Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegner 2) beabsichtigte im Frühling 1981 die Realisierung einer Überbauung mit einem Bauvolumen von ca. Fr. 15 Mio. Zu diesem Zwecke gründete er die X._ AG (Beschwerdeführerin), in deren Verwaltungsrat er Einsitz nahm. Die Beschwerdeführerin wirkte im Hinblick auf Planung und Bauleitung des Projekts mit der Y._ AG (Beschwerdegegnerin 1) zusammen. Die Beschwerdegegnerin 1 wurde mit der Bauleitung beauftragt und die Beschwerdeführerin trat als Bauherrin auf. Mit Vertrag vom 16. April 1981 verkaufte der Beschwerdegegner 2 eine Beteiligung an der Beschwerdeführerin an B._. Dieser ist heute Alleinaktionär der Beschwerdeführerin. Nachdem das Projekt im Jahr 1989 fertig gestellt und sämtliche Stockwerkeigentumseinheiten verkauft worden waren, legte die Beschwerdegegnerin 1 der Beschwerdeführerin die provisorische Bauabrechnung zur Genehmigung vor. Bei der Überprüfung der Bauabrechnung hegte B._ den Verdacht, dass es im Laufe ihrer Erstellung zu Unregelmässigkeiten gekommen sei, die Verantwortlichkeitsansprüche begründen könnten, weil die Bauabrechnung gegenüber dem bereinigten Kostenvoranschlag vom 6. Dezember 1986 Mehrkosten von Fr. 890'000.-- aufwies.
B. Da die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerin 1 ursprünglich am selben Ort domiziliert waren, wurden die Dokumente im Zusammenhang mit der Überbauung nur einfach ausgefertigt und verblieben nach der räumlichen Trennung der beiden Unternehmungen bei der Beschwerdegegnerin 1. Auf mehrfaches Verlangen der Beschwerdeführerin, ihr die Akten herauszugeben, liessen die Beschwerdegegner die Akten kopieren und die Kopien und zum Teil Originalakten in acht Archivschachteln aushändigen, was die Beschwerdeführerin am 12. Februar 1997 quittierte.
C. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, ob und in welchem Ausmass ihr Ansprüche gegen die Beschwerdegegnerin 1 und den Beschwerdegegner 2 zustehen, lasse sich nur anhand der Originalbauakten abschätzen, da keine Gewähr dafür bestehe, dass die ausgehändigten Kopien mit den Originalen übereinstimmten. Dem Versuch, die Herausgabe der Originale in einem Verfahren auf vorzeitige Aktenedition zu erwirken, war indessen kein Erfolg beschieden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 4P.46/2004 vom 13. Mai 2004). Zwecks Unterbrechung der Verjährung liess die Beschwerdeführerin die Beschwerdegegner seit 1999 zum Sühneversuch laden, wobei sie je Fr. 1'000'000.-- bzw. Fr. 1'250'000.-- verlangte. Eine Leistungsklage reichte sie aber nicht ein, weil ihr die Einreichung der Klage nicht zugemutet werden könne, solange die Originale nicht ausgehändigt worden seien.
D. Am 21. Januar 2005 erhoben die Beschwerdegegner Klage, mit der sie im Wesentlichen feststellen lassen wollten, dass die mit Sühneversuch erhobene Forderung nebst Zins nicht bestehe. Das Kantonsgericht Nidwalden und das Obergericht des Kantons Nidwalden hiessen die negative Feststellungsklage im Wesentlichen gut. Die einzige Differenz zwischen den beiden Urteilen betrifft einen Punkt, der vor Bundesgericht nicht mehr umstritten ist.
E. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, auf die negative Feststellungsklage mangels Feststellungsinteresses nicht einzutreten. Ihr Gesuch um aufschiebende Wirkung wies das Bundesgericht am 2. Februar 2009 ab. Die Beschwerdegegner schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht unter Hinweis auf seine Erwägungen auf Vernehmlassung verzichtet. Mit Eingabe vom 19. Februar 2009 beantragt die Beschwerdeführerin, es sei ihr vorsorglich zu bewilligen, die für das kantonale Verfahren geschuldete Parteientschädigung auf ein Sperrkonto einzuzahlen. Die Beschwerdegegnerin 1 habe ihre Geschäftstätigkeit aufgegeben, was die Rückforderung des Betrages bei Gutheissung der Beschwerde gefährde. Die Beschwerdeführerin hat sich am 27. Januar 2009 zudem an die Präsidentenkonferenz gewandt, damit diese bei Gutheissung der Beschwerde den Nidwaldner Gerichten eine scharfe Rüge erteile.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz ging davon aus, spätestens seit September 1997 habe die Beschwerdeführerin über die notwendigen Informationen zur Begründung ihrer Klage verfügt. Sie kommt unter Bezugnahme auf den obergerichtlichen Entscheid zum Verfahren betreffend vorzeitige Aktenedition, welchen die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht erfolglos angefochten hatte (zit. Urteil 4P.46/2004), zum Ergebnis, die Originalkonformität der Kopien könne bei Bestreitung im Hauptprozess geklärt werden. Auch bezüglich des Prozessrisikos sei die Beschwerdeführerin bereits darauf hingewiesen worden, dass der Forderungsbetrag nach Abschluss des Beweisverfahrens hätte korrigiert werden können. Demgegenüber hätten die Beschwerdegegner ein berechtigtes Interesse daran, die durch die Sühnebegehren bewirkte Unsicherheit zu beheben. Diese Ungewissheit behindere die Beschwerdegegner in der Verwendung ihres Vermögens. Wegen der objektiven Unüberprüfbarkeit der Forderung sei die Revisionsstelle verpflichtet, die Feststellung, die Jahresrechnung entspreche dem Gesetz und den Statuten, einzuschränken oder mit einem entsprechenden Hinweis zu versehen, was einen direkten Einfluss auf die Kredithöhe und die Kreditbedingungen habe, mithin zu einer Einschränkung der Kreditwürdigkeit führe. Um dies zu verhindern müsste die Beschwerdegegnerin 1 Rückstellungen bilden. Auch der Beschwerdegegner 2 könne als vorsichtiger Kaufmann die Möglichkeit einer entsprechenden Forderung nicht einfach ausser Acht lassen, soweit er als Alleinaktionär der Beschwerdegegnerin von deren Einschränkung nicht ohnehin direkt betroffen sei. Vor diesem Hintergrund erachtete die Vorinstanz die negative Feststellungsklage als zulässig.
2. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, die Vorinstanz habe den Sachverhalt nicht korrekt festgestellt und erhebt diesbezüglich diverse Rügen.
2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer, welcher die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind (BGE 133 III 462 E. 2.4 S. 466). Er hat im einzelnen aufzuzeigen, weshalb die beanstandeten Feststellungen offensichtlich unrichtig und demnach willkürlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252).
2.2 Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen genannt hat (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4339 Ziff. 4.1.4.3; vgl. auch BGE 115 II 484 E. 2a S. 485). Neue Vorbringen sind nur zulässig, soweit erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG), was wiederum näher darzulegen ist (BGE 134 V 223 E. 2.2.1 S. 226; 133 III 393 E. 3 S. 395).
2.3 Die Beschwerdeführerin rügt die Feststellung der Vorinstanz als willkürlich, die Beschwerdegegnerin 1 habe im Jahre 1989 der Beschwerdeführerin bzw. deren mittlerweile einzigem Verwaltungsrat, C._, die provisorische Bauabrechnung zur Genehmigung vorgelegt. Sie weist darauf hin, dass zu diesem Zeitpunkt noch der Beschwerdegegner 2 Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin war, was die Beschwerdegegner anerkennen. Inwiefern die fehlerhafte Feststellung entscheidrelevant sein soll, legt die Beschwerdeführerin aber nicht dar und ist auch nicht ersichtlich, so dass auf die Rüge nicht einzutreten ist.
2.4 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie hätte entgegen der Annahme der Vorinstanz für die Abschätzung, ob ihr ein Anspruch gegenüber den Beschwerdegegnern zusteht, wesentliche Dokumente weder in Kopie noch im Original erhalten. Dies habe sie schon im kantonalen Verfahren geltend gemacht und die Vorinstanz sei nicht darauf eingegangen. Es fehlen aber Aktenhinweise, die belegen, wo genau die Beschwerdeführerin in ihren Eingaben prozesskonform entsprechende Behauptungen aufgestellt hat, und Erläuterungen dazu, inwiefern die genannten Dokumente (Generalplanverträge, Honorarofferte und Nachtragsofferte) für die Bestimmung der Forderung massgeblich sein sollen. Daher ist die Rüge nicht hinreichend begründet. Dasselbe gilt für den Einwand, die Beschwerdegegnerin 1 selbst habe behauptet, nie irgendwelche Rückstellungen getätigt zu haben, so dass damit kein schützenswertes Interesse an der negativen Feststellung begründet werden könne. Es fehlt der Aktenhinweis, wo exakt die Beschwerdegegnerin 1 Entsprechendes behauptet hat, so dass auch diesbezüglich eine Ergänzung des Sachverhalts ausscheidet. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich darauf, dem Bundesgericht unter gelegentlichen Hinweisen auf die Akten ihre eigene Version der Geschehnisse vorzutragen. Auf derartige appellatorische Kritik und ungenügend begründete Abweichungen von den tatsächlichen Feststellungen tritt das Bundesgericht nicht ein, sondern stellt in tatsächlicher Hinsicht auf den angefochtenen Entscheid ab.
3. Unter welchen Voraussetzungen die gerichtliche Feststellung des Bestehens oder Nichtbestehens bundesrechtlicher Ansprüche verlangt werden kann, ist eine Frage des Bundesrechts (BGE 133 III 282 E. 3.4 S. 287 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist die Feststellungsklage zuzulassen, wenn der Kläger an der sofortigen Feststellung ein erhebliches schutzwürdiges Interesse hat, welches kein rechtliches zu sein braucht, sondern auch bloss tatsächlicher Natur sein kann. Diese Voraussetzung ist namentlich gegeben, wenn die Rechtsbeziehungen der Parteien ungewiss sind und die Ungewissheit durch die richterliche Feststellung behoben werden kann (BGE 133 III 282 E. 3.5 S. 287 mit Hinweisen). Dabei genügt nicht jede Ungewissheit; erforderlich ist vielmehr, dass ihre Fortdauer dem Kläger nicht mehr zugemutet werden darf, weil sie ihn in seiner Bewegungsfreiheit behindert. Namentlich bei negativen Feststellungsklagen ist zudem auch auf die Interessen des Beklagten Rücksicht zu nehmen. Wer auf Feststellung klagt, dass eine Forderung nicht besteht, zwingt damit den beklagten Gläubiger zu vorzeitiger Prozessführung. Damit wird die Regel durchbrochen, dass grundsätzlich der Gläubiger und nicht der Schuldner den Zeitpunkt für die Geltendmachung eines Anspruches bestimmt. Der vorzeitige Prozess kann den Gläubiger benachteiligen, wenn er zur Beweisführung gezwungen wird, bevor er dazu bereit und in der Lage ist (BGE 131 III 319 E. 3.5 S. 324 f. mit Hinweisen). Mithin sind bei negativen Feststellungsklagen die Interessen des Gläubigers und des Schuldners gegeneinander abzuwägen.
3.1 Die Beschwerdeführerin hat vor Einreichung der negativen Feststellungsklage durch die Beschwerdegegner in einem gesonderten Verfahren erfolglos versucht, an die Originalakten zu gelangen (vgl. zit. Urteil 4P.46/2004), und nach Einreichung der negativen Feststellungsklage gegenüber der Beschwerdegegnerin 1 eine ordentliche Klage auf Herausgabe der Originale angestrengt, jeweils mit der Begründung, sie benötige die Akten, um die Höhe ihrer allfälligen Forderung bestimmen zu können. Muss für die Herausgabe der Originale zwischen den Parteien ohnehin ein Gerichtsverfahren angestrengt werden, widerspricht es der Prozessökonomie, über die Leistungsklage in einem separaten Verfahren zu entscheiden. Aus diesem Grund sind die Kantone von Bundesrechts wegen gehalten, unbezifferte Rechtsbegehren und Stufenklagen zuzulassen, soweit die Bezifferung des Anspruchs erst nach Durchführung des Beweisverfahrens oder Erfüllung eines Hilfsanspruchs (etwa auf Rechnungslegung) möglich ist (BGE 116 II 215 E. 4a S. 219 f.; 123 III 140 E. 2b S. 142). Hängt der Umfang des Anspruchs ausschliesslich von Dokumenten ab, welche die Gegenpartei beibringen kann, besteht kein Grund, mit der Erhebung der Klage zuzuwarten, da die Edition der Dokumente verlangt und der Anspruch nach Abschluss des Beweisverfahrens beziffert werden kann. Stellt sich anhand des Beweisverfahrens heraus, dass dem Ansprecher keine Forderung zusteht, kann ihm dies jedenfalls dann nicht angelastet werden, wenn die Partei, welche die negative Feststellungsklage erhob, die Einsicht in die relevanten Dokumente vorprozessual verweigert hatte. Vor diesem Hintergrund ist der Einwand, das Anheben einer Klage sei der Beschwerdeführerin wegen des ungewissen Prozessausganges nicht zuzumuten, nicht stichhaltig.
3.2 Die Beschwerdeführerin hat gegenüber den Beschwerdegegnern im Sühneverfahren Forderungen in Millionenhöhe erhoben und gerichtliche Schritte eingeleitet, um die für die beabsichtigte Klage notwendigen Beweismittel zu erhalten. Dass sie weitere Beweismittel benötigt, ist nicht festgestellt. Unter diesen Umständen verletzt es kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz den Beschwerdegegnern ein hinreichendes Interesse an einer negativen Feststellungsklage zubilligt. Dadurch wird die Beschwerdeführerin nicht zur Beweisführung gezwungen, bevor sie dazu bereit und in der Lage ist, sondern sie wird von der Pflicht entbunden, ein gesondertes Verfahren auf Herausgabe der Akten anzustrengen. Dass es die Beschwerdegegner in der Hand gehabt hätten, die Originalakten herauszugeben und so die Voraussetzungen für die Klageeinreichung zu schaffen, jedenfalls vor der von ihnen behaupteten Zerstörung der Originale im Jahre 2005, ändert daran nichts, da die Beschwerdeführerin kein schützenswertes Interesse daran hat, die Beurteilung ihres Anspruchs hinauszuzögern. Weshalb die Beschwerdeführerin, statt zur negativen Feststellungsklage substantiiert Stellung zu nehmen und im Beweisverfahren die Edition der Originale zu verlangen, das Feststellungsinteresse der Beschwerdegegner bestreitet und gegen die Beschwerdegegnerin 1 einen separaten, inzwischen ebenfalls vor Bundesgericht hängigen Prozess (4A_34/2009) auf Herausgabe der Originale angestrengt hat, ist nicht nachvollziehbar. Sie führt auch in jenem Prozess aus, sie benötige die Originale zur Abschätzung der Höhe allfälliger Verantwortlichkeits- beziehungsweise Schadenersatzansprüche gegen die Beschwerdegegner, und unterstreicht damit wie auch mit dem Verfahren betreffend vorzeitige Aktenherausgabe ihr Interesse an der Klärung der Rechtslage. Die Edition der Originale hätte sie aber im negativen Feststellungsprozess erreichen können, ohne einen Herausgabeanspruch als Eigentümerin der Dokumente oder Auftraggeberin der Beschwerdegegnerin 1 nachweisen zu müssen.
4. Mit der materiellen Gutheissung der negativen Feststellungsklage setzt sich die Beschwerdeführerin nicht hinreichend auseinander, so dass der angefochtene Entscheid diesbezüglich nicht zu überprüfen ist (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 133 III 545 E. 2.2 S. 550; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254; je mit Hinweis). Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme wird gegenstandslos. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Februar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak