Erwägungen:
1. X._ und seine Gattin wurden für die direkten Bundessteuern 1997/1998 und 1999/2000, gleich wie für die Staats- und Gemeindesteuern der gleichen Perioden, nach Ermessen veranlagt. Auf diesbezügliche Einsprachen wurde nicht eingetreten. Dagegen gelangten die Pflichtigen an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese hiess die Beschwerde (betr. direkte Bundessteuer) und den Rekurs (betreffend Staats- und Gemeindesteuern) teilweise gut und schickte die Akten zur Durchführung des Einspracheverfahrens im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück; dabei stellte sie fest, dass die Steuerforderungen für die fraglichen Perioden nicht verjährt seien. Gegen diesen Entscheid gelangte X._ am 13. April 2012 an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses trennte die Verfahren betreffend die Staats- und Gemeindesteuern sowie betreffend direkte Bundessteuern und überwies die Akten, soweit die direkten Bundessteuern betreffend, mit Verfügung vom 4. Juli 2012 von Amtes wegen zur Beurteilung an das Bundesgericht.
2. 2.1 Das Bundesgericht ist zur Beurteilung der Beschwerde betreffend direkte Bundessteuern betreffend die Perioden von 1997-2000 grundsätzlich zuständig; ein Weiterzug an das kantonale Verwaltungsgericht als weitere kantonale Beschwerdeinstanz ist nicht gegeben (vgl. Art. 140-146 DBG; dazu Urteil 2C_137/2011 vom 30. April 2012 E. 1).
2.2 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist gegen End- und Teilentscheide zulässig (Art. 90 und 91 BGG), gegen Zwischenentscheide hingegen nur unter bestimmten Voraussetzungen (Art. 92 und 93 BGG). Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Rückweisungsentscheid. Rückweisungsentscheide gelten grundsätzlich als Zwischenentscheide, weil sie das Verfahren nicht abschliessen (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; 133 V 477 E. 4 S. 480-482). Anders verhält es sich bloss, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr bleibt und die Rückweisung bloss der (z.B. rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient; diesfalls liegt ein Endentscheid vor (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteile 2C_842/2011 vom 21. Oktober 2011 E. 2.1 und 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.3).
Vorliegend hat es die Steuerrekurskommission bei der Feststellung bewenden lassen, die Steuerforderung betreffend die fraglichen Veranlagungsperioden seien noch nicht verjährt, weshalb das diesbezügliche Einspracheverfahren erst noch durchzuführen sei. Es ist Sache der Steuerverwaltung, die Ermessensveranlagung materiell zu überprüfen und die massgeblichen Steuerfaktoren zu bestimmen; der angefochtene Entscheid enthält hierzu keine detaillierten Vorgaben, sodass der Steuerverwaltung bloss noch eine rechnerische Umsetzung verbliebe. Es liegt ein blosser Zwischenentscheid vor.
Da dieser Zwischenentscheid seinem Inhalt nach nicht unter Art. 92 BGG fällt, ist die dagegen gerichtete Beschwerde gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur dann zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Erscheinen diese Eintretensvoraussetzungen nicht ohne Weiteres gegeben, obliegt es der Beschwerde führenden Partei, deren Vorhandensein darzulegen: Die Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG besteht, ungeachtet von Art. 29 Abs. 1 BGG, auch hinsichtlich von nicht evidenten Eintretensvoraussetzungen (vgl. BGE 134 II 45 E. 2.2.3 S. 48; 133 II 249 E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356, 400 E. 2 S. 404). Der Beschwerdeführer äussert sich zu den Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG nicht. Da diese nicht klarerweise erfüllt erscheinen, erweist sich die Beschwerde als offensichtlich unzulässig (Art.108 Abs. 1 lit. a BGG).
2.3 Auf die Beschwerde ist mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2.4 Dem Verfahrensausgang entsprechend würde der Beschwerdeführer kostenpflichtig. Unter den gegebenen Umständen, namentlich ist er nicht selber ans Bundesgericht gelangt, rechtfertigt es sich jedoch, auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Steuerrekurskommission des Kantons Bern, der Eidgenössischen Steuerverwaltung sowie (zur Kenntnisnahme) dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juli 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller