Erwägungen:
1. Das Bezirksgericht Baden führt gegen X._ ein Strafverfahren betreffend Verlängerung der stationären Massnahme gemäss Art. 59 Abs. 4 StGB. Auf den 20. Mai 2008 wurde eine Verhandlung anberaumt. Zu diesem Zweck verfügte der Gerichtspräsident des Bezirksgerichts Baden am 5. März 2008, dass X._ zwecks Sicherstellung der Hauptverhandlung dem Bezirksgericht am 20. Mai 2008 polizeilich vorzuführen sei.
Nach diversen Schreiben antwortete der Präsident des Bezirksgerichts Baden dem amtlichen Verteidiger von X._ am 2. April 2008, dass der Vorführungsbefehl nicht zurückgezogen werde. Gegen dieses Schreiben erhob X._ am 24. April 2008 Beschwerde. Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau trat mit Entscheid vom 6. Mai 2008 auf die Beschwerde nicht ein. Zur Begründung führte sie zusammenfassend aus, das Schreiben vom 2. April 2008 sei weder eine Verfügung noch ein Beschluss, gegen den ein Rechtsmittel gegeben wäre. Das Schreiben sei lediglich eine schriftliche Bestätigung, dass die mit der Vorladungsverfügung angeordnete Zuführung zur Gerichtsverhandlung weiterhin Bestand habe. Soweit sich die Beschwerde gegen die Vorladungsverfügung vom 5. März 2008 richten sollte, sei die Beschwerdefrist längstens abgelaufen.
2. X._ führt mit Eingabe vom 1. Juni 2008 Beschwerde in Strafsachen (Art. 78 ff. BGG) gegen den Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte, wie etwa das Willkürverbot oder den Anspruch auf rechtliches Gehör verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer, der eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend macht, vermag mit seinen Ausführungen nicht rechtsgenüglich darzulegen, inwiefern die Beschwerdekammer in Strafsachen mit ihrem Nichteintretensentscheid seinen Gehörsanspruch oder ein anderes verfassungsmässiges Recht verletzt haben sollte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann. Bei dieser Sachlage kann offen bleiben, ob das vorliegende Verfahren nicht schon zufolge Gegenstandslosigkeit abgeschrieben werden müsste.
4. Angesichts der offensichtlichen Aussichtslosigkeit der vorliegenden Beschwerde kann dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht entsprochen werden (Art. 64 BGG). Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Präsidium 3 des Bezirksgerichts Baden und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juni 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli