Faits:
A. Par arrêt du 29 juin 2012 (6B_785/2011), le Tribunal fédéral a admis le recours en matière pénale formé par X._ contre un jugement sur appel de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois, du 23 septembre 2011, réformant un jugement du Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne du 1er juin 2011.
En résumé, il est reproché à l'accusé, médecin généraliste, d'avoir commis des actes à caractère sexuel (attouchements divers, sur les seins notamment, fessées, touchers vaginaux et, dans un cas, intromission d'un couteau suisse) sur des patientes prises en charge pour une psychothérapie (A._ et B._). X._ a été condamné en première instance, pour actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, à 2 ans et 5 jours de privation de liberté, dont 9 mois à titre ferme, le solde avec sursis pendant 5 ans. La peine a été déclarée complémentaire à celles infligées respectivement les 27 février 2006 et 8 octobre 2009 par les juges d'instruction de Lausanne et de la Côte. Une indemnité pour tort moral de 20'000 fr. a été allouée à A._, acte étant, pour le surplus, donné à cette dernière de ses réserves civiles. Le tribunal a, en outre, prononcé à l'encontre de X._, une interdiction de procéder à toute forme de traitement psychothérapeutique pour une durée de 5 ans. La cour d'appel pénale a jugé, quant à elle, que les faits constituaient l'infraction de contrainte sexuelle. La cour de céans a annulé ce jugement et renvoyé la cause à la cour cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants. En bref, après avoir rejeté l'argumentation du recourant relative à son intention quant au caractère sexuel des actes, respectivement à une prétendue motivation thérapeutique, elle a considéré que la mise en évidence d'un rapport de dépendance entre le recourant et les deux patientes n'était pas critiquable. En revanche, les développements de la cour cantonale ne distinguaient pas clairement ce qui ressortissait à l'exploitation de ce rapport de dépendance d'avec les moyens supplémentaires, caractéristiques de la contrainte psychique. La fréquence des consultations n'était pas entièrement dissociable du rapport thérapeutique et de son exploitation. Quant aux autres éléments, notamment un brouillon de lettre rédigé par B._ à la demande de X._, les considérants de la cour cantonale ne démontraient pas en quoi ils auraient pu atteindre l'intensité caractéristique de la contrainte (arrêt 6B_785/2011 du 29 juin 2012 consid. 4.3).
B. Statuant derechef le 15 octobre 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis partiellement l'appel et réformé le jugement de première instance en ce sens que les faits devaient être qualifiés de contrainte sexuelle.
B.a En ce qui concerne A._, la cour cantonale a retenu que cette dernière a consulté, pour la première fois, X._ en 1992 pour des problèmes de médecine générale. Ce n'est qu'en février 1994 qu'elle lui a confié avoir été victime d'un viol dans son enfance. Le médecin a su l'écouter. Il l'a crue tandis que les parents de la patiente lui opposaient un déni total quant au viol. Connaissant la fragilité de celle-ci, notamment le sentiment de honte qui l'envahissait, l'absence de soutien de ses parents et les difficultés qu'elle rencontrait avec son fiancé de l'époque, il a profité de la confiance qui était placée en lui pour infliger à A._ les sévices objets de la procédure.
Tout d'abord, X._ a laissé croire à la plaignante qu'il était qualifié pour traiter les personnes abusées et qu'il pouvait la prendre en charge. Il lui a proposé une thérapie à base de jeux de rôle et lui a fait signer un « contrat thérapeutique », refusant d'entamer la thérapie si elle ne le signait pas. Il a téléphoné chez elle, à la maison, à plusieurs reprises afin qu'elle signe ce document, ce que A._ a fini par faire. Il lui a donné l'impression qu'il était le seul à pouvoir l'aider.
Il l'a ensuite mise dans une situation de désespoir l'obligeant à accepter les jeux de rôle qu'il lui imposait. Ceux-ci reproduisaient la scène du pré-viol. Dès le premier jeu de rôle, A._ s'est sentie agressée sexuellement, ce qu'elle a exprimé. Toutefois, X._ lui a répondu qu'elle devait apprendre à repousser l'agresseur. Il lui a fait croire que si elle ne s'investissait pas dans la thérapie, elle ne s'en sortirait jamais, n'aurait jamais « une vie de femme » et deviendrait à son tour une violeuse, ce qu'il appelait la « compulsion de répétition ». A._ a ainsi revécu la scène du pré-viol, - en étant sur les genoux du médecin qui jouait le rôle du violeur et qui passait son bras par-dessus ses épaules en touchant ses seins puis en posant ses mains à l'intérieur de ses cuisses sans toucher son pubis -, pas moins de dix fois. Elle devait continuer ces mises en scène jusqu'à ce qu'elle les « réussisse ». Si elle ne se soumettait pas à ces jeux et à la thérapie, il n'existait plus d'espoir pour elle de s'en sortir. X._ avait agi en étant conscient du fait que A._ était en situation de dépendance vis-à-vis de lui et qu'elle était incapable de repousser ou de s'opposer à un acte dépassant un cadre thérapeutique normal de soins. Les consultations étaient multipliées, parfois quotidiennes.
En sus de ces pressions psychologiques la mettant dans une situation sans espoir, A._ était manipulée émotionnellement par X._. Celui-ci profitait de la relation inégalitaire pour l'amener à la soumission par des messages contradictoires. Il faisait preuve de violence unidirectionnelle à son égard. Il lui donnait des fessées pour la discipliner, la traitait d'impertinente. Il la récompensait lorsqu'elle accomplissait les actes litigieux. S'agissant du toucher vaginal de 1999, au cours duquel il a introduit à trois reprises ses doigts dans le vagin de sa victime pour « enlever le zizi », « nettoyer » et « vérifier », il a fallu au médecin de nombreuses séances journalières, samedis compris, pendant trois semaines pour réussir à convaincre la jeune femme de s'y soumettre. Il lui a notamment expliqué qu'elle se sentirait moins « sale » à l'issue de cet « exercice ». Lorsqu'il a accompli l'acte de « purification » en lui massant les seins, à mains nues, avec de l'eau tiède, elle n'avait également pas d'autre choix que d'accepter tellement elle était terrorisée de ne pas pouvoir s'en sortir. A l'issue de ces sévices qu'il venait de lui imposer, X._ la prenait dans ses bras pour la réconforter et la féliciter. Il la maintenait de la sorte dans une situation ambivalente « soutenue-cadrée ».
Pendant les douze années de thérapie, X._ a activement isolé A._ tant socialement qu'émotionnellement, la rendant ainsi plus fragile et toujours plus dépendante de lui. Après avoir rencontré sa famille, il a discrédité ses proches en traitant sa mère de folle et son père de pédophile et a demandé au frère de la plaignante de ne plus la contacter. X._ a également recommandé à A._ de ne pas s'ouvrir de sa thérapie à des tiers, prétextant que les gens ne la comprendraient pas et que son isolement serait d'autant plus grand. Ainsi, il a tissé sa toile autour d'elle et a éloigné petit à petit toute personne susceptible de la soutenir et de l'aider, l'affaiblissant et la rendant une proie toujours plus facile. Il lui a également déconseillé de rencontrer d'autres médecins, afin de la maintenir sous son emprise. Quant il lui a présenté la Dresse C._, c'était dans son cabinet afin de pouvoir garder le contrôle.
Afin de maintenir son emprise sur sa patiente, il s'est également immiscé de manière inadmissible et excessive dans la vie privée et professionnelle de A._ sans tenir compte de ses besoins. Il a exigé qu'elle lui présente ses partenaires intimes. En 2001, elle a été obligée de lui présenter aussi deux amis et collègues qui ont assisté à plusieurs séances avec X._. Celui-ci l'a également convaincue, bien qu'elle s'y opposât au départ, de joindre un document à un rapport qu'elle devait remettre à son employeur, ce qui lui a coûté son travail. Il l'a persuadée de se faire rebaptiser. Elle a ainsi changé de prénom, ce qui l'a mise dans un conflit spirituel avec son employeur. Il s'est invité à son assermentation en qualité de pasteure. Il a corrigé un courrier qu'elle entendait envoyer à son entourage.
Par sa stratégie, X._ est parvenu à ses fins. Il était le seul à la prendre dans ses bras en douze ans. Dans ces circonstances, A._ avait le sentiment d'être prisonnière et n'osait rien faire qui aurait blessé, déçu ou heurté le prévenu. Ce dernier a progressivement tissé sa toile autour de la plaignante jusqu'à ce qu'elle n'ait pas d'autre choix que d'accepter les attouchements ainsi que le toucher vaginal si elle voulait guérir ou de perdre la seule personne qui lui restait, en qui elle avait confiance, X._ l'ayant totalement isolée tant dans sa vie privée que professionnelle.
La cour cantonale a encore relevé que les courriers de juin 2002 de A._ (P. 117 et 118) démontraient bien cette ambivalence constante dans laquelle elle se trouvait, d'un côté, désapprouvant et souffrant des méthodes de X._ et, de l'autre, n'osant le peiner de peur de le perdre, cependant que ses dessins décrivant les sévices subis (caresses des seins, caresses en bas du dos, toucher vaginal et étreintes), illustraient parfaitement la souffrance que chacun de ces actes lui causait.
B.b Quant à B._, X._ lui avait appliqué le même mode opératoire. En effet, il était le médecin de famille de cette dernière depuis 1992. Ce n'est qu'en 2001 que B._ lui avait confié avoir été victime d'un viol dans sa jeunesse. Quand il lui avait proposé de suivre une thérapie, elle lui avait fait confiance. Il la savait également fragile et a procédé de la même manière qu'avec A._ avec des jeux de rôle dans lesquels il jouait le rôle de l'agresseur. Il lui a aussi expliqué qu'elle devait passer par là pour retrouver « sa vie de femme ». Il lui prescrivait de nombreux médicaments. Il lui administrait des tranquillisants, en début de séance, dès que B._ commençait à poser trop de questions au sujet des actes thérapeutiques qu'il lui proposait, afin d'inhiber toute éventuelle opposition. X._ avait aussi conçu en mai 2007 un brouillon de lettre que B._ a recopié à sa demande et dans lequel elle était censée décrire la thérapie suivie auprès de lui de manière globalement positive, avec la conclusion que le traitement lui était bénéfique. Il avait admis un lien de dépendance, relevant que B._ avait fait sur sa personne « un transfert d'ordre sentimental, la réciproque n'étant pas vraie ». Elle lui faisait confiance. Cette patiente avait été anéantie par les agissements de X._, ayant l'impression d'avoir été violée une seconde fois. Son état de panique et de terreur l'empêchant de répondre plus de quelques minutes aux questions du Président lors de son audition en appel et sa volonté de quitter la salle au plus vite pour mettre une croix sur le passé et essayer de retrouver une vie normale, démontrant à quel point elle était encore traumatisée par ce qu'elle avait vécu.
La cour cantonale en a conclu que la contrainte résultait de l'ensemble de ces actes.
C. X._ recourt en matière pénale contre ce jugement sur appel. Il conclut avec suite de frais et dépens principalement à sa réforme dans le sens de son acquittement, respectivement à sa libération de toute peine, mesure, condamnation civile et frais de procédure. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation de la décision querellée et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour instruction et jugement au sens des considérants, plus subsidiairement à sa réforme en ce sens qu'il soit condamné à 12 mois de privation de liberté avec sursis pendant 5 ans.
Considérant en droit:
1. L'objet de la procédure est déterminé par la décision de renvoi du 29 juin 2012 (cf. ATF 135 III 334). Au consid. 2 de cet arrêt, la cour de céans a relevé que l'autorité cantonale avait exclu, pour des motifs convaincants, les actes d'ordre sexuel sur une personne incapable de discernement ou de résistance. Au consid. 5.1, elle a exposé que vu l'issue du recours les griefs du recourant portant sur le refus des autorités cantonales d'administrer des preuves tendant à établir si les patientes étaient incapables de résister pour des raisons psychiques au sens de l'art. 191 CP étaient sans objet. Elle a, de même, écarté ceux relatifs à l'audition, requise par le recourant, du Dr D._ et à la production d'enregistrements de A._ (arrêt 6B_785/2011 consid. 5.2 et 5.3).
Ces questions ne sont, dès lors, plus litigieuses à ce stade. En ce qui concerne la requête tendant à la mise en oeuvre d'une expertise portant sur la capacité de discernement des victimes en relation avec leur état psychique, le recourant objecte certes que l'application de l'art. 189 CP serait exclue (au profit de l'art. 193 CP [recte: art. 191 CP]) si la victime n'est pas en état d'exprimer un refus pour des raisons touchant à son discernement. On peut se limiter à rappeler que si la capacité de discernement est relative et ne doit donc pas être appréciée dans l'abstrait (ATF 118 Ia 236 consid. 2b in fine p. 238), elle n'en doit pas moins être présumée sur la base de l'expérience générale en ce qui concerne les adultes qui ne sont pas atteints de maladie mentale ou de faiblesse d'esprit (ATF 134 II 235 consid. 4.3.3 p. 240 s.). De surcroît, le domaine de la sexualité ressortissant à l'intime, aux besoins fondamentaux, respectivement aux libertés les plus essentielles, la possibilité, pour une personne adulte, de se déterminer librement ne suppose pas la mise en oeuvre de facultés psychiques particulièrement aiguisées. Dans ce contexte, l'art. 191 CP vise une incapacité de discernement totale, qui peut se concrétiser par l'impossibilité pour la victime de se déterminer en raison d'une incapacité psychique, durable (p. ex.: maladie mentale) ou passagère (ex.: perte de connaissance, alcoolisation importante, etc.) ou encore par une incapacité de résistance parce qu'entravée dans l'exercice de ses sens, elle n'est pas en mesure de percevoir l'acte qui lui est imposé avant qu'il soit accompli et, partant, de porter un jugement sur celui-ci et, cas échéant, le refuser (v. ATF 133 IV 49 consid. 7.2 ss p. 56 ss; arrêt 6S.359/2002 du 7 août 2003 consid. 4.2). En l'espèce, aucun élément de ce type n'entre en ligne de compte. S'agissant, en particulier, de B._, l'arrêt entrepris ne retient pas que le recourant lui aurait administré des médicaments avant l'« opération symbolique » et l'intéressée n'a, du reste, pu l'affirmer (v. dossier cantonal, p.-v. aud. B._, 1er avril 2010, R. à Q. 5, p. 2). Etant précisé que l'usage de médicaments à cette fin n'exclurait, quoi qu'il en soit, pas la contrainte (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, 3e éd. 2011, art. 191 CP, n° 7 et les références citées), même à supposer que A._ et B._ aient pu être affectées jusqu'à un certain point dans leur capacité de jugement par l'état psychique qui les a conduites à consulter le recourant, aucune circonstance concrète ne permet même de suggérer qu'elles auraient été incapables de discernement ou de résistance au sens de l'art. 191 CP.
2. Le recourant discute l'état de fait retenu par la cour cantonale. Il soutient qu'il aurait été établi arbitrairement ou en violation du droit.
2.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.; v. sur cette notion: ATF 138 III 378 consid. 6.1 p. 379). La recevabilité de tels griefs suppose l'articulation de critiques circonstanciées (ATF 136 II 101 consid. 3, p. 105), claires et précises, répondant aux exigences de motivation accrues déduites de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). Les critiques appellatoires sont, en particulier, irrecevables (cf. ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
Le recourant n'invoque pas le principe « ne bis in idem » en relation avec l'interdiction administrative prononcée contre lui de pratiquer la psychothérapie et l'amende de 5000 fr. qui lui a été infligée (v. arrêt du Tribunal fédéral 2C_871/2008 du 6 avril 2009). Il n'y a, dès lors, pas lieu d'examiner la cause sous cet angle.
2.2 Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir retenu que la participation de A._ et B._ aux jeux de rôle reposait sur un consentement vicié.
La cour cantonale a expliqué qu'au vu de l'ensemble des pressions mises en place par le recourant, la soumission de la plaignante A._ aux actes symboliques accomplis durant la thérapie, en particulier le toucher vaginal de décembre 1999 ainsi que le lavage des seins à mains nues avec de l'eau tiède en mars 2004, ne pouvait pas être considérée comme un accord. Il en allait de même pour le toucher vaginal au moyen du couteau suisse effectué sur B._ (consid. 2.5 p. 28). En affirmant que cette conclusion ne se fonderait sur aucun élément matériel déterminant et qu'elle serait inexacte, le recourant se borne à opposer sa propre appréciation à celle de la cour cantonale, dans une démarche appellatoire, partant irrecevable (art. 106 al. 2 LTF). On renvoie, au demeurant, à ce qui sera exposé ci-dessous (consid. 3.).
2.3 Il objecte aussi qu'il serait arbitraire d'appréhender les faits globalement parce que cela aurait dispensé la cour cantonale d'examiner chaque cas individuellement et les circonstances de chaque jeu de rôle. Ce raisonnement serait encore plus choquant s'agissant de B._ dès lors que la cour cantonale se serait contentée d'affirmer que le recourant avait utilisé le même mode opératoire.
Il ressort cependant des motifs de l'arrêt querellé que la cour cantonale a, d'une part, relevé des éléments généraux mis en place par le recourant tout au long de son suivi de A._ (signature du contrat thérapeutique; imposition d'une situation de désespoir; création d'une relation de dépendance; manipulation émotionnelle; création d'une situation ambivalente « soutenue-cadrée; isolement social, émotionnel, familial, professionnel et médical »; intrusion dans sa vie privée et professionnelle). Elle a aussi mis en évidence des éléments plus ponctuels en relation, notamment, avec le premier jeu de rôle (menace de ne jamais retrouver une « vie de femme » et du risque d'une compulsion de répétition). S'agissant notamment du toucher vaginal de 1999, elle a mis en exergue qu'il avait fallu au recourant de nombreuses séances journalières, samedis compris, pendant trois semaines pour réussir à la convaincre de se soumettre à un tel acte, lui expliquant notamment qu'elle se sentirait moins « sale », à l'issue de cet « exercice ». Elle a également relevé qu'au moment de l'acte de « purification » en massant les seins à mains nues, la plaignante n'avait pas d'autre choix que d'accepter tellement elle était terrorisée de ne pouvoir s'en sortir.
Par ailleurs, en ce qui concerne B._, la cour cantonale ne s'est pas limitée à un simple renvoi, elle a relevé divers éléments mis en oeuvre par le recourant (promesse de retrouver « sa vie de femme »; prescription de médicaments en début de séance afin d'inhiber toute opposition). Faute de discuter de manière précise ces faits et les conclusions qu'en a tirées la cour cantonale, le moyen, insuffisamment motivé, est irrecevable en tant que critique sous l'angle de l'arbitraire. On renvoie, au demeurant, à ce qui sera exposé ci-dessous (consid. 3.), en tant que cette question ressortit à la qualification de la contrainte, soit à l'application du droit fédéral.
2.4 Le recourant conteste aussi l'existence de manipulations émotionnelles, qui ne reposeraient sur aucun élément du dossier, ceux mis en évidence par la cour cantonale ressortant uniquement de jeux de rôle n'ayant qu'une signification symbolique.
On ne voit cependant pas en quoi le caractère prétendument symbolique des jeux de rôle remettrait en cause les manipulations émotionnelles décrites très précisément par la cour cantonale et ce qui exclurait que celles-ci puissent participer d'une forme de pression psychique.
2.5 Le recourant critique encore l'appréciation portée par la cour cantonale sur les pièces 117 et 118 produites devant elle. En se bornant à souligner que ces documents devraient être lus dans leur ensemble et qu'ils apporteraient bien davantage de nuances que ne l'a admis la cour cantonale, l'argumentation très générale du recourant ne répond pas aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF.
2.6 Selon le recourant, il serait également arbitraire de retenir que des médicaments ont été administrés à B._ alors que le dossier médical de cette dernière a été détruit et compte tenu de son état au moment de son audition.
Le recourant oublie, sur ce point, que les déclarations de la victime, entendue comme témoin, constituent un élément de preuve que le juge apprécie librement dans l'évaluation globale de l'ensemble des éléments probatoires rassemblés au dossier (arrêts 6B_716/2010 du 15 novembre 2010 consid. 1.3 et 6B_360/2008 du 12 novembre 2008 consid. 4.3). En l'espèce, la cour cantonale a jugé que l'état de panique et de terreur de B._ au moment de son audition en appel ainsi que sa volonté de quitter la salle au plus vite pour faire une croix sur le passé et essayer de retrouver une vie normale démontraient à quel point elle était encore traumatisée par ce qu'elle avait vécu (jugement entrepris, consid. 2.5 p. 28). On comprend ainsi qu'elle a jugé l'intéressée crédible, notamment au vu de son comportement. Le recourant se borne à substituer sa propre appréciation de cette preuve à celle de l'autorité précédente, de sorte que le grief est irrecevable. On peut, au demeurant, souligner également que B._ ne s'est constituée ni plaignante ni partie civile dans cette procédure, de sorte qu'aucun intérêt à l'issue du procès pénal ne saurait faire douter de la sincérité de ses explications. Pour le surplus, celles-ci permettant d'établir la remise de médicaments, le recourant ne peut rien déduire en sa faveur de la destruction du dossier médical.
2.7 Enfin, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté en bloc les pièces 7/2 et 7/3 du dossier cantonal. Il vise, de la sorte, les enregistrements faisant l'objet du grief traité au consid. 5.2 de l'arrêt 6B_785/2011. On renvoie à ce qui a été exposé au consid. 1. ci-dessus.
3. Le recourant critique ensuite l'application de l'art. 189 CP, l'existence d'une contrainte au sens de cette norme, en particulier. On renvoie sur les principes à ce qui a été exposé dans l'arrêt du 29 juin 2012, notamment en relation avec la délimitation entre l'abus de la détresse et la contrainte sexuelle (consid. 4.1 et 4.3).
3.1 En bref, la cour cantonale a jugé, sur la base des faits qu'elle a retenus (v. supra consid. B.a et B.b) que les actes commis par le recourant devaient être pris dans leur ensemble et que c'est cet ensemble qui était constitutif de la contrainte.
3.2 Dans l'arrêt publié aux ATF 129 IV 262, la cour de céans a jugé, en se référant à l'entité criminologique du stalking, qu'il n'était pas exclu que la contrainte au sens de l'art. 181 CP soit réalisée par plusieurs comportements distincts de l'auteur. Toutefois, en l'absence d'une norme spécifique réprimant de tels faits en tant qu'ensemble d'actes formant une unité, l'art. 181 CP suppose que le comportement incriminé oblige la victime à agir, tolérer ou omettre et ce résultat doit apparaître comme celui d'une contrainte déterminée (consid. 2.4 p. 266 s.). Dans cet arrêt, il a été jugé que les agissements de l'auteur, consistant, tout en exprimant des menaces graves, à se rendre plus de 120 fois en une année sur le parking d'une institution, en y demeurant des heures, au mépris des injonctions du service de sécurité et d'une interdiction d'entrer, en vue de forcer des responsables à s'entretenir avec lui de son avenir professionnel, constituaient des actes de contrainte. Il a, en revanche, été jugé, dans un autre cas, que 379 appels téléphoniques sur une durée d'un mois visant à convaincre un voisin de s'abstenir d'utiliser une installation de chauffage à bois ne constituaient pas une tentative de contrainte, faute d'effets comparables à ceux de la violence (arrêt 6B_320/2007 du 16 novembre 2007 consid. 4.2).
Dans cette perspective et compte tenu de l'objet du litige circonscrit par l'arrêt du 29 juin 2012, il s'agit de déterminer l'existence d'une contrainte psychologique en relation avec les caresses du dos à même la peau (juillet 1995 à fin 1999), les fessées de 2002, les attouchements prolongés sur les seins, y compris leur massage à l'eau tiède (entre janvier et mars 2004) et le toucher vaginal de 1999 commis sur A._ ainsi que celui effectué sur B._ au moyen d'un couteau suisse (cf. arrêt 6B_785/2011 consid. 2).
3.3 Tels qu'ils sont articulés, les développements de la cour cantonale, par l'approche essentiellement globale qui a été choisie et le regroupement de certains comportements du recourant dans la perspective de leurs effets (création d'une situation de désespoir, manipulation émotionnelle, isolement familial social, médical et professionnel, immixtion dans la sphère privée [jugement entrepris, consid. 2.4 p. 25 à 28]) ainsi que l'absence de repères chronologiques, ne permettent que très imparfaitement de mettre en relation ces événements, qui se sont déroulés sur une période de quelque 12 ans, avec les actes d'ordre sexuel reprochés au recourant. On peut, par exemple, relever que le changement de prénom de A._ (antérieurement E._), mentionné par la cour cantonale, est intervenu au mois de juillet/août 2004 (v. dossier cantonal, pièce 73 p. 6 et 7), ce qui exclut toute causalité avec les actes objets de la procédure, même si cet événement est susceptible de renseigner sur l'intensité de l'emprise acquise par le recourant sur la plaignante. Il n'en demeure pas moins que les faits retenus, précisés au besoin en se référant aux éléments de faits non contestés ressortant du jugement de première instance et aux pièces du dossier (art. 105 al. 2 LTF), permettent de mettre en évidence des éléments de contrainte suffisamment précis pour fonder l'application de l'art. 189 CP.
3.4 Cas A._
3.4.1 Il ressort du jugement entrepris que, tout au moins dès la révélation (1994) du viol subi par A._ dans son enfance (1974), est apparu le risque, rapidement concrétisé, d'une relation de dépendance (v. arrêt 6B_785/2011 consid. 4.3) qui s'explique tant par le passé de la victime que par le positionnement empathique du médecin, qui a su l'écouter et l'a crue, tandis que les parents de celle-ci opposaient un déni total quant à cette agression (jugement entrepris, consid. 2.4 p. 25). Ce simple rapport de dépendance explique déjà que, très tôt, le recourant a pu non seulement proposer la pratique de jeux de rôle dans lesquels il endossait celui du violeur, mais aussi, dans ce contexte, imposer à sa patiente différents attouchements furtifs, éventuellement passibles de l'art. 198 CP. L'autorité de première instance a jugé ces comportements non punissables en tant que contraventions (jugement de première instance, p. 27 et 38). L'interdiction de la reformatio in pejus ne s'oppose cependant pas à ce qu'ils soient pris en considération comme éléments contextuels permettant d'appréhender les rapports qui se sont noués au fil du temps entre le recourant et sa patiente, en lien avec l'infraction réprimée par l'art. 189 CP. On peut ainsi comprendre que dans cette relation, déjà empreinte de la dépendance de la patiente, le recourant a progressivement comblé la distance physique. Il a, en particulier, joué sur l'ambiguïté de son statut de médecin généraliste (appelé au contact physique dans le cadre d'actes médicaux) prétendant pratiquer une psychothérapie. Celle-ci requiert, en effet, dans la norme une stricte distance thérapeutique (voire un « tabou du toucher » en ce qui concerne le psychanalyste; v. à titre général, l'audition en cours de procédure administrative du Dr F._, du 20 février 2008; arrêt 2C_871/2008 du 6 avril 2009, consid. 3.3), qu'il a ainsi annihilée dans le cadre de ces « jeux », notamment par des attouchements plus ou moins connotés sexuellement.
Ces mêmes jeux de rôle, respectivement l'incapacité de la partie plaignante à les « réussir », ont conduit le recourant à la pousser à s'investir davantage dans cette démarche en la confrontant aux risques de ne jamais avoir « une vie de femme » et de succomber à une « compulsion de répétition » (jugement entrepris, consid. 2.4 p. 26). Ces deux éléments, rapprochés de l'âge de la patiente (née en juin 1968) et de son passé traumatique marqué par un viol à l'âge de 7 ans, excèdent le simple abus d'une relation ou de la dépendance thérapeutique qui peut conduire, lors d'un « transfert », au rapprochement d'un patient avec son thérapeute. Ils suggèrent déjà l'instrumentalisation, confinant à la violence psychique, du rapport patient/soignant et de la dépendance d'une personne particulièrement fragilisée dans le domaine de ses relations interpersonnelles et de sa sexualité. On comprend, en outre, des motifs de la cour cantonale que le recourant a, parallèlement et durant cette phase initiale (1994-1995), adopté un positionnement le faisant apparaître, dans un premier temps, comme un recours médical au mal-être psychique de sa patiente, en mettant en avant des compétences en ce domaine. Peu importe, à cet égard, qu'il se soit présenté comme disposant de compétences spécifiques en psychothérapie de personnes abusées sexuellement ou qu'il ait simplement, comme il le soutient, fait état de deux années de formation en psychiatrie. En effet, en se targuant de cette formation et en entreprenant le « traitement », le recourant se présentait, implicitement, comme compétent en la matière. Or, les seules méthodes utilisées suffisent à discréditer toute capacité en matière de psychothérapie, comme l'ont relevé d'autres médecins, les autorités sanitaires vaudoises et le Tribunal fédéral lorsqu'il a été appelé à se prononcer sur l'interdiction définitive de pratiquer toute psychothérapie ordonnée par l'autorité administrative à l'encontre du recourant (v. arrêt 2C_871/2008 du 6 avril 2009, consid. 4.2.2, 5.3 et 5.4). Par la suite, le recourant a donné l'impression « qu'il était le seul à pouvoir aider A._ ». Ces procédés, qui n'ont pu qu'intensifier une dépendance de la patiente d'emblée importante ont, de surcroît, été renforcés par les démarches tendant à l'isoler sur la plupart des plans (familial, social, professionnel et médical). La cour cantonale a, en effet, relevé que le recourant avait notamment traité la mère de A._ de « folle » et son père de « pédophile », discréditant ainsi ses parents (arrêt entrepris, consid. 2.4 p. 27), événement qui peut être situé à fin 1994, début 1995 déjà (audition en appel de A._; jugement entrepris, p. 9), soit au début de la « psychothérapie ». Le recourant a, de même, demandé au frère de sa patiente de ne plus la contacter, invitant cette dernière à ne pas s'ouvrir non plus de sa thérapie à des tiers, au motif que les gens ne la comprendraient pas et qu'elle s'isolerait ainsi davantage. Il lui a, de même, déconseillé de rencontrer d'autres médecins (jugement entrepris, ibidem).
3.4.2 Tous ces événements peuvent être rapportés en grande partie à la période initiale 1994/1995. Toutefois les jeux de rôle ont duré jusqu'en 1999 tout au moins, de sorte que les agissements du recourant en relation avec ceux-ci ont perduré, ce qui n'a pu qu'en maintenir, si ce n'est renforcer leurs effets dans le temps. Dans la suite, et parallèlement à ces pratiques, on doit également citer la « fessée » administrée à A._ en décembre 1996. Cet acte ne peut plus faire l'objet d'une condamnation au titre de l'art. 198 CP, ensuite de l'acquittement prononcé sur ce chef d'accusation en première instance (jugement de première instance, consid. 7 p. 38; v. arrêt 6B_785/2011 consid. 2). Il n'en demeure pas moins qu'il constitue un élément permettant d'apprécier les rapports qui se sont tissés entre les parties. La cour cantonale a souligné, dans ce contexte, la volonté du recourant de « cadrer », « discipliner » la plaignante et de créer une situation ambivalente « soumise-réconfortée ». Cet acte permet ainsi de mettre en évidence des indices très clairs d'une violence psychique (plus que physique; v. jugement de première instance, consid. 3b p. 30) excédant la seule exploitation d'un rapport de dépendance. Et la situation ainsi créée permet aussi d'expliquer la soumission de la plaignante à des actes encore relativement peu connotés sexuellement, telles les caresses du dos à même la peau prodiguées de juillet 1995 à fin 1999.
3.4.3 En ce qui concerne l'intrusion du recourant dans la vie privée et professionnelle de la plaignante, il faut ensuite mentionner, outre la prétention du recourant à se faire présenter les éventuels partenaires sexuels de sa patiente, la participation de celui-là à la cérémonie durant laquelle celle-ci a été consacrée pasteure (le 1er novembre 1997; v. p.-v. aud. A._ du 25 juin 2009, p. 3; art. 105 al. 2 LTF). La cour cantonale a également relevé l'implication du recourant dans la correction de correspondances privées et professionnelles de la plaignante. Ainsi de deux écrits du 10 juin 1998, l'un dans un contexte amical et/ou professionnel, l'autre destiné à la mère de la plaignante, ce qui confirme que la maîtrise acquise par le recourant sur les relations familiales de la plaignante, initiée dès le début de la psychothérapie, s'est poursuivie après les déclarations initiales de 1994/1995 (v. dossier cantonal, pièce 73). On peut aussi citer, dans ce contexte, un fax adressé par le recourant à A._ le 1er juin 1999, dans lequel il analyse la perception des relations familiales par la mère de celle-ci, ce qui renvoie encore à la thématique de l'isolement familial, ou un fax adressé le 8 février 1999, portant correction d'une correspondance, qui démontrent la persistance, tout au long des faits, d'une emprise sur la globalité des relations de A._.
3.4.4 Comme l'a jugé la cour cantonale on peut ainsi admettre, dans un tel contexte de dépendance largement induite puis accentuée durant plusieurs années, et d'intrusion dans toutes les facettes de la vie de la plaignante, que des consultations quasi quotidiennes durant trois semaines (dix-huit consultations entre les 18 novembre et 11 décembre 1999; jugement de première instance, p. 31) ont permis au recourant de la « convaincre » de se soumettre, le 11 décembre 1999, à un toucher vaginal présenté comme une « opération symbolique » censée lui permettre de surmonter ses difficultés.
3.4.5 Dans la suite, rien ne suggère que l'emprise du recourant se soit affaiblie avant l'intervention du Dr C._ (janvier 2005; dossier cantonal, classeur vert, p.-v. aud. C._, du 23 août 2007) et la prise de conscience progressive qui s'en est suivie (novembre à décembre 2006; dossier cantonal, ibidem). Il ressort au contraire du jugement entrepris qu'ensuite du toucher vaginal, le recourant a pris la plaignante dans ses bras pour la réconforter et la féliciter, de sorte que l'acte obtenu par la contrainte lui-même a contribué à la démarche « soutenue-cadrée » mise en évidence par la cour cantonale. En 2001, la plaignante a aussi été amenée à présenter au recourant deux amis ou collègues, qui ont participé à diverses séances (jugement entrepris, consid. 2.4 p. 27). Cela démontre le maintien de l'emprise du recourant sur les relations sociales de A._ durant cette période encore. Cette situation a permis au recourant d'administrer encore des fessées les 6 et 7 juin 2002 (jugement de première instance, p. 27 et 38). Ces événements constituent non seulement des actes à connotation sexuelle en eux-mêmes, mais une nouvelle contribution au renforcement de la situation ambivalente « soutenue-cadrée » ou « soumise/réconfortée ». Il n'y a dès lors aucun doute que les caresses du dos à même la peau censées « faire chaud en bas » (2002/2003) ainsi que les attouchements prolongés sur les seins puis leur massage à l'eau tiède (janvier à mars 2004), ont pu être imposés de la même manière, par l'instrumentalisation d'une relation psychothérapeutique dévoyée et l'exploitation d'un rapport de dépendance excédant très largement le seul abus de la détresse de la patiente.
3.5 Cas B._
L'état de fait retenu par la cour cantonale (v. supra consid. B.b) ne permet pas de situer dans le temps la date à laquelle le recourant a procédé à l'intromission d'un objet, plus précisément qu'entre le moment de la révélation (2001) des sévices subis dans l'enfance et la rédaction du brouillon de lettre (mai 2007). Cet intervalle correspond à celui qui figurait déjà dans l'acte d'accusation (jugement de première instance, p. 29). B._ a indiqué dans son audition de 2010 qu'elle ne pouvait être plus précise (p.-v. aud. B._ du 1er avril 2010, R. à Q. 1 p. 2) et elle a détruit son dossier médical (jugement entrepris, p. 7). Il ressort toutefois de la lettre écrite le 7 mai 2007 par B._ que le recourant n'a proposé une « thérapie » à celle-ci qu'ensuite d'une consultation du 11 septembre 2001. Il ressort aussi de ce document que l'« opération symbolique » a été précédée de toute une série d' « exercices », « durant plusieurs années », et que cet acte avait été proposé lorsque le recourant avait senti B._ « assez forte » (dossier cantonal, classeur vert, pièce 3g, p. 2). Cela permet de comprendre que l'acte en question ne s'est pas passé au tout début de la relation, mais après plus de deux années (trois ou quatre) à compter du mois de septembre 2001. La lettre en question indique aussi que B._ aborde, depuis lors, la période des fêtes avec plus de sérénité, ce qui permet de situer l'acte avant la fin de l'année 2006, au plus tard. Il demeure ainsi un intervalle de deux ans environ, entre septembre 2004 et la fin de l'année 2006, durant lequel se situe cet acte, qui apparaît comme la fin de la « thérapie ». Etant souligné que le recourant, qui a rédigé le brouillon de cette lettre, est à l'origine de ce discours lénifiant sur les bien-faits de ses pratiques, qui tranche singulièrement avec les déclarations a posteriori de la patiente, qui a expliqué s'être sentie « violée une deuxième fois » (p.-v. aud. B._ du 1er avril 2010, R. à Q. 7 p. 2), ces éléments permettent de replacer plus précisément les faits dans le temps et, en particulier, de les situer après les diverses consultations consacrées aux jeux de rôle. Comme dans le cas de A._, on peut ainsi comprendre que, dans le contexte initial d'une relation thérapeutique de médecine générale, puis de consultations « psychothérapeutiques », le recourant a annihilé la distance physique dans le cadre de jeux de rôle reproduisant des événements traumatiques subis par la patiente dans son enfance et produit un rapport de dépendance accentué en lui expliquant qu'elle devait passer par là pour retrouver « sa vie de femme », inhibant, de surcroît, une éventuelle opposition par l'administration de médicaments en début de séance. Malgré les imprécisions de l'état de fait retenu par la cour cantonale, mais compte tenu de la fragilité de cette patiente et du caractère particulier de cet acte aussi saugrenu que gravement attentatoire à l'intégrité et à la dignité sexuelle de cette victime, force est d'admettre que, dans ce cas également, les agissements du recourant ont dû atteindre l'intensité réalisant la contrainte pour imposer une telle atteinte, vécue comme un « second viol ».
4. Le recourant soutient, subsidiairement, que la sanction infligée serait trop sévère, compte tenu du temps écoulé et du pronostic donné par son médecin psychiatre, de même que l'absence de déni des faits. Selon lui, s'agissant d'infractions primaires, une peine pleinement compatible avec le sursis et assortie de celui-ci aurait dû être prononcée.
On renvoie en ce qui concerne les principes régissant la fixation de la peine aux arrêts publiés aux ATF 136 IV 55 et 134 IV 17 (consid. 2.1 et les références citées).
La cour cantonale a jugé que les critères pertinents pour déterminer la quotité de la sanction avaient été correctement examinés par les premier juges (jugement entrepris, consid. 6 p. 24). Le jugement de première instance a tenu compte du temps écoulé depuis les faits en réduisant la part ferme de la privation de liberté à exécuter de dix mois et cinq jours à neuf mois (jugement du 1er juin 2011, consid. 8 p. 41). Par ailleurs, il indique que si une lueur d'espoir pouvait être entrevue quant au comportement de X._, le tribunal ne partageait pas l'optimisme de son médecin (le Dr G._) et que seule une peine privative de liberté entrait en considération (jugement de première instance, consid. 8 p. 40). Quant aux faits, le tribunal a retenu, à décharge, une certaine franchise dans leur établissement, en relevant toutefois une prise de conscience déficiente, quoiqu'en progrès, en soulignant notamment qu'en audience le recourant avait encore dit « qu'il n'y avait pas mort d'homme » et que, en substance, un médecin travaillant beaucoup, comme lui, pouvait rencontrer « une tuile » (jugement de première instance, consid. 8 p. 40 s.). Le recourant ne cite, dès lors, aucun élément que les autorités cantonales auraient ignoré en ce qui concerne la quotité de la peine et la question du sursis. Compte tenu de la gravité des faits, de leur répétition, de leur durée, du contexte dans lequel ils ont été perpétrés ainsi que des conséquences qu'ils ont eues sur les victimes, la décision entreprise ne prête pas le flanc à la critique sur ces deux points.
5. Le recourant succombe. Il supporte les frais de la procédure (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux intimés, qui n'ont pas été invités à procéder devant la cour de céans (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 15 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Vallat