Faits:
A. A.a B._ SA est propriétaire de la parcelle n° 2166 de la commune de C._. A._ et X._ SA sont copropriétaires, pour moitié chacune, de la parcelle voisine n° 2276. Sur ces deux parcelles étaient édifiés des bâtiments à toits plats: le bâtiment sis sur la parcelle n° 2166 était (et est toujours) d'un seul niveau, tandis que celui sis sur la parcelle n° 2276, construit en escalier, en comportait plusieurs.
Le plan localisé de quartier n° 28415 du 16 mai 1995 (ci-après: PLQ 1995) autorise, sur environ la moitié de la parcelle n° 2166, une surélévation du bâtiment jusqu'à quatre niveaux. Ce même plan autorise, sur environ la moitié de la parcelle n° 2276, une surélévation du bâtiment jusqu'à trois niveaux.
Les toits plats des deux bâtiments voisins étaient adossés l'un à l'autre. Celui de l'immeuble appartenant à B._ SA est pourvu de lucarnes à jours zénithaux. Etant donné qu'avant toute surélévation déjà, le bâtiment de A._ et X._ SA était plus haut que celui sis sur la parcelle voisine, un mur aveugle de 2 m 50 se trouvait le long de la limite de propriété du premier immeuble, à une distance de 3 m 20 des lucarnes du toit plat voisin.
A une date non précisée, l'architecte mandaté par A._ et X._ SA a interpellé l'actionnaire unique de B._ SA en vue de lui proposer de s'associer à un projet de surélévation des immeubles. Celui-ci a décliné la proposition, en précisant qu'il était toutefois vendeur de sa parcelle, ce qui avait suscité l'intérêt des copropriétaires, sans toutefois qu'une transaction ne se concrétise par la suite.
A.b Le 6 juillet 2007, le Département genevois des constructions, des technologies et de l'information (ci-après: DCTI) a autorisé A._ et X._ SA à surélever de deux étages leur immeuble, afin d'y créer notamment six appartements. B._ SA ne s'est pas opposée à l'octroi de cette autorisation, contrairement à quatre autres personnes, qui ont toutefois retiré leur opposition avant la mi-novembre 2007. L'autorisation de construire est alors entrée en force.
A.c Les travaux de surélévation du bâtiment ont débuté le 15 mai 2008. Par courrier du 27 mai 2008, renouvelé le 29 mai 2008, B._ SA a formellement interdit à ses voisines d'utiliser sa parcelle pour les besoins de leur chantier avant le versement de 100'000 fr. de sûretés. En outre, par lettre recommandée du 6 juin 2008, B._ SA a avisé le DCTI que l'autorisation de construire en cause était viciée en ce sens qu'elle avait permis à tort la création de fenêtres en limite de propriété. Elle a requis la révocation de cette autorisation. Le 1er juillet 2008, le DCTI a répondu à B._ SA que l'autorisation de construire était conforme au plan localisé de quartier, ainsi qu'à toutes les autres dispositions légales et réglementaires, qu'en outre, elle était en force, de sorte qu'il ne donnerait aucune suite à sa dénonciation.
A.d Les parties sont en litige au sujet des seize fenêtres du 1er, 2ème et 3ème étage de la façade nord-ouest du bâtiment, qui ont été nouvellement créées lors de la surélévation de ce dernier. Ces fenêtres ont été pratiquées en limite de propriété, certaines dans le mur précédemment aveugle, en face des lucarnes du toit voisin.
Comme les façades des deux bâtiments forment un angle à 90°, la fenêtre oscillo-battante du 1er étage, située à l'extrême gauche (côté est) du bâtiment nouvellement surélevé, se différencie des quinze autres en ce sens qu'elle a été créée à l'endroit précis où les façades contiguës des immeubles sont censées s'adosser l'une à l'autre une fois surélevées, selon l'implantation prévue par le PLQ 1995; ce dernier permet en effet la surélévation en limite des deux bâtiments.
Les seize nouvelles fenêtres suscitent différentes contestations de la part de B._ SA. En substance, celle-ci estime qu'elle devra reculer toute future surélévation de son bâtiment de façon à respecter la distance de 4 m que lui imposerait la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (ci-après: LCI/GE). C'est pourquoi, elle invoque principalement des pertes de surface, soit 40 m2 de surface habitable et 72 m2 de terrasse. Elle prétend également que les locataires voisins peuvent maintenant se promener sur son toit plat depuis le bâtiment surélevé, qu'une colonne de fenêtres du 1er au 3ème étage ne respectent pas les règles sur les vues droites croisées, ce qui restreint également les possibilités d'habitation, et, enfin, que les fenêtres litigieuses donnant sur le toit plat de son immeuble, sous lequel est aménagée une halle d'exposition, lui causent une perte d'intimité, les locataires du bâtiment surélevé pouvant apercevoir ses activités à travers les lucarnes à jours zénithaux.
B. B.a Le 11 juin 2008, B._ SA a déposé devant le Tribunal de première instance de Genève une requête de mesures provisionnelles tendant à faire suspendre les travaux de construction. A l'appui de cette requête, elle a fait valoir que le projet de surélévation de l'immeuble voisin contrevenait aux règles de construction relatives aux jours et vues sur le fonds d'autrui, et constituait par conséquent une immission excessive au sens de l'art. 684 CC. Statuant le 30 juillet 2008, l'autorité saisie a rejeté la requête.
B.b Par arrêt du 17 octobre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours formé par B._ SA, annulé l'ordonnance précitée et fait interdiction à A._ et X._ SA de poursuivre leurs travaux de construction sur la parcelle n° 2166 jusqu'à droit connu sur le fond.
B.c A._ et X._ SA ont formé un recours en matière civile, concluant au rejet de la requête de mesures provisionnelles. Par arrêt du 10 juin 2009 (arrêt 5A_791/2008), le Tribunal fédéral a rejeté le recours: il a relevé que les recourantes ne contestaient pas que les vues droites créées dans la façade surélevée ne respectaient pas la distance de 4 m à la limite, qu'elles n'invoquaient ni être au bénéfice d'une dérogation, ni que le plan localisé de quartier autorisait la création de vues droites, et qu'elles admettaient que l'intimée ne pourrait pas surélever son immeuble sur toute la surface autorisée par le plan de quartier. Il a conclu qu'il était donc soutenable, de la part de l'autorité cantonale, de considérer que les recourantes n'avaient pas rendu vraisemblable qu'elles pouvaient déroger aux distances minimales prévues par le droit cantonal.
C. C.a Le 19 décembre 2008, B._ SA a ouvert action devant le Tribunal de première instance de Genève, en validation des mesures provisionnelles. A._ et X._ SA ont conclu au rejet de la demande. Reconventionnellement, et à titre subsidiaire, elles ont demandé à ce qu'une servitude de vue soit accordée à la parcelle n° 2276, à charge de la parcelle n° 2166, permettant l'existence d'ouvertures en façade sur l'immeuble, en vertu du PLQ 1995 et de l'autorisation de construire. Par jugement du 8 septembre 2010, le tribunal a débouté B._ SA de ses conclusions.
C.b Par arrêt du 15 avril 2011, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours formé par B._ SA contre le jugement précité. Elle a, notamment, ordonné aux intimées de murer la fenêtre oscillo-battante située à l'extrême gauche de la façade nord-ouest du bâtiment D 504, érigé sur leur parcelle n° 2776, dans un délai de 90 jours dès l'entrée en force de l'arrêt (ch. 1), ordonné aux intimées de pourvoir les quinze ouvertures pratiquées dans la façade de leur bâtiment lors de la surélévation de jours fixes opaques et translucides, dans un délai de 90 jours dès l'entrée en force de l'arrêt (ch. 2), dit que les injonctions précitées étaient assorties de la menace de la peine de l'art. 292 CP [...] (ch. 3), validé en conséquence les mesures provisionnelles prononcées par l'arrêt du 17 octobre 2008 (ch. 4), et ordonné la restitution à B._ SA des sûretés qu'elle avait fournies lors des mesures provisionnelles (ch. 5).
D. Par mémoire posté le 24 mai 2011, A._ et X._ SA forment un recours en matière civile contre cet arrêt. Elles concluent principalement à sa réforme, en ce sens que B._ SA soit déboutée de toutes ses conclusions, subsidiairement, en ce sens qu'un droit de vue soit accordé au profit de la parcelle n° 2276 à charge de la parcelle n° 2166, permettant l'existence d'ouvertures en façade sur l'immeuble érigé par elles en vertu du PLQ 1995 et de l'autorisation de construire du 6 juillet 2007, et qu'il soit ordonné en conséquence au Conservateur du Registre foncier de procéder à l'inscription du droit de vue. Pour peu qu'on les comprenne, les recourantes requièrent, tant dans leurs conclusions principales que subsidiaires, que la libération des sûretés déposées par B._ SA soit annulée. Plus subsidiairement, elles concluent à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, elles invoquent la violation des art. 9 Cst. dans l'application du droit cantonal et l'établissement des faits, 3 al. 2, 8, 674 al. 3, 679, 684 et 686 CC, ainsi que de l'art. 292 CP.
Invitées à déposer des observations, l'intimée conclut au rejet du recours, alors que l'autorité cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
E. Par ordonnance présidentielle du 8 juin 2011, l'effet suspensif a été accordé au recours.
Considérant en droit:
1. L'arrêt entrepris est une décision finale (art. 90 LTF), qui tranche une contestation de nature civile (art. 72 al. 1 LTF). Il s'agit d'une affaire de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b et 51 al. 1 let. a LTF). La décision a par ailleurs été rendue par l'autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) et le recours a été interjeté dans la forme et le délai prévus par la loi (art. 42 et 100 al. 1 LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente (art. 76 al. 1 LTF). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine toutefois que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1). En outre, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (principe d'allégation; art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Sous réserve des hypothèses visées à l'art. 95 let. c et d LTF, la violation du droit cantonal n'est pas un motif de recours; il est néanmoins possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, parce qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (ATF 133 III 462 consid. 2.3).
2.2 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation précité. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3. La cour cantonale a tout d'abord jugé que l'ouverture de fenêtres en limite de propriété contrevenait au droit public cantonal de la construction, ce dernier imposant une distance de 4 m à cet égard, et constituait, de ce fait, une immission excessive au sens de l'art. 684 CC. Elle a ensuite décidé que les recourantes ne pouvaient pas prétendre à ce qu'une servitude de vue soit constituée en faveur de leur fonds en vertu de l'art. 674 al. 3 CC. C'est pourquoi, elle les a condamnées à mettre en ?uvre un certain nombre de mesures afin de supprimer l'atteinte illicite, dans un délai de 90 jours, sous menace de la peine de l'art. 292 CP.
En substance, les recourantes ne contestent pas les désagréments que l'intimée invoque. Elles estiment toutefois que, la surélévation de leur bâtiment ayant été autorisée conformément au droit public des constructions, ces désagréments ne peuvent pas être constitutifs d'immissions au sens du droit civil. Subsidiairement, elles relèvent qu'une servitude doit être constituée en faveur de leur fonds. Encore plus subsidiairement, elles invoquent que le délai de 90 jours est trop court pour supprimer l'immission et l'art. 292 CP inapplicable à la cause.
4. Les recourantes se plaignent tout d'abord de la violation des art. 8, 679, 684, 686 CC ainsi que d'arbitraire dans l'application du droit cantonal et l'appréciation des preuves. Elles reprochent à l'autorité cantonale d'avoir retenu que la surélévation de leur bâtiment entraîne des immissions excessives aux dépens de l'intimée, bien que cette construction ait été autorisée par décision administrative.
4.1 Pour juger si la construction litigieuse constituait une atteinte excessive pour le voisin, au sens de l'art. 684 CC, la cour cantonale s'est employée à examiner la conformité de celle-ci au droit public cantonal des constructions. Elle a alors constaté qu'en principe, les vues droites devaient se trouver à une distance de 4 m de la limite de propriété (cf. art. 45, 48 al. 2 LCI/GE). Toutefois, il pouvait être dérogé à cette règle, soit par un plan localisé de quartier, soit par une servitude inscrite au registre foncier (cf. art. 45 al. 3, 46 al. 1 LCI/GE). En l'espèce, les recourantes avaient créé des vues droites dans la façade nord-ouest de leur bâtiment, en limite de propriété. Or, leur fonds n'était au bénéfice d'aucune servitude qui aurait permis cette dérogation à la distance réglementaire; par ailleurs elles n'étaient pas parvenues à démontrer qu'une telle dérogation résultait de l'autorisation de construire ou du PLQ 1995. S'agissant de ce dernier instrument, la cour a précisé que, contrairement à ce que soutenaient les recourantes, on ne pouvait admettre qu'il dérogeait implicitement aux règles sur les distances, sous prétexte qu'il ne contenait pas de pointillés imposant des façades sans jours. En effet, selon elle, l'art. 45 al. 3 LCI/GE se référait expressément aux dispositions des règlements de quartier et des plans localisés de quartier (art. 4 al. 1 let. d de la loi générale du 29 juin 1957 sur les zones de développement, LGZD/GE, et 16 du règlement d'application du 20 décembre 1978 de la loi générale sur les zones de développement, RGZD2/GE). En conséquence, la cour cantonale a retenu que les fenêtres créées lors de la surélévation du bâtiment n'étaient pas conformes au droit public cantonal des constructions et qu'elles constituaient dès lors également une immission excessive au sens de l'art. 684 CC.
4.2 A cette motivation, les recourantes opposent, en substance, qu'une construction autorisée par une décision administrative entrée en force ne peut pas entraîner d'immission au sens de l'art. 684 CC. Par ailleurs, le juge civil étant, sauf nullité absolue, lié par les décisions administratives entrées en force, la cour cantonale n'est pas en droit de revoir la légalité de l'autorisation de construire qui leur a été accordée. Les recourantes prétendent également que l'autorité cantonale a retenu à tort qu'elles n'ont pas démontré que le PLQ 1995 déroge à la LCI/GE sur les distances des vues droites. A cet égard, elles se fondent notamment sur un courrier du DCTI, du 1er juillet 2008, qui confirme la conformité de leur construction au PLQ 1995 et à toutes les autres règles du droit de la construction, ainsi que sur un autre PLQ, dont les légendes indiquent spécifiquement par le signe "X-----X" les façades qui doivent rester borgnes.
En revanche, les recourantes ne contestent pas les désagréments que l'intimée invoque. En particulier, elles admettent que la fenêtre oscillo-battante située à l'extrême gauche du 1er étage, se trouve sur une portion de mur qui serait mitoyen si les surélévations de leurs bâtiments se faisaient conformément au PLQ 1995.
4.3 L'intimée soutient que le juge civil peut toujours vérifier si une construction est conforme au droit civil, même si elle a fait l'objet d'une autorisation administrative. En l'espèce, ses droits de nature civile n'ayant pas été pris en considération dans cette décision, cet acte ne peut lui porter aucun préjudice. En outre, elle relève que les recourantes ne démontrent pas que la cour aurait retenu de manière arbitraire qu'elles n'ont pas prouvé que le PLQ 1995 prévoit une dérogation aux distances les autorisant à ouvrir des baies en limite de propriété, une telle exception ne pouvant se déduire implicitement du plan. Cela vaut d'autant plus qu'un PLQ ne fait que définir les grandes lignes de l'aménagement du quartier, sans pour autant contenir de détails; il ne peut ainsi déroger aux prescriptions ordinaires que de manière expresse. L'intimée relève ensuite que, comme l'a admis la cour cantonale, le bâtiment des recourantes comporte des fenêtres non conformes au droit public cantonal des constructions, quatre d'entre elles la restreignant dans ses possibilités de surélever son bâtiment, ce qui constitue un excès au sens de l'art. 684 CC. L'affirmation des recourantes selon lesquelles "le premier annoncé est le premier servi" est au demeurant totalement en contradiction avec les buts de l'aménagement du territoire.
4.3 L'intimée soutient que le juge civil peut toujours vérifier si une construction est conforme au droit civil, même si elle a fait l'objet d'une autorisation administrative. En l'espèce, ses droits de nature civile n'ayant pas été pris en considération dans cette décision, cet acte ne peut lui porter aucun préjudice. En outre, elle relève que les recourantes ne démontrent pas que la cour aurait retenu de manière arbitraire qu'elles n'ont pas prouvé que le PLQ 1995 prévoit une dérogation aux distances les autorisant à ouvrir des baies en limite de propriété, une telle exception ne pouvant se déduire implicitement du plan. Cela vaut d'autant plus qu'un PLQ ne fait que définir les grandes lignes de l'aménagement du quartier, sans pour autant contenir de détails; il ne peut ainsi déroger aux prescriptions ordinaires que de manière expresse. L'intimée relève ensuite que, comme l'a admis la cour cantonale, le bâtiment des recourantes comporte des fenêtres non conformes au droit public cantonal des constructions, quatre d'entre elles la restreignant dans ses possibilités de surélever son bâtiment, ce qui constitue un excès au sens de l'art. 684 CC. L'affirmation des recourantes selon lesquelles "le premier annoncé est le premier servi" est au demeurant totalement en contradiction avec les buts de l'aménagement du territoire.
4.4 4.4.1 Selon l'art. 684 CC, le propriétaire est tenu, dans l'exercice de son droit, de s'abstenir de tout excès au détriment de la propriété du voisin (al. 1); sont interdits en particulier les émissions de fumée ou de suie, les émanations incommodantes, les bruits, les trépidations qui ont un effet dommageable et qui excèdent les limites de la tolérance que se doivent les voisins eu égard à l'usage local, à la situation et à la nature des immeubles (al. 2).
Sont concernées par cette disposition non seulement les immissions dites positives, mais également les immissions dites négatives, telles que la privation de lumière et l'ombrage (ATF 126 III 452 consid. 2; arrêt 5A_415/2008 du 12 mars 2009 consid. 3.1, publié in ZBGR 91/2010 156). Le propriétaire victime d'immissions peut agir en cessation ou prévention du trouble ainsi qu'en réparation du dommage (art. 679 CC).
4.4.2 L'art. 686 CC constitue une réserve proprement dite en faveur des cantons, ceux-ci étant habilités à réglementer l'ensemble du droit privé des constructions. Cependant, dans ce domaine, les cantons ont édicté presque exclusivement des règles de droit public, en vertu de la compétence que leur réserve l'art. 6 al. 1 CC. L'adoption de ce type de règles est admissible à la triple condition que le législateur fédéral n'ait pas entendu réglementer la matière de façon exhaustive, que ces règles soient justifiées par un intérêt public pertinent et qu'elles n'éludent pas le droit civil fédéral, ni n'en contredisent le sens et l'esprit. Dans ces limites, le droit public cantonal des constructions dispose d'une force expansive et détermine de plus en plus, au moyen de règlements des constructions et de plans des zones, les immissions qui sont admissibles eu égard à la situation des immeubles et à l'usage local. Assurément, les plans de zones et les règlements des constructions ne déterminent pas obligatoirement la situation des immeubles et l'usage local au sens de l'art. 684 CC. Cependant, le droit public des constructions constitue, d'une part, un indice de l'usage local et, d'autre part, il doit être pris en compte dans l'application de l'art. 684 CC dans la mesure où l'unité de l'ordre juridique interdit que le droit privé et le droit public coexistent sans aucun rapport entre eux. Dans ce sens, l'art. 6 al. 1 CC n'exprime pas seulement une réserve improprement dite en faveur des cantons, mais il impose aussi une harmonisation des règles du droit civil fédéral et du droit public cantonal. Cette extension du droit public des constructions a certes tendance à empiéter sur la protection contre les immissions garantie par le droit privé. Elle se justifie néanmoins dans la mesure où l'on a affaire à des plans de zones et des règlements des constructions détaillés, instruments qui satisfont aux objectifs supérieurs de l'aménagement du territoire, notamment au principe de la planification rationnelle de l'ensemble du territoire réservé à l'habitat. En conséquence, lorsqu'un projet de construction correspond aux normes déterminantes du droit public sur la distance entre les constructions, qui ont été promulguées dans le cadre d'un règlement des constructions et des zones détaillé, conforme aux buts et aux principes de la planification définis par le droit de l'aménagement du territoire, il n'y a en règle générale pas d'immissions excessives au sens de l'art. 684 CC (ATF 132 III 49 consid. 2.2; 129 III 161 consid. 2.6 in fine).
4.4.3 Lorsque les immissions proviennent d'une construction autorisée par décision administrative, le juge civil saisi d'une action fondée sur les art. 679/684 CC ne doit pas examiner la validité de cette décision, ni substituer sa propre appréciation à celle de l'autorité administrative. Il ne peut statuer en effet à titre préjudiciel sur des questions de droit public que si l'autorité compétente ne s'est pas déjà prononcée à ce sujet (ATF 137 III 8 consid. 3.3.1 et les réf. citées). Le juge civil est lié par la décision administrative rendue par l'autorité compétente, à moins que cette décision ne soit absolument nulle (ATF 108 II 456 consid. 2: arrêt 5A_136/2009 du 19 novembre 2009 consid. 4.2, publié in RNRF 92/2011 168 et SJ 2010 I 321; 5A_265/2009 du 17 novembre 2009 consid. 4.2, non publié in ATF 136 III 60).
Or, dès qu'une décision administrative n'est plus susceptible de recours, l'application du régime qu'elle établit est censée conforme à l'ordre juridique, même si, en réalité, cette décision est viciée. Une décision est nulle, c'est-à-dire absolument inefficace, que si le vice qui l'affecte est particulièrement grave, s'il est manifeste ou du moins facilement décelable et si, de surcroît, la sécurité du droit n'est pas sérieusement mise en danger par la constatation de cette nullité. Des vices de fond d'une décision n'entraînent qu'exceptionnellement sa nullité. Entrent avant tout en considération comme motifs de nullité l'incompétence fonctionnelle et matérielle de l'autorité appelée à statuer, ainsi qu'une erreur manifeste de procédure (ATF 132 II 21 consid. 3.1 et les arrêts cités). Ainsi, en règle générale, un acte administratif illégal est simplement annulable dès lors que la plupart des décisions viciées le sont par leur contenu. Reconnaître la nullité autrement que dans des cas tout à fait exceptionnels conduirait à une trop grande insécurité; par ailleurs, le développement de la juridiction administrative offrant aux administrés suffisamment de possibilités de contrôle sur le contenu des décisions, on peut attendre d'eux qu'ils fassent preuve de diligence et réagissent en temps utile (arrêt 9C_333/2007 du 24 juillet 2008 consid. 2.1 et les arrêts cités, publié in 2009 AHV 1 1).
Il résulte de ce qui précède qu'en matière de constructions, la force expansive du droit public cantonal, d'une part, et les restrictions mises au pouvoir d'examen du juge civil qui, sauf nullité, ne peut revoir les décisions administratives entrées en force, d'autre part, rendent pratiquement sans objet la protection de droit civil contre les immissions de l'art. 684 CC.
4.4.4 Néanmoins, même lorsqu'une construction est définitivement autorisée par le droit administratif, l'application de l'art. 684 CC n'est pas totalement exclue (arrêt 5A_285/2011 du 14 novembre 2011 consid. 3.2). En effet, les règles de droit formel ou matériel décrétées par le droit public cantonal peuvent se révéler insuffisantes pour protéger les voisins de manière adéquate. Dans de telles situations, la protection accordée par le droit civil fédéral conserve sa valeur comme garantie minimale. Le Tribunal fédéral n'a pas renoncé à cette protection dans ses précédents arrêts. En effet, il en ressort que les règlements sur les zones et les constructions ne fixent pas obligatoirement la situation des immeubles et l'usage local au sens de l'art. 684 CC, mais constituent uniquement un indice à cet égard. Pour cette raison, c'est "en règle générale" ("in der Regel") seulement que le droit public cantonal des constructions ne laisse plus place à l'application de l'art. 684 CC (cf. supra consid. 4.4.2; ATF 132 III 49 consid. 2.2; 129 III 161 consid. 2.6; cf. aussi, arrêt 5A_285/2011 du 14 novembre 2011 consid. 3.2).
En résumé, outre le cas où la décision administrative est nulle, le juge civil peut faire interdire ou modifier une construction, même autorisée par décision administrative, si les immissions que cette construction cause sont si graves que la protection minimale fondée sur l'art. 684 CC ne serait sinon plus garantie.
4.4.5 Pour délimiter les immissions qui sont admissibles de celles qui sont inadmissibles, c'est-à-dire excessives, l'intensité de l'atteinte est déterminante. Cette intensité doit être appréciée selon des critères objectifs. Statuant selon les règles du droit et de l'équité, le juge doit procéder à une pesée des intérêts en présence, en se référant à la sensibilité d'une personne raisonnable qui se trouverait dans la même situation. Ce faisant, il doit garder à l'esprit que l'art. 684 CC, en tant que norme du droit du voisinage, doit servir en premier lieu à établir un équilibre entre les intérêts divergents des voisins. Le Tribunal fédéral revoit en principe librement de telles décisions d'appréciation; il s'impose cependant une certaine retenue et n'intervient que si le juge cantonal a fait un usage erroné de son pouvoir d'appréciation, c'est-à-dire s'il s'est écarté sans motifs de principes admis par la doctrine et la jurisprudence, s'il a pris en considération des éléments qui n'auraient dû jouer aucun rôle ou si, au contraire, il a omis de prendre en considération des circonstances juridiquement pertinentes. Doivent en outre être annulées et corrigées les décisions d'appréciation qui aboutissent à un résultat manifestement inéquitable ou à une injustice choquante (ATF 132 III 49 consid. 2.1).
4.4.5 Pour délimiter les immissions qui sont admissibles de celles qui sont inadmissibles, c'est-à-dire excessives, l'intensité de l'atteinte est déterminante. Cette intensité doit être appréciée selon des critères objectifs. Statuant selon les règles du droit et de l'équité, le juge doit procéder à une pesée des intérêts en présence, en se référant à la sensibilité d'une personne raisonnable qui se trouverait dans la même situation. Ce faisant, il doit garder à l'esprit que l'art. 684 CC, en tant que norme du droit du voisinage, doit servir en premier lieu à établir un équilibre entre les intérêts divergents des voisins. Le Tribunal fédéral revoit en principe librement de telles décisions d'appréciation; il s'impose cependant une certaine retenue et n'intervient que si le juge cantonal a fait un usage erroné de son pouvoir d'appréciation, c'est-à-dire s'il s'est écarté sans motifs de principes admis par la doctrine et la jurisprudence, s'il a pris en considération des éléments qui n'auraient dû jouer aucun rôle ou si, au contraire, il a omis de prendre en considération des circonstances juridiquement pertinentes. Doivent en outre être annulées et corrigées les décisions d'appréciation qui aboutissent à un résultat manifestement inéquitable ou à une injustice choquante (ATF 132 III 49 consid. 2.1).
4.5 4.5.1 En l'espèce, les recourantes ont obtenu l'autorisation de construire deux étages supplémentaires à leur bâtiment, comprenant l'ouverture de seize fenêtres en limite de propriété. L'intimée n'a pas formé opposition à ce projet, alors que, ayant été directement contactée par les recourantes, elle devait s'attendre à ce que la construction de logements soit prochainement réalisée. Elle s'est contentée de demander la révocation de l'autorisation de construire, révocation qui a été refusée par l'autorité compétente le 1er juillet 2008, laquelle a précisé que cette décision, entrée en force, était conforme au plan localisé de quartier, ainsi qu'à toutes les autres dispositions légales et réglementaires. L'intimée a également renoncé à recourir contre cette décision. L'ouverture de vues droites en limite de propriété en vertu du PLQ 1995 est donc censée être conforme à l'ordre juridique. Par ailleurs, même si l'on admettait que le PLQ 1995 ne contient aucune disposition dérogatoire sur les distances, cette autorisation ne pourrait être considérée comme viciée au point qu'il faille la qualifier de nulle. Au demeurant, l'intimée n'a elle-même jamais invoqué la nullité de la décision et la cour cantonale n'a pas constaté un tel vice. Partant, étant liée par l'autorisation de construire qui autorise l'ouverture de fenêtres en limite de propriété, c'est en violation du droit fédéral que l'autorité cantonale a réexaminé la conformité du projet litigieux au droit public cantonal et substitué ainsi sa propre appréciation à celle de l'autorité administrative compétente.
4.5.2 Il reste toutefois à examiner si, bien que la construction litigieuse ait été autorisée par décision administrative valable et entrée en force, l'art. 684 CC doit s'appliquer pour garantir une protection minimale de droit civil fédéral.
A cet égard, il est incontesté que la fenêtre oscillo-battante située à l'extrême gauche du bâtiment se trouve à l'endroit précis où les deux bâtiments surélevés sont censés s'adosser l'un à l'autre conformément au PLQ 1995; elle restreint les possibilités de l'intimée de surélever son bâtiment sur une largeur de 2 m 50. L'immission causée par cette fenêtre est intolérable du point de vue du droit civil. Partant, en vertu de l'art. 684 CC, le chiffre 1 de l'arrêt attaqué, qui ordonne de murer la fenêtre oscillo-battante située à l'extrême gauche de la façade nord-ouest du bâtiment, doit être maintenu.
En revanche, les quinze autres fenêtres litigieuses n'entraînent pas d'atteinte à ce point grave que le droit civil fédéral doive intervenir pour garantir une protection minimale. En effet, tout d'abord, au vu de l'interprétation qu'a faite l'autorité administrative du PLQ 1995, autorisant le propriétaire à construire et à ouvrir des vues droites en limite de propriété, interprétation que le DCTI a du reste confirmée dans son courrier du 1er juillet 2008, rien ne permet d'affirmer que l'intimée ne pourra pas en faire de même ou qu'elle verra les possibilités d'habitation de son immeuble réduites. Ensuite, la perte d'intimité que l'intimée invoque n'apparaît pas intolérable; en particulier, celle-ci peut elle-même poser des verres opaques sur ses lucarnes si elle ne souhaite pas être observée et entamer toute procédure qui lui semblerait utile pour empêcher que des voisins viennent se promener sur son toit. Partant, le chiffre 2 de l'arrêt attaqué, qui ordonne de pourvoir les quinze autres fenêtres litigieuses de jours fixes opaques et translucides, doit être annulé.
5. Il reste encore à examiner si, pour cette seule fenêtre entraînant une atteinte illicite, les recourantes peuvent obtenir une servitude, au sens de l'art. 674 al. 3 CC. A cet égard, elles se plaignent en effet de la violation des art. 3 al. 2 et 674 al. 3 CC ainsi que d'arbitraire dans l'établissement des faits. En substance, elles reprochent à l'autorité cantonale d'avoir jugé qu'elles ne pouvaient pas prétendre à la constitution d'une servitude de vue.
5.1 La cour cantonale a retenu que les travaux avaient commencé le 15 mai 2008 et que l'intimée s'était opposée en temps utile à la construction litigieuse en intervenant lors de l'installation de l'échafaudage par courrier du 27 mai 2008, renouvelé le 29 mai 2008. En outre, selon elle, les recourantes ne pouvaient se prévaloir de leur bonne foi étant donné que leur mandataire s'était rendu compte que l'ouverture des fenêtres en limite de propriété se faisait aux dépens du voisin. Au vu de ces éléments, elle a considéré que les conditions de l'art. 674 al. 3 CC n'étaient pas remplies et que l'intimée pouvait exiger la remise en état tant en application de l'art. 641 al. 2 que de l'art. 679 CC.
5.2 Les recourantes affirment qu'"il a été démontré" que l'intimée a manifesté son opposition à leur construction par sa requête de mesures provisionnelles du 11 juin 2008. Or, selon elles, l'intimée aurait dû le faire dès le début des travaux, qu'elles situent à la mi-avril 2008, soit deux mois avant le dépôt de cette requête de mesures provisionnelles. Elles prétendent ensuite qu'on ne peut pas douter de leur bonne foi, étant donné qu'elles ont obtenu une autorisation de construire conformément au PLQ 1995, que l'intimée n'a en outre pas formé opposition à l'octroi de celle-ci, et, enfin, que le projet s'est poursuivi dès le mois de juillet 2008, après que le DCTI a eu confirmé que l'autorisation de construire précitée était légale.
5.3 En vertu de l'art. 685 al. 2 CC, les dispositions légales concernant les empiètements sur fonds d'autrui s'appliquent aux constructions contraires aux règles sur les rapports de voisinage. Il s'agit-là d'un renvoi à l'art. 674 al. 3 CC, qui limite le droit du propriétaire lésé d'exiger en tout temps la suppression de l'atteinte à sa propriété, en permettant au constructeur, à certaines conditions cumulatives, d'obtenir du juge l'attribution d'une servitude d'empiétement. En effet, selon cette disposition, lorsque le propriétaire lésé, après avoir eu connaissance de l'empiétement, ne s'y est pas opposé en temps utile, l'auteur des constructions et autres ouvrages peut demander, s'il est de bonne foi et si les circonstances le permettent, que l'empiétement à titre de droit réel ou la surface usurpée lui soient attribués contre paiement d'une indemnité équitable.
Il incombe au constructeur qui prétend avoir droit à une servitude d'empiétement de prouver que les conditions en sont remplies (art. 8 CC). L'opposition doit être communiquée dès que le début des travaux est objectivement reconnaissable. Elle est encore faite en temps utile tant que les travaux peuvent être interrompus sans dommage excessif pour le constructeur (PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, Tome II, 2002, n° 1653 ss).
5.4 En l'espèce, dans la mesure où les recourantes contestent la date à laquelle l'intimée s'est opposée aux travaux et celle du début de ceux-ci, elles s'en prennent uniquement à l'établissement des faits. Or, en se bornant à soutenir, sans référence à aucune pièce du dossier, qu'il a été démontré que l'intimée ne s'est manifestée que le 11 juin 2008 et que les travaux ont commencé deux mois auparavant, elles se contentent d'opposer leur propre version des faits à celle arrêtée dans l'arrêt cantonal. Purement appellatoire, le grief est irrecevable (cf. supra consid. 2.1).
Au vu de la nature cumulative des conditions de l'art. 674 al. 3 CC, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs de fait ou de droit que les recourantes soulèvent à l'encontre de l'application qu'a faite l'autorité cantonale de cette norme.
6. Au vu de ce qui précède, le grief des recourantes tendant à démontrer le caractère disproportionné des mesures ordonnées est superflu en ce qui concerne les quinze fenêtres qui peuvent demeurer en l'état (cf. supra consid. 4.5.2 in fine).
En ce qui concerne la fenêtre située à l'extrême gauche du 1er étage du bâtiment qui doit être murée (cf. supra consid. 4.5.2 in initio), les recourantes ne présentent aucune critique en lien avec cette mesure. Bien au contraire, il ressort de l'arrêt attaqué qu'elles ont admis que celle-ci poserait pas de problème, car la fenêtre concernée est située dans une grande pièce qui est également éclairée par une autre fenêtre se trouvant immédiatement à sa droite. La pièce demeure donc habitable avec cette seule fenêtre. Ainsi, le grief est infondé.
7. Les recourantes se plaignent ensuite d'arbitraire. Elles reprochent à la cour cantonale de leur avoir imparti un délai de 90 jours seulement afin de mettre en ?uvre les mesures de remise en état. Selon elles, ce délai, fixé arbitrairement et sans motivation, ne tient pas compte du délai de fabrication de jours fixes opaques et translucides, de la nécessité d'effectuer les travaux en tenant compte des contraintes posées par la présence de locataires, des délais de pose des entreprises et de la nécessité d'obtenir une autorisation du DCTI pour réaliser ces travaux.
Dans la mesure où leur critique a encore une portée, seule une fenêtre devant être condamnée, les recourantes se contentent de présenter des arguments généraux à l'encontre de l'arrêt attaqué. En particulier, elles ne précisent pas le délai dont elles auraient besoin pour effectuer les travaux; elles n'apportent aucun élément concret permettant d'en juger. Force est de constater que cette argumentation est insuffisante pour démontrer que l'instance précédente a abusé de son pouvoir d'appréciation en octroyant un délai de 90 jours pour exécuter les travaux. Partant, le grief est irrecevable (cf. supra consid. 2.1).
8. Les recourantes se plaignent ensuite de la violation de l'art. 292 CP. Elles reprochent à l'autorité cantonale de leur avoir enjoint de mettre en ?uvre les mesures ordonnées dans l'arrêt attaqué sous menace des peines prévues par cette norme. Elles invoquent au surplus le caractère arbitraire de la décision.
8.1 La cour cantonale a assorti les injonctions de la menace de la peine de l'art. 292 CP. Elle l'a fait en raison du manque de diligence dont les recourantes avaient fait preuve pour exécuter son arrêt sur mesures provisionnelles du 17 octobre 2008.
8.2 A l'appui de leur grief, les recourantes soutiennent que l'art. 40 let. d de l'ancienne loi de procédure civile genevoise (aLPC/GE), encore applicable en l'espèce, condamne déjà à l'amende la partie qui ne satisfait pas aux injonctions qui lui sont adressées. Selon elle, l'art. 292 CP étant d'application subsidiaire, la cour cantonale ne pouvait pas assortir son injonction des menaces prévues par cette disposition légale. Elles concluent que cette autorité a violé l'art. 292 CP et rendu une décision arbitraire.
8.3 En l'espèce, les recourantes se contentent d'invoquer le caractère subsidiaire de l'art. 292 CP. Elles n'expliquent pas en quoi le résultat de cet arrêt serait également arbitraire, alors que les deux normes invoquées prévoient la même sanction en cas d'insoumission (l'amende) et que, à les suivre, le droit cantonal aurait été violé, le droit fédéral ayant été appliqué à ses dépens. Partant, le grief est irrecevable, faute de motivation suffisante (cf. supra consid. 2.1).
9. Les recourantes requièrent en outre que la libération des sûretés que l'intimée a dû fournir soit annulée. Dans la mesure où l'arrêt attaqué est en partie maintenu, le grief doit être rejeté.
10. En conclusion, le recours est partiellement admis, dans la mesure de sa recevabilité, et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que son chiffre 2 est annulé et que son chiffre 3 ne mentionne dès lors plus ce chiffre 2. Les chiffres 1 et 5 de l'arrêt attaqué sont maintenus. La cause est renvoyée à la Cour de justice du canton de Genève pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales (chiffre 7 de l'arrêt attaqué). Etant donné que les recourantes ne sont plus que condamnées à murer une seule fenêtre (cf. chiffre 1 de l'arrêt attaqué), les quinze autres litigieuses pouvant demeurer en l'état, il faut considérer qu'elles obtiennent en grande partie gain de cause. En conséquence, les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont répartis entre les parties à raison de 1'000 fr. à la charge des recourantes, solidairement, et de 3'000 fr. à la charge de l'intimée (art. 66 al. 1 LTF). Une indemnité de 3'000 fr., à payer à titre de dépens aux recourantes, créancières solidaires, est mise à la charge de l'intimée (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, dans la mesure de sa recevabilité, et l'arrêt attaqué est réformé, en ce sens que son chiffre 2 est annulé et que son chiffre 3 ne mentionne dès lors plus ce chiffre 2.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont répartis entre les parties à raison de 1'000 fr. à la charge des recourantes, solidairement, et de 3'000 fr. à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer à titre de dépens aux recourantes, créancières solidaires, est mise à la charge de l'intimée.
4. La cause est renvoyée à la Cour de justice du canton de Genève pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 25 janvier 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Achtari