Sachverhalt:
A. Die 1959 geborene P._ arbeitete seit April 1993 als Mitarbeiterin in der Cafeteria/Küche der X._. Am 6. April 2009 meldete sie sich wegen eines Diabetes, einer Osteoporose und eines verengten Nervenkanals C5-C6 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Einholung der medizinischen und beruflichen Unterlagen führte die IV-Stelle des Kantons Thurgau arbeitsplatzerhaltende Massnahmen durch und liess die Versicherte an der MEDAS des Spitals Y._ polydisziplinär abklären (Gutachten vom 28. Februar 2011). Mit Verfügung vom 22. September 2011 sprach sie ihr eine befristete halbe Invalidenrente vom 1. November 2009 bis 31. Mai 2011 zu.
B. Die von P._ dagegen erhobene Beschwerde mit Einreichung ergänzender medizinischer Unterlagen und mit einem Antrag, es sei eine unbefristete halbe Invalidenrente über den 31. Mai 2011 hinaus auszurichten, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 18. April 2012 in dem Sinne ab, dass die angefochtene Verfügung nach Gewährung des rechtlichen Gehörs zu einer allfälligen reformatio in peius ersatzlos aufgehoben und festgestellt wurde, der Beschwerdeführerin stehe keine Invalidenrente zu.
C. P._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sowie unter Kosten- und Entschädigungsfolgen, auch für das erstinstanzliche Gerichtsverfahren, sei ihr für die Zeitspanne vom 1. November 2009 bis 31. Mai 2011 eine befristete halbe Rente zuzusprechen und für die Zeit ab 1. Juni 2011 die Sache zur neuerlichen Abklärung an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 132 V 393).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine halbe Invalidenrente ab dem 1. November 2009, nachdem ihr eine halbe befristete Rente ab jenem Datum bis Ende Mai 2011 zugesprochen worden war und diese durch das kantonale Gericht ersatzlos aufgehoben wurde.
2.1 Im vorinstanzlichen Entscheid ist das kantonale Gericht zum Schluss gelangt, im MEDAS-Gutachten vom 28. Februar 2011 sei festgestellt worden, dass zum Zeitpunkt der Begutachtung am Spital Y._ von einer Arbeitsfähigkeit von 50 % in der angestammten Tätigkeit und einer solchen von 72 % (6 Stunden pro Tag, also 30 Stunden pro Woche bei einer durchschnittlichen Arbeitszeit von 41.6 Stunden) in einer angepassten Tätigkeit auszugehen sei. Dass in der Zeit davor eine längerdauernde höhere Arbeitsunfähigkeit ausgewiesen sein sollte, ergebe sich aufgrund der medizinischen Akten nicht, und bei gleichbleibenden Diagnosen habe sich auch der Grad der Arbeitsunfähigkeit seit Sommer 2008 nicht verändert. Die der Beschwerdeführerin zugesprochene befristete Rente vom 1. November 2009 bis 31. Mai 2011 sei daher in keiner Weise nachvollziehbar und müsse im Rahmen der reformatio in peius korrigiert werden, da aufgrund des Einkommensvergleichs ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad von 18,5 % resultiere.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das polydisziplinäre Gutachten der MEDAS sei weder schlüssig noch nachvollziehbar. Gemäss dem von ihr nachträglich beigezogenen beratenden Arzt seien zahlreiche Mängel des Gutachtens benannt worden. Insbesondere sei in einem zehn Monate später erstellten Bericht des EPD W._ (Bericht vom 12. Oktober 2011) von einer mittelgradigen Episode der Depression die Rede, was die Beschwerdegegnerin hätte veranlassen müssen, eine Verschlechterung ihres psychischen Gesundheitszustandes festzustellen. Auch bezüglich der Arbeitsunfähigkeit in der Zeitspanne vom 1. November 2009 bis zum 31. Mai 2011 seien die sachverhaltsbezogenen Erwägungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig und die Behebung des Mangels demzufolge unerlässlich.
2.3 Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin genügt das MEDAS-Gutachten den rechtlichen Anforderungen. Das "subjektive angegebene schlechte Sehen" stellt sich im Zusammenhang mit hohem Zucker ein. Es bedurfte keiner weiteren Abklärung, da es nicht ein zusätzliches Leiden bildet, sondern offenbar eine Frage der Einstellung der Diabetes ist. Eine somatoforme Schmerzstörung wurde - in rheumatologischer Hinsicht - differentialdiagnostisch in Betracht gezogen. Der psychiatrischen Begutachtung lassen sich keine Anhaltspunkte entnehmen, die diesbezügliche Weiterungen notwendig machen würden.
Soweit die Beschwerdeführerin eine mangelnde Differenziertheit der Beschwerdeanamnesen nach Verlauf, Ausprägung und Beeinflussbarkeit bemängelt, ist ein damit verbundener Nutzen nicht ersichtlich. Die Anamnese ist die Vorgeschichte einer Krankheit nach Angaben des Kranken. Die "unsortierte" Wiedergabe dessen Schilderungen ist daher authentisch(er). Entscheidend ist, dass die Beschwerdeanamnesen vollständig sind. Die Beschwerdeführerin behauptet nichts Gegenteiliges.
Es trifft wohl zu, dass in der Diagnoseliste die leichte depressive Episode, wie sie im psychiatrischen Teilgutachten diagnostiziert wurde, keine Erwähnung findet. Dabei handelt es sich jedoch offensichtlich um ein (formelles) Versehen, das von untergeordneter Bedeutung ist, zumal sämtliche fachspezifischen Erhebungen in die Gesamtbeurteilung miteingeflossen sind.
Der Vorwurf der Aktenwidrigkeit trifft nicht zu. Wie im MEDAS-Gutachten richtig festgehalten, wurde im Herbst 2010 (Bericht der behandelnden Ärztin, psychiatrische Dienste Z._, vom 6. Oktober 2010) "erstmals von rezidivierenden depressiven Störungen, gegenwärtig mittelgradige Episode mit somatischem Syndrom, gesprochen". Ebenso wenig liegt eine Widersprüchlichkeit vor. Im MEDAS-Gutachten wird zwischen einem spondylogenen Schmerzsyndrom am Nacken und an der Lendenwirbelsäule auf Grund degenerativer Veränderungen und einem - im Vordergrund stehenden - myofascialen Schmerzsyndrom in den Weichteilen wegen einer muskulären Dysbalance unterschieden. Anders als die Beschwerdeführerin glauben zu machen versucht, stimmt auch nicht, dass sich im Gutachten keine Begründung findet, weshalb der Diabetes keine Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit hat. Zumindest implizit ergibt sich eine solche, indem weder Zeichen für eine diabetische Neuropathie vorlagen noch ein Zusammenhang zwischen den Weichteilschmerzen und dem Diabetes mellitus erkennbar war.
Was die Einordnung des psychischen Symptomkomplexes betrifft, verhält es sich nicht so, dass die Gutachter ein depressives Geschehen in Abrede stellten. Vielmehr qualifizierten sie die geschilderten Leiden insgesamt "nur" als leichte depressive Episode. Indem im psychiatrischen Teilgutachten ausgeführt wurde, die Versicherte zeige eine depressive Stimmung in einem ungewöhnlichen Ausmass, meistens fast täglich, so dient dieser (einleitende) Satz der Abgrenzung zu einer "normalen" Gemütsverstimmung. Er darf nicht isoliert gelesen und interpretiert werden, sondern ist im Kontext mit der anschliessenden Substanziierung und Qualifizierung zu sehen.
2.4 Ein andere Frage ist, inwieweit die gutachterlichen Schlussfolgerungen zur Arbeitsfähigkeit überzeugen. Sie beschlägt die konkrete Beweiswürdigung und ist somit Tatfrage, die der eingeschränkten Überprüfung unterliegt (vgl. E. 1). Die Beschwerdeführerin vermag in diesem Punkt nicht darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unrichtig oder bundesrechtswidrig sein soll. Insbesondere lässt sie ausser Acht, dass der Bericht der psychiatrischen Dienste Z._ vom 12. Oktober 2011, der u.a. von der behandelnden Ärztin unterzeichnet ist, nach Verfügungserlass ergangen ist und daraus keine Rückschlüsse auf den hier streitigen Zeitraum gewonnen werden können, da darin - zeitlich nicht weiter präzisiert - von einer gegenwärtig mittelgradigen depressiven Episode die Rede ist. Abgesehen davon wird im besagten Bericht vom 12. Oktober 2011 selber eingeräumt, dass sich insgesamt betrachtet eine gewisse Stabilisierung ergeben habe. Im Weiteren beziehen sich die (anderweitig) aktenkundig attestierten Arbeitsunfähigkeiten - auch im (ersten) Bericht der psychiatrischen Dienste Z._ vom 6. Oktober 2010 - ausschliesslich auf die angestammte Tätigkeit. Eine Erklärung, weshalb eine mittelgradige depressive Episode (ICD-10 F32.1) längerfristig invalidisierend sein soll, nachdem sie in der Internationalen Klassifikation psychischer Störungen ICD-10 Kapitel V (F) als einzelne depressive Episode beschrieben wird, erbringen die psychiatrischen Dienste Z._ nicht. Die von der Klinik V._ am 13. November 2009 attestierte 50 %-ige Arbeitsunfähigkeit war auf Ende November 2009 befristet.
2.5 Die Berechnung des Invaliditätsgrads blieb zu Recht unbestritten.
3. Zusammengefasst erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Oktober 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Scartazzini