Sachverhalt:
A. A.a Der 1970 geborene M._ war bis 30. April 2003 Chauffeur bei der Firma X._ AG und danach arbeitslos. Am 17. Juni 2004 war er auf der Autobahn in eine Auffahrkollision involviert. Das Spital Z._ diagnostizierte eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) und eine Kontusion der Lendenwirbelsäule (LWS). Am 11. April 2005 meldete sich der Versicherte bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte diverse Arztberichte ein und zog die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) mit dem von dieser eingeholten polydisziplinären (internistischen, rheumatologischen, neurologischen und psychiatrischen) Gutachten der Academy Y._, Universitätsspital B._, vom 2. Juli 2007 bei. Hierin wurden folgende Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit gestellt: Chronisches zervikovertebrales bis zervikozephales Schmerzsyndrom (ICD-10 M54.2/M53.0) bei/mit Status nach HWS-Distorsion am 17. Juni 2004; kleiner medianer bis mediolateraler Diskushernie rechts bei degenerativen Bandscheibenveränderungen, ohne Einengung des Spinalkanals, ohne Nervenwurzelkompression; pseudoradikulärer Schmerzausstrahlung ohne sensomotorisches radikuläres Reiz- oder Ausfallsyndrom; Wirbelsäulenfehlhaltung und muskulärer Dysbalance. Ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit seien eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10 F45.4) und eine leichte depressive Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10 F32.01). Mit Verfügung vom 28. Oktober 2008 verneinte die IV-Stelle den Rentenanspruch (Invaliditätsgrad 24 %).
A.b Mit Verfügung vom 27. August 2007 stellte die SUVA die dem Versicherten ausgerichteten Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld) per 31. August 2007 ein. Seine Einsprache wies sie am 27. Februar 2008 ab. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. November 2009 ab. Dies ist Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 8C_66/2010.
B. Die gegen die Verfügung der IV-Stelle vom 28. Oktober 2008 eingereichte Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 27. November 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache an die IV-Stelle zur Anordnung eines polydisziplinären (orthopädischen, rheumatologischen, neurologischen, neuropsychologischen und psychiatrischen) Gutachtens und zum Entscheid über seinen Leistungsanspruch zurückzuweisen.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliessen auf Beschwerdeabweisung.
Mit Eingabe vom 25. August 2010 reicht der Versicherte einen Auszug aus dem Medizinalberufsregister des Bundesamtes für Gesundheit bezüglich des am Gutachten der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 mitwirkenden Arztes med. pract. O._.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 135 V 98 E. 1 S. 99). Unter dem Titel "Anträge" stellte der Versicherte kein materielles Rechtsbegehren. Aus der Beschwerdebegründung ergibt sich indessen, dass er eine Invalidenrente verlangt. Zudem wäre das Bundesgericht aufgrund der Akten nicht in der Lage, bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst zu entscheiden. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten (BGE 134 III 379 E. 1.3, 133 III 489 f. E. 3.1; Urteil 8C_561/2009 vom 17. September 2009 E. 1.1).
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 135 V 412 E. 1.2.1).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und die entsprechende Rechtsprechung zutreffend dargelegt, worauf verwiesen wird. Weiter hat sie im Wesentlichen erwogen, gestützt auf das Gutachten der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 sei der Versicherte rheumatologisch insofern eingeschränkt, als ihm aufgrund der verminderten Belastbarkeit der Nacken-Schulterregion ausschliesslich noch leichte bis gelegentlich mittelschwer belastende Arbeiten in wirbelsäulenadaptierten Wechselpositionen zumutbar seien, weshalb die Wiederaufnahme der Tätigkeit als Lastwagenchauffeur ausser Betracht falle. Nach einer Einstiegsphase mit erhöhtem Pausenbedarf sei er in leidensangepasster Tätigkeit uneingeschränkt arbeitsfähig. Was die gerügte mangelhafte Qualifikation der - als Dr. med. statt als pract. med. bezeichneten - mit der psychiatrischen Begutachtung der Academy Y._ befassten Ärztin betreffe, erscheine zwar die Anmassung eines Doktortitels als stossend; angesichts des Umstands, dass das Gutachten auch von einem sowohl über den Doktor- als auch den Facharzttitel als Psychiater verfügenden (Ober-)Arzt mitunterzeichnet worden sei und die in psychischer Hinsicht gezogenen Schlussfolgerungen einerseits überzeugend begründet und anderseits in den weiteren medizinischen Akten ihre Bestätigung fänden, bestehe kein Anlass für zusätzliche Abklärungen. Die Verfasser des Gutachtens der Academy Y._ seien wohl teilweise nicht ganz korrekt bezeichnet worden, verfügten aber insgesamt über die zur Beurteilung der gesundheitlichen Beeinträchtigungen und der daraus resultierenden Auswirkungen auf die Leistungsfähigkeit des Versicherten erforderlichen fachlichen Qualifikationen.
2.2 Der Versicherte machte - wie schon vorinstanzlich - beschwerdeweise in formeller Hinsicht geltend, die bei der Begutachtung der Academy Y._ mitwirkenden Arztpersonen K._ und O._ verfügten über keinen spezialärztlichen Titel. Bei ihnen und beim Arzt G._ liege zudem eine Doktor-Titelanmassung vor. Frau W._ verfüge weder über einen Dr.- noch einen lic.phil. (Psychologie)-Titel; in der Liste des Fachverbandes SVNP betreffend neuropsychologische Fachpersonen sei sie nicht erwähnt. Dem Gutachten der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 könne somit kein Beweiswert beigemessen werden. Vorinstanz und IV-Stelle haben zu diesen Einwänden des Versicherten gegen das Gutachten der Academiy Y._ letztinstanzlich nicht Stellung genommen.
2.3 Am 15. März 2010 forderte das Bundesgericht das BSV auf, eine Vernehmlassung insbesondere zur Frage der formellen Voraussetzungen an Gutachten einzureichen. Dieses legte mit seiner Vernehmlassung vom 4. Juni 2010 eine Stellungnahme der Academy Y._ vom 25. Mai 2010 betreffend Qualifikation der am Gutachten vom 2. Juli 2007 beteiligten Ärztinnen und Ärzte sowie weiteren Sachverständigen auf. Die Einreichung dieser Stellungnahme der Academy Y._ ist zulässig, da der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BBG; BGE 135 V 194).
Das BSV brachte vor, das unberechtigte Führen eines akademischen Titels könne nicht angehen. Es stelle sich jedoch die Frage, ob die alleinige Tatsache, dass eine begutachtende Person in einem Gutachten unberechtigt als "Dr. med." bezeichnet werde, dazu führen könne und solle, dem Gutachten jeglichen Beweiswert abzuerkennen. Diese apodiktische Betrachtungsweise wäre unverhältnismässig, nicht zuletzt auch mit Blick auf die Rechtsprechung, die bei anderen formellen Voraussetzungen einer Begutachtung, wie etwa dessen Unterzeichnung, auch nicht den ganzen Beweiswert in Frage stelle. Es seien einerseits ökonomische Gründe (Kosten für ein neuerliches Gutachten) ins Feld zu führen; anderseits sei es auch eine Frage des raschen Verfahrens und der Auswirkungen auf die versicherte Person (eine zusätzliche Begutachtung bedeute für sie eine weitere Wartezeit von einigen Monaten mit ungewisser Ausgangslage und je nach Krankheitsbild auch eine unter Umständen unnötige zusätzliche Belastung durch eine weitere Begutachtung). In diesem Sinne sei die fälschliche Aufführung des Titels "Dr. med." bei zweien der begutachtenden Ärzte zwar ohne Weiteres zu berichtigen (und die Academy Y._ stehe hier auch im Wort zukünftiger Besserung). Dies dürfe jedoch die Frage des Beweiswerts des Gutachtens nicht beschlagen, weil med. pract. G._ ohne Weiteres über die notwendigen fachärztlichen Kenntnisse verfüge und med. pract. O._ unter der Supervision des Dr. med. I._, Facharzt Psychiatrie, gestanden habe.
2.4 In der Stellungnahme vom 16. Juni 2010 wandte der Versicherte ein, die Ärzte G._ und O._ hätten unberechtigt einen Doktortitel geführt. Frau Dr. med. K._ besitze keinen FMH-Facharzttitel in Neurologie. Der Arzt O._ und die neuropsychologische Gutachterin Frau W._ befänden sich noch in Ausbildung.
3. 3.1 Zur Beurteilung sozialversicherungsrechtlicher Leistungsansprüche bedarf es verlässlicher medizinischer Entscheidgrundlagen (BGE 134 V 231 f. E. 5.1). Der Beweiswert einer spezialärztlichen Expertise hängt davon ab, ob die begutachtende Person über die entsprechende Fachausbildung verfügt. Ihre fachliche Qualifikation spielt für die richterliche Würdigung einer Expertise eine erhebliche Rolle. Bezüglich der medizinischen Stichhaltigkeit eines Gutachtens müssen sich Verwaltung und Gerichte auf die Fachkenntnisse der Expertin oder des Experten verlassen können. Deshalb ist für die Eignung einer Ärztin oder eines Arztes als Gutachtensperson in einer bestimmten medizinischen Disziplin ein entsprechender, dem Nachweis der erforderlichen Fachkenntnisse dienender spezialärztlicher Titel der berichtenden oder zumindest der den Bericht visierenden Arztperson vorausgesetzt. Hingegen ist der FMH-Facharzttitel nicht Bedingung. Die Titelanmassung stellt den Beweiswert eines medizinischen Gutachtens erheblich in Frage (Urteile 8C_83/2010 vom 22. März 2010 E. 3.2.3 und 9C_53/2009 vom 29. Mai 2009 E. 4.2).
3.2 Das Gutachten der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 wurde von Dr. med. R._, Innere Medizin FMH, fallführender Oberarzt, unterzeichnet. Er gab an, der Versicherte sei internistisch durch ihn, rheumatologisch durch Dr. med. G._, neurologisch durch Dr. med. K._ und psychiatrisch durch Dr. med. O._ untersucht worden.
Gemäss der Stellungnahme Academy Y._ vom 25. Mai 2010 haben die Teilgutachter med. pract. G._, Facharzt für Innere Medizin und Rheumatologie, Oberarzt, sowie med. pract. O._, Assistenzarzt (der laut der Academy Y._ Facharzt in Psychiatrie, ist), das rheumatologische bzw. psychiatrische Teilgutachten zu Unrecht mit dem Titel "Dr. med." unterzeichnet. Die neurologische Teilgutachterin Frau Dr. med. K._, Assistenzärztin, befand sich im Begutachtungszeitpunkt auf dem Weg zum Facharzttitel Neurologie. Die neuropsychologische Teilgutachterin Frau W._, Master of Science in Psychology, war in fortgeschrittener Ausbildung zur Fachpsychologin in Neuropsychologie.
Das psychiatrische Teilgutachten des med. pract. O._ vom 31. Januar 2007 wurde von der Psychiaterin Frau Prof. Dr. med. E._, Chefärztin psychiatrische Poliklinik, und vom Psychiater Dr. med. I._ , Oberarzt, mitunterzeichnet. Das neurologische Teilgutachten der Frau Dr. med. K._ vom 31. Januar 2007 wurde vom Neurologen Dr. med. C._, Oberarzt Neurologie, mitunterschrieben. Das neuropsychologische Teilgutachten wurde von Frau dipl. psych. P._, Fachpsychologin für Neuropsychologie, mitunterzeichnet. Laut den Ausführungen der Academy Y._ vom 25. Mai 2010 lag die entsprechende Fachverantwortung bei Frau Prof. Dr. med. E._ und Dr. med. I._, bei Dr. med. C._ und bei Frau dipl. psych. P._; med. pract. G._ trug die Fachverantwortung für das rheumatologische Teilgutachten vom 18. Januar 2007 und unterschrieb es allein.
Vorliegend geht es um die Beurteilung der Folgen eines HWS-Distorsionstraumas. Diesbezüglich ist eine umfassende interdisziplinäre Begutachtung durchzuführen, die durch mit diesen Verletzungsarten besonders vertraute Spezialärzte zu erfolgen und den allgemein gültigen Anforderungen an beweiskräftige medizinische Berichte und Gutachten zu entsprechen hat (BGE 134 V 109 E. 9.5 S. 125 f., 231 f. E. 5.1). Das neurologische und neuropsychologische Teilgutachten sind grundsätzlich nicht zu beanstanden, da sie von Gutachtenspersonen mit entsprechenden Fachtiteln mitunterzeichnet wurden. Indessen wird der Beweiswert des Gutachtens der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 dadurch entscheidend herabgesetzt, dass die rheumatologische und psychiatrische Untersuchung jeweils durch Ärzte, die sich den Doktortitel anmassten, vorgenommen wurde (vgl. E. 3.2 hievor). Zudem waren an den Untersuchungen weitere Personen beteiligt, die ihre Fachausbildung noch nicht abgeschlossen hatten. Unter diesen Umständen kann auf das Gutachten der Academy Y._ insgesamt nicht abgestellt werden. Hieran ändert nichts, dass das psychiatrische Teilgutachten durch Arztpersonen mit entsprechenden Fachausbildungen mitunterzeichnet wurde. Im Übrigen ist von einer ärztlichen Begutachtungsstelle nach IVG zu erwarten, dass sie vollständige und wahre Angaben über den Stand der Ausbildung ihrer Mitarbeiter macht.
3.3 Entgegen der vorinstanzlichen Auffassung befinden sich in den Akten ansonsten keine Berichte, aus denen rechtsgenüglich geschlossen werden kann, der Versicherte sei bei Verfügungserlass am 28. Oktober 2008 (BGE 132 V 215 E. 3.1.1 S. 220) in leidensangepasster Erwerbstätigkeit zu 100 % arbeitsfähig gewesen. Die von ihr insbesondere zitierten Berichte ergeben folgendes Bild: Frau Dr. med. B._, FMH für Arbeitsmedizin und Psychosomatik gab im Gutachten vom 5. August 2005 an, in jeder mittelschweren Arbeit, die nicht unter akutem Zeitdruck und Stress ausgeführt werden müsse, bestehe 60%ige Arbeitsfähigkeit an 6-8 Stunden pro Tag mit vermehrten Pausen bzw. bei erhöhter Langsamkeit. Eine Steigerung auf 100 % sei möglich und anzustreben. Bevor nicht ein gut begleiteter Belastungsaufbau erfolgt sei, könne eine Arbeitsunfähigkeit in keiner Weise beurteilt werden. Das Spital L._ legte im Bericht vom 22. Mai 2006 dar, der Beurteilung der Frau Dr. med. B._ könne man sich anschliessen; sie sei allerdings sehr theoretisch. Aufgrund der aktuellen Performance sei eine Arbeitsfähigkeit in der freien Wirtschaft - zumindest vorerst - nicht denkbar. Im Bericht der beruflichen Abklärungsstelle (BEFAS) vom 13. März 2008 wurde ausgeführt, aufgrund der gezeigten generellen Belastungsintoleranz und der bis anhin anzunehmenden Therapieresistenz ohne Beeinflussungsmöglichkeit von Schmerzverhalten und psychovegetativer Symptomatik erscheine eine behinderungsadaptierte berufliche Wiedereingliederung aktuell nicht erfolgreich umsetzbar. Die behandelnde Psychiaterin Frau Dr. med. A._ führte im Bericht vom 27. Mai 2008 aus, ab 1. Juni 2008 sei der Versicherte in der angestammten Tätigkeit zu 30 % und in behinderungsangepasster Tätigkeit halbtags arbeitsfähig; dann sei die Arbeitsfähigkeit zu steigern. In welchem Umfang der Versicherte schliesslich arbeitsfähig sei, gab sie nicht an.
3.4 Nach dem Gesagten ist die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie eine den Anforderungen genügende polydisziplinäre Abklärung vornehmen lasse und anschliessend über den Leistungsanspruch neu verfüge.
4. Die unterliegende IV-Stelle trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG; BGE 132 V 215 E. 6.1 S. 235; Urteil 8C_673/2009 vom 22. März 2010 E. 9).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 27. November 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 28. Oktober 2008 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. September 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar