Fatti:
A. Con sentenza del 17 luglio 2007 il giudice della Pretura penale del Cantone Ticino ha riconosciuto A._ autore colpevole di carente diligenza in operazioni finanziarie per avere, a Lugano e Melide, nel periodo compreso tra la fine del 1997 e il luglio 2001, agendo a titolo professionale, nella sua qualità di fiduciario, accettato di trasferire, prendere in custodia e collocare valori patrimoniali altrui senza accertarsi, con la diligenza richiesta dalle circostanze, dell'identità dell'avente diritto economico, in particolare per avere partecipato, in collaborazione con B._, alla gestione e all'amministrazione dei fondi depositati sul conto xxx presso C._ intestato alla società D._ senza avere proceduto personalmente all'identificazione dell'avente diritto economico di tale relazione bancaria, fidandosi della dichiarazione di terze persone. Il giudice cantonale lo ha condannato al pagamento di una multa di fr. 2'000.--, fissando la pena detentiva in caso di mancato pagamento in 20 giorni.
B. Adita dal condannato, la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello (CCRP) ha respinto in quanto ammissibile il ricorso con giudizio del 31 gennaio 2008. Ha in particolare ritenuto infondate sia le censure riguardanti la semplificazione del decreto d'accusa operata dal giudice della Pretura penale sia quelle riguardanti gli accertamenti di fatto ed ha rilevato che il reato non era prescritto.
C. A._ impugna con un ricorso in materia penale al Tribunale federale questa sentenza, chiedendo in via principale di annullarla per il mancato adempimento dei presupposti del reato. In via subordinata, chiede l'annullamento per l'intervenuta prescrizione del reato. Il ricorrente fa valere l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti, la violazione del principio "in dubio pro reo", del principio accusatorio e degli art. 305ter e 98 CP.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 133 III 462 consid. 2, 489 consid. 3).
1.2 Presentato dall'imputato, che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza e le cui conclusioni sono state disattese (art. 81 cpv. 1 lett. b), diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità di ultima istanza cantonale (art. 80 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia penale è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e di massima ammissibile.
1.3 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso ordinario al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto. Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e la violazione del principio "in dubio pro reo". Trattandosi infatti di garanzie di rango costituzionale, giusta l'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina le relative censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 133 IV 286 consid. 1.4, 133 II 249 consid. 1.4.2, 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (DTF 129 I 113 consid. 2.1 e rinvii). Tale esigenza vale pure riguardo all'accennata violazione del principio accusatorio, che riguarda essenzialmente il diritto procedurale cantonale, oltre eventualmente il diritto costituzionale, e che non risulta adeguatamente proposta in questa sede, il ricorrente non criticando peraltro più la "semplificazione" del decreto d'accusa emanato dal Procuratore pubblico (cfr., sul principio accusatorio, la sentenza 1P.105/2001 del 28 maggio 2001, consid. 1b e 2a/aa, apparsa in: RDAT II-2001, n. 58, pag. 227 segg.).
2. 2.1 Il ricorrente sostiene che mancherebbero le prove per imputargli un coinvolgimento maggiore nella vicenda se non quello dell'esistenza di una semplice procura amministrativa a suo favore sul conto D._. Ritiene che la CCRP avrebbe in sostanza preteso ch'egli fornisse la documentazione bancaria relativa ai conti che sarebbero stati da lui gestiti ed alle operazioni eseguite, obbligandolo in tal modo a dimostrare la sua innocenza. Critica inoltre la conclusione della Corte cantonale, che ha ritenuto l'assenza di tali giustificativi bancari sopperita dagli evidenti ed ammessi investimenti eseguiti dall'imputato sul conto D._, anche se conformi al mandato ricevuto.
2.2 Ora, la precedente istanza ha rilevato che non risultava dal verbale del dibattimento che l'imputato avesse chiesto l'acquisizione agli atti della documentazione bancaria litigiosa o avesse eccepito una limitazione dei propri diritti processuali al riguardo. Risultava per contro, che il ricorrente aveva essenzialmente invocato la prescrizione per buona parte dei fatti imputatigli, aveva rilevato che il denaro era giunto da una banca solida ed affidabile e sottolineato che sotto il profilo soggettivo non erano dati i presupposti per la sua condanna. In questa sede il ricorrente non si confronta con questi accertamenti, che corrispondono peraltro al verbale del dibattimento. Neppure egli sostiene, tantomeno con una motivazione conforme alle citate esigenze, che sarebbe errata la considerazione della CCRP secondo cui egli non negava in sostanza le operazioni oggetto del procedimento, ma sosteneva semplicemente ch'esse non comportavano una sua responsabilità di carattere penale. Questa conclusione è anzi conforme agli atti, ove solo si consideri che, come rettamente rilevato dalla Corte cantonale, la gestione del conto e la sua utilizzazione da parte del ricorrente, mediante operazioni bancarie, sono state da lui confermate in sede di interrogatorio. Poiché, in tali circostanze, i giustificativi relativi alle singole operazioni bancarie potevano anche essere superflui per provare la colpevolezza del ricorrente, è senza abusare del proprio potere di apprezzamento o violare il principio "in dubio pro reo" che la precedente istanza non ha dato un peso rilevante alla loro assenza.
3. 3.1 Il ricorrente lamenta la violazione degli art. 98 e 305ter CP. Rimprovera alla CCRP di avere a torto negato la prescrizione del reato, considerando il comportamento incriminato come un'unità di azione. Sostiene che sarebbe per contro determinante solo la data d'avvio del rapporto di gestione patrimoniale (1997), sicché il reato sarebbe prescritto.
3.2 L'art. 305ter cpv. 1 CP, nel tenore in vigore dal 1° gennaio 2007, prevede che chiunque, a titolo professionale, accetta, prende in custodia, aiuta a collocare o a trasferire valori patrimoniali altrui senza accertarsi, con la diligenza richiesta dalle circostanze, dell'identità dell'avente economicamente diritto, è punito con una pena detentiva sino a un anno o con una pena pecuniaria. Nel tenore previgente, la disposizione comminava la detenzione fino a un anno, l'arresto o la multa. La fattispecie dell'art. 305ter CP costituisce un reato di messa in pericolo astratto contro l'amministrazione della giustizia. Trattasi di un reato speciale ("echtes Sonderdelikt"; DTF 129 IV 329 consid. 2.2). Il comportamento vietato consiste nell'accettare, nell'esercizio della propria professione nel campo finanziario, valori patrimoniali senza verificare l'identità dell'avente diritto economico nonostante degli indizi lascino pensare ch'egli non corrisponda alla parte contrattuale. Al riguardo, la violazione dell'obbligo d'identificazione è sufficiente, non essendo rilevante che i valori patrimoniali siano pervenuti all'avente economicamente diritto mediante un reato. L'oggetto del dovere di diligenza previsto dalla norma è quindi l'identificazione dell'avente diritto economico (DTF 129 IV 329 consid. 2.5.3 pag. 335, 125 IV 139 consid. 3b). La disposizione mira ad assicurare la trasparenza nel settore finanziario, affinché chi ricicla capitali non possa approfittare dell'anonimato delle operazioni finanziarie per compiere le sue attività criminali. La conoscenza del vero proprietario economico dei valori patrimoniali facilita le inchieste penali, sicché il fine ultimo della norma risiede nella protezione dell'amministrazione della giustizia. Esso è sostanzialmente raggiunto quando l'avente economicamente diritto è identificato (DTF 129 IV 329 consid. 2.5.4).
3.3 Il ricorrente ha gestito gli averi in deposito dalla fine del 1997 al luglio del 2001, senza mai accertare l'identità dell'avente economicamente diritto. Il reato si è quindi realizzato con l'avvio della relazione d'affari senza procedere all'identificazione della controparte contrattuale. Trattandosi in concreto di un rapporto d'affari durevole, la situazione illecita per la mancata identificazione dell'avente diritto economico si è comunque protratta nel seguito del rapporto di gestione dei fondi, fino alla sua cessazione. La fattispecie adempie di conseguenza gli estremi di un reato permanente ("Dauerdelikt"; cfr. Niklaus Schmid, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, vol. 2, Zurigo 2002, § 6 n. 47 e n. 259; Marlène Kistler, La vigilance requise en matière d'opérations financières, tesi, Losanna 1994, pag. 171 e 251; Philippe Grüninger, Die Strafbarkeit der Verletzung von Sorgfaltspflichten bei Finanzgeschäften, tesi, Zurigo 2005, pag. 58; cfr. inoltre, sulla nozione di reato permanente, DTF 132 IV 49 consid. 3.1.2.2 e rinvii). In tali circostanze, la prescrizione non decorre dalla commissione del reato nel 1997, bensì, come rettamente rilevato dalla CCRP, dal giorno in cui ne è cessata la continuazione, in concreto nel luglio del 2001 (cfr. art. 98 lett. c CP, art. 71 lett. c vCP, in vigore dal 1° ottobre 2002 [RU 2002 2993], corrispondente al previgente art. 71 cpv. 3 vCP; DTF 131 IV 83 consid. 2.4.5 pag. 94).
3.4 L'argomentazione ricorsuale secondo cui la distanza temporale tra le diverse operazioni bancarie accertate escluderebbe un'unità naturale di azione non si riferisce alla motivazione del giudizio impugnato e non è quindi idonea a sminuirla: contrariamente a quanto sembra ritenere il ricorrente, la CCRP non ha infatti ravvisato un'unità naturale di azione, ma, a ragione, un'unità giuridica di azione. D'altra parte, citando un passaggio dottrinale (René Schwab/Eric Stupp, Basler Kommentar Börsengesetz, Basilea 2007, n. 8 all'art. 305ter) e sostenendo che il reato di carente diligenza in operazioni finanziarie è consumato all'avvio della relazione d'affari (in concreto nel 1997), il ricorrente disattende che non ha identificato l'avente economicamente diritto nemmeno in seguito, sicché, come visto, la situazione contraria al diritto è continuata anche durante il mandato di gestione dei fondi. Peraltro, sulla questione, la dottrina citata dal ricorrente non si esprime esplicitamente e comunque un ulteriore accertamento dell'avente economicamente diritto o un rinnovo della sua identificazione gli sarebbero spettati anche nel corso della relazione in caso di dubbio sulla sua identità (cfr. art. 5 cpv. 1 LRD).
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile, sia nella sua domanda principale sia in quella subordinata. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.