Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der Gesuchsteller wurde mit Verfügung vom 11. März 2009 aufgefordert, dem Bundesgericht spätestens am 1. April 2009 einen Kostenvorschuss von Fr. 2'000.-- einzuzahlen. Mit Schreiben vom 30. März 2009 stellte er ein Gesuch um Erlass des Kostenvorschusses. Er machte geltend, da eine Verletzung der EMRK zu beurteilen sei, sei er von jeglicher Sicherstellungspflicht von Gerichtskosten befreit (act. 5). Dies trifft nicht zu, denn grundsätzlich hat jeder, der das Bundesgericht anruft, einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Kosten zu leisten (Art. 62 Abs. 1 BGG). Besondere Gründe im Sinne von Art. 62 Abs. 1 Satz 2 BGG, die einen Verzicht auf den Kostenvorschuss zulassen würden, liegen nicht vor. Dies wurde dem Gesuchsteller am 31. März 2009 mitgeteilt. Ebenfalls am 31. März 2009 wurde ihm die gesetzlich in Art. 62 Abs. 3 BGG vorgeschriebene Nachfrist zur Leistung des Kostenvorschusses bis zum 5. Mai 2009 angesetzt, ansonsten auf das Rechtsmittel nicht eingetreten werde. Der Gesuchsteller stellte mit Eingabe vom 11. April 2009 erneut ein offensichtlich unbegründetes Gesuch um Erlass des Kostenvorschusses (act. 7). Am 14. April 2009 wurde ihm mitgeteilt, dass das Bundesgericht am Kostenvorschuss festhalte. Dieser ging nicht ein. Folglich ist auf das Revisionsgesuch androhungsgemäss nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Gesuchsteller aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
3. Der Gesuchsteller wird darauf aufmerksam gemacht, dass das Bundesgericht sich vorbehält, weitere Eingaben in dieser Sache und insbesondere weitere unbegründete Revisionsgesuche ohne förmliche Behandlung und ohne Antwort zu den Akten zu legen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf das Revisionsgesuch wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Gesuchsteller auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn