Sachverhalt:
A. Am 14. September 2010 reichte X._ bei der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich gegen den Leiter des Steueramts der Stadt Kloten, Y._, und Z._ vom Kantonalen Steueramt, Strafanzeige ein wegen Falschbeurkundung im Sinn von Art. 251 und Art. 317 StGB bzw. Teilnahme dazu. Er wirft den beiden vor, dem Gerichtspräsidium Baden wissentlich eine falsche Steuerauskunft über ihn erteilt zu haben.
Mit Verfügung vom 17. November 2010 überwies die Staatsanwaltschaft die Akten zuständigkeitshalber der Anklagekammer des Obergerichts mit dem Antrag, über die Eröffnung oder das Nichteintreten auf die Anzeige zu entscheiden.
Am 3. Dezember 2010 beschloss die Anklagekammer, auf die Strafanzeige nicht einzutreten und gegen Y._ und Z._ keine Strafuntersuchung zu eröffnen.
Am 13. Januar 2011 wies die II. Zivilkammer des Obergerichts den Rekurs von X._ gegen diesen Entscheid der Anklagekammer ab und eröffnete gegen Y._ und Z._ keine Strafuntersuchung.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen bzw. subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt X._, die Beschlüsse der Anklagekammer und der II. Zivilkammer aufzuheben und gegen Y._ und Z._ eine Strafuntersuchung zu eröffnen.
C. Y._, Z._, die Anklagekammer, die II. Zivilkammer und die Staatsanwaltschaft I verzichten auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid bestätigt, dass das vom Beschwerdeführer angestrebte Strafverfahren nicht eröffnet wird. Er schliesst damit das Verfahren ab. Es handelt sich um den Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG). Für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde bleibt damit kein Raum. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist, sofern der Beschwerdeführer befugt ist, sie zu erheben.
2. 2.1 Der erste Entscheid in dieser Sache erging am 3. Dezember 2010 nach der bis Ende 2010 in Kraft stehenden Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH). Am 1. Januar 2011 trat die Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (SR 312.0; StPO) in Kraft (AS 2010 1881), welche die kantonalen Strafprozessordnungen ablöst. Nach der einschlägigen Übergangsbestimmung von Art. 453 Abs. 1 StPO ist auf Rechtsmittel gegen vor dem 1. Januar 2011 gefällte Entscheide das bisherige Recht anwendbar. Die II. Zivilkammer beurteilte den Rekurs am 13. Januar 2011 daher zu Recht nach den Bestimmungen der StPO/ZH, welche auch für die vorliegende Beschwerde massgebend sind (Art. 454 Abs. 2 StPO).
2.2 Nach § 22 Abs. 1 Ziff. 1 i.V.m. Abs. 5 StPO/ZH ist auf eine Strafanzeige nicht einzutreten und kein Strafverfahren zu eröffnen, wenn kein Anfangsverdacht für ein strafbares Verhalten vorliegt. Darüber befindet nach § 22 Abs. 5 StPO/ZH in der Regel die Untersuchungsbehörde. Steht hingegen die Eröffnung einer Strafuntersuchung oder das Nichteintreten auf eine Strafanzeige gegen einen Beamten in Frage, der im Zusammenhang mit seiner amtlichen Tätigkeit einer strafbaren Handlung verdächtigt wird, entscheidet darüber die Anklagekammer des Obergerichts (§ 22 Abs. 6 StPO/ZH).
2.3 Vor der Einführung der Schweizerischen Strafprozessordung hatte der Beschwerdeführer als Geschädigter nach konstanter Rechtsprechung kein rechtlich geschütztes Interesse, die Nichteröffnung eines Strafverfahrens in der Sache anzufechten, da der Strafanspruch dem Staat zusteht. Trotz fehlender Legitimation in der Sache konnte der Beschwerdeführer indessen in jedem Fall die auf eine formelle Rechtsverweigerung hinauslaufende Verletzung von Parteirechten rügen ("Star-Praxis"; BGE 133 I 185 E. 6.2 S. 198).
2.4 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe am Verfahren vor den Vorinstanzen teilgenommen, sei Opfer einer Urkundenfälschung und habe einen Schaden erlitten, den er als Zivilanspruch gegen den Kanton Zürich geltend machen könne. Er sei damit nach Art. 81 BGG zur Beschwerde legitimiert.
Das trifft nicht zu. Der Beschwerdeführer hat zwar im Verfahren Geschädigtenstellung, ist aber nicht Opfer im Sinne des Opferhilfegesetzes, da er durch die von ihm behauptete Straftat offensichtlich nicht in seiner "körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist" (Art. 1 Abs. 1 OHG). Zivilansprüche gegen den Kanton Zürich oder die Stadt Kloten stehen ihm keine zu, da im Kanton Zürich zwar sowohl der Staat als auch die Gemeinden für Schäden haften, die ihre Angestellten in Ausübung amtlicher Verrichtungen Dritten widerrechtlich zufügen, aber nicht nach Bundeszivilrecht, sondern ausschliesslich nach den Bestimmungen des Haftungsgesetzes vom 14. September 1969 (vgl. BGE 131 I 455 E. 1.2.4; 125 IV 161 E. 3). Was der Beschwerdeführer vorbringt, ändert somit nichts daran, dass er kein Rechtsschutzinteresse im Sinn von Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG hat, die Nichteröffnung des Strafverfahrens in der Sache anzufechten.
2.5 Der Beschwerdeführer erhebt für den Fall, dass das Bundesgericht die Beschwerde nach bisherigem Recht beurteile (Beschwerde Ziff. 24 ff.), verschiedene Rügen in der Sache: Es liege entgegen der Auffassung der II. Zivilkammer ein ausreichender Anfangsverdacht für die Eröffnung einer Strafuntersuchung vor und die Nichteröffnung der gebotenen Untersuchung bzw. das Abhängigmachen der Eröffnung von nicht vorhandenen Urkunden verstosse gegen Art. 9 und Art. 29 Abs. 1 BV. Dazu ist er nach dem Gesagten nicht legitimiert, darauf ist nicht einzutreten.
In formeller Hinsicht rügt er, die beiden Angezeigten seien nicht befragt worden, wodurch Art. 29 Abs. 2 BV verletzt worden sei. Damit rügt er indessen nicht die Verletzung seines eigenen Gehörsanspruchs, sondern desjenigen der beiden Angezeigten. Dazu ist er offensichtlich nicht befugt.
3. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft I und dem Obergericht des Kantons Zürich, Anklagekammer und II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. März 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Störi