Fatti:
A. La Società di Navigazione del Lago di Lugano (SNL) esercita la navigazione sul lago di Lugano dal 1881 ed è costituita nella forma della società anonima. Essa beneficia attualmente di una concessione federale per il trasporto regolare e professionale di persone per battello nel bacino svizzero del lago di Lugano, rilasciatale il 10 dicembre 1996 dall'allora Dipartimento federale dei trasporti, delle comunicazioni e delle energie (ora: Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni, DATEC) per il periodo dal 1° gennaio 1997 al 31 dicembre 2016. Per questo stesso periodo, beneficia inoltre di un'analoga concessione per la navigazione sul bacino italiano del lago, accordata dal Ministero dei trasporti e della navigazione della Repubblica italiana.
B. La società è proprietaria a Lugano-Castagnola, in località Cassarate, del fondo part. n. 144, di complessivi 5'706 m2, che si affaccia sul lago. Esso è censito a registro fondiario quale edificio sub A di 1'876 m2, edificio sub B di 171 m2, edificio sub C di 14 m2, edificio sub D di 8 m2 e quale superficie non edificata, rivestimento duro, acque di 3'637 m2. Nell'edificio principale si trovano al piano terreno il cantiere navale con l'hangar per le imbarcazioni direttamente accessibile dal lago e officine, magazzini, refettorio e ufficio tecnico, mentre al primo piano sono ubicati gli uffici amministrativi, l'appartamento del custode, oltre un ulteriore magazzino.
C. Il 28 luglio 1975 il Consiglio comunale di Lugano ha adottato il piano regolatore relativo alle sezioni di Brè e Castagnola, attribuendo numerosi fondi lacustri, tra cui quello della SNL, a una zona soggetta a pianificazione specifica (Ps). Il 7 novembre 1977 lo stesso ha precisato i contenuti di detta zona, adottando un piano del comprensorio di protezione delle rive del lago (PPRL), comprendente il piano delle zone, nonché il piano viario e delle attrezzature pubbliche relative alla sezione di Castagnola. In tali documenti, il fondo part. n. 144 risulta assegnato ad una zona per attrezzature pubbliche (AP) da destinare a lido e giardini.
Il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato il 30 novembre 1977 il piano regolatore di Lugano sezione di Brè e Castagnola, compreso il PPRL, ordinando contestualmente la pubblicazione di quest'ultimo atto. Con risoluzione del 9 febbraio 1979 il Governo ha definitivamente approvato il PPRL sezione di Castagnola, evadendo nel contempo i ricorsi interposti contro lo stesso e contro il Ps. Il 7 dicembre 1993 è entrata in vigore la successiva revisione del piano regolatore riguardante la sezione di Castagnola, che ha confermato il vincolo AP a carico del fondo part. n. 144, attribuendogli la destinazione svago e tempo libero, segnatamente gioco bambini.
D. Il 22 settembre 1997 la SNL ha inoltrato al Tribunale di espropriazione una richiesta di indennità di complessivi fr. 8'381'940.-- (pari a fr. 1'470.-- al m2) per espropriazione materiale nei confronti del Comune di Lugano. Secondo la proprietaria, che nelle conclusioni ha aumentato la propria pretesa a fr. 11'232'940.--, il vincolo AP a carico del suo fondo ne avrebbe comportato l'estromissione dal mercato immobiliare e impedito un ulteriore sfruttamento edilizio. Con sentenza del 5 maggio 2004 il Tribunale di espropriazione ha accolto parzialmente la domanda, riconoscendo alla SNL e a carico del Comune di Lugano un'indennità di fr. 5'888'610.--, oltre interessi, per l'espropriazione materiale della particella n. 144.
E. Contro il giudizio del Tribunale di espropriazione, sia la SNL sia il Comune hanno adito il Tribunale cantonale amministrativo, che con sentenza del 20 agosto 2007, ha respinto il ricorso della prima e accolto quello del secondo, annullando la decisione di primo grado e respingendo la pretesa d'indennità. La Corte cantonale ha ritenuto che la fattispecie doveva essere esaminata prendendo in considerazione quale data determinante ai fini di una possibile espropriazione materiale il 9 febbraio 1979. Ha rilevato che l'inclusione della particella n. 144 nella zona AP costituiva un rifiuto di attribuirla alla zona edificabile e ha negato un caso di espropriazione materiale, poiché, trattandosi di un comprensorio utilizzato esclusivamente o quantomeno prevalentemente per l'esercizio della navigazione, esso è soggetto unicamente all'ordinamento federale e il vincolo comunale non impedisce l'utilizzazione delle installazioni né eventuali ulteriori interventi edilizi per esercitare la concessione di navigazione.
F. La SNL impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questa sentenza, chiedendo che sia modificata nel senso che il Comune di Lugano sia condannato a versarle l'importo di fr. 11'232'940.--, oltre interessi, a titolo di espropriazione materiale per il vincolo AP a carico del fondo part. n. 144. Chiede inoltre che le spese giudiziarie siano poste a carico del Comune e che le siano riconosciuti fr. 330'000.--, oltre IVA, rispettivamente fr. 148'500.--, oltre IVA, a titolo di ripetibili di prima, rispettivamente di seconda istanza cantonale. La ricorrente fa valere la violazione della garanzia della proprietà, del divieto dell'arbitrio, del principio della buona fede, della libertà economica, oltre a un accertamento manifestamente inesatto dei fatti.
G. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza, negando in particolare un caso di dezonamento e precisando che l'art. 26 delle norme di attuazione del piano regolatore comunale (NAPR), invocato dalla ricorrente, non torna applicabile in concreto, trattandosi di un fondo inserito nella zona AP. Il Tribunale di espropriazione comunica di non avere particolari osservazioni da formulare, mentre il Municipio di Lugano postula la reiezione del gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 133 III 462 consid. 2, 489 consid. 3).
1.2 Con la sentenza impugnata, il Tribunale cantonale amministrativo ha negato alla ricorrente un'indennità per espropriazione materiale derivante da una restrizione della proprietà fondata su una misura di natura pianificatoria secondo l'art. 5 cpv. 2 LPT. Giusta l'art. 82 lett. a LTF il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico. Questo rimedio è dato anche in concreto, ritenuto che la LTF non prevede un'eccezione al riguardo e che l'art. 34 cpv. 1 LPT, nella versione in vigore dal 1° gennaio 2007, prevede che i rimedi giuridici proponibili dinanzi alle autorità federali sono retti dalle disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.
1.3 Presentato dalla parte che ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, direttamente toccata dalla decisione e avente un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (art. 89 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF), tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), è di massima ammissibile.
1.3 Presentato dalla parte che ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, direttamente toccata dalla decisione e avente un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (art. 89 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF), tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), è di massima ammissibile.
1.4 1.4.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Inoltre, quando è invocata la violazione di diritti costituzionali e di disposizioni di diritto cantonale, a norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina le censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.4.2, 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2). Il Tribunale federale statuisce di principio sulla base dei fatti accertati dall'autorità precedente (cfr. art. 105 cpv. 1 LTF), riservati i casi previsti dall'art. 105 cpv. 2 LTF. Questa disposizione gli conferisce la possibilità di rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti della decisione impugnata nella misura in cui lacune o errori dovessero apparire d'acchito come manifesti. La ricorrente può quindi contestare l'accertamento dei fatti determinanti per il giudizio solo se siano stati stabiliti in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in maniera manifestamente inesatta (art. 97 cpv. 1 LTF), vale a dire arbitraria, ciò che deve dimostrare con una motivazione conforme alle esigenze poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF.
1.4.2 Nella misura in cui la ricorrente, invocando la violazione di diritti costituzionali, si diffonde in argomentazioni essenzialmente appellatorie, il gravame non adempie le citate esigenze di motivazione ed è pertanto inammissibile. Essa fonda in effetti il suo gravame su una diversa data determinante rispetto a quella considerata nel giudizio impugnato ed adduce un preteso caso di dezonamento, contrapponendo una sua diversa opinione alle considerazioni ivi contenute. Non si confronta però puntualmente con tali considerazioni, spiegando per quali ragioni esse sarebbero lesive del diritto e contrarie alla giurisprudenza, peraltro citata con pertinenza dalla Corte cantonale. Laddove poi invoca la violazione dell'arbitrio, spettava alla ricorrente dimostrare per quali ragioni la decisione impugnata sarebbe manifestamente insostenibile, in contraddizione manifesta con una norma o con un principio giuridico indiscusso o chiaramente lesiva del sentimento di giustizia e dell'equità (DTF 131 I 217 consid. 2.1, 129 I 8 consid. 2.1, 128 I 273 consid. 2.1 e rinvii). Quest'esigenza di motivazione non è adempiuta quando sostiene semplicemente che il giudizio impugnato condurrebbe a un risultato arbitrario perché le impedirebbe di disporre liberamente del suo fondo (cfr. ricorso, pag. 45).
2. 2.1 Secondo la ricorrente, il vincolo AP a carico del suo fondo sarebbe nullo, siccome contrasterebbe con lo sfruttamento della concessione per la navigazione rilasciata sulla base del diritto federale.
2.2 Dinanzi al Tribunale di espropriazione la ricorrente aveva esplicitamente ritirato la domanda volta ad accertare la nullità del vincolo pianificatorio, sicché la questione non è stata trattata specificatamente in sede cantonale. Ripresentandola nuovamente nell'ambito del gravame in esame, essa disattende il principio della buona fede processuale ed estende in modo inammissibile l'oggetto del litigio (cfr. art. 99 cpv. 2 LTF). Comunque, una decisione è nulla soltanto quando è affetta da un vizio particolarmente grave e manifesto, che sia riconoscibile con evidenza o perlomeno con una certa facilità. L'accertamento della nullità non deve inoltre mettere in pericolo in modo serio la sicurezza del diritto. Quali motivi di nullità entrano innanzitutto in considerazione gravi errori di procedura, come per esempio l'incompetenza dell'autorità giudicante, mentre gli errori nel merito della decisione provocano solo raramente la nullità dell'atto (cfr. DTF 133 II 366 consid. 3.2, 132 II 342 consid. 2.1 e rispettivi rinvii). In concreto, simili vizi gravi non sono ravvisabili né seriamente addotti dalla ricorrente e la circostanza secondo cui il vincolo comunale sarebbe in contrasto con il diritto federale, poiché la particella è destinata prevalentemente agli impianti per la navigazione, non lo inficia di nullità. Nella misura in cui serve all'esercizio della navigazione, il fondo della SNL è effettivamente soggetto alla sovranità della Confederazione e non soggiace quindi al diritto pianificatorio comunale o cantonale (cfr. art. 87 Cost. in relazione con gli art. 8 LNI e 18 segg. Lferr; cfr. inoltre art. 24ter vCost.; DTF 115 Ib 166 consid. 4). Ciò non comporta tuttavia la nullità del vincolo AP comunale, poiché, come ha rettamente rilevato la Corte cantonale, esso può comunque esplicare effetto riguardo ad eventuali utilizzazioni estranee all'esercizio della concessione (DTF 115 Ia 166 consid. 4; sentenza 1A.140/2003 del 18 marzo 2004, consid. 2.5, apparsa in: ZBl 107/2006, pag. 193 segg.).
3. 3.1 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere erroneamente accertato la data del 9 febbraio 1979 quale momento determinante per valutare l'esistenza di un'espropriazione materiale. Sostiene che sarebbe invece occorso prendere in considerazione la data del 7 dicembre 1993, quando è entrato in vigore il successivo piano regolatore, e adduce che, poiché il fondo sarebbe stato precedentemente edificabile, la fattispecie adempirebbe gli estremi di una parziale limitazione delle possibilità edificatorie ("Herabzonung").
3.2 Secondo la giurisprudenza, la data determinante per valutare l'esistenza di un'espropriazione materiale è quella dell'entrata in vigore della restrizione della proprietà (DTF 119 Ib 229 consid. 3a, 132 II 218 consid. 2.4). In tale momento il fondo gravato dal vincolo pianificatorio perde infatti il suo precedente valore edilizio, rimanendogli unicamente un valore residuo che, nel caso di fondi inedificati, corrisponde di regola a quello agricolo (DTF 114 Ib 112 consid. 7a). Con l'approvazione definitiva, il 9 febbraio 1979, del PPRL sezione di Castagnola da parte del Governo, la particella della ricorrente è stata per la prima volta assegnata a una zona per attrezzature pubbliche destinata a lido e giardini e sottratta quindi di principio all'edificazione privata. La ricorrente sostiene pertanto a torto, richiamando l'art. 26 NAPR, che la pianificazione del 1979 avrebbe ancora previsto l'edificabilità del fondo. Essa disattende infatti che questa disposizione disciplina in generale i criteri di protezione del comprensorio delle rive del lago, sovrapponendosi alle singole zone specifiche. Sotto il profilo del diritto espropriativo è quindi decisivo che già il piano approvato il 9 febbraio 1979 inseriva la particella n. 144 nella zona AP, retta dall'art. 25 NAPR, comportando fin da quella data una restrizione della proprietà vincolante per la ricorrente. Ritenuto altresì che la ricorrente non prospetta seriamente che il vincolo sarebbe decaduto o avrebbe subito modifiche nel periodo tra il 9 febbraio 1979 e il 7 dicembre 1993, quando è stato in sostanza confermato con l'approvazione della revisione del piano regolatore, la Corte cantonale non è incorsa in accertamenti arbitrari né ha violato il diritto considerando quale data determinante per l'esame circa l'esistenza di un'espropriazione materiale il 9 febbraio 1979 (cfr. sentenza inedita 1A.18/1993 dell'8 dicembre 1993, consid. 3a-c; Daniel Gsponer, Die Zone für öffentliche Bauten und Anlagen, tesi, Zurigo 2000, pag. 190).
3.3 In tali circostanze, l'imposizione del vincolo non costituisce un dezonamento ("Auszonung") né una parziale limitazione delle possibilità edificatorie ("Herabzonung"). Simili casi si realizzano infatti solamente quando una particella già inserita formalmente nella zona edificabile sulla base di una pianificazione conforme alla LPT, entrata in vigore il 1° gennaio 1980, ne venga successivamente esclusa, attribuendola a una zona non edificabile, o subisca una parziale limitazione delle proprie possibilità edificatorie (DTF 131 II 151 consid. 2.6, 728 consid. 2.3; cfr. inoltre, sulla nozione di "Herabzonung", DTF 122 II 326 consid. 4c). In concreto, invero, è solo con il piano regolatore approvato dal Governo il 7 dicembre 1993, mediante il quale è stata confermata l'attribuzione della particella alla zona AP, ch'essa è stata assoggettata a una pianificazione conforme alle esigenze della LPT. Pur non essendo decisivo ai fini della data determinante, nemmeno questo provvedimento ha comunque comportato un dezonamento, ma è equivalso, sotto il profilo del diritto espropriativo, a un rifiuto di attribuire il fondo alla zona edificabile ("Nichteinzonung"; cfr. DTF 121 II 417 consid. 3d, 117 Ib 4 consid. 3c; Bernhard Waldmann, Zonen für öffentliche Bauten und Anlagen, in: BR 3/2003, pag. 92/93).
4. 4.1 La ricorrente sostiene che l'imposizione del criticato vincolo AP adempirebbe comunque gli estremi di un'espropriazione materiale, poiché esso potrà essere attuato alla scadenza della concessione e pertanto l'odierno utilizzo del fondo non sarebbe più garantito in futuro. A suo dire, la realizzazione di un'espropriazione materiale potrebbe essere negata solo se lo sfruttamento della particella fosse assicurato a tempo indeterminato e non dipendesse dalla durata della concessione.
4.2 Secondo la giurisprudenza, vi è espropriazione materiale quando l'uso attuale o il prevedibile uso futuro di una cosa è vietato o limitato in modo particolarmente grave, in modo che il proprietario è privato di una delle facoltà essenziali derivanti dal diritto di proprietà. Una limitazione di minore importanza può ugualmente costituire un'espropriazione materiale, se essa colpisce un solo o un numero limitato di proprietari, al punto che, fosse negato l'indennizzo, essi dovrebbero sopportare un sacrificio eccessivamente gravoso e incompatibile con il principio d'uguaglianza. In entrambi i casi, il miglior uso del fondo può essere preso in considerazione solo se, nel momento determinante, che coincide, come visto, con l'entrata in vigore del provvedimento restrittivo, appare molto probabile in un avvenire prossimo. Quale miglior uso futuro viene di regola considerata la possibilità di costruire: al riguardo deve essere tenuto conto di tutti gli elementi di fatto e di diritto da cui tale possibilità dipende (cfr. DTF 131 II 151 consid. 2.1, 728 consid. 2 e rispettivi rinvii).
La questione di sapere se sia sottratta una facoltà essenziale derivante dal diritto di proprietà dipende dalle circostanze del singolo caso, dovendosi valutare complessivamente, in particolare confrontando le possibilità di utilizzazione prima e dopo la restrizione, se l'ingerenza nelle prerogative del proprietario sia talmente grave e intensa da equivalere ad un esproprio (DTF 111 Ib 257 consid. 4a). Per prassi costante, l'adozione di provvedimenti pianificatori, che limitano anche in maniera importante il tipo di costruzioni ammissibili, non è considerata un'ingerenza costitutiva di espropriazione materiale se alla data determinante un'utilizzazione favorevole ed economicamente ragionevole degli edifici rimane possibile (DTF 123 II 481 consid. 6d e rinvii; Enrico Riva, Commentario LPT, Zurigo 1999, n. 164 segg. all'art. 5 LPT; Gsponer, op. cit., pag. 191/192).
4.3 La ricorrente fonda la propria pretesa espropriativa sull'inserimento della particella nella zona AP e sul fatto che l'attuale suo utilizzo per l'esercizio della navigazione non sarebbe garantito a tempo indeterminato. Tuttavia, la sola attribuzione del fondo a una zona di interesse pubblico non è di per sé costitutiva di espropriazione materiale, dovendosi come visto esaminare le conseguenze del provvedimento pianificatorio sotto il profilo delle possibilità di utilizzazione della proprietà. D'altra parte, per valutare la portata dell'eventuale limitazione dell'uso attuale o di quello prevedibile futuro del fondo non occorre riferirsi a un periodo indeterminato, ma si deve tenere conto della data determinante, che in concreto risale al 9 febbraio 1979. Ora, risulta che anche dopo tale data la ricorrente ha potuto utilizzare ed ha effettivamente utilizzato il suo fondo per l'esercizio dell'attività legata alla navigazione. La particella n. 144 è infatti direttamente accessibile dal lago ed ospita il cantiere navale, le installazioni e gli uffici amministrativi destinati all'impresa di trasporto. Quali impianti che servono esclusivamente o prevalentemente all'esercizio della navigazione, essi sono soggetti alla legislazione federale (cfr. art. 8 LNI e art. 16 dell'ordinanza sulla costruzione dei battelli, del 14 marzo 1994 [OCB; RS 747.201.7] in relazione con gli art. 18 segg. Lferr), sicché, come suesposto e rettamente rilevato dalla Corte cantonale, il vincolo comunale è sostanzialmente inoperante nella misura in cui dovesse ostacolare l'esercizio della navigazione conformemente alla concessione federale (cfr. DTF 115 Ib 166 consid. 4). Anche dopo l'imposizione di tale vincolo, la possibilità di continuare ad utilizzare la particella n. 144 ai fini della navigazione non è quindi mutata, consentendo la prosecuzione di uno sfruttamento razionale ed economicamente ragionevole della proprietà.
Per la sua ubicazione, le sue caratteristiche e il suo precedente uso, alla data determinante un'ulteriore utilizzazione del fondo per l'esercizio della navigazione risultava senz'altro idonea, tant'è che da allora la ricorrente l'ha effettivamente esercitata fino ad oggi e continuerà ad esercitarla perlomeno fino al 31 dicembre 2016, formulando una pretesa espropriativa solo molti anni dopo l'entrata in vigore del vincolo. Contrariamente al parere della ricorrente, il fatto che di per sé sarebbero prospettabili anche altri tipi di sfruttamento, più redditizi, non è determinante, decisiva essendo la possibilità di continuare un'utilizzazione conforme alla destinazione della particella e sostenibile sotto il profilo economico (cfr. Riva, op. cit., n. 166 seg. all'art. 5 LPT). Quale impresa di trasporto, la ricorrente esercita attualmente sulla particella n. 144 un'attività legata al servizio di navigazione e, al riguardo, la Corte cantonale ha accertato senza incorrere nell'arbitrio che, ad eccezione degli anni 1995, 2002 e 2004, dal 1980 la società ha sempre chiuso gli esercizi annuali conseguendo un leggero utile (cfr. www.lakelugano.ch). In tali circostanze, poiché l'uso esistente al momento determinante e il prevedibile uso futuro della proprietà non sono stati in sostanza limitati dall'attribuzione del fondo nella zona di interesse pubblico, la Corte cantonale ha negato gli estremi di un'espropriazione materiale senza violare gli art. 5 cpv. 2 LPT e 26 cpv. 2 Cost.
4.4 Siccome il vincolo AP non ha sostanzialmente modificato la possibilità di una ragionevole e buona utilizzazione sotto l'aspetto economico della proprietà da parte della ricorrente, nemmeno l'ipotesi del sacrificio particolare può ritenersi realizzata in concreto (cfr. DTF 123 II 481 consid. 6d-e). Il diniego del riconoscimento di un'espropriazione materiale neppure viola la garanzia dei diritti del proprietario ("Bestandesgarantie"): richiamata dalla ricorrente, essa costituisce infatti una componente della garanzia della proprietà (art. 26 Cost.), che, come visto, non è però stata disattesa (cfr. DTF 103 Ia 417 consid. 2; Pierre Tschannen/Ulrich Zimmerli, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2a ed., Berna 2005, § 63 n. 5 segg.). D'altra parte, un'eventuale limitazione di diritti acquisiti derivanti dalla concessione di navigazione non entra qui in considerazione ed esulerebbe comunque dall'oggetto della presente procedura (cfr. DTF 132 II 485 consid. 9.5 pag. 513 e rinvii; Tschannen/Zimmerli, op. cit., § 45 n. 47).
5. 5.1 La ricorrente sostiene che il vincolo AP sarebbe lesivo della libertà economica, poiché le impedirebbe in futuro di svolgere altre attività commerciali, costringendola a mantenere la concessione di navigazione per non perdere il valore del fondo, che nemmeno potrebbe essere venduto.
5.2 Questa censura concerne di per sé l'imposizione del vincolo ed avrebbe dovuto, se del caso, essere presentata in sede di ricorso contro l'adozione del piano regolatore. Comunque, la libertà economica garantita dagli art. 27 e 94 Cost. protegge ogni attività economica privata esercitata a titolo professionale e volta al conseguimento di un guadagno o di un reddito (DTF 132 I 282 consid. 3.2, 125 I 276 consid. 3a e rispettivi rinvii). Essa include, in particolare, la libera scelta della professione, il libero accesso a un'attività economica privata e il suo libero esercizio (art. 27 cpv. 2 Cost.). Le restrizioni alla libertà economica sono conformi alla Costituzione se si fondano su motivi di polizia o di politica sociale oppure su misure di pianificazione del territorio (DTF 132 I 282 consid. 3.3, 109 Ia 264 consid. 4). Il fatto che un provvedimento pianificatorio abbia un'incidenza sull'attività economica non è quindi di per sé contrario all'art. 27 Cost., nella misura in cui le limitazioni siano giustificate da necessità di una pianificazione territoriale conforme agli scopi dell'art. 75 Cost. e ch'esse non privino di qualsiasi contenuto la libertà di commercio e di industria. Sono per contro esclusi i provvedimenti adottati sotto l'apparenza della pianificazione territoriale, ma che mirano unicamente a colpire la libera concorrenza, favorendo determinate imprese o settori di attività a scapito di altri (DTF 111 Ia 93 consid. 3, 110 Ia 167 consid. 7b/bb, 109 Ia 264 consid. 4; sentenza 1P.506/1990 del 6 marzo 1991, consid. 4a, apparsa in: RDAF 1991, pag. 476 segg.).
5.3 La ricorrente lamenta sostanzialmente la perdita di valore del fondo in seguito all'aggravio comunale e l'impossibilità di svolgervi eventuali altre attività commerciali in caso di estinzione della concessione. Premesso tuttavia che né la libertà economica né la garanzia della proprietà tutelano il valore speculativo di un terreno (DTF 103 Ia 586 consid. 2b; sentenza 1P.506/1990 citata, consid. 4c), non risulta, né è seriamente prospettato dalla ricorrente, che il provvedimento litigioso costituisca una misura mascherata emanata dal Comune allo scopo di impedirle l'esercizio di eventuali ulteriori attività commerciali, che potranno se del caso essere svolte nei comparti idonei. La circostanza che in caso di cessazione dell'attività di navigazione oggetto della concessione federale le possibilità di sfruttamento del fondo part. n. 144 e il suo valore potrebbero essere ridotti non basta quindi a fondare una violazione della libertà economica.
6. 6.1 La ricorrente, rilevando di essere proprietaria del fondo sin dal 1881 e di avervi sempre esercitato la propria caratteristica attività commerciale, sostiene che, nel caso in cui la concessione non dovesse essere rinnovata, l'imposizione del vincolo comporterebbe la cessazione dell'attività, conducendo a una violazione del principio della buona fede, ravvisabile in concreto nel comportamento contraddittorio dell'autorità.
6.2 Il principio della buona fede, sancito dall'art. 9 Cost., tutela innanzitutto la fiducia riposta dal cittadino in un'assicurazione ricevuta dall'autorità nell'ambito di una situazione concreta (DTF 131 II 627 consid. 6.1 pag. 636, 130 I 26 consid. 8.1 pag. 60 e rispettivi rinvii). Con la sua generica argomentazione, la ricorrente non dimostra che sarebbero adempiute le condizioni cumulative previste dalla giurisprudenza per ammettere una violazione della citata garanzia costituzionale, né sostiene che le sarebbe stata rilasciata dall'autorità competente un'informazione riguardo al trattamento pianificatorio della sua particella. D'altra parte, essa non fonda la censura di lesione di questa garanzia nemmeno su specifiche circostanze del processo di pianificazione territoriale, in base alle quali avrebbe ragionevolmente potuto contare su un diverso trattamento pianificatorio della sua proprietà (cfr. DTF 132 II 218 consid. 6.1).
7. Visti l'esito della causa e l'integrale soccombenza della ricorrente, non occorre esaminare le richieste riguardanti l'ammontare dell'indennità espropriativa e delle ripetibili.
8. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). L'ammontare della tassa di giustizia tiene conto dell'elevato interesse pecuniario in discussione, situandosi comunque nei limiti inferiori della tariffa (art. 65 LTF in relazione con la cifra 1 della tariffa delle tasse di giustizia del Tribunale federale, del 31 marzo 2006 [RS 173.110.210.1]).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 20'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Comune di Lugano, al Tribunale di espropriazione e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.