Erwägungen:
1. 1.1 X._ (geb. 1981) stammt aus Nigeria und durchlief in der Schweiz erfolglos zwei Asylverfahren. Gestützt auf die Ehe mit einer Schweizer Bürgerin wurden ihm am 27. Januar 2001 eine Aufenthalts- und am 3. März 2006 eine Niederlassungsbewilligung erteilt. Am 12. September 2008 verurteilte das Obergericht des Kantons Zürich X._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Transport von 11 Kilo Kokain) zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren, wobei es den Vollzug der Freiheitsstrafe im Umfang von 20 Monaten aufschob. Am 20. Februar 2009 wurde die Ehe von X._ geschieden. Am 28. September 2009 widerrief das Migrationsamt des Kantons Zürich dessen Niederlassungsbewilligung. Der entsprechende Entscheid wurde rechtskräftig und X._ in seine Heimat ausgeschafft.
1.2 Am 29. Oktober 2011 ging aus der Beziehung von X._ mit einer anderen Schweizer Bürgerin ein gemeinsamer Sohn hervor. Mit Verfügung vom 20. April 2012 suspendierte das Bundesamt für Migration das gegen X._ bestehende Einreiseverbot für die Dauer vom 19. Mai bis 18. Juni 2012 und bewilligte ihm für diesen Zeitraum einen Aufenthalt in der Schweiz von höchstens 14 Tagen für den Vaterschaftsprozess und zwecks Familienbesuchs. Am 1. Juni 2012 ersuchte X._ das Migrationsamt des Kantons Zürich, ihm eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen. Dieses erklärte, dass er das Land bis zum 15. Juli 2012 zu verlassen habe; das Gesuch werde nach seiner Ausreise behandelt.
1.3 X._ beschritt hiergegen den kantonalen Rechtsmittelweg, wobei ihm jeweils die Anwesenheit während des Verfahrens gestattet wurde. Mit Urteil vom 19. September 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich seine Beschwerde kantonal letztinstanzlich ab und hielt ihn an, das Land zu verlassen. X._ beantragt vor Bundesgericht, den entsprechenden Entscheid aufzuheben und ihm eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie die Vorinstanz ihn festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der Sachverhalt bzw. die beanstandete Beweiswürdigung klar und eindeutig mangelhaft erscheint (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3; 133 III 350 E. 1.3). Der Betroffene muss - in sachbezogener Auseinandersetzung mit der Begründung im angefochtenen Entscheid - zudem darlegen, inwiefern dieser Recht verletzt (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 - 2.3). Eine qualifizierte Begründungspflicht gilt, wenn - wie hier - ein Zwischenentscheid über den Verbleib während der Dauer des Bewilligungsverfahrens angefochten wird; es kann nur vorgebracht werden, dieser verletze verfassungsmässige Rechte (Art. 98 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG). Die bundesgerichtliche Praxis zur Begründungspflicht verlangt, dass die entsprechende Rüge dabei klar und detailliert erhoben wird (BGE 133 III 393 E. 6 S. 397 mit Hinweisen).
2.2 Die vorliegende Eingabe genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen weitgehend nicht: Der Beschwerdeführer beschränkt sich im Wesentlichen darauf, die bereits vor der Vorinstanz erhobenen Einwände zu wiederholen. Mit den Ausführungen im angefochtenen Entscheid hierzu setzt er sich nicht weiter auseinander; auch legt er nicht dar, dass und inwiefern die Vorinstanz den Sachverhalt offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich festgestellt bzw. falsch subsumiert hätte. Soweit er beantragt, ihm direkt eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen, übersieht er, dass der entsprechende Sachentscheid nicht Verfahrensgegenstand bildet, da das Migrationsamt mit seiner Verfügung erst die Frage des Aufenthalts während seines Verfahrens geregelt hat. Nur diese Problematik ist vom Verwaltungsgericht beurteilt worden. Hinsichtlich der Sistierung des Bewilligungsverfahrens zeigt er schliesslich nicht auf, inwiefern diese seine verfassungsmässigen Rechte verletzen würde, weshalb auf die entsprechende Kritik nicht weiter einzugehen ist.
3. 3.1 Materiell ist der angefochtene Entscheid im Resultat nicht zu beanstanden: Nach Art. 17 Abs. 1 AuG haben Ausländerinnen und Ausländer, die für einen vorübergehenden Aufenthalt rechtmässig eingereist sind und die nachträglich eine Bewilligung für einen dauerhaften Aufenthalt beantragen, den entsprechenden Entscheid im Ausland abzuwarten. Werden die Zulassungsvoraussetzungen jedoch offensichtlich erfüllt, so kann die zuständige kantonale Behörde den Aufenthalt während des Verfahrens gestatten (Art. 17 Abs. 2 AuG; sogenannter "prozeduraler Aufenthalt"). Die entsprechenden Voraussetzungen können insbesondere dann als "offensichtlich" erfüllt gelten, wenn die eingereichten Unterlagen einen gesetzlichen oder völkerrechtlichen Anspruch auf die Erteilung einer Kurzaufenthalts- oder Aufenthaltsbewilligung belegen, keine Widerrufsgründe vorliegen (Art. 62 AuG) und die betroffene Person ihren Mitwirkungspflichten nachkommt (Art. 6 Abs. 1 VZAE [SR 142.201]). Allein aus Vorkehren wie der Einleitung ehe- und familienrechtlicher Verfahren, der Einschulung von Kindern, dem Liegenschaftserwerb, der Wohnungsmiete, dem Abschluss eines Arbeitsvertrags oder der Geschäftsgründung oder -beteiligung können hingegen keine Ansprüche im Bewilligungsverfahren abgeleitet werden (Art. 6 Abs. 2 VZAE).
3.2 Losgelöst von der Frage, ob Art. 17 Abs. 2 AuG nur in Fällen einer rechtmässigen Einreise gilt, verletzt die Auffassung des Verwaltungsgerichts, dass die Bewilligungsvoraussetzungen im vorliegenden Fall nicht offensichtlich erfüllt seien, keine verfassungsmässigen Rechte: Der Beschwerdeführer ist in der Schweiz im Drogenhandel straffällig geworden; das Obergericht des Kantons Zürich hat ihn zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren verurteilt, wobei es den Vollzug der Freiheitsstrafe im Umfang von 20 Monaten aufschob. Der Beschwerdeführer erfüllt damit den Widerrufsgrund von Art. 62 lit. b AuG (BGE 137 II 297 E. 2; 135 II 377 E. 4.2). Zudem ist er im Mai 2011 illegal in die Schweiz eingereist und musste er hernach nach Nigeria ausgeschafft werden. Schliesslich besteht gegen ihn ein bis zum 24. März 2020 gültiges Einreiseverbot, welches nur vorübergehend aufgehoben wurde, um ihm einen Familienbesuch zu ermöglichen. Unter diesen Umständen ist es nicht unhaltbar, von ihm zu verlangen, den Ausgang des Bewilligungsverfahrens in seiner Heimat abzuwarten.
3.3 Mit der Mutter seines Kindes ist er nicht verheiratet; dass er plant, diese zu ehelichen, ändert im Rahmen der Anwendung von Art. 17 Abs. 2 AuG nichts (vgl. Art. 6 Abs. 2 VZAE). Seine Partnerin musste bei Aufnahme der Beziehung damit rechnen, dass er - zumindest für die Dauer des Verfahrens - wieder ausreisen und den Bewilligungsentscheid in seiner Heimat würde abwarten müssen, nachdem ihm wegen seiner schweren Straffälligkeit bereits zuvor die Niederlassungsbewilligung entzogen worden war. Soweit sich der Beschwerdeführer auf die Beziehung zu seinem Sohn beruft, verkennt er, dass er mit diesem und dessen Mutter erst seit dem 25. Mai 2012 zusammenlebt und sein Aufenthalt entgegen dem Einreiseverbot und dessen beschränkten Aufhebung vom 19. Mai bis 18. Juni 2012 lediglich auf vorsorglichen Massnahmen beruht hat, welche mit dem vorliegenden Urteil dahinfallen.
3.4 Aus Art. 8 EMRK bzw. Art. 13 BV ergibt sich weder ein Recht auf Einreise oder Aufenthalt in einem bestimmten Staat noch auf Wahl des für das Familienleben am geeignetsten erscheinenden Orts (BGE 130 II 281 E. 3.1 S. 285 mit Hinweisen; bezüglich der Rechtsprechung des EGMR: Nichtzulassungsentscheid i.S. Biraga gegen Schweden vom 3. April 2012 [Nr. 1722/10] § 49 ff.; Urteile Antwi gegen Norwegen vom 14. Februar 2012 [Nr. 26940/10] § 89 ff.; Arvelo Ponte gegen Niederlande vom 3. November 2011 [Nr. 28770/05] § 54 f.; Geleri gegen Rumänien vom 15. Februar 2011 [Nr. 33118/05] § 25 ff.; Gezginci gegen Schweiz vom 9. Dezember 2010 [Nr. 16327/05] § 54 ff.). Auch kann daraus regelmässig kein Anspruch abgleitet werden, bereits während der Hängigkeit des ausländerrechtlichen (Rechtsmittel-)Verfahrens nach Ablauf des visumsmässig zulässigen Aufenthalts bis zum Bewilligungsentscheid selber im Land verbleiben zu können, wenn nur ein potenzieller Bewilligungsanspruch nach Art. 8 EMRK angerufen wird, eine erste Prüfung jedoch - wie hier - ergibt, dass die Bewilligungsvoraussetzungen im Rahmen der nach Art. 8 Ziff. 2 EMRK erforderlichen Interessenabwägung nicht offensichtlich gegeben sind (Art. 17 Abs. 2 AuG; Urteil 2D_58/2011 vom 9. Januar 2012 E. 2.1 mit Hinweisen; vgl. zur Praxis des EGMR das Urteil Antwi gegen Norwegen, a.a.O., N. 98 f.). Vorliegend überwiegt das öffentliche Interesse an der Regulierung und Kontrolle der legalen Zuwanderung und - wegen der Straffälligkeit des Beschwerdeführers im Drogenmilieu - an der Gewährung der öffentlichen Sicherheit das private, bis zum rechtskräftigen Bewilligungsentscheid im Land verbleiben zu können. Es wird nach der Ausreise des Beschwerdeführers im Bewilligungsverfahren vertieft zu prüfen sein, ob sich die im Rahmen von Art. 17 Abs. 2 AuG erfolgte Beurteilung erhärtet oder nicht.
4. 4.1 Soweit der Beschwerdeführer überhaupt hinreichend begründete Konventions- oder Verfassungsrügen erhebt, verletzt der angefochtene Entscheid somit weder nationales noch internationales Recht. Die Beschwerde kann ohne Weiterungen im Verfahren nach Art. 109 BGG erledigt werden. Mit dem vorliegenden Urteil in der Sache selber wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
4.2 Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Eingabe abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (vgl. Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
2.2 Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar