Fatti:
A. Il 14 luglio 2005 la A._SA, società immobiliare proprietaria del fondo part. xxx di Lugano, su cui sorge un edificio commerciale, ha presentato una querela contro B._ per i titoli di danneggiamento (art. 144 CP) e di violazione di domicilio (art. 186 CP). Il querelato, direttore della C._SA, locataria in detto immobile di spazi in cui gestisce un centro fitness e wellness, è sospettato di avere commesso tali reati in relazione con la tranciatura di una catena delimitante un posteggio coperto riservato alla proprietaria, che verrebbe da lui occupato abusivamente. Dopo avere accertato che non erano adempiuti gli elementi costitutivi dei reati, con decisione del 23 maggio 2011, il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha decretato il non luogo a procedere.
Un decreto di accusa dell'11 aprile 2011, con il quale il querelato è stato ritenuto colpevole dei citati reati per altri fatti, non è qui in discussione.
B. Contro il decreto di non luogo a procedere, la querelante ha presentato un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP). Con sentenza del 25 agosto 2011 la CRP ha respinto il reclamo.
C. La A._SA impugna questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullare il decreto di non luogo a procedere e di fare ordine al PP di procedere nei confronti del querelato per i reati di ripetuto danneggiamento e di ripetuta violazione di domicilio. La ricorrente fa essenzialmente valere l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso è ammissibile (DTF 136 II 101 consid. 1).
1.2 La decisione impugnata conferma il decreto di non luogo a procedere nei confronti del querelato e pone quindi fine al procedimento penale. Si tratta pertanto di una decisione finale pronunciata in materia penale dall'autorità cantonale di ultima istanza, contro la quale è ammissibile il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1, 80 cpv. 1 e 90 LTF).
1.3 Nella fattispecie, la decisione impugnata è stata emanata il 25 agosto 2011. La legittimazione a ricorrere della querelante dev'essere esaminata sotto il profilo dell'art. 81 LTF, sulla base del suo tenore in vigore al 1° gennaio 2011 (art. 132 cpv. 1 LTF; DTF 137 IV 246 consid. 1.3.1, 219 consid. 2.1 e rinvii). Secondo l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF, l'accusatore privato che ha partecipato alla procedura dinanzi all'istanza precedente è abilitato ad adire il Tribunale federale, se la decisione impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili. Quando l'accusatore privato non ha addotto le sue conclusioni civili nel procedimento penale, gli incombe il compito di spiegare quali pretese intenda fare valere e in quale misura la decisione impugnata potrebbe avere un'incidenza sul loro giudizio. Ciò in particolare laddove l'influenza sulla decisione relativa alle pretese civili non sia facilmente deducibile dagli atti tenendo conto della natura del reato perseguito (DTF 137 IV 246 consid. 1.3.1, 219 consid. 2.4; 127 IV 185 consid. 1a).
La ricorrente si limita ad addurre di essere legittimata a ricorrere nella sua veste di accusatrice privata che ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore. Non spiega tuttavia quali siano le sue pretese civili e per quali ragioni e in che misura il giudizio della CRP potrebbe influire sulle stesse. La ricorrente rileva invero che tra lei e la C._SA sarebbero pendenti da anni cause civili riguardanti il contratto di locazione relativo al centro fitness e wellness. Sostiene che la locatrice dovrebbe ancora pagarle almeno fr. 1'200'000.-- soltanto per le spese accessorie. Essa non sostanzia tuttavia pretese di natura civile in relazione ai reati prospettati, riguardanti specificatamente la tranciatura di una catena e la pretesa occupazione abusiva di un posteggio coperto. In tali circostanze, la legittimazione della ricorrente giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF per aggravarsi nel merito contro la sentenza della CRP appare quantomeno dubbia. La questione non deve tuttavia essere ulteriormente approfondita, giacché in ogni caso il ricorso non rispetta i requisiti di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF.
2. 2.1 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia penale al Tribunale federale può infatti essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (DTF 136 II 101 consid. 3; 134 IV 36 consid. 1.4.1). Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1). Trattandosi di garanzie di rango costituzionale, a norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina infatti le relative censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 136 I 49 consid. 1.4.1; 134 I 83 consid. 3.2; 134 II 244 consid. 2.2; 133 IV 286 consid. 1.4). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (DTF 134 I 83 consid. 3.2; 129 I 113 consid. 2.1).
2.2 In concreto, la ricorrente si limita a criticare in maniera appellatoria le decisioni delle precedenti autorità, opponendo la propria versione a quella del PP e della CRP. Non si confronta con la sentenza impugnata, la sola a costituire oggetto del litigio, spiegando con chiarezza e precisione per quali ragioni essa si fonderebbe su accertamenti di fatto arbitrari o violerebbe altrimenti il diritto. Riguardo al prospettato reato di danneggiamento, i giudici cantonali hanno esposto i motivi per cui hanno ritenuto poco credibili le deposizioni dell'impiegato D._, che aveva riferito di avere tranciato la catena su ordine del querelato. La CRP ha segnatamente accertato che l'impiegato aveva percepito come ingiusto il proprio licenziamento e che non risultavano elementi che confortavano la sua deposizione. La ricorrente non si confronta con l'insieme degli elementi considerati dalla precedente istanza, dimostrando perché, alla luce degli stessi, la conclusione della CRP relativa alla scarsa affidabilità della deposizione dell'impiegato sarebbe manifestamente insostenibile. Adducendo poi che la conclusione della Corte cantonale non potrebbe essere condivisa, siccome la catena sarebbe stata tranciata da D._ prima del suo licenziamento, la ricorrente disattende che le deposizioni ritenute poco credibili dalla CRP sono state rese alla polizia e al PP dopo il suo licenziamento. D'altra parte, contrariamente all'opinione della ricorrente, la CRP non ha accertato che il querelato possedeva una chiave del lucchetto della catena e non aveva perciò motivo di tranciarla. I giudici cantonali si sono in effetti limitati a riportare la versione del querelato e dell'impiegato, ma per finire non vi hanno dato peso ai fini del giudizio. La CRP non ha infatti escluso indizi di reato a carico del querelato perché questi avrebbe anche potuto aprire la catena con la chiave, ma perché la sola persona (l'impiegato) che in sostanza lo accusava del danneggiamento non era credibile.
Anche per quanto concerne l'ipotesi del reato di violazione di domicilio la ricorrente si limita a ribadire la propria opinione, adducendo essenzialmente che secondo il contratto di locazione le parti avrebbero sin dall'inizio inteso limitare l'utilizzazione dei posteggi a quelli esterni, non coperti. Essa non sostanzia tuttavia l'arbitrio dell'accertamento della CRP secondo cui il tenore letterale del contratto prevedeva per tutti gli avventori del centro la possibilità di utilizzare tutti i posteggi, senza distinzioni di sorta. Né tantomeno rende seriamente ravvisabili sufficienti indizi di reato o elementi costitutivi dello stesso. La ricorrente espone piuttosto argomentazioni che riguardano l'interpretazione del contratto di locazione concluso tra le parti e che rientrano nel contesto della controversia di natura civile. Addotte genericamente in questa sede, esse sono inammissibili e non devono essere esaminate oltre.
3. Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.