Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Der Präsident des Bezirksgerichts Zurzach schrieb ein Verfahren mit Verfügung vom 1. Dezember 2008 infolge Rückzugs einer Einsprache als erledigt von der Kontrolle ab. Im angefochtenen Entscheid wurde eine Berufung des Beschwerdeführers gegen die Verfügung des Präsidenten abgewiesen, weil der Rückzug der Einsprache durch den Beschwerdeführer frei von Willensmängeln rechtmässig erfolgt sei, weshalb er darauf nicht mehr zurückkommen könne (angefochtener Entscheid S. 5 E. 1.3.2.). Was der Beschwerdeführer vor Bundesgericht dagegen vorbringt, erschöpft sich in unzulässiger appellatorischer Kritik, ohne dass sich daraus ergäbe, dass und inwieweit die Vorinstanz das schweizerische Recht im Sinne von Art. 95 BGG verletzt bzw. gegen die Grundrechte des Beschwerdeführers verstossen haben könnte. Das rechtliche Gehör z.B. hat mit der Frage, ob die kantonalen Richter auf den Rückzug des Beschwerdeführers abstellen durften, nichts zu tun. Die Beschwerde erfüllt die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn