Sachverhalt:
A. O._ (geboren 1956) meldete sich am 3. Mai 2005 unter Hinweis auf eine Diskushernie bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Gestützt auf medizinische Abklärungen, u.a. eine Begutachtung in der Klinik X._ (Expertise vom 26. Juni 2007) lehnte die IV-Stelle des Kantons Aargau das Rentengesuch nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren bei einem Invaliditätsgrad von 34 % mit Verfügung vom 30. November 2007 ab.
B. Die von O._ hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 12. November 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt O._ beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und nach allfälliger Vornahme weiterer medizinischer Abklärungen sei ihr eine Invalidenrente zuzusprechen.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Im angefochtenen Entscheid sind die Bestimmungen über den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 2 IVG) und die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16 ATSG) sowie die Grundsätze zum Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352) zutreffend dargelegt, weshalb darauf verwiesen wird.
3. 3.1 Die Vorinstanz ging in Würdigung der medizinischen Unterlagen, insbesondere gestützt auf das Gutachten der Klinik X._ vom 26. Juni 2007, davon aus, die Versicherte sei für leichte, vorwiegend im Sitzen oder in Wechselpositionen ausgeübte Tätigkeiten zu 70 % arbeitsfähig.
3.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet die Beweiskraft des vorinstanzlich als massgebend erachteten Gutachtens der Klinik X._. Sie erneuert den bereits im kantonalen Verfahren erhobenen Einwand, dass die Expertise von Dr. med. T._ unterzeichnet, sie jedoch von Dr. med. S._ befragt und untersucht worden sei. Ferner rügt sie, dass die Untersuchung für das Gutachten lediglich 25 Minuten gedauert habe. In derart kurzer Zeit liessen sich die erforderlichen umfassenden Abklärungen kaum vornehmen.
3.3 Der angefochtene Entscheid enthält keine Feststellung zur Frage, ob die Beschwerdeführerin entsprechend den Ausführungen ihres Hausarztes Dr. med. W._, allein von Dr. med. S._ untersucht wurde. Wie es sich damit verhält, ist jedoch unerheblich, wurde doch das Gutachten der Klinik X._ zwar einzig von Dr. med. T._ unterzeichnet, was jedoch nur mit seiner Funktion als Leitender Arzt Rheumatologie FMH, Innere Medizin FMH, zusammenhängt und keinerlei Rückschlüsse auf die Qualität der Begutachtung erlaubt. Die Beschwerdeführerin leitet denn auch aus der Tatsache, dass nur Dr. med. T._ die Expertise unterschrieben hat, zu Recht keine Minderung von deren Beweistauglichkeit ab. Entscheidend ist allein, dass die Expertise die Angaben und Schätzungen jenes begutachtenden Arztes enthält, welcher die versicherte Person selber untersucht hat, im Falle der Beschwerdeführerin Dr. med. S._. Anders verhielte es sich nur, wenn Dr. med. T._ selber von der Invalidenversicherung als Gutachter beauftragt worden wäre, was indessen nicht zutrifft (vgl. Auftrag und Mitteilung vom 4. und 5. Dezember 2006).
Hinsichtlich der Untersuchungsdauer, die den Angaben der Versicherten zufolge lediglich 25 Minuten betragen haben soll, fehlen im vorinstanzlichen Entscheid ebenfalls verbindliche Feststellungen (vgl. E. 1 hievor). Eine Ergänzung des rechtserheblichen Sachverhalts im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG erübrigt sich jedoch auch in diesem Punkt. Selbst wenn es - was angesichts der Angaben im Gutachten zur Anamnese zumindest fraglich erscheint - zutreffen sollte, dass sich die Untersuchungsdauer gesamthaft nur auf 25 Minuten belief, liesse sich das Gutachten allein deswegen nicht als beweisuntauglich qualifizieren. Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht erkannt hat, zeigt selbst eine lediglich 20 Minuten dauernde psychiatrische Exploration nicht von vornherein eine Sorgfaltswidrigkeit des Gutachters an. Für den Aussagegehalt eines Arztberichtes kann es nicht auf die Dauer der Untersuchung ankommen. Massgebend ist vielmehr, ob der Bericht inhaltlich vollständig und im Ergebnis schlüssig ist (Urteil I 719/03 vom 17. November 2006). Im Urteil I 1094/06 vom 14. November 2007 stellte das Bundesgericht ergänzend fest, dass der für eine psychiatrische Untersuchung zu betreibende zeitliche Aufwand von der Fragestellung und der zu beurteilenden Psychopathologie abhängig sei, und hielt daran fest, dass sich ein genereller Zeitrahmen für eine Untersuchung nicht allgemeingültig definieren lasse. Abschliessend stellte das Gericht fest, ein Explorationsgespräch von 20 Minuten sei offensichtlich nicht ausreichend, wenn die unerlässlichen Kernkomponenten einer umfassenden psychiatrischen Begutachtung zu erheben sind. Da die psychiatrische Untersuchung hauptsächlich mittels eingehender Befragung, Verhaltensbeobachtung und allenfalls Tests erfolgt (vgl. erwähntes Urteil I 1094/06 vom 14. November 2007), ist hiefür in der Regel ein wesentlich höherer Zeitaufwand zu veranschlagen als für eine internistisch-rheumatologische Untersuchung, wie sie vorliegend bei einer Versicherten mit Rückenbeschwerden im Anschluss an eine Diskushernienoperation durchzuführen war. Ein geringerer Zeitaufwand ist umso mehr anzunehmen, wenn bereits verschiedenste ärztliche Untersuchungen (hier seitens des Spitals Y._, anderer Institutionen, behandelnder Ärzte und des Hausarztes) durchgeführt worden sind, deren Ergebnisse von den Gutachtern zusätzlich zu den eigenen Abklärungen in der Expertise verarbeitet werden können. Mit Blick auf diese Umstände, insbesondere die Möglichkeit der mit der Begutachtung betrauten Ärzte, sich auf umfangreiche medizinische Vorakten aus verschiedenen Fachgebieten abzustützen, wäre die Expertise der Klinik X._ vom 26. Juni 2007 auch unter der Annahme, dass die Untersuchung, wie in der Beschwerde behauptet, bloss 25 Minuten gedauert habe, beweiskräftig. Indem die Vorinstanz im Wesentlichen auf die Erkenntnisse abgestellt hat, welche die Ärzte der Klinik X._ gewonnen haben, hat sie weder den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder in Verletzung von Bundesrecht festgestellt noch sonstwie Bundesrecht missachtet.
4. Der vom Versicherungsgericht im Rahmen eines Einkommensvergleichs aufgrund des zuletzt verdienten Einkommens und anhand von Tabellenlöhnen ermittelte Invaliditätsgrad von 35 % wird von der Beschwerdeführerin nicht in Frage gestellt und ist, soweit einer letztinstanzlichen Überprüfung zugänglich, nicht zu beanstanden.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer