Faits:
A. A.a Le 25 juillet 2000, X._ et Y._ SA ont conclu un contrat de représentation. Aux termes de celui-ci, X._ était chargé de trouver des acheteurs de sucre, matière que lui livrerait Y._ SA, et d'en négocier la vente. A la suite de la conclusion de ce contrat, X._ a demandé à cette société d'importants montants. Celle-ci a ainsi viré à Z._, une des sociétés du groupe A._, dont X._ est l'ayant-droit et le dirigeant, 1'450'000 US dollars le 2 août 2000, 2'200'000 US dollars le 16 novembre 2000 et 4'100'000 US dollars le 8 février 2001. X._ a utilisé l'essentiel de ces fonds, ce à d'autres fins que celles convenues entre les parties.
Par arrêt du 20 mai 2005, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a condamné X._, par défaut, à 30 mois d'emprisonnement et à 5 ans d'expulsion du territoire suisse, pour abus de confiance.
A.b Par arrêt du 31 octobre 2008, la Cour de cassation du canton de Genève a rejeté le pourvoi de X._.
A.c Par arrêt 6B_1011/2008 du 26 mars 2009, le Tribunal fédéral a admis le recours déposé par ce dernier, annulé l'arrêt attaqué et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Cet arrêt repose sur les éléments suivants: X._ était renvoyé devant la Cour correctionnelle pour escroquerie. A l'audience de jugement, avant la clôture des débats, la Présidente de cette cour a informé les parties qu'elle entendait poser la question complémentaire de l'abus de confiance. Malgré l'opposition de X._, la Présidente a prononcé la clôture des débats et ordonné que cette question soit posée à chacune des questions principales. L'audience n'a pas été suspendue. Au vu de ces éléments, le Tribunal fédéral a considéré que X._ n'avait pas disposé du temps nécessaire pour préparer sa défense. Il a dès lors admis la violation du principe d'accusation et partant le recours.
B. B.a Par arrêt du 28 avril 2010, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a condamné X._, par défaut, pour abus de confiance, à 24 mois de peine privative de liberté, avec sursis et délai d'épreuve de 2 ans.
B.b Par arrêt du 2 février 2011, la Cour de cassation du canton de Genève a rejeté le pourvoi de X._.
B.c Ce dernier forme un recours en matière pénale. Il conclut à l'annulation de cet arrêt et à ce qu'il soit libéré des fins de la poursuite pénale dirigée contre lui. Il requiert subsidiairement son acquittement et plus subsidiairement encore le renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint d'une violation du principe ne bis in idem. Il soutient qu'il aurait été acquitté par le verdict du 20 mai 2005, verdict qui serait aujourd'hui définitif et assorti de l'autorité de chose jugée.
1.1 Le principe ne bis in idem est un corollaire de l'autorité de chose jugée. Il est ancré aux art. 8 Cst. et 4 al. 1 du Protocole n° 7 du 22 novembre 1984 à la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (RS 0.101.07). Aux termes de cette dernière disposition, nul ne peut être poursuivi ou puni pénalement par les juridictions du même État en raison d'une infraction pour laquelle il a déjà été acquitté ou condamné par un jugement définitif conformément à la loi et à la procédure pénale de cet État.
1.2 L'arrêt du 20 mai 2005 comprenant le verdict invoqué par le recourant n'est jamais devenu définitif. Au contraire, à la suite de l'admission du recours en matière pénale par le Tribunal fédéral, la Cour de cassation l'a annulé par ordonnance du 3 avril 2009 (arrêt entrepris, let. B p. 2). Le grief de violation du principe ne bis in idem, basé sur cet arrêt, est donc infondé.
2. Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir constaté les faits de manière arbitraire. D'une part, elle n'aurait pas, à l'instar de l'autorité de première instance, tenu compte du contrat du 25 juillet 2000 et de l'attestation du 6 mars 2001. D'autre part, elle aurait arbitrairement retenu que les montants avaient été remis afin d'être affectés à un but déterminé.
2.1 Le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit essentiellement de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1, p. 450; sur l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits v. ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560).
Le Tribunal fédéral n'examine les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494 et arrêts cités).
2.2 En l'espèce, les autorités cantonales ont analysé le contrat du 25 juillet 2000 et l'attestation du 6 mars 2001 (arrêt entrepris, ch. 4.1 p. 9).
L'autorité précédente a rejeté le grief d'arbitraire dans la constatation des faits, estimant convainquant le développement de l'autorité de première instance, notamment quant à l'appréciation des déclarations des parties et la valeur à donner à l'attestation du 6 mars 2001 (arrêt entrepris, ch. 4.2 p. 9). Selon cette dernière autorité, l'intimée a affirmé avec constance et sans varier que les sommes remises au recourant devaient servir à couvrir les frais, notamment les coûts d'émission des garanties bancaires, nécessaires au financement des transactions portant sur du sucre, et que les montants avaient augmenté proportionnellement à l'accroissement des quantités de sucre en jeu et des frais à couvrir. Le jury a considéré que cette version des faits était crédible, ce d'autant que celle du recourant, selon laquelle ces sommes d'argent représentaient un paiement anticipé de commissions de courtage, ne trouvait appui sur aucun élément sérieux de la procédure. En particulier, la déclaration de l'intimée du 6 mars 2001 n'empêchait pas que les sommes versées devaient être utilisées en relation avec la recherche d'acheteurs et la négociation de transactions portant sur du sucre. Le jury a en outre relevé que si cet argent avait été acquis au recourant, indépendamment du résultat de son activité, comme il le prétendait, ce dernier n'aurait pas eu besoin de s'engager à en garantir la représentation par la remise à la partie civile d'actions de sa société américaine de télécommunications. Par ailleurs, ses déclarations relatives à l'utilisation des fonds confiés par l'intimée avaient varié. Il avait ainsi été question de prime de risque, de la garantie de l'image du groupe A._ en Russie, etc. Au vu de ces éléments, le jury a retenu que les montants litigieux avaient été remis au recourant en vue d'une utilisation déterminée mais qu'il en avait disposé pour ses besoins personnels et ceux de son groupe de sociétés (verdict, p. 14).
Ce raisonnement n'apparaît pas insoutenable. Le recourant ne discute pas les éléments ci-dessus, notamment l'appréciation des versions des parties. Au contraire, il se borne à donner son interprétation des termes du contrat du 25 juillet 2000 et de l'attestation du 6 mars 2001, dans une démarche appellatoire et, partant, irrecevable. Au demeurant, on ne voit pas que le contrat du 25 juillet 2000, qui ne prévoyait pas le versement des montants litigieux, puisse rendre à lui seul insoutenable le fait de retenir que ces versements devaient être affectés à des fins déterminées.
3. Le recourant conteste la compétence des autorités pénales suisses.
3.1 En vertu de l'art. 3 al. 1 CP, le code pénal est applicable à quiconque commet un crime ou un délit en Suisse. Conformément à cette disposition, la Suisse revendique la compétence de ses tribunaux en cas d'infraction commise sur son territoire (ATF 108 IV 145 consid. 2 p. 146). Aux termes de l'art. 8 CP (art. 7 aCP), un acte est réputé commis tant au lieu où l'auteur a agi ou aurait dû agir qu'au lieu où le résultat s'est produit.
3.1.1 Afin d'éviter des conflits de compétence négatifs, il convient en principe dans le cadre de problématiques internationales d'admettre la compétence des autorités pénales suisses, même en l'absence de lien étroit avec la Suisse. A été jugé suffisant le fait que l'argent obtenu à l'étranger par le biais d'une escroquerie soit crédité sur un compte ouvert dans un établissement bancaire suisse (ATF 133 IV 171 consid. 6.3 p. 177 et références citées) ou le fait qu'un compte ouvert en Suisse appartenant à une société ayant son siège en Suisse ne soit pas, suite à un abus de confiance, crédité des actifs convenus (ATF 128 IV 145 consid. 2e p. 153; 124 IV 241 consid. 3d p. 245).
3.1.2 En présence de plusieurs infractions commises par métier, il convient d'examiner pour chacune d'elles si l'auteur a agi ou si le résultat s'est produit en Suisse (ATF 133 IV 171 consid. 6.3 p. 177). Cette solution s'impose lorsque les infractions sont distinctes. En revanche, lorsque des actes reprochés à une personne ne sont pas isolés et indépendants les uns des autres, mais sont de même nature et ont été commis au détriment de la même victime, ils doivent être appréhendés comme formant une entité (arrêt 6S.687/2000 du 7 février 2001 consid. 1g). C'est en considération de cette entité qu'il y a alors lieu d'examiner s'il existe un lien suffisant avec la Suisse.
3.2 Il ressort des constatations de fait de l'autorité intimée, qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), que les montants litigieux ont été versés par la même victime à la même personne. Selon le représentant de l'intimée, dont la version a été jugée crédible (verdict, p. 14; arrêt entrepris, ch. 4.2 p. 9), le recourant a justifié le versement de ces montants, la première fois pour couvrir les frais d'émission d'une garantie bancaire; les suivantes pour couvrir l'augmentation de ces frais, augmentation causée par la plus grande quantité de sucre que le recourant conseillait d'acheter (verdict, p. 6 et 14). Les trois versements reposent donc sur le même rapport juridique, ont été obtenus sur la base du même mode opératoire et étaient destinés à la même affectation. Au vu de l'ampleur des sommes en jeu, on peut considérer que le laps de temps qui s'est écoulé entre chaque versement - environ trois mois - n'est pas de nature à exclure une approche globale. Les faits reprochés au recourant doivent dès lors être appréhendés, dans le cadre de la question de la compétence des autorités suisses, comme formant une entité.
3.3 Il est reproché au recourant d'avoir sans droit employé à son profit ou au profit de tiers des valeurs patrimoniales qui lui avaient été confiées par l'intimée (art. 138 ch. 1 CP). Le fait que ces sommes aient été débitées par cette dernière depuis un compte ouvert en Suisse ne constitue pas un résultat au sens de l'art. 8 CP, propre à fonder la compétence des autorités suisses. En effet, l'intimée n'a pas été appauvrie par ces débits, mais du fait de l'utilisation indue par le recourant des montants confiés. Or cette utilisation n'est survenue, contrairement au cas visé par l'ATF 128 IV 145 précité, qu'après ces débits. Ceux-ci ne peuvent donc être considérés comme un résultat de l'infraction, au sens de l'art. 8 CP.
L'utilisation de fonds confiés à d'autres fins que celles convenues constitue en revanche un acte de l'auteur au sens de cette disposition. En l'espèce, le recourant a ouvert un compte à Genève. Il s'y est fait verser par l'intimée 4'100'000 US dollars, soit plus de la moitié des sommes obtenues. L'arrêt, dont le caractère arbitraire n'a pas été démontré, a constaté que le recourant avait utilisé une bonne partie de ce montant (arrêt, let. f p. 3) et ce à d'autres fins que celles convenues par les parties (arrêt, ch. 4.2 p. 9). Le recourant doit dès lors être considéré comme ayant agi, de ce fait, en Suisse au sens de l'art. 8 CP. Les autorités précédentes étaient par conséquent compétentes pour juger des actes reprochés au recourant, appréhendés comme une entité.
4. Enfin, le recourant soutient que l'autorité précédente, en allouant d'office des dépens à l'intimée, a fait une application arbitraire du droit cantonal.
4.1 En vertu de l'art. 453 al. 1 CPP, les recours formés contre les décisions rendues avant le 1er janvier 2011 sont traités selon l'ancien droit par les autorités compétentes sous l'empire de ce droit. L'allocation de dépens par l'autorité intimée suivait donc les règles posées par le code de procédure genevois du 29 septembre 1977 (CPP/GE, E 4 20), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010.
4.2 Exception faite des griefs mentionnés à l'art. 95 let. c et d LTF, la violation du droit cantonal ne constitue pas un motif de recours. Le recourant peut donc uniquement se plaindre de ce que la violation de ce droit consacrerait simultanément une violation du droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, en particulier qu'elle serait arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 I 241 consid. 2.4 p. 249).
4.3 Le recourant cite plusieurs dispositions cantonales. Aucune d'elles ne conditionnait toutefois l'allocation de dépens par l'autorité précédente à la partie civile à une demande formelle de la part de cette dernière. En particulier, l'art. 102 al. 2 CPP/GE, applicable par devant l'autorité précédente, prévoyait uniquement que "des dépens de la partie civile peuvent être mis à la charge de l'accusé ou du condamné qui succombe, et inversement". L'art. 97 al. 1 CPP/GE, qui aurait selon le recourant servi de modèle à l'art. 102 al. 2 CPP/GE lors de la modification du CPP/GE en 2006, prescrivait quant à lui que "devant les juridictions de jugement, les frais de l'État et les dépens de la partie civile sont mis à la charge du condamné". Quant à l'arrêt 4C.51/2000 du 7 août 2000 cité par le recourant, il ne fait que rappeler la notion de participation aux honoraires d'avocat sans aucunement se pencher sur les conditions formelles d'allocation d'une telle participation.
Au vu de ces éléments mais également du fait que l'intimée avait pris part à la procédure de recours et conclu au rejet du pourvoi dans la mesure de sa recevabilité (arrêt entrepris, let. G p. 4), il n'était pas insoutenable de lui allouer des dépens, comme cela avait par ailleurs été fait durant la première procédure (arrêt du 31 octobre 2008, p. 7 et 17) sans que le recourant n'y trouve rien à redire.
5. En conclusion, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été amenée à se déterminer, ni au Ministère public (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 20 juin 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Mathys Cherpillod