Sachverhalt:
A. Die X._ AG (im Folgenden auch: Steuerpflichtige) erstellte in den Jahren 2003 und 2004 in Bassersdorf zwei Mehrfamilienhäuser. An den Liegenschaften hatte sie Stockwerkeigentumsanteile erstellt, welche sie zwischen August 2004 und April 2007 veräusserte. Hierfür erhob die Grundsteuerkommission der Gemeinde Bassersdorf Grundstückgewinnsteuern, welche von der Steuerpflichtigen der Höhe nach bestritten wurden. Es kam zu mehreren Rechtsgängen: Nachdem die Steuerrekurskommission III vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 1. April 2009 in dieser Sache zum Neuentscheid und zur Gewährung des rechtlichen Gehörs verpflichtet worden war, legte sie am 1. September 2009 die Grundstückgewinnsteuer schliesslich auf Fr. 34'975.-- fest. Die von der X._ AG gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid des Einzelrichters vom 21. April 2010 ab.
B. Mit Eingabe vom 16. Juli 2010 führt die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das letztgenannte Urteil aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 28'692.20 festzusetzen.
Die Grundsteuerkommission Bassersdorf ersucht um "Stützung des Verwaltungsgerichtsentscheides des Kantons Zürich vom 21. April 2010". Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Antragstellung.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) unterliegen Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine - wie hier - in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie betreffen, nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.
Die vorliegende Beschwerde ist daher zulässig, und die Beschwerdeführerin ist hierzu legitimiert (Art. 89 BGG).
2. 2.1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt (Art. 12 Abs. 1 StHG).
Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer unter den Vorgaben von Art. 12 Abs. 4 StHG auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, wie dies der Kanton Zürich getan hat (so genanntes "monistisches System", dazu BGE 131 II 722 E. 2.1 S. 723 sowie BERNHARD ZWAHLEN, in: MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS [HRSG], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, 2. Auflage, Rz. 3 ff. zu Art. 12 StHG).
2.2 Das Steuerharmonisierungsgesetz regelt in Art. 12 nicht abschliessend bzw. nicht zwingend, wie die Berechnung des steuerbaren Gewinnes zu erfolgen hat (vgl. ZWAHLEN, a.a.O., Rz. 43 ff. zu Art. 12 StHG) und schreibt den Kantonen nicht vor, wie der Erlös genau zu bestimmen ist (ZWAHLEN, a.a.O., Rz. 46 ff.); trotzdem verbleibt den Kantonen bei der Umschreibung des steuerbaren Gewinns lediglich ein beschränkter Spielraum, denn Grundstückgewinn und Einkommenssteuer sind eng miteinander verbunden, namentlich im monistischen System (BGE 131 II 722 E. 2.1 S. 723 f.).
3. 3.1 Gemäss § 220 Abs. 1 und § 222 des zürcherischen Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) gilt als Erwerbspreis bzw. Erlös "der Kaufpreis mit Einschluss aller weiterer Leistungen des Erwerbers".
Aufgrund dieser Regelung gilt nach der zürcherischen Praxis der Zinsvorteil auf Vorauszahlungen des Grundstückspreises (oder eines Teils davon) vor der Eigentumsübertragung, den der Veräusserer dem leistenden (künftigen) Erwerber nicht verzinsen muss, als "weitere Leistung" im Sinne der genannten Bestimmungen, wenn dem Veräusserer die volle Nutzungsbefugnis am Grundstück einstweilen noch verbleibt (vgl. FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Auflage, Rz. 48 zu § 220 StG/ZH).
3.2 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Abrede, dass im hier zu beurteilenden Fall genau solche Konstellationen vorliegen, d.h. ihr die Kaufpreise für die verkauften Stockwerkeinheiten in Bassersdorf von den jeweiligen Käufern vor der Eigentumsübertragung bzw. vor dem Übergang von Nutzen und Gefahr bezahlt worden sind. Sie bestreitet jedoch, dass für diese Vorauszahlungen eine Aufrechnung zum Gewinn erfolgen darf.
3.3 Die Einwände der Beschwerdeführerin zielen darauf ab, die Aufrechnung zum Gewinn aufgrund der Verwendung des Erlöses als rechtswidrig erscheinen zu lassen. Wie der Erlös verwendet wurde, ist jedoch irrelevant: Die Beschwerdeführerin hat durch die Vorauszahlung zusätzliche Mittel erhalten (Zinsvorteil) und dadurch einen höheren Gewinn erzielt. Wie sie diese Mittel in der Folge einsetzt, wirkt sich auf die Berechnung des Gewinns nicht aus.
Die Ausführungen der Beschwerdeführerin über die Behandlung von Baukreditzinsen bei Grundstücken des Privatvermögens sind daher ebenfalls irrelevant. Dass die Beschwerdeführerin infolge der Verwendung der vorzeitigen Kaufpreiszahlungen für die Rückzahlung von Baukrediten einen höheren Gewinn erzielt, stellt nicht eine Mehrfachbesteuerung dar, sondern ist die Konsequenz daraus, dass der Beschwerdeführerin mehr eigene Mittel zur Verfügung standen, sie dadurch weniger Fremdkapital beanspruchen musste und in der Folge - aufgrund tieferer Anlagekosten - einen höheren Gewinn erzielte. Dass es sich bei Liegenschaften im Privatvermögen anders verhalten kann, hat nichts mit der Bestimmung des Erlöses zu tun, sondern ist allenfalls eine Auswirkung der - hier wie bereits erwähnt nicht relevanten - Behandlung der Baukreditzinsen. Dass im Weiterveräusserungsfall die Anlagekosten nicht auch den - beim Erwerb aufgerechneten - Diskont umfassen, trifft im Übrigen nicht zu: § 220 Abs. 1 und § 222 StG/ZH umschreiben Erwerbspreis und erlös identisch als "Kaufpreis mit Einschluss aller weiteren Leistungen des Erwerbers (vgl. auch RICHNER ET. AL., a.a.O.) .
3.4 Nach dem Gesagten halten sich die §§ 220 Abs. 1 und 222 an die Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes, und die Zürcher Praxis, wonach Kaufpreiszahlungen vor der Eigentumsübertragung bzw. vor dem Übergang von Nutzen und Gefahr - im Umfang des Zinsvorteils - eine zusätzliche Leistung des Käufers darstellt, ist die sachgerechte Umsetzung der genannten Bestimmungen. Dass in der Mehrheit der Zürcher Gemeinden eine abweichende Steuerpraxis bestehe, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, wird von ihr nicht weiter belegt (Art. 42 Abs. 2 BGG).
4. Dies führt zur Abweisung der Beschwerde.
Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65/66 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Bassersdorf, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. November 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein