Erwägungen:
1. X._ erhob am 19. November 2012 Beschwerde gegen die Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland. Er habe am 26. September 2012 einen Strafbefehl erhalten und gleichentags Einsprache erhoben. Seither habe er weder eine Eingangsbestätigung erhalten noch etwas von der Sache gehört. Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern wies mit Beschluss vom 29. November 2012 die Beschwerde ab und auferlegte X._ die Verfahrenskosten von Fr. 300.--. Die Beschwerdekammer führte zusammenfassend aus, die Staatsanwaltschaft habe weder eine gesetzwidrige Unterlassung noch eine Rechtsverzögerung begangen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege sei abzuweisen, weil sich die Beschwerde von vornherein als aussichtslos erwies. X._ werde zufolge Abweisung der Beschwerde kostenpflichtig (Art. 428 Abs. 1 StPO).
2. X._ führt mit Eingabe vom 3. Januar 2013 Beschwerde in Strafsachen (im Kostenpunkt) gegen den Beschluss der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern vom 29. November 2012. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer führt einzig im Kostenpunkt Beschwerde. Er nennt keinen zulässigen Beschwerdegrund und legt nicht dar, inwiefern die der Kostenauflage zugrunde liegende Begründung bzw. die Kostenauflage selber im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. in diesem Zusammenhang BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen) nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Regionalen Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland sowie der Generalstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli