Faits:
A. Y._, qui exerce la profession de physiothérapeute, est locataire des locaux utilisés à cette fin. X._ a travaillé dans ces locaux, dès 2002 en qualité d'indépendant, exerçant son activité dans deux cabines de soins. Les parties ont signé une convention d'utilisation du cabinet. Depuis 2005, elles sont en conflit au sujet de la gestion du cabinet, de la tenue des locaux et de la reddition des comptes. Le 12 mai 2005, Y._ et la personne tenant les comptes du cabinet ont déclaré résilier le contrat de société simple les liant à X._. Par courrier du 20 juin 2005, Y._ a en outre adressé à X._ un avis de résiliation de bail portant sur les deux cabines de soins.
B. Par requête en reddition de comptes, en fixation du loyer et en paiement du 3 janvier 2007, déclarée non conciliée le 3 avril 2007 et portée devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 3 mai 2007, X._ a demandé la production des comptes du cabinet pour les années 2002 à 2005, le paiement de divers montants à titre de solde dû sur ses honoraires ainsi qu'à titre de frais pour la même période, la restitution de divers objets mobiliers et une réduction de son loyer. Ses conclusions ont donné lieu à l'ouverture de deux causes distinctes, l'une portant sur la réduction du loyer et l'autre sur les autres conclusions. Y._ a excipé de l'incompétence du Tribunal. Par jugement du 26 février 2008, celui-ci s'est déclaré compétent à raison de la matière, au motif que la mise à disposition des locaux représentait l'aspect prépondérant des rapports contractuels entre les parties.
Statuant sur appel de Y._ par deux arrêts identiques du 8 décembre 2008, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève a déclaré la requête de X._ irrecevable. Elle a estimé qu'il n'y avait pas lieu de scinder les deux parties du litige, que le paiement par X._ d'un loyer pour l'utilisation des locaux n'était pas l'élément principal ou la prestation prédominante du rapport contractuel, que sa participation à l'exploitation commune du cabinet apparaissait bien plus au centre de la convention conclue et que les parties semblaient avoir été liées par un contrat de société simple.
C. X._ (le recourant) a interjeté au Tribunal fédéral deux recours en matière civile identiques contre les deux arrêts d'irrecevabilité du 8 décembre 2008. Il concluait à ce que le Tribunal des baux et loyers soit déclaré compétent pour connaître de sa requête en reddition de comptes, en fixation de loyer et en paiement, avec suite de dépens. Il contestait en particulier avoir formé une société simple avec Y._.
Les deux causes ont été jointes par ordonnance présidentielle du 5 février 2009.
Y._ (l'intimée) a proposé le déboutement de son adverse partie de toutes ses conclusions, sous suite de dépens.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 235 consid. 1).
En l'occurrence, le litige porte sur la compétence du Tribunal des baux et loyers genevois pour connaître de la requête du recourant.
Le droit fédéral n'imposant pas de constituer une juridiction spéciale pour les litiges en matière de baux et loyers, la compétence des tribunaux genevois en cette matière est régie par le seul droit cantonal. Si le droit cantonal, dans un domaine de son ressort exclusif, déclare applicable une règle du droit fédéral, utilise une notion de droit fédéral ou pose une question préalable de droit fédéral, cela n'a pas pour effet de transformer la question de droit cantonal en une question de droit fédéral; lorsque la question principale relève du droit cantonal, les questions préalables qu'il pose et les notions auxquelles il se réfère sont également considérées comme relevant du droit cantonal (cf. ATF 128 III 76 consid. 1a p. 80).
Cela étant, le recours en matière civile ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel (cf. art. 95 et 96 LTF). Il est en revanche possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 s.). Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief est expressément invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF).
En l'espèce, le recourant n'a pas soulevé un tel grief. Il n'y a donc pas à entrer en matière sur cette question. Comme le relève très pertinemment l'intimée, les deux recours portent en réalité sur une prétendue violation du droit cantonal. Ils sont irrecevables.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours sont irrecevables.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 5'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 27 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz