Fatti:
A. La Comunione ereditaria fu A.A._ è proprietaria di una cascina, distrutta in gran parte da un incendio nel 2007, sita nel Comune di X._. Il 12 febbraio 2008 un coerede, a nome della Comunione ereditaria, ha inoltrato al Municipio la notifica per la ricostruzione dell'edificio, allegando il progetto, corredato dai piani indicanti gli interventi e le loro caratteristiche, segnatamente precisando che le dimensioni, il volume e la struttura dell'immobile sarebbero stati conservati. Con decisione del 12 febbraio 2008 il Comune, ritenuto il progetto non soggetto all'obbligo di licenza edilizia, ha autorizzato la ricostruzione della cascina sulla base dei piani prodotti, approvandoli.
B. Il 26 maggio 2009, il Comune ha invitato il coerede a sospendere i lavori edilizi e a presentare una nuova domanda di costruzione, adducendo che gli interventi effettuati non rispettavano la documentazione prodotta. I proprietari hanno contestato detto accertamento, sostenendo d'essersi attenuti ai piani approvati. Il 6 luglio seguente, il Comune ha avviato una procedura sia amministrativa sia penale e il 30 luglio/3 agosto 2009 ha emanato un ordine di fermo dei lavori. La comunione ereditaria è allora insorta dinanzi al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni che con giudizio del 30 novembre 2010 ha parzialmente accolto il ricorso, annullando il decreto di fermo dei lavori per quanto concerne gli interventi edilizi interni all'edificio, confermandolo per contro riguardo a quelli effettuati sul terreno circostante, non conformi ai piani approvati.
C. Avverso questa decisione il Comune di X._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla nella misura in cui non conferma integralmente il fermo lavori.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 136 II 101 consid. 1).
1.2 Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.1). La legittimazione del Comune, fondata su un'asserita lesione dell'autonomia comunale, è data (art. 89 cpv. 2 lett. c LTF; DTF 136 I 404 consid. 1.1.3).
1.3 Il ricorrente rileva che si è in presenza di una misura cautelare, di carattere temporaneo, volta ad assicurare il mantenimento di una situazione di fatto, in attesa che sia chiarita definitivamente, in un secondo tempo, la possibilità di autorizzare, se del caso, gli asseriti lavori illegali nel quadro di una licenza edilizia in sanatoria.
La decisione impugnata concerne effettivamente una misura cautelare (fermo dei lavori). In effetti, decisivo per stabilire se si tratti di una decisione finale di diritto materiale, che il Tribunale federale può esaminare liberamente (art. 95 LTF), o di una misura cautelare, contro cui può essere fatta valere unicamente la violazione di diritti costituzionali (art. 98 LTF), non è tanto la procedura con la quale essa è stata adottata; determinante è piuttosto il quesito di sapere se una questione di diritto viene decisa in maniera provvisoria o in modo definitivo, sulla base di un esame completo in fatto e in diritto che acquisisce forza di cosa giudicata, senza riservare la decisione in una procedura principale (cfr. DTF 136 V 131 consid. 1.1.2; 133 III 589 consid. 1 e 2; 135 III 430 consid. 1.1 e 1.3; 136 III 178 consid. 3 inedito). Nella fattispecie è manifesto che la questione della legalità o meno degli interventi edilizi litigiosi sarà decisa compiutamente in seguito.
1.4 Nel quadro di misure cautelari secondo l'art. 98 LTF, il Tribunale federale esamina la violazione di diritti fondamentali soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF) e ciò conformemente alla severa prassi fondata sul previgente art. 90 cpv. 1 lett. b OG (DTF 136 II 304 consid. 2.5; 135 III 232 consid. 1; 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). L'atto di ricorso adempie solo in parte queste severe esigenze di motivazione, ricordato inoltre che nell'esaminare la fondatezza di misure provvisionali il Tribunale federale si impone un grande ritegno (DTF 134 II 349 consid. 3 in fine). D'altra parte il ricorrente, accennando soltanto all'autonomia comunale (art. 50 cpv. 1 Cost., art. 65 Cost./GR) e a un accertamento arbitrario dei fatti (art. 9 Cost.), incentra in sostanza il gravame, in maniera inammissibile, su un'asserita violazione del diritto pianificatorio.
1.5 Visto l'esito del gravame, il quesito di sapere se in concreto la decisione in materia di misure cautelari sia una decisione finale (art. 90 LTF), rispettivamente incidentale comportante un pregiudizio irreparabile giusta l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, nocumento non ravvisabile di primo acchito nei confronti del ricorrente, non dev'essere esaminato oltre (al riguardo vedi DTF 134 I 83 consid. 3.1).
2. 2.1 Secondo la decisione impugnata, unico oggetto del litigio è il decreto di fermo lavori, misura provvisionale che deve rispettare il principio della proporzionalità e limitarsi quindi a vietare i lavori che non appaiono conformi alla licenza edilizia. Al riguardo, la Corte cantonale ha accertato che, al momento del rilascio della licenza edilizia, la particella sulla quale sorge la cascina si trovava nella "zona dei Y._" (zona di conservazione) e quindi in una zona edificabile limitata che permetteva di trasformare a scopo di vacanza, con aggiunte e alzamenti di 1/3 del volume, gli edifici esistenti: all'epoca, la competenza per autorizzare siffatti interventi spettava all'autorità comunale. Nel 2008, il Comune, ritenuto che la domanda di costruzione non esigeva una procedura ordinaria, ha concesso la licenza sulla base dei piani approvati. La licenza, cresciuta formalmente in giudicato, vincola quindi, sotto il profilo dei principi della buona fede e dell'affidabilità, il Comune, che non può appellarsi a eventuali vizi della medesima. La Corte cantonale ne ha concluso, richiamando la sentenza 1C_217/2010 del 3 febbraio 2011, che la conformità dei lavori litigiosi dev'essere esaminata soltanto rispetto ai piani approvati.
Nel merito, i giudici cantonali, ricordata la possibilità a suo tempo del completo cambiamento di destinazione dell'edificio, hanno stabilito che la nuova suddivisione e le modifiche interne dello stesso sono irrilevanti ai fini del giudizio materiale, poiché conformi, all'epoca, allo scopo della zona, mentre le dimensioni, le aperture e l'aspetto delle facciate non hanno subito cambiamenti rispetto ai piani approvati. Hanno quindi ritenuto che non sussistono i presupposti per ordinare un fermo lavori degli interventi interni. Gli interventi edilizi effettuati sul terreno circostante, segnatamente i muri di sostegno, divergono per contro sostanzialmente da quelli previsti dai piani approvati, per cui al riguardo il fermo è stato ritenuto giustificato.
2.2 Il Comune insiste, in maniera del tutto generica, sull'assunto secondo cui già nel 1991 il dipartimento cantonale competente l'aveva avvisato che la zona in esame sarebbe stata illegale, esortandolo a decretare un blocco delle costruzioni. Riguardo a dette zone, i comuni avrebbero potuto rilasciare licenze edilizie solo per lavori di manutenzione. Insiste sul fatto ch'esso non ha adeguato detta zona alla normativa cantonale e federale, per cui il diritto comunale autonomo, non conforme con il diritto pianificatorio di rango superiore, sarebbe stato applicato irritamente. Aggiunge poi, sempre in maniera appellatoria e quindi inammissibile, che la licenza avrebbe dovuto essere rilasciata nell'ambito di una procedura ordinaria e non di semplice notifica. Ora, come rettamente rilevato nelle sue osservazioni alla Corte cantonale dall'Ufficio per lo sviluppo del territorio dei Grigioni, tale difetto non comporterebbe comunque la nullità della licenza, cresciuta in giudicato.
2.3 Il ricorrente precisa nondimeno che queste questioni possono rimanere aperte in quanto le difformità da esso riscontrate rispetto al progetto approvato sarebbero evidenti e non confutabili e poiché in questo stadio della procedura sarebbe sufficiente la parvenza di una violazione formale del diritto, l'accertamento dell'esistenza e dei limiti di una violazione dovendo essere valutati nell'ambito della procedura di rilascio di un'eventuale licenza in sanatoria. A torto la Corte cantonale avrebbe quindi arbitrariamente ritenuto il progetto conforme alla destinazione della zona e corretta la procedura seguita, perché tali questioni dovrebbero essere esaminate in un secondo tempo: anticipando un giudizio di merito che non le competerebbe, la Corte cantonale avrebbe violato l'autonomia comunale.
2.4 Il ricorrente, limitandosi ad accennare in maniera appellatoria ad asseriti vizi della licenza edilizia, peraltro tutt'altro che evidenti, nemmeno tenta di dimostrare che in concreto sarebbero adempiuti gli estremi di un suo riesame, di una sua revoca o revisione (sentenza 1C_217/2010, citata, consid. 3). Il Comune parrebbe misconoscere d'altra parte che la licenza è stata rilasciata da esso medesimo, sulla base di una normativa e una procedura da esso conosciuta per lo meno a partire dal 1991. Nulla gli impediva del resto, a partire da quella data, di decretare un blocco delle costruzioni e di adeguare la pianificazione locale nel senso richiesto dal dipartimento cantonale. Esso non può pertanto rimproverare alla comunione ereditaria la propria inattività e far invalidare una licenza edilizia da esso concessa con cognizione di causa nel 2008.
2.5 Per concludere, con la sua argomentazione il ricorrente né tenta di dimostrare perché la tesi posta a fondamento della decisione impugnata, fondata peraltro sulla giurisprudenza del Tribunale federale, con la quale esso non si confronta, secondo cui i comproprietari potevano in buona fede fare affidamento sulla licenza edilizia e modificare pertanto nel senso stabilito dalla Corte cantonale l'interno dell'edificio, sarebbe addirittura insostenibile e quindi arbitraria (sulla nozione di arbitrio vedi DTF 137 I 1 consid. 2.4 e rinvii) né perché il criticato accertamento dei fatti sarebbe avvenuto in maniera addirittura insostenibile e quindi arbitraria (art. 105 cpv. 1 e 2, 97 cpv. 1 LTF; DTF 136 II 508 consid. 1.2).
3. Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Non si prelevano spese (art. 66 cpv. 4 LTF) e non si attribuiscono ripetibili della sede federale, ritenuto che la comunione ereditaria non è stata invitata a esprimersi (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, all'Ufficio per lo sviluppo del territorio dei Grigioni e al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni, 5a Camera.