Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Uri führt gegen X._ ein Strafverfahren wegen Anstiftung zu Mord bzw. Mittäterschaft zu versuchtem Mord zum Nachteil von Y._ sowie versuchter vorsätzlicher Tötung, evtl. Gefährdung des Lebens zum Nachteil von Z._. X._ wurde am 12. November 2010 festgenommen und befindet sich seither in Haft.
Am 5. März 2012 wies das Bundesgericht im Urteil 1B_81/2012 die Beschwerde von X._ gegen die vom Obergericht angeordnete Haftverlängerung ab. Es erwog, er sei der ihm vorgeworfenen Straftaten dringend verdächtig, es bestehe Kollusionsgefahr, die nicht durch eine mildere Massnahme als die Fortsetzung der Untersuchungshaft gebannt werden könne, und deren Dauer von bisher rund 15 Monaten erwecke angesichts der im Falle einer Verurteilung zu erwartenden hohen Freiheitsstrafe unter dem Gesichtspunkt der Verhältnismässigkeit keine Bedenken, zumal in Kürze mit der Anklageerhebung zu rechnen sei und die Hauptverhandlung alsdann zügig angesetzt werden könne.
B. Am 27. April 2012 erhob die Staatsanwaltschaft beim Landgericht Uri Anklage gegen X._, u.a. wegen Mittäterschaft zu versuchtem Mord, evtl. Anstiftung zu versuchtem Mord zum Nachteil von Y._, versuchter vorsätzlicher Tötung, evtl. Gefährdung des Lebens zum Nachteil von Z._. Gleichzeitig beantragte sie dem als Zwangsmassnahmengericht amtenden Präsidium des Landgerichts, X._ für vorläufig 6 Monate in Sicherheitshaft zu nehmen.
Das Präsidium des Landgerichts setzte X._ am 10. Mai 2012 wegen Kollusionsgefahr für solange in Sicherheitshaft, als Anlass hierzu bestehe, längstens jedoch für 6 Monate bis zum 27. Oktober 2012. Die Kollusionsgefahr entfalle und X._ sei unverzüglich aus der Haft zu entlassen, sobald die strafrechtliche Abteilung des Landgerichts entschieden habe, keine weiteren Befragungen von Zeugen und Auskunftspersonen mehr durchzuführen bzw. diese Befragungen abgeschlossen habe. Für den Fall einer Entlassung auferlegte es X._ ein Kontaktverbot zu Y._ und das Verbot, sich beruflich oder privat im Nachtklub- und Cabaretmilieu zu betätigen.
Die Staatsanwaltschaft erhob gegen diesen Haftentscheid Beschwerde ans Obergericht des Kantons Uri mit dem Antrag, X._ sei bei einem Wegfall der Kollusionsgefahr wegen Wiederholungs- und Ausführungsgefahr in Sicherheitshaft zu setzen.
Das Obergericht hiess die Beschwerde am 27. Juli 2012 teilweise gut und hob den angefochtenen Entscheid auf. Es setzte X._ wegen Kollusions- und Wiederholungsgefahr bis längstens am 27. Oktober 2012 in Sicherheitshaft.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ sinngemäss, es sei der Entscheid des Obergerichts aufzuheben und derjenige des Landgerichtspräsidiums wiederherzustellen; insbesondere sei festzustellen, dass der Haftgrund der Wiederholungs- und Ausführungsgefahr nicht bestehe. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Das Obergericht weist daraufhin, dass sich das Gutachten von Dr. Frei vom 17. August 2011 in den Akten befindet und verzichtet, wie auch die Staatsanwaltschaft, auf Vernehmlassung.
Mit seiner Replik reicht X._ das Urteil des Obergerichts vom 29. August 2012 im Dispositiv ein, mit dem seine Verurteilung wegen Körperverletzung, Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte etc. aufgehoben wurde.
Erwägungen:
1. Angefochten ist der kantonal letztinstanzliche Haftentscheid des Obergerichts. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach den Art. 78 ff. BGG gegeben. Ihre Erhebung setzt allerdings voraus, dass der Beschwerdeführer durch den angefochtenen Entscheid in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen ist (Art. 81 Abs. 1 BGG).
Unbestritten ist, dass die Fortsetzung der Sicherheitshaft gegen den Beschwerdeführer zurzeit rechtmässig ist, weil er der ihm vorgeworfenen Taten dringend verdächtig ist, Kollusionsgefahr besteht, die nicht durch eine mildere Ersatzmassnahme gebannt werden kann und die Verhältnismässigkeit gewahrt ist. Strittig ist nur, ob auch Wiederholungs- bzw. Ausführungsgefahr besteht, die eine Fortsetzung der Haft nach einem allfälligen Wegfall der Kollusionsgefahr rechtfertigen würde.
Im Urteil 1B_81/2012 vom 5. März 2012 hat das Bundesgericht erwogen, dass Kollusionsgefahr bestehe, weil der Beschwerdeführer in Freiheit versucht sein könnte, das Beweisverfahren durch die Manipulation von Beweismitteln zu beeinflussen (E. 5.2 S. 6). Diese Möglichkeit besteht bis zur Hauptverhandlung, da der Beschwerdeführer bis vor dem Abschluss des Beweisverfahrens Beweisanträge stellen kann (Art. 345 StPO). Die Sicherheitshaft gegen den Beschwerdeführer wurde zeitlich bis über die auf den 8. Oktober 2012 angesetzte Hauptverhandlung hinaus bewilligt, womit der Beschwerdeführer bis zu diesem Datum - unter dem Vorbehalt einer wesentlichen Veränderung der Verhältnisse - wegen Kollusionsgefahr in Haft zu bleiben hat. Ab diesem Zeitpunkt wird die Verfahrensleitung des erstinstanzlichen Strafgerichts nach Massgabe von Art. 230 StPO über die Fortsetzung der Haft unter Berücksichtigung des Verlaufs der Hauptverhandlung zu befinden haben. Unter diesen Umständen hat der Beschwerdeführer zurzeit kein aktuelles Rechtsschutzinteresse daran, prüfen zu lassen, ob nebst der Kollusionsgefahr auch Ausführungs- bzw. Wiederholungsgefahr bestehe. Dementsprechend ist es für den Ausgang des Verfahrens ohne Belang, dass das Obergericht in der Zwischenzeit eine Verurteilung, die für die Bejahung der Wiederholungsgefahr herangezogen wurde, aufgehoben hat.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches gutzuheissen ist, da seine Prozessarmut ausgewiesen scheint und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Linus Jaeggi, Zürich, wird für das bundesgerichtliche Verfahren als amtlicher Verteidiger eingesetzt und mit Fr. 2'000.-- aus der Kasse des Bundesgerichts entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Uri, Strafprozessuale Beschwerdeinstanz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. September 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi