Faits:
A. Par décision du 26 juin 2012, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a fixé à 5236 fr. 45 l'indemnité due à l'avocate X._ pour la défense d'office de A._. Cette indemnité n'incluait pas de montant correspondant à la TVA.
B. L'avocate X._ a formé un recours, concluant à ce que le montant de 5236 fr. 45 soit augmenté d'une somme de 418 fr. 90 correspondant à la TVA de 8 %. Par arrêt du 27 septembre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de dépens, à ce que l'indemnité de 5236 fr. 45 soit augmentée de 418 fr. 90 correspondant à la TVA de 8 %. Elle produit une pièce sous forme d'un courrier du 9 octobre 2012 de la Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée a trait à la fixation d'une indemnité de défenseur d'office dans le cadre d'une défense pénale. Le recours en matière pénale est ouvert à cet égard (arrêt 6B_130/2007 du 11 octobre 2007 consid. 1.1). A noter que l'indemnité litigieuse a été fixée par un tribunal de première instance dont la décision a ensuite fait l'objet d'un recours au plan cantonal. On ne se trouve donc pas dans l'hypothèse visée par l'art. 135 al. 3 let. b CPP qui prévoit un recours devant le Tribunal pénal fédéral lorsque l'indemnité pour la défense d'office est fixée par l'autorité de recours. Cette hypothèse concerne le cas où l'autorité de recours statue en première instance sur l'indemnité pour la procédure menée devant elle (cf. NIKLAUS RUCKSTUHL, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, no 18 ad art. 135 CPP).
2. La recourante a déposé à l'appui de son mémoire une pièce nouvelle en la forme d'un courrier du 9 octobre 2012 de la Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée adressé à l'avocate B._, qui emploie la recourante. Ce courrier contient uniquement un point de vue juridique. La production d'expertises juridiques ou de précédents visant uniquement à renforcer et à développer le point de vue d'une partie est admissible (arrêt 4A_332/2010 du 22 février 2011 consid. 3; cf. déjà, sous l'ancienne OJ, ATF 126 I 95 consid. 4b p. 96; 108 II 69 consid. 1 p. 71).
3. 3.1 La recourante relève qu'elle a un statut d'avocate collaboratrice, étant l'employée de Me B._ et que l'indemnité pour la défense d'office allouée par l'Etat a été encaissée par Me B._, laquelle est soumise à la TVA. Elle en conclut que la TVA doit être ajoutée à l'indemnité octroyée.
3.2 La cour cantonale a refusé d'accorder à la recourante le montant correspondant à la TVA, d'une part parce que la recourante avait elle-même été désignée comme avocate d'office et n'était pas assujettie à la TVA, d'autre part parce que le prévenu dont elle avait été chargée de la défense était domicilié à l'étranger, ce qui impliquait de localiser à l'étranger les prestations accomplies et du même coup de les soustraire à la TVA.
3.3 La recourante laisse entendre que, selon l'organisation de l'étude où elle travaille, l'indemnité d'office est imputée sur les honoraires de son employeuse, Me B._, qui en bénéficie, et non elle directement, étant uniquement salariée de l'étude. Ce faisant, elle introduit des faits non constatés dans l'arrêt attaqué, dont elle n'établit pas qu'ils auraient été omis arbitrairement. Il n'y a pas lieu d'en tenir compte (cf. art. 99 al. 1 LTF). L'argumentation de la recourante qui se distancie des faits constatés est irrecevable.
3.4 Les prestations de services fournies sur le territoire suisse par un avocat dans le cadre d'une défense d'office sont soumises à la TVA si l'avocat y est assujetti (cf. Info TVA 18 concernant le secteur avocats et notaires, janvier 2010, ch. 1.1, accessible sur le site Internet www.estv.admin.ch). Lorsque l'avocat désigné comme défenseur d'office est assujetti à la TVA, l'autorité qui fixe sa rémunération doit prendre en compte l'accroissement des charges au titre de la TVA et doit augmenter proportionnellement l'indemnité allouée (ATF 122 I 1 consid. 3c p. 4). Cette jurisprudence garde sa portée dans le cadre de l'art. 135 al. 1 CPP, selon lequel le défenseur d'office est indemnisé conformément au tarif des avocats de la Confédération ou du canton du for du procès (cf. NIKLAUS RUCKSTUHL, op. cit., no 2 ad art. 135 CPP et note de bas de page no 3).
3.5 La recourante n'est elle-même pas assujettie à la TVA, contrairement à Me B._, qui est son employeuse. Dans son courrier du 9 octobre 2012, la Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée relève que si la recourante est effectivement une simple collaboratrice salariée par Me B._ et n'exerce ainsi pas d'activité indépendante, les opérations qu'elle réalise sont imputées à celle-ci de sorte qu'elles sont soumises à la TVA. Cette prise de position de la Division principale fait suite à un courrier de Me B._ qui ne figure pas au dossier. Quoi qu'il en soit, la Division principale paraît plutôt appréhender la situation de l'avocat collaborateur qui effectue une prestation pour le compte de l'avocat qui l'emploie. Le cas d'espèce implique toutefois une approche différente. En effet, la recourante n'a pas agi pour le compte de l'avocate qui l'emploie, mais dans le cadre d'une défense d'office pour laquelle elle avait été personnellement désignée.
3.6 Selon l'art. 133 al. 1 CPP, le défenseur d'office est désigné par la direction de la procédure compétente au stade considéré. Comme le prévoit l'art. 127 al. 5 CPP qui renvoie à la loi sur la libre circulation des avocats (LLCA; RS 935.61), le défenseur susceptible d'être désigné doit être un avocat. En particulier, en vertu de l'art. 12 let. g LLCA, l'avocat est tenu d'accepter les défenses d'office et les mandats d'assistance judiciaire dans le canton au registre duquel il est inscrit. L'Etat agit en vertu de sa puissance publique et l'institution de l'avocat d'office relève de l'intérêt public (cf. BOHNET/MARTENET, Droit de la profession d'avocat, 2009, no 1645).
3.7 La recourante a personnellement été désignée comme avocate d'office du prévenu. Qu'elle ait été l'employée de Me B._ ne change rien à la portée de la désignation. Il incombait à la recourante elle-même d'assumer le mandat d'office.
La jurisprudence en matière de TVA a posé différents critères pour distinguer une activité dépendante d'une activité indépendante (cf. par exemple arrêt 2C_262/2012 du 23 juillet 2012 consid. 3). Exerce une activité de manière indépendante la personne qui fournit ses prestations en son nom, en apparaissant comme prestataire vis-à-vis de l'extérieur. Dans la situation spécifique de l'avocat désigné comme avocat d'office, il faut considérer que celui-ci exerce une activité indépendante découlant d'obligations légales, quand bien même il est salarié au sein de l'étude où il travaille. Les prestations qu'il fournit à ce titre n'ont pas à être imputées à l'employeur du point de vue de la TVA.
Il s'ensuit que les prestations opérées par la recourante comme avocate d'office l'ont été de manière indépendante. Dès lors qu'elle n'est elle-même pas assujettie à la TVA, l'indemnité allouée ne saurait être augmentée du montant correspondant à la TVA. Cela suffit pour rejeter le recours, sans qu'il soit nécessaire d'examiner l'autre argument retenu par la cour cantonale relatif au domicile à l'étranger du prévenu pour lequel la recourante a été désignée avocate d'office.
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 10 décembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet