Widerruf des bedingten Strafvollzugs, hat sich ergeben:
A.- Am 26. Januar 2001 sprach das Bezirksgericht Zürich X._ der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (BetmG) sowie gegen das Gesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG) schuldig und bestrafte ihn mit 21 Monaten Gefängnis sowie mit acht Jahren Landesverweisung.
Weiter beschloss das Gericht, der dem Verurteilten am 14. April 2000 für eine Strafe von 16 Monaten Gefängnis gewährte bedingte Strafvollzug werde widerrufen.
Das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, wies einen gegen den Widerruf erhobenen Rekurs mit Beschluss vom 13. Juni 2001 ab.
Das Kassationsgericht des Kantons Zürich trat am 25. Januar 2002 auf eine gegen den obergerichtlichen Beschluss gerichtete kantonale Nichtigkeitsbeschwerde nicht ein.
B.- X._ führt gegen den Beschluss des Obergerichts vom 13. Juni 2001 eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde und beantragt, der angefochtene Beschluss sei vollumfänglich aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege und in der Person von Rechtsanwältin Caroline Engel ein unentgeltlicher Rechtsbeistand zu gewähren.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Nichtigkeitsbeschwerde richtet sich gegen den Widerruf der am 14. April 2000 bedingt ausgesprochenen Strafe von 16 Monaten Gefängnis.
Das Gesetz sieht einen solchen Widerruf unter anderem dann vor, wenn der zu der bedingten Strafe Verurteilte während der Probezeit ein neues Verbrechen oder Vergehen begeht (Art. 41 Ziff. 3 Abs. 1 StGB).
Die Probezeit beginnt grundsätzlich mit der Eröffnung des Urteils zu laufen, denn mit der Eröffnung spricht das Gericht gegenüber dem Verurteilten die Erwartung aus, dass er sich schon durch eine bedingt ausgesprochene Strafe bessern lasse (BGE 120 IV 172 S. 174; 118 IV 102 S. 104). Der Verurteilte ist zu diesem Zeitpunkt gewarnt, und von diesem Augenblick an wird von ihm ein dem Urteil gemässes Verhalten erwartet (Hans Schultz, Bedingter Strafvollzug III, SJK 1197, S. 9).
b) Im kantonalen Verfahren vor Bezirks- und Obergericht machte der Beschwerdeführer geltend, der Widerruf sei unzulässig, weil das Urteil vom 14. April 2000 ihm nie persönlich zugestellt worden und ihm deshalb für die damalige Verurteilung keine Probezeit gelaufen sei (angefochtener Entscheid S. 2). Vor Bundesgericht hält er an dieser Auffassung fest (vgl. Beschwerde S. 5 - 9).
Die Vorinstanz hat sich unter Hinweis auf die Ausführungen des Bezirksgerichts zu der vom Beschwerdeführer aufgeworfenen Frage geäussert, worauf hier zunächst verwiesen werden kann (vgl. angefochtener Entscheid S. 2 - 5 mit Hinweisen auf die kantonalen Akten).
c) Nach den Feststellungen der kantonalen Richter und den Akten ist in Bezug auf das Urteil vom 14. April 2000 in tatsächlicher Hinsicht von folgendem Ablauf der Ereignisse auszugehen:
Der Beschwerdeführer war am 3. Januar 2000 in Haft genommen worden. In der Folge wurde gegen ihn ein Strafverfahren geführt, in dessen Verlauf er sich in Bezug auf alle ihm vorgeworfenen Straftaten vollumfänglich geständig erklärte.
Am 2. März 2000 sagte er vor dem Untersuchungsrichter und in Gegenwart seiner Verteidigerin aus, er nehme zur Kenntnis, dass Anklage an das Bezirksgericht Zürich erhoben werde und er eine Kopie der Anklageschrift und anschliessend eine Vorladung für die Verhandlung vor Gericht erhalten werde. Er ersuche das Gericht, ihn von der persönlichen Erscheinungspflicht zu entbinden. Er habe keine Zustelladresse in der Schweiz und sei deshalb damit einverstanden, dass man die Post seiner Verteidigerin schicke. Es sei ihm erklärt worden, was der bedingte Strafvollzug und die Landesverweisung bedeute, und er wisse, dass er mit einem Widerruf einer allenfalls bedingt ausgesprochenen Freiheitsstrafe zu rechnen hätte, wenn er wieder in die Schweiz komme (KA act. 2/5 S. 3/4).
Am 8. März 2000 bestätigte er unterschriftlich, dass er die Anklageschrift vom 3. März 2000 erhalten habe, in welcher dem Bezirksgericht beantragt wurde, der Beschwerdeführer sei mit 18 Monaten Gefängnis, unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs, sowie mit einer unbedingten Landesverweisung von drei Jahren zu bestrafen (KA act. 12).
Noch am selben 8. März 2000 wurde er aus der Haft entlassen, der Fremdenpolizei zugeführt und ausgeschafft (KA act. 8/6).
Die Hauptverhandlung vor Bezirksgericht fand am 14. April 2000 in entschuldigter Abwesenheit des Beschwerdeführers statt, und das Urteil wurde an das von ihm bezeichnete Zustellungsdomizil bei der Verteidigerin gesandt. Da diese seine Adresse nicht kannte, konnte sie ihn über das ergangene Urteil nicht informieren.
Bereits im Mai 2000 reiste der Beschwerdeführer illegal wieder in die Schweiz ein, wo er erneut in schwerwiegender Weise straffällig wurde.
d) Unter diesen Umständen ist der Widerruf bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
Der geständige Beschwerdeführer wusste, dass er wegen seiner Straftaten in Kürze vor Gericht angeklagt, der Untersuchungsrichter dort gegen ihn eine recht hohe, aber bedingt ausgesprochene Gefängnisstrafe sowie eine unbedingte Landesverweisung beantragen und das Gericht mit hoher Wahrscheinlichkeit ungefähr diesem Antrag folgen wird. Die Bedeutung des bedingten Vollzugs einer Gefängnisstrafe war ihm erklärt und er ausdrücklich darauf hingewiesen worden, dass er mit einem Widerruf der höchstwahrscheinlich bedingt ausgesprochenen Freiheitsstrafe rechnen müsse, wenn er illegal wieder in die Schweiz kommen und hier überdies wieder straffällig werden würde.
Damit wusste der Beschwerdeführer genau wie ein zu einer bedingt aufgeschobenen Strafe Verurteilter, der vor Gericht erschienen ist, um die drohende Verurteilung zu einer bedingten Freiheitsstrafe, und er war über die Folgen seines erneuten Fehlverhaltens informiert. Dass die Warnung vor Gericht nicht nochmals wiederholt werden konnte, lag daran, dass der Beschwerdeführer vor der Hauptverhandlung auf sein Gesuch hin vom persönlichen Erscheinen vor Gericht dispensiert, aus der Haft entlassen und ausgeschafft worden war. Diese auf das Gesuch des Beschwerdeführers zurückzuführende Abweichung vom üblichen Ablauf eines gerichtlichen Verfahrens muss für die Frage des Widerrufs gleich wie eine gerichtliche Eröffnung des Urteils behandelt werden, weil es sonst zu einer willkürlichen Ungleichbehandlung im Vergleich zum Verurteilten, der vor Gericht erscheint, käme. Es ist deshalb einzig und allein darauf abzustellen, dass der auf sein Gesuch hin vor Gericht entschuldigt abwesende Beschwerdeführer bei seinem neuerlichen Fehlverhalten genau wusste, dass er in einer Probezeit stand und mit dem Widerruf einer längeren, bedingt ausgesprochenen Gefängnisstrafe rechnen musste.
Dazu kommt, dass er die Adresse seiner Verteidigerin als Zustellungsdomizil, an welches das Urteil gesandt werden sollte, bezeichnete. Aber weder gab er seiner Verteidigerin an, wie er künftig erreicht werden könnte, noch kümmerte er sich sonst darum, wie das gerichtliche Verfahren im Einzelnen ausgegangen war. Bei dieser Sachlage ist die Zustellung an die Verteidigerin gleich zu behandeln wie eine Zustellung an den Beschwerdeführer selber. Auch unter diesem Gesichtswinkel wäre es nicht gerechtfertigt, wenn der Beschwerdeführer im Gegensatz zu einem Verurteilten, der vor Gericht erschienen ist, einen Widerruf mit dem Argument, er habe das Urteil nicht persönlich erhalten, vermeiden könnte.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
2.- Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Dieses kann in Anwendung von Art. 152 OG bewilligt werden. Zum einen ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer mittellos ist.
Zum anderen war seine Beschwerde nicht aussichtslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3.- Es werden keine Kosten erhoben.
4.- Die Vertreterin des Beschwerdeführers, Rechtsanwältin Caroline Engel, wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 2'500.-- entschädigt.
5.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht, III. Strafkammer, des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 25. Februar 2002
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: