Sachverhalt:
A. Die X._ AG in Liquidation hat Sitz in A._. Ihr statutarischer Zweck umfasst Erwerb, Überbauung, Verwaltung und Veräusserung von in der Schweiz gelegenen Grundstücken sowie von Wohn- und Gewerbeliegenschaften als Generalunternehmerin. Im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen ist die X._ AG in Liquidation seit dem 1. Januar 1995 unter der Nummer U._ eingetragen.
Bis zum 22. Dezember 2010 firmierte die Gesellschaft unter Z._ AG und hatte ihren Sitz in B._. Am 23. Januar 2012 eröffnete der Präsident des Kantonsgerichts A._ über die Gesellschaft mit sofortiger Wirkung den Konkurs.
B. In der Zeit vom 15. bis 19. Juni 2009 nahm die Eidgenössische Steuerverwaltung (hienach: ESTV) bei der Beschwerdeführerin eine Kontrolle vor. Die Prüfung der Steuerperioden vom 1. Januar 2005 bis zum 31. Dezember 2008 (1. Quartal 2005 bis 4. Quartal 2008) führte, soweit hier interessierend, am 10. November 2009 zum Erlass der Ergänzungsabrechnungen (hienach: EA) Nr. V._ über Fr. 1'187'466.-- (betreffend die Nutzungsänderung einer Liegenschaft, Umsatzdifferenzen und geldwerte Leistungen an Nahestehende) und Nr. W._ über Fr. 900'392.-- (betreffend die Kürzung der Vorsteuern infolge gemischter Verwendung), je zuzüglich Verzugszinsen ab dem 31. August 2007. In zwei Entscheiden vom selben Tag bestätigte die ESTV die beiden Ergänzungsabrechnungen.
C. Die X._ AG erhob am 10. Dezember 2009 gegen beide Entscheide Einsprache. Mit Datum vom 14. April 2010 trat die ESTV im Entscheid, der die EA Nr. V._ betraf, auf die Einsprache nicht ein. Im weiteren Einspracheentscheid vom 14. April 2010, dieser betreffend die EA Nr. W._, hielt die ESTV vorab fest, dass die beiden Einspracheverfahren nicht zu vereinigen seien. In der Sache selbst wies sie die Einsprache ab und stellte fest, dass die X._ AG für die Steuerperiode vom 1. Quartal 2005 bis zum 4. Quartal 2008 "infolge nicht sachgerecht vorgenommener Vorsteuerkürzung" einen Mehrwertsteuerbetrag von Fr. 900'392.-- schulde, zuzüglich Verzugszins ab dem 31. August 2007.
D. Der erstgenannte Einspracheentscheid - betreffend die EA Nr. V._ - erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Gegen den Einspracheentscheid der ESTV vom 14. April 2010, der die EA Nr. W._ zum Gegenstand hatte, erhob die X._ AG mit Eingabe vom 17. Mai 2010 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Darin beantragte sie die Aufhebung des Entscheides und die Herabsetzung der Steuernachforderung auf höchstens Fr. 186'293.--. Mit Urteil vom 7. Juni 2011 wies das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, die Beschwerde ab.
E. Gegen dieses Urteil führt die X._ AG mit Eingabe vom 29. August 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, das vorinstanzliche Urteil vom 7. Juni 2011 sei aufzuheben und die Sache sei zur Neufestsetzung der Steuernachforderung für die Steuerperioden vom 1. Quartal 2005 bis zum 4. Quartal 2008 an die ESTV zurückzuweisen.
F. Während das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung verzichtet, beantragt die ESTV die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (BGE 137 III 417 E. 1).
1.1 Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. a i.V.m. Art. 83 sowie Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist im vorinstanzlichen Verfahren unterlegen und damit zur vorliegenden Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die frist- (Art. 100 BGG) und formgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 42 BGG) ist grundsätzlich einzutreten.
1.1 Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. a i.V.m. Art. 83 sowie Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist im vorinstanzlichen Verfahren unterlegen und damit zur vorliegenden Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die frist- (Art. 100 BGG) und formgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 42 BGG) ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 1.2.1 Die Beschwerdeführerin ist im Verlauf des bundesgerichtlichen Verfahrens in Konkurs geraten. Es stellt sich die Frage nach der Sistierung des Verfahrens. Gemäss Art. 207 Abs. 1 SchKG werden Zivilprozesse, in denen der Schuldner Partei ist und die den Bestand der Konkursmasse berühren, im Fall der Konkurseröffnung eingestellt. Vorbehalten bleiben dringliche Fälle. Zivilprozesse können im ordentlichen Konkursverfahren frühestens zehn Tage nach der zweiten Gläubigerversammlung, im summarischen Konkursverfahren frühestens 20 Tage nach der Auflegung des Kollokationsplanes wieder aufgenommen werden. Unter den gleichen Voraussetzungen können Verwaltungsverfahren eingestellt werden (Art. 207 Abs. 2 SchKG).
1.2.2 Der Wegfall der Prozessführungsbefugnis bei Konkurseröffnung bildet das Gegenstück zum Verlust der Verfügungsbefugnis des Gemeinschuldners über das Massevermögen im Sinn von Art. 204 SchKG (HEINER WOHLFAHRT/CAROLINE B. MEYER, in: Basler Kommentar, SchKG, 2. Aufl., 2010, N. 1 zu Art. 207 SchKG). Dies schliesst beispielsweise aus, dass der Gemeinschuldner, trotz eröffneten Konkurses, die Beschwerde an das Bundesgericht erklärt (Urteil 2A.294/1995 vom 29. August 1995 E. 2). Bis zur Revision im Jahr 1994 äusserte sich das SchKG lediglich zum Schicksal hängiger Zivilprozesse. Die Praxis fasste den Begriff des Zivilprozesses indessen weit und subsumierte darunter selbst Beschwerdeverfahren über öffentlich-rechtliche Forderungen, die auf dem Schuldbetreibungswege geltend gemacht werden können und sich als eigentliche Konkursforderungen nicht von privatrechtlichen Ansprüchen unterscheiden (BGE 116 V 284 E. 3b S. 286 zu AHV-Beiträgen; 119 V 165 E. 4b S. 169 zu Schadenersatzforderungen gemäss Art. 52 AHVG; erwähntes Urteil 2A.294/1995 vom 29. August 1995 E. 2b zu Steuerforderungen).
1.2.3 In der am 1. Januar 1997 in Kraft getretenen Fassung von Art. 207 SchKG ist in Abs. 2 nun ausdrücklich von den Verwaltungsverfahren die Rede, worunter auch Rechtsmittelverfahren zu verstehen sind (KURT STÖCKLI/PHILIPP POSSA, in: Hunkeler [Hrsg.], Kurzkommentar SchKG, 2009, N. 5 zu Art. 207 SchKG). Steuerverfahren fallen damit unter Abs. 2, weswegen die Sistierung nicht mehr zwingend ist und ein Entschliessungsermessen der (Gerichts-)Behörde darüber besteht, ob das Verfahren zu sistieren sei (Urteil 2C_69/2007 vom 17. August 2007 E. 4.1). Neurechtlich kann und soll die zuständige Behörde, anders als bei Zivilprozessen, auch bei grundsätzlich einstellungsfähigen Verwaltungsverfahren von Fall zu Fall prüfen, ob sich die Einstellung rechtfertigt. Die neue Regelung erlaubt es der Behörde, den Umständen des einzelnen Falles Rechnung zu tragen (Botschaft vom 8. Mai 1991 über die Änderung des Bundesgesetzes über Schuldbetreibung und Konkurs, BBl 1991 III 1, insb. 122).
1.2.4 Hier handelt es sich um ein letztinstanzliches Steuerverfahren, das im Zeitpunkt der Konkurseröffnung kurz vor dem Abschluss steht. Mit Blick auf den Wegfall der Prozessführungsbefugnis des Gemeinschuldners in Verfahren, welche das Massevermögen berühren, ist festzuhalten, dass im vorliegenden Fall die Beschwerdeführerin angesichts des Verfahrensstandes höchstens den Rückzug der Beschwerde erklären könnte. Im angefochtenen Urteil gelangte das Bundesverwaltungsgericht zum Schluss, die strittige Ergänzungsabrechnung sei zu Recht ergangen. Im bundesgerichtlichen Verfahren kann sich die Rechtsposition der Beschwerdeführerin insofern nicht weiter verschlechtern (Art. 107 Abs. 1 BGG). Der Gerichtskostenvorschuss, den die Beschwerdeführerin im Hinblick auf das vorliegende Verfahren zu leisten hatte, wurde vor Konkurseröffnung getätigt. Er reicht aus, um die Kosten des Verfahrens zu decken. Mit Blick auf die übrigen Gläubiger droht keine Bevorzugung der Steuerbehörde bzw. Benachteiligung der übrigen Kreise. Steuerforderungen, die vor der Konkurseröffnung entstehen, sind gewöhnliche Konkursforderungen (BGE 129 III 200 E. 2 S. 201 ff., 126 III 294 E. 1b S. 295 f. und Urteil 7B.73/2005 vom 12. August 2005 E. 2 zur Mehrwertsteuer; BGE 85 I 121 E. 3 S. 124 ff. zur direkten Bundessteuer; Urteil 2C_792/2008 vom 19. Februar 2009 E. 3.2 zur Kapitalsteuer) und werden ohnehin in der dritten Klasse kolloziert (Art. 219 Abs. 4 SchKG). Schliesslich handelt es sich bei der Beschwerdeführerin um eine juristische Person, die mit dem Konkurs von Gesetzes wegen untergehen kann. Anders als bei einer natürlichen Person, die weiter existiert, drängt sich eine vorübergehende Einstellung des Verfahrens nicht zwingend auf (Urteil H 394/01 vom 19. November 2003 E. 1). Gegenteils besteht ein eminentes Interesse der Konkursmasse an einem abgeschlossenen Verfahren. Damit ist das vorliegende Beschwerdeverfahren nicht zu sistieren, sondern vielmehr letztinstanzlich zum Abschluss zu bringen.
1.3 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an, prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber nur auf Rechtsverletzungen hin, die von der Beschwerdeführerin geltend gemacht werden (vgl. Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 106 Abs. 1 BGG; BGE 136 II 304 E. 2.5 S. 314; 133 II 249 E. 1.2.1 S. 251). Es legt seinem Urteil an sich die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur gerügt werden, soweit sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252; 133 III 393 E. 7.1 S. 397) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. In der Beschwerdeschrift ist zudem aufzuzeigen, dass die Behebung des behaupteten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an, prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber nur auf Rechtsverletzungen hin, die von der Beschwerdeführerin geltend gemacht werden (vgl. Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 106 Abs. 1 BGG; BGE 136 II 304 E. 2.5 S. 314; 133 II 249 E. 1.2.1 S. 251). Es legt seinem Urteil an sich die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur gerügt werden, soweit sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252; 133 III 393 E. 7.1 S. 397) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. In der Beschwerdeschrift ist zudem aufzuzeigen, dass die Behebung des behaupteten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4 1.4.1 Am 1. Januar 2010 ist das Mehrwertsteuergesetz vom 12. Juni 2009 (MWSTG; SR 641.20) in Kraft getreten. Gemäss Art. 112 Abs. 1 MWSTG sind die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die gestützt darauf erlassenen Vorschriften - mit hier nicht interessierenden Ausnahmen - weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar (Urteil 2C_227/2010 vom 5. August 2010 E. 2.3).
1.4.2 Im Streit liegen Vorsteuerkürzungen und damit Steuerforderungen der ESTV, welche die Jahre 2005 bis 2008 betreffen. Die Beurteilung erfolgt demnach in der Sache selbst aufgrund der Bestimmungen des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (aMWSTG; AS 2000 1300), das bis zum 31. Dezember 2009 in Kraft stand.
1.4.3 In verfahrensrechtlicher Hinsicht ist das neue Recht gemäss Art. 113 Abs. 3 MWSTG (vorbehältlich der Bezugsverjährung von Art. 91 MWSTG) auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängigen Verfahren anwendbar. Damit darf es aber nicht zur Anwendung von neuem materiellem Recht auf altrechtliche Sachverhalte kommen. Die Korrektur von Mängeln in der Abrechnung stellt kein Verfahrensrecht im Sinne von Art. 113 Abs. 3 MWSTG dar, weshalb bei der Beurteilung dieser Frage auf altes Recht abzustellen ist.
2. 2.1 Gemäss Art. 21 Abs. 1 Satz 1 aMWSTG ist subjektiv steuerpflichtig, wer eine mit der Erzielung von Einnahmen verbundene gewerbliche oder berufliche Tätigkeit selbstständig ausübt, auch wenn die Gewinnabsicht fehlt, sofern seine Lieferungen, seine Dienstleistungen und sein Eigenverbrauch im Inland jährlich gesamthaft 75'000 Franken übersteigen.
2.2 Steuerobjekt der Inlandsteuer bildet neben der Besteuerung von im Inland gegen Entgelt erbrachten Lieferungen von Gegenständen, im Inland gegen Entgelt erbrachten Dienstleistungen und dem Bezug von Dienstleistungen gegen Entgelt von Unternehmen mit Sitz im Ausland (Art. 5 lit. a, b, d aMWSTG) auch der Eigenverbrauch im Inland (Art. 5 lit. c aMWSTG). Der Eigenverbrauchsbesteuerung unterliegen dabei gemäss Art. 9 aMWSTG der Entnahme- (Abs. 1), der Bearbeitungs- und Herstellungseigenverbrauch (Abs. 2) sowie der Eigenverbrauch, der bei Übertragung eines Gesamt- oder Teilvermögens entstehen kann (Art. 9 Abs. 3 aMWSTG).
2.2 Steuerobjekt der Inlandsteuer bildet neben der Besteuerung von im Inland gegen Entgelt erbrachten Lieferungen von Gegenständen, im Inland gegen Entgelt erbrachten Dienstleistungen und dem Bezug von Dienstleistungen gegen Entgelt von Unternehmen mit Sitz im Ausland (Art. 5 lit. a, b, d aMWSTG) auch der Eigenverbrauch im Inland (Art. 5 lit. c aMWSTG). Der Eigenverbrauchsbesteuerung unterliegen dabei gemäss Art. 9 aMWSTG der Entnahme- (Abs. 1), der Bearbeitungs- und Herstellungseigenverbrauch (Abs. 2) sowie der Eigenverbrauch, der bei Übertragung eines Gesamt- oder Teilvermögens entstehen kann (Art. 9 Abs. 3 aMWSTG).
2.3 2.3.1 Mit der Besteuerung des Bearbeitungs- und Herstellungseigenverbrauchs (Art. 9 Abs. 2 lit. a aMWSTG) wird der Eigenverbrauch besteuert, der entsteht, wenn der Steuerpflichtige an bestehenden oder neu zu erstellenden Bauwerken, die zur entgeltlichen Veräusserung oder entgeltlichen Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung bestimmt sind (Art. 18 Ziff. 20 und 21 aMWSTG), Arbeiten vornimmt oder vornehmen lässt, ohne dass er für die Versteuerung optiert. Mit der Besteuerung des Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauchs soll sichergestellt werden, dass Bauwerke, die für den Verkauf oder für die Vermietung bzw. Verpachtung bestimmt sind, also für Zwecke verwendet werden, die den Vorsteuerabzug ganz oder teilweise ausschliessen, steuerlich gleich behandelt werden, wie wenn sie von Dritten steuerbelastet bezogen worden wären (Urteil 2A.476/2002 vom 7. März 2003 E. 2.1; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2. Aufl., 2003, Rz. 396 ff., unter Bezugnahme auf den Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrates [WAK-N] vom 28. August 1996 zur Parlamentarischen Initiative Dettling, insb. zu Art. 9 E-aMWSTG, BBl 1996 V 713, insb. 733 ff.; MOLLARD/OBERSON/TISSOT-BENEDETTO, Traité TVA, 2009, Rz. 620 ff., insb. 621).
2.3.2 Bemessungsgrundlage für den Bearbeitungs- und Herstellungseigenverbrauch bildet gemäss Art. 34 Abs. 4 aMWSTG der Preis (ohne den Bodenwert), wie er im Falle der Lieferung einem unabhängigen Dritten in Rechnung gestellt würde. Auf diese Weise wird auch die durch den Steuerpflichtigen erbrachte eigene Wertschöpfung in die Bemessungsgrundlage miteinbezogen. Fehlt es an einem Drittvergleich, lässt die Verwaltungspraxis im Sinne einer annäherungsweisen Ermittlung die Berechnung anhand der Anlagekosten zu. Was zu den Anlagekosten gehört, ergibt sich aus der Spezialbroschüre Nr. 04, der ESTV Eigenverbrauch, Ziff. 7.3.3. der Fassung vom 1. Januar 2001, diese modifiziert durch die Praxisänderung vom 1. Januar 2005, bzw. Ziff. 7.3.4 der Fassung vom 1. Januar 2008. Im Wesentlichen setzen sich die Anlagekosten damit zusammen aus den Positionen "Projektierungskosten", "Baukosten" und "allgemeine Geschäftsunkosten". Ausgenommen sind auch für die Zwecke der Ermittlung der Anlagekosten die eigentlichen Terrainkosten (so schon Art. 34 Abs. 4 aMWSTG: "ohne den Wert des Bodens"; dazu E. 3.3.4 hienach).
2.3.2 Bemessungsgrundlage für den Bearbeitungs- und Herstellungseigenverbrauch bildet gemäss Art. 34 Abs. 4 aMWSTG der Preis (ohne den Bodenwert), wie er im Falle der Lieferung einem unabhängigen Dritten in Rechnung gestellt würde. Auf diese Weise wird auch die durch den Steuerpflichtigen erbrachte eigene Wertschöpfung in die Bemessungsgrundlage miteinbezogen. Fehlt es an einem Drittvergleich, lässt die Verwaltungspraxis im Sinne einer annäherungsweisen Ermittlung die Berechnung anhand der Anlagekosten zu. Was zu den Anlagekosten gehört, ergibt sich aus der Spezialbroschüre Nr. 04, der ESTV Eigenverbrauch, Ziff. 7.3.3. der Fassung vom 1. Januar 2001, diese modifiziert durch die Praxisänderung vom 1. Januar 2005, bzw. Ziff. 7.3.4 der Fassung vom 1. Januar 2008. Im Wesentlichen setzen sich die Anlagekosten damit zusammen aus den Positionen "Projektierungskosten", "Baukosten" und "allgemeine Geschäftsunkosten". Ausgenommen sind auch für die Zwecke der Ermittlung der Anlagekosten die eigentlichen Terrainkosten (so schon Art. 34 Abs. 4 aMWSTG: "ohne den Wert des Bodens"; dazu E. 3.3.4 hienach).
2.4 2.4.1 Der Vorsteuerabzug ist in Art. 38 aMWSTG ff. geregelt. Danach kann der Steuerpflichtige, wenn er Gegenstände oder Dienstleistungen für steuerbare Ausgangsleistungen verwendet, in seiner Steuerabrechnung die ihm von anderen Steuerpflichtigen in Rechnung gestellte Steuer für Lieferungen und Dienstleistungen im Inland oder für den Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland als Vorsteuer in Abzug bringen, soweit die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 38 Abs. 1 und 2 aMWSTG; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1363). Unerlässlich ist namentlich, dass die Vorsteuer für einen geschäftlich begründeten Zweck, mithin für einen steuerbaren Ausgangsumsatz verwendet werden (Art. 38 Abs. 2 aMWSTG; BGE 132 II 353 E. 8.2 S. 364 f. und 10 S. 369).
2.4.2 Verwendet der Steuerpflichtige vorsteuerbelastete Leistungen sowohl für Zwecke, die zum Vorsteuerabzug berechtigen, als auch für solche, die den Vorsteuerabzug ausschliessen (sog. gemischte Verwendung), ist der Vorsteuerabzug nach dem Verhältnis der Verwendung zu kürzen (Art. 41 Abs. 1 aMWSTG). Nach welcher Methode die Kürzung vorzunehmen ist, bleibt der Praxis überlassen. Erforderlich ist jedenfalls, dass die Kürzung sachgerecht erfolgt. Dabei sind gemäss Art. 58 Abs. 3 aMWSTG auch Pauschalmethoden zulässig.
2.4.2 Verwendet der Steuerpflichtige vorsteuerbelastete Leistungen sowohl für Zwecke, die zum Vorsteuerabzug berechtigen, als auch für solche, die den Vorsteuerabzug ausschliessen (sog. gemischte Verwendung), ist der Vorsteuerabzug nach dem Verhältnis der Verwendung zu kürzen (Art. 41 Abs. 1 aMWSTG). Nach welcher Methode die Kürzung vorzunehmen ist, bleibt der Praxis überlassen. Erforderlich ist jedenfalls, dass die Kürzung sachgerecht erfolgt. Dabei sind gemäss Art. 58 Abs. 3 aMWSTG auch Pauschalmethoden zulässig.
2.5 2.5.1 Das schweizerische Steuerrecht knüpft insgesamt an die handelsrechtliche Bilanz an (Art. 662a ff. i.V.m. Art. 957 ff. OR), welche auch steuerrechtlich verbindlich ist, sofern die handelsrechtlichen Vorschriften beachtet wurden. Vorbehalten bleiben die steuerlichen Korrekturvorschriften. Das bedeutet, dass die Steuerbehörden verpflichtet sind, auf die von den Organen der juristischen Person abgenommenen Jahresrechnungen abzustellen (Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz für die steuerliche Gewinnermittlung). Die Verbindlichkeit der Jahresrechnung entfällt nur insoweit, als diese gegen zwingende Vorschriften des Handelsrechts verstösst oder als steuerliche Korrekturvorschriften zu beachten sind (vgl. Urteile 2A.465/2006 vom 19. Januar 2007 E. 3.2, in: StR 62/2007 S. 518; 2A.652/2006 vom 2. Februar 2007 E. 2.1). Die steuerrechtskonformen Handelsrechtsbücher sind für Steuerbehörde und Steuerpflichtige gleichermassen verbindlich (Urteil 2C_392/2009 vom 23. August 2010 E. 5.4). Der Steuerpflichtige muss sich demnach auf die ordnungsgemäss geführte Buchhaltung und die darauf basierende Bilanz und Erfolgsrechnung behaften lassen (ROLAND BURKHALTER, Massgeblichkeitsgrundsatz, 2003, S. 63 ff.). Das Prinzip der Massgeblichkeit der Handelsbilanz gilt im Bereich der Mehrwertsteuer ebenso wie direktsteuerlich. Für die Zwecke der Mehrwertsteuer präzisiert Art. 58 aMWSTG, dass der Steuerpflichtige seine Geschäftsbücher ordnungsgemäss zu führen und so einzurichten hat, dass sich aus ihnen die für die Feststellung der Steuerpflicht sowie für die Berechnung der Mehrwertsteuer und der abziehbaren Vorsteuern massgebenden Tatsachen leicht und zuverlässig ermitteln lassen (Urteil 2A.693/2006 vom 26. Juli 2007 E. 3, in: RF 62/2007 S. 868).
2.5.2 Die Mehrwertsteuer ist eine Selbstveranlagungssteuer (Art. 46 aMWSTG), die hohe Anforderung an die Steuerpflichtigen stellt, werden ihnen doch im Veranlagungsbereich wesentliche Aufgaben übertragen. Der Steuerpflichtige ist insbesondere für die korrekte, vollständige und rechtzeitige Deklaration und die Ablieferung der Steuer verantwortlich. Schon zum Recht der einstigen Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (AS 1994 1464; aMWSTV) hielt das Bundesgericht hierzu fest, dass dem Steuerpflichtigen die volle und alleinige Verantwortung für die richtige und vollständige umsatzsteuerrechtliche Behandlung der vorkommenden Geschäftsfälle obliegt (grundlegend Urteil 2A.321/2002 vom 2. Juni 2003 E. 2.4.3.1; neuestens Urteile 2C_350/2011 vom 17. Oktober 2011 E. 2.2, in: StR 67/2012 S. 75; 2C_554/2010 vom 21. September 2011 E. 4.1, in: StR 67/2012 S. 73; SANDRA KNOPP PISI, Das Selbstveranlagungsprinzip bei der Mehrwertsteuer, ASA 74 S. 389 ff., insb. 392). Die Aufgabe der ESTV beschränkt sich altrechtlich auf den Bezug und die Kontrolle der Steuer im Hinblick auf deren Richtigkeit und Vollständigkeit (Urteil 2C_382/2007 vom 23. November 2007 E. 4.2, in: RF 63/2008 S. 290).
2.5.3 Nach Praxis des Bundesgerichts ist der Steuerpflichtige im Anwendungsbereich des aMWSTG an seine Abrechnung gebunden, soweit er hinsichtlich Steuerpflicht, Steuerbetrag, Abzügen usw. keinen Vorbehalt angebracht hat. Dementsprechend kann er auf die eingereichte Abrechnung bzw. Selbstveranlagung, unter Vorbehalt der hier nicht interessierenden gesetzlichen Ausnahmen, nicht zurückkommen (Urteil 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.3.3 f. und die dort zitierte Literatur, in: ASA 74 S. 666; StR 58/2003 S. 797, RDAF 2004 II 100).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung von Bundesrecht im Sinne von Art. 95 lit. a BGG geltend, indem ihr das Urteil der Vorinstanz verunmögliche, ihre Selbstveranlagung "im Rahmen der Praxis der ESTV" zu berichtigen (E. 3.2) und die von der ESTV gewählte (Pauschal-)Methode zu keiner treffenden Berechnung der geschuldeten Eigenverbrauchssteuer führe (E. 3.3).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung von Bundesrecht im Sinne von Art. 95 lit. a BGG geltend, indem ihr das Urteil der Vorinstanz verunmögliche, ihre Selbstveranlagung "im Rahmen der Praxis der ESTV" zu berichtigen (E. 3.2) und die von der ESTV gewählte (Pauschal-)Methode zu keiner treffenden Berechnung der geschuldeten Eigenverbrauchssteuer führe (E. 3.3).
3.2 3.2.1 Was die Berichtigung der Selbstveranlagung durch den Steuerpflichtigen betrifft, fehlt es, anders als im neuen Recht (Art. 72 MWSTG), im hier anwendbaren aMWSTG an einer ausdrücklichen Regelung zur Frage, bis zu welchem Zeitpunkt und unter welchen Umständen eine derartige Korrektur möglich sei. Aus dem Charakter der Mehrwertsteuer, die als Selbstveranlagungssteuer ausgestaltet ist (Art. 46 aMWSTG; Art. 37 aMWSTV), hat die Praxis des Bundesgerichts abgeleitet, dass der Steuerpflichtige an seine Abrechnung gebunden ist, es sei denn, er würde einen entsprechenden Vorbehalt anbringen (dazu E. 2.5.3 hievor). Der Abrechnung des Steuerpflichtigen kommt altrechtlich zwar nicht die Bedeutung eines verbindlichen Entscheides zu. Die Wirkungen der Selbstveranlagung gegenüber dem Pflichtigen entsprechen jedoch gemäss dem zitierten Urteil 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.3.4 weitgehend denjenigen einer rechtskräftigen Verfügung, sofern der Pflichtige keinen Vorbehalt angebracht und damit kundgetan hat, dass er die eigene Erklärung gegen sich selbst gelten lassen will. Insbesondere stellt der Steuerpflichtige mit der vorbehaltlosen Abrechnung seine Zahlungspflicht für den selbst errechneten Betrag fest. Dieser braucht sich nicht notwendigerweise mit dem tatsächlich geschuldeten Betrag zu decken. Die Bindungswirkung ist auch ein Gebot der Rechtssicherheit, weswegen sie - über die Konstellation hinaus, wie sie dem Urteil 2A.320/2002 eigen war - nicht nur im Zusammenhang mit einer Praxisänderung von Bedeutung ist.
3.2.2 Ob die Praxis der ESTV zulässig und richtig ist, die (mit Ausnahme von Praxisänderungen) eine Korrektur der eingereichten Abrechnung durch den Steuerpflichtigen innerhalb der Verjährungsfrist erlaubt, ist hier nicht weiter zu prüfen und kann offenbleiben, zumal keine Selbstkorrektur durch den Steuerpflichtigen vorliegt, sondern die Korrekturen vielmehr auf die Kontrolle zurückgehen, welche die ESTV vornahm. Fest steht hingegen, dass die ESTV anlässlich von Kontrollen die vom Steuerpflichtigen eingereichten Abrechnungen überprüfen und dabei entsprechende Korrekturen vornehmen kann und muss (Art. 62 aMWSTG).
3.2.3 Im konkreten Fall ist nach dem Gesagten davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin nicht von sich aus auf die eingereichten Quartalsabrechnungen zurückgekommen ist. Sie behauptet dies im Übrigen auch gar nicht. Die vorgenommenen Korrekturen erfolgten, wie gesagt, vielmehr aufgrund einer durch die ESTV vorgenommenen Kontrolle. Zu Recht bringt die Beschwerdeführerin auch nicht vor, sie habe derartige Vorbehalte angebracht. Eine nachträgliche Berichtigung der Abrechnung durch die Beschwerdeführerin ist nicht mehr möglich, wie schon die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat. Insoweit ist die Beschwerde demnach abzuweisen.
3.2.3 Im konkreten Fall ist nach dem Gesagten davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin nicht von sich aus auf die eingereichten Quartalsabrechnungen zurückgekommen ist. Sie behauptet dies im Übrigen auch gar nicht. Die vorgenommenen Korrekturen erfolgten, wie gesagt, vielmehr aufgrund einer durch die ESTV vorgenommenen Kontrolle. Zu Recht bringt die Beschwerdeführerin auch nicht vor, sie habe derartige Vorbehalte angebracht. Eine nachträgliche Berichtigung der Abrechnung durch die Beschwerdeführerin ist nicht mehr möglich, wie schon die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat. Insoweit ist die Beschwerde demnach abzuweisen.
3.3 3.3.1 Nach dem Gesagten kann und muss die ESTV anlässlich von Kontrollen die vom Steuerpflichtigen eingereichten Abrechnungen überprüfen und dabei entsprechende Korrekturen vornehmen (Art. 62 aMWSTG; E. 3.2.2. hievor). Es fragt sich, ob die ESTV im vorliegenden Fall hätte erkennen müssen, dass die Beschwerdeführerin, wie sie vorbringt, in zu hohem Umfang Eigenverbrauch abgerechnet hat.
3.3.2 Bemessungsgrundlage für den hier zur Diskussion stehenden Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauch (Art. 9 Abs. 2 lit. a aMWSTG) ist der Preis (ohne Wert des Bodens), wie er im Falle der Lieferung einem unabhängigen Dritten dafür in Rechnung gestellt würde (Art. 34 Abs. 4 aMWSTG, vgl. E. 2.3.2 hievor). Vertritt die Beschwerdeführerin im Rahmen der von der ESTV geführten Kontrolle die Auffassung, dass sie zu viel an Eigenverbrauchsteuer abgerechnet habe, so hat sie dies nicht nur zu behaupten, sondern auch zu beweisen. Nach der herrschenden Normentheorie trägt die Steuerbehörde die Beweislast für die steuerbegründenden und -erhöhenden Tatsachen. Demgegenüber ist der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen beweisbelastet (statt vieler: Urteile 2C_814/2010 vom 23. September 2011 E. 5.4; 2A.642/2004 vom 14. Juli 2005 E. 5.4, in: ASA 75 S. 495). Die Beschwerdeführerin beschränkt sich in ihrer Beschwerde darauf, die Berechnungsmodalitäten der ESTV zu rügen, ohne aber in konkreter Weise zu belegen, inwiefern ihre eigene Deklaration zu hoch ausgefallen sein soll. Die von ihr ins Recht gelegte Berechnung genügt hierfür nicht. Die Beschwerdeführerin räumt in ihrer Beschwerde denn auch ein, dass auch sie selbst nicht mehr restlos nachvollziehen könne, weshalb sie den baugewerblichen Eigenverbrauch höher deklariert habe, als es nach der Praxis der ESTV notwendig gewesen wäre.
3.3.3 Eine mit den erforderlichen Beweismitteln versehene rechtsgenügliche Begründung, aus welcher hervorgeht, inwiefern ein zu hoher Eigenverbrauch abgerechnet wurde bzw. weshalb die eingereichte Abrechnung nicht den gesetzlichen Anforderungen entspricht, ist unerlässliche Voraussetzung für eine Gutheissung des gestellten Antrags auf Rückweisung der Sache an die ESTV zur Neufestsetzung der Steuernachforderung. Daran fehlt es, sodass die Beschwerde auch in Bezug auf diese Rüge abzuweisen ist.
3.3.4 Was die Argumente betrifft, welche die Beschwerdeführerin gegenüber den Berechnungen der ESTV vorbringt, so sieht die nicht bestrittene Praxis der ESTV vor, dass in allen Fällen, bei denen durch den Steuerpflichtigen kein effektiver Drittpreis im Sinne von Art. 34 Abs. 4 aMWSTG belegt werden kann, eine annäherungsweise Ermittlung anhand der Anlagekosten möglich ist (dazu schon E. 2.3.2 hievor). Die so verstandenen Anlagekosten als Ersatzwert für den fehlenden Drittpreis umfassen gemäss Ziff. 7.3.3 der Spezialbroschüre Nr. 04, Eigenverbrauch, in der ab 1. Januar 2001 geltenden Fassung:
a) sämtliche Grundstücks- Planungs- und Baukosten (inklusive Aufwendungen für allfällige Abbrucharbeiten);
b) den Wert der Umgebungsarbeiten;
c) die Bauzinsen (Fremd- und Eigenkapitalzinsen);
d) die allgemeinen Geschäftsunkosten (z.B. der anteilsmässige Verwaltungsaufwand) sowie
e) alle Gebühren im Zusammenhang mit der Erstellung der Bauwerke.
In vergleichbarer Weise, wenn auch mit gewissen Modifikationen, die sich namentlich aufgrund der Praxisänderung per 1. Januar 2005 ergeben, sind die Anlagekosten gemäss Ziff. 7.3 der Spezialbroschüre Nr. 04, Eigenverbrauch, in der ab dem 1. Januar 2008 geltenden Fassung zu ermitteln.
3.3.5 Die ESTV verweist in ihrer Vernehmlassung auf ihre Berechnungen im vorinstanzlichen Verfahren. Mit diesen Berechnungen werde schlüssig und nachvollziehbar dargelegt, dass und weshalb nicht zu viel an Eigenverbrauch abgerechnet worden sei. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, ist unbegründet. Wenn sie unter Verweis auf den Kontrollbericht der ESTV vorträgt, es seien überhaupt keine Eigenleistungen erbracht worden, ist dies nicht plausibel. Verschiedene Indizien - wie die Verträge und Rechnungen, welche sie der ESTV vorlegte - lassen gegenteils darauf schliessen, dass dies nicht der Fall sein kann. Auffallend sind allein schon die hohen Personalkosten von 13 Mio. Franken, die den Schluss auf Eigenleistungen nahelegen. Der Beschwerdeführerin ist es nicht gelungen, eine plausible Begründung für die Begründetheit der Personalkosten abzugeben.
3.3.6 Weiter trägt die Beschwerdeführerin vor, mit dem von der ESTV vorgenommenen Zuschlag auf den Baukosten von 10% sei die auf den Bereich "Bau" entfallende Lohnsumme abgedeckt. Selbst ein Drittvergleichspreis garantiere nicht, dass sämtliche Lohnkosten in Rechnung gestellt werden könnten. Wie die Vorinstanz in für das Bundesgericht verbindlicher Weise festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), sind im Bereich "Bau" in den Jahren 2005 bis 2008 Lohnkosten im Betrage von 13 Mio. Franken angefallen. Fest steht zudem, dass der von der ESTV vorgenommene Zuschlag von 10% auf den vorsteuerbelasteten Kosten nicht ausreichen kann, um neben den übrigen Kosten auch die Lohnkosten damit abdecken zu können, wie die Vorinstanz treffend feststellt. Ein Einbezug der anteilmässigen Lohnkosten als Eigenleistung ist aber für eine korrekte Ermittlung des Eigenverbrauchs unabdingbar, wenn dieser nicht aufgrund von Drittvergleichspreisen festgestellt werden kann, sondern anhand der Anlagekosten ermittelt werden muss.
3.3.7 Wenn die Beschwerdeführerin nun geltend macht, dass auch der Preis, wie er gegenüber Dritten erzielt werden könnte, nicht garantiere, dass sämtliche Lohnkosten abgedeckt seien, so genügt diese Behauptung nicht. Sie hätte dies vielmehr für die konkreten Jahre und für die getätigten Geschäfte im Detail nachzuweisen gehabt. Tut sie dies nicht, hat sie die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen.
3.3.8 Insgesamt fehlt es am Nachweis dafür, dass der von der Beschwerdeführerin selbst deklarierte Eigenverbrauch zu hoch ausgefallen und damit gesetzeswidrig gewesen wäre. Demnach erweist sich die Beschwerde auch in dieser Hinsicht als unbegründet.
3.4 Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in allen Teilen unbegründet, sodass sie abzuweisen ist.
4. Bei diesem Verfahrensausgang sind der Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung zugunsten der ESTV ist nicht auszusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abge-wiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher