Sachverhalt:
A. Mit Einspracheentscheid vom 12. Januar 2006 sprach die IV-Stelle des Kantons Aargau M._ (geboren 1955) eine halbe Invalidenrente zu. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 19. Dezember 2006 in dem Sinne teilweise gut, dass es den Einspracheentscheid vom 12. Januar 2006 aufhob und die Sache zur weiteren Abklärung sowie neuer Verfügung im Sinne der Erwägungen an die IV-Stelle zurückwies.
B. Nach Einholen eines Gutachtens des Instituts X._ vom 24. Januar 2008 hob die IV-Stelle mit Verfügung vom 22. April 2008 die Invalidenrente auf Ende Mai 2008 auf. Die daraufhin eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 14. Oktober 2008 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides "sei das die Verfügung der halben Rente anfechtende Verfahren als durch Rückzug für abgeschrieben festzustellen und damit die früher verfügte halbe Rente weiterlaufen zu lassen".
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
2. In der Beschwerde wird einzig eine Verletzung des rechtlichen Gehörs gerügt mit der Begründung, IV- Stelle und kantonales Gericht hätten eine reformatio in peius vorgenommen, ohne zuvor der Versicherten die Möglichkeit des Rückzugs der Beschwerde gegen die ursprünglich verfügte Zusprechung einer halben Rente eingeräumt zu haben. Diese Rüge geht jedoch fehl. Von einer reformatio in peius kann nämlich nur gesprochen werden, wenn die urteilende Instanz selber einen reformatorischen Entscheid fällt. Die blosse Möglichkeit einer Schlechterstellung der beschwerdeführenden Partei infolge Aufhebung des angefochtenen Entscheids oder der Verwaltungsverfügung verbunden mit Rückweisung zu ergänzender Sachverhaltsfeststellung sowie zu neuer Beurteilung der Sache gilt gemäss ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung nicht als reformatio in peius (ARV 1995 Nr. 23 S. 138 E. 3a mit Hinweis auf ZAK 1988 S. 615 E. 2b; Urteile P. vom 15. Mai 2000, I 226/99; N. vom 26. März 2004, I 668/03; W. vom 9. November 2006, M 11/05, und M. vom 10. Dezember 2007, U 30/07), es sei denn, die Rückweisung an die Verwaltung habe mit Sicherheit eine Verschlechterung der Rechtsstellung des Beschwerdeführenden zur Folge (ARV 1995 Nr. 23 S. 139 E. 3b), was hier in Anbetracht des ersten kantonalen Entscheides vom 19. Dezember 2006 nicht der Fall war. Hinsichtlich der Aufhebung der halben Invalidenrente, welche in keinem Zeitpunkt auf einem formell rechtskräftigen und materiell rechtsbeständigen Verwaltungsakt oder Gerichtsurteil beruhte, wird in der Beschwerde nichts vorgebracht, weshalb insoweit keine rechtsgenügliche Beschwerde vorliegt (Art. 42 Abs. 2 BGG)
3. 3.1 Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a), ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung erledigt wird.
3.2 Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Januar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer