Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Vorinstanz hat die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers zunächst vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod) zutreffend dargelegt (BGE 119 V 337 Erw. 1, 118 V 289 Erw. 1b, 117 V 360 Erw. 4a). Darauf kann verwiesen werden.
b) Im Einspracheentscheid hat die National den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Verkehrsunfall, den die Versicherte am 1. Oktober 1992 erlitten hatte, und den über den 31. Oktober 1997 hinaus anhaltenden Beschwerden verneint. In einer Eventualbegründung stellte sie sich auf den Standpunkt, dass ihre Leistungspflicht selbst bei Bejahung der natürlichen Kausalität entfallen würde, da diesfalls die Adäquanz des Kausalzusammenhangs verneint werden müsste.
Die Vorinstanz hat erwogen, es könne nicht auf das Gutachten der Klinik B._ vom 16. Juni 1997 und die dazu gehörigen Teilberichte abgestellt werden, weil darin aus dem Fehlen organisch feststellbarer, direkter Unfallfolgen auf die psychogene Natur der vorhandenen Beschwerden geschlossen werde. Eine Auseinandersetzung mit der Erfahrungstatsache, dass nach einem Schleudertrauma der HWS auch ohne nachweisbare Befunde noch Jahre nach dem Unfall funktionelle, für die Unfallversicherung relevante Ausfälle verschiedenster Natur auftreten können, finde nicht statt. In der Folge hat sich das kantonale Gericht auf die von der Beschwerdegegnerin in Auftrag gegebenen Privatgutachten der Dres. med. A._ und Z._ gestützt, ohne sich zu deren Beweiswert im Rahmen der richterlichen Würdigung medizinischer Berichte und Expertisen zu äussern (vgl. BGE 125 V 354 Erw. 3c).
c) Zu der im Einsprache- und im erstinstanzlichen Beschwerdeverfahren im Vordergrund stehenden Frage nach der natürlichen Kausalität nahm die Klinik B._ in Ziffer 5 des von der National und dem Rechtsvertreter der Versicherten gemeinsam bereinigten Fragenkatalogs Stellung. Laut Angaben der Gutachter vom 16. Juni 1997 war der Unfall vom 1. Oktober 1992 Auslöser einer psychischen Reaktionsweise (ungünstige psychische Entwicklung und Symptomausweitung), womit der natürliche Kausalzusammenhang, wenn auch nicht plakativ, so doch in für das Gericht erkennbarer Weise, bejaht wird. Was das Fehlen organisch feststellbarer Unfallfolgen betrifft, so hält das Gutachten im Abschnitt "d.Beurteilung" zwar fest, dass "keine organischen Unfallfolgen, die im Grade der Wahrscheinlichkeit das heutige Beschwerdebild und die Funktionsbehinderungen erklären könnten", feststellbar seien; eine Folgerung daraus, etwa in dem Sinne, dass die natürliche Kausalität damit nicht gegeben sei, wird jedoch nicht gezogen. Aus dem Gutachten kann auch nicht herausgelesen werden, dass das Beschwerdebild ausschliesslich psychogener Natur sei. Die Aussage geht vielmehr dahin, dass das Distorsionstrauma zu "Muskelverspannungen und schmerzbedingten Bewegungs- und Funktionseinschränkungen" führte. Die Verarbeitung des Unfallereignisses sei gestört gewesen und es hätten sich diffuse, fast den ganzen Körper betreffende Beschwerden dazugesellt. Mit der Wendung "dazugesellt" kommt indirekt und dem Sinne nach zum Ausdruck, dass die im Zusammenhang mit der Auffahrkollision aufgetretenen Bewegungs- und Funktionseinschränkungen persistierten. Die Kritik der Vorinstanz am Gutachten der Klinik B._ ist daher nicht stichhaltig, und es kann ohne weiteres auf dieses abgestellt werden. Da der rechtserhebliche medizinische Sachverhalt umfassend abgeklärt ist, besteht entgegen dem Eventualantrag der National kein Anlass, ein Obergutachten anzuordnen.
2.- Im angefochtenen Entscheid ist die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers weiter vorausgesetzten adäquaten Kausalzusammenhang zwischen einem Unfall mit Schleudertrauma der HWS ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle und den hernach andauernden Beschwerden mit Einschränkung der Arbeits- und Erwerbsfähigkeit (BGE 117 V 359) zutreffend wiedergegeben. Die Vorinstanz hat sodann richtig dargelegt, dass die Beurteilung der Adäquanz in denjenigen Fällen, in welchen die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der HWS gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise gegeben sind, im Vergleich zur vorliegenden ausgeprägten psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten, nach der für psychische Fehlentwicklungen nach Unfällen geltenden Rechtsprechung (BGE 115 V 133) vorzunehmen ist (BGE 123 V 99 Erw. 2a mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3.- Die Gutachter der Klinik B._ stellen namentlich auf Grund des rheumatologischen Konsiliums vom 27. Februar 1997 eine Symptomausweitung auf dem Hintergrund einer histrionischen Charakterstruktur der Versicherten fest. Eine solche Symptomausweitung ist in der Tat offensichtlich. Nach dem erwähnten Konsilium liegt ein generalisiertes Beschwerdebild vor, das nicht mehr einzelnen Strukturen der Wirbelsäule zugeordnet werden kann. Im ganzen Wirbelsäulenbereich finden sich auf leichte Berührungen hochgradige Empfindlichkeiten. Es ist dem Gutachter zu folgen, dass diese Befunde nicht auf ein post-distorsionelles Geschehen bezogen werden können, wobei diese Aussage nicht den natürlichen Kausalzusammenhang betrifft, sondern bedeutet, dass diese Erscheinung nicht zum typischen Beschwerdebild nach einem Schleudertrauma der HWS (vgl. BGE 117 V 360 Erw. 4b) gehört. Damit stellt sich die Frage, ob diese Ausweitung des Beschwerdebildes, die psychogener Natur ist, die übrigen Beschwerden ganz in den Hintergrund treten lässt mit der Folge, dass die Adäquanz des Kausalzusammenhangs nach Massgabe von BGE 115 V 133 zu beurteilen wäre.
a) Der Rechtsprechung gemäss BGE 123 V 99 Erw. 2a liegt der Sachverhalt zu Grunde, dass sehr bald nach einem Unfall mit Schleudertrauma der HWS oder äquivalenten Verletzungen, gleichsam an diesen anschliessend, die psychische Problematik derart überwiegt, dass die mit dem Schleudertrauma einhergehenden gesundheitlichen Beeinträchtigungen (buntes Beschwerdebild) völlig in den Hintergrund treten. Die Formulierung in BGE 123 V 99 Erw. 2b, "das in den ersten Monaten nach dem Unfall durch die Schleuderverletzung geprägte Beschwerdebild (habe) in der Folge in eine psychische Überlagerung umgeschlagen, welche schliesslich eindeutige Dominanz aufwies", ist insofern nicht unmissverständlich, als die Wendung "in der Folge" unter Umständen auf eine gewisse zeitliche Distanz zum Unfall schliessen lassen könnte. Die in BGE 123 V 99 Erw. 2a zitierten Urteile (Urteil C. vom 28. November 1994, U 107/94, auszugsweise publiziert in RKUV 1995 S. 116 Nr. 8 und F. vom 6. Januar 1995, U 185/94, auszugsweise publiziert in RKUV 1995 S. 117 Nr. 9) zeigen aber ganz klar, dass die psychische Problematik unmittelbar nach dem Unfall eindeutige Dominanz aufweisen muss, damit anstelle von BGE 117 V 351 die zur Adäquanz bei Unfällen mit anschliessend einsetzender psychischer Fehlentwicklung geltende Rechtsprechung Anwendung findet. Würde auf das Erfordernis eines nahen zeitlichen Zusammenhangs zwischen Unfall und überwiegender psychischer Problematik verzichtet, hätte dies zur Folge, dass der adäquate Kausalzusammenhang bei den meisten Versicherten, die ein Schleudertrauma der HWS oder eine äquivalente Verletzung erlitten haben und im Zusammenhang mit diesem Unfall auch an psychogenen Beschwerden leiden, nach BGE 115 V 133 zu beurteilen wäre. Denn bei Opfern eines Schleudertraumas der HWS, bei welchen keine organischen Befunde vorliegen, steht mit zunehmender zeitlicher Distanz zum Unfall immer häufiger die psychische Problematik im Vordergrund. Damit würde jedoch die Rechtsprechung zum adäquaten Kausalzusammenhang bei Schleudertraumen der HWS ohne organisch nachweisbare Befunde (BGE 117 V 359) unterlaufen, für deren Anwendung eben gerade nicht entscheidend ist, ob Beschwerden medizinisch eher als organischer und/oder psychischer Natur bezeichnet werden.
b) Soll die Rechtsprechung gemäss BGE 123 V 99 Erw. 2a auch in einem späteren Zeitpunkt angewendet werden, ist die Frage, ob die psychische Problematik die übrigen Beschwerden nach einem Unfall mit Schleudertrauma der HWS ganz in den Hintergrund treten lässt, nicht auf Grund einer Momentaufnahme zu entscheiden. So ist es nicht zulässig, längere Zeit nach einem solchen Unfall, wenn die zum typischen Beschwerdebild gehörenden physischen Beschwerden weitgehend abgeklungen sind, die psychische Problematik aber fortbesteht, diese fortan nach der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen zu beurteilen, während sie in einem früheren Stadium, als das typische Beschwerdebild noch ausgeprägt war, nach der Schleudertrauma-Praxis beurteilt worden wäre. Vielmehr ist in einem solchen Fall zu prüfen, ob im Verlaufe der ganzen Entwicklung vom Unfall bis zum Beurteilungszeitpunkt die physischen Beschwerden gesamthaft nur eine sehr untergeordnete Rolle gespielt haben und damit ganz in den Hintergrund getreten sind. Nur wenn dies zutrifft, ist die Adäquanz nach der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen (BGE 115 V 133) zu beurteilen.
c) Diese Voraussetzung ist im vorliegenden Fall nicht erfüllt. Aus den ärztlichen Berichten, die aus der Zeit vor der Begutachtung durch die Klinik B._ stammen, geht hervor, dass die Versicherte am 1. Oktober 1992 ein Schleudertrauma der HWS erlitten hat und das nach solchen Verletzungen übliche bunte Beschwerdebild vorlag (Berichte der Dres. med. M._ vom 7. November 1992 und H._ vom 28. Dezember 1992, 7. Januar und 6. Mai 1993 sowie 6. April 1994 und der Klinik R._ vom 21. September 1993, 29. Oktober 1993 und 4. März 1994). Die psychische Problematik, die sich laut neuropsychologischem Bericht der Klinik R._ vom 15. September 1993 im September 1993 manifestierte und in der Folge ausweitete, hat damit die übrigen Beschwerden nicht ganz in den Hintergrund treten lassen. Für die Adäquanzbeurteilung ist daher - im Ergebnis übereinstimmend mit der Vorinstanz - die Rechtsprechung gemäss BGE 117 V 359 massgebend.
d) In Anwendung dieser Rechtsprechung hat die Vorinstanz, ausgehend von einem im unteren Bereich der mittelschweren Unfälle liegenden Ereignis, die Adäquanz des Kausalzusammenhangs zu Recht bejaht. Es kann auf die entsprechenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden.
4.- Die von der Beschwerdegegnerin in Auftrag gegebenen Parteigutachten der Dres. med. A._ und Z._ haben nichts Wesentliches zur Aufklärung des rechtserheblichen Sachverhalts beigetragen. Bei den dadurch entstandenen Auslagen handelt es sich daher nicht um durch den Rechtsstreit verursachte notwendige Kosten, welche die National der Versicherten unter dem Titel Parteientschädigung zu vergüten hätte (vgl. BGE 115 V 62). Die Auslagen für die Privatgutachten in der Höhe von Fr. 3600.- und Fr. 3982.30 sind demnach von der vorinstanzlich zugesprochenen Prozessentschädigung von insgesamt Fr. 11 300.- in Abzug zu bringen. Insoweit ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gutzuheissen.
5.- Auf Grund von Art. 134 OG werden für das letztinstanzliche Verfahren keine Gerichtskosten erhoben. Entsprechend dem Ausgang des Prozesses hat die in der Hauptsache obsiegende Beschwerdegegnerin Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (Art. 159 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 135 OG). Soweit sie unterliegt, kann dem Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung entsprochen werden, da die Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 152 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG; BGE 125 V 202 Erw. 4a und 372 Erw. 5b). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
wird Dispositiv-Ziffer 3 des Entscheids des
Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom
19. März 2001 dahingehend geändert, dass die der Beschwerdegegnerin
zugesprochene Prozessentschädigung
auf Fr. 3717.70 herabgesetzt wird. Im Übrigen wird die
Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III.Die Schweizerische National-Versicherungs-Gesellschaft
hat der Beschwerdegegnerin für das Verfahren vor dem
Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung
von Fr. 2000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer)
zu bezahlen.
IV.Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung
wird Rechtsanwalt Hans Schmidt, Zürich, für das Verfahren
vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht
aus der Gerichtskasse eine Entschädigung (einschliesslich
Mehrwertsteuer) von Fr. 500.- ausgerichtet.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht
des Kantons Zürich, dem Bundesamt für
Sozialversicherung und der Krankenkasse KBV, Winterthur
zugestellt.
Luzern, 18. Juni 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: