Faits:
A. X._, né en 1960, et dame X._, née en 1959, se sont mariés le 23 mars 1983. Trois enfants, actuellement majeurs, sont issus de cette union.
B. Par contrat de mariage du 17 avril 1998, les époux ont adopté le régime de la séparation de biens. Cet acte prévoyait que X._ céderait à son épouse la parcelle n° 292 de la commune de V._, et l'immeuble n° 632 de la commune de S._. Par acte séparé du même jour, le mari a cédé à son épouse les parcelles précitées.
C. Le 1er octobre 2003, les époux ont suspendu définitivement la vie commune. Ils sont convenus de mesures d'organisation de la vie séparée, ratifiées par le juge du district de Martigny le 21 octobre 2003.
Le 27 octobre 2005, X._ a ouvert action en divorce.
Son épouse a pris diverses conclusions à titre reconventionnel, demandant notamment le paiement de 449'415 fr. 60 plus intérêts au titre de la liquidation des comptes entre époux; elle les a ensuite modifiées pour conclure au paiement d'un capital de 621'111 fr. 65. A l'appui de cette prétention, elle faisait valoir qu'après être devenue propriétaire des parcelles cédées par son époux le 17 avril 1998, elle en avait confié la gestion à celui-ci. Comme il avait vendu ces deux immeubles par actes du 27 octobre 1999 et du 5 février 2003, elle estimait avoir droit, en application des règles sur le mandat, à la restitution du bénéfice réalisé lors de ces opérations, auquel s'ajoutaient les intérêts.
Par jugement du 25 septembre 2008, le juge de district a prononcé le divorce et, entre autres points, a condamné le mari à verser à l'épouse un montant de 445'000 fr. au titre de la liquidation des comptes entre époux.
Sur appel de l'époux, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal a, le 5 février 2010, réformé partiellement ce jugement. Elle a rejeté la prétention de l'épouse tendant au paiement de 445'000 fr.
D. Le 10 mars 2010, dame X._ a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation du jugement entrepris sur la question de la liquidation des rapports patrimoniaux et demande que son mari soit condamné à lui verser 445'000 fr. à ce titre.
Elle sollicite également l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. 1.1 Formé dans le délai de trente jours (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), statuant dans une affaire civile de nature pécuniaire (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable.
1.2 Aux termes de l'art. 42 al. 1 LTF, le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Pour satisfaire à cette obligation de motiver, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il faut qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.1; 134 V 53 consid. 3.3). En revanche, le Tribunal fédéral n'examine les griefs de violation des droits constitutionnels, et notamment la violation de l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils sont invoqués et motivés par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (ATF 134 I 83 consid. 3.2; 134 349 consid. 3 et les références). Les critiques appellatoires sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées; à ce défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4).
2. Seule demeure litigieuse la prétention en paiement de 445'000 fr. formulée par la recourante au titre de la liquidation des rapports juridiques entre époux. La recourante a fait valoir durant la procédure cantonale que ce montant correspondait au prix reçu par son époux lors de la vente à des tiers des parcelles n° 292 et 632 dont elle était propriétaire. Elle prétendait avoir droit à la restitution de ce prix en application des règles sur le mandat. De son côté, l'intimé s'est opposé à cette conclusion en expliquant qu'il avait cédé la propriété de ces immeubles à son épouse uniquement à titre fiduciaire, de sorte qu'il en était resté l'ayant droit économique. Il estimait qu'il n'avait ainsi pas à restituer à celle-ci le produit de ces ventes, dont il devait demeurer le bénéficiaire.
Appelée à qualifier le contrat conclu par les parties, la cour cantonale a cherché à déterminer leur réelle et commune intention. Examinant les circonstances qui entouraient cette cession et le contrat de séparation de biens, elle a observé qu'à cette époque, le mari avait décidé de quitter son emploi salarié pour devenir indépendant. Les parties étaient alors soucieuses de protéger les intérêts financiers de la famille et le transfert des immeubles n° 292 et 632 effectué à titre fiduciaire participait de cette volonté de protection; cette opération permettait de dissimuler l'identité du titulaire économique des parcelles cédées et de prévenir la mainmise des créanciers sur ces biens. Les magistrats cantonaux ont également tiré des indices de la volonté des parties dans le comportement postérieur de l'épouse. Celle-ci a disposé des deux parcelles en se conformant aux instructions de l'intimé et dans l'intérêt de celui-ci. Bien qu'elle fût seule inscrite comme propriétaire de ces biens au Registre foncier, le notaire a constaté que les époux Crettenand "déclar(ai)ent vendre" l'immeuble et que le solde du prix était payable "sur le compte du vendeur". Selon la cour cantonale, ces termes, dans la mesure où ils étaient utilisés par le notaire qui avait également rédigé les actes de séparation de biens et de cession des immeubles n° 292 et 632, étaient significatifs quant à la portée du transfert de propriété voulu par les parties le 17 avril 1998. La cour cantonale a encore relevé que l'époux avait encaissé sur son compte les prix de vente des parcelles, d'abord en automne 1999 puis en février 2003, sans que la recourante ne lui réclame jamais rien à ce titre avant le dépôt de la réponse du 13 février 2006 et ce, alors que les parties avaient suspendu la vie commune en octobre 2003. Les juges ont déduit de ces constatations que la recourante ne s'était jamais comportée comme ayant droit économique, ce que confortaient ses déclarations. Entendue comme témoin, elle avait en effet affirmé que la cession de ces immeubles ne procédait pas d'une volonté de donation de la part de son époux. Au terme de cette interprétation, ils ont retenu d'une part que les parties avaient voulu conclure un contrat de fiducie portant sur les deux immeubles cédés en avril 1998 et, d'autre part, qu'elles avaient aussi convenu que l'épouse exercerait ses droits de propriété conformément aux instructions de l'intimé et dans l'intérêt de celui-ci.
3. La recourante estime que la cour cantonale a fait preuve d'arbitraire en refusant de retenir que ses biens propres s'élevaient à 182'702 fr. pour le motif que cette allégation n'aurait été ni suffisamment alléguée, ni établie.
3.1 C'est le droit fédéral qui détermine si les faits, allégués en la forme prescrite et en temps utile selon le droit de procédure cantonal applicable, sont suffisamment précis pour que la partie adverse puisse les contester en connaissance de cause et, le cas échéant, administrer la preuve du contraire et pour que le juge puisse statuer sur la prétention litigieuse, fondée sur le droit fédéral (ATF 127 III 365 consid. 2b et les références; fardeau de l'allégation; Substanzierungspflicht). Aussi le droit fédéral est-il violé lorsque l'autorité cantonale rejette une demande bien qu'elle soit suffisamment motivée en fait (arrêt 4C.28/2002 du 6 mai 2002, consid. 3.1).
3.2 En l'espèce, l'autorité précédente a considéré que la recourante avait certes allégué de manière générale que le montant total de ses biens propres s'élevait à 182'702 fr. mais n'avait pas donné à cette allégation un contenu suffisamment précis et détaillé. En outre, son allégation n'était pas établie (art. 8 CC; fardeau de la preuve). La cour cantonale a ainsi refusé de retenir le fait y relatif. S'agissant de l'imprécision des allégations, la recourante se contente d'affirmer, sans autre explication, qu'elle a agi conformément aux exigences de motivation en citant les allégués que les juges cantonaux ont tenus pour trop imprécis, sans réfuter leurs motifs. Supposée recevable, sa critique serait toutefois dénuée de tout fondement. Il ressort en effet de la pièce n° 70 intitulée "apports Dubosson" que le montant de 182'702 fr. serait composé de bénéfices résultant de ventes d'immeubles et de comptes d'épargne; la recourante n'ayant rien exposé de tel dans ses allégations, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant que la demande n'était pas suffisamment motivée en fait.
En tant que la recourante prétend que les faits allégués ont été établis par les pièces 69, 78, 137 et par le rapport d'expertise (p. 8), elle s'en prend à l'appréciation des preuves d'une manière également irrecevable puisqu'elle n'explique pas pourquoi ces pièces sont propres à établir les faits - ce qui n'apparaît pas évident à leur lecture - et partant, en quoi il était arbitraire de la part des juges cantonaux de les ignorer.
4. Sous couvert d'une violation des art. 394 ss CO, la recourante s'en prend à l'interprétation donnée par les juges précédents à la volonté des parties qui n'avaient pas, selon elle, l'intention de conclure un contrat de fiducie.
4.1 La fiducie a pour objet de transférer intégralement du fiduciant au fiduciaire les droits sur les biens remis; ainsi, le fiduciaire devient propriétaire de l'objet qui lui est remis ou titulaire de la créance qui lui est transférée (ATF 119 II 326 consid. 2b; 117 II 429 consid. 3b; 115 II consid. 2a; 109 II 239 consid. 2b). Dans la fiducie, le transfert des droits sur les biens s'accompagne d'un accord entre les parties qui détermine l'usage que le fiduciaire fera des droits qui lui sont transférés; cet accord relève du mandat (art. 394 ss CO; ATF 99 II 393 consid. 6).
4.2 Pour interpréter un contrat, le juge doit commencer par rechercher la réelle et commune intention des parties, le cas échéant sur la base d'indices (cf. art. 18 al. 1 CO). Les circonstances survenues postérieurement à la conclusion du contrat, notamment le comportement des parties, constituent un indice de la volonté réelle des cocontractants (ATF 126 III 20 consid. 2a/bb; 118 II 365 consid. 1; 112 II 337 consid. 4a et l'arrêt cité). Si la cour cantonale parvient à se convaincre, sur la base de l'appréciation des preuves, que les parties ont échangé des manifestations de volonté concordantes qui correspondaient à leur volonté intime, il s'agit d'une constatation de fait (ATF 133 III 681 consid. 3.3; 132 III 268 consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1; 131 III 606 consid. 4.1). Celle-ci ne peut être remise en question qu'aux conditions énoncées plus haut, le recourant devant exposer en quoi les conditions d'une exception à l'art. 105 al. 2 LTF sont réunies (cf. consid. 1.3 supra).
4.3 En l'espèce, la cour cantonale a constaté, en procédant à une appréciation des preuves apportées, que les parties avaient l'intention de conclure un contrat fiduciaire portant sur les parcelles cédées le 17 avril 1998 (cf. consid. 2 supra), les parties étant convenues que l'épouse exercerait ses droits de propriété conformément aux instructions de son époux et dans l'intérêt de celui-ci. Elle a ainsi constaté une volonté réelle et concordante qui lie en principe le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF). La recourante demande une rectification des faits mais se contente d'opposer sa version à celle du Tribunal cantonal; elle ne prétend pas que les constatations de cette autorité seraient arbitraires ou établies en violation d'une règle du droit fédéral. Faute d'une motivation répondant aux exigences de la jurisprudence (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4), il ne peut être donné suite à sa demande de rectification des faits.
Dans ces circonstances, la Cour de céans est liée par la constatation relative à la commune et réelle intention de conclure un contrat fiduciaire portant sur les parcelles cédées en 1998 et sur l'exercice par l'épouse de ses droits de propriété conformément aux instructions de son mari et dans l'intérêt de celui-ci. Si la recourante était donc la titulaire juridique de ces parcelles, elle n'en était pas, selon la convention des parties, l'ayant droit économique. Dans ces conditions, elle ne peut prétendre à une restitution du bénéfice réalisé lors de la vente des parcelles. La cour cantonale n'a donc nullement enfreint le droit fédéral, en particulier les règles sur le mandat, en rejetant la prétention élevée au titre de liquidation des rapports patrimoniaux entre époux.
5. La recourante estime qu'en reconnaissant l'existence d'un contrat de fiducie, les juges précédents ont violé l'art. 8 CC et renversé les présomptions d'exactitude découlant des art. 9 al. 1 et 937 CC.
5.1 Dans la mesure où on comprend le grief relatif à une violation de l'art. 8 CC, elle semble reprocher à la cour cantonale d'avoir retenu que l'intimé était propriétaire de l'immeuble n° 292 alors que ce fait n'avait pas été allégué. Sa critique ressortit ainsi au fardeau de l'allégation, qui implique que le juge ne peut tenir compte dans les procès soumis à la maxime des débats, que des faits allégués par les parties. Cette question relève du droit cantonal (arrêt 4P.258/2005 du 5 janvier 2006 consid. 3.1) dont la recourante ne dit mot en l'occurrence, ce qui entraîne l'irrecevabilité de son grief (art. 106 al. 2 LTF; cf. consid. 1.2 supra). En tout état de cause, contrairement à ce qu'elle prétend, les juges cantonaux ont retenu que la recourante, et non l'intimé, était inscrite au registre foncier en qualité de propriétaire de l'immeuble en question (cf. consid. 5.2 infra). Le reproche d'avoir admis des faits non allégués est donc infondé.
5.2 Selon la recourante, en considérant l'acte de cession du 17 avril 1998 comme un transfert fiduciaire, la cour cantonale aurait nié la force probante du registre foncier (art. 9 CC) et la présomption de propriété posée par l'art. 937 al. 1 CC.
5.2.1 Aux termes de l'art. 9 al. 1 CC, les registres publics et les titres authentiques font foi des faits qu'ils constatent et dont l'inexactitude n'est pas prouvée. La force probante accrue ne s'applique qu'aux faits dont les inscriptions montrent l'existence, et non aux droits qui en découlent (ATF 122 III 150 consid. 2b). S'agissant d'immeubles inscrits au registre foncier, l'art. 937 al. 1 CC institue toutefois une présomption selon laquelle le droit inscrit (c'est-à-dire la propriété de la personne inscrite) existe et qu'il a le titulaire et le contenu qui ressortent de l'inscription.
Dans la fiducie, le fiduciaire est, du point de vue des droits réels, propriétaire du bien fiduciaire transféré (ATF 91 III 104; JEAN-FRANÇOIS Ducrest/Séverine Guex, La fiducie in : FJS 732, 2002, p. 2). En revanche, son pouvoir de disposition est limité contractuellement puisqu'il s'est engagé envers le fiduciant à exercer son droit de manière déterminée par le but fiduciaire (ATF 99 II 393). Le patrimoine fiduciaire se caractérise ainsi par une dissociation entre la titularité juridique du patrimoine et son bénéfice économique. En d'autres termes, le titulaire juridique du bien transféré à titre fiduciaire est le fiduciaire alors que l'ayant droit économique est le fiduciant (LUC THÉVENOZ, Patrimoines fiduciaires et exécution forcée in : Insolvence, désendettement et redressement, 2000, p. 345 ss, p. 356).
5.2.2 Appliqués au cas d'espèce, ces principes commandent le rejet du grief. En effet, la recourante, inscrite au registre foncier en qualité de propriétaire des immeubles n° 292 de la commune de Vernayaz et n° 632 de la commune de Saillon est le titulaire juridique de ces biens- fonds. Elle est la légitime et pleine propriétaire des biens qui lui ont été transférés fiduciairement (ATF 117 II 429). Cela n'empêche pas qu'en vertu de la convention de fiducie, l'intimé soit l'ayant droit économique de ces biens. Cette dissociation, propre au contrat de fiducie, ne consacre aucune violation du droit fédéral.
6. La recourante, se référant à l'interdiction de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC), fait valoir qu'il était abusif de considérer que les parties ont conclu un contrat de fiducie.
6.1 Selon l'art. 2 al. 2 CC, l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi. Savoir s'il y a un tel abus dépend de l'analyse des circonstances du cas concret (ATF 129 III 493 consid. 5.1; 121 III 60 consid. 3d), au regard des catégories typiques d'abus de droit développées par la jurisprudence et la doctrine (ATF 129 III 493 consid. 5.1; 125 III 257 consid. 2a; 120 II 105 consid. 3a), telles que l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit (ATF 129 III 493 consid. 5.1; 123 III 200 consid. 2b; 115 III 18), l'utilisation contraire à son but d'une institution juridique (ATF 128 II 145 consid. 2.2; 122 III 321 consid. 4a), la disproportion grossière des intérêts en présence (ATF 132 III 115 consid. 2.4; 129 III 493 consid. 5.1) ou encore, à certaines conditions, l'attitude contradictoire (venire contra factum proprium; ATF 129 III 493 consid. 5.1; 125 III 257 consid. 2a; 121 III 350 consid. 5b; 115 II 331 consid. 5a; 110 II 494 consid. 4 p. 498, 106 II 320 consid. 3a).
6.2 Force est de constater que l'argumentation de la recourante consiste pour l'essentiel à affirmer que plaider l'existence d'un contrat de fiducie est constitutif des différents cas d'abus de droit cités au considérant précédent. Selon elle, "le contrat de fiducie crée une injustice manifeste, revient à utiliser le contrat de cession contrairement à son but, sanctionne une disproportion évidente des intérêts en présence en éludant le droit de la venderesse de recevoir le prix de vente (art. 21 CO), ignore les propres déclarations de l'intimé attestant du contraire et les allégués précis de sa mandataire, soit entérine une attitude contradictoire au mépris des art. 2 et 8 CC, encourage l'exercice d'un droit sans ménagement en ce sens que l'héritage de l'épouse est perdu corps et biens (Fr. 182'702.-) et englouti dans l'entretien de la famille contrairement à l'art. 195 CC et revient à paralyser la reddition des comptes entre époux (art. 195 CC)". On ne discerne pas du tout, à la lumière de son exposé largement insuffisant au regard des exigences de motivation découlant de l'art. 42 al. 2 LTF, en quoi le contrat de fiducie conclu par les parties est constitutif des cas d'abus de droit cités par la recourante.
Elle dénonce certes chez l'intimé une attitude contradictoire en ce sens qu'il aurait attendu le débat final pour prétendre être le véritable propriétaire économique des parcelles alors qu'il avait déclaré auparavant ne posséder aucun bien immobilier en Suisse. On observera que la recourante, bien que séparée de son mari depuis octobre 2003, n'a demandé la restitution des montants issus des ventes des parcelles n° 292 et 632 que dans son mémoire-réponse du 13 février 2006. De son côté, l'intimé s'est toujours opposé à cette prétention, de sorte qu'on ne saurait lui reprocher une attitude contradictoire.
7. Selon l'art. 64 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral peut accorder l'assistance judiciaire à une partie à condition que celle-ci ne dispose pas de ressources suffisantes et que ses conclusions ne paraissent pas d'emblée vouées à l'échec. En l'occurrence, il s'avérait d'emblée que le recours, faute de respecter les règles de procédure relatives à la motivation d'un recours devant le Tribunal fédéral, n'offrait aucune chance de succès. La demande d'assistance judiciaire doit par conséquent être rejetée. La recourante, qui succombe, doit ainsi supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a en revanche pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à répondre (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 12 mai 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet