Sachverhalt:
A. S._ (geboren 1964) bezog ab Dezember 1994 eine halbe Invalidenrente. Mit Verfügung vom 4. Oktober 2002 sprach ihm die IV-Stelle für Versicherte im Ausland ab 1. Juni 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Die Personalversicherung NCR Schweiz (nachfolgend: PK NCR) erbrachte die Leistungen der beruflichen Vorsorge. Im Jahre 2009 regte die PK NCR eine vorgezogene Rentenüberprüfung an und richtete S._ ab Dezember 2009 nur noch eine halbe Invalidenrente aus. Die IV-Stelle reduzierte am 20. Juni 2011 die von ihr ausgerichtete Rente ab 1. August 2011 ebenfalls auf eine halbe Invalidenrente; diese Verfügung wurde der PK NCR am 22. Juni 2011 zugestellt. Nachdem der Rechtsvertreter von S._ um Einsicht in die Akten ersucht hatte, bestätigte die IV-Stelle am 18. Juli 2011 ihre Verfügung vom 20. Juni 2011, begründete diese jedoch ausführlicher und reduzierte die Rente erst ab 1. September 2011; auch diese Verfügung wurde der PK NCR zugestellt. S._ liess beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde einreichen (Verfahren C-5038/2011). Im Rahmen des Beschwerdeverfahrens zog die IV-Stelle ihre Verfügung vom 18. Juli 2011 in Wiedererwägung und sprach ihm am 18. Januar 2012 erneut eine ganze Invalidenrente ab 1. September 2011 zu; gemäss Verteiler wurde diese Verfügung auch der PK NCR zugestellt. Diese ersuchte am 23. Januar 2012 bei der IV-Stelle um Akteneinsicht. Die IV-Stelle leitete diese Eingabe an das Bundesverwaltungsgericht weiter. Dieses schrieb das Verfahren C-5038/2011 infolge Gegenstandslosigkeit mit Entscheid vom 31. Januar 2012 ab und stellte der Rechtsvertreterin der PK NCR am 7. Februar 2012 die Akten - zusammen mit dem Entscheid vom 31. Januar 2011 - zu, jedoch versehentlich an die Büro- anstelle der angegebenen Postadresse.
B. Mit Eingabe vom 8. Februar 2012 gelangte die PK NCR an das Bundesverwaltungsgericht und hielt fest, sie sei in das Verfahren nicht einbezogen worden, da sie nicht beschwert sei, und sei deshalb auch nicht im Sinne von Art. 23 BVG an den Entscheid der IV gebunden; sollte das Gericht wider Erwarten den Einbezug der PK NCR als notwendig erachten, werde um Akteneinsicht und Fristansetzung zur Stellungnahme ersucht. Das Bundesverwaltungsgericht eröffnete ein neues Verfahren (C-885/2012) und hielt in der Zwischenverfügung vom 20. Februar 2012 fest, die PK NCR habe am 8. Februar 2012 eine Beschwerde gegen die Verfügung vom 18. Januar 2012 eingereicht, welche den gesetzlichen Anforderungen nicht genüge, weshalb eine Frist bis 27. Februar 2012 zur Behebung der Mängel angesetzt werde. Mit Eingabe vom 27. Februar 2012 liess die PK NCR geltend machen, das Schreiben vom 7. Februar 2012 sei nicht als Beschwerde, sondern nur als Akteneinsichtsgesuch zu qualifizieren, weshalb der PK NCR auch keine Parteistellung zukomme; eventualiter sei der PK NCR eine Frist von 30 Tagen zur Einreichung einer Beschwerde nach Erhalt sämtlicher Akten zu gewähren; subeventualiter sei die Verfügung vom 18. Januar 2012 aufzuheben und jene vom 18. Juli 2011 zu bestätigen. Am 2. März 2012 wurden die Akten an die Vorinstanz retourniert, da sie nicht zugestellt werden konnten. Das Bundesverwaltungsgericht stellte am 8. März 2012 die Akten erneut zu und setzte der PK NCR bis 15. März 2012 Frist, ihren Beschwerdewillen zu erklären und eine Beschwerdeverbesserung einzureichen; andernfalls werde auf die Beschwerde vom 8. Februar 2012 nicht eingetreten. Mit Eingabe vom 15. März 2012 stellte sich die PK NCR auf den Standpunkt, sie sei in das Verfahren C-5038/2011 nicht einbezogen worden und aus den Zwischenverfügungen vom 20. Februar und 8. März 2012 sei ersichtlich, dass die Bindungswirkung der IV-Verfügung nicht mehr Gegenstand dieses seit mehr als einem Monat abgeschlossenen Verfahrens darstelle; daher bestehe für die PK NCR kein Grund, sich in das zwischen den Parteien bereits am 31. Januar 2012 abgeschlossene Verfahren einbringen zu wollen; die Anfrage vom 8. Februar 2012 begründe keine Parteistellung und sei nicht als Beschwerde zu behandeln. Mit Entscheid vom 22. März 2012 schrieb das Bundesverwaltungsgericht das Verfahren C-885/2012 zufolge Rückzugs der Beschwerde als gegenstandslos ab.
C. Die PK NCR führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass sie keine Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht eingereicht habe und demnach auch diese nicht zurückgezogen habe; eventualiter sei für den Fall, dass die Anfrage als Beschwerde qualifiziert werde, festzustellen, dass die gewährte Frist zur Verbesserung der Beschwerde nicht den Vorgaben des ATSG entspreche und auf jeden Fall ungenügend gewesen sei.
Das Bundesamt für Sozialversicherungen, die Vorinstanz und die IV-Stelle verzichten auf eine Vernehmlassung. S._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
1. Streitig ist die Parteistellung der PK NCR vor Bundesverwaltungsgericht (nachfolgend: E. 4.2) sowie die von der Vorinstanz angesetzte Nachfrist zur Verbesserung der Eingabe (nachfolgend: E. 4.3).
2. Vorweg ist festzuhalten, dass die Auffassung der PK NCR, wonach sie 2009 die Rentenreduktion verfügt und der Versicherte dagegen kein Rechtsmittel eingelegt habe, unzutreffend ist resp. keine rechtliche Relevanz entfaltet, da die Vorsorgeeinrichtungen keine Befugnis haben, über Rechte und Pflichten ihrer Versicherten zu verfügen (BGE 115 V 224 E. 2 S. 228 und seither ergangene Rechtsprechung, etwa Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 65/02 vom 25. Oktober 2002 E. 2.2 oder Urteil 9C_73/2010 vom 28. September 2010 E. 7.1). Insofern ist es dem Versicherten unbenommen, die Zahlung der Differenz zwischen einer halben und einer ganzen Invalidenrente auf dem nach Art. 73 BVG vorgesehenen Klageweg geltend zu machen.
3. 3.1 Für das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht ist das Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz; VwVG; SR 172.021) massgebend, soweit das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz; VGG; SR 173.32) nichts anderes vorsieht (Art. 37 VGG). Das VwVG findet Anwendung auf das Verfahren in Verwaltungssachen, die durch Verfügungen von Bundesverwaltungsbehörden in erster Instanz oder auf Beschwerde hin zu erledigen sind (Art. 1 Abs. 1 VwVG); zu den Behörden im Sinne des Abs. 1 gehört auch das Bundesverwaltungsgericht (Abs. 2 lit. cbis). In Sozialversicherungsverfahren ist das VwVG nur anwendbar, soweit nicht das ATSG massgebend ist (Art. 3 lit. dbis VwVG). Die Verfahrensvorschriften von Art. 61 ATSG finden auf das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht keine Anwendung (vgl. etwa SVR 2010 UV Nr. 29 S. 117 E. 3.1 [8C_556/2009] sowie Kieser, ATSG-Kommentar, 2. Aufl., N. 4 zu Art. 61 ATSG).
Nach Art. 58 Abs. 1 und 2 VwVG kann die Verwaltung ihre Verfügung bis zu ihrer Vernehmlassung im Beschwerdeverfahren in Wiedererwägung ziehen; sie eröffnet diese neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt dies der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis. Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese nicht durch die neue Verfügung gegenstandslos geworden ist (Art. 58 Abs. 3 VwVG). Erfüllt demnach diese neue Verfügung die Begehren der beschwerdeführenden Person vollumfänglich, hat sie kein Rechtsschutzinteresse am hängigen Verfahren mehr, so dass dieses gegenstandslos wird und abgeschrieben werden kann (vgl. Mächler, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], VwVG, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, N. 16 zu Art. 58 VwVG; Pfleiderer, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], VwVG, Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, N. 48 zu Art. 58 VwVG).
3.2 Die von der IV-Stelle lite pendente erlassene Verfügung vom 18. Januar 2012 entspricht vollumfänglich den Begehren des Versicherten. Die Vorinstanz hat demnach das Verfahren C-5038/2011 zu Recht infolge Gegenstandslosigkeit abgeschrieben. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass die PK NCR nicht mit den Rechtsschriften im Verfahren C-5038/2011 bedient wurde, da die Verfügung vom 18. Januar 2012 an die Stelle der Verfügung vom 18. Juli 2011 getreten ist (vgl. E. 4.1), so dass der PK NCR eine neue Rechtsmittelfrist eröffnet wurde und sie somit keinen Rechtsnachteil erlitt.
4. 4.1 Erlässt die Verwaltung eine Verfügung lite pendente im Sinne von Art. 58 Abs. 1 VwVG, so tritt diese an die Stelle der früheren Verfügung (Pfleiderer, a.a.O., N. 44 zu Art. 58 VwVG). Sofern diese neue Verfügung die Begehren der beschwerdeführenden Person nur teilweise erfüllt, ist eine Abschreibung infolge Gegenstandslosigkeit unzulässig und die neue Verfügung gilt als mitangefochten im fortzusetzenden Verfahren (vgl. dazu Mächler, a.a.O., N. 18 zu Art. 58 VwVG; Pfleiderer, a.a.O., N. 52 zu Art. 58 VwVG).
Anspruch auf eine Invalidenrente der beruflichen Vorsorge haben Versicherte, welche im Sinne der Invalidenversicherung zu mindestens 40 % invalid sind und bei Eintritt der zur Invalidität führenden Arbeitsunfähigkeit bei einer Vorsorgeeinrichtung versichert waren (Art. 23 lit. a BVG). Nach der Rechtsprechung sind die Vorsorgeeinrichtungen im Bereich der gesetzlichen Mindestvorsorge an die Feststellungen der IV-Organe gebunden. Dies gilt, soweit die invalidenversicherungsrechtliche Betrachtungsweise auf Grund der gesamthaften Prüfung der Akten nicht als offensichtlich unhaltbar erscheint. Eine Bindungswirkung entfällt ebenfalls, wenn die Vorsorgeeinrichtung nicht ins invalidenversicherungsrechtliche Verfahren einbezogen wird. Denn den Versicherern nach BVG steht in diesem Verfahren ein selbstständiges Beschwerderecht zu. Deshalb ist die IV-Stelle verpflichtet, eine Rentenverfügung allen in Betracht fallenden Vorsorgeeinrichtungen von Amtes wegen zu eröffnen. Unterbleibt ein solches Einbeziehen der Vorsorgeeinrichtung, ist die invalidenversicherungsrechtliche Festsetzung des Invaliditätsgrades berufsvorsorgerechtlich nicht verbindlich (SVR 2009 BVG Nr. 27 S. 97 E. 2.3, 8C_539/2008; vgl. auch BGE 133 V 67 E. 4.3 S. 68 mit Hinweisen).
4.2 Die IV-Stelle hat die Verfügung vom 18. Januar 2012 auch der PK NCR zugestellt. Diese hatte sich am ersten Beschwerdeverfahren nicht beteiligt, da die angefochtene Verfügung ihrem Standpunkt entsprach. Mit Zustellung der Verfügung vom 18. Januar 2012 wurde ihr eine neue Verfügung mit Rechtsmittelfrist zu deren Anfechtung eröffnet. Insofern war es im Interesse der PK NCR, wenn die Vorinstanz die Eingabe vom 8. Februar 2012 als Beschwerde betrachtete, da ansonsten die Verfügung vom 18. Januar 2012 auch gegenüber der PK NCR in Rechtskraft erwachsen wäre, was - wie sich dem Schreiben vom 8. Februar 2012 entnehmen lässt - nicht dem Willen der PK NCR entsprach. Nachdem die PK NCR aber die von der Vorinstanz korrekterweise angesetzte Frist zur Behebung der formellen Mängel ihrer Eingabe insofern nicht nutzte, als sie mit Schreiben vom 15. März 2012 explizit festhielt, sie habe keine Beschwerde erhoben, ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz ein Prozessurteil erliess. Dabei kann offen bleiben, ob der Abschreibungsentscheid infolge Rückzugs der Beschwerde zu Recht erging oder ob - wie angedroht - nicht ein Nichteintretensentscheid mangels Beschwerdewillens hätte erfolgen sollen, da die Beendigung des Verfahrens durch ein Prozessurteil im Ergebnis nicht zu beanstanden ist und es für die PK NCR keinen Unterschied macht, ob ein Abschreibungs- oder Nichteintretensentscheid vorliegt, weil der Entscheid der PK NCR keine Kosten auferlegte und kein Sachurteil gefällt wurde. An diesem Ergebnis ändert auch der Umstand nichts, dass die Akten zuerst infolge der versehentlichen Falschadressierung nicht zugestellt werden konnten, da sie beim zweiten Versuch mit Fristansetzung zur Beschwerdeverbesserung unbestrittenermassen bei der Rechtsvertreterin der PK NCR eingingen.
4.3 Soweit die PK NCR eventualiter gelten machen lässt, die von der Vorinstanz mit Zwischenverfügung vom 8. März 2012 angesetzte Frist entspreche nicht den Anforderungen des ATSG und sei in jedem Fall ungenügend, ist ihr einerseits entgegen zu halten, dass die Verfahrensbestimmungen von Art. 61 ATSG vor Bundesverwaltungsgericht keine Anwendung finden (E. 3.1). Andererseits ist die vom Bundesverwaltungsgericht angesetzte Frist von 5 Tagen zur Verbesserung des Mangels - im Vergleich zu der gestützt auf die Praxis zu Art. 61 ATSG geltenden üblichen Frist von 10 Tagen (vgl. etwa SVR 2010 UV Nr. 29 S. 117 E. 4.2 in fine [8C_556/2009] oder Kieser, a.a.O., N. 54 zu Art. 61 ATSG) - kurz, entspricht jedoch der Praxis des Bundesverwaltungsgerichts (Moser, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], VwVG, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, N. 16 zu Art. 52 VwVG und Seethaler/Bochsler, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], VwVG, Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, N. 114 zu Art. 52 VwVG, je mit Hinweisen) und erweist sich in Anbetracht der Umstände (weitgehend bekannter Sachverhalt; korrekte Eröffnung der Verfügung vom 18. Januar 2012; rechtskundige Vertretung) als angemessen; vor allem aber wäre sie als behördlich festgesetzte Frist auf entsprechendes Gesuch der PK NCR hin erstreckbar gewesen (Art. 22 Abs. 2 VwVG; vgl. auch Seethaler/Bochsler, a.a.O., N. 114 zu Art. 52 VwVG).
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Beschwerdeführerin hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
S._, welcher sich als Mitbeteiligter in der Sache vernehmen liess, hat Anspruch auf eine Parteientschädigung zu Lasten der Beschwerdeführerin (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat S._ eine Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 1800.- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, S._, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. September 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold