Sachverhalt:
A. Die Geschwister A.X._, B.X._ und C.X._ bekamen von ihrer Grossmutter Y._ und von ihrer Mutter Z._ am 19. Dezember 1995 je einen Miteigentumsanteil von 56/720 an den Parzellen S._ Nr. _4 und _5 geschenkt. Die Schenkungssteuer wurde am 22. Januar 1996 auf der Basis des amtlichen Werts von Fr. _ veranlagt. Die restlichen Miteigentumsanteile standen im Eigentum weiterer Verwandter.
Mit Vertrag vom 24. Juni 1998 erfolgte unter den Verwandten eine Parzellierung und Realteilung der ererbten Grundstücke Nr. _4 und _5. Dabei wurde den Geschwistern X._ die Parzelle Nr. _5 als Ganzes zu je 1/3 Miteigentum zugewiesen.
In der Folge wurde die Parzelle Nr. _5 von den Geschwistern X._ in fünf Parzellen aufgeteilt. Die neuen Parzellen Nr. _6 - _9 überbauten sie mit vier Mehrfamilienhäusern, die sie in je 15 Stockwerkeinheiten aufteilten. Auf der Parzelle Nr. _5 (Restparzelle) wurde eine Einstellhalle errichtet. Für die Überbauung schlossen die Geschwister X._ einen Werkvertrag mit der Genossenschaft O._ ab, an der sie ebenfalls als Genossenschafter beteiligt waren. Der Verkehrswert des Grundeigentums belief sich im Jahre 2000 auf Fr. _. Die ersten Stockwerkeinheiten wurden im Jahre 2001 veräussert.
Die Steuerverwaltung des Kantons Bern qualifizierte die Geschwister X._ als gewerbsmässige Liegenschaftenhändler und erfasste die im Jahre 2001 realisierten Veräusserungsgewinne aus dem Verkauf der Stockwerkeinheiten in der Höhe von insgesamt Fr. _ bei den Geschwistern zu je einem Drittel (Fr. _) mit der Einkommenssteuer. Die drei Geschwister X._ erhoben je Einsprache. Sie verlangten, der bis 2000 entstandene Wertzuwachs sei der Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen. Die Einsprachen wurden am 11. August 2005 abgewiesen.
Die Rekurse der Geschwister X._ wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern je mit Entscheid vom 25. April 2006 ab.
B. A.X._, B.X._ und C.X._ führten in getrennten Eingaben Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses vereinigte die Verfahren. Mit Entscheid vom 20. September 2007 hiess es die Beschwerden gut, hob die angefochtenen Entscheide der Steuerrekurskommission auf und wies die Sache zur Festsetzung des steuerbaren Einkommens und zur Durchführung eines Grundstückgewinnsteuerverfahrens an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurück. Das Gericht hielt in seinen Erwägungen fest, die Steuerverwaltung dürfe über die Einkommenssteuer nur den seit der Privateinlage der Grundstücke entstandenen Wertzuwachs erfassen.
C. Hiergegen führt die Steuerverwaltung des Kantons Bern Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei das Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts vom 20. September 2007 aufzuheben und der Entscheid (recte: die Entscheide) der Steuerrekurskommission vom 25. April 2006 zu bestätigen.
Die Steuerpflichtigen und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts; eine Ausnahme gemäss Art. 83 des Gesetzes über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) liegt nicht vor. Der angefochtene Entscheid beendet das Verfahren zwar nicht, sondern weist die Sache zu neuem Entscheid an die Steuerverwaltung zurück. Auch geht es nicht nur um rein rechnerische Operationen, weil der Wertzuwachs ab dem Zeitpunkt der Privateinlage für die Einkommenssteuer neu zu ermitteln ist. Solche Entscheide sind nach dem Bundesgerichtsgesetz Zwischenentscheide, die nur unter der Voraussetzung von Art. 93 BGG anfechtbar sind, etwa wenn ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Der nicht wieder gutzumachende Nachteil wird aber in einem Fall wie dem vorliegenden bejaht, weil die Behörde nach den Vorgaben der oberen Instanz zu erlassenden, ihrer Auffassung widersprechenden Endentscheid mangels Beschwer nicht anfechten könnte (BGE 133 V 477 E. 4.2 und 5.2.4).
Die Steuerverwaltung des Kantons Bern ist zur Beschwerdeführung berechtigt. Ihre Legitimation ergibt sich aus Art. 73 Abs. 2 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG, SR 642.14).
2. Das Steuerharmonisierungsgesetz (Art. 12 StHG) erlaubt es den Kantonen, Grundstückgewinne nach dem monistischen oder nach dem dualistischen System zu besteuern. Der Kanton Bern erhebt die Grundstückgewinnsteuer auf der Veräusserung von Grundstücken grundsätzlich nach dem monistischen System. Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen daher auch Wertzuwachsgewinne aus der Veräusserung von Geschäftsliegenschaften (Art. 128 Abs. 1 und Art. 21 Abs. 3, e contrario, StG BE, wonach Gewinne auf Geschäftsgrundstücken nur bis zur Höhe der Anlagekosten dem steuerbaren Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit zugerechnet werden). Für monistische Systeme der Grundstückgewinnbesteuerung bestimmt Art. 12 Abs. 4 lit. b StHG, dass die Überführung einer Liegenschaft vom Privat- in das Geschäftsvermögen nicht als Realisation behandelt werden darf. Allerdings wird im Kanton Bern das monistische System für Liegenschaftenhändler insofern durchbrochen, als Grundstückgewinne von Liegenschaftenhändlern der Einkommenssteuer unterliegen, sofern am Grundstück wertvermehrende Arbeiten im Ausmass von mindestens 25 Prozent des Erwerbspreises ausgeführt worden sind (Art. 21 Abs. 4 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000, StG BE). Für diesen Fall - der hier unbestrittenermassen gegeben ist - vertritt die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid die Auffassung, dass nicht Art. 12 Abs. 4 lit. b StHG, sondern der für das dualistische System konzipierte Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG gelte. Danach bildet die Überführung des Grundstücks vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen eine Realisation. Da im kantonalen Steuergesetz eine entsprechende Bestimmung fehlt, hat die Vorinstanz in direkter Anwendung von Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG die Überführung der Liegenschaften ins Geschäftsvermögen als Realisationstatbestand bezeichnet und den vor der Aufnahme des Liegenschaftenhandels eingetretenen Wertzuwachs der Einkommensbesteuerung entzogen und der Grundstückgewinnsteuer unterstellt. Umstritten ist zwischen den Parteien dementsprechend, ob der vor der Überführung ins Geschäftsvermögen auf den Liegenschaften angewachsene Gewinn der Grundstückgewinnsteuer oder der Einkommenssteuer untersteht.
3. 3.1 Das Verwaltungsgericht hat erwogen, der Gesetzgeber des Kantons Bern habe sich zwar grundsätzlich für das monistische System entschieden. Er habe jedoch das monistische System nicht rein verwirklicht, indem er Grundstückgewinne von Liegenschaftenhändlern nicht generell, aber unter bestimmten Voraussetzungen der Grundstückgewinnbesteuerung entzogen und der Einkommenssteuer unterstellt habe. Das Steuerharmonisierungsgesetz schliesse dualistische Sonderregeln (Einbrüche) in einem monistischen System nicht grundsätzlich aus. Solche Ausnahmen dürften jedoch nicht so weit gehen, dass sie faktisch das dualistische System übernehmen würden, ohne auch die zwingenden Vorgaben des Steuerharmonsierungsgesetzes bei der dualistischen Besteuerung zu beachten. Aus diesem Grund sei vorliegend die Überführung des Grundstücks vom Privat- in das Geschäftsvermögen nach Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG - getreu dem dualistischen System - als steuersystematische Realisation mit der Grundstückgewinnsteuer abzurechnen und nicht etwa nach dem monistischen System (Art. 12 Abs. 4 lit. b StHG) unbeachtet zu lassen. Der Sinn und Zweck von Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG bestehe darin, dass im Bereich des dualistischen Systems der vor der Privateinlage aufgelaufene Mehrwert sowie der nach diesem Zeitpunkt eingetretene Mehrwert je der sachlich richtigen Steuer zugeführt werde.
Das bernische Steuergesetz sehe für gewerbsmässige Liegenschaftenhändler zwar einen dualistischen Einbruch in das grundsätzlich monistische System vor. Hingegen habe der Gesetzgeber es unterlassen, für diesen Fall beim Wechsel der Steuerart die vom Steuerharmonisierungsgesetz verlangten steuersystematischen Realisationstatbestände (Art. 12 Abs. 2 StHG) ins Gesetz zu übernehmen. Das bernische Steuergesetz stehe insoweit mit dem StHG nicht im Einklang und sei unvollständig. Es sei nicht Sache des Verwaltungsgerichts, unter den möglichen Lösungen eine Wahl zu treffen. Der Gesetzgeber werde sich jedoch überlegen müssen, ob bzw. für welche Fälle er an der Sonderregelung von Art. 21 Abs. 4 StG festhalten wolle. Für den vorliegenden Fall finde das StHG direkt Anwendung (Art. 72 Abs. 2 StHG), zumal die Anpassungsfrist für den kantonalen Gesetzgeber am 1. Januar 2001 abgelaufen sei (Art. 72 Abs. 1 StHG). Die Kriterien seien erfüllt, da in zeitlich nahem Zusammenhang zur Privateinlage auch wertvermehrende Arbeiten im Umfang von mindestens 25 % des Erwerbspreises ausgeführt worden seien und es zu einem Wechsel der Besteuerungsart gekommen sei (Art. 21 Abs. 4 StG BE).
3.2 Demgegenüber bringt die beschwerdeführende Steuerverwaltung vor, im Falle von Art. 21 Abs. 4 StG BE stehe nicht die Realisierung eines Mehrwerts, sondern die Arbeitsbeschaffung und damit die Erzielung eines Erwerbseinkommens im Vordergrund. Der bernische Gesetzgeber habe in diesem Fall ganz bewusst auf eine Zuweisung des Gesamtgewinns auf die Einkommens- und Grundstückgewinnsteuer verzichtet. Eine solche Zuweisung wäre nämlich praktisch undurchführbar, sei doch der massgebliche Zeitpunkt des Wechsels der Besteuerungsart - nämlich das Erreichen der Aufwendungen im Umfang von 25 % des Erwerbspreises - im Veräusserungszeitpunkt kaum noch feststellbar. Gegen die Anwendung von Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG sprächen verschiedene Gründe. Zum einen stehe weder im Zeitpunkt der Privateinlage noch bei Aufnahme der Arbeiten fest, ob die Schwelle von 25 % des Erwerbspreises je erreicht werde. Die Auffassung des Verwaltungsgerichts führe zu einer rückwirkenden Realisation, welche jedoch aus Gründen der Rechtssicherheit abzulehnen sei. Dazu komme, dass das Verwaltungsgericht einen neuen - weder im StHG noch in Art. 126 StG BE vorgesehenen - Veräusserung- bzw. Realisationstatbestand schaffe. Eine analoge Anwendung des im dualistischen System geltenden Realisationstatbestands (Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG) wäre nur statthaft, wenn eine Besteuerung nicht mehr möglich und folglich eine steuersystematische Realisation vorzusehen wäre. Das treffe für die bernische Regelung indessen nicht zu, zumal mit Art. 21 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 129 Abs. 1 lit. a StG BE sichergestellt sei, dass der gesamte erzielte Wertzuwachs besteuert werde.
4. 4.1 Die Begründung des Verwaltungsgerichts vermag zu überzeugen. Der Sinn der Einkommensbesteuerung von Grundstückgewinnen von Liegenschaftenhändlern, die daran wertvermehrende Arbeiten im Ausmass von mindestens 25 Prozent des Erwerbspreises ausgeführt haben, besteht darin, die auf Tätigkeit beruhende Wertsteigerung der Einkommensbesteuerung zuzuführen. Wie das Verwaltungsgericht dargelegt hat (angefochtenes Urteil E. 3.2), geht diese Sonderbehandlung der gewerbsmässigen Liegenschaftenhändler auf die alte Vermögensgewinnsteuer zurück, die nur auf der "unverdienten" Wertsteigerung, nicht jedoch auf der durch Arbeit und Kapital an einem Grundstück bewirkten Wertschöpfung erhoben werden sollte (vgl. Art. 77 Abs. 2 lit. a des Gesetzes über die direkten Staats- und Gemeindesteuern vom 29. Oktober 1944, aStG BE; Peter Locher, Das Objekt der bernischen Grundstückgewinnsteuer, Diss. Bern 1976, S. 71 ff.). Aus diesem Grund sind Kapitalgewinne auf Grundstücken im Kanton Bern von der Grundstückgewinnsteuer ausgenommen (und der Einkommenssteuer unterstellt), wenn die Person mit ihnen in Ausübung ihres Berufes handelt und daran wertvermehrende Arbeiten im verlangten Mindestumfang vorgenommen hat.
4.2 Für die Auffassung der Vorinstanz spricht auch, dass die Bemessung des Kapitalgewinns sich im Unternehmensbereich nach anderen Gesichtspunkten richtet als im Privatbereich. Im Unternehmensbereich erfolgt die Bemessung nach dem Buchwertprinzip, solange der wirkliche Wert des Gegenstandes nicht unter den steuerlich massgebenden Buchwert sinkt (Peter Locher, Kommentar zum DBG, N 119 f. zu Art. 18 DBG). Als massgeblicher Buchwert von Sacheinlagen ins Geschäftsvermögen kommt grundsätzlich nur der Verkehrswert in Betracht, und zwar jener im Zeitpunkt der Privateinlage. Eine Bewertung über dem wirklichen Wert würde handelsrechtliche Bewertungsvorschriften verletzen, eine Unterbewertung kann steuerrechtlich zu einer Besteuerung fiktiver Werte bzw. zu einem Verlust an Abschreibungssubstrat führen (Cagianut/Höhn, Unternehmungssteuerrecht, 3. Aufl. 1993, § 8 N 43 ff. S. 320 ff.; s. auch Ernst Känzig, Die Eidgenössische Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], Basel 1982, N 214 zu Art. 21 BdBSt). Auch bei der direkten Bundessteuer gilt als Einstandswert der Verkehrswert des Grundstücks in jenem Zeitpunkt, in dem es dem Zweck des Liegenschaftenhandels gewidmet wird (BGE 96 I 655 E. 4 S. 662 f.; Urteil 2A.101/1994 vom 17. Juli 1996, E. 5b, StE 1997 B 93.4 Nr. 4).
Auf die Anlagekosten wie im Bereich der Grundstückgewinnsteuer (vgl. Art. 137 StG BE) ist im Geschäftsbereich hingegen nicht zurückzugreifen. Denn das würde zu einer Vermischung der Bewertungsmethoden führen, wie die Vorinstanz zu Recht bemerkt (angefochtenes Urteil E. 4.2.2; s. auch Urteil 2P.130/2003 vom 28. Mai 2004 E. 4.4 in: StE 2004 A 11 Nr. 1). Auch aus diesem Grund ist es sinnvoll, den im Privatvermögensbereich eingetretenen Wertzuwachs nicht der Einkommenssteuer zu unterwerfen.
4.3 Diese Besteuerung entspricht auch der Besteuerung von Liegenschaftenhändlern im Recht der direkten Bundessteuer (vgl. angefochtenes Urteil E. 4.2.3). Bereits in BGE 96 I 655 E. 4 S. 662 f. hat das Bundesgericht zur damaligen eidgenössischen Wehrsteuer erkannt, dass der durch Wertzuwachs erzielte Gewinn eines Liegenschaftenhändlers nur insoweit mit der Einkommenssteuer erfasst werden dürfe, als dieser Wertzuwachs in den Zeitraum nach dem Zeitpunkt der Aufnahme der Erwerbstätigkeit bzw. des Liegenschaftenhandels falle. Diese Rechtsprechung wurde seither wiederholt bestätigt (ASA 57 458 E. 4; Urteil 2A.433/2004 vom 13. April 2005, E. 3.2, StR 60/2005 S. 489; Urteil 2A.101/1994 vom 17. Juli 1996, E. 5b, StE 1997 B 93.4 Nr. 4; s. auch Danielle Yersin, Les gains en capital considérés comme le revenu d'une activité lucrative, ASA 59 S. 166). Der Vorschrift von Art. 21 Abs. 4 StG BE liegt der Gedanke zugrunde, dass nur solche Grundstückgewinne über die Einkommenssteuer abgerechnet werden sollen, die aus dem Einsatz von Arbeit und Kapital herrühren. Wenn daher die Vorinstanz mit Blick auf Sinn und Zweck und den Gehalt der kantonalen Regelung nur den seit der Privateinlage entstandenen Mehrwert der Einkommenssteuer unterstellte, hat sie weder harmonisierungsrechtliche Grundsätze verletzt noch kantonales Recht willkürlich ausgelegt.
4.4 Allerdings unterliegen der Grundstückgewinnsteuer nach Art. 130 Abs. 1 StG BE grundsätzlich nur Gewinne, welche von der steuerpflichtigen Person durch ein Veräusserungsgeschäft erzielt bzw. echt realisiert worden sind. Die Privateinlage im eigentlichen Sinn als Überführung vom Privat- in das Geschäftsvermögen ist im kantonalen Steuergesetz nicht als Realisationstatbestand vorgesehen. Das Fehlen einer entsprechenden Bestimmung steht mit dem vom Kanton Bern gewählten monistischen System im Einklang. Danach kommt es bei der Überführung von Vermögenswerten aus dem Privat- in das Geschäftsvermögen nicht zu einer Realisation, weil die Überführung an der steuersystematischen Situation nichts ändert. Auch das Steuerharmonisierungsgesetz schreibt vor, dass im monistischen System der Grundstückgewinnbesteuerung die Überführung eines Grundstücks vom Privat- in das Geschäftsvermögen nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden darf (Art. 12 Abs. 4 lit. b StHG).
Gerade umgekehrt verhält es sich im dualistischen System. Für dieses bestimmt das Steuerharmonisierungsgesetz in Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG, dass die Überführung eines Grundstückes vom Privat- in das Geschäftsvermögen zwingend zu besteuern ist, d.h. einer Veräusserung gleichgestellt ist. Eine entsprechende Vorschrift enthält das bernische Steuergesetz für Grundstücke, mit denen die steuerpflichtige Person in Ausübung ihres Berufes handelt und an denen sie wertvermehrende Arbeiten im verlangten Mindestumfang ausführt (Art. 21 Abs. 4 StG BE), indessen nicht, obschon es sich dabei um einen dualistischen Einbruch in das grundsätzlich monistische System handelt. Die Vorinstanz schloss daraus zu Recht, dass das kantonale Steuergesetz mit Blick auf die bundesrechtlich harmonisierte Regelung lückenhaft sei. Das Steuerharmonisierungsgesetz lasse dem kantonalen Gesetzgeber eine gewisse Ausgestaltungsfreiheit bei der Wahl der Besteuerungsform (monistisches/dualistisches System). Auch gewisse Mischformen erschienen nicht ausgeschlossen. In diesen Fällen sei jedoch der Kanton verpflichtet, eine dem harmonisierten Recht entsprechende Regelung vorzusehen (angefochtenes Urteil E. 5.3 - 5.7).
4.5 Da im kantonalen Recht für diesen Fall eine Besteuerungsgrundlage fehlt, hat die Vorinstanz Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG direkt angewendet. Auch dieser Schritt steht mit dem Steuerharmonisierungsgesetz im Einklang und ist nicht zu beanstanden. Die Frist, die Art. 72 Abs. 1 StHG den Kantonen zur Anpassung ihrer Gesetzgebung an die Vorschriften des Steuerharmonisierungsgesetzes einräumt, war im Jahr 2001 abgelaufen. Nach Ablauf dieser Frist findet das Steuerharmonisierungsgesetz nach Absatz 2 dieser Vorschrift direkt Anwendung, wenn ihm das kantonale Recht widerspricht.
5. Was die Beschwerdeführerin gegenüber diesen Erwägungen vorbringt, vermag nicht aufzukommen.
Zu prüfen sind die Einwendungen der Beschwerdeführerin nur daraufhin, ob sie Bundesrecht und insbesondere die harmonisierungsrechtlichen Vorgaben verletzen oder auf einer willkürlichen Auslegung oder Anwendung des kantonalen Rechts beruhen (Art. 95 BGG). Davon kann hier keine Rede sein. Das Steuerharmonisierungsgesetz sieht Mischformen zwischen dem monistischen und dem dualistischen System nicht vor, verbietet sie aber auch nicht explizit. Ob die vom kantonalen Gesetzgeber vorgesehene dualistische Ausnahme vom monistischen System für den Liegenschaftenhandel harmonisierungsrechtlich zulässig ist, kann offen bleiben. Auf jeden Fall handelt es sich um eine Ausnahme von der Regelbesteuerung für eine Gruppe von Steuerpflichtigen, weshalb das Verwaltungsgericht zu Recht verlangt, dass jeder Teilmehrwert der sachlich richtigen Steuer zugewiesen wird. Darin kann keine willkürliche Auslegung von kantonalem Recht - welches für die Frage der Privateinlage zum Zweck des Liegenschaftenhandels überhaupt keine Regelung enthält, sondern eine Lücke aufweist (vorn E. 2) - erblickt werden. Die Beschwerdeführerin behauptet zwar, der bernische Gesetzgeber habe "ganz bewusst auf eine unterschiedliche Zuweisung des Gesamtgewinnes auf die Einkommens- und Grundstückgewinnsteuer verzichtet", ohne aber diese Behauptung auch nur im Entferntesten zu belegen. Ein qualifiziertes Schweigen des Gesetzgebers ist damit nicht dargetan. Der Kanton Bern hat vielmehr eine Mischform gewählt, die in gewissen Konstellationen nach besonderen Regeln ruft. Es liegt dabei nahe, auf die für das dualistische System geltenden Vorschriften zurückzugreifen.
Auch die praktischen Schwierigkeiten, welche die Beschwerdeführerin geltend macht, lassen das von der Vorinstanz gefundene Resultat nicht als bundesrechtswidrig erscheinen. Dass es nicht immer leicht ist, den genauen Zeitpunkt der Aufnahme der Erwerbstätigkeit festzustellen und den Wert der Liegenschaft rückwirkend auf diesen Zeitpunkt festzustellen, hängt mit dem vom kantonalen Gesetzgeber gewählten System zusammen, wonach zwei Voraussetzungen erfüllt sein müssen, damit die Einkommensbesteuerung eingreift. Zum einen muss eine Liegenschaftenhandelstätigkeit aufgenommen worden sein. Zum andern sind wertvermehrende Arbeiten im Ausmass von mindestens 25 Prozent erforderlich. Diese Kriterien können zeitlich auseinanderfallen. Solche Schwierigkeiten bei der Bestimmung des Zeitpunkts der Aufnahme der Liegenschaftenhandelstätigkeit oder der Bestimmung des Verkehrswertes rechtfertigen es jedoch nicht, den vor Aufnahme einer Handelstätigkeit entstandenen Wertzuwachs als Gewinn aus Liegenschaftenhandel zu besteuern, wie das Bundesgericht bereits in anderem Zusammenhang erkannt hat (vgl. BGE 96 I 655 E. 4 S. 661 f.).
6. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Kanton aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Dieser hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Kanton Bern auferlegt.
3. Der Kanton Bern hat den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren gesamthaft eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juli 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann