Faits:
A. En date du 15 juillet 2008, X._ Ltd. et Y._ ont déposé une plainte pénale à l'encontre de A._, notamment des chefs d'inculpation de diffamation, calomnie, injure et tentative de contrainte. Les plaignants se sont constitués parties civiles.
Par décision du 17 juillet 2008, le Procureur général de Genève a procédé au classement de cette procédure pénale au motif que l'affaire concernait exclusivement un litige entre employeur et employé qui devait être réglé devant les juridictions civiles.
B. Par ordonnance du 17 septembre 2008, la Chambre d'accusation du canton de Genève a déclaré irrecevable le recours formé par X._ Ltd. et Y._ contre cette décision. Elle a considéré que le recours, « bien que déposé dans les délai et forme prescrits (art. 192 CPP), par des plaignants ayant qualité pour recourir (art. 191 al. 1 lit. a CPP), comporte des conclusions qui n'offrent pas la précision voulue », à savoir « la désignation précise des actes que les recourants auraient voulu voir entreprendre par le biais de l'ouverture d'une information ».
C. X._ Ltd. et Y._ forment un recours en matière pénale contre cette ordonnance. Ils se plaignent essentiellement de l'application arbitraire de l'art. 192 du code de procédure pénale genevois (ci-après CPP/GE). Ils concluent à l'annulation de l'ordonnance attaquée et à l'ouverture d'une instruction préparatoire au sens des art. 118 ss CPP/GE du chef des infractions aux art. 173, 174, 177 et 181 CP.
D. Le Procureur général genevois a conclu au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Contre une décision de dernière instance cantonale qui met fin à une procédure pénale, le lésé qui est intervenu comme partie, ou qui a été empêché de le faire, peut recourir au Tribunal fédéral notamment pour violation d'un droit formel entièrement séparé du fond que lui accordent les règles de procédure applicables, catégorie de griefs qui comprend en particulier le refus injustifié de l'autorité précédente d'entrer en matière sur le moyen de droit dont elle était saisie (arrêt 6B_ 309/2008 du 23 juin 2008; cf., pour la notion de droits formels entièrement séparés du fond, ATF 120 Ia 157 consid. 2a/bb p. 160).
En l'espèce, les recourants qui se plaignent de la violation de leurs droits de parties à la procédure pénale ont donc qualité pour recourir.
2. La Chambre d'accusation a refusé d'entrer en matière sur le recours cantonal aux motifs que les recourants n'avaient pas formulé, contrairement aux exigences de l'art. 192 al. 1 CPP/GE, de demandes claires concernant les mesures d'investigation qu'ils considéraient comme nécessaires à l'établissement des faits dont ils se plaignaient.
2.1 L'art. 92 CPP/GE prévoit que « le recours est formé par les conclusions motivées adressées au greffe de la Chambre d'accusation ». Selon la jurisprudence genevoise, le plaideur qui recourt contre une ordonnance de classement et qui sollicite l'ouverture d'une information ou le retour du dossier à l'instruction pour complément d'enquête doit préciser sur quels faits devra, selon lui, porter ce complément et le cas échéant quels témoins devront être entendus et à quelles fins (OCA 207 du 7 juin 1995). A défaut, la Chambre d'accusation ne pouvant se substituer au plaideur et combler ces lacunes, le recours sera déclaré irrecevable (GRÉGOIRE REY, Procédure pénale genevoise, Annotations et commentaires, 2005, n° 1.4 ad art. 192).
Selon les recourants, cette jurisprudence cantonale a trait à des recours formés à la fin de l'instruction préparatoire, après inculpation. A ce stade-là de la procédure, les parties ont pu exercer les droits procéduraux (participation aux actes d'instruction, sollicitation d'actes d'instruction, examen du dossier, etc.) et la Chambre d'accusation peut légitimement exiger d'elles qu'elles détaillent, dans le cadre d'un recours, les mesures d'instruction réclamées de façon précise. La situation serait totalement différente avant l'inculpation et avant l'ouverture d'une instruction préparatoire: le plaignant ne pourrait exiger que l'ouverture d'une instruction, respectivement son audition une fois que l'instruction préparatoire aurait été ouverte. Il ne pourrait pas exiger que des actes d'instruction spécifiques soient accomplis. Dès lors, pour les recourants, en appliquant la jurisprudence mentionnée ci-dessus à leur situation (cas où il n'y a pas eu d'inculpation), la Chambre d'accusation aurait interprété arbitrairement l'art. 192 CPP/GE, commettant à un déni de justice.
2.2 En l'espèce, les recourants ont déposé une plainte pénale, avec toutes les annexes utiles, établissant de façon détaillée les faits, à l'encontre de leur employée, notamment des chefs d'inculpation de diffamation, calomnie, injure et tentative de contrainte. Le procureur général a classé l'affaire avec la brève motivation qu'il s'agissait d'un conflit de nature civile. Dans leur recours adressé à la Chambre d'accusation, les recourants ont discuté la motivation du procureur général et tenté de démontrer que le litige, qui aurait pu être un simple litige du droit du travail, avait pris une toute autre tournure avec les accusations de leur employée, celle-ci ayant notamment accusé le recourant Y._ de l'avoir harcelée sexuellement et d'avoir abusé du téléphone.
En exigeant que les recourants précisent les mesures d'investigation qu'ils auraient voulu voir entreprendre par les autorités pénales, la Chambre d'accusation pose des exigences qui vont au-delà de l'objet du litige. Le procureur général considérait en effet que celui-ci relevait du droit civil. Il devait donc suffire aux recourants d'expliquer de manière détaillée pourquoi ils étaient d'avis que celui-ci relevait du droit pénal, ce qu'ils ont fait. Au demeurant, les recourants ont apporté les preuves nécessaires en ce qui concerne les infractions contre l'honneur, dès lors qu'ils ont produit, à l'appui de leur plainte, les différents courriers, contenant, à leur avis, les déclarations attentatoires à l'honneur. La cour de céans ne voit pas les autres mesures d'investigation que les recourants auraient pu réclamer et ce d'autant moins que la preuve de la vérité et de la bonne foi incombent à la partie adverse.
En conclusion, en déclarant le recours irrecevable au motif que les recourants n'avaient pas indiqué les mesures d'investigation à entreprendre, la Chambre d'accusation a refusé à tort d'entrer en matière, commettant ainsi un déni de justice formel. Le recours doit donc être admis.
3. Les recourants qui obtiennent gain de cause peuvent prétendre à une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 LTF). Le canton de Genève leur versera ainsi une indemnité, qui tiendra compte du fait qu'ils ont agi par l'intermédiaire d'un seul et même conseil, qui a déposé un seul mémoire n'exposant pas une argumentation distincte pour chacun d'eux (art. 68 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu de prélever des frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouveau jugement.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Genève versera une indemnité globale de 2'000 francs aux recourants à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 11 février 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Kistler Vianin