Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in W._/ZH bezweckt im Wesentlichen die Konstruktion, die Erstellung und den Betrieb von Sport- und Freizeitanlagen aller Art, die Erbringung von Dienstleistungen im Zusammenhang mit der Erstellung und dem Betrieb von Anlagen und Handel mit einschlägigen Waren. Sie ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen.
Anlässlich einer Revision für den Zeitraum 1997 bis 2002 (2. Quartal) stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung im Oktober 2002 fest, dass für eine Lieferung von Dieselmotoren ins Ausland im Wert von Fr. 670'291.-- kein zollamtlicher Ausfuhrbeleg vorhanden war. Mit Ergänzungsabrechnung vom 31. Oktober 2002 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung der X._ AG die auf dieser Lieferung für das 4. Quartal 1998 geschuldete Mehrwertsteuer im Betrag von Fr. 40'909.80 in Rechnung. Nachdem die Steuerpflichtige verschiedene Unterlagen, nicht aber den zollamtlichen Ausfuhrbeleg eingereicht hatte, hielt die Eidgenössische Steuerverwaltung mit formellem Entscheid vom 10. Februar 2003 an der Steuerforderung fest. Eine Einsprache der Steuerpflichtigen wurde am 21. Juni 2005 abgewiesen.
Das Bundesverwaltungsgericht wies die von der Steuerpflichtigen gegen den Einspracheentscheid gerichtete Beschwerde am 11. Juli 2007 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. September 2007 beantragt die Steuerpflichtige dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Juli 2007 aufzuheben und festzustellen, dass sie den Betrag von Fr. 40'909.80 samt Zins nicht schulde.
Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
C. Mit Verfügung vom 14. September 2007 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch der Steuerpflichtigen um aufschiebende Wirkung ab.
Erwägungen:
1. Die strittige Ergänzungsabrechnung betrifft das 4. Quartal 1998, weshalb noch ausschliesslich die Bestimmungen der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV) anwendbar sind (Art. 93 und 94 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer [Mehrwertsteuergesetz, MWSTG; SR 641.20]).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst, die Vorinstanz habe Bundesrecht dadurch verletzt, dass sie "den richtig festgestellten Sachverhalt widersprüchlich gewürdigt und im Resultat falsch angewendet" habe.
2.2 Nach den Feststellungen der Vorinstanz liess die Firma A._ (USA) im Rahmen eines Auftrages der ägyptischen Regierung Teile für einen Freifallsimulator von der Beschwerdeführerin in der Schweiz bauen. Diese bestellte dazu im Oktober 1997 bei der B._ AG, Langenthal, Antriebseinheit und Dieselmotoren. Letztere wurden gemäss einem Speditionsauftrag an die C._ AG, Kloten, im Mai 1998 bei der B._ AG abgeholt und über Basel nach Rotterdam versandt. Von dort sollen die zwei Container nach Harmans/USA und weiter nach Ägypten verschifft worden sein. Dort liess die Beschwerdeführerin den Simulator aufstellen und nahm daran auch Unterhalts- und Garantiearbeiten vor. Die Vorinstanz erachtete es als zwar wahrscheinlich, dass die Teile somit ins Ausland transportiert wurden. Die Beschwerdeführerin verfüge aber weder über ein schweizerisches zollamtliches Ausfuhrdokument noch über ein ausländisches zollamtliches Einfuhrdokument. Der Ort und der Zeitpunkt der Lieferung an die A._ seien damit nicht bewiesen. Der Nachweis für die direkte Ausfuhr sei nicht erbracht.
2.3 Diese Feststellungen sind entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht offensichtlich unrichtig (Art. 97 Abs. 1 BGG). Eine Verletzung des Willkürverbotes (Art. 9 BV) wird nicht gerügt, weshalb dies hier nicht zu prüfen ist (Art. 105 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 BGG). Welche Anforderungen an den Beweis einer steuerbefreienden Tatsache zu stellen sind, ist eine Rechtsfrage, was die Beschwerdeführerin zu verkennen scheint.
3. 3.1 Nach Art. 15 Abs. 2 MWSTV ist - dem im grenzüberschreitenden Waren- und Dienstleistungsverkehr geltenden Bestimmungslandprinzip folgend - der Export von Lieferungen und Dienstleistungen von der Steuer befreit, d.h. er berechtigt zum entsprechenden Vorsteuerabzug (Art. 15 Abs. 1 MWSTV).
3.2 Die Steuerbefreiung setzt einen genügenden zollamtlichen Nachweis voraus (Art. 16 Abs. 1, Satz 1 MWSTV). Dieser muss zweifelsfrei erstellt sein (Urteil 2A.546/2003 vom 14. März 2005 E. 2.6). Das Eidgenössische Finanzdepartement bestimmt, wie der Steuerpflichtige den Nachweis zu führen hat (Art. 16 Abs. 2 MWSTV). Es hat von dieser Kompetenz keinen Gebrauch gemacht. In seinem Kommentar vom 22. Juni 1994 zur Mehrwertsteuerverordnung hat es jedoch bereits dargelegt, dass der einwandfreie bzw. rechtsgenügende Nachweis der Ausfuhr von Gegenständen grundsätzlich nur mit zollamtlich gestempelten Dokumenten möglich ist. Entsprechende strenge Anforderungen stellen die Wegleitungen 1994 und 1997 der Eidgenössischen Steuerverwaltung für Mehrwertsteuerpflichtige: Die Steuerbefreiung der Ausfuhr tritt nur ein, wenn das zollamtlich gestempelte Exemplar des jeweils erforderlichen Ausfuhrdokuments vorgelegt wird; besonders betont wird, dass alle Ausfuhrnachweise originalgestempelt sein müssen (je Rz. 533 und 536). Das Erfordernis des zollamtlichen Nachweises für die Ausfuhr von Gegenständen wurde auch in Art. 20 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer beibehalten.
3.3 Die Beschwerdeführerin räumt selber ein, dass sie die zollamtliche Einfuhr in das Bestimmungsland Ägypten nicht nachweisen könne. Eine solche könne unmöglich beigebracht werden, da der Empfänger der Ware, die ägyptische Armee, keine solchen zollamtlichen Formalitäten erfüllen müsse.
3.4 Die bundesgerichtliche Rechtsprechung geht davon aus, dass Art. 16 MWSTV einen strengen zollamtlichen Nachweis für die Ausfuhr verlangt (Urteil 2A.557/1999 vom 10. November 2000 E. 5d). Die besonders strengen Anforderungen an einen zweifelsfreien Ausfuhrnachweis werden damit begründet, dass es im Allgemeinen nicht möglich ist, eine Kontrolle beim Empfänger im Ausland vorzunehmen; im europäischen Warenverkehr sind denn auch die zu Unrecht steuerbefreiten Exporte zahlreich; nachträgliche, infolge einer Steuerkontrolle erstellte Belege können daher nicht berücksichtigt werden (BGE 133 II 153 E. 7.2).
3.5 Soweit sich die Doktrin dazu äussert, verlangt auch sie für den Nachweis der Ausfuhr von Gegenständen das Vorliegen von zollamtlich gestempelten Dokumenten (Alois Camenzind/Niklaus Honauer, Handbuch zur neuen Mehrwertsteuer [MWST], Bern 1995, N. 626; Heinz Keller, in: Schweizerisches Steuerlexikon, Hrsg. Klaus A. Vallender/Heinz Keller/Felix Richner/Conrad Stocker, Band 2 Bundessteuern, Zürich 1999, S. 82 Ziff. 2.9.1; Stephan Kuhn/Peter Spinnnler, MWST Ergänzungsband, Muri/Bern 1994, S. 33 f.).
3.6 Die Vorinstanz hat demnach kein Bundesrecht verletzt, indem sie in Übereinstimmung mit Rechtsprechung und Lehre den Nachweis für die steuerbefreite Ausfuhr im Sinne von Art. 16 MWSTV nur dann als erbracht annimmt, wenn diese durch entsprechende schweizerische oder allenfalls ausländische zollamtliche Dokumente belegt ist. Es stellt weder einen überspitzten Formalismus dar, noch ist es unverhältnismässig, wenn sie andere Dokumente, auch wenn diese die Ausfuhr grundsätzlich belegen könnten, dazu nicht genügen lässt. Nur eine strenge Handhabung der gesetzlichen Formvorschriften vermag in diesem Bereich den Grundsätzen der Rechtssicherheit und Rechtsgleichheit zu genügen. Dies auch deshalb, weil die Ausfuhr von Gegenständen allgemein bekannten strengen Formvorschriften unterliegt, die besonders von damit vertrauten Exporteuren und Speditionen ohne unverhältnismässigen Aufwand leicht eingehalten werden können. Es ist deshalb bundesrechtlich nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die von der Beschwerdeführerin vorgelegten Bestätigungen, auch wenn sie zum Teil von einer staatlichen ägyptischen Behörde ausgestellt worden sind, als privatrechtliche Erklärungen bezeichnet, die nicht als zollamtliche Papiere im Sinne von Art. 16 Abs. 1 MWSTV qualifiziert werden können. Unter diesen Umständen verletzt die (rechtliche) Folgerung, die Beschwerdeführerin habe den ihr obliegenden Nachweis für die Ausfuhr der Motoren nicht rechtsgenüglich erbracht, kein Bundesrecht.
3.7 Auch der von der Beschwerdeführerin angerufene Art. 45a der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTGV; SR 641.201) ändert an diesem Ergebnis nichts. Diese Bestimmung ist zwar gemäss Praxismitteilung "Behandlung von Formmängeln" der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 31. Oktober 2006 auf alle pendenten Fälle anzuwenden. Sie bringt Erleichterungen nur mit Bezug auf die Form, wie der zollamtliche Nachweis zu erbringen ist, hebt aber die Pflicht zu einem amtlichen Nachweis nicht auf, da dieser im Gesetz selber vorgesehen ist. In diesem Sinne stellt bereits die Praxismitteilung klar, dass - wenn kein zollamtlicher Nachweis einer in- oder ausländischen Zollbehörde vorliege - eine entsprechende Erklärung des Leistungsempfängers einen solchen nicht zu ersetzen vermöge; der Nachweis der Ausfuhr sei in diesem Fall nicht erbracht, weshalb keine Steuerbefreiung eintrete.
Vorliegend sind jedenfalls Zeit und Ort der Lieferung der Beschwerdeführerin an die Firma A._ nicht nachgewiesen.
3.8 Unter diesen Umständen spielt es keine Rolle, ob die Beschwerdeführerin das Fehlen der zollamtlichen Ausfuhrbestätigung nach Ablauf von zwei Jahren seit der Ausfuhr im Sinne von Randziffer 542 der Wegleitung 1997 unverzüglich gemeldet hat. Die Vorinstanz durfte deshalb diese Frage ohne Verletzung von Bundesrecht offen lassen.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng