Faits:
A.
En 2004, le Préfet de la Sarine a autorisé la construction de quatre immeubles locatifs de 96, 80, 56 et 28 logements ainsi qu'un parking souterrain de 273 places sur les parcelles nos 7115 et 7116 de la commune de Fribourg dont A._ est propriétaire. En 2006, alors que les travaux touchaient à leur fin, la ville de Fribourg a saisi le Préfet de la Sarine, considérant que les plans déposés par l'architecte ne respectaient pas le permis de construire en tant qu'ils prévoyaient un nombre de places de parc supérieur à celui autorisé.
B.
Par décision du 14 juin 2012, le Préfet de la Sarine a imparti à A._ un délai au 30 septembre 2012 pour déposer une demande de permis de construire relative aux places de parc autres que les 273 places autorisées en souterrain, en vue de la régularisation des travaux réalisés. La IIe Cour administrative du Tribunal cantonal a rejeté le recours de la constructrice contre cette décision.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que l'obligation de déposer une demande de permis de construire pour régularisation des travaux ne porte que sur six places de parc, 24 places extérieures étant déjà comprises dans l'autorisation du 14 décembre 2004. La cour cantonale et la commune de Fribourg concluent au rejet du recours. Le Préfet de la Sarine s'en remet à justice.
Par ordonnance du 24 mai 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1. Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF) ou contre les décisions partielles (art. 91 LTF). En vertu de l'art. 93 al. 1 LTF, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b). La jurisprudence admet que l'exigence de l'art. 93 al. 1 let. b LTF est aussi respectée lorsque le Tribunal fédéral pourrait rendre une décision partielle au sens de l'art. 91 LTF, c'est-à-dire une décision partiellement finale (arrêts 4A_650/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.4; 4A_7/2007 du 18 juin 2007 consid. 2.2.1). Il incombe à la partie recourante de démontrer que les conditions de l'art. 93 al. 1 LTF sont réalisées, en particulier lorsque cela n'est pas manifeste (ATF 137 III 324 consid. 1.1 p. 329; 136 IV 92 consid. 4 p. 95; 134 III 426 consid. 1.2 p. 429). L'art. 93 al. 1 let. b LTF doit être appliqué de façon stricte, dès lors que le recours immédiat se conçoit comme une exception et que l'irrecevabilité d'un tel recours ne porte pas préjudice aux parties, qui peuvent contester la décision incidente en même temps que la décision finale (ATF 133 IV 288 consid. 3.2).
Tout complément d'instruction entraîne nécessairement des frais et un prolongement de la procédure; cela ne suffit pas pour ouvrir le recours immédiat. Pour que la condition de l'art. 93 al. 1 let. b LTF soit remplie, il faut que la procédure probatoire, par sa durée et son coût, s'écarte notablement des procédures habituelles. Si l'administration des preuves doit se limiter à entendre les parties, à leur permettre de produire des pièces et à procéder à l'interrogatoire de quelques témoins, un recours immédiat n'est pas justifié. Il en va différemment s'il faut envisager une expertise complexe, plusieurs expertises, l'audition de très nombreux témoins ou l'envoi de commissions rogatoires dans des pays lointains (arrêts 2C_814/2012 du 7 mai 2013 consid. 3.3, in SJ, 2013 I 57; 2C_111/2011 du 7 juillet 2011 consid. 1.1.3, in SJ 2012 I p. 97 et RDAF 2011 I p. 594).
1.2. La décision attaquée ne met pas un terme à la procédure devant le préfet et revêt un caractère incident; elle n'est de ce fait susceptible d'un recours immédiat au Tribunal fédéral qu'aux conditions fixées à l'art. 93 LTF. L'hypothèse visée à l'art. 93 al. 1 let. a LTF n'entre pas en considération, un désavantage financier (du fait par exemple du prolongement de la procédure) n'entraînant, en principe, aucun préjudice irréparable (ATF 138 III 333 consid. 1.3.1 p. 335; 137 III 637 consid. 1.2 p. 640; ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36).
La recourante se contente d'affirmer que la décision attaquée est finale, sans autre explication; ce défaut de motivation pourrait déjà en soi donner lieu à l'irrecevabilité du recours. L'admission du recours pourrait certes conduire immédiatement à une décision finale, puisque le sort de 24 places de parc serait définitivement réglé s'il devait être constaté qu'elles étaient comprises dans les permis de construire de 2004. Mais, quoi qu'il en soit, la seconde condition de l'art. 93 al. 1 let. b LTF n'est pas réalisée. En effet, la décision attaquée a pour conséquence que la constructrice doit déposer une demande d'autorisation de construire pour régulariser la création de places de parc. Cela implique le dépôt de plans - que la recourante a vraisemblablement déjà fait établir - en vue d'une mise à l'enquête publique. Cette procédure peut se dérouler rapidement et sans frais excessifs. Au surplus, une mise à l'enquête doit quoi qu'il en soit avoir lieu pour quelques places de parc, comme le confirment les conclusions prises par la recourante. Cette procédure de régularisation peut sans complications être étendue à la totalité des places de parc litigieuses, sans qu'il en résulte un préjudice particulier pour la recourante.
L'arrêt attaqué ne peut donc pas faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral.
2.
Le recours doit par conséquent être déclaré irrecevable selon la procédure simplifiée prévue par l'art. 109 al. 2 let. a LTF, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Ville de Fribourg, au Préfet du district de la Sarine et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, IIe Cour administrative.
Lausanne, le 28 février 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Sidi-Ali