Sachverhalt:
A. Mit Entscheid vom 30. Oktober 2008 im Verfahren nach Art. 175 ZGB verpflichtete die delegierte Richterin des Amtsgerichtspräsidenten II von Luzern-Land X._ (Ehemann) (nachfolgend: Beschwerdeführer), Y._ (Ehefrau) (nachfolgend: Beschwerdegegnerin) ab 15. Dezember 2007 für die Tochter Z._ monatliche Unterhaltsbeiträge von Fr. 1'150.-- (inkl. Fr. 150.-- für die Freizeitaktivitäten) zuzüglich Kinderzulage und für die Beschwerdegegnerin persönlich Beiträge von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.
B. Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdegegnerin am 20. November 2008 Rekurs beim Obergericht des Kantons Luzern und beantragte unter anderem, der Beschwerdeführer habe ihr ab 15. Dezember 2007 monatliche Unterhaltsbeiträge von Fr. 1'150.-- zuzüglich Kinderzulagen für Tochter Z._ und von Fr. 3'800.-- für sie persönlich zu bezahlen.
Mit Entscheid vom 9. Februar 2009 hiess das Obergericht den Rekurs teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin rückwirkend ab 15. Dezember 2007 monatliche Unterhaltsbeiträge von Fr. 1'150.-- (inkl. Fr. 150.-- für Freizeitaktivitäten) zuzüglich Kinderzulagen für Tochter Z._ und von Fr. 3'500.-- bis 30. Juni 2009, danach Fr. 2'900.-- für die Beschwerdegegnerin persönlich zu bezahlen.
C. Mit Beschwerde vom 25. März 2009 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, der obergerichtliche Entscheid sei aufzuheben und er sei zu verpflichten, der Beschwerdegegnerin ab 15. Dezember 2007 unter Anrechnung bereits geleisteter Zahlungen einen monatlichen, vorauszahlbaren und ab Verfall zu 5% verzinslichen persönlichen Unterhaltsbeitrag von Fr. 2'000.-- bis 30. Juni 2009 und von Fr. 1'300.-- ab 1. Juli 2009 zu bezahlen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
In der Sache wurden keine Vernehmlassungen eingeholt. Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Vernehmlassung vom 17. April 2009 zum Gesuch um aufschiebende Wirkung die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Mit Verfügung vom 21. April 2009 wurde der Beschwerde für die bis und mit Februar 2009 der Beschwerdegegnerin persönlich geschuldeten Unterhaltsbeiträge, soweit sie Fr. 2'000.-- übersteigen, sowie für die kantonalen Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'600.-- die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Eheschutzentscheid ist kantonal letztinstanzlich (Art. 75 Abs. 1 BGG). Es handelt sich um einen Endentscheid in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 1 und Art. 90 BGG; BGE 133 III 393 E. 4 S. 395 f.). Streitig sind ausschliesslich vermögensrechtliche Belange in einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Betrag (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG i.V.m. Art. 51 Abs. 4 BGG). Die Beschwerde erweist sich soweit als zulässig.
1.2 Eheschutzentscheide betreffen vorsorgliche Massnahmen im Sinn von Art. 98 BGG, weshalb nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (BGE 133 III 393 E. 5 S. 396 f.). Zur Anwendung gelangt deshalb das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 262; 125 I 492 E. 1b S. 495).
1.3 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt, was in der Beschwerde ebenfalls näher darzulegen ist (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 133 III 393 E. 3 S. 395 mit Hinweis).
2. Strittig ist das dem Beschwerdeführer anrechenbare Einkommen.
2. Strittig ist das dem Beschwerdeführer anrechenbare Einkommen.
2.1 2.1.1 Das Obergericht erwog, dass der Beschwerdeführer seit Jahren eine Schreinerei führe und aus dieser Tätigkeit in den Jahren 2002 bis 2005 ein Einkommen (Jahresgewinn) von durchschnittlich rund Fr. 128'900.-- erzielt habe. Nach Weiterführung des bisher als Einzelfirma geführten Betriebs als GmbH habe er sich einen Lohn ausbezahlt, welcher im Jahre 2007 - unter Hinzurechnung der nicht im Geschäft mitarbeitenden Beschwerdegegnerin - brutto Fr. 88'400.-- bzw. netto Fr. 74'887.--, jeweils zuzüglich Kinderzulagen, betragen habe. Aufgrund des Lohnausweises für den Monat Januar 2008 ergebe sich für das Jahr 2008 ein Netto-Jahreseinkommen von rund Fr. 73'514.-- zuzüglich Kinderzulagen von Fr. 5'520.--. Zu diesem Lohn habe die erste Instanz die Vergütungen des Schreinereibetriebs für die Miete von Büro und Garage im Betrag von Fr. 5'040.-- sowie für Strom und Heizung im Betrag von Fr. 900.-- hinzugerechnet.
2.1.2 Sodann führte das Obergericht aus, dass lediglich der Beschwerdeführer Kapital in die GmbH investiert habe, ihm allein der Gewinn zukomme und er allein einen allfälligen Verlust trage. Daher bestehe zwischen dem Schreinereibetrieb und dem Beschwerdeführer eine wirtschaftliche Einheit, und es könne ihm nicht einfach der ausgewiesene Lohn angerechnet werden; vielmehr sei seine wirtschaftliche Leistungsfähigkeit so zu bestimmen, wie wenn er Selbständigerwerbender wäre. Daher sei dem Beschwerdeführer zusätzlich zu den Lohnbezügen der ausgewiesene Jahresgewinn der GmbH als Einkommen anzurechnen, welcher im Jahre 2007 Fr. 12'291.89 betragen habe; das im Jahre 2008 erzielte Unternehmensergebnis sei noch nicht bekannt, sodass ebenfalls von einem Jahresgewinn von Fr. 12'292.-- auszugehen sei.
2.1.3 Das Obergericht erwog jedoch weiter, dass in der Erfolgsrechnung 2007 einmalige bzw. ausserordentliche Auslagen von total rund Fr. 10'000.-- verbucht seien, die im Zusammenhang mit der neu gegründeten GmbH und dem Umzug des Schreinerbetriebes entstanden seien und ab 2008 nicht mehr anfallen würden (zusätzlicher Aufwand für Buchhaltung und Beratung, Umzug, Entsorgung, Werbung und Büromaterial). Es sei daher zu erwarten, dass der "sonstige Betriebsaufwand" ab dem Jahr 2008 um rund Fr. 10'000.-- tiefer ausfallen werde als im Jahr 2007 und sich damit wieder in der Höhe des in den Jahren 2004 und 2005 durchschnittlich verbuchten sonstigen Betriebsaufwandes bewegen werde. Daher werde sich der Unternehmensgewinn 2008 gegenüber der Jahresrechnung um Fr. 10'000.-- erhöhen und sei als zusätzliches Einkommen anzurechnen.
2.1.4 Sodann ging das Obergericht davon aus, dass der Beschwerdeführer 2007 rund Fr. 80'000.-- in Maschinen und Apparate sowie in Mobiliar und Einrichtungen investiert und so zusätzliche Abschreibungen im Betrag von total rund Fr. 22'000.-- ausgelöst habe. Entsprechend hätten sich die Abschreibungen von total Fr. 14'161.75 per 31. Dezember 2006 auf total Fr. 29'981.95 per 31. Dezember 2007 erhöht. Da im Jahre 2008 keine grösseren Investitionen getätigt worden seien, reduziere sich der Gesamtaufwand für Abschreibungen und Rückstellungen per 31. Dezember 2008 wieder auf rund Fr. 21'300.-- und per 31. Dezember 2009 auf rund Fr. 15'500.--, was ungefähr den in den Jahren 2002 bis 2006 verbuchten Abschreibungen und Rückstellungen von durchschnittlich Fr. 19'000.-- pro Jahr entspreche. Ab dem Jahr 2008 sei somit von durchschnittlichen Abschreibungen der GmbH von Fr. 20'000.-- auszugehen, was den Betriebserfolg und damit auch den Jahresgewinn gegenüber dem Jahr 2007 um weitere Fr. 10'000.-- erhöhe und dem Beschwerdeführer als Einkommen aufzurechnen sei.
2.1.5 Insgesamt rechnete das Obergericht dem Beschwerdeführer einen Nettolohn von jährlich Fr. 73'514.-- zuzüglich Kinderzulagen, Vergütungen des Betriebs für die Miete von Büro/Garage und für Strom/Heizung von Fr. 5'940.-- sowie einen Unternehmensgewinn von rund Fr. 32'300.-- (Jahresgewinn 2007 von rund Fr. 12'292.-- zuzüglich Reduktion des Aufwands und der Abschreibungen von je Fr. 10'000.--) an, was ein Nettojahreseinkommen von total rund Fr. 111'750.-- (monatlich Fr. 9'310.--) ergibt. Dies rechtfertige sich auch im Hinblick auf den in den Jahren 2002 bis 2005 durchschnittlich generierten Unternehmensgewinn von Fr. 128'900.-- und die seither eingetretenen Veränderungen (vermehrter Einsatz von Temporärangestellten). Weiter hätten sich die Privatbezüge der Parteien im Jahr 2005 auf Fr. 179'226.25 und im Jahr 2006 auf Fr. 151'999.35 belaufen und seien teilweise markant höher als der am Ende des Geschäftsjahres erwirtschaftete Gewinn gewesen. Aufgrund dieser sehr hohen Privatbezüge und der Erzielung von privatem Einkommen zu Lasten der Substanz der Unternehmung erscheine die Annahme eines Nettojahreseinkommens von Fr. 111'750.-- auch unter dem Aspekt der ehelichen Lebenshaltung als gerechtfertigt und angemessen.
2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe die Einkommensreduktion auf die neue Gesellschaftsform zurückgeführt. Indes hat das Obergericht den Umstand der neuen Existenz der GmbH lediglich insofern berücksichtigt, als es für das Jahr 2007 einmalige bzw. ausserordentliche Auslagen angenommen hat, die es als im Zusammenhang mit der neu gegründeten GmbH und dem Umzug des Schreinerbetriebes stehend betrachtet hat (s. oben, E. 2.1.3). Das Obergericht hat somit nicht einfach auf die neue Gesellschaftsform abgestellt. Diese Rüge geht somit an der vorinstanzlichen Argumentation vorbei, sodass auf sie nicht einzutreten ist.
2.3 Was die Berechnung seines Einkommens betrifft, wendet der Beschwerdeführer ein, es sei im Jahre 2007 nur deshalb ein Gewinn erzielt worden, weil die aus dem Vorjahr stammende Rückstellung "Behebung/Reparatur Wasserschaden" von Fr. 20'000.-- aufgelöst worden sei. Dieser Betrag verfälsche das Ergebnis des Jahres 2007 wesentlich, da ohne Auflösung dieser Reserve ein Verlust von Fr. 7'708.-- zu verzeichnen gewesen wäre. Im Sinne einer Eventualbegründung macht der Beschwerdeführer geltend, er sei von Gesetzes wegen verpflichtet, 5% des Jahresgewinnes der allgemeinen Reserve zuzuweisen, sodass der anzurechnende Gewinn 2007 um Fr. 615.-- zu reduzieren wäre.
Sodann rügt der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe nicht berücksichtigt, dass sich im Jahre 2007 der Aufwand des Waren- und Materialeinkaufs von 33.2% auf 39.9% erhöht habe, sodass sich die Marge um 7% bzw. rund Fr. 36'000.-- reduziert habe, dass höhere Sozialleistungen im Umfang von Fr. 15'000.-- angefallen seien und dass für die Ertrags- und Kapitalsteuer, der in der EU nicht abgezogen werden könne, der Betrag von Fr. 3'200.-- hinzuzurechnen sei.
2.4 Mit diesen Rügen richtet sich der Beschwerdeführer punktuell gegen die Berechnung des Jahresgewinns 2007 durch das Obergericht. Mit seinen Argumenten möchte er erklären, warum es gerechtfertigt sei, seine Einkünfte vor und nach Weiterführung seiner Einzelfirma als GmbH anders zu berechnen. Er wendet sich jedoch nicht gegen die - zutreffende - grundsätzliche Überlegung des Obergerichts, dass er als Selbständigerwerbender zu behandeln sei, ungeachtet der Rechtsform, welcher er sich für seinen Betrieb bedient.
Bei starken Schwankungen des Einkommens selbständigerwerbender Ehegatten darf für die Beurteilung ihrer Leistungsfähigkeit auf den Reingewinn im Durchschnitt mehrerer Jahre abgestellt werden, wenn keine eindeutige und begründbare Tendenz für einen steigenden oder sinkenden Ertrag spricht (Rolf Vetterli, in: FamKomm Scheidung, 2005, N. 30 zu Art. 176 ZGB; vgl. auch Ingeborg Schwenzer, a.a.O., N. 17 zu Art. 125 ZGB; Verena Bräm, in: Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 1998, N. 77 zu Art. 163 ZGB). Auffällige, d.h. besonders gute oder besonders schlechte Abschlüsse können unter Umständen ausser Acht gelassen werden (Bräm, a.a.O.).
Dies entspricht auch der Vorgehensweise des Obergerichts, gegen welche sich der Beschwerdeführer ebenfalls nicht grundsätzlich richtet. So hat das Obergericht zu Recht die Abschlüsse der Jahre 2002 bis 2005 bzw. 2006 beigezogen, ohne dass der Beschwerdeführer zwingende Argumente vortragen konnte, welche die obergerichtliche Schlussfolgerung als willkürlich erscheinen liessen, selbst in der Form der GmbH sei vom Betrieb ein annähernd gleich hohes Einkommen zu erwerben.
2.5 Damit ist auch auf die weiteren Vorbringen betreffend die Berechnung des Unternehmensgewinns, welche sich auf die genannten Rügen stützen, nicht einzutreten.
3. Strittig ist weiter das der Beschwerdegegnerin anrechenbare Einkommen.
3.1 Das Obergericht erwog, es sei der Beschwerdegegnerin grundsätzlich zumutbar, eine Erwerbstätigkeit in einem Pensum von 50% aufzunehmen. Sie sei diplomierte Konfektionsschneiderin und habe bis zur Geburt der Tochter Z._ im Jahr 1995 für die Mode S._ AG als Schneiderin gearbeitet. In Würdigung insbesondere ihres Alters (48 Jahre), ihres langen Erwerbsunterbruchs auf dem erlernten Beruf, ihrer fehlenden Erfahrungen auf einem anderen Berufszweig, sowie der angespannten Wirtschaftslage und beginnenden Rezession rechtfertige es sich, bei der Bemessung des ihr möglichen Erwerbseinkommens von den Lohnzahlen für einfache und repetitive Tätigkeiten auszugehen. Gemäss Lohnstrukturerhebung 2008 betrage der durchschnittliche Bruttomonatslohn von Frauen (100% inkl. Anteil 13. Monatslohn) bei der Herstellung von Bekleidung und Pelzwaren Fr. 3'247.--, im Textilgewerbe Fr. 3'628.--, im Detailhandel Fr. 3'946.--, für persönliche Dienstleistungen Fr. 3'309.--. Aufgrund dieser Erfahrungswerte rechtfertige es sich, von einem zumutbaren und möglichen Erwerbseinkommen der Beschwerdegegnerin (bei einem 50%-Pensum) von rund Fr. 1'700.-- brutto bzw. rund Fr. 1'400.-- netto auszugehen.
3.2 Ob der Beschwerdegegnerin ein hypothetisches Einkommen in der angenommenen Höhe zugemutet werden kann, ist Rechtsfrage, ob dessen Erzielung auch als tatsächlich möglich erscheint, ist hingegen Tatfrage, die durch entsprechende Feststellungen oder durch die allgemeine Lebenserfahrung beantwortet wird (BGE 128 III 4 E. 4c/bb S. 7; 126 III 10 E. 2b S. 12); auch letzternfalls müssen aber jene Tatsachen als vorhanden festgestellt sein, die eine Anwendung von Erfahrungssätzen überhaupt erst ermöglichen (BGE 128 III 4 E. 4c/bb S. 7 mit Hinweis). Zur Ermittlung des hypothetischen Einkommens darf grundsätzlich auf Lohnstrukturerhebungen abgestellt werden, doch ist dabei den konkreten Umständen Rechnung zu tragen (Urteil 5A_450/2007 vom 25. Oktober 2007 E. 2.3; vgl. BGE 128 III 4 E. 4c/bb S. 7 f.).
3.3 Der Beschwerdeführer rügt, das Obergericht habe den Umstand nicht berücksichtigt, dass die Beschwerdegegnerin während der Ehe bis heute Heimarbeit als Schneiderin erledigt habe. Auch habe das Obergericht die breite Erfahrung der Beschwerdegegnerin nicht nur im angestammten, sondern verwandten Berufen wie etwa als Verkäuferin ausser Acht gelassen. In diesem Zusammenhang macht der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 29 BV geltend, ohne jedoch weiter darzulegen, was er damit meint.
Dabei verkennt der Beschwerdeführer, dass das Obergericht ausdrücklich auf die frühere Tätigkeit der Beschwerdegegnerin im Verkauf bei der T._ AG hingewiesen hat. Ausserdem führte das Obergericht aus, die Beschwerdegegnerin habe während der Ehe jahrelang Heimarbeiten als Schneiderin für ihren Kollegenkreis erledigt, was sie auch heute noch ab und zu mache, und es sei unbekannt, welches Einkommen sie damit erziele. Weiter hielt das Obergericht fest, dass die Beschwerdegegnerin zu Hause über die notwendigen Arbeitsinstrumente verfüge. Somit hat die Vorinstanz ihren Entscheid auf verständliche Weise begründet. Die Rüge einer Verletzung von Art. 29 BV - sofern sie überhaupt nachvollziehbar ist - ist unbegründet.
3.4 Sodann macht der Beschwerdeführer geltend, die Beschwerdegegnerin sei ausgebildete Konfektionsschneiderin mit langjähriger Erfahrung und bis heute andauernder Praxis, sodass sich ihre beruflichen Möglichkeiten nicht auf repetitive Arbeiten beschränkten, welche auf ungelernte Arbeitskräfte zugeschnitten seien. Das erzielbare Einkommen sei vielmehr im Bereich des Anforderungsniveaus 3 (Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt) anzusetzen, was einem Bruttolohn bei der Herstellung von Bekleidung und Pelzwaren von Fr. 4'006.-- und im Textilgewerbe von Fr. 4'386.-- entspreche. In ihrem angestammten Beruf sei deshalb bei einem 50%-Pensum von einem Nettolohn von mindestens Fr. 1'700.-- auszugehen. Dies gelte auch bei einer Anstellung im Verkauf, könne sie doch auch bei dieser Tätigkeit Erfahrung nachweisen und gerade im Bereich des Modeverkaufs ihre erlernte Tätigkeit als Konfektionsschneiderin positiv einbringen. Sie werde daher das in der Lohnstatistik des Bundesamts für Statistik für den Detailhandel ausgewiesene Minimum von Fr. 3'946.-- (brutto) für das Anforderungsniveau 4 überschreiten.
Mit diesen Rügen richtet sich der Beschwerdeführer gegen die obergerichtliche Annahme der Möglichkeit, ein Erwerbseinkommen bei einem 50%-Pensum von Fr. 1'700.-- brutto bzw. Fr. 1'400.-- netto zu erzielen, und damit gegen die Würdigung tatsächlicher Verhältnisse (Urteil 5A_75/2007 vom 25. Mai 2007 E. 3.2; vgl. BGE 126 III 10 E. 2b S. 13). Er macht in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV) geltend.
Indes stellte das Obergericht bei der Beurteilung des hypothetischen Einkommens auf die dabei massgeblichen Kriterien ab (berufliche Ausbildung, Alter, Gesundheitszustand und Situtation des Arbeitsmarkts; s. Urteil 5A_25/2008 und 5A_34/2008 vom 14. November 2008 E. 7.1, nicht publ. in: BGE 135 III 153). Mit den diesbezüglichen Erwägungen (s. oben E. 3.1) setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Er bringt lediglich vor, wie die tatsächlichen Verhältnisse bei der Bemessung des hypothetischen Einkommens seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Eine Verletzung des Willkürverbots ist damit nicht dargetan. Daher erweisen sich seine diesbezüglichen Rügen - soweit sie sich nicht auf neue Tatsachen stützen und daher von vornherein unzulässig sind (Art. 99 Abs. 1 BGG) - als unbegründet.
3.5 Soweit der Beschwerdeführer im Übrigen geltend macht, die Beschwerdegegnerin habe bisher nur ungenügende Bewerbungsnachweise vorgelegt und es sei ihr zumutbar, breitere und intensivere Stellenbewerbungen vorzunehmen, verkennt er, dass das Obergericht der Beschwerdegegnerin ebenfalls eine Intensivierung ihrer bisher ungenügenden Stellenbemühungen, gezielte und professionelle Bewerbungen sowie grosse Flexibilität hinsichtlich der Art der Erwerbstätigkeit (Schneiderin, Näherin, Verkauf etc.) auferlegt und es unter diesen Voraussetzungen als zumutbar und möglich betrachtet hat, eine entsprechende Arbeitsstelle zu finden. Auch dieser Einwand geht somit an der vorinstanzlichen Argumentation vorbei, sodass darauf nicht einzutreten ist.
4. Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, die Kinderzulage für den Sohn W._, welcher volljährig ist und bei ihm lebt, sei bei ihm als Einkommen angerechnet worden, während diejenige für die Tochter Z._ bei der Beschwerdegegnerin nicht berücksichtigt worden sei. Dabei übersieht er, dass das Obergericht - gestützt auf seinen Lohnausweis für den Monat Januar 2008 - von einem Nettolohn von jährlich rund Fr. 73'514.-- zuzüglich Kinderzulagen von Fr. 5'520.-- ausgegangen ist (s. oben, E. 2.1.1) bei der Berechnung seines Nettojahreseinkommens von insgesamt Fr. 111'750.-- jedoch nur noch den Betrag von Fr. 73'514.-- eingesetzt hat (s. oben, E. 2.1.5). In seinem monatlichen Einkommen von Fr. 9'310.-- sind die Kinderzulagen somit nicht enthalten. Daher geht dieser Einwand an der vorinstanzlichen Argumentation vorbei, sodass darauf nicht einzutreten ist.
5. Insgesamt ist die Beschwerde somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Da sich die Vernehmlassung der Beschwerdegegnerin nur auf die aufschiebende Wirkung bezieht und sie in diesem Punkt unterlegen ist, ist dem Beschwerdeführer keine Parteientschädigung aufzuerlegen (Art. 68 Abs. 1 BGG). Hingegen ist der Vertreterin der Beschwerdegegnerin aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 500.-- auszurichten, da bei ihr die Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege offensichtlich erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch der Beschwerdegegnerin um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen, und es wird ihr Rechtsanwältin Regula Suter-Furrer als Rechtsbeiständin beigegeben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Rechtsanwältin Regula Suter-Furrer wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 500.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, II. Kammer, als Rekursinstanz nach ZPO, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. August 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp