Sachverhalt:
A. X._ betreibt seit Jahren auf dem in der Gemeinde Männedorf gelegenen Grundstück Kat.-Nr. 3790 einen Trockenplatz für Boote. Das Ufergebiet, mithin auch der Bereich des Bootstrockenplatzes, ist einer regionalen Freihaltezone zugewiesen. Die Nutzung des Grundstücks als Bootstrockenplatz, für welche X._ nie eine Bewilligung erlangt hat, ist nicht zonenkonform. Die Herstellung des rechtmässigen Zustandes wurde behördlicherseits auf den 31. Dezember 2005 angeordnet.
Nachdem X._ die genannte Frist unbenutzt verstreichen liess, ersuchte er die Baudirektion des Kantons Zürich am 28. März 2006 um eine Umzonung des Bootstrockenplatzes, allenfalls um die Zulassung dieser Nutzung bis zur Erweiterung des Strandbads. Die Baudirektion trat mit Antwortschreiben vom 21. April 2006 auf diese Anträge nicht ein. Daraufhin ersuchte X._ die Gemeinde Männedorf, das Grundstück Kat.-Nr. 3790, allenfalls auch die dem Kanton gehörende und ebenfalls als Bootstrockenplatz genutzte Nachbarparzelle Kat.-Nr. 3989, von der Freihaltezone in eine "Übrige öffentliche Zone für Wassersport und Bootsstationierung" umzuteilen und die angestammte Bewerbung bis dahin zu dulden.
Am 20. Dezember 2006 beschloss der Gemeinderat, das Umzonungsgesuch mangels ausgewiesenem öffentlichem Interesse abzulehnen (Dispositiv-Ziffer 1). Gleichzeitig setzte er für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands eine Vollzugsfrist von drei Monaten ab Versanddatum des Beschlusses (3. Januar 2007) an (Dispositiv-Ziffer 2). Im Weiteren wurde auch der Kanton eingeladen, die Voraussetzungen für die Einstellung der zonenwidrigen Nutzung auf seinem Grundstück Kat.-Nr. 3989 zu schaffen (Dispositiv-Ziffer 3).
Mit Rekurs beantragte X._ Folgendes:
A.) Der Entzug der aufschiebenden Wirkung sei aufzuheben.
B.) Das Grundstück Kat.-Nr. 3790, und allenfalls Kat.-Nr. 3989, sei von der Freihaltezone (C-Sportanlagen) in eine "Übrige öffentliche Zone für Wassersport und Bootsstationierung" (resp. sinngemäss) umzuzonen, falls erforderlich gegen Einräumung einer Grunddienstbarkeit (öffentliches Fusswegrecht) auf dem Grundstück Kat.-Nr. 3790 zugunsten der Gemeinde Männedorf für die Dauer des Bestehens des Bootslagerplatzes.
C.) Eventualiter sei die bisherige Nutzung des Grundstücks Kat.-Nr. 3790, und allenfalls Kat.-Nr. 3989, als Bootstrockenplatz bis zum Bau der Erweiterung des Strandbades weiterhin zu tolerieren, falls erforderlich gegen Einräumung einer Grunddienstbarkeit (öffentliches Fusswegrecht) auf dem Grundstück Kat.-Nr. 3790 zugunsten der Gemeinde Männedorf für die Dauer der Tolerierung und gegen Beseitigungsrevers.
D.) Eventualiter sei die Zonenkonformität des bestehenden Bootstrockenplatzes festzustellen."
Die Baurekurskommission II des Kantons Zürich wies den Rekurs am 26. Juni 2007 ab, soweit sie darauf eintrat. Die Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands wurde neu auf drei Monate ab Rechtskraft des Entscheids angesetzt.
Im gegen den Entscheid der Baurekurskommission angestrengten verwaltungsgerichtlichen Verfahren stellte X._ folgende Anträge:
- Antrag: Die Nutzung des Bootstrockenplatzes auf GS Nr. 3790 und allenfalls Nr. 3989 sei bis zu einer Erweiterung des Strandbades Sonnenfeld weiterhin zuzulassen mit derselben Begründung wie die in der Freihaltezone gelegenen Bootsplätze in den Bootshaaben, insbesondere der Trockenplätze auf GS Nrn. 2734 und 1832. Eventualantrag: Die Bootsplätze inklusive zugehörige Anlagen in den Bootshaaben von Männedorf seien zu räumen, da sie nicht einer weiteren Öffentlichkeit dienen und deshalb nicht zonenkonform sind."
Mit Entscheid vom 4. Oktober 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Das Verwaltungsgericht führte aus, X._ halte den im Rekursverfahren zur Hauptsache erhobenen Antrag auf Umzonung des Grundstücks Kat.-Nr. 3790 vor Verwaltungsgericht nicht mehr aufrecht. Insoweit habe er sich mit dem Entscheid der Vorinstanz abgefunden. Zur Anfechtung von Dispositiv-Ziffer 3 des Gemeinderatsbeschlusses vom 20. Dezember 2006, wonach der Kanton den Bootstrockenplatz auf dem Grundstück Kat.-Nr. 3989 zu räumen habe, sei er nicht legitimiert. Beim Antrag, dass im Falle der Räumung seines Bootstrockenplatzes die gleiche Anordnung auch bezüglich der Plätze auf Kat.-Nr. 2734 und Kat.-Nr. 1832 zu treffen sei, handle es sich um ein neues Begehren und eine unzulässige Erweiterung des Streitgegenstandes. Auch insoweit sei auf die Beschwerde nicht einzutreten. Die diesbezüglichen Vorbringen seien unzulässige neue Tatsachenbehauptungen, mit denen sich das Verwaltungsgericht nicht befassen müsse. Im Übrigen hätte der Beschwerdeführer ohnehin keinen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht. Für den Befehl zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei die Vollstreckungsverjährung noch nicht eingetreten. Die von der Rekurskommission neu angesetzte Frist von drei Monaten ab Rechtskraft des Entscheids für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands erweise sich selbst unter Berücksichtigung der Dauer des Rechtsmittelverfahrens als angemessen.
B. X._ hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er stellt folgende Anträge:
A) Der Räumungsbefehl der Gemeinde Männedorf für unseren Bootstrockenplatz sei aufzuheben, da letzterer der Bestandesgarantie unterliegt.
B) Der Kanton Zürich und seine Gemeinden seien anzuweisen, sämtliche bestehenden Bootstrockenplätze in der Freihaltezone, inklusive den unseren, sowie sämtliche bestehenden Hafen- und Bojenanlagen auf öffentlichen Gewässern in eine Zone, in der sie zonenkonform sind, umzuzonen resp. einzuzonen.
C) Eventualiter seien der Kanton Zürich und seine Gemeinden anzuweisen, sämtliche bestehenden Bootstrockenplätze in der Freihaltezone sowie sämtliche bestehenden Hafen- und Bojenanlagen auf öffentlichen Gewässern, sofern sie nicht der Bestandesgarantie unterliegen, aufzuheben."
C. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Beschwerdeabweisung, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Männedorf beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren und deren Begründung zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG); im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung ist die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b aOG weiterzuführen (BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Neue Begehren, d.h. solche, die vor der Vorinstanz nicht oder nicht mehr gestellt wurden (vgl. BGE 116 II 164, nicht publ. E. 1a), sind unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG). Genügt eine Eingabe diesen Anforderungen nicht, tritt das Bundesgericht auf die Beschwerde nicht ein.
1.2 Entsprechendes trifft vorliegend zu. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, der Befehl zur Räumung des Bootstrockenplatzes verstosse gegen die Bestandesgarantie. In seiner Beschwerdeschrift geht er von Sachverhaltselementen aus, die vor dem Verwaltungsgericht nicht zur Diskussion standen. In diesem Punkt verstösst die Beschwerde gegen das Novenverbot (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, die Nutzungsplanung habe der Bevölkerung zu dienen, weshalb der Kanton anzuweisen sei, sämtliche bestehenden Bootstrockenplätze in der Freihaltezone, inklusive den seinen, sowie sämtliche bestehenden Hafen- und Bojenanlagen auf öffentlichen Gewässern in eine Zone umzuzonen resp. einzuzonen, in denen sie zonenkonform sind. Dieses Begehren ist neu, da der Beschwerdeführer das Begehren um Umzonung nur vor der Baurekurskommission gestellt und vor dem Verwaltungsgericht nicht mehr aufrechterhalten hat. Insoweit ist auf die Beschwerde ebenfalls nicht einzutreten.
Ferner vertritt der Beschwerdeführer sinngemäss den Standpunkt, wenn sein Bootstrockenplatz geräumt werden müsse, sei der Kanton und seine Gemeinden anzuweisen, sämtliche weiteren Bootstrockenplätze in den Freihaltezonen sowie die Hafen- und Bojenanlagen auf öffentlichen Gewässern aufzuheben. Dieses Begehren ist insoweit neu und damit unzulässig, als es sich nicht nur auf die Bootsplätze in Männedorf bezieht. Zudem zeigt der Beschwerdeführer nicht auf, inwiefern das Verwaltungsgericht Recht verletzt haben soll, indem es auf seine kantonale Beschwerde in diesem Punkt nicht eintrat. Die Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 2 BGG) sind damit nicht erfüllt. Auch in diesem Punkt ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als offensichtlich unzulässig, weshalb im Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG darauf nicht einzutreten ist. Ausgangsgemäss hat der Beschwerdeführer die Verfahrenskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gemeinde Männedorf und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. April 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder