Faits:
A. A._ est décédé le 6 décembre 2005, laissant comme héritiers légaux ses deux enfants, B._ et C._, ainsi que deux petits-enfants issus d'un fils prédécédé, E._ et D._.
Par testament du 4 décembre 2000, A._ avait prévu l'attribution à ses héritiers de diverses parts successorales, une substitution fidéicommissaire réduite au solde grevant toute la part de E._ en faveur de B._ et C._ et la désignation de Me Z._ en qualité d'exécuteur testamentaire. Selon une règle de partage inclue dans le testament, la part de 3/8èmes de E._ devait comprendre certains biens immobiliers définis ainsi qu'une charge qui interdisait aux héritiers de vendre ces immeubles pour une durée de vingt ans dès le décès de A._.
B. L'exécuteur testamentaire ayant renoncé à son mandat, la Justice de paix a, le 12 juillet 2007, désigné Me G._ comme représentant de la communauté héréditaire au sens de l'art. 602 al. 3 CC avec pour mission la gestion conservatoire de la succession.
C. Par jugement du 13 septembre 2007, le Tribunal de première instance a partiellement admis l'action en nullité et en réduction formée par B._, C._ et D._ contre E._ relativement au testament. Il a annulé la charge qui instituait une interdiction de disposer des immeubles pendant vingt ans et a rejeté les conclusions des demandeurs pour le surplus, en particulier en tant qu'ils demandaient l'annulation de la règle de partage.
Par courrier du 4 octobre 2007, le représentant de la communauté héréditaire a proposé aux héritiers de vendre les immeubles par voie d'enchères publiques et de partager ensuite le disponible selon les quotes-parts fixées dans le testament. Il leur demandait également de prendre position quant à un partage immédiat des liquidités déjà disponibles sur les comptes bancaires au prorata des droits des héritiers.
Le conseil de E._ a suggéré que la répartition porte sur les 75% des liquidités actuellement disponibles, les 25% devant servir de provision générale pour les frais à venir.
Par courrier du 11 octobre 2007, le conseil de B._, C._ et D._ a indiqué que ses clients étaient d'accord avec l'abandon de toute règle de partage, la vente par voie d'enchères publiques des immeubles, sous réserve des voeux de E._ concernant l'attribution d'un immeuble, et la distribution d'une partie du disponible dans les proportions fixées par le testament.
D. Le 27 octobre 2007, E._ est décédé. Ses héritiers ont répudié la succession.
E. Par courrier du 10 décembre 2007, Me G._ a informé la Justice de paix qu'il y avait 400'000 fr. de liquidités sur le compte bancaire de feu A._ auprès d'UBS SA ainsi que des régies (fonds propres au décès et revenus depuis le décès confondus). Il proposait de garder 100'000 fr. de liquidités pour payer les passifs courants de la succession de A._ et de verser aux héritiers de celui-ci le montant de 300'000 fr. au prorata de leurs parts, à l'exception des 3/8èmes (112'500 fr.) revenant à E._ qui resteraient bloqués en faveur de la succession de celui-ci.
La Justice de paix a donné son accord le 21 décembre 2007 et les avances ont été versées aux héritiers, à l'exception de celle due à feu E._.
F. Le 29 octobre 2008, l'Office des faillites chargé de liquider la succession de E._ a demandé à Me G._ de lui verser "les liquidités" de la succession de feu A._, se prévalant d'un droit de la succession à hauteur de 3/8èmes.
A la suite de l'opposition de B._ et C._, Me G._ a informé l'Office des faillites qu'il ne pouvait donner suite à sa demande.
Le 21 novembre 2008, l'Office des faillites a maintenu ses prétentions en se prévalant d'un accord survenu le 11 octobre 2007 (cf. let. C) entre les héritiers sur le partage des liquidités de la succession de A._.
G. Le 10 décembre 2008, le représentant de la communauté héréditaire a soumis la demande de l'Office des faillites à la Justice de paix, sollicitant une décision à ce sujet.
Celle-ci lui a ordonné, le 16 décembre suivant, de verser à l'Office des faillites les fonds réclamés.
B._ et C._ ont recouru contre cette décision. Relevant qu'elle ne précisait pas les montants dus, ils se sont opposés au versement soit de la part de 3/8èmes des liquidités disponibles, soit des revenus de la part de 3/8èmes courant depuis le décès de A._ jusqu'à celui de son petit-fils. Statuant sur recours, la Cour de justice a, le 27 octobre 2009, annulé la décision de la Justice de paix.
H. Le 30 novembre 2009, la masse en faillite de la succession de feu E._ a formé un recours en matière civile contre cette décision, dont elle demande l'annulation. Elle conclut principalement au versement par Me G._ de la part qui aurait dû revenir à E._ à la suite de l'accord survenu le 11 octobre 2007, qu'elle chiffre à 112'500 fr. avec intérêts à 5 % dès le 5 janvier 2008. A titre subsidiaire, elle réduit cette conclusion au paiement de 52'666 fr. 32 avec intérêts à 5 % dès le 17 décembre 2008, cette somme correspondant selon elle à la part des revenus de E._ dans la succession de son grand-père pour la période du 6 décembre 2005 (décès de A._) au 27 octobre 2007 (décès de E._).
Par ordonnance du 2 décembre 2009, la requête d'effet suspensif présentée par la recourante a été rejetée.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée est une décision finale (art. 90 LTF) rendue par l'autorité de surveillance d'un représentant successoral (art. 72 al. 2 let. b ch. 5 LTF par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), dans une affaire non pécuniaire (art. 74 al. 1 let. b LTF). La recourante a qualité pour recourir, car elle a pris part à la procédure devant l'autorité cantonale et a un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (art. 76 al. 1 LTF).
2. La Cour de justice a annulé la décision de la Justice de paix sur la base d'une double motivation. Dans la première, elle a estimé que, contrairement à ce que prétendait l'office des faillites, les héritiers n'étaient pas parvenus à un accord sur un partage partiel, portant sur les liquidités de la succession. Dans la seconde motivation, elle a observé que le litige impliquait la résolution de questions de droit matériel relatives aux effets de la substitution fidéicommissaire en ce qui concerne le passif de la succession de feu E._. La recourante prétend en effet qu'en raison de la substitution fidéicommissaire, les dettes de la succession de feu E._ doivent être réglées et les intimés ne pourront revendiquer qu'ensuite le solde éventuellement disponible. De leur côté, les intimés sont d'avis qu'ils ne sont pas tenus de ces dettes sur le patrimoine qui leur échoit en vertu de la substitution fidéicommissaire. Les juges cantonaux ont considéré que, dès lors que des questions de droit matériel devaient être résolues, le litige relevait du juge civil et non de l'autorité de surveillance qui avait outrepassé ses compétences.
Se conformant à l'exigence de recevabilité posée par la jurisprudence (ATF 133 IV 119 consid. 6.3), la recourante a attaqué chacune de ces deux motivations alternatives. Elle fait valoir d'une part que les héritiers étaient parvenus à un accord partiel sur le partage et, d'autre part, elle conteste l'existence de problèmes de droit matériel qui ressortiraient à la compétence du juge civil.
3. La recourante estime que la Justice de paix était compétente pour prendre la décision querellée. Selon elle, les questions de droit matériel ont surgi uniquement parce que les intimés sont revenus sur l'accord du 11 octobre 2007 pour s'opposer à la demande de l'Office des faillites.
3.1 L'autorité de surveillance du représentant de la communauté héréditaire peut, sur requête du représentant lui-même, donner à celui-ci des instructions ou ordonner des mesures (PAUL PIOTET, Droit successoral, Traité de droit privé suisse, IV, 1975, p. 141 et 595; CAROLINE SCHULER-BUCHE, L'exécuteur testamentaire, l'administrateur officiel et le liquidateur officiel, 2003, p. 131; Peter C. Schaufelberger, Commentaire bâlois, 3ème éd., n. 52 ad art. 602 CC; JEAN-NICOLAS DRUEY, Grundriss des Erbrechts, 5ème éd., 2002, § 14 n. 46 et 49). Les instructions ou mesures ordonnées sont d'ordre administratives et découlent du droit de contrôle de l'autorité (ATF 90 II 376 consid. 3 p. 384). L'autorité de surveillance ne peut en particulier statuer sur les questions de droit matériel qui règlent de manière définitive et durable une question de droit civil intéressant la succession; de telles questions relèvent de la compétence du juge civil (arrêt 5P.166/2004 du 24 juin 2004 consid. 2.2; Caroline Schuler-Buche, op. cit. p. 131 et les réf. citées).
3.2 En l'espèce, par sa décision du 16 décembre 2008, le Juge de paix a ordonné au représentant de la communauté héréditaire de procéder au partage en versant à la recourante les 3/8èmes des liquidités de la succession de feu A._. Les intimés s'étaient opposés à ce versement à la fois pour des motifs liés aux effets de la substitution fidéicommissaire et à l'existence d'un accord partiel sur le partage. L'autorité de surveillance a ainsi tranché des questions de droit matériel portant sur la titularité des montants réclamés, empiétant sur le domaine de compétence du juge civil. Dans ces conditions, sa décision ne pouvait être maintenue. Il appartiendra par conséquent à la partie la plus diligente de saisir le juge civil.
3.3 Cette motivation résistant à l'examen, il est superflu de discuter de la première motivation fondée sur l'inexistence d'un accord de partage (cf. consid. 2 supra).
4. En conclusion, le recours apparaît mal fondé et doit être rejeté. La recourante supportera par conséquent les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF). ll n'est pas alloué de dépens, les intimés n'ayant pas été invités à se déterminer (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 26 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet