Faits:
A. Par jugement du 11 juillet 2011, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._ pour blanchiment d'argent et infraction grave à la loi fédérale sur les stupéfiants à une peine privative de liberté de cinq ans et demi, sous déduction de 278 jours de détention provisoire, l'a maintenue sous détention pour motifs de sûreté, a dit qu'elle était débitrice de l'Etat de Vaud d'une somme de 11'650 francs à titre de créance compensatrice, a confisqué les sommes saisies et dit que celles-ci étaient dévolues à l'Etat.
B. Statuant sur appel de la condamnée, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a confirmé cette décision par jugement du 23 novembre 2011, se fondant sur les principaux éléments de fait suivants.
B.a Entre les mois d'août et septembre 2010, X._ a transporté à trois reprises, à la demande de son amie A._, de l'argent de Bâle à Amsterdam, où cette dernière vivait avec un dénommé B._, qui est un trafiquant international de stupéfiants. Elle s'est vue successivement confier les sommes de 9'000 francs, puis 15'000 francs et enfin 28'000 francs, qu'elle livrait à son amie dans les jours qui suivaient, voir le jour même. X._ a obtenu, à titre de rémunération et de remboursement de ses frais de voyage, les sommes de, respectivement, 850 francs, 1'200 francs, 1'500 francs et 1'200 francs.
B.b A l'occasion de son dernier déplacement à Amsterdam, A._ a confié à X._ une brique de jus de fruit qu'elle devait donner à celui qui lui avait remis l'argent à Bâle. Celle-ci contenait de la cocaïne, conditionnée sous la forme de 45 "doigts", dont le poids total était de 450 grammes, ce que X._ ignorait. L'ayant appris par la suite, elle s'est néanmoins déclarée prête à effectuer un nouveau transport.
Elle s'est ainsi rendue à Amsterdam où elle a reçu une nouvelle brique de jus de fruit contenant entre 500 et 600 grammes de cocaïne. Après avoir reçu 350 francs pour ses frais, elle s'est rendue à Bâle où elle a remis la marchandise à son destinataire contre paiement d'une somme de 1'200 francs. Quelques jours plus tard, elle a effectué un nouveau transport de 650 grammes de cocaïne entre Amsterdam et Berne pour lequel elle a obtenu 1'500 francs, en sus du montant de 350 francs pour ses frais.
B.c Le 3 octobre 2010, X._ a rencontré A._ et le dénommé B._ à Bâle. Conformément à leurs instructions, elle est allée à Vevey où elle a reçu de la part d'un certain C._ la somme de 38'000 francs, qu'elle a remis le soir même à ses commanditaires, en contrepartie de quoi, elle a reçu 1'500 francs. Deux ou trois jours plus tard, elle s'est rendue à Amsterdam, où elle a pris livraison d'une brique de jus de fruit contenant une quantité indéterminée de cocaïne qu'elle a livrée à Bâle. Deux jours plus tard, elle est repartie à Amsterdam. Elle y a reçu 1'000 francs ainsi qu'une nouvelle brique de jus de fruit qu'elle a remise à son destinataire à Berne le 7 octobre 2010. A cette occasion, de la cocaïne dans un sachet lui a été confiée afin qu'elle la remette à C._ à Vevey. Pour ce transport, elle a obtenu 1'000 francs de la part de ce dernier. X._ a été interpellée à la sortie de l'appartement de celui-ci. A l'intérieur, deux sachets de cocaïne contenant 455 et 470 grammes de drogue présentant un taux de pureté moyen de 33,4% ont été découverts.
B.d Au total, entre le 1er août et le 7 octobre 2010, X._ a livré 90'000 francs au dénommé B._. Elle a en outre importé d'Amsterdam en Suisse 2,525 kilos de cocaïne et, à une occasion, une quantité indéterminée. Elle a perçu 11'650 francs à titre de rémunération et de remboursement de ses frais.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 23 novembre 2011. Elle conclut à la réduction de la peine qui lui a été infligée dans une mesure compatible avec le sursis partiel, lequel devait lui être accordé et, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. La recourante fait valoir que des éléments déterminants pour l'évaluation de sa culpabilité n'ont pas été retenus ou qu'ils ont été appréciés arbitrairement (art. 9 Cst.).
1.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Le recourant ne peut critiquer la constatation de faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (sur cette notion, cf. ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 58 consid. 4.1.2 p. 62), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La violation peut consister en un état de fait incomplet car l'autorité précédente viole le droit matériel en n'établissant pas tous les faits pertinents pour l'application de celui-ci (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). Il appartient au recourant de démontrer l'arbitraire par une argumentation répondant aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3).
1.2 La recourante fait valoir que la décision entreprise retient qu'elle a importé en Suisse une quantité de 2,525 kilos de cocaïne mais que, si elle évoque le taux de pureté de la drogue saisie, elle ne semble pas en tenir compte dans la fixation de la peine. Seules des "quantités importantes" sont évoquées sans que l'on sache si c'est une quantité brute ou pure de drogue qui a été retenue. Les faits retenus sont ainsi imprécis.
La recourante ne conteste ni la quantité totale de 2,525 kilos de cocaïne importée, ni le taux de pureté de 33,4% de la drogue analysée qui figure dans la décision attaquée. La quantité de cocaïne pure importée, arrêtée à 843,35 grammes dans le jugement de première instance, n'a pas été critiquée devant les juges d'appel. Ces derniers n'ont ainsi pas procédé à une nouvelle appréciation des faits de la cause, mais se sont limités à répondre aux griefs soulevés par la recourante devant eux, en renvoyant pour le surplus aux faits non contestés. Les faits retenus ne sont ainsi pas imprécis ou incomplets sur ce point. Il ne peut dès lors être considéré qu'en fixant la peine la cour cantonale aurait ignoré la quantité de drogue pure que la recourante a transportée. Le grief est rejeté.
1.3 La recourante conteste qu'elle était une "transporteuse privilégiée" dont le rôle ne s'était pas limité à celui d'une simple exécutante. Elle soutient que le fait qu'elle ait transporté de l'argent, puis de la drogue ne permettait pas de retenir qu'elle était impliquée dans les aspects économiques du trafic. Sa rémunération ne pouvait en outre être assimilée à une "participation importante" au bénéfice de celui-ci. Le fait d'avoir traité directement avec le dénommé B._ n'était pas davantage révélateur de son implication.
1.3.1 La notion de "transporteuse privilégiée" a été utilisée par les premiers juges afin de relever l'implication particulière de la recourante dans le trafic de drogue compte tenu de ses relations directes avec un trafiquant international et du fait qu'elle s'était elle-même mise à disposition pour transporter de la cocaïne. La cour cantonale a confirmé cette appréciation, soulignant notamment le nombre important de transports d'argent ou de drogue effectués par la recourante sur une courte période (dix en deux mois) et son implication graduelle dans le trafic qui a fait qu'elle a transporté des sommes à chaque fois plus importantes, puis de la drogue. Le rôle de la recourante ne s'était ainsi pas limité à celui d'un simple passeur, mais elle avait eu une activité très soutenue de mule en tant que "transporteuse privilégiée".
1.3.2 La cour cantonale n'a pas retenu, contrairement à ce que la recourante soutient, qu'elle aurait eu un rôle autre que celui d'une mule, mais elle a souligné l'intensité de son activité. En recourant à l'expression de "transporteuse privilégiée", elle entendait mettre en évidence l'implication particulièrement importante de la recourante dans le trafic de drogue, compte tenu de ses relations directes avec un trafiquant international, du nombre de transports effectués sur un bref laps de temps et du fait que les sommes confiées augmentaient progressivement, qu'elle les conservait, sous réserve d'une fois, quelques jours avant leur remise, puis que des quantités non négligeables de drogue lui avaient été remises, ce qui démontrait la confiance qui lui était accordée. Sur la base de ces éléments, l'utilisation du terme "transporteuse privilégiée" pour qualifier le rôle de la recourante n'est pas arbitraire. Pour le surplus, la critique de celle-ci, purement appellatoire, est irrecevable (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 La recourante conteste que sa collaboration à l'enquête a été modeste.
1.4.1 Selon la cour cantonale, la recourante n'a admis les transports d'argent et de drogue que lors de sa troisième audition à la police, alors qu'elle était confrontée à des preuves accablantes. Elle avait fourni une photographie de A._, mais elle avait refusé de donner des renseignements permettant de la localiser alors qu'elle était en mesure de le faire, vu leur rapport d'amitié.
1.4.2 La recourante soutient qu'elle ne pouvait fournir des renseignements concernant A._ dont elle ne disposait pas. En outre, si les enquêteurs avaient établi qu'elle avait voyagé entre les Pays-Bas et la Suisse à plusieurs reprises, elle avait fourni des indications quant au but de ses voyages, ce qui avait permis à la police d'estimer les quantités de drogue qu'elle avait transportées.
1.4.3 Par son argumentation, la recourante, dans une démarche purement appellatoire, partant irrecevable, ne fait qu'opposer sa propre version des faits à celle retenue par l'autorité précédente lorsqu'elle affirme qu'elle ne pouvait fournir de renseignements concernant A._ alors même que selon les constatations cantonales elle était en mesure de le faire. Au surplus, la recourante ne conteste pas que ce n'est qu'après avoir été confrontée aux éléments détenus par la police qu'elle a fourni des indications sur ses activités. En retenant de ce fait que la collaboration de la recourante était modeste, la cour cantonale n'a pas fait preuve d'arbitraire. Le grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La recourante soutient qu'elle a commis les actes qui lui sont reprochés dans un état de détresse profonde au sens de l'art. 48 let. a ch. 1 [recte: ch. 2] CP.
2.1 Selon la jurisprudence, il y a détresse profonde lorsque l'auteur est poussé à transgresser la loi pénale par une situation proche de l'état de nécessité, c'est-à-dire que, sous la pression d'une détresse particulièrement grave, il croit ne pouvoir trouver d'autre issue que la commission de l'infraction (ATF 107 IV 94 consid. 4a p. 95). En outre, le bénéfice de cette circonstance atténuante ne peut être accordé que si l'auteur a respecté une certaine proportionnalité entre les motifs qui le poussent à agir et l'importance du bien qu'il lèse. Autrement dit, l'auteur doit s'être comporté d'une façon que la morale ne réprouve pas totalement. En revanche, l'absence de faute antérieure n'est pas requise (ATF 110 IV 9 consid. 2 p. 10).
2.2 La recourante fait valoir que son mari était tombé gravement malade en juin 2010 et qu'elle s'était retrouvée dans une situation financière critique. Elle était dans un tel état qu'elle n'avait eu d'autre choix que de s'impliquer dans un trafic de drogue pour rembourser un prêt qui lui avait été consenti par son amie A._.
L'existence d'un tel prêt ne ressort pas de l'état de fait cantonal qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) et l'argumentation de la recourante est irrecevable à cet égard. Au demeurant, la recourante n'allègue pas que son amie l'aurait pressée pour qu'elle lui rembourse la somme prêtée ni même simplement qu'elle lui aurait demandé de procéder à un tel remboursement. Il ne pourrait dès lors être considéré qu'elle aurait agi sous la pression d'une détresse particulièrement grave. En outre, les faits reprochés à la recourante sont d'une gravité particulière puisqu'ils portent, notamment, sur le transport d'une quantité importante de drogue, susceptible de mettre en danger la vie de nombreuses personnes. La recourante admet elle-même qu'elle aurait pu demander de l'aide aux services sociaux ou à la famille de son mari. Elle disposait donc d'autres moyens pour résoudre ses problèmes financiers et aucune proportionnalité entre les motifs qui l'auraient poussée à agir et l'importance du bien lésé ne peut être retenue. Le grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. La recourante invoque que la cour cantonale aurait dû la faire bénéficier de l'art. 54 CP.
3.1 Selon cette disposition, si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine. Cette disposition a été reprise de l'ancien art. 66bis CP dont les principes demeurent valables (ATF 137 IV 105 consid. 2.3). En cas d'infraction intentionnelle, une réduction de la peine en application de l'art. 54 CP est possible, mais ne doit être admise qu'avec retenue (arrêt 6B_373/2009 du 22 septembre 2009 consid. 3.3.2; Riklin, Basler Kommentar StGB I, 2ème éd., 2007, n. 37 ad art. 54 CP). L'art. 54 CP est violé si cette règle n'est pas appliquée dans un cas où une faute légère a entraîné des conséquences directes très lourdes pour l'auteur ou, à l'inverse, si elle est appliquée dans un cas où une faute grave n'a entraîné que des conséquences légères pour l'auteur. Entre ces extrêmes, le juge doit prendre sa décision en analysant in concreto les circonstances du cas et il dispose d'un large pouvoir d'appréciation, de sorte que sa décision ne sera annulée que s'il en a abusé (cf. ATF 121 IV 162 consid. 2d p. 175; 117 IV 245 consid. 2a p. 247 s.).
L'auteur est directement atteint par les conséquences de son acte s'il a subi des atteintes physiques - par exemple s'il a été blessé lors de l'accident qu'il a provoqué - ou psychiques - comme celles qui affectent une mère de famille devenue veuve par suite de l'accident de la circulation qu'elle a causé (ATF 119 IV 280 consid. 2b p. 283) - résultant de la commission même de l'infraction. En revanche, les désagréments dus à l'ouverture d'une instruction pénale, le paiement de frais de procédure, la réparation du préjudice, ainsi que la dégradation de la situation financière, le divorce ou le licenciement consécutifs à l'acte délictueux, ne constituent que des conséquences indirectes de l'infraction, sans pertinence au regard de l'art. 54 CP (cf. ATF 117 IV 245 consid. 2a p. 247).
3.2 En l'espèce, la recourante invoque à titre de circonstance qui justifierait l'application de l'art. 54 CP le décès de son époux dont elle soutient qu'il aurait été causé par le refus de celui-ci de subir une opération urgente en raison de son absence due à sa détention. Il n'est cependant nullement établi que la recourante aurait pu éviter le décès de son mari si elle avait été à ses côtés et que son incarcération en est donc la cause. En outre, celui-ci ne résulte pas directement de l'infraction, mais il n'est tout au plus qu'une conséquence éloignée des actes de la recourante. Une telle situation diffère en effet de celle où l'auteur, par ses agissements, blesse ou tue un membre de sa famille parce que, par exemple, il le percute avec son automobile. La circonstance invoquée par la recourante n'est pas une conséquence directe des infractions qui lui sont reprochées et elle ne permet donc pas une réduction ou une exemption de peine en application de l'art. 54 CP. La cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en ne faisant pas bénéficier la recourante de cette disposition.
4. La recourante soutient que dans l'hypothèse où sa situation personnelle ne pouvait être prise en compte dans le cadre des art. 48 ou 54 CP, elle devait l'être en application de l'art. 47 CP, ce qui n'avait pas été suffisamment le cas.
4.1 Les règles générales régissant la fixation de la peine ont été rappelées dans l'arrêt publié aux ATF 134 IV 17 consid. 2.1 auquel il peut être renvoyé (en matière de trafic de stupéfiants, voir arrêt 6B_793/2011 du 26 janvier 2012 consid. 4.1 et les références citées). En ce qui concerne plus particulièrement les conséquences de l'infraction, il est rappelé que celles-ci peuvent constituer, parmi les facteurs liés à l'auteur lui-même, un élément pertinent à prendre en compte dans le cadre de l'art. 47 CP, pour autant que ces conséquences présentent une certaine intensité (ATF 120 IV 67 consid. 2b p. 72; arrêt 6S.596/2000 du 22 février 2001 consid. 2b; 6S.148/2004 du 28 juillet 2004 consid. 1.4). Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans la fixation de la peine. Il n'y a ainsi violation du droit fédéral que lorsque le juge sort du cadre légal, lorsqu'il fonde sa décision sur des critères étrangers à l'art. 47 CP, lorsqu'il omet de prendre en considération des éléments prévus par cette disposition ou lorsqu'il abuse de son pouvoir d'appréciation en fixant une peine exagérément sévère ou excessivement clémente (ATF 134 IV 17 consid. 2.1 p. 19 s.).
4.2 La cour cantonale a indiqué que la peine prononcée reposait sur plusieurs éléments, à savoir la multiplicité des rôles de la recourante dans le cadre du trafic de drogue, l'importance des sommes qu'elle a transportées sur une courte période de temps, les quantités de drogue mises sur le marché, l'étendue du trafic, le nombre d'opérations effectuées, les gains obtenus, le concours d'infractions, les mobiles purement égoïstes de la recourante, sa collaboration modeste à l'enquête et sa situation personnelle (jugement attaqué, consid. 5 p. 16).
Concernant plus particulièrement ce dernier élément, la cour cantonale relève que le jugement du Tribunal correctionnel a pris en considération, à la décharge de la recourante, les problèmes de santé du mari de celle-ci ainsi que son sentiment de culpabilité dans la mesure où elle considérait que sa détention était la cause du décès de son époux (cf. jugement attaqué, consid. 6.2 p. 19). Il a dès lors été tenu compte dans le cadre de la fixation de la peine de la circonstance invoquée par la recourante. Cela étant, celle-ci ne pouvait avoir qu'une influence limitée eu égard à l'ensemble des éléments retenus et en particulier à la gravité des actes commis par la recourante et au fait que l'état de santé de son mari était déjà critique depuis juillet 2010, ce qui ne l'a toutefois pas empêchée de débuter ses activités délictueuses alors même qu'elle ne pouvait ignorer les risques que celles-ci lui faisaient courir. De plus, contrairement à ce que soutient la recourante, retenir sa situation personnelle comme élément à décharge n'empêchait pas la cour cantonale de par ailleurs tenir compte, à charge, qu'elle avait agi par appât du gain ou qu'elle ne donnait pas l'impression de réaliser la gravité de ses actes s'agissant pourtant d'infractions dans le domaine des stupéfiants, dont elle ne pouvait ignorer les conséquences.
4.3 La recourante soutient que si sa situation personnelle a été prise en compte, la décision attaquée n'indique pas dans quelle proportion elle l'a été alors que le juge doit indiquer les éléments qui augmentent ou diminuent la faute et dans quelle mesure.
Autant que la recourante invoque de la sorte une violation de l'art. 50 CP, il est rappelé que cette disposition impose au juge d'indiquer les circonstances pertinentes pour la fixation de la peine et leur importance. Partant, l'autorité doit exposer dans sa décision les éléments essentiels relatifs à l'acte et à l'auteur qu'elle prend en compte, de manière à ce que l'on puisse vérifier que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens atténuant ou aggravant. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (ATF 127 IV 101 consid. 2c p. 105).
La cour cantonale a expliqué sur quels motifs la peine prononcée se fondait (cf. supra consid. 4.2). Elle n'était par ailleurs pas tenue d'indiquer dans quelle proportion la situation personnelle de l'intimée était prise en compte. Aucune violation du droit fédéral ne peut être retenue sur ce point.
4.4 La recourante indique encore que la multiplicité de ses rôles dans le trafic de drogue et le concours d'infractions invoqués par la cour cantonale se confondaient et avaient ainsi été pris en compte à double. Contrairement à ce qu'elle soutient, la multiplicité de ses rôles a trait à l'intensité de son activité délictuelle pour définir son rôle de "transporteuse privilégiée" dans le cadre du trafic de drogue alors que le concours d'infractions vise les actes de blanchiment et les infractions à la loi fédérale sur les stupéfiants. Pour le surplus, elle ne conteste pas que sa faute doit être qualifiée de lourde, comme l'ont retenu les premiers juges sans que la cour cantonale ne revienne sur cette qualification, ni que la peine prononcée serait exagérément sévère.
Compte tenu des éléments à prendre en compte, en particulier l'importance des sommes et la quantité de drogue transportées, sur une brève période de temps, en plusieurs opérations, le caractère international du trafic, le fait que la recourante a agi par appât du gain puisqu'elle n'était pas elle-même consommatrice et qu'elle disposait d'autres moyens pour résoudre les problèmes financiers dans lesquels elle prétend s'être trouvée, sa collaboration modeste à l'enquête, le concours d'infractions et sa situation personnelle, la cour cantonale n'a pas fait un usage insoutenable de la marge de manoeuvre que lui accorde le droit fédéral en fixant la peine privative de liberté infligée à la recourante à cinq ans et demi. La conclusion tendant à la réduction de la peine est rejetée. Il en va dès lors de même pour celle relative à l'octroi du sursis partiel, qui ne peut être octroyé que pour des peines privatives de liberté de trois ans au plus (art. 43 al. 1 CP).
5. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient manifestement dénuées de chance de succès, la recourante doit être déboutée de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 LTF a contrario) et supporter les frais de justice, qui seront fixés en tenant compte de sa situation financière (art. 65 al. 2 et art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 francs, sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 25 avril 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Schneider
Le Greffier: Rieben