Sachverhalt:
A. A.a I._ war ab 1. August 1997 als Leiter Beratung Versicherungskunden, S._ ab 1. Juni 1994 als Unternehmensberaterin bei der Vorsorge A._ AG (bis 23. Dezember 2004 Vorsorge B._ AG) angestellt und bis 31. Dezember 2000 bei der Pensionskasse C._ sowie ab 1. Januar 2001 bei der Sammelstiftung D._ berufsvorsorgeversichert. Mit Vereinbarungen vom 21. August 2001 wurden die Arbeitsverhältnisse mit I._ per 31. Oktober 2001 und mit S._ per 30. September 2001 aufgelöst.
A.b Am 9. September 2002 erhoben I._ und S._ Klage gegen die Pensionskasse C._ und die Sammelstiftung D._ mit dem Rechtsbegehren, es sei ihnen "eine Freizügigkeitsleistung unter Einbezug der Bonus-Zahlungen an den versicherten Verdienst auszurichten", in deren Genuss sie während der ganzen Dauer des Arbeitsverhältnisses gekommen seien. Mit Entscheid vom 11. März 2004 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Klage gegen die Sammelstiftung D._ ab und hiess diejenige gegen die Pensionskasse C._ in dem Sinne gut, dass es diese verpflichtete, den Klägern eine Austrittsleistung unter Einbezug der ihnen von der Vorsorge B._ AG bis Ende 2000 ausgerichteten Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen auszurichten. Die dagegen von der Pensionskasse C._ erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 9. November 2004 gut und hob den Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 11. März 2004 zufolge fehlender Passivlegitimation auf. Mit gleichem Urteil trat das Eidgenössische Versicherungsgericht auf die von der Vorsorge B._ AG erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht ein (Urteil vom 9. November 2004, B 45+46/04).
B. I._ und S._ reichten hierauf am 1. März 2005 Klagen gegen die Vorsorge A._ AG mit dem Rechtsbegehren ein, diese sei zu verpflichten, die ihnen ausgerichteten Bonuszahlungen nachträglich zu versichern und die entsprechenden Beiträge an die Pensionskasse zu bezahlen. Die Beklagte beantragte Abweisung der Klage und erhob eventuelle Widerklage mit dem Rechtsbegehren, die Kläger seien zu verpflichten, ihr die "versicherten Beiträge" zu bezahlen, welche sie "der Vorsorgeeinrichtung auf Grund der massgebenden Beitragsordnung für die nachträglich vorsorgerechtlich zu versichernden Bonus-Zahlungen entrichten muss". Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich führte einen doppelten Schriftenwechsel durch und hiess die Klagen mit Entscheid vom 10. August 2006 in dem Sinne gut, dass es die Beklagte verpflichtete, die den Klägern bis Ende 2000 ausgerichteten Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen der Vorsorgeeinrichtung als zu versichernden Verdienst zu melden. Mit gleichem Urteil nahm es von der Anerkennung der Widerklage Vormerk.
C. Die Vorsorge A._ AG lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, auf die Klage sei nicht einzutreten; eventuell sei sie abzuweisen; subeventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
I._ und S._ schliessen in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Da der kantonale Entscheid vor dem 1. Januar 2007 erging, ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht (BGG) vom 17. Juni 2005 noch nicht anwendbar (Art. 132 Abs. 1 BGG). Die Kognition richtet sich noch nach OG. Weil im vorliegenden Prozess über den Umfang des versicherten Verdienstes und die entsprechende Beitragspflicht des Arbeitgebers keine Versicherungsleistungen streitig sind, hat das Bundesgericht nur zu prüfen, ob der vorinstanzliche Entscheid Bundesrecht verletzt, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften - z.B. des Untersuchungsgrundsatzes oder des Anspruchs auf rechtliches Gehör - festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.1 2.1.1 Das kantonale Gericht hat zutreffend dargelegt, dass die Vorsorgeeinrichtungen in der überobligatorischen Berufsvorsorgeversicherung grundsätzlich (unter Vorbehalt von Art. 49 Abs. 2 BVG) frei sind, Boni und Erfolgsbeteiligungen vom versicherten Verdienst ganz oder teilweise auszunehmen, der versicherte Verdienst für das Vorsorgeverhältnis der Kläger mit der Pensionskasse C._ in Art. 3.4 deren Statuten dahingehend umschrieben war, dass dieser dem voraussichtlichen AHV-beitragspflichtigen Jahreslohn "beim Eintritt bzw. am 1. Januar" entspricht, sowie dass Boni und Erfolgsbeteiligungen zum AHV-beitragspflichtigen Jahreslohn gehören und nicht "gelegentlich" anfallende Lohnbestandteile darstellen, die in Art. 3.4 der Statuten der Pensionskasse C._ (sowie gemäss Art. 3 Abs. 1 lit. a BVV 2 für den obligatorischen Bereich) von der Versicherungspflicht ausgenommen sind. Darauf kann grundsätzlich verwiesen werden.
2.1.2 Im Dreiecksverhältnis Arbeitgeberin/Arbeitnehmer/Vorsorgeeinrichtung ist zwischen Anschluss-, Arbeitsvertrag und Vorsorgevertrag zu unterscheiden. Auf den Vorsorgevertrag, welcher den versicherten Arbeitnehmer und die Vorsorgeeinrichtung im Bereich der weitergehenden beruflichen Vorsorge verbindet und welcher von der Lehre und Rechtsprechung den Innominatsverträgen sui generis zugeordnet wird, ist der allgemeine Teil des Obligationenrechts anwendbar (Art. 1-183 OR). Reglement oder Statuten stellen den vorformulierten Inhalt des Vorsorgevertrages dar, vergleichbar Allgemeinen Vertrags- oder Versicherungsbedingungen, denen sich der Versicherte konkludent, durch Antritt des Arbeitsverhältnisses und unwidersprochen gebliebene Entgegennahme von Versicherungsausweis und Vorsorgereglement, unterzieht. Nach ständiger Rechtsprechung hat die Auslegung der Vorsorgeverträge nach dem Vertrauensprinzip zu erfolgen. Es ist darauf abzustellen, wie die zur Streitigkeit Anlass gebende Willenserklärung vom Empfänger in guten Treuen verstanden werden durfte und musste. Dabei ist nicht auf den inneren Willen des Erklärenden abzustellen, sondern auf den objektiven Sinn seines Erklärungsverhaltens. Der Erklärende hat gegen sich gelten zu lassen, was ein vernünftiger und korrekter Mensch unter der Erklärung verstehen durfte. Weiter sind die besonderen Auslegungsregeln bei Allgemeinen Geschäfts- oder Versicherungsbedingungen zu beachten, insbesondere die Unklarheits- und die Ungewöhnlichkeitsregel (zum Ganzen BGE 132 V 149 E. 5 S. 150 f. mit Hinweisen).
2.1.3 Die im Streit liegende Frage, ob Boni und Erfolgsbeteiligungen als "gelegentlich" anfallende Lohnbestandteile im Sinne von Art. 3.4 der Statuten der Pensionskasse C._ zu qualifizieren sind oder nicht und ob die Beschwerdegegner spätestens mit den Vereinbarungen vom 21. August 2001 rechtsgültig auf deren Einbezug in die Vorsorge verzichtet haben, beschlägt nicht den Arbeitsvertrag, sondern den Vorsorgevertrag zwischen den Beschwerdegegnern und der Pensionskasse C._. Der Vorsorgevertrag wirkt in der vertraglichen Beziehung Arbeitgeber und Arbeitnehmer nicht als Rechtsgrund, sondern als Tatbestand, das heisst Arbeitgeber und Arbeitnehmer haben das vorsorgerechtliche Vertragsverhältnis so zu respektieren und unter sich gelten zu lassen, wie sie nach den gerichtlich vorfrageweise zu beurteilenden Grundsätzen zur Vertragsauslegung und -abänderung von Vorsorgereglementen zu verstehen ist. In dieser Hinsicht ist das kantonale Gericht in Auslegung von Art. 3.4 Statuten der Pensionskasse C._ und gestützt auf das Haus- sowie Bonusreglement zu Recht zum Schluss gekommen, Boni und Erfolgsbeteiligungen gehörten zum versicherten Verdienst. Art. 3 Abs. 1 lit. a BVV 2 räumt der Vorsorgeeinrichtung die Befugnis ein, in ihrem Reglement vom massgebenden Lohn der AHV abzuweichen, in dem sie Lohnbestandteile weglässt, die nur gelegentlich anfallen. Eine entsprechende Ausnahmebestimmung im Reglement darf sich allerdings nicht darauf beschränken, diese abstrakt gehaltene Norm zu wiederholen (SVR 2002 BVG Nr. 12 E. 2c), wie dies in Art. 3.4 der Statuten Pensionskasse C._ erfolgt ist.
2.1.3 Die im Streit liegende Frage, ob Boni und Erfolgsbeteiligungen als "gelegentlich" anfallende Lohnbestandteile im Sinne von Art. 3.4 der Statuten der Pensionskasse C._ zu qualifizieren sind oder nicht und ob die Beschwerdegegner spätestens mit den Vereinbarungen vom 21. August 2001 rechtsgültig auf deren Einbezug in die Vorsorge verzichtet haben, beschlägt nicht den Arbeitsvertrag, sondern den Vorsorgevertrag zwischen den Beschwerdegegnern und der Pensionskasse C._. Der Vorsorgevertrag wirkt in der vertraglichen Beziehung Arbeitgeber und Arbeitnehmer nicht als Rechtsgrund, sondern als Tatbestand, das heisst Arbeitgeber und Arbeitnehmer haben das vorsorgerechtliche Vertragsverhältnis so zu respektieren und unter sich gelten zu lassen, wie sie nach den gerichtlich vorfrageweise zu beurteilenden Grundsätzen zur Vertragsauslegung und -abänderung von Vorsorgereglementen zu verstehen ist. In dieser Hinsicht ist das kantonale Gericht in Auslegung von Art. 3.4 Statuten der Pensionskasse C._ und gestützt auf das Haus- sowie Bonusreglement zu Recht zum Schluss gekommen, Boni und Erfolgsbeteiligungen gehörten zum versicherten Verdienst. Art. 3 Abs. 1 lit. a BVV 2 räumt der Vorsorgeeinrichtung die Befugnis ein, in ihrem Reglement vom massgebenden Lohn der AHV abzuweichen, in dem sie Lohnbestandteile weglässt, die nur gelegentlich anfallen. Eine entsprechende Ausnahmebestimmung im Reglement darf sich allerdings nicht darauf beschränken, diese abstrakt gehaltene Norm zu wiederholen (SVR 2002 BVG Nr. 12 E. 2c), wie dies in Art. 3.4 der Statuten Pensionskasse C._ erfolgt ist.
2.2 2.2.1 Das kantonale Gericht hielt im angefochtenen Entscheid fest, die Beschwerdegegner hätten mit der Unterzeichnung des Anstellungsvertrages oder der Auflösungsvereinbarung nicht auf Vorsorgebeiträge auf den Bonus-Anteilen des Lohnes konkludent oder explizit verzichtet. In beiden Dokumenten werde in Bezug auf die Vorsorgeregelung auf das Reglement der Pensionskasse verwiesen. Nach diesem Reglement gehörten die Boni zum versicherten Verdienst. Dafür, dass die Beschwerdeführerin mit den Beschwerdegegnern eine davon abweichende Regelung getroffen hätten, lägen keine Belege vor.
2.2.2 Die Beschwerdeführerin macht zunächst geltend, die Vorinstanz habe nicht beachtet, dass zwischen der Beschwerdeführerin und den Beschwerdegegnern bis zum Wechsel der Vorsorgeeinrichtung per 1. Januar 2001 ein tatsächlicher Konsens (Hinweis auf BGE 128 III 70) dahingehend bestanden habe, dass die Bonuszahlungen nicht zu versichern seien.
Die Vorinstanz ging im angefochtenen Entscheid davon aus, die Boni würden zum versicherten Verdienst gehören, und hielt fest, es lägen keine Belege vor, dass die Beschwerdeführerin mit den Klägern eine davon abweichende Regelung getroffen hätten. Letztere tatsächliche Feststellung ist angesichts der in Beitragsstreitigkeiten geltenden eingeschränkten Kognition (E. 1 hievor) nicht offensichtlich unrichtig. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin lässt die jahrelange stillschweigende Duldung der Nichtversicherung der Boni auch unter Berücksichtigung des Fachwissens der Beklagten nicht ohne weiteres auf eine entsprechende Abrede schliessen. Jedenfalls hält die vorinstanzliche Feststellung, dass eine von den Vorsorgestatuten abweichende Regelung zwischen den Parteien nicht belegt sei, im Rahmen der eingeschränkten Überprüfungsbefugnis stand. Es kann daher offen bleiben, wie es sich mit einer allfälligen Zustimmung der Vorsorgeeinrichtung verhält (vgl. hiezu Urteil 9C_618/2007 vom 28. Januar 2008 E. 4.2.3)
2.2.3 Die Beschwerdeführerin bringt im Weiteren vor, die Beschwerdegegner hätten in den beiden Auflösungsvereinbarungen vom 21. August 2001 auf die Nachversicherung der während der Dauer der beiden Arbeitsverhältnisse ausgerichteten Boni und Erfolgsbeteiligungen verzichtet. In jenen Vereinbarungen sei einerseits festgehalten worden, dass bis zur Beendigung der Arbeitsverträge nur die "gewohnten Beiträge an die Sozialversicherung und die Pensionskasse" abgezogen werden und andererseits, dass sich die Freizügigkeitsleistung nach dem "massgebenden Reglement im Zeitpunkt des effektiven Vertragsablaufs" richte.
Ein solch geltend gemachter Verzicht in einem Vertrag mit dem Arbeitgeber müsste klar und unzweifelhaft sein (BGE 102 Ia 414 E. 3c S. 417; Urteile der I. Zivilabteilung des Bundesgerichts vom 1. September 2005 E. 2, 4C.230/2005, und vom 15. März 2005 E. 2.1, 4C.397/2004). Eine unzweideutige Verzichtserklärung liegt hier schon dem Wortsinne nach nicht vor, weil unter dem Titel "weitere Ansprüche" der beiden Auflösungsvereinbarungen nicht klargestellt wurde, dass darunter auch Beitragsforderungen der Pensionskasse gegenüber der Beschwerdeführerin und den Beschwerdegegnern fallen sollten. Es fehlt jeder Anhaltspunkt im Wortlaut der beiden Vereinbarungen für eine so weit gehende Tragweite der Verzichtserklärung auf "weitere Ansprüche".
2.3 Schliesslich hat das kantonale Gericht erwogen, das Verhalten der Beschwerdegegner sei nicht rechtsmissbräuchlich. In diesem Zusammenhang kann auf die entsprechenden Ausführungen verwiesen werden, zumal sich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den entsprechenden Erwägungen nicht auseinandersetzt.
2.4 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die an die Beschwerdegegner ausgerichteten Boni zum versicherten Verdienst nach Art. 3.4 der Statuten gehören.
3. 3.1 In formellrechtlicher Hinsicht macht die Beschwerdeführerin geltend, die von den Klägern erhobenen Klagen seien "unter Berücksichtigung der Erwägungen" des angefochtenen Urteils Feststellungsklagen, die nur subsidiär zulässig seien, falls eine Leistungs- oder Gestaltungsklage nicht möglich sei. Soweit es sich dem Wortlaut nach um Leistungsklagen handle, sei das Klagebegehren - mangels Angabe und Substantiierung von Zeitdauer und Höhe der nachzuzahlenden "Vorsorgeleistungen" - zu unbestimmt, sodass entgegen dem Wortlaut effektiv eine unzulässige Feststellungsklage vorliege, auf die nicht einzutreten sei.
3.2 Welche Klageart - Leistungs-, Gestaltungs- oder Feststellungsklage - vorliegt, wird durch den Streitgegenstand und dieser im (Klage-)Verfahren der ursprünglichen Verwaltungsrechtspflege, wie sie im Berufsvorsorgeprozess gemäss Art. 73 Abs. 1 BVG stattfindet, durch die vom Kläger behauptete und vom Beklagten bestrittene Rechtsfolge bestimmt (Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., Bern 1983, S. 44 Ziff. 4.2). Das Rechtsbegehren der Beschwerdegegner lautete wie folgt: "1. Es sei die Beklagte zu verpflichten, die an den Kläger und die Klägerin ausgerichteten Bonus-Zahlungen nachträglich vorsorgerechtlich zu versichern und die entsprechenden Beiträge an die Pensionskasse zu bezahlen." Die von den Klägern im vorliegenden Fall mit ihrem vorinstanzlichen Klagebegehren beanspruchte Rechtsfolge ist diejenige, dass die Beschwerdeführerin als ehemalige Arbeitgeberin die ihnen während ihres Arbeitsverhältnisses ausgerichteten Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen in die Berufsvorsorgeversicherung einzubeziehen und als Folge davon die darauf geschuldeten Beiträge an die Pensionskasse C._ zu bezahlen hat. Dabei handelt es sich entgegen der irrtümlichen Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin klarerweise um ein Leistungsbegehren. Es geht dabei um die quantitativ richtige Festsetzung des in der Vorsorgeversicherung versicherten Verdienstes und dessen Meldung an die Vorsorgeeinrichtung sowie die Bezahlung der darauf von der Arbeitgeberin gemäss Art. 66 Abs. 2 BVG geschuldeten Beiträge. Mit der blossen Feststellung des Bestandes oder Nichtbestandes eines (berufsvorsorgerechtlichen) Rechtsverhältnisses hat ein solches Klagebegehren nichts zu tun, sondern einzig mit dem vertragsgemässen Vollzug der Berufsvorsorgeversicherung durch die Beschwerdeführerin. Dass dabei die Beschwerdegegner in ihrem Rechtsbegehren die Beiträge nicht beziffert haben, schadet ihnen angesichts des in Art. 73 Abs. 2 BVG enthaltenen Grundsatzes der Einfachheit des Verfahrens nicht.
3.3 Die Vorinstanz hat in Dispositiv Ziff. 1 ihres Entscheides die Beschwerdeführerin verpflichtet, die den Beschwerdegegnern bis Ende 2000 ausgerichteten Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen der Vorsorgeeinrichtung als zu versichernden Verdienst zu melden. Damit hat sie lediglich über einen Teil des Rechtsbegehrens entschieden. Den Antrag, die Beschwerdeführerin sei zur Zahlung der auf den nachträglich einbezogenen Lohnbestandteilen geschuldeten Beiträge an die Pensionskasse zu verpflichten, hat sie nicht beurteilt. Zu Recht rügt daher die Beschwerdeführerin, eine Vollstreckung des vorinstanzlichen Entscheides sei gar nicht möglich und es müsste ein weiteres Verfahren angestrengt werden, in welchem je separat für beide Beschwerdegegner allfällige vorsorgerechtliche Beiträge zu ermitteln wären und dabei auch über die Einrede der Verjährung entschieden werden müsste. Aufgrund des in Art. 73 Abs. 2 BVG enthaltenen Untersuchungsgrundsatzes wäre das kantonale Gericht verpflichtet gewesen, den Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen und die Bonuszahlungen und die darauf geschuldeten paritätischen Beiträge in betraglicher Höhe zu ermitteln. Die Sache geht daher an die Vorinstanz zurück, damit diese die Höhe der noch einzubeziehenden Lohnbestandteile und die darauf geschuldeten Beiträge feststelle, die Einrede der Verjährung (dazu auch erwähntes Urteil 9C_618/2007 E. 1 zur Verjährung von Beiträgen sowie BGE 127 V 315 zur Verjährung des Anspruchs auf Freizügigkeitsleistungen) prüfe und hernach neu entscheide.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario). Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG) unter Wettschlagung der Parteikosten (Art. 159 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 135 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der angefochtene Entscheid vom 10. August 2006 aufgehoben und die Sache an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit dieses im Sinne der Erwägungen über die Klage vom 1. März 2005 neu entscheide. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3000.- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. März 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer