Sachverhalt:
A. Die Z._ AG (Beschwerdeführerin 2) ist eine Tochtergesellschaft der Z.T._ Holding AG, die Prof. Dr. A.Z._ (Beschwerdeführer 1) gehört. Die Z._ AG, deren Verwaltungsratspräsident Prof. Dr. A.Z._ ist, und ihre Tochtergesellschaften bezwecken die Schulung und Beratung von Führungskräften aller Stufen in Wirtschaft und Staat. Die Z._ AG gliederte sich für ihre Tätigkeiten in zwei Geschäftsfelder, nämlich in den Bereich CCD (oder Hauptbereich A) mit der Marktverantwortung für das Consulting sowie in den Bereich MED (oder Hauptbereich B) mit der Marktverantwortung für die innerbetriebliche Schulung.
X._ (Beschwerdegegner 1) und Y._ (Beschwerdegegner 2) waren seit 1984 bzw. 1987 im Bereich CCD der Z._ AG tätig. Die Zusammenarbeit zwischen den Parteien war durch zwei Verträge und diverse Reglemente geregelt. So bestanden Basisverträge je zwischen den Beschwerdegegnern und der Z._ AG sowie Partnerschaftsverträge je zwischen den Beschwerdegegnern und dem Beschwerdeführer 1 aus den Jahren 1989 bzw. 1994, die jeweils im Wesentlichen gleich lauteten. Die Beschwerdegegner und auch der Beschwerdeführer 1 waren Managing Partner (MP oder Partner I) und bis Ende 1999 progressiv am Erfolg des von ihnen geleiteten Bereichs beteiligt. Ab dem 1. Januar 2000 wurden die Beschwerdegegner nicht mehr wie bis anhin progressiv entschädigt. Der Gesamterfolg des Hauptbereichs A sowie der Tochtergesellschaften wurde neu unter dem Beschwerdeführer 1 sowie dem Beschwerdegegner 1 und dem Beschwerdegegner 2 im Verhältnis 40/30/30 aufgeteilt.
Weil sich die Parteien in der Folge zwar über das ab dem Geschäftsjahr 2000 anwendbare proportionale Abrechnungsmodell gemessen neu am Gesamterfolg des Bereichs CCD anstelle der früheren progressiven Aufteilung gemessen am Erfolg nur des persönlich geleiteten MP-Bereichs einig waren, nicht aber über die von den Beschwerdeführern vorgenommenen Verbuchungen unter den "Kosten Firma", genehmigten die Beschwerdegegner die Jahresrechnungen 2000 und 2002 nicht und jene für 2001 nur unter dem Vorbehalt, dass damit die interne Partnerschaftsbeziehung nicht präjudiziert werde.
Der Beschwerdegegner 2 schied per Ende 2002 planmässig aus der Partnerschaft mit dem Beschwerdeführer 1 aus. Mit der Z._ AG erfolgte danach noch eine Zusammenarbeit bis Ende März 2003. Die Zusammenarbeit mit dem Beschwerdegegner 1 wurde später ebenfalls aufgelöst.
B. Mit Klage vom 2. Oktober 2003 und nachträglicher Eingabe vom 12. Januar 2005 beantragten die Beschwerdegegner dem Kreisgericht St. Gallen, die Beschwerdeführer seien unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, dem Beschwerdegegner 1 Fr. 3'099'645.-- nebst verschiedenen Zinsbetreffnissen zu bezahlen, zahlbar zuzüglich 7.6 % Mehrwertsteuer an die V._ AG. Weiter seien die Beschwerdeführer, unter solidarischer Haftbarkeit des Beschwerdeführers 1 für Fr. 2'771'271.-- zu verpflichten, dem Beschwerdegegner 2 Fr. 2'915'253.-- nebst verschiedenen Zinsbetreffnissen zu bezahlen, zahlbar zuzüglich 7.6 % Mehrwertsteuer an die U._ AG.
Das Kreisgericht sprach dem Beschwerdegegner 1 mit Entscheid vom 15. Juni 2009 insgesamt Fr. 912'507 nebst Zins zu 5 % seit 9. Oktober 2003 und dem Beschwerdegegner 2 Fr. 422'807.-- nebst Zins zu 5 % seit 9. Oktober 2003 und Fr. 110'400.-- nebst Zins zu 5 % seit 30. April 2003 zu. Es schützte damit teilweise von den Beschwerdegegnern geltend gemachte Ansprüche aus verlangten Korrekturen der Partnerschaftsabrechnungen der Z._ AG und der Z._ Österreich GmbH für die Jahre 2000 bis 2002 sowie Forderungen des Beschwerdegegners 2 aus Leistungen, die er bis März 2003 erbracht hatte. Hingegen wies es Ansprüche der Beschwerdegegner auf Ersatz von Vertrauensschaden von je Fr. 1.5 Mio. und eine vom Beschwerdegegner 2 geltend gemachte Forderung auf Ersatz des Schadens zufolge Abbruchs der Zusammenarbeit durch die Z._ AG per Ende März 2003 ab.
Auf Berufung der Beschwerdegegner und Anschlussberufung der Beschwerdeführer hin schützte das Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 13. August 2012 verschiedene zusätzliche Forderungen der Beschwerdegegner aus den Partnerschaftsabrechnungen bzw. aus Korrekturen derselben und verpflichtete die Beschwerdeführer insoweit unter solidarischer Haftbarkeit, dem Beschwerdegegner 1 Fr. 1'590'021.-- und dem Beschwerdegegner 2 Fr. 1'134'899.-- zu bezahlen, je zuzüglich 7.6 % Mehrwertsteuer und Zins zu 5 % ab 18. Juni 2003. Ferner verpflichtete es die Z._ AG, dem Beschwerdegegner 2 für dessen Leistungen von Januar bis April 2003 Fr. 122'979.-- zuzüglich 7.6 % Mehrwertsteuer und Zins zu 5 % ab 30. April 2003 zu bezahlen.
C. Die Beschwerdeführer beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Kantonsgerichts vom 13. August 2012 aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventuell die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Die Beschwerdegegner schliessen auf deren Abweisung, soweit darauf einzutreten sei, und Bestätigung des angefochtenen Entscheids.
Die Parteien haben Replik und Duplik eingereicht.
Mit Präsidialverfügung vom 22. Oktober 2012 wurde ein Gesuch der Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.
Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Zivilsachen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Unter Vorbehalt einer rechtsgenügenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und 106 Abs. 2 BGG) ist somit auf die vorliegende Beschwerde einzutreten.
1.1 Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 42 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 138 I 171 E. 1.4; 136 I 65 E. 1.3.1; 133 III 439 E. 3.2 S. 444).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen, und der blosse Verweis auf Ausführungen in andern Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 400).
Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (vgl. Art. 42 Abs. 1 und Art. 43 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.4). Kommt es zu einem zweiten Schriftenwechsel, darf der Beschwerdeführer die Replik nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. BGE 132 I 42 E. 3.3.4). Die Replik ist nur zu Darlegungen zu verwenden, zu denen die Ausführungen in der Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten Anlass geben (vgl. BGE 135 I 19 E. 2.2).
Die selben Begründungsanforderungen gelten auch für die Beschwerdeantwort und die Duplik, wenn darin Erwägungen der Vorinstanz beanstandet werden, die sich für die im kantonalen Verfahren obsiegende Partei ungünstig auswirken können (Urteile 4A_347/2009 vom 16. November 2009 E. 4.1 in fine, nicht publ. in: BGE 136 III 96; 4C.225/2006 vom 20. September 2006 E. 3).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 135 III 397 E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (BGE 134 V 223 E. 2.2.1; 133 III 393 E. 3).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (vgl. BGE 136 II 508 E. 1.2; 133 II 249 E. 1.4.3; 133 III 350 E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit die Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 134 III 570; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies hat sie darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 135 I 19 E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, namentlich auf rein appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung, ist nicht einzutreten (BGE 133 II 249 E. 1.4.3, 396 E. 3.1 S. 399).
1.3 Wie nachfolgend aufzuzeigen sein wird, genügt die vorliegende Beschwerde - wie auch die Beschwerdeantwort - diesen Grundsätzen in verschiedenen Teilen nicht. Namentlich unterbreiten die Beschwerdeführer dem Bundesgericht vielfach bloss ihre eigene Sicht der Dinge, ohne dabei hinreichend auf die vorinstanzlichen Erwägungen Bezug zu nehmen und unter hinreichender Auseinandersetzung mit denselben aufzuzeigen, inwiefern die Vorinstanz mit ihrem darauf gestützten Entscheid Bundesrecht verletzt haben soll. Oder sie verweisen verschiedentlich lediglich auf ihre Ausführungen im kantonalen Verfahren anstatt ihre Rügen in der Beschwerdeschrift selber zu begründen. Auf entsprechende Vorbringen ist nicht einzugehen. Beide Parteien erweitern in ihren Ausführungen in vielfacher Hinsicht die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz bzw. weichen von diesen ab, ohne dazu jedoch rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben, die dem Bundesgericht gegebenenfalls eine Korrektur oder Ergänzung des im angefochtenen Urteil festgestellten Sachverhalts erlauben könnten. Auch auf entsprechende Vorbringen und darauf gestützte Rügen ist nicht einzugehen.
Ferner beantragen die Beschwerdeführer die vollumfängliche Klageabweisung, liefern in ihrer Beschwerde indessen zu verschiedenen Punkten des angefochtenen Entscheids keine Begründung, in der sie Rechtsverletzungen rügen würden. Insoweit ist der vorinstanzliche Entscheid nicht hinreichend angefochten und kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. Im vorliegenden Beschwerdeverfahren bleiben verschiedene Ansprüche aus der Korrektur der Partnerschaftsabrechnungen der Z._ AG und der Z._ Österreich GmbH für die Jahre 2000-2002 strittig.
2.1 In den Basis- und Partnerschaftsverträgen aus den Jahren 1989 bzw. 1994 wurden nach den vorinstanzlichen Feststellungen unter anderem die Entschädigungen und Honorare der Beschwerdegegner geregelt. Die Entschädigung der Partner war erfolgsabhängig und richtete sich gemäss dem Verweis in Ziffer IV./4.1 der Basisverträge nach den individuellen Vereinbarungen (in den Partnerschaftsverträgen). In den Partnerschaftsverträgen wurde die Erfolgsbeteiligung im Detail geregelt. Nach dem im Jahre 1999 neu vereinbarten, ab 1. Januar 2000 geltenden Abrechnungssystem wurde der Erfolg im Bereich CCD im Verhältnis 40/30/30 auf den Beschwerdeführer 1 und die beiden Beschwerdegegner verteilt. Dabei bestimmt sich der Anspruch der Beschwerdegegner aus dem Deckungsbeitrag (DB) I resp. den nicht benötigten 36 % "Firmenvorbehalt" (d.h. der nicht benötigte Teil der 36 %) sowie aus 50 % Anteil am DB IV. Mit anderen Worten waren die Beschwerdegegner zu je 30 % am verbleibenden Firmenvorbehalt von 36 % und zu je 30 % an der Hälfte des Deckungsbeitrags IV beteiligt, gemäss folgendem Schema:
"1. Nettohonorarumsatz
2. abzüglich 36% Firmenvorbehalt
3. Deckungsbeitrag I
4. abzüglich direkter Bereichs-Personalaufwand
5. Deckungsbeitrag II
6. abzüglich sonstige Bereichsaufwände
7. Deckungsbeitrag III
8. abzüglich Leistungsprämien für Bereichsmitarbeiter
9. Deckungsbeitrag IV
Partner sind am Deckungsbeitrag IV zur Hälfte beteiligt."
Der Firmenvorbehalt ("Kosten Firma") diente somit einerseits zur Finanzierung der Sockelkosten der Beschwerdeführerin 2 und enthielt andererseits auch einen Einkommensteil der Managing Partner, indem unter den Partnern verteilt wurde, was davon nicht verbraucht wurde ("Reserven Kosten Firma").
2.2 Die Beschwerdegegner machten im kantonalen Verfahren zur Begründung ihrer Korrekturforderungen geltend, die Ergebnisbelastungen zur Ermittlung des DB I, d.h. die 36 % "Firmenvorbehalt" oder "Kosten Firma" auf den Nettoertrag des Bereichs CCD, seien bis zum Jahr 1999 zur Deckung der allgemeinen Kosten der Firma jeweils nur rund zur Hälfte benötigt worden. Die restlichen 18 % hätten an Altpartner (Partner I) ausgeschüttet werden können. Ab dem Jahre 2000 seien unter Verletzung der ausbedungenen Besitzstandswahrung, ohne die notwendige gemeinsame Entscheidung und unter Verletzung des Grundsatzes der Stetigkeit in der Rechnungslegung in den "Kosten Firma" ungerechtfertigte Verbuchungen zu Lasten der Beschwerdegegner vorgenommen worden. Ab 2001 seien zudem zu Lasten der Bereichsrechnung CCD und damit zu Lasten der je 30 % der Beschwerdegegner an der Hälfte des DB IV ohne Zustimmung der Beschwerdegegner "Subventionen" an zwei Partner ausgeschüttet worden. Die von den Beschwerdeführern vorgenommenen Verbuchungen verstiessen gegen das Geschäftsreglement der Beschwerdeführerin 2, wo vereinbart sei, dass die Sockelkosten (Kosten Firma oder auch 36 % Firmenvorbehalt) möglichst tief zu halten und unter den Bereichen nach Verursachung aufzuteilen seien (Unzulässigkeit von Quersubventionierungen). Zudem enthielten die Partnerverträge den Grundsatz des maximalen "Cash-outs". Gemäss den Partnerschaftsverträgen wären zudem die Fragen betreffend Entlöhnung und eventuelle Änderung von Sockelkosten und Kostenverteilung unter den Partnern gemeinsam zu behandeln gewesen, was aber ab dem Jahr 2000 nicht mehr gemacht worden sei. Diese in den Verträgen zugesicherten Grundsätze seien den Beschwerdegegnern auch nach Änderung des Abrechnungsmodells zugesichert gewesen, hiesse es doch im GV-Protokoll der Beschwerdeführerin 2 vom 12. Juni 1995, dass das Abrechnungssystem der Partner unter Wahrung der Besitzstände vereinheitlicht und vereinfacht werden sollte.
2.3 Die Beschwerdeführer bestritten jegliche Ansprüche der Beschwerdegegner. Insbesondere stellten sie die behauptete Besitzstandswahrung und das Mitentscheidungsrecht der Beschwerdegegner mit Hinweis auf die Stichentscheidbefugnis des Beschwerdeführers 1 in Abrede. Der Grundsatz des maximalen Cash-outs werde von den Beschwerdegegnern extensiv und falsch ausgelegt. Die Basisverträge hielten fest, dass der Vertragszweck in der Schaffung der Voraussetzungen eines kontinuierlichen Wachstums und einer planvollen Expansion des Gesamtunternehmens liege. Dies impliziere, dass die Beschwerdegegner Expansionskosten hätten mitfinanzieren müssen. Weiter seien diese verpflichtet gewesen, die Interessen der Beschwerdeführer bestmöglich zu wahren. Die Verbuchungen innerhalb der Beschwerdeführerin 2 hätten nie irgendwelcher Zustimmung der Beschwerdegegner bedurft. Die Verträge hätten diesen keine justiziablen Mitgestaltungsrechte bei der Finanzbuchhaltung der Beschwerdeführerin 2 vermittelt.
Ferner machten die Beschwerdeführer geltend, dass zwischen den Basis- und den Partnerschaftsverträgen eine Vertragshierarchie in dem Sinne bestehe, dass der Basisvertrag die Stellung eines generellen Rahmenvertrages übernehme, der bei Differenzen mit den Inhalten des Individualvertrages diesem vorgehe. Sodann bestritten sie die Passivlegitimation des Beschwerdeführers 1 und dessen solidarische Verpflichtung gegenüber den Beschwerdegegnern, denn Schuldnerin der Erfolgshonorare und der Honoraransprüche generell sei nur die Beschwerdeführerin 2.
2.4 Die Vorinstanz verneinte zunächst, dass sich aus dem Vertragstext der Basis- und Partnerschaftsverträge eine Hierarchie unter denselben ergäbe. Beide Verträge ergäben zusammen mit den diversen Reglementen ein Gesamtkonstrukt, ohne dass gesagt werden könne, dass der eine Vertrag dem anderen vorgehe. Vielmehr sei von einem Nebeneinander dieser Verträge im Rahmen eines Gesamtvertragswerkes auszugehen.
Sodann hielt die Vorinstanz fest, dass zwar in Ziff. X./2. und 3. der Partnerschaftsverträge ein Konsens über gemeinsam zu behandelnde Punkte vorgesehen sei, dem Beschwerdeführer 1 aber bei wichtigen Entscheiden ein Stichentscheid zukomme und weder Einstimmigkeit noch ein Konsens zwingend seien. Dies heisse allerdings nicht, dass der Beschwerdeführer 1 frei von vertraglichen Verpflichtungen habe entscheiden können, und selbstverständlich habe er nicht einseitig gültige Verträge mit den Beschwerdegegnern ausser Kraft setzen dürfen. Demnach komme der Frage nach dem Stichentscheid keine entscheidende Bedeutung zu und sei jeder von den Beschwerdegegnern kritisierte Entscheid auf seine Übereinstimmung mit den vertraglichen Verpflichtungen im Rahmen des überschneidenden Vertragswerks zu überprüfen, unabhängig davon, dass die Entscheide des Beschwerdeführers 1 von den Gesellschaftsorganen der Beschwerdeführerin 2 abgesegnet und mitgetragen worden seien. Da die Basisverträge, welche die Beschwerdeführerin 2 mit den Beschwerdegegnern abgeschlossen habe, für die Entschädigung in den jeweiligen Ziffern IV./4.1 explizit auf die Partnerschaftsverträge verwiesen, habe die Beschwerdeführerin 2 auch die zwischen dem Beschwerdeführer 1 und den Beschwerdegegnern vereinbarten Partnerschaftsverträge einzuhalten. Insoweit führte die Vorinstanz weiter aus, die Beschwerdegegner hätten dem vom Beschwerdeführer 1 vorgeschlagenen Konzept zu einer neuen Unternehmenspolitik ("One Firm", Expansion) im Grundsatz zugestimmt, eine planvolle Expansion sei bereits in den Partnerschaftsverträgen erwähnt (Ziffern I. Abs. 3 und 4) und auch im Papier "Unternehmenspolitik sei festgehalten, dass der Firmenvorbehalt auch für die Finanzierung der Expansion (Ziffer 8.1) etc. verwendet werden könne. Insoweit sei ein Widerspruch zu der im GV-Protokoll vom 12. Juni 1995 festgehaltenen Besitzstandswahrung und zum Grundsatz des maximalen Cash-outs nach Ziffer IV. der Partnerschaftsverträge augenfällig. Bei der Überprüfung der von den Beschwerdeführern getätigten und von den Beschwerdegegnern kritisierten Verbuchungen sei zu prüfen, ob diese mit den getroffenen Vereinbarungen übereinstimmten und insbesondere zu Recht dem Bereich CCD belastet worden seien. Die Verbuchungen hätten Treu und Glauben zu entsprechen in dem Sinne, als die Beschwerdegegner für die Partnerschaftsabrechnungen nur solche Verbuchungen akzeptieren müssten, mit denen sie aufgrund ihrer Zustimmung zur neuen Unternehmenspolitik hätten rechnen müssen und die für sie nicht völlig überraschend gewesen seien, indem sie ohne stichhaltigen Grund von den in der Vergangenheit zur Anwendung gebrachten Grundsätzen abwichen (Besitzstandswahrung). Dass daneben die gesetzlichen Vorgaben betreffend Buchführung wie der Grundsatz der Stetigkeit in der Darstellung und der Bewertung und der Grundsatz der periodengerechten Abgrenzung zu beachten seien, verstehe sich von selbst.
Zu den Fragen der Passivlegitimation des Beschwerdeführers 1 und seiner Solidarhaftung mit der Beschwerdeführerin 2 führte die Vorinstanz aus, es treffe zu, dass in der Vergangenheit allein die Beschwerdeführerin 2 die Entschädigungen an die Beschwerdegegner ausgerichtet habe. Dies liege aber in der Natur der Sache, seien doch auch alle von den Beschwerdegegnern und den übrigen Partnern erwirtschafteten Erträge an diese geflossen. Die Auszahlung der Entschädigungen an die Beschwerdegegner sei dabei aufgrund der Partnerschaftsabrechnungen erfolgt, welche die Beschwerdegegner mit dem Beschwerdeführer 1 gestützt auf die Partnerschaftsverträge gemeinsam erstellt hätten, ohne Involvierung der Beschwerdeführerin 2. Wenn nun die Beschwerdegegner der Meinung seien, der Beschwerdeführer 1 habe sich bei der Erstellung der Partnerschaftsabrechnungen nicht an die getroffenen Abmachungen gehalten und der Beschwerdeführerin 2 nicht die richtigen Anweisungen betreffend Entschädigungen erteilt, seien sie gezwungen und berechtigt, den Beschwerdeführer 1 ins Recht zu fassen und sei dieser passivlegitimiert. Aufgrund dessen klarer Führungsposition im Gesamtvertragswerk auch im Rahmen der Beschwerdeführerin 2 dränge sich dessen rechtliche Einheitsbehandlung mit der Beschwerdeführerin 2 auf, weshalb er für die Schulden der Beschwerdeführerin 2 solidarisch hafte, soweit sich die Forderung der Beschwerdegegner auf die Verteilung des Erfolgs nach dem vereinbarten Schlüssel stütze.
Die Beschwerdeführer monieren in einem ersten Rügenkomplex, eine "grundlegend falsche normative Auslegung der Basis- und Partnerschaftsverträge und deren Wechselwirkung zueinander" durch die Vorinstanz im Zusammenhang mit den Themen Vertragshierarchie, Bindung der Beschwerdeführerin 2 durch die Partnerschaftsverträge, Passivlegitimation und Solidarität beider Beschwerdeführer, Stichentscheid sowie Zustimmungsbedürftigkeit von Gesellschaftsorganen. Obgleich zwischen den beiden Vertragstypen eine klare Hierarchie ergehe und die Basisverträge bloss in einer Ziffer (Entschädigung) einen selektiven Einzelverweis auf die Partnerschaftsverträge bezüglich (Entschädigungs-)Vereinbarungen im individuellen Bereich vornähmen, vermenge die Vorinstanz die beiden Verträge pauschal zu einem kombinierten Vertragswerk. Dazu biete aber der Wortlaut der Verträge keinen hinreichenden Anlass. Würden die Verträge richtig ausgelegt, werde die Beschwerdeführerin 2 in ihrer unternehmerischen Freiheit durch die Partnerschaftsverträge nicht eingeschränkt.
2.4.1 Was die Frage einer Hierarchie zwischen den Basisverträgen und den Partnerschaftsverträgen angeht, wies die Vorinstanz darauf hin, es sei nicht ersichtlich, was die Beschwerdeführer aus einer solchen ableiten möchten. Auch vorliegend vermögen die Beschwerdeführer nicht aufzuzeigen, inwiefern die von ihnen befürwortete Hierarchie entscheiderheblich sein könnte. Eine Hierarchie zwischen zwei Verträgen ist nur dann von Bedeutung, wenn sich Bestimmungen dieser Verträge bei richtiger Auslegung widersprechen. Erst dann stellt sich nämlich die Frage, welche Bestimmung der anderen vorgeht (Urteil 4C.456/2004 vom 28. Februar 2005 E. 4). Die Beschwerdeführer nennen indes keine wesentlichen Bestimmungen der Basis- und Partnerschaftsverträge, die sich widersprechen würden. Ebensowenig ist ersichtlich, dass die Vorinstanz Korrekturen der Partnerschaftsabrechnungen vornahm bzw. die sich daraus ergebenden Forderungen schützte, weil sie eine Vertragshierarchie verneinte. Die Beschwerdeführer weisen zwar am Ende ihrer Ausführungen, in denen sie sich gemeinsam zur Vertragshierarchie und zur Bindungswirkung der Partnerschaftsverträge für die Beschwerdeführerin 2 äussern, auf die Wesentlichkeit des von ihnen befürworteten Auslegungsergebnisses hin. Die entsprechenden Hinweise beschlagen indessen thematisch nur die Frage der Bindungswirkung, nicht der Vertragshierarchie. Es erübrigt sich demnach mangels Entscheiderheblichkeit auf die Vorbringen der Beschwerdeführer einzugehen, wonach die Vorinstanz eine Vertragshierarchie zu Unrecht verneint haben soll.
2.4.2 Zum Thema, ob ein Gesamtvertragswerk mit wechselseitigen Bindungswirkungen für die Beschwerdeführer vorliegt, räumen die Beschwerdeführer in der Beschwerde zu Recht ein, dass die Partnerschaftsverträge, die Basisverträge insoweit ergänzten, als die darin vereinbarten Abrechnungsmodalitäten von der Beschwerdeführerin 2 kraft des Verweises in Ziffer IV./4.1 der Basisverträge zu beachten waren, in welchem unter dem Titel "Entschädigungen und Honorare" auf die "individuellen Vereinbarungen im betreffenden Bereich" verwiesen wird. Sie rügen aber, die Vorinstanz habe diesen Verweis pauschal und exzessiv zu einem Globalverweis ausgeweitet, wonach sich die Beschwerdeführerin 2 gewissermassen den gesamten Inhalt der Partnerschaftsverträge einverleibt hätte. Richtigerweise hätte von einer klar separaten, individuellen Vereinbarungsnatur der Partnerschaftsverträge ohne Gesamtbindungswirkung auf die Beschwerdeführerin 2 ausgegangen werden müssen. Dies ergebe sich aus dem Wortlaut ("Basisverträge", Verweis auf Vereinbarungen "im individuellen Bereich" [recte: "Entschädigung ... richtet sich nach den individuellen Vereinbarungen im betreffenden Bereich"]), aus den bewusst verschieden gewählten Parteien der Verträge (Beschwerdeführer 1 versus Beschwerdeführerin 2), aus der Allgemeingültigkeit der Basisverträge (Basisverträge Ziffern I: "Regelungen, die für jeden Partner Anwendung finden") und aus dem Verhalten der Parteien, die über Jahre hinweg nur den individuellen Entlöhnungsmechanismus aus den Partnerschaftsverträgen diskutiert hätten.
Diese Rügen stossen ins Leere und beschlagen ebenfalls keine entscheidwesentlichen Aspekte. Zunächst unterstellen die Beschwerdeführer der Vorinstanz zu Unrecht, ohne jede Differenzierung angenommen zu haben, beim Gesamtvertragswerk müsse einfach von einer wechselseitigen umfassenden Pflichtübernahme zwischen allen Verträgen ausgegangen werden. An der einen von ihnen dazu angerufenen Stelle des vorinstanzlichen Urteils (S. 18 E. 1.2) befürwortete die Vorinstanz lediglich, dass beide Verträge zusammen mit den Reglementen ein Gesamtkonstrukt ergäben, ohne dass der eine Vertrag dem anderen vorgehe, und dass von einem Nebeneinander dieser Verträge auszugehen sei. Auch aus der weiteren genannten Urteilsstelle (S. 21 E. 1.4), in der die Vorinstanz davon sprach, die Beschwerdeführerin 2 habe die Partnerschaftsverträge einzuhalten, lässt sich nicht ableiten, die Vorinstanz sei von einer umfassenden Bindungswirkung ausgegangen. Vielmehr ergibt sich aus dem Kontext der vorinstanzlichen Aussage, dass damit nur die Verpflichtungen im Zusammenhang mit den in den Partnerschaftsverträgen geregelten Entschädigungen angesprochen wurden, auf die in den Basisverträgen verwiesen wurde. Dass diese Verpflichtungen bzw. die entsprechenden Abrechnungsmodalitäten von der Beschwerdeführerin 2 zu beachten waren, bestreiten die Beschwerdeführer nach dem vorstehend Ausgeführten in ihrer Beschwerde nicht. Inwieweit die Übernahme weiterer Verpflichtungen durch die Beschwerdeführerin 2 für den Ausgang des vorliegenden Streites erheblich sein soll, der sich allein um die Bestimmung der geschuldeten Entschädigungen dreht, ist nicht ersichtlich und wird von den Beschwerdeführern auch nicht erläutert. Es erübrigen sich damit weitere Ausführungen zur Frage, ob die Beschwerdeführerin 2 weitere Verpflichtungen aus den Partnerschaftsverträgen übernommen hat oder nicht und insoweit in ihrer Handlungsfreiheit bzw. ihrer unternehmerischen Freiheit eingeschränkt wurde, namentlich zur Ausgestaltung ihrer Finanzbuchhaltung. Immerhin ist klarzustellen, dass durch den pauschalen Verweis in Ziffer IV./4.1 der Basisverträge, nach dem die Entschädigung der Partner erfolgsabhängig ist und sich grundsätzlich nach den individuellen Vereinbarungen im betreffenden Bereich richtet, nach Treu und Glauben in dem Sinne umfassend zu verstehen ist, als damit sämtliche Regelungen in den Partnerschaftsverträgen erfasst werden, die sich auf die Höhe der Entschädigungen bzw. deren Bestimmung auswirken ("II. Regelung der Erfolgsbeteiligung"; "IV. Finanzierung" [hier insbesondere Grundsatz des maximalen Cash-outs], "X./2. Abstimmungs- und Mehrheitsverhalten", X./3. "Gemeinsam zu behandelnde Punkte, Auszahlung des Partnerschaftsanspruchs").
2.4.3 Die Beschwerdeführer bestreiten, dass der Beschwerdeführer 1 für die strittigen Entschädigungsansprüche passivlegitimiert sei bzw. solidarisch hafte. Bei einer korrekten Auslegung der Basis- und Partnerschaftsverträge nach Wortlaut und Systematik, die von einem inhaltlichen Hierarchieverhältnis und einer bewussten personellen Trennung geprägt gewesen seien, lasse sich eine Inhaftnahme des Beschwerdeführers 1 nicht begründen. Die von der Vorinstanz vorgenommene Einheitsbehandlung der beiden Beschwerdeführer sei nichts anderes als ein Durchgriff auf externe Vertragsparteien, für den indessen eine überzeugende Grundlage fehle. Auch dass kein Konsens über die Beteiligung der Partner habe gefunden werden können und deshalb eine vertragliche Inhaftnahme des Beschwerdeführers 1 zu bejahen sei, überzeuge juristisch nicht. Es handle sich dabei bloss um eine tatsächliche Streitbegebenheit ohne Bedeutung für die Vertragsauslegung.
Die Sachlegitimation ist eine Frage des materiellen Rechts (BGE 138 III 232 E. 4.2; 123 III 60 E. 3a S. 62). Sie ist für den Beschwerdeführer 1 mit Bezug auf die erhobene Leistungsklage zu bejahen, wenn dieser für die Forderungen der Beschwerdegegner neben der Beschwerdeführerin 2 (solidarisch) haftet, mithin von den Beschwerdegegnern für ihre Zahlungsansprüche ins Recht gefasst werden kann. Demnach ist nachfolgend zunächst zu prüfen, ob eine (Solidar-)Haftung des Beschwerdeführers 1 für die geltend gemachten Entschädigungsansprüche besteht. Soweit eine solche zu verneinen ist, ist weiter zu prüfen, ob der Beschwerdeführer 1 hinsichtlich der erhobenen Klage insoweit passivlegitimiert ist, als sie auf die Korrektur der beanstandeten Partnerschaftsabrechnungen abzielt.
2.4.3.1 Solidarität unter mehreren Schuldnern entsteht, wenn sie erklären, dass dem Gläubiger gegenüber jeder einzeln für die Erfüllung der ganzen Schuld haften wolle (Art. 143 Abs.1 OR). Ohne solche Willenserklärung entsteht Solidarität nur in den vom Gesetz bestimmten Fällen (Art. 143 Abs. 2 OR). Solidarität aufgrund einer vertraglichen Vereinbarung im Sinne von Art. 143 Abs. 1 OR setzt im Prinzip die Abgabe einer entsprechenden Erklärung der Schuldner gegenüber dem Gläubiger voraus. Die solidarische Verpflichtung kann sich indessen auch stillschweigend aus den Umständen und dem sonstigen Inhalt des Vertrages als gewollt ergeben. Soweit sich insoweit kein tatsächlich übereinstimmender Wille ermittlen lässt, sind die Umstände nach dem Vertrauensprinzip auszulegen (BGE 116 II 707 E. 3; s. auch BGE 136 III 186 E. 3.2.1 S. 188; 132 III 24 E. 4 S. 27 f.; Urteile 4C.199/2004 vom 11. Januar 2005 E. 8.2.1; 4C.24/2000 vom 28. März 2000 E. 5a/b).
Die Vorinstanz stellte hinsichtlich der Frage einer Solidarhaftung keinen tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen fest, sondern beschränkte sich auf die objektive Vertragsauslegung, was von den Parteien nicht beanstandet wird. Die Auslegung von Erklärungen oder Handlungen nach dem Vertrauensprinzip ist eine Rechtsfrage und kann daher vom Bundesgericht frei überprüft werden. Grundsätzlich gebunden (Erwägung 1.2 vorne) ist das Bundesgericht hingegen an die Feststellungen der Vorinstanz über die Umstände, unter denen die Erklärungen abgegeben wurden, und über das Wissen und den inneren Willen der Beteiligten (vgl. BGE 132 III 24 E. 4 S. 27 f.; 131 III 606 E. 4.1 S. 611; je mit Hinweisen).
Gegenstand der Basisverträge bilden nach deren jeweiligen Ziffern I. die im Interesse des Gesamtunternehmens stehenden Regelungen für die Aufnahme neuer Partner, die (...) als Basis seiner individuellen Zusammenarbeit mit der Beschwerdeführerin 2 gelten. Der Basisvertrag regelt gemäss den weiteren vorinstanzlichen Feststellungen neben Fragen der Beteiligung (Aktienübertragung, Umfang) verschiedene, die individuelle Zusammenarbeit betreffende Punkte, darunter auch die Entschädigung, wobei dieser Punkt nur angeschnitten, nicht aber wirklich geregelt wurde. Daneben schlossen die Beschwerdegegner je mit dem Beschwerdeführer 1 einen Partnerschaftsvertrag ab, der gemäss seiner Präambel das Verhältnis zwischen den Partnern regeln sollte. Darin wurden gemäss dem Verweis im Basisvertrag insbesondere die Erfolgsbeteiligung und generell die finanziellen Punkte im Detail geregelt.
Nach diesen Regelungen ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, und es ist unbestritten, dass die Beschwerdegegner bzw. die Partner formell Angestellte der Beschwerdeführerin 2 waren, im Sinne eines partnerschaftlichen Anstellungs- bzw. Zusammenarbeitsverhältnisses. Dementsprechend ist die Beschwerdeführerin 2 primäre Schuldnerin der Entschädigungsforderungen der Beschwerdegegner, was mit der vorinstanzlichen Feststellung korreliert, dass alle von den Beschwerdegegnern erwirtschafteten Erträge an die Beschwerdeführerin 2 flossen. Einigkeit herrscht sodann auch darüber, dass die Höhe der von der Beschwerdeführerin 2 zu leistenden Entschädigungen kraft des Verweises im Basisvertrag auf den Partnerschaftsvertrag allein durch die Partner nach dem im Partnerschaftsvertrag festgelegten Schlüssel in einer Partnerschaftsabrechnung festgelegt werden soll, unter Ausschluss der Beschwerdeführerin 2. Dies impliziert, dass die Beschwerdeführerin 2 sich verpflichtet, die Entschädigungen in dem Umfang zu leisten, in dem sie von den Partnern gemäss den vereinbarten Modalitäten festgelegt werden bzw. festzulegen sind. Letzteres harmoniert mit der vorstehend (Erwägung 2.4.2) festgehaltenen und von den Beschwerdeführern anerkannten Verpflichtung der Beschwerdeführerin 2, die in den Partnerschaftsverträgen vereinbarten Abrechnungsmodalitäten zu beachten. Der Beschwerdeführer 1 verpflichtete sich sodann als Partei der Partnerschaftsverträge unbestrittenermassen dazu, mit den Beschwerdegegnern nach dem vereinbarten Schlüssel über den Erfolg des von diesen geleiteten Bereichs CCD abzurechnen und die Beschwerdeführerin 2 anzuweisen, die aus der Abrechnung resultierenden Entschädigungen an die Beschwerdegegner auszuzahlen bzw. die Entschädigungen über die Beschwerdeführerin 2 auszahlen zu lassen. Dieser Vertragsinhalt bestätigt sich denn auch darin, dass die Vertragsbeziehungen nach den vorinstanzlichen Feststellungen in der Vergangenheit entsprechend diesen Verpflichtungen gelebt wurden.
Nach Ansicht der Vorinstanz haftet der Beschwerdeführer 1 solidarisch für die Zahlung der nach dem vereinbarten Schlüssel festzulegenden Entschädigungen durch die Beschwerdeführerin 2. Sie begründet dies damit, dass sich angesichts der klaren Führungsposition des Beschwerdeführers 1 im Gesamtvertragswerk und auch im Rahmen der Beschwerdeführerin 2 dessen rechtliche Einheitsbehandlung mit der Beschwerdeführerin 2 aufdränge. Die Beschwerdeführer rügen zu Recht, dass die Vorinstanz damit keine Umstände anführt, mit denen sich nach dem Vertrauensprinzip eine Solidarhaftung des Beschwerdeführers 1 begründen liesse. Eine "Einheitsbehandlung" des Beschwerdeführers 1 mit der Beschwerdeführerin 2 lässt sich zunächst nicht allein damit begründen, dass dieser in der Beschwerdeführerin 2 eine Führungsrolle gespielt bzw. diese beherrscht habe. Grundsätzlich ist die rechtliche Selbständigkeit juristischer Personen zu beachten. Es rechtfertigt sich nur von ihr abzusehen, wenn die Berufung darauf offensichtlich zweckwidrig und damit rechtsmissbräuchlich erfolgt (BGE 132 III 489 E. 3.2; 128 II 329 E. 2.4; 113 II 31 E. 3c S. 36, je mit Hinweisen; Urteil 4A_417/2011 vom 30. November 2011 E. 2.3; 4C.327/2005 vom 24. November 2006 E. 3.2.4). Vorliegend sind indes keine Umstände festgestellt, nach denen es rechtsmissbräuchlich erscheinen würde, wenn der Beschwerdeführer 1 geltend macht, er habe sich nicht neben der Beschwerdeführerin 2 für die Zahlung der Honoraransprüche der Beschwerdegegner verpflichten wollen. Sodann lässt sich daraus, dass der Beschwerdeführer 1 "im Gesamtvertragswerk" eine Führungsrolle gespielt haben soll, nicht ableiten, er habe sich auch persönlich neben der Beschwerdeführerin 2 zur Zahlung der Entschädigungen verpflichten wollen. Auch sonst lassen sich den vorinstanzlichen Feststellungen keine Umstände entnehmen, aus denen auf einen entsprechenden Willen des Beschwerdeführers 1 geschlossen werden könnte. Ein solcher ergibt sich namentlich nicht aus den vom Beschwerdeführer 1 in den Partnerschaftsverträgen eingegangenen Verpflichtungen zur Abrechnung über die Honoraransprüche und zur Anweisung an die Beschwerdeführerin 2, dieselben zu befriedigen. Demnach ist eine solidarische Haftbarkeit des Beschwerdeführers 1 für die Befriedigung der Entschädigungsforderungen der Beschwerdegegner zu verneinen.
Dies führt zur teilweisen Gutheissung der Beschwerde und zur Abweisung der Leistungsklage gegenüber dem Beschwerdeführer 1.
2.4.3.2 Zu beachten ist allerdings, dass richterliche Korrekturen der Partnerschaftsabrechnungen, wie sie von den Beschwerdegegnern zur Begründung ihrer Forderungen gegen die Beschwerdeführerin 2 verlangt werden, angesichts der vorstehend genannten Regelungen von vornherein nicht ohne Einbezug des Beschwerdeführers 1 ins Verfahren stattfinden konnten. Denn berechtigt und zugleich verpflichtet, mit den Beschwerdegegnern abzurechnen und die Höhe der von der Beschwerdeführerin 2 auszuzahlenden Entschädigung gemäss den vereinbarten Modalitäten festzulegen, war nach dem vorstehend Ausgeführten einzig der Beschwerdeführer 1. Soweit die Klage der Beschwerdegegner auf eine Korrektur der Partnerschaftsabrechnungen gerichtet war, weil sich der Beschwerdeführer 1 nach Ansicht der Beschwerdegegner nicht an die vereinbarten Modalitäten gehalten hatte, bejahte die Vorinstanz die Passivlegitimation des Beschwerdeführers 1 damit zu Recht. Dasselbe gilt, soweit der Beschwerdeführer 1 sich verpflichtet hatte, den einmal festgelegten Entschädigungsbetrag über die Beschwerdeführerin 2 auszuzahlen bzw. diese anzuweisen, die entsprechende Zahlung vorzunehmen. Insoweit erscheint es entbehrlich, den Beschwerdeführer 1 zu einer entsprechenden Anweisung der Beschwerdeführerin 2 zu verpflichten. Vielmehr ist die Beschwerdeführerin 2 angesichts der diesbezüglich unbestrittenen vertraglichen Regelung direkt zu verpflichten, die im kantonalen Verfahren unter verfahrensmässiger Mitwirkung des Beschwerdeführers 1 festgesetzten Entschädigungen auszuzahlen, unter Vorbehalt der Prüfung im vorliegenden Beschwerdeverfahren.
2.4.4 Die Beschwerdeführer rügen eine falsche Vertragsauslegung durch die Vorinstanz, indem diese zwar den in Ziffer X./3. der Partnerschaftsverträge zugunsten des Beschwerdeführers 1 stipulierten Stichentscheid anerkannt, diesen aber auf ein bedeutungsloses Mass herabreduziert habe. So habe sie ausgeführt, der Beschwerdeführer 1 habe nicht frei von vertraglichen Verpflichtungen entscheiden können, die Beschwerdeführerin 2 habe auch die zwischen dem Beschwerdeführer 1 und den Beschwerdegegnern vereinbarten Partnerschaftsverträge einzuhalten und die Beschwerdeführerin 2 und deren Organe könnten nicht losgelöst von den vertraglichen Verpflichtungen in den Partnerschaftsverträgen entscheiden. Eine korrekt vorgenommene Auslegung des Stichentscheids, vorbasierend auf einer korrekten Auslegung der Basis- und Partnerschaftsverträge sichere dem Beschwerdeführer 1 einen unbehelligten Stichentscheid innerhalb der Partnerschaft zu und damit auch die generelle Befugnis, die Führungstätigkeit innerhalb der Beschwerdeführerin 2 frei und unabhängig von den Beschwerdegegnern auszugestalten. Daraus fliesse, dass Verbuchungen innerhalb der Beschwerdeführerin 2 nie irgendwelcher Zustimmung der Beschwerdegegner bedurft hätten. Die Beschwerdeführerin 2 habe lediglich den via Verweis integrierten, zwischen den Partnern vereinbarten Abrechnungsmodus beachten müssen.
Die Beschwerdeführer scheinen bei diesen - im Originaltext nur schwer verständlichen - Ausführungen weitgehend von der unrichtigen Prämisse auszugehen, die Vorinstanz sei von einer umfassenden Bindungswirkung der Partnerschaftsverträge auf die Beschwerdeführerin 2 ausgegangen, was nicht der Fall ist (vgl. dazu vorstehende Erwägung 2.4.2). Ihre Vorbringen stossen insoweit ins Leere. Dass die Beschwerdeführerin 2 aufgrund des Verweises in den Basisverträgen den unter den Partnern vereinbarten Abrechnungsmodus beachten musste, anerkennen die Beschwerdeführer auch in diesem Zusammenhang ausdrücklich. Soweit sie die Ansicht vertreten, die Befugnis zum Stichentscheid stehe über den diesbezüglichen vertraglichen Bindungen der Beschwerdeführerin 2 und denjenigen, die der Beschwerdeführer 1 im Partnerschaftsvertrag eingegangen ist und die von der Beschwerdeführerin 2 zu beachten sind, setzen sie der überzeugenden Vertragsauslegung der Vorinstanz bloss ihre eigene (schwer verständliche) Sicht der Dinge gegenüber, ohne indessen rechtsgenügend aufzuzeigen, inwieweit die Vorinstanz damit Bundesrecht verletzt haben soll. Darauf ist nicht einzutreten (Erwägung 1.1 und 1.3 vorne). Ohnehin zeigen die Beschwerdeführer nicht auf und ist nicht erkennbar, inwieweit die von der Vorinstanz vorgenommene Relativierung der Bedeutung der Stichentscheidbefugnis des Beschwerdeführers 1 mit Blick auf die im Zusammenhang mit den strittigen Entschädigungsansprüchen unbestrittenermassen einzuhaltenden vertraglichen Bindungen für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens von Bedeutung sein soll. Die Vorinstanz korrigierte nämlich keine Posten in der Partnerschaftsabrechnung allein mit dem Argument, der Beschwerdeführer 1 habe sich in der Abrechnung zu Unrecht auf seine Befugnis zum Stichentscheid gestützt.
2.4.5 Das soeben Ausgeführte gilt weitgehend analog, soweit die Beschwerdeführer unter dem Titel "Zustimmungsbedürftigkeit von Gesellschaftsorganen" vorbringen, eine korrekt vorgenommene Auslegung der Basis- und Partnerschaftsverträge hätte zum Schluss führen müssen, dass ein Besitzstandswahrungsanspruch zugunsten der Beschwerdegegner im Sinne eines absolut verstandenen Prinzips des maximalen Cash-out nicht bestand, woraus auch fliesse, dass Verbuchungen innerhalb der Beschwerdeführerin 2 nie irgendeiner Zustimmung der Beschwerdegegner bedurft hätten; die Beschwerdeführerin 2 habe lediglich den via Verweis integrierten, zwischen den Partnern vereinbarten Abrechnungsmodus beachten müssen.
Die Beschwerdeführer rügen in diesem Zusammenhang, dass die Vorinstanz einen schriftlich ausgewiesenen Besitzstandswahrungsanspruch im Sinne des maximalen Cash-out zunächst zutreffend verneint, dann aber durch die Hintertüre von Treu und Glauben wieder bejaht habe. Indessen trifft es nicht zu, dass die Vorinstanz einen absoluten Besitzstandswahrungsanspruch bejaht hätte. Vielmehr stellte sie fest, die Beschwerdegegner hätten im Widerspruch zu der im GV-Protokoll vom 12. Juni 1995 festgehaltenen Besitzstandswahrung und zum Grundsatz des maximalen Cash-outs nach Ziffer IV. der Partnerschaftsverträge im Grundsatz dem vorgeschlagenen Konzept zu einer neuen Unternehmenspolitik ("One Firm", Expansion) zugestimmt, in dem vorgesehen sei, dass der Firmenvorbehalt auch für die Finanzierung der Expansion (Ziffer 8.1) etc. verwendet werden könne; überdies sei eine planvolle Expansion bereits in den Partnerschaftsverträgen erwähnt (Ziffern I. Abs. 3 und 4). Sie folgerte daraus, die kritisierten Verbuchungen seien darauf zu überprüfen, ob sie mit den getroffenen Vereinbarungen übereinstimmten und insbesondere zu Recht dem Bereich CCD belastet worden seien. Die Verbuchungen hätten Treu und Glauben zu entsprechen in dem Sinne, als die Beschwerdegegner für die Partnerschaftsabrechnungen nur solche Verbuchungen akzeptieren müssten, mit denen sie aufgrund ihrer Zustimmung zur neuen Unternehmenspolitik hätten rechnen müssen und die für sie nicht völlig überraschend gewesen seien, indem sie ohne stichhaltigen Grund von den in der Vergangenheit zur Anwendung gebrachten Grundsätzen abwichen (Besitzstandswahrung). Damit hat sie einen Besitzwahrungsanspruch nur nach Massgabe der getroffenen, nach Treu und Glauben verstandenen Vereinbarungen bejaht und die weitergehenden Rügen der Beschwerdeführer stossen ins Leere.
Ebenfalls nicht gefolgt werden kann den Beschwerdeführern, soweit sie rügen, der entsprechende Schluss betreffend Besitzstandswahrung unter Bezugnahme auf Treu und Glauben basiere auf einer offensichtlich falschen Sachverhaltsfeststellung, indem die Vorinstanz festgehalten habe, dass die Beschwerdegegner aufgrund ihres Alters nachvollziehbarerweise ein möglichst hohes Einkommen hätten erwarten dürfen; solches widerspreche anderen Feststellungen im angefochtenen Entscheid und sei im Prozess nie in dieser Form vorgebracht worden. Die Vorinstanz äusserte sich an der beanstandeten Stelle über die Interessenlage der Parteien mit Bezug auf Einkommensverminderungen der Beschwerdegegner infolge Belastungen der Partnerschaftsabrechnungen mit Verbuchungen im Zusammenhang mit der Weiterentwicklung und Expansion des Unternehmens. Dies tat sie indessen bloss in einem erläuternden Sinne, um die festgestellten Widersprüche in den Vereinbarungen zu erklären, die sie als "in der Natur der Sache" liegend betrachtete. Die Beschwerdeführer vermögen nicht aufzuzeigen, dass sich die Vorinstanz entscheidend auf die beanstandete Sachverhaltsfeststellung gestützt hätte, wenn sie ausführte, die kritisierten Verbuchungen der Beschwerdeführer seien darauf zu prüfen, ob sie den nach Treu und Glauben verstandenen Vereinbarungen entsprächen. Es erübrigt sich demnach mangels Entscheiderheblichkeit, weiter auf die Sachverhaltsrüge einzugehen, soweit diese überhaupt rechtsgenügend begründet ist.
Auch sonst bringen die Beschwerdeführer nichts vor, was die vorinstanzliche Ansicht, die kritisierten Verbuchungen seien darauf zu prüfen, ob sie mit den getroffenen Vereinbarungen hinsichtlich der Partnerentschädigungen übereinstimmten bzw. ob mit ihnen aufgrund der Zustimmung zur neuen Unternehmenspolitik und zur Expansion nach Treu und Glauben habe gerechnet werden müssen, als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Insbesondere unterstellen sie der Vorinstanz auch in diesem Zusammenhang zu Unrecht, sie sei von einer umfassenden Bindungswirkung des Partnerschaftsvertrags für die Beschwerdeführerin 2 ausgegangen und hätte demzufolge von dieser verlangt, dass sie jeden betriebswirtschaftlichen Entscheidungsschritt mit den Beschwerdegegnern hätte absprechen müssen, namentlich auch was die Ausgestaltung der Finanzbuchhaltung angeht. Die Vorinstanz hielt lediglich dafür, die Tatsache, dass die Entscheide des Beschwerdeführers 1 von den Gesellschaftsorganen der Beschwerdeführerin 2 abgesegnet bzw. mitgetragen worden seien, ändere nichts daran, dass jeder kritisierte Entscheid bzw. jede Verbuchung zu Lasten des Bereichs CCD auf Übereinstimmung mit den vertraglichen Abmachungen zu überprüfen seien. Dies entspricht dem Grundsatz "pacta sunt servanda" und ist ohne weiteres zu bestätigen. Die Beschwerdeführer anerkennen im Übrigen in der Beschwerde selber und zu Recht, dass die Beschwerdeführerin 2 die in den Partnerschaftsverträgen vereinbarten Abrechnungsmodalitäten zu beachten hat, was bedeutet, dass die den Partnerschaftsabrechnungen zugrunde liegenden Verbuchungen mit diesen übereinzustimmen haben.
Soweit die Beschwerdeführer der Vorinstanz in diesem Zusammenhang vorwerfen, ihren Entscheid unter Verletzung des Gehörsanspruchs nicht hinreichend begründet und sich mit den von ihnen vorgebrachten Auslegungselementen nicht auseinandergesetzt zu haben, genügen sie den Begründungsanforderungen an eine Verfassungsrüge nicht (Erwägung 1.1 vorne). So substanziieren sie nicht, mit welchen und inwiefern entscheiderheblichen Vorbringen, auf die sich der angefochtene Entscheid hätte stützen müssen, sich die Vorinstanz nicht auseinandergesetzt haben soll (vgl. dazu BGE 138 I 232 E. 5.1; 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188; je mit Hinweisen). Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
2.5 Umstritten ist sodann, welche Partei für die Unkorrektheiten der Partnerschaftsabrechnungen, auf die sich die eingeklagten Forderungen stützen, die Behauptungs-, Bestreitungs- und Beweislast trifft, und in welchem Umfang.
2.5.1 Die Vorinstanz orientierte sich zunächst an Art. 322a Abs. 2 OR, der dem Arbeitnehmer, der Anspruch auf einen Anteil am Gewinn oder am Umsatz oder sonst am Geschäftsergebnis hat, Kontrollrechte einräume und den Arbeitgeber verpflichte, dem Arbeitnehmer die nötigen Aufschlüsse zu geben und Einsicht in die Geschäftsbücher zu gewähren, soweit dies zur Kontrolle der Richtigkeit erforderlich sei. Nach dieser Regelung müsse der Arbeitnehmer den Verdacht von Unkorrektheiten begründen. Als Partner hätten auch die Beschwerdegegner gegenüber den Beschwerdeführern einen vertraglichen Anspruch auf Rechenschaft und Einsichtnahme in die Geschäftsbücher, wobei angesichts ihrer Partnerstellung davon auszugehen sei, dass sie verglichen mit einem Arbeitnehmer bedeutend mehr Einblick in die Berechnungsweise des Geschäftsergebnisses hätten.
Im Weiteren folgte die Vorinstanz der Ansicht der Beschwerdegegner nicht, wonach sich ihr Gewinnbeteiligungsanspruch, hätte der Umsatz ohne jede Ausgabe erzielt werden können, ausgehend von 100 % des Umsatzes berechne, und sie für diese Ausgangsforderung gegen die Beschwerdeführer vor Abrechnung beweispflichtig seien, während die Beschwerdeführer für die zur Umsatzerzielung notwendigen und vertragskonform getätigten oder von den Beschwerdegegnern akzeptierten Ausgaben beweispflichtig seien. Denn die Beschwerdegegner hätten, so die Vorinstanz, nicht Anspruch auf den gesamten Umsatz der Beschwerdeführerin 2 im Geschäftsfeld CCD, sondern sie seien nur berechtigt, die Auszahlung eines bestimmten Anteils am DB I und IV zu verlangen. Sie hätten demnach in Anlehnung an Art. 322a OR und unter Berücksichtigung der besonderen konkreten Verhältnisse substanziiert darzulegen, welche Positionen in der Rechnung der Beschwerdeführerin 2 sie beanstandeten, d.h. welche Verbuchungen sie als vertrags- oder gesetzeswidrig erachteten. Dieser Behauptungslast seien die Beschwerdegegner nachgekommen, indem sie die ihrer Ansicht nach vorgenommenen Fehlbuchungen im Einzelnen bezeichnet hätten. Es hätte alsdann den Beschwerdeführern oblegen, die einzelnen geltend gemachten Positionen substanziiert zu bestreiten. Sodann hätten die Beschwerdeführer ihre Bestreitungen, soweit nötig und mit Editionsbegehren verlangt, auch zu dokumentieren, weil es den Beschwerdegegnern ohne entsprechende Unterlagen unmöglich sei, den Beweis für die Vertrags- und Gesetzeswidrigkeit der von ihnen substanziiert beanstandeten Verbuchungen zu erbringen, und die Beschwerdeführer eine Rechenschaftspflicht treffe bzw. den Beschwerdegegnern ein Kontrollrecht zukomme. Sie hätten dem Gericht und dem gerichtlichen Experten die nötigen Aufschlüsse zu geben, d.h. mit Unterlagen aufzuzeigen, dass die Verbuchungen zu Recht erfolgt seien und zu Recht der Gewinnbeteiligung der Beschwerdegegner belastet worden bzw. geschäftsmässig im Sinne der Partnerschaftsverträge begründet seien. Entsprechende Pflichten ergäben sich auch aus dem Gebot von Treu und Glauben, das auch im Prozessrecht gelte. Danach habe eine nicht beweis- und behauptungsbelastete Partei die Obliegenheit, mit einer eigenen Gegendarstellung in der Behauptungsphase mitzuwirken, wenn die beweis- und behauptungsbelastete Gegenpartei mangels eigener Kenntnis ausser Stande sei, die nötigen Behauptungen aufzustellen oder näher zu substanziieren, während dem Bestreitenden die Verhältnisse bekannt seien.
2.5.2 Die Beschwerdeführer rügen zunächst, die Vorinstanz habe mit der Frage, ob die getätigten Abzüge geschäftsmässig im Sinne der Partnerschaftsverträge begründet seien, das Beweisthema falsch festgelegt. Angesichts der beschränkten Bindungswirkung der Partnerschaftsverträge für die Beschwerdeführerin 2, habe deren Finanzbuchhaltung nicht im Einklang mit den Partnerschaftsverträgen stehen müssen. Beweisthema könne im vorliegenden Verfahren einzig die technische Korrektheit der Finanzbuchhaltung sein.
Dem kann nicht gefolgt werden. Nach dem vorstehend Ausgeführten entfalten die Regelungen in den Partnerschaftsverträgen über die Festlegung der Partnerentschädigungen kraft des Verweises in den Basisverträgen vollumfänglich Wirkung für die Beschwerdeführerin 2 (Erwägung 2.4.2 in fine). Demnach kann im vorliegenden Verfahren durchaus Beweisthema sein, ob Verbuchungen in der Finanzbuchhaltung der Beschwerdeführerin 2, die den Partnerschaftsabrechnungen zugrunde gelegt wurden, diesen Modalitäten entsprechen, d.h. im Sinne der getroffenen Vereinbarungen geschäftsmässig begründet sind, so dass die Beschwerdegegner nach Treu und Glauben mit ihnen rechnen mussten (Erwägung 2.4.5 vorne).
Fehl gehen die Beschwerdeführer sodann auch, wenn sie in diesem Zusammenhang rügen, die Vorinstanz habe Rechts- und Tatfragen vermischt, da die Vertragskonformität von Verbuchungen eine Rechtsfrage und damit der Beweisführung nicht zugänglich sei. Aus den Erwägungen der Vorinstanz ergibt sich klar, dass sie nicht die Korrektheit der kritisierten Verbuchungen als solche zum Beweisthema machte, sondern die tatsächlichen Umstände aufgrund der sich beurteilen lässt, ob die Verbuchungen zu Recht zu Lasten der Partner bzw. des Bereichs CCD erfolgten.
2.5.3 Die Beschwerdeführer beanstanden, dass sich die Vorinstanz viel zu stark an Art. 322a Abs. 2 OR als einer genuinen Arbeitnehmerschutzbestimmung angelehnt habe, nach welcher der Arbeitgeber dem am Gewinn oder am Umsatz oder sonst am Geschäftsergebnis beteiligten Arbeitnehmer (...) die nötigen Aufschlüsse zu geben und Einsicht in die Geschäftsbücher zu gewähren habe, soweit dies zur Nachprüfung erforderlich sei. Sie habe zu Unrecht geschlossen, dies gelte wegen der Partnerschaft noch ausgeprägter für die Beschwerdegegner. Richtig sei das Gegenteil, brauche doch wer nicht klassischer Arbeitnehmer sei, nicht des gleichen Schutzes. Weiter machen die Beschwerdeführer geltend, die Beschwerdegegner hätten lediglich Anspruch auf einen allfälligen Anteil am Gewinn, weshalb es - wie die Vorinstanz entschieden hat - ihnen obläge, rechtserzeugende Tatsachen als Umstände nachzuweisen, die ihre angeblich höheren Gewinnanteile begründet hätten. Entsprechend habe es nicht den Beschwerdeführern oblegen, irgendwelche "Abzugsforderungen" sozusagen Verrechnungsweise darzulegen. Dies verkenne die Vorinstanz, wenn sie fordere, die Beschwerdeführer hätten aufgrund ihrer Obliegenheit zur substanziierten Bestreitung detailliert darzulegen, dass die getätigten Abzüge geschäftsmässig im Sinne der Partnerschaftsverträge begründet seien. Sie setze damit den Bestreitungsgrad für die Beschwerdeführer viel zu hoch an und bewirke damit eine ungerechtfertigte Umkehr der Beweislast zulasten der Beschwerdegegner (recte wohl: Beschwerdeführer).
Diese Rügen sind indessen für den Verfahrensausgang ohne Bedeutung, so dass darauf nicht eingegangen werden muss. Denn die Vorinstanz hätte bereits die Beweislast für die geschäftsmässige Begründetheit der beanstandeten Aufwandverbuchungen richtigerweise den Beschwerdeführern auferlegen müssen, wie die Beschwerdegegner in ihrer Beschwerdeantwort zulässigerweise (vgl. für die altrechtliche Berufung: Urteil 4C.225/2006 vom 20. September 2006 E. 3) und zutreffend geltend machen.
2.5.3.1 Nach Art. 8 ZGB hat, wo das Gesetz es nicht anders bestimmt, derjenige das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, der aus ihr Rechte ableitet. Demgemäss hat die Partei, die einen Anspruch geltend macht, die rechtsbegründenden Tatsachen zu beweisen, während die Beweislast für die rechtsaufhebenden bzw. rechtsvernichtenden oder rechtshindernden Tatsachen bei der Partei liegt, die den Untergang des Anspruchs behauptet oder dessen Entstehung oder Durchsetzbarkeit bestreitet. Diese Grundregel kann durch abweichende gesetzliche Beweislastvorschriften verdrängt werden und ist im Einzelfall zu konkretisieren (ausführlich: BGE 130 III 321 E. 3.1 S. 323; 128 III 271 E. 2a/aa S. 273 mit Hinweisen; Urteil 4A_491/2012 vom 6. Dezember 2012 E. 3.1.3.1, zur Publikation vorgesehen).
Nach dem Ausgeführten dreht sich der vorliegende Streit um die Höhe des nach bestimmten Modalitäten zu bestimmenden Geschäftsergebnisses der Beschwerdeführerin 2 im Bereich CCD, von dem die Beschwerdeführer bzw. die Beschwerdeführerin 2 einen bestimmten Anteil an die Beschwerdegegner herauszugeben hat. Unbestrittenermassen trifft den Beschwerdeführer 1 die Pflicht, mit den Beschwerdegegnern nach dem vereinbarten Schlüssel über den Erfolg des von diesen geleiteten Bereichs CCD abzurechnen und die Beschwerdeführerin 2 anzuweisen, die aus der Abrechnung resultierenden Entschädigungen an die Beschwerdegegner auszuzahlen bzw. die Entschädigungen über die Beschwerdeführerin 2 auszahlen zu lassen (Erwägung 2.4.3.1 vorne). Ausgangspunkt der betreffenden Partnerschaftsabrechnung, mit der das für die Entschädigung massgebliche Geschäftsergebnis zu ermitteln ist, bildet der Umsatz im streitbetroffenen Bereich CCD. Wenn davon ausgegangen würde, dieser sei ohne Gestehungskosten bzw. Aufwand erzielbar gewesen, bildete er zugleich den Geschäftserfolg und damit Ausgangswert für die maximale Entschädigung der Beschwerdegegner. Er ist als anspruchsbegründendes Tatsachenelement unbestrittenermassen von den Beschwerdegegnern zu beweisen, die daraus Ansprüche auf Auszahlungen in bestimmter Höhe ableiten wollen.
Ist der Anspruchsberechtigte nach der vertraglichen Regelung nicht an einem Anteil des Umsatzes, sondern wie hier des Geschäftsergebnisses bzw. des Gewinns beteiligt, sind zur Ermittlung des Gewinns alle Kosten abzuziehen, die zur Erzielung des Umsatzes tatsächlich angefallen und dafür auch erforderlich sind (BGE 134 III 306 E. 4.1.2). Diese Kosten mindern den Ausgangswert für die maximale Entschädigung des Anspruchsberechtigten. Soweit sich die Beschwerdeführer auf Aufwand bzw. Gestehungskosten berufen, der vom Umsatz ausgehend das Geschäftsergebnis schmälert, machen sie damit eine rechtsaufhebende Tatsache geltend, die von ihnen zu beweisen ist. Dies entspricht denn auch der Rechtsprechung des Bundesgerichts, wonach bei der Ermittlung eines herauszugebenden, da unrechtmässig erzielten Gewinns der Ansprecher die Beweislast für den bei der unrechtmässigen Tätigkeit erzielten Bruttoerlös trägt, während der Belangte, der davon abzuziehende Gestehungskosten geltend macht, dieselben zu beweisen hat (BGE 134 III 306 E. 4.1.2; bestätigt in den Urteilen 2C_949/2010 vom 18. Mai 2011 E. 6.3.1 und 4A_511/2011 vom 16. Januar 2012 E. 5). Diese Rechtsprechung lässt sich ohne weiteres auf den hier zu beurteilenden Fall eines vertraglichen Gewinnherausgabeanspruchs übertragen, woran entgegen der vorinstanzlichen Auffassung nichts zu ändern vermag, dass die Beschwerdegegner nach den vertraglichen Regelungen nicht Anspruch auf den gesamten Umsatz der Beschwerdeführerin 2 im Geschäftsfeld CCD, sondern nur auf einen vertraglich bestimmten Anteil an den DB I und IV haben.
Die Verbuchung von Aufwand in der Finanzbuchhaltung des Entschädigungspflichtigen, soweit diese Grundlage für die Abrechnung bildet, vermag keine Vermutung der geschäftsmässigen Begründetheit desselben zu erzeugen. Deshalb kann nicht davon gesprochen werden, dass die Beschwerdegegner, wenn sie verbuchte Aufwandposten bestreiten, die Erhöhung einer Entschädigung fordern und damit dafür beweispflichtig wären, dass der Aufwand der Erfolgsrechnung zu Unrecht belastet wurde, wie die Beschwerdeführer geltend machen.
2.5.3.2 Waren somit die Beschwerdeführer dafür beweisbelastet, dass die von ihnen geltend gemachten Aufwandposten im Sinne der getroffenen Vereinbarungen geschäftsmässig begründet waren, traf sie insoweit auch die Behauptungs- und Substanziierungslast (BGE 132 III 186 E. 4 S. 191 und E. 5.1; 97 II 339 E. 1b S. 343). Die Vorinstanz ist damit jedenfalls im Ergebnis zutreffend davon ausgegangen, die Beschwerdegegner könnten sich damit begnügen, substanziiert darzulegen, welche (Aufwand)Positionen in der Rechnung der Beschwerdeführerin 2 sie beanstandeten (vgl. BGE 117 II 113 E. 2), während die Beschwerdeführer zu substanziieren und darzutun hätten, dass es (negativ) nicht zutrifft, dass die Posten geschäftsmässig unbegründet sind, bzw. dass es (positiv) zutrifft, dass die Posten geschäftsmässig begründet sind, unter Vorweisung der dafür erforderlichen Belege (vgl. dazu SCHMID/LARDELLI, Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, Bd. I, 4. Aufl. 2010, N. 72 zu Art. 8 ZGB; WALTER, in: Berner Kommentar, Einleitung Art. 1-9 ZGB, 2012, N. 323 ff. zu Art. 8 ZGB; je mit Hinweisen).
Der von der Vorinstanz analog berücksichtigten Regelung von Art. 322a OR, nach der die Vereinbarung einer Gewinnbeteiligung zur Pflicht des Arbeitgebers führt, dem Arbeitnehmer die nötigen Aufschlüsse zu geben und Einsicht in die Geschäftsbücher zu gewähren (STAEHELIN, Zürcher Kommentar, 4. Aufl. 2006, N. 13 zu Art. 322a OR), kommt bei dieser Sachlage keine darüber hinausgehende Bedeutung zu. Insbesondere lässt sich aus dieser Bestimmung - und hierin ist den Beschwerdeführern zuzustimmen - nichts für die Verteilung der Beweis- und Bestreitungslast ableiten. Es ist allerdings nicht erkennbar, dass die Vorinstanz von etwas anderem ausgegangen wäre. Entsprechend ist nicht ersichtlich, inwiefern sie sich mit entscheiderheblichen Vorbringen nicht auseinandergesetzt haben soll, soweit sie auf die Ausführungen der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang nicht einging, und dies wird von den Beschwerdeführern auch nicht aufgezeigt. Ihre Rüge, die Vorinstanz habe in diesem Zusammenhang den Gehörsanspruch der Beschwerdeführer verletzt, ist unbegründet, soweit sie überhaupt hinreichend motiviert ist (Erwägung 1.1 vorne).
3. Im Folgenden ist auf die einzelnen Forderungen der Beschwerdegegner aus den Korrekturen der Partnerschaftsabrechnungen für die Jahre 2000 bis 2002 bzw. auf die Rügen der Beschwerdeführer gegen deren Gutheissung durch die Vorinstanz einzugehen.
Die Beschwerdeführer rügen in diesem Zusammenhang mehrfach neben der Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV) bei der Beweiswürdigung eine willkürliche Anwendung von Art. 101 ZPO/SG. Sie machen indessen nicht geltend, dass diese Bestimmung einen über das Willkürverbot nach Art. 9 BV hinausgehenden Schutz gewähre, und legen nicht dar, inwiefern die Vorinstanz entsprechende, aus der Bestimmung fliessende Rechte missachtet haben soll. Die Rügen sind demnach von vornherein nicht hinreichend begründet, weshalb darauf nicht einzutreten ist (vgl. BGE 134 II 349 E. 3 S. 352; 132 I 13 E. 5.1 S. 18; 110 Ia 1 E. 2a S. 3 f.; Erwägung 1.1 vorne).
3.1 Die Vorinstanz führte aus, die Partnerschaftsabrechnung 2001 sei ausserhalb des Jahresabschlusses 2001 mit zusätzlichen Kosten "Führung" in der Höhe von Fr. 150'000.-- belastet worden. Diese Kosten seien nach dem kläg. act. 174 neu eingeführt und extra, zusätzlich und offenbar erst im Nachhinein bei der Partnerschaftsabrechnung in Abzug gebracht worden, was auf die Ausserordentlichkeit dieses Abzugs hinweise. Die Beschwerdeführer hätten den Gegenbeweis nicht erbracht, dass dieser Abzug ausserhalb des Jahresabschlusses zulasten der Partner zulässig sei.
Im Jahre 2002 seien der Partnerschaftsabrechnung, so die Vorinstanz weiter, Kosten "Führung" von Fr. 275'000.-- belastet worden, wofür die Beschwerdeführer im erstinstanzlichen Verfahren die Begründung vorgebracht hätten, der Beschwerdeführer 1 habe in den vergangenen 15 Jahren nie eine Entschädigung für seine Führungsarbeit bezogen. Aufgrund der vertraglichen Abmachungen und insbesondere der Besitzstandswahrung müssten sich die Beschwerdegegner eine solche Belastung, auf welche die Beschwerdeführer in den vergangenen 15 Jahren offenbar verzichtet hätten, bzw. (nachdem) die Führungsarbeit des Beschwerdeführers 1 über seine 40 %-Beteiligung und über die Dividendenzahlung an die Holding abgegolten worden sei, auch im Jahr 2002 nicht gefallen lassen. Die Beschwerdeführer hätten es zudem unterlassen aufzuzeigen und zu belegen, dass diese Kosten tatsächlich angefallen seien.
Hinsichtlich eines für das Jahr 2000 für Kosten "Führung" verbuchten Betrages von Fr. 250'000.-- hielt die Vorinstanz fest, diese Belastung werde in der Buchhaltung (kläg. act. 165) als einmalig bezeichnet, was grundsätzlich einer Erklärung bedürfe und gleichzeitig Zeichen dafür sei, dass es sich dabei um eine ausserordentliche Verbuchung handle, die dann aber in den Folgejahren entgegen der angegebenen Einmaligkeit doch wieder vorgenommen worden sei. Die Beschwerdeführer hätten nicht dargelegt, durch wen und wo diese Kosten konkret angefallen sein sollen. Die Vorinstanz ging daher davon aus, dass die Verbuchung dieser Kosten einen Verstoss gegen die Besitzstandswahrung und gegen die Partnerschaftsverträge darstelle.
Die Beschwerdeführer wenden sich unter dem Titel "Kosten Führung 2001 und 2002" gegen diese Erwägungen, wobei sie allerdings auch die vorinstanzlich vorgenommene Korrektur hinsichtlich der "Kosten Führung 2000" anzufechten scheinen wollen. Sie machen geltend, die Beschwerdeführerin 2 sei durch das Gesamtvertragswerk in ihrer betriebswirtschaftlichen Handlungsfreiheit nicht eingeschränkt gewesen, weshalb die Beschwerdeführer nicht hätten erklären müssen, ob angefallene Abzüge zulässig seien. Die Erwägung der Vorinstanz, die Beschwerdeführer hätten ihren Gegenbeweis nicht erbracht, sei falsch und verletze Art. 8 ZGB. Die Frage, ob Abzüge zulässig seien, beschlage sodann eine rechtliche Würdigung, die keiner Beweis- und Bestreitungslast unterliegen könne. Schliesslich hätten die Beschwerdeführer hinsichtlich der "Kosten Führung 2001" ihrer Bestreitungslast genüge getan, während die Beschwerdegegner diese Kosten einfach pauschal im Sinne einer Ausschnüffelung als nicht nachvollziehbar in Frage gestellt hätten.
Es ist fraglich, ob diese Rügen, in denen nicht klar auf bestimmte Erwägungen der Vorinstanz Bezug genommen wird, den Begründungsanforderungen nach Art. 42 Abs. 2 BGG genügen (Erwägung 1.1 vorne). Unabhängig davon, erweisen sich die Rügen nach dem vorstehend Ausgeführten, auf das verwiesen werden kann, ohne weiteres als unbegründet (vgl. die vorstehenden Erwägungen 2.4.2, 2.4.5, 2.5.2 und 2.5.3). Insbesondere konnten sich die Beschwerdegegner nach dem vorstehend (Erwägung 2.5.3) über die Behauptungs- und Beweislast Ausgeführten im Prozess zunächst darauf beschränken, zu substanziieren, welche Aufwandverbuchungen sie im Einzelnen bestreiten, welcher Obliegenheit sie nach den vorinstanzlichen Feststellungen generell nachgekommen sind (Erwägung 2.5.1 vorne). Daraufhin wäre es Sache der Beschwerdeführer gewesen, die Tatsachen zu erläutern und zu belegen, aufgrund der die Belastung der Partnerschaftsabrechnung mit bestrittenen Kosten geschäftsmässig im Sinne der getroffenen Vereinbarungen begründet erscheinen. Vorliegend räumen die Beschwerdeführer selber ein, sie hätten die "Kosten Führung 2001" lediglich mit einem pauschalen Hinweis auf die "gruppenstrategische Neuausrichtung (One-Firm)" erklärt, die erheblichen Organisationsaufwand mit sich gebracht habe. Die Vorinstanz entschied im Ergebnis zu Recht, dass sie damit ihrer Substanziierungsobliegenheit bzw. Beweispflicht nicht genügten.
3.2 Was eine Verbuchung für "Honorarkosten T._ 2001" in der Höhe von Fr. 70'000.-- angeht, erwog die Vorinstanz, die Beschwerdeführer hätten auch in diesem Punkt nicht substanziiert bestritten, dass diese Position der Partnerschaftsabrechnung zu Unrecht belastet worden sei bzw. sie hätten nicht substanziiert dargelegt, wozu diese Kosten angefallen seien. Die Beschwerdeführer rügen auch insoweit zu Unrecht, sie seien nicht für die Angebrachtheit jeder einzelnen vorgenommenen Verbuchung behauptungs- und beweispflichtig und die Vorinstanz habe Rechtsfragen zum Beweisthema gemacht. Es kann dazu wiederum auf die vorstehenden Erwägungen 2.5.2 und 2.5.3 verwiesen werden.
Fehl gehen die Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang, wenn sie - ohne eine substanziierte Sachverhaltsrüge zu formulieren - behaupten, sie hätten entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen in der Berufungsantwort dargelegt, Prof. T._ sei beauftragt gewesen, Konzepte und Publikationen zu entwickeln, und sie hätten damit dargetan, wofür die Leistungen von Prof. T._ gut gewesen sein sollen. Auch wenn sie damit zu hören wären (Erwägung 1.2 vorne), vermöchten sie mit diesen allgemein gehaltenen Vorbringen von vornherein nicht dartun, dass die Vorinstanz zu Unrecht angenommen hätte, es sei nicht dargetan, dass die Leistungen für die Beschwerdeführerin 2 im Allgemeinen und für den Bereich CCD im Speziellen gut gewesen sein sollen und dementsprechend der Partnerabrechnung hätten belastet werden dürfen.
Auch bezüglich dieser von der Vorinstanz vorgenommenen Korrektur der Partnerschaftsabrechnung ist somit keine Bundesrechtsverletzung dargetan.
3.3 Zwei weitere vorinstanzliche Korrekturen der Partnerschaftsabrechnungen 2001 und 2002 betreffen Belastungen für Rückstellungen für die Z._ Spanien per 31. Dezember 2001 in der Höhe von Fr. 275'000.-- und per 31. Dezember 2002 in der Höhe von Fr. 701'000.--. Die Z._ Spanien war ursprünglich eine Tochtergesellschaft der Z.T._ Holding AG und wurde von dieser auf die Beschwerdeführerin 2 übertragen. Die Vorinstanz führte dazu aus, durch die Umstrukturierung sei der Abschreibungs- und Rückstellungsbedarf statt in der Z.T._ Holding AG neu in der Beschwerdeführerin 2 angefallen, wodurch deren Ergebnis und damit auch die Gewinnansprüche der Beschwerdegegner geschmälert worden seien. Die Beschwerdeführer hätten es unterlassen aufzuzeigen, dass es sich bei der strittigen Umstrukturierung beziehungsweise Akquisition um einen üblichen Geschäftsvorfall handle, wie er schon in der Vergangenheit oft vorgekommen sei, dass die Umstrukturierung im Zusammenhang mit einer bereits beschlossenen Unternehmenspolitik stehe und dass sie durch die noch bestehenden Partnerschafts- und Basisverträge abgedeckt sei. Die Umstrukturierung habe eine Verschlechterung des Jahresergebnisses der Beschwerdeführerin 2 bewirkt, ohne dass die Beschwerdegegner darauf hätten Einfluss nehmen können. Sie liege ausserhalb des durch den Partnerschaftsvertrag geregelten Bereiches. Der Verwaltungsrat der Z.T._ Holding AG und derjenige der Beschwerdeführerin 2 hätten aus gesellschaftsrechtlicher Sicht über die Umstrukturierung entscheiden können. Der Entscheid dürfe aber nicht den Partnerschaftsvertrag und Gewinnansprüche der Beschwerdegegner verletzen, was aber der Fall sei.
Die Vorinstanz hielt damit fest, die Beschwerdeführer hätten es versäumt, Umstände zu substanziieren, nach denen die Belastung der Partnerschaftsabrechnung mit den Rückstellungen bzw. Abschreibungen bei der Z._ Spanien geschäftsmässig begründet bzw. mit den getroffenen Vereinbarungen konform erscheine. Sie hielt es überdies für erstellt, dass die vorgenommen Verbuchungen den Partnerschaftsvertrag bzw. die Gewinnansprüche (womit sie offensichtlich Gewinnbeteiligungsansprüche meinte) der Beschwerdegegner verletzten. Damit wurde die Frage der Beweislastverteilung und damit einhergehend der Behauptungslast in diesem Punkt gegenstandslos (vgl. BGE 134 II 235 E. 4.3.4 S. 241; 130 III 591 E. 5.4 S. 602) und die Beschwerdeführer stossen ins Leere, wenn sie geltend machen, sie hätten "vertraglich begründet" nicht erklären müssen, weshalb eine konzerninterne Umstrukturierung vorgenommen wurde, sie seien für die Angebrachtheit jeder einzelnen Buchung nicht beweispflichtig, die Vorinstanz habe eine Rechtsfrage zum Beweisthema gemacht und sie hätten ihrer Bestreitungs-(bzw. Behauptungs-)last genüge getan. Ohnehin könnte diesen Vorbringen nicht gefolgt werden, wozu erneut auf das vorstehend (Erwägungen 2.4.5 und 2.5.3) Ausgeführte verwiesen werden kann.
Soweit sich die Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Würdigung wenden, die strittigen Verbuchungen verstiessen gegen die Partnerschaftsverträge bzw. die Gewinnbeteiligungsansprüche der Beschwerdegegner, berufen sie sich dabei auf Sachverhaltselemente, die in den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz keine Stütze finden, ohne dazu eine substanziierte Sachverhaltsrüge zu formulieren. Auf die entsprechenden Ausführungen kann nicht eingetreten werden (Erwägung 1 vorne).
3.4 Der Partnerabrechnung 2000 wurden Aufwendungen für Beratungsdienstleistungen des Instituts A._ im Zusammenhang mit der Dachmarke in der Höhe von Fr. 163'485.-- belastet. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass darin keine Quersubventionierung der der Beschwerdeführerin 2 nahestehenden Gesellschaften liege. Indessen dürfe eine Belastung der Partnerschaftsabrechnung nur dann erfolgen, wenn die Aufwendungen nachgewiesen seien. Da für behauptete Rechnungen der S._ und zwei kleinere Rechnungen des Instituts A._ in einem Betrag von Fr. 37'565.85 keine Rechnungen vorgelegt werden konnten, nahm sie eine entsprechende Korrektur der Partnerschaftsabrechnung vor.
Die Beschwerdeführer bringen dagegen vor, sie hätten "vertraglich begründet" nicht erklären müssen, weshalb eine Markenberatung stattfand und sie der Beschwerdeführerin 2 belastet worden sei, und sie seien für die "Üblichkeit" jeder einzelnen vorgenommenen Verbuchung nicht beweispflichtig. Soweit sie damit geltend machen wollen, die Vorinstanz habe ihnen zu Unrecht die Beweislast dafür auferlegt, dass die den streitbetroffenen Buchungen zugrunde liegenden Aufwendungen auch tatsächlich erfolgt seien, gehen sie fehl. Es kann dazu auf das vorstehend (Erwägungen 2.4.5 und 2.5.3) Ausgeführte verwiesen werden.
Die Beschwerdeführer rügen weiter, aus dem Fehlen von Belegen allein könne nicht pauschal geschlossen werden, dass Kosten deswegen nicht angefallen seien. Eingedenk des Vorliegens genügend anderer Indizien erweise sich eine derart pauschale Beweiswürdigung, nach der, wo ein Beleg fehle, einfach immer keine Kosten als angefallen anzusehen seien, als willkürlich. Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf überhaupt einzutreten ist. Der Begründung im angefochtenen Entscheid lässt sich zunächst nicht entnehmen, dass die Vorinstanz die Auffassung vertritt, aus dem Fehlen von Belegen allein sei zu schliessen, die verbuchten Kosten seien nicht angefallen, und dass sie demnach andere Indizien zum Nachweis des tatsächlich erfolgten Aufwandes ausschloss bzw. unbeachtet liess. Als einziges Indiz in diesem Sinn nennen die Beschwerdeführer in Ergänzung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts ein generell erwiesenes, fortdauerndes Markenberatungsverhältnis mit dem Institut A._. Da sie dazu keine Sachverhaltsrüge substanziieren, sind sie damit von vornherein nicht zu hören (Erwägung 1.2 vorne). Unabhängig davon legen die Beschwerdeführer auch nicht dar und ist nicht ersichtlich, weshalb die Vorinstanz in Willkür verfallen sein soll, wenn sie den bestrittenen Aufwand für Beratungsdienstleistungen aufgrund dieses Indizes nicht als erwiesen betrachtete.
3.5 Der Partnerschaftsabrechnung 2001 wurden für ein "Projekt eLearning", dem die Beschwerdegegner nicht zugestimmt haben, insgesamt Fr. 300'759.-- belastet (Projekt eLearning 2001). Auch die Partnerschaftsabrechnung 2002 wurde dafür mit Fr. 193'749.-- belastet. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen betrifft das Projekt eLearing (bzw. ist das Produkt eLearning) ein Tool für Unternehmen im Bereich der Mitarbeiterausbildung, das schwergewichtig dem Bereich MED dient und weniger zum klassischen Beratungsgeschäft im Bereich CCD gehört. Die Vorinstanz kam aufgrund einer eingehenden Würdigung der gerichtlichen Gutachten zum Schluss, die gesamten im "Projekt eLearning 2001" angefallenen Kosten (mithin auch ein streitiger, unter den "Kosten Firma" verbuchter Teil von Fr. 212'036.72) seien gestützt auf den Grundsatz der sachlichen Abgrenzung dem Bereich MED zu belasten und die Partnerschaftsabrechnung entsprechend zu korrigieren. Auch die im Rahmen des "Projekts eLearning 2002" entstandenen Aufwendungen seien wegen des vorwiegenden Nutzens des Bereichs MED und der Verbuchung bei einer bestimmten Kostenstelle vom Bereich MED zu tragen und damit die Partnerschaftsabrechnung entsprechend zu berichtigen.
Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe sich dabei ohne bzw. ohne schlüssige Begründung und somit in willkürlicher Weise über die Befunde des Buchhaltungsexperten hinweggesetzt. Damit habe sie das Willkürverbot und die aus dem Gehörsanspruch fliessende Auseinandersetzungs- und Begründungspflicht verletzt.
Nach den vorinstanzlichen Feststellungen kam der Experte im Bericht 3 (Gutachten vom 20. Dezember 2011) zum Schluss, die Wahl der für die Verbuchung der gesamten Projektkosten verwendeten Kostenstelle Nr. 91686002, eLearning, spreche für eine Zuweisung der gesamten Kosten zum Bereich MED und seine im Bericht 1 (Expertise vom 31. August 2007) geäusserte Ansicht, es sei vertretbar, die residual verbleibenden Kosten von Fr. 212'036.73 in die Kosten Firma (Sockelkosten) einzubeziehen, sei daher zu berichtigen. Die Vorinstanz erwog dazu, eine direkte Zuweisung von Kosten zu einem spezifischen Bereich setzte voraus, dass diese buchhalterisch einerseits nicht den "Kosten Firma" zugewiesen werden dürften und andererseits in der Sache klar und zweifelsfrei einem Bereich zugewiesen werden müssten. Die Kosten für die eLearning-Plattform seien nicht in den für die Sockelkosten vorgesehenen Kostenstellen der Klasse 7, sondern in der Kostenstelle 91686002, eLearning, verbucht worden. Eine Kostenstellenrechnung diene der Analyse, wo im Betrieb die relevanten Kosten angefallen seien, gebe also die Kosten verursachende Instanz an. Die erwähnte Verbuchung stehe somit im Einklang mit den Feststellungen des Experten, dass der Kontext zum Bereich MED stärker sei als zum Bereich CCD und dass heute für das Tool ein Managing Partner des Bereichs MED zuständig sei. Dass das Programm grundsätzlich der gesamten Beschwerdeführerin 2 zur Verfügung stehe, sei ohne Belang, und gestützt auf den Grundsatz der sachlichen Abgrenzung seien die gesamten Kosten dem Bereich MED zu belasten.
Die Beschwerdeführer machen geltend, die Vorinstanz sei von den Ausführungen des Experten abgewichen, wenn sie dafür halte, dieser habe seine im Bericht 1 geäusserte Ansicht, es sei vertretbar den strittigen Betrag den "Kosten Firma" zu belasten, berichtigt. Richtigerweise habe er seine im Bericht 1 geäusserte Position bloss relativiert, womit es vertretbar gewesen wäre, den Aufwand den "Kosten Firma" zuzuweisen. Dies denn auch mit gutem Grund, sei doch das Programm eLearning grundsätzlich der gesamten Beschwerdeführerin 2 zur Verfügung gestanden, was entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht "ohne Belang" sei, sondern eine Belastung der Residualkosten im Posten Firma als vertretbar erscheinen lasse.
Dem kann nicht gefolgt werden. Der Experte führte im Bericht 3, S. 17 f. Rz. 34/35 folgendes aus:
"In TZ 27 des Gutachtens vom 31.08.2007 bringen wir unsere Auffassung zum Ausdruck, dass wegen des vorwiegenden Nutzens des Bereichs MED aus dem Projekt eLearning auch eine vollständige Überwälzung der Projektkosten von CHF 305'603.32 auf den Bereich MED vertretbar wäre, obwohl das eLearning-Tool grundsätzlich der gesamten Z._ AG zur Verfügung steht und damit auch von den Beratern des Bereichs CCD genutzt werden kann.
Obwohl für die residual verbleibenden Kosten für das Projekt eLearning in der Höhe von CHF 212'036.73 keine eindeutige und zweifelsfreie Zuweisung zum Bereich MED - wie beim Managementprogramm MEP - möglich ist und wir deshalb in TZ 28 des Gutachtens vom 31.08.2007 eine Einbeziehung der residual verbleibenden Kosten in die Kosten Firma (Sockelkosten) als vertretbar erachten, spricht die Wahl der für die Verbuchung der gesamten Projektkosten verwendeten Kostenstelle 91686002, eLearning, für eine Zuweisung der gesamten Kosten zum Bereich MED."
Wenn die Vorinstanz angesichts dieser Ausführungen dafür hält, der Experte habe seine im Bericht 1 geäusserte Ansicht, es sei vertretbar, den strittigen Betrag den "Kosten Firma" zuzuweisen, korrigiert, und nicht bloss relativiert, kann ihr keine willkürliche Interpretation der Ausführungen des Gutachters vorgeworfen werden. Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführer kann nicht davon gesprochen werden, die Vorinstanz sei von den Befunden des Gutachters abgewichen, indem sie zum Schluss kam, aufgrund des stärkeren Kontextes zum Bereich MED und der Verbuchung der Kosten in der Kostenstelle 91686002, eLearning, sei der Betrag nach dem Grundsatz der sachlichen Abgrenzung dem Bereich MED zu belasten, dem das Programm schwergewichtig diene, unabhängig davon, dass das Programm der ganzen Beschwerdeführerin 2 zur Verfügung stehe. Demnach stösst auch die Rüge, die Vorinstanz habe ihr Abweichen von der Expertise nicht bzw. nicht schlüssig begründet, ins Leere. Wenn die Vorinstanz aufgrund der zitierten Gutachteräusserungen zum Schluss kam, die strittigen Kosten seien klar und zweifelsfrei dem Bereich MED zuzuordnen und demnach nicht den "Kosten Firma" zuzuweisen, lässt sich ihr keine willkürliche Beweiswürdigung vorwerfen. Ohnehin stützen sich die Beschwerdeführer bei der entsprechenden Kritik auf tatsächliche Elemente, die in den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz keine Stütze finden, ohne dazu eine Sachverhaltsrüge zu erheben, weshalb sie damit nicht zu hören sind (Erwägung 1.2 vorne).
Auch die zu diesem Entscheidpunkt erhobenen Rügen sind damit unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
3.6 Zum Lebenswerk von R._ gehören insbesondere das Managementmodell "System-G._" sowie die Methode B._, die zur Lösung von Verständigungsproblemen innerhalb des System-G._ entwickelt wurde. Das Produkt "B._", das urheberrechtlich geschützt ist, wird in Europa von der zur Z._-Gruppe gehörenden O._ Europe AG als Lizenznehmerin der O._ Kanada Inc. vertrieben. N._ erbrachte in den Jahren 2001/2002 Leistungen für das Produkt B._ und das Modul System-G._. Der Erwerb der Rechte zur wirtschaftlichen Nutzung des Produkts B._ und des Moduls System-G._, deren Weiterentwicklung bis zur Marktreife in Europa sowie die Markteinführung dieser Produkte erfolgte im Wesentlichen in den Jahren 1998-2002. Den Gesellschaften der Z._-Gruppe entstanden hierfür im Zeitraum 1997-2002 Kosten in der Höhe von Fr. 1.37 Mio. In den Jahren 2001 und 2002 hatte die Beschwerdeführerin 2 einen gegenüber den Vorjahren im Verhältnis zur Holding und der O._ Europe AG erhöhten Kostenanteil zu tragen, nämlich Fr. 333'036.-- für 2001 und Fr. 483'418.-- für 2002.
Die Vorinstanz erwog dazu, diese Verbuchungen verletzten den zu den Regeln der ordnungsmässigen Buchführung und Rechnungslegung gehörenden Grundsatz der Stetigkeit, nach dem die sachdienlichen Ordnungsprinzipien immer in gleicher Weise angewandt würden. Es sei nicht nachvollziehbar, weshalb die Verbuchungspraxis geändert worden sei, und sachliche Gründe, weshalb die Z.T._ Holding AG 2001 und 2002 prozentual entlastet wurde, seien nicht ersichtlich. Im Zeitpunkt der Verbuchung hätten mehrere operative Gesellschaften der Z._-Gruppe die neuen Produkte genutzt oder seien zu deren Nutzung vorgesehen gewesen, so neben der Beschwerdeführerin 2 auch die Q._ AG und die O._ Europe AG. Der Experte führe aus, den profitierenden Tochtergesellschaften müsse eine faire und nachvollziehbare Kostenbeteiligung auferlegt werden. In der Folge prüfte die Vorinstanz die einzelnen Verbuchungen im Zusammenhang mit den Produkten B._ und System-G._ im Lichte dieser Ausführungen.
3.6.1 Die Partnerschaftsabrechnung 2001 wurde nach den vorinstanzlichen Feststellungen für eine Entwicklung im Bereich C._, System-G._ (O._ Kanada Inc.) mit Fr. 180'891.-- belastet, ausmachend den Kostenanteil der Beschwerdeführerin 2 (68.78 %) für Zahlungen an R._, M._ und L._. Die Vorinstanz beauftragte den gerichtlichen Gutachter, mit Unterlagen zu dokumentieren, dass und gegebenenfalls in welcher Höhe die Beschwerdeführerin 2, Bereich CCD, von den Leistungen von R._, M._ und L._ profitiert hätten, zu beziffern, in welchem Betrag Quersubventionierungen an andere Gesellschaften, insbesondere der Z.T._ Holding AG, vorlägen, sowie zu prüfen, ob die Verbuchung den Grundsätzen der ordnungsgemässen Rechnungslegung entspreche.
Nach den weiteren Feststellungen der Vorinstanz ging jedoch aus den Akten auch nach Vorliegen des Ergänzungsberichts des Experten vom 20. Dezember 2011 nicht hervor, welche Leistungen konkret erbracht worden seien. Die Beschwerdeführer bezögen sodann zu den Quersubventionen im Jahr 2001 kumulativ Stellung. Sie brächten (bloss) vor, eine Umkehr der Beweislast habe nie stattgefunden und die generelle, von Seiten der Beschwerdegegner erwogene Beweislastverteilung zu ihren Lasten sei falsch. Eine Erklärung der Beschwerdeführer zum strittigen Betrag von Fr. 180'891.-- fehle somit. Die Belastung der Beschwerdeführerin 2 im Jahre 2002 mit 85.9 % der gesamten Aufwendungen entspreche weder dem Grundsatz der sachlichen Abgrenzung, hätten doch auch andere Tochtergesellschaften profitiert, noch dem Grundsatz der Stetigkeit. Die Beschwerdeführer hätten es unterlassen, die in den Jahren 2001 und 2002 erfolgte, verglichen mit den früheren Jahren höhere Belastung der Beschwerdeführerin 2 mit Entwicklungskosten für die Produkte B._ und System-G._ sowie die pauschalen Zahlungen an R._, M._ und L._ entsprechend ihrer Erklärungspflicht sachlich zu begründen. Es fehle ein nachvollziehbarer Schlüssel, um die Kosten auf alle Gesellschaften aufzuteilen, die sich im Jahr 2001 mit den Produkten B._ und System-G._ befasst hätten. Deshalb könnten die strittigen Entwicklungskosten den Partnerschaftsabrechnungen nicht belastet werden.
Auch in diesem Zusammenhang vermögen die Beschwerdeführer keine Bundesrechtsverletzung durch die Vorinstanz aufzuzeigen, soweit ihrer Beschwerde überhaupt rechtsgenügend begründete Rügen zu entnehmen sind.
Die Vorinstanz verneinte die Zulässigkeit der Belastung der Partnerschaftsabrechnung mit den strittigen Kosten, weil im Verfahren nicht substanziiert erläutert und nicht bewiesen worden sei, welche Leistun-gen, von denen der Bereich CCD profitiert hätte, mit den betreffenden Zahlungen abgegolten worden wären. Die Beschwerdeführer fechten die Feststellung, es fehle eine Erklärung zum strittigen Betrag von Fr. 180'891.--, nicht, jedenfalls nicht mit einer hinreichend begründeten Sachverhaltsrüge an. Wenn sie in diesem Zusammenhang bloss vorbringen, in der Berufungsantwort (pauschal) ausgeführt zu haben, dass "all diese Beratungsdienstleistungen" im Lichte der neuen Unternehmensstrategie gestanden und im Lichte der Expansionskostenpflicht abgedeckt gewesen seien, vermögen sie die Feststellung, es habe eine (konkrete) Erklärung dafür gefehlt, weshalb die dafür geleisteten Zahlungen geschäftsmässig begründet waren dem Bereich CCD belastet werden dürften, jedenfalls nicht als offensichtlich unrichtig auszuweisen (vgl. dazu Erwägungen 1.2 und 2.4.5 vorne). Soweit sie sodann auch in diesem Zusammenhang geltend machen, die Beschwerdeführerin 2 sei durch das Gesamtvertragswerk in ihrer Handlungsfreiheit nicht beschränkt gewesen, und bestreiten, dass sie die Beweis- und Behauptungslast für die "Angebrachtheit" der Verbuchungen trugen, gehen sie fehl. Es kann dazu wiederum auf die vorstehenden Erwägungen (2.4.2, 2.4.5 und 2.5.3) verwiesen werden.
Nach dem Ausgeführten war die Vorinstanz nicht gehalten, "im Rahmen ihrer Rechtsfindungspflicht" eine angemessene Verteilung der strittigen Kosten, auf verschiedene Kostenträger vorzunehmen, wie die Beschwerdeführer sinngemäss geltend machen. Vielmehr durfte sie zulasten der behauptungs- und beweisbelasteten Beschwerdeführer entscheiden und die strittigen Kosten mangels sachdienlicher Erklärung und mangels Nachweises, dass sie zunächst der Beschwerdeführerin 2 und dann der Partnerschaftsabrechnung (Bereich CCD) geschäftsmässig begründet und im Einklang mit den getroffenen Vereinbarungen belastet worden waren, vollumfänglich unberücksichtigt lassen. Wenn die Beschwerdeführer im Widerspruch zu den vorinstanzlichen Feststellungen, es habe eine Erklärung zum strittigen Betrag von Fr. 180'891.-- gefehlt und aus den Akten gehe nicht hervor, welche Leistungen tatsächlich erbracht worden seien, vorbringen, der Vorinstanz sei klar gewesen, dass diese Kosten grundsätzlich im Bereich CCD angefallen seien, findet dies in den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz keine Stütze und ist nicht zu hören (Erwägung 1.2). Ebensowenig trifft es, wie von den Beschwerdeführern behauptet, zu, dass die strittigen Kosten an sich, d.h. deren Anfall im interessierenden Bereich für tatsächlich erbrachte Leistungen von R._, M._ und L._, im kantonalen Verfahren unbestritten geblieben seien. Aus der Berufungsschrift der Beschwerdegegner geht vielmehr das Gegenteil hervor.
Fehlte demnach schon der Nachweis, dass den strittigen Verbuchungen Leistungen zugrunde lagen, die dem Bereich CCD zugute kamen, nahm die Vorinstanz die streitbetroffene Korrektur der Partnerschaftsabrechnung zu Recht vor. Es erübrigt sich damit, auf die weiteren Begründungen der Vorinstanz (Fehlen eines nachvollziehbaren Schlüssels für die Umlage der Kosten auf verschiedene Gesellschaften, Verletzung des Grundsatzes der Stetigkeit) und die dagegen erhobenen Rügen einzugehen, insbesondere auf diejenige, die Vorinstanz habe sich in willkürlicher Weise über den Expertenbefund hinweggesetzt, der festgehalten habe, Buchführungsprinzipien seien nicht erwiesenermassen verletzt worden, und es hätte keine Quersubventionierung zulasten der Beschwerdeführerin 2 stattgefunden.
Die Beschwerdeführer machen geltend, die Vorinstanz habe in diesem Punkt ihre aus dem Gehörsanspruch fliessende Auseinandersetzungs- und Begründungspflicht verletzt. Was die Rüge der Verletzung der "Auseinandersetzungspflicht" angeht, ist die Rüge von vornherein nicht hinreichend begründet, legen doch die Beschwerdeführer nicht dar, mit welchen entscheidwesentlichen Vorbringen sich die Vorinstanz nicht auseinandergesetzt haben soll (Erwägung 1.1 vorne; vgl. BGE 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188). Sodann lassen sich dem angefochtenen Entscheid ohne weiteres die Überlegungen entnehmen, von denen sich die Vorinstanz hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt. Diese hat damit ihrer Begründungspflicht genüge getan und die entsprechende Rüge ist unbegründet (vgl. BGE 138 I 232 E. 5.1; 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188).
3.6.2 Der Partnerschaftsabrechnung 2002 wurden unter dem Titel "System-G._" respektive "R._/M._" insgesamt Fr. 292'661.-- belastet (Projekt System-G._ 2002). Die Vorinstanz liess auch diese Belastung der Partnerschaftsabrechnung nicht zu, was sie weitgehend gleich begründete wie die Nichtzulassung der Belastung im Punkt "O._ Kanada Inc." (vorstehende Erwägung 3.6.1). Da die Beschwerdeführer dagegen identische Rügen wie gegen die Entscheidung im Punkt "O._ Kanada Inc." erheben, unter teilweisem Verweis auf ihre diesbezüglichen Ausführungen, kann dazu vollumfänglich auf die vorstehenden Erwägungen betreffend den Punkt "O._ Kanada Inc." verwiesen werden.
3.6.3 Den Partnerschaftsabrechnungen 2001 bzw. 2002 wurden "Marketingkosten Frau N._" in den Beträgen von Fr. 58'257.-- bzw. von Fr. 187'184.-- belastet ("N._ 2001 und 2002"). Die Vorinstanz liess auch diese Belastungen der Partnerschaftsabrechnung nicht zu, was sie ebenfalls weitgehend gleich begründete wie die Nichtzulassung der Belastung im Punkt "O._ Kanada Inc." (vorstehende Erwägung 3.6.1). Da die Beschwerdeführer dagegen identische Rügen wie gegen die Entscheidung im Punkt "O._ Kanada Inc." erheben, unter teilweisem Verweis auf ihre diesbezüglichen Ausführungen, kann auch dazu vollumfänglich auf die vorstehenden Erwägungen betreffend den Punkt "O._ Kanada Inc." verwiesen werden.
3.7 Der Partnerschaftsabrechnung 2002 wurden unter dem Titel "Sponsoring Jubliäum" Fr. 50'000.-- belastet. Dieser Betrag ist auf einen Sponsoringvertrag zurückzuführen, den die Beschwerdeführerin 2 mit dem Kanton St. Gallen anlässlich der Feierlichkeiten für dessen 200-jähriges Bestehen abgeschlossen hat. Er wurde vollständig durch die Beschwerdeführerin 2 bezahlt. Der Experte kam zum Schluss, es sei üblich, dass einzelne Gruppengesellschaften PR-Massnahmen finanzierten. Entsprechend stellte er keine Quersubventionierung anderer Gruppengesellschaften durch die Beschwerdeführerin 2 fest.
Die Vorinstanz folgte dem nicht. Sie pflichtete zunächst der Auffassung der Beschwerdegegner bei, dass nicht unberücksichtigt gelassen werden dürfe, dass hier nicht ein üblicher Konzern vorliege, sondern an den Gewinnen der Tochter respektive Schwester Z._ AG mit den Beschwerdegegnern auch noch aussenstehende Dritte berechtigt gewesen seien. Was die zeitliche Abgrenzung der Belastung angeht, erwog die Vorinstanz, die Verbuchung des Sponsoringbeitrages von Fr. 50'000.-- im Jahresabschluss der Beschwerdeführerin 2 für 2002 sei grundsätzlich nicht zu beanstanden. Mit Blick auf die interne Partnerschaftsabrechnung sei jedoch dem Grundsatz zu folgen, wonach alle Aufwendungen, die dazu dienen, bestimmte Erträge zu erzielen, entsprechend dem Ertragsanfall in der Erfolgsrechnung zu berücksichtigen seien. Da sich die Feierlichkeiten über das ganze Jahr 2003 erstreckten, sei davon auszugehen, dass die PR-Massnahme ihre Wirkungen erst 2003 und später entfaltet habe. Die Belastung der Partnerschaftsabrechnung mit dieser Position sei daher nicht gerechtfertigt.
3.7.1 Es stellt sich im vorliegenden Fall einerseits die Frage der sachlichen Abgrenzung des strittigen Sponsoringbetrages, d.h. der Verteilung desselben auf die verschiedenen Gesellschaften der Z._-Gruppe. Andererseits stellt sich die Frage der zeitlichen Abgrenzung, mithin, ob es zulässig ist, den Sponsoringbetrag im Jahre 2002 der Buchhaltung der Beschwerdeführerin 2 bzw. der entsprechenden Partnerschaftsabrechnung zu belasten. Den Sponsoringbetrag vollständig der Beschwerdeführerin 2 bzw. der Partnerschaftsabrechnung 2002 zu belasten, ist nur zulässig, wenn sich die Belastung sowohl aufgrund der sachlichen als auch aufgrund der zeitlichen Abgrenzung rechtfertigt. Die Vorinstanz verneinte mit ihrer Begründung, dass sich aufgrund der sachlichen Abgrenzung eine vollständige Belastung der Beschwerdeführerin 2 und aufgrund der zeitlichen Abgrenzung eine Belastung der Jahresabrechnung 2002 rechtfertige.
Die Beschwerdeführer wenden sich in ihrer Beschwerde nur gegen die vorinstanzliche Beurteilung der zeitlichen Abgrenzung, indem sie rügen, die Vorinstanz habe sich in diesem Punkt willkürlich und ohne Begründung über den buchhaltungstechnischen Expertenbefund hinweggesetzt. Wie die Beschwerdegegner zutreffend bemerken, setzen sie sich hingegen mit der Begründung betreffend der sachlichen Abgrenzung nicht auseinander. Dies schadet den Beschwerdeführern aber nicht, da die vorinstanzliche Begründung, nach der sich nach sachlicher Abgrenzung die vollständige Belastung der Beschwerdeführerin 2 mit dem Sponsoringbetrag nicht rechtfertigt, den angefochtenen Entscheid in diesem Punkt nicht vollumfänglich selbständig zu stützen vermag (vgl. dazu BGE 133 IV 119 E. 6; vgl. auch BGE 136 III 534 E. 2.2 S. 535 f.). Denn dass eine vollständige Belastung der Beschwerdeführerin 2 nicht zulässig ist, bedeutet noch nicht, dass die Beschwerdeführerin 2 bzw. die Partnerschaftsabrechnung sachlich nicht wenigstens teilweise neben anderen Gruppengesellschaften belastet werden darf. Auf die Rüge gegen die zeitliche Abgrenzung durch die Vorinstanz ist demnach einzutreten.
3.7.2 Zur zeitlichen Abgrenzung wurden dem Gerichtsgutachter für seinen zweiten Bericht folgende Fragen unterbreitet:
"Das Kantonsjubiläum St. Gallen fand nicht 2002, sondern erst 2003 statt. Hätte damit nicht eine für diese Leistung 2003 bereits 2002 erbrachte Zahlung transitorisch gebucht werden (müssen)? Wenn ja, wie hätte sich das auf die Partnerschaftsabrechnung ausgewirkt?"
Der Gerichtsgutachter führte dazu in seiner zweiten Expertise vom 6. Juni 2008, S. 14 f., folgendes aus:
"Obwohl die Feiern erst während des Jahres 2003 stattfanden, begannen die Leistungen des Kantons St. Gallen gemäss Ziff. 2 des Sponsoringvertrages bereits mit dessen Abschluss, d.h. ab dem 03.06.2002 (...). Der Nutzen aus Sponsoringverträgen (...) ist immaterieller Natur und deshalb nicht in Geldwerten messbar. Entsprechend kann die Frage, in jeweils welchem Umfang die Sponsoringbeiträge an den Kanton St. Gallen im Geschäftsjahr 2002 und im Geschäftsjahr 2003 der Z._ AG ihren (immateriellen) Nutzen entfaltet haben, nicht beantwortet werden. Somit ist der Grundsatz der sachlichen (recte wohl: zeitlichen) Abgrenzung, der verlangt, dass alle Aufwendungen, die dazu dienen, bestimmte Erträge zu erzielen, entsprechend dem Ertragsanfall zu berücksichtigen sind (matching of cost and revenue), in diesem Fall nicht anwendbar. Eine transitorische Abgrenzung der Zahlungen an den Kanton St. Gallen aus dem Sponsoringvertrag ist daher zu Recht unterblieben."
Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe das Willkürverbot und den Gehörsanspruch verletzt, indem sie sich ohne Begründung über diesen buchhaltungstechnischen Expertenbefund hinweggesetzt habe. Wie der Experte korrekt ausgeführt habe, lasse sich der immaterielle Nutzen der Sponsoringverträge nicht in Geld messen. Es hätte deshalb auch nicht beantwortet werden können, ob ein solcher (nicht messbarer) Nutzen erst im Geschäftsjahr 2003 eingetreten wäre oder nicht. Die Selbstverständlichkeit, mit der die Vorinstanz über diesen Befund hinweg das Gegenteil befinde, es sei einfach davon auszugehen, dass die PR-Massnahme ihre Wirkungen erst 2003 und später entfaltete, sei im Lichte des Willkürprinzips unhaltbar. Sie liefere weder eine Begründung für diesen von der Expertise abweichenden Befund noch für ihre Erwägung, bei den internen Partnerschaftsabrechnungen sei trotzdem am Prinzip "matching of cost and revenue" festzuhalten.
Damit vermögen die Beschwerdeführer nicht durchzudringen. Der Experte hatte sich primär damit zu befassen, ob die Verbuchung des strittigen Betrags im Jahresabschluss 2002 der Beschwerdeführerin 2 korrekt sei. Die Vorinstanz folgte dem Experten darin, dass die Verbuchung des Sponsoringbetrages im Jahresabschluss für das Jahr 2002 angesichts der Unsicherheit über den Zeitraum des Ertragsanfalls in buchhaltungstechnischer Hinsicht nicht zu beanstanden sei. Insoweit wich sie nicht vom Befund des Gutachters ab. Zur Frage der Berücksichtigung der Belastung in der Partnerschaftsabrechnung des Jahres 2002 äusserte sich der Experte nicht ausdrücklich. Wenn die Vorinstanz die Auffassung vertrat, die Belastung dieser Partnerschaftsabrechnung lasse sich nicht auf der Grundlage der Feststellung rechtfertigen, dass sich der Zeitraum des Ertragsanfalls nicht bestimmen lasse, und daher diesbezüglich eine eigene Würdigung vornahm, in der sie zum Schluss kam, es könne von einem Ertragsanfall frühestens im Jahre 2003 ausgegangen werden, so dass die Partnerschaftsabrechnung 2002 nicht belastet werden dürfe, ist dies nicht zu beanstanden.
Dass der Nutzen aus Sponsoringverträgen primär immaterieller Natur sei, ändert nichts daran, dass sich ein Imagegewinn eines Unternehmens in gesteigerten Umsätzen bzw. Erträgen niederschlägt, die bei der Belastung der Partnerschaftsabrechnung nach Treu und Glauben zu berücksichtigen sind. Bei der Frage nach dem Zeitraum des Ertragsanfalls handelt sich sodann nicht um eine Fachfrage der Buchführung, bei deren Beantwortung die Vorinstanz nur aus triftigen Gründen von der Meinung des Experten abweichen durfte (vgl. dazu BGE 136 II 539 E. 3.2 S. 547 f. mit Hinweisen). Weshalb die Vorinstanz die betreffende Frage willkürlich beantwortet haben soll, zeigen die Beschwerdeführer nicht, jedenfalls nicht rechtsgenüglich auf und ist auch nicht ersichtlich. Namentlich schliesst der Umstand, dass der Kanton St. Gallen schon im Jahr 2002 Leistungen aus dem Sponsoringvertrag erbrachte, nicht zwingend aus, dass diese ihre Wirkungen erst im darauffolgenden Jahr entfalteten, in dem die Feierlichkeiten stattfanden, wie die Vorinstanz annahm.
Den Beschwerdeführern gelingt es damit nicht aufzuzeigen, dass der angefochtene Entscheid in diesem Punkt auf einer willkürlichen Beweiswürdigung, namentlich einer willkürlichen Würdigung des gerichtlichen Gutachtens beruht. Was die erhobene Rüge betrifft, die Vorinstanz habe ihre aus Art. 29 BV fliessende Auseinandersetzungs- und Begründungspflicht verletzt, gilt das in der vorstehenden Erwägung 3.6.1 in fine Ausgeführte sinngemäss.
3.8 Der Partnerschaftsabrechnung 2002 wurden für eine Immobilienberatung Fr. 180'115.-- belastet. Die Beschwerdeführer machten im Berufungsverfahren geltend, es sei nicht nachvollziehbar, wozu die Immobilienberatungskosten aufgewendet worden seien bzw. inwiefern diese der Beschwerdeführerin 2 zugute gekommen seien. In der Folge wurde der Gutachter ersucht, anhand von Unterlagen zu prüfen, ob und gegebenenfalls in welcher Höhe die Beschwerdeführerin 2, Bereich CCD, von Leistungen dieser Immobilienberatung profitiert habe, sowie zu prüfen, ob die Verbuchung den Grundsätzen der ordnungsgemässen Rechnungslegung entspreche.
In seinem Bericht vom 20. Dezember 2011 führte der Gutachter nach den vorinstanzlichen Feststellungen aus, Infrastrukturkosten eines Unternehmens seien Gemeinkosten, deren Zuweisung in der Praxis üblicherweise mit Umlageschlüsseln erfolge, wobei die Schlüsselung nach Umsätzen die verbreitetste Methode sei. Die Frage nach dem Nutzen für den Bereich CCD aus dem Aufwand für Immobilienberatung lasse sich nicht beantworten. Beim strittigen Betrag handle es sich um Rechnungen der Z._ Immobilien und Verwaltungs AG. Diese Kosten seien in die "Kosten Firma" eingeflossen und entsprechend umsatzabhängig auf die Bereiche CCD und MED umgelegt worden. Wer der ursprüngliche Leistungserbringer war und welche Dienstleistungen konkret erbracht wurden, sei aus den Rechnungen jedoch nicht ersichtlich.
Die Vorinstanz folgte daraufhin der Auffassung der Beschwerdegegner, der Experte beantworte die entscheidende Frage nicht, ob es sich bei den weiterverrechneten Leistungen tatsächlich um Rechtsdienstleistungen zu Gunsten der Beschwerdeführerin 2 gehandelt habe, und es wäre Sache der Beschwerdeführer gewesen, die sich in ihrem Machtbereich befindlichen Unterlagen einzureichen. Mangels der erforderlichen Unterlagen sei die Partnerschaftsabrechnung um Fr. 180'115.-- zu korrigieren. Die Vorinstanz verneinte die Zulässigkeit der Belastung der Partnerschaftsabrechnung mithin auch in diesem Punkt, weil im Verfahren nicht dargetan wurde, welche Leistungen, von denen der Bereich CCD profitiert hätte, mit den betreffenden Zahlungen abgegolten worden wären.
Auch in diesem Punkt vermögen die Beschwerdeführer keine Bundesrechtsverletzung seitens der Vorinstanz aufzuzeigen. Soweit sie auch hier vorbringen, die Beschwerdeführerin 2 sei durch das Gesamtvertragswerk nicht in ihrer betriebswirtschaftlichen Handlungsfreiheit eingeschränkt gewesen, und bestreiten, dass sie die Beweis- und Behauptungslast für die "Nützlichkeit" jeder einzelnen Verbuchung trugen, gehen sie fehl. Es kann dazu wiederum auf die vorstehenden Erwägungen 2.4.2, 2.4.5 und 2.5.3 verwiesen werden. Ins Leere stossen ihre Vorbringen sodann, soweit sie beanstanden, dass die Vorinstanz von ihnen den Beweis verlangt habe, dass die Immobilienberatung gut bzw. nützlich gewesen sei. Die Vorinstanz verlangte von den Beschwerdeführern nicht den Nachweis der Qualität der erbrachten Leistungen. Vielmehr forderte sie zu Recht Erklärungen und Unterlagen, aus denen hervorgeht, dass die Beschwerdeführerin 2, Bereich CCD, von den entschädigten Leistungen profitierte. Damit ist offensichtlich gemeint, dass die Leistungen grundsätzlich in deren Interesse erbracht wurden, so dass sie der Partnerschaftsabrechnung nach den getroffenen Vereinbarungen in guten Treuen belastet werden durften. Nachdem die Beschwerdeführer diesen Nachweis nicht erbracht hatten, nahm die Vorinstanz die strittige Korrektur der Partnerschaftsabrechnung zu Recht vor.
Ins Leere stossen die Beschwerdeführer sodann auch, wenn sie rügen, der Experte habe festgestellt, dass die Aufteilung der Kosten ohne Verletzung bundesrechtlich vorgegebener Buchhaltungsprinzipien erfolgt sei und sich die Vorinstanz willkürlich über diesen Befund hinweggesetzt habe. Denn die Vorinstanz nahm die beanstandete Korrektur nicht vor, weil bei der Kostenverlegung buchhalterische Grundsätze verletzt worden wären, sondern weil es am Nachweis fehlte, dass die Kosten geschäftsmässig begründet waren.
3.9 Die Partnerschaftsabrechnung 2002 wurde unter dem Titel "Rückstellung Anwaltskosten" mit Fr. 200'000.-- belastet. Der Experte stellte fest, dass mit der Rückstellung allein den sich abzeichnenden Rechtsstreitigkeiten mit den beiden Beschwerdegegnern im vorliegenden Verfahren Rechnung getragen wurde. Die Vorinstanz erwog dazu, die Rückstellung sei in Übereinstimmung mit dem Experten aus gesellschaftsrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden. Anders sei jedoch unter dem Aspekt der Partnerschaftsabrechnung zu entscheiden. Da die Gewinnbeteiligung der Beschwerdegegner dadurch geschmälert werde, dass Rückstellungen für gerichtliche Verfahren gemacht würden, bei denen die Beschwerdegegner Gegenpartei seien, sei eine Belastung der Partnerschaftsabrechnung mit dieser Position nicht gerechtfertigt. Dadurch wären die Beschwerdeführer gleich zweimal bestraft und erweise sich die Verbuchung in der Partnerschaftsabrechnung zu ihren Lasten als sachfremd und unfair.
Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz zunächst zu Unrecht vor, sie habe sich willkürlich über den Expertenbefund hinweggesetzt, nach dem der Betrag "im vollen Betrag zum ergebniswirksamen Abzug, wie im Jahresabschluss der Z._ AG per 31.12.2002 (erfolgt), zuzulassen" sei. Der Gutachter äusserte sich an der (unvollständig) zitierten Stelle seines Gutachtens vom 31. August 2007 bloss zur Frage, ob die strittige Rückstellung im Jahresabschluss periodengerecht abgegrenzt worden sei und den Grundsatz der Stetigkeit in der Rechnungslegung verletze, was er verneinte. Die Vorinstanz folgte dem Gutachter darin, indem sie festhielt, die Rückstellung (im Jahresabschluss) sei aus gesellschaftsrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden. Indessen verneinte sie die Zulässigkeit der Belastung der Partnerschaftsabrechnung aus rechtlichen Gründen, weil die Belastung der Partnerschaftsabrechnung mit der strittigen Rückstellung sachfremd und unfair erscheine.
Die Beschwerdeführer gehen auch fehl, soweit sie weiter geltend machen, die Beschwerdeführerin 2 sei bei korrekter Vertragsauslegung nicht verpflichtet gewesen, Verbuchungen im Einklang mit den Partnerschaftsverträgen abzustimmen. Vielmehr sind Verbuchungen in der Partnerschaftsabrechnung bzw. Belastungen derselben darauf zu prüfen, ob sie mit den getroffenen Vereinbarungen übereinstimmen und insbesondere dem Bereich CCD zu Recht belastet wurden. Es kann dazu vollumfänglich auf das in den vorstehenden Erwägungen 2.4.2, 2.4.4 und 2.4.5 Ausgeführte verwiesen werden.
Nach den Partnerschaftsverträgen dürfen der Partnerschaftsabrechnung geschäftsmässig begründete Gestehungskosten belastet werden, die vom Bruttoertrag abzuziehen sind (Erwägungen 2.4.4/2.4.5 und 2.5.3.1 vorne). Es trifft nun zwar zu, dass die Beschwerdegegner mit ihren Leistungen zur Erwirtschaftung des Bruttoerlöses beigetragen haben und Kosten aus einem Streit über die Höhe der ihnen dafür zustehenden Entschädigungen zu den abziehbaren Gestehungskosten zu rechnen sind. Entsprechend hat die Vorinstanz denn auch die Belastung des Jahresabschlusses aus gesellschaftsrechtlicher Sicht nicht beanstandet. Die Beschwerdegegner mussten aber nach den getroffenen Vereinbarungen in guten Treuen nicht damit rechnen, dass sie sich an der Finanzierung von Anwaltskosten beteiligen müssen, welche die Beschwerdeführerin 2 in einem Verfahren mit ihnen selbst als Gegenpartei aufwendet. Denn dies würde heissen, dass sie auch bei ihrem Obsiegen die Anwaltskosten der Beschwerdeführer bzw. die ihnen durch die Beschwerdeführer zu leistende Parteientschädigung mittragen müssten und dass sie die Beschwerdeführer bei ihrem Unterliegen für deren Anwaltskosten entschädigen müssten und zusätzlich für Rückstellungen für ein nicht verwirklichtes Risiko belastet würden. Etwas anderes ergibt sich auch nicht daraus, dass die Ersatzfähigkeit von prozessualen Anwaltskosten ausschliesslich vom anwendbaren Verfahrensrecht geregelt wird (BGE 117 II 394 E. 3a S. 396). Wenn schon spräche dieser von den Beschwerdeführern angerufene Umstand eher dagegen, dass die Verteilung von Parteikosten im Rahmen der Partnerschaftsabrechnung vorweggenommen werden darf. Nach dem Ausgeführten geht auch der Vorwurf an die Vorinstanz fehl, diese habe auf leichtfertige Art Korrekturforderungen begründet, weil (zulässige) Verbuchungen nicht fair seien, und damit Kostenposten unzulässigerweise aus Billigkeitserwägungen eliminiert.
Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
3.10 Der Partnerschaftsabrechnung 2002 wurden unter dem Titel "P._" und "K._, Kooperation" insgesamt Fr. 168'286.-- belastet, für zwei Zahlungen vom 18. Oktober 2002 infolge Abschlusses eines Kooperationsvertrags am 8./14. Oktober 2002, bei dem es um Erwerb von Rechten, Produkten, Know-how und Lizenzen ging.
Die Vorinstanz erwog, im Hinblick auf die korrekte Erstellung der Partnerschaftsabrechnung dränge sich eine Aktivierung und eine Abschreibung des Gesamtbetrages innerhalb von 5 Jahren auf. Es widerspreche dem Partnerschaftsvertrag und erweise sich vor allem auch vor dem Hintergrund des Austritts der Beschwerdegegner per Ende 2002 als sachwidrig und unfair, die gesamten Aufwendungen der Partnerschaftsabrechnung 2002 zu belasten. Entsprechend sei lediglich ein Fünftel des im Jahre 2002 der Partnerschaftsabrechnung angelasteten Betrages zuzulassen.
Auch in diesem Punkt werfen die Beschwerdeführer der Vorinstanz zu Unrecht vor, sie habe sich willkürlich über den Expertenbefund hinweggesetzt. Der Experte war zum Schluss gekommen, die strittigen Kosten für immaterielle Anlagewerte seien grundsätzlich aktivierungsfähig gewesen, doch habe die Beschwerdeführerin 2 von dieser Möglichkeit nie Gebrauch gemacht und alle Investitionen in immaterielle Wirtschaftsgüter und eigene Entwicklungsaufwendungen immer ergebniswirksam der Gewinn- und Verlustrechnung belastet. Die ergebniswirksame Ausbuchung der strittigen Beträge verletzte den Grundsatz der Stetigkeit nicht. Die Vorinstanz folgte diesem Befund und beanstandete die Verbuchung des strittigen Betrages in der Gewinn- und Verlustrechnung in buchhaltungs- und revisionstechnischer Hinsicht nicht. Sie verneinte indessen die Zulässigkeit der Belastung der Partnerschaftsabrechnung aus rechtlichen Gründen, weil die Belastung der Partnerschaftsabrechnung mit der strittigen Rückstellung sachfremd und unfair erscheine. Wenn sie sich bei der Frage, mit welcher Belastung die Beschwerdegegner angesichts der getroffenen Vereinbarungen nach Treu und Glauben zu rechnen gehabt hätten, an der fünfjährigen Abschreibungsdauer für immaterielle Güter orientierte, welche die vom Experten erwähnte Fachempfehlung der Treuhandkammer vorschlägt, kann ihr nicht vorgeworfen werden, sie masse sich an, in der Expertise erwähnte Buchhaltungsprinzipien nach Belieben auszuwählen und anzuwenden. Vielmehr stellte sie insoweit nachvollziehbar auf ein objektives Kriterium zur Eruierung des mutmasslichen Parteiwillens ab, was nicht zu beanstanden ist.
Soweit die Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang bestreiten, dass die Verbuchungen in der Partnerschaftsabrechnung über die buchhalterische und revisionstechnische Korrektheit hinaus auch den internen partnerschaftlichen Regeln und Pflichten entsprechen müssen, kann wiederum auf das in den vorstehenden Erwägungen 2.4.2, 2.4.4 und 2.4.5 Ausgeführte verwiesen werden.
Schliesslich hat die Vorinstanz auch in diesem Entscheidpunkt ihrer Begründungspflicht genüge getan, lassen sich doch ihrer Begründung ohne weiteres die Überlegungen entnehmen, von denen sie sich leiten liess und auf die sich ihr Entscheid stützt (vgl. BGE 138 I 232 E. 5.1; 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188). Was die geltend gemachte Verletzung der "Auseinandersetzungspflicht" angeht, kann auf das in Erwägung 3.6.1 in fine zur entsprechenden Rüge Ausgeführte verwiesen werden.
3.11 In der Buchhaltung der Beschwerdeführerin 2 für das Jahr 2000 (Konto 4760 "Entwicklungsaufwand") wurde per 31. Dezember 2000 ein Betrag von Fr. 30'000.-- verbucht mit dem Vermerk "Z.T._ Holding; MGMT-Fees 2000". Die Belastung erfolgte bei der Kostenstelle 748000 "Sockelkosten allgemein". Sodann wurde in der Buchhaltung der Beschwerdeführerin 2 für das Jahr 2001 (Konto 4772 "Diverser Verwaltungsaufwand") per 15. Mai 2001 ein Betrag von Fr. 80'000.-- unter der Bezeichnung "Z.T._ Holding; MGMT-Fees 01, AS" erfasst. Auch diese Belastung erfolgte bei der Kostenstelle 748000 "Sockelkosten allgemein". Die Vorinstanz hielt dafür, diese den Partnerschaftsabrechnungen belasteten Management-Entschädigungen seien aufgrund der gleichen Erwägungen, wie sie bei der Position "Kosten Führung" dargelegt worden seien, nicht gerechtfertigt. Über eine bereits von der Erstinstanz für das Jahr 2000 vorgenommene Korrektur hinaus nahm sie daher entsprechende Korrekturen der Partnerschaftsabrechnungen für die Jahre 2000 und 2001 vor. Da die Beschwerdeführer dazu pauschal auf ihre Rügen zum Themenkreis "Kosten Führung" verweisen, die sie in gleicher Form geltend machten, kann auch vorliegend vollumfänglich auf die vorstehenden Ausführungen zu diesen Rügen (Erwägung 3.1 vorne) verwiesen werden.
3.12 Die Beschwerdeführerin 2 investierte in den Jahren 2000 und 2001 Fr. 233'637.25 bzw. Fr. 68'776.15 in Telefonanlagen. Diese Investitionen wurden per 31. Dezember 2000 bzw. per 31. Dezember 2001 jeweils auf einen Erinnerungsfranken, d.h. im Anschaffungsjahr zu 100 % abgeschrieben. Die Vorinstanz kam aufgrund eines vom Gutachter erstellten synoptischen Vergleichs, der u.a. die von der Beschwerdeführerin 2 angewendete Abschreibungspraxis für das materielle und immaterielle Anlagevermögen zeigt, zum Schluss, die Investitionen 2000 und 2001 in die Telefonanlage voll abzuschreiben, widerspreche der Praxis der Beschwerdeführerin 2 und erscheine zudem unangemessen. Gemäss Darstellung der Beschwerdegegner seien die in den Jahren 2000 und 2001 angefallenen Infrastrukturkosten "Telefonanlage" nach getroffener Vereinbarung im Anschaffungsjahr zu 50 % abzuschreiben und in den Folgejahren um 25 %. Da (danach) die gesamten Abschreibungen der Investition 2000 in die Telefonanlage (von Fr. 233'636.--) in die hier strittigen Abrechnungen fielen, erscheine es angezeigt, auf entsprechende Korrekturen der Partnerschaftsabrechnungen zu verzichten. In Bezug auf die Investitionskosten von Fr. 68'776.75 im Jahr 2001 seien jedoch Korrekturen anzubringen und die Partnerschaftsabrechnung zu Gunsten der Beschwerdegegner um Fr. 34'389.-- zu korrigieren.
Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe damit Bundesrecht verletzt. Eine korrekte vertragsrechtliche Analyse und die Anerkennung der Einhaltung bundesrechtlich vorgegebener Buchhaltungsprinzipien gemäss Befund des Experten ergebe, dass keine Korrekturansprüche gegeben seien.
Zunächst kann den Beschwerdeführern nicht gefolgt werden, die Vorinstanz sei zu Unrecht vom Befund des Gutachters in der Expertise vom 20. Dezember 2011 (Bericht 3) abgewichen, nach dem die von der Z._ AG angewendete Abschreibungspraxis den Grundsatz der Stetigkeit in der Rechnungslegung erfüllt habe. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen wurde im Zeitraum 1996-2002 lediglich im Jahr 2000 und im Jahr 2001 in Telefonanlagen investiert, weshalb der Experte die strittigen Abschreibungen nicht mit in anderen Jahren für Telefonanlagen getätigten Abschreibungen vergleichen konnte. Der Experte schloss der Grundsatz der Stetigkeit sei eingehalten, weil die Investitionen in die Telefonanlage in den Anschaffungsjahren 2000 und 2001 zu 100 % buchmässig abgeschrieben worden seien. Dabei handelt es sich indessen um einen klassischen Zirkelschluss, indem der Experte von den strittigen tatsächlichen Verbuchungen auf eine Praxis schliesst, welche wiederum die strittigen Verbuchungen rechtfertigen soll. Somit hatte die Vorinstanz triftige Gründe, in diesem Punkt vom Ergebnis des Gutachtens abzuweichen (vgl. BGE 136 II 539 E. 3.2 S. 547 f. mit Hinweisen). Wenn sie in der Folge eine vom Experten erstellte Übersicht über die Abschreibungspraxis der Beschwerdeführerin 2 für das (übrige) Anlagevermögen in den Jahren 1996-2002 heranzog, und die strittigen Abschreibungen damit verglich, ist dies nicht zu beanstanden.
Ebensowenig vermögen die Beschwerdeführer eine Rechtsverletzung aufzuzeigen, weil die Vorinstanz eine Korrektur der Partnerschaftsabrechnung vornahm, nachdem sie aufgrund des angestellten Vergleichs zum Ergebnis gekommen war, die strittigen Abschreibungen widersprächen der Abschreibungspraxis. Sie bringen insoweit vor, zwischen den Jahren 1996 und 2002 sei eine umfassende Neuorganisation/Expansion des Unternehmens nach dem Konzept "One Firm" angestanden, was bedinge, das wirtschaftliche Ergebnis fortan vermehrt zur Expansionskostenfinanzierung heranzuziehen; dementsprechend hätten die Beschwerdegegner in guten Treuen nicht eine status quo-Zementierung bisheriger Abschreibungspraktiken erwarten können. Damit vermögen sie indessen nicht gegen die überzeugende vorinstanzliche Auffassung anzukommen, dass die Beschwerdegegner nach den getroffenen Vereinbarungen nicht damit rechnen mussten, die Partnerschaftsabrechnung werde unter Änderung der in der Vergangenheit gelebten Abschreibungspraxis plötzlich mit jährlichen Abschreibungen zu 100 % belastet (vgl. Erwägung 1.1 und 2.4.5 vorne), zumal solches dem allgemeinen Grundsatz für die periodengerechte Abgrenzung widerspricht, dass Investitionsgüter betriebswirtschaftlich über ihre Nutzungsdauer abgeschrieben werden. Es ist nicht verständlich, weshalb eine zwischen 1996 und 2002 anstehende Neuorganisation und Expansion eine plötzliche Änderung der während diesen Jahren gehandhabten Abschreibungspraxis in den Jahren 2000/2001 rechtfertigen können sollte.
3.13 Mit Schreiben vom 10. Juli 2001 teilte die Treuhand J._ AG (Treuhandgesellschaft, welche die Buchhaltung der Beschwerdeführerin 2 führt) den Beschwerdegegnern mit, der für 2000 aus dem Ergebnis Österreich an die Altpartner zu verteilende Gewinn betrage Fr. 234'409.--. In den Abrechnungen vom 23. Januar 2003 gelangten jedoch nur Fr. 210'908.-- zur Verteilung. Die Vorinstanz hielt dafür, die Beschwerdeführer wären aufgrund ihrer Auskunftspflicht gehalten gewesen, sich mit der Differenz von Fr. 23'501.-- auseinanderzusetzen. Da sie dieser Pflicht nicht nachgekommen seien, seien den Abrechnungen der Betrag von Fr. 23'501.-- gutzuschreiben.
Da die Beschwerdeführer dazu pauschal auf ihre Rügen zum Themenkreis "Kosten Führung" verweisen, die sie in gleicher Form geltend machten, kann auch vorliegend vollumfänglich auf die vorstehenden Ausführungen zu diesen Rügen (Erwägung 3.1 vorne) verwiesen werden.
Ergänzend weisen die Beschwerdeführer darauf hin, dass die Beschwerdegegner im Managementbereich Österreich persönlich engagiert gewesen seien bzw. an relevanten Entscheiden selbst mitgewirkt hätten. Die Angemessenheit dieser Verbuchungen im Nachhinein zu hinterfragen erweise sich als widersprüchlich und unglaubwürdig. Es erweise sich schon deshalb als unangemessen, von der Beschwerdeführerin 2 minutiöse "Gegenbeweise" zu verlangen, wie sie die Vorinstanz fordere. Da die Beschwerdeführer mit ihrer Behauptung über das Engagement der Beschwerdegegner im Managementbereich Österreich den im angefochtenen Urteil festgestellten Sachverhalt erweitern, ohne dazu eine Sachverhaltsrüge zu substanziieren, können sie mit diesen Vorbringen nicht gehört werden (Erwägung 1.2 vorne).
4. Umstritten ist schliesslich, ob die den Beschwerdegegnern geschuldeten Entschädigungen zuzüglich Mehrwertsteuer zu leisten sind.
Die Erstinstanz sprach die geschützten Beträge nicht zuzüglich Mehrwertsteuer zu, da die Beschwerdegegner zu diesem Begehren keinerlei Ausführungen gemacht hatten. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen ist unbestritten und ergibt sich aus den Akten, dass das Unternehmensergebnis für den Beschwerdegegner 1 jeweils über die V._ AG und für den Beschwerdegegner 2 über die U._ AG ausbezahlt wurde. Diese beiden Firmen stellten Rechnung für erbrachte Dienstleistungen, auf denen die Mehrwertsteuer an die eidgenössische Steuerverwaltung abzuführen sei. In der Vergangenheit seien die Partnerbeteiligungen, aber auch die übrigen Dienstleistungen der Beschwerdegegner mit Mehrwertsteuer an deren Gesellschaften ausbezahlt worden. Aufgrund der klaren gesetzlichen Regelungen im Mehrwertsteuergesetz, der Handhabung in den früheren Jahren und der Erwähnung der Mehrwertsteuer in den Abrechnungen der Beschwerdeführerin 2, hielt die Vorinstanz dafür, dass auf den Entschädigungen, welche die Beschwerdeführer den Beschwerdegegnern zu bezahlen hätten, 7,6 % Mehrwertsteuer geschuldet und zusätzlich zu den errechneten Beträgen zu leisten seien. Es sei dann Aufgabe der Beschwerdegegner, die Entschädigungen korrekt gegenüber den Steuerbehörden abzurechnen.
Die Beschwerdeführer rügen diese rechtlichen Erwägungen als "falsch und unsorgfältig". Sie weisen darauf hin, dass die Vorinstanz im Dispositiv des angefochtenen Entscheids die Beschwerdegegner und nicht deren Fakturierungsgesellschaften, V._ AG und U._ AG, als Zahlungsbegünstigte festgelegt habe. Die Beschwerdegegner hätten indessen bisher keinen Nachweis ihrer eigenen Mehrwertsteuerpflicht erbracht, seien sie doch gerade keine selbständig Erwerbstätigen. Es sei nicht einzusehen, was deren vorgelagerte, lediglichen Fakturierungsgesellschaften am nicht selbständig erwerbstätigen Status der Beschwerdegegner hätten ändern sollen. Zudem hätten die Beschwerdegegner bis heute keinen Nachweis einer rechtsgültig vereinbarten Mehrwertsteuerüberwälzung geliefert. Selbst wenn man die Fakturierungsgesellschaften der Beschwerdegegner als Zahlstellen anerkennen würde, wäre damit noch kein Nachweis einer Mehrwertsteuer-Überwälzungsvereinbarung zwischen den Beschwerdegegnern und den Beschwerdeführern erbracht.
Es trifft zu, dass die Vorinstanz im Dispositiv ihres Entscheids - im Gegensatz zur Erstinstanz - nicht die Fakturierungsgesellschaften als Zahlstelle bezeichnete, wie es die Beschwerdegegner in ihren Berufungsbegehren Ziffer 1 lit. a-c verlangt hatten, sondern die Beschwerdeführer bloss zur Zahlung der geschuldeten Partnerschaftsentschädigungen an die Beschwerdegegner verpflichtete. Erwägungen stellte sie dazu keine an. Aus den vorstehend wiedergegebenen Ausführungen der Vorinstanz im Zusammenhang mit der Mehrwertsteuer geht aber klar hervor, dass diese davon ausging, dass die geschuldeten Beträge, wie in der Vergangenheit immer gehandhabt, an die Fakturierungsgesellschaften zu leisten sind, auch wenn dies im Dispositiv ihres Entscheids - wohl aufgrund eines Versehens - nicht zum Ausdruck kommt. Demnach ist es vorliegend unerheblich, dass die Beschwerdegegner selber keine Mehrwertsteuersubjekte im Sinne von Art. 10 MWSTG (SR. 641.20) sind.
Sodann erachtete es die Vorinstanz nach ihren Erwägungen als erwiesen, dass zwischen den Beschwerdegegnern und den Beschwerdeführern eine dahin gehende Mehrwertsteuer-Überwälzungsvereinbarung (Art. 6 MWSTG) getroffen worden war, als die Partnerschaftsentschädigungen zuzüglich Mehrwertsteuer an die Fakturierungsgesellschaften zu leisten sind, weil die Auszahlungen in der Vergangenheit immer entsprechend erfolgt waren. Die Beschwerdeführer erheben gegen diesen tatsächlichen Schluss keine hinreichend begründete Willkürrüge (Erwägung 1 vorne); mit ihrem rein appellatorischen Vorbringen, nicht einmal der Wortlaut der Basis- und Partnerschaftsverträge referenziere auf eine solche Überwälzung, vermögen sie von vornherein keine willkürliche Beweiswürdigung aufzuzeigen. Ist damit von einer Überwälzungsvereinbarung mit vorstehend erwähntem Inhalt auszugehen, sind die Beschwerdegegner entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer auch aktivlegitimiert, die Mehrwertsteuerbeträge geltend zu machen.
Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
5. Zusammenfassend ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben, soweit die Vorinstanz den Beschwerdeführer 1 solidarisch mit der Beschwerdeführerin 2 verpflichtete, die zugesprochenen Beträge zu bezahlen. Die Klage ist insoweit abzuweisen und das vorinstanzliche Dispositiv entsprechend neu zu fassen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Sache ist unter Aufhebung des vorinstanzlichen Kostenentscheids zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 68 Abs. 5 BGG).
Die Beschwerdeführer obsiegen damit teilweise, soweit sie die solidarische Mithaftung des Beschwerdeführers 1 bestritten, unterliegen aber in allen übrigen Beschwerdepunkten. Bei diesem Ausgang und unter Berücksichtigung des Umstands, dass der Beschwerdeführer 1 über seine Z.T._ Holding AG die Aktienmehrheit der Beschwerdeführerin 2 hält, rechtfertigt es sich, ihnen die Gerichtskosten zu zwei Dritteln und den teilweise unterliegenden Beschwerdegegnern zu einem Drittel aufzuerlegen, je unter solidarischer Haftbarkeit der Beschwerdeführer und der Beschwerdegegner für ihren Anteil (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Im gleichen Verhältnis sind die Parteikosten aufzuteilen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Beschwerdeführer haben demnach den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 7'333.-- zu bezahlen, unter solidarischer Haftbarkeit (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das angefochtene Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 13. August 2012 wird in den Ziffern 1 und 2 sowie 4-6 des Dispositivs aufgehoben und in den Ziffern 1 und 2 wie folgt neu gefasst:
"1. Die Z._ AG hat X._ Fr. 1'590'021.-- zuzüglich 7.6 % Mehrwertsteuer und Zins zu 5 % ab 18. Juni 2003 zu bezahlen. Die Klage von X._ gegen A.Z._ wird abgewiesen.
2. Die Z._ AG hat Y._ Fr. 1'134'899.-- zuzüglich 7.6 % Mehrwertsteuer und Zins zu 5 % ab 18. Juni 2003 zu bezahlen. Die Klage von Y._ gegen A.Z._ wird abgewiesen."
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden im Umfang von Fr. 13'333.-- unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdeführern und im Umfang von Fr. 6'667.-- unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdegegnern auferlegt.
4. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 7'333.-- zu entschädigen, unter solidarischer Haftbarkeit.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. April 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer