Sachverhalt:
A. X._, geb. 1930, ist eidgenössisch diplomierter Buchhalter und arbeitete als unselbständig erwerbstätiger Immobilienverwalter und -vermittler. Daneben übte er bis ins Jahr 1990 auch eine selbständige Erwerbstätigkeit u.a. als Vermittler von Liegenschaften aus. In der Zeit zwischen 1969 und 1996 erwarb er insgesamt fünf Mehrfamilienhäuser und acht Stockwerkseigentumseinheiten. 1990 und 1995 veräusserte er je zwei Stockwerkseigentumseinheiten.
Am 26. Februar 2001 übertrug X._ das Mehrfamilienhaus _ in Winterthur zum Übernahmepreis von Fr. 1'000'000.-- an die Tochter A._ (ohne Übernahme von Grundpfandschulden) und das Mehrfamilienhaus _ in Winterthur zum Übernahmepreis von Fr. 1'300'000.-- an die Tochter B._ (mit Übernahme von Grundpfandschulden von Fr. 500'000.--). Die jeweiligen Übernahmepreise waren nicht zu bezahlen, sondern galten im Umfang von Fr. 1'000'000.-- bzw. Fr. 800'000.-- als Erbvorbezug.
Für die Steuerperiode 2001 wurden X._ und Y._ am 13. Februar 2006 entgegen ihrer auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 338'000.-- lautenden Selbstschatzung für die direkte Bundessteuer für ein steuerbares Einkommen von Fr. 800'000.-- veranlagt. Die Differenz von Fr. 462'000.-- resultierte daraus, dass das Steueramt des Kantons Zürich die Gewinne aus der Übertragung der beiden erwähnten Liegenschaften auf die Töchter von X._ als Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit betrachtete und der Besteuerung unterwarf. Das Steueramt begründete dies damit, dass X._ unter steuerlichen Gesichtspunkten als Liegenschaftshändler zu qualifizieren sei.
B. Gegen die Veranlagungsverfügung erhoben X._ und Y._ erfolglos Einsprache. Eine Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wies die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich am 12. November 2007 ab. Hiergegen beschwerten sich X._ und Y._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 22. Oktober 2008 gut und veranlagte X._ und Y._ für die direkte Bundessteuer 2001 für ein steuerbares Einkommen in Höhe der Selbstschatzung von Fr. 338'000.--.
C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts führt das Steueramt des Kantons Zürich mit Eingabe vom 2. Dezember 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. Oktober 2008 sei aufzuheben und der Entscheid der Steuerrekurskommission II vom 12. November 2007 sei zu bestätigen. Das Steueramt rügt eine unrichtige Anwendung von Bundesrecht.
X._ und Y._ sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, wogegen die Eidgenössische Steuerverwaltung auf deren Gutheissung schliesst.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten richtet sich gegen einen Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 bzw. Art. 86 BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 [DBG; SR 642.11]). Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde des gemäss Art. 146 Satz 2 DBG i.V.m. Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG legitimierten Beschwerdeführers ist einzutreten.
1.2 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht im Sinne von Art. 95 lit. a BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), und es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 BGG).
2. 2.1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte mit Ausnahme der Kapitalgewinne (Art. 16 Abs. 1 und Abs. 3 DBG). Steuerbar sind gemäss Art. 18 Abs. 1 DBG alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2.2 Unter den Begriff der selbständigen Erwerbstätigkeit fällt allgemein jede Tätigkeit, bei der ein Unternehmer auf eigenes Risiko, unter Einsatz von Arbeit und Kapital, in einer frei gewählten Organisation und mit der Absicht der Gewinnerzielung am Wirtschaftsverkehr teilnimmt. Eine solche Tätigkeit kann haupt- oder nebenberuflich, dauernd oder temporär ausgeübt werden. Ob eine selbständige Erwerbstätigkeit vorliegt, ist stets nach den gesamten Umständen des Einzelfalls zu beurteilen; die einzelnen Begriffsmerkmale dürfen nicht isoliert betrachtet werden und können auch in unterschiedlicher Intensität auftreten (BGE 125 II 113 E. 5b S. 120 f.).
2.3 Keine selbständige Erwerbstätigkeit liegt vor, wenn lediglich das eigene Vermögen verwaltet wird, insbesondere etwa durch die Vermietung eigener Liegenschaften. Dies gilt selbst dann, wenn das Vermögen umfangreich ist, professionell verwaltet wird und wenn kaufmännische Bücher geführt werden (Urteil 2C_135/2008 vom 27. Juni 2008 E. 3.2; Urteil 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 2.5, in: ASA 74 Nr. 11/12 S. 741 f.; je mit weiteren Hinweisen). Entsprechend ist auch nicht von selbständiger Erwerbstätigkeit auszugehen, wenn Investitionen in Immobilien keinen gewerblichen Charakter aufweisen. In diesem Zusammenhang kommt der Gewinnabsicht entscheidende Bedeutung zu.
2.4 Nach der Praxis des Bundesgerichts liegt steuerbarer Immobilienhandel im Sinne von selbständiger Erwerbstätigkeit gemäss Art. 18 Abs. 1 DBG immer dann vor, wenn die steuerpflichtige Person An- und Verkäufe von Liegenschaften nicht nur im Rahmen der privaten Vermögensverwaltung bei sich zufällig bietender Gelegenheit tätigt, sondern wenn sie dies systematisch und mit der Absicht der Gewinnerzielung tut; erforderlich ist mithin eine Tätigkeit, die in ihrer Gesamtheit auf Erwerb gerichtet ist. Die Gewinnabsicht bildet ein subjektives Kriterium, das nur aufgrund äusserer Umstände festgestellt werden kann (BGE 122 II 446 E. 3b). Als Indizien hierfür kommen in Betracht: die systematische bzw. planmässige Art und Weise des Vorgehens, die Häufigkeit der Liegenschaftsgeschäfte, der enge Zusammenhang eines Geschäfts mit der beruflichen Tätigkeit der steuerpflichtigen Person, der Einsatz spezieller Fachkenntnisse, die Besitzesdauer, der Einsatz erheblicher fremder Mittel zur Finanzierung der Geschäfte oder die Realisierung derselben im Rahmen einer Personengesellschaft (BGE 125 II 113 E. 6a).
3. 3.1 Die Vorinstanz verneinte das Vorliegen eines steuerbaren Immobilienhandels: Sie wies darauf hin, dass sich der Erwerb der Liegenschaften über einen erheblichen Zeitraum verteilt habe. Die Tatsache des dauernden Erwerbs spreche dafür, dass diese Käufe als Kapitalanlage getätigt worden seien. Daran vermöge auch nichts zu ändern, dass der Beschwerdegegner hierfür seine Fachkenntnisse habe nutzen können. In Übereinstimmung mit der Steuerrekurskommission II kam das Verwaltungsgericht sodann zum Schluss, dass die geringfügige Verkaufstätigkeit nicht auf eine professionelle Immobilienhändlertätigkeit schliessen lasse, und das Ausmass des Fremdfinanzierungsgrades höchstens ein schwaches Indiz hierfür darstelle. Einzig das Kriterium der Berufsnähe sei beim Beschwerdegegner als Verwalter und Vermittler von Liegenschaften erfüllt: Dieses Merkmal erreiche jedoch für sich alleine nicht eine Intensität, welche es im Licht von Art. 16 Abs. 3 DBG verbieten würde, eine blosse Verwaltung des eigenen Vermögens anzunehmen.
3.2 Der Beschwerdeführer geht dagegen in Bezug auf die im Streit stehenden Liegenschaftsübertragungen von einer selbständigen Erwerbstätigkeit des Beschwerdegegners aus und schliesst auf das Bestehen einer entsprechenden Steuerpflicht: Der Beschwerdeführer hebt hervor, dass der Beschwerdegegner über einen Zeitraum von mehr als 30 Jahren Liegenschaften erworben und verkauft habe. Nebst den für den Eigenbedarf erworbenen Liegenschaften seien insgesamt 17 Käufe und Verkäufe getätigt worden. Die Anzahl der vorgenommenen Handänderungen sei als Indiz für das Vorliegen eines gewerbsmässigen Immobilenhandels zu werten. Weiter moniert der Beschwerdeführer, dass der Beschwerdegegner fast ausschliesslich in Immobilien investiert und damit ein Klumpenrisiko auf sich genommen habe: Insgesamt 85 % der finanziellen Mittel seien für den Erwerb von Grundstücken verwendet worden, welche zudem alle in der gleichen Gemeinde gelegen seien. Diese Risikobereitschaft spreche eher gegen eine private Vermögensanlage. Sodann weist der Beschwerdeführer darauf hin, dass die vom Beschwerdegegner erworbenen Immobilien in beachtlichem Ausmass fremdfinanziert worden seien; der hohe Fremdmitteleinsatz indiziere ebenfalls eine auf Erwerb gerichtete Tätigkeit. Aufgrund seiner Tätigkeit als Liegenschaftsverwalter und -vermittler müsse zudem von einer Berufsnähe des Beschwerdegegners und vom Vorhandensein besonderer Fachkenntnisse ausgegangen werden.
4. 4.1 Es trifft zu, dass das berufliche Betätigungsfeld des Beschwerdegegners eine Nähe zu den fraglichen Liegenschaftsübertragungen aufweist: Er war bis 1996 Alleinaktionär der im Liegenschaftsbereich tätigen S._ AG in Winterthur, welche sich mit Verwaltung, Vermietung, Vermittlung sowie Kauf und Verkauf von Liegenschaften befasste. Im Jahre 2001 bezog er von dieser Gesellschaft noch ein Erwerbseinkommen von rund Fr. 39'000.-- und war nach wie vor unterschriftsberechtigt. Daneben war der Beschwerdegegner bei der im Immobilienbereich tätigen Einzelfirma R._ beschäftigt und erzielte im Jahr 2001 Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit in Höhe von rund Fr. 56'000.--. Insbesondere verschafft dem Beschwerdegegner auch die von ihm bis ins Jahr 1990 wahrgenommene selbständige Vermittlertätigkeit Berufsnähe. Jedoch wird selbst vom Beschwerdeführer nicht behauptet, dass der Beschwerdegegner diese Tätigkeit auch im Jahr 2001 noch ausgeübt hätte, sondern es ist vielmehr davon auszugehen, dass er diese im Jahr 1990 eingestellt hat. Es stellt sich damit die Frage, ob einzig aufgrund der bis 1990 ausgeübten selbständigen Erwerbstätigkeit u.a. als Immobilienvermittler das gesamte damalige Grundeigentum des Beschwerdegegners automatisch zu Geschäftsvermögen wurde. Dies ist zu verneinen, zumal bis zu diesem Zeitpunkt überhaupt keine Verkäufe getätigt worden waren. In der Veranlagungsperiode 1997/98 wurde beim Beschwerdegegner zwar ein Gewinn von Fr. 69'200.-- aus dem Verkauf von zwei Wohnungen bei der direkten Bundessteuer erfasst. Diese damals nicht angefochtene Besteuerung reicht aber nicht aus, um das gesamte umfangreiche Immobiliarvermögen des Beschwerdegegners als Geschäftsvermögen zu qualifizieren. Daran ändern auch die beruflichen Kenntnisse des Beschwerdegegners nichts, welche es ihm erlaubten, interessante Kapitalanlagen zu tätigen: Solange er lediglich partiell als Liegenschaftsvermittler agierte, und den Liegenschaftshandel nicht professionell betrieb, vermochte dies sein eigenes Grundeigentum nicht in Geschäftsvermögen umzuwandeln. Erst recht gilt dies für die erst nach 1990 erworbenen Immobilien, nachdem der Beschwerdegegner zu diesem Zeitpunkt bereits nicht mehr als selbständiger Vermittler tätig war. Aus dem vom Beschwerdeführer angeführten Urteil 2P.56/2000 / 2A.118/2000 vom 27. März 2001 E. 3d/cc, in: RDAT II-2001 496 S. 501 f. ergibt sich nichts Gegenteiliges: In jenem Entscheid ging es um die anders gelagerte Fragestellung, ob die Erträge aus Vermietung und Betrieb eines "Centro commerciale" Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit bildeten (vgl. auch Urteil 2C_135/2008 vom 27. Juni 2008 E. 3.4).
4.2 Entscheidend für die Annahme einer selbständigen Erwerbstätigkeit ist jedoch, ob mit Gewinnabsicht am Wirtschaftsverkehr teilgenommen wird. Der Beschwerdegegner hat durch die von ihm getätigten Investitionen in Immobilien nur im Jahr 1995 einen bescheidenen Gewinn erzielt. Ebenso liegt bei der vorliegend strittigen Abtretung von zwei Mehrfamilienhäusern nur bei formaler Betrachtung eine Gewinnrealisierung vor: Dem Beschwerdegegner wäre auch die Möglichkeit offengestanden, eine Schenkung zu Gunsten seiner beiden Töchter vorzunehmen (gegebenenfalls unter Berücksichtigung des Schuldüberbunds) und bloss die Werte der Liegenschaften im Hinblick auf die dereinstige Erbteilung festzulegen (PETER LOCHER, Das Objekt der bernischen Grundstückgewinnsteuer, Diss. Bern 1976, S. 225). Dass der Beschwerdegegner hier seine beiden Liegenschaften den Töchtern verkaufte und offenbar die Kaufpreisforderung bzw. -restanz schenkte, darf ihm nicht zum Nachteil gereichen, zumal diese Art des Erbvorbezugs auch in Bezug auf die Grundstückgewinnsteuer nicht anders behandelt wird als die direkte Schenkung der Liegenschaften (vgl. § 216 Abs. 3 lit. a des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG ZH]; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Züricher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N 183 zu § 216 StG ZH). Damit steht fest, dass der Beschwerdegegner während rund vierzig Jahren praktisch nur als Käufer von Liegenschaften aufgetreten ist. Er kann daher auch aus dieser Optik nicht als Liegenschaftshändler bezeichnet werden. Dies gilt umso mehr, als die Übertragungen auf Rechnung zukünftiger Erbschaft rein familieninterne Geschäfte waren und damit ohnehin nicht als Teilnahme am Wirtschaftsverkehr gewertet werden können.
4.3 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers kann aus dem Verhältnis zwischen beweglichem und unbeweglichem Vermögen nicht auf eine Erwerbstätigkeit des Beschwerdegegners geschlossen werden: Gerade die aktuellen Entwicklungen an den Finanzmärkten zeigen, dass es - trotz einem diesbezüglichen "Klumpenrisiko" - nicht nur für professionelle Immobilienhändler von Vorteil sein kann, Anlagestrategien zu wählen, welche schwergewichtig Investitionen in Immobilien beinhalten. In jedem Fall bildete die Relation zwischen beweglichem und unbeweglichem Vermögen in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bis anhin noch nie ein Kriterium für die Annahme einer selbständigen Erwerbstätigkeit (Peter Locher, Kommentar zum DBG, Rz. 25 ff. zu Art. 18 DBG).
4.4 Zu der vom Beschwerdeführer erneut thematisierten Bedeutung des Fremdfinanzierungsgrades der Immobiliengeschäfte des Beschwerdegegners haben sich bereits die Vorinstanzen, insbesondere die Steuerrekurskommission II, einlässlich und überzeugend geäussert: Sie erachteten den vom Beschwerdeführer errechneten Fremdfinanzierungsgrad noch nicht als so hoch, dass alleine deswegen geschlossen werden könnte, die Transaktionen seien Teil einer Tätigkeit als professioneller Liegenschaftenhändler gewesen. Ohnehin sei die vom Beschwerdeführer durchgeführte Berechnung des Fremdfinanzierungsgrades aber unzulässig, weil sie lediglich zwei einzelne Immobilien berücksichtigt und die Finanzierung der übrigen vom Beschwerdegegner erworbenen Objekte ausser Acht lasse; für eine aussagekräftige Analyse sei die Aktenlage auch viel zu dürftig. Dieser Auffassung ist zuzustimmen. Auch im Urteil 2A.512/2003 vom 2. April 2004, welches vom Beschwerdeführer ins Feld geführt wird, war nicht so sehr die Aufnahme fremder Mittel entscheidend, sondern die Tatsache, dass der Betroffene eine unüberbaute Parzelle erworben hatte und darauf eine ausgedehnte Terrassensiedlung realisieren und gewinnbringend vermarkten liess.
4.5 Nicht zu überzeugen vermag sodann der Hinweis des Beschwerdeführers auf die Anzahl der getätigten Immobilienkäufe und -verkäufe: In den von ihm angeführten Urteilen 2A.439/2005 bzw. 2A.698/2004 vom 8. Mai 2006 E. 3.1, in: StE 2006 B 23.2 Nr. 33 hat das Bundesgericht zwar bezüglich einem Architekten, welcher in einem Zeitraum von dreissig Jahren insgesamt neun Liegenschaftstransaktionen vorgenommen hatte, die schlichte Verwaltung privaten Vermögens verneint. In jenem Fall war jedoch vor allem die wertvermehrende Tätigkeit zwecks Arbeitsbeschaffung für das Architekturbüro ausschlaggebend und weniger die Zahl der Transaktionen. Gleiches gilt für das Urteil 2A.512/2001 vom 12. September 2002, in: NStP 56 S. 109, wo es von Bedeutung war, dass eine ganze Überbauung und die Ausgestaltung zu Stockwerkeigentum durch die Betroffenen erfolgt war. In beiden vom Beschwerdeführer angerufenen Präjudizien war die Gewinnabsicht der Steuerpflichtigen offenkundig, weshalb diese Urteile nicht geeignet sind, das Ergebnis der Vorinstanz in Zweifel zu ziehen.
5. Bei einer gesamtheitlichen Betrachtung ist die Schlussfolgerung der Vorinstanz nicht zu beanstanden, dass die Tätigkeit des Beschwerdegegners nicht als gewerbsmässiger Liegenschaftshandel zu qualifizieren sei und die aus den betreffenden Transaktionen resultierenden Gewinne daher auch kein steuerbares Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit darstellten. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich mithin als unbegründet und ist abzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen, da dieser Vermögensinteressen verfolgte (Art. 65 f. BGG). Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegnern zudem eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdegegner mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler