Faits:
A. A.a Le 26 novembre 2004, C._, née en 1953, a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité auprès de l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après : l'office AI) en raison de dépressions.
Dans un rapport du 13 décembre 2004, le docteur F._, spécialiste FMH en médecine interne générale et médecin traitant, a diagnostiqué un épisode dépressif sévère (F 32.2 selon CIM 10) entraînant une incapacité totale de travail depuis le 14 octobre 2003 dans la profession habituelle et dans toute autre activité. La doctoresse B._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie, a examiné l'assurée le 7 avril 2004 à la demande de la Compagnie d'assurances Y._, assureur perte de gain maladie. Dans un rapport du 19 avril 2004, elle a diagnostiqué un épisode dépressif sévère sans symptômes psychotiques (F 32.2 selon CIM 10) et a retenu une incapacité totale de travail. Le docteur U._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie, qui a suivi C._ depuis le 1er novembre 2004, a diagnostiqué un épisode dépressif sévère (F 32.2 selon CIM 10) avec une incapacité totale de travail (rapport du 1er novembre 2004). Le 15 avril 2005, il a confirmé la présence d'un état dépressif sévère au décours (F 33.2 selon CIM 10) et a ajouté que l'assurée souffrait aussi d'un trouble de la personnalité (F 60.8 selon CIM 10). La doctoresse M._, médecin au SMR, a admis l'appréciation du docteur U._.
Par décision du 7 octobre 2005, l'office AI a octroyé à C._ une rente entière d'invalidité dès le 1er octobre 2004.
A.b Une première révision, initiée le 14 mars 2007, a abouti à la confirmation de l'octroi d'une rente entière (communication du 15 mai 2007).
A.c Dans le cadre d'une seconde révision débutée le 27 février 2008, l'administration a été informée par la Compagnie d'assurances Y._ qu'une enquête avait permis d'établir que l'assurée exerçait une activité lucrative tous les matins (courrier du 2 avril 2008). L'office AI a alors informé C._ qu'elle suspendait avec effet immédiat le versement de sa rente (courrier du 16 avril 2008). Dans un rapport du 17 avril 2008, le docteur U._ a estimé que l'état de santé de l'assurée était stationnaire mais qu'une petite amélioration s'était produite depuis l'hiver, ce qui avait permis un essai de reprise du travail depuis le 7 janvier 2008, avec des conditions de travail aménagées. Le questionnaire rempli par X._ SA le 23 mai 2008 a confirmé cette reprise du travail à raison de huit heures par semaine avec un salaire horaire de 25 fr. correspondant au rendement. Dans un rapport du 11 juin 2008, le docteur U._ a maintenu ses diagnostics antérieurs et a considéré que la reprise du travail avait valeur thérapeutique. Un rapport de surveillance demandé par la Compagnie d'assurances Y._ et établissant que C._ exerçait une activité de secrétariat auprès de l'entreprise X._ SA (rapport du 22 février 2008) a encore été porté à la connaissance de l'administration.
Sans se référer à ce rapport, l'administration a confirmé la suspension de la rente par décision incidente du 27 juin 2008. Sur recours de l'assurée, le tribunal cantonal genevois des assurances sociales (depuis le 1er janvier 2011 : Cour de Justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales) a, par jugement du 10 mars 2009, annulé cette décision. L'office AI n'avait en effet produit aucun document à l'appui de ses affirmations qui n'étaient ainsi pas suffisamment établies. Suite à ce jugement, l'office AI a rendu une nouvelle décision incidente le 17 avril 2009 suspendant le versement de la rente et supprimant l'effet suspensif à un éventuel recours en se référant au rapport de surveillance du 22 février 2008 ainsi qu'au procès-verbal d'entretien du 7 avril 2008 que la Compagnie d'assurances Y._ lui a transmis et qui démontrerait la reprise d'une activité lucrative.
Continuant l'instruction, l'administration a obtenu un rapport médical du 6 août 2008 de la doctoresse B._ confirmant pour l'essentiel son appréciation précédente. Dans un avis du 18 septembre 2008, la doctoresse S._, médecin au SMR, a retenu que C._ travaillait vingt à trente heures mensuellement dans un but thérapeutique et que son état psychique instable ne permettait pas d'exiger plus d'activité. Elle a conclu au statu quo. En présence, d'une part, de données médicales établissant une incapacité totale de travail et, d'autre part, d'un rapport de surveillance et de l'audition de l'assurée démontrant que celle-ci effectuait des travaux de secrétariat d'une certaine ampleur, l'office AI a demandé une expertise au docteur V._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie, qui, dans son rapport du 28 mai 2009, a nié l'existence d'une quelconque atteinte psychiatrique chez l'assurée et lui a reconnu une pleine capacité de travail. Le 1er juillet 2009, la doctoresse S._ s'est ralliée à cet avis.
Par projet de décision du 6 juillet 2009, confirmé par décision du 14 septembre 2009, l'office AI a supprimé la rente de C._ avec effet rétroactif au 1er février 2008 pour tenir compte de la violation de l'obligation de renseigner.
Par décision du 8 octobre 2009, l'administration a requis de l'assurée le remboursement des prestations indûment touchées pour les mois de février à avril 2008, par 6'153 francs.
B. C._ a recouru auprès du tribunal cantonal contre les décisions de l'office AI du 17 avril 2009 (incidente) suspendant le versement de la rente, du 14 septembre 2009 supprimant la rente avec effet rétroactif au 1er février 2008 et du 8 octobre 2009 demandant la restitution des prestations indûment touchées. Le tribunal cantonal a ordonné la jonction des trois affaires. Il a tenu plusieurs audiences au cours desquelles de nombreux témoins ont été entendus et a ordonné une expertise judiciaire, confiée au docteur D._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie. Dans son rapport du 21 mars 2011, cet expert a diagnostiqué un épisode dépressif moyen avec syndrome somatique (F 32.11 selon CIM-10) et une personnalité émotionnellement labile, type borderline (F 60.31 selon CIM-10) et il a retenu une capacité de travail de 30% avec un rendement réduit d'environ 50%. Se fondant sur les preuves administrées en procédure et sur l'expertise du docteur D._, les premiers juges ont, par jugement du 6 septembre 2011, admis les recours de C._, annulé les trois décisions querellées et constaté que le droit de l'assurée à une rente entière allait au-delà du 1er février 2008.
C. L'administration interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. Il conclut principalement à la confirmation de ses trois décisions et, subsidiairement, au renvoi du dossier au tribunal cantonal pour complément d'instruction et nouvelle décision.
C._ conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens, alors que l'Office fédéral des assurances sociales, dans son préavis du 6 décembre 2011, propose son admission et l'annulation du jugement entrepris.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente ; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140).
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
2. Est litigieux le droit de l'intimée à une rente entière d'invalidité au-delà du 1er février 2008, singulièrement la question de savoir si l'assurée est capable d'exercer une activité de bureau à plein temps et plein rendement. A cet égard, le jugement entrepris expose correctement les règles légales et la jurisprudence sur la notion d'invalidité et son évaluation, les conditions d'une révision (art. 17 LPGA), l'appréciation des preuves et la valeur probante des rapports médicaux. Il suffit donc d'y renvoyer.
3. Se fondant sur l'expertise effectuée par le docteur D._ à laquelle elle a accordé une pleine valeur probante, la juridiction cantonale a admis que l'intimée souffrait de troubles dépressifs et de troubles de la personnalité majeurs, entraînant des limitations fonctionnelles telles que des troubles de la concentration, de la mémoire et du sommeil ainsi que des crises d'angoisse et d'agitation. En fonction de ces atteintes et suivant les conclusions du docteur D._, elle a retenu une capacité de travail de 30% avec un rendement réduit de 50%. S'agissant du travail fourni pour le compte de l'entreprise X._ SA, elle a retenu comme étant établi au degré de la vraisemblance prépondérante que l'assurée avait débuté son activité de secrétariat en novembre 2007 à l'essai et qu'elle avait été engagée à raison de huit heures hebdomadaires à partir du 1er janvier 2008 pour une activité simple sans exigence de rendement pour le compte d'un patron particulièrement bienveillant.
4. L'office recourant reproche aux premiers juges de s'être fondés sur le rapport d'expertise du docteur D._ plutôt que sur celui du docteur V._, qui selon lui a pleine valeur probante, et dont les conclusions sont diamétralement opposées à celles du docteur D._. Il considère en particulier que le docteur D._ a examiné l'intimée environ une année et demie après la décision du 14 septembre 2009 supprimant la rente soit à une époque où l'état de santé de l'assurée avait très vraisemblablement été influencé par les circonstances économiques et sociales postérieures à cette suppression. De plus, l'administration allègue que l'état de santé constaté dans le second rapport d'expertise n'était pas celui qui prévalait au moment de la décision de suppression de la rente. Il invoque que c'est de façon erronée que le docteur D._ a retenu qu'il n'y avait pas eu de rémission de la maladie depuis 2003 en se fondant sur les avis des docteurs B._ et U._. En réalité, ces derniers ont constaté une amélioration de l'état de santé qui s'est concrétisée par la reprise d'une activité lucrative. Concernant les diagnostics retenus par le docteur D._, l'office recourant conteste que les critères nécessaires pour retenir un épisode dépressif majeur étaient donnés. Par ailleurs, cet expert, qui a retenu un trouble de la personnalité majeur et incapacitant, n'aurait pas expliqué pourquoi l'intimée avait pu occuper un poste de secrétaire de 1984 à 2003. L'administration reproche encore au docteur D._ de ne pas avoir pris en compte certaines pièces du dossier, en particulier le rapport de surveillance du 22 février 2008 et le procès-verbal d'entretien du 7 avril 2008, qui sont tous deux des éléments en rapport avec la reprise d'une activité professionnelle par l'assurée. L'office recourant reproche de plus au tribunal cantonal d'avoir retenu que l'intimée ne travaillait qu'à raison de huit heures par semaine et non pas tous les matins.
5. 5.1 Compte tenu des critiques de l'administration, il y a lieu de déterminer si la juridiction cantonale a violé le droit fédéral en admettant, sur la base du dossier dont elle disposait, que les affections de l'assurée l'empêchaient d'exercer une activité de secrétariat à 100%. Il s'agit donc d'examiner si les premiers juges ont établi les faits de manière manifestement inexacte ou en violation du droit (art. 97 al. 1 LTF).
Lorsque l'autorité cantonale juge une expertise concluante et en fait sien le résultat, le Tribunal fédéral n'admet le grief d'appréciation arbitraire que si l'expert n'a pas répondu aux questions posées, si ses conclusions sont contradictoires ou si, d'une quelconque autre façon, l'expertise est entachée de défauts à ce point évidents et reconnaissables, même sans connaissances spécifiques, que le juge ne pouvait tout simplement pas les ignorer. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de vérifier si toutes les affirmations de l'expert sont exemptes d'arbitraire; sa tâche se limite bien plutôt à examiner si l'autorité de première instance pouvait, sans arbitraire, se rallier au résultat de l'expertise (arrêts 9C_88/2009 du 8 juillet 2009 consid. 5.3 et 9C_395/2007 du 15 avril 2008 consid. 4.1).
5.2 Le docteur D._ a procédé à une anamnèse complète, a mentionné les plaintes de l'intimée, a établi le status psychiatrique et a défini un diagnostic avant de porter une appréciation sur les atteintes diagnostiquées et de répondre aux questions. Cette expertise ne contient pas de contradictions intrinsèques et répond aux critères exigés pour lui accorder valeur probante. L'expert a précisé que la suppression de la rente n'avait pas eu d'influence sur l'état de santé de l'assurée, aucune augmentation de l'état dépressif n'ayant été constatée (réponse à la question 10). Il a retenu un état de santé à peu près stable depuis 2006, le degré de gravité de la dépression oscillant de moyen à sévère (réponse à la question 9). Cette affirmation est confirmée par la doctoresse B._ qui n'a fait état d'aucune amélioration notable dans son second rapport du 6 août 2008. Quant au docteur U._, il a mentionné une légère amélioration durant l'hiver 2007-2008, ce qui a permis un essai de réhabilitation avec des conditions de travail aménagées (rapport du 17 avril 2008). S'agissant des diagnostics de l'expert, il y a lieu d'admettre que même s'ils ne sont pas exactement identiques à ceux des docteurs B._ et U._, ils sont en accord avec eux, comme le précise lui-même l'expert (réponse à la question 11). De plus, les trois psychiatres sont arrivés aux mêmes conclusions concernant la capacité résiduelle de travail et les limitations fonctionnelles. Pour contester l'existence d'un état dépressif invalidant, l'office recourant se fonde sur l'avis du 8 avril 2001 de la doctoresse S._, médecin au SMR. Cette appréciation est contredite par tous les psychiatres ayant examiné l'intimée à l'exception du docteur V._ qui a conclu à l'issue de l'expertise qu'il a effectuée que l'assurée n'était atteinte d'aucune affection psychiatrique. Le docteur D._ a précisé les raisons pour lesquelles il s'est distancé des conclusions du docteur V._ (réponse à la question 11), alors que le docteur U._ a expliqué de manière convaincante qu'un trouble de la personnalité existait chez l'intimée depuis l'adolescence selon l'anamnèse mais que celui-ci n'a été diagnostiqué que tardivement (lettre du 27 juin 2009). Le docteur D._ a encore précisé que l'expression clinique du trouble de la personnalité, essentiellement de type borderline, a été longtemps contenue mais qu'elle a été exacerbée par le licenciement. Cette appréciation est corroborée par la doctoresse B._, qui précise, dans son rapport du 6 août 2008, que « la pathologie de la personnalité s'est accentuée par manque de cadre jadis offert par le travail » et par le docteur U._ qui, dans son rapport du 15 avril 2005, parle d'un effondrement narcissique chez une personne avec une certaine fragilité et qui trouvait dans son travail un étayage important.
Compte tenu de ces éléments, il y a lieu d'admettre que le tribunal cantonal pouvait, sans arbitraire, faire siennes les conclusions du docteur D._ au détriment de celles du docteur V._, aucun autre élément ou un grief soulevé par l'office recourant ne permettant de considérer que cette expertise était entachée de défauts ou qu'elle contenait des conclusions contradictoires.
6. 6.1 L'administration reproche encore à la juridiction cantonale d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des preuves en admettant que l'intimée travaillait huit heures par semaine pour l'entreprise X._ SA alors que le rapport de surveillance du 22 février 2008 et les déclarations de l'intimée lors de son audition du 7 avril 2008 établissaient qu'elle y travaillait beaucoup plus.
6.2 La juridiction cantonale a procédé à une administration de preuves très étendue sur la question de savoir à quel taux l'assurée travaillait pour le compte de l'entreprise X._ SA. Entendu en qualité de témoin et exhorté à la vérité, A._, patron de l'entreprise, a déclaré que l'intimée travaillait dans son entreprise depuis janvier 2008 à raison de trois fois par semaine, sauf quand elle se sentait mal. En principe, elle venait deux heures le lundi matin et trois ou quatre heures les jeudi et vendredi matins. Il a également précisé qu'un essai d'embauche avait eu lieu à fin 2007. Il a décrit le travail de l'assurée comme étant un travail sans responsabilité et entièrement contrôlé. Il a aussi précisé qu'il faisait particulièrement attention à l'humeur de l'intimée qui parfois pleurait, étant stressée ou angoissée. Il a constaté que l'assurée faisait beaucoup moins de travail en trois heures que l'autre secrétaire n'aurait fait en deux heures. Réentendu le 23 août 2011 et expressément rendu attentif aux conséquences pénales d'un faux témoignage, A._ a confirmé ses précédentes déclarations concernant le taux d'occupation de l'intimée. Lors de son audition par les premiers juges, l'assurée a expliqué les conditions et le genre d'activités exercées pour X._ SA. Elle a contesté avoir dit aux inspecteurs de la Compagnie d'assurances Y._ qu'elle travaillait tous les jours de huit heures à midi. Elle a affirmé avoir été embrouillée par les questions qui concernaient en alternance ses vies privée et professionnelle. Même si G._, inspecteur de la Compagnie d'assurances Y._, qui a confirmé le contenu du rapport d'entretien du 7 avril 2008, a estimé qu'aucune pression n'avait été exercée sur l'intimée, il apparaît que les déclarations de cette dernière aux inspecteurs de la Compagnie d'assurances Y._ n'ont pas été univoques et il n'est pas possible de savoir comment elle a été amenée à préciser, voire à changer, la description de son emploi du temps. En effet, lors de son audition le 7 avril 2008, l'assurée a d'abord déclaré: « En fait, j'ai tenté de reprendre une activité de temps en temps chez M. A._. ...j'y suis allée quelques heures, des fois plusieurs matinées », puis elle a précisé qu'elle travaillait tous les jours de huit heures à midi pour le compte de l'entreprise X._ SA. A cela s'ajoute que, si le rapport de surveillance mentionne souvent la présence de l'intimée dans les bureaux, il ne peut préciser si elle travaille effectivement.
Si l'on prend en compte les déclarations du témoin A._ qui établissent l'existence d'un travail à horaire fortement réduit pour un travail sans responsabilité et sans stress ainsi que les éléments peu clairs contenus dans le rapport de surveillance et le procès-verbal d'entretien du 7 avril 2008, il faut considérer que la juridiction cantonale n'a pas retenu un état de fait manifestement inexact en admettant que l'intimée ne travaillait que huit heures par semaine dans une activité simple et sans exigence de rendement. Dans ces circonstances, le tribunal cantonal pouvait, sans arbitraire, admettre que l'assurée ne travaillait pas au-delà de ce qui lui était autorisé comme bénéficiaire d'une rente entière d'invalidité.
7. Le recours doit donc être rejeté.
8. La procédure est onéreuse (art. 65 al. 4 let. a LTF). Au regard de l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge de l'office recourant (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée, assistée par un avocat, a droit à une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'office recourant.
3. L'office recourant versera à l'intimée la somme de 2'000 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 25 juin 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Cretton