Erwägungen:
1. X._ erhob mit Eingabe vom 16. Januar 2009 Beschwerde gegen den Zirkulationsentscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 10. Dezember 2008 und ersuchte gleichzeitig um Erstreckung der Beschwerdefrist um 60 Tage zur Einreichung einer Beschwerdebegründung. Das Bundesgericht teilte ihm mit Schreiben vom 20. Januar 2009 mit, dass die Beschwerdefrist als eine gesetzlich bestimmte Frist nicht erstreckt werden könne (Art. 47 Abs. 1 BGG). In der Folge reichte der Beschwerdeführer innert der Beschwerdefrist keine Beschwerdeergänzung mehr ein. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
2. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Die Eingabe vom 16. Januar 2009 enthält keine Beschwerdebegründung. Der Beschwerdeführer legt folglich nicht dar, inwiefern das Verwaltungsgericht Recht verletzt haben sollte, als es die Beschwerden des Beschwerdeführers abwies, soweit es darauf eintrat. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
3. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Bausektion der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli