Sachverhalt:
A. Gegen X._ wurde im Mai 1995 ein Strafverfahren wegen Betrugs, Irreführung der Rechtspflege und zahlreicher weiterer Delikte eröffnet. Von Mai bis Juni 1995 befand er sich in Untersuchungshaft. Aufgrund des Verdachts der Begehung weiterer Delikte wurde er im August 1998 erneut in Untersuchungshaft versetzt.
Mit Verfügung vom 31. Januar 2011 stellte die Regionale Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland das Verfahren wegen Verjährung, fehlenden Strafantrags und nicht erhärteten Tatverdachts teilweise ein. Die Verfahrenskosten auferlegte sie dem Kanton Bern. Dem Beschuldigten sprach sie keine Entschädigung oder Genugtuung zu. In Bezug auf die von dieser Einstellung nicht erfassten Tatbestände, nämlich diverser Konkursdelikte und Widerhandlungen gegen die Ausländergesetzgebung, stellte die Staatsanwaltschaft am 1. Februar 2011 einen Strafbefehl aus. X._ wurde zu einer Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 150.-- verurteilt, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 147 Tagen, womit eine Geldstrafe von 33 Tagessätzen zu Fr. 150.-- verblieb. Deren Vollzug wurde unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren aufgeschoben.
Gegen die Einstellungsverfügung vom 31. Januar 2011 erhob X._ am 14. Februar 2011 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Bern. Mit Schreiben vom 4. Februar 2011 hatte er zudem Einsprache gegen den ergangenen Strafbefehl erhoben, wobei er den Antrag stellte, das Einspracheverfahren zu sistieren, bis das Beschwerdeverfahren abgeschlossen sei.
Mit Beschluss vom 10. März 2011 wies das Obergericht die Beschwerde gegen die Einstellungsverfügung ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit einer als "Beschwerde in Strafsachen und öffentlich-rechtlichen Sachen" betitelten Eingabe vom 13. April 2011 an das Bundesgericht verlangt X._, der Beschluss des Obergerichts vom 10. März 2011 sei aufzuheben.
Das Obergericht des Kantons Bern und die Regionale Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern hat sich nicht vernehmen lassen.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Einstellung einer Strafuntersuchung. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG gegeben, nicht aber jene in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. BGG.
Die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft datiert vom 31. Januar 2011. Anwendbar ist deshalb die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische Strafprozessordnung (StPO, SR 312.0; siehe Art. 453 f. StPO und Urteil 1B_411/2010 vom 7. Februar 2011 E. 1.3 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid schliesst das Strafverfahren für die von ihm erfassten Straftatbestände ab (Art. 90 BGG). Nach den einschlägigen Bestimmungen der Schweizerischen Strafprozessordung (siehe Art. 379 ff. StPO) steht zudem kein Rechtsmittel auf kantonaler Ebene zur Verfügung (Art. 80 Abs. 1 BGG).
Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen (Art. 81 Abs. 1 lit. a BGG). Er beanstandet, dass ihm bei der Verfahrenseinstellung keine Entschädigung oder Genugtuung ausgerichtet wurde. In diesem Rahmen hat er ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 1 BGG; Urteile 1B_41/2011 vom 24. März 2011; 6B_241/2007 vom 11. Oktober 2007 E. 2.1).
Auf die Beschwerde ist im Grundsatz einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Begründungspflicht durch die Vorinstanz. Diese habe sich nicht mit dem Thema der Unschuldsvermutung auseinandergesetzt (Art. 32 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 2 EMRK, Art. 10 Abs. 1 StPO). Die Unschuldsvermutung sei jedoch zentral, gehe es doch darum, ob die Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft in einem anderen Verfahren erfolgen könne.
2.2 Das rechtliche Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (BGE 136 I 229 E. 5.2 S. 236 mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid ausgeführt, die Anrechenbarkeit sei im Urteilszeitpunkt zu beurteilen. Sie richte sich nach Art. 51 StGB, wonach das Gericht die Untersuchungshaft, die der Täter während dieses oder eines anderen Verfahrens ausgestanden habe, auf die Strafe anrechne. Dabei werde kein Unterschied zwischen der unbedingt und der bedingt vollziehbaren Strafe gemacht. Gemäss Art. 431 Abs. 2 StPO entstehe erst dann ein Entschädigungsanspruch, wenn der übermässige Freiheitsentzug nicht an die wegen einer anderen Straftat ausgesprochene Sanktion angerechnet werden könne. Der Beschwerdeführer sei mit Strafbefehl vom 1. Februar 2011 zu einer Geldstrafe von 180 Tagessätzen unter Anrechnung von 147 Tagen Untersuchungshaft, das heisse im Ergebnis zu einer Geldstrafe von 33 Tagessätzen verurteilt worden. Dass es um einen nicht rechtskräftigen Strafbefehl gehe, führe nicht zu einer unzulässigen Vorverurteilung. Der Beschwerdeführer verkenne, dass er die Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebots im Einspracheverfahren hätte vorbringen sollen bzw. werde vorbringen können. Dort könne er allenfalls bei der Strafzumessung eine Strafreduktion erreichen. Gegebenenfalls hätte, bei einem Fall von Überhaft, die ausgestandene Untersuchungshaft entschädigt werden müssen. Diese Fragen bildeten aber nicht Gegenstand der Beschwerde.
2.4 Mit diesen Ausführungen hat die Vorinstanz dem Beschwerdeführer dargelegt, weshalb die Anrechnung der Untersuchungshaft in einem anderen Verfahren stattfinden könne. Sie hat dabei ausdrücklich erwähnt, dass in diesem Vorgehen keine Verletzung der Unschuldsvermutung liege, wenn sie auch zu diesem Punkt keine weiteren Erwägungen angestellt hat. Insgesamt sind im angefochtenen Entscheid die Überlegungen genannt, von denen sich die Vorinstanz hat leiten lassen. Die Begründung hat es dem Beschwerdeführer erlaubt, sich über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft zu geben und ihn in voller Kenntnis der Sache beim Bundesgericht anzufechten. Von einer Verletzung der Begründungspflicht kann unter diesen Voraussetzungen nicht gesprochen werden.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, nicht geprüft zu haben, ob das Urteil des Bundesgerichts 6S.421/2005 vom 23. März 2006 zur Anrechnung in einem anderen Verfahren hätte "angewendet" werden dürfen.
3.2 Die Vorinstanz legte diesbezüglich dar, wie der Beschwerdeführer selbst vorbringe, sei die bundesgerichtliche Rechtsprechung zum Erfordernis der Tatidentität nach Art. 69 aStGB mit dem zitierten Entscheid aufgegeben worden. Der Bescherdeführer mache sinngemäss geltend, es müsse dennoch die Voraussetzung der Tatidentität erfüllt sein, weil das Strafverfahren gegen ihn innert fünf Jahren hätte abgeschlossen werden müssen, also noch unter Geltung der alten Praxis. Diesen Ausführungen könne nicht gefolgt werden, sei die Anwendung des alten Rechts doch keine der vorgesehenen Rechtsfolgen der Verletzung des Beschleunigungsgebots. Damit könne offen bleiben, ob eine solche Verletzung überhaupt vorliege.
3.3 Die Vorinstanz hat sich mit der vom Beschwerdeführer aufgeworfenen Frage auseinandergesetzt und ihre Antwort begründet. Eine Verletzung der Begründungspflicht ist auch in diesem Punkt nicht erkennbar.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer wiederholt vor Bundesgericht die Rüge der Verletzung der Unschuldsvermutung. Er behauptet zudem unter Hinweis auf Art. 429 StPO, dass bei einem Freispruch im nachfolgenden Verfahren die rechtliche Basis für die Entschädigung fehle. Er laufe Gefahr, dass er bei einem Freispruch oder einer massiven Strafreduktion (welche der Beschwerdeführer wegen einer angeblichen Verletzung des Beschleunigungsgebots für wahrscheinlich hält) keine Entschädigung erhalte.
4.2 Gemäss Art. 51 StGB rechnet das Gericht die Untersuchungshaft, die der Täter während dieses oder eines anderen Verfahrens ausgestanden hat, auf die Strafe an. Für die Anrechnung ist keine Tatidentität erforderlich (nach dem Grundsatz der Tatidentität kann die Untersuchungshaft nur insoweit angerechnet werden, als sie wegen einer Handlung ausgestanden wurde, für welche der Beschuldigte bestraft wird; vgl. BGE 133 IV 150 E. 5.1 S. 154 mit Hinweisen). Ebenso wenig ist erforderlich, dass die Anrechnung im gleichen Verfahren erfolgt, in welchem die Untersuchungshaft ausgestanden wurde. Der Grundsatz der Verfahrensidentität war zwar noch im bundesrätlichen Entwurf zu Art. 51 StGB vorgesehen, fand aber keinen Eingang in die definitive Gesetzesfassung (BGE 133 IV 150 E. 5.1 S. 155 mit Hinweisen).
In diesem Sinne besteht gemäss Art. 431 Abs. 2 StPO ein Anspruch auf Entschädigung, wenn die zulässige Haftdauer überschritten ist und der übermässige Freiheitsentzug nicht an die wegen anderer Straftaten ausgesprochenen Sanktionen angerechnet werden kann. Im Einklang mit Art. 51 StGB stellt Art. 431 Abs. 2 StPO somit die Regel auf, dass Überhaft primär an eine andere Sanktion anzurechnen ist und nur insoweit zu entschädigen ist, als keine Anrechnung erfolgen kann. Es besteht diesbezüglich für die betroffene Person kein Wahlrecht (NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, N. 4, 5 und 8 zu Art. 431 StPO; STEPHAN WEHRENBERG/IRENE BERNHARD, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2011, N. 22 zu Art. 431 StPO).
Die Befürchtung des Beschwerdeführers, er könnte im nachfolgenden Verfahren möglicherweise keine Entschädigung erhalten, ist nach dem Gesagten insoweit begründet, als die Anrechnung an eine möglicherweise auszufällende Sanktion Vorrang hat. Die Entschädigungsfrage würde sich deshalb erst stellen, wenn die Strafe herabgesetzt würde oder eine Verfahrenseinstellung bzw. ein Freispruch erfolgen sollte und infolgedessen keine umfassende Anrechnung der Untersuchungshaft mehr möglich wäre. Dies entspricht der Konzeption von Art. 429 und Art. 431 StPO und ist vom Beschwerdeführer in Kauf zu nehmen. Eine Verletzung der Unschuldsvermutung liegt nicht vor, denn das dargelegte Zusammenspiel zwischen Anrechnung und Entschädigung beruht, entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers, nicht auf der Annahme, er würde verurteilt werden. Die Rüge der Verletzung von Art. 429 StPO sowie der Unschuldsvermutung erweist sich damit als unbegründet.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer kritisiert, die Verfahrensakten seien ihm nicht rechtzeitig zugestellt worden. Er habe diese zwar bereits im Mai 2010 konsultiert, jedoch unter anderen Gesichtspunkten. Dass ihm das Obergericht die mit der Beschwerdeschrift verlangte Nachfrist nicht gewährt habe, verletze seinen Anspruch auf rechtliches Gehör und sei geradezu rechtsmissbräuchlich.
5.2 Das Obergericht führte aus, die 10-tägige Beschwerdefrist sei nicht erstreckbar (Art. 396 Abs. 1 i.V.m. Art. 89 Abs. 1 StPO). Weiter setzte es sich mit der Frage auseinander, ob der in der Beschwerdeschrift enthaltene Antrag auf Einräumung einer Zusatzfrist als sinngemässer Antrag auf Akteneinsicht zu verstehen sei. Dies verneinte es, weil der Beschwerdeführer eine Nachfrist nur deshalb verlangt habe, um allenfalls im Zusammenhang mit den nicht eingestellten Konkursdelikten noch weitere entlastende Elemente zu finden. Der Streitgegenstand sei indessen, dies habe der Beschwerdeführer verkannt, auf den Einstellungsbeschluss beschränkt und erfasse nicht auch den Strafbefehl.
5.3 Der Beschwerdeführer setzt sich mit der Begründung des Obergerichts nicht auseinander (Art. 42 Abs. 2 BGG). Er macht auch gar nicht geltend, dass er überhaupt im Zusammenhang mit dem Beschwerdeverfahren habe Akteneinsicht nehmen wollen. Dies ist auch nicht ersichtlich. Zwar hat er im Rahmen der Einsprache gegen den Strafbefehl die Staatsanwaltschaft um Zustellung von Verfahrensakten gebeten. Aus dem Zusammenhang jener Eingabe geht jedoch hervor, dass dieses Ersuchen eben das Strafbefehlsverfahren und nicht das Beschwerdeverfahren betraf. Dass der Beschwerdeführer bei diesem Vorgehen während der laufenden, nicht erstreckbaren 10-tägigen Beschwerdefrist von Art. 396 Abs. 1 StPO nicht nochmals Einsicht nehmen konnte, hat er sich selbst zuzuschreiben.
Auf die Rüge des Beschwerdeführers ist nicht einzutreten. Zudem ist sie nach dem Gesagten auch unbegründet.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer bringt schliesslich vor, eine weitere Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör bestehe darin, dass die Vorinstanz über das Begehren um Ersatz der Verteidigungskosten nicht entschieden habe. Der Einwand, dass der Aufwand für die amtliche Verteidigung übernommen werde, übersehe, dass bei genügenden Einkünften und/oder genügendem Vermögen eine Rückerstattungspflicht entstehe. Somit liege eine weitere Gehörsverletzung vor.
6.2 Das Obergericht führte zu diesem Punkt aus, soweit der Beschwerdeführer den Ersatz seiner Verteidigungskosten beantrage, fehle eine entsprechende Begründung. Mit dieser Erwägung setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Worauf er sich mit seinen Ausführungen zur Rückerstattungspflicht bezieht, ist nicht klar, denn dem vorinstanzlichen Entscheid ist kein solcher Einwand zu entnehmen. Auf die Rüge ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG).
7. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft, der Generalstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Dold