Faits:
A. Par acte notarié du 1er février 2006, les sociétés anonymes A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA (ci-après: les contribuables ou les recourantes) ont constitué une cédule hypothécaire au porteur de 16 millions fr. et ont augmenté une cédule hypothécaire au porteur de 3 à 6 millions fr. La première grevait en deuxième rang la parcelle no **** située sur la commune de X._, alors que celle de 6 millions grevait en premier rang la parcelle no **** sise sur la même commune. Ces cédules étaient destinées à garantir un prêt accordé par la banque Y._ en relation avec un projet de construction sur la parcelle no ****.
B. Le 8 février 2006, le Service de l'enregistrement de l'Administration fiscale du canton de Genève a émis un bordereau de taxation de 259'366 fr. 80 en relation avec la création et l'augmentation des cédules précitées.
Ce prononcé a été confirmé par décision sur réclamation du 20 mars 2006 et par décision de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts - à laquelle a succédé la Commission cantonale de recours en matière administrative - du 29 septembre 2008.
Saisi d'un recours à l'encontre de cette dernière décision, le Tribunal administratif du canton de Genève l'a rejeté par arrêt du 28 juillet 2009. Il n'a pas suivi l'argumentation des recourantes selon laquelle les droits d'enregistrement litigieux constitueraient des contributions causales soumises au principe d'équivalence, en estimant qu'il s'agissait d'un impôt. Par ailleurs, le canton de Genève était compétent pour percevoir un tel impôt, nonobstant la compétence de la Confédération en matière de droit de timbre.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les contribuables demandent au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler l'arrêt du 28 juillet 2009, de dire que les droits d'enregistrement perçus lors de la création ou de la modification d'une cédule hypothécaire sont des taxes causales soumises au principe de l'équivalence, de dire que le bordereau du 8 février 2006 est "hors de proportion" et doit par conséquent être considéré comme nul et non avenu et d'inviter le Département des finances du canton de Genève à émettre un nouveau bordereau "tenant compte des avantages économiques et juridiques objectifs dont ont bénéficié les contribuables d'une part et fixé dans des limites raisonnables d'autre part", sous suite de dépens; à titre subsidiaire, elles concluent à ce que le Tribunal de céans dise que le bordereau en question "consacre une surimposition des recourantes" prohibée par la garantie de la propriété et qu'il est par conséquent nul et non avenu et à ce qu'il invite le Département des finances à émettre un nouveau bordereau "respectant les principes généraux fixant la quotité des impôts au sens strict".
L'autorité précédente s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale s'en remet à justice pour ce qui est de la recevabilité du recours et propose de le rejeter sur le fond. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 En raison de l'effet dévolutif du recours au Tribunal administratif (cf. ATF 126 II 300 consid. 2a p. 302 s.), dont la décision - de dernière instance cantonale - peut seule être attaquée devant le Tribunal fédéral (cf. art. 86 al. 1 lettre d LTF), les conclusions des recourantes sont irrecevables dans la mesure où elles se rapportent au bordereau du 8 février 2006.
1.2 Au surplus, interjeté par des parties directement touchées par la décision et qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) par un tribunal cantonal supérieur (cf. art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF). Il est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai - compte tenu des féries - et la forme prévus par la loi (cf. art. 42, 46 al. 1 lettre b et 100 al. 1 LTF) et que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'art. 83 LTF.
2. Faisant partie du Titre I "Objet des droits" de la loi genevoise du 9 octobre 1969 sur les droits d'enregistrement (ci-après: LDE; RS/GE D 3 30) et intitulé "Définition", l'art. 1 dispose ce qui suit:
"1 Les droits d'enregistrement sont un impôt qui frappe toute pièce, constatation, déclaration, condamnation, convention, transmission, cession et en général toute opération ayant un caractère civil ou judiciaire, dénommées dans la présente loi: «actes et opérations», soumises soit obligatoirement soit facultativement à la formalité de l'enregistrement; [...].
2 L'enregistrement consiste à analyser et à mentionner dans un registre spécial tous actes et opérations soumis à cette formalité.
3 [...]."
Dans le Titre II "Assiette des droits", l'art. 7 LDE prévoit que les droits d'enregistrement sont fixes, proportionnels ou progressifs (al. 1). Le droit proportionnel est celui dont la quotité est variable et dont le montant se détermine en proportion des sommes et valeurs qui font l'objet des actes et opérations (al. 3).
Le Titre X (art. 84 à 90 LDE) est intitulé "Obligations de payer". Aux termes de l'art. 84 LDE, il est perçu un droit de 0,65 % sur le montant des sommes dues en vertu de reconnaissances de dette, de tous actes emportant obligation de payer une somme et de tous engagements similaires. Sous le titre "Gages immobiliers", l'art. 85 LDE dispose que les actes prévus à l'article 84, qui renferment la constitution d'une hypothèque ou requièrent la création d'une cédule hypothécaire ou d'une lettre de rente, même au nom du propriétaire de l'immeuble, sont soumis au même droit (al. 1). Intitulé "Titres fonciers", l'art. 87 LDE prévoit que les titres régis par les art. 875 à 883 CC ne sont pas soumis au droit proportionnel d'enregistrement.
Aux droits d'enregistrement déterminés par la loi s'ajoutent, sauf exonération expresse, des centimes additionnels dont le montant est fixé chaque année par le Grand Conseil (Jaques Fulpius, Impôts du canton de Genève, Droit fiscal matériel, Les droits d'enregistrement, Fiche juridique suisse no 1329, 1990, p. 3). Pour la période considérée, ils se montaient à 110 centimes par franc et fraction de franc de droit.
3. La jurisprudence, suivant la doctrine, distingue, parmi les contributions publiques, entre les impôts, les contributions causales et les taxes d'orientation (ATF 135 I 130 consid. 2 p. 133; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6ème éd., 2002, p. 5 s.; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3ème éd., 2007, § 1 no 3; Ryser/Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4ème éd., 2002, p. 3).
Les impôts représentent la participation des citoyens aux charges de la collectivité; ils sont dus indépendamment de toute contre-prestation spécifique de la part de l'Etat. Les contributions causales, en revanche, constituent la contrepartie d'une prestation spéciale ou d'un avantage particulier appréciable économiquement accordé par l'Etat. Elles reposent ainsi sur une contre-prestation étatique qui en constitue la cause (ATF 135 I 130 consid. 2 p. 133; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 2, 4 s.; Höhn/Waldburger, Steuerrecht, vol. I, 9ème éd., 2000, § 1 nos 3 s.; Adrian Hungerbühler, Grundsätze des Kausalabgabenrechts, ZBl 2003 p. 505 ss, 507; Oberson, op. cit., § 1 nos 5, 6, 10).
Généralement, les contributions causales se subdivisent en trois sous-catégories: les émoluments, les charges de préférence et les taxes de remplacement. Les différents types de contributions causales ont en commun d'obéir au principe de l'équivalence - qui est l'expression du principe de la proportionnalité en matière de contributions publiques -, selon lequel le montant de la contribution exigée d'une personne déterminée doit être en rapport avec la valeur objective de la prestation fournie à celle-ci (rapport d'équivalence individuelle). En outre, la plupart des contributions causales - en particulier celles dépendant des coûts, à savoir celles qui servent à couvrir certaines dépenses de l'Etat, telles que les émoluments et les charges de préférence - doivent respecter le principe de la couverture des frais. Selon ce principe, le produit global des contributions ne doit pas dépasser, ou seulement de très peu, l'ensemble des coûts engendrés par la subdivision concernée de l'administration (ATF 135 I 130 consid. 2 p. 133 s.; 129 I 346 consid. 5.1 p. 354; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 2 s.; Hungerbühler, op. cit., p. 512; Oberson, op. cit., § 1 no 6).
4. Selon les recourantes, les droits d'enregistrement perçus lors de la création ou de la modification d'une cédule hypothécaire ne constituent pas un impôt, comme l'a admis l'autorité précédente, mais une taxe causale soumise aux principes d'équivalence et de la couverture des frais. En l'occurrence, la perception d'une taxe de près de 260'000 fr. serait manifestement contraire aux principes en question. Il serait en outre arbitraire et contraire au principe d'égalité de percevoir des droits proportionnels sur la création de cédules hypothécaires ordinaires, mais non lors de l'émission en série de cédules hypothécaires (art. 87 LDE).
4.1 L'examen des griefs de violation des principes d'équivalence et de la couverture des frais suppose de déterminer si les droits d'enregistrement litigieux constituent des impôts ou des contributions causales, puisque seules ces dernières sont soumises aux principes en question.
4.2 Le Tribunal de céans a déjà eu l'occasion d'examiner la nature des droits d'enregistrement perçus lors de la création de titres hypothécaires, qu'il a qualifiés d'impôts indirects sur une transaction juridique (cf. arrêt 1P.204/2004 du 18 novembre 2004 consid. 2.1; arrêt du 2 février 1966 consid. 2, in RDAF 1966 p. 308, s'agissant de l'ancien art. 152 deuxième par. de la loi genevoise du 9 novembre 1887 sur les contributions publiques, correspondant à l'actuel art. 85 al. 2 LDE).
Il n'y a pas lieu de revenir sur cette jurisprudence. Les arguments des recourantes ne sont du reste pas de nature à démontrer que cette qualification serait erronée.
4.2.1 Les recourantes soutiennent que la contre-prestation des droits litigieux consiste en l'enregistrement des droits de gage immobiliers et en la protection qui en résulte, de sorte qu'il s'agirait d'une taxe causale. Elles méconnaissent ce faisant que l'enregistrement en question n'est plus dicté que par des considérations fiscales (cf. Blumenstein/Locher, op. cit., p. 201; arrêt du Tribunal administratif du canton de Fribourg du 26 novembre 1993 consid. 1a, in RF 50/1995 p. 136, s'agissant des droits d'enregistrement fribourgeois) et n'emporte pas d'effets de droit matériel, la constitution des droits de gage immobiliers découlant de l'inscription au registre foncier (art. 799 CC).
4.2.2 Selon les recourantes qui se réfèrent à Jean-Marc Rivier (Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., 1998, p. 51), un des éléments caractéristiques des impôts est la matière imposable ("Steuergut"), dont on distingue "trois catégories principales": le revenu, la consommation et le patrimoine. En l'occurrence, on n'aurait affaire à aucune de ces trois catégories, de sorte que les droits litigieux ne sauraient constituer un impôt. En argumentant de la sorte, les recourantes perdent de vue que l'énumération de ces trois matières imposables n'est pas exhaustive, puisqu'il s'agit seulement des "catégories principales". En outre, la notion de matière imposable - à laquelle seuls certains auteurs recourent pour fonder la distinction entre impôts directs et indirects (cf. ATF 131 I 394 consid. 3.4 p. 398) - n'est pas propre à tous les types d'impôts. C'est ainsi qu'il n'existe à proprement parler pas de matière imposable dans le cas des impôts personnels (Blumenstein/Locher, op. cit., p. 225).
4.3 L'argumentation des recourantes ne saurait donc conduire à dénier la qualité d'impôt aux droits d'enregistrement litigieux.
Du moment que les droits litigieux constituent un impôt, conformément d'ailleurs à la définition qui en est donnée par l'art. 1 al. 1 LDE, ils ne sont pas soumis aux principes d'équivalence et de couverture des frais, de sorte que les griefs y relatifs doivent être rejetés.
4.4 Quant aux griefs d'arbitraire et d'inégalité, lesquels sont étroitement liés - l'inégalité apparaissant comme une forme particulière d'arbitraire, consistant à traiter de manière inégale ce qui devrait l'être de manière semblable ou inversement (ATF 129 I 1 consid. 3 p. 3, 346 consid. 6 p. 357; 127 I 185 consid. 5 p. 192 et les références citées) -, l'émission de titres fonciers (art. 875 ss CC) est soumise au droit de timbre fédéral, à la différence de la création de titres ordinaires. Cela impose de traiter différemment les titres émis en série, en les exonérant des droits d'enregistrement (cf. ci-après consid. 5). Partant, le grief est mal fondé.
5. Les recourantes dénoncent une violation de l'art. 134 en relation avec l'art. 132 al. 1 Cst., ainsi que de l'art. 3 de la loi fédérale du 27 juin 1973 sur les droits de timbre (LT; RS 641.10). Selon elles, il convient de distinguer entre les différents types de contributions prévues par la loi genevoise sur les droits d'enregistrement: s'il est clair que les dispositions précitées n'empêchent pas le canton de Genève de prélever des contributions ayant le caractère de droits de mutation, il en irait différemment des droits d'enregistrement perçus lors de la création ou de la modification d'une cédule hypothécaire. Dans ces cas, le canton aurait la compétence de prélever des droits sous la forme d'une taxe causale, mais non d'un impôt.
5.1 L'art. 132 al. 1 Cst. a la teneur suivante:
"La Confédération peut percevoir des droits de timbre sur les papiers-valeurs, sur les quittances de primes d'assurance et sur d'autres titres concernant des opérations commerciales; les titres concernant des opérations immobilières et hypothécaires sont exonérés du droit de timbre."
Intitulé "Exclusion d'impôts cantonaux et communaux", l'art. 134 Cst. dispose ce qui suit:
"Les objets que la législation fédérale soumet [...] au droit de timbre [...] ou qu'elle déclare exonérés ne peuvent être soumis par les cantons et les communes à un impôt du même genre".
L'exclusion vaut pour les objets que la législation fédérale soumet au droit de timbre ou exonère. Elle ne s'étend pas aux titres concernant des opérations immobilières et hypothécaires, au sens de l'art. 132 al. 1 Cst., puisque ceux-ci sont exonérés - du seul droit de timbre fédéral - par la Constitution elle-même. Les cantons demeurent ainsi compétents pour prélever des droits de timbre dans le domaine immobilier, alors que l'imposition - indirecte - des valeurs mobilières (titres concernant des opérations commerciales) est du ressort de la Confédération (cf. Jean-François Aubert, in Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, 2003, no 7 ad art. 132, en part. note de bas de page 8, ainsi que no 6 ad art. 134 Cst.; voir aussi Urs R. Behnisch, in Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, 2e éd., 2008, no 9 ad art. 132 Cst.).
Selon l'art. 1 al. 1 LT, la Confédération perçoit trois sortes de droits de timbre:
- un droit sur l'émission des titres suisses suivants: actions, parts sociales de sociétés à responsabilité limitée et de sociétés coopératives, bons de participation, bons de jouissance, obligations et papiers monétaires;
- un droit sur la négociation des titres suisses et étrangers suivants: obligations, actions, parts sociales de sociétés à responsabilité limitée et de sociétés coopératives, bons de participation, bons de jouissance, parts de placements collectifs au sens de la loi du 23 juin 2006 sur les placements collectifs (LPCC; RS 951.31) et documents qui, d'après la loi sur les droits de timbre, sont assimilés aux titres précités;
- un droit sur le paiement de primes d'assurance contre quittance.
Aux termes de l'art. 3 al. 1 1ère phrase LT, les documents que la présente loi soumet à un droit de timbre ou qu'elle déclare exonérés ne peuvent être frappés par les cantons de droits de timbre ou de droits d'enregistrement du même genre.
5.2 L'art. 4 al. 3 LT définit la notion d'obligations de la manière suivante:
"Sont des obligations les reconnaissances de dettes écrites se rapportant à des montants fixes, émises en plusieurs exemplaires et visant l'obtention collective de capitaux, la création d'occasions collectives de placement ou la consolidation d'engagements, notamment les obligations d'emprunt, y compris les titres d'emprunt garantis par un gage immobilier, conformément à l'art. 875 du code civil, les titres de rente, les lettres de gage, les obligations de caisse, les bons de caisse et de dépôt ainsi que les créances inscrites au livre de la dette".
Les obligations foncières au sens de l'art. 875 CC sont ainsi considérées comme des obligations au sens de la législation sur les droits de timbre (cf. aussi ATF 53 I 472). Selon la doctrine, il en va de même des cédules hypothécaires et lettres de rente émises en série, au sens des art. 876 ss CC (Thomas Meister, in Commentaire droits de timbre, 2006, no 33 ad art. 4 LT; Andreas Risi, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht II/3, Bundesgesetz über die Stempelabgaben, 2006, no 27 ad art. 4 LT; dans le même ouvrage [remarques préliminaires, no 29], Conrad Stockar est plus nuancé, en relevant que l'ancienne loi fédérale du 4 octobre 1917 sur les droits de timbre [RO 1918 61] soumettait expressément l'émission en série des titres en question au droit de timbre, ce qui n'est plus le cas dans la loi actuelle; Fulpius, op. cit., p. 11). L'émission de tels titres, considérés comme des titres concernant des opérations commerciales, au sens de l'art. 132 al. 1 Cst., est dès lors soumise au droit de timbre fédéral et ne peut, en vertu des art. 134 Cst. et 3 al. 1 LT, donner lieu à la perception par les cantons d'un droit de timbre ou d'enregistrement de même nature.
5.3 En l'occurrence, les droits d'enregistrement litigieux ne portent pas sur des cédules hypothécaires émises en série, au sens des art. 876 ss, mais sur la création et la modification - dans le sens d'une augmentation de la somme garantie - de cédules ordinaires. Or, de tels titres ne constituent pas des obligations au sens de l'art. 4 al. 3 LT et ne leur sont pas non plus assimilés en vertu de l'art. 4 al. 4 LT; il s'agit de titres concernant des opérations immobilières et hypothécaires, au sens de l'art. 132 al. 1 Cst. Par conséquent, leur émission ne tombe pas sous le coup des art. 1 al. 1 lettre a et 5a al. 1 lettre a LT et n'entraîne pas la perception du droit de timbre fédéral. Les recourantes ne prétendent du reste à aucun moment qu'elles auraient dû acquitter de tels droits. Comme par ailleurs la constitution de cédules hypothécaires ordinaires n'est pas non plus exonérée par la loi fédérale sur les droits de timbre, les cantons demeurent libres de la soumettre notamment à des droits d'enregistrement du même genre (art. 134 Cst. et 3 al. 1 1ère phrase LT a contrario). Partant, le grief de violation de ces dernières dispositions est mal fondé et doit être rejeté.
6. 6.1 Les recourantes soutiennent que les droits litigieux ont un caractère confiscatoire et portent atteinte à la garantie de la propriété (art. 26 Cst.). Le montant (arrondi) de 259'350 fr. viendrait s'ajouter à l'impôt sur le capital de 83'000 fr. au minimum (= 4 o/oo de la somme de 20'750'000 fr. représentant leur capital cumulé) et à l'impôt immobilier complémentaire de 44'000 fr. (= 2 o/oo de la somme de 22'000'000 fr. correspondant à la valeur des terrains), ce qui donnerait au total 386'350 fr. pour l'année considérée. Compte tenu d'un impôt sur le bénéfice de 30,5 % au total (22 % au niveau cantonal + 8,5 % au niveau fédéral), il aurait fallu ainsi qu'elles aient réalisé un bénéfice de plus de 1'000'000 fr. pour que l'imposition totale reste en-deçà de la limite de 55 % jugée confiscatoire par le Tribunal de céans (arrêt P.1704/1984 du 10 mai 1985 consid. 2e, in Archives 56 p. 439). Or, elles n'auraient encore réalisé aucun bénéfice en relation avec le projet de construction en question. En outre, elles ne pourraient reporter le montant d'impôt litigieux.
6.2 Selon la jurisprudence, la garantie de la propriété inscrite à l'art. 26 Cst. ne va, en matière fiscale, pas au-delà de l'interdiction d'une imposition confiscatoire. Une prétention fiscale ne doit ainsi pas porter atteinte au noyau essentiel de la propriété privée. Pour juger si une imposition a un effet confiscatoire, il faut examiner la charge que représente l'imposition sur une assez longue période, en faisant abstraction des circonstances extraordinaires; à cette fin, il y a lieu de prendre en considération l'ensemble des circonstances concrètes, la durée et la gravité de l'atteinte, ainsi que le cumul avec d'autres taxes ou contributions, et la possibilité de reporter l'impôt sur d'autres personnes (ATF 128 II 112 consid. 10b/bb p. 126 et les références citées).
6.3 En l'occurrence, pour apprécier l'importance de la charge que représentent les droits litigieux, il faut les mettre en relation avec les objectifs et résultats financiers du projet de construction en cause, sans se limiter à l'exercice durant lequel les droits ont été acquittés. Or, les recourantes ne fournissent aucune indication à cet égard. Quoi qu'il en soit, des droits d'enregistrement correspondant à 0,65 % du montant de la créance incorporée dans la cédule hypothécaire plus 110 centimes par franc ne sauraient être considérés comme confiscatoires (cf. arrêt précité 1P.204/2004 consid. 3, selon lequel un droit de mutation s'élevant par paliers jusqu'à environ 4 % du montant de la transaction n'est pas confiscatoire). Par ailleurs, le projet immobilier consistant en la construction d'appartements en propriété par étages, il ne fait aucun doute que les droits litigieux pourront être reportés sur d'autres personnes (à savoir les acquéreurs des appartements en cas
de vente ou les locataires en cas de mise en location), dans la mesure où ils seront intégrés dans les prix de vente ou les loyers.
Manifestement mal fondé, le grief doit être rejeté.
7. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourantes supportent les frais judiciaires, solidairement entre elles (cf. art. 66 al. 1 et 5 LTF), et n'ont pas droit à des dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Des frais judiciaires de 5'000 fr. sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, à l'Administration fiscale cantonale, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 25 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
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