Faits:
A. Le Syndicat d'amélioration foncière intégrale de Court (ci-après: le Syndicat) a été constitué en décembre 1997 dans le but notamment d'assurer une nouvelle répartition du tracé de la route N16 Transjurane. Le projet général d'amélioration foncière intégrale de Court du 22 décembre 1999 a été approuvé, après mise à l'enquête publique et liquidation des oppositions, par la Direction de l'économie publique du canton de Berne le 12 mars 2001. Le Syndicat a mis à l'enquête publique l'ancien état et l'estimation des terres du 19 mai au 19 juin 2003. Les oppositions y relatives ont été levées.
Le 2 décembre 2003, A._ et B._, propriétaires de parcelles sises dans le périmètre du remaniement parcellaire, ont procédé à un échange de biens-fonds, de surface équivalente. Cette mutation a été inscrite au registre foncier. Le Syndicat a versé une indemnité de 50'000 francs à B._ pour les installations (silo et fosse à purin) sises sur la parcelle cédée par celui-ci.
Le projet de nouvelle répartition a été mis à l'enquête publique du 9 octobre au 7 novembre 2006. A._ et ses parents ont formé trois oppositions, qui ont pu être levées au terme de trois séances de conciliation devant la Commission d'estimation. Parmi les solutions trouvées figurait l'attribution de la berge ouest du ruisseau des Fontaines à A._.
Le 27 mars 2007, répondant à une offre de A._, le Syndicat a accepté de lui vendre les installations précitées pour la somme de 35'000 francs et lui a octroyé une aisance supplémentaire de plus de 1'000 m2 aux alentours de celles-ci.
En août 2007, A._ est devenu propriétaire des parcelles de ses parents.
En février 2008, la commune municipale de Court a refusé de donner son accord à la nouvelle proposition de répartition des propriétés, considérant que le ruisseau susmentionné ne pouvait pas être attribué à un propriétaire privé. Lors d'une nouvelle séance de conciliation, la Commission d'estimation a proposé au prénommé et à la commune de Court la variante n° 6 que la commune a acceptée et que l'intéressé a contestée. Dans l'ancien état à la base de la variante n° 6, A._ est propriétaire de terrains pour une surface totale de 79'664 m2, pour un total de 30'701 points agricoles. Le nouvel état prévu dans la variante n° 6 lui attribue les terrains n° 95.01, 95.02, 95.03 et 95.04, d'une surface totale de 75'181 m2, pour un total de 30'703 points agricoles.
Par décision du 2 juillet 2008, la Commission d'estimation a validé la variante n° 6 précitée. La Commission des améliorations foncières a rejeté le recours formé par A._, par décision du 18 septembre 2009. Le Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a confirmé cette décision, par arrêt du 13 décembre 2010.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler le jugement du Tribunal administratif et de renvoyer le dossier à l'intimé pour nouvelle décision au sens des considérants. Il conclut subsidiairement à la fixation de sa prétention à 31'573 points agricoles à l'ancien état.
Le Tribunal administratif se réfère à son jugement et renonce à prendre position. La Commission cantonale des améliorations foncières conclut au rejet du recours. Par courrier du 15 avril 2011, le recourant a répliqué.
C. Par ordonnance du 29 mars 2011, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif, présentée par le recourant.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Le recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Il est particulièrement touché par l'arrêt attaqué confirmant la fixation de sa prétention dans l'ancien état à 30'703 points agricoles en lieu et place des 31'573 points sollicités, de sorte qu'il peut se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il a donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint pour la première fois devant le Tribunal de céans, d'une violation de son droit d'être entendu et de l'art. 25 al. 3 des statuts du Syndicat approuvés par la Direction de l'économie publique du canton de Berne le 2 novembre 1998. Selon cette disposition, la Commission d'estimation doit entendre les propriétaires fonciers et les tiers intéressés avant de rendre ses décisions. Le recourant se prévaut également d'une violation de l'art. 28 al. 2 desdits statuts qui prévoit que les décisions individuelles seront notifiées aux intéressés sous pli recommandé ou par l'intermédiaire d'un mandataire moyennant certificat de notification. Il relève que selon l'état de propriété du 17 août 2007 les points agricoles pour la parcelle n° 95.03 s'élevaient à 3'473, alors que lors du dépôt public du 29 septembre 2006, la valeur en points de cette parcelle (alors n° 91.04) s'élevait à 4'823. Il reproche à la Commission d'évaluation de ne jamais l'avoir entendu à ce sujet.
Fût-il recevable, ce grief doit être d'emblée rejeté dans la mesure où le projet de nouvelle répartition a été mis à jour entre ces deux dates, en fonction des modifications discutées lors des séances de conciliation du 30 janvier, du 13 mars et du 10 avril 2007, auxquelles le recourant a pris part. La parcelle n° 95.03 dans l'état de propriété au 17 août 2007 ne correspond donc pas au bien-fonds n° 91.04 dans l'état de propriété au 29 septembre 2006. Il est ainsi évident que les points agricoles y relatifs ne sont pas les mêmes.
3. Le recourant prétend que le calcul de sa prétention à l'ancien état est erroné. Il reproche à l'autorité intimée d'avoir considéré que sa prétention agricole s'élevait à 30'701 points agricoles et estime avoir droit à 31'573 points. Il se plaint à cet égard d'une application arbitraire de l'art. 28 de la loi cantonale sur la procédure des améliorations foncières et forestières du 16 juin 1997 (LPAF; RSB 913.1). Il invoque également une violation de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), notamment du principe de la compensation réelle.
3.1 Les restrictions à la propriété ne sont compatibles avec la Constitution que si elles reposent sur une base légale, sont justifiées par un intérêt public suffisant et respectent le principe de la proportionnalité (art. 26, 36 al. 1 à 3 Cst.; ATF 126 I 219 consid. 2a et 2c p. 221 s.).
3.2 Selon le principe de la compensation réelle - ou de l'équivalence - qui régit la confection du nouvel état de propriété dans les remaniements parcellaires, les propriétaires intéressés à une telle entreprise ont une prétention à recevoir dans la nouvelle répartition des terrains équivalents, en quantité et en qualité, à ceux qu'ils ont cédés, pour autant que le but du remaniement et les nécessités techniques le permettent (ATF 122 I 120 consid. 5 p. 127; 119 la 21 consid. 1a p. 24 s. et les arrêts cités). S'agissant d'un remaniement agricole touchant aux bases de l'existence d'une exploitation, l'autorité doit tenir compte non seulement de l'emplacement des terres, de leur nature et de leur qualité, mais aussi de l'organisation de l'entreprise et de ses particularités; l'autorité doit rechercher toutes les solutions objectivement concevables pour résoudre les difficultés techniques susceptibles de compromettre la mise en oeuvre du principe de la compensation réelle (ATF 119 la 21 consid. 1a p. 24 s.). Si elle aboutit à la conclusion que des désavantages sérieux découlent de l'attribution prévue, l'autorité doit examiner s'il est techniquement possible de l'améliorer par des changements appropriés; elle doit aussi contrôler la situation des autres membres du syndicat et contrôler que la répartition des avantages et inconvénients s'est faite de manière équitable (ATF 95 1 522 consid. 4 et 7d p. 523-525).
Cette exigence découle aussi du droit à l'égalité de traitement (art. 8 Cst.). Celui-ci, qui n'a en général qu'une portée restreinte en matière d'aménagement du territoire (cf. ATF 118 la 151 consid. 6c p. 162; 116 la 193 consid. 3b p. 195; 114 la 254 consid. 4a p. 257 et les arrêts cités), a une importance plus grande dans le domaine des améliorations foncières, où les investissements des collectivités publiques créent des plus-values substantielles (ATF 119 la 21 consid. 1b p. 25 s.; 105 la 324 consid. 2c p. 326). Le droit à l'égalité est toutefois réduit en tant que, selon le cours ordinaire des choses, il est rarement possible d'assurer à chacun des propriétaires touchés une participation proportionnellement égale à l'enrichissement collectif. Il suffit que les disparités relevées à l'issue de la confection du nouvel état ne soient pas manifestes ou choquantes (ATF 119 la 21 consid. 1b p. 25 s.; 105 la 324 consid. 2c p. 326 s.). S'il apparaît que la situation faite à un propriétaire dans le nouvel état n'est pas totalement insoutenable, mais qu'elle est pourtant clairement insatisfaisante, parce que l'autorité a omis des éléments essentiels dans la confection du nouvel état (par exemple, les particularités de l'exploitation) ou parce qu'elle a négligé d'utiliser tous les moyens techniques à disposition pour améliorer cette situation, la décision cantonale doit être annulée pour arbitraire (ATF 105 la 324 consid. 1b p. 326). Le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'examen de questions qui relèvent des circonstances locales, voire d'aspects techniques, que les autorités cantonales sont censées mieux connaître que lui (ATF 119 la 21 consid. 1c p. 26; 105 la 324 consid. 2c p. 327 et les arrêts cités).
L'art. 28 LPAF prévoit que "les immeubles concernés par un remaniement parcellaire doivent faire l'objet d'une nouvelle répartition conforme à l'affectation de la zone dans laquelle ils se trouvent et, en règle générale, à leur valeur, à leur vocation et aux principes de la gestion d'entreprise". Lorsque, comme en l'espèce, le recourant critique l'application des règles gouvernant le remaniement - notamment celle de la compensation réelle -, le grief tiré de l'art. 26 Cst. se confond avec celui de l'application arbitraire de l'art. 28 LPAF (ATF 119 la 21 consid. 1a p. 25 et les arrêts cités).
L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (ATF 136 I 316 consid. 2.2.2 p. 318 s.; 135 V 2 consid. 1.3 p. 4; 134 I 263 consid. 3.1 p. 266; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17; 131 I 217 consid. 2.1 p. 219, 57 consid. 2 p. 61; 129 I 173 consid. 3.1 p. 178).
3.3 En l'espèce, après le regroupement en une seule propriété des fonds de la famille A._, le recourant disposait à l'ancien état de 30'215 points agricoles. A ce total, le Syndicat a ajouté 555 points agricoles résultant des cessions immobilières réciproques entre le recourant et B._, datées du 2 décembre 2003. Il a également ajouté 23 points agricoles résultant d'une nouvelle estimation de la parcelle n° 1011. Ces éléments ne sont pas contestés par le recourant.
En revanche est litigieux le fait que pour le calcul de l'ancien état servant de base à la variante n° 6, le Syndicat a déduit des 30'215 points agricoles, 510 points (en fait, 520 points minorés d'une déduction générale de 2 % pour le périmètre agricole) correspondant à une mutation jamais finalisée, ni inscrite au registre foncier. Cette mutation - dont le plan est daté du 23 septembre 2004 - portait sur le transfert d'une aisance supplémentaire d'une surface de 1'000 m2 sur l'ancienne parcelle de B._ pour les installations (fosse à purin et silo) dont le recourant avait acquis l'assise immédiate par l'échange du 2 décembre 2003 précité.
L'intéressé estime que cette déduction a été opérée à tort: il est d'avis que la prétention nette à l'ancien état s'élevait à 30'215 points agricoles sans tenir compte des 1'000 m2 et des 520 points correspondants.
3.4 Dans son argumentation, le Tribunal administratif a distingué l'aisance de 1'000 m2 mentionnée dans l'échange de terrains du 2 décembre 2003 (ci-après: première aisance) de l'aisance de 1'500 m2 accompagnant le dédommagement payé au Syndicat pour les installations (silo et fosse à purin) en 2007 (ci-après: seconde aisance). Il a rappelé, à l'instar de la Commission d'estimation et de la Commission de recours, que la mutation qui devait assurer au recourant la première aisance moyennant versement de 50'000 francs au Syndicat n'avait jamais été finalisée ni inscrite au registre foncier, alors qu'il en avait été tenu compte dans l'évaluation de l'ancien état au 29 septembre 2006. Quant à la seconde aisance de 1'500 m2, elle avait été obtenue par le recourant après qu'il a versé un dédommagement de 35'000 francs au Syndicat pour lesdites installations. Le 27 mars 2007, répondant à une offre de A._, le Syndicat avait en effet accepté de lui vendre celles-ci pour la somme de 35'000 francs et lui avait octroyé une aisance supplémentaire de plus de 1'000 m2 aux alentours de celles-ci. Simultanément, l'intéressé s'était vu octroyer un bonus de 418 points agricoles dans le calcul de la prétention selon l'ancien état.
En raison de cette issue qui lui est favorable dans la nouvelle répartition, le Tribunal administratif a considéré que le recourant ne pouvait pas prétendre dans l'ancien état à une plus-value de 520 points pour les 1'000 m2 d'une parcelle qu'il n'a pas acquise. Ce d'autant moins que l'ancien état avait déjà été réévalué de 555 points en raison de l'échange de terrains du 2 décembre 2003 et qu'un bonus de 418 points, "négocié devant la Commission d'estimation en lieu et place de la mutation annulée", lui avait été attribué. Faute de transfert réel de parcelles justifiant une mise à jour de l'ancien état, le Tribunal administratif s'est demandé si le bonus de 418 points était légalement fondé. Compte tenu du principe de la confiance, du pouvoir d'appréciation de la Commission d'évaluation et de sa cognition limitée (interdiction d'une réforme au détriment du recourant), il a cependant renoncé à mettre en cause ce bonus.
Dans ces circonstances, le Tribunal administratif pouvait considérer de manière soutenable que le recourant n'avait pas droit à une prétention plus élevée dans l'ancien état du fait du résultat de la nouvelle attribution, qui lui est favorable au sujet de l'aisance autour des installations. C'est donc à juste titre que lors du calcul de la prétention du recourant selon l'ancien état, l'instance précédente a déduit la surface et les points agricoles relevant de la mutation non finalisée. Cette solution ne viole pas la garantie de la propriété, même s'il est vrai que les 1'000 m2 de la première aisance et les 520 points agricoles ne sont pas expressément mentionnés dans l'ancien état au 29 septembre 2006.
Au demeurant, on peine à suivre le recourant lorsqu'il soutient que le montant de 35'000 francs qu'il a versé au Syndicat ne l'a pas été pour les installations, mais exclusivement pour la seconde aisance supplémentaire. Il ressort en effet clairement du procès-verbal du comité du Syndicat du 26 mars 2007 que "le comité accepte [...] la proposition de A._ de verser 35'000 francs au Syndicat pour l'acquisition des installations".
4. Dans la nouvelle répartition, le recourant conteste le déplacement de la limite des parcelles n° 95.03 et 95.01 par rapport aux limites définies dans le projet de répartition. Il prétend qu'il faut s'appuyer sur la variante qui a été mise à l'enquête publique du 9 octobre au 7 novembre 2006, qui est entrée en force et à laquelle personne ne s'était opposé.
4.1 L'art. 30 al. 1 LPAF prévoit que les plans et les décisions de portée générale qui confèrent aux propriétaires fonciers des droits ou leur imposent des obligations, ou qui les touchent dans leurs intérêts d'une autre manière doivent être mis à l'enquête publique. Conformément à l'art. 31 al. 1 LPAF, une opposition peut être formée contre l'objet de la mise à l'enquête publique et contre des décisions individuelles de l'organisme responsable. L'art. 52 al. 2 de l'ordonnance du 5 novembre 1997 sur la procédure des améliorations foncières et forestières (OPAF; RSB 913.111) dispose que la commission d'estimation, assistée de la direction du projet, tente de trouver un accord à l'amiable avec l'opposant ou l'opposante et éventuellement les autres propriétaires fonciers touchés par l'opposition. Le service compétent est convoqué à la séance de conciliation.
Selon l'art. 9 des Principes de la nouvelle répartition adoptés le 29 septembre 2006 (ci-après: les Principes), "au stade de l'opposition, les attributions sont encore provisoires; la Commission d'estimation et la Direction technique se réservent le droit de procéder à tout changement opportun".
4.2 Il ressort de ces dispositions que le dépôt public n'empêche pas la modification des attributions et ne fixe pas définitivement les divers éléments de la nouvelle répartition. La législation prévoit qu'il faut tenter de trouver un accord à l'amiable. Il est donc nécessaire de pouvoir modifier le projet et opérer des déplacements, afin d'obtenir un éventuel accord entre les parties. Vu le nombre élevé d'intéressés au projet, une certaine marge de manoeuvre doit être laissée à l'autorité pour trouver une solution et ce, indépendamment des oppositions existantes. Le règlement d'une divergence peut avoir des répercussions sur des parcelles qui n'étaient à l'origine pas directement touchées par l'opposition. L'art. 9 des Principes précités souligne expressément que les attributions sont encore provisoires, de même que les états de propriété du projet de nouvelle répartition.
Le Tribunal administratif déduit de ces considérations, à juste titre, que le dépôt public n'empêche pas la modification des attributions. En l'occurrence, la Commission d'évaluation a modifié le projet mis à l'enquête, afin de trouver une solution susceptible de convenir aux deux derniers opposants au projet, tout en procédant à une pesée des intérêts en présence. La variante n° 6 proposée tient notamment compte de l'intérêt public à ce que les cours d'eaux soient attribués à des collectivités publiques (notamment en raison de l'obligation d'entretien qui leur incombe en vertu de l'art. 3.10 des Principes précités). Dans ces circonstances, le recourant ne peut prétendre à un retour à la situation décrite lors du dépôt public. Le grief doit être écarté.
5. Il s'ensuit que le recours est rejeté. Le recourant, qui succombe, doit payer les frais judiciaires (art. 65 al. 1 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'octroyer des dépens au Syndicat (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission cantonale des améliorations foncières et au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française.
Lausanne, le 27 juin 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Fonjallaz Tornay Schaller