Faits:
A. A._ a été inculpée le 4 mars 2009 d'infraction à l'art. 19 de la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (ci-après: loi sur les stupéfiants ou LStup; RS 812.121), voire de blanchiment d'argent, pour avoir, à tout le moins depuis 2007, participé à un trafic de stupéfiants portant notamment sur de la marijuana, de concert notamment avec B._, son concubin, en détenant à son domicile une quantité d'environ 160 kg de marijuana, ainsi que pour avoir bénéficié pendant ces années du produit de la vente de stupéfiants, en recevant notamment de l'argent de B._. Le même jour, un mandat d'arrêt a été décerné à son encontre. La prolongation de sa détention a ensuite été autorisée jusqu'au 10 juin, puis au 9 septembre et au 8 décembre 2009.
Par ordonnances du 26 mai et du 26 juin 2009, la Chambre d'accusation du canton de Genève a refusé la mise en liberté de l'intéressée.
B. Le 11 septembre 2009, la Chambre d'accusation a une nouvelle fois refusé la mise en liberté provisoire de A._, considérant que les besoins de l'instruction et le risque de collusion perduraient et que les considérations émises dans l'ordonnance du 26 juin 2009 relatives au risque de fuite restaient d'actualité.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'ordonnance précitée et de prononcer sa mise en liberté immédiate. Subsidiairement, elle conclut au renvoi du dossier à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle requiert en outre l'assistance judiciaire.
La Chambre d'accusation renonce à formuler des observations et se réfère aux considérants de sa décision. Le Ministère public du canton de Genève conclut au rejet du recours.
La recourante a répliqué le 12 octobre 2009. Elle persiste intégralement dans les conclusions de son recours.
Considérant en droit:
1. Les décisions relatives au maintien en détention préventive sont des décisions en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF (cf. ATF 133 I 270 consid. 1.1 p. 273) et incidentes causant un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (arrêt 1B_114/2009 du 15 juin 2009 consid. 1). Formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours en matière pénale est recevable.
2. Une mesure de détention préventive n'est compatible avec la liberté personnelle, garantie par les art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH, que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'art. 34 du code de procédure pénale genevois (CPP/GE; cf. également l'art. 27 Cst./GE). Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.; ATF 123 I 268 consid. 2c p. 270). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, un risque de fuite ou un danger de collusion ou de réitération (cf. 34 let. a à c CPP/GE). Préalablement à ces conditions, il doit exister à l'égard de l'intéressé des charges suffisantes, soit de sérieux soupçons de culpabilité (art. 5 par. 1 let. c CEDH; arrêt 1B_63/2007 du 11 mai 2007 consid. 3 non publié in ATF 133 I 168; art. 34 in initio CPP/GE). S'agissant d'une restriction grave à la liberté personnelle, le Tribunal fédéral examine librement ces questions, sous réserve toutefois de l'appréciation des preuves, revue sous l'angle restreint de l'arbitraire (ATF 123 I 268 consid. 2d p. 271; pour une définition de l'arbitraire, cf. art. 9 Cst. et ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17; 131 I 217 consid. 2.1 p. 219; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9). L'autorité cantonale dispose ainsi d'une grande liberté dans l'appréciation des faits (ATF 114 Ia 283 consid. 3; 112 Ia 162 consid. 3b).
3. La recourante conteste l'existence de charges suffisantes. Elle fait valoir que c'est tout d'abord son concubin, B._, qui a été interpelé par la police le 25 novembre 2008. Durant les enquêtes qui ont duré plus de trois mois, rien n'indiquait qu'elle pourrait être impliquée dans un trafic de stupéfiants. C'est la raison pour laquelle elle restait en liberté et n'était même pas surveillée. Après son inculpation, les enquêteurs ont commencé à examiner une possible implication dans un trafic mais n'ont rien trouvé.
3.1 Appelé à se prononcer sur la constitutionnalité d'une décision de maintien en détention préventive, le Tribunal fédéral n'a pas à procéder à une pesée complète des éléments à charge et à décharge, ni à apprécier la crédibilité des personnes ou des éléments de preuve mettant en cause le prévenu. Il doit uniquement examiner s'il existe des indices sérieux de culpabilité justifiant une telle mesure (arrêt 1P.405/1998 du 30 novembre 1998 consid. 7b/cc, non publié in ATF 125 I 146; ATF 116 Ia 143 consid. 3c p. 146). L'intensité des charges permettant de justifier une mesure de détention n'est pas la même aux divers stades de l'instruction pénale; si l'on admet qu'après l'accomplissement des actes d'instruction envisageables la perspective d'une condamnation doive apparaître vraisemblable, des soupçons, même encore peu précis, peuvent être considérés comme suffisants dans les premiers temps de l'enquête (arrêt 1P.713/1991 du 27 novembre 1991 consid. 4b/aa).
3.2 En l'espèce, par renvoi à ses ordonnances du 26 juin et du 26 mai 2009, la Chambre d'accusation a relevé que l'inculpée avait détenu dans sa cave entre 150 et 160 kg de marijuana - amenés par son concubin B._, impliqué dans un vaste trafic international de drogue et actuellement détenu - puis avait transporté ou fait transporter plusieurs dizaines de kilos de cette drogue dans une cachette située dans un bois, à laquelle avait eu accès son fils âgé de quinze ans, lequel avait pris la majorité de la drogue pour lui-même et des amis. Il ressort effectivement du dossier, notamment des déclarations de la recourante, qu'elle était au courant de la présence de drogue dans sa cave ainsi que des activités de son compagnon. Interrogée le 3 mars 2009, elle a en effet déclaré qu'elle savait qu'il y avait de la marijuana dans la cave mais qu'elle en ignorait la quantité (p. 2). Par ailleurs, elle était prête à témoigner concernant B._ "et son activité, soit son trafic de marijuana" et ne s'était pas opposée aux activités de celui-ci, par peur pour ses enfants (p. 2 et 3). Elle pensait que c'était C._, le frère de son concubin, qui avait caché la drogue dans la forêt lorsqu'il était venu chez elle à la mi-janvier (p. 7). Elle a confirmé ses déclarations le 4 mars 2009, précisant qu'elle avait eu des doutes sur les activités de son compagnon et que, si elle avait dit avoir peur, c'est parce qu'elle avait "un pressentiment" (cf. notamment le procès-verbal de l'audience du 4 mars 2009 devant le Juge d'instruction, p. 2). Interrogé le 3 mars 2009, le fils de la recourante a déclaré que deux ou trois semaines après l'arrestation de B._, il était descendu à la cave avec sa mère; celle-ci lui avait montré 4 ou 5 sacs de sport, qui contenaient de la drogue, et lui avait dit: "Qu'est-ce qu'on va faire si la police découvre ça ?" Sa mère avait ensuite appelé C._ pour lui demander de les aider à se débarrasser de la drogue. Celui-ci avait été seul cacher 4 ou 5 sacs dans la forêt et, en revenant, lui avait expliqué où se trouvait la cache car sa mère ne comprenait pas bien ses explications. Il a confirmé ses dires dans une 2ème déclaration du même jour ainsi que les 4 et 10 mars 2009.
L'ensemble de ces éléments constitue un faisceau d'indices suffisant de la culpabilité de la recourante en relation avec la loi sur les stupéfiants. A ce stade, il importe peu de savoir à quel degré l'intéressée était impliquée dans le trafic de drogue de son concubin; c'est en effet au juge du fond et non à celui de la détention qu'il incombera d'apprécier sa culpabilité, cas échéant son degré de participation.
4. La recourante fait ensuite valoir qu'il n'existe pas de risque de collusion.
4.1 Le maintien du prévenu en détention peut être justifié par l'intérêt public lié aux besoins de l'instruction en cours. Tel est le cas par exemple lorsqu'il est à craindre que l'intéressé ne mette sa liberté à profit pour faire disparaître ou altérer les preuves, ou pour prendre contact avec des témoins ou d'autres prévenus, afin de tenter d'influencer leurs déclarations (ATF 132 I 21 consid. 3.2 p. 23; 128 I 149 consid. 2.1 p. 151 et les arrêts cités). On ne saurait toutefois se contenter d'un risque de collusion abstrait, car ce risque est inhérent à toute procédure pénale en cours et doit, pour permettre à lui seul le maintien en détention préventive, présenter une certaine vraisemblance. L'autorité doit ainsi indiquer, au moins dans les grandes lignes et sous réserve des opérations à conserver secrètes, quels actes d'instruction elle doit encore effectuer et en quoi la libération du prévenu en compromettrait l'accomplissement (ATF 132 I 21 consid. 3.2 p. 23; 128 I 149 consid. 2.1 p. 151 et les arrêts cités).
4.2 La Chambre d'accusation a considéré que l'analyse des comptes des inculpés se poursuivait et qu'il importait que celle-ci soit bouclée avant d'envisager une mise en liberté provisoire de la recourante, laquelle sera vraisemblablement amenée à être interrogée à nouveau à propos des mouvements opérés sur ses comptes. Le risque de collusion perdurait, à tout le moins jusqu'à ce que les actes d'enquête concernant la prévenue soient effectués. La recourante, quant à elle, rappelle qu'elle a été arrêtée le 3 mars 2009 alors que B._ était détenu depuis le 25 novembre 2008. Elle était donc libre de faire tout ce qu'elle voulait pendant plus de trois mois, et donc de se mettre en contact avec les acolytes de son concubin ou des témoins. Les enquêtes n'ont rien établis de tel. Elle aurait également eu tout le temps de faire détruire, vendre ou dissimuler la marijuana qui se trouvait dans sa cave. Par ailleurs, toutes les confrontations essentielles avaient déjà eu lieu et les détails des mouvements de son compte étaient connus depuis longtemps.
Il apparaît que les mesures d'instruction envisagées portent uniquement sur l'analyse des comptes des inculpés et l'audition de la recourante. La Chambre d'accusation n'a pas expliqué en quoi une mise en liberté de l'intéressée compromettait concrètement l'une ou l'autre de ces mesures. Comme l'a relevé la recourante, lors de l'audience d'instruction du 3 septembre 2009, le Juge d'instruction lui a posé une seule question relative aux versements effectués sur son compte par B._. Au surplus, les analyses en cours semblent concerner plutôt les mouvements d'argent résultant du trafic chapeauté par son concubin et effectués depuis les comptes de ce dernier. Du reste, le dossier ne contient aucun élément nouveau depuis le mois de juin 2009 s'agissant des comptes bancaires de la recourante. Au demeurant, la Cour cantonale n'a pas allégué que la prévenue pouvait profiter de sa liberté pour effectuer des opérations sur ses comptes ou les comptes de son concubin et faire ainsi disparaître le produit du trafic ou entraver les analyses en cours. Il s'ensuit que le risque de collusion n'est pas suffisamment établi en l'état, de sorte qu'il ne saurait fonder la détention préventive.
5. Il reste à examiner si le maintien en détention de la recourante peut être justifié par un risque de fuite.
5.1 Selon la jurisprudence, le risque de fuite doit s'analyser en fonction d'un ensemble de critères tels que la gravité de l'infraction, le caractère de l'intéressé, sa moralité, ses ressources, ses liens avec l'Etat qui le poursuit ainsi que ses contacts à l'étranger, qui font apparaître un tel danger non seulement possible, mais également probable (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62 et les arrêts cités). Lorsqu'elle admet l'existence d'un risque de fuite, l'autorité doit en outre examiner s'il ne peut être contenu par une mesure moins rigoureuse (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62; 123 I 268 consid. 2c p. 271; 108 Ia 64 consid. 3 p. 67; 102 Ia 379 consid. 2a p. 381/382 et les arrêts cités).
5.2 Renvoyant à son ordonnance du 26 juin 2009, la Chambre d'accusation considère que ce risque est réel au vu de la gravité des charges, de la nationalité étrangère de l'inculpée, de son peu d'attaches véritables avec la Suisse et du fait qu'elle ait disposé de trois passeports lettons. La recourante fait valoir que la Cour cantonale n'a pas examiné les pièces relatives à sa situation personnelle et familiale qu'elle avait déposées à l'appui de sa demande de mise en liberté. Elle allègue qu'elle a deux enfants en Suisse, où elle séjourne depuis neuf ans, qu'elle a gardé très peu de contacts avec son pays, qu'elle n'y a plus de famille et que sa mère habite en Russie. S'agissant de ses passeports, elle explique qu'un seul est valable et qu'elle est prête à le déposer, s'il le faut, afin de parer à tout risque de fuite. De même, afin d'offrir des garanties supplémentaires, la recourante propose le versement d'une caution de 20'000 fr. par un ami proche, qui la connaît depuis 2001 et est le parrain de sa fille.
Dans le cas d'espèce, la Cour cantonale n'a pas discuté des nouveaux arguments de la recourante. En particulier, elle n'a pas tenu compte de sa situation familiale, notamment du fait qu'elle avait deux enfants en Suisse, un garçon de 16 ans et une fille de 4 ans. Cet élément, s'il ne peut à lui seul exclure un risque de fuite, permet toutefois de le relativiser. Il est en effet plus difficile pour la recourante, qui a des liens étroits avec ses enfants, de quitter le Suisse en les y abandonnant, ou de fuir avec eux. La recourante allègue n'avoir plus de famille ni de contacts dans son pays alors que le Ministère public affirme qu'elle a conservé de nombreuses attaches familiales en Lettonie. On ne sait toutefois pas si tel est effectivement le cas, si la recourante voyage souvent à l'étranger pour rendre visite à sa mère ou à d'autres connaissances et si elle peut ainsi trouver facilement un accueil en quittant précipitamment la Suisse, avec ou sans ses enfants, ce qui ferait redouter concrètement un risque de fuite. Or, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de rechercher dans le dossier les renseignements qui permettraient de justifier les mesures litigieuses. En définitive, compte tenu notamment des allégués de la recourante quant à sa situation personnelle et familiale, les éléments indispensables pour apprécier le risque de fuite font défaut, de sorte que le Tribunal fédéral n'est pas en mesure de statuer. Il y a dès lors lieu de constater que la décision attaquée ne contient pas "les motifs déterminants de fait et de droit" requis par l'art. 112 al. 1 let. b LTF, si bien que la cause doit être renvoyée à l'autorité cantonale en application de l'art. 112 al. 3 LTF.
6. Lorsque le Tribunal fédéral constate que la procédure de refus de mise en liberté n'a pas satisfait aux garanties constitutionnelles ou conventionnelles en cause, il n'en résulte pas obligatoirement que le prévenu doive être immédiatement remis en liberté (ATF 116 Ia 60 consid. 3b p. 64; 115 Ia 293 consid. 5g p. 308; 114 Ia 88 consid. 5d p. 93). Tel est le cas en particulier lorsque, comme en l'espèce, la décision attaquée est annulée pour des raisons formelles liées à l'absence d'une motivation en fait et en droit suffisante et que l'existence de motifs fondés de refuser la mise en liberté ne peut pas d'emblée être exclue. La conclusion prise en ce sens par la recourante doit être rejetée. Pour rétablir une situation conforme au droit, il appartiendra à la Chambre d'accusation de statuer à nouveau sur la demande de mise en liberté, à bref délai et dans le respect des garanties découlant des art. 29 al. 2 Cst. et 112 al. 1 LTF.
7. Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis. La décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée à l'instance précédente pour qu'elle rende, à brève échéance, une décision qui réponde aux réquisits de l'art. 112 al. 1 LTF. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF). L'Etat de Genève versera en revanche une indemnité de dépens à la recourante, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 LTF). Vu l'issue du recours, la demande d'assistance judiciaire est sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. L'ordonnance attaquée est annulée et la cause renvoyée à la Chambre d'accusation du canton de Genève pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. La demande de mise en liberté immédiate est rejetée.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Une indemnité de 1'800 fr. à payer à la recourante à titre de dépens est mise à la charge du canton de Genève.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 14 octobre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard