Erwägungen:
1. Das Haftgericht III Bern-Mittelland wies mit Entscheid vom 3. Oktober 2008 das Haftentlassungsgesuch von X._ ab. Es bejahte dabei neben dem dringenden Tatverdacht das Vorliegen des besonderen Haftgrundes der Wiederholungsgefahr.
2. X._ führt mit Eingabe vom 17. Oktober 2008 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid des Haftgerichts III Bern-Mittelland. In seiner Vernehmlassung vom 3. November 2008 stellt das Haftgericht III Bern-Mittelland den Antrag, die Beschwerde sei als gegenstandslos abzuschreiben. Zur Begründung führte es aus, dass der Prokurator 3 der Staatsanwaltschaft III Bern-Mittelland dem Haftgericht am 28. Oktober 2008 die Entlassung des Angeschuldigten aus der Sicherheitshaft beantragt habe. Mit Haftentlassungsentscheid vom 3. November 2008 habe das Haftgericht festgestellt, dass keine Haftgründe mehr gegeben seien. Es habe den Angeschuldigten umgehend aus der Sicherheitshaft entlassen. Der Beschwerdeführer ist ebenfalls der Auffassung, dass das vorliegende Verfahren gegenstandslos geworden ist, beantragt jedoch die Ausrichtung einer Parteientschädigung.
3. Mit dem Entscheid des Haftgerichts III Bern-Mittelland vom 3. November 2008 ist der Beschwerdeführer aus der Sicherheitshaft entlassen worden. Dadurch ist die vorliegende Beschwerde gegenstandslos geworden.
4. Wird ein Rechtsstreit gegenstandslos oder fällt er mangels rechtlichen Interesses dahin, entscheidet das Bundesgericht mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds (Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 72 BZP). Dabei wird in erster Linie auf den mutmasslichen Prozessausgang abgestellt. Lässt sich dieser nicht bestimmen, gehen die Kosten zu Lasten jener Partei, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst hat oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit des Prozesses geführt haben (BGE 118 Ia 488 E. 4a S. 494). Die Regelung bezweckt, denjenigen, der in guten Treuen Beschwerde erhoben hat, nicht im Kostenpunkt zu bestrafen, dass die Beschwerde infolge nachträglicher Änderung der Umstände abzuschreiben ist, ohne dass ihm dies anzulasten wäre.
5. Der Prokurator 3 begründete seinen Antrag auf Entlassung aus der Sicherheitshaft damit, dass er festgestellt habe, dass der Haftgrund der Wiederholungsgefahr nicht gegeben sei und somit kein Haftgrund mehr bestehe. In seinem Haftentlassungsentscheid vom 3. November 2008 kam das Haftgericht Bern-Mittelland zusammenfassend zum Schluss, dass der Haftgrund der Wiederholungsgefahr nie gegeben war. Die Sicherheitshaft sei deshalb einzig gestützt auf die Kollusionsgefahr gerechtfertigt gewesen. Der Beschwerdeführer hätte folglich mit Wegfall dieser Gefahr, mithin spätestens mit Entscheid des Haftgerichts vom 3. Oktober 2008 aus der Haft entlassen werden müssen.
Aufgrund dieser Ausführungen hätte die vorliegende Beschwerde wohl gutgeheissen werden müssen. Der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer hat daher Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 BGG). Kosten sind bei diesem Ausgang des Verfahrens keine zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG).
Demnach verfügt der Präsident:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Diese Verfügung wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft III Bern-Mittelland und dem Haftgericht III Bern-Mittelland, Haftrichterin 7, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli