Sachverhalt:
A. X._ zwang am 26. Februar 1997 eine Frau mit einem Klappmesser, ihn oral zu befriedigen. Im Frühling 1997 drängte er eine drogensüchtige Prostituierte mit vorgehaltenem Messer zum Oral- und Geschlechtsverkehr. Am 4. Mai 1997 versuchte er eine weitere Frau, der er angeboten hatte, sie nach Wil zu chauffieren, zum Oralverkehr zu zwingen. Weil sie sich wehrte, riss er sie aus seinem Fahrzeug, stach ihr mit dem Klappmesser mehrfach in den linken Brustkorb und fügte ihr eine Schnittverletzung am Hals zu. Schliesslich erpresste X._ von einer weiteren Person die Lieferung von Rohypnol.
B. Das Kantonsgericht St. Gallen befand X._ mit Urteil vom 19. Mai 1999 der versuchten vorsätzlichen Tötung, der qualifizierten Vergewaltigung, der qualifizierten sexuellen Nötigung, der versuchten sexuellen Nötigung sowie der Erpressung als schuldig und verurteilte ihn zu 12 Jahren Zuchthaus. Es schob den Vollzug der Freiheitsstrafe auf und ordnete die Verwahrung gemäss aArt. 43 Ziff. 1 Abs. 2 StGB an. Das Bundesgericht bestätigte die Verwahrung am 2. November 1999 (Urteil 6S.492/19 99).
C. Gestützt auf die Änderung des Strafgesetzbuches vom 1. Januar 2007 überwies das Justiz- und Polizeidepartement des Kantons St. Gallen am 11. September 2007 die Sache dem Kreisgericht Untertoggenburg-Gossau zur Überprüfung der altrechtlich ausgesprochenen Verwahrung. Das Kreisgericht Untertoggenburg-Gossau ordnete mit Urteil vom 14. Dezember 2007 die Verwahrung von X._ nach neuem Recht an. Das Kantonsgericht St. Gallen bestätigte das erstinstanzliche Urteil am 16. Dezember 2009, nachdem es ein psychiatrisches Gutachten von Dr. A._, datierend vom 7. April 2009, eingeholt hatte.
D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt sinngemäss, die Verwahrung sei aufzuheben, und er sei aus dem Straf- bzw. Verwahrungsvollzug zu entlassen. Es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Erwägungen:
1.1 1.1.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz sei befangen. Das Urteil sei schon vor der Hauptverhandlung festgestanden.
1.1.2 Der Beschwerdeführer vermag keine objektiven Anhaltspunkte zu nennen, welche darauf schliessen lassen, die Vorinstanz hätte bereits vor der mündlichen Eröffnung des Urteilsdispositivs eine vorgefasste Meinung gehabt. Vielmehr hiess die Vorinstanz seinen Antrag auf Erstellung eines neuen Gutachtens gut, obwohl die erste Instanz einen solchen Antrag abgelehnt hatte und die Staatsanwaltschaft diesem nicht zustimmte. Sie führte auf sein Begehren hin eine mündliche Verhandlung durch (Vorakten act. B/12 Antrag Ziff. 4). In der Urteilsbegründung geht sie auf seine Aussagen ein (angefochtenes Urteil S. 7 zur ablehnenden Haltung des Beschwerdeführers gegenüber einer stationären therapeutischen Massnahme). Eine Verletzung der in der kantonalen Strafprozessordnung geregelten Ausstandsbestimmungen (Art. 55 des Gerichtsgesetzes vom 2. April 1987; sGS 941.1) ist, soweit der Beschwerdeführer die Voraussetzungen an die Rügepflicht erfüllt, nicht ersichtlich.
1.1.2 Der Beschwerdeführer vermag keine objektiven Anhaltspunkte zu nennen, welche darauf schliessen lassen, die Vorinstanz hätte bereits vor der mündlichen Eröffnung des Urteilsdispositivs eine vorgefasste Meinung gehabt. Vielmehr hiess die Vorinstanz seinen Antrag auf Erstellung eines neuen Gutachtens gut, obwohl die erste Instanz einen solchen Antrag abgelehnt hatte und die Staatsanwaltschaft diesem nicht zustimmte. Sie führte auf sein Begehren hin eine mündliche Verhandlung durch (Vorakten act. B/12 Antrag Ziff. 4). In der Urteilsbegründung geht sie auf seine Aussagen ein (angefochtenes Urteil S. 7 zur ablehnenden Haltung des Beschwerdeführers gegenüber einer stationären therapeutischen Massnahme). Eine Verletzung der in der kantonalen Strafprozessordnung geregelten Ausstandsbestimmungen (Art. 55 des Gerichtsgesetzes vom 2. April 1987; sGS 941.1) ist, soweit der Beschwerdeführer die Voraussetzungen an die Rügepflicht erfüllt, nicht ersichtlich.
1.2 1.2.1 Der Beschwerdeführer rügt, der Gutachter Dr. A._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH und zertifizierter forensischer Psychiater SGFP, sei befangen. Er erstatte zu 99 Prozent ein negatives Gutachten, worauf die Betroffenen nicht aus dem Straf- und Massnahmenvollzug entlassen würden. Er habe ein Gefälligkeitsgutachten erstellt, damit er weitere Aufträge des Staats erhalte.
1.2.2 Der Beschwerdeführer erhob im Vorfeld der Begutachtung keine Einwendungen gegen die Person des Gutachters, obwohl er anwaltlich vertreten war und ihm vorgängig mitgeteilt wurde, wer das Gutachten erstellt (Vorakten act. B/22: Gutachtensauftrag vom 18. Juli 2008). Er vermag auch jetzt keine objektiven Anhaltspunkte, z.B. Verwandtschaft oder Vorbefassung, zu nennen, welche ein Befangenheit begründen könnten. Entgegen seiner Auffassung lässt sich aus dem Ergebnis des Gutachtens nicht auf die Befangenheit des Gutachters schliessen. Die Rüge ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist (vgl. Art. 24 Abs. 2 des Strafprozessgesetzes vom 1. Juli 1999 des Kantons St. Gallen; sGS 962.1; StPO/SG; zur Rechtzeitigkeit der Rüge vgl. BGE 124 I 121 E. 2 S. 122 f. mit Hinweis).
2. Der Beschwerdeführer bringt sinngemäss vor, die Vorinstanz verletze seinen Anspruch auf rechtliches Gehör, indem sie seine Aussage nicht ernst nehme bzw. sich zu wenig Zeit genommen habe, darüber nachzudenken. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, wozu auch der Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV zählt, gelten erhöhte Begründungsanforderungen (Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer legt nicht anhand des angefochtenen Entscheids dar, in welchen Punkten die Vorinstanz nicht auf seine Aussagen eingeht (vgl. zur Rügepflicht BGE 134 II 244 E. 2.2. S. 246 mit Hinweisen). Auf seine Rüge ist nicht einzutreten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, die im Gutachten enthaltenen und von der Vorinstanz übernommenen Sachverhaltsfeststellungen zu den Gründen für die Therapieunterbrüche und zu seinem Therapiewillen seien willkürlich im Sinne von Art. 9 BV. Der Beschwerdeführer setzt sich nicht mit den vorinstanzlichen Erwägungen zum Sachverhalt auseinander, sondern legt ausschliesslich seine Sicht der Dinge dar. Er führt auch hier nicht aus, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen). Damit genügt er den Begründungsanforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Auf seine Rügen ist nicht einzutreten.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, das Gutachten vom 4. April 2009 entspreche in fachlicher Hinsicht nicht den bundesrechtlichen Anforderungen. Es beruhe auf blossen Vermutungen. Die Analyse nach FOTRES sei unsachgemäss. Zudem prüfe der Gutachter seinen aktuellen Zustand nicht, sondern greife auf das im Jahr 1998 erstellte Gutachten zurück.
4.2 Der Gutachter berücksichtigte bei der Erstellung des Gutachtens die Vorgeschichte, den gemäss dem Gutachten von 1998 festgestellten Gesundheitszustand des Beschwerdeführers, die zur aktuellen Verwahrung führenden Taten sowie den bisherigen Therapieverlauf. Er untersuchte den Zustand des Beschwerdeführers an verschiedenen Tagen, während ungefähr 8 Stunden. Dabei verwendete er verschiedene Prognoseinstrumente (PCL-R, SORAG, Static 99 und FOTRES). Weiter holte er Auskünfte der Ehefrau und eines Bruders des Beschwerdeführers ein, welche er auf ihr Aussageverweigerungsrecht aufmerksam machte. Nach der Darlegung der Ergebnisse der verschiedenen Tests nimmt der Experte eine eigene psychiatrische Beurteilung vor. Er äussert sich zur Legalprognose und zu den Aussichten von therapeutischen Massnahmen (Seite 43 bis 61 des Gutachtens).
4.3 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist das Gutachten in fachlicher Hinsicht nicht zu bemängeln. Der Gutachter nimmt eine umfassende Würdigung seiner Situation vor. Dazu gehört auch der Einbezug der im früheren Gutachten gestellten Diagnose bzw. seiner bisherigen Lebensgeschichte. Er bezieht zudem Veränderungen in der persönlichen Situation (Heirat des Beschwerdeführers) sowie den Therapieverlauf in seine Beurteilung ein. Seine Schlussfolgerungen stützt er nicht ausschliesslich auf die Resultate eines Prognoseinstruments wie FOTRES, sondern analysiert das vom Beschwerdeführer ausgehende Risiko differenziert und situationsbezogen. Die Rüge des Beschwerdeführers, das Gutachten sei fachlich mangelhaft, geht fehl.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer beantragt, er sei umgehend aus dem Straf-bzw. Verwahrungsvollzug zu entlassen.
5.2 Nach dem neuen Allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches geht im Gegensatz zum alten Recht der Vollzug der Freiheitsstrafe der Verwahrung voraus (Art. 64 Abs. 2 StGB). Hinsichtlich des Vollzugs der Freiheitsstrafe von Verwahrten gelten gemäss Art. 388 Abs. 1 StGB i.V.m. Ziff. 2 Abs. 1 der Schlussbestimmungen (nachfolgend: SchlBest. StGB) die neuen Bestimmungen, d.h. insbesondere Art. 64 StGB. Bei einem verwahrten Täter, der zugleich zu einer Freiheitsstrafe verurteilt worden ist, gilt diese übergangsrechtlich als vollstreckt, soweit sich der Verurteilte während der gesamten Dauer der ausgefällten Freiheitsstrafe im Verwahrungsvollzug befunden hat. Diesfalls hat der Richter nach Ziff. 2 Abs. 2 SchlBest. StGB lediglich noch zu prüfen, ob anstelle der Verwahrung nach neuem Recht eine therapeutische Massnahme anzuordnen oder aber die Verwahrung weiterzuführen ist. Wenn demgegenüber der Verurteilte sich noch nicht so lange in der Verwahrung befand, dass die zugleich angeordnete, aber aufgeschobene Freiheitsstrafe als vollzogen gelten kann, so kommt es darauf an, ob die Dauer des bisherigen Verwahrungsvollzugs wenigstens zwei Dritteln der Freiheitsstrafe entspricht. Diesfalls hat der Richter gemäss Art. 64 Abs. 3 StGB zu prüfen, ob zu erwarten ist, dass sich der Täter in Freiheit bewährt und folglich bedingt entlassen werden kann. Wenn dies nicht der Fall ist, erfolgt die weitere Prüfung nach Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen, ob die Verwahrung durch eine therapeutische Massnahme zu ersetzen ist (Urteil 6B_326/2007 vom 26. Februar 2008 E. 2.1).
5.3 Der Beschwerdeführer befand sich im Zeitpunkt des Urteils des Kantonsgerichts St. Gallen vom 19. Mai 1999 während 388 Tagen in Untersuchungshaft (vgl. Urteil 6S.492/1999 E. B). Demzufolge war die 12-jährige Freiheitsstrafe, welche nach neuem Recht der Verwahrung vorausgeht, am 16. Dezember 2009, als die Vorinstanz das angefochtene Urteil fällte, noch nicht vollständig verbüsst. Die Vorinstanz lehnt, wenn auch bloss implizit, eine bedingte Entlassung des Beschwerdeführers aus dem Strafvollzug ab. Dies ist angesichts der Schlussfolgerungen des Gutachters, wonach sich die narzisstische Störung des Beschwerdeführers verfestigt hat, er heute als untherapierbar betrachtet werden muss und von ihm weiterhin eine grosse Gefahr neuer Straftaten gegen die sexuelle Integrität von Frauen ausgeht, nicht zu beanstanden.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Weiterführung der Verwahrung nach neuem Recht. Er rügt sinngemäss, die Vorinstanz verletze Bundesrecht bei der Überführung der altrechtlichen in die neurechtliche Verwahrung. Die Vorinstanz erachte die Rückfallgefahr und die Gemeingefährlichkeit zu Unrecht als gegeben.
6.2 Gemäss Ziff. 2 Abs. 2 SchlBest. StGB überprüft das Gericht bis spätestens zwölf Monate nach Inkrafttreten des neuen Rechts, ob bei Straftätern, die nach den Artikeln 42 oder 43 Ziffer 1 Absatz 2 des bisherigen Rechts verwahrt sind, die Voraussetzungen für eine therapeutische Massnahme nach Art. 59 bis 61 oder 63 StGB erfüllt sind. Trifft dies zu, so ordnet das Gericht die entsprechende Massnahme an. Andernfalls wird die Verwahrung nach neuem Recht weitergeführt.
6.3 Die stationäre therapeutische Massnahme zur Behandlung von psychischen Störungen ist in Art. 59 StGB geregelt. Ist der Täter psychisch schwer gestört, so kann das Gericht eine stationäre Behandlung anordnen, wenn der Täter ein Verbrechen oder Vergehen begangen hat, das mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang steht (Abs. 1 lit. a), und zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen (Abs. 1 lit. b). Solange die Gefahr besteht, dass der Täter flieht oder weitere Straftaten begeht, wird er in einer geschlossenen Einrichtung behandelt (Abs. 3).
Eine stationäre therapeutische Massnahme nach Art. 59 StGB ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung in Betracht zu ziehen, wenn im Zeitpunkt des Entscheids die hinreichende Wahrscheinlichkeit besteht, dadurch lasse sich die Gefahr weiterer Straftaten während der fünfjährigen Dauer des Massnahmevollzugs deutlich verringern. Die bloss vage Möglichkeit einer Verringerung der Gefahr und die Erwartung einer lediglich minimalen Verringerung reichen nicht aus. Es ist indessen nicht die hinreichende Wahrscheinlichkeit erforderlich, dass nach einer stationären Behandlung von fünf Jahren die Voraussetzungen für eine bedingte Entlassung aus der stationären Massnahme gemäss Art. 62 Abs. 1 StGB erfüllt sind. Bei Bedarf besteht die Möglichkeit der (mehrmaligen) Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme um jeweils fünf Jahre (BGE 134 IV 315 E. 3.4.1 S. 321 f.; Art. 59 Abs. 4 StGB).
6.4 Das Gericht ordnet die Verwahrung nach Art. 64 StGB an, wenn der Täter einen Mord, eine vorsätzliche Tötung, eine schwere Körperverletzung, eine Vergewaltigung, einen Raub, eine Geiselnahme, eine Brandstiftung, eine Gefährdung des Lebens oder eine andere mit einer Höchststrafe von fünf oder mehr Jahren bedrohte Tat begangen hat, durch die er die physische, psychische oder sexuelle Integrität einer andern Person schwer beeinträchtigt hat oder beeinträchtigen wollte. Kumulativ ist erforderlich, dass auf Grund der Persönlichkeitsmerkmale des Täters, der Tatumstände und seiner gesamten Lebensumstände ernsthaft zu erwarten ist, dass er weitere Taten dieser Art begeht (Abs. 1 lit. a) oder auf Grund einer anhaltenden oder langdauernden psychischen Störung von erheblicher Schwere, mit der die Tat in Zusammenhang stand, ernsthaft zu erwarten ist, dass der Täter weitere Taten dieser Art begeht und die Anordnung einer Massnahme nach Artikel 59 StGB keinen Erfolg verspricht (Abs. 1 lit. b).
6.5 Der Beschwerdegegner beging mit der versuchten vorsätzlichen Tötung und der qualifizierten Vergewaltigung Anlasstaten, welche auch heute zu einer Verwahrung führen können. Er wurde infolge seiner Delinquenz bereits im Jahr 1998 begutachtet. Das aktuelle Gutachten vom 7. April 2009 berücksichtigt die seither erfolgte Entwicklung. Es attestiert dem Beschwerdeführer eine narzisstische Persönlichkeitsstörung (ICD-10, F. 60.8), die als noch gravierender und verfestigter eingestuft werden müsse, als im Begutachtungszeitpunkt von 1998 (Gutachten S. 55, 62). Er hinterfrage seine Meinung nicht kritisch. Es fehle ihm an der Bereitschaft, sich mit den damaligen Taten und den Konsequenzen für die Opfer auseinanderzusetzen. Er bagatellisiere die Anlasstaten. Gesamthaft lägen in seiner Persönlichkeit legalprognostisch deutlich ungünstige Voraussetzungen vor (Gutachten S. 56). Auch im Bereich der sozialen Kompetenzen seien eher ungünstige Voraussetzungen vorhanden, da seine Persönlichkeitsstörung die Kommunikationsfähigkeit beeinträchtige und er sich kaum mit Kritik auseinandersetzen könne (Gutachten S. 57 f.). Er reagiere überempfindlich auf Kritik und nehme eine Abwehrhaltung ein. An seinen Konflikt- und Problembewältigungsstrategien seien keine Veränderungen erkennbar (Gutachten S. 58). Die deliktsorientierte Behandlung sei nicht über einen Ansatz hinausgekommen (Gutachten S. 59). Der Beschwerdeführer weise ein deutliches Defizit hinsichtlich der emotionalen Kompetenz auf. Eine therapeutische Beziehungsbasis, welche für einen erfolgreichen Therapieverlauf notwendig sei, könne kaum hergestellt werden, obwohl er Therapiebereitschaft signalisiere. Aus der Untersuchung ergebe sich, dass er weniger die Veränderungen bezüglich seiner emotionalen Verarbeitungsmechanismen und Verhaltensmodi anstrebe, sondern bezwecke, sein Umfeld für sich zu gewinnen und mit diesem nicht in Konflikt zu geraten. Insgesamt erachtet der Gutachter das Rückfallrisiko für die Begehung neuer Straftaten gegen die sexuelle Integrität von Frauen im Sinne der in Art. 64 Abs. 1 StGB genannten Katalogtaten als hoch (Gutachten S. 61, S. 63). Er weist darauf hin, dass es zwar für die narzisstischen Persönlichkeitsstörungen Behandlungsmöglichkeiten gebe. Diese würden aber beim Beschwerdeführer wegen der aktuell festgestellten Therapieunfähigkeit scheitern. Der Behandlungswille des Beschwerdeführers vermöge dessen Behandlungsunfähigkeit nicht zu kompensieren. Sowohl eine stationäre als auch eine ambulante therapeutische Massnahme seien derzeit nicht zweckmässig (Gutachten S. 63).
6.6 Der Gutachter bescheinigt dem Beschwerdeführer eine grosse Rückfallgefahr hinsichtlich Sexualstraftaten an Frauen. Er erachtet die Störung aktuell als nicht behandelbar. Damit fehlt es an einer hinreichenden Wahrscheinlichkeit, dass sich die vom Beschwerdeführer ausgehende Gefahr weiterer, schwerer Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 StGB während der fünfjährigen Dauer des Massnahmevollzugs deutlich verringern lässt. Die Vorinstanz durfte ohne Bundesrechtsverletzung die Voraussetzungen für die Überführung der altrechtlichen in eine neurechtliche Verwahrung nach von Ziff. 2 Abs. 2 SchlBest. StGB i.V.m. Art. 64 Abs. 1 StGB bejahen. Fehl geht die Auffassung des Beschwerdeführers, die maximale Dauer der Verwahrung betrage lediglich 10 Jahre. Eine solche Beschränkung ergibt sich aus dem Gesetz nicht. Hingegen hat die zuständige Behörde auf Gesuch hin oder von Amtes wegen mindestens einmal jährlich, und erstmals nach Ablauf von zwei Jahren zu prüfen, ob und wann der Täter aus der Verwahrung bedingt entlassen werden kann (Art. 64b Abs. 1 lit. a StGB. Eine Entlassung erfolgt nur, soweit zu erwarten ist, dass sich der Täter in Freiheit bewährt (Art. 64a Abs. 1 StGB).
7. Der Beschwerdeführer rügt, die Weiterführung der Verwahrung nach neuem Recht verstosse gegen das Rückwirkungsverbot. Das Bundesgericht hat bei einem Täter, welchem eine kombinierte, äusserst schwer behandelbare Persönlichkeitsstörung diagnostiziert wurde, entschieden, dass die Fortführung der Verwahrung nach neuem Recht nicht gegen das Rückwirkungsverbot von Art. 7 Abs. 1 EMRK und Art. 15 Abs. 1 UNO-Pakt II verstosse (BGE 134 IV 121 E. 3.4 mit Hinweisen). Es hat dabei die alten Bestimmungen der Verwahrung mit den neurechtlichen verglichen. Dieser Entscheid ist vergleichbar mit dem Fall des Beschwerdeführers, in welchem der Gutachter derzeit eine Behandlungsunfähigkeit bescheinigt. Seine Rüge geht deshalb fehl.
8. 8.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verstosse gegen das Verbot der doppelten Bestrafung sowie gegen Art. 10 Abs. 2 BV (persönliche Freiheit).
8.2 Die gegen den Beschwerdeführer ausgesprochene Verwahrung wurde unter altem Recht gestützt auf aArt. 43 Ziff. 1 Abs. 2 StGB angeordnet und erwuchs in Rechtskraft. Bei deren Weiterführung nach neuen Recht handelt es sich um eine blosse Vollstreckung eines Urteils nach altem Recht. Die Weiterführung dieser Sanktion nach neuem Recht verstösst weder gegen die persönliche Freiheit noch gegen das Verbot der doppelten Bestrafung (vgl. Urteil 6B_172/2008 vom 11. September 2008 E. 2.3 mit Hinweisen). Die Rüge erweist sich als unbegründet.
9. 9.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe die in Ziff. 2 Abs. 2 SchlBest. StGB vorgesehene Frist von 12 Monaten ab Inkrafttreten des neuen Gesetzes (1. Januar 2007) nicht eingehalten bzw. seine Verwahrung nicht bis dahin überprüft.
9.2 Bei Ziff. 2 Abs. 2 SchlBest. StGB handelt es sich um eine Ordnungsvorschrift. Ein (auch massives) Überschreiten des gesetzlichen Zeitrahmens kann allenfalls Indiz für eine verfassungswidrige Rechtsverzögerung sein, genügt aber für sich allein nicht, um eine solche anzunehmen. Davon geht der Beschwerdeführer indessen zu Unrecht aus. Er schliesst aus der blossen Fristüberschreitung auf das Vorliegen einer unzulässigen Rechtsverzögerung. Dass und inwiefern das Obergericht das Verfahren verschleppt haben sollte, ergibt sich aus der Beschwerde nicht. Mangels einer genügenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG; Art. 106 Abs. 2 BGG) ist darauf nicht einzutreten (vgl. Urteil 6B_729/2009 vom 9. Oktober 2009 E. 3.1).
10. Nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids sind die vom Beschwerdeführer in Frage gestellte beantragte Praxis der Anstaltsleitung zur Urlaubsgewährung (z.B. bei Todesfällen in der Familie) bzw. stufenweise Vollzugslockerungen. Auf diese Ausführungen ist mangels eines letztinstanzlichen kantonalen Entscheids nicht einzutreten (vgl. Art. 80 Abs. 1 BGG).
11. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch