Sachverhalt:
A. Die 1963 geborene B._ war zuletzt als Buchhalterin im Treuhandbüro ihres Ehemannes erwerbstätig gewesen, als sie sich am 31. Januar 2007 unter Hinweis auf ein Chronic Fatigue Syndrom bei der IV-Stelle Bern zum Leistungsbezug anmeldete und unter anderem eine Rente beantragte. Nach medizinischen Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 2. November 2009 einen Rentenanspruch der Versicherten. Eine von den Eheleuten P._ und B._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 26. März 2010 in dem Sinne gut, als es die Verfügung aufhob und die Sache zur Durchführung einer stationären psychiatrischen Abklärung und anschliessendem erneuten Entscheid an die IV-Stelle zurückwies. Auf die hiegegen von den Eheleuten B._ und P._ erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil vom 21. Mai 2010 (8C_371/2010) nicht ein.
Nachdem sich die Versicherte trotz Ermahnung der IV-Stelle andauernd geweigert hatte, sich einer psychiatrischen Abklärung zu unterziehen, trat die IV-Stelle nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens mit Verfügung vom 9. Juni 2011 nicht weiter auf das Leistungsgesuch ein.
B. Die von den Eheleuten B._ und P._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 25. Oktober 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragen die Eheleute B._ und P._ sinngemäss, es sei unter Aufhebung der Verfügungen vom 2. November 2009 und vom 9. Juni 2011 sowie der kantonalen Gerichtsentscheide der Versicherten eine ganze Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen.
Erwägungen:
1. Neben der Versicherten hat gegen den Entscheid des kantonalen Gerichts auch ihr Ehemann Beschwerde erhoben. Ob dieser selbstständig zur Beschwerdeerhebung legitimiert ist (vgl. hiezu BGE 130 V 560 E. 4.3 S. 568 in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 IVV), braucht nicht näher geprüft zu werden, da jedenfalls auf die Beschwerde der Versicherten einzutreten ist.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
3. 3.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss Art. 8 Abs. 1 ATSG die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit. Erwerbsunfähigkeit ist nach Art. 7 Abs. 1 ATSG der durch Beeinträchtigung der körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheit verursachte und nach zumutbarer Behandlung und Eingliederung verbleibende ganze oder teilweise Verlust der Erwerbsmöglichkeiten auf dem in Betracht kommenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt. Für die Beurteilung des Vorliegens einer Erwerbsunfähigkeit sind gemäss Art. 7 Abs. 2 ATSG ausschliesslich die Folgen der gesundheitlichen Beeinträchtigung zu berücksichtigen. Eine Erwerbsunfähigkeit liegt zudem nur vor, wenn sie aus objektiver Sicht nicht überwindbar ist.
3.2 Der Versicherungsträger prüft in Anwendung von Art. 43 ATSG die Begehren, nimmt die notwendigen Abklärungen von Amtes wegen vor und holt die erforderlichen Auskünfte ein. Mündlich erteilte Auskünfte sind schriftlich festzuhalten (Abs. 1). Soweit ärztliche oder fachliche Untersuchungen für die Beurteilung notwendig und zumutbar sind, hat sich die versicherte Person diesen zu unterziehen (Abs. 2). Kommen die versicherte Person oder andere Personen, die Leistungen beanspruchen, den Auskunfts- oder Mitwirkungspflichten in unentschuldbarer Weise nicht nach, so kann der Versicherungsträger aufgrund der Akten verfügen oder die Erhebungen einstellen und Nichteintreten beschliessen. Er muss diese Personen vorher schriftlich mahnen und auf die Rechtsfolgen hinweisen; ihnen ist eine angemessene Bedenkzeit einzuräumen (Abs. 3).
3.3 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
4. Streitig ist, ob die IV-Stelle zu Recht ihre Erhebungen eingestellt und Nichteintreten beschlossen hat, nachdem die Versicherte sich weigerte, sich einer psychiatrischen Begutachtung zu unterziehen. Da die Versicherte den Entscheid des kantonalen Gerichts vom 26. März 2010, mit welchem diese Begutachtung angeordnet wurde, nicht vor Bundesgericht anfechten konnte (Urteil 8C_371/2010 vom 21. Mai 2010), ist nunmehr auch zu überprüfen, ob diese Anordnung rechtens war (vgl. Art. 93 Abs. 3 BGG).
5. 5.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass die Versicherte an einem Chronic Fatigue Syndrom leidet. Rechtsprechungsgemäss handelt es sich bei diesem Beschwerdebild um ein Leiden, bei dem zu vermuten ist, die versicherte Person könne aus objektiver Sicht eine aus ihm verursachte Erwerbsunfähigkeit im Sinne von Art. 7 Abs. 2 ATSG durch eine zumutbare Willensanstrengung überwinden (Urteil I 70/07 vom 14. April 2008 E. 5). Das Bundesgericht hat diese Sichtweise wiederholt bestätigt (SVR 2011 IV Nr. 26 S. 73, 9C_662/2009 E. 2.3; vgl. auch BGE 136 V 279 E. 3.2.1 S. 282).
5.2 Die Vermutung, die Folgen des Chronic Fatigue Syndroms seien überwindbar, kann jedoch im Einzelfall widerlegt werden. Diese in Ausnahmefällen anzunehmende Unzumutbarkeit der Beschwerdeüberwindung kann bei einer gleichzeitigen psychiatrischen Erkrankung erheblicher Schwere oder bei Erfüllung weiterer Kriterien vorliegen (vgl. BGE 130 V 352 E. 2.2.3 S. 353 ff.). Während die IV-Stelle eine solche Unzumutbarkeit der Beschwerdeüberwindung und damit einen Rentenanspruch in ihrer Verfügung vom 2. November 2009 gestützt auf die Akten verneint hat, hat das kantonale Gericht in seinem Entscheid vom 26. März 2010 erwogen, es lägen Hinweise dafür vor, dass der Versicherten die Beschwerdeüberwindung ausnahmsweise unzumutbar sei. Zur Klärung dieser Frage wies es die Sache an die IV-Stelle zurück, damit diese ein psychiatrisches Gutachten dazu einhole. Entgegen den Ausführungen der Versicherten dient das angeordnete Gutachten somit nicht dazu, zu klären, ob es sich beim Chronic Fatigue Syndrom um ein psychiatrisches oder um ein somatisches Leiden handelt; im Übrigen obliegt es nicht der Sozialversicherungsgerichtsbarkeit, medizinisch-wissenschaftliche Kontroversen zu entscheiden, sondern lediglich im Einzelfall die Leistungsansprüche aufgrund der im konkreten Fall gegebenen Verhältnisse und unter Berücksichtigung der medizinischen Lehrmeinungen festzusetzen (vgl. auch BGE 134 V 231 E. 5.3 S. 234).
5.3 Mit seiner Rückweisung hat das kantonale Gericht implizit festgestellt, aufgrund der Aktenlage könne nicht direkt auf eine solche Unzumutbarkeit der Beschwerdeüberwindung geschlossen werden. Was die Versicherte dagegen vorbringt, vermag diese Würdigung nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen. Insbesondere ist zum Bericht des Dr. med. M._, Spezialarzt für Neurologie, vom 13. August 2010 festzuhalten, dass dieses Schreiben auf eine Kritik an der Rechtsprechung zum Chronic Fatigue Syndrom hinausläuft und nicht eine genügende Grundlage darstellt, um ohne weitere Abklärungen Leistungen zuzusprechen. Gleichzeitig stellt dieser Bericht auch keinen genügenden Anlass dar, die in E. 5.1 hievor dargelegte Rechtsprechung in Bezug auf das Chronic Fatigue Syndrom erneut zu überprüfen.
5.4 Was das Argument der Unzumutbarkeit einer Begutachtung aus medizinischen Gründen betrifft, ist - wie schon im Urteil 8C_371/2010 vom 21. Mai 2010 erwogen - festzuhalten, dass von den psychiatrischen Fachpersonen, welche eine Abklärung durchzuführen haben, erwartet werden kann, eine allfällige Verschlechterung des Gesundheitszustandes zu erkennen, die notwendigen Gegenmassnahmen zu treffen oder im Notfall die Begutachtung abzubrechen. Zudem werden den Experten bereits vor dem Begutachtungstermin sämtliche Akten, mithin auch die jener medizinischer Fachpersonen, welche eine Begutachtung für unzumutbar halten, zu Kenntnis gebracht. Damit werden diese in die Lage versetzt, rechtzeitig die medizinisch gebotenen Anordnungen zu treffen, so dass die versicherte Person ohne Gefahr an der Expertise teilnehmen kann.
5.5 Die Versicherte bringt schliesslich vor, der Entscheid des kantonalen Gerichts vom 26. März 2010 stelle eine ungerechtfertigte Diskriminierung aufgrund ihrer Religion dar. Tatsächlich ist die betreffende Passage im Entscheidtext, in welchem auf die Religionszugehörigkeit der Versicherten hingewiesen wird, nicht einfach zu interpretieren. Die Deutung der Versicherten, das kantonale Gericht betrachte ihre Religionszugehörigkeit als psychische Krankheit, erscheint indessen als weit hergeholt. Welche Interpretation zutrifft, kann letztlich offenbleiben: Soweit überhaupt eine Diskriminierung aufgrund der Religionszugehörigkeit stattfand, wirkte sich diese zu Gunsten der Versicherten aus, indem das kantonale Gericht ihre damalige Beschwerde guthiess. Insoweit ist die Versicherte durch den Entscheid vom 26. März 2010 nicht beschwert.
5.6 War demnach die Anordnung einer psychiatrischen Begutachtung rechtens, so hat die Versicherte durch ihre Weigerung, sich einer solchen zu unterziehen, ihre Mitwirkungspflicht verletzt. Somit durfte die IV-Stelle die Erhebungen einstellen und Nichteintreten beschliessen; die Verfügung vom 9. Juni 2011 und der kantonale Gerichtsentscheid bestehen demnach zu Recht.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. Januar 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer