Faits:
A. X._, domiciliée dans le canton de Vaud, est propriétaire de la parcelle **** du registre foncier de Genève-Y._, sis avenue Z._, sur laquelle est érigé un bâtiment de 2'546 m2 abritant trois arcades commerciales louées à des magasins et un parking.
Selon la déclaration fiscale genevoise 2002, le revenu provenant de l'immeuble en 2002 s'élevait à 689'104 fr. tandis que la valeur de l'immeuble indiquée dans la déclaration fiscale à l'intention du canton de Vaud s'élevait à 8'356'662 fr.
Le 26 janvier 2004, l'Administration fiscale du canton de Genève a adressé à l'intéressée un bordereau d'impôt cantonal et communal 2002, qui fixait la valeur de l'immeuble pour l'impôt immobilier complémentaire à 10'361'259 fr., équivalant à 691'096 fr. capitalisés au taux de 6,67%. X._ a contesté la valeur de l'immeuble ainsi que la répartition intercantonale par la voie de la réclamation. Elle a produit une expertise effectuée par une régie immobilière de la place le 23 octobre 2003 qui arrêtait la valeur intrinsèque à 7'557'000 fr. et la valeur de rendement à 8'096'894 fr. (rendement de 688'236 fr. au taux de capitalisation de 8,48% [recte 8,5%]), de sorte que la valeur vénale de l'immeuble s'élevait à 7'800'000 fr. Par décision du 19 août 2005, l'Administration fiscale cantonale a corrigé la répartition intercantonale mais a maintenu la valeur de l'immeuble.
Par décision du 12 novembre 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt a admis le recours déposé par l'intéressée contre la décision sur réclamation du 19 août 2005. Elle a constaté que l'immeuble était destiné de manière prépondérante à la location de parking. Le produit de cette location représentait 80% du revenu locatif. La détermination de la valeur de l'immeuble par capitalisation de l'état locatif était par conséquent exclue. Il fallait par conséquent retenir une valeur de 7'800'000 fr. Contre cette décision, l'Administration fiscale cantonale a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève.
B. Par arrêt du 16 septembre 2008, le Tribunal administratif a admis le recours, annulé la décision rendue le 12 novembre 2007 par la Com- mission cantonale de recours en matière d'impôt et confirmé la décision sur réclamation du 19 août 2005. Il a jugé que l'immeuble de l'intéressée devait être considéré comme un "immeuble locatif" et non pas comme un "autre immeuble (villas, parcs, jardins d'agrément ou propriété par étage)". La valeur des "immeubles locatifs" était calculée en capitalisant l'état locatif aux taux fixés chaque année par le Conseil d'Etat. Au taux de 6,67 %, le rendement annuel 2002 (de 691'096 fr.) donnait une valeur de 10'361'259 fr.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 septembre 2008 par le Tribunal administratif et de rétablir la décision rendue par la Commission de recours, subsidiairement de dire que la valeur vénale de l'immeuble est arrêtée à 7'800'000 fr. Elle se plaint de la violation de l'art. 14 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) ainsi que des art. 9 et 49 al. 1 Cst.
Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours.
D. Sur requête du juge délégué de la IIe Cour de droit public, l'Administration fiscale cantonale a produit, par courrier du 6 avril 2009, une copie des listes de transactions d'immeubles locatifs recensées sur le marché local du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, soit 39 immeubles vendus pour un prix total de 433'947'191 fr. totalisant un état locatif de 28'934'318 fr. Il en résultait un taux de capitalisation de 6,67%. Une copie de ce courrier a été adressée aux parties.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. La recourante étant destinataire de l'arrêt attaqué, elle a qualité pour recourir (art. 89 LTF).
2. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
D'après l'art. 106 al. 2 LTF en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'art. 106 al. 2 LTF exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).
3. Le litige porte sur l'estimation fiscale, au titre de l'impôt sur la fortune des personnes physiques de l'année 2002, d'un immeuble appartenant à la recourante.
3.1 Réglé aux art. 13 et 14 LHID, l'impôt sur la fortune des personnes physiques a pour objet l'ensemble de la fortune nette (art. 13 al. 1 LHID) qui se détermine selon les règles d'évaluation prévues à l'art. 14 LHID. Selon l'art. 14 al. 1 LHID, la fortune est estimée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en considération de façon appropriée.
La loi sur l'harmonisation fiscale ne prescrit pas au législateur cantonal une méthode d'évaluation précise pour déterminer cette valeur. Les cantons disposent donc en la matière d'une marge de manoeuvre im- portante pour élaborer et appliquer leur réglementation, aussi bien dans le choix de la méthode de calcul applicable que pour déterminer, vu le caractère potestatif de l'art. 14 al. 1, 2ème phrase, LHID, dans quelle mesure le rendement doit être pris en considération dans l'estimation. Il faut cependant préciser qu'à l'exception des immeubles affectés à l'agriculture ou à la sylviculture (cf. art. 14 al. 2 LHID), l'évaluation ne saurait se faire à l'aune du seul critère du rendement, sans prise en compte de la valeur vénale du bien considéré. Par ailleurs, la valeur de rendement ne peut, le cas échéant, être prise en considération que de manière appropriée; elle ne saurait justifier n'importe quel écart avec la valeur vénale. Les cantons ne peuvent ainsi pas prévoir des règles d'évaluation tendant de manière générale à une sur- ou sous-estimation des immeubles, par exemple en instituant un abattement automatique de leur valeur vénale pour en déterminer la valeur fiscale, ou en fondant l'imposition sur un pour-cent de la valeur vénale (cf. ATF 134 II 207 consid. 3.6 p. 214; 131 I 291 consid. 3.2.2 p. 307 s.; 128 I 240 consid. 3.2.3 et 3.2.4 p. 249 s.; 124 I 145 consid. 6b et 6c p. 159 s.).
3.2 Le canton de Genève a concrétisé ces principes dans la loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune (LIPP-III; RSGE D 3 13). L'art. 4 LIPP-III précise que la fortune mobilière et immobilière, établie au 31 décembre de l'année pour laquelle l'impôt est dû (al. 1), est en règle générale estimée à sa valeur vénale (al. 2), sous réserve - outre les marchandises (al. 4) - des biens immatériels et de la fortune mobilière (al. 3). Les immeubles situés dans le canton sont estimés d'après l'art. 7 LIPP-III dont la teneur est la suivante:
"Art. 7 Immeubles
I. Principe d'estimation; II. Expertises
L'évaluation des immeubles situés dans le canton est faite d'après les principes suivants:
a) la valeur des immeubles locatifs est calculée en capitalisant l'état locatif annuel aux taux fixés chaque année par le Conseil d'Etat, sur proposition d'une commission d'experts, composée paritairement de représentants de l'administration fiscale et de personnes spécialement qualifiées en matière de propriétés immobilières et désignées par le département. L'état locatif annuel se détermine d'après les loyers obtenus des locaux loués et des loyers qui pourraient être obtenus de ceux susceptibles d'être loués, y compris ceux occupés par le propriétaire et sa famille;
b) les immeubles servant exclusivement et directement à l'exploitation d'un commerce ou d'une industrie sont évalués en tenant compte de la valeur actuelle du terrain, des constructions et des installations qui en sont les accessoires;
c) les immeubles servant à l'exploitation agricole et sylvicole y compris la partie de logement nécessaire au propriétaire et à sa familles ont évalués à leur valeur de rendement calculée selon le droit fédéral;
d) les terrains improductifs ou à bâtir sont estimés en tenant compte de leur situation, des servitudes ou autres charges foncières les grevant, de prix d'achats récents ou d'attributions ensuite de succession ou de donation et des prix obtenus pour d'autres terrains de même nature qui se trouvent dans des conditions analogues, à l'exception des ventes effectuées à des prix de caractère spéculatif;
e) les autres immeubles, notamment les villas, parcs, jardins d'agrément, ainsi que les immeubles en copropriété par étage, sont estimés en tenant compte du coût de leur construction, de leur état de vétusté, de leur ancienneté, des nuisances éventuelles, de leur situation, des servitudes et autres charges foncières les grevant, de prix d'achats récents ou d'attribution ensuite de succession ou de donation et des prix obtenus pour d'autres propriétés de même nature qui se trouvent dans des conditions analogues, à l'exception des ventes effectuées à des prix de caractère spéculatif."
D'après l'art. 3 al. 1 du règlement d'application du 19 décembre 2001 de la loi sur l'imposition des personnes physiques - impôt sur la fortune, (RIPP-III; RSGE D 3 13.01), les taux de capitalisation applicables sont établis sur la base des transactions constatées sur le marché immobilier entre le 1er janvier de l'année précédent l'année fiscale et le 30 juin de l'année fiscale (sous réserve d'exceptions ne concernant pas le cas d'espèce; cf. art. 3 al. 2 RIPP-III). L'art. 4 RIPP-III fixe les taux ainsi déterminés a) pour les immeubles de logements dont l'âge est inférieur à 20 ans au 31 décembre ou à la fin de l'assujettissement; b) pour les immeubles de logements dont l'âge est égal ou supérieur à 20 ans au 31 décembre ou à la fin de l'assujettissement; c) pour les immeubles HBM, HLM, HCM, et HM; d) pour les immeubles commerciaux et autres immeubles locatifs.
Pour l'année fiscale 2002, le taux de capitalisation des immeubles commerciaux et autres immeubles locatifs est de 6,67%.
3.3 La règle spécifique prévue par le droit cantonal pour évaluer les immeubles locatifs s'insère dans le cadre défini - largement - par l'art. 14 al. 1 LHID: le principe de la capitalisation de l'état locatif inscrit à l'art. 7 let. a LIPP-III renvoie en effet à la valeur de rendement, tandis que la prise en considération, pour déterminer le taux de capitalisation applicable, des transactions constatées sur le marché ou de l'âge des logements (cf. art. 7 let. a LIPP-III en liaison avec l'art. 3 al. 1 et 4 let. a et b RIPP-III) se réfère à des critères qui relèvent plus particulièrement de la valeur vénale (ATF 134 II 207 consid. 3.8 in fine p. 215 s.).
4. Du moment que l'art. 14 al. 1 LHID laisse une grande marge d'appréciation aux cantons (cf. consid. 2 ci-dessus), les griefs de la recourante doivent remplir les exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
5. 5.1 La recourante soutient en premier lieu que la législation genevoise contrevient à la primauté du droit fédéral en prévoyant l'évaluation des immeubles locatifs par la capitalisation de leur rendement. Son grief se confond avec la violation du droit fédéral, puisque les dispositions des titres deuxième à sixième de la loi sur l'harmonisation fiscale sont directement applicables si les dispositions du droit fiscal cantonal s'en écartent (art. 72 LHID).
5.2 Elle rappelle à bon droit que, d'après la jurisprudence relative à l'art. 14 al. 1 LHID, la valeur de l'immeuble ne saurait être évaluée à l'aune du seul critère du rendement, qui peut être pris en considération de manière appropriée, mais ne saurait justifier n'importe quel écart avec la valeur vénale. Elle perd cependant de vue que le taux de capitalisation des immeubles locatifs au sens de l'art. 7 lettre a LIPP-III est calculé, non pas de manière abstraite, mais en fonction des transactions réalisées durant une période donnée. Ce calcul prend en effet en considération les valeurs vénales constatées sur le marché immobilier ainsi que les rendements effectivement réalisés par chacun des immeubles ayant fait l'objet d'une transaction.
Dans ces conditions, comme cela a déjà été jugé par le Tribunal fédéral (ATF 134 II 207 consid. 3.8 in fine p. 215 s.), l'art. 7 let. a LIPP-III (en relation avec l'art. 3 al. 1 et 4 let. a et b RIPP-III) se réfère à des critères qui relèvent plus particulièrement de la valeur vénale, de sorte qu'il ne viole pas l'art. 14 al. 1 LHID.
6. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante soutient encore que le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire en refusant de prendre en considération le taux de capitalisation ainsi que la valeur vénale réelle de l'immeuble en cause telle qu'elle a été arrêtée par l'expertise du 23 octobre 2003. D'une manière générale, il serait arbitraire de traiter de manière semblable immeubles de logement et parkings. Concrètement, le Tribunal administratif n'aurait ainsi pas tenu compte de la spécificité de l'immeuble en cause.
6.1 La protection de l'égalité (art. 8 Cst.) et celle contre l'arbitraire (art. 9 Cst.) sont étroitement liées. Une décision est arbitraire lorsqu'elle ne repose pas sur des motifs sérieux et objectifs ou n'a ni sens ni but. Elle viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et lorsque ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 133 I 249 consid. 3.3 p. 254/255; 131 I 1 consid. 4.2 p. 6-7, 394 consid. 4.2 p. 399; 129 I 113 consid. 5.1 p. 125, 346 consid. 6 p. 357ss). L'inégalité de traitement apparaît ainsi comme une forme particulière d'arbitraire, consistant à traiter de manière inégale ce qui devrait l'être de manière semblable ou inversement (ATF 129 I 1 consid. 3 p. 3, 346 consid. 6 p. 357ss; 127 I 185 consid. 5 p. 192; 125 I 1 consid. 2b/aa p. 4 et les références citées).
En droit fiscal, l'égalité de traitement consacrée à l'art. 8 Cst. se concrétise par les principes de l'universalité et de l'égalité de l'imposition ainsi que par celui de l'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.) Le Tribunal fédéral a, à plusieurs reprises, défini la portée de ces principes. Il a ainsi reconnu qu'il n'est pas réalisable, pour des raisons pratiques, de traiter chaque contribuable de façon exactement identique d'un point de vue mathématique et que, de ce fait, le législateur est autorisé à choisir des solutions schématiques. S'il n'est pas possible d'aboutir à une égalité absolue, il suffit que la réglementation n'aboutisse pas de façon générale à une charge sensiblement plus lourde ou à une inégalité systématique à l'égard de certaines catégories de contribuables (cf. ATF 128 I 240 consid. 2.3 p. 243 et la jurisprudence citée).
6.2 En prenant en considération les valeurs vénales constatées sur le marché immobilier durant une période donnée ainsi que les états locatifs effectivement réalisés par chacun des immeubles ayant fait l'objet d'une transaction, le taux de capitalisation confirmé par le Tribunal administratif est certes schématique, en ce qu'il s'agit effectivement d'un taux moyen. Il reste toutefois admissible, du moment que, parmi les immeubles locatifs visés par l'art. 7 lettre a LIPP-III, l'art. 4 RIPP-III impose à la Commission paritaire de distinguer encore, pour calculer le taux de capitalisation, entre immeubles de logement ou à prépondérance de logement, immeubles administratifs, commerciaux, etc. et immeubles HLM, afin de tenir compte de leur spécificité.
6.3 Concrètement, en l'espèce, le calcul du taux de capitalisation de 6,67%, appliqué au rendement de l'immeuble de la recourante, s'est fondé sur le total des prix des ventes constatés lors de l'aliénation de 39 immeubles administratifs et commerciaux entre le 1er janvier 2001 et le 30 juin 2002 - à l'exclusion par conséquent des immeubles de logement, à prépondérance de logement ou HLM - ainsi que sur les états locatifs respectifs desdits immeubles. Le total des ventes représentait 433'947'191 fr. et le total des état locatifs 28'934'318 fr. Ces données étant fondées sur des valeurs du marché effectivement constatées pour des objets comparables à celui de la recourante, elles ne sauraient être infirmées par une simple expertise de partie, à l'instar de celle dont se prévaut cette dernière.
6.4 Dans ces conditions, le Tribunal administratif pouvait, sans violer l'art. 14 LHID ni tomber dans l'arbitraire, confirmer que la valeur de l'immeuble de la recourante devait être arrêtée à 10'361'259 fr.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 23 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey