Faits:
A. A.a A._, née en 2000, est assurée auprès de SWICA Assurance-maladie (ci-après: l'assurance) pour l'assurance obligatoire des soins en cas de maladie. Invoquant un défaut de prononciation, elle a déposé le 22 novembre 2006, par l'intermédiaire de son père, une demande tendant à l'octroi de mesures médicales auprès de l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI).
Interrogée par l'administration, la doctoresse N._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie d'enfants et d'adolescents, a diagnostiqué un trouble mixte des conduites et des émotions, un trouble de l'acquisition du langage et un trouble de l'acquisition de la lecture et a considéré que le cas de l'assurée relevait du ch. 404 de l'annexe à l'OIC (rapports des 2 et 5 février 2007; courrier du 22 juin 2007); elle a également transmis à l'office AI une lettre que lui avait adressée G._, psychologue-psychothérapeute FSP, qui suivait l'intéressée depuis octobre 2005 (courrier du 29 décembre 2006).
L'office AI a informé l'assurée qu'il lui reconnaissait le droit à des mesures médicales sous la forme de la prise en charge des coûts de son traitement psychothérapeutique, à raison de deux séances hebdomadaires, pour la période du 1er octobre 2006 au 31 octobre 2008 puis, ensuite d'une demande de prolongation de la mesure, pour la période comprise entre le 1er novembre 2008 et le 31 octobre 2010 (communications des 2 juillet 2007 et 24 novembre 2008).
Le 10 novembre 2010, la doctoresse N._ a requis une nouvelle prolongation de la mesure médicale octroyée à A._. Après avoir interpellé la praticienne (rapport du 9 décembre 2010) et versé au dossier les avis de la psychothérapeute G._ (courriers des 30 octobre et 11 décembre 2010), l'office AI a fait savoir à l'assurée qu'il allait rejeter la demande de prolongation de la mesure médicale (projet de décision du 11 février 2011).
L'assurée et l'assurance se sont opposées à ce projet; la doctoresse N._ a indiqué à l'office AI qu'elle estimait nécessaire la poursuite du traitement de A._ (courrier du 28 février 2011).
Par décision du 27 avril 2011, l'administration a confirmé son refus de prolongation de prise en charge psychothérapeutique au-delà du 31 octobre 2010, l'affection n'étant pas stabilisée et la durée du traitement n'étant pas limitée dans le temps.
B. Après avoir joint les recours formés contre cette décision par l'assurée et l'assurance, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, les a admis par jugement du 4 octobre 2011 et a condamné l'office AI à prendre en charge la psychothérapie de l'intéressée.
C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à la confirmation de sa décision du 27 avril 2011.
L'assurance conclut au rejet du recours, tout comme A._, laquelle demande subsidiairement le renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision. De son côté, l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération.
2. 2.1 Le litige porte sur le droit de A._ à une mesure médicale de l'assurance-invalidité, plus particulièrement à la prise en charge par le recourant de la psychothérapie à partir du 1er novembre 2010.
2.2 A teneur de l'art. 12 al. 1 LAI, l'assuré a droit, jusqu'à l'âge de 20 ans, aux mesures médicales qui n'ont pas pour objet le traitement de l'affection comme telle, mais sont directement nécessaires à la réadaptation professionnelle ou à sa réadaptation en vue de l'accomplissement de ses travaux habituels, et sont de nature à améliorer de façon durable et importante sa capacité de gain ou l'accomplissement de ses travaux habituels, ou à les préserver d'une diminution notable.
L'art. 12 LAI vise notamment à tracer une limite entre le champ d'application de l'assurance-invalidité et celui de l'assurance-maladie et accidents. Cette délimitation repose sur le principe que le traitement d'une maladie ou d'une lésion, sans égard à la durée de l'affection, ressortit en premier lieu au domaine de l'assurance-maladie et accidents (ATF 104 V 79 consid. 1 p. 81 s., 102 V 40 consid. 1 p. 41 s.; RCC 1981 p. 519 consid. 3a).
2.3 Aux termes de l'art. 13 LAI, les assurés ont droit aux mesures médicales nécessaires au traitement des infirmités congénitales jusqu'à l'âge de 20 ans révolus (al. 1). Le Conseil fédéral établira une liste des infirmités pour lesquelles ces mesures sont accordées. Il pourra exclure la prise en charge du traitement d'infirmités peu importantes (al. 2).
3. 3.1 Se fondant sur le rapport de la doctoresse N._ du 5 février 2007, l'instance cantonale a retenu que A._ présentait une infirmité congénitale au sens du ch. 404 de l'annexe à l'OIC. Les troubles présentés par l'assurée avaient été diagnostiqués avant sa neuvième année et le traitement qu'elle suivait s'était avéré efficace, était reconnu par la science médicale et répondait aux exigences de simplicité et d'adéquation. Dès lors, l'assurée remplissait les conditions de l'art. 13 LAI. Elle satisfaisait du reste également à celles de l'art. 12 LAI. Compte tenu du fait qu'elle était mineure, il importait en effet peu que son état de santé ne fût pas stabilisé; le traitement dont elle demandait la prise en charge était destiné à lui éviter une importante régression scolaire, prendrait fin à moyen terme et aurait une incidence sur ses possibilités de formation professionnelle ainsi que sur sa capacité de gain; enfin, la doctoresse N._ et la psychologue G._ avaient posé un pronostic favorable en cas de poursuite de la psychothérapie.
3.2 Se plaignant d'une constatation manifestement inexacte des faits, le recourant soutient que les premiers juges ne pouvaient valablement sur la base des rapports de la doctoresse N._ retenir que l'assurée souffrait d'une infirmité congénitale au sens du ch. 404 de l'annexe à l'OIC. Cette spécialiste n'aurait en effet pas démontré la présence des troubles décrits aux ch. 2.1.1 ss de la Lettre circulaire AI n° 298 du 14 avril 2011 (directives médicales sur les infirmités congénitales 404; ci-après: la circulaire 298), faute notamment d'avoir effectué les tests nécessaires. Dès lors, les conditions posées par l'art. 13 LAI ne seraient pas réunies. Des mesures médicales ne pourraient pas non plus être accordées à l'assurée sur la base de l'art. 12 LAI. Son état de santé ne serait en effet pas stabilisé, la durée probable du traitement pas suffisamment déterminée et le rapport du fournisseur de prestations auquel la Circulaire de l'OFAS sur les mesures médicales de réadaptation de l'AI (CMRM) subordonnerait la prise en charge d'une psychothérapie (ch. 645-647/845-847.5) ferait défaut. Au surplus, les premiers juges n'auraient pas examiné si la mesure médicale demandée satisfaisait au principe de proportionnalité.
3.3 Selon l'assurance-maladie, les rapports de la doctoresse N._ établiraient à satisfaction l'existence d'une infirmité congénitale conformément au ch. 404 de l'OIC; le contenu de la circulaire 298 ne serait pas pertinent puisque celle-ci aurait été édictée postérieurement à la rédaction de ces documents. Au demeurant il aurait appartenu au recourant, s'il estimait qu'il ne disposait pas de données suffisamment complètes pour statuer, de poursuivre l'instruction du dossier. Compte tenu du fait que l'arrêt du traitement aurait pour conséquence un état défectueux stable qui nuirait à la formation professionnelle de l'assurée, les premiers juges n'auraient pas violé le droit fédéral en considérant que les conditions de l'art. 12 LAI étaient réalisées en dépit du caractère labile de son affection. Enfin, la poursuite du traitement ne s'étendrait pas sur une durée illimitée.
3.4 L'assurée affirme que l'argumentation du recourant relative aux constatations du docteur N._ est de nature appellatoire et que celui-ci ne démontre dès lors pas en quoi l'instance cantonale aurait constaté les faits de manière manifestement inexacte. Quant au raisonnement développé par les premiers juges en relation avec les art. 12 s. LAI, il serait en tous points conforme au droit.
4. 4.1 Pour les jeunes assurés, une mesure médicale permet d'atteindre une amélioration durable au sens de l'art. 12 al. 1 LAI lorsque, selon toute vraisemblance, celle-ci se maintiendra durant une partie significative des perspectives d'activités (ATF 104 V 79 consid. 3b p. 83, 101 V 43 consid. 3b p. 50 avec les références). De plus, l'amélioration au sens de cette disposition légale doit être qualifiée d'importante. En règle générale, on doit pouvoir s'attendre à ce que des mesures médicales atteignent, en un laps de temps déterminé, un résultat certain par rapport au but visé (ATF 101 V 43 consid. 3c p. 52, 98 V 205 consid. 4b p. 211 s.).
En cas de troubles psychiques, la jurisprudence considère que l'historique de la maladie doit être pris en considération pour évaluer le résultat qu'il y a lieu d'escompter d'une mesure médicale (arrêt I 343/04 du 3 décembre 2004 consid. 2.2). En particulier, plus un laps de temps important s'est écoulé depuis le début du traitement entrepris, plus l'issue de celui-ci apparaît incertaine (arrêt 532/04 du 8 février 2005 consid. 2.3 et les références citées).
L'assurance-invalidité n'a pas à prendre en charge une mesure destinée au traitement de l'affection comme telle, même si l'on peut prévoir qu'elle améliorera de manière importante la réadaptation. Dans le cadre de l'art. 12 LAI, le succès de la réadaptation ne constitue pas, en lui-même, un critère décisif car, pratiquement, toute mesure qui réussit du point de vue médical a simultanément des effets bénéfiques sur la vie active (ATF 120 V 277 consid. 3a p. 279, 115 V 191 consid. 3 p. 194 s., arrêt 9C_1074/2009 du 30 septembre 2010 consid. 2.1).
4.2 Il ressort des constatations de la juridiction cantonale et des documents figurant au dossier qu'en l'espèce la psychothérapie suivie par l'assurée vise le traitement de l'affection comme telle (question de droit que le Tribunal fédéral examine librement) et, par conséquent, ne relève pas de l'assurance-invalidité. L'interruption de cette mesure médicale aurait en effet engendré, selon la doctoresse N._, un risque de rechute et de décompensation au moment de l'adolescence (courrier du 9 décembre 2010) et, aux dires de la psychologue G._, un risque de régression et de décompensation dépressive (courrier du 11 décembre 2010). Ces pronostics, posés alors que le traitement de l'intéressée était en cours depuis plus de cinq ans, ne permettaient pas de présager un résultat certain de la psychothérapie en un laps de temps déterminé. Bien plus, les déclarations des spécialistes précitées démontrent clairement que cette condition n'était pas remplie. Interrogée sur la durée pendant laquelle la poursuite du traitement serait nécessaire, la psychologue G._ n'a en effet été en mesure de mentionner qu'une période minimale de deux ans (courrier du 30 octobre 2010), respectivement de trois ans (courrier du 11 décembre 2010), alors que la doctoresse N._ a évoqué une fourchette relativement large de deux à cinq ans (courrier du 9 décembre 2010); cette dernière a certes fourni une réponse plus précise par la suite en indiquant un délai d'un an mais il s'agissait d'une prévision moins sûre et faite afin de ne pas porter préjudice au suivi de sa patiente, ainsi qu'elle l'a indiqué dans son courrier du 28 février 2011. Au surplus, une lecture attentive de ce document montre bien que la psychothérapie entreprise par la recourante est destinée à soigner son trouble psychologique sur le long terme. Il est vrai que ce médecin a également fait état de progrès scolaires et indiqué que la poursuite du traitement aurait des effets bénéfiques de ce point de vue; cette question n'est pas toutefois pas déterminante dans le présent contexte (cf. supra consid. 4.3).
5. En l'état du dossier, il n'est pas possible de se prononcer sur le droit de la recourante à des mesures médicales au sens de l'art. 13 LAI. Au vrai, la question n'a pas réellement été instruite par le recourant et n'a fait l'objet d'une décision spécifique de sa part. A eux seuls, les rapports de la doctoresse N._ des 2 et 5 février 2007, trop succincts pour répondre aux réquisits auxquels la jurisprudence soumet la valeur probante de tels documents (cf. ATF 125 V 351 consid. 3a p. 352), ne permettent pas de se prononcer sur l'existence d'une infirmité congénitale dans le cas d'espèce et, partant, sur le droit à une mesure médicale nécessaire au traitement d'une telle infirmité. Pour l'heure, il y a donc lieu de renvoyer le dossier au recourant pour instruction complémentaire et décision sur ce point.
6. Il suit de ce qui précède que le recours est bien fondé. Dans ces circonstances, il se justifie d'annuler le jugement entrepris et la requête de restitution de l'effet suspensif devient sans objet.
7. Vu l'issue du litige, les intimées, qui succombent, supportent les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et ne peuvent prétendre à une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 4 octobre 2011 est annulé.
2. Le dossier est renvoyé au recourant pour complément d'instruction et décision au sens des considérants.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge des intimées par moitié chacune.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 5 avril 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Bouverat