Faits:
A. Le 11 octobre 2011, Z._, avocat, a porté plainte à Genève pour le compte de l'hoirie X._ contre Q._, R._ et S._ en leur reprochant de s'être indûment appropriés certains actifs de feu X._; cet homme d'affaires grec résidant à Athènes est décédé en 2010 sans laisser de testament. En substance, la plaignante a expliqué que X._ détenait ses biens par l'intermédiaire de sociétés gérées par des hommes de paille. Il détenait notamment des avoirs auprès de la banque T._, au travers de la société U._, dont l'ayant droit économique déclaré était Q._. X._ disposait cependant de la signature individuelle sur ce compte, Q._, R._ et S._ disposant d'une signature collective à deux. Or, de septembre 2008 à mars 2010, la valeur des avoirs de la société n'était passé que de USD 8'361'060 à 6'962'535, alors qu'en avril 2010 le solde créditeur ne s'élevait plus qu'à 147'119.-. Tous les virements avaient été opérés sur ordre des trois personnes dénoncées. Le mandataire de la plaignante craignait que les faits dénoncés se reproduisent avec la société V._.
Le Ministère public a ouvert une procédure pénale du chef d'abus de confiance et ordonné le séquestre conservatoire des avoirs en compte, placements et safes, ainsi que le séquestre probatoire de la documentation bancaire pour toute relation dont Q._, R._, S._ et X._ auraient été titulaires, ayants droit économiques ou fondés de procuration, notamment en rapport avec la société V._.
Par décision du 21 novembre 2011, le Ministère public a classé la plainte pénale déposée par l'hoirie X._ au motif que les autorités de poursuite pénale suisses n'étaient pas compétentes pour traiter ce litige.
B. Par arrêt du 27 février 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a déclaré irrecevable le recours déposé contre l'ordonnance précitée. Elle a considéré que la plainte pénale, respectivement le recours cantonal, auraient dû être déposés pour le compte de chaque héritier de feu X._ et non pour le compte de l'hoirie, la communauté héréditaire n'ayant pas la personnalité juridique et la qualité pour ester en justice. En outre, le mandataire grec de l'hoirie n'avait pas démontré avoir été mandaté par chacun des héritiers pour déposer plainte pénale devant les autorités suisses.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, l'hoirie X._ et les hoirs de feu X._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et l'ordonnance du Ministère public et de renvoyer la cause au Ministère public afin qu'il ouvre une instruction.
La Cour de justice s'est référée aux considérants de son arrêt. Le Ministère public a déposé des observations.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale d'irrecevabilité prise en dernière instance cantonale. Sur le fond, le litige porte sur une question pénale. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est donc en principe ouvert. Les juges cantonaux ayant refusé d'entrer en matière sur le recours, seule la question de la recevabilité du recours cantonal peut être portée devant le Tribunal fédéral qui n'a, à ce stade, pas à examiner le fond de la contestation.
1.2 Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Conformément à l'art. 42 al. 1 LTF, le recourant doit alléguer les faits propres à fonder sa qualité pour recourir (cf. ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
Selon la jurisprudence, le plaignant qui n'a pas la qualité pour recourir sur le fond peut seulement se plaindre d'une violation de ses droits de partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (ATF 136 IV 41 consid. 1.4 p. 44 et les arrêtés cités). La possibilité d'invoquer des garanties procédurales ne lui permet cependant pas de remettre en cause, même de façon indirecte, le jugement au fond. Son recours ne peut donc pas porter sur des points indissociables de ce jugement tels que le refus d'administrer une preuve sur la base d'une appréciation anticipée de celle-ci ou le devoir de l'autorité de motiver sa décision de façon suffisamment détaillée (ATF 136 I 323 consid. 1.2 p. 326; 136 IV 41 consid. 1.4 p. 44 et les arrêts cités).
En l'occurrence, les recourants ne se prononcent pas sur les prétentions civiles qu'ils entendent élever. Ils ont toutefois qualité pour se plaindre du refus de leur reconnaître la qualité pour recourir dans la mesure où cette décision équivaut à un déni de justice formel. Il y a donc lieu d'entrer en matière, indépendamment de la qualité pour agir des recourants sur le fond.
2. Les recourants soutiennent que le refus de l'instance précédente d'entrer en matière sur leur recours car celui-ci aurait dû être déposé pour le compte des hoirs de feu X._ et non pour celui de l'hoirie, contrevient au principe de la bonne foi et à l'interdiction du formalisme excessif. Ils reprochent également à la Cour de justice d'avoir commis un déni de justice en déclarant leur recours irrecevable au motif que Z._ n'aurait pas été habilité à les représenter en Suisse, sans leur avoir donné l'occasion de corriger le vice; sur ce point, ils invoquent également une violation de l'art. 389 al. 3 CPP.
2.1 Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la mise en oeuvre du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (ATF 135 I 6 consid. 2.1 p. 9; 132 I 249 consid. 5 p. 253; 130 V 177 consid. 5.4.1 p. 183; 128 II 139 consid. 2a p. 142; 127 I 31 consid. 2a/bb p. 34). En tant qu'elle sanctionne un comportement répréhensible de l'autorité dans ses relations avec le justiciable, l'interdiction du formalisme excessif poursuit le même but que le principe de la bonne foi consacré aux art. 5 al. 3 et 9 Cst. Ce principe commande à l'autorité d'éviter de sanctionner par l'irrecevabilité les vices de procédure aisément reconnaissables qui auraient pu être redressés à temps, lorsqu'elle pouvait s'en rendre compte suffisamment tôt et les signaler utilement au plaideur (ATF 125 I 166 consid. 3a p. 170; arrêt 2C_373/2011 du 7 septembre 2011 consid. 6.1). Si l'autorité a méconnu cette obligation, elle doit tolérer que l'acte concerné soit régularisé, éventuellement hors délai (arrêt 1C_141/2011 du 14 juillet 2011 consid. 2 publié in SJ 2011 I 357; ATF 120 V 413 consid. 5). De l'interdiction du formalisme excessif, la jurisprudence a déduit l'obligation pour l'autorité, en présence d'un mémoire signé d'un mandataire ne justifiant pas de ses pouvoirs, d'accorder un délai convenable pour réparer le vice; l'autorité ne saurait refuser d'emblée d'entrer en matière (ATF 104 Ia 403 consid. 4e p. 407 s.; 94 I 524; 92 I 13 consid. 2 p. 16/17 ; arrêt 1C_303/2009 du 24 septembre 2009 consid. 2.3; arrêt 2P.329/2005 du 12 juin 2006 consid. 2.2 publié in RF 2007 p. 305). Cette obligation est en outre consacrée dans la loi pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 42 al. 5 LTF) et pour la procédure civile devant les instances cantonales (art. 132 al. 1 CPC).
2.2 Dans son arrêt, la Cour de justice a considéré que le mandataire grec aurait dû agir pour le compte de chaque héritier de feu X._ - et non pour le compte de l'hoirie - et qu'il n'avait pas démontré avoir été mandaté par chacun des hoirs pour déposer plainte pénale devant les autorités suisses. Elle a par conséquent déclaré irrecevable le recours cantonal.
2.3 Selon l'art. 106 al. 1 CPP, une partie ne peut valablement accomplir des actes de procédure que si elle a l'exercice des droits civils. Cette question doit être examinée d'office (cf. YASMINA BENDANI, Commentaire romand CPP, 2011, n. 2 ad art. 106 CPP).
En l'espèce, le recours contre l'ordonnance de classement de la plainte pénale a été formé par l'hoirie de feu X._. Or, comme relevé par la Cour de justice, une communauté héréditaire comme telle n'a pas la personnalité juridique et n'a point qualité pour ester en justice; ses membres doivent en principe agir en commun tant que la succession n'est pas partagée (art. 602 CC; ATF 116 Ib 447 consid. 2a p. 449 s.). L'acte de recours désigne donc de façon inexacte l'hoirie de feu X._ en qualité de recourante en lieu en place des différents hoirs formant cette communauté héréditaire. Cependant, il est en l'occurrence possible de déterminer sans difficulté toutes les personnes qui la composent. La liste des héritiers ressort en effet de la plainte ainsi que des copies de documents officiels (avec traduction certifiée conforme) annexées à celle-ci désignant les héritiers de feu X._ (copies du certificat d'héritiers ab intestat délivré par le Tribunal de première instance d'Athènes ainsi que des certificats dudit tribunal attestant qu'aucun testament n'a été enregistré, que le droit successoral des héritiers ab intestat n'a pas été contesté et que ceux-ci n'ont pas répudié la succession). Le vice de forme affectant l'acte de recours, respectivement la plainte pénale, était donc réparable (cf. Recueil de jurisprudence neuchâteloise [RJN] 1990 72; cf. également ATF 131 I 57 consid. 2.2 p. 63; cf. FRANÇOIS BOHNET, in Code de procédure civile commenté, 2011, n° 74 ss ad art. 59 CPC). Dès lors, le refus de l'instance précédente d'entrer en matière sur le recours pour ce motif ne se justifie pas. Un tel refus paraît en l'espèce d'autant plus inapproprié que la communauté héréditaire, qui était certes assistée d'un avocat, avait été entretenue dans l'idée erronée qu'elle possédait la capacité d'ester en justice: le Ministère public n'avait en effet jamais remis en cause la qualité de l'hoirie à déposer plainte - alors que formellement elle n'avait pas la capacité d'ester au sens de l'art. 106 CPP - et avait rendu sa décision de classement contre "l'hoirie" sans aborder cette problématique.
Enfin, le conseil grec des recourants n'a certes pas produit de procuration en instance cantonale justifiant ses pouvoirs pour agir devant les autorités pénales suisses. Il a cependant représenté les hoirs de feu X._ pendant toute la procédure menée par le Ministère public sans que le dépôt d'une procuration ait été exigé. Dans ces conditions, le refus de la Cour de Justice de considérer le mandataire grec comme le représentant autorisé des recourants sans offrir la possibilité à ceux-ci de régulariser formellement l'acte de recours par la production de procurations ne se justifiait par aucun intérêt public prépondérant et relevait d'un excès de formalisme. L'absence de procuration ne pouvait en effet conduire à l'irrecevabilité du recours que si préalablement le mandataire avait été invité à fournir ce titre dans un certain délai, sous peine d'irrecevabilité (cf. consid. 2.1).
3. Il s'ensuit que le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé, sans qu'il soit nécessaire d'examiner le grief tiré de la violation de l'art. 389 al. 3 CPP également soulevé par les recourants. La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle rende une nouvelle décision, le cas échéant après avoir imparti un délai convenable au mandataire des recourants afin qu'il justifie ses pouvoirs par une procuration écrite de chacun d'eux. Il n'y a pas lieu de mettre les frais judiciaires à la charge du canton de Genève (art. 66 al. 4 LTF). En revanche, celui-ci versera des dépens aux recourants qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé.
2. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée aux recourants, à la charge du canton de Genève. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Ministère public et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 3 août 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn