Sachverhalt:
A. A.a Das Betreibungsamt Romanshorn kündigte am 22. September 2008 in den gegen X._ und Y._ laufenden Betreibungen (Nrn. 1 und 2) die Versteigerung der Liegenschaft Nr. 3, Grundbuch Z._, Im A._ 4, auf den 12. Dezember 2008 an (Amtsblatt des Kantons Thurgau ABl.). Am 13. November 2008 wies das Betreibungsamt das Begehren der Schuldner (und Grundeigentümer) um Aussetzung der Versteigerung ab und wies u.a. darauf hin, dass die Verwaltung und Bewirtschaftung der Liegenschaft Sache des Betreibungsamtes sei und es einen von den Schuldnern mit B._ abgeschlossenen Mietvertrag nicht beachten werde. Hiergegen gelangten X._ und Y._ am 1. Dezember 2008 an das Vizegerichtspräsidium C._ als untere Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungssachen, welche die Beschwerde mit Entscheid vom 9. Dezember 2008 abwies, soweit darauf eingetreten wurde.
A.b Am 12. Dezember 2008 führte das Betreibungsamt die Zwangsverwertung der Liegenschaft durch. Gegen den Zuschlag gelangten X._ und Y._ am 22. Dezember 2008 ebenfalls an die untere Aufsichtsbehörde und machten deren Befangenheit bzw. Ausstandspflicht geltend.
B. Gegen den Entscheid der unteren Aufsichtsbehörde vom 9. Dezember 2008 erhoben X._ und Y._ Beschwerde beim Obergericht des Kantons Thurgau als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibung und Konkurs (Verfahren BS.2009.1). Am 29. Dezember 2008 verlangten sie die Ansetzung einer Frist zur Beschwerdeergänzung. Das Begehren betreffend Ausstandspflicht überwies die untere Aufsichtsbehörde am 5. Januar 2009 zuständigkeitshalber an die obere kantonale Aufsichtsbehörde (Verfahren BS.2009.2). Mit Entscheid vom 26. Januar 2009 wies die obere Aufsichtsbehörde die Beschwerde und das Ausstandsbegehren unter Kostenfolgen (insgesamt Fr. 1'500.--) ab.
C. Mit Eingabe vom 2. März 2009 führen X._ und Y._ Beschwerde in Zivilsachen. Die Beschwerdeführer beantragen dem Bundesgericht, den angefochtenen Entscheid der oberen Aufsichtsbehörde aufzuheben und die Beschwerde vom 1./29. Dezember 2008 sowie das Ausstandsbegehren vom 22. Dezember 2008 gutzuheissen.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
Erwägungen:
1. 1.1 Entscheide in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen, welche in diesem Bereich an die Stelle der Beschwerde in Betreibungssachen tritt (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 19 SchKG). Beschwerdeentscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden über Verfügungen der Vollstreckungsorgane gemäss Art. 17 SchKG sind Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, zumal diese Verfügungen im laufenden Vollstreckungsverfahren grundsätzlich nicht mehr in Frage gestellt werden können (BGE 133 III 350 E. 1.2 S. 351). Gegen selbständig eröffnete Zwischenentscheide über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde zulässig (Art. 92 BGG).
1.2 Gemäss Art. 42 BGG haben die Rechtsschriften die Begehren zu enthalten und ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Aus der vorliegenden Beschwerdebegründung geht hervor, dass die Beschwerdeführer - neben der Gutheissung des Ausstandsbegehrens - in der Sache (einzig) die Neuschätzung der zu verwertenden Liegenschaft, die "Aufnahme" des Mietverhältnisses mit B._ und die Aufhebung der Pflicht zur Tragung der Verfahrenskosten verlangen. Soweit die Beschwerdeführer mehr oder anderes verlangen, genügt die Beschwerdeschrift den Begründungsanforderungen nicht und kann darauf nicht eingetreten werden. Im Weiteren legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG); neue Tatsachen und Beweismittel sind unzulässig (Art. 99 BGG). Ebenso wenig werden Beweisofferten wie die Einvernahme von Zeugen, der Beizug eines Experten und die Edition von Urkunden abgenommen.
2. 2.1 Die obere Aufsichtsbehörde hat mit Bezug auf den Antrag einer nochmaligen Schätzung festgehalten, dass sie mit ihrem Entscheid vom 17. November/3. Dezember 2008 bereits entschieden habe, der Schätzwert könne nicht mehr zur Diskussion stehen. Daran habe sich nichts geändert. Sie habe bereits im Entscheid vom 26. November/ 19. Dezember 2007 festgestellt, der von den Beschwerdeführern als Grund für eine neue Schätzung angeführte Gestaltungsplan "A._ Süd" sei bei der betreibungsamtlichen Liegenschaftenschätzung berücksichtigt worden, weshalb von Nichtigkeit der Schätzung keine Rede sein könne, zumal das Bundesgericht mit Urteil 5A_21/2008 vom 13. August 2008 auf eine gegen den Entscheid erhobene Beschwerde nicht eingetreten sei. Für das Betreibungsamt bestehe keine Veranlassung, das Verwertungsverfahren auszusetzen.
Die Beschwerdeführer rügen in diesem Zusammenhang eine Verletzung von Art. 44 (i.V.m. Art. 9 Abs. 2) VZG. Nach dieser Bestimmung ist nach Durchführung des Lastenbereinigungsverfahrens festzustellen, ob Änderungen im Werte des Grundstücks, wie namentlich infolge Wegfall von Lasten, eingetreten sind. Allerdings ergeben sich weder aus den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid noch aus den Vorbringen der Beschwerdeführer Anhaltspunkte, dass die Voraussetzungen zur Revision der Schätzung gestützt Art. 44 VZG übergangen worden wären. Sodann legen die Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern die obere Aufsichtsbehörde die Regeln über die Rechtskraft von Beschwerdeentscheiden (vgl. BGE 133 III 580 E. 2.1 S. 592 mit Hinweisen) verkannt habe, wenn sie erwogen hat, dass der Einwand betreffend die Schätzung ("Nichtberücksichtigung des Gestaltungsplans") bereits im Beschwerdeverfahren erledigt worden und darauf nicht mehr zurückzukommen sei. Die Vorbringen der Beschwerdeführer erschöpfen sich in Ausführungen, welche im angefochtenen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht keine Stütze finden. Insoweit kann auf die unzulässigen Vorbringen (Art. 105 Abs. 1 BGG) und die allgemein gehaltene Rüge einer Rechtsverletzung nicht eingetreten werden (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2.2 Weiter hat die obere Aufsichtsbehörde festgehalten, dass die Beschwerdeführer nicht berechtigt seien, mit B._ einen (für das Betreibungsamt verbindlichen) Mietvertrag abzuschliessen, da die Verwaltung und Bewirtschaftung des Grundstücks dem Betreibungsamt obliege. Die Vorinstanz hat auf Art. 101 Abs. 1 (i.V.m. Art. 17) VZG verwiesen, wonach von der Stellung des Verwertungsbegehrens an das Betreibungsamt in gleicher Weise für die Verwaltung und Bewirtschaftung des Grundstücks zu sorgen hat wie im Pfändungsverfahren, es sei denn, dass der betreibende Gläubiger ausdrücklich darauf verzichtet. Dass letztere Voraussetzung erfüllt und von der Vorinstanz übergangen worden sei, behaupten die Beschwerdeführer selber nicht, und ihr Einwand, die Gläubigerin habe die Verwaltung und Bewirtschaftung des Grundstücks "nicht verlangt", geht ins Leere. Das Gleiche gilt für den Hinweis der Beschwerdeführer, das Betreibungsamt habe die Verwaltung und Bewirtschaftung "nicht verfügt", denn die im Gesetz (Art. 155 Abs. 1 i.V.m. Art. 102 Abs. 3 SchKG) begründete Zwangsverwaltung durch das Betreibungsamt tritt von Amtes ein. Die Beschwerdeführer legen nicht dar, inwiefern die Vorinstanz Recht verletzt habe, wenn sie festgestellt hat, das Betreibungsamt sei für die Verwaltung und Bewirtschaftung der Liegenschaft zuständig. Auf die nicht hinreichend begründete Beschwerde kann insoweit nicht eingetreten werden (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2.3 Die Beschwerdeführer bringen in diesem Zusammenhang vergeblich vor, das Betreibungsamt habe sich "nie um irgendwelche Verwaltungsangelegenheiten gekümmert". Die blosse Feststellung eines Umstandes, namentlich der allfälligen Pflichtwidrigkeit einer Handlung oder Unterlassung eines Betreibungsorgans, kann nicht Gegenstand der betreibungsrechtlichen Beschwerde sein (BGE 120 III 107 E. 2 S. 108; AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2003, § 6 Rz. 2).
2.4 Sodann hat die Vorinstanz das Begehren um Ausstand des Vizepräsidenten des Bezirksgerichts zur Behandlung der Beschwerde gegen den Steigerungszuschlag als offensichtlich unbegründet erachtet. Sie hat erwogen, der blosse Hinweis, dass der Vizepräsident des Bezirksgerichts als untere Aufsichtsbehörde über frühere Beschwerden nicht im Sinne der Beschwerdeführer entschieden habe, führe nicht zu einer Ausstandspflicht. Die Beschwerdeführer setzten nicht auseinander, inwiefern die Auffassung der Vorinstanz gegen die Regeln über die Ausstandspflicht (Art. 10 Abs. 1 Ziff. 4 SchKG; BGE 114 Ia 278 E. 1) vertossen soll, sondern wiederholen vergeblich, die untere Aufsichtsbehörde habe betreffend die Frage der Neuschätzung "falsch" entschieden. Auf die Beschwerde gegen die Abweisung des Ausstandsbegehren kann nicht eingetreten werden (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2.5 Schliesslich werfen die Beschwerdeführer der oberen Aufsichtsbehörde vor, ihnen zu Unrecht die Verfahrenskosten (Fr. 1'500.--) auferlegt zu haben. Die Vorinstanz hat die Mutwilligkeit der Beschwerdeführung u.a. damit begründet, dass die Beschwerdeführer zur gleichen Frage (Schätzung) mehrmals erfolglos Beschwerde geführt haben und es ihnen - in Anbetracht der siebten Beschwerde an die obere Aufsichtsbehörde - einzig um die Verzögerung des Zwangsverwertungsverfahrens gehe. Die Beschwerdeführer legen nicht dar, inwiefern die obere Aufsichtsbehörde ihr Ermessen überschritten oder missbraucht habe, wenn sie das Beschwerdeverfahren als mutwillig im Sinne von Art. 20a Abs. 2 Ziff. 5 SchKG (vgl. BGE 127 III 178 E. 2a S. 179) erachtet und Verfahrenskosten gesprochen hat. Auch in diesem Punkt genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht (Art. 42 Abs. 2 BGG).
3. Aus diesen Gründen kann auf die Beschwerde insgesamt nicht eingetreten werden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG); sie haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen (Art. 66 Abs. 5 BGG). Über eine Parteientschädigung ist nicht zu befinden, da keine Vernehmlassungen eingeholt worden sind.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau als kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. April 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Levante