Faits:
A. X._, domicilié à A._, exerce une activité indépendante de promoteur immobilier sous la raison individuelle Agence immobilière et commerciale X._. Il exerce aussi une activité salariée pour la société B._ SA, dont le siège social est à A._ et dont il est l'actionnaire.
Par contrat du 16 octobre 1989 passé avec un "Anstalt" au Liechtenstein, X._ avait acquis pour le prix de 850'000 fr. la société C._, active dans le domaine de la promotion de vacances sur le plan international. X._ avait comptabilisé cet achat au bilan de l'exercice commercial 1991 de son activité d'indépendant pour son prix d'acquisition. Selon une attestation du 19 octobre 1994 et un document du registre du commerce de D._ du 30 novembre 1994, la société C._ a été dissoute en 1994. X._ a comptabilisé un amortissement de 400'000 fr. sur cet actif dans les comptes de l'exercice commercial bisannuel clos en 1994.
Un nouvel amortissement de cet actif pour un montant de 450'000 fr. a été comptabilisé dans les comptes de l'exercice commercial 1999.
Par contrat de vente du 14 juin 1999, X._ a vendu à la société E._ SA, dont il est l'un des actionnaires et administrateurs, du terrain sis au Mayen de F._ pour le prix de 9'350'000 fr. Une première tranche de 5'000'000 fr. a été versée immédiatement; le solde de 4'350'000 fr. devait être versé au 31 août 1999. Ce solde a fait l'objet d'une provision de 3'350'000 fr. dans les comptes de l'exercice 1999/2000.
B. Par décision de taxation du 27 juin 2001 en matière d'impôts fédéral direct, cantonal et communal pour la période fiscale 1995/1996, la Commission d'impôt de district de D._ (ci-après: la Commission d'impôt) a taxé X._ sur un revenu nul, le bénéfice imposable étant négatif. Il ressort de l'expertise de la comptabilité qu'elle a refusé un amortissement de 450'000 fr. sur la participation dans la société C._. Le 17 juillet 2001, X._ a déposé une réclamation contre cette décision en concluant à l'admission de l'amortissement comptabilisé.
Les périodes 1997/1998 et 1999/2000 ont aussi été taxées sur un revenu nul.
Par décision de taxation pour la période fiscale 2001/2002, la Commission d'impôt a refusé d'admettre l'amortissement de 450'000 fr. comptabilisé en 1999 et n'a admis la provision sur la créance de E._ SA qu'à concurrence de 350'000 fr. X._ a déposé une réclamation contre la décision de taxation 2001/2002, en concluant à l'admission d'une provision de 1'000'000 fr.
Par décision sur réclamation du 13 février 2008, la Commission d'impôt a statué sur les taxations de X._ en matière d'impôts fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales allant de 1995/1996 à 2003. Elle a notamment considéré que les périodes fiscales 1995/1996 à 1999/2000 avaient fait l'objet de taxations entrées en force sur lesquelles il n'était par conséquent plus possible de revenir. Elle a confirmé le refus d'admettre l'amortissement de 450'000 fr. lié à la participation C._ dans la taxation de la période fiscale 2001/2002. Elle a en revanche partiellement admis une augmentation de la provision sur la créance de E._ SA jusqu'à concurrence de 1'000'000 fr.
Par mémoire du 10 mars 2008, X._ a interjeté recours auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours) contre la décision sur réclamation rendue le 13 février 2008. Il a conclu à la déduction de la perte de 850'000 fr. liée à la société C._ et à l'admission de la provision sur la créance E._ SA de 3'350'000 fr. conformément à sa comptabilité.
C. Par décision du 19 novembre 2008, la Commission de recours a partiellement admis le recours en matière d'impôt fédéral direct et fixé le revenu net imposable pour la période fiscale 1995/1996 à - 801'411 fr. et pour la période fiscale 2001/2002 à 906'104 fr. Elle l'a rejeté en tant qu'il concernait les impôts cantonaux et communaux.
En matière d'impôt fédéral direct, pour la période fiscale 1995/1996, elle a considéré en substance que la procédure de réclamation concernant la période de taxation 1995/1996 était encore ouverte. Elle a décidé que la participation C._ était liée à une affaire commerciale, que la perte de la valeur totale de cette participation avait eu lieu en 1994 et par conséquent admis l'amortissement de 400'000 fr. comptabilisé en 1994. Elle a considéré que les périodes fiscales 1997/1998 et 1999/2000 n'avaient pas fait l'objet de conclusions et ne faisaient pas l'objet de sa décision. Pour la période fiscale 2001/2002, elle a refusé d'admettre le solde de l'amortissement de la participation C._ pour un montant de 450'000 fr., parce que l'amortissement de la perte survenue en 1994 durant l'exercice 1999 était contraire au principe de périodicité et d'étanchéité des exercices comptables. La provision de 3'350'000 fr. sur la créance E._ SA n'était pas justifiée. En effet, si le bouclement de l'exercice comptable 1999 était certes fixé au 30 avril 2000, la clôture effective des comptes n'avait eu lieu qu'en octobre 2001. A cette date une partie du solde de la créance avait été remboursée. A cela s'ajoutait que X._, en sa qualité d'administrateur de la débitrice, connaissait bien la situation de cette dernière et savait qu'elle était solvable. Le caractère limité du risque ne justifiait une provision qu'à concurrence de 1'000'000 fr. La Commission de recours a en outre décidé que l'admission de l'amortissement modifiait le montant des pertes reportées admises pour la période fiscale 2001/2002 et qu'une réduction de 200'000 fr. du revenu annuel moyen devait être admise.
En matière d'impôts cantonaux et communaux, elle a considéré que le droit cantonal posait les mêmes règles en matière d'amortissement et de provision qu'en droit fédéral, mais que la prescription absolue du droit de taxer de dix ans l'empêchait de statuer sur la taxation concernant la période fiscale 1995/1996 et partant d'admettre l'amortissement de 400'000 fr., de sorte que le montant des pertes reportées demeurait inchangé pour la période fiscale 2001/2002.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 19 novembre 2008 par la Commission de recours et de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants, subsidiairement de réformer la décision du 19 novembre 2008 en ce sens que l'amortissement de 400'000 fr. comptabilisé durant l'exercice commercial couvrant les années 1992/1994 (ci-après: exercice commercial 1992/1994) est admis en déduction du revenu imposable cantonal et communal pour la période fiscale 2001/2002, que l'amortissement de 450'000 fr. comptabilisé durant l'exercice 1998/1999 est admis en déduction du revenu imposable de la période fiscale 1998/1999 et que la provision de 3'350'000 fr. est admise pour la période fiscale 2001/2002.
Il se plaint de la violation des art. 28 et 29 de la loi fédérale du 12 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct et de l'application arbitraire des art. 24, 25 et 129 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LF/VS; RSVS 642.1).
La Commission de recours en matière d'impôt et le Service cantonal des contributions du canton du Valais ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 LF/VS) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), le présent recours en matière de droit public ne tombe pas sous le coup d'une des exceptions mentionnées à l'art. 83 LTF. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 5 ainsi que 46 al. 1 let. c LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), il est en principe recevable.
2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
3. Selon la jurisprudence, l'objet de la contestation qui peut être portée devant le Tribunal fédéral est déterminé par la décision attaquée (arrêt 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées) et par les conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). En l'espèce, les taxations des périodes fiscales 1997/1998 et 1999/2000 n'ont pas fait l'objet de la décision attaquée. Ces taxations ne sont plus en cause en l'espèce.
4. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Il n'est donc limité ni par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente.
D'après l'art. 106 al. 2 LTF en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'art. 106 al. 2 LTF exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).
I. Impôt fédéral direct
5. Le recourant se plaint de ce que l'instance précédente a refusé l'amortissement de 450'000 fr. sur la participation dans la société C._ ainsi que la provision de 3'350'000 fr. sur la créance de la société E._ SA pour la période fiscale 2001/2002.
5.1 Selon l'art. 27 al. 1 et 2 lettre a LIFD, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel, dont font notamment partie les amortissements et les provisions au sens des articles 28 et 29 LIFD. A l'instar du revenu imposable, qui se détermine d'après les revenus acquis durant la période de calcul (art. 43 al. 2 et 210 al. 1 LIFD), les déductions prévues par l'art. 27 LIFD sont soumises au principe de périodicité et ne sont admises que lorsqu'elles trouvent leur cause dans des événements ayant lieu durant la période de calcul (arrêt 2A.475/2006 du 26 mars 2007 in RDAF 2007 II 278, consid. 5.1; ATF 132 I 175 consid. 2.2 p. 177 s.).
Selon l'art. 28 LIFD, les amortissements des actifs, justifiés par l'usage commercial, sont autorisés, à condition que ceux-ci soient comptabilisés ou, à défaut de comptabilité tenue selon l'usage commercial, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements. En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments (art. 28 al. 2 LIFD). Cet alinéa constitue une exception limitée au principe de périodicité selon lequel l'amortissement doit porter sur la diminution de valeur ayant lieu durant la période de calcul (M. Reich/M. Züger, op. cit., n° 14 ad art. 28 LIFD et les références de jurisprudence citées).
Selon l'art. 29 al. 1 let. b LIFD, des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs. Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au revenu commercial imposable (art. 29 al. 2 LIFD), contrairement aux amortissements dont le caractère est définitif. Le point de savoir si la justification commerciale d'une provision doit être admise s'examine à la lumière de la situation prévalant au jour de l'établissement du bilan ("Bilanzstichtag"). Pour ce faire, on peut prendre en considération tous les faits intervenus jusqu'au jour où le bilan est établi ("Bilanzerrichtung"), dans la mesure où ils éclairent les circonstances telles qu'elles étaient effectivement à la date de clôture du bilan et qui ont une influence sur le bilan et les comptes de pertes et profits (Reich/Züger, op. cit. , n° 11 ad art. 29 LIFD).
Selon l'art. 31 LIFD enfin, les pertes subies durant les trois périodes de calcul précédentes peuvent être déduites du revenu moyen de la période de calcul (art. 43), à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années précédentes.
5.2 En l'espèce, c'est à bon droit que l'instance précédente a refusé d'admettre, pour la période fiscale 2001/2002, l'amortissement comptabilisé dans l'exercice commercial 1998/1999 à concurrence de 450'000 fr. sur la participation au sein de la société C._. Il est établi que cette société a été liquidée en 1994. L'amortissement litigieux aurait dû être comptabilisé durant l'exercice commercial 1994, ce que n'a pas fait le recourant. Aucune des explications destinées à justifier et excuser cette inaction, en particulier le faible montant de la participation par rapport au total des actifs de l'époque ou encore l'ignorance dans laquelle le recourant est resté de la liquidation de la société C._ au Liechtenstein, ne modifient cette conclusion.
On ne saurait non plus suivre l'argumentation subsidiaire du recourant qui souhaite que cet amortissement soit pris en compte pour la période fiscale 1995/1996, plutôt que pour la période 2001/2002. Le recourant perd de vue que le montant de 450'000 fr. n'a pas été comptabilisé dans l'exercice commercial 1992/1994 servant de base de calcul pour la période fiscale 1995/1996. La condition de comptabilisation prévue par l'art. 28 al. 1 LIFD n'étant réalisée que pour l'amortissement de 400'000 fr. déjà admis par l'instance précédente, il est exclu d'accepter un amortissement de 450'000 fr. supplémentaires.
Le grief de violation de l'art. 28 LIFD, mal fondé, doit être rejeté.
5.3 Dans la décision attaquée, l'instance précédente a également refusé d'admettre, pour la période fiscale 2001/2002, la provision de 3'350'000 fr. sur la créance E._ SA que le recourant a inscrite en octobre 2001 au bilan de l'exercice commercial 1999/2000 clos au 30 avril 2000. Elle a considéré en fait que la société débitrice du recourant était solvable et que le recourant le savait, puisqu'il en était administrateur. Jugeant que le risque sur le paiement du solde de la créance résultant du contrat de vente était limité dans ces circonstances, elle n'a confirmé la provision que jusqu'à concurrence de 1'000'000 fr. Le recourant conteste la réduction du montant de la provision. A cet effet, toutefois, il se borne à affirmer que l'argumentation de l'instance précédente ne résiste pas à l'examen, faisant valoir des faits qui ne ressortent pas de la décision attaquée. Il n'expose cependant pas d'une manière conforme aux exigences de motivation prévues par les art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF (cf. consid. 2 ci-dessus) en quoi les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit. Il est dès lors exclu de retenir des faits qui diffèrent des constatations contenues dans la décision attaquée. L'instance précédente ayant retenu que la société débitrice était solvable et que le recourant le savait, elle pouvait, sans violer l'art. 29 LIFD, juger qu'à la date de l'établissement du bilan, le risque sur la créance en cause était limité et refuser d'admettre une provision d'un montant de 3'350'000 fr.
Le grief de violation de l'art. 27 LIFD, mal fondé, doit être rejeté.
II. Droit cantonal et communal
6. 6.1 Conformément à l'art. 73 al. 1 LHID, les décisions de dernière instance cantonale peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1er de la loi sur l'harmonisation fiscale (ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 188 s.) et concernent une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001, date d'échéance du délai laissé aux cantons pour adapter leur législation aux dispositions des titres 2 à 6 de cette loi (art. 72 al. 1 LHID).
6.2 En l'espèce, la Commission de recours a constaté que le droit de procéder à la taxation de la période fiscale 1995/1996 était paralysé par la prescription absolue de l'art. 129 al. 4 LF/VS (dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000), ce que le recourant admet dans son recours (mémoire chiffre 1.1, p. 9), quand bien même il intitule son grief "mauvaise application de la prescription du droit de taxer". Dans ces conditions, la taxation de la période fiscale 1995/ 1996 ne fait plus l'objet de la présente procédure. Les autres arguments que le recourant formule à propos de la prescription absolue du droit de taxer concernent en réalité la question du report de pertes, qui fait l'objet de griefs indépendants. Ils seront examinés ensemble. Ils concernent la période fiscale 2001/2002, seule encore en cause en l'espèce, pour laquelle la loi sur l'harmonisation fiscale trouve application.
7. Le recourant soutient que l'amortissement de 450'000 fr. comptabilisé dans l'exercice commercial 1998/1999 doit être admis pour la période fiscale 1999/2000 [recte: 2001/2002]. Il demande aussi qu'une provision sur la créance E._ SA soit admise dans la période fiscale 2001/2002 pour un montant de 3'350'000 fr.
D'après l'art. 10 al. 1 LHID, les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment les amortissements justifiés d'éléments de la fortune commerciale (lettre a) et les provisions constituées pour couvrir des engagements dont le montant est encore indéterminé ou d'autres risques de pertes imminentes (lettre b).
Les art. 24 et 25 LF/VS, qui respectent l'art. 10 al. 1 LHID, définissent les amortissements et les provisions admissibles de manière similaire aux dispositions des art. 28 et 29 LIFD. Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonaux et communaux. Par conséquent, le recours doit également être rejeté en ce qui concerne les impôts cantonaux et communaux.
8. Le recourant se plaint du calcul erroné du report de pertes pour la période fiscale 2001/2002.
8.1 D'après l'art. 10 al. 2 LHID (dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2001 [RO 2001 1050, 1053]), lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années précédentes, les pertes des trois périodes de calcul précédentes sont déduites du revenu moyen de la période de calcul (art. 15 al. 2).
L'art. 27 al. 1 LF/VS (dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 1987, pour le système de taxation praenumerando bisannuel jusqu'au 31 décembre 2002; RO/VS 1986 p. 18 ss, p. 23 ainsi que BO/VS 2001 n° 43, p. 1 ss) prévoit, de manière conforme à l'art. 10 al. 2 LHID, que les pertes des six exercices précédant la période de calcul, soit les deux années civiles précédant la période fiscale (art. 63) peuvent être déduites, pour autant qu'elles n'ont pas été prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années précédentes. Ces dispositions fédérale et cantonale ont un contenu similaire à celui de l'art. 31 LIFD. Il s'ensuit que la jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct peut s'appliquer par analogie en droit cantonal harmonisé.
Selon la jurisprudence, une taxation en matière d'impôts directs ne revêt l'autorité de la chose jugée que pour la période fiscale concernée; les circonstances de fait et celles de droit peuvent être appréciées différemment lors d'une période de taxation ultérieure. Elles ne revêtent que la qualité de motifs qui ne participent pas à l'autorité matérielle de la chose jugée. En particulier, lorsqu'un contribuable reçoit une taxation sur un bénéfice nul, le montant des pertes qui ont conduit à la taxation sur un bénéfice nul constitue uniquement un motif de la décision de taxation, de sorte que ce montant ne bénéficie pas de la force de chose jugée matérielle. Cela signifie que le report de pertes doit être examiné au moment où il est demandé, c'est-à-dire aussi pour les périodes fiscales ultérieures. Dans ce cas, lorsqu'il apparaît qu'un bilan contrevient aux dispositions impératives du droit commercial et que les erreurs n'ont pas fait l'objet de corrections durant les périodes fiscales précédentes, il doit être corrigé aux fins de report de pertes (arrêt 2A.370/2004 du 11 novembre 2005 in Archives 77 p. 257, consid. 4.2 et RDAF 2006 II 228; arrêt 2A.192/2000 du 9 mai 2001 in StE 2001 B 96.11 n° 6 et RDAF 2001 II S. 261 et les nombreuses références citées; cf. aussi Robert Danon, op. cit., n° 10 ad art. 67 LIFD). A l'inverse, lorsqu'en procédure ordinaire ou en procédure de taxation d'office, un contribuable a été taxé sur un bénéfice net positif et que cette taxation entre en force, les pertes des exercices commerciaux compris dans la période de calcul et les pertes reportées des exercices commerciaux antérieurs ne peuvent être déduits des périodes fiscales ultérieures (arrêt 2A.587/2002 du 11 mars 2003 consid. 1 in RF 58/2003 p. 365, cf. aussi arrêt 2A.55/2002 du 30 octobre 2002 consid. 2.3 in RF 59/2004 p. 193).
8.2 Selon le principe de l'autorité du bilan commercial, le bénéfice imposable des personnes physiques et morales repose sur le bénéfice tel qu'il ressort du compte de résultat établi selon les règles du droit commercial. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières. L'autorité du bilan commercial (art. 662a CO) tombe en revanche lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (art. 49 AIFD et 58 LIFD; arrêt 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 3; 2A.458/2002 du 15 octobre 2004 in StE 2005 B 72.15.2 n° 6; ATF 119 Ib 111 consid. 2c p. 115). Ce principe vaut en particulier en matière de provisions au sens de l'art. 669 CO (arrêt 2A.465/2006 du 19 janvier 2007, consid. 3).
8.3 En l'espèce, la Commission de recours a constaté, sans être critiquée sur ce point, que le droit de taxer l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 1995/1996 était atteint par la prescription absolue le 31 décembre 2006. Elle en a déduit à juste titre que les autorités fiscales ainsi qu'elle-même n'avaient plus la possibilité de statuer sur la taxation concernant cette période. En pareille hypothèse en effet, aucune taxation ne voit le jour pour la période fiscale, qui ne fera jamais l'objet d'une imposition.
La Commission de recours a ensuite considéré qu'en raison de la prescription absolue la reprise par la Commission d'impôt en procédure de taxation et de réclamation de l'amortissement comptabilisé par le recourant dans l'exercice commercial 1994 ne pouvait plus être corrigée, de sorte que le montant des pertes reportées pour procéder à la taxation 2001/2002 ne pouvait être augmenté et devait demeurer inchangé. Cette conclusion est erronée.
Selon la jurisprudence rappelée ci-dessus, il convient de distinguer les taxations portant sur un bénéfice net de celles portant sur un bénéfice nul. En l'espèce, il n'y a pas de taxation portant sur un bénéfice net positif. Il n'y a pas non plus de taxation portant sur un bénéfice nul. Il n'y a tout simplement pas de taxation ni a fortiori d'éléments de taxation entrés en force. Ne subsistent de la période fiscale 1995/1996 que les comptes commerciaux compris dans la période de calcul dûment produits en annexe de la déclaration d'impôt pour la période fiscale 1995/1996. Le droit de taxer cette période étant absolument prescrit, les opérations de taxation effectuées en procédure de taxation et de réclamation, notamment la reprise de l'amortissement litigieux, sont obsolètes. Au moment de déterminer le report de pertes pour la période fiscale 2001/2002, seuls comptent par conséquent les comptes produits et leur conformité avec le droit commercial et fiscal. A cet égard, force est de constater, à l'instar de ce que la Commission de recours a jugé pour l'impôt fédéral direct, que la reprise de l'amortissement de 400'000 fr. ne se justifiait pas puisqu'il portait sur un actif de la fortune commerciale, qu'il avait été dûment comptabilisé et qu'il était commercialement justifié. Le montant des pertes reportées doit par conséquent inclure l'amortissement déjà comptabilisé de 400'000 fr., ce qui se traduit par une réduction du revenu annuel moyen soumis à l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001/2002.
En refusant de prendre en considération l'amortissement comptabilisé dans l'exercice commercial 1994 dans le montant des pertes reportées pour fixer le revenu imposable de la période 2001/2002, la Commission de recours a violé les art. 10 al. 2 LHID et 27 al. 1 LF/VS. Le recours est admis sur ce point.
9. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et à son admission partielle en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2001/2002, en ce sens que le revenu imposable moyen est réduit de 200'000 fr., le reste étant rejeté.
Devant le Tribunal fédéral, le recourant, qui n'obtient que partiellement gain de cause, supporte un émolument judiciaire réduit (art. 66 al. 1 LTF) et a droit à des dépens réduits (art. 68 al. 1 LTF).
Compte tenu de l'issue du litige, le Tribunal fédéral n'entend pas faire usage de la faculté offerte à l'art. 67 LTF. La cause est par conséquent renvoyée à la Commission cantonale de recours en matière d'impôt pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure suivie devant elle.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours en matière de droit public est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001/2002 en ce sens que le revenu imposable moyen est réduit de 200'000 fr., le reste étant rejeté.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le Service cantonal des contributions du canton du Valais versera au recourant une indemnité de 1'000 fr. à titre d'indemnité de partie.
5. La cause est renvoyée à la Commission de recours en matière d'impôt pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.
6. Le présent arrêt est communiqué au représentant du recourant, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 10 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey