Faits:
A. Domicilié à A._, X._ exploite à titre indépendant une menuiserie sur cette commune.
Il a confié la comptabilité de son entreprise à la fiduciaire Y._ à A._. Les exercices comptables de la menuiserie courent du 1er juillet au 30 juin de chaque année. La fiduciaire Y._ s'occupait également des déclarations d'impôt de X._.
B. Du 10 février 2008 au 14 octobre 2008, X._ a été incapable de travailler et a touché de son assurance privée des indemnités pour perte de gain d'un montant de 24'310 fr.
Le 31 mars 2009, X._ a déposé sa déclaration en matière d'impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) et en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) pour l'année 2008, accompagnée des comptes de sa menuiserie pour l'exercice 2007/2008. Le contribuable n'a déclaré aucun montant d'allocations pour perte de gain. Toutefois, le montant des indemnités touchées à ce titre jusqu'au 30 juin 2008, était porté au bilan de la menuiserie par 10'765 fr. 45.
Le 23 juillet 2009, lors de la taxation 2008 en matière d'ICC et d'IFD, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a informé X._ qu'il avait constaté que des prestations d'assurance pour un montant de 10'765 fr. 45 figuraient dans le compte privé de la comptabilité de la menuiserie et lui a demandé des renseignements et pièces justificatives à ce sujet.
Le 17 septembre 2009, X._, représenté par la fiduciaire Y._, a adressé une attestation de l'assurance concernant les indemnités pour perte de gain, la fiduciaire précisant que ces indemnités lui avaient échappé lors de l'établissement de la déclaration.
Avisé en octobre 2009 de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction fiscale en matière d'ICC et d'IFD, X._, par l'intermédiaire de sa fiduciaire, a reconnu qu'il n'avait pas déclaré les indemnités journalières perçues en 2008 à hauteur de 24'310 fr., ajoutant qu'il s'agissait d'une simple omission et non d'une volonté de tromper l'autorité.
C. Par décision du 28 janvier 2010, l'Administration cantonale de l'IFD a infligé une amende fiscale à X._ de 938 fr. pour tentative de soustraction fiscale relative à l'année 2008; ce montant équivalait aux deux tiers de l'impôt fédéral direct éludé.
Le même jour, deux autres décisions émanant du Service cantonal ont été rendues prononçant à l'encontre de X._ des amendes pour tentative de soustraction fiscale, l'une de 2'214 fr. pour l'impôt cantonal, l'autre de 1'975 fr. pour l'impôt communal, ce qui représentait également les deux tiers du montant des impôts éludés.
Le 10 février 2010, les autorités cantonales, rejetant la réclamation de X._, ont confirmé ces amendes par deux décisions, l'une pour l'IFD, l'autre pour l'ICC.
X._ a recouru contre ces deux décisions auprès du Tribunal cantonal du canton du Valais. Son mandataire, soit la fiduciaire Y._, a exposé en substance qu'il s'agissait d'une simple omission de sa part, qui n'était pas imputable à son client; d'ailleurs une fois les comptes examinés avec le client, la déclaration fiscale était souvent signée en blanc, à charge pour la fiduciaire de l'envoyer au Service des contributions.
Le Tribunal cantonal a transmis la cause à la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours) comme objet de sa compétence. Cette dernière a, par décision du 20 avril 2011, notifiée le 5 octobre 2011, admis le recours et annulé les amendes fiscales prononcées tant en matière d'ICC que d'IFD, niant que X._ ait agi intentionnellement, même par dol éventuel.
D. A l'encontre de la décision du 20 avril 2011, le Service cantonal interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. S'agissant de l'IFD, il conclut, sous suite de frais à la charge de X._, à l'admission du recours et, principalement à la confirmation de la décision sur réclamation du 23 septembre 2010, subsidiairement au renvoi de la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants (cause 2C_909/2011). Il prend les mêmes conclusions en matière d'ICC (cause 2C_908/2011).
Parallèlement au Service cantonal, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) forme aussi un recours en matière de droit public contre la décision du 20 avril 2011 s'agissant de l'IFD, en concluant, en relation avec cet impôt, à l'admission du recours, à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi de la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants (cause 2C_912/2011).
Invitée à se prononcer dans les trois procédures précitées, la Commission de recours a renoncé à déposer des observations, tout en proposant le rejet du recours et en renvoyant à sa décision du 20 avril 2011.
X._ (ci-après: l'intimé) n'a pas pris position.
L'AFC a conclu à l'admission du recours du Service cantonal et a renvoyé aux considérants et conclusions figurant dans son propre recours.
Considérant en droit:
I. Procédure
1. 1.1 La Commission de recours a rendu une seule décision, annulant les amendes prononcées tant en matière d'IFD que d'ICC. Dès lors que les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. arrêt 2C_528/2011 et 2C_530/2011 du 17 janvier 2012 consid. 1.2), un tel procédé est admissible (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 s. p. 262 ss).
1.2 A l'encontre de cette décision, tant l'AFC que le Service cantonal ont interjeté recours. Alors que le recours de l'AFC ne concerne que l'amende en relation avec l'IFD (cause 2C_912/2011), le Service cantonal s'en prend, pour sa part, aux amendes prononcées tant en matière d'ICC (cause 2C_908/2011) que d'IFD (cause 2C_909/2011) dans une seule écriture, ce que l'on ne peut lui reprocher (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264).
Dès lors que l'état de fait est identique, que l'argumentation juridique et, partant, les questions à examiner se recoupent, il y a cependant lieu de joindre les trois causes précitées et de statuer dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF).
2. La décision attaquée, qui annule les amendes prononcées pour tentative de soustraction fiscale, est finale (art. 90 LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RS/VS 642.1]), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11], ainsi que l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14], la tentative de soustraction fiscale étant réglée au Titre 6, chapitre 1 LHID).
Déposés en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par le Service cantonal qui a qualité pour recourir en vertu de l'art. 89 al. 2 let. d LTF en relation avec les art. 146 in fine LIFD et 73 al. 2 LHID, ainsi que par l'AFC, qui peut agir, en matière d'IFD, sur la base des art. 89 al. 2 let. a LTF et 146 LIFD, les recours sont donc en principe recevables.
II. Impôt fédéral direct
3. Le litige suppose de s'interroger sur le bien-fondé, en regard de la LIFD, de l'annulation, par la Commission de recours, de l'amende infligée à l'intimé pour tentative de soustraction fiscale concernant la période 2008.
3.1 Selon l'art. 176 al. 1 LIFD, celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende. La tentative de soustraction (art. 176 LIFD) se situe entre les actes préparatoires d'une soustraction, qui ne sont pas punissables, et la soustraction consommée (art. 175 LIFD), qui l'est. Le comportement illicite réprimé correspond à celui de la soustraction fiscale au sens de l'art. 175 LIFD. Dans la procédure de taxation (art. 175 al. 1 LIFD), il suffit que le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète et qui n'est pas conforme à la vérité au sens de l'art. 124 al. 2 LIFD. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts avant que la décision de taxation ne soit entrée en force, car ensuite, la soustraction est consommée (arrêts 2C_528/2011 du 17 janvier 2012 consid. 2; 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.1 et les références).
Sur le plan subjectif, la tentative de soustraction fiscale suppose un agissement intentionnel de l'auteur. Il faut donc que le contribuable ait agi intentionnellement, soit avec conscience et volonté (cf. art. 12 al. 2 CP, applicable par renvoi combiné des art. 333 al. 1 et 104 CP). Le dol éventuel suffit (arrêts 2C_898/2011 du 28 mars 2012 consid. 2.2; 2C_528/2011 du 17 janvier 2012 consid. 2; 2C_290/2011 du 12 septembre 2011 consid. 2.1). Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 4).
Etablir la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1 LTF). En revanche, vérifier si l'autorité s'est fondée sur la notion exacte d'intention est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement (arrêts 2C_29/2011 du 16 juin 2011 consid. 2.5, in: RF 66/2011 p. 704; 2C_447/2010 du 4 novembre 2010 consid. 3.2, in: RF 66/2011 p. 222 et 969; StE 2011 B 101.7 n° 3; RDAF 2011 II 153; 2C_336/2010 du 7 octobre 2010 consid. 4.1, in: RDAF 2010 II 593; RF 66/2011 p. 218; StE 2011 B 102.1 n° 6).
3.2 En l'espèce, il a été constaté que la déclaration d'impôt de l'intimé était incomplète au sens de l'art. 124 al. 2 LIFD, car elle ne mentionnait pas les 24'310 fr. touchés de l'assurance perte de gain en 2008. Les autorités fiscales se sont aperçues de l'absence de cet élément de revenu avant que la taxation définitive 2008 n'entre en force. Par conséquent, les éléments objectifs de la tentative de soustraction réprimée à l'art. 176 al. 1 LIFD sont réunis, ce qui n'est du reste pas contesté.
3.3 La réalisation de l'élément subjectif de l'infraction est en revanche litigieux. Contrairement aux autorités administratives, la Commission de recours a nié que le contribuable ait agi avec intention, même par dol éventuel. Selon la décision attaquée, la déclaration d'impôt de l'intimé a été remplie par sa fiduciaire sur la base de la comptabilité de la menuiserie exploitée par celui-ci. Le montant des indemnités journalières perçues y figurait, mais il n'a pas été reporté par la fiduciaire sur la déclaration d'impôt. Celle-ci reconnaît toutefois avoir elle-même commis une erreur, son mandant n'y pouvant rien. D'ailleurs, comme la fiduciaire avait pour habitude de faire signer la déclaration en blanc, le contribuable ne pouvait vérifier si cette dernière avait été correctement remplie. Les membres de la Commission de recours ont ajouté que lorsqu'un contribuable confie à une fiduciaire le soin de remplir sa déclaration d'impôt, il n'en contrôlera généralement pas le contenu, conscient de s'être adressé à un tiers plus expérimenté que lui.
Les autorités recourantes s'en prennent à ce raisonnement, dont elles soutiennent en substance qu'il est manifestement contraire aux principes issus de l'art. 124 al. 2 LIFD régissant la responsabilité du contribuable dans la communication des données au fisc, en particulier lorsqu'il recourt au service d'une fiduciaire, et viole la notion même de dol éventuel issue de l'art. 12 CP.
3.4 Selon la jurisprudence constante, la preuve d'un comportement intentionnel en relation avec une tentative de soustraction fiscale doit être considérée comme apportée, lorsqu'il est établi de façon suffisamment sûre que le contribuable était conscient que les informations données étaient incorrectes ou incomplètes. Si tel est le cas, il faut présumer qu'il a volontairement voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins qu'il a agi par dol éventuel afin d'obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l'on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations qu'il sait incorrectes ou incomplètes (ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; confirmé notamment in arrêts 2C_528/2011 du 17 janvier 2012 consid. 2; 2C_447/2010 du 4 novembre 2010 consid. 3.2, in: RDAF 2011 II 153; 2C_336/2010 du 7 octobre 2010 consid. 4.1, in: RDAF 2010 II 593; RF 66/2011 p. 218; StE 2011 B 102.1 n° 6; 2A.351/2002 du 5 novembre 2002 consid. 3.3, in: RDAF 2003 II 632; ASA 73 p. 215; StE 2003 B 101.21 n° 16).
3.5 Lorsqu'il mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt, le contribuable n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales, mais doit supporter les inconvénients d'une telle intervention (arrêt 2A.538/1998 du 30 juin 1999 consid. 3b, in: RDAF 1999 II 535); il répond en particulier des erreurs de l'auxiliaire qu'il n'instruit pas correctement ou dont il ne contrôle pas l'activité, du moins s'il était en mesure de reconnaître ces erreurs (arrêts 2A.351/2002 du 5 novembre 2002 consid. 4.2 in fine, in: RDAF 2003 II 632; ASA 73 p. 215, StE 2003 B 101.21 n° 16; cf. également arrêts 2C_290/2011 du 12 septembre 2011 consid. 6.1; 2A.194/2002 du 25 avril 2003 consid. 2.5.1, in: RF 59/2004 p. 58). Lorsqu'un contribuable signe sa déclaration fiscale, conformément à l'art. 124 al. 2 LIFD, il endosse la responsabilité de la véracité des indications qui s'y trouvent; il répond ainsi lui-même des infractions fiscales commises si une faute lui est imputable; il ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (arrêt 2A.168/2006 du 8 mars 2007 consid. 4.2, in: StE 2007 B 101.21 n° 17). Il ne faut en effet pas que le contribuable qui se fait représenter soit favorisé par rapport au contribuable qui remplit sa déclaration fiscale lui-même, par la possibilité de se soustraire à sa responsabilité en se retranchant derrière son représentant pour des fautes qui lui sont imputables (arrêt 2A.348/1989 du 21 mai 1990 consid. 2a, in: ASA 60 p. 259; RF 46/1991 p. 355; StE 1991 B 101.2 n° 12). Partant, le contribuable qui signe par avance sa déclaration fiscale ou la fait signer par un employé subalterne, laissant à la fiduciaire la charge de l'envoyer sans effectuer aucun contrôle, s'accommode à tout le moins de la réalisation d'une éventuelle infraction fiscale si la déclaration fournie est inexacte (cf., en ce sens, en cas d'une déclaration envoyée par la fiduciaire et signée par une apprentie, arrêt 2A.538/1998 du 30 juin 1999 consid. 3b, in: RDAF 1999 II 535).
Pour retenir l'intention, à tout le moins par dol éventuel, il faut toutefois que le contribuable ait pu reconnaître le caractère erroné de la déclaration fiscale s'il avait agi avec la diligence requise et qu'il ait ainsi été en mesure de la faire corriger (cf. FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DGB, 2e éd., Zurich 2009, ad art. 175 LIFD, p. 1414 s. N 73 ; ANDREAS HOWALD, Steuerstrafrecht - Versuchte Steuerhinterziehung, Abgrenzung der Fahrlässigkeit vom Eventualvorsatz, in: L'Expert-comptable suisse n° 2007/3, p. 196 ss, 197). S'agissant de savoir si une tentative de soustraction est intentionnelle ou procède d'une négligence non punissable, l'importance des montants en cause joue aussi un rôle non négligeable, dès lors que l'absence d'un montant sur la déclaration d'impôt peut d'autant plus difficilement échapper au contribuable que la somme est élevée (arrêt 2C_528/2011 du 17 janvier 2012 consid. 2 in fine).
3.6 En l'espèce, l'intimé a fait appel à une fiduciaire pour remplir la déclaration litigieuse. Le fait que la fiduciaire ait admis avoir commis elle-même une erreur en ne déclarant pas le montant de la perte de gain encaissé par le contribuable en 2008 et qu'elle ait affirmé que celui-ci n'y pouvait rien ne saurait, contrairement à ce que soutient la Commission de recours, libérer le contribuable; cet élément se rapporte à la propre responsabilité de la fiduciaire (cf. sur cette question: MICHAEL BEUSCH, Verantwortlichkeiten und Haftungsrisiken der Steuerberatung im Zusammenhang mit Steuerdelikten, in: Steuerrecht 2008 [Michael Beusch/ISIS (éds)], Zurich/Bâle/Genève 2008, p. 43 ss, 46 ss). Pour ce qui a trait au contribuable, seul est pertinent le point de savoir si celui-ci aurait dû constater et signaler cette inexactitude dans la déclaration 2008, s'il avait procédé avec la diligence requise. A cet égard, il ressort des constatations cantonales que l'intimé a perçu des allocations pour perte de gain à hauteur de 24'310 fr. de son assurance en 2008. Il a transmis les données y relatives à sa fiduciaire, qui a du reste porté un montant correspondant aux indemnités touchées jusqu'au 30 juin 2008 au bilan de la menuiserie. Dans la déclaration 2008, aucun montant n'était pourtant indiqué sous la rubrique allocations pour perte de gain. Il est clair que l'intimé, s'il avait, comme il y était tenu, contrôlé sa déclaration fiscale, aurait dû s'apercevoir de cette omission, ce d'autant que le montant de 24'310 fr. qui n'a pas été déclaré n'est pas négligeable, puisqu'il représente plus du tiers des 62'466 fr. déclarés par l'intimé en 2008 à titre de revenu d'activité lucrative indépendante (art. 105 al. 2 LTF). Le fait que, comme le laisse entendre la Commission de recours, le contribuable ait signé sa déclaration en blanc ne saurait en aucun cas le libérer. En effet, le contribuable qui ne procède à aucune vérification et signe par avance sa déclaration agit à tout le moins par dol éventuel si la déclaration fournie par la fiduciaire comprend des erreurs qui n'auraient pu lui échapper s'il avait procédé à un contrôle de sa déclaration et qu'il aurait dû faire corriger (cf. arrêt 2A.168/2006 du 8 mars 2007 consid. 4.2 et 4.3, in: StE 2007 B 101.21 n° 17). Tel est indéniablement le cas d'une indemnité pour perte de gain qui aurait dû figurer sur une rubrique ad hoc de la déclaration fiscale et qui portait sur un montant représentant plus d'un tiers des revenus annuels du contribuable. Ne pas l'admettre reviendrait à favoriser indûment le contribuable qui utilise les services d'une fiduciaire et néglige tout contrôle en signant une déclaration en blanc, par rapport au contribuable qui remplit lui-même sa déclaration et atteste, par sa signature, que son contenu est conforme à la vérité.
3.7 Dans ces circonstances, la Commission de recours, en ne retenant pas que le contribuable avait agi à tout le moins par dol éventuel et en refusant d'admettre l'existence d'une tentative de soustraction fiscale au sens de l'art 176 LIFD, a violé le droit fédéral. Les recours du Service cantonal (2C_909/2011) et de l'Administration fédérale (2C_912/2011) doivent donc être admis et la décision attaquée du 20 avril 2011 annulée en ce qui concerne l'IFD.
Dans sa décision sur réclamation du 23 septembre 2010, l'autorité cantonale a confirmé l'amende de 938 fr. infligée à l'intimé en matière d'IFD par décision du 28 janvier 2010. Ce montant, qui correspond aux deux tiers de l'impôt soustrait, reste dans les limites prévues à l'art. 176 al. 2 LIFD (cf., pour la fixation de la quotité de l'amende: arrêt 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 9.3). Dès lors que l'intimé n'a pas remis en cause la quotité de l'amende qui lui a été infligée ni sur le plan cantonal ni devant le Tribunal fédéral, il convient de confirmer le montant de l'amende fixé à 938 fr. en matière d'IFD.
III. Impôts cantonal et communal
4. L'art. 56 al. 2 LHID, qui impose de réprimer la tentative de soustraction, contient des règles similaires à l'art. 176 LIFD. Quant au droit cantonal, l'art. 204 al. 1 LF/VS consacré à la tentative de soustraction, reprend la règle prévue à l'art. 56 al. 2 LHID (arrêt 2C_528/2011 du 17 janvier 2012 consid. 4). S'agissant de la quotité de l'amende, la limite de deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée, figurant à l'art. 76 al. 2 LIFD, trouve son équivalent à l'art. 56 al. 2 LHID et est reprise à l'art. 204 al. 2 LF/VS. Les développements présentés en relation avec l'IFD s'appliquent ainsi également s'agissant de l'ICC, de sorte qu'il peut y être renvoyé.
Par conséquent, le recours du Service cantonal doit être admis s'agissant de l'ICC (cause 2C_908/2011), la décision de la Commission de recours du 20 avril 2011 annulée et l'amende de 2'214 fr. pour le canton et de 1'975 fr. pour la commune de A._ prononcée par les autorités cantonales confirmée.
IV. Frais et dépens
5. Compte tenu des circonstances du cas d'espèce, le Tribunal fédéral renonce à mettre les frais à la charge de l'intimé, bien que ce dernier succombe (art. 66 al. 1 in fine LTF). Pour le même motif, il n'y a pas lieu de lui faire supporter les frais afférents à l'instance cantonale antérieure (cf. art. 67 LTF). Aucun frais ne sera par ailleurs mis à la charge des autorités recourantes qui obtiennent gain de cause (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas non plus lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_908/2011, 2C_909/2011 et 2C_912/2011 sont jointes.
2. Les recours dans les causes 2C_912/2011 et 2C_909/2011 sont admis et la décision attaquée de la Commission de recours du 20 avril 2011 annulée en tant qu'elle porte sur l'impôt fédéral direct. L'amende infligée sur le plan cantonal à l'intimé pour l'impôt fédéral direct d'un montant de 938 fr. est confirmée.
3. Le recours dans la cause 2C_908/2011 est admis et la décision attaquée de la Commission de recours du 20 avril 2011 annulée en tant qu'elle porte sur les impôts cantonal et communal. L'amende infligée sur le plan cantonal à l'intimé d'un montant de 2'214 fr. pour le canton et de 1'975 fr. pour la commune de Y._ est confirmée.
4. Il n'est pas perçu de frais ni alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais.
Lausanne, le 23 avril 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Chatton