Faits:
A. A.a X._ SA, dont le siège se trouve à A._, exploite une entreprise de construction.
Par contrat d'entreprise conclu le 18 avril 2005 avec les sociétés fribourgeoises B._ SA et C._ SA (ultérieurement: H._ SA), l'entreprise générale regroupant les deux sociétés précitées, X._ s'est engagée à exécuter les travaux de béton armé et de maçonnerie nécessaires à la construction de deux villas mitoyennes sur les parcelles nos 1951 et 1969 de la commune de D._ (GE), dans le cadre d'une promotion immobilière.
I._ a acquis la parcelle n° 1969 et a conclu avec B._ et C._ un contrat portant sur la construction de sa villa. Elle n'a, par contre, pas conclu de contrat avec X._. La parcelle n° 1951 a été acquise en copropriété par deux autres personnes, dans les mêmes circonstances. Les deux villas construites sur les biens-fonds nos 1951 et 1969 disposent d'une dalle unique en sous-sol, implantée à cheval sur les deux parcelles, mais empiétant sur celles-ci de façon inégale. Le sous-sol est accessible de l'extérieur par une porte de garage unique, et un seul système de canalisations, ainsi qu'une seule force de pompage, ont été installés. En revanche, deux dalles distinctes ont été coulées au rez-de-chaussée et les villas sont séparées, en surface, par un petit passage.
A.b Le contrat du 18 avril 2005, qui intègre la norme SIA, prévoyait un prix total net de 411'941 fr. 80 TTC, «calculé selon prix unitaires», en référence à l'offre de X._. L'entreprise de maçonnerie avait en effet rempli, en février 2005, une soumission préparée par B._ et C._, qui contenait des unités (par exemple, un certain nombre d'heures de travail pour un poste déterminé) estimées par ces dernières. X._ avait ajouté des prix unitaires ainsi qu'effectué les additions et multiplications nécessaires pour aboutir à un montant total pour l'ouvrage, objet de la soumission; celle-ci ne distinguait pas entre les prestations à fournir sur chacune des parcelles nos 1951 et 1969.
Toujours selon ce contrat, les prestations de X._ étaient payables à la fin d'un mois, au maximum 45 jours après la réception de la facture établie sur la base de 90% de l'avancement des travaux exécutés dans les règles de l'art et fondée sur des métrés contradictoires; en l'absence de métrés, une retenue supplémentaire de 20% était applicable. La facture finale devait être présentée dans un délai de deux mois dès l'établissement des métrés.
A.c Le chantier a débuté officiellement le 8 juin 2005. De juillet 2005 à novembre 2006, X._ a fait parvenir à C._ des factures intermédiaires pour un montant total de 486'584 fr. 40 TTC, sur lesquelles elle a encaissé des acomptes; d'après la dernière facture intermédiaire, du 13 novembre 2006, il restait un solde à payer de 75'281 fr. 75.
Selon les procès-verbaux de chantier des 23 novembre, 14 décembre et 21 décembre 2006, X._, à chaque fois convoquée mais absente, n'a pas effectué les travaux qu'elle s'était engagée à terminer, bien qu'elle ait été sommée de le faire. Du 22 décembre 2006 au 22 janvier 2007, l'entreprise a fermé pour cause de vacances.
Par courrier du 17 janvier 2007, X._ a informé C._ et B._ de ce qu'elle n'était pas d'accord de continuer son travail sur le chantier avant le règlement de la dernière facture intermédiaire du 13 novembre 2006, d'un montant total de 75'281 fr. 75.
Le procès-verbal suivant, du 19 janvier 2007, mentionne qu'à cette date, X._ n'avait exécuté aucun des travaux requis. Celle-ci était présente à la réunion du 25 janvier 2007, sans être intervenue sur le chantier dans l'intervalle. D'après le planning des travaux, elle devait notamment ébarber le béton du parking, confectionner des socles, exécuter des forages, évacuer du matériel, sécuriser l'accès au chantier et commander des grilles pour les sauts-de-loup.
Selon le récapitulatif de la séance du 1er février 2007, X._ n'avait toujours pas exécuté les travaux convenus, mentionnés dans les procès-verbaux antérieurs. Elle a néanmoins fait parvenir à C._ et B._ sa facture finale du 9 février 2007 pour les travaux «exécutés au 31 janvier 2007», portant sur un montant total de 541'047 fr. 65. Compte tenu des acomptes déjà reçus (de 411'302 fr. 65), le solde encore à régler s'élevait à 129'745 fr.
Lors des séances des 22 février et 1er mars 2007, la direction des travaux a rappelé que X._ n'avait pas exécuté les travaux convenus et qu'elle avait un retard de six, puis de sept semaines.
Le récapitulatif de la séance du 8 mars 2007 mentionne, pour la première fois, l'exécution des travaux de maçonnerie par G._, en lieu et place de X._.
A.d Par ordonnance provisoire du 16 avril [recte: mars] 2007 rendue, avant audition des parties, sur requête de X._ du même jour, une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs a été inscrite provisoirement au profit de celle-ci sur la parcelle n° 1969, à concurrence de 129'745 fr. avec intérêts à 5% dès le 18 décembre 2006, représentant le solde de sa facture finale totale du 9 février 2007.
Une audience s'est tenue le 23 avril 2007. Une ordonnance principale d'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur la parcelle précitée a été rendue le 26 avril 2007, pour un montant de 64'872 fr. 50 avec intérêts à 5% dès le 16 mars 2007.
Le 24 octobre 2007, C._ a signalé à X._ diverses malfaçons des travaux réalisés par celle-ci (par exemple, pose des sauts-de-loup à un faux niveau), ainsi que les travaux manquants par rapport à ce qui avait été convenu. Des problèmes d'infiltrations d'eau ont par ailleurs été constatés ultérieurement.
B. B.a Par acte déposé devant le Tribunal de première instance du canton de Genève le 30 mai 2007, X._ a requis l'inscription définitive de l'hypothèque légale précitée, à concurrence de 64'872 fr. 50 (soit 129'745 fr. : 2) avec intérêts à 5% dès le 18 décembre 2006 [recte: 16 mars 2007], sous suite de frais et dépens. Subsidiairement, elle a sollicité une expertise portant sur la plus-value apportée par ses travaux à la parcelle n° 1969.
I._ s'est opposée à la requête. Elle a contesté d'entrée de cause la créance invoquée, se référant à un courrier du 5 février 2008 par lequel H._ SA (anciennement C._; ci-après: H._) avait expressément contesté la facture finale en raison de différentes erreurs, notamment d'addition et de double facturation du même poste. Elle a aussi contesté tout travail supplémentaire réalisé à sa demande ainsi que la créance invoquée par X._ en raison de l'absence de toute indication, par celle-ci, de la part des travaux impayés concernant exclusivement la parcelle n° 1969. En revanche, elle n'a pas invoqué de droits découlant de la garantie pour les défauts.
B.b Des enquêtes ont été ordonnées. La faillite de B._ a été prononcée le 27 février 2008 et celle de H._, le 7 avril 2008, sur requête de X._.
Par ordonnance du 7 juillet 2009, le Tribunal de première instance a rejeté la demande d'expertise formulée par X._. Il a considéré, en substance, qu'il ressortait des enquêtes qu'on pouvait attendre de celle-ci qu'elle allègue de manière plus précise les différents éléments pertinents permettant de déterminer les coûts de construction liés à chacune des parcelles en question, et qu'elle était en outre en mesure d'alléguer les coûts de construction des parties communes relatifs à chacune des parcelles en fonction de la ligne de propriété, et des parties propres à chacune des constructions.
En dernier lieu, les parties ont persisté dans leurs conclusions respectives, X._ réduisant toutefois à 64'505 fr. 85 le montant déterminant pour l'inscription définitive de l'hypothèque légale.
Préalablement, elle a de nouveau sollicité une expertise judiciaire destinée exclusivement à répartir les coûts de construction entre les parcelles n°s 1951 et 1969. Simultanément, elle a produit, à ce stade, trois décomptes établis par elle-même, le 3 août 2009, pour répartir «les coûts relatifs à chaque villa». Un décompte portait sur les coûts «y compris travaux supplémentaires», un deuxième sur des «travaux additionnels» (de 95'219 fr. 61 hors taxes pour chaque villa) et un troisième sur des «éléments communs y compris travaux communs», étant précisé que ce dernier décompte (concernant notamment la construction en sous-sol) ne répartit justement pas les coûts en question.
B.c Par jugement du 3 décembre 2009, le Tribunal de première instance a, en substance, débouté X._ de toutes ses conclusions et ordonné la radiation de l'hypothèque légale inscrite provisoirement sur la parcelle n° 1969, à concurrence d'un montant de 64'872 fr. 50 avec intérêts à 5% dès le 18 décembre 2006 [recte: 16 mars 2007].
Statuant le 17 septembre 2010 sur l'appel de la demanderesse, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement de première instance. Elle a considéré, en résumé, que la demanderesse n'avait pas démontré la réalité de commandes supplémentaires, respectivement la nécessité de réaliser des travaux non prévus initialement et dont elle ne supportait pas le risque. Un surcoût de 30'000 fr. résultant essentiellement de «travaux supplémentaires dus au voisinage» était certes établi par témoignage, mais les décomptes fournis par la demanderesse ne permettaient pas de déterminer la quote-part de ce surcoût qui concernerait la parcelle de la défenderesse.
C. Par acte du 28 septembre 2010, X._ exerce un recours en matière civile contre l'arrêt du 17 septembre 2010. Elle conclut à son annulation et demande au Tribunal fédéral d'ordonner, subsidiairement de l'autoriser à requérir l'inscription définitive, en sa faveur, d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs d'un montant de 64'505 fr. 85, avec intérêts à 5% l'an dès le 16 mars 2007, sur la parcelle n° 1969 propriété de I._, en conséquence, de valider à titre définitif, à hauteur du montant précité, l'inscription provisoire inscrite sur ladite parcelle, enfin, de condamner l'intimée à lui payer le coût des extraits du registre foncier, de l'inscription provisoire et de l'inscription définitive, ainsi que les droits d'enregistrement et d'inscription au registre foncier. A titre subsidiaire, elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.
La recourante se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits et de violation des art. 8 et 837 ss CC.
L'intimée propose l'irrecevabilité, subsidiairement le rejet du recours.
La Cour de justice s'est référée aux considérants de son arrêt.
D. Par ordonnance du 15 octobre 2010, la Présidente de la cour de céans a accordé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt entrepris est une décision finale (art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF) de nature pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF). Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue par la loi (art. 42 al. 1 LTF), par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 aLTF). Il y a donc lieu, en principe, d'entrer en matière.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (ATF 135 III 670 consid. 1.4 p. 674; 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation posée, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui peuvent se poser, lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Enfin, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été dûment invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (principe d'allégation; ATF 134 II 349 consid. 3 p. 352 et les arrêts cités).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401 - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF) doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 p. 591/592 et les arrêts cités).
De jurisprudence constante, le Tribunal fédéral se montre réservé en matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière au juge du fait (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 104 Ia 381 consid. 9 p. 399). Il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si l'autorité cantonale n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62 et les arrêts cités; cf. aussi ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254/255).
2. Selon la recourante, la Cour de justice aurait estimé de manière insoutenable qu'elle n'avait pas démontré la «réalité des commandes supplémentaires, respectivement la nécessité de réaliser des travaux non prévus initialement et dont elle ne supportait pas le risque».
2.1 D'après la cour cantonale, la défenderesse a contesté d'entrée de cause la créance invoquée par la demanderesse pour justifier l'inscription de l'hypothèque légale, en alléguant que l'intéressée avait déjà reçu une rémunération supérieure à celle convenue contractuellement alors que l'ouvrage n'avait jamais été achevé; elle a aussi contesté toute commande supplémentaire qui justifierait une augmentation du prix. A cet égard, les juges précédents considèrent que le prix total de 411'941 fr. 80 figurant dans le contrat d'entreprise n'avait pas une nature forfaitaire, mais était basé sur une estimation des quantités alors que le prix à payer, après achèvement de l'ouvrage, dépendait des métrés effectifs qui pouvaient diverger des métrés estimés; en outre, les acomptes reçus par la demanderesse s'élevaient à 411'302 fr. 65, soit à un montant inférieur au prix mentionné dans le contrat d'entreprise. Selon l'autorité cantonale, elle n'a donc pas reçu plus que prévu dans ledit contrat. Toutefois, le coût des travaux «additionnels» de la demanderesse, de 95'219 fr. 61 (hors taxes) pour la parcelle de la défenderesse, excède déjà à lui seul le montant de la créance (de 64'505 fr. 85) que l'intéressée souhaite faire garantir par une hypothèque légale; s'y ajoutent des «travaux supplémentaires» intégrés, sans distinction aucune, dans un autre décompte. Or, la défenderesse a contesté la créance à garantir par hypothèque sur son immeuble, et en particulier toute «commande supplémentaire» qui justifierait une augmentation du prix initialement fixé à 411'941 fr. 80, pour l'ouvrage global construit sur sa parcelle et sur le bien-fonds voisin. Dans ces conditions, il incombait à la demanderesse d'établir que des commandes supplémentaires avaient été effectuées ou qu'il était apparu nécessaire de réaliser des travaux qui n'étaient pas prévus à l'origine et dont elle ne supportait pas le risque, après avoir identifié clairement les travaux en question.
2.2 Cette appréciation des preuves apparaît insoutenable. En effet, l'arrêt attaqué retient que l'ancien directeur de C._, entendu comme témoin, a déclaré qu'il y avait eu un surcoût arrêté, d'entente avec la demanderesse, à 30'000 fr., résultant de problèmes de voisinage - dont la Cour de justice a admis qu'il avait été accepté par la direction des travaux - ainsi que des métrés plus importants qu'estimés initialement; selon les déclarations de ce même témoin, d'autres surcoûts résultaient de modifications réclamées par les propriétaires, et le prix de l'échafaudage, à fournir par la demanderesse en vertu d'un accord séparé, avait été intégré dans les factures litigieuses de celle-ci. Vu ces constatations, les juges précédents sont tombés dans l'arbitraire (art. 9 Cst.) en retenant implicitement, sans plus ample examen, que la demanderesse n'avait pas établi l'existence de commandes supplémentaires par l'entreprise générale ou d'autres surcoûts imprévus. Ce premier grief se révèle ainsi fondé.
3. La recourante reproche en outre à la Cour de justice d'avoir violé son droit à la preuve (art. 8 CC) en rejetant sa demande d'expertise, déjà dûment formulée en première instance, alors que celle-ci aurait permis d'attribuer à chaque parcelle sa propre plus-value. Elle reproche à l'autorité cantonale d'avoir retenu qu'elle aurait dû établir des décomptes séparés pour chaque villa, arguant que cette façon de faire ne peut être imposée lorsque, comme dans le cas particulier, les constructions ont des parties communes et, au surplus, une implantation inégale sur les parcelles concernées, situation dans laquelle il serait extrêmement difficile de répartir, en cours de travaux, les montants exacts relatifs à chaque immeuble. Elle expose en outre que, dès lors qu'elle a obtenu l'inscription provisoire d'une hypothèque légale sur la parcelle de l'intimée à hauteur de 64'872 fr. 50, soit la moitié de sa facture finale, les sommes devant grever les parcelles doivent être déterminées dans le cadre de l'inscription définitive, au besoin par des documents, des témoignages ou une expertise. Il serait par ailleurs arbitraire d'exiger qu'elle produise des métrés contradictoires et, dans le même temps, de lui refuser l'expertise qui permettrait de les établir.
L'autorité cantonale a considéré que le premier juge avait refusé à juste titre l'expertise judiciaire sollicitée. Il incombait en effet à la demanderesse d'établir un décompte séparé pour la parcelle n° 1969 et d'alléguer ainsi, avec précision (art. 126 al. 2 aLPC/GE), des faits pertinents que la défenderesse aurait pu ensuite contester ou non. Se référant aux commentateurs (BERTOSSA/GAILLARD/GUYET/SCHMIDT, Commentaire de la loi de procédure civile genevoise, n. 4 ad art. 255), les juges précédents ont estimé que la demanderesse ne pouvait palier ses carences dans l'allégation des faits pertinents au moyen d'une demande d'expertise.
3.1 En principe, c'est le droit fédéral qui détermine si les faits, allégués en la forme prescrite et en temps utile selon les exigences cantonales de procédure, sont suffisamment précis pour permettre de statuer sur la prétention déduite en justice, fondée sur le droit fédéral (ATF 108 II 337 consid. 2 et 3 p. 338 ss, confirmé notamment in ATF 127 III 365 consid. 2b p. 368; 123 III 183 consid. 3e p. 188). Ainsi, le juge statue au fond lorsqu'il tient les faits allégués dans la demande pour insuffisamment motivés (ATF 115 II 187 consid. 3b p. 190). Le droit fédéral n'oblige cependant pas les cantons à tenir pour suffisamment motivés des allégués dont les lacunes ne devraient être comblées qu'au cours de la procédure probatoire (ATF 108 II 337 consid. 3 p. 340/341). Si l'allégation est contestée, le droit cantonal peut autoriser le juge à refuser d'administrer des preuves sur une allégation trop vague et à exiger des indications complémentaires (ATF 108 II 337 consid. 3 in fine non publié, reproduit au JdT 1983 I p. 543; cf. également FRANÇOIS PERRET, Le fardeau de l'allégation: droit privé fédéral ou procédure civile cantonale, in Recueil offert à la Société suisse des juristes, Genève 1991, p. 273 ss). L'art. 126 aLPC/GE prévoit ainsi que chaque partie est tenue d'alléguer les faits dont elle se prévaut, et de contester ceux présentés par l'autre, avec suffisamment de précision, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée, ainsi que les contester ou les accepter sans risque d'ambiguïté (BERTOSSA/GAILLARD/GUYET/SCHMIDT, Commentaire de la loi de procédure civile genevoise, n. 2 et ad art. 126).
3.2 L'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs a pour justification la plus-value que les travaux ont apportée à l'immeuble sur lequel ils ont été entrepris; le privilège qui y est attaché ne peut exister que pour les travaux effectués et les matériaux fournis à un immeuble déterminé (ATF 102 Ia 81 consid. 2b/aa p. 85). En cas de travaux portant sur plusieurs immeubles, l'hypothèque doit donc être demandée sous la forme de droits de gage partiels, grevant chaque immeuble pour la partie de la créance dont répond son propriétaire (art. 798 al. 2 CC), et ce indépendamment du fait que l'artisan ou l'entrepreneur a effectué les travaux sur la base d'un seul ou de plusieurs contrats, par exemple un contrat par immeuble (R. SCHUMACHER, Das Bauhandwerkerpfandrecht, 3e éd. 2008, n. 838 p. 282). Il appartient donc en principe aux artisans et entrepreneurs de tenir un décompte séparé de leurs travaux pour chaque immeuble et de les facturer aussi séparément dès qu'ils sont achevés sur l'un d'eux (P.-H. STEINAUER, in Journées suisses du droit de la construction, Fribourg 2005, p. 225 et l'auteur cité). En effet, le montant de la créance que le gage garantit doit être chiffré de manière précise (SCHUMACHER, op. cit., n. 1376 p. 503). En principe, l'artisan ou l'entrepreneur ne peut, de manière abstraite, fractionner la totalité des coûts de construction entre les différents immeubles, ni répartir l'ensemble de ses prestations en fonction, par exemple, du nombre de mètres cubes respectif de ceux-ci. Il doit bien plutôt établir quelles prestations concrètes, en travail et en matériaux, il a effectuées, et à quel prix, pour chaque bien-fonds. Des prix globaux ou forfaitaires ne le dispensent pas de cette obligation souvent conséquente (SCHUMACHER, op. cit., n. 840 p. 283/284).
3.3 La recourante fait valoir que l'exigence de décomptes séparés pour chaque immeuble concerné ne peut être imposée que pour la construction de deux villas individuelles, par exemple, qui ne se touchent pas ou n'ont aucune partie commune. En revanche, lorsque, comme ici, les constructions présentent des parties communes et, au surplus, une implantation inégale sur les parcelles concernées, exiger du sous-traitant qu'il tienne des décomptes séparés pour chaque bien-fonds reviendrait à exiger de lui qu'il fasse appel à un géomètre en cours de chantier pour déterminer exactement la limite de propriété, afin d'établir le décompte requis, et ce à chaque fois qu'il coule une dalle. Au demeurant, en cas de contrat global, le sous-traitant devrait anticiper les litiges en établissant, en cours de chantier, des décomptes séparés. Cette exigence est manifestement exorbitante et irréaliste en pratique. Partant, on ne pouvait exiger qu'elle présente d'autres décomptes que ceux qu'elle a produits, et elle devait être autorisée à établir la répartition des coûts communs au moyen d'une expertise.
Cette argumentation apparaît convaincante. A cet égard, il convient de relever que la recourante a répondu à une seule soumission de l'entreprise générale, globale pour les deux immeubles. Compte tenu, de surcroît, des circonstances, il ne lui appartenait pas, en tant que sous-traitant, de distinguer d'emblée les prestations effectuées sur l'une ou l'autre parcelle. De plus, la recourante se trouve actuellement dans l'impossibilité d'établir des métrés contradictoires, vu le conflit qui l'oppose à l'entreprise générale. Dans ces conditions, une expertise se révélait nécessaire, et l'autorité cantonale a par conséquent violé le droit fédéral en rejetant la requête présentée par la recourante, au motif qu'elle n'avait pas allégué les faits pertinents avec précision.
4. Dans sa réponse, l'intimée soutient que l'inscription provisoire de l'hypothèque légale est intervenue après l'expiration du délai de trois mois de l'art. 839 al. 2 CC.
4.1 L'inscription d'une hypothèque légale au sens de l'art. 837 al. 1 ch. 3 CC - en relation avec l'art. 961 al. 1 ch. 1 CC - doit être requise dans les trois mois qui suivent l'achèvement des travaux (art. 839 al. 2 CC). Il y a achèvement des travaux quand tous les travaux qui constituent l'objet du contrat d'entreprise ont été exécutés et que l'ouvrage est livrable. Savoir quand les travaux ont été achevés est une question de fait. Lorsque, avant l'achèvement des travaux, ceux-ci sont retirés à l'entrepreneur, c'est la date de ce retrait, et non celle du dernier travail exécuté, qui constitue le point de départ du délai de l'art. 839 al. 2 CC. Il en va de même quand l'entrepreneur refuse de poursuivre les travaux et se retire du contrat: dans ce dernier cas, il est constant, lors de la résiliation, que l'entrepreneur n'a plus à fournir de matériel ni de travail sur l'immeuble et que, à ce moment, il peut établir le décompte de sa prétention pour le travail exécuté avec autant de précision qu'il aurait pu le faire, normalement, dès l'achèvement des travaux (ATF 102 II 206 consid. 1a p. 208/209; arrêt 5A_208/2010 du 17 juin 2010 consid. 4.1). Le délai ne commence à courir qu'à partir du moment où l'entrepreneur manifeste clairement sa volonté d'arrêter les travaux de façon définitive et irrévocable (SCHUMACHER, op. cit., n. 1125 p. 400). Le fait que l'entrepreneur présente une facture pour son travail, s'il ne constitue pas le point de départ du délai (ATF 102 II 206 consid. 1b/aa p. 209 in fine), donne toutefois à penser, en règle générale, qu'il estime l'ouvrage achevé (ATF 101 II 253 p. 256).
4.2 Selon l'arrêt attaqué, la recourante n'a quasiment plus travaillé sur le chantier à partir de fin novembre 2006. Elle n'a toutefois pas refusé de continuer ses travaux dès cette date. En janvier 2007, elle offrait en effet encore de travailler si sa dernière facture intermédiaire était payée et la direction des travaux attendait cette reprise du travail, à teneur des procès-verbaux de rendez-vous de chantier. Ce n'est que le 9 février 2007 qu'elle a envoyé sa facture finale, manifestant ainsi qu'elle n'entendait plus fournir d'autres prestations; par ailleurs, une autre entreprise de maçonnerie n'est mentionnée, en remplacement de la recourante, qu'à partir du 8 mars 2007.
L'intimée ne démontre pas que les constatations effectuées sur ce point par la Cour de justice seraient arbitraires. Elle se borne à soutenir que, la recourante n'ayant pas exécuté les travaux requis au 14 décembre 2006, alors qu'elle avait été mise en demeure de le faire, elle n'entendait manifestement plus travailler à compter de cette date, de sorte que l'inscription intervenue le 16 mars 2007 serait tardive. Au regard des principes rappelés au considérant ci-dessus, l'autorité cantonale ne peut cependant se voir reprocher d'avoir violé l'art. 839 al. 2 CC, en considérant que l'hypothèque légale inscrite provisoirement le 16 mars 2007 l'avait été moins de trois mois après le refus clair et définitif de la demanderesse d'achever son ouvrage.
5. En conclusion, le recours se révèle bien fondé et doit par conséquent être admis, dans la mesure où il est recevable, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante. L'arrêt entrepris sera dès lors annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle ordonne une expertise destinée à chiffrer les montants à ventiler entre les deux immeubles concernés, après avoir examiné plus avant l'existence éventuelle, sur la parcelle n° 1969, de travaux supplémentaires commandés par l'intimée ou par l'entrepreneur général, ou encore non prévus initialement et dont la recourante ne supportait pas le risque.
Les frais judiciaires seront ainsi supportés par l'intimée, qui versera en outre des dépens à la recourante (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 3'500 fr., à verser à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Chambre civile de la Cour de justice et au Registre foncier du canton de Genève.
Lausanne, le 24 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Mairot