Faits:
A. A.a Né en 1943, X._ a été domicilié à Genève jusqu'au 30 décembre 2006, avant de s'installer à l'étranger.
A.b Entre 1988 et 1989, X._ a acquis la totalité des parts de copropriété par étages d'un immeuble (ci-après: la PPE) sis sur les parcelles nos 1111 et 2222 de la commune de Genève. Il a acheté une partie des lots seul, et une autre partie en société simple avec Y._ et Z._, dont il a acquis les lots en mars 1989. Dans le cadre de cette opération, A._ SA (ci-après: le prêteur) a consenti un prêt hypothécaire de 12 millions de francs à l'intéressé. X._ a pris domicile à l'adresse de la PPE du 1er septembre 1998 au 12 septembre 2005.
A.c En 1990, X._ a aliéné la parcelle n° **** et une part de copropriété de 41/500 sur la parcelle n° **** de la commune de Cologny (GE), pour un montant total de 5'500'000 fr. En 1997, il a vendu une parcelle de 1'707 m2 lui appartenant, sise à Jussy (GE), pour un montant de 1'600'000 fr. En 1999, il a signé avec B._ SA (ci-après: la banque) une convention d'assainissement indiquant notamment que la banque détenait des gages sur trois bien-fonds propriété de X._ à Genève, dont faisait partie l'immeuble "C._". En 2000, X._ a aliéné les parcelles nos **** (1'586 m2) et **** (6'621 m2) lui appartenant à Genève, pour un montant total de 4'750'000 fr.
A.d Par attestation du 5 octobre 2006, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a estimé, pour 1996, la valeur fiscale des immeubles relatifs aux parcelles nos 1111 et 2222 à 4'225'870 fr. pour les terrains et à 14'694'130 fr. pour les bâtiments, soit au total 18'920'000 fr. Le 11 octobre 2006, X._ a vendu l'intégralité des parts de la PPE pour 30 millions de francs. Dans sa déclaration pour l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers relative à la vente desdites parcelles, il a mentionné une valeur d'acquisition de 24'596'000 fr., qui correspondait à la valeur fiscale 1996 (18'920'000 fr.) majorée de 30%, et le prix de vente précité, dont il a déduit 484'200 fr. à titre de commission de courtage, 760'000 fr. à titre de frais d'acte, de sorte à retenir un gain immobilier imposable s'élevant à 4'159'800 fr.
B. Par décision de taxation du 28 janvier 2008 se rapportant au gain imposable découlant de la vente des parcelles nos 1111 et 2222 l'Administration cantonale a fixé celui-ci à 9'839'000 fr. et l'impôt à 983'900 fr. Elle a refusé de tenir compte de la valeur fiscale majorée sollicitée dans la déclaration de X._. Par décision du 16 avril 2009, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation formée par le contribuable au motif que l'opération de vente avait concerné son patrimoine professionnel; de la sorte, une valeur fiscale 1996 majorée de 30% pour acquisition de l'immeuble plus de dix ans avant son aliénation n'était pas envisageable.
Saisi d'un recours contre la décision sur réclamation du 16 avril 2009, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) l'a, par jugement du 11 novembre 2011, partiellement admis et a renvoyé le dossier à l'Administration cantonale pour nouvelle taxation dans le sens des considérants. Le TAPI a retenu que la vente immobilière soumise à taxation n'était pas de nature professionnelle mais privée, et qu'il fallait majorer de 30% la valeur fiscale d'acquisition des parcelles en cause; en revanche, il convenait d'écarter la demande de déduction liée aux frais d'acte et, tel que le contribuable l'avait soulevé au stade de sa réclamation, celle liée à une indemnité de 867'013 fr. due au prêteur à la suite de la résiliation anticipée du prêt hypothécaire consenti.
L'Administration cantonale a saisi la Chambre administrative de la Cour de Justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) d'un recours contre le jugement du TAPI. Par arrêt du 3 juillet 2012, la Cour de Justice a, en tant que recevable, admis le recours interjeté par le fisc, annulé le jugement du TAPI en tant qu'il admettait le recours sur la question de la valeur d'acquisition de l'immeuble et rétabli la décision sur réclamation du 16 avril 2009.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de Justice du 3 juillet 2012, de dire que le gain réalisé par la vente immobilière du 11 octobre 2006 relève de sa fortune privée et n'est pas soumis à l'impôt sur le revenu, et de renvoyer la cause à la Cour de Justice pour qu'elle détermine le montant du gain soumis à l'impôt cantonal sur les bénéfices et gains immobiliers, en retenant une valeur d'acquisition de 24'596'000 fr.
La Cour de Justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt du 3 juillet 2012. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Le 7 décembre 2012, X._ a persisté dans les termes et conclusions de son recours.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le recours a en outre été déposé en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF), et dans les formes requises (art. 42 LTF) par le contribuable destinataire de l'acte attaqué qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), de sorte qu'il est recevable.
2. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). Cependant, lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 210; arrêts 2C_277/2011 du 17 octobre 2011 consid. 2, StE 2012 B 42.38 n° 34; 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 2.1, RDAF 2011 II 397).
3. A titre liminaire, le recourant se plaint, sous l'angle de l'art. 97 LTF, de l'établissement manifestement erroné ou lacunaire de divers faits pertinents retenus dans l'arrêt attaqué.
3.1 Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit aussi rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104; 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.; arrêt 2C_275/2012 du 11 décembre 2012 consid. 2.2). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51).
3.2 Se référant aux indications qu'il avait faites devant la Cour de Justice, le recourant nie avoir jamais eu le projet de constituer une société avec Y._ et Z._. Tandis que lui-même avait cherché des locaux susceptibles d'accueillir le siège de son employeur, actif dans le commerce des matières premières, les deux personnes susmentionnées avaient initialement eu le projet commun, n'impliquant pas le recourant et abandonné par la suite, de créer une société dans le domaine financier. L'arrêt querellé aurait, à tort, déduit d'un tel projet commun que le recourant remplissait l'un des critères propres à une opération immobilière professionnelle.
En l'occurrence, la constatation litigieuse résulte exclusivement d'un passage du mémoire de réponse que le contribuable avait adressé à la Cour de Justice le 27 janvier 2012 (en fait, ch. 6 et 7). L'Administration cantonale (réponse, p. 5) et le recourant (réplique, p. 1 s.) s'accordent à dire que ce passage, en particulier le pronom "ils" qu'il contient, pouvait prêter à confusion au sujet du cercle des personnes impliquées dans le projet d'établir une société financière, soit Y._ et Z._ avec ou sans le recourant, bien que la formulation choisie tende à en excepter ce dernier. Or, c'est notamment sur cette base que la Cour de Justice a jugé que l'opération avait au départ poursuivi un but commercial. Cela étant, le recourant ne parvient pas, au vu de l'ambiguïté contenue dans ses propres écrits, à prouver le caractère évident de l'erreur commise par les précédents juges. Encore moins ne démontre-t-il que la correction de ce vice allégué serait susceptible d'influer sur l'issue du litige: d'une part, en effet, l'arrêt a qualifié de commerciale la vente de la PPE en se fondant sur un faisceau d'indices autonomes, si bien que le critère du projet de société de personnes n'était pas à lui seul déterminant pour parvenir à cette conclusion. D'autre part, il ressort de l'arrêt querellé que la Cour de Justice a, hormis la finalité dudit projet, également pris en compte le fait que Y._, Z._ et le recourant avaient formé une société simple (cf. art. 530 ss CO) en vue d'acquérir l'immeuble sis sur les parcelles nos 1111 et 2222. Or, devant la Cour de Justice, le recourant a expressément admis s'être "porté acquéreur, le 27 juin 1988, de différents lots constitués de bureaux en Société simple avec" les précités (réponse du 27 janvier 2012 devant la Cour de Justice, p. 3 ch. 8), ce que corrobore aussi l'acte de vente notarié du 11 octobre 2006 (p. 6).
Pour ce qui est de la contestation du recourant relative à la qualité de professionnels de l'immobilier retenue à l'égard de Y._ et Z._, elle relève davantage de son grief tiré du droit d'être entendu et sera abordée dans ce contexte (consid. 4 infra).
3.3 Le recourant critique l'arrêt attaqué au motif qu'il ne mentionne pas le prix d'acquisition total de la PPE, soit 18'920'000 fr. Etant donné que l'arrêt se contente d'indiquer la valeur fiscale 1996 des parcelles nos 1111 et 2222 et que le prix d'acquisition du bien constitue un critère essentiel pour calculer la valeur d'acquisition servant au calcul du bénéfice imposable, cette critique se justifie. Elle ne débouche néanmoins pas sur la violation de l'art. 97 LTF, dans la mesure où la valeur fiscale 1996, sur laquelle se sont fondés les juges cantonaux, coïncidait en l'occurrence avec le prix d'achat des parcelles mentionné par le recourant lui-même.
3.4 En tant que le recourant reproche aux précédents juges de ne pas avoir pris en compte que l'immeuble aliéné à Cologny (GE) avait été occupé par lui-même et sa famille entre 1983 et 1989, il ne motive pas en quoi l'omission de cet élément aurait abouti à une décision insoutenable. Compte tenu du nombre de transactions immobilières opérées par le recourant dès la fin des années 1980, on ne voit pas que cette précision portant sur un seul immeuble puisse mettre en doute l'appréciation de la Cour de Justice, qui considérait comme remplis les critères de la fréquence des opérations et des connaissances spécialisées dont disposait le contribuable sur la base d'une série d'éléments distincts.
3.5 Le recourant demande au Tribunal fédéral de compléter l'état de fait pour retenir qu'il avait acquis divers immeubles grâce à des emprunts dont la charge était devenue excessive "au moment de l'augmentation brutale des taux" d'intérêt, entraînant leur réalisation dans le cadre d'une convention d'assainissement passée avec la banque. Cette requête est mal fondée étant donné qu'il a été tenu compte du financement par la banque et de la convention d'assainissement dans l'arrêt attaqué (arrêt, p. 6 et 9). Quant aux mobiles - prétendument uniquement fiscaux - pour lesquels le recourant aurait admis devant la Cour de Justice la nature professionnelle des autres ventes immobilières que la vente litigieuse, le recourant doit de bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.) se voir opposer les indications faites aux autorités.
3.6 En conclusion, en établissant les faits, les précédents juges n'ont pas versé dans l'arbitraire ni violé l'art. 97 LTF, de sorte que les griefs du recourant doivent être écartés à cet égard.
4. Le recourant reproche à la Cour de Justice d'avoir violé son droit d'être entendu en renonçant à lui permettre de s'expliquer oralement sur les circonstances de l'acquisition de l'immeuble sis sur les parcelles nos 1111 et 2222. Par ailleurs, il fait grief aux précédents juges de ne pas avoir statué sur sa requête tendant à ce que la pièce n° 15 versée par l'Administration fiscale à la procédure devant la Cour de Justice (et donnant des exemples de ventes immobilières réalisées par Y._ et Z._) soit écartée.
4.1 Le droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 I 279 consid. 2.3 p. 282). Il ne s'oppose pas à ce que l'autorité mette un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 138 III 374 consid. 4.3.2 p. 376; 130 II 425 consid. 2.1 p. 428). En outre, les garanties minimales en matière de droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. ne comprennent en principe pas le droit d'être entendu oralement (ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148).
4.2 En l'espèce, la Cour de Justice n'a pas violé le droit d'être entendu du recourant en écartant sa demande d'audition personnelle. Tel que le souligne en effet à juste titre l'Administration fiscale dans sa réponse du 10 octobre 2012, les circonstances de l'acquisition de l'immeuble résultent déjà de l'acte de vente du 11 octobre 2006, auxquelles s'ajoutent les déterminations écrites du recourant, de sorte qu'il eût été inutile de l'auditionner à ce propos. S'agissant du projet liant le recourant à Y._ et Z._, il ressort de l'arrêt attaqué que la Cour de Justice a, à la faveur d'une appréciation anticipée des preuves, retenu que les activités des associés du recourant dans le domaine de l'immobilier n'étaient pas pertinentes pour l'issue du litige; l'instance cantonale pouvait ainsi, sans commettre d'arbitraire, renoncer à statuer sur le retrait de la procédure cantonale de la pièce censée étayer de telles activités. Il s'ensuit que les griefs du recourant tirés de la violation de l'art. 29 al. 2 Cst. doivent être écartés.
5. Le litige porte sur la qualification du bénéfice réalisé par le recourant à la suite de la vente des parcelles nos 1111 et 2222 situées sur la commune de Genève. Selon l'Administration cantonale, cette vente a généré un bénéfice commercial en capital provenant de l'exercice d'une activité lucrative indépendante, imposable au titre du revenu. Pour sa part, le recourant soutient qu'il n'a bénéficié que d'un gain privé en capital, exclusivement soumis à l'impôt spécial sur les bénéfices et gains immobiliers; à ce titre, il incomberait aux autorités cantonales de prendre en compte comme valeur d'acquisition des parcelles non pas la valeur de 18'920'000 fr., mais le montant, majoré de 30%, de 24'596'000 fr.
5.1 Selon l'art. 8 al. 1 LHID (cf. aussi art. 18 al. 2 LIFD [RS 642.11]), le produit de l'activité lucrative indépendante comprend tous les bénéfices en capital provenant notamment de l'aliénation d'éléments de la fortune commerciale, l'art. 12 al. 4 LHID étant réservé.
D'après l'art. 7 al. 4 let. b LHID, les gains en capital réalisés sur des éléments de la fortune privée du contribuable sont en revanche exonérés de l'impôt ordinaire sur le revenu. L'art. 12 LHID oblige toutefois les cantons à percevoir un impôt sur les gains immobiliers privés. Selon l'art. 12 al. 1 LHID, celui-ci a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). Toute aliénation d'immeubles est imposable (al. 2 in initio).
Selon l'art. 12 al. 4 LHID, les cantons peuvent, en dérogation à l'art. 8 al. 1 LHID (cf. supra), percevoir l'impôt sur les gains immobiliers également sur les gains réalisés lors de l'aliénation d'immeubles faisant partie de la fortune commerciale du contribuable, à condition que ces gains ne soient pas soumis à l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice ou que l'impôt sur les gains immobiliers soit déduit de l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice.
5.2 Dans le canton de Genève, sont notamment imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale et de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante, à laquelle sont assimilées les opérations portant sur des éléments de la fortune, notamment sur des titres et des immeubles, dans la mesure où elles dépassent la simple administration de la fortune privée (cf. art. 3 al. 1 de la loi cantonale genevoise sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur le revenu [revenu imposable] du 22 septembre 2000 [aLIPP-IV/GE], applicable à la période fiscale 2007 en vertu de l'art. 72 al. 1 de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 [LIPP/GE; RS/GE D 3 08]). De même, les bénéfices en capital provenant de l'aliénation (...) d'éléments de la fortune commerciale sont imposables au titre du produit de l'activité lucrative indépendante (art. 3 al. 2 aLIPP-IV/GE).
L'impôt genevois sur les bénéfices et gains immobiliers a pour objet le bénéfice net provenant de l'aliénation d'immeubles ou de parts d'immeubles sis dans le canton, ainsi que certains gains que ces immeubles procurent sans aliénation (art. 80 al. 1 de la loi générale du canton de Genève sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 [LCP/GE; RS/GE D 3 05]). En ne limitant pas l'aliénation imposable aux seuls immeubles ou parts d'immeubles faisant partie de la fortune privée du contribuable et en prévoyant que "le transfert d'un immeuble ou part d'immeuble (...) de la fortune commerciale dans la fortune privée est assimilé à une aliénation" (art. 80 al. 5 LCP/GE), le canton de Genève a fait usage de la faculté pour les cantons de percevoir l'impôt sur les gains immobiliers privés également sur les gains réalisés lors de l'aliénation d'immeubles faisant partie de la fortune commerciale (cf. art. 12 al. 4 LHID; arrêt 2C_164/2009 du 13 août 2009 consid. 6.2, RDAF 2009 II 531).
Pour les personnes agissant à titre privé, l'impôt genevois sur les bénéfices et gains immobiliers représente une charge définitive. Pour les personnes morales et les autres contribuables agissant à titre professionnel, il n'est en revanche prélevé qu'à titre provisoire, avant de pouvoir être imputé sur l'impôt annuel entier prélevé également sur ce gain. Ceci permet de qualifier le système genevois de matériellement dualiste, dans la mesure où il frappe les gains immobiliers privés d'un impôt spécial et les gains commerciaux de l'impôt général ordinaire sur le revenu (cf. art. 3 al. 2 aLIPP-IV/GE, art. 42 LIPP/GE; arrêt 2C_164/2009 du 13 août 2009 consid. 5.2, RDAF 2009 II 531; OBERSON, op. cit., n. 21 p. 295 et n. 35 p. 299; cf. aussi BASTIEN VERREY, L'imposition différée du gain immobilier: harmonisation fédérale et droit cantonal comparé, 2011, p. 7 ss).
5.3 Selon l'art. 82 LCP/GE, le bénéfice ou gain imposable est constitué par la différence entre la valeur d'aliénation et la valeur d'acquisition (al. 1). La valeur d'acquisition est égale au prix payé pour l'acquisition du bien, augmentée des impenses, ou, à défaut de prix, à sa valeur vénale (al. 2). Lorsque l'acquisition est intervenue plus de 10 ans avant l'aliénation, le contribuable peut demander que soit considérée comme valeur d'acquisition la valeur fiscale 5 ans avant l'aliénation s'il s'agit d'un immeuble locatif (...), et la valeur fiscale 10 ans avant l'aliénation majorée de 30% s'il s'agit d'un autre immeuble (al. 5). La valeur d'aliénation est égale au prix de vente diminué des impenses que l'aliénateur a supportées à cette occasion (al. 6). Lorsque l'immeuble appartient à une personne morale ou à une personne physique astreinte à tenir des livres dans les comptes de laquelle il figure, le bénéfice ou gain imposable correspond à la différence entre la valeur d'aliénation et le montant pour lequel l'immeuble figure dans les comptes. Les alinéas 2 à 5 et 8 de la présente disposition ne s'appliquent pas (al. 9).
5.4 Le point de savoir si, tel que le soutient le recourant, l'immeuble en cause appartient à sa fortune privée ou à sa fortune commerciale est non seulement déterminant au regard du type d'impôt frappant le gain immobilier (consid. 5.5 et 5.6 infra), mais aussi parce que, suivant le raisonnement retenu par les précédents juges, la possibilité de majorer la valeur fiscale déterminante pour fixer le bénéfice imposable dépend de cette qualification (cf. art. 82 al. 5 et 9 LCP/GE; cf. consid. 5.7 infra).
5.5 De jurisprudence constante, la distinction entre un gain privé en capital et un bénéfice commercial en capital dépend des circonstances concrètes du cas. La notion d'activité lucrative indépendante s'interprète largement, de telle sorte que sont seuls considérés comme des gains privés en capital exonérés d'impôt ceux qui sont obtenus par un particulier de manière fortuite ou dans le cadre de la simple administration de sa fortune privée. En revanche, si l'activité du contribuable excède ce cadre relativement étroit et est orientée dans son ensemble vers l'obtention d'un revenu, l'intéressé est réputé exercer une activité lucrative indépendante. Une telle qualification peut se justifier, selon les cas, même en l'absence d'une activité reconnaissable pour les tiers et/ou organisée sur le modèle d'une entreprise commerciale, et même si l'activité n'est exercée que de manière accessoire ou temporaire, voire même ponctuelle. Les éléments patrimoniaux utilisés pour l'accomplissement d'une activité lucrative indépendante sont pour leur part considérés comme des actifs commerciaux. C'est avant tout en lien avec les transactions effectuées par les particuliers sur des immeubles ou sur des titres que la jurisprudence a été amenée à dégager des critères permettant de tracer la limite entre les gains (privés) en capital et les bénéfices (commerciaux) en capital. Elle a notamment considéré que valent comme indices d'une activité lucrative indépendante dépassant la simple administration de la fortune privée les éléments suivants: le caractère systématique et/ou planifié des opérations, la fréquence élevée des transactions, la courte durée de possession des biens avant leur (re)vente, la relation étroite entre l'activité indépendante (accessoire) supposée et la formation et/ou la profession (principale) du contribuable, l'utilisation de connaissances spécialisées, l'engagement de fonds étrangers d'une certaine importance pour financer les opérations, le réinvestissement du bénéfice réalisé ou encore la constitution d'une société de personnes. On peut aussi mentionner l'utilisation effective du bien et le motif de son aliénation. Chacun de ces indices peut conduire, en concours avec les autres voire même - exceptionnellement - isolément s'il revêt une intensité particulière, à la reconnaissance d'une activité lucrative indépendante. En outre, l'absence d'éléments typiques d'une telle activité dans un cas concret peut être relativisée par d'autres indices revêtant une intensité particulière. En tout état, les circonstances concrètes du cas sont déterminantes, telles qu'elles se présentent au moment de l'aliénation (cf. ATF 125 II 113 consid. 6a p. 124; arrêts 2C_819/2011 du 20 avril 2012 consid. 3.2, RDAF 2012 II 260, et les références citées; 2C_948/2010 du 31 octobre 2011 consid. 2.3 et 2.4, StE 2012 B 23.2 n° 40; 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2, RF 64/2009 p. 892; 2A.52/2003 du 23 janvier 2004 consid. 2.3 et 2.4, RDAF 2005 II 109; 2C_455/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1).
5.6 Sur la base des constatations cantonales, les conditions permettant d'admettre l'existence d'un revenu provenant de l'exercice d'une activité indépendante du contribuable sont réunies, contrairement à ce que soutient le recourant.
5.6.1 La présente cause a cela de particulier que le recourant a détenu un certain nombre d'immeubles à Genève et qu'il a admis s'être adonné à une activité indépendante accessoire dans le domaine de l'immobilier. L'arrêt attaqué mentionne du reste diverses opérations d'acquisition et de revente effectuées par le recourant entre 1988 et 2006, qui plus est à des prix ayant régulièrement dépassé plusieurs millions de francs, à savoir l'acquisition de la totalité des parts de la PPE litigieuse entre 1988 et 1989 (valeur fiscale 1996: 18'920'000 fr.), l'aliénation d'une parcelle et d'une part de copropriété en 1990 (prix de vente: 5'500'000 fr.), la vente d'une autre parcelle en 1997 (1'600'000 fr.), et de deux parcelles de surfaces importantes en 2000 (4'750'000 fr.), enfin, l'aliénation, le 11 octobre 2006, de l'intégralité des parts PPE des parcelles nos 1111 et 2222 (prix de vente: 30 millions de francs). Par ailleurs, dans les deux affaires parallèles rendues le 1er avril 2013 et concernant les impôts directs du recourant (causes 2C_835/2012 et 2C_836/2012), ce dernier a cherché a obtenir la déduction des pertes découlant de ses activités commerciales immobilières. Il n'est donc pas contestable que le recourant a exercé des activités relevant du commerce professionnel d'immeubles. Il convient partant de se demander si l'acquisition, la détention, puis la revente de l'immeuble litigieux entre ou non dans le cadre des activités commerciales précitées, ce que nie le recourant.
5.6.2 Selon les faits constatés dans l'arrêt attaqué et qui lient la Cour de céans, le recourant a acquis l'immeuble litigieux entre 1988 et 1989, non pas seul, mais partiellement en société simple avec Y._ et Z._. Si, contrairement à ce qu'a retenu la Cour de Justice, aucun élément ne semble indiquer que l'opération ait eu lieu dans le contexte d'un projet, impliquant le recourant, visant à constituer une société de personnes (cf. consid. 3.2 supra), il n'en demeure pas moins que le contribuable n'a, à l'origine, pas acheté seul cet immeuble pour ses besoins purement privés. A ce titre, il a lui-même relevé qu'il avait, au départ, tenté de trouver des locaux susceptibles d'y accueillir le siège de son employeur, alors que ses deux autres associés avaient souhaité y créer et exploiter une société dans le domaine financier. En outre, cet immeuble a été acquis au moment où les opérations immobilières spéculatives battaient leur plein à Genève, très peu de temps avant l'effondrement du marché immobilier. Dans ce contexte, le recourant n'avait pas d'intérêt à revendre l'immeuble, mais à le conserver, comme l'a relevé l'arrêt attaqué. Il a du reste rentabilisé ce bien en louant tant les locaux d'habitation que les surfaces commerciales qu'il comprenait. Certes, il a vécu quelque temps dans un appartement de cet immeuble avec sa famille, mais il ne s'y est installé que sept ans après le processus d'acquisition et y est resté environ sept ans, alors qu'il a détenu l'immeuble pendant dix-sept années. Or, cette période relativement longue est justifiée, selon l'arrêt attaqué, par le fait que le recourant a conservé l'immeuble juste assez de temps pour attendre la fin de la crise immobilière et pouvoir ainsi le revendre avec un bon profit (cf. ATF 125 II 113 consid. 6c/cc p. 127).
Quant au financement de l'acquisition de la PPE en cause, il est vrai qu'il n'est pas caractéristique d'une possession commerciale, dès lors que le financement extérieur correspondait à un peu plus de 63 % du prix de vente selon les constatations cantonales et n'avait pas été fourni par la banque B._ SA, contrairement aux autres immeubles du recourant, mais par la société A._ SA. Les faits allégués par l'Administration cantonale tendant à démontrer un financement supérieur à ces 63 % ne peuvent être pris en compte, car il s'agit de faits nouveaux au sens de l'art. 99 al. 1 LTF. Ce financement ne permet cependant pas, à lui seul, de contre-balancer les autres indices plaidant en faveur du rattachement de l'immeuble en cause à la fortune commerciale du recourant, étant de surcroît rappelé que, conformément à la jurisprudence, la notion d'activité lucrative indépendante doit s'interpréter largement.
5.6.3 Sur la base des éléments qui précèdent, on ne voit pas que l'on puisse reprocher aux juges cantonaux de n'avoir pas traité différemment l'immeuble litigieux par rapport aux autres immeubles détenus par le recourant et d'avoir considéré que celui-ci faisait partie de sa fortune commerciale.
5.7 Le contribuable n'ayant pas effectué la transaction en cause dans le cadre de l'administration de sa fortune privée, mais au titre d'une activité lucrative indépendante (cf. consid. 5.6 supra), les précédents juges ont rejeté sa requête tendant à ce que la valeur fiscale d'acquisition de la PPE litigieuse soit, conformément à l'art. 82 al 5 LCP/GE, majorée de 30% pour tenir compte du fait que l'acquisition était intervenue plus de dix ans avant l'aliénation. La Cour de Justice a en effet interprété l'art. 82 al. 9 LCP/GE, dont le texte mentionne - non sans ambiguïté - les immeubles appartenant à une personne morale ou à une personne physique astreinte à tenir des livres, comme excluant l'application de l'alinéa 5 précité aux transactions immobilières relevant de l'activité professionnelle du contribuable.
Ce faisant, la Cour de Justice a donné une interprétation étendue de l'art. 82 al. 9 LCP/GE, qui revient à limiter la possibilité de majorer la valeur fiscale d'acquisition au sens de l'art. 82 al. 5 LCP/GE aux seules ventes immobilières réalisées par des particuliers dans le cadre de l'administration de leur fortune privée. Cette interprétation n'a pas à être revue par la Cour de céans. En effet, l'art. 82 al. 9 LCP/GE concerne le calcul de l'impôt sur les gains immobiliers. Or, cette question n'est pas réglée par la LHID, qui n'apparaît en cette matière que comme une législation cadre dans laquelle les cantons possèdent une marge de manoeuvre, en particulier s'agissant du calcul de l'impôt (cf. OBERSON, op. cit., n. 25 p. 296). Il s'agit donc d'un point sur lequel l'interprétation du droit cantonal est limitée à l'arbitraire (cf. consid. 2 supra; voir aussi arrêt 2C_458 et 459/2012 du 15 mars 2013 consid. 4.2.2) et implique que le recourant soulève le grief d'une manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF. Il se trouve que le recours ne mentionne pas l'art. 82 al. 9 LCP/GE ni a fortiori n'allègue une violation arbitraire de cette disposition, voire conteste d'une quelconque façon la manière dont la Cour de Justice a appliqué cet article. Au demeurant, l'interprétation large ressortant de l'arrêt attaqué semble correspondre à la volonté du législateur cantonal (cf. Mémorial des séances du Grand Conseil genevois du 26 juin 1998, rapport de la Commission fiscale ad PL 7825, p. 3994).
5.8 Dans ces circonstances, la Cour de Justice, en considérant que la vente de la PPE litigieuse avait procuré au contribuable un bénéfice commercial provenant de l'exercice d'une activité lucrative indépendante imposable au titre du revenu, et non au titre de l'impôt spécial sur les bénéfices et gains immobiliers, de sorte notamment que le recourant ne pouvait se prévaloir de la majoration fiscale prévue à l'art. 80 al. 5 LCP/GE, n'a point violé le droit fédéral et cantonal applicable.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant en tous points, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de Justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 19 avril 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Chatton