Faits:
A. Par jugement du 18 novembre 2008, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Broye et du Nord vaudois a notamment reconnu Y._ coupable de lésions corporelles graves par négligence et l'a condamné à une amende de 600 fr. avec délai de radiation d'un an.
B. Les faits à l'origine de cette condamnation sont les suivants.
Le 21 avril 2006, alors qu'il faisait beau et encore jour, un grave accident de la circulation a eu lieu sur un tronçon rectiligne où la visibilité est étendue et la vitesse limitée à 80 km/h.
Au guidon de son motocycle, X._ a rattrapé, au début de ce tronçon rectiligne, une file de véhicules composée d'un scooter suivi de la voiture de Y._ et de celle de Z._. X._ a entrepris de dépasser cette colonne, qui circulait à l'allure déterminée par le scooter, savoir entre 70 et 80 km/h. Il a été surpris par le déboîtement du véhicule de Y._ qui se déplaçait latéralement en accélérant pour dépasser le scooter. X._ a alors freiné fortement, la roue arrière de sa moto laissant une trace de freinage d'une vingtaine de mètres de long. Il n'est toutefois pas parvenu à conserver la maîtrise de son engin, qui s'est couché, lui-même chutant sur le bord gauche de la chaussée, ce qui lui a causé de nombreuses blessures, notamment des lésions cérébrales qui auraient pu mettre sa vie en danger. En raison des séquelles, il bénéficie de l'assurance invalidité.
Le tribunal a estimé que Y._ avait mal apprécié tant la vitesse de X._ que la situation et n'avait pas voué toute l'attention nécessaire au moment d'effectuer sa manoeuvre. Il a par ailleurs considéré que la vitesse excessive du motard n'était pas un élément suffisamment extraordinaire pour interrompre le lien de causalité.
C. Par arrêt du 6 avril 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours formé contre ce jugement par Y._, qu'elle a libéré de l'accusation de lésions corporelles graves par négligence. Comme le premier juge, elle a admis que le recourant avait vu le motard au moment où il avait déboîté et donc alors qu'il était déjà en partie sur la voie de gauche. Elle a en revanche considéré qu'un doute subsiste quant à savoir si l'accident n'était pas entièrement imputable à la vitesse excessive du motocycliste et si l'automobiliste avait encore la possibilité de réagir à temps pour éviter l'accident.
D. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau.
E. Invités à se déterminer sur le recours, l'autorité cantonale et le Ministère public ont renoncé à formuler des observations et se sont référés aux considérants de l'arrêt attaqué.
Pour sa part, l'intimé a conclu au rejet du recours, avec suite de dépens. Il fait valoir que le recourant n'a pas la qualité pour recourir et que par ailleurs tous les moyens développés par le recourant sont infondés et doivent être rejetés.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours dont il est saisi (ATF 135 III 1 consid. 1.1 p. 3, 329 consid. 1 p. 331 et les arrêts cités).
1.1 A qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (art. 81 al. 1 let. a et b LTF). Le recourant a participé à la procédure devant l'autorité précédente.
L'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF confère la qualité pour recourir à celui qui revêt la qualité de victime, au sens défini par la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5), à la condition que la décision attaquée puisse avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Est considérée comme victime au sens de la LAVI toute personne qui a subi, du fait d'une infraction, une atteinte directe à son intégrité physique, psychique ou sexuelle (art. 1 al. 1 LAVI). Tel est le cas en l'espèce puisque le recourant a subi d'importantes blessures causées par l'accident.
Enfin, de jurisprudence constante, la victime n'est habilitée à recourir contre un jugement prononçant l'acquittement du prévenu que si elle a, autant que cela pouvait raisonnablement être exigé d'elle, exercé l'action civile, en prenant des conclusions chiffrées en réparation de tout ou partie de son dommage matériel ou de son tort moral (ATF 131 IV 195 consid. 1.2.2 p. 198 s.; 127 IV 185 consid. 1b p. 188). Si elle n'est pas à même de le faire, notamment parce que son dommage n'est pas encore ou pas suffisamment établi, elle doit indiquer quelles sortes de prétentions civiles elle entend faire valoir et demander qu'elles lui soient allouées dans leur principe. Elle ne saurait se limiter à demander la réserve de ses prétentions civiles ou, en d'autres termes, à signaler simplement qu'elle pourrait les faire valoir ultérieurement, dans une autre procédure. Ce faisant, elle ne prend pas de conclusions civiles sur le fond (ATF 127 IV 185 consid. 1b p. 188; cf. aussi arrêts 6B_354/2009 consid. 1.2, 6B_789/2008 consid. 1.2 et 6P.144/2000 consid. 1c). Par ailleurs, il appartient à la victime d'établir que les conditions auxquelles elle est habilitée à recourir sont réunies (ATF 120 IV 44 consid. 8 p. 57s.). Dès lors, lorsqu'elle n'a pas pris de conclusions civiles, il lui incombe d'expliquer quelles prétentions civiles elle entend faire valoir, dans quelle mesure la décision attaquée a une incidence sur lesdites prétentions et pourquoi elle n'a pas été en mesure d'agir dans le cadre de la procédure pénale. Comme il n'appartient pas à la victime de se substituer au Ministère public ni d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte et le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du pourvoi que les conditions précitées sont réalisées (ATF 127 IV 185 consid. 1a p. 187 et les arrêts cités).
1.2 En l'espèce, la procédure pénale a été menée jusqu'au stade du jugement, ce qui aurait dû permettre au recourant de faire valoir ses prétentions civiles.
Il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que le recourant aurait émis des prétentions civiles dans le cadre de la procédure cantonale. Dans son mémoire, il se contente d'alléguer que, vu les graves séquelles qu'il a subies, il tombe sous le sens que la décision cantonale attaquée a des effets sur les prétentions civiles qu'il pourrait faire valoir contre l'automobiliste. Il ne prétend pas qu'il aurait fait valoir de telles prétentions dans la procédure cantonale et n'explique pas qu'il n'aurait pas été en mesure de le faire alors que la procédure a été menée jusqu'au stade du jugement. Force est dès lors de constater qu'il ne satisfait pas aux exigences de motivation rappelées ci-dessus.
Comme par ailleurs le recourant ne se plaint pas d'une atteinte aux droits procéduraux qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou qui découlent directement du droit constitutionnel, dont la violation équivaudrait à un déni de justice formel, il n'est pas non plus habilité à recourir en sa qualité de lésé. En effet, le lésé ne peut remettre en cause, même de façon indirecte, la décision sur le fond, par exemple contester l'application de la loi matérielle, arguer d'une motivation insuffisante de la décision attaquée ou se plaindre d'arbitraire dans l'appréciation des preuves (ATF 133 IV 228 consid. 2 p. 229 ss; 131 I 455 consid. 1.2.1 p. 458/459 et les arrêts cités). Le recours doit par conséquent être déclaré irrecevable.
2. Vu l'issue de la procédure, le recourant qui succombe supportera les frais de la cause (art. 66 al. 1 LTF) ainsi que l'indemnité de dépens due à l'intimé (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera à l'intimé une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 6 octobre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay