Faits:
A. Le 26 juin 2008, le Grand Conseil de la République et canton de Genève a adopté la loi relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et des personnes morales (LPGIP, RS/GE D 3 18), laquelle a été publiée dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève du 7 juillet 2008 pour permettre l'exercice du droit de référendum.
B. Par acte du 21 juillet 2008, l'Association X._ (ci-après: l'Association), sise à Genève, et Y._, domicilié à Chêne-Bougeries, ont interjeté un recours en matière de droit public à l'encontre de la loi précitée. Ils concluent à l'annulation de l'art. 9 LPGIP, sous suite de dépens. Selon eux, cette disposition serait en effet contraire au droit fédéral et au droit constitutionnel genevois.
Aucune demande de référendum n'ayant été présentée, le Conseil d'Etat du canton de Genève a promulgué la loi en cause par arrêté publié dans la Feuille d'avis officielle du 1er septembre 2008.
Le Grand Conseil genevois conclut, principalement, à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet, le tout sous suite de frais. Agissant au nom du Conseil d'Etat, le Conseiller d'Etat en charge du Département des finances se rallie auxdites conclusions. Un second échange d'écritures a été ordonné.
Considérant en droit:
1. 1.1 La loi genevoise relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et des personnes morales constitue un acte normatif cantonal, au sens de l'art. 82 lettre b LTF, de sorte qu'elle peut être contestée par la voie du recours en matière de droit public.
L'acte attaqué ne pouvant faire l'objet, à Genève, d'un recours cantonal (cf. arrêt 1C_384/2007 du 14 mai 2008, consid. 1), le recours en matière de droit public est directement ouvert (art. 87 al. 1 LTF).
1.2 Selon l'art. 101 LTF, le recours contre un acte normatif doit être interjeté dans un délai de 30 jours à compter de sa publication selon le droit cantonal. Lorsque l'acte est soumis au referendum facultatif, ce délai commence à courir non pas avec la (première) publication de l'acte en vue de l'exercice du droit de referendum, mais avec la publication de la décision de promulgation, selon laquelle le délai référendaire est arrivé à son terme sans avoir été utilisé ou l'acte a été adopté en votation populaire. Un recours déposé avant cette seconde publication est prématuré; sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, il n'est pas irrecevable pour autant, mais le Tribunal fédéral suspend la procédure de recours devant lui jusqu'à la publication de la décision de promulgation (ATF 133 I 286 consid. 1 p. 288 s. et la jurisprudence citée).
En l'occurrence, déposé le 21 juillet 2008, soit dans les 30 jours à compter de la première publication - le 7 juillet 2008 - de la loi en question dans la Feuille d'avis officielle, le recours était prématuré. Comme la loi a entre-temps été promulguée par arrêté publié dans la Feuille d'avis officielle du 1er septembre 2008, le Tribunal fédéral peut entrer en matière.
1.3 L'art. 89 al. 1 LTF confère la qualité pour former un recours en matière de droit public à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Lorsque l'acte attaqué est un acte normatif, l'intérêt personnel requis peut être simplement virtuel; il suffit qu'il existe un minimum de vraisemblance que le recourant puisse se voir un jour appliquer les dispositions contestées. Un intérêt de fait est suffisant (ATF 134 I 269 consid. 2.1; 133 I 286 consid. 2.2 p. 290). Une association est habilitée à recourir soit lorsqu'elle est intéressée elle-même à l'issue de la procédure, soit lorsqu'elle sauvegarde les intérêts de ses membres. Dans le second cas, il faut que la défense des intérêts de ses membres figure parmi ses buts statutaires et que la majorité de ses membres, ou du moins une grande partie de ceux-ci, soit personnellement touchée par l'acte attaqué (ATF 134 I 269 consid. 2.1; 130 I 26 consid. 1.2.1 p. 30).
Dans le cas particulier, il n'est pas douteux que Y._, en tant que contribuable genevois, a qualité pour recourir. Quant à l'Association, en tant que personne morale sise à Genève, elle est également assujettie à l'impôt dans ce canton (cf. not. art. 1 al. 2 lettre b et art. 2 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales [LIPM; RS/GE D 3 15]). Partant, elle est elle-même intéressée à l'issue de la procédure et dispose à ce titre de la qualité pour recourir. Dans ces conditions, il n'est pas nécessaire de déterminer si, outre la condition que la défense des intérêts de ses membres soit au nombre de ses buts statutaires - ce qui est le cas -, celle qu'une grande partie de ses membres puisse virtuellement être touchée par l'acte attaqué est également réalisée (cette seconde condition ne pourrait guère être vérifiée en l'état, car l'Association a produit une liste de ses membres où ne figurent que le prénom et le lieu de domicile de ceux-ci).
1.4 Le recours doit être motivé (art. 42 al. 1 LTF) et sa motivation doit exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Notamment pour les griefs de violation des droits constitutionnels et du droit cantonal, les exigences de motivation sont accrues. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF qui reprend le principe de l'allégation, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 134 II 244 consid. 2.2 p. 246; 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).
En l'occurrence, sous réserve des considérations ci-après, le recours satisfait globalement aux exigences de motivation qui viennent d'être rappelées, ce qui suffit à entrer en matière.
1.5 Lorsque, comme en l'espèce, il se prononce dans le cadre d'un contrôle abstrait de normes, le Tribunal fédéral n'annule les dispositions attaquées que si celles-ci ne se prêtent à aucune interprétation conforme au droit constitutionnel ou si, en raison des circonstances, leur teneur fait craindre avec une certaine vraisemblance qu'elles soient interprétées de façon contraire à la Constitution (ATF 130 I 82 consid. 2.1 p. 86; 119 Ia 321 consid. 4 p. 325 s.).
2. Traitant de la "perception des impôts périodiques", le Titre II de la loi relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et des personnes morales est subdivisé en trois chapitres intitulés "Perception provisoire" (Chapitre I), "Terme général d'échéance et intérêts compensatoires positifs et négatifs" (Chapitre II) et "Perception définitive" (Chapitre III).
Le Chapitre I se compose de quatre sections intitulées "Principe" (Section 1, art. 4), "Perception par acomptes" (Section 2, art. 5 et suivant), "Escompte et intérêts sur acomptes" (Section 3, art. 7 à 10) et "Décompte intermédiaire" (Section 4, art. 11).
L'art. 4 LPGIP prévoit que, durant la période fiscale, les impôts périodiques des personnes physiques et des personnes morales sont perçus à titre provisoire, sous forme d'acomptes (al. 1). Les acomptes sont perçus sur la base d'un calcul provisoire de l'impôt communiqué au contribuable sous la forme d'une facture d'acomptes. Les procédures de réclamation et de recours ne sont pas ouvertes contre la facture d'acomptes (al. 2).
L'art. 5 LPGIP établit une obligation de verser des acomptes sur les impôts périodiques durant la période fiscale (al. 1). Les acomptes sont calculés sur la base de la dernière décision de taxation ou, à défaut, d'après les éléments communiqués par le contribuable (al. 2). Le contribuable peut requérir auprès du Département cantonal des finances une modification ou une suppression de ses acomptes figurant sur la facture d'acomptes, au moyen de la formule officielle (al. 3). Le montant des acomptes "doit être augmenté, réduit ou supprimé par le département lorsqu'il est établi, sur la base des éléments communiqués par le contribuable, que l'impôt qui sera fixé dans le bordereau de taxation sera sensiblement supérieur ou inférieur à celui des acomptes facturés" (al. 4).
Selon l'art. 6 LPGIP, les acomptes sont échus "le 10e jour de chaque mois, de février à novembre de l'année fiscale en ce qui concerne les personnes physiques, et le 10e jour de chaque mois du deuxième au onzième mois de la période fiscale en ce qui concerne les personnes morales" (al. 1). Ils doivent être payés dans le délai d'un mois à compter de leur échéance (al. 2).
L'art. 8 LPGIP prévoit qu'un "intérêt rémunératoire est bonifié sur les acomptes payés d'avance ou de façon excédentaire, à compter de l'expiration de la date d'échéance du premier acompte" (al. 1). L'intérêt est calculé sur la différence, à la date de chaque paiement et à l'expiration du délai de paiement de chaque acompte, entre les montants payés et les montants facturés au titre d'acomptes (al. 2). Le montant payé d'avance ou de façon excédentaire porte intérêt dès la date du paiement jusqu'à l'expiration du délai de paiement de chaque acompte concerné, respectivement et au plus tard, jusqu'au terme général d'échéance (al. 4).
Intitulé "Intérêts moratoires sur acomptes payés tardivement ou impayés en totalité ou en partie", l'art. 9 LPGIP - seule disposition contestée par les recourants dans la présente procédure - dispose ce qui suit:
"1 Un intérêt moratoire est perçu sur les acomptes payés tardivement ou impayés en totalité ou en partie.
2 L'intérêt est calculé sur la différence, à l'expiration du délai de paiement de chaque acompte et à la date de chaque paiement, entre les montants facturés au titre d'acomptes et les montants payés.
3 L'intérêt moratoire sur les acomptes payés tardivement ou impayés en totalité ou en partie court dès l'expiration du délai de paiement de l'acompte concerné, jusqu'au paiement, respectivement et au plus tard, jusqu'au terme général d'échéance.
4 Durant la période mentionnée à l'alinéa 3, il est tenu compte des versements volontaires, à la date du paiement, et des transferts de crédits, à la date du transfert.
5 Le Conseil d'Etat fixe, par voie réglementaire, les modalités d'application de la présente disposition."
Sous le titre "Recalcul des intérêts sur acomptes", l'art. 10 LPGIP prévoit que "lorsque le montant de l'impôt qui découle d'une décision ou d'un jugement entrés en force est inférieur à celui facturé au titre d'acomptes, l'intérêt est calculé dans les limites des acomptes recalculés selon le montant de l'impôt" (al. 1).
Intitulé "Terme général d'échéance", l'art. 12 LPGIP dispose que les impôts périodiques des personnes physiques sont échus le 31 mars de l'année civile qui suit l'année fiscale (al. 1). Les impôts périodiques des personnes morales sont échus le dernier jour de la période fiscale (al. 2).
3. 3.1 Les recourants soutiennent que l'art. 9 LPGIP est contraire aux dispositions du Code des obligations relatives aux intérêts moratoires, dans la mesure où il prévoit qu'un intérêt moratoire est perçu sur les acomptes payés tardivement ou impayés en totalité ou en partie. Ils font valoir que la perception d'un intérêt moratoire suppose l'existence d'une dette. Or, dans le système de la loi en question, les acomptes ne constitueraient pas des dettes, mais seulement des "avances" perçues à titre provisoire, pour être ensuite imputées sur la dette fiscale dont le montant est fixé dans la décision de taxation. Seul ce dernier montant représenterait une dette pouvant donner lieu à la perception d'un intérêt moratoire, à partir du moment où elle est devenue exigible, soit en l'occurrence à compter du terme général d'échéance.
3.2 L'obligation du débiteur en demeure de verser des intérêts sur les dettes d'argent n'est pas seulement une règle du Code des obligations (art. 104 al. 1 CO), mais un principe général, de droit non écrit, applicable aussi en droit public (ATF 101 Ib 252 consid. 4b p. 259, arrêt 2A.137/1998 du 28 janvier 1999, Archives 68 p. 518 consid. 3a; Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., 2006, n. 755 ss; Pierre Moor, Droit administratif, vol. I, Les fondements généraux, 2e éd., 1994, p. 58 s. et vol. II, Les actes administratifs et leur contrôle, 2e éd., 2002, p. 73).
Dans le cas particulier, il ressort de la loi en cause que, quoi qu'en disent les recourants, les acomptes constituent bien des dettes (dès lors que l'art. 5 al. 1 LPGIP établit expressément une obligation de verser des acomptes sur les impôts périodiques durant la période fiscale). Ceux-ci échoient le 10e jour de chaque mois (art. 6 al. 1 LPGIP) et doivent être payés dans le délai d'un mois à compter de leur échéance (art. 6 al. 2 LPGIP), ce qui signifie que le contribuable qui ne les a pas acquittés au terme de ce délai se trouve en demeure (sans qu'il soit besoin d'une interpellation; la situation est à cet égard analogue à celle qui découle de l'art. 102 al. 2 CO). Dans ces conditions, l'art. 9 LPGIP, qui prévoit la perception d'un intérêt moratoire lorsqu'un acompte n'a pas été versé - en totalité ou en partie - à l'expiration du délai de paiement, est conforme au principe général énoncé ci-dessus. Partant, le grief doit être rejeté.
4. 4.1 De l'avis des recourants, soit les acomptes constituent des dettes autonomes, fixées dans le cadre d'une procédure de taxation qui leur est propre. Dans ce cas, l'art. 4 al. 2 LPGIP, qui exclut la voie de la réclamation, est contraire à l'art. 48 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), selon lequel la décision de taxation est sujette à réclamation. Soit il n'y a qu'une procédure de taxation - portant sur l'impôt dû à titre définitif - et le paiement des acomptes représente une obligation de ladite procédure. L'intérêt moratoire constituerait alors une pénalité sanctionnant la violation de cette obligation et devrait, en vertu de l'art. 55 LHID, être précédé d'une sommation. En prévoyant que l'intérêt moratoire est dû sans sommation, l'art. 9 LPGIP serait contraire à cette disposition de la loi fédérale sur l'harmonisation.
4.2 Tant l'art. 48 LHID, qui institue une procédure de réclamation écrite à l'encontre des décisions de taxation, que l'art. 55 LHID, qui réprime la violation d'une obligation de procédure, visent la procédure de taxation en tant que telle. Ces dispositions ne sont par conséquent pas applicables en l'espèce. En effet, l'obligation de payer des acomptes ne constitue pas une obligation de la procédure de taxation. Elle est une obligation matérielle établie par certaines lois fiscales aux fins de la perception (provisoire) de l'impôt. Or, sous réserve de quelques dispositions (cf. not. les art. 47 al. 2, 49 al. 3 et 78 LHID), la loi fédérale sur l'harmonisation ne règle pas la perception des impôts cantonaux et communaux, qui est ainsi régie essentiellement par le droit cantonal (Zweifel/Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, 2008, § 29 no 2).
Au demeurant, on ne voit pas que l'art. 9 LPGIP institue une obligation contraire au droit fédéral. L'intérêt moratoire n'a pas le caractère d'une sanction ou d'une pénalité; en droit public (Moor, op. cit., vol. II, p. 73) comme en droit privé (Gauch/Schluep/Emmenegger, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 9e éd., 2008, no 2693), sa justification réside dans la perte d'intérêts que subit le créancier et le gain que réalise le débiteur. En droit fiscal, Zweifel/Casanova précisent d'ailleurs que, lorsque la loi oblige le contribuable à verser des acomptes et que ceux-ci ne sont pas payés dans le délai, des intérêts moratoires sont dus sans qu'il soit besoin d'une sommation (op. cit., § 29 no 29).
5. 5.1 Les recourants soutiennent que l'art. 9 LPGIP consacre une violation de l'art. 53A de la Constitution genevoise du 24 mai 1847 (RS/GE A 2 00), disposition qui prévoit, sous le titre "Référendum obligatoire", que "les lois qui ont pour objet un nouvel impôt ou la modification du taux ou de l'assiette d'un impôt sont soumises obligatoirement à l'approbation du Conseil général (corps électoral)" (al. 1). Selon eux, le fait que la loi relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et des personnes morales oblige de verser des acomptes avant l'échéance de la dette fiscale, sans prévoir d'intérêt rémunératoire sur ces acomptes, revient à instituer un nouvel impôt, en violation de la disposition précitée.
5.2 Le grief est irrecevable dans la mesure où les recourants s'en prennent à l'obligation de verser des acomptes, car celle-ci est prévue à l'art. 5 LPGIP, alors que leur recours tend (uniquement) à l'annulation de l'art. 9 LPGIP. Par ailleurs, on ne voit pas en quoi les intérêts moratoires à percevoir, en vertu de l'art. 9 LPGIP, sur les acomptes payés tardivement ou impayés en totalité ou en partie pourraient constituer un nouvel impôt ou une modification du taux ou de l'assiette de l'impôt, au sens de l'art. 53A Cst./GE. D'une part, les intérêts moratoires ne constituent pas une dette fiscale en eux-mêmes, mais seulement un accessoire de la dette fiscale. D'autre part, ils sont dus seulement lorsque le contribuable se trouve en demeure de payer ses acomptes. En réglant à temps ses acomptes, le contribuable peut ainsi éviter que des intérêts moratoires lui soient portés en compte, ce qui exclut de les assimiler à un impôt.
Au vu de ce qui précède, le grief de violation de l'art. 53A Cst./GE doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, sans qu'il soit nécessaire de se prononcer sur le motif d'irrecevabilité avancé par le Grand Conseil, à savoir que, dès le moment où ils n'ont pas contesté la décision de soumettre la loi en cause seulement au référendum facultatif - comme cela ressort de l'arrêté de publication du Conseil d'Etat paru dans la Feuille d'avis officielle du 7 juillet 2007 -, les recourants ne pourraient se plaindre que ce texte serait contraire à l'art. 53A Cst./GE.
6. 6.1 Les recourants prétendent que le but poursuivi par l'art. 9 LPGIP, à savoir d'"assurer la régularité et la disponibilité des entrées fiscales", aurait pu être atteint en adoptant des solutions ménageant mieux les intérêts des contribuables. Il aurait ainsi été possible de déplacer le terme général d'échéance dans l'année fiscale ou de reprendre les solutions contenues dans une loi-modèle élaborée par un ancien groupe de travail mandaté par la Conférence des directeurs cantonaux des finances en relation avec la loi sur l'harmonisation (cf. Markus Reich [édit.], Imposition postnumerando des personnes physiques, 1993, not. p. 153). Apparaissant plus contraignante que ces autres solutions, la réglementation consacrée à l'art. 9 LPGIP serait contraire au principe de proportionnalité.
6.2 Dans un recours en matière de droit public, lorsque le grief de violation du principe de proportionnalité est soulevé en relation avec le droit fédéral, le Tribunal fédéral procède à un examen libre. En revanche, il limite en principe - sous réserve des restrictions aux droits fondamentaux, art. 36 al. 3 Cst. - son examen à l'arbitraire, lorsque c'est la proportionnalité du droit cantonal qui est en cause; dans ce cas, il n'intervient que si la norme de droit cantonal est manifestement disproportionnée et qu'elle viole simultanément l'interdiction de l'arbitraire. Dans la mesure où il n'est pas limité par les droits fondamentaux, le législateur cantonal dispose en effet d'une certaine liberté de manoeuvre, qu'il convient de respecter (ATF 134 I 153 consid. 4 p. 157 s.).
6.3 Au vu de ce qui précède, on peut se demander si le grief de violation du principe de proportionnalité est recevable au regard de l'art. 106 al. 2 LTF, car les recourants n'expliquent pas en quoi l'art. 9 LPGIP serait manifestement contraire à ce principe et violerait simultanément la prohibition de l'arbitraire. En fait, ils se bornent à présenter une solution différente et, selon eux, préférable à celle retenue par le législateur cantonal. Quoi qu'il en soit, le grief est mal fondé, étant rappelé que, lorsqu'il est saisi d'un recours abstrait, le Tribunal fédéral n'annule une norme que si celle-ci ne se prête à aucune interprétation conforme au droit constitutionnel (cf. consid. 1.5). On ne voit en effet pas en quoi le fait de percevoir des intérêts moratoires lorsque les acomptes ne sont pas versés dans le délai serait manifestement contraire au principe de proportionnalité. Loin d'être arbitraire, l'obligation de payer des intérêts moratoires est envisagée par la doctrine comme la conséquence "naturelle" de la demeure du contribuable qui ne verse pas les acomptes dans le délai prévu (Zweifel/Casanova, op. cit., § 29 no 29; Ryser/Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4e éd., 2002, p. 491 i.i.; cf. aussi l'art. K al. 4 de la loi-modèle dont les recourants se prévalent, in Reich, op. cit., p. 153). Qu'un contribuable ne puisse pas contester le montant des acomptes en formant une réclamation ou un recours (cf. art. 4 al. 2 LPGIP) - il peut seulement requérir du Département cantonal des finances la modification ou la suppression de ceux-ci (art. 5 al. 3 LPGIP) - ne change rien au fait qu'en vertu de la loi, il a l'obligation de verser des acomptes dans un certain délai et que, s'il ne s'y conforme pas, il est en demeure. Partant, il n'est pas manifestement disproportionné de prévoir des intérêts moratoires dans un tel cas, même si le contribuable ne peut que demander la modification de ses acomptes, mais pas recourir contre la facture d'acomptes. Cela est d'autant plus vrai que l'art. 10 al. 1 LPGIP introduit un correctif: lorsque le montant d'impôt dû au terme de la procédure de taxation s'avère inférieur à celui des acomptes, l'intérêt moratoire est perçu - le cas échéant - non pas sur la base des acomptes effectivement facturés, mais d'après les montants recalculés en fonction de l'impôt taxé (al. 1). En d'autres termes, le contribuable ne risque pas de devoir payer des intérêts moratoires calculés sur la base d'acomptes trop élevés par rapport au montant de l'impôt finalement dû.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants supportent les frais judiciaires solidairement entre eux (cf. art. 66 al. 1 et 5 LTF) et n'ont pas droit à des dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Des frais judiciaires de 2'000 fr. sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué aux recourants, au Conseil d'Etat et au Grand Conseil de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 29 janvier 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Vianin