Fatti:
A. Il 29 dicembre 2005 alcune persone ritenutesi danneggiate hanno presentato una denuncia penale al Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) a seguito della quale egli ha aperto un procedimento penale nei confronti di A._ e di B._ per reati patrimoniali, rubricato quale incarto xxx.
Con distinte decisioni del 16 novembre 2011 il PP ha ordinato la disgiunzione del procedimento penale a carico di A._ da quello a carico di B._, ha disposto la chiusura dell'istruzione nei confronti del primo, prospettandogli contestualmente la promozione dell'accusa, ed ha accolto la richiesta del secondo di procedere con rito abbreviato.
B. Frattanto, il 2 maggio 2011, A._ ha presentato una denuncia penale contro B._ per i titoli di appropriazione indebita (art. 138 CP), truffa (art. 146 CP) e amministrazione infedele (art. 158 CP). Il denunciante ha sostenuto che i suoi diritti patrimoniali sarebbero stati direttamente lesi dal comportamento del denunciato, al quale avrebbe affidato ingenti somme di denaro, affinché le investisse conformemente ad accordi in realtà non rispettati.
C. Con una decisione sempre del 16 novembre 2011, il PP ha decretato il non luogo a procedere, rilevando in particolare che la tesi secondo cui A._ sarebbe la vittima di B._ non troverebbe riscontro negli atti e che le eventuali pretese del primo nei confronti del secondo, fondate su tre riconoscimenti di debito, avrebbero dovuto essere fatte valere in separata sede.
D. Contro il decreto di non luogo a procedere, A._ ha presentato un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), che l'ha dichiarato irricevibile con sentenza del 20 marzo 2012. La Corte cantonale ha sostanzialmente ritenuto che il gravame non poteva essere esaminato nel merito poiché non adempiva le esigenze di motivazione.
E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Chiede pure di annullare il decreto di non luogo a procedere e di rinviare la causa al PP, affinché esegua l'istruttoria per i reati oggetto della denuncia. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, compresa la violazione di diritti fondamentali, e l'accertamento inesatto dei fatti.
Non sono state chieste osservazioni sul ricorso, ma è stato richiamato l'incarto della Corte cantonale.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso è ammissibile (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 La decisione impugnata conferma in sostanza il decreto di non luogo a procedere e pone quindi fine al procedimento penale dipendente dalla denuncia del 2 maggio 2011 del ricorrente. Si tratta pertanto di una decisione finale pronunciata in materia penale da un'autorità cantonale di ultima istanza, contro la quale è ammissibile il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1, 80 cpv. 1 e 90 LTF). Il ricorso è tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. a LTF).
1.3 Secondo l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF, l'accusatore privato che ha partecipato alla procedura dinanzi all'istanza precedente è abilitato ad adire il Tribunale federale, se la decisione impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili. Quale parte nella procedura, il ricorrente è in ogni caso legittimato a censurare la violazione di garanzie procedurali che il diritto gli conferisce in tale veste (cfr. DTF 136 IV 29 consid. 1.9). Può quindi fare valere che la CRP avrebbe ritenuto a torto il suo gravame insufficientemente motivato e si sarebbe quindi rifiutata sempre a torto di esaminarlo nel merito.
2. 2.1 Il ricorrente sostiene che dichiarando irricevibile il suo gravame per carente motivazione, la CRP non si sarebbe avveduta che, in realtà, egli sarebbe stato costretto ad impugnare la decisione del PP, siccome essa era a sua volta insufficientemente motivata. Critica il fatto che la Corte cantonale si sia espressa sulla censura soltanto a titolo abbondanziale ed abbia ritenuto la motivazione del PP, benché succinta, rispettosa del diritto di essere sentito del ricorrente, il quale aveva potuto presentare un reclamo di dodici pagine.
2.2 Nella denuncia del 2 maggio 2011 il ricorrente ha essenzialmente richiamato il procedimento penale aperto nei confronti di entrambe le parti cinque anni prima (inc. xxx), lamentando il fatto che il PP non abbia considerato il ricorrente quale danneggiato da parte dell'altro imputato. Ha fatto genericamente riferimento all'istruttoria eseguita in quel procedimento e alle somme di denaro consegnate a B._ per essere investite, indicando quali possibili reati gli art. 138, 146 e 158 CP.
Dal canto suo, nel decreto di non luogo a procedere, il PP ha parimenti richiamato il procedimento penale già pendente contro le parti, ha rilevato ch'esso si trovava allo stadio della chiusura dell'istruzione ed ha addotto che la denuncia del 2 maggio 2011, secondo cui il ricorrente sarebbe vittima del coimputato, non trovava riscontro negli atti.
In tali circostanze, considerato che la denuncia era generica e riferita a fatti perseguiti nell'ambito di un procedimento penale ancora pendente, richiamati in modo soltanto parziale dal ricorrente, la CRP ha ritenuto, a ragione, che la breve motivazione del decreto di non luogo a procedere non violava il diritto di essere sentito del ricorrente. Il PP aveva infatti chiuso l'istruzione prospettando la promozione dell'accusa nei confronti del ricorrente, e i fatti perseguiti dovevano essere oggetto di giudizio da parte del giudice di merito. Non si imponeva quindi che il magistrato inquirente si diffondesse in modo approfondito sugli stessi fatti nell'ambito della decisione di non luogo a procedere. Il ricorrente ha peraltro afferrato la portata della decisione avendo adito la Corte cantonale dinanzi alla quale ha addotto sia la violazione del suo diritto di essere sentito sia argomentazioni di merito (cfr., sulla motivazione delle decisioni, DTF 136 I 229 consid. 5.2; 134 I 83 consid. 4.1 e rinvii).
3. 3.1 Secondo il ricorrente, la CRP sarebbe incorsa in un accertamento inesatto dei fatti giusta l'art. 97 cpv. 1 LTF, perché avrebbe limitato il proprio potere cognitivo, omettendo di confrontarsi con i fatti rilevanti risultanti dall'incarto xxx. Rileva che, in virtù dell'art. 391 cpv. 1 CPP, la Corte cantonale non è vincolata dalle motivazioni e dalle conclusioni delle parti e che i fatti di rilevanza penale emergerebbero dagli atti del citato procedimento penale e sarebbero stati sufficientemente indicati nel reclamo, in cui sarebbe stato evidenziato che B._ lo avrebbe ingannato astutamente, facendogli credere contrariamente al vero che gli importi ricevuti sarebbero stati investiti ed avrebbero fruttato interessi conformemente agli accordi pattuiti. Secondo il ricorrente, imponendo esigenze di motivazione troppo severe, la CRP avrebbe pure disatteso il principio della verità materiale previsto dall'art. 6 cpv. 1 CPP.
3.2 Invocando genericamente le citate disposizioni, il ricorrente disattende che la CRP non è entrata nel merito del reclamo, siccome lo ha ritenuto carente sotto il profilo delle esigenze di motivazione. Per l'art. 396 cpv. 1 in relazione con l'art. 385 cpv. 1 CPP, queste esigenze comprendono l'indicazione precisa: dei punti della decisione che si intendono impugnare (lett. a), dei motivi a sostegno di una diversa decisione (lett. b) e dei mezzi di prova invocati (lett. c).
L'indicazione precisa dei motivi a sostegno di una diversa decisione ai sensi dell'art 385 cpv. 1 lett. b CPP deve essere sostanziata dal reclamante sotto il profilo dei fatti e del diritto (cfr. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, n. 3 all'art. 385). Ciò segnatamente anche quando, malgrado le possibili difficoltà, il reclamo è diretto contro una decisione di non luogo a procedere riguardante possibili reati patrimoniali (cfr. JEREMY STEPHENSON/GILBERT THIRIET, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 9 all'art. 396).
3.3 Il ricorrente non fa valere la violazione degli art. 385 cpv. 1 e 396 cpv. 1 CPP, né sostiene che la CRP avrebbe dovuto assegnargli un termine suppletorio giusta l'art. 385 cpv. 2 CPP per sanare il difetto del gravame. Nel reclamo alla CRP, egli si è sostanzialmente limitato a ribadire il contenuto della denuncia nei confronti del coimputato. Come visto, la denuncia era però a sua volta formulata in modo generico e basata su un richiamo parziale di atti del procedimento penale inc. xxx. Il ricorrente ha infatti essenzialmente esposto la sua versione riguardo ai fatti oggetto di quel procedimento, accennando a possibili reati patrimoniali commessi dal coimputato nei suoi confronti. Le contestazioni sollevate concernevano quindi la procedura aperta nei confronti di entrambi gli imputati ed avrebbero dovuto essere o andrebbero se del caso presentate in quel contesto, eventualmente nell'ambito del dibattimento dinanzi al giudice del merito. Addotte genericamente in sede di reclamo, a ragione che la CRP le ha ritenute irricevibili.
3.4 In tali circostanze, ritenuto che la decisione della Corte cantonale di non entrare nel merito del gravame non viola il diritto, la censura di violazione del principio "in dubio pro duriore", non esaminata dalla precedente istanza, non deve essere vagliata in questa sede.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.