Sachverhalt:
A. Die Strafverfolgungsbehörden des Kantons Basel-Landschaft führen gegen X._ ein Strafverfahren wegen Gefährdung des Lebens, einfacher Körperverletzung, Tätlichkeiten etc.. Nach der Anklageschrift der Staatsanwaltschaft vom 1. September 2009 soll er insbesondere am 1. März 2009, um ca. 23:30 Uhr, auf dem Wasserturmplatz in Basel, Y._ geschlagen und auf lebensgefährliche Weise gewürgt haben. X._ wurde kurz nach der Tat von der Polizei aufgegriffen und am 2. März 2009 in Untersuchungshaft genommen.
Mit Eingabe vom 24. September 2009 an das Präsidium des Strafgerichts beantragte X._, es sei ihm gemäss § 89 Abs. 1 StPO der Vollzug der Untersuchungshaft in einer Strafvollzugsanstalt zu genehmigen. Er sei in die Strafanstalt Wauwilermoos zu überstellen. Die Staatsanwaltschaft beantragte in ihrer Vernehmlassung, X._ sei vorerst Gelegenheit zu geben, sich zu einer Verlegung in den Massnahmevollzug zu äussern. Falls er sich dazu bereit erkläre, sei dies zu bewilligen. Falls nicht, sei seinem Antrag auf Verlegung in eine Strafanstalt stattzugeben. Zur Begründung führte sie an, nach der Anklageerhebung würde einer Verlegung in den (vorzeitigen) Normalvollzug nichts mehr im Wege stehen. Da sie an der Hauptverhandlung mit hoher Wahrscheinlichkeit eine Massnahme beantragen werde, sei es sinnvoll, X._ bereits jetzt in eine Massnahmevollzugsanstalt zu überweisen, da er so die Gelegenheit hätte, die Zeit bis zur Hauptverhandlung für eine Therapie zu nutzen. X._ lehnte in seiner Stellungsnahme die Verlegung in eine Massnahmevollzugsanstalt ab und hielt an seinem Antrag fest.
Am 30. September 2009 wies die Präsidentin des Strafgerichts das Gesuch von X._ um Vollzug der Untersuchungshaft in einer Strafvollzugsanstalt ab. Sie erwog, aufgrund des psychiatrischen Gutachtens müsse in Bezug auf Gewaltdelikte von einer hohen Rückfallgefahr ausgegangen werden, welcher nur in einem Untersuchungsgefängnis, nicht aber in einer Strafvollzugsanstalt genügend Rechnung getragen werden könne.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt X._, diese Verfügung der Strafgerichtspräsidentin abzuweisen und sein Gesuch zu bewilligen, die Untersuchungshaft in einer Strafvollzugsanstalt zu vollziehen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und -verbeiständung.
C. Die Staatsanwaltschaft verzichtet auf Vernehmlassung. Die Präsidentin des Strafgerichts beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Strafsachen nach den Art. 78 ff. BGG ist gegeben. Der Anträge auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Bewilligung des Vollzugs der Untersuchungshaft in einer Strafanstalt sind zulässig, da das Bundesgericht befugt ist, in der Sache selbst zu entscheiden oder sie an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 BGG). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde eingetreten werden kann. Für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde bleibt kein Raum.
2. Der Beschwerdeführer anerkennt die Rechtmässigkeit der gegen ihn bis zur auf den 17. und 18. März 2010 angesetzten Hauptverhandlung angeordneten Untersuchungshaft. Er wendet sich einzig dagegen, sie weiterhin im Untersuchungsgefängnis und nicht in einer Strafanstalt im weniger einschneidenden Normalvollzug verbüssen zu müssen.
2.1 Nach § 89 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Basel-Landschaft vom 3. Juni 1999 (StPO) kann die Untersuchungshaft auf Antrag der verhafteten Person in einer geeigneten Straf- oder Massnahmeanstalt vollzogen werden. Dem Antrag ist stattzugeben, wenn nicht wichtige Interessen der Untersuchung entgegenstehen. Vor der Verlegung in eine Massnahmevollzugsanstalt ist das Einverständnis der Staatsanwaltschaft und des Präsidiums des in der Hauptsache zuständigen Gerichts einzuholen. Aus dem vom Beschwerdeführer angerufenen Grundrecht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 BV), den den Freiheitsentzug regelnden verfassungsmässigen Garantien von Art. 31 BV sowie dem für die Einschränkung von Grundrechten allgemein geltenden Verhältnismässigkeitsgrundsatz (Art. 36 Abs. 3 BV) ergibt sich, dass die strafprozessuale "Kann-Vorschrift" dahingehend auszulegen ist, dass der Verhaftete einen Anspruch darauf hat, dass die Untersuchungshaft in der mildest möglichen Form vollzogen wird, die den Untersuchungszweck erfüllt.
2.2 Dem Beschwerdeführer wird zur Hauptsache vorgeworfen, während eines Hafturlaubs einen Menschen auf lebensgefährliche Weise (Würgen) angegriffen zu haben. Nach dem forensisch-psychiatrischen Gutachten von Dr. Z._ vom 30. Juni 2009 liegt beim Beschwerdeführer eine eher schwer ausgeprägte dissoziale und emotional instabile Persönlichkeitsstörung vor. Zudem habe der Beschwerdeführer deliktfördernde Einstellungen und Ansichten; insbesondere halte er Gewalt nach wie vor als geeignetes Mittel zur Konfliktlösung. Nach der Einschätzung des Gutachters sind ohne Therapie weitere Gewaltdelikte mit hoher Wahrscheinlichkeit zu erwarten. Die festgestellten psychischen Störungen seien in einer Massnahmenvollzugseinrichtung erfolgversprechend therapierbar. Eine ambulante Behandlung genüge nicht, um das Rückfallrisiko zu senken. Zurzeit sei der Beschwerdeführer allerdings nicht therapiewillig.
2.3 Aufgrund dieses Gutachtens und der Vorgeschichte des einschlägig vorbestraften Beschwerdeführers, der sich offenbar aus der gewaltbereiten Hooliganszene nicht richtig lösen kann oder will, steht für den Fall einer Verurteilung sowohl für die Staatsanwaltschaft als auch die Strafgerichtspräsidentin eine stationäre Massnahme im Vordergrund. Diese Einschätzung ist nachvollziehbar. Dementsprechend liegt in seinem Fall die geeignete Vollzugserleichterung, auf die er nach dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz Anspruch hat, im vorzeitigen Massnahmeantritt, nicht im vorzeitigen Strafantritt. Im Strafvollzug ohne therapeutische Betreuung stünde zu befürchten, dass er bei einem weiteren "Ausraster" Dritte gefährden und sein eigenes Fortkommen weiter belasten würde. Solches zu verhindern liegt, entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers, durchaus im Interesse der Untersuchung im Sinn von § 89 Abs. 1 StPO bzw. der gegen ihn verhängten Zwangsmassnahme. Nachdem der Beschwerdeführer das Angebot der Staatsanwaltschaft abgelehnt hat, den Rest der Untersuchungshaft in einer geeigneten Massnahmevollzugsanstalt zu verbüssen, konnte die Strafgerichtspräsidentin daher sein Gesuch um vorzeitigen Strafantritt ohne Bundesrechtsverletzung ablehnen. Die Rüge ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches gutzuheissen ist, da seine Bedürftigkeit ausgewiesen erscheint und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Advokat Reto Gantner wird für das bundesgerichtliche Verfahren als amtlicher Anwalt eingesetzt und mit Fr. 1'500.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft und der Präsidentin des Strafgerichts Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi