Faits:
A. X._, domicilié à Y._, exerce une activité de promoteur immobilier en société simple avec un architecte qui conçoit des villas et des appartements en propriétés par étages. Il est principalement chargé de la commercialisation des biens immobiliers conçus par son associé.
Dans sa déclaration d'impôt 2001/2002bis, il a annoncé comme revenus provenant de son activité lucrative indépendante un montant de 216'217 fr. pour 2001 et de 802'798 fr. pour 2002.
Le 25 mars 2004, l'Office d'impôt du district de Lavaux a rendu deux décisions de taxation, imposant séparément les gains de l'intéressé au titre de revenus extraordinaires au sens des art. 218 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 82 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11; en vigueur depuis le 1er janvier 2001, dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2002), ce que ce dernier a contesté en vain par la voie de la réclamation.
Le 5 septembre 2007, X._ a interjeté recours contre la décision sur réclamation du 3 août 2007 auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Les gains qui avaient été réalisés entre 1999 et 2004 s''inscrivaient dans le développement ordinaire de ses affaires, de sorte qu'ils ne pouvaient être qualifiés d'extraordinaires.
B. Par arrêt du 17 novembre 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a considéré en substance que les bénéfices en capital provenant de la vente d'immeuble par un commerçant professionnel dans le cadre de son activité commerciale ordinaire constituaient des bénéfices extraordinaires en raison de leur caractère fluctuant. Exceptionnellement, dans des circonstances très particulières, l'intéressé pouvait démontrer qu'il s'agissait d'un gain ordinaire. En l'espèce, les gains immobiliers réalisés entre 1999 et 2005 n'étaient pas réguliers. Ils fluctuaient entre 238'914 fr. en 2001 et 1'065'745 fr. en 2003. Au demeurant, la période au sein de laquelle l'intéressé établissait une comparaison était trop courte pour démontrer la régularité des gains justifiant de les qualifier de revenus ordinaires.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ a déposé deux mémoires auprès du Tribunal fédéral. En matière d'impôt fédéral direct, il demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 17 novembre 2008, de dire que les gains immobiliers réalisés en 2001 et en 2002 sont des revenus ordinaires et de renvoyer la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En matière d'impôt cantonal, il demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 17 novembre 2008, de dire que les gains immobiliers réalisés en 2001 et en 2002 sont des revenus ordinaires et de renvoyer la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de la violation des art. 218 LIFD et 82 LI/VD, de la violation de son droit d'être entendu, de l'interdiction de l'arbitraire et de celle de la double imposition.
Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet des recours dans la mesure où ils sont recevables.
Considérant en droit:
1. Dirigés contre un même arrêt, les deux recours reposent sur le même état de fait, exposent une argumentation similaire et contiennent les mêmes conclusions. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure et de statuer sur les deux recours dans un seul arrêt (ATF 131 V 59 consid. 1 p. 60 s.).
2. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le recourant étant destinataire de l'arrêt attaqué, il a qualité pour recourir (art. 89 LTF).
3. 3.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398). Enfin, selon l'art. 99 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
3.2 D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
D'après l'art. 106 al. 2 LTF en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'art. 106 al. 2 LTF exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).
I. Impôt fédéral direct
4. Le recourant se plaint de la violation de l'art. 218 LIFD. Il soulève également un grief tiré de l'interdiction de l'arbitraire, qui se confond en l'espèce avec la violation de l'art. 218 LIFD.
4.1 Selon l'art. 41 LIFD, les cantons sont libres, en dérogation à l'art. 40 LIFD, de fixer pour l'imposition dans le temps une période fiscale annuelle correspondant à une année civile. Sont alors valables les dispositions prévues au chapitre 3 (art. 208 à 220 LIFD) des dispositions transitoires. La loi fiscale vaudoise a introduit le système de taxation postnumerando annuelle, en remplacement du système de taxation praenumerando bisannuelle, pour les personnes physiques, dès la période fiscale 2003 (art. 271 et 272 de la loi fiscale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LIDC; RSV 642.11], dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2003). Il s'ensuit que les deux années précédant ledit changement, soit 2001 et 2002, tombent dans la brèche de calcul pour l'imposition du revenu.
Selon l'art. 218 al. 1 LIFD, pour la première période fiscale suivant la modification mentionnée à l'art. 41 LIFD, soit le passage au système annuel postnumerando, la taxation relative à l'impôt sur le revenu des personnes physiques est régie par le nouveau droit. L'art. 218 al. 2 LIFD prévoit que les revenus extraordinaires réalisés durant les deux années précédentes ou lors d'un exercice clos au cours de ces années et qui tombent ainsi dans la brèche de calcul sont soumis à un impôt annuel entier pour l'année fiscale où ils ont été acquis, au taux correspondant à ces seuls revenus. Sont en particulier considérés comme des revenus extraordinaires les prestations en capital, les revenus de fortune non périodiques, les gains de loterie et, par analogie avec l'art. 206 al. 3 LIFD, les revenus extraordinaires provenant d'une activité lucrative indépendante (art. 218 al. 3 LIFD).
4.2 Selon la jurisprudence, tous les gains en capital provenant de l'aliénation d'immeubles par un commerçant d'immeubles sont en principe des revenus extraordinaires soumis à l'impôt annuel de l'art. 218 al. 2 et 3 LIFD (en relation avec l'art. 206 al. 3 LIFD). Le Tribunal fédéral l'a clairement montré dans un arrêt de principe 2A.87/2005 du 28 avril 2006 (consid. 2.5). S'écartant d'une jurisprudence plus ancienne (rendue en application de l'art. 41 al. 4 AIFD; cf. Archives 49 478), qui avait été à raison largement critiquée par la doctrine pour les avoir qualifiés de revenus ordinaires en cas de taxation intermédiaire, le Tribunal fédéral a constaté que les gains provenant du commerce d'immeubles sont, d'une manière générale, soumis à de fortes fluctuations dans le temps, de sorte qu'il n'est pas possible de tabler sur un résultat commercial régulier d'année en année. Etant par principe irréguliers et dépourvus de périodicité, de tels gains en capital sont extraordinaires. Dans certains cas, le commerce d'immeubles constitue au surplus pour le contribuable une activité accessoire ou n'est le fait que d'une occasion unique. Il n'est toutefois exceptionnellement pas exclu que, dans des circonstances spéciales, il puisse s'agir d'un revenu ordinaire, ce que le contribuable doit démontrer.
4.3 Cette jurisprudence a été confirmée par un arrêt ultérieur 2A.679/2005 du 3 novembre 2006 (consid. 3.5, publ. in RF 62/2007, p. 119). Dans cette affaire, l'instance précédente avait jugé à tort, selon le Tribunal fédéral, que les revenus d'un installateur sanitaire provenant de la vente d'immeubles constituaient un revenu ordinaire, parce qu'il avait réalisé un revenu moyen annuel entre 1993 et 1997 de 72'204 fr. et qu'il avait réalisé en moyenne des revenus deux fois plus élevés (289'000 fr. en 2001 et 147'000 fr. en 2002) que ceux réalisés durant les années de la brèche 1999 et 2000 (58'976 fr. et 173'776 fr.). En effet, le revenu moyen pris en considération par l'instance précédente masquait de grandes fluctuations annuelles (1993: 295'447 fr.; 1994 et 1995: 0 fr.; 1996: 63'127 fr.; 1997: 2'447 fr.); inhérentes au commerce d'immeuble, ces dernières excluaient de qualifier les gains de revenus ordinaires. Les résultats des années 2001 et 2002, comparés aux résultats des années antérieures montraient uniquement que le contribuable s'était trouvé dans de bonnes années, ce qui n'infirmait en rien le caractère extraordinaire des gains des années 1999 et 2000.
5. 5.1 En l'espèce, le recourant est un promoteur immobilier indépendant qui exerce son activité en association avec un architecte. Il est par conséquent commerçant d'immeubles à titre principal. Le Tribunal cantonal a retenu que les gains réalisés par le recourant entre 1999 et 2005 ne sont pas réguliers. Ils avaient fluctué entre un minimum de 238'914 fr. en 2001 et un maximum de 1'065'745 fr. en 2003. Il a jugé à bon droit que les gains immobiliers réalisés par le recourant durant les années 2001 et 2002 constituaient des revenus extraordinaires soumis à un impôt annuel entier. En effet, l'important écart du simple au quadruple ainsi constaté entre 2001 et 2003 exclut d'emblée que de tels gains puissent être qualifiés d'ordinaires. Pour autant que l'on puisse s'y référer, les chiffres mis en exergue par le recourant dans son mémoire de recours confirment d'ailleurs cette conclusion. A supposer en effet que l'évolution du gain immobilier annuel moyen (en pour-cent) par rapport à la période de calcul 2001 et 2002 soit déterminante - ce qui est douteux du moment que, selon la jurisprudence, il convient en principe d'examiner les gains pour chaque année (cf. consid. 4.3 ci-dessus) - force est de constater que les gains du recourant, contrairement à ce qu'il soutient, ont fortement fluctué, passant, par rapport à 2001-2002 (0,00%), de -6,92% pour 1999-2000 à 89,25% pour 2003, pour redescendre à 25,99% en 2004 et même à -8,38% en 2005. Les gains immobiliers réalisés en 2001 et 2002 devaient par conséquent être qualifiés d'extraordinaires au sens de l'art. 218 LIFD.
5.2 En ajoutant par surabondance de motivation que la période de comparaison qui lui était soumise en procédure cantonale était de toute manière trop courte, le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit d'être entendu du recourant. En effet, même placées par hypothèse dans une comparaison des gains étendue sur un nombre plus élevé d'années que celle présentée au Tribunal cantonal, de telles variations ne pouvaient pas être gommées au point d'infirmer le caractère extraordinaire des gains réalisés par le recourant en 2001 et 2002. En outre, il n'appartenait pas à l'instance précédente d'informer à titre préalable le recourant - qui connaissait la jurisprudence particulièrement restrictive pour prouver que ses revenus devraient être qualifiés d'ordinaires - que sa démonstration n'entrait pas dans les circonstances exceptionnelles réservées par la jurisprudence, puisqu'il s'agissait d'une question de droit. Mal fondé sur ce point, le recours doit être rejeté.
5.3 Le recourant soutient en vain que les gains réalisés en 2001 et 2002 l'ont été dans le cadre de son activité principale, ce qui tendrait à prouver qu'ils doivent être qualifiés d'ordinaires. La qualification de "revenu extraordinaire" ne dépend en effet pas de la double condition que les gains immobiliers en cause soient irréguliers et obtenus dans le cadre d'une activité accessoire ou unique de commerce d'immeuble. Cette dernière circonstance ne joue qu'un rôle d'indice supplémentaire. Il suffit de constater en l'espèce que le développement "ordinaire" des activités principales de commerçant d'immeubles du recourant est soumis à de fortes fluctuations, qui conduisent à qualifier les gains réalisés en 2001 et 2002 de revenus extraordinaires au sens de l'art. 218 LIFD.
C'est aussi en vain qu'il objecte que seules des circonstances externes, en d'autres termes indépendantes de sa volonté, ont permis la vente des immeubles ayant produit les gains des années 2001 et 2002. Le recourant accorde en effet à tort à cette circonstance la même portée en matière de commerce d'immeubles qu'en matière de distribution de dividendes (cf. sur ce point arrêt 2A.736/2006 du 18 septembre 2007 in RF 63/2008 p. 51 et les nombreuses références). Il n'est certes pas exclu de constater qu'un commerçant d'immeubles cherche à profiter de la modification apportée à l'imposition dans le temps en déplaçant, selon son bon vouloir, la date de réalisation du revenu dans la brèche de calcul. Mais l'analogie s'arrête à cela. Les gains provenant de ventes d'immeubles étant par principe des revenus extraordinaires, il n'est en effet pas nécessaire de constater au surplus que le moment de la réalisation de l'objet a été déplacé en fonction de la brèche de calcul pour les qualifier d'extraordinaires, à l'inverse de ce qu'il convient de démontrer pour qualifier d'extraordinaires les dividendes, qui sont par principe des revenus ordinaires.
6. Le recourant se plaint d'être imposé deux fois sur un même revenu réalisé durant la période fiscale 2001-2002, une fois pour la période fiscale 2001/2002 et une deuxième fois pour la période 2001/2002bis.
Dans la mesure où il ne se confond pas avec celui de violation de l'art. 218 LIFD, son grief est irrecevable, car ni l'arrêt attaqué ni le dossier en possession du Tribunal fédéral ne font état du contenu de la décision de taxation ordinaire 2001/2002, qui fait par conséquent figure de fait nouveau prohibé par l'art. 99 LTF.
II. Impôts cantonal et communal
7. Conformément à l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou la loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), les décisions de dernière instance cantonale peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1er de la loi sur l'harmonisation fiscale (ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 188 s.) et concernent une période fiscale dès le 1er janvier 2001, soit dès l'échéance du délai laissé aux cantons pour adapter leur législation aux dispositions des titres 2 à 6 de cette loi (art. 72 al. 1 LHID).
En l'occurrence, l'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance par le Tribunal cantonal et porte sur une matière figurant à l'art. 69 al. 2 et 3 LHID. L'art. 69 LHID ne figure pas dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1er de la loi sur l'harmonisation fiscale, mais dans le titre 7. Toutefois, selon la jurisprudence (RDAF 2004 II p. 22 consid. 1 p. 23 ss = StR 59/2004 p. 135 = StE 2004 B 65.4 No 15, 2A.439/2002), cette disposition, qui règle la transition de l'imposition dans le temps, est mentionnée à l'art. 16 LHID concernant la période fiscale annuelle facultative, qui y renvoie et qui figure dans le titre 2. En raison de ce renvoi, elle concerne un domaine réglé par le titre 2 de la loi sur l'harmonisation fiscale et porte par conséquent sur une matière visée par l'art. 73 LHID. En outre, le présent recours concerne l'imposition du recourant pour les périodes fiscales 2001 et 2002, soit des périodes postérieures à l'échéance du délai de l'art. 72 al. 1 LHID (ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591 ss).
8. L'art. 82 LIDC (dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002) ainsi que l'art. 273 LIDC (dans version en vigueur depuis le 1er janvier 2003), qui ont pour objet les revenus extraordinaires réalisés durant les années 2001 et 2002 ont pratiquement la même teneur quant à la définition de revenus extraordinaires que l'art. 218 al. 2 et 3 LIFD, dont le contenu correspond également à celui de l'art. 69 al. 2 et 3 LHID (Archives 77, p. 169, consid. 4.1)
Dès lors, les gains immobiliers en cause ayant été considérés comme des revenus extraordinaires pour l'impôt fédéral direct, ils doivent également l'être pour les impôts cantonal et communal et les considérations développées ci-dessus s'appliquent également à ces derniers.
9. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct et du recours en matière d'impôts directs cantonal et communal, dans la mesure où ils sont recevables.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours en matière de droit public 2C_900/2008 et 2C_901/2008 sont joints.
2. Le recours en matière d'impôt fédéral direct est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours en matière d'impôts directs cantonal et communal est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr. (2C_901/2008) et 7'500 fr. (2C_900/2008), sont mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre.
Lausanne, le 28 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey