Faits:
A. Depuis le 6 janvier 2005, X._ et Y._ sont titulaires d'un bail à loyer portant sur un appartement de cinq pièces à A._. Ils y vivent avec les trois enfants de Y._. Le loyer annuel de ce logement subventionné de type habitation bon marché (HBM) s'élève à 13'896 fr. et les charges annuelles à 2'040 fr. Les intéressés sont également au bénéfice d'une allocation de logement depuis le 1er mars 2005.
X._ est associé-gérant avec signature individuelle de B._ Sàrl depuis le 3 janvier 2007, date de publication de l'inscription de cette société au registre du commerce.
Par l'intermédiaire de C._, administrateur de D._ SA, les intéressés ont adressé le 7 mai 2008 une demande de renouvellement de l'allocation à la Direction du logement du canton de Genève, devenue depuis lors l'Office du logement. Par décision du 25 juin 2008, l'Office du logement a renouvelé l'allocation de logement à partir du 1er juin 2008, un versement avec effet rétroactif ne pouvant être effectué. Celle-ci s'élevait à 207 fr.85 par mois, compte tenu d'un revenu brut annuel de 87'315 fr. Le 20 mars 2009, l'Office du logement a renouvelé l'allocation de logement à partir du 1er avril 2009 pour un montant s'élevant à 144 fr. 90 par mois pour un revenu annuel brut de 90'944 fr.
Le 15 juin 2010, le Ministère public du canton de Genève a informé l'Office du logement qu'il avait ouvert une procédure pénale à l'encontre de X._. L'enquête préliminaire de police avait mis en évidence des malversations comptables avec la participation de D._ SA. L'Office du logement était prié d'indiquer si X._ était au bénéfice d'un logement subventionné ou d'une allocation de logement, ce qui fut fait le 1er juillet 2010.
Par courrier du 3 septembre 2010, adressé à X._ et à Y._, l'Office du logement a constaté qu'à teneur des documents remis par le Ministère public, le premier avait retiré du compte de B._ Sàrl un montant total de plus d'un million de francs à des fins privées entre le 2 janvier 2008 et le 23 janvier 2010. Dans ces circonstances, la situation des intéressés devait être revue en tenant compte d'un revenu supplémentaire de 500'000 fr. par année concernée.
Par décision du 29 septembre 2010, l'Office du logement a supprimé l'allocation au logement de X._ et de Y._ dès le 1er juin 2008, de sorte que ceux-ci devaient lui restituer la somme de 3'257 fr.50 pour la période du 1er juin 2008 au 31 janvier 2010. Leur taux d'effort était inférieur au taux d'effort réglementaire au-delà duquel le droit à l'allocation était effectif. L'Office du logement les a également astreint au paiement d'une surtaxe mensuelle depuis le 1er février 2008 se décomposant comme suit:
- 11'408 fr.50 du 1er février au 31 mars 2008;
- 11'408 fr.50 du 1er avril 2008 au 31 janvier 2009;
- 11'038 fr. du 1er février 2009 au 31 janvier 2010;
- 494 fr.75 du 1er février au 31 mars 2010;
- 494 fr.75 du 1er avril 2010 au 31 mars 2011.
X._ et Y._ devaient ainsi s'acquitter d'un montant total de 273'810 fr.75 correspondant à la surtaxe due pour la période du 1er février au 31 octobre 2010.
Le 6 octobre 2010, les intéressés ont élevé réclamation contre ces décisions. Ils ont spécialement fait valoir le fait que la somme de 1'100'000 fr. avait été utilisée principalement pour rémunérer directement des sous-traitants et des fournisseurs. Les factures des années 2008 et 2010 n'avaient pas pu être retrouvées, D._ SA ayant détruit des pièces de la comptabilité. Par décision du 15 décembre 2010, l'Office du logement a rejeté la réclamation.
B. Le 17 janvier 2011, X._ et Y._ ont recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, devenu depuis le 1er janvier 2011, la Chambre administrative de la Cour de justice. Dans le cadre de l'instruction dudit recours, le juge délégué à sollicité du Ministère public l'apport de la procédure pénale no P/20427/2009 faisant suite à une communication de soupçon de blanchiment selon l'art. 305ter al. 2 du Code pénal suisse du 21 septembre 1937 de la part de la Banque Z._ Suisse concernant X._ et B._ Sàrl. Il en ressort notamment que, dans sa déclaration à la police judiciaire du 4 mai 2010, X._ avait affirmé qu'il "dépens[ait] une grande partie de l'argent dans les cabarets et pour le casino. Cette somme est un peu comme [son] salaire qu'[il] ne déclare pas. Ces CHF 1'100'000.- sont à [lui], ils ne profitent pas à la société. C._ a comptabilisé cet argent comme dette à la société, mais pas
à cette hauteur. En général, [il] dépense rapidement l'argent qu'[il] retire en cash.".
Le 24 février 2011, le juge délégué a également requis du Ministère public la communication de la procédure pénale no P/16563/2010 ouverte suite à la dénonciation de l'Office du logement. Il en ressort que, par ordonnance de condamnation du 16 décembre 2010, le Procureur général a déclaré X._ coupable d'escroquerie au sens de l'art. 146 al. 1 CP et l'a condamné à une peine pécuniaire de 210 jours/amende à 100 fr. l'unité, avec sursis, ainsi qu'à une amende de 5'000 fr. et aux frais de la procédure. Cette peine était complémentaire à celle prononcée le 22 avril 2010 par le Ministère public pour emploi d'étrangers sans autorisation, ce dernier renonçant à révoquer le sursis alors accordé. En substance, le Procureur général a notamment retenu que les allégations de X._ selon lesquelles celui-ci se considérait comme employé de B._ Sàrl et, en conséquence, n'avait pas cru bon d'informer l'Office du logement des bénéfices réalisés par la société n'emportait pas conviction puisque l'intéressé était, de fait et de droit, associé-gérant et propriétaire de ladite entité. Il était aussi reproché à X._ de n'avoir fourni aucune précision sur la nature des frais de représentation que B._ Sàrl avait assumés ni établi que ceux-ci correspondaient à des prestations dont il avait bénéficié à titre privé.
Après avoir fait valoir que le montant de 1'100'000 fr. avait servi à payer des sous-traitants et que D._ SA avait supprimé des pièces comptables, X._ a remis en date du 26 mai 2011 deux classeurs, l'un comprenant toutes les factures honorées par sa société en 2008 pour un montant total de 142'058 fr.29 et l'autre contenant des factures de l'année 2009 acquittées, certaines d'entre elles ayant été payées en 2010. Deux factures de E._, fiduciaire, datant des 1er août et 14 décembre 2008 étaient produites pour des montants de 548'648 fr., respectivement 422'573 fr.25.
C. Par arrêt du 27 septembre 2011, la Cour de justice a rejeté le recours, se fondant sur l'essentiel sur le comportement contradictoire de X._ ainsi que sur l'ordonnance pénale demeurée non contestée.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 27 septembre 2011 par la Cour de justice du canton de Genève et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour réouverture de l'instruction en particulier dans l'attente de la reprise de l'instruction pénale P/20427/2009. Ils se plaignent essentiellement d'une mauvaise appréciation des preuves.
Appelée à se déterminer, la Cour de justice a persisté dans les considérants et le dispositif de son arrêt alors que l'Office du logement a conclu au rejet du recours.
E. Par ordonnance du 23 novembre 2011, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif formulée par les intéressés.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral et par les destinataires de cette décision, le recours en matière de droit public, qui ne tombe sous aucune des exceptions de l'art. 83 LTF, est en principe recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 89, 90 et 100 al. 1 LTF.
1.2 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire de l'art. 9 Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF), ce qu'il appartient à la partie recourante d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.; 135 II 313 consid. 5.2.2).
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 LTF).
Les faits nouveaux apportés par les recourants en procédure fédérale notamment en relation avec les questions d'élection de domicile sont par conséquent irrecevables.
2. Les recourants se plaignent de ce que l'instance précédente a mal constaté les faits et apprécié de manière arbitraire les preuves.
Les recourants se bornent à discuter de manière totalement appellatoire et par conséquent irrecevable au regard des exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, l'appréciation des faits opérée par la Cour de justice. En particulier, ils estiment que cette dernière "aurait pu" prendre en compte le fait que X._ était revenu sur ses dires de manière logique, dans la mesure où son affirmation dans la procédure pénale, selon laquelle le montant de 1'100'000 fr. lui appartenait et non à la société, n'avait été formulée que pour pouvoir mettre un terme à sa détention préventive.
Au demeurant, X._ ayant varié dans les justifications qu'il a jugé utile de fournir aux autorités, passant sans difficulté de l'une à l'autre, sans souci des contradictions qu'il générait par ce mode de faire, l'instance précédente pouvait sans arbitraire se fonder sur les faits retenus par l'ordonnance de condamnation contre laquelle le recourant n'a pas formé opposition. L'autorité administrative ne peut en effet s'écarter du jugement pénal que si elle est en mesure de fonder sa décision sur des constatations de fait inconnues du juge pénal ou qui n'ont pas été prises en considération par celui-ci, s'il existe des preuves nouvelles dont l'appréciation conduit à un autre résultat, si l'appréciation à laquelle s'est livré le juge pénal se heurte clairement aux faits constatés, ou si le juge pénal n'a pas élucidé toutes les questions de droit. Cela vaut non seulement lorsque le jugement pénal a été rendu au terme d'une procédure publique ordinaire au cours de laquelle les parties ont été entendues et des témoins interrogés, mais également, à certaines conditions, lorsque la décision a été rendue à l'issue d'une procédure sommaire (Strafbefehlsverfahren), même si la décision pénale se fonde uniquement sur le rapport de police. Il en va notamment ainsi lorsque la personne impliquée savait ou aurait dû prévoir, en raison de la gravité des faits qui lui sont reprochés, qu'il y aurait également une procédure administrative ultérieure. Dans cette situation, la personne impliquée est tenue, en vertu des règles de la bonne foi, de faire valoir ses moyens dans le cadre de la procédure pénale, le cas échéant, en épuisant les voies de recours à sa disposition. Elle ne peut pas attendre la procédure
administrative pour exposer ses arguments (ATF 123 II 97 consid. 3c/aa p. 100 et les références).
3. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., les recourants se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus.
A nouveau, les recourants énoncent des principes de droit sans exposer concrètement, de manière conforme aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, voire même de façon simplement intelligible, ce qu'ils reprochent à la Cour de justice. Dans la mesure où elle a motivé une partie de son arrêt par renvoi à l'ordonnance de condamnation, il n'y a rien à lui reprocher, à supposer que les griefs des recourants aillent dans ce sens, tant un tel mode de faire est usuel (p. ex. art. 109 al. 3 LTF). De tels griefs sont irrecevables.
4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours. Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 65 et 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire des recourants, à l'Office du logement, au Département des Constructions et des Technologies de l'Information et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section.
Lausanne, le 20 janvier 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey