Erwägungen:
1. X._ erhob mit Eingabe vom 21. September 2008 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Mit Zwischenverfügung vom 3. Oktober 2008 forderte ihn das Bundesverwaltungsgericht zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 800.-- auf, verbunden mit der Androhung, auf die Beschwerde nach unbenütztem Ablauf der Frist unter Kostenfolge nicht einzutreten.
2. Gegen die Auferlegung des Kostenvorschusses reichte X._ am 18. Oktober 2008 eine als Einspruch bezeichnete Eingabe beim Bundesverwaltungsgericht ein. Dieses überwies die Eingabe mit Schreiben vom 21. Oktober 2008 dem Bundesgericht. Der Sache nach handelt es sich bei der Eingabe um eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG). Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
3.1 Das Bundesverwaltungsgericht forderte den Beschwerdeführer gestützt auf Art. 63 Abs. 4 VwVG zur Leistung eines Kostenvorschusses auf. Gemäss dieser Bestimmung hat der Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten zu leisten; wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf einen Kostenvorschuss ganz oder teilweise verzichtet werden.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt, dass die Erhebung eines Kostenvorschusses gegen Art. 17 der Haager Übereinkunft betreffend Zivilprozessrecht vom 17. Juli 1905 (SR 0.274.11) verstosse. Er legt indessen nicht dar, weshalb diese Bestimmung vorliegend überhaupt anwendbar sein sollte und gegebenenfalls inwiefern sie verletzt worden wäre; solches ist im Übrigen auch nicht ersichtlich. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bundesamt für Migration und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli