Faits:
A. Par décision du 1er juin 2011, considérant qu'il avait obtenu un total de 19,25 points au lieu des 20 points requis, la Commission d'examens des avocats du canton de Genève (ci-après: la Commission d'examens des avocats) a signifié à X._ son deuxième échec aux examens d'avocats.
B. Par mémoire du 2 juillet 2011, X._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, devenu depuis le 1er janvier 2011, la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après: la Cour de justice). Il a contesté le résultat de l'examen oral du 19 mai 2010 auquel il a obtenu la note de 3,5 et qui portait sur un problème relatif à un contrat d'entreprise.
La Commission d'examens des avocats a déposé des observations le 27 juillet 2010 et produit son dossier. Elle a relevé que, dans sa réponse à la première question, le candidat avait confondu deux problèmes distincts, le paiement des honoraires pour le travail effectué, d'une part et d'autre part, l'éventuelle rémunération pour les travaux induits par le changement de plaques, qu'il n'avait jamais traité de manière séparée. Il avait également omis d'aborder la question du dépassement de devis, sa conclusion en qualité de défenseur du sous-traitant consistant à dire à son client que celui-ci ne percevrait pas le solde des 450'000 fr., sans plus de précisions. En réponse à la deuxième question, le candidat n'avait développé aucun des moyens généraux d'action du sous-traitant et ne les avait pas même évoqués. Il avait en revanche abordé correctement les questions relatives aux hypothèques légales, y compris l'inscription provisoire de celles-ci. Il avait obtenu 1,5 point, soit le maximum pour cet aspect de la question. Il était exact qu'il avait exposé les voies de droit au Tribunal fédéral. Enfin, en réponse à la troisième question, le candidat s'était borné à citer la jurisprudence relative au pourcentage relatif au dépassement de devis mais n'avait donné aucune réponse précise aux questions de son mandant, se montrant très vague sur la réduction de prix qui risquait d'être opérée. Les examinateurs avaient dû lui poser plusieurs questions pour l'amener à la conclusion que le sous-traitant pourrait obtenir 415'000 fr. en lieu et place des 450'000 fr. Sur demande du juge délégué, la Commission d'examens des avocats a précisé le nombre de points attribués à chaque question respectivement élément de réponse attendus.
Le 15 septembre 2010, dans sa réplique, X._ a versé en cause un avis de droit de Me Y._. Ce dernier a procédé à une analyse de la jurisprudence du Tribunal fédéral et de la doctrine, en relevant que, dans l'ATF 129 III 738, consid. 7.2, essentiellement consacré à des questions de droit international privé, le Tribunal fédéral semblait être revenu, sans vraiment le dire, sur la jurisprudence constante et avoir nouvellement décidé qu'à teneur de l'art. 372 al. 1 CO, le prix de l'ouvrage serait payable au moment de la livraison, que l'ouvrage soit ou non entaché de défauts. Selon Me Y._, cet arrêt était passé relativement inaperçu, même des auteurs ayant rédigé des ouvrages postérieurs à celui-ci ne l'ayant pas mentionné. Le Tribunal fédéral lui-même, semblant ignorer son propre changement de jurisprudence, aurait continué à appliquer celle qui avait prévalu jusqu'alors (arrêt 4A_306/2008 du 9 septembre 2008). L'auteur de l'avis concluait que, de ce fait, le recourant ne pouvait se voir reprocher d'avoir répondu, en se fondant sur la jurisprudence bien établie du Tribunal fédéral, modifiée en catimini par celui-ci et qu'il aurait lui-même ignorée dans les arrêts ultérieurs, en ce sens que le solde du prix d'un ouvrage n'était pas exigible faute pour l'entrepreneur d'avoir livré un objet exempt de défauts, solution jurisprudentielle prévalant jusqu'à l'ATF 129 II 738.
C. Par arrêt du 15 février 2011, la Cour de justice a rejeté le recours. Selon elle, deux motifs ont justifié qu'un échec soit opposé au candidat: celui-ci s'était montré confus dans son exposé et avait présenté une argumentation contraire aux intérêts de son client, ajoutant que, par ailleurs, le recourant soulignait lui-même que l'arrêt sur lequel se fondait Me Y._ était un arrêt isolé, puisque, dans une jurisprudence ultérieure, le Tribunal fédéral n'en avait pas tenu compte.
D. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande en substance au Tribunal fédéral de constater que la note de l'examen oral est d'au moins 4,25 et de dire qu'il remplit les conditions d'obtention du brevet d'avocat, ce dernier lui étant décerné, subsidiairement de renvoyer la cause pour nouvelle appréciation dans le sens des considérants, plus subsidiairement de pouvoir se représenter à l'examen oral en disant que "ce faisant il n'entamera pas sa troisième tentative". Le recourant se plaint de l'interdiction de l'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'application du droit.
La Commission d'examens des avocats conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le litige porte sur le refus d'accorder au recourant son brevet d'avocat en raison de l'échec à ses examens. La cause au fond relève donc du droit public. Comme il s'agit d'une décision sur le résultat d'examens qui porte sur l'évaluation des capacités du recourant, la voie du recours en matière de droit public est cependant fermée (art. 83 let. t LTF; arrêts 2D_25/2009 du 25 mai 2009, consid. 1.2; 2C_438/2008 du 16 octobre 2008, consid. 2.1). C'est donc à juste titre que le recourant a déclaré former un recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF).
1.2 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 et 117 LTF). Il statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente et peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 116 LTF, ce qu'il appartient à la partie recourante d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée. La correction du vice soulevé doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (arrêt 2C_399/2010 du 28 juillet 2010, consid. 1.3.3.), même si ce principe de causalité n'est pas expressément mentionné à l'art. 118 al. 2 LTF, à la différence de ce qui prévaut pour l'art. 97 al. 1 in fine de cette loi (art. 97 al. 1 LTF). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322).
1.3 Enfin, le Tribunal fédéral ne revoit l'évaluation d'un examen qu'avec une réserve toute particulière, se bornant à vérifier que l'autorité chargée d'apprécier l'examen ne se soit pas laissée guider par des considérations étrangères à l'examen ou de toute évidence insoutenables pour d'autres raisons (arrêt 2P.205/2006 du 19.12.2006; ATF 131 I 467 consid. 3.1). Le Tribunal fédéral s'impose une telle retenue même dans les cas où il serait en mesure de se livrer à une évaluation plus approfondie en raison de ses connaissances professionnelles sur le fond, p. ex. en cas d'examens d'avocat (arrêt 2C_762/2009 du 11.2.2010) ou de notaire (ATF 131 I 467; 121 I 225; 118 Ia 488), pour des motifs d'égalité de traitement (arrêt 2C_762/2009 du 11.2.2010; arrêt 2D_53/2009 du 25.11.2009).
2. Invoquant l'art. 9 Cst., le recourant soutient que la Cour de justice a interprété de façon arbitraire l'avis de droit établi à sa demande par l'avocat Y._.
2.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560 et les arrêts cités). Lorsque la partie recourante - comme c'est le cas en l'espèce - s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
2.2 Il est vrai que la Cour de justice a inversé le raisonnement présenté dans l'avis de droit. D'après elle, le recourant se prévaudrait d'une jurisprudence isolée, alors que, selon l'avis de droit produit en procédure, la solution défendue par le candidat serait celle, constante, de la jurisprudence et celle retenue par la Commission d'examens des avocats se fonderait sur une jurisprudence isolée. La Cour de justice a par conséquent compris de manière insoutenable l'avis de droit déposé par le recourant.
Ce constat ne conduit toutefois pas à l'acceptation du recours. En effet, peu importe, dans ce contexte, l'avis de l'avocat Y._. Ce que le recourant aurait dû démontrer, de manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, c'est que la solution matérielle retenue était arbitraire, ce qui n'est pas le cas. En effet, la solution retenue par la Commission d'examens d'avocats se fondait à l'évidence sur un arrêt publié dans le recueil officiel des arrêts du Tribunal fédéral, qui a été adopté tel quel par la doctrine de référence (PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5e éd., Schulthess 2011, n° 1155, note en bas de page 1069), de sorte que la grille de correction ne saurait être qualifiée d'arbitraire dans son résultat.
Enfin, à défaut de démonstration inverse, l'appréciation de la prestation du recourant - qualifiée de confuse et contraire aux intérêts de son client - ne saurait être qualifiée d'insoutenable dès lors qu'elle est fondée sur une solution que le candidat n'affirme nullement avoir défendue.
3. Au vu de ce qui précède, le recours constitutionnel subsidiaire doit être rejeté. Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à la Commission d'examens des avocats et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative 2ème Section.
Lausanne, le 29 août 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey