Faits:
A. A._ a été arrêté le 3 mai 2005 à Stuttgart en exécution d'un mandat d'arrêt international décerné contre lui par le Ministère public de la Confédération et extradé vers la Suisse le 28 juin 2005. Il a été remis en liberté le 4 janvier 2006 à la suite d'une ordonnance du Juge d'instruction fédéral du 8 décembre 2005, qui lui imposait entre autres conditions de ne pas quitter le territoire allemand avant l'issue de la procédure pénale ouverte contre lui et deux autres membres de sa famille des chefs d'infraction grave à la loi fédérale sur les stupéfiants, de participation à une organisation criminelle et de blanchiment d'argent.
Le 10 décembre 2007, A._ a requis la levée de la mesure d'interdiction de se rendre à l'étranger en invoquant notamment le fait que l'instruction préparatoire était terminée. Le Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a écarté cette demande le 17 janvier 2008. Il a ordonné le maintien des conditions auxquelles le prévenu avait été remis en liberté le 8 décembre 2005 lui faisant obligation de donner suite à toute convocation qui lui serait adressée à son domicile élu, de ne pas révoquer son élection de domicile sans en avoir préalablement choisi un autre, de ne pas s'entretenir avec des personnes liées à la présente procédure, de ne pas exercer de pression sur des témoins ou d'autres personnes et de ne pas établir de faux documents destinés à justifier faussement les revenus de sa famille. Il lui a en outre interdit formellement de quitter le territoire allemand jusqu'à la clôture de la procédure. Il l'a enfin astreint à faire parvenir son passeport, par la poste, au greffe du tribunal d'ici au 25 janvier 2008 et l'a informé que, faute d'obtempérer, le Tribunal pénal fédéral entreprendra les démarches internationales utiles à la procédure.
Contre cette décision, A._ a déposé une plainte auprès de la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (ci-après: la Cour des plaintes) et un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Ce dernier a déclaré le recours irrecevable au terme d'un arrêt rendu le 31 janvier 2008 (cause 1B_23/2008). La Cour des plaintes en a fait de même en ce qui concerne la plainte dont elle était saisie par arrêt du 20 février 2008.
B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer cet arrêt en ce sens que sa plainte auprès de la Cour des plaintes est admise, qu'il est autorisé à quitter le territoire allemand pour se rendre à l'étranger, en particulier au Kosovo, et qu'il n'est pas tenu de faire parvenir son passeport au greffe du Tribunal pénal fédéral, respectivement que son passeport lui est restitué. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la Cour des plaintes pour que celle-ci statue sans délai sur la plainte dont il l'avait saisi dans le sens des considérants. Il requiert l'assistance judiciaire.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Le Ministère public de la Confédération s'en remet à justice sur la recevabilité du recours, non sans relever qu'une voie de recours devrait être ouverte contre les décisions prises par le Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral. Il conclut au rejet du recours sur le fond.
C. Par ordonnance du 18 mars 2008, le Juge instructeur a rejeté la requête d'effet suspensif et de mesures provisionnelles présentée par le recourant.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué est une décision d'irrecevabilité rendue dans le cadre d'une procédure pénale ayant pour objet une mesure de contrainte au sens de l'art. 79 de la loi sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110; cf. ATF 130 I 234 consid. 2 p. 236). Il peut être contesté devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière pénale selon les art. 78 ss LTF. Le recourant a qualité pour agir au sens de l'art. 81 al. 1 let. a LTF. Les autres conditions de recevabilité du recours sont au surplus réunies.
2. La Cour des plaintes a déclaré irrecevable la plainte formée par A._ contre la décision du Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral refusant de lever la mesure d'interdiction de quitter le territoire allemand prise à son endroit et l'astreignant à déposer son passeport au greffe du tribunal. Elle a retenu que cette décision, qui n'avait été rendue ni par le Juge d'instruction fédéral ni par le Ministère public de la Confédération, ne faisait pas partie de celles qui, selon la lettre de la loi, peuvent faire l'objet d'un recours devant elle.
Le recourant prétend qu'il serait inconcevable dans un Etat de droit qu'une mesure de contrainte, fût-elle ordonnée par un juge, ne puisse faire l'objet d'aucun contrôle judiciaire, ce qui serait le cas en l'espèce puisqu'aussi bien la Cour des plaintes que le Tribunal fédéral se sont déclarés incompétents pour traiter des recours dont ils avaient été saisis. La privation de toute possibilité de faire examiner le bien-fondé d'une telle mesure serait contraire à l'ordre juridique suisse et aux art. 29 et 32 al. 3 Cst. Il s'agirait d'une lacune de la loi qu'il conviendrait de combler dans le sens de l'ouverture de la plainte auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral en vertu des art. 214 et suivants de la loi fédérale sur la procédure pénale (PPF; RS 312.0).
2.1 L'inculpé placé en détention préventive peut demander en tout temps d'être mis en liberté (art. 52 al. 1 PPF applicable par renvoi de l'art. 30 de la loi sur le Tribunal pénal fédéral [LTPF; RS 173.71]). Le traitement de cette requête relève de la compétence du Procureur général avant l'ouverture de l'instruction préparatoire (art. 45 ch. 1 PPF), du Juge d'instruction au cours de celle-ci, puis de la juridiction saisie ou de son président dans la suite de la procédure (art. 45 ch. 2 et 3 PPF). Le refus du Procureur général ou du Juge d'instruction peut être déféré à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (art. 52 al. 2 PPF).
2.2 Le texte de l'art. 52 PPF est clair. Seules les décisions négatives en matière de détention préventive rendues par le Juge d'instruction et le Procureur général peuvent faire l'objet d'une plainte auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral, à l'exclusion de celles prises par la juridiction de jugement saisie ou son président, une fois l'instruction préparatoire achevée. Par ailleurs, l'art. 28 al. 1 let. b LTPF n'ouvre la voie de la plainte contre les mesures de contrainte que dans la mesure où la loi sur la procédure pénale fédérale ou une autre loi fédérale le prévoit. L'arrêt attaqué est donc conforme à la lettre de la loi en tant qu'il dénie toute possibilité pour le prévenu renvoyé en jugement de recourir auprès du Tribunal pénal fédéral contre les décisions prises par le Président de la Cour des affaires pénales. La décision présidentielle du 17 janvier 2008 écartant la demande du recourant tendant à la levée de l'interdiction qui lui est faite de se rendre à l'étranger serait dès lors définitive si le recours en matière pénale au Tribunal fédéral était exclu comme l'a retenu la cour de céans dans l'arrêt 1B_23/2008.
2.3 Dans un arrêt rendu le 14 mai 2008, dans la cause 1B_95/2008, qui avait trait à un refus de mise en liberté provisoire prononcé par le Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral, le Tribunal fédéral a cependant jugé qu'un tel résultat était incompatible avec le standard de protection juridique requis d'un Etat de droit et avec la volonté du législateur manifestée à l'art. 79 LTF de soumettre au contrôle d'une instance judiciaire de recours les décisions portant sur des mesures de contrainte. Il a estimé que l'interprétation faite de la loi sur le Tribunal fédéral dans la cause 1B_23/2008 ne pouvait être maintenue et que les décisions préjudicielles et incidentes prises par le Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral devaient pouvoir désormais être déférées devant lui par la voie du recours unifié en matière pénale. Il en va ainsi de la décision du 17 janvier 2008 par laquelle ce magistrat a refusé de lever des mesures alternatives à la détention préventive et assorti la mise en liberté provisoire d'une mesure additionnelle sous la forme du dépôt du passeport au greffe du tribunal. Il convient dès lors d'entrer en matière sur le fond du recours.
3. Le recourant conteste la légalité de l'interdiction qui lui a été faite de quitter le territoire allemand jusqu'à la clôture de la procédure et l'obligation de déposer son passeport au greffe du Tribunal pénal fédéral. Il tient ces mesures de contrainte pour disproportionnées et arbitraires.
3.1 La loi fédérale sur la procédure pénale permet d'assortir la mise en liberté d'un inculpé détenu préventivement à la fourniture de sûretés (art. 53 PPF) et à l'engagement écrit d'obtempérer à tout mandat de comparution qui lui serait notifié au domicile élu (art. 50 PPF). Elle n'envisage en revanche pas expressément la saisie du passeport ou l'interdiction de quitter un territoire donné comme alternatives à la détention préventive. Le Tribunal fédéral a cependant admis que d'autres mesures de contrainte alternatives à la détention préventive puissent être ordonnées en l'absence d'une base légale expresse dès lors qu'elles emportent une atteinte moins grave à la liberté personnelle que la détention préventive (ATF 133 I 27 consid. 3.2 p. 30). Le recourant ne remet nullement en cause la jurisprudence à cet égard. L'illégalité des mesures prises à son encontre tiendrait, selon lui, au fait qu'elles porteraient une atteinte inadmissible à la souveraineté territoriale de l'Allemagne.
Il est admis qu'une autorité judiciaire confisque provisoirement le passeport d'un ressortissant étranger présent sur son territoire et lui interdise de quitter le pays pour assurer sa présence au procès (Sylva Fisnar, Ersatzanordnungen für Untersuchungshaft und Sicherheitshaft im zürcherischen Strafprozess, thèse Zurich 1997, § 7, p. 58; Friedrich Löhr, Passports, in Encyclopedia of Public International Law, vol. III, Amsterdam 1997, p. 906). La question est plus délicate lorsque ces mesures visent un ressortissant étranger qui se trouve à l'étranger. Le droit international s'impose à tous les organes étatiques (cf. art. 5 al. 4 et 190 Cst.; ATF 131 I 425 consid. 6.1 p. 434; Message du Conseil fédéral du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle constitution fédérale, FF 1997 I 136). Les Etats se doivent en particulier de respecter réciproquement leur souveraineté. Les actes de puissance publique accomplis par un Etat ou par ses agents sur le territoire d'un autre Etat sans le consentement de ce dernier sont inadmissibles (ATF 133 I 234 consid. 2.5.1 p. 239). Il n'est pas nécessaire que l'autorité ait agi sur sol étranger pour porter atteinte à la souveraineté de l'Etat étranger; il suffit que ses actes aient des effets sur le territoire de cet Etat (arrêt P.1201/1981 du 15 juillet 1982 consid. 3a publié in EuGRZ 1983 p. 435; cf. Marc Henzelin, Le principe de l'universalité en droit pénal international, thèse Genève 2000, n. 592, p. 190; Dave Siegrist, Hoheitsakte auf fremden Staatsgebiet, thèse Zurich 1987, p. 11).
En tant qu'elles déploient leurs effets sur le territoire d'un autre Etat, l'interdiction faite au recourant de quitter le sol allemand et l'obligation de déposer son passeport au greffe du Tribunal pénal fédéral sont de nature à porter atteinte à la souveraineté de l'Allemagne et au principe de non-ingérence qui en découle. S'il entend ordonner une mesure de contrainte contre un ressortissant étranger domicilié à l'étranger, le juge doit être autorisé à agir en vertu d'un traité international, d'un accord bilatéral ou du droit international coutumier, ou, à défaut, obtenir le consentement préalable de l'Etat concerné dans le respect des règles internationales régissant l'entraide judiciaire (cf. ATF 121 I 181 consid. 2b/cc p. 186; voir aussi l'avis de droit de la Direction du droit international public du 12 mars 1998 publié in JAAC 2001 II 71 ainsi que la note adressée par ce même service le 14 juillet 1994 au Département fédéral des affaires étrangères, publiée in JAAC 1995 IV 156 et RSDIE 1995 p. 626). Le Président de la Cour des affaires pénales n'indique pas sur quelles bases il fonde les mesures litigieuses. Il ne prétend en particulier pas que les accords liant la Suisse à l'Allemagne lui permettaient de les ordonner ou avoir obtenu l'accord exprès ou tacite des autorités allemandes pour ce faire. Il se borne à réserver la mise en oeuvre des démarches internationales utiles à la procédure en cas de non-respect des mesures prononcées en lieu et place de la détention préventive. Il est dès lors hautement douteux que l'interdiction faite au recourant de quitter le territoire allemand et l'obligation de déposer son passeport au greffe du Tribunal pénal fédéral, telles qu'elles ont été mises en oeuvre, soient conformes au droit. Il n'y a cependant pas lieu de trancher définitivement cette question car ces mesures ne sont de toute manière plus justifiées.
3.2 Les mesures alternatives à l'incarcération du prévenu sont soumises aux mêmes conditions de fond et de forme que la détention préventive et elles doivent cesser dès qu'elles ne se justifient plus. Elles supposent l'existence de présomptions graves de culpabilité à l'encontre de son destinataire (art. 44 PPF; cf. ATF 124 IV 313 consid. 4 p. 316) et la persistance d'un motif de détention, tel que le risque de fuite, le danger de collusion ou le risque de réitération (art. 44 ch. 1 et 2 PPF; ATF 133 I 27 consid. 3.3 p. 30); enfin, elles ne doivent pas aller au-delà de ce qui est nécessaire pour assurer le bon déroulement de l'instruction et la présence du prévenu aux débats (ATF 133 I 27 consid. 3.4 p. 31).
Le recourant ne conteste pas les obligations de donner suite à toute convocation qui lui serait adressée à son domicile élu, de ne pas révoquer son élection de domicile sans en avoir préalablement choisi un autre, de ne pas s'entretenir avec des personnes liées à la présente procédure, de ne pas exercer de pression sur des témoins ou d'autres personnes et de ne pas établir de faux documents destinés à justifier faussement les revenus de sa famille. Seules sont litigieuses l'obligation qui lui est faite de déposer son passeport au greffe du Tribunal pénal fédéral et l'interdiction de quitter le territoire allemand jusqu'au jugement. Selon le Président de la Cour des affaires pénales, ces mesures se justifieraient par les risques de fuite et de collusion, qui auraient tendance à augmenter au fur et à mesure que l'on s'approche de la date du procès, et par celui que le recourant tente de disposer au Kosovo de biens immobiliers sur lesquels il a des droits et dont le Ministère public de la Confédération requiert la confiscation.
L'instruction préparatoire est close. Le recourant a été renvoyé en jugement avec deux de ses fils et l'affaire est sur le point d'être jugée, l'ouverture des débats étant prévue pour le 18 août prochain. A ce stade de la procédure, seul un risque qualifié de collusion pourrait justifier les mesures litigieuses. Un tel risque doit s'apprécier en fonction notamment des accusations retenues par le Ministère public de la Confédération et des moyens de preuves dont l'administration est prévue devant l'autorité de jugement et qu'il conviendrait de ne pas altérer par la libération de l'accusé avant le procès (ATF 132 I 21 consid. 3.2.2 p. 24). Quant au risque de fuite, il doit s'analyser en fonction d'un ensemble de critères tels que la gravité de l'infraction, le caractère de l'intéressé, sa moralité, ses ressources, ses liens avec l'Etat qui le poursuit ainsi que ses contacts à l'étranger, qui font apparaître un tel danger non seulement possible, mais également probable (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62 et les arrêts cités). Il incombe à l'autorité d'établir un tel danger.
Les charges retenues contre A._ dans l'acte d'accusation ne se sont nullement aggravées par rapport à celles qui existaient le 8 décembre 2005, date à laquelle il a été libéré sous diverses conditions alors non contestées. Le recourant est renvoyé en jugement pour avoir soutenu l'organisation criminelle dirigée par ses fils X._ et Y._, son implication dans le trafic de stupéfiants mis en place par cette organisation et dans des actes de blanchiment d'argent issu de ce trafic n'ayant pu être établie selon le rapport de clôture de l'instruction préparatoire et l'acte d'accusation. Ainsi, de prime abord, et sous réserve d'un examen approfondi du dossier par l'autorité de jugement et des éléments qui ressortiront des débats, il s'exposerait en cas de condamnation à une peine moins lourde que celle de ses coaccusés.
Lorsque le Président a statué sur la requête du recourant tendant à la levée de l'interdiction de quitter le territoire allemand, les offres de preuve des parties n'étaient pas encore connues et l'on ignorait les actes d'instruction qui seraient ordonnés en vue des débats; il pouvait dès lors invoquer l'existence d'un risque de collusion et d'un danger de fuite pour s'opposer à la levée de cette mesure. Depuis lors - il y a lieu, vu notamment les circonstances procédurales particulières de cette cause, de tenir compte des éléments de faits survenus depuis la décision du 17 janvier 2008 -, les parties ont formulé leurs offres de preuve et le Président a statué à leur sujet au terme d'une décision prise le 16 avril 2008. Seuls cinq témoins ont été cités à comparaître. L'un d'eux est incarcéré en Italie. Un deuxième vit en Suisse et doit être interrogé sur la situation personnelle du recourant et d'un coaccusé. Un troisième est l'un des policiers ayant participé à l'enquête en Italie. Quant aux deux autres témoins cités à l'audience, on ignore s'ils résident au Kosovo. Peu importe car, dans l'affirmative, aucun élément au dossier ne permet de retenir que le recourant aurait exercé concrètement des pressions sur ces témoins ou qu'il serait en mesure de le faire s'il était autorisé à quitter le territoire allemand pour se rendre dans son pays d'origine. De plus, A._ s'est rendu à plusieurs reprises au Kosovo en 2006 et est chaque fois revenu en Allemagne. Il aurait alors eu tout le loisir de prendre les dispositions nécessaires pour influencer l'enquête ou pour vendre les biens immobiliers sur lesquels il aurait des droits voire même pour s'y installer. Ces biens ont au surplus fait l'objet d'une décision de saisie provisoire prise le 15 août 2007 par la Cour de district de Pristina de l'administration intérimaire du Kosovo, jusqu'à droit connu sur l'issue de la procédure pénale en Suisse, de sorte que l'on ne discerne pas le risque que pourrait constituer la venue du recourant au Kosovo par rapport à leur confiscation ultérieure éventuelle.
En outre, depuis que la décision attaquée a été prise, le Président a consenti à ce que le passeport du recourant lui soit renvoyé pour lui permettre de se rendre en Suisse aux fins d'y rencontrer son avocat et de préparer sa défense, à charge de le retourner au greffe du tribunal après l'entretien, depuis l'Allemagne. Enfin, en date du 23 avril 2008, le Président de la Cour des affaires pénales a autorisé A._ à se rendre au Kosovo pour assister aux obsèques de sa belle-soeur. Il lui a restitué à cet effet son passeport à charge de le renvoyer au greffe à son retour en Allemagne, mais au plus tard le 5 mai 2008. Il a donc estimé que les risques de fuite et de collusion n'étaient pas si importants qu'une exception à l'interdiction de quitter le territoire allemand pour se rendre au Kosovo se justifie. Rien n'indique que des mesures particulières de surveillance auraient été prises de manière à s'assurer que le recourant ne profite pas de cette occasion pour entraver le bon déroulement des débats ou l'issue de la procédure.
Cela étant, la saisie du passeport du recourant et l'interdiction qui lui a été faite de quitter le territoire allemand sont des mesures aujourd'hui disproportionnées qui doivent être levées.
4. Le recours doit par conséquent être admis sur le fond. La décision du Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral du 17 janvier 2008 est annulée en tant qu'elle interdit formellement à A._ de quitter le territoire allemand jusqu'à la clôture de la procédure pénale dirigée contre lui et en tant qu'elle lui ordonne de faire parvenir son passeport au greffe du Tribunal pénal fédéral.
Vu l'issue du recours, la demande d'assistance judiciaire devient sans objet. Il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF). Le Ministère public de la Confédération versera en revanche des dépens au recourant qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis au sens des considérants.
2. La décision du Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral du 17 janvier 2008 est annulée en tant qu'elle interdit formellement à A._ de quitter le territoire allemand jusqu'à la clôture de la procédure pénale dirigée contre lui (chiffre 2 du dispositif) et en tant qu'elle lui ordonne de faire parvenir son passeport, par la poste, au greffe du Tribunal pénal fédéral (chiffre 3 du dispositif). Elle est confirmée pour le surplus.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Une indemnité de 2'000 fr. à payer au recourant à titre de dépens est mise à la charge du Ministère public de la Confédération.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la Confédération et à la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 2 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Parmelin