Sachverhalt:
A. A.X._ (geb. 1980), Staatsangehöriger von Bosnien und Herzegowina, reiste am 22. Dezember 1998 in die Schweiz ein und stellte gleichentags ein Asylgesuch, welches mit Verfügung des Bundesamtes für Flüchtlinge (heute Bundesamt für Migration) am 14. September 1999 abgewiesen wurde. Am 20. Juli 2001 heiratete er die aus Serbien stammende, in der Schweiz niedergelassene B._, die am 27. November 2001 das Schweizer Bürgerrecht erhielt. Seit Mai 2006 ist A.X._ im Besitz einer Niederlassungsbewilligung. Am 11. Dezember 2006 kam die gemeinsame Tochter der Eheleute X._ zur Welt.
B. A.X._ ist in der Schweiz mehrfach straffällig geworden. Er wurde wie folgt verurteilt:
Am 4. Februar 2002 wegen Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz zu zehn Tagen Gefängnis, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren, und einer Busse von Fr. 700.--.
Am 24. Mai 2002 wegen erneuter Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz zu zehn Tagen Haft, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von einem Jahr, und einer Busse von Fr. 400.--.
Am 25. November 2005 (vom Kreisgericht XI Interlaken-Oberhasli) bzw. am 28. Juni 2006 (vom Obergericht des Kantons Bern als Berufungsinstanz) wegen Vergewaltigung, mehrfacher sexueller Nötigung, Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte sowie wegen mehrfacher Verletzung des Strassenverkehrsgesetzes durch vorsätzliches Vereiteln einer angeordneten Blutprobe sowie Führens eines Personenwagens ohne gültigen Führerausweis zu 24 Monaten Zuchthaus und einer unbedingt zu vollziehenden Landesverweisung von drei Jahren.
A.X._ trat den Strafvollzug am 7. September 2006 an. Am 7. September 2007 wurde er unter das Regime der Vollzugsprogressionsstufe "Electronic Monitoring (Backdoor Variante)" versetzt. Zwei Drittel der Strafe waren am 6. Januar 2008 verbüsst.
C. Das Amt für Migration und Personenstand des Kantons Bern (Migrationsdienst) verfügte am 22. Juni 2007 die Ausweisung von A.X._ auf unbestimmte Dauer und ordnete an, er habe die Schweiz nach Verbüssung seiner Strafe zu verlassen. Eine von A.X._ gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies die Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern mit Entscheid vom 14. November 2007 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern schützte am 2. Juni 2008 den abschlägigen Entscheid der Polizei- und Militärdirektion.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. Juli 2008 beantragen A._ und B.X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichtes des Kantons Bern vom 2. Juni 2008 aufzuheben. Es sei dem Beschwerdeführer die Ausweisung lediglich anzudrohen und ihm die Niederlassungsbewilligung zu "verlängern" (recte: zu belassen).
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern und das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Amt für Migration und Personenstand des Kantons Bern hat auf Vernehmlassung verzichtet.
E. Am 9. Juli 2008 hat der Abteilungspräsident der Beschwerde - antragsgemäss - aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2008 ist das Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20) in Kraft getreten. Massgebend für die Überprüfung der vorliegend streitigen, vor dem 1. Januar 2008 verfügten Ausweisung ist aber in analoger Anwendung von Art. 126 Abs. 1 AuG das bisherige Recht, nämlich das Bundesgesetz vom 26. Mai 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG).
1.2 Gegen die sich auf Art. 10 ANAG stützende Ausweisungsverfügung ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 83 lit. c Ziff. 4 BGG e contrario).
1.3 Zu diesem Rechtsmittel ist gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimiert, wer am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a), durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat (lit. c). Die beiden letztgenannten Voraussetzungen sind bei der Beschwerdeführerin erfüllt. Sie war aber nicht als Partei am vorinstanzlichen Rechtsmittelverfahren beteiligt und erfüllt somit im Gegensatz zu ihrem Ehemann die Legitimationsvoraussetzungen gemäss Art. 89 Abs. 1 lit. a BGG nicht. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2. Vorab erhebt der Beschwerdeführer formelle Rügen:
2.1 Er macht zunächst eine unvollständige bzw. qualifiziert falsche Feststellung des Sachverhalts geltend, weil die Vorinstanz vorhandene Akten mit entscheidrelevanten Inhalten - darunter eine Asylrückzugserklärung - nicht beigezogen und aktenwidrig behauptet habe, der Aufenthalt des Beschwerdeführers in Deutschland sei nicht belegt. Das Gericht habe dem Beschwerdeführer sodann unterstellt, noch über Kontakte im Heimatland zu verfügen. Ferner habe es die Konfession der Ehefrau übersehen und deren Sprachkenntnisse nicht überprüft. Schliesslich sei dem Beschwerdeführer unterstellt worden, sich erst nach seiner erstinstanzlichen Verurteilung für gemeinsame Kinder mit seiner Ehefrau entschlossen zu haben.
2.2 Die Rüge ist unbegründet: Wie das Verwaltungsgericht in seiner Vernehmlassung zu Recht ausführt, ist nicht ersichtlich, inwiefern die Umstände der Asylrückzugserklärung für das vorliegende Verfahren von Relevanz sein sollten. Angesichts der Wichtigkeit, die der Beschwerdeführer den Akten aus dem Asylverfahren und insbesondere der Asylrückzugserklärung nunmehr beimisst, ist - angesichts der dem Beschwerdeführer obliegenden Mitwirkungspflicht (vgl. dazu ausführlich BGE 130 II 482 E. 3.2 S. 486 sowie Urteil 2A.274/2003 vom 25. September 2003, E. 3.2) - nicht nachvollziehbar, wieso er davon abgesehen hat, diese Dokumente selber einzureichen oder deren vollständigen Beizug schon im kantonalen Verfahren zu beantragen. Gleiches gilt auch für den Bericht der Universitären Psychiatrischen Dienste vom 23. Dezember 1999. Wie der Beschwerdeführer selber einräumt, erhellt dieses Dokument seine psychischen Probleme in jener Zeit (1999) und die Hintergründe hiezu, so dass nicht ersichtlich ist, inwiefern dieses Dokument für den Ausgang dieses Verfahrens entscheidend sein sollte.
Was den Aufenthalt in Deutschland betrifft, findet sich in den Vorakten des Migrationsamts, im Anhörungsprotokoll für Asylbewerber vom 6. April 1999 sowie im Schreiben des Bundesamtes für Flüchtlinge vom 6. April 1999 der Hinweis, dass der Beschwerdeführer eine Fotokopie des Ausnahmevisums, ausgestellt in Freilassing am 7. August 1992, sowie eine Fotokopie der Begleitkarte des Roten Kreuzes eingereicht habe. Diese Unterlagen - wie auch das Telefax-Dokument des Bundesgrenzschutzamtes Weil am Rhein vom 19. Januar 1999 (wonach der Beschwerdeführer vom 6. Mai 1997 bis zum 31. Oktober 1998 in Besitz einer Duldung für die Bundesrepublik Deutschland war) - stellen indessen keinen Beleg für einen dauerhaften Aufenthalt in Deutschland für die Zeit von 1992 bis 1998 dar. Erst die im bundesgerichtlichen Verfahren neu vorgelegten Schulzeugnisse der Jahre 1992 bis 1998 weisen einen solchen nach. Mit Blick auf seine Mitwirkungspflicht hätte es dem Beschwerdeführer indessen schon vor den kantonalen Behörden obgelegen, die genannten Dokumente einzureichen, so dass die Schulzeugnisse im vorliegenden Verfahren unbeachtlich sind, ganz abgesehen davon, dass sie ohnehin nicht geeignet wären, am Ausgang des Verfahrens etwas zu ändern (vorne E. 1.4).
Weiter besteht auch kein Grund, von der Sachverhaltsdarstellung des Verwaltungsgerichts bezüglich der Kontakte des Beschwerdeführers zu seinem Heimatland, der Religionszugehörigkeit und Sprachkenntnisse der Ehefrau sowie in Bezug auf den Entschluss der Ehegatten zur Zeugung von Kindern abzuweichen. Die in diesem Zusammenhang eingereichten neuen Beweismittel (vgl. S. 6 der Beschwerdeschrift), die im Übrigen aufgrund der den Beschwerdeführer treffenden Mitwirkungspflicht schon im kantonalen Verfahren einzureichen gewesen wären, sind unbeachtlich. Als unzulässige Noven (Art. 99 Abs. 1 BGG) unberücksichtigt bleiben auch die übrigen dem Bundesgericht eingereichten Dokumente über den Geschäftsgang der Firma bzw. über den aktuellen Gesundheitszustand des Beschwerdeführers (vorne E. 1.4).
2.3 Der Beschwerdeführer beanstandet sodann, sein Anspruch auf rechtliches Gehör sei verletzt worden, weil die Vorinstanz seinen Beweisantrag auf Einvernahme der Ehefrau abgewiesen habe.
2.4 Nach der Rechtsprechung kann das Gericht das Beweisverfahren schliessen, wenn Beweisanträge eine nicht erhebliche Tatsache betreffen oder offensichtlich untauglich sind oder wenn es aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offensichtlichen Versehen beruht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 130 II 425 E. 2.1 S. 428; 124 I 208 E. 4a S. 211).
Vorliegend hatte das Verwaltungsgericht von einer persönlichen Einvernahme der Ehefrau abgesehen, im Wesentlichen mit der Begründung, sämtliche massgeblichen Beweismittel befänden sich in den Akten und entscheidrelevante, stark persönlichkeitsbezogene Aspekte, welche einzig durch eine persönliche Befragung aufgehellt werden könnten, seien nicht auszumachen. Diese Würdigung erscheint vertretbar, zumal die Ehefrau in einem Schreiben vom 11. Juli 2007 ihre persönliche Sicht der Dinge ausführlich dargelegt hatte und sie sich auch durch ihren anwaltlich vertretenen Ehemann mittelbar Gehör verschaffen konnte. Der Verzicht auf die persönliche Einvernahme der Ehegattin stellt daher keine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar.
3. 3.1 Die Niederlassungsbewilligung erlischt mit der Ausweisung (Art. 9 Abs. 3 lit. b ANAG). Nach Art. 10 Abs. 1 lit. a ANAG kann ein Ausländer ausgewiesen werden, wenn er wegen eines Verbrechens oder Vergehens gerichtlich bestraft wurde. Dieser Ausweisungsgrund ist vorliegend erfüllt (vorne lit. B).
3.2 Jede Ausweisung setzt eine Interessenabwägung voraus; sie muss nach den gesamten Umständen angemessen, d.h. verhältnismässig sein (Art. 11 Abs. 3 ANAG; BGE 134 II 1 S. 3 E. 2.2; 120 Ib 6 E. 4a S. 12). Dabei sind namentlich die Schwere des Verschuldens des Betroffenen, die Dauer seiner Anwesenheit in der Schweiz sowie die ihm und seiner Familie drohenden Nachteile zu berücksichtigen (Art. 16 Abs. 3 ANAV). Wird durch die Ausweisung - wie hier - die weitere Pflege familiärer Beziehungen im Sinne von Art. 8 Ziff. 1 EMRK beeinträchtigt, ist im Rahmen der Interessenabwägung nach Art. 8 Ziff. 2 EMRK der Art und Dauer dieser Beziehungen sowie den Nachteilen Rechnung zu tragen, welche dem Ehepartner bzw. weiteren Angehörigen erwachsen würden, müssten sie dem Betroffenen ins Ausland folgen (Urteil des EGMR i.S. Boultif gegen Schweiz vom 2. August 2001, Recueil CourEDH 2001-IX S. 137, Ziff. 48).
3.3 Ausgangspunkt für die Interessenabwägung gemäss Art. 11 Abs. 3 ANAG ist das Verschulden des Ausländers. Dieses findet vorab im vom Strafrichter verhängten Strafmass seinen Ausdruck. Dabei sind umso strengere Anforderungen an die Schwere des strafrechtlichen Verschuldens zu stellen, je länger ein Ausländer in der Schweiz gelebt hat. Aber selbst bei in der Schweiz geborenen Ausländern der "zweiten Generation" ist die Ausweisung zulässig, wenn der Ausländer besonders schwere Gewalt-, Sexual- oder Betäubungsmitteldelikte begangen oder wiederholt schwer delinquiert hat (vgl. dazu BGE 130 II 176 E. 4.2-4.4 S. 185 ff.; BGE 129 II 215 E. 3.2 S. 216 f.). Unter Berücksichtigung aller entscheidenden Umstände kann dabei schon eine einzige Verurteilung wegen einer besonders schwerwiegenden Straftat zur Ausweisung führen. Diese Massnahme erscheint aber insbesondere dann geboten, wenn der Ausländer, statt sich zu bessern, mit der deliktischen Tätigkeit fortfährt und sich namentlich immer schwerere Straftaten zuschulden kommen lässt. Was den Gesichtspunkt der Rückfallgefahr betrifft, kommt diesem ausserhalb des Geltungsbereichs des Freizügigkeitsabkommens nicht vorrangige Bedeutung zu und muss im Zusammenhang mit Gewaltdelikten selbst ein Restrisiko nicht hingenommen werden (zum Ganzen: BGE 130 II 176 E.4.2 bis 4.4 S. 185 ff.; 129 II 215 E.3.2 S. 216 f.; 125 II 105 E. 2c S. 109 f, 521 E. 2b S. 523 f. und E. 4a/bb S. 527 f.; 122 II 433 E. 2b und c und E. 3 S. 436 ff.).
Da der Beschwerdeführer sich mehrere, immer schwerwiegendere Sexualdelikte nach lediglich zwei Jahren Anwesenheit in der Schweiz zuschulden kommen liess (vgl. S. 11 f. des angefochtenen Urteils) und er sich zu einem Zeitpunkt vermählt hatte (20. Juli 2001), in welchem er bereits straffällig geworden war, ist sodann von der so genannten Zweijahresregel auszugehen: Beim ausländischen Ehegatten eines Schweizer Bürgers, der erstmals um eine Aufenthaltsbewilligung ersucht oder nach bloss kurzer Aufenthaltsdauer deren Erneuerung beantragt, nimmt das Bundesgericht in ständiger Rechtsprechung an, dass die Grenze, von der an in der Regel selbst dann keine Bewilligung mehr erteilt bzw. eine Ausweisung ausgesprochen wird, wenn dem schweizerischen Ehepartner die Ausreise nicht oder nur schwer zumutbar erscheint, bei einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren liegt. Es bedarf in solchen Fällen aussergewöhnlicher Umstände, um die Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung noch zu rechtfertigen (sog. Reneja-Praxis, BGE 110 Ib 201). Bei der Limite von zwei Jahren handelt es sich allerdings nur um einen Richtwert und nicht um eine feste Grenze (BGE 130 II 176 E. 4.1 S. 185 mit Hinweisen).
Vorliegend erreicht die ausgefällte Zuchthausstrafe von 24 Monaten die erwähnte Limite und der Beschwerdeführer weilte bis zur Begehung der - immer schwerer wiegenden - Sexualdelikte erst relativ kurze Zeit in der Schweiz. Sein Verschulden wurde strafrechtlich zudem als insgesamt erheblich eingestuft (Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 28. Juni 2006 S. 52 f.). Es besteht hier weder Raum noch Anlass, die Beurteilung des Strafgerichts in Bezug auf das Verschulden zu relativieren.
3.4 Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, er sei kein regelmässiger Mehrfachdelinquent, ist ihm entgegen zu halten, dass er wegen mehrerer, unabhängig voneinander begangener Straftaten verurteilt wurde. Besonders schwerwiegend ist in diesem Zusammenhang, dass der Beschwerdeführer sich innert eines Jahres immer schwerwiegendere sexuelle Gewalttaten gegen seine ehemalige Freundin zu Schulden kommen liess, denen eine inakzeptable Geringschätzung ihres Selbstbestimmungsrechtes sowie ihrer körperlichen und seelischen Integrität zugrunde lag. Erschwerend fällt auch ins Gewicht, dass der Beschwerdeführer zwei Jahre nach der Begehung der Vergewaltigung erneut straffällig wurde, indem er sich der Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz schuldig machte. Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer zwei, wenn auch nicht sehr gravierende Vorstrafen (je 10 Tage Haft bzw. Gefängnis bedingt) wegen Verkehrsdelikten erhielt, die zeigen, dass er schon früher Mühe hatte, sich rechtskonform zu verhalten.
Im Übrigen wäre für eine Ausweisung eine mehrfache oder regelmässige Delinquenz nicht zwingend erforderlich (vgl. E. 3.3), zumal es sich beim Beschwerdeführer nicht um einen Ausländer handelt, der ausgesprochen lange hier gelebt hat; er ist erst Ende 1998 in die Schweiz eingereist. Wie die Vorinstanz zu Recht erwog, ist seine Aufenthaltsdauer mit Blick auf seinen Aufenthaltsstatus bis Mitte 2001, den vom September 2006 bis Januar 2008 dauernden Strafvollzug sowie aufgrund der Tatsache, dass er bereits zwei Jahre nach der Einreise straffällig wurde, stark zu relativieren (vgl. BGE 134 II 10 S. 23 ff. E. 4.2-4.4.). Von einer langen Anwesenheitsdauer im Sinne der genannten Rechtsprechung, die den Beschwerdeführer in die Nähe von Ausländern der "zweiten Generation" rücken würde, kann nicht entfernt gesprochen werden.
3.5 Das Verwaltungsgericht hat sich eingehend mit der Rückfallgefahr auseinandergesetzt und ist zum Schluss gekommen, dass eine solche bezüglich sämtlicher begangener Deliktskategorien nicht von der Hand zu weisen sei. Mit der Vergewaltigung liege eine sehr schwere Rechtsgüterverletzung vor, so dass selbst ein Restrisiko nicht hinzunehmen sei. Da sich der Beschwerdeführer bis anhin für Reue unzugänglich erweise, könne ein Restrisiko nicht ausgeschlossen werden. Diese Wahrscheinlichkeit, dass der Beschwerdeführer erneut delinquiere, genüge in fremdenpolizeilicher Hinsicht, um die Rückfallgefahr zu bejahen. Überdies sei in Anbetracht des schlechten automobilistischen Leumundes und seines zwiespältigen Verhaltens eine Rückfallgefahr auch hinsichtlich der anderen Delikte zu bejahen.
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Einschätzung der Vorinstanz, dass eine Rückfallgefahr nicht ausgeschlossen werden könne, Bundesrecht verletzen sollte. Soweit der Beschwerdeführer den Umstand ins Feld führt, dass seit der Haupttat schon sechs Jahre vergangen und der Strafvollzug abgeschlossen sei, ist ihm entgegenzuhalten, dass dem Wohlverhalten in Unfreiheit praxisgemäss nur untergeordnete Bedeutung zukommt (BGE 114 Ib 1 E. 3b S. 5). Die Tatsache, dass ein Ausländer im Strafvollzug zu keinen Klagen Anlass gegeben hat, resp. in den erleichterten Vollzug ("Electronic Monitoring") versetzt wurde, genügt für sich alleine nicht, um eine Rückfallgefahr auszuschliessen (vgl. Urteil 2A.431/2006 vom 14. September 2006 E. 3.2). Die geltend gemachte bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug bildet bei der Verbüssung von Freiheitsstrafen den Normalfall; der Beschwerdeführer vermag daraus fremdenpolizeilich nichts zu seinen Gunsten abzuleiten (Urteil 2C_32/2008 vom 25. April 2008 E. 2.3). Die mehrfachen sexuellen Übergriffe auf seine ehemalige Freundin wie auch die gegenüber den Polizisten ausgestossenen Drohungen gegen Leib und Leben bringen deutlich seine Gewaltbereitschaft zum Ausdruck. Soweit es hier - mit Blick auf die Schwere der begangenen Delikte und des damit verbundenen Verschuldens (BGE 122 II 433 E. 2c S. 436) - überhaupt noch auf eine Rückfallgefahr ankommt, kann angesichts der schwerwiegenden Folgen der Taten selbst ein geringes Risiko nicht hingenommen werden.
Die Rüge, eine Bejahung der Rückfallgefahr verletze die Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV), geht fehl, da dem Beschwerdeführer damit kein Vorwurf künftiger Straftaten gemacht, sondern lediglich das Risiko weiterer Delinquenz abgeschätzt wird (Urteil 2C_319/2008 vom 10. Juni 2008 E. 2). Auch der Vorwurf, die Ausweisung ohne vorangegangene Verwarnung sei unverhältnismässig, entbehrt der Grundlage. Wie die Vorinstanz zu Recht darlegt, kann bereits eine einzelne Verurteilung wegen einer besonders schweren Straftat, wie sie vom Beschwerdeführer verübt wurde, zu einer Ausweisung führen (vgl. vorne E. 3.3 und Urteil 2C_70/2007 vom 2. Mai 2007, E. 2.1).
4. 4.1 An der Entfernung und Fernhaltung des Beschwerdeführers besteht somit ein grosses sicherheitspolizeiliches Interesse. Diesem sind die privaten Interessen des Betroffenen an einem weiteren Verbleib in der Schweiz gegenüberzustellen.
4.2 Der Beschwerdeführer ist Ende 1998 im Alter von 18 Jahren als Asylbewerber aus Bosnien in die Schweiz eingereist, nachdem er zuvor in Deutschland gewesen war. Nach eigenen Angaben hat er bis zum Alter von 12 Jahren in Bosnien gelebt und somit einen grossen Teil seiner Kindheit in seiner Heimat verbracht. Seit Sommer 2001 ist er mit einer Schweizerin serbischer Herkunft verheiratet. Die Ehe, der mittlerweile eine Tochter entsprossen ist, ist intakt. Auch pflegen der Beschwerdeführer und seine Gattin engen Kontakt mit den Schwiegereltern. Beruflich hat er sich mit dem Aufbau der A._ Armierungen GmbH etabliert. Wie das Verwaltungsgericht zu Recht festgehalten hat, kann den Akten entnommen werden, dass sich der Beschwerdeführer sowohl beruflich als auch privat vorwiegend im Kreise von Landsleuten oder Personen aus seinem Sprachraum bewegt. Von einem Aufbau eines besonders ausgeprägten sozialen Beziehungsnetzes oder einer kulturellen Verwurzelung in der Schweiz kann daher nicht die Rede sein. Immerhin hat die Vorinstanz die soziale und wirtschaftliche Integration des Beschwerdeführers als "gut" eingestuft.
4.3 Die Nachteile, welche die Ausweisung für den Beschwerdeführer und seine in der Schweiz lebende Familie hat, sind gewichtig, was auch das Verwaltungsgericht nicht übersehen hat. Die Ehefrau und die Tochter, bei denen er seit seiner Entlassung aus dem Strafvollzug wieder wohnt, leben in der Schweiz. Das Verwaltungsgericht erwog, dass die Übersiedlung nach Bosnien und Herzegowina insofern mit Schwierigkeiten verbunden sein könnte, als die Ehefrau seit ihrem dritten Lebensjahr in der Schweiz lebe und sich somit auch in der schweizerischen Kultur heimisch fühlen dürfte. Immerhin stamme sie ursprünglich aus dem selben Sprachraum, spreche eine der dort verbreiteten Sprachen und bewege sich im Rahmen ihrer Mitarbeit in der Firma des Beschwerdeführers im selben Kreis wie ihr Mann. Ferner erwog das Gericht, die Eheleute hätten in Kenntnis des erstinstanzlichen Urteils des Kreisgerichts XI Interlaken-Oberhasli XI und damit im Wissen darum, dass sie ihr Familienleben nicht mit Sicherheit in der Schweiz würden führen können, ein Kind gezeugt. Dieses befinde sich noch in einem anpassungsfähigen Alter, weshalb ihm grundsätzlich zugemutet werden könnte, seinen Eltern ins Ausland zu folgen. Letztlich hat es die Vorinstanz offen gelassen, ob die Übersiedlung der Ehefrau und Tochter in die Heimat des Beschwerdeführers zumutbar sei.
4.4 In der Tat ist nicht zu verkennen, dass eine Übersiedlung der Ehefrau in die Heimat des Beschwerdeführers mit etlichen Schwierigkeiten verbunden wäre. Indessen spricht die Gattin, wie der Beschwerdeführer vor der Vorinstanz selber ausgeführt hat, "eine der dort verbreiteten Sprachen". Auch stammt ihre Familie ursprünglich wie der Beschwerdeführer aus dem ehemaligen Jugoslawien. Was die Konfession der Ehefrau betrifft, so kann einer vom Beschwerdeführer im Beschwerdeverfahren vor der Polizei- und Militärdirektion eingereichten Länderbeschreibung entnommen werden, dass in Bosnien und Herzegowina Einwohner verschiedener Glaubensrichtungen ansässig sind, unter anderem Muslime (47 %), Serbisch-Orthodoxe (31,4 %) und Katholiken (ca. 17,3 %). Insofern scheinen religiöse Gründe einer Ausreise nicht zwingend entgegenzustehen, auch wenn die Ehefrau als ursprüngliche Serbin einem anderen Kulturkreis als demjenigen ihres Ehemannes entstammt. Wie die Vorinstanz zu Recht erwog, kann der Beschwerdeführer aus dem Umstand, dass seine Tochter Schweizerin ist, nichts zu seinen Gunsten ableiten, zumal das Kind in einem Zeitpunkt gezeugt wurde, als die Eheleute aufgrund der erstinstanzlichen Verurteilung des Kreisgerichtes XI Interlaken-Oberhasli - unter anderem zu einer unbedingt vollziehbaren Landesverweisung, vgl. vorne lit. A - nicht mehr ohne weiteres davon ausgehen durften, dass sie ihr Familienleben weiterhin in der Schweiz würden führen können. Ob die Übersiedlung der Ehefrau und der Tochter nach Bosnien und Herzegowina letztlich zumutbar ist, kann indessen offen bleiben, zumal sich angesichts der Schwere der begangenen Delikte und des Verschuldens die Ausweisung des Beschwerdeführers selbst dann rechtfertigen lässt, wenn er dadurch von seiner Ehefrau und seiner Tochter getrennt würde.
Die Argumentation der Vorinstanz, wonach dem Beschwerdeführer bei der Wiedereingliederung seine Berufserfahrungen helfen würden, erscheint ebenfalls vertretbar. Er mag zwar in seiner Heimat kein Beziehungsnetz mehr haben, weshalb für ihn eine Rückkehr dorthin mit Härten verbunden ist. Umgekehrt hat ihn sein familiäres Umfeld in der Schweiz bereits bisher nicht davon abhalten können, massiv straffällig zu werden.
5. Insgesamt erweist sich die vom Verwaltungsgericht vorgenommene umfassende Interessenabwägung (Art. 11 Abs. 3 ANAG) als bundesrechtskonform. Der Ausweisung des Beschwerdeführers steht auch der in Art. 8 Ziff. 1 EMRK (und Art. 13 BV) verankerte Anspruch auf Achtung des Familien- und Privatlebens nicht entgegen. Zwar hat der Beschwerdeführer aufgrund der gelebten Beziehung zu seiner Ehefrau und seiner Tochter gestützt auf Art. 8 Ziff. 1 EMRK grundsätzlich einen Anspruch auf Aufenthalt in der Schweiz (vgl. BGE 129 II 215 E. 4.1 S. 218, mit Hinweis); im vorliegenden Fall ist aber ein Eingriff in das Recht auf Achtung des Privat- und Familienlebens gemäss Ziff. 2 dieser Bestimmung gerechtfertigt: Er stützt sich auf Art. 10 ANAG und verfügt damit über eine gesetzliche Grundlage im Landesrecht. Er bezweckt die Aufrechterhaltung der hiesigen Ordnung sowie die Verhinderung weiterer strafbarer Handlungen und verfolgt öffentliche Interessen, die in Art. 8 Ziff. 2 EMRK ausdrücklich genannt sind; schliesslich hält der Eingriff der Verhältnismässigkeitsprüfung im Sinne von Art. 11 Abs. 3 ANAG, bei welcher die familiären Verhältnisse und damit grundsätzlich auch der Aspekt von Art. 8 EMRK vollumfänglich miteinbezogen werden, stand (vgl. BGE 125 II 521 E. 5 S. 529). Zu einer blossen Androhung der Ausweisung besteht daher kein Anlass.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Amt für Migration und Personenstand, der Polizei- und Militärdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2008
Im Namen der II. Öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Klopfenstein