Faits:
A. A.a Y._ est décédé le 23 novembre 2001 à la suite de problèmes cardiaques, laissant pour uniques héritiers ses enfants F.Y._, de nationalité française, domiciliée en France, et H.Y._, de nationalité française et domicilié en Suisse.
De son vivant, Y._ s'est installé en Suisse, dans la région de V._, où il a cherché à investir dans l'immobilier une partie de sa fortune. Au bénéfice d'un permis B, il s'est toutefois trouvé limité dans l'acquisition de biens immobiliers. C'est ainsi que B._, une amie, lui a proposé d'investir au travers de prêts accordés à la société Hôtel X._ SA (ci-après: X._ SA), de siège à V._.
A.b Par contrat du 26 août 1999, Y._ a octroyé un premier prêt à X._ SA d'un montant de 6'000'000 fr., avec intérêts à 5% l'an, payable à l'échéance de chaque mois par des mensualités fixes de 25'000 francs; le prêt était octroyé pour une durée de trois ans, soit jusqu'au 15 septembre 2002, et, sauf dénonciation, était reconductible pour une nouvelle période de trois ans. En garantie du prêt, la société débitrice s'engageait à remettre au prêteur une obligation hypothécaire au porteur (OHP) d'un montant de 6'000'000 fr. grevant en deuxième rang la parcelle no 1 de la commune de W._ et les parcelles nos 2, 3, 4 et 5 de la commune de T._, correspondant au complexe de l'hôtel X._. Le prêt n'a pas été remboursé à son échéance.
Le 17 septembre 1999, Y._ a octroyé un second prêt-relais de 6'150'000 fr., avec intérêts à 5% l'an, payable à l'échéance de chaque mois. L'échéance de remboursement n'a pas été respectée. En garantie du prêt, la société débitrice s'engageait à remettre au prêteur une OHP d'un montant de 6'150'000 fr. grevant en premier rang les mêmes parcelles que susmentionné.
Le 16 mai 2000, les parties sont convenues de garanties supplémentaires. Elles ont notamment prévu l'extension des OHP de 6'000'000 fr. et de 6'150'000 fr. en 1er rang sur les parcelles no 6 (A.X._) et no 7 (B.X._).
De nouvelles OHP de 6'000'000 fr. et de 6'150'000 fr. ont été constituées à la place de celles déjà existantes. Elles ont été remises à Y._ le 7 septembre 2000. L'art. 4 de ces OHP prévoyait le remboursement total ou partiel en tout temps du capital en cas de retard de plus d'un mois dans le paiement d'un terme mensuel échu.
A la suite de retard dans le paiement des intérêts, les prêts ont été dénoncés. Des poursuites en réalisation de gage ont été engagées et ont abouti aux prononcés de mainlevée provisoire, les 7 mars et 14 août 2001.
A partir de janvier 2001, les parties aux contrats de prêt ont mené des pourparlers pour trouver une solution permettant à la débitrice de rembourser ses dettes à l'égard de Y._. Lors de ces pourparlers, l'accord de Y._ a été sollicité pour transformer les objets des gages en PPE, de manière à vendre les lots en partie sous forme d'appartement-hôtel et en partie sous forme de copropriété et affecter le produit au remboursement des prêts.
A.c Le 8 septembre 2001, A._ et Y._ se sont rencontrés pour finaliser un accord en vue du remboursement des prêts octroyés à X._ SA. A cette occasion, une lettre manuscrite non datée, adressée à Y._ et rédigée par A._, a été contresignée par le premier nommé. Ce document confirmait l'engagement de la société X._ SA de rembourser le prêt de 6'000'000 fr. octroyé selon convention de prêt « du 20 septembre 1999 », d'ici le 15 novembre 2001 au plus tard. Il était également prévu que les cédules hypothécaires devaient être remises à Maître D._ « en vue de leurs modifications en relation avec l'inscription de la copropriété sur les parcelles 1 et 6 Commune de W._ et 3 Commune de T._. Les inscriptions hypothécaires seront reportées comme suit, en 1er rang: - Frs 6'000'000.- immeubles A.X._, - Frs 6'150'000.- Hôtel X._ ». Lors de la rencontre, un chèque a été remis à Y._ d'un montant de 599'677 francs. Le même jour, Y._ a signé une déclaration dactylographiée datée du 4 septembre 2001, qui valait retrait des poursuites introduites à l'encontre de la société débitrice.
A.d Le 28 septembre 2001, H.Y._ a saisi les autorités tutélaires de T._ d'une demande de mesures tutélaires à l'endroit de son père. Dans le cadre de cette procédure, le Dr C._, généraliste et médecin traitant de Y._, a attesté de la bonne santé physique et psychique de son patient. La Chambre pupillaire a renoncé à prononcer une mesure.
B. Par mémoire-demande du 17 décembre 2001, X._ SA a ouvert action contre F.Y._ et H.Y._. Cette action tendait à la remise par les défendeurs des OHP de 6'000'000 fr. et de 6'150'000 fr. à un notaire en vue de leur report et fractionnement sur l'ensemble des unités de PPE à créer.
A l'appui de ses dernières conclusions, la demanderesse requérait la condamnation des défendeurs à remettre à un notaire à désigner par le Tribunal cantonal les deux obligations hypothécaires du 7 août 2000 mentionnées à l'allégué no 8 soit les obligations hypothécaires au porteur de 6'000'000 fr. (PJ ... W._ et ... T._ ) et de 6'150'000 fr. (PJ ... W._ et ... de T._), le greffe du Tribunal de Sierre qui détient les titres dans le cadre de la procédure de mesures provisionnelles devant les transmettre directement au notaire en question. La demanderesse concluait également à la condamnation des défendeurs à consentir à la radiation et au report sur les parts de PPE mentionnées à l'allégué 17 soit, selon le projet de l'acte du 23 janvier 2001 de Me E._: 1) l'OHP de 6'150'000 fr. uniquement sur l'immeuble A Hôtel X._ 823/1000e et 2) l'OHP de 6'000'000 fr. uniquement sur les PPE à constituer pour un total de 177/1000e sur l'immeuble B A.X._, les titres devant être restitués aux défendeurs après exécution des inscriptions au registre foncier.
Les défendeurs ont conclu au rejet de la demande.
Par jugement rendu le 2 mars 2009, le Tribunal cantonal valaisan a rejeté la demande de X._ SA.
C. La demanderesse exerce un recours en matière civile. Elle conclut principalement à l'annulation du jugement attaqué et reprend pour le surplus les mêmes conclusions que celles formulées devant la cour cantonale. Subsidiairement, elle demande le renvoi du dossier devant cette dernière autorité pour nouveau jugement dans le sens des considérants, le tout sous suite de frais et dépens.
Les défendeurs invitent le Tribunal fédéral a rejeté le recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions au fond (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. a, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par loi. On peut certes observer que la cour cantonale a statué en instance unique et non pas sur recours comme le prescrit l'art. 75 al. 2 LTF, mais cette disposition n'est actuellement pas en vigueur, le canton disposant d'un délai d'adaptation (art. 130 al. 2 LTF).
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Par exception au principe selon lequel il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire : ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130; 134 V 53 consid. 4.3 p. 63 - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. La présente cause comporte un élément d'extranéité dans la mesure où les intimés sont de nationalité française et où l'intimée a son domicile en France. Il faut donc contrôler d'office la question du droit applicable au litige (ATF 130 III 417 consid. 2 p. 421).
A défaut d'élection de droit par les parties, cette question doit être examinée à la lumière de l'art. 117 LDIP. La cour cantonale a correctement appliqué cette disposition en retenant que le contrat litigieux est bien soumis au droit suisse, car la prestation caractéristique est celle de l'aliénateur ou de la partie qui confère l'usage (art. 117 al. 1 et 2 LDIP), soit en l'occurrence celle de Y._, qui était domicilié en Suisse. Il ressort en effet des documents signés le 8 septembre 2001 par l'intéressé que celui-ci se serait engagé à donner son accord à la modification des gages moyennant paiement de 599'677 fr., à reporter l'exigibilité du prêt accordé le 26 août 1999 et à accepter le retrait des poursuites engagées. D'ailleurs, les parties ne contestent pas l'application du droit suisse à la présente cause.
3. L'objet du litige porté devant le Tribunal fédéral se rapporte à la validité de l'accord passé le 8 septembre 2001 entre Y._, aujourd'hui décédé, et X._ SA, sous l'angle de la capacité de discernement du premier nommé au moment de l'acte litigieux.
4. La cour cantonale a jugé que Y._ était privé de discernement le 8 septembre 2001, lorsqu'il a contresigné la lettre manuscrite rédigée par A._ et que, par conséquent, il ne s'est pas valablement engagé.
Appréciant les témoignages des personnes qui côtoyaient Y._, la juridiction valaisanne a relevé que celui-ci ne se contentait pas, à partir de l'été 2001, de mener une existence dépravée, mais qu'il adoptait un comportement qui ne correspondait plus à celui d'un homme doué de raison. Les magistrats se sont référés aux injures et menaces proférées par l'intéressé, au fait que ses victimes prenaient ses menaces au sérieux et que ses propres amis ne le reconnaissaient plus, à son comportement violent, tant en parole qu'en actes, aux plaintes pénales déposées à son encontre, aux points de vue de ses proches, qui considéraient que l'intéressé n'était plus apte à gérer ses affaires, à la position adoptée par la banque F._, qui refusait d'exécuter les ordres déraisonnables de Y._ et à l'état de santé de celui-ci, qui souffrait de maniaco-dépression.
Les magistrats se sont distancés de la décision de la Chambre pupillaire, qui a estimé, au regard notamment des renseignements pris auprès du médecin traitant de Y._, que celui-ci était apte à gérer ses affaires. A cet égard, les juges cantonaux ont indiqué qu'ils ignoraient si le médecin traitant avait revu son patient depuis l'été et considéré au surplus qu'il arrivait parfois à l'intéressé d'avoir des moments de lucidité et que tel devait être le cas le jour où il s'est présenté à la Chambre pupillaire. Ils ont par contre retenu que le jour de l'acte litigieux, soit le 8 septembre 2001, l'intéressé ne se trouvait pas dans un état normal.
5. La recourante reproche tout d'abord à la cour cantonale d'avoir retenu que Y._ était atteint de troubles maniaco-dépressifs. Pour la recourante, cette constatation viole le droit fédéral (art. 8 et 16 CC) et est arbitraire (art. 9 Cst.).
La recourante soutient également que la cour cantonale a méconnu la notion de capacité de discernement à teneur de l'art. 16 CC.
La recourante soutient également que la cour cantonale a méconnu la notion de capacité de discernement à teneur de l'art. 16 CC.
5.1 5.1.1 Est capable de discernement au sens du droit fédéral celui qui a la faculté d'agir raisonnablement (art. 16 CC). Cette disposition comporte deux éléments, l'un intellectuel, la capacité d'apprécier le sens, l'opportunité et les effets d'un acte déterminé, l'autre volontaire ou caractériel, la faculté d'agir librement en fonction de cette compréhension raisonnable, selon sa libre volonté (ATF 134 II 235 consid. 4.3.2 p. 239; 124 III 5 consid. 1a p. 8; 117 II 231 consid. 2a p. 232 et les références citées). La capacité de discernement est relative: elle ne doit pas être appréciée dans l'abstrait, mais concrètement, par rapport à un acte déterminé, en fonction de sa nature et de son importance, les facultés requises devant exister au moment de l'acte (ATF 134 II 235 précité; 118 Ia 236 consid. 2b in fine p. 238).
Une personne n'est privée de discernement au sens de la loi que si sa faculté d'agir raisonnablement est altérée, en partie du moins, par l'une des causes énumérées à l'art. 16 CC, dont la maladie mentale, la faiblesse d'esprit ou une autre altération de la pensée semblable, à savoir des états anormaux suffisamment graves pour avoir effectivement altéré la faculté d'agir raisonnablement dans le cas particulier et le secteur d'activité considérés. Par maladie mentale, il faut entendre des troubles psychiques durables et caractérisés qui ont sur le comportement extérieur de la personne atteinte des conséquences évidentes, qualitativement et profondément déconcertantes pour un profane averti (ATF 117 II 231 consid. 2a in fine p. 233/234 et les références citées).
Par rapport à la règle générale sur la preuve de l'art. 8 CC, l'art. 16 CC institue une présomption légale en faveur de la capacité de discernement (ATF 134 II 235 consid. 4.3.3 p. 240; 124 III 5 consid. 1b p. 8). Par conséquent, il appartient à celui qui prétend qu'elle fait défaut de le prouver. Cette preuve n'est soumise à aucune prescription particulière; un très haut degré de vraisemblance excluant tout doute sérieux suffit (ATF 117 II 231 consid. 2b p. 234). Toutefois, lorsqu'une personne est atteinte de faiblesse d'esprit, de maladie mentale ou d'une autre cause d'altération de la pensée semblable, l'expérience générale de la vie amène à présumer le contraire, à savoir l'absence, en principe, de discernement et la contre-preuve incombe à celui qui s'en prévaut (ATF 134 II 235 consid. 4.3.3 p. 240 et les références citées).
5.1.2 La faculté pour une partie de demander au juge de désigner un expert indépendant découle du droit à la preuve et à la contre-preuve, déduit de l'art. 8 CC (cf. ATF 109 II 291 consid. 2c p. 295; 102 II 7 consid. 3 p. 12; FABIENNE HOHL, Procédure civile, Tome I, Berne 2001, p. 219 ss). En effet, lorsqu'un tribunal, qui ne dispose pas des connaissances techniques nécessaires pour se prononcer sur une certaine question, rejette une requête d'une partie tendant à la désignation d'un expert indépendant déposée en temps utile et dans les formes requises, il viole le droit à la preuve de la partie qui supporte le fardeau de la preuve ou le droit à la contre-preuve de la partie adverse (arrêt 4A_52/2008 du 29 avril 2008 consid. 3.4). Chacune de ces parties a en principe droit à ce que sa requête visant à établir la preuve à l'aide d'une expertise soit accueillie.
L'art. 8 CC ne régit pas comment les preuves doivent être appréciées (ATF 131 III 222 consid. 4.3 p. 226; 129 III 18 consid. 2.6 p. 24 s.).
5.1.3 Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
5.2 La recourante soutient qu'en matière de capacité de discernement, le recours à une expertise s'impose en sus des indices et de la preuve par témoins, en vertu de l'art. 8 CC, et que les magistrats versent dans l'arbitraire s'ils se prononcent sur une question de fait sans posséder de connaissances techniques dans le domaine considéré, ce qui est le cas en l'espèce puisque les juges cantonaux ne sont pas des spécialistes en médecine psychiatrique.
La recourante ne prétend pas qu'une requête tendant à l'administration d'une expertise en lien avec la santé mentale de Y._ aurait été déposée en temps utile et selon les formes requises par le droit de procédure cantonal. Aucune application arbitraire de ce droit n'est d'ailleurs dénoncée sur ce point. La recourante échoue donc à établir une violation du droit à la preuve découlant de l'art. 8 CC en lien avec une éventuelle expertise à administrer au sujet de l'état de santé de Y._.
En outre, contrairement à ce qu'affirme la recourante, d'autres moyens probatoires que l'expertise peuvent être tenus pour suffisants afin de déterminer l'état mental d'une personne (cf. ATF 117 II 231 consid. 2b p. 235).
La cour cantonale a retenu que Y._ souffrait de maniaco-dépression, en se référant aux déclarations des intimés, confirmées par les dires de deux proches de l'intéressé (jugement attaqué, p. 20). Il peut certes paraître discutable de retenir que Y._ était maniaco-dépressif sur la base des éléments de preuve susmentionnés, notamment au regard de l'attestation du Dr C._, pour qui le patient était en bonne santé physique et psychique. Cependant, il ressort du jugement entrepris que les magistrats valaisans ne se sont pas uniquement basés sur l'état de santé de l'intéressé pour dire que son comportement n'était pas celui d'un homme doué de raison, mais se sont bien plus fondés sur un complexe de faits, qui inclut l'état maniaco-dépressif de l'intéressé (cf. supra, consid. 4).
Dans la mesure où la recourante ne remet pas en cause, sous l'angle de l'arbitraire, les autres faits sur lesquels la cour a pris appui, pas plus du reste que l'appréciation globale qui a été opérée par l'autorité cantonale au regard de l'ensemble des éléments à disposition, la recourante échoue à démontrer que cette autorité a fait preuve d'arbitraire en ayant considéré que, depuis l'été 2001, le comportement de l'intéressé n'était pas celui d'un homme doué de raison.
S'agissant plus précisément de l'état dans lequel se trouvait Y._ le jour de la signature de l'accord litigieux, il a été souverainement retenu que le prénommé ne se trouvait pas dans un état normal et n'avait pas conscience de la portée des obligations en découlant. La cour cantonale en a déduit que, le jour en question, Y._ était privé de discernement.
Sur la base de l'ensemble des faits de la cause, qui n'ont pas été valablement contestés par la recourante, il appert que Y._ n'était pas en mesure d'apprécier les effets de l'acte accompli le 8 septembre 2001 et qu'il n'était pas apte à agir en fonction d'une compréhension raisonnable de ce dernier. En outre, quoi qu'en pense la recourante, l'incapacité de discernement n'est pas subordonnée à la condition que l'acte accompli soit effectivement déraisonnable. Ainsi, le fait de qualifier, comme tente de le faire la recourante, de raisonnable les engagements pris par le défunt signataire ne permet pas de démontrer que la cour cantonale aurait à tort retenu une incapacité de discernement et par là enfreint l'art. 16 CC. Sur ce point, la cour cantonale s'est du reste contentée d'indiquer que les termes de la lettre du 8 septembre 2001, qui affaiblissent la position de Y._, ne constituent qu'un indice - supplémentaire - de l'absence de discernement de l'intéressé.
Il sied encore d'observer que la recourante, à qui il revenait, le cas échéant, de prouver que l'auteur a agi pendant une période de lucidité (cf. ATF 124 III 5 consid. 1b p. 9; 117 II 231 consid. 2b p. 234 s.), ne tente même pas de soutenir que tel était le cas et encore moins ne le démontre. Cela étant, la question d'une éventuelle violation des règles sur la répartition du fardeau de la preuve découlant de l'art. 16 CC ne se pose pas.
En définitive, les magistrats n'ont pas méconnu la notion de capacité de discernement en ayant jugé que Y._ était privé de discernement le 8 septembre 2001.
6. A titre de moyen subsidiaire, la recourante dénonce un défaut de motivation en lien avec le moyen ressortissant à l'art. 2 al. 2 CC, soulevé devant le Tribunal cantonal. Elle invoque à cet égard une violation de l'art. 29 al. 2 Cst. pour déni de justice formel et une application arbitraire de l'art. 213 CPC/VS. Elle soutient enfin que l'attitude contradictoire des intimés, qui invoquent la nullité de l'accord passé le 8 septembre 2001 sans pour autant offrir de restituer le montant perçu de 599'677 fr., tombe sous le coup de l'art. 2 al. 2 CC et exclut l'application de l'art. 16 CC.
6.1 Le droit d'être entendu ancré à l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment l'obligation pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Il suffit cependant que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 133 III 439 consid. 3.3 p. 445).
6.2 Il sied tout d'abord de noter que, contrairement à ce que soutient la recourante, l'art. 213 CPC/VS ne pose pas d'exigences allant au-delà de celles relatives à l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêt 4P.93/2002 du 18 octobre 2002 publié in RVJ 2003 236 consid. 3 p. 237). Il y a donc lieu d'examiner le grief à la lumière de l'art. 29 Cst. seulement.
En procédure cantonale, les intimés (défendeurs) ont fait valoir, à titre de moyen de défense, que l'accord passé était dénué d'effets juridiques et que, dès lors, ils n'avaient pas à en faire application. Il est manifeste que le remboursement du montant de 599'677 fr., évoqué par la recourante, ne fait pas l'objet du litige; aucun chef de conclusion ne se rapporte au remboursement de ce montant. A défaut de toute pertinence, la cour cantonale n'avait pas à se prononcer sur la nature du comportement adopté par les intimés en lien avec le montant en question, tel que dénoncé par la recourante devant le Tribunal cantonal. Par ailleurs, il ressort de l'état de fait que les intimés étaient créanciers de la recourante à hauteur de plusieurs millions de francs, ce qui signifie qu'ils auraient eu la possibilité d'invoquer la compensation afin de s'opposer à une éventuelle restitution. Il s'ensuit que les intimés - quoi qu'en dise la recourante - n'avaient pas à offrir de restituer la somme perçue, ce en dépit de l'incapacité de discernement de Y._ au moment de la signature de l'accord.
Le moyen tombe donc à faux, si tant est qu'il soit recevable.
7. Au vu des considérants qui précèdent, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
8. L'issue du litige commande de mettre les frais judiciaires et les dépens à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 9'500 fr., à payer solidairement aux intimés à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour civile II.
Lausanne, le 16 juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin