Sachverhalt:
A. Nachdem die IV-Stelle des Kantons Thurgau ein erstes Gesuch des S._, geboren 1953, mit vor- und letztinstanzlich bestätigtem Einspracheentscheid vom 17. November 2004 (Entscheid der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau vom 12. Juli 2005, Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts, heute Bundesgericht, vom 30. November 2005 [I 614/05]) abgelehnt hatte, sprach sie ihm mit Einspracheentscheid vom 11. Juni 2008 gestützt auf ein (Verlaufs-) Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 24. Januar 2008 mit Wirkung ab 1. Januar 2007 eine halbe Invalidenrente zu (Invaliditätsgrad: 59 %).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Anträgen, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen und es sei ihm die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren.
D. Mit Verfügung vom 12. März 2009 hat das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde abgewiesen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.2 Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung, die gestützt darauf gestellte Diagnose, die ärztliche Stellungnahme zu dem noch vorhandenen Leistungsvermögen oder (bei psychischen Gesundheitsschäden) zur Verfügbarkeit von Ressourcen der versicherten Person sowie die aufgrund der medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit betreffen Tatfragen (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 398), welche sich nach der dargelegten Regelung der Kognition einer Überprüfung durch das Bundesgericht weitgehend entziehen.
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
2. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung des Rentenanspruchs erforderlichen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt; darauf wird verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
3. Der Beschwerdeführer beschränkt sich zur Begründung seiner Beschwerde im Wesentlichen auf eine eigene Darstellung des medizinischen Sachverhalts, ohne sich mit den Erwägungen des kantonalen Gerichts auseinanderzusetzen.
Die Vorinstanz hat die medizinischen Akten einlässlich und sorgfältig gewürdigt. Gestützt auf das MEDAS-Gutachten vom 24. Januar 2008 hat sie festgestellt, dass seit der Ablehnung des ersten Rentengesuchs am 17. November 2004 eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes eingetreten und der Versicherte in einer leidensangepassten Tätigkeit nunmehr nur noch zu 50 % arbeitsfähig sei. Zu den vom Beschwerdeführer angerufenen Berichten der psychiatrischen Dienste Z._, externer psychiatrischer Dienst X._, vom 5. Juli 2008, sowie des Zentrums B._ vom 12. September 2007 hat sie sich ausdrücklich und zutreffend geäussert. Auf den Bericht des medizinischen Zentrums Y._ vom 18. August 2006 ist sie zwar nicht ausdrücklich eingegangen, hat im Zusammenhang mit dem genannten Bericht des externen psychiatrischen Dienstes X._ jedoch zu Recht ausgeführt, dass die Diagnose einer mittelgradigen depressiven Episode gemäss den nachvollziehbaren Ausführungen im psychiatrischen Teilgutachten der MEDAS nicht bestätigt werden konnte. Schliesslich ist zum angerufenen Bericht des Dr. med. K._ vom 11. März 2002 zu bemerken, dass der Beschwerdeführer damals lediglich wegen Nasenblutens behandelt werden musste und unerfindlich ist, inwiefern er dadurch heute in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt sein sollte.
Angesichts der umfassenden Würdigung der medizinischen Aktenlage vermögen die Einwände des Beschwerdeführers somit keine offensichtliche Unrichtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung darzutun, weshalb sie für das Bundesgericht verbindlich ist.
4. Des Weiteren wird die Ermittlung der Vergleichseinkommen insofern gerügt, als auf Seiten des Invalideneinkommens unter Hinweis auf das Alter, die fehlende Ausbildung und die Krankheit eine Reduktion des herangezogenen Tabellenlohns um 20 % anstelle des gewährten leidensbedingten Abzuges von 10 % beantragt wird (vgl. BGE 126 V 75 E. 5 S. 78 ff., 129 V 472 E. 4.2.3 S. 481). Dabei handelt es sich indessen um einen typischen Ermessensentscheid (BGE 126 V 75 E. 6 S. 81, 129 V 472 E. 4.2.3 S. 481), welcher einer Korrektur nur bei rechtsfehlerhafter Ausübung des Ermessens durch das kantonale Gericht zugänglich wäre (Art. 95 lit. a BGG). Dafür bestehen keine Anhaltspunkte. So wurde der leidensbedingten Einschränkung bereits beim zumutbaren Arbeitspensum Rechnung getragen. Das Alter des 1953 geborenen Versicherten fällt mit Blick auf den massgeblichen ausgeglichenen Arbeitsmarkt nicht ins Gewicht; so wurde ein diesbezüglicher Abzug im Fall eines 53-jährigen Versicherten verneint (BGE 126 V 75 E. 5a/cc S. 79). Die fehlende Ausbildung schliesslich wurde mit dem Beizug des Tabellenlohnes für einfache und repetitive Tätigkeiten (Anforderungsniveau 4) berücksichtigt.
5. Damit ist die Beschwerde offensichtlich unbegründet und wird im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG, ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den vorinstanzlichen Entscheid, erledigt.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo