Sachverhalt:
A. A.a Die 1977 geborene W._ war als Aussendienstmitarbeiterin der Agentur K._, bei der La Suisse, Unfall-Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: La Suisse) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 16. Juli 2000 als Beifahrerin eines Autos an einem Auffahrunfall beteiligt war. Die La Suisse erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 13. Februar 2001 und Einspracheentscheid vom 31. Mai 2002 per 31. Dezember 2000 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht natürlich kausal durch das Ereignis verursacht worden seien. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 15. Juli 2003 ab. Das damalige Eidgenössische Versicherungsgericht hiess die hiegegen eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil U 207/03 vom 16. September 2005 gut und wies die Sache an die La Suisse zur weiteren Abklärung zurück.
A.b Die Helsana Unfall AG als Rechtsnachfolgerin der La Suisse holte am 1. Juli 2008 bei der Academy S._ ein interdisziplinäres Gutachten ein. Mit Verfügung vom 1. Dezember 2008 und Einspracheentscheid vom 8. April 2009 stellte sie wegen fehlender Unfallkausalität der Beschwerden die Leistungen erneut per 31. Dezember 2000 ein.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 28. Dezember 2010 ab.
C. Mit Beschwerde lässt W._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und über den 31. Dezember 2000 hinaus die Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen beantragen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Das kantonale Gericht bestätigte in Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere des interdisziplinären Gutachtens der Academy S._ vom 1. Juli 2008 und der ergänzenden Stellungnahme der Gutachter vom 14. November 2008, die Leistungseinstellung der Helsana per 31. Dezember 2000. Gestützt auf dieses Gutachten kam das kantonale Gericht zum Schluss, die über den 31. Dezember 2000 hinaus geklagten Beschwerden seien nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf den Unfall vom 16. Juli 2000 zurückzuführen. Damit fehle es am natürlichen Kausalzusammenhang.
2.2 In der Beschwerde an das Bundesgericht wird nichts vorgebracht, was eine andere Beurteilung rechtfertigen könnte. Namentlich unbehelflich ist der Einwand, im Gutachten werde die Frage nach einer strukturellen Läsion offen gelassen. Die Vorinstanz legte ausführlich dar, dass im Gutachten keine objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen mehr festgestellt werden konnten und es sich bei den festgestellten Einschränkungen der Inklination und der Rotation der Halswirbelsäule (HWS) und der radiologisch dokumentierten Streckhaltung in Übereinstimmung mit der Rechtsprechung nicht um solche Befunde handelt (vgl. statt vieler: SVR 2008 UV Nr. 2 S. 3, U 328/06 E. 5.2). Die Beschwerdeführerin macht geltend, es bestünden Unklarheiten im Gutachten. Solche stellte auch die Beschwerdegegnerin fest und unterbreitete den Gutachtern Ergänzungsfragen. In der ergänzenden Stellungnahme vom 14. November 2008 stellten die Gutachter die Widersprüche klar. Sie präzisierten etwa, dass nicht der Status quo ante, jedoch der Status quo sine wieder erreicht und die Unfallkausalität zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung per 1. Januar 2001 nicht mehr als überwiegend wahrscheinlich einzustufen sei. Auf diese Umstände wies das kantonale Gericht zu Recht hin. Soweit eine weitergehende Heilbehandlung von der Beschwerdeführerin als unerlässlich bezeichnet wird, geht diese aufgrund der weggefallenen Unfallkausalität nicht mehr zulasten der Beschwerdegegnerin. Wenn die Beschwerdeführerin schliesslich vorbringt, sie sei vor dem Unfall gesund und voll arbeitsfähig gewesen und die Beschwerden seien aus diesem Grunde unfallbedingt, so läuft diese Argumentation auf den beweisrechtlich unzulässigen Schluss "post hoc, ergo propter hoc" hinaus (vgl. BGE 119 V 335 E. 2b/bb S. 341 f.; SVR 2010 UV Nr. 10 S. 40, 8C_626/2009 E. 3.2). Es kann auf die einlässliche Begründung der Vorinstanz verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG). Die Beschwerde ist demgemäss abzuweisen.
3. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im Verfahren nach Art. 109 BGG, insbesondere ohne Durchführung eines Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung, erledigt wird.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird infolge Aussichtslosigkeit abgewiesen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Die unterliegende Beschwerdeführerin hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. April 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner