Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat Bonstetten erteilte der D._ GmbH am 29. April 2003 die baurechtliche Bewilligung für die Wohnüberbauung Chüeweid mit sechs Wohnhäusern. Am 31. Januar 2005 bewilligte die Baukommission eine Projektänderung unter Nebenbestimmungen. Es wurde mit Blick auf gestalterische Vorschriften in der Kernzone unter anderem verlangt, dass die First- und Traufhöhen der Giebellukarnen gegenüber den Abänderungsplänen um 1 m tiefer gesetzt werden. Diese Nebenbestimmung wurde von der Bauherrschaft mit Rekurs angefochten, mit dem Begehren, die First- und Traufhöhen der Giebellukarnen lediglich um 50 cm zu senken. Gleichzeitig reichte sie ein Wiedererwägungsgesuch mit denselben Anträgen ein. Nachdem diesem Ersuchen kein Erfolg beschieden war, zog die Bauherrschaft auch das Rekursverfahren zurück. In der Folge wurden revidierte Pläne eingereicht, welche die um 1 m verkleinerten Lukarnen aufwiesen.
B. Nach der Bauabnahme durch die Gemeinde teilte die Bauherrschaft dem Bausekretariat mit, dass die Lukarnen nun versehentlich doch 50 cm höher als bewilligt erstellt worden seien. Sie ersuchte, diese nicht auf das bewilligte Höhenmass zurückversetzen zu müssen. Der Gemeinderat verlangte vorerst von der Bauherrschaft, dass bei den noch nicht bezogenen Häusern der Überbauung die Lukarnen entsprechend der Baubewilligung angepasst werden. In Bezug auf die fertig erstellten, verkauften und bezogenen Häuser X und Y ordnete er schliesslich am 18. Dezember 2007 das Folgende an:
"I. Der D._ GmbH wird befohlen, die Lukarnen bei den Liegenschaften Büelmatt X und Y bis spätestens sechs Monate ab Rechtskraft dieses Beschlusses in der Höhe so zu reduzieren, dass sie Disp.-Ziff. Ia des Baukommissionsbeschlusses vom 31. Januar 2005 und damit den bewilligten Änderungsplänen vom 22. August 2005 entsprechen.
II. Die Eigentümer der Liegenschaften Büelmatt X und Y werden verpflichtet, die in Disp.-Ziff. 1 oben genannte Reduktion der Lukarne zu dulden."
C. Eheleute A._, Eheleute B._ sowie Eheleute C._, Eigentümer der Liegenschaften Büelmatt X und Y, fochten den Gemeinderatsbeschluss bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich an. Diese wies den Rekurs am 16. Dezember 2008 ab. Sie legte die Grundsätze über die Wiederherstellung rechtswidrig erstellter Bauten dar und kam zum Schluss, dass die Interessen an der Wiederherstellung diejenigen der Rekurrierenden überwögen.
D. Am 23. April 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die von den Eigentümern erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab. Es hielt fest, dass die Abweichungen vom bewilligten Projekt erheblich und die präjudiziellen Aspekte bedeutsam seien, die Bauherrschaft nach dem vorangehenden Verfahren fahrlässig gehandelt habe, die Baukontrolle gegenüber den Eigentümern keine Vertrauensbasis schaffe und trotz der beachtlichen Interessen der Betroffenen der Rückbau ohne grösseren Eingriff in die Wohnnutzung realisiert werden könne.
E. Gegen diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts haben Eheleute A._, Eheleute B._ sowie Eheleute C._ beim Bundesgericht am 10. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils und des Beschlusses des Gemeinderats, eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung.
F. Die Gemeinde Bonstetten beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.
G. Mit Verfügung vom 13. Juli 2009 ist der Beschwerde aufschiebende Wirkung beigelegt worden.
Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführer sind als direkt Betroffene zur Beschwerde legi-timiert (vgl. Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2 Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde soweit die Aufhebung des Beschlusses des Gemeinderats Bonstetten beantragt wird. Dieser Entscheid ist durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
1.3 Rechtsschriften haben nach Art. 42 Abs. 1 BGG unter anderem die Begehren und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Damit obliegt es den Beschwerdeführern, die behaupteten Rechtsverletzungen zu nennen und diese Rügen zu begründen (allgemeine Rüge- und Begründungspflicht). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem und interkantonalem Recht. Bei solchen Rügen gilt der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht. Vielmehr sind diese Rügen präzise vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Führt der Beschwerdeführer nicht zumindest in erkennbarer Weise an, welches Grundrecht seiner Meinung nach verletzt sei, und legt er nicht kurz dar, worin die behauptete Verletzung bestehe, unterbleibt die Prüfung durch das Bundesgericht (vgl. Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001, BBl 2001 4344 f.). Im Anwendungsbereich von Art. 106 Abs. 2 BGG wird demnach die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG (vgl. dazu BGE 130 I 258 E. 1.3 mit Hinweisen) weitergeführt (BGE 135 III 232 E. 1.2; 134 V 138 E. 2.1; 134 II 244 E. 2.2; 134 I 83 E. 3.2; 134 I 23 E. 5.2; je mit Hinweisen). Im Rahmen der nachfolgenden Ausführungen zu den behaupteten Rechtsverletzungen ist zu prüfen, ob die Beschwerde den genannten Rüge- und Begründungspflichten entspricht.
1.4 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt der Ausführungen in E. 1.2 f. sowie E. 2 einzutreten.
2. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Vorinstanz habe den Sachverhalt unrichtig festgestellt, indem sie ausgeführt habe, in der Änderungsbaubewilligung vom 31. Januar 2005 sei angeordnet worden, dass die jeweils gegen Westen gerichteten Giebellukarnen mit vorgelagerten Balkonen um einen Meter tiefer anzusetzen seien. Die Schilderung der Vorinstanz sei geeignet, die Abweichung vom Bewilligten gravierend erscheinen zu lassen, weil danach nicht nur die Überdeckung der Dacheinschnitte, sondern auch noch vorgelagerte Balkone tiefer zu setzen wären. Ausserdem habe die Vorinstanz der Bauherrschaft zu Unrecht vorgehalten, sich wiederholt um eine Anpassung der Firsthöhe der Lukarnen bemüht zu haben.
2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer kann die Rüge der offensichtlich unrichtigen oder auf einer Rechtsverletzung beruhenden Sachverhaltsfeststellung nur erheben, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Er muss dabei substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind. Andernfalls kann ein von dem im angefochtenen Entscheid festgestellten abweichender Sachverhalt nicht berücksichtigt werden (BGE 135 V 39 E. 2.2; 135 II 313 E. 5.2.2 mit Hinweisen).
2.2 Die umstrittene Nebenbestimmung der Änderungsbaubewilligung vom 31. Januar 2005 lautete: "Die First- und Traufhöhen der Giebellukarnen mit den Balkonen sind um 1 m tiefer zu setzen." Die Wiedergabe dieser Nebenbestimmung im angefochtenen Entscheid mag etwas missverständlich formuliert sein. Die Formulierung der Vorinstanz besagt aber - richtig besehen - lediglich, dass die tiefer anzusetzenden Lukarnen Dacheinschnitte überdecken, welche als Balkone ausgestaltetet sind (vgl. auch E. 3.3 des angefochtenen Entscheids), nicht jedoch, dass auch die Balkone selber tiefer anzusetzen wären. Die Beschwerdeführer vermögen nicht substanziiert darzulegen, inwiefern die Wiedergabe der umstrittenen Nebenbestimmung durch die Vorinstanz offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich und ausserdem entscheidrelevant gewesen sein soll. Das Gleiche gilt für die Darstellung des Verhaltens der Bauherrschaft bezüglich derer Bemühungen um eine Anpassung der Firsthöhe der Lukarnen. Auf die Rüge der unrichtigen Sachverhaltsfeststellung ist deshalb nicht einzutreten.
3. Die Beschwerdeführer kritisieren, dass die Vorinstanz die von ihr zu beurteilende Beschwerde als offensichtlich unbegründet eingestuft und ihren Entscheid in Anwendung von § 38 Abs. 1 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG; LS 175.2) nur summarisch begründet habe. Damit habe die Vorinstanz die Begründungspflicht (Art. 18 Abs. 2 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 [KV/ZH; LS 101] sowie Art. 29 Abs. 2 BV) verletzt. Ausserdem habe die Vorinstanz gegen Art. 29 Abs. 2 BV verstossen, indem sie sich mit den verschiedenen Hinweisen auf angeblich gleiche oder ähnliche Dachaufbauten in der Kernzone der Gemeinde nicht auseinandergesetzt habe und indem sie nicht zugunsten der Beschwerdeführer berücksichtigt habe, dass die Baubehörde bei der Bauabnahme die von der Baubewilligung abweichende Höhe der Lukarnen nicht bemerkt hat.
3.1 Soweit die Beschwerdeführer eine Verletzung von § 38 VRG und Art. 18 Abs. 2 KV/ZH, also von kantonalem Recht, geltend machen, ist auf ihre Rüge nicht einzutreten, weil sie nicht substanziiert darlegen, inwiefern die Vorinstanz diese Bestimmungen willkürlich im Sinne von Art. 9 BV angewendet haben soll (vgl. E. 1.3).
3.2 Der Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (BGE 134 I 83 E. 4.1 mit Hinweisen).
3.3 Die Vorinstanz hat sich mit dem Einwand der Beschwerdeführer, die Baubehörde habe bei der Bauabnahme die von der Baubewilligung abweichende Höhe der Lukarnen nicht bemerkt, auseinandergesetzt und erwogen, dass dieser Umstand nichts an der Bösgläubigkeit der Bauherrschaft in Bezug auf die Überschreitung der bewilligten Höhe der Lukarnen ändere. Sie hat ihre Begründungspflicht nicht verletzt, weil sie darüber hinaus nicht ausdrücklich festgehalten hat, dass die Bauabnahme durch die Baubehörde ihren Entscheid auch sonst nicht zu beeinflussen vermochte.
3.4 Weiter trifft es an sich zu, dass sich die Vorinstanz mit den verschiedenen Hinweisen auf angeblich gleiche oder ähnliche Bauten in der Kernzone der Gemeinde nicht näher auseinandergesetzt hat. Sie ist ihrer Begründungspflicht aber auf genügende Weise nachgekommen, indem sie diesbezüglich erwogen hat, dass sich die Bauherrschaft mit kleineren Dachaufbauten abgefunden habe und es der Andeutung der Beschwerdeführer, in anderen Fällen sei ebenfalls abweichend von der Baubewilligung gebaut worden, an der nötigen Substanziierung mangle.
3.5 Auch sonst legen die Beschwerdeführer nicht dar, mit welchen entscheidenden Rügen sich die Vorinstanz nicht befasst haben soll. Sie behaupten zu Recht nicht, nicht in der Lage gewesen zu sein, ihre Beschwerde zu begründen. Wie die beim Bundesgericht eingereichte Beschwerdeschrift zeigt, konnten sie sich über die Tragweite des vorinstanzlichen Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an das Bundesgericht weiterziehen. Die Rüge der Gehörsverweigerung ist somit unbegründet.
4. Die Beschwerdeführer machen geltend, indem die Baubehörde die Bauten trotz den zu hohen Lukarnen abgenommen habe, habe sie ihre Kontrollpflicht nur ungenügend erfüllt. Sie hätten darauf vertrauen dürfen, dass die Baubehörde ihrer Kontrollpflicht korrekt nachkomme. Die Vorinstanz habe gegen den Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 9 BV sowie Art. 5 Abs. 3 BV) verstossen, indem sie eine schützenswerte Vertrauensposition der Beschwerdeführer verneint habe.
Der in Art. 9 BV verankerte Grundsatz von Treu und Glauben verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Vorausgesetzt ist, dass die Person, die sich auf Vertrauensschutz beruft, berechtigterweise auf diese Grundlage vertrauen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann. Schliesslich scheitert die Berufung auf Treu und Glauben dann, wenn ihr überwiegende öffentliche Interessen gegenüberstehen (BGE 131 II 627 E. 6.1 mit Hinweisen).
Es ist unbestritten, dass der Baubehörde die Überschreitung der bewilligten Höhe der Giebellukarnen bei der Abnahme der Bauten entgangen ist. Die Bauabnahme bildete allerdings keine Grundlage, auf welche die Beschwerdeführer gemäss Art. 9 BV berechtigterweise vertrauen durften, zumal im Rahmen der Baukontrolle hauptsächlich wohnhygienische und sicherheitsrelevante Anforderungen geprüft werden. Die Beschwerdeführer machen auch nicht geltend, sie hätten im Vertrauen auf die behördliche Bauabnahme nachteilige, nicht rückgängig zu machende Dispositionen getroffen. Die Rüge der Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben erweist sich damit als unbegründet.
5. Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, die Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei nicht verhältnismässig, weil die Abweichung vom rechtmässigen Zustand nicht erheblich sei. Der Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands stünden ihr privates Interesse an der Unversehrtheit ihrer Gebäude sowie die hohen Rückbaukosten entgegen. Der Sache nach machen die Beschwerdeführer damit geltend, die angeordneten Wiederherstellungsmassnahmen bildeten einen ungerechtfertigten Eingriff in die Eigentumsgarantie (Art. 26 BV).
5.1 Eine Eigentumsbeschränkung ist nur zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist (Art. 36 BV). Das Verhältnismässigkeitsprinzip besagt, dass die Grundrechtseinschränkung zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich sein muss und dem Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung zumutbar ist (BGE 135 I 176 E. 8.1). Das Vorliegen eines öffentlichen Interesses und die Verhältnismässigkeit prüft das Bundesgericht bei der Beschränkung von Grundrechten frei. Es auferlegt sich aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (BGE 132 II 408 E. 4.3 S. 415 f.).
5.2 Im Falle einer nicht den Bauvorschriften bzw. der Baubewilligung entsprechenden Baute kann die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands unterbleiben, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend ist oder die Wiederherstellung nicht im öffentlichen Interesse liegt, ebenso, wenn der Bauherr in gutem Glauben angenommen hat, die von ihm ausgeübte Nutzung stehe mit der Baubewilligung im Einklang, und wenn ihre Fortsetzung nicht schwerwiegenden öffentlichen Interessen widerspricht (BGE 132 II 21 E. 6 S. 35; 111 Ib 213 E. 6 S. 221 mit Hinweisen). Auf die Verhältnismässigkeit berufen kann sich auch ein Bauherr, der nicht gutgläubig gehandelt hat. Er muss aber in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, namentlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beimessen und die dem Bauherrn allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen (BGE 132 II 21 E. 6.4 S. 39 f.; 111 Ib 213 E. 6b S. 224).
5.3 Gesetzliche Grundlage für die von der Vorinstanz bestätigte Anordnung, die Lukarnen bei den beiden Wohnhäusern der Beschwerdeführer seien in der Höhe um 50 cm auf das bewilligte Mass zu reduzieren, bildet § 341 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG; LS 700.1), wonach die zuständige Behörde ohne Rücksicht auf Strafverfahren und Bestrafung den rechtmässigen Zustand herbeizuführen hat. Die umstrittene Anordnung zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands soll die rechtsgleiche Anwendung und Durchsetzung der Bauvorschriften sicherstellen. Sie stellt eine im öffentlichen Interesse liegende, hierfür geeignete und notwendige Massnahme dar. Eine für die Beschwerdeführer mildere Massnahme, welche im Hinblick auf den angestrebten Erfolg ebenso geeignet wäre, ist nicht ersichtlich.
5.4 Zu prüfen bleibt, ob die Einschränkung in die Eigentumsgarantie für die Beschwerdeführer in Anbetracht ihrer Schwere zumutbar ist.
5.4.1 Die Bauherrschaft handelte mit Bezug auf die Nichteinhaltung der Baubewilligung unbestrittenermassen fahrlässig und somit bösgläubig, zumal sie sich vor dem Bau der Lukarnen vergeblich um die Bewilligung einer entsprechenden Projektänderung bemüht und den Entscheid der Baukommission schliesslich akzeptiert bzw. einen dagegen erhobenen Rekurs zurückgezogen hat. Dem öffentlichen Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands ist wegen der Bösgläubigkeit der Bauherrschaft aus grundsätzlichen Erwägungen, namentlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung, erhöhtes Gewicht beizumessen. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass die Beschwerdeführer den rechtswidrigen Zustand nicht selbst herbeigeführt haben. Unter den gegebenen Umständen müssen sie sich die Bösgläubigkeit der Bauherrschaft nämlich anrechnen lassen, weshalb die ihnen erwachsenden Nachteile nur in verringertem Masse berücksichtigt werden können.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer ist das öffentliche Interesse an einer rechtsgleichen Anwendung und Durchsetzung der Bauvorschriften auch nicht deshalb geringer zu gewichten, weil die Abweichung von der Baubewilligung bei der Baukontrolle durch die Baubehörde unbemerkt blieb. Es ist denn auch nicht nachvollziehbar, weshalb die Vorinstanz - wie von den Beschwerdeführern geltend gemacht - willkürlich gehandelt haben soll, indem sie diesen Umstand nicht zugunsten der Beschwerdeführer gewichtet hat.
5.4.2 Der Vorinstanz ist darin zuzustimmen, dass die rechtswidrige Überschreitung der Höhe der Lukarnen nicht als unbedeutende Abweichung vom Erlaubten einzustufen ist, zumal die bewilligte Höhe um immerhin 50 cm überschritten worden ist und in der Kernzone, in welcher sich die Liegenschaften befinden, erhöhte Gestaltungsanforderungen gelten. Dass die Vorinstanzen für die Beurteilung des Masses der Abweichung vom Erlaubten die zu hohen Lukarnen optisch mit den der Baubewilligung mittlerweile entsprechenden tieferen Lukarnen der übrigen Häuser der Überbauung verglichen haben, ist nicht zu beanstanden, zumal sich die sechs Häuser der Überbauung ansonsten in ihrer Gestalt sehr ähnlich sind.
Die Einwände der Beschwerdeführer, es handle sich bei den zu hohen Lukarnen lediglich um eine unerhebliche Abweichung vom Erlaubten, weil sie ins Überbauungsinnere gerichtet seien, die Abweichung nur einen Achtel der bewilligten Höhe ausmache und die Lukarnen der restlichen vier Häuser der Überbauung der erteilten Baubewilligung mittlerweile entsprächen, vermögen dagegen nicht zu überzeugen. Unbehilflich ist auch der Einwand der Beschwerdeführer, die Abweichung vom Erlaubten sei deshalb unbedeutend, weil sich die zu hohen Lukarnen von anderen in der Kernzone der Gemeinde gebauten Dachlandschaften nicht wesentlich unterscheiden würden. Dieses Argument hätte im Rahmen des Baubewilligungsverfahrens bzw. des zurückgezogenen Rekursverfahrens vorgebracht werden können. Vorliegend ist aber unbestritten, dass die Lukarnen in ihrer Höhe um 50 cm von der rechtskräftigen Baubewilligung abweichen. Aus dem Hinweis auf andere Dachlandschaften in der Kernzone der Gemeinde kann auch deshalb nichts zugunsten der Beschwerdeführer abgeleitet werden, weil andere Gebäude in der Kernzone der Gemeinde - im Gegensatz zu den restlichen Häusern der gleichen Überbauung - andere Höhen-/Breitenverhältnisse aufweisen als die Gebäude der Beschwerdeführer und sich die Einhaltung von gestalterischen Vorschriften nicht unabhängig vom Aussehen des konkret betroffenen Gebäudes beurteilen lässt.
5.4.3 Was den Interessengegensatz anbelangt, werfen die Beschwerdeführer der Vorinstanz sinngemäss vor, die privaten Interessen auf den rein pekuniären Aspekt beschränkt zu haben, anstatt den wirtschaftlichen Widersinn des Rückbaus zu berücksichtigen. Dass Rückbauaufwendungen rein wirtschaftlich gesehen als widersinnig erscheinen mögen, ist kein schlüssiges Argument gegen die Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Die Verhältnismässigkeit einer Anordnung, widerrechtlich erstellte Objekte zurückzubauen, einseitig von wirtschaftlichen Überlegungen abhängig zu machen, liefe im Ergebnis auf eine starke Relativierung rechtskräftiger Baubewilligungen hinaus.
Nicht zu überzeugen vermag sodann der Einwand der Beschwerdeführer, wonach der angeordnete Rückbau zu einer Verletzung des Hauses an empfindlicher Stelle mit Unwägbarkeiten bezüglich Wetterfestigkeit und Isolation führen würde. Vielmehr ist mit den Vorinstanzen davon auszugehen, dass sich die mit der Anpassung verbundenen baulichen Schwierigkeiten bewältigen liessen, ohne dass die Nutzung der Wohnungen längerfristig eingeschränkt oder die Gebäudesubstanz erheblich beeinträchtigt würden.
5.4.4 Angesichts der den Beschwerdeführern anzurechnenden Bösgläubigkeit der Bauherrschaft in Bezug auf die Herbeiführung des unrechtmässigen Zustands, der nicht unerheblichen Abweichung vom Erlaubten und des hoch zu gewichtenden öffentlichen Interesses am Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung ist die sich durch die Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands ergebende Einschränkung in die Eigentumsrechte der Beschwerdeführer somit zumutbar.
6. Die Beschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegende Gemeinde Bonstetten hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Gemeinderat Bonstetten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Mattle