Sachverhalt:
A. Die Bundesanwaltschaft führt gegen X._ eine Untersuchung wegen qualifizierter Geldwäscherei (Art. 305bis Ziff. 2 lit. b StGB), Veruntreuung (Art. 138 StGB) und qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 3 und Ziff. 2 StGB). X._ wurde am 27. Juni 2011 verhaftet und mit Verfügung vom 30. Juni 2011 des Zwangsmassnahmengerichts Zürich in Untersuchungshaft versetzt. In der Folge ordnete das Zwangsmassnahmengericht wiederholt die Verlängerung der Untersuchungshaft an, letztmals mit Verfügung vom 4. Juli 2012 bis zum 28. Dezember 2012. Daraufhin gelangte X._ an die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts. Diese wies mit Beschluss vom 27. August 2012 seine Beschwerde ab (Dispositiv-Ziff. 1), wies das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ebenfalls ab (Dispositiv-Ziff. 2), auferlegte ihm die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- (Dispositiv-Ziff. 3), entschädigte seinen amtlichen Verteidiger mit Fr. 1'500.-- und forderte von ihm gleichzeitig die Rückerstattung dieses Betrags (Dispositiv-Ziff. 4).
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 27. September 2012 beantragt X._, der Beschluss des Bundesstrafgerichts sei aufzuheben und er selbst sei umgehend auf freien Fuss zu setzen. Zudem seien ihm für das vorinstanzliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und seinem amtlichen Verteidiger unter Absehen von einer Rückerstattungspflicht Fr. 5'377.85 (inkl. MwSt.) als Entschädigung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Bundesstrafgericht zurückzuweisen.
Das Bundesstrafgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Bundesanwaltschaft beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den Beschluss der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts ist die Beschwerde in Strafsachen das zutreffende Rechtsmittel (Art. 78 und Art. 80 Abs. 1 BGG). Bei der Untersuchungshaft handelt es sich um eine Zwangsmassnahme; die Beschwerde ist deshalb zulässig (Art. 79 BGG). Der Beschwerdeführer ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG grundsätzlich zur Beschwerde berechtigt. Davon auszunehmen ist jedoch der Antrag, die von der Vorinstanz in Dispositiv-Ziff. 4 des angefochtenen Entscheids festgelegte Entschädigung für den amtlichen Verteidiger sei zu erhöhen. Dem Beschwerdeführer - nur er selbst, nicht aber sein Verteidiger führt Beschwerde - fehlt es in dieser Hinsicht an einem Interesse und damit an der Legitimation (vgl. Urteil 6S.15/2005 vom 12. Mai 2005 E. 2 mit Hinweisen).
1.2 Die Bundesanwaltschaft verlangt, es sei auf den Antrag auf umgehende Haftentlassung nicht einzutreten. Weil der Beschwerdeführer im bisherigen Verfahren seinen Antrag auf Haftentlassung mit der Anordnung von Ersatzmassnahmen verbunden habe, sei der Antrag auf unbedingte Haftentlassung neu und nach Art. 99 Abs. 2 BGG unzulässig.
Dieser Argumentation ist nicht zu folgen. Rechtsbegehren sind nach Treu und Glauben auszulegen, insbesondere im Licht der dazu gegebenen Begründung (BGE 123 V 335 E. 1 S. 336 ff. mit Hinweisen; 123 IV 125 E. 1 S. 127; 115 Ia 107 E. 2b S. 109; Urteil 4A_330/2008 vom 27. Januar 2010 E. 2.1, nicht publ. in: BGE 136 III 201). Aus der Rechtsschrift des Beschwerdeführers an die Vorinstanz ist ohne Weiteres ersichtlich, dass er mit dem Verfahren in erster Linie die Haftentlassung anstrebte. Die Bundesanwaltschaft übersieht auch, dass Ersatzmassnahmen nur dann angeordnet werden können, wenn Haftgründe bestehen. Dass der Beschwerdeführer das Vorliegen von Haftgründen bestreitet, geht aus seiner Beschwerde an das Bundesstrafgericht ebenfalls klar hervor. Auf den Antrag auf umgehende (und bedingungslose) Haftentlassung ist somit einzutreten.
1.3 Die Bundesanwaltschaft bringt unter Verweis auf Art. 98 BGG zudem vor, der Beschwerdeführer könne nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend machen. In dieser Hinsicht sei aber die Beschwerde teilweise unzureichend begründet, weshalb auf die betreffenden Rügen nicht einzutreten sei.
Das Bundesgericht hat wiederholt dargelegt, dass strafprozessuale Zwangsmassnahmen keine vorsorglichen Massnahmen im Sinne von Art. 98 BGG darstellen und die in dieser Bestimmung vorgesehene Beschränkung der Rügegründe demnach nicht anwendbar ist (BGE 137 IV 122 E. 2 S. 125; Urteil 1B_254/2012 vom 24. Mai 2012 E. 2, nicht publ. in: BGE 138 IV 148; je mit Hinweisen). Somit steht einem Eintreten auf die Beschwerde auch insofern nichts entgegen.
1.4 Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt der hinreichenden Substanziierung der Rügen einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die in Art. 227 Abs. 3 StPO vorgesehene Frist von drei Tagen zur Stellungnahme stehe in Widerspruch zu Art. 6 EMRK. Er weist darauf hin, dass die Untersuchungshaft einen schwerwiegenden Eingriff in die persönliche Freiheit darstelle und dass 112 Seiten neue Akten zu studieren gewesen seien. Eine Besprechung zwischen Anwalt und Inhaftiertem sei in dieser kurzen Zeit nicht möglich gewesen. Zudem sei er mit einem Fax aufgefordert worden, Stellung zu nehmen, was Art. 85 Abs. 1 StPO verletze. Indem die Vorinstanz diese Kritik am Verfahren vor dem Zwangsmassnahmengericht als unbegründet bezeichnet habe, habe sie die betreffenden Normen verletzt.
2.2 Laut dem angefochtenen Entscheid reichte der Beschwerdeführer innert der ihm gesetzten Frist dem Zwangsmassnahmengericht eine 24 Seiten umfassende Stellungnahme ein. Dass ihm wegen der kurzen Frist von drei Tagen ein konkreter Nachteil entstanden wäre, indem er etwa nicht dazu kam, dem Zwangsmassnahmengericht gewisse Vorbringen zu unterbreiten, macht er nicht geltend. Unter diesen Voraussetzungen kann indessen nicht gesagt werden, die ihm zur Verfügung stehende Zeit sei nicht ausreichend gewesen. Art. 6 Ziff. 3 lit. b EMRK ist somit nicht verletzt und es kann offen bleiben, wie es sich mit der Anwendbarkeit dieser Bestimmung im Haftprüfungsverfahren verhält (vgl. in diesem Zusammenhang JOCHEN ABR. FROWEIN/ WOLFGANG PEUKERT, Europäische Menschenrechtskonvention, 3. Aufl., N. 286 zu Art. 6 EMRK). Ähnliches gilt für die behauptete Verletzung von Art. 85 Abs. 1 StPO. Ob die Frist von Art. 227 Abs. 3 StPO mit der Zustellung per Fax ausgelöst wurde, ist insofern unbedeutend, als der Beschwerdeführer die Frist ohnehin eingehalten hat.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, Art. 227 Abs. 6 StPO und Art. 8 BV seien verletzt worden, weil das Zwangsmassnahmengericht ihn nicht persönlich angehört habe. Der in dieser Hinsicht zwischen Art. 227 Abs. 6 StPO und Art. 228 Abs. 4 StPO bestehende Unterschied entspreche wohl nicht dem Willen des Gesetzgebers, zumindest nicht, wenn es wie hier um die fünfte Haftverlängerung gehe. Das rechtliche Gehör erfordere eine mündliche Verhandlung, denn nur so könne sich das Zwangsmassnahmengericht ein Bild von seiner offensichtlichen Unfähigkeit machen, Lügengebäude, Schattenbuchhaltungen und ähnlich komplexe Verschleierungsstrategien als treibende Kraft zu entwickeln und durchzuführen.
3.2 Gemäss Art. 227 Abs. 6 StPO ist das auf das Haftverlängerungsgesuch der Staatsanwaltschaft folgende Verfahren vor dem Zwangsmassnahmengericht in der Regel schriftlich, wobei das Zwangsmassnahmengericht auch eine Verhandlung anordnen kann. Diese Regelung unterscheidet sich von jener gemäss Art. 228 StPO, welche das Verfahren bei einem Haftentlassungsgesuch der beschuldigten Person regelt. Nach Abs. 4 der letztgenannten Bestimmung entscheidet das Zwangsmassnahmengericht in einer (nicht öffentlichen) Verhandlung, wobei bei einem ausdrücklichen Verzicht der beschuldigten Person der Entscheid im schriftlichen Verfahren ergehen kann.
Während die beschuldigte Person bei der erstmaligen Haftanordnung einen grundrechtlichen Anspruch auf Anhörung hat (Art. 31 Abs. 3 BV und Art. 5 Ziff. 3 EMRK; vgl. auch Art. 225 Abs. 1 StPO), ergibt sich ein solcher im Falle der späteren Bestätigung oder Verlängerung der Haft nur ausnahmsweise aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör, nämlich wenn sich dies zur Wahrheitsfindung aufdrängt (Art. 29 Abs. 2 BV; BGE 126 I 172 E. 3b und c S. 174 ff. mit Hinweisen). Art. 228 Abs. 4 StPO geht folglich über diesen grundrechtlichen Anspruch hinaus, wenn er einen (verzichtbaren) Anspruch auf eine Verhandlung vorsieht. Es gibt keine Anhaltspunkte dafür, dass der hierin liegende Unterschied zu Art. 227 Abs. 6 StPO auf einem Versehen des Gesetzgebers beruht. Beide Bestimmungen sind klar; zudem ist nachvollziehbar, dass der Gesetzgeber dem Recht der beschuldigten Person auf Anhörung insbesondere dann Gewicht verleihen wollte, wenn diese von sich aus tätig wird und deshalb davon auszugehen ist, dass sie auf eine Veränderung der haftrelevanten Umstände hinweisen will. Dies ist beim Haftverlängerungsgesuch der Staatsanwaltschaft nach Art. 227 StPO, welches für die Aufrechterhaltung der Haft ohnehin regelmässig erfolgen muss, anders.
Vorliegend sind keine besonderen Umstände ersichtlich, die ausnahmsweise eine mündliche Anhörung gemäss Art. 227 Abs. 6 StPO erfordert hätten. Es ist schwer vorstellbar, wie der Beschwerdeführer das Zwangsmassnahmengericht im mündlichen Vortrag hätte davon überzeugen wollen, dass er "offensichtlich unfähig sei, Lügengebäude, Schattenbuchhaltungen und ähnlich komplexe Verschleierungsstrategien als treibende Kraft zu entwickeln und durchzuführen". Zumindest scheint ein derartiges Unterfangen im mündlichen Vortrag nicht massgeblich aussichtsreicher als im schriftlichen. Die Vorinstanz hat deshalb weder Art. 29 Abs. 2 BV noch Art. 227 Abs. 6 StPO verletzt, indem sie davon ausging, das Zwangsmassnahmengericht habe sich zu Recht auf das schriftliche Verfahren beschränkt.
Inwiefern in diesem Zusammenhang Art. 8 BV verletzt worden sein soll, macht der Beschwerdeführer nicht geltend. Darauf ist nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG).
4. Nach Art. 221 StPO ist Untersuchungshaft nur zulässig, wenn die beschuldigte Person eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und ernsthaft zu befürchten ist, dass sie sich durch Flucht dem Strafverfahren oder der zu erwartenden Sanktion entzieht (Abs. 1 lit. a); Personen beeinflusst oder auf Beweismittel einwirkt, um so die Wahrheitsfindung zu beeinträchtigen (Abs. 1 lit. b); oder durch schwere Verbrechen oder Vergehen die Sicherheit anderer erheblich gefährdet, nachdem sie bereits früher gleichartige Straftaten verübt hat (Abs. 1 lit. c). Haft ist auch zulässig, wenn ernsthaft zu befürchten ist, eine Person werde ihre Drohung, ein schweres Verbrechen auszuführen, wahr machen (Abs. 2). Das zuständige Gericht ordnet gemäss Art. 237 Abs. 1 StPO an Stelle der Untersuchungshaft eine oder mehrere mildere Massnahmen an, wenn sie den gleichen Zweck wie die Haft erfüllen.
5. 5.1 Das Bundesstrafgericht legt dar, es bestehe der dringende Verdacht, dass der Beschwerdeführer massgeblich daran beteiligt gewesen sei, von der A._holding (im Folgenden: A._) Euro 100 Mio. zu erlangen. Auch sei vom dringenden Verdacht auszugehen, dass er an den zahlreichen nachfolgenden geldwäschereiverdächtigen Transaktionen beteiligt gewesen sei.
Zur Begründung verweist das Bundesstrafgericht hauptsächlich auf die Vorbringen im Haftverlängerungsgesuch der Bundesanwaltschaft vom 22. Juni 2012. Zusammenfassend hält es fest, der Beschwerdeführer werde verdächtigt, nach einem gemeinsamen Tatplan verschiedene Bankbeziehungen in der Schweiz und im Ausland dazu benutzt zu haben, die mutmasslich verbrecherische Herkunft der am 6. April 2011 auf ein Konto der A._ bei der Bank B._ AG (im Folgenden: B._ Bank) eingegangenen Euro 100 Mio. zu verschleiern, um sie der Einziehung durch die Strafverfolgungsbehörden zu entziehen. Der Beschwerdeführer und seine Komplizen hätten der B._ Bank verschiedene mutmasslich fingierte Verträge eingereicht, um so verschiedene Finanztransaktionen zu veranlassen bzw. wirtschaftlich zu legitimieren. Diese Transaktionen seien über die Konten der A._, der C._ Inc. (im Folgenden: C._) und weiterer Gesellschaften abgewickelt worden. Der Beschwerdeführer habe dazu unter anderem mehrmals persönlich bei der B._ Bank vorgesprochen und sich den Bankangestellten gegenüber als Berater und Beauftragter der A._ ausgegeben. Er habe selbst dann noch darauf hingewirkt, dass die Bank Beträge in Millionenhöhe transferiert, als ihm schon bekannt war, dass die Vermögenswerte auf Anweisung der bankinternen Compliance blockiert gewesen seien. Hinsichtlich dieses Kontos sei bemerkenswert, dass der einzige Zeichnungsberechtigte Y._ angeblich gar nicht für die A._ tätig gewesen sei.
Die in Frage stehenden Euro 100 Mio. seien ursprünglich am 7. und 8. Oktober 2010 in zwei Beträgen von je Euro 50 Mio. von zwei Moskauer Banken auf ein am 20. September 2010 unter massgeblicher Beteiligung des Beschwerdeführers eröffnetes Konto der A._ bei der D._ Bank (Schweiz) AG (im Folgenden: D._ Bank) überwiesen worden. Die Darlehensgewährung der einen der beiden Moskauer Banken sei nach den Annahmen der Bundesanwaltschaft mit fingierten Verträgen zwischen der A._ und der E._ Trust (im Folgenden: E._), veranlasst worden. Bezüglich der E._ sei der Beschwerdeführer ebenfalls als Repräsentant aufgetreten. Am 15. Oktober 2010 seien die Euro 100 Mio. auf das Konto der F._ SA (im Folgenden: F._) bei der G._ Bank (Schweiz) AG (im Folgenden: G._ Bank) transferiert worden. In der Folge sei es zu weiteren Transaktionen gekommen, bis die Summe schliesslich auf dem Konto der A._ bei der B._ Bank eingetroffen sei. Keine dieser Transaktionen sei korrekt verbucht worden, was auf eine unrechtmässige Verwendung des Geldes hindeute. Der Beschwerdeführer werde verdächtigt, bei dieser Veruntreuung bzw. ungetreuen Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ aktiv an der Planung und an der Durchführung beteiligt gewesen zu sein.
Weitere Vorwürfe erhebe die Bundesanwaltschaft gegenüber dem Beschwerdeführer schliesslich im Zusammenhang mit der erfolgten bzw. versuchten Entnahme von Teilen der Euro 100 Mio. vom erwähnten Konto bei der B._ Bank bzw. ab Konten der zwischengeschalteten Gesellschaften F._, C._, H._ Anstalt, I._ Ltd. und mutmasslich weiteren Konten. Diese sei in Bereicherungsabsicht erfolgt. Besonders belastend erweise sich die Tatsache, dass beim Beschwerdeführer eine Fülle von Vertragsdokumenten, sowohl in Papier- als auch in elektronischer Form, sichergestellt werden konnte. Dies begründe den Verdacht, dass er eine zentrale Rolle für die mutmasslichen Komplizen innehatte.
Weitere Vorwürfe erhebe die Bundesanwaltschaft gegenüber dem Beschwerdeführer schliesslich im Zusammenhang mit der erfolgten bzw. versuchten Entnahme von Teilen der Euro 100 Mio. vom erwähnten Konto bei der B._ Bank bzw. ab Konten der zwischengeschalteten Gesellschaften F._, C._, H._ Anstalt, I._ Ltd. und mutmasslich weiteren Konten. Diese sei in Bereicherungsabsicht erfolgt. Besonders belastend erweise sich die Tatsache, dass beim Beschwerdeführer eine Fülle von Vertragsdokumenten, sowohl in Papier- als auch in elektronischer Form, sichergestellt werden konnte. Dies begründe den Verdacht, dass er eine zentrale Rolle für die mutmasslichen Komplizen innehatte.
5.2 5.2.1 Der Beschwerdeführer rügt in Bezug auf diese vorinstanzlichen Ausführungen zunächst in verschiedener Hinsicht eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts. Es treffe nicht zu, dass er sich den Bankangestellten gegenüber als Berater und Beauftragter der A._ ausgegeben habe. Eine Kundenberaterin habe ausgesagt, er sei lediglich ein "Business Contact". Ebenso sei falsch, dass er noch auf den Transfer von Millionenbeträgen bei der B._ Bank hingewirkt habe, als ihm bekannt war, dass die Vermögenswerte bereits blockiert waren. Die erwähnte Kundenberaterin habe nichts Derartiges ausgesagt. Vielmehr habe sie gesagt, er könne keine Zahlungen in Auftrag geben. Auch die Feststellung, Y._ sei angeblich nicht bei der A._ beschäftigt gewesen, stehe im Widerspruch zu den Akten. Dasselbe gelte für die Feststellung, der am 15. Oktober 2010 erfolgte Transfer von Euro 100 Mio. sei nicht korrekt verbucht worden. Erstens habe der Transfer am 15. Dezember stattgefunden. Zweitens belegten verschiedene Aktenstücke, dass das Geld nicht auf ein Konto der F._, sondern auf eines der A._ geflossen sei. Und drittens fänden sich in den Akten keine Buchhaltungsunterlagen betreffend den 15. Dezember 2010.
5.2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Soweit die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet werden und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann geltend gemacht werden, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG (BGE 136 II 508 E. 1.2 S. 511 f. mit Hinweisen).
5.2.3 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers steht die Bezeichnung als "Business Contact" nicht in Widerspruch zur Funktion als Berater und Beauftragter. Im Übrigen legt die Bundesanwaltschaft dar, dass in der Verdachtsmeldung der B._ Bank erwähnt worden sei, der Beschwerdeführer sei gemäss eigenen Aussagen ein Beauftragter der A._. Auch bedeutet der Umstand, dass die Kundenberaterin der B._ Bank in ihrer Aussage nichts über das Hinwirken auf eine Transaktion nach erfolgter Blockierung der Gelder gesagt hat, nicht, dass dies nicht geschehen ist. Die Bundesanwaltschaft weist in diesem Zusammenhang auf einen entsprechenden Beleg in den Akten hin (vgl. dazu unten E. 5.6). Ohnehin kann jemand durchaus mit anderen Personen auf eine bestimmte Transaktion hinwirken, obwohl er selbst die notwendige Vollmacht nicht besitzt. Ein Widerspruch zwischen dem angefochtenen Entscheid und den Akten ist auch in dieser Hinsicht nicht auszumachen.
Hinsichtlich der Frage, ob Y._ überhaupt bei der A._ beschäftigt war, räumt die Bundesanwaltschaft ein, die Sachverhaltsdarstellung im angefochtenen Entscheid entspreche lediglich ersten Ermittlungen und sei inzwischen überholt. Dies ändere aber im Ergebnis nichts, denn Y._ habe durch sein Verhalten seine Kompetenzen überschritten und die A._ geschädigt. In der Tat ist nicht ersichtlich, inwiefern für die Frage des Tatverdachts gegenüber dem Beschwerdeführer die beanstandete Feststellung im angefochtenen Entscheid relevant ist (vgl. Art. 97 Abs. 1 i.f. BGG). Auch der Beschwerdeführer behauptet nicht, dass es darauf ankomme (Art. 42 Abs. 2 BGG).
In Bezug auf den Transfer von Euro 100 Mio. führt die Bundesanwaltschaft aus, dass es sich beim Datum offensichtlich um einen Schreibfehler im angefochtenen Entscheid handle. Richtig sei, dass der Transfer am 15. Dezember 2010 stattgefunden habe. Ein Vergleich des angefochtenen Entscheids mit dem Haftverlängerungsantrag der Bundesanwaltschaft, auf welchen sich das Bundesstrafgericht im Wesentlichen stützt, bestätigt diese Erklärung. Dass all dies in Bezug auf die Frage des Tatverdachts von Bedeutung wäre, ist indessen nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht geltend gemacht. Im Übrigen bestätigt das vom Beschwerdeführer in seiner Beschwerdeschrift angeführte Aktenstück keineswegs, dass der Betrag auf ein Konto der A._ floss. Vielmehr wird als Begünstigter die F._ angeführt. Der Name der A._ erscheint lediglich in der Kontobezeichnung (hinter der Kontonummer) und sagt deshalb nichts über den Kontoinhaber aus. Die Sachverhaltsrüge ist somit unbegründet. Die Bundesanwaltschaft legt diesbezüglich im Übrigen dar, dass diese Kontobezeichnung geschickt gewählt worden sei, um einen falschen Eindruck über die Berechtigung zu erwecken. Nicht nachvollziehbar ist schliesslich die Argumentation des Beschwerdeführers, wonach die Behauptung, der am 15. Dezember 2010 erfolgte Transfer sei nicht korrekt verbucht worden, aktenwidrig ist, weil sich in den Akten keine Buchhaltungsunterlagen für dieses Datum befänden. In den Akten finden sich eine Bilanz der A._ per 31. Dezember 2010 und entsprechende detaillierte Angaben zum Bilanzposten "Geldmittel". Darin wird ein Konto bei der D._ Bank mit dem Betrag von Euro 100 Mio. aufgelistet. Wäre der Transfer verbucht worden, würde dieser Betrag Ende Jahr in der Bilanz kaum mehr für das betreffende Konto ausgewiesen.
5.3 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil sich das Bundesstrafgericht nicht hinreichend mit seinen Vorbringen auseinandergesetzt habe. So habe er beispielsweise dargelegt, dass am 31. Dezember 2010 ein Fremdwährungskonto bei der D._ Bank mit Euro 100'000.-- eröffnet worden sei. Die A._ habe über den Umstand, dass das Geld zu diesem Zeitpunkt nicht mehr auf dem Konto der D._ Bank gewesen war, nicht getäuscht werden können. Weshalb die entlastende Aussage der Zeugin J._ den dringenden Tatverdacht nicht zu entkräften vermöge, wie in der Beschwerdeschrift an die Vorinstanz vorgebracht worden sei, begründe diese ebenfalls nicht.
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die vom Beschwerdeführer geltend gemachte Kontoeröffnung vom 31. Dezember 2010 bei der D._ Bank Rückschlüsse auf die vom Bundesstrafgericht beschriebene Transaktion vom 15. Dezember 2010 und deren fehlende Verbuchung durch die A._ erlauben sollte. Ebenfalls nicht näher ausgeführt wird vom Beschwerdeführer die Behauptung, die Zeugin J._ vermöge den dringenden Tatverdacht zu entkräften. Abgesehen von einem Verweis auf ein Aktenstück machte der Beschwerdeführer diesbezüglich auch im vorinstanzlichen Verfahren keine spezifischeren Angaben. Unter diesen Voraussetzungen verletzte die Vorinstanz den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör nicht, wenn sie auf seine Vorbringen nicht einging. Das rechtliche Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV lässt zu, dass sich die Behörde auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränkt (BGE 138 IV 81 E. 2.2 S. 84; 136 I 229 E. 5.2 S. 236; je mit Hinweisen).
5.4 Der Beschwerdeführer bringt vor, Einvernahmen, an denen der Mitbeschuldigte Z._ "über seine Rechtsvertretung als Privatkläger" teilgenommen habe, seien nicht verwertbar. Dies betreffe sämtliche Einvernahmen mit ihm selbst ab dem 2. Dezember 2011 sowie die Einvernahme mit dem Zeugen M._ und der Auskunftsperson K._. Die Rechtsvertretung der Privatklägerschaft sei nicht befugt, dem Vollmachtgeber Z._ als "formellem Klienten" die Einsichtnahme in die gewonnenen Erkenntnisse zu verweigern. Es bestehe ein Interessenkonflikt aufgrund einer Doppelvertretung, über welchen er selbst getäuscht worden sei. Dies habe nach Art. 140 Abs. 1 StPO die Unverwertbarkeit der Beweise zur Folge.
Aus den nicht restlos klaren Ausführungen des Beschwerdeführers geht in Verbindung mit der Beschwerdeantwort der Bundesanwaltschaft hervor, dass beanstandet wird, dass ein Mitbeschuldigter die Anwaltsvollmacht für die Privatklägerschaft unterschrieben hatte. Die Bundesanwaltschaft weist indessen darauf hin, es sei dem Beschwerdeführer mit dem Haftverlängerungsgesuch vom 23. Dezember 2011 mitgeteilt worden, dass Z._ - Generaldirektor der A._ und seit dem 6. Oktober 2011 Mitbeschuldigter im Strafverfahren - die Vollmacht unterschrieben hatte. Im Übrigen macht der Beschwerdeführer nicht geltend, er habe nicht gewusst, dass Z._ Generaldirektor der A._ geblieben war, wenn er auch die Frage aufwirft, weshalb dieser angesichts der Unregelmässigkeiten nicht relegiert worden sei. Unter diesen Voraussetzungen kann nicht von einer Täuschung im Sinne von Art. 140 StPO gesprochen werden.
5.5 Der Beschwerdeführer rügt, das Abstützen des dringenden Tatverdachts auf das Rechtshilfegesuch an die USA, welches nicht in den prozessualen Formen von Art. 148 StPO durchgeführt worden sei, verletze das absolute Beweisverwertungsverbot von Art. 141 StPO. Aus den Beilagen 151 und 152 sei der Inhalt des Rechtshilfeersuchens nicht ersichtlich und es sei ihm keine Gelegenheit für Ergänzungsfragen gegeben worden.
Der Beschwerdeführer sagt nicht, welche der Beweismittel, auf die sich die Vorinstanz zur Begründung des Tatverdachts stützt, unverwertbar sein sollen. Und die Bundesanwaltschaft führt in ihrer Beschwerdeantwort aus, es seien gar keine mit dem Rechtshilfeersuchen an die USA in Zusammenhang stehenden Unterlagen eingereicht worden. Auf die Rüge ist deshalb mangels hinreichender Substanziierung nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG).
5.6 Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, Art. 225 StPO sei verletzt worden, weil die Bundesanwaltschaft entlastende Beweismittel nicht vorgelegt habe. Es gebe ein Schreiben der B._ Bank betreffend ein am 17. Juni 2011 geführtes Gespräch. Dieses belege, dass es nicht um die Überweisung von Euro 70 Mio. an die L._ ging, mithin die Kündigung der Geschäftsbeziehung mit dieser Transaktion nicht im Zusammenhang stand und die Beschuldigten keinen Druck auf die Bank ausgeübt hatten. Dieses Schreiben sei ein gewichtiges Indiz dafür, dass sich in den Akten noch weitere entlastende Beweismittel befinden. Dasselbe gelte für die Zurückbehaltung des Fragenkatalogs und der Antworten der Privatklägerschaft.
Für die erstmalige Haftanordnung sieht Art. 224 Abs. 2 StPO vor, dass die Staatsanwaltschaft ihrem Antrag die wesentlichen Akten beilegt; dasselbe gilt gemäss Art. 227 Abs. 2 StPO für das Haftverlängerungsgesuch. In den Haftakten befindet sich ein vom 17. Juni 2011 datiertes Schreiben von Y._ an die B._ Bank. Darin wird Bezug genommen auf das am gleichen Tag in der Bank geführte Gespräch mit dem Beschwerdeführer und einer weiteren Person. Wörtlich wird ausgeführt:
"Mit äusserstem Befremden haben wir zur Kenntnis nehmen müssen, dass Sie unseren Auftrag zur Überweisung unserer Gelder zu unserem Geschäftspartner L._ aus nicht nachvollziehbaren, da nicht erklärten Gründen nicht durchführen ... Wie Ihnen in dem Gespräch dargelegt, haben wir feste und verbindliche Verträge abgeschlossen, deren Nichteinhaltung zu erheblichen Schadenspositionen führen ... Wir sehen deshalb keine Basis mehr für eine gedeihliche Zusammenarbeit ... Auf Grund dieser Kündigungserklärung beauftragen wir Sie, die ... in Ihrem Hause befindlichen Gelder ... (HEUTE) auf folgendes Konto zu überweisen ..."
Wenn im Bestätigungsschreiben der B._ Bank auf den nicht ausgeführten Auftrag kein Bezug genommen wird und auch kein Hinweis auf eine Druckausübung enthalten ist, ist dies nicht weiter überraschend. Ein Hinweis darauf, dass die Bundesanwaltschaft dem Zwangsmassnahmengericht wesentliche Akten nicht beigelegt und damit Art. 227 Abs. 2 StPO verletzt hätte, ist darin nicht zu sehen. Dasselbe gilt für den nicht weiter substanziierten Verweis des Beschwerdeführers auf die Einvernahme der Privatklägerschaft (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Rüge erweist sich als unbegründet, soweit sie überhaupt hinreichend substanziiert wurde.
6. 6.1 Das Bundesstrafgericht hält fest, es bestehe Fluchtgefahr im Sinne von Art. 221 Abs. 1 lit. a StPO. Diese könne nicht mit Ersatzmassnahmen gebannt werden. Unter diesen Voraussetzungen erübrige sich die Prüfung des Haftgrunds der Kollusionsgefahr gemäss Art. 221 Abs. 1 lit. b StPO.
6.2 Der Beschwerdeführer rügt weder die Annahme von Fluchtgefahr noch macht er geltend, es bestünden geeignete Ersatzmassnahmen im Sinne von Art. 237 StPO. Indessen bringt er vor, das Bundesstrafgericht hätte auch die Kollusionsgefahr prüfen müssen. Indem es das nicht getan habe, habe es das rechtliche Gehör und die Untersuchungsmaxime (Art. 6 StPO) verletzt.
6.3 Die Rüge ist unbegründet. Die in Art. 221 StPO aufgezählten besonderen Haftgründe sind alternativ, das heisst, es reicht für die Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft (bzw. die Anordnung von Ersatzmassnahmen), wenn nur einer der Gründe gegeben ist. Insofern ist der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör fliessenden Begründungspflicht Genüge getan, wenn das Bundesstrafgericht darlegte, weshalb Fluchtgefahr bestehe. Etwas anderes ergibt sich auch nicht aus dem Untersuchungsgrundsatz.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer erblickt in der Abweisung seines Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege eine Verletzung des verfassungsmässigen Grundsatzes von Treu und Glauben (Art. 9 BV). Er sei aufgefordert worden, ein Formular über seine wirtschaftlichen Verhältnisse einzureichen, was er getan habe. Daraufhin sei keine Reaktion erfolgt. Diese Vorgehensweise habe bei ihm das begründete Vertrauen erweckt, seine Mittellosigkeit sei anerkannt.
7.2 Der in Art. 9 BV verankerte Grundsatz von Treu und Glauben statuiert ein Verbot widersprüchlichen Verhaltens und verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Voraussetzung für eine Berufung auf den Vertrauensschutz ist, dass die betroffene Person sich berechtigterweise auf die Vertrauensgrundlage verlassen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann. Die Berufung auf Treu und Glauben scheitert, wenn ihr überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (BGE 137 I 69 E. 2.5.1 S. 72 f.; 131 II 627 E. 6 S. 636 ff.; 129 I 161 E. 4.1 S. 170; je mit Hinweisen).
Es war Aufgabe des Beschwerdeführers darzulegen, dass er nicht über die notwendigen Mittel für seine Verteidigung verfügt. Dazu wurde er von der Vorinstanz aufgefordert. Wenn sich aus seinen Angaben die Mittellosigkeit nicht ergab, so musste ihn die Vorinstanz nicht ein erneutes Mal auffordern, hinreichende Angaben zu machen. Aufgrund des blossen Umstands, dass vor dem Entscheid nicht eine Rückmeldung erfolgte, durfte er nicht darauf vertrauen, sein Gesuch werde bewilligt. Die Rüge der Verletzung von Art. 9 BV ist unbegründet.
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer ersucht um die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege (Art. 64 BGG). Zur Begründung führt er einzig aus, er verfüge zumindest seit der Inhaftierung über kein Einkommen und über kein Vermögen bzw. sein Vermögen unterliege der Beschlagnahme. Aus den Verfahrensakten ergeben sich keine detaillierteren Angaben und in seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege an das Bundesstrafgericht beschränkte sich der Beschwerdeführer ebenfalls auf die Behauptung, kein Einkommen und kein Vermögen zu haben. Entsprechend wies das Bundesstrafgericht das Gesuch ab. Der Beschwerdeführer ist auch im bundesgerichtlichen Verfahren seiner Obliegenheit, seine Einkommens- und Vermögensverhältnisse umfassend aufzuzeigen und soweit wie möglich zu belegen, nicht hinreichend nachgekommen (vgl. BGE 125 IV 161 E. 4a S. 164 f.; Urteil 5A_57/2010 vom 2. Juli 2010 E. 7, nicht publ. in: BGE 136 III 410; je mit Hinweisen). Das Gesuch ist abzuweisen. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 2 und 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Schweizerischen Bundesanwaltschaft, Zweigstelle Zürich, und dem Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold