Sachverhalt:
A.
X._ werden zahlreiche Straftaten zum Nachteil dreier Frauen vorgeworfen. Er habe A._ ab 1998 bis 2003 mehrfach vergewaltigt (wobei es teilweise beim Versuch geblieben sei) und mehrfach sexuell genötigt. Zudem habe er C._ im Jahre 1999 und B._ im Jahre 2005 sexuell missbraucht.
B.
Das Landgericht Uri sprach X._ mit Urteil vom 5., 8. und 13. Juni 2012 der mehrfachen Vergewaltigung, der mehrfachen versuchten Vergewaltigung, der mehrfachen sexuellen Nötigung und der Schändung schuldig. Es erkannte auf eine Freiheitsstrafe von fünf Jahren.
Die Berufung von X._ wies das Obergericht des Kantons Uri am 12. Juli 2013 ab.
C.
X._ führt Beschwerde ans Bundesgericht. Er beantragt im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und er sei von Schuld und Strafe freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um aufschiebende Wirkung.
D.
Das Obergericht liess sich mit Schreiben vom 12. November 2014 zur Beschwerde vernehmen. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Uri beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene B._ hat keine Stellungnahme eingereicht.
Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer verweist wiederholt auf seine Ausführungen im kantonalen Verfahren. Damit ist er nicht zu hören. Die Begründung der Beschwerde muss in der Beschwerdeschrift selbst enthalten sein, und der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (BGE 138 IV 47 E. 2.8.1 S. 54; 133 II 396 E. 3.1 S. 399 f.; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Anklageprinzips. Er macht zusammengefasst geltend, die Anklage vermöge der erforderlichen Umschreibungsdichte nicht zu genügen. Ihre Zeitangaben seien ungenau. Die abstrakt formulierten Vorwürfe würden eine wirksame Verteidigung verunmöglichen. Jede beschuldigte Person habe Anspruch, "ein eindeutig erkennbares, auch hinsichtlich des zeitlichen Elements konkretisiertes historisches Ereignis vorgehalten zu bekommen". In keiner Anklageziffer werde angegeben, welche Delikte inklusive Gesetzesbestimmungen durch welche Handlungen erfüllt seien. Zudem werde nicht respektive nur rudimentär umschrieben, welche Art nötigender Gewaltanwendung eingeklagt werde. In verschiedenen Anklageziffern werde die Anzahl der Übergriffe nicht festgehalten, eine Handlung gegen den Willen der betroffenen Frau nicht umschrieben und jegliche Individualisierung eines historischen Einzelgeschehens verunmöglicht. Auch enthalte die Anklage keine Hinweise zu den subjektiven Tatbestandselementen (Beschwerde S. 8 - 19).
2.2. Nach dem Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion; Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV; Art. 9 und Art. 325 StPO; Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK; vgl. Art. 168 Ziff. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Uri, RB 3.9222, aufgehoben per 1. Januar 2011). Das Gericht ist an den in der Anklage wiedergegebenen Sachverhalt gebunden (Immutabilitätsprinzip), nicht aber an dessen rechtliche Würdigung durch die Anklagebehörde (vgl. Art. 350 StPO). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte der angeschuldigten Person und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion; BGE 133 IV 235 E. 6.2 und 6.3 S. 244 ff.; Urteil 6B_130/2012 vom 22. Oktober 2012 E. 6.2, nicht publ. in: BGE 138 IV 209; je mit Hinweisen).
2.3.
2.3.1. Nach den zutreffenden Erwägungen der ersten Instanz, auf welche die Vorinstanz verweist, ist unter dem Gesichtspunkt der Informationsfunktion des Anklageprinzips massgebend, dass die beschuldigte Person genau weiss, was ihr angelastet wird, damit sie ihre Verteidigungsrechte angemessen ausüben kann. Ungenauigkeiten in den Zeitangaben sind solange nicht von entscheidender Bedeutung, als für die beschuldigte Person keine Zweifel darüber bestehen können, welches Verhalten ihr vorgeworfen wird (Urteil 6B_441/2013 vom 4. November 2013 E. 3.2 mit Hinweisen).
Dies ist betreffend die Straftaten zum Nachteil von A._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin 2) insgesamt der Fall. Unzweifelhaft werden in der Anklage der erste Vorfall in der Wohnung des Beschwerdeführers am 23. Juli 1998, der Übergriff in der Wohnung der Beschwerdegegnerin 2 im September 1998 und der letzte Vorfall auf dem Parkplatz der Post in D._ am 18. März 2003 sachlich, örtlich und zeitlich hinreichend konkretisiert (vgl. Anklageschrift der Staatsanwaltschaft I des Kantons Uri vom 8. November 2010, Ziffern 1.1, 1.2 und 1.7). Auch die wiederholten Handlungen in der gemeinsamen Waschküche respektive im Kellerabteil des Beschwerdeführers, welche in der Anklageschrift auf den Monat genau eingegrenzt werden (Anklageziffer 1.3), sind rechtsgenügend umschrieben. Gleiches gilt in Bezug auf die Vorfälle, bei denen der Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin 2 während vier Monaten regelmässig abpasste, nachdem diese jeweils ihren Ehemann im Spital besucht hatte (Anklageziffer 1.5).
Es ist zwar richtig, dass die weiteren Übergriffe im Umfang respektive zeitlich vage eingegrenzt sind (vgl. Anklageziffern 1.4 und 1.6). Die zeitliche Ungenauigkeit betrifft insbesondere die Vorfälle am Arbeitsort der Beschwerdegegnerin 2. Daraus vermag der Beschwerdeführer nichts für seinen Standpunkt abzuleiten. In der Beschwerde wird nicht näher aufgezeigt und es ist nicht erkennbar, inwiefern dadurch eine wirksame Verteidigung erschwert wurde. Bei gehäuften und regelmässigen Delikten wird dem Anklagegrundsatz Genüge getan, wenn die Handlungen in zeitlicher und örtlicher Hinsicht lediglich approximativ umschrieben werden. Der Zeitraum ist auf eine bestimmte Dauer einzugrenzen. Insbesondere bei Familiendelikten kann nicht erwartet werden, dass über jeden einzelnen Vorfall Buch geführt wird (vgl. Urteil 6B_441/2013 vom 4. November 2013 E. 3.2 mit Hinweis). Dies ist auch der Beschwerdegegnerin 2 zuzubilligen. Der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin 2 waren als (frühere) Nachbarn in regelmässigen Kontakt und besuchten sich gegenseitig. Die Anklageschrift umschreibt den ersten und letzten Vorfall zeitlich exakt. Mithin steht der Deliktszeitraum für sämtliche Vorwürfe ungefähr fest. Die Übergriffe (Zungenküsse, Ausgreifen der Brüste und Scham, vaginaler und analer Geschlechtsverkehr, Oralverkehr) erfolgten in einem gleichbleibenden oder ähnlichen Rahmen. Den einzelnen Anklageziffern ist entgegen dem Dafürhalten des Beschwerdeführers jeweils zu entnehmen, welche sexuellen Handlungen ihm unter Nennung des Tatorts und der konkreten Umstände vorgeworfen werden. Da die Übergriffe laut Anklage regelmässig und während einer Dauer von rund 4 1⁄2 Jahren erfolgten, ist nicht zu erwarten, dass sich das Opfer jeweils an das Datum sämtlicher Nötigungen und (versuchter) Vergewaltigungen und deren Anzahl erinnert. Bezeichnet die erste Instanz Gegenteiliges als unrealistisch und weltfremd, ist ihr beizupflichten. In der Anklageschrift wird gleichwohl konkretisiert, welche Delikte nach einem vergleichbaren Schema und bei ähnlicher Gelegenheit erfolgten (jeweils nach dem gemeinsamen Einkaufen [Anklageziffer 1.4], dem Spitalbesuch [Anklageziffer 1.5] oder abends kurz vor der Türschliessung einer Kunstausstellung, in welcher die Beschwerdegegnerin 2 die Aufsicht innehatte [Anklageziffer 1.6]). Soweit der Beschwerdeführer unterstreicht, individualisierte, einzeln wiedererkennbare Tathandlungen seien nicht auszumachen, trifft dies insofern teilweise zu. Indessen war für ihn ersichtlich, welche Vorwürfe Gegenstand der Anklage bilden, selbst wenn die Deliktszeiträume und die Anzahl der Übergriffe teilweise nicht exakt festgelegt wurden. Anzumerken bleibt, dass die Anzeigeerstattung rund acht Jahre nach dem ersten Vorfall erfolgte. Dass die Anklage manche Vorwürfe mit einem weiten Deliktszeitraum oder in quantitativer Hinsicht nicht exakt umschreibt, ist unter den gegebenen Umständen unerheblich.
Entgegen dem Dafürhalten des Beschwerdeführers gehen die nach Auffassung der Staatsanwaltschaft erfüllten Straftatbestände und die anwendbaren Gesetzesbestimmungen aus der Anklage mit hinreichender Klarheit hervor. Der Beschwerdeführer stellt sich zudem auf den Standpunkt, die Gewaltanwendung werde nicht konkret umschrieben, und in den Anklageziffern 1.1, 1.4 und 1.7 sei nicht erkennbar, dass eine Handlung gegen den Willen der Beschwerdegegnerin 2 verübt worden sei. Ihm kann nicht gefolgt werden. In der Anklageschrift wird genügend deutlich zum Ausdruck gebracht, dass der sexuelle Missbrauch der Beschwerdegegnerin 2 durch verschiedene Nötigungshandlungen erfolgte und der Beschwerdeführer immer wieder eine Zwangssituation schuf, welche er durch die wiederholte Tatbegehung aufrechterhielt. Der Anklageschrift kann entnommen werden, dass die Beschwerdegegnerin 2 sich wehrte und ihren Unwillen gegen die sexuellen Übergriffe manifestierte. Ansonsten wäre es nicht notwendig gewesen, sie gewaltsam zu packen, gegen sich zu drücken, sie an den Händen festzuhalten, sie in die Toilette zu drängen und einzuschliessen, ihr den Arm umzudrehen, ihr den Mund zuzuhalten und sie am Schreien zu hindern, ihr mit den Worten zu drohen, sie fertigzumachen und dafür zu sorgen, dass sie ein Leben lang in eine Klinik komme, sowie sie nach unten zu zerren und ihr den Penis in den Mund zu stossen. Die Schilderung der Nötigungsmittel und der Gegenwehr in der Anklageschrift lässt erkennen, dass dem Beschwerdeführer vorgeworfen wird, sich bewusst über den Willen der Beschwerdegegnerin 2 hinweggesetzt zu haben. Eine weitergehende Umschreibung des objektiven und subjektiven Sachverhalts ist nicht notwendig. Inwiefern dem Beschwerdeführer die zu seiner Verteidigung erforderlichen tatsächlichen Angaben vorenthalten wurden, ist nicht ersichtlich.
2.3.2. Entgegen der Rüge des Beschwerdeführers wurde der Vorwurf in Bezug auf C._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin 4) unverwechselbar und zeitlich genügend konkretisiert. Ebenso sind die Tatbestandsmerkmale der Schändung in der Anklage mit den entsprechenden Tatsachenbehauptungen unterlegt. Inwieweit die Formulierung des Anklagevorwurfs (vgl. Anklageziffer 2.1) eine hinreichende Verteidigung erschwerte, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf.
2.3.3. In Bezug auf die Anklageziffer 3.1 argumentiert der Beschwerdeführer, er sei vom Schuldspruch der versuchten Vergewaltigung überrascht worden. Dieser Deliktsvorwurf gehe aus der Anklage, welche keine Angaben zu einem subjektiven Tatbestandselement mache, nicht hervor. Die Rüge erfolgt zu Recht. Die Anklage wirft dem Beschwerdeführer vor, B._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin 3) gegen ihren Willen die Hosen und Unterhosen heruntergezogen und das T-Shirt nach oben geschoben zu haben. Darauf habe der Beschwerdeführer sie im Intimbereich ausgegriffen. Er habe ihr gedroht, sie zu vergewaltigen, wenn sie nicht machte, was er verlangte. Während der Beschwerdeführer masturbiert habe, habe er von seinem Opfer verlangt, dass es "sich selber befriedigen solle". Der Aufforderung, ihn mit der Hand zu befriedigen, sei die Beschwerdegegnerin 3 nicht nachgekommen. Der Beschwerdeführer habe sie mit seinem Penis im Bereich der Scheide, Unterbauch und Hose berührt. Der Anklagevorwurf umfasst damit die Nötigung zu verschiedenen sexuellen Handlungen. Dass der Beschwerdeführer einen darüber hinausgehenden Erfolg herbeiführen und die Beschwerdegegnerin 3 zur Duldung des Beischlafs nötigen wollte, wird in der Anklage nicht umschrieben. Ebenso wenig wird geschildert, weshalb ein entsprechender Versuch nicht zum Erfolg führte (vgl. Martin Schubarth, in: Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, N. 30 zu Art. 325 StPO). Eine versuchte Vergewaltigung ist nicht angeklagt. In diesem Zusammenhang bleibt entgegen der Vernehmlassung der Staatsanwaltschaft unerheblich, dass sich diese in ihrem Plädoyer vor Schranken zum behaupteten Versuch äusserte.
Die Vorinstanz wird den Anklagevorwurf in Ziffer 3.1 neu zu beurteilen haben. Würdigt sie den Anklagesachverhalt als sexuelle Nötigung, hat nebst dem Schuldspruch im Sinne von Art. 189 Abs. 1 StGB kein Freispruch zu ergehen (vgl. Urteil 6B_574/2012 vom 28. Mai 2013 E. 2.4.2 mit Hinweisen).
2.4. Bereits die erste Instanz hat sich mit dem Anklageprinzip auseinandergesetzt und eine Verletzung verneint. Auf deren Erwägungen durfte die Vorinstanz entgegen dem Dafürhalten des Beschwerdeführers in Anwendung von Art. 82 Abs. 4 StPO verweisen. Das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers und die Begründungspflicht sind nicht verletzt.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, indem die Vorinstanz über die Beschwerdegegnerinnen 2 - 4 kein Glaubwürdigkeits- und Glaubhaftigkeitsgutachten in Auftrag gegeben sowie diese nicht vor Schranken befragt habe, verletze sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 3 Abs. 2 lit. c StPO, Art. 29 Abs. 2 BV), die Beweiserhebungspflicht (Art. 343 Abs. 3 und Art. 389 Abs. 3 StPO), den Anspruch auf ein faires Verfahren (Art. 3 Abs. 2 lit. c StPO, Art. 6 Ziff. 1 EMRK), den Untersuchungsgrundsatz (Art. 6 StPO) sowie den Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 3 Abs. 2 lit. a StPO, Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV; Beschwerde S. 19 - 29).
3.2. Bei Besonderheiten in der Person kann eine Begutachtung der Aussagefähigkeit oder Aussagequalität in Frage kommen. Die Prüfung der Glaubhaftigkeit von Beweisaussagen ist primär Sache der Gerichte (BGE 129 I 49 E. 4 S. 57; 128 I 81 E. 2 S. 84 ff. mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung drängt sich der Beizug eines Sachverständigen für die Prüfung der Aussagen nur bei besonderen Umständen auf. Dies ist etwa der Fall, wenn schwer interpretierbare Äusserungen eines Kleinkinds zu beurteilen sind, bei Anzeichen ernsthafter geistiger Störungen, welche die Aussageehrlichkeit des Zeugen beeinträchtigen könnten, oder wenn Anhaltspunkte für eine Beeinflussung durch Drittpersonen bestehen (BGE 129 IV 179 E. 2.4 S. 184; Urteil 6B_667/2013 vom 20. Februar 2014 E. 2.4.5; je mit Hinweisen). Das Gericht verfügt bei der Beantwortung der Frage, ob aufgrund der konkreten Umstände des Einzelfalles ein Sachverständiger beigezogen werden muss, über einen Ermessensspielraum. Eine starre Beweisregel, wonach bei streitigen Aussagen des mutmasslichen Opfers in jedem Fall ein Aussagegutachten anzuordnen wäre, widerspräche dem Grundsatz der freien richterlichen Beweiswürdigung (Urteil 6B_703/2012 vom 3. Juni 2013 E. 5.3 mit Hinweisen).
3.3. Die erste Instanz räumt ein, dass dem Antrag der Verteidigung, in Bezug auf die Beschwerdegegnerin 2 ein Glaubwürdigkeits- und Glaubhaftigkeitsgutachten einzuholen, ein Stück weit Berechtigung zukomme. Die Beschwerdegegnerin 2 habe Betäubungsmittel (Cannabis und Kokain) konsumiert und sich zeitweise in ambulanter respektive stationärer psychiatrischer Behandlung befunden. Gleichwohl seien ihre Aussagen sehr detailliert, klar, realitätsnah und konsistent. Einzelne Schilderungen hätten sich als augenscheinlich zutreffend herausgestellt. Deshalb seien keine hinreichenden Gründe vorhanden, an ihrer Glaubwürdigkeit zu zweifeln und die Glaubhaftigkeit ihrer Aussagen zu hinterfragen. Ebenso wenig sei eine Begutachtung der Beschwerdegegnerin 3 angezeigt. Obgleich sie am 22. Oktober 2005 alkoholisiert gewesen sei, sei im Polizeirapport vermerkt, dass sie zu klaren und detaillierten Aussagen in der Lage gewesen sei. Ihre Schilderungen bei der Polizei seien ausführlich sowie mit Details versehen und ihr Aussageverhalten sei authentisch. Anhaltspunkte, welche eine Begutachtung rechtfertigen würden, seien keine vorhanden. Das Gleiche gelte für die Beschwerdegegnerin 4. Diese habe in der Tatnacht mit ihrer Halbschwester eine Flasche Sekt getrunken, was sicherlich nicht zu einer massiven Alkoholisierung führe. Die Beschwerdegegnerin 4 habe den Übergriff dreimal im Wesentlichen gleich geschildert. Ihre Aussagen seien in sich stimmig. Sie habe sich nicht in einer derartigen psychischen respektive physischen Ausnahmesituation befunden, welche eine Begutachtung nötig mache. Die Vorinstanz verweist auf diese Erwägungen und hält unter anderem ergänzend fest, eine Expertise über die Glaubwürdigkeit 8 bis fast 15 Jahre nach den Taten vermöge nichts Wesentliches zur Wahrheitsfindung beizutragen.
3.4. Die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanzen ist nicht unvertretbar. Die Beschwerdegegnerin 2 wurde am 9. und 11. Juli 2007 polizeilich, am 25. August 2010 durch das Verhöramt und am 19. April 2011 durch die erste Instanz befragt. Die Einvernahmen der Beschwerdegegnerin 3 erfolgten am 22. und 25. Oktober 2005 durch die Kantonspolizei, am 16. Februar 2009 durch das Verhöramt sowie am 19. April 2011 und 22. Mai 2012 durch die erste Instanz. Schliesslich wurde die Beschwerdegegnerin 4 am 12. Dezember 2007 polizeilich, am 18. Oktober 2010 durch das Verhöramt und am 19. April 2011 durch die erste Instanz einvernommen. Mit Blick auf die protokollierten Schilderungen ist mit den Vorinstanzen festzuhalten, dass die Aussa-gen der Beschwerdegegnerinnen 2 - 4 detailliert, authentisch und überzeugend ausfielen. In der Tat sind Auffälligkeiten in der Person oder Anzeichen für kognitive Beeinträchtigungen, welche sich in den Aussagen widerspiegeln und dem Gericht die fachgerechte Aussagenanalyse und Beweiswürdigung erschweren würden, nicht ersichtlich. Selbst wenn der Beschwerdeführer alle drei befragten Frauen in physischen und psychischen Ausnahmezuständen sieht, befasst er sich in keiner Weise mit ihren Sachverhaltsdarstellungen. Vielmehr klammert er die vorinstanzliche Würdigung in seiner Argumentation aus. Er macht nicht geltend und es ist nicht ersichtlich, dass die Beschwerdegegnerinnen 2 und 4 in ihrer Wahrnehmungs-, Erinnerungs- oder Wiedergabefähigkeit beeinträchtigt und zur wahrheitsgemässen Aussage nicht fähig oder nicht willens waren. Die vom Beschwerdeführer unvollständig zitierten Antworten der Beschwerdegegnerin 3 anlässlich ihrer zweiten Befragung, in denen Erinnerungslücken eingeräumt werden, betreffen im Übrigen nicht das Kerngeschehen.
Die Vorinstanzen waren zweifelsohne in der Lage, die belastenden Aussagen zu würdigen, und sie konnten ohne Ermessensüberschreitung oder -missbrauch auf eine Begutachtung verzichten. Damit liegt auch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs gemäss Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 3 Abs. 2 lit. c StPO nicht vor (vgl. zum Recht des Betroffenen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden, sowie zur antizipierten Beweiswürdigung BGE 138 V 125 E. 2.1 S. 127; 137 II 266 E. 3.2 S. 270; 136 I 265 E. 3.2 S. 272, 229 E. 5.3 S. 236 f.; je mit Hinweisen). Inwiefern darüber hinaus die Vorinstanz die vom Beschwerdeführer angerufene Beweiserhebungspflicht im Sinne von Art. 343 Abs. 3 und Art. 389 Abs. 3 StPO, den Untersuchungsgrundsatz und die Unschuldsvermutung verletzt haben soll, ist nicht erkennbar. Ebenso ist vertretbar, dass die Vorinstanz die Befragung der Beschwerdegegnerinnen 2 - 4 im Jahre 2013 nicht wiederholte. Auf die vorinstanzlichen Erwägungen kann verwiesen werden (Entscheid S. 10 f. mit Hinweis auf das erstinstanzliche Urteil S. 27 f.). An den verschiedenen Einvernahmen, die in den Jahren 2009 - 2012 stattfanden, nahm der Verteidiger des Beschwerdeführers teil. Er stellte den Beschwerdegegnerinnen 2 - 4 mehrfach ergänzende Fragen. Der Beschwerdeführer macht zu Recht nicht geltend, er habe während des Verfahrens sein Fragerecht generell nicht ausüben können. Ebenso wenig bringt er vor, er habe einzelne Ergänzungsfragen stellen wollen, welche von den kantonalen Behörden nicht zugelassen worden wären. Mithin legt er nicht dar, inwiefern er seine Verteidigung nicht wirksam ausüben konnte und weshalb es zur effektiven Wahrnehmung seiner Verteidigungsrechte notwendig erscheinen sollte, dass ihm im vorinstanzlichen Gerichtsverfahren die Möglichkeit zur ergänzenden Befragung erneut hätte eingeräumt werden müssen. Die Beschwerde ist unbegründet, soweit sie den Begründungsanforderungen im Sinne von Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG genügt.
4.
4.1. Die Ausführungen in der Beschwerde unter dem Titel "Sachverhalt / Subsumtion" richten sich zu einem wesentlichen Teil gegen den Anklagesachverhalt (Beschwerde S. 29 - 32). Auf die vorstehenden Erwägungen kann verwiesen werden (vgl. E. 2.3).
4.2. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz in Bezug auf den Übergriff vom 23. Juli 1998 (Anklageziffer 1.1) und die Vorfälle ab November 2000 bis März 2001 (Anklageziffer 1.5) die "Konstruktion eines willkürlichen Zeitparadoxons" vor. Die Vorinstanz unterstreicht, dass in zeitlicher Hinsicht kleinere Ungereimtheiten bestehen. Auch verkennt sie den Zeitpunkt der in der Beschwerde zitierten zwei Arztkonsultationen im Juni 1998 nicht. Eine Willkürrüge, die eine einzelne vorinstanzliche Erwägung hervorhebt und sich nicht mit dem Beweisergebnis auseinandersetzt, genügt den Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist nicht einzutreten.
4.3. Die durch die Erstinstanz vorgenommene rechtliche Subsumtion unter die Tatbestände der Vergewaltigung, sexuellen Nötigung und Schändung wird von der Vorinstanz übernommen. Selbst wenn der Beschwerdeführer vorbringt, es sei "kein einziger Anklagepunkt rechtskonform vorgebracht [...] und beurteilt" worden, ist eine Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid, welche über eine Willkürrüge hinausgeht respektive nicht allein auf das Anklageprinzip abzielt, nicht erkennbar. Darauf ist nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG). Gleiches gilt, soweit in Bezug auf die Schuldsprüche der mehrfachen Vergewaltigung, mehrfachen versuchten Vergewaltigung und mehrfachen sexuellen Nötigung beanstandet wird, aus dem vorinstanzlichen Urteil gehe die genaue Anzahl der Übergriffe nicht hervor. Inwiefern der Beschwerdeführer, der die Strafzumessung nicht beanstandet, dadurch beschwert sein sollte, ist nicht ersichtlich.
5.
Die Beschwerde ist in Bezug auf die Anklageziffer 3.1 teilweise gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Die Parteien werden im Umfang ihres Unterliegens kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdeführer sind die Gerichtskosten im Umfang von Fr. 3'600.-- aufzuerlegen. Die Beschwerdegegnerinnen 2 - 4 stellten keine Anträge und beteiligten sich nicht am Verfahren, weshalb ihnen praxisgemäss keine Kosten aufzuerlegen sind. Dem Kanton Uri sind keine Verfahrenskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 4 BGG).
Der Kanton Uri hat als teilweise unterliegende Partei dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 300.-- zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Uri vom 12. Juli 2013 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten werden im Umfang von Fr. 3'600.-- dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Kanton Uri hat dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 300.-- zu bezahlen.
4. D ieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Denys
Der Gerichtsschreiber: Faga