Sachverhalt:
A. Am 18. November 2005 erteilte das Bauinspektorat des Kantons Basel-Landschaft X._ die Baubewilligung für ein Einfamilienhaus mit Einliegerwohnung auf der Parzelle Nr. 1801 an der Birkenstrasse 4 in Giebenau.
B. Mit Schreiben vom 7. August 2007 hielt das Bauinspektorat fest, dass anstelle der bewilligten Pergola ein gedeckter Sitzplatz erstellt worden sei. Es setzte X._ eine Frist bis zum 30. September 2007 zur Wiederherstellung des bewilligten Zustands.
X._ reichte am 13. September 2007 beim Bauinspektorat geänderte Pläne ein. Dagegen erhoben u.a. Y._ (Eigentümer der Nachbarparzelle 1304) und die Gemeinde Giebenach Einsprache.
Am 6. Juni 2008 hiess das Bauinspektorat die Einsprachen teilweise gut. Es ging davon aus, dass das Glasdach die Baulinie um 0.75 m überrage. Um eine baurechtskonforme Situation zu gewährleisten, müssten aufgrund der Konstruktion sämtliche Glasplatten entfernt werden, auch im zulässigen Bereich hinter der Baulinie. Dies sei unverhältnismässig, weshalb auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands verzichtet werde.
C. Gegen diesen Entscheid erhoben Y._ und die Gemeinde Giebenach Beschwerde bei der Baurekurskommission. Diese hiess die Beschwerden am 17. Februar 2009 teilweise gut. Die Baurekurskommission ging davon aus, dass die Einfriedung an der Südseite des Grundstücks (an der Birkenstrasse) und die Mauer an der Ostfassade im Bereich der zwei Parkplätze bewilligt und damit rechtmässig erstellt worden seien. Dagegen müssten sowohl die Sparrenauflage als auch die Glasüberdeckung entfernt werden. Die Baugesuchstellerin wurde verpflichtet, bis zum 31. Januar 2010 den Zustand gemäss den bewilligten Plänen herzustellen oder den Rückbau auf einen bewilligungsfähigen Zustand vorzunehmen.
D. Dagegen gelangte X._ am 10. August 2009 an das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht. Sie beantragte, der Entscheid der Baurekurskommission sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass Pergola und Einfriedung samt Sparrenauflage rechtmässig erstellt werden seien.
Auch die Gemeinde Giebenau erhob Beschwerde an das Kantonsgericht. Sie beantragte, es sei festzustellen, dass auch die bereits gebaute Mauer zwischen der Pergola und den Parkplätzen nicht rechtmässig sei und beseitigt werden müsse.
Das Kantonsgericht führte einen Augenschein durch. Am 21. April 2010 wies es die Beschwerde von X._ ab und hiess die Beschwerde der Gemeinde Giebenach gut. Es wies die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurück.
In seinen Erwägungen hielt das Kantonsgericht fest, dass die Einfriedung an der Südseite des Grundstücks (an der Birkenstrasse) rechtskräftig bewilligt worden sei. Die Ostmauer (zwischen Pergola und Parkplätzen) sei dagegen nicht von der Baubewilligung erfasst: Diese Mauer sei weder in den bewilligten Grundriss- und Schnittplänen noch in den Fassadenplänen eingezeichnet gewesen. Lediglich im Umgebungsplan sei ein Doppelstrich eingezeichnet, der auf eine Mauer hindeuten könne, jedoch ohne genauere Beschreibung, Kennzeichnung oder Vermassung; dies genüge nicht. Es sei Sache der Baurekurskommission, den Sachverhalt unter Einbezug dieser Erwägungen erneut zu beurteilen.
E. Gegen den kantonsgerichtlichen Entscheid hat X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass sowohl die Pergola als auch die Mauer an der Ostfassade im Bereich der Parkplätze gemäss den am 18. November 2005 bewilligten Plänen und somit rechtmässig erstellt worden seien.
F. Y._ beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Gemeinde Giebenau schliesst in erster Linie auf Nichteintreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen.
In ihrer Replik vom 1. Dezember 2010 hält die Beschwerdeführerin an ihrer Anträgen fest.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts weist die Sache an die Baurekurskommission zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen ab. Damit schliesst es das Verfahren nicht ab, weshalb kein Endentscheid i.S.v. Art. 90 BGG vorliegt.
Fraglich ist, ob ein Teilentscheid i.S.v. Art. 91 BGG vorliegt, weil das Kantonsgericht zumindest die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 (in Disp.-Ziff. 1) abgewiesen hat. Die Rückweisung erfolgte in Disp.-Ziff. 2 in Zusammenhang mit der Gutheissung der Beschwerde der Gemeinde. Allerdings hat sich das Kantonsgericht in seinen Erwägungen ausschliesslich zur Bewilligung der Süd- und Ostmauer geäussert, ohne daraus (ausdrücklich) Folgerungen für die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin zu ziehen, weshalb unklar ist, ob und in welchem Umfang über diese bereits entschieden worden ist. Im Übrigen hängen die Beschwerden der Beschwerdeführerin und der Gemeinde eng zusammen und lassen sich nicht unabhängig voneinander beurteilen. Insbesondere kann über die Frage, ob und in welchem Umfang der rechtmässige Zustand wieder hergestellt werden muss, nur einheitlich entschieden werden. Unter diesen Umständen ist nicht von einem Teilentscheid i.S.v. Art. 91 BGG auszugehen.
Es handelt sich deshalb um einen Entscheid, der nur einen Teilaspekt der Streitsache beantwortet und die Sache im Übrigen an die Vorinstanz zurückweist. Derartige Entscheide sind als Zwischenentscheide i.S.v. Art. 93 BGG zu qualifizieren (vgl. BGE 133 V 477 E. 4.1.3 und 4.2 S. 481 f. mit Hinweisen). Die Rückweisung erfolgt auch nicht lediglich zur formellen bzw. rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten (vgl. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127); vielmehr verbleibt der Baurekurskommission ein Entscheidungsspielraum: Das Kantonsgericht hat lediglich entschieden, dass die Mauer auf der Ostseite nicht bewilligt worden sei. Dagegen steht noch nicht verbindlich fest, ob die Ostmauer materiell baurechtswidrig ist und, falls ja, ob sie ganz oder teilweise beseitigt werden muss.
Zwischenentscheide i.S.v. Art. 93 Abs. 1 BGG können selbstständig angefochten werden, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Die Beschwerdeführerin macht selbst nicht geltend, dass ihr ein nicht wieder gutzumachender Nachteil i.S.v. lit. a drohe; dies ist auch nicht ersichtlich. In der Beschwerdeschrift (S. 12 Ziff. 8) wird dargelegt, dass die Beschwerdeführerin inzwischen sämtliche Glasscheiben und Sparrenauflagen entfernt habe, weshalb ihr diesbezüglich kein Nachteil mehr droht. Hinsichtlich der Ostmauer liegt noch kein Wiederherstellungsbefehl vor; über deren Schicksal wird die Baurekurskommission erst noch befinden müssen. Gegen deren Entscheid stehen der Beschwerdeführerin Rechtsmittel zur Verfügung; letztinstanzlich kann sie ans Bundesgericht gelangen, und - zusammen mit dem Endentscheid - den Zwischenentscheid des Kantonsgerichts vom 21. April 2010 mitanfechten.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin könnte mit der Gutheissung ihrer Beschwerde auch nicht sofort ein Endentscheid herbeigeführt und damit ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden (Art. 93 lit. b BGG). Die Baurekurskommission hat überwiegend Rechtsfragen zu beantworten; Beweis muss allenfalls noch im Hinblick auf die Höhe der Ostmauer erhoben werden, was kein weitläufiges Beweisverfahren erfordert.
2. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG). Bei der Bemessung der Parteientschädigung des privaten Beschwerdegegners ist zu berücksichtigen, dass sich dieser auf einen Abweisungsantrag beschränkt hat, ohne in der Sache Stellung zu nehmen. Die Gemeinde Giebenach ist zwar nicht Baubewilligungsbehörde, sondern Baueinsprecherin: Sie handelt aber kraft ihrer raumplanerischen Aufgaben im amtlichen Wirkungskreis (vgl. Urteil 1C_134/2007 vom 24. Januar 2008 E. 6) und hat daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat Y._ mit Fr. 500.-- für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bauinspektorat des Kantons Basel-Landschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, sowie der Baurekurskommission des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber