Faits:
A. Au mois de juin 2005, le Ministère public de la Confédération (ci-après: le MPC) a ouvert une enquête de police judiciaire pour blanchiment d'argent. Celle-ci a ensuite été étendue à des infractions de gestion déloyale des intérêts public et à des faux dans les titres. Elle est dirigée contre les anciens membres du conseil d'administration de la société tchèque B._, notamment C._, ainsi que contre les membres du conseil de surveillance de cette société, parmi lesquels D._. Entre 1997 et 2002, les inculpés auraient détourné les fonds de la société et les auraient utilisés pour acquérir le contrôle de la société, après sa privatisation. Les fonds détournés auraient ensuite été blanchis.
Le 2 octobre 2007, le MPC a ordonné le blocage du compte n° xxx détenu par la société A._ auprès de la banque X._ de Zurich, dont les ayants droit sont D._ et C._. Ces derniers étaient les ayants droit de B._ d'octobre 2003 à octobre 2004, par le biais d'entités appartenant au groupe E._. Au mois de mars 2005, ils avaient vendu leurs parts, notamment à deux autres inculpés. Un autre compte détenu par A._ a été saisi le 23 avril 2008.
Par ordonnance du 9 février 2009, le MPC a refusé de lever le séquestre du compte n° xxx. L'origine des fonds était notamment la vente des actions B._ et un montant total de 100 millions de francs provenait des comptes personnels de D._ et C._.
B. Par arrêt du 18 août 2009, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a admis la plainte formée par A._ et levé le séquestre du compte précité. La plainte était irrecevable en tant qu'elle concernait le séquestre d'un autre compte, non visé par la décision du 9 février 2009. Les conclusions tendant à l'ouverture d'une enquête administrative contre le MPC et à une interdiction de communiquer des éléments de l'enquête dépassaient aussi le cadre du litige. Sur le fond, la Cour des plaintes a considéré que la décision du 9 février 2009 était suffisamment motivée. Une poursuite en Suisse pour blanchiment d'argent était possible même si l'infraction préalable commise en République tchèque n'était pas un crime en droit tchèque, et indépendamment d'une poursuite dans cet Etat. La prescription n'était pas acquise. Toutefois, même si les ayants droit de A._ étaient effectivement D._ et C._, le président de la société ne faisait pas l'objet de l'enquête en cours. Le compte séquestré avait été approvisionné principalement entre juin 2006 et juin 2007, soit après les détournements au préjudice de B._, commis entre 1997 et 2002, et les actes présumés de blanchiment, effectués jusqu'en 2005. On ignorait pour quel montant les actions B._ avaient été rachetées par les autres inculpés au mois de mars 2005 et rien ne permettait d'affirmer que le produit de cette vente soit parvenu sur le compte séquestré, ouvert une année plus tard. Les fonds versés sur ce compte ne provenaient d'ailleurs pas seulement de la vente d'actions. Après quatre ans d'enquête, le MPC ne disposait pas d'éléments suffisants à l'appui du séquestre.
C. Par acte du 18 septembre 2009, le MPC forme un recours en matière pénale par lequel il demande l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et le maintien du séquestre, subsidiairement le renvoi de la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert l'effet suspensif.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt, en relevant qu'il appartenait au MPC de fournir suffisamment d'éléments propres à démontrer la nécessité de maintenir le séquestre.
A._ conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Elle demande préalablement que le rapport du Centre de compétence des experts économiques et financiers du MPC (CCEF) du 17 septembre 2009, produit à l'appui du recours, soit écarté de la procédure.
La demande d'effet suspensif a été admise par ordonnance présidentielle du 9 octobre 2009.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision de la Cour des plaintes relative au maintien ou à la levée d'une saisie d'un compte bancaire. Une telle mesure est en effet une mesure de contrainte au sens de l'art. 79 LTF.
1.1 La levée du séquestre est en outre susceptible de causer un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 LTF, puisque la libération des fonds en compromettrait, notamment une éventuelle confiscation. Le MPC a qualité pour agir conformément à l'art. 81 al. 2 LTF. Il a recouru dans le délai de trente jour prévu à l'art. 100 al. 1 LTF.
1.2 L'intimée demande que le rapport CCEF du 19 septembre 2009 soit écarté de la procédure. Il apparaît en effet que, même si elle porte sur des faits antérieurs au prononcé de l'arrêt attaqué et se fonde sur des documents figurant au dossier à disposition de la Cour des plaintes, la pièce produite par le MPC est nouvelle et, partant, irrecevable (art. 99 al. 1 LTF).
2. Le MPC se plaint d'une violation de son droit d'être entendu. Il reproche à la Cour des plaintes, d'une part, de ne pas lui avoir donné l'occasion de dupliquer et, d'autre part, d'avoir fondé sa décision sur des arguments qui n'étaient pas soulevés dans le recours de l'intimée. Par ailleurs, la Cour des plaintes aurait obtenu des documents auprès du Juge d'instruction fédéral, chargé de la cause depuis le mois de mars 2009, sans l'en tenir informé.
2.1 Le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 cst.) comprend le droit de prendre connaissance de toute prise de position soumise au tribunal et de se déterminer à ce propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux arguments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement. Ce droit vaut pour toutes les procédures judiciaires, y compris celles qui ne tombent pas dans le champ de protection de l'art. 6 par. 1 CEDH (ATF 133 I 100 consid. 4.6 p. 104). Toutefois, la partie qui estime devoir se déterminer sur les observations qui lui ont été communiquées à titre d'information doit en faire la demande sans délai, ou produire directement ses déterminations; si elle s'en abstient, elle est censée y avoir renoncé (ATF 133 I 98 consid. 2.2; 100 consid. 4.8 p. 105; 132 I 42 consid. 3.3.3 et 3.3.4 p. 47).
En l'occurrence, le MPC ne prétend pas qu'il aurait été empêché de produire des observations spontanées, s'il l'avait jugé utile. Il en aurait eu le temps puisque la réplique de l'intimée est datée du 23 mars 2009 et que l'arrêt a été rendu le 18 août 2009. L'instruction de la cause n'était manifestement pas achevée car le Juge d'instruction fédéral a été invité à présenter ses observations, et y a renoncé le 15 avril 2009. Il n'y a pas, dès lors, de violation du droit de répliquer. Au demeurant, le MPC ne soutient pas que la Cour des plaintes aurait tenu compte d'arguments de fait ou de droit présentés en réplique, sur lesquels il n'aurait pu s'exprimer. Au contraire, il apparaît que les conclusions nouvelles présentées dans la réplique ont toutes deux été déclarées irrecevables.
2.2 Le MPC ne saurait non plus reprocher à la Cour des plaintes d'avoir admis le recours sur la base d'arguments non soulevés par A._, voire sur la base de pièces figurant au dossier du Juge d'instruction fédéral. Comme l'admet le recourant lui-même, la Cour des plaintes dispose d'un plein pouvoir d'examen; elle n'est donc pas liée par les arguments soulevés. Le droit d'être entendu exige certes que le justiciable soit informé, dans certaines circonstances, lorsque l'autorité envisage de se fonder sur une norme ou un principe juridique, voire un fait qui n'a pas été évoqué et dont les parties ne pouvaient supputer la pertinence (ATF 115 Ia 92). En l'occurrence toutefois, l'application du principe de la spécialité et la démonstration de la provenance criminelle des fonds séquestrés sont des questions qui se posent inévitablement dans le cadre d'un séquestre pénal. La Cour des plaintes n'a donc pas violé le droit d'être entendu en se fondant sur des pièces réclamées auprès du Juge d'instruction fédéral et qui faisaient partie du dossier, puis en admettant le recours alors que celui-ci portait sur d'autres griefs qui ont au demeurant tous été écartés.
3. Sur le fond, le MPC se plaint d'une violation du droit fédéral et d'arbitraire dans la constatation des faits. Après avoir admis la compétence des autorités répressives suisses, le préjudice subi par B._, les présomptions de culpabilité et l'existence d'une enquête en République tchèque, la Cour des plaintes a considéré qu'il n'y avait pas de lien suffisant entre les infractions et le compte séquestré. Or, il serait établi qu'après avoir pris le contrôle de la société B._ au moyen de fonds détournés de cette société, D._ et C._ auraient vendu leur participation au mois de mars 2005, pour une valeur totale de 2'868'500'000 CZK. Leurs comptes personnels auraient servi au passage des fonds; en particulier, 9 versements seraient parvenus sur les comptes de A._. Les fonds de cette dernière proviendraient ainsi du produit de la vente des actions B._. La Cour des plaintes aurait aussi méconnu que l'activité de blanchiment se serait poursuivie après 2005, soit après la vente des actions.
3.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Dans le cadre d'un recours dirigé contre une mesure provisionnelle, le recourant ne peut critiquer la constatation des faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis en violation de droits fondamentaux, ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité, pratiquement, à l'arbitraire (cf. ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
3.2 Le séquestre pénal est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, l'arrêt attaqué est fondé sur l'art. 65 PPF, disposition selon laquelle peuvent être séquestrés les objets et les valeurs "qui feront probablement l'objet d'une confiscation". Comme cela ressort du texte de cette disposition, une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral. Une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines; en outre, l'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire, ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99; 103 Ia 8 consid. III/1c p. 13; 101 Ia 325 consid. 2c p. 327). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
3.3 L'arrêt attaqué retient que l'infraction de base préalable à l'infraction de blanchiment d'argent ne doit pas forcément être qualifiée de crime dans l'Etat où elle a été commise, et qu'il n'est pas non plus nécessaire que les personnes poursuivies en Suisse le soient aussi en République tchèque. Il apparaissait, selon une note du 10 septembre 2008 des autorités tchèques, que les représentants de B._ (à l'exception de l'un d'entre eux) faisaient l'objet d'une enquête pour abus de confiance qualifié, infraction non prescrite.
3.3.1 Dans sa réponse, l'intimée soutient que lors d'une réunion du 13 février 2009 avec les représentants des autorités tchèques, ceux-ci auraient fait savoir qu'il n'existait plus de poursuite à l'encontre des suspects. Le MPC aurait dissimulé ce fait. La pièce en question est une "note au dossier" du 19 février 2009, constituant un compte-rendu de la réunion du 13 février précédent, à Prague, entre une délégation du MPC et les autorités tchèques responsables de l'entraide judiciaire avec la Suisse. Cette réunion concernait essentiellement la collaboration entre les deux Etats. Selon les déclarations du procureur tchèque, une procédure pénale avait été ouverte à Most, mais avait été close en juillet 2008. Le procureur tchèque affirmait qu'à sa connaissance, aucune autre procédure n'avait été ouverte. Il ajoutait cependant que cette décision avait été prise par la police, faute de preuves suffisantes, et qu'une éventuelle dénonciation de la part des autorités suisses pourrait conduire à l'ouverture d'une nouvelle enquête.
La pièce sur laquelle s'appuie l'intimée ne démontre pas de façon catégorique que les autorités tchèques auraient définitivement renoncé à toute poursuite à l'encontre des anciens dirigeants de B._. Au demeurant, l'auteur d'une infraction de blanchiment est punissable lorsque l'infraction principale a été commise à l'étranger et lorsqu'elle est aussi punissable dans l'Etat où elle a été commise. Comme le relève la Cour des plaintes, il n'est nullement nécessaire que les personnes mises en cause en Suisse soient effectivement poursuivies en République tchèque. Dès lors, même s'il n'existe pas, en l'état, de poursuite dans l'Etat de commission de l'infraction principale, cela n'exclut pas une condamnation en Suisse pour blanchiment d'argent et, partant, une confiscation des fonds. Sur ce point, l'arrêt attaqué ne prête pas le flanc à la critique.
3.3.2 En revanche, il apparaît insoutenable de retenir, d'une part, que certains responsables de B._, notamment D._ et C._, pourraient avoir commis un détournement qualifié au préjudice de la société, et d'autre part que l'origine des fonds ne paraît pas suffisamment démontrée. La Cour des plaintes relève elle-même que, selon les indications de la banque, 170 millions de francs provenaient notamment de la vente d'actions d'une société minière en République tchèque, ce qui fait clairement référence à la société B._. D._ et C._ étant les ayants droit du compte séquestré, il paraît suffisamment vraisemblable que les fonds proviennent de leur activité délictueuse. Le fait que le directeur de la recourante ne soit pas lui-même soumis à l'enquête n'est pas déterminant, s'agissant précisément d'actes de blanchiment. De même, on ne saurait affirmer que les activités de blanchiment auraient cessé au-delà de 2005: les détournements au préjudice de cette société ont eu lieu de 1997 à 2002, et la vente des actions B._ en 2005. Dès cette date, tous mouvements des fonds et opérations destinées à en faire perdre la trace sont susceptibles de constituer un acte de blanchiment. Dès lors qu'il existe à ce stade des indices manifestement suffisants pour permettre le maintien du séquestre, l'arrêt attaqué apparaît arbitraire et doit être annulé.
3.4 L'intimée conteste que ses ayants droit puissent être poursuivis pour gestion déloyale, dans la mesure où les membres du conseil d'administration de B._ ne sont pas eux-mêmes poursuivis. Comme cela est relevé ci-dessus, il n'est pas démontré que les autorités tchèques aient définitivement renoncé à poursuivre les dirigeants de B._; par ailleurs, une absence de poursuite ne signifie pas qu'aucune infraction n'a été commise.
3.5 L'intimée conteste également la compétence répressive des autorités suisses, partant de la même prémisse erronée. Elle ne saurait d'ailleurs remettre en cause les considérations de la Cour des plaintes selon laquelle l'enquête en Suisse concerne des actes de blanchiment commis en Suisse, ce qui suffit pour fonder la compétence répressive des autorités de ce pays.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être admis. Selon l'art. 107 al. 2 LTF, dans un tel cas, le Tribunal fédéral peut soit statuer lui-même, soit renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. En l'occurrence, il apparaît que les arguments soulevés devant la Cour des plaintes doivent tous être écartés, de sorte que la plainte doit être rejetée et le séquestre maintenu. Conformément aux art. 67 et 68 al. 5 LTF, les frais et dépens de l'instance précédente doivent être fixés - et répartis - à nouveau: les frais, arrêtés par la Cour des plaintes à 2000 fr. (consid. 6.1 de l'arrêt attaqué), sont entièrement à la charge de l'intimée qui succombe, et il n'est pas alloué de dépens. Il en va de même pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 66 al. 1 et 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé; la plainte est rejetée et le séquestre du compte n° xxx auprès de la banque X._ est maintenu; les frais de la procédure devant la Cour des plaintes, arrêtés à 2000 fr., sont à la charge de A._; il n'est pas alloué de dépens.
2. Les frais judiciaires pour la procédure devant le Tribunal fédéral, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de l'intimée A._; il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des plaintes.
Lausanne, le 12 novembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz