Sachverhalt:
A. Am 9. März 2011 reichte X._ bei der Staatsanwaltschaft Appenzell Ausserrhoden eine Strafanzeige gegen A._ von der Sozialberatung Appenzeller Hinterland wegen Nötigung im Sinn von Art. 181 StGB ein. Er warf ihr vor, ihm als Sozialhilfeempfänger in unzulässiger Weise gedroht zu haben, seine Handwerkerrechnungen in Höhe von rund Fr. 2'000.-- nicht zu bezahlen, falls er ihr die Verfügung über die Ergänzungsleistungen für seine Tochter B._ nicht zustelle.
Die Staatsanwaltschaft Appenzell Ausserrhoden nahm das Strafverfahren am 21. März 2011 nicht an die Hand.
X._ focht diese Nichtanhandnahme-Verfügung beim Obergericht des Kantons Appenzell Ausserrhoden an. Dieses verpflichtete X._ am 31. März 2011 in Anwendung von Art. 383 Abs. 1 StPO zu einer Sicherheitsleistung von Fr. 400.--. Daraufhin stellte X._ ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege, welches vom Obergericht am 22. August 2011 kantonal letztinstanzlich abgewiesen wurde, im Wesentlichen mit der Begründung, X._ sei nur Anzeigeerstatter, nicht Privatkläger, womit die gesetzlichen Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege nicht erfüllt seien.
B. Am 9. Dezember 2011 reichte X._ dem Obergericht die schriftliche Erklärung ein, er wolle sich am Strafverfahren gegen A._ als Privatkläger beteiligen. Dieses verpflichtete X._ am 13. Januar 2012 in Anwendung von Art. 383 Abs. 1 StPO zu einer Sicherheitsleistung von Fr. 400.--. Daraufhin stellte X._ erneut ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Der Einzelrichter des Obergerichts wies das Gesuch am 27. Januar 2012 ab. Zur Begründung führte er an, nach Art. 136 Abs. 1 StPO würde dem Privatkläger, worauf X._ bereits in den obergerichtlichen Entscheiden vom 10. Juni und vom 22. August 2011 hingewiesen worden sei, unentgeltliche Rechtspflege nur zur Durchsetzung seiner Zivilansprüche gewährt. Da er keine Zivilansprüche geltend mache, sei sein Gesuch abzuweisen.
Mit Beschwerde vom 7. September 2012 beantragt X._, diesen Entscheid des Obergerichtspräsidenten aufzuheben, die Kostensprüche sämtlicher bisher ergangener Entscheide aufzuheben und eventuell die Aufnahme der Strafuntersuchung zu veranlassen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Zusprechung einer Parteientschädigung von Fr. 500.--.
C. Der Obergerichtspräsident verzichtet auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege in einem Strafverfahren; dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 BGG). Er schliesst das vom Beschwerdeführer angestrengte Strafverfahren nicht ab; es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde u.a. dann zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Das ist bei der Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege der Fall. Der Beschwerdeführer rügt, er habe als Privatkläger Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege. Er beruft sich damit auf die Verletzung eines Verfahrensrechts und ist insoweit zur Beschwerde befugt (Urteil 1B_436/2011 vom 21. September 2011, E. 1). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Gemäss Art. 136 Abs. 1 StPO gewährt die Verfahrensleitung dem Privatkläger unentgeltliche Rechtspflege für die Durchsetzung seiner Zivilansprüche, wenn er nicht über die für die Prozessführung erforderlichen Mittel verfügt und die Zivilklage nicht aussichtslos erscheint.
2.2 Nach dem klaren Wortlaut dieser Bestimmung hat der Privatkläger nur dann Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn er Zivilansprüche geltend macht. Dies entspricht dem ausdrücklichen Willen des Gesetzgebers, der diese Beschränkung bewusst ins Gesetz aufnahm (Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006, S. 1181). Der Obergerichtspräsident hat damit kein Bundesrecht verletzt, indem er das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege abwies, nachdem dieser keine Zivilforderungen geltend machte.
2.3 Da der Kanton Appenzell Ausserrhoden für die Angestellten des Kantons, der Gemeinden und juristischen Personen öffentlichen Rechts haftet (Art. 262 EG ZGB vom 27. April 1969), kann zudem von vornherein praktisch ausgeschlossen werden, dass der Beschwerdeführer aus dem von ihm als strafbar empfundenen Verhalten der Sozialarbeiterin Zivilforderungen ableiten könnte.
3. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG). Sein Gesuch um Zusprechung einer Parteientschädigung ist ausgangsgemäss abzuweisen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Obergericht Appenzell Ausserrhoden, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi