiamento di procedura appariva manifesto. Inoltre, la inizialmente prospettata vendita separata della particella n. 1588 era motivata dal suo assoggettamento alla LDFR. Ne segue che la mancata protesta della ricorrente all'incanto dev'essere - come già indicato nella citata DTF 128 III 339 consid. 5b - assimilata all'accettazione delle (nuove) condizioni d'asta da parte di un potenziale offerente.
3.3 La ricorrente non può nemmeno prevalersi con successo di una violazione del principio della buona fede da parte dell'Ufficiale, perché quest'ultimo non l'ha avvertita che l'intervenuta modifica delle condizioni d'asta imponeva una reazione immediata dei presenti, pena la decadenza del diritto di ricorso. A prescindere dal fatto che una siffatta indicazione dei rimedi di diritto da parte dell'Ufficiale è estranea alla LEF, la ricorrente pare dimenticare di essere stata assistita già prima dell'incanto da una legale, che si era interessata alle condizioni dell'asta e a cui sarebbe spettato elucidare la sua mandante sulle incombenze dei partecipanti ad un incanto - qualora si volesse ritenere che esse non risultassero già in modo evidente dal principio della buona fede.
3.4 Non sono infine di soccorso alla ricorrente nemmeno i richiami agli art. 29 e 30 Cost., nonché all'art. 6 n. 1 CEDU, perché essa sarebbe stata privata "della possibilità di sottoporre ad una giurisdizione ordinaria investita di un libero potere di cognizione in fatto ed in diritto il merito della vertenza", atteso che in concreto il mancato esame del merito del ricorso cantonale è unicamente imputabile al comportamento della ricorrente in occasione dell'incanto. Del tutto inconferente appare poi, in un caso come quello all'esame, il richiamo al principio della separazione dei poteri.
3.5 Ne discende che l'autorità di vigilanza ha a giusta ragione dichiarato inammissibile il ricorso presentato dalla qui ricorrente, che con il suo silenzio all'incanto aveva accettato le - modificate - condizioni d'incanto.
4. Da quanto precede discende che il ricorso, nella misura in cui risulta ammissibile, si rivela infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, all'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Leventina e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.