Faits:
A. La société X._ SA (en abrégé: la Société), sise à A._, a pour but d'étudier, d'entreprendre et de réaliser toutes affaires en rapport avec la promotion, la location, l'achat, la vente, l'échange, le courtage de tous biens mobiliers et immobiliers, la gestion de fortune en Suisse et à l'étranger, ainsi que tous mandats fiduciaires et administratifs. Son capital-actions de 249'000 fr., entièrement libéré, est réparti à parts égales entre les trois actionnaires de la société: MM. B._, président du conseil d'administration, C._ et D._, membres du conseil d'administration.
De 2003 à 2005, X._ SA s'est occupée de la promotion immobilière « E._ SA », à A._, qui comprenait un immeuble de 11 appartements.
Par acte du 23 décembre 2004, la Société a vendu à F._, fille de B._, l'appartement no 61, avec garage, de l'immeuble « E._ », d'une surface de 150 m2, pour le prix de 477'000 fr.
B. Le Service cantonal des contributions du canton de Valais a procédé à un contrôle de la comptabilité de la Société dans le cadre de sa taxation pour l'année 2005, qui visait, en particulier, à contrôler les prix de vente de la promotion « E._ ». Dans son rapport du 19 septembre 2007, le fonctionnaire du Service cantonal des contributions, qui avait effectué une visite locale, arrivait à la conclusion que l'appartement vendu à F._ l'avait été à un prix correspondant à celui du marché et qu'il n'y avait pas distribution dissimulée de bénéfice faite à un proche de l'actionnaire. Le même fonctionnaire a modifié cette conclusion dans son second rapport du 12 octobre 2007, en relevant qu'une erreur de calcul avait été commise lors de la comparaison des appartements nos 58 et 61, qui n'avait pas pris en compte la différence de 11 millièmes entre les deux appartements. Il a ainsi opéré une reprise de 86'194 fr. auprès de la Société en tant que prestation appréciable en argent.
Sur la base de cette reprise, la Commission d'impôt des personnes morales a, par bordereau du 19 octobre 2007, fixé à 508'180 fr. le bénéfice imposable de la Société en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct pour l'année 2005.
Statuant le 6 décembre 2007 sur la réclamation de X._ SA, la Commission l'a admise partiellement, en considérant que le calcul comparatif entre les appartements nos 61 et 58 devait se faire sur la base du prix au m2. Partant, la reprise pour cause de distribution dissimulée de bénéfice a été ramenée à 61'100 fr.
C. X._ SA a recouru contre ce prononcé auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais qui, par décision du 21 octobre 2009, notifiée le 25 février 2010, a rejeté le recours, tant en ce qui concernait les impôts cantonal et communal, que l'impôt fédéral direct, pour l'année 2005.
D. X._ SA forme auprès du Tribunal fédéral un recours en matière de droit public, subsidiairement un recours constitutionnel subsidiaire, et conclut, avec suite de frais et dépens, principalement, à l'annulation de la décision de la Commission de recours en matière fiscale et, subsidiairement, à la constatation de l'existence d'une prestation en argent limitée à 15'705 fr., le dossier étant retourné dans les deux cas à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Commission cantonale de recours a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Le Service cantonal des contributions propose de rejeter le recours sous suite de frais, en renvoyant aux décisions des juridictions cantonales et à son écriture du 14 juillet 2008 produite devant la Commission cantonale de recours. L'Administration fédérale des contributions propose également de rejeter le recours sous suite de frais.
Considérant en droit:
1. 1.1 La décision attaquée concerne le calcul du bénéfice imposable de la société pour la période fiscale 2005, aussi bien pour les impôts cantonal et communal (en abrégé: ICC) que pour l'impôt fédéral direct (en abrégé: IFD). Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'IFD. Il en va de même pour l'ICC : l'imposition du bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est donc aussi réservée par l'art. 73 al.1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
La Commission de recours a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (ICC et IFD), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.; voir infra consid. 5). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264).
1.2 Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 - RS/VS 642.1; ci-après LF-VS). Par ailleurs, il a été formé par la société contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il y a lieu dès lors d'entrer en matière sur le présent recours, qui remplit les conditions de recevabilité du recours en matière de droit public.
Dans ces conditions, le recours constitutionnel subsidiaire, déposé par la recourante à titre subsidiaire, n'est pas recevable (art. 113 LTF).
2. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé avec les dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
I. Impôt fédéral direct
3. 3.1 L'art. 57 LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par ledit usage (art. 58 al. 1 let. b in fine LIFD). Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - qui devra être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société, lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607); il faut encore que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêts 2C_421/2009, du 11 janvier 2010, consid. 3.1, 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2, in RDAF 2009 II p. 560 et 2C_265/2009 du 1er septembre 2009 consid. 2.1, in RF 64/2009 p. 915), ce qui implique une disproportion manifeste entre la prestation et la contre-prestation (ROBERT DANON, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, no 105 et 106 ad art. 57-58 LIFD, p. 746). L'évaluation de la prestation se mesure au prix que des tiers, sur un marché libre et ouvert, seraient disposés à payer pour en faire l'acquisition ou encore au regard d'une transaction comparable effectuée entre parties non liées (voir notamment arrêt 2A.263/2003 du 19 novembre 2003 consid. 2.2, in Archives 74 p. 660 ss; ROBERT DANON, op. cit. n. 110 et 111 ad art. 57-58 LIFD, p. 747; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2ème éd. Zurich 2009, n. 103 et 104 p. 735).
3.2 En l'espèce, la vente de l'appartement no 61 de la promotion "E._" à A._ a été faite à la fille d'un actionnaire de la Société. Cet actionnaire est certes minoritaire, dans la mesure où il ne détient qu'un tiers des actions. Toutefois, il dispose d'une position dominante dans la société recourante, dès lors qu'il préside également son Conseil d'administration. Par conséquent, on a bien affaire à une prestation faite à quelqu'un touchant de près une personne exerçant une position dominante dans la Société (cf. ROBERT DANON, op. cit. n. 128 ss ad art. 57-58 LIFD, p. 751 ss), ce qui n'est du reste pas contesté.
3.3 Dans le cas présent, la Commission cantonale de recours a retenu que la taxation de la Société pour 2005 devait comprendre la prestation, appréciable en argent, d'un montant de 61'600 fr., à titre de distribution dissimulée de bénéfice. Ce faisant, elle a confirmé le calcul effectué sur la base du prix au m2, en comparant deux des appartements situés au sud, les nos 58 (appartement de référence) et 61 (appartement vendu à F._), de la promotion « E._ », à savoir:
- prix au m2 de l'appartement de référence (no 58): fr. 3'878.-
- prix au m2 de l'appartement no 61: fr. 3'180.-
- prix de l'appartement 61 avec le prix au m2 de
l'appartement de référence, soit 3'878 fr.: fr. 581'700.-
- prise en compte de l'absence d'entrée individuelle: - fr. 26'000.-
- prise en compte de l'absence de commission de
vente: - fr. 5'600.-
- prise en compte des travaux de finition à 50%: - fr. 12'000.-
-----------------
valeur vénale estimée: fr. 538'100.-
prix de vente de de l'appartement 58: fr. 477'000.-
-------------------
prestation appréciable en argent: fr. 61'100.-
3.4 La recourante se plaint d'une violation de l'art. 57 LIFD et d'arbitraire (art. 9 Cst.), en raison de l'absence de disproportion manifeste et reconnaissable pour les dirigeants de la Société, du prix de vente de l'appartement no 61 payé par la fille de B._, deux conditions requises pour qualifier la vente en cause de distribution dissimulée de bénéfice au sens de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD. Selon elle, les autorités cantonales se sont limitées à tort à comparer les appartements nos 61 et 58, sans tenir compte de l'appartement no 48, pourtant similaire à ce dernier, puisqu'également situé au sud, de même surface (132 m2) et possédant aussi une entrée individuelle, qui a été vendu à un tiers pour un prix inférieur à l'appartement no 61, de sorte que les actionnaires ne pouvaient se rendre compte d'un éventuel avantage accordé à F._. Elle fonde son argumentation sur le prix réel de l'appartement no 61, soit 494'600 fr. (477'000 + 12'000 + 5'600), ce qui représenterait 3'297 fr. 30, au m2 (494'600 : 150), et sur le prix de l'appartement no 48 au m2, soit 3'030 fr. 30. A cela s'ajouterait le fait qu'il n'a pas été tenu compte des éléments subjectifs pouvant intervenir dans la vente d'un appartement, comme cela s'est produit lors de la vente de l'appartement no 58, au vu de la personnalité des acheteurs.
Ce faisant, la recourante ne revient plus sur le montant total des travaux effectués par le locataire de l'appartement no 61, pour un total de 24'000 fr., qui n'ont été pris en compte qu'à 50%, dans la mesure où ils concernaient en grande partie des travaux de transformation et non de finition. Elle ne reprend pas non plus sa critique du changement de méthode d'estimation dans la cadre de la procédure de taxation, d'abord fondée sur une valeur au millième, puis sur le prix de vente au m2, ni son argumentation relative au rabais usuel pouvant aller jusqu'à 15 %. Ces points ne sont donc pas revus sous l'angle de l'arbitraire (cf. art. 106 al. 2 LTF).
3.5 Dans la décision attaquée, la Commission cantonale de recours a confirmé la position de l'autorité fiscale limitant la comparaison à un seul appartement, soit le no 58, qui bénéficie de la même exposition et se trouve immédiatement en dessous de l'appartement no 61. Elle a en effet retenu que ces deux appartements présentaient pour l'essentiel des caractéristiques semblables et que l'autorité inférieure avait, en estimant le prix de vente sur la base de l'appartement no 58, pris en compte le fait que l'appartement no 61 n'avait pas d'entrée individuelle et qu'aucune commission de vente n'avait été perçue, puisqu'elle avait déduit les sommes de 26'000 fr. et 5'600 fr. du prix de vente. Les juges ont ainsi écarté la comparaison avec les appartements de l'immeuble moins bien situés, en particulier ceux exposés au nord. La recourante relève toutefois à juste titre que la juridiction cantonale n'a même pas mentionné l'appartement no 48, situé au rez-de-chaussée, mais aussi au sud, directement en dessous de l'appartement no 58 sis au premier étage, et dont les caractéristiques sont tout à fait semblables à celles de ce dernier, en tous les cas beaucoup plus qu'entre les appartements 61 et 58, tant au niveau du corridor, du mur mitoyen, que de la surface habitable de 132 m2. Pourtant, dans son recours sur le plan cantonal, la recourante avait fait valoir cette comparaison. Dans ses observations sur le présent recours, la juridiction cantonale se borne à relever que la comparaison avec l'appartement no 58 (recte: no 48) n'est pas pertinente, car une situation au rez-de chaussée « induit une valeur vénale moins élevée eu égard aux désavantages qu'elle subit en matière de vue et de tranquillité ». Cette affirmation paraît toutefois un peu courte, du moins pour ce qui est de la tranquillité, dès lors que l'appartement no 48 est entouré de verdure et ne donne ni sur la route, ni sur le parking. Elle n'explique pas a fortiori la différence de prix au m2 de 848 fr. entre les appartements nos 48 et 58 pour un seul étage de différence. On ne voit donc pas pourquoi l'appartement no 48 n'a pas aussi été pris en compte dans la comparaison avec l'appartement no 61, objet de la vente litigieuse. Pourtant, la jurisprudence exige que, lors de l'estimation d'un immeuble, les autorités procèdent à toutes les comparaisons possibles et qu'il est normal d'exiger (cf. arrêt A.348/1978 du 19 mars 1981, consid. 3a, non publié aux ATF 107 Ib 167, mais in RDAF 1982 p. 266, qui renvoie à l'ATF 98 Ib 30, consid. 2a p. 32). Dans ces conditions, il faut admettre que la Commission cantonale de recours n'a pas effectué les comparaisons qu'elle aurait dû faire, en ne prenant pas en considération l'ensemble des appartements situés au sud de l'immeuble « E._ », en particulier en écartant sans motifs valables l'appartement no 48. La limitation qu'elle s'est imposée en tenant compte uniquement de l'appartement vendu au prix le plus élevé de 3'878 fr. au m2 ne permet ainsi pas de trancher la question de savoir s'il y a réellement eu disproportion manifeste dans la vente de l'appartement no 61 à la fille de l'un des trois actionnaires et si ces derniers devaient réaliser qu'ils favorisaient exagérément F._ dans le cadre de cette vente.
3.6 Dans ces conditions, la décision attaquée doit être annulée et l'affaire renvoyée à la Commission cantonale de recours pour qu'elle se prononce sur l'existence d'une distribution cachée de bénéfice, en procédant à une comparaison de l'appartement no 61 avec les appartements nos 58 et 48 de l'immeuble « E._ ».
II. Impôts cantonal et communal.
4. L'art. 81 al. 1 LF-VS pose le même principe que l'art. 58 al. 1 LIFD en ce qui concerne la réintégration dans le bénéfice imposable des prélèvements qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial. Il en va de même de l'art. 24 al. 1 LHID (cf. arrêt 2C_ 421/2009 du 11 janvier 2010, consid. 4 et les arrêts cités). Par conséquent, il peut être renvoyé, s'agissant d'impôts cantonal et communal, à la motivation présentée en matière d'impôt fédéral direct.
5. Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis et la cause renvoyée à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôts cantonal et communal.
Il s'ensuit que la conclusion subsidiaire de la recourante tendant à ce que la reprise fiscale n'excède pas 15'705 fr. devient sans objet.
Les frais judiciaires doivent être mis à la charge du canton du Valais, dont les intérêts pécuniaires sont en cause (art. 66 al. 4 LTF). Ce dernier devra également verser à la recourante une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est admis et la décision attaquée est annulée.
2. Le recours de droit constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. L'affaire est renvoyée à la Commission cantonale de recours en matière fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du canton du Valais.
5. Le canton du Valais versera à la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 24 août 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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