Faits:
A. Par jugement du 14 septembre 2006, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de La Côte a condamné X._ à la peine de quatre ans de réclusion pour meurtre, mise en danger de la vie d'autrui par exposition, conduite d'un véhicule non conforme et contravention à l'ordonnance sur les règles de la circulation routière. En outre, il a astreint X._ à payer au père de la victime une indemnité pour tort moral de 50'000 francs, avec intérêts à 5 % l'an dès le 19 décembre 2005.
Cette condamnation reposait pour l'essentiel sur les faits suivants:
Le 18 décembre 2004, vers 20 heures, X._ circulait à une allure de 130 à 140 km/h sur la route secondaire reliant Crans-Céligny à Eysins où la vitesse est limitée à 80 km/h, feux de croisement enclenchés. Au sortir d'un virage, il a perdu la maîtrise de son véhicule, qui est sorti de la route. Son neveu, âgé de treize ans et demi, qui avait pris place sur le siège du passager avant, a été tué sur le coup. X._ et son fils, âgé de six ans et demi, qui était installé sur le siège pour enfant fixé sur la banquette arrière, ont souffert de troubles cranio-cérébraux.
B. Le 26 mars 2007, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis partiellement le recours de X._. Elle a réduit l'indemnité pour tort moral à 40'000 francs, confirmant pour le surplus le jugement de première instance, en particulier la condamnation pour meurtre par dol éventuel.
Par arrêt du 29 janvier 2008, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a admis partiellement le recours en matière pénale déposé par X._, annulé l'arrêt cantonal du 26 mars 2007 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement. Elle a considéré que les circonstances ne permettaient pas de retenir que le recourant devait s'attendre à créer un risque d'un degré suffisant et, partant, de le condamner pour meurtre par dol éventuel.
La Cour de cassation pénale vaudoise, à laquelle le dossier a été renvoyé, a réformé le jugement de première instance par arrêt du 2 juin 2008 et reconnu X._ coupable notamment d'homicide par négligence. Elle lui a infligé une peine privative de liberté de deux ans avec sursis pendant trois ans, ainsi qu'une amende de 200 francs.
C. Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conteste la peine qui lui a été infligée et conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué, respectivement à sa réforme.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant qualifie d'excessivement sévère la peine privative de liberté de deux ans prononcée par la cour cantonale.
1.1 Selon l'art. 47 CP, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
Les critères, énumérés de manière non exhaustive par cette disposition, correspondent à ceux fixés par l'art. 63 aCP et la jurisprudence élaborée en application de cette disposition (ATF 134 IV 17 consid. 2.1). Cette jurisprudence conserve toute sa valeur, de sorte que l'on peut continuer à s'y référer (voir ATF 129 IV 6 consid. 6.1 p. 21; 127 IV 101 consid. 2a p. 103; 117 IV 112 consid. 1, 116 IV 288 consid. 2a et les références citées). L'art. 47 CP confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'art. 47 CP, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (ATF 134 IV 17 consid. 2.1; 129 IV 6 consid. 6.1 et les références citées).
1.2 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu la circonstance aggravante du concours. Il explique que les premiers juges y avaient renoncé vu le minimum déjà élevé de la peine prévue en cas de meurtre. Pour le recourant, le jugement de première instance serait devenu définitif et exécutoire sur ce point. Il serait contraire aux principes de l'accusation et de la bonne foi de retenir maintenant le concours.
Par son arrêt de renvoi, le Tribunal fédéral a annulé l'arrêt cantonal en tant qu'il retenait le meurtre par dol éventuel. L'autorité cantonale, à laquelle la cause était renvoyée pour nouveau jugement, devait dès lors qualifier à nouveau l'infraction et fixer une nouvelle peine. Pour ce faire, elle était libre d'apprécier autrement que dans la décision annulée les éléments déterminants pour fixer la peine au vu des nouvelles circonstances pertinentes (ATF 113 IV 47). Au demeurant, il est manifeste que les infractions d'homicide par négligence et d'exposition entrent en concours, puisque, par son comportement, le recourant a non seulement causé la mort de son neveu, mais en outre mis en danger la vie de son propre fils, dont il avait la garde. Infondé, le grief soulevé doit être rejeté.
1.3 Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir retenu qu'il avait mis en danger la vie de son fils ainsi que causé la mort de son neveu uniquement pour le plaisir de « rouler sport ». A ses yeux, il s'agit d'une appréciation des premiers juges, qui leur avait permis de retenir le meurtre par dol éventuel. En retenant à nouveau cet élément, la cour cantonale violerait en conséquence le droit fédéral.
La cour cantonale insiste sur la violation crasse d'un devoir de prudence élémentaire et des règles de la conduite automobile. Elle explique que le recourant n'avait aucune raison de conduire aussi vite, puisqu'il était en vacances et qu'il n'était pas pressé. Elle ajoute qu'il a mis en danger la vie de son fils ainsi que causé la mort de son neveu uniquement pour le plaisir de « rouler sport ». L'analyse de la faute du recourant, à laquelle procède la cour cantonale, est exempte de critique. En qualifiant d'extrêmement grave la faute du recourant, la cour cantonale n'a pas réintroduit d'éléments d'appréciation écartés par le Tribunal fédéral. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
1.4 Le recourant ne cite en définitive aucun élément important, propre à modifier la peine, qui aurait été omis ou pris en considération à tort. Il convient dès lors d'examiner si, au vu des circonstances, la peine infligée apparaît exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'examen.
En l'espèce, le recourant a été notamment reconnu coupable d'exposition et d'homicide par négligence, infractions qui entrent en concours. La négligence qui lui est reprochée est très grave. Comme le relève la cour cantonale, il n'y a aucune commune mesure entre la faute commise par le recourant et, par exemple, l'instant d'inattention qui peut valoir à un automobiliste d'être renvoyé pour homicide par négligence. A décharge, il convient de tenir compte du fait que le recourant a été profondément marqué par l'accident et qu'il porte sur la conscience le décès de son neveu (art. 54 CP). En outre, le recourant a un casier judiciaire vierge (hormis une condamnation pour excès de vitesse datant de 2000) et son employeur l'a décrit comme une personne intégrée et serviable. Dans ces circonstances, la peine de deux ans n'apparaît pas sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. Le grief tiré de la violation de l'art. 47 CP doit être rejeté.
2. Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir examiné si une peine pécuniaire pouvait être prononcée.
Dans la mesure où la peine entrant en considération dépassait largement une année, la cour cantonale n'avait pas à examiner si une peine pécuniaire était envisageable, puisque le maximum de celle-ci est fixé à 360 jours-amende.
3. Condamné avec sursis, le recourant se plaint de la durée du délai d'épreuve. Selon lui, le sursis aurait dû être assorti d'un délai d'épreuve de deux ans et non de trois ans, comme l'a retenu la cour cantonale.
3.1 Aux termes de l'art. 44 al. 1 CP, le juge impartit un délai d'épreuve de deux à cinq ans. Dans le cadre ainsi fixé par la loi, la durée du délai d'épreuve est à déterminer en fonction des circonstances du cas, en particulier selon la personnalité et le caractère du condamné, ainsi que du risque de récidive. Plus celui-ci est important, plus long doit être le délai d'épreuve et la pression qu'il exerce sur le condamné pour qu'il renonce à commettre de nouvelles infractions (ATF 95 IV 121 consid. 1 p. 122). La durée doit être déterminée de manière à offrir la plus grande probabilité que le condamné ne récidivera pas (SCHNEIDER/GARRÉ, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2e éd., 2007, art. 44, n. 4).
3.2 Dans ce contexte également, les autorités cantonales disposent d'un large pouvoir d'appréciation et, dans la mesure où elles respectent le cadre légal, le Tribunal fédéral considère que le droit fédéral a été violé seulement lorsque le juge a abusé de ce pouvoir d'appréciation (ATF 95 IV 121 consid. 1 p. 122). En l'espèce, la cour cantonale a estimé qu'un délai d'épreuve d'une durée de trois ans était nécessaire pour limiter assez largement le risque de récidive. Ce faisant, elle n'a pas outrepassé son pouvoir d'appréciation. Ce grief est donc également mal fondé.
4. Le recours doit ainsi être rejeté.
Le recourant qui succombe doit supporter les frais de justice (art. 65 et 66 al. 1 LTF).
L'intimé, qui n'a pas participé à la procédure devant le Tribunal fédéral, n'a pas droit à des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 2000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 23 février 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin