Sachverhalt:
A. M._, geboren 1959, war von 1. März 1984 bis 30. September 2001 bei der X._ AG angestellt. Am 1. Dezember 1999 erlitt sie bei der Arbeit eine Verletzung am linken Knie. In der Folge wurde eine Teilmeniskektomie sowie eine Neurolyse durchgeführt. Am 4. Juli 2001 lag sie im Freibad auf dem Bauch, als ein spielendes Kind über sie stolperte und auf ihren Rücken fiel. Dabei zog sie sich eine Kontusion der Hals- und Lendenwirbelsäule zu. Mit Verfügung vom 1. Oktober 2002 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Solothurn (nachfolgend: IV-Stelle), u.a. gestützt auf das Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 2. Mai 2002, eine Viertelsrente seit 1. Dezember 2000 bei einem Invaliditätsgrad von 42 % zu. Das Versicherungsgericht des Kantons Solothurn bestätigte dies mit Entscheid vom 29. Juli 2003. Mit Verfügung vom 23. Juli 2003 hielt die IV-Stelle am Invaliditätsgrad von 42 % fest und sprach M._ ab 1. Juni 2003 eine Härtefallrente zu. Nachdem die IV-Stelle mit Verfügung vom 15. Januar 2004 die Härtefallrente mit Wirkung ab 1. Januar 2004 aufgehoben hatte, erhob M._ Einsprache, welche sie am 15. Juli 2004 zurückzog und ein Gesuch um Erhöhung der Invalidenrente stellte. Die IV-Stelle holte ein weiteres Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ sowie Berichte des Dr. med. B._, Facharzt für Allgemeine Medizin, und der behandelnden Frau Dr. med. L._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, ein. Mit Verfügung vom 22. September 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 13. März 2006, lehnte sie die Erhöhung der Invalidenrente bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von nunmehr 48 % ab.
B. Mit Entscheid vom 16. Juli 2007 wies das Versicherungsgericht des Kantons Solothurn die hiegegen erhobene Beschwerde ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihr ab Januar 2004 eine ganze Rente zu gewähren. Eventualiter sei die Sache zu weiterer medizinischer Abklärung und neuen Entscheid an die IV-Stelle zurückzuweisen. Vorinstanz und IV-Stelle schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.
D. Mit Verfügung vom 11. September 2008 forderte das Bundesgericht die IV-Stelle auf, die im Rahmen des Gutachtens des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 12. Juli 2005 erstatteten Teilgutachten des Dr. med. G._ vom 1. Juni 2005 und des Dr. med. A._ vom 1. Juni 2005 nachzureichen. Die IV-Stelle reichte am 13. Oktober 2008 das Schreiben des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 22. September 2008 ein.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch BGE 132 V 393).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (Art. 8 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG), die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG; BGE 128 V 329 E. 1 S. 30 mit Hinweisen), den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis 31. Dezember 2003 sowie in der von 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 in Kraft gewesenen Fassung) und die Revision einer Invalidenrente (Art. 17 ATSG; BGE 130 V 343 E. 3.5 S. 349 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für den massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (BGE 126 V 353 E. 5b S. 360 mit Hinweisen), die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis) sowie die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (BGE 125 V 256 E. 4 S. 261 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
Anzufügen bleibt, dass das kantonale Gericht gestützt auf Art. 61 lit. c ATSG verpflichtet ist, den rechtserheblichen Sachverhalt - unter Beachtung der Mitwirkungspflicht der versicherten Person - abzuklären. Es kann diese Pflicht nicht mit dem Hinweis umgehen, von der versicherten Person sei kein entsprechendes Beweismittel eingereicht worden (vgl. Urteil I 110/07 vom 25. Juni 2007, E. 4.2.2 mit Hinweisen). Bezüglich der Umstände einer Begutachtung sind die vorinstanzlichen Ausführungen insofern zu berichtigen, als lediglich eine von vornherein absehbare fehlende Unabhängigkeit bei der Mitteilung der in Aussicht genommenen Fachperson geltend gemacht werden muss. Diesfalls hat die IV-Stelle die Gutachtensanordnung formell zu verfügen. Eine später zutage getretene fehlende Unabhängigkeit und fachliches Ungenügen kann auch später noch gerügt werden (BGE 132 V 93 E. 6.5 S. 108 mit Hinweisen).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat in Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere der beiden Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 2. Mai 2002 und vom 12. Juli 2005, festgestellt, dass der Gesundheitszustand der Versicherten sich nicht wesentlich verschlechtert hat, so dass ihr eine leichte bis gelegentlich mittelschwere Tätigkeit ganztägig bei einer Leistungseinschränkung von 40 % zumutbar ist. Diese Feststellungen sind tatsächlicher Natur und für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 398).
3.2 Daran ändern auch die Vorbringen der Beschwerdeführerin nichts:
3.2.1 Die Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ erfüllen die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis). Wie die Vorinstanz richtig festhält, trifft dies auf die Berichte des Dr. med. B._ vom 25. August 2004 und der Frau Dr. med. L._ vom 24. Oktober 2004 und 23. November 2005 nicht zu. Denn sie beruhen vornehmlich auf den subjektiven Angaben der Versicherten. Insbesondere sind sie ohne Auseinandersetzung mit den übrigen ärztlichen Aussagen ergangen. Zudem wird auf Grund der unterschiedlichen Natur von Begutachtungs- und Behandlungsauftrag ein Administrativgutachten nicht schon allein deshalb in Frage gestellt, weil die Gutachter zu einem anderen Ergebnis als die behandelnden Ärzte gelangen (Urteil I 844/06 vom 24. September 2007, E. 2.3.2 mit Hinweisen).
3.2.2 Die Versicherte macht geltend, beim Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 12. Juli 2005 würden die Unterschriften des Dr. med. A._ und des Dr. med. G._ fehlen. Es stellt sich damit die Frage, ob die Unterschrift aller beteiligten Experten erforderlich ist. Kieser (Medizinische Gutachten - Rechtliche Rahmenbedingungen, in: Riemer-Kafka [Hrsg.], Medizinische Gutachten, Zürich 2005, S. 102 Fn. 27) hält - allerdings ohne Hinweis auf ein konkretes Urteil - fest, die Rechtsprechung lasse es zu, dass Teilgutachten nicht unterschrieben seien, sofern das Gesamtgutachten unterzeichnet sei. Gemäss Fredenhagen (Das ärztliche Gutachten, 4. Aufl., Bern 2003, S. 92) beantwortet der federführende Arzt im Rahmen von polydisziplinären Gutachten die Fragen anhand der Aussagen der verschiedenen Experten. Diesen Entwurf legt er den anderen Experten vor der Schlussredaktion vor und nach erfolgter Niederschrift geht das Gutachten an die verschiedenen Ko-Experten zur Durchsicht und Unterschrift.
Die Frage, ob die Unterschrift aller beteiligten Experten ein Formerfordernis ist, kann hier offenbleiben: Zwar ist das Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 12. Juli 2005 nur von Dr. med. U._ unterzeichnet, obwohl es sich auch auf die Teilgutachten des Dr. med. A._ vom 1. Juni 2005 und des Dr. med. G._ vom 1. Juni 2005 abstützt und diese - im Gegensatz zum Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 2. Mai 2002 - nicht bei den Akten sind. Auf Aufforderung des Bundesgerichts reichte die IV-Stelle ein Schreiben des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 22. September 2008 ein, mit welchem sämtliche beteiligten Gutachter die Übereinstimmung des Gutachtens vom 12. Juli 2005 mit den von ihnen erstatteten Teilgutachten unterschriftlich bestätigten, und es wurde ein von Dr. med. A._ und Dr. med. G._ unterzeichnetes Exemplar des Gutachtens vom 12. Juli 2005 aufgelegt. Damit ist erstellt, dass das Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ vom 12. Juli 2005 die Beurteilungen der beteiligten Experten korrekt wiedergibt.
3.2.3 Nichts zu ihren Gunsten abzuleiten vermag die Versicherte aus der in allgemeiner Form vorgetragenen Kritik am ärztlichen Begutachtungsinstitut Y._. Denn es ist kein konkreter Anhaltspunkt ersichtlich, der auf Voreingenommenheit oder Befangenheit der Ärzte oder Verfälschung der Abklärungsergebnisse durch Dr. med. U._ schliessen lässt.
3.2.4 Auch bezüglich der strittigen (Nicht-)Einnahme des Antidepressivums besteht kein Anlass, vom vorinstanzlichen Entscheid abzuweichen. Denn diese durfte auch unter Berücksichtigung unterschiedlicher Reaktionen auf ein Medikament angesichts der Nichtmessbarkeit des Antidepressivums von einer fehlenden oder zumindest erheblich unterdosierten Einnahme ausgehen (vgl. Urteil I 329/05 vom 10. Februar 2006, E. 4.2.2 mit Hinweisen). Ob dies auf die fehlende Schwere des psychischen Leidens hinweist, kann offenbleiben, da es nichts an der fachärztlichen Feststellung einer zumutbaren Arbeitsfähigkeit von 60 % ändert. Anzufügen bleibt, dass dem psychiatrischen Teilgutachter des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ der Bericht der Frau Dr. med. L._ vom 24. Oktober 2004 vorlag und er somit seine Schlussfolgerungen in Kenntnis der Aussagen der behandelnden Psychiaterin zog.
3.3 Angesichts der schlüssigen medizinischen Aktenlage sowie dem massgebenden Zeitpunkt (Einspracheentscheid vom 13. März 2006) kann gestützt auf die beiden polydisziplinären Gutachten des ärztlichen Begutachtungsinstituts Y._ im Rahmen der antizipierten Beweiswürdigung (SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4b mit Hinweisen) auf die Einholung weiterer Gutachten verzichtet werden. Daran ändert auch der Bericht des Dr. med. E._, Leitender Arzt, Medizinische Klinik, Rehabilitationszentrum, Spital Z._, vom 10. August 2007 nichts. Zwar ist dieser Bericht als zulässiges Novum zu werten, nachdem die Vorinstanz diesen trotz entsprechendem Beweisantrag weder eingeholt noch begründet hat, weshalb sie darauf verzichtete. Dr. med. E._ hat jedoch die Versicherte erst nach - die zeitliche Grenze der gerichtlichen Überprüfung bildenden - Erlass des Einspracheentscheids erstmals behandelt, so dass aus seinem Bericht keine Schlüsse für den massgebenden Zeitpunkt gezogen werden können, die geeignet wären, die fachärztlichen Feststellungen in Zweifel zu ziehen. Bei diesem Ergebnis kann offenbleiben, ob es sich beim Bericht der Frau Dr. med. L._ vom 1. September 2007 - wie beim Bericht des Dr. med. E._ - um ein zulässiges Novum im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG handelt.
Sollte sich der Gesundheitszustand nach Erlass des Einspracheentscheids verschlechtert haben, steht der Versicherten die Möglichkeit eines weiteren Revisionsgesuches offen.
4. Nachdem keine Einwendungen gegen die Ermittlung des Validen- und Invalideneinkommens erhoben werden, hat es beim vorinstanzlichen Entscheid sein Bewenden.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Versicherte hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Solothurn, der Ausgleichskasse des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. November 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
i.V. Leuzinger Riedi Hunold