Faits:
A. Y._, était créancier de la société A._ Sàrl, qui est tombée en faillite. La masse lui a cédé ses prétentions contre les organes de la société.
Agissant comme cessionnaire des droits de la masse, Y._, a déposé devant le Tribunal cantonal vaudois, le 5 décembre 2006, une demande en paiement dirigée contre X._ et B._, leur réclamant la somme de 203'851 fr. 65 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2007.
S'agissant de X._, qui est domicilié dans le canton de Vaud et était gérant de A._ Sàrl, Y._, lui reproche d'avoir porté préjudice à la société dans le contexte de la cession de la brasserie C._.
X._ a demandé à appeler en cause D._, afin d'exercer contre lui l'action récursoire pour le cas où il serait condamné. Il a exposé que D._ était associé gérant de la société, que lui-même avait agi en suivant ses instructions et que D._ avait, en réalité, dirigé l'opération invoquée à l'appui de la demande.
Le demandeur a déclaré qu'il ne s'opposait pas à l'appel en cause.
Deux tentatives de notifier la demande à D._ en Angleterre ont échoué. Il a été décidé de procéder par voie édictale et la notification a été faite par publication dans la Feuille des avis officiels. Presque simultanément, le défendeur a indiqué une nouvelle adresse en France et sollicité qu'une notification y soit tentée, ce que le juge instructeur a accepté. La notification n'a pas pu être effectuée, l'appelé en cause n'ayant pas donné suite aux convocations des autorités françaises; il a été considéré que l'on se trouvait en présence d'un refus de la notification et que celle-ci était valable. L'acte à notifier mentionne que l'appelé en cause doit élire domicile dans le canton de Vaud, à défaut de quoi il sera réputé avoir élu domicile au greffe.
B. Par décision du 8 septembre 2008, le juge instructeur du Tribunal cantonal vaudois a refusé l'appel en cause, évoquant les difficultés rencontrées avec la notification et soutenant que l'appel en cause est contraire au droit fédéral, soit plus précisément au principe de la solidarité.
Par arrêt du 18 mars 2009, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a confirmé cette décision, en se fondant sur le droit maté-riel qui ferait obstacle à l'appel en cause.
C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 18 mars 2009. Invoquant une violation arbitraire du droit cantonal de procédure et du droit fédéral, il conclut, avec suite de dépens, à l'admission de l'appel en cause et à ce qu'il soit autorisé à prendre des conclusions récursoires contre D._, demandant que celui-ci soit condamné à le relever de toute condamnation en capital, intérêts, frais et dépens, qui pourrait être prononcée contre lui et à ce qu'il soit dit que D._ lui doit la somme de 203'851 fr. 65 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2007. Subsidiairement, il a demandé que la cause soit renvoyée à la Chambre des recours.
L'intimé a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens.
Par ordonnance du 30 septembre 2009, la Présidente de la Ire Cour de droit civil a accordé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué n'a pas mis fin à la procédure, mais il en a écarté définitivement l'appelé en cause. Il s'agit donc d'une décision partielle au sens de l'art. 91 let. b LTF (ATF 134 III 379 consid. 1.1 p. 381 s.).
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en appel en cause et en paiement (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un jugement partiel (art. 91 let. b LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1, 46 al. 1 let. b, 48 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi. Il faut observer que l'arrêt attaqué repose sur plusieurs motivations; se conformant à l'exigence de recevabilité posée par la jurisprudence (ATF 113 IV 119 consid. 6.3 p. 120 s.), le recourant a attaqué chacune des motivations indépendantes.
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Il peut donc examiner d'office et librement toutes les questions relevant de la bonne application du code des obligations. Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1 p. 400). Par exception au principe selon lequel il peut appliquer le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 et 6.2); encore faut-il que la correction demandée soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF). S'il admet le recours, le Tribunal fédéral peut sta-tuer lui-même sur le fond de la même manière que l'autorité précédente pouvait le faire (art. 107 al. 2 LTF).
2. 2.1 L'art. 83 du Code de procédure civile vaudois du 14 décembre 1966 (CPC/VD; RSV 270.11), invoqué par le recourant, a la teneur suivante:
"1. Il y a lieu à appel en cause lorsqu'une partie a un intérêt direct à contraindre un tiers à intervenir au procès,
a) soit qu'elle ait contre lui, si elle succombe, une prétention récursoire ou en dommages-intérêts;
b) soit qu'elle entende lui opposer le jugement;
c) soit enfin qu'elle fasse valoir contre lui des prétentions connexes à celles qui sont en cause.
2. S'il en résulte une complication excessive du procès, le juge peut refuser l'appel en cause."
2.2 Sous réserve des dispositions visées par l'art. 95 let. c et d LTF (qui n'entrent pas en considération ici), le recours au Tribunal fédéral n'est pas ouvert pour se plaindre d'une violation du droit cantonal (art. 95 et 96 LTF). La partie recourante peut toutefois invoquer son droit de ne pas être traitée arbitrairement, puisque celui-ci est garanti par l'art. 9 Cst. et relève du droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 s.; 133 I 201 consid. 1 p. 203; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). S'agissant d'un grief constitutionnel, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière que s'il a été invoqué et motivé de manière circonstanciée par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF). Quant à l'arbitraire dans l'application du droit cantonal, la partie recourante doit indiquer de manière précise quelle disposition du droit cantonal aurait été violée arbitrairement et montrer en quoi consiste l'arbitraire, puisque le Tribunal fédéral n'applique pas d'office le droit cantonal (art. 106 al. 2 LTF; ATF 128 I 273 consid. 2.1 p. 275 s.; sous le nouveau droit: Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 40 ad art. 106 LTF).
L'arbitraire et la violation du droit ne sauraient être confondus. Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annule la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4; 134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
2.3 En l'espèce, le recourant se plaint de manière circonstanciée d'une violation arbitraire de l'art. 83 CPC/VD, reproduit ci-dessus.
Pour mieux comprendre cette disposition cantonale, qui permet à certaines conditions d'appeler en cause un tiers, il est utile, au préalable, de rappeler l'origine de cette institution procédurale et de présenter ses avantages et ses inconvénients.
L'appel en cause est une institution inspirée du droit français qui n'est prévue que dans les codes de procédure des cantons de Genève, de Vaud et du Valais (Message du 28 juin 2006 relatif au code de procédure suisse, FF 2006 6897 ch. 5.5.5; Fabienne Hohl, Procédure civile, Tome I, 2001, n° 644 p. 127). Ses avantages sont apparus si convaincants qu'il a été décidé de l'introduire dans le Code de procédure civile suisse, adopté le 19 décembre 2008, qui n'est actuellement pas en vigueur (art. 81 al. 1 CPC; FF 2006 6897 s. ch. 5.5.5). On voit mal que le législateur fédéral ait fait le choix d'introduire une institution procédurale qui ferait obstacle à l'exercice d'une action fondée sur le droit matériel. On ne peut ainsi suivre l'argument de la cour cantonale selon lequel l'appel en cause ne correspond pas, en soi, au système du droit matériel.
L'appel en cause présente plusieurs avantages aussi bien pour l'appelé en cause que pour la justice elle-même. Il permet en effet de régler plusieurs prétentions litigieuses devant le même juge, dans la même procédure avec une seule et même administration des preuves. Ainsi, les mesures probatoires se rapportant à un même complexe de faits n'ont pas à être répétées dans une procédure distincte pour le seul motif qu'elles ne sont pas opposables à une personne qui n'a pas pu y participer. La connaissance de l'ensemble de l'affaire par un même juge lui permet de mieux en saisir toutes les facettes et de rendre des décisions cohérentes. Le risque de décisions contradictoires est ainsi évité; il en résulte une sensible économie d'énergie et de coûts (FF 2006 6898 ch. 5.5.5; cf. aussi: Fabienne Hohl, op. cit., n° 644 p. 127; Jacques Haldy, De l'utilité de l'appel en cause, RSPC 2005 p. 439 ss). L'appel en cause peut aussi générer des inconvénients puisqu'il alourdit et retarde le procès principal et peut entraîner une attraction de compétence (FF 2006 6898 ch. 5.5.5; cf. aussi: Fabienne Hohl, op. cit., n° 647 p. 128).
Ces inconvénients expliquent la raison pour laquelle l'art. 83 al. 2 CPC/VD - dont l'application doit en l'occurence être examinée sous l'angle restreint de l'arbitraire - prévoit que le juge peut refuser l'appel en cause s'il en résulte une complication excessive du procès. Selon cette disposition cantonale, il faut donc procéder à une pesée des intérêts et se demander si l'intérêt à l'appel en cause l'emporte sur l'inconvénient que constituent l'alourdissement et la prolongation du procès (Jacques Haldy, op. cit., p. 442; cf. Fabienne Hohl, op. cit. n° 647 p. 128). La jurisprudence a admis qu'il n'était pas arbitraire de refuser l'appel en cause pour éviter une complication excessive de la procédure dans un cas où il s'agissait d'appeler en cause plus de cinquante personnes et que la responsabilité de chacune d'elles pouvait impliquer que l'on élucide des faits différents (ATF 132 I 13 consid. 5.3 p. 19). Il a été rappelé en cette occasion que l'économie de la procédure est l'objectif essentiel de l'appel en cause et que cette institution ne saurait être utilisée à des fins dilatoires (ATF précité).
2.4 La cour cantonale a estimé que l'appel en cause était contraire au principe de la solidarité entre les personnes qui s'occupent de la gestion d'une société à responsabilité limitée (art. 827, 759, 143 ss CO), qui suppose que le créancier puisse agir contre le codébiteur de son choix, sans avoir à procéder contre les autres (art. 144 al. 1 CO).
La règle citée (le libre choix du codébiteur recherché) tend en réalité à protéger le créancier contre le risque de l'insolvabilité de l'un des codébiteurs (Isabelle Romy, in Commentaire romand, CO I, 2003, n° 1 ad art. 144 CO), mais n'offre aucune garantie ou privilège quant à la manière dont la procédure doit se dérouler.
L'art. 83 al. 1 let. a CPC/VD prévoit expressément la possibilité d'un appel en cause pour exercer une prétention récursoire. Il est donc insoutenable d'interpréter cette disposition en ce sens qu'elle ne permettrait pas l'appel en cause par un codébiteur recherché qui entend exercer une telle action. D'ailleurs, on soulignera que l'exercice de l'action récursoire est un cas typique, régulièrement cité, de l'appel en cause (Jacques Haldy, op. cit., p. 441; Fabienne Hohl, op. cit., n° 648 p. 128).
2.5 La cour cantonale a estimé que l'introduction, en droit des sociétés, de la solidarité différenciée (art. 827 et 759 al. 1 CO) avait supprimé la justification de l'appel en cause.
La solidarité différenciée a été introduite, en faveur des codébiteurs, pour permettre à chacun d'eux de faire valoir ses éventuels motifs personnels de réduction de l'indemnité dans les rapports externes, c'est-à-dire lorsqu'il est recherché par le créancier (Bernard Corboz, in Commentaire romand, CO II, 2008, n° 14 ad art. 759 CO). Il est insoutenable de penser que cette disposition, qui a pour but de mieux traiter les codébiteurs dans leur rapport à l'égard du créancier, puisse signifier que le législateur a, en réalité, voulu les désavantager en les privant d'un appel en cause pour exercer l'action récursoire. L'institution de l'appel en cause n'a strictement aucun rapport avec la notion de solidarité différenciée. D'ailleurs, les commentateurs, sans faire aucun lien avec la solidarité différenciée, admettent tous que la procédure cantonale, aussi longtemps que le Code de procédure civile suisse n'est pas en vigueur, détermine seule si et à quelles conditions le débiteur recherché par le créancier peut appeler en cause un codébiteur pour exercer contre lui l'action récursoire (Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4e éd. 2009, n° 523 p. 2552; Widmer/Gericke/Waller, in Basler Kommentar, 3e éd. 2008, n° 11 ad art. 759 CO; Bernard Corboz, in Commentaire romand, CO II, 2008, n° 30 ad art. 759 CO).
2.6 La cour cantonale a estimé que le recourant n'avait pas d'intérêt direct à l'appel en cause, parce que sa créance récursoire ne peut naître qu'au moment où il aura payé le lésé.
Il est vrai que la créance récursoire naît au moment où l'un des coresponsables donne satisfaction au lésé, c'est-à-dire, en règle générale, au moment du paiement (ATF 127 III 257 consid. 6c p. 266; 115 II 42 consid. 2a p. 48). Cette règle a cependant été dégagée, dans les jurisprudences citées, pour déterminer le point de départ de la prescription. Elle ne change rien au fait qu'il peut y avoir un intérêt pratique actuel à trancher dans un même procès, à la suite d'une seule et unique administration des preuves, l'ensemble des prétentions découlant d'un même complexe de faits dommageables. L'interprétation de la cour cantonale heurte d'ailleurs de manière insoutenable le texte de l'art. 83 al. 1 let. a CPC/VD, puisque celui-ci permet l'appel en cause dans l'hypothèse où le défendeur, s'il succombe, a une prétention récursoire. Il est évident que le défendeur qui s'oppose à la demande n'a aucune raison de payer avant d'avoir succombé et, s'il succombe, la procédure est terminée et il ne peut plus former d'appel en cause. L'interprétation de la cour cantonale conduit donc à supprimer la possibilité d'appeler en cause prévue expressément par l'art. 83 al. 1 let. a CPC/VD.
2.7 A la différence du cas déjà tranché par la jurisprudence (ATF 132 I 13 consid. 5.3 p. 19), la cour cantonale n'invoque aucune circonstance propre au cas d'espèce qui conduirait à conclure que l'appel en cause alourdirait exagérément la procédure. Il faut relever qu'il s'agit en l'occurence d'appeler en cause un seul coobligé en vue de démontrer qu'il aurait donné des instructions pour l'opération litigieuse, ce qui ne devrait pas donner lieu, à première vue, à des mesures probatoires longues et coûteuses. Il résulte de l'arrêt cantonal que la demande a été valablement notifiée à l'appelé en cause et que l'acte notifié mentionne que si ce dernier ne fait pas élection de domicile dans le canton de Vaud, il sera alors réputé avoir élu domicile au greffe; on doit donc en déduire qu'il suffirait, dans la suite de la procédure, de déposer toutes les communications qui lui sont destinées au greffe de la juridiction pour que la procédure puisse suivre normalement son cours. On ne voit donc pas en quoi la procédure pourrait être particulièrement ralentie en raison de l'attitude rénitente de l'appelé en cause, l'arrêt cantonal n'examinant pas cette question en l'espèce.
Le recours pour arbitraire doit donc être admis et l'arrêt attaqué annulé. Dans la mesure où il s'agit de rendre une nouvelle décision fondée sur le seul droit de procédure cantonal, l'affaire doit être renvoyée à l'autorité précédente (cf. arrêt 4A_338/2007 du 22 novembre 2007 consid. 1.3) qui devra en particulier, basée sur l'art. 83 CPC/VD, procéder à une véritable pesée des intérêts et se demander si, dans les circonstances d'espèce, l'intérêt à l'appel en cause l'emporte sur l'inconvénient que constituent l'alourdissement et la prolongation du procès.
3. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 5'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 18 novembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget