Sachverhalt:
A. Die X._ AG bezweckt den Erwerb, den Bau, die Miete oder Pacht von Hotel- und Appartement- oder ähnlichen Anlagen sowie die Beteiligung an und die Gründung von entsprechenden Hotel- und Ferienbetriebsgesellschaften. Sie will diese Ferienanlagen den Mitgliedern des von ihr betriebenen Ferienclubs in gemeinsamer Selbsthilfe und zu Selbstkosten bzw. zu möglichst vorteilhaften Bedingungen zur Verfügung stellen. Die Finanzierung erfolgt durch die Ausgabe von als Darlehen bezeichneten Ferienzertifikaten.
Wegen der Nichtdeklaration von Einnahmen durch Ausgabe von Ferienzertifikaten, geldwerte Leistungen und Vorsteuerdifferenzen vom 1. Quartal 1999 bis und mit dem 1. Quartal 2001 forderte die Eidgenössische Steuerverwaltung von der X._ AG Mehrwertsteuern von insgesamt Fr. 99'758.-- (plus Verzugszinsen) nach. Dagegen erhob die Gesellschaft erfolglos Einsprache und danach Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 12. November 2007 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 27. September 2007 aufzuheben und ihr den allenfalls zuviel bezahlten Mehrwertsteuerbetrag mit Zinsen zurückzuerstatten. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG). Als Steuerpflichtige ist die Beschwerdeführerin zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht geltend gemacht werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Streitig sind hier einerseits Leistungen, die den Zeitraum vom 1. Quartal 1999 bis zum 4. Quartal 2000 betreffen und für welche somit die Bestimmungen der Mehrwertsteuerverordnung (MWSTV) von 1994 (AS 1994 1464) anwendbar sind. Andererseits bezieht sich der umstrittene Sachverhalt auf das 1. Quartal 2001 und untersteht insoweit dem auf den 1. Januar 2001 in Kraft getretenen Mehrwertsteuergesetz (MWSTG; vgl. dazu Art. 93 und 94 MWSTG).
2. 2.1 Der Steuer im Inland unterliegen die entgeltliche Lieferung von Gegenständen, die entgeltlich erbrachten Dienstleistungen, der Eigenverbrauch sowie der entgeltliche Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland, sofern sie nicht ausdrücklich von der Besteuerung ausgenommen oder befreit sind (Art. 4 MWSTV; Art. 5 MWSTG). Als Dienstleistung gilt jede Leistung, die keine Lieferung eines Gegenstandes darstellt (Art. 6 Abs. 1 MWSTV; Art. 7 Abs. 1 MWSTG). Damit von einer steuerbaren Leistung gesprochen werden kann, verlangt das Gesetz Entgeltlichkeit (Art. 4 und 5 MWSTV bzw. Art. 5 und 6 MWSTG). Das bedingt einen Austausch von Leistungen bzw. eine innere wirtschaftliche Verknüpfung zwischen Leistung und Gegenleistung (vgl. u.a. BGE 126 II 443 E. 6a S. 451 f.).
2.2 Miteinander verbundene Leistungen sind als einheitlicher wirtschaftlicher Vorgang anzusehen, wenn sie wirtschaftlich derart eng zusammengehören und ineinander greifen, dass sie ein unteilbares Ganzes bilden. Das Mehrwertsteuergesetz enthält im Unterschied zur Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 nunmehr eine ausdrückliche entsprechende Regelung (vgl. Art. 36 Abs. 4 MWSTG). Demnach werden zusammenhängende Leistungen seit jeher dann einheitlich behandelt, wenn es sich um eine eigentliche Gesamtleistung handelt oder wenn eine oder mehrere zur Hauptleistung akzessorische Nebenleistungen vorliegen. Die mehrwertsteuerrechtliche Behandlung erfolgt dabei im ersten Fall nach der für die Gesamtleistung wesentlichen Eigenschaft, mithin nach der Leistung, welche wirtschaftlich betrachtet im Vordergrund steht. Im zweiten Fall werden die Nebenleistungen entsprechend der Hauptleistung behandelt, weil diese den wirtschaftlichen Kern des Geschäfts darstellt. Liegt weder eine untrennbare Gesamtleistung noch eine Hauptleistung mit abhängigen Nebenleistungen vor, so handelt es sich um mehrere selbständige Leistungen, die mehrwertsteuerrechtlich getrennt zu behandeln sind. Entsprechendes kann sich nicht nur aus dem Fehlen des erforderlichen inneren Zusammenhangs ergeben, sondern auch auf einer ausdrücklichen gesetzlichen Regelung beruhen (vgl. beispielsweise die Abtrennung von gastgewerblichen Leistungen im Rahmen von Umsätzen im Bereich von Bildung und Erziehung; Art. 14 Ziff. 9 MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 11 MWSTG). Dabei werden zivilrechtlich selbständige Leistungen grundsätzlich auch mehrwertsteuerrechtlich als selbständige Leistungen behandelt (vgl. zum Ganzen ASA 75 401 E. 3.1; Pra 2005 Nr. 26 S. 187 E. 10.1; je mit Hinweisen).
3. 3.1 In Anwendung dieser Regeln sowie aufgrund der Vereinbarungen zwischen der Beschwerdeführerin und den Clubmitgliedern hat die Vorinstanz zu Recht festgehalten, dass durch den Erwerb der Ferienzertifikate bzw. die Bezahlung der Mitgliederbeiträge ein besonderes Vertragsverhältnis entsteht. In dessen Rahmen wird den Mitgliedern primär das Recht eingeräumt, am Punktesystem des Clubs teilzunehmen. Gleichzeitig wird ihnen ein ganzes Paket weiterer Leistungen zur Verfügung gestellt; es umfasst neben dem Angebot von attraktiven Ferienmöglichkeiten zu vorteilhaften Bedingungen im In- und Ausland einen ausführlichen Informations- und Reservationsservice, regelmässige Publikationen, die Nutzung der konkret angebotenen Ferienanlagen gegen Entrichtung einer lokalen Benutzungsgebühr, die Teilnahme an einem Tauschpool und im Fall von mehr als drei Zertifikaten besondere Reisevergünstigungen bei Kreuzfahrten.
Zutreffend hat das Bundesverwaltungsgericht weiter erwogen, dass die Bezahlung der Ferienzertifikate und der jährlichen Mitgliederbeiträge die hier massgeblichen Gegenleistungen für die von der Beschwerdeführerin erbrachten Dienstleistungen darstellen. Deshalb hat das Gericht die Entgeltlichkeit im Sinne von Art. 4 lit. b MWSTV bzw. Art. 5 lit. b MWSTG und den dafür erforderlichen Leistungsaustausch bejaht (vgl. auch Art. 26 Abs. 2 MWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 MWSTG).
Der Vorinstanz ist auch insofern zu folgen, als sie davon ausgegangen ist, dass die Ferienzertifikate und die Mitgliederbeiträge nicht voneinander unabhängig, sondern zusammen als sich gegenseitig bedingende Bestandteile eines einzigen, ganzheitlichen Vertrags- und Leistungssystems zu betrachten sind, wie der Mitgliedschaftsvereinbarung entnommen werden kann. Die Gesamtheit der angebotenen Leistungen ist so eng verknüpft, dass nur von einer einheitlichen Leistung gesprochen werden kann (vgl. Art. 36 Abs. 4 MWSTG sowie für die MWSTV StR 61/2006 553 E. 3.2). Diese Gesamtleistung ist zum Normalsatz steuerbar, nachdem die Voraussetzungen für die Anwendung eines privilegierten Satzes nicht gegeben sind (vgl. Art. 27 Abs. 1 lit. b MWSTV bzw. Art. 36 Abs. 3 bzw. 4 MWSTG).
4. Was in der Beschwerde dagegen vorgebracht wird, vermag nicht zu einem anderen Ergebnis zu führen:
Unzutreffend ist namentlich das Argument, die Überlassung und der Erwerb der Ferienzertifikate begründeten ein von der Besteuerung ausgenommenes Kreditverhältnis (vgl. Art. 13 i.V. mit Art. 14 Ziff. 15 MWSTV u. Art. 17 i.V. mit Art. 19 MWSTG). Ein solcher steuerfreier Umsatz besteht nur dann, wenn die Hauptleistung in der Übertragung oder Bereitschaft zur Übertragung von Geld besteht, das vom Kreditnehmer zurückzuerstatten ist und wenn es sich dabei um eine selbständige Leistung handelt. Das geht u.a. aus dem - von der Beschwerdeführerin zu Unrecht angerufenen - Bundesgerichtsurteil 2A.526/2003 vom 1. Juli 2004 hervor: Von einem Kreditgeschäft kann nur dann gesprochen werden, wenn dieses für sich alleine abgeschlossen wird, ohne dass damit - wie hier - verschiedene vertragliche Verpflichtungen im Rahmen einer Gesamtleistung erfüllt werden (vgl. Pra 2005 Nr. 27 S. 201 E. 3.1 mit Hinweisen). Daran ändert nichts, dass die Ausgabe der Zertifikate in den Statuten der Beschwerdeführerin als Darlehensgewährung bezeichnet wird. Da ein Kreditverhältnis mehrwertsteuerrechtlich auszuschliessen ist, erübrigt sich die weitere Prüfung, ob ein Darlehen im zivilrechtlichen Sinne vorliegt bzw. ein Kredit mit Einmalverzinsung oder aber Aufwendungen, mit denen die Mitglieder auf den Zins aus einer alternativen Vermögensanlage verzichten.
Zu Unrecht rügt die Beschwerdeführerin weiter, die Vorinstanz habe bei der Ermittlung des massgeblichen Sachverhalts dadurch gegen Art. 97 Abs. 1 bzw. Art. 105 Abs. 2 BGG verstossen, dass sie angenommen habe, die Ferienzertifikate seien nur in (sehr) beschränktem Ausmass zurückzahlbar (vgl. oben E. 1.2). Das Bundesverwaltungsgericht hat sich auf mehrere Einzelregelungen der Mitgliedschaftsvereinbarung stützen können: Die Rücknahme bzw. -zahlung der Ferienzertifikate kann zwar auf Antrag erfolgen; sie ist aber insofern eingeschränkt, als die Anträge nur bis 10% der im laufenden Geschäftsjahr neu ausgegebenen Ferienzertifikate in der Reihenfolge ihres Eingangs berücksichtigt werden; übersteigen die Anträge diesen Prozentsatz, können sie erst wieder in der Reihenfolge ihres Eingangs berücksichtigt werden, wenn das Volumen der Neuausgaben dies erlaubt; zudem können ordentliche Anträge auf Rückzahlungen frühestens nach Ablauf von vier Jahren seit Vertragsunterzeichnung erfolgen. Wenn das Gericht (beträchtliche) Rückzahlungsbeschränkungen angenommen hat, ist diese Feststellung auf jeden Fall nicht offensichtlich unzutreffend, soweit sie den Ausgang des Verfahrens überhaupt beeinflusst hat.
Fehl geht schliesslich die Behauptung der Beschwerdeführerin, es gehe hier um im Ausland erbrachte und somit der schweizerischen Mehrwertsteuer nicht unterstehende Beherbergungsleistungen. Es liegt eine einheitliche Dienstleistung vor, deren Besteuerungsort nach dem sog. Erbringerortsprinzip in der Schweiz ist (vgl. Art. 12 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 14 Abs. 1 MWSTG).
5. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Matter