Faits:
A. La société A._ SA, fondée en 1993 et ayant son siège social à B._, avait pour but l'exploitation d'un commerce de quincaillerie, d'articles ménagers, d'articles de loisir, de vente d'armes et d'explosifs ainsi que de tous autres articles à usage domestique et de consommation courante. Son capital-actions, entièrement libéré, était de CHF 300'000.- et ses actionnaires étaient C._ pour 245 actions et D._ pour 55 actions. A fin 2003, le montant des pertes reportées liées à l'exploitation de A._ SA et admises par le fisc vaudois s'élevait à CHF 1'092'436.-. Le principal créancier de la société A._ SA était son actionnaire principal C._.
Selon modification de ses statuts du 1er décembre 2003, A._ SA a changé sa raison sociale en X._ SA, transféré son siège social de B._ à E._, commune de E._, et transformé son but qui est devenu l'exploitation d'une pharmacie à E._. La société a par ailleurs repris, à la valeur comptable, les actifs et les passifs de la raison individuelle Z._, propriété de C._. Le montant du capital-actions et sa répartition n'ont pas été modifiés.
Dans ses déclarations d'impôts cantonal et communal ainsi que d'impôt fédéral direct 2004 et 2005, X._ SA a indiqué un bénéfice d'exploitation de CHF 285'411.- pour 2004 et de CHF 289'992.- pour 2005. Elle a aussi fait valoir des pertes fiscales reportées à concurrence de CHF 1'092'436.- et déclaré un résultat négatif de respectivement CHF 807'025.- en 2004 et CHF 517'033.- en 2005.
Par décisions de taxation du 15 décembre 2006, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après le Service cantonal) a refusé la déduction des pertes reportées et fixé le bénéfice imposable à CHF 285'411.- pour l'année 2004 et à CHF 289'992.- pour l'année 2005.
A la suite des réclamations élevées le 11 janvier 2007 par X._ SA, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais a confirmé, par décisions du 6 février 2007, les taxations litigieuses. Elle a considéré que les pertes reportées découlant de l'activité de la quincaillerie, exploitée jusqu'au printemps 2003, ne pouvaient pas être reportées sur les résultats provenant de l'activité de X._ SA. En effet, A._ SA était liquidée de fait, ou économiquement, lorsqu'elle avait repris l'exploitation de la pharmacie, de sorte que la reprise de ses dettes était constitutive d'évasion fiscale.
B. X._ SA a recouru contre les décisions du 6 février 2007. Statuant par décision unique du 23 septembre 2009, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après la Commission cantonale de recours) a partiellement admis les recours. Autorisant le report des pertes des exercices 1997 à 2003 à concurrence de CHF 1'092'436.- en 2004 et CHF 807'025.- en 2005, elle a fixé le bénéfice net imposable à zéro franc pour chacune des années fiscales considérées. Elle a retenu, en substance, qu'à l'occasion d'un entretien téléphonique du 22 mai 2003 entre D._ et un collaborateur du Service cantonal, celui-ci avait donné l'assurance à son interlocuteur que les pertes reportées pouvaient être prises en considération, de sorte que toutes les conditions du droit à la protection de la bonne foi étaient réalisées.
Le Service cantonal et l'Administration fédérale des contributions ont recouru au Tribunal fédéral contre la décision du 23 septembre 2009 de la Commission cantonale de recours. Par arrêt du 6 septembre 2010 (causes 2C_99/2010 et 2C_107/2010), le Tribunal fédéral a annulé partiellement la décision attaquée, les conditions liées à l'exercice du droit à la protection de la bonne foi n'étant pas réunies, et renvoyé la cause à la Commission cantonale de recours afin qu'elle se prononce sur la déductibilité des pertes invoquées par X._ SA pour les périodes fiscales 2004 et 2005 en relation avec l'éventuelle existence d'un cas d'évasion fiscale.
Par décision complémentaire du 19 janvier 2011, notifiée le 9 novembre 2011, la Commission cantonale de recours a admis partiellement le recours de X._ SA et fixé le bénéfice net imposable en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct à CHF 225'411.- pour l'année 2004 et à CHF 229'992.- pour l'année 2005. Elle a retenu en substance l'existence d'un cas d'évasion fiscale, mais a admis à titre de provisions pour impôt la déduction des charges fiscales générées par les bénéfices.
C. Par acte du 12 décembre 2011, X._ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de la décision de la Commission cantonale de recours du 19 janvier 2011. Elle requiert l'annulation de la décision précitée et le renvoi de la cause à la Commission cantonale de recours pour qu'elle réforme sa décision dans le sens des considérants, subsidiairement au Service cantonal pour qu'il établisse de nouveaux bordereaux de taxation dans le sens des considérants, le tout sous suite de frais et dépens.
La Commission cantonale de recours a renoncé à déposer des observations et conclu au rejet du recours. Le Service cantonal ne s'est pas déterminé sur le recours. L'Administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours.
La recourante a déposé d'ultimes observations le 21 mai 2012.
Considérant en droit:
I. Recevabilité
1. La Commission cantonale de recours a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (impôts cantonal et communal [ICC] et impôt fédéral direct [IFD]), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_1028/2011), l'autre l'ICC (2C_1027/2011). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2. Le recours est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RS-VS 642.1]) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. aussi art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et art. 100 al. 1 LTF), le recours est par conséquent recevable.
3. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF.
II. Impôt fédéral direct
4. 4.1 Conformément à l'art. 67 al. 1 LIFD (RS 642.11), les pertes des sept exercices précédant la période fiscale peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années. En l'espèce, les comptes de la société A._ SA faisaient état d'une perte reportée de CHF 1'035'599.- au 31 décembre 2003. Cette perte a été admise par les autorités fiscales vaudoises et n'est pas contestée par les parties à la présente procédure. Les parties divergent en revanche sur la question de savoir dans quelle mesure cette perte peut être reportée sur les comptes de la recourante des années 2004 et 2005 après l'absorption des actifs et des passifs de la raison individuelle Z._. Le Service cantonal et la Commission cantonale de recours refusent en effet de procéder à cette opération au motif qu'elle serait constitutive d'une évasion fiscale, alors que la recourante allègue qu'elle n'a rien d'insolite et doit être admise.
4.2 Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral (cf. notamment ATF 131 II 627 consid. 5.2 p. 635 s.; arrêt 2C_240/2010 du 5 novembre 2010 consid. 7.1), il y a évasion fiscale: a) lorsque la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi, b) lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été arbitrairement exercé uniquement dans le but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée, et c) lorsque le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d'impôt dans la mesure où il serait accepté par l'autorité fiscale. Lorsque l'évasion fiscale est retenue, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait été l'expression appropriée au but économique poursuivi par les intéressés.
Lors de l'examen de l'admissibilité du report des pertes en cas de restructuration, il convient de distinguer selon que la société qui dispose de pertes reportées est la société reprenante - comme en l'espèce - ou l'entreprise reprise. Selon la jurisprudence, une société devrait être admise à substituer une activité non rentable par une nouvelle sans craindre de subir d'inconvénient fiscal de ce fait (cf. arrêt 2A.129/2007 du 17 mai 2008 consid. 4.2). Cependant, lorsque le changement d'activité se couple avec un transfert ou une reprise d'entreprise, le Tribunal fédéral a jugé, en relation avec le report des pertes, qu'il ne correspond pas aux pratiques commerciales usuelles, pour une entreprise économiquement saine et rentable, de transférer l'ensemble de ses valeurs d'exploitation dans une société tierce inactive et surendettée sans qu'une telle mesure soit dictée par d'importants motifs d'ordre économique tels que la reprise d'une clientèle ou d'un équipement industriel (cf. arrêt 2A.148/1991 du 30 novembre 1992 consid. 4, publié in ASA 63 218). Quant à la jurisprudence citée par la recourante (cf. arrêts 2A.583/2003 du 31 janvier 2004, publié in StE 2005 B 72.15.2 n° 7, et 2C_351/2011 du 4 janvier 2012, publié in StE 2012 B 72.15.2 n° 9), elle ne saurait lui être d'aucune utilité puisqu'elle se rapporte à des affaires où une société saine reprenait une entreprise déficitaire, alors qu'en l'occurrence, on se trouve dans la situation inverse.
La doctrine adopte aussi une position nuancée. Pour certains auteurs, exclure le report des pertes lorsqu'une société substitue une activité non rentable par une nouvelle est problématique, à tout le moins si les relations de propriété ne changent pas (cf. FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009, n° 9 ad art. 67 LIFD). La doctrine majoritaire estime cependant que le report des pertes ne doit pas être admis en cas de reprise d'une entreprise saine par une société déficitaire inactive lorsque les conditions de l'évasion fiscale sont concrètement réalisées (cf. ROBERT DANON, in Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 14 ad art. 67 LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 41 ad art. 61 LIFD; FRANK LAMPERT, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, p. 100 s.; ERNST HÖHN/ROBERT WALDBURGER, Steuerrecht, vol. II, 9e éd. 2002, n° 193 ad § 48 p. 544; EVELINE SAUPPER/MARKUS WEIDMANN, in Basler Kommentar zum Fusionsgesetz, n° 83 ad vor Art. 3, p. 66). Quand aux controverses doctrinales portant sur l'admissibilité du report des pertes lorsqu'une entreprise saine reprend une société déficitaire, point n'est besoin de les examiner ici dès lors que, comme déjà rappelé, la présente affaire porte sur le cas d'une société déficitaire, la recourante, qui reprend les actifs et passifs d'une entreprise saine, soit une pharmacie exploitée jusqu'alors en raison individuelle.
4.3 Il convient donc de se demander si c'est à juste titre que la Commission cantonale de recours a admis les conditions d'une évasion fiscale compte tenu des circonstances concrètes du cas d'espèce.
4.3.1 Selon l'état de fait retenu par l'instance précédente de manière à lier le Tribunal fédéral, la société A._ SA, qui avait pour but l'exploitation d'un commerce de quincaillerie, était la propriété de C._ à raison de 81 %, le solde des actions étant détenues par D._. A fin 2003, le montant des pertes reportées liées à l'exploitation de A._ SA s'élevait à CHF 1'092'436.-, le principal créancier de la société A._ SA étant son actionnaire principal C._. A._ SA a changé sa raison sociale en X._ SA et transformé son but, qui est devenu l'exploitation d'une pharmacie. Le montant du capital-actions et sa répartition n'ont pas été modifiés. X._ SA a en outre repris, à la valeur comptable, les actifs et les passifs de la raison individuelle Z._, également propriété de C._.
On est ainsi en présence de deux opérations qui se superposent. D'une part, une société, surendettée, cesse l'exercice d'une activité non rentable, une quincaillerie, pour reprendre une activité bénéficiaire, une pharmacie. D'autre part, une pharmacie gérée en raison individuelle, cède l'ensemble de ses actifs et passifs à une société déficitaire. D'un point de vue économique, une telle construction revient à mettre à la portée des créanciers de la société anonyme déficitaire les avoirs résultant de l'activité bénéficiaire exercée en raison individuelle, jusque-là détenus directement par l'actionnaire de ladite société. Or, de manière générale, un commerçant cherchera plutôt à protéger les éléments de son patrimoine personnel et le résultat de l'activité qu'il exerce en raison individuelle de la mainmise des créanciers de la société anonyme dont il est parallèlement l'actionnaire majoritaire. Une construction qui aboutit à l'effet inverse est ainsi un non-sens économique. Le fait que, comme l'allègue la recourante, l'actionnaire majoritaire était aussi le créancier principal de la société anonyme pour 95.5 % des engagements de cette dernière, de sorte que le risque de mettre des biens à disposition de créanciers de la quincaillerie était inexistant, renforce encore le caractère insolite de l'opération. La construction juridique et comptable établie par la recourante et son actionnaire n'aurait en effet jamais été réalisée entre des parties indépendantes.
Les arguments avancés par la recourante à l'appui du caractère prétendument habituel de la construction choisie ne convainquent guère. Celle-ci envisage chacune des deux opérations isolément et apporte des justifications relatives à la transformation d'une entreprise individuelle en société commerciale, d'une part, et à la reprise d'une activité bénéficiaire par une société déficitaire, d'autre part. Ainsi, il est certes exact que la transformation d'une raison individuelle en société anonyme n'est pas insolite en elle-même. En effet, une telle modification juridique permet de limiter la responsabilité de l'entrepreneur. En outre, il est courant que l'on utilise dans ce contexte des structures inactives existantes pour économiser des frais. L'intégration de l'activité d'une pharmacie dans une société anonyme exploitant précédemment un autre commerce n'est ainsi pas insolite en elle-même. Elle le devient en revanche si on considère l'opération dans sa globalité, en particulier le fait que la société anonyme n'était pas une structure inactive mais une société surendettée qui, selon les allégations de la recourante elle-même, n'a pu éviter de déposer son bilan que grâce à la postposition de la créance de son actionnaire principal.
4.3.2 Nonobstant ce que prétend la recourante, la construction décrite ne peut avoir été choisie que dans le but d'économiser des impôts qui auraient été dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée. Ainsi que la Commission cantonale de recours l'a relevé, aucune justification objective d'ordre économique ne peut entrer en considération. En effet, comme on l'a vu, les justifications avancées, si elles font sens prises individuellement, ne méritent plus cette qualification lorsqu'on les examine dans leur contexte global. Ainsi, l'opération de transformation de la raison individuelle de la pharmacie en société anonyme permettait certes de limiter la responsabilité de l'entrepreneur et de poursuivre des objectifs d'ordre successoral. Mais ces buts sont sans lien avec la reprise des actifs de la pharmacie par une société anonyme surendettée qui aurait dû entrer en liquidation. En ce qui concerne l'argument selon lequel cette reprise des actifs permettait d'éviter la liquidation de la société anonyme et d'honorer ses dettes, il ne tient pas. En effet, c'est perdre de vue que le créancier principal sinon exclusif de la quincaillerie était son actionnaire principal, également détenteur de la raison individuelle de la pharmacie. Partant, l'opération ne devenait avantageuse qu'en raison de ses conséquences fiscales, la perte reportée de la quincaillerie permettant d'éviter pendant plusieurs années la taxation du bénéfice réalisé par la pharmacie.
4.3.3 La dernière condition pour affirmer l'existence d'une évasion fiscale, à savoir l'existence d'une économie fiscale effective, n'est par ailleurs pas contestée. En effet, grâce au report de pertes d'un montant de CHF 1'092'436.-, le bénéfice de la pharmacie se serait transformé en résultat nul pendant plusieurs années. Ainsi, pour 2004 et 2005, la recourante entendait déclarer un résultat négatif de respectivement CHF 807'025.- en 2004 et CHF 517'033.- en 2005 alors que son bénéfice d'exploitation était de CHF 285'411.- pour 2004 et de CHF 289'992.- pour 2005. Compte tenu du solde des pertes reportées restant à fin 2005, cette opération aurait vraisemblablement encore pu se répéter pendant une à deux années supplémentaires.
4.4 Au vu de ce qui précède, force est de constater que la restructuration effectuée par le propriétaire de la recourante est bien constitutive d'une évasion fiscale. Dans ces conditions, c'est à juste titre que l'instance précédente lui a refusé le report des pertes prévu par l'art. 67 al. 1 LIFD et l'arrêt attaqué doit être confirmé sur ce point.
III. Impôts cantonal et communal
5. Dans le cadre du droit fiscal harmonisé qui régit l'imposition directe aux niveaux cantonal et communal (cf. supra consid. 1), la notion de report des pertes de l'art. 67 al. 1 LIFD est identique à celle prévue à l'art. 25 al. 2 LHID, elle-même reprise à l'art. 88 al. 1 LF/VS. Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer aux impôts cantonal et communal relatifs à la période fiscale sous examen (cf. arrêt 2C_376/2011 du 27 avril 2012 consid. 7 et les références citées).
Il suffit donc de renvoyer, s'agissant de l'ICC, aux considérants relatifs à l'IFD, Partant, il y a lieu de rejeter également le recours en ce qu'il concerne les impôts cantonal et communal pour la période 2004 et 2005.
IV. Frais et dépens
6. Succombant en tous points, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_1027/2011 et 2C_1028/2011 sont jointes.
2. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 3'000.-, sont mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre.
Lausanne, le 14 juin 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti