Sachverhalt:
A. X._ wurde mit Verfügung des Haftrichters des Bezirksgerichts Zürich vom 7. Mai 2008 in Untersuchungshaft gesetzt. Mittlerweile befindet er sich in Sicherheitshaft. Das Bezirksgericht Zürich verurteilte ihn am 25. März 2009 wegen gewerbsmässigen Betrugs und Nötigung zu einer Freiheitsstrafe von 24 Monaten, wobei 12 Monate als unbedingt und 12 Monate als bedingt vollziehbar ausgesprochen wurden. Vom Vorwurf der mehrfachen Urkundenfälschung wurde er freigesprochen. Gleichentags wurde mit Präsidialverfügung die Fortführung der Sicherheitshaft bis zum möglichen Strafantritt, längstens jedoch bis zum 5. Mai 2009 angeordnet. Am 26. März 2009 legte die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat Berufung gegen das Urteil des Bezirksgerichts ein. Am 5. Mai 2009 verfügte sie, dass der Angeschuldigte vorläufig festgenommen bleibe und beantragte dem Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich die Fortführung der Sicherheitshaft. Mit Verfügung vom 7. Mai 2009 leistete der Haftrichter dem Antrag der Staatsanwaltschaft Folge.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 14. Mai 2009 beantragt die Rechtsvertreterin von X._ im Wesentlichen, die Verfügung des Haftrichters vom 7. Mai 2009 sei aufzuheben und X._ sei aus der Haft zu entlassen. Eventualiter seien Ersatzmassnahmen anzuordnen. Mit Schreiben vom 13. Mai 2009 hatte X._ selbst Beschwerde erhoben, diese jedoch für den Fall, dass seine Rechtsvertreterin in seinem Namen ein Rechtsmittel einlegen würde, als unbeachtlich bezeichnet.
Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat beantragt die Abweisung der Beschwerde. Mit Schreiben vom 21. und 27. Mai 2009 nahmen der Beschwerdeführer und in seinem Namen seine Rechtsvertreterin erneut Stellung.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 78 Abs. 1 BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Ein kantonales Rechtsmittel gegen den angefochtenen Entscheid steht nicht zur Verfügung. Die Beschwerde ist nach Art. 80 i.V.m. Art. 130 Abs. 1 BGG zulässig. Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und hat ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Er ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG zur Beschwerde berechtigt. Das Bundesgericht kann nach Art. 107 Abs. 2 BGG bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden. Deshalb ist der Antrag auf Haftentlassung zulässig. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht Überhaft und damit eine Verletzung seines verfassungsmässigen Rechts auf persönliche Freiheit geltend.
2.2 Die Sicherheitshaft schränkt die persönliche Freiheit des Beschwerdeführers ein (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 31 BV, Art. 5 EMRK). Eine Einschränkung dieses Grundrechts ist zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist. Zudem darf sie den Kerngehalt des Grundrechts nicht beeinträchtigen (Art. 36 BV). Unverhältnismässig ist die Einschränkung der persönlichen Freiheit unter anderem dann, wenn die Haft in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer rechtskräftigen Verurteilung) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt. Der grossen zeitlichen Nähe ist auch deshalb besondere Beachtung zu schenken, weil der Strafrichter dazu neigen könnte, die Dauer der nach Art. 51 StGB anrechenbaren Untersuchungshaft bei der Strafzumessung mitzuberücksichtigen (BGE 133 I 270 E. 3.4.2 S. 281 f. mit Hinweisen).
2.3 Nach der Rechtsprechung ist bei der Prüfung der zulässigen Haftdauer der Umstand, dass die in Aussicht stehende Freiheitsstrafe bedingt ausgesprochen werden kann, wie auch die Möglichkeit einer bedingten Entlassung aus dem Strafvollzug im Grundsatz nicht zu berücksichtigen (BGE 125 I 60 E. 3d S. 64; Urteile 1B_234/2008 vom 8. September 2008 E. 3; 1B_6/2007 vom 20. Februar 2007 E. 2.5; je mit Hinweisen). Dem Entscheid des Sachrichters soll insofern nicht vorgegriffen werden. Vom Grundsatz der Nichtberücksichtigung der Möglichkeit einer bedingten Entlassung ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung dann eine Ausnahme zu machen, wenn bereits vor dem Strafvollzug absehbar ist, dass eine bedingte Entlassung mit grosser Wahrscheinlichkeit erfolgen dürfte (Urteil 1B_234/2008 vom 8. September 2008 E. 3 mit Hinweis). Mit der Frage der Verhältnismässigkeit der Sicherheitshaft nach Ergehen eines erstinstanzlichen Urteils, wenn eine bedingte bzw. teilbedingte Strafe im Raum steht, hat sich das Bundesgericht ebenfalls schon befasst:
Im Fall, der dem Urteil 1P.62/1997 vom 27. Februar 1997 zugrunde lag, war der Beschwerdeführer erstinstanzlich zu zwei Jahren Zuchthaus verurteilt worden. Er legte Berufung ein und stellte sodann ein Gesuch um Entlassung aus der Sicherheitshaft, welche ihm jedoch nicht gewährt wurde. Auf seine Beschwerde hin erwog das Bundesgericht, es sei grundsätzlich nicht auszuschliessen, dass die Berufungsinstanz der ersten Instanz folgend erneut eine unbedingt zu vollziehende Strafe ausspreche. Insoweit bilde der Umstand, dass das Obergericht den Beschwerdeführer möglicherweise nur zu einer bedingten Strafe verurteile, für sich allein keinen Grund, den Beschwerdeführer aus der Sicherheitshaft zu entlassen (a.a.O., E. 4b).
In einem jüngeren Fall war die Beschwerdeführerin erstinstanzlich zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von 22 Monaten verurteilt worden. Im Zeitpunkt der Verfügung des Haftrichters befand sie sich seit gut 6 1⁄2 Monaten in Haft. Das Bundesgericht hielt fest, es sei nicht gänzlich ausgeschlossen, dass ihr das Obergericht auf ihre Berufung hin eine ungünstige Prognose stellen würde. Die Behauptung, es sei mit der Gewährung des bedingten Vollzugs zu rechnen, sei reine Spekulation (Urteil 1B_6/2007 vom 20. Februar 2007 E. 2.5).
2.4 Auch im vorliegenden Fall ist als Ausgangspunkt das erstinstanzliche Urteil zu nehmen. Im Unterschied zu den beiden erwähnten Entscheiden lautet dieses indessen nicht auf eine unbedingte, sondern auf eine teilbedingte Strafe. Zudem müsste der Beschwerdeführer bei einer Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils durch das Obergericht keinen weiteren Freiheitsentzug erdulden, zumal bereits jetzt die erstandene Haft die erstinstanzlich ausgesprochene unbedingte Freiheitsstrafe übersteigt.
Vor dem Hintergrund der dargelegten Rechtsprechung entscheidet sich die Verhältnismässigkeit der Sicherheitshaft deshalb danach, ob Anhaltspunkte dafür bestehen, dass das Obergericht eine schärfere Strafe aussprechen könnte. Dies wäre zum einen dann der Fall, wenn trotz Freispruchs durch das Bezirksgericht ein dringender Tatverdacht auf mehrfache Urkundenfälschung bejaht werden könnte, zum anderen dann, wenn mit einer Erhöhung der erstinstanzlich ausgefällten Strafe wegen gewerbsmässigen Betrugs und Nötigung zu rechnen wäre.
Die Staatsanwaltschaft geht in ihrem Antrag auf Anordnung der Sicherheitshaft weder auf den einen noch den anderen Aspekt ein. Sie lässt es beim Hinweis bewenden, dass sie uneingeschränkte Berufung eingelegt habe und dass dem Angeklagten eine mehrjährige unbedingte Freiheitsstrafe drohe. Der Haftrichter seinerseits erwog, es bestehe eine "gewisse Wahrscheinlichkeit" dafür, dass sich der Angeklagte für die eingeklagte Urkundenfälschung ebenfalls zu verantworten haben werde. Er begnügte sich mit dem weiteren Hinweis, dass der von der Verteidigung behauptete Deliktsbetrag von bloss Fr. 65'000.-- gemäss Anklageschrift deutlich zu tief sei und aufgrund des von der Staatsanwaltschaft im Berufungsverfahren zu erwartenden Strafantrags eine mehrjährige Strafe zur Diskussion stehe. Auch die Vernehmlassungen enthalten keine substanzielle Auseinandersetzung mit dem ergangenen bzw. mit dem zu erwartenden Urteil. Es wurden mit anderen Worten keinerlei Anhaltspunkte dafür aufgezeigt, dass im obergerichtlichen Verfahren mit einer schwereren Strafe zu rechnen ist. Zudem ist auch aufgrund der Akten nicht darauf zu schliessen, dass unter dem Blickwinkel der noch streitigen Fragen die Weiterdauer der Sicherheitshaft zulässig ist. Es rechtfertigt sich unter den gegebenen Umständen, dem erstinstanzlichen Urteil für die Beurteilung der Frage der Überhaft entscheidende Bedeutung beizumessen.
2.5 Die Fortdauer der Sicherheitshaft stellt demnach eine Verletzung des Grundrechts der persönlichen Freiheit dar. Der Beschwerdeführer ist daher antragsgemäss aus der Haft zu entlassen und es erübrigt sich, auf seine weiteren Rügen einzugehen.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und der Beschwerdeführer aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Diesem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Damit erweist sich das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege als gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Haftrichters des Bezirksgerichts Zürich vom 7. Mai 2009 aufgehoben.
Der Beschwerdeführer wird unverzüglich aus der Sicherheitshaft entlassen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold