Erwägungen:
1. Mit Entscheid vom 15. Juli 2009 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ und Y._ teilweise gut, hob Ziffer 1 des Urteils des kantonalen Steuerrekursgerichts vom 26. Februar 2009 auf und wies die Sache zur weiteren Behandlung im Sinne der Erwägungen an das Steuerrekursgericht zurück. Betroffen ist die Veranlagung für die Kantons- und Gemeindesteuern 2005 (Ermessensveranlagung). Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Beschwerdeführer dem Sinne nach, die Veranlagung sei gemäss den Angaben in der Steuererklärung vorzunehmen.
Akten und Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob auf die Beschwerde einzutreten ist (BGE 132 III 291 E. 1).
2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig gegen Endentscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG), oder gegen Teil(end)entscheide im Sinne von Art. 91 BGG. Vor- und Zwischenentscheide können demgegenüber gemäss Art. 92 Abs. 1 und 93 Abs. 1 BGG mit Beschwerde nur angefochten werden:
a) wenn sie die Zuständigkeit oder Ausstandsfragen betreffen; solche Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (Art. 92 Abs. 1 und 2);
b) wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (Art. 93 Abs. 1 lit. a) oder
c) wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b).
2.2 Beim angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts handelt es sich um einen Rückweisungsentscheid. Im Streite liegt eine Ermessensveranlagung. Diese erfolgte, weil der Beschwerdeführer seine Bareinnahmen und Ausgaben nicht fortlaufend, lückenlos und zeitnah in einem Kassabuch dokumentierte und damit der Beweiswert der Buchhaltung als solcher in Frage stand. Die Veranlagungsbehörde ging davon aus, dass es sich um einen bargeldintensiven Betrieb handelt und die Führung eines Kassabuchs unerlässlich sei. Im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht machte der Beschwerdeführer dann aber geltend, er lasse sich sämtliche Einnahmen über sein Bankkonto einzahlen. Die Vorinstanz schloss, dass unter diesen Umständen das Steuerrekursgericht von sich aus weitere Beweismassnahmen hätte treffen und abklären müssen, ob die Voraussetzungen für eine Ermessensveranlagung erfüllt waren. Hinsichtlich dieser Frage greife die Kognitionsbeschränkung nach § 193 Abs. 3 StG (Art. 48 Abs. 2 StHG) nicht (angefochtenes Urteil E. 5.2.3).
2.3 Das hier angefochtene Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts schliesst das Verfahren somit nicht ab, sondern lautet auf Rückweisung. Es ist daher kein Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG. Der Entscheid behandelt auch nicht einzelne Begehren abschliessend, wie Art. 91 BGG das für Teilentscheide verlangt.
Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde nur unter den in Art. 92 Abs. 1 und 93 Abs. 1 BGG erwähnten Voraussetzungen zulässig ist, insbesondere wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b). Diese Voraussetzungen sind hier nicht erfüllt. Das Steuerrekursgericht muss nach den Vorgaben des Verwaltungsgerichts weitere Abklärungen treffen, ohne die über die Veranlagung nicht definitiv befunden werden kann. Das Bundesgericht könnte höchstens die Ermessensveranlagung bestätigen, wenn es zur Auffassung gelangen würde, diese bestehe zu Recht. Das wollen die Beschwerdeführer indessen gerade nicht. Auf die Beschwerde kann folglich nicht eingetreten werden.
3. Die Beschwerde ist offensichtlich unzulässig und im Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG zu erledigen.
Der Beschwerdeführer hat - wie er selber einräumt - den Sinn des angefochtenen Entscheides nicht verstanden und daher beim Bundesgericht Beschwerde geführt. Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich, keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann