Faits:
A. A.a A._ et dame B._, se sont mariés à Genève le 13 octobre 1956. Au moment du mariage, A._, à son dire, ignorait que dame B._ avait précédemment épousé un citoyen bulgare dénommé, selon lui, C._.
A.b Une première procédure de divorce a opposé les parties dès 1960. Dame B._ a été déboutée de sa demande, décision finalement confirmée par arrêt du Tribunal fédéral du 20 septembre 1963. Le 26 mai 1964, A._ a en vain sollicité la révision de l'arrêt précité, invoquant la nullité de son mariage au motif que son épouse lui avait caché l'existence de son mariage antérieur.
A.c Le 20 septembre 1963, invoquant divers éléments de fait dont elle n'avait pas fait état dans sa précédente procédure, dame B._ a déposé une seconde demande de divorce, à laquelle A._ s'est opposé, concluant reconventionnellement à l'annulation du mariage.
A._ était dans un premier temps représenté par Me Roland Steiner, avocat en l'étude duquel il avait élu domicile; celui-ci ayant par la suite cessé d'être mandaté, A._ a alors, le 4 décembre 1967, informé le Tribunal d'une nouvelle élection de domicile "c/o X._, avenue ... à Y._".
Par jugement du 25 janvier 1968, le Tribunal de première instance du canton de Genève a déclaré irrecevable la demande d'annulation du mariage de A._ et prononcé le divorce en application de l'art. 142 aCC.
Le jugement précité a été expédié pour notification aux parties par lettre recommandée du 30 janvier 1968. En raison du domicile en Espagne du mari au moment du prononcé de divorce, un délai d'appel de 40 jours lui a été fixé par le Tribunal.
B. B.a Par courrier expédié d'un bureau de poste espagnol le 14 mai 2011, A._ a interjeté appel du jugement de divorce du 25 janvier 1968.
B.b Par arrêt du 27 septembre 2011, statuant sans frais, la Cour de justice a déclaré irrecevable l'appel de A._.
C. Par acte daté du 21 octobre 2011, expédié d'Espagne et parvenu en Suisse le 28 octobre 2011, A._ a adressé un "recours en nullité" au Tribunal fédéral. Il conclut en substance à ce que tant la "deuxième procédure de divorce" que l'arrêt d'irrecevabilité de la Cour de justice soient déclarés nuls.
Par courrier subséquent du 20 décembre 2011, A._ a adressé un "mémoire sur faits nouveaux" à la cour de céans, accompagné de quatre documents annexes et comportant des réquisitions de preuves.
Des déterminations n'ont pas été demandées.
Considérant en droit:
1. L'arrêt querellé déclare irrecevable le recours interjeté par le recourant contre un jugement du Tribunal de première instance prononçant le divorce. Il s'agit ainsi d'une décision finale au sens de l'art. 90 LTF. Ayant pour objet le principe même du divorce, la présente cause est de nature non pécuniaire, de sorte que le recours est ouvert sans restriction tenant à la valeur litigieuse (art. 74 al. 1 LTF a contrario). Rendu sur recours par une autorité de dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), l'arrêt attaqué a été entrepris en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF), si bien que le "recours en nullité" est en principe recevable en tant que recours en matière civile.
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut ainsi être exercé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), qui comprend les droits constitutionnels (ATF 133 III 446 consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3 p. 466). Par contre, sous réserve d'hypothèses qui n'entrent pas en considération dans le cas présent (art. 95 let. c à e LTF), la violation du droit cantonal ne constitue pas un motif de recours; en revanche, le recourant peut se plaindre d'une application arbitraire (art. 9 Cst.) de ce droit (ATF 136 I 241 consid. 2.4 et les arrêts cités).
2.2 Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 105).
2.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), à savoir que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 133 III 393 consid. 7.1 p. 398), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 127 consid. 1.6 p. 130), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation; ATF 135 III 670 consid. 1.5 p. 674; 134 II 349 consid. 3 p. 352; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 136 II 489 consid. 2.8; 133 III 589 consid. 2). Les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3. 3.1 Autant que le recourant s'écarte des constatations de l'autorité précédente, les complète ou les modifie, sans se prévaloir de la violation d'un droit constitutionnel, ses allégations ne seront pas prises en considération. En particulier, il ne peut être tenu compte du "mémoire sur faits nouveaux" du 20 décembre 2011 - au demeurant adressé après l'expiration du délai de recours au Tribunal fédéral - ainsi que des pièces nouvelles produites. Il en va de même des réquisitions de preuve du mémoire précité.
3.2 Le recourant se méprend sur l'objet de la procédure, en tant qu'il invite à "déclarer la nullité ipso iure" de la deuxième procédure de divorce. Sa conclusion no 2 est dès lors irrecevable.
4. L'arrêt querellé déclare irrecevable l'appel du recourant contre le jugement de divorce du 25 janvier 1968. Considérant que l'ancien droit de procédure genevois (aLPC) est en l'espèce applicable, la cour cantonale constate que, s'agissant d'une partie domiciliée en Espagne, le délai d'appel a à juste titre été fixé à 40 jours, en application de l'art. 343 al. 2 aLPC. Dans la mesure où le recourant ne conteste pas la régularité de la notification du jugement en question, effectuée au domicile élu par l'intéressé, la cour cantonale retient qu'impliqué dans une procédure judiciaire dont il avait connaissance, il appartenait au recourant de prendre ses dispositions pour que les jugements notifiés en son domicile élu lui soient communiqués sans tarder. Partant, l'appel expédié d'un bureau de poste espagnol le 14 mai 2011 est tardif.
Examinant par ailleurs si les conditions de recevabilité d'un appel hors délai - possible aux conditions de l'opposition tardive (art. 145 à 147 aLPC) - étaient remplies, elle retient que tel n'est pas le cas, les allégations du recourant faisant valoir qu'il aurait été empêché de "s'occuper de cette affaire jusqu'à présent" en raison de problèmes de santé n'étant ni rendues vraisemblables par la production de certificats médicaux, ni même précisées quant à la date à laquelle l'empêchement aurait pris fin. Enfin et quoi qu'il en soit, la cour cantonale constate que l'appel est formé après l'expiration du délai absolu de cinq ans.
5. En substance, le recourant soulève différents griefs tendant à faire annuler l'arrêt querellé, soit pour des raisons formelles, soit au motif que son appel aurait à tort été déclaré irrecevable.
5.1 Dans un premier temps, il s'en prend à la régularité de la procédure, respectivement à la composition du tribunal, dans la mesure où le jugement de divorce est signé par "M. le Juge D._" alors que la décision querellée l'est par "Mme D'._"; cette dernière n'aurait alors pas dû siéger au vu du lien familial évident avec le magistrat ayant prononcé le divorce à l'époque.
La simple référence, sans autre réquisition, au fait que le juge du divorce et la présidente de l'autorité cantonale de recours, appelée à statuer 43 ans plus tard, portent le même nom - orthographié d'ailleurs différemment - et l'affirmation que le lien de famille serait "évident" entre eux, sans aucune autre précision si ce n'est d'affirmer que ce patronyme "serait rare", ne sont pas de nature à démontrer que la présidente de l'autorité cantonale de recours aurait dû se récuser. Le grief est infondé.
5.2 Le recourant reproche ensuite, en substance, à l'autorité cantonale d'avoir écarté la thèse de l'empêchement de recourir au motif qu'il n'aurait pas produit de certificats médicaux. Ce faisant, il paraît soutenir que son recours aurait dû être reçu comme "appel hors délai". Il appert toutefois que le recourant n'allègue ni a fortiori ne démontre que la cour cantonale aurait arbitrairement appliqué les art. 145 à 147 aLPC. En réalité, il se contente de présenter sa propre thèse, à savoir d'avoir subi un choc psychique - non documenté par des certificats médicaux - dans le contexte du litige matrimonial, se référant à cet égard à des faits qui ne ressortent pas du dossier. Le moyen est irrecevable.
5.3 Le recourant expose plus loin avoir "connu le Jugement [de divorce], pour la première fois, à la date indiquée dans son appel au cours de 2011". Outre qu'il se contente à cet égard de renvoyer à son mémoire d'appel et d'indiquer qu'il conviendrait de distinguer la notification d'un jugement de la réception de dite notification sans préciser quelle norme l'autorité cantonale aurait alors violée, il s'écarte en tout état de cause de la constatation de l'arrêt querellé qui retient qu'il a admis "même avoir eu à l'époque connaissance du prononcé du divorce", sans alléguer ni a fortiori démontrer l'arbitraire de cette constatation. Au demeurant, le recourant ne s'en prend pas non plus au raisonnement de la cour cantonale considérant que le jugement de divorce a été régulièrement notifié au domicile élu. Le grief est irrecevable.
5.4 Dans son dernier grief, le recourant soutient en substance que la "nullité absolue" de la seconde procédure de divorce empêche de fixer un "délai maximum pour faire appel". Autant que l'on discerne dans cette motivation l'invocation d'une éventuelle violation du droit d'être entendu, il est douteux que sa critique respecte les exigences de motivation en la matière. Quoi qu'il en soit, il convient de constater que la démonstration du recourant part de prémisses erronées, respectivement dénuées de pertinence.
Le recourant fait d'abord en vain valoir que la seconde procédure de divorce, introduite par l'intimée à la même date que celle de l'arrêt du Tribunal fédéral statuant sur la première procédure de divorce, poserait un problème de litispendance d'une part, que la nouvelle demande de divorce, également fondée sur l'art. 142 aCC, se heurterait au "principe de la chose jugée" d'autre part. Outre qu'il ne prétend pas avoir soulevé d'exceptions de litispendance ou de chose jugée en temps et lieu, le recourant se contente de relativiser la constatation de la cour cantonale selon laquelle la nouvelle procédure a été initiée en tenant compte d'éléments de fait non évoqués dans la première procédure, opposant simplement son point de vue selon lequel il s'agirait de "faits assez futiles", sans autres précisions. Autant que compréhensible, la suite de l'argumentation du recourant, se fondant d'ailleurs largement sur des faits qui ne ressortent pas du dossier, n'est pas non plus pertinente et relève essentiellement du fond de la procédure de divorce. Le recourant se contente simplement d'alléguer - sans le démontrer - le dol de l'intimée, qui aurait agit à tort en tant que citoyenne suisse, sans exposer plus avant les conséquences à en tirer, si ce n'est d'affirmer que, "coupable de la désunion", elle n'aurait pas été en droit de demander le divorce. Plus loin, il évoque que ce serait à tort que le droit suisse aurait été appliqué. Enfin, le recourant invoque, sans préciser plus avant le lien avec le contexte de l'arrêt querellé, sa "garantie diplomatique" concernant la "liberté d'accès et de séjour", notamment en lien avec l'exercice de son droit de visite sur son fils.
Autant que recevable, le grief est manifestement mal fondé.
6. En conclusion, le recours doit être rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité. Le recourant, qui succombe, supportera dès lors les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 20 février 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin