Fatti:
A. Il 3 maggio 2011 il notaio A._ ha emesso, a carico di B._ e del marito, una parcella notarile per complessivi fr. 7'359.10, relativa al rogito di una compravendita immobiliare. Il 16 maggio successivo B._ si è rivolta al Consiglio di disciplina notarile del Cantone Ticino, contestandone l'ammontare. Dopo un'istruttoria che non occorre qui evocare, il 13 ottobre 2011 il notaio ha annullato la citata parcella e l'ha sostituita con una nuova parcella pari a fr. 4'081.30. Lo stesso giorno ha pure emanato una nota professionale per prestazioni legali di fr. 3'277.80.
B. Adito nuovamente il 24 ottobre 2011 da B._, il Consiglio di disciplina notarile, con un unico giudizio del 15 marzo 2012, ha dichiarato privo d'oggetto il reclamo del 16 maggio 2011 (siccome la parcella nel frattempo era stata annullata) e ha parzialmente accolto il reclamo del 24 ottobre 2011 e ridotto a fr. 2'534.20 la nuova parcella emessa il 13 ottobre 2011. Per quanto concerne la nota professionale per le prestazioni legali ha rinviato il notaio, nel caso in cui fosse contestata, ad agire dinanzi all'autorità civile competente.
C. Il 30 aprile 2012 il notaio A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale, con cui chiede l'annullamento della sentenza cantonale impugnata e la conferma della parcella emessa il 13 ottobre 2011.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43; 136 II 101 consid. 1 pag. 103; 135 II 22 consid. 1 pag. 24; 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3 con rispettivi rinvii).
2. Diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), il ricorso concerne una causa di diritto pubblico che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF. È stato inoltre presentato in tempo utile (art. 100 cpv. 1 combinato con l'art. 46 cpv. 1 lett. a LTF) dal destinatario del giudizio querelato, il quale è senz'altro legittimato ad agire (art. 89 cpv. 1 LTF).
La sentenza contestata, emanata dopo la scadenza del termine previsto dall'art. 130 cpv. 3 LTF (sentenza 2C_557/2009 del 26 aprile 2010 consid. 2 non pubblicato in: RtiD 2010 II pag. 89 segg.) è stata resa da un'autorità designata quale ultima istanza cantonale secondo norme cantonali autonome (cfr. art. 126 cifra 2 della legge sul notariato del 23 febbraio 1983 [LN; RL/TI 3.2.2.1]). Non essendo espressamente riconosciuta una facoltà di ricorso in base al diritto federale (art. 86 cpv. 2 seconda frase LTF), per poter dichiarare di principio ammissibile il gravame occorre quindi che questa autorità abbia carattere di tribunale superiore (art. 86 cpv. 2 prima frase LTF; sentenza 2C_270/2011 del 20 aprile 2011 consid. 2 e riferimenti).
3. Come già giudicato a diverse riprese da questa Corte (RtiD 2010 II pag. 89 consid. 3 e numerosi rinvii), in ambito di diritto pubblico vengono ammessi quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale sia i tribunali cantonali amministrativi di ultima istanza sia le autorità giudiziarie specializzate indipendenti dall'amministrazione. Inoltre non occorre che vi sia una doppia possibilità di ricorso né che un unico tribunale sia competente per tutte le materie che in tale ambito rientrano.
Per quanto riguarda il riconoscimento del carattere "superiore" di un tribunale, per prassi costante, lo stesso è subordinato al fatto che il tribunale abbia giurisdizione su tutto il territorio cantonale e non sia sottoposto a nessun'altra autorità giudiziaria. Altrimenti detto è determinante non solo che l'istanza giudiziaria in questione decida quale ultima istanza cantonale nell'ambito considerato, ma anche che un ricorso ad un'istanza cantonale superiore contro una sua decisione sia escluso in tutti gli ambiti che le competono (RtiD 2010 II pag. 89 consid. 3 e numerosi rinvii).
4. Nella fattispecie, se le decisioni emesse dal Consiglio di disciplina notarile sui reclami concernenti le parcelle notarili non sono impugnabili dinanzi ad un'altra autorità giudiziaria cantonale, ciò non vale tuttavia in ogni ambito di sua competenza. Segnatamente gli art. 127 cpv. 4 e 128 cpv. 2 LN prevedono che un notaio può ricorrere alla Camera per l'avvocatura e il notariato contro la sanzione disciplinare, rispettivamente contro la sospensione provvisionale pronunciate dal Consiglio di disciplina notarile. A sua volta l'art. 131a LN prevede la possibilità di ricorrere alla Commissione di ricorso della magistratura contro le decisioni della Camera per l'avvocatura e il notariato. Essendo concepito come un tribunale che giudica quale ultima istanza cantonale solo in determinati settori di sua competenza (cfr. Messaggio del Consiglio di Stato n. 5994 del 13 novembre 2007 concernente la legge sulla revisione della giurisdizione amministrativa [p.to VIII/16] e Messaggio del Consiglio di Stato n. 5784 del 9 maggio 2006 concernente, tra l'altro, la modifica della legge sul notariato [p.to III/2]) il Consiglio di disciplina notarile non può quindi essere ritenuto un tribunale superiore ai sensi dell'art. 86 cpv. 2 LTF.
Dato che l'esigenza posta dall'art. 86 cpv. 2 LTF vale sia per il ricorso in materia di diritto pubblico sia per il ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 114 LTF), ne discende che entrambi i rimedi sono inammissibili.
5. Premesse queste considerazioni, i due ricorsi sono inammissibili e la causa è inviata al Tribunale d'appello - di cui fa parte anche la Camera per l'avvocatura e il notariato - quale autorità superiore di ricorso (cfr. art. 30 LTF; sentenza 2D_89/2008 del 30 settembre 2008, consid. 3.1). Esso, eventualmente in collaborazione con il Consiglio di Stato, dovrà prevedere una regolamentazione provvisoria in attesa che i necessari adattamenti legislativi siano adottati. In questo contesto, una copia della presente sentenza va trasmessa per conoscenza anche al Consiglio di Stato del Cantone Ticino (RtiD 2010 II pag. 89 consid. 5 pag. 90 e richiami).
6. Non sono prelevate spese (art. 66 cpv. 1 LTF) né concesse ripetibili dato che il ricorrente, il quale non si è avveduto del problema, ha concluso per l'ammissibilità del suo gravame (sentenza 2C_99/2009 del 14 dicembre 2009 consid. 3 pubblicata in: RDAF 2010 II pag. 300 segg.) e che la controparte non è stata invitata ad esprimersi (art. 68 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. I ricorsi sono inammissibili.
2. La causa è inviata al Tribunale d'appello del Cantone Ticino, affinché la evadi ai sensi dei considerandi.
3. Non si prelevano spese e non si assegnano ripetibili.
4. Comunicazione alle parti, al Consiglio di disciplina notarile e al Tribunale d'appello, nonché al Consiglio di Stato del Cantone Ticino.