Sachverhalt:
A.
A.a. Die Wasserversorgung X._ wurde am 7. Februar 1894 als Genossenschaft ins Handelsregister eingetragen. Am 23. Februar 2004 änderte sie die Firma in Wasserversorgungs-Genossenschaft X._. Gemäss Art. 2 ihrer Statuten bezweckt sie, im Versorgungsgebiet der Gemeinde X._ Wasserversorgungs- und Hydrantenanlagen zu bauen, zu unterhalten und zu betreiben sowie Trink-, Brauch- und Löschwasser an Bezüger abzugeben. Im Jahr 1957 ersuchte die Wasserversorgungs-Genossenschaft X._ erstmals um Befreiung von der Steuerpflicht; das Steueramt verlangte damals dazu eine Statutenänderung, worauf die Genossenschaft auf die Geltendmachung der Steuerbefreiung verzichtete und in der Folge ihre Gewinne (in der Höhe von Fr. 1'000.-- bis Fr. 3'000.--) versteuerte.
A.b. Mit Veranlagungsverfügung vom 8. September bzw. 31. Oktober 2008 veranlagte das kantonale Steueramt die Wasserversorgungs-Genossenschaft X._ für die Staats- und Gemeindesteuern 2006 bzw. die direkte Bundessteuer 2006 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 3'648'100.-- bei einem Eigenkapital von Fr. 3'792'000.--. Dabei rechnete das Steueramt die in der Jahresrechnung 2006 der Genossenschaft ausgewiesenen Rückstellungen von Fr. 3'646'500.-- für die Erneuerung bzw. künftige Sanierung des Leitungsnetzes mangels geschäftsmässiger Begründetheit auf.
B.
B.a. Am 3. Oktober bzw. 4. November 2008 erhob die Wasserversorgungs-Genossenschaft X._ beim kantonalen Steueramt Einsprache und beantragte eine rückwirkende Steuerbefreiung per 1. Januar 2006, eventualiter die deklarationsgemässe Einschätzung. Am 5. November 2008 reichte die Gemeinde X._ eine Einsprache mit denselben Anträgen ein. Nach einer Parteianhörung und mehreren Schriftenwechseln wies das Steueramt am 7. März 2011 das Gesuch um Steuerbefreiung (Hauptantrag) ab und wies den Entscheid über den Eventualantrag der zuständigen Steuerkommissärin zu. Zur Begründung wurde vorgebracht, dass eine Steuerbefreiung nicht möglich sei, solange keine Abrechnung über die steuersystematisch realisierten stillen Reserven stattgefunden habe. Die gegen den Entscheid betreffend Steuerbefreiung am 17. März 2011 erhobene Einsprache der Wasserversorgungs-Genossenschaft X._ wies das kantonale Steueramt mit Entscheid vom 27. Mai 2011 ab.
B.b. Die hiergegen erhobenen Rekurs und Beschwerde hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 27. September 2011 gut und stellte fest, dass die Wasserversorgungs-Genossenschaft X._ für die Staats- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer ab 1. Januar 2006 von der Steuerpflicht befreit sei.
Gegen dieses Urteil des Steuerrekursgerichts erhob das kantonale Steueramt am 3. November 2011 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit je separaten Urteilen vom 19. Dezember 2012 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer gut und hob den Entscheid des Steuerrekursgerichts vom 27. September 2011 auf. Zur Begründung führte es aus, die gesetzlichen Voraussetzungen für eine Steuerbefreiung seien nicht erfüllt.
C.
Mit Eingabe vom 8. Februar 2013 erhebt die Wasserversorgungs-Genossenschaft X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, die Urteile des Verwaltungsgerichts vom 19. Dezember 2012 betreffend Steuerbefreiung (Staats- und Gemeindesteuern 2006 und direkte Bundessteuer 2006) seien aufzuheben "und die Sache zur noch nicht vorgenommenen Prüfung der Frage, ob die Steuerbefreiung die vorgängige Abrechnung über vor dem Statuswechsel erwirtschaftete stille Reserven voraussetzt, an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen". Eventualiter sei festzustellen, dass die Wasserversorgungs-Genossenschaft X._ ab 1. Januar 2006 von der Steuerpflicht befreit sei.
D.
Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt in Bezug auf die direkte Bundessteuer die Abweisung der Beschwerde, in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern verzichtet sie auf einen Antrag.
Mit Replik vom 30. Mai 2013 hält die Wasserversorgungs-Genossenschaft X._ an ihren Auffassungen fest und reicht sodann ein Protokoll ihrer Generalversammlung vom 29. April 2013 ein.
Erwägungen:
1.
1.1. Die vorliegende Beschwerde richtet sich gegen zwei praktisch übereinstimmende Urteile, betrifft dieselben Parteien und wirft identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2. Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um kantonal letztinstanzliche Endentscheide über die Staats- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und § 154 Abs. 1 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) bzw. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.3. Die hier zur Anwendung gelangenden bundesrechtlichen und kantonalen Vorschriften über die Steuerbefreiung sind harmonisiert und stimmen in den relevanten Punkten überein, weshalb es sich für die Beschwerdeführerin erübrigte, für die Staats- und Gemeindesteuern und für die direkte Bundessteuer zwei unterschiedliche Begründungen für die Beschwerde abzufassen (vgl. Urteil 2C_465/2011 vom 10. Februar 2012 E. 1.3, in: StE 2012 B 22.3 Nr. 106, mit Hinweis auf BGE 135 II 260 E. 1.3.2 S. 263).
1.4. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Die Anwendung kantonalen Rechts prüft das Bundesgericht - abgesehen von den hier nicht massgebenden Fällen von Art. 95 lit. c und d BGG - nur daraufhin, ob damit Bundesrecht verletzt wird, wozu namentlich eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts gehört (BGE 138 I 143 E. 2 S. 149). Zudem prüft das Bundesgericht die Verletzung kantonalen Rechts nur auf entsprechende Rüge hin (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.5. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird.
1.6. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; vgl. BGE 135 I 143 E. 1.5 S. 146 f.).
2.
Soweit die Beschwerdeführerin beantragt, es sei die Sache zur noch nicht vorgenommenen Prüfung der Frage, ob die Steuerbefreiung die vorgängige Abrechnung über vor dem Statuswechsel erwirtschaftete stille Reserven voraussetzt, an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen (Ziff. 1 der Rechtsbegehren), ist Folgendes zu bemerken: Streitgegenstand im vorliegenden Verfahren bildet nur die Frage der Steuerbefreiung der Beschwerdeführerin per 1. Januar 2006 (Ziff. 2 der Rechtsbegehren). Der abweisende Entscheid des Steueramts vom 7. März 2011 betr. Steuerbefreiung erging im Rahmen der von der Beschwerdeführerin erhobenen Einsprachen gegen die Veranlagungsverfügungen 2006 vom 8. September bzw. 31. Oktober 2008 (vgl. zum Verfahren § 170 f. des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1]). Diese Veranlagungen sind aber - soweit ersichtlich - noch nicht in Rechtskraft erwachsen. Damit erübrigt sich zum jetzigen Zeitpunkt auch eine vertiefte Auseinandersetzung mit der Argumentation des Steueramts, die aufgerechneten Rückstellungen der Beschwerdeführerin seien geschäftsmässig nicht begründet gewesen.
Somit ist im Folgenden zunächst die Frage der Steuerbefreiung per 1. Januar 2006 zu prüfen (Ziff. 2 der Rechtsbegehren); auf die Frage der Abrechnung der stillen Reserven (Ziff. 1 der Rechtsbegehren) wäre schliesslich nur dann näher einzugehen, wenn die Steuerbefreiung der Beschwerdeführerin zu bejahen wäre.
I. Direkte Bundessteuer
3.
Nach Art. 56 lit. g DBG sind juristische Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn, der ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet ist, von der Steuerpflicht befreit. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig (Art. 56 lit. g Satz 2 DBG).
3.1. Für die Steuerbefreiung wegen Gemeinnützigkeit muss die Tätigkeit der juristischen Person im Interesse der Allgemeinheit liegen und uneigennützig erfolgen. Die Tätigkeit muss aus der jeweils geltenden Gesamtsicht als fördernswert erscheinen. Mit der gemeinnützigen Zielsetzung dürfen nicht Erwerbszwecke oder sonst eigene - unmittelbare wirtschaftliche oder persönliche - Interessen der juristischen Person oder ihrer Mitglieder verbunden sein (BGE 114 Ib 277).
3.2. Neben dem gemeinnützigen Zweck nennt Art. 56 lit. g DBG auch die öffentliche Zweckverfolgung als steuerprivilegierte Zielsetzung. Da in Art. 56 lit. g DBG die "öffentlichen Zwecke" neben der Gemeinnützigkeit aufgeführt sind, kann es sich bei ihnen nur um eine begrenzte - und somit restriktiv zu fassende - Kategorie von Aufgaben handeln, die sich eng an die Staatsaufgaben anlehnen müssen. Juristische Personen, die in erster Linie Erwerbs- oder Selbsthilfezwecke verfolgen, haben grundsätzlich keinen Anspruch auf Steuerbefreiung, auch wenn sie zugleich öffentlichen Zwecken dienen (vgl. Urteile 2C_592/2008 vom 2. Februar 2009 E. 2, in: StR 64/2009 S. 389; 2A.408/1990 vom 2. Juli 1991 E. 3b, in: ASA 60 S. 623). Vorbehalten bleibt eine (gegebenenfalls teilweise) Steuerbefreiung, falls eine juristische Person durch einen öffentlichrechtlichen Akt mit der Erfüllung einer öffentlichen Aufgabe betraut wurde, eine gewisse Aufsicht des Gemeinwesens vorgesehen ist und darüber hinaus die ausschliessliche und unwiderrufliche (dauernde) Widmung des Eigenkapitals für den öffentlichen Zweck in den Statuten stipuliert wird. Auch in diesem Fall muss die vorgegebene Zwecksetzung konkret und überprüfbar tatsächlich verwirklicht werden; es genügt nicht, die steuerbefreite, im öffentlichen Zweck liegende Tätigkeit bloss statutarisch zu proklamieren (Urteile 2A.42/2007 vom 11. Juni 2008 E. 2.2; 2A.254/2000 vom 2. April 2001 E. 2c, in: ASA 70 S. 294 ff.). Liegt diese überwiegend im privaten Interesse - so etwa wenn der Erwerbszweck im Vordergrund steht - ist auch eine teilweise Steuerbefreiung nicht mehr gerechtfertigt (vgl. BGE 131 II 1 E. 3.3 u. E. 3.4 S. 6 ff. mit Hinweisen).
3.3. Art. 56 lit. g DBG wird durch das Kreisschreiben Nr. 12 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 8. Juli 1994 (ASA 63 S. 130) konkretisiert. Damit eine juristische Person von der Steuerpflicht befreit werden kann, müssen gemäss Ziff. 2 die folgenden allgemeinen Voraussetzungen kumulativ erfüllt sein: (a) Die Mittelverwendung muss ausschliesslich auf die öffentliche Aufgabe oder das Wohl Dritter ausgerichtet sein, (b) die der Zweckbindung gewidmeten Mittel müssen unwiderruflich steuerbefreiten Zwecken verhaftet sein und (c) die vorgegebene Zwecksetzung gemäss Statuten muss tatsächlich verwirklicht werden.
4.
4.1. Unbestritten ist im vorliegenden Fall, dass die Beschwerdeführerin eine kommunale Aufgabe wahrnimmt, die im öffentlichen Interesse liegt und damit grundsätzlich öffentlichen Zwecken im Sinne von Art. 56 lit. g DBG dient (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.1.3). Dies alleine bedeutet jedoch noch nicht, dass die Beschwerdeführerin insoweit von der Steuerpflicht ohne Weiteres befreit wäre. Vielmehr ist zu prüfen, ob die Voraussetzungen des geltend gemachten Steuerbefreiungsgrundes im Einzelnen erfüllt sind (BGE 131 II 1 E. 3.2 S. 6).
4.2. Vorab ist zu untersuchen, ob die allgemeinen Voraussetzungen für eine Steuerbefreiung gemäss Ziffer 2 des in E. 3.3 hiervor erwähnten Kreisschreibens Nr. 12 erfüllt sind (vgl. Urteil 2C_592/2008 vom 2. Februar 2009 E. 3, in: StR 64/2009 S. 389). Dabei ist auf die Verhältnisse am 1. Januar 2006 abzustellen, da das Gesuch um Steuerbefreiung sich auf diesen Zeitpunkt bezieht. Fraglich erscheint in diesem Zusammenhang insbesondere, ob die der Zweckbindung gewidmeten Mittel unwiderruflich steuerbefreiten Zwecken verhaftet sind. Auch der Wortlaut von Art. 56 lit. g DBG verlangt, dass der Gewinn "ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet ist", wobei nach bundesgerichtlicher Praxis das Zweckentfremdungsverbot auch bei der Verfolgung öffentlicher Zwecke Anwendung findet (BGE 131 II 1 E. 3.4.2 S. 9). Gemäss Kreisschreiben Nr. 12 soll ein Rückfall an die Gründer für immer ausgeschlossen sein. Bei Auflösung der juristischen Person hat das Vermögen deshalb an eine andere steuerbefreite Körperschaft mit ähnlicher Zwecksetzung zu fallen, was durch eine entsprechende unabänderliche Bestimmung im Gründungsstatut festzuhalten ist (ASA 63 S. 131).
4.2.1. Die Vorinstanz hat dazu festgehalten, Art. 36 der Statuten der Beschwerdeführerin stelle die unwiderrufliche Widmung mangels Verbindlichkeit nicht sicher (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.3.3). Art. 36 der Statuten (in der Fassung vom 23. Februar 2004) lautet wie folgt: "Das nach Tilgung sämtlicher Schulden verbleibende Vermögen der aufgelösten Genossenschaft wird unter die zur Zeit der Auflösung vorhandenen Genossenschafter oder ihre Rechtsnachfolger nach Köpfen verteilt". Daraus durfte die Vorinstanz ohne Weiteres den Schluss ziehen, der Nachweis, dass der Gewinn "ausschliesslich und unwiderruflich" dem öffentlichen Zweck gewidmet sei, sei nicht erbracht. Daran ändert der Einwand der Beschwerdeführerin nichts, wonach das pro Genossenschafter per Ende 2006 zu verteilende Vermögen mit Fr. 913.50 unter der einbezahlten Mindesteinlage von Fr. 1'500.-- zu liegen komme, da es sich bei diesen Zahlen bloss um eine Momentaufnahme handelt. Zudem räumt auch die Beschwerdeführerin ein, dass sich aufgrund der Auflösung von stillen Reserven ein Liquidationsgewinn ergäbe, der die Einlagen der Genossenschafter weit übersteigen würde. Daran vermag auch die fehlende Gewinnstrebigkeit gemäss Art. 2 Abs. 3 der Statuten nichts zu ändern. Zu Recht hat die Vorinstanz sodann darauf hingewiesen, dass weder mittels eines Wasserversorgungsreglements noch einer Konzession eine Grundlage geschaffen worden sei, wonach im Auflösungsfall der gesamte Wasserversorgungsbetrieb an die Gemeinde fallen soll.
4.2.2. Die Beschwerdeführerin führt weiter aus, sie habe am 29. April 2013 an der ordentlichen Generalversammlung den Art. 36 der Statuten angepasst; neu werde ausdrücklich festgehalten, dass bei einer Liquidation das Genossenschaftsvermögen an die Gemeinde X._ falle. Abgesehen davon, dass für ein Steuerbefreiungsgesuch per 1. Januar 2006 eine Statutenänderung aus dem Jahr 2013 keine entscheidende Rolle spielen kann, handelt es sich bei der neuen Eingabe ohnehin um ein unzulässiges Novum (vgl. E. 1.6 hiervor); das Protokoll der Generalversammlung vom 29. April 2013 ist als unzulässiges "echtes" Novum aus dem Recht zu weisen (BGE 133 IV 342 E. 2.1 S. 344 mit Hinweisen).
4.2.3. Schliesslich ist zwar der Beschwerdeführerin insofern zuzustimmen, dass sich die unwiderrufliche Zweckbindung des Gewinns nicht nur zwingend aus den Statuten ergeben kann; grundsätzlich wäre für die vorliegende Konstellation auch eine entsprechende gesetzliche Grundlage im kantonalem Recht denkbar. Allerdings rügt die Beschwerdeführerin hier nicht rechtsgenüglich, dass die Vorinstanz das einschlägige kantonale Recht, insbesondere das Wasserwirtschaftsgesetz [des Kantons Zürich] vom 2. Juni 1991 (WWG; LS 724.11), willkürlich angewendet hätte (vgl. E. 1.4 hiervor).
4.2.4. Daraus ergibt sich, dass der Schluss der Vorinstanz, die gesetzlichen Voraussetzungen für eine Steuerbefreiung der Beschwerdeführerin per 1. Januar 2006 seien mangels Nachweis der Unwiderruflichkeit der Zweckbindung nicht erfüllt, nicht zu beanstanden ist.
5.
Damit erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
II. Staats- und Gemeindesteuern
6.
6.1. § 61 Abs. 1 lit. g StG/ZH entspricht Art. 23 Abs. 1 lit. f StHG. Dieser stimmt - abgesehen davon, dass sich die Steuerbefreiung im kantonalen Recht auch auf das Kapital erstreckt - mit Art. 56 lit. g DBG überein. Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer für die Staats- und Gemeindesteuer analog massgebend sind. Damit ergibt sich für die Staats- und Gemeindesteuer dasselbe Ergebnis wie bei der direkten Bundessteuer.
6.2. Demnach erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gleichermassen als unbegründet und ist ebenfalls abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
7.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_143/2013 und 2C_144/2013 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_144/2013) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_143/2013) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. August 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger