Sachverhalt:
A.
A.a. Mit öffentlich beurkundetem Kaufvertrag vom 31. Oktober 2002 kaufte die Z._ AG von S._ die Grundstücke Nrn. 1520 und 3011, GB A._, zum Preis von Fr. 220'000.--.
Am 24. Juli 2003 verkaufte die Z._ AG dieselben zwei Grundstücke zum Preis von Fr. 220'000.-- an die W._ AG. Wie im Kaufvertrag vereinbart, erfolgte am gleichen Tag die Übergabe und Indossierung der auf den Grundstücken lastenden Namenschuldbriefe im ersten bis fünften Rang von der Z._ AG auf die W._ AG.
A.b. Am 27. Mai 2004 eröffnete der Einzelrichter in Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden den Konkurs über die Z._ AG.
A.c. Am 11. Februar 2005 verfügte der Gerichtspräsident 1 des Gerichtskreises VI Signau-Trachselwald (auf Begehren von Gläubigern im Konkurs der Z._ AG in Liq.), dass auf den Liegenschaften Nrn. 1520 und 3011, GB A._, der Anspruch auf Eigentumsübertragung mit grundpfändlichem Bestand vom 10. Februar 2005 zugunsten der Konkursmasse der Z._ AG in Liq. sofort vorzumerken sei.
A.d. Am 18. April 2005 erhoben zwei Gläubiger im Konkurs der Z._ AG in Liq. eine paulianische Anfechtungsklage gegen die W._ AG. Das Bezirksgericht Bremgarten hiess die Klage mit Urteil vom 7. November 2006 gut (bestätigt durch das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 20. September 2007). Mit diesem Urteil wurde die Konkursmasse der Z._ AG in Liq. um die Grundstücke Nrn. 1520 und 3011, GB A._, erweitert und die W._ AG verpflichtet, die Zuführung der Grundstücke in die Vollstreckung zu dulden.
A.e. Mit Pfandvertrag und Indossament vom 13. Juli 2007 übertrug die W._ AG zwei der fraglichen Namenschuldbriefe (Nrn. 2002-1362 und 2002-1364; je im Betrag von Fr. 200'000.--, lastend auf den Grundstücken Nrn. 1520 und 3011, GB A._, im ersten und dritten Rang) als Grundpfänder auf X._. Gleichentags übertrug die W._ AG einen weiteren Namenschuldbrief (Nr. 2002-1365; im Betrag von Fr. 200'000.--, lastend auf den Grundstücken Nrn. 1520 und 3011, GB A._, im vierten Rang) als Grundpfand auf die Y._ AG.
Am 16. Januar 2008 meldete X._ im Konkurs der Z._ AG in Liq. eine grundpfandgesicherte Forderung in der Höhe von Fr. 304'262.50 (inkl. Zinsen) an und reichte die beiden Schuldbriefe Nrn. 2002-1362 und 2002-1364 ein. Zugleich meldete die Y._ AG eine grundpfandgesicherte Forderung in der Höhe von Fr. 110'615.05 (inkl. Zinsen) an und reichte den Schuldbrief Nr. 2002-1365 ein.
A.f. Am 21. Mai 2008 eröffnete das Gerichtspräsidium Lenzburg den Konkurs über die W._ AG.
A.g. Mit Verfügungen vom 10. August 2009 wies das Konkursamt Nidwalden die von X._ und der Y._ AG angemeldeten Forderungen und Pfandrechte ab. Die dagegen erhobenen Beschwerden wurden vom Einzelrichter in Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden am 12. März 2010 als gegenstandslos abgeschrieben, nachdem das Konkursamt die angefochtenen Verfügungen in Wiedererwägung gezogen hatte. Die parallel erhobenen Kollokationsklagen von X._ und der Y._ AG vom 31. August 2009 wurden am 15. März 2010 ebenfalls als gegenstandslos abgeschrieben.
A.h. Am 21. Juli 2010 meldeten sowohl X._ als auch die Y._ AG beim a.o. Konkursverwalter der Z._ AG in Liq. erneut grundpfandgesicherte Forderungen an, und zwar in der Höhe von Fr. 322'395.95 (Forderung von X._) bzw. Fr. 124'441.95 inkl. Zinsen (Forderung der Y._ AG). Am 11. August 2010 wurden der Kollokationsplan und das zweite Lastenverzeichnis aufgelegt und publiziert. Beide angemeldeten Forderungen und die entsprechenden Pfandrechte wurden abgewiesen.
B.
B.a. Am 30. August 2010 erhob X._ Kollokationsklage, mit der er die Berücksichtigung seiner Forderung von Fr. 322'395.95 verlangte. Die Y._ AG verlangte mit separater Kollokationsklage vom selben Tag die Berücksichtigung ihrer Forderung von Fr. 124'441.95.
Das Kantonsgericht Nidwalden wies die Klagen mit zwei Urteilen vom 31. Januar 2012 ab.
B.b. Dagegen erhoben sowohl X._ als auch die Y._ AG Berufung an das Obergericht des Kantons Nidwalden. Beide beantragten jeweils die Aufhebung des sie betreffenden Urteils des Kantonsgerichts und verlangten, den a.o. Konkursverwalter anzuweisen, ihre jeweilige Forderung im Betrag von Fr. 322'395.95 zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. Juli 2010 (X._) bzw. Fr. 124'441.95 zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. Juli 2010 (Y._ AG) als grundpfandgesicherte Forderung, eventuell als faustpfandgesicherte Forderung, zu kollozieren und als solche in die Lastenverzeichnisse betreffend Grundstücke Nrn. 1520 und 3011, GB A._, mit Grundpfandrecht, eventuell Faustpfandrecht, im ersten und dritten Rang (X._) bzw. vierten Rang (Y._ AG) aufzunehmen.
Mit zwei Entscheiden vom 29. November 2012 wies das Obergericht die Berufungen ab.
C.
Mit separaten Eingaben vom 27. Mai 2013 haben X._ (Beschwerdeführer im Verfahren 5A_397/2013) und die Y._ AG (Beschwerdeführerin im Verfahren 5A_398/2013) Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht erhoben. Sie verlangen jeweils die Aufhebung des sie betreffenden obergerichtlichen Entscheids und halten an ihren vor der Vorinstanz gestellten Anträgen in der Sache fest. Eventuell sei die Sache an das Obergericht zurückzuweisen. Zudem ersuchen sie um aufschiebende Wirkung.
Nachdem das Obergericht auf Stellungnahme zu den Gesuchen um aufschiebende Wirkung verzichtet und der a.o. Konkursverwalter als Vertreter der Konkursmasse der Z._ AG in Liq. (Beschwerdegegnerin) sich ihnen widersetzt hat, ist den Beschwerden mit Präsidialverfügung vom 12. Juni 2013 (5A_397/2013) und 13. Juni 2013 (5A_398/2013) aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.
In der Sache hat sich das Obergericht nicht vernehmen lassen (5A_397/2013) bzw. hat es auf Vernehmlassung verzichtet (5A_398/2013). Demgegenüber ersucht der a.o. Konkursverwalter um Abweisung der Beschwerden.
Erwägungen:
1.
In den beiden Beschwerdeverfahren 5A_397/2013 und 5A_398/2013 fechten die Beschwerdeführer mit weitgehend gleichlautenden Eingaben praktisch identische Urteile an. In beiden Verfahren stellen sich im Wesentlichen dieselben Rechts- und Tatfragen. Es rechtfertigt sich, die beiden Verfahren zu vereinigen (Art. 71 BGG i.V.m. Art. 24 Abs. 3 BZP [SR 273] e contrario).
2.
Beide Beschwerden haben eine Zivilsache zum Gegenstand, da sie die Kollokation von Ansprüchen aus Bundeszivilrecht betreffen (Art. 72 Abs. 1 BGG; Urteil 5A_802/2008 vom 6. März 2009 E. 1.1, in: Pra 2010 Nr. 19 S. 129). Die legitimierten Beschwerdeführer haben fristgerecht kantonal letztinstanzliche Endentscheide des als Rechtsmittelinstanz urteilenden Obergerichts angefochten (Art. 75, Art. 76, Art. 90, Art. 100 Abs. 1 i.V.m. Art. 45 BGG). Der Streitwert bei der Kollokationsklage bemisst sich nach der Dividende, die auf den bestrittenen Betrag entfallen würde, also nach dem möglichen Prozessgewinn (BGE 138 III 675 E. 3.1 S. 676 mit Hinweisen). Gemäss Eingabe des a.o. Konkursverwalters vom 7. September 2010 an das Kantonsgericht Nidwalden ist die Forderung von Fr. 322'395.95 (5A_397/2013) bei Durchdringen der Kollokationsklage voraussichtlich vollumfänglich gedeckt. Gemäss derselben Eingabe ist die Forderung der Y._ AG (5A_398/2013) bei Durchdringen der Kollokationsklage voraussichtlich im Umfang von Fr. 76'799.30 gedeckt, selbst wenn zugleich diejenige von X._ durchdringen sollte. Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert von Fr. 30'000.-- ist somit in beiden Beschwerdeverfahren erreicht (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
3.
Das Obergericht hat die Kollokationsklagen abgewiesen mit der Begründung, von der paulianischen Anfechtung sei nicht nur die Grundstücksübertragung, sondern der Grundstückkaufvertrag vom 24. Juli 2003 als Ganzes betroffen gewesen. Die fünf Namenschuldbriefe von nominell total Fr. 900'000.--, die im Zeitpunkt des Kaufvertragsabschlusses eine Forderung von insgesamt Fr. 220'000.-- sicherten, seien der Anfechtungsbeklagten (W._ AG) damals unbelastet zu Eigentum übergeben worden. Die Schuldbriefe würden ungeachtet ihrer eigentumsrechtlichen Zuordnung an den beiden Grundstücken haften, so dass für die Rückführung in die Konkursmasse deren Belastung bzw. Belehnung im Zeitpunkt der Insolvenz der Z._ AG in Liq. (24. Mai 2004) massgeblich sei. Die W._ AG habe die beiden Namenschuldbriefe im ersten und dritten Rang bzw. denjenigen im vierten Rang als Grundpfand zur Sicherung der im Konkurs der Z._ AG in Liq. geltend gemachten Forderungen erst am 13. Juli 2007 an den Beschwerdeführer bzw. an die Beschwerdeführerin übertragen. Die entsprechenden Forderungen seien deshalb im Konkurs der Z._ AG in Liq. unbeachtlich. Auch der Eventualstandpunkt, die Forderung als faustpfandgesichert zu berücksichtigen, sei unbegründet.
4.
4.1. Das Obergericht ist zu Recht vom Grundsatz ausgegangen, dass die Anfechtungsbeklagte (W._ AG) die Konkursmasse so zu stellen hat, wie wenn die anfechtbare Handlung nicht vorgenommen worden wäre (Art. 291 SchKG; BGE 136 III 341 E. 3 S. 343; 130 III 235 E. 6.2 S. 239; 98 III 44 E. 3 S. 46; Thomas Bauer, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs II, 2. Aufl. 2010, N. 2 zu Art. 291 SchKG). In tatsächlicher Hinsicht hat das Obergericht dabei angenommen, die Schuldbriefe seien zum Zeitpunkt des Kaufvertrags vom 24. Juli 2003 unbelastete Eigentümerschuldbriefe gewesen. Es hat gefolgert, die zwischenzeitliche Verwendung der Schuldbriefe durch die W._ AG könne nicht beachtet werden, da sonst die Konkursmasse nicht so gestellt würde, wie wenn die anfechtbare Handlung nie vorgenommen worden wäre.
Die Beschwerdeführer bringen zunächst vor, die Schuldbriefe seien entgegen der vorinstanzlichen Feststellung zum Zeitpunkt des Kaufvertrags vom 24. Juli 2003 faustverpfändet gewesen und sie seien es über dieses Datum hinaus geblieben. Diese Rüge trifft zwar zu (im Einzelnen unten E. 4.3.3), doch spielt sie für die folgenden grundsätzlichen Erwägungen keine Rolle.
Die W._ AG hätte ohne die anfechtbare Handlung - den Kaufvertrag vom 24. Juli 2003 - die Schuldbriefe nicht erworben. Sie hätte damit später die Schuldbriefe nicht an die Beschwerdeführer begeben und die erworbenen Grundstücke nicht entsprechend belasten können. Daraus kann nun jedoch nicht geschlossen werden, die Schuldbriefbegebung dürfe unbeachtet bleiben, um das Ziel der vollständigen Rückgewähr gemäss Art. 291 SchKG zu erreichen. Die Verpflichtung zur Rückgewähr trifft in erster Linie die W._ AG als Anfechtungsbeklagte selber und nicht Drittpersonen, die mit der W._ AG Rechtsgeschäfte abgeschlossen haben und die im Anfechtungsverfahren nicht Partei waren (vgl. Urteil 5C.176/2003 vom 5. Februar 2004 E. 3.3, nicht publ. in: BGE 130 III 235). Die Auffassung der Vorinstanz, die Schuldbriefe würden an den Grundstücken "haften", ist demnach nur in dem Sinne richtig, als sich der Umfang der Rückgabepflicht nach dem Zeitpunkt des angefochtenen Geschäftes richtet. Dies bedeutet aber nicht, dass die Rückgabepflicht Dritten ohne weiteres entgegengehalten werden kann. Soll einem Rechtsnachfolger eines Anfechtungsschuldners die Anfechtbarkeit entgegengehalten werden, so kann er vielmehr selber mit einer Anfechtungsklage ins Recht gefasst werden (Art. 290 SchKG; vgl. unten E. 4.3.1). Dass das Anfechtungsurteil die Rückgewähr der Schuldbriefe nicht anordnet, wie dies die Beschwerdeführer vorbringen, ist allerdings nicht entscheidend. Würde es sich nämlich tatsächlich um unbelastete Eigentümerschuldbriefe handeln, so wäre die W._ AG von Gesetzes wegen verpflichtet, sie dem Konkursamt abzugeben (Art. 28 und 75 der Verordnung vom 13. Juli 1911 über die Geschäftsführung der Konkursämter [KOV; SR 281.32]). Da nun aber die W._ AG nach Abschluss des angefochtenen Kaufvertrags und nach dem Erhalt der Schuldbriefe über diese verfügt hat, so haben sie ein eigenes rechtliches Schicksal, das auch im Kontext des Vollzugs des Anfechtungsurteils, d.h. im Rahmen des vorliegenden Konkursverfahrens, zu beachten ist. Für die Gültigkeit und die konkursrechtliche Beachtlichkeit der Verfügung über die Schuldbriefe ist im Übrigen der Zeitpunkt des Konkurses oder der Insolvenz der Z._ AG in Liq. nicht von Bedeutung: Nur die Z._ AG ist zum Zeitpunkt ihres Konkurses verfügungsunfähig geworden (Art. 204 SchKG), nicht aber die W._ AG, von der die Beschwerdeführer die Schuldbriefe erhalten haben. Nicht mehr umstritten und deshalb bloss am Rande zu bemerken ist schliesslich, dass die Vormerkung vom 11. Februar 2005 (oben lit. A.c) die Übertragung der Schuldbriefe nicht verhindern konnte (Jürg Schmid, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, 4. Aufl. 2011, N. 4 zu Art. 960 ZGB), soweit die Vormerkung überhaupt vor dem Erwerb der Schuldbriefe durch die Beschwerdeführer erfolgt sein sollte (vgl. zum Erwerbszeitpunkt unten E. 4.3.3).
Dies alles bedeutet jedoch noch nicht, dass die Kollokationsklagen der Beschwerdeführer gutzuheissen sind. Wie es sich damit verhält, ist nachfolgend zu prüfen.
4.2. Dieser Prüfung vorauszuschicken ist, dass die W._ AG am 21. Mai 2008 in Konkurs gefallen ist (oben lit. A.f). Auch nach ihrem Konkurs ist sie Eigentümerin der Grundstücke Nrn. 1520 und 3011, GB A._, die im Konkurs der Z._ AG in Liq. verwertet werden. Im Konkursverfahren welcher der beiden Gesellschaften die Grundstücke verwertet werden müssten bzw. ob der erfolgten Anfechtung dingliche oder bloss obligatorische Wirkung zukommt (vgl. BGE 106 III 40 E. 3 S. 43 f.; Bauer, a.a.O., N. 12 und 24 zu Art. 291 SchKG), ist nicht zu erörtern. Das für die Abwicklung des Konkurses der W._ AG in Liq. zuständige Konkursamt scheint die Verwertung der Grundstücke im Konkurs der Z._ AG in Liq. zu dulden und die Parteien äussern sich dazu nicht.
4.3. Gegenstand des Kollokationsprozesses (Art. 250 Abs. 1 SchKG) ist die Feststellung, inwieweit die streitigen Gläubigeransprüche bzw. die vorliegend geltend gemachten Grundpfandrechte im Konkurs zu berücksichtigen sind, wobei zur Prüfung der strittigen Rechtsverhältnisse vorfrageweise materielles Recht anzuwenden ist (BGE 137 III 487 E. 3 S. 491 mit Hinweis). Darüber hinaus ist die Konkursverwaltung befugt, den geltend gemachten Ansprüchen die Einrede der Anfechtbarkeit i.S. von Art. 285 ff. SchKG (paulianische Einrede) entgegenzuhalten (BGE 114 III 110 E. 2 S. 111).
4.3.1. Eine paulianische Einrede wäre dann begründet, wenn die Beschwerdeführer bösgläubige Dritte wären (Art. 290 SchKG). Unter dem bösgläubigen Dritten wird der Rechtsnachfolger (Singularsukzessor) des Anfechtungsbeklagten verstanden, der um den Bestand der Anfechtungsschuld wusste (BGE 130 III 235 E. 6.1.1 S. 239; 135 III 513 E. 7.1 S. 524 f.). Als Singularsukzession kommt auch eine bloss teilweise Rechtsnachfolge in Frage, so wie dies bei der Einräumung eines Pfandrechts der Fall ist (vgl. Urteil 5A_210/2007 vom 7. Februar 2008 E. 5; Walder/Kull/Kottmann, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl. 1997/99, N. 7 zu Art. 290 SchKG). Als bösgläubiger Dritter ist anzusehen, wer die Umstände, die die Anfechtbarkeit des Erwerbs seines Rechtsvorgängers begründeten, kannte oder bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit hätte kennen müssen. Massgebend ist der Zeitpunkt der Rechtsnachfolge (Singularsukzession) und nicht der Zeitpunkt der anfechtbaren Rechtshandlung (BGE 135 III 513 E. 7.1 S. 525 mit Hinweisen).
Ob eine solche paulianische Einrede begründet wäre, kann das Bundesgericht derzeit mangels entsprechender Sachverhaltsfeststellungen nicht beurteilen. Weder lässt sich dem angefochtenen Urteil entnehmen, ob und wann die Beschwerdegegnerin eine solche Einrede erhoben hätte, noch finden sich darin Feststellungen über die Umstände, die den Beschwerdeführern beim Abschluss ihrer Pfandverträge bekannt waren. Das Obergericht wird über diese Punkte soweit nötig zu befinden haben. Ob die Anfechtungseinrede zum Zeitpunkt ihrer allfälligen Erhebung überhaupt noch zulässig gewesen wäre, braucht im Moment vom Bundesgericht noch nicht beurteilt zu werden (Art. 292 Ziff. 2 SchKG; vgl. Bauer, a.a.O., N. 17 zu Art. 292 SchKG; Franco Lorandi, Prozessuale Aspekte der paulianischen Anfechtung, ZZZ 2006 S. 166 ff.).
4.3.2. Sollte keine paulianische Einrede erhoben worden sein oder erweist sie sich als unbegründet, so hat die Vorinstanz zu prüfen, ob die geltend gemachten Forderungen bzw. Pfandrechte materiellrechtlich Bestand haben oder nicht. Das angefochtene Urteil äussert sich diesbezüglich nicht, da es die Konkurseingaben der Beschwerdeführer aus betreibungsrechtlichen Gründen für unbeachtlich erachtet hat. Im Rahmen der rechtsgenüglich ins kantonale Verfahren eingebrachten Vorbringen und Beweismittel wird die Vorinstanz demnach zu prüfen haben, ob und wann die vorliegend strittigen Pfandrechte den Beschwerdeführern eingeräumt wurden und welche Forderungen mit welchem Zinsfuss und Zinsbeginn mit ihnen gesichert wurden bzw. noch werden.
4.3.3. Zur Beurteilung der offenen Fragen erweist sich folgende Sachverhaltsrüge der Beschwerdeführer als wesentlich (Art. 97 Abs. 1 BGG) : Sie verweisen zu Recht darauf, dass gemäss den Akten X._ der W._ AG bereits am 15. September 2004 ein Darlehen gewährt hat und er im Gegenzug die vier Schuldbriefe im ersten, dritten, vierten und fünften Rang erhalten hat (Klagebeilage 5 im Verfahren von X._ bzw. Klagebeilage 6 im Verfahren der Y._ AG). Aus den Akten folgt sodann, dass am 13. Juli 2007 vereinbart wurde, das Darlehen von X._ bloss noch mit den Schuldbriefen ersten und dritten Ranges zu sichern (Klagebeilage 6 im Verfahren von X._) und gleichentags vereinbart wurde, ein Darlehen der Y._ AG an die W._ AG mit dem Schuldbrief im vierten Rang zu sichern, der ihr von der W._ AG zu übergeben sei (Klagebeilage 7 im Verfahren der Y._ AG). Die Vorinstanz ist demgegenüber davon ausgegangen, bei den Pfandverträgen vom 13. Juli 2007 handle es sich um die erste Verwendung der Schuldbriefe durch die W._ AG. Auf den früheren, aktenkundigen Vertrag vom 15. September 2004 ist sie weder eingegangen noch hat sie erläutert, weshalb dieses Aktenstück allenfalls unbeachtlich sein könnte. Ebenso wenig hat sie das Verhältnis dieses früheren Vertrags zu den späteren vom 13. Juli 2007 behandelt. Auf all dies wird sie - soweit notwendig - im Rückweisungsverfahren einzugehen haben.
Eine weitere Sachverhaltsrüge ist zwar ebenfalls zutreffend (vgl. bereits oben E. 4.1), doch ziehen die Beschwerdeführer daraus unzutreffende rechtliche Folgerungen: Das Obergericht ist davon ausgegangen, die Schuldbriefe seien im Rahmen des Kaufvertrags vom 24. Juli 2003 unbelastet von der Z._ AG auf die W._ AG übertragen worden. Die Beschwerdeführer weisen zu Recht auf den in den Akten liegenden Kaufvertrag hin (Replikbeilage 1), aus dem sich ergibt, dass die fünf Schuldbriefe bereits vor Kaufvertragsabschluss an S._ faustverpfändet waren und weiterhin bleiben sollten. Die Faustverpfändung diente offenbar zur Sicherung eines Darlehens von S._ an die Z._ AG in der Höhe von Fr. 220'000.--. Der Kaufpreis in derselben Höhe sollte durch Übernahme dieser Schuld durch die W._ AG getilgt werden. S._ wurde in den Kaufvertrag einbezogen und stimmte der Schuldübernahme zu. Nach Darstellung der Beschwerdeführer gelangten die Schuldbriefe physisch erst am 12. September 2004 in die Hände der W._ AG, also kurz vor Begebung an X._ am 15. September 2004. X._ leitet aus der früheren Faustverpfändung ab, dass seine Forderung und sein Pfandrecht in jedem Fall wenigstens im Umfang von Fr. 220'000.-- zuzulassen seien, da diese Belastung der Grundstücke dem Zustand zum Zeitpunkt des angefochtenen Kaufs entspreche. X._ behauptet aber nicht, in die Position von S._ nachgerückt zu sein, vielmehr habe er (X._) der W._ AG ein Darlehen gewährt, das teilweise zur Begleichung der Darlehensschuld gegenüber S._ dienen sollte. Aus der früheren Faustverpfändung kann X._ somit nichts zu seinen Gunsten ableiten. Allfällige Ersatzansprüche für die Ablösung der Belastung stehen der W._ AG zu (Pierre-Robert Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2003, N. 18 zu Art. 291 SchKG; BGE 26 II 204 E. 8 S. 216). Für die Kollokation der Beschwerdeführer ist die frühere Faustverpfändung der Schuldbriefe somit ohne Belang.
4.4. Die Beschwerden sind somit gutzuheissen und die Verfahren an das Obergericht zur erneuten Behandlung im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen.
5.
Bei diesem Ergebnis sind die Kosten beider Verfahren der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Zudem hat sie die Beschwerdeführer angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 5A_397/2013 und 5A_398/2013 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden werden gutgeheissen und die Entscheide des Obergerichts des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, vom 29. November 2012 aufgehoben. Beide Verfahren werden an das Obergericht des Kantons Nidwalden zurückgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 8'000.-- (Fr. 5'000.-- im Verfahren 5A_397/2013 und Fr. 3'000.-- im Verfahren 5A_398/2013) werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4.
Die Beschwerdegegnerin hat X._ mit Fr. 8'000.-- und die Y._ AG mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Dezember 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Zingg