Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene F._ war von 1980 bis 1998 als Bauarbeiter/Isoleur tätig. Am 17. Februar 2000 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Luzern klärte den medizinischen und erwerblichen Sachverhalt ab. Mit Verfügung vom 30. April 2003 und Einspracheentscheid vom 20. Oktober 2003 entschied sie, es bestehe kein Anspruch auf eine Rente, weil der erforderliche Invaliditätsgrad nicht gegeben sei.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und das Eidgenössische Versicherungsgericht wiesen die von F._ gegen den ablehnenden Entscheid eingereichten Beschwerden ab (kantonaler Entscheid S 03 376 vom 18. März 2004; letztinstanzliches Urteil I 198/04 vom 7. Januar 2005).
Am 21. Oktober 2005 reichte der Versicherte wieder ein Leistungsgesuch ein. Die IV-Stelle veranlasste eine medizinische Beurteilung durch das Institut X._. Gestützt auf das interdisziplinäre Gutachten vom 27. Juni 2007 verneinte sie mit Verfügung vom 7. Februar 2008 erneut den Anspruch auf eine Invalidenrente.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 13. März 2009 ab.
C. F._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten; er beantragt Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie Ausrichtung einer Dreiviertelsrente; zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Mit Verfügung vom 13. Mai 2009 weist das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht, wozu auch die unvollständige Tatsachenermittlung zählt.
2. Streitig ist der Anspruch auf eine Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat die für die Beurteilung einschlägigen rechtlichen Grundlagen zutreffend dargelegt.
3. Die Rüge, der medizinische Sachverhalt sei unrichtig und unvollständig festgestellt, ist unbegründet: Die Vorinstanz hat diesen korrekt zusammengefasst und sich in den Erwägungen ihres Entscheides in rechtlich einwandfreier Art umfassend und ausführlich damit auseinandergesetzt (s. dort E. 2). Verfehlt ist im Zusammenhang mit der Begutachtung durch das Institut X._ die Berufung auf das vorinstanzliche Urteil S 07 682 in einer anderen Streitsache, da der Experte, dessen psychiatrisches Teilgutachten dort vom Gericht zurückgewiesen wurde, bei der Begutachtung des Beschwerdeführers gar nicht mitgewirkt hat, sondern sich lediglich in seiner Eigenschaft als Institutsleiter unterschriftlich mit der Beurteilung und den Schlussfolgerungen der Experten Dres. med. A._ und B._ einverstanden erklärt hat. Ebenso ins Leere zielt der Vorwurf, es sei übersehen worden, dass der Psychiater Dr. med. C._ dem Beschwerdeführer in einem Untersuchungsbericht (vom 10. Dezember 2001) wegen psychischer Erkrankungen eine Arbeitsunfähigkeit von 40-50 % attestiert habe. Wie im bereits genannten Urteil I 198/04 dargelegt, hat Dr. med. C._ diese Einschätzung mit einer leichten depressiven Stimmungslage und persönlichen Eigenschaften des Beschwerdeführers begründet; es handelt sich dabei um leistungshemmende Faktoren, die nicht dem rechtlich massgebenden Begriff des Gesundheitsschadens entsprechen (E. 2.2).
4. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a), ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den vorinstanzlichen Entscheid erledigt wird.
5. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Juni 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz