Fatti:
A. Dopo il divorzio dei genitori, C._ è stata affidata - con il fratello e la sorella - alla madre B._. Nel 2006 quest'ultima ha manifestato l'intenzione di trasferirsi con i figli nel Canton Friborgo. Per impedire tale trasloco, il padre A._ si è nel marzo 2006 dapprima rivolto con successo alla Commissione tutoria regionale (CTR) 5 e ha poi incoato il 24 aprile successivo una causa contro l'ex moglie innanzi al Pretore di Lugano per ottenere l'affidamento dei figli e l'attribuzione dell'autorità parentale.
B. B.a Il 25 aprile 2006 C._ è stata ricoverata nell'ospedale regionale di Lugano, dove il 4 maggio 2006 si è tenuto un incontro alla presenza dei medici curanti, dei genitori, nonché del presidente e del membro permanente della CTR 5, durante il quale è stato deciso di prolungare la degenza in tale ospedale fino all'11 maggio 2006 e poi collocare l'interessata nel Centro di pronta accoglienza e osservazione (PAO) di Mendrisio. Con risoluzione intimata il 15 maggio 2006, la CTR 5 ha formalizzato la situazione, stabilendo segnatamente il periodo di collocamento in due settimane e sospendendo le relazioni personali con i genitori. Il 23 maggio seguente l'autorità tutoria ha prolungato il collocamento presso il PAO fino al 10 giugno 2006.
B.b Il 29 marzo 2007 l'autorità ticinese di vigilanza sulle tutele ha respinto un ricorso 24 maggio 2006 con cui A._ ha chiesto di annullare la decisione 15 maggio 2006 della CTR 5, perché emanata da un'autorità incompetente.
C. A._ è insorto al Tribunale di appello del Cantone Ticino contro la decisione dell'autorità di vigilanza, chiedendo di accertare la nullità della risoluzione della CTR, subordinatamente di annullarla. Con sentenza 18 marzo 2009 la I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha riformato la decisione impugnata nel senso che "il ricorso del 24 maggio 2006 inoltrato da A._ è dichiarato senza interesse giuridico". I Giudici d'appello hanno indicato che la misura adottata dall'autorità tutoria è terminata da anni (e segnatamente pochi giorni dopo l'inoltro del ricorso all'autorità di vigilanza) e che non sono dati i presupposti che consentono di derogare al requisito di un interesse concreto ed attuale. Essi hanno pure ritenuto che non sussistono le condizioni che permetterebbero di accertare, qualora ne fossero dati gli estremi, la pretesa nullità della risoluzione della CTR nell'ambito di un rimedio giuridico privo di ogni interesse concreto ed attuale. La Corte cantonale ha poi considerato che si giustifica porre gli oneri processuali e le ripetibili a carico dell'appellante sia con riferimento alla procedura innanzi all'autorità di vigilanza, perché se non fosse divenuto privo d'interesse il ricorso avrebbe dovuto essere respinto, sia per quanto concerne l'appello, che si rivelava senza interesse fin dall'inizio.
D. Con ricorso in materia civile del 17 aprile 2009 A._ postula che la decisione 4 maggio 2006, intimata il 15 maggio 2006, della CTR 5 sia dichiarata nulla. In via subordinata domanda che essa venga annullata. Il ricorrente contesta la competenza della CTR a emanare la decisione 4/15 maggio 2006, atteso che egli aveva in precedenza adito il Pretore, e denuncia una sua composizione irregolare, perché essa non avrebbe deliberato al completo. Lamenta altresì una violazione degli art. 6 e 8 CEDU. Afferma poi che sarebbe pure stato giustificato rinunciare al requisito di un interesse pratico ed attuale, perché in caso contrario, le decisioni di breve durata non potrebbero più essere controllate da autorità superiori.
Non è stata chiesta una risposta al ricorso.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 134 III 115 consid. 1, 379 consid. 1, 426 consid. 1).
Giova innanzi tutto osservare che, per quanto attiene all'ammissibilità del presente ricorso, il suo estensore si limita ad indicare di essere munito di regolare procura, che la decisione impugnata soggiace al ricorso in materia civile senza riguardo al valore di causa e che il termine ricorsuale di 30 giorni è rispettato.
2. Il Tribunale federale fonda la propria sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). L'accertamento dei fatti può essere censurato unicamente se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF oppure in maniera manifestamente inesatta (art. 97 cpv. 1 LTF); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta una violazione del diritto (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39). Poiché il divieto d'arbitrio rientra fra i diritti fondamentali, la censura relativa ad una sua violazione va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (art. 106 cpv. 2 LTF), come già sotto l'egida dell'art. 90 cpv. 1 lett. b OG le cui esigenze restano in questo ambito determinanti (DTF 134 II 244 consid. 2.2; 133 III 638 consid. 2 pag. 639).
In concreto la Corte cantonale ha accertato che il qui ricorrente aveva, nel proprio rimedio all'autorità di vigilanza, riconosciuto che egli non si opponeva "al provvedimento in quanto tale", ma che egli proponeva il gravame per avere chiarezza in merito alla competenza del Pretore e quella dell'autorità tutoria. Nel proprio ricorso in materia civile il ricorrente non censura questo accertamento di fatto, sul quale il Tribunale federale fonderà quindi la sua sentenza. Nella fattispecie altrettanto pacifico si rivela il fatto che il provvedimento aveva preso fine nell'estate 2006.
3. Giusta l'art. 76 cpv. 1 lett. b LTF ha diritto di interporre ricorso in materia civile chi ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata. Per costante giurisprudenza l'inoltro di un rimedio di diritto presuppone di regola un interesse giuridico pratico ed attuale; non possono per contro essere sollevati quesiti giuridici puramente teorici e privi di una qualsiasi rilevanza pratica (sentenza 5A_229/2007 del 31 agosto 2007 consid. 2; cfr. anche DTF 120 Ia 258 consid. 1).
Come osservato (supra, consid. 2 cpv. 2) il ricorrente non era contrario al contenuto del provvedimento della CTR concernente la figlia maggiore, ma ha iniziato la procedura ricorsuale sfociata nella presente sentenza perché riteneva e ritiene tuttora che l'autorità tutoria non avesse la competenza di emanarlo. Ricordato che è pure incontestato che il predetto provvedimento ha preso fine alcuni anni or sono, il presente ricorso tende solo, inammissibilmente, a sottoporre al Tribunale federale la questione, nelle concrete circostanze puramente accademica, della delimitazione della competenza fra autorità tutoria e Pretore per emanare un provvedimento di cui - in base ai vincolanti accertamenti della sentenza impugnata (supra consid. 2 cpv. 1) - il ricorrente medesimo ha sostanzialmente condiviso il contenuto.
4. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela inammissibile, facendo difetto il diritto di ricorso di cui all'art. 76 cpv. 1 lett. b LTF. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), mentre non si giustifica assegnare ripetibili all'opponente, che non essendo stata invitata a produrre una risposta, non è incorsa in spese per la sede federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.