Fatti:
A. Il Procuratore pubblico (PP) Valentina Tuoni, dopo aver interrogato il 10 settembre 2012 B._, ha aperto un procedimento penale a carico di A._, per titolo di atti sessuali con fanciulli, violenza carnale, coazione sessuale e lesioni semplici in relazione a fatti risalenti al 2002/2003. L'interessato ha ammesso parzialmente i fatti.
Nell'ambito dell'audizione di C._, del 29 novembre 2012, il PP Marisa Alfier ha aperto un secondo procedimento penale a carico dell'imputato, per titolo di lesioni semplici, vie di fatto, minaccia, coazione, coazione sessuale e violenza carnale per fatti avvenuti nella notte tra il 27 e il 28 novembre 2012 a X._. L'interessato ha contestato le accuse a carattere sessuale. Il 4 dicembre 2012 detta PP ha proposto al Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC) la carcerazione preventiva dell'interessato fino al 1° febbraio 2013. Con decisione del 6 dicembre 2012 il GPC ha accolto l'istanza.
B. La Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), adita dall'interessato, ne ha respinto il reclamo con giudizio del 10 gennaio 2013. Con sentenza del 15 marzo 2013 il Tribunale federale ha respinto, in quanto ammissibile, un ricorso sottopostogli dall'imputato (causa 1B_63/2013).
C. Nel frattempo, il 25 gennaio 2013 il PP aveva chiesto la proroga della carcerazione preventiva dell'imputato. Con decisione del 5 febbraio 2013 il GPC, accertato un pericolo di recidiva, ha poi prorogato la carcerazione fino al 1° aprile 2013. Con decisione del 1° marzo 2013 la CRP, rilevato che il reclamante non aveva replicato alle osservazioni del PP e del GPC, ne ha respinto il reclamo.
D. Avverso questa decisione, il 13 marzo 2013 A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, concessogli il beneficio del gratuito patrocinio, di porlo in libertà, subordinatamente di concedergli gli arresti domiciliari con il sistema del braccialetto elettronico e, in via ancor più subordinata, di trasferirlo in un carcere senza isolamento.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) contro una decisione emanata dall'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF) relativa a una carcerazione preventiva è ammissibile. Il rimedio è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF). La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 LTF).
1.2 Nelle conclusioni il ricorrente non chiede di annullare la sentenza impugnata della CRP, né quella di proroga della carcerazione del GPC, ma soltanto di porlo in libertà. Certo, di per sé, la richiesta di scarcerazione immediata è ammissibile (art. 107 cpv. 2 LTF; DTF 133 I 270 consid. 1.1). Secondo l'art. 107 cpv. 1 LTF il Tribunale federale non può tuttavia andare oltre le conclusioni delle parti, per cui il petito che circoscrive la materia del contendere dovrebbe essere formulato in modo tale da poter erigersi a dispositivo della sentenza. Ciò non potrebbe essere il caso nella fattispecie, anche nell'ipotesi di un accoglimento del ricorso, ritenuto che le sentenze che confermano la carcerazione preventiva del ricorrente non potrebbero essere annullate (LAURENT MERZ, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2a ed., 2011, n. 15 ad art. 42). Per di più, il ricorrente nemmeno sostiene d'aver formulato le richieste inerenti agli arresti domiciliari e al trasferimento in un carcere senza isolamento già dinanzi alla CRP, disattendendo in tal modo che, di massima, dinanzi al Tribunale federale nuove conclusioni sono inammissibili (art. 99 cpv. 2 LTF).
La stessa conclusione vale per le criticate modalità di esecuzione della carcerazione, sulle quali la Corte cantonale non si è pronunciata. Ora, il ricorrente non fa valere d'aver sollevato tali critiche davanti alla CRP e ch'essa, a torto, non le avrebbe esaminate, incorrendo quindi in un diniego di giustizia formale o in una lesione del diritto di essere sentito, segnatamente del diritto di ricevere una decisione motivata (al riguardo vedi DTF 138 I 232 consid. 5.1; 136 I 229 consid. 5.2). Anche in tale ambito il ricorrente disattende che dinanzi al Tribunale federale possono essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF), circostanza da lui non addotta.
1.3 Il Tribunale federale esamina soltanto le censure sollevate e motivate. In effetti, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute, laddove la ricorrente lamenta la violazione di diritti fondamentali (art. 106 cpv. 2 LTF), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 138 I 171 consid. 1.4; 136 II 304 consid. 2.4 e 2.5).
2. 2.1 Il ricorrente contesta la sussistenza di un pericolo di recidiva (art. 221 cpv. 1 lett. c CPP), come ritenuto dalle istanze cantonali. Sulle condizioni della carcerazione preventiva fondata su detto pericolo, il Tribunale federale si è espresso nell'ambito della sentenza 1B_63/2013 del 15 marzo 2013, alla quale, per brevità, si rimanda (consid. 4.3-4.6). Nella misura in cui il ricorrente accenna nuovamente a un'asserita carenza di seri indizi a suo carico, la censura è manifestamente inammissibile, ritenuto che, anche nella seconda decisione della CRP qui impugnata, la Corte cantonale ha ribadito ch'egli non ne contestava l'esistenza.
2.2 Pure nel gravame in esame, riguardo al contestato pericolo di recidiva, il ricorrente si limita in sostanza a riaffermare che tra gli episodi del 2002/2003 e quello recente non sussisterebbero similitudini, per cui occorrerebbe distinguere le fattispecie e individuarne le differenze. L'infondatezza di questa critica è già stata rilevata nella sentenza 1B_63/2013 (consid. 4.6).
2.3 Del resto, il GPC ha ritenuto che il pericolo di recidiva, già ammesso in precedenza, viene rafforzato dalle risultanze degli ulteriori interrogatori delle presunte vittime e del ricorrente stesso, ritenendole non rassicuranti in merito al rischio futuro e alla necessità di un approfondimento anche di tipo tecnico-peritale circa la presenza di una turba (psichica, psicologica o comportamentale) di quest'ultimo: ciò poiché dai verbali emergono elementi di violenza e una palese difficoltà del ricorrente all'autocontrollo, "problematiche" che allo stadio attuale non potrebbero essere risolte con l'inizio di una prospettata psicoterapia liberamente scelta dal ricorrente. Questa prognosi negativa dev'essere quindi mantenuta fino all'esperimento dei necessari accertamenti peritali. L'assenza, al momento, di indicazioni peritali sul rischio di recidiva non lascia d'altra parte intravedere l'adozione di adeguate ed efficaci misure sostitutive della carcerazione. La Corte cantonale ha condiviso queste conclusioni, ritenendo indispensabile un accertamento peritale, anche sotto il profilo dell'imputabilità. Ha poi stabilito che la criticata proroga, limitata a due mesi, necessaria per allestire la richiesta perizia, né lede l'imperativo di celerità (art. 5 CPP) né il principio di proporzionalità, tenuto conto della possibile pena e delle modalità di conduzione dell'inchiesta.
2.4 Al riguardo il ricorrente sostiene, a torto, che dagli atti di causa non risulterebbe alcun elemento che possa prospettare "anche solo vagamente" un pericolo di recidiva a causa di turbe psichiche. Insiste poi, sempre a torto, sul fatto che la perizia non potrebbe essere ordinata, poiché non vi sarebbero indizi che i reati siano effettivamente stati commessi. Come si è visto, nell'ambito delle due procedure di reclamo dinanzi alla CRP egli non ha contestato l'esistenza di gravi indizi di reato. Certo, richiamando una decisione della CRP del 6 aprile 2012 afferma che non sarebbero dati i presupposti per ordinare una perizia riguardo a eventuali turbe psichiche. Anche in tale ambito, disattendendo il suo obbligo di motivazione (art. 42 LTF), egli non si confronta tuttavia con i motivi esposti nella decisione del GPC, condivisi dai giudici cantonali nella decisione impugnata (sul pericolo di recidiva cfr. inoltre sentenze 1B_397/2011 del 29 agosto 2011 consid. 6.3 e 6.4 e 1B_133/2011 del 12 aprile 2011 consid. 4). Inoltre, come già ritenuto dal Tribunale federale nella precedente causa 1B_63/2013 (consid. 4.6 in fine), anche sotto il profilo del principio di celerità e, come peraltro stabilito nella decisione del GPC del 5 febbraio 2013, il perito dovrà produrre celermente un rapporto preliminare parziale.
3. 3.1 Nella minima misura in cui è ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto.
3.2 La richiesta di assistenza giudiziaria può essere accolta (art. 64 cpv. 1 LTF) e l'avv. Fulvio Pezzati designato quale avvocato d'ufficio. La cassa del Tribunale federale gli verserà un'indennità per le spese di patrocinio (art. 64 cpv. 2 LTF). Non si prelevano spese giudiziarie.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La domanda di gratuito patrocinio è accolta e al ricorrente viene assegnato quale patrocinatore l'avv. Fulvio Pezzati per la procedura innanzi al Tribunale federale. La Cassa del Tribunale federale gli verserà un'indennità di fr. 1'500.--.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico, al Giudice dei provvedimenti coercitivi e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.