Sachverhalt:
A. Am 9. Februar 1996 wurde über die Y._. AG in A._ der Konkurs eröffnet. Die Z._ wurde als ausserordentliche Konkursverwalterin eingesetzt.
Mit Eingabe vom 30. September 1996 machte die X._ AG eine Forderung von Fr. 420'000.-- zzgl. Zins von Fr. 6'894.45 geltend.
Weder nahm die Z._ die Forderung im Kollokationsplan auf noch erliess sie eine abweisende Verfügung. Sie informierte die X._ AG auch nie über die unterlassene Behandlung der Eingabe.
Vom 8. bis 28. September 1999 lag der Kollokationsplan öffentlich auf. Die X._ AG erhielt keine Spezialanzeige.
Mit Schreiben vom 14. Juli und 19. August 2008 forderte die X._ AG die Z._ auf, ihr den Kollokationsplan zuzustellen. Mit Schreiben vom 28. August 2008 teilte diese mit, die Forderung sei in Übereinstimmung mit dem Verwaltungsratspräsidenten der X._ AG nicht in den Kollokationsplan aufgenommen worden, womit sich dessen Zustellung erübrige.
Mit Schreiben vom 31. Oktober 2008 forderte die X._ AG die Z._ auf, für diese Behauptung nähere Angaben zu machen und insbesondere Besprechungsnotizen oder Aktenprotokolle zu liefern. Mit Schreiben vom 12. November 2008 teilte die Z._ mit, dies erfordere etwas Zeit. Auf erneutes Nachfragen der X._ AG vom 6. April 2009 teilte sie am 2. Juni 2009 mit, die Konkursitin habe die Forderungseingabe bestritten bzw. der Forderung Verrechnungsansprüche gegenüber gestellt, womit die Forderungseingabe gegenstandslos geworden sei; die Angaben würden sich auf Handnotizen auch von Mitgliedern des Gläubigerausschusses stützen, welche aus verständlichen Gründen nicht zur Edition vorgesehen seien.
Mit Schreiben vom 10. August 2009 gab die Beschwerdeführerin ihrem Befremden Ausdruck, keine Protokolle oder Notizen über die angeblichen Verhandlungen vorlegen zu können, und sie bestritt, je auf die Forderung verzichtet zu haben. Sodann verlangte sie erneut einen Entscheid über deren Zulassung oder Abweisung im Konkurs.
B. Nachdem die Z._ auf dieses Schreiben gar nicht mehr reagiert hatte, erhob die X._ AG am 20. Oktober 2009 eine Rechtsverweigerungsbeschwerde, mit welcher sie die Anweisung an die Z._ verlangte, über die Zulassung oder Abweisung der Forderung zu entscheiden.
Mit Urteil vom 18. März 2010 trat die Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Solothurn auf diese Beschwerde nicht ein. Sie befand, die Z._ habe unbestrittenermassen nicht in klarer Weise über die Zulassung oder Abweisung der Forderung verfügt. Dieser formelle Mangel des Kollokationsplanes sei nicht durch Klage, sondern durch Beschwerde geltend zu machen. Hierfür gelte die zehntägige Beschwerdefrist, die mit der öffentlichen Bekanntmachung der Auflegung zu laufen beginne und damit längst abgelaufen sei. Selbst wenn man analog zu BGE 85 III 93 verfahren würde, wäre die Frist längst abgelaufen, weil die Z._ die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 28. August 2008 - analog einer Spezialanzeige - darüber in Kenntnis gesetzt habe, dass die Forderung nicht in den Kollokationsplan aufgenommen worden sei. Nach Treu und Glauben hätte die Beschwerdeführerin innert zehn Tagen ab Zugang dieses Schreibens Beschwerde führen müssen. Vorliegend werde eine Rechtsverweigerungsbeschwerde erhoben. Rechtsverweigerung sei aber nur gegeben, wenn der Beschwerdeführer einen Anspruch auf Vornahme der verlangten Handlung habe. Im Sinn von Art. 250 SchKG sei über die Zulassung oder Abweisung einer Forderung direkt im Kollokationsplan zu entscheiden und nicht mittels separater Verfügung. Für die Anfechtung des Kollokationsplanes habe die Beschwerdeführerin aber die Frist verpasst. Es könne nicht sein, dass sie die Nichtberücksichtigung ihrer Forderung im Kollokationsplan auf dem Umweg der Rechtsverweigerungsbeschwerde dennoch zum Thema machen könne, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten sei. Bei diesem Ergebnis könne offen gelassen werden, ob die Beschwerdeführerin - wie von der Z._ behauptet - auf die geltend gemachte Forderung verzichtet habe und somit gar nicht über die Zulassung oder Abweisung zu befinden gewesen wäre.
C. Gegen dieses Urteil hat die X._ AG am 19. April 2010 eine Beschwerde erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Rückweisung der Sache an die Aufsichtsbehörde zum Entscheid über die Zulassung oder Abweisung der Forderung. Die Z._ beantragt Beschwerdeabweisung, die Aufsichtsbehörde eine Abweisung, soweit auf die Beschwerde einzutreten sei.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer Betreibungssache, gegen den die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig vom Streitwert offen steht (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die Beschwerdefrist von 10 Tagen ist eingehalten (Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG).
Die Rechtsanwendung überprüft das Bundesgericht im Rahmen rechtsgenüglicher Vorbringen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 f. BGG) mit freier Kognition (Art. 106 Abs. 1 BGG). Demgegenüber ist es an die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen grundsätzlich gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG).
Der angefochtene Entscheid enthält keine separate Darstellung des Sachverhalts, sondern lediglich in den Erwägungen verstreute Sachverhaltssplitter, weshalb er wegen der Sachverhaltsbindung (Art. 105 Abs. 1 BGG) an sich zur Verbesserung an die Aufsichtsbehörde zurückzusenden wäre (Art. 112 Abs. 1 BGG). Weil sich das angefochtene Urteil auch in rechtlicher Hinsicht nicht halten lässt und es offensichtlicher Leerlauf wäre, die Sache zuerst zur Darstellung des Sachverhaltes und anschliessend ein weiteres Mal zur neuen Entscheidung zurückzusenden, erstellt das Bundesgericht den - im äusseren Ablauf an sich unbestrittenen - Sachverhalt zur Vermeidung von Weiterungen aufgrund der Akten ausnahmsweise selbst (dazu Lit. A).
Die Z._ beschränkt sich in ihrer Vernehmlassung darauf, auf ihre kantonale Eingabe zu verweisen, was unzulässig ist und deshalb unbeachtet zu bleiben hat (Art. 42 Abs. 1 BGG; BGE 116 II 92 E. 2 S. 93 f.; 126 III 198 E. 1d S. 201).
2. Vorliegend steht entgegen den sinngemässen Ausführungen der Aufsichtsbehörde nicht die Anwendung von Art. 250 SchKG bzw. die Rechtskraft des Kollokationsplanes zufolge fristgemäss unterlassener Anfechtung zur Debatte. Vielmehr liegt die Situation vor, dass die Z._ die von der Beschwerdeführerin im Konkurs eingegebene Forderung bislang noch gar nicht behandelt hat, indem sie darüber weder einen abweisenden noch einen zulassenden Entscheid gefällt hat. Diese Unterlassung steht in keinem Zusammenhang mit der Rechtskraft des Kollokationsplanes; einzig mit Bezug auf eine effektiv abgewiesene Forderung erwächst der Kollokationsplan unbekümmert um eine in Verletzung von Art. 249 Abs. 3 SchKG nicht zugestellte Spezialanzeige in Rechtskraft (BGE 68 III 141 E. 1 S. 143). Vorliegend fehlt es aber gerade an einer Entscheidung der Konkursverwaltung über die Forderungsanerkennung im Sinn von Art. 245 SchKG. Damit leidet der Kollokationsplan an einem formellen Mangel, der auf dem Beschwerdeweg geltend gemacht werden kann.
Was nun die Beschwerdefrist anbelangt, geht es weniger um den von der Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren angesprochenen Fall von BGE 85 III 93. Jenem lag die Konstellation zugrunde, dass sich die Konkursverwaltung über die Zulassung oder Abweisung einer eingegebenen Forderung nicht unmissverständlich geäussert hatte. Das Bundesgericht erwog, dass in diesem Fall die zehntägige Beschwerdefrist nicht gelten könne, weil die unklare Entscheidung über die Forderung zur Folge habe, dass der Kollokationsplan als Grundlage für die Erstellung der Verteilungsliste schlechterdings untauglich sei, weil daraus nicht ersichtlich sei, ob die Forderung bei der Verteilung berücksichtigt werden solle oder nicht; die Beschwerde sei deshalb auch noch im Anschluss an die Zustellung der Spezialanzeige über die Auflegung der Verteilungsliste zulässig (BGE 85 III 93 E. 2 S. 97).
Vorliegend geht es um die Konstellation, dass die Konkursverwaltung gar keine Entscheidung im Sinn von Art. 245 SchKG getroffen hat. Diese Situation ist zu vergleichen mit derjenigen, welche BGE 68 III 141 zugrunde lag. Dort stellte das Bundesgericht vor allem darauf ab, dass Konkurseingaben nach Art. 251 Abs. 1 SchKG bis zum Schluss des Konkursverfahrens angebracht werden können und es deshalb nicht sachgerecht wäre, den Gläubiger, der an einer bereits gemachten Eingabe festhält - die ohne sein Verschulden von der Konkursverwaltung unberücksichtigt blieb -, strengeren Verspätungsfolgen auszusetzen als wie sie vom Gesetz für verspätete neue Eingaben vorgesehen sind (BGE 68 III 141 E. 1 S. 144).
3. Nach dem Gesagten durfte die Aufsichtsbehörde die Beschwerde nicht wegen angeblicher Fristversäumnis zurückweisen. Im Übrigen liegt im vorliegenden Fall eine eigentliche Rechtsverweigerung vor, indem die Z._ die mehrmalige Aufforderung der Beschwerdeführerin, endlich einen Entscheid im Sinn von Art. 245 SchKG zu fällen, beharrlich ignoriert hat. Gegen Rechtsverzögerung und Rechtsverweigerung kann aber jederzeit Beschwerde geführt werden (Art. 17 Abs. 2 SchKG).
Muss sich die Beschwerdeführerin keine Fristversäumnis entgegenhalten lassen, geht das Argument der Aufsichtsbehörde, jene könne sich nicht auf dem Umweg der Rechtsverweigerungsbeschwerde verpasste Fristen wiederherstellen lassen, an der Sache vorbei. Der Beschwerdeführerin kann auch anderweitig kein treuwidriges Zuwarten mit der grundsätzlich jederzeit möglichen Rechtsverweigerungsbeschwerde vorgeworfen werden. Wie sie in ihrer Beschwerde darlegt und sich auch aus den Akten ergibt, stand sie mit der Z._ fortlaufend in Kontakt und wurde von dieser hingehalten. Letztmals mit Schreiben vom 10. August 2009 bestritt die Beschwerdeführerin, seinerzeit auf die Geltendmachung der Forderung verzichtet zu haben, und verlangte erneut einen Entscheid über die Zulassung oder Abweisung der Forderung. Nachdem die Z._ auch dieser wiederholten Aufforderung nicht nachgekommen war bzw. darauf gar nicht mehr reagierte, sah sich die Beschwerdeführerin zur Erhebung einer Rechtsverweigerungsbeschwerde gezwungen. Darin ist kein Rechtsmissbrauch zu erblicken.
4. Bei der vorstehend geschilderten Rechtslage bleibt die von der Aufsichtsbehörde ausdrücklich nicht behandelte Frage relevant, ob die Beschwerdeführerin seinerzeit ihre Forderungseingabe zurückgezogen hat; diesfalls wäre bzw. würde selbstredend auch der Entscheid über die Zulassung oder Abweisung entfallen. Die Sache ist zur Klärung dieser Tatfrage und zur neuen Entscheidung an die Aufsichtsbehörde zurückzuweisen.
Die Beschwerdeführerin dringt im Grundsatz durch, weshalb die Z._ kosten- und entschädigungspflichtig wird (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In dahingehender Gutheissung der Beschwerde wird das Urteil der Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Solothurn vom 18. März 2010 aufgehoben und die Sache im Sinn der Erwägungen an die Aufsichtsbehörde zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Solothurn schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juni 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli