Fatti:
A. E._, agricoltore, ha presentato l'8 aprile 2004 al Municipio di Chironico una domanda di costruzione per una stalla, in località Cimpie'i, sui fondi part. n. 1126, 1127, 1128, 1129 e 1130. Il progetto prevede la costruzione di una stalla/fienile costituita da un capannone in legno a pianta rettangolare di 37,70 m per 22,70 m, appoggiato su uno zoccolo in cemento armato. L'edificio presenta un tetto a due falde asimmetriche, alte 5,79 m verso nord, rispettivamente 2,89 m verso sud e 10,47 m al colmo. All'interno trovano spazio due ampi vani disposti ai lati di un corridoio centrale, assai largo e coassiale al colmo del tetto. Il primo è adibito all'immagazzinamento del fieno e il secondo alla stabulazione dei bovini, costituiti da 18 vacche, 4 manze, 9 manzette e 28 vitelli, di cui 22 destinati all'ingrasso. Nell'angolo nord-ovest è situato un vano per 30 capre, mentre l'angolo nord-est è adibito a rimessa. Contigui allo spazio riservato alla stabulazione dei bovini vi sono dei locali per la mungitura e la lavorazione del latte, nonché, nel lato sud-est, un altro vano, destinato ai vitelli da ingrasso, collegato da due porte a un recinto situato all'aperto, adiacente alla facciata est della stalla. In un ulteriore fabbricato di 12,50 m per 8,50 m, ubicato a circa 4 m dall'angolo sud-ovest dello stabile, sono collocati il letamaio e la fossa del colaticcio. Al progetto è stato allegato il calcolo della distanza minima secondo le raccomandazioni della Stazione federale di ricerche in economia e tecnologie agricole, contenute nel rapporto FAT n. 476 del 1995.
B. Alla domanda di costruzione si sono tra l'altro opposti A._, B._ e D._, nonché C._, proprietari dei fondi edificati part. n. 1114, 1115 e 1137, situati nelle vicinanze delle particelle dedotte in edificazione. Il 25 maggio 2004 il Dipartimento del territorio del Cantone Ticino ha preavvisato favorevolmente il rilascio della licenza edilizia, chiedendo tuttavia che fossero assolte una serie di condizioni. In particolare ha rilevato che, secondo l'esame della Sezione protezione dell'aria, dell'acqua e del suolo, la distanza di 36 m dalla zona residenziale in cui sono ubicate le abitazioni degli opponenti, misurata dall'apertura prevista nel colmo del tetto, è conforme alle raccomandazioni FAT a condizione che le porte previste sul lato est della stalla restassero sempre chiuse e che le finestre situate al di sotto di questa distanza non fossero apribili. Con decisione del 21 settembre 2004 il Municipio ha quindi rilasciato la licenza edilizia, assoggettandola alle condizioni poste dall'autorità cantonale, ed ha contestualmente respinto le opposizioni. Gli opponenti si sono allora aggravati dinanzi al Consiglio di Stato, che con risoluzione del 30 agosto 2005 ha respinto i gravami, confermando la licenza edilizia.
C. Dopo l'esperimento di un sopralluogo, con sentenza del 14 marzo 2007, il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto un ricorso degli opponenti, annullando la risoluzione governativa e riformandola nel senso che la licenza edilizia era confermata alle condizioni supplementari di sopprimere le tre porte previste nella facciata est e la recinzione per i vitelli da ingrasso, nonché di eseguire eventuali finestre ad est della feritoia sul tetto a semplice luce. La Corte cantonale ha in effetti ritenuto che, nell'ambito della gestione della stalla, il semplice obbligo di mantenere chiuse le suddette aperture non fosse sufficiente per garantire il rispetto della distanza minima secondo le raccomandazioni FAT.
D. A._, B._, D._ e C._ impugnano con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo di annullarlo e di rinviare l'incarto all'autorità di prima istanza per completazione e nuova decisione ai sensi dei considerandi. I ricorrenti producono una perizia concernente l'analisi tecnica della domanda di costruzione, facendo sostanzialmente valere la violazione del diritto federale sulla protezione dell'ambiente, segnatamente riguardo alle immissioni di odori. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi.
E. La Corte cantonale chiede la conferma della sua sentenza, rilevando come dinanzi alla stessa i ricorrenti avevano sollevato soltanto alcune generiche contestazioni sulla valutazione delle emissioni atmosferiche eseguita dall'autorità cantonale e avevano dichiarato in sede di sopralluogo di non avere ulteriori prove da indicare, rinunciando altresì alle conclusioni. Il Consiglio di Stato e l'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio si rimettono al giudizio del Tribunale federale. Pure il Municipio di Chironico si rimette al giudizio di questa Corte, rilevando di avere avviato uno studio pianificatorio concernente la formazione, mediante una variante di piano regolatore, di zone da adibire alla costruzione di nuove stalle e comunica inoltre di non opporsi alla produzione del rapporto peritale in questa sede. E._ postula la reiezione del gravame nella misura della sua ammissibilità. È stato invitato a presentare eventuali osservazioni anche l'Ufficio federale dell'ambiente, che si è espresso sugli aspetti di protezione contro l'inquinamento atmosferico e di protezione delle acque. Il 17 ottobre 2007 E._ ha inoltrato una presa di posizione sullo scritto dell'autorità federale.
F. Con decreto presidenziale del 26 giugno 2007 al ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 133 III 462 consid. 2, 489 consid. 3).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha confermato il rilascio di una licenza edilizia fondata sul diritto pubblico, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.3 I ricorrenti hanno partecipato al procedimento e, in quanto proprietari di fondi situati nelle immediate vicinanze di quelli dedotti in edificazione, separati da questi ultimi solo dalla strada (part. n. 1114 e 1115), rispettivamente distanti circa 70 m (part. n. 1137), possono essere interessati dalle immissioni provenienti dalla stalla progettata. Essi hanno quindi un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica della sentenza impugnata e sono pertanto legittimati a ricorrere secondo l'art. 89 cpv. 1 LTF (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.3; sentenza 1A.108/2004 del 17 novembre 2004, consid. 2.4, apparsa in: URP 2005, pag. 243 segg.).
1.3 I ricorrenti hanno partecipato al procedimento e, in quanto proprietari di fondi situati nelle immediate vicinanze di quelli dedotti in edificazione, separati da questi ultimi solo dalla strada (part. n. 1114 e 1115), rispettivamente distanti circa 70 m (part. n. 1137), possono essere interessati dalle immissioni provenienti dalla stalla progettata. Essi hanno quindi un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica della sentenza impugnata e sono pertanto legittimati a ricorrere secondo l'art. 89 cpv. 1 LTF (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.3; sentenza 1A.108/2004 del 17 novembre 2004, consid. 2.4, apparsa in: URP 2005, pag. 243 segg.).
1.4 1.4.1 Nell'ambito di un ricorso al Tribunale federale non possono di principio essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi. Giusta l'art. 99 cpv. 1 LTF, un'eccezione a questa regola è possibile soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Al riguardo spetta ai ricorrenti spiegare i motivi per cui si giustificherebbe l'inoltro di nuove prove (DTF 133 III 393 consid. 3). Secondo l'art. 99 cpv. 2 LTF nemmeno sono ammissibili nuove conclusioni. Un'estensione dell'oggetto del litigio nella procedura dinanzi al Tribunale federale non entra quindi in considerazione.
1.4.2 I ricorrenti producono in questa sede la perizia 11 maggio 2007 della G._SA concernente l'analisi tecnica della domanda di costruzione. Adducono al riguardo che non si potrebbe opporre loro "la mancata padronanza di un quadro tecnico-legale estremamente complicato, frutto per l'essenziale di laboriosi e complessi lavori di ricerca condotti da stazioni federali di ricerca sperimentale". Come visto, nuovi mezzi di prova possono però essere prodotti solo se ne dà motivo la decisione impugnata, ciò che non si realizza in concreto: un esame tecnico della domanda di costruzione, pubblicata dal 16 aprile al 30 aprile 2004, poteva infatti essere prodotto tempestivamente nell'ambito della procedura cantonale. Introdotto soltanto in questa sede, dopo l'emanazione del giudizio impugnato, il rapporto della G._SA non può pertanto essere preso in considerazione. Di conseguenza, nemmeno sono ammissibili le censure ricorsuali che riprendono, in parte testualmente, il contenuto di tale perizia e che vertono anche su aspetti, quali in particolare gli accertamenti riguardanti le unità di bestiame grosso e i quantitativi della produzione di letame e colaticcio, che non erano stati sollevati dinanzi alla Corte cantonale.
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Il Tribunale federale statuisce di principio sulla base dei fatti accertati dall'autorità precedente (cfr. art. 105 cpv. 1 LTF), riservati i casi previsti dall'art. 105 cpv. 2 LTF. Questa disposizione gli conferisce la possibilità di rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti della decisione impugnata nella misura in cui lacune o errori dovessero apparire d'acchito come manifesti. I ricorrenti possono quindi contestare l'accertamento dei fatti determinanti per il giudizio solo se siano stati stabiliti in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in maniera manifestamente inesatta (art. 97 cpv. 1 LTF), vale a dire arbitraria, ciò che devono dimostrare con una motivazione conforme alle esigenze poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF, analogamente alla prassi in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.4.2 e 1.4.3). Inoltre, l'esistenza di fatti accertati in modo inesatto o lesivo del diritto non è di per sé una condizione sufficiente per condurre all'annullamento o alla modificazione della decisione impugnata, occorrendo pure che il difetto sia suscettibile di avere un'influenza determinante sull'esito del procedimento (cfr. art. 97 cpv. 1 in fine LTF). I ricorrenti devono quindi rendere verosimile che la decisione finale sarebbe stata diversa se i fatti fossero stati accertati conformemente al diritto (cfr. sentenza 1C_64/2007 del 2 luglio 2007, consid. 5.1 e riferimenti).
3. I ricorrenti contestano il progetto essenzialmente per quanto concerne la distanza dalle loro abitazioni, a loro dire insufficiente.
Secondo l'art. 11 cpv. 2 LPAmb, indipendentemente dal carico inquinante esistente, le emissioni, nell'ambito della prevenzione, devono essere limitate nella misura massima consentita dal progresso tecnico, dalle condizioni d'esercizio o dalle possibilità economiche. La progettata stalla costituisce un impianto stazionario ai sensi dell'art. 2 cpv. 1 dell'ordinanza contro l'inquinamento atmosferico, del 16 dicembre 1985 (OIAt; RS 814.318.142.1), il cui esercizio provoca tra l'altro l'emissione di odori. Gli impianti stazionari nuovi devono essere equipaggiati ed esercitati in modo da rispettare le limitazioni d'emissione fissate nell'allegato 1 ed eventualmente negli allegati da 2 a 4 (cfr. art. 3 OIAt). Per gli impianti agricoli destinati all'allevamento valgono in particolare le esigenze speciali della cifra 512 dell'allegato 2 OIAt (art. 3 cpv. 2 lett. a OIAt). Questi impianti devono essere costruiti rispettando le distanze minime dalle zone abitate, conformemente alle regole riconosciute dalla zootecnia. Come tali valgono in particolare, giusta la cifra 512 cpv. 2 dell'allegato 2 OIAt, le raccomandazioni della Stazione federale di ricerche in economia e tecnologia agricola. Secondo queste raccomandazioni, la distanza minima dalle zone abitate (MA) si calcola in tre fasi: nella prima fase viene determinata l'emissione di odori (GB) in funzione delle diverse categorie di animali; nella seconda fase viene calcolata la distanza normalizzata (N) sulla base dell'emissione di odori complessiva; nella terza fase è infine calcolata la distanza minima (MA) correggendo la distanza normalizzata (N) mediante fattori d'influenza (fk), quali per esempio il sistema di stabulazione, l'aerazione e l'ubicazione (cfr. DTF 133 II 370, consid. 6.1 e riferimenti).
4. 4.1 I ricorrenti criticano il numero delle unità di bestiame grosso (UBG) indicato negli allegati alla domanda di costruzione, stabilito in 25,9 UBG, e sostengono che la discrepanza si ripercuoterebbe in particolare sulla produzione complessiva di letame e di colaticcio. Lamentano la mancata presa in considerazione, ai fini della determinazione delle emissioni di odori e quindi della distanza minima, di 30 capretti, che pure sarebbero ospitati nella stalla. Criticano inoltre l'applicazione ai vitelli da ingrasso della riduzione per alpeggio (pari al 50 %) del fattore di emissione degli odori (fg).
4.2 La questione della modalità di conversione degli animali in unità di bestiame grosso (UBG) non è di per sé stata sollevata dinanzi alla precedente istanza. Né è stato prospettato un preteso sottodimensionamento del letamaio e della fossa del colaticcio. Riguardo agli stessi sono peraltro determinanti le caratteristiche e le capacità indicate nei piani approvati, essendo l'utilizzazione ammissibile dell'impianto innanzitutto dettata dalle sue dimensioni e tipologie secondo il permesso edilizio (cfr. DTF 133 II 370 consid. 6.3). Sotto il profilo della determinazione della distanza minima secondo le raccomandazioni FAT risulta comunque che le unità di bestiame accertate si fondano sul numero e sul genere dei capi indicati negli atti della domanda di costruzione e sono stati valutati da parte dei servizi specialistici dell'amministrazione cantonale. Gli accertamenti contenuti al riguardo nella decisione impugnata non sono arbitrari, ma conformi agli atti e quindi di principio vincolanti per il Tribunale federale (cfr. sentenza 1A.70/2001 del 3 ottobre 2001, consid. 5b/aa, apparsa in: RDAT I-2002, n. 68, pag. 469 segg.). Il fattore di emissione di odori (fg) applicato dalle autorità cantonali (0,10 per le capre; 0,20 per i vitelli da ingrasso fino a 100 kg; 0,25 per i vitelli da ingrasso superiori ai 100 kg; 0,15 per gli altri bovini) risulta inoltre conforme alle raccomandazioni FAT (cfr. tabella 1). Quanto ai capretti, precedentemente i ricorrenti non hanno sostenuto ch'essi dovrebbero essere presi in considerazione per quanto riguarda l'emissione di odori, nonostante sin dall'inizio dai piani di costruzione emergesse chiaramente l'esistenza all'interno della stalla di uno spazio a loro destinato. L'omissione non viola comunque il diritto federale, visto che per la brevità del periodo di allevamento, e quindi di permanenza nello stabile, essi potevano essere compresi nel coefficiente delle madri (cfr. l'allegato dell'ordinanza sulla terminologia agricola, del 7 dicembre 1998; RS 910.91). Né la Corte cantonale ha abusato del proprio potere di apprezzamento riconoscendo per i 22 vitelli da ingrasso la riduzione per alpeggio del fattore di emissione di odori (fg) nella misura del 50 %. In effetti, laddove l'estivazione viene effettivamente praticata anche per questi bovini, non è di per sé suscettibile di costituire eccesso d'apprezzamento il fatto di tenerne conto riguardo alle emissioni di odori. Analogamente, in una sentenza del 20 settembre 2006 citata dalla precedente istanza, questa Corte ha già avuto modo di ritenere ammissibile, nel caso di allevamento tradizionale e non intensivo, l'applicazione ai vitelli da ingrasso di un fattore di emissione di odori (fg) di 0,15 (come per gli altri bovini) invece dello 0,2/0,25 di principio previsto dalle raccomandazioni FAT (cfr. sentenza 1A.44/2006 del 20 settembre 2006, consid. 3.2.1, apparsa in: URP 2006, pag. 811 segg.). I ricorrenti non mettono seriamente in dubbio che tutti i bovini siano effettivamente portati al maggengo e all'alpeggio, né prospettano la necessità di imporre in concreto eventuali oneri e controlli allo scopo di accertare l'occupazione della stalla (cfr. DTF 133 II 370 consid. 6.3). La questione non deve quindi essere ulteriormente esaminata, sicché nelle esposte circostanze la Corte cantonale ha rettamente stabilito l'emissione complessiva di odori (GB) in 5,88 e conseguentemente la distanza normalizzata (N) in 36,20 m sulla base della formula N = 43 . ln(GB) - 40.
5. 5.1 I ricorrenti adducono che la produzione del colaticcio sarebbe prevalente rispetto a quella di letame, per cui, ai fini del calcolo della distanza secondo le raccomandazioni FAT, occorrerebbe aumentare il fattore di correzione fk4 dallo 0,9 considerato in sede cantonale all'1,0. Sostengono inoltre che sarebbe occorso applicare un fattore di correzione fk1 di 1,2 in considerazione della topografia dei luoghi e un fattore fk7, pure di 1,2, per la presenza di abitazioni nelle vicinanze.
5.2 Prospettando un fattore di correzione fk4 pari a 1,0 della distanza normalizzata (N) perché la produzione di colaticcio sarebbe prevalente rispetto a quella di letame solido, in particolare riguardo al calcolo delle unità di bestiame grosso, i ricorrenti si fondano su una constatazione dei fatti diversa dagli accertamenti su cui si è basata l'ultima istanza cantonale. Come visto, tali accertamenti non sono tuttavia arbitrari e sono pertanto vincolanti per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF; cfr. consid. 3.2). Non v'è quindi ragione di rivenire sul fattore fk4 di 0,9 ammesso dai giudici cantonali per la produzione di concimi prevalentemente sotto forma di letame solido. Ricordato altresì che questa Corte da prova di riserbo in presenza di situazioni locali meglio conosciute e valutate dall'autorità cantonale (DTF 129 I 337 consid. 4.1), risulta dagli atti che i fondi interessati dal progetto, pur essendo inseriti in un territorio comunale dalle caratteristiche vallive sul versante destro della Leventina, sono posti in un comparto tutto sommato assai ampio e pianeggiante. Il fattore fk1 di 1,0 per terreni relativamente pianeggianti applicato dalle autorità cantonali è quindi conforme alle raccomandazioni FAT (cfr. tabella 2) e non presta il fianco a critiche. In realtà, contrariamente all'opinione dei ricorrenti, le autorità cantonali hanno inoltre tenuto conto della vicinanza delle abitazioni, poiché proprio in considerazione di tale aspetto, sulla scorta del preavviso della Sezione per la protezione dell'aria, dell'acqua e del suolo del Dipartimento del territorio, la distanza minima calcolata dall'istante (29,3 m) è stata aumentata del 20 %, ciò che equivale ad applicare un fattore di correzione fk7 di 1,2, come prospettato dai ricorrenti. Ne consegue che la distanza minima di 35 m, corrispondente alla moltiplicazione della distanza normalizzata (N) di 36,20 m per i fattori di correzione fk, è conforme alle raccomandazioni FAT.
6. 6.1 Secondo i ricorrenti, la Corte cantonale in nessun caso poteva stabilire autonomamente le condizioni supplementari della licenza edilizia, ma avrebbe dovuto limitarsi ad annullarla ed a rinviare gli atti alle autorità inferiori per completarli. Sostengono che le modifiche del progetto stabilite nel giudizio impugnato non consentirebbero di valutare il rispetto delle prescrizioni in materia di stabulazione degli animali. Inoltre, poiché le aperture previste dal progetto concorrevano ad assicurarne la conformità alle norme antincendio, l'obbligo di sopprimere le porte sulla facciata est potrebbe pregiudicare eventuali interventi di spegnimento di incendi e l'evacuazione del bestiame.
6.2 In concreto, la Corte cantonale ha confermato il rilascio della licenza edilizia subordinandola alle condizioni supplementari per le quali le tre porte previste nella facciata est e la recinzione per i vitelli da ingrasso sono da sopprimere e le finestre situate ad est dell'apertura prevista sul colmo del tetto modificate a semplice luce. Procedendo in tal modo i giudici cantonali hanno in sostanza implicitamente ritenuto che le carenze del progetto non giustificavano l'annullamento della licenza edilizia, potendo essere sanate mediante l'imposizione delle criticate misure. Queste hanno invero un'incidenza tutto sommato limitata sul complesso del progetto e sono ragionevolmente idonee ad assicurare il rispetto della distanza minima, sicché è senza abusare del proprio potere d'apprezzamento che la Corte cantonale le ha adottate direttamente e non ha disposto semplicemente il rinvio degli atti alle autorità inferiori. Il principio della proporzionalità giustifica infatti di non pronunciare il diniego della licenza edilizia quando una situazione conforme al diritto può essere conseguita già mediante l'imposizione di oneri o di condizioni, segnatamente nei casi in cui le manchevolezze rivestono un'importanza secondaria (cfr. DTF 124 II 146 consid. 3b). Accennando alla pretesa non conformità del progetto con le prescrizioni antincendio, i ricorrenti non adducono la violazione delle disposizioni in materia di polizia del fuoco (cfr. art. 41a segg. della legge edilizia cantonale, del 13 marzo 1991 e art 44 segg. del relativo regolamento). Essi disattendono inoltre che, secondo l'attestato di conformità presentato con la domanda di costruzione, eventuali modifiche del progetto comportano un'ulteriore valutazione sotto questo profilo e che, allo stadio attuale, gli edifici circostanti non si trovano a una distanza tale da essere minacciati dalla propagazione del fuoco. D'altra parte, adducendo che la soppressione di aperture ed uscite di sicurezza potrebbe pregiudicare l'evacuazione del bestiame e gli interventi di spegnimento in caso d'incendio, i ricorrenti fanno sostanzialmente valere ragioni che concernono innanzitutto gli interessi dell'istante e la protezione degli animali. Da un eventuale accoglimento del gravame su questo punto, non deriverebbe necessariamente un vantaggio pratico per i ricorrenti, motivo per cui, di per sé, nemmeno sarebbero abilitati ad invocare la censura (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.3.2; sentenza 1C_64/2007 citata, consid. 7.7).
7. 7.1 I ricorrenti fanno infine valere una violazione dell'art. 7 LPAc, adducendo che la Corte cantonale avrebbe omesso di approfondire la questione della dispersione delle acque superficiali, nonostante vi fossero seri indizi di inadeguatezza delle soluzioni proposte.
7.2 La censura, invero generica, è inammissibile, poiché con il ricorso in materia di diritto pubblico è possibile fare valere la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), nel quale rientrano l'eccesso e l'abuso del potere d'apprezzamento, ma non l'adeguatezza della decisione impugnata (cfr. Markus Schott in: Basler Kommentar BGG, n. 34 all'art. 95). I ricorrenti disattendono inoltre, che secondo l'art. 3 cpv. 3 dell'ordinanza sulla protezione delle acque, del 28 ottobre 1998 (OPAc; RS 814.201) in linea di principio l'acqua piovana che scorre da superfici edificate o rinforzate va considerata acqua di scarico non inquinata, che di massima deve essere eliminata mediante infiltrazione (cfr. art. 7 cpv. 2 LPAc). Nel gravame in esame, non è seriamente addotto per quali ragioni queste disposizioni sarebbero violate nel caso specifico.
8. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dei ricorrenti (art. 66 cpv. 1 LTF). Essi dovranno inoltre rifondere alla controparte privata, patrocinata da un legale, un'equa indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF). Non si attribuiscono per contro ripetibili al Comune (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti in solido, che rifonderanno, pure in solido, alla controparte privata un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Dipartimento del territorio, Servizi generali, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dell'ambiente.