Sachverhalt:
A.
A.a. A.Y._ war zu 30% an der C._ S.A.. mit Sitz in V._ beteiligt. Zudem war er Alleinaktionär der D._ AG mit Sitz in U._. 1999 gewährte die D._ AG der C._ S.A. zusätzlich zum bereits bestehenden Darlehen von Fr. 104'980.55 ein Darlehen von Fr. 140'613.90, sowie 2000 ein weiteres Darlehen von Fr. 382'116.25 (Darlehensstand per 31. Dezember somit total Fr. 627'710.70). Sicherheiten für die Darlehen bzw. Darlehenserhöhungen verlangte die D._ AG nicht. Per 31. Dezember 1999 und 2000 verbuchte die D._ AG je eine Rückstellung in Höhe der vorgenannten Darlehenserhöhungen. Der Revisor des Kantonalen Steueramtes Aargau unterbreitete der D._ AG am 13. Februar 2002 einen Veranlagungsvorschlag, in welchem die Darlehenserhöhungen als geldwerte Leistungen an den Aktionär qualifiziert wurden. In einem Begleitschreiben führte er unter anderem aus, "da das Darlehen per 31.12.2000 wertberichtigt worden ist, werden wir im Zeitpunkt der Ausbuchung die geldwerte Leistung an den empfangenden Aktionär melden." Am 3. April 2002 veranlagte das Kantonale Steueramt, Sektion Juristische Personen (KStA JurP), die D._ AG für die direkte Bundessteuer 1999 unter Aufrechnung von Fr. 140'612.-- mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 128'939.--. Die dagegen erhobene Beschwerde wurde vom Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 19. Juni 2003 abgewiesen.
A.b. Am 22. September 2004 veranlagte die Steuerkommission Aarau A.Y._ und B.Y._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001. Eine Aufrechnung im Zusammenhang mit der Darlehensgewährung der D._ AG an die C._ S.A. bzw. den Darlehenserhöhungen erfolgte nicht. Die Veranlagung erwuchs in Rechtskraft. Am 30. November 2004 veranlagte die Steuerkommission Aarau A.Y._ und B.Y._ für die direkte Bundessteuer 2001, wobei wiederum keine Aufrechnung im Zusammenhang mit der genannten Darlehensgewährung bzw. -erhöhung erfolgte. Auch diese Veranlagung erwuchs in Rechtskraft.
A.c. Am 24. Juni 2011 leitete das Kantonale Steueramt Aargau, Rechtsdienst, gegen A.Y._ und B.Y._ ein Nachsteuer- und Bussenverfahren im Zusammenhang mit der Darlehensgewährung der D._ AG an die C._ S.A. ein. Am 1. März 2012 setzte das Kantonale Steueramt die Nachsteuer Kantons- und Gemeindesteuern 2001 von A.Y._ und B.Y._ auf Fr. 202'437.90 (inkl. Verzugszins) fest und die direkte Bundessteuer 2001 auf Fr. 85'312.70 (inkl. Verzugszins). Dabei rechnete es zu den steuerbaren Einkünften jeweils eine geldwerte Leistung in Höhe von Fr. 520'748.--. Die dagegen erhobenen Einsprachen wies das Kantonale Steueramt am 31. Mai 2012 ab. Das Spezialverwaltungsgericht, Abteilung Steuern, des Kantons Aargau, wies den dagegen erhobenen Rekurs bzw. die dagegen erhobene Beschwerde am 24. Januar 2013 ab und setzte die Nachsteuern (inkl. Verzugszinsen) für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 auf Fr. 216'722.40 und für die direkte Bundessteuer 2001 auf Fr. 90'811.05 fest. Mit Urteilen vom 19. September 2013 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die dagegen eingereichten Beschwerden gut und hob die Urteile des Spezialverwaltungsgerichts, Abteilung Steuern, vom 24. Januar 2013 auf.
B.
Mit Eingaben vom 31. Oktober 2013 erhebt das Kantonale Steueramt Aargau Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Es beantragt, die Urteile des Verwaltungsgerichts vom 19. September 2013 aufzuheben und die Urteile des Spezialverwaltungsgerichts vom 24. Januar 2013 zu bestätigen.
Die Beschwerdegegner beantragen die Abweisung der Beschwerden und die Bestätigung der Urteile des Verwaltungsgerichts. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau schliesst auf Abweisung der Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern und verzichtet auf Vernehmlassung in Bezug auf die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Gutheissung der Beschwerden.
Erwägungen:
1.
1.1. Die vorliegende Beschwerde richtet sich gegen zwei praktisch übereinstimmende Urteile, betrifft dieselben Parteien und wirft identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2. Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um kantonal letztinstanzliche Endentscheide über die Staats- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und § 200 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG/AG; SAR 651.100) bzw. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht grundsätzlich offen. Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) von einer gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG bzw. Art. 146 DBG in Verbindung mit Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG legitimierten Behörde eingereicht worden.
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
I. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Nach Art. 151 DBG wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert, falls sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, ergibt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist oder eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen ist (Abs. 1). Für die Frage, ob neue Tatsachen oder Beweismittel schon im Zeitpunkt der Veranlagung vorlagen, ist der Aktenstand in diesem Zeitpunkt massgeblich (Urteil 2A.419/2001 vom 13. November 2002 E. 3.3, in: ASA 73 S. 487). Ein Verschulden des Steuerpflichtigen ist nicht erforderlich, vielmehr kommt es auf die Würdigung der jeweiligen Pflichten des Steuerpflichtigen und der Steuerbehörde bei der Veranlagung an.
2.2. Nach Artikel 123 Abs. 1 DBG stellen die Veranlagungsbehörden zusammen mit dem Steuerpflichtigen die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest. Daraus folgt zunächst, dass Behörden und Steuerpflichtiger grundsätzlich gemeinsam auf eine richtige und vollständige Veranlagung hin arbeiten. Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 126 Abs. 1 DBG). Insbesondere muss er das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen (Art. 124 Abs. 2 DBG); dazu hat er bestimmte Beilagen einzureichen und er trägt die Verantwortung für die Richtigkeit und Vollständigkeit der Steuererklärung. Ist er sich über die steuerrechtliche Bedeutung einer Tatsache im Unklaren, darf er diese nicht einfach verschweigen, sondern hat er auf die Unsicherheit hinzuweisen; jedenfalls muss er die Tatsache als solche vollständig und zutreffend darlegen (Urteil 2A.419/2001 vom 13. November 2002 E. 3.3.1, in: ASA 73 S. 487 f.).
Die Veranlagungsbehörde ihrerseits prüft die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor (Art. 130 Abs. 1 DBG). Die Steuerbehörde darf sich jedoch grundsätzlich darauf verlassen, dass die Steuererklärung richtig und vollständig ist. Sie ist nicht verpflichtet, ohne besonderen Anlass Quervergleiche mit Akten anderer Steuerpflichtiger vorzunehmen oder im Steuerdossier nach ergänzenden Unterlagen zu suchen. Die Steuerbehörde darf freilich auch nicht unbesehen in der Art auf die Steuererklärung abstellen, wie wenn es sich um eine Selbstveranlagung handeln würde. Sie muss insbesondere berücksichtigen, dass in den Steuererklärungsformularen nicht nur Tatsachen einzutragen sind, sondern sich dabei auch eigentliche Rechtsfragen stellen. Eine Pflicht zu ergänzender Untersuchung besteht für die Steuerbehörden aber nur dann, wenn die Steuererklärung Fehler enthält, die klar ersichtlich bzw. offensichtlich sind. Bloss erkennbare Mängel genügen nicht, um davon auszugehen, bestimmte Tatsachen oder Beweismittel seien den Behörden schon zur Zeit der Veranlagung bekannt gewesen bzw. es müsse diesen ein entsprechendes Wissen angerechnet werden (Urteil 2A.419/2001 vom 13. November 2002 E. 3.3.3, in: ASA 73 S. 488).
3.
Im vorliegenden Fall ist umstritten, ob neue Tatsachen vorliegen, was nach der dargestellten Rechtslage Voraussetzung für eine Nachsteuererhebung ist.
3.1. Die Vorinstanz vertritt die Auffassung, es lägen keine neuen Tatsachen vor: Nach der kantonalen Verfahrensordnung sei die Veranlagung der Einkommens- und Vermögenssteuern zwar grundsätzlich Sache der Gemeinden. Diese stünden in ihrer Tätigkeit jedoch unter der Aufsicht des Kantonalen Steueramtes. Diese Aufsicht werde namentlich dadurch ausgeübt, dass ein kantonaler Steuerkommissär des kantonalen Steueramtes an der Veranlagung mitwirke. Zumindest dieser müsse sich die Kenntnis auch des Kantonalen Steueramtes, Sektion Juristische Personen, zurechnen lassen. Es sei Aufgabe des Kantonalen Steueramtes, dafür besorgt zu sein, dass innerhalb der Behörde alle Informationen betreffend juristische Personen und die an diesen Beteiligten zweckmässig allen mit der Veranlagung sowohl der juristischen Personen als auch der an ihr Beteiligten befassten Personen zugänglich sind. Sowohl die Sektion Juristische Personen als auch der für die Stadt Aarau zuständige Steuerkommissär seien Mitglieder der gleichen Steuerbehörde, des Kantonalen Steueramtes. Es sei daher nicht einzusehen, warum die fraglichen Informationen nicht dem kantonalen Steueramt als solches - und damit auch dem für Aarau zuständigen Steuerkommissär - zurechenbar sein sollten. Es sei demnach davon auszugehen, dass es hinsichtlich des Konkurses der C._ S.A. und der Wertlosigkeit der Darlehensforderung der D._ AG an einer neuen Tatsache im Sinne von Art. 151 Abs. 1 DBG fehle, was die Erhebung einer Nachsteuer gestützt auf die Tatsache der Konkurseröffnung ausschliesse.
3.2. Der Auffassung der Vorinstanz kann nicht gefolgt werden. Sie berücksichtigt einerseits ungenügend, dass es im Nachsteuerverfahren lediglich darum geht, eine unvollständige oder unterbliebene Veranlagung nachzuholen, also die korrekte Besteuerung des Pflichtigen vorzunehmen. Sodann gewichtet sie zu wenig, dass es auch beim gemischten Veranlagungsverfahren der direkten Steuern in erster Linie dem Steuerpflichtigen obliegt, die Deklaration so vorzunehmen, dass eine richtige und vollständige Veranlagung ermöglicht wird. Diese primäre Offenbarungspflicht der Steuerpflichtigen muss sich auch auf die Obliegenheiten der Steuerverwaltung auswirken. In neueren Urteilen kommt denn auch das Bundesgericht, nach einem Überblick über die umfangreiche Kasuistik betreffend Art. 151 DBG, zum Ergebnis, dass die Steuerbehörde im Prinzip davon ausgehen darf, dass die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ist. Sie ist mangels entsprechender Indizien nicht verpflichtet, nach zusätzlichen Informationen zu forschen. Aufgrund der Untersuchungsmaxime muss sie jedoch dann weitere Untersuchungen durchführen, wenn sich aus den Akten offensichtlich ergibt, dass der massgebliche Sachverhalt unvollständig oder unklar ist. Musste sich die Steuerbehörde bewusst sein, dass der Sachverhalt unvollständig oder unklar ist, so wird der adäquate Kausalzusammenhang zwischen mangelhafter Deklaration und ungenügender oder unvollständiger Veranlagung unterbrochen (vgl. Urteil 2C_104/2008 vom 20. Juni 2008 E. 3.3 und dort zitierte Rechtsprechung). Dies ist allerdings nur unter strengen Voraussetzungen anzunehmen, d.h. wenn seitens der Steuerbehörden grobe Fahrlässigkeit gegeben ist (vgl. Urteile 2C_1225/2012 vom 7. Juni 2013 E. 3.1, 2C_123/2012 vom 8. August 2012 E. 5.3.4).
Derartige grobe Fahrlässigkeit einer Veranlagungsbehörde kann nicht bereits deshalb angenommen werden, weil sie keine Kenntnis von Informationen hat, welche anderen Einheiten der Verwaltung vorlagen. Voraussetzung ist vielmehr, dass solche Informationen effektiv übermittelt wurden. Dies kann dann der Fall sein, wenn die für die Veranlagung der juristischen Personen zuständige Verwaltungseinheit derjenigen Verwaltungseinheit, welche für die Veranlagung der natürlichen Personen zuständig ist, Akten aus dem Dossier der juristischen Person übermittelt, welche für die Veranlagung der daran Beteiligten relevant sind. Fehlt es an einer solchen Übermittlung, so kann der Veranlagungsbehörde für die natürlichen Personen das Wissen der anderen Verwaltungseinheit nicht vorgehalten werden (vgl. Urteil 2C_1225/2012 vom 7. Juni 2013 E. 3.2 mit Hinweis). Vorliegend bestehen keine Hinweise darauf, dass der für die Veranlagung der Beschwerdegegner zuständigen Behörde die massgeblichen, für die Einleitung des Nachsteuerverfahrens relevanten Informationen vorlagen. Indem die Vorinstanz davon ausging, das Kantonale Steueramt habe sich so zu organisieren, dass innerhalb der Behörde alle Informationen betreffend juristische Personen und die an diesen Beteiligten allen mit der Veranlagung sowohl der juristischen Personen als auch der an ihr Beteiligten befassten Personen zugänglich seien, hat sie die Anforderungen an die Untersuchungspflicht der Steuerbehörden überspannt. Es mag zwar zutreffen, dass ein derartiger Informationsfluss sinnvoll sein könnte, eine gesetzliche Obliegenheit der Steuerverwaltung, diesen sicherzustellen, besteht jedoch nicht.
3.3. Die Beschwerdegegner bestreiten in der Vernehmlassung das Vorliegen neuer Tatsachen mit dem Hinweis, die ins Verfahren involvierten Personen der Steuerkommission Aarau hätten Kenntnis gehabt vom Konkurs der C._ S.A.. Zudem hätten die Beschwerdegegner der C._ S.A. zusätzlich (privat) ein Darlehen gewährt, welches - wie auch die Beteiligung - in der Steuererklärung 2001 mittels einer Rückstellung wertberichtigt worden sei. Sie übersehen bei dieser Argumentation, dass die im Nachsteuerverfahren vorgenommene Korrektur der Veranlagung aus der Qualifizierung des Darlehens der D._ AG an die C._ S.A. als geldwerte Leistung an den Aktionär resultierte. Die Beschwerdegegner tragen nicht vor, dass dieser Sachverhalt den ins Verfahren involvierten Personen der Steuerkommission Aarau bekannt gewesen wären und diesbezüglich ergeben sich auch keinerlei Anhaltspunkte aus dem angefochtenen Entscheid.
3.4. Die Beschwerdegegner machen im Weiteren geltend, im Steuer- und Bemessungsjahr 2001 sei entgegen den Feststellungen des Verwaltungsgerichts gar keine geldwerte Leistung angefallen. Sie argumentieren dabei im Wesentlichen mit Hinweis auf das Bundesgerichtsurteil 2C_843/2012 vom 20. Dezember 2012 und führen aus, da das Darlehen in den Jahren 1999 und 2000 jeweils "wertberichtigt" worden sei, sei nach aussen sichtbar geworden, dass es nicht mehr werthaltig sei, weshalb auf einen nicht mehr vorhandenen Rückzahlungswillen geschlossen werden müsse. Die steuerlich massgebende Realisation habe daher in den Jahren 1999 und 2000 stattgefunden. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden:
3.4.1. Nach Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderem auch die so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten (oder diesen Nahestehende), denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Als Indizien, die dafür sprechen, dass ein Dritter einen Kredit nicht gewährt hätte und damit ein simuliertes Darlehensverhältnis vorliegt, fallen diverse Kriterien in Betracht (vgl. BGE 138 II 57 E. 3.2 S. 60 f. mit umfassenden Hinweisen auf Rechtsprechung und Literatur). Diese ursprünglich für Darlehen an Aktionäre herausgearbeiteten Kriterien (Urteil A.124/1982 vom 25. November 1983 E. 3 ff., in: ASA 53 S. 54 ff., 58 ff.) sind nicht ohne Weiteres für die Beurteilung von Darlehen zwischen Schwestergesellschaften relevant. Zudem ist zu differenzieren zwischen ursprünglich und nachträglich simulierten Darlehensverhältnissen (BGE 138 II 57 E. 5.2 S. 64 mit Hinweisen auf die Literatur). Bei geldwerten Leistungen zwischen Schwestergesellschaften fliesst der Vorteil an sich unmittelbar von einer Schwestergesellschaft zur anderen. Die an den Gesellschaften beteiligten Aktionäre sind mittelbar betroffen, indem der Wert der Beteiligung an der leistenden Gesellschaft abnimmt, während sich der Wert der empfangenden Gesellschaft entsprechend erhöht. Eine solche geldwerte Leistung zwischen Schwestergesellschaften fusst regelmässig auf dem gemeinsamen Beteiligungsverhältnis, weshalb sich Zuwendungen an Schwestergesellschaften als (verdeckte) Gewinnausschüttungen an die Aktionäre einerseits und als (verdeckte) Kapitaleinlagen der Aktionäre an die empfangende Gesellschaft andererseits erweisen, d.h. es gilt die Dreieckstheorie (BGE 138 II 57 E. 4.2 S. 61 f. mit Hinweisen).
3.4.2. Die Feststellungen über das Vorliegen von Simulationsindizien gelten als tatsächliche Umstände, welche für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind (vgl. oben E. 1.3). Demgegenüber geht es bei den daraus zu ziehenden rechtlichen Schlussfolgerungen um Rechtsfragen, die das Bundesgericht hier frei überprüfen kann, zumal die Kantone diesbezüglich über keinen Entscheidungsspielraum verfügen (BGE 138 II 57 E. 7.2 S. 66). Vorliegend sind die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz betreffend die Indizien, welche zu einer Annahme führten, das Darlehen erweise sich als (nachträglich) simuliert, äusserst rudimentär. Hingegen hat das Spezialverwaltungsgericht im Urteil vom 24. Januar 2013 festgehalten, die der C._ S.A. gewährten Darlehen seien entgegen der Angaben der (damaligen) Beschwerdeführer nicht jeweils per Ende Jahr abgeschrieben worden; verbucht worden sei jeweils "nur" eine Rückstellung im Umfang der Darlehenserhöhung. Damit sei gerade aufgezeigt worden, dass nicht klar gewesen sei, ob (und gegebenenfalls in welchem Umfang) eine Rückzahlung des Darlehens ungewiss gewesen sei. Jedenfalls habe der (damalige) Beschwerdeführer per Ende 2000 gegenüber den Steuerbehörden nicht offen gelegt, dass er die Mittel der D._ AG definitiv entzogen hatte. Im Gegenteil habe er dem kantonalen Steueramt noch einen "Rahmenvertrag für ein Darlehen" vom 5. März 2002 (also datiert nach der Konkurseröffnung) zwischen der D._ AG und der C._ S.A. mit der Angabe der Darlehensbeträge eingereicht. Auf diese Sachverhaltsfeststellungen ist gestützt auf Art. 105 Abs. 2 BGG abzustellen, nachdem die Beschwerdegegner weder vor der Vorinstanz darlegten noch vor Bundesgericht geltend machen, sie seien unrichtig.
3.4.3. Die Beschwerdegegner selber räumen ihrerseits in der Vernehmlassung ein, dass von einem Mittelentzug aus der darlehensgewährenden Gesellschaft auszugehen sei. Nachdem die geldwerte Leistung auch vor Bundesgericht nicht umstritten ist, ist darauf nicht weiter einzugehen.
3.4.4. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz bzw. des Spezialverwaltungsgerichts, wonach für die Bestimmung des Zeitpunkts des definitiven Entzugs der Mittel aus der D._ AG - und damit auf die Realisation einer geldwerten Leistung an den Beteiligten - auf den Zeitpunkt der Konkurseröffnung über die C._ S.A. abzustellen sei, die Realisation mithin im Jahre 2001 erfolgte, ist gestützt auf die genannten Sachverhaltsfeststellungen nicht zu beanstanden. Erst in diesem Zeitpunkt war definitiv ersichtlich, dass eine Rückerstattung der gewährten Darlehen nicht mehr erfolgen würde, machten doch die Steuerpflichtigen zuvor geltend, es handle sich um ein echtes Darlehen und brachten sie für dieses Vorbringen auch Belege bei.
3.5. Es liegt mithin eine neue Tatsache vor, für welche grundsätzlich eine Nachsteuerpflicht besteht. Im Masslichen wurde die mit Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vorgenommene Aufrechnung nicht bestritten. Die Beschwerde des Kantonalen Steueramtes ist demnach bezüglich der direkten Bundessteuer gutzuheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 19. September 2013 ist aufzuheben und das Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 24. Januar 2013 ist zu bestätigen.
II. Kantonale Steuern
4.
4.1. § 206 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG/AG; SAR 651.100) entspricht Art. 151 Abs. 1 DBG (sowie Art. 53 Abs. 1 StHG), § 179 StG/AG entspricht Art. 123 Abs. 1 DBG (sowie materiell Art. 42 i.V.m. Art. 46 Abs. 1 StHG) und § 29 Abs. 1 lit. c StG/AG entspricht Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG (sowie materiell Art. 7 Abs. 1 StHG). Damit kann in allen Teilen auf das zur direkten Bundessteuer Gesagte verwiesen werden.
4.2. Die Beschwerde ist damit auch bezüglich der Kantons- und Gemeindesteuer des Kantons Aargau gutzuheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 19. September 2013 ist aufzuheben und das Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 24. Januar 2013 ist zu bestätigen.
III. Kosten und Entschädigungsfolgen
5.
Die Beschwerdegegner haben aufgrund ihres Unterliegens die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG). Dem Kanton Aargau, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_1023/2013 und 2C_1024/2013 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2001 wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 19. September 2013 wird aufgehoben und das Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 24. Januar 2013 wird bestätigt.
3.
Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer 2001 des Kantons Aargau wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 19. September 2013 wird aufgehoben und das Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 24. Januar 2013 wird bestätigt.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdegegnern unter Solidarhaft auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juli 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Dubs