Fatti:
A. Il 25 gennaio 2006 il Direttore dell'Ufficio delle scuole comunali del Cantone Ticino ha inviato una lettera intitolata "qualità del lavoro e tempi di terapia" alle logopediste ed ai logopedisti attivi a titolo privato nel Cantone. In tale scritto si segnalava in particolare che per ogni intervento sarebbero di regola stati riconosciuti, in funzione del disturbo diagnosticato, tempi tra i 15 ed i 45 minuti e che valutazioni incomplete e rapporti superficiali non sarebbero stati presi in considerazione per il rilascio o il rinnovo di una garanzia. Secondo la circolare tali misure s'imponevano per poter rispondere in modo adeguato, con i mezzi finanziari a disposizione, alle crescenti richieste di prestazioni. Con scritto del 16 febbraio 2006 la logopedista A._ ha espresso al Direttore dell'Ufficio delle scuole comunali il proprio dissenso e gli ha chiesto di revocare i provvedimenti indicati nella sua lettera. Il giorno seguente il destinatario della missiva ha risposto di non avere l'intenzione di modificare le decisioni adottate.
B. Il 17 novembre 2007 A._ si è rivolta al Direttore del Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport (DECS) domandandogli di annullare la comunicazione del 25 gennaio 2006 oppure di emanare una decisione formale debitamente motivata e con l'indicazione dei rimedi giuridici. Dopo alcuni solleciti, il 24 luglio 2008 il Consigliere di Stato ha risposto che non sarebbero state rilasciate decisioni formali e che l'eventuale inadeguatezza delle decisioni politiche prese sarebbe semmai stata accertata dalle autorità giudiziarie chiamate a pronunciarsi sull'applicazione delle stesse nell'ambito di casi concreti.
Preso atto di tale diniego, l'8 agosto 2008 l'interessata è insorta dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo mediante un ricorso per denegata giustizia. Il 23 settembre seguente l'autorità adita ha tuttavia dichiarato irricevibile l'impugnativa ed ha trasmesso gli atti, per competenza, al Consiglio di Stato. Con decisione del 21 ottobre 2008 il Governo ha respinto il ricorso, ritenendo giustificato il rifiuto del Direttore del DECS di esprimersi in merito alla richiesta di annullamento della circolare.
C. Il 9 novembre 2008 A._ ha interposto un ricorso al Tribunale federale con cui chiede di annullare la risoluzione governativa e di ordinare al DECS l'emanazione di una decisione formale in merito alla richiesta del 17 novembre 2007.
Invitati ad esprimersi, il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, il Dipartimento cantonale dell'educazione, della cultura e dello sport propone la reiezione dell'impugnativa, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali non presenta osservazioni.
Diritto:
1. 1.1 Fino al 2007 i trattamenti logopedici oggetto della circolare del 25 gennaio 2006 rientravano nel campo dell'assicurazione per l'invalidità. Quest'ultima assegnava infatti sussidi per provvedimenti di natura pedagogico-terapeutica necessari oltre all'istruzione speciale, tra cui figuravano anche i corsi di ortofonia e la logopedia per assicurati colpiti da gravi difficoltà d'eloquio (cfr. gli art. 8 cpv. 3 lett. c e 19 cpv. 2 lett. c LAI, nel tenore in vigore fino al 31 dicembre 2007 [RU 1968 30; RU 1995 1129] nonché gli art. 8 cpv. 4 lett. e, 8ter cpv. 2 lett. a, 9 cpv. 2 lett. a e 10 cpv. 2 lett. a dell'ordinanza del 17 gennaio 1961 sull'assicurazione per l'invalidità [OAI; RS 831.201], pure nel tenore vigente fino al 31 dicembre 2007 [RU 1996 3134]). La nuova impostazione della perequazione finanziaria e della ripartizione dei compiti tra la Confederazione e i Cantoni (NPC), entrata in vigore il 1° gennaio 2008 (RU 2007 5817), ha comportato l'abolizione di dette norme e il trasferimento dell'istruzione scolastica speciale, e quindi anche delle terapie logopediche, sotto la competenza esclusiva dei Cantoni, in virtù del nuovo art. 62 cpv. 3 Cost. (cfr. il n. II.25 della legge federale del 6 ottobre 2006 che emana e modifica atti legislativi per la NPC [RU 2007 5779, in part. 5809] e il n. I.17 dell'ordinanza del 7 novembre 2007 che adegua il diritto regolamentare alla NPC [RU 2007 5823, in part. 5847]; cfr. anche il Messaggio del 7 settembre 2005 concernente la legislazione esecutiva della NPC, FF 2005 5359, in part. 5536 segg.).
1.2 Questa nuova ripartizione dei compiti si ripercuote di principio anche sulla suddivisione delle cause tra le Corti del Tribunale federale. In effetti le vertenze attinenti a misure logopediche relative a periodi precedenti il 1° gennaio 2008, in quanto cause in materia di assicurazione per l'invalidità, vanno di per sé attribuite alle Corti di diritto sociale (art. 34 lett. a e art. 35 lett. b del regolamento del Tribunale federale, del 20 novembre 2006 [RTF; RS 173.110.131]). Quelle relative a periodi successivi vanno invece considerate come procedimenti in ambito di istruzione e formazione e devono perciò venir trattate dalla II Corte di diritto pubblico (art. 30 cpv. 1 lett. c n. 2 RTF).
La controversia in esame trae origine da una circolare emanata all'inizio del 2006 e verte più specificatamente su un'istanza presentata nel 2007 a cui è stata data risposta nel 2008. Dal profilo temporale la causa si situa perciò a cavallo del 1° gennaio 2008. Essa presenta poi una certa connessione con altri incarti pendenti che vedono coinvolta la stessa logopedista. Tra questi ve ne sono in particolare un paio, di competenza della II Corte di diritto pubblico, che si riferiscono a situazioni concrete in cui le autorità si sono fondate sulla circolare litigiosa (incarti 2C_104/2009 e 2C_105/2009). Come convenuto tra i Presidenti delle Corti interessate, si giustifica pertanto di assegnare anche il procedimento in esame alla II Corte di diritto pubblico, derogando se del caso all'attribuzione regolamentare degli affari (art. 36 cpv. 1 e 2 RTF).
2. 2.1 Il gravame riguarda una causa di diritto pubblico che non ricade sotto le eccezioni dell'art. 83 LTF, segnatamente sotto l'art. 83 lett. k LTF. Dinanzi al Tribunale federale è quindi di principio esperibile un ricorso in materia di diritto pubblico. La mancanza di precisione nella designazione del mezzo d'impugnazione non comporta alcun pregiudizio per la ricorrente (DTF 133 I 300 consid. 1.2; 133 II 396 consid. 3.1).
2.2 Fino al 27 gennaio 2009 contro le decisioni in materia scolastica emanate dal Consiglio di Stato e riferite all'ambito litigioso non era data la possibilità di insorgere dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. La decisione impugnata è quindi di ultima istanza cantonale e rispetta l'art. 86 cpv. 1 lett. d LTF (cfr. l'art. 95 della legge cantonale della scuola, del 1° febbraio 1990 [LSc; RL/TI 5.1.1.1], nella versione precedentemente in vigore [BU/TI 1991 287; cfr. anche BU/TI 2009 26]). Il Consiglio di Stato non costituisce però un tribunale cantonale superiore, come invece richiesto dall'art. 86 cpv. 2 LTF. I Cantoni disponevano tuttavia di un termine di due anni dall'entrata in vigore della legge sul Tribunale federale, ovvero fino al 1° gennaio 2009, per adattare le loro legislazioni alle esigenze dell'art. 86 cpv. 2 LTF (art. 130 cpv. 3 LTF; RU 2006 1069). Determinante è la data della decisione impugnata (sentenza 2C_35/2009 del 13 febbraio 2009 consid. 1). Nel caso concreto non è perciò necessario che la procedura cantonale rispetti le condizioni poste dall'art. 86 cpv. 2 LTF.
2.3 La ricorrente è la destinataria del giudizio impugnato e, a prescindere dal fatto che avesse o meno diritto di ottenere una decisione formale in merito alla controversa comunicazione del 25 gennaio 2006, ha in ogni caso un interesse degno di protezione all'annullamento della pronuncia con cui il Consiglio di Stato ha tutelato il rifiuto di dar seguito alla sua richiesta (art. 89 cpv. 1 LTF). Inoltrato in tempo utile (art. 100 cpv. 1 LTF) contro una decisione di natura finale (art. 90 LTF), il ricorso è quindi di massima ammissibile.
3. Nell'ambito del ricorso interposto dinanzi al Consiglio di Stato la ricorrente ha sostenuto che il rifiuto di emanare una decisione, oppostole dal Direttore del DECS, costituiva un diniego di giustizia formale ai sensi degli art. 29 cpv. 1 Cost., 6 n. 1 CEDU e 10 cpv. 3 Cost./TI (RS 131.229). Elencando le prerogative attribuite al DECS dagli art. 10 e 92 LSc, il Governo cantonale ha tuttavia rilevato che tra queste non figura la facoltà di riformare o annullare, su istanza o d'ufficio, eventuali disposizioni emanate dall'Ufficio delle scuole comunali. Ha pure osservato che il compito di direzione generale della scuola affidato al medesimo dipartimento non implica l'obbligo di rispondere mediante decisione formale a qualsiasi richiesta formulata al di fuori di una specifica procedura prevista dalla legge. In questa sede la ricorrente, dopo ampie considerazioni generali riguardo alla pretesa riduzione dei tempi di terapia riconosciuti, contesta la tesi della mancanza di competenza del DECS, ritenendola arbitraria e quindi lesiva dell'art. 9 Cost. poiché implicherebbe che la direzione di un dipartimento non avrebbe alcuna autorità nei confronti di un'unità amministrativa ad essa subordinata.
4. Conformemente alla giurisprudenza relativa all'art. 42 cpv. 2 LTF, allorquando una decisione si fonda su due o più argomentazioni indipendenti, ciascuna delle quali è sufficiente per determinare l'esito della causa, la parte ricorrente è tenuta a dimostrare che ognuna di queste motivazioni è contraria al diritto, pena l'inammissibilità del gravame (DTF 133 IV 119 consid. 6.3; sentenza 2C_25/2008 del 18 giugno 2008 consid. 3.1, in SJ 2008 I 481; cfr. anche DTF 132 I 13 consid. 3). Nel caso di specie l'insorgente ha contestato uno solo degli argomenti avanzati dall'autorità precedente, senza in particolare sollevare obiezioni riguardo al fatto che la sua richiesta non si inseriva in una procedura definita della legge e che non vi era pertanto alcun obbligo di darvi seguito con una decisione formale. Ci si potrebbe quindi chiedere se il gravame non debba venir dichiarato irricevibile in quanto insufficientemente motivato. Per i motivi esposti nel seguito, la questione può comunque rimanere aperta.
5. 5.1 Secondo l'art. 29 cpv. 1 Cost., in procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative ognuno ha diritto alla parità e equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole. Questa garanzia costituzionale risulta tra l'altro violata se un'autorità non si occupa di una domanda che è di per sé competente ad evadere. Un simile comportamento viene definito come diniego di giustizia formale (DTF 107 Ib 160 consid. 3b; sentenza 2C_780/2008 del 15 giugno 2009 consid. 2.2). Lo stesso concetto è espresso dall'art. 10 cpv. 3 Cost./TI, che garantisce ad ognuno il diritto di ottenere una decisione entro un termine ragionevole.
Tale diritto presuppone quindi, in primo luogo, che l'autorità adita sia competente a trattare la richiesta che le è stata sottoposta. In secondo luogo occorre però anche che l'istante possa esigere l'emanazione di una decisione. In effetti un'autorità non deve forzatamente agire attraverso un provvedimento formale ogniqualvolta si esprime su temi che rientrano nella propria sfera di competenza. In altri termini non vi è un diritto generale ed illimitato ad ottenere una decisione (DTF 128 II 156 consid. 3b). Questo diritto sussiste solo se vi è un reale bisogno di tutela giuridica, il quale trova a sua volta origine nell'esistenza di un interesse degno di protezione al controllo di un'ingerenza, che si pretende illecita, da parte dello Stato. Chi è toccato da un provvedimento statale a tal punto che arrischia di essere leso in maniera inammissibile nei suoi diritti fondamentali deve infatti avere la possibilità di domandare alla competente autorità di prima istanza una decisione impugnabile, di regola di accertamento (DTF 135 I 119 consid. 8.2; 133 I 49 consid. 3.2; 128 II 156 consid. 4b). Questa possibilità è d'altronde generalmente prevista dalle leggi di procedura (cfr. l'art. 25 cpv. 2 PA [RS 172.021] e l'art. 41 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966 [LPAmm; RL/TI 3.3.1.1]). Per converso, chi non può vantare un interesse legittimo ad un accertamento immediato non può pretendere di ottenere una decisione (Borghi/Corti, Compendio di procedura amministrativa ticinese, 1997, pag. 207).
5.2 In concreto può effettivamente apparire quantomeno opinabile che la Direzione del DECS non avesse la facoltà di rivedere, e se del caso di annullare, le indicazioni emanate dall'Ufficio delle scuole comunali. Questo Ufficio costituisce infatti una delle unità amministrative interne in cui il Dipartimento ha scelto di strutturarsi per esercitare le proprie prerogative ed è quindi gerarchicamente subordinato alla Direzione del medesimo. All'occorrenza quest'ultima dovrebbe perciò poter trattare direttamente le pratiche di per sé demandate, per questioni organizzative, ai suoi servizi specifici.
5.3 D'altro canto però l'insorgente non risultava toccata in maniera personale, diretta e vincolante dalla comunicazione indirizzatale dall'Ufficio delle scuole comunali il 25 gennaio 2006.
5.3.1 In effetti, come peraltro già esposto anche in precedenti occasioni relative alla ricorrente, il problema dei tempi di terapia riconosciuti riguarda essenzialmente gli assicurati ed il loro diritto di ottenere le misure di istruzione scolastica speciale che erano previste dall'art. 19 vLAI e che, in virtù dell'obbligo transitorio istituito dall'art. 197 n. 2 Cost., devono peraltro essere garantite anche dopo l'abrogazione di tale norma (cfr. pure l'art. 62a LSc). La questione concerne per contro solo indirettamente i logopedisti, che fungono semplicemente da agenti esecutori. Certo, qualora viene ammesso il diritto a provvedimenti di natura pedagogico-terapeutica, chi li dispensa riceve direttamente dallo Stato i sussidi accordati agli assicurati. Tuttavia in caso di decisione negativa gli agenti esecutori possono esigere il pagamento delle proprie prestazioni da parte dei genitori dei pazienti, ai quali incombe allora l'obbligo di assumersi la totalità delle spese di istruzione dei loro figli. L'interesse dei logopedisti al riconoscimento integrale delle prestazioni agli assicurati è pertanto solo indiretto e si limita alla garanzia del versamento dei sussidi al posto del pagamento dei costi di formazione da parte dei genitori (sentenza 9C_62/2007 del 26 settembre 2007 consid. 7.6; sentenza I 224/05 del 29 settembre 2005 consid. 6.2.1).
Le prestazioni individuali previste dall'art. 19 vLAI sono inoltre state instaurate nell'esclusivo interesse degli assicurati, indipendentemente dalla questione di sapere se l'attività degli agenti esecutori sia integralmente coperta dai sussidi versati. Il ruolo dell'assicurazione per l'invalidità, ed ora delle istituzioni cantonali, nell'ambito dei provvedimenti per l'istruzione scolastica speciale si limita infatti all'erogazione di contributi che non devono forzatamente coprire la totalità delle spese effettive (DTF 131 V 9 consid. 5; 114 V 22 consid. 2d). Non si può pertanto dedurre che il diritto degli assicurati ad ottenere sussidi per l'istruzione scolastica speciale e le condizioni che disciplinano tale pretesa siano in relazione stretta e concreta con l'interesse (economico) di un agente esecutore al finanziamento della sua attività nella misura più ampia possibile attraverso sussidi statali (sentenza 9C_62/2007 del 26 settembre 2007 consid. 7.7; sentenza I 224/05 del 29 settembre 2005 consid. 6.2.2).
Già per questi motivi la ricorrente non poteva perciò esigere l'emanazione di una decisione sulla durata dei tempi di terapia generalmente riconosciuti ai fini della concessione dei sussidi agli assicurati.
5.3.2 A ciò si aggiunga che la controversa lettera dell'Ufficio delle scuole comunali non esprimeva né riportava norme giuridiche generali ed astratte di carattere vincolante, in quanto non si riferiva a regole soggette ad una pubblicazione ufficiale (DTF 120 Ia 1 consid. 4b; sentenza 2P.83/2002 del 24 giugno 2003 consid. 2.3; cfr. comunque sentenza 2D_136/2007 del 19 giugno 2008 consid. 3.1). Essa costituiva invece un atto che rientra nella categoria delle cosiddette ordinanze amministrative, al pari, ad esempio, di direttive, istruzioni di servizio o promemoria. Si trattava in effetti di un documento mediante il quale l'autorità amministrativa ha esplicitato l'interpretazione da essa attribuita a determinate disposizioni legali - in concreto essenzialmente la nozione di necessità dei provvedimenti ai sensi degli art. 8 cpv. 1 e cpv. 3 lett. c nonché 19 cpv. 2 lett. c vLAI - al fine di favorirne un'applicazione uniforme. Simili atti non hanno forza di legge e non fondano quindi diritti ed obblighi dei cittadini né vincolano gli amministrati, i tribunali o la stessa amministrazione (DTF 128 I 167 consid. 4.3; 121 II 473 consid. 2b). Essi sono eccezionalmente impugnabili mediante ricorso in materia di diritto pubblico soltanto se esplicano effetti esterni che toccano almeno indirettamente la posizione giuridica dei cittadini e se la loro applicazione non è suscettibile di tradursi in decisioni formali contro cui gli interessati potrebbero ricorrere in maniera efficace (DTF 128 I 167 consd. 4.3; 122 I 44 consid. 2a; sentenza 2C_218/2007 del 9 ottobre 2007 consid. 1.1, in SJ 2008 I pag. 309). Tale principio si fonda sull'idea che un'eventuale violazione dei diritti costituzionali dei cittadini si realizza di per sé solo al momento in cui una direttiva viene applicata a casi concreti (sentenza 1P.523/2003 del 12 maggio 2004 consid. 2.2.2, non pubbl. in DTF 130 I 140, ma in ZBl 105/2004 pag. 437). In tale contesto le istanze di ricorso verificano allora se la direttiva riflette il senso reale del testo di legge e ne possono tener conto nella misura in cui propone un'interpretazione corretta ed adeguata al caso specifico (DTF 128 I 167 consid. 4.3; 121 II 473 consid. 2b).
Ne discende che in relazione alla circolare emanata dall'Ufficio delle scuole comunali né l'insorgente né eventualmente i suoi pazienti potevano vantare un reale bisogno di tutela giuridica immediata. In effetti per sua natura tale scritto non imponeva direttamente alcun obbligo né stabiliva prescrizioni vincolanti. Inoltre se le autorità si fossero realmente basate sulle indicazioni contenutevi, la sua congruità avrebbe potuto essere esaminata a titolo pregiudiziale nell'ambito dei relativi casi d'applicazione, come è del resto avvenuto nelle controversie sfociate nelle già menzionate cause 2C_104/2009 e 2C_105/2009. Di conseguenza le autorità dipartimentali non erano tenute a formalizzare il contenuto della circolare mediante una decisione impugnabile ed il rifiuto opposto alla ricorrente non può perciò venir qualificato come un diniego di giustizia formale.
6. L'art. 6 n. 1 CEDU garantisce ad ogni persona il diritto ad ottenere un giudizio da parte di un'autorità giudiziaria, a condizione che la causa riguardi la determinazione di suoi diritti e di suoi doveri di carattere civile oppure la fondatezza di un'accusa penale rivoltale. Nel caso in esame la ricorrente invero non spiega, come invece le incombeva (cfr. art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 134 V 443 consid. 3.3; 134 II 244 consid. 2.2; 134 I 83 consid. 3.2), perché ed in che misura l'art. 6 n. 1 CEDU sarebbe applicabile alla fattispecie. Ad ogni modo, ed indipendentemente dalla sua eventuale natura civile (cfr. DTF 134 I 140 consid. 5.2; 130 I 388 consid. 5.1; 130 II 425 consid. 2.2), il litigio non concerne tanto la situazione personale dell'insorgente, quanto piuttosto quella dei suoi pazienti (cfr. consid. 5.3.1) e non sembra riguardare la determinazione di diritti, visto che le circolari non hanno effetto obbligatorio (cfr. consid. 5.3.2). Per di più l'art. 6 n. 1 CEDU non conferisce il diritto di impugnare in maniera diretta disposizioni di carattere generale ed astratto, cioè non impone una procedura di controllo astratto delle norme legali, né tantomeno di semplici direttive. Esso si applica in effetti soltanto in situazioni in cui vi sono decisioni vincolanti su contestazioni concrete (DTF 134 V 443 consid. 3.3; 132 V 299 consid. 4.3.1; sentenza 1P.560/1999 del 14 febbraio 2000 consid. 3a). L'insorgente non può perciò appellarsi con successo nemmeno all'art. 6 n. 1 CEDU.
7. In base alle considerazioni che precedono, il gravame, nella misura in cui è ammissibile, deve perciò essere respinto. La tutela della decisione impugnata si estende anche alla conferma delle spese e della tassa di giustizia in sede cantonale, correttamente addebitate secondo soccombenza.
In virtù dello stesso principio l'insorgente è tenuta al pagamento delle spese giudiziarie in questa sede (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF). Ella non ne può venir dispensata già perché il gravame era chiaramente privo di probabilità di successo (art. 64 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alla ricorrente, al Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.