Faits:
A. X._ SA (en abrégé: la société), à Neuchâtel, a été constituée le 27 décembre 1989. Elle a pour but l'achat, la vente et la location de véhicules automobiles, le commerce de pièces détachées et d'accessoires, de carburants et de lubrifiants, ainsi que l'exécution de travaux mécaniques, de carrosserie et d'entretien des véhicules.
Les comptes de la société 2004 faisaient état d'un bénéfice de 291'341 fr., après déduction de diverses provisions pour un montant total de 1'375'126 fr. 70, en particulier une provision pour rachat des contrats de leasing s'élevant à 953'446 fr. 70 et une prime de 72'000 fr. pour la remise en état des véhicules loués. Le Service des contributions du canton de Neuchâtel a toutefois procédé à plusieurs corrections sur le bénéfice déclaré. Le 21 février 2006, il a taxé la société pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal 2004; il a notamment réduit la provision constituée pour rachat des contrats de leasing à raison de 153'446 fr., en précisant qu'après cinq ans, celle-ci ne devra pas excéder 50'000 fr. Cette décision a été confirmée sur réclamation, par décision du 5 avril 2006.
X._ SA a recouru auprès du Tribunal fiscal du canton de Neuchâtel qui, par jugement du 31 octobre 2008, a admis partiellement le recours, en particulier sur le principe d'une provision pour couvrir l'obligation de reprise découlant des contrats de leasing, et a renvoyé le dossier au Service des contributions pour le calcul de cette provision.
B. Examinant le recours de la société contre ce jugement, le Tribunal administratif du canton de Neuchâtel a informé X._ SA qu'il envisageait une reformatio in pejus et l'a dès lors invitée, par lettre du 17 décembre 2009, à retirer son recours ou à se déterminer. La recourante ayant retiré sa conclusion tendant à l'admission d'une provision de 10% pour remise en état des véhicules loués, seule la question de la provision pour couvrir l'engagement de reprise des véhicules découlant des contrats de leasing était litigieuse. Sur ce point, le Tribunal administratif a considéré que la constitution d'une telle provision était admissible, mais qu'elle devait se limiter à couvrir l'obligation de rachat découlant des contrats de leasing conclus entre les instituts de financement et X._ SA, toute autre provision pour frais de remise en état, usure normale et risque de dépréciation des véhicules qui seraient rachetés à un prix trop élevé étant exclue. Dès lors, par arrêt du 9 juin 2010, il a annulé le jugement du Tribunal fiscal du 31 octobre 2008, la décision sur réclamation du 5 avril 2006 et les décisions de taxation du 21 février 2006 pour l'impôt fédéral et les impôts cantonal et communal 2004, dans la mesure où elles concernaient la provision pour rachat des véhicules en leasing, la cause étant renvoyée au Service des contributions pour nouvelle taxation 2004 qui tienne compte d'une provision correspondant à l'addition des montants prédéfinis de rachat des véhicules en leasing. Le Tribunal administratif a en outre considéré cette reformatio in pejus justifiée au regard du caractère manifestement erroné du jugement entrepris et de l'intérêt fiscal en jeu.
C. Le Service des contributions du canton de Neuchâtel (en abrégé: SCCO) forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt du 9 juin 2010 et demande au Tribunal fédéral de:
"1. Annuler le chiffre 2 du dispositif de l'arrêt du 9 juin 2010 du TA qui renvoie la cause au SCCO pour qu'il effectue la taxation 2004 de la société X._ SA au sens des considérants de l'arrêt attaqué (...) en calculant une provision pour couvrir l'engagement de reprise par la société X._ SA des véhicules en leasing correspondant à l'addition des valeurs de rachat fixées dans les contrats de leasing.
2. Fixer en matière d'impôt cantonal et communal direct 2004 le bénéfice net imposable de la société X._ SA avant répartition intercantonale à CHF 1'317'787.- et le capital imposable avant répartition intercantonale à CHF 4'216'243.-
3. Fixer en matière d'impôt fédéral direct 2004 le bénéfice net imposable de la société X._ SA à CHF 1'317'787.-
4. Mettre les frais de la procédure à la charge de la société X._ SA. "
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt et conclut au rejet du recours.
X._ SA (ci-après, aussi désignée par "la société intimée") conclut, avec suite de frais et dépens, à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
L'Administration fédérale des contributions a déposé des observations au terme desquelles elle propose d'admettre le recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 I 43 consid. 1 p. 43; 136 II 101 consid. 1 p. 103).
1.1 Rendu dans une cause de droit public par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), l'arrêt attaqué, qui concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, est en principe susceptible d'être attaqué par la voie du recours en matière de droit public (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262).
1.2 La société intimée considère toutefois que le recours est irrecevable, car l'arrêt attaqué est une décision de renvoi, qui ne saurait être considérée comme une décision finale au sens de l'art. 90 LTF.
Il est vrai que l'arrêt attaqué ne met pas fin à la procédure, dès lors qu'il renvoie la cause au Service des contributions et qu'il ne constitue ainsi pas une décision finale au sens de l'art. 90 LTF. Cette décision de renvoi doit toutefois être assimilée à une décision finale, car elle ne laisse aucune marge de manoeuvre au recourant qui ne doit pas procéder à des mesures d'instruction pour rendre ses nouvelles décisions de taxation de X._ SA pour l'année fiscale 2004 (cf. ATF 135 V 141 consid. 1.1 p. 143; 134 II 124 consid. 1.3 p. 127; arrêt 2C_258/2008 du 27 mars 2009 in StE 2009 B 96.21 no 14 consid. 3.3 et les références citées dans chaque arrêt). L'autorité de taxation est en effet uniquement chargée, sur le seul point qui restait litigieux devant le Tribunal administratif, soit la provision pour couvrir l'engagement de reprise des véhicules découlant des contrats de leasing que l'intimée a passés avec les Instituts d'émission, de calculer le montant de cette provision, en tenant compte de la valeur de rachat desdits contrats. Cela ne lui permet donc nullement de procéder à une évaluation de cette provision, ainsi que le confirme l'art. 56 al. 3 de la loi neuchâteloise sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA; RSNE 152.130), prescrivant que l'autorité inférieure est liée par les considérants et le dispositif de l'arrêt du Tribunal administratif. Le présent recours est donc recevable sous l'angle de l'art. 90 LTF.
Au demeurant, même si la décision devait être qualifiée d'incidente, la jurisprudence admet que l'autorité à qui la cause est renvoyée et qui doit rendre une nouvelle décision subit un préjudice irréparable sur les questions qu'elle ne pourra plus contester par la suite, de sorte que le recours serait également ouvert sous l'angle de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (cf. ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 128; 133 II 409 consid. 1.2 p. 412).
1.3 L'art. 146 2ème phrase LIFD confère à l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct la qualité pour recourir conformément à l'art. 89 al. 2 let. d LTF, soit en l'espèce au Service cantonal des contributions, autorité de taxation en matière d'impôt fédéral direct dans le canton de Neuchâtel. Il en va de même de l'art. 73 al. 2 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts cantonaux et communaux (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), qui donne à l'administration fiscale cantonale le droit de recourir (ATF 134 II 186 consid. 1.4 p. 189; 124 consid. 2), ainsi que de l'art. 216f de la loi neuchâteloise sur les contributions directes du 21 mars 2000 (LCdir; RSNE 631.0).
1.4 Déposé en temps utile (art. 100 LTF) et dans les formes prévues par la loi (art. 42 LTF), le présent recours est donc recevable comme recours en matière de droit public. Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement que le recourant s'en prend à l'impôt fédéral direct, comme aux impôts cantonal et communal (ATF 135 II 260).
1.5 Selon l'art. 99 al. 2 LTF, toute conclusion nouvelle est irrecevable. Le principe de la reformatio in pejus applicable en droit fiscal sur le plan cantonal n'empêche pas le respect de cette disposition devant le Tribunal fédéral. Par ailleurs, en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès du Tribunal administratif (ATF 136 II 101 consid. 1.2 p. 104), l'objet du litige et les conclusions des parties ne peuvent porter que sur les questions examinées dans l'arrêt attaqué. La nouveauté d'une conclusion s'apprécie par rapport aux conclusions formulées devant l'instance précédente (ATF 136 V 362, consid. 4.2 p. 367 et les références citées). Or, devant le Tribunal administratif, le Service des contributions avait seulement conclu au rejet du recours de la société intimée, en précisant qu'il avait décidé reprendre la provision de 953'446 fr. 70 pour rachat des contrats de leasing sur cinq ans, le but étant d'arriver à une provision admise de 50'000 fr. Ainsi, pour la période fiscale 2004, seule litigieuse et devant être examinée en l'espèce, la provision ne peut être inférieure à 153'446 fr. Dans la mesure où le recourant conclut maintenant au rejet de toute provision pour rachat des contrats de leasing et demande au Tribunal fédéral de fixer le bénéfice imposable de la société intimée à 1'317'787 fr. et son capital imposable à 4'216'243 fr., sur la base de la reprise totale de la provision pour rachat des contrats de leasing, ses conclusions sont nouvelles et donc irrecevables (voir aussi arrêt 2A.87/2005 du 28 avril 2006, consid. 4.2, rendu sous l'empire de l'art. 114 al. 1 de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire).
En résumé, le recours ne peut porter que sur la confirmation du montant de la provision initialement admise par les autorités fiscales pour l'année 2004, soit 153'446 fr. Partant, les conclusions de l'intimée qui vont au-delà et tendent à l'irrecevabilité totale du recours, parce que le principe de l'admissibilité d'une provision pour couvrir l'engagement de reprise des véhicules découlant des contrats de leasing aurait acquis force de chose jugée devant la juridiction cantonale inférieure, doivent être rejetées. Au demeurant l'intimée perd de vue qu'elle a elle-même maintenu son recours, alors que le Tribunal administratif l'avait dûment avertie, par lettre du 17 décembre 2009, qu'il allait probablement procéder à une reformatio in pejus.
1.6 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398). Le recourant peut faire valoir des vices relatifs à la constatation des faits, si leur correction est susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 2 LTF).
1.7 Pour le reste, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral (art. 106 al. 1 LTF). Il examine en principe librement l'application du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé avec les dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Le Tribunal fédéral n'est, en ces domaines, limité ni par les arguments des parties ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut ainsi admettre un recours pour un autre motif que ceux invoqués devant lui ou rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de l'autorité attaquée (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254; 133 III 545 consid. 2.2 p. 550 et les références citées).
2. Le litige se limite à l'examen du bien-fondé de la provision concernant l'engagement de la société de reprendre les véhicules remis en leasing, seule contestée par le recourant. Il ne porte donc pas sur l'existence d'autres provisions, en relation avec la remise en état des véhicules à l'issue du contrat de leasing ou pour parer au risque de dépréciation desdits véhicules, provisions niées par le Tribunal administratif; celles-ci n'ont en effet pas été remises en cause par la société qui aurait pu recourir elle-même contre l'arrêt attaqué. Il s'agit donc uniquement de déterminer si le Tribunal administratif pouvait fixer le montant de la provision pour rachat des véhicules en leasing sur la base de l'addition de toutes les valeurs de rachat de ces contrats.
I. Impôt fédéral direct.
3. 3.1 D'après l'art. 58 al. 1 lettre b LIFD, le bénéfice net des personnes morales comprend notamment les provisions qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial. Selon l'art. 63 al. 1 LIFD, des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultat notamment pour les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé (let. a), les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs (let. b), les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice (let. c) et les futurs mandats de recherches et de développement confiés à des tiers (...)(let. d). D'après l'art. 63 al. 2 LIFD, les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable.
Pour être admise en droit fiscal, la provision doit être justifiée par l'usage commercial et porter sur des faits dont l'origine se déroule durant la période de calcul (arrêt 2C_392/2009 du 23 août 2010 in RF 65/2010 p. 965 ss, consid. 2.1; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle 2007, n° 241 p. 145). Le droit fiscal n'admet toutefois pas la constitution de réserves latentes par le biais de provisions, pourtant tolérées en droit des obligations et selon les usages du commerce. En particulier, les provisions constituées en vue d'une utilisation future, notamment pour faire face à des dépenses que l'entreprise devra supporter en raison de son activité future constituent des réserves; en tant que telles, elles font partie du revenu imposable et ne sauraient être déduites de ce dernier avant que la société n'ait à supporter les charges en cause, conformément au principe de périodicité du droit fiscal (arrêts 2P.17/2007 du 23 août 2007, consid. 5.3, 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 5.2.3 et les références citées; Robert Danon Commentaire LIFD, n. 15 ad art. 63, p. 850). Seules sont justifiées par l'usage commercial, et partant déductibles fiscalement, les provisions qui sont portées au bilan en vue de couvrir un risque de perte imminent; il s'agit de réserves d'amortissement qui doivent être enregistrées, afin que le bilan de la société ne paraisse pas inexact, à savoir trop favorable (arrêt précité 2C_392/2009, consid. 2.3 et les références; ATF 103 Ib 366 consid. 4 p. 370). Les provisions pour les engagements ("Verpflichtungen") de l'exercice au sens de l'art. 63 al. 1 let. a LIFD, qui entrent en considération en l'espèce, doivent reposer sur un contrat ou sur une loi. Cela comprend les engagements conditionnels, pour autant que la réalisation de la condition soit très vraisemblable (Danon op. cit. n. 17 ad art. 63, p. 850). La question de savoir si une provision est justifiée par l'usage commercial doit être examinée sur la base de tous les éléments en présence (Peter Locher, Kommentar zum DGB, I n. 6 ad art. 29, p. 741) et à la lumière de la situation prévalant au moment où le bilan est établi (Danon , op. cit., n. 14 ad art. 63, p. 850).
Lorsque des provisions, qui ont été passées en charge du compte de résultat, ne sont pas admissibles, l'autorité fiscale est en droit de procéder à la dissolution de la provision. La dissolution a lieu lors de la période durant laquelle l'absence de justification commerciale de la réserve est constatée (arrêts précités 2C_392/2009, consid. 2.4 et 2P.17/2007, consid. 5.3 in fine, ainsi que les références citées).
3.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a considéré comme admissible une provision portant sur la valeur totale de rachat découlant des contrats de leasing conclus entre les instituts de financement et X._ SA, car cette obligation, qui prenait naissance lors de la conclusion des contrats mais se concrétisait ultérieurement, constituait un engagement au sens de l'art. 63 al. 1 let a LIFD. La provision devait ainsi être évaluée sur la base de tous les prix de rachat prédéterminés découlant des contrats passés avec les instituts de financement.
Le recourant fait notamment valoir que le Tribunal administratif a en fait admis une nouvelle provision portant sur l'obligation de rachat découlant des contrats de leasing et non sur les risques qui en découlent. Ce faisant, il s'est écarté des conclusions de l'intimée, qui ne demandait qu'une provision correspondant à 10% de la valeur de rachat indiquée dans les contrats de leasing et n'a donc nullement procédé à une reformatio in pejus.
3.3 Les contrats de leasing que la société intimée, en tant que fournisseur, passe avec la banque acheteuse et le preneur de leasing pour une durée déterminée prévoient, sous chiffre 4 "reprise de l'objet de la vente", ce qui suit:
"le fournisseur reprendra au preneur de leasing l'objet de la vente à l'expiration du contrat de leasing à sa valeur de rachat susmentionnée. Une éventuelle vente intermédiaire reste expressément réservée. Il vérifiera qu'il ne comporte pas de dommages qui ne seraient pas dus à une usure normale et établira le document d'évaluation et le procès-verbal de reprise qui devra être signé par lui et par le preneur de leasing. Le prix de rachat se réduit de la moitié du montant que le preneur de leasing doit payer pour un éventuel kilométrage global supérieur. Si le contrat de leasing est résilié avant terme, le fournisseur déclare expressément être d'accord de reprendre l'objet de la vente. Le prix de rachat sera calculé selon la norme Eurotax "Achat". Le décompte avec le preneur de leasing sera effectué, en cas de restitution avant terme de l'objet de la vente, par l'acheteuse. Jusqu'au paiement intégral par le fournisseur de la valeur résiduelle, l'objet de la vente reste la propriété de l'acheteuse. Le droit de vente ne peut être exercé que contre paiement simultané du prix de vente."
Ces conditions montrent clairement que le risque de perte lié à l'engagement de rachat par la société intimée est incertain et ne s'élève en tous les cas pas au montant total des prix de rachat à l'issue des contrats de leasing. En effet, le preneur de leasing doit répondre de toute dépréciation résultant d'un usage excessif (Tercier/Favre, Les contrats spéciaux, 4ème éd. 2009, § 91 n. 7846 et 7853). De plus les véhicules sont assurés en casco complète, de sorte que les éventuels dommages sont pris en charge par l'assurance. Il est enfin probable que, si le preneur de leasing ne reprend pas le véhicule à l'échéance du contrat, celui-ci soit revendu au prix du marché, voire utilisé comme véhicule loué. Une perte éventuelle pour le fournisseur peut certes survenir si la valeur du marché d'occasion a diminué et que le véhicule ne puisse donc plus être vendu au prix de rachat fixé dans le contrat de leasing. Toutefois, cette perte ne saurait justifier une provision calculée sur le prix total de rachat des véhicules en leasing. Tel qu'admis par le Tribunal administratif, le calcul de la provision ne tient pas compte du risque de probabilité de sa réalisation. Or, la jurisprudence considère qu'une réserve d'amortissement sous forme de provision n'est justifiée par l'usage commercial, et donc reconnue fiscalement, que si elle sert à couvrir un risque de perte imminent (cf. supra consid. 3.1), de sorte qu'on ne voit pas pourquoi le prix de rachat devrait être déterminant pour constituer la provision litigieuse. La société intimée a d'ailleurs elle-même demandé à la juridiction cantonale d'admettre forfaitairement un taux de provision de 10% sur la valeur résiduelle des véhicules en leasing pour leur remise en l'état (défaut d'usure et risque économique). A cela s'ajoute qu'une provision calculée en fonction du prix de rachat des véhicules à l'échéance des contrats de leasing n'est de toute façon pas proportionnée à l'importance de la perte éventuelle que pourrait supporter l'intimée, de sorte que sa constitution ne répond pas non plus au principe de la périodicité (cf. arrêt 2C_553/2007 du 29 septembre 2008, in RF 63/2008 p. 883 ss, consid. 2.1).
3.4 Il s'ensuit que le Tribunal administratif a violé l'art. 63 al. 1 let. a LIFD, en considérant comme justifiée la constitution d'une provision correspondant au prix de rachat des véhicules, prédéterminé dans les contrats de leasing.
II. Impôt cantonal et communal.
4. Reprenant l'art. 10 al. 1 let. b LHID, l'art. 89 LCdir a, sur le plan cantonal, la même teneur que l'art. 63 LIFD, de sorte que les considérations émises à propos de l'impôt fédéral direct (IFD; supra consid. 3) peuvent être appliquées aux impôts cantonal et communal (ICC).
5. Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis dans la mesure où il est recevable tant en ce qui concerne l'IFD que l'ICC. L'arrêt attaqué doit être annulé en tant qu'il admet une provision couvrant l'obligation de rachat des véhicules en leasing fondée sur la valeur totale de rachat prévue dans les contrats de leasing. Il est confirmé pour le surplus. La cause sera renvoyée au Service des contributions pour qu'il effectue la taxation 2004 de la société intimée en matière d'IFD et d'ICC en fixant la provision liée à l'obligation de reprise des véhicules découlant des contrats de leasing à 153'446 fr. (cf. supra consid. 1.5; art. 107 al. 2 in fine LTF), étant précisé qu'il n'est pas lié par ce montant pour les années ultérieures à 2004. La société intimée ayant été considérée comme succombant entièrement devant le Tribunal administratif, il y a lieu de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant lui (art. 67 LTF).
L'issue du recours commande de mettre les frais judiciaires à la charge du recourant et de la société intimée par moitié chacun (art. 66 al. 1 et 4 LTF). L'intimée a également droit à des dépens réduits (art. 68 al. 1 LTF), contrairement au recourant (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable en ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2004, ainsi que les impôts cantonal et communal 2004.
2. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il admet la constitution d'une provision couvrant l'obligation de rachat des véhicules en leasing portant sur la valeur totale des rachats; il est confirmé pour le surplus.
3. La cause est renvoyée au Service des contributions pour qu'il effectue la taxation 2004 de l'intimée en matière d'IFD et d'ICC en fixant la provision liée à l'obligation de reprise découlant des contrats de leasing à 153'446 fr.
4. L'affaire est renvoyée au Tribunal administratif pour qu'il fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure de recours qui s'est déroulée devant lui.
5. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant et de la société intimée par moitié chacun.
6. Le canton de Neuchâtel versera à l'intimée une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens réduits.
7. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au mandataire de la société intimée, au Tribunal administratif du canton de Neuchâtel, Cour de droit public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 28 mars 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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