Faits:
A. Depuis 1993, durant l'année 1999 ici en cause et jusqu'en 2007, X._, née en 1949, a exercé une activité indépendante de psychologue et de psychothérapeute dans son domicile privé de Genève. Dans sa déclaration fiscale 2000, l'intéressée a fait état d'un revenu provenant de sa fortune mobilière et immobilière de 102'640 fr. et d'une perte commerciale de 8'809 fr. 50, le produit brut de son activité indépendante s'élevant à 12'517 fr. 50 pour des charges de 21'337 fr.
Par décision de taxation du 9 janvier 2002 pour les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2000, l'Administration fiscale cantonale a arrêté le revenu imposable à 63'193 fr. et une fortune imposable de 3'983'221 fr. Elle n'a admis les charges commerciales qu'à concurrence des gains réalisés.
Par décision sur réclamation du 19 juillet 2005, l'Administration fiscale cantonale a admis deux corrections de la taxation mais a refusé de prendre en considération la perte commerciale, l'activité de l'intéressée s'apparentant plus à une activité accessoire relevant du hobby qu'à une activité lucrative indépendante, comme cela avait déjà été jugé dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 15 décembre 2004 (cause 2P.304/2004) pour les périodes fiscales 1997, 1998 et 1999. Le revenu imposable a été arrêté à 71'175 fr. et la fortune imposable à 3'870'221 fr.
Par décision du 24 septembre 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts (ci-après: la Commission de recours) a rejeté le recours déposé par l'intéressée contre la décision sur réclamation du 19 juillet 2005 et, jugeant le recours abusif, lui a infligé une amende de 500 fr.
B. Par arrêt du 4 novembre 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'intéressée contre la décision rendue le 24 septembre 2007 par la Commission de recours. Il a confirmé l'absence de caractère lucratif de l'activité de la recourante pour l'exercice 1999 ainsi que le prononcé de l'amende de 500 fr.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral sous suite de frais et dépens d'annuler l'arrêt rendu le 4 novembre 2008 par le Tribunal administratif, de dire que les charges de l'activité indépendante sont déductibles de son revenu imposable pour la période fiscale 2000 ainsi que pour les périodes fiscales 2001 à 2007.
Le Tribunal administratif n'a pas déposé d'observations sur recours. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
D. Par ordonnance du 5 janvier 2009, le Juge présidant la IIe Cour de droit public a rejeté la demande d'effet suspensif formulée par l'intéressée.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. La recourante étant destinataire de l'arrêt attaqué, elle a qualité pour recourir (art. 89 LTF).
1.2 D'après l'art. 86 al. 1 lettre d LTF, sous réserve d'une exception non réalisée en l'espèce, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance. Cela signifie que les conclusions qui vont au-delà de l'objet de la contestation telle qu'elle résulte de la décision cantonale attaquée sont irrecevables (arrêt 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées). Il s'ensuit que les conclusions de la recourante tendant à la constatation que les pertes ultérieures à l'exercice 1999 soient déduites du revenu imposable des périodes fiscales 2001 à 2007 sont irrecevables.
2. 2.1 Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF) qu'il ne peut rectifier ou compléter d'office que s'ils ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La recourante qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire, pour l'essentiel, que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst., ou en violation de son droit d'être entendue (art. 95 lettre a LTF et 29 al. 2 Cst.) doit démontrer, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, par une argumentation précise en quoi consiste la violation et en quoi le fait omis est de nature à modifier le sort de la cause. A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui retenu dans la décision attaquée (ATF 134 I 65 consid. 1.5 p. 68; 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288).
La recourante se plaint de l'établissement inexact des faits sur plusieurs points. Elle soutient que le Tribunal administratif n'a pas pris en considération le fait qu'elle se soit vue contrainte, à l'âge de 52 ans, de cesser son activité lucrative dépendante et de n'avoir eu d'autre choix que de devenir psychologue et psychothérapeute indépendante. Ce serait également de manière arbitraire qu'il n'aurait pas tenu compte des résultats comptables des exercices 2005 et 2006 ni de son affiliation à une caisse de compensation à laquelle elle a payé des cotisations dès 2004 ni des explications concernant son taux d'occupation. A son avis, ces circonstances, pour certaines pénibles, excluraient de qualifier son activité de hobby. Sur ces points, la recourante ne se plaint pas de la constatation des faits par le Tribunal administratif mais de l'application du droit cantonal, ce qui sera examiné ci-dessous.
2.2 D'après l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé. Lorsque, comme en l'espèce, le recourant se plaint de l'application arbitraire du droit cantonal, il doit donc préciser en quoi l'acte attaqué serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 400).
3. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante reproche au Tribunal administratif d'être tombé dans l'arbitraire (sur cette notion cf. ATF 134 II 124 consid. 4.1 p. 133) en refusant la déduction des pertes subies en 1999.
3.1 La loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) est entrée en vigueur le 1er janvier 1993. Les cantons devaient adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de la loi sur l'harmonisation dans les huit ans qui suivaient l'entrée en vigueur de la cette loi (art. 72 LHID). La loi sur l'harmonisation fiscale n'est par conséquent pas applicable à la période fiscale 2000, qui reste régie par la loi générale genevoise sur le contributions publiques (LCP; dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000).
3.2 D'après l'art. 16 al. 1 et 2 lettre a LCP, l'impôt sur le revenu est perçu sur l'ensemble des revenus nets annuels des contribuables sous la forme de prestations périodiques ou de versements en capital, tant en argent qu'en nature, notamment le produit du travail de l'exercice d'un métier ou d'une profession, d'un commerce ou d'une industrie ou d'une entreprise lucrative. De l'ensemble des revenus bruts effectivement réalisés sont déduites les pertes commerciales comptabilisées de l'exercice commercial déterminant (art. 21 lettre l LCP).
3.3 Se fondant sur ces dispositions, le Tribunal administratif a jugé que l'activité de psychologue et psychothérapeute exercée par la recourante durant l'année 1999 ne constituait pas une activité lucrative indépendante. N'étant pas de nature commerciale, les pertes qui en provenaient ne pouvaient être déduites du revenu imposable pour la période fiscale 2000. Il a considéré en substance que la recourante n'avait réalisé aucun bénéfice de 1993 à 2001 et que les bénéfices générés ultérieurement ne révélaient pas une volonté d'assurer un revenu par une activité lucrative. Les déficits comptabilisés de 1993 à 2001 ne provenaient pas non plus de difficultés passagères ou liées au lancement d'une activité.
3.4 La recourante perd de vue que l'art. 21 LCP autorise la déduction de pertes commerciales, c'est-à-dire de pertes qui sont en relation avec une activité orientée par nature vers la réalisation d'un revenu. En ce sens une activité est qualifiée de lucrative (dépendante ou indépendante) dans la mesure où le contribuable a la volonté de réaliser un gain. Il s'agit d'un critère subjectif que l'on mesure à l'aide d'indices extérieurs, de simples déclarations n'étant pas suffisantes à cet égard. Au titre d'indices extérieurs excluant le caractère lucratif, le Tribunal administratif a constaté que l'activité de la recourante n'avait généré que des pertes de 1993 à 2001 et que les recettes ultérieures ne révélaient pas un taux d'activité démontrant une volonté d'assurer un revenu.
Quoi qu'en pense la recourante sur ce point, lorsqu'une activité indépendante à plein temps est, comme en l'espèce, déficitaire pendant neuf années consécutives et que les recettes des années ultérieures (2002 à 2006) sont, au mieux, de quelques centaines de francs par mois, il n'est pas arbitraire dans le résultat global de considérer, comme l'a fait le Tribunal administratif, que cette activité est maintenue artificiellement et de manière contraire à toute rationalité économique. Il n'est par conséquent pas insoutenable de lui dénier la qualité d'activité lucrative, de sorte que les pertes générées durant l'exercice 1999 ne peuvent pas être qualifiées de commerciales durant la période fiscale 2000 au sens de l'art. 21 lettre l LCP ni être déduites comme le demande la recourante.
Il est douteux que les objections que soulève la recourante soient recevables. En effet, formulées sur un mode essentiellement appellatoire, elles ne répondent pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. A supposer qu'elles soient recevables, elles devraient être rejetées. En effet, il n'est pas soutenable de considérer qu'une période de neuf ans, voire au delà au vu de la modicité des recettes réalisées, puisse encore être considérée comme une phase de démarrage ou être due à des difficultés passagères. Ni l'âge de la recourante (52 ans) au moment où elle a démarré cette activité indépendante, qui apparaît au demeurant plutôt comme un avantage dû à l'expérience professionnelle accumulée, ni la santé de sa mère ni l'absence de remboursement des consultations par l'assurance maladie obligatoire, ni le fait qu'elle dispose de revenus provenant de sa fortune ni l'affiliation à une caisse de compensation en 2004 ne suffisent à justifier le maintien artificiel du point de vue économique de cette activité indépendante pendant une aussi longue période.
En refusant de déduire les pertes comptabilisées par la recourante dans l'exercice 1999, le Tribunal administratif n'a par conséquent pas violé l'art. 9 Cst.
3.5 Enfin, invoquant les art. 8 Cst., 14 CEDH, 2 du Pacte international relatif aux droits économiques, sociaux et culturels et 26 du Pacte international relatifs aux droits civils et politiques, la recourante soutient qu'en refusant la déduction de ses pertes pour la période fiscale 2000, le Tribunal administratif aurait adopté une attitude discriminatoire à raison de sa fortune et de son âge.
Le grief de violation de l'art. 14 CEDH - dont les garanties n'ont pas de portée indépendante (ATF 123 II 472 consid. 4c p. 477) - est irrecevable puisque la recourante n'invoque la violation d'aucune autre garantie conventionnelle, tandis que le grief de violation de l'art. 8 Cst. doit être rejeté. En effet, la recourante se méprend sur l'importance attribuée par le Tribunal administratif à son âge et à sa fortune et en force à dessein le trait. Ces indices n'ont en réalité, au regard de la très longue période (neuf années) durant laquelle son activité a généré des pertes, revêtu qu'une importance mineure, insuffisante pour fonder une violation de l'art. 8 Cst. Pour le surplus, la recourante ne démontre pas en quoi les art. 2 du Pacte international relatif aux droits économiques, sociaux et culturels et 26 du Pacte international relatifs aux droits civils et politiques lui offrent une protection plus étendue que l'art. 8 Cst.
4. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante estime que le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire en confirmant la sanction de 500 fr. que lui a infligée la Commission de recours pour procédure abusive.
4.1 D'après l'art. 88 al. 1 de la loi du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA; RSGE E 5 10), la juridiction administrative peut prononcer une amende à l'égard de celui dont le recours, l'action, la demande en interprétation ou en révision est jugée téméraire ou constitutive d'un emploi abusif des procédures prévues par la loi.
4.2 Le Tribunal administratif a retenu que la recourante avait déjà, dans deux procédures de recours, invoqué les arguments qu'elle avait fait valoir devant la Commission de recours et que ses arguments avaient fait l'objet d'arrêts les rejetant jusqu'au Tribunal fédéral.
La recourante soutient que cette condamnation est arbitraire parce que sa situation est en constante évolution et se distingue de celle qui est décrite dans la jurisprudence. Il est douteux que cette argumentation satisfasse aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Quoi qu'il en soit, elle doit être écartée, du moment que les arrêts rendus précédemment, qui justifiaient le caractère abusif de la procédure sanctionnée par la Commission de recours, l'ont été dans sa propre cause et non pas, comme le fait valoir la recourante, dans des causes visant d'autres contribuables dans d'autres situations.
Dans ces conditions, en confirmant l'amende de 500 fr. prononcée par la Commission de recours pour procédure abusive, le Tribunal administratif n'a pas appliqué arbitrairement l'art. 88 al. 1 LPA.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). EIIe n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 20 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey