Faits:
A. Le 7 juillet 2007, X._ s'est arrêté à un stop, au croisement de deux routes. Ayant l'intention de tourner à droite, il a regardé dans les deux directions. A droite, il a vu arriver une voiture grise. En revanche, il n'a pas vu que la Mazda rouge, qui suivait cette automobile, s'était déportée sur la gauche pour la dépasser. Il s'est engagé. Malgré un freinage d'urgence, Y._, le conducteur de la Mazda, n'a pu éviter le véhicule de X._.
B. Par prononcé du 26 octobre 2007, le Préfet du district de Rolle a condamné X._, pour violation simple des règles de la circulation, à une amende de 150 fr., la peine privative de liberté de substitution étant de 2 jours.
Par jugement du 12 février 2008, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a rejeté l'appel formé par X._ et confirmé le prononcé préfectoral.
C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire et une violation du principe in dubio pro reo, il conclut à sa libération du chef d'accusation retenu à son encontre.
Considérant en droit:
1. 1.1 Rendue en matière pénale, la décision attaquée ne peut faire l'objet d'aucun recours cantonal, de sorte que, bien qu'elle n'émane pas d'un tribunal supérieur, le recours en matière pénale est recevable en vertu de l'art. 80 LTF en relation avec l'art. 130 al. 1 LTF. Par ailleurs, le recourant, qui remplit manifestement les conditions de l'art. 81 al. 1 LTF, est habilité à recourir.
1.2 Le recours ordinaire au Tribunal fédéral peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels. Sous peine d'irrecevabilité, il doit être motivé conformément à l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement à l'art. 106 al. 2 LT pour les griefs mentionnés à cette disposition, dont les exigences correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
2. Invoquant une violation du principe in dubio pro reo et l'arbitraire, le recourant reproche au Juge de police d'avoir retenu la version qui lui était la plus défavorable en écartant, de manière insoutenable, les éléments à décharge.
2.1 Tel qu'il est formulé, le grief revient à se plaindre d'une violation du principe "in dubio pro reo" en tant que règle de l'appréciation des preuves et non pas en tant que règle sur le fardeau de la preuve, donc, en définitive, à se plaindre d'arbitraire dans l'appréciation des preuves (cf. ATF 127 I 38 consid. 2a p. 40 s.). Le recourant n'établit d'ailleurs pas de violation du principe invoqué en tant que règle sur le fardeau de la preuve.
La notion d'arbitraire a été rappelée récemment dans l'ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153, auquel on peut donc se référer. En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat.
2.2 Se fondant sur les déclarations de Y._, confirmées par les traces de freinage observées par la gendarmerie, le Tribunal de police a admis que ce dernier était en cours de dépassement au moment où le recourant s'est engagé dans la circulation et aurait donc dû être aperçu par celui-ci. En effet, dans le cas contraire, puisqu'il a eu le temps de freiner, le conducteur de la Mazda aurait pu se rabattre à droite s'il se trouvait encore derrière la voiture grise. De plus, si l'intéressé avait été pleinement attentif comme il le soutient, il aurait pu, comme le conducteur de la Mazda, effectuer une manoeuvre de freinage pour tenter d'éviter l'accident.
2.2.1 Le recourant estime que sa condamnation repose sur des éléments inconsistants, à savoir les traces de freinage et les déclarations de Y._ et de sa passagère.
Selon le rapport de gendarmerie, le véhicule de Y._ a laissé deux traces de freinage sur la chaussée. Compte tenu de ces marques, le Tribunal pouvait, sans arbitraire, préférer la version de la partie adverse, laquelle a au demeurant été confirmée par sa passagère, à celle du recourant et de son épouse. En effet, si comme l'affirme ce dernier, le choc avait eu lieu tout au début du dépassement, à savoir au moment où Y._ a surgi, celui-ci n'aurait pas eu le temps de freiner et n'aurait par conséquent pas laissé de marques sur la chaussée ou alors aurait eu la possibilité de se rabattre derrière la voiture qui le précédait.
Pour le reste, le fait que les déclarations de Y._ figurent uniquement dans le compte rendu de la gendarmerie et n'aient pas été signées par l'intéressé, est sans pertinence, les autorités étant en droit, conformément au principe de la libre appréciation des preuves, de forger leur conviction sur tous les éléments à leur disposition.
2.2.2 Le recourant soutient que les dégâts sur les deux ailes avant gauche des véhicules confirme sa version des faits ainsi que celle de son épouse selon laquelle le choc a eu lieu tout au début du dépassement, au moment où Y._ a surgi.
Le fait que le choc se soit produit sur la partie avant gauche des deux véhicules est insuffisant pour admettre la version du recourant selon laquelle l'accident s'est produit au moment où Y._ a déboîté pour dépasser. En effet, cette version est contredite par les marques de freinage sur la chaussée. De plus, le fait que Y._ ait heurté l'aile gauche de son automobile peut s'expliquer par le réflexe consistant à se rabattre le plus possible sur sa droite de manière à éviter la voiture du recourant. Le grief est donc vain.
3. En conclusion, le recours est rejeté. Le recourant, qui succombe, supporte les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte.
Lausanne, le 9 mai 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani