Sachverhalt:
A. Am 2. und 3. September 2002 unterzog die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) die X._ AG einer Kontrolle gemäss Art. 62 MWSTG (SR 641.20). Die Kontrolle betraf die Abrechnungsperioden vom 1. Januar 1997 bis zum 30. Juni 2002. Sie fand in den Räumlichkeiten des Besonderen Untersuchungsrichteramtes des Kantons Basel-Landschaft (BUR) in Liestal statt, da dieses die Buchhaltung der X._ AG beschlagnahmt hatte. Gestützt auf diese Prüfung wurden von der ESTV am 5. September 2002 drei Ergänzungsabrechnungen erlassen. Insgesamt ergab sich eine Steuernachforderung von Fr. 225'829.-- nebst Verzugszinsen zu Lasten der X._ AG. Ebenfalls am 5. September 2002 setzte die ESTV der X._ AG Frist bis zum 30. September 2002, um allfällige Vorsteuerbelege einzureichen. Die ESTV stellte in Aussicht, sie werde bei fristgerechter Einreichung dieser Unterlagen eine Korrektur der Nachbelastung bzw. eine entsprechende Gutschrift prüfen. Die X._ AG liess die Frist in der Folge jedoch ungenutzt verstreichen.
Am 17. März, 9. April und 10. April 2003 erliess die ESTV drei anfechtbare Entscheide, mit welchen sie ihre Nachforderungen gemäss den drei erwähnten Ergänzungsabrechnungen bestätigte. Auf diese Entscheide reagierte die X._ AG erst mit Eingabe vom 16. September 2003: Sie berief sich darauf, dass ihr Verwaltungsrat R._ überraschend am 12. März 2003 verstorben sei und beantragte deswegen die Wiedereinsetzung in den vorigen Stand. Mit einer weiteren Eingabe vom 16. März 2004 ergänzte die X._ AG, dass sie dem Kontrollergebnis der ESTV selbst dann widerspreche, falls dieses in Rechtskraft erwachsen sein sollte. Die X._ AG begründete dies damit, dass bei der durchgeführten Kontrolle keiner ihrer Mitarbeiter persönlich habe anwesend sein können, um allfällige Fragen der ESTV zu beantworten und um gewünschte Belege vorzulegen.
Am 16. Februar 2005 erliess die ESTV erneut zwei anfechtbare Entscheide, mit welchen sie ihre drei ursprünglichen Ergänzungsabrechnungen vollumfänglich bestätigte. Gegen die Entscheide vom 16. Februar 2005 erhob die X._ AG am 14. März 2005 Einsprache.
Mit Entscheid vom 9. November 2006 vereinigte die ESTV die Verfahren und wies die Einsprachen ab. Zur Begründung führte die ESTV unter anderem aus, ihre Entscheide vom 17. März, 9. April und 10. April 2003 seien mangels rechtzeitiger Anfechtung in Rechtskraft erwachsen. Aus diesem Grund habe sie das Schreiben der X._ AG vom 16. März 2004 als Revisionsgesuch entgegengenommen und dieses mit den Entscheiden vom 16. Februar 2005 sinngemäss abgewiesen, indem sie die Steuernachforderungen bestätigt habe.
B. Gegen diesen Einspracheentscheid der ESTV beschwerte sich die X._ AG bei der damaligen Eidgenössischen Steuerrekurskommission und verlangte mit ihrem Hauptbegehren die Herabsetzung der Nachforderung. Eventualiter beantragte sie sinngemäss eine Gutheissung der Beschwerde in dem Sinne, als das Vorliegen von Revisionsgründen zu bejahen sei.
Mit Urteil vom 23. Oktober 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht, welches den Fall von der Eidgenössischen Steuerrekurskommission übernommen hatte, die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat: Zwar beanstandete es, dass die ESTV das Gesuch der X._ AG vom 16. September 2003 um Wiedereinsetzung in den vorigen Stand nicht formell behandelt habe. Es verzichtete indes auf eine Rückweisung der Angelegenheit an die Vorinstanz, sondern beurteilte das Gesuch selbst und erachtete dieses als unbegründet. Ferner verneinte das Bundesverwaltungsgericht auch das Vorliegen von Revisionsgründen.
C. Gegen das Urteil der Vorinstanz führt die X._ AG mit Eingabe vom 23. November 2008 Beschwerde beim Bundesgericht. Sie ersucht darum, "die entschuldigenden Umstände zu berücksichtigen". Sodann ersucht die X._ AG um eine Nachfrist zwecks Erweiterung der Beschwerde und Beschaffung weiterer Beweismittel.
Die ESTV beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Mit Schreiben vom 26. November 2008 hat das Bundesgericht der X._ AG unter Hinweis auf die Nichterstreckbarkeit der Beschwerdefrist (47 Abs. 1 i.V. mit Art. 100 Abs. 1 BGG) mitgeteilt, dass dem Ersuchen um eine Nachfrist nicht entsprochen werden könne.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 83 sowie Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist daher grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.2 und 1.3).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführerin wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
2. Die Beschwerdeführerin beschreibt in ihrer Eingabe verschiedene Ereignisse in der Firmengeschichte, um gemäss eigenen Angaben die im angefochtenen Urteil "genannten Tatsachen in einem anderen Licht erscheinen zu lassen". Die Relevanz dieser sachverhaltsergänzenden Ausführungen ist indes nicht ohne weiteres zu erkennen. Soweit die Beschwerdeführerin mit ihren Ausführungen sinngemäss vorbringen will, dass entgegen den Feststellungen des vorinstanzlichen Urteils der Revisionsgrund der neuen Tatsachen und Beweismittel (Art. 66 Abs. 2 lit. a VwVG) zu bejahen sei, und sie diese neuen Tatsachen bzw. Beweismittel insbesondere auch nicht bereits zu einem früheren Zeitpunkt habe einreichen können, zielen ihre Einwendungen jedenfalls ins Leere:
Die Behauptung, es habe im Juli 2003 in den Räumlichkeiten der Beschwerdeführerin ein Brand stattgefunden, welcher die Firma mehrere Wochen stillgelegt hätte, wurde erstmals vor Bundesgericht vorgebracht und stellt somit ein unzulässiges Novum im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG dar; dies zumal nicht ersichtlich ist und auch nicht dargelegt wurde, inwiefern erst der Entscheid der Vorinstanz hierzu Anlass gegeben hätte (vgl. E. 1.2).
Zu der Behauptung der Beschwerdeführerin, die Firmenunterlagen seien vom Besonderen Untersuchungsrichteramt beschlagnahmt und deshalb nur eingeschränkt verfügbar gewesen, hat sich bereits das Bundesverwaltungsgericht geäussert. Es hat festgestellt, dass der Beschwerdeführerin eine Akteneinsicht beim Untersuchungsrichteramt und die Erstellung von Kopien möglich gewesen ist. Inwiefern diese sachverhaltliche Feststellung der Vorinstanz eine Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG darstellen sollte, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Sie beschränkt sich stattdessen auf die unbelegte Behauptung, dass sie nur in Teile der beschlagnahmten Akten habe Einsicht nehmen können und der "aufschlussreichste oder interessantere Teil" möglicherweise in jenen Unterlagen zu finden sei, welche ihr nicht zugänglich seien. Mit diesem Vorgehen vermag sie ihrer Substantiierungslast und den Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge (vgl. E. 1.2 und 1.3) nicht zu genügen, so dass in diesem Umfang auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
3. Sodann scheint die Beschwerdeführerin implizit rügen zu wollen, dass die Vorinstanz den Revisionsgrund der Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 66 Abs. 2 lit. c VwVG) zu Unrecht verneint habe: Sie, die Beschwerdeführerin, beanstandet sinngemäss, dass die ESTV die Angelegenheit lediglich mit der Geschäftsführerin, S._, und nicht mit T._ besprochen habe; letzterer sei jedoch die für die Finanz- und Steuerangelegenheiten der Beschwerdeführerin zuständige Person gewesen.
Auch in diesem Zusammenhang ist fraglich, ob die Beschwerdeschrift den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG genügt. Die Frage kann offen bleiben, da sich die Beschwerde diesbezüglich in jedem Fall als unbegründet erweist: Wie das Bundesverwaltungsgericht unter zutreffender Wiedergabe der bundesgerichtlichen Rechtsprechung festgehalten hat, beinhaltet der verfassungsmässige Gehörsanspruch kein Recht auf eine mündliche Stellungnahme (E. 6.2.3 und 3.5.2 des angefochtenen Entscheids; vgl. BGE 130 II 425 E. 2.1 S. 428). Es erweist sich mithin als unerheblich, mit welchem Exponenten der Beschwerdeführerin die ESTV eine (fakultative) mündliche Besprechung abgehalten hat. Im Übrigen wäre es Sache der Beschwerdeführerin gewesen, dafür besorgt zu sein, dass die intern zuständige Person an dieser Besprechung anwesend war.
4. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde als offensichtlich unbegründet und ist gemäss Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG im vereinfachten Verfahren abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten ist.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler