Sachverhalt:
A. Die X._ AG war seit 1. Januar 1985 der Patria-Stiftung zur Förderung der Personalversicherung (nachfolgend: Sammelstiftung) zur Durchführung der obligatorischen beruflichen Vorsorge ihrer Angestellten angeschlossen. Die Versicherungsleistungen waren durch einen Kollektiv-Lebensversicherungsvertrag bei der Patria Schweizerische Lebensversicherungs-Gesellschaft auf Gegenseitigkeit sichergestellt. Wegen Differenzen in Bezug auf die noch offenen Beiträge löste die Sammelstiftung nach wiederholter erfolgloser Zahlungsaufforderung am 17. Dezember 2003 den Anschlussvertrag auf Ende des Jahres auf. Gegen die mit Zahlungsbefehl vom 16. Januar 2004 in Betreibung gesetzte Forderung von Fr. 164'792.40 nebst Zins von 4,5 % seit 13. Januar 2004 erhob die Firma Rechtsvorschlag.
B. Am 28. Oktober 2004 reichte die Sammelstiftung beim Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, Klage gegen die X._ AG ein mit den Rechtsbegehren: «1. Die Beklagte habe der Klägerin eine Kapitalforderung von Fr. 151'030.10 sowie Fr. 251.55 Zins vom 01.01.2004 bis 12.01.2004 plus Zins zu 4.5% seit 13.01.2004 auf der Kapitalforderung, zuzüglich die Kosten des Zahlungsbefehls inklusive die weiteren Zustellkosten plus eine Umtriebsentschädigung von Fr. 500.- zu bezahlen. 2. Im Betreibungsverfahren (...) sei im Umfange der zugesprochenen Forderung der Rechtsvorschlag zu beseitigen (...)."
In ihrer Antwort beantragte die X._ AG im Hauptstandpunkt die Abweisung der Klage mangels ausreichender Substanziierung. In Replik und Duplik hielten die Parteien im Wesentlichen an ihren Standpunkten fest.
Am 31. August 2005 führte das kantonale Sozialversicherungsgericht eine Vorverhandlung durch. Auf entsprechende Aufforderung des Gerichts reichte die Klägerin am 3. Januar 2006 weitere Unterlagen ein, wozu die Beklagte am 8. April 2006 Stellung nahm. Dazu äusserte sich die Klägerin mit Eingabe vom 20. Juli 2006.
Am 16. Juli 2007 erliess das kantonale Sozialversicherungsgericht folgenden Entscheid:
1. Die Klage wird teilweise gutgeheissen und die Beklagte verpflichtet, der Klägerin den Betrag von Fr. 127'799.60 (inkl. Umtriebsentschädigung von Fr. 500.-) nebst Zins zu 4,5 % seit 14. Januar 2004 auf dem Betrag von Fr. 109'354.85 zu leisten.
2. Der Rechtsvorschlag in der Betreibung (...) vom 16. Januar 2004 wird im Umfang von Fr. 127'799.60 (inkl. Umtriebsentschädigung von Fr. 500.-) nebst Zins zu 4,5 % seit 14. Januar 2004 auf den Betrag von Fr. 109'354.85 aufgehoben und der Klägerin die definitive Rechtsöffnung erteilt.
3. Die Beklagte hat der Klägerin die Zahlungsbefehlskosten von Fr. 200.- zu bezahlen.
4. Es werden keine Verfahrenskosten erhoben.
5. Die ausserordentlichen Kosten werden wettgeschlagen.
C. Die X._ AG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der Entscheid vom 16. Juli 2007 sei aufzuheben, eventualiter teilweise aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen; an dem vor der Vorinstanz gestellten Rechtsbegehren werde mit Änderungen festgehalten.
Die Helvetia Sammelstiftung für Personalvorsorge als Rechtsnachfolgerin der Patria-Stiftung zur Förderung der Personalversicherung schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die II. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichts ist letztinstanzlich zuständig zum Entscheid über die streitige Beitragsforderung und die damit zusammenhängenden Ansprüche aus dem Anschlussverhältnis zwischen Beschwerdegegnerin und Beschwerdeführerin für die Zeit vom 2. Februar 1996 bis 31. Dezember 2003 in der vorinstanzlich festgesetzten Höhe (Art. 73 BVG und Art. 35 lit. e des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [BGerR]; BGE 130 V 111 E. 3.1.2 S. 113). Da auch die übrigen formellen Gültigkeitserfordernisse gegeben sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG), und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Die vorinstanzliche Auslegung und Anwendung von Vorsorgerecht (Stiftungsurkunde, Reglement) überprüft das Bundesgericht im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen und der den Parteien obliegenden Rügepflicht (Art. 106 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254) grundsätzlich frei (vgl. BGE 134 V 199 E. 1.2 S. 200; BGE 116 V 333 E. 2b S. 334; Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 16 zu Art. 95; Markus Schott, Basler Kommentar zum BGG, Basel 2008, N 46 zu Art. 95). Das gilt auch für die Auslegung von Anschlussverträgen (vgl. BGE 120 V 445 E. 2 S. 448).
3. 3.1 Gemäss Art. 73 Abs. 2 BVG stellt das erstinstanzliche Berufsvorsorgegericht den Sachverhalt von Amtes wegen fest. Es gilt somit der Untersuchungsgrundsatz (BGE 115 V 111 E. 3d/bb S. 113). Danach hat das Gericht unter Mitwirkung der Parteien für die richtige und vollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts zu sorgen (BGE 125 V 193 E. 2 S. 195). Diese Abklärungspflicht umfasst nicht unbesehen alles, was von einer Partei behauptet oder an Beweisvorkehren beantragt wird. Vielmehr bezieht sie sich nur auf die hinsichtlich des streitigen Rechtsverhältnisses (Streitgegenstand; vgl. dazu BGE 125 V 413) rechtserheblichen Tatsachen, von deren Vorliegen es abhängt, ob über den eingeklagten Anspruch so oder anders zu entscheiden ist (Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., S. 43 und 273). In diesem Rahmen hat das Berufsvorsorgegericht zusätzliche Abklärungen vorzunehmen oder anzuordnen, wenn aufgrund der Parteivorbringen oder anderer sich aus den Akten ergebender Anhaltspunkte hinreichender Anlass dazu besteht (BGE 117 V 282 E. 4a S. 282; Urteil 9C_339/2007 vom 5. März 2008 E. 5.1.2).
3.2 Zu den Mitwirkungspflichten der Parteien gehört im Klageverfahren betreffend Beiträge der beruflichen Vorsorge insbesondere die Substanziierungspflicht. Danach müssen die wesentlichen Tatsachenbehauptungen und -bestreitungen in den Rechtsschriften enthalten sein (Gygi a.a.O. S. 208). Dementsprechend ist es einerseits Sache der klagenden Vorsorgeeinrichtung, die Beitragsforderung so weit zu substanziieren, dass sie überprüft werden kann; anderseits obliegt es dem beklagten Arbeitgeber, substanziiert darzulegen, weshalb und gegebenenfalls in welchen Punkten die geltend gemachte Zahlungspflicht unbegründet ist. Soweit die eingeklagte Forderung hinreichend substanziiert ist, bleiben nicht oder zu wenig substanziierte Bestreitungen unberücksichtigt. Demgegenüber darf das Gericht eine Klage, soweit sie nicht hinreichend substanziiert und nachvollziehbar ist, trotz ungenügend substanziierter oder gänzlich fehlender Bestreitungen nicht gutheissen. In diesem Sinne liegt die Substanziierungslast für Bestand und Umfang der streitigen Beitragsforderung bei der Vorsorgeeinrichtung, die Bestreitungslast für deren Unrichtigkeit oder Unbegründetheit hingegen beim Arbeitgeber (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts B 21/02 vom 11. Dezember 2002 E. 2.1.2 und E. 2.1.3 in fine mit Hinweis).
Die Beitragsforderung ist soweit zu substanziieren, dass sie überprüft werden kann. Der eingeklagte Forderungsbetrag ist zeitlich und masslich zu spezifizieren, also gestützt auf eine Beitragsübersicht zu behaupten, wie er sich zusammensetzt. Dabei genügt ein blosser Verweis auf die Beitragsübersicht, wenn der Gesamtbetrag ohne weiteres daraus ersichtlich ist. Trifft dies beispielsweise wegen widersprüchlicher Saldi, unterschiedlich datierter Buchungen, schwankender Beiträge, Stornierungen oder Verrechnungen (z.B. mit Guthaben auf einem Überschusskonto) nicht zu, hat die klagende Einrichtung der beruflichen Vorsorge durch erläuternde Bezugnahme auf die Beitragsübersicht und andere von ihr eingereichte Akten darzutun, wie und gestützt worauf sie den Forderungsbetrag ermittelt hat. Es ist nicht Sache des Berufsvorsorgegerichts, selbst in EDV-Ausdrucken und Abrechnungen nach denjenigen Positionen zu forschen, welche für die Beitragshöhe von Belang sind, und zu eruieren, wie der Forderungsbetrag doch ermittelt werden könnte. Wie detailliert die in der Beitragsübersicht enthaltenen Positionen zu belegen sind, hängt im Übrigen wesentlich davon ab, ob und inwieweit der beklagte Arbeitgeber die Beitragsforderung substanziiert bestreitet (vgl. Urteile des Eidg. Versicherungsgerichts H 295/01 vom 20. August 2002 E. 4.3 und H 301/00 vom 13. Februar 2002 E. 2c [Schadenersatz nach Art. 52 AHVG]).
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat die Beschwerdeführerin zur Bezahlung von Fr. 127'999.60 nebst Zins zu 4,5 % seit 14. Januar 2004 auf der Summe von Fr. 109'354.85 verpflichtet. Ohne die unbestrittene Umtriebsentschädigung (Fr. 500.-), welche die Vorinstanz nach richtiger Feststellung in der Beschwerde fälschlicherweise subtrahiert hat, und Zahlungsbefehlskosten (Fr. 200.-) sowie ohne Verzugszinsen beläuft sich der Forderungsbetrag auf Fr. 128'299.60:
Saldo Prämienkonto per 27. Oktober 2004
(ohne Betreibungskosten) Fr. 151'030.10
./. aufgelaufenes Guthaben auf dem Überschusskonto Fr. 16'957.00
./. Verzinsung des Überschusskontos für die Zeit vom
31.12.04-16.7.07 Fr. 215.75
./. Prämienbefreiung P. Fr. 5'344.00
./. Verzinsung auf der Prämienbefreiung P. Fr. 213.75.
4.2 Auf dem Prämienkonto wurden die Beiträge zur Finanzierung der Altersgutschriften, der Risikoleistungen einschliesslich deren Anpassung an die Preisentwicklung, Befreiung von der Beitragszahlung bei Erwerbsunfähigkeit, der im Zusammenhang mit der Durchführung der beruflichen Vorsorge anfallenden Kosten, die Beiträge an den Sicherheitsfonds und für Sondermassnahmen, Zinsgutschriften und -belastungen sowie die Zahlungen des Arbeitgebers verbucht (vgl. Ziff. 5.4 des Anschlussvertrages in der seit 1. Januar 1996 geltenden Fassung). Der Beitragsfinanzierung diente auch die Überschussbeteiligung der Beschwerdegegnerin aus dem zur Sicherstellung der Versicherungsleistungen abgeschlossenen Kollektiv-Lebensversicherungsvertrag vom 21. Juli 1986. Nach dessen Ziff. 5.2.1 und 5.2.3 wurden Überschussanteile aus den Risikoversicherungen sowie ein Zinsüberschuss aus den vorhandenen Altersguthaben gewährt. Die vergüteten Überschüsse wurden auf einem verzinslichen Konto der Beschwerdegegnerin angesammelt. Gemäss Beschluss der Vorsorgekommission für das Vorsorgewerk der Beschwerdeführerin vom 5. Januar 1996 dienten die (Risiko- und Zins-)Überschüsse subsidiär zu den Beiträgen der Arbeitnehmer und des Arbeitgebers der Finanzierung der Risikoleistungen sowie der Aufwendungen für den Sicherheitsfonds und für Sondermassnahmen.
5. Die Beschwerdeführerin rügt wie schon in ihren vorinstanzlichen Rechtsschriften, die Forderung der Beschwerdegegnerin sei nicht substanziiert. Das kantonale Gericht selber habe die Klägerin mit Schreiben vom 5. September 2005 aufgefordert, alle Beiträge aufgeschlüsselt in Beitragsart, betroffene Arbeitnehmer und Versicherungsperiode darzustellen und die Beitragsbemessung (Beitragssätze) nachvollziehbar zu erläutern sowie den genehmigten Kollektiv-Tarif einzureichen, aus dem die Berechnung der Risikoprämie ersichtlich sei. Die am 3. Januar 2006 eingereichten Unterlagen hätten jedoch nichts zur Substanziierung beigetragen. Im Zusammenhang mit den Prämien für die übrige Vorsorge, insbesondere den Beiträgen zur Finanzierung der Risikoleistungen, für 1998 bis 2000 wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz eine völlig unsachliche Umkehr der Beweislast vor, indem sinngemäss nicht die Vorsorgeeinrichtung die Richtigkeit der Berechnung, sondern sie als Arbeitgeber deren Unrichtigkeit nachzuweisen habe.
5. Die Beschwerdeführerin rügt wie schon in ihren vorinstanzlichen Rechtsschriften, die Forderung der Beschwerdegegnerin sei nicht substanziiert. Das kantonale Gericht selber habe die Klägerin mit Schreiben vom 5. September 2005 aufgefordert, alle Beiträge aufgeschlüsselt in Beitragsart, betroffene Arbeitnehmer und Versicherungsperiode darzustellen und die Beitragsbemessung (Beitragssätze) nachvollziehbar zu erläutern sowie den genehmigten Kollektiv-Tarif einzureichen, aus dem die Berechnung der Risikoprämie ersichtlich sei. Die am 3. Januar 2006 eingereichten Unterlagen hätten jedoch nichts zur Substanziierung beigetragen. Im Zusammenhang mit den Prämien für die übrige Vorsorge, insbesondere den Beiträgen zur Finanzierung der Risikoleistungen, für 1998 bis 2000 wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz eine völlig unsachliche Umkehr der Beweislast vor, indem sinngemäss nicht die Vorsorgeeinrichtung die Richtigkeit der Berechnung, sondern sie als Arbeitgeber deren Unrichtigkeit nachzuweisen habe.
5.1 5.1.1 Gemäss Ziff. 5.4 des Anschlussvertrages erstellte die Sammelstiftung auf das Ende eines Kalenderjahres jeweils einen schriftlichen Auszug über das Beitragskonto. Dessen Saldo galt als anerkannt, sofern der Arbeitgeber nicht innert vier Wochen nach Erhalt des Kontoauszuges schriftlich Widerspruch erhob. Aufgrund der Akten hatte die Beschwerdeführerin spätestens am 12. November 2001 in Reaktion auf den von der Sammelstiftung mit Schreiben vom 7. November 2001 angegebenen offenen Saldo von Fr. 132'768.20, wovon Fr. 53'536.30 zur Zahlung fällig waren, die Prämienberechnungsgrundlagen in Frage gestellt und um deren Vorlage ersucht. Ein Widerspruch gegen die jährlichen Auszüge aus dem Prämieninkassokonto im Sinne der klaren Regelung von Ziff. 5.4 des Anschlussvertrages war nach Treu und Glauben jedoch schon viel früher angezeigt. Das Prämienvolumen stieg von Fr. 99'940.45 (1998) auf Fr. 118'980.80 (1999) und Fr. 125'531.40 (2000), was prozentual weit über der Lohnentwicklung resp. der Zunahme der Altersgutschriften lag und in einer - in der Beschwerde als exorbitant bezeichneten - Erhöhung der Beiträge für die übrige Vorsorge insbesondere der Risikobeiträge begründet sein musste. Dieser Umstand musste umso mehr Anlass für eine Nachfrage bei der Beschwerdegegnerin sein, als zur Finanzierung dieser Beiträge zusätzlich (subsidiär) die Risiko- und Zinsüberschüsse aus dem von der Vorsorgeeinrichtung zur Sicherstellung der Versicherungsleistungen abgeschlossenen Kollektiv-Lebensversicherungsvertrag dienten. In diesem Zusammenhang hatte unbestrittenenermassen ab 1998 keine Verrechnung von Überschüssen mit fälligen Beiträgen stattgefunden (vgl. dazu E. 5.2.4). Davon hatte indessen die Beschwerdeführerin nach ihren glaubhaften Vorbringen keine Kenntnis, woran nichts ändert, dass ihr nach verbindlicher Feststellung der Vorinstanz jeweils die Auszüge des Überschusskontos und die entsprechenden Abrechnungen zugestellt worden waren.
5.1.2 Unter den gegebenen Umständen haben die unwidersprochen gebliebenen Prämienkontoauszüge die Vermutung der Richtigkeit für sich (vgl. Urteil 4C_303/2001 vom 4. März 2002 E. 2b, publ. in: Pra 2002 Nr. 150 S. 815). Diese Tatsachenvermutung vermag die Beschwerdeführerin im Rahmen der eingeschränkten Kognition des Bundesgerichts in Bezug auf die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung nicht umzustossen. Dies betrifft insbesondere die im Zeitraum 1998 bis 2000 stark gestiegenen und danach gesunkenen Beiträge zur Finanzierung der Risikoleistungen. Diese wurden aufgrund des Alters und des Geschlechts der versicherten Person sowie der Höhe der Vorsorgeleistungen bestimmt (Art. 4.2 des Vorsorgeplans). Dabei gelangten vom Bundesamt für Privatversicherungswesen (BPV) genehmigte Tarife zur Anwendung. Diese sind zwar nicht in den Akten (nur, aber immerhin eine Tarifgenehmigungsbestätigung für 1995 sowie zwei Schreiben des BPV vom 9. März 1999 und 19. Mai 2000 zum Invaliditätstarif in der Kollektivlebensversicherung für 1999 und 2001), was aber die vorinstanzliche Annahme für deren korrekte Anwendung durch die Beschwerdegegnerin - was hier einzig zur Diskussion stehen kann - nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen lässt. Es steht fest und ist unbestritten, dass zum 1. November 1997 und 1. Juli 1998 die Risikoleistungen erweitert wurden, was eine auch von der Beschwerdeführerin nicht in Abrede gestellte Erhöhung der Risikoprämien zur Folge hatte (vgl. Anschlussverträge in den Fassungen vom 14. März 1996, 23. März und 24. Juli 1998). Der Einwand schliesslich, für den Versicherten Sch. seien für 1999 Fr. 108.- zu viel Beiträge für die Altersgutschriften und entsprechend zu viel Verzugszins verrechnet worden, wird unter Hinweis auf dessen Vorsorgeausweis für dieses Jahr begründet, was ein unzulässiges neues Vorbringen im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG darstellt.
Somit hat der Saldo des Prämienkontos am 31. Dezember 2000 (Fr. 85'887.40 zu Lasten der Beschwerdeführerin gemäss Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 4. März 2004) bis auf die ab 1998 zu Unrecht unterbliebene jährliche Verrechnung von Überschüssen mit fälligen Beiträgen für die übrige Vorsorge (E. 5.2.4) als korrekt zu gelten.
5.2 Für 2001 bis 2003 gilt Folgendes: Die Vorinstanz hat festgestellt, aufgrund der von der Klägerin ins Recht gelegten Unterlagen (u.a. Prämienrechnungen, Prämienaufstellungen und Stornierungen) könnten die auf dem Prämienkontoauszug aufgeführten Buchungen den jeweiligen Einzelbelegen zugeordnet werden. Höhe und Zeitpunkt der der einzelnen Mitarbeitern in Rechnung gestellten Forderungen seien somit überprüfbar. Aufgrund der nachvollziehbar dargestellten Berechnungen ohne Hinweise auf deren Unrichtigkeit hätten die Beiträge zur Finanzierung der Altersgutschriften als korrekt erhoben zu gelten. Der Bestand der geltend gemachten Beiträge an den Sicherheitsfonds und für Sondermassnahmen sei substanziiert nachgewiesen.
5.2.1 Der Beschwerdeführerin ist zwar darin beizupflichten, dass von der Beschwerdegegnerin eine Beitragsübersicht in der von ihr selber mit der Klageantwort eingereichten Art hätte erwartet werden dürfen. Sie macht indessen nicht geltend und legt auch nicht dar, dass eine prüfende Kontrolle - durch Arbeitgeber und Sozialversicherungsgericht - nicht mit noch vernünftigem Aufwand möglich war. Es ging um die jährlich geschuldeten Beiträge von maximal zwölf Arbeitnehmern in einem Zeitraum von acht Jahren (1996-2003).
5.2.2 Im Weitern werden die Beiträge ab 2001 nicht bestritten oder dann sind die Einwendungen nicht stichhaltig. In Bezug auf die Beiträge zur Finanzierung der Risikoleistungen im Besonderen besteht kein Anlass, an der korrekten Anwendung der vom BPV genehmigten Tarife, welche aufgrund der Einführung von Tarifklassen um 60 % (Invalidität) resp. sogar 75 % (Tod) sanken, zu zweifeln.
5.2.3 Sodann ist der Einwand der Beschwerdeführerin, das kantonale Gericht habe ihr im Zusammenhang mit der Prämienbefreiung für den Versicherten P. für die Zeit vom 11. Februar bis 31. Dezember 2003 Fr. 283.70 zu viel verrechnet, nicht stichhaltig. Es trifft zwar zu, dass die Vorsorgeeinrichtung bei der Beitragsfestsetzung zunächst unrichtig von einem höheren versicherten Lohn von Fr. 50'640.- anstatt lediglich Fr. 49'440.- ausgegangen war. In der Rechnung vom 26. Oktober 2005 samt Prämienaufstellung wurde dies indessen korrigiert und die entsprechenden Eintragungen storniert, was eine Gutschrift von Fr. 283.70 zu Gunsten der Beschwerdeführerin ergab. Gegen die vorinstanzlich festgesetzte Prämienbefreiung in der Höhe von Fr. 5344.- zuzüglich Zins von Fr. 213.75 wird im Übrigen nichts vorgebracht.
5.2.4 Schliesslich erblickt die Beschwerdeführerin im Umstand, dass ab 1998 keine jährliche Verrechnung von Risiko- und Zinsüberschüssen aus dem Kollektiv-Lebensversicherungsvertrag mit fälligen Beiträgen erfolgte, eine unzulässige einseitige Änderung des Beschlusses der Vorsorgekommission vom 5. Januar 1996 über die Verwendung dieser Überschüsse zur Finanzierung der nicht durch Arbeitnehmerbeiträge und Arbeitgeberbeitrag gedeckten Aufwendungen für die übrige Vorsorge. Die Vorinstanz hat die Frage, ob seit 1998 zu Recht die Risiko- und Zinsüberschüsse nicht mit fälligen Risikobeiträgen sowie Beiträgen an den Sicherheitsfonds sowie für Sondermassnahmen verrechnet wurden, mit der Begründung offengelassen, die Beklagte habe gegen die jeweiligen (Prämieninkasso- und Überschuss-)Kontoauszüge und Abrechnungen keinen Widerspruch erhoben und diese damit rechtswirksam akzeptiert. Dies trifft indessen in Bezug auf das Prämieninkassokonto für die Jahre 2001 bis 2003 nicht zu (E. 5.1.1). Die mit Eingabe vom 3. Januar 2006 zu den Akten gegebenen Auszüge aus dem Überschusskonto sodann datieren vom 22. September 2005. Es bestehen keine Hinweise für ein früheres Erstelldatum. Die vorinstanzliche Feststellung, die Auszüge seien jeweils zugestellt worden, ist somit offensichtlich unrichtig und die diesbezügliche Rüge begründet. Gestützt auf den Beschluss der Vorsorgekommission vom 5. Januar 1996 waren fällige, vom Arbeitgeber nicht bezahlte Beiträge jährlich mit allfälligen Risiko- und Zinsüberschüssen aus dem Kollektiv-Lebensversicherungsvertrag zur Verrechnung zu bringen. Diese Regelung hielt sich im Rahmen von Ziff. 4.5 des Vorsorgeplans. Danach werden die von den Arbeitnehmerbeiträgen und vom Arbeitgeberbeitrag nicht gedeckten Kosten für die Finanzierung der Risikoleistungen und deren Anpassung an die Preisentwicklung, der Aufwendungen für den Sicherheitsfonds und für Sondermassnahmen sowie im Zusammenhang mit der Durchführung der beruflichen Vorsorge aus den freien Mitteln des Vorsorgewerkes erbracht. Reichen diese Mittel nicht aus, wird der fehlende Teil vom Arbeitgeber aufgebracht. Es ist auch kein sachlicher Grund ersichtlich, welcher gegen die jährliche Verrechnung von Überschüssen mit fälligen Beiträgen spräche, und zwar umso weniger, als die Verzinsung auf dem Prämienkonto bedeutend höher war als auf dem Überschusskonto.
Für die Zeit ab 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2003 hat somit die geltend gemachte Forderung abgesehen von der zu Unrecht unterbliebenen jährlichen Verrechnung von Überschüssen mit fälligen Beiträgen (für die übrige Vorsorge) als ausgewiesen zu gelten.
5.3 Zusammenfassend ist die vorinstanzliche Berechnung der streitigen Forderung lediglich insoweit nicht korrekt, als eine jährliche Verrechnung fälliger Beiträge für die übrige Vorsorge mit den Risiko- und Zinsüberschüssen aus dem Kollektiv-Lebensversicherungsvertrag unterblieb. Dies wirkt sich aufgrund der positiven Zinsdifferenz zwischen Prämieninkasso- und Überschusskonto zu Ungunsten der Beschwerdeführerin aus. Aus der entsprechenden Korrektur resultiert auch ein niedrigerer Verzugszins. Das kantonale Gericht wird unter Mitwirkung der Parteien, insbesondere der Beschwerdegegnerin, den Forderungsbetrag neu zu ermitteln haben.
6. Die Beschwerdeführerin unterliegt weitgehend, weshalb sie die gesamten Gerichtskosten zu tragen hat (Art. 66 Abs. 1 BGG). Ein Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht (Art. 68 Abs. 2 BGG). Über das Gesuch in der Klageantwort auf Zusprechung einer Parteientschädigung für das vorangegangene Verfahren wird die Vorinstanz im Rahmen des neu zu fällenden Entscheids zu befinden haben.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, vom 16. Juli 2007 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen über die streitige Forderung sowie den Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. August 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Borella Fessler