Faits:
A. Né en 1972 de nationalité suisse, X._ est domicilié avec son épouse et leurs deux enfants en France. Il exerce la profession d'avocat en qualité d'indépendant, pour partie à Genève et pour le reste en France.
Dans sa déclaration fiscale 2007, il a annoncé un bénéfice net provenant de son activité en Suisse de 22'863 fr. et de 60'003 fr. pour celle exercée en France. Sous la rubrique «déductions», le contribuable a mentionné au titre de l'impôt cantonal et communal et de l'impôt fédéral direct une déduction de 8'000 fr. au titre de cotisations pour une assurance 3e pilier A et produit deux attestations émises par Y._.
Le 6 octobre 2008, l'Administration fiscale du canton de Genève a émis un bordereau d'impôt cantonal et communal 2007 d'un montant de 3'838 fr. 70 calculé sur un bénéfice net de l'activité indépendante réalisée en Suisse de 22'940 fr., le montant des cotisations au 3e pilier A pour un total de 8'000 fr. faisant l'objet d'une répartition internationale à raison de 2'174 fr. pour la Suisse et de 5'826 fr. pour la France.
Le 20 octobre 2008, X._ a déposé une réclamation, demandant que les cotisations du 3e pilier A soient déduites dans leur intégralité du revenu réalisé à Genève et que les charges hypothécaires et les frais d'entretien relatifs à son bien immobilier en France soient pris en considération.
Par deux décisions du 29 juin 2009 en matière d'impôt fédéral direct d'une part et des impôts cantonal et communal d'autre part, l'Administration fiscale cantonale a admis la réclamation au sujet des frais d'entretien et des intérêts hypothécaires. En revanche, elle l'a rejetée concernant la déduction des cotisations au 3e pilier A. Elle a émis le 29 juin 2009 des bordereaux rectificatifs.
Le 28 juillet 2009, X._ a recouru auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative, devenue, depuis le 1er janvier 2011, le Tribunal administratif de première instance, contre les deux décisions sur réclamation, en concluant à leur annulation. Le 26 février 2010, l'Administration fiscale cantonale a conclu au rejet du recours. Seules pouvaient conclure un contrat de 3e pilier A les personnes assujetties obligatoirement ou facultativement à l'assurance-vieillesse et survivants (art. 5 al. 1 de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité; [LPP; RS 831.40]) et qui payaient effectivement des cotisations AVS sur le produit de leur travail, ce qui n'était pas le cas du contribuable qui était obligatoirement soumis à la sécurité sociale française, selon les accords bilatéraux (art. 14 bis § 2 du règlement CEE R 1408/71). Elle concluait à la reformatio in pejus de ses décisions de taxation 2007, en ce sens que les cotisations versées indûment au 3e pilier lié A, et qui devaient être remboursées, n'étaient pas déductibles. Bien qu'invité à se déterminer, X._ n'a pas réagi.
Par décision du 11 octobre 2010, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours de X._ et renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelles taxations en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2007 refusant toute déduction au titre des cotisations au 3e pilier A.
Par mémoire du 22 novembre 2010, X._ a saisi la Cour de justice du canton de Genève.
B. Par arrêt du 22 novembre 2011, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours. Comme la loi sur la prévoyance professionnelle ne s'applique qu'aux personnes qui sont assurées à l'assurance-vieillesse et survivants fédérale, selon le texte clair de l'art. 5 al. 1 LPP, tout le régime de déductions des cotisations versées au titre de la prévoyance professionnelle institué par le titre 2 de cette loi était inapplicable à l'intéressé.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 22 novembre 2011 par la Cour de justice du canton de Genève, de déclarer que les cotisations versées au titre du 3e pilier A sont déductibles dans la limite de 20% du revenu net perçu en Suisse équivalant à un montant de 4'572 fr.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
D. Le Tribunal fédéral a rendu son jugement en séance publique le 3 mai 2013.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) qui concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible du moment que le principe de la déduction des primes et cotisations versées en vue de l'acquisition de droits contractuels dans des formes reconnues de la prévoyance individuelle liée dans le chapitre d'un contribuable exerçant une activité lucrative indépendante, qui résulte de l'art. 82 al. 1 et 2 de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40) est identique (MARKUS REICH, Bundes-gesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2e éd., Zweifel/Athanas éd., n° 42 - 44 ad art. 9 LHID) pour les deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 ss).
Par conséquent, déposé en temps utile par le destinataire de l'arrêt attaqué, qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des art. 82 ss LTF, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts cantonaux et communaux (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire (cf. mémoire de recours, p. 1) que la partie recourante s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 ss).
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 Selon l'art. 33 al. 1 LIFD, sont déduits du revenu les primes, cotisations et montants versés en vue de l'acquisition de droits contractuels dans des formes reconnues de la prévoyance individuelle liée; le Conseil fédéral détermine, en collaboration avec les cantons, quelles formes de prévoyance peuvent être prises en considération et décide dans quelle mesure les cotisations pourront être déduites du revenu (let. e).
Fondé sur le mandat que lui conférait l'art. 82 al. 2 LPP, le Conseil fédéral, en collaboration avec les cantons, a adopté l'ordonnance du 13 novembre 1985 sur les déductions admises fiscalement pour les cotisations versées à des formes reconnues de prévoyance (OPP 3; RS 831.461.3). Il s'agit d'une ordonnance dépendante qui se fonde sur une délégation législative (ATF 119 Ia 241 consid. 5a et 6c p. 245 et 247). L'ordonnance institue deux formes reconnues de prévoyance: le contrat de prévoyance liée conclu avec les établissements d'assurances et la convention de prévoyance liée conclue avec des fondations bancaires (art. 1 al. 1 à 3 OPP 3). Ces deux formes de prévoyance individuelle liée, qui s'imposent tant pour les impôts directs des cantons et des communes que pour ceux de la Confédération, constituent, dans le système des trois piliers de la prévoyance, le 3e pilier A (ATF 119 Ia 241 consid. 4a et 6a p. 244 et 246; Archives 54 p. 517). A son article 7, l'ordonnance prévoit la mesure dans laquelle les cotisations versées pour l'une de ces formes de prévoyance peuvent être déduites: les salariés et les indépendants peuvent déduire de leur revenu, en matière d'impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, leurs cotisations versées à des formes reconnues de prévoyance dans la mesure suivante: par année, jusqu'à 8 % du montant-limite supérieur fixé à l'art. 8, al. 1, LPP, s'ils sont affiliés à une institution de prévoyance au sens de l'art. 80 LPP (let. a); par année, jusqu'à 20 % du revenu provenant d'une activité lucrative, mais au maximum jusqu'à 40 % du montant-limite supérieur fixé à l'art. 8, al. 1, LPP, s'ils ne sont pas affiliés à une institution de prévoyance au sens de l'art. 80 LPP (let. b).
2.2 Comme le Tribunal fédéral l'a déjà relevé (ATF 119 Ia 241 consid. 6b p. 247; 116 Ia 270 et les références citées), les dispositions fiscales de la LPP, auxquelles il faut ajouter celles de l'OPP 3 prises en vertu de la délégation de l'article 82 al. 2 LPP, ne réservent aucun champ aux cantons dans lequel ils pourraient aménager leur loi fiscale cantonale; en ce sens, ce ne sont pas des dispositions-cadre. Au contraire, elles contiennent des principes obligatoires et visent dans cette mesure à une uniformisation du droit des impôts directs des cantons et des communes. Cela vaut également pour le législateur fiscal fédéral (arrêt 2C_326/2010 du 29 septembre 2010, consid. 2.1 et les références citées). Par conséquent, l'art. 33 al. 1 let. e LIFD, qui trouve son fondement à l'art. 82 al. 1 et 2 LPP et dont le contenu est identique à ce dernier ne saurait être interprété différemment de l'art. 82 al. 1 et 2 LPP (cf. aussi BASILE CARDINAUX, Das Personen-freizügigkeitsabkommen und die schweizerische berufliche Vorsorge, Schulthess 2008, p. 243 n° 476 et les références citées).
L'interprétation des art. 82 ss LPP et 33 al. 1 let. e LIFD doit par conséquent respecter le système des trois piliers tel qu'il a été inscrit par le constituant à l'art. 111 al. 1 Cst. et mis en oeuvre par le législateur notamment dans la loi fédérale du 20 décembre 1946 sur l'assurance-vieillesse et survivants (LAVS; RS 831.10), celle du 19 juin 1959 sur l'assurance-invalidité (LAI; RS 831.20) et celle du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40). Il s'ensuit que les dispositions de la LAVS et de la LPP, dont l'interdépendance résulte notamment de l'art. 5 LPP, doivent être prises en considération dans l'application de l'art. 33 al. 1 let. e LIFD.
2.3 Aux termes de l'art. 5 al. 1 LPP (dans sa nouvelle teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2005 [RO 2004 1677]), la loi sur la prévoyance professionnelle ne s'applique qu'aux personnes qui sont assurées à l'assurance-vieillesse et survivants fédérale (AVS). Le renvoi de l'art. 5 al. 1 LPP à l'AVS tient compte des art. 111 al. 1 et 113 al. 2 let. a Cst. dont il ressort que c'est la conjugaison des trois piliers qui doit permettre à l'assuré de maintenir de manière appropriée son niveau de vie antérieur. Par conséquent, le champ d'application de la loi sur la prévoyance professionnelle se définit, de façon générale, par rapport au cercle des personnes assujetties à l'AVS (T. GÄCHTER/M. GECKELER HUNZIKER, LPP et LFP, in Schneider/Geiser/Gächer Ed., Berne 2010, n° 5 ad art. 5 LPP; BASILE CARDINAUX, op. cit., p. 136 n° 248 s.). Lorsque la loi sur la prévoyance professionnelle n'est pas applicable en raison de l'art. 5 al. 1 LPP, l'art. 82 al. 2 LPP ne l'est pas non plus et les dispositions de l'OPP3 ne sauraient être interprétées comme autorisant néanmoins la déduction de primes, cotisations et montants versés en vue de l'acquisition de droits contractuels dans des formes reconnues de la prévoyance individuelle liée. Pareille interprétation irait au delà de la délégation législative sur ce point inexistante et devrait être sanctionnée. En effet, de jurisprudence constante, lorsqu'une ordonnance dépendante fondée sur une délégation de la loi, à l'instar de l'OPP 3 en l'espèce, est mise en cause, le Tribunal fédéral examine si le Conseil fédéral s'en est tenu aux limites des compétences qui lui ont été accordées dans la loi (ATF 130 I 26 consid. 2.2.1 p 32).
Ce résultat est confirmé par la doctrine qui a examiné l'assujettissement du produit de l'activité lucrative exercée en Suisse à la législation sociale de l'Etat étranger: dans ce cas, l'affiliation au pilier 3A n'est plus possible en tant que celui-ci est coordonné aux deux premiers piliers de la prévoyance sociale en Suisse (BASILE CARDINAUX, op. cit., p. 247 n° 486; JACQUES-ANDRÉ SCHNEIDER, LPP et LFP, in Schneider/ Geiser/Gächter Ed., Berne 2010, n° 10 ad art. 82 LPP; RICHNER/FREI/ KAUFMANN/MEUTE, Handkommentar zum DBG, 2e éd., Zurich 2009, n° 71 ad art. 33 LIFD; GLADYS LAFFELY MAILLARD, Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 71 ad art. 22 LIFD; AGNER/JUNG/STEINMANN, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2001, n° 17 ad art. 33 LIFD; RAINER ZIGERLIG/GUIDO JUD, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2008, n° 27 ad art. 33 LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2001, n° 64 ad art. 33 LIFD; Conférence suisse des impôts, Prévoyance et impôts, cas d'application de prévoyance professionnelle et de prévoyance individuelle, B.2.1.1).
2.4 Il s'ensuit que l'objection du recourant selon laquelle aucun article de l'OPP 3 ne contient de disposition qui aurait pour effet d'empêcher qu'il déduise de son revenu imposable en Suisse les cotisations qu'il a versées au titre de prévoyance individuelle liée doit être rejetée et que l'instance précédente a jugé à bon droit que l'art. 5 al. 1 LPP constituait pareille base légale.
2.5 Le recourant ne peut pas non plus se prévaloir du règlement (CEE) no 1408/71 du Conseil du 14 juin 1971 relatif à l'application des régimes de sécurité sociale aux travailleurs salariés, aux travailleurs non salariés et aux membres de leur famille qui se déplacent à l'intérieur de la Communauté (ci-après: Règlement 1408/71; en vigueur pour la Suisse jusqu'au 31 mars 2012; RO 2012 2627), ainsi que du Règlement (CEE) no 574/72 du Conseil du 21 mars 1972 fixant les modalités d'application du Règlement (CEE) no 1408/71 relatif à l'application des régimes de sécurité sociale aux travailleurs salariés, aux travailleurs non salariés et aux membres de leur famille qui se déplacent à l'intérieur de la Communauté, ou des règles équivalentes (ci-après: règlement 574/72; RS 0.831.109.268.11). Le règlement 1408/71 est applicable à la France et à la Suisse en vertu de l'art. 1er par. 1 de l'annexe II à l'ALCP - intitulée "Coordination des systèmes de sécurité sociale" et fondée sur l'art. 8 de l'accord et faisant partie intégrante de celui-ci (art. 15 ALCP). Le Règlement 1408/71 s'applique à la législation relative aux branches de sécurité sociale qui concernent les prestations de vieillesse (art. 4 par. 1 let. c du Règlement 1408/71). En prévoyant en son art. 13 al. 1 que les personnes auxquelles le règlement est applicable ne sont soumises qu'à la législation d'un seul Etat membre, il instaure le principe de l'unicité. Toutefois, en vertu de l'art. 15 al. 3 Règlement 1408/71, en matière d'invalidité, de vieillesse et de décès (pensions), l'intéressé peut être admis à l'assurance volontaire ou facultative continuée d'un État membre, même s'il est obligatoirement soumis à la législation d'un autre État membre, dans la mesure où ce cumul est admis explicitement ou implicitement dans le premier État membre. Un tel régime volontaire est, on l'a vu, exclu par la législation suisse dans la situation du recourant (cf. consid. 2.3 ci-dessus).
2.6 En jugeant que le recourant qui n'est pas assujetti à l'AVS, ce qu'il ne conteste pas, ne pouvait pas constituer en Suisse de prévoyance individuelle liée sous forme de 3e pilier A et qu'il ne pouvait par conséquent pas déduire de cotisation au titre du 3e pilier A dans son chapitre fiscal en Suisse, l'instance précédente a correctement appliqué le droit fédéral. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Droit cantonal et communal
3. L'art. 82 al. 1 et 2 LPP constitue le fondement de l'art. 9 al. 2 let. e LHID comme il l'est pour l'art. 33 al. 1 let. e LIFD. Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives à l'impôt fédéral direct en matière de déduction de primes, cotisations et montants versés en vue de l'acquisition de droits contractuels dans des formes reconnues de la prévoyance individuelle liée s'appliquent aux impôts cantonal et communal. Par conséquent, le recours doit également être rejeté en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
4. Les considérant qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise et à la Chambre administrative, 2ème section, de la Cour de justice du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 3 mai 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey