Faits:
A. A.a K & L Ruppert Stiftung & Co. Handels-KG (ci-après: K & L Ruppert), avec siège à Weilheim (Allemagne), fait partie du groupe K & L Ruppert, actif dans la vente de vêtements et disposant de cinquante filiales dans le sud de l'Allemagne.
Le 23 mars 1990, K & L Ruppert a déposé la marque verbale "Coolwater" en Allemagne. La société a obtenu son enregistrement (marque allemande no 1159331) le 23 mai 1990 pour la classe 25 (vêtements et chaussures). K & L Ruppert ayant déposé une demande internationale, la marque a été inscrite, le 19 septembre 1990, au registre international des marques de l'Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI). L'enregistrement international (no 556'679) désigne la Suisse.
A.b Zino Davidoff SA (ci-après: Davidoff) est une société de droit suisse, avec siège à Fribourg, inscrite au registre du commerce le 20 juin 1990, dont le but est le commerce de toutes sortes, notamment l'exportation des marques "Davidoff" et "Zino Davidoff" dans tous les domaines, à l'exception du domaine du tabac, et d'articles pour fumeurs.
Le 31 août 1987, Davidoff a déposé la marque combinée "Davidoff Cool Water" (fig.) en Suisse. Elle a obtenu son enregistrement (marque suisse no 357'066) le 18 novembre 1987 pour la classe 3 (produits cosmétiques). Davidoff ayant déposé une demande internationale, la marque a été inscrite, le 12 février 1988, au registre international des marques de l'OMPI (no 518'673).
Le 14 décembre 2000, Davidoff a également déposé la marque verbale "cool water" en Suisse. Elle a obtenu son enregistrement (marque suisse no 483'579) le 6 avril 2001 pour toutes sortes de préparations cosmétiques de la classe 3, du matériel de nettoyage de la classe 21, des couvertures en laine, de lits et de tables, et autre linge de maison de la classe 24 et des vêtements, cravates, chemises, costumes, chaussures, chapellerie de la classe 25.
B. B.a Le 5 avril 2006, K & L Ruppert a ouvert action contre Davidoff devant la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de Fribourg. Elle a conclu à la constatation de la nullité de l'enregistrement de la marque suisse "cool water" (no 483'579) du 6 avril 2001, subsidiairement à la nullité de l'enregistrement de cette marque concernant les "préparations pour blanchir et autres substances pour lessiver, préparations pour nettoyer, savon (classe 3)", le "matériel de nettoyage (classe 21)", et les "couvertures en laine, couvertures de lits et tables, linges de lits, housses pour coussins, taie d'oreillers, services de toilette, serviettes-éponges, draps de bain, rideaux, tissus à décorer, draps de bains, rideaux (classe 24)", plus subsidiairement à la nullité de l'enregistrement de la marque précitée concernant les "vêtements, cravates, chemises, costumes, chaussures, chapellerie (classe 25)".
Invoquant la priorité (art. 6 LPM) de son enregistrement international (no 556'679) qui désigne la Suisse, la demanderesse explique que le champ de protection de sa marque, inscrite pour la classe 25, s'étend également aux autres classes de produits lorsqu'il en résulte un risque de confusion. Elle soutient que, dans le domaine de la mode, les créateurs utilisent leur marque non seulement pour des vêtements mais aussi pour des produits cosmétiques et que, dès lors, il existe un risque de confusion entre sa marque et celle de la défenderesse enregistrée en 2001 notamment pour la classe 3.
B.b Dans sa réponse et demande reconventionnelle du 12 septembre 2006, Davidoff conclut au rejet de la demande et à la constatation de la nullité de la partie suisse de l'enregistrement international (no 556'679) de la demanderesse, ainsi qu'à l'interdiction, sous la menace des peines prévues à l'art. 292 CP, d'utiliser la marque "Coolwater" pour vendre des vêtements et des chaussures, les mettre dans le commerce ou les détenir à cette fin, d'en faire la publicité et d'accorder des licences correspondantes à des tiers.
En substance, la défenderesse (et demanderesse reconventionnelle) reproche à K & L Ruppert une concurrence parasitaire. Elle allègue que, grâce aux articles de parfum et cosmétiques Davidoff de la ligne "Cool Water" introduits sur le marché allemand en 1988, le chiffre d'affaires de la marque de parfumerie Davidoff a connu un accroissement important. La défenderesse soutient que l'enregistrement de la marque "Coolwater" a été fait de mauvaise foi par la demanderesse, aussi bien en Allemagne qu'en Suisse. Selon elle, la marque de la demanderesse (inscrite pour la classe 25) violerait aussi sa marque suisse no 357'066 (enregistrée pour la classe 3), du fait qu'il y a - du propre aveu de la demanderesse - une similitude de produits engendrant un risque de confusion.
B.c Dans sa réponse à la demande reconventionnelle déposée le 11 décembre 2006, la demanderesse (et défenderesse reconventionnelle) conteste l'image parasitaire donnée d'elle par sa partie adverse. Elle précise en outre qu'on ne saurait lui opposer le non-usage de sa marque en Suisse puisqu'en application de l'art. 5 de la Convention du 13 avril 1892 entre la Suisse et l'Allemagne concernant la protection réciproque des brevets, dessins, modèles et marques (RS 0.232.149.136; ci-après: la Convention de 1892), le titulaire conserve ses droits dans les deux pays s'il fait usage de la marque dans l'un des deux. Elle se prévaut en revanche du non-usage de la marque "cool water" (no 483'579) de la défenderesse (enregistrée le 6 avril 2001) en ce qui concerne les vêtements pour conclure à la perte du droit de la défenderesse sur ces produits depuis le 7 août 2006.
B.d Le 8 octobre 2007, la défenderesse a pris l'initiative de déposer une duplique et a produit plusieurs pièces tendant à démontrer qu'elle a commercialisé ses produits de parfumerie "Cool Water" dès le début de l'année 1988. S'agissant des motifs du non-usage de sa marque "cool water" (no 483'579), la défenderesse en a expliqué les raisons; notamment, elle a allégué que le non-usage en Allemagne et en Suisse se justifiait en raison du litige avec la demanderesse.
B.e Dans un arrêt du 20 avril 2009, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de Fribourg, admettant partiellement l'action de K & L Ruppert, a constaté la nullité de l'enregistrement de la marque suisse "cool water" (no 483'579) de la société Davidoff en ce qui concerne la classe 25 (vêtements, cravates, chemises, costumes, chaussures, chapellerie). Elle a rejeté les conclusions de K & L Ruppert pour le surplus et rejeté intégralement les conclusions reconventionnelles de Davidoff.
Concernant le non-usage de la marque "cool water" (no 483'579) de la défenderesse, la cour cantonale a retenu qu'indépendamment de la question de savoir si la demanderesse était légitimée à invoquer ce non-usage dans une action ouverte avant l'échéance du délai de carence de l'art. 12 al. 1 LPM, il était patent que le litige opposant les deux parties constituait un juste motif de non-usage de la marque contestée. Cette question n'est plus discutée devant le Tribunal fédéral, et il n'y a pas lieu d'y revenir.
C. C.a Davidoff exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 20 avril 2009. La recourante conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt cantonal entrepris, au rejet de la demande de K & L Ruppert, à ce que la nullité de la partie suisse de l'enregistrement international (no 556'679) de la marque "Coolwater" de l'intimée soit constatée (le jugement devant être transmis à l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle (IPI), étant indiqué que celui-ci devra communiquer la constatation de nullité à l'OMPI), à ce qu'il soit fait interdiction à l'intimée d'utiliser la marque "Coolwater" pour vendre des vêtements et des chaussures, les mettre dans le commerce ou les détenir à cette fin ou en faire de la publicité, ou d'accorder des licences correspondantes à des tiers, sous la menace des peines prévues à l'art. 292 CP. Subsidiairement, la recourante conclut au rejet de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'instance inférieure.
Faisant grief à la cour cantonale de ne pas avoir retenu que l'intimée a effectué un dépôt de mauvaise foi et, à titre subsidiaire, de ne pas avoir jugé qu'il existe un risque de confusion entre sa propre marque ("Davidoff Cool Water" (fig.) pour la classe 3) et la marque de l'intimée ("Coolwater" pour la classe 25), la recourante lui reproche d'avoir mal appliqué le droit fédéral, plus particulièrement les art. 2, 3 let. d et 9 LCD, les art. 3, 13 et 55 LPM, ainsi que l'art. 2 CC. Considérant que l'autorité précédente n'est pas véritablement entrée en matière sur la question du dépôt de mauvaise foi, elle lui reproche également d'avoir violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.).
Dans son mémoire, la recourante introduit un fait non constaté par la cour cantonale, à savoir qu'elle est titulaire d'une seconde marque jouissant d'une antériorité par rapport à celle invoquée par l'intimée. Il s'agit de la marque "Cool Water" déposée en 1994, également pour la classe 3, avec mention d'une priorité d'usage remontant au 26 juillet 1988.
C.b L'intimée est d'avis que, faute pour la recourante d'avoir donné une motivation suffisante, le Tribunal fédéral ne saurait entrer en matière sur le grief de la violation du droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.). Elle considère que, sous le couvert d'une violation des art. 3 let. d, 9 LCD, des art. 3, 13 et 15 (sic!) LPM, ainsi que de l'art. 2 CC, la recourante fait en réalité valoir un établissement inexact des faits (art. 97 LTF), la cour cantonale ayant établi qu'aucun comportement déloyal, qui plus est en Suisse, ne peut être opposé à l'intimée sous l'angle de l'usage de sa marque "Coolwater" pour des vêtements ou chaussures de la classe 25. Selon elle, savoir si l'intimée était animée d'une intention déloyale est une question de fait et l'on ne saurait reprocher à l'instance précédente une constatation arbitraire des faits. Sur le fond, l'intimée est d'avis que le grief de violation du droit d'être entendu est infondé, que l'action de la recourante est de toute façon périmée, que les conditions du dépôt frauduleux ne sont pas réalisées en l'espèce et qu'il n'existe aucun risque de confusion entre les deux marques qui s'affrontent. Elle conclut, principalement, à ce que le recours soit déclaré irrecevable et, subsidiairement, à son rejet.
C.c A la demande des parties qui ont tenté de résoudre le litige à l'aide d'un médiateur, le Juge instructeur de la Ire Cour de droit civil, par ordonnance du 24 août 2009, a suspendu la procédure de recours en matière civile.
Le 10 novembre 2009, l'intimée a informé le Tribunal fédéral que le processus de médiation avait échoué. Ayant reçu une copie de ce courrier, la recourante n'a émis aucune observation.
Il convient par conséquent de statuer sur le recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Dans les affaires pécuniaires ne concernant ni le droit du travail ni le droit du bail à loyer, le recours en matière civile n'est recevable que si la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF); à ce défaut, il est recevable, entre autres hypothèses, si une loi fédérale prescrit une instance cantonale unique (art. 74 al. 2 let. b LTF). Bien que la valeur litigieuse soit difficile à évaluer, la cour cantonale a estimé qu'elle était largement supérieure à 30'000 fr. et il n'y a pas lieu de s'écarter de cette appréciation.
Au demeurant, même si la valeur litigieuse n'avait pas été atteinte en l'espèce, le recours serait néanmoins recevable puisque la recourante invoque, à l'appui de ses prétentions, la loi fédérale sur la protection des marques et des indications de provenance (LPM; RS 232.11), dont l'art. 58 al. 3 impose aux cantons la désignation d'un tribunal unique chargé de connaître des actions civiles.
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé partiellement dans ses conclusions visant à ce que la validité de l'enregistrement de sa marque suisse soit constatée (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 63) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait qu'en expliquant de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140) et pour autant que la correction du vice allégué soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). En l'espèce, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur les exemples de signes et de publicités fournis par la recourante destinés à démontrer que l'intimée se rapprocherait systématiquement des marques de tiers et qu'en Allemagne cette dernière imiterait également la présentation des produits et de la publicité de la recourante. Ces faits ne résultent en effet pas de l'arrêt cantonal.
2. L'intimée ayant son siège en Allemagne, la cause revêt un caractère international. Le Tribunal fédéral, saisi d'un recours en matière civile, doit alors examiner d'office la question du droit applicable (ATF 132 III 609 consid. 4 p. 614, 626 consid. 2 p. 629; 131 III 511 consid. 2 p. 515). Celle-ci doit être tranchée à la lumière du droit international privé du for (ATF 132 III 661 consid. 2 p. 663). Selon l'art. 110 al. 1 LDIP, les droits de la propriété intellectuelle sont régis par le droit de l'Etat pour lequel la protection de la propriété intellectuelle est revendiquée. En l'espèce, l'intimée bénéficie, pour la marque "Coolwater", d'un enregistrement international (no 556'679) qui désigne la Suisse; la protection conférée par cette marque s'étend en l'espèce au territoire suisse. La recourante conclut, principalement, à ce que la nullité de la partie suisse de cet enregistrement soit constatée. Le droit suisse est donc applicable.
3. 3.1 Soulevant l'objection de péremption, l'intimée souligne qu'elle a obtenu l'enregistrement de sa marque internationale no 556'679, avec désignation de la Suisse, en 1990 et que la recourante a attendu, à quelques jours près, seize ans avant de requérir la constatation de nullité dans son mémoire de réponse déposé le 12 septembre 2006 devant le Tribunal cantonal de Fribourg. Au regard de cette période d'inaction particulièrement longue, l'intimée est d'avis qu'il convient de déclarer que les prétentions de la recourante sont périmées.
3.2 La péremption est une objection qui doit être constatée d'office (ATF 94 II 37 consid. 6a p. 41). La péremption d'une action - qui doit être admise avec retenue (ATF 130 III 113 consid. 4.3 p. 124; 127 III 357 consid. 4c/bb p. 364 et les références) - suppose l'utilisation effective du signe litigieux (cf. RALPH SCHLOSSER, La péremption en matière de signes distinctifs, sic! 2006, p. 554). A défaut d'avoir connaissance d'une utilisation de ce signe, on ne peut reprocher au lésé d'avoir toléré la violation de ses droits (cf. PIERRE-ALAIN KILLIAS, La mise en oeuvre de la protection des signes distinctifs, Lausanne 2002, n. 379 ss p. 113). Or, selon les constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF), si l'intimée utilise le signe "Coolwater" en Allemagne, elle n'en a jamais fait usage en Suisse. Le seul enregistrement de la marque en Suisse ne suffisant pas à faire courir le délai de péremption (EUGEN MARBACH, Markenrecht, in: von Büren/David [éd.], Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht [SIWR], vol. III, Kennzeichenrecht, 2009, n. 1575 p. 461 note 1961), l'objection soulevée par l'intimée peut d'emblée être écartée.
4. 4.1 La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., plus précisément de son droit d'obtenir une décision motivée. Vu la nature formelle du droit d'être entendu, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa p. 437), il convient d'examiner en priorité (ATF 124 I 49 consid. 1 p. 50) et avec une libre cognition (ATF 121 I 54 consid. 2a p. 57) le moyen relatif à ce droit.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour le juge de motiver ses décisions. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissent pertinents (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88). Savoir si la motivation présentée est convaincante est une question distincte de celle du droit à une décision motivée. Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision du juge, le droit à une décision motivée est respecté (arrêt 4A_474/2008 du 13 février 2009 consid. 2.1; cf. ATF 126 I 97 consid. 2c p. 103).
4.2 En l'espèce, la cour cantonale a pris position sur l'argumentation de la recourante tirée du dépôt de mauvaise foi. Elle a clairement tranché la question en expliquant qu'aucun comportement déloyal, qui plus est en Suisse, ne pouvait être opposé à l'intimée. Elle a alors conclu que chaque partie bénéficiait dès lors de la priorité de sa marque pour les produits correspondant à la classe concernée, sauf à admettre un risque de confusion qui pourrait résulter de la similarité des classes 3 et 25. Tout danger de confusion a ensuite été écarté par la cour cantonale, les produits comparés n'étant pas similaires. Certes très succincte, la motivation de la décision attaquée permet néanmoins de comprendre pour quelle raison la cour cantonale a nié le dépôt de mauvaise foi et il ne saurait être question de violation du droit d'être entendu, autre étant la question de savoir si la motivation présentée est erronée (arrêt 4A_474/2008 déjà cité consid. 2.1).
5. 5.1 A l'appui de ses conclusions visant à faire radier la partie suisse de l'enregistrement international (no 556'679) de la marque "Coolwater" de l'intimée, la recourante fait valoir deux moyens distincts: elle considère, principalement, que cet enregistrement résulte d'un dépôt de mauvaise foi (art. 2 CC et art. 2 LCD); à titre subsidiaire, elle soutient qu'il existe un risque de confusion entre ses propres marques enregistrées en Suisse et celle de l'intimée (art. 3 al. 1 let. c LPM).
La recourante étant, selon les constatations cantonales, titulaire d'une marque antérieure, il convient tout d'abord d'examiner, sous l'angle du risque de confusion, si le champ de protection de cette marque lui permet de faire radier la partie suisse de la marque internationale de l'intimée (cf. infra consid. 5.2 - consid. 5.6). Dans la négative, il s'agira d'examiner si, indépendamment d'un droit antérieur, la nullité de la marque de l'intimée doit être constatée, celle-ci reposant, selon les allégations de la recourante, sur un dépôt frauduleux (infra consid. 6).
5.2 Examinant le risque de confusion (art. 3 al. 1 let. c LPM), la cour cantonale a retenu que l'activité des parties s'inscrit dans des créneaux économiques différents, de produits de luxe pour la recourante, de commerce bon marché pour l'intimée. Les deux marques proposent leurs produits, cosmétiques pour la première (classe 3), prêt-à-porter pour la seconde (classe 25), depuis dix-huit ans en Allemagne. L'autorité cantonale a observé que la recourante a renoncé, dans ce pays, à demander en 2002 la protection de sa marque "Cool Water" pour la classe 25. Enfin, elle a retenu que le fait qu'une recherche informatique par les mots-clés "Cool water" + Schweiz - "Davidoff Cool Water" placent côte à côte sur le marché internet ebay la parfumerie "Cool Water" de la recourante et les vêtements "Coolwater" de l'intimée, tient à la similitude des mots-clés de recherche, mais ne permet pas de conclure à la similarité de produits jugés différents tant entre eux que par leurs canaux d'écoulement depuis presque deux décennies. L'autorité précédente a conclu qu'en l'espèce les produits de la classe 25 sont différents de ceux de la classe 3 et que le risque de confusion doit ainsi être exclu.
5.3 Sur la base de deux arguments, la recourante fait grief à l'autorité cantonale d'avoir violé les art. 3 al. 1 let. c et 13 LPM. Tout d'abord, elle lui reproche d'avoir écarté le risque de confusion au motif que "l'activité des parties s'inscrit dans des créneaux économiques différents". Elle est d'avis que l'examen du risque de confusion suppose que l'on confronte les marques de même que les produits ou services tels qu'ils sont enregistrés, sans tenir compte de la manière dont ils sont utilisés sur le marché. Elle conclut qu'on ne peut affirmer que les marques de l'intimée sont limitées à des articles bon marché, puisque tant que sa marque "Coolwater" est maintenue en Suisse, l'intimée est libre d'opter pour les canaux de distribution de son choix et de concéder des licences à des tiers. Quant au deuxième argument, il a trait à la relation existant, selon la recourante, entre les produits revendiqués par les parties. Remarquant que les signes en présence ("Coolwater" pour l'intimée et "Davidoff Cool Water" (fig.) pour la recourante) sont similaires, elle explique que de nombreuses entreprises utilisent aujourd'hui leurs marques non seulement pour des vêtements, mais également pour des produits cosmétiques. Relevant une tendance dans la doctrine, dans des arrêts cantonaux et dans des décisions de l'ancienne Commission de recours en matière de propriété intellectuelle (CREPI), la recourante soutient que plus la marque prioritaire est connue, plus l'usage d'une marque verbale semblable sur des produits qui pourraient être vus comme une diversification usuelle dans la branche considérée sera susceptible de créer un risque de confusion. Elle considère qu'en l'espèce son signe "Cool Water" jouit d'une grande notoriété et qu'ainsi une partie du public partira du principe que la diversification de la palette de produits initiale est le fait de l'entreprise titulaire de la marque d'origine.
5.4 L'art. 3 al. 1 let. c LPM exclut de la protection un signe similaire à une marque antérieure et destiné à des produits ou services identiques ou similaires, lorsqu'il en résulte un risque de confusion. L'existence de ce risque est une question de droit que le Tribunal fédéral examine librement dans le cadre d'un recours en matière civile (ATF 128 III 96 consid. consid. 2 p. 97; 126 III 315 consid. 4b p. 317 ; 119 II 473 consid. 2c p. 475).
Un risque de confusion au sens de l'art. 3 al. 1 let. c LPM existe lorsque le signe le plus récent affecte le signe le plus ancien dans son pouvoir de distinction. On admettra cette atteinte lorsqu'il est à craindre que les milieux intéressés se laissent induire en erreur par la similitude des signes et imputent les marchandises qui le portent au faux titulaire; on l'admettra aussi lorsque le public arrive à distinguer les signes mais présume de relations en réalité inexistantes, par exemple en y voyant des familles de marques qui caractérisent différentes lignes de produits de la même entreprise ou des produits d'entreprises liées entre elles (ATF 128 III 96 consid. 2a p. 97 s.; 127 III 160 consid. 2 p. 165 s.; 122 III 382 consid. 1 p. 384).
5.5 Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de se demander si le risque d'une imputation erronée du produit à un certain titulaire est exclu du fait que les marques sont revendiquées pour des marchandises de genre différent. Dans un arrêt du 19 décembre 2001, il a jugé que le simple fait que divers produits sont des articles de mode ne crée pas déjà une similitude entre eux et que le recourant n'avait pas fait état de circonstances concrètes qui conduiraient à une confusion entre les montres portant sa marque et certains produits (marchandises en cuir, lunettes ou leurs étuis) de la partie adverse (ATF 128 III 96 consid. 2d p. 99 s.). Dans un arrêt du 17 juillet 2007, le Tribunal fédéral a rappelé que, selon le principe de la spécialité, la protection des marques se limite aux produits pour lesquelles la marque a été déposée en réalité et que l'on ne pouvait suivre la recourante lorsqu'elle expose que les lunettes de soleil (classe 9) et les vêtements (classe 25) entrent dans la même offre de marchandises (arrêt 4C.88/2007 du 17 juillet 2007 consid. 2.2.2, publié dans la sic! 1/2008 p. 44 ss et au JdT 2008 I p. 390 ss; saluant cette jurisprudence imposant des exigences strictes quant à la notion de "produits similaires": EUGEN MARBACH, op. cit, n. 807 s.).
5.6 Dans ces arrêts, le Tribunal fédéral a donc jugé que les articles de mode ou les produits qui pourraient entrer dans la même offre de marchandises ne peuvent être, en soi, considérés comme similaires. Il reste donc à déterminer si l'argument de la diversification usuelle dans la branche considérée, lié à celui de la notoriété d'une marque utilisée prioritairement, conduit à une conclusion différente.
5.6.1 Selon la jurisprudence, il existe une interaction entre la similitude des signes et celle des produits et services; plus les produits et services pour lesquels les marques sont enregistrées sont proches, plus il y a un risque de confusion et plus le signe postérieur devra se distinguer du signe antérieur pour exclure ce risque, et inversement (ATF 128 III 96 consid. 2a p. 98; 122 III 382 consid. 1 p. 385 et consid. 3a p. 387; arrêt 4C.392/2000 du 4 avril 2001 consid. 2a publié in sic! 5/2001 p. 408 ss; jurisprudence saluée par la doctrine: cf. entre autres auteurs : LUCAS DAVID, Basler Kommentar, Markenschutzgesetz, Muster - und Modellgesetz, 2e éd., Bâle 1999, no 8 ad. art. 3 LPM). Le périmètre de protection d'une marque dépend de sa force distinctive. Pour les marques faibles, il est plus restreint que pour les marques fortes. Sont fortes les marques qui sont imaginatives ou qui ont acquis une notoriété dans le commerce (ATF 122 III 382 consid. 2a p. 385; IVAN CHERPILLOD, Droit suisse des marques, op. cit., p. 116). Ainsi, une marque ayant acquis une telle notoriété bénéficiera d'une sphère de protection accrue, en ce sens que la similarité des signes sera plus facilement admise et on requerra alors d'autant plus de différence entre les marchandises (arrêt 4C.88/2007 déjà cité consid. 2.2.2; ATF 128 III 96 consid. 2c p. 99 et les références).
L'interaction entre la similitude des signes et celle des produits et services est cependant soumise à une limite absolue (EUGEN MARBACH, Gleichartigkeit - ein markenrechtlicher Schlüsselbegriff ohne Konturen?, RDS 2001 I 259 s.; cf. CHRISTOPH WILLI, Kommentar zum Markenschutzgesetz, no 17 ad art. 3 LPM; GALLUS JOLLER, Verwechslungsgefahr im Kennzeichenrecht, thèse, Berne 2000, p. 187; en droit allemand: décision du BGH du 8 octobre 1998 in GRUR 1999 p. 245 ss consid. IV/2a). La notoriété acquise en relation avec les produits d'une classe déterminée ne saurait être reportée à des produits différents d'une autre classe. Cette limite découle du texte de l'art. 3 LPM qui utilise la notion de "produits similaires" (gleichartige Waren; prodotti simili). Admettre un risque de confusion entre des produits dissemblables, en se fondant par exemple sur la notoriété d'un signe, reviendrait à donner un sens à la norme (art. 3 al. 1 let. c LPM) ne trouvant aucun écho - même implicite - dans l'expression que lui a donnée le législateur (l'ATF 123 III 189 consid. 3a p. 191 reconnaît d'ailleurs la limite du texte légal en indiquant que les vocables "dissemblance" et "similarité" sont antinomiques; sur la limite du texte légal en général: PAUL-HENRI STEINAUER, Le Titre préliminaire du Code civil, in Traité de droit privé suisse, Tome II/1, Bâle 2009, n. 336 p. 115; LAURENT BIERI, L'application du droit privé suisse reprenant de manière autonome des directives communautaires, PJA 6/2007 p. 710 et les nombreux auteurs cités). Une extension du sens de la notion légale de "produits similaires" - telle que voulue par la recourante - réduirait la portée de cette exigence légale, ce qui n'est pas admissible, l'art. 3 al. 1 let. c LPM définissant clairement le risque de confusion à l'aide de deux critères distincts (marques similaires et destinées à des produits similaires) placés sur un pied d'égalité (cf. EUGEN MARBACH, Gleichartigkeit, op. cit., p. 259; CHRISTOPH WILLI, op. cit, no 17 ad art. 3 LPM).
5.6.2 Des produits sont similaires s'il existe entre eux une certaine proximité et non pour la seule raison que, pour répondre à des stratégies de diversification, ils rentrent dans la même offre de marchandises (EUGEN MARBACH, op. cit, n. 808 et n. 810 p. 249 s. et n. 830 p. 255 note 1057; cf. également: FRANZ HACKER, in Ströbele/Hacker (éd.), Kommentar von Markengesetz, 9e éd., Cologne 2009, no 75 ad § 9 MarkenG; cf. ATF 128 III 96 consid. 2d p. 99; arrêt 4C.88/2007 déjà cité consid. 2.2.2 ). Cette proximité ne pourra en principe pas être admise si les marchandises considérées poursuivent des buts différents et se distinguent de par leur usage (ATF 128 III 96 consid. 2d p. 99; cf. EUGEN MARBACH, op. cit, n. 824 ss p. 254 s.; CHRISTOPH WILLI, op. cit., no 44 s. ad art. 3 LPM). Ainsi, des denrées de luxe se distinguent de produits comme des sardines (ATF 99 II 104 consid. 8 p. 120). Il a par contre été reconnu qu'il existe, en soi, une certaine proximité entre le papier et les emballages de toute sorte (ATF 91 II 4 consid. 3 p. 14 s.).
5.6.3 Aucune raison ne pousse à s'écarter du texte légal. Certes, l'extension de la notion de "produits similaires", telle que défendue par la recourante, irait dans le sens d'une plus grande protection des droits des titulaires de marques connues qui pourraient bénéficier d'un champ de protection accru; elle ne tiendrait cependant pas compte de tous les intérêts en présence et notamment de ceux des entreprises concurrentes qui - confrontées à un nombre toujours plus important de marques sur le marché - recherchent, pour leurs produits spécifiques, des signes nouveaux (cf. Gallus Joller, op. cit., p. 217; Claudia Maradan, Les accords de coexistence en matière de marques, thèse Lausanne 1994, p. 20 et les références). Une telle extension ne respecterait en outre pas le principe de la spécialité sur lequel repose le droit des marques. Selon ce principe, la protection des marques se limite aux marchandises pour lesquelles la marque a été déposée en réalité (arrêt 4C.88/2007 déjà cité consid. 2.2.2; cf. ATF 128 III 96 consid. 2d p. 99; Christoph Willi, op. cit., no 27 ad art. 3 LPM; Marco Bundi/Benedikt Schmidt, Relative Ausschlussgründe im Schweizer Markenrecht 2008, GRUR Int. 2009, p. 474). A défaut de similarité des produits, le titulaire d'une marque ne saurait se prévaloir d'une protection fondée sur le droit des marques, à moins de jouir - et il s'agit de la seule exception prévue par la LPM - d'une marque de haute renommée au sens de l'art. 15 LPM (Martin Schneider, Schutzumfang der Marke, Zum Einfluss von Kennzeichnungskraft und Bekanntsgrad auf berühmte, bekannte, starke und schwache Marken, RSPI 1996 p. 424 ss; Dominique Brandt, La protection élargie de la marque de haute renommée au-delà des produits identiques et similaires, thèse, Lausanne 1985, p. 157 ss, 195 ss, qui explique que la marque de haute renommée a précisément été pensée pour tenir compte de la tendance à la diversification des produits qui conduit le producteur du signe hautement renommé à fabriquer un objet différent de celui pour lequel il a obtenu une protection par le droit des marques).
5.6.4 En l'espèce, la recourante ne tente pas de démontrer qu'il existerait, en soi, une certaine proximité entre des produits cosmétiques (classe 3) et des vêtements (classe 25). La démonstration serait d'ailleurs vaine, les deux produits ayant des buts et des usages à l'évidence différents. On ne saurait dès lors conclure que les produits comparés sont similaires, l'un des arguments invoqués par la recourante - selon lequel la similitude entre des produits d'un genre différent doit être admise en raison de la diversification usuelle dans la branche économique considérée - ne pouvant être suivi. L'existence d'une certaine notoriété liée au signe "Cool Water" de la recourante ne permet pas d'aboutir à une conclusion différente, celle-ci n'ayant pas démontré, ni même d'ailleurs allégué, que ce signe représenterait une marque de haute renommée (art. 15 LPM). Ainsi, même sur la base de critères objectifs et généraux (position défendue par la recourante), la proximité (et donc le risque de confusion) entre les produits doit être nié(e).
Il appartenait dès lors à la recourante, qui invoque la diversification usuelle dans la branche considérée, de déposer sa marque également pour la classe 25 (vêtements). Même si elle entendait en différer l'usage pour cette classe de produits (marque de réserve), elle aurait pu invoquer la Convention de 1892 pour se prévaloir des conséquences du non-usage de sa marque en Suisse.
5.6.5 Les produits n'étant pas similaires, l'une des conditions d'application de l'art. 3 al. 1 let. c LPM n'est pas réalisée et le risque de confusion est exclu. Il n'est donc pas nécessaire d'examiner la question de la similarité des marques (Eugen Marbach, Markenrecht, op. cit., n. 797 p. 246; Marco Bundi/Benedikt Schmidt, op. cit., p. 473).
Il importe dès lors peu de savoir si, à côté de sa marque "Davidoff Cool Water" (fig.) (marque suisse no 357'066), la recourante peut se prévaloir de la marque "Cool Water" (fig.) (déposée en 1994 avec mention d'une priorité d'usage remontant au 26 juillet 1988) dont il n'est fait nulle mention dans l'arrêt cantonal, les marques étant toutes deux enregistrées pour la classe 3 (produits cosmétiques).
5.7 A considérer que la recourante, en prétendant que son signe "Cool Water" jouit d'une grande notoriété, entend se prévaloir d'une marque notoire au sens de l'art. 3 al. 2 let. b LPM, ce moyen serait mal fondé.
Selon cette disposition, sont considérées comme marques antérieures, les marques qui, au moment du dépôt du signe tombant sur le coup de l'art. 3 al. 1 LPM, sont notoirement connues en Suisse au sens de l'art. 6bis de la Convention de Paris du 20 mars 1883 pour la protection de la propriété intellectuelle (Convention de Paris). Tandis que la marque de haute renommée (cf. supra consid. 5.6.3) est une exception au principe de la spécialité, la marque notoire permet de déroger au principe de la priorité fondée sur le premier dépôt (Ivan Cherpillod, op. cit., p. 128). En l'absence d'usage, la marque ne saurait, en toute logique, être notoirement connue. L'usage doit nécessairement être entrepris en rapport avec les produits revendiqués (cf. Christoph Willi, op. cit., no 161 ad art. 2 LPM).
Selon les constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF), la recourante n'a établi aucun usage du signe "Cool Water" en relation avec les produits de la classe 25 (vêtements) et donc, évidemment, pas non plus avant le dépôt de la marque "Coolwater" fait par l'intimée le 23 mars 1990.
La recourante ne peut donc se prévaloir d'une marque antérieure au sens de l'art. 3 al. 2 let. b LPM et l'on ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir mal appliqué les art. 3 et 13 LPM en niant tout risque de confusion entre la marque de la recourante et celle de l'intimée.
5.8 Enfin, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 3 let. d LCD, applicable cumulativement en matière de risque de confusion.
La recourante se borne à invoquer la violation de l'art. 3 let. d LCD sans fournir aucune motivation à cet égard. Elle n'indique en particulier pas en quoi cette disposition légale lui offrirait une protection plus large que celle octroyée par l'art. 3 LPM. Le mémoire de recours ne remplit dès lors pas les exigences minimales de motivation de l'art. 42 al. 2 LTF (ATF 134 II 244 consid. 2.1 p. 245 s.).
6. 6.1 La recourante ne pouvant demander la radiation de la partie suisse de la marque (no 556'679) de l'intimée sur la base d'un droit antérieur, il s'agit d'examiner si cette marque est nulle, ainsi que le prétend la recourante, son dépôt ayant été effectué de mauvaise foi.
6.2 Abordant la question du dépôt frauduleux, la cour cantonale a rappelé que le principe applicable en droit des marques est celui de la priorité fondée sur le premier dépôt. Elle a constaté, d'une part, que l'intimée a été la première à déposer la marque "Coolwater" en Suisse pour des produits de la classe 25 et, d'autre part, que la recourante ne peut se prévaloir d'un usage antérieur de ce signe pour la même classe de produits. Elle ajoute: "Aucun comportement déloyal, qui plus est en Suisse, ne peut être opposé à la demanderesse [intimée] sous l'angle de l'usage de sa marque COOLWATER pour des vêtements ou des chaussures de la classe 25. Chaque partie bénéficie donc en principe de la priorité de sa marque pour les produits correspondant à la classe concernée, sauf à admettre un risque de confusion qui pourrait résulter de la similarité des produits des classes 3 et 25" (sur l'analyse du risque de confusion, cf. supra consid. 5).
6.3 La recourante ne conteste pas que le principe est celui de la priorité fondée sur le premier dépôt. Elle soutient cependant que la cour cantonale a violé les art. 2 CC et 2 LCD en ne retenant pas que l'on a affaire à une des "hypothèses particulières" réservées par la doctrine (IVAN CHERPILLOD, Droit suisse des marques, op. cit., p. 132), soit le dépôt de mauvaise foi (ou dépôt frauduleux) d'une marque.
Faisant référence à de nombreuses reprises à la jurisprudence fédérale et à la doctrine suisse, la recourante, après un rappel théorique des cas de figure dans lesquels le dépôt d'une marque doit être considéré comme déloyal ou abusif au sens des art. 2 LCD et 2 CC (cf. infra consid. 6.4 ss), soutient que l'un de ces cas de figure peut être observé en l'espèce; elle explique en effet que le dépôt de l'intimée poursuivait à la fois un but d'obstruction et un but parasitaire; le dépôt de l'intimée aurait pour seul objectif de permettre à celle-ci de profiter de la réputation liée au signe de la recourante.
Cette dernière considère que la cour cantonale n'est pas véritablement entrée en matière sur ce moyen et qu'elle a en outre méconnu plusieurs circonstances fondant le dépôt frauduleux. Elle souligne en particulier que, contrairement à ce que les juges cantonaux ont envisagé, le potentiel d'entrave ne peut être exclu de par le seul fait qu'elle n'utilise pas encore son signe en Suisse pour des produits similaires: selon elle, il suffit qu'elle ait utilisé le signe prioritairement à l'étranger pour des produits similaires ou qu'elle l'ait utilisé prioritairement en Suisse pour divers produits, même s'ils sont considérés comme différents. La recourante ajoute que le dépôt ne peut être qualifié de frauduleux que si l'intéressé avait connaissance du signe antérieur. Selon elle, il s'agit d'une condition nécessaire, mais également suffisante: la connaissance - ou même la méconnaissance fautive - du signe utilisé antérieurement doit entraîner la nullité du dépôt. Elle soutient que, selon les constatations cantonales, il ne fait aucun doute que l'intimée connaissait l'existence du signe "Cool Water" au moment où elle a déposé sa marque. La recourante soutient que, de son côté, l'intimée ne dispose d'aucune légitimité propre sur le signe considéré et qu'une telle légitimité est rarement reconnue, le Tribunal fédéral ayant par exemple écarté l'argument d'un défendeur selon lequel le choix du nom commercial litigieux procédait d'une "création parallèle issue du hasard" (ATF 109 II 483 consid. 5 p. 488). Mettant en évidence que le seul usage en Suisse que l'intimée ait fait de sa marque depuis son dépôt en 1990 tient dans le procès initié contre elle, la recourante souligne que l'intention d'obstruction de l'intimée ne fait aucun doute, celle-ci ayant également soulevé une opposition contre la partie allemande de la marque de la recourante.
6.4 Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de se pencher sur plusieurs cas de figure du dépôt de mauvaise foi. Il a été décidé qu'aucune protection ne peut être accordée à une marque qui n'aurait pas été enregistrée dans le but d'en faire usage, mais pour en empêcher l'enregistrement par un tiers ou, autre cas de figure, pour élargir le domaine de protection d'une marque effectivement utilisée (arrêt 4C.82/2007 du 30 mai 2008 consid. 2.1.4 traduit au JdT 2008 I 396 ss; ATF 127 III 160 consid. 1a p. 164 ; arrêt 4C.31/2003 du 1er mai 2003 consid. 2.1 publié in sic! 2004 p. 325 ss). De même aucune protection ne peut être accordée à une marque enregistrée non pour l'utiliser, mais pour obtenir une compensation financière ou quelque autre avantage de l'utilisateur préexistant de ce signe (arrêt 4C.82/2007 déjà cité consid. 2.1.4). Ces utilisations sont considérées comme illicites au sens de l'art. 2 LCD (arrêt 4C.82/2007 déjà cité consid. 2.1.4; Philippe Gilliéron, Les régimes de protection des signes distinctifs et leurs rapports avec le droit des marques, thèse Lausanne 2000, p. 335) ou abusives (art. 2 CC; cf. Ivan Cherpillod, Marques défensives, de réserve, et dépôts frauduleux, sic! 2000, p. 364 s.).
Pour déterminer le caractère abusif ou non d'un enregistrement, le tribunal doit apprécier l'ensemble des faits (arrêt 4C.82/2007 déjà cité consid. 2.1.4; cf. aussi: ATF 134 III 52, consid. 2.1 p. 58; 129 III 493 consid. 5.1 p. 497). Il s'agit de définir l'intention, au moment du dépôt, de celui qui est devenu titulaire de l'enregistrement (Ivan Cherpillod, Droit suisse des marques, op. cit., p. 139; arrêt C-529/07 du 11 juin 2009 de la CJCE, n. 35). Il faut tenir compte des buts et motifs du déposant à ce moment-là (Paul Ströbele, in Ströbele/Hacker (éd.), Markengesetz, 9e éd., Cologne 2009, no 534 ad § 8 MarkenG). Des circonstances postérieures au dépôt peuvent être prises en compte si elles permettent de fournir des indices quant à l'intention du titulaire au moment du dépôt de la marque (cf. décision du BGH du 2 avril 2009, I ZB 5/08, n. 14).
6.5 Visant spécifiquement l'un des cas de figure du dépôt de mauvaise foi, la recourante soutient que l'intimée a déposé son signe à la fois dans un but d'obstruction (pour empêcher la recourante d'obtenir un enregistrement en Suisse) et dans un but parasitaire.
6.5.1 On ne peut exclure un tel dépôt frauduleux pour la seule raison que la recourante n'a pas utilisé le signe en Suisse. On peut donner raison à cette dernière lorsqu'elle indique que l'utilisation à l'étranger suffit (ATF 109 II 483 consid. 5 p. 489; Ivan Cherpillod, Droit suisse des marques, op. cit., p. 139 ; Paul Ströbele, op. cit., no 553 ad § 8 MarkenG). Par contre, on ne saurait la suivre lorsqu'elle affirme que le dépôt peut être frauduleux même si l'on considère que les produits concernés (classe 25) ne sont pas similaires à ceux pour lesquels la recourante a utilisé, en Allemagne et en Suisse, le signe "Cool Water" (classe 3).
Pour appuyer son argumentation, la recourante se réfère à un arrêt du 2 mars 2005 (arrêt 4C.431/2004) dans lequel le Tribunal fédéral a radié une marque pour plusieurs types de produits. Les faits ayant abouti à l'arrêt invoqué par la recourante peuvent être résumés ainsi : la défenderesse a déposé notamment la marque "c'est bon la vie" pour divers produits des classes 5, 29, 30 et 32, en particulier pour des denrées alimentaires, pas moins de deux jours après avoir reçu une mise en demeure du demandeur qui l'informait qu'il utilisait déjà le slogan "Biscuits c'est bon la vie!" depuis une vingtaine d'années pour des biscuits et des produits à tartiner, notamment sur son papier à lettres et dans sa publicité et que cette expression figurait aussi sur la façade de l'immeuble qu'il occupe. L'objectif de la défenderesse était à l'évidence de mettre tout en oeuvre pour se défendre contre la mise en demeure et l'enregistrement de la marque a été effectué à cette unique fin, afin de s'arroger un droit sur le slogan utilisé pendant vingt ans par le demandeur et profiter de l'étendre à d'autres produits (au demeurant aussi, en particulier, pour des denrées alimentaires). Au regard de ces circonstances, il est patent que l'ensemble du dépôt a été effectué de mauvaise foi et que l'enregistrement devait être annulé pour tous les produits revendiqués par la défenderesse.
6.5.2 Est frauduleux le dépôt effectué non pas dans le but de faire usage de la marque, mais dans celui d'empêcher, dans un but parasitaire, un tiers déterminé d'obtenir un enregistrement en Suisse. Dans ce contexte, on ne saurait faire abstraction du principe de la spécialité (supra consid. 5.6.3) lorsqu'il s'agit d'examiner l'intention d'entraver un concurrent (cf. Ivan Cherpillod, Marques défensives, op. cit., p. 365, note 27). Le comportement du déposant ne peut être considéré comme abusif que s'il savait, au moment du dépôt qu'une marque identique ou similaire était utilisée par un tiers, ou allait être utilisée, pour des produits identiques ou similaires (Ivan Cherpillod, Droit suisse des marques, op. cit., p. 139; décision du 2 avril 2009 du BGH I ZB 5/08, n. 6 ; arrêt C-529/07 déjà cité, n. 40; Karl-Heinz Fezer, op. cit., no 672 ad § 8 MarkenG; Paul Ströbele, op. cit., no 547 ad § 8 MarkenG). Autrement dit, dans ce cas de figure du dépôt frauduleux, le déposant ne saurait être de mauvaise foi s'il dépose un signe qui ne génère aucun risque de confusion avec le signe utilisé antérieurement (art. 3 LPM; cf. arrêt C-529/07 déjà cité, n. 40); à défaut de danger de confusion, il ne peut l'avoir déposé pour faire obstacle à un concurrent déterminé puisque l'opposition qu'il pourrait soulever à l'encontre de celui-ci ne pourra être déclarée bien fondée.
6.5.3 Ainsi, pour admettre qu'un dépôt est frauduleux parce qu'il a été effectué, non pour faire usage de la marque, mais pour empêcher, dans un but parasitaire, un tiers déterminé d'obtenir un enregistrement en suisse, la connaissance de l'utilisation du signe de ce tiers pouvant prêter à confusion avec le signe déposé est une exigence nécessaire (la marque défensive [infra consid. 6.6] et la marque déposée pour obtenir notamment des avantages financiers [infra consid. 6.7], représentant d'autres cas de figure du dépôt de mauvaise foi, ne sont pas soumis à cette condition). Les produits du signe utilisé par la recourante (classe 3, produits cosmétiques) et ceux revendiqués par l'intimée (classe 25, vêtements) n'étant pas similaires, il n'existe pas de risque de confusion entre les deux signes. On ne saurait dès lors retenir que la marque "Coolwater" de l'intimée a été déposée de façon frauduleuse (de façon à entraver la recourante) le 23 mars 1990.
L'exigence du risque de confusion n'étant de toute façon pas réalisée, il n'est pas nécessaire d'examiner les allégations de la recourante relatives aux litiges opposant les parties en Allemagne et devant l'Office de l'Harmonisation du Marché intérieur (OHMI).
Quant à l'examen de la légitimité propre du titulaire de la marque, il ne devrait être entrepris, dans une deuxième phase, que dans l'hypothèse où l'intimée avait déposé une marque pouvant être confondue avec celui de la recourante. Aucun risque de confusion n'existant entre les produits des parties, il n'est pas non plus utile d'examiner les arguments de la recourante selon lesquels l'intimée n'a pas justifié le choix de sa marque "Coolwater".
6.6 Avant de développer son argumentation selon laquelle l'intimée aurait déposé une marque à la fois dans un but d'obstruction et dans un but parasitaire (grief déclaré mal fondé, cf. supra consid. 6.5), la recourante rappelle les cas de figure du dépôt de mauvaise foi. Elle se borne à évoquer celui de la marque défensive (recours n. 16 s.), sans toutefois soutenir que ce cas de figure devrait être envisager en l'espèce.
Une marque doit être considérée comme défensive si elle a été enregistrée en Suisse non pas pour en faire usage dans le pays, mais seulement pour exclure son utilisation par tout tiers et élargir ainsi le champ de protection d'une marque effectivement utilisée (cf. arrêt 4C. 82/2007 déjà cité, consid. 2.1.4 ; Lukas David, op. cit., no 4 ad art. 12 LPM).
Savoir quelle était l'intention de l'intimée au moment du dépôt de la marque en Suisse est une question de fait, et non de droit. La cour cantonale n'a pas établi que l'intimée aurait eu, au moment du dépôt, l'intention caractérisant la marque défensive. La recourante, qui assumait le fardeau de la preuve puisque le dépôt de bonne foi se présume (art. 3 al. 1 CC), ne prétend pas avoir - en temps utile et selon les règles du droit cantonal de procédure - allégué et offert en preuve que l'intimée aurait eu une telle intention. Il n'est donc pas possible d'entrer en matière sur un argument, énoncé de façon théorique par la recourante, qui repose sur un point de fait dont on ne trouve aucune trace dans les constatations cantonales qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF).
6.7 On rappellera que le dépôt de marque est également déloyal lorsqu'il n'est pas fait en vue d'un usage du signe, mais dans le but d'obtenir de la part de celui qui l'utilisait jusqu'ici des avantages financiers ou autres (cf. supra consid. 6.4). Ce cas de figure peut en l'espèce être écarté. Bien qu'y faisant référence, la recourante ne prétend pas que l'intimée aurait tenté d'obtenir des avantages de sa part; elle ne fait d'ailleurs aucun grief à cet égard à la cour cantonale.
6.8 Enfin, la recourante expose que la création d'un risque de confusion avec le signe préexistant suffit à elle seule pour fonder la mauvaise foi de l'enregistrement. En l'espèce, la recourante étant titulaire de droits antérieurs, la question a déjà été posée. Le risque de confusion a été exclu, les produits des marques comparées n'étant pas similaires (cf. supra consid. 5.6.5).
7. Vu ce qui précède, il n'est pas nécessaire d'examiner les griefs de la recourante relatifs à la violation des art. 9 LCD et 55 LPM.
En conclusion, il y a lieu de rejeter le recours. Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 10 décembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget