Faits:
A. Le 30 avril 2010, A._ SA a fait notifier à B._ un commandement de payer la somme de 161'578 fr. 32, avec intérêts à 5 % l'an dès le 12 mars 2009. La poursuivante a invoqué, comme titre de la créance, une reconnaissance de dette sous seing privé datée du 12 mars 2009. Le texte original en anglais a la teneur suivante: "I confirm that as of 31.12.08 I have a debt with A._ S.A. of USD 151'125. [...]. The repayment will be made through compensation against the annual bonus", qui peut être traduit de la manière suivante: je confirme qu'en date du 31 décembre 2008, j'ai une dette envers A._ SA d'un montant de USD 151'125. [...]. Le remboursement sera effectué par compensation avec le bonus annuel.
Le poursuivi a formé opposition totale au commandement de payer.
B. Statuant le 23 septembre 2010 sur la requête de mainlevée provisoire formée le 29 juin 2010 par la poursuivante, le Tribunal de première instance de Genève a levé provisoirement l'opposition à hauteur de 161'578 fr. 32, plus intérêts à 5 % l'an dès le 12 mars 2010, date de la mise en demeure du poursuivi par la créancière.
Par arrêt du 9 décembre 2010, la Cour de justice du canton de Genève a admis l'appel du poursuivi, annulé le jugement du Tribunal de première instance et rejeté la requête de mainlevée provisoire.
C. Par acte du 31 janvier 2011, la poursuivante interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 9 décembre 2010 et au prononcé de la mainlevée provisoire de l'opposition, subsidiairement au renvoi de l'affaire à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Invités à se déterminer, l'intimé conclut au rejet du recours et l'autorité cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière civile est ouvert contre les décisions en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF), notamment contre les jugements de mainlevée de l'opposition (ATF 133 III 399 consid. 1.2 p. 399), lorsque, comme en l'espèce, la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF).
La décision attaquée, prise sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF), est finale au sens de l'art. 90 LTF (ATF 134 III 115 consid. 1.1 p. 117; 133 III 399 consid. 1.4 p. 400). En vertu de l'art. 46 al. 1 let. c LTF, le délai de recours fixé en jours par la loi ne court pas du 18 décembre au 2 janvier inclus. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (art. 42 LTF) par la partie qui a succombé en instance cantonale (art. 76 al. 1 aLTF, dans la version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010; ATF 133 III 421 consid. 1.1 p. 425), le présent recours est en principe recevable.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral, lequel comprend les droits constitutionnels (art. 95 let. a LTF; ATF 133 III 446 consid. 3.1, 462 consid. 2.3). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant ("principe d'allégation"; art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254).
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF); la partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait que si celles-ci ont été établies d'une manière manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 III 636 consid. 2.2 p. 638; ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 129) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; arrêt 9C_471/2010 du 18 mai 2011 consid. 2). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3. S'agissant du document du 12 mars 2009 produit par la créancière poursuivante, le premier juge a considéré qu'il constitue un titre de mainlevée au sens de l'art. 82 al. 1 LP. Sur appel, la Cour de justice a estimé que, en dépit de sa teneur selon laquelle le poursuivi reconnaissait devoir à la poursuivante, sans réserve ni condition, la somme de 151'125 USD, le document du 12 mars 2009 n'exprime "nullement" la volonté du poursuivi de payer ladite somme à la créancière poursuivante. Selon son appréciation, le titre invoqué mentionne uniquement que le remboursement de la somme reconnue interviendra par compensation avec le bonus annuel du poursuivi, employé de la poursuivante. Les juges cantonaux ont encore jugé que la créancière poursuivante n'a pas produit de titre dont il résulterait que le débiteur poursuivi reconnaît devoir lui payer la somme préalablement déterminée, nonobstant la fin des rapports de travail entre les parties le 26 février 2010 et l'absence de versement du bonus annuel.
4. La procédure de mainlevée provisoire est un incident de la poursuite; elle n'a pas pour objet de statuer sur la réalité de la prétention en poursuite, mais uniquement sur la force exécutoire du titre produit par la poursuivante (ATF 136 III 583 consid. 2.3 p. 586-587 et les références citées). Le prononcé de mainlevée provisoire ne sortit que des effets de droit des poursuites (ATF 100 III 48 consid. 3 p. 50) et ne fonde pas l'exception de chose jugée (res iudicata) quant à l'existence de la créance (ATF 136 III 583 consid. 2.3 p. 587). La décision du juge de la mainlevée ne prive donc pas les parties du droit de soumettre à nouveau la question litigieuse au juge ordinaire (art. 79 et 83 al. 2 LP; cf. ATF 136 III 528 consid. 3.2).
5. La recourante soutient que l'autorité précédente a méconnu, de manière arbitraire, des éléments de fait déterminants (art. 97 al. 1 LTF), en niant que le document qu'elle a produit, daté du 12 mars 2009, valait reconnaissance de dette. Ce faisant, l'autorité cantonale aurait violé le droit fédéral (art. 95 let. a LTF), à savoir les art. 82 LP et 17 CO.
Il y a donc lieu d'examiner tout d'abord si le titre produit par la poursuivante vaut reconnaissance de dette.
5.1 Au sens de l'art. 82 al. 1 LP, constitue une reconnaissance de dette, l'acte sous seing privé signé de la main du poursuivi - ou de son représentant -, d'où découle sa volonté de payer au poursuivant, sans réserve ni condition, une somme d'argent déterminée, ou aisément déterminable, et échue (ATF 132 III 480 consid. 4.1 p. 480-481; 130 III 87 consid. 3.1 p. 88; 122 III 125 consid. 2 p. 126).
Lorsque le débiteur déclare reconnaître une dette, mais vouloir l'éteindre uniquement au moyen de la compensation, la reconnaissance de dette doit être qualifiée de conditionnelle (arrêt 5P.464/2006 du 5 mars 2007 consid. 4.2; arrêt de l'OberGer du canton de Zurich du 28 novembre 1967, RSJ 1968 p. 41 n° 10). En effet, lorsque le débiteur affirme ou réserve son droit de compenser, la reconnaissance de dette ne peut être considérée comme pure et simple (PANCHAUD/CAPREZ, La mainlevée d'opposition, 1980, n° 11 p. 36 et la jurisprudence cantonale citée). Le créancier poursuivant ne peut obtenir la mainlevée de l'opposition sur la base d'une reconnaissance de dette conditionnelle que s'il prouve - par titre - que la condition est réalisée ou qu'elle est devenue sans objet, partant, que la compensation n'était pas opposable (PANCHAUD/CAPREZ, op. cit., n° 12 p. 36; SCHMID, Commentaire romand, 1e éd., 2005, n° 23 ad art. 82 LP).
En revanche, lorsque le débiteur reconnaît une dette, en précisant la manière dont il envisage de la rembourser, il s'agit d'une modalité de paiement. Il faut en effet admettre que le paiement n'est pas le seul mode d'extinction de dette; la loi vise également toute autre cause de droit civil, en particulier la compensation (ATF 136 III 624 consid. 4.2.1 p. 625; 124 III 501 consid. 3b p. 503). En conséquence, le débiteur peut unilatéralement reconnaître une dette et annoncer - de manière indépendante de la reconnaissance - l'acquitter par compensation avec une créance future contre son créancier. Dans ce cas, le titre doit être considéré comme une reconnaissance de dette pure et simple au sens de l'art. 82 al. 1 LP.
5.2 En l'espèce, il ressort des constatations de l'arrêt attaqué que la recourante a produit "un document du 12 mars 2009, signé de la main de B._, par lequel celui-ci reconnaît être son débiteur de la somme de 151'125 USD, valeur au 31 décembre 2008; ce document prévoit que le remboursement de ce montant sera effectué par compensation avec le bonus annuel". Le document sous seing privé produit par la poursuivante pour valoir reconnaissance de dette atteste donc que le poursuivi se considère obligé de payer une somme déterminée à la recourante. On ne peut déduire du contenu de ce titre que le remboursement par compensation avec le bonus annuel serait une condition, à savoir serait subordonné à l'allocation d'un bonus; il s'agit seulement d'une modalité de paiement évoquée par le débiteur. Le poursuivi a ainsi reconnu purement et simplement être le débiteur de la poursuivante du montant mentionné dans ce document - comme l'admet du reste la Cour cantonale -, puis envisagé d'acquitter sa dette au moyen de la compensation. Cette conclusion s'impose, dès lors que seul le débiteur a signé le titre du 12 mars 2009. La poursuivante n'a pas reconnu devoir au poursuivi la prétention (le bonus) que celui-ci invoque en compensation. Contrairement à l'opinion des juges précédents (cf. supra consid. 3), la recourante n'avait donc pas à apporter la preuve de l'impossibilité de compenser. En refusant d'admettre l'existence d'une reconnaissance de dette pure et simple sur la base du document susmentionné, l'autorité cantonale a nié à tort l'existence d'un titre de mainlevée et ainsi méconnu l'art. 82 al. 1 LP.
6. Il reste à déterminer si le poursuivi peut faire échec à la mainlevée provisoire en opposant la compensation avec sa créance en paiement d'un bonus annuel et l'inexistence partielle du contrat de prêt sur lequel se fonde la créance en poursuite.
6.1 Conformément à l'art. 82 al. 2 LP, le poursuivi peut faire échec à la mainlevée provisoire de l'opposition en rendant immédiatement vraisemblable - en principe par titre (dans ce sens, l'art. 254 al. 1 CPC) - sa libération (ATF 132 III 140 consid. 4.1.2 p. 143 s.; arrêt 5A_905/2011 du 10 août 2011 consid. 2.1). Le poursuivi peut se prévaloir de tous les moyens de droit civil - exceptions ou objections - qui infirment la reconnaissance de dette, notamment la compensation (ATF 131 III 268 consid. 3.2 p. 273; 124 III 501 consid. 3b p. 503; 105 II 183 consid. 4a p. 187; arrêt 5A_905/2010 du 10 août 2011 consid. 2.1). Il incombe au débiteur poursuivi de rendre vraisemblable la créance compensante et le montant exact à concurrence duquel la dette serait éteinte (art. 124 al. 1 CO; ATF 136 III 624 consid. 4.2.3 p. 626; STAEHELIN, Basler Kommentar, 2e éd., 2010, n° 94 ad art. 82 LP). Le débiteur poursuivi ne peut pas se contenter d'alléguer l'existence d'une créance envers le poursuivant pour rendre vraisemblable cette prétention et opposer valablement l'objection de compensation; de simples affirmations ne sont pas suffisantes (GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4e éd., 2005, n° 786 p. 157; SCHMID, op. cit., n° 30 ad art. 82 LP). Les preuves produites par le débiteur poursuivi doivent rendre vraisemblable le fait libératoire (ATF 132 III 140 consid. 4.1.2 p. 143). Le juge de la mainlevée doit statuer en se basant sur des éléments objectifs; il n'a pas à être persuadé de l'existence des faits allégués; il suffit qu'il acquière l'impression que les faits pertinents se sont produits, sans pour autant devoir exclure la possibilité qu'ils aient pu se dérouler autrement (ATF 132 III 140 consid. 4.1.2 p. 144; 130 III 321 consid. 3.3 p. 325).
6.2 En l'espèce, l'intimé affirme que la dette litigieuse se réfère à un contrat de prêt partiellement inexistant. En outre, il soutient qu'il est en droit d'opposer la compensation car la poursuivante aurait à son égard des dettes, à savoir le versement du bonus 2008 et des prétentions salariales consécutives à son licenciement avec effet immédiat en date du 26 février 2010. Se fondant sur un arrêt de la Cour de justice du canton de Genève du 12 octobre 1956 (SJ 1957 p. 523), l'intimé affirme que la créance compensante dont il se prévaut est vraisemblable, dès lors qu'elle fait l'objet d'une action en paiement actuellement pendante.
Admettant la validité du titre de mainlevée, le premier juge a examiné les moyens libératoires soulevés par le poursuivi et considéré que sa thèse était "incompréhensible" et "manifestement dilatoire". En définitive, le Tribunal de première instance a estimé que l'intimé avait échoué à rendre vraisemblable sa libération, tant sous l'angle de l'absence de toute cause d'obligation, question dont l'examen relève du juge du fond, que sous l'angle de la compensation. La Cour de justice n'a pas réexaminé l'appréciation du premier juge, dès lors qu'elle a estimé - à tort - que le document du 12 mars 2009 ne constituait pas un titre de mainlevée; elle n'a pas eu à revoir l'objection de compensation soulevée par l'intimé.
Le moyen pris de l'inexistence du contrat de prêt relève de la compétence du juge du fond et ne saurait être examinée au stade de la mainlevée de l'opposition; il n'appartient pas au juge saisi d'une requête de mainlevée de trancher des questions de droit matériel, dans la mesure où la réponse à cette question ne ressort pas des pièces produites (arrêt 5A_905/2010 du 10 août 2011 consid. 3.1). S'agissant de l'objection de compensation, l'intimé ne démontre pas, dans sa réponse au recours, que ses prétentions seraient vraisemblables et que l'appréciation du premier juge serait erronée. Le dépôt d'une action en justice ne constitue pas à lui seul un titre justifiant le refus de la mainlevée provisoire, la vraisemblance de la créance compensante ne résultant pas du seul dépôt de l'action (arrêt 5A_225/2010 du 2 novembre 2010 consid. 3.2 non publié in ATF 136 III 583). La jurisprudence dont se prévaut l'intimé ne lui est d'aucun secours, dès lors que, contrairement à lui, le débiteur poursuivi avait rendu vraisemblable sa créance compensante par titre, alors même qu'une action judiciaire était pendante. En définitive, la solution à laquelle est parvenu le premier juge après avoir examiné les moyens libératoires du poursuivi est conforme au droit fédéral et peut être confirmée.
7. Le recours en matière de droit civil est une voie de recours réformatoire. En cas d'admission du recours, le Tribunal fédéral est dès lors habilité à statuer lui-même sur le fond (art. 107 al. 2 LTF; arrêt 5A_364/2008 du 12 août 2008 consid. 4.2 avec les références). En l'espèce, celui-ci dispose de tous les éléments nécessaires pour statuer au fond, de sorte qu'il n'est pas nécessaire de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour qu'elle se prononce à ce sujet. Il résulte de ce qui précède que la présente poursuite est fondée sur un acte passé sous seing privé, valant titre de mainlevée provisoire en vertu de l'art. 82 al. 1 LP (cf. supra consid. 5) et que le poursuivi n'est pas parvenu à rendre immédiatement vraisemblable sa libération, au sens de l'al. 2 de cette même disposition (cf. supra consid. 6). Pour le surplus, ni le montant de la créance ni le taux et le dies a quo des intérêts ne sont contestés. En conclusion, la mainlevée de l'opposition doit être prononcée comme en première instance cantonale.
8. Vu ce qui précède, le recours doit être admis et l'arrêt cantonal réformé en ce sens que la mainlevée provisoire est accordée. L'intimé, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et versera des dépens à la recourante (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La cause sera renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que l'opposition formée par B._ au commandement de payer n° xxxx de l'Office des poursuites du canton de Genève est levée provisoirement à concurrence de 161'578 fr. 32, avec intérêts à 5 % l'an dès le 12 mars 2010.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 4'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 2 septembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin