Sachverhalt:
A. X._, Alleinaktionär und Geschäftsführer der X._, entwickelte einen Schuh mit einer speziellen Sohle, der unter dem Namen "Z._ Technologie" (Z._) bekannt wurde. Im Jahr 2006 veräusserte X._ seine Rechte an Z._ an eine Investorengruppe und vereinbarte ein Exklusivvertriebsrecht für Korea zugunsten der X._ Ltd. Die Z._ Marketing & Trading AG und die Z._ Group International GmbH, beide mit Sitz in A._, organisierten in der Folge den Vertrieb der Z._-Schuhe über Tochtergesellschaften in Europa und Kanada.
Über beide Gesellschaften wurde am 9. Mai 2012 der Konkurs eröffnet und das Konkursamt A._ mit der Durchführung der Verfahren beauftragt. Hauptgläubigerin in beiden Konkursen ist ein Bankenkonsortium, welches durch die Bank Y._ vertreten wird, mit Forderungen von knapp Fr. 98 Mio. Die Immaterialgüterrechte (nachfolgend IP-Rechte) der Konkursitinnen hafteten dafür als Pfand und ihre Debitorenforderungen gegenüber der in Singapur domizilierten Gesellschaft W._ Ltd wurden sicherheitshalber an das Bankenkonsortium abgetreten. Am Wareninventar der Konkursitinnen, d.h. im Wesentlichen an 388'425 Paar Z._-Schuhen (eingelagert in Luxemburg und in Containern in Antwerpen), machte die V._ AG, Schweiz, sowie die V._ Sàrl, Luxemburg, für offene Forderungen gegenüber der Konkursmasse im Zusammenhang mit erbrachten Transport- und Logistikdienstleistungen Retentionsrechte geltend.
B. Am 16. Juli 2012 verfügte das Konkursamt gestützt auf Art. 243 Abs. 2 SchKG den freihändigen Verkauf der Hauptaktiven der beiden Konkursitinnen zu einem Gesamtpreis von US$ 8,5 Mio. an die in Singapur domizilierten Gesellschaften Z._ Distribution Ltd und Z._ International Ltd, wovon US$ 4 Mio. für die IP-Rechte (namentlich Patente, Marken, Internet Domain Namen, Zeichnungen, Muster, geistige Eigentumsrechte inkl. Vertriebsrechte, Designrechte und alle anderen Rechte in Verbindung mit den Rechten für die Vermarktung und Verwertung der Produkterechte), US$ 2,5 Mio. für das Wareninventar und weitere Aktiven (insbesondere Formensets für die Produktion der Z._-Schuhsohlen) sowie US$ 2 Mio. für die Beteiligungen an verschiedenen Tochtergesellschaften (je 100% an Z._ Italia S.r.l, Z._ Distribution Limited [Ireland], Z._ Luxembourg SARL, Z._ Canada Ltd, Swiss Z._ Corporation [Korea] und Swiss Z._ Vertriebs AG sowie 30% an Z._ Denmark).
Mit Gläubigerzirkular vom 17. Juli 2012 teilte das Konkursamt den (bekannten) Gläubigern mit, dass es sich entschlossen habe, einen Notverkauf im Sinn von Art. 243 Abs. 2 SchKG vorzunehmen, und es setzte ihnen sowie auch Dritten im Sinn von Art. 256 Abs. 3 SchKG eine Frist bis 31. Juli 2012, um ein schriftliches und rechtsverbindliches höheres Angebot zu machen.
Am 19. Juli 2012 wandte sich X._ erstmals per E-Mail an das Konkursamt. Er hielt fest, dass er vom Verkauf von Z._ gehört habe, und fragte, ob er sich betreffend seiner Rechte in Korea als Gläubiger melden müsse oder ob diese Rechte ohnehin bei ihm verblieben. Das Konkursamt teilte ihm mit, dass ihm seitens der Konkursverwaltung keine Rechte übertragen würden, er vielmehr nur noch eine entsprechende Schadenersatzforderung geltend machen und diese beim Konkursamt eingeben könne.
Mit Einschreiben vom 20. Juli 2012 meldete X._ für die X._ Ltd beim Konkursamt eine Forderung gegenüber beiden Konkursitinnen von Fr. 2 Mio. an.
Mit Fax und Schreiben vom 29. August 2012 ersuchte die X._ Ltd das Konkursamt für den Fall, dass sich der Notverkauf konkretisiert haben sollte, um Ansetzung einer Frist zur Abgabe eines höheren Angebotes. Das Konkursamt informierte sie gleichentags über den Gegenstand eines Notverkaufs und teilte mit, dass die Frist für die Unterbreitung höherer Angebote am 31. Juli 2012 abgelaufen sei.
Mit Fax und Schreiben vom 30. August 2012 verlangte die X._ Ltd die Zustellung des Gläubigerzirkulars vom 17. Juli 2012, die Sistierung des Notverkaufs und eine (neue) Fristansetzung zur Unterbreitung höherer Angebote. Dies lehnte das Konkursamt ab.
Mit Beschwerde vom 10. September 2012 verlangte die X._ Ltd die Aufhebung der Freihandverkaufsverfügung und die Aufhebung des Notverkaufs. Mit Entscheid vom 23. Oktober 2012 wies das Bezirksgericht Winterthur als untere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen die Beschwerde ab.
Diesen Entscheid zog die X._ Ltd am 5. November 2012 an das Obergericht des Kantons Zürich als obere kantonale Aufsichtsbehörde weiter. Mit Verfügung vom 8. November 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung in dem Sinn erteilt, dass im Rahmen der streitigen Freihandverkäufe noch nicht erfüllte Verträge und auch einzelne Erfüllungshandlungen nicht früher als am 19. November 2012 vollzogen werden dürften, wobei eine Verlängerung von einer Sicherheitsleistung der Beschwerdeführerin von Fr. 5'584'000.-- abhängig gemacht wurde. Am 19. November 2012 wurde die Freihandverkaufsverfügung bzw. der aufgeschobene (restliche) Teil des Freihandverkaufs vollzogen und der Restkaufpreis von US$ 5'998'000.-- an das Konkursamt überwiesen.
Mit Entscheid vom 13. Dezember 2012 wies das Obergericht die Beschwerde schliesslich ab. Es erwog, dass die Voraussetzung der einen Notverkauf rechtfertigenden Dringlichkeit (aktuelle und erhebliche Schwierigkeiten der ganzen Z._-Gruppe; Wertverminderung der Ware, auch angesichts des kollabierenden Vertriebsnetzes; notwendige Bewirtschaftung der IP-Rechte, insb. Ahndung von Schutzrechtsverletzungen) vorgelegen habe. Der die wesentlichen Aktiven umfassende Notverkauf sei einem Totalverkauf im Rahmen eines Betriebsfortführungsvertrages gleichgekommen. In dieser Konstellation gehe es nicht darum, dass die Gläubigergesamtheit zustimme, sondern dass der erzielte Preis insgesamt als fair erscheine. Bei einem Gesamtverkauf mit nahtloser Weiterführung des Vertriebes der Z._-Schuhe habe ein besserer Preis erzielt werden können als bei einem zersplitterten Verkauf einzelner Positionen. Kein Gläubiger habe ein höheres Angebot eingereicht. Der Beschwerdeführerin sei zwar die betreffende Spezialanzeige nicht zugestellt worden, obwohl hierzu Anlass bestanden hätte. Spätestens seit der Akteneinsicht am 3. September 2012 habe sie aber den genauen Inhalt der Freihandverkaufsverfügung gekannt. Trotzdem habe sie nie ein höheres Angebot unterbreitet, sondern sich durchwegs darauf beschränkt, hierfür eine neue Frist zu verlangen. Selbst vor Obergericht habe sie bloss behauptet, die nötigen Ressourcen zur Weiterführung des Z._-Geschäftes zu besitzen; sie habe aber weder ihre Vorstellungen zu den Kaufbedingungen geäussert noch in ihrer Eingabe, mit welcher sie die Wiedererwägung der ihr auferlegten Sicherheitsleistung verlangte, ein höheres Angebot gemacht, sondern sich einzig gewillt gezeigt, die noch vorhandenen Aktiven zu den Konditionen der Freihandverkaufsverfügung zu erwerben. Es bestehe aber kein Anspruch, die Kaufobjekte zu den gleichen Bedingungen zu erwerben, zumal gemäss Gläubigerzirkular der Kaufpreis mit mindestens US$ 200'000.-- zu überbieten gewesen wäre.
C. Gegen den Entscheid der oberen Aufsichtsbehörde hat die X._ Ltd am 9. Januar 2013 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung sowie um Aufhebung der Freihandverkaufsverfügung vom 16. Juli 2012 und des Notverkaufes. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Erwägungen:
1. Gegen den Entscheid der (oberen) Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen steht streitwertunabhängig die Beschwerde in Zivilsachen offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG und Art. 75 Abs. 1 BGG).
1.1 Angesichts des bereits vollzogenen Notverkaufes stellt sich die Frage des aktuellen Interesses. Grundsätzlich erlischt das Beschwerderecht gegen den Abschluss eines Freihandverkaufes nach einem Jahr (Art. 132a Abs. 3 i.V.m. Art. 251 SchKG). Darüber hinaus ist aber für die Beschwerdelegitimation gemäss Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG ein schutzwürdiges Interesse erforderlich, welches vorliegend mit dem Erfordernis des praktischen Verfahrenszwecks im Zusammenhang mit Beschwerden im Bereich des SchKG gleichgesetzt werden kann. Ein solcher ist nur dann gegeben ist, wenn auf die angefochtene Handlung noch zurückgekommen werden kann (BGE 105 III 101 E. 2 S. 104; 120 III 107 E. 2 S. 108); demgegenüber ist die Beschwerde zur blossen Feststellung von Pflichtwidrigkeiten, beispielsweise um sich eine bessere Grundlage für Schadenersatzansprüche zu verschaffen, unzulässig (BGE 120 III 107 E. 2 S. 109; 128 III 468 E. 2.3 S. 469). Auf eine Versteigerung oder einen freihändigen Verkauf ist wegen Zwecklosigkeit u.a. dann nicht mehr zurückzukommen, wenn der Ersteigerer oder der Käufer die Sache inzwischen weiterveräussert hat und der Dritterwerber zu schützen ist (BGE 73 III 139 E. 2 S. 141; 107 III 20 E. 3 S. 24).
1.2 Das Obergericht hat festgehalten, dass die Schuhe mittlerweile (weiter-)verkauft oder (soweit unverkäuflich) entsorgt worden sein dürften, weshalb eine Rückabwicklung ausgeschlossen und gemäss Freihandverkaufsverfügung auch für den Fall des Scheiterns des Restvollzuges nicht vorgesehen sei. Sodann sei die mit einer Rechtsdurchsetzung im Ausland verbundene Rückabwicklung bezüglich der Tochtergesellschaften und der IP-Rechte auch praktisch nicht zu bewerkstelligen.
1.3 Ausgehend von diesen für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen (Art. 105 Abs. 1 BGG), welche von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet werden, ist nur schwer ersichtlich, inwiefern die Beschwerde noch einen praktischen Verfahrenszweck verfolgen und deshalb die Beschwerdeführerin ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheides haben könnte. Entgegen der diesbezüglichen Begründungspflicht (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.1 S. 251) beschränkt sich die Beschwerdeführerin auf die abstrakte Behauptung, ein "Interesse an der gesetzeskonformen Abwicklung des Freihandverkaufes" zu haben (Rz. 3). Eine solche Abwicklung kann aber nach den nicht beanstandeten Sachverhaltsfeststellungen der oberen Aufsichtsbehörde im Prinzip nicht mehr erfolgen.
1.4 Die Frage des aktuellen Interesses muss nicht abschliessend beurteilt werden, weil ohnehin die Beschwerde in der Sache selbst unbegründet ist, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen.
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, die praxisgemäss vorweg geprüft wird.
2.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die obere Aufsichtsbehörde habe ihr mit Verfügung vom 8. November 2012 eine Schutzschrift der Beschwerdegegnerin zugestellt, nicht aber die sechs dazugehörenden Beilagen. Mit Schreiben vom 21. November 2012 habe sie dies beanstandet. Die Beilagen seien am 23. November 2012 bei ihr eingegangen, aber sie habe keine Zeit mehr zur Prüfung gehabt, weil am gleichen Tag die Frist zur Stellungnahme ausgelaufen sei.
Damit lässt sich keine Gehörsrüge begründen. Die Beschwerdeführerin hat offensichtlich erst ganz kurz vor Ablauf der Frist zur Stellungnahme um Zustellung der Beilagen gebeten, obwohl sie vorher reichlich Zeit dazu gehabt hätte und sie auch über die eingereichten Beilagen informiert war.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, selbst am 23. November 2012 noch nicht alle Akten besessen zu haben. Am 7. November 2012 seien ihr die Verfahrensakten von der unteren Aufsichtsbehörde zugestellt worden, wobei die Beilagen 1-44 zur erstinstanzlichen Beschwerdeantwort nicht mitgeliefert worden seien. Sie habe dies bereits auf dem Empfangsschein vermerkt und sei mit Schreiben vom 21. November 2012 an die untere Aufsichtsbehörde gelangt, welche jedoch am 27. November 2012 mitgeteilt habe, alle Verfahrensakten befänden sich bei der oberen Aufsichtsbehörde. Die Beilagen 1-44 seien ihr erst am 10. Dezember 2012 geschickt worden, wobei die obere Aufsichtsbehörde gleich am 13. Dezember 2012 das Urteil eröffnet habe.
Auch hier muss sich die Beschwerdeführerin den Vorwurf gefallen lassen, die Beilagen nicht rechtzeitig verlangt zu haben. Wie sie selbst festhält, war ihr sofort bewusst, dass diese nicht mitgeliefert worden waren, aber sie liess zwei Wochen verstreichen und bat erst kurz vor Ablauf der Frist zur Stellungnahme um deren Zustellung.
2.3 Die Beschwerdeführerin wäre ohne weiteres in der Lage gewesen, alle relevanten Akten frühzeitig anzufordern und darin Einsicht zu nehmen. Im Übrigen verfügte die obere Aufsichtsbehörde über volle Kognition, so dass der mit Bezug auf die untere Aufsichtsbehörde geltend gemachte Gehörsmangel geheilt und das Verfahren beförderlich behandelt werden konnte (BGE 137 I 195 E. 2.3.2 S. 197 f.). Mithin ist in keiner Hinsicht eine Gehörsverletzung gegeben.
3. Materiell kritisiert die Beschwerdeführerin in erster Linie, dass ihr das Gläubigerzirkular nicht zugestellt und damit nie Gelegenheit zu einem höheren Angebot gegeben worden sei, obwohl ihr Gläubigerstellung zukomme. Es gehe auch nicht an bzw. verletze die Dispositionsmaxime, dass das Obergericht quasi ein aus eigenem Antrieb gemachtes Höherangebot im Rahmen des Beschwerdeverfahrens verlangt habe, denn mit der Beschwerde habe sie ja gerade die Ansetzung einer entsprechenden Frist durch das Konkursamt verlangt.
3.1 Die Forderungsanmeldung ist während des gesamten Konkursverfahrens möglich. Sie erfolgt in der Regel aufgrund des Schuldenrufes (Art. 232 Abs. 2 Ziff. 2 SchKG), ist aber auch noch bis zum Abschluss des Konkursverfahrens möglich (Art. 251 Abs. 1 SchKG). Die Beschwerdeführerin machte ihre Eingabe am 20. Juli 2012. Aus dem angefochtenen Entscheid geht nicht hervor, wie weit das Konkursverfahren zu jenem Zeitpunkt fortgeschritten war. So oder anders aber tritt ein jeder Gläubiger in das Stadium des Konkursverfahrens ein, in welchem es sich zum Zeitpunkt der Forderungseingabe befindet. Weil am 20. Juli 2012 (bzw. bei Eingang der Anmeldung auf dem Amt am 23. Juli 2012) die mit Gläubigerzirkular gesetzte Frist zu höheren Angeboten noch lief, hätte es nahe gelegen, die am 17. Juli 2012 an alle damals bekannten Gläubiger versandte Spezialanzeige auch der Beschwerdeführerin zuzustellen; dies hat auch das Obergericht so gesehen, indem es befand, dass hierzu "durchaus Anlass bestanden" hätte (angefochtener Entscheid S. 15). Indes war das Konkursamt hierzu nicht verbindlich verpflichtet, weil die Beschwerdeführerin erst zu einem Zeitpunkt, als die Anzeige schon an alle im damaligen Zeitpunkt bekannten Gläubiger verschickt war, zur Konkursgläubigerin wurde. Vielmehr hätte es an der Beschwerdeführerin gelegen, sich über den aktuellen Stand des Verfahrens zu informieren. Umso mehr hätte sie vorliegend dazu Anlass gehabt bzw. wäre sie hierzu nach Treu und Glauben gehalten gewesen, als sie nach den verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der oberen Aufsichtsbehörde bereits in ihrer an das Konkursamt gerichteten E-Mail vom 19. Juli 2012 festhielt, sie habe "gehört, dass Z._ verkauft wird". Sie beschränkte sich indes darauf zu fragen, ob und wie sie ihre Forderung anmelden müsse.
Bestand jedenfalls keine Pflicht des Konkursamtes, die neu hinzugetretene Gläubigerin auf bereits laufende Fristen hinzuweisen, kann weiterhin offen bleiben, ob der Notverkauf sogar gegenüber den Gläubigern generell von den Pflichten gemäss Art. 256 Abs. 3 SchKG befreien würde (Frage offen gelassen in BGE 131 III 280 E. 2.1 S. 285).
3.2 Vor dem Hintergrund des in E. 2.1 Gesagten widerspricht es ferner dem Grundsatz von Treu und Glauben, wenn die Beschwerdeführerin im Beschwerdeverfahren nie konkret auf ein höheres Angebot eingegangen ist, denn wer auf dem Beschwerdeweg die konkursamtliche Vorgehensweise anficht und die Ansetzung einer Frist zum Höherangebot verlangt, muss dartun, dass er ein entsprechendes Angebot machen will; es besteht kein schützenswertes Interesse und würde vielmehr dem Interesse der Gläubigergesamtheit an einem möglichst vorteilhaften Verwertungsergebnis widersprechen, den ganzen Freihandverkauf aufzuheben und rückabzuwickeln, ohne dass Gewähr für ein höheres Angebot besteht, umso mehr als aufgrund des raschen Wertzerfalls nicht davon ausgegangen werden kann, dass annähernd zu den ursprünglichen Konditionen überhaupt noch andere Käufer gefunden werden könnten. Mit der nunmehr vor Bundesgericht behaupteten Absicht zu einem Höherangebot wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die für das Bundesgericht verbindliche (Art. 105 Abs. 1 BGG) und nicht als offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich gerügte (Art. 97 Abs. 1 und Art. 106 Abs. 1 BGG) Sachverhaltsfeststellung, dass die Beschwerdeführerin gar nie beabsichtigte, ein höheres Angebot zu machen. Das Vorbringen vor Bundesgericht, welches ohnehin äusserst vage bleibt, ist folglich neu und damit unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG).
4. Wie bereits im kantonalen Verfahren macht die Beschwerdeführerin ferner geltend, das Konkursamt hätte für den Notverkauf zwingend die Zustimmung der Gläubigergesamtheit einholen müssen. Das Obergericht hat dies verneint, u.a. mit Verweis auf BGE 131 III 280 E. 2.1 S. 285. Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, dieser Entscheid beziehe sich auf das summarische Konkursverfahren und für das ordentliche müsse etwas anderes gelten.
Im ordentlichen Konkursverfahren entscheidet bei Fällen, die keinen Aufschub dulden, die erste und ansonsten die zweite Gläubigerversammlung für den Verwertungsmodus bzw. den Freihandverkauf (vgl. Art. 238 Abs. 1 resp. Art. 256 Abs. 1 SchKG). Die in BGE 131 III 380 E. 2.1 S. 285 gemachte Kernaussage, dass der Notverkauf besondere Umstände voraussetzt, welche ein Abweichen vom ordentlichen Verfahrensablauf bedingen, wurde zwar im Zusammenhang mit einem summarischen Konkursverfahren gemacht, gilt aber auch für das ordentliche Verfahren. In der Lehre wird denn auch vertreten, dass gerade dort, wo zur Erzielung eines höheren Verwertungserlöses ein Betrieb einigermassen nahtlos weitergeführt oder bestehende Geschäftsbeziehungen genutzt werden sollen, ein Notverkauf bereits vor der ersten Gläubigerversammlung bzw. ohne Zustimmung durch die Gläubigergesamtheit möglich sein soll (RUSSENBERGER, in: Basler Kommentar, N. 10 zu Art. 243 SchKG; BÜRGI, in: Kurzkommentar SchKG, N. 12 zu Art. 243 SchKG; JEANDIN/FISCHER, in: Commentaire Romand, N. 12 zu Art. 238 und N. 14 zu Art. 243 SchKG; FRITZSCHE/WALDER, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht, Band II, 3. Aufl. 1993, § 48 Rz. 24; VONDER MÜHLL, Der wirtschaftlich begründete Dringlichkeitsverkauf von Mobilien im Konkurs, in: BlSchK 1995, S. 6; VISCHER, Unternehmenserwerb aus dem Konkurs, in: SWZ 2002, S. 155; GRAHAM-SIEGENTHALER, Vorzeitige Verwertung und Freihandverkauf im Konkurs, in: BlSchK 2000, S. 82). Dass eine Notverkaufsituation bestand, wird von der Beschwerdeführerin nicht in Frage gestellt. Mithin war ein formeller Gläubigerbeschluss nicht zwingend.
5. Die Beschwerdeführerin behauptete im kantonalen Verfahren eine mangelhafte Darstellung der Konditionen des Freihandverkaufes im Gläubigerzirkular, weil nicht offengelegt worden sei, dass die Konkursmasse auf Debitorenforderungen von US$ 750'440.-- gegenüber der mit den Käuferinnen wirtschaftlich verbundenen Gesellschaft W._ Ltd verzichtet habe.
5.1 Das Obergericht hat diesbezüglich festgestellt, dass sich der von den Käuferinnen bezahlte Gesamtkaufpreis effektiv auf US$ 8,5 Mio. belaufe. Die Forderung der Konkursitinnen gegenüber der W._ Ltd. sei sicherheitshalber an das Bankenkonsortium abgetreten worden und habe mithin gar kein realisierbares Aktivum der Konkursmasse mehr dargestellt.
5.2 Die Beschwerdeführerin beschränkt sich darauf, ihre kantonalen Ausführungen in appellatorischer Weise zu wiederholen bzw. zu ergänzen (der Käufer habe wirtschaftlich einen um rund US$ 0,75 Mio. reduzierten Kaufpreis zahlen müssen; das Bankenkonsortium habe gegenüber dem Käufer den Verzicht auf die sicherungshalber abgetretene Forderung erklärt; wäre der Freihandverkauf mit einem Dritten abgeschlossen worden, würden der Konkursmasse die US$ 8,5 Mio. zufliessen und könnte die abgetretene Forderung von US$ 0,75 Mio. realisiert werden; das Bankenkonsortium würde in diesem Umfang Deckung erhalten; der Masse wären deshalb statt US$ 7,75 Mio. effektiv Mittel von US$ 9,25 Mio. zugeflossen), ohne in diesem Zusammenhang eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung zu rügen. Darauf ist nicht einzutreten. Im Übrigen wären die Ausführungen ohnehin auch in der Sache unzutreffend und wäre überdies nicht substanziiert dargetan, dass ein Hinweis im Gläubigerzirkular, so wie sich die Beschwerdeführerin dies verstellt, zu höheren Angeboten anderer Gläubiger geführt hätte.
6. Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, der Verkaufspreis könne nicht als fair gelten und der Verkauf sei auch aus diesem Grund aufzuheben.
6.1 Das Obergericht hat verbindlich festgestellt, dass das Konkursamt die möglichen Kaufinteressenten kontaktiert und die eingegebenen Offerten sorgfältig geprüft habe. Das Angebot der Käuferinnen über US$ 8,5 Mio. habe sich mit Abstand als das höchste erwiesen.
6.2 In diesem Zusammenhang wird keine willkürliche Sachverhaltsfeststellung gerügt. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich vielmehr auf appellatorische Behauptungen (nur schon die Formensets für 4 Sohlensysteme hätten einen Anschaffungswert von US$ 1,4 Mio.; die Z._-Schuhe kosteten im Endverkauf durchschnittlich US$ 260.-- pro Paar und seien vorliegend für US$ 4,63 verschleudert worden; die IP-Rechte seien mit rund Fr. 50 Mio. bilanziert gewesen, aber für nur US$ 4 Mio. verkauft worden), die im Übrigen teilweise neu und auch aus diesem Grund unzulässig sind (Art. 99 Abs. 1 BGG). Ohnehin lassen sich weder aus Endverkaufspreisen noch aus Bilanzwerten gewissermassen Mindestpreise für den Freihandverkauf ableiten. Tatsache ist, dass niemand bereit war, ein höheres Angebot zu machen, nach den verbindlichen Feststellungen der oberen Aufsichtsbehörde insbesondere auch die Beschwerdeführerin nicht. Wenn sie heute im Zusammenhang mit ihrem Vorbringen der Wertverschleuderung das Gegenteil behauptet, wiederum ohne diesbezüglich eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung zu rügen, so ist sie damit nicht zu hören (vgl. bereits E. 3.2).
7. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer wird mithin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Konkursamt A._ und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. März 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli