Sachverhalt:
A. Die Eheleute X._ (geb. 1946) und Y._ (geb. 1951) sind beide in R._ selbständig erwerbstätig. Der Ehemann betreibt dort die Firma "A._" und die Ehefrau das Naturheilstudio "B._". Die Eheleute X._-Y._ wohnen in einem gemieteten Einfamilienhaus, wo sich auch das Geschäft des Ehemannes befindet, während die Ehefrau ihre Praxis in unmittelbarer Nähe des Wohnorts betreibt.
B. Für die Steuerperiode 2001 wurden X._ und Y._ am 6. Juli 2006 bei der Kantons- und Gemeindesteuer auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 452'000.-- (Vermögen Fr. 659'000.-- gerundet) veranlagt. Die hiergegen erhobene Einsprache hiess die Steuerkommission am 30. November 2006 teilweise gut und setzte das steuerbare Einkommen auf Fr. 445'879.-- herab. Auch den dagegen erhobenen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht am 21. August 2008 teilweise gut und setzte das steuerbare Einkommen auf Fr. 436'500.-- herab. Eine Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies dieses am 8. April 2009 ab. Es anerkannte zwar von den Kosten für eine Reparatur von Lamellenstoren von Fr. 155.90 einen Anteil von 20 % (ausmachend Fr. 31.20) als geschäftsmässig begründet, allerdings vermochte dieser zusätzliche Abzug die Einkommensfaktoren im Dispositiv nicht zu ändern. Demgegenüber erachtete es weder eine Reduktion des Privatanteils an den Autokosten von 25 % auf 5 % noch eine Streichung des Privatanteils "Kommunikation" von 15 % als gerechtfertigt.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 8. April 2009 (versandt am 10. Juni 2009) führen X._ und Y._ mit Eingabe vom 8. Juli 2009 "Einsprache/Beschwerde" an das Bundesgericht mit dem sinngemässen Antrag, das vorinstanzliche Urteil sei aufzuheben und es sei nur ein Privatanteil von 5 % an den Autokosten aufzurechnen, es seien die ganzen Reparaturkosten für die Lamellenstoren anzuerkennen und von der Erfassung eines Privatanteils "Kommunikation" sei abzusehen. Sie machen eine "extrem willkürliche" Rechtsanwendung geltend.
D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichten auf eine Stellungnahme, weil sie sich dem angefochtenen Entscheid anschliessen können, während sich das Steueramt des Kantons Aargau überhaupt nicht vernehmen lässt.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von Art. 83 BGG ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. I lit. d BGG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.3 Es ist jedoch selbst bei der gegenüber Laienbeschwerden üblichen grosszügigen Betrachtungsweise fraglich, inwiefern die Beschwerdeschrift den gesetzlichen Begründungsanforderungen zu genügen vermag. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Von einer diesen Anforderungen (Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG) genügenden Begründung kann hier nur bei grösstem Wohlwollen ausgegangen werden, beschränkt sich doch die Beschwerdeschrift im Wesentlichen darauf, die schon vor den Vorinstanzen vorgebrachten Argumente - rein appellatorisch - zu wiederholen bzw. diesbezüglich auf frühere Eingaben zu verweisen. Inwiefern das angefochtene Urteil an einem offensichtlichen Mangel leiden soll (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen), ist - wenn überhaupt - nur marginal zu erkennen. Soweit eine genügende Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Von den steuerbaren Einkünften werden gemäss § 36 Abs. 1 des aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG/AG; SAR 651.100) bei selbstständiger Erwerbstätigkeit die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen. Diese Norm stimmt wörtlich mit Art. 10 Abs. 1 StHG (Einleitungssatz) überein. Als steuermindernde Tatsache tragen die steuerpflichtigen Personen hierfür die Beweislast (Urteil 2C_708/2007 vom 19. Mai 2008 E. 4.1 mit Hinweis, in: StR 63/2008 S. 890). Bei Aufwendungen, die teils geschäftlich, teils privat (Lebenshaltungskosten) veranlasst sind, ist eine Aufteilung in einen Gewinnungskosten- und einen Privatanteil vorzunehmen (Philip Funk, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. Muri-Bern 2009, Band 1, Rz. 7 zu § 36 StG/AG). Bestehen keine objektiven Aufteilungskriterien, ist der Privatanteil zu schätzen. Diese Schätzung stellt eine Ermessensbetätigung dar, welche das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft. Willkürlich ist ein Entscheid dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur dann vor, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (BGE 134 II 124 E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
2.2 Vorliegend sind die Privatanteile an den Auto- und Telekommunikationskosten, sowie die Qualifikation von Unterhaltskosten (Reparatur von Lamellenstoren), welche die Beschwerdeführer ohne Weiterbelastung an den Vermieter übernommen haben, umstritten.
2.2.1 Von den Autokosten (inkl. Abschreibung) von Fr. 20'752.70 deklarierten die Beschwerdeführer selbst einen Anteil von 5 % (Fr. 1'037.50) als privat veranlasst, wogegen die Vorinstanzen Fr. 4'000.-- aufrechneten und damit einen Privatanteil von rund 25 % zugrunde legten. Bei einer gesamten Fahrleistung von rund 10'000 km pro Jahr entspricht dies einer privaten Fahrleistung von rund 2'500 km. Das Merkblatt der Eidgenössischen Steuerverwaltung über die Bewertung der Naturalbezüge und der privaten Unkostenanteile von Geschäftsinhaberinnen und Geschäftsinhabern (Merkblatt N 1/2001 Naturalbezüge von Selbständigerwerbenden) geht demgegenüber - aufgrund von Erfahrungswerten - von einer privaten Fahrleistung von 5'000 - 12'000 km aus, woraus erhellt, dass die Steuerbehörden nur rund die Hälfte der minimalen privaten Fahrleistung gemäss Merkblatt herangezogen haben. Wieso diese Annahme "extrem willkürlich" sein soll, tun die Beschwerdeführer nicht schlüssig dar. Jedenfalls genügt dazu der Hinweis, aufgrund der grossen beruflichen Belastung sei gar keine Zeit für "ausgiebige private Fahrten" vorhanden gewesen, nicht. Ebenso wenig erscheint die Behauptung, der Beschwerdeführer habe sich an sämtlichen Arbeitstagen zu Kunden im Raum Zürich begeben müssen, oder für Privatfahrten werde das Auto der Ehefrau (mit Wechselnummer, allerdings gemäss eigener Aussage nur noch selten benützt) verwendet, als glaubwürdig. Von einem Ermessensmissbrauch kann keine Rede sein.
2.2.2 Analog verhält es sich bei den Kosten für die Telekommunikation. Während die Kosten der Festnetzanschlüsse nicht mehr umstritten sind, erachten die Vorinstanzen von den Handy- und Internetkosten einen Anteil von 15 % als privat veranlasst. Nachdem die Beschwerdeführer selbst durchblicken lassen, dass diese Medien auch "zwischendurch mal privat" genutzt werden, erscheint der angenommene Privatanteil, wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, als sehr niedrig, weshalb auch diesbezüglich keineswegs von einem Ermessensmissbrauch gesprochen werden kann.
2.2.3 Was schliesslich die Kosten für die Reparatur der Lamellenstoren anbetrifft, so begründen die Beschwerdeführer mit keinem Wort, weshalb diese geschäftlich veranlasst sein sollen. Vielmehr stossen sie sich daran, dass die Vorinstanz einen Anteil von Fr. 31.20 als geschäftlich veranlasst zulässt, aber trotzdem die Beschwerde vollständig abweist. Die Vorinstanz legt aber in E. 4.4 zutreffend dar, dass die Verminderung des steuerbaren Einkommens um Fr. 31.20 die in der Urteilsformel aufgeführten Einkommensfaktoren nicht zu ändern vermag, weshalb die (vollständige) Abweisung der Beschwerde zu Recht erfolgte.
3. 3.1 Zusammenfassend wurden die zusätzlich beantragten Geschäftsunkosten von der Vorinstanz zu Recht nicht anerkannt, weshalb die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
3.2 Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Müller Dubs