Erwägungen:
1. Am 18. Juni 2007 wies der Gerichtspräsident von A._ das Grundbuchamt von A._ an, auf dem Grundstück GB B._, Grundstück Nr. 1 zugunsten des Beschwerdeführers die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts mit einer Pfandsumme von Fr. 7'007.-- vorzumerken. Mit Verfügung vom 17. Dezember 2007 trat der Gerichtspräsident auf die Klage des Beschwerdeführers betreffend definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts mangels Bezahlung des Kostenvorschusses nicht ein. Dieser Entscheid sowie der ein Gesuch um Wiederherstellung der Frist zur Leistung des Kostenvorschusses abweisende Entscheid sind in Rechtskraft erwachsen.
Mit Urteil vom 6. Oktober 2008 wies der Gerichtspräsident von A._ das Grundbuch A._ an, das vorgenannte Bauhandwerkerpfandrecht zu löschen. Das Obergericht des Kantons Aargau wies am 23. Februar 2009 eine dagegen gerichtete Beschwerde ab. Der Beschwerdeführer ficht den obergerichtlichen Entscheid beim Bundesgericht mit Verfassungsbeschwerde an und ersucht darum, das Bauhandwerkerpfandrecht wiederherzustellen.
2. Das Obergericht hat erwogen, auf die Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts sei der Gerichtspräsident mangels Bezahlung des Kostenvorschusses nicht eingetreten und ein entsprechendes Fristwiederherstellungsgesuchs sei abgewiesen worden. Diese beiden Entscheide seien rechtskräftig. Im vorliegenden Verfahren, in dem es um die Löschung des vorgemerkten Bauhandwerkerpfandrechts gehe, sei es dem Gericht verwehrt auf rechtskräftige Entscheide zurückzukommen. Nachdem die vorläufige Eintragung nicht durch eine definitive abgelöst worden sei, habe die erste Instanz zu Recht das Grundbuch angewiesen, die Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts zu löschen.
3. Der Beschwerdeführer kritisiert in seiner Beschwerde erneut, dass das Bezirksgericht von ihm zu Unrecht einen Kostenvorschuss verlangt habe. Bereits das Obergericht hat ihm erklärt, dass es auf den rechtskräftigen Entscheid nicht zurückkommen könne. Die vorliegende Eingabe an das Bundesgericht genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen der Art. 116 und 117 BGG i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG nicht, zumal der Beschwerdeführer nicht anhand der Erwägungen des Obergerichts klar und detailliert aufzeigt, inwiefern der Entscheid verfassungswidrig sein soll (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399).
4. Auf die offensichtlich unzulässige Verfassungsbeschwerde ist daher in Anwendung von Art. 106 Abs. 2 BGG i.V.m. Art. 117 und Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG durch die Präsidentin der Abteilung unter Kostenfolge für den Beschwerdeführer (Art. 66 Abs. 1 BGG) nicht einzutreten.
Demnach erkennt die Präsidentin:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden