Sachverhalt:
A. X._ wurde vom Amt für Steuern Uri mit definitiven Veranlagungsverfügungen vom 8. Juni 2007 für die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer der Steuerperioden 2002, 2003 und 2004 teilweise ermessensweise eingeschätzt. Gegenüber der Selbstdeklaration wurde für die Jahre 2002 sowie 2003 jeweils ein steuerbares Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit von Fr. 100'000.-- und für das Jahr 2004 ein solches von Fr. 25'000.-- aufgerechnet.
Die gegen diese Veranlagungen erhobenen Einsprachen wies die Kantonale Steuerkommission Uri bezüglich der genannten Aufrechnungen mit Entscheiden vom 9. April 2008 ab. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, die Steuerdeklaration sei unvollständig gewesen, insbesondere hätten die Einkünfte aus dem Betrieb eines Etablissements in A._ gefehlt. X._ habe den Nachweis für die Unrichtigkeit der Ermessenseinschätzung in diesem Punkt nicht erbracht.
B. X._ beschwerte sich gegen die Einspracheentscheide beim Obergericht des Kantons Uri. Er brachte unter anderem vor, die Bar und die Zimmerbewirtschaftung in A._ sei nicht durch ihn persönlich, sondern durch die Z._ GmbH, in B._, geführt worden, welche als Betreiberfirma der Gastrobetriebe in A._ aufgetreten sei. Die Z._ GmbH wurde am 31. Mai 2001 ins Handelsregister eingetragen. Sie verfügte über ein Stammkapital von Fr. 20'000.-- wobei X._ mit einem Stammanteil von Fr. 19'000.-- beteiligt und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift war. Das Obergericht des Kantons Uri hiess mit Entscheiden vom 1. Juli 2009 die Beschwerde insoweit gut, als es die Einsprache-Entscheide für die Steuerperioden 2003 und 2004 aufhob und die Sache zur Vornahme weiterer Abklärungen im Sinne der Erwägungen an die Kantonale Steuerkommission Uri zurückwies. Die Beschwerde gegen die Einspracheentscheide für die Steuerperiode 2002 wies es ab.
C. Mit Verfassungsbeschwerden vom 14. September 2009 beantragt X._, die Entscheide des Obergerichts des Kantons Uri vom 1. Juli 2009 aufzuheben, und die Einspracheentscheide der Kantonalen Steuerkommission bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern sowie der direkten Bundessteuer für das Jahr 2002 in dem Sinne abzuändern, als ihm der Betrag von Fr. 100'000.-- nicht aufzurechnen sei. Er rügt eine willkürliche Beweiswürdigung.
D. Das Obergericht des Kantons Uri hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Kantonale Steuerkommission Uri beantragt, die Verfahren zu vereinen, die Verfassungsbeschwerde betreffend die Steuerperioden 2002 bis 2004 abzuweisen, die Entscheide des Obergerichts in Bezug auf die teilweise Gutheissung betreffend die Steuerperioden 2003 und 2004 aufzuheben und die Beschwerde im Sinne ihrer Erwägungen abzuweisen.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Die gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen nahezu übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 128 V 192 E. 1 S. 194 mit Hinweisen).
1.2 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit der bei ihm erhobenen Rechtsmittel von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 135 II 30 E. 1 S. 31, 22 E. 1 S. 24). Der Beschwerdeführer hat seine Eingaben als "Verfassungsbeschwerde" bezeichnet. Gegen die angefochtenen Entscheide steht jedoch gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14), beide in der Fassung gemäss Anhang Nr. 57 bzw. 58 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32), die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen. Damit ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ausgeschlossen (Art. 113 BGG). Die falsche Bezeichnung des Rechtsmittels schadet dem Beschwerdeführer indes nicht (vgl. BGE 134 III 379 E. 1.2 S. 382; 133 I 300 E. 1.2 S. 302; 131 I 291 E. 1.3 S. 296 mit Hinweisen). Da die Eingaben sämtliche Sachurteilsvoraussetzungen (vgl. Art. 89 Abs. 1, Art. 100 BGG) der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erfüllen, sind sie als solche entgegenzunehmen, und es ist grundsätzlich darauf einzutreten (unter Vorbehalt von E. 1.5 hiernach).
1.3 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Die Anfechtung der Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz ist demgegenüber lediglich beschränkt möglich. Gemäss Art. 97 Abs. 1 BGG kann sie nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Offensichtlich unrichtig ist eine Sachverhaltsermittlung nicht schon dann, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist. Wer Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sind. Andernfalls ist vom Sachverhalt des angefochtenen Entscheids auszugehen (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.).
1.4 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254, mit Hinweisen).
1.5 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist vorliegend nur teilweise zu erkennen. Soweit eine solche fehlt, kann auf die Beschwerden nicht eingetreten werden.
1.6 Der Beschwerdeführer beantragt, die Entscheide des Obergerichts des Kantons Uri vom 1. Juli 2009 aufzuheben und die Einspracheentscheide der Kantonalen Steuerkommission für das Jahr 2002 in dem Sinne abzuändern, dass dem Beschwerdeführer jeweils im Jahr 2002 der Betrag von Fr. 100'000.-- nicht aufzurechnen sei. Aus dem Antrag sowie aus dessen Begründung ergibt sich, dass einzig Ziff. 2 der vorinstanzlichen Entscheide angefochten wird, welche die Steuerperiode 2002 betreffen. Nicht angefochten ist dagegen Ziff. 1 der vorinstanzlichen Entscheide, womit das Obergericht die Sache bezüglich der Steuerperioden 2003 und 2004 im Sinne eines Zwischenentscheides an die Kantonale Steuerkommission Uri zurückgewiesen hat.
1.7 Die Kantonale Steuerkommission beantragt in ihren Vernehmlassungen unter anderem, die Entscheide des Obergerichts Uri in Bezug auf die teilweise Gutheissung der Steuerperioden 2003 und 2004 aufzuheben. Insofern stellt sie ein selbständiges Rechtsbegehren, das über den Streitgegenstand hinausgeht, wie ihn der Beschwerdeführer zur Beurteilung unterbreitet hat (teilweise Aufhebung des angefochtenen Entscheides, soweit die Steuerperiode 2002 betroffen ist). Einen solchen Antrag kann die Steuerkommission nicht im Rahmen ihrer Vernehmlassung stellen. Weil das Bundesgerichtsgesetz die Anschlussbeschwerde nicht kennt und - im Unterschied zum bis Ende 2006 geltenden Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (vgl. Art. 114 Abs. 1 OG) auch im Bereich des Abgaberechts - keine reformatio in peius zulässt (Art. 107 Abs. 1 BGG), kann darauf nicht eingetreten werden (vgl. Urteil 2C_620/2007 vom 2. Juli 2008 E. 1.2).
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der direkten Bundessteuer als Einkommenssteuer natürlicher Personen unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte mit Ausnahme der Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen (Art. 16 Abs. 1 und 3 DBG). Als steuerbare Einkünfte gelten namentlich das Einkommen aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit (Art. 17 und Art. 18 DBG).
2.2 Streitig ist hier, ob der Beschwerdeführer als Selbständigerwerbender Einkommen aus dem Betrieb eines Etablissements in A._ erzielt hat, oder ob der Betrieb dieses Etablissements durch die Z._ GmbH erfolgte, deren Gesellschafter und einziger Geschäftsführer der Beschwerdeführer war. Indem die Vorinstanz ausführte, es sei darüber zu befinden, ob das Einkommen des Beschwerdeführers aus unselbständiger oder selbständiger Erwerbstätigkeit resultierte, hat sie demnach die sich stellende Frage unrichtig umschrieben. Dies ist jedoch insofern irrelevant, als sie in der Folge festgestellt hat, es liege ein Einkommen des Beschwerdeführers aus selbständiger Erwerbstätigkeit vor, was gleichzeitig zur Folge hat, dass das fragliche Einkommen nicht der Gesellschaft des Beschwerdeführers zugeflossen ist.
2.3 Die Frage, ob der Beschwerdeführer oder dessen Gesellschaft das strittige Einkommen erzielt hat, bezieht sich auf die tatsächlichen Gegebenheiten (vgl. Markus Schott, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, N 28 zu Art. 95; Hansjörg Seiler, Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N 12 zu Art. 97). Es geht nicht darum, wem ein Einkommen rechtlich zuzurechnen ist, sondern um Feststellung, wer das fragliche Einkommen vereinnahmt hat. Dies bedeutet, dass eine Frage nach dem relevanten Sachverhalt vorliegt. Daran vermag nichts zu ändern, dass die Vorinstanz - fälschlicherweise - die Frage, wer das umstrittene Einkommen vereinnahmt hat, unter dem Aspekt der Abgrenzung zwischen selbständiger und unselbständiger Erwerbstätigkeit geprüft hat, und dass es sich bei dieser Abgrenzungsfrage um eine Rechtsfrage handeln würde. Massgebend ist vorliegend, dass die Vorinstanz zum Schluss kam, der fragliche Betrieb sei vom Beschwerdeführer persönlich betrieben worden und nicht durch die Z._ GmbH (siehe E. 7 der angefochtenen Entscheide).
2.4 Die Vorinstanz führte aus, es sei in keiner Weise dargelegt, inwiefern der Beschwerdeführer in den Betrieb der Z._ GmbH eingegliedert gewesen sein soll. Sie gehe davon aus, dass er in seiner Arbeitsweise und -gestaltung vielmehr frei und völlig eigenständig war und seine Tagesabläufe selbstbestimmt koordinieren konnte. Er sei von Anfang an, seit er - ähnlich einem Unternehmer - in A._ tätig geworden war, auf eigene Rechnung und Risiko vorgegangen und unter Einsatz von Arbeitsleistung und Kapital in einer frei von ihm gewählten Organisation tätig gewesen. Die Steuerkommission habe zu Recht vorgebracht, der Betrieb sei im Jahre 2002 vom Beschwerdeführer persönlich betrieben worden und nicht durch die Z._.
Selbst wenn den Feststellungen der Vorinstanz - fälschlicherweise - Überlegungen zur Abgrenzung zwischen selbständiger und unselbständiger Erwerbstätigkeit zugrunde liegen und dementsprechend die Argumentation teilweise nicht stichhaltig ist, sind sie im Ergebnis nicht zu beanstanden und können jedenfalls nicht als offensichtlich unrichtig bezeichnet werden. Dies ergibt sich insbesondere daraus, dass die Vorinstanz die Darlegungen der Steuerkommission, wonach der Beschwerdeführer Einkommen aus der Beschäftigung von Frauen zwecks Ausübung der Prostitution erzielt und das fragliche Etablissement mit dem dazugehörigen Gewerbe auf eigene Rechnung geführt habe, was - unter anderem - durch die auf den Beschwerdeführer lautenden Mietverträge belegt werde, geprüft und für zutreffend befunden hat. Die vorinstanzlichen Feststellungen zum Sachverhalt sind angesichts der aktenkundigen Umstände nicht zu beanstanden.
2.5 Der Beschwerdeführer legt nicht substanziiert dar, dass die Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht. Er vertritt zwar einen anderen Standpunkt, indem er ausführt, es verstehe sich von selbst, dass kein Inhaber einer GmbH mittels der Gesellschaft eine Bar/Restaurationsunternehmung betreibe und zusätzlich im gleichen Betrieb für die gleiche Tätigkeit eine selbständige Erwerbstätigkeit ausübe. Mit der blossen Bestreitung bzw. mit der Wiedergabe des eigenen, davon abweichenden Standpunktes ist jedoch nicht dargetan, dass die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz unrichtig sind. Daran vermögen auch die Erklärungen des Beschwerdeführers, weshalb die fraglichen Mietverträge auf ihn und nicht auf die angebliche Betreibergesellschaft Z._ GmbH lauteten, nichts zu ändern. Sein Einwand, Mietverträge mit der GmbH seien wertlos, ist unbehelflich, da sich die Parteien in diesem Gewerbe mit hohen Depotleistungen und dergleichen gegen das Inkassorisiko absichern würden. Abgesehen davon wäre dem Beschwerdeführer aufgrund der abgeschlossenen Mietverträge und gestützt auf Art. 262 OR auf jeden Fall zumindest die Untervermietung der fraglichen Räumlichkeiten an seine Gesellschaft offen gestanden.
3. Der Beschwerdeführer macht - abgesehen von zu Unrecht behaupteter Willkür im Zusammenhang mit der Sachverhaltsfeststellung - keine Rechtsverletzung geltend.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer daher als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
III. Staats- und Gemeindesteuern
4. Die §§ 20 bis 22 des Steuergesetzes des Kantons Uri entsprechen den einschlägigen Normen des Bundesrechts (Art. 16 bis 18 DBG). Daraus folgt, dass die zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer ergangene Rechtsprechung ebenfalls für die kantonalen Steuern massgebend ist (vgl. Urteil 2A.390/2006 vom 28. November 2006 E. 3, in: RDAF 2006 II 409 S. 413).
Nachdem vorliegend auch betreffend die kantonalen Steuern, abgesehen von zu Unrecht behaupteter Willkür im Zusammenhang mit der Sachverhaltsfeststellung, keine Rechtsverletzung geltend gemacht wird, gilt das für die direkte Bundessteuer Ausgeführte auch für die Staats- und Gemeindesteuern, und es kann auf die vorstehenden Erwägungen hierzu verwiesen werden.
Nach dem Gesagten erweist sich auch die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern als unbegründet. Sie ist ebenfalls abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
IV. Kosten und Entschädigung
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 und 66 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2D_59/2009 und 2D_60/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer (D_59/2009) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2D_60/2009) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Amt für Steuern Uri, der Kantonalen Steuerkommission Uri und dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Mai 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
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