Faits:
A. Le 1er janvier 2005, X._ SA (l'employeuse) a engagé Y._ (l'employé) en qualité d'auditeur interne au sein de sa succursale de Genève, pour un salaire mensuel brut de 8'000 fr., versé treize fois l'an. Le 20 avril 2007, l'employeuse a licencié l'employé avec effet immédiat en raison d'absences injustifiées ayant eu lieu ce même mois.
B. Le 6 août 2007, l'employé a saisi la juridiction des prud'hommes du canton de Genève d'une demande tendant au paiement par l'employeuse de la somme de 497'002 fr., ultérieurement augmentée de 10'000 fr., correspondant à divers postes, en particulier 60'000 fr. à titre d'indemnité pour "licenciement abusif".
Par jugement du 16 juillet 2008, le Tribunal de prud'hommes du canton de Genève a notamment condamné l'employeuse à verser différentes sommes à l'employé, sous déduction de certains montants dus à la Caisse de chômage Z._, dont la requête d'intervention avait préalablement été admise. Il a en particulier considéré que le licenciement immédiat était injustifié, dans la mesure où les diverses absences de l'employé, bien qu'elles aient constitué une violation des devoirs de celui-ci, n'étaient pas suffisamment graves pour permettre une telle mesure; cela étant, il n'a pas examiné la question de l'allocation d'une indemnité pour "licenciement abusif", respectivement résiliation immédiate injustifiée.
Saisie par l'employé, qui reprenait pour l'essentiel ses conclusions de première instance, et statuant par arrêt du 25 mars 2009, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a complété le jugement du 16 juillet 2008 en ce sens qu'elle a condamné l'employeuse à payer à l'employé le montant de 20'000 fr. à titre d'indemnité pour licenciement immédiat injustifié, et confirmé ladite décision pour le surplus. En substance, elle a considéré que les rapports de travail avaient duré moins de trois ans, soit pendant une courte période; par ailleurs, l'attitude de l'employé n'était pas exempte de critiques, ce qui devait être pris en compte dans la fixation du montant de l'indemnité; enfin, il n'était ni allégué ni établi que la personnalité de l'employé avait été gravement atteinte par le licenciement; au vu de ce qui précédait et compte tenu de tous les éléments versés à la procédure, l'indemnité devait être fixée à 20'000 francs.
C. L'employeuse (la recourante) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral; elle conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme de l'arrêt attaqué dans la mesure où il alloue 20'000 fr. à titre d'indemnité pour licenciement immédiat injustifié. L'employé (l'intimé) propose, sous suite de frais et dépens, principalement le rejet du recours dans la mesure où il est recevable et la confirmation de l'arrêt entrepris, subsidiairement le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Pour sa part, la Caisse de chômage Z._ (l'intervenante) a déclaré ne pas avoir d'observations complémentaires à formuler.
Considérant en droit:
1. Interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF) dans une affaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. applicable en matière de droit du travail (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF), et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
3. Dans son recours au Tribunal fédéral, la recourante admet expressément que "le caractère injustifié du licenciement immédiat intervenu n'était plus contesté en appel". Cela étant, elle reproche à la cour cantonale d'avoir alloué à l'intimé une indemnité pour licenciement immédiat injustifié. A cet égard, elle estime que les juges cantonaux auraient d'une part omis de tenir compte de moyens de preuve importants et propres à modifier la décision querellée, en violation de l'art. 9 Cst., d'autre part violé l'art. 337c al. 3 CO; en bref, elle est d'avis qu'il existerait en l'espèce des circonstances exceptionnelles commandant de ne point allouer d'indemnité, et relève en particulier qu'elle n'aurait commis aucune faute.
4. L'art. 337c al. 3 CO prévoit qu'en cas de résiliation immédiate injustifiée, le juge peut condamner l'employeur à verser au travailleur une indemnité dont il fixera librement le montant, compte tenu de toutes les circonstances; elle ne peut toutefois dépasser le montant correspondant à six mois de salaire du travailleur. Parmi les circonstances à prendre en considération figurent notamment la situation sociale et économique des deux parties, la gravité de l'atteinte à la personnalité de la partie congédiée, l'intensité et la durée des relations de travail antérieures au congé, la manière dont celui-ci a été donné, ainsi que la faute concomitante du travailleur; aucun de ces facteurs n'est décisif en lui-même (ATF 121 III 64 consid. 3c p. 69). Selon la jurisprudence, cette indemnité, qui a une double finalité, punitive et réparatrice (ATF 123 III 391 consid. 3c), est en principe due dans tous les cas de licenciement immédiat et injustifié. Une éventuelle exception doit répondre à des circonstances particulières, qui ne dénotent aucune faute de l'employeur et qui ne lui sont pas non plus imputables pour d'autres raisons (ATF 133 III 657 consid. 3.2 p. 660; pour un avis critique sur le caractère quasi-automatique de l'allocation d'une indemnité fondée sur l'art. 337c al. 3 CO, cf. Aubert, in Commentaire romand, n° 16 ad art. 337c CO). Qu'il s'agisse du principe ou de la quotité de cette indemnité, le juge possède un large pouvoir d'appréciation (art. 4 CC; cf. ATF 121 III 64 consid. 3c).
5. En l'espèce, il a été décidé que le motif du licenciement, à savoir les diverses absences de l'employé, n'était pas suffisamment grave pour justifier un licenciement immédiat, ce que la recourante ne remet comme précédemment exposé plus en cause. Or, tout congé immédiat qui ne repose pas sur un juste motif comporte une atteinte aux droits de la personnalité du travailleur (arrêt 4A_590/2008 du 22 avril 2009, destiné à la publication aux ATF, consid. 3.2), quand bien même la cour cantonale a relevé qu'elle n'avait en l'occurrence pas été grave. Par ailleurs, comme le souligne l'intimé, les premiers juges avaient examiné les circonstances du licenciement et considéré le comportement de la recourante dans ce cadre comme injustifié et contraire à la bonne foi, dans des considérations qui n'ont pas été expressément reprises par la cour cantonale, du fait que le caractère injustifié du licenciement immédiat n'était plus contesté en appel, étant toutefois observé que celle-ci a déclaré fixer le montant de l'indemnité "compte tenu de tous les éléments versés à la présente procédure". Au vu de ce qui précède, la recourante plaide en vain qu'elle n'aurait commis aucune faute, respectivement n'aurait pas eu une attitude critiquable, et il est superflu d'examiner son grief d'arbitraire dans l'établissement de faits qui seraient selon elle pertinents pour démontrer le contraire, vu l'absence d'incidence sur le sort du litige. Pour le surplus, en fixant le montant de l'indemnité prévue à l'art. 337c al. 3 CO, les juges cantonaux n'ont pas méconnu l'existence d'une faute concomitante de l'intimé, dont ils ont relevé un comportement qui n'était pas exempt de critiques; ils ont en outre retenu la durée des relations de travail. De la sorte, ils se sont fondés sur des critères pertinents au regard de la jurisprudence susmentionnée. Cela étant, l'on ne voit pas que la cour cantonale ait outrepassé le large pouvoir d'appréciation dont elle disposait en considérant qu'il convenait d'allouer à l'intimé une indemnité pour résiliation immédiate injustifiée. Pour le reste, en l'absence de réelle argumentation subsidiaire présentée par la recourante en rapport avec la quotité du montant alloué, il n'y a pas lieu d'y revenir. En définitive, le recours doit donc être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
6. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimé sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF). Il n'est en revanche pas alloué de dépens à l'intervenante (cf. art. 68 al. 3 LTF), qui ne s'est de toute façon pas déterminée.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 3'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 2 septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz