Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 29. Mai 2003 wurde in Zürich eine unbekannte männliche Leiche mit Schnittverletzungen am Hals gefunden. Das in der Folge durchgeführte Ermittlungsverfahren wurde am 4. August 2004 durch Staatsanwalt B._ eingestellt. Beim Toten handle es sich um X.B._, den Sohn von X.A._. Er habe sich die Verletzung selber zugefügt und Suizid begangen. Der Leitende Staatsanwalt A._ genehmigte die Einstellung am 8. August 2004.
X.A._ macht geltend, bei der Leiche handle es sich nicht um seinen Sohn und es liege auch kein Suizid, sondern Mord vor, der vertuscht werden solle. Da die Behörden die Unstimmigkeiten ignoriert hätten, seien er, X.A._, und seine Frau krank geworden, weshalb die beiden erwähnten Staatsanwälte den Straftatbestand der schweren Körperverletzung im Sinne von Art. 122 StGB erfüllt hätten. X.A._ reichte eine Strafanzeige ein. Mit Beschluss vom 28. April 2009 trat die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich auf die Anzeige nicht ein. Einen dagegen gerichteten Rekurs wies die II. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Zürich mit Beschluss vom 19. August 2009 ab.
X.A._ beantragt beim Bundesgericht mit Beschwerde in Strafsachen, der Beschluss vom 19. August 2009 sei aufzuheben und gegen die beiden Staatsanwälte sei eine Strafuntersuchung zu eröffnen.
2. Im Wesentlichen macht der Beschwerdeführer auch vor Bundesgericht geltend, beim Toten handle es sich nicht um seinen Sohn. Insoweit geht es um eine Tatfrage, und vor Bundesgericht kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist.
Willkür liegt nach der Rechtsprechung nur vor, wenn der angefochtene Entscheid im bemängelten Punkt offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 134 I 140 E. 5.4). In einer Beschwerde ans Bundesgericht ist darzulegen, dass Willkür im soeben umschriebenen Sinn vorliegt. Appellatorische Kritik genügt zur Begründung einer Beschwerde nicht.
Entscheidend für die Feststellung der Identität des Toten war die Übereinstimmung von bei ihm erhobenen DNA-Proben mit solchen aus den Barthaaren des Sohnes des Beschwerdeführers und mit solchen von einem Wangenschleimhautabstrich der Mutter des Sohnes (angefochtener Entscheid S. 4). Der Beschwerdeführer kann sich diese Übereinstimmungen nicht erklären, vermutet aber, dass die angeblich beim Toten erhobenen DNA-Proben nicht vom Verstorbenen stammen (Beschwerde S. 4 Ziff. 3). Es ergibt sich indessen aus der Beschwerde nicht und ist auch nicht ersichtlich, aus welchem Grund die Ermittlungsbehörden hätten ein Interesse daran haben können, Untersuchungsergebnisse zu unterschlagen (Beschwerde S. 4 Ziff. 5). Dasselbe gilt für die Vermutung des Beschwerdeführers, dass der Beschwerdegegner 2 falsche Schlussfolgerungen und schliesslich eine falsche Erledigung des Falles beabsichtigt habe (Beschwerde S. 6).
Gesamthaft gesehen kann davon, dass ein Tatverdacht gegen die Beschwerdegegner auf eine vorsätzliche schwere Körperverletzung des Beschwerdeführers und seiner Frau im Sinne von Art. 122 StGB bestehen könnte, nicht die Rede sein. Folglich ist das Nichteintreten auf die Strafanzeige nicht zu beanstanden.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Den Beschwerdegegnern ist keine Entschädigung auszurichten, weil sie vor Bundesgericht keine Umtriebe hatten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn