Sachverhalt:
A. Der 1979 geborene X._ befindet sich seit dem 12. Dezember 2003 in strafprozessualer Haft.
Mit Urteil des Geschworenengerichts des Kantons Zürich vom 21. Januar 2006 wurde X._ der vorsätzlichen Tötung, der mehrfachen Gefährdung des Lebens, des Vergehens gegen das Waffengesetz sowie der groben Verletzung der Verkehrsregeln schuldig gesprochen und mit 16 Jahren Zuchthaus bestraft.
Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hob das Urteil des Geschworenengerichts mit Sitzungsbeschluss vom 18. Juni 2007 auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an das Geschworenengericht zurück.
B. X._ stellte mit Eingabe vom 20. März 2008 ein Haftentlassungsgesuch. Die Präsidentin der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich wies das Gesuch mit Verfügung vom 16. April 2008 ab. Sie ist der Ansicht, die Haft könne wegen Fluchtgefahr fortgeführt werden.
C. Mit Eingabe vom 18. April 2008 führt X._ Beschwerde an das Bundesgericht und beantragt, die Verfügung der Präsidentin der Anklagekammer sei aufzuheben und er sei aus der Haft zu entlassen. Er ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Die Staatsanwaltschaft teilt in der Vernehmlassung mit, dass die Wiederholung des Geschworenengerichtsprozesses am 8. Mai 2008 stattfinde. Sie beantragt, das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen. Im Übrigen hat sie auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Präsidentin der Anklagekammer hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D. X._ hat auf eine Replik verzichtet.
Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil stützt sich auf kantonales Strafprozessrecht. Letztinstanzliche Entscheide betreffend die Anordnung und Verlängerung der Untersuchungshaft können praxisgemäss mit der Beschwerde in Strafsachen gemäss Art. 78 Abs. 1 BGG angefochten werden. Die Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
2. Dem Beschwerdeführer wird unter anderem zur Last gelegt, er habe am 11. Dezember 2003 in Winterthur einen Mann erschossen. Die Anklagekammer hält dafür, es bestehe ein dringender Tatverdacht, dass sich der Beschwerdeführer der vorsätzlichen Tötung - allenfalls in Mittäterschaft - schuldig gemacht habe. Die Mindeststrafe für eine vorsätzliche Tötung betrage gemäss Art. 111 StGB fünf Jahre.
Die Annahme des dringenden Tatverdachts wird in der vorliegenden Beschwerde ans Bundesgericht nicht bestritten.
3. Der Beschwerdeführer bestreitet die Fluchtgefahr. Mit der Änderung des Strafgesetzbuches per 1. Januar 2007 sei die Nebenstrafe der Landesverweisung abgeschafft worden. Nach altem Recht ausgesprochene Landesverweisungen seien aufgehoben. Damit sei der Annahme von Fluchtgefahr die Grundlage entzogen. Nach der Rechtsprechung sei die Länge der zu erwartenden Freiheitsstrafe ein Indiz unter mehreren, sie vermöge jedoch für sich allein betrachtet die Fluchtgefahr nicht zu begründen. In der angefochtenen Verfügung würde ausser der aufgehobenen Landesverweisung nur auf die drohende Freiheitsstrafe von 16 Jahren verwiesen. Im Weiteren würden keine Anhaltspunkte genannt, welche konkret die Annahme einer Flucht als geradezu wahrscheinlich annehmen liessen. Der besondere Haftgrund der Fluchtgefahr sei deshalb zu verneinen und der Beschwerdeführer sei aus der Haft zu entlassen.
3.1 Nach kantonalem Recht liegt Fluchtgefahr vor, wenn aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, der Angeklagte werde sich der Strafverfolgung oder der zu erwartenden Strafe durch Flucht entziehen (§ 58 Abs. 1 Ziff. 1 StPO/ZH).
Nach der Rechtsprechung darf Fluchtgefahr nicht schon angenommen werden, wenn die Möglichkeit der Flucht in abstrakter Weise besteht. Vielmehr müssen konkrete Gründe dargetan werden, die eine Flucht nicht nur als möglich, sondern als wahrscheinlich erscheinen lassen. Die Höhe der drohenden Freiheitsstrafe kann immer nur neben anderen, eine Flucht begünstigenden Tatsachen herangezogen werden (BGE 125 I 60 E. 3a S. 62 mit Hinweisen).
3.2 Im angefochtenen Urteil wird zur Begründung der Fluchtgefahr auf das Urteil des Bundesgerichts 1B_199/2007 vom 27. September 2007 verwiesen. Die ausgesprochene 16-jährige Freiheitsstrafe treffe den jugendlichen Angeklagten in massiver Weise und verwehre ihm den Aufbau einer Existenz in der Schweiz. Es sei bei dieser Sachlage konkret wahrscheinlich, dass er alles daran setzen könne, sich dem erneuten Verfahren vor dem Geschworenengericht und einer drohenden langjährigen Freiheitsstrafe zu entziehen. Der Beschwerdeführer müsse überdies mit einer Ausweisung aus der Schweiz rechnen.
3.3 Die Ausführungen des Beschwerdeführers zum Wegfall des als Nebenstrafe angeordneten Landesverweises sind zutreffend. Gemäss Ziff. VI/1 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung des Strafgesetzbuches vom 13. Dezember 2002 (AS 2006 S. 3534) ist namentlich die nach bisherigem Recht ausgesprochene Nebenstrafe der Landesverweisung auf Grund eines Strafurteils (alt-Art. 55 StGB) mit Inkrafttreten des neuen Rechts aufgehoben. Diese Gesetzesänderung ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 S. 3535). Obwohl die durch den Strafrichter ausgesprochene Landesverweisung weggefallen ist, kann dem Beschwerdeführer eine Ausweisung bzw. ein Widerruf der Bewilligung im Sinne einer fremdenpolizeiliche Massnahme drohen, was seine Zukunftsaussichten in der Schweiz ebenso beeinträchtigen würde. Im vorliegenden Fall muss diese Frage aber nicht weiter vertieft werden, da sich die Befürchtung der kantonalen Behörden, der Beschwerdeführer werde sich der Strafverfolgung oder der zu erwartenden Strafe durch Flucht entziehen, aufgrund weiterer konkreter Anhaltspunkte halten lässt.
3.4 Der Beschwerdeführer wird einer schweren Straftat verdächtigt. Die Tragweite des Kassationsgerichtsurteils ist offenbar eingeschränkt, so soll nach Angaben der Anklagekammer der Vorwurf, der Beschwerdeführer habe von einem weiteren Standort Schüsse abgegeben, unbeanstandet geblieben sein. Der Prozess vor Geschworenengericht müsse nur teilweise wiederholt werden (Angabe des Geschworenengerichtspräsidenten, zitiert nach der angefochtenen Verfügung). Zudem hat auch das Bundesgericht in einem früheren Verfahren ausgeführt, das Kassationsgericht habe das Geschworenengerichtsurteil vom 21. Januar 2006 zwar aufgehoben, aber die Schuld des Beschwerdeführers in einem weiten Ausmass bejaht (Urteil 1B_199/2007 vom 27. September 2007 E. 4.1). Hinzu kommt, dass die Verhandlung vor dem Geschworenengericht nach Angaben in der angefochtenen Verfügung und in der Vernehmlassung der Staatsanwaltschaft auf den 8./9. Mai 2008 angesetzt ist. Der Prozess findet demnach in diesen Tagen statt. Diese konkret umschriebene Situation reicht - zusammen mit der Dauer der angedrohten Freiheitsstrafe von mindestens fünf Jahren - aus, um die strafprozessuale Haft zur Sicherung des laufenden Gerichtsverfahrens und der drohenden Strafe fortzusetzen.
4. Die Beschwerde und damit auch das Haftentlassungsgesuch sind abzuweisen.
Bei diesem Ausgang wird der Beschwerdeführer grundsätzlich kostenpflichtig (Art. 66 BGG). Er ersucht jedoch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Dem Gesuch kann in Anwendung von Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG stattgegeben werden. Es sind keine Gerichtskosten zu erheben und der Vertreter des Beschwerdeführers ist angemessen zu entschädigen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde und das Haftentlassungsgesuch werden abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Thomas Fingerhuth wird aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis und dem Obergericht des Kantons Zürich, Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Thönen