Faits:
A. Par acte authentique du 7 février 2002, un droit de superficie distinct et permanent, feuillet no ** de la Commune de D._, a été constitué sur l'immeuble faisant l'objet du feuillet no *** de cette même commune, propriété de la Commune bourgeoise de X._. Ce droit de superficie, conféré à E._, comporte la ferme no 24 et la loge à bétail no 24A du domaine "F._". Par décision du 25 mars 2002, le Préfet du district de Y._ (ci-après: le Préfet) a autorisé cette acquisition au regard du droit foncier rural. Le 17 octobre 2002, un bail à ferme agricole portant sur la parcelle no *** a été conclu entre la Commune bourgeoise de X._ et E._, avec effet rétroactif au 1er janvier 2002.
A la suite du décès du fermier superficiaire, ses héritières, dont B._ et C._, sont devenues propriétaires de l'immeuble no ** par succession. En cette qualité, elles ont conclu un bail à ferme portant sur cet immeuble avec A._ pour une période allant du 1er mai 2006 au 30 avril 2007. La commune en a fait de même, s'agissant de l'immeuble no ***; ce deuxième bail précise que "le présent bail à terme fixe est lié au bail à ferme du droit de superficie feuillet no ** de D._ conclu pour 1 année également". Les 28 et 30 novembre 2006, les héritières ont vendu l'immeuble faisant l'objet du feuillet no ** à A._. Reconnaissant le statut d'exploitant à titre personnel de A._, le Préfet a autorisé ce transfert, par décision du 15 janvier 2007. L'intéressé exploite ainsi le domaine "F._" consacré à l'élevage de bétail et à la production de lait. Le domaine comprend également une auberge de montagne, dont A._ a confié la gestion à des tiers.
Le 9 mars 2007, la Commune bourgeoise de X._ a, d'une part, exercé son droit de préemption sur l'immeuble du feuillet no ** et, d'autre part, informé A._ qu'elle ne reconduirait pas le bail à ferme sur l'immeuble no ***.
Par décision du 4 avril 2007, le Préfet a refusé d'accorder, à la Commune bourgeoise de X._, l'autorisation d'acquérir le droit de superficie, feuillet no ** de la Commune de D._, à charge du bien-fonds no ***. Le 19 novembre 2007, la Direction de l'économie publique du canton de Berne (ci-après: la Direction de l'économie publique) a rejeté le recours de ladite commune à l'encontre de la décision du 4 avril 2007.
B. Le Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de la Commune bourgeoise de X._, par arrêt du 17 mai 2011. Il a en substance considéré que ladite commune ne remplissait pas la condition du droit foncier rural voulant que l'acquéreur doit être exploitant à titre personnel et qu'elle ne pouvait justifier d'aucun juste motif permettant de déroger à cette exigence, son droit de préemption ne constituant pas un tel motif. Dès lors, c'était à bon droit que l'autorisation d'acquérir le droit de superficie lui avait été refusée.
C. Par recours en matière civile, la Commune bourgeoise de X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 17 mai 2011 et de lui accorder l'autorisation d'acquérir l'immeuble du feuillet no **, tout en l'assortissant d'une charge l'obligeant à céder le bien-fonds à un exploitant à titre personnel dans un délai de six mois dès réception de l'autorisation.
Le Tribunal administratif estime que la voie de droit ouverte est celle du recours en matière de droit public et conclut au rejet du recours. Le Préfet de Y._, ainsi que A._, B._ et C._ demandent également le rejet du recours, la Direction de l'économie publique ayant, pour sa part, renoncé à se déterminer. L'Office fédéral de la justice a déclaré ne pas avoir d'observations particulières à formuler.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué, fondé sur le droit public, soit sur la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11) peut être entrepris par la voie du recours en matière de droit public en vertu de l'art. 82 let. a LTF, aucune des exceptions de l'art. 83 LTF n'y faisant obstacle. Depuis le 1er septembre 2008, l'art. 89 LDFR prévoit d'ailleurs expressément cette voie de droit contre les décisions sur recours prises par les autorités cantonales de dernière instance.
La Commune bourgeoise de X._ est, en l'espèce, touchée dans son patrimoine comme un particulier (ATF 136 II 383 consid. 2.3 et 2.4 p. 385 ss et les arrêts cités), de sorte que la qualité pour recourir doit lui être reconnue en application de l'art. 89 al. 1 LTF.
Au surplus, dirigé contre une décision rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF) et déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
La désignation erronée de la voie de recours (recours en matière civile) ne saurait nuire à la recourante, les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte étant remplies (ATF 135 III 441 consid. 3.3 p. 444).
2. Est en cause le droit de préemption légal de la recourante sur un immeuble agricole.
2.1 Selon l'art. 682 al. 2 CC, le propriétaire d'un fonds grevé d'un droit de superficie distinct et permanent a un droit de préemption légal contre tout acquéreur du droit de superficie. Sous l'intitulé "Restrictions de la propriété foncière", l'art. 682a CC prévoit que les droits de préemption sur les entreprises et les immeubles agricoles sont en outre régis par la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural.
2.2 Celui qui entend acquérir une entreprise ou un immeuble agricole doit obtenir une autorisation; l'autorisation est accordée lorsqu'il n'existe aucun motif de refus; sont des acquisitions, le transfert de la propriété, ainsi que tout autre acte juridique équivalant économiquement à un transfert de la propriété (art. 61 LDFR). Selon l'art. 63 al. 1 let. a LDFR, l'acquisition agricole est refusée lorsque l'acquéreur n'est pas exploitant à titre personnel (sur cette notion cf. art. 9 al. 1 LDFR). L'art. 64 LDFR prévoit des exceptions et permet d'octroyer une autorisation à un acquéreur qui n'est pas personnellement exploitant s'il prouve qu'il existe un juste motif pour ce faire; cette disposition donne des exemples ou tel est, notamment, le cas.
3. 3.1 La recourante se plaint d'une violation du droit fédéral. Elle fait valoir son droit de préemption sur le droit de superficie (art. 682 al. 2 CC) en cause. Elle admet que l'art. 682a CC réserve l'application de la LDFR pour les droits de préemption sur les entreprises et les immeubles agricoles. Elle estime, cependant, dans la mesure où la LDFR ne régit pas expressément le droit de préemption du propriétaire en matière de droit de superficie, que cette loi serait lacunaire, de sorte que son droit de préemption s'appliquerait sans réserve et sans autre condition, même en droit foncier rural.
3.2 Le Message du 19 octobre 1988 à l'appui des projets de loi fédérale sur le droit foncier rural (LDFR) et de loi fédérale sur la révision partielle du code civil (droits réels immobiliers) et du code des obligations (vente d'immeubles) mentionne que la LDFR est une loi spéciale, ce qui signifie que le code civil et le code des obligations ne sont applicables que là où cette loi ne contient pas de solution divergente (FF 1988 III 903 ch. 211.2, 1003 ss ch. 226.2) et relève les fréquents renvois à l'application subsidiaire du code civil (art. 619, 654a, 682a et 798a CC) et du code des obligations (art. 218 CO). Le Message souligne, en outre, que l'application subsidiaire du code civil et du code des obligations n'est pas une simple formalité: s'il arrive qu'un conflit non réglé par le droit foncier rural requiert une solution spécifique de droit agraire, une décision judiciaire conforme au droit foncier rural doit se substituer au code civil et au code des obligations (FF 1988 III 1004 ch. 226.2).
3.3 La LDFR contient des dispositions relevant tant du droit civil que du droit public. La procédure d'autorisation d'acquérir des art. 61 ss LDFR règle les conditions à remplir pour devenir propriétaire d'un immeuble ou d'une entreprise agricole. La LDFR prévoit, à cet égard, le principe de l'autorisation pour toute acquisition d'entreprise ou immeuble agricole, à savoir tout transfert de la propriété. Fait donc partie de ces transferts l'exercice d'un droit de préemption, sous réserve des exceptions prévues à l'art. 62 let. b et c LDFR, soit les droits de préemption accordés aux parents (art. 42 ss LDFR) et aux propriétaires communs (art. 49 LDFR). Ainsi, l'exercice d'un droit de préemption légal conduisant à un transfert de propriété est sujet à autorisation (CAROLINE EMERY, Le droit de préemption en droit foncier rural, 2005, ch. 609 p. 231; CHRISTOPH BANDLI/BEAT STALDER, in: Das bäuerliche Bodenrecht, Kommentar zum Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1992, 2e éd., no 6 ad art. 64 LDFR p. 856) et relève du champ de réglementation des normes de droit public de la LDFR. Ceci est d'ailleurs confirmé par l'art. 62 let. d LDFR a contrario: cette disposition dispense d'autorisation l'acquisition faite par l'exercice d'un droit légal d'emption ou de réméré; elle ne cite pas le droit de préemption, ce qui signifie que l'exercice de ce droit est soumis à la procédure d'autorisation d'acquisition (BEAT STALDER, in: Das bäuerliche Bodenrecht, op. cit., no 19 ad art. 62 LDFR p. 830). Il est, dès lors, vain de prétendre que le propriétaire jouirait d'un droit absolu à exercer son droit de préemption en cas de cession du droit de superficie en marge de la procédure d'autorisation de la LDFR. Une telle solution irait, de plus, à l'encontre de la volonté du législateur qui a clairement voulu que le droit civil cède le pas sur le droit foncier rural (cf. consid. 3.2). Est, dès lors, seul déterminant, le fait que le bien-fonds sur lequel le droit distinct et permanent est érigé est de nature agricole (cf. ZBGR 92 2011 394, 2C_562/2009). A partir de cette constatation, tous les transferts relatifs à ce droit relèvent du champ d'application de la LDFR et donc de sa procédure d'autorisation d'acquérir, sous réserve des exceptions légales. En conséquence, les différents arguments de la recourante sont dénués de pertinence.
Compte tenu de ce qui précède, le grief doit être rejeté.
4. 4.1 Admettant qu'elle ne revêt pas la qualité d'exploitant à titre personnel, la recourante estime toutefois pouvoir bénéficier de la formulation large de l'art 64 al. 1 LDFR qui ne définit pas de manière exhaustive les exceptions au principe de l'exploitant à titre personnel. Elle estime qu'il serait opportun de lui permettre, en tant que propriétaire du fonds, de confier à des tiers exploitants à titre personnel tant le restaurant "F._" que les terrains agricoles, par le biais de contrats couplés de bail à ferme et de gestion du restaurant. Ceci permettrait de mettre un terme à la situation actuelle dans laquelle l'exploitant à titre personnel ne gère pas lui-même le restaurant et n'y habite pas.
4.2 Le but de l'assujettissement à autorisation est de garantir que le transfert de propriété corresponde aux objectifs du droit foncier rural, au premier rang desquels figure la concrétisation du principe de l'exploitation à titre personnel (ATF 133 III 562 consid. 4.3 p. 564, 132 III 658 consid. 3.3.1 p. 659). C'est ainsi que l'autorisation doit en principe être refusée notamment lorsque l'acquéreur n'est pas exploitant à titre personnel (art. 63 al. 1 let. a LDFR). L'art. 64 al. 1 LDFR contient néanmoins, d'une part, aux lettres a à g un catalogue non exhaustif d'exceptions au principe de l'exploitation à titre personnel et, d'autre part, une clause générale de "juste motif" fondant l'octroi d'une autorisation. Il s'agit là d'une notion juridique indéterminée, qui doit être concrétisée en tenant compte des circonstances du cas particulier et des objectifs de politique agricole du droit foncier rural. Le juste motif peut être réalisé dans la personne du (ou des) acquéreur(s) ou dans les circonstances objectives du cas d'espèce (ATF 133 III 562 consid. 4.4.1 p. 565). La possibilité de mettre les biens-fonds en bail à ferme agricole au bénéfice d'un tiers exploitant à titre personnel ne permet pas de justifier une dérogation au principe de l'exploitant à titre personnel (RNRF 85/2004 46 = RDAF 2004 I 846, 5A.22/2002).
4.3 On ne discerne pas, dans l'argumentation de la recourante (consid. 4.1), ce qui justifierait de créer une dérogation au principe de l'exploitation à titre personnel en sa faveur. Sans compter qu'il n'est pas contesté que tant le bien-fonds no *** que le droit de superficie no ** sont en mains d'un exploitant à titre personnel dont le statut n'est plus contestable. En effet, la qualité d'exploitant à titre personnel de A._ a été constatée dans le cadre de l'autorisation d'acquérir du 15 janvier 2007, décision entrée en force. Dès lors, les considérations ayant trait à celui-ci, son exploitation ou sa façon de la gérer sont dénuées de pertinence. En outre, le Tribunal administratif a relevé, sans que cela soit contesté, que la restauration de montagne en général, et donc "F._", est une activité accessoire non agricole et n'a aucune utilité pour l'agriculture.
Finalement, la recourante invoque à nouveau la primauté du droit civil sur la LDFR. A cet égard, on peut relever qu'un droit de préemption, suivant les circonstances, serait susceptible de constituer un juste motif au sens de l'art. 64 LDFR (BEAT STALDER/CHRISTOPH BANDLI, op. cit., no 6 ad art. 64 LDFR p. 856). Tel pourrait être le cas en présence d'un acquéreur potentiel n'étant pas exploitant à titre personnel. Toutefois, en l'espèce, A._, exploitant à titre personnel qui a obtenu l'autorisation d'acquérir, empêche la réalisation de cette condition.
En conclusion, il n'existe pas de justes motifs, au sens de l'art. 64 al. 1 LDFR, à faire abstraction du principe de l'exploitant à titre personnel et d'autoriser la Commune bourgeoise à acquérir le droit distinct et permanent, feuillet no **, même pour le remettre en bail à ferme à un autre exploitant à titre personnel.
Il faut encore mentionner que c'est à juste titre que la recourante n'invoque pas le bénéfice de l'art. 65 LDFR.
Le second grief doit donc également être rejeté. Il est toutefois relevé qu'aucun grief n'a été articulé s'agissant de la soumission de principe du restaurant "F._" situé en zone agricole au régime de la LDFR et que le Tribunal fédéral n'a pas à s'en saisir d'office, ce d'autant moins que les constatations de fait portant sur cette problématique sont pour le moins sommaires.
5. Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public, doit être rejeté.
Succombant, la recourante, agissant dans la gestion de son patrimoine privé, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Les intimés, représentés par un même avocat, ont droit à des dépens (art. 68 al. 2 LDFR).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer à A._, B._ et C._ à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à celui des intimés, au Préfet du district de Y._, à la Direction de l'économie publique et au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 1er février 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Kurtoglu-Jolidon