Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Bern erklärte X._ mit Urteil vom 19. September 2008 zweitinstanzlich schuldig der versuchten Vergewaltigung, der mehrfachen üblen Nachrede, der mehrfachen Beschimpfung sowie der mehrfachen Drohung. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 18 Monaten, teilbedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren. Den zu vollziehenden Teil der Freiheitsstrafe legte das Gericht auf 9 Monate fest. Zudem verpflichtete es X._, Y._ Fr. 5'000.-- Genugtuung zu bezahlen.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 19. September 2008 sei aufzuheben und die Sache zwecks Freispruch und Abweisung der Zivilforderung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Sache zwecks Neufestsetzung der Strafe und Gewährung des bedingten Strafvollzugs an die Vorinstanz zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht X._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege sowie um Erteilung der aufschiebenden Wirkung.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Dem Beschwerdeführer wird angelastet, am 9. Dezember 2003 in die Wohnung seiner von ihm damals getrennt lebenden Ehefrau Y._ eingedrungen zu sein und versucht zu haben, sie zu vergewaltigen. Weiter wird ihm vorgeworfen, in der Zeit von ca. Mai bis August 2004 die Beschwerdegegnerin gegenüber dem gemeinsamen Sohn und gegenüber Nachbarn als "Prostituierte", "Verrückte" und "Alkoholikerin" bezeichnet und solche Worte auch an ihren Briefkasten geschrieben zu haben. In derselben Zeit habe er sie auch mit den Worten "Schlampe", "Hure", "Verrückte" und "Geisteskranke" beschimpft. Schliesslich wird dem Beschwerdeführer angelastet, der Beschwerdegegnerin in der Zeit von April bis November 2004 mit den Worten gedroht zu haben, sie werde für das Einreichen der Strafanzeige bezahlen, er werde sie so zusammenschlagen, dass sie invalid werde. Er werde ihr Säure in das Gesicht werfen, um sie zu entstellen, und jemanden beauftragen, sie umzubringen (vgl. Überweisungsbeschluss vom 20. September 2006; angefochtenes Urteil S. 31 f.).
1.2 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine willkürliche Beweiswürdigung (Art. 9 BV) und eine Verletzung der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK) vor.
Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und substantiiert begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 und Art. 42 Abs. 2 BGG; BGE 133 IV 286 E. 1 S. 287). Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG).
Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung einzig vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung auch vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (BGE 134 I 140 E. 5.4 S. 148 mit Hinweisen; 129 I 173 E. 3.1 S. 178 mit Hinweisen).
Der aus der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK) abgeleitete Grundsatz "in dubio pro reo" besagt als Beweiswürdigungsregel, dass sich das Strafgericht nicht von einem für die angeklagte Person ungünstigen Sachverhalt überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Inwiefern dieser Grundsatz verletzt ist, prüft das Bundesgericht unter dem Gesichtspunkt der Willkür, d.h. es greift nur ein, wenn das Sachgericht die angeklagte Person verurteilte, obgleich bei objektiver Würdigung des Beweisergebnisses offensichtlich erhebliche bzw. schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an deren Schuld fortbestanden. Bloss abstrakte und theoretische Zweifel sind nicht massgebend, weil solche immer möglich sind und absolute Gewissheit nicht verlangt werden kann (BGE 127 I 38 E. 2a S. 41 mit Hinweisen; Urteil 6P.27/2006 vom 27. November 2006 E. 1, in: sic! 6/2007 S. 462; Urteil 6B_901/2008 vom 23. Februar 2009 E. 3.2).
1.3 Die Vorinstanz hat insbesondere die Aussagen der Beschwerdegegnerin eingehend gewürdigt und dabei die Aussagen des Beschwerdeführers in ihre Beweiswürdigung einbezogen. Am 16. August 2004 sei das Scheidungsverfahren zwischen der Beschwerdegegnerin und dem Beschwerdeführer anhängig gemacht worden, und ihre Ehe sei mit Urteil vom 27. November 2007 geschieden worden. Zwischen den Parteien bestünden langjährige Konflikte insbesondere betreffend die Zuteilung der gemeinsamen Kinder A._ und B._. Die Schilderungen der Beschwerdegegnerin seien glaubhaft, und ein Zusammenhang mit dem Scheidungsverfahren sei nicht ersichtlich. In diesem Sinne würden ihre Aussagen nicht als zielgerichtet erscheinen. Die Aussagen des Beschwerdeführers, der die Vorfälle vollumfänglich bestreite, seien hingegen teilweise widersprüchlich und weitgehend unglaubhaft.
1.4 Die vom Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung erhobenen Einwände haben appellatorischen Charakter. Der Beschwerdeführer beschränkt sich im Wesentlichen darauf, seine im kantonalen Verfahren vorgetragenen Tatsachenbehauptungen zu wiederholen, seine eigene Sicht der Dinge darzulegen und diese der Würdigung der Vorinstanz gegenüberzustellen, ohne zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis verfassungswidrig sein sollte.
Beispielsweise behauptet der Beschwerdeführer, die Ausführungen der Beschwerdegegnerin seien inszeniert. Die Beschwerdegegnerin wolle ihn diskreditieren, um nach der Fremdplatzierung des Sohnes A._ die Obhut über die Tochter B._ zu behalten. Diese Schilderungen sind unbehelflich und ungeeignet, Willkür darzulegen. Weiter beanstandet der Beschwerdeführer, die Beschwerdegegnerin habe den Vorfall im Coop-City in C._ vom 4. August 2004 (vgl. Ziff. 1.1. des Überweisungsbeschlusses vom 20. September 2006) im Laufe des Verfahrens stets anders geschildert. Auch ihre Ausführungen betreffend den Vorfall vom 22. Oktober 2004 (vgl. Ziff. 1.2. des erwähnten Überweisungsbeschlusses) seien nicht glaubhaft, da die herbeigerufenen Polizeibeamten weder die behaupteten Verletzungen an ihrem Körper noch die geschilderten Münzen am Boden festgestellt hätten. Auch sei anzunehmen, dass ihr Haarausfall nicht (wie vorgebracht) auf einer Gewalteinwirkung durch den Beschwerdeführer, sondern auf einer starken Bildung von Schuppenflechten beruhe. Weiter habe die Beschwerdegegnerin nicht aus Angst unkontrolliert, sondern absichtlich uriniert. Im Übrigen sei ihre Schilderung der Verfolgung durch den Beschwerdeführer widersprüchlich (Beschwerde S. 6 ff.). Damit wiederholt der Beschwerdeführer - teilweise wörtlich - über weite Strecken einzig seine bereits im kantonalen Verfahren vorgebrachten Tatsachenbehauptungen. Der Beschwerdeführer unterlässt es aber, sich mit der vorinstanzlichen Würdigung der Aussagen der Beteiligten im Einzelnen auseinanderzusetzen. Inbesondere befasst er sich weder mit den Schilderungen der versuchten Vergewaltigung, noch mit den Schilderungen betreffend die üble Nachrede, Beschimpfungen und Drohungen. Er behauptet bloss, diese Vorwürfe würden durch die unsicheren Zeugenaussagen von D._ nicht gestützt resp. seien "lediglich leere und widersprüchliche, durch nichts bewiesene Behauptungen" (Beschwerde S. 12 ff.). Es wäre jedoch am Beschwerdeführer gelegen, im Einzelnen darzutun, inwiefern die Aussagen der Beschwerdegegnerin von der Vorinstanz willkürlich gewürdigt worden seien, und alsdann substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die vorhandenen Beweise andere Schlussfolgerungen geradezu aufgedrängt hätten und die Beweiswürdigung der Vorinstanz (auch) im Ergebnis offensichtlich unhaltbar sei (BGE 133 IV 286 E. 1.4 S. 287; 133 II 249 E. 1.4 S. 254 f.). Dies hat der Beschwerdeführer nicht getan. Seine Vorbringen genügen den Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht, weshalb auf die Beschwerde insoweit nicht einzutreten ist.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe einzig gestützt auf Vermutungen angenommen, dass er die ihm zur Last gelegten Delikte der üblen Nachrede, Beschimpfung und Drohung in der Zeit von April bis November 2004 verübt habe. Zu seinen Gunsten sei davon auszugehen, dass die Strafantragsfristen nicht eingehalten worden seien. Die Vorinstanz habe Art. 31 StGB verletzt.
2.2 Die Beschwerdegegnerin stellte am 18. August 2004 Strafantrag betreffend einfache Körperverletzung, Beschimpfung, Drohung und üble Nachrede evtl. Verleumdung (vorinstanzliche Akten pag. 8). Die Vorinstanz hat erwogen, die zeitliche Einordnung der üblen Nachrede und Beschimpfungen (Mai bis August 2004) sei erstellt. Dazu verweist sie auf die Aussagen der Beschwerdegegnerin vom 11. August 2004, 14. Juni 2005 und 24. Oktober 2007 (angefochtenes Urteil S. 31 f.).
2.3 Der Einwand betreffend die Tatzeiten richtet sich gegen tatsächliche Feststellungen der Vorinstanz. Der Beschwerdeführer legt allerdings nicht dar, inwiefern die Vorinstanz in Willkür verfallen sei, indem sie die ihm zur Last gelegten üblen Nachrede und Beschimpfungen in der Zeit von Mai bis August 2004 als erstellt erachtet hat. Seine Vorbringen genügen den Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht, weshalb auf die Rüge, die Vorinstanz habe betreffend diese Delikte Art. 31 StGB verletzt, nicht einzutreten ist.
Hinsichtlich der Drohungen geht die Rüge fehl. Seit dem 1. April 2004 wird die Drohung von Amtes wegen verfolgt, wenn die Täterschaft mit dem Opfer verheiratet oder noch nicht länger als ein Jahr geschieden ist (Art. 180 Abs. 2 lit. a StGB). Das ist vorliegend der Fall. Die Drohungen erfolgten ab April 2004. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer beanstandet ferner die Strafzumessung. Das Abstellen der Vorinstanz auf Tätlichkeiten sei nicht zulässig, da das entsprechende Verfahren nicht weiter verfolgt worden sei. Weiter seien die Taten auf eine grosse seelische Belastung zurückzuführen, welche strafmildernd hätte berücksichtigt werden müssen. Schliesslich führt der Beschwerdeführer an, zwischen den Taten und dem vorinstanzlichen Urteil seien mehr als fünf Jahre vergangen. Diese lange Zeitspanne hätte ebenfalls strafmildernd berücksichtigt werden müssen (Beschwerde S. 17 ff.).
3.2 Gemäss Art. 47 Abs. 1 StGB misst das Gericht die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben, die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Die Bewertung des Verschuldens wird in Art. 47 Abs. 2 StGB dahingehend präzisiert, dass dieses nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt wird, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Nach Art. 50 StGB hat das Gericht die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festzuhalten.
Es liegt im Ermessen des Sachgerichts, in welchem Umfang es die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (BGE 134 IV 17 E. 2.1 S. 19 f.; 129 IV 6 E. 6.1 S. 20 f.; 127 IV 101 E. 2 S. 104; 124 IV 286 E. 4a S. 295).
3.3 Die erste Instanz, auf deren Ausführungen die Vorinstanz verweist, hat die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände gewürdigt und teilweise deren Gewichtung festgehalten. Sie hat sich mit den objektiven und subjektiven Verschuldenskomponenten auseinandergesetzt und die persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers berücksichtigt. Sie hat namentlich erwogen, dass die Vorstrafen aus den Jahren 1997 und 2001 straferhöhend ins Gewicht fallen (vorinstanzliche Akten pag. 351 ff.).
3.3.1 Die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe nicht berücksichtigt, dass er die früheren Taten gegen seinen Sohn sehr bereue und in der Zwischenzeit eine innige und herzliche Beziehung zu ihm habe aufbauen können, ist nicht stichhaltig. Selbst wenn dies zuträfe, konnte die Vorinstanz, ohne hierdurch gegen Bundesrecht zu verstossen, die Vorstrafe vom 5. Juni 2001 straferhöhend berücksichtigen.
Anders verhält es sich indessen hinsichtlich der Vorstrafe vom 22. Mai 1997. Der entsprechende Eintrag wurde aus dem Strafregister entfernt (vorinstanzliche Akten pag. 116). Gemäss Art. 369 Abs. 7 Satz 2 StGB darf das entfernte Urteil dem Betroffenen nicht mehr entgegengehalten werden. Diese Bestimmung trat am 1. Januar 2007 in Kraft. Sie ist auch auf Urteile anwendbar, die auf Grund des bisherigen Rechts ergangen sind (Ziff. 3 Abs. 1 SchlBest. StGB). Die Vorinstanz hat somit dieses Verwertungsverbot missachtet. Sie hätte die entsprechende Vorstrafe dem Beschwerdeführer nicht mehr entgegenhalten und somit nicht straferhöhend berücksichtigen dürfen.
3.3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz hätte nicht auf die verjährten Tätlichkeiten abstellen dürfen (vgl. Ziffer 1. des Überweisungsbeschlusses vom 20. September 2006). Ob dieser Einwand zutrifft, kann offenbleiben, weil vorliegend die Bedeutung der Tätlichkeiten im Vergleich mit der versuchten Vergewaltigung, der mehrfachen üblen Nachrede sowie den mehrfachen Beschimpfungen und Drohungen lediglich marginal ist. Die Vorinstanz hätte somit auch ohne Berücksichtigung der verjährten Übertretungen auf ein erhebliches Ausmass des verschuldeten Erfolges schliessen können, ohne gegen Bundesrecht zu verstossen.
3.3.3 Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, die Tatbegehung sei auf eine grosse seelische Belastung zurückzuführen, da die Beschwerdegegnerin beide Kinder während langer Zeit massiv vernachlässigt habe. Diesen Umstand hätte die Vorinstanz gemäss Art. 48 lit. c StGB strafmildernd berücksichtigen müssen. Die Behauptung einer seelischen Belastung ist nicht belegt und daher nicht geeignet, eine Rechtsverletzung darzutun.
3.3.4 Ohne Grund rügt der Beschwerdeführer schliesslich, die Vorinstanz habe den Strafmilderungsgrund von Art. 48 lit. e StGB zu Unrecht nicht zur Anwendung gebracht. Gemäss dieser Bestimmung mildert das Gericht die Strafe, wenn das Strafbedürfnis in Anbetracht der seit der Tat verstrichenen Zeit deutlich vermindert ist und der Täter sich in dieser Zeit wohl verhalten hat. Verhältnismässig lange Zeit verstrichen ist gemäss der Rechtsprechung nach neuem Recht, wenn bei einer Verjährungsfrist von 15 Jahren zwei Drittel verstrichen sind (BGE 132 IV 1 E. 6.2.1 S. 4; Urteil 6P.42/2007 vom 3. Mai 2007 E. 7.2). Im Zeitpunkt des vorinstanzlichen Urteils lag die versuchte Vergewaltigung, als älteste beurteilte strafbare Handlung des Beschwerdeführers, entgegen dessen Ausführungen nicht über 5 Jahre, sondern rund 4 3⁄4 Jahre zurück. Damit kann weder von einer verhältnismässig langen Zeit, noch von einem verminderten Strafbedürfnis im Sinne des genannten Strafmilderungsgrundes gesprochen werden.
3.3.5 Zusammenfassend hält die Feststellung der Vorinstanz, dem Beschwerdeführer sei ein insgesamt schweres Verschulden anzulasten, der bundesgerichtlichen Rechtskontrolle stand. Die Vorinstanz hat sich mit den Tat- und Täterkomponenten rechtsgenügend auseinandergesetzt und ihr Ermessen im Ergebnis nicht überschritten. Die ausgefällte Freiheitsstrafe von 18 Monaten ist auch unter Berücksichtigung des Verwertungsverbots der Vorstrafe aus dem Jahre 1997 und bei Nichtberücksichtigung der verjährten Übertretungen nicht zu beanstanden. Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer richtet sich ferner gegen die Gewährung des lediglich teilbedingten Strafvollzugs. Er rügt eine Verletzung von Art. 42 und Art. 43 StGB. Im Wesentlichen macht er geltend, eine unbedingte Strafe sei nicht notwendig, um ihn von der Begehung weiterer Delikte abzuhalten. Es sei daher auf einen teilbedingten Vollzug zu verzichten und die auszusprechende Strafe in vollem Umfang bedingt aufzuschieben.
4.2 Bei Freiheitsstrafen im überschneidenden Anwendungsbereich von Art. 42 und Art. 43 StGB (zwischen einem und zwei Jahren) ist der Strafaufschub nach Art. 42 StGB die Regel, die grundsätzlich vorgeht. Der teilbedingte Vollzug bildet dazu die Ausnahme. Er ist nur zu bejahen, wenn der Aufschub wenigstens eines Teils der Strafe aus spezialpräventiver Sicht erfordert, dass der andere Strafteil unbedingt ausgesprochen wird. Damit verhält es sich ähnlich wie bei der Beurteilung der Bewährungsaussichten im Fall eines Widerrufs einer bedingt ausgesprochenen Freiheitsstrafe. Ergeben sich - inbesondere aufgrund früherer Verurteilungen - ganz erhebliche Bedenken an der Legalbewährung des Täters, die bei einer Gesamtwürdigung aller Umstände eine eigentliche Schlechtprognose noch nicht zu begründen vermögen, so kann das Gericht an Stelle des Strafaufschubs den teilbedingten Vollzug gewähren. Auf diesem Wege kann es im Bereich höchst ungewisser Prognosen dem Dilemma "Alles oder Nichts" entgehen. Art. 43 StGB hat die Bedeutung, dass die Warnwirkung des Teilaufschubs angesichts des gleichzeitig angeordneten Teilvollzugs für die Zukunft eine weitaus bessere Prognose erlaubt. Erforderlich ist aber stets, dass der teilweise Vollzug der Freiheitsstrafe für die Erhöhung der Bewährungsaussichten unumgänglich erscheint. Das trifft nicht zu, solange die Gewährung des bedingten Strafvollzugs, kombiniert mit einer Verbindungsgeldstrafe bzw. Busse (Art. 42 Abs. 4 StGB), spezialpräventiv ausreichend ist. Diese Möglichkeit hat das Gericht vorgängig zu prüfen (BGE 134 IV 1 E. 5.5.2 S. 14 f. mit Hinweisen).
4.3 Wie die Vorinstanz richtig festhält, haben die bisherigen Strafen den Beschwerdeführer nicht von weiteren strafbaren Handlungen abgehalten. Er wurde in den Jahren 1999, 2001 und 2002 mit drei Freiheitsstrafen von insgesamt 70 Tagen belegt, die alle vollzogen wurden (vorinstanzliche Akten pag. 116 f.). Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer als völlig uneinsichtig bezeichnet. Dies ist u.a. mit Blick auf dessen teilweise polemischen Ausführungen vor Vor- und Erstinstanz und seine absolute Überzeugung, im Recht zu sein, nicht von der Hand zu weisen. Unter Berücksichtigung dieser Gesichtspunkte sowie der Art und Schwere der Delikte ist deshalb nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz nicht nur etwaige Zweifel, sondern erhebliche Bedenken an der Legalbewährung des Beschwerdeführers geäussert hat. Im Übrigen ist das Vorbringen des Beschwerdeführers, ein teilbedingter Strafvollzug würde die Beziehung zu seinem (heute 16-jährigen) Sohn tangieren, nicht stichhaltig. Einschränkungen im sozialen Umfeld sind eine gesetzmässige Folge jeder freiheitsbeschränkenden Sanktion.
Die Vorinstanz hat den teilweisen Vollzug der Freiheitsstrafe für die Erhöhung der Bewährungsaussichten zu Recht als unumgänglich eingeschätzt. Gleichzeitig hat sie mit Blick auf die verhältnismässig nur kurzen verbüssten Vorstrafen und die zwischenzeitlich erfolgte Ehescheidung, die nach ihrer Einschätzung zu einer gewissen Beruhigung der familiären Situation geführt hat, mit Recht eine eigentliche Schlechtprognose verneint. Indem die Vorinstanz eine teilbedingte Strafe ausgesprochen hat, hat sie ihr Ermessen bei der Beurteilung von Tat und Täter nicht verletzt und Art. 42 und Art. 43 StGB bundesrechtskonform angewandt. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt abzuweisen.
5. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG e contrario).
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 3. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Faga