Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Veruntreuung und Urkundenfälschung. Sie verdächtigt diese, als Angestellte des Bordells "A._" in Zürich knapp 20'000 Franken veruntreut zu haben.
Am 12. April 2012 wies die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich das Gesuch von X._ um amtliche Verteidigung ab. Sie erwog, der Fall sei zurzeit in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht wenig komplex. Die Vorwürfe seien für einen Durchschnittsmenschen ebenso überschaubar wie für die beschuldigte 36-jährige Schweizerin. In rechtlicher Hinsicht stelle das Strafverfahren keine besonderen Schwierigkeiten, zumal über die rechtlich komplexeren Fragen im hängigen Zivilverfahren befunden werde. Die Voraussetzung für die Anordnung einer amtlichen Verteidigung nach Art. 132 StPO seien damit nicht erfüllt.
Am 26. Juni 2012 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerde von X._ gegen diese Abweisungsverfügung der Oberstaatsanwaltschaft ab.
B. Mit Beschwerde ans Bundesgericht beantragt X._, Rechtsanwältin Z._ als amtliche Verteidigerin einzusetzen und ihr für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu bezahlen und unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
C. Das Obergericht beantragt in seiner Vernehmlassung sinngemäss, die Beschwerde abzuweisen. Die Oberstaatsanwaltschaft verzichtet auf Vernehmlassung und regt an, die Vertretungsbefugnis von Y._ zu prüfen. Rechtsanwältin Z._ teilt mit, sie sei in dieser Sache nicht mandatiert und verzichte auf Vernehmlassung. X._ hält an der Beschwerde fest und reicht ein von ihr persönlich, nicht nur von ihrem Vertreter Y._ unterzeichnetes Exemplar der Beschwerdeschrift nach.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die Gewährung der amtlichen Verteidigung in einem Strafverfahren; dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 BGG). Er schliesst das Strafverfahren gegen die Beschwerdeführerin nicht ab; es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde u.a. dann zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Das ist bei der Verweigerung der amtlichen Verteidigung der Fall (BGE 133 IV 335 E. 4 mit Hinweisen; Urteil 1B_436/2011 vom 21. September 2011 E. 1). Die Beschwerdeführerin, die im Strafverfahren beschuldigt wird und deren Gesuch um amtliche Verteidigung abgewiesen wurde, ist zur Beschwerde befugt (Art. 81 Abs. 1 BGG). Sie liess die Beschwerde zwar durch einen im bundesgerichtlichen Verfahren nach Art. 40 Abs. 1 BGG nicht zugelassenen Vertreter einreichen. Das schadet ihr aber nicht, da der Mangel innert der ihr vom Bundesgericht nach Art. 42 Abs. 5 BGG angesetzten Frist behoben wurde. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Die Verteidigung ist in den Art. 128 ff. StPO geregelt. In besonders schwer wiegenden Straffällen ist sie unter bestimmten Voraussetzungen - etwa wenn die Untersuchungshaft mehr als 10 Tage gedauert hat oder eine Freiheitsstrafe von mehr als einem Jahr in Aussicht steht (Art. 130 lit. a und b StPO) - notwendig, d.h. der beschuldigten Person muss auf jeden Fall ein Verteidiger zur Seite gestellt werden. Bestimmt sie keinen Wahlverteidiger, muss ihr diesfalls zwingend ein amtlicher Verteidiger bestellt werden (Art. 132 Abs. 1 lit. a StPO). In Bagatellfällen besteht dagegen grundsätzlich kein Anspruch auf amtliche Verteidigung (Art. 132 Abs. 2 StPO). Steht für den Fall einer Verurteilung eine Freiheitsstrafe von über 4 Monaten, eine Geldstrafe von über 120 Tagessätzen oder gemeinnützige Arbeit von mehr als 480 Stunden in Aussicht, liegt jedenfalls kein Bagatellfall mehr vor (Art. 132 Abs. 3 StPO).
2.2 Zu Recht unbestritten geblieben ist die Auffassung des Obergerichts, es liege weder ein Fall notwendiger Verteidigung noch ein Bagatellfall vor. Wiegen somit die strafrechtlichen Vorwürfe gegen die Beschwerdeführerin in diesem Sinn mittelschwer, ist eine amtliche Verteidigung dann anzuordnen, wenn sie nicht über die zur Finanzierung eines Wahlverteidigers erforderlichen Mittel verfügt und die Verteidigung zur Wahrung ihrer Interessen geboten ist (Art. 132 Abs. 1 lit. b StPO). Letzteres ist namentlich dann der Fall, wenn der Straffall in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht Schwierigkeiten bietet, der sie allein nicht gewachsen wäre. Diese Regelung entspricht weitgehend derjenigen, die das Bundesgericht unter der altrechtlichen Herrschaft der kantonale Strafprozessordnungen zu Art. 29 Abs. 3 BV und Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK entwickelt hat (Urteil 1B_477/2011 vom 4. Januar 2012 E. 2.2; Zusammenfassung der Praxis in BGE 128 I 225 E. 2.5.2 mit Hinweisen).
2.3 Der Sachverhalt, welcher der Beschwerdeführerin zur Last gelegt wird, ist relativ einfach: Sie soll als Angestellte des Bordells "A._" die von ihr geführten Listen über die von den Prostituierten gemieteten Zimmer manipuliert haben, ihrer Arbeitgeberin auf diese Weise einen Teil der Einnahmen verheimlicht und diesen für sich abgezweigt haben. Dem Obergericht ist insoweit zuzustimmen, dass diese Vorwürfe in tatsächlicher Hinsicht für die Beschwerdeführerin verständlich sind und sie sich dagegen selber ausreichend zur Wehr setzen könnte. Nicht gefolgt werden kann indessen seiner Auffassung, der Fall biete in rechtlicher Hinsicht keine Schwierigkeiten, denen die Beschwerdeführerin, auf sich allein gestellt, nicht gewachsen wäre. In Bezug auf die Urkundenfälschung im Sinn von Art. 251 StGB wird u.a. zu beurteilen sein, ob es sich bei den von ihr geführten und mutmasslich manipulierten Listen mit den Mieteinnahmen um Urkunden im Sinn von Art. 251 bzw. Art. 110 Abs. 4 StGB handelt oder nicht. Urkundendelikte sind in rechtlicher Hinsicht nicht leicht zu erfassen. Ihr Verständnis setzt gewisse spezifische Fachkenntnisse voraus (vgl. BGE 138 IV 130 E. 1 mit Hinweisen). Es ist nicht nachvollziehbar, wie die Beschwerdeführerin, die eine zweijährige Verkaufslehre absolviert hat und, soweit bekannt, über kein juristisches Fachwissen verfügt, zur für den Ausgang des Verfahrens entscheidenden Frage der Urkundenqualität dieser Listen kompetent Stellung nehmen könnte. Damit erscheint der Beizug eines Verteidigers bzw. einer Verteidigerin zur Wahrung ihrer Interessen im Strafverfahren geboten. Die Beschwerdeführerin hat daher Anspruch auf amtliche Verteidigung, sofern sie nicht über genügend Mittel verfügt, ihre Verteidigung selber zu finanzieren (Art. 132 Abs. 1 lit. b StPO). Letzteres haben sowohl die Oberstaatsanwaltschaft als auch das Obergericht offen gelassen. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, dies als erste Instanz abzuklären. Die Sache ist daher an die Oberstaatsanwaltschaft zurückzuweisen, welche das Gesuch der Beschwerdeführerin um amtliche Verteidigung unter Berücksichtigung der bundesgerichtlichen Erwägungen neu zu prüfen haben wird.
3. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen, der angefochtene Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache an die Oberstaatsanwaltschaft zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Einen Anspruch auf eine Parteientschädigung hat die Beschwerdeführerin nicht, da sie vor Bundesgericht nicht anwaltlich vertreten war; das entsprechende Gesuch ist abzulehnen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. Juni 2012 aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid an die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Beschwerdeführerin wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, Rechtsanwältin Z._ sowie der Oberstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi