Fatti:
A. A._ è proprietaria di D._, sita a X._ nella zona dei nuclei tradizionali, B._SA è titolare dell'autorizzazione a gestire l'esercizio pubblico, mentre C._ funge da gerente. Oltre a due locali e a un servizio esterno, l'osteria dispone di 11 camere da affittare. Con rapporto del 29 luglio 2009, il distaccamento speciale della Polizia cantonale proposto alla prevenzione della tratta e dello sfruttamento degli esseri umani (TESEU) ha segnalato al Municipio d'aver accertato che nelle citate camere veniva sistematicamente praticata la prostituzione. Nel quadro dell'ultimo controllo del 13 maggio 2008 è stata rilevata la presenza di 12 donne non accompagnate. Il 6 novembre 2009 il Municipio ha ordinato alla proprietaria, alla titolare dell'autorizzazione e al gerente dell'esercizio pubblico di sospendere immediatamente l'esercizio della prostituzione e di ripristinare l'uso autorizzato con la licenza edilizia, ritenendo che l'attività praticata abusivamente costituisse un cambiamento di destinazione inconciliabile con la destinazione della zona del nucleo, nella quale sono vietate le attività moleste.
B. Adito dagli interessati, il 4 maggio 2010 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, ritenuta sufficientemente provata l'esistenza di un cambiamento di destinazione attuato attraverso la trasformazione delle camere dell'esercizio pubblico in un postribolo ed esclusa la possibilità di rilasciare una licenza in sanatoria, ha confermato l'ordine di ripristino. Con giudizio del 12 ottobre 2010, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso degli insorgenti.
C. Avverso questa decisione A._ e B._SA presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarla unitamente all'ordine di ripristino municipale.
Non sono state chieste osservazioni, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 136 II 101 consid. 1).
1.2 Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio ed edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.1). La legittimazione delle ricorrenti è pacifica.
1.3 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Il Tribunale federale vaglia la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale unicamente se tale censura è stata sollevata e motivata. Inoltre, quando è invocata la violazione di diritti costituzionali (art. 106 cpv. 2 LTF), come nel caso di ricorsi contro decisioni in materia di misure cautelari (art. 98 LTF), il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (DTF 136 II 304 consid. 2.5; 136 I 49 consid. 1.4.1).
1.4 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF): esso può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (cpv. 2). Secondo l'art. 97 LTF, il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto, ossia in maniera arbitraria (DTF 136 II 304 consid. 2.4) o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (cpv. 1).
2. 2.1 Le ricorrenti contestano che l'esercizio pubblico sarebbe stato trasformato in un postribolo e che, pertanto, si sarebbe in presenza di un cambiamento di destinazione non autorizzato. Precisano che il ricorso è fondato su un accertamento inesatto dei fatti secondo l'art. 97 LTF.
2.2 Le ricorrenti disattendono che per motivare la censura di arbitrio non basta criticare semplicemente la decisione impugnata, né contrapporle una versione propria, per quanto sostenibile, dei fatti o una propria valutazione delle prove. In effetti, l'arbitrio è ravvisabile solo quando la decisione impugnata risulti manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesiva di una norma o di un chiaro e indiscusso principio giuridico o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità. La decisione dev'essere inoltre arbitraria anche nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. Non si è inoltre in presenza d'arbitrio per il semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (DTF 134 I 140 consid. 5.4; 134 II 124 consid. 4.1).
2.3 Secondo la Corte cantonale, dall'elenco delle notifiche di polizia risulta che dall'agosto 2007 le camere dell'esercizio pubblico sono state locate esclusivamente a donne. Oltre solo due clienti svizzere, tutte le altre erano straniere, provenienti in gran parte da paesi d'oltremare, in maggioranza brasiliane (49), quindi italiane (15 con cognomi tuttavia ispanici o comunque non italici), colombiane (13), nigeriane (13), rumene (11), domenicane (8) e altre ancora di paesi dell'est europeo (Slovacchia, Ungheria, Bulgaria, Russia, Albania) o del Sudamerica (Ecuador, Honduras), noti come paesi di provenienza di prostitute. Solo 24 ospiti avevano più di quarant'anni e nessuna era accompagnata da un marito, da un convivente o da un familiare: tutte alloggiavano singolarmente. Il Tribunale amministrativo ha ritenuto che si era pertanto in presenza di una situazione del tutto simile a quella di numerosi altri casi sottoposti al suo giudizio, nei quali la parte riservata all'alloggio di certi esercizi pubblici o semplici camere da affittare erano state trasformate in bordelli. I giudici cantonali hanno aggiunto che, sebbene queste donne non siano state colte in flagrante atto di prostituzione, i dati raccolti dalla polizia formavano comunque un insieme di indizi univoci e convergenti, caratteristico di questo genere di locali, che permetteva di affermare con sufficiente certezza la trasformazione delle camere da affittare in un postribolo. Ciò poiché nessun elemento permetteva di immaginare che queste donne fossero semplici turiste provenienti dai citati paesi, soggiornanti nelle camere in questione, anche per più giorni, allo scopo di visitare il Cantone Ticino. Ha quindi ammesso un cambiamento di destinazione, rilevante sotto il profilo pianificatorio, dell'uso delle camere, soggetto a permesso di costruzione: l'attività lucrativa esercitata nelle camere comportando ripercussioni materiali e ideali sostanzialmente diverse da quelle derivanti dall'autorizzata funzione residenziale (alloggio).
Riguardo all'ordine di ripristino, fondato sull'art. 43 della legge edilizia cantonale, il Tribunale amministrativo ha condiviso la tesi municipale, secondo cui l'esercizio non occasionale della prostituzione nelle camere e le relative immissioni, in particolare immateriali, fossero manifestamente incompatibili con la destinazione residenziale preponderante nella zona del nucleo.
2.4 Le ricorrenti contestano che si sarebbe in presenza di un siffatto cambiamento, non provato ma fondato soltanto su indizi. In tale ambito, esse si limitano tuttavia a insistere sul fatto che l'esercizio pubblico non avrebbe mai creato problemi di sorta e la popolazione locale non avrebbe manifestato alcuna disapprovazione. Al loro dire, anche i due più recenti rapporti di polizia sarebbero vaghi, accertando unicamente la presenza di donne straniere, giovani e sole, per cui l'asserito esercizio della prostituzione si fonderebbe soltanto su mere ipotesi.
2.5 Con questi semplici accenni, rilevato peraltro ch'esse né contestano le cifre addotte né la situazione di queste donne, le ricorrenti non dimostrano affatto che si sarebbe in presenza di un accertamento dei fatti e di una valutazione delle prove arbitrari. Il Tribunale federale è pertanto vincolato dai fatti accertati dalla Corte cantonale (DTF 136 I 184 consid. 1.2; 136 II 304 consid. 2.4; 133 II 249 consid. 1.2.2 e 1.4.3). In effetti, esse non sostengono che si tratterrebbe di semplici turiste e nemmeno tentano di addurre una qualsiasi spiegazione sulla presenza di queste donne nel loro esercizio pubblico o di dimostrare l'insostenibilità della conclusione ritenuta dai giudici cantonali, che corrisponde all'esperienza generale della vita ed è notoria (cfr. sentenza 1C_90/2009 del 15 giugno 2009 consid. 2).
2.6 A titolo puramente abbondanziale le ricorrenti aggiungono infine che, contrariamente agli accertamenti della Corte cantonale, l'esercizio pubblico si troverebbe ai margini della zona nucleo, in un posto isolato, lontano dal centro abitato e, eccezion fatta per tre appartamenti, nei dintorni vi sarebbero soltanto case abbandonate. Questa considerazione sarebbe tuttavia più pertinente nel contesto di un'eventuale richiesta di modifica del piano regolatore riguardo alle particelle in questione, che non all'accertamento dei fatti. D'altra parte, volendosi ammettere la critica, a maggior ragione mal si comprenderebbe perché, e le ricorrenti non adducono alcuna delucidazione al riguardo, un siffatto luogo verrebbe scelto da donne giovani e sole, per trascorrervi alcuni giorni di vacanza come turiste e non, come logicamente ritenuto dalla Corte cantonale, per esercitarvi la prostituzione.
3. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti.
3. Comunicazione al patrocinatore delle ricorrenti, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.