Sachverhalt:
A. Am 26. Juni 2003 wurde die Bestätigung des von der SAirGroup in Nachlassstundung mit den Gläubigern geschlossenen Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung rechtskräftig.
B. Am 17. Juni 2005 leitete die SAirGroup in Nachlassliquidation (Klägerin) beim Friedensrichteramt Klage gegen die Credit Suisse Securities (Europe) Limited (Beklagte) ein. Die Klägerin focht gestützt auf Art. 288 SchKG Ausgleichszahlungen im Rahmen eines Equity Swap-Geschäfts an die Beklagte im Umfang von Euro 18'146'366.41 an, welche die Schuldnerin im Zeitraum vom 18. Mai 2001 bis 24. September 2001 vornahm. Am 16. Februar 2006 reichte sie beim Handelsgericht Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, dass die Beklagte zu verpflichten sei, ihr Euro 18'146'366.41 zuzüglich Zinsen zu bezahlen; eventuell sei der Betrag in Schweizer Franken zu bezahlen.
C. Das Handelsgericht Zürich beschränkte das Verfahren auf die Frage, ob mit der Anfechtungsklage die Verwirkungsfrist gemäss Art. 331 SchKG gewahrt worden sei. Mit Vorurteil vom 27. September 2007 stellte das Handelsgericht fest, dass die Klägerin die zweijährige Verwirkungsfrist des Art. 331 i.V.m. Art. 292 SchKG bezüglich ihrer Anfechtungsklage in der Höhe von Euro 17'656'200.-- gewahrt hat (Dispositiv Ziff. 1 Abs. 1); im Mehrbetrag wurde die Anfechtungsklage zufolge Verwirkung abgewiesen (Dispositiv Ziff. 1 Abs. 2).
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 12. November 2007 beantragt die Credit Suisse Securities (Europe) Limited (Beschwerdeführerin) dem Bundesgericht, es sei das Vorurteil des Handelsgerichts vom 27. September 2007 aufzuheben (soweit die Anfechtungsklage nicht abgewiesen wurde) und es sei die Anfechtungsklage vollumfänglich abzuweisen.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Entscheid über eine betreibungsrechtliche Anfechtungsklage gemäss Art. 285 ff. SchKG, welcher als Entscheid in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid betreffend die Fristverwirkung, wobei die Vorinstanz die Fristwahrung festgestellt hat. Es ist unbestritten, dass nur für den Fall des Fristbeginns im Zeitpunkt der Bestätigung des Nachlassvertrages die zweijährige Frist gewahrt ist, während bei einem früheren Fristbeginn die Klage verwirkt und abzuweisen wäre. Der selbständig eröffnete Entscheid über die Fristwahrung stellt einen Vor- bzw. Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar. Die Beschwerde würde im Falle der Gutheissung sofort einen Endentscheid herbeiführen und einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten ersparen. Die Beschwerde ist daher zulässig (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG), zumal die Streitwertgrenze offensichtlich erreicht ist (Art. 51 Abs. 1 lit. c, Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) und ein Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten als einzige kantonale Instanz entschieden hat (Art. 75 Abs. 2 lit. b BGG).
2. 2.1 Umstritten ist, wann das Recht zur Anfechtung von Rechtshandlungen nach Art. 286 ff. SchKG beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung verwirkt ist. Mit Urteil 5A_320/2007 vom 4. Februar 2008 (E. 3 und 4), das in einem Beschwerdeverfahren mit den gleichen Parteien ergangen ist, hat das Bundesgericht entschieden, dass die zweijährige Verwirkungsfrist von Art. 292 i.V.m. Art. 331 SchKG mit der rechtskräftigen Bestätigung des Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung zu laufen beginnt (ebenso Urteil 5A_418/2007 vom 4. Februar 2008, E. 3 und 4, zur amtlichen Publikation bestimmt). Was die Beschwerdeführerin vorbringt, entspricht im Wesentlichen dem im Verfahren 5A_320/2007 Vorgebrachten und vermag im Übrigen die jüngst begründete Rechtsprechung nicht in Frage zu stellen. Vorliegend steht fest, dass der Liquidator vor Ablauf von zwei Jahren seit der rechtskräftigen Bestätigung des Nachlassvertrages Anfechtungsklage im Umfang von Euro 17'656'200 gegen die Beschwerdeführerin eingeleitet hat. Wenn das Handelsgericht festgestellt hat, dass die Klägerin die Verwirkungsfrist gemäss Art. 331 i.V.m. Art. 292 SchKG gewahrt hat, stellt dies keine Verletzung von Bundesrecht dar.
2.2 Das Handelsgericht hat im Weiteren die beiden Eventualstandpunkte der Beschwerdeführerin verworfen. Es ist zur Auffassung gelangt, dass keine verbindliche Schiedsklausel vorliege und diese für Anfechtungsklagen ohnehin nicht anwendbar sei, und dass genüge, wenn die Weisung von einem (der mehreren) Friedensrichter der Gemeinde ausgestellt werde. Diese Auffassung wird von der Beschwerdeführerin nicht in Frage gestellt (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG).
3. Nach dem Dargelegten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zu sprechen, da keine Beschwerdeantwort eingeholt wurde und der Beschwerdegegnerin keine Kosten entstanden sind.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 50'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. April 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Levante