Sachverhalt:
A. X._ wurde vom Bezirksgericht Zürich am 27. Oktober 2000 der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig gesprochen und mit drei Jahren Gefängnis bestraft (unter Anrechnung von 149 Hafttagen). Sie wurde am 15. März 2002 mit einer Probezeit von drei Jahren bedingt aus dem Strafvollzug entlassen. Während laufender Probezeit begann sie, anfangs 2004 wieder mit Kokain zu handeln und fuhr damit trotz Verwarnung und Untersuchungshaft weiter bis zu ihrer Verhaftung Mitte Februar 2005. Das Obergericht des Kantons Zürich verurteilte sie deshalb am 17. Januar 2007 zu einer Gesamtstrafe von drei Jahren und sechs Monaten Freiheitsstrafe (unter Anrechnung von 485 Tagen aus Haft und vorzeitigem Strafvollzug).
B. X._ wurde am 29. Oktober 2007 aufgefordert, ihre Freiheitsstrafe am 14. Januar 2008 anzutreten.
Sie rekurrierte bei der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich (Justizdirektion) und beantragte, sie bedingt aus dem Strafvollzug zu entlassen, eventualiter die Freiheitsstrafe in der Form der Halbgefangenschaft zu vollziehen. Die Justizdirektion wies den Rekurs am 18. März 2008 ab, soweit sie darauf eintrat.
X._ führte mit gleichlautenden Anträgen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 17. Juli 2008 ab.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben, die Reststrafe in Form der Halbgefangenschaft vollziehen zu lassen und ihr die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie habe den Grundsatz nil nocere und damit Art. 75 StGB sowie Art. 80 StGB verletzt.
1.2 Die Vorinstanz nimmt an, die bloss vorübergehende Trennung der Mutter von den Kindern wegen des Vollzugs der Freiheitsstrafe rechtfertige keine Ausnahme im Sinne von Art. 80 Abs. 1 StGB.
1.3 Gemäss Art. 80 StGB kann von den für den Vollzug geltenden Regeln zu Gunsten des Gefangenen abgewichen werden:
a. wenn der Gesundheitszustand des Gefangenen dies erfordert;
b. bei Schwangerschaft, Geburt und für die Zeit unmittelbar nach der Geburt;
c. zur gemeinsamen Unterbringung von Mutter und Kleinkind, sofern dies auch im Interesse des Kindes liegt.
Diese Bestimmung bindet Abweichungen von den gesetzlichen Vollzugsregeln an präzise und einschränkende Voraussetzungen. Abweichungen haben Ausnahmecharakter (ANDREA BAECHTOLD, Strafrecht I, Basler Kommentar, 2. Auflage, Art. 80 N 4). Die Vorinstanz verneint zutreffend solche Ausnahmegründe. Der hier in Betracht kommenden Betreuung von Jugendlichen und Kindern der Jahrgänge 1990, 1999 und 2003 (angefochtenes Urteil S. 7) kommt der gesetzliche Ausnahmecharakter nicht zu. Dabei ist entgegen der Beschwerdeführerin der vorinstanzliche Hinweis nicht zu beanstanden, dass die Kinder bereits einmal in einer Pflegefamilie untergebracht waren, um den Strafvollzug zu ermöglichen.
1.4 Das Prinzip des nil nocere ändert an dieser Rechtslage nichts. Nach den Vollzugsgrundsätzen von Art. 75 Abs. 1 StGB hat der Strafvollzug "schädlichen Folgen des Freiheitsentzugs entgegenzuwirken". Beschränkungen der persönlichen Freiheit im Strafvollzug sind so auszugestalten, dass Haftschädigungen möglichst vermieden werden (BENJAMIN F. Brägger, Strafrecht I, a.a.O., Art. 75 N 8). Dieses Prinzip erlaubt nicht, entgegen der gesetzlichen Normierung vom Strafvollzug abzusehen oder ihn in Form der Halbgefangenschaft zu vollziehen (Art. 80 Abs. 1 bzw. Art. 77b und 79 StGB).
2. Die Beschwerde ist abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (Art. 64 BGG). Der finanziellen Lage der Beschwerdeführerin wird mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung getragen (Art. 65 Abs. 2 und Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Briw