Sachverhalt:
A. A.a Im Rahmen der Zonenplanung erwarb die Einwohnergemeinde A._ für Zwecke des sozialen Wohnungsbaus von Y._ 6'500 m2 einzuzonendes Bauland. Die restliche einzuzonende Fläche der Parzelle Nr. 102 (rund 3000 m2) von Y._ sowie die in der Landwirtschaftszone verbliebenen Parzellen Nr. 101 und 110 von Z._ waren Gegenstand eines Tauschvertrages zwischen diesen beiden. Y._ konnte auf diese Weise seinen Landwirtschaftsbetrieb fortführen, Z._, der an Bauland interessiert war, erhielt einzuzonendes Land. Diese Abmachungen waren in einem öffentlich beurkundeten Vorvertrag vom 13. August 1990 enthalten. In diesem Vertrag erklärte sich die Einwohnergemeinde gegenüber Y._ und Z._ auch bereit, alle aus dem Grundstückkauf- und Tauschgeschäft entstehenden Steuern und Kosten zu übernehmen (Ziff. 13a). Die Einwohnergemeinde behielt sich aber vor, diese Kosten auf eine noch zu gründende Wohnbaugenossenschaft zu überwälzen (Ziff. 15).
Am 23. Dezember 1993 wurde der Grundstück-Tauschvertrag zwischen Y._ und Z._ öffentlich beurkundet.
Am 25. Februar 1994 wurde die Wohnbaugenossenschaft X._ gegründet und die neue Parzelle auf sie übertragen.
In zwei Entscheiden vom 22. Januar 2003 veranlagte der Gemeinderat A._ für den Eigentumsübergang am Grundstück Nr. 184 (ehemals Nr. 102) eine Grundstückgewinnsteuer von Fr._ und für den Eigentumsübergang an den Grundstücken Nr. 101 und 110 eine solche von Fr._ und auferlegte die Grundstückgewinnsteuer der Wohnbaugenossenschaft X._. Zur Begründung führte der Gemeinderat aus, im Tauschvertrag vom 23. Dezember 1993 habe die Gemeinde sämtliche Steuern und Kosten aus dem Tauschgeschäft übernommen. Bei der Gründung der Wohnbaugenossenschaft X._ sei vereinbart worden, dass die Genossenschaft diese Kosten und Steuern übernehme.
Die beiden Veranlagungsentscheide wurden nicht angefochten.
Am 18. August 2003 stellte die Wohnbaugenossenschaft ein Gesuch um Erlass der Grundstückgewinnsteuern, weil sie nicht in der Lage sei, die Steuern zu bezahlen. Das Finanzdepartement des Kantons Luzern wies das Gesuch mit Entscheid vom 12. November 2004 ab.
A.b Am 19. Juli 2005 erhob die Wohnbaugenossenschaft Einsprache gegen die Veranlagungsentscheide vom 22. Januar 2003. Sie macht geltend, die Einsprache sei zulässig, weil die beiden Grundstückgewinnsteuerveranlagungen nicht korrekt eröffnet worden seien, und beantragt festzustellen, dass sie keine Grundstückgewinnsteuern schulde.
Der Gemeinderat A._ trat mit Entscheid vom 9. Oktober 2006 auf die Einsprache nicht ein.
B. Die Wohnbaugenossenschaft X._ führte Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 16. August 2007 ab, soweit darauf einzutreten war. Es erwog im Wesentlichen, dass keine Ausstandspflicht verletzt worden sei, dass die Veranlagungsverfügungen der Beschwerdeführerin formrichtig eröffnet worden seien, dass die Beschwerdeführerin bereits vor dem Erlass der Veranlagungsentscheide gegenüber Gemeinderat und Regierungsstatthalteramt als Steuerpflichtige aufgetreten sei, dass sich die Beschwerdeführerin auch auf das Steuerbezugsverfahren eingelassen habe und die Veranlagungsverfügungen unangefochten in Rechtskraft erwachsen seien.
C. Mit einer als staatsrechtliche Beschwerde bezeichneten Eingabe führt die Wohnbaugenossenschaft X._ Beschwerde beim Bundesgericht. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache zur Neueröffnung (der Veranlagungsverfügungen) an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die kantonale Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat A._ hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. Anwendbar ist auf das vorliegende Verfahren gemäss Art. 132 Abs. 1 des Bundesgesetzes über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) dieses Gesetz. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Eingabe der Beschwerdeführerin ist daher als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen (Art. 82, 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die Beschwerdeeingabe genügt den inhaltlichen Anforderungen des Art. 42 BGG. Die unrichtige Bezeichnung des Rechtsmittels schadet nicht (BGE 133 I 300 E. 1.2). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid, der ihr Begehren um Feststellung der mangelhaften Eröffnung der Grundstückgewinnsteuer-Veranlagungen und weitere Feststellungsbegehren hinsichtlich der Nichtsteuerpflicht abwies, beschwert und nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Angefochten war bei der Vorinstanz der Einspracheentscheid vom 9. Oktober 2006, d.h. der Entscheid des Gemeinderates, mit welchem dieser auf die Einsprache gegen die beiden Veranlagungsverfügungen für die Grundstückgewinnsteuern vom 22. Januar 2003 nicht eingetreten war. Die Vorinstanz gab der Beschwerde nicht statt. Streitgegenstand ist somit allein das Nichteintreten des Gemeinderates auf die (verspätete) Einsprache gegen die Grundstückgewinnsteuer-Veranlagungen. Nur dieser Aspekt ist im vorliegenden Verfahren vom Bundesgericht zu prüfen.
Gegenstand dieser Prüfung ist auch die Frage, ob die Veranlagungsverfügungen mit einem allfälligen Mangel behaftet sind, welcher die Nichtigkeit dieser Verfügungen bewirken könnte. Es geht darum zu wissen, ob das im Rahmen der nachträglichen Verwaltungsrechtspflege erforderliche prozessuale Anfechtungsobjekt im Beschwerdeverfahren vor den kantonalen Instanzen materiell vorhanden war. Denn einer nichtigen Verfügung geht jede Verbindlichkeit und Rechtswirksamkeit ab, das heisst, sie existiert nicht oder nur zum Schein (BGE 129 I 361 E. 2.3). Auch eine nichtige Verfügung kann aber Anfechtungsgegenstand sein. Die Anfechtung einer solchen Verfügung läuft dann auf die Feststellung hinaus, dass die Verfügung nichtig sei (BGE 132 II 342 E. 2.3; s. auch Yvo Hangartner, Die Anfechtung nichtiger Verfügungen und von Scheinverfügungen, AJP 2003 S. 1053 ff., 1054).
3. 3.1 Nach der Rechtsprechung ist eine Verfügung nichtig, wenn der ihr anhaftende Mangel besonders schwer und offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Als Nichtigkeitsgründe kommen namentlich die funktionelle oder sachliche Unzuständigkeit der verfügenden Behörde sowie schwer wiegende Verfahrensfehler in Betracht. Die Nichtigkeit von Verfügungen ist durch jede Behörde, die mit der Sache befasst ist, jederzeit und von Amtes wegen zu beachten. Ein ausdrücklicher Antrag wird dafür nicht vorausgesetzt (BGE 132 II 342 E. 2.1 mit Hinweisen).
3.2 Gemäss § 1 Abs. 3 des Gesetzes über die Grundstückgewinnsteuer des Kantons Luzern vom 31. Oktober 1961 (GGStG) wird die Grundstückgewinnsteuer gemeinsam vom Kanton und von der Einwohnergemeinde, in welcher das veräusserte Grundstück gelegen ist, erhoben. Steuerschuldner der Grundstückgewinnsteuer ist der Veräusserer des Grundstücks (§ 6 Abs. 1 GGStG). Dieser wird nach ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift von der Steuerpflicht nicht befreit, auch wenn sich der Erwerber vertraglich zur Vergütung der Grundstückgewinnsteuer verpflichtet (§ 6 Abs. 2 GGStG). Veranlagungsbehörde ist der Gemeinderat, soweit es nicht anders festgelegt ist (§ 25 GGStG). Gegen die Veranlagung kann Einsprache erhoben werden (§ 28 GGStG). Einspracheberechtigt sind u.a. der Veräusserer, der Erwerber, der vertraglich die Vergütung der Grundstückgewinnsteuer übernommen hat, sowie im Falle des gesetzlichen Pfandrechts auch der Grundeigentümer (§ 28 Abs. 2 und 3 GGStG).
3.3 Die Steuerpflicht ist eine gesetzliche und kann durch Parteivereinbarung nicht abgeändert werden. Steuerschuldner ist gemäss § 6 Abs. 1 GGStG der Veräusserer. Nach § 6 Abs. 3 GGStG kann zwar auch der Erweber sich vertraglich verpflichten, die Grundstückgewinnsteuer zu vergüten, und wird damit einsprache- und gegebenenfalls beschwerdeberechtigt (§ 28 und 47 GGStG). Das wird in der luzernischen Praxis jedoch lediglich als Einräumung der prozessualen Stellung eines Hauptintervenienten verstanden, welche das gesetzliche Steuerverhältnis und namentlich die Steuerpflicht nicht berührt. Die Schuldübernahme durch den Erwerber (oder eine Drittperson) begründet insbesondere kein Forderungsrecht des steuererkennenden Gemeinwesens gegenüber dem Erwerber, sondern lediglich einen privatrechtlichen Anspruch des Veräusserers auf Ersatz der Steuer (LGVE 1979 II Nr. 24 E. 1; s. auch Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N 6 zu § 211, N 11 zu § 217).
3.4 Der Gemeinderat hat die Grundstückgewinnsteuer aus den Grundstück-Tauschgeschäften der Beschwerdeführerin auferlegt. Bei der Beschwerdeführerin handelt es sich nicht um die Erwerberin der Tauschgrundstücke. Überhaupt sind weder die Einwohnergemeinde noch die (damals noch nicht bestehende) Beschwerdeführerin Parteien der fraglichen Grundstück-Tauschgeschäfte. Es geht um steuerauslösende Liegenschaftstransaktionen, an denen die Beschwerdeführerin nicht beteiligt war. Eine Steuerpflicht der Beschwerdeführerin für die Grundstückgewinnsteuer auf den Tauschgrundstücken, mit denen sie auch nicht entfernt zu tun hatte, ist nicht zu sehen.
Wenn daher der Gemeinderat in den Grundstückgewinnsteuer-Veranlagungen nicht die Veräusserer der Tauschliegenschaften als Steuerpflichtige genannt hat, sondern aufgrund des zwischen den Tauschvertragparteien und der Gemeinde geschlossenen Vorvertrages die heutige Beschwerdeführerin, so hat er als Veranlagungsbehörde kein Steuerschuldverhältnis mit dem gesetzlichen Steuerpflichtigen festgestellt, sondern vielmehr ein neues Schuldverhältnis geschaffen (s. auch ZR 58/1959 Nr. 26). Hierfür steht das Verfahren für die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer nicht offen. Dem Gemeinderat ist es zwar unbenommen, analog der obligationenrechtlichen Schuldübernahme Abmachungen hinsichtlich der Übernahme einer öffentlich-rechtlichen Schuld durch eine Drittperson zu treffen (vgl. BGE 92 III 57 E. 2). Einseitig verfügungsmässig festsetzen oder feststellen kann er eine solche Schuldverpflichtung indessen nicht (s. auch Art. 176 Abs. 1 OR, wonach der Eintritt eines Schuldübernehmers in das Schuldverhältnis an Stelle und mit Befreiung des bisherigen Schuldners durch Vertrag des Übernehmers mit dem Gläubiger erfolgt). Besteht oder entsteht Streit über die Schuldverpflichtung, hat der Gemeinderat - wie jede andere Person oder Körperschaft auch - sich an den zuständigen Richter zu wenden. Der Gemeinderat war daher weder sachlich noch funktionell zuständig, über die Schuldverpflichtung der Beschwerdeführerin durch Verfügung zu befinden.
3.5 Die Vorinstanz beruft sich auf ihre schon ältere Praxis, wonach der Erwerber, der im Veranlagungs-, Einsprache- und Beschwerdeverfahren die Behandlung als Steuerschuldner widerspruchslos hinnimmt, durch konkludentes Verhalten die Steuerschuld übernommen habe. Die Eröffnung der Veranlagungsverfügung bedeute danach lediglich eine Offerte zur Übernahme der Steuerschuld (LGVE 1979 II Nr. 24 S. 62). Eine "Offerte" zur Schuldübernahme, welche nur durch Anfechtung (Einsprache) abgelehnt werden kann, ist jedoch offensichtlich nicht als Antrag zum Vertragsschluss zu betrachten. Konkludentes Verhalten (vgl. Art. 176 Abs. 3 OR) ist frei gewähltes, nicht aufgezwungenes Verhalten (s. auch von Tuhr/Escher, Allgemeiner Teil des schweizerischen Obligationenrechts, Band II S. 384 f.).
Es geht hier auch nicht um einen Fall von Steuersukzession oder von Haftung aufgrund des gesetzlichen Pfandrechts (§ 32 GGStG). Die Beschwerdeführerin war in keinem Zeitpunkt Eigentümerin oder wirtschaftlich Berechtigte an einem der Tauschgrundstücke.
3.6 Die vorliegenden, durch eine Behörde (Gemeinderat) ausserhalb jeglicher sachlichen und funktionellen Zuständigkeit getroffenen Verfügungen vermögen gegenüber der Beschwerdeführerin offensichtlich keinerlei Rechtswirkungen zu begründen. Sie sind unwirksam und können namentlich auch nicht vollstreckt werden. Sie sind folglich nichtig. Die Annahme von Nichtigkeit gefährdet die Rechtssicherheit nicht. Sofern die Beschwerdeführerin durch die Vereinbarung einer Schuldübernahme gegenüber der Gemeinde verpflichtet sein sollte, eine öffentlich-rechtliche Schuld zu bezahlen, liegt es am Gemeinderat, die Schuld einzutreiben und nötigenfalls gerichtlich geltend zu machen.
4. Die Nichtigkeit der angefochtenen Verfügung ist im Dispositiv festzustellen (BGE 132 II 342 E. 2.3). Die Beschwerde ist gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Nichtigkeit der Verfügungen vom 22. Januar 2003 festzustellen.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Gemeinde aufzuerlegen, da es um ihre Vermögensinteressen geht (vgl. Art. 65, 66 Abs. 1 und 4 BGG). Sie hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren zudem zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 16. August 2007 aufgehoben und die Nichtigkeit der Verfügungen des Gemeinderats A._ vom 22. Januar 2003 festgestellt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Gemeinde A._ auferlegt.
Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens hat das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern in einem neuen Entscheid zu befinden.
3. Die Gemeinde A._ hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann