Considérant:
1. Par courrier du 23 novembre 2012, X._ a adressé une plainte de surveillance au Département fédéral de justice et police (DFJP) relatant divers dysfonctionnements prétendus dans le traitement du dossier de Y._ par l'Office fédéral des migrations (ODM) et le Tribunal fédéral administratif (TAF) concernant l'autorisation de séjour en Suisse pour y suivre des études à l'ETI. Le secrétariat général du DFJP a transmis le dossier au Tribunal fédéral comme autorité de surveillance pour les reproches qui concernent le TAF, en particulier les longs délais intervenus au cours de la procédure.
2. Le Tribunal fédéral administratif a pris sa décision finale par arrêt du 20 juin 2012. Le dénonciateur allègue, en substance, que cette décision du TAF ne se base que sur la prise en compte de l'intérêt public dans le contexte de la politique migratoire actuelle de la Suisse et soulève la question si cet intérêt n'aurait pas dû être pris en compte d'emblée par l'ODM pour éviter une perte de temps et des dépenses.
Cette critique du dénonciateur est dirigée contre le procédé de l'ODM et non contre celui du TAF. Cette question n'est pas à examiner par le Tribunal fédéral, seul compétent pour la surveillance administrative du TAF. Il est vrai que le dénonciateur relate aussi dans sa note annexée à sa lettre du 23 novembre 2012 que les différentes phases de la procédure devant le TAF ont pris un certain temps. Or, le 20 juin 2012, le TAF a pris sa décision finale. La présente affaire ne contient pas d'éléments particuliers qui justifieraient une intervention de l'autorité de surveillance à l'égard du TAF après que celui-ci a pris la décision finale. Il y a donc lieu de ne pas entrer en matière sur la dénonciation, pour autant que celle-ci soit dirigée contre le TAF.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral décide:
1. L'autorité de surveillance ne donne pas suite à la dénonciation.
2. Il n'est pas perçu de frais ni alloué de dépens.
3. La présente décision est communiquée au Tribunal administratif fédéral, Commission administrative, et en copie au dénonciateur.
Lausanne, le 27 février 2013
Au nom de la Commission administrative
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Secrétaire général
Kolly Tschümperlin