Erwägungen:
1. Mit Feststellungsverfügung vom 14. März 2011 wurde X._ ab 1. Januar 2009 kraft persönlicher Zugehörigkeit uneingeschränkt als in Widen (Kanton Aargau) steuerpflichtig erklärt. Die dagegen erhobene Einsprache blieb erfolglos. Gegen den Einspracheentscheid vom 5. Dezember 2011 gelangte X._ mit selber verfasstem und signiertem Rekurs an das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau; die Einsprache zuvor war noch durch seinen Rechtsanwalt verfasst worden. Das Steuerrekursgericht lud ihn mit Verfügung vom 10. Februar 2012 zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 400.-- ein. Die Verfügung wurde als "A-Post Plus" an die auf der Rechtsschrift, nebst der Auslandadresse angebrachte Schweizer Adresse verschickt und am 11. Februar 2012 ins entsprechende Postfach gelegt. Mit eingeschriebener Mahnung vom 7. März 2012 wurde eine Nachfrist von zehn Tagen zur Vorschusszahlung angesetzt, mit dem Hinweis, dass bei Säumnis auf den Rekurs nicht eingetreten würde. Die Sendung konnte nicht zugestellt werden. Das Steuerrekursgericht nahm Zustellung per 15. März 2012 sowie Ablaufen der Mahnfrist per Montag, 26. März 2012, an; mangels Eingangs der Vorschusszahlung trat es mit Entscheid vom 26. April 2012 auf den Rekurs nicht ein. Die gegen diesen Nichteintretensentscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 12. September 2012 ab.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 27. Oktober 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei dieses anzuweisen, ihm eine angemessene Nachfrist zur Leistung eines Kostenvorschusses an das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau anzusetzen, eventualiter ein ordentliches Verfahren durchzuführen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein; die beschwerdeführende Partei hat sich gezielt mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen auseinanderzusetzen.
2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe seit Juli 2010 einen Rechtsanwalt als seinen "Stellvertreter" bestellt; sämtliche Schriftenwechsel seien über diesen geführt worden; die Vollmacht sei nie widerrufen worden; mit der Bezeichnung eines Stellvertreters sei auch eine Zustelladresse bekannt gegeben worden; die Zustellung der Kostenvorschuss-Verfügung durch das Steuerrekursgericht an den Beschwerdeführer selber sei nicht zulässig gewesen bzw. das Abstellen auf diese Zustellung verletze den Grundsatz von Treu und Glauben.
Das Verwaltungsgericht hat sich umfassend mit diesen bereits ihm vorgetragenen Argumenten auseinandergesetzt. Nach Ausführungen zu der Zustellungsvermutung bei erfolglosen Zustellversuchen an die von der Partei bezeichnete Adresse (E. 2) hat es festgestellt, dass der Rekurs, anders als noch die Einsprache, nicht mehr durch den Rechtsanwalt, sondern nunmehr eben durch den Beschwerdeführer selber verfasst, signiert und eingereicht worden sei, wobei neben der Auslandadresse auch dessen Schweizer (Postfach-)Adresse angeführt gewesen sei; der Hinweis in der Rekursschrift, dass davon auch eine Kopie an den Rechtsanwalt gehe, vermöge für sich allein die Annahme einer - grundsätzlich durch die Partei zu belegenden - Bevollmächtigung auch noch für das Rekursverfahren nicht zu rechtfertigen (E. 3). Der Beschwerdeführer begnügt sich damit, nochmals seine abweichende Auffassung darzustellen; auf die eben wiedergegebenen Erwägungen des Verwaltungsgerichts geht er nicht ein.
2.3 Die Beschwerde enthält mithin offensichtlich keine hinreichende, den gesetzlichen Anforderungen genügende Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), sodass darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
2.4 Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller