Fatti:
A. Il 5 maggio 2010 l'avvocato B._ ha denunciato l'avvocata A._ per le ipotesi di reato di ingiuria, calunnia e diffamazione, in relazione al contenuto di uno scritto inviato il 2 maggio precedente via e-mail dalla querelata al denunciante e, in copia, ad altre persone. Il procedimento penale avviato nei confronti della legale dal Procuratore pubblico (PP), che ha proceduto all'interrogatorio del denunciante e della denunciata, è tuttora pendente.
B. Il 23 marzo 2012 la Commissione di disciplina dell'Ordine degli avvocati del Cantone Ticino (in seguito: Commissione), quale autorità di prima istanza in materia disciplinare, ha chiesto al PP di comunicarle lo stadio dei procedimenti penali nei quali la legale è parte quale denunciata, nonché di concederle l'accesso agli atti, tra l'altro del citato incarto. Il denunciante, quale parte civile, vi ha acconsentito, mentre la querelata vi si è opposta, invocando il segreto istruttorio e rilevando che la Commissione dovrebbe attendere l'esito del procedimento penale. Con decisione del 5 giugno 2012 il PP ha accolto l'istanza a de-terminate condizioni. Adita dall'interessata, con giudizio del 7 agosto 2012, la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) ne ha respinto il reclamo.
C. A._ impugna questa decisione con un ricorso in materia di diritto penale al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo, di accertare la nullità della decisione impugnata, rispettivamente di annullarla.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 La ricorrente espone, con un evidente errore di battitura, che la decisione impugnata del 7 agosto 2012 le sarebbe pervenuta il 17 luglio, per cui il ricorso, datato 14 settembre 2012, tenuto conto delle ferie giudiziarie (art. 46 cpv. 1 lett. b LTF), sarebbe tempestivo. Dal tracciamento degli invii postali risulta che il 10 agosto 2012 è stato depositato nella sua casella postale l'avviso di ricevimento: il termine di ricorso iniziava quindi a decorrere al più tardi sette giorni dopo la fine delle ferie giudiziarie, poiché l'ordine della ricorrente di trattenere più a lungo gli invii è ininfluente (art. 44 cpv. 2 LTF; DTF 134 V 49 consid. 4; 127 I 31). Il gravame, impostato il 17 settembre 2012, come risulta dal timbro postale apposto sulla busta, prodotta dalla ricorrente, è quindi tempestivo.
1.3 Conformemente al rimedio di diritto indicato nella decisione impugnata, la ricorrente ha presentato un ricorso in materia penale. Ora, trattandosi di una vertenza concernente una richiesta indipendente di consultazione di atti, inoltrata da un'autorità che non ha partecipato e che non partecipa al procedimento penale in questione, relativa se del caso a una procedura disciplinare e quindi a una richiesta di assistenza amministrativa e non in materia penale ai sensi degli art. 43 segg. CPP, la causa può essere oggetto di un ricorso in materia di diritto pubblico: non si è infatti neppure in presenza di un caso d'applicazione dell'art. 69 cpv. 2 CPP (DTF 136 I 80 consid. 1.1; 134 I 286 consid. 1 inedito; 134 II 318 consid. 1.1 inedito; sentenza 1C_252/2008 del 4 settembre 2008 consid. 1).
1.4 Il ricorso è diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza e la legittimazione della ricorrente è pacifica. Non si tratta del resto di un ricorso concernente in primo luogo le libere professioni (cfr. e contrario DTF 134 II 318 consid. 1 inedito), ritenuto che non è la Commissione a ricorrere, che la ricorrente fa valere violazioni di norme del CPP e incentra il gravame proprio sul fatto che nella causa penale in cui è coinvolta quale denunciata non avrebbe agito quale avvocata. Insiste del resto sul fatto che l'istanza della Commissione sarebbe fuori luogo, la legge federale del 23 giugno 2000 sulla libera circolazione degli avvocati (LLCA; RS 935.61) essendo, al suo dire, inapplicabile ai fatti oggetto del procedimento penale.
1.5 Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. La ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove la ricorrente lamenta, come nella fattispecie, la violazione di diritti fondamentali e l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1). Trattandosi di garanzie di rango costituzionale, a norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina le relative censure soltanto se sono motivate in modo chiaro e preciso (DTF 136 I 49 consid. 1.4.1). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali sono quindi inammissibili (DTF 136 I 49 consid. 1.4.1). L'atto di ricorso adempie solo in minima parte queste esigenze di motivazione, ritenuto che non si confronta, se non in maniera generica, con le tesi, fondate su richiami dottrinali e sul messaggio al CPP, ritenute dalla CRP.
1.6 L'accenno ricorsuale a una motivazione insufficiente della decisione impugnata, poiché l'istanza precedente non si sarebbe confrontata con le sue censure, è manifestamente infondato, ritenuto ch'essa si è espressa compiutamente su tutti i punti rilevanti per il giudizio (DTF 138 I 232 consid. 5.1; 136 I 229 consid. 5.2).
2. 2.1 Ci si può chiedere se la pronuncia sulla concessione dell'assistenza amministrativa litigiosa abbia carattere di decisione finale (cfr. al riguardo DTF 134 II 318 consid. 1.3 inedito, dove l'accesso agli atti era stato negato, ciò che comportava un pregiudizio irreparabile per l'autorità istante) o non costituisca invece una decisione incidentale, impugnabile soltanto qualora causi un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF. La ricorrente in effetti non contesta tanto la trasmissione degli atti, quanto l'apertura di una procedura disciplinare nei suoi confronti. In tale ambito occorre ricordare che l'apertura di un procedimento penale, la promozione dell'accusa o un'eventuale decisione di rinvio a giudizio e i relativi inconvenienti, che ne derivano, non costituiscono pregiudizi irreparabili di natura giuridica (DTF 133 IV 288 consid. 3.1 e 3.2, 139 consid. 4 pag. 141; cfr. anche DTF 134 IV 43 consid. 2; sentenza 1B_234/2010 del 19 luglio 2010 consid. 2.2). Non occorre tuttavia esaminare se ciò sia il caso anche nel quadro dell'apertura di una procedura disciplinare, visto che questo quesito esula dall'oggetto del litigio.
2.2 Né, visto l'esito del gravame, occorre vagliare se la richiesta di trasmettere gli atti litigiosi costituisca una decisione incidentale, se del caso sull'assunzione di prove, nell'ambito del procedimento penale pendente o, invece, una procedura distinta, che si conclude con la comunicazione degli stessi alla Commissione.
3. 3.1 Nel merito, la ricorrente invoca la violazione degli art. 101 e 102 cpv. 2 CPP, poiché la Corte cantonale non avrebbe valutato i contrapposti interessi in gioco. Fa inoltre valere un diniego di giustizia formale, una lesione del diritto di essere sentito e il divieto dell'arbitrio, adducendo che la CRP non avrebbe esaminato la legittimazione della Commissione a consultare gli atti, considerato che quest'ultima, a suo giudizio, non sarebbe titolare di un diritto di essere sentito. La richiesta litigiosa costituirebbe inoltre un'inammissibile ricerca indiscriminata di prove.
3.2 Al riguardo giova premettere che la decisione impugnata non costituisce una decisione ordinatoria presa prima del dibattimento da chi dirige il procedimento, impugnabile con la decisione finale (art. 65 CPP), né di per sé si tratta di una domanda d'esame degli atti ai sensi dell'art. 102 cpv. 1 CPP, che pure dev'essere decisa da chi dirige il procedimento. La richiesta di accesso agli atti è stata infatti presentata al PP da un'istanza che non partecipa al procedimento penale, confermata poi dalla CRP nell'ambito della procedura di reclamo (art. 393 e segg. CPP).
3.3 In tale ambito, l'accenno ricorsuale alla pretesa nullità della richiesta, poiché la Commissione non potrebbe avvalersi del diritto di essere sentito, è inconferente. Essa non partecipa al procedimento penale e pertanto, rettamente, non si è avvalsa della qualità di parte ai sensi degli art. 101 cpv. 1 e 104 CPP, fondandosi invece sulla facoltà concessa dall'art. 101 cpv. 2 CPP.
4. 4.1 La CRP ha infatti correttamente richiamato l'art. 101 cpv. 2 CPP, secondo cui altre autorità possono esaminare gli atti se necessario per la trattazione di procedimenti civili, penali, amministrativi pendenti e se non vi si oppongono interessi pubblici o privati preponderanti (vedi l'art. 194 cpv. 2 CPP quale norma corrispondente per l'acquisizione di altri atti da parte delle autorità penali). Ha ritenuto, dopo aver ricordato in particolare che la Commissione può ordinare la produzione d'incarti o di documenti, che la stessa, potendo adottare provvedimenti disciplinari e quindi amministrativi, rientra nella nozione di "altre autorità" ai sensi della citata norma.
Contrariamente all'assunto ricorsuale, la Corte cantonale ha poi proceduto alla necessaria ponderazione dei contrapposti interessi (MARKUS SCHMUTZ, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 22 ad art. 101; JOËLLE CHAPUIS, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 6 ad art. 101), valutando compiutamente le differenti procedure penali aperte a carico della ricorrente. Ha ricordato che i magistrati dell'Ordine penale comunicano d'ufficio alla Camera per l'avvocatura e il notariato l'apertura di un procedimento penale contro un avvocato (art. 40 cpv. 2 della legge ticinese sull'avvocatura del 16 settembre 2002; LAvv), segnalazione che nella fattispecie è stata trasmessa alla Commissione. La Corte cantonale, esaminati gli atti litigiosi, ha stabilito che dagli stessi emergono elementi utili per la Commissione, il cui interesse prevale su quelli privati della ricorrente (protezione della personalità e tutela del segreto), allo scopo di vagliare la sua posizione nel quadro del procedimento aperto, e di altri tuttora aperti, nei suoi confronti. Ciò non da ultimo poiché non sussiste alcun rischio di una loro diffusione ad altre persone, la Commissione essendo legata al segreto professionale. Ha precisato poi che il procedimento penale non si trova più allo stadio iniziale, né sono ravvisabili in concreto interessi pubblici che osterebbero all'accesso agli atti litigiosi, né la loro trasmissione ostacola il procedimento penale in corso.
4.2 La ricorrente, riferendosi e mischiando la presente procedura con altre concernenti procedimenti già archiviati (vedi al riguardo le parallele cause 1B_528/2012 del 3 ottobre 2012 e 1B_530/2012 decisa in data odierna), non si confronta, se non in maniera generica, con i citati diversi argomenti adotti dalla CRP, per cui il gravame è in larga misura inammissibile per carenza di motivazione (DTF 133 IV 119 consid. 6.3). Limitandosi a richiamare l'art. 101 cpv. 2 CPP, ella non dimostra affatto che tale norma sarebbe stata applicata in maniera incostituzionale dalla CRP.
4.3 La ricorrente contesta l'applicabilità della LLCA, in particolare degli articoli 12, relativo alle regole professionali, e 13, concernente il segreto professionale, poiché i fatti penalmente inquisiti, da lei contestati, non si riferirebbero all'esercizio della professione d'avvocato.
Ora, l'assunto ricorsuale secondo cui la Commissione non sarebbe competente a esaminare detti addebiti non regge, ritenuto che l'asserita incompetenza, e quindi la nullità della richiesta di consultare gli atti litigiosi, non è affatto manifesta (DTF 137 I 273 consid. 3.1; sentenza 1C_522/2011 del 20 giugno 2012 consid. 3.1 destinata a pubblicazione). La ricorrente potrà del resto addurre questa tesi nel quadro di un'eventuale procedura disciplinare e, se del caso, dinanzi alle competenti autorità di ricorso, dove potrà avvalersi compiutamente dei suoi diritti di difesa.
4.4 La ricorrente asserisce che, in assenza di una decisione penale di condanna cresciuta in giudicato, ordinando rispettivamente confermando la criticata trasmissione di atti, il PP e la CRP avrebbero leso la presunzione di innocenza, ritenendo che si sarebbe già in presenza di una sua condotta censurabile sotto il profilo penale e disciplinare.
L'assunto è manifestamente infondato, visto che le autorità cantonali non hanno per nulla espresso un siffatto giudizio. La CRP ha inoltre espressamente sottolineato che la Commissione dovrà evidentemente tener conto dello stadio, non finale, del procedimento. D'altra parte, il principio "in dubio pro reo", implicitamente invocato dalla ricorrente con riferimento al procedimento penale aperto, non si applica allo stadio della procedura preliminare e, se del caso, a quello della promozione dell'accusa: in quest'ambito, in caso di dubbio, si applica il principio "in dubio pro duriore", che impone la continuazione della procedura (DTF 138 IV 86 consid. 4.2; 137 IV 219 consid. 7.1-7.2 pag. 226 seg.). L'invocato principio, relativo alla valutazione delle prove, è applicato infatti solo dall'autorità giudicante (DTF 137 IV 219 consid. 7.3 pag. 227).
4.5 L'istanza di accesso agli atti rispetta inoltre il principio di proporzionalità, ritenuto che il PP l'ha accolta a determinate condizioni, concedendolo solo per determinati atti potenzialmente pertinenti per la procedura disciplinare, per di più autorizzando a consultarli un unico membro della Commissione.
4.6 La ricorrente fa poi valere un'applicazione arbitraria dell'art. 62 cpv. 4 della legge ticinese sull'organizzazione giudiziaria del 10 maggio 2006. Secondo questa norma, la CRP, dopo la conclusione del procedimento penale, può permettere l'ispezione degli atti di un processo e l'estrazione di copie a chi giustifica un interesse giuridico legittimo, che prevale sui diritti delle parti. Anche in questo ambito, la ricorrente adduce, a torto come si è visto, che la CRP non avrebbe ponderato gli interessi pubblici e privati in gioco. Del resto, tale richiamo è stato rettamente fatto dalla Corte cantonale con riferimento ai procedimenti già conclusi, per cui la critica ricorsuale è inconferente.
4.7 La Commissione ha chiesto l'accesso anche ad atti concernenti procedimenti penali già conclusi (vedi al riguardo le citate parallele cause 1B_528/2012 e 1B_530/2012). In siffatte circostanze, contrariamente all'assunto ricorsuale, non è arbitrario non attendere l'esito del procedimento penale ancora pendente, ritenuto che in tal modo la Commissione potrà avere una visione completa dei fatti rimproverati alla ricorrente e decidere con cognizione di causa se continuare o abbandonare la procedura avviata nei suoi confronti. In tale contesto, l'accenno a una ricerca indiscriminata di prove non regge.
5. 5.1 Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
5.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alla ricorrente, al Ministero pubblico, al presidente della Commissione di disciplina dell'Ordine degli avvocati e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.