Sachverhalt:
A. V._, geboren 1957, erhielt mit Verfügung vom 3. September 1997 bei einem Invaliditätsgrad von 57 % ab 1. November 1995 eine halbe Invalidenrente zugesprochen (bestätigt durch EVG-Urteil I 467/97 vom 29. Oktober 1998). Die IV-Stelle des Kantons Zürich bestätigte dies im Rahmen von Rentenrevisionsverfahren in den Jahren 1999, 2003, 2004 und 2007. Im Rahmen dieser Revisionsverfahren holte die IV-Stelle Berichte beim behandelnden Arzt ein (vgl. etwa Bericht des Dr. med. E._, Facharzt für Innere Medizin, vom 1. Mai 2007), liess V._ jedoch nicht polydisziplinär abklären. 2011 leitete die IV-Stelle ein weiteres Revisionsverfahren ein, in dessen Verlauf Dr. med. E._ in seinem Bericht vom 29. August 2011 ausführte, V._ habe eine Teilzeitstelle als Hauswart angenommen und sei bei einer leidensangepassten Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig. In der Folge holte die IV-Stelle einen Arbeitgeberbericht bei der X._ GmbH vom 31. August 2011 ein, aus welchem sich die erzielten Einkommen für die Zeit von 2008 bis Juli 2011 ergaben. Gestützt auf diese Angaben, namentlich die geleistete Arbeitszeit von Januar bis Juli 2011, hob die IV-Stelle die laufende Invalidenrente mit Verfügung vom 20. Januar 2012 auf und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
B. Mit Entscheid vom 5. Dezember 2012 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die dagegen erhobene Beschwerde teilweise gut und wies die Sache unter Aufhebung der Verfügung vom 20. Januar 2012 an die IV-Stelle zu Abklärungen im Sinne der Erwägungen und erneuter Verfügung über den Rentenanspruch zurück. Weiter lehnte sie die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ab und verpflichtete die IV-Stelle zur Übernahme der Gerichtskosten von Fr. 800.- sowie zur Zahlung einer Parteientschädigung von Fr. 2'500.-.
C. V._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm eine Dreiviertelsrente zuzusprechen. Eventualiter sei die Vorinstanz zu verpflichten, seine Beschwerde in der Sache zu entscheiden. Subeventualiter seien die Anordnung einer medizinischen Beurteilung aufzuheben, seiner Beschwerde vor Vorinstanz resp. vor Bundesgericht die aufschiebende Wirkung zu erteilen und die gekürzte Parteientschädigung angemessen zu erhöhen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 112 Abs. 1 BGG müssen die Entscheide, welche der Beschwerde ans Bundesgericht unterliegen, bestimmten Anforderungen genügen. Zu diesen Anforderungen gehört gemäss lit. b der Bestimmung, dass die Entscheide die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art, insbesondere die Angabe der angewendeten Gesetzesbestimmungen enthalten. Nach Art. 112 Abs. 3 BGG kann das Bundesgericht einen Entscheid, der den Anforderungen von Absatz 1 nicht genügt, an die kantonale Behörde zur Verbesserung zurückweisen oder aufheben.
Der vorinstanzliche Entscheid ist in der sog. "Dass-Form" gehalten. Das erschwert seine Les- und Nachvollziehbarkeit erheblich, zumal er verschiedene formell- und materiellrechtliche Streitpunkte beschlägt und mit neun Seiten nicht kurz gehalten ist. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wurde in jüngerer Zeit schon verschiedentlich auf die erschwerte Lesbarkeit längerer "Dass-Entscheide" hingewiesen (die Entscheide wiesen jeweils 5-10 Seiten auf). Dabei wurden die gesetzlichen Voraussetzungen im Sinne von Art. 112 BGG jeweils als noch erfüllt betrachtet (vgl. zum Ganzen Urteil 8C_301/2011 vom 30. Juni 2011 E. 2 mit Hinweisen; vgl. auch ZR 111 [2012] Nr. 74 S. 216 E. 4). Es ist aber von der Vorinstanz mit Nachdruck zu erwarten, dass sie die "Dass-Form" künftig nicht mehr bei längeren Entscheiden verwendet.
2. 2.1 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Endentscheide, das heisst gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG), und gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (Art. 91 BGG). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist hingegen die Beschwerde nur zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (Art. 92 BGG), einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind Zwischenentscheide, die nur unter den genannten Voraussetzungen beim Bundesgericht angefochten werden können (BGE 133 V 477 E. 4.2 S. 481). Anders verhält es sich nur dann, wenn der unteren Instanz, an welche zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (BGE 135 V 141 E. 1.1 S. 143; 134 II 124 E. 1.3 S. 127).
Ein Nachteil ist im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht wieder gutzumachend, wenn er rechtlicher Natur und auch mit einem für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar ist. Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zur ergänzenden Abklärung und neuen Entscheidung bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, es sei denn, die Verwaltung werde durch einen kantonalen Rückweisungsentscheid gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen (BGE 133 V 645 E. 2.1 S. 647; 133 V 477 E. 5.2 S. 483).
Ein Nachteil ist im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht wieder gutzumachend, wenn er rechtlicher Natur und auch mit einem für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar ist. Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zur ergänzenden Abklärung und neuen Entscheidung bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, es sei denn, die Verwaltung werde durch einen kantonalen Rückweisungsentscheid gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen (BGE 133 V 645 E. 2.1 S. 647; 133 V 477 E. 5.2 S. 483).
2.2 Soweit der Versicherte die Rückweisung zu weiteren medizinischen Abklärungen, die Kürzung der ihm zugesprochenen Parteientschädigung sowie eine angeblich unzulässige Protokollierung und Aktenführung durch die Vorinstanz rügt, kann darauf mangels eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils nicht eingetreten werden.
3. Gemäss Art. 98 BGG kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden. Zwischenentscheide über die aufschiebende Wirkung fallen unter diese Regelung. Für entsprechende Einwendungen gilt eine qualifizierte Rüge- und Begründungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 192 E. 1.5 S. 196 mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 8C_11/2011 vom 9. Februar 2011 E. 2).
Soweit der Versicherte die verweigerte Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung durch die Vorinstanz rügt, kann offenbleiben, ob seine Beschwerde den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG genügt. Denn das entsprechende Begehren ist angesichts der konkreten Umstände (enge finanzielle Verhältnisse, schwerwiegende Anhaltspunkte für eine höhere zumutbare Arbeitsfähigkeit und damit auf veränderte berufliche Verhältnisse) sowie der konstanten Rechtsprechung, wonach der Entzug der aufschiebenden Wirkung bei erstinstanzlichen Beschwerden gegen eine Rentenherabsetzung/-aufhebung auch während der Zeit der Rückweisung an die Verwaltung zur weiteren Abklärung und neuen Verfügung andauert (SVR 2011 IV Nr. 33 S. 96 mit Hinweisen, 8C_451/2010), abzuweisen. Dieselben Gründe sind auch massgebend für die Ablehnung des Gesuchs um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung im Sinne von Art. 103 BGG.
4. Da die Beschwerde aussichtslos ist, wird sie im Verfahren nach Art. 109 BGG, d.h. ohne Durchführung eines Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung, erledigt.
5. 5.1 Die Beschwerde des Versicherten ist aussichtslos, weshalb sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen ist (Art. 64 Abs. 1 BGG).
5.2 Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Gerichtskosten sind dem unterliegenden Versicherten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold