Faits:
A. A.a Le 9 décembre 2003, Z._ Sàrl (ci-après: Z._), société ayant son siège à ... et appartenant à un groupe qui occupe plus de 300 personnes à travers le monde et exerce des activités de type fiduciaire, a signé avec A._ GmbH (ci-après: A._), société ayant son siège à ..., un contrat intitulé " Management Consultancy Agreement " par lequel Z._ confiait à A._, avec effet rétroactif au 1er septembre 2003, le soin de développer et de gérer une succursale que Z._ comptait ouvrir à ... ou à .... Pour ses services, A._ devait recevoir une rémunération de Z._, déterminée selon le contrat et qui ne pouvait s'élever au maximum qu'à 240'000 fr. par an. Il s'y ajoutait, à certaines conditions, une rémunération additionnelle, s'élevant au maximum à 150'000 fr. par an. L'accord prévoyait que, pendant la durée du contrat et pour une période de deux ans au-delà, ni A._, ni aucun de ses directeurs ne pouvait essayer de démarcher les clients de Z._, soit ceux pour lesquels Z._ avait été activement engagée pendant la durée du contrat. A._ s'engageait également, pendant la même période, à ne pas conclure de contrats, directement ou indirectement, avec d'actuels ou anciens directeurs ou employés de Z._ ayant fourni des services professionnels ou d'assistance à des clients de Z._ pendant cette période, ceci sans l'accord préalable écrit de Z._. Ces clauses, qualifiées de clauses de non-concurrence, étaient assorties d'une peine conventionnelle de 10'000 fr. par jour pour la durée de la violation.
La société A._, qui fournit des services en matière administrative, financière et de gestion pour différents types de structures basées en Suisse et à l'étranger, a pour associés gérants, tous deux avec signature individuelle, les époux H.Y._ et F.Y._. La société n'emploie que H.Y._ à plein temps, ainsi qu'une assistante administrative à temps partiel. Par modification des statuts du 21 novembre 2008, la société a changé de dénomination et elle est devenue X._ GmbH (ci-après: X._).
En annexe au contrat, H.Y._ a pris, en son nom personnel, différents engagements à l'égard de Z._, concernant notamment la confidentialité à observer et la clause de non-concurrence à respecter; une clause pénale identique à celle contenue dans la convention signée par A._ était reprise dans le document signé par H.Y._.
A.b En exécution de cette convention, une succursale de Z._ a été ouverte à ..., avec inscription au registre du commerce le 19 mai 2004, et H.Y._ en a été nommé chef avec signature individuelle. Une seconde succursale de Z._ a été ouverte à ... le 27 juillet 2004 et H.Y._ en a également été nommé chef avec signature individuelle.
Après deux ans d'activité, A._ s'occupait à plein temps des clients de Z._. H.Y._ était administrateur des sociétés clientes et s'occupait, notamment, de leurs déclarations fiscales, ainsi que de toutes leurs activités administratives. Il se chargeait également de la négociation de certains contrats et de leur exécution.
Le 5 janvier 2009, A._, devenue X._, a débité le compte de la succursale ... de Z._ d'un montant de 204'440 fr., correspondant à une facture d'honoraires du 1er janvier 2009 relative à l'activité déployée durant les 3ème et 4ème trimestres 2008 et le 1er trimestre 2009, ainsi que d'un montant de 10'000 fr. à titre d'avance sur la participation au bénéfice de l'exercice 2008.
A.c Le 30 mars 2009, Z._ a résilié le contrat conclu avec A._ (devenue X._) pour le 30 juin 2009.
A.d Le 9 avril 2009, X._ a ouvert une succursale à ..., à la même adresse que la succursale de Z._, et elle a engagé l'assistante qui travaillait précédemment pour cette succursale.
Par des courriers des 4 et 5 mai 2009, Z._ a annoncé à ses clients le départ de H.Y._ et son remplacement par deux nouveaux dirigeants; elle les a par ailleurs avisés que la succursale de ... devenait une société à responsabilité limitée et qu'elle reprendrait tous les contrats.
Les parties sont ensuite entrées en litige, non seulement sur le décompte à opérer entre elles, mais aussi et surtout parce que Z._ reprochait à H.Y._ d'avoir contacté certains clients pour les inciter à transférer leurs dossiers à X._.
H.Y._ a répondu que les clauses concernant l'interdiction de concurrence et la pénalité n'étaient à son avis pas applicables, parce que les rapports contractuels avaient été rompus par Z._. Cette dernière a contesté cette manière de voir.
Le 15 mai 2009, la nouvelle société à responsabilité limitée R._ GmbH a été inscrite au registre du commerce de ..., à la même adresse que l'ancienne succursale et que X._.
Un certain nombre de clients de Z._ ont manifesté la volonté de ne pas changer de mandataire et de continuer leurs relations avec H.Y._ par le biais de sa société X._. Il a été retenu que H.Y._ était intervenu activement, à l'égard de trois clients, pour les détourner de poursuivre leurs relations avec Z._. Au moins sept sociétés clientes de l'ancienne succursale ont souhaité que leurs dossiers soient traités par H.Y._ et sa société X._.
B. Par acte déposé au greffe du Tribunal de première instance de Genève le 19 novembre 2009, Z._ a formé une demande en paiement, réclamant à X._ la somme de 75'010 fr.54 avec intérêts à 5% dès le 10 avril 2009, ainsi que 500'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 6 novembre 2009 et réclamant par ailleurs à H.Y._ la somme de 500'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 6 novembre 2009. Le montant de 500'000 fr. se rapporte à la clause pénale, Z._ reprochant à ses parties adverses d'avoir violé la clause de non-concurrence, ainsi que la clause d'interdiction de démarchage (en engageant l'assistante).
Les défendeurs se sont opposés à la demande et X._ a formé une demande reconventionnelle.
Par jugement du 16 septembre 2011, le Tribunal de première instance a condamné X._ et H.Y._, solidairement, à payer à Z._ un montant de 150'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 6 novembre 2009 et condamné X._ à verser à Z._ un montant de 10'450 fr.55 avec intérêts à 5% dès le 10 avril 2009; sur la demande reconventionnelle, il a condamné Z._ à payer à X._ un montant de 6'308 fr.40 avec intérêts à 5% dès le 1er juillet 2009; il a statué par ailleurs sur les frais et dépens. La somme de 150'000 fr. est fondée sur la clause pénale, le montant ayant été réduit parce qu'il a été jugé excessif. Les autres postes concernent des participations au bénéfice qui ne sont plus litigieuses devant le Tribunal fédéral.
X._ et H.Y._ ont appelé de ce jugement, concluant principalement au rejet de la demande principale. Z._ a conclu à la confirmation du jugement entrepris.
Par arrêt du 28 septembre 2012, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement attaqué et statué sur les frais et dépens.
C. X._ et H.Y._, agissant par le même acte, exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une constatation manifestement inexacte des faits, une violation de l'art. 163 al. 3 CO, une violation du principe de la confiance et du droit d'être entendu, ils ont conclu, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la condamnation de X._ à payer une peine conventionnelle n'excédant pas 16'000 fr.; subsidiairement, ils ont demandé que X._ et H.Y._ soient condamnés solidairement à payer une peine conventionnelle ne dépassant pas 16'000 fr.; plus subsidiairement encore, ils ont demandé que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale.
L'intimée a conclu à l'irrecevabilité et subsidiairement au rejet du recours avec suite de frais et dépens.
Les parties ont répliqué et dupliqué.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par les parties qui ont succombé dans leurs conclusions libératoires et qui ont donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc être formé pour violation d'un droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 138 II 331 consid. 1.3 p. 336; 137 II 313 consid. 4 p. 317 s.). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 137 III 580 consid. 1.4 p. 584; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 I 184 consid. 1.2 p. 187). La recourante qui se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves doit motiver son grief d'une manière qui réponde aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF). Une partie peut cependant réduire ses conclusions (ATF 136 V 362 consid. 3.4.2 p. 365).
2. 2.1 Sur deux points, les recourants soutiennent que les faits ont été établis de manière arbitraire.
S'agissant de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, la décision attaquée n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait une déduction insoutenable (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
En premier lieu, les recourants visent une phrase contenue à la page 15 de l'arrêt attaqué, qui mélange deux questions différentes, à savoir celle de déterminer s'il a été prouvé que H.Y._, agissant pour X._, a pris l'initiative de contacter des clients de Z._ - ce qui est pertinent pour constater l'existence d'une violation de la clause de non-concurrence - et celle de savoir combien de clients ont décidé de confier leur dossier à X._ plutôt qu'à Z._ - ce qui est pertinent pour apprécier l'intérêt concret de Z._ au montant de la clause pénale. Quoi qu'il en soit, si on replace la phrase dans son contexte, on constate que la cour cantonale a retenu, de manière détaillée, que H.Y._ avait pris l'initiative de contacter trois clients déterminés. Elle a constaté par ailleurs qu'au moins sept sociétés ont décidé de confier leur dossier à X._ plutôt qu'à Z._. En revanche, la cour cantonale n'a nulle part constaté que tous les clients qui ont choisi de quitter Z._ pour X._ l'ont fait à la suite d'une initiative prise par H.Y._. Dans la mesure où la phrase critiquée créerait le doute, cette question de fait doit être précisée dans ce sens.
En deuxième lieu, les recourants estiment que la cour cantonale a constaté arbitrairement que H.Y._, agissant pour X._, avait pris l'initiative de contacter le client B._ GmbH. La cour cantonale a constaté que le premier message échangé entre les parties après la résiliation émanait de H.Y._. Les recourants soutiennent que c'est au contraire le client qui a pris l'initiative, mais ils ne citent de manière précise dans leur recours aucun moyen de preuve (passage d'une pièce ou d'un témoignage) qui le démontrerait. La cour cantonale a constaté - sans que l'arbitraire ne soit invoqué à ce propos - que H.Y._, pour sa société X._, avait mis en place une structure (une adresse à ... et l'engagement d'une assistante) pour recevoir les clients de Z._ qui souhaiteraient leur confier leur dossier. Dans ces circonstances, on ne peut pas dire que la cour cantonale ait statué arbitrairement en admettant que H.Y._ avait pris l'initiative d'en parler avec le client B._ GmbH, puisque le premier message, même s'il n'est pas limpide, émanait de lui. Il n'est d'ailleurs pas certain que cette question soit de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2.2 La cour cantonale a admis l'existence d'une violation de la clause dite de non-concurrence et, considérant que l'amende convenue était excessive, elle en a réduit le montant à 150'000 fr.
Comme l'intimée n'a pas recouru contre cette décision, il ne saurait être question de fixer un montant plus élevé (art. 107 al. 1 LTF).
Devant le Tribunal fédéral, les recourants ont réduit leurs conclusions par rapport à celles qu'ils avaient prises devant la cour cantonale. Principalement, ils demandent que X._ soit condamnée à payer une peine conventionnelle ne dépassant pas 16'000 fr. Le Tribunal fédéral étant lié par les conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF), il faut en déduire que l'existence d'une violation de la clause de non-concurrence n'est plus litigieuse et qu'il n'y a pas lieu d'y revenir. Le litige ne porte plus que sur le montant de la peine conventionnelle et sur le point de savoir si H.Y._ peut aussi être condamné à la payer, solidairement avec X._. Le litige est désormais étroitement circonscrit.
2.3 Selon l'art. 163 al. 3 CO, le juge doit réduire les peines qu'il estime excessives.
La question doit être examinée d'office (ATF 133 III 201 consid. 5.2 p. 209). Peu importe donc que les recourants aient ou non demandé une réduction de la peine conventionnelle (arrêt 4A_65/2011 du 1er avril 2011 consid. 6 et les références).
En revanche, il incombe au débiteur d'apporter des éléments permettant de constater que la peine convenue est excessive (ATF 133 III 43 consid. 4.1 p. 53, 201 consid. 5.2 p. 210). C'est donc à juste titre que la cour cantonale a observé à ce sujet que les recourants n'avaient apporté aucun élément de démonstration (sur l'exigence cf. arrêt 4A_65/2011 déjà cité consid. 6). Ils ne peuvent d'ailleurs pas faire valoir devant le Tribunal fédéral des faits ou des moyens de preuve nouveaux (art. 99 al. 1 LTF).
Le juge doit quoi qu'il en soit s'astreindre à une certaine réserve, parce que les parties sont en principe libres de fixer le montant de la peine conventionnelle; une intervention du juge n'est nécessaire que si la somme convenue est si élevée qu'elle dépasse toute mesure raisonnable au point de n'être plus compatible avec le droit et l'équité (ATF 133 III 43 consid. 3.3.1 p. 48, 201 consid. 5.2 p. 209).
Contrairement à ce que semblent penser les recourants, le dommage effectivement subi n'est à lui seul pas déterminant pour dire si la peine conventionnelle est ou non excessive (ATF 133 III 43 consid. 4.1 p. 54; 114 II 264 consid. 1b p. 265; 103 II 108 s.). La peine conventionnelle joue un rôle à la fois préventif et punitif; il est donc légitime qu'elle soit fixée à un niveau de nature à dissuader le débiteur de violer son obligation contractuelle (cf. arrêt 4A_107/2011 du 25 août 2011 consid. 3.4).
Pour dire si une peine conventionnelle est ou non excessive, il faut l'apprécier de manière concrète au moment de la violation de l'obligation contractuelle, en tenant compte de la nature et de la durée du contrat, de la gravité de la violation et de la faute commise, de l'intérêt économique du créancier au respect de l'obligation ainsi que de la situation respective des parties (cf. ATF 133 III 43 consid. 4.2 p. 54, 201 consid. 5.2 p. 209; 114 II 264 consid. 1a p. 265).
La réduction d'une amende conventionnelle est une question d'appréciation; le Tribunal fédéral s'astreint donc à une certaine retenue et il n'intervient, en considérant le droit fédéral comme violé, que si l'autorité cantonale s'est écartée sans raison des règles établies par la doctrine et la jurisprudence ou lorsqu'elle s'est appuyée sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle ou, à l'inverse, lorsqu'elle n'a pas tenu compte d'éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; il intervient également si l'autorité cantonale, faisant usage de son pouvoir d'appréciation, est parvenue à une solution manifestement choquante et inéquitable (ATF 133 III 201 consid. 5.4 p. 211).
En l'espèce, la violation de la clause de non-concurrence est grave et la faute est caractérisée. Les recourants ont choisi la même adresse que l'intimée et ont engagé son assistante, de telle sorte que les clients avaient nécessairement l'impression que rien ne changeait s'ils transféraient leur dossier de Z._ à X._. La structure mise en place par les recourants leur donnait au contraire l'impression qu'ils se lançaient dans l'inconnu s'ils restaient chez Z._. Par trois fois, H.Y._ a pris l'initiative de contacter le client, manifestement pour discuter de la nouvelle situation. Il a été constaté en fait - d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que les recourants ont entretenu une certaine confusion et que sept sociétés au moins ont transféré leur dossier de Z._ à X._.
Les montants d'honoraires facturés à Z._ à l'époque où X._ s'occupait à plein temps de ses clients montrent l'ampleur des intérêts économiques en jeu. Vu la structure mise en place par les recourants, l'intimée pouvait légitimement redouter qu'un nombre important de ses clients souhaite durablement continuer de travailler avec H.Y._. En décidant de réduire la peine conventionnelle à 150'000 fr., on ne voit pas que la cour cantonale ait abusé de son large pouvoir d'appréciation. L'art. 163 al. 3 CO n'a donc pas été violé.
2.4 H.Y._ reproche à la cour cantonale d'avoir retenu qu'il était débiteur solidaire de la peine conventionnelle. Il soutient que la cour cantonale a violé les règles de droit fédéral sur l'interprétation des manifestations de volonté.
Confronté à l'interprétation d'une disposition contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO; ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 412 s.). Déterminer ce qu'un cocontractant savait ou voulait au moment de conclure relève des constatations de fait; la recherche de la volonté réelle des parties est qualifiée d'interprétation subjective (ATF 131 III 606 consid. 4.1 p. 611). Si le juge parvient à établir une volonté réelle et concordante des parties, il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral conformément à l'art. 105 LTF. Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance. Il doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances (on parle alors d'une interprétation objective). Le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime. L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner d'office (art. 106 al. 1 LTF); cependant, pour trancher cette question, il doit se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, dont la constatation relève du fait (ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 412 s.). Le principe selon lequel l'interprétation subjective a la priorité sur l'interprétation objective relève du droit (ATF 131 III 606 consid. 4.1 p. 612).
En l'espèce, les parties n'ont pas utilisé le terme de " débiteur solidaire " (cf. ATF 111 II 284 consid. 2 p. 287) et une volonté réelle concordante n'a pas été établie. Selon les constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) -, H.Y._ a signé en son nom personnel une annexe au contrat contenant une clause de prohibition de concurrence assortie d'une clause pénale semblable à celle convenue dans le contrat avec la société X._. Comme cet engagement intervient simultanément avec celui pris par la société X._, on ne saurait parler d'une reprise de dette cumulative (cf. ATF 129 III 702 consid. 2.1 p. 704; arrêt 4C.24/2007 du 26 avril 2007 consid. 5 publié in SJ 2008 I p. 29). Il n'était pas prévu que H.Y._ exerce une activité à titre personnel pour Z._, qui serait distincte de son activité comme gérant de X._. L'engagement qu'il a pris personnellement ne fait pas référence à l'obligation contractée par X._, de sorte qu'il ne peut s'agir d'un porte-fort (art. 111 CO) ou d'un contrat de garantie (cf. arrêt 4C.24/2007 déjà cité). H.Y._ s'est lié vis-à-vis de l'intimée dans l'annexe du contrat; il n'a aucun intérêt à soutenir qu'il a pris un engagement indépendant, parce que cela impliquerait que les deux recourants devraient chacun payer l'amende conventionnelle. En tant que propriétaire économique et animateur de X._, il avait un intérêt personnel à la conclusion du contrat avec Z._; en admettant dans ces circonstances que l'intimée a voulu un engagement solidaire de la société et de celui qui en avait la maîtrise, la cour cantonale a fait une déduction raisonnable sur la base des faits établis et on ne voit pas qu'elle ait violé les dispositions du droit fédéral sur l'interprétation des manifestations de volonté, ni qu'elle ait méconnu la notion de solidarité prévue à l'art. 143 al. 1 CO. Ce grief doit donc également être rejeté.
2.5 H.Y._ soutient que la cour cantonale, en retenant un rapport de solidarité, a violé son droit d'être entendu, sous la forme du droit à une décision motivée.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour le juge de motiver sa décision, de telle manière que le justiciable puisse en saisir la portée et l'attaquer s'il y a lieu en connaissance de cause (ATF 138 I 232 consid. 5.1 p. 237; 138 IV 81 consid. 2.2 p. 84).
La motivation cantonale permet aisément de comprendre pourquoi l'autorité précédente a retenu un rapport de solidarité et le recourant n'a nullement été entravé dans sa possibilité de faire valoir ses moyens à l'encontre de l'argumentation présentée. Il n'y a donc pas trace d'une violation du droit à une décision motivée.
3. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis solidairement à la charge des recourants qui succombent (art. 66 al. 1 et 5, art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3. Les recourants, débiteurs solidaires, verseront à l'intimée une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 1er mai 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget