Sachverhalt:
A. Der Verein Kinderkrippe Y._ wurde mit Gründerversammlung vom 1. November 2000 gegründet und war der Ausgleichskasse des Kantons Zürich als beitragspflichtiger Arbeitgeber angeschlossen. Gemäss den an der Gründerversammlung genehmigten Statuten und dem Protokoll der ersten Vorstandssitzung vom 22. November 2000 amtete die Beschwerdeführerin 1, F._, als Vizepräsidentin, die Beschwerdeführerin 3, G._, als Aktuarin, sowie A._ als Präsident und interimsweise als Kassier, wobei I._, E._ (als Krippenleiterin) und die Beschwerdeführerin 3 das Ressort Betrieb und Personelles übernahmen und M._ mit der Beschwerdeführerin 1 das Ressort Öffentlichkeitsarbeit. An der Generalversammlung vom ... wurde der Beschwerdeführer 2, H._, als Präsident gewählt; gleichzeitig übernahm A._ das Amt des Vizepräsidenten, während die Beschwerdeführerin 1, F._, aus dem Vorstand austrat.
Am ... wurde über den Verein der Konkurs eröffnet und am ... mangels Aktiven eingestellt. Mit Verfügungen vom 6. und 26. Oktober 2005 (Beschwerdeführerin 3) sowie 17. März 2006 (E._) verpflichtete die Ausgleichskasse F._, H._, G._ sowie I._ und E._ zur Bezahlung von Schadenersatz für entgangene Sozialversicherungsbeiträge (einschliesslich FAK-Beiträge, Verwaltungskosten, Verzugszinsen, Mahngebühren und Betreibungskosten) in der Höhe von Fr. 96'179.75. Während die Verfügung gegenüber A._ offenbar unangefochten in Rechtskraft erwuchs, erhoben die übrigen Vorstandsmitglieder Einsprache, welche die Ausgleichskasse mit Einspracheentscheid vom 16. Dezember 2005 sowie 17. Mai 2006 (E._) teilweise guthiess und die Schadenersatzforderungen auf Fr. 88'769.- sowie betreffend F._ auf Fr. 43'171.45 reduzierte.
B. Die hiegegen erhobenen Beschwerden sistierte das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich am 3. Januar und 28. Januar 2008 bis zum Abschluss der Strafuntersuchung gegen A._, vereinigte die Verfahren mit Verfügung vom 30. Juni 2008 und zog zudem das rechtskräftige Strafurteil gegen A._ vom 17. April 2008 bei. Mit Entscheid vom 23. Dezember 2008 wies das Gericht die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 ab, verpflichtete in teilweiser Gutheissung ihrer Beschwerden die Beschwerdeführenden 2 und 3 zur Bezahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 86'919.10 und I._ zur Bezahlung von Fr. 85'208.80, während sie in Gutheissung der Beschwerde von E._ den diese betreffenden Einspracheentscheid vom 17. Mai 2006 ersatzlos aufhob.
C. C.a Mit Beschwerde lässt F._ beantragen, Ziffer 1 des vorinstanzlichen Entscheides sei aufzuheben. Es sei ihr für das Verfahren vor Vorinstanz und unabhängig vom Verfahrensausgang für das Einspracheverfahren vor der Ausgleichskasse des Kantons Zürich eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen, unter Kosten- und Entschädigungsfolge.
C.b Mit Beschwerde lässt H._ beantragen, Ziffer 1 des vorinstanzlichen Entscheides sei aufzuheben und er sei von jeglicher Pflicht zum Ersatz des Schadens der Beschwerdegegnerin zu befreien. Zudem stellte er mit Eingabe vom 4. März 2009 die Verfahrensanträge, das Beschwerdeverfahren in Sachen Kinderkrippe Y._ (9C_177/2009) sei mit dem Verfahren in der analogen Beschwerdesache gemäss Eingabe des Beschwerdeführers vom 2. März 2009 (Kinderkrippe X._) zu vereinigen. Der Beschwerde vom 23. Februar 2009 in Sachen Kinderkrippe Y._ (9C_177/2009) sei aufschiebende Wirkung zu erteilen.
C.c Mit Beschwerde lässt G._ beantragen, was folgt:
"1. Ziffer 1 des vorinstanzlichen Entscheides sei hinsichtlich ihr aufzuheben und es sei ihr kein Schadenersatz aufzuerlegen, eventualiter sei dieser massiv zu reduzieren. Bei einer allfällige Haftung sei explizit auszuführen, dass sie für einen allfälligen Betrag solidarisch gegenüber Beschwerdeführerin 1, Beschwerdeführer 2, Beschwerdeführerin 4 [I._] nebst A._ und Beschwerdeführerin 5 [E._] sowie den Revisorinnen T._ und N._ und V._ mithaftet.
2. Beschwerdeführerin 4 in lit. c [I._] sei in voller Höhe zu Schadenersatz zu verurteilen wie im Übrigen auch A._.
3. Ziffer 1 lit. d des vorinstanzlichen Urteils sei aufzuheben und E._ als faktisches Organ solidarisch zur Verantwortung zu ziehen.
4. Es sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen und der Streit an folgende weitere formelle und faktische Organe des Vereins zu verkünden und beizuladen: T._ und N._ (beide gewählte Revisionsorgane des Vereins),
V._ (Vorstandsmitglied / Beisitzerin mit Einzelunterschrift in Bankgeschäften 2002-2003).
5. Es sei ihr Gelegenheit zu geben, die Eingaben an das Bundesgericht seitens der weiteren Vorstandsmitglieder einzusehen zusammen mit den Urteilen der Vorinstanz, da dies ihre Rolle betrifft bzw. sie eine Stellungnahme dazu geben kann.
6. Es sei ihr für das Verfahren vor Vorinstanz und unabhängig vom Verfahrensausgang für das Einspracheverfahren vor der Ausgleichskasse des Kantons Zürich eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen.
7. Es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
8. Es seien die Einsprache mit den Beilagen 1-43 wie auch die Beschwerde vom 17. Februar 2006 mit Beilagen 1-46 und weitere Eingabe vom 25. August 2008 mit den Vorstandsprotokollen Beilagen 1/1-15 und Beilagen 2/1-11 sowie die weiteren Beilagen 3-11 sowie die Einsprache II vom 23. Juni 2006 mit Beilagen 1-35 und Beschwerde II betreffend Kinderkrippe X._ 19. März 2007 mit Beilagen 1-29 zu den Akten zu ziehen, da aus ökonomischen Gründen auf diese verwiesen wird und anlässlich der Vorstandssitzungen auch beide Vereine zusammen abgehandelt worden sind.
9. Es seien die Akten aus dem Strafverfahren ... bzw. ... bzw. ... beizuziehen, da im Folgenden auch auf diese verwiesen wird. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten des Staats."
C.d Die Ausgleichskasse und das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) verzichten auf Vernehmlassungen. Die Beschwerdeführenden liessen sich gegenseitig zu ihren Beschwerden als Mitinteressierte vernehmen, während die ebenfalls als Mitinteressierte beigeladenen A._, I._ und E._ keine Stellungnahmen einreichten.
D. Mit Verfügung vom 28. Mai 2009 wurden die Verfahren 9C_152/2009, 9C_177/2009 sowie 9C_179/2009 vereinigt und den Beschwerden die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. Die II. sozialrechtliche Abteilung ist zuständig für den Entscheid über die streitige Schadenersatzpflicht nach Art. 52 AHVG (Art. 82 lit. a BGG sowie Art. 35 lit. a des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [BGerR; SR 173.110.131]). Nach Art. 34 lit. d BGerR fällt die kantonale Sozialversicherung zwar in die Zuständigkeit der I. sozialrechtlichen Abteilung. Es ist indessen aus prozessökonomischen Gründen sinnvoll, dass die II. Abteilung auch über die Schadenersatzpflicht entscheidet, soweit sie entgangene Sozialversicherungsbeiträge nach kantonalem Recht betrifft (Urteil 9C_131/2008 vom 28. Mai 2009).
2. Da den drei Beschwerden derselbe Sachverhalt zu Grunde liegt, sich die gleichen Rechtsfragen stellen und die Rechtsmittel sich gegen einen Entscheid richten, welche die Beschwerdeführenden in gleicher Weise zu Schadenersatz verpflichten, wenn auch in unterschiedlichem Umfang, rechtfertigt es sich, die drei Verfahren betreffend die Kinderkrippe Y._ zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen. Hingegen verbietet sich die vom Beschwerdeführer 2 beantragte Vereinigung mit den drei die gleichen Beschwerdeführenden betreffenden Verfahren 9C_153/2009, 9C_200/2009 und 9C_201/2009, handelt es sich doch dort mit der Kinderkrippe X._ um einen anderen Verein und damit um eine andere Schadenersatzforderung. Daran ändert nichts, dass sich dessen Vorstand aus den gleichen Mitgliedern zusammensetzte wie dem hier in Frage stehenden Verein und die Traktanden für beide Vereine jeweils anlässlich einer einzigen Vorstandssitzung abgehandelt wurden.
3. 3.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
3.2 Auf die Anträge 2 und 3 der Beschwerdeführerin 3, dass I._ wie auch E._ in voller Höhe zu Schadenersatz zu verurteilen seien, ist von vornherein nicht einzutreten, da die Beschwerdegegnerin nicht selbst Beschwerde erhoben hat und im Rahmen der öffentlich-rechtlichen Beschwerde nach BGG - wie schon unter der Herrschaft des bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) - keine Möglichkeit zur Erhebung einer Anschlussbeschwerde besteht (vgl. dazu Urteil 8C_531/2008 vom 8. April 2008 E. 1.3 mit Hinweisen sowie Ulrich Meyer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 4 zu Art. 102 BGG; 8C_156/2009 vom 24. Juni 2009, 9C_782/2008 vom 4. März 2009). Das Bundesgericht ist an die Begehren der Parteien gebunden (Art. 107 Abs. 1 BGG), worunter der für die Festlegung der Spruchzuständigkeit massgebende Beschwerdeantrag zu verstehen ist (MEYER, a.a.O., N. 2 zu Art. 107; Urteil 9C_560/2008 vom 12. Dezember 2008).
3.3 Auch auf den Antrag 4 der Beschwerdeführerin 3, wonach gegenüber den weiteren formellen und faktischen Organen des Vereins T._, N._ und V._ der Streit zu verkünden sei, kann, wie bereits die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, nicht eingetreten werden, da es an einer durch die Ausgleichskasse erlassenen Schadenersatzverfügung und damit an einem Anfechtungsgegenstand fehlt. Auch eine Beiladung als Mitinteressierte fällt unter diesen Umständen ausser Betracht (BGE 119 V 87, 112 V 261; Urteil H 134/00 vom 3. November 2000).
3.4 Soweit schliesslich die Beschwerdeführerin 3 ihre Eingabe als subsidiäre Verfassungsbeschwerde bezeichnet und auch verstanden haben will, ist darauf nicht einzutreten. Dieses Rechtsmittel ist gemäss Art. 113 BGG nur zulässig, soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72 bis 89 BGG zulässig ist. Da im vorliegenden Fall Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 82 ff. BGG erhoben werden kann, ist auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht einzutreten (vgl. Urteil 9C_681/2009 vom 14. September 2009 E. 1.2).
4. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über die Arbeitgeberhaftung (Art. 52 AHVG; Art. 14 Abs. 1 AHVG in Verbindung mit Art. 34 ff. AHVV) sowie die hiezu ergangene Rechtsprechung, insbesondere über Eintritt des Schadens und Zeitpunkt der Kenntnis des Schadens (BGE 129 V 193, 128 V 10, 119 V 89 E. 3 S. 92), die subsidiäre Haftung der Organe eines Arbeitgebers (BGE 129 V 11, 126 V 237, 123 V 12 E. 5b S. 15, je mit Hinweisen), den zu ersetzenden Schaden (BGE 126 V 443 E. 3a S. 444, 123 V 12 E. 5b S. 15, je mit Hinweisen), die erforderliche Widerrechtlichkeit (BGE 118 V 193 E. 2a S. 195 mit Hinweisen), die Voraussetzung des Verschuldens und den dabei zu berücksichtigenden - differenzierten - Sorgfaltsmassstab (BGE 108 V 199 E. 3a S. 202, ZAK 1992 S. 248 E. 4b, je mit Hinweisen; vgl. auch Thomas Nussbaumer, Die Haftung des Verwaltungsrates nach Art. 52 AHVG, in: AJP 9/96, S. 1081) zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
5. In Frage steht die Schadenersatzpflicht der Beschwerdeführenden.
5.1 Was vorab die Rechtzeitigkeit der Schadenersatzverfügung betrifft, hat die Vorinstanz zutreffend dargelegt, dass die Ausgleichskasse erst mit der Einstellung des Konkurses mangels Aktiven am ... Kenntnis des Schadens erlangte und damit die Schadenersatzverfügungen vom 6. Oktober 2005 rechtzeitig innerhalb der zweijährigen Verjährungsfrist erfolgten. Angesichts der langjährigen Rechtsprechung (BGE 116 V 72, vgl. auch ZAK 1991 S. 127), wonach nur ein definitiver Pfändungsverlustschein gemäss Art. 115 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 149 SchKG Kenntnis des Schadens im Sinne von Art. 52 Abs. 3 AHVG zu begründen vermag, ein solcher hier aber nicht vorlag, sind die Einwände der Beschwerdeführerin 3 unbehelflich.
5.2 Wie das kantonale Gericht festgestellt hat, hat der konkursite Verein von den zwischen 2001 und 2004 geschuldeten Beiträgen nur Fr. 14'087.50 bezahlt, obwohl er von der Ausgleichskasse mehrfach gemahnt, betrieben und sogar gepfändet wurde. Die Höhe der ausstehenden Beiträge zuzüglich Verwaltungskosten, Mahngebühren, Betreibungskosten und Verzugszinsen bezifferte die Vorinstanz mit Fr. 94'329.80 um Fr. 1'849.95 tiefer als die Ausgleichskasse; dies auf Grund einer Korrektur zu hoher berücksichtigter Lohnsummen bei zwei Angestellten im Jahre 2004: Nach Auffassung der Vorinstanz hatten D._ und S._ anstatt 10 Monate ab Januar 2004 jeweils nur 3 Monate von August bis Oktober 2004 bei der Kinderkrippe Y._ gearbeitet. Entsprechend reduzierte sie die auf die Beschwerdeführenden 2 und 3 entfallende Schadenersatzforderung von Fr. 88'769.05 auf Fr. 86'919.10.
Wie die Beschwerdeführerin 3 bereits vor Vorinstanz eingewendet hat und erneut vorbringt, war S._ indes nur bis September 2004 tätig, wie aus der vom Revisor der Ausgleichskasse erstellten Lohnbescheinigung 2004 hervorgeht. Seine Lohnsumme reduziert sich damit zusätzlich von Fr. 3'600.- um ein Monatsgehalt von Fr. 1'200.- auf Fr. 2'400.-. Die auf der Differenz von Fr. 1'200.- geschuldeten Beiträge in der Höhe von Fr. 164.40 (AHV/IV/EO-Beitrag von 10.1% = Fr. 121.20, ALV-Beitrag von 2% = Fr. 24.-, FAK-Beitrag von 1.3% = Fr. 15.60, Verwaltungskosten von 3% auf den AHV/IV/EO-Beiträgen von Fr. 121.20 = Fr. 3.60) sind von der Schadenersatzforderung gegenüber dem Beschwerdeführer 2 und der Beschwerdeführerin 3 zusätzlich abzuziehen, was eine Forderung von Fr. 86'754.70 ergibt. In Bezug auf die Beschwerdeführerin 1 ist dies unerheblich, da sie für diesen Zeitraum ohnehin nicht mehr einstehen muss.
Weiter stellte das kantonale Gericht fest, dass sämtliche Lohnbescheinigungen zu spät eingereicht wurden. Damit ist der Verein den ihm als Arbeitgeber obliegenden Abrechnungs- und Beitragszahlungspflichten gemäss Art. 14 Abs. 1 AHVG in Verbindung mit Art. 34 ff. AHVV nur unvollständig nachgekommen und hat damit Vorschriften im Sinne von Art. 52 Abs. 2 AHVG missachtet (vgl. statt vieler: BGE 118 V 187 E. 1 am Ende), was grundsätzlich die volle Schadenersatzpflicht gemäss Art. 52 AHVG nach sich zieht.
5.3 Streitig und zu prüfen ist, ob diese zum Beitragsverlust führende Pflichtverletzung des Arbeitgebers den Beschwerdeführenden - ihres Zeichens Vorstandsmitglieder des Vereins und damit formelle Organe einer juristischen Person (Art. 69 ZGB in Verbindung mit Art. 55 ZGB; Riemer, Berner Kommentar, Bern 1990, N. 107 zu Art. 69 ZGB; Hausheer/Aebi-Müller, Das Personenrecht des Schweizerischen Zivilgesetzbuches, Bern 1999, Rz. 17.69), welche grundsätzlich immer als Schadenersatzpflichtige in Frage kommen (BGE 109 V 95; AHI 2002 S. 51; Urteile H 210/01 vom 13. November 2001, H 162/03 vom 2. Juli 2004), da sie in der Lage waren, die Meinungsbildung des Vereins zu beeinflussen, Handlungen im Namen des Vereins vorzunehmen und diesen nach aussen zu vertreten (Art. 69 ZGB in Verbindung mit Art. 55 Abs. 1 und 2 ZGB sowie Art. 15 Ziffer 8 der Statuten) - als grobfahrlässiges Verhalten anzurechnen ist.
Die Vorinstanz hat dies bejaht und damit begründet, dass der Verein von Beginn weg mangelhaft organisiert gewesen sei. Eine eigentliche Kontrolle des Kassiers habe nie stattgefunden, noch sei die Organisation im Vorstand oder im Verein so gewählt gewesen, dass eine solche überhaupt hätte stattfinden können. Es fehlten jegliche Hinweise darauf, dass der Vorstand sich je mit den ihm vorgelegten Jahresrechnungen auseinandergesetzt oder deren Fehlen moniert hätte. Unter diesen Umständen würde eine zumindest unsorgfältige Rechnungsführung und mangelhafte Befolgung der Arbeitgeberpflichten geradezu in Kauf genommen.
Die Beschwerdeführenden bringen dagegen in der Hauptsache vor, angesichts des strafrechtlich relevanten Verhaltens des Vereinspräsidenten und Geschäftsführers A._, welches von der Vorinstanz zu wenig berücksichtigt worden sei, könne ihnen kein grobfahrlässiges Verschulden angerechnet werden.
6. Das kantonale Gericht hat zwar die Beschwerdeverfahren zur Einholung der Strafakten betreffend A._ sistiert und festgestellt, dass dieser mit rechtskräftigem Urteil vom 17. April 2008 im Zusammenhang mit seiner Funktion als Präsident der Kinderkrippen Y._ und X._ vom Bezirksgericht der mehrfachen Misswirtschaft im Sinne von Art. 165 Ziff. 1 StGB in Verbindung mit Art. 29 StGB, der mehrfachen Urkundenfälschung im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 StGB, der mehrfachen Unterlassung der Buchführung im Sinne von Art. 166 StGB in Verbindung mit Art. 29 StGB sowie der mehrfachen Vergehen gegen das AHVG im Sinne von Art. 87 Abs. 3 und 6 AHVG in Verbindung mit Art. 89 Abs. 1 AHVG im Sinne der Anklage schuldig gesprochen worden sei, nachdem er den ihm gemäss Anklageschrift vorgeworfenen Sachverhalt eingestanden hatte. Die Vorinstanz hat aber zum strafrechtlich relevanten Verhalten von A._ keine weiteren Feststellungen getroffen. Damit hat sie den Sachverhalt unvollständig festgestellt, weshalb das Bundesgericht diesbezüglich nicht gebunden ist (Art. 97 Abs. 1 BGG).
6.1 Ob ein Organ schuldhaft gehandelt hat, hängt entscheidend von der Verantwortung und den Kompetenzen ab, die ihm von der juristischen Person übertragen wurden. Bei nicht geschäftsführenden Verwaltungsratsmitgliedern von Aktiengesellschaften ist entscheidend, ob sie den ihnen obliegenden Kontroll- und Aufsichtspflichten nachgekommen sind. Nach Art. 716a Abs. 1 Ziff. 5 OR obliegt dem Verwaltungsrat die Oberaufsicht über die mit der Geschäftsführung betrauten Personen, namentlich im Hinblick auf die Befolgung der Gesetze, Statuten, Reglemente und Weisungen. Gemäss dieser Bestimmung hat das Verwaltungsratsmitglied nicht nur die Pflicht, an den Verwaltungsratssitzungen teilzunehmen, sondern sich periodisch über den Geschäftsgang zu informieren und bei Unregelmässigkeiten in der Geschäftsführung einzuschreiten (vgl. Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, § 30, N. 49). Die Bestimmung entspricht weitgehend dem bis Ende Juni 1992 gültig gewesenen Art. 722 Abs. 2 Ziff. 3 OR, wonach die Verwaltung einer Aktiengesellschaft die mit der Geschäftsführung beauftragten Personen zu überwachen und sich regelmässig über den Geschäftsgang unterrichten zu lassen hatte. Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht hiezu festgestellt hat, setzt die Sorgfaltspflicht voraus, dass der Verwaltungsrat die ihm unterbreiteten Berichte kritisch liest, nötigenfalls ergänzende Auskünfte verlangt und bei Irrtümern oder Unregelmässigkeiten einschreitet. Dabei wird es aber einem Verwaltungsratspräsidenten einer Grossfirma nicht als grobfahrlässiges Verschulden angerechnet werden können, wenn er nicht jedes einzelne Geschäft, sondern nur die Tätigkeit der Geschäftsleitung und den Geschäftsgang im Allgemeinen überprüft und daher beispielsweise nicht beachtet, dass in Einzelfällen die Abrechnung der Lohnbeiträge nicht erfolgt ist. Das Gegenstück wäre der Präsident des Verwaltungsrates einer Firma, der faktisch das einzige ausführende Organ der Firma ist, oder aber der Verwaltungsratspräsident einer Firma, dem aus irgendwelchen Quellen bekannt ist oder doch bekannt sein sollte, dass die Abrechnungspflicht möglicherweise mangelhaft erfüllt wird (BGE 114 V 219 E. 4a S. 223; 108 V 199 E. 3a S. 202; ZAK 1985 S. 620 E. 3b, Urteil H 182/06 vom 29. Januar 2008, je mit Hinweisen).
6.2 Diese Grundsätze gelten auch für Mitglieder eines Vereinsvorstandes. Im Verein ist der Vorstand als oberstes Exekutivorgan berechtigt und zugleich verpflichtet, die ihm von Gesetz, Statuten und Vereinsbeschlüssen zugewiesenen Aufgaben zu erfüllen (vgl. Anton Heini, in: Honsell/Vogt/Geiser, Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht - Schweizerisches Zivilgesetzbuch I, 2. Aufl., Basel 2002, N. 12 zu Art. 69 ZGB; Hans Michael Riemer, Berner Kommentar, Vereine, Bern 1990, N. 60 f. zu Art. 69 ZGB), wozu nebst der Vertretung nach aussen insbesondere die Geschäftsführung im engeren Sinne (wie Organisation des Rechnungswesens und Buchführungspflicht, Anlage des Vereinsvermögens und weitere Verwaltungsaufgaben; Riemer, a.a.O., N. 60 zu Art. 69 ZGB) oder, falls kraft statutarischer Ermächtigung eine Delegation einzelner Geschäftsführungsaufgaben an ein unteres Exekutivorgan (z.B. Geschäftsleitungs- oder Revisionsstelle) stattgefunden hat, deren Oberleitung und Kontrolle gehört (vgl. Christian Brückner, Das Personenrecht des ZGB, Zürich 2000, S. 354 f. Rz. 1175; vgl. auch AHI 2002 S. 52 E. 3a, H 200/01; SVR 2005 AHV Nr. 18 S. 59, H 86/02, E. 5.3.1, Urteil H 77/03 vom 18. Januar 2005 E. 6.3 in fine). Zwar können einzelne Geschäftsführungsfunktionen delegiert werden. Zur Wahrung der geforderten Sorgfalt gehört jedoch neben der richtigen Auswahl des geeigneten Mandatsträgers auch dessen Instruktion und Überwachung. So kann sich der Geschäftsführer allein durch Delegation der Aufgaben nicht seiner Verantwortung entledigen. Dies gilt für einen Vereinspräsidenten (AHI 2002 S. 51, H 200/01) ebenso wie für einen Verwaltungsrat (BGE 123 V 15 Erw. 5b), einen geschäftsführenden Gesellschafter einer GmbH (AHI 2000 S. 220) oder einen Stiftungsrat (Urteil H 14/00 vom 30. Juli 2001).
6.3 Zwar besteht entgegen der Auffassung der Beschwerdeführenden 1 und 2 keine Veranlassung, bei einem Verein wegen der Ehrenamtlichkeit des Mandats eine weniger strenge Haftung anzuwenden als bei einer AG. Ehrenamtlichkeit bedeutet einzig, dass für die zu Gunsten des Vereins erbrachten Leistungen keine Entschädigung beansprucht wird. Auch mit der Übernahme eines Ehrenamtes unterwirft sich indessen der Mandatsträger den statutarischen und gesetzlichen Pflichten. Die Ehrenamtlichkeit führt nicht dazu, dass diese Pflichten weniger sorgfältig wahrgenommen werden dürfen und ändert nichts daran, dass auf ausbezahlten Löhnen Sozialversicherungsbeiträge bezahlt werden müssen und die Verantwortlichen für eine allfällige Nichtablieferung dieser Beiträge einzustehen haben. Die in Art. 52 AHVG konstituierte Arbeitgeberhaftung und die damit verbundene Organhaftung unterscheidet nicht nach der Rechtsform des Arbeitgebers (Urteil H 210/01 vom 13. November 2001). Auch kann sich ein Vorstandsmitglied entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin 1 gerade nicht auf den (im Strassenverkehrsgesetz geltenden) Vertrauensgrundsatz stützen, sondern hat ebenso wie ein nicht geschäftsführender Verwaltungsrat die ihm unterbreiteten Berichte kritisch zu hinterfragen und allenfalls ergänzende Auskünfte einzuholen.
Hier fällt indes entscheidend ins Gewicht, dass der als Präsident und Kassier des Vereins amtende A._ unter anderem der mehrfachen Urkundenfälschung schuldig gesprochen wurde, weil er sämtliche dem Vereinsvorstand vorgelegten Betriebsrechnungen, Bilanzen und den Bericht der (fiktiven) Revisionsgesellschaft B._ frei erfand und verschiedene Unterschriften, unter anderem der Aktuarin und der Revisionsstelle, fälschte. Der Vereinsvorstand setzte sich anlässlich der Vorstandssitzungen jeweils mit den vorgelegten Zahlen auseinander; aus den Betriebsrechnungen selbst ergaben sich jedoch keinerlei Hinweise, dass diese nicht pflichtgemäss erstellt worden wären. So wurde bereits anlässlich der Vorstandsitzung vom 25. April 2001 von A._ eine Aufstellung "Investitionen & Versicherungsprämien Kinderkrippe Y._ per 25. April 2001" sowie "monatliche Einnahmen/Ausgaben per 25. April 2001" aufgelegt. An der Sitzung vom 9. Januar 2002 präsentierte A._ eine Betriebsrechnung bis 31. Oktober 2001 und eine Betriebsrechnung September/Oktober 2001. An der Sitzung vom 27. Februar 2002 wurde zudem das Budget 2002 aufgelegt und an der Sitzung vom 24. April 2002 festgehalten, dass der Abschluss provisorisch erstellt und ein Gewinn von etwa Fr. 3'000.- erwirtschaftet worden sei. Sodann wurde an der Vorstandssitzung vom 14. August 2002 der Halbjahresabschluss besprochen und verschiedene Hinweise protokolliert, so etwa, dass man ab August/September voraussichtlich auf Budgetkurs sei und, betreffend Rechnungsfehlern, dass A._ die Betriebsrechnung bereinige. Noch an der Vorstandssitzung vom 18. September 2003 wurde festgehalten, der Halbjahresabschluss sei erstellt, es liege eine ausgeglichene Bilanz vor. Schliesslich wurde am 6. November 2003 die Bilanz bis September 2003 präsentiert.
6.4 Soweit die Vorinstanz den Beschwerdeführenden vorwirft, eine Kontrolle des Kassiers hätte nicht stattgefunden, und fordert, die Vorstandsmitglieder hätten selbst dafür sorgen müssen, dass die öffentlich-rechtlichen Arbeitgeberpflichten eingehalten werden, dass sie also beispielsweise selbst Zahlungsbelege hätten einholen oder sich über den Stand einzelner Verbindlichkeiten erkundigen sollen, insbesondere gegenüber der Ausgleichskasse, kann ihr - unter den hier gegebenen besonderen Umständen - bis zum Zeitpunkt der Generalversammlung vom 29. April 2004 nicht gefolgt werden: Entgegen der Auffassung des kantonalen Gerichts ergab sich aus den dem Vorstand vorgelegten Zahlen und Berichten keinerlei Anlass, an deren Richtigkeit zu zweifeln und deshalb weitergehende Auskünfte einzuholen. Vielmehr waren die Betriebs- und Jahresrechnungen in bilanztechnischer Hinsicht plausibel und können insofern nicht als rudimentär bezeichnet werden, als sie die wesentlichen Posten eines Krippenbetriebes enthielten. Zudem wurde stets eine ausgeglichene Rechnung präsentiert. Insbesondere korrelierten in den vom Kassier vorgelegten Jahresrechnungen die als eigener Posten aufgeführten AHV-Beiträge entgegen den Erwägungen des kantonalen Gerichts mit der berücksichtigten Lohnsumme; es bestanden auch keine konkreten Hinweise, dass diese Beiträge nicht beglichen worden wären. Weitere Verdachtsmomente hat auch die Vorinstanz nicht festgestellt. Zudem funktionierte der Krippenbetrieb, was aus damaliger Sicht ebenfalls weder auf ein unlauteres Vorgehen von A._ noch auf eine schlechte Finanzlage schliessen liess. Auch die Revisorinnen hatten keine Einwände erhoben. Dass diese die Revision nicht pflichtgemäss durchführten, wie sich aus Aussagen des A._ im Strafverfahren allenfalls schliessen lässt, kann den Beschwerdeführenden nicht angelastet werden (Urteil H 182/06 vom 29. Januar 2008). Zudem ist es für einen nicht geschäftsführenden Verwaltungsrat unüblich (H 182/06, E. 6.3), einzelne Zahlungsbelege einzufordern, was auch für nicht geschäftsführende Vorstandsmitglieder gelten muss. Eine Pflicht zur Nachfrage bei der Ausgleichskasse, also dem Kreditor selbst, besteht im Rahmen von Art. 52 AHVG nicht (Urteile H 182/06 vom 29. Januar 2008 und H 320/99 vom 14. März 2001, E. 4c/bb), es sei denn, es lägen besondere Umstände vor, was hier nicht zutrifft.
6.5 Anlass zu besonderer Vorsicht bot sich erst, als Unstimmigkeiten betreffend die Revision der Jahresrechnung 2003 auftraten. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, wurde die von der Firma C._ angeblich erstellte Rechnung von der Revisionsgesellschaft B._ revidiert. Der Revisionsbericht wurde sodann an der Generalversammlung vom 29. April 2004 vom "Revisor Frau U._, Firma C._" verlesen. In diesem Zeitpunkt hätte den Vorstandsmitgliedern auffallen müssen, dass die Revision nicht von den gemäss Protokoll der Sitzung vom 29. August 2001 gewählten Revisorinnen, sondern von einer ihnen unbekannten Gesellschaft durchgeführt worden war. Dass die Vorstandsmitglieder ab diesem Zeitpunkt weder bezüglich der Revisionsstelle nachfragten noch die vorgelegten Zahlen kritisch würdigten oder sonst weitere Auskünfte einholten - solche Kontrollaktivitäten sind weder aus den Sitzungsprotokollen ersichtlich noch werden solche behauptet, - ist als grobfahrlässiges Verhalten zu qualifizieren. Für den ab diesem Zeitpunkt entstandenen Schaden ist deshalb von einer Schadenersatzpflicht auszugehen.
Nachdem die Beschwerdeführerin 1 nach den insoweit verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz auf die Generalversammlung vom 8. Mai 2003 aus dem Vereinsvorstand ausgetreten war, entfällt ihre Haftung. Hingegen sind der Beschwerdeführer 2, der am 8. Mai 2003 neu in den Vorstand eintrat, und die Beschwerdeführerin 3, welche beide ihr Amt bis zur Konkurseröffnung ausübten, für den ab dem Zeitpunkt der Generalversammlung vom 29. April 2004 entstandenen Schaden, mithin für die ab diesem Zeitpunkt fällig gewordenen Beiträge zuzüglich Verwaltungskosten, Mahngebühren, Betreibungskosten und Verzugszinsen schadenersatzpflichtig. Die Sache ist deshalb an die Ausgleichskasse zurückzuweisen, damit sie den Schaden in masslicher Hinsicht neu festsetze.
7. 7.1 Da die Beschwerdeführerin 1 obsiegt, hat sie Anspruch auf eine Parteientschädigung.
7.2 Da die Beschwerdeführenden 2 und 3 teilweise obsiegen, sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) auf die Parteien anteilsmässig zu verlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und ist den Beschwerdeführenden eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG), wobei zu berücksichtigen ist, dass auf einige Anträge der Beschwerdeführerin 3 nicht eingetreten wird. Angesichts dessen und der zu erwartenden Schadenersatzhöhe erscheint die Kostenauferlegung zu einem Viertel für den Beschwerdeführer 2 und einen Drittel für die Beschwerdeführerin 3 als angemessen. Den Beschwerdeführenden 2 und 3 wird eine reduzierte Parteientschädigung im gleichen Rahmen zugesprochen.
7.3 Schliesslich beantragen die Beschwerdeführerinnen 1 und 3 unabhängig vom Verfahrensausgang eine angemessene Parteientschädigung für das Einspracheverfahren vor der Ausgleichskasse.
Gemäss Art. 52 Abs. 3 ATSG werden im Einspracheverfahren in der Regel keine Parteientschädigungen ausgerichtet. Hingegen hat der Einsprecher, der im Falle des Unterliegens die unentgeltliche Verbeiständung beanspruchen könnte, bei Obsiegen Anspruch auf eine Parteientschädigung (BGE 130 V 570 E. 2.3 S. 573). Der Tatbestand der Entschädigung der prozessarmen Partei im Obsiegensfall ist hier offensichtlich nicht gegeben und wird auch nicht geltend gemacht. Ob der Wortlaut von Art. 52 Abs. 3 Satz 2 ATSG die Zusprechung einer Parteientschädigung auch bei Vorliegen besonderer Umstände, etwa besonderer Aufwendungen oder Schwierigkeiten, zulässt, wie UELI KIESER (ATSG-Kommentar, N. 28 zu Art. 52) annimmt und wie dies in BGE 130 V 570 offen gelassen wurde, braucht auch hier nicht beantwortet zu werden. Denn die Aufwendungen beider Rechtsvertreter bewegten sich - soweit (insbesondere betreffend Beschwerdeführerin 3) überhaupt notwendig - im Rahmen dessen, was bei einem Schadenersatzverfahren üblich ist. Daran ändert auch die Höhe des Schadensbetrages nichts. Eine Parteientschädigung für das Einspracheverfahren ist deshalb nicht zuzusprechen. Insoweit sind die Beschwerden abzuweisen. Auf die Kostenverteilung im bundesgerichtlichen Verfahren hat das Unterliegen in diesem untergeordneten Punkt keinen Einfluss.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 wird teilweise gutgeheissen. Ziffer 1a des Entscheides des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. Dezember 2008 und der Einspracheentscheid der Ausgleichskasse des Kantons Zürich vom 16. Dezember 2005 werden aufgehoben, soweit die Beschwerdeführerin 1 darin zu Schadenersatz verpflichtet wird. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. Dezember 2008 und der Einspracheentscheid der Ausgleichskasse des Kantons Zürich vom 16. Dezember 2005 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die Ausgleichskasse des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit sie über die Höhe der Schadenersatzforderung im Sinne der Erwägungen neu verfüge.
3. Die Beschwerde der Beschwerdeführerin 3 wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. Dezember 2008 und der Einspracheentscheid der Ausgleichskasse des Kantons Zürich vom 16. Dezember 2005 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die Ausgleichskasse des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit sie über die Höhe der Schadenersatzforderung im Sinne der Erwägungen neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
4. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde der Beschwerdeführerin 3 wird nicht eingetreten.
5. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.- werden zu einem Viertel dem Beschwerdeführer 2, zu einem Drittel der Beschwerdeführerin 3 und zum Rest von Fr. 1'875.- der Beschwerdegegnerin auferlegt.
6. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.-, den Beschwerdeführer 2 mit Fr. 2'100.- und die Beschwerdeführerin 3 mit Fr. 1'800.- zu entschädigen.
7. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigungen des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
8. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. November 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke