Faits:
A. Y._ a formé deux requêtes de séquestre contre A._, les 17 mars 2011 et 21 avril 2011, et une contre B._, le 13 avril 2011. Il a indiqué comme cause de sa créance "Billet à ordre du 16.11.08 et accord de garantie du billet à ordre du 16.11.08".
Par ce billet à ordre et cet accord de garantie, la société C._ (Arabie Saoudite), a accepté de verser, sans condition, et sur sa demande, un montant de 1'423'400'000 USD à Y._. Ces documents portent, au nom de la société, la signature de D._, ainsi qu'un tampon "E._". L'authenticité de la signature et du tampon est litigieuse.
A._ et B._ sont associées de la société C._. Les deux instances cantonales ont considéré comme vraisemblable, sans que la question ne soit encore discutée dans la procédure fédérale, que, selon le droit saoudien, ces associées sont solidairement responsables des dettes de la société.
B. B.a Par ordonnances des 18 mars 2011, 15 avril 2011 et 21 avril 2011, la juge suppléante III du district de Sierre a prononcé, à concurrence du montant de 1'309'528'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 15 juillet 2009, le séquestre, dans la première, de quatre parts de copropriété par étages, sises à F._, et des biens s'y trouvant, contre A._ (séquestre n°aaa), dans la deuxième, de trois parts de copropriété par étages, sises à F._, des biens s'y trouvant et des avoirs auprès de la banque G._ SA, de siège social à H._ et succursale à I._, contre B._ (séquestre n°bbb) et, dans la troisième, des avoirs auprès de la banque J._ SA, succursale de K._ et son agence à L._, contre A._ (séquestre n°ccc).
B.b Par trois décisions séparées, du 14 juillet 2011, cette magistrate a rejeté les requêtes des deux séquestrées tendant à l'administration d'une expertise privée visant à établir la falsification du billet à ordre et de l'accord de garantie, ainsi que les oppositions aux séquestres.
B.c Statuant sur recours des séquestrées dans trois arrêts séparés, du 16 avril 2012 et dont la motivation juridique est identique, l'Autorité de recours en matière de séquestre du Tribunal cantonal valaisan a rejeté les requêtes tendant à l'administration de l'expertise privée précitée, ainsi que les recours.
C. Contre ces trois arrêts, les séquestrées interjettent le 15 mai 2012 trois recours en matière civile séparés mais comportant les mêmes critiques et conclusions (sauf en ce qui concerne les objets séquestrés et la décision entreprise). Elles concluent, principalement, à leur réforme en ce sens que les requêtes de séquestre soient refusées, et, subsidiairement, au renvoi des causes au Tribunal cantonal pour nouvelle décision et instruction, en ce sens que les recourantes sont autorisées à faire procéder à une expertise du billet à ordre et de l'accord de garantie du billet à ordre du 16 novembre 2008. En substance, elles invoquent la violation de leur droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) et du principe de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.), ainsi que l'arbitraire dans l'application de l'art. 272 al. 1 LP et l'appréciation des preuves.
Des observations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. 1.1 Les trois recours sont dirigés contre des décisions formellement distinctes mais qui concernent le même complexe de faits, opposent les deux associées d'une même société, recherchées personnellement, à la même partie intimée et soulèvent les mêmes questions juridiques. Il se justifie dès lors de les joindre, pour des motifs d'économie de procédure, et de statuer à leur sujet dans un seul arrêt (art. 24 PCF applicable par analogie vu le renvoi de l'art. 71 LTF; ATF 131 V 59 consid. 1; 124 III 382 consid. 1a; 123 II 16 consid. 1).
1.2 Les recours ont été interjetés en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) à l'encontre de décisions finales (art. 90 LTF) rendues en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF) par un tribunal cantonal supérieur de dernière instance statuant sur recours (art. 75 al. 1 LTF). La valeur litigieuse atteint au moins 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Les recourantes, qui ont été déboutées de leurs conclusions par l'autorité précédente, ont, comme séquestrées, qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
2. L'arrêt sur opposition au séquestre rendu par l'autorité judiciaire supérieure (art. 278 al. 3 LP) porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (ATF 135 III 232 consid. 1.2; arrêt 5A_697/2010 du 11 novembre 2010 consid. 1.2); le recourant ne peut donc se plaindre que d'une violation de ses droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine un tel grief que s'il a été invoqué et motivé (art. 106 al. 2 LTF), à savoir expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (principe d'allégation; ATF 134 II 349 consid. 3 et les références). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 III 589 consid. 2).
3. Sont invoqués la violation des art. 29 al. 2 Cst. et 8 Cst., les recourantes s'étant vu refuser le droit de faire procéder à une expertise privée du billet à ordre et de l'accord de garantie (cf. infra consid. 4), ainsi que l'arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., dans l'application de l'art. 272 al. 1 LP et dans l'appréciation des preuves de la vraisemblance de la créance à l'origine des séquestres (cf. infra consid. 5 et 6).
4. Les recourantes reprochent à l'autorité cantonale d'avoir violé leur droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) en tant qu'elle leur a refusé la possibilité de faire procéder à une expertise privée, dans un délai de cinq jours, de l'authenticité du billet à ordre et de l'accord de garantie. Elles estiment que ce refus contrevient également au principe de l'égalité, consacré à l'art. 8 Cst., étant donné que l'autorité cantonale a en revanche administré ce même moyen que l'intimé a produit.
4.1 Le droit d'être entendu est un grief de nature formelle (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa), dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa). Il convient par conséquent d'examiner ce grief avant tout autre (ATF 135 I 279 consid. 2.6.1; 124 I 49 consid. 1) et avec une cognition libre (ATF 121 I 54 consid. 2a et les références).
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., en particulier, le droit pour le justiciable de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision (ATF 132 V 368 consid. 3.1 et les références), ce qui implique l'obligation, pour l'autorité, de donner suite aux offres de preuves présentées en temps utile et dans les formes requises, à moins que celles-ci ne soient manifestement inaptes à apporter la preuve ou qu'il s'agisse de prouver un fait sans pertinence (ATF 131 I 153 consid. 3; 124 I 241 consid. 2; 121 I 306 consid. 1b).
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., en particulier, le droit pour le justiciable de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision (ATF 132 V 368 consid. 3.1 et les références), ce qui implique l'obligation, pour l'autorité, de donner suite aux offres de preuves présentées en temps utile et dans les formes requises, à moins que celles-ci ne soient manifestement inaptes à apporter la preuve ou qu'il s'agisse de prouver un fait sans pertinence (ATF 131 I 153 consid. 3; 124 I 241 consid. 2; 121 I 306 consid. 1b).
4.2 4.2.1 L'autorité cantonale a, comme le premier juge, refusé aux recourantes le droit de faire procéder à une expertise privée de l'authenticité du billet à ordre et de l'accord de garantie, et ce, même si l'expert auquel les recourantes alléguaient pouvoir s'adresser s'était engagé à réaliser cette expertise dans un délai de cinq jours. A l'appui de son refus, elle a relevé que, si l'administration de ce moyen de preuve n'aurait certes pas retardé la procédure, cette expertise n'aurait pas permis de déterminer avec certitude la falsification des documents, étant donné qu'une telle expertise n'était qu'un simple allégué de partie et n'avait donc pas la même valeur probante qu'une expertise judiciaire. Au surplus, figurait déjà au dossier une expertise privée produite par l'intimé, qui constatait l'authenticité de la signature.
4.2.2 Les recourantes soutiennent qu'en refusant la production de leur propre expertise privée, l'autorité cantonale a procédé à une appréciation anticipée arbitraire d'un moyen de preuve, étant donné qu'elle s'est fondée sur le résultat de l'expertise privée d'une des parties pour refuser à l'autre de présenter le même moyen de preuve sur le même fait, de sorte que ce refus viole leur droit d'être entendu.
4.3 Saisi d'un recours pour violation des droits constitutionnels, le Tribunal fédéral peut procéder à une substitution de motifs pour autant que la nouvelle motivation, conforme à la Constitution, n'ait pas expressément été écartée par l'autorité cantonale (ATF 128 III 4 consid. 4c/aa; arrêt 5A_652/2009 du 18 janvier 2010 consid. 1.4).
Dès lors que l'opposition au séquestre est soumise à la procédure sommaire en vertu de l'art. 251 let. a CPC, il convient d'examiner quels sont les moyens de preuve que les parties peuvent faire administrer dans cette procédure.
4.3.1 Aux termes de l'art. 254 CPC, la preuve est rapportée par titres (al. 1). D'autres moyens de preuve sont admissibles dans les cas suivants (al. 2): leur administration ne retarde pas sensiblement la procédure (let. a), le but de la procédure l'exige (let. b), le tribunal établit les faits d'office (let. c).
Le moyen de preuve prévu par l'art. 254 al. 1 CPC est la production d'un titre, par quoi il faut entendre, selon l'art. 177 CPC, tout document propre à prouver des faits pertinents. En procédure sommaire, on exige en principe cette production de la part des parties, car celle-ci a, par nature, un caractère immédiatement disponible.
En ce qui concerne les moyens de preuve autres que la production de titres, il y a lieu d'examiner si, en vertu de l'art. 254 al. 2 CPC, ceux-ci peuvent être exceptionnellement admis dans la procédure d'opposition au séquestre. En effet, l'art. 254 CPC est une disposition générale sur les moyens de preuve, qui s'applique à des procédures sommaires de types différents - les cas prévus par la loi, les cas clairs, la mise à ban, les mesures provisionnelles et la juridiction gracieuse (art. 248 CPC). La nature de chacune de celles-ci doit être prise en considération lorsqu'il s'agit de déterminer quels autres moyens de preuve sont admissibles.
4.3.2 Selon la jurisprudence, dans les causes soumises à la procédure sommaire au sens propre, à savoir lorsque les faits doivent être rendus simplement vraisemblables, que le juge examine sommairement le bien-fondé juridique de la prétention et qu'il rend une décision provisoire, ne réglant donc pas définitivement la situation juridique des parties et ne revêtant l'autorité de la chose jugée, les moyens de preuve peuvent être limités à ceux qui sont immédiatement disponibles (ATF 127 III 474 consid. 2b/bb; 117 II 554 consid. 2d). Cette limitation est admissible puisque les moyens de preuve qui ne le sont pas pourront tous être administrés ultérieurement dans le procès ordinaire, qui tranchera définitivement la cause après un examen complet en fait et en droit (FABIENNE HOHL, Procédure civile, tome II, 2ème éd., 2010, n°1566 et 1568).
La procédure d'opposition au séquestre (art. 278 LP) est une procédure sommaire au sens propre; elle présente les trois caractéristiques précitées (simple vraisemblance des faits, examen sommaire du droit et décision provisoire; ATF 138 III 232 consid. 4.1.1; arrêts 5A_317/2009 du 20 août 2009 consid. 3.2; 5A_364/2008 du 12 août 2008 consid. 5.2). Elle a en outre un objet et un but particulier: le séquestre, auquel le débiteur s'oppose, est une mesure conservatoire, soit la mise sous main de justice de biens du débiteur, qui permet de garantir une créance pendant la durée de la procédure de validation du séquestre (art. 279 LP; ATF 116 III 111 consid. 3a; 107 III 33 consid. 2). En tant que procédure spécifique de la LP, la procédure d'opposition au séquestre est aussi une procédure sur pièces (Aktenprozess; procedura in base agli atti; art. 256 al. 1 CPC; dans ce sens, cf. arrêt 5A_836/2010 du 2 février 2011 consid. 4.1.1; en matière de mainlevée provisoire de l'opposition, cf. arrêts 5D_147/2011 du 10 novembre 2011 consid. 3; 5A_83/2011 du 2 septembre 2011 consid. 6.1). C'est au cours de l'action civile en reconnaissance de dette (en validation du séquestre) qui suivra, soumise à une procédure avec un examen complet en fait et en droit, que les parties pourront faire valoir tous leurs moyens de preuve.
En conséquence, seule la production de titres, au sens de l'art. 254 al. 1 CPC, doit être admise dans la procédure d'opposition au séquestre.
4.4 En l'espèce, les séquestrées étaient dans l'incapacité de produire immédiatement un titre, au sens de l'art. 254 al. 1 CPC; elles se sont contentées, lors de l'audience du 4 juillet 2011, de formuler une requête tendant à pouvoir produire une expertise privée à réaliser dans les cinq jours. Le grief des recourantes, qui reprochent à la cour cantonale d'avoir refusé d'administrer ce moyen de preuve, doit donc être rejeté, par substitution des motifs qui précèdent.
Dans la mesure où la requête tendant à l'administration d'une expertise encore à réaliser n'est pas admissible en vertu de l'art. 254 al. 1 CPC, il ne saurait y avoir violation du principe de l'égalité de traitement garantie par l'art. 8 Cst. Par ailleurs, faute de grief, le Tribunal fédéral n'a pas à examiner si les recourantes ont été privées de la possibilité de produire en temps utile une expertise privée en raison du fait que les documents litigieux n'ont été présentés en originaux que 30 minutes avant le début de l'audience (cf. supra consid. 2; art. 106 al. 2 LTF).
5. Alors que l'autorité cantonale a considéré qu'elle devait statuer sur la base de la simple vraisemblance de la créance à l'origine du séquestre, les recourantes se plaignent d'interprétation arbitraire de l'art. 272 al. 1 LP. Elles soutiennent que la vraisemblance de la créance exigée par l'art. 272 al. 1 LP est "plus proche de la certitude que la simple possibilité"; il est nécessaire d'apprécier sévèrement cette notion, et la simple possibilité des faits à l'origine du séquestre n'est pas suffisante pour obtenir un séquestre.
5.1 Selon l'art. 272 al. 1 ch. 1 LP, le séquestre est autorisé lorsque le requérant rend vraisemblable que sa créance existe. Ainsi, les faits à l'origine du séquestre doivent être vraisemblables. Tel est le cas lorsque, se fondant sur des éléments objectifs, le juge acquiert l'impression que les faits pertinents se sont produits, mais sans qu'il doive exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (ATF 132 III 715 consid. 3.1; 130 III 321 consid. 3.3; arrêts 5A_877/2011 du 5 mars 2012 consid. 2.1; 5A_870/2010 du 15 mars 2011 consid. 3.2). Ensuite, le juge procède à un examen sommaire du bien-fondé juridique de la créance, c'est-à-dire un examen qui n'est ni définitif, ni complet, au terme duquel il rend une décision provisoire (ATF 138 III 232 consid. 4.1.1 et les références).
La question de savoir si l'autorité cantonale est partie d'une juste conception du degré de la preuve exigé par le droit fédéral, soit en l'occurrence la simple vraisemblance, relève du droit. En revanche, celle de savoir si le degré de vraisemblance requis par le droit fédéral est atteint dans le cas particulier ressortit à l'appréciation des preuves. Le recourant qui entend attaquer la décision cantonale sur ce dernier point doit ainsi présenter une motivation démontrant l'arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., et satisfaisant aux exigences du principe d'allégation (cf. supra consid. 2; ATF 130 III 321 consid. 5 et les références; arrêt 5A_118/2012 du 20 avril 2012 consid. 3.2).
5.2 En l'espèce, l'autorité cantonale est partie d'une juste conception du degré de preuve puisqu'elle a exigé la simple vraisemblance.
5.3 Il reste donc à examiner si l'appréciation des preuves à laquelle l'autorité cantonale a procédé sur la base de la simple vraisemblance est arbitraire, les recourantes estimant que leurs objections auraient dû conduire l'autorité cantonale à retenir que la signature sur les documents litigieux est fausse.
5.3.1 Dans le domaine de l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral reconnaît une ample latitude aux autorités cantonales (ATF 120 Ia 31 consid. 4b). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables; encore faut-il que la décision attaquée en soit viciée dans son résultat (ATF 129 I 8 consid. 2.1; 127 I 38 consid. 2a; arrêt 5A_877/2011 du 5 mars 2012 consid. 2.1).
5.3.2 L'autorité cantonale a considéré que le billet à ordre et l'accord de garantie étaient vraisemblablement authentiques en se basant sur l'expertise privée produite par le séquestrant. Elle a considéré que les objections soulevées par les séquestrées ne suffisaient pas à susciter un doute tel que celui-ci dût conduire à remettre en question les conclusions de cette expertise. S'agissant de l'objection selon laquelle il ressortait des déclarations écrites d'un employé de C._ que le tampon non numéroté, censé valider la signature sur les documents litigieux, ne correspondait pas à ceux qui étaient utilisés à l'époque de la signature de ces documents, puisqu'à partir de 2007, ces tampons étaient numérotés de 1 à 10, la cour a considéré que ces seules déclarations, émanant de plus du propre employé de C._, ne suffisaient pas à remettre en cause les conclusions de l'expertise, ce d'autant plus que, compte tenu de la taille de la société, il était vraisemblable que des tampons non numérotés avaient encore été utilisés après 2007. S'agissant de l'objection selon laquelle les documents litigieux étaient similaires aux pièces déposées dans une procédure aux Iles Caïmans, opposant C._ à une société de l'intimé, la cour a considéré que, s'il était certes singulier que C._ signât à quelques jours d'intervalle deux billets à ordre d'un même montant en faveur de deux entités différentes, cela ne permettait pas encore de conclure que les documents litigieux étaient des faux. Enfin, s'agissant de l'objection selon laquelle il ressortait des déclarations écrites du directeur de la société ayant mené des investigations au sein d'une division de C._ contrôlée par l'intimé, que les pièces litigieuses ne figuraient pas dans la comptabilité de C._, la cour a considéré qu'en réalité, le directeur ne mentionnait pas l'absence de l'indication du billet à ordre dans la comptabilité mais soulignait seulement l'existence de détournement de fonds; ces déclarations devaient dans tous les cas être prises en compte avec réserve puisqu'elles émanaient d'un organe de la société mandatée très vraisemblablement par C._ elle-même pour analyser la comptabilité d'une de ses divisions. L'autorité cantonale a donc retenu que les recourantes n'étaient pas parvenues à rendre la falsification des documents plus vraisemblable que l'authenticité de ceux-ci.
5.4 Les recourantes se contentent de relever, tout d'abord, que les déclarations sur le type de tampons utilisés par C._ après 2007 émanent de la seule personne habilitée à faire de telles constatations, c'est-à-dire du responsable de l'emploi des tampons de C._. Elles expliquent, ensuite, que les documents litigieux sont similaires aux pièces déposées par l'intimé dans une autre procédure contre C._ aux Iles Caïmans ce qui rendrait vraisemblable que les documents litigieux sont faux. Enfin, elles remarquent que la société chargée de mener des investigations au sein d'une division de C._ est "mondialement connue". Ces trois premières objections sont purement appellatoires, partant irrecevables (cf. supra consid. 2).
En tant que, recopiant des extraits des déclarations écrites du directeur de la société d'audit, les recourantes reprochent à l'autorité cantonale de s'être trompée "en retenant que l'auditeur ne s'est pas prononcé sur la comptabilité en question", elles se méprennent sur les constatations de l'arrêt attaqué, dont il ressort seulement que le directeur "ne mentionne pas l'absence d'indication du billet à ordre dans la comptabilité de C._ mais souligne l'existence de détournements de fonds (...)". D'ailleurs, à lire les déclarations que les recourantes rapportent, si le directeur de la société affirme bien avoir mené "une investigation et analyse approfondies des livres et comptes de C._", il mentionne seulement, s'agissant précisément du billet à ordre litigieux, que l'intimé "n'a jamais fait référence au prétendu billet à ordre dont il est question dans la présente procédure". On ne voit donc pas, au vu de ces déclarations, en quoi les constatations de l'autorité cantonale seraient arbitraires.
Enfin, en tant que les recourantes soutiennent qu'il est arbitraire d'admettre la vraisemblance de l'authenticité sur la base d'une expertise privée et, tout en rejetant leurs objections, de ne pas leur permettre d'apporter une expertise privée pour contrer l'authenticité et rendre vraisemblable la falsification des documents litigieux, elles reformulent, mais sous l'angle de l'établissement arbitraire des faits, leurs premiers griefs relatifs à la violation des art. 29 al. 1 et 8 Cst., dont le sort a déjà été scellé ci-dessus (cf. supra consid. 4).
Partant, le grief d'appréciation arbitraire des preuves portant sur la vraisemblance de la créance doit être rejeté, pour autant que recevable.
6. En conséquence, les causes 5A_365/2012, 5A_366/2012 et 5A_367/2012 sont jointes (cf. supra consid. 1.1). Les recours doivent être rejetés, dans la mesure où ils sont recevables, chacun aux frais de leur auteur, de sorte qu'ils doivent être mis à raison de 2/3 à charge de A._ et d'1/3 à charge de B._ (art. 66 al. 1 LTF).
Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 5A_365/2012, 5A_366/2012 et 5A_367/2012 sont jointes.
2. Les recours sont rejetés, dans la mesure où ils sont recevables.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 21'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, à raison de 2/3 pour A._ et d'1/3 pour B._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Autorité de recours en matière de séquestre.
Lausanne, le 17 août 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Achtari