Faits:
A. Feu C._ était domicilié à Praroman-Le Mouret (FR). Il détenait 25 % des participations sociales du groupe de sociétés W._. Les autres parts du groupe étaient en mains de sa soeur et de deux de leurs cousines.
Le 15 mars 1976, C._ a conclu avec son épouse dame C._ un pacte successoral. En substance, l'épouse était instituée héritière pour 1⁄4 et dame B._, fille de C._ née d'un premier mariage, pour 3⁄4. La part de l'épouse était grevée d'une charge de substitution fidéicommissaire en faveur de dame B._. La part de celle-ci était par moitié grevée d'un usufruit en faveur de dame C._ qui s'étendrait à la totalité de la part successorale de dame B._ s'il n'atteignait pas une valeur de 500'000 fr. par an après déduction des impôts.
B. C._ est décédé le 13 juin 1977 à Furiani, en Corse.
Le 26 juillet 1977, dame C._ a octroyé à dame B._ un droit d'emption sur les parts sociales lui revenant dans les sociétés familiales pouvant être exercé au plus tôt à son décès, tout en se réservant la possibilité de lui faire en tout temps une offre de vente de ses parts.
A la suite d'un avis de droit rendu sur requête de dame B._ qui estimait illicite le pacte successoral du 15 mars 1976, les parties ont convenu de régler la succession conformément aux dispositions du Code civil suisse relatives aux successions ab intestat. Dame B._ avait ainsi droit aux 3⁄4 de la succession et dame C._ à 1⁄4, les autres mesures prévues dans le pacte successoral étant annulées, en particulier l'usufruit et la substitution fidéicommissaire. Les parties ont dès lors passé un accord de liquidation successorale les 28 et 30 septembre 1978, confiant à D._ le soin de dresser l'inventaire de la succession et de collaborer à son rapide partage.
Tous les biens de la succession ont ensuite été répartis manuellement entre les héritières.
C. Par contrat d'option du 9 juin 1978, dame C._ a octroyé à dame B._ un droit d'emption irrévocable, jusqu'au 31 octobre 1978, sur toutes ses participations dans les sociétés familiales et assimilées pour un montant de 28'000'000 DM. Cette somme a été fixée sur la base d'une expertise sommaire effectuée le 24 avril 1978 par le réviseur de W._ AG, arrêtant la valeur du groupe W._ à 431'730'865 DM, la part de dame C._ étant arrêtée à 26'983'000 DM. Par courrier du 16 juin 1978, celle-ci a informé les membres de la famille B._ qu'elle entendait se départir de ses actions.
Par actes du 29 septembre 1978, dame C._ a vendu à dame B._ pour un prix total de 27'010'000 DM l'ensemble de ses participations dans les sociétés familiales et assimilées, soit les sociétés P._ GmbH, F._ GmbH, W._ AG et E._.
Le 22 décembre 1978, dame C._ a épousé R._, dont elle a pris le nom de famille.
D. Par courrier du 25 février 2002, dame R._ (précédemment dame C._) a exposé à dame B._ qu'entre 1979 et 1983, les fonds propres du groupe W._ avaient augmenté de 216 % alors que le chiffre d'affaires n'avait subi qu'une hausse de 152 %. Elle prétendait qu'elle avait été abusée par la convention de 1978 car dame B._ avait acquis les actions à un prix considérablement inférieur au prix réel. Elle réclamait une indemnité de 30'000'000 DM ou de 15'000'000 Euros.
Le 27 mai 2002, dame B._ a répondu que la succession de C._ avait été entièrement partagée et que dame R._ n'avait plus aucune prétention, ni sous l'angle successoral ni sous l'angle contractuel.
E. Le 5 juin 2003, dame R._ a saisi le Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine d'une demande « en partage et en paiement » dirigée contre dame B._. En dernier lieu, elle a conclu au partage définitif de la succession de feu C._ et à ce qu'il soit constaté que les héritières, soit dame R._ à hauteur d'un quart et dame B._ à hauteur de trois quarts, se sont réparties l'ensemble des biens de la succession. Elle a demandé le paiement de 15'000'000 Euros à titre de soulte due en compensation pour la dévolution des participations familiales. Le Président du tribunal a limité la procédure à l'examen des conditions de recevabilité de la demande.
Par jugement du 1er juin 2006, le Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine a déclaré la demande irrecevable. En substance, il a considéré que la demanderesse n'avait aucun intérêt à demander le partage d'une succession déjà partagée ni à faire constater les proportions dudit partage. S'agissant de l'action en paiement, il a considéré que les tribunaux suisses n'étaient pas compétents à raison du lieu, dès lors qu'il s'agissait d'une action contractuelle et que la défenderesse était domiciliée en Allemagne.
Statuant sur appel de dame R._, le Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a, par arrêt du 1er février 2007, confirmé le jugement de première instance.
F. Dame R._ forme un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt cantonal, à la constatation que les tribunaux suisses sont compétents pour connaître du litige et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale compétente pour qu'elle juge sur le fond. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de l'affaire à l'autorité cantonale compétente pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Elle a en outre requis l'effet suspensif.
Des déterminations n'ont pas été requises sur le fond.
Par ordonnance du 5 juin 2007, le Président de la IIe Cour de droit civil a rejeté la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal cantonal a confirmé l'incompétence des tribunaux fribourgeois et, partant, l'irrecevabilité de la demande. Ce faisant, elle a rendu une décision mettant fin à la procédure, soit une décision finale au sens de l'art. 90 LTF. L'arrêt attaqué a été rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par l'autorité judiciaire cantonale supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 LTF) dans une affaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, le recours est en principe recevable.
2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (art. 105 al. 1 LTF). Il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale (ATF 133 III 545 consid. 2.2). Toutefois, compte tenu de l'obligation de motiver incombant au recou-rant en vertu de l'art. 42 al. 2 LTF, qui correspond à celle de l'art. 55 al. 1 let. c OJ (ATF 133 IV 286 consid. 1.4), il n'examine pas toutes les questions juridiques qui peuvent se poser, mais seulement celles qui sont soulevées devant lui (ATF 133 III 545 consid. 2.2).
Le Tribunal fédéral ne sanctionne la violation de droits fondamentaux telle que la protection contre l'arbitraire que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF). Les exigences de motivation de l'acte de recours correspondent à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 III 393 consid. 6). Le recourant doit ainsi démontrer par une argumentation précise que la décision attaquée est manifes-tement insoutenable. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 III 585 consid. 4.1).
3. La recourante estime en premier lieu que la cour cantonale a écarté indûment certaines de ses offres de preuve. Elle se plaint de violations de son droit d'être entendue.
3.1 Selon la jurisprudence, si le droit d'offrir des moyens de preuve pertinents est invoqué en relation avec un droit subjectif privé découlant d'une norme de droit matériel fédéral, ce qui est le cas en l'espèce, il y a lieu d'en dénoncer la violation selon l'art. 8 CC - qui garantit également le droit à la preuve et à la contre-preuve (ATF 129 III 18 consid. 2.6) - et non en vertu du droit d'être entendu de l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêt 5A_403/2007 du 25 octobre 2007, consid. 3.1). L'art. 8 CC n'empêche pas le juge de refuser une mesure probatoire par une appréciation anticipée des preuves, si celle-ci fait apparaître la preuve litigieuse comme impropre à modifier le résultat des preuves déjà administrées (ATF 129 III 18 consid. 2.6; 127 III 519 consid. 2a; 122 III 219 consid. 3c).
3.2 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir refusé de donner suite à sa requête d'audition des parties et de quatre témoins tendant à établir que les parties avaient la réelle et commune intention de maintenir la communauté héréditaire et que la liquidation de la succession de feu C._ comprenait un ensemble d'opérations indissociables.
En l'espèce, l'autorité cantonale a refusé d'administrer ces moyens de preuve au motif que ces faits n'étaient pas juridiquement pertinents dès lors que le partage de la succession avait eu lieu par la répartition manuelle des biens (cf. infra consid. 5.2). Elle a ainsi procédé à une appréciation anticipée du moyen de preuve offert, ce qui ne viole pas l'art. 8 CC. En l'occurrence, la recourante prétend certes que cette appréciation est arbitraire, mais elle s'abstient d'en faire la démons-tration, ce qui rend sa critique irrecevable (cf. supra consid. 2; ATF 131 I 57 consid. 2; 129 I 8 consid. 2.1, 173 consid. 3.1).
3.3 Selon la recourante, les magistrats précédents ont refusé à tort d'auditionner l'intimée et d'interpeller les autorités fiscales afin de situer le domicile de l'intimée.
L'autorité cantonale a tenu compte de la coupure de presse produite par l'intimée faisant état de son domicile à Darmstadt, en Allemagne, où le couple est propriétaire d'une maison, de l'attestation de domicile provenant des autorités municipales allemandes aux termes de laquelle l'intéressée était domiciliée dans cette ville depuis 1984, de la confirmation du Service de la population et des migrants du canton de Fribourg selon laquelle l'intimée avait annoncé son départ définitif de la Suisse en 1987 et du fait que la recourante avait elle-même désigné dans ses écritures Darmstadt comme domicile de l'intimée. Selon la cour cantonale, ces éléments permettaient de retenir l'existence d'un domicile en Allemagne, sans qu'il soit nécessaire de procéder à d'autres mesures d'instruction.
Comme précédemment, la cour a procédé à une appréciation anticipée des preuves; il n'y a donc pas de violation de l'art. 8 CC. En tant qu'il est dirigé contre cette appréciation, le grief est irrecevable au vu des exigences de motivation posées par l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2). En effet, la recourante ne critique pas les pièces sur lesquelles s'est fondée l'autorité précédente; elle y oppose un extrait d'un journal financier faisant état du domicile de dame B._ dans le canton de Fribourg, le fait qu'elle figure comme associée commanditaire de la société E._ avec domicile à Marly, un extrait du registre du commerce concernant la société C._ SA aux termes duquel le mari de dame B._ est domicilié à Marly et un rapport du Landesbezirk de NordRheinwesphalen indiquant les hoirs B._ comme faisant partie des plus riches allemands domiciliés en Suisse. Or, il n'est pas contesté que certains membres de la famille B._ sont domiciliés en Suisse. S'agissant de l'extrait du registre du commerce de la société E._, il ressort du dossier que les données étaient antérieures au départ de l'intimée pour l'Allemagne. Quant à l'extrait de journal, il n'est pas de nature à modifier l'appréciation de la cour cantonale qui s'est fondée essentiellement sur des documents officiels (attestations des autorités allemandes et fribourgeoises). On ne discerne par conséquent pas d'arbitraire dans l'appréciation de l'autorité précédente.
4. La cause a un caractère international, les parties étant toutes deux domiciliées à l'étranger. La question à résoudre est de savoir si l'action ouverte par la recourante est un litige successoral au sens de l'art. 86 al. 1 LDIP, auquel cas les magistrats cantonaux auraient dénié à tort la compétence des autorités suisses pour connaître du présent litige.
4.1 Aux termes de l'art. 86 al. 1 LDIP, les autorités judiciaires ou administratives suisses du dernier domicile du défunt sont compétentes pour prendre les mesures nécessaires au règlement de la succession et connaître des litiges successoraux. Une action présente un caractère successoral lorsque les parties invoquent un titre héréditaire pour réclamer une part dans une succession et faire constater l'existence et l'étendue de leurs droits (ATF 132 III 677 et les réf. citées, notamment ATF 119 II 77 consid. 3a). Sont déterminants les motifs sur lesquels se fonde la demande et sur lesquels s'appuie le défendeur pour y résister, à savoir les titres juridiques invoqués (ATF 119 II 77 consid. 3a). L'action en partage de l'art. 604 CC qui permet de faire prononcer le partage par le juge lorsque les héritiers ne s'entendent pas sur les modalités de celui-ci (Steinauer, Le droit des successions, 2006, n. 1283), est un litige successoral au sens de l'art. 86 al. 1 LDIP.
4.2 En l'espèce, la recourante soutient précisément qu'elle a ouvert une action en partage et que, partant, les autorités judiciaires fribour-geoises sont compétentes pour en connaître au vu du dernier domicile du défunt dans le canton de Fribourg. Il ressort des faits constatés que l'ensemble des biens de la succession, en particulier les participations dans les sociétés familiales et assimilées, a été partagé entre les parties, soit les deux héritières du défunt. Elle ne nie pas qu'elle est ainsi devenue propriétaire des participations qui lui revenaient en raison de son droit de succession d'1/4. Dès lors que toutes les valeurs successorales ont été réparties entre les héritières, une action en partage paraît d'emblée exclue, celle-ci n'étant possible qu'aussi longtemps que subsistent des biens de la succession qui n'ont pas encore été partagés (ATF 116 II 267 consid. 7; 75 II 288 consid. 3). La recourante ne prétend pas non plus avoir été lésée lors de cette répartition manuelle. Lorsqu'elle affirme que les parts étaient inégales, ce qui imposait une compensation par le paiement d'une soulte, l' « inégalité » qu'elle invoque résulterait des contrats du 29 septembre 1978, par lesquels elle a cédé à l'intimée les participations qui lui avaient été attribuées dans la succession. Elle prétend avoir été lésée lors de cette opération, au motif que le prix de vente des actions était à son avis sous-évalué. Il n'en demeure pas moins que, préala-blement, les parts des sociétés avaient été partagées manuellement entre les héritières, ce qui a clos le partage (art. 634 al. 1 CC). Le litige ne relève ainsi pas du droit successoral mais du droit contractuel. La recourante ne saurait tirer argument du fait que les parties n'ayant pas passé d'accord final concernant le partage comme cela avait été convenu, celui-ci ne peut être considéré comme terminé. Selon les constatations cantonales, cet accord consistait en un échange de déclarations selon lesquelles les parties admettaient n'avoir plus de prétentions réciproques découlant de la succession. Il ne s'agissait donc pas d'un acte de partage au sens de l'art. 634 al. 1 CC, qui est un acte générateur d'obligations (Steinauer, op. cit., n° 1392), mais d'un acte ayant une simple portée déclarative.
5. Selon la recourante, en considérant que le partage était achevé, la cour cantonale a violé l'art. 8 CC en tant que cette disposition règle le fardeau de la preuve. Elle estime que l'intimée aurait dû prouver que les parties avaient passé un accord écrit réglant le partage de la succession (art. 634 al. 2 CC) et qu'en l'absence d'une telle preuve, on ne pouvait conclure que le partage successoral était clos.
5.1 Selon l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. Pour toutes les prétentions relevant du droit privé fédéral, cette disposition répartit le fardeau de la preuve, auquel correspond, en principe, le fardeau de l'allégation, et, partant, les conséquences de l'absence de preuve ou d'allégation (ATF 129 III 18 consid. 2.6 p. 24).
Aux termes de l'art. 634 al. 1 CC, le partage oblige les héritiers dès que les lots ont été composés et reçus ou que l'acte de partage a été passé. Cet acte n'est valable que s'il est fait en la forme écrite (art. 634 al. 2 CC). Ainsi, la clôture du partage peut se faire soit par un partage manuel soit par un acte de partage en la forme écrite.
5.2 En l'espèce, la recourante méconnaît que la cour cantonale a retenu que les héritières s'étaient réparties manuellement l'ensemble des biens de la succession. S'agissant d'un partage manuel, l'intimée n'avait pas à établir l'existence d'un accord écrit; il lui suffisait de prouver que les héritières avaient obtenu la maîtrise des biens de la succession, ce qu'elle a fait.
6. La recourante affirme qu'à supposer que l'action soit de nature contractuelle, les tribunaux suisses sont compétents pour en connaître. Elle considère que la cour cantonale, qui a examiné sa compétence à raison du lieu au regard des art. 20 et 112 al. 1 LDIP, a violé ces dispositions en situant le domicile de l'intimée en Allemagne.
6.1 A teneur de l'art. 1 al. 2 LDIP, les traités internationaux sont réservés. Il sied donc de vérifier si la Convention de Lugano concernant la compétence judiciaire et l'exécution des décisions en matière civile et commerciale du 16 septembre 1988 (ci-après : CL ou Convention de Lugano; RS 0.275.11) est applicable. En particulier, l'art. 112 al. 1 LDIP est supplanté par la Convention de Lugano dès que le défendeur à l'action est domicilié dans un Etat contractant, quel que soit le domicile du demandeur, même s'il est situé dans un Etat non contractant (Bernard Dutoit, Droit international privé suisse : commentaire de la loi fédérale du 18 décembre 1987, 4e éd., 2005, n. 3 ad art. 112 LDIP et les réf. citées; cf. ATF 129 III 738 consid. 3.2).
En l'espèce, que l'intimée et défenderesse à l'action soit domiciliée en Allemagne, comme l'a retenu la cour cantonale, ou en Suisse, comme le soutient la recourante, la compétence des autorités judiciaires doit être examinée au regard de la CL. Les deux Etats sont en effet signataires de ce texte, qui est entré en vigueur pour chacun d'eux avant l'ouverture de l'action (art. 54 CL).
6.2 Aux termes de l'art. 2 al. 1 CL, les personnes domiciliées ou ayant leur siège sur le territoire d'un État contractant sont en principe attraites devant les juridictions de cet État.
Le domicile est déterminé selon les critères prévus par l'art. 20 al. 1 let. a LDIP, dont la teneur correspond à celle de l'art. 23 al. 1 CC: une personne physique a son domicile au lieu ou dans l'Etat où elle réside avec l'intention de s'y établir, ce qui suppose qu'elle fasse du lieu en question le centre de ses intérêts personnels et professionnels (ATF 127 V 237 consid. 1; 125 III 100 consid. 3; 120 III 7 consid. 2a).
Le lieu où la personne réside et son intention de s'établir constituent des questions de fait dont la solution lie le Tribunal fédéral (ATF 120 III 7 consid. 2a), étant rappelé que la jurisprudence actuelle ne se fonde pas sur la volonté intime de l'intéressé, mais sur l'intention manifestée objectivement et reconnaissable pour les tiers (ATF 127 V 237 consid. 1; 120 III 7 consid. 2b; 119 II 64 consid. 2b/bb). Si ces manifestations relèvent du fait, les conclusions à en tirer quant à l'intention de s'établir au sens des art. 23 CC et 20 LDIP constituent une question de droit que le Tribunal fédéral examine librement (ATF 120 III 7 consid. 2a et la référence citée).
Les documents administratifs tels que permis de circulation, permis de conduire, papiers d'identité, attestations de la police des étrangers, des autorités fiscales ou des assurances sociales, ou encore les indications figurant dans des décisions judiciaires ou des publications officielles ne sont pas déterminants à eux seuls. Ils constituent certes des indices sérieux de l'existence du domicile, propres à faire naître une présomption de fait à cet égard; il n'en demeure pas moins qu'il ne s'agit que d'indices et la présomption que ceux-ci créent peut être renversée par des preuves contraires (cf. ATF 125 III 100 consid. 3; arrêt 4P.288/1993 du 15 avril 1994, publié in SJ 1995 p. 49, consid. 2c).
6.3 La cour cantonale a considéré que les tribunaux fribourgeois n'étaient pas compétents à raison du lieu pour connaître de l'action en paiement car elle a situé le domicile de l'intimée et défenderesse en Allemagne et non en Suisse comme le voulait la recourante. Elle a admis l'existence de ce domicile allemand en se fondant principalement sur les documents administratifs produits par l'intimée (cf. consid. 3.3 supra), notamment l'attestation de domicile des autorités municipales de Darmstadt et l'attestation du Service de la population du canton de Fribourg. Elle a estimé que les éléments apportés par la recourante (extrait d'un journal financier faisant état du domicile de l'intimée dans le canton de Fribourg, extrait du registre du commerce du canton de Fribourg selon lequel elle figure comme associée commanditaire de la société E._ avec domicile à Marly, extrait du registre du commerce du canton de Fribourg concernant la société B._ SA aux termes duquel le mari de l'intimée est domicilié à Marly et rapport du Landesbezirk de NordRheinwesphalen indiquant les hoirs B._ comme faisant partie des plus riches allemands domiciliés en Suisse) n'étaient pas de nature à renverser la présomption créée par les documents officiels.
En l'espèce, les attestations de domicile des autorités allemandes et celle du Service de la population du canton de Fribourg constituent des manifestations objectives et reconnaissables pour les tiers de la résidence et d'une volonté de s'établir en Allemagne de l'intimée. Ni les extraits du registre du commerce dont l'un au moins concerne son époux et un autre n'a pas été mis à jour, ni la coupure de presse ou encore le rapport concernant d'une manière générale la famille B._ dont certains membres sont effectivement domiciliés en Suisse ne constituent des contre-preuves suffisantes pour renverser la présomption fondée sur ces documents officiels concernant précisément l'intimée. En l'absence d'autres faits allégués et établis démontrant l'existence d'un centre de ses intérêts personnels et professionnels en Suisse, on ne saurait voir une violation du droit fédéral dans le raisonnement de la cour cantonale, ce d'autant plus que la recourante avait elle-même indiqué dans ses écritures Darmstadt comme domicile de l'intimée. Au vu du domicile allemand de la défenderesse à l'action, les autorités judiciaires fribourgeoises n'étaient pas compétentes à raison du lieu pour juger de l'action ouverte par la recourante (art. 2 CL), sans qu'elles n'aient à rechercher l'existence d'un éventuel for au lieu d'exécution du contrat (art. 5 ch. 1 CL), aucun fait n'ayant été allégué à ce sujet (cf. sur l'obligation des parties d'alléguer les faits permettant au juge d'établir sa compétence : Andreas Bucher/Andrea Bonomi, Droit international privé, 2e éd., 2004, n° 155; Leuch/Marbach/Kellerhals/-Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5e éd., 2000, n. 4 ad Bem. vor art. 20; Frank/Sträuli/Messmer, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3e éd., 1997, n. 1 ad § 2).
7. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Par conséquent, les frais de la procédure sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 25'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 7 juillet 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli Rey-Mermet