Erwägungen:
1. Der Gemeinderat Oberrohrdorf-Staretschwil stellte am 24. Januar 2006 bei der Schätzungskommission nach Baugesetz des Kantons Aargau den Antrag, es sei für die im Bereich der Zürichstrasse projektierte Wasserleitung, Kanalisation und Entwässerung ein Enteignungsverfahren gegen X._ zu eröffnen. X._ erhob am 12. Mai 2006 Einsprache. Im Verfahren vor der Schätzungskommission konnte keine Einigung erzielt werden, weshalb das Verfahren über den Rechtserwerb an den Regierungsrat des Kantons Aargau überwiesen wurde. Dieser wies die Einsprache mit Entscheid vom 21. Mai 2008 ab, soweit er darauf eintrat und erteilte das Enteignungsrecht für die Errichtung einer Leitungsdienstbarkeit. Dagegen erhob X._ mit Eingabe vom 4. Juni 2008 Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau forderte ihn mit Verfügung vom 18. Juni 2008 zur Leistung eines Kostenvorschusses auf. In der Folge wurde der Kostenvorschuss nicht bezahlt. Das Verwaltungsgericht setzte ihm mit Verfügung vom 13. August 2008 eine letzte, nicht erstreckbare Frist von 10 Tagen unter Androhung der Säumnisfolgen. Da der Kostenvorschuss innert Frist nicht bezahlt wurde, trat das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 15. September 2008 auf die Beschwerde nicht ein. Dagegen erhob X._ Beschwerde, auf welche das Bundesgericht mit Urteil vom 23. Oktober 2008 nicht eintrat (Verfahren 1C_487/2008).
2. Am 27. November 2008 reichte der Gemeinderat Oberrohrdorf bei der Schätzungskommission nach Baugesetz ein Gesuch um vorzeitige Besitzeinweisung ein. Die Schätzungskommission ermächtigte mit Entscheid vom 16. Dezember 2008 die Einwohnergemeinde Oberrohrdorf zur vorzeitigen Besitzergreifung und setzte u.a. die Abschlagszahlung fest. Dagegen erhob X._ am 20. Dezember 2008 Beschwerde. Der Instruktionsrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau forderte ihn mit Verfügung vom 6. Januar 2009 zur Leistung eines Kostenvorschusses auf. Der Kostenvorschuss wurde in der Folge nicht bezahlt, weshalb ihm der Instruktionsrichter mit Verfügung vom 29. Januar 2009 eine letzte, nicht erstreckbare Frist von 10 Tagen setzte unter Androhung der Säumnisfolgen. Da der Kostenvorschuss innert Frist nicht bezahlt wurde, trat das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 2. März 2009 androhungsgemäss auf die Beschwerde nicht ein.
3. Am 16. April 2009 reichte X._ gegen dieses Urteil eine als Rekurs bezeichnete Eingabe beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau ein. Dieses überwies die Eingabe mit Schreiben vom 22. April 2009 dem Bundesgericht. Bei der Eingabe handelt es sich der Sache nach um eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Ausführungen des Verwaltungsgerichts, die zum Nichteintreten auf seine Beschwerde führten, nicht auseinander. Folglich vermag er nicht darzulegen, inwiefern der verwaltungsgerichtliche Nichteintretensentscheid Recht verletzen sollte. Da die vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen des angefochtenen Urteils darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli