Sachverhalt:
A. Zwischen der X._ AG (Beschwerdeführerin) und der Y._ AG (Beschwerdegegnerin) ist ein Rechtsstreit vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich hängig. Mit Beschluss vom 6. Mai 2011 wies das Handelsgericht ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Wiederherstellung der Frist zur Erstattung der Duplik ab, wies die Duplikschrift vom 21. März 2011 samt Beilagen aus dem Recht und erklärte das Hauptverfahren als geschlossen.
B. Die Beschwerdeführerin erhob Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, den Beschluss des Handelsgerichts vom 6. Mai 2011 aufzuheben, das Gesuch der Beschwerdeführerin vom 15. März 2011 um Wiederherstellung der Frist zur Erstattung der Duplik gutzuheissen und die Duplikschrift vom 21. März 2011 samt Beilagen ins Recht zu nehmen.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen zur Beschwerde wurde im vorliegenden Fall verzichtet.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 136 II 101 E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472; 135 III 212 E. 1); immerhin muss die Eingabe auch bezüglich der Eintretensvoraussetzungen hinreichend begründet werden (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 134 II 120 E. 1 S. 121).
2. Der angefochtene Beschluss schliesst das Verfahren vor der Vorinstanz nicht ab; es handelt sich dabei um einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG (BGE 135 III 212 E. 1.2, 329 E. 1.2; 135 V 141 E. 1.1 mit Hinweis). Gegen selbständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (BGE 134 III 188 E. 2.2; 133 III 629 E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben. Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Voraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (BGE 134 III 426 E. 1.2 in fine; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2).
Die Beschwerdeführerin macht geltend, der angefochtene Beschluss könne einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken. Auf Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG beruft sie sich nicht.
2.1 Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG muss nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung rechtlicher Natur sein, was voraussetzt, dass er durch einen späteren günstigen Entscheid nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (BGE 136 IV 92 E. 4 S. 95; 134 III 188 E. 2.1 S. 190; 133 III 629 E. 2.3.1, je mit Hinweisen). Rein tatsächliche Nachteile, etwa die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens, fallen demgegenüber nicht in Betracht (BGE 136 IV 92 E. 4 S. 95; 134 III 188 E. 2.2).
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass es sich bei der Vorinstanz um die einzige Tatsacheninstanz im vorliegenden Prozess handle und dass später nicht mehr vorgetragen werden könne, was nicht mit Duplik bei der Vorinstanz an Parteistandpunkten eingebracht sei, insbesondere nicht in einer Beschwerde in Zivilsachen gegen ein Sachurteil der Vorinstanz. Sollte sich in einer Gutheissung der Klage der Beschwerdegegnerin herausstellen, dass Duplikargumente oder -beilagen einen anderen Ausgang des vorinstanzlichen Verfahrens hätten bewirken können, werde die Beschwerdeführerin einen Nachteil erlitten haben, der durch die Ergreifung eines Rechtsmittels nicht mehr kompensiert werden könne.
Dem kann nicht gefolgt werden. Wie die Beschwerdeführerin selber einräumt, wird erst das Sachurteil der Vorinstanz zeigen, ob die in der Duplik zur Verdichtung der Argumentation aufgestellten tatsächlichen Behauptungen wirklich ausschlaggebend sind. Im heutigen Zeitpunkt steht damit noch gar nicht fest, dass die Nichtberücksichtigung der Duplik überhaupt einen Nachteil für die Beschwerdeführerin darstellt. Aber auch wenn dem so wäre, handelte es sich dabei jedenfalls nicht um einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur. So könnte mit einer Beschwerde gegen den Endentscheid vor Bundesgericht gerügt werden, die Duplik sei zu Unrecht nicht berücksichtigt worden, falls sich dies zum Nachteil der Beschwerdeführerin ausgewirkt hat (Art. 93 Abs. 3 BGG). Wenn sich dieser Standpunkt als begründet erweisen würde, wäre der Sachverhalt zu ergänzen bzw. die Sache zur Sachverhaltsergänzung und zum neuen Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit könnte ein der Beschwerdeführerin durch den angefochtenen Entscheid erwachsender Nachteil vollständig behoben werden. Eine damit verbundene Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens stellt, wie ausgeführt, keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG dar.
Die Beschwerdevoraussetzung eines nicht wiedergutzumachenden Nachteils ist somit zu verneinen.
3. Zusammenfassend ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdegegnerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen, da ihr im Zusammenhang mit dem bundesgerichtlichen Verfahren kein Aufwand erwachsen ist (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. August 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer