Faits:
A. A.a X._ SA (ci-après: X._) a principalement pour but de construire, rénover et transformer des chalets et maisons individuelles.
De 2005 à 2009, A._ occupait la fonction de président du conseil d'administration de X._, B._ celle de directeur. Tous deux possédaient la signature collective à deux. Le travail du premier nommé consistait à participer à trois conseils d'administration par année. En juillet 2009, B._ a quitté la société et son nom a été radié du registre du commerce. C._ a alors été inscrit comme directeur avec signature collective à deux. Quant à A._, il est devenu administrateur unique avec signature collective à deux. Depuis août 2010, C._ et A._ possèdent la signature unique.
A.b Le 6 juin 2005, X._ a conclu avec D._ (ci-après: le maître de l'ouvrage) un "contrat de construction". Cette convention portait sur l'édification d'un chalet et d'un garage au lieu-dit "...", sur la commune de ....
Les parties ont convenu que X._ se chargeait de l'étude puis de la réalisation de l'ouvrage, et qu'elle choisirait toutes les entreprises pour l'exécution des travaux et les fournisseurs pour les matériaux nécessaires. Le coût forfaitaire du chalet a été fixé à 1'084'000 fr.
X._ a adjugé divers travaux (terrassements, fouilles en rigole, canalisations, etc.) à Y._ SA (ci-après: Y._). Auparavant, X._ avait attribué à cette société des travaux de construction pour trois autres chalets ("E._", "F._", "G._") situés dans le même secteur.
X._ a également exécuté diverses prestations, toujours en collaboration avec Y._, non inclues dans le montant forfaitaire convenu initialement entre les parties. Ces prestations, qui ont fait l'objet d'un devis établi par X._, appelaient un complément de paiement de la part du maître de l'ouvrage.
Le 6 juillet 2007, Y._, "suite aux instructions (...) reçues de X._ SA", a adressé directement au maître de l'ouvrage, pour les travaux complémentaires exécutés, sa facture finale d'un montant de 92'220 fr.
Le 28 novembre 2007, B._ (pour X._), H._ et I._ (tous deux de Y._) ont signé la convention suivante:
" [...]
1. Reconnaissance du montant total selon relevé de compte du 28.11.2007 de Fr. 345'682.40 comprenant part X._ SA et propriétaires (E._ - G._ - F._ - C. D._).
2. Paiement X._ SA de Fr. 107'245.-- + Fr. 16'237.70 (part E._) en début de semaine 49.
3. Accord et reconnaissance des travaux pour le paiement du solde E._ et des factures G._, F._ et D._ d'ici fin de l'année 2007 au plus tard.
4. En cas de non-respect du point 3, paiement du solde des propriétaires par X._ SA sur la base d'un plan de paiement échelonné d'ici la fin de l'année 2007, mais au plus tard le 30 avril 2008.
[...]"
Le ch. 3 de la convention fait implicitement référence aux sommes dues pour les travaux complémentaires. Concernant D._ ce montant est de 92'220 fr. (cf. supra, facture du 6 juillet 2007).
A.c Par commandement de payer établi par l'Office des poursuites de Sion, Y._ a réclamé à X._ le paiement de 92'220 fr., avec intérêts à 5% dès le 5 août 2007. Cette dernière société y a fait opposition totale le 4 décembre 2008 et la mainlevée provisoire a été prononcée le 9 février 2009 par la juge suppléante du district de Sion.
B. Le 30 mars 2009, X._ a introduit une action en libération de dette devant le juge de district de Sion; la demanderesse soutient n'être pas débitrice du montant litigieux, seul le maître de l'ouvrage s'étant engagé vis-à-vis de Y._.
Après instruction, le juge de district a transmis les actes de la cause au Tribunal cantonal valaisan pour jugement.
Par jugement du 10 décembre 2010 expédié le 16 décembre 2010, la Cour civile II du Tribunal cantonal a rejeté l'action. En substance, elle a considéré qu'il n'existait pas de relations contractuelles entre le maître de l'ouvrage et Y._ s'agissant des travaux complémentaires, à l'instar de ce qui prévalait pour les prestations englobées dans le forfait. La cour cantonale a conclu que seule la société X._ pouvait être tenue d'honorer la facture litigieuse de 92'200 fr.
Sur la base de ce constat, elle a apprécié la convention du 28 novembre 2007, jugeant que X._ avait reconnu le montant litigieux et que la société s'était simplement réservée la possibilité que le maître de l'ouvrage paie directement le montant encore ouvert. Selon l'autorité précédente, X._ avait trouvé un avantage à signer la convention puisqu'elle lui permettait un paiement échelonné, ce qui était appréciable pour la société compte tenu de ses difficultés financières. La cour cantonale a jugé que, même si l'on devait admettre l'hypothèse selon laquelle le maître de l'ouvrage était tenu de s'acquitter directement du montant, il fallait retenir qu'en signant la convention du 28 novembre 2007 la société entendait garantir le versement; la garantie promise devait être considérée comme indépendante (et non accessoire). Enfin, s'agissant de la critique selon laquelle la convention signée par B._ ne pouvait engager la société, faute par ce dernier d'avoir possédé la signature individuelle, l'autorité précédente a considéré que l'acte accompli par l'ancien directeur a été ratifié par la société lors de la procédure menée à l'encontre de Y._.
C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement cantonal du 10 décembre 2010. La société conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce qu'elle soit libérée du paiement de la somme de 92'220 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mai 2008. La recourante invoque une violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.), la transgression de l'art. 718a al. 2 CO et elle reproche à la cour cantonale d'avoir admis qu'elle officiait comme entrepreneur total pour les travaux complémentaires alors qu'elle n'était que la représentante de D._.
L'intimée conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans son action en libération de dette (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. c, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
Le jugement attaqué ayant été communiqué aux parties avant le 1er janvier 2011 (art. 405 al. 1 CPC; ATF 4A_80/2011 du 31 mars 2011 consid. 2), les modifications de la LTF entrées en vigueur à cette date ne sont pas applicables à la présente procédure de recours (cf. art. 132 al. 1 LTF). Partant, il n'importe que la Cour civile II n'ait pas statué sur recours, contrairement aux exigences de l'art. 75 al. 2 LTF.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 136 I 184 consid. 1.2 p. 187; 133 IV 286 consid. 1.4 et 6.2). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
En l'espèce, la recourante expose divers points de fait, aux pages 2 à 8 de son mémoire. Dès lors qu'elle n'invoque pas l'arbitraire (art. 9 Cst.) et ne démontre pas, de manière précise, avec référence à des pièces du dossier, qu'un fait aurait été constaté ou omis de manière insoutenable, il n'y a pas lieu d'en tenir compte et le raisonnement doit être mené sur la base de l'état de fait contenu dans la décision attaquée.
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. La recourante rappelle que son ancien directeur, qui ne possédait que la signature collective à deux, a signé seul la convention du 28 novembre 2007 et qu'il ne pouvait donc engager la société.
2.1 L'art. 718a al. 2 CO permet d'inscrire au registre du commerce - et donc d'opposer au tiers (cf. art. 933 al. 1 CO) - une forme particulière de restriction du pouvoir de représentation, à savoir la représentation collective (ou commune) de la société (cf. ATF 121 III 368 consid. 3 et 4 p. 372 ss); pour engager la société, plusieurs représentants autorisés doivent agir ensemble, en apposant collectivement leur signature (PETER/CAVADINI, Commentaire romand, Code des obligations II, n° 21 ad art. 718a CO).
En cas de représentation collective, la signature d'un seul représentant ne lie pas, en principe, la société (ROLF WATTER, in Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 3e éd. 2008, n° 19 ad art. 718a CO). Il peut toutefois être remédié ultérieurement au défaut de pouvoir de représentation. L'art. 38 al. 1 CO prévoit expressément la ratification postérieure d'actes juridiques qui auraient été passés par une personne sans pouvoirs de représentation. Cette disposition peut être appliquée par analogie aux organes d'une personne morale (ROGER ZÄCH, Berner Kommentar, 1990, no 4 ad art. 38-39 CO; ROLF DITESHEIM, La représentation de la société anonyme, thèse Berne 2001, p. 264). Si une personne qui ne peut engager une société que par une signature collective a agi seule, son acte peut être validé postérieurement par l'approbation de la société représentée; cette approbation peut aussi être donnée tacitement (ATF 128 III 129 consid. 2b p. 136; arrêt 4A_36/2011 du 15 mars 2011 consid. 2.2.2; DITESHEIM, op. cit., p. 267).
Ainsi, lorsque l'administrateur d'une société négocie et conclut seul un contrat avec un tiers (cocontractant) bien qu'il ne dispose que de la signature collective à deux, la société ratifie les actes accomplis par son administrateur lorsqu'elle ouvre, sur la base du contrat litigieux, une action en son nom contre le cocontractant (arrêt 4C.136/2004 du 13 juillet 2004 consid. 2.2.2.2.2, non publié in ATF 130 III 633).
2.2 Il résulte certes des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que B._ a signé seul la convention du 28 novembre 2007 et que seule sa signature figure sur la procuration délivrée en faveur de l'avocat représentant la société dans la présente cause. La cour cantonale a toutefois également établi qu'au départ de B._, en juillet 2009, la recourante a poursuivi la procédure et maintenu, dans la réplique, la thèse développée dans la demande, tendant à dire qu'elle s'était, par la signature de la convention litigieuse, engagée uniquement en qualité de caution (jugement entrepris p. 14 renvoyant à la réplique du 2 novembre 2009). Ce n'est que dans sa détermination du 18 mars 2010 que la recourante a affirmé pour la première fois, en avançant l'argument de la représentation collective, n'être pas engagée par la convention litigieuse.
Il est patent que la société recourante a ratifié les actes accomplis par B._, après son départ, en rapport avec le procès intenté à l'intimée. Ainsi, elle a approuvé postérieurement - au moins implicitement - la désignation de l'avocat, l'introduction du procès et, en continuant de soutenir la thèse présentée dans la demande, la convention paraphée le 28 novembre 2007 par l'ancien directeur.
L'argumentation fournie par la recourante ne permet pas de revenir sur cette conclusion. On ne peut en particulier pas la suivre lorsqu'elle prétend que le raisonnement de la juridiction cantonale reviendrait à admettre qu'elle "n'aurait pas pu contester le paiement qui lui était réclamé sous peine de voir ratifier par la même occasion la convention de paiement signée de la plume du seul B._". La ratification de l'acte accompli par B._ le 28 novembre 2007 ne résulte pas directement de l'opposition à la poursuite menée contre la recourante ou de l'introduction de l'action en libération de dette, mais elle repose sur ses propres allégations (non remises en cause dans le cadre de la réplique) selon lesquelles elle s'est bien engagée par la convention signée par B._.
La recourante revient à la charge en insistant sur le fait qu'elle a d'emblée contesté, une fois la poursuite introduite par l'intimée, devoir s'acquitter de la somme figurant dans la convention litigieuse et que, dès lors, une ratification par actes concluants est exclue. Cet argument appelle le même raisonnement que celui exposé plus haut; la recourante a toujours admis - de façon déterminante dans la réplique - s'être engagée vis-à-vis de l'intimée par la convention. En contestant être liée par celle-ci dans sa détermination du 18 mars 2010, elle tente de revenir sur une ratification qui a déjà produit ses effets (ex tunc). Cela n'est pas admissible puisque la ratification, en tant qu'acte formateur, est irrévocable (cf. entre autres auteurs: DITESHEIM, op. cit., p. 264 et les références).
Enfin, la recourante renvoie, de manière purement appellatoire, à l'interrogatoire de A._ (qui aurait indiqué "qu'il n'était pas au courant de la procédure introduite par Y._ SA"), pour appuyer sa thèse. L'argument, au demeurant irrecevable (cf. supra consid. 1.3), est sans pertinence. Il n'importe de savoir dans quelle mesure les autres dirigeants avaient connaissance de l'existence de la procédure de poursuite introduite par l'intimée. Il suffit de constater que, même au départ de B._, la recourante a poursuivi la procédure judiciaire et maintenu la thèse développée dans la demande.
On ne saurait dès lors reprocher à la cour cantonale d'avoir admis que la recourante a ratifié la convention du 28 novembre 2007. Le grief est infondé.
Il est dès lors inutile d'examiner la critique selon laquelle la cour cantonale, dans une motivation alternative, aurait admis à tort que B._ était habilité, par sa seule signature, à engager la société, et donc que ses pouvoirs étaient, le 28 novembre 2007, plus étendus que ne l'indiquait l'extrait du registre du commerce.
3. 3.1 La cour cantonale retient qu'il n'existait pas de relations contractuelles entre D._ et l'intimée (sous-traitante) quant aux travaux complémentaires. Elle précise que le fait que l'intimée a envoyé au maître de l'ouvrage la facture finale du 6 juillet 2007, puis des rappels, ne suffit pas à établir l'existence d'une relation contractuelle entre le maître de l'ouvrage et l'intimée, cette transmission faisant suite aux instructions reçues de la recourante. Enfin, l'autorité précédente souligne qu'il n'a pas été établi que D._ se fût engagé d'une façon ou d'une autre à payer directement les sous-traitants choisis par la recourante, à tout le moins en ce qui concerne l'intimée.
La recourante invoque une appréciation arbitraire des preuves (art. 9 Cst.), soutenant que la cour cantonale a omis de relever que deux témoins - soit J._, directeur des travaux de la recourante, et B._ - ont affirmé que les travaux devaient être payés directement par le maître de l'ouvrage, le dernier témoin soulignant qu'il avait d'emblée indiqué à l'intimée que "s'agissant des travaux hors contrat avec le client (Monsieur D._), il devait (!) être acquitté directement par ce dernier". La recourante en déduit que D._ s'est ainsi engagé auprès de l'intimée, une relation contractuelle liant dès lors celle-ci et le maître de l'ouvrage.
Les extraits des témoignages rapportés n'indiquent pas que D._ se serait engagé envers l'intimée à lui payer directement le montant litigieux. A la lecture des propos tenus par ces témoins, on ne peut certes exclure que le maître de l'ouvrage se soit obligé vis-à-vis de l'entrepreneur principal (la recourante) à s'acquitter de la facture litigieuse, en totalité ou en partie, auprès de l'intimée, les parties pouvant aménager librement leur relation contractuelle dans le cadre du contrat d'entreprise totale (cf. arrêt 4C.215/2004 du 23 novembre 2004 consid. 3.1). Cela n'est cependant pas suffisant pour établir une relation juridique entre le maître de l'ouvrage et la sous-traitante (l'intimée), soit pour conférer à celle-ci le droit de réclamer personnellement l'exécution de la prestation au maître (entre autres auteurs: GAUCH/CARRON, Le contrat d'entreprise, 1999, p. 55 et n. 175). Les témoignages sur lesquels la recourante s'appuie ne sont donc pas susceptibles d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF).
3.2 Dans la dernière partie de son mémoire (p. 20-22, "§3. Le contrat d'entreprise"), la recourante tente de démontrer l'existence d'un contrat entre D._ et l'intimée, plaidant qu'elle s'est seulement vue confier, par le maître de l'ouvrage, des pouvoirs de représentation en rapport avec les travaux complémentaires litigieux.
Les effets de la représentation ne naissent que si le représentant dispose du pouvoir de représentation et s'il a la volonté d'agir comme tel (ATF 126 III 59 consid. 1b p. 64 et les références). Déterminer l'existence d'un pouvoir de représentation et savoir qu'elle était l'intention de la recourante au moment de la conclusion des contrats portant sur les prestations supplémentaires sont des questions de fait, et non de droit (arrêt 4A/186/2009 du 3 mars 2010 consid. 4.2). La recourante, qui se prévaut du rapport de représentation, assumait le fardeau de la preuve (art. 8 CC).
En l'espèce, les juges précédents ont retenu que D._ n'a jamais été en relation avec l'intimée. Il ne ressort pas du jugement cantonal que la recourante ait apporté la preuve de l'existence d'un rapport de représentation et les divers éléments de fait mis en évidence par la recourante sont impropres à le démontrer. S'agissant plus particulièrement des commandes directes que D._ auraient adressées à l'intimée, il s'agit d'un point de fait non établi dans le jugement cantonal. Quant au libellé de la clause contractuelle (la recourante se réfère à la "pièce 2 du dossier") qui traduirait "la volonté du maître de l'ouvrage de confier [à la recourante] des pouvoirs de représentation", il n'a pas été constaté par la juridiction précédente et la Cour de céans ne peut pas non plus en tenir compte (cf. art. 105 al. 1 LTF).
La recourante revient sur le fait qu'il ressort des témoignages que les coûts des prestations supplémentaires devaient être acquittés directement par le maître de l'ouvrage. Cet argument, qui vise la question du règlement des factures supplémentaires est, à lui seul, impropre à démontrer l'existence d'un rapport de représentation (cf. supra consid. 3.2). Au demeurant, on voit mal pour quelle raison la recourante aurait signé la convention du 28 novembre 2007 - dans laquelle elle reconnaît devoir payer la facture relative aux travaux supplémentaires, alors même qu'elle savait, selon les constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF), que le maître de l'ouvrage refusait de s'en acquitter - si elle estimait n'avoir agi qu'à titre de représentante du maître de l'ouvrage. Au demeurant, il ressort des faits établis par la cour précédente que la recourante a réclamé à D._ un montant complémentaire de 46'404 fr. en rapport avec des travaux non compris dans le forfait, ce qui contredit la thèse selon laquelle elle ne serait, en tant que simple représentante, pas concernée par le paiement des factures relatives à ces travaux.
Quant au fait que l'intimée a envoyé la facture finale directement au maître de l'ouvrage, on ne saurait en tirer un quelconque argument en faveur de la thèse de la recourante, puisqu'il ressort du jugement cantonal que cet envoi a été effectué suite aux instructions de la recourante. Enfin, on cherche vainement à comprendre en quoi le fait que la recourante connaisse l'identité des maîtres d'ouvrage (notamment celle de D._) - celle-ci étant inscrite dans la convention du 28 novembre 2007 - pourrait démontrer l'existence d'un rapport de représentation.
4. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 5'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour civile II.
Lausanne, le 16 mai 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget