Sachverhalt:
A. L._ war seit der Gründung der E._ GmbH im Jahr 2006 deren Geschäftsführer, ab 13. Februar 2008 bis 8. Juni 2009 Gesellschafter und Geschäftsführer. Mit Verfügung vom .... November 2009 wurde über die Gesellschaft der Konkurs eröffnet. Das Verfahren wurde am .... Juli 2010 mangels Aktiven eingestellt und die Gesellschaft am .... Juli 2010 von Amtes wegen gelöscht. Als Arbeitgeberin war die E._ GmbH der Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich (SVA) angeschlossen. Diese forderte mit Verfügung vom 13. August 2010 (unter anderem) von L._ Schadenersatz für entgangene Sozialversicherungsbeiträge in Höhe von Fr. 30'841.30. Die dagegen erhobene Einsprache des L._ wies sie mit Einspracheentscheid vom 15. Oktober 2010 ab.
B. L._ beantragte beschwerdeweise beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Aufhebung des Entscheides. Das kantonale Sozialversicherungsgericht änderte in teilweiser Gutheissung der Beschwerde den Einspracheentscheid dahingehend ab, als es L._ verpflichtete, (solidarisch) Schadenersatz in Höhe von Fr. 28'681.50 zu bezahlen (Entscheid vom 29. Juni 2012).
C. L._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, eventualiter die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung. In prozessualer Hinsicht ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Die Ausgleichskasse schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Mit BGE 137 V 51 hat das Bundesgericht entschieden, dass Streitigkeiten aus Art. 52 AHVG (Arbeitgeberhaftung) staatshaftungsrechtlichen Charakter haben und demzufolge unter Art. 85 Abs. 1 lit. a BGG fallen. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen kantonale Entscheide betreffend Streitigkeiten nach Art. 52 AHVG ist grundsätzlich nurmehr zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 30'000.- beträgt. Diese Voraussetzung ist hier nicht erfüllt, nachdem die Vorinstanz die Schadenersatzforderung auf Fr. 28'681.50 reduziert hat. Auf die Beschwerde kann daher nur eingetreten werden, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, was hier - mit Blick auf die gefestigte Rechtsprechung zu Art. 52 AHVG, von welcher abzugehen kein Anlass besteht - nicht zutrifft (vgl. BGE 134 V 184 E. 1.3 S. 187 f.), oder die Eingabe als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegen genommen werden kann, was voraussetzt, dass in substantiierter Weise eine Verletzung verfassungsmässiger Recht gerügt wird (Art. 116 in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten nur unter Rüge- und Begründungsvorbehalt (Art. 42 Abs. 2, 117 i.V.m. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 I 83 E. 3.2 S. 88 mit Hinweisen). Der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen gilt insofern nicht. Die bundesgerichtliche Praxis verlangt, dass die angebliche Verfassungsverletzung klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids dargelegt wird. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 136 II 489 E. 2.8 S. 494 mit Hinweisen; zum Ganzen Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.6 mit Hinweisen).
2. Der Beschwerdeführer rügt, der angefochtene Entscheid setze sich nicht mit seinen entscheidwesentlichen Vorbringen auseinander und stelle den Sachverhalt willkürlich und offensichtlich unrichtig fest. Dadurch werde er in seinen verfassungsmässigen Rechten (Art. 9 und 29 BV) verletzt. Im Einzelnen habe das kantonale Gericht die Beweismittel ignoriert, welche er gegen die Höhe der ihm auferlegten Restschuld anerboten habe. Ebenfalls verletzt würden Art. 9 und 29 BV, weil die Vorinstanz eine Grobfahrlässigkeit unterstelle, ohne den von ihm veranlassten Schuldenabbau zu würdigen und ohne auf das Argument der Fremdkonkurse einzugehen.
3. 3.1 Gemäss ständiger bundesgerichtlicher Praxis liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen angefochtenen Entscheid aber nur auf, soweit nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (statt vieler BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweis).
3.2 Ruft der Beschwerdeführer im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde das Willkürverbot an, muss er dartun, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid willkürlich ist (BGE 133 III 393 E. 6 S. 397; vgl. auch E. 1.2 hievor). Diesen Anforderungen genügt die Beschwerdeschrift jedenfalls insoweit nicht, als der Beschwerdeführer geltend macht, das kantonale Gericht habe sein Verhalten trotz des stetigen Schuldenabbaus gegenüber den Sozialversicherungen und der "Fremdkonkurse" (d.h. der Konkurse von Drittfirmen, welche sich negativ auf die Liquidität der E._ GmbH auswirkten) als grobfahrlässig qualifiziert. Damit legt er lediglich seine Sicht dar, ohne rechtsgenüglich zu begründen, inwiefern sich die Rechtsauffassung der Vorinstanz als willkürlich erweist. Massgebend für die Vorinstanz war insbesondere, dass der Beschwerdeführer, obwohl die finanzielle Situation der GmbH seit ihrer Gründung "prekär" gewesen war und sie ihre Sozialversicherungsbeiträge nie fristgerecht bezahlt hatte, im Jahr 2007 den Arbeitnehmerbestand und damit die Lohnsumme erheblich erhöhte, ohne über ausreichend liquide Mittel zur Begleichung der Sozialversicherungsbeiträge zu verfügen. Es hätte aber zu seinen vordringlichsten Aufgaben gehört, dafür zu sorgen, dass Löhne nur unter gleichzeitiger Abrechnung und Einzahlung oder Sicherstellung der darauf anfallenden Sozialversicherungsbeiträge ausgerichtet wurden. Bekanntlich ist ein Arbeitgeber gehalten, die Lohnzahlungen auf ein Mass zu reduzieren, das die Entrichtung der darauf entfallenden paritätischen Beiträge erlaubt, wenn die Liquiditätssituation eines Unternehmens die Begleichung der vollen Bruttolöhne zuzüglich des Arbeitgeberanteils nicht mehr zulässt (Marco Reichmuth, Die Haftung des Arbeitgebers und seiner Organe nach Art. 52 AHVG, 2008, Rz. 673 und 952 mit weiteren Hinweisen). Daran vermögen auch die Folgen eines am 10. Oktober 2008 erlittenen Unfalles nichts zu ändern. Der Vorwurf, das Verwaltungsgericht habe - entgegen seiner Verpflichtung, den relevanten Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen - im angefochtenen Entscheid die als Beweismittel offerierte "Zahlungsübersicht" nicht verifiziert und die für die Zahlungsausstände mitursächlichen Fremdkonkurse unberücksichtigt gelassen, ist insoweit unbegründet und eine Verletzung des Willkürverbots wie auch des Gehörsanspruches nicht ersichtlich.
3.3 Hinsichtlich der Schadenshöhe rügt der Beschwerdeführer die Verletzung verfassungsmässiger Rechte nicht mit Bezug auf die Gesamtschuld der Jahre 2007 bis 2009 in Höhe von Fr. 94'414.40 (welche er ausdrücklich anerkennt), sondern - nurmehr - einzig in Zusammenhang mit den vorinstanzlich berücksichtigten Einzahlungen der Arbeitgeberfirma. Die Vorinstanz erwog, der Beschwerdeführer habe nicht belegt, dass die Firma mehr als die in der Beitragsübersicht der Beschwerdegegnerin vom 10. April 2012 aufgelisteten Fr. 54'597.75 überwiesen hätte. Darin sieht der Beschwerdeführer eine Verletzung der Art. 9 und 29 BV, namentlich weil das kantonale Gericht die von ihm anerbotenen Beweismittel "ignoriert" habe. Es trifft zu, dass der Beschwerdeführer im kantonalen Beschwerdeverfahren eine detaillierte Übersicht betreffend die (behaupteten) Zahlungen der vormaligen E._ GmbH eingereicht hatte, auf welche die Vorinstanz mit keinem Wort eingegangen ist. Indes begründet das kantonale Gericht unter Hinweis auf die Beitragsübersicht der Beschwerdegegnerin vom 10. April 2012 hinreichend (BGE 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188), auf welcher Grundlage es die berücksichtigten Zahlungen ermittelte. Lediglich der Vollständigkeit halber sei angemerkt, dass der Beschwerdeführer in seiner vorinstanzlichen Beschwerde die Einzahlungen der Arbeitgeberin auf Fr. 62'207.50 bezifferte, was unter Berücksichtigung der hievon in Abzug zu bringenden Rückzahlung der Beschwerdegegnerin in Höhe von Fr. 7'640.- Fr. 54'567.50 ergibt und damit in etwa den im angefochtenen Entscheid anerkannten Überweisungen von insgesamt Fr. 54'597.75 entspricht. Soweit der Beschwerdeführer letztinstanzlich (erstmals) geltend macht, die von der Arbeitgeberin einbezahlte Summe sei höher gewesen (Fr. 86'708.- bzw. Fr. 86'780.-), sind seine Vorbringen, soweit sie nicht neu und damit unzulässig sind (Art. 99 Abs. 1 BGG; vgl. Urteil 9C_465/2007 vom 20. Dezember 2007 E. 8.1), nicht stichhaltig. Der vorinstanzliche Entscheid verletzt somit auch mit Bezug auf die Höhe der Schadenersatzforderung keine verfassungsmässigen Rechte.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
5. Mit dem sofortigen Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. Dezember 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle