Faits:
A. Le 12 décembre 2006, dame X._ a déposé devant le Tribunal de première instance du canton du Jura une requête de mesures protectrices de l'union conjugale et de provision ad litem, subsidiairement d'assistance judiciaire gratuite.
Par jugement du 20 décembre 2007, la Juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura a notamment constaté que les époux vivaient séparés pour une durée indéterminée depuis le 24 avril 2006 et a condamné le mari à verser à son épouse, dès la séparation, une contribution alimentaire mensuelle de 3'350 fr., sous déduction de la pension de 2'300 fr. versée précédemment; elle a rejeté la requête de provision ad litem et celle, subsidiaire, d'assistance judiciaire gratuite.
L'épouse a fait appel de ce jugement. Par arrêt du 29 août 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a condamné le mari à verser à l'appelante une contribution d'entretien de 5'450 fr. par mois du 24 avril 2006 au 29 février 2008 et de 4'500 fr. par mois dès le 1er mars 2008, la pension de 2'300 fr. étant incluse dans ces montants.
B. Le mari interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens que la contribution d'entretien est fixée à un montant mensuel ne dépassant pas 3'350 fr. dès le 26 avril 2006, sous déduction de la pension de 2'300 fr. versée précédemment et des montants de 10'000 fr. et de 40'000 fr. versés à l'intimée en septembre 2006 et septembre 2007; à titre subsidiaire, il conclut au renvoi de l'affaire à l'autorité précédente pour nouveau jugement au sens des considérants.
Des réponses n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
2. 2.1 La décision de mesures protectrices de l'union conjugale constitue une décision en matière civile au sens de l'art. 72 al. 1 LTF (ATF 133 III 393 consid. 2 p. 395). Elle est finale selon l'art. 90 LTF, puisqu'elle tranche de manière définitive, dans une procédure séparée, des questions qui ne pourront plus être revues avec l'éventuelle décision sur le divorce et ses effets accessoires (ATF 133 III 393 consid. 4 p. 395). La décision attaquée a été rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF).
Comme le litige porte uniquement sur la contribution d'entretien allouée à l'intimée, la décision attaquée a été prise dans une affaire pécuniaire (ATF 133 III 393 consid. 2 p. 395) dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF; cf. ATF 133 III 421 consid. 1.1 p. 426), car il a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée. Enfin, le recours a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.2 Les mesures protectrices de l'union conjugale sont des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (ATF 133 III 585 consid. 3.3 p. 587), de sorte que seule peut être dénoncée la violation des droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral ne connaît d'un tel grief que s'il est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), les exigences de motivation de l'acte de recours correspondant à celles de l'art. 90 al. 1 let. b aOJ (ATF 133 III 638 consid. 2 p. 639).
Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité supérieure jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité précédente, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision est manifestement insoutenable; le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques appellatoires (ATF 133 II 396 consid. 3.1 p. 399 et les arrêts cités). Il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153); encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211 et les arrêts cités).
Quant à l'appréciation des preuves et à la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40); sa retenue est d'autant plus grande lorsque le juge ne revoit la cause que d'une manière sommaire et provisoire (ATF 130 III 321 consid. 3.3 p. 325 et les arrêts cités). Ainsi en va-t-il dans le domaine des mesures protectrices de l'union conjugale, qui sont ordonnées à la suite d'une procédure sommaire, avec administration restreinte des moyens de preuve et limitation du degré de la preuve à la simple vraisemblance (ATF 127 III 474 consid. 2b/bb p. 478 et les références).
2.3 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 LTF); dès lors, il ne peut être tenu compte des allégations du recourant au sujet de sa formation d'employé de commerce et de la nouvelle dénomination («Fiduciaire Y._») de la fiduciaire concernée; il en va de même pour sa nouvelle situation professionnelle (employé chez Z._).
En outre, contrairement à ce que soutient le recourant, les moyens de preuve nouveaux produits en instance fédérale (i.e. compte de résultat pour l'année 2007 et «extraits actualisés» du registre de commerce) ne sont pas «rendus pertinents par la décision précédente»; ils doivent ainsi être écartés.
3. Dans un premier moyen, le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir arbitrairement admis qu'il exerce encore une activité au sein de la fiduciaire Y._ et que cette activité lui rapporte un gain estimé à 4'000 fr. par mois.
3.1 D'emblée, il faut relever que les critiques du recourant sont essentiellement de nature appellatoire. En effet, il ne suffit pas d'affirmer que la circulaire du 30 novembre 2006 «tend plutôt à prouver la cessation de l'activité de fiduciaire» ou que l'argumentation du premier juge à propos de ses revenus est «plus convaincante» que celle de la cour cantonale pour démontrer le caractère arbitraire de l'arrêt déféré. Quoi qu'il en soi, le recours apparaît mal fondé.
3.2 Sur le vu des éléments disponibles, le rôle du recourant dans la fiduciaire ne peut pas être déterminé avec exactitude. Les pièces invoquées, qu'il s'agisse de la circulaire du 30 novembre 2006 adressée aux clients de la fiduciaire ou des notes d'honoraires et des extraits de comptes datés du mois de juin 2006, n'apportent pas d'arguments déterminants. Comme le remarque l'autorité précédente, le recourant n'a fourni aucune précision sur le fonctionnement actuel de la fiduciaire et n'a pas produit de communication informant la clientèle de la reprise des activités par Y._; que le recourant ne puisse pas assumer la fonction de réviseur n'implique pas qu'il n'exerce plus aucune fonction dans la fiduciaire. Si le recourant devait en principe mettre un terme à son activité privée en raison de son nouvel engagement, cette obligation a cependant pris fin lorsqu'il a cessé son travail au sein de l'administration communale de Porrentruy. En définitive, la juridiction cantonale a été confrontée à des éléments fragmentaires et fluctuants; dès lors, elle s'en est tenue à ce qui lui a paru vraisemblable: malgré les compétences qu'elle a montrées dans divers domaines, Y._ n'est pas en situation d'exploiter la fiduciaire de façon autonome et a besoin de l'aide d'une personne expérimentée. Il n'est donc pas insoutenable d'admettre que le recourant l'assiste dans l'exploitation de cette entreprise et que chacun perçoit la moitié des revenus estimés de la fiduciaire. Cette appréciation prête d'autant moins le flanc à la critique qu'elle intervient dans le cadre d'une procédure sommaire avec administration restreinte des moyens de preuve.
4. Le recourant reproche en outre à l'autorité précédente de ne pas avoir tenu compte, de façon arbitraire, du refus de l'intimée de faire tout son possible pour augmenter ses revenus.
L'autorité précédente a examiné la question de la capacité de gain de l'intimée. Elle a retenu que l'on ne saurait actuellement exiger de celle-ci qu'elle travaille à un taux supérieur à 50%; elle s'est basée sur un certificat médical attestant cette capacité limitée. Dans ces circonstances, on ne peut raisonnablement attendre de l'intéressée qu'elle augmente ses revenus actuels.
5. En conclusion, le présent recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Vu le sort du recours, le recourant supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'accorder des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à déposer une réponse.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 21 octobre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Raselli Braconi