Faits:
A.
X._, domiciliée à Sion, détenait des participations dans quatre sociétés immobilières, dont le siège et les immeubles sont à Genève, pour moitié avec un tiers (cf. arrêt attaqué, p. 3, ch. 5).
Dans le courant de l'année 2001, les quatre sociétés immobilières ont été mises en liquidation (cf. arrêt attaqué, p. 2, ch. 3). La propriété des immeubles détenus par les sociétés a été transférée aux deux actionnaires en 2001. Les opérations de liquidation des sociétés ont été menées jusqu'en 2003 (cf. arrêt attaqué, p. 13 let. b).
Par décisions du 13 janvier 2004 et décision sur réclamation du 2 mai 2006, la Commission d'impôt de district de la commune de Sion a taxé X._ sur sa part de l'excédent de liquidation des quatre sociétés à concurrence de 2'202'692 fr. pour l'impôt fédéral, cantonal et communal direct au titre de revenu extraordinaire réalisé en 2001 et 2002 (imposition 2003A). Par arrêt du 19 novembre 2008, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais a annulé la décision sur réclamation du 2 mai 2006. Il n'y avait pas eu d'attribution d'excédent de liquidation durant les années 2001 et 2002. La cause était renvoyée à l'autorité précédente pour examiner si la distribution de l'excédent de liquidation avait eu lieu en 2003.
Par décision du 29 juillet 2010, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a procédé à un rappel de l'impôt fédéral, cantonal et communal direct pour la période fiscale 2003 dans le chapitre de X._, arrêté le revenu net imposable à 535'372 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 535'069 fr. pour l'impôt fédéral direct et accordé le rabais spécial de 75% prévu par les art. 207 al. 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 239 bis de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LI/VS; RSVS 642.1).
Par écritures du 23 août 2010, X._ a interjeté recours contre la décision du 29 juillet 2010 auprès de la Commission de recours en matière d'impôt du canton du Valais.
B.
Par arrêt du 21 septembre 2011, la Commission de recours en matière d'impôt du canton du Valais a partiellement admis le recours. Elle a confirmé le droit d'imposer les excédents de liquidation du canton du Valais dans le chapitre de l'intéressée pour la période fiscale 2003, mais en a corrigé le montant, nouvellement arrêté à 349'022 fr., renvoyant la cause à l'autorité précédente pour qu'elle procède au calcul des impôts dus au sens des considérants. Selon la Commission de recours, l'intéressée ne disposait d'aucune base fixe d'affaires dans le canton de Genève, de sorte que le revenu de sa fortune mobilière commerciale, dont faisait partie l'excédent de liquidation des sociétés immobilières, devait être imposé dans le canton de domicile de l'actionnaire, soit le canton du Valais.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral de renvoyer la cause au Service cantonal des contributions du canton du Valais pour qu'il annule les impositions cantonale et communale. Elle se plaint d'une double imposition intercantonale prohibée et critique la date d'échéance du bénéfice, qui devrait être fixée à 2001 et non pas 2003.
Le Service cantonal des contributions et la Commission de recours en matière d'impôt du canton du Valais concluent au rejet du recours. L'Administration fiscale du canton de Genève conclut à l'admission du recours.
Considérant en droit:
1.
La recourante ne met pas en cause la taxation des excédents provenant de la liquidation par décision de l'assemblée générale des sociétés immobilières en cause en l'espèce au titre de l'impôt fédéral direct de la période fiscale telle que confirmée par l'arrêt attaqué. Seul le droit du canton du Valais d'imposer ces excédents durant la période fiscale 2003 est en cause.
1.1. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public dès lors qu'il est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF; cf. ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 791 à propos des décisions de renvoi pour calculer l'impôt) rendue en matière de double imposition intercantonale par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 LI/VS).
1.2. La recourante reproche à l'instance précédente d'avoir confirmé l'année 2003 comme date d'échéance de l'excédent de liquidation en matière d'impôt cantonal. Cette question a certes déjà été examinée dans une procédure antérieure concernant la recourante et donné lieu à un arrêt de l'instance précédente. L'arrêt du 19 novembre 2008 a toutefois renvoyé la cause au Service cantonal des contributions du canton du Valais pour nouvelle détermination de la date d'échéance de l'excédent de liquidation des sociétés immobilières en cause sans l'arrêter. En cela, il constituait une décision incidente portant sur une question autre que la récusation ou la compétence (art. 92 LTF). Le grief est par conséquent recevable (art. 93 al. 3 LTF).
2.
La recourante reproche à l'instance précédente d'avoir confirmé que la distribution des excédents de liquidation des sociétés immobilières genevoises dans lesquelles elle détenait des participations a eu lieu en 2003.
2.1. La loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) est entrée en vigueur le 1er janvier 1993. Le canton du Valais a adapté sa législation avec effet au 1er janvier 2001 aux dispositions des titres deuxième à sixième de cette loi (art. 72 al. 1 LHID), parmi lesquelles figurent celles de l'art. 15 LHID relatives à la période fiscale et à la période de calcul et celles de l'art. 7 al. 1 LHID relatives à l'imposition des rendements de fortune. La teneur des art. 61 et 16 al. 1 let. c LI/VS est conforme à la loi sur l'harmonisation fiscale sur ces deux points.
2.2. L'excédent de liquidation imposable comprend toutes les prestations qui sont faites aux détenteurs de droits de participation ou à des personnes qui leur sont proches à la suite de la dissolution de la société, pour autant que ces prestations ne représentent pas le remboursement du capital existant au moment de la dissolution (ATF 115 Ib 274 consid. 9c p. 279; 106 Ib 375 consid. 2a p. 377).
Selon la jurisprudence en matière d'impôt fédéral direct (RDAF 1997 II 175, 2A.392/1994), lorsqu'une liquidation se déroule selon les prescriptions légales, comme en l'espèce, les règles de droit commercial s'appliquent également sur le plan fiscal, qui valent également en matière d'impôt cantonal harmonisé (arrêt 2P.75/2002 du 23 janvier 2003, consid 4.2 in: RDAF 2002 II 518) : La liquidation est achevée lorsque toutes les opérations essentielles de liquidation ont été exécutées, autrement dit lorsque les affaires courantes sont liquidées, les actifs réalisés, les engagements remplis et d'éventuels excédents d'actifs répartis. Cette réglementation correspond à la règle inscrite à l'art. 745 al. 1 CO, d'après laquelle l'actif d'une société dissoute est, après paiement des dettes sauf disposition contraire des statuts, réparti entre les actionnaires. Ainsi, lorsqu'une liquidation se déroule selon les prescriptions légales, les règles de droit commercial s'appliquent également sur le plan fiscal.
2.3. Selon le droit commercial, la dissolution d'une société ouvre l'étape de la liquidation - sauf en cas de fusion, de reprise par une corporation de droit public ou de transformation en société à responsabilité limitée - (art. 738 CO). Lors d'une dissolution avec liquidation, la société en liquidation garde sa personnalité juridique aussi longtemps que la répartition entre actionnaires n'est pas terminée (art. 739 al. 1 CO). Le but de la société est alors sa liquidation aux meilleures conditions possibles. Il s'agit de terminer les affaires courantes, de recouvrer les créances, de réaliser les actifs, de payer les dettes, de rembourser les apports des associés et de répartir entre eux le bénéfice ou la perte de liquidation. Les liquidateurs sont tenus de dresser un bilan d'entrée en liquidation (art. 742 al. 1). Afin de déterminer le passif, l'art. 742 al. 2 CO, de droit impératif, prévoit de procéder à un appel aux créanciers. Même si une société n'a que quelques dettes, elle est tenue de procéder à cet appel (ATF 115 II 272 consid. 2 p. 273). Les revendications des éventuels créanciers sont prises en compte jusqu'au moment de la répartition de l'actif restant à la fin de la liquidation. Une fois les opérations de liquidation terminées, notamment le paiement de toutes les dettes, les liquidateurs dressent en principe un bilan de clôture (bien que ce dernier ne soit pas expressément prévu dans la loi). C'est sur la base de ce bilan que sera réparti le produit de liquidation entre les actionnaires. La répartition ne peut se faire qu'après le délai d'une année dès le jour où l'appel aux créanciers a été publié pour la troisième fois, voire après un délai de trois mois si un réviseur particulièrement qualifié atteste que les dettes sont éteintes et qu'on peut inférer des circonstances qu'aucun intérêt de tiers n'est mis en péril (art. 745 al. 2 et 3 CO). Les liquidations informelles, dans les sociétés à personnalité juridique, sont contraires au droit. Il en va ainsi des liquidations de fait et tacite. Cette dernière consiste à exécuter toutes les opérations matérielles de liquidation sans respecter les formalités protectrices légales puis à requérir la radiation. La radiation ne peut et ne doit être requise par les liquidateurs que si la liquidation a été faite conformément aux dispositions légales en la matière. Dans tous les cas, les liquidateurs doivent prouver que la triple publication de l'appel aux créanciers dans la Feuille officielle suisse du commerce a eu lieu et que le délai légal est expiré (Circulaire no 8 de l'Administration fédérale des contributions du 6 mai 1985 sur la liquidation et radiation des sociétés de capitaux et des sociétés coopératives; fin de l'assujettissement in: Archives de droit fiscal suisse 54 p. 31). Lors de la dissolution de la société anonyme, toute action donne droit à une part du bénéfice résultant de la liquidation de la société (art. 660 al. 2 CO). Il s'agit du dividende de liquidation proprement dit, à distinguer de la part relative au remboursement du capital de dotation initial. Ce droit présente de nombreuses similitudes avec le droit à une part au bénéfice, car il consiste à répartir des bénéfices non distribués au cours de la vie sociale. Il est conditionnel durant toute l'existence de la société mais, après la dissolution et le paiement des dettes, il se transforme en une créance contre la société, puisque celle-ci est tenue de répartir son actif entre les actionnaires (art. 745 al. 1 CO). Ce droit ne se concrétise donc qu'à la fin de la liquidation de la société puisqu'aucune répartition de dividende de liquidation ne peut avoir lieu auparavant. En général, la part de liquidation de chaque actionnaire lui est payée par le versement d'une somme d'argent. Toutefois, à la demande d'un actionnaire et avec l'approbation de l'assemblée générale de la société, celle-ci peut s'acquitter de sa dette envers l'actionnaire en lui transférant un actif de la société. Ce transfert a pour conséquence l'extinction de la dette de la société envers l'actionnaire dont l'origine est la dissolution de la société (arrêt 2P.75/2002 du 23 janvier 2003, consid. 3.1 in: RDAF 2002 II 518 et les nombreuses références citées).
En résumé, les actionnaires acquièrent un droit ferme à l'excédent de liquidation au plus tôt une année après publication du troisième appel aux créanciers voire au plus tôt trois mois après dite publication si un réviseur particulièrement qualifié atteste que les dettes sont éteintes et qu'on peut inférer des circonstances qu'aucun intérêt de tiers n'est mis en péril. Cette date correspond en général à celle de la réquisition de radiation, qui ne peut et ne doit être requise par les liquidateurs que s'il a été procédé à la liquidation conformément aux dispositions légales en la matière.
2.4. En matière fiscale, il appartient à l'autorité d'établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le
contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (cf. arrêt 2A.374/2006 du 30 octobre 2006, consid. 4.3).
2.5. En l'espèce, les quatre sociétés immobilières ont été mises en liquidation et la propriété des immeubles détenus par celles-ci a été transférée aux deux actionnaires dans le courant 2001. La recourante n'ayant pas démontré qu'un réviseur particulièrement qualifié avait attesté que les dettes étaient éteintes, seul le délai d'une année dès la publication du troisième appel aux créanciers peut entrer en considération. Elle n'a pas non plus démontré que la publication des trois appels aux créanciers a eu lieu uniquement en 2001. Dans ces circonstances, force est de constater que le délai d'une année dès la troisième publication ne pouvait échoir au plus tôt qu'en 2002 et au plus tard en 2003, puisque la recourante a clairement cherché à bénéficier du rabais de 75 % prévu par le droit fédéral et cantonal sur l'excédent de liquidation qui exigent que la liquidation et la radiation des sociétés intervienne au plus tard au 31 décembre 2003. Il s'ensuit que, contrairement à ce qu'elle affirme, la recourante ne pouvait pas détenir un droit ferme à l'obtention de l'excédent de liquidation en 2001. Au vu de la jurisprudence rappelée ci-dessus, c'est également en vain que l'Administration fiscale cantonale genevoise fait état de la date de la prestation indiquées sur les formules 1050 en matière d' " impôt anticipé sur les prestations appréciables en argent en cas de liquidation d'une société immobilière selon l'art. 207 LIFD " pour fonder le droit d'imposer en 2001. Par conséquent, en tant qu'elles soumettent la recourante à l'impôt cantonal genevois sur l'excédent de liquidation des quatre sociétés immobilières en cause durant la période fiscale 2001, les taxations du canton de Genève sont contraires au principe de périodicité du droit fédéral. Cette constatation ne conduit toutefois pas à une admission partielle du recours. En effet, la recourante n'a pas demandé l'annulation des décisions de taxation genevoises et le Tribunal fédéral ne peut pas aller au delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il reste à examiner sous l'angle de la périodicité si l'imposition fédérale et cantonale des excédents en cause pouvait intervenir durant la période fiscale 2003, comme l'a jugé l'instance précédente.
Dans l'arrêt attaqué, l'instance précédente se réfère à son arrêt du 19 novembre 2008, qui peut faire l'objet de griefs recevables de la part de la recourante (cf. consid. 1.2 ci-dessus) en la présente procédure. Il en ressort (arrêt du 19 novembre 2008, consid. 2d/3, p. 9) que la réquisition de radiation des sociétés immobilières en cause a été effectuée le 13 mai 2003. Dans ces circonstances, c'est à bon droit que l'instance précédente a confirmé que la recourante n'a obtenu un droit ferme sur les excédents de liquidation des sociétés immobilières en cause qu'à partir de cette date et que ces excédents devaient faire l'objet d'une imposition cantonale et communale durant la période fiscale 2003.
3.
La recourante se plaint de double imposition intercantonale. Elle soutient que le droit d'imposer les excédents de liquidation revient au canton de Genève, à l'exclusion du canton du Valais.
3.1. Le principe de l'interdiction de la double imposition (art. 127 al. 3, 1ère phrase Cst.) s'oppose à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet, pendant la même période, à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle). En outre, le Tribunal fédéral a déduit des art. 46 al. 2 aCst. et 127 al. 3, 1ère phrase Cst., le principe selon lequel un canton ne peut pas imposer plus lourdement un contribuable du fait qu'il est assujetti aux impôts dans un autre canton (ATF 134 I 303 consid. 2.1 p. 306 s. et les références citées).
3.2. En l'espèce, la recourante a été imposée sur les excédents de liquidation des sociétés immobilières en cause par le canton de Genève durant la période fiscale 2001 et par le canton du Valais pour la période fiscale 2003. Comme il a jugé que les excédents de liquidation en cause en l'espèce ne pouvaient être imposés que durant la période fiscale 2003, la recourante se plaint par conséquent d'une double imposition effective lorsqu'elle reproche au canton du Valais d'excéder les limites de sa souveraineté fiscale.
3.3. S'agissant d'un revenu de la fortune mobilière, c'est le canton de domicile de l'actionnaire au moment de l'exigibilité de l'excédent qui est compétent pour imposer ce revenu (ATF 83 I 100 consid. 4 p. 108 s.; arrêt 2P.75/2002 du 23 janvier 2003, consid. 5 in: RDAF 2002 II 518; cf. en outre, Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, unter Berücksichtigung des Steuerharmonisierungs- und des bernischen sowie des tessinischen Steuergesetzes [cité Einführung], 3e éd., Berne 2009, p. 63; Locher/Locher, Praxis der Bundessteuern, Das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht, § 6, I A, n° 11 et n° 14).
C'est par conséquent à bon droit que le canton du Valais, canton de domicile de la recourante, a imposé durant la période fiscale 2003 les excédents provenant de la liquidation des sociétés immobilières genevoises.
3.4. La recourante, suivie en cela par l'Administration fiscale genevoise, objecte qu'elle forme une société simple avec un commerçant d'immeuble notoire et qu'elle exerce son activité de commerçante d'immeubles professionnelle au sein d'une base fixe d'affaires sise à Genève, de sorte qu'elle devrait être imposée à Genève. La recourante perd de vue que le revenu imposable en l'espèce, soit les excédents de liquidation, n'est pas un revenu de l' activité lucrative indépendante de commerçant d'immeubles, mais constitue un revenu de la fortune mobilière (cf. Locher, Einführung, p. 56 s.) provenant de droits de participations, dont elle n'a pas démontré qu'elles appartiennent à sa fortune commerciale conformément aux conditions posées par la jurisprudence en la matière (cf. arrêt 2C_1023/2011 du 10 mai 2012, consid. 6.2 et la jurisprudence citée). Ce grief est par conséquent rejeté.
Enfin, la recourante soutient en vain que le canton du Valais viole les "Recommandations concernant les répartitions intercantonales dans le cadre du commerce professionnel immobilier" auxquelles ont adhéré les cantons romands, de Berne et du Tessin, en ce qu'il ne tiendrait pas compte de son chiffre 6 selon lequel "lorsqu'un commerçant en immeuble aliène une participation à une société immobilière (participation qui appartient en principe au patrimoine commercial), le gain sur participations est qualifié de gain immobilier imposable au lieu de situation de l'immeuble de la société". En effet, elle perd de vue qu'elle n'a pas aliéné ses participations mais qu'elle en a obtenu un revenu. Elle n'affirme d'ailleurs nullement avoir aliéné ses participations.
Par conséquent, en jugeant que le canton du Valais pouvait imposer les excédents de liquidation provenant des sociétés immobilières en cause en l'espèce, l'instance précédente n'a pas violé l'interdiction de la double imposition intercantonale.
4.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Le canton de Genève, contre lequel la recourante n'a formulé aucune conclusion, est une autre partie au sens de l'art. 102
al. 1 LTF, ne peut être condamné au frais de la procédure quand bien même il a conclu à l'admission du recours (arrêt 2A.528/2004 du 14 février 2005, consid. 4 non publié in ATF 131 II 253 et les références citées). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, section des personnes physiques, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 16 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey