Fatti:
A. Il 22 ottobre 2003 l'Ufficio federale dei trasporti (UFT) ha rilasciato alla Carì 2000 SA la concessione n. 3841, valida fino al 31 ottobre 2023, concernente la costruzione e l'esercizio di una seggiovia a quattro posti a movimento continuo da Brusada al Lago di Carì. Detta decisione prevedeva inoltre che entro la fine di agosto 2004 l'impianto di sciovia preesistente andava demolito e rimosso.
B. Il 5 ottobre 2005 la Carì 2000 SA ha chiesto la revisione parziale dell'atto di concessione, nel senso di stralciare l'onere concernente la rimozione della sciovia. A sostegno della propria domanda ha fatto valere che la sciovia era stata completamente rinnovata pendente la procedura di concessione e che avrebbe potuto funzionare per altri 15 anni.
L'istanza è stata respinta dall'UFT il 2 maggio 2006. La Carì 2000 SA si è quindi rivolta, il 29 maggio successivo, all'allora autorità ricorsuale competente, il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC). Il 1° gennaio 2007, in seguito alla revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, l'impugnativa è stata trasmessa al Tribunale amministrativo federale per motivi di competenza.
C. Il 24 giugno 2009 la Pretura del Distretto di Blenio ha dichiarato il fallimento della Carì 2000 SA e il 30 settembre successivo è stato nominato l'amministratore speciale dalla prima assemblea dei creditori.
D. Il 17 dicembre 2009 l'UFT ha concesso alla Nuova Carì società di gestione Sagl (alla quale la ricorrente aveva concesso in affitto gli impianti sciistici) il rinnovo fino al 15 aprile 2010 della concessione decaduta il 31 maggio 2009 per la seggiovia Carì Croce - Brusada (impianto n. 73.176, concessione n. 3428) nonché ha approvato l'esercizio della seggiovia Brusada - Lago di Carì (impianto n. 73.187, concessione n. 3841).
E. Nel frattempo, più precisamente il 10 dicembre 2009 il Tribunale amministrativo federale ha interpellato l'amministratore speciale del fallimento sulla questione dell'interesse della massa fallimentare al mantenimento del ricorso e il 28 aprile successivo, su richiesta delle parti, ha sospeso il procedimento per diversi mesi. Il 21 dicembre 2010, dopo aver ancora una volta consultato le parti, la citata autorità ha stralciato il ricorso dai ruoli per mancanza d'interesse pratico attuale a ricorrere.
F. Il 22 dicembre 2010 l'UFT, fondandosi sulla sua precedente decisione del 17 dicembre 2009, ha concesso alla Nuova Carì società di gestione Sagl un nuovo termine fino al 15 aprile 2011 per l'esercizio delle seggiovie Carì Croce - Brusada (impianto n. 73.176, concessione n. 3428) e Brusada - Lago di Carì (impianto n. 73.187, concessione n. 3841).
G. Il 1° febbraio 2011 la massa fallimentare Carì 2000 SA, rappresentata dall'amministratore speciale, ha inoltrato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la decisione di stralcio sia annullata, che venga constatato il suo interesse pratico attuale a ricorrere e che la causa sia rinviata all'autorità precedente per la decisione di merito.
Chiamati ad esprimersi, il Tribunale amministrativo federale ha rinunciato a presentare osservazioni, mentre l'UFT ha chiesto la sospensione del procedimento fino alla conclusione della procedura fallimentare, rispettivamente fino al chiarimento del futuro esercizio delle istallazioni di Carì, ma perlomeno fino al 30 settembre 2011.
H. Dopo la pubblicazione su siti giornalistici online della notizia secondo cui in seguito ad un'asta tenutasi il 14 luglio 2011 a Faido gli impianti sciistici di Carì erano stati acquistati dalla Garaventa AG, il Tribunale federale ha invitato le parti ad esprimersi sul quesito di sapere se la lite non era diventata priva d'oggetto, rispettivamente sull'opportunità di ritirare il ricorso nonché sulla questione della ripartizione delle spese e ripetibili. Le rispettive risposte di cui si dirà, se necessario, nei successivi considerandi, sono giunte il 9, 10 e 16 agosto 2011.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 24 consid. 1 pag. 43; 135 II 22 consid. 1 pag. 24; 135 III 1 consid. 1.2.1 pag. 4; 134 IV 36 consid. 1 pag. 37 con rispettivi rinvii).
1.2 Di carattere finale (art. 90 LTF; cfr. sentenza 2C_745/2010 del 31 maggio 2011, destinata alla pubblicazione, consid. 1.1), la decisione di stralcio litigiosa è stata emanata nell'ambito di una vertenza relativa ad una concessione per la costruzione e l'esercizio di una seggiovia, la quale poggia sulla legislazione federale determinante in materia, segnatamente la legge federale sugli impianti a fune adibiti al trasporto di persone (Legge sugli impianti a fune, LIFT; RS 743.01). Pronunciata dal Tribunale amministrativo federale (art. 86 cpv. 1 lett. a LTF) in una causa di diritto pubblico ai sensi dell'art. 82 lett. a LTF, che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF, la sentenza contestata può, di principio, essere impugnata mediante il rimedio ordinario del ricorso in materia di diritto pubblico.
1.3 Giusta l'art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF è legittimato a proporre il ricorso in materia di diritto pubblico chi è particolarmente toccato dall'atto normativo o ha un interesse degno di protezione - giuridico o di fatto - all'annullamento o alla modifica dello stesso (DTF 133 I 286 consid. 2.2 pag. 289 seg.). Al riguardo occorre precisare che il ricorrente deve disporre di un interesse pratico attuale alla modifica o all'annullamento della decisione querelata sia quando adisce il Tribunale federale sia al momento in cui questo si pronuncia nel merito; il rimedio in questione non deve, in effetti, essere utilizzato per risolvere problemi giuridici astratti (cfr. DTF 131 I 153 consid. 1.2 pag. 157; 131 II 361 consid. 1.2 pag. 365 e riferimenti).
Oggetto di disamina in questa sede è la questione di sapere se va tutelata l'opinione del Tribunale amministrativo federale secondo cui la massa fallimentare non fruisce più di un interesse pratico attuale a ricorrere poiché deve occuparsi solo delle operazioni necessarie alla liquidazione della società, di cui non fa parte l'esercizio di impianti sciistici. Come accennato in precedenza il 14 luglio 2011 ha avuto luogo a Faido un incanto nel corso del quale la società Garaventa AG ha acquistato, secondo le spiegazioni fornite il 9 agosto 2011 dall'UFT, l'impianto di base, cioè la seggiovia Carì Croce - Brusada, rispettivamente secondo le dichiarazioni dell'amministratore speciale datate 10 agosto 2011, anche la seggiovia Brusada - Lago di Carì, mentre la sciovia Pro da Lei e i relativi mappali sono rimasti proprietà della massa fallimentare (siccome soggetti a rivendicazione).
In queste condizioni per quanto concerne il primo, rispettivamente i due primi impianti, ora appartenente(i) a una società che non è parte in causa, il ricorso è diventato privo d'oggetto, mentre per l/gli impianto(i) rimanente(i), tuttora di proprietà della massa fallimentare, l'impugnativa conserva tutta la sua attualità. Al riguardo la qualità per agire della destinataria della decisione contestata (art. 89 cpv. 1 LTF), rappresentata dall'amministratore speciale (art. 240 della legge federale dell'11 aprile 1889 sulla esecuzione e sul fallimento [LEF; RS 281.1]) è indubbia. Presentato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 e art. 46 cpv. 1 lett. c LTF), il presente ricorso, nella misura in cui non è divenuto privo d'oggetto, è quindi ammissibile.
1.4 Di norma, quando una causa diventa priva d'oggetto, il Presidente della Corte adita, udite le parti, decide quale giudice unico circa lo stralcio del ruolo della stessa (art. 32 cpv. 1 e 2 LTF). In tal caso statuisce con una motivazione sommaria sulle spese, tenendo conto dello stato delle cose prima del verificarsi del motivo che ha determinato la fine della lite (cfr. i combinati art. 72 PC e 71 LTF). Senonché nel caso concreto questa Corte procederà ad un normale esame della vertenza, la ricorrente conservando, come esposto in precedenza, un interesse pratico attuale, sebbene parziale, ad un giudizio di merito.
2. Con il ricorso in materia di diritto pubblico può venir censurata la violazione sia del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), nozione che comprende i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 446 consid. 3.1 pag. 447 seg.), che di quello internazionale (art. 95 lett. b LTF). Rispettate le condizioni di cui all'art. 42 cpv. 2 LTF da parte del ricorrente (DTF 134 II 244 consid. 2.1 e 2.3 pag. 245 seg.), il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF); esso non è vincolato né agli argomenti fatti valere nel ricorso né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente. La violazione di diritti fondamentali, inclusi quelli ancorati direttamente nel diritto internazionale, è invece esaminata unicamente se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 136 I 49 consid. 1.4.1 pag. 53; 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246; 134 I 83 consid. 3.2 pag. 88 con rispettivi rinvii).
3. 3.1 Ricordate le esigenze da adempiere affinché sia riconosciuta la legittimazione a ricorrere ai sensi dell'art. 48 cpv. 1 lett. a-c PA, segnatamente la sussistenza di un interesse pratico e attuale a ricorrere quando la Corte si pronuncia (esigenza a cui si può rinunciare a determinate condizioni, non realizzate in concreto), il Tribunale amministrativo federale ha giudicato, fondandosi sulle norme concernenti la liquidazione societaria come pure su quelle del diritto esecutivo e del fallimento che, dal momento che una società entra in liquidazione, il suo unico scopo è la propria liquidazione, cioè la risoluzione dei rapporti giuridici contrattuali, la realizzazione degli attivi e l'estinzione dei debiti al fine di potere distribuire agli azionisti un'eventuale eccedenza della liquidazione. In questo contesto ha osservato che gli organi sociali mantengono unicamente le attribuzioni necessarie alla liquidazione della società che non rientrano nelle incombenze del liquidatore, i cui compiti sono descritti agli art. 742 e segg. CO. Al riguardo ha osservato che giusta l'art. 743 cpv. 1 CO, il liquidatore deve ultimare gli affari in corso, esigere il pagamento delle somme ancora dovute sulle azioni, realizzare in contanti l'attivo e adempiere gli obblighi della società in quanto dal bilancio e dalla diffida ai creditori non risulti che l'attivo non è sufficiente a coprire i debiti della società. Premesse queste considerazioni, è giunto alla conclusione che la massa fallimentare non disponeva più di un interesse attuale a ricorrere. In effetti, l'esercizio degli impianti oggetto della decisione dell'UFT non figurava tra le operazioni necessarie alla liquidazione (realizzazione degli attivi ed estinzione dei debiti). Inoltre da uno scritto datato 5 novembre 2010 emergeva che l'UFT non era più intenzionato a prorogare il regime speciale autorizzato in precedenza (affitto delle installazioni alla Nuova Carì società di gestione Sagl), ma anzi voleva revocare la concessione, senza dimenticare poi che la massa fallimentare non adempiva più i requisiti di solvibilità e di capacità di manutenzione delle installazioni (art. 17 e 18 LIFT), condizioni da soddisfare per potere ottenere le necessarie concessioni ed autorizzazioni. In ogni caso dato che, giusta l'art. 197 cpv. 1 LEF, la massa era destinata al comune soddisfacimento dei creditori, l'unico compito del liquidatore era la liquidazione dei beni ed incombeva ai terzi interessati dalla ripresa della sciovia informarsi sul suo stato e sulle possibilità di esercizio. A parere del Tribunale amministrativo federale non incombeva alla massa fallimentare occuparsi dell'esercizio degli impianti, chiedere le necessarie autorizzazioni o contestare il rifiuto di riconsiderare gli oneri legati alla concessione rilasciata prima del fallimento. In mancanza di un interesse giuridico attuale all'annullamento del giudizio contestato, il ricorso andava pertanto stralciato dai ruoli.
3.2 Da parte sua la ricorrente individua il suo interesse degno di protezione richiesto dall'art. 48 cpv. 1 PA nell'ottenere l'annullamento e la riforma della decisione 2 maggio 2006 dell'UFT, che decreta lo smantellamento della sciovia, la quale è inventariata come attivo della massa nonché nel fatto che l'impianto è affittato alla Nuova Carì società di gestione Sagl che versa una pigione di fr. 150'000.-- fissi più una componente variabile. Afferma poi che l'amministratore della massa non è un semplice liquidatore, ma è anche e prima di tutto tenuto a curare e realizzare gli interessi della massa, fra i quali c'è quello di preservare gli attivi iscritti nell'inventario. Al riguardo osserva che lo smantellamento della sciovia comporterà costi non indifferenti (smontaggio struttura, ripristino dei luoghi), motivo per cui la stessa dovrà essere tolta dai beni da mandare all'asta, essendo inverosimile che un aggiudicatario sia disposto ad assumere detti costi, ciò che influirà sulla chiusura del fallimento. Osserva poi che la crescita in giudicato della decisione dell'UFT pregiudicherà definitivamente la possibilità di riesaminare l'onere contestato, privando di riflesso la massa della possibilità di realizzare un bene inventariato che è un attivo con un valore intrinseco proprio e una possibilità d'impiego futuro. Allorché, se dovesse risultare vincente nella procedura di merito, potrebbe realizzare tale bene, accrescendo nel contempo la sostanza ripartibile. Sostiene in seguito che fintanto che la proprietà di terzi non è stata ammessa rispettivamente finché la sciovia non è stata demolita, il suo interesse è pure attuale perché la massa è e ne rimane la proprietaria. Senza poi dimenticare che l'UFT ha prorogato il regime speciale per la stagione invernale 2010/2011 e che la stazione sciistica è stata gestita sulla base di valide autorizzazioni.
La ricorrente si richiama poi all'art. 240 LEF, norma quadro che conferisce ampi poteri all'amministratore del fallimento, limitati solo dalle prerogative dell'assemblea (o dalla delegazione) dei creditori, e rileva che questi è tenuto tra l'altro a prendere tutti i provvedimenti che consentano di mantenere, rispettivamente di accrescere la massa. Limitarne le competenze - e di riflesso i diritti della massa - alle solo incombenze del liquidatore definite dagli art. 738 segg. CO è quindi arbitrario e disattende in modo crasso la LEF.
La ricorrente adduce in seguito che la massa, quale proprietaria della sciovia, deve potersi opporre a una decisione che ne impone lo smantellamento. Il giudizio querelato, che distingue tra i suoi diritti di concessionaria, considerandoli peraltro decaduti, e quelli di proprietaria, impedendole di farli valere, violerebbe l'art. 26 Cost. e sarebbe inficiato d'arbitrio. Allo stesso modo denuncia la violazione del diritto di accesso alla giustizia (art. 29 Cost., 6 CEDU e 14 PONU) poiché la legittimazione della massa sarebbe fatta dipendere dalla sua posizione di concessionaria, privandola così dei suoi diritti di proprietaria che non potrebbe più fare valere in giudizio nell'ambito del riesame dell'onere. Una simile distinzione sarebbe scioccante e porterebbe ad un risultato arbitrario.
4. 4.1 Conformemente all'art. 48 cpv. 1 PA ha diritto di ricorrere al Tribunale amministrativo federale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a), è particolarmente toccato dalla decisione impugnata (lett. b) e ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modificazione della stessa (lett. c). La citata norma è di un tenore quasi identico a quello dell'art. 89 cpv. 1 LTF, di modo che i due disposti s'interpretano allo stesso modo (sentenza 2C_762/2010 del 2 febbraio 2011 consid. 4.1). Da parte sua l'art. 89 cpv. 1 LTF riprende sostanzialmente le condizioni poste dall'art. 103 lett. a OG per ammettere la legittimazione a proporre un ricorso di diritto amministrativo di modo che la giurisprudenza resa sotto l'imperio di quest'ultimo disposto continua ad applicarsi (sentenza 2C_762/2010 del 2 febbraio 2011 consid. 4.1).
Costituisce un interesse degno di protezione, ai sensi degli art. 89 cpv. 1 LTF e 48 cpv. 1 PA, ogni interesse pratico o giuridico a chiedere la modificazione o l'annullamento della decisione impugnata che può far valere una persona toccata da quest'ultima. L'interesse degno di protezione consiste quindi nell'utilità pratica che procurerebbe all'insorgente l'accoglimento del ricorso ossia, in altri termini, nel fatto di evitare un pregiudizio di natura economica, ideale, materiale o di altro genere che la decisione impugnata gli occasionerebbe. L'interessato deve essere toccato in modo diretto e concreto e in una maniera e con un'intensità superiore alla maggioranza degli amministrati. L'interesse invocato - che non è necessariamente un interesse giuridico protetto, ma può essere un interesse di fatto - deve trovarsi - con l'oggetto del litigio - in un rapporto stretto, speciale e degno di essere preso in considerazione (DTF 133 II 400 consid. 2.2 pag. 404, 409 consid. 1.3 pag. 413; 131 II 361 consid. 1.2 pag. 365, 587 consid. 2.1 pag. 588, 649 consid. 3.1 pag. 651). Infine va precisato che il ricorrente deve disporre di un interesse pratico attuale alla modifica o all'annullamento della decisione querelata sia quando adisce il tribunale sia al momento in cui questo si pronuncia nel merito; il rimedio proposto non dovendo, in effetti, essere utilizzato per risolvere problemi giuridici astratti (cfr. DTF 131 I 153 consid. 1.2 pag. 157; 131 II 361 consid. 1.2 pag. 365 e riferimenti).
4.2 Come illustrato in precedenza (cfr. consid. 3.1) il Tribunale amministrativo federale ha negato la sussistenza di un interesse attuale dato che, a suo avviso, la società ricorrente, dichiarata fallita, doveva unicamente occuparsi della propria liquidazione, attività dalla quale esulava la gestione e l'esercizio di impianti sciistici e dei problemi giuridici ivi connessi (riconsiderazione dell'onere di smantellamento della sciovia). Tale argomentazione non può tuttavia, per i motivi esposti di seguito, essere condivisa.
Il Tribunale amministrativo federale ha infatti fondato il proprio giudizio principalmente sugli art. 738 segg. CO che disciplinano l'attività dei liquidatori quando una società anonima è entrata in liquidazione. Esso sembra tuttavia aver dimenticato che quando una società anonima (in liquidazione o no) fallisce, in tale caso e conformemente a quanto previsto dall'art. 740 cpv. 5 CO, la liquidazione incombe all'amministrazione (ordinaria o speciale) del fallimento ed è eseguita in conformità delle norme sul fallimento. Ora, nell'ambito del fallimento, prima di procedere alla realizzazione della massa (operazione che viene effettuata, salvo rare eccezioni non date in concreto, dopo la seconda assemblea dei creditori), l'amministrazione del fallimento (ufficio dei fallimenti inizialmente [art. 221 segg. LEF], amministrazione ordinaria o speciale poi [art. 237 cpv. 1 e 240 segg. LEF]) deve prendere i provvedimenti opportuni per la conservazione dei beni appartenenti alla medesima, tra cui si può annoverare, ad esempio, la gestione e l'amministrazione degli immobili il cui diritto di proprietà è inventariato; l'incasso di crediti liquidi del fallito o della massa, se necessario procedendo in via esecutiva; il proseguimento del commercio o dell'industria del fallito, rispettivamente l'apertura dei suoi laboratori, negozi, boutique; la realizzazione dei beni soggetti ad una rapida svalutazione, rispettivamente dei valori quotati in borsa o sui mercati, ecc. (NICOLAS JEANDIN/PHILIP FISCHER, in Commentaire romand de la LP, 2005, nota 5 segg., segnatamente 7 all'art. 240 LEF; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Lausanne, 2001, nota introduttiva n. 14 agli art. 235-243 LEF; MARC RUSSENBERGER, in Basler Kommentar, SchKG III, 1998, nota 14 all'art. 240 LEF). In altri termini l'amministrazione del fallimento deve adottare tutte le misure volte alla formazione e alla conservazione della massa le quali, come emerge da quanto appena esposto, vanno oltre i compiti del liquidatore. Premesse queste considerazioni va quindi tutelata l'argomentazione formulata dalla ricorrente secondo cui la gestione degli impianti sciistici (ancora) di proprietà della massa, rispettivamente il loro subaffitto a terzi, nonché, e soprattutto, la facoltà di potere contestare l'onere che impone la demolizione di uno di questi impianti, che fa parte degli attivi inventariati nella massa, sono delle misure che vanno incluse tra i provvedimenti opportuni per la conservazione dei beni appartenenti alla medesima, per i quali la ricorrente ha e conserva tuttora un interesse pratico attuale. Per quanto concerne poi la problematica delle concessioni va osservato che il fatto che quella accordata per la seggiovia Carì Croce - Brusada (impianto n. 73.176, concessione n. 3428) sia decaduta il 31 maggio 2009 non è rilevante in concreto, siccome detto impianto è stato venduto a terzi nel corso del mese di luglio 2011 e che al riguardo (come già spiegato al consid. 1.3) il ricorso è diventato privo d'oggetto. Per quanto riguardo invece la concessione per l'esercizio della seggiovia Brusada - Lago di Carì (impianto n. 73.187, concessione n. 3841), rilasciata fino al 31 ottobre 2023, la stessa, come emerge dagli atti di causa, è tuttora valida non essendo (per ora) stata revocata, motivo per cui un esercizio lecito da parte di terzi è tuttora possibile se l'autorità federale competente vi consente, come già accaduto nel passato, ciò che permette di risolvere la questione della solvibilità dell'esercente nonché della manutenzione delle installazioni.
Da quel che precede discende che la ricorrente ha tuttora un interesse pratico e attuale ai sensi dell'art. 48 cpv. 1 PA ad ottenere un giudizio di merito sulla questione della revoca dell'onere relativo alla demolizione della sciovia. Essa mantiene cioè un interesse pratico attuale a che venga decisa tale questione poiché, nell'ipotesi di un giudizio a lei favorevole, l'installazione in questione non deve più essere smantellata, ma rimane invece nell'inventario dei beni della massa con un valore quantificabile e non si pone più il problema dei costi non indifferenti legati allo smantellamento, i quali sarebbero inoltre stati posti a carico della massa. Il ricorso si avvera quindi fondato. Ne risulta che il giudizio impugnato dev'essere annullato e la causa rinviata al Tribunale amministrativo federale perché si pronunci nel merito e renda un nuovo giudizio. Visto quanto precede, non occorre esaminare le ulteriori censure sollevate dall'insorgente.
4.3 Con l'emanazione del presente giudizio la richiesta di sospensione della procedura presentata dall'UFT è divenuta priva d'oggetto.
5. Non si prelevano spese (art. 66 cpv. 4 LTF). La ricorrente, la quale non è assistita da un avvocato, non ha diritto ad un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui non è diventato privo d'oggetto, il ricorso in materia di diritto pubblico è accolto. Di conseguenza la decisione di stralcio emanata il 21 dicembre 2010 dal Tribunale amministrativo federale è annullata e la causa gli viene rinviata per nuovo giudizio.
2. Non si prelevano spese e non si concedono ripetibili per la sede federale.
3. Comunicazione alla ricorrente rappresentata dall'amministratore speciale del fallimento, all'Ufficio federale dei trasporti e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.