Sachverhalt:
A. C._ (geboren 1951) ist gelernte Verkäuferin und arbeitete zuletzt vollzeitlich als kaufmännische Angestellte in der Geschäftsleitung der Firma ihres Ehemannes (X._ AG). Ihre damalige Ärztin, Frau Dr. med. K._ attestierte der Versicherten ab 28. Januar 2008 zunächst volle, später teilweise Arbeitsunfähigkeit. Im Auftrag der CSS Versicherung (Krankentaggeldversicherung der X._ AG) erstellte Dr. med. F._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, ein versicherungspsychiatrisches Gutachten (vom 26. September 2008). Die Expertise gelangte zum Ergebnis, dass C._ zu mindestens 80 % arbeitsfähig sei. Daraufhin stellte die CSS Versicherung die Auszahlung ihrer Krankentaggelder ein.
Am 8. Oktober 2008 meldete sich C._ erstmals bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Im Rahmen der Sachverhaltsabklärung zog die IV-Stelle des Kantons Aargau die Akten der CSS Versicherung bei, worunter sich das Gutachten des Dr. med. F._ vom 26. September 2008 befand. Mit Verfügung vom 27. Januar 2009 lehnte die IV-Stelle das Leistungsgesuch unter der Begründung ab, es seien keine gesundheitlichen Beeinträchtigungen festgestellt worden, welche die Arbeitsfähigkeit dauerhaft einschränkten.
Am 12. Juli 2010 meldete sich die Versicherte abermals bei der IV-Stelle zum Rentenbezug an. Gestützt auf die beigezogenen medizinischen Gutachten und Berichte, worunter sich ein neues versicherungspsychiatrisches Verlaufsgutachten des Dr. med. F._ vom 17. Mai 2010 befand, trat die IV-Stelle auf die Neuanmeldung ein und sprach der Versicherten mit Verfügung vom 11. April 2011 eine ganze Invalidenrente ab Januar 2011 zu.
Bereits mit Scheiben vom 9. Juli 2010 hatte C._ bei der IV-Stelle beantragt, deren Verfügung vom 27. Januar 2009 sei in Revision, eventuell Wiedererwägung, zu ziehen und es sei ihr rückwirkend ab 1. April 2009 eine ganze Invalidenrente auszurichten. Zur Begründung verwies sie auf das Verlaufsgutachten des Dr. med. F._ vom 17. Mai 2010. Mit Verfügung vom 11. April 2011 wies die IV-Stelle das Gesuch ab.
B. Die hiegegen von C._ beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau eingereichte Beschwerde blieb gemäss Entscheid vom 25. September 2012 erfolglos.
C. Die Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sowie Revision der Verfügung vom 27. Januar 2009 die Zusprechung einer ganzen Rente rückwirkend ab 1. April 2009, eventualiter die Rückweisung der Sache zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle, beantragen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe in willkürlicher Weise Bundesrecht verletzt, indem sie den Sachverhalt nicht hinreichend abgeklärt, die Beweiswürdigung krass fehlerhaft vorgenommen und die Verfügung der Beschwerdegegnerin trotz neuer Tatsachen und Beweismittel gemäss Art. 53 Abs. 1 ATSG nicht in Revision gezogen habe. Des Weiteren macht sie einen Verstoss gegen den Untersuchungsgrundsatz und die Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG geltend.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist (Art. 97 Abs. 1 BGG) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar.
Mit Blick auf die so umschriebene Kognition ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht verletzt, einschliesslich einer offensichtlich unrichtigen oder sonst wie unter Verletzung von Bundesrecht erfolgten Tatsachenfeststellung. Dabei ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG eine Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 und E. 4 S. 397 ff.).
3. 3.1 Formell rechtskräftige Verfügungen und Einspracheentscheide müssen in Revision gezogen werden, wenn die versicherte Person oder der Versicherungsträger nach deren Erlass erhebliche neue Tatsachen entdeckt oder Beweismittel auffindet, deren Beibringung zuvor nicht möglich war. Der Begriff "neue Tatsachen oder Beweismittel" ist bei der (prozessualen) Revision eines Verwaltungsentscheides nach Art. 53 Abs. 1 ATSG gleich auszulegen wie bei der Revision eines kantonalen Gerichtsentscheides gemäss Art. 61 lit. i ATSG oder bei der Revision eines Bundesgerichtsurteils gemäss Art. 123 Abs. 2 lit. a BGG (vgl. SVR 2010 IV Nr. 55 S. 169, 9C_764/2009 E. 3.1 mit Hinweisen; Urteile 8C_152/2012 vom 3. August 2012 E. 5.1 und 8C_422/2011 vom 5. Juni 2012 E. 4).
Neu sind demnach Tatsachen, die sich vor Erlass der formell rechtskräftigen Verfügung oder des Einspracheentscheides verwirklicht haben, jedoch dem Revisionsgesuchsteller trotz hinreichender Sorgfalt nicht bekannt waren. Die neuen Tatsachen müssen erheblich sein, d.h. sie müssen geeignet sein, die tatbeständliche Grundlage des zur Revision beantragten Entscheids zu verändern und bei zutreffender rechtlicher Würdigung zu einer andern Entscheidung zu führen. Neue Beweismittel haben entweder dem Beweis der die Revision begründenden neuen erheblichen Tatsachen oder dem Beweis von Tatsachen zu dienen, die zwar im früheren Verfahren bekannt gewesen, aber zum Nachteil des Gesuchstellers unbewiesen geblieben sind (vgl. BGE 134 III 669 E. 2.1 S. 670; 127 V 353 E. 5b S. 358; SVR 2012 UV Nr. 17 S. 63, 8C_434/2011 E. 7.1; erwähnte Urteile SVR 2010 IV Nr. 55 E. 3.2; 8C_152/2012 E. 5.1; 8C_422/2011 E. 4; Urteil 8F_9/2010 vom 10. März 2011 E. 3.1; je mit Hinweisen).
3.2 Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung hat im Revisionsverfahren der Gesuchsteller die erhebliche neue Tatsache nachzuweisen (BGE 127 V 353 E. 5b S. 358; RKUV 1994 Nr. U 190 S. 140, U 52/93 E. 3a in fine mit Hinweisen). Gelingt es ihm nicht, den Revisionsgrund mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit zu belegen, ist das Revisionsgesuch abzuweisen. Die IV-Stelle und später das kantonale Gericht sind insbesondere nicht dazu verpflichtet, im Sinne von Art. 43 bzw. 61 lit. c ATSG den kompletten Sachverhalt neu festzustellen und aktiv nach neuen Tatsachen und Beweismitteln zu suchen. Der Vorwurf der Beschwerdeführerin, der Sachverhalt hätte von der Vorinstanz gründlicher untersucht werden müssen, da die vorgebrachten neuen Tatsachen durch das Gericht als zu wenig erwiesen erachtet wurden, geht daher fehl.
3.3 In der Frage der prozessualen Revision (Art. 53 Abs. 1 ATSG) prüft das Bundesgericht die korrekte Anwendung von Bundesrecht. In Auseinandersetzung mit dieser Rechtsfrage ist es frei und in keiner Weise an die Einschätzungen der Vorinstanz gebunden.
3.3.1 Betrifft der Revisionsgrund eine materielle Anspruchsvoraussetzung, deren Beurteilung massgeblich auf Schätzung oder Beweiswürdigung beruht, auf Elementen also, die notwendigerweise Ermessenszüge aufweisen, so ist eine vorgebrachte neue Tatsache als solche in der Regel nicht erheblich. Ein (prozessrechtlicher) Revisionsgrund fällt demnach überhaupt nur in Betracht, wenn bereits im ursprünglichen Verfahren der untersuchende Arzt und die entscheidende Behörde das Ermessen wegen eines neu erhobenen Befundes zwingend anders hätten ausüben und infolgedessen zu einem anderen Ergebnis hätten gelangen müssen. An diesem prozessualrevisionsrechtlich verlangten Erfordernis fehlt es, wenn sich das Neue im Wesentlichen in (differenzial-)diagnostischen Überlegungen erschöpft, also auf der Ebene der medizinischen Beurteilung anzusiedeln ist.
3.3.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die IV-Stelle habe sich im Zeitpunkt der Verfügung am 27. Januar 2009 auf ein unrichtiges Krankheitsbild abgestützt und sei daher zu einer falschen Bemessung des Invaliditätsgrades gelangt. Zudem stelle das medizinische Gutachten des Dr. med. F._ vom 17. Mai 2010 zusammen mit der Expertise des behandelnden Psychiaters Dr. med. B._ klar, dass in der Zeit vom 1. April 2009 bis 31. Dezember 2010 eine Arbeitsunfähigkeit von mindestens 70 % vorgelegen habe.
3.3.3 Eine formell rechtskräftige Verfügung kann gemäss Art. 53 Abs. 1 ATSG nur in Revision gezogen werden, wenn sie im Zeitpunkt ihres Erlasses fehlerhaft war. Es ist daher nicht relevant, wie sich gewisse Umstände seit Verfügungserlass entwickelt haben. Es interessieren zum Schluss nur die Gegebenheiten, wie sie am 27. Januar 2009, dem Tag der rechtskräftigen Verfügung, bestanden haben.
3.3.4 Die Versicherte stützt ihr Gesuch um Revision der ursprünglichen Verfügung (Art. 53 Abs. 1 ATSG) auf neu erstellte Arztgutachten (vgl. E. 3.2 hievor). Neue medizinische Expertisen, die im Verfahren, das zur früheren Verfügung geführt hat, keine gravierende und unvertretbare Fehldiagnose feststellen, erfüllen das Kriterium der Erheblichkeit nicht (vgl. E. 3.3.1 hievor). Aufgrund der Symptome lassen sich Krankheiten oft nicht klar voneinander abgrenzen. Es wäre nicht sinnvoll, wenn jede im Nachhinein korrigierte Diagnose eine Revision begründen könnte, zumal der erhobene Krankheitsbefund nicht grundlegend für das Mass der Arbeits(un)fähigkeit und damit die Beurteilung des Invaliditätsgrades ist. Die geltend gemachte fehlerhafte Diagnose in den früheren ärztlichen Gutachten stellt daher keine revisionserhebliche neue Tatsache dar.
Im Übrigen beruhen medizinische Gutachten meist auf ärztlichem Ermessen. Insbesondere bei der Festsetzung der Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG) verfügt der Gutachter über einen beachtlichen Ermessensspielraum. Die Einschätzung der Arbeits(un)fähigkeit basiert massgeblich auf Schätzung oder Würdigung der erfragten und entdeckten Symptome. Die Tatsache, dass Dr. med. F._ im neuesten Gutachten der Versicherten für den Zeitpunkt der ersten Verfügung eine höhere Arbeitsunfähigkeit attestiert, als in seiner ursprünglichen Expertise, ist revisionsrechtlich irrelevant. Die prozessuale Revision der Verfügung vom 27. Januar 2009 ist somit weder aufgrund einer allfälligen fehlerhaften Diagnose, noch wegen einer anderen Einschätzung der Arbeits(un)fähigkeit im Vergleich zum früheren Gutachten des Dr. med. F._ möglich.
3.3.5 Vor diesem Hintergrund ist der vorinstanzliche Entscheid rechtens. Die Beschwerdeführerin vermag es nicht, revisionsrechtlich erhebliche neue Tatsachen vorzubringen. Des Weiteren wurden keine unhaltbaren Schlüsse gezogen, erhebliche Tatsachen und Beweise übersehen oder solche willkürlich ausser Acht gelassen. Die eventualiter beantragte Rückweisung der Sache an die IV-Stelle ist unbegründet und geht mit Blick auf den Charakter des Revisionsverfahrens fehl.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 13. Februar 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Widmer