Sachverhalt:
A. A.X._, geb. 1926, war zusammen mit seinem Bruder C.X._ Eigentümer eines Landwirtschaftsbetriebs und mehrerer Liegenschaften in .... Nach der Verpachtung des Landwirtschaftsbetriebs an D.X._ unterzeichneten A. und B.X._ sowie C.X._ am 10. Mai 1999 einen Revers und beanspruchten den Steueraufschub. Danach behielt das zum Landwirtschaftsbetrieb gehörende Land die Qualifikation als Geschäftsvermögen.
In den Jahren 1997 bis 2000 tätigten A.X._ und C.X._ sieben Landverkäufe (Gesamterlös Fr. 3'287'775.--) und einen Grundstückskauf.
Die zum Landwirtschaftsbetrieb gehörenden Parzellen Nr. ... und ... wurden ab dem Jahr 2004 mit je einem Einfamilienhaus überbaut. Mit Sacheinlage-/Sachübernahmevertrag vom 3. März 2005 übertrugen A.X._ und C.X._ die beiden Parzellen mit den im Bau befindlichen Einfamilienhäusern an die neu gegründete Y._ GmbH zu einem Kaufpreis von Fr. 422'950.-- und 464'200.-- (zusammen Fr. 887'150.--), wobei der Übergang von Nutzen und Gefahr per 1. September 2004 festgesetzt wurde. Die ... Gesellschafter der Y._ GmbH sind die Nachkommen von A. und B.X._.
B. In der Steuererklärung für Grundstückgewinne vom 21. November 2005 deklarierten A. und B.X._ und C.X._ einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 716'953.85 (Veräusserungserlös von Fr. 887'150.-- abzüglich Aufwendungen [Erschliessungskosten 1998 - 2004] von Fr. 170'196.15).
Die Steuerkommission ... erfasste den deklarierten Gewinn in der Folge als Einkommen aus einer selbständigen Erwerbstätigkeit im Rahmen der ordentlichen Veranlagung für die Staats- und Gemeindesteuern 2005. Mit Einspracheentscheid vom 12. August 2008 hielt sie an dieser Besteuerung fest.
Mit Entscheid 22. Oktober 2009 bestätigte das Steuergericht des Kantons Aargau die Gewinnaufrechnung aus Liegenschaftenhandel.
Eine Beschwerde hiergegen wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau kantonal letztinstanzlich am 16. Juni 2010 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen A. und B.X._ Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 16. Juni 2010. Überdies sei festzustellen, dass die getätigten Verkäufe der Parzellen Nr. ... und ... (recte: ... und ...) nicht der Einkommenssteuer unterliegen, und der im Jahre 1999 unterzeichnete Revers sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen "zur Neuaufrollung des Verfahrens". Sie rügen eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung und eine falsche bzw. willkürliche Rechtsanwendung.
Das Steueramt des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau stellte keinen Antrag.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau über die Staats- und Gemeindesteuern 2005 ist zulässig (Art. 82 ff., 86 Abs. 1 lit. d, Abs. 2, Art. 89 Abs. 1 BGG; Art. 73 StHG [642.14]).
1.2 Mit der Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist hier nur teilweise zu erkennen, beschränkt sich doch die Beschwerdeschrift im Wesentlichen darauf, die schon den Vorinstanzen vorgetragenen Argumente - weitgehend appellatorisch - zu wiederholen. Inwiefern das angefochtene Urteil an einem offensichtlichen Mangel leiden soll (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen), ist nicht zu erkennen.
Immerhin enthält die Beschwerde eine genügende Begründung, soweit geltend gemacht wird, dass vorliegend die Grundstückgewinne von Bundesrechts wegen nicht der Einkommenssteuer, sondern der Grundstückgewinnsteuer unterliegen. Der angefochtene Entscheid ist unter diesem Aspekt zu überprüfen.
1.3 Nicht einzutreten ist auf das Feststellungsbegehren. Dieses geht über den Hauptantrag (Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Rückweisung der Sache) nicht hinaus, womit ein schutzwürdiges Interesse fehlt (Art. 89 BGG).
2. 2.1 Das aargauische Steuergesetz vom 15. Januar 1998 (StG) folgt im Grundsatz dem dualistischen System der Grundstückgewinnbesteuerung. Gewinne aus der Veräusserung von Geschäftsliegenschaften unterliegen der Gewinn- oder Einkommenssteuer. Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne aus der Veräusserung von Grundstücken nur, wenn sie von der Einkommens- oder Gewinnsteuer nicht erfasst werden (§ 95 StG). Gewinne auf land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden bis zur Höhe der Anlagekosten den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zugerechnet und werden von der Einkommenssteuer erfasst (§ 27 Abs. 4 StG). Soweit der Erlös die Anlagekosten übersteigt, unterliegt der Gewinn - wie in Art. 12 Abs. 1 StHG vorgesehen - der Grundstückgewinnsteuer (§ 106 StG).
2.2 Die Beschwerdeführer möchten, dass der aus dem Verkauf der Parzellen ... und ... erzielte Gewinn - entsprechend ihrer Selbstdeklaration - der Grundstückgewinnsteuer unterliegt, die dank der über sechzigjährigen Haltezeit der Grundstücke massvoller ist als die ohne Satzmilderung berechnete Einkommenssteuer. Die aargauischen Steuerbehörden behandeln demgegenüber die veräusserten Parzellen als funktionell nicht mehr zum (verpachteten) Landwirtschaftsbetrieb gehörend, sondern als Geschäftsvermögen des Liegenschaftenhandels des Beschwerdeführers, und wollen sie entsprechend einkommenssteuerlich erfassen. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid (E. 2) ausführlich begründet, warum bei den Beschwerdeführern eine selbständige Erwerbstätigkeit als gewerbsmässige Liegenschaftshändler anzunehmen ist. Die Beschwerdeführer bestreiten die Annahme der Vorinstanz, sie seien gewerbsmässige Liegenschaftshändler, nicht in rechtsgenügender Weise (oben E. 1.2). Sie behaupten bloss, das Verwaltungsgericht vermöge nicht zu beweisen, "warum jetzt plötzlich die letzten beiden Bauplätze gewerbsmässigen Liegenschaftshandel sein sollten" (Ziff. 4 der Beschwerde). Damit ist davon auszugehen, dass die veräusserten Parzellen vor ihrer Veräusserung vom Geschäftsvermögen des Landwirtschaftsbetriebes in das Geschäftsvermögen des Liegenschaftshändlers übergingen. Es stellt sich die Frage, wie dieser Funktionswandel steuerlich zu würdigen ist.
2.3 Nach Ansicht der Vorinstanz im angefochtenen Urteil ist die Zuführung eines landwirtschaftlichen Grundstücks zu einer andersartigen, nicht landwirtschaftlichen geschäftlichen Nutzung (z.B. zum Zweck der Überbauung oder für gewerbsmässigen Liegenschaftenhandel) nicht als eine die Grundstückgewinnsteuer auslösende steuersystematische Überführung ins "ordentliche" Geschäftsvermögen zu betrachten. Vielmehr unterliege in diesen Fällen der ganze bei einer späteren Veräusserung realisierte Gewinn der Einkommenssteuer (unter Bezugnahme auf MARIANNE KLÖTI-WEBER, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, Rz. 2 zu § 106 StG). Demgegenüber halten die Beschwerdeführer diesen Wechsel vom für sie vorteilhaften Regime der Grundstückgewinnsteuer in das System der deutlich höheren Einkommenssteuer als unzulässig. Dies zu Recht, wie die nachfolgenden Ausführungen zeigen.
2.4 Das Bundesgericht hatte mit Urteil 2C_598/2007 vom 2. Juli 2008 (StR 63/2008 S. 864 E. 3, 4) einen ähnlichen Fall zu beurteilen, der allerdings die bernische Grundstückgewinnsteuer betraf. Dort hatten drei Geschwister unentgeltlich erworbenes Land parzelliert und mit vier Mehrfamilienhäusern überbaut, die sie gewinnbringend verkaufen konnten. Der Kanton Bern kennt grundsätzlich ein monistisches System der Grundstückgewinnbesteuerung, unterstellt aber Liegenschaftshändler unter gewissen Voraussetzungen der Einkommens- oder Gewinnsteuer. Nachdem den Geschwistern auf dem unentgeltlich erworbenen Land eine lange Besitzesdauer zustand, widersetzten sie sich der integralen Unterstellung unter die (höhere) Einkommenssteuer. Nach Auffassung des Bundesgerichts (wie auch des bernischen Verwaltungsgerichts) durfte die Überführung der Liegenschaften in das Geschäftsvermögen nicht ohne die steuersystematisch bedingte Korrektur erfolgen. Nach Art. 12 Abs. 2 lit. b StHG stelle nämlich die Überführung eines Grundstücks vom Privat- in das Geschäftsvermögen einen veräusserungsähnlichen Vorgang dar. Sinn und Zweck dieser Bestimmung sei es, im Bereich des dualistischen Systems der Grundstückgewinnbesteuerung den vor der Privateinlage aufgelaufenen sowie den nach diesem Zeitpunkt eingetretenen Mehrwert je der sachlich richtigen Steuer zuzuführen (E. 3.1). Dies gelte auch im zu beurteilenden Fall, indem die Geschwister Privatvermögen erworben und dieses mit der Aufnahme des Liegenschaftenhandels ins Geschäftsvermögen übergeführt hatten. Massgebender Buchwert von Sacheinlagen ins Geschäftsvermögen sei der Verkehrswert im Zeitpunkt der Einlage. Auf dem dergestalt zu berechnenden Gewinn sei die Grundstückgewinnsteuer zu erheben, und nur auf dem seitherigen Wertzuwachs sei die Einkommenssteuer geschuldet.
2.5 Im vorliegenden Fall handelte es sich zwar nicht um Privatvermögen, das zu einem bestimmten Zeitpunkt in das Geschäftsvermögen eines Liegenschaftenhändlers übergegangen war. Aufgrund des nach wie vor gültigen Revers aus dem Jahre 1999 handelte es sich bereits um Geschäftsvermögen, das zu einem Landwirtschaftsbetrieb gehörte. Mit der Zuerkennung einer neuen Funktion, verlor jedoch das Land seine Geschäftsvermögensqualität und wurde für eine "logische Sekunde" zu Privatvermögen. Hierauf wurde es zum damaligen Verkehrswert wiederum ins Geschäftsvermögen übergeführt, was einen veräusserungsähnlichen Vorgang im Sinne von § 96 Abs. 2 lit. b StG bildete. Darauf ist die Grundstückgewinnsteuer - unter Berücksichtigung der maximalen Haltezeit - zu berechnen. Einzig der seitherige Wertzuwachs darf einkommenssteuerlich erfasst werden. Nur auf diese Weise wird im dualistischen System gemäss StHG der vor der Privateinlage aufgelaufene und der nach diesem Zeitpunkt eingetretene Mehrwert je der sachlich richtigen Steuer zugeführt.
2.6 Dass von einem vorübergehenden Privatvermögen ausgegangen wird, welches dann wieder ins Geschäftsvermögen übergeht, mag zwar ungewöhnlich scheinen. Auch ist die Annahme der Vorinstanz, die Nutzungsänderung (Übergang von landwirtschaftlicher Nutzung zum Handelsobjekt) bilde keine die Grundstückgewinnsteuer auslösende steuersystematische Realisierung, an sich richtig; denn das Land war vorher und nachher Geschäftsvermögen. Aber vorher unterlag es - an sich systemwidrig - der Grundstückgewinnsteuer und nachher - systemkonform - der Einkommenssteuer. Damit fand ein Systemwechsel statt, welcher im dualistischen System der Grundstückgewinnbesteuerung zwingend berücksichtigt werden muss. Das Land wechselte - zwar stets bei denselben Grundeigentümern - vom Geschäftsvermögen des Landwirtschaftsbetriebs in das Geschäftsvermögen des Handelsunternehmens. Ein solcher Wechsel ist nur bei der Umstrukturierung eines Betriebs ohne vorübergehenden Verlust der Geschäftsvermögensqualität möglich (§ 28 StG), nicht aber bei einzelnen Liegenschaften, wie sie hier vorliegen (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, Rz. 114 zu Art. 18 DBG; zum Begriff des Betriebs, vgl. Kreisschreiben Nr. 5 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 1. Juni 2004 "Umstrukturierungen", Ziff. 3.2.2.3). Es ist daher richtig, gedanklich von einer Privatentnahme mit sogleich anschliessender Privateinlage auszugehen.
3. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerkommission ... zurückzuweisen. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Kanton Aargau, der Vermögensinteressen verfolgt, zu auferlegen (Art. 65 f. BGG). Dieser hat den Beschwerdeführern zudem eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Die Festsetzung der Kosten und Entschädigung für das kantonale Verfahren wird der Vorinstanz übertragen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 16. Juni 2010 aufgehoben und die Sache zu neuer Veranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerkommission ... sowie zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das kantonale Verfahren an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Kanton Aargau auferlegt.
3. Der Kanton Aargau hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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