Fatti:
A. Il 21 dicembre 2001 la A._SA ha concesso alla B._Srl - in precedenza C._Srl - una licenza per l'uso e lo sfruttamento economico non esclusivo durante 20 anni della tecnologia VIDEO M-DOC. Il contratto prevedeva un corrispettivo di US$ 850'000.-- suddiviso in tre rate e delle royalties. La B._Srl ha pagato la prima rata di US$ 340'000.-- entro la scadenza pattuita.
Nel gennaio 2002 il Ministero pubblico del Cantone Ticino, nell'ambito di un procedimento penale a carico di diverse persone sospettate di avere perpetrato dei reati contro il patrimonio, ha disposto la perquisizione e il sequestro di documenti e averi della A._SA, compreso il primo acconto versato dall'attrice presso D._ di X._. In seguito a questo blocco la A._SA non è più stata in grado di adempiere i propri obblighi contrattuali. Il 14 marzo 2002 la B._Srl ha pertanto risolto il contratto con effetto immediato e ha chiesto la restituzione di US$ 340'000.--. L'altra parte ha accettato la risoluzione del contratto; ne ha però contestato i motivi obiettando che le inadempienze non potevano essere ricondotte a sua colpa e ha rifiutato ogni pretesa di risarcimento.
B. Con petizione del 13 novembre 2002 B._Srl ha chiesto al Pretore di Mendrisio Nord di condannare A._SA a pagarle fr. 507'824.--, corrispondenti alla somma di US$ 340'000.-- al cambio di quel momento, oltre agli interessi al 5 % a decorrere dal 12 aprile 2002. La domanda è stata ridotta a fr. 254'658.80 in sede di conclusioni a seguito di un pagamento avvenuto grazie al dissequestro parziale della relazione bancaria.
Il Pretore ha accolto la petizione con sentenza del 3 novembre 2008, condannando la convenuta a pagare fr. 254'658.80 oltre agli interessi del 5 % dal 1° dicembre 2003, più fr. 33'541.40 d'interessi arretrati.
C. La A._SA ha impugnato tale decisione con appello del 21 novembre 2008 davanti alla II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino.
La massima istanza ticinese si è pronunciata con sentenza del 17 agosto 2009. Ha confermato con motivazione diversa il giudizio del Pretore ma, in riforma parziale del dispositivo, ha inserito la facoltà della convenuta di estinguere il debito residuo anche nella valuta fissata nel contratto, ovvero mediante il pagamento di US$ 176'389.--.
D. Il 21 settembre 2009 la A._SA è insorta davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile. Chiede, oltre alla concessione dell'effetto sospensivo, che la petizione della B._Srl sia respinta e che spese e ripetibili di prima e seconda istanza siano poste a suo carico; in via subordinata postula l'annullamento della sentenza impugnata e il rinvio della causa all'autorità cantonale per nuova decisione nel senso dei considerandi.
B._Srl propone di respingere il ricorso. L'autorità cantonale non ha preso posizione.
Al ricorso è stato riconosciuto effetto sospensivo con decreto presidenziale del 20 ottobre 2009.
La Corte ha deliberato con udienza pubblica del 25 maggio 2010.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere la propria competenza e l'ammissibilità del rimedio (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 212 consid. 1 pag. 216 con rinvii).
1.1 Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte parzialmente soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso è ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
1.2 Il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF), tenuto però conto dell'obbligo minimo di allegazione e motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (DTF 134 III 102 consid. 1.1 pag. 104). Esso non è vincolato alla motivazione del giudizio cantonale: può accogliere o respingere un ricorso per motivi diversi operando, nella seconda eventualità, una cosiddetta sostituzione dei motivi (DTF 133 III 545 consid. 2.2). Le esigenze di motivazione sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale. Il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.2).
1.3 In linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene o completarli solo se l'accertamento è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF). Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (DTF 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF.
1.4 Qualora sia lamentata la violazione del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.) non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata opponendovi semplicemente la propria opinione, come in una procedura d'appello, ma occorre dimostrare che essa è manifestamente insostenibile con un'argomentazione chiara e dettagliata (DTF 134 II 244 consid. 2.2; 133 III 638). Per di più, trattandosi dell'apprezzamento delle prove o dell'accertamento dei fatti in genere, il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale. Chi invoca l'arbitrio deve pertanto dimostrare che la sentenza impugnata ha misconosciuto il senso e la portata di un mezzo di prova, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretando questi in modo insostenibile (DTF 129 I 8 consid. 2.1 e rif.).
2. L'autorità cantonale ha preliminarmente respinto gli argomenti con i quali la ricorrente pretendeva di sospendere la causa civile in attesa delle risultanze dell'istruttoria penale. In seguito, posto che il contratto di licenza sottoscritto dalle parti prevedeva l'applicazione del diritto italiano e conteneva una clausola arbitrale, ha constatato che le parti vi hanno rinunciato, accettando di comparire davanti al Pretore e invocando il diritto svizzero.
Il primo giudice aveva in effetti applicato le norme degli art. 107 segg. CO sulla mora del debitore. Il Tribunale di appello si è scostato da tale motivazione, perché l'attrice non si era prevalsa di quelle norme e la risoluzione del contratto era avvenuta con effetto immediato, senza essere preceduta da una messa in mora. Rifacendosi alla giurisprudenza e alla dottrina concernenti la risoluzione dei contratti di lunga durata (Dauerverträge) essa è giunta alla conclusione che la dichiarazione di volontà espressa dall'attrice il 14 marzo 2002 è una disdetta per motivi gravi del contratto di licenza, con effetto formatore ex nunc. Passando alle conseguenze la Corte ticinese ha osservato - sempre riferendosi alle regole sui Dauerverträge - che il risarcimento presuppone di regola la colpa e che la parte che ha rescisso il contratto ha l'opzione tra l'interesse positivo o negativo; nondimeno, qualora i gravi motivi non siano colposi, la parte che si avvale della rescissione ha diritto al risarcimento se l'assenza d'indennizzo caricherebbe in modo iniquo sulle sue spalle i rischi del rapporto contrattuale. Nel caso in esame, secondo la Corte cantonale, entrambe le ipotesi sono realizzate, perché d'un canto l'attrice è completamente estranea alla vicenda penale, dall'altro la convenuta non ha dimostrato di essere esente da colpa, che in materia contrattuale è presunta. Essa deve di conseguenza risarcire all'attrice il danno, costituito dall'acconto pagato diminuito del rimborso parziale già intervenuto.
3. La convenuta lamenta un accertamento arbitrario dei fatti laddove i giudici ticinesi hanno stabilito che il procedimento penale le ha impedito di dare seguito ai suoi obblighi contrattuali; obietta in particolare che l'ordine di perquisizione e di sequestro non ha colpito i brevetti concessi in licenza né la documentazione e il materiale tecnico di supporto.
La censura è infondata. L'atto di sequestro, citato anche nella sentenza impugnata, ha colpito "tutti gli oggetti rinvenuti che potessero avere importanza per l'istruzione del processo, sia come mezzi di prova, sia perché soggetti a confisca o a devoluzione allo Stato; in particolare, ogni documento inerente [ai] rapporti commerciali trattati nell'interesse del Gruppo E._". Non è certamente arbitrario dedurre da questo atto che sono stati sequestrati anche i mezzi per adempiere il contratto di licenza, come ha accertato l'autorità cantonale.
Per il resto le critiche ai fatti con le quali la ricorrente nega che il sequestro penale abbia ostacolato l'adempimento del contratto, sostenendo anche che l'attrice non è estranea a quel procedimento, si esauriscono nella presentazione di una propria versione degli avvenimenti. Esse non rispettano le esigenze di motivazione ricordate sopra (consid. 1.4).
4. In diritto l'atto di ricorso è scarno. Se ne desume nondimeno che la convenuta contesta in primo luogo l'adempimento dei presupposti di una disdetta per motivi gravi.
4.1 I giudici ticinesi, come detto, hanno accertato in modo vincolante per il Tribunale federale che, in seguito all'ordine di sequestro del 21 gennaio 2002, la convenuta non è più stata in grado di adempiere la sua prestazione e che di conseguenza il contratto è stato disdetto con atto unilaterale formatore dell'attrice. La convenuta non contesta queste considerazioni, se non con le critiche ai fatti che sono state respinte o dichiarate inammissibili nel considerando che precede. Sostiene invece che, avendo accettato la disdetta, il contratto è stato sciolto consensualmente.
Così stando le cose, essendo cioè pacifica la decadenza del contratto, non è necessario esaminare la fattispecie sotto l'angolo della disdetta per motivi gravi di un rapporto contrattuale di lunga durata: la sentenza del Tribunale d'appello può essere confermata per altri motivi.
4.1.1 Giusta l'art. 102 CO, se l'obbligazione è scaduta, il debitore è costituito in mora mediante l'interpellazione del creditore (cpv. 1). Quando il giorno dell'adempimento sia stato stabilito o risulti determinato da una disdetta preventivamente convenuta o debitamente fatta, il debitore è costituito in mora per il solo decorso di detto giorno (cpv. 2). Giurisprudenza e dottrina ritengono inoltre, per analogia con l'art. 108 n. 1 CO, che l'interpellazione non sia necessaria ogniqualvolta appaia iniquo esigerla poiché il comportamento del debitore o altre circostanze rendono tale formalità inutile secondo le regole della buona fede (DTF 110 II 141 consid. 1b pag. 143 seg.; 97 II 58 consid. 5 e 6 pagg. 64-65; 94 II 26 consid. 3a pag. 32; Rolf H. Weber, in: Berner Kommentar, 2000, n. 11 e 13 ad art. 108 CO; Andreas Thier, in: Honsell [a cura di], Kurzkommentar OR, 2008, n. 5 ad art. 102 CO; Furrer/Wey, in: Marc Amstutz et al. [a cura di], Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 2008, n. 7 ad art. 108 CO).
Gli accertamenti vincolanti dell'autorità cantonale dicono che il sequestro penale aveva precluso alla convenuta la capacità di adempiere il contratto. In tali circostanze tanto l'interpellazione quanto l'assegnazione di un termine per l'adempimento tardivo sarebbero stati inutili, per cui l'opponente, giusta l'art. 107 cpv. 2 in combinazione con l'art. 108 cifra 1 CO, aveva il diritto di recedere immediatamente dal contratto e l'art. 109 cpv. 1 CO gli permette ora di ripetere la somma versata.
4.1.2 La Corte ticinese non ha considerato gli art. 107 segg. CO per il motivo che l'opponente non se ne è avvalsa. È tuttavia compito del giudice individuare la norma che si attaglia alla fattispecie, a condizione che ne siano stati allegati e provati i presupposti fattuali (il principio iura novit curia è sancito anche dall'art. 87 cpv. 1 CPC/TI). Nel caso in esame è accertato che la prestazione della convenuta non poteva più essere fornita entro un termine ragionevole dopo il sequestro penale e che l'attrice aveva dichiarato in modo inequivocabile di recedere dal contratto, atto che la convenuta aveva d'altronde accettato nel suo principio: ciò basta per l'applicazione delle norme suddette.
4.2 Ne viene che nel risultato la sentenza del Tribunale d'appello rispetta il diritto federale e va confermata, per sostituzione dei motivi (cfr. consid. 1.2), senza che sia necessario ricorrere alle regole, un poco più complesse, sulla rescissione dei rapporti giuridici di lunga durata e sulle conseguenze che ne derivano. Esse potrebbero essere di rilievo se la convenuta volesse trattenere una parte dell'acconto litigioso quale retribuzione delle prestazioni che potrebbe avere eseguito. Questo tema, tuttavia, non si pone, perché la convenuta non ha mai fatto valere pretese di questo genere e il Tribunale di appello medesimo ha accertato che al momento della risoluzione essa "non aveva ancora offerto nessuna prestazione che discendeva dal negozio concluso" (pag. 7 in alto).
5. La convenuta afferma anche che il contratto sarebbe stato sciolto di comune accordo e che il suo impegno di restituzione dell'acconto sarebbe stato subordinato al dissequestro del conto bancario; limitazione, quest'ultima, che risulterebbe anche dal principio di buona fede. Qualifica inoltre di "cosa determinata" gli averi sequestrati e ritiene di dovere semmai restituire solo quelli.
5.1 L'asserzione secondo la quale il pagamento era stato condizionato al dissequestro non è fondata. Il Tribunale di appello ha accertato che "non v'è traccia agli atti di un accordo per il quale le parti si sarebbero obbligate nel senso di riconoscere all'attrice solo il provento che veniva dissequestrato e null'altro" e ha escluso che un accordo simile "potesse essere desunto dalle circostanze" (pag. 9). Così facendo la Corte ticinese ha privato la tesi della convenuta di qualsiasi elemento di fatto che potesse giustificare un'interpretazione del contratto (col metodo soggettivo o oggettivo) nel senso da lei voluto.
5.2 Neppure la censura concernente la specificità della somma da restituire è fondata.
L'obbligo della convenuta di restituire l'acconto è un debito pecuniario. A norma dell'art. 84 cpv. 1 CO esso va soluto con mezzi legali di pagamento nella moneta in cui è stato contratto. Il debito pecuniario è caratterizzato dal fatto che i soldi sono indicati genericamente e che la loro quantità è riferita all'unità di misura. Questa caratteristica fa sì che il debito possa essere estinto con qualsiasi numero e specie di monete o banconote dell'ordinamento al quale si è fatto riferimento nel costituire l'obbligazione. In altre parole, a meno che non sia pattuito diversamente, il debito pecuniario non è un'obbligazione di specie che ha per oggetto una cosa determinata, come sostiene la convenuta, bensì un cosiddetto debito di somma (Summenschuld; ROLF H. WEBER, in: Berner Kommentar, 2005, n. 130 ad art. 84 CO; GROSS/SPRECHER, in: Honsell [a cura di], Kurzkommentar OR, 2008, n. 3 ad art. 84 CO; GAUCH/SCHLUEP/ EMMENEGGER, OR Allgemeiner Teil, 9° ed., 2008, n. 2289; ALFRED KOLLER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 3° ed. 2009, cpv. 41 n. 6 parla di "besondere Gattungsschuld"; WEBER, op. cit., n. 135 e segg. ad art. 84 CO). L'adempimento di un debito pecuniario non può pertanto mai diventare impossibile (WEBER, op. cit., n. 120 ad art. 97 CO; THIER, op. cit., n. 9 ad art. 97 CO; GAUCH/SCHLUEP/ EMMENEGGER, op. cit., n. 2572).
In concreto, avendo il Tribunale di appello escluso l'esistenza di patti particolari, la convenuta deve pagare le somme stabilite nella sentenza impugnata a prescindere dalla permanenza del sequestro penale.
6. Ne discende che il ricorso dev'essere integralmente respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza: esse sono pertanto poste a carico della convenuta (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 6'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 7'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione alla ricorrente, al patrocinatore dell'opponente e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.