Fatti:
A. R._, nato nel 1963, direttore nonché, insieme alla moglie, azionista di maggioranza della X._ SA, il 12 settembre 2005 ha presentato una domanda di prestazioni AI per problemi di natura reumatologica. Esperiti gli accertamenti del caso, tra cui spiccano una perizia reumatologica del dott. G._ come pure una inchiesta economica per indipendenti, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) ha attribuito all'assicurato una mezza rendita AI dal 1° luglio 2005, stante un grado d'invalidità del 50% che l'amministrazione ha inteso stabilire secondo il metodo di valutazione straordinario (decisione del 25 ottobre 2006).
Avviata una procedura di revisione nel 2009, l'UAI con provvedimento del 20 gennaio 2011, preavvisato il 12 ottobre 2010, ha soppresso il diritto alla rendita con effetto retroattivo al 1° aprile 2007. Accertato un invariato stato di salute, l'amministrazione, dopo avere l'8 ottobre 2010 realizzato una nuova inchiesta per l'attività professionale indipendente, ha effettuato un raffronto dei redditi ottenendo un tasso di incapacità al guadagno del 24% (reddito senza invalidità: fr. 171'381.--; reddito da invalido: fr. 130'274.--; anno di riferimento: 2009). L'UAI ha quindi soppresso con effetto retroattivo, al 1° aprile 2007, il versamento della prestazione poiché l'interessato, contravvenendo all'obbligo di informare, non aveva segnalato l'aumento del proprio guadagno nell'attività abituale. Mediante separata decisione del 3 febbraio 2011 l'amministrazione ha infine chiesto la restituzione di fr. 55'988.-- a titolo di prestazioni indebitamente percepite dal mese di aprile 2007.
B. R._ ha impugnato entrambe le decisioni al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino chiedendo il loro annullamento e il conseguente mantenimento del diritto alla mezza rendita. Esperiti i propri accertamenti e congiunte le cause, la Corte cantonale - per pronuncia del 26 ottobre 2011 - ha respinto il ricorso nella misura in cui era rivolto contro la decisione 20 gennaio 2011 di soppressione della rendita (dispositivo, cifra 1), mentre l'ha accolto contro la decisione di restituzione del 3 febbraio 2011 (dispositivo, cifra 2), ripartendo per il resto a metà le spese giudiziarie e facendo obbligo all'UAI di rifondere all'assicurato fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili (dispositivo, cifra 3). Sul primo punto (soppressione del diritto alla rendita), il primo giudice ha confermato l'operato dell'amministrazione accertando, sulla base del confronto dei redditi, l'assenza di un'invalidità di grado pensionabile. Sul secondo aspetto, invece, il giudice cantonale, pur dando atto di una violazione dell'obbligo di informazione, ha ritenuto tardiva, poiché perenta, la richiesta di restituzione.
C. Sia l'assicurato sia l'UAI si sono aggravati al Tribunale federale. R._ chiede in via principale di annullare la decisione di soppressione della rendita e di confermare il diritto alla mezza prestazione, mentre in via subordinata domanda di rinviare la causa all'istanza precedente per complemento istruttorio. In via ancora più subordinata postula che, semmai, la soppressione della rendita abbia effetto al più presto dal momento della notifica della decisione 20 gennaio 2011 e non abbia effetto retroattivo. Da parte sua, l'UAI contesta la perenzione del diritto alla restituzione delle prestazioni e chiede di confermare la decisione del 3 febbraio 2011.
Chiamate ad esprimersi, le parti propongono la reiezione dei gravami di controparte, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. I ricorsi di R._ e dell'UAI concernono fatti di ugual natura e pongono temi di diritto materiale tra loro strettamente connessi, per cui si giustifica la congiunzione delle cause e la pronuncia di una sola sentenza (DTF 128 V 124 consid. 1 pag. 126 e riferimenti).
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per contro, in linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (art. 105 cpv. 2 LTF; DTF 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62). Occorre però dimostrare che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
3. 3.1 Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, l'autorità giudiziaria cantonale ha già correttamente esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti e gli effetti della revisione di una rendita in seguito a una modifica del diritto (art. 17 LPGA; art. 88a e 88bis OAI; sui termini temporali di confronto v. pure DTF 133 V 108). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione, non senza ribadire che per procedere alla revisione di una rendita d'invalidità occorre che il grado d'invalidità abbia subito una notevole modifica (art. 17 cpv. 1 LPGA). A differenza di quanto prescritto dall'art. 17 cpv. 2 LPGA per le altre prestazioni durevoli, l'art. 17 cpv. 1 LPGA non esige in relazione alla revisione di una rendita d'invalidità una modifica notevole dello stato di fatto, ma (solo) una modifica notevole del grado d'invalidità. Questa modifica può risiedere sia in un cambiamento dello stato di salute sia in una modifica della componente lucrativa (DTF 133 V 545 consid. 6.1-6.3 pag. 546 segg.).
3.2 Come in sede giudiziaria cantonale, controversa è la questione di sapere se vi sia stato un miglioramento della capacità di guadagno dell'assicurato giustificante la soppressione, in via di revisione, della mezza rendita d'invalidità. Per quanto concerne l'aspetto medico, la Corte cantonale ha accertato in maniera vincolante e incontestata che esso è rimasto invariato, l'assicurato continuando ad essere (in)abile al lavoro nella misura del 50% nella sua attività abituale per le conseguenze invalidanti della problematica reumatologica. L'oggetto del contendere verte per contro sulla componente economica e più precisamente sul metodo (ordinario) di valutazione dell'invalidità scelto dall'amministrazione e tutelato dal giudice cantonale nell'ambito della procedura di revisione dopo che l'UAI è venuto a conoscenza (dal questionario del "datore di lavoro" del novembre 2009) di un importante aumento di reddito dopo il 2006.
4. 4.1 Per gli assicurati attivi, il grado d'invalidità va di regola determinato sulla base di un confronto dei redditi. A tal fine si stabilisce il rapporto fra il reddito del lavoro che l'assicurato conseguirebbe, dopo l'insorgenza dell'invalidità e dopo l'esecuzione di eventuali provvedimenti d'integrazione, nell'esercizio di un'attività lucrativa ragionevolmente esigibile in condizioni normali di mercato del lavoro e il reddito del lavoro che egli avrebbe potuto conseguire se non fosse diventato invalido (art. 28a cpv. 1 LAI in relazione con l'art. 16 LPGA). Per procedere al raffronto dei redditi bisogna di regola esprimere il più esattamente possibile in cifre questi redditi e confrontarli, la differenza tra i due importi permettendo di calcolare il tasso d'invalidità. Nella misura in cui essi non possono essere espressi con esattezza in cifre, occorre stimarli sulla base degli elementi noti nel caso di specie e procedere al confronto dei dati approssimativi ottenuti.
4.2 Se non è possibile determinare o stimare in maniera attendibile i due redditi (o anche uno solo: cfr. Ulrich Meyer, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Sozialversicherungsrecht, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 2a ed. 2010, pag. 300) di cui si tratta, si deve procedere, ispirandosi al metodo specifico applicabile alle persone non esercitanti attività lucrativa (art. 28a cpv. 2 LAI in relazione con gli art. 27 OAI e 8 cpv. 3 LPGA), al confronto delle attività e valutare il grado di invalidità ritenendo l'incidenza della diminuita capacità di rendimento sulla situazione economica concreta (metodo straordinario di graduazione). La differenza fondamentale tra il metodo straordinario di graduazione e il metodo specifico risiede nel fatto che l'invalidità non è graduata direttamente sulla base di un confronto di attività: si valuta infatti dapprima l'impedimento cagionato dalle condizioni di salute e solo successivamente si accertano le ripercussioni di tale impedimento sulla capacità di guadagno. Una diminuzione della capacità funzionale di rendimento può certo, nel caso di una persona attiva, determinare uno scapito economico di stessa misura, ma non ha necessariamente una simile conseguenza. Se ci si basasse però, nel caso di persone attive, esclusivamente sul risultato ottenuto dal confronto delle attività, si violerebbe il principio legale secondo cui per questa categoria di assicurati l'invalidità deve essere stabilita in base all'incapacità di guadagno (DTF 128 V 29 consid. 1 pag. 30 con riferimenti; SVR 2010 IV n. 11 pag. 35 [9C_236/2009] consid. 3).
4.3 Anche per i lavoratori indipendenti il grado di invalidità va di principio stabilito secondo il metodo di raffronto dei redditi, a meno che questi non possano essere accertati in maniera attendibile oppure lo siano solo con un dispendio eccessivo (cfr. anche sentenza 8C_308/2008 del 24 settembre 2008 consid. 2.2). Il tema di sapere quale metodo di valutazione dell'invalidità applicare è una questione di diritto liberamente riesaminabile dal Tribunale federale, anche nell'ambito di una procedura di revisione, ritenuto che in presenza anche solo - come nella fattispecie - di una modifica di rilievo della componente lucrativa, i parametri di calcolo dell'invalidità, compresi gli aspetti parziali del diritto alla rendita (quali sono segnatamente la determinazione del reddito con e senza invalidità), possono essere ridefiniti facendo capo alle regole applicabili al momento del nuovo esame (DTF 130 V 253 consid. 3.4-3.5 pag. 259; RtiD 2010 II pag. 197 [9C_696/2007] consid. 5.1). Questo approccio si giustifica nella fattispecie inoltre poiché la determinazione iniziale (nel 2006) del grado d'invalidità si basava su una applicazione (manifestamente) erronea del metodo straordinario di valutazione: facendo astrazione della componente economica e operando di fatto secondo il metodo specifico, l'accertamento deduceva infatti il grado d'invalidità direttamente dall'incidenza percentuale degli impedimenti nelle singole mansioni. Anche per questa ragione, la valutazione iniziale dell'invalidità avrebbe in ogni caso potuto fare l'oggetto di un riesame (art. 53 cpv. 2 LPGA; cfr. inoltre sentenze 9C_602/2007 dell'11 aprile 2008 consid. 5, I 859/05 del 10 maggio 2006 consid. 2 e I 559/02 del 31 gennaio 2003).
5. 5.1 Dopo avere rilevato - per i motivi poc'anzi esposti - l'errata applicazione da parte dell'UAI del metodo straordinario in occasione dell'assegnazione della mezza rendita, il Tribunale cantonale ha accertato che gli utili aziendali emergenti dagli atti erano altalenanti e influenzati in maniera importante da fattori di ordine commerciale e congiunturale che non permettevano di giungere a conclusioni affidabili sui guadagni di riferimento. Il giudice di prime cure ha per contro concluso diversamente in relazione ai salari che la X._ SA aveva versato all'assicurato nel periodo 1999-2010 i quali riflettevano secondo lui un quadro complessivamente realistico del reddito prima e dopo l'insorgenza del danno alla salute. Per gli anni precedenti l'insorgenza del danno alla salute egli ha accertato che l'assicurato, secondo le registrazioni nel conto individuale, aveva percepito i seguenti importi: fr. 104'000.-- (nel 1999 come pure nel 2000), fr. 131'000.-- (nel 2001), fr. 128'512.-- (nel 2002) e fr. 157'000.-- (nel 2003). Per il periodo successivo sono per contro stati ritenuti i seguenti dati: fr. 84'162.-- (2004), fr. 80'977.-- (2005), fr. 94'109.-- (2006), fr. 122'200.-- (2007), fr. 174'840.-- (2008), fr. 130'274.-- (2009) e fr. 198'474.-- (2010).
Il primo giudice ha quindi determinato il reddito senza invalidità, partendo dal dato relativo al 2003 (fr. 157'000.--) che è poi stato adeguato al rincaro. Egli ha così ottenuto un importo di fr. 164'481.-- per il 2007 e di fr. 171'381.-- per il 2009. Non ha per contro ritenuto attendibile, poiché troppo elevato, l'importo indicato dalla X._ SA la quale aveva valutato in fr. 195'000.--, oltre alla gratifica (stimabile tra due e quattro mensilità), il salario senza invalidità nel 2006. Contrapponendo il reddito senza invalidità così ottenuto a quello (incontestato) da invalido risultante dagli atti, il giudice di prime cure ha accertato un tasso d'invalidità del 26% per il 2007 e del 24% per il 2009. Sempre per il 2009, egli ha inoltre osservato che anche volendo considerare il salario di fr. 195'000.-- indicato dalla società, ma senza gratifica, in quanto aleatoria e nemmeno versata per tutti gli anni, il tasso di invalidità si sarebbe comunque attestato al 33%, insufficiente per mantenere il diritto a una rendita ancorché minima.
5.2 R._ contesta questa valutazione. Osserva che pur essendo dipendente della X._ SA, egli ne sarebbe, insieme alla moglie, al tempo stesso il titolare. Essendo il suo reddito largamente legato all'andamento degli affari della società, il grado d'invalidità dovrebbe determinarsi in applicazione del metodo straordinario di valutazione. Ricorda come anche il Servizio d'inchiesta dell'UAI, ancora nel suo rapporto dell'8 ottobre 2010, avesse riproposto - come già fatto nel 2006 - di applicare questo metodo in considerazione dell'impossibilità di definire per un commercio di questo tipo e dimensione il reddito da valido. A sostegno di questa sua tesi rammenta le importanti fluttuazioni che hanno subito i suoi salari prima e dopo l'insorgenza del danno alla salute. In tali condizioni la mera indicizzazione del salario percepito prima del danno alla salute non consente a suo giudizio di giungere a conclusioni realistiche e corrette sul reddito senza invalidità. Ma anche qualora si intendesse, per ipotesi, applicare il metodo ordinario di cui all'art. 16 LPGA, il reddito senza invalidità da considerare dovrebbe semmai essere quello di fr. 195'000.--, più gratifica (e adeguamento quantomeno al rincaro), già indicato in occasione della procedura di assegnazione della rendita nel 2006 e contro il quale l'amministrazione in quella sede non aveva sollevato obiezione alcuna. Prendendo in considerazione quel valore, il raffronto dei redditi di riferimento determinerebbe un grado d'invalidità compreso tra il 43.6% e il 53.3%. L'assicurato osserva poi che l'accertamento del reddito da valido sulla base dei dati salariali 1999-2003 non terrebbe adeguatamente conto della evoluzione dell'attività (cambiamento della sede espositiva e della qualità degli articoli venduti, di maggiore qualità) intervenuta successivamente. In via subordinata, chiede che l'istanza precedente completi l'istruttoria ed esperisca una analisi comparativa dei redditi in vigore in aziende simili per figure professionali analoghe alla sua.
5.3 Nella fattispecie la controversia ruota essenzialmente intorno al quesito di sapere se il reddito senza invalidità fosse determinabile con una certa attendibilità e giustificasse - dal momento che la determinazione del reddito da invalido non pone invece alcun problema - l'applicazione del metodo ordinario del confronto dei redditi.
Nella misura in cui è partita dall'ultimo salario realizzato dall'assicurato (nel 2003) prima del danno alla salute (2004) adeguandolo alla evoluzione dei salari fino alla data determinante per il raffronto dei redditi (DTF 129 V 222), la Corte cantonale non ha commesso alcuna violazione del diritto federale né è incorsa in un accertamento arbitrario dei fatti. Il dato di partenza per il calcolo del reddito senza invalidità non è del resto sfavorevole all'assicurato. Esso si basa su quanto effettivamente versato e attestato dalla X._ SA - in tempi non sospetti - prima dell'insorgenza del danno alla salute. A ben vedere, considerate le variazioni salariali nel periodo 1999-2003 (cfr. sopra, consid. 5.1), nulla avrebbe impedito alle istanze precedenti di riferirsi alla (inferiore) media salariale versata in questo lasso di tempo (cfr. Meyer, op. cit., pag. 306; sentenza 9C_361/2009 del 19 agosto 2009 consid. 4.2; RCC 1985 pag. 474). Quanto al fatto di adeguare il reddito alla evoluzione (nominale o reale) dei salari, tale pratica è già stata ritenuta corretta anche in relazione a lavoratori indipendenti (cfr. Meyer, op. cit., pag. 303; v. RCC 1990 pag. 542 nonché sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 170/00 del 5 settembre 2000). Non va comunque dimenticato che oggetto del presente esame è unicamente il salario (ipotetico) di R._ nella sua funzione (dipendente) di direttore della società. In tali condizioni, la decisione della Corte cantonale di avere ritenuto attendibile il reddito senza invalidità accertato dall'UAI e aggiornato al 2007/2009 non è (qualificatamente) censurabile. Così come non è censurabile il fatto di non avere tenuto conto a questo titolo né dell'importo di fr. 195'000.--, che l'assicurato si è peraltro attestato da solo (v. dichiarazione 2 maggio 2006 della X._ SA a firma di R._), né della gratifica di due/quattro mesi, la quale - per quanto accertato in maniera certamente non arbitraria e quindi vincolante dal primo giudice - nemmeno risulta essere sempre stata versata (cfr. dichiarazioni salariali per gli anni 2007 - 2009). L'assicurato non può neppure validamente richiamarsi al fatto che in occasione della prima assegnazione della mezza rendita l'amministrazione non avrebbe contestato il reddito senza invalidità da lui segnalato. A tal proposito è sufficiente il rilievo che avendo inizialmente applicato - ancorché in maniera errata - il metodo straordinario di valutazione, l'UAI non aveva avuto motivo (in quella occasione) di verificare l'entità dei redditi di riferimento.
5.4 Confermata l'attendibilità (anche) del reddito da valido e in assenza dunque di un serio motivo per fare eccezionalmente capo al metodo di valutazione straordinario, il giudice cantonale poteva, senza arbitrio, rinunciare a una analisi comparativa dei redditi in vigore in aziende simili per figure professionali analoghe a quella dell'assicurato e procedere direttamente al raffronto dei redditi così come descritto al considerando 5.1. La soppressione del diritto alla mezza rendita in quanto tale (quantomeno per il futuro: art. 88bis cpv. 2 lett. a OAI) va pertanto tutelata.
6. Resta per contro da esaminare se, come pretende l'UAI nel suo ricorso, la rendita potesse essere soppressa retroattivamente e fondare una richiesta di restituzione per avere l'assicurato violato l'obbligo di informare impostogli dall'art. 77 OAI (v. art. 88bis cpv. 2 lett. b OAI).
6.1 Il giudice di prime cure, dopo avere accertato che dal questionario del datore di lavoro del novembre 2009 era effettivamente emerso un notevole aumento salariale dopo il 2006 e avere riscontrato la violazione dell'obbligo di informazione per non avere l'assicurato, nonostante il richiamo espressamente menzionato nella decisione originaria del 25 ottobre 2006, segnalato questa modifica, ha di principio avallato la soppressione della prestazione con effetto retroattivo al 1° aprile 2007. Nondimeno egli ha revocato la decisione di restituzione del 3 febbraio 2011 poiché l'ha ritenuta tardiva. Secondo il primo giudice, infatti, l'amministrazione nel periodo di tempo intercorso tra la ricezione del questionario del datore di lavoro il 23 novembre 2009 e il mandato affidato al suo ispettore Y._ il 12 gennaio 2010 avrebbe dovuto rendersi conto dell'aumento salariale. Essendo la decisione di restituzione del 3 febbraio 2011 stata rilasciata oltre un anno dopo, la Corte cantonale l'ha annullata per intervenuta perenzione.
6.2 L'UAI contesta questa valutazione e osserva che in realtà il termine di perenzione di un anno sarebbe stato rispettato con l'emanazione del progetto di decisione (di soppressione retroattiva) del 12 ottobre 2010. Avendo deciso diversamente, la Corte cantonale avrebbe misconosciuto la prassi giudiziaria in materia e violato il diritto federale.
6.3 Sebbene il termine annuo di perenzione entro il quale va chiesta la restituzione di prestazioni indebitamente riscosse venga di regola salvaguardato già con la resa del progetto di decisione (cfr. DTF 133 V 579 consid. 4.3.1 pag. 584; 119 V 431 consid. 3c pag. 434; cfr. pure la recente sentenza 8C_64/2011 del 7 novembre 2011 consid. 2.5), ciò non toglie che nella fattispecie l'annullamento della decisione di restituzione debba comunque essere confermato per altri motivi. Come fa giustamente notare R._, l'attribuzione iniziale della mezza rendita faceva seguito a una valutazione realizzata, almeno nelle intenzioni dell'amministrazione, secondo il metodo straordinario ed era motivata con il fatto che l'interessato risultava impedito nello svolgimento della sua abituale professione nella misura del 50%. Ora, in assenza di una valutazione basata su un confronto dei redditi e di una modifica (nel frattempo) dello stato di salute, l'assicurato poteva effettivamente in buona fede ritenere che gli aumenti salariali realizzati nel periodo successivo al 2006 non fossero suscettibili di modificare questa valutazione iniziale e di influire sul suo diritto alla mezza rendita. In considerazione dell'atteggiamento manifestato in precedenza come pure del fatto che ancora nell'ottobre 2010 il Servizio d'inchiesta dell'AI eseguì una (nuova) valutazione secondo il metodo straordinario, vi è motivo di dubitare che l'amministrazione, che fino ad allora non si era prevalsa del metodo ordinario di valutazione dell'invalidità, avrebbe repentinamente modificato la propria impostazione qualora fosse stata a conoscenza dell'aumento di salario dopo il 2006. L'obbligo di restituzione andrebbe così negato anche per l'assenza di un nesso causale tra la (eventuale) violazione dell'obbligo di informare e la riscossione indebita di prestazioni (SVR 1995 IV n. 58 pag. 165 consid. 5c).
7. Ne consegue la reiezione dei gravami e la conferma della soppressione (non retroattiva) della mezza rendita d'invalidità. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). R._, patrocinato da un legale, e vincente in lite nella causa 9C_886/2011 ha diritto a un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 2 LTF). All'UAI non vengono per contro assegnate ripetibili per quanto attiene all'impugnativa della controparte (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Le cause 9C_886/2011 e 9C_899/2011 sono congiunte.
2. I ricorsi sono respinti.
3. Per la causa 9C_886/2011, le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico dell'UAI che rifonderà inoltre ad R._ una indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Per la causa 9C_899/2011, le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico di R._ e non si assegnano ripetibili.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.