Fatti:
A. L'inchiesta penale iniziata il 1° dicembre 1998 a carico principalmente del dott. B._, sfociata nel giudizio della Corte delle assise criminali del 13 maggio 2005, ha originato una serie di altri procedimenti a carico di dipendenti delle cliniche gestite all'epoca da detto medico. Uno di questi procedimenti è stato aperto per il reato di complicità in ripetuta truffa nei confronti di A._, udita dalla polizia nel 1998 e dal procuratore pubblico il 25 ottobre 2005. Il procedimento è sfociato in un decreto di accusa del 3 novembre 2005: l'interessata ha interposto opposizione. L'incarto è quindi stato trasmesso per competenza alla Pretura penale. Con decreto del 10 aprile 2006 il presidente della Pretura penale ha deciso la riunione di quattro diversi procedimenti, tra i quali quello della citata opponente, ritenuto che le imputazioni concernono i medesimi fatti, che la riunione permette di valutare meglio le rispettive responsabilità e per economia di giudizio.
B. Avverso questa decisione l'accusata, il 24 aprile 2006, ha adito la Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP). La Corte cantonale, statuendo il 12 giugno 2006, ha ricordato dapprima che le criticate decisioni del giudice del merito circa l'ammissione o la reiezione di prove non potevano essere impugnate, mentre altre censure avrebbero, semmai, dovuto essere proposte al Giudice dell'istruzione e dell'arresto. Ha poi respinto il ricorso riguardo alla riunione dei procedimenti. Con giudizio del 6 giugno 2006 la CRP aveva respinto, in quanto tardivo e inerente all'assunzione di prove, un "complemento al ricorso" presentato dall'accusata.
C. A._ impugna queste decisioni con un ricorso di diritto pubblico del 7 luglio 2006. Chiede di concedere effetto sospensivo al gravame, di annullare le contestate decisioni e di rinviare gli atti alla Corte cantonale, affinché decida sulle conclusioni contenute nel ricorso del 24 aprile 2006 e annulli le decisioni della Pretura penale sulla congiunzione dei procedimenti e sull'assunzione delle prove.
Non si è proceduto a uno scambio di scritti.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (DTF 131 I 145 consid. 2, 57 consid. 1).
1.2 Salvo eccezioni qui non ricorrenti, il ricorso di diritto pubblico ha natura meramente cassatoria: le conclusioni ricorsuali che vanno oltre questo fine, e cioè la richiesta di invitare la CRP a decidere ai sensi delle conclusioni della ricorrente, è pertanto inammissibile (DTF 131 I 137 consid. 1.2, 129 I 129 consid. 1.2.1, 127 II 1 consid. 2c).
1.3 La decisione impugnata, relativa al rifiuto di disgiungere il procedimento a carico della ricorrente da quelli concernenti altri accusati che lavoravano presso la stessa clinica, fondata sull'art. 36 cpv. 2 CPP/TI, riguarda solo una fase del procedimento penale e assume una funzione puramente strumentale rispetto a quella destinata a concluderlo; essa costituisce quindi una decisione incidentale (DTF 123 I 325 consid. 3b, 122 I 39 consid. 1a/aa).
1.4 Poiché non si è in presenza di una decisione pregiudiziale o incidentale sulla competenza o su una domanda di ricusazione ai sensi dell'art. 87 cpv. 1 OG, il ricorso di diritto pubblico è ammissibile solo se la decisione impugnata, notificata separatamente dal merito, possa causare un pregiudizio irreparabile secondo l'art. 87 cpv. 2 OG. In effetti, se il ricorso di diritto pubblico di cui al capoverso testé citato non è ammissibile o non è stato interposto, le decisioni pregiudiziali o incidentali interessate possono essere impugnate soltanto mediante ricorso contro la decisione finale (art. 87 cpv. 3 OG; DTF 131 I 57 consid. 1, 127 I 92 consid. 1c).
1.4.1 La ricorrente non si esprime del tutto su questa norma, da lei neppure richiamata, e sulla relativa prassi. Riguardo alla decisione del 12 giugno 2006 della CRP fa valere che di fronte a pretese gravi violazioni procedurali, relative alle modalità del suo arresto, all'allestimento dei suoi verbali d'interrogatorio e all'emanazione del decreto di accusa, le istanze cantonali avrebbero dovuto esaminare in "limine litis" il problema dell'asserita nullità del procedimento penale, che renderebbe inopportuna la criticata congiunzione.
Circa la decisione del 6 giugno 2006, la ricorrente fa valere che anche la questione di assumere o meno prove al dibattimento sarebbe subordinata a quella della congiunzione delle procedure: poiché le accuse nei suoi confronti sarebbero nulle fin dall'inizio, il procedimento penale non potrebbe proseguire il suo corso.
1.4.2 Ora, già nell'ambito del rifiuto di congiungere il procedimento penale avviato nei confronti del dott. B._ da quelli diretti contro il personale dirigente medico e amministrativo e quindi contro la ricorrente, il Tribunale federale aveva ricordato che detto rifiuto costituisce una decisione incidentale, che non causa un danno irreparabile, contro la quale il ricorso di diritto pubblico non è ammissibile (sentenze 1P.96/2002 del 14 marzo 2002 consid. 2 e 1P.76/2004 del 12 marzo 2004 consid. 1.5). Le stesse conclusioni valgono, manifestamente, per la causa in esame.
1.5 In effetti, i nocumenti addotti dalla ricorrente nella sede cantonale, segnatamente un maggior impegno di lavoro per la sua legale, ch'ella non sarebbe in grado di retribuire, e il prolungamento della procedura, non costituiscono pregiudizi irreparabili ai sensi dell'art. 87 cpv. 2 OG, ossia di natura giuridica, che nemmeno una decisione finale a lei favorevole eliminerebbe interamente (DTF 126 I 207 consid. 2). Secondo la costante giurisprudenza, un prolungamento della durata della causa o un aumento dei suoi costi comportano soltanto pregiudizi di fatto e non giuridici (DTF 131 I 57 consid. 1, 127 I 92 consid. 1c, 126 I 97 consid. 1b): la stessa conclusione vale per gli inconvenienti cui accenna la ricorrente legati allo svolgimento del processo penale. Così, il deferimento di una persona alla Corte di merito perché la giudichi, non è considerato decisione incidentale arrecante danno irreparabile, né il prospettato (contestato) coinvolgimento della ricorrente nella citata inchiesta anticipa l'esame della sua colpevolezza, che rimane di competenza del giudice del merito dinanzi al quale ella potrà avvalersi compiutamente dei suoi diritti di difesa e far valere l'asserita lesione dei suoi diritti costituzionali e della CEDU (DTF 115 Ia 311 consid. 2c, 114 Ia 179 pag. 181 in basso, 98 Ia 326 consid. 3; sentenza 1P.235/2004 del 17 maggio 2004 consid. 1.3.1 e 1.3.2 apparsa in RtiD II-2004 n. 9). Se del caso, queste censure potranno essere vagliate nel quadro di un ricorso di diritto pubblico contro un'eventuale decisione cantonale di condanna di ultima istanza (art. 87 cpv. 3 OG; DTF 128 I 215 consid. 2.1, 116 Ia 305 consid. 4b; sentenze 1P.96/2002, citata, 1P.62/2001 del 1° marzo 2001 consid. 2). L'art. 87 OG è stato infatti adottato per esigenze di economia processuale e quindi per limitare l'accesso al Tribunale federale, che di massima deve esprimersi una volta sola nella medesima causa (DTF 117 Ia 251 consid. 1b).
1.6 D'altra parte, in linea di principio, neppure le decisioni incidentali che riguardano l'assunzione di prove arrecano all'interessato un pregiudizio irreparabile di natura giuridica, ossia uno svantaggio che nemmeno una decisione finale a lui favorevole eliminerebbe interamente (DTF 101 Ia 161; sentenze 1P.179/2000 dell'11 aprile 2000 consid. 1d, apparsa in RDAT II-2000 n. 66 e 1P.324/2003 del 15 agosto 2003 consid. 1.2.2, nei confronti del citato medico). Queste conclusioni valgono anche per il caso di specie, visto che lo scopo del ricorso, e del postulato ma rifiutato effetto sospensivo, era la richiesta di non assumere ulteriori mezzi di prova considerata l'asserita nullità del procedimento penale. La ricorrente potrà far valere i suoi diritti nell'ambito del processo penale e, semmai, nel quadro di un ricorso di diritto pubblico contro la decisione cantonale di ultima istanza.
1.7 Infine, neppure la criticata mancata concessione dell'effetto sospensivo al ricorso inoltrato alla CRP pone fine alla procedura e costituisce quindi una decisione incidentale (DTF 120 Ia 260 consid. 2b, 117 Ia 247 consid. 1, 116 Ia 177 consid. 2a; sentenza 1P.172/2003 del 2 aprile 2003 consid. 1.2, nei confronti del citato medico).
2. 2.1 Ne segue che il ricorso dev'essere dichiarato inammissibile, per cui non può essere esaminato nel merito.
2.2 Le spese seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 OG).
L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, visto l'art. 36a OG, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. La tassa di giustizia di fr. 1'000.-- è posta a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alla patrocinatrice della ricorrente, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.