Sachverhalt:
A. Im November 2010 bezeichnete das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) mit einer auf den Sachplan Infrastruktur der Zivilluftfahrt (SIL) gestützten Verfügung die Gebirgslandeplätze in der Region Wallis Südost (BBl 2010 7797). Gegen diese Verfügung gelangten die Gemeinde Zermatt, der Schweizer Alpen-Club SAC, die Swiss Helicopter Association und die Air Zermatt AG sowie die Schweizerische Gletscherpiloten-Vereinigung ans Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess die Beschwerden mit Urteil vom 1. Dezember 2011 im Sinne der Erwägungen teilweise gut, hob die Verfügung des UVEK auf und wies die Angelegenheit an die Vorinstanz zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen zurück. Aus den Erwägungen des Urteils ergibt sich, dass die Entscheidgrundlagen der Vorinstanz und die darauf beruhende Interessenabwägung unvollständig seien, weil kein Gutachten der Eidgenössischen Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) eingeholt wurde. Dies führe zur Aufhebung der angefochtenen Verfügung, weil ohne Gutachten der ENHK die Einhaltung des Schonungsgebots gemäss Art. 6 NHG (SR 451) nicht geprüft werden könne.
B. Die Gemeinde Zermatt, die Swiss Helicopter Association, die Air Zermatt AG und die Schweizerische Gletscherpiloten-Vereinigung führen gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. Dezember 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Festlegung von Gebirgslandeplätzen und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Es liegen keine Ausschlussgründe nach Art. 83 ff. BGG vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit grundsätzlich gegeben.
2. Mit dem angefochtenen Entscheid wird die Verfügung des UVEK aufgehoben und die Sache zur weiteren Abklärung im Sinne der Erwägungen an diese Vorinstanz zurückgewiesen. Damit wird das Verfahren nicht abgeschlossen. Es liegt somit kein Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG, sondern ein Zwischenentscheid (Art. 93 BGG) vor.
2.1 Gegen selbstständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (BGE 135 II 30 E. 1.3.2 S. 34; 135 I 261 E. 1.2; 134 III 188 E. 2.2; 133 III 629 E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keine Rechte verlieren, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbstständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG; BGE 133 IV 288 E. 3.2). Dementsprechend obliegt es den Beschwerdeführern detailliert darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist (vgl. dazu BGE 134 III 426 E. 1.2 in fine; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2).
2.2 Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG wird gesprochen, wenn dieser auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (BGE 136 II 165 E. 1.2.1 S. 170; 135 I 261 E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). Kein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist anzunehmen, wenn es einer Partei bloss darum geht, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu verhindern (BGE 135 II 30 E. 1.3.4 S. 36). Ein Rückweisungsentscheid, mit dem eine Sache zur neuen Abklärung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, führt er doch bloss zu einer Verlängerung des Verfahrens (BGE 136 II 165 E. 1.2.1 S. 170; 133 V 477 E. 5.2.1 S. 483).
Immerhin muss sichergestellt werden, dass das Verfahren insgesamt dem verfassungsrechtlichen Gebot genügt, im Rahmen eines fairen Verfahrens innert angemessener Frist einen wirksamen Rechtsschutz zu gewähren (Art. 29 Abs. 1 BV; Art. 6 Ziff. 1 EMRK). Unter diesem Gesichtspunkt kann es ausnahmsweise verfassungsrechtlich geboten sein, bereits auf einen Zwischenentscheid einzutreten, wenn es rechtsstaatlich unzumutbar wäre, die Parteien auf die Anfechtung des Endentscheids zu verweisen (BGE 136 II 165 E. 1.2.1 S. 171 mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat das Vorliegen einer solchen Situation bei einem äusserst komplexen, aufwendigen, viele Beteiligte umfassenden Entschädigungsverfahren bejaht. Es ging damals um Fluglärmentschädigungen im Umkreis des Flughafens Zürich in einem Verfahren, das bereits seit über 6 Jahren hängig war und bei welchem zu erwarten war, dass noch geraume Zeit bis zum Vorliegen eines vor Bundesgericht anfechtbaren Endentscheids vergehen würde (BGE 136 II 165 E. 1.2.2 S. 171 mit Hinweisen).
In der blossen Verlängerung des Verfahrens liegt hingegen, wie bereits erwähnt, im Allgemeinen kein nicht wieder gutzumachender Nachteil. Auch soweit die Beschwerdeführer gestützt auf die in BGE 136 II 165 wiedergegebene Rechtsprechung das Vorliegen eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils behaupten, kann ihnen nicht gefolgt werden. Es trifft zwar zu, dass die Neubeurteilung der Sache nach Vorliegen eines ENHK-Gutachtens eine gewisse Zeit in Anspruch nehmen wird, doch wird damit nicht ein wirksamer Rechtsschutz innert angemessener Frist behindert. Die von den Beschwerdeführern zudem angeführte Dauer des Verfahrens zum Erlass des Sachplans Infrastruktur der Zivilluftfahrt (SIL) kann hier nicht berücksichtigt werden, da es sich dabei um ein Planungsverfahren zur Schaffung rechtlicher Grundlagen handelte, das dem vorliegenden Festsetzungsverfahren voranging. Die in BGE 136 II 165 genannte Ausnahme greift somit im vorliegenden Fall nicht.
2.3 Die Beschwerdeführer machen zudem geltend, dass auf die Beschwerde gestützt auf Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG einzutreten sei (s. vorne E. 2.1). Dies trifft schon deshalb nicht zu, weil die Gutheissung der Beschwerde nicht sofort einen Endentscheid herbeiführen würde. Aus den Erwägungen des Urteils ergibt sich, dass die Entscheidgrundlagen der Vorinstanz und die darauf beruhende Interessenabwägung unvollständig seien, weil kein Gutachten der Eidgenössischen Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) eingeholt wurde. Zudem blieben im vorinstanzlichen Verfahren verschiedene Rechtsfragen und Beweisanträge noch unbeurteilt, und die Abwägung der verschiedenen Interessen soll nicht nachvollziehbar gewesen sein, was bei der erneuten Festlegung der Gebirgslandeplätze zu verbessern sei. Auch wenn in Gutheissung der Beschwerde auf den Beizug des ENHK-Gutachtens in Bezug auf einige Landeplätze verzichtet werden könnte, würde dies nicht zu einem Endentscheid führen, da sich die übrigen vom Bundesverwaltungsgericht verlangten Verbesserungen auch auf weitere Landeplätze beziehen. Mit dem angefochtenen Entscheid wird die ganze Verfügung des UVEK aufgehoben, und es wird im weiteren Verfahren eine umfassende Interessenabwägung vorzunehmen sein. Insoweit liegt auch in Bezug auf die Landeplätze, die sich nicht innerhalb des BLN-Objekts, sondern in dessen Nähe befinden, noch keine vorinstanzliche Beurteilung vor, welche vom Bundesgericht abschliessend überprüft werden könnte.
3. Auf die vorliegenden Beschwerden kann somit nicht eingetreten werden. Der Gemeinde Zermatt sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 4 BGG). Den übrigen Beschwerdeführern sind die auf sie entfallenden Gerichtskosten zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Dem weiteren Beteiligten sind keine Kosten entstanden, weshalb ihm auch keine Parteientschädigung zusteht (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 1'500.-- werden der Swiss Helicopter Association, der Air Zermatt AG und der Schweizerischen Gletscherpiloten-Vereinigung zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation, dem weiteren Beteiligten sowie dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Haag