Faits:
A. Par décision du 16 octobre 2009, le Procureur général du canton de Genève a classé la poursuite dirigée contre A.X._, pour vol aggravé et dommages à la propriété, l'intéressé étant décédé.
B. B.X._, C.X._, D.X._ et E.X._, respectivement veuve et enfants du défunt, ont recouru contre la décision précitée, requérant un non-lieu à la place du classement prononcé.
C. Par ordonnance du 25 novembre 2009, la Chambre d'accusation du canton de Genève a déclaré irrecevable le recours interjeté par les membres de l'hoirie contre la décision de classement du 16 octobre 2009.
Elle a considéré, en bref, que ceux-ci n'étaient pas partie à la procédure et que les dispositions sur l'indemnisation des personnes poursuivies à tort (cf. art. 380 al. 3 CPP/GE) dont ils se prévalaient n'étaient pas pertinentes.
D. B.X._, C.X._, D.X._ et E.X._ ont déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de leur droit d'être entendu et des art. 81 et 111 LTF, ils ont conclu à l'annulation de l'ordonnance précitée et au renvoi du dossier à l'autorité cantonale pour que celle-ci procède à l'examen du fond du litige.
Le Ministère public du canton de Genève a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La Cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit:
1. Les recourants se plaignent d'une violation des art. 81 et 111 LTF. Ils reprochent à la Chambre d'accusation de leur avoir dénié la qualité pour contester l'ordonnance de classement. Ils estiment devoir être légitimés à agir au nom du défunt pour obtenir un non-lieu, cette étape étant indispensable à l'indemnisation du dommage subi.
1.1 Aux termes de l'art. 111 al. 1 LTF, la qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral. Il en résulte que la qualité pour recourir devant les autorités cantonales ne peut pas s'apprécier de manière plus restrictive que la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, les cantons demeurant libres de concevoir cette qualité de manière plus large (ATF 2C_504/2008 du 28 janvier 2009 consid. 5).
L'art. 81 al. 1 LTF donne une définition générale de la qualité pour recourir en matière pénale. La liste de la let. b énumère les cas ordinaires où la condition de l'intérêt juridique à recourir est en principe réalisée. Elle n'est toutefois pas exhaustive et toute personne peut désormais faire valoir qu'elle dispose d'un intérêt juridique à l'annulation de la décision attaquée. Un intérêt général ou de fait reste cependant insuffisant. Il est admis que l'action pénale appartient exclusivement à l'Etat; elle est instituée dans l'intérêt public. Selon l'art. 81 al. 1 let. b LTF, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. L'intérêt juridique constitue la condition matérielle de la qualité pour recourir. Un simple intérêt de fait ne suffit pas, l'intéressé devant au surplus être personnellement touché par la décision (cf. ATF 133 IV 121 consid. 1.1 et 1.2 p. 123 ss).
1.2 Les recourants expliquent que, selon le droit cantonal de procédure, seul le bénéficiaire d'un non-lieu peut requérir une indemnité pour le préjudice causé par la procédure pénale, à l'exclusion du prévenu dont la poursuite n'a été suspendue que par un simple classement. Ils relèvent que B.X._ a personnellement réglé les honoraires de défense de feu son mari, les époux étant par ailleurs soumis au régime de la séparation de biens. Ils estiment que celle-ci a par conséquent une prétention directe en indemnisation à faire valoir contre l'Etat et, à ce titre, un intérêt juridiquement protégé à l'obtention d'un non-lieu, étape préalable indispensable à l'indemnisation du dommage subi.
Ce faisant, les recourants n'avancent qu'un intérêt indirect et purement économique à pouvoir bénéficier d'un non-lieu à la place du classement prononcé. Cet intérêt est de pur fait et ne saurait donc suffire pour leur reconnaître la qualité pour recourir en application de l'art. 81 al. 1 let. b LTF. Leur critique est donc irrecevable.
2. Invoquant une violation de leur droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst., les intéressés reprochent à la Chambre d'accusation de ne pas avoir examiné leurs arguments susceptibles de fonder l'entrée en matière sur leur recours cantonal. Ils se prévalent tout d'abord de la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme reconnaissant le droit à la veuve d'un prévenu d'entamer et de poursuivre des procédures judiciaires au nom du défunt. Ils expliquent ensuite que le prononcé d'un non-lieu est la condition préalable à l'indemnisation d'une personne détenue et que, selon le droit cantonal de procédure, la demande d'indemnisation peut être formée tant par l'accusé que ses ayants droits.
2.1 Le recourant qui n'a pas la qualité pour agir au fond peut néanmoins faire valoir, comme intérêt juridiquement protégé, la violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel. Mais il ne doit alors pas invoquer par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (cf. ATF 6B_482/2007 du 12 août 2008 publié in Praxis 2009 n° 47 p. 307; 133 I 185 consid. 6.2 p. 198 s.; 114 Ia 307 consid. 3c p. 312 s.).
La violation du droit cantonal de procédure ne constitue pas en soi un motif de recours (cf. art. 95 LTF). L'application de ce droit peut toutefois être contestée sous l'angle de sa conformité au droit constitutionnel, notamment à l'art. 9 Cst., qui consacre l'interdiction de l'arbitraire. Subséquemment, la motivation d'un tel grief doit répondre aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Si le recourant entend se plaindre d'une application arbitraire du droit cantonal, il doit donc démontrer que la décision attaquée est non seulement discutable ou critiquable, mais manifestement insoutenable, et cela tant dans sa motivation que dans son résultat (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211).
2.2 La Chambre d'accusation du canton de Genève a déclaré irrecevable le recours interjeté par les membres de l'hoirie contre le classement du 16 octobre 2009, estimant que ceux-ci n'avaient pas la qualité pour contester une telle décision. Elle a relevé, en substance, que la qualité pour contester une ordonnance de classement était conférée aux seules parties à la procédure, que l'hoirie X._ n'en était pas une, que le décès de A.X._, inculpé, avait mis fin à l'action publique et que les héritiers ne démontraient pas sur quels fondements de droit ils auraient pu se substituer au défunt dans la procédure pénale elle-même, les dispositions sur l'indemnisation des personnes poursuivies à tort, soit en particulier l'art. 380 al. 3 CPP/GE, n'étant quant à elles pas pertinentes dans le cas d'espèce.
Ainsi, la Chambre d'accusation a considéré que seules les parties à la procédure pénale pouvaient contester un classement pour demander un non-lieu. Or, dans leur argumentation, les recourants n'établissent pas, conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, que ce raisonnement procéderait d'une application arbitraire du droit cantonal de procédure. Ils n'avancent aucune disposition genevoise qui permettrait de remettre en cause cette appréciation. En effet, l'art. 380 al. 3 CPP/GE, qu'ils invoquent, reconnaît certes à l'accusé ou à ses ayants droits le droit de requérir une demande d'indemnisation. Toutefois, la décision querellée concerne la procédure préalable de non-lieu ou de classement et non celle ultérieure en indemnisation, de sorte que la norme précitée est sans pertinence.
Pour le reste, les recourants ne peuvent déduire aucun droit de la jurisprudence européenne qu'ils invoquent. En effet, les cas cités (Deweer c. Belgique, arrêt du 27 février 1980 § 37, requête n° 6903/75; X c. France, arrêt du 31 mars 1992 §§ 26 et 27, requête n° 18020/91; X c. Royaume-Uni, arrêt du 5 novembre 1981, § 32, requête n° 7215/75) ne concernent pas des décisions de classement ou de non-lieu, ni des demandes d'indemnisation suite à des procédures pénales et les intéressés n'invoquent par ailleurs aucune violation de leurs droits conventionnels dans le cas particulier. Le grief est donc vain.
3. Le recours est ainsi rejeté dans la mesure où il est recevable. Les recourants, qui succombent, supporteront, solidairement entre eux, les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 4 mai 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani