Fatti:
A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito.
B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi DTF 132 IV 63).
C. Con decisione del 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso. Mediante sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale, ritenuta sbrigativa e superficiale detta tesi, ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale.
D. Il 16 ottobre 2007 la I CRP, comunicata alle parti la sua volontà di procedere a tappe, ha restituito agli indagati una ventina di incarti ritenuti inutili per l'inchiesta. Con giudizio del 12 novembre 2007 essa ha statuito sugli incarti bancari restanti. Ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e l'anonimizzazione dei relativi documenti avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, essa ha versato agli atti solo determinati atti, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata.
E. La I CRP, con decisione del 20 novembre 2007, si è pronunciata sugli incarti non considerati nell'esame di un periodo contabile particolare. Il dispositivo ha il seguente tenore:
"1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S1, S24 (parziale), S30 (parziale), S32 (parziale), S269 (parziale), S364 (parziale), S441 (parziale).
2. I seguenti incarti devono essere versati agli atti ai sensi dei considerandi: S23 (parziale), S24 (parziale), S30 (parziale), S32 (parziale), S364 (parziale), S269 (parziale), S441 (parziale), S440 (parziale).
3. L'utilizzo o la trasmissione a terzi, per altre procedure, di documenti o informazioni concernenti clienti degli indagati provenienti dagli incarti S23 e S24 di cui al punto 2 del presente dispositivo è proibito in assenza di nuove decisioni da parte della I Corte dei reclami penali.
4. (spese)".
F. A.A._ e B.A._ impugnano questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiedono di concedere l'effetto sospensivo al gravame e, nel merito, di annullare e di riformare il dispositivo n. 2 dell'impugnata decisione nel seguente modo:
"I seguenti incarti devono essere versati agli atti ai sensi dei considerandi: S30 (parziale), S32 (parziale), S364 (parziale), S269 (parziale), S441 (parziale), S440 (parziale).
Per quanto concerne gli incarti S23 (parziale) e S24 (parziale), viene fatto ordine alla I. Corte dei Reclami Penali del TPF di procedere alla cernita della documentazione secondo quanto stabilito nella sentenza dell'8 agosto 2005, consid. 7.3, segnatamente garantendo la protezione dei clienti attraverso cancellazione dei loro nomi o sostituzione con dei codici (sentenza 8 agosto 2005, dispositivo n. 2)".
La I CRP propone la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. Pure l'AFC chiede di respingerlo.
Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.
La citata decisione è stata impugnata anche dall'AFC (causa 1B_283/2007 decisa in data odierna).
Diritto:
1. 1.1 L'ammissibilità del rimedio esperito e la legittimazione dei ricorrenti sono pacifiche.
1.2 I ricorrenti invocano la tutela del segreto professionale in particolare a favore della clientela dell'avvocato.
1.3 Nel giudizio impugnato, la I CRP ha ripreso l'argomentazione esposta nella sua precedente decisione del 12 novembre 2007, secondo cui l'esame dell'effettiva esistenza di un segreto professionale e l'anonimizzazione dei relativi documenti costituirebbero misure troppo dispendiose e sproporzionate. Riguardo agli incarti S23 e S24, oggetto della vertenza in esame, l'istanza precedente ha rilevato che sono composti di un grande quantitativo di note ed estratti manoscritti, nonché da documenti diversi, tutti relativi alla gestione degli averi dei clienti presso diverse banche concernenti gli anni dal 1990 al 2002. La I CRP ha ricordato che l'utilità di questo tipo di documentazione era già stata accertata nella richiamata decisione e che la sua anonimizzazione, oltre che a risultare sproporzionata, le farebbe perdere tale qualità. Ha poi aggiunto, che la gestione di valori appartenenti a terzi non rientra, di principio, nel campo dell'attività tipica dell'avvocato, per cui ha deciso, eccetto per gli atti anteriori al 1993 figuranti nell'incarto S24 che esulano dall'inchiesta, di versarli agli atti con le restrizioni imposte all'AFC previste per la documentazione relativa ai conti clienti.
1.4 Nel suo ricorso (causa 1B_283/2007), l'AFC non ha contestato, su questo punto, la decisione impugnata. Al riguardo i ricorrenti si limitano a rilevare, peraltro in maniera del tutto generica, che avevano chiesto all'istanza precedente una proroga per pronunciarsi sulle operazioni coperte dal segreto professionale, rilevando che nel breve termine loro concesso, essi non avrebbero potuto determinarsi in modo circostanziato su tutti gli incarti. La documentazione litigiosa, consistente in sostanza di schede, annotazioni e conteggi riguardanti conti clienti, serviva loro per adempire l'obbligo dell'avvocato di custodire diligentemente i fondi affidatigli dal cliente nell'ambito di pratiche professionali e di amministrare correttamente le entrate e le uscite connesse con tale mandato, allo scopo di essere in grado in ogni momento di rendere conto al cliente: criticano quindi la conclusione della I CRP secondo cui questi atti non sono coperti dal segreto professionale, assunto compiutamente contestato dall'AFC nella risposta al ricorso. Sostengono poi che l'argomentazione dell'istanza precedente violerebbe la nota procedura in tre fasi, in particolare riguardo alla cernita, la quale avrebbe potuto fondarsi, secondo loro, sulle distinte da loro prodotte. Aggiungono infine che riguardo ai due incarti in esame l'AFC avrebbe addotto una motivazione diversa rispetto ad altri conti clienti, non chiedendone la semplice assunzione al fine di controllare la correttezza delle registrazioni contabili, ma la loro integrazione agli atti allo scopo di verificare l'esistenza di operazioni bancarie effettuate per conto del titolare dello studio, per cui, al loro dire, essa non reputerebbe utili all'inchiesta in maniera indiscriminata le operazioni registrate su questi documenti. Per questo motivo la I CRP non poteva rinviare semplicemente alla sentenza del 12 novembre 2007.
1.5 La tesi dei ricorrenti manifestamente non regge. Il Tribunale federale si è infatti già espresso al riguardo nella sentenza del 30 settembre 2008 (causa 1B_286/2007), alla quale, per brevità, si rinvia. In un'ulteriore sentenza di stessa data (causa 1B_288/2007), il Tribunale federale ha precisato che nell'ambito del procedimento in esame, l'unione nella medesima persona delle funzioni di amministratore e di avvocato non permetteva più di distinguere chiaramente quanto rientra in ciascun tipo di attività, per cui il richiamo alla tutela del segreto professionale dell'avvocato era di massima escluso. Ricordato il coinvolgimento dei legali nell'inchiesta e il fatto che gran parte dei documenti concernono attività estranee a quella tipica dell'avvocato e che tale distinzione non può essere operata in maniera chiara, nella fattispecie l'interesse pubblico a perseguire le gravi sospettate infrazioni prevale sulla tutela del segreto professionale, per di più invocato in modo generico ed essendo peraltro manifesto che A.A._ in nessun caso poteva invocarlo. Le generiche critiche mosse dai ricorrenti, incentrate su un'asserita tutela del segreto professionale, sono quindi infondate (consid. 3 e 4).
Gli interessi dei clienti sono d'altra parte sufficientemente tutelati dal citato divieto imposto all'AFC di utilizzare gli atti litigiosi per altri scopi. Inoltre, come rilevato nella citata sentenza, un'eventuale anonimizzazione potrebbe limitarsi a determinati documenti: rientra nel potere di apprezzamento della I CRP esprimersi al riguardo.
2. 2.1 Ne segue che il ricorso dev'essere respinto.
2.2 Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
2.3 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione ai patrocinatori dei ricorrenti, all'Amministrazione federale delle contribuzioni e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.