Faits:
A. X._, association ayant pour but la création et la diffusion d'émissions à caractère local et régional par le biais des téléréseaux, est au bénéfice d'une concession pour une télévision régionale assortie d'un mandat de prestations et donnant droit à une quote-part de la redevance de réception, octroyée par le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (ci-après: le DETEC) par décision du 31 octobre 2008.
Selon ce qui figure dans son projet de candidature, le financement de X._ est assuré par trois sources, à savoir la quote-part de la redevance, les revenus publicitaires et une taxe volontaire de Fr. 3.-- que les fournisseurs de services de télécommunication (ci-après: FST) "historiques" (A._ SA, B._ SA, C._ SA, D._ SA, E._ SA, F._ SA et les communes de G._, H._ et I._) se sont engagés à prélever auprès de leurs clients acceptant de la payer.
A la suite de l'arrivée dans sa zone de desserte de nouveaux FST refusant de participer au prélèvement de la taxe volontaire, X._ a décidé de procéder à la livraison de programmes différenciés afin de pérenniser cette source de revenus. Son offre est, depuis lors, scindée en deux: le signal entier de la recourante n'est plus transmis qu'aux seuls FST acceptant de participer au prélèvement de la taxe, qui bénéficient ainsi d'un accès exclusif à la version animée de "J._". Les autres FST reçoivent, pour leur part, une version allégée du programme.
B. Faisant suite à la plainte déposée le 10 mai 2010 par K._, l'OFCOM a constaté, par décision du 31 mars 2011, le non respect de la concession du 31 octobre 2008, motif pris de la violation de l'obligation de diffusion, et a prononcé l'obligation pour X._ de livrer l'intégralité de son programme à tous les FST de sa zone de desserte dans un délai de trois mois à compter de l'entrée en force de sa décision.
Par décision du 21 mai 2012, le Tribunal administratif fédéral (ci-après: le TAF) a rejeté le recours formé par X._ à l'encontre de la décision de l'OFCOM.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, X._ a recouru auprès du Tribunal fédéral, concluant, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision rendue par le TAF le 21 mai 2012. Invités à se prononcer, le TAF a renoncé à formuler des observations, tandis que l'OFCOM a répondu par acte du 4 septembre 2012, réfutant les griefs de X._ et concluant au rejet du recours. Par courrier du 15 octobre 2012, X._ a persisté dans ses conclusions.
Par ordonnance du 27 juillet 2012, le président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. La décision à l'origine de la présente procédure a pour objet une sommation de remédier à des manquements dans l'exécution des obligations de la recourante découlant de sa concession.
1.1 La décision attaquée ayant été rendue par le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 86 al. 1 let. a LTF), dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), il convient d'examiner si la voie du recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) est ouverte.
1.2 Selon l'art. 83 let. p LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications et de radio-télévision qui concernent une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public (ch. 1). D'après la jurisprudence, la clause d'exclusion de l'art. 83 let. p LTF ne vise pas seulement la décision concernant l'octroi ou le refus d'une concession - ayant fait l'objet d'un appel d'offres public -, mais plus largement toutes les questions relatives à une telle concession. Elle s'applique aussi aux contestations qui sont postérieures à l'octroi de la concession (arrêts 2C_644/2011 du 8 mai 2012 consid. 1.2.1; 2C_679/2008 du 27 mai 2009 consid. 4; 2C_294/2009 du 12 août 2009 consid. 2.1; 2C_289/2009 du 9 septembre 2009 consid. 1.1; voir aussi les critiques de THOMAS HÄBERLI, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2e éd., 2011, no 249 ad art. 83 LTF, dans le même sens: ALAIN WURZBURGER, in: BERNARD CORBOZ et al., Commentaire de la LTF, 2009, n° 142 ad art. 83).
1.3 Au fond, il s'agit en l'espèce de savoir si la recourante satisfait à ses obligations en matière de diffusion de programme en transmettant des versions différenciées aux FST de sa zone. Conformément à la LRTV (art. 38 al. 1 et 38 al. 4 let. b LRTV), ces obligations sont déterminées par le mandat de prestations, dont l'étendue est fixée par la concession du 31 octobre 2008 (ci-après: la concession), ainsi que par le dossier de candidature et les documents complémentaires, qui sont contraignants en ce qui concerne le contenu et la nature de la diffusion ainsi que l'organisation et le financement du concessionnaire, et font partie intégrante de la concession (cf. art. 4 et 5 de la concession).
L'Office fédéral de la communication a octroyé cette concession de télévision régionale à X._ à l'issue d'une mise au concours publiée dans la Feuille fédérale le 4 septembre 2007, conformément à l'art. 45 LRTV, de sorte que l'art. 83 let. p LTF trouve application dans le cas d'espèce. Partant, le présent recours est irrecevable.
1.4 Le recours ne peut pas non plus être reçu comme recours constitutionnel subsidiaire, du moment que cette voie de droit n'est pas ouverte à l'encontre des arrêts du Tribunal administratif fédéral (cf. art. 113 LTF).
2. Au vu de ce qui précède, le recours est irrecevable. Assistée par un avocat, la recourante pouvait anticiper cette issue, malgré l'indication erronée des voies de droit par le Tribunal administratif.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Office fédéral de la Communication et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 5 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Cavaleri Rudaz