Sachverhalt:
A. A.a D X._, B X._, Alois Lang und E X._ waren (verbleibende) Mitglieder der Erbengemeinschaft des im Jahre 1929 verstorbenen F X._, dessen Nachlass im Wesentlichen aus den Parzellen Nrn. aaa, bbb, ccc und ddd (Y._), alle Grundbuch Z._, besteht. Am 15. Mai 2000 reichten D X._ und B X._ beim Amtsgericht Hochdorf eine Erbteilungsklage ein. Infolge des Hinschieds von D X._ ist A X._ als Erbin in seine Rechte und Pflichten eingetreten. Sodann hat C X._ seinen verstorbenen Vater, G X._, beerbt.
C X._, der im damaligen Zeitpunkt noch nicht Mitglied der Erbengemeinschaft war, absolvierte an der Fachhochschule eine Ausbildung als Agraringenieur und besitzt den Fähigkeitsausweis als Landwirt. Am 27. Oktober 2000 stellte er bei der Bodenrechtskommission des Kantons Luzern das Gesuch, es sei festzustellen, dass es sich bei den Grundstücken Nrn. aaa, bbb, ccc und ddd, GB Z._, um ein landwirtschaftliches Gewerbe im Sinne von Art. 7 des Bundesgesetzes über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1991 (BGBB; SR 211.412.11) handle. Mit Eingabe vom 2. November 2000 stellte sein Vater und Rechtsvorgänger, G X._, ein Begehren, das in die gleiche Richtung geht.
A.b Nach Durchführung eines Augenscheins stellte die Bodenrechtskommission mit Entscheid vom 21. Februar 2001 fest, dass es sich beim Betrieb Y._, bestehend aus den Grundstücken Nrn. aaa, bbb, ccc und ddd, GB Z._, nicht um ein landwirtschaftliches Gewerbe im Sinne von Art. 7 BGBB handle. Der Entscheid wurde am 20. Juli 2001 eröffnet.
Am 17. September 2001 beantragten G X._ und E X._ die Sistierung des Erbteilungsverfahrens. Das Amtsgericht Hochdorf lehnte diesen Antrag ab.
A.c Gegen den Entscheid der Bodenrechtskommission vom 21. Februar 2001 erhob C X._ kantonale Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Mit Urteil vom 12. Februar 2002 trat das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern auf die Beschwerde von C X._ nicht ein, weil dieser nicht Erbe und damit zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht legitimiert sei. Das Verwaltungsgericht nahm diese Verfügung in der Folge wieder zurück und setzte das Beschwerdeverfahren fort, weil C X._ hinsichtlich der Legitimation ein Kaufsrecht ansprach (Entscheid vom 22. Februar 2002).
Anlässlich einer Instruktionsverhandlung vom 19. September 2002 hat das Amtsgericht Hochdorf das Erbteilungsverfahren auf erneutes Gesuch von G X._ und E X._ "bis zum rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens vor Verwaltungsgericht" sistiert.
Mit Urteil vom 2. März 2004 wies das Verwaltungsgericht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab.
A.d C X._ und G X._ gelangten am 19. April 2004 mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht, welches diese mit Entscheid vom 22. Juli 2004 (Verfahren 5A.12/2004) abwies.
A.e Am 17. August 2004 hob das Amtsgericht Hochdorf die Sistierung des Erbteilungsprozesses auf und erliess schliesslich am 7. Januar 2008 das erstinstanzliche Urteil.
B. B.a G X._ und C X._ sowie E X._ haben am 25. Januar 2008 gegen das Urteil des Amtsgerichts Hochdorf beim Obergericht des Kantons Luzern appelliert.
B.b Auf ein zweites Gesuch des C X._ hin, erliess die Dienststelle Landwirtschaft und Wald am 12. Dezember 2007 eine Verfügung, wonach die Liegenschaft Y._ aufgrund eines anderen Betriebskonzeptes als landwirtschaftliches Gewerbe zu betrachten sei. Am 9. April 2008 stellten G X._ und C X._ ein Sistierungsgesuch. Wenige Tage später (14. April 2008) zog die Dienststelle Landwirtschaft und Wald ihren Feststellungsentscheid zurück, mit der Begründung, wegen res iudicata hätte gar nicht auf das Gesuch eingetreten werden dürfen. Am 24. April 2008 wies das Obergericht das Sistierungsgesuch ab.
B.c C X._ stellte am 8. Mai 2008 bei der Dienststelle Landwirtschaft und Wald ein drittes Gesuch. Mit Entscheid vom 11. September 2008 trat diese auf das Gesuch ein. Gegen diesen Eintretensbeschluss erhoben A X._ und B X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, auf welche mit Urteil vom 3. Februar 2009 nicht eingetreten wurde.
B.d Am 14. November 2008 stellte C X._ (als Rechtsnachfolger des am 21. August 2008 verstorbenen G X._) ein neuerliches Sistierungsgesuch im Erbteilungsprozess, welchem das Obergericht mit Entscheid vom 4. Februar 2009 statt gab.
B.e Dagegen erhoben A X._ und B X._ am 16. Februar 2009 beim Obergericht Beschwerde. Mit Schreiben vom 17. Februar 2009 teilte dieses mit, dass gegen instruktionsrichterliche Verfügungen keine kantonalrechtliche Beschwerde vorgesehen sei.
C. Am 26. Februar 2009 gelangen A X._ und B X._ (nachfolgend Beschwerdeführer) an das Bundesgericht und beantragen, die Sistierung des hängigen Appellationsverfahrens sei aufzuheben und das Obergericht des Kantons Luzern anzuweisen, das Appellationsverfahren so rasch als möglich zum Entscheid zu führen.
D. Mit Schreiben vom 25. März 2009 geben die Beschwerdeführer eine Verfügung der Dienststelle Landwirtschaft und Wald des Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartementes des Kantons Luzern vom 19. März 2009 zu den Akten, woraus ersichtlich ist, dass diese das Gesuch des C X._ unbefristet solange sistiert, bis dieser weitere Dokumente (einschliesslich Vorprüfungsentscheid der Baubehörde betreffend Bewilligungsfähigkeit der beabsichtigten Bauprojekte) nachreicht.
E. Schliesslich teilt das Obergericht des Kantons Luzern mit Schreiben vom 27. März 2009 dem Bundesgericht unter Hinweis auf ein Schreiben des Anwalts von E X._ vom 25. März 2009 mit, dieser ziehe seine Appellation im Erbteilungsprozess zurück; er werde sich dem dereinst ergehenden obergerichtlichen Urteil unterziehen, wie auch immer es ausfalle.
F. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. C X._ (nachfolgend Beschwerdegegner) beantragt in seiner Stellungnahme vom 8. Juni 2009, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Aufgrund des Rückzuges seiner Appellation wurde darauf verzichtet, E X._ zur Vernehmlassung einzuladen.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Beschluss handelt es sich nicht um einen das Verfahren abschliessenden Entscheid (Art. 90 BGG), sondern um einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG, gegen welchen die Beschwerde in Zivilsachen - abgesehen vom hier nicht gegebenen Ausnahmefall gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG - nur zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Für den Begriff des nicht wieder gutzumachenden Nachteils ist Art. 87 Abs. 2 aOG und die hierzu ergangene Rechtsprechung heranzuziehen (BGE 133 III 629 E. 2.3 S. 632). Danach ist bei einer Beschwerde gegen die Suspendierung eines Verfahrens vom Erfordernis eines weiteren, nicht wieder gutzumachenden Nachteils abzusehen, wenn - wie hier - eine ungerechtfertigte Verfahrensverzögerung bzw. Rechtsverweigerung geltend gemacht wird (BGE 135 III 127 E. 1.3 S. 129; 120 III 143 E. 1b S. 144).
1.2 Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache. Im vorliegenden Fall betrifft es eine Erbteilungsklage. Mithin handelt es sich in der Hauptsache um eine Zivilsache im Sinne von Art. 72 Abs. 1 BGG. Weil der Streitwert Fr. 30'000.-- übersteigt (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 51 Abs. 1 lit. c BGG), ist gegen den Entscheid in der Hauptsache die Beschwerde in Zivilsachen zulässig, womit sie auch gegen den vorliegenden Zwischenentscheid ergriffen werden kann.
1.3 Entscheide über die vorübergehende Einstellung des Verfahrens stellen nicht zwangsläufig vorsorgliche Massnahmen im Sinne von Art. 98 BGG dar. Mit der Suspendierung des Verfahrens aus dem Grund, dass der (zukünftige) Entscheid der Dienststelle Landwirtschaft und Wald verbindlich für Vorfragen des Erbteilungsprozesses sei, hat die kantonale Instanz im Grunde keine bloss prozessuale Massnahme getroffen (vgl. Botschaft zum BGG, BBl 2001 4336 Ziff. 4.1.4.2), sondern es wird (prospektiv) über die materielle Rechtskraft entschieden (vgl. BGE 126 III 327 E. 1c S. 329). Es rechtfertigt sich daher, die vorliegende Verfahrenseinstellung als definitive und nicht als vorsorgliche Massnahme im Sinne von Art. 98 BGG zu betrachten (BGE 135 III 127 E. 1.4 S. 129).
1.4 Die Beschwerdeführer haben am 16. Februar 2009 beim Obergericht des Kantons Luzern Beschwerde gegen die Sistierung erhoben. Mit Schreiben vom 17. Februar 2009 hat das Obergericht mitgeteilt, dass gegen instruktionsrichterliche Verfügungen keine kantonalrechtliche Beschwerde vorgesehen sei. Inwiefern sich diese Auskunft mit §§ 286 ff. ZPO/LU, namentlich § 286 Abs. 2 lit. a ZPO/LU, wonach mit der Aufsichtsbeschwerde ein unberechtigtes Verweigern oder Verzögern einer Amtshandlung gerügt werden kann, vereinbaren lässt, braucht hier nicht näher geprüft zu werden. Bei dieser Ausgangslage ist jedenfalls davon auszugehen, dass der angefochtene Entscheid letztinstanzlich erging.
1.5 Der Beschwerdegegner begründet seinen Nichteintretensantrag mit dem Einwand, das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern habe den Entscheid der Dienststelle Landwirtschaft und Wald vom 11. September 2008 bestätigt, indem es mit Urteil vom 3. Februar 2009 nicht auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingetreten sei. Wenn die Beschwerdeführer tatsächlich der Meinung seien, es handle sich bei dieser Sache um eine res iudicata, hätten sie diesen Nichteintretensentscheid beim Bundesgericht anfechten müssen. Es sei deshalb logisch, wenn das Bundesgericht auf ihre Beschwerde nicht eintrete.
Der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 3. Februar 2009 wird im angefochtenen Entscheid des Obergerichts vom 4. Februar 2009 nicht erwähnt. Das Vorbringen des Beschwerdegegners stellt somit ein (unzulässiges) Novum im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG dar, denn es wird nicht begründet, warum die Voraussetzungen für die nachträgliche Geltendmachung erfüllt sein sollen (dazu BGE 133 III 393 E. 3 S. 395). Im Übrigen wird im Entscheid des Verwaltungsgerichts ausgeführt, die Dienststelle Landwirtschaft und Wald habe in ihrem Entscheid festgestellt, der Beschwerdegegner habe ein neues Betriebskonzept zur Beurteilung unterbreitet und sie werde darauf eintreten. Dieser Entscheid sei jedoch kein Endentscheid, sondern ein Zwischenentscheid, welcher aus Gründen der Prozessökonomie in der Regel nicht selbständig anfechtbar sei. Da die Beschwerdeführer nicht darlegten, welche irreversiblen Nachteile ihnen entstünden, könne auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht eingetreten werden. Im vorliegenden Fall ist indessen zu beurteilen, ob der Entscheid des Obergerichts vom 4. Februar 2009 bundesrechtswidrig ist, das Appellationsverfahren zu sistieren, bis rechtskräftig beurteilt ist, ob es sich bei den Grundstücken Nrn. aaa, bbb, ccc und ddd, alle GB Z._, um ein landwirtschaftliches Gewerbe handle oder nicht. Die Frage der Zulässigkeit der Sistierung des Verfahrens steht wohl im Zusammenhang mit der Prüfung des neuen Betriebskonzepts des Beschwerdegegners, doch kommt ihr mit Bezug auf den obergerichtlichen Entscheid vom 4. Februar 2009 selbständige Bedeutung zu (nachfolgend E. 2.2 ff.) und ist vorweg zu beurteilen.
1.6 Mit der Beschwerde nach Art. 72 ff. BGG kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Soweit die Vorbringen der Beschwerdeführer und des Beschwerdegegners im von den kantonalen Instanzen verbindlich festgestellten Sachverhalt keine Stütze finden (Art. 105 Abs. 1 BGG), kann darauf nicht eingetreten werden. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Dabei bedeutet "offensichtlich unrichtig" willkürlich (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252).
1.7 In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und kantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 638 E. 2 S. 639).
1.8 Bei den mit Schreiben vom 25. März 2009 eingereichten Unterlagen handelt es sich um sogenannte echte Noven, d.h. Sachverhalte, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid zugetragen haben; diese können im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden (BGE 133 IV 343 E. 2.1 S. 344).
2.1 2.1.1 Die Beschwerdeführer werfen dem Obergericht Rechtsverzögerung im Sinne von Art. 29 Abs. 1 BV vor, weil es zu Unrecht eine in materiellrechtlicher Hinsicht präjudizierende Wirkung des (zukünftigen) Entscheids der Dienststelle Landwirtschaft und Wald des Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartements des Kantons Luzern zum dritten Feststellungsbegehren des Beschwerdegegners annehme und insoweit in unzulässiger Weise einen Grund zur Sistierung des Erbteilungsprozesses sehe; namentlich sei die Frage, ob die betroffenen Grundstücke ein landwirtschaftliches Gewerbe darstellten und damit in den Anwendungsbereich des Art. 11 BGBB fielen, mit Urteil des Bundesgerichts vom 22. Juli 2004 rechtskräftig entschieden, insofern sei von einer res iudicata auszugehen. Die Beschwerdeführer machen zudem geltend, im hängigen Appellationsverfahren kämen die erbrechtlichen Bestimmungen des ZGB zur Anwendung, worauf sich das Amtsgericht Hochdorf zu Recht abgestützt habe.
2.1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist dabei weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die von der Vorinstanz angeführte Begründung gebunden; es kann eine Beschwerde aus anderen Gründen gutheissen als gestützt auf die darin erhobenen Rügen und kann eine Beschwerde mit einer von der Vorinstanz abweichenden Argumentation abweisen (BGE 133 III 545 E. 2.2 S. 550 mit Hinweisen).
2.1.3 Insoweit der Beschwerdegegner vorbringt, die Beschwerdeführer hätten sich nicht dagegen gewehrt, dass die Dienststelle Landwirtschaft und Wald neu beurteile, ob es sich bei der Liegenschaft Y._ um ein landwirtschaftliches Gewerbe handle oder nicht, ist sein Einwand haltlos (E. 1.5 hiervor). Sodann erwähnt der Beschwerdegegner, seit dem Urteil des Bundesgerichts vom 22. Juli 2004 hätten sich sowohl die gesetzlichen Grundlagen wie auch das Betriebskonzept geändert. Inwiefern die auf den 1. September 2008 in Kraft getretene Gesetzesänderung, wonach namentlich die Gewerbegrösse in Art. 7 BGBB von 0,75 auf 1,00 Standardarbeitskräfte (SAK) erhöht wurde (s. dazu Eduard Hofer, Erhöhung der Gewerbegrenze nach Art. 7 BGBB, in: Blätter für Agrarrecht, 42/2008, S. 235 ff.) für die hier zu beurteilenden Rechtsfragen von Bedeutung sein soll, wird mit keinem Wort begründet.
2.2 Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern hatte in seinem Entscheid vom 2. März 2004 einleitend in seiner E. 2 unter anderem erwogen, nach Art. 84 BGBB könne festgestellt werden, ob der Erwerb eines landwirtschaftlichen Gewerbes bewilligt werden könne. Gegenstand einer Feststellungsverfügung könnten insbesondere die in Art. 6 - 10 BGBB definierten Begriffe sein: landwirtschaftliches Grundstück (Art. 6 BGBB), landwirtschaftliches Gewerbe (Art. 7 und 8 BGBB), Selbstbewirtschafter (Art. 9 BGBB) und Ertragswert (Art. 10 BGBB). Gehe man davon aus, dass die Konkretisierung der allgemeinen Begriffe des BGBB des öffentlichen Rechts in der materiellen Zuständigkeit der Verwaltungsbehörde liege und in einem Zivilverfahren lediglich eine öffentlich-rechtliche Vorfrage darstelle, sei die materiell zuständige Verwaltungsbehörde an den Entscheid über die Vorfrage des Zivilrichters nicht gebunden. Von dieser Warte aus erscheine es angezeigt, dass Zivilprozesse mit entsprechenden Anknüpfungen solange sistiert blieben, bis im Verwaltungsverfahren (bzw. im darauf folgenden Beschwerdeverfahren) ein entsprechender, rechtskräftiger Feststellungsentscheid ergangen sei. Damit liessen sich widersprechende Urteile vermeiden (BGE 129 III 186 ff. = Pra. 2003 S. 987 ff.). Die Erbschaftssache sei zur Vermeidung widersprechender Urteile vor dem Zivilrichter solange sistiert worden, bis die Rechtslage betreffend die Anwendbarkeit des BGBB auf die Parzellen geklärt sei.
2.3 Befindet sich in der Erbschaft ein landwirtschaftliches Gewerbe, so kann jeder Erbe verlangen, dass ihm dieses in der Erbteilung zugewiesen wird, wenn er es selber bewirtschaften will und dafür als geeignet erscheint (Art. 11 Abs. 1 BGBB). Die Parteien streiten sich nach wie vor um die Frage, ob es sich bei den in der Erbschaft befindlichen Grundstücken um ein landwirtschaftliches Gewerbe handelt oder nicht und deshalb die erbrechtlichen Bestimmungen des BGBB und nicht diejenigen des ZGB zur Anwendung gelangen. Da nach Art. 11 BGBB nur in der Erbschaft befindliche landwirtschaftliche Gewerbe berücksichtigt werden, muss die Gewerbeeigenschaft grundsätzlich im Zeitpunkt des Erbgangs bereits bestehen und darf sich nicht erst in der Zukunft (zum Beispiel durch Zukauf) entwickeln. Für die Beurteilung des Zuweisungsanspruchs ist demnach grundsätzlich der Zeitpunkt des Erbgangs massgeblich, wobei insbesondere im Rahmen von Art. 7 Abs. 4 lit. b BGBB in beschränktem Mass auch Investitionsmöglichkeiten zu berücksichtigen sind. Im vorliegenden Fall besteht die Erbengemeinschaft allerdings seit Jahrzehnten, weshalb der Tod des Erblassers im Jahre 1929 (Art. 537 Abs. 1 ZGB) als massgeblicher Zeitpunkt für die Prüfung der Gewerbeeigenschaft kaum mehr in Betracht kommen kann. Welcher Zeitpunkt bei einer Ausgangslage wie der vorliegenden ausschlaggebend ist, ob insbesondere auf den Zeitpunkt des Teilungsbegehrens abzustellen ist, kann dahingestellt bleiben. Jedenfalls handelt es sich um einen Zeitpunkt vor dem Urteil des Bundesgerichts vom 22. Juli 2004, mit welchem die Gewerbeeigenschaft der in der Erbschaft befindlichen landwirtschaftlichen Grundstücke rechtskräftig verneint wurde. Für eine erneute Beurteilung dieser Frage besteht im Zusammenhang mit der vorliegenden Erbteilung kein Raum. Die vom Obergericht angeordnete Sistierung des Appellationsverfahrens zur nochmaligen Überprüfung der Zuweisungsvoraussetzungen verletzt Bundesrecht. Das suspendierte Verfahren ist mit der ihm gebührenden Beförderlichkeit fortzusetzen und innert angemessener Frist zu einem Abschluss zu bringen.
2.4 Da der angefochtene Entscheid gegen erbrechtliche Bestimmungen des BGBB verstösst, erübrigt sich die Prüfung, ob er auch vor Art. 29 Abs. 1 BV nicht Stand hält.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen. Der Beschwerdegegner unterliegt; er hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG). Aufgrund des Rückzuges seiner Appellation wurde darauf verzichtet, E X._ zur Vernehmlassung einzuladen. Er kann daher mit keinen Kosten belastet werden (unveröffentlichte E. 7 von BGE 132 III 18).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Obergerichts des Kantons Luzern vom 4. Februar 2009 aufgehoben und dieses angewiesen, den Erbteilungsprozess fortzusetzen und innert angemessener Frist zu einem Abschluss zu bringen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juli 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Schett