Faits :
A.
A._ SA, dont le siège est à B._ (ci-après: la Société), est active dans le domaine de l'affrètement de navires transportant du pétrole. Elle exerce ses activités principalement à l'étranger. Comme elle tient sa comptabilité en dollars américains, elle convertit chaque année ses comptes en francs suisses, conformément aux exigences du droit comptable. Dans les comptes de pertes et profits qu'elle a annexés à ses déclarations fiscales pour les années 2003 et 2004, elle fait valoir une " perte de conversion " de 13'603'000 fr., respectivement de 12'386'000 fr.
B.
Dans les décisions de taxation des 25 et 27 juillet 2006 concernant l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) pour les périodes fiscales 2003 et 2004, l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration cantonale) a réintégré les pertes de conversion dans le bénéfice et le capital imposables de la Société. Les réclamations que l'intéressée a élevées contre ces décisions de taxation, concluant à l'annulation de ces reprises, ont été rejetées par l'Administration cantonale par décisions sur réclamation du 12 septembre 2006. Le 10 octobre 2006, la Société a interjeté recours contre ces décisions auprès de l'actuel Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Au cours de la procédure, l'Administration cantonale a reconnu qu'il convenait de tenir compte des pertes de conversion en relation avec l'impôt sur le capital et s'est engagée à rectifier en conséquence le montant du capital imposable de la Société pour les périodes fiscales litigieuses. Elle a conclu au rejet du recours pour le surplus, soit au maintien des reprises des pertes de conversion dans le bénéfice imposable.
Par arrêt du 1 er octobre 2009 publié au recueil officiel (ATF 136 II 88), le Tribunal fédéral a jugé que les pertes de conversion n'étaient pas déductibles du bénéfice d'une société.
Appliquant cette jurisprudence, le Tribunal administratif a, par jugement du 9 mai 2011, refusé à la Société le droit de déduire de ses bénéfices des périodes fiscales 2003 et 2004 les pertes de conversion qu'elle faisait valoir. Il a en conséquence rejeté le recours s'agissant de l'IFD, mais l'a partiellement admis s'agissant de l'ICC, donnant acte à l'Administration cantonale de ce qu'elle s'engageait à déduire les pertes de conversion des montants retenus jusqu'alors à titre de capital imposable.
Le 23 juin 2011, la Société a recouru auprès de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice), concluant à l'annulation du jugement du 9 mai 2011 du Tribunal administratif et à la rectification des bordereaux de taxation ICC et IFD 2003 et 2004. La Cour de justice a rejeté le recours par arrêt du 24 juin 2014.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 24 juin 2014 de la Cour de justice en tant qu'il l'a déboutée de ses conclusions tendant à la modification des taxations pour l'ICC 2003 et 2004 et à la prise en compte des éléments imposables tels qu'ils figurent dans les déclarations d'impôt pour l'ICC et l'IFD 2003 et 2004; d'annuler les bordereaux d'impôt ICC 2003 et 2004, d'ordonner à l'Administration cantonale et à l'Administration fédérale des contributions de prendre en compte la déduction des écarts de conversion des bénéfices des périodes fiscales 2003 et 2004 et de débouter dites administrations de toutes autres ou contraires conclusions.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions se sont déterminées sur le recours et ont conclu à son rejet. La recourante a déposé d'ultimes observations.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et points de procédure
1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt valant pour l'ICC, d'une part, et pour l'IFD, d'autre part, ce qui est admissible, dès lors que les questions juridiques à trancher sont réglées de la même façon pour ces deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262). La recourante a pris des conclusions qui concernent ces deux catégories, ce qui est conforme à la jurisprudence (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux arrêts sont rendus, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'ICC (2C_775/2014) et l'autre l'IFD (2C_776/2014). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2.
La décision attaquée est finale (art. 90 LTF), car le renvoi prononcé par le Tribunal administratif et confirmé par la Cour de justice dans l'arrêt attaqué ne laisse aucune marge de manoeuvre à l'Administration cantonale (ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148; 2C_585/2014 du 13 février 2015 consid. 2.3.1), et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14] pour ce qui concerne l'ICC). Au surplus, le recours a été déposé en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. b LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par la destinataire de la décision entreprise, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification et qui a de ce fait qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF).
Le recours est partant recevable, sous réserve des conclusions tendant à l'annulation des bordereaux de taxation ICC 2003 et 2004, irrecevables en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès de la Cour de justice (ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543).
3.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (cf. art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit alors, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser de manière claire et détaillée en quoi consiste la violation (cf. ATF 139 I 229 consid. 2.2 p. 232 et les références citées; 136 II 304 consid. 2.5 p. 314).
4.
L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal de céans (art. 99 al. 1 LTF).
Pour étayer son argumentation, la recourante a joint à son recours un avis de droit du Professeur C._, professeur de comptabilité à l'Université D._. La production d'expertises juridiques visant uniquement à renforcer et à développer le point de vue du recourant est admissible (arrêt 6B_584/2011 du 11 octobre 2012 consid. 1.21 non publié in ATF 139 IV 1, et les références citées), pour autant que ces pièces aient été déposées dans le délai de recours (arrêt 4A_190/2007 du 10 octobre 2007 consid. 5.1). L'avis de droit produit sera partant pris en considération.
II. Droit applicable
5.
Le présent recours a trait à l'imposition du bénéfice réalisé par la recourante pour les périodes fiscales 2003 et 2004. Était alors applicable le droit comptable du 18 décembre 1936 (ci-après : CO 1936), en particulier l'art. 960 CO 1936. Le Titre trente-deuxième révisé du Code des obligations, intitulé " De la comptabilité commerciale et de la présentation des comptes ", du 23 décembre 2011, est entré en vigueur le 1er janvier 2013 (RO 2012 6679; ci-après: CO 2011) et n'entre partant pas en ligne de compte en l'espèce.
Au plan fiscal, sont applicables la LIFD au niveau fédéral et, au niveau cantonal, la loi genevoise sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM; RSGE D 3 15).
III. Impôt fédéral direct
6.
Le litige concerne le traitement fiscal, au niveau de l'impôt sur le bénéfice, des pertes de conversion comptabilisées par la recourante pour les périodes fiscales 2003 et 2004. Celle-ci soutient que ces pertes sont déductibles, contrairement à ce qu'a retenu la Cour de justice, qui s'est principalement fondée sur l'ATF 136 II 88 précité.
6.1. Cet arrêt de principe peut être résumé comme suit:
Selon l'art. 960 al. 1 CO 1936, les articles de l'inventaire, du compte d'exploitation et du bilan sont exprimés en monnaie suisse. Cette disposition implique, pour une société qui a choisi de tenir ses comptes dans une monnaie étrangère en cours d'exercice (monnaie fonctionnelle), l'obligation d'opérer une conversion de ses états financiers en monnaie nationale (monnaie de présentation) en fin d'exercice (ATF 136 II 88 consid. 4.1 p. 94).
Constatant le silence du droit comptable suisse quant à la manière d'opérer cette conversion, le Tribunal fédéral a retenu qu'il convenait de s'inspirer sur ce point des normes internationales IFRS, selon lesquelles les actifs et passifs doivent être convertis au cours de clôture, les produits et charges aux dates des transactions, les écarts de change en résultant devant être comptabilisés en tant que composantes distinctes des capitaux propres sans être enregistrés au compte de résultat (ATF 136 II 88 consid. 4.3 à 4.5 p. 94 ss). Le droit comptable s'opposant ainsi à ce que les écarts de conversion soient enregistrés au compte de pertes et profits, le Tribunal fédéral a en conséquence écarté les griefs de violation du principe de l'autorité du bilan commercial (ou de déterminance) et des art. 57-58 LIFD, que faisait valoir la société recourante pour obtenir la déduction de la perte de conversion qu'elle invoquait (consid. 5.1 p. 97), ainsi que les reproches de violation des principes de prudence (consid. 5.3 p. 98 s.) et d'imparité (consid. 5.4 p. 99). Il a également constaté que le fait de ne pas prendre en compte les écarts de conversion dans la détermination du bénéfice imposable ne créait pas d'inégalité dans l'imposition (art. 8 Cst.) par rapport au traitement fiscal des opérations de change, car, contrairement à ces dernières - qui se rapportaient à des transactions commerciales donnant lieu à des gains et des pertes effectifs -, les écarts de conversion ne provenaient que de la transposition des états financiers de la monnaie fonctionnelle à la monnaie de présentation et ne traduisaient donc ni appauvrissement (en cas de perte) ni enrichissement (en cas de gain) d'une société. Le refus de prendre en considération les écarts de conversion ne constituait dès lors pas non plus une violation du principe d'imposition selon la capacité contributive consacré à l'art. 127 al. 2 Cst. (consid. 5.2 p. 97 s. et 5.5 p. 99).
6.2. Cette jurisprudence a été appliquée depuis lors (cf. arrêt 2C_509/2013 du 8 juin 2014 consid. 2.2.4).
7.
La recourante formule plusieurs griefs à l'encontre de l'arrêt attaqué.
7.1. Elle invoque d'abord une violation du principe de l'autorité du bilan commercial en droit fiscal, en particulier des art. 58 al. 1 let. a LIFD et 959 CO 1936.
Elle soutient en substance que c'est à tort que la Cour de justice s'est référée aux normes IFRS pour examiner le traitement comptable des écarts de conversion et que seules les normes du Manuel Suisse d'audit (MSA) et des Swiss GAAP RPC feraient autorité à cet égard. L'application du référent IFRS en l'espèce irait à l'encontre de l'ordre juridique suisse, le droit des obligations ne prévoyant pas de poste de fonds propres dans lequel ces écarts pourraient être comptabilisés sans transiter par le compte de résultat. Au surplus, la Cour de justice ne pouvait de toute manière pas se fonder sur les IFRS actuelles, en vigueur depuis 2005, alors que le litige concerne des écarts de conversion encourus en 2003 et 2004. Elle aurait dû se référer au MSA. La recourante sollicite enfin de la Cour de céans qu'elle examine si le traitement du présent recours suppose une application de l'art. 23 al. 2 LTF de manière à impliquer la Cour civile compétente du Tribunal fédéral.
7.2. La recourante reproche ensuite à la Cour de justice d'avoir refusé la déduction des pertes de conversion au motif qu'elles ne constituaient pas des dépenses justifiées par l'usage commercial au sens de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD. Cette approche, qui n'aurait pas été retenue par le Tribunal fédéral dans l'ATF 136 II 88, procéderait d'une mauvaise compréhension des normes IFRS. La Cour de justice aurait par ailleurs tiré de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD une norme fiscale correctrice, ce qui serait en l'espèce contraire à la systématique de la loi et au principe de l'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.).
7.3. Enfin, la recourante soutient que le refus de déduire une perte de conversion aboutit à une inégalité de traitement contraire au principe de la neutralité de l'impôt (art. 127 al. 2 Cst.) des sociétés qui tiennent leur comptabilité en monnaie fonctionnelle par rapport à celles qui ne font pas ce choix. Il consacrerait également une violation du principe d'imparité.
8.
En contestant l'arrêt attaqué, qui se fonde sur l'ATF 136 II 88, la recourante demande en réalité implicitement au Tribunal fédéral de procéder à un changement de cette jurisprudence pour admettre désormais la déductibilité des pertes de conversion.
Un changement de jurisprudence ne se justifie, en principe, que lorsque la nouvelle solution procède d'une meilleure compréhension de la ratio legis, repose sur des circonstances de fait modifiées ou répond à l'évolution des conceptions juridiques; sinon, la pratique en cours doit être maintenue. Un changement doit par conséquent reposer sur des motifs sérieux et objectifs qui, dans l'intérêt de la sécurité du droit, doivent être d'autant plus importants que la pratique considérée comme erronée, ou désormais inadaptée aux circonstances, est ancienne (ATF 139 V 307 consid. 6.1 p. 313; 138 III 270 consid. 2.2.2 p. 273; 138 III 359 consid. 6.1 p. 361; 136 III 6 consid. 3 p. 8).
9.
Avant de se prononcer sur les griefs formulés par la recourante, il y a lieu de relever ce qui suit au sujet de la jurisprudence établie dans l'ATF 136 II 88.
9.1. En premier lieu, la doctrine s'est largement exprimée sur cet arrêt.
9.1.1. Plusieurs auteurs l'ont critiqué. Ils lui reprochent principalement d'avoir pris en considération des normes internationales éloignées des principes du Code des obligations au détriment des règles différentes prévues dans le Manuel Suisse d'Audit (MSA) et d'avoir omis que ces normes IFRS ne sont contraignantes, dans l'Union européenne, que depuis 2005 et pour les bilans consolidés de sociétés cotées. Ils lui font également grief d'avoir résolu une question de droit privé sans avoir consulté la Cour civile compétente en la matière, comme l'aurait exigé l'art. 23 al. 2 LTF, d'avoir procédé à une entorse injustifiée au principe d'autorité du bilan commercial, d'avoir traité différemment les écarts de conversion par rapport aux gains et pertes de change en violation du principe d'égalité de traitement, de n'avoir pas respecté le principe d'imposition selon la capacité contributive et de s'être écarté sans motifs d'une ancienne jurisprudence (cf. Revaz/Bignens, in op. cit. p. 419 ss; Christoph Rechsteiner/Nicolas Scholl, Steuerliche Behandlung von Umrechnungsdifferenzen bein funktionaler Währung, in RF 65/2010 pp. 421 ss; Stefan Oesterhelt/Harold Grüninger, Steuerrechtliche Entwicklungen (insbesondere im Jahr 2009), in RSDA 2010 p. 48 ss; Marco Duss/Fabian Duss, Währungsdifferenzen aus Umrechnung bei Buchführung in Fremdwährung. Ein klarer Entscheid des Bundesgerichts stiftet Verwirrung, in EC 2010 p. 407 ss; Rolf Benz, Steuerliche Berücksichtigung von Währungsverlusten, in zsis) 2010, BestCase Nr. 8; Stephan Glanz/Dieter Pfaff, Zur Währungsumrechnung von Handels- und Steuerbilanz. Wieso das Bundesgericht den Steuerabzug von " Umrechnungsverlusten " untersagt, in RF 66/2011 p. 470 ss; Marie-Hélène Revaz/Alessia Schmid, Traitement fiscal des écarts de conversion. Un revirement de jurisprudence s'imposerait-il?, in EC 2011 p. 531 ss; Marie-Hélène Revaz/Nathalie Pellanda Gaud, Traitement fiscal des écarts de conversion. Le Tribunal fédéral a modifié sa jurisprudence!, in EC 2012 p. 475 ss; René Röthlisberger, Hat das Massgeblichkeitsprinzip ausgedient?, in Steuern und Recht - Steuerrecht!, Liber amicorum für Martin Zweifel, p. 84; Buchmann/Duss/Handschin, in op. cit., p. 831 ss; Neuhaus/Blättler, in op. cit., n° 6f et 6h ad art. 960 CO).
9.1.2. Plusieurs auteurs ont en revanche approuvé cet arrêt. Ainsi, Danon/Obrist sont d'avis que compte tenu de la convergence des objectifs des normes IFRS avec ceux du droit fiscal, qui tous deux cherchent à faire ressortir la réelle situation financière de l'entreprise, le référentiel IFRS peut servir d'outil d'interprétation lorsque, comme en l'espèce, la question n'est pas clairement réglée dans le droit comptable, ou dans le cadre de la mise en oeuvre de règles correctrices du droit fiscal telles que celles qui concernent la reprise de charges. Ils relèvent toutefois qu'une analyse fondée sur le principe de l'imposition selon la capacité contributive aurait suffi pour refuser la prise en compte des écarts de conversion dans la détermination du bénéfice imposable, dans la mesure où ces écarts ne font " manifestement " pas partie du résultat réellement obtenu par l'entreprise (Robert Danon/Thierry Obrist, La jurisprudence fiscale du Tribunal fédéral en 2009, in RJN 2009 p. 56, p. 58). Gani relève que la solution du Tribunal fédéral échappe à la critique, dans la mesure où elle est dictée par le principe de l'imposition selon la capacité contributive, les écarts de conversion n'ayant aucun impact sur le résultat effectif de l'entreprise (Raphaël Gani, Un quinquennat dans l'imposition directe des personnes morales (chronique de jurisprudence 2005-2009), in RDAF 2010 II 535, p. 560).
Parmi les auteurs qui approuvent le résultat de l'arrêt, certains critiquent toutefois la référence aux normes IFRS au détriment du Manuel suisse d'audit (MSA), notamment parce qu'elles ne sont pas fondées sur les mêmes principes que ceux du droit comptable suisse, dominé par le principe de prudence. S'ils sont d'avis que l'arrêt est contraire au droit comptable, ils approuvent toutefois son résultat sur la base d'un raisonnement purement fiscal, soit par le biais de l'application de la norme correctrice prévue à l'art. 58 al. 1 let. b LIFD: constatant, à la suite du Tribunal fédéral, qu'une perte de conversion ne constitue pas une véritable perte qui affecte la capacité contributive économique de la société, ils en déduisent qu'elle ne saurait constituer une charge justifiée par l'usage commercial au sens de cette disposition (Urs R. Behnisch/Andrea Opel, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahr 2009, in ZBJV 2010 p. 484 s.; René Matteotti/Michael Felber, Die bundesgerichtliche Rechtsprechung im Jahre 2009 zur Gewinnbesteuerung juristicher Personen, in Archives 79 pp. 755 et 758).
9.1.3. Finalement, un auteur salue la clarification apportée par cet arrêt au regard des diverses pratiques cantonales qui existaient en la matière, tout en relevant qu'il ne règle pas toutes les problématiques fiscales posées par les écarts de conversion et que, par ailleurs, la référence à une norme IFRS ne s'imposait pas de manière absolue (Martin Kocher, Fremdwährungsaspekte im schweizerischen Steuerrecht. Bedeutung, Umrechnung und Bewertung fremder Währungen im steuerlichen Einzelabschluss, in Archives 78 p. 477 s.).
9.1.4. La doctrine ne critique donc pas unanimement cet arrêt, mais est partagée quant au bien-fondé du refus d'admettre la déductibilité des pertes de conversion en matière d'impôt sur le bénéfice.
9.2. En deuxième lieu, l'ATF 136 II 88 a fait l'objet d'une analyse de la Conférence suisse des impôts, approuvée par son Comité le 15 février 2011. Il a donc été mis en oeuvre par les autorités fiscales suisses, qui en ont tiré un certain nombre de principes d'imposition.
9.3. En troisième et dernier lieu, l'ATF 136 II 88 n'a pas entraîné de réactions du législateur par l'adoption de dispositions fiscales qui en auraient modifié ou restreint la portée, comme tel a par exemple été le cas en matière de liquidation partielle indirecte avec l'adoption, par loi fédérale urgente du 23 juin 2006, des art. 20a et 205b LIFD et 7a LHID (RO 2006 4883; cf., sur ce point, l'arrêt 2C_906/2010 du 31 mai 2012 consid. 2.1 in fine et 2.2, in RDAF 2012 II 342), ou par l'approbation de motions déposées en vue de modifier la législation fiscale, comme cela s'est passé en relation avec l'ATF 138 II 32 du 2 décembre 2011, dans le but de définir de manière plus large que ne l'avait fait le Tribunal fédéral dans cet arrêt la notion d'immeuble agricole et sylvicole (motion Leo Müller du 14 mars 2012, adoptée par les Chambres les 16 septembre 2013 [BOCN 2013 1409] et 8 décembre 2014 [BOCE 2014 1211 s.]). En l'espèce, et comme l'ont du reste relevé la Cour de justice ainsi que l'Administration cantonale, la motion déposée le 22 décembre 2011 par le député Jacques Bourgeois dans le but de modifier la loi fiscale afin de prévoir la prise en compte des écarts de conversion dans la détermination du bénéfice imposable a au contraire été rejetée le 9 septembre 2013 par le Conseil national, conformément à la proposition du Conseil fédéral (cf. BOCN 2013 p. 1251 s.). On relèvera encore que la motion déposée le 26 septembre 2013 par le député Hans Kaufmann dans le même but que la motion Bourgeois, dont le Conseil fédéral a également proposé le rejet, a été classée par le Conseil national le 5 juin 2014, son auteur ayant quitté cette Chambre (cf. document consultable à l'adresse http://www.parlament.ch/f/suche/pages/ geschaefte.aspx?gesch_id=20133852). En ce qui concerne le droit comptable, le législateur n'a pas non plus introduit de dispositions relatives aux écarts de conversion dans le nouveau droit comptable de 2011, afin de modifier la portée de l'ATF 136 II 88 sur ce point. Ainsi, l'art. 958d al. 3 CO 2011 - qui prévoit que les comptes sont établis dans la monnaie nationale ou dans la monnaie la plus importante au regard des activités de l'entreprise et que s'ils ne sont pas établis dans la monnaie nationale, les contre-valeurs en monnaie nationale doivent aussi être indiquées, les cours de conversion utilisés étant mentionnés et éventuellement commentés dans l'annexe - autorise la présentation des comptes en monnaie fonctionnelle, sans présenter de méthode à appliquer pour obtenir les " contre-valeurs en monnaie nationale " (cf. aussi Fabio Dell'Anna/Thibaut de Haller/alain Graden, Monnaie fonctionnelle et de présentation. Aspects fiscaux au regard du nouveau droit comptable, in EC 2013 p. 840).
10.
Le premier grief de la recourante a trait à la violation du principe de l'autorité du bilan commercial en droit fiscal. Il est vrai qu'une partie de la doctrine a critiqué l'ATF 136 II 88 sous cet angle (cf. supra consid. 9.1.1 et 9.1.2). Cela étant, même si l'on devait tenir compte de ces critiques, l'application de la règle correctrice fiscale de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, interprétée à la lumière du principe de l'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.), conduit de toute manière au refus de reconnaître le caractère déductible des pertes de conversion, comme exposé ci-après (consid 11). Il n'y a donc pas lieu d'entrer plus avant sur ce volet du recours ni de se déterminer sur la nécessité de recourir à la procédure prévue par l'art. 23 LTF en l'espèce.
11.
Dans son deuxième grief (cf. consid. 7.2), la recourante soutient que la Cour de justice a violé les 58 al. 1 let. b LIFD et le principe de l'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.) en refusant la déduction des pertes de conversion invoquées.
11.1. De jurisprudence constante, et comme le rappelle également la recourante, il ressort des art. 57 et 58 LIFD que le droit fiscal renvoie au droit comptable pour déterminer le bénéfice net imposable et que les comptes établis conformément aux règles du droit comptable lient les autorités fiscales, à moins que des normes impératives du droit commercial ne soient violées ou que des normes fiscales correctrices ne l'exigent (principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance; cf. notamment ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.; 136 II 88 consid. 3.1 p. 92; 132 I 175 consid. 2.2 p. 177 s.; 119 Ib 111 consid. 2c p. 115). Contrairement à ce que semble soutenir la recourante, l'art. 58 al. 1 let. b LIFD constitue bien une règle fiscale correctrice (cf. arrêts 2C_508/2014 du 20 février 2015 consid. 5.3.1; 2C_911/2013 du 26 août 2014 consid. 6.1.1), comme l'a relevé la Cour de justice.
11.2. Il est vrai que, dans l'ATF 136 II 88, la Cour de céans a prioritairement développé une argumentation fondée sur l'existence d'une violation du droit comptable pour refuser la déduction des pertes de conversion, et qu'elle n'a pas expressément conduit de raisonnement en relation avec l'art. 58 al. 1 let. b LIFD et le caractère non justifié par l'usage commercial de ces pertes au sens de cette disposition. La présente affaire est dès lors l'occasion de préciser ce qui suit à cet égard:
L'ATF 136 II 88 a constaté que les pertes de conversion ne provenaient que de la transposition des comptes établis dans une monnaie fonctionnelle étrangère en monnaie suisse et qu'ils ne traduisaient donc ni un appauvrissement ni un enrichissement de la société qui se rapporterait à une transaction effective et qui, partant, influencerait sa capacité contributive (consid. 5.2 p. 97). Il a également retenu (cf. aussi consid. 5.2 p. 97), que le bénéfice net imposable devait correspondre à un enrichissement effectif de la société, dès lors que le propre du droit fiscal consistait à permettre de faire ressortir au mieux le résultat effectif et la réelle capacité contributive de l'entreprise. Cette position correspond à celle déjà exprimée dans la jurisprudence (cf. arrêt 2A.457/2001 du 4 mars 2002 consid. 34, in RF 57/2002, p. 567) et dans la doctrine (notamment Pierre-Marie Glauser, IFRS et droit fiscal, Les normes true and fair et le principe de déterminance en droit fiscal suisse actuel, Archives 74 p. 537 et les références citées; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, n° 85 ad art. 58 DBG; Robert Danon, in Commentaire romand de la LIFD, n° 62 ad art. 57-58 LIFD). L'art. 58 LIFD doit ainsi être interprété à la lumière du principe d'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.), duquel il découle que les pertes de conversion, qui ne constituent pas des pertes réellement encourues, ne sauraient être qualifiées de dépenses justifiées par l'usage commercial au sens de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD (cf. également en ce sens les auteurs cités sous consid. 9.1.2). La Cour de céans a d'ailleurs expressément évoqué cette approche dans l'arrêt 2C_509/2013 du 8 juin 2014, relevant le caractère non commercialement justifié et partant non déductible de la perte de conversion (consid. C).
Le grief tiré de la violation de l'art. 58 al. 1 let. b et du principe d'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.) est partant infondé. Au surplus, on ne discerne pas en quoi l'interprétation prétendument erronée du but des normes IFRS par la Cour de justice aurait une incidence sur l'application de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD. En effet, il ne s'agit plus, dans ce volet du litige, de l'application de règles comptables, mais de déterminer si, au regard de cette norme fiscale correctrice, une perte de conversion constitue une charge commercialement justifiée et partant déductible du bénéfice. Le grief est partant rejeté.
12.
La recourante fait encore valoir qu'en déniant aux pertes de conversion le caractère de charge justifiée par l'usage commercial au sens de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, l'arrêt attaqué aurait créé une inégalité de traitement contraire au " principe de la neutralité de l'impôt " (art. 127 al. 2 Cst.) entre les sociétés qui tiennent leur comptabilité en monnaie fonctionnelle et celles qui ne font pas ce choix et établissent leurs comptes en monnaie nationale. Une telle inégalité de traitement ne serait justifiée ni par le choix d'opérer en monnaie fonctionnelle, ni par une prétendue différence existant entre les pertes de change et les pertes de conversion. Selon la recourante, il n'existerait au contraire aucune différence entre ces deux types de pertes, si ce n'est une différence de présentation comptable. En effet, une société tenant ses comptes en monnaie fonctionnelle aurait " au final des écarts de conversion réalisés et non réalisés qui auraient été comptabilisés pour partie comme pertes de change et pour partie comme pertes de change non réalisées si elle tenait ses comptes en francs suisses ".
12.1. En droit fiscal, le principe d'égalité consacré à l'art. 8 al. 1 Cst. est concrétisé par les principes de l'universalité, de l'égalité de l'imposition et de la capacité économique figurant à l'art. 127 al. 2 Cst. (ATF 137 I 145 consid. 2.1 p. 147; 136 I 49 consid. 5.2 p. 60; arrêts 1C_586/2013 du 7 octobre 2014 consid. 4, in Archives 83 p. 304; 2C_77/2013 du 6 mai 2013 consid. 4.1, in StE 2013 B 44.12.3 Nr. 7). Selon le principe de l'égalité de l'imposition, les personnes dont les situations sont semblables doivent être imposées de la même manière. A l'inverse, de réelles différences dans les situations de fait doivent mener à des charges fiscales différentes (ATF 137 I 145 consid. 2.1 p. 147; 136 I 49 consid. 5.2 p. 60).
12.2. Les écarts de conversion n'apparaissent par définition et par nature que dans la comptabilité en monnaie de présentation (cf. Dell'Anna/de Haller/Graden, in op. cit., p. 837) et non pas déjà, comme l'indiquent certains auteurs (cf. Revaz/Bignens, in op. cit. p. 424), dans les comptes en monnaie fonctionnelle. Ainsi, les sociétés qui évoluent en monnaie fonctionnelle ne se trouvent pas dans la même situation de fait que celles qui tiennent leur comptabilité en monnaie nationale. Il ne peut partant y avoir de violation de l'égalité dans l'imposition dans le fait de refuser la déductibilité des pertes de conversion pour cette seule raison. Au contraire, admettre la déductibilité des pertes de conversion, soit de charges non pas réellement encourues, mais qui ne découlent que de la conversion des comptes en monnaie nationale, reviendrait à avantager de manière injustifiée les sociétés qui ont choisi d'évoluer en monnaie fonctionnelle au détriment de celles qui n'ont pas fait ce choix.
En outre, la recourante conduit son argumentation en se référant aux notions d'"écarts de conversion réalisés ", d'"écarts de conversion non réalisés " et de " pertes de change non réalisées ", soit des concepts qui n'apparaissent pas dans l'arrêt attaqué et qui ne ressortent pas non plus du Code des obligations, mais du MSA, dont la jurisprudence a pourtant retenu qu'il ne constituait qu'un ouvrage de doctrine dénué de valeur normative (ATF 136 II 88 consid. 4.4 p. 96 et les références jurisprudentielles citées). Les tableaux qu'elle présente à l'appui de son argumentation dans son mémoire de recours et dans ses observations ne peuvent donc pas être admis tels quels.
Finalement et surtout, la recourante rediscute ici des questions qui ont déjà été tranchées par la Cour de céans dans l'ATF 136 II 88, à savoir que les pertes de change ne sont pas de même nature que les pertes de conversion (consid. 5.2 p. 97) et que le refus d'admettre la déductibilité des pertes de conversion n'entraîne pas d'inégalité dans l'imposition (cf. consid. 5.5 p. 99).
Pour ces raisons, le grief de violation du principe d'égalité dans l'imposition doit être rejeté.
12.3. Concernant finalement le grief de violation du principe d'imparité, la recourante remet, une fois encore, en question un point qui a déjà été tranché dans l'ATF 136 II 88 (consid. 5.4 p. 99). Son argumentation, fondée sur la méthode de traitement comptable préconisée par le MSA, n'est pas de nature à entraîner une modification de la jurisprudence sur ce point.
13.
Les considérants qui précèdent conduisent au constat qu'il n'existe aucun motif de nature à remettre en cause la solution retenue par le Tribunal fédéral dans l'ATF 136 II 88. L'arrêt attaqué doit donc être confirmé et le recours rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, en ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2003 et 2004.
IV. Impôt cantonal et communal
14.
Selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. L'art. 12, en particulier 12 let. a et d LIPM, qui correspond sur ce point à l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD, est conforme à la loi sur l'harmonisation fiscale (cf. arrêt 2C_985/2012 du 4 avril 2014 consid. 4). Les principes juridiques précités trouvent ainsi leur parallèle en matière d'impôt cantonal et communal (cf. ATF 140 II 88 consid. 10 p. 101 et les références citées; Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, 2002, n° 9 ss ad art. 24 LHID). Partant, il y a lieu de renvoyer aux considérants développés en relation avec l'impôt fédéral direct, ce qui implique le rejet du recours également pour ce qui concerne l'impôt cantonal et communal 2003 et 2004, dans la mesure de sa recevabilité.
L'impôt sur le capital n'étant pas objet du litige, il n'y a pas lieu d'examiner cette question.
V. Frais et dépens
15.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_775/2014 et 2C_776/2014 sont jointes.
2.
Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2003 et 2004.
3.
Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2003 et 2004.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 31 août 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
La Greffière : Vuadens