Sachverhalt:
Die Gebrüder X._ und Y._ verkauften am 29. März 2007 als Gesamteigentümer infolge Erbschaft die in der Gemeinde A._ gelegenen Grundstücke Kat.-Nr. 2330 (Wohnhaus mit Schopf, Gartenanlage), Kat.-Nr. 2726 (Acker, Wiese, Weide), Kat.-Nr. 1187 (Wald) und Kat.-Nr. 1194 (Wald). Mit Einschätzungsentscheid vom 21. August 2007 setzte der Gemeinderat A._ den Grundstückgewinn auf Fr. 678'200.-- (bei Anlagekosten von Fr. 770'772.80) und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 130'340.-- fest.
X._ führte Rekurs bei der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich. Diese ordnete zum Verkehrswert der fraglichen Liegenschaften vor zwanzig Jahren, im März 1987, ein Gutachten an. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2008 hiess die Rekurskommission den Rekurs teilweise gut und setzte die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 105'940.-- herab. Eine Beschwerde gegen diesen Entscheid wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. September 2009 ab.
Hiergegen führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag:
"Es sei festzustellen, dass die Grundstückgewinnsteuer zu Unrecht erhoben wurde und diese in vollem Umfang zurückbezahlt werden müsse, oder aber seien die Verfügungen des Kantons Zürich und der Gemeinde A._ aufzuheben und zur Neubeurteilung zurückzuweisen."
Der Gemeinderat A._ und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten sei). Die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich verzichtete auf eine Vernehmlassung. Y._ reichte keine Vernehmlassung ein.
Es findet das Verfahren gemäss Art. 109 BGG Anwendung. Der Entscheid ist summarisch zu begründen.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts betreffend die Grundstückgewinnsteuer. Gegen solche Entscheide kann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer ist durch die Steuerauflage beschwert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Die vorliegende Beschwerde ist grundsätzlich zulässig. Unzulässig ist die Beschwerde insoweit, als sie sich auch gegen den Einschätzungsentscheid des Gemeinderates A._ und den Entscheid der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich richtet. Diese Entscheide sind durch das Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts ersetzt worden. Sie gelten aber als inhaltlich mitangefochten (vgl. BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144; 129 II 438 E. 1 S. 441).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts (Art. 95 lit. a BGG), hier namentlich über die Steuerharmonisierung. Inwiefern das der Fall sein soll, ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Im Übrigen kann die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts lediglich im Lichte der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze, namentlich des Willkürverbots (Art. 9 BV) geprüft werden (Art. 95 lit. a und c BGG; vgl. BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351). Solche Rügen sind ausdrücklich zu erheben (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 134 II 349 E. 3 S. 351 f.).
Das gilt auch für die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz. Die Sachverhaltsfeststellung, soweit rechtserheblich, kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder anderweitig auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt oder er unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze oder in verfassungswidriger Anwendung kantonaler Verfahrenregeln festgestellt worden ist, was in der Beschwerde in einer Art. 106 Abs. 2 BGG genügenden Weise zu rügen ist (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; ferner 133 III 393 E. 7.1 S. 398).
1.3 Im bundesgerichtlichen Verfahren dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der angefochtene Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Der Beschwerdeführer macht geltend, die amtlichen Werte der Jahre 1987 und 2007 seien praktisch identisch gewesen. Er leitet daraus ab, dass in diesen Jahren keine Wertsteigerung stattgefunden habe. Diese Tatsachenbehauptung ist neu, ohne dass der angefochtene Entscheid dazu Anlass geben würde. Was der Beschwerdeführer zum amtlichen Wert ausführt, ist daher nicht zu hören. Ohnehin ist zur Bestimmung der Anlagekosten im Sinne von § 219 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 220 Abs. 2 StG der Verkehrswert des Grundstückes vor zwanzig Jahren und nicht der amtliche Wert massgebend.
2. Der Beschwerdeführer beanstandet hauptsächlich den von der Gemeinde und vom Gutachter für das Wies- und Ackerland (Kat. Nr. 2726) festgelegten Verkehrswert von Fr. 18.-- pro m2 für das Jahr 1987. Dieser Preis sei deutlich zu tief. Das statistische Amt des Kantons Zürich habe für die Gemeinde A._ 15 Verkäufe zu Fr. 250.--/m2 gezählt. Für die Jahre 1974 bis 2007 seien keine Landverkäufe unter Fr. 100.--/m2 nachgewiesen. Im Jahre 1987 seien die Landpreise nach oben noch offen gewesen.
Die Vorbringen sind unbehelflich. Weil Vergleichspreise aus der fraglichen Zeit für die Gemeinde A._ nicht oder nicht in genügender Zahl vorhanden waren, wurde durch die Steuerrekurskommission das Gutachten angeordnet. Der Gutachter führte aus, dass aufgrund seiner Erfahrungen in den Jahren 1985 bis 1987 für vergleichbares Landwirtschaftsland im Zürcher Oberland Preise zwischen Fr. 8.-- und 21.-- pro m2 bezahlt worden seien. Mit der Festlegung des Preises auf Fr. 18.-- pro m2 hielt sich der Gutachter zugunsten des Beschwerdeführers eher am oberen Rand der Preisspanne. Inwiefern diese Schätzung willkürlich sein könnte, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Für die vom statistischen Amt erwähnten 15 Verkäufe, auf die sich der Beschwerdeführer beruft, ist nicht nachgewiesen, dass es sich um vergleichbares Landwirtschaftsland handelte.
Der Hinweis in der Beschwerde, dass ein Erwerber im Jahre 1991 Fr. 31.90 pro m2 bezahlt hat und bestätigen könne, dass dieser im Jahre 1987 bereit gewesen wäre, für die in Frage stehende Parzelle Fr. 40.-- pro m2 zu bezahlen, vermag die Schätzung des Experten nicht in Frage stellen. Für die Bestimmung des Verkehrswerts des Grundstücks vor 20 Jahren (§ 220 Abs. 2 StG) ist im Übrigen nach der zürcherischen Praxis gemäss dem Grundsatz der vergleichbaren Verhältnisse das rechtlich und tatsächlich gleiche Objekt in Anrechnung zu bringen (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 9 ff. zu § 219 StG). Dass einzelne Personen unter Umständen damals mehr zu zahlen bereit gewesen wären, kann daher für die Schätzung keine Rolle spielen, wie das Verwaltungsgericht in haltbarer Weise erwogen hat. Dass der vom Gutachten ermittelte Wert für vergleichbares Landwirtschaftsland jedenfalls nicht zu tief ist und vertretbar scheint, ergibt sich auch daraus, dass die Verkäufer für die Berechnung des Wies- und Ackerlands (Kat. Nr. 2726) im Kaufvertrag vom 29. März 2007 mit einem Preis von Fr. 8.-- pro m2 rechneten.
Die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers sind nicht besser begründet.
3. Die Beschwerde ist unter diesen Umständen offensichtlich nicht geeignet, die Expertise in Frage zu stellen, soweit ihr eine den Anforderungen des Art. 42 Abs. 2 und 106 Abs. 2 BGG genügende Begründung überhaupt entnommen werden kann.
Das führt zur Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde A._, der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Wyssmann