Erwägungen:
1. Der Regierungsrat des Kantons Aargau wies mit Entscheid vom 30. November 2011 die Einwendung gegen das kantonale Strassenbauprojekt Zofingen/Mühlethal ab, soweit er darauf eintrat und genehmigte gleichentags das Strassenbauprojekt. Gegen die beiden Regierungsratsentscheide erhob X._ am 20. Januar 2012 Verwaltungsgerichtsbeschwerde. In seiner Beschwerdevernehmlassung vom 14. März 2012 stellte der Regierungsrat den Antrag, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu entziehen. Der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau hiess mit Verfügung vom 11. April 2012 das Gesuch gut und entzog der Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Das Verwaltungsgericht führte zusammenfassend aus, dass mit dem Entzug der aufschiebenden Wirkung bzw. einem vorläufigen Baubeginn seine Entscheidungsfreiheit nicht negativ präjudiziert werde. Der Kanton Aargau werde der guten Ordnung halber darauf hingewiesen, dass später allenfalls erforderlich werdende Projektanpassungen vorbehalten bleiben. Das Risiko dafür und für allfällige weitere negative Auswirkungen aufgrund des Entzugs der aufschiebenden Wirkung trage der Kanton Aargau.
2. X._ führt mit Eingabe vom 10. Mai 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die Verfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über den Entzug der aufschiebenden Wirkung in einem kantonalen Beschwerdeverfahren betreffend ein Strassenbauprojekt. Bei der angefochtenen Verfügung handelt es sich nicht um einen verfahrensabschliessenden Endentscheid (vgl. Art. 90 BGG), sondern um einen Zwischenentscheid. Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen (vgl. Art. 92 BGG), ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder - was hier von vornherein ausser Betracht fällt - die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
3.1 Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG wird gesprochen, wenn dieser auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (BGE 135 I 261 E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). Kein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist anzunehmen, wenn es einer Partei bloss darum geht, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu verhindern (BGE 135 II 30 E. 1.3.4 S. 36).
3.2 Es obliegt dem Beschwerdeführer, detailliert darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist, was vorliegend nicht der Fall ist (vgl. dazu BGE 134 III 426 E. 1.2 in fine S. 429; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2). Der Beschwerdeführer legt nicht konkret dar, inwiefern er durch die angefochtene Verfügung einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil erleiden könnte, zumal der Kanton Aargau in der angefochtenen Verfügung darauf hingewiesen wurde, dass später allenfalls erforderlich werdende Projektanpassungen vorbehalten bleiben. Der Beschwerdeführer kommt somit seiner Begründungsobliegenheit im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG offensichtlich nicht nach. Bereits aus diesem Grund kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
4. Bei der angefochtenen Verfügung handelt es sich um einen Entscheid über eine vorsorgliche Massnahme. Mit Beschwerde gegen solche Entscheide kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 98 BGG). Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit der Begründung der angefochtenen Verfügung nicht rechtsgenüglich auseinander. Aus seinen Ausführungen ergibt sich nicht, inwiefern der Entzug der aufschiebenden Wirkung verfassungsmässige Rechte verletzen sollte. Die Beschwerde genügt daher auch insoweit den gesetzlichen Formerfordernissen nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Regierungsrat des Kantons Aargau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli