Sachverhalt:
A. Die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg veranlagte X._ am 16. November 2000 für die Steuerperioden 1997/98 und 1999/2000. Dabei wurde das erzielte Einkommen aus der Landwirtschaft in den Jahren 1995-1998 nach Ermessen festgesetzt: auf Fr. 40'886.-- (1995), Fr. 750'000.-- (1996), Fr. 1'000'000.-- (1997) und Fr. 2'700'000.-- (1998); das bewegliche Betriebsvermögen wurde auf Fr. 695'000.-- (1997) und Fr. 1'525'000.-- (1999) geschätzt. Gegen diese Einschätzungen erhob X._ erfolglos Einsprache. Das von ihm darauf angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg hiess seine Beschwerde am 20. Mai 2005 teilweise gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Steuerverwaltung zurück. Das Gericht hielt fest, die Steuerverwaltung habe nicht genügend begründet, wie sie die nach pflichtgemässem Ermessen festgesetzten Steuerfaktoren geschätzt habe. Die Steuerverwaltung wies am 14. März 2006 die Einsprache erneut ab. Dabei legte sie die ermessensweise Schätzung einzelner Steuerfaktoren näher dar. Das Verwaltungsgericht wies am 30. November 2007 die gegen den neuen Einspracheentscheid erhobene Beschwerde sowohl hinsichtlich der Kantonssteuer als auch hinsichtlich der direkten Bundessteuer ab, soweit es darauf eintrat.
B. X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 30. November 2007 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell seien die Veranlagungen für die Kantonssteuer und die direkte Bundessteuer 1997/98 und 1999/2000 unter Weglassung der vorgenommenen Korrektur Warenlager (1996: Fr. 540'000.--, 1997: Fr. 880'000.--) sowohl für das Einkommen als auch für das Vermögen neu vorzunehmen.
Das Verwaltungsgericht stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die kantonale Steuerverwaltung verzichtet auf eine Stellungnahme zur Beschwerde und verweist auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid.
Die eidgenössische Steuerverwaltung ersucht um Abweisung der Beschwerde.
C. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der aufschiebenden Wirkung am 4. März 2008 abgewiesen.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer betrieb in den Jahren 1996 und 1997 zusammen mit Y._ die einfache Gesellschaft "Z._", die sich dem Anbau von Hanf und der Vermarktung von Hanfprodukten widmete. Nach Eröffnung eines Strafverfahrens wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz fanden Hausdurchsuchungen statt, bei denen Buchhaltungs- und Geschäftsunterlagen beschlagnahmt wurden. Das Strafverfahren war im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids noch nicht abgeschlossen.
1.2 Die kantonale Steuerverwaltung hat bei der Veranlagung der direkten Bundessteuer und der Kantonssteuer 1997/98 sowie 1999/2000 beim Einkommen des Beschwerdeführers ein Warenlager von Hanfduftöl berücksichtigt, dessen Wert sie nach pflichtgemässem Ermessen auf Fr. 540'000.-- (1996) bzw. Fr. 880'000.-- (1997) schätzte. Sie berücksichtigte dieses Warenlager ebenfalls bei der kantonalen Besteuerung des Vermögens in den Jahren 1997/98 sowie 1999/2000.
1.3 Der Beschwerdeführer bestreitet zwar nicht, dass an sich die Voraussetzungen für eine Ermessensveranlagung erfüllt waren. Er macht jedoch geltend, die Veranlagung sei verfrüht erfolgt; die Steuerbehörden hätten das entsprechende Verfahren sistieren müssen, bis das gegen ihn hängige Strafverfahren wegen Betäubungsmitteldelikten abgeschlossen sei. Ausserdem verletze der angefochtene Entscheid seine Verfahrensrechte. Weiter kritisiert der Beschwerdeführer die vorgenommenen Ermessensveranlagungen als offensichtlich unrichtig.
2. 2.1 Nach Ansicht des Beschwerdeführers verstossen die Veranlagungen 1997/98 und 1999/2000 der direkten Bundessteuer und der Kantonssteuer gegen die Unschuldsvermutung gemäss Art. 32 BV und Art. 6 EMRK bzw. gegen die Garantie von Art. 14 Ziff. 3 lit. g UNO-Pakt II, wonach niemand gezwungen werden darf, gegen sich selbst als Zeuge auszusagen oder sich schuldig zu bekennen. Jede gegenüber den Steuerveranlagungsbehörden gemachte Angabe würde "eins zu eins" Eingang in die Akten des gegen ihn geführten Strafverfahrens wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz finden. Es liege auf der Hand, dass den Steuerbehörden bekanntgegebene Angaben über Umsatz und Gewinn für die Strafverfolgungsorgane von grosser Bedeutung seien, etwa wenn sie über das Vorliegen eines schweren Falles oder über allfällige Ersatzforderungen entscheiden müssten. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe seinen Mitwirkungspflichten im Steuerveranlagungsverfahren nicht nachkommen können, weil er sonst sein Recht, nicht gegen sich selber aussagen zu müssen, nicht hätte wahren können. Um eine solche Situation zu vermeiden, hätten die kantonalen Instanzen das Veranlagungsverfahren bis zum Abschluss des Strafverfahrens sistieren müssen. Der Beschwerdeführer leitet einen Sistierungsanspruch direkt aus den zitierten verfassungs- und völkerrechtlichen Normen ab; dagegen rügt er keine Verletzung des für die direkte Bundessteuer und die Kantonssteuer massgeblichen Gesetzesrechts.
2.2 Der Grundsatz der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK) sowie das daraus abgeleitete (BGE 130 I 126 E. 2.1) und durch Art. 14 Ziff. 3 lit. g UNO-Pakt II ausdrücklich garantierte Verbot des Zwangs zur Selbstbezichtigung gelten nicht im Nachsteuerverfahren (BGE 121 II 273 E. 3b S. 282 f.) und erst recht nicht im ordentlichen Veranlagungsverfahren. Die Vorinstanz räumt - durch Verweis auf den früheren Entscheid ihres Präsidenten vom 29. April 2005 - zwar ein, dass im Fall einer Mitwirkung des Beschwerdeführers im Steuerveranlagungsverfahren Sachverhaltselemente zu Tage treten könnten, die sich im Rahmen des gegen ihn geführten Strafverfahrens belastend auszuwirken vermöchten; das gelte insbesondere für Informationen über Bestand und Ausmass des Hanfanbaus sowie der entsprechenden Geschäftstätigkeit. Zutreffend weist die Vorinstanz jedoch ebenfalls darauf hin, dass dieser Umstand an der Mitwirkungspflicht in einem - getrennt vom Strafverfahren geführten - Veranlagungs- bzw. Nachsteuerverfahren nichts ändere. Für solche Informationen bestehe aber allenfalls im Strafverfahren ein Beweisverwertungsverbot, damit die genannten verfassungs- und völkerrechtlichen Garantien nicht unterlaufen werden könnten.
2.3 Diese Ansicht hat in der Zwischenzeit Eingang in die Bundesgesetzgebung gefunden. Für den Bereich der direkten Bundessteuern sieht Art. 183 Abs. 1bis des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) vor, dass Beweismittel aus einem Nachsteuerverfahren in einem Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung nur dann verwendet werden, wenn sie weder unter Androhung einer Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen (Art. 130 Abs. 2 DBG) mit Umkehr der Beweislast nach Art. 132 Abs. 3 DBG noch unter Androhung einer Busse wegen Verletzung von Verfahrenspflichten beschafft wurden. Dasselbe gilt aufgrund von Art. 57a Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14). Es kann offen bleiben, ob diese Bestimmungen, die am 1. Januar 2008 in Kraft traten, im vorliegenden Verfahren anwendbar sind. Aus ihnen geht jedenfalls hervor, dass nach Auffassung des Bundesgesetzgebers aus dem Verbot des Zwangs zur Selbstbezichtigung kein Dahinfallen der Mitwirkungspflichten im Nachsteuerverfahren oder gar eine Pflicht zur Sistierung dieses Verfahrens abgeleitet werden kann. Was im Verhältnis zwischen Nach- und Strafsteuerverfahren gilt, muss umso mehr zwischen einem ordentlichen Veranlagungsverfahren und einem nicht fiskalischen Strafverfahren gelten.
Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet, soweit eine Verletzung der Unschuldsvermutung und des Verbots des Zwangs zur Selbstbezichtigung gerügt wird.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer hält ebenfalls Art. 29 Abs. 1 BV für verletzt, weil dem Einspracheentscheid die personelle Zusammensetzung der Behörde nicht zu entnehmen war und er deshalb nicht in der Lage gewesen sei, allfällige Ausstandsbegehren zu stellen.
3.2 Die genannte Verfassungsbestimmung gewährleistet die Unabhängigkeit und Unparteilichkeit auch der nicht richterlichen Entscheidungsorgane (BGE 125 I 209 E. 8a S. 217 f.) und gibt dem Rechtsuchenden Anspruch auf Bekanntgabe von deren Zusammensetzung. Die Namen der mitwirkenden Personen müssen indessen nicht ausdrücklich genannt werden; es genügt, dass sich die Partei darüber ins Bild setzen kann (BGE 117 Ia 322 E. 1c S. 322).
Die Vorinstanz räumt zwar ein, dass die Unterschrift des Beamten, der den Einspracheentscheid fällte, nicht leserlich war. Sie weist jedoch darauf hin, dass aufgrund der angegebenen Referenznummer und dem Kürzel der Name durch eine kurze Nachfrage bei der Steuerverwaltung ohne weiteres hätte in Erfahrung gebracht werden können. Eine Verletzung des angerufenen verfassungsmässigen Rechts liegt unter diesen Umständen nicht vor.
4. 4.1 Die Steuerverwaltung fällte am 14. März 2006 den neuen Einspracheentscheid ohne Anhörung des Beschwerdeführers, nachdem das Verwaltungsgericht die Sache an sie zurückgewiesen hatte. Nach Auffassung des Beschwerdeführers ist dadurch sein Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verletzt worden.
4.2 Im Entscheid vom 20. Mai 2005 wurde die Sache "zwecks Eröffnung genügend begründeter Entscheide (genauere Darlegung der vorgenommenen Ermessensveranlagung)" an die Steuerverwaltung zurückgewiesen. Die Vorinstanz erklärt, die Rückweisung sei nicht zwecks ergänzender Instruktion, sondern bloss zur Begründung erfolgt. Eine erneute Anhörung des Beschwerdeführers sei deshalb nicht erforderlich gewesen.
Die Einsprachebehörde hat am 14. März 2006 ihren früheren Entscheid bestätigt und lediglich die ermessensweise veranlagten Elemente näher begründet; sie hat weder Sachverhaltsabklärungen getroffen noch eine neue rechtliche Beurteilung vorgenommen. Nach der Rechtsprechung (BGE 119 Ia 136 E. 2e S. 139) musste sie dem Beschwerdeführer in dieser Situation nicht nochmals Gelegenheit geben, sich zu äussern.
5. 5.1 Schliesslich kritisiert der Beschwerdeführer die ermessensweise Veranlagung bei der direkten Bundessteuer auch in inhaltlicher Hinsicht. Gegen die Ermessensveranlagung der Kantonssteuer erhebt er keine Rügen, so dass darauf nicht einzugehen ist.
5.2 Nach Art. 132 Abs. 3 DBG kann der Steuerpflichtige eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Vorinstanz erklärt, dass diese für das Einspracheverfahren aufgestellte Regel auch für die anschliessende Beschwerde gelte. Das wird vom Beschwerdeführer zu Recht nicht in Frage gestellt (vgl. Martin Zweifel, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Basel 2000, Art. 132 DBG N. 54). Er macht jedoch geltend, dass die Schätzung des Warenlagers von Hanfduftöl durch die Veranlagungsbehörde offensichtlich unrichtig sei und daher von der Vorinstanz nicht hätte geschützt werden dürfen.
5.3 Da sich bereits der angefochtene Entscheid mit den Einwänden, die der Beschwerdeführer vorbringt, eingehend auseinandersetzt, erübrigen sich weitere Erwägungen dazu; es kann auf die vorinstanzlichen Ausführungen verwiesen werden. Ergänzend sei bemerkt, dass sich die Gutachten der Solida Treuhand AG auf die vorhandenen Unterlagen sowie eine Betriebsbesichtigung, an welcher der Beschwerdeführer teilnahm, stützen. Aus einem bei den Akten liegenden Schreiben von Y._ geht hervor, dass ein Lager von 36 Litern Duftöl produziert worden sein soll, was bei einem Preis von Fr. 150.-- pro Fläschchen à 10 Gramm die Summe von Fr. 540'000.-- ergibt (kant. act. 10122, ohne Datum: "Unrechtmässige Aneignung o. Veruntreuung"), auf die das Warenlager für das Jahr 1996 ermessensweise geschätzt wurde. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was die Ermessensveranlagung als offensichtlich unrichtig erscheinen lassen könnte.
5.4 Die im Zusammenhang mit der ermessensweisen Veranlagung erhobene weitere Rüge, es sei offensichtlich tatsachenwidrig, das geschätzte Warenlager als Einkommen bzw. bei der Kantonssteuer auch als Vermögen anzusehen, ist ebenfalls unbegründet. Der angefochtene Entscheid setzt sich (E. 5b, S. 21) mit der Zusammensetzung des Warenlagers auseinander. In Bezug auf dessen rechtliche Qualifikation kann es keinem Zweifel unterliegen, dass sich Änderungen im Warenbestand unmittelbar auf die Erfolgsrechnung auswirken.
6. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng