Sachverhalt:
A. Die Regionale Staatsanwaltschaft Emmental-Oberaargau führt seit März 2010 ein Strafverfahren gegen X._. Sie wirft ihm verschiedene Delikte gegenüber seiner Ehefrau, Y._, und gegenüber deren Bekanntem, Z._, vor: Vergewaltigung seiner Ehefrau; einfache Körperverletzung, Tätlichkeit und Nötigung gegenüber Z._; wiederholte Tätlichkeiten gegenüber seiner Ehefrau; mehrfache Beschimpfung, mehrfache Drohung und mehrfacher Hausfriedensbruch gegenüber seiner Ehefrau und Z._.
X._ wurde am 15. März 2010 nach einer tätlichen Auseinandersetzung mit Z._ in Untersuchungshaft versetzt. Am 26. März 2010 wurde er unter Anordnung von Ersatzmassnahmen wieder entlassen. Nach mehrmaligen Verwarnungen beantragte die Staatsanwaltschaft am 23. April 2012 weitere Ersatzmassnahmen, welche gleichentags vom Regionalen Zwangsmassnahmengericht Emmental-Oberaargau genehmigt wurden. Es wurde ihm ein Rayonverbot auferlegt und verboten, seine inzwischen von ihm getrennt lebende Ehefrau anzurufen, ihr oder Z._ nachzufahren und die beiden in der Öffentlichkeit anzusprechen bzw. zu überwachen. Am 15. Mai 2012 beantragte die Staatsanwaltschaft erneut die Anordnung von Untersuchungshaft und führte zur Begründung unter anderem aus, X._ habe am 11. Mai 2012 eine Beschimpfung und Nachtruhestörung begangen und gegen die ihm auferlegten Weisungen verstossen. Mit Entscheid vom 16. Mai 2012 ordnete das Zwangsmassnahmengericht die Untersuchungshaft an. Es verlängerte sie später mit Entscheid vom 15. August 2012 bis zum 13. November 2012. Eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Bern mit Beschluss vom 7. September 2012 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 3. Oktober 2012 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und er selbst sei unverzüglich aus der Haft zu entlassen.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Verlängerung der Untersuchungshaft. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG gegeben. Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und befindet sich nach wie vor in Haft. Er ist deshalb nach Art. 81 Abs. 1 BGG zur Beschwerde berechtigt. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Nach Art. 221 StPO ist Untersuchungshaft nur zulässig, wenn die beschuldigte Person eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und ernsthaft zu befürchten ist, dass sie sich durch Flucht dem Strafverfahren oder der zu erwartenden Sanktion entzieht (Abs. 1 lit. a); Personen beeinflusst oder auf Beweismittel einwirkt, um so die Wahrheitsfindung zu beeinträchtigen (Abs. 1 lit. b); oder durch schwere Verbrechen oder Vergehen die Sicherheit anderer erheblich gefährdet, nachdem sie bereits früher gleichartige Straftaten verübt hat (Abs. 1 lit. c). Haft ist auch zulässig, wenn ernsthaft zu befürchten ist, eine Person werde ihre Drohung, ein schweres Verbrechen auszuführen, wahr machen (Abs. 2). Das zuständige Gericht ordnet gemäss Art. 237 Abs. 1 StPO an Stelle der Untersuchungshaft eine oder mehrere mildere Massnahmen an, wenn sie den gleichen Zweck wie die Haft erfüllen.
Das Obergericht bejahte sowohl den dringenden Tatverdacht als auch die besonderen Haftgründe der Wiederholungsgefahr und der Ausführungsgefahr. Der Beschwerdeführer bestreitet das Vorliegen von Haftgründen und macht zudem geltend, es stünden taugliche Ersatzmassnahmen zur Verfügung.
3. 3.1 Zum dringenden Tatverdacht führt das Obergericht aus, die Ehefrau des Beschwerdeführers habe diesem in einer Einvernahme vom 27. August 2010 vorgeworfen, sie im April 2010 vergewaltigt zu haben. Die Aussagen der Ehefrau seien sehr differenziert und es sei ersichtlich, dass sie ihren Ehemann eigentlich nicht belasten möchte. Dass sie sich nicht lautstark widersetzt hat, obwohl im fraglichen Zeitpunkt noch weitere Personen in der Wohnung gewesen seien, erklärt das Obergericht mit dem kulturellen Hintergrund der Ehefrau, die wie der Beschwerdeführer selbst aus Sri Lanka stammt. Weiter hält das Obergericht fest, der Beschwerdeführer bestreite den Vorwurf der Drohungen nicht. Auch insofern sei der dringende Tatverdacht zu bejahen.
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, eine Vergewaltigung habe nicht stattgefunden. Bei den übrigen Vorwürfen, die er zur Mehrheit bestreite, handle es sich nicht um schwere Vergehen. Zwar habe er am 14. März 2010 gegenüber Z._ ein Messer ergriffen, dieses aber nicht gegen ihn eingesetzt. Auch bei späteren Vorfällen habe er sich auf das Werfen von Steinen oder einer Flasche beschränkt, nachdem er von Z._ mit einem Pfefferspray angegriffen worden sei.
3.3 Das Bundesgericht hat bei der Überprüfung des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Zu prüfen ist vielmehr, ob genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers daran vorliegen, die Untersuchungsbehörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Im Haftprüfungsverfahren genügt der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte. Das Beschleunigungsgebot in Haftsachen lässt keinen Raum für ausgedehnte Beweismassnahmen. Zur Frage des dringenden Tatverdachts hat das Haftgericht weder ein eigentliches Beweisverfahren durchzuführen, noch dem erkennenden Strafgericht vorzugreifen. Vorbehalten bleibt allenfalls die Abnahme eines liquiden Alibibeweises (zum Ganzen: BGE 137 IV 122 E. 3.2 S. 126 f. mit Hinweisen).
3.4 "Aussage-gegen-Aussage-Konstellationen", in welchen sich belastende Aussagen des mutmasslichen Opfers und bestreitende Aussagen der beschuldigten Person gegenüberstehen, führen nicht zwingend zu einem Freispruch. Die Ehefrau des Beschwerdeführers sagte aus, dass ihr Ehemann mit ihr den Beischlaf vollzogen habe, obwohl sie ihm gesagt habe, er solle sie nicht berühren und sie wolle keinen Sex. Dass die Vorinstanz gestützt auf eine summarische Beweiswürdigung die detaillierten Aussagen des mutmasslichen Opfers als glaubhafter eingestuft hat als die pauschale Bestreitung des Beschwerdeführers, ist nicht zu beanstanden. Dass sich die Ehefrau nicht körperlich zur Wehr setzte, schliesst den Tatbestand der Vergewaltigung (Art. 190 StGB) nicht aus. Die einlässliche Würdigung der Aussagen der Beteiligten wird Sache des urteilenden Gerichts sein.
Der Beschwerdeführer bestreitet zudem nicht, Drohungen ausgesprochen zu haben. Somit kann auch in dieser Hinsicht von einem dringenden Tatverdacht ausgegangen werden. Gemäss dem angefochtenen Entscheid handelt es sich dabei auch um Drohungen mit dem Tod, die verbal ("i mach di tot") und nonverbal (mit Gesten und Handlungen, beispielsweise dem Werfen von Steinen) erfolgten.
4. 4.1 Zum besonderen Haftgrund der Ausführungsgefahr (Art. 221 Abs. 2 StPO) wird im angefochtenen Entscheid auf eine vom 22. Juni 2012 datierende Vorabstellungnahme zu einem noch nicht fertiggestellten psychiatrischen Gutachten verwiesen. Die Argumentation der zwei Gutachterinnen in der Vorabstellungnahme, wonach die Möglichkeit besteht, dass der Beschwerdeführer bei einer weiteren Destabilisierung der Situation in Kombination mit dem Alkoholkonsum und der depressiven Störung mit latenter Suizidalität zu einer schweren Gewalttat schreiten könnte, sei nachvollziehbar. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers könne aufgrund des Abschlusses einer Ehescheidungskonvention nicht einfach von einer entspannten Situation ausgegangen werden. Dabei falle auch ins Gewicht, dass der Verlust der Arbeitsstelle zu einer weiteren Destabilisierung führe. Dies sehe auch der Beschwerdeführer ein; er habe selbst darauf hingewiesen, dass er damit seinen letzten Halt verliere. Seine Wut auf seinen "Nebenbuhler" scheine auch unter dem Einfluss des Gefängnisaufenthalts nicht nachgelassen zu haben. Er wünsche sich den Tod von Z._ und habe dies auch deutlich kommuniziert. Seine Einwände gegen die Vorabstellungnahme überzeugten nicht. So habe die eine der beiden Gutachterinnen wohl in einem Telefongespräch mit der Staatsanwaltschaft gesagt, dass ihr eine Haftentlassung mit Blick auf die Rettung des Arbeitsplatzes sehr sympathisch gewesen wäre. Im Ergebnis habe sie sich aber von der Vorabstellungnahme, wonach aus psychiatrischer Sicht eine Haftentlassung nicht angezeigt sei, nicht distanziert. Auch treffe nicht zu, dass die beiden nicht auf das Vorbringen des Beschwerdeführers eingegangen seien, er fühle sich von Z._ provoziert.
4.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorabstellungnahme berücksichtige nicht, dass sein Verhalten Ausdruck einer kurzzeitigen Konflikts- und Belastungssituation im Zusammenhang mit dem "Auftauchen des Rivalen Z._" gewesen sei. Ansonsten weise seine Lebensgeschichte nämlich keine derartigen Vorfälle auf. In der Vorabstellungnahme werde zudem davon ausgegangen, dass die in der Anklageschrift und den Akten vorgeworfenen Straftaten zutreffend seien. Damit würden schwere, einzig von Z._ vorgebrachte Anschuldigungen ohne Prüfung übernommen. Der Vorwurf, seine Ehefrau habe wegen seinen Fusstritten ein Kind verloren und habe wegen seinen Schlägen eine schwere Ohrenoperation machen müssen, sei haltlos. Auch treffe nicht zu, dass er sie mit Stöcken geschlagen habe. Er habe nie massive Gewalt angewendet, die Rückschlüsse auf eine mögliche Gefährlichkeit erlauben würde. Weiter bleibe unberücksichtigt, dass Auslöser der Konfliktsituation das Verhalten von Z._ gewesen sei. Schliesslich würden in der Vorabstellungnahme die Risikofaktoren völlig einseitig gewürdigt. Mit guten Gründen könne man auch zu einem anderen Schluss kommen. Aus diesen Gründen sei es willkürlich und stelle eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung dar, ihn als gemeingefährlich einzustufen.
4.3 Ausführungsgefahr im Sinne von Art. 221 Abs. 2 StPO besteht, wenn ernsthaft zu befürchten ist, eine Person werde ihre Drohung, ein schweres Verbrechen auszuführen, wahr machen.
Die Notwendigkeit, Personen an der Begehung strafbarer Handlungen zu hindern, wird in Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK ausdrücklich als Haftgrund anerkannt. Die rein hypothetische Möglichkeit der Verübung von Delikten sowie die Wahrscheinlichkeit, dass nur geringfügige Straftaten verübt werden, reichen allerdings nicht aus, um eine Präventivhaft zu begründen. Bei der Annahme, dass die beschuldigte Person eine schwere Straftat begehen könnte, ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Zurückhaltung geboten. Erforderlich ist eine sehr ungünstige Rückfallprognose. Nicht Voraussetzung ist hingegen, dass die verdächtige Person bereits konkrete Anstalten getroffen hat, um die befürchtete Tat zu vollenden. Vielmehr genügt es, wenn die Wahrscheinlichkeit einer Ausführung aufgrund einer Gesamtbewertung der persönlichen Verhältnisse sowie der Umstände als sehr hoch erscheint. Besonders bei drohenden schweren Gewaltverbrechen ist dabei auch dem psychischen Zustand der verdächtigen Person bzw. ihrer Unberechenbarkeit oder Aggressivität Rechnung zu tragen (zum Ganzen: BGE 137 IV 122 E. 5.2 S. 129 f. mit Hinweisen).
4.4 Dem Beschwerdeführer ist zuzustimmen, dass es den Beweiswert eines Gutachtens in Frage stellt, wenn darin sämtliche aus den Akten hervorgehenden Vorwürfe unbesehen übernommen werden. Insofern erscheint es problematisch, wenn die Gutachterinnen festhalten, bei der Bewertung der sogenannten historischen Items H1, H2 und H10 sei davon ausgegangen worden, dass die in der Anklageschrift und den Akten vorgeworfenen Straftaten zutreffend seien. Wie aus den obigen Erwägungen hervorgeht, hat das Obergericht den dringenden Tatverdacht nur hinsichtlich des Vorwurfs der Vergewaltigung und der mehrfachen Drohung bejaht. Indessen ist aus der konkreten Risikoeinschätzung in der Vorabstellungnahme ersichtlich, dass die Gutachterinnen die erhobenen Vorwürfe keineswegs unbesehen als wahr unterstellten. Im Rahmen des Item H1 zu früherer Gewaltanwendung wird der Vorwurf von Fusstritten gegenüber der schwangeren Ehefrau, eine schwere Ohrenoperation oder das Schlagen mit Stöcken denn auch nicht aufgeführt. Es gibt auch keine anderen Hinweise, dass diese schwerwiegenden Vorwürfe Eingang in die Risikoeinschätzung gefunden hätten. Die Kritik des Beschwerdeführers ist insofern unbegründet. Ebenfalls unbegründet ist der Einwand, dass in seiner bisherigen Lebensgeschichte keine ähnlichen Vorfälle zu verzeichnen seien und dies unberücksichtigt geblieben sei. Die Gutachterinnen halten fest, dass der Beschwerdeführer im Strafregister nicht verzeichnet sei. Im Übrigen kann die Konflikts- und Belastungssituation, welche mindestens seit März 2010 andauert, kaum als "kurzzeitig" bezeichnet werden. Schliesslich würdigten die Gutachterinnen auch den Umstand, dass sich der Beschwerdeführer durch Z._ provoziert fühlte. Im Gegensatz zu ihm selbst, der seine eigene Reaktion als verständlich bezeichnet, beurteilen sie die Einschätzung der Situation durch den Beschwerdeführer indessen als Ausdruck fehlender Einsicht in das Unrecht und die schädlichen Konsequenzen seines aggressiven Verhaltens. Dass die Gutachterinnen die Risikofaktoren einseitig gewichtet hätten, ist ebenfalls nicht ersichtlich. Aus der Vorabstellungnahme geht hervor, dass sie die prognostisch günstigen Elemente den prognostisch ungünstigen gegenüberstellten und zum Ergebnis gelangten, die Gefahr für die Verübung einer schweren Gewalttat sei gegeben. Bei dieser abschliessenden Bewertung handelt es sich um eine spezifisch psychiatrische Fachfrage. Mangels triftiger Gründe, die diese Bewertung in Zweifel ziehen, ist darauf abzustellen (BGE 136 II 539 E. 3.2 S. 547 f. mit Hinweisen). Die aus Laiensicht bestehende Möglichkeit, eine andere Gewichtung der Risikofaktoren vorzunehmen und damit zu einem anderen Schluss zu gelangen, ist kein derartiger triftiger Grund.
4.5 Die Gutachterinnen halten fest, es sei zu befürchten, dass der Beschwerdeführer bei einer weiteren Destabilisierung seiner Situation zu einer schweren Gewalttat schreite, deren Verwirklichung er - zumindest im Fall von Z._ - wünsche. Im angefochtenen Entscheid wird dazu ausgeführt, dass der Beschwerdeführer versucht habe, Z._ totzubeten, was aus seiner Sicht ein effizientes Mittel sei. Im Tod von Z._ sehe er, abgesehen vom eigenen Tod, die einzige Lösung. Diese Ausführungen werden vom Beschwerdeführer nicht bestritten. Vor diesem Hintergrund ist die Schlussfolgerung der Vorinstanz, es sei zu befürchten, der Beschwerdeführer werde seine Drohung, ein schweres Verbrechen auszuführen, wahrmachen, nicht zu beanstanden.
4.6 In Bezug auf die Verhältnismässigkeit der Untersuchungshaft hält das Obergericht fest, der Beschwerdeführer habe sich bisher nicht an ihm erteilte Weisungen gehalten und eine ambulante Behandlung sei nicht aussichtsreich. Letztere Einschätzung stützt sich auf die psychiatrische Vorabstellungnahme, worin von einem ambulanten Risikomanagement abgeraten wird. Zwar kritisiert der Beschwerdeführer auch dies als unhaltbar und weist darauf hin, dass die bisherigen Therapieversuche an der fehlenden sprachlichen Verständigung gescheitert seien. Dabei übersieht er jedoch, dass ohnehin nicht in jedem Fall vorerst ein Versuch einer ambulanten Behandlung durchgeführt werden muss. Wenn die Gutachterinnen festhalten, insbesondere aufgrund der Vielzahl der Risikofaktoren und der mangelhaften Befolgung von Weisungen durch den Beschwerdeführer sei ein ausreichend sicheres ambulantes Risikomanagement derzeit nicht herstellbar, ist dies nachvollziehbar. Die Vorinstanz hat den Grundsatz der Verhältnismässigkeit nicht verletzt, wenn sie von Ersatzmassnahmen absah (Art. 197 Abs. 1 lit. c i.V.m. Art. 237 StPO).
4.7 Das Obergericht geht weiter davon aus, es liege auch Wiederholungsgefahr gemäss Art. 221 Abs. 1 lit. c StPO vor, da Todesdrohungen zum einen als schwere Vergehen im Sinne dieser Bestimmung zu qualifizieren seien und zum andern befürchtet werden müsse, im Fall einer Haftentlassung werde es zu weiteren gleichartigen Delikten kommen. Wie es sich damit und mit den entsprechenden Einwänden des Beschwerdeführers verhält, kann offen bleiben, zumal sich nach dem Gesagten die Aufrechterhaltung der Haft bereits mit dem Haftgrund von Art. 221 Abs. 2 StPO begründen lässt.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen. Der Beschwerdeführer ersucht um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind, kann dem Gesuch entsprochen werden (Art. 64 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Ulrich Kiener wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Regionalen Staatsanwaltschaft Emmental-Oberaargau und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Dold