Sachverhalt:
A. X._ befindet sich seit dem 18. April 2000 im Strafvollzug. Das Ende der Strafe fällt auf den 24. September 2013; 2/3 davon werden am 2. Januar 2009 verbüsst sein. Mit Verfügung vom 26. Februar 2007 wies das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich ein Gesuch von X._ um Versetzung in den offenen Strafvollzug ab. Dieser Entscheid blieb unangefochten. Auf ein erneutes Begehren trat das Amt am 22. Juni 2007 nicht ein. X._ erhob gegen beide Verfügungen Rekurs. Am 6. September 2007 trat die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich auf das Rechtsmittel gegen die Verfügung vom 26. Februar 2007 nicht ein und wies den Rekurs gegen die Verfügung vom 22. Juni 2007 ab. Eine von X._ dagegen erhobene Beschwerde wurde vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (Einzelrichter) mit Entscheid vom 23. Januar 2008 abgewiesen, soweit darauf einzutreten war.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichtes sei aufzuheben. Gleichzeitig ersucht er um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer erachtet sinngemäss die Voraussetzungen für einen Übertritt in den offenen Strafvollzug als erfüllt. Dass sich die Strafvollzugsbehörde nach über acht Jahren Gefangenschaft so unkooperativ verhalte, könne auf die politische Lage zurückgeführt werden. Es würden ihm sämtliche Möglichkeiten genommen, den Beweis anzutreten, dass er nicht fluchtgefährdet sei und sich im offenen Vollzug bewähren könnte. Er bitte darum, ihm einmal eine Chance zuzusprechen, damit er sich behaupten und den Bezug zu seiner Familie wieder aufbauen könne.
2. 2.1 In seinem Entscheid begründet die Vorinstanz ausführlich, weshalb eine Versetzung des Beschwerdeführers vom geschlossenen in den offenen Vollzug nicht in Frage kommen kann. Sie legt dabei eingehend dar, weshalb die Legalprognose des Beschwerdeführers trotz jahrelanger Therapie ungünstig ist. Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, die Voraussetzungen für den offenen Strafvollzug seien offenkundig nicht erfüllt, bestehe doch einerseits aufgrund der Persönlichkeit des Beschwerdeführers ein unverändert hohes Risiko. Anderseits könne die Fluchtgefahr nicht völlig ausgeschlossen werden, nachdem er bereits einmal einen Fluchtversuch unternommen habe, über kein Aufenthaltsrecht in der Schweiz verfüge und sich mit seiner Bestrafung bis anhin nicht abgefunden habe. Demnach erschienen die in einer offenen Anstalt herrschenden beschränkten Aufsichts- und Kontrollmöglichkeiten zur Vermeidung einer Flucht, zur Verhinderung neuer Straftaten und insbesondere zum Schutz der Öffentlichkeit nicht ausreichend. Die Vorinstanz hält schliesslich noch fest, aus dem Arztbericht vom 24. Juli 2007 gehe nicht hervor, wieso aus ärztlicher Sicht eine Veränderung der Insassensituation für den allgemeinen Gesundheitszustand des Beschwerdeführers nur förderlich wäre. Dabei würden erneut verschiedene Verdachtsdiagnosen, ebenso der angebliche Traktorunfall von 1989, in der Anamnese aufgeführt, wiewohl das Obergericht im Entscheid vom 23. August 2005 klargestellt habe, dass sich keine "Restfolgen" einer Schädel-/Hirnkontusion feststellen und auch die übrigen Verdachtsdiagnosen sich nicht erhärten liessen.
2.2 Der Beschwerdeführer setzt sich mit diesen Erwägungen im Wesentlichen nicht auseinander, weshalb weitgehend auf die Beschwerde nicht einzutreten ist (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Entgegen seiner Auffassung geht es nicht darum, den Beweis antreten zu können, dass er nicht fluchtgefährdet ist und sich deliktfrei im offenen Vollzug bewähren könnte. Die Vorinstanz hatte vielmehr insbesondere zu entscheiden, ob die Fluchtgefahr und das Risiko erneuter strafbarer Handlungen beim Beschwerdeführer zum jetzigen Zeitpunkt noch zu gross sind, um ihm die beantragte Hafterleichterung gewähren zu können. Mit ihrer Begründung, dass die Voraussetzungen für den offenen Vollzug nicht erfüllt sind, hält sie sich im Rahmen des Art. 76 Abs. 2 StGB und verletzt deshalb kein Bundesrecht.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang hat der unterliegende Beschwerdeführer die Kosten zu bezahlen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann wegen Aussichtslosigkeit des Rechtsbegehrens nicht entsprochen werden. Seiner angespannten finanziellen Lage ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. April 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz