Sachverhalt:
A. Y._ war von 1988 bis Ende Juni 2003 Geschäftsführer der Firma X._ AG und für die berufliche Vorsorge bei der Stiftung Pensionskasse X._ (im Folgenden: Pensionskasse) versichert. Von Juni 1996 bis Februar 2002 war er überdies Vizepräsident und ab 6. Februar bis 17. Juli 2002 Präsident der Pensionskasse. Ab 1994 investierte die Pensionskasse in die Firma I._, die ab April 1999 an der kanadischen Börse und ab Dezember 2000 auch an der Schweizer Börse kotiert war. Ab Juni 2001 führte die kanadische Börsenaufsicht eine Untersuchung gegen die Firma I._ wegen nichtkonformer finanzieller Transaktionen und ab Juli 2002 wegen Bezahlung illegaler Off-Shore-Kommissionen durch. Y._ gehörte dem Verwaltungsrat der Firma I._ an, ebenso der damalige Direktor der Pensionskasse A._.
Gegenstand der Untersuchungen der kanadischen Börsenaufsicht waren Finanztransaktionen der Firma I._. Diese erwarb kotierte, aber wertlose Gesellschaften. Diese Aktienmäntel wurden durch Zukäufe wertloser Gesellschaften "aufgepumpt" und hernach gewinnbringend an andere Investoren veräussert. In zwei Fällen leistete die Firma O._ AG, eine schweizerische Gesellschaft, eine Bürgschaft zwecks Sicherstellung des von Investoren der Firma I._ für übertragene Aktien geschuldeten Kaufpreises (von der Pensionskasse kurz O._-Transaktion genannt). Im September 2001 musste die Firma O._ AG die abgegebenen Garantien im Gesamtbetrag von 14 Millionen Kanadischen Dollars (CAD) erbringen. Dazu war sie ausserstande. In der Folge gelangte P._, CEO der Firma I._, an die Pensionskasse und ersuchte diese um Gewährung eines Darlehens von insgesamt 14,7 Mio. CAD an die Firma O._ AG. Diesem Ansinnen entsprach die Pensionskasse. Das Darlehen wurde von der Firma O._ AG nicht zurückbezahlt, weshalb der Pensionskasse ein entsprechender Ausfall entstand.
Die Pensionskasse X._ machte u.a. Y._ für den entstandenen Schaden verantwortlich. Sie weigerte sich, die ihm zustehenden Altersrenten auszurichten und erklärte die Verrechnung.
B. Am 18. Dezember 2008 liess Y._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau Klage einreichen mit dem Antrag, die Pensionskasse sei zu verpflichten, ihm Vorsorgeleistungen im Betrag von mindestens Fr. 200'686.-, nebst Zins zu 5 % seit 15. Januar 2008, zu bezahlen. Das Verwaltungsgericht führte einen dreifachen Schriftenwechsel und eine Beweisverhandlung unter Einvernahme des Zeugen T._, früherer Vizedirektor der Pensionskasse, und eine Befragung des Versicherten durch, worauf die Parteien zum Beweisergebnis Stellung nahmen.
Mit Entscheid vom 3. November 2010 verpflichtete das Verwaltungsgericht die Pensionskasse in Gutheissung der Klage, Y._ die monatlich geschuldeten Rentenbetreffnisse rückwirkend ab 1. Februar 2007 und für die Zukunft auszurichten, wobei die ausstehenden Rentenbetreffnisse mit jeweils 5 % zu verzinsen seien.
C. Mit Verfügung des Bundesamtes für Sozialversicherungen (BSV) vom 13. Dezember 2010 wurde die Pensionskasse X._ aufgehoben.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Pensionskasse X._ in Liquidation beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Klage abzuweisen. Eventuell sei die Sache zu ergänzender Feststellung des Sachverhalts an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Ferner ersucht sie um die Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Y._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau nimmt in ablehnendem Sinne Stellung zur Beschwerde. Das BSV äussert sich zum Rechtsstreit, ohne einen Antrag zu stellen.
D. Mit Verfügung vom 6. Mai 2011 gewährte die Instruktionsrichterin der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
E. In weiteren Eingaben halten die Parteien an ihren Standpunkten fest.
F. Am 23. März 2012 wurde eine publikumsöffentliche Beratung durchgeführt.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG), die Feststellung des Sachverhalts nur, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. In formeller Hinsicht beanstandet der Beschwerdegegner, dass der Rechtsvertreter der Pensionskasse nicht rechtsgenüglich bevollmächtigt sei. Dieser Einwand ist unbegründet. Das Advokaturbüro CMS von Erlach Henrici verfügt über eine Vollmacht vom 6. Januar 2009, welche nicht mit dem Ableben, der Verschollenerklärung, dem Verlust der Handlungsfähigkeit oder dem Konkurs des Vollmachtgebers erlischt (vgl. Art. 35 Abs. 1 und 2 OR). Die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin am 13. Dezember 2010 vom BSV aufgehoben wurde, führt daher nicht zum Erlöschen der erwähnten Vollmacht.
3. Gemäss Art. 52 BVG (seit 1. Januar 2005 Art. 52 Abs. 1 BVG) sind alle mit der Verwaltung, Geschäftsführung oder Kontrolle der Vorsorgeeinrichtung betrauten Personen für den Schaden verantwortlich, den sie der Vorsorgeeinrichtung absichtlich oder fahrlässig zufügen.
Die Forderung der Pensionskasse aus Verantwortlichkeit nach Art. 52 BVG kann nach der Rechtsprechung mit einem fälligen reglementarischen Anspruch auf Altersleistung verrechnet werden (SVR 2010 BVG Nr. 21 S. 79, 9C_697/2008; SZS 2007 S. 69, B 99/05).
4. 4.1 Die Vorinstanz hat die Klage des Beschwerdegegners im Grundsatz gutgeheissen, ohne die ab 1. Januar 2007 zugesprochenen Rentenbetreffnisse betraglich festzusetzen, was nach der Rechtsprechung zulässig ist (BGE 129 V 450 E. 3 und 4 S. 452 ff.). Das Verwaltungsgericht bejahte den Anspruch des Beschwerdegegners auf Altersleistungen der Pensionskasse. Es verneinte, insbesondere auf Grund der Zeugeneinvernahme, dessen Schadenersatzpflicht, weil es zur Auffassung gelangte, der Versicherte habe den von der Pensionskasse geltend gemachten Schaden in der Höhe von 14,7 Mio. CAD, der im Zusammenhang mit einem im September 2001 der Firma O._ AG gewährten Darlehen entstanden war, nicht schuldhaft verursacht. Nach Auffassung der Vorinstanz war der Beschwerdegegner über die Darlehensgewährung nicht ins Bild gesetzt worden. Das Darlehen, das nie zurückbezahlt wurde, hätten die Mitglieder der Direktion der Pensionskasse, Y._ und T._, der Firma O._ AG gewährt. Die Aussagen von T._, wonach der Beschwerdegegner vor der Darlehensgewährung informiert worden sei, hielt die Vorinstanz für zu wenig glaubwürdig. Da der Bestand der Verrechnungsforderung nicht bewiesen sei, entfalle die Verrechnungsmöglichkeit mit den dem Versicherten zustehenden Rentenleistungen.
4.2 Die Beschwerdeführerin wendet zusammengefasst zur Hauptsache ein, der Beschwerdegegner habe bei der Darlehensgewährung an die Firma O._ AG seine Sorgfaltspflicht verletzt. Entgegen dem vorinstanzlichen Entscheid habe nebst T._ auch A._ den Beschwerdegegner belastet. Dieser sei vom Direktor und Vizedirektor der Pensionskasse über die Gewährung des Darlehens orientiert worden. Des Weiteren habe das kantonale Gericht nicht geprüft, ob seitens des Versicherten fahrlässiges Handeln vorlag, dieser bei Beachtung der Sorgfaltspflicht von der fraglichen Transaktion somit hätte Kenntnis haben müssen und in der Lage gewesen wäre, diese zu verhindern.
5. 5.1 Zu prüfen ist zunächst, ob der Beschwerdegegner unmittelbar vor Abschluss des Darlehensvertrages der Pensionskasse mit der Firma O._ AG von A._, Direktor, und T._, Vizedirektor der Vorsorgeeinrichtung, über das Geschäft orientiert worden ist. Die Vorinstanz führte dazu nach Wiedergabe der Parteistandpunkte aus, auf Grund der Aussagen des Zeugen T._ an der Befragung vom 8. Juli 2010 sei davon auszugehen, dass Direktor A._ und Vizedirektor T._ grundsätzlich die Kompetenz hatten, der Firma O._ AG ein Darlehen über 14,7 Mio. CAD unter Entgegennahme entsprechender Sicherheiten zu gewähren. Weiter sei laut Darstellung von T._ A._ Initiator des Darlehensgeschäfts mit der Firma O._ AG gewesen. Eine eindeutige tatsächliche Feststellung zur Frage, ob der Beschwerdegegner Kenntnis vom Darlehen an die Firma O._ AG hatte, hat die Vorinstanz nicht getroffen. Aus den Akten ergibt sich laut Verwaltungsgericht nicht unbedingt das Bild, dass der Beschwerdegegner schon früher hätte hellhörig werden und damit genauer hinschauen müssen, schon gar nicht im Hinblick auf die hier konkret zur Diskussion stehende O._-Transaktion. Am 17. Juli und 26. Oktober 2001 hätten Verwaltungsratssitzungen der Firma I._ stattgefunden. Der Beschwerdegegner habe eigenen Angaben zufolge von den Untersuchungen der kanadischen Börsenaufsicht gegen die Firma I._ zwar gewusst; dies sei jedoch als Problem der Revisionsstelle dargestellt worden. Weder den Protokollen der Verwaltungsratssitzungen der Firma I._ noch einem Schreiben von N._ seien Informationen zur Untersuchung der kanadischen Börsenaufsicht gegen die Firma I._ zu entnehmen. Konkrete Hinweise darauf, dass die Darstellung des Beschwerdegegners, das Ganze sei ursprünglich als Problem der Revisionsstelle angesehen worden, unzutreffend wäre, seien nicht zu erkennen. Sodann sei die E-Mail vom 21. September 2001 an T._ und A._ gerichtet gewesen. Im Bericht der Revisionsstelle Z._ von April 2003 sei festgehalten, dass die Geschäftsleitung der Pensionskasse X._ über die Darlehensgewährung nicht vorgängig informiert wurde. Als handelnde Personen seien in diesem Bericht nur die Herren A._ und T._ bezeichnet worden. Auch der Verwaltungsratspräsident und Geschäftsführer der Firma I._, P._, sei mit der Bitte um finanzielle Hilfe an A._ und T._ gelangt. Die Passage eines Schreibens von N._ an P._ zeige sodann, dass dieser zusammen mit E._ die Geschäfte der Firma I._ mehr oder weniger in eigener Regie tätigte und der Verwaltungsrat häufig ungenügend informiert wurde. Demgegenüber erklärte der Zeuge T._, der Beschwerdegegner sei vor der Darlehensgewährung an die Firma O._ AG informiert worden.
5.2 Wenn die Vorinstanz in Würdigung dieser Beweislage zum Schluss gelangt ist, der Beschwerdegegner sei von der Direktion der Vorsorgeeinrichtung vorgängig nicht direkt über die Darlehensgewährung an die Firma O._ AG ins Bild gesetzt worden, lässt sich diese Sachverhaltsfeststellung zwar zumindest als fragwürdig, nicht aber als schlechthin unhaltbar und damit als nachgerade willkürlich im Sinne von Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG (Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl., Basel 2011, Rz 56 zu Art. 105 BGG) bezeichnen, zumal das kantonale Gericht verschiedene Argumente aufgeführt hat, welche die Aussagen von T._, die den Beschwerdegegner belasten, nicht als glaubwürdig erscheinen lassen. So erachtete es dessen Ausführungen zur angeblichen vorgängigen Information des Beschwerdegegners als zu wenig konkret und präzise. Eine Anfrage wegen der Werthaltigkeit der als Sicherheit für das Darlehen angebotenen Aktien habe in einem Fall gar nicht vor der Darlehensgewährung erfolgen können, da die Aktien erst nachträglich, nach Auszahlung des Darlehens, angeboten worden waren. A._, der als Zeuge hätte aussagen müssen, liess sich mittels eines ärztlichen Attests dispensieren. Ob die Vorinstanz den Untersuchungsgrundsatz verletzt hat, ihre Sachverhaltsermittlung deshalb bundesrechtswidrig ist, weil sie davon abgesehen hat, der geltend gemachten, fachärztlich bestätigten Einvernahmeunfähigkeit auf den Grund zu gehen und auf der Befragung des Zeugen A._ zu beharren, kann dahingestellt bleiben. Die Antwort auf diese Frage ist letztlich ebensowenig entscheidend für den Prozessausgang, wie andere Umstände, die allenfalls Zweifel an einer bundesrechtlich einwandfreien vorinstanzlichen Tatsachenermittlung zu wecken vermöchten. Wie aus den nachstehenden Erwägungen erhellt, kann auf die abschliessende Klärung der Frage, ob der Beschwerdegegner über die Darlehensgewährung an die Firma O._ AG klar und unmissverständlich in Kenntnis gesetzt wurde, verzichtet werden.
6. Es stellt sich die Frage, ob und inwieweit der Beschwerdegegner von der Darlehensgewährung an die Firma O._ AG hätte Kenntnis haben und entsprechend handeln müssen, um den durch den Ausfall der Darlehensrückzahlung der Pensionskasse X._ entstandenen Schaden abzuwenden. Dabei ist zu beachten, dass bereits leichte Fahrlässigkeit der verantwortlichen Person ausreicht, um ein Verschulden im Sinne von Art. 52 BVG zu bejahen (BGE 128 V 124 E. 4e S. 132). Ob auf Grund der gesamten Umstände eine fahrlässige Verletzung der Sorgfaltspflicht, welche ein gewissenhafter, sachkundiger Stiftungsratsvizepräsident einzuhalten hat, anzunehmen ist, hat das Bundesgericht als Rechtsfrage frei zu prüfen.
6.1 Aus berufsvorsorgerechtlicher Sicht hat der Beschwerdegegner aus einem einzigen gültigen Motiv heraus Einsitz in den Verwaltungsrat der kanadischen Gesellschaft I._ genommen: Um vor Ort, ausgestattet mit den Befugnissen eines Verwaltungsratsmitgliedes nach kanadischem Recht, den Bestand der von der Pensionskasse X._ in zweistelliger Millionenhöhe in die Firma I._ investierten Vorsorgegelder und den ordnungsgemässen, nach Möglichkeit gewinnbringenden Umgang damit sicherzustellen. Von unerlässlichem Wissen war dabei allgemein, auf welche Weise die Firma I._ Erträge in der von ihr deklarierten Höhe erwirtschaftete, weshalb der Beschwerdegegner sich zumindest einen Einblick in die Funktionsweise der Firma I._ hätte verschaffen müssen. Hätte er diese Obliegenheiten erfüllt, wären ihm die fragwürdigen Geschäftspraktiken der kanadischen Gesellschaft ("pump and sale") aufgefallen. Zu seinen Ungunsten wirkt sich in diesem Zusammenhang aus, dass er regelmässig an den Verwaltungsratssitzungen der Firma I._ teilgenommen hat. Auch wenn aus der Präsenz allein nicht auf ein umfassendes Wissen geschlossen werden kann, hätte er entgegen der vorinstanzlichen Ansicht doch früher hellhörig werden und genauer hinschauen müssen. Wie von der Vorinstanz feststellt, hat am 17. Juli 2001 eine Verwaltungsratssitzung der Firma I._ stattgefunden. Dabei wurde über die Untersuchungen der kanadischen Börsenaufsichtsbehörde gesprochen, was vom Beschwerdegegner denn auch eingeräumt wurde. Dieser wendete jedoch ein, die Intervention der kanadischen Börsenaufsicht sei als Folge von Problemen der Revisionsstelle, nicht der Firma I._, dargestellt worden. In einem - an besagter Verwaltungsratssitzung aufgelegenen - Brief von N._ an den Direktor der Firma I._, P._, vom 12. Juli 2001 findet sich sodann ein weiterer Hinweis auf Schwierigkeiten und die Untersuchungen der kanadischen Börsenaufsicht. Bei dieser Sachlage hätte sich jeder umsichtig und sorgfältig Handelnde bei der Geschäftsleitung der Firma I._ mit allem Nachdruck nach der Art der von der Börsenaufsicht getätigten Abklärungen erkundigen müssen. Denn (angebliche) Probleme der Revisionsstelle sind nicht ausschliesslich deren Probleme. Vor allem war von keiner Seite gewährleistet, dass sie - soweit der Version des Beschwerdgegners überhaupt Glauben geschenkt werden kann - nicht auf die Firma I._ übergriffen. Indem der Beschwerdegegner dies unterlassen hat, war ein mögliches Hindernis auf dem Weg zur Darlehensgewährung an die Firma O._ AG beseitigt. Zumindest am Rand erwähnt sei zudem, dass in einer Fachzeitschrift u.a. auf die Investitionen in die Firma I._ und die mangelnde Transparenz dieser Gesellschaft aufmerksam gemacht wurde. Nicht völlig von der Hand zu weisen ist ferner, dass der Beschwerdegegner infolge der ihm zustehenden Optionen allenfalls auch ein persönliches Interesse an der Rettung der Firma I._ mittels des O._-Darlehens gehabt haben mochte.
6.2 Angesichts der engen personellen und finanziellen Verflechtungen zwischen der Pensionskasse X._ und der Firma I._ einerseits sowie der funktional (teilweisen) gleichen Ausrichtung von A._ und des Beschwerdegegners andererseits musste dieser auch auf Grund seiner Position in der Vorsorgeeinrichtung Kenntnis davon erhalten haben, dass dieser ein erheblicher Ausfall drohte und sie im Begriff stand, mittels der Darlehensgewährung an die Firma O._ AG ihre Limiten definitiv zu überschreiten. Dies gilt umso mehr, als die Gewährung und Auszahlung eines Darlehens in der Grössenordnung von 14,7 Mio. CAD für eine Vorsorgeeinrichtung umfangreiche Vorbereitungen erfordern, handelt es sich doch - anders als bei einer Bank - nicht um eine alltägliche, zum eigentlichen Kerngeschäft zählende Finanztransaktion. Die gegenteilige Darlegung des Beschwerdegegners ist als blosse Schutzbehauptung zu werten. Entsprechend hätte er noch vor der Darlehensgewährung Schritte in die Wege leiten können, um die für die Pensionskasse X._ verheerende Transaktion zu stoppen.
7. Aus diesen Erwägungen folgt, dass der Beschwerdegegner die ihm obliegenden Sorgfaltspflichten fahrlässig verletzt hat. Die übrigen Haftungsvoraussetzungen nach Art. 52 BVG sind im Zusammenhang mit der Darlehensgewährung an die Firma O._ AG unstreitig gegeben und nicht weiter zu prüfen. Haftungsherabsetzungsgründe, welche bei der Bemessung des Schadenersatzes zu berücksichtigen wären, sind nicht ersichtlich. Bei der Verrechnung ist jedoch die Schranke des Existenzminimums zu beachten. Die Forderung der Vorsorgeeinrichtung kann nur soweit mit einer Forderung des Versicherten verrechnet werden, als dadurch dessen Einkommen nicht unter das Existenzminimum fällt (BGE 115 V 341 E. 2c S. 343; SZS 2007 S. 69 [B 99/05], 2000 S. 544 [B 52/98]). Wie es sich diesbezüglich verhält, wird die Vorinstanz, an welche die Sache zu diesem Zweck zurückzuweisen ist, zu prüfen haben.
8. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdegegner aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Dieser hat der im Verantwortlichkeitsprozess obsiegenden Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG; BGE 128 V 124 E. 5b S. 134).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid vom 3. November 2010 wird aufgehoben. Die Sache wird an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen, damit es, nach Aktenergänzung bezüglich Wahrung des Existenzminimums des Beschwerdegegners, über dessen Klage gegen die Beschwerdeführerin im Sinne der Erwägungen neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7000.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. März 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Widmer