Fatti:
A. Nella seduta del 28 gennaio 2008, il Consiglio comunale di X._ ha adottato la revisione generale del piano regolatore. In quell'ambito, un comparto situato in località Y._, a monte della strada cantonale è stato attribuito alla zona residenziale semi-intensiva RSI, ove sono previsti come massimi un indice di sfruttamento dello 0.7, un indice di occupazione del 50 %, un'altezza di 10.50 m e una minima di 9 m. Il comparto comprende in particolare anche i fondi part. ttt e uuu, allora in comproprietà di A._ e C._. Le particelle presentano, rispettivamente, una superficie prativa di 4'234 m2 e una superficie di 2'801 m2, su cui sorge un edificio di due piani. Il piano regolatore previgente le inseriva in una zona residenziale intensiva R4, ove vigeva un indice di sfruttamento massimo di 1, un indice di occupazione massimo del 30 % e un'altezza massima di 12.50 m.
Sempre nell'ambito della revisione del piano regolatore, il Comune ha attribuito due altri fondi contigui (part. vvv e www) ubicati ad ovest della zona residenziale semi-intensiva RSI, alla zona edificabile d'interesse comunale ZEIC.
B. Contro la revisione pianificatoria A._ è insorto al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, che con risoluzione del 22 dicembre 2009 ha parzialmente accolto il gravame, negando l'approvazione dell'ampliamento della zona edificabile concernente il fondo part. xxx, situato in contiguità con il lato nord della particella uuu. Il Governo ha comunque approvato la zona edificabile d'interesse comunale ZEIC e l'inclusione dei fondi part. ttt e uuu nella zona residenziale semi-intensiva RSI.
C. A._ ha impugnato la risoluzione governativa dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Nel corso della procedura, la B._ SA ha informato la Corte cantonale di avere comperato i fondi part. ttt e uuu e di essere parte interessata alla causa. Dopo avere eseguito due sopralluoghi e dichiarato chiusa l'istruttoria della causa, con sentenza del 13 aprile 2012 la Corte cantonale ha parzialmente accolto il ricorso, annullando l'approvazione della zona edificabile d'interesse comunale ZEIC e la relativa norma di attuazione.
D. Sia A._ sia la B._ SA impugnano questo giudizio con distinti ricorsi in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. I ricorrenti chiedono l'annullamento della sentenza impugnata e il rinvio degli atti alla Corte cantonale per una nuova decisione. La B._ SA fa valere la violazione del diritto di essere sentita, della garanzia della proprietà e del principio della proporzionalità.
Non sono state chieste osservazioni sui gravami, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.
Diritto:
1. 1.1 Le due impugnative sono dirette contro la stessa sentenza e riguardano la medesima fattispecie. Si giustifica quindi di trattarle congiuntamente, in un unico giudizio (art. 71 LTF in relazione con l'art. 24 cpv. 2 PC).
1.2 Presentati tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, i ricorsi in materia di diritto pubblico sono di massima ammissibili sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.3 Giusta l'art. 89 cpv. 1 LTF, ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a); è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati (lett. b); e ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi (lett. c). Spetta ai ricorrenti allegare i fatti a sostegno della loro legittimazione quando gli stessi non risultino chiaramente dalla decisione impugnata o dagli atti di causa (DTF 133 II 249 consid. 1.1).
A._ ha ceduto alla B._ SA la sua quota di comproprietà dei fondi part. ttt e uuu durante la procedura dinanzi all'autorità cantonale. Egli sostiene nondimeno di essere legittimato a ricorrere in questa sede, siccome avrebbe interesse a un esito a lui favorevole della presente causa. Adduce in particolare di avere sporto una denuncia penale contro il Comune, che sarebbe responsabile nei suoi confronti, e di essere titolare quale progettista di una domanda di costruzione non pubblicata. Si tratta al riguardo di circostanze che potrebbero eventualmente fondare la legittimazione in quelle specifiche procedure, ma che non sono idonee a fondare un rapporto stretto, particolare e degno di protezione del ricorrente con la procedura pianificatoria oggetto del presente litigio. In concreto, non può quindi essere riconosciuta ad A._ la legittimazione ricorsuale a contestare il trattamento pianificatorio dei fondi ceduti alla B._ SA. Del resto, una riserva in tal senso non è stata rogata nell'atto di compravendita. La facoltà di ricorrere in questa sede può per contro essere ammessa per la nuova proprietaria dei fondi interessati dal provvedimento, che ha partecipato al procedimento dinanzi alla Corte cantonale.
2. 2.1 Secondo la B._ SA, la Corte cantonale sarebbe incorsa in un diniego di giustizia formale ritenendo inammissibile la domanda ricorsuale volta ad escludere dalla zona edificabile i fondi part. yyy e zzz.
2.2 La Corte cantonale al riguardo ha richiamato l'art. 38 cpv. 4 lett. b della legge cantonale di applicazione della LPT, del 23 maggio 1990 (LALPT), corrispondente all'attuale art. 30 cpv. 2 lett. b della legge cantonale sullo sviluppo territoriale, del 21 giugno 2011, in vigore dal 1° gennaio 2012 (Lst) e l'art. 63 cpv. 2 della legge cantonale di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966 (LPamm). Ha rilevato che, in virtù di queste norme, la domanda doveva essere dapprima formulata al Consiglio di Stato, ciò che non era però avvenuto in concreto. In prima istanza, l'interessato aveva infatti soltanto chiesto di non approvare l'estensione della zona edificabile a nord del fondo part. uuu. La risoluzione governativa aveva accolto il gravame su questo punto, non approvando l'ampliamento della zona RSI con riferimento alla particella xxx, situata appunto a nord della uuu. La Corte cantonale ha accertato che i fondi part. yyy e zzz erano situati ad ovest della particella uuu e che, peraltro, non avevano beneficiato di un'estensione della zona edificabile a seguito della revisione generale del piano regolatore, essendo già interamente edificabili in precedenza.
2.3 La ricorrente non fa valere l'applicazione arbitraria delle citate disposizioni procedurali, ma adduce che l'impugnativa dinanzi al Governo contestava in generale la revisione pianificatoria, per cui anche l'attribuzione dei fondi part. yyy e zzz alla zona RSI. A suo dire, l'opposizione a questo azzonamento sarebbe stata nota sin dall'inizio a tutte le parti in causa e sarebbe stata riconosciuta dal Dipartimento del territorio nelle osservazioni del 17 marzo 2010 al ricorso contro la risoluzione governativa: non si trattava quindi di una censura nuova, proposta per la prima volta dinanzi alla Corte cantonale.
Con queste argomentazioni, generiche, la ricorrente non dimostra con una motivazione conforme alle esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, che i giudici cantonali avrebbero accertato in modo manifestamente contrario agli atti che la domanda di escludere i fondi part. yyy e zzz dalla zona RSI non era stata presentata nell'ambito del gravame al Consiglio di Stato. Le osservazioni della Divisione dello sviluppo territoriale e della mobilità del Dipartimento del territorio, richiamate dalla ricorrente, riconoscono anzi esplicitamente l'assenza di contestazioni e di domande formulate al riguardo in prima istanza. La constatazione secondo cui, in quella sede, l'allora ricorrente aveva chiesto solo il diniego dell'approvazione della zona edificabile a nord del suo fondo part. uuu è quindi vincolante per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF). In tale circostanza e ritenuto che le particelle yyy e zzz si trovano effettivamente ad ovest dei fondi della ricorrente ed erano già edificabili secondo la pianificazione previgente, è senza abusare del suo potere di apprezzamento che la Corte cantonale non è entrata nel merito della nuova domanda di escluderle dalla zona edificabile.
3. 3.1 La ricorrente critica poi il fatto che, nell'ambito della revisione generale del piano regolatore, i suoi fondi part. ttt e uuu non siano stati mantenuti nella zona R4, che presentava parametri edificatori più favorevoli rispetto all'attuale RSI. Ritiene che il provvedimento non sarebbe sorretto da ragioni di interesse pubblico poiché, dal momento dall'inserimento dei fondi nella zona R4 mediante la variante approvata il 1° luglio 1992, le circostanze non sarebbero mutate in misura importante, come esigerebbe l'art. 21 cpv. 2 LPT.
3.2 La ricorrente nega l'esistenza di un interesse pubblico alla base della modifica pianificatoria, che reputa inoltre lesiva del principio della proporzionalità. Motiva tuttavia l'assenza di questi presupposti per procedere a una restrizione della sua proprietà (cfr. art. 26 e 36 Cost.) adducendo in sostanza una violazione dell'art. 21 LPT. Questa disposizione prevede che i piani di utilizzazione siano vincolanti (cpv. 1) e che essi siano riesaminati e, se necessario, adattati in caso di notevole cambiamento delle circostanze (cpv. 2).
Il principio della stabilità dei piani dedotto dalla norma è di principio applicabile soltanto ai piani conformi alla LPT. Ai piani non adottati sotto l'egida della LPT, e generalmente non conformi al diritto federale, non torna invece applicabile, dal momento che è prevalente l'interesse all'attuazione di una pianificazione rispettosa degli scopi e dei principi pianificatori previsti dalla legge (cfr. DTF 127 I 103 consid. 6b/aa e rinvii). In concreto, non occorre esaminare se il piano regolatore previgente, del 1987, integrato dalla variante che ha determinato l'attribuzione del comparto in questione alla zona R4, approvata dal Governo il 1° luglio 1992, era conforme al diritto federale, giacché la revisione generale adottata dal legislativo comunale nel 2008 non viola comunque l'art. 21 LPT.
La stabilità del piano assume infatti una portata diversa a dipendenza della durata raggiunta dallo stesso. Più un piano reputato conforme ai dettami della LPT è recente, più è dato ai singoli proprietari di poter contare sulla sua stabilità e più difficilmente la presunzione della sua validità sarà contestabile (DTF 128 I 190 consid. 4.2 e rinvii). Tuttavia, il piano di utilizzazione deve di massima essere rielaborato dopo circa quindici anni (cfr. art. 15 lett. b LPT; DTF 119 Ib 138 consid. 4e). Il diritto pianificatorio cantonale prescrive che i piani siano sottoposti a verifica di regola ogni dieci anni (art. 41 cpv. 1 LALPT e art. 33 cpv. 1 Lst; cfr. inoltre DTF 119 Ib 138 consid. 4e pag. 145 in fine). Nel contesto di una simile revisione generale, possono trovare espressione anche mutati orientamenti degli organi pianificatori, come per esempio il ridimensionamento di zone edificabili sovradimensionate. Più la revisione del piano si avvicina quindi a questo orizzonte temporale quindicennale, più essa può essere giustificata anche da visioni e esigenze diverse da parte delle autorità, indipendentemente da un eventuale cambiamento notevole delle circostanze ai sensi dell'art. 21 cpv. 2 LPT (cfr. sentenza 1P.611/2001 del 25 gennaio 2002 consid. 3.2, in: ZBl 104/2003, pag. 654 segg.).
3.3 In concreto, la revisione generale, adottata dal legislativo comunale nel 2008, è intervenuta dopo oltre quindici anni dal previgente piano regolatore del 1987, integrato dalla variante approvata dal Governo il 1° luglio 1992 che ha determinato l'attribuzione dei fondi interessati alla zona R4. Contrariamente all'opinione della ricorrente, la revisione pianificatoria in oggetto non presupponeva quindi necessariamente l'esistenza di un notevole cambiamento delle circostanze richiesto dall'art. 21 cpv. 2 LPT. Considerato il tempo trascorso dalla previgente pianificazione, superiore all'orizzonte di durata ordinaria del piano, la ricorrente non poteva in buona fede continuare a contare sulla sua stabilità. Come visto, l'autorità pianificatoria era infatti tenuta a verificare il piano e non era quindi strettamente legata a una modifica rilevante delle condizioni per inserire nella zona residenziale semi-intensiva RSI il comparto in località Y._ precedentemente attribuito alla zona residenziale intensiva R4. La modifica, adottata nell'ambito di una revisione generale del piano regolatore, ha d'altra parte riguardato l'intero territorio comunale e non ha quindi colpito soltanto la proprietà della ricorrente, che si appella invano all'art. 21 LPT (cfr., per il caso di una modifica "ad hoc" diretta contro un solo proprietario, sentenza 1A.217/2006 del 9 agosto 2007, in: RtiD I-2008, pag. 754).
Nella fattispecie è piuttosto determinante, e sufficiente, che la delimitazione della zona RSI sia fondata su criteri pianificatori obiettivi e ragionevoli. Al riguardo, la Corte cantonale ha puntualmente spiegato gli scopi della revisione pianificatoria, legati all'armonizzazione delle differenti zone residenziali, tenendo conto delle caratteristiche del territorio e delle edificazioni circostanti. La ricorrente non si confronta con i considerandi del giudizio impugnato, spiegando con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF per quali ragioni l'azzonamento litigioso non sarebbe fondato su criteri oggettivi e disattenderebbe i principi pianificatori.
4. Ne segue che il ricorso di A._ deve essere dichiarato inammissibile, mentre quello della B._ SA deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dei ricorrenti, tenendo conto del maggiore dispendio occasionato dall'impugnativa della B._ SA (cfr. art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Le cause 1C_269/2012 e 1C_271/2012 sono congiunte.
2. Il ricorso di A._ è inammissibile.
3. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso della B._ SA è respinto.
4. Le spese giudiziarie di complessivi fr. 3'000.-- sono poste a carico di A._ nella misura di fr. 1'000.-- e della B._ SA nella misura di fr. 2'000.--.
5. Comunicazione alle parti, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.