Faits:
A. C._, né le 13 septembre 2004, et D._, né le 30 mai 2007, sont les enfants, nés hors mariage, de A._ (la mère) et de B._ (le père).
A.a Au mois de février 2009, les parents se sont séparés. Le père s'est occupé des enfants à raison de 40 % jusqu'à ce que les parents conviennent d'un droit de visite, en août 2009. Le droit de visite du père s'exerçait une semaine sur deux, du mardi soir après l'école au vendredi matin et l'autre semaine du vendredi soir après l'école au lundi matin, ainsi que la moitié des vacances scolaires.
A.b Au mois de février 2010, la mère a unilatéralement réduit le droit de visite du père au jeudi matin, à la place du vendredi matin. La mère a encore réduit le droit de visite du père en septembre 2010, en confiant les enfants à celui-ci un week-end sur deux du vendredi à la sortie de l'école au lundi matin. Le droit de visite est demeuré inchangé durant les vacances scolaires.
B. Par requête du 21 décembre 2010, le père a sollicité du Tribunal tutélaire la fixation d'un droit de visite s'exerçant une semaine sur deux, du mardi après l'école au vendredi matin, et l'autre semaine, du vendredi soir au lundi matin, ainsi que durant la moitié des vacances scolaires. Il a également requis l'instauration d'une curatelle de surveillance du droit de visite.
B.a Après avoir invité les parents à se prononcer sur le rapport d'évaluation sociale du Service de protection des mineurs (ci-après: SPMi) du 23 mars 2011, entendu les parents et le représentant du SPMi lors d'une audience de comparution personnelle, et procédé à un nouvel échange d'écritures, le Tribunal tutélaire a, par ordonnance du 18 octobre 2011, octroyé au père un droit de visite sur ses deux fils s'exerçant à raison d'une semaine sur deux, du mardi à la sortie de l'école au jeudi matin, et l'autre semaine du vendredi après l'école au dimanche soir, ainsi que la moitié des vacances scolaires, de la manière explicitée dans le dispositif de la décision. Le Tribunal tutélaire n'a pas institué de curatelle de surveillance du droit de visite.
B.b Le 31 octobre 2011, la mère a recouru contre cette ordonnance, requérant principalement son annulation, subsidiairement la fixation d'un droit de visite du père s'exerçant une semaine sur deux du vendredi après l'école au lundi matin, les jeudis durant la pause de midi et la moitié des vacances scolaires. Statuant le 30 janvier 2012, la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire) a débouté la mère et confirmé l'ordonnance querellée.
C. Par acte du 2 mars 2012, la mère interjette un recours au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire et, principalement, à sa réforme en ce sens que le droit de visite du père s'exerce une semaine sur deux du vendredi après l'école au lundi matin, les jeudis durant la pause de midi et la moitié des vacances scolaires, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité précédente. Au préalable, elle sollicite l'octroi de l'effet suspensif.
Invités à se déterminer sur la requête d'effet suspensif, le père a conclu à son rejet et l'autorité précédente s'en est remise à justice.
D. Par ordonnance du 19 mars 2012, la Présidente de la Cour de céans a octroyé l'effet suspensif au recours.
Des réponses sur le fond n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. L'arrêt entrepris, qui a pour objet la réglementation du droit de visite du parent non marié qui n'a pas la garde des enfants, est une décision prise en application de normes de droit public dans une matière connexe au droit civil (art. 72 al. 2 let. b ch. 7 LTF; arrêts 5A_457/2009 du 9 décembre 2009 consid. 1.1; 5A_339/2009 du 29 septembre 2009 consid. 1.1). Comme la question soumise au Tribunal fédéral est de nature non pécuniaire, le recours est ouvert indépendamment de la valeur litigieuse (arrêts 5A_366/2010 du 4 janvier 2011 consid. 1.1, 5D_41/2007 du 27 novembre 2007 consid. 2.3). Par ailleurs, le recours a été interjeté dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, par une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et justifiant d'un intérêt à la modification ou à l'annulation de la décision attaquée (art. 76 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al.1 et 2 LTF). Le recours en matière civile est en principe recevable de ce chef.
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104 s.). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (ATF 137 II 305 consid. 3.3 p. 310 s.; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). Le recourant qui se plaint de la violation de tels droits doit ainsi satisfaire au principe d'allégation, en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (art. 106 al. 2 LTF; ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 II 396 consid. 3.1 p. 399 in fine).
2.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (art. 105 al. 1 LTF); il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte - à savoir arbitraire (art. 9 Cst.; ATF 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 135 III 127 consid. 1.5 p. 129 s., 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant ne peut se plaindre de constatations de fait arbitraires que si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). En outre, il ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit plutôt indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable. Une critique qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.; 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.).
2.3 En vertu de l'art. 75 al. 1 LTF, le recours n'est ouvert qu'à l'encontre des décisions rendues par une autorité cantonale de dernière instance, ce qui suppose que la partie recourante ait épuisé toutes les voies de droit quant aux griefs qu'elle entend soumettre au Tribunal fédéral (ATF 135 III 1 consid. 1.2 p. 3 s. et 424 consid. 3.2 p. 429; 134 III 524 consid. 1.3 p. 527).
3. La Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire a d'emblée estimé que la comparution personnelle des parties et l'ouverture d'enquêtes, requises à titre subsidiaire par la mère n'étaient pas nécessaires, dès lors qu'une telle comparution avait déjà eu lieu, que les parties avaient pu longuement s'exprimer dans le cadre de leurs mémoires respectifs et que le dossier comportait suffisamment d'éléments pour statuer sur le litige, notamment le rapport d'évaluation sociale du SPMi du 23 mars 2011.
A l'appui du rejet du recours de la mère, les juges cantonaux ont relevé que la relation entre le père et les fils était forte, investie et construite depuis la naissance car le père s'était consacré personnellement aux enfants de manière régulière. L'autorité précédente a jugé les liens affectifs essentiels pour le bien des enfants et leur développement futur, partant, elle a considéré nécessaire de préserver la relation existante en conférant au père un large droit de visite. S'agissant des modalités d'exercice de ce droit aux relations personnelles, l'autorité cantonale a reconnu que la solution retenue par le SPMi et confirmée par le Tribunal tutélaire, à savoir organisée une semaine sur deux du mardi après l'école au jeudi matin, l'autre semaine du vendredi après l'école au dimanche soir, n'est pas idéale, dans la mesure où elle implique de nombreux changements. Elle a cependant admis qu'il n'y avait pas lieu de s'en écarter, dès lors qu'il n'avait pas été démontré que ce droit de visite, exercé avant que la mère ne le réduise unilatéralement, avait été préjudiciable aux intérêts des enfants. L'autorité précédente a jugé que ni le fait que la mère bénéficie d'un congé tous les mercredis, ni le conflit entre les parents n'étaient déterminants pour réduire le droit de visite. Elle a en outre relevé que le droit aux relations personnelles de huit jours par mois n'équivalait pas à une garde alternée, en sorte que l'accord des deux parents n'était pas nécessaire. Estimant conforme aux intérêts des enfants le droit de visite fixé par le Tribunal tutélaire, sur proposition du SPMi, l'autorité cantonale a en définitive confirmé l'ordonnance du 18 octobre 2011.
4. La recourante fait grief à la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire d'avoir violé à plusieurs égards son droit d'être entendue garanti par l'art. 29 al. 2 Cst.
Elle soutient premièrement que l'autorité cantonale n'est pas entrée en matière sur les griefs de constatation erronée des faits et d'appréciation arbitraire et partiale des faits qu'elle a soulevés à l'encontre du rapport établi par le SPMi, arguant que ce document avait été finalisé et signé sans qu'elle n'ait eu connaissance des graves accusations portées par l'intimé à l'adresse de sa mère. Selon elle, l'autorité précédente n'a nullement examiné les arguments de la recourante. En relation avec le rapport d'évaluation, elle critique aussi le fait que l'auteur de ce document n'était pas présente lors de l'audience devant le Tribunal tutélaire et qu'elle n'a donc pas pu poser de questions sur ce rapport au représentant du SPMi.
La recourante s'en prend deuxièmement à la motivation de l'arrêt attaqué qu'elle juge indigente, uniquement fondée sur "quelques affirmations abstraites"; en particulier, elle estime contradictoire le raisonnement de la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire qui juge la solution du SPMi "pas idéale," mais non "préjudiciable" aux intérêts des enfants.
Troisièmement, la motivation de l'arrêt entrepris est, selon elle, lacunaire en ce qui concerne la fixation du droit de visite jusqu'au "dimanche soir" parce qu'elle mentionne seulement le moment de la journée, sans aucune indication précise de l'heure à laquelle le père doit rendre les enfants.
La recourante fait quatrièmement grief à l'autorité précédente de ne pas avoir examiné "la question de savoir si un droit de visite aussi complexe était adapté au jeune âge" des enfants.
4.1 La recourante invoque son droit d'être entendu tant sous l'angle du droit à se déterminer sur les preuves administrées (première critique) que de celui à obtenir une décision motivée (deuxième, troisième et quatrième reproches). Il s'agit d'un grief de nature formelle (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa p. 437 s.), qu'il convient par conséquent d'examiner avant tout autre (ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 p. 285; 124 I 49 consid. 1 p. 50) et avec une cognition libre (ATF 121 I 54 consid. 2a p. 57 et les arrêts cités).
Le droit d'être entendu garantit notamment le droit pour une partie à un procès de pouvoir s'exprimer à propos de toutes les pièces du dossier et de toute observation communiquée au tribunal, dans la mesure où elle l'estime nécessaire (ATF 135 II 286 consid. 5.1 p. 293; 133 I 100 consid. 4.3 p. 102; 132 I 42 consid. 3.3.2 p. 46). Il appartient aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Ce droit à la réplique vaut pour toutes les procédures judiciaires (ATF 133 I 100 consid. 4.3 ss p. 102 ss, 98 consid. 2.2 p. 99; 132 I 42 consid. 3.3.2 - 3.3.4 p. 46 s.).
La jurisprudence a également déduit du droit d'être entendu le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse en saisir la portée, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 s. et les arrêts cités). Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'est pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties, mais peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 136 I 229 consid. 5.2 p. 236; 136 V 351 consid. 4.2 p. 355 et les références).
La jurisprudence a également déduit du droit d'être entendu le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse en saisir la portée, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 s. et les arrêts cités). Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'est pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties, mais peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 136 I 229 consid. 5.2 p. 236; 136 V 351 consid. 4.2 p. 355 et les références).
4.2 4.2.1 En tant que la recourante se plaint du fait que l'auteur du rapport d'évaluation n'était pas présente lors de l'audience devant le Tribunal tutélaire et qu'elle n'a par conséquent pas pu poser de questions sur ce rapport, sa critique est irrecevable, faute d'épuisement des instances cantonales (cf. supra consid. 2.3). L'impossibilité de poser des questions à l'auteur du rapport en audience devant le Tribunal tutélaire, dorénavant critiquée par la recourante, n'a en effet pas été contestée en instance cantonale de recours. Il en va de même du reproche concernant l'heure de retour des enfants le dimanche soir au terme du droit de visite, dès lors que la recourante n'a émis devant la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire aucune critique relative aux horaires du droit de visite pourtant fixés en première instance.
4.2.2 En ce qui concerne le droit à s'exprimer sur les mesures d'instruction, il apparaît que le rapport d'évaluation du SPMi a été communiqué aux parties par le Tribunal tutélaire, avec la précision qu'à défaut d'opposition, une décision conforme à ce document serait rendue. La recourante s'est exprimée par écrit sur ce rapport et sur l'adhésion du père aux conclusions de ce rapport. A cette occasion, elle a relevé les problèmes de communication entre les parents, sa prise en charge prépondérante des enfants et le fait que le droit de visite préconisé est contraire aux intérêts des enfants, raison pour laquelle elle s'y opposait. Lors de l'audience devant les premiers juges, la recourante s'est encore exprimée au sujet du rapport, en contestant la prise en charge des enfants par ses propres parents à raison de 4 jours par mois. Dans une détermination écrite ultérieure, la recourante s'est, une nouvelle fois, opposée au droit de visite préconisé par le rapport du SPMi, soutenant qu'un changement de la situation actuelle n'était pas opportun et que les tensions dans la relation des parents rendaient impraticable un droit de visite aussi large que celui qui était proposé. Il apparaît que les parties ont eu l'occasion de s'exprimer à trois reprises au moins sur le rapport d'évaluation, en sorte que la recourante a eu le loisir de faire valoir ses arguments, en particulier de se prononcer sur le fait que le rapport avait été établi sans qu'elle n'ait eu connaissance des prétendues graves accusations portées contre sa mère. Par ailleurs, il ressort de l'arrêt attaqué que le représentant du SPMi présent à l'audience, informé de la prise de position de chaque parent sur le rapport n'a pas souhaité modifier le préavis. Quoi qu'il en soit, la recourante ne démontre pas qu'elle a été empêchée de s'exprimer, en particulier qu'elle n'a pas été en mesure de faire valoir devant les juges précédents que les "fausses allégations" de l'intimé ont eu un impact sur les conclusions du rapport.
4.2.3 S'agissant de la motivation de l'arrêt entrepris, il apparaît que les juges cantonaux ont expliqué en détail sur plusieurs pages la manière dont ils ont fixé le droit aux relations personnelles du père et mentionné les motifs sur lesquels ils fondaient leur décision. Ils ont exposé que la relation forte et investie entre le père et les enfants depuis leur naissance permettait de fixer un large droit aux relations personnelles. S'agissant du jeune âge des enfants, l'autorité précédente s'est prononcée en reconnaissant que le système préconisé par le SPMi, dans la mesure où il occasionnait des coupures et des changements de lieux fréquents n'était pas idéal (cf. supra consid. 3), autrement dit n'était pas la solution optimale. Elle a cependant estimé que cette solution avait été pratiquée et qu'il n'avait pas été démontré que les enfants aient effectivement souffert durant cette période, à savoir que le droit de visite n'avait pas eu concrètement d'impact négatif sur les enfants. La motivation de l'autorité précédente n'est ainsi manifestement ni contradictoire, ni abstraite.
4.3 Vu ce qui précède, le grief de violation du droit d'être entendu doit être rejeté, autant qu'il est recevable.
5. La recourante reproche ensuite à l'autorité cantonale "d'avoir procédé à un établissement et une constatation arbitraire des faits" (art. 9 Cst.). Elle fait valoir que l'autorité précédente a arbitrairement retenu des déclarations isolées citées dans le rapport du SPMi et écarté les éléments du dossier qui démontreraient le caractère préjudiciable des modalités du droit de visite suggéré, à savoir le bégaiement du fils cadet, la période de tristesse notable de ce dernier durant l'été 2010, les observations écrites de deux connaissances - pièces qu'elle a produites en première instance -, ainsi que ses propres déterminations. La recourante critique également le constat selon lequel la relation entre le père et les enfants serait forte, investie et construite depuis leur naissance, le premier s'étant occupé des seconds à raison de 40 % entre février et août 2009. Cette constatation méconnaîtrait ses propres déclarations et celles d'un tiers. Enfin, elle conteste que les parties seraient convenues d'un droit de visite, en août 2009, arguant qu'il n'y a jamais eu d'entente entre les parents.
5.1 En matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral se montre réservé vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 104 Ia 381 consid. 9 p. 399). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 118 Ia 28 consid. 1b p. 30); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
5.1 En matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral se montre réservé vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 104 Ia 381 consid. 9 p. 399). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 118 Ia 28 consid. 1b p. 30); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
5.2 5.2.1 En tant que la recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir arbitrairement estimé que les modalités du droit de visite ne portaient concrètement pas préjudice aux enfants, sa critique est irrecevable, faute de ne pas avoir soulevé ce grief devant la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire (art. 75 al. 1 LTF; non épuisement des instances cantonales, cf. supra consid. 2.3). Quoi qu'il en soit, il apparaît que l'autorité cantonale a tenu compte de l'ensemble du dossier, notamment de l'ensemble du contenu du rapport d'évaluation, à savoir également du bégaiement et de la période de tristesse de l'enfant cadet qui y sont décrits. Il apparaît toutefois que ces éléments sont imputables non pas aux modalités du droit de visite mais au contexte de la séparation des parents, ce que la recourante reconnaît au demeurant elle-même plus loin dans son recours. Les juges précédents n'ont ainsi pas fait preuve d'arbitraire dans l'établissement et l'appréciation des faits à cet égard.
5.2.2 S'agissant de la qualification de la relation entre le père et les enfants, ainsi que de la part que le père a prise à l'éducation de ceux-ci, il est manifeste que les déclarations de la connaissance de la recourante, selon lesquelles le père n'a pas "déployé une activité prépondérante dans l'éducation des enfants", ne contredisent pas les constatations de l'autorité précédente. Pour le surplus, la recourante se borne à contester ce constat et à substituer sa propre appréciation à celle de l'autorité précédente, sans rien démontrer (art. 106 al. 2 LTF, cf. supra consid. 2.2), en sorte que, autant qu'il est recevable, le grief est mal fondé.
5.2.3 En ce qui concerne la convention sur le droit de visite passée entre les parties en août 2009, la recourante ne développe pas à suffisance de droit son grief, partant, elle n'expose pas, ni a fortiori ne démontre, que cette constatation prétendument inexacte aurait un impact sur la solution retenue par l'autorité cantonale. Le reproche est ainsi irrecevable (art. 106 al. 2 LTF, principe d'allégation; art. 97 LTF, cf. supra consid. 2.2 et 5.1).
6. Enfin, la recourante fait grief à l'autorité précédente d'avoir procédé à une application erronée de l'art. 273 CC et de la jurisprudence y relative et, sous cet angle, dénonce plusieurs violations.
La recourante expose d'abord que les éléments du dossier démontrent que le droit de visite préconisé par le SPMi doit être qualifié de "préjudiciable au bien de l'enfant", expliquant que le système serait une source d'inquiétude pour les enfants. A l'appui de son allégation, elle se réfère à une partie de la motivation de l'arrêt de première instance qu'elle qualifie de "manifestement absurde"; l'autorité précédente n'aurait pas dû "avaliser ce système". La recourante soutient aussi que le droit aux relations personnelles fixé ne respecte ni les exigences posées par le SPMi tendant à ce que les enfants aient au moins deux jours sans changement de domicile, ni les intérêts que l'art. 273 CC cherche à préserver, les enfants en bas âge ayant un besoin de stabilité. Elle relève que la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire n'a pas usé de sa marge d'appréciation pour adapter à la situation actuelle et améliorer le régime proposé, violant ainsi la jurisprudence (ATF 130 III 585) exigeant que le juge examine les conséquences pratiques de la solution proposée et fixe un droit de visite "en bloc".
La recourante s'en prend ensuite à l'appréciation de l'autorité précédente qui a estimé que le père n'avait pas "démérité", arguant que la Chambre de surveillance a ainsi privilégié l'intérêt du père par rapport à celui des enfants. Elle fait valoir la violation de la jurisprudence fédérale (arrêt 5A_457/2011) car la solution suggérée par le SPMi "revient à une quasi-garde alternée", entérinée sans l'accord des deux parents. S'agissant du jeune âge des enfants, la recourante relève que l'autorité cantonale n'a pas examiné cet aspect au vu du système qu'impose le large droit de visite. Elle allègue que "les nombreux changements de domicile les forcent à dormir, une semaine sur deux, chaque troisième nuit dans un autre lit" et considère que cette situation est inadmissible.
Toujours sous l'angle de la violation de l'art. 273 CC, la recourante se plaint de l'absence de prise en considération du conflit parental, plaidant pourtant, selon elle, contre un large droit aux relations personnelles et du fait que ce droit de visite viole son autorité parentale et son droit de garde. Se fondant sur l'ATF 136 III 353 consid. 3.1, elle expose qu'elle ne serait plus capable de prendre seule les décisions en matière d'éducation mais qu'elle resterait l'unique responsable de ces aspects. Enfin, elle fait valoir que le droit de visite attribué au père équivaut à une garde alternée, système auquel elle s'oppose.
6.1 Aux termes de l'art. 273 al. 1 CC, le parent qui ne détient pas l'autorité parentale ou la garde ainsi que l'enfant mineur ont réciproquement le droit d'entretenir les relations personnelles indiquées par les circonstances. Le droit aux relations personnelles est considéré comme un droit de la personnalité de l'enfant qui doit servir en premier lieu l'intérêt de celui-ci (ATF 131 III 209 consid. 5 p. 212 ss; 127 III 295 consid. 4a p. 298; 123 III 445 consid. 3b p. 451); dans chaque cas, la décision doit donc être prise de manière à répondre le mieux possible aux besoins de l'enfant (ATF 117 II 353 consid. 3 p. 354 ss; 115 II 206 consid. 4a p. 209 et 317 consid. 2 p. 319), l'intérêt des parents étant relégué à l'arrière-plan.
L'appréciation des circonstances de fait pour fixer le droit aux relations personnelles de l'art. 273 CC, c'est-à-dire la détermination de leur portée juridique, est une question de droit. Le Tribunal fédéral s'impose toutefois une certaine retenue en la matière, le juge du fait qui, par son expérience en la matière, connaît mieux les parties et le milieu dans lequel l'enfant évolue, dispose d'un large pouvoir d'appréciation en vertu de l'art. 4 CC. Le Tribunal fédéral n'intervient que si le juge, sans aucun motif, a écarté des critères essentiels pour la décision sur le droit de visite des enfants ou, à l'inverse, s'est fondé sur des éléments dépourvus d'importance au regard du bien des enfants ou contrevenant aux principes du droit fédéral (ATF 120 II 229 consid. 4a p. 235; arrêt 5C.17/1991 du 19 juin 1991 consid. 2 non publié à l'ATF 117 II 353).
6.2 En l'espèce, à plusieurs reprises, la recourante s'en prend au raisonnement du Tribunal tutélaire plutôt qu'à la motivation de l'arrêt attaqué, en sorte que, dans cette mesure, ses griefs de violation de l'art. 273 CC sont irrecevables (art. 75 al. 1 LTF; non épuisement des instances cantonales, cf. supra consid. 2.3). En outre, d'une manière générale, la recourante se limite à livrer sa propre appréciation de la situation, en s'écartant des constatations de la décision entreprise: tel est le cas lorsqu'elle tient pour préjudiciable aux intérêts des enfants le droit de visite suggéré par le SPMi, alors que les juges précédents l'ont seulement qualifié de "pas idéal" (cf. supra consid. 3), lorsqu'elle estime que les enfants n'ont pas deux jours de relâchement bien que les enfants passent deux nuits consécutives et 48 heures auprès du même parent - ce qu'elle reconnaît elle-même par ailleurs -, lorsqu'elle qualifie le large droit de visite de garde alternée, ou encore lorsqu'elle considère que le mérite du père a été un élément prépondérant dans la fixation du droit de visite. Ces critiques ne satisfaisant pas à l'exigence minimale de motivation, elles sont irrecevables (art. 42 al. 2 LTF, cf. supra consid. 2.1).
S'agissant de son "droit de l'autorité parentale", la recourante soulève qu'il serait vidé de sa substance. La mère se méprend cependant, partant du postulat qu'elle "ne pourrait plus prendre seule les décisions en matière d'éducation, d'activités extra-scolaires etc.". Or, l'autorité parentale se définit comme la responsabilité et le pouvoir légal des parents ou de l'un d'eux de prendre les décisions nécessaires pour l'enfant mineur. Il s'agit d'un faisceau de droits et de devoirs à l'égard de l'enfant. Le droit de garde est une composante de l'autorité parentale (ATF 136 III 353 consid. 3.1; arrêt 5A_497/2011 du 5 décembre 2011 consid. 2.1.2). Il s'ensuit que l'on ne voit pas en quoi le fait que la recourante ne soit pas quotidiennement avec ses enfants l'empêcherait d'exercer son autorité parentale, laquelle ne suppose pas une surveillance ininterrompue de l'enfant. Pour le surplus, il apparaît que l'autorité précédente ne s'est pas écartée de la jurisprudence citée par la recourante pour fixer un large droit aux relations personnelles, notamment de l'ATF 130 III 585, aux termes duquel le conflit parental ne peut pas conduire à une restriction sévère du droit de visite pour une durée indéterminée. En définitive, il apparaît que l'autorité cantonale ne s'est pas écartée des éléments du dossier et a effectué une pondération de ceux-ci conformément aux principes jurisprudentiels pour déterminer l'étendue et les modalités du droit de visite. Autant qu'il est recevable, le reproche de violation de l'art. 273 CC est ainsi mal fondé.
7. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). L'intimé, qui n'a pas été invité à déposer des observations sur le fond et a succombé sur la question de l'effet suspensif, n'a pas droit à une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre de surveillance du Tribunal tutélaire de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 15 mai 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin