Fatti:
A. A._ ha ottenuto la licenza di condurre veicoli a motore nel marzo del 1975 e tra il 1984 e il 1994 è stato oggetto di un ammonimento e di due provvedimenti di revoca della licenza per eccesso di velocità. Il 12 marzo 1998 è stata pronunciata nei suoi confronti un'ulteriore revoca di un mese per opposizione alla prova del sangue.
B. Verso le ore 1.30 del 2 aprile 1998, A._ è stato fermato a Bellinzona da due agenti della polizia comunale mentre si trovava alla guida della sua vettura. L'esame dell'alito effettuato pochi minuti dopo presso la polizia cantonale ticinese ha evidenziato un tasso di alcolemia dello 0,71 ‰. L'interessato si è opposto a un'analisi del sangue, sottoponendosi tuttavia a una visita medica, dalla quale è risultato ch'egli non si trovava in stato di ebrietà e che era in grado di padroneggiare con sicurezza un veicolo a motore.
C. Il 28 aprile 1998 la Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni gli ha comunicato che il caso sarebbe stato esaminato sotto il profilo amministrativo al termine dell'inchiesta penale in corso, in modo da potere esattamente stabilire le sue eventuali responsabilità. Con atto del 4 novembre 1998 il Procuratore pubblico (PP) ha promosso l'accusa nei confronti di A._ per il titolo di opposizione alla prova del sangue. In sede istruttoria l'accusato ha chiesto l'assunzione di diverse prove, in particolare l'audizione del Comandante della polizia comunale di Bellinzona. Quest'ultima richiesta è stata respinta sia dal PP sia dal Giudice dell'istruzione e dell'arresto (GIAR), intervenuto su reclamo dell'interessato. Con sentenza del 4 novembre 1999 il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile un ricorso di diritto pubblico di A._ contro la decisione del GIAR (sentenza 1P.453/1999).
D. Con decreto d'accusa del 7 febbraio 2000 il PP ha deferito l'accusato al Pretore di Bellinzona, siccome ritenuto colpevole di opposizione alla prova del sangue, proponendone la condanna al pagamento di una multa di fr. 1'500.--. L'accusato non si è opposto al decreto, ma l'ha impugnato dinanzi alla Camera dei ricorsi penali, che ha respinto il gravame con sentenza del 25 ottobre 2001, confermata dal Tribunale federale il 13 dicembre 2001 (sentenza 1P.733/2001). Con sentenza del 4 aprile 2006 la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello ha poi respinto una domanda di revisione presentata da A._ contro il decreto di accusa, rilevando in particolare che per postulare l'assunzione delle prove ritenute utili alla sua difesa, comprese quelle riguardanti il preteso comportamento abusivo degli agenti di polizia, egli avrebbe dovuto interporre opposizione al decreto.
E. Nel frattempo, A._ ha commesso il 10 marzo 2004 un'ulteriore infrazione, circolando sull'autostrada A1 in territorio di Nyon in stato di ebrietà (0,93 - 1,03 ‰) ed a velocità eccessiva (179 km/h sul limite di 120 km/h). Ciò ha comportato una revoca della licenza di condurre della durata di quattro mesi.
F. Riattivata frattanto la procedura amministrativa relativa all'infrazione del 2 aprile 1998 e concessa all'interessato la facoltà di esprimersi, con decisione del 30 novembre 2006 la Sezione della circolazione ha revocato a A._ la licenza di condurre per la durata di sei mesi, autorizzando comunque durante tale periodo la guida di veicoli delle categorie speciali F, G e M. Questo provvedimento è stato confermato, su ricorso del conducente, dal Consiglio di Stato con risoluzione del 27 febbraio 2007.
G. Con sentenza del 7 dicembre 2007 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso di A._ contro la risoluzione governativa. Ha ritenuto applicabile il diritto previgente la modifica del 14 dicembre 2001 ed ha negato l'adempimento dei requisiti per potere ordinare una revoca della licenza di condurre per una durata inferiore a quella minima stabilita dalla legge. Ha considerato che il giudizio del governo era sufficientemente motivato e che non erano dati i presupposti per scostarsi in via eccezionale dalle conclusioni dell'autorità penale.
H. A._ impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questo giudizio. Chiede in via principale di annullarlo e di negare la revoca della licenza di condurre. In via subordinata postula il rinvio della causa alla Sezione della circolazione per l'assunzione di ulteriori prove. In via più subordinata chiede di ridurre a un solo giorno il periodo di revoca della licenza. Il ricorrente fa valere in particolare l'intervenuta prescrizione del provvedimento amministrativo e l'illegalità dell'ordine di sottoporsi alla prova del sangue.
I. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza, rilevando che la linea di difesa attendista del ricorrente gli avrebbe permesso di ottenere una revoca insignificante per l'infrazione del 10 marzo 2004. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Invitato ad esprimersi, l'Ufficio federale delle strade postula la reiezione del gravame. Il ricorrente si è espresso sulla risposta della Corte cantonale, rilevando di avere semplicemente fatto uso dei i rimedi giuridici a disposizione.
Con decreto del 25 febbraio 2008 al ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo.
Diritto:
1. 1.1 La via del ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi degli art. 82 segg. LTF è di principio aperta contro le decisioni prese in ultima istanza cantonale riguardo ai provvedimenti amministrativi di revoca della licenza di condurre. Il ricorrente, che ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, è particolarmente toccato dalla decisione impugnata, che conferma la revoca della sua licenza di condurre per un periodo di sei mesi. Egli ha un interesse degno di protezione all'annullamento o a una modifica della stessa nel senso di una riduzione del periodo di revoca. La sua legittimazione a ricorrere giusta l'art. 89 cpv. 1 LTF è quindi chiaramente data. Interposto tempestivamente contro una decisione finale di ultima istanza cantonale, non suscettibile d'impugnazione dinanzi al Tribunale amministrativo federale, il ricorso è ammissibile sotto il profilo degli art. 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF.
1.2 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso ordinario al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (DTF 133 I 201 consid. 1). Il Tribunale federale applica di principio d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF) e può quindi accogliere un ricorso sulla base di un motivo non invocato, rispettivamente respingerlo con una motivazione diversa da quella addotta dalla precedente istanza (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.4.1, 132 II 257 consid. 2.5). Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso deve comunque essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1).
2. Il 1° gennaio 2005 è entrata in vigore la modifica del 14 dicembre 2001 della LCStr, che concerne in particolare la disciplina della revoca della licenza di condurre (cfr. RU 2002, 2767). Le disposizioni della modifica si applicano al conducente che, dopo la sua entrata in vigore, commette un'infrazione lieve, medio grave o grave delle prescrizioni sulla circolazione stradale (cfr. disposizioni finali della modifica del 14 dicembre 2001, cpv. 1). In concreto l'infrazione è stata commessa il 2 aprile 1998, sicché la Corte cantonale ha applicato il diritto previgente. Il ricorrente non contesta l'applicabilità del diritto anteriore né sostiene che l'attuale normativa gli sarebbe più favorevole. A ragione. In effetti, secondo il diritto ora vigente l'opposizione alla prova del sangue costituisce esplicitamente un'infrazione grave (art. 16c cpv. 1 lett. d LCStr), che comporta la revoca della licenza per almeno sei mesi se nei cinque anni precedenti la licenza è stata revocata una volta per un'infrazione medio grave (art. 16c cpv. 2 lett. b LCStr), rispettivamente per almeno dodici mesi se nei cinque anni precedenti la licenza è stata revocata una volta per un'infrazione grave o due volte a causa di infrazioni medio gravi (art. 16c cpv. 2 lett. c LCStr). Inoltre, a differenza della prassi concernente il diritto previgente (cfr. DTF 127 II 297 consid. 3), il nuovo diritto non consente di principio di pronunciare revoche di durata inferiore a quella minima prevista dalla legge (art. 16 cpv. 3 seconda frase LCStr; DTF 132 II 234 consid. 2.3; sentenza 1C_135/2008 del 13 agosto 2008, consid. 3.2.1; sentenza 6A.61/2006 del 23 novembre 2006, consid. 4.3-4.5). Il nuovo diritto non è quindi più favorevole al ricorrente perché in concreto, considerato il breve tempo trascorso dalla precedente revoca, non permetterebbe di pronunciare una revoca di durata inferiore a quella di sei mesi in applicazione dei previgenti art. 16 cpv. 3 lett. g e 17 cpv. 1 lett. c vLCStr (cfr. sentenze 1C_275/2007 del 16 maggio 2008, consid. 4.6.3; 1C_81/2007 del 31 ottobre 2007, consid. 2; 6A.113/2006 del 30 aprile 2007, consid. 3). Nella fattispecie, l'applicazione del diritto previgente si giustifica quindi anche sotto il profilo del principio della "lex mitior" (cfr. art. 2 cpv. 2 CP).
3. 3.1 Il ricorrente rileva che l'infrazione è stata commessa il 2 aprile 1998 e sostiene che la sanzione amministrativa litigiosa dovrebbe essere considerata prescritta, tenuto analogamente conto del termine di prescrizione assoluta dell'azione penale, che in concreto sarebbe scaduto il 2 ottobre 2005 (art. 91 cpv. 3 vLCStr in relazione con l'art. 72 n. 2 vCP).
3.2 Contrariamente a quanto sembra ritenere il ricorrente, la scadenza del termine di prescrizione dell'azione penale non implica di per sé quella del provvedimento amministrativo della revoca della licenza di condurre. Le regole penali sulla prescrizione possono entrare in considerazione per analogia, al fine di valutare se la durata della procedura sia stata eccessiva, ciò che non deve essere esaminato sulla base di criteri assoluti ed astratti, ma tenendo conto delle circostanze concrete del caso (DTF 127 II 297 consid. 3d). Come rettamente rilevato dalla Corte cantonale, secondo la giurisprudenza concernente il diritto previgente, l'autorità può pronunciare la revoca della licenza per una durata inferiore a quella minima stabilita dalla legge o, se del caso, prescindere da qualsiasi provvedimento, quando, cumulativamente, sia trascorso un tempo relativamente lungo dai fatti che hanno dato luogo al provvedimento, il conducente colpevole non sia responsabile della lunghezza del procedimento e si sia comportato correttamente durante questo periodo (DTF 127 II 297 consid. 3b, 120 Ib 504 consid. 4d-e; cfr. inoltre DTF 122 II 180 consid. 5a, sentenza 6A.97/2002 del 5 febbraio 2003, consid. 3, apparsa in: Pra 92/2003 n. 148 pag. 795 segg.). Così, nella DTF 127 II 297 richiamata dallo stesso ricorrente, il Tribunale federale, nel caso di una contravvenzione che comportava un termine di prescrizione penale di due anni, ha ritenuto eccessiva la durata di quattro anni e mezzo per la procedura della misura amministrativa, confermando una revoca della licenza per un periodo di tre mesi, invece dei sei mesi previsti dalla legge.
In tali circostanze, la tesi del ricorrente, secondo cui il provvedimento amministrativo nei suoi confronti sarebbe semplicemente prescritto, è infondata. Riguardo alle citate esigenze giurisprudenziali per ammettere un provvedimento più lieve rispetto a quello stabilito dalla legge, il ricorrente si limita a sostenere che, contrariamente a quanto riconosciuto dai giudici cantonali, egli non sarebbe responsabile del ritardo procedurale. Certo, in concreto è trascorso un lungo tempo dai fatti che hanno dato luogo al provvedimento. Tuttavia, l'autorità amministrativa è di principio abilitata a soprassedere alla propria decisione fino all'emanazione di una decisione penale cresciuta in giudicato, nella misura in cui, come era qui il caso, l'accertamento dei fatti o la qualifica giuridica del comportamento litigioso fossero rilevanti nel quadro del procedimento amministrativo (DTF 121 II 214 consid. 3a e rinvio). Il ritardo assunto dalla procedura in esame è strettamente connesso al prolungamento del procedimento penale ed è parzialmente imputabile anche al comportamento del ricorrente che, invece di eventualmente opporsi al decreto di accusa, ha adito la Camera dei ricorsi penali e il Tribunale federale ed ha presentato in seguito una domanda di revisione alla Corte cantonale di cassazione e di revisione penale. Egli è quindi perlomeno in parte responsabile della lunga durata del procedimento e, d'altra parte, durante questo periodo non si è comportato correttamente, essendo circolato in stato di ebrietà ed a una velocità eccessiva il 10 marzo 2004. Di conseguenza, una revoca della licenza di condurre di durata inferiore a sei mesi non si giustifica.
4. 4.1 Il ricorrente sostiene che l'obbligo di sottoporsi alla prova del sangue sarebbe stato illegale, siccome non esistevano indizi circa un suo stato di ebrietà, ritenuto in particolare che la visita medica alla quale si è sottoposto avrebbe permesso di accertare la sua sobrietà. Lamenta inoltre la mancata presa in considerazione di una lettera del 26 marzo 2002 dell'ex Comandante della polizia comunale di Bellinzona, che non poteva essere prodotta nel procedimento penale e dalla quale risulterebbe un comportamento abusivo degli agenti che lo avevano fermato.
4.2 L'autorità amministrativa competente a ordinare la revoca della licenza di condurre deve di principio attenersi agli accertamenti di fatto contenuti in una decisione penale cresciuta in giudicato, segnatamente laddove quest'ultima sia stata pronunciata secondo la procedura ordinaria. Essa può scostarsi dalla decisione penale solo se può fondare la sua decisione su accertamenti di fatto sconosciuti al giudice penale o che non sono stati presi in considerazione da quest'ultimo, se assume nuove prove il cui apprezzamento conduce a un risultato diverso o se l'apprezzamento delle prove compiuto dal giudice penale è in netto contrasto con i fatti accertati o infine se il giudice penale non ha chiarito tutte le questioni di diritto, in particolare quelle che riguardano la violazione delle norme della circolazione (DTF 124 II 103 consid. 1c/aa, 123 II 97 consid. 3c/aa; sentenza 1C_29/2007 del 27 agosto 2007, consid. 3.1). Il principio secondo cui l'autorità amministrativa non può scostarsi dall'accertamento dei fatti operato in sede penale vale, a determinate condizioni, anche ove la decisione penale sia stata emanata nell'ambito di una procedura sommaria, segnatamente nel caso di una decisione penale fondata essenzialmente su un rapporto di polizia, qualora l'accusato sapeva o, vista la gravità dell'infrazione rimproveratagli, doveva prevedere che nei suoi confronti sarebbe stato avviato anche un procedimento concernente la revoca della licenza di condurre, oppure quando ne era stato informato e, ciononostante, nella procedura penale ha omesso di fare valere i diritti garantiti alla difesa o vi ha rinunciato. In simili circostanze, l'accusato non può attendere il procedimento amministrativo per presentare eventuali censure e mezzi di prova, ma è tenuto, secondo il principio della buona fede, a proporli già nel quadro della procedura penale, nonché ad esaurire, se del caso, i rimedi di diritto disponibili contro il giudizio penale (DTF 123 II 97 consid. 3c/aa, 121 II 214 consid. 3a).
Riguardo all'applicazione del diritto, se la valutazione giuridica della fattispecie è strettamente connessa con l'apprezzamento di fatti meglio conosciuti dal giudice penale, l'autorità amministrativa è di massima vincolata anche alla qualificazione giuridica stabilita nel giudizio penale (DTF 124 II 103 consid. 1c/bb).
4.3 Il ricorrente è stato condannato penalmente per opposizione alla prova del sangue giusta l'art. 91 cpv. 3 vLCStr. Con il decreto di accusa del 7 febbraio 2000, il Procuratore pubblico gli ha infatti rimproverato di essersi intenzionalmente opposto, il 2 aprile 1998 a Bellinzona, alla prova del sangue, malgrado l'avvertimento sulle possibili conseguenze penali del suo rifiuto. In quanto avvocato e sulla scorta delle precedenti infrazioni commesse, il ricorrente sapeva che sarebbe pure stata aperta una procedura amministrativa di revoca della licenza. Del resto, la Sezione della circolazione lo ha esplicitamente informato, il 28 aprile 1998, che il caso sarebbe stato esaminato sotto il profilo del diritto amministrativo al termine dell'inchiesta penale. In tali circostanze, spettava al ricorrente addurre nel contesto della procedura penale le censure relative al mancato adempimento del reato e le prove a suo discarico, se del caso opponendosi al decreto di accusa ed impugnando il giudizio di merito dinanzi alle istanze ricorsuali superiori. Come noto al ricorrente, il ricorso contro il decreto d'accusa da lui presentato alla Camera dei ricorsi penali consentiva unicamente di fare valere eccezioni limitate, riguardanti essenzialmente la mancanza dei presupposti di perseguibilità (cfr. art. 212 in relazione con l'art. 201 segg. CPP/TI; RtiD I-2007, n. 9, pag. 46; Rep. 1999, pag. 362/363).
4.4 Certo, il ricorrente sostiene che la lettera dell'ex Comandante della polizia comunale, datata 26 marzo 2002, non poteva essere prodotta nella procedura penale. Tuttavia, le circostanze esposte in tale scritto, riguardanti un preteso comportamento abusivo degli agenti intervenuti al controllo del 2 aprile 1998, erano note al ricorrente ed alle autorità penali. Nella fase dell'istruzione formale, il ricorrente aveva peraltro chiesto l'audizione dell'ex Comandante: visto il rifiuto del PP e del GIAR di assumere la prova, spettava al ricorrente postularne l'assunzione nell'ambito del dibattimento, dopo essersi opposto al decreto di accusa (cfr. art. 227 CPP/TI in relazione con l'art. 273 vCPP/TI; sentenza 1P.453/1999 citata).
D'altra parte, la visita medica cui si è sottoposto il ricorrente è stata presa in considerazione dalle autorità cantonali, che giustamente non l'hanno ritenuta determinante per escludere la realizzazione del reato di opposizione alla prova del sangue. In effetti, come ha rettamente addotto la precedente istanza, il risultato del tasso alcolemico scaturito dalla prova dell'alito (0,71 ‰) giustificava in concreto l'analisi del sangue (cfr. art. 138 cpv. 3 vOAC). Questa analisi è preminente rispetto ad altre e l'esame medico, complementare, non la sostituisce (cfr. art. 140 vOAC; DTF 106 IV 64 consid. 2).
5. Il ricorrente sostiene infine che l'infrazione del 10 marzo 2004 e quella oggetto della decisione 12 marzo 1998 sarebbero irrilevanti ai fini del provvedimento litigioso, la prima siccome commessa dopo quasi sei anni dai fatti qui in discussione, la seconda siccome riconducibile a un risultato dell'etilometro pari allo 0,55 ‰, concentrazione che a suo dire non avrebbe giustificato una prova del sangue. A parte il fatto che quest'ultima considerazione non è corretta, visto che, secondo la giurisprudenza, l'art. 138 cpv. 3 vOAC non escludeva di per sé un esame del sangue anche nel caso in cui il tasso di alcolemia rilevato mediante l'analisi dell'alito fosse inferiore allo 0,6 ‰ (cfr. DTF 111 IV 170 consid. 2), a torto il ricorrente la solleva in questa sede. Egli rimette infatti inammissibilmente in discussione, peraltro in modo generico, una precedente infrazione che esula dall'oggetto della presente causa.
Sollevando la questione del lungo tempo intercorso tra l'infrazione in esame e quella commessa il 10 marzo 2004, il ricorrente si riferisce nuovamente alla pretesa prescrizione della sanzione amministrativa, come visto infondata. Egli non dimostra tuttavia, con una motivazione conforme alle citate esigenze, che la Corte cantonale avrebbe ecceduto nel suo potere di apprezzamento confermando la revoca per una durata di sei mesi, pari al minimo prescritto legalmente.
6. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alla patrocinatrice del ricorrente, alla Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle strade.