Sachverhalt:
A. K._, geboren 1956, war seit 17. August 1998 als Logopädin tätig und in dieser Eigenschaft bei der Unfallversicherung Stadt Zürich (nachfolgend: UVZ) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 20. August 2002 stürzte sie mit dem Velo und zog sich Verletzungen zu. Die UVZ erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Am 6. Februar 2007 gab die UVZ mit Einverständnis von K._ ein Gutachten bei PD Dr. med. S._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, in Auftrag. Dieser diagnostizierte am 17. August 2007 ein postcommotionelles Syndrom (nach ICD-10 organisches Psychosyndrom nach Schädel-Hirntrauma, F 07.2). Mit Verfügung vom 23. Januar 2008 stellte die UVZ ihre Leistungen per 1. Januar 2008 ein. K._ liess dagegen Einsprache erheben. Am 3. Juli 2008 beauftragte die UVZ Dr. med. C._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, mit einem Konsilium unter Einbezug der vorhandenen Akten. Mit Schreiben vom 6. Januar 2009 verlangte K._ den Erlass eines Einspracheentscheids innert 30 Tagen, andernfalls sie Rechtsverzögerungsbeschwerde erheben werde. Die UVZ teilte ihr am 7. Januar 2009 mit, sie könne nicht innert 30 Tagen den Entscheid erlassen, da sie noch im Rahmen ihrer gesetzlichen Abklärungspflicht tätig sei.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die am 26. März 2009 eingereichte Rechtsverzögerungsbeschwerde mit Entscheid vom 30. Juni 2009 gut und verpflichtete die UVZ, innert kurzer Zeit entweder den Einspracheentscheid zu erlassen oder die allenfalls noch notwendigen Abklärungen in die Wege zu leiten. Zudem sprach es K._ eine Parteientschädigung zu Lasten der UVZ von Fr. 900.- zu. Am 21. Juli 2009 erliess die UVZ den strittigen Einspracheentscheid.
C. Die UVZ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Begehren, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass keine Rechtsverzögerung vorliege (Beschwerde vom 22. Juli 2009). K._ lässt auf Nichteintreten, eventualiter auf Abweisung der Beschwerde schliessen.
Erwägungen:
1. 1.1 Zur Beschwerde wegen einer angeblichen Rechtsverweigerung bzw. Rechtsverzögerung ist nur legitimiert, wer ein schutzwürdiges Interesse an der Beurteilung seiner Eingabe hat (Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG). Dieses muss nicht nur bei der Beschwerdeeinreichung, sondern auch noch im Zeitpunkt der Urteilsfällung aktuell und praktisch sein. Fällt das schutzwürdige Interesse im Laufe des Verfahrens dahin, wird die Sache als erledigt erklärt; fehlte es schon bei der Beschwerdeeinreichung, ist auf die Eingabe nicht einzutreten. Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen unter gleichen oder ähnlichen Umständen jederzeit wieder stellen können, eine rechtzeitige Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre und die Beantwortung wegen deren grundsätzlicher Bedeutung im öffentlichen Interesse liegt (Urteil 2C_81/2009 vom 26. Mai 2009, E. 2.2.1 mit Hinweisen).
1.2 Die Vorinstanz hat mit Entscheid vom 30. Juni 2009 eine Rechtsverzögerung festgestellt. Die gerügte UVZ hat am 22. Juli 2009 Beschwerde beim Bundesgericht eingereicht und bereits am 20. Juli 2009 den angemahnten Einspracheentscheid erlassen. Gestützt auf die Rechtsprechung, wonach das schutzwürdige Interesse dahin fällt, sobald die geforderte Handlung vorgenommen wurde (E. 1.1), erscheint die Beschwerdelegitimation fraglich. Es ist jedoch zu beachten, dass die Behörde, welcher eine Rechtsverzögerung zur Last gelegt wird, am Recht steht. Würde die genannte Rechtsprechung auch in dieser Konstellation zur Anwendung gelangen, so wäre die Behörde gehalten, den Erlass der - angeblich zu Unrecht verzögerten - Rechtshandlung (weiter) hinauszuzögern. Sie müsste sich rechtswidrig verhalten (Verzögern eines Entscheids), um ihre Rechte im Rechtsmittelverfahren wahren zu können.
Wie es sich damit verhält, kann jedoch offen bleiben, da die UVZ auch nach Erlass des Einspracheentscheids ein aktuelles schutzwürdiges Interesse hat, die ihr von der Vorinstanz auferlegte Parteientschädigung nicht bezahlen zu müssen. Demnach ist auf die Beschwerde der UVZ - entgegen der Ansicht der Versicherten - einzutreten.
2. Da es nicht um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung geht, gelangen die Ausnahmen von Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG nicht zur Anwendung gelangen. Das Bundesgericht entscheidet im Rahmen der üblichen engen Kognition.
3. 3.1 Die Vorinstanz begründet die festgestellte Rechtsverzögerung mit der Vornahme einer unnötigen Beweisvorkehr. Das bei Dr. med. C._ eingeforderte Konsilium sei nicht geeignet gewesen, die übrigen fachärztlichen Feststellungen in Zweifel zu ziehen; dazu wäre eine interdisziplinäre Abklärung notwendig gewesen.
3.2 In der Verfügung vom 23. Januar 2008 stellte die UVZ ihre Leistungen mangels adäquatem Kausalzusammenhang nach BGE 115 V 133 per 1. Januar 2008 ein; die Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs liess sie offen. Die Versicherte bestritt in ihrer Einsprache vom 22. Februar 2008, dass kein organischer Befund vorliege bzw. die Beschwerden nicht objektivierbar seien. Weiter beanstandete sie, dass die Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs nach der Rechtsprechung von BGE 115 V 133 erfolgte. In der ergänzenden Begründung vom 17. März 2008 machte sie geltend, es habe unzweifelhaft das typische Beschwerdebild nach einer HWS-Verletzung vorgelegen und es sei auf das Gutachten des PD Dr. med. S._ abzustellen; insbesondere seien das diagnostizierte postcommotionelle Syndrom und die damit in Zusammenhang stehenden kognitiven Defizite als unmittelbare Folgen des Unfalls zu sehen und es liege durchaus ein organisches Substrat der Beschwerden vor. Die UVZ beauftragte am 3. Juli 2008 Dr. med. C._ mit einem Konsilium. Im Einspracheentscheid vom 20. Juli 2009 verneinte die UVZ gestützt auf das Aktengutachten des Dr. med. C._ vom 27. April 2009 die Massgeblichkeit des Gutachtens des PD Dr. med. S._ und damit das Vorliegen eines organischen, objektivierbaren Gesundheitsschadens und lehnte den Anspruch auf weitere Leistungen nach dem 1. Januar 2008 mangels adäquatem Kausalzusammenhang nach BGE 134 V 109 ab; die Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs liess die UVZ erneut offen.
4. 4.1 Die Versicherte machte in ihrer Einsprache gestützt auf das Gutachten des PD Dr. med. S._ ein organisches Substrat der Beschwerden geltend. Für diesen Fall wäre bei Vorliegen des natürlichen Kausalzusammenhangs auch der adäquate ohne Weiteres zu bejahen gewesen (vgl. BGE 129 V 177 E. 3.3 S. 183 in fine, 118 V 286 E. 3a S. 291, je mit Hinweis). Bei dessen Fehlen kommt indessen eine spezielle Adäquanzprüfung zur Anwendung (BGE 115 V 133 bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfällen; BGE 134 V 109 bei Schleudertraumen der HWS ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle; vgl. auch BGE 117 V 369 zu den Schädel-Hirntraumen).
Nach der Rechtsprechung ist es der Verwaltung und im Beschwerdefall dem Gericht untersagt, sich ohne Abstützung auf ärztliches Fachwissen über eine fachärztliche Diagnose hinwegzusetzen, indem auf allgemein zugängliche, populär medizinische Abhandlungen oder auf eigene Erfahrung abgestellt wird; dazu bedarf es einer anderen, überzeugenderen fachärztlichen Einschätzung (vgl. etwa Urteile 8C_391/2009 vom 21. Oktober 2009, E. 4.2, 8C_837/2008 vom 26. Juni 2009, E. 8.2, und 9C_410/2008 vom 8. September 2008, E. 3.3).
4.2 Die UVZ verneinte den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den bei Leistungseinstellung noch geklagten Beschwerden und dem Unfall vom 20. August 2002 in der Verfügung vom 23. Januar 2008 nach der Rechtsprechung von BGE 115 V 133 und im Einspracheentscheid nach jener von BGE 134 V 109; dabei liess sie die Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs jeweils offen. Dies war nur möglich, weil sie die Diagnose des postcommotionellen Syndroms im Sinne eines organischen Psychosyndroms durch PD Dr. med. S._ gestützt auf das Konsilium des Dr. med. C._ in Zweifel zog und damit - entgegen der in der Einsprache geäusserten Ansicht der Versicherten - eine organische Ursache der Beschwerden ausschloss. Da die Verwaltung sich nicht einfach über eine fachärztliche Diagnose hinwegsetzen darf (vgl. E. 4.1), ist es nachvollziehbar, dass die UVZ einen anderen Facharzt der Psychiatrie und Psychotherapie mit der Überprüfung des Gutachtens des PD Dr. med. S._ beauftragte und nicht bloss gestützt auf ihre Zweifel ihren Entscheid fällte. Die Einholung des Konsiliums bei Dr. med. C._ stellte demnach keine unnötige Beweisvorkehr dar und der UVZ ist keine Rechtsverzögerung vorzuwerfen.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Beschwerdegegnerin hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die UVZ hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Juni 2009 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Dezember 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold