Sachverhalt:
A. Gegen X._ ist ein Bundesstrafprozess hängig. Die Bundesanwaltschaft (BA) hat ihn am 29. September 2008 der Unterstützung bzw. Beteiligung an einer kriminellen Organisation und der qualifizierten Geldwäscherei angeklagt. Der Angeklagte war am 31. August 2004 (während des gerichtspolizeilichen Ermittlungsverfahrens) verhaftet und in Untersuchungshaft versetzt worden. Mit Verfügung vom 4. Januar 2005 wurde er gegen eine Sicherheitsleistung von Fr. 500'000.-- und zugunsten weiterer Ersatzmassnahmen (Pass- und Schriftensperre sowie wöchentliche Meldepflicht bei der Kantonspolizei an seinem Wohnort) aus der Untersuchungshaft entlassen.
B. Mit Schreiben vom 30. März 2009 stellte der Angeklagte beim Bundesstrafgericht ein Dispensationsgesuch für die am 1. April 2009 beginnende Hauptverhandlung. Mit FAX-Nachricht vom 31. März 2009 teilte ihm die gerichtliche Verfahrensleitung mit, dass sein Dispensationsgesuch abgewiesen werde. Am 1. und 2. April 2009 begann in Abwesenheit des Angeklagten die Hauptverhandlung. Die Strafkammer des Bundesstrafgerichtes eröffnete seinem Verteidiger nochmals mündlich die Ablehnung des Dispensationsgesuches und stellte eine spätere schriftliche Begründung dieses Entscheides (in einer separaten prozessleitenden Verfügung) in Aussicht. Am 9. April 2009 beantragte der Angeklagte die Erteilung des Freien Geleits für die Fortsetzung der Hauptverhandlung ab 4. Mai 2009.
C. Mit Verfügung vom 30. April 2009 erklärte das Bundesstrafgericht, Strafkammer, die vom Angeklagten hinterlegte Kaution von Fr. 500'000.-- (gestützt auf Art. 58 BStP) als verfallen. Für die Frage der Verwendung der verfallenen Sicherheit (Art. 60 BStP) stellte es einen separaten Entscheid im gerichtlichen Hauptverfahren in Aussicht. Gleichzeitig wies die Strafkammer das Dispensationsgesuch und das Gesuch des Angeklagten um Freies Geleit je mit schriftlicher Begründung ab.
D. Gegen die Verfügung der Strafkammer vom 30. April 2009 gelangte X._ mit Beschwerde vom 29. Mai 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, die Freigabe der hinterlegten Sicherheit (zuzüglich Zinsen) sowie die Gutheissung des Dispensationsgesuches.
Das Bundesstrafgericht liess sich am 10. Juni und 16. Juli 2009 vernehmen, während die BA auf eine Stellungnahme verzichtet hat.
Erwägungen:
1. Streitig ist eine selbstständig eröffnete Verfügung, laut der das Gesuch des Angeklagten um Dispensation von der erstinstanzlichen Hauptverhandlung abgewiesen und die von ihm hinterlegte Sicherheitsleistung als verfallen erklärt wird.
1.1 Strafprozessuale Entscheide der Strafkammer des Bundesstrafgerichtes sind (unter den Voraussetzungen von Art. 92-93 BGG) grundsätzlich anfechtbar (Art. 80 Abs. 1 BGG; zur amtlichen Publikation bestimmter BGE 1B_7/2009 vom 16. März 2009 E. 1).
1.2 Am 8. Juli 2009 hat das Bundesstrafgericht (Strafkammer) das erstinstanzliche Urteil gefällt, den Beschwerdeführer freigesprochen und ihm Verfahrens- und Parteikosten auferlegt. Gleichzeitig hat es (in Ziff. IV/3 des Urteilsdispositivs) festgestellt, dass die Sicherheitsleistung (gemäss dem hier angefochtenen Entscheid) verfallen sei und über deren Verwendung (nämlich zur Deckung der auf den Beschwerdeführer entfallenden Verfahrenskosten) entschieden. Das erstinstanzliche Urteil ist noch nicht rechtskräftig.
1.3 Der Beschwerdeführer ist sowohl von der Abweisung des Dispensationsgesuches als auch vom verfügten Verfall der Fluchtkaution in der Höhe von Fr. 500'000.-- direkt betroffen und als Angeklagter beschwerdelegitimiert (vgl. Art. 81 Abs. 1 BGG). Es kann offen bleiben, ob und inwieweit er befugt wäre, die Freigabe der Sicherheitsleistung auch "zu Gunsten" seiner "Verwandtschaft" zu beantragen.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, sein Dispensationsgesuch vom 30. März 2009 sei zu Unrecht abgewiesen worden. Seine gesundheitlichen Beschwerden (insbesondere "postthrombotische Symptome" im linken Bein), die durch medizinische Atteste belegt seien, sowie die Nichtbewilligung des Freien Geleites durch die Vorinstanz hätten es ihm "grundsätzlich verunmöglicht", am Hauptverfahren vor Bundesstrafgericht teilzunehmen. Auch sonst habe er sich der Strafverfolgung in keiner Weise entzogen. Die Untersuchungsbehörde habe ihm am 29. Juni 2007 eine befristete Ausreisebewilligung nach Spanien erteilt. Wegen seines schlechten Gesundheitszustandes (akuter Bluthochdruck sowie ein "Gefühl der Beklommenheit im präkordialen Bereich als Folgeerscheinung der Erkrankung des Nervensystems") habe die Bewilligung zwischen Juli 2007 und März 2008 mehrmals verlängert werden müssen. Sein spanischer Arzt habe ihm (etwa in einem Bericht vom 13. September 2007) verboten, irgendwelche Fortbewegungsmittel zu benützen. Ohne ersichtlichen Grund sei er, der Beschwerdeführer, im November 2007 bzw. April 2008 international zur Fahndung ausgeschrieben worden. Mit der Mitteilung eines "Rechtsdomizils" sei er am 27. März 2008 der Aufforderung der BA nachgekommen, seinen Aufenthaltsort in Spanien bekanntzugeben. Er habe mehr als drei Monate auf ein Aufgebot der BA zu einer vertrauensärztlichen Untersuchung gewartet. Im Juli 2008 habe er eine Privatadresse in Spanien genannt und weitere ärztliche Berichte eingereicht. Darin sei auf die grossen Risiken längerer Reisen hingewiesen und ihm geraten worden, psychischen und körperlichen Stress jeder Art zu vermeiden. Die Abweisung des Dispensationsgesuches vom 30. März 2009 stehe in Widerspruch zu Art. 147 Abs. 2 BStP und verletze Art. 32 Abs. 1 BV.
2.1 Im angefochtenen Entscheid wird Folgendes erwogen: Nach seiner Haftentlassung hätten die BA bzw. das Eidgenössische Untersuchungsrichteramt (Eidg. URA) dem Beschwerdeführer verschiedentlich Ausnahmebewilligungen für Reisen nach Spanien und Italien erteilt, von denen er teilweise Gebrauch gemacht habe. Sein Gesuch um Aufhebung der Ersatzmassnahmen (Pass- und Schriftensperre sowie wöchentliche Meldepflicht bei der Kantonspolizei am Wohnort) habe das Eidg. URA mit Verfügung vom 8. März 2007 abgewiesen.
2.1.1 Am 29. Juni 2007 habe diese Behörde dem Beschwerdeführer letztmals eine befristete Ausreisebewilligung nach Spanien (für die Zeit vom 2. bis. 16. Juli 2007) erteilt. Er habe das entsprechende Gesuch mit dem Anliegen begründet, seine kranke Mutter besuchen zu wollen. Am 17. Juli 2007 habe er um Verlängerung der Bewilligung ersucht, da er sich angeblich wegen akuten Bluthochdrucks in Madrid in Spitalpflege befinde. In der Folge sei die Bewilligung (zunächst bis 25. Juli 2007 und anschliessend je bis 10. September, 20. September bzw. 31. Oktober 2007) vom Eidg. URA mehrmals verlängert worden. Den entsprechenden Gesuchen habe der Beschwerdeführer ärztliche Atteste beigelegt, wonach er wegen Bluthochdrucks generell reiseunfähig sei.
2.1.2 Am 31. Oktober 2007 habe der Beschwerdeführer die Verlängerung der Ausreisebewilligung auf unbestimmte Zeit beantragt, da er reiseunfähig sei und überdies in eine psychiatrische Klinik eingeliefert werden müsse. Am 19. November 2007 habe das Eidg. URA den Beschuldigten international zur Verhaftung ausgeschrieben. Die Ausreisebewilligung sei bis 30. November 2007 und mit geografischer Beschränkung auf das spanische Festland verlängert worden. Drei weitere Verlängerungen habe die BA dem Beschuldigten (letztmals bis 31. März 2008) bewilligt. Insgesamt habe er neun Verlängerungen verlangt.
2.1.3 Mit Verfügung vom 3. März 2008 habe die BA den Beschwerdeführer aufgefordert, seinen aktuellen Aufenthaltsort in Spanien bekannt zu geben. Sein Rechtsvertreter habe daraufhin lediglich die Adresse eines Madrider Anwaltes als "Rechtsdomizil" seines Mandanten gemeldet. Mit Verfügung vom 3. April 2008 habe die BA ein weiteres Gesuch des Beschuldigten um Verlängerung der Ausreisebewilligung abgewiesen.
2.1.4 Am 2. Mai 2008 sei ein internationaler Haftbefehl gegen den Beschuldigten ausgestellt worden. Ende Mai 2008 habe Interpol Mexico an Interpol Bern gemeldet, dass der Beschwerdeführer (von Nicaragua kommend) in Mexiko eingereist sei. Am 7. Juli 2008 habe er der BA eine Wohnadresse in Madrid gemeldet. Mit Verfügung vom 15. Juli 2008 habe die BA ein neuerliches Gesuch um Verlängerung der Ausreisebewilligung, das sich auf weitere Arztzeugnisse gestützt habe, abgewiesen. Nach erfolgter Anklageerhebung beim Bundesstrafgericht (am 29. September 2008) sei der Beschwerdeführer am 24. Oktober 2008 in Mailand verhaftet und in Untersuchungs- bzw. (am 1. Dezember 2008) in Auslieferungshaft versetzt worden. Das von der Schweiz an Italien gestellte Auslieferungsgesuch habe ein Berufungsgericht in Mailand abgewiesen. In der Folge sei der Beschwerdeführer aus italienischer Haft entlassen worden bzw. von Italien nach Spanien gereist.
2.1.5 Mit Schreiben vom 30. März 2009, somit zwei Tage vor dem (auf 1.-2. April 2009 angesetzten) Beginn der gerichtlichen Hauptverhandlung, habe der Angeklagte ein Gesuch um Dispensation von der Hauptverhandlung gestellt. Mit FAX-Nachricht vom 31. März 2009 habe die Verfahrensleitung des Bundesstrafgerichtes ihm mitgeteilt, dass sein Dispensationsgesuch abgewiesen werde. Am 1. und 2. April 2009 habe in Abwesenheit des Beschwerdeführers die Hauptverhandlung vor dem Bundesstrafgericht begonnen. Die Strafkammer habe dessen Verteidiger die Ablehnung des Dispensationsgesuches an der Hauptverhandlung nochmals mündlich eröffnet und eine spätere schriftliche Begründung dieses Entscheides in einer separaten prozessleitenden Verfügung in Aussicht gestellt. Diese Begründung sei in den angefochtenen Entscheid vom 30. April 2009 (betreffend Verfall der Sicherheitsleistung bzw. Abweisung der Gesuche um Dispensation und Freies Geleit) integriert worden.
2.1.6 Der Beschwerdeführer habe das Dispensationsbegehren mit seinem angeblich schlechten Gesundheitszustand begründet, der eine Reise von Spanien in die Schweiz verunmögliche. Entgegen dieser Darstellung und im Widerspruch zu privaten Arztzeugnissen, in denen dem Angeklagten eine angebliche Transportunfähigkeit attestiert werde, sei jedoch erstellt, dass er im fraglichen Zeitraum mehrere grosse Reisen (etwa nach Nicaragua, Mexiko oder Italien) unternommen habe. Seine grundsätzliche Fähigkeit, in die Schweiz zu reisen, ergebe sich indirekt auch aus seinem separaten Begehren um Freies Geleit für den Fall einer Teilnahme an der Fortsetzung der Hauptverhandlung ab 4. Mai 2009.
2.2 Das Gesetz über die Bundesstrafrechtspflege bestimmt, dass der Angeklagte grundsätzlich an der Hauptverhandlung zu erscheinen und ihr beizuwohnen hat (Art. 147 Abs. 1 Satz 2 BStP). Das Bundesstrafgericht kann den Angeklagten ausnahmsweise von der Verpflichtung zum Erscheinen befreien und ihm gestatten, sich durch seinen Verteidiger vertreten zu lassen (Art. 147 Abs. 2 BStP).
2.3 Der Beschwerdeführer legt selber dar, dass er am 4. März 2009 wieder in Freiheit entlassen wurde. Seine Behauptung, es sei ihm aus gesundheitlichen Gründen unmöglich gewesen, sich Ende März 2009 für zwei Tage (1.-2. April 2009) nach Bellinzona zu begeben, erweist sich aufgrund der vorliegenden Akten als nicht glaubhaft. Er räumt ein, dass er im Mai 2008 eine Interkontinentalreise (nach Nicaragua bzw. Mexiko) unternahm und im Oktober 2008 von Madrid nach Mailand bzw. Anfang März 2009 von Italien nach Spanien reiste, legt aber nicht nachvollziehbar dar, wie diese Reisetätigkeit mit seiner übrigen Sachdarstellung (angebliche schwere Erkrankung und Transportunfähigkeit zwischen Juli 2007 und März 2008 sowie Ende März 2009 bzw. ärztliche Reiseverbote noch im Juni 2008) widerspruchsfrei in Einklang gebracht werden könnte. Es kann offen bleiben, ob die vom Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang eingereichten neuen Beweismittel prozessual zulässig wären (vgl. Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.4 Aus den Akten ergibt sich auch, dass der Beschwerdeführer die von den Strafverfolgungsbehörden verfügten Reise- und Meldeauflagen in zeitlicher, geografischer und sachlicher Hinsicht mehrfach missachtet hat. Die letztmalige Verlängerung der Ausreiseerlaubnis für das spanische Festland lief am 31. März 2008 ab. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers kann die (aufgrund der Verfügung der BA vom 3. März 2008) am 27. März 2008 erfolgte Angabe eines "Rechtsdomizils" bei einem spanischen Anwalt auch nicht als Mitteilung seines genauen Aufenthaltsortes in Spanien angesehen werden.
2.5 Die Auffassung der Vorinstanz, es habe kein besonderer sachlicher Grund für eine ausnahmsweise Dispensation des Angeklagten von der Teilnahme an der Hauptverhandlung (im Sinne von Art. 147 Abs. 2 BStP) bestanden, hält nach dem Gesagten vor dem Bundesrecht stand. Der angefochtene Entscheid verstösst auch nicht gegen die Unschuldsvermutung oder die verfassungsmässigen Grundsätze von Treu und Glauben bzw. des fairen Verfahrens. Die vom Beschwerdeführer angerufene Maxime "in dubio pro reo" (als Beweiswürdigungsregel zur Schuldfrage) ist auf die hier streitige Nichtdispensation von der Hauptverhandlung nicht anwendbar.
3. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, die Voraussetzungen für einen Verfall der Sicherheitsleistung seien nicht erfüllt. Er habe sich der Strafverfolgung in keiner Weise entzogen und sei für jegliche Verfahrenshandlungen stets zur Verfügung gestanden. Am 6. Oktober 2008 habe das zuständige spanische Gericht seine Auslieferung nach Italien verfügt. Um ein langwieriges Auslieferungsverfahren zu vermeiden, das seine Teilnahme am Hauptverfahren vor dem Bundesstrafgericht gefährdet hätte, habe er sich entschlossen, nach Italien zu reisen und sich den italienischen Behörden zu stellen. Am 24. Oktober 2008 sei er in Italien verhaftet und am 1. Dezember 2008 in Auslieferungshaft versetzt worden. Am 4. März 2009 habe die italienische Justiz ein Auslieferungsgesuch der Schweizer Behörden vom 8. Januar 2009 abgewiesen und ihn aus der Haft entlassen. Da er auf Betreiben der BA in Italien verhaftet worden sei, liege ein gesetzlicher Grund für die Freigabe der Kaution vor. Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang die Verletzung von Bundesrecht (Art. 9, Art. 29 Abs. 1 und Art. 32 Abs. 1-2 BV i.V.m. Art. 55 und Art. 58 BStP).
3.1 Die Vorinstanz erwägt, das prozessuale Verhalten des Angeklagten sei als Flucht zu werten. Entgegen seinen Vorbringen und Arztzeugnissen sei er im fraglichen Zeitraum offensichtlich reisefähig gewesen. Er habe sowohl die gerichtliche Vorladung zur Hauptverhandlung missachtet, als auch Kontroll- und Meldeauflagen, die im Rahmen von Ersatzmassnahmen für Haft verfügt worden seien. Die geleistete Sicherheit sei daher gestützt auf Art. 58 BStP als verfallen zu erklären. Über die konkrete Verwendung der verfallenen Kaution (Art. 60 BStP) werde im gerichtlichen Hauptverfahren zu entscheiden sein.
3.2 Der Beschuldigte, der wegen Fluchtverdachts verhaftet ist oder in Haft zu setzen wäre, kann in Freiheit gelassen werden gegen Bestellung einer Sicherheit dafür, dass er sich jederzeit vor der zuständigen Behörde oder zur Erstehung einer Strafe stellen werde (Art. 53 BStP). Die Sicherheit wird durch Hinterlegung von barem Gelde oder von Wertgegenständen bei der Bundesgerichtskasse oder durch Bürgschaft geleistet (Art. 54 Abs. 1 BStP). Trifft der Beschuldigte Anstalten zur Flucht, bleibt er auf Vorladung ohne genügende Entschuldigung aus, oder erfordern neue Umstände seine Verhaftung, so wird er trotz der Sicherheitsleistung verhaftet. Die Sicherheit wird in diesem Fall frei (Art. 55 BStP). Die Sicherheit wird auch frei, wenn der Grund der Verhaftung weggefallen ist, wenn die Untersuchung eingestellt wird, wenn der Angeklagte (vor einem rechtskräftigen Verfall der Kaution) rechtskräftig freigesprochen wird oder wenn er die Strafe antritt (Art. 57 BStP). Die Sicherheit verfällt, wenn sich der Beschuldigte der Verfolgung oder der Vollstreckung der erkannten Freiheitsstrafe dadurch entzieht, dass er flieht oder sich verborgen hält (Art. 58 BStP). Über die Freigabe oder den Verfall der Sicherheit entscheidet die Behörde, bei der die Strafsache hängig ist oder zuletzt hängig war (Art. 59 BStP). Die verfallene Sicherheit wird zunächst zur Bezahlung der Kos-ten, sodann zur Deckung des Schadens und endlich zur Bezahlung der Busse verwendet. Der Überschuss fällt (im Falle einer Verurteilung) in die Bundesgerichtskasse, ist jedoch zurückzuerstatten, sobald sich der Verurteilte vor Ablauf der Verjährungsfrist stellt (Art. 60 BStP).
3.3 Die Rechtmässigkeit der verfügten strafprozessualen Sicherheitsleistung bzw. ihres Verfalls zugunsten des Staates hängt nicht von einer allfälligen rechtskräftigen Verurteilung des Angeklagten ab. Die Fluchtkaution ist eine Ersatzmassnahme für strafprozessuale Haft. Beide Zwangsmassnahmen sollen sicherstellen, dass der Angeklagte nicht flüchtet oder untertaucht bzw. dass er sich den Strafjustizbehörden für die gesetzlichen Prozessvorkehren, namentlich für die gerichtliche Befragung anlässlich der Hauptverhandlung, und für einen allfälligen Strafvollzug zur Verfügung hält (vgl. BGE 107 Ia 206 E. 2a S. 208, E. 3c S. 212; Urteil des Bundesgerichtes 1P.626/2004 vom 10. Februar 2005 E. 2.3; Robert Hauser/Erhard Schweri/Karl Hartmann, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl., Basel 2005, § 69 Rz. 43; Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Aufl., Zürich 2004, Rz. 719-719a). Obwohl das BStP weitere Sicherungs- und Kontrollvorkehren wie die Pass- und Schriftensperre oder die polizeiliche Meldepflicht nicht ausdrücklich vorsieht, können entsprechende mildere Ersatzmassnahmen für strafprozessuale Haft neben oder anstelle der Fluchtkaution angeordnet werden (BGE 133 I 27 E. 3.2 S. 29 f. mit Hinweisen; vgl. auch das den Beschwerdeführer betreffende Urteil 1B_139/2007 vom 17. Dezember 2007 E. 3). Die Sicherheitsleistung verfällt, wenn der Beschuldigte flüchtet oder untertaucht (Art. 58 BStP) bzw. sich dem Verfahren entzieht (Art. 240 Abs. 1 Eidg. StPO; BBl 2007 S. 7048). Die Missachtung einer gerichtlichen Vorladung durch den ins Ausland abgereisten Angeklagten sowie der systematische Verstoss gegen Mel-deauflagen und Reisebeschränkungen im Rahmen von Ersatzmassnahmen für Untersuchungs- und Sicherheitshaft kommen einer Flucht grundsätzlich gleich.
3.4 Wie bereits dargelegt, hat der Beschwerdeführer die mit der Entlassung aus der Untersuchungshaft verknüpften Auflagen (Meldepflichten, zeitliche und geografische Beschränkung der Ausreisebewilligung usw.) mehrfach missachtet (vgl. dazu oben, E. 2.1-2.4). Sodann bestreitet er nicht, die Vorladung des Bundesstrafgerichtes zum Beginn der Hauptverhandlung am 1./2. April 2009 rechtzeitig erhalten zu haben. Aus den Akten ergibt sich, dass die Gerichtsleitung das vom Angeklagten (sehr kurzfristig) eingereichte Dispensationsgesuch vom 30. März 2009 abschlägig entschied und dass sie ihm diese prozess-leitende Verfügung mit FAX-Schreiben vom 31. März 2009 notifizierte. Der gerichtlichen Vorladung leistete der Angeklagte dennoch keine Folge. Sein Verhalten muss gesamthaft betrachtet als Flucht (im Sinne von Art. 58 BStP) gewertet werden bzw. als systematisches und gezieltes Bemühen, sich der Strafverfolgung zu entziehen.
3.5 Ein Freigabegrund im Sinne von Art. 55 BStP liegt hier nicht vor. Nach dieser Bestimmung wird die Kaution frei, wenn der Beschuldigte, der unentschuldigt eine Vorladung missachtet hat, von den Strafverfolgungsbehörden des Bundes deswegen verhaftet wird. Nach den vorliegenden Akten entzieht sich der Beschwerdeführer seit mehr als einem Jahr dem Zugriff der schweizerischen Strafjustiz. Zwar wurde er zwischenzeitlich in Italien inhaftiert und auf Betreiben der italienischen Strafjustiz in Untersuchungshaft versetzt. Einem Auslieferungsgesuch der Schweizer Behörden hat Italien jedoch keine Folge geleistet. Darüber hinaus erfolgte die Verhaftung in Italien am 24. Oktober 2008, die vom Beschwerdeführer versäumte Hauptverhandlung jedoch erst am 1. und 2. April 2009. Er legt selber dar, dass er am 4. März 2009 wieder in Freiheit entlassen wurde und nach Spanien reiste. Eine Verhaftung durch die Strafverfolgungsbehörden des Bundes ist seither nicht erfolgt, weder aufgrund der missachteten Vorladung an die Hauptverhandlung, noch aus einem anderen Grund. Durch die Aus-reise nach Spanien hat der Beschwerdeführer die verfügten Reiseauflagen im Übrigen ein weiteres Mal missachtet (Ablauf der befristeten Ausreisebewilligung am 31. März 2008).
3.6 Der Verfall der Sicherheitsleistung hält nach dem Gesagten vor dem Bundesrecht stand. Dass die dem Angeklagten als Ersatzmassnahme für strafprozessuale Haft auferlegte Fluchtkaution als verfallen erklärt wird, weil er sich der Strafverfolgung systematisch entzieht, bewirkt keine Verletzung der Unschuldsvermutung. Der vom Beschwerdeführer angerufene Grundsatz "in dubio pro reo" ist hier nicht anwendbar, zumal in der streitigen strafprozessualen Verfallsverfügung nicht über Schuld und Strafe entschieden wird. Ebenso wenig ist in diesem Zusammenhang ein Verstoss gegen die Grundsätze von Treu und Glauben oder des fairen Verfahrens ersichtlich.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster