Faits:
A. A.a E._ est propriétaire de la parcelle n° 979 du cadastre de la commune de Genolier, au lieu dit "En Pralon". D'une surface de 1007 m2, le terrain est sis en zone de villa selon le règlement communal sur le plan d'extension et la police des constructions (RPEPC). La parcelle est grevée d'un droit de passage à pied et pour tous véhicules (servitude n° 215970).
Le 29 janvier 2009, E._ a déposé une demande de permis de construire une villa avec garage et piscine. Le permis de construire a été délivré par la Municipalité de Genolier le 31 mars 2009. A la suite d'une modification du plan d'implantation, le projet a fait l'objet d'un nouveau permis de construire délivré le 24 septembre 2009.
A.b Interpellée quant à la réglementarité de la construction en cours de réalisation, s'agissant notamment des murs entourant la propriété, la Municipalité de Genolier a constaté que le mur sud-est avait été mis à l'enquête publique (et était conforme à la réglementation), ce qui n'était pas le cas du mur sud-ouest.
E._ a mis à l'enquête publique du 17 août au 16 septembre 2010 plusieurs modifications de son projet, dont l'une portait sur la création d'un mur de clôture en limite de propriété sud-ouest. Elle a suscité l'opposition de plusieurs voisins. Par décision du 30 septembre 2010, la Municipalité de Genolier a refusé de délivrer le permis de construire requis, au motif que la hauteur des murs sud-ouest et sud-est à partir de l'angle sud était excessive. E._ a proposé de modifier les murs en cause (par le biais de la réduction de la hauteur des murs sud-ouest et sud-est) et déposé pour ce faire de nouveaux plans auprès de la Municipalité. Par courrier du 19 janvier 2011, la Municipalité a informé les opposants du dépôt des nouveaux plans et indiqué qu'elle ne rendrait une décision formelle qu'une fois les travaux exécutés. Le 3 mars 2011, elle a constaté que les nouveaux plans répondaient à la réglementation en vigueur et que les oppositions seraient levées dès que le constat de conformité de la construction serait établi. Par décision du 23 juin 2011, la Municipalité de Genolier a formellement constaté la réglementarité de l'ouvrage et délivré le permis d'utiliser.
B. Les époux A._ et B._, C._ et D._ et F._ ont recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), en concluant à la constatation de la nullité de la décision du 23 juin 2011, respectivement à l'annulation de celle-ci.
Après avoir procédé à une inspection locale, le Tribunal cantonal a, par arrêt du 24 septembre 2012, rejeté le recours et confirmé la décision rendue le 23 juin 2011 par la Municipalité de Genolier.
C. Les époux A._ et B._ et C._ et D._ interjettent un recours en matière de droit public contre ce jugement dont ils demandent la réforme, en ce sens que la décision du 11 mars 2010 de la Municipalité de Genolier est nulle, sinon annulée, la cause étant renvoyée à l'autorité pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants.
La Municipalité de Genolier et E._ concluent au rejet du recours, tandis que le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de l'arrêt attaqué.
D. Par ordonnance du 31 octobre 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif des recourants.
Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
1.2 Le litige porte, plus précisément, sur la délivrance par la Municipalité de Genolier d'un permis d'utiliser.
1.2.1 D'après l'art. 128 al. 1, 2ème phrase, de la loi sur l'aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985 (LATC; RS/VD 700.11), cette autorisation ne peut être délivrée que si les conditions fixées par le permis de construire ont été respectées et si l'exécution correspond aux plans mis à l'enquête (voir également l'art. 79 du règlement d'application de la LATC du 19 septembre 1986 [RLATC; RS/VD 700.11.1]). Selon la jurisprudence de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, l'institution du permis d'utiliser est uniquement destinée à permettre à la municipalité de vérifier que la construction est conforme aux plans approuvés ainsi qu'aux conditions posées dans le permis de construire et que les travaux extérieurs et intérieurs sont suffisamment achevés pour assurer la sécurité et la santé des habitants. Elle permet ainsi de sanctionner le propriétaire qui n'aurait pas respecté les plans et les conditions posées dans le permis de construire (arrêt AC.2011/0385 du 20 novembre 2012 consid. 2a).
1.2.2 Les propriétaires voisins n'ont en principe pas qualité pour recourir contre l'octroi d'un permis d'utiliser, l'admission du recours ne permettant que d'empêcher une occupation des locaux par le propriétaire, mais nullement de contester le bien-fondé du permis de construire initial (arrêt 1C_515/2011 du 13 avril 2012 consid. 1.3).
1.2.3 Nonobstant la formulation de la décision du 23 juin 2011, il convient de constater que celle-ci se prononce également implicitement sur la validité des modifications du projet incluses dans la demande de permis complémentaire et qu'elle vaut, dans cette mesure, approbation des modifications, octroi du permis de construire et levée des oppositions. Dès lors que les propriétaires voisins ont en principe qualité pour agir contre l'octroi d'un permis de construire (ATF 121 II 171 consid. 2b p. 174), qu'ils ont pris part à la procédure de recours devant l'autorité cantonale et qu'ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué qui confirme le permis d'utiliser, les recourants ont donc la qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
1.3 Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public étant remplies, il convient d'entrer en matière.
2. Le Tribunal fédéral applique le droit fédéral d'office (art. 106 al. 1 LTF). En revanche, il ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 134 II 349 consid. 3 p. 351; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254 et les références). La partie recourante doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. En outre, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
3. Dans un grief de nature formelle qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus, en tant que le Tribunal cantonal aurait refusé de faire administrer divers moyens de preuve qu'ils avaient sollicités.
3.1 Le droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment celui de faire administrer les preuves pour autant que celles-ci soient requises dans les formes prévues par le droit cantonal et qu'elles apparaissent utiles à l'établissement des faits pertinents (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504; 127 I 54 consid. 2b p. 56; 126 I 97 consid. 2b p. 102). L'autorité de décision peut toutefois se livrer à une appréciation anticipée de la pertinence du fait à prouver et de l'utilité du moyen de preuve offert et, sur cette base, refuser de l'administrer. Ce refus ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation à laquelle elle a ainsi procédé est entachée d'arbitraire (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157 et les arrêts cités; sur la notion d'arbitraire, voir ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
3.2 En substance, les recourants reprochent au Tribunal cantonal de n'avoir pas ordonné l'établissement d'un rapport de géomètre afin d'établir les mouvements de terrain intervenus sur la parcelle de l'intimé et l'empiètement du mur construit par ce dernier sur la parcelle voisine propriété des époux A._ et B._ (parcelle n° 446). Il ressort toutefois de l'arrêt attaqué que le Tribunal cantonal a refusé les actes d'instruction requis sur la base d'une appréciation anticipée des preuves, estimant que le résultat de telles mesures n'était pas de nature à modifier la conviction qu'il s'était formée sur la base des pièces figurant au dossier. En réalité, le grief soulevé par les recourants relève de l'appréciation des preuves plutôt que de la violation du droit d'être entendu et doit être examiné de ce point de vue.
3.3 Pour le surplus, en tant que les recourants soutiennent que le mur sud-ouest empiéterait sur la propriété des époux A._ et B._, il convient de préciser - indépendamment de savoir si ce problème relève du droit privé ou non - que cette affirmation ne repose sur aucun indice concret et relève, partant, de la simple hypothèse. Dans ces conditions, on ne peut raisonnablement tenir pour justifié la mise en oeuvre d'une mesure d'instruction telle que l'établissement d'un rapport de géomètre.
4. Sur le fond, les recourants reprochent au Tribunal cantonal d'avoir procédé à une application arbitraire de l'art. 78 RPEPC, disposition en vertu de laquelle les mouvements de terre et les murs de soutènement ne doivent pas dépasser plus ou moins un mètre à partir du terrain naturel.
4.1 Le Tribunal cantonal a constaté lors de l'inspection locale que le mur sud-ouest avait pour principale finalité de créer une séparation d'avec la parcelle n° 446. Le seul fait qu'il avait également, dans une mesure qui devait au demeurant être relativisée, une fonction de mur de soutien - due notamment à la pente du terrain - n'était pas déterminante; il s'imposait bien plutôt de constater que la Municipalité de Genolier pouvait, eu égard à la latitude de jugement dont la municipalité bénéficie pour interpréter son règlement, retenir sans abuser de son pouvoir d'appréciation qu'il ne s'agissait pas d'un mur de soutènement au sens de cette disposition.
4.2 Se fondant sur les photos versées au dossier et le devis établi par l'entreprise générale de construction (qui fait expressément mention du terme de "soutènement"), les recourants font valoir que le mur litigieux ne serait pas un mur de séparation, comme retenu par la juridiction cantonale, mais un mur de soutènement. Dans la mesure où celui-ci mesure plus de 2 mètres de haut, il serait par conséquent contraire à l'art. 78 RPEPC.
4.3 Compte tenu de son pouvoir d'examen restreint (cf. supra consid. 2), il n'appartient pas au Tribunal fédéral de procéder une nouvelle fois à l'appréciation des preuves administrées, mais au recourant d'établir, pièces à l'appui, en quoi celle opérée par l'autorité cantonale serait manifestement inexacte ou incomplète, ou en quoi les faits constatés auraient été établis au mépris de règles essentielles de procédure. En l'occurrence, les recourants se limitent à renvoyer à différentes pièces du dossier, ce qui ne suffit pas encore, faute d'argumentation précise et étayée, à démontrer le caractère erroné de la qualification opérée par le Tribunal cantonal. On soulignera néanmoins que le Tribunal cantonal s'est rendu sur place pour apprécier l'ouvrage et qu'il a ainsi eu l'occasion d'évaluer la situation de façon concrète. La qualification du mur litigieux ne pouvant ainsi pas être remise en cause, il n'y a par conséquent pas lieu de s'interroger sur la nature des mouvements de terrain opérés sur la parcelle du constructeur et, partant, sur le bien-fondé de la mesure d'instruction requise par les recourants.
5. Les autres griefs des recourants concernent des points - conformité du mur sud-est (hauteur et empiètement sur l'emprise de la servitude n° 215970) et respect du coefficient d'occupation du sol (COS) - qui ont été traités dans le cadre des permis de construire alloués les 31 mars et 24 septembre 2009. Le Tribunal cantonal les a examinés sous l'angle des conditions posées à la révocation d'un permis de construire, manière de procéder qui n'est pas remise en cause par les recourants.
5.1 Une décision ayant acquis force de chose décidée peut, sous certaines conditions, être réexaminée à la demande d'un particulier ou être révoquée par l'autorité qui l'a rendue. Les exigences de la sécurité du droit ne l'emportent sur l'intérêt à une application correcte du droit objectif que si la décision en cause a créé un droit subjectif au profit de l'administré, si celui-ci a déjà fait usage d'une autorisation obtenue ou encore si la décision est le fruit d'une procédure au cours de laquelle les divers intérêts en présence ont fait l'objet d'un examen approfondi (ATF 127 II 306 consid. 7a p. 313; 121 II 273 consid. 1a p. 276 et les références citées). Cette règle n'est cependant pas absolue et la révocation peut intervenir même dans une des trois hypothèses précitées, le cas échéant moyennant le versement d'une indemnité, lorsqu'elle est commandée par un intérêt public particulièrement important. A l'inverse, les exigences de la sécurité du droit peuvent être prioritaires même lorsqu'aucune de ces trois hypothèses n'est réalisée (arrêt 2A.737/2004 du 30 mars 2005 consid. 3.4, in Pra 2006 n. 26 p. 184). Dans tous les cas, l'administré doit être de bonne foi. Celui qui a agi dolosivement ou violé ses obligations en induisant l'administration en erreur au moment de demander l'autorisation ne saurait en principe s'opposer à la révocation, à moins que cette mesure ne soit contraire au principe de la proportionnalité (ATF 93 I 390 consid. 2 p. 394).
5.2 En l'occurrence, le Tribunal cantonal a estimé, faute d'intérêt public particulièrement important, que d'éventuelles violations de la réglementation communale ne pouvaient justifier la révocation de l'autorisation initialement octroyée. Or, si les recourants développent une argumentation circonstanciée quant aux prétendues violations commises à l'encontre de la réglementation communale, ils n'allèguent aucun intérêt public important qui justifierait de rétablir dans le cas particulier une situation qui soit conforme au droit objectif. On ne saurait suivre les recourants lorsqu'ils affirment que l'intimé aurait adopté une attitude contraire à la bonne foi. Rien ne permet en effet de penser que la construction litigieuse ne serait pas conforme au projet qui avait été soumis à l'enquête publique ou que l'intimé aurait cherché à induire dans l'erreur la Municipalité de Genolier. Compte tenu de son pouvoir d'examen limité, il n'appartient par ailleurs pas au Tribunal fédéral de rechercher d'office dans le dossier cantonal les éléments de fait et de droit qui pourraient justifier d'ordonner une révocation du permis de construire. On signalera tout au plus que le Tribunal cantonal a constaté que le quartier où se situait la construction litigieuse ne présentait pas, sous l'angle architectural, de caractéristiques esthétiques dignes d'une protection particulière que les spécificités de ladite construction étaient susceptibles de mettre en péril.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté, aux frais de leurs auteurs (art. 65 et 66 al. 1 et 5 LTF). Ces derniers verseront une indemnité de dépens à l'intimé qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 LTF). En revanche, aucun dépens ne sont alloués à la commune (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Les recourants verseront à l'intimé une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et de la Municipalité de Genolier ainsi qu'au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 10 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Piguet