Sachverhalt:
A. Der 1973 geborene T._ erlitt am 27. Januar 1998 als Mitfahrer einen Autounfall, bei dem er sich eine inkomplette Berstungsfraktur Th11 und Th12 zuzog, welche operativ mittels dorsaler Stabilisation Th10 - L1 versorgt wurde. Anlässlich desselben Unfalls wurde seine Ehefrau tödlich verletzt. Am 12. Juni 2001 meldete sich T._, welcher in seiner Heimat den Beruf eines Zahntechnikers erlernt hatte und in der Schweiz als Hilfsarbeiter tätig war, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug, insbesondere in Form von beruflichen Massnahmen, an. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen holte Berichte von verschiedenen behandelnden Ärzten ein und liess bei der Abklärungs- und Ausbildungsstätte X._ in der Zeit vom 26. August bis 4. Oktober 2002 eine berufliche Abklärung durchführen. Gemäss deren Abschlussbericht vom 17. Dezember 2002 bestand für eine leichtere und behinderungsadaptierte Tätigkeit, mit der Möglichkeit des Einnehmens von Wechselpositionen, bei ganztägiger Verwertung eine Arbeitsfähigkeit von 80 %. Die Invalidenversicherung gewährte Leistungen zur Einarbeitung, welche T._ am 3. Januar 2003 aufnahm. Ab Mitte August 2003 attestierte der Hausarzt des Versicherten wegen vermehrten Rückenbeschwerden wiederum eine volle Arbeitsunfähigkeit. Hinzu kamen zunehmende psychische Probleme. Die IV-Stelle ordnete eine polydisziplinäre Begutachtung an. Gemäss Gutachten vom 15. September 2005 des Zentrums für Medizinische Begutachtung, (ZMB), leide der Versicherte im Wesentlichen an einem Status nach inkompletter Berstungsfraktur Th11 und Th12 und einer Metallentfernung im Oktober 1998, einer posttraumatischen Hyperkyphose der BWS, einem Status nach Anpassungsstörung mit längerer depressiver Reaktion, einer Unfallverarbeitung bei histrionisch akzentuierten Persönlichkeitszügen mit vorwiegend depressiver Symptomatik und einem panvertebralen Schmerzsyndrom bei anhaltender Schmerzstörung. Die Kyphosierung der Brustwirbelsäule und die kompensatorische Lordosierung der Lendenwirbelsäule erkläre teilweise die Schmerzsymptomatik, nicht aber deren ausserordentliche Intensität. Rein somatisch sei er in einer den körperlichen Beschwerden angepassten wechselbelastenden Tätigkeit voll arbeitsfähig. Hingegen schränke die psychische und psychosomatische Symptomatik die Leistung zu 30 % ein.
Mit Verfügungen vom 11. November 2005 wurde die Arbeitsvermittlung abgeschlossen und ein Anspruch auf eine Invalidenrente verneint. Im daraufhin angehobenen Einspracheverfahren liess T._ ein Gutachten des Dr. med. R._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 17. Mai 2006 und ein solches der Dr. med. H._, Fachärztin FMH für Orthopädie, vom 5. September 2006 auflegen. Während ersterer eine vollständige Arbeitsunfähigkeit attestierte, ging die Orthopädin von einer Arbeitsfähigkeit von 30 % in einer adaptierten Tätigkeit aus, die bei gutem Muskelaufbau auf eine solche von 50 %, bei optimalem Verlauf bis zu 75 % gesteigert werden könne. Nachdem die IV-Stelle ihre Verfügungen vom 11. November 2005 widerrufen hatte, liess sie den Versicherten erneut am ZMB begutachten. Gemäss Expertise vom 6. Dezember 2007 habe sich ab Frühling 2006 eine relevante Verschlechterung in psychischer Hinsicht eingestellt. Seither liege für eine rückenadaptierte Tätigkeit eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % vor. Mit Verfügung vom 8. Januar 2009 sprach die IV-Stelle des Kantons St. Gallen (Verfügungsteil 2) beziehungsweise die IV-Stelle des Kantons Thurgau (Verfügungsteil 1) T._ bei einem Invaliditätsgrad von 50 % eine halbe Rente ab April 2007 zu. Vorgängig hatte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen die Arbeitsvermittlung als abgeschlossen erklärt (Schreiben vom 27. Mai 2008).
B. Die gegen die Rentenverfügung erhobene Beschwerde, mit welcher eine ganze Rente ab 1. Juni 2001, eventuell die Rückweisung zu weiterer Abklärung, beantragt worden war, hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen in dem Sinne teilweise gut, als es den Beginn des Anspruchs auf eine halbe Rente auf den 1. April 2006 ansetzte.
C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Anträgen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides und der Verfügung vom 8. Januar 2009 sei ihm ab 1. Oktober 1999 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur Vornahme zusätzlicher Abklärungen und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, subeventualiter sei ihm ab 1. August 2003 eine halbe, mindestens jedoch eine Viertelsrente, und ab 1. April 2006 eine Dreiviertelsrente zuzusprechen.
Gleichzeitig legt er neu zwei Zeugnisse des Psychiaters Dr. med. P._ vom 17. August und vom 29. November 1999 ins Recht.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil - von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen - den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf Rüge hin (Art. 97 Abs. 1 BGG) berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG); unter die Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 lit. a BGG fällt auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (Urteil 9C_655/2007 vom 4. Januar 2008 E. 1 mit Hinweisen). Die Rüge einer rechtsfehlerhaften Sachverhaltsfeststellung darf sich grundsätzlich nicht darauf beschränken, den bestrittenen Feststellungen des kantonalen Gerichts den nach eigener Auffassung richtigen Sachverhalt gegenüberzustellen oder die eigene Beweiswürdigung zu erläutern. Vielmehr ist hinreichend genau anzugeben, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen rechtswidrig oder mit einem klaren Mangel behaftet sind. Eine diesen Anforderungen nicht genügende (appellatorische) Kritik ist unzulässig (Urteil 9C_569/2008 vom 1. Oktober 2008 E. 1.2 mit Hinweisen). Die konkrete Beweiswürdigung ist wie die darauf beruhende Sachverhaltsfeststellung ebenfalls nur unter diesem eingeschränkten Blickwinkel überprüfbar (Urteil 8C_585/2009 vom 5. Januar 2010 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.2 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Dies ist dann der Fall, wenn eine bereits bei Erlass des angefochtenen Entscheides bestandene Tatsache erst durch den vorinstanzlichen Entscheid rechtswesentlich wird (HANSJÖRG SEILER/NICOLAS VON WERDT/ANDREAS GÜNGERICH, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 3 und 6 zu Art. 99 BGG). Es ist nicht ersichtlich und wird nicht näher dargelegt (vgl. Urteil 9C_786/2009 vom 24. Februar 2010 E. 1.2), inwiefern diese Voraussetzung hier mit Blick auf die letztinstanzlich neu eingereichten Zeugnisse eines vormals behandelnden Arztes gegeben ist, weshalb die entsprechenden Unterlagen unbeachtet bleiben müssen.
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung. Die zu dessen Beurteilung erforderlichen gesetzlichen Grundlagen sowie die einschlägige Rechtsprechung, namentlich zur Bedeutung und zum Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten sowie zur Beweiswürdigung (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99 f.; 125 V 351 E. 3 S. 352 ff.; 122 V 157 E. 1c S. 160 ff.), finden sich im angefochtenen Entscheid zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz stellte in Würdigung der medizinischen Gutachten, insbesondere der polydisziplinären Expertisen des ZMB vom 15. September 2005 und vom 6. Dezember 2007, aber auch unter eingehender Auseinandersetzung und Berücksichtigung der Gutachten und Stellungnahmen der Dres. med. R._, und H._, fest, dass der Beschwerdeführer aufgrund seiner körperlichen und psychischen Gesundheitsschädigung ab Frühjahr 2006 in einer seinen Rückenbeschwerden angepassten Arbeit zu 50 % arbeitsunfähig war. Der von der ZMB-Einschätzung abweichenden Beurteilung des Dr. med. R._ vom Mai 2006, welcher eine seit mehreren Jahren bestehende ausgeprägte depressive Symptomatik mit voller Arbeitsunfähigkeit postulierte, hielt das kantonale Gericht entgegen, dass an der Klinik Y._ und an der Abklärungs- und Ausbildungsstätte X._, wo der Beschwerdeführer je mehrere Wochen weilte, keine psychiatrisch bedingte Einschränkung der Arbeitsfähigkeit festgestellt worden sei. In der psychiatrischen Begutachtung durch das ZMB sei die depressive Komponente mitberücksichtigt und das Ergebnis jener Begutachtung sei überzeugend begründet worden. Die verschiedenen Ärzte hätten im Wesentlichen übereinstimmende Befunde erhoben. Ein für die Beurteilung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers wesentliches Sachverhaltselement, das von Dr. med. R._ oder Dr. med. H._ erkannt worden, im Gutachten ZMB aber zu Unrecht unberücksichtigt geblieben wäre, sei nicht ersichtlich. Anlässlich der zweiten Begutachtung am ZMB im Dezember 2007 habe sich gezeigt, dass im Vergleich zu jener im Jahre 2005 in somatischer Hinsicht keine wesentliche Veränderung eingetreten sei. Psychiatrisch sei aber eine deutlich ausgeprägtere depressive Symptomatik festgestellt worden. Diese psychiatrische Symptomatik könne nicht nur im Rahmen einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung beurteilt werden. Es sei ihr ein eigener Krankheitswert zuzumessen. Das Ergebnis dieser zweiten Begutachtung durch das ZMB sei ebenfalls begründet und nachvollziehbar. Es könne darauf abgestellt werden, womit der Beschwerdeführer aufgrund des Beweisergebnisses ab Frühjahr 2006 noch zu 50 % arbeitsfähig sei.
3.2 Der Auffassung des kantonalen Versicherungsgerichts ist beizupflichten. In der Beschwerde wird nicht geltend gemacht, inwieweit die Vorinstanz den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder sonstwie in Verletzung von Bundesrecht (E. 1.1 hievor) festgestellt habe. Vielmehr beschränkt sich der Beschwerdeführer auf eine im Rahmen der gesetzlichen Überprüfungsbefugnis unzulässige, appellatorische Kritik an den tatbeständlichen Darlegungen des kantonalen Gerichts. Das vorinstanzliche Beweisergebnis beruht insbesondere auf einer dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) genügenden Auseinandersetzung mit den Einwänden des Versicherten. Auszugehen ist somit von der verbindlichen Feststellung der Vorinstanz, wonach der Beschwerdeführer in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig ist.
3.3 Hiegegen erhebt der Beschwerdeführer keine stichhaltigen Einwände. Soweit er letztinstanzlich vorbringt, auf die Gutachten des ZMB sei von der Vorinstanz unter anderem deshalb zu Unrecht abgestellt worden, weil die IV-Stelle ihrer Abklärungspflicht ungenügend nachgekommen sei, indem sie von dem den Beschwerdeführer im Jahre 1999 behandelnden Psychiater keinen Bericht eingeholt, und ein solcher dem Begutachtungsinstitut deshalb nicht vorgelegen habe, kann darauf nicht eingegangen werden, weil es sich um ein unzulässiges Novum handelt (siehe E. 1.2). Zudem ist nicht ersichtlich worin die vorinstanzliche Rechtsverletzung in der Feststellung des Sachverhalts liegen soll, wenn sie einen Bericht, der auch vom Beschwerdeführer selbst im viele Jahre dauernden Abklärungsverfahren nicht zu den Akten gereicht wurde, in ihre Würdigung nicht einbezogen hatte. Die vom Beschwerdeführer angerufene Abklärungspflicht der Verwaltung beinhaltet nicht, dass sie von jedem Arzt, der einen Versicherten je behandelt hat, einen Bericht einfordern muss. Bereits das kantonale Gericht hat ausführlich dargelegt, weshalb die Einwände des Versicherten gegen das Gutachten nicht zutreffen. Wenn es zur Hauptsache darauf abgestellt hat, ohne aber die weiteren Berichte von behandelnden und untersuchenden Ärzten ausser Acht zu lassen, nahm es eine Beweiswürdigung vor, die grundsätzlich nur unter der Voraussetzung der offensichtlich unrichtigen oder sonstwie bundesrechtswidrigen Sachverhaltsfeststellung einer Überprüfung durch das Bundesgericht zugänglich ist, was nicht zutrifft und auch nicht substanziiert behauptet wird. Die umfangreichen Vorbringen des Beschwerdeführers, die sich mit der vorinstanzlichen Beweiswürdigung befassen, sind daher nicht weiter zu beachten.
Das betrifft auch die tatsächlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts hinsichtlich des Verlaufs der gesundheitlichen Beeinträchtigungen, namentlich jener, dass das Wartejahr gemäss Art. 29 Abs. 1 IVG im Oktober 1999 abgelaufen und der Beschwerdeführer damals nach der Aktenlage in einer angepassten Tätigkeit voll arbeitsfähig war, weshalb mangels rentenbegründender Erwerbsunfähigkeit kein Rentenanspruch entstand.
Das betrifft auch die tatsächlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts hinsichtlich des Verlaufs der gesundheitlichen Beeinträchtigungen, namentlich jener, dass das Wartejahr gemäss Art. 29 Abs. 1 IVG im Oktober 1999 abgelaufen und der Beschwerdeführer damals nach der Aktenlage in einer angepassten Tätigkeit voll arbeitsfähig war, weshalb mangels rentenbegründender Erwerbsunfähigkeit kein Rentenanspruch entstand.
3.4 3.4.1 Für den Einkommensvergleich ging die Vorinstanz sowohl für die Bestimmung des hypothetischen Einkommens ohne Invalidität (Valideneinkommen), als auch für das Invalideneinkommen von denselben statistischen Werten aus, da der Beschwerdeführer im Unfallzeitpunkt keiner Erwerbstätigkeit nachging, welche als Grundlage für die Bestimmung seines Valideneinkommens herangezogen werden konnte. Das kantonale Gericht nahm in der Folge einen sogenannten Prozentvergleich vor, in dem es den Invaliditätsgrad unter Berücksichtigung eines Abzuges von 10 % dem Grad der Arbeitsunfähigkeit gleichsetzte.
3.4.2 Soweit der Beschwerdeführer dagegen vorbringen lässt, beim Valideneinkommen sei zu berücksichtigen, dass er in seinem Heimatland eine vierjährige Ausbildung als Zahntechniker absolviert und mit gutem Erfolg abgeschlossen hatte, weshalb mindestens von Niveau 3 gemäss den Erhebungen des Bundesamtes für Statistik (Schweizerische Lohnstrukturerhebungen [LSE]) auszugehen sei, übersieht er, dass er - obwohl bereits im Jahre 1992 in die Schweiz eingereist - bis zum Unfall im Jahre 1998 nie seiner ursprünglichen Tätigkeit nachgegangen ist, sondern - ohne entsprechende Arbeitsbewilligung - als Hilfsarbeiter eingesetzt wurde. Es liegen keine hinreichenden Anhaltspunkte dafür vor, dass der Beschwerdeführer im Jahre 2003 - dem Zeitpunkt der erstmaligen Invaliditätsbemessung - als Gesunder eine höher qualifizierte Arbeit verrichtet hätte. Die gegenteilige Feststellung der Vorinstanz ist daher nicht rechtsverletzend.
3.4.3 Das kantonale Gericht hat weiter einen leidensbedingten Abzug vom Invalideneinkommen (Tabellenlohn) von 10 % vorgenommen. Die Höhe des im konkreten Fall grundsätzlich angezeigten Leidensabzuges ist eine Ermessensfrage, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nurmehr dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (vgl. BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399). Da keine rechtsfehlerhafte Ermessensausübung erkennbar ist, ist eine Erhöhung des leidensbedingten Abzuges entgegen den Einwendungen des Beschwerdeführers ausgeschlossen.
3.4.4 Der Invaliditätsgrad wurde zusammenfassend mit 55 % richtig ermittelt, weshalb ein Anspruch auf eine halbe Invalidenrente besteht.
4. Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Juni 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer