Sachverhalt:
A. X._ (Jahrgang 1956) wird zur Hauptsache vorgeworfen, am 30. Januar 2000 keinen Arzt alarmiert zu haben, obwohl damit A._s (Jahrgang 1962) Chancen auf Rettung hätten gewahrt bzw. das Risiko des Todeseintritts hätte vermindert werden können. Zudem habe sie ihrem Ehemann B._ (Jahrgang 1920) am 2. Juni 2000 eine tödliche Dosis Insulin gespritzt.
B. X._ lernte den Witwer B._ 1997/1998 kennen und heiratete ihn im November 1999. Bei diesem lebte auch seine Tochter A._. Sie war nach einem Geburtstrauma zerebral gelähmt, litt unter schwerster Mehrfachbehinderung, war nahezu blind und vollständig auf Pflege angewiesen
A._ erhielt im September 1999 eine Vormündin. Vom 21. Oktober bis 9. November 1999 wurde sie wegen eines unklaren komatösen Zustandes stationär behandelt. X._ unterzeichnete am 18. November 1999 einen Betreuungs- und Pflegevertrag. Eine Spitex-Betreuerin besuchte A._ am 23. November 1999 zum letzten Mal. Am 30. Januar 2000 teilte X._ um 23.30 Uhr dem Hausarzt telefonisch mit, A._ sei leblos. Der Arzt konnte nur noch den Tod feststellen. Er informierte die Polizei und bat sie und den Kantonsarzt um einen Augenschein, weil die Todesursache unklar sei. Am 31. Januar 2000 wurde eine Strafuntersuchung eröffnet.
B._ litt unter Diabetes mellitus und Herzerkrankungen. Er teilte im Juli 1999 seinen beiden Töchtern, die ihn und A._ als Spitex-Betreuerinnen gepflegt hatten, mit, dass X._ diese Pflege übernehmen werde und sie nicht mehr zu kommen brauchten. Am 23. November 1999 kam zum letzten Mal eine Spitex-Betreuerin zu ihm. Am 15. Dezember 1999 wurde er notfallmässig in ein Spital eingeliefert, am 11. Januar 2000 besuchte ihn sein Hausarzt wegen eines Sturzes, und am 29. Januar 2000 musste er wiederum in das Spital eingeliefert werden, da er erneut an Unterzuckerung litt. Als er wieder zu Hause war, stellte der Hausarzt weiterhin Unregelmässigkeiten fest. Es folgten zwei Spitalaufenthalte. Es wurde ihm ein Herzschrittmacher implantiert. Am 3. Juni 2000 meldete X._ dem Kantonsspital, ihr Mann atme nicht mehr. Er konnte nicht mehr gerettet werden. Am 4. Juni 2000 wurde eine Strafuntersuchung eröffnet.
Das Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich-Irchel (IRM) teilte am 17. Juli 2000 in einer vorläufigen Stellungnahme mit, dass bei beiden Verstorbenen biochemische Hinweise auf eine letale Insulin-Intoxikation bestünden. Am 15. November 2001 wurde das eigentliche Obduktionsgutachten des IRM, am 23. April 2003 ein forensisch-psychiatrisches Aktengutachten und am 14. Oktober 2003 ein forensisch-medizinisches Gutachten durch einen Diabetesspezialisten erstellt.
C. Das Landgericht Uri befragte an der Hauptverhandlung vom 27. März 2007 insbesondere den Hausarzt der Verstorbenen, den Diabetesspezialisten sowie den Rechtsmediziner des IRM. In seinem Urteil vom 16. und 17. April sowie 2. Mai 2007 sprach es X._ vom Vorwurf des Mordes an B._ frei und fand sie des Mordes durch Unterlassen an A._ schuldig. Es bestrafte sie deswegen und wegen weiterer Straftaten mit 11 Jahren Freiheitsstrafe und 210 Franken Busse.
Das Obergericht des Kantons Uri hiess am 19. und 26. Mai 2009 die Berufungen der Staatsanwaltschaft und der Angeklagten teilweise gut. Es sprach die Angeklagte von den Vorwürfen des Mordes durch Unterlassen an A._, der Anstiftung zum Entziehen von Unmündigen sowie der falschen Anschuldigung frei und trat auf einen Anklagepunkt nicht ein. Es sprach sie der vorsätzlichen Tötung von B._, des Entziehens von Unmündigen sowie des Diebstahls und des geringfügigen Diebstahls schuldig und bestrafte sie mit 9 Jahren Freiheitsstrafe und 210 Franken Busse.
D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und sie von Schuld und Strafe freizusprechen, eventuell sie nach dem Grundsatz in dubio pro reo freizusprechen sowie subeventuell das Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sei ihr die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
E. Die Staatsanwaltschaft erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt neben der Bestätigung der übrigen Schuldsprüche, die Sache zur Schuldigerklärung von X._ wegen Mordes an B._ und Mordes durch Unterlassen an A._, eventuell wegen versuchten Mordes durch Unterlassen, sowie zur Neubemessung der Strafe an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sei Sicherheitshaft anzuordnen.
F. Das Bundesgericht hiess in dieser Sache bereits eine Beschwerde wegen eines Ausstandsbegehrens von X._ gegen den Obergerichtspräsidenten C._ gut (Urteil 1B_221/2007 vom 16. Januar 2008) und wies ihre weitere Beschwerde betreffend den Ausstand der Oberrichter D._, E._ und F._ ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 1B_303/2008 vom 25. März 2009). Es hiess ihre Beschwerde um Haftentlassung teilweise gut und wies das Obergericht an, sie aus der Sicherheitshaft zu entlassen sowie neu über die Anordnung sichernder Massnahmen zu befinden (Urteil 1B_201/2009 vom 26. August 2009).
Erwägungen:
1. 1.1 Die beiden Beschwerdeverfahren werden vereinigt.
1.2 Auf den Antrag der Staatsanwaltschaft, "die Beschwerdegegnerin bis zum Vorliegen eines rechtskräftigen Urteils in Sicherheitshaft zu nehmen" (Beschwerde S. 18), ist nicht einzutreten. Es ist Sache der kantonalen Behörden, Sicherheitshaft anzuordnen und über sichernde Massnahmen zu befinden (erwähntes Urteil 1B_201/2009). Es kann offen bleiben, ob Art. 104 BGG eine genügende gesetzliche Grundlage für eine freiheitsentziehende Massnahme bilden könnte.
2. Die Staatsanwaltschaft rügt die Verneinung der hypothetischen Kausalität zwischen der Unterlassung der Beschwerdeführerin (keine Alarmierung des Arztes trotz rapider Verschlechterung des Allgemeinzustandes) und dem Tod von A._. Die Vorinstanz stelle zu hohe Anforderungen an den Kausalverlauf. Es sei vielmehr mit der Erstinstanz auf die in der Literatur weit verbreitete Risikoerhöhungstheorie abzustellen. Es lägen genau die nach BGE 130 IV 7 und 116 IV 311 massgeblichen Umstände vor. "Indem [die Vorinstanz] für die Erfolgsabwendung eine mindestens hochgradige Wahrscheinlichkeit verlangte, überspannte [sie] die Anforderungen an die Kausalität und verletzte damit Bundesrecht" (Beschwerde S. 6).
2.1 Eine willkürliche Beweiswürdigung (BGE 133 III 589 E. 4.1; 131 I 217 E. 2.1, 467 E. 3.1) ist nicht ersichtlich. Insbesondere liessen sich weder eine exogene Insulinzufuhr rechtsgenüglich nachweisen noch die Todesursache mit Sicherheit klären (angefochtenes Urteil S. 39).
2.2 Die Vorinstanz führt zur Rechtsfrage aus, sie folge anders als die Erstinstanz der vom Bundesgericht in konstanter Rechtsprechung vertretenen Theorie der hypothetischen Kausalität, zumal vor Inkrafttreten des neuen Art. 11 StGB ein unechtes Unterlassungsdelikt unter anderem nur gegeben gewesen sei, wenn "der Beschuldigte durch sein Tun den Erfolg tatsächlich hätte abwenden können" (BGE 113 IV 72 E. 5a). Der Erfolg müsse vorhersehbar und vermeidbar gewesen sein (mit Hinweis auf BGE 135 IV 56 E. 2.2 und weitere Urteile).
Die Beschwerdeführerin hätte zwar als Garantin reagieren müssen. Aber zur Frage, ob und bis zu welchem Zeitpunkt der Beizug des Notfallarztes den Tod von A._ hätte verhindern können, hätten die forensisch-medizinischen Experten keine verbindlichen Aussagen machen können. Unter den gegebenen Umständen sei der geforderte hypothetische Kausalzusammenhang zwischen der Unterlassung und dem eingetretenen Erfolg nicht rechtsgenüglich nachgewiesen. Die Beschwerdeführerin sei in dubio pro reo freizusprechen (angefochtenes Urteil S. 45 f.).
2.3 Nach der von CLAUS ROXIN begründeten Risikoerhöhungstheorie ist die Erfolgszurechnung "geboten, weil ein korrektes [Verhalten] zwar nicht mit Sicherheit, aber doch möglicherweise das Leben [...] gerettet hätte, die Überschreitung des erlaubten Risikos [...] die Chance eines tödlichen [Erfolgs] also in rechtlich relevanter Weise erhöht hat". Es folge nämlich zwingend aus dem Schutzzweck der Sorgfaltsnorm, dass das Risiko nicht in ein erlaubtes und ein verbotenes Quantum zertrennt und für jedes gesondert ein Kausalitätsnachweis verlangt werden dürfe (Strafrecht, Allgemeiner Teil, Band I, 4. Auflage, München 2006, § 11 NN 88 und 91). Ein Erfolg wäre somit zuzurechnen, wenn die Verletzung der Sorgfaltspflicht eine gegenüber der normalen Gefahr erheblich gesteigerte Gefährdung des Schutzguts herbeiführt, das Risiko des Erfolgseintritts sich also gegenüber dem erlaubten Risiko deutlich erhöht hat. Dieser Risikoerhöhungstheorie folgt die deutsche Rechtsprechung jedenfalls nicht ausdrücklich (THOMAS FISCHER, Strafgesetzbuch, 56. Auflage, München 2009, Vor § 13 N 26; ROXIN, a.a.O., N 90).
Allgemein lässt sich dazu sagen, dass mit dieser Theorie bereits die Erhöhung des Risikos als solches grundsätzlich zur Zurechnung führt. Auch ist zu bedenken, dass mit der Bedingung, "in rechtlich relevanter Weise erhöht hat" (ROXIN, a.a.O), das Rechtsproblem gerade bestehen bleibt. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung muss eine Risikoerhöhung in jedem Fall (hypothetisch) kausal für den Erfolg sein. Aus BGE 130 IV 7 E. 5 S. 17 f. lässt sich entgegen GUIDO JENNY (Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Auflage 2007, Art. 12 N 99) nicht schliessen, das Bundesgericht folge "der Sache nach nunmehr" der Risikoerhöhungstheorie. In der bundesgerichtlichen Rechtsprechung wird das Kriterium der Risikoerhöhung immer nur im Rahmen einer umfassenderen Beurteilung berücksichtigt. So wird in diesem Entscheid die Kausalitätsfrage ausdrücklich auf der Grundlage der Wahrscheinlichkeitstheorie beurteilt (BGE 130 IV 7 E. 3.2 und 5). Auch in BGE 116 IV 306 E. 2a wird die konstante Rechtsprechung zur Wahrscheinlichkeitstheorie bei hypothetischen Kausalverläufen zusammengefasst und in E. 2c lediglich darauf hingewiesen, dass auf die Erhebung von Beweisen nicht verzichtet werden könne, selbst "wenn man den vorliegenden Fall, wie die Vorinstanz, abweichend von der bisherigen Rechtsprechung auf der Grundlage der Risikoerhöhungstheorie beurteilen wollte".
Die Vorinstanz stützt sich zutreffend auf die erneut in BGE 135 IV 56 E. 2.1 und 2.2 dargestellte bundesgerichtliche Rechtsprechung.
2.4 Für ihren Eventualantrag, einen durch Unterlassung begangenen Mordversuch zu prüfen, nimmt die Staatsanwaltschaft an, der Versuch sei beendet, wenn der Untätige die letzte Chance, rettend einzugreifen, habe vorübergehen lassen, der Erfolg aber noch ausstehe. Die Beschwerdeführerin habe die letzte Chance, um rettend einzugreifen, verstreichen lassen. Nach dem angefochtenen Urteil wäre der Erfolg nicht durch Unterlassung, sondern aus anderen Gründen eingetreten. Damit liege klassischer vollendeter Versuch vor (Beschwerde S. 9 f.).
Diese Argumentation der Staatsanwaltschaft überzeugt nicht. Mit der vordringlichen Vorsatzfrage setzt sie sich nicht auseinander. Die Beschwerde ist auch im Eventualstandpunkt abzuweisen.
3. Die Staatsanwaltschaft bringt vor, bei der Tötung von B._ sei von einem Eliminationsmord auszugehen. Die Vorinstanz habe die Tat bundesrechtswidrig nicht als Mord qualifiziert.
3.1 Die Vorinstanz führt aus, durch übereinstimmende Gutachten sei erwiesen, dass die durch exogen zugeführtes Insulin bewirkte schwere Hypoglykämie den Tod verursacht habe. Das verwendete Depotinsulin Insulatard habe der Hausarzt aufgrund der Krankengeschichte (mehrere Hypoglykämien, keine Kontrolle über Insulindosierung) am 15. Februar 2000 sistiert. Er habe eineTherapie mit Amaryl und Glucophage begonnen und diese Tabletten-Therapie mit Glucophage fortgesetzt. Es seien keine Insulatard-Injektionen mehr verordnet worden. Das neue Medikament scheide als Todesursache aus. Es habe nicht zu Hypoglykämie führen können (angefochtenes Urteil S. 50 - 52, 88).
Eine versehentliche Selbstinjektion einer Überdosis oder ein Suizid sowie eine (andere) Dritteinwirkung seien auszuschliessen. Die Beschwerdeführerin habe B._ am 2. Juni 2000 zwischen 16.00 Uhr und 22.00 Uhr mit einer im Kühlschrank aufbewahrten Insulatard-Fertigspritze eine Überdosis Insulin injiziert. Dieses Insulin habe wenige Stunden später zu einer rapiden Zustandsverschlechterung und in den Morgenstunden des 3. Juni 2000 um ca. 02.00 Uhr zum Tode geführt. Sie habe dies weder versehentlich noch fahrlässig, sondern mit direktem Tötungsvorsatz getan (angefochtenes Urteil S. 87, 89). Für die vier Hospitalisationen seit Dezember 1999 könne keine Beteiligung und für die acht Tage nach der ärztlichen Sistierung verabreichte Insulin-Injektion am 23. Februar 2000 keine böse Absicht nachgewiesen werden (angefochtenes Urteil S. 92).
3.2 Die Vorinstanz führt hinsichtlich einer Qualifikation als Mord aus, die durch die Insulin-Injektion verursachten Leiden hätten das nicht übertroffen, was mit der Tötung eines Menschen an sich verbunden sei. Das könne nicht als ein ausserordentlich grausames Vorgehen bezeichnet werden. Ein sadistisches Verhalten lasse sich nicht annehmen. Hingegen wäre ihr Verhalten als heimtückisch zu qualifizieren, wenn sie das Medikament dem Schlafenden injiziert hätte, und sei er wach gewesen, hätte sie sein Vertrauen schamlos missbraucht und seine Arglosigkeit kaltblütig ausgenützt. Dies sei ein gewichtiges Indiz für Mord. Die Beschwerdeführerin habe die Tat bestritten und eine psychiatrische Begutachtung kategorisch abgelehnt, so dass nur aus äusseren Umständen auf die Tatmotive geschlossen werden könne. Finanzielle Motive seien mitbestimmend gewesen. Doch könne nicht gesagt werden, dass sie aus Habgier gehandelt habe. Ein weiteres Tatmotiv könnte sein, dass sie des schwierigen Ehegatten überdrüssig geworden sei. Mit der Tötung hätte sie sich ihrer Verantwortung entledigen können. Dies sei verabscheuenswert und kaltherzig, aber noch kein "besonders verwerflicher Beweggrund" im Sinne von Art. 112 StGB. Denn sie habe weder in extremer Geringschätzung des Lebens getötet noch einen sogenannten Eliminationsmord begangen. Es sei davon auszugehen, dass sie die Lösung ihrer finanziellen und persönlichen Probleme bezweckt habe. Das sei inakzeptabel und verwerflich, erfülle aber die Kriterien eines Eliminationsmordes nicht. Es sei erwiesen, dass sie weder gemütskalt noch krass und primitiv egoistisch gewesen sei. So habe sie nach Aussage der Vormündin A._ immer "tip-top" gepflegt und sich Mühe gegeben und sei nach Aussage einer Spitex-Betreuerin sehr herzlich mit ihr umgegangen. Es sei auch zu schliessen, dass sie B._ offenbar zu seiner Zufriedenheit gepflegt und betreut habe, ansonsten dieser wohl kaum die Spitex abbestellt hätte. Dies indiziere, dass sie den Tod ihres Ehegatten nicht völlig skrupellos und kaltblütig geplant und ausgeführt habe. Sie habe durchaus Empathie empfunden. In der Gesamtwürdigung reiche das heimtückische Element der Tat nicht für eine Mordqualifikation. Obwohl die Tat auch für Mord charakteristische Merkmale aufweise, sei sie als vorsätzliche Tötung zu qualifizieren.
3.3 Soweit die Staatsanwaltschaft in diesem Zusammenhang eine willkürliche Beweiswürdigung geltend macht, ist ihre Beschwerde unbegründet. In rechtlicher Hinsicht stützt sich die Vorinstanz auf die einschlägige Rechtsprechung (insbesondere BGE 127 IV 10 mit Hinweisen) und verkennt nicht, dass die Tat auch für Mord charakteristische Merkmale erkennen lässt. Es ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden, die Tat letztlich noch als vorsätzliche Tötung zu qualifizieren.
3.4 Der Antrag auf Neubemessung der Strafe steht mit einer Gutheissung der Beschwerde in Zusammenhang. Die Strafzumessung als solche ist nicht angefochten. Darauf ist nicht einzutreten.
4. 4.1 X._ hält zunächst fest, die Darlegungen im angefochtenen Urteil hätten als bestritten zu gelten, soweit sie nicht mit eigenen übereinstimmten. An ihren Ausführungen im kantonalen Verfahren und an sämtlichen dort offerierten Beweismitteln werde vollumfänglich festgehalten.
Damit verkennt sie das bundesgerichtliche Verfahren. Anfechtungsgegenstand ist das letztinstanzliche kantonale Strafurteil. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, "wenn sie offensichtlich unrichtig" (Art. 105 Abs. 2 BGG), d.h. willkürlich, ist (BGE 133 II 249 E. 1.2.2). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Es gilt eine qualifizierte Rügepflicht im Sinne der früheren Vorschrift von Art. 90 Abs. 1 lit. b aOG (BGE 134 I 83 E. 3.2; 133 IV 286 E. 1.4).
4.2 X._ bringt vor, es sei gestützt auf haltlose Verdächtigungen eine eigentliche Hexenjagd auf sie eröffnet worden. Es sei reine Spekulation, dass sie den Tod von B._ verursacht habe. Das sei willkürlich und verstosse gegen den Grundsatz in dubio pro reo. Beide kantonalen Gerichte seien mit Laienrichtern besetzt gewesen. Das Verfahren sei schon aus diesem Grunde "eine Farce" gewesen und verletzte die Verfahrensfairness. Mindestens drei Richter der Vorinstanz seien befangen gewesen. Daran ändere das bundesgerichtliche Urteil 1B_303/2008 (oben E. F) nichts. Dass die Vorinstanz nur "theoretische Zweifel" gehabt haben wolle, sei unglaubwürdig und widerspreche der Lebenserfahrung.
Das sind rein appellatorische Vorbringen.
4.3 Sie macht geltend, die Vorinstanz sei über den Fragenkatalog vom 23. März 2007 (mit 233 Fragen) hinweg gegangen und habe lediglich eine kurze Befragung durchgeführt. Ihr Gehörsanspruch sei aufs Gröbste verletzt worden. Dazu ist zu bemerken, dass der Verteidiger auf Ergänzungsfragen verzichtete (angefochtenes Urteil S. 12).
4.4 Sie rügt, es sei erst vor der Erstinstanz ein fähiger Dolmetscher bestellt worden. Im Untersuchungsverfahren seien "untaugliche" Dolmetscher beigezogen worden (Beschwerde S. 19). Die vorinstanzliche Behauptung, sie habe "die deutsche Sprache sehr gut verstanden", sei aktenwidrig (Beschwerde S. 20). Das ist nicht der Fall. Die Vorinstanz hält dazu fest, dass die Beschwerdeführerin Schweizerdeutsch "gut verstehe" und sich darin "verständlich und klar ausdrücken konnte und kann". Diese Würdigung ist nicht aktenwidrig (angefochtenes Urteil S. 32 mit Hinweisen auf Aussagen der Beschwerdeführerin act. 6.2.3 Frage 2 und act. 3.4 Ziff. 8 sowie ihres Hausarztes act. 4.1.20 Ziff. 23: "Haben Sie mit ihr Deutsch geredet? Ja, ja, sie konnte mir immer ganz klar sagen, wo der Schuh drückt. Sprachlich kein Problem." Ferner die Antwort eines Zeugen act. 4.2.25 Frage 26: Sie "konnte gut Deutsch. Es gab da keine Probleme." Die Hinweise auf Aussagen des Hausarztes act. 4.1.32 Ziff. 22, 40 f., 71 sind unspezifisch, weil dieser nicht direkt zur Sprachkenntnis befragt wurde). X._ verweigerte ab dem 6. September 2002 jegliche Aussage. Die Rüge ist unbegründet.
4.5 Sie bringt weiter vor, ein psychiatrisches Gutachten wäre dringend erforderlich gewesen (Beschwerde S. 44). Sie setzt sich aber nicht mit der Tatsache auseinander, dass sie eine Mitwirkung an der Begutachtung auf Anraten ihres Verteidigers verweigert hatte (angefochtenes Urteil S. 21). Deshalb konnte lediglich ein Aktengutachten erstellt werden (oben E. B). Die Vorinstanz verzichtet schliesslich in antizipierter Beweiswürdigung (BGE 134 I 140 E. 5.3) mit haltbarer Begründung (angefochtenes Urteil S. 23) auf eine erneute psychiatrische Begutachtung gemäss Art. 20 StGB (vgl. BGE 133 IV 145 E. 3.3). Auch das verletzt kein Gehörsrecht.
4.6 Sie erklärt, sie sei zum Schluss gekommen, dass in erster Linie B._ als "Täter" (Anführungszeichen in der Beschwerde) in Frage komme, indem er sich in suizidaler Absicht eine entsprechende Injektion verabreicht habe (Beschwerde S. 25). Die Untersuchungsrichterin sei dieser Spur nicht nachgegangen. Selbst der Hausarzt habe B._ als subdepressiv bis depressiv wahrgenommen. Auch die zu ihrer (X._s) Motivation vorgetragenen vorinstanzlichen Ausführungen seien "völlig entgegen aller Lebenserfahrung". Da sie zuvor bereits dreimal verheiratet gewesen sei, hätte sie auch diesmal "den Weg via Scheidung gewählt" (Beschwerde S. 40). Die Vorinstanz verneint indessen die Suizidthese mit eingehender Begründung willkürfrei (oben E. 3.1).
4.7 Sie nimmt abschliessend an, die Vorinstanz habe "bewusst die Fällung eines Fehlurteils in Kauf genommen" (Beschwerde S. 45). Der Vorwurf ist ungehörig. Es war ein Indizienprozess durchzuführen. Verletzungen des Gehörsrechts, der Verfahrensfairness und des Grundsatzes in dubio pro reo (BGE 127 I 38 E. 2a) vermag sie nicht zu begründen. Mit den übrigen Schuldsprüchen befasst sie sich ausdrücklich nicht. Die Beschwerde erscheint als weitgehend appellatorisch. Insoweit ist auf sie nicht einzutreten (BGE 133 II 396 E. 3.1).
5. Die Beschwerden der Staatsanwaltschaft und von X._ sind abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gutzuheissen. Es sind keine Kosten zu erheben. Der Rechtsvertreter von X._ ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (Art. 64 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerden der Staatsanwaltschaft und von X._ werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Rechtsvertreter von X._ wird aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 3'000.-- entschädigt
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Dezember 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw