Fatti:
A. Il 12 settembre 2012 il Procuratore generale del Cantone Ticino (PG) ha aperto l'istruzione penale nei confronti di A.A._ e della figlia B.A._ per i reati di usura e di promovimento della prostituzione. Gli imputati avrebbero commesso tali reati in relazione alla loro attività di gestione dell'esercizio pubblico C._ e del relativo postribolo, situati nell'edificio sul fondo part. xxx di X._.
B. Dopo avere disposto l'accompagnamento coattivo e l'interrogatorio degli imputati, il 21 settembre 2012 il PG ha proposto al Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPG) di ordinare due misure sostitutive della carcerazione preventiva allo scopo di evitare un pericolo di recidiva. Ha segnatamente chiesto che fosse ordinato agli imputati di regolarizzare formalmente l'esercizio pubblico, presso il quale, secondo le disposizioni cantonali, non poteva essere esercitata la prostituzione, e che fosse vietata loro la conclusione di contratti di locazione delle camere per importi superiori a canoni da fr. 90.-- a fr. 110.-- al giorno. Con decisione del 22 settembre 2012 il GPC ha respinto la domanda.
C. Con sentenza del 28 dicembre 2012 la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) ha respinto un reclamo del PG contro la decisione del GPC. La Corte cantonale ha negato l'esistenza di gravi indizi di reato a carico degli imputati.
D. Il PG impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di accogliere le misure sostitutive proposte. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 La sentenza impugnata emana da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 LTF) e contro la stessa è di principio dato il ricorso in materia penale giusta l'art. 78 segg. LTF. Il Tribunale federale ha di massima ammesso la legittimazione a ricorrere del pubblico ministero giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. a e b LTF contro una decisione di scarcerazione dell'imputato (DTF 137 IV 237 consid. 1.2 e rinvii). La decisione impugnata non concerne tuttavia la messa in libertà degli imputati, ma la mancata approvazione delle misure sostitutive proposte dal PG. La sua legittimazione a ricorrere in un caso come quello in esame è quindi perlomeno dubbia, ove anche si consideri ch'egli ha sin dall'inizio comunicato al GPC di rinunciare a partecipare ad un'eventuale udienza (cfr. DTF 138 IV 92 consid. 3.3, 148 consid. 3). Il ricorrente non si esprime d'altra parte sul fatto che la chiusura dell'esercizio pubblico, di cui chiede l'imposizione quale misura sostitutiva, sarebbe stata accettata ed eseguita dagli imputati. Non spiega in particolare per quali ragioni, nonostante tale circostanza, egli avrebbe ancora un interesse pratico ed attuale all'adozione della relativa misura sostitutiva. Visto l'esito del gravame, la questione della sua legittimazione a ricorrere non deve comunque essere approfondita oltre.
1.2 La decisione impugnata non pone fine al procedimento e costituisce una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 LTF. Avverso la stessa, il ricorso è ammissibile soltanto alle condizioni dell'art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF, ossia, in particolare, quando può causare un pregiudizio irreparabile. Spetta innanzitutto al ricorrente dimostrare l'adempimento di questo requisito (cfr. DTF 138 III 46 consid. 1.2 e rinvii), la cui realizzazione non è in concreto manifesta, non trattandosi nel caso di specie del rifiuto di ordinare la carcerazione preventiva. Il ricorrente non si esprime al riguardo, in particolare non spiega per quali ragioni la mancata imposizione delle prospettate misure sostitutive potrebbe rendere più difficile od ostacolare la continuazione del procedimento penale (DTF 138 IV 92 consid. 1.2; 137 IV 237 consid. 1.1). Per il resto non sono posti ulteriori limitazioni o accresciuti requisiti di motivazione e il Tribunale federale esamina di principio liberamente la legalità delle misure coercitive (cfr. sentenza 1B_277/2011 del 28 giugno 2011 consid. 1.2). In considerazione dell'esito del ricorso, anche la questione dell'esistenza per il pubblico ministero di un pregiudizio irreparabile giusta l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF può rimanere indecisa.
2. 2.1 Giusta l'art. 221 cpv. 1 lett. c CPP, la carcerazione preventiva o di sicurezza è ammissibile soltanto quando l'imputato è gravemente indiziato di un crimine o un delitto e vi è seriamente da temere che minacci seriamente la sicurezza altrui commettendo gravi crimini o delitti, dopo avere già commesso in precedenza reati analoghi. L'art. 237 cpv. 1 CPP prevede che il giudice competente ordina una o più misure meno severe in luogo della carcerazione preventiva o di sicurezza, se tali misure perseguono lo stesso obiettivo della carcerazione. Secondo l'art. 237 cpv. 2 CPP, sono misure sostitutive, segnatamente: il versamento di una cauzione (lett. a); il blocco dei documenti d'identità e di legittimazione (lett. b); l'obbligo di dimorare e rimanere in un luogo o edificio determinato, nonché il divieto di trattenersi in un luogo o edificio determinato (lett. c); l'obbligo di annunciarsi regolarmente a un ufficio pubblico (lett. d); l'obbligo di svolgere un lavoro regolare (lett. e); l'obbligo di sottoporsi a un trattamento medico o a un controllo (lett. f); il divieto di avere contatti con determinate persone (lett. g).
Questa lista non è esaustiva, ma in ogni caso anche l'imposizione di altre possibili misure sostitutive presuppone che siano dati, come per la carcerazione preventiva, gravi indizi di reato e un motivo di carcerazione (DTF 137 IV 122 consid. 2). In ossequio al principio costituzionale della proporzionalità, il provvedimento meno incisivo deve infatti permettere di raggiungere lo stesso scopo della detenzione (cfr. sentenza 1B_165/2012 del 12 aprile 2012 consid. 2.3 in: SJ 2012 I pag. 407). Il perseguimento di altri scopi non è ammissibile (cfr. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozess, Praxiskommentar, 2009, n. 5 all'art. 237; EDY MELI, in: Commentario CPP, 2010, n. 3 all'art. 237).
2.2 In concreto, la Corte cantonale ha negato l'esistenza di gravi indizi di colpevolezza a carico degli imputati. Vista la particolarità della fattispecie e al fine di non pregiudicare l'eventuale giudizio di merito, la questione può rimare qui indecisa. In effetti, per i motivi esposti ai considerandi seguenti, il diniego delle istanze cantonali di ordinare l'adozione delle misure proposte dal ricorrente non viola comunque il diritto federale.
2.2 In concreto, la Corte cantonale ha negato l'esistenza di gravi indizi di colpevolezza a carico degli imputati. Vista la particolarità della fattispecie e al fine di non pregiudicare l'eventuale giudizio di merito, la questione può rimare qui indecisa. In effetti, per i motivi esposti ai considerandi seguenti, il diniego delle istanze cantonali di ordinare l'adozione delle misure proposte dal ricorrente non viola comunque il diritto federale.
2.3 2.3.1 Il ricorrente persegue gli imputati essenzialmente per i reati di promovimento della prostituzione (art. 195 CP) e di usura (art. 157 CP), in relazione al meretricio esercitato nel postribolo sul fondo part. xxx di X._. Prospetta quali misure sostitutive:
"1. la regolarizzazione dal profilo formale della gestione di C._, presso il quale secondo le disposizioni cantonali non può essere esercitata la prostituzione, in ispecie attraverso la chiusura degli spazi quale esercizio pubblico secondo l'art. 59 R-LEAR;
2. il divieto di concludere contratti di locazione per le stanze situate presso C._ a canoni superiori ai seguenti importi:
- fr. 110.-- (fr. 70.-- + fr. 40.-- per le spese) per la camera con bagno e cucina;
- fr. 100.-- (fr. 60.-- + fr. 40.-- per le spese) per le stanze con cucina ma senza bagno;
- fr. 90.-- (fr. 50.-- + fr. 40.-- per le spese) per le camere senza servizi".
Il ricorrente fonda la proposta di ordinare tali misure su un pericolo di recidiva ai sensi dell'art. 221 cpv. 1 lett. c CPP. Occorre tuttavia dare prova di riserbo nell'ammettere un simile pericolo che, secondo detta norma, presuppone che gli imputati minaccino seriamente la sicurezza altrui commettendo gravi crimini o delitti, dopo avere già commesso in precedenza reati analoghi (cfr. DTF 137 IV 13). Il ricorrente non fornisce particolari spiegazioni al riguardo. Nella misura in cui si volesse comunque ammettere in concreto una grave minaccia per la sicurezza altrui, il provvedimento della chiusura dell'esercizio pubblico, per quanto ancora attuale visto ch'esso sarebbe stato nel frattempo eseguito, non è idoneo ad impedire tale rischio. La sospetta attività di promovimento della prostituzione addebitata agli imputati può infatti continuare nel postribolo dello stesso edificio. La misura di regolarizzare formalmente la gestione dell'esercizio pubblico, mediante la chiusura dei relativi spazi, persegue in realtà lo scopo di ristabilire una situazione conforme al diritto sotto il profilo della legge ticinese sugli esercizi alberghieri e sulla ristorazione, del 1° giugno 2010 (Lear) e rientra innanzitutto nelle competenze dell'autorità amministrativa (cfr. art. 1 del regolamento della Lear, del 16 marzo 2011). Essa non è in concreto idonea ad evitare un rischio di recidiva ai sensi dell'art. 221 cpv. 1 lett. c CPP quale motivo di carcerazione preventiva.
2.3.2 Il ricorrente ha inoltre proposto, quale ulteriore misura sostitutiva che la pigione delle camere locate alle prostitute non superasse un importo variante da fr. 90.-- a fr. 110.-- al giorno. Ritiene usurari i canoni di locazione giornalieri da fr. 160.-- a fr. 180.-- chiesti dagli imputati, i quali contestano l'illegalità della loro attività. La questione del carattere usurario o meno dei canoni di locazione riguarda l'eventuale adempimento della fattispecie di usura ed è pure strettamente connessa al reato di promovimento della prostituzione, per il quale sono altresì perseguiti gli imputati. L'aspetto del prezzo delle camere costituisce un elemento determinante sul quale il ricorrente fonda essenzialmente gli indizi di colpevolezza, negati dalle istanze cantonali. Esso dovrà se del caso essere oggetto del giudizio di merito. Allo stadio attuale del procedimento penale, l'adempimento dei prospettati reati non risulta manifesto e del resto il ricorrente non ha ravvisato gli estremi per vietare agli imputati l'esercizio della loro attività legata alla prostituzione. In sostanza, la misura richiesta si basa sul presupposto che il maggior prezzo praticato dagli imputati, rispetto a quello di fr. 90.--/110.-- fissato dal ricorrente, costituisce provento di reato ed è finalizzata ad impedirne la pattuizione da parte dei locatori. Si tratta, come visto, di una questione litigiosa su cui dovrà eventualmente statuire il giudice di merito. Qualora la tesi del ricorrente circa il carattere usurario delle pigioni dovesse essere confermata in tale contesto, i relativi importi potranno se del caso essere soggetti a confisca (art. 70 CP). La fissazione degli importi massimi prospettati dal ricorrente per concludere i contratti di locazione appare per contro sproporzionata e non si giustifica quale misura sostitutiva secondo l'art. 237 CPP, volta ad impedire una grave minaccia per la sicurezza altrui.
3. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Non si prelevano spese a carico del ricorrente, che si è rivolto al Tribunale federale nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (art. 66 cpv. 4 LTF). Non si assegnano ripetibili agli opponenti, non invitati a presentare una risposta al gravame.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, e alla Corte dei reclami penali Tribunale d'appello del Cantone Ticino.