Sachverhalt:
A. D._, geboren 1956, war zuletzt als Betriebsmitarbeiter in der Textilindustrie tätig. Am 12. Juni 2003 meldete er sich zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau holte ein polydisziplinäres Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 5. April 2005 ein. Mit Verfügung vom 30. September 2005 sprach sie D._ bei einem Invaliditätsgrad von 73 % ab 1. August 2003 eine ganze Invalidenrente nebst Zusatzrente für die Ehefrau und Kinderrenten zu. Im November 2006 leitete sie ein Revisionsverfahren ein und gab beim medizinischen Zentrum X._ ein zweites Gutachten (vom 18. März 2008) in Auftrag. Darin und im Zusatzbericht vom 16. April 2008 bestätigten die Experten den Fortbestand einer Panikstörung und einer leichten depressiven Episode und legten die Arbeitsunfähigkeit aus psychiatrischer Sicht auf nur noch 20 % fest. Die Schmerzsymptomatik sei in den Hintergrund getreten und limitiere den Versicherten im Alltag nicht mehr. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren hob die IV-Stelle die Rente mit Verfügung vom 30. Juli 2008 auf das Ende des der Zustellung des Entscheides folgenden Monats auf unter der Annahme eines Invaliditätsgrades von 37 %.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 18. Februar 2009 ab.
C. D._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, es sei ihm weiterhin eine ganze Rente zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zur Vornahme weiterer Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Streitig ist der Anspruch auf eine Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung dieser Frage einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die revisionsweise Anpassung der Invalidenrente setzt nach Art. 17 ATSG Tatsachenänderungen (des Gesundheitszustandes, der Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit usw.) im massgeblichen Vergleichszeitraum (BGE 133 V 108) voraus.
3.1 Die Vorinstanz hat die anspruchsrelevante Verbesserung des Gesundheitszustandes bejaht und hierzu Feststellungen getroffen, die für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind (E. 1). Der Beschwerdeführer wendet ein, es sei keine Verbesserung eingetreten; die Vorinstanz habe die Stellungnahmen der behandelnden Fachärzte nicht berücksichtigt und alleine auf die gutachterlichen Aussagen abgestützt; damit habe sie den medizinischen Sachverhalt mangelhaft und einseitig festgestellt.
3.2 Die Vorinstanzen stützten den Entscheid in der Tat und zu Recht auf die beiden Gutachten und den Zusatzbericht des medizinischen Zentrums X._ ab. Im ersten Gutachten wurden ein chronisches lumbospondylogenes Schmerzsyndrom und eine mittelgradige, agitierte depressive Episode mit somatischen Symptomen (ICD-10 F32.11) mit/bei anhaltender somatoformer Schmerzstörung (ICD-10 F45.4) diagnostiziert. Die Ärzte attestierten eine 70-prozentige Arbeitsunfähigkeit für jede Tätigkeit, führten jedoch an, es sei unter adäquaten psychotherapeutischen und medikamentösen Therapien eine Verbesserung des Gesundheitszustandes innerhalb eines Jahres zu erwarten. Im späteren Gutachten diagnostizierten sie nach wie vor das lumbospondylogene Schmerzsyndrom. Zu der bei der Verlaufsbegutachtung neu erhobenen Panikstörung (ICD-10 F41.0) wurde ausgeführt, es handle sich um eine gut zu therapierende Erkrankung, bei welcher der Behandlungsspielraum noch nicht ausgeschöpft sei. Die Depression erreiche noch den Grad einer leichten Episode (ICD-10 F32.0). Die frühere Arbeitsunfähigkeit von 70 % habe sich unter der psychiatrischen Behandlung deutlich verbessert; aus psychiatrischer Sicht bestehe noch eine 20-prozentige Einschränkung; für leidensangepasste körperliche Tätigkeiten betrage die Arbeitsfähigkeit somit 80 %. Bei adäquater Therapie könne innert sechs Monaten eine deutliche Besserung des psychischen Zustandsbildes und der Arbeitsfähigkeit erreicht werden. Im Zusatzbericht vom 16. April 2008 bestätigten die Experten den Fortbestand der Panikstörung und der leichten depressiven Episode bei einer Arbeitsfähigkeit von 80 %, wobei die Schmerzsymptomatik im vergangenen halben Jahr noch weiter in den Hintergrund getreten sei und den Versicherten im Alltag nicht mehr limitiere. An der Psychopathologie habe sich wenig geändert, da die bei der Untersuchung im Herbst 2007 angegebenen Behandlungsmassnahmen nicht durchgeführt worden seien. Nach wie vor könne es dabei innert sechs Monaten zu einer deutlichen Verbesserung kommen.
3.3 Die Gutachten und der Zusatzbericht sind das Ergebnis einer umfassenden und sorgfältigen Untersuchung, die sämtliche von der Rechtsprechung gestellten Anforderungen erfüllt (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweisen) und beweiskräftig ist. Die Rüge einer einseitigen Berücksichtigung der gutachterlichen Erkenntnisse ist unbegründet: Die Vorinstanz hat die entsprechenden Gründe für den konkreten Fall korrekt und auf die Rechtsprechung abgestützt dargelegt. Der Einkommensvergleich ist nicht zu beanstanden und letztinstanzlich nicht gerügt. Ausführungen zu der im kantonalen Entscheid obendrein erörterten Frage einer Verletzung der Schadenmindungspflicht erübrigen sich.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz