Faits:
A. A.a Par ordonnance rendue le 14 août 2009, statuant sur la requête déposée le 13 août 2009 par A._ SA, le Président du Tribunal civil du district de Neuchâtel a, entre autres points, ordonné l'inscription provisoire en faveur de la requérante de deux hypothèques légales des artisans et entrepreneurs, respectivement sur les parcelles n° 1 et 2 du cadastre de Neuchâtel, propriétés de B._, à concurrence de 85'792 fr. 78 avec intérêts à 5% dès le 14 mai 2009 chacune, et imparti à la requérante un délai de deux mois pour faire valoir son droit en justice.
A l'appui de sa requête, A._ SA avait allégué, en substance, qu'elle avait été chargée par la société D._, sur la base d'un contrat d'entreprise du 16 juin 2008, de poser des carrelages dans divers logements des immeubles sur les biens-fonds en question, qu'elle avait adressé une facture finale le 14 mai 2009 bien que des travaux devaient encore être effectués dans certains logements sans possibilité de facturation ultérieure, qu'un montant forfaitaire de 434'704 fr. avait été convenu et qu'un solde selon facture finale de 171'585 fr. 56 était demeuré impayé, raison pour laquelle l'inscription provisoire était requise pour ce montant sur chacun des biens-fonds.
A.b B._ a fait opposition à cette ordonnance le 27 août 2009, concluant à l'annulation de celle-ci et à la radiation des inscriptions provisoires, subsidiairement à la fourniture par la requérante de sûretés d'un montant minimum de 25'000 fr.
A.c Par demande du 13 octobre 2009, la requérante a ouvert action en paiement et en inscription définitive d'une hypothèque légale devant la 1ère Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel contre B._ et C._ SA (dont D._ constitue un département sans personnalité juridique).
B. Par ordonnance sur opposition du 18 février 2010, le Juge instructeur de la 1ère Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, à qui l'opposition avait été transmise conformément à l'art. 130 al. 1 CPC/NE, a révoqué l'ordonnance du 14 août 2009 et invité le Conservateur du registre foncier de Neuchâtel à procéder à la radiation des inscriptions provisoires.
C. La requérante interjette le 22 mars 2010 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette ordonnance, concluant à son annulation et à la confirmation de l'ordonnance d'inscription provisoire du 14 août 2009; subsidiairement, elle conclut à l'annulation et au renvoi de la cause aux premiers juges pour nouvelle décision au sens des considérants.
B._ et C._ SA concluent principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
Par ordonnance présidentielle du 22 avril 2010, l'effet suspensif a été accordé au recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF; Message du Conseil fédéral du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, in FF 2001 pp. 4000 ss, ch. 4.1.4.1 p. 4129 [ci-après: message]; cf. arrêt 5A_102/2007 du 29 juin 2007 consid. 1.3, publié in: BR 4/2007 p. 173 n° 382 [pour l'hypothèque légale de l'art. 712i CC]) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF). La recourante, qui a succombé devant l'autorité cantonale, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
1.2 La requête d'inscription provisoire d'une hypothèque légale était dirigée par la recourante contre la propriétaire des immeubles concernés, à savoir B._. Son action subséquente en paiement et inscription définitive a été ouverte contre C._ SA également, mais celle-ci n'est pas partie à la procédure en inscription provisoire.
1.3 La décision attaquée a pour objet des "mesures provisionnelles", au sens de l'art. 98 LTF (arrêt 5A_102/2007 du 29 juin 2007 consid. 1.3 précité), de sorte que seule peut être invoquée la violation de droits constitutionnels.
Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (art. 106 al. 2 LTF), à savoir expressément soulevés et exposés d'une manière claire et détaillée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 III 589 consid. 2 p. 591/592). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi manifestement insoutenable (ATF 134 II 349 consid. 3 p. 352 et les arrêts cités).
En l'espèce, bien que la recourante indique comme "motifs" du recours "la violation du droit fédéral, au sens de l'art. 95 lettre a LTF, ainsi que l'établissement manifestement inexact des faits, en vertu de l'art. 97 alinéa 1 LTF", il ressort expressément de son acte qu'elle reproche à l'autorité cantonale d'avoir arbitrairement révoqué l'inscription provisoire de l'hypothèque légale. Contrairement à l'opinion de l'intimée, il y a donc lieu d'entrer en matière sur le recours, en tant que la recourante se plaint d'une violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.).
2. Le Juge instructeur a considéré que la vraisemblance de travaux accomplis pour un montant impayé de 171'585 fr. était suffisamment rapportée. En revanche, il a estimé que la requête tendant à l'inscription provisoire de l'hypothèque légale, déposée le 13 août 2009, était tardive. La réception des travaux, pour les trois immeubles en cause, a eu lieu le 7 mai 2009 entre le maître de l'ouvrage et l'entrepreneur général. En principe, le délai de trois mois pour obtenir l'inscription provisoire courait ainsi dès le 7 mai 2009. Les parties s'opposent sur l'importance de travaux encore à exécuter dans deux appartements, nos 3 et 4. Le premier se situe sur la parcelle n° 1 du cadastre de Neuchâtel. Selon un courrier adressé le 8 mai 2009 à la requérante par l'entreprise générale, la description de l'intervention attendue est: "le carrelage du hall de l'appartement 3 à la rue xxx ayant été directement posé sur le linoléum, il y aura lieu de déposer ce carrelage, ôter le linoléum et reposer le carrelage". De l'avis du juge précédent, il s'agit-là typiquement d'une mauvaise exécution, autrement dit de l'un des défauts mineurs au sens de la réserve faite lors de la réception de l'ouvrage; or, la réparation d'un défaut - une malfaçon - n'empêche pas le délai de l'art. 839 al. 2 CC de courir. Il n'importe à cet égard que des ordres devaient encore être donnés à la requérante pour fixer la date de son intervention, puisque celle-ci concerne des retouches ou réparations sur une partie de l'ouvrage déjà livrée mais défectueuse. S'agissant de l'appartement n° 4, sis à la xxx, le procès-verbal de réception de l'ouvrage du 7 mai 2009 mentionne seulement des défauts mineurs, tandis que le courrier du 8 mai 2009 adressé par l'entrepreneur général à la requérante mentionne qu'elle devra "terminer ses travaux", sans autre précision. Le 3 juin 2009, l'entreprise générale signalait au maître de l'ouvrage qu'elle attendait l'ordre de faire faire les travaux, et, à propos de l'appartement n° 4, concernant la requérante: "joints silicone sur faïences et carrelages". Selon le juge précédent, si l'on doit ainsi admettre que la qualité des travaux n'est pas en cause et qu'ils pourraient en principe être invoqués pour justifier que leur achèvement n'était pas encore acquis, la requérante ne prend pas la peine d'indiquer quel est le coût de cette intervention. Indiscutablement toutefois, la pose d'un "joint silicone" ne peut représenter que quelques francs ou dizaine de francs. Pour un contrat portant initialement sur le carrelage de 120 appartements et un coût prévu de 434'704 fr., à savoir une moyenne de 3'600 fr. par appartement, la terminaison d'un "joint silicone" apparaît comme insignifiante au regard de l'entier des travaux. Cette prestation n'était pas nécessaire pour que l'ouvrage puisse globalement être utilisé conformément à son but; partant, c'est à tort que le premier juge a ordonné l'inscription provisoire de l'hypothèque légale.
3. La recourante soutient qu'elle a rendu vraisemblable que les travaux n'ont pas été achevés le 7 mai 2009 et que la requête a été déposée en temps utile. Selon elle, il ressort du courrier du 8 mai 2009 reçu de l'entrepreneur général que les travaux n'étaient pas terminés dans deux appartements au moins; il s'agissait visiblement d'importants travaux dans la mesure où il indique dans cette lettre qu'il informerait la requérante du départ des locataires pour que ces travaux puissent être effectués. Au surplus, les questions de nature technique devront être élucidées dans le cadre de la procédure au fond, notamment au moyen de l'audition de témoins du métier, disposant de compétences particulières à cet égard. En effet, d'une part, le Juge instructeur a retenu que les travaux dans l'appartement n° 3 devaient faire l'objet de retouches à la suite d'une mauvaise exécution, alors que la recourante aurait toujours affirmé avoir exécuté tous les travaux dans les règles de l'art et qu'il s'agissait, en l'occurrence, d'exigences particulières du maître d'oeuvre, notamment liées à des erreurs commises par d'autres entrepreneurs. D'autre part, s'agissant des joints restant à poser dans l'appartement n° 4, le Juge instructeur retient, au stade des mesures provisoires, sans procéder à une quelconque administration des preuves, et partant sans autre examen, qu'il s'agirait là d'un travail mineur. Toutefois, dans le cadre de la pose de carrelages, un tel travail revêtirait une importance considérable, dès lors que les installations ne seraient pas utilisables en l'absence des joints considérés et que la pose de ceux-ci constituerait une part non négligeable de l'ensemble des opérations à effectuer. Ces questions devraient être examinées en détail dans le cadre de la procédure probatoire au fond; "manifestement", la situation, tant de fait que de droit serait en l'état mal élucidée. Enfin, les pièces déposées par l'intimée relatives à la réception de l'ouvrage constituent des documents internes, qui seraient sans valeur probante; elles ont en effet été établies par les défenderesses à la procédure au fond, lesquelles ont de surcroît constitué le même avocat. Dans ces circonstances, le Juge instructeur aurait arbitrairement révoqué l'inscription provisoire de l'hypothèque légale.
4. 4.1 Aux termes de l'art. 837 al. 1 ch. 3 CC, les artisans et entrepreneurs employés à des bâtiments ou autres ouvrages peuvent requérir l'inscription d'une hypothèque légale sur l'immeuble pour lequel ils ont fourni des matériaux et du travail ou du travail seulement, en garantie de leurs créances contre le propriétaire ou un entrepreneur. L'inscription doit être requise au plus tard dans les trois mois qui suivent l'achèvement des travaux (art. 839 al. 2 CC). Il y a achèvement des travaux quand tous les travaux qui constituent l'objet du contrat d'entreprise ont été exécutés et que l'ouvrage est livrable. Ne sont considérés comme travaux d'achèvement que ceux qui doivent être exécutés en vertu du contrat d'entreprise et du descriptif, non les prestations commandées en surplus sans qu'on puisse les considérer comme entrant dans le cadre élargi du contrat. Des travaux de peu d'importance ou accessoires différés intentionnellement par l'artisan ou l'entrepreneur, ou bien encore des retouches (remplacement de parties livrées mais défectueuses, correction de quelque autre défaut) ne constituent pas des travaux d'achèvement (ATF 102 II 206 consid. 1a p. 208). Les travaux effectués par l'entrepreneur en exécution de l'obligation de garantie prévue à l'art. 368 al. 2 CO n'entrent pas non plus en ligne de compte pour la computation du délai (ATF 106 II 22 consid. 2b p. 25/26; 102 II 206 consid. 1a p. 208). En revanche, lorsque des travaux indispensables, même d'importance secondaire, n'ont pas été exécutés, l'ouvrage ne peut pas être considéré comme achevé; des travaux nécessaires, notamment pour des raisons de sécurité, même de peu d'importance, constituent donc des travaux d'achèvement. Les travaux sont ainsi jugés selon un point de vue qualitatif plutôt que quantitatif (ATF 125 III 113 consid. 2b p. 117; 106 II 22 consid. 2b et c p. 25). Le délai de l'art. 839 al. 2 CC commence à courir dès l'achèvement des travaux, et non pas dès l'établissement de la facture (ATF 102 II 206 consid. 2/aa p. 209); le fait que l'entrepreneur présente une facture pour son travail donne toutefois à penser, en règle générale, qu'il estime l'ouvrage achevé (ATF 101 II 253 p. 256).
4.2 Conformément à l'art. 961 al. 3 CC, le juge prononce après une procédure sommaire et permet l'inscription provisoire si le droit allégué lui paraît exister. Selon la jurisprudence, vu la brièveté et l'effet péremptoire du délai de l'art. 839 al. 2 CC, l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs ne peut être refusée que si l'existence du droit à l'inscription définitive du gage immobilier paraît exclue ou hautement invraisemblable (arrêt 5A_777/2009 du 1er février 2010 consid. 4.1 et les arrêts cités; ATF 86 I 265 consid. 3 p. 270). A moins que le droit à la constitution de l'hypothèque n'existe clairement pas, le juge qui en est requis doit ordonner l'inscription provisoire. S'il est saisi d'une requête de mesures d'extrême urgence et que l'échéance du délai est imminente, une réquisition téléphonique ou électronique d'inscription, il adressera sans plus attendre au conservateur du Registre foncier conformément à l'art. 13 al. 4 de l'Ordonnance du 22 février 1910 sur le registre foncier (RS 211.432.1; ORF) (arrêt 5P.344/2005 du 23 décembre 2005 consid. 3.4). Ainsi, statuant sur recours de droit public, le Tribunal fédéral a estimé que le juge tombe dans l'arbitraire lorsqu'il refuse l'inscription provisoire de l'hypothèque légale en présence d'une situation de fait ou de droit mal élucidée, qui mérite un examen plus ample que celui auquel il peut procéder dans le cadre d'une instruction sommaire; en cas de doute, lorsque les conditions de l'inscription sont incertaines, le juge doit donc ordonner l'inscription provisoire (ATF 102 Ia 81 consid. 2b/bb p. 86; Schmid, in Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, 3e éd. 2006, n° 15/16 ad art. 961 CC et les autres citations).
5. En l'espèce, il y a lieu d'admettre avec la recourante que le Juge instructeur ne pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, considérer sur la base des éléments de preuve immédiatement disponibles que l'inscription définitive de l'hypothèque légale serait exclue ou hautement invraisemblable, du fait que le délai de l'art. 839 al. 2 CC n'aurait pas été respecté. C'est à tort en particulier qu'il est parti du principe que la réception des travaux entre le maître de l'ouvrage et l'entrepreneur général correspond à leur achèvement, ces notions n'étant pas identiques. Déterminer la nature et l'importance des travaux à effectuer dans l'appartement n° 3 devra faire l'objet de l'instruction au fond, dans la mesure où la recourante conteste qu'il s'agisse d'une mauvaise exécution. De même, il y aura lieu d'élucider la question de la nécessité du joint à réaliser dans l'appartement n° 4, la jurisprudence admettant que l'ouvrage puisse ne pas être considéré comme achevé si un travail indispensable, même d'importance secondaire, n'a pas été exécuté; ainsi, le juge précédent ne pouvait exclure, au stade des mesures provisionnelles et au degré de la simple vraisemblance, que la pose du joint n'était pas nécessaire à l'achèvement des travaux, pour la seule raison qu'il aurait une valeur insignifiante au regard de l'ensemble des travaux.
6. La recourante consacre une partie de son écriture à la question de la ventilation du montant de la créance. Ses critiques sont toutefois dénuées de pertinence, dans la mesure où elle conclut à la confirmation de l'ordonnance du 14 août 2009.
7. Vu ce qui précède, il y a lieu d'admettre le recours et d'annuler l'arrêt attaqué. La cause sera renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle confirme l'inscription provisoire de l'hypothèque légale telle qu'ordonnée le 14 août 2009 et qu'elle statue, en outre, sur la question de la fourniture de sûretés requise par l'intimée dans son opposition du 27 août 2009. Vu l'issue du recours, l'intimée supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et LTF). Elle versera en outre des dépens à la recourante (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 7'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la 1ère Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel et au Conservateur du registre foncier de l'arrondissement du Littoral et du Val-de-Travers, Neuchâtel.
Lausanne, le 17 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet