Sachverhalt:
A. Am 20. Januar 2009 erhob X._ beim Bezirksamt Bremgarten Strafanzeige gegen A._, B._ und C._ wegen Amtsmissbrauch, Urkundenfälschung, Urkundenunterdrückung und Betrug. Mit Verfügung vom 7. April 2011 stellte die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau die eröffnete Strafuntersuchung ein. Eine von der Anzeigerin gegen die Einstellungsverfügung erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, mit Entscheid vom 23. Januar 2012 ab, soweit es sie nicht zufolge Gegenstandslosigkeit abschrieb.
B. Gegen den Beschwerdeentscheid des Obergerichtes gelangte X._ mit Beschwerde vom 14. März 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides.
B._ beantragt die kostenfällige Abweisung der Beschwerde. C._, die Staatsanwaltschaft und das Obergericht haben auf Vernehmlassungen je verzichtet. Von A._ ist innert angesetzter Frist keine Stellungnahme eingegangen. Die Beschwerdeführerin replizierte am 16. Mai 2012.
Erwägungen:
1. 1.1 Für den angefochtenen Rechtsmittelentscheid vom 23. Januar 2012 gelten die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 81 BGG in der Fassung gemäss Anhang Ziff. II/5 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010, in Kraft seit dem 1. Januar 2011 (Art. 132 Abs. 1 BGG; vgl. BGE 137 IV 219 E. 2.1 S. 222 mit Hinweisen).
1.2 Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG setzt eine Beschwerdeberechtigung der Privatklägerschaft voraus, dass der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes muss der Privatstrafkläger zwar seine Zivilansprüche im Untersuchungsverfahren noch nicht (adhäsionsweise) geltend gemacht haben, damit er zur Beschwerde gegen Einstellungen befugt ist. Er hat jedoch darzulegen, welche Zivilansprüche er gegen beschuldigte Personen stellen möchte, sofern dies - etwa aufgrund der Natur der untersuchten Straftat - nicht ohne Weiteres aus den Akten ersichtlich ist (BGE 137 IV 219 E. 2.4 S. 222 f.; 246 E. 1.3.1 S. 247 f.; je mit Hinweisen).
1.3 Im angefochtenen Entscheid wird festgestellt, dass sich die Beschwerdeführerin in ihrer Strafanzeige vom 20. Januar 2009 als Zivilklägerin konstituiert habe. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, kann offen bleiben, ob sie ihre zivilrechtlichen Ansprüche ausreichend substanziiert hat.
1.4 Die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 78 ff. BGG geben zu keinen weiteren Vorbemerkungen Anlass.
1.5 Die angefochtene Einstellungsverfügung datiert vom 7. April 2011, weshalb materiellrechtlich die Eidgenössische StPO anwendbar ist (Art. 454 Abs. 1 StPO; vgl. BGE 137 IV 219 E. 1.1 S. 221).
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des bundesrechtlichen Grundsatzes "in dubio pro duriore", der Untersuchungsmaxime, des rechtlichen Gehörs und des Willkürverbotes. Es könne keine Rede davon sein, dass es mit grösster Wahrscheinlichkeit nicht zu einer strafrechtlichen Verurteilung der beschuldigten Personen kommen würde.
2.1 Der Grundsatz "in dubio pro duriore" fliesst aus dem Legalitätsprinzip (Art. 5 Abs. 1 BV und Art. 2 Abs. 1 StPO i.V.m. Art. 319 Abs. 1 und Art. 324 Abs. 1 StPO; BGE 138 IV 86 E. 4.2 S. 91; zur amtlichen Publikation bestimmtes Urteil 1B_78/2012 vom 3. Juli 2012 E. 4.1; je mit Hinweisen). Er bedeutet, dass eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft grundsätzlich nur bei klarer Straflosigkeit bzw. offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden darf. Bei der Beurteilung dieser Frage verfügen die Staatsanwaltschaft und die Vorinstanz über einen gewissen Spielraum, den das Bundesgericht mit Zurückhaltung überprüft. Hingegen ist (sofern die Erledigung mit einem Strafbefehl nicht in Frage kommt) Anklage zu erheben, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch (BGE 138 IV 86 E. 4.1.1 S. 90 f.; 137 IV 219 E. 7.1-7.2 S. 226 f.; zur amtl. Publikation bestimmtes Urteil 1B_78/2012 E. 4.1). Falls sich die Wahrscheinlichkeiten eines Freispruches oder einer Verurteilung in etwa die Waage halten, drängt sich in der Regel, insbesondere bei schweren Delikten, ebenfalls eine Anklageerhebung auf (BGE 138 IV 86 E. 4.1.2 S. 91; zur amtl. Publikation bestimmtes Urteil 1B_78/2012 vom 3. Juli 2012 E. 4.1).
2.2 Die Vorinstanz zieht Folgendes in Erwägung:
2.2.1 Der Strafanzeige liege folgender Sachverhalt zugrunde: Im Jahre 2002 hätten sich die Beschwerdeführerin und der private Beschwerdegegner 3 als Parteien eines Rechtsöffnungsverfahrens gegenüber gestanden. Dieser sei vom Beschwerdegegner 2 anwaltlich vertreten worden. Mit Urteil vom 16. Dezember 2002 habe das Gerichtspräsidium Bremgarten der Beschwerdeführerin die Rechtsöffnung im Betrag von Fr. 20'000.-- nebst Zins bewilligt. Zuständige Rechtsöffnungsrichterin sei die Beschwerdegegnerin 1 gewesen. In den Untersuchungsakten befinde sich eine Kopie der Empfangsbestätigung, wonach das Dispositiv des Rechtsöffnungsurteils dem Beschwerdegegner 3 am 15. Januar 2003 zugestellt worden sei (mit Postaufgabe am Vortag). Mit Eingabe vom 24. Januar 2003 habe dieser bzw. der Beschwerdegegner 2 die Ausfertigung eines vollständig begründeten Urteils verlangt. Das motivierte Urteil sei ihm am 26. Februar 2003 zugestellt worden. Am 28. März 2003 habe der Beschwerdegegner 3 beim Bezirksgericht Bremgarten Aberkennungsklage erhoben, welche gutgeheissen worden sei. Eine von der Beschwerdeführerin gegen das Aberkennungsurteil erhobene Appellation habe das Obergericht des Kantons Aargau, 2. Zivilkammer, am 2. März 2006 abgewiesen. Dieser Sachverhalt sei im kantonalen Beschwerdeverfahren unbestritten geblieben (vgl. angefochtener Entscheid, E. 4.1 S. 6).
2.2.2 Das Obergericht setzt sich zunächst mit den Vorbringen der Beschwerdeführerin auseinander, wonach es bei der Zustellung des Rechtsöffnungsurteils vom 16. Dezember 2002 durch die Beschwerdegegnerin 1 an den Beschwerdegegner 3 zu Ungereimtheiten gekommen sei:
Die Beschwerdeführerin behaupte, dass die Beschwerdegegnerin 1 dem Beschwerdegegner 3 das Rechtsöffnungsurteil ein zweites Mal zugestellt habe, um eine verpasste Motivierungsfrist zu kaschieren bzw. in rechtswidriger Weise wiederherzustellen. In Wahrheit sei das Urteil bereits am 7. Januar 2003 versandt und dem Beschwerdegegner 3 am 13. Januar 2003 zugestellt worden. Das Motivierungsbegehren sei daher einen Tag zu spät erfolgt. In der Juris-Geschäftskontrolle sei beim entsprechenden Verfahrensschritt zu Recht das Datum "20. Dezember 2002" vermerkt, was dem Datum des Versands des Urteils an die Beschwerdeführerin entspreche. Die Information, wann das Urteil an den Beschwerdegegner 3 versandt wurde, sei wohl in einem Untermenu ersichtlich. Vermutlich habe das entsprechende Feld ursprünglich den 7. Januar 2003 als Versanddatum enthalten, sei dann aber (laut Beschwerdeführerin) nachträglich und unzulässigerweise von jemandem auf den 14. Januar 2003 geändert worden (vgl. angefochtener Entscheid, E. 4.2.1 S. 6).
Zu diesen Vorbringen erwägt das Obergericht Folgendes: Ob am 7. Januar 2003 vom Bezirksgericht Bremgarten tatsächlich eine eingeschriebene Sendung an den Beschwerdegegner 3 aufgegeben worden sei, könne nachträglich nicht mehr mit Sicherheit festgestellt werden. Obwohl die Post einzig über die Angaben der Absenderin verfüge, gehe sie dennoch davon aus, dass es sich beim Empfänger um den Beschwerdegegner 3 gehandelt habe. Dies sei lediglich eine nicht nachvollziehbare Vermutung. Aus den Untersuchungsakten ergäben sich auch keinerlei Hinweise darauf, dass diese Sendung, sollte sie denn überhaupt an den Beschwerdegegner 3 gerichtet gewesen sein, im Rahmen des fraglichen Rechtsöffnungsverfahrens erfolgt wäre. Selbst wenn dies zuträfe, könne gemäss den Untersuchungsergebnissen im heutigen Zeitpunkt technisch nicht mehr abgeklärt werden, ob ein ursprünglich im Informatiksystem bestehender Eintrag vom 7. Januar 2003 (als Versanddatum des Urteilsdispositives) nachträglich auf den 14. Januar 2003 abgeändert worden wäre. Es sei eher davon auszugehen, dass das fragliche Urteilsdispositiv erstmals und einzig am 14. Januar 2003 an den Beschwerdegegner 3 zugestellt wurde. Damit liessen sich die betreffenden Vorwürfe der Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich beweisen, weshalb es (im Falle einer Anklage) mit grösster Wahrscheinlichkeit zu keiner strafrechtlichen Verurteilung kommen würde (vgl. angefochtener Entscheid, E. 4.2.2 S. 7).
2.2.3 Zum Vorwurf der Beschwerdeführerin, der Empfangsschein des Urteilsversandes vom 14. Januar 2003 sei von einer der beschuldigten Personen auf strafbare Weise (durch handschriftliche Abänderung) manipuliert worden, erwägt die Vorinstanz, was folgt:
Die Beschwerdeführerin mache geltend, dass laut Aufgabeverzeichnis vom 14. Januar 2003 zwar tatsächlich ein Versand an den Beschwerdegegner 3 erfolgt sei; ob es sich dabei aber wirklich um das Rechtsöffnungsurteil gehandelt habe, sei damit nicht erstellt. Der Empfangsschein könne (nach Ansicht der Beschwerdeführerin) beliebig oft ausgedruckt werden, der Klebezettel mit dem Einschreibecode könne (ohne zu zerreissen und ohne Zerstörung der Klebeschicht) von einem Papier entfernt und auf ein anderes übertragen werden. Der Poststempel lasse sich reproduzieren, sei es durch nochmalige Stempelung (sofern Zugang zum Stempel der Post bestehe) oder durch Fotokopie. Der Aufgabestempel der Post Bremgarten sei sodann handschriftlich und nicht vorschriftsgemäss korrigiert worden.
Die Staatsanwaltschaft lege gestützt auf die Untersuchungsergebnisse dar, dass am 14. Januar 2003 eine Postsendung des Bezirksgerichtes Bremgarten an den Beschwerdegegner 3 erfolgt sei. Die betreffende Sendungsnummer füge sich lückenlos ein in die Serie der fortlaufend geführten Sendungsnummern im gerichtlichen Aufgabeverzeichnis vom 14. Januar 2003. Was die handschriftliche Korrektur betrifft, hätten mindestens zwanzig weitere Empfangsscheine von Sendungen des Bezirksgerichtes Bremgarten erhoben werden können, welche "in derselben Art falsch gestempelt und durch Mitarbeitende der Poststelle Bremgarten mit einer handschriftlichen Berichtigung des Stempeldatums versehen worden seien wie der fragliche Empfangsschein". Folglich sei davon auszugehen, dass es im betreffenden Zeitraum auf der Poststelle Bremgarten zu einer versehentlichen Falschstempelung einer grossen Anzahl von Sendungen gekommen sei. Gemäss den Angaben der Post und entgegen den Behauptungen der Beschwerdeführerin seien die handschriftlichen Datumskorrekturen "ordnungs- und gewohnheitsgemäss" vorgenommen worden.
Nach Ansicht der Vorinstanz trifft es zu, dass das Datum des Postaufgabestempels auf der fraglichen Empfangsbestätigung vom 14. Januar 2003 handschriftlich korrigiert wurde. Bei der Angabe des Jahres sei "02" durch "03" ersetzt worden. Diese Korrektur habe nach den Untersuchungsergebnissen ein Postangestellter vorschriftsgemäss angebracht, nachdem die falsche Datumseinstellung bemerkt worden sei. Für eine unzulässige handschriftliche Abänderung durch eine der beschuldigten Personen bestünden keinerlei Anzeichen. Auch deute nichts darauf hin, dass die Sendung vom 14. Januar 2003 an den Beschwerdegegner 3 nicht das Rechtsöffnungsverfahren betroffen hätte. Da sich der Versand lückenlos ins Aufgabeverzeichnis einfüge, könne die Klebeetikette mit dem Einschreibecode ebenso wenig von einer anderen Sendung stammen. Die wenig substantiierte These, wonach sich eine der beschuldigten Personen Zugang zum Stempel der Post verschafft haben könnte, mute abenteuerlich an. Eine Verurteilung wegen Urkundenfälschung könne mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen werden (vgl. angefochtener Entscheid, E. 4.3, S. 7-9).
2.2.4 Zum weiteren Vorwurf der Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin 1 habe sich der Unterdrückung von Urkunden strafbar gemacht, indem sie Verfahrensakten habe verschwinden lassen, erwägt die Vorinstanz Folgendes:
Die Staatsanwaltschaft weise darauf hin, dass die Akten des Rechtsöffnungs- und des Aberkennungsverfahrens beim Bezirksamt Bremgarten hätten erhoben werden können. Wo sich die Akten "im Zeitpunkt der Aktennotiz des Bezirksgerichts Bremgarten im April 2005 befunden hätten", sei nicht bekannt und habe nicht geklärt werden können. Aus der betreffenden Aktennotiz vom 7. April 2005 sei zu schliessen, dass Akten im Zusammenhang mit einem Rechtsschriftenwechsel vorübergehend nicht auffindbar gewesen seien. Ob sich diese Aktennotiz auf das fragliche Rechtsöffnungs- bzw. Aberkennungsverfahren bezogen habe, gehe aus ihr selbst zwar nicht hervor. Aufgrund eines Hinweises der Beschwerdegegnerin 1 im Protokoll der Aberkennungsverhandlung vom 2. Juni 2005 sei dies jedoch zu vermuten. Als Gerichtspräsidentin habe sie die Unauffindbarkeit von Akten als "Missgeschick" bezeichnet. Später seien die vermissten Unterlagen wieder aufgetaucht. Für das Vorliegen einer strafbaren Handlung bestünden auch in diesem Punkt keine Anzeichen (vgl. angefochtener Entscheid, E. 4.4, S. 9-10).
2.2.5 Schliesslich geht das Obergericht wie folgt auf den Vorwurf des Betrugs bzw. Amtsmissbrauchs ein:
"Die Vorbringen der Beschwerdeführerin erschöpfen sich im pauschalen Vorwurf, die beschuldigten Personen hätten sich des Betrugs und des Amtsmissbrauchs schuldig gemacht. Substantiierte und durch Beweise untermauerte Behauptungen sind weder der Strafanzeige noch der Beschwerde vom 26. April 2011 zu entnehmen. Sodann ergeben sich auch aus den Untersuchungsakten keine Anzeichen, wonach die beiden Tatbestände in objektiver oder subjektiver Hinsicht erfüllt sein könnten. Insbesondere ist nicht ersichtlich, inwiefern eine arglistige Täuschung oder ein Missbrauch der Amtsgewalt vorliegen sollen" (angefochtener Entscheid, E. 4.5.3 S. 11).
2.2.6 Zusammenfassend erwägt die Vorinstanz, dass sich für keinen der zur Anzeige gebrachten Straftatbestände ein Tatverdacht erhärtet habe, der eine Anklage rechtfertigen würde. Da das Obergericht wegen offensichtlicher Unbegründetheit der Beschwerde auf deren Zustellung an die Staatsanwaltschaft und die privaten Beschwerdegegner (sowie auf das Einholen von Stellungnahmen) verzichtet habe, sei der prozessuale Antrag der Beschwerdeführerin, den privaten Beschwerdegegnern sei keine Kenntnis vom Inhalt der Beschwerde vom 26. April 2011 zu geben, infolge Gegenstandslosigkeit abzuschreiben (vgl. angefochtener Entscheid, E. 4.6-5, S. 11).
2.3 Was die Beschwerdeführerin dagegen einwendet, lässt den angefochtenen Entscheid nicht als bundesrechtswidrig erscheinen:
2.3.1 Über weite Strecken wiederholt die Beschwerdeführerin wörtlich bzw. sinngemäss ihre Vorbringen bei der Vorinstanz. Soweit sie sich diesbezüglich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides nicht nachvollziehbar auseinandersetzt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (vgl. Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG).
2.3.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Obergericht habe ihre Beschwerde faktisch gutgeheissen, da es mit Beschluss vom 22. November 2011 weitere Akten (aus einem Inspektionsverfahren zur EDV-Geschäftskontrolle des Bezirksgerichtes Bremgarten) beigezogen habe. Diesem Standpunkt kann nicht gefolgt werden. Durch den Aktenbeizug hat die Vorinstanz (im kantonalen Beschwerdeverfahren gegen die Einstellungsverfügung) weder eine Ergänzung der Strafuntersuchung angeordnet, noch das entsprechende Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin geschützt. Die betreffende Willkürrüge ist offensichtlich unbegründet.
2.3.3 Weiter wird gerügt, das Obergericht habe das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt. Ihre Anträge auf "Überprüfung der Kugelschreibertinte" und Befragung einer für die gerichtliche Geschäfts- und Fristenkontrolle zuständigen Person würden im angefochtenen Entscheid nicht erwähnt. Zu Unrecht abgewiesen habe das Obergericht den Antrag auf "Prüfung des Klebezettels mit dem Einschreibecode".
Soweit sie überhaupt ausreichend substanziiert erscheint, erweist sich die Gehörsrüge als unbegründet. Dem angefochtenen Entscheid lassen sich die Gründe entnehmen, weshalb die Vorinstanz weitere Untersuchungshandlungen (für die Prüfung des Empfangsscheins des Urteilsversandes vom 14. Januar 2003) als unnötig einstufte (vgl. dazu oben, E. 2.2.3). Diesbezüglich hat das Obergericht eine willkürfreie antiziperte Beweiswürdigung vorgenommen und ist keine Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV ersichtlich.
2.3.4 Auch im Hauptstreitpunkt (Einstellung) lassen die Vorbringen der Beschwerdeschrift den angefochtenen Entscheid im Ergebnis nicht als bundesrechtswidrig erscheinen. Zu den vom Obergericht aufgeworfenen (und verneinten) Fragen der Tatbestandsmässigkeit äussert sich die Beschwerdeführerin nur kursorisch. Bei Würdigung sämtlicher Umstände erscheint im vorliegenden Fall die Möglichkeit einer strafrechtlichen Verurteilung der beanzeigten Personen (im Sinne der in E. 2.1 dargelegten Rechtsprechung) nicht deutlich wahrscheinlicher als ein Freispruch. Ebenso wenig sind willkürliche Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz oder eine Verletzung der Untersuchungsmaxime ersichtlich. Die Einstellung der Strafuntersuchung hält vor dem Bundesrecht stand.
2.3.5 Die übrigen Vorbringen der Beschwerdeschrift haben keine über das bereits Dargelegte hinausgehende selbstständige Bedeutung. Insbesondere musste sich die Vorinstanz von Verfassungs wegen (Art. 29 Abs. 2 BV) nicht mit sämtlichen Vorbringen der Beschwerdeführerin ausdrücklich und im Einzelnen befassen. Die Frage einer angeblichen Befangenheit der Staatsanwältin bildet nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheides.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der private Beschwerdegegner 2 hat sich am Verfahren vor Bundesgericht beteiligt und war anwaltlich verbeiständet. Es ist ihm dafür eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat dem privaten Beschwerdegegner 2 eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- (pauschal, inkl. MWST) zu entrichten.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, den privaten Beschwerdegegnern sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster