Faits:
A. Par jugement du 24 janvier 2012, le Collège des juges d'application des peines du canton de Vaud a refusé d'accorder à X._ la libération conditionnelle de l'internement ordonné le 11 janvier 1996 par le Tribunal du district de Lavaux.
La Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a, le 21 février 2012, partiellement admis le recours interjeté par X._, constaté que le Collège des juges d'application des peines avait rendu sa décision avec un retard injustifié, confirmé le jugement du 24 janvier 2012 et laissé les frais à la charge de l'Etat.
Par arrêt du 27 juillet 2012 (6B_205/2012), le Tribunal fédéral a admis le recours en matière pénale de X._, annulé la décision attaquée et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement.
B. Le 31 août 2012, la Chambre pénale des recours a statué à nouveau à la suite de l'arrêt de renvoi du 27 juillet 2012. Elle a admis le recours formé par X._, constaté que le Collège des juges d'application des peines avait rendu sa décision avec un retard injustifié, transmis le dossier au Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois en vue d'examiner si les conditions d'une mesure thérapeutique institutionnelle étaient réunies et s'il convenait de changer de sanction, fixé à 972 fr. l'indemnité allouée au défenseur d'office de X._ et dit que les frais d'arrêt par 770 fr. et ladite indemnité étaient laissés à la charge de l'Etat.
C. Parallèlement, X._ a adressé, le 16 juillet 2012, à la Chambre des recours pénale une requête tendant à la réparation du tort moral subi en raison du retard injustifié commis par le Collège des juges d'application des peines, concluant à l'allocation d'un montant de 20'000 francs.
Par arrêt du 18 juillet 2012, la Chambre des recours pénale a déclaré la requête irrecevable.
D. X._ forme deux recours en matière pénale, l'un contre l'arrêt du 18 juillet 2012 (6B_588/2012) et l'autre contre celui du 31 août 2012 (6B_624/2012). Dans les deux recours, il conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi du dossier à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Il requiert par ailleurs l'assistance judiciaire dans les deux cas et la suspension du dossier 6B_624/2012 jusqu'à droit connu dans l'affaire 6B_588/2012.
Il n'a pas été ordonnée d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant a déposé deux recours contre deux décisions distinctes prises toutefois dans le cadre de la même affaire et concernant le même complexe de faits. Il y a lieu de joindre les causes et de les traiter dans un seul arrêt (art. 24 al. 2 PCF et 71 LTF). Il n'y a pas lieu de donner suite à la requête de suspension du recourant.
2. Dans le cadre de son recours contre l'arrêt du 18 juillet 2012, le recourant, invoquant l'art. 429 CPP, prétend que la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois était compétente pour trancher sa requête d'indemnisation pour retard injustifié, en tant que dernière autorité à avoir statué sur la question.
L'art. 429 CPP ne s'applique pas directement aux suites d'une procédure selon l'art. 64b CP (cf. art. 439 CPP). Tout au plus, peut-il s'appliquer à titre de droit cantonal supplétif si la législation cantonale le prévoit. Le Tribunal fédéral ne revoit alors son application que sous l'angle de l'arbitraire (ATF 138 V 67 consid. 2.2 p. 69).
Aux termes de l'art. 429 al. 1 CPP, le prévenu acquitté totalement ou en partie ou bénéficiant d'une ordonnance de classement a droit à une indemnité notamment pour le tort moral subi en raison d'une atteinte particulièrement grave à sa personnalité, notamment en cas de privation de liberté (let. c). Il ressort du texte même de cette disposition qu'elle s'applique au prévenu qui a bénéficié d'un acquittement ou d'un classement. Elle ne s'applique ainsi pas au cas du recourant qui a été condamné et qui exécute un internement, encore moins à une prétention fondée sur un retard injustifié. Par conséquent, l'éventuelle compétence de la cour cantonale invoquée par le recourant basée sur cette disposition est infondée.
Au demeurant, la Chambre des recours pénale, se référant à l'art. 80 al. 1 de sa loi d'organisation judiciaire (LOJV; RSV 173.01), a exposé qu'elle était compétente pour statuer sur les recours dirigés contre les actes de procédure et contre les décisions non sujettes à appel rendues par les tribunaux de première instance, la police, le Ministère public et les autorités pénales compétentes en matière de contravention, le Tribunal des mesures de contrainte dans les cas prévus par le CPP et le juge d'application des peines selon la loi sur l'exécution des peines. Elle était également compétente pour statuer sur tout recours au Tribunal cantonal en matière pénale qui ne relève pas de la compétence d'une autre section (art. 26 Règlement organique du Tribunal cantonal [ROTC]; RSV 173.31.1) ainsi que sur les demandes de distraction de for en matière pénale au sens de l'art. 38 al. 2 CPP (26 al. 2 ROTC). La requête du recourant ne remplissait aucune des conditions de sa saisine. Comme déjà mentionné, s'agissant de l'application du droit cantonal, l'examen du Tribunal fédéral est limité à l'arbitraire. Or, le recourant ne prétend, ni ne démontre que la cour cantonale aurait arbitrairement considéré qu'elle était incompétente.
Le recourant n'invoque aucun motif permettant de fonder la compétence de la cour cantonale et c'est à bon droit qu'elle s'est déclarée incompétente. Mal fondé, le recours dirigé contre la décision du 18 juillet 2012 est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3. Dans le cadre de son recours contre l'arrêt du 31 août 2012, le recourant requiert qu'une indemnité pour tort moral en raison du retard injustifié constaté par la cour cantonale lui soit allouée.
3.1 Le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi, que prévoyait expressément l'art. 66 al. 1 aOJ, est un principe juridique qui demeure applicable sous la LTF (ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335 et les arrêts cités). L'autorité cantonale est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le Tribunal fédéral (ATF 104 IV 276 consid. 3b p. 277; 103 IV 73 consid. 1 p. 74) et par les constatations de fait qui n'ont pas été attaquées devant lui (ATF 104 IV 276 consid. 3d p. 277 s.). Des faits nouveaux ne peuvent être pris en considération que sur les points qui ont fait l'objet du renvoi, lesquels ne peuvent être ni étendus ni fixés sur une base juridique nouvelle (ATF 131 III 91 consid. 5.2 p. 94). Enfin, les considérants de l'arrêt de renvoi lient les parties et le Tribunal fédéral lui-même. Celui-ci ne peut dès lors se fonder sur des considérations qu'il avait écartées ou dont il avait fait abstraction dans sa précédente décision (ATF 111 II 94 consid. 2 p. 95). Les parties ne peuvent quant à elles plus faire valoir, dans un nouveau recours de droit fédéral contre la nouvelle décision cantonale, des moyens que le Tribunal fédéral avait expressément rejetés dans l'arrêt de renvoi (ATF 133 III 201 consid. 4.2 p. 208) ou qu'il n'avait pas eu à examiner, les parties ayant omis de les invoquer dans la première procédure de recours, alors qu'elles pouvaient - et devaient - le faire (arrêt 2C_184/2007 du 4 septembre 2007, consid. 3.1; ATF 111 II 94 consid. 2 p. 95 s.); elles ne peuvent pas non plus prendre des conclusions dépassant celles prises dans leur précédent recours devant le Tribunal fédéral (arrêt 5A_580/2010 du 9 novembre 2010 consid. 4.3).
3.2 Dans son arrêt du 21 février 2012, la cour cantonale a notamment constaté le retard injustifié et a estimé que cette constatation, l'admission du recours sur ce point et la mise à la charge de l'Etat des frais judiciaires permettaient de réparer le préjudice subi par le recourant, conformément à la jurisprudence (ATF 137 IV 118 consid. 2.2 p. 121; 137 IV 92 consid. 3.2.3 p. 98). Dans son recours au Tribunal fédéral contre cet arrêt, le recourant n'a pas remis en cause cet aspect de la décision, en particulier pour obtenir une indemnité, précisant que son recours ne portait que sur le refus de la cour cantonale de renvoyer le dossier à l'autorité ayant ordonné l'internement pour qu'elle examine la possibilité d'un changement de mesure. Le Tribunal fédéral a, dans son arrêt du 27 juillet 2012, reproché à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire en s'écartant de l'avis de l'expert. Au vu des conclusions de ce dernier, la question d'un changement de mesure devait être examinée. Le renvoi ne concernait ainsi que cette question et la cour cantonale était liée par l'arrêt fédéral. Elle ne pouvait et ne devait pas revoir la question du retard injustifié et de son indemnisation dans sa décision du 31 août 2012. Le recourant ne peut, par conséquent, pas soumettre cette question, qui a été définitivement tranchée dans la décision cantonale du 21 février 2012, au Tribunal fédéral. Son grief, partant son recours contre la décision du 31 août 2012, est irrecevable.
4. Les recours étaient d'emblée dénués de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant supporte les frais de la cause, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 6B_588/2012 et 6B_624/2012 sont jointes.
2. Le recours 6B_624/2012 est irrecevable.
3. Le recours 6B_588/2012 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Les demandes d'assistance judiciaire sont rejetées.
5. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 fr., sont mis à la charge du recourant.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 11 février 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet