Faits:
A. C._, né en 1941, est affilié à KPT/CPT caisse-maladie SA (ci-après : la caisse) pour l'assurance obligatoire des soins en cas de maladie, risque d'accidents inclus, ainsi que pour l'assurance des soins complémentaires (Soin plus). En février 2009, il a subi une prostatectomie radicale et souffre depuis lors de troubles érectiles sévères. Par courrier du 24 mars 2009, le docteur R._, spécialiste en urologie et médecin-traitant de l'intéressé, a demandé à la caisse la prise en charge d'un médicament destiné à traiter les troubles de l'érection, le médicament X._®. Dans un courrier du 19 octobre 2009, l'assuré a précisé que le traitement au médicament Y._® qu'il suivait actuellement, entraînait des douleurs importantes, ce médicament étant administré par injection dans le corps caverneux du pénis. Par décision du 4 novembre 2009, confirmée sur opposition le 5 janvier 2010, la caisse a refusé la prise en charge sollicitée, au motif que le médicament ne figurait pas sur la liste des spécialités.
B. L'assuré a déféré la décision sur opposition au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève (aujourd'hui : Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève). Par jugement du 7 octobre 2010, le Tribunal a admis le recours, annulé la décision entreprise et mis à la charge de la caisse le médicament X._® à concurrence de quatre comprimés par mois.
C. La caisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut à la confirmation de sa décision sur opposition du 5 janvier 2010.
L'intimé conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Il demande au Tribunal fédéral d'enjoindre l'Office fédéral de la santé publique (ci-après : OFSP) d'introduire le médicament X._® dans la liste des spécialités. L'OFSP conclut à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué.
Considérant en droit:
1. 1.1 Invitée par le Tribunal fédéral à remédier au défaut de signature de son écriture du 8 novembre 2010 (art. 42 al. 5 LTF), la recourante s'est exécutée en faisant parvenir dans le délai imparti un second mémoire signé par deux personnes autorisées. Le recours est par conséquent recevable.
1.2 Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération.
2. Le litige porte sur la prise en charge par la recourante, au titre de l'assurance obligatoire des soins, du médicament X._® destiné à soigner les troubles de l'érection dont souffre l'intimé.
3. 3.1 Selon l'art. 25 LAMal, l'assurance obligatoire des soins prend en charge les coûts des prestations qui servent à diagnostiquer ou à traiter une maladie et ses séquelles (al. 1). Ces prestations comprennent notamment les analyses, médicaments, moyens et appareils diagnostiques ou thérapeutiques prescrits par un médecin ou, dans les limites fixées par le Conseil fédéral, par un chiropraticien (al. 2 let. b). Conformément à l'art. 34 al. 1 LAMal, les assureurs ne peuvent pas prendre en charge, au titre de l'assurance obligatoire des soins, d'autres coûts que ceux des prestations prévues aux art. 25 à 33.
3.2 Les prestations mentionnées à l'art. 25 LAMal doivent être efficaces, appropriées et économiques; l'efficacité doit être démontrée selon des méthodes scientifiques (art. 32 al. 1 LAMal). Une prestation est efficace lorsqu'on peut objectivement en attendre le résultat thérapeutique visé par le traitement de la maladie, à savoir la suppression la plus complète possible de l'atteinte à la santé somatique ou psychique (ATF 128 V 159 consid. 5c/aa; arrêt K 151/99 du 7 juillet 2000 consid. 2b, in RAMA 2000 n° KV 132 p. 279). La question de son caractère approprié s'apprécie en fonction du bénéfice diagnostique ou thérapeutique de l'application dans le cas particulier, en tenant compte des risques qui y sont liés au regard du but thérapeutique (ATF 127 V 138 consid. 5). Le caractère approprié relève en principe de critères médicaux et se confond avec la question de l'indication médicale: lorsque l'indication médicale est clairement établie, le caractère approprié de la prestation l'est également (ATF 125 V 95 consid. 4a; arrêt K 151/99 du 7 juillet 2000 consid. 2c, in RAMA 2000 n° KV 132 p. 279). Le critère de l'économicité concerne le rapport entre les coûts et le bénéfice de la mesure, lorsque dans le cas concret différentes formes et/ou méthodes de traitement efficaces et appropriées entrent en ligne de compte pour combattre une maladie (ATF 127 V 138 consid. 5; arrêt K 156/01 du 30 octobre 2003 consid. 3.1.2, in RAMA 2004 n° KV 272 p. 109).
3.3 Pour garantir que les prestations prises en charge par l'assurance-maladie obligatoire remplissent les exigences de l'efficacité, de l'adéquation et du caractère économique, l'art. 33 LAMal prévoit un système pour désigner les prestations susceptibles d'être prises en charge. Ce système distingue selon le type de fournisseurs de prestations et/ou selon la nature de la prestation dispensée et est concrétisé par l'art. 33 OAMal (ATF 129 V 167 consid. 3.2 p. 170). En ce qui concerne les prestations énumérées à l'art. 25 al. 2 let. b LAMal (analyses, médicaments, moyens et appareils diagnostiques), le législateur a prévu un système dit de liste positive, qui est à la fois exhaustif et contraignant, à la différence du catalogue de certaines prestations fournies par les médecins de l'Annexe 1 à l'OPAS (cf. ATF 130 V 532 consid. 3.4; 129 V 167 consid. 3.4 p. 172).
3.4 Conformément à l'art. 52 al. 1 let. b LAMal (en corrélation avec les art. 34 et 37e OAMal), l'office, après avoir consulté la Commission fédérale des médicaments et conformément aux principes des art. 32 al. 1 et 43 al. 6 LAMal, établit une liste, avec des prix, des préparations pharmaceutiques et des médicaments confectionnés (liste des spécialités); celle-ci doit également comprendre les génériques meilleur marché qui sont interchangeables avec les préparations originales. Aux termes de l'art. 73 OAMal, l'admission dans une liste peut être assortie d'une limitation; celle-ci peut notamment se rapporter à la quantité ou aux indications médicales. De telles limitations constituent des instruments de contrôle de l'économicité et non pas une forme de rationalisation des prestations (arrêt K 43/99 du 22 décembre 2000 consid. 2d, in RAMA 2001 n° KV 158 p. 155; GEBHARD EUGSTER, Krankenversicherung, in Soziale Sicherheit, SBVR, 1998, p. 101 n. 436). Elles ont également pour but d'exclure ou de limiter la possibilité d'utiliser de manière abusive des médicaments de la liste des spécialités (ATF 129 V 32 consid. 5.2 in fine; arrêt K 156/01 du 30 octobre 2003 consid. 3.3.1, in RAMA 2004 n° KV 272 p. 109; cf. aussi ATF 128 V 159 consid. 5c/bb/bbb).
3.5 Ayant pour but de fixer précisément le catalogue légal des prestations, le principe de la liste découle d'un système voulu par le législateur, selon l'art. 34 LAMal, comme complet et contraignant dès lors qu'il s'agit d'une assurance obligatoire financée en principe par des primes égales (art. 76 LAMal). La prise en charge par l'assurance-maladie obligatoire d'un produit thérapeutique suppose en principe que celui-ci figure dans la liste des spécialités. En d'autres termes, le système légal exclut la prise en charge par l'assurance obligatoire des soins d'un médicament qui n'est pas mentionné dans la liste des spécialités. En particulier, même si un médicament qui ne figure pas sur la liste des spécialités (ou la liste des médicaments avec tarif) est prescrit par un médecin et est efficace, approprié et économique (au sens de l'art. 32 al. 1 LAMal), il n'a pas à être pris en charge par l'assurance obligatoire des soins (cf. ATF 134 V 83 consid. 4.1 p. 86 et les arrêts cités; GEBHARD EUGSTER, Krankenversicherung, in Soziale Sicherheit, SBVR vol. XIV, 2e éd. 2007, p. 513 n° 347).
4. 4.1 La juridiction cantonale a considéré que le médicament X._® était un générique du médicament Z._®, médicament traitant également les dysfonctionnements érectiles et dont l'admission dans la liste des spécialités avait fait l'objet d'un arrêt du Tribunal fédéral (ATF 129 V 32). Estimant qu'elle n'était pas tenue par les considérants de cet arrêt, la juridiction de première instance a examiné librement si le médicament X._® remplissait les critères d'efficacité, d'adéquation et d'économicité prévus à l'art. 32 al. 1 LAMal, condition indispensable à son inscription sur la liste des spécialités. Constatant que tel était le cas en l'espèce, elle s'est écartée de la liste des spécialités et a reconnu que la recourante devait prendre à sa charge le médicament X._® à raison de quatre comprimés par mois.
4.2 La recourante reproche à la juridiction cantonale d'avoir abusé de son pouvoir d'appréciation en s'écartant de la liste des spécialités. Selon elle, le fait de contrôler de cas en cas la présomption légale de l'art. 32 al. 1 LAMal et d'admettre en conséquence la prise en charge d'un médicament qui ne figure pas sur la liste des spécialités, comme l'ont fait les premiers juges, porte atteinte à la sécurité du droit et au principe de l'égalité de traitement entre les assurés. Si l'OFSP avait décidé de ne pas introduire le médicament Z._® ou d'autres médicaments traitant les troubles de l'érection dans la liste des spécialités, c'était en toute connaissance de cause et l'on ne pouvait y voir aucune lacune susceptible d'être comblée par un tribunal. Elle soutient encore que le médicament X._® ne constitue pas un générique du médicament Z._®, les principes actifs et les dosages de ces deux médicaments étant différents (le principe actif du médicament Z._ est le S._, disponible en comprimé de 25, 50 ou 100 mg, tandis que le médicament X._® est composé de T._ et distribué en comprimé de 2.5, 5, 10 ou 20 mg).
5. 5.1 Le médicament en cause, le médicament X._®, prescrit à l'intimé par son médecin traitant, ne figure pas dans la liste des spécialités. En conséquence, compte tenu du caractère positif et exhaustif de la liste des spécialités (cf. supra consid. 3), ce médicament n'a en principe pas à être mis à la charge de l'assurance-maladie obligatoire.
5.2 Les premiers juges se sont référés à l'ATF 129 V 32, dans lequel le Tribunal fédéral avait été amené à se prononcer sur la question de l'admission du médicament Z._® dans la liste des spécialités dans le cadre d'une procédure portant sur son admission dans la liste en question. Le Tribunal fédéral avait reconnu que les risques d'abus liés à l'utilisation de ce médicament n'existaient pas compte tenu des limitations posées à son remboursement par l'assurance-maladie obligatoire. Il n'avait néanmoins pas pu se déterminer définitivement sur son admission dans la liste des spécialités, le caractère économique du médicament litigieux n'ayant pas encore été examiné par l'OFAS. Cet office était également invité à définir dans quelle mesure un dysfonctionnement érectile pouvait avoir valeur de maladie, en discutant l'influence de l'âge sur une telle atteinte et au regard de la délimitation qu'il convenait d'opérer entre un médicament au sens médical du terme (Heilmittel) et un médicament relevant du style de vie (Life-Style-Medikament), auquel il peut être recouru sans nécessité médicale. A la suite de cet arrêt, le médicament Z._® n'a pas été introduit dans la liste des spécialités. Dès lors, la question de savoir si le médicament X._® constituait un générique du médicament Z._® au sens de l'art. 64a al. 2 OAMal, ce dont on peut douter compte tenu de leur substance active et de leur dosage différents, n'a pas besoin d'être tranchée.
5.3 Contrairement à ce qu'ont retenu les premiers juges, qui ont encore examiné si le médicament X._® remplissait les exigences d'efficacité, d'adéquation et du caractère économique de l'art. 32 al. 1 LAMal, il n'y a pas lieu en l'espèce d'appliquer la présomption légale posée par cette disposition. En effet, dès lors que le médicament X._® ne figure pas sur la liste des spécialités, la recourante était en droit d'opposer un refus à l'assuré pour ce seul motif. Admettre le contraire reviendrait à contourner le système de la liste exhaustive et contraignante tel que prévu par le législateur. Il est vrai qu'un certain nombre de médicaments hors liste sont susceptibles de traiter de manière tout aussi efficace, appropriée et économique, les mêmes affections qu'un médicament enregistré. Les procédures d'admission peuvent également s'avérer relativement longues et néanmoins s'achever par une décision négative, ce qui peut paraître insatisfaisant lorsque le motif de refus repose sur un critère de nature exclusivement économique. Ce nonobstant, de tels inconvénients sont une conséquence inhérente au système légal (arrêts K 83/03 du 10 octobre 2003 consid. 4 et K 63/02 du 1er septembre 2003 consid. 3.2).
5.4 Cela étant, il convient encore d'examiner si l'on ne se trouvait pas dans une situation exceptionnelle permettant de mettre à la charge de la recourante le médicament litigieux nonobstant sa non-inscription dans la liste des spécialités. Le Tribunal fédéral a notamment reconnu que dans certaines situations il apparaissait nécessaire de prescrire un médicament ne figurant pas dans la liste des spécialités ou y figurant pour une indication autre que celles pour lesquelles il avait été autorisé, lorsqu'une maladie entraînant une menace pour la vie du patient ou une atteinte à sa santé grave et chronique ne pourrait pas être traitée autrement de manière efficace, par manque d'alternatives thérapeutiques (ATF 136 V 395 consid. 5.2 ; 131 V 349 consid. 2.3 et 4 ; 130 V 532 consid. 6.1 ; voir aussi les art. 71a et 71b OAMal entrés en vigueur le 1er mars 2011, donc non applicables en l'espèce). On constate qu'on ne se trouve pas dans un tel cas de figure. La vie de l'intimé n'est en effet pas menacée et ce dernier ne prétend pas être gravement atteint dans sa santé. Par ailleurs, il existe une alternative thérapeutique avec le traitement au médicament Y._®, qui est pris en charge par l'assurance obligatoire des soins.
5.5 Dans ces circonstances, dès lors qu'il n'existait aucun élément permettant de s'écarter de la liste des spécialités, le remboursement du médicament X._® ne devait pas être mis à la charge de la recourante.
6. En conséquence de ce qui précède, le recours est bien fondé, ce qui conduit à l'annulation du jugement entrepris.
7. Vu l'issue du litige, l'intimé qui succombe doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué d'indemnité de dépens à la recourante (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 7 octobre 2010 est annulé.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 31 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
La Greffière: Reichen