Sachverhalt:
I._ (geboren 1953) bezog ab 1. Januar 2001 eine ganze Invalidenrente (Verfügung vom 7. November 2003). Im Rahmen eines im September 2006 eingeleiteten Revisionsverfahrens, in welchem u.a. ein polydisziplinäres Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 5. September 2007 eingeholt worden war, hob die IV-Stelle des Kantons Thurgau nach Ermittlung eines Invaliditätsgrades von rund 2 % mit Verfügung vom 24. September 2008 die ganze Invalidenrente per Ende Oktober 2008 auf.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau nach Einholen einer ergänzenden Auskunft beim medizinischen Begutachtungsinstitut X._ (Schreiben vom 19. März 2009) mit Entscheid vom 13. Mai 2009 ab.
I._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache an die IV-Stelle zwecks weiterer Abklärungen zurückzuweisen. Ferner stellt er das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung.
Mit Verfügung vom 27. August 2009 wies die II. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab, da der Beschwerdeführer über eine Rechtsschutzversicherung verfügt, welche ihm Kostengutsprache für das letztinstanzliche Verfahren gewährt hat.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 134 V 250 E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; 133 III 545 E. 2.2 S. 550; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung des medizinischen Dossiers, insbesondere gestützt auf das Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 5. September 2007, erwogen, dass der Beschwerdeführer grundsätzlich in einer angepassten Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig ist. Mit Bezug auf die Berechnung des konkreten Invaliditätsgrades könne auf die Verfügung der IV-Stelle vom 24. September 2008, worin ein Invaliditätsgrad von 2 % festgestellt worden sei, verwiesen werden. Ergänzend führte es aus, dass selbst bei Berücksichtigung eines Abzuges vom Tabellenlohn von 5-10 %, was aber gar nicht geltend gemacht werde, höchstens ein Invaliditätsgrad von 12 % erreicht werde.
2.2 Die tatsächlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts sind grundsätzlich nicht mangelhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG. Namentlich hat das kantonale Gericht eingehend begründet, weshalb es für die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit auf das Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 5. September 2007 abgestellt hat. Diese Schlussfolgerung ist nach der Aktenlage nicht offensichtlich unrichtig. Wie das kantonale Gericht zutreffend festgestellt hat, entspricht das Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 5. September 2007 den Anforderungen der Rechtsprechung an den Beweiswert eines Gutachtens (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis). Daran ändert die in der Beschwerde vorgetragene Kritik am Gutachten nichts. Als unvollständig erweist sich die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung hinsichtlich der für eine Revision der Invalidenrente erforderlichen Veränderung des Gesundheitszustandes (vgl. Art. 17 Abs. 1 ATSG). Das kantonale Gericht hat u.a. zu dieser Frage eine ergänzende Auskunft bei den Gutachtern eingeholt. Im Schreiben vom 19. März 2009 führt das medizinische Begutachtungsinstitut X._ aus, Dr. med. S._ (Gutachten vom 13. Februar 2003) habe im Jahre 2003 eine mittelgradige bis schwere depressive Episode festgestellt, welche nun nicht mehr festzustellen sei, sodass sich offensichtlich eine Verbesserung des Zustandes abgespielt habe. Seit der Beurteilung durch Dr. med. S._ stellte sich offensichtlich, wenn die damaligen Diagnosen zu übernehmen sind, eine Verbesserung ein, da damals eine erhebliche Depression festgestellt worden sei, die nun nicht mehr nachweisbar sei. Daraus ist mit der IV-Stelle, welche in ihrer rentenaufhebenden Verfügung vom 24. September 2008 eine Verbesserung des Gesundheitszustandes angenommen hat, zu schliessen, dass seit der ursprünglichen Rentenzusprechung eine rentenrelevante Veränderung der gesundheitlichen Situation eingetreten ist und auch in diesem Punkt die Revisionsvoraussetzungen des Art. 17 Abs. 1 ATSG erfüllt sind. Schliesslich ist die von den Vorinstanzen durchgeführte Invaliditätsbemessung durch Einkommensvergleich nicht angefochten. Es besteht kein Anlass zu einer näheren Prüfung (BGE 125 V 413 E. 1b und 2c S. 415 ff.; BGE 110 V 48 E. 4a S. 53).
3. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG), nachdem ihm mit Verfügung vom 27. August 2009 die unentgeltliche Rechtspflege verweigert worden ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Ostschweizerischen Ausgleichskasse für Handel und Industrie und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. November 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer