Sachverhalt:
A. A.a A._, geboren 1952, war zuletzt vom 16. Juli 1998 bis 31. April 2004 als Bauarbeiter bei der Firma R._ AG angestellt (letzter effektiver Arbeitstag: 22. Mai 2001). Am 6. Juni 2001 erlitt er einen Nichtbetriebs-Unfall, bei welchem er sich am rechten Bein verletzte (Pilon-tibiale-Fraktur; Operationsbericht des Spitals X._ vom 3. Juli 2001). Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher A._ obligatorisch gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert war, kam für die Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus.
Am 11. Juli 2002 meldete sich A._ unter Hinweis auf den Unfall bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Wiedereinschulung in die bisherige Tätigkeit) an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau zog die Akten der SUVA bei und führte erwerbliche Abklärungen durch. Am 14. Oktober 2003 verfügte die IV-Stelle die Gewährung von Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten.
Am 24. Oktober 2003 teilte die SUVA A._ mit, sie schliesse den Schadenfall unter Übernahme der bisherigen Heilkosten grundsätzlich ab, wobei sie für die lebenslänglich notwendigen Kompressionsstrümpfe sowie die modifizierten Schuhe und Schuheinlagen weiterhin aufkomme.
Vom 1. Dezember 2003 bis 12. März 2004 fand eine von der IV-Stelle veranlasste berufliche Abklärung in der Stiftung W._ für Behinderte statt (Abklärungsbericht vom 22. März 2004).
Mit Verfügung vom 28. Mai 2004 sprach die SUVA A._ ab 1. Februar 2004 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 38 % sowie eine Integritätsentschädigung von Fr. 21'360.- bei einer Integritätseinbusse von 20 % zu. Die hiegegen erhobene Einsprache des A._ hiess die SUVA mit Einspracheentscheid vom 8. September 2004 bezüglich des Invaliditätsgrades teilweise gut und erhöhte die Rente auf 39 %. Die übrigen Einsprachebegehren wies sie ab.
Mit Verfügung vom 17. September 2004 wies das AWA Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Aargau den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung des A._ wegen fehlender Vermittlungsfähigkeit ab 1. Juni 2004 ab.
Am 29. September 2004 verfügte die IV-Stelle die Abweisung des Anspruchs auf berufliche Massnahmen. Mit Verfügungen vom 7. Oktober 2005 sprach die IV-Stelle A._ eine befristete ganze Rente vom 1. Juni 2002 bis 31. Januar 2004 zu.
Nachdem A._ hiegegen hatte Einsprache erheben lassen, holte die IV-Stelle einen Bericht ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD; Dr. med. G._) vom 27. Dezember 2005 ein und veranlasste ein versicherungspsychiatrisches Gutachten beim Institut Z._ vom 24. Mai 2006. Nach Eingang einer erneuten Stellungnahme des RAD-Arztes Dr. med. G._ vom 8. Juni 2006 wies die IV-Stelle mit Einspracheentscheid vom 31. August 2006 die Einsprache ab, soweit sie nicht bereits gegenstandslos geworden war.
A.b Am 23. November 2007 liess A._ einen Bericht des Dr. med. S._, Oberarzt der Psychiatrischen Dienste, vom 13. November 2007 ins Recht legen. Die IV-Stelle nahm diese Eingabe als Neuanmeldung entgegen und trat darauf ein. Nach Eingang einer Beurteilung dieses Berichtes durch RAD-Arzt Dr. med. G._ vom 6. Februar 2008 und durchgeführtem Vorbescheidverfahren verfügte die IV-Stelle am 2. Juli 2008 die Abweisung des Leistungsbegehrens.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des A._ wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 11. März 2009 ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung einer 3/4-Rente beantragen. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. Mit Eingabe vom 2. Juni 2009 legt er - nebst Unterlagen bezüglich seiner finanziellen Situation - einen Bericht des Dr. med. H._, Allgemeine Medizin FMH, vom 9. Mai 2009 ins Recht.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 132 V 393 zur auch unter der Herrschaft des BGG gültigen Abgrenzung von Tat- und Rechtsfragen im Rahmen der Invaliditätsbemessung [Art. 16 ATSG]).
2. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung des Leistungsanspruchs einschlägigen Rechtsgrundlagen und die dazu ergangene Rechtsprechung, inbesondere auch im Zusammenhang mit einer Neuanmeldung (Art. 87 Abs. 4 in Verbindung mit Abs. 3 IVV; BGE 130 V 71 E. 2.2 S. 72 mit Hinweisen), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog, gestützt auf das beweiskräftige Gutachten des Instituts Z._ vom 24. Mai 2006 sei davon auszugehen, dass sich die gesundheitliche Situation des Beschwerdeführers seit dem Einspracheentscheid vom 31. August 2006 nicht wesentlich verschlimmert habe und weiterhin eine rentenausschliessende Arbeitsfähigkeit bestehe. Sowohl die Gutachter am Institut Z._ als auch der behandelnde Psychiater Dr. med. S._ hätten im Wesentlichen nur Befunde erhoben, welche in den psychosozialen und soziokulturellen Umständen ihre hinreichende Erklärung fänden, so dass der Beurteilung des Dr. med. S._, wonach eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit bestehe, nicht gefolgt werden könne.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe ausschliesslich auf die Einschätzung des Dr. med. Y._ abgestellt, obwohl bekannt sei, dass dessen Beurteilungen "in offensichtlichem Widerspruch zu allgemein anerkannten Lehrsätzen und Erfahrungen heutiger Medizin" stünden und "äusserst versicherungsfreundlich" seien. Andere Arztberichte habe das kantonale Gericht ignoriert, den Bericht des behandelnden Psychiaters Dr. med. S._ "bagatellisiert" und den Leidensabzug zu tief festgesetzt.
3.3 Die Vorbringen in der Beschwerde erschöpfen sich weitgehend in einer rein appellatorischen und damit letztinstanzlich unzulässigen Kritik am vorinstanzlichen Entscheid. Der Beschwerdeführer erhebt keine Rügen, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz betreffend seinen Gesundheitszustand und seine Arbeitsfähigkeit als offensichtlich unrichtig oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhend erscheinen lassen (vgl. E. 1 hievor).
Das kantonale Gericht legte mit nachvollziehbarer Begründung dar, weshalb der Bericht des Dr. med. S._ vom 13. November 2007 das Gutachten des Instituts Z._ nicht in Frage zu stellen vermag. Insbesondere trug es zutreffend dem Umstand Rechnung, dass der behandelnde Psychiater zwar gewisse Einschränkungen des Versicherten anführte (Lust- und Interesselosigkeit, Antriebsverminderung, sozialer Rückzug, andauernde, ausstrahlende Beinschmerzen und Hautausschläge), indessen keine psychiatrische Diagnose nach einem wissenschaftlich anerkannten Klassifikationssystem stellte, wie sie für eine invalidisierende (psychische) Erkrankung erforderlich ist (Urteil I 683/06 vom 29. August 2007, publiziert in: SVR 2008 IV Nr. 23 S. 71 E. 2.1). Mit Blick auf die in rechtskonformer Beweiswürdigung getroffenen und damit für das Bundesgericht bindenden Feststellungen (Art. 105 Abs. 1 BGG) verletzt insbesondere auch der vom kantonalen Gericht gezogene Schluss, es sei eine Änderung des Grades der Invalidität in einer für den Anspruch erheblichen Weise nicht glaubhaft gemacht, kein Bundesrecht. Dies gilt umso mehr, als der Beschwerdeführer aus der unspezifischen Kritik am Institut Z._ nichts zu seinen Gunsten abzuleiten vermag, zumal ein konkreter Anhaltspunkt gegen die Glaubwürdigkeit des Dr. med. Y._ in diesem Verfahren weder ersichtlich ist noch konkret gerügt wird und Dr. med. Y._ im Übrigen die psychiatrische Exploration gar nicht selbst durchführte, sondern sich mit seiner Unterschrift lediglich einverstanden erklärte mit der Beurteilung des begutachtenden Dr. med. F._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie. Zudem ist der Einspracheentscheid vom 31. August 2006, der sich auf das Gutachten stützt, rechtskräftig; zur Diskussion steht nur, ob sich seither der Gesundheitszustand verschlechtert hat, was die Vorinstanz verneint hat und der Beschwerdeführer nicht substantiiert geltend macht. Schliesslich muss der letztinstanzlich aufgelegte Bericht des Dr. med. H._ vom 9. Mai 2009 als unzulässiges neues Beweismittel unbeachtet bleiben (Art. 99 Abs. 1 BGG).
4. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG - ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den kantonalen Entscheid (Art. 102 Abs. 1 und Art. 109 Abs. 3 BGG) - erledigt wird.
5. Das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung für das letztinstanzliche Verfahren ist zufolge Aussichtslosigkeit abzuweisen (Art. 64 BGG). Von der Erhebung von Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG) wird abgesehen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, der Ausgleichskasse des Schweizerischen Baumeisterverbandes und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle