Faits:
A. La société X._ Sàrl est propriétaire à Martigny de l'immeuble sis au xxx. Destiné à l'habitation, celui-ci comprend sept studios. Lors d'un contrôle effectué au mois d'août 2010, il fut constaté que les locaux étaient utilisés comme "salons de massage". Le 9 août 2010, la commune de Martigny ordonna à la propriétaire de réaffecter les lieux à l'habitation ou de déposer une demande d'autorisation pour un changement d'affectation. L'intéressée n'ayant pas obtempéré, le Conseil communal de Martigny impartit, par décision du 22 septembre 2010, un délai de 60 jours pour procéder à une remise en état des lieux (sous réserve d'une demande de changement d'affectation), faute de quoi les salons de massage seraient fermés aux frais de la propriétaire.
B. Cette décision fut confirmée, sur recours de l'intéressée, successivement par le Conseil d'Etat du canton du Valais (par décision du 22 juin 2011 prévoyant en outre la suspension de la décision de remise en état en cas de dépôt d'une demande de changement d'affectation), puis par arrêt du 30 mars 2012 de la Cour de droit public du Tribunal cantonal valaisan. Selon ce dernier arrêt, l'ordre de remise en état devait être adressé au propriétaire, perturbateur par situation; même si les hôtesses vivaient sur place, elles exerçaient une activité commerciale distincte de la simple habitation, et pouvant avoir des incidences sur le quartier alentour. Cela nécessitait une autorisation au sens de l'art. 22 al. 1 LAT. Il n'y avait pas d'inégalité de traitement, la commune ayant affirmé avoir agi de même à l'encontre des propriétaires se trouvant dans une situation semblable.
C. Par acte du 10 mai 2012, X._ Sàrl forme un recours en matière de droit public par lequel elle conclut à la réforme de l'arrêt cantonal.
La cour cantonale et le Conseil d'Etat ont renoncé à se déterminer. La Commune de Martigny conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 lit. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 lit. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
1.1 La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que destinataire de la décision de remise en état de l'immeuble dont elle est propriétaire, elle a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
1.2 Selon l'art. 42 al. 1 LTF, le mémoire de recours doit contenir notamment des conclusions, lesquelles doivent être déterminées avec précision. Tel n'est pas le cas en l'occurrence, la recourante concluant à la réforme de l'arrêt cantonal sans préciser en quoi celui-ci devrait être modifié. La question de la recevabilité des conclusions du recours peut toutefois demeurer indécise, l'issue de la cause apparaissant par ailleurs évidente.
2. Se plaignant d'arbitraire, la recourante estime que l'utilisation des locaux à des fins de prostitution ne constituerait pas un changement d'affectation soumis à autorisation, dans la mesure où l'activité se déroule en zone d'habitation et nécessiterait un appartement avec un lit, ce qui ne serait pas le cas pour des bureaux.
Comme le relève l'arrêt cantonal - auquel il peut être renvoyé en application de l'art. 109 al. 3 LTF -, l'ensemble des studios est affecté à la prostitution, soit une activité professionnelle exercée à but lucratif et bénéficiant de la liberté économique (ATF 101 Ia 473 consid. 2b p. 476). L'exercice régulier d'une telle activité entre clairement en contradiction avec la notion d'habitation (arrêt 1C_83/2012 du 18 juillet 2012; 1C_526/2010 du 7 janvier 2011). Il est indifférent, de ce point de vue, que les hôtesses vivent également sur place. L'argument, qui frise la témérité, doit être écarté.
3. Le grief tiré du principe d'égalité de traitement n'est pas mieux fondé. La recourante se contente de relever qu'il existe de nombreux salons de massage à Martigny et que la commune n'aurait jamais exigé de mise en conformité. Selon l'arrêt attaqué, la commune a agi à l'encontre de tous les propriétaires se trouvant dans la même situation que la recourante; il s'agit d'une constatation de fait qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), la recourante ne faisant pas valoir à cet égard qu'il y aurait inexactitude manifeste au sens de l'art. 105 al. 2 LTF. La recourante produit quelques annonces relatives à de la prostitution en ville de Martigny, sans toutefois démontrer que cette activité se tiendrait dans des immeubles d'habitation. La commune elle-même a indiqué qu'elle ne faisait preuve d'aucune tolérance à cet égard. La recourante ne saurait, dans ces conditions, bénéficier d'aucune égalité dans l'illégalité (cf. ATF 127 II 113 consid. 9b p. 121 et les références citées).
4. Manifestement mal fondé dans la mesure où il est recevable, le recours doit être rejeté, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Commune de Martigny, au Conseil d'Etat du canton du Valais, Chancellerie d'Etat, et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public.
Lausanne, le 31 août 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
Le Greffier: Kurz