Fatti:
A. Il 19 settembre 2005 la A._SA ha chiesto al Municipio di Bellinzona il permesso di costruire, nelle vicinanze della murata che scende dal Castel Grande, tre stabili d'appartamenti (A, B+C e D). Il progetto prevede di costruire un primo stabile (blocco B+C), lungo 77 m e alto 15.75, un ulteriore edificio (blocco D), lungo 70 m, ma più basso e un terzo immobile (blocco A). Il Dipartimento del territorio, rilevato che le particelle interessate dalle costruzioni si trovano in un comparto il cui azzonamento non è ancora stato definito dal Consiglio di Stato nell'ambito dell'approvazione del nuovo piano regolatore, ha fatti propri i preavvisi negativi formulati dall'allora Commissione delle bellezze naturali e dall'Ufficio dei beni culturali, che hanno ritenuto l'intervento deturpante e pregiudizievole per la murata, bene culturale protetto d'interesse cantonale. Il 23 dicembre 2005 il Municipio ha nondimeno rilasciato la licenza richiesta. Il 3 maggio 2006 il Governo, adito dal Dipartimento del territorio, ha annullato la licenza edilizia, decisione confermata poi dal Tribunale cantonale amministrativo. Il 4 settembre 2006 il Municipio ha quindi respinto la domanda di costruzione.
B. La A._SA ha impugnato detto diniego dinanzi al Consiglio di Stato che, con decisione del 26 settembre 2007, l'ha annullato, rinviando gli atti al Comune, affinché esaminasse la domanda sulla base della nuova normativa. Con decisione del 17 aprile 2008 il Municipio, richiamato il nuovo avviso negativo del Dipartimento, ha respinto la domanda di costruzione, diniego confermato dal Consiglio di Stato. Adito dalla A._SA, il Tribunale cantonale amministrativo, statuendo il 20 aprile 2009, accertato che l'edificazione del blocco A, autorizzato nel frattempo, non è più litigiosa, ha parzialmente accolto il ricorso, confermato il rifiuto della licenza edilizia per il blocco D e annullato la decisione governativa, ordinando la sospensione della domanda di costruzione, con riferimento all'esistenza di un blocco edilizio nella misura in cui nega la licenza per il blocco B+C.
C. Avverso questa decisione la A._SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico dal Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullarla e di riformarla nel senso di annullare la decisione governativa limitatamente al rifiuto della licenza edilizia per il blocco B+C e, in via subordinata, di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 II 186 consid. 1).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale emanata in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 100 cpv. 1 LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.1). La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.3 Secondo l'art. 90 LTF il ricorso al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Giusta l'art. 91 LTF, il ricorso è inoltre ricevibile contro le decisioni parziali, vale a dire che concernono soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a), o che pongono fine al procedimento solo per una parte dei litisconsorti (lett. b). Eccettuati i casi disciplinati dall'art. 92 LTF, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è per contro ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF). Queste condizioni di ammissibilità, il cui adempimento deve di principio essere dimostrato dalla ricorrente (DTF 134 III 426 consid. 1.2 in fine), mirano a sgravare il Tribunale federale, che deve di massima esprimersi con un'unica decisione sull'oggetto del litigio (DTF 135 II 30 consid. 1.3.2; 133 IV 139 consid. 4).
2. 2.1 Il Tribunale cantonale amministrativo ha accertato che riguardo al blocco A il ricorso era privo di oggetto. Ha poi confermato il diniego della licenza per quanto riguarda il blocco D, che, come riconosce anche la ricorrente, non raggiunge l'altezza minima prescritta. La stessa ricorrente precisa che oggetto del litigio è comunque unicamente il progetto inerente al blocco B+C.
2.1.1 Al riguardo, sotto il profilo del piano del paesaggio adottato dal Consiglio comunale, ma non ancora approvato dal Consiglio di Stato, la Corte cantonale ha ritenuto che il progetto non integra gli estremi della deturpazione e che il blocco edilizio non potrebbe impedirne l'edificazione. Riguardo invece alla protezione del bene culturale del Castel Grande, essa ha rilevato che il piano del paesaggio istituisce un perimetro di rispetto, includendovi il tratto della murata. L'art. 35 delle norme di applicazione del piano regolatore, pendenti per approvazione dinanzi al Consiglio di Stato, riserva all'autorità un ampio potere di apprezzamento e disciplina l'ammissibilità degli interventi suscettibili di pregiudicare la visibilità del bene culturale. Il Tribunale cantonale amministrativo ha accertato che, come ritenuto dall'Ufficio dei beni culturali, il contrasto del progetto con le previsioni del piano del paesaggio in fase di approvazione, in particolare circa la visibilità della murata, non giustificava il diniego della domanda di costruzione, ma soltanto la sua sospensione.
2.1.2 Il giudizio impugnato decreta la sospensione, in attesa dell'entrata in vigore della nuova normativa, della domanda di costruzione nei limiti dell'art. 66 della legge cantonale di applicazione della legge federale sulla pianificazione del territorio, del 23 maggio 1990 (LALPT) concernente il blocco edilizio. Questa norma precisa che dalla data di pubblicazione e fino all'approvazione del Consiglio di Stato non si possono attuare modifiche edilizie o altri provvedimenti contrari alle previsioni del piano (cpv. 1): la validità delle restrizioni decade se il Governo non approva il piano entro due anni dalla scadenza del termine di pubblicazione (cpv. 2). In sostanza, la domanda di costruzione dovrà essere nuovamente valutata quando la nuova normativa entrerà in vigore (cfr. DTF 134 II 137 consid. 1.3-1.3.3).
2.2 La ricorrente non critica del tutto detta sospensione. Essa fa valere una violazione del diritto di essere sentito, poiché la decisione impugnata si fonderebbe su argomenti e motivazioni inedite, ch'essa non avrebbe avuto occasione di discutere e contestare in precedenza. Rileva che la Corte cantonale, contrariamente al Consiglio di Stato, ha condiviso la sua tesi secondo cui l'intervento in esame sotto il profilo del piano del paesaggio non sarebbe deturpante. Evidenzia che l'argomentazione addotta dal Tribunale amministrativo per sospendere l'esame della domanda sarebbe stata trattata solo marginalmente dal Governo. L'asserita lesione non potrebbe comunque essere sanata dal Tribunale federale, poiché la nuova argomentazione dovrebbe essere discussa dapprima dinanzi al Consiglio di Stato, che dispone di pieno potere d'esame. Nel merito, essa lamenta un apprezzamento arbitrario dei fatti e del diritto in fase di approvazione, sostenendo che l'alternativa proposta dalla Corte cantonale comporterebbe una tipologia di quartiere del tutto estranea alla Città di Bellinzona, mentre il progetto edilizio litigioso non pregiudicherebbe la visibilità sulla murata.
2.3 La sentenza impugnata, che non è una decisione parziale giusta l'art. 91 LTF (DTF 133 V 477 consid. 4.1-4.3; 134 II 137 consid. 1.3), non mette fine alla causa e costituisce quindi una decisione incidentale, che può essere oggetto di un ricorso diretto al Tribunale federale solo alle condizioni poste dall'art. 93 LTF (Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 12 ad art. 93; sentenza 1C_413/2007 dell'11 febbraio 2008 in RtiD 2008 II n. 45 pag. 184).
2.3.1 La ricorrente non si esprime del tutto su questo quesito, decisivo, né fa valere che la criticata decisione, prolungando ulteriormente la procedura, realizzerebbe gli estremi di un diniego di giustizia formale (cfr. DTF 134 IV 43 consid. 2; sentenza 1B_273/2007 del 6 febbraio 2008 consid. 1.2-1.4). Anzi, essa medesima, adducendo la violazione del diritto di essere sentita, insiste sul fatto che spetta in primo luogo al Consiglio di Stato decidere l'imposizione di un blocco edilizio (cfr. al riguardo sentenza 1P.719/1992 del 16 marzo 1993 in RDAT 1994 I n. 43).
2.3.2 Né la ricorrente fa valere di subire un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, danno che non sarebbe comunque ravvisabile di massima nel semplice prolungamento della procedura o nell'aumento dei costi legati alla causa (DTF 134 II 137 consid. 1.3.1; 133 V 477 consid. 5.2.1 e 5.2.2). Anzi, come da essa espressamente richiesto, avrà al contrario la possibilità di esprimersi compiutamente sull'applicazione della nuova normativa dinanzi a un'autorità che dispone di pieno potere cognitivo. Viste le particolarità della causa, non si giustifica quindi di esaminare ora, anche per l'assenza del necessario interesse pratico e attuale (cfr. DTF 131 I 153 consid. 1.2), le critiche ricorsuali di merito, ritenuto che il Tribunale federale potrebbe essere chiamato a esprimersi più volte al riguardo, se del caso su situazioni differenti o a livello meramente teorico, nell'ipotesi di un'eventuale negata approvazione del piano del paesaggio.
2.3.3 La decretata sospensione non implica nemmeno un importante dispendio sotto il profilo procedurale, poiché il nuovo apprezzamento richiesto è limitato e non comporta manifestamente una procedura istruttoria defatigante o dispendiosa secondo l'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.2; 134 II 142 consid. 1.2.3-12.4; cfr. sentenza 1C_295/2007 del 23 gennaio 2008, consid. 1.2).
3. Ne segue, che il ricorso è inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, a B._, al Municipio di Bellinzona, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.