Sachverhalt:
A. Am 8. November 2007 hiess das Bundesgericht eine Beschwerde von Z._ gut, hob die angefochtene Präsidialverfügung des Bezirksgerichts Zürich, 4. Abteilung, vom 27. September 2007 auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Bezirksgericht zurück (Urteil 1B_231/2007). Der Beschwerdeführer Z._ wurde von Rechtsanwältin X._ vertreten und hatte um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Das Bundesgericht erhob keine Gerichtskosten und verpflichtete den Kanton Zürich, den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen. Es ging davon aus, dass das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung damit gegenstandslos geworden sei.
B. Gemäss Kontoauszug des Bezirksgerichts Zürich, Rechnungswesen, vom 8. April 2008 wurde die Forderung von Z._ mit geschuldeten Gerichtskosten und Bussen verrechnet.
C. Mit Eingabe vom 26. August 2012 stellt Rechtsanwältin X._ ein Gesuch um nachträglichen Entscheid über die unentgeltliche Verbeiständung im Verfahren 1B_231/2007. Sie beantragt, sie sei mit Fr. 2'000.-- für das Verfahren 1B_231/2007 zu entschädigen.
Erwägungen:
1. Nach der bundesgerichtlichen Praxis besteht die Möglichkeit, auf Gesuch nachträglich über die unentgeltliche Verbeiständung zu entscheiden und die aus der Bundesgerichtskasse zu entrichtende Entschädigung festzusetzen, sofern sich die Parteientschädigung als uneinbringlich erweist und daher nicht zur Bezahlung des amtlichen Anwalts verwendet werden kann (Urteil 1F_7/2012 vom 4. April 2012 E. 1 mit Hinweisen; vgl. auch THOMAS GEISER, Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl., 2011, Art. 64 N. 38).
Z._ hatte bereits im Hauptverfahren ein Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gestellt. Die Voraussetzungen für die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gemäss Art. 64 Abs.1 und 2 BGG lagen schon damals vor. Das Bundesgericht ging allerdings davon aus, dass die Anwältin der unentgeltlich verbeiständeten Partei aus der zugesprochenen Parteientschädigung entschädigt werden würde.
Gemäss Art. 64 Abs. 2 Satz 2 BGG steht dem Anwalt ein Anspruch auf eine angemessene Entschädigung aus der Gerichtskasse zu, soweit der Aufwand für die Vertretung nicht aus der zugesprochenen Parteientschädigung gedeckt werden kann. Dieser Fall tritt nicht nur ein, wenn sich die Parteientschädigung als uneinbringlich erweist, sondern auch, wenn die Gegenpartei die von ihr geschuldete Parteientschädigung mit eigenen Forderungen gegen die unentgeltlich verbeiständete Partei verrechnet. In beiden Fällen hat der Anwalt der bedürftigen Partei kein Honorar erhalten, weshalb sein Anspruch gegenüber der Gerichtskasse bestehen bleibt. Wurde die Entschädigung wie im zu beurteilenden Fall bereits im Hauptverfahren festgesetzt, kann der Anwalt deren Auszahlung verlangen (Urteil 1F_7/ 2012 vom 4. April 2012 E. 1).
2. Nach dem Gesagten ist das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gutzuheissen. Die Gesuchstellerin ist antragsgemäss für das Hauptverfahren mit Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen. Die Gesuchstellerin stellte kein Gesuch, sie sei auch für das nachträgliche Verfahren zu entschädigen. Insoweit ist ihr auch kein nennenswerter Aufwand entstanden, so dass sich eine solche Entschädigung nicht rechtfertigen würde. Gerichtskosten sind keine zu erheben.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das erneute Gesuch von Rechtsanwältin X._ um unentgeltliche Rechtsverbeiständung im Verfahren 1B_231/2007 wird gutgeheissen.
2. Rechtsanwältin X._ wird als amtliche Vertreterin des Beschwerdeführers Z._ im Verfahren 1B_231/2007 bestellt, und es wird ihr hierfür aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
3. Für das nachträgliche Gesuchsverfahren werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird der Gesuchstellerin, der Staatsanwaltschaft Y._ und dem Bezirksgericht Zürich, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. September 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli