Fatti:
A. Contro A._, conducente professionale di veicoli pesanti, il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha aperto un procedimento penale, per i reati di incendio intenzionale e di tentata truffa, in relazione all'incendio di un autocarro della sua ditta. Nell'ambito dell'inchiesta, al fine di accertare le cause del rogo, il 6 agosto 2009 il PP ha nominato quale perito giudiziario il prof. C._, esperto di incendi e di esplosioni.
B. Il 28 settembre 2009 il perito ha reso il suo rapporto, secondo il quale la causa più probabile dell'incendio sarebbe un'azione umana diretta, fortuita o intenzionale. Ha ribadito questa conclusione nel corso di un'audizione del 20 ottobre 2009 e in due ulteriori complementi peritali, del 2 febbraio 2010 e del 19 febbraio 2010, chiesti dal PP a seguito di corrispondenti atti presentati dall'imputato. Il perito ha in particolare escluso un incendio per un corto circuito sul veicolo fermo.
C. Il 16 marzo 2010 A._ ha trasmesso al PP un parere del 12 marzo 2010 allestito da D._, consulente in infortunistica stradale ed estimo danni, che escludeva un'origine dolosa dell'incendio. Il 2 luglio 2010 il PP ha deciso di assumere agli atti questo referto, incaricando il perito giudiziario di eseguire una valutazione dello stesso. Ha per contro respinto una domanda dell'imputato di ordinare una nuova perizia.
Il 22 ottobre 2010 il perito ha dato seguito alla richiesta del PP e risposto a un altro quesito formulato dal magistrato inquirente, rendendo un ulteriore complemento peritale confermativo sostanzialmente delle sue precedenti conclusioni.
D. Il 15 novembre 2010 l'imputato ha presentato al PP un'istanza di ricusa del perito in relazione al tono e al contenuto dell'ultimo complemento peritale e della relativa lettera accompagnatoria. Con decisione del 2 dicembre 2010 il magistrato inquirente ha respinto l'istanza. Il 13 dicembre 2010 A._ ha impugnato la decisione del PP con un reclamo all'allora Giudice dell'istruzione e dell'arresto (GIAR). Con sentenza del 10 gennaio 2012 il Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC), sedente quale autorità competente in materia di reclami contro decisioni emanate prima dell'entrata in vigore del CPP, ha statuito sul gravame, respingendolo. Con sentenza del 30 marzo 2012 il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile un ricorso dell'imputato contro il giudizio del GPC, siccome non emanava da un tribunale superiore quale autorità cantonale di ultima istanza ai sensi dell'art. 80 cpv. 2 LTF (causa 1B_97/2012).
E. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con sentenza del 13 febbraio 2013 la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) ha respinto un reclamo dell'imputato contro il giudizio del GPC. La Corte cantonale ha negato l'esistenza di circostanze oggettivamente idonee a suscitare timori di parzialità del perito, rilevando altresì che l'istanza di ricusazione sembrava piuttosto finalizzata a contestare il contenuto della perizia, questione che rientrava tuttavia nelle competenze del giudice di merito.
F. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullare il dispositivo relativo alla reiezione del reclamo e di accogliere la domanda di ricusa del perito, estromettendo dagli atti la perizia giudiziaria e i suoi rapporti complementari. Il ricorrente chiede inoltre di essere ammesso al beneficio del gratuito patrocinio. Fa valere la violazione del diritto federale, del divieto dell'arbitrio e l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame.
Diritto:
1. 1.1 Diretto contro una decisione incidentale notificata separatamente riguardante una domanda di ricusazione, il ricorso concernente una causa in materia penale è, di massima, ammissibile (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'art. 92 cpv. 1 LTF). Esso è tempestivo e la legittimazione dell'imputato è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 1 LTF). La CRP, quale autorità di ricorso, è competente per statuire su una domanda di ricusazione nei confronti di un esperto e il gravame è diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (sentenza 1B_712/2012 del 18 febbraio 2013 consid. 1).
1.2 La CRP ha lasciato indecisa la questione del diritto applicabile alla fattispecie, facendo riferimento sia alle disposizioni in materia di ricusa del CPP sia a quelle del previgente CPP/TI. Ha in particolare rilevato che l'art. 144 CPP/TI (in relazione con l'art. 43 cpv. 1 CPP/TI) disciplinava la ricusazione del perito analogamente all'art. 56 lett. f CPP (in relazione con l'art. 183 cpv. 3 CPP). Questa considerazione non è contestata dal ricorrente, che nel suo gravame, oltre alla violazione della disposizione federale, lamenta l'arbitrio nell'applicazione delle norme cantonali. D'altra parte, i motivi di ricusazione invocati in concreto riguardano la clausola generale dell'art. 56 lett. f CPP, che concreta le garanzie derivanti dall'art. 30 cpv. 1 Cost. (DTF 138 IV 142 consid. 2.1). L'esame del gravame deve quindi in ogni caso essere eseguito sotto il profilo dei principi derivanti dalla garanzia costituzionale, sicché la questione del diritto procedurale applicabile può rimanere indecisa anche in questa sede.
2. 2.1 Il ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere accertato in modo manifestamente inesatto i fatti, per avere trascurato che il perito aveva omesso di considerare nel suo rapporto la presenza nella cabina di guida dell'autocarro di un riscaldamento a gasolio della marca Webasto. Sostiene inoltre che la CRP non avrebbe nemmeno considerato la critica rivolta contro l'accertamento del GPC, secondo il quale anche il linguaggio utilizzato dal perito di parte sarebbe stato "piuttosto colorito".
2.2 Secondo l'art. 97 LTF, il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento. Spetta al ricorrente rendere verosimile che il difetto sarebbe suscettibile di avere un'influenza sul risultato della procedura, vale a dire che la decisione sarebbe stata diversa se i fatti fossero stati accertati conformemente al diritto (DTF 134 V 53 consid. 3.4).
2.3 La CRP ha rettamente rilevato che le critiche relative al contenuto della perizia giudiziaria e alle modalità di esecuzione della stessa concernevano di principio la valutazione delle prove, di competenza del giudice di merito. La questione della rilevanza del riscaldamento a gasolio nella cabina di guida quale possibile causa dell'incendio rientra in tale ambito e non costituisce una circostanza di per sé idonea a mettere in dubbio l'imparzialità e l'indipendenza del perito. A differenza del GPC, la CRP non ha poi fondato la sua sentenza sul tenore "colorito" del linguaggio utilizzato anche dall'esperto incaricato dal ricorrente, ma ha essenzialmente esaminato il tenore delle espressioni usate dal perito giudiziario, specificatamente criticate, negando che dalle stesse trasparisse insofferenza od ostilità nei confronti del ricorrente. Gli aspetti di cui quest'ultimo lamenta la mancata presa in considerazione da parte della CRP (presenza del riscaldamento a gasolio in cabina e linguaggio colorito o meno dell'esperto di parte) non erano quindi determinanti ai fini del giudizio sulla ricusa e non avrebbero di conseguenza mutato la sentenza impugnata.
3. 3.1 Il ricorrente sostiene che alcune considerazioni espresse dal perito giudiziario nel complemento peritale del 22 ottobre 2010 e nella relativa lettera accompagnatoria denoterebbero risentimento ed insofferenza nei suoi confronti a tal punto da fare oggettivamente dubitare dell'imparzialità del perito, il quale non poteva peraltro ignorare che le richieste complementari gli erano state sottoposte dal magistrato inquirente. Secondo il ricorrente, il perito avrebbe dovuto limitarsi a prendere posizione sulla perizia di parte, segnatamente sulle questioni di natura tecnica, senza formulare commenti personali inappropriati volti a screditare l'esperto della difesa.
3.2 L'art. 56 CPP, applicabile ai periti giusta il rinvio dell'art. 183 cpv. 3 CPP, enumera diversi specifici motivi di ricusazione alle lettere a-e, mentre la lettera f la impone a chi per altri motivi, segnatamente a causa di rapporti di amicizia o di inimicizia con una parte o con il suo patrocinatore, potrebbe avere una prevenzione nella causa. Si tratta di una clausola generale, nella quale rientrano tutti i motivi di ricusazione non espressamente previsti nelle lettere precedenti (DTF 138 IV 142 consid. 2.1).
L'art. 56 lett. f CPP concreta le garanzie derivanti dall'art. 30 cpv. 1 Cost. Poiché il perito non è membro del tribunale, la sua ricusazione non viene esaminata sotto il profilo di questa norma, bensì sotto quello dell'art. 29 cpv. 1 Cost., che garantisce un processo equo (DTF 125 II 541 consid. 4a). Riferita alle esigenze d'imparzialità e di indipendenza poste a un esperto, questa disposizione assicura tuttavia all'interessato una tutela equivalente a quella dell'art. 30 cpv. 1 Cost. (DTF 127 I 196 consid. 2b; sentenza 1B_243/2012 del 9 maggio 2012 consid. 2.1, in: RtiD II-2012, n. 47, pag. 284 segg.). Le parti a una procedura hanno quindi il diritto di esigere la ricusazione di un perito la cui situazione o il cui comportamento siano di natura tali da far sorgere dubbi sulla sua imparzialità. Questa garanzia vieta l'influsso sulla decisione di circostanze estranee al processo, che potrebbero privarlo della necessaria oggettività a favore o a pregiudizio di una parte (DTF 136 I 207 consid. 3.1 e rinvii). Sebbene la semplice affermazione della parzialità, basata su sentimenti soggettivi di una parte, non sia sufficiente per fondare un dubbio legittimo, non occorre che il perito sia effettivamente prevenuto: per giustificare la sua ricusazione bastano circostanze concrete idonee a suscitare l'apparenza di una prevenzione e a far sorgere un rischio di parzialità (DTF 136 I 207 consid. 3.1; 136 III 605 consid. 3.2.1).
La ricusa riveste un carattere eccezionale (DTF 131 I 24 consid. 1.1; 116 Ia 14 consid. 4). Sotto il profilo oggettivo, occorre ricercare se la persona ricusata offra le necessarie garanzie per escludere ogni legittimo dubbio di parzialità; sono considerati in tale ambito anche aspetti di carattere funzionale e organizzativo e viene posto l'accento sull'importanza che possono rivestire le apparenze stesse. Decisivo è sapere se le apprensioni soggettive dell'interessato possano considerarsi oggettivamente giustificate (DTF 134 I 238 consid. 2.1, 20 consid. 4.2). Espressioni del perito rivolte contro la persona e il comportamento di una parte possono metterne in dubbio l'imparzialità quando il contenuto o la modalità della comunicazione denota particolari simpatie o antipatie nei suoi confronti. Tali espressioni possono essere rese prima, durante o dopo la perizia, come pure nel referto peritale medesimo. Non costituisce per contro motivo di ricusa la circostanza che il perito ha formulato nel suo rapporto conclusioni sfavorevoli per una parte (DTF 132 V 93 consid. 7.2.2; sentenza 8C_781/2010 del 15 marzo 2011 consid. 7.1; KIENER/KRÜSI, Die Unabhängigkeit von Gerichtssachverständigen, in: ZSR 2006 I pag. 504).
3.3 Nella lettera accompagnatoria al complemento peritale del 22 ottobre 2010, il perito giudiziario ha rilevato che: "La réalisation de ce travail a nécéssité plus de 30 heures de traduction, d'analyses et de rédaction; j'ose espérer qu'elle mettra un point final aux demandes de compléments et d'expertises déposées par M. A._ ou son conseil". Nel complemento peritale stesso, prendendo posizione su un'obiezione sollevata dall'esperto della difesa, secondo cui era vero che il contatto tra due fili scoperti provoca il corto circuito, ma andava di fatto verificata la causa che ne aveva determinato l'effetto, il perito giudiziario ha rilevato "Aucun commentaire si ce n'est que le principe aurait dû s'appliquer aux arguments de l'expertise D._". Esprimendosi poi sulla critica di non avere riportato sullo schema del circuito elettrico un cavo che alimenta la sponda idraulica situata nella parte posteriore del camion, il perito giudiziario ha tra l'altro ritenuto che: "(...) cette mention: ne constitue qu'une remarque totalement inopportune, à la limite de la diffamation mettant en cause le travail d'investigation du soussigné qui tient à préciser que, durant 40 années d'expertises judiciaires, aucune d'entre elles n'a été réalisée sans une investigation approfondie de la scène de feu. Quant à ses compétences et à son honnêté intellectuelle, il n'appartient pas à l'expert D._ d'en juger".
3.4 Il ricorrente ritiene che con la prima considerazione, utilizzando in particolare l'espressione "j'ose espérer qu'elle mettra un point final aux demandes" invece di fare capo a una formula neutrale, come per esempio "j'espère avoir répondu à toutes les questions encore ouvertes", il perito giudiziario avrebbe manifestato stizza e fastidio nei suoi confronti, trascurando peraltro che le richieste complementari non gli erano state sottoposte dall'imputato o dal suo difensore, ma dal PP medesimo. Sostiene poi che le due citate considerazioni contenute nel complemento peritale, diversamente da quanto ritenuto dalla Corte cantonale, non rientrerebbero nell'ambito di una discussione di natura tecnica tra esperti, ma costituirebbero esternazioni inopportune non rispondenti alle obiezioni sollevate e screditerebbero l'esperto della difesa, denotando oggettivamente una parvenza di prevenzione.
Certo, dalle frasi in discussione traspare una certa irritazione del perito. Il complemento peritale del 22 ottobre 2010, alla base dell'istanza di ricusa, fa tuttavia seguito ad un'udienza successiva alla consegna della perizia e a due ulteriori complementi peritali del 2 febbraio 2010 e del 19 febbraio 2010, in cui egli si era pure espresso sull'ipotesi di un corto circuito quale possibile causa dell'incendio. Tale probabilità è ancora stata avanzata dall'esperto della difesa nel suo parere, sicché il perito giudiziario vi si è dovuto nuovamente confrontare nel complemento peritale. A questi era peraltro noto che pur se presentate formalmente dal PP, le richieste complementari erano prevalentemente riconducibili alle contestazioni della difesa. Contrariamente all'opinione del ricorrente, il perito giudiziario si è comunque espresso sulle questioni tecniche, spiegando in particolare perché la mancata indicazione del cavo di alimentazione della sponda idraulica non sarebbe di rilievo in quanto un'eventuale sua disfunzione non sarebbe stata all'origine dell'incendio. È comprensibile ch'egli abbia poi liquidato succintamente la critica secondo cui riguardo al corto circuito andava verificata la causa che ne aveva determinato l'effetto, giacché si trattava di una considerazione generale, formulata dall'esperto della difesa prima di esporre argomenti più specifici, che invero sono stati affrontati dal perito. Valutate in questo contesto, tenendo conto delle richieste complementari sottoposte al perito in diverse riprese e della manchevolezza rimproveratagli, le criticate espressioni possono tutto sommato ancora essere considerate oggettivamente proporzionate. Esse non denotano particolare antipatia nei confronti del ricorrente, del suo legale e dell'esperto di parte, né consentono di ritenere di per sé non neutrale ed oggettivo il rapporto redatto dal perito giudiziario. A ragione la Corte cantonale ha quindi negato un sospetto oggettivo di prevenzione e di parzialità, respingendo conseguentemente l'istanza di ricusa.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. La domanda di assistenza giudiziaria con gratuito patrocinio può essere accolta, vista la situazione finanziaria del ricorrente (art. 64 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è accolta.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. La cassa del Tribunale federale verserà alla patrocinatrice del ricorrente fr. 1'500.-- a titolo di indennità di patrocinio per la procedura dinanzi al Tribunale federale.
5. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.