Faits:
A. Par décision du 7 mars 2006, le Département genevois des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le DCTI) a ordonné à l'hoirie A._ de démolir, dans les soixante jours, deux auvents, un jardin d'hiver, une piscine et un biotope se trouvant sur la parcelle n° 760 de la commune de Jussy, en zone agricole.
Par arrêt du 26 juillet 2006, le Tribunal administratif genevois a confirmé cette décision, considérant que les constructions litigieuses n'avaient pas leur place en zone agricole. Par arrêt du 12 mars 2007 (1A.196/2006), le Tribunal fédéral a admis le recours de droit administratif formé par l'hoirie A._, la cour cantonale ayant omis de se prononcer sur l'application de l'art. 24c LAT.
Dans un second arrêt, le Tribunal administratif a considéré que l'art. 24c LAT ne s'appliquait pas aux constructions postérieures à 1972. Par arrêt du 10 juin 2009 (1C_502/2008), le Tribunal fédéral a admis un recours en matière de droit public de l'hoirie A._, et a derechef renvoyé la cause à la cour cantonale: les bâtiments d'origine (soit une habitation, un garage et une annexe) dataient d'avant 1972, de sorte que les constructions litigieuses, réalisées sans autorisation, étaient susceptibles d'être autorisées à titre d'agrandissement mesuré au sens des art. 24c LAT et 42 OAT. Il y avait donc lieu d'examiner cette question.
B. Dans un nouvel arrêt du 2 novembre 2010, le Tribunal administratif a admis partiellement le recours de l'hoirie A._. Le dossier a été renvoyé au département afin qu'il examine l'admissibilité des deux auvents et du jardin d'hiver, cette question n'ayant pas été examinée en première instance; l'ordre de démolition a été annulé dans cette mesure. S'agissant du biotope, les éléments nouveaux avancés par l'hoirie devaient être traités par le département comme une demande de reconsidération. S'agissant enfin de la piscine, l'ordre de démolition a été confirmé: à l'origine, le précédent propriétaire avait installé une piscine constituée de pieux et de bâches, d'un diamètre de 7 m, posée sur le sol; les époux A._ l'avait remplacée, en 1989, par une piscine entièrement enterrée. Il s'agissait donc d'une nouvelle installation qui ne pouvait bénéficier de la prescription de trente ans. Les recourants ne faisaient par ailleurs valoir aucun argument propre à remettre en cause la proportionnalité de la mesure de remise en état.
C. Par acte du 15 décembre 2010, les hoirs A._ forment un recours en matière de droit public par lequel ils demandent l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause au Tribunal administratif afin qu'il annule l'ordre de démolition dans son ensemble. Ils requièrent l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance du 19 janvier 2011.
Le Tribunal administratif a renoncé à formuler des observations. Le DCTI s'en rapporte à justice sur la recevabilité du recours et conclut à son rejet au fond. L'OFAT a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF.
Les recourants ont qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF contre l'arrêt attaqué qui confirme dans une certaine mesure l'ordre de remise en état. Le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF).
1.1 La cour cantonale a annulé l'ordre de démolition en tant qu'il concernait l'auvent appuyé au garage, le jardin d'hiver et l'auvent appuyé à l'annexe. La cause est renvoyée sur ce point au DCTI afin qu'il examine, conformément à l'arrêt du Tribunal fédéral du 10 juin 2009, l'application des art. 24c LAT et 42 OAT. Sur ce point, l'arrêt attaqué est incident puisqu'il ne met pas fin à la procédure et ne préjuge pas de l'application des dispositions précitées. Les conditions posées à l'art. 93 LTF n'étant pas réunies (absence de préjudice irréparable et impossibilité de mettre fin immédiatement à la contestation), le recours est irrecevable sur ce point. Les recourants ne font d'ailleurs valoir aucun argument à l'encontre de cette décision de renvoi.
1.2 La cour cantonale a également renvoyé la cause au DCTI en ce qui concerne le biotope: les recourants faisaient valoir des éléments nouveaux (une prise de position du département cantonal compétent relative à la valeur biologique de cet aménagement et une décision favorable concernant une parcelle voisine), et ceux-ci devaient être traités comme une demande de reconsidération au sens de l'art. 48 LPA. Les recourants relèvent que l'ordre de démolition n'a pas formellement été annulé sur ce point et qu'ils n'auraient pas un droit à une reconsidération de cette décision. Il n'en demeure pas moins que selon les termes de l'arrêt attaqué, le département devra - comme il le relève lui-même dans sa réponse au recours - statuer formellement sur ce point, et que sa décision pourra le cas échéant à nouveau faire l'objet d'un recours. Il n'y a pas lieu de craindre que, saisi d'une demande de reconsidération, le DCTI persiste à exiger l'exécution de sa décision, quand bien même celle-ci n'aurait pas été formellement annulée sur ce point. Interprétée à la lumière de ses considérants, la décision attaquée est donc elle aussi incidente puisqu'elle ne tranche pas de manière définitive et en dernière instance cantonale la question du biotope. Le recours est donc également irrecevable sur ce point.
1.3 S'agissant de la piscine, la cour cantonale a en revanche définitivement confirmé l'ordre de remise en état. Sur cette question, indépendante des autres questions demeurant en suspens, l'arrêt attaqué est final. Il s'agit d'une décision partielle contre laquelle le recours immédiat est recevable en vertu de l'art. 91 let. a LTF.
2. Les recourants soutiennent que la piscine litigieuse existe depuis le début des années 70 et bénéficierait de la prescription de trente ans applicable aux ordres de remise en état. Ils contestent que la rénovation de la piscine assortie d'un remblayage du terrain alentour puisse être considérée comme une nouvelle installation. Dès lors que la taille, l'implantation et la structure de la piscine ont été maintenues, seul le remblayage, nouveau, pourrait faire l'objet d'un ordre de remise en état, mais une telle mesure serait disproportionnée.
2.1 Lorsque des constructions ou des installations illicites sont réalisées en dehors de la zone à bâtir, le droit fédéral exige en principe que soit rétabli un état conforme au droit. L'autorité doit cependant, conformément au principe de la proportionnalité, renoncer à une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage ou encore si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire (ATF 111 Ib 213 consid. 6b; arrêt non publié du 4 décembre 1992 reproduit in RDAF 1993 p. 310 consid. 2b, et les arrêts cités). En outre, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, la compétence d'exiger la démolition d'un bâtiment pour rétablir une situation conforme au droit est soumise en principe à un délai de prescription de trente ans, inspiré du droit civil (ATF 107 Ia 121 consid. 1). Néanmoins, en vertu du principe de la bonne foi, les autorités qui auraient toléré pendant de nombreuses années une construction illicite pourraient, suivant les circonstances, être déchues du droit d'en exiger la démolition avant même l'expiration de ce délai (cf. ATF 132 II 21 consid. 6.3 p. 39; 105 Ib 265 consid. 6c).
2.2 Le Tribunal administratif a, le 31 août 2007, procédé à l'audition du précédent propriétaire de la parcelle. Celui-ci a déclaré avoir installé une piscine amovible d'une hauteur de 80 à 90 cm et d'un diamètre d'environ 7 m, constituée de pieux métalliques et de bâches. La piscine était posée sur le sol, ce dernier ayant été aplani avec une couche de sable. La cour cantonale a par ailleurs considéré que cette première piscine avait été installée après 1972 ("vers 1975", selon les déclarations de l'intéressé). Elle a été entièrement démontée en 1989 lors de l'acquisition de la parcelle par les époux A._, comme en attestent les déclarations du précédent propriétaire corroborées par une photographie figurant au dossier. La piscine litigieuse est pour sa part entièrement enterrée. Compte tenu de son diamètre et de sa profondeur, cela a nécessité un déplacement de terrain d'une certaine importance; les abords de la piscine sont en outre recouverts de dalles. Il s'agit donc clairement d'une nouvelle installation, qui n'a plus le caractère amovible de la précédente. Dès lors que c'est la date à laquelle l'ouvrage concerné a été achevé qui vaut comme point de départ du délai trentenaire fixé par la jurisprudence (ATF 107 Ia 121 consid. 1b; arrêt 1A.199/1994 du 25 octobre 1995), la cour cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral en refusant de mettre les recourants au bénéfice de la prescription trentenaire.
2.3 Les recourants invoquent par ailleurs le principe de la bonne foi en affirmant que le DCTI connaissait depuis le début des années 90 l'état de la parcelle, puisqu'il avait délivré le permis d'habiter. Il ne pourrait exiger la suppression de la piscine quelque seize ans plus tard. L'argument est manifestement mal fondé. Comme l'a relevé le Tribunal administratif dans son arrêt du 27 août 2008, aucune assurance n'a été donnée aux recourants quant à la légalité de l'installation litigieuse. L'inaction du département résulte d'une ignorance de l'état de fait litigieux, et non d'une tolérance délibérée assimilable à une promesse liant l'autorité.
2.4 Les recourants invoquent encore le principe de la proportionnalité. Ils affirment que la suppression de la piscine entraînerait pour leur propriété une moins-value de 250'000 fr. environ. La cour cantonale s'est contentée de relever qu'une telle perte de valeur n'était pas démontrée, alors qu'il s'agirait selon les recourants d'un fait notoire. Cette dernière question peut demeurer indécise, de même que la question de l'étendue du devoir d'allégation en instance cantonale. En effet, quand bien même les recourants subiraient une moins-value importante en raison de la suppression de la piscine, ce dommage doit être mis en balance avec l'intérêt public majeur que constitue la préservation des zones non constructibles et la distinction fondamentale entre espace bâti et non-bâti. A cet égard, l'installation d'une piscine en zone agricole constitue une infraction manifeste à ces principes et l'ordre de démolition doit être confirmé, quelles que soient ses incidences financières pour les recourants. S'agissant des frais de remise en état proprement dits, ils ne sauraient être qualifiés d'excessifs au point de devoir renoncer à la mesure.
3. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants qui succombent. Il n'est pas alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Département des constructions et des technologies de l'information et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 7 juillet 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Fonjallaz Kurz