Fatti:
A.
A.a. Il 16 luglio 2012 l'Ufficio fallimenti di Lugano ha depositato l'inventario e la graduatoria nel fallimento della società E._ (Switzerland) SA. Nell'inventario l'Ufficio fallimenti ha iscritto pro memoria un credito della fallita di fr. 4'150'000.-- nei confronti di A._, e ha pure inventariato valori di pertinenza della fallita presso la banca Y._, per complessivi fr. 4'905'077.78, sui quali la banca ha rivendicato un diritto di pegno costituito a garanzia di crediti concessi ad A._. Nella graduatoria l'Ufficio fallimenti ha iscritto in terza classe, tra l'altro, un credito di fr. 4'068'218.26 a favore di A._, uno di fr. 5'514'611.73 a favore di E._ Holding Limited e uno di fr. 5'864'519.48 a favore di G._ Limited.
Il 12 aprile 2013 la banca Y._ ha estinto i mutui concessi ad A._ di complessivi fr. 4'375'078.31 facendo capo al ricavo della realizzazione dei valori della fallita, surrogando la massa fallimentare della E._ (Switzerland) SA in liquidazione nei propri diritti creditori nei confronti di A._ e cedendo alla stessa le cartelle ipotecarie gravanti la PPP xxx RFD di X._ di proprietà di A._.
A.b. Il 15 aprile 2013 A._ ha dichiarato all'Ufficio fallimenti di compensare il credito della massa fallimentare nei suoi confronti (di fr. 4'375'078.31) con il suo credito personale nei confronti della fallita (di fr. 4'068'218.26) e chiesto la consegna delle cartelle ipotecarie.
Con provvedimento 7 maggio 2013 l'Ufficio fallimenti ha comunicato ad A._ di voler aspettare il passaggio in giudicato della graduatoria (e pertanto l'evasione di due azioni di contestazione inoltrate contro la stessa) prima di entrare nel merito di un'eventuale compensazione.
B.
Con sentenza 13 marzo 2014 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza, ha dichiarato irricevibile, per mancanza di legittimazione ricorsuale, il ricorso 21 maggio 2013 inoltrato da A._ avverso il predetto provvedimento.
C.
Con ricorso in materia civile 27 marzo 2014 A._ è insorto dinanzi al Tribunale federale chiedendo, previo conferimento dell'effetto sospensivo al suo gravame, di annullare la sentenza dell'autorità di vigilanza e di fare " ordine all'amministrazione del fallimento E._ (Switzerland) SA di adottare entro il termine di 30 giorni una decisione sull'esercizio del diritto di compensazione ".
Con decreto presidenziale 15 aprile 2014 l'istanza di concessione dell'effetto sospensivo al ricorso è stata respinta. Non sono state chieste determinazioni nel merito.
Diritto:
1.
Il ricorso in materia civile è stato interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 2 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima (unica) istanza (art. 75 LTF) in materia di esecuzione e fallimento (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF). Trattandosi di una decisione dell'autorità cantonale di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento, il valore di causa è privo di rilievo (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2). La legittimazione del ricorrente ad inoltrare il presente gravame è data: egli ha preso parte al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) e ha un interesse degno di protezione a che il Tribunale federale esamini la correttezza della decisione di irricevibilità pronunciata dall'autorità inferiore (art. 76 cpv. 1 lett. b LTF; v. DTF 135 II 145 consid. 3.1; sentenza 5A_43/2013 del 25 aprile 2013 consid. 1). Nell'ottica dei criteri menzionati il ricorso in materia civile appare pertanto ammissibile.
2.
2.1. L'autorità di vigilanza ha ritenuto che il qui ricorrente non fosse legittimato a ricorrere contro il provvedimento 7 maggio 2013 dell'Ufficio fallimenti avendo egli perso il diritto di disporre, senza autorizzazione dell'ufficiale esecutore, del suo credito di fr. 4'068'218.26 nei confronti della fallita, pignorato in data 28 marzo 2012 in un'esecuzione promossa contro di lui da un terzo creditore (art. 96 cpv. 1 LEF). L'autorità di vigilanza ha pertanto dichiarato il ricorso 21 maggio 2013 irricevibile.
2.2. A titolo abbondanziale essa ha rilevato che, a prescindere dalla sua irricevibilità, il ricorso era comunque infondato nel merito. Ha sottolineato (rinviando alle DTF 76 III 13 consid. 2; 83 III 67 consid. 1) che la compensazione di un credito della massa fallimentare è possibile unicamente con un credito contro la massa, in particolare con la pretesa del creditore volta al versamento del dividendo, e ha pertanto concluso che la questione della compensazione ipotizzata dal ricorrente andrebbe rinviata non solo fino al passaggio in giudicato della graduatoria, come deciso dall'Ufficio fallimenti, ma addirittura fino a quando lo stato di ripartizione diverrà definitivo.
3.
3.1. Per quanto attiene alla sua legittimazione a ricorrere contro il provvedimento 7 maggio 2013 dell'Ufficio fallimenti, il ricorrente sostiene di avere un "interesse quantomeno fattuale" a voler "definire i rapporti patrimoniali legati all'oggetto pignorato" prima che esso venga realizzato al pubblico incanto, nonché di avere "ogni interesse a ottenere che la procedura di fallimento che lo coinvolge si svolga correttamente e nel rispetto delle norme legali".
3.2. Il ricorrente contesta inoltre che il suo ricorso 21 maggio 2013 sia infondato nel merito, riproponendo quasi alla lettera le argomentazioni già sviluppate in tale gravame.
4.
4.1. L'art. 96 cpv. 1 LEF prevede che è fatto divieto al debitore, sotto minaccia di pena (art. 169 CP), di disporre, senza autorizzazione dell'ufficiale, degli oggetti pignorati. La dottrina precisa che al debitore è fatto divieto di disporre del bene pignorato sia giuridicamente (ad esempio alienandolo o gravandolo di un diritto reale limitato) sia materialmente (ad esempio consumandolo o incassando i crediti contro terzi) senza autorizzazione dell'ufficiale esecutore (Benedict Foëx, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. I, 2a ed. 2010, n. 9 e 10 ad art. 96 LEF; Nicolas de Gottrau, in Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, n. 4 e 6 ad art. 96 LEF; Pierre-Robert Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2000, n. 11 ad art. 96 LEF). Lo spossessamento conseguente al pignoramento non implica però alcun trasferimento della titolarità dei diritti patrimoniali pignorati (sentenze 5C.36/2006 del 1° giugno 2006 consid. 3.4.1, in ZBGR 89/2008 pag. 51; 5P.233/2001 del 10 dicembre 2001 consid. 3a; Pierre-Robert Gilliéron, op. cit., n. 12 ad art. 96 LEF).
In concreto, come visto, l'autorità di vigilanza ha considerato che il ricorrente non fosse legittimato a ricorrere contro l'operato dell'Ufficio fallimenti poiché aveva perso il diritto di disporre "in modo autonomo" del suo credito nei confronti della fallita, pignorato in data 28 marzo 2012. In altre parole, l'autorità inferiore ha ritenuto che il ricorso contro il provvedimento dell'Ufficio fallimenti costituisse un atto di disposizione dell'oggetto pignorato ai sensi dell'art. 96 cpv. 1 LEF che non poteva essere intrapreso senza autorizzazione dell'ufficiale esecutore.
Tale posizione è condivisibile, considerato che con il ricorso 21 maggio 2013 il ricorrente mirava ad ottenere l'immediata compensazione del credito della massa fallimentare nei suoi confronti con il credito pignorato, ciò che porterebbe all'estinzione di quest'ultimo, come del resto ammesso dallo stesso ricorrente (v. sentenza 5P.233/2001 del 10 dicembre 2001 consid. 3b). La questione a sapere se il ricorso contro il provvedimento dell'Ufficio fallimenti costituisse un atto di disposizione del credito pignorato ai sensi dell'art. 96 cpv. 1 LEF può tuttavia essere lasciata irrisolta.
Nel suo gravame al Tribunale federale il ricorrente si limita infatti a proporre confusi ragionamenti a sostegno del suo asserito interesse a ricorrere contro il predetto provvedimento "indipendentemente dal fatto che il suo credito è stato pignorato", ma omette di confrontarsi in qualsiasi modo con l'argomento - decisivo per il giudizio di irricevibilità qui impugnato - della mancanza di legittimazione ricorsuale per assenza di autorizzazione dell'ufficiale esecutore (v. sentenza 5P.233/2001 del 10 dicembre 2001 consid. 3b; v. anche sentenza 5A.21/2002 del 4 aprile 2003 consid. 1.4 e 3.2.2, quest'ultimo pubblicato in DTF 129 III 583). Insufficientemente motivata (v. art. 42 cpv. 2 LTF; DTF 134 II 244 consid. 2.1), la critica rivolta contro la decisione di irricevibilità pronunciata dall'autorità di vigilanza si rivela pertanto inammissibile.
4.2. In tali condizioni non occorre esaminare se - come sostenuto dal ricorrente - l'autorità di vigilanza avrebbe a torto ritenuto che il ricorso 21 maggio 2013 era in ogni modo infondato nel merito (v. DTF 139 II 233 consid. 3.2 in fine).
5.
Da quanto precede discende che il ricorso in materia civile va dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricor rente (art. 66 cpv. 1 LTF). Egli rifonderà inoltre adeguate ripetibili all'opponente E._ Holding Limited per le sue osservazioni 8 aprile 2014, mediante le quali si è opposta al conferimento dell'effetto sospensivo al gravame (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Il ricorrente verserà all'opponente E._ Holding Limited la somma di fr. 500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione alle parti, all'Ufficio fallimenti di Lugano e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.