Erwägungen:
1. Das Obergericht des Kantons Zürich verurteilte X._ am 3. Dezember 2008 zweitinstanzlich unter anderem wegen mehrfacher Vergewaltigung im Sinne von Art. 190 Abs. 1 aStGB, teilweise in Verbindung mit Abs. 3 aStGB, mehrfacher sexueller Nötigung im Sinne von Art. 189 Abs. 1 aStGB, mehrfacher sexueller Handlung mit einem Kind im Sinne von Art. 187 Ziff. 1 aStGB, mehrfacher einfacher Körperverletzung im Sinne von Art. 123 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB sowie wegen mehrfacher Verabreichung gesundheitsgefährdender Stoffe an Kinder im Sinne von Art. 136 aStGB zu einer Freiheitsstrafe von zwölf Jahren unter Anrechnung der Untersuchungs- und Sicherheitshaft sowie des vorzeitigen Strafvollzugs.
Der Beschwerdeführer hat gegen den angefochtenen Entscheid Beschwerde erhoben, als dieser erst im Dispositiv vorlag und demzufolge noch keine durch das Bundesgericht überprüfbare Begründung enthielt. Darauf ist der Beschwerdeführer mit Schreiben vom 7. Januar 2009 unter Hinweis auf Art. 100 Abs. 1 BGG aufmerksam gemacht worden. Mit Eingabe vom 4. Februar 2009 reichte der Beschwerdeführer dem Bundesgericht den vollständig ausgefertigten Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich ein, wobei er an seiner ursprünglichen Beschwerdeeingabe festhielt, ohne diese entsprechend zu ergänzen. Darin bringt er vor, in Bezug auf das ihm Vorgeworfene unschuldig zu sein. Seine Verurteilung basiere auf falschen Zeugenaussagen und manipulierten Beweisen. Die ihn entlastenden Beweismittel habe man entwendet oder beschlagnahmt, weshalb er seine Unschuld nicht habe beweisen können. Damit wirft er dem Obergericht sinngemäss Willkür in der Beweiswürdigung vor. Willkürlich ist ein Entscheid nur, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 134 I 140 E. 5.4; 132 I 13 E. 5.1). Der Beschwerdeführer müsste folglich dartun, dass eine qualifizierte Unrichtigkeit vorliegt. Das tut er nicht. Ohne sich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auch nur im Geringsten zu befassen, beschränkt er sich darauf, pauschale Vorwürfe zu erheben, die sich in unbelegten Behauptungen erschöpfen. Dass und inwieweit die kantonalen Behörden den Sachverhalt offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV festgestellt oder sonst gegen das schweizerische Recht im Sinne von Art. 95 BGG verstossen hätten, ergibt sich daraus nicht. Die Beschwerde genügt folglich den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Ausnahmsweise kann auf eine Kostenauflage verzichtet werden.
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill