Faits :
A.
Créée en 1979 et sise à A._ (GE), la Fondation X._ (ci-après: la Fondation) a pour but de "prodiguer à Genève un enseignement universitaire et post-universitaire sous le nom de 'X._ University', du même type que celui donné par l'université 'X._ University' à B._", aux Etats-Unis d'Amérique (ci-après: X._ University). Depuis le 1er janvier 2004, la Fondation est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: le registre TVA) tenu par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale).
B.
Le 10 juin 2011, l'Administration fédérale a procédé à un contrôle auprès de la Fondation pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2006 au 4ème trimestre 2009, et a constaté que des prestations de services en provenance de X._ University, entreprise étrangère non-inscrite au registre TVA, avaient été acquises par la Fondation, sans être déclarées ni imposées. L'Administration fédérale a de ce fait réclamé à la Fondation un montant de 603'115 fr., plus intérêt moratoire, à titre de correction d'impôt, par notification d'estimation n° ****** du 1er septembre 2011.
La Fondation a formé réclamation contre la décision du 1er septembre 2011, au motif que les prestations de services acquises en provenance de X._ University relevaient du domaine de l'éducation et de la formation et étaient donc exclues du champ de l'impôt. Par décision du 26 mars 2012, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation de la Fondation et fixé la créance fiscale à 602'422 fr. 70, plus intérêt. Le recours que la Fondation a formé contre la décision du 26 mars 2012 a été rejeté par le Tribunal administratif fédéral par arrêt du 29 octobre 2013.
C.
Contre l'arrêt du 29 octobre 2013, la Fondation interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. L'Administration fédérale a conclu au rejet du recours sous suite de frais. La Fondation a persisté dans ses conclusions par mémoire du 3 février 2014.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) et ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF, si bien que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par l'entité directement touchée par la décision entreprise et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral (art. 106 al. 1 LTF). Toutefois, à moins que la décision attaquée ne contienne des vices juridiques manifestes, il s'en tient aux arguments juridiques soulevés dans le recours (cf. art. 42 al. 1 et 2 LTF; ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105; arrêt 2C_1100/2012 du 20 mai 2013 consid. 2, non publié in ATF 139 II 346). Par ailleurs, il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF).
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; 137 I 58 consid. 4.1.1 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104).
2.2.1. La recourante, sur la base de l'art. 97 LTF, reproche au Tribunal administratif fédéral de n'avoir manifestement pas "constaté tous les faits pertinents, en particulier en ce qui concerne l'organisation de X._ University". Procédant à son propre "exposé des faits pertinents", la Fondation entend de la sorte démontrer qu'à l'instar des sites européens non assujettis à la TVA de C._ et de D._, elle forme une entité étroitement dépendante de l'université américaine précitée, laquelle, notamment, en supervise directement le fonctionnement, décerne les diplômes aux étudiants, dispense les cours à travers ses "campus", édicte les standards d'immatriculation, approuve les activités d'enseignement et tout engagement financier dépassant 10'000 fr., impose son papier à en-tête pour la facturation des frais d'écolage et est consultée quant au choix du directeur de la Fondation (recours, p. 3 ss). La Fondation devrait ainsi être traitée en tant que membre de X._ University, dont les prestations de services d'ordre organisationnel seraient exonérées de la TVA.
2.2.2. Au consid. 3.2 de l'arrêt entrepris, le Tribunal administratif fédéral a énoncé par le menu les prestations que X._ University effectuait, de manière centralisée, en faveur de la Fondation. Il a également reconnu, notamment au consid. 3.5.1.1, les "liens étroits entre X._ University (...) et la recourante" ainsi que les multiples compétences dont disposait la première pour intervenir dans le fonctionnement, de même que dans les choix administratifs et pédagogiques de la seconde. On ne voit dès lors pas en quoi il pourrait être reproché à la précédente instance d'avoir fait l'impasse, qui plus est arbitrairement, sur des faits pertinents relatifs à l'organisation des rapports entre ces deux entités, si bien que ce grief doit être écarté. En réalité, la critique de la recourante vise l'appréciation de ces éléments à laquelle les précédents juges ont procédé, en niant que la Fondation puisse être qualifiée de membre de X._ University au sens de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA et ainsi fournir des prestations exonérées. Or, ces griefs ne concernent pas l'établissement des faits, mais bien l'application du droit relatif à la taxe sur la valeur ajoutée, qui sera examinée ultérieurement.
2.3. Pour le surplus, selon l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Il ne sera ainsi pas tenu compte des éléments de faits nouveaux présentés au titre de "l'exposé des faits pertinents" du recours, ni des arguments dans lesquels la recourante se limite à opposer sa propre appréciation des circonstances à celle retenue dans l'arrêt attaqué.
2.4. En conséquence, la Cour de céans ne s'écartera pas des faits constatés par le Tribunal administratif fédéral dans l'arrêt attaqué.
3.
La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. En vertu de l'art. 112 al. 1 LTVA, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. En l'espèce, le litige porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2009 (1er trimestre 2006 au 4ème trimestre 2009). Sous réserve d'exceptions (concernant l'application de principe du nouveau droit de procédure, cf. art. 113 al. 3 LTVA), la présente cause doit dès lors être examinée au regard des dispositions de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi que de l'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (aLTVA [RO 2000 1300 et les modifications ultérieures, en particulier in RO 2002 1480], respectivement aOLTVA [RO 2000 1347]; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009).
4.
Conformément à l'art. 5 let. d aLTVA, l'acquisition à titre onéreux de prestations de services d'entreprises ayant leur siège à l'étranger est soumise à l'impôt, pour autant que cette opération ne soit pas expressément exclue du champ de l'impôt en vertu de l'art. 18 aLTVA.
4.1. Les prestations que X._ University, entreprise ayant son siège aux Etats-Unis d'Amérique, a, durant la période litigieuse, effectuées en faveur de la Fondation sont énumérées au consid. 3.2 de l'arrêt attaqué, qui prévoit:
"X._ University (...) gère de façon centralisée des tâches administratives telles que les données des étudiants, les immatriculations, les programmes d'échange entre les campus et d'aide aux étudiants, le conseil aux étudiants, les plans de carrière, l'édition des catalogues de cours, l'évaluation des connaissances d'anglais de tous les étudiants immatriculés et la sélection du matériel pédagogique. X._ University (...) centralise également les contrôles internes de respect des conditions d'accréditation, le contrôle des programmes académiques, la bibliothèque, la recherche et le développement de nouveaux programmes académiques. En outre, tous les cours, séminaires et exercices pratiques donnés à Genève sont soumis à l'approbation de X._ University (...), seule compétente pour décerner les diplômes universitaires".
A raison, les parties ne remettent pas en cause que ces prestations ne portent pas sur la livraison de biens, mais sur des services, au sens de l'art. 7 al. 1 aLTVA. Il n'est pas non plus contesté qu'elles sont prodiguées à titre onéreux (cf., pour cette notion, ATF 140 I 153 consid. 2.5.1 p. 160; 132 II 353 consid. 4.1 p. 357; arrêt 2A.334/2003 du 30 avril 2004 consid. 2.1, Archives 75 p. 234), soit en contrepartie d'un montant versé à X._ University selon une clef de répartition fondée sur les frais d'écolage perçus par la Fondation. Elles sont donc en principe soumises à la TVA.
4.2. Les prestations de services fournies par X._ University à la Fondation sont immatérielles, au sens de l'art. 14 al. 3 aLTVA. Elles relèvent plus particulièrement de la let. c de cette disposition, qui inclut entre autres les "prestations de management et les prestations analogues", de même que de la let. d concernant le traitement des données, la fourniture d'informations et les prestations de services analogues (cf. Pierre-Alain Guillaume, TVA et management fees, in L'expert-comptable suisse 11/1996, p. 975 ss; Xavier Oberson, Qualification et localisation des services internationaux en matière de TVA, in Archives 69 p. 403 ss, 416). Il s'ensuit que ces prestations sont localisées à l'endroit où leur destinataire a le siège de son activité économique (cf. ATF 133 II 153 consid. 5.1 p. 160; arrêt 2C_717/2010 du 21 avril 2011 consid. 6.2, résumé in RF 66/2011 p. 644), en l'occurrence au siège de la Fondation en Suisse, étant précisé que le fait que la recourante ait son siège social en Suisse permet de considérer que la prestation de services est consommée dans ce même pays (cf. MARCO MOLINO, Les opérations transfrontalières en matière de TVA, 1997, p. 92 s.).
4.3. Par ailleurs, les prestations de services en provenance de X._ University dépassent largement le seuil de 10'000 fr. instauré à l'art. 24 aLTVA, disposition qui s'applique également, sur renvoi par l'art. 21 al. 1 aLTVA, aux entreprises qui, à l'instar de la recourante, sont déjà assujetties à la TVA.
4.4. Les critères qui précèdent remplissent les conditions de l'art. 10 let. a aLTVA, de sorte qu'il incombait en principe à la recourante, en sa qualité de destinataire assujettie en vertu de l'art. 24 aLTVA (cf. aussi arrêt 2A.43/2002 du 8 janvier 2003 consid. 2.1, sic! 7-8/2003 p. 632), de déclarer auprès de l'Administration fédérale l'acquisition des prestations de services obtenues de la part de l'entreprise étrangère non assujettie qu'est X._ University.
5.
Selon les règles générales exposées ci-avant (consid. 4 supra), la recourante est donc soumise à la TVA en lien avec les prestations immatérielles que lui a fournies X._ University durant les périodes fiscales concernées. Le litige porte seulement sur le point de savoir si c'est à tort que le Tribunal administratif fédéral a nié la possibilité pour la recourante de bénéficier d'une exonération improprement dite en vertu de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA, qui exclut du champ de l'impôt diverses opérations réalisées dans le domaine de l'éducation et de la formation.
5.1. Le Tribunal administratif fédéral a considéré que deux des conditions de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA n'étaient pas réalisées. D'une part, s'il existait certes des liens étroits entre X._ University et la recourante, ces institutions n'en formaient pas moins deux entités juridiquement distinctes n'intégrant aucun organisme faîtier et n'étant pas liées par une société simple. D'autre part, les précédents juges ont examiné la condition d'exonération selon laquelle les prestations doivent avoir été fournies directement en vue de la réalisation des opérations visées aux let. a à c de l'art. 18 ch. 11 aLTVA; ils ont considéré qu'un tel rapport direct faisait défaut, au motif que les prestations en cause n'étaient pas prodiguées par X._ University en vue de la réalisation de telles opérations par le prestataire lui-même, voire par une institution commune, mais par la recourante exclusivement.
5.2. S'agissant de deux motivations indépendantes, il appartient à la recourante de s'en prendre à chacune d'elles (ATF 138 I 97 consid. 4.1.4 p. 100; arrêt 2C_123/2013 du 16 décembre 2013 consid. 1.2, non publié in ATF 140 I 218), ce qu'elle a fait. Il convient donc d'entrer en matière sur ses griefs.
En substance, la recourante affirme avoir acquis des prestations de services d'ordre organisationnel de la part de X._ University et être exonérée en sa qualité de membre de l'institution-mère américaine, au sens de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA. Que cette disposition prévoie uniquement une exonération lorsque c'est un membre d'une institution de formation qui fournit à cette dernière des prestations dans le domaine éducatif et non l'inverse résulte d'une lacune proprement dite de l'aLTVA; il conviendrait au juge, en s'inspirant du droit de l'Union européenne (UE) ainsi que de la volonté du législateur suisse de soutenir la coopération entre les organismes de formation, de combler cette lacune en ce sens que "les prestations de services d'ordre organisationnel fournies par une université étrangère à un de ses membres établi en Suisse et qui lui-même exerce une activité exonérée de TVA, ne doivent pas être soumises à cette taxe" (recours, ch. 74).
6.
Les prestations qui sont exonérées dans le domaine de l'éducation et de la formation et donc susceptibles de concerner l'activité de la recourante, sont énumérées au ch. 11 de l'art. 18 aLTVA.
6.1. L'art. 18 ch. 11 aLTVA prévoit que:
"Sont exclu[e]s du champ de l'impôt (...) les opérations suivantes réalisées dans le domaine de l'éducation et de la formation, à l'exclusion des prestations de restauration et d'hébergement fournies en relation avec ces opérations: (...)
a. les opérations réalisées dans le domaine de l'éducation des enfants et des jeunes, de l'enseignement, de l'instruction, de la formation continue et du recyclage professionnel, y compris l'enseignement dispensé par des professeurs privés ou des écoles privées;
b. les opérations réalisées dans le domaine des cours, conférences et autres manifestations à caractère scientifique ou didactique; l'activité des conférenciers est exclue du champ de l'impôt, indépendamment du fait que les honoraires soient versés aux conférenciers ou à leurs employeurs;
c. les opérations réalisées dans le cadre des examens organisés dans le domaine de la formation;
d. les prestations de services d'ordre organisationnel (y compris les prestations accessoires qui y sont liées) que les membres d'une institution qui réalise des opérations exclues du champ de l'impôt en vertu des let. a à c fournissent à cette institution;
e. les prestations de services d'ordre organisationnel (y compris les prestations accessoires qui y sont liées) fournies aux services de la Confédération, des cantons et des communes qui réalisent, à titre onéreux ou à titre gratuit, des opérations exclues du champ de l'impôt en vertu des let. a à c".
6.2. A juste titre, la recourante ne se prévaut pas, devant le Tribunal fédéral, des clauses d'exonération figurant aux let. a à c. Ne sont en effet en cause non pas les diverses prestations de formation que la Fondation dispense en faveur de ses étudiants, mais bien les prestations qui sont fournies, en amont, aux établissements d'enseignement et aux organisateurs de cours afin de leur permettre d'effectuer lesdites tâches, à savoir les prestations immatérielles que la Fondation a reçues de la part de X._ University durant les périodes litigieuses en vue de prodiguer son activité d'enseignement (cf. ATF 140 I 153 consid. 2.5.3 p. 161: "auf die eigentliche Vermittlung von Wissen und Kenntnissen beschränkt"; arrêt 2C_359/2008 du 23 février 2009 consid. 4.2, résumé in RF 64/2009 p. 607; concernant l'art. 14 ch. 9 aOTVA, dont la teneur est en grande partie identique à celle de l'art. 18 ch. 11 aLTVA [arrêt 2A.756/2006 du 22 octobre 2007 consid. 2.3.1, résumé in RF 63/2008 p. 286]: arrêt 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 7.2, résumé in RF 61/2006 p. 237; Chantal Zbinden, La TVA dans le domaine de l'enseignement et de la formation: portée et incidences d'une exonération, in RDAF 1997 II 53, p. 56). Par ailleurs, la Fondation ne constituant pas un organisme de droit public, le ch. 11 let. e n'est d'emblée pas pertinent. Est donc seule litigieuse la question de l'application de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA au cas d'espèce et, partant, l'interprétation du champ de cette disposition.
6.3. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme. Il ne se fonde sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (cf. ATF 139 II 49 consid. 5.3.1 p. 54; 137 II 164 consid. 4.1 p. 170 s.).
6.4. L'art. 18 aLTVA contient la liste exhaustive des opérations exclues du champ de l'impôt. Il s'agit d'exonérations improprement dites, car la déduction de l'impôt préalable est exclue (art. 17 aLTVA; cf. aussi, sous l'empire de l'art. 14 aOTVA [RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures; en vigueur du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000], arrêt 2C_299/2009 du 28 juin 2010 consid. 3.2). De telles exonérations sont généralement considérées comme contraires au système. Elles interviennent en principe au stade de la consommation finale, afin d'éviter qu'elles ne génèrent une taxe occulte pouvant se révéler par un effet cumulatif en fin de compte plus coûteuse qu'une imposition (ATF 139 II 460 consid. 2.4 p. 464; arrêts 2C_353/2013 du 23 octobre 2013 consid. 5.1, Archives 82 p. 369; 2C_506/2007 du 13 février 2008 consid. 5, RDAF 2008 II 33). Il sera tenu compte de cette circonstance dans le cadre de l'interprétation de la clause d'exonération précitée, en particulier en relation avec sa ratio legis.
7.
7.1. Pour que la clause d'exonération improprement dite de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA puisse s'appliquer, il faut que l'on soit, à rigueur de texte, en présence de prestations de services d'ordre organisationnel (y compris les prestations accessoires) réalisées dans le domaine de l'éducation et de la formation. Celles-ci doivent être effectuées par un membre d'une institution qui réalise elle-même des opérations visées par les let. a à c de l'art. 18 ch. 11 aLTVA. Enfin, il faut qu'il existe un certain lien entre les prestations de services d'ordre organisationnel et celles fournies au titre des let. a à c précitées. Il sied encore de préciser ces concepts larges à l'aune d'autres méthodes d'interprétation (cf. consid. 6.3 supra).
7.2. D'un point de vue historique et téléologique, il y a lieu de rappeler que la let. d de l'art. 18 ch. 11 aLTVA ne figurait pas dans la version initiale de cette loi, mais y a été insérée le 14 décembre 2001. Cette modification, entrée en vigueur le 1er juillet 2002, faisait suite à une initiative parlementaire au sein du Conseil national (initiative du 26 mars 2001; objet n° 01.418), au sujet de laquelle le Conseil fédéral a rendu un avis favorable le 5 juin 2001 (RO 2002 1480, p. 1481; FF 2001 3011; FF 2001 5705) et qui a été adoptée unanimement par les Chambres fédérales le 14 décembre 2001 (BO 2001 N 2014; BO 2001 E 1045).
7.2.1. La préoccupation primaire des députés initiants du Conseil national consistait à ne pas désavantager fiscalement les organismes actifs dans le domaine de la formation en Suisse qui s'associent en vue d'organiser des prestations ou délèguent via l'association faîtière ces tâches à l'un des membres (cf. notamment les partenaires sociaux évoqués dans la loi fédérale du 13 décembre 2002 sur la formation professionnelle [LFPr; RS 412.10]; voir aussi l'exemple discuté in BO 2001 E 603 ss), par exemple les sessions d'examens, travaux de secrétariat, décomptes, encaissement de taxes d'écolage. Il a en effet été constaté qu'en vue d'organiser l'offre de formation, différentes institutions ou associations - en particulier celles que leurs capacités propres limitées amènent à faire appel aux services de prestataires tiers pour accomplir leurs tâches - constituaient des sociétés simples, voire confiaient l'organisation des examens à l'une des associations affiliées. Or, tandis qu'un organisme exécutant lui-même des tâches préparatoires, étroitement liées à la formation, n'était en principe pas soumis à l'impôt, ces prestations étaient imposables dès qu'il les déléguait à un autre prestataire. Selon le Conseil national, il convenait d'exonérer de la TVA l'ensemble de ces prestations organisationnelles qui sont fournies en lien immédiat avec la formation, y compris les cas d'association et de délégation précitées, pour ne pas renchérir ce service d'intérêt public (cf. FF 2001 3011, p. 3012, 3015; interventions GYSINet BERBERAT, in BO 2001 N 863 s.; voir aussi, au niveau du Conseil des Etats, interventions LEUMANN-WÜRSCHet BÜTTIKER, in BO 2001 E 604 ss).
Une majorité des députés au Conseil des Etats a cependant requis l'élimination des let. d et e du projet d'art. 18 ch. 11 aLTVA. Comparant notamment la situation d'une institution de formation avec l'hôpital qui prépare la nourriture des patients dans sa cuisine interne et est de ce fait exonéré de la TVA, contrairement à l'hôpital qui commande les repas auprès d'un traiteur externe, le Conseil des Etats ne souhaitait en effet pas créer une nouvelle entorse au principe de la généralité de l'impôt, encore moins s'agissant d'exonérer des opérations préalables. Une nouvelle exception aurait selon lui ouvert la voie à d'autres revendications d'exonération sectorielles, dérogeant au système de l'impôt, voire aurait généré d'autres inégalités et distorsions de concurrence entre les assujettis. Il fallait dès lors s'en tenir à la règle générale de l'imposition des prestations externes ("Aussenumsätze") et, dans l'hypothèse d'une dérogation, interpréter restrictivement ces exceptions (cf. interventions PLATTNER, DAVIDet VILLIGER, ancien Conseiller fédéral, in BO 2001 E 603 ss et 607).
En guise de compromis, le Conseil national a proposé en deuxième lecture que les let. d et e du projet d'art. 18 ch. 11 aLTVA remanié, dont il préconisait toutefois le maintien, soient précisées afin de limiter l'exonération des prestations de formation aux prestations de services et prestations accessoires, à l'exclusion des livraisons de biens (interventions GYSINet BERBERAT, in BO 2001 N 1654 s.). Le Conseil des Etats s'est rallié à cette solution en raison du caractère restrictif qui était ainsi conféré à ces clauses d'exception et compte tenu des pertes de recettes relativement peu importantes que la consécration des let. d et e engendrerait pour la Confédération (intervention PLATTNER, in BO 2001 E 932).
7.2.2. Le Conseil fédéral n'a pas précisé l'art. 18 ch. 11 aLTVA dans l'aOLTVA. Dans son avis du 5 juin 2001 relatif à l'initiative parlementaire visant à modifier l'aLTVA, il a toutefois souligné, d'une part, que l'extension de l'exclusion du champ de l'impôt proposée comprenait également les opérations dites préalables, dans la mesure où elles étaient directement en relation avec un enseignement, un cours ou des examens; d'autre part, le nouveau ch. 11 let. d proposé comprenait, outre les prestations des institutions en matière de formation ou d'examens, les prestations fournies à ces institutions pour autant qu'elles proviennent des personnes physiques ou morales qui constituent ces institutions, par exemple une société simple (FF 2001 5705, p. 5706 s.).
7.2.3. Il découle des travaux préparatoires qu'en introduisant la let. d précitée, le législateur a, premièrement, considéré que les prestations de services d'ordre organisationnel pouvaient englober des opérations préalables et que ces services comprenaient notamment la préparation des sessions d'examens, les travaux de secrétariat, les décomptes et l'encaissement de taxes d'écolage. Deuxièmement, la notion de membre d'une institution visait les hypothèses où les institutions de formation soit s'associaient, notamment dans le cadre d'une société simple, en vue d'organiser des prestations éducatives, soit déléguaient via une association faîtière ces tâches à l'un des membres de celle-ci. Troisièmement et dernièrement, le législateur a souligné que les prestations organisationnelles devaient se trouver dans un lien immédiat ou direct avec la formation.
7.3. La let. d de l'art. 18 ch. 11 aLTVA a été précisée davantage encore par l'Administration fédérale par le biais de communications et autres ordonnances administratives.
7.3.1. A ce titre, la Communication de l'Administration fédérale du 13 août 2002 relative aux prestations de services d'ordre organisationnel et taxes d'examen (ci-après: la Communication) indique que:
"2. La lettre d exclut du champ de l'impôt les prestations de services d'ordre organisationnel fournies à une institution (p. ex. société simple en tant qu'organisme responsable) pour autant que le prestataire:
a. soit membre de cette institution et;
b. que ces prestations (préalables) soient fournies directement en vue de la réalisation d'opérations visées aux let. a à c de l'art. 18 ch. 11 [aLTVA].
Sont réputées prestations de services d'ordre organisationnel, p. ex., l'organisation de cours, de congrès et d'examens, l'organisation de l'infrastructure pour ces manifestations, le secrétariat, l'encaissement et la comptabilité en relation avec des manifestations à caractère didactique, l'établissement de concepts et l'élaboration de cours. Ne font pas partie des prestations de services d'ordre organisationnel, notamment la location de salles et de biens. En outre, les prestations de restauration et d'hébergement ainsi que les ventes séparées d'imprimés et le matériel d'examen, etc., doivent généralement être imposés à chaque niveau".
7.3.2. Les conditions cumulatives mises en italiques ci-dessus se retrouvent au ch. 3.9.1 de la brochure n° 19 (610.540.19) "Formation et recherche" de l'Administration fédérale, qui fournit en tant qu'exemple d'exonération admissible (exemple d'ailleurs repris sous l'empire de la nLTVA, cf. ch. 4.18.1 de l'Info TVA 20 du 3 janvier 2010 concernant le secteur de la formation) le cas d'une société qui est membre de la société simple formée avec deux hautes écoles et qui "liquide les travaux administratifs en relation avec les cours (publication, décompte, encaissement, etc.) ".
7.3.3. La pratique de l'Administration fédérale relative à l'exonération improprement dite des opérations réalisées dans le domaine de l'éducation et de la formation a été expressément confirmée par la Cour de céans sous l'empire de l'aOTVA (cf. arrêt 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 7, résumé in RF 61/2006 p. 237), ainsi que sous le régime de l'aLTVA postérieurement à la modification du ch. 11 (cf. arrêt 2A.756/2006 du 22 octobre 2007 consid. 2.3 in fine, résumé in RF 63/2008 p. 286). En tant qu'elle ne contredit pas la législation en la matière mais en détaille les critères et cas d'application, il est par conséquent permis d'appliquer ces mêmes critères. Il s'ensuit que l'exonération des prestations de services d'ordre organisationnel fournies à une institution nécessite, d'une part, que le prestataire soit membre de cette institution de formation et, d'autre part, que ses prestations présentent un lien étroit avec la réalisation des opérations exonérées visées aux let. a à c de l'art. 18 ch. 11 aLTVA.
7.4. En l'occurrence, les prestations que X._ University a fournies à la Fondation durant la période fiscale en cause tombent, globalement, sous la définition de services d'ordre organisationnel fournis à une institution éducative ainsi que dans les exemples élaborés par l'Administration fédérale dans sa Communication (consid. 7.3.2 supra). Cette condition cumulative concernant l'application de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA est partant respectée, ce que les parties ne contestent du reste pas.
7.5. Les précédents juges ont en revanche à juste titre considéré que la condition, selon laquelle le prestataire de services d'ordre organisationnel doit être un membre de l'institution à laquelle il fournit une prestation, n'était pas remplie.
7.5.1. Il résulte en effet des travaux préparatoires et de la pratique administrative susmentionnés que la notion de membre figurant à l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA présuppose soit l'association d'institutions dans le but de fournir des prestations éducatives, soit la délégation via une association faîtière de telles tâches à l'un de ses sociétaires. Il s'ensuit que l'intégration du prestataire de services à une institution doit s'effectuer dans le cadre d'une structure juridique arborant une certaine stabilité et complexité; elle ne saurait ainsi, tel que le suggère la recourante, se contenter d'un rapport de fait. S'agissant des structures juridiques admissibles au regard de la let. d précitée, le Tribunal administratif fédéral a, à bon droit, considéré que le contrat de société simple, souvent évoqué à titre d'exemple dans la pratique administrative, satisfaisait à une exigence minimale, en-deçà de laquelle l'on ne pouvait plus parler d'une appartenance en qualité de membre d'une institution de formation.
7.5.2. Si, comme l'a relevé le Tribunal administratif fédéral, les liens organisationnels et de collaboration entre la prestataire X._ University et la Fondation, acquéreur de ces prestations, sont indéniables, aucune institution qui intégrerait les deux universités, ni aucune autre structure, notamment une société simple, marquant l'appartenance ou l'intégration juridique de la première à la seconde n'ont été retenues dans l'arrêt attaqué. Or, cette absence d'incorporation juridique suffisamment étroite fait de X._ University et de la Fondation deux institutions séparées, en dépit de leur histoire commune et de leurs nombreuses interactions, y compris sous la forme d'accords de collaboration.
7.6. Il y a également lieu de suivre le Tribunal administratif fédéral en tant qu'il a considéré que n'était pas non plus remplie la condition, d'après laquelle les prestations de services d'ordre organisationnel fournies par le prestataire membre de l'institution devaient l'être directement en vue de la réalisation d'opérations visées aux let. a à c de l'art. 18 ch. 11 aLTVA par cette même institution.
Il est certes exact, et l'arrêt entrepris ne le dénie pas (cf. arrêt, consid. 3.5.1), que les services prodigués à la Fondation lui sont indispensables pour fournir son enseignement sur le campus genevois. En outre, le lien directentre ces prestations d'ordre organisationnel ou préparatoire et les opérations réalisées par la Fondation dans les domaines de l'éducation et de la formation, des cours et manifestations à caractère scientifique ou didactique, ou encore des examens organisés dans le cadre de la formation, au sens de l'art. 18 ch. 11 let. a à c aLTVA, apparaît manifeste.
En revanche, les prestations de formation visées par les let. a à c de l'art. 18 ch. 11 aLTVA n'ont été prodiguées, tel que l'exige pourtant cette condition, ni par une structure stable (association, société simple, etc.) dont tant X._ University que la Fondation seraient membres, ni par X._ University elle-même, à laquelle la Fondation aurait été juridiquement intégrée; elles ont exclusivement été fournies par la Fondation recourante. En d'autres termes, les prestations d'ordre organisationnel ne sont pas fournies par la recourante à une (autre) institution éducative afin de lui permettre d'accomplir ses tâches éducatives, mais, inversement, en faveur de la recourante par l'institution étrangère X._ University. Or, une telle constellation n'a pas été prévue par le législateur lorsque celui-ci a introduit la let. d dans l'art. 18 ch. 11 aLTVA.
7.7. Il résulte de l'analyse qui précède que, deux des conditions cumulatives n'étant pas réunies, la recourante ne peut pas se prévaloir de la clause figurant à la let. d de l'art. 18 ch. 11 aLTVA aux fins d'obtenir l'exonération fiscale des prestations d'organisation qu'elle a reçues à titre onéreux de la part de X._ University durant les périodes fiscales considérées.
8.
Tout en admettant que ses rapports avec l'institution américaine X._ University ne répondent pas au "schéma classique de la loi", en ce sens que "ce n'est pas in casu le membre, soit la recourante, qui fournit à l'institution des prestations de services d'ordre organisationnel mais bien l'inverse" (recours, p. 9), la Fondation est d'avis que le législateur a omis de réglementer sa situation atypique à la faveur d'une lacune involontaire dans l'aLTVA. A l'aune de la volonté du législateur, affichée dans les travaux préparatoires, d'exonérer de la TVA les organismes de formation pour faciliter leur collaboration et du droit de l'UE, dont l'art. 132 let. d de la directive 2006/112/CE du 28 novembre 2006 relative au système commun de taxe sur la valeur ajoutée obligerait d'exonérer les prestations de services fournies par un groupement autonome à ses membres exécutant une activité elle-même exonérée, le Tribunal fédéral devrait partant combler la lacune en appliquant la let. d également à cette forme de collaboration spéciale entre X._ University et la Fondation.
8.1. L'interprétation de la loi peut conduire à la constatation d'une lacune. Une lacune authentique (ou lacune proprement dite) suppose que le législateur s'est abstenu de régler un point qu'il aurait dû régler et qu'aucune solution ne se dégage du texte ou de l'interprétation de la loi. Si le législateur a renoncé volontairement à codifier une situation qui n'appelait pas nécessairement une intervention de sa part, son inaction équivaut à un silence qualifié. Quant à la lacune improprement dite, elle se caractérise par le fait que la loi offre certes une réponse, mais que celle-ci est insatisfaisante. D'après la jurisprudence, seule l'existence d'une lacune proprement dite appelle l'intervention du juge, tandis qu'il lui est en principe interdit, selon la conception traditionnelle, de corriger les lacunes improprement dites, à moins que le fait d'invoquer le sens réputé déterminant de la norme ne soit constitutif d'un abus de droit, voire d'une violation de la Constitution (ATF 132 III
470 consid. 5.1 p. 478; 131 II 562 consid. 3.5 p. 567 s.; cf. aussi ATF 140 II 289 consid. 3.1 p. 291).
8.2. On peut déduire des travaux préparatoires qu'en introduisant la let. d dans l'art. 18 ch. 11 aLTVA, l'Assemblée fédérale a certes désiré étendre l'exonération d'impôt à des prestations de services préalables qui sont, par nature, directement destinées à organiser la formation et l'éducation; les Chambres voulaient par là éviter de renchérir le coût de ces prestations lorsque certaines opérations préalables nécessaires sont accomplies par des tiers.
Cela étant, quoi qu'en dise la recourante, cette volonté d'extension de l'exonération fiscale dans le domaine éducatif s'est vue imposer des limites strictes à la suite des objections faites par le Conseil des Etats et, dans une moindre mesure, par le Conseil fédéral. Il a finalement été décidé, d'une part, de confiner l'exonération des opérations d'ordre organisationnel aux prestations de serviceset à leurs prestations accessoires, en excluant les livraisons de biens. D'autre part, l'Assemblée fédérale a signalé que la clause d'extension prévue à la let. d ne saurait servir à élargir encore davantage l'exclusion du champ d'application de la TVA, mais qu'elle serait interprétée très restrictivement, dès lors, notamment, que l'exonération d'opérations préalables ("Vorumsätze") dérogeait à la systématique de la TVA (cf. interventions PLATTNERet VILLIGER, in BO 2001 E 603 et 605; GYSIN, in BO 2001 N 864; position partagée, sous l'aOTVA, par arrêt 2C_232/2007 du 14 octobre 2008 consid. 2.1.1, 2.1.2 et 2.4.3, résumé in RF 64/2009 p. 324; BAUMGARTNER ET AL., op. cit., §4 n. 82, p. 147; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd., n. 105, p. 382; cf. aussi MOLLARD/OBERSON/ TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, 2009, n. 426 p. 289, qui déclarent contraire au système de la TVA le principe même de l'exonération, et n. 274 p. 242, n. 289 p. 246). Cette volonté du législateur apparaît en particulier dans l'intervention PLATTNER (BO 2001 E 932), qui se félicite de ce que la formulation de la solution de compromis est claire au point d'exclure toute extension ultérieure de l'exonération de l'impôt dans le domaine considéré:
- ..dass die Formulierung jetzt ebenso klar ist, dass zumindest nicht befürchtet werden muss, dass auch für andere, in ähnlicher Situation erbrachte Leistungen die Ausnahme von der Mehrwertsteuerpflicht beantragt werden könnte. Auch Weiterungen im Prüfungsbereich sind jetzt klar aus-geschlossen".
8.3. Quand bien même la constellation dans laquelle X._ University fournit des prestations d'ordre organisationnel à la Fondation présente des similitudes avec la fourniture de prestations par un membre d'une institution à cette dernière, une assimilation de ces deux situations est donc interdite par le législateur fédéral, par le biais d'un silence qualifié. C'est donc à tort que la recourante invoque une lacune véritable de la loi pour obtenir l'exonération de l'impôt des prestations fournies par X._ University.
8.4. En l'absence d'une lacune proprement dite (cf. consid. 8.3 supra), il n'y pas lieu, comme le demande la recourante, d'étendre l'application de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA en s'inspirant du droit de l'UE pour compléter le droit suisse.
Cela dit, les autorités doivent, de façon plus générale et dans la mesure du possible, veiller à la compatibilité de la TVA suisse avec le système de l'UE (cf. ATF 139 II 346 consid. 7.3.3 p. 356 [nLTVA]; 138 II 251 consid. 2.5.1 p. 259 [déjà: aOTVA]; 124 II 193 consid. 6a p. 203; arrêt 2C_628/2013 du 27 novembre 2013 consid. 2.2.3, Archives 82 p. 382 [aLTVA]; sous la nLTVA: FF 2008 6277, ch. 1.7.2 p. 6314 s.). Fait néanmoins échec à ce principe directeur la volonté du législateur d'y déroger dans un domaine particulier (cf. ATF 139 II 346 consid. 7.3.4 p. 358; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, Handbuch zum Mehrwert-steuergesetz, 2e éd., 2003, ch. 4.2.4 p. 39 s.). Or, il résulte en l'espèce des travaux préparatoires entourant l'adoption de la let. d précitée que le législateur helvétique s'est sciemment écarté des solutions retenues au niveau communautaire en excluant également du champ de l'impôt certaines opérations préalables qui sont fournies à des institutions exerçant des activités dans le domaine de la formation (Rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national du 26 mars 2001, in FF 2001 3011, ch. 5 p. 3018; avis du Conseil fédéral du 5 juin 2001, in FF 2001 5705, p. 5707). Il n'y a donc pas lieu de chercher, par la voie prétorienne, à concilier ces deux législations sur la question de l'exonération fiscale des prestations de services d'ordre organisationnel en matière éducative.
9.
La recourante soutient que le refus par l'Administration fédérale d'exonérer les prestations de services d'ordre organisationnel qu'elle reçoit de l'institution américaine X._ University viole le principe de l'égalité de traitement et la liberté économique, et crée une distorsion inadmissible de la concurrence entre une institution privée dont l'enseignement est, comme dans son cas, reconnu de qualité comparable à celui dispensé par les universités publiques suisses et ces dernières. Alors que les prestations de services fournies à l'interne au sein des universités publiques suisses demeurent exclues du champ de la TVA, celles que X._ University fournit à la Fondation en accord avec la "structure internationale choisie" par l'institution américaine ne le sont en effet point.
9.1. Invocable tant par les personnes physiques que morales, la liberté économique (art. 27 Cst.) protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (ATF 137 I 167 consid. 3.1 p. 172). Elle englobe le principe de l'égalité de traitement entre personnes appartenant à la même branche économique, en vertu duquel les mesures étatiques qui ne sont pas neutres sur le plan de la concurrence entre les concurrents directs sont prohibées. Ce principe offre une protection plus étendue que l'art. 8 Cst. L'égalité de traitement entre concurrents n'est toutefois pas absolue et autorise des différences, à condition que celles-ci reposent sur une base légale, qu'elles répondent à des critères objectifs, soient proportionnées et résultent du système lui-même (ATF 140 I 218 consid. 6.3 p. 229 s. et les références citées; cf., en matière de TVA, cf. arrêt 2A.452/2003 du 4 mars 2004 consid. 5.1, Archives 75 p. 401). D'après l'art. 1 al. 2 aLTVA, la perception de l'impôt s'effectue notamment selon le principe de la neutralité concurrentielle.
9.2. En droit fiscal, il n'est pas réalisable, pour des raisons pratiques, de traiter chaque contribuable de façon exactement identique; de ce fait, le législateur est autorisé à choisir des solutions schématiques. S'il n'est pas possible de réaliser une égalité absolue, il suffit que la réglementation n'aboutisse pas de façon générale à une charge sensiblement plus lourde ou à une inégalité systématique à l'égard de certaines catégories de contribuables. A cela s'ajoute que les possibilités de comparer les différentes situations restent limitées et qu'il existe un risque de créer de nouvelles inégalités (ATF 133 II 305 consid. 5.1 p. 309 s.; arrêt 2C_200/2011 du 14 novembre 2011 consid. 5.2.1, RDAF 2012 II 56). Un certain schématisme n'est pas non plus étranger au système spécifique de la TVA (voir ATF 139 II 346 consid. 6.3.2 p. 350; arrêts 2A.304/2004 du 1er décembre 2004 consid. 2.2, résumé in RF 60/2005 p. 615; 2A.25/2000 du 26 juillet 2001 consid. 2d, RDAF 2002 II 26).
9.3. L'instauration par le législateur de dérogations improprement dites à la systématique de la TVA par le biais d'exonérations nouvelles ou élargies a pour conséquence inéluctable d'engendrer de nouvelles différences de traitement entre les assujettis dont les situations respectives présentent des similitudes (voir, à ce sujet, ATF 123 II 16 consid. 6f p. 29: application de taux d'imposition distincts aux prestations de restauration et à la remise de produits comestibles); les exonérations de l'art. 18 ch. 11 aLTVA dérogent au principe de la généralité de l'imposition (cf. OBERSON, op. cit., n. 14 p. 361, s'agissant de l'art. 21 nLTVA relatif aux prestations exclues du champ de l'impôt). Les travaux parlementaires démontrent que les députés et le Conseil fédéral en avaient conscience en ajoutant la let. d au catalogue d'exonérations figurant à l'art. 18 ch. 11 aLTVA (cf., en particulier, interventions PLATTNER, in BO 2001 E 603 s. et 606 [ "irgendwo eine Grenze zu ziehen, und dass man immer Ungerechtigkeiten, Ungleichgewichte oder Willkür einführt" ], et VILLIGER, in BO 2001 E 605), et qu'ils ont pour cette raison simultanément voulu limiter strictement la survenance de nouvelles différences de traitement afin d'éviter que la let. d ne serve de point de départ à encore d'autres dérogations (cf. consid. 8.2 supra). Ces choix du législateur au sens formel lient le Tribunal fédéral, qui est tenu d'appliquer le droit en vigueur (art. 190 Cst.; cf. ATF 137 II 328 consid. 4.1 p. 331; arrêts 2C_585/2012 du 6 mars 2014 consid. 4, non publié in ATF 140 II 157 mais in RDAF 2014 II 248; 2C_903/2012 du 12 février 2013 consid. 6.2, RDAF 2014 II 23).
Du reste, on ne voit pas en quoi les nouveaux critères de délimitation établis dans la let. d seraient dénués de fondement ou déraisonnables. En particulier, l'exigence qu'il existe un lien direct entre les prestations d'ordre organisationnel fournies et les prestations éducatives exonérées selon les let. a-c cherche à éviter un élargissement incontrôlé des cas d'exonération improprement dite qui, comme exposé précédemment, dérogent à la logique du système de la TVA. Quant à la condition que les prestations soient fournies par un membre de l'institution éducative en Suisse et que les rapports s'inscrivent dans une structure revêtant une certaine stabilité juridique (à tout le moins un contrat de société simple), elle s'explique par le fait, d'une part, que le législateur a souhaité exonérer fiscalement un certain modèle de collaboration perçu comme particulièrement fréquent en Suisse, à savoir celui de l'institution faîtière qui, étant chargée de prodiguer une formation professionnelle, se voit obligée, pour des motifs de capacités, de déléguer ses tâches à l'un ou plusieurs de ses membres affiliés ou à une entreprise membre créée à cette fin (cf. notamment interventions PLATTNER, LEUMANN-WÜRSCHet BÜTTIKER, in BO 2001 E 603 ss, ainsi que GYSINet BERBERAT, in BO 2001 N 863 s.). D'autre part, la structure juridique requise permet de s'assurer que l'échange de prestations préparatoires entre le membre et l'institution éducative relève de prestations "internes" à cette structure, tandis que toute collaboration plus souple doit continuer à relever de la fourniture de prestations "externes" par un tiers et demeure partant imposable (voir l'importance accordée à la distinction entre les opérations externes et internes: intervention DAVID, in BO 2001 E 607). Or, tel que l'a rappelé à juste titre le Tribunal administratif fédéral, l'assujetti doit se laisser opposer les suites fiscales des formes juridiques qu'il a lui-même choisies pour organiser ses relations (cf. aussi arrêts 2A.349/2004 à 2A.351/2004 du 1er décembre 2004 consid. 5.5, Archives 75 p. 171).
Par conséquent, les griefs tirés de l'égalité de traitement, de la liberté économique et de la neutralité concurrentielle doivent être écartés. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
10.
Les frais judiciaires seront en conséquence mis à la charge de la recourante qui succombe (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 20 février 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
Le Greffier : Chatton