Faits:
A. Selon contrat conclu le 6 juillet 1979, Z._ a pris à bail un local à usage de boucherie avec laboratoire et dépendance au sous-sol, un dépôt, un garage et un appartement de trois pièces dans un bâtiment sis à .... L'une des clauses du contrat se lisait comme suit: « A la fin du bail, [...] les installations existantes seront reprises par le successeur et le bailleur garantit qu'il l'obligera à cette reprise. » Z._ a lui-même racheté le matériel du précédent locataire, soit notamment l'équipement de la chambre froide.
Le 24 novembre 1988, les parties ont conclu de nouveaux contrats pour la location des mêmes locaux; dans le bail de la boucherie, pour la reprise des installations à la fin de ce contrat, elles ont inséré une clause identique à celle précédemment convenue.
Le 28 juillet 2003, Z._ a résilié les baux avec effet au 1er août 2004. Des pourparlers tendant à une nouvelle location n'ont pas abouti et Z._ a restitué les locaux à la date prévue. Dès le 1er janvier 2005, la bailleresse les a reloués à un nouveau locataire pour l'exploitation d'un petit restaurant.
Pendant toute la durée de la location, Z._ avait acquitté le loyer et des acomptes pour frais accessoires; la bailleresse X._ SA, avait périodiquement remis des décomptes généraux indiquant que les décomptes détaillés et les pièces justificatives pouvaient être consultés.
B. Le 9 novembre 2006, devant la commission de conciliation compétente puis devant le Tribunal des baux du canton de Vaud, Z._ a ouvert action contre X._ SA. La défenderesse devait être condamnée à payer 20'000 fr. au titre de la valeur de reprise des installations de la boucherie, à produire les décomptes de frais accessoires du 1er août 1994 au 1er août 2004 et à payer 24'000 fr. pour remboursement des acomptes versés dans la même période.
La défenderesse a conclu au rejet de l'action et elle a présenté des conclusions reconventionnelles tendant au paiement de 20'000 fr. pour frais d'évacuation des installations de la boucherie, avec intérêts au taux de 5% par an dès le 29 janvier 2007.
En exécution d'une ordonnance du 10 octobre 2007, la défenderesse a produit les pièces justificatives concernant les frais accessoires du 1er août 1994 au 1er août 2004.
Le tribunal a entendu divers témoins et ordonné une expertise portant sur la valeur des installations de la boucherie.
Le demandeur a modifié ses conclusions en vue d'obtenir 4'000 fr. pour valeur de reprise des installations et 6'364 fr.30 pour remboursement de frais accessoires indûment perçus, le tout avec intérêts au taux de 5% par an dès le 1er août 2004.
La défenderesse a soutenu que les conclusions portant sur 6'364 fr.30 pour remboursement de frais accessoires n'avaient pas été soumises à la commission de conciliation et qu'elles étaient donc irrecevables. A titre subsidiaire, elle a invoqué la prescription.
Le tribunal s'est prononcé le 22 octobre 2009. Accueillant partiellement l'action principale, il a condamné la défenderesse à payer 3'000 fr. au titre de la valeur de reprise des installations et 1'969 fr. pour remboursement de frais accessoires, avec intérêts au taux de 5% par an dès le 5 novembre 2006; il a rejeté l'action reconventionnelle. Le tribunal a taxé les frais judiciaires à acquitter par chaque partie et il a condamné la défenderesse à payer au demandeur 6'615 fr. à titre de dépens réduits.
C. La défenderesse s'est pourvue devant la Chambre des recours du Tribunal cantonal en persistant dans toutes ses conclusions antérieures et en contestant le dispositif relatif aux dépens. L'autorité saisie a statué le 2 décembre 2010; elle a rejeté le recours et confirmé le jugement. Elle a condamné la défenderesse aux frais de l'instance par 549 fr.; elle n'a pas alloué de dépens.
D. Agissant par la voie du recours en matière civile, la défenderesse requiert le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Chambre des recours en ce sens que l'action principale soit entièrement rejetée, que l'action reconventionnelle soit accueillie et que le demandeur soit condamné à payer 20'000 fr. « valeur échue », que cette partie soit condamnée à payer 8'660 fr. à titre de dépens de première instance, et que les frais de deuxième instance soient mis à la charge du canton de Vaud.
Le demandeur conclut au rejet du recours et sollicite l'assistance judiciaire.
Considérant en droit:
1. Dans les affaires pécuniaires concernant le droit du bail à loyer, le recours en matière civile est recevable à condition que la valeur litigieuse s'élève à 15'000 fr. au moins (art. 74 al. 1 let. a LTF). Cette valeur est déterminée d'après les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF). Pour le calcul de la valeur litigieuse, les divers chefs de conclusions formés par la même partie sont additionnés, à moins qu'ils ne s'excluent (art. 52 LTF). Le montant de l'action principale et celui de l'action reconventionnelle ne sont pas additionnés (art. 53 al. 1 LTF), de sorte que la recevabilité du recours en matière civile est en principe déterminée séparément pour chacune de ces actions; il suffit cependant qu'une seule atteigne la valeur minimale, si le recours porte sur les deux et qu'elles s'excluent (art. 53 al. 2 LTF).
En l'espèce, sur l'action principale, l'obligation de rembourser la valeur des installations de la boucherie n'exclut pas celle de rembourser des frais accessoires indûment perçus. Les deux chefs de conclusions de la défenderesse, devant la Chambre des recours, s'additionnent donc et la valeur litigieuse atteint ainsi 4'969 francs.
La valeur de l'action reconventionnelle s'élève à 20'000 francs. Elle a pour objet une créance de dommages-intérêts correspondant aux frais d'enlèvement des installations de la boucherie. Il est exclu que la défenderesse obtienne ces dommages-intérêts au motif que l'autre partie aurait dû enlever elle-même les installations, et qu'elle soit simultanément condamnée à rembourser leur valeur au motif qu'elle aurait dû les faire reprendre par un nouveau locataire. Il s'ensuit que par l'effet cumulé des art. 52 et 53 al. 2 LTF, le recours est recevable, à raison de la valeur litigieuse, sur toutes les prétentions en cause.
2. Pour le surplus, le recours est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF), rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) et en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF). Son auteur a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF). Le mémoire de recours a été introduit en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et il satisfait aux exigences légales (art. 42 al. 1 à 3 LTF), quoique, dans les conclusions présentées, la locution « valeur échue » soit absconse.
Le recours est ouvert pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office, hormis les droits fondamentaux (art. 106 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254), et il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 134 II 244 consid. 2.2 p. 246; 133 II 249 consid. 1.4.2). Il conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF). Le recours n'est pas recevable pour violation du droit cantonal, hormis les droits constitutionnels cantonaux (art. 95 let. c LTF) et certaines dispositions sans pertinence en matière civile (art. 95 let. d LTF).
3. Sur l'action principale, la défenderesse persiste à contester la recevabilité des conclusions que le demandeur a chiffrées à 6'364 fr.30 devant le Tribunal des baux, après qu'elle eut produit, ainsi que le tribunal l'avait ordonné, les pièces justificatives concernant les frais accessoires du 1er août 1994 au 1er août 2004.
En matière de bail à loyer, pour autant que la convention des parties le prévoie spécialement, le locataire doit rembourser en sus du loyer les dépenses effectives supportées par le bailleur en rapport avec l'usage de la chose louée, telles que les frais de chauffage et de consommation d'eau chaude pour les habitations ou les locaux commerciaux (art. 257a et 257b al. 1 CO). Le bailleur peut percevoir ces frais - dits frais accessoires - de manière forfaitaire, sur la base de la moyenne des dépenses effectives calculée sur une période de trois ans (art. 4 al. 2 OBLF; RS 221.213.11). Il peut également se faire rembourser les dépenses effectives sur la base d'un décompte; il doit alors établir ce document au moins une fois par année et le présenter au locataire (art. 4 al. 1 OBLF). La convention peut prévoir que dans l'intervalle des décomptes successifs, le locataire versera des acomptes (David Lachat, Le bail à loyer, 2008, p. 336 nos 2.4 à 2.7). En l'espèce, il est incontesté que le demandeur a régulièrement versé des acomptes destinés à la couverture des dépenses effectives.
Selon ses conclusions initiales, le demandeur a réclamé le remboursement de la totalité des acomptes versés durant un laps de dix ans. Devant le Tribunal des baux, il a réduit cette prétention pour tenir compte des dépenses effectives dont il admettait, désormais, que l'adverse partie avait apporté la preuve. Contrairement à l'opinion de la défenderesse, cette réduction de la demande ne comporte aucune modification dans la nature de la prétention concernée, de sorte que, conformément à ce qu'exigeait l'art. 274a al. 1 let. b aCO, remplacé par l'art. 197 CPC depuis le 1er janvier 2011, cette prétention a été dûment soumise à la commission de conciliation.
4. Sur la même action, la défenderesse conteste l'obligation de verser 3'000 fr. au titre de la valeur de reprise des installations de la boucherie.
Cette partie avait textuellement garanti au demandeur qu'à l'expiration du contrat, elle obligerait son successeur, c'est-à-dire un nouveau locataire, à reprendre les installations. La Chambre des recours retient que cette clause contractuelle est une promesse de porte-fort régie par l'art. 111 CO et que la défenderesse est débitrice de dommages-intérêts correspondant à ce que le successeur aurait dû payer s'il avait repris les installations.
La défenderesse tient ladite clause pour contraire à l'art. 254 CO qui prévoit la nullité des transactions couplées avec un bail d'habitations ou de locaux commerciaux, lorsque le locataire est induit à contracter des obligations qui ne sont pas en relation directe avec l'usage de la chose louée.
La clause dont est discussion était entièrement favorable au demandeur et elle ne lui imposait aucune obligation, ni en faveur de la bailleresse ni en faveur d'un tiers. Pour ce motif déjà, elle ne pouvait pas contrevenir à l'art. 254 CO. Au demeurant, il n'est guère discutable que la reprise des installations de la boucherie soit en relation directe avec l'usage de locaux destinés, selon le contrat, à l'exploitation d'une boucherie.
5. Sur l'action reconventionnelle, la défenderesse fait état des frais de démolition de la chambre froide et elle argue sans plus de précisions d'une « violation du droit fédéral ». Le contrat garantissait au demandeur la reprise de cette installation par un nouveau locataire; au regard du principe de la confiance qui régit l'interprétation des manifestations de volonté entre cocontractants (ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 412; 133 III 675 consid. 3.3 p. 681), il le dispensait aussi de toute obligation d'évacuer cette installation à la fin du contrat. La défenderesse n'est donc pas autorisée à se plaindre d'une restitution des locaux qui ne serait pas conforme à l'art. 267 al. 1 CO, ni à réclamer une indemnité de ce chef.
6. La défenderesse conteste enfin le montant des dépens que le Tribunal des baux a alloués à son adverse partie. La Chambre des recours a discuté cette critique et elle l'a rejetée. L'instance était soumise au droit cantonal, de sorte que contrairement à l'argumentation soumise au Tribunal fédéral, les art. 4 CC ou 106 et 107 CPC ne sont pas en cause. La défenderesse ne prétend pas que le montant des dépens soit contraire à ses droits fondamentaux; la critique y relative se révèle donc irrecevable au regard des art. 95 et 106 al. 2 LTF.
7. Le recours se révèle privé de fondement, dans la mesure où les griefs présentés sont recevables. A titre de partie qui succombe, son auteur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral et les dépens de l'instance fédérale auxquels l'autre partie peut prétendre.
Au regard des exigences de l'art. 64 al. 1 et 2 LTF, la demande d'assistance judiciaire du demandeur peut être accueillie pour le cas où les dépens se révéleraient irrécouvrables.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise et Me Nicole Wiebach est désignée en qualité d'avocate d'office du demandeur.
3. La défenderesse acquittera un émolument judiciaire de 2'000 francs.
4. La défenderesse versera une indemnité de 2'500 fr. au demandeur, à titre de dépens.
5. La caisse du Tribunal fédéral versera une indemnité de 2'500 fr. à Me Wiebach, à titre d'honoraires, dans l'hypothèse où les dépens se révéleraient irrécouvrables.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 1er juillet 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Le greffier:
Klett Thélin