Fatti:
A. Sin dalla data di iscrizione della società a registro di commercio, avvenuta il 23 giugno 1993, B._ ha ricoperto la carica di presidente del consiglio di amministrazione, prima (fino al 5 febbraio 1998), e di amministratore unico, poi (fino al 26 giugno 2009), con diritto di firma individuale della I._ SA. Essendo quest'ultima entrata in mora con il pagamento dei contributi paritetici, la cassa di compensazione del Cantone Ticino, presso la quale la ditta è affiliata in qualità di datrice di lavoro dal 1° luglio 1993, ha dovuto sistematicamente diffidarla e precettarla dal mese di maggio 2004.
Il 28 marzo 2007 l'Ufficio esecuzione e fallimenti di M._ ha rilasciato alla cassa cantonale di compensazione otto attestati di carenza di beni. Constatato di aver subito un danno per il mancato versamento da parte del datore di lavoro dei contributi paritetici AVS/AI/IPG/AD e AF relativi agli anni 2004-2007 e alle riprese salariali per gli anni 1999-2002, l'amministrazione ne ha postulato il risarcimento dall'interessato per complessivi fr. 856'636.60, interessi di mora e spese esecutive inclusi (decisione del 26 settembre 2008). In considerazione dei versamenti nel frattempo intervenuti, l'importo da risarcire si è ridotto a fr. 782'871.75 (decisione su opposizione del 1° dicembre 2008).
Il 5 dicembre 2008 la Cassa ha inoltre emesso due decisioni di risarcimento, per lo stesso periodo, per lo stesso importo e con vincolo di solidarietà, nei confronti di A._ e di sua moglie J._, rispettivamente (all'epoca) direttore e responsabile amministrativa della società. L'opposizione di quest'ultima è stata accolta per decisione del 1° aprile 2009, mentre l'opposizione di A._ è stata ritirata in occasione dell'audizione del 28 gennaio 2009 presso gli uffici della Cassa in seguito a una concessione di dilazione e rateazione del pagamento.
B. Per pronuncia del 18 novembre 2009 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha respinto il ricorso di B._.
C. B._ insorge al Tribunale federale al quale chiede in particolare di annullare il giudizio cantonale e con esso l'obbligo di risarcimento a carico degli organi della società. Inoltre chiede di sospendere la procedura fintanto che è rispettato l'accordo di rateazione e in ogni caso di tenere conto dei pagamenti nel frattempo effettuati da A._. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
La Cassa postula la reiezione del gravame e osserva che a seguito dei pagamenti intervenuti nel frattempo il danno si è ridotto a fr. 40'751.20. Da parte loro, A._ e J._ propongono di sospendere ogni procedura nei confronti degli amministratori della società, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Il danno rivendicato dalla Cassa opponente si è ridotto ulteriormente, dopo l'emanazione della pronuncia impugnata, a fr. 40'751.20 in virtù dei pagamenti operati da A._. Ciò comporta la conseguente riduzione della pretesa risarcitoria e, processualmente, lo stralcio parziale della procedura in questa stessa misura (art. 72 PCF in relazione con gli art. 32 e 71 LTF; sentenza inedita del Tribunale federale delle assicurazioni H 10/95 del 2 giugno 1995 consid. 2b; v. inoltre decreti 9C_89/2009 dell'8 febbraio 2010 e 9C_909/2008 del 30 giugno 2009 con riferimenti). Benché trattasi di un fatto nuovo, lo stesso va preso in considerazione in quanto rende (parzialmente) privo di oggetto il ricorso (Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 22 all'art. 99). Non essendosi per contro dal mese di maggio 2009 più registrato, contrariamente all'accordo di rateazione concluso il 28 gennaio 2009, alcun pagamento del debito residuo, la sospensione della causa richiesta dal ricorrente e dai cointeressati - soltanto eccezionalmente possibile per motivi di economia processuale (cfr. art. 6 PC in combinazione con l'art. 71 LTF) per l'esigenza di celerità posta dall'art. 29 cpv. 1 Cost. (DTF 130 V 90 consid. 5 seg. pag. 94 seg. con riferimenti; 119 II 386 consid. 1b pag. 388; RSAS 2007 pag. 73 consid. 4.1 [B 143/05]) - non può giustificarsi.
2. 2.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. ll Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). In considerazione delle esigenze di motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF; DTF 133 III 589 consid. 2 pag. 591 seg.), il Tribunale federale esamina tuttavia di principio unicamente le censure sollevate; non è tenuto, come lo è invece un'autorità di prima istanza, ad esaminare tutte le questioni giuridiche possibili, se queste non gli vengono (più) riproposte (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1 pag. 254, 545 consid. 2.2). Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF).
2.2 Nell'ambito dell'accertamento dei fatti e della valutazione delle prove il giudice di merito dispone di un ampio potere di apprezzamento. Per censurare un asserito accertamento arbitrario dei fatti o un'asserita valutazione arbitraria delle prove non è sufficiente che il ricorrente critichi semplicemente la decisione impugnata o che contrapponga a quest'ultima un proprio accertamento o una propria valutazione, per quanto essi siano sostenibili o addirittura preferibili. Egli deve bensì dimostrare per quale motivo l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove da lui criticati sarebbero manifestamente insostenibili o in chiaro contrasto con la situazione di fatto, si fonderebbero su una svista manifesta o contraddirebbero in modo urtante il sentimento di giustizia e di equità (DTF 125 I 166 consid. 2a pag. 168; 125 II 10 consid. 3a pag. 15; 124 I 310 consid. 5a pag. 316; 124 V 137 consid. 2b pag. 139 e riferimenti).
3. 3.1 Nel caso di specie occorre esaminare se il ricorrente, che in qualità di amministratore unico della società rivestiva - per gli anni in questione - una posizione di organo formale ai sensi dell'art. 52 LAVS (DTF 114 V 78 consid. 3 pag. 79), poteva effettivamente essere chiamato a risarcire il danno subito dalla Cassa a seguito del mancato pagamento dei contributi sociali. A tal riguardo, il giudizio impugnato, cui si rinvia, espone correttamente le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia.
3.2 Il ricorrente non contesta, in quanto tale e nei limiti di quanto indicato al consid. 1, l'importo del danno subito dalla Cassa né il fatto che la società - non versando i contributi - sia venuta meno a prescrizioni della LAVS. Per contro, egli contesta che gli si possa addebitare una grave negligenza nell'osservanza dei propri doveri di amministratore. Innanzi tutto rileva che la società non era né si trova in stato fallimentare, bensì stava semplicemente attraversando una situazione temporanea di difficoltà dovuta agli effetti che avrebbero provocato i "nuovi ordinamenti emessi dall'autorità Federale Swissmedic sulle sperimentazioni cliniche". Ricorda inoltre che queste difficoltà sarebbero state superate grazie alle immissioni di liquidità dell'azionariato che avrebbero permesso di mantenere costantemente una cinquantina di posti di lavoro, di erogare nel 2008 stipendi lordi per oltre 3 milioni di franchi a fronte di una cifra d'affari di oltre 7 milioni, e di versare durante il 2009 contributi per un importo di fr. 547'751.60. In tal modo, il comportamento dei responsabili sarebbe stato chiaramente finalizzato a risollevare le sorti dell'azienda. Per il resto l'insorgente osserva di non capire l'accanimento della Cassa nei suoi confronti e si oppone al fatto che la stessa lo riterrebbe l'unico responsabile quando invece, con riferimento anche all'accordo concluso tra le parti il 28 gennaio 2009, A._ era chiaramente l'amministratore di fatto della società.
4. Viste le censure ricorsuali, occorre in primo luogo premettere che non corrisponde assolutamente al vero che la Cassa ritiene il ricorrente quale unico responsabile del danno. L'amministrazione ha infatti chiesto il risarcimento anche dall'allora direttore (e ora amministratore unico) A._, il quale ha ammesso la sua responsabilità, ha ritirato l'opposizione alla decisione del 5 dicembre 2008 e ha effettuato importanti pagamenti. Entrambi sono stati ritenuti organi (formali o materiali) sussidiariamente e solidalmente responsabili in conformità a quanto prevede la giurisprudenza in materia (DTF 132 III 523 consid. 4.5 pag. 528 seg.; 126 V 237 consid. 4 pag. 239 seg. con riferimenti) e a prescindere da quelli che sono i loro rapporti interni, eventualmente di regresso (cfr. DTF 119 V 86 consid. 5a pag. 87 con riferimenti; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 195/95 del 5 marzo 1996, in VSI 1996 pag. 306 consid. 6 pag. 308). Poiché la posizione processuale di A._ è ormai stata definita (per il periodo in questione) con la crescita in giudicato della decisione del 5 dicembre 2008, resta semplicemente da definire quella dell'insorgente. Nulla di più.
5. 5.1 Per il resto, per far sì che il datore di lavoro, rispettivamente i suoi organi, possano essere chiamati a rispondere del danno causato alla cassa di compensazione, l'art. 52 LAVS esige che la violazione delle prescrizioni scaturisca da una grave negligenza. Non ogni inosservanza degli obblighi incombenti al datore di lavoro in materia di AVS deve necessariamente essere assimilata a una colpa qualificata ai sensi dell'art. 52 LAVS.
5.2 Sebbene, in linea di principio, il datore di lavoro che si trova in una delicata situazione finanziaria sia tenuto a versare solo salari d'entità tale da consentire la copertura delle pretese contributive dovute per legge sui medesimi (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 325/94 del 22 giugno 1995, in: SVR 1995 AHV no. 70 pag. 214 consid. 5), non è escluso che a determinate condizioni egli possa comunque provocare un danno alla cassa di compensazione senza che ciò comporti un obbligo di risarcimento del danno. Ciò si avvera se l'inosservanza delle prescrizioni appare, alla luce delle circostanze, giustificata e non colposa (DTF 108 V 183 consid. 1b pag. 186; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 28/84 del 21 agosto 1985, in: RCC 1985 pag. 603 consid. 2, 647 consid. 3a). Così può succedere che un datore di lavoro, omettendo il pagamento dei contributi per fare fronte a una mancanza (passeggera) di liquidità, tenti in questo modo di salvare l'impresa che versa in una delicata situazione finanziaria. Un simile comportamento sfugge a una responsabilità ai sensi dell'art. 52 LAVS unicamente se in questo modo il datore di lavoro onora altri crediti (segnatamente quelli dei lavoratori e dei fornitori) essenziali per la sopravvivenza dell'azienda e al tempo stesso può oggettivamente ritenere che i contributi dovuti verranno soluti entro un termine ragionevole, comunque di pochi mesi e non di anni (DTF 108 V 183 consid. 2 pag. 188; cfr. pure DTF 121 V 243; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 97/90 del 30 gennaio 1992, in RCC 1992 pag. 261 consid. 4b). La questione decisiva, in tale contesto, non è tanto se il datore di lavoro all'epoca credeva realmente che l'azienda potesse essere salvata e che i contributi sarebbero stati pagati in un futuro prossimo, bensì piuttosto se un tale atteggiamento fosse allora oggettivamente sostenibile agli occhi di un terzo responsabile (DTF 108 V 193 consid. 4 pag. 188; cfr. pure DTF 121 V 243 consid. 4b pag. 244 e sentenza H 19/07 del 10 dicembre 2007 consid. 4.1). Motivi di giustificazione non sono in particolare dati se in considerazione dell'ampiezza della situazione debitoria il temporaneo mancato pagamento dei contributi non lascia ragionevolmente e oggettivamente supporre che quest'ultimo contribuirà in maniera determinante a salvare l'azienda. Siffatti motivi saranno pertanto esclusi laddove gli scoperti contributivi appaiono di modesta entità in confronto alla situazione finanziaria e debitoria altrimenti gravante sull'azienda (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 405/99 del 23 agosto 2000, consid. 4a con riferimenti).
5.3 Dal caso in cui i contributi non vengono pagati perché si vuole salvare l'azienda e in cui il mancato pagamento può costituire, a determinate rigorose condizioni, motivo di giustificazione, dev'essere distinto quello - non di attualità nel presente contesto poiché la società esiste ancora ed è operativa - del mancato pagamento in occasione della cessazione dell'attività e in cui il mancato pagamento può eventualmente costituire motivo di discolpa.
6. Ora, sulla base dei fatti accertati dalla Corte cantonale, si deve ritenere che il ricorrente non può validamente fare valere motivi di giustificazione (o di discolpa) per il mancato pagamento dei contributi nel periodo in esame.
6.1 In particolare, ai primi giudici non può essere rimproverato un abuso del potere di apprezzamento per avere, senza arbitrio, escluso che il differimento dei pagamenti fosse riconducibile a una passeggera situazione di illiquidità della società, che, per stessa ammissione del ricorrente, è cominciata già nel 2004 e si è protratta nel tempo nei tre anni successivi, e quindi non solo per pochi mesi. Inoltre nemmeno convince la tesi per cui la situazione di (pretesa passeggera) difficoltà finanziaria sarebbe stata superata come cerca di fare credere l'insorgente. Al contrario, dal più recente estratto della Cassa relativo ai contributi paritetici AVS scoperti al 3 maggio 2010 risulta che il datore di lavoro non vuole o non riesce - da mesi - a chiudere il saldo debitorio residuo (fr. 40'751.20) oggetto della presente procedura e che nel frattempo ha anzi accumulato importanti e gravi ritardi nel pagamento degli oneri sociali anche per i periodi successivi (compresa una ripresa per gli anni 2004-2005) per un importo che supera i fr. 940'000.-. Questo anche a riprova del fatto che ben difficilmente si poteva supporre che il mancato pagamento dei contributi per un periodo limitato - che in concreto non è comunque stato di breve durata - consentisse alla società non solo di salvarsi (temporaneamente), ma anche di saldare gli scoperti entro breve termine.
6.2 Per quanto concerne più specificatamente la responsabilità personale del ricorrente, si osserva - come accertato nella pronuncia impugnata e peraltro nemmeno più messo in discussione con il ricorso - che nella sua qualità di amministratore unico egli poteva, se del caso, anche delegare il compito di pagare i contributi, ma tale delega non lo esimeva comunque dal vigilare che le funzioni delegate fossero effettivamente adempiute (SVR 2001 AHV n. 15 pag. 51 [H 136/00]; cfr. pure sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 112/03 del 2 novembre 2004 consid. 3.5.2). E in ogni caso alla lettura del verbale di audizione di A._ del 28 gennaio 2009 - citato dallo stesso ricorrente - risulta chiaramente che contestualmente ai contributi non era soltanto il direttore della società ma anche - seppur saltuariamente - l'amministratore unico a decidere quali debitori privilegiare. Quanto basta per rafforzare (ulteriormente) la responsabilità personale di quest'ultimo in relazione al danno verificatosi.
7. Ne segue che il ricorso, infondato, dev'essere respinto nella misura in cui non è divenuto privo di oggetto. Le spese seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui non è diventato privo di oggetto, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3000.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.