Fatti:
A. Con sentenza del 18 febbraio 2003 il Tribunale di Roma condannava X._ ad una pena di 12 anni di reclusione e EUR 150'000.-- di multa, ritenendolo colpevole di associazione con altre persone, anche residenti all'estero, finalizzata al traffico illecito di stupefacenti sul territorio italiano e estero, nonché di acquisto e importazione in Italia di 246 kg di cocaina cloridrato pura; fatti relativi al periodo compreso tra il marzo 2001 ed il 21 gennaio 2002.
B. Già in precedenza, il 27 febbraio 2002, il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) aveva ordinato l'apertura di un'inchiesta di polizia giudiziaria federale nei confronti dello stesso X._ per sospetto di riciclaggio di denaro (art. 305bis CP). In seguito alle indagini preliminari condotte in Svizzera è emerso che questi è titolare di una relazione bancaria accesa il 9 agosto 2000 presso la Banca A._ di Lugano, il cui saldo, attualmente sotto sequestro conservatorio, è di fr. 1'377'873.--. Secondo l'Ufficio dei giudici istruttori federali (UGI), che il 19 agosto 2003 su richiesta del MPC ordinava l'apertura dell'istruzione preparatoria, tale importo sarebbe stato trasferito dall'Italia in Svizzera e versato sulla relazione citata in tre fasi: dapprima il 18 agosto 2000 tramite una ditta di trasporto di valuta per un ammontare di EUR 870'307.-- ed in seguito, il 24 agosto e il 14 settembre 2000, direttamente dall'imputato in banconote da 500'000 lire italiane, contenute in una scatola vuota di un telefonino, per un controvalore di EUR 438'988.-- e di EUR 325'367.--. Sempre secondo l'UGI gli averi in questione potrebbero costituire il provento di traffici illeciti di stupefacenti. Per quanto riguarda gli atti istruttori finora svolti dall'UGI si segnalano l'interrogatorio dell'imputato mediante commissione rogatoria internazionale, avvenuto il 2 dicembre 2003, nonché l'interrogatorio di due testi il 22 ed il 23 gennaio 2004.
C. Il 27 novembre 2003 la Corte di appello di Roma riformava la sentenza 18 febbraio 2003 del Tribunale di Roma ed assolveva X._ dal reato associativo perché il reato non sussiste, eliminando quindi la relativa pena. La pena per il reato restante, relativo all'acquisto ed all'importazione di stupefacente, veniva fissata a 10 anni di reclusione e EUR 100'000.-- di multa.
D. Il patrocinatore in Svizzera di X._, dopo essere stato ammesso il 19 dicembre 2003 a consultare per la prima volta gli atti del procedimento, ha subito espresso all'UGI i suoi dubbi sull'esistenza di una competenza federale in merito, mediante corrispondenza epistolare del 23 dicembre 2003 e 15 gennaio 2004. Il 19 gennaio 2004 ha quindi presentato istanza di designazione del foro presso la Camera d'accusa del Tribunale federale. In essa viene contestata la competenza federale nel procedimento penale pendente e domandata la designazione del Ministero pubblico del Cantone Ticino quale autorità competente, in quanto non sarebbero dati i presupposti giurisdizionali dell'art. 340bis cpv. 1 lett. a CP. Nell'istanza vengono prima di tutto formulate delle riflessioni di tipo costituzionale:
"Preliminarmente è d'uopo sottolineare che nella misura in cui deroga significativamente al nostro ordinamento costituzionale istituendo una nuova competenza federale in un ambito che da sempre è stato l'appannaggio dei Cantoni in ossequio alla tradizionale distribuzione delle competenze nel nostro Paese federalista, l'art. 340bis CP deve essere interpretato in modo conforme alla Costituzione, quindi restrittivamente" (istanza pag. 5 e seg.).
Poste queste premesse, l'instante enuclea due quesiti fondamentali da prendere in esame, segnatamente se sussistano elementi indiziari tali da permettere di ipotizzare la punibilità in Svizzera di X._ per il reato di organizzazione criminale ex art. 260ter CP (istanza pag. 6 e segg.) oppure per il reato di riciclaggio di denaro ex art. 305bis CP (istanza pag. 8 e seg.). Per quanto riguarda il reato di organizzazione criminale, l'esistenza di indizi in merito viene negata con richiamo alla sentenza della Corte d'appello di Roma, che lo ha prosciolto dal reato associativo, ed in considerazione del fatto che neppure l'UGI sostiene esplicitamente tale ipotesi nella sua ordinanza di apertura. Per quanto concerne il reato di riciclaggio, l'instante rileva come in simili casi la competenza federale presuppone che tale reato sia stato commesso prevalentemente all'estero (art. 340bis cpv. 1 lett. a CP), circostanza non adempiuta nella fattispecie visto che "nell'ipotesi (denegata e proprio per questo oggetto di istruttoria) in cui vi sia stato riciclaggio di denaro, il reato si sarebbe interamente consumato nel territorio del Cantone Ticino ove l'accusato ha importato e depositato su dei conti bancari gli importi di cui l'accusa ipotizza che provengano da attività penalmente reprensibili" (istanza pag. 8). Egli conclude quindi, dopo avere ricordato anche tutta una serie di inconvenienti pratici derivanti dal fatto che l'istruzione avvenga a livello federale e non cantonale, che non sono dati in alcun modo i presupposti dell'art. 340bis cpv. 1 lett. a CP per cui non vi è competenza giurisdizionale federale bensì cantonale.
E. Nelle sue osservazioni del 29 gennaio 2004 l'UGI premette che l'istruzione preparatoria concerne esclusivamente e allo stadio attuale il reato di riciclaggio di denaro. Dopo una sintetica esposizione delle coordinate fondamentali dell'inchiesta ed alcune considerazioni di natura interpretativa sulle norme di pertinenza, sottolinea quanto segue:
"Al momento dell'apertura dell'istruzione preparatoria l'ipotesi di riciclaggio a carico dell'imputato si inscriveva nell'ambito di elementi indiziari, descritti tra l'altro nella sentenza di condanna italiana di prima istanza del 18 febbraio 2003, secondo i quali l'interessato avrebbe avuto contatti con persone, in particolare cittadini colombiani, presumibilmente implicati in un traffico internazionale di stupefacenti. Tali contatti, sempre secondo la sentenza citata, avrebbero potuto risalire già al 1999. Vi era quindi ancora spazio, rispettando il principio ne bis in idem, per istruire a livello federale su questi elementi di aspetto prevalentemente estero ed indagare sull'ipotesi di riciclaggio antecedente al periodo penale oggetto della condanna, ipotesi congiunta con la possibile estensione dell'istruzione a un contesto di organizzazione criminale" (osservazioni pag. 3).
Alle qui descritte circostanze iniziali dell'inchiesta l'UGI contrappone quindi la situazione attuale, a fronte della superveniente sentenza in appello che ha prosciolto l'imputato dal reato associativo, e conclude che attualmente l'ipotesi di estensione dell'istruzione a un contesto di organizzazione criminale appare alquanto compromessa, per cui il margine di manovra dell'istruzione nell'ambito di una competenza federale è decisamente più ristretto. Per quanto riguarda il possibile esito del procedimento aggiunge infine che esso potrebbe sfociare, nel migliore dei casi, in una decisione di confisca degli averi sotto sequestro in Svizzera. Per questi motivi l'UGI si rimette eccezionalmente al giudizio della Camera d'accusa sul merito dell'istanza.
F. Nella sua risposta del 2 febbraio 2004 il Ministero pubblico del Cantone Ticino postula la reiezione dell'istanza affermando che non si può escludere la natura internazionale del riciclaggio in esame e ricordando che il MPC aprirà presto a Lugano degli uffici per cui dovrebbero così risolversi i problemi di ordine pratico che preoccupano il patrocinatore dell'instante.
G. Mediante risposta del 4 febbraio 2004 il MPC domanda di respingere l'istanza nella misura della sua ammissibilità. Contestata viene anzitutto la tempestività del gravame. Il MPC sottolinea come l'indagato abbia avuto una prima conoscenza della procedura e delle imputazioni mosse nei suoi confronti in occasione di un suo interrogatorio svoltosi a Roma per via rogatoriale il 16 aprile 2003, per cui non avendo egli presentato entro un termine ragionevole la propria istanza di designazione di foro, tale facoltà deve essere ritenuta decaduta (risposta pag. 2). L'istanza avrebbe inoltre fini dilatori e perlustrativi, non meritori di tutela (risposta pag. 2 e seg.). Nel merito viene rilevato come la competenza federale si fondi sull'art. 340bis cpv. 1 lett. a CP ipotizzando per il momento la realizzazione da parte dell'imputato del reato di riciclaggio di denaro in relazione al traffico di stupefacenti nel quadro di un'organizzazione criminale, con la generazione all'estero di ingenti valori patrimoniali di origine criminale. Il riciclaggio sarebbe inoltre stato realizzato in maniera preponderante all'estero (risposta pag. 4).
H. Nella sua replica del 20 febbraio 2004 l'instante riafferma, in risposta alle osservazioni del MPC, la tempestività del proprio gravame facendo notare come non poteva seriamente contestare il foro prima che il suo patrocinatore potesse acquisire la conoscenza degli atti di procedura e pertanto verificare la natura dei fatti a lui rimproverati (replica pag. 3). Viene quindi respinta l'accusa di perseguire scopi dilatori e perlustrativi sottolineando la legittimità costituzionale e procedurale di portare il foro in Ticino (replica pag. 4). Nel merito l'instante ricorda come già nel febbraio 2002 il MPC avesse espressamente riservato a un ulteriore approfondimento la questione della competenza. Per quanto riguarda la presunta appartenenza a un'organizzazione criminale essa non sarebbe desumibile da nessun elemento istruttorio e contrasterebbe contro le stesse evidenze processuali emerse in Italia. Viene altresì ribadito come l'istruttoria verta su un presunto riciclaggio consumatosi in Svizzera e non all'estero (replica pag. 5 e seg.). Delle osservazioni dell'UGI vengono invece elogiate la coerenza e l'equidistanza, prendendo atto che esse aderiscono nelle grandi linee alle tesi dell'istanza (replica pag. 7). Infine al Ministero pubblico ticinese l'instante replica che non vi sono agli atti elementi che permettano di concludere che il denaro, nell'ipotesi accusatoria, provenga da un Paese diverso dall'Italia o sia riconducibile a una organizzazione criminale, mentre il solo fatto che il reato antecedente sia stato commesso all'estero non è sufficiente per determinare la competenza federale. Infine viene contestata la rilevanza pratica del fatto che il MPC intenda aprire uffici a Lugano, ritenuto come il procedimento è attualmente in mano all'UGI e non al MPC.
Diritto:
1. 1.1 La Camera d'accusa del Tribunale federale decide in merito a contestazioni tra procuratore generale della Confederazione e autorità cantonali preposte al procedimento penale inerenti alla competenza di indagine nei casi di criminalità economica e criminalità organizzata ai sensi dell'art. 340bis CP (art. 260 PP). In applicazione analogica di quanto previsto all'art. 264 PP per i conflitti intercantonali, l'accusato rispettivamente l'imputato sono legittimati ad introdurre istanze di designazione di foro in materia di conflitti giurisdizionali fra Confederazione e Cantoni (DTF 128 IV 225 consid. 2.3 pag. 229).
1.2 Questo tipo di istanza, pur non soggiacendo a precisi termini di reclamo, deve venire proposta entro un ragionevole lasso di tempo a partire dal momento in cui l'interessato ha preso conoscenza degli elementi necessari per formulare l'istanza stessa (DTF 120 IV 146 consid. 1 pag. 150). Nella fattispecie, contrariamente a quanto sostenuto dal MPC, tale momento si è concretizzato soltanto il 19 dicembre 2003, ovvero quando il patrocinatore dell'instante ha potuto per la prima volta esaminare gli atti, venendo così a disporre dei necessari elementi per valutare con cognizione di causa la questione giurisdizionale. In questo senso l'istanza, datata 19 gennaio 2004 e preceduta da un puntuale scambio epistolare con l'UGI, è stata inoltrata entro un ragionevole lasso di tempo per cui risulta senz'altro tempestiva. Nella sua veste di imputato, l'instante è inoltre legittimato a proporre tale istanza senza ulteriori condizioni - con l'eccezione del divieto dell'abuso di diritto di cui qui tuttavia non sono assolutamente dati gli estremi - per cui le affermazioni del MPC in merito a presunte intenzioni esplorative o dilatorie, rispettivamente quelle del Ministero pubblico ticinese sugli interessi più pratici che giuridici a spostare l'istruttoria in Ticino, non hanno nessuna pertinenza nel caso concreto. Per questi motivi l'istanza è ammissibile.
2. 2.1 Secondo giurisprudenza costante, il foro non dipende dai reati che saranno posti finalmente a carico dell'imputato bensì da quelli che possono entrare in linea di conto in base allo stato degli atti nel momento in cui la Camera di accusa del Tribunale federale statuisce (DTF 113 IV 108 consid. 1; 112 IV 63 consid. 2 e rinvii).
2.2 Nella fattispecie risulta che il procedimento penale nei confronti dell'instante è stato aperto esclusivamente per il reato di riciclaggio di denaro (art. 305bis CP). In base alla nuova normativa recentemente introdotta per migliorare l'efficienza e la legalità nel procedimento penale, in vigore dal primo gennaio 2002, tale reato è sottoposto alla giurisdizione federale a condizione di essere stato commesso prevalentemente all'estero (art. 340bis cpv. 1 lett. a CP), oppure in più Cantoni senza un riferimento prevalente in uno di essi (art. 340bis cpv. 1 lett. b CP). Quest'ultima variante può qui venire esclusa, visto che l'istruttoria in esame non ha portata intercantonale ma transfrontaliera. Si pone dunque la questione di sapere se, allo stato attuale delle indagini, l'ipotesi di riciclaggio di denaro mossa a carico dell'imputato si riferisca ad un reato commesso prevalentemente all'estero. Prima di rispondere a tale quesito va tuttavia risolto un problema interpretativo di base, posto dallo scarto esistente tra le differenti versioni linguistiche del testo di legge. Se nel testo francese, non molto diversamente da quello italiano, si parla di reato commesso "pour une part prépondérante à l'étranger", nella versione tedesca si legge invece che il reato deve essere commesso "zu einem wesentlichen Teil im Ausland". Si tratta di divergenze che vanno affrontate secondo i normali canoni di metodologia giuridica, onde appurare, al di là del significato puramente letterale del testo, quale sia l'interpretazione più vicina alla volontà del legislatore (DTF 129 I 402 consid. 3; Pio Caroni, Einleitungstitel des Zivilgesetzbuches, Berna/Francoforte s.M. 1996, pag. 104 e segg.). A questo proposito è necessario richiamarsi a quella che è l'idea guida della recente riforma legislativa, ovvero l'intento di migliorare l'efficienza e le caratteristiche dello Stato di diritto in sede di perseguimento penale, di fronte alle nuove forme di criminalità, segnatamente quella organizzata, il riciclaggio di denaro, nonché determinati generi di criminalità economica (v. FF 1998 pag. 1096). Nel dubbio occorre dunque scegliere l'interpretazione che permette di operare in maniera più efficace contro questo tipo di criminalità, tenendo conto delle risorse disponibili (Felix Bänziger/Luc Leimgruber, Das neue Engagement des Bundes in der Strafverfolgung. Kurzkommentar zur "Effizienzvorlage", Berna 2001, n. 59 ad art. 340bis CP). In quest'ottica il concetto di parte preponderante rispettivamente di parte importante del reato va interpretato non in termini quantitativi o peggio ancora contabili ma in termini qualitativi. Il reato è dunque da considerarsi commesso prevalentemente all'estero se la componente estera raggiunge una massa critica tale per cui i nuovi strumenti d'indagine messi a disposizione della Confederazione si rivelano più adatti, rispetto a quelli cantonali, nella prospettiva di un'efficiente repressione del crimine. Questo a prescindere dalle riserve di natura federalista mosse dall'instante, le quali non hanno qui alcun peso, considerato come le norme penali e procedurali in esame hanno una solida base costituzionale già ben evidenziata dal Consiglio federale nel proprio Messaggio al Parlamento (FF 1998 pag. 1131 seg.).
2.3 Alla luce di queste premesse interpretative va quindi esaminato se nel caso in esame siano date le condizioni poste dall'art. 340bis cpv. 1 lett. a CP richiamato l'art. 305bis CP.
2.4 Considerato lo stato attuale degli atti, tenuto conto del tenore della sentenza 27 novembre 2003 della Corte di Appello di Roma e delle lineari considerazioni dello stesso GI titolare dell'istruttoria, gli elementi indiziari, che lasciavano presagire l'esistenza di un'ampia rete di contatti internazionali di tipo criminale attorno all'imputato, si sono decisamente rarefatti. D'altro canto le affermazioni del MPC in merito all'eventualità che il denaro contante giunto in Svizzera "abbia subito altre "lavature" all'estero siccome riferito ad organizzazioni criminali attive all'estero" (replica pag. 4) rappresentano delle ipotesi investigative, di cui si fatica a intravedere il benché minimo riscontro indiziario, visto che nemmeno l'UGI ventila più ipotesi simili. In questo senso se gli elementi oggi disponibili permettono certo di ipotizzare l'esistenza di una operazione di riciclaggio, essa sarebbe comunque limitata ai tre episodi sopra descritti (v. punto B sub Fatti), e sarebbe dunque di portata esclusivamente svizzera. Non vi sono invece indizi sufficienti per supporre che il reato ipotizzato sia stato commesso anche in minima parte all'estero. Determinante è infatti il reato di riciclaggio in quanto tale e non l'antefatto da cui proviene il denaro incriminato (Bänziger/ Leimgruber, op.cit., n. 55 ad art. 340bis CP). Nel caso concreto dunque le premesse interpretative enunciate sopra al consid. 2.2, risultano di facile applicazione, visto che il reato ipotizzato non sarebbe commesso nemmeno in parte all'estero, per cui non si pone la questione di sapere se il reato sia o meno perfezionato prevalentemente all'estero. In tal senso i requisiti di legge per fondare una giurisdizione federale non sono più adempiuti. Tale competenza era certamente data all'inizio dell'inchiesta, per cui hanno agito correttamente il MPC e l'UGI ritenendosi competenti in quel primo frangente. Oggi le circostanze sono però radicalmente cambiate ed urge tenerne conto, pur salvaguardando le esigenze di celerità ed efficacia del procedimento penale (DTF 120 IV 282 consid. 3a pag. 286). A questo proposito va comunque rilevato come le autorità federali hanno finora condotto un numero piuttosto limitato di atti istruttori, per cui il trasferimento potrebbe essere effettuato senza grossi inconvenienti. Altro discorso varrebbe se il procedimento si trovasse in una fase più avanzata, per cui, sempre nello spirito che guida l'intera riforma legislativa, andrebbe verificato se non sia più opportuno, per ragioni di efficienza e celerità procedurale, mantenere il foro presso l'autorità che ha avviato l'inchiesta (DTF 128 IV 225 consid. 3.5). Come già in ambito intercantonale il trasferimento di foro deve rimanere in effetti l'eccezione e può venire effettuato solo in presenza di motivi importanti (DTF 120 IV 282 consid. 3a; 107 IV 158 consid. 1 e rinvii), come per esempio di fronte a fatti nuovi (DTF 72 IV 39 consid. 1). Fatti nuovi qui indubbiamente dati in considerazione del contenuto della più volte citata sentenza della Corte d'appello di Roma. Tale sentenza è di grande rilevanza per il prosieguo dell'istruttoria, visto che, per ammissione dello stesso UGI, ridimensiona in maniera decisiva la portata internazionale dell'inchiesta. Con riferimento all'ipotesi di riciclaggio viene difatti a cadere il necessario appiglio giurisdizionale con l'estero per cui, cessante ratione, non si giustifica che il procedimento rimanga di competenza federale.
2.5 Da tutto ciò discende che l'istanza è da accogliere, per cui il procedimento è attribuito al Ministero pubblico del Cantone Ticino.
3. Visto questo esito processuale non si prelevano spese (art. 156 cpv. 2 OG richiamato l'art. 245 PP). L'instante, quale parte vincente, ha diritto ad un'indennità per ripetibili (art. 159 cpv. 1 OG) che viene fissata a fr. 1'500.-- e viene sopportata dalla cassa del Tribunale federale.
Per questi motivi, la Camera pronuncia:
1. L'istanza è accolta. Di conseguenza il procedimento è attribuito al Ministero pubblico del Cantone Ticino.
2. Si prescinde dalla riscossione di spese.
3. La cassa del Tribunale federale verserà l‘ammontare totale di fr. 1‘500.-- all'instante a titolo di ripetibili.
4. Comunicazione all'instante, all'Ufficio dei giudici istruttori federali, al Ministero pubblico della Confederazione e al Ministero pubblico del Cantone Ticino.