Erwägungen:
1. X._ wurde vom Strafgericht des Kantons Basel-Stadt am 22. Juli 2010 wegen einfacher Körperverletzung, mehrfacher qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie mehrfacher Widerhandlungen gegen das Waffengesetz zu einer Freiheitsstrafe von dreieinviertel Jahren und zur Zahlung einer Genugtuung von Fr. 2'000.-- verurteilt. Die gegen ihn am 1. Februar 2008 wegen fahrlässiger Körperverletzung, Raufhandels und Vergehens gegen das Waffengesetz bei einer Probezeit von drei Jahren bedingt ausgesprochene Freiheitsstrafe von 15 Monaten wurde für vollziehbar erklärt. Die dagegen von ihm erhobene Appellation wies das Appellationsgericht Basel-Stadt am 14. März 2012 ab.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, er sei in Abänderung des Urteils vom 14. März 2012 vom Vorwurf der einfachen Körperverletzung freizusprechen und zu einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren und neun Monaten zu verurteilen, wovon ein Jahr unbedingt und ein Jahr und neun Monate bedingt zu vollziehen seien. Vom Vollzug der Vorstrafe sei abzusehen und die Genugtuungsforderung abzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
2. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die dem Schuldspruch wegen einfacher Körperverletzung zugrunde liegenden Sachverhaltsfeststellungen. Diese können nur gerügt werden, wenn sie willkürlich (Art. 9 BV) sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 134 IV 36 E. 1.4.1 mit Hinweis). Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerdeschrift anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG). Es genügt nicht, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise angeblich zu würdigen gewesen wären. Auf eine solche Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 137 IV 1 E. 4.2.3 mit Hinweis).
Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern die von der Vorinstanz getroffenen Sachverhaltsfeststellungen willkürlich sein sollen, sondern beschränkt sich auf appellatorische Kritik. Er schildert die Ereignisse aus seiner Sicht, ohne auf die umfassende Beweiswürdigung der Vorinstanz einzugehen. Der Verweis auf seine kantonale Appellationsbegründung (vgl. Beschwerde S. 4 f.) ist unzulässig. Auf die Beschwerde ist insoweit nicht einzutreten.
3. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verstosse gegen das Gleichheitsgebot, da sie eine Grundstrafe für die qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz von drei Jahren und sechs Monaten festgesetzt habe (vgl. Beschwerde S. 5 f., Ziff. 9-11). Unter Berücksichtigung von Vergleichsfällen dürfe die Grundstrafe drei Jahre nicht überschreiten.
Der Beschwerdeführer benennt keinen Fall, in dem bei einem vergleichbaren Sachverhalt (gewerbsmässiges Handeln, Verarbeiten und Lagern von weit über einem Kilogramm Kokain) die Vorinstanz eine Grundstrafe von drei Jahren festsetzte. Der blosse Verweis auf seine Eingabe im kantonalen Appellationsverfahren (vgl. Beschwerde S. 6, Ziff. 9) ist unzulässig. Mit den Erwägungen der Vorinstanz zur Strafzumessung, auf die verwiesen werden kann, setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Dass sich die Vorinstanz von rechtlich nicht massgeblichen Gesichtspunkten hätte leiten lassen oder wesentliche Gesichtspunkte nicht berücksichtigt hätte, wird nicht dargetan und ist unter Berücksichtigung des weiten sachrichterlichen Ermessens nicht ersichtlich. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten ist.
4. Der teilbedingte Strafvollzug kann bei Freiheitsstrafen von höchstens drei Jahren gewährt werden (Art. 43 Abs. 1 StGB). Der Beschwerdeführer wurde im angefochtenen Urteil zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und drei Monaten verurteilt. Die dagegen vorgebrachten Rügen sind unbegründet, soweit darauf einzutreten ist (E. 2 und 3), so dass der teilbedingte Vollzug unzulässig ist. Die Beschwerde ist insoweit abzuweisen.
5. Das Begehren um Abweisung der zugesprochenen Genugtuung wird einzig mit der Aufhebung des Schuldspruchs wegen einfacher Körperverletzung begründet. Der Schuldspruch ist nicht zu beanstanden (E. 2 und 3) und die Beschwerde insoweit abzuweisen.
6. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den Widerruf der vom Strafgericht Basel am 1. Februar 2008 bedingt ausgesprochenen Freiheitsstrafe von 15 Monaten.
Unzutreffend ist, die Vorinstanz habe ihm in Hinblick auf die begangenen Delikte eine gute Prognose bestätigt. Sie hält lediglich fest, dass das Strafgericht zu Gunsten des Beschwerdeführers angenommen hat, er habe sich aus der Schlägerszene gelöst, und es sei nicht anzunehmen, dass er künftig mit Betäubungsmitteln handeln werde. Mit den vorinstanzlichen Erwägungen setzt sich der Beschwerdeführer hingegen nicht auseinander. Er kommt zu einer für ihn günstigen und von der Vorinstanz abweichenden Legalprognose, legt aber nicht dar, inwieweit die Ermessensentscheidung, den bedingten Vollzug der Freiheitsstrafe zu widerrufen, Bundesrecht verletzt. Dass sich die Vorinstanz von rechtlich nicht massgeblichen Gesichtspunkten hätte leiten lassen oder wesentliche Gesichtspunkte nicht berücksichtigt hätte, ist nicht ersichtlich. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt abzuweisen.
7. Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von Art. 64 BGG abzuweisen, weil die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG). Dem Beschwerdegegner 2 ist keine Entschädigung auszurichten, da ihm vor Bundesgericht keine Umtriebe entstanden sind (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. September 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Held