Erwägungen:
1. Mit Verfügung vom 7. Oktober 2008 trat der Einzelrichter des Bezirks Zürich betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung auf ein weiteres Entlassungsgesuch des Beschwerdeführers vom 1. Oktober 2008 nicht ein. Der Beschwerdeführer gelangte dagegen an das Obergericht des Kantons Zürich, das seinen Rekurs mit Beschluss vom 10. Oktober 2008 abwies und die Abweisung des Entlassungsgesuchs bestätigte. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 20. Oktober 2008 richtet sich der Beschwerdeführer gegen diesen Entscheid und verlangt die Entlassung.
2. Das Obergericht hat mit der ersten Instanz erwogen, über das dritte Entlassungsgesuch des Beschwerdeführers vom 19. August 2008 sei noch nicht rechtskräftig entschieden worden. Die erste Instanz habe dieses Gesuch am 30. September 2008 abgewiesen; die Berufung gegen dieses Urteil sei noch hängig. In diesem Berufungsverfahren könne der Beschwerdeführer im Rahmen der Berufungsbegründung Gründe darlegen, die für eine Entlassung sprechen. Das Obergericht könne im Berufungsverfahren die aktuellen Verhältnisse berücksichtigen. Unter diesen Umständen sei die Vorinstanz zu Recht auf das Entlassungsgesuch nicht eingetreten.
3. Mit diesen Erwägungen setzt sich der Beschwerdeführer in seiner Eingabe nicht auseinander. Er ersucht lediglich um Entlassung und legt erneut die Gründe dar, welche seiner Ansicht nach eine Entlassung rechtfertigen. Er erläutert aber nicht in Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids, inwiefern dieser Bundesrecht verletzt. Damit entspricht die Eingabe den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG offensichtlich nicht. Auf die Beschwerde ist somit im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG durch den Präsidenten der Abteilung nicht einzutreten.
4. Es rechtfertigt sich, keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Zbinden