Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête pénale instruite en particulier contre les époux A._, dont X._ fut le défenseur de 1998 à 2002, ce dernier fut mis en prévention le 11 juillet 2003, de complicité de gestion déloyale et diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers. Le 20 décembre 2004, il fut renvoyé devant le Tribunal pénal économique, qui, par jugement du 13 février 2007, l'acquitta.
B. Le 2 mai 2007, X._ déposa une demande d'indemnité, réclamant un montant de 95'191 fr. 05, soit 43'3125 fr. 95 pour le préjudice subi en raison de la défense assumée, 21'875 fr. 10 pour les frais de son défenseur et 30'000 fr. pour le tort moral subi. Il requit également l'octroi d'une indemnité de partie de 3'600 fr.
Par arrêt du 17 avril 2008, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois rejeta les demandes d'indemnités de X._.
C. Ce dernier dépose un recours au Tribunal fédéral. Invoquant un établissement incomplet des faits et une violation du droit fédéral, il conclut à la modification de l'arrêt attaqué en ce sens que ses demandes d'indemnité de 95'191 fr. 05 et 3'600 fr. sont admises.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). L'auteur du recours ne peut critiquer les faits que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 LTF; cf aussi art. 105 al. 2 LTF); il faut encore que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la querelle (art. 97 al. 1 LTF). La notion de "manifestement inexacte" évoquée ci-dessus correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 384 consid. 4.2.2). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception à l'art. 105 al. 1 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 133 III 462 consid. 2.4; 133 II 249 consid. 1.4.3). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. Invoquant les art. 97 et 105 LTF, le recourant soutient que l'état de fait doit être complété, l'autorité cantonale ayant occulté pratiquement tout l'historique de la procédure pénale qu'il a subie.
En se référant aux chiffres 1 à 14 de sa demande du 2 mai 2007, le recourant invoque des faits nouveaux sans toutefois se prévaloir d'arbitraire dans les constatations cantonales, ni expliquer en quoi les éléments cités dans sa demande seraient susceptibles d'influer sur le sort de la cause. Insuffisamment motivé (cf. supra consid. 1), son grief est donc irrecevable.
3. Le recourant soutient que la réparation de son dommage doit être complète et non pas limitée par l'équité.
3.1 Aux termes de l'art. 242 CPP/FR, celui qui subit un préjudice causé par une arrestation ou une détention injustifiées ou par une erreur judiciaire, en obtient réparation sur requête, dans la mesure où il n'a pas provoqué ni aggravé le préjudice par son fait (al. 1). Celui qui subit un préjudice important en raison d'un autre acte de procédure peut en demander réparation. Il y est fait droit si et dans la mesure où l'équité l'exige (al. 2).
Dans les cas visés à l'art. 242 al. 1 CPP/FR, la réparation du préjudice subi est complète, alors qu'elle est limitée à l'équité dans les cas visés à l'alinéa 2. Suivant les travaux préparatoires, l'indemnisation totale prévue à l'alinéa 1 correspond aux cas imposés par la CEDH (Bulletin officiel des séances du Grand Conseil, séance du 2 octobre 1996, p. 2993). L'intention du législateur était donc d'indemniser intégralement les personnes qui avaient droit à une réparation en application de l'art. 5 § 5 CEDH dans le cadre de l'art. 242 al. 1 CPP/FR et de les indemniser équitablement dans les autres cas (arrêt 1P.766/2001 du Tribunal fédéral consid. 2.3).
3.2 La Chambre pénale a statué sur la demande du recourant en application de l'art. 242 al. 2 CPP/FR exclusivement et estimé que cette disposition n'était pas applicable à défaut d'un préjudice important subi par l'intéressé. A juste titre, le recourant ne prétend pas que l'autorité cantonale aurait dû se fonder sur le premier alinéa de cette norme. Dès lors, au vu de la jurisprudence exposée ci-dessus (cf. supra consid. 3.1), la réparation d'un dommage se fait en équité. Le grief est donc rejeté.
4. Le recourant reproche à l'autorité précédente de ne pas l'avoir indemnisé pour le temps qu'il a consacré à sa propre défense.
4.1 Se fondant sur une double motivation, la Chambre pénale a estimé que le demandeur n'avait subi aucun préjudice en raison du temps consacré à sa propre défense. Elle a constaté, d'une part, que l'ampleur des opérations effectuées par l'intéressé était démesurée compte tenu du fait qu'il avait été assisté d'un avocat dès le mois de mai 2006 et que les recours formés et rejetés ne pouvaient donner lieu à indemnité. Elle a admis, d'autre part, que le revenu annuel imposable du demandeur était de 35'000 fr., ce qui correspondait, selon son tarif horaire de 300 fr., à un maximum de 3 mois de travail à plein temps, de sorte qu'il ne s'était vu priver d'aucun revenu.
4.2 Le recourant ne démontre pas en quoi le calcul effectué par l'autorité sur la base de son salaire annuel serait arbitraire et, contrairement à ses allégations, le Tribunal cantonal a bien retenu que la moitié de son tarif horaire était destiné à couvrir les frais effectifs d'acquisition. La critique du recourant est donc irrecevable et il n'y a pas lieu d'examiner le bien-fondé de la première motivation de l'autorité cantonale (cf. ATF 133 III 221 consid. 7; 132 I 13 consid. 6).
5. Le recourant fait grief à la Chambre pénale d'avoir retenu qu'il n'avait pas subi de dommage en rapport avec les honoraires de son avocate commise d'office.
5.1 Selon l'arrêt attaqué, le recourant n'a pas versé de provisions à son défenseur et sa situation financière ne lui permet pas de payer la note d'honoraire de ce dernier. Dès lors, celui-ci devra s'adresser à l'Etat, pour obtenir la rétribution de son activité, et le canton aura alors l'obligation de lui verser une indemnité, fixée sur la base des opérations effectuées, conformément à l'art. 24 LAJ. Dans ces conditions, la Chambre pénale a conclu que le recourant n'avait subi aucun préjudice en rapport avec ses frais de défense.
5.2 Le recourant explique que l'Etat n'est que garant du paiement des honoraires et que si sa mandataire devait toucher une rémunération au tarif de l'assistance judiciaire, la différence qui lui serait encore due représente un élément de son dommage. Cette argumentation tombe à faux. En effet, en l'état, le recourant n'a subi aucun préjudice, puisqu'il n'a pas versé d'honoraires à sa mandataire, ce qu'il ne conteste d'ailleurs pas. De plus, il ne peut se prévaloir d'un éventuel futur dommage pour obtenir une quelconque réparation. Pour le reste, l'avocat d'office ne peut accepter ou se faire remettre des honoraires en sus de ce que lui accorde l'assistance judiciaire, sous peine de sanctions disciplinaires (cf. art. 11 LAJ/FR).
6. Le recourant reproche au Tribunal cantonal de ne pas lui avoir accordé d'indemnité pour tort moral.
6.1 A teneur de l'art. 49 CO, celui qui subit une atteinte illicite à sa personnalité a droit à une somme d'argent à titre de réparation morale, pour autant que la gravité de l'atteinte le justifie et que l'auteur ne lui ait pas donné satisfaction autrement.
L'atteinte objectivement grave doit être ressentie par la victime comme une souffrance morale, à défaut de quoi aucune indemnisation ne peut lui être accordée. Comme chaque être humain ne réagit pas de la même manière à une atteinte portée à son intégrité psychique, le juge doit se déterminer à l'aune de l'attitude d'une personne ni trop sensible, ni particulièrement résistante. Pour que le juge puisse se faire une image précise de l'origine et de l'effet de l'atteinte illicite, le lésé doit alléguer et prouver les circonstances objectives desquelles on peut inférer la grave souffrance subjective qu'il ressent, malgré la difficulté de la preuve dans le domaine des sentiments (ATF 125 III 70 consid. 3a; 120 II 97 consid. 2b p. 98 s.). La gravité de l'atteinte à la personnalité suppose en tout cas une atteinte extraordinaire, dont l'intensité dépasse l'émoi ou le souci habituel, de telle sorte qu'elle peut fonder une prétention particulière contre son auteur, alors que la vie exige de chacun qu'il tolère de petites contrariétés (Brehm, Commentaire bernois, 1998, n° 20 et 23 ad art. 49 CO).
6.2 Selon l'arrêt attaqué, le recourant a été prévenu de complicité de gestion déloyale et de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers. Une visite domiciliaire a été effectuée dans ses locaux professionnels. Il n'a subi ni arrestation, ni détention. La procédure a duré un peu plus de trois ans et demi, durée provoquée en partie par les recours de l'intéressé qui furent rejetés. L'affaire n'a pas connu un retentissement médiatique important et le nom du demandeur n'a pas été rendu public. La formation d'avocat de ce dernier et sa pratique du barreau jusqu'en 2002 l'avaient amené à connaître le déroulement des diverses étapes d'une procédure pénale.
Sur la base de ces éléments, qui ne sont pas contestés par le recourant, l'autorité cantonale pouvait, sans violation du droit fédéral, conclure que la procédure pénale n'avait pas causé à l'intéressé une atteinte suffisamment grave justifiant l'octroi d'une indemnité. Pour le reste, la référence à deux cas où des indemnités ont été versées à des agents de police est sans pertinence, dès lors que ces derniers, contrairement au recourant, ont été détenus préventivement.
7. Le recourant conteste les frais de procédure mis à sa charge, la procédure de réparation ne devant pas être onéreuse. Cette critique est vaine, le montant de 594 fr. n'étant pas élevé et la procédure d'indemnisation ne devant pas nécessairement être gratuite (cf. ATF 118 Ia 101 consid. 4a p. 102).
8. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais, fixés en fonction de sa situation financière (art. 65 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal fribourgeois, Chambre pénale.
Lausanne, le 7 octobre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani