Faits:
A. Y._, née le 14 avril 1976, mariée depuis le 15 janvier 2002 à X._, né le 9 mars 1940, a donné naissance aux enfants A._, née le 24 juillet 2005 à Saint-Louis (Sénégal), et B._, né le 21 décembre 2007 à Genève; la prénommée est aussi mère d'un autre enfant, C._, né le 7 mai 1996.
Le 22 octobre 2007, D._, de nationalité sénégalaise, né le 17 septembre 1974, célibataire, au bénéfice d'un permis d'étudiant à l'Université de Genève (doctorant en sociologie), a requis du Tribunal tutélaire de Genève la nomination d'un curateur à A._ afin qu'une action en désaveu de paternité soit ouverte à l'encontre de X._; il s'engageait, en outre, à reconnaître l'enfant comme sa fille sitôt le désaveu prononcé et a, par la suite, confirmé sa volonté d'entretenir des relations personnelles suivies avec elle. Sa requête a été ultérieurement étendue à l'enfant B._, dont il n'exclut pas être également le père biologique, et a pris l'engagement de le reconnaître en cas de désaveu.
Les époux X._ se sont opposés à cette requête; la mère a reconnu avoir fréquenté intimement D._. En revanche, dans son rapport du 15 mai 2008, le Service de protection des mineurs (SPMi), mis en oeuvre par le Tribunal tutélaire, s'est prononcé en faveur d'une procédure en désaveu.
B. Par ordonnance du 15 septembre 2008, le Tribunal tutélaire a désigné Dominique Fiore, juriste titulaire auprès du SPMi, aux fonctions de curateur des enfants A._ et B._ aux fins d'introduire en leurs noms une action en désaveu de paternité.
Statuant le 19 janvier 2009, l'Autorité de surveillance des tutelles du canton de Genève a rejeté l'appel interjeté par les époux X._ contre cette décision.
C. X._ forme un «recours» contre la décision du 19 janvier 2009, dont il demande l'annulation. Il conclut, au surplus, au renvoi à «l'autorité pénale compétente du canton de Genève, soit au Procureur de la République, le cas d'allégations mensongères et d'usage de faux destiné à induire la justice en erreur (faux déclarations et certificat de mariage utilisés par Monsieur D._ [...]» et à la condamnation de l'Etat de Genève à «indemniser les époux demandeurs pour le tort moral [...] et les frais causés par cette procédure téméraire», subsidiairement au renvoi de «la décision à l'Autorité de surveillance afin qu'elle corrige les faits essentiels qui sont manifestement faux, et pour statuer a neuf en conséquence».
Des observations sur le fond n'ont pas été requises.
D. Par ordonnance du 1er avril 2009, la Présidente de la Cour de céans a attribué l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recourant n'a pas dénommé son écriture. Le défaut d'intitulé ou l'intitulé erroné d'un recours ne nuit pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui serait ouvert soient réunies (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 et les arrêts cités).
1.2 Le présent recours, interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par la dernière autorité cantonale (art. 35 LOJ/GE et art. 75 al. 1 LTF). L'instauration d'une curatelle de représentation de l'enfant fondée sur les art. 306 al. 2 et 392 ch. 2 CC aux fins d'intenter une action en désaveu de paternité (art. 256 al. 1 ch. 2 CC) est une décision de nature non pécuniaire en matière de protection de l'enfant, sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. b ch. 7 LTF; arrêt 5A_341/2008 du 23 décembre 2008 consid. 2.1). Le recourant a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
1.3 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF; il peut donc être interjeté pour violation des droits constitutionnels, qui font partie du droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF (FF 2001 p. 4132, ch. 4.1.4.2; ATF 133 III 446 consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il ne connaît de la violation de droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), les exigences de motivation correspondant à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254).
1.4 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (art. 105 al. 1 LTF); il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Il incombe au recourant de soulever expressément un grief à ce propos et de l'exposer de manière précise et circonstanciée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 II 244 consid. 2.2 p. 246). En tant que le recourant s'écarte des constatations de fait de l'autorité précédente, les complète ou les modifie, sans se prévaloir de l'une des exceptions susmentionnées, ses allégations ne sauraient être prises en considération.
1.5 Les chefs de conclusions du recourant qui tendent, d'une part, au renvoi de la cause aux autorités pénales genevoises et, d'autre part, à la condamnation de l'Etat de Genève à payer une indemnité pour tort moral sont irrecevables, en tant qu'ils sont nouveaux (art. 99 al. 2 LTF) et, de surcroît, étrangers à l'objet du présent litige.
2. En l'espèce, l'Autorité de surveillance a constaté que les deux enfants étaient recevables à intenter une action en désaveu de paternité, les époux ne faisant pas ménage commun (art. 256 al. 1 ch. 2 CC); compte tenu de leur jeune âge, l'action devait être introduite, en leur nom, par un curateur. La juridiction précédente a rappelé - à la suite du Tribunal tutélaire - que, sur le plan psychosocial, l'intérêt des enfants au maintien du lien de paternité avec leur père légal n'est pas évident, puisque ce dernier ne vit ni n'entretient une relation affective suivie avec eux, alors que D._ avait, pendant les dix-huit premiers mois de la vie de A._, noué des relations personnelles étroites avec elle. Sur le plan matériel, l'autorité cantonale a relevé que celui qui se prétendait leur père biologique était jeune et paraissait en bonne santé; il disposait d'un niveau de formation universitaire, ce qui lui ouvrait la perspective d'un emploi suffisamment rémunéré, au Sénégal ou dans d'autres pays, notamment au sein d'organisations internationales, pour lui permettre de participer à l'entretien des mineurs. Certes, suivant le lieu de son domicile, les enfants se heurteraient peut-être à des difficultés quant au recouvrement des contributions d'entretien, mais aucun indice concret ne corroborait ce risque. En outre, si en cas de succès, le désaveu pourrait exposer les enfants au danger de perdre leur nationalité suisse, acquise de leur père légal actuel, leur lieu de résidence en Suisse ne serait pas remis en question, vu le permis de séjour dont bénéficiait leur mère par son mariage avec un citoyen suisse. Enfin, la détermination de la personne de leur véritable père biologique, en vue d'une relation père-enfants durable et profonde, s'avérait essentielle et l'emportait sur les risques potentiels précités. Il fallait donc admettre, à l'instar du Tribunal tutélaire, que les enfants soient fixés sans attendre sur leur ascendance paternelle, à savoir une composante essentielle de leur identité.
2.1 Sous le couvert d'une appréciation arbitraire des faits, le recourant s'en prend aux constatations d'après lesquelles il ne fait pas ménage commun avec son épouse et n'entretient pas de relation affective avec les enfants.
Le recours en matière civile est ouvert contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), ce qui implique, en particulier, que seuls sont recevables devant le Tribunal fédéral les moyens qui, pouvant l'être, ont été soumis à l'autorité cantonale de dernière instance (FF 2001 p. 4109). Or, il ne ressort pas de l'arrêt entrepris que ce grief aurait été soulevé en instance d'appel, où le recourant avait discuté uniquement le critère de l'intérêt de l'enfant à agir en désaveu. Par ailleurs, l'intéressé n'établit pas que tel aurait été le cas ni ne prétend que son argumentation ne pouvait être dirigée qu'à l'encontre de la décision attaquée. Invoquée pour la première fois dans le présent recours, la critique apparaît dès lors nouvelle, partant, irrecevable.
Au demeurant, même recevable sous l'angle de l'art. 75 al. 1 LTF, le grief ne le serait pas au regard des exigences de motivation (art. 106 al. 2 LTF). En effet, le recourant se limite à contester péremptoirement les constatations de l'autorité cantonale, en renvoyant, pour le surplus, aux observations de sa femme au Tribunal tutélaire - dans lesquelles celle-là exposait pour quels motifs elle s'opposait à la nomination d'un curateur -, qu'il reproduit intégralement sans indiquer sur quels points elles établiraient une constatation arbitraire des faits. A cela s'ajoute qu'il cite lui-même le rapport du SPMi dont il ressort qu'il dit rencontrer A._ une à deux fois par semaine, en présence de la maman, ce qui confirme le fait que les époux ne cohabitent pas.
2.2 Autant qu'on le comprend, le recourant conteste le droit des autorités tutélaires de s'immiscer dans sa sphère familiale en désignant un curateur aux fins d'intenter une action en désaveu.
2.3 L'art. 255 al. 1 CC dispose que l'enfant né pendant le mariage a pour père le mari. Cette présomption de paternité peut être attaquée devant le juge par le mari (art. 256 al. 1 ch. 1 CC), respectivement par l'enfant, si la vie commune des époux a pris fin pendant sa minorité (art. 256 al. 1 ch. 2 CC); l'action de l'enfant est intentée contre le mari et la mère (art. 256 al. 2 CC). Pour l'enfant, il s'agit d'un droit strictement personnel, indépendant de celui du mari de sa mère, qu'il peut ainsi exercer seul s'il a la capacité de discernement (art. 19 al. 2 CC; MEIER/STETTLER, Droit civil suisse, Droit de la filiation, t. I, 3e éd., n° 72 et 73); à défaut, l'enfant doit pouvoir agir par le ministère d'un curateur de représentation (art. 392 ch. 2 CC), lequel fera le procès en désaveu au nom de l'enfant (ATF 122 II 289 consid. 1c p. 293 et les citations). Il appartient dès lors à l'autorité tutélaire, appelée à nommer un curateur à l'enfant, de déterminer si l'ouverture d'une action en désaveu est ou non conforme à l'intérêt de celui-ci (ATF 121 III 1 consid. 2c p. 4 et les citations). Dans cette mesure, l'enfant incapable de discernement ne dispose pas d'un droit inconditionnel à entamer une pareille procédure (Meier/Stettler, op. cit., n° 378). L'autorité tutélaire devra procéder à une pesée des intérêts de l'enfant, en comparant sa situation avec et sans le désaveu (HEGNAUER, Droit suisse de la filiation, 4e éd., n° 6.07 et les références). Elle tiendra compte des conséquences d'ordre tant psycho-social que matériel, par exemple la perte du droit à l'entretien et des expectatives successorales (ATF 121 III 1 consid. 2c p. 5); il ne sera pas dans l'intérêt de l'enfant d'introduire une telle action lorsqu'il est incertain que le mineur puisse avoir un autre père légal, lorsque la contribution d'entretien serait notablement moindre, lorsque la relation étroite entre l'enfant et ses frères et s?urs serait sérieusement perturbée et lorsqu'il n'y a pas lieu d'admettre que l'enfant serait en mesure d'entretenir une relation positive sur le plan socio-psychique avec son géniteur (cf. notamment: HEGNAUER, Zur Beistandschaft für das Kind im Anfechtungsprozess, in: RDT 1995 p. 213 ss).
Dans sa jurisprudence récente, le Tribunal fédéral accorde une importance croissante au droit de l'enfant majeur à la connaissance de son ascendance, prérogative qui découle, en particulier, de l'art. 7 al. 1 de la Convention du 20 novembre 1989 relative aux droits de l'enfant (RS 0.107; CDE). Il a jugé qu'il s'agissait d'un droit constitutionnel, absolu, imprescriptible et inaliénable, indépendamment de toute pesée des intérêts opposés (ATF 128 I 63). Récemment, il a admis que ce droit qu'il avait reconnu pour l'enfant adoptif, même avant l'entrée en vigueur de l'art. 268c CC, devait valoir pour tout enfant, même pour celui qui était né pendant le mariage de ses parents (ATF 134 III 241). Ces principes n'ont toutefois pas été étendus à l'enfant mineur, en sorte que la pesée des intérêts demeure un critère décisif (cf. notamment: MEIER/STETTLER, op. cit., n° 70 et note 102, n° 373 et note 704 et [spécifiquement pour l'enfant adultérin] n° 378 et note 711; ANNE BENOÎT, note in: RDAF 2003 I p. 404 à sujet de l'arrêt publié aux ATF 128 I 63).
2.4 Le recourant se livre à de longues discussions sur la portée des art. 7, 8 et 41 CDE pour tenter, semble-t-il, de démontrer que le droit suisse ne permettrait pas en l'espèce l'instauration d'une curatelle de représentation afin d'introduire une action en désaveu de paternité. Ce faisant, il paraît confondre le droit absolu de l'enfant majeur de connaître ses origines, tel qu'il a été reconnu récemment par la jurisprudence (cf. supra, consid. 2.3), avec la situation de l'enfant mineur. Son grief, manifestement appellatoire, ne correspond pas aux exigences légales de motivation (art. 106 al. 2 LTF), en sorte qu'il est irrecevable.
Par ailleurs, le recourant affirme en substance qu'il ne serait pas dans l'intérêt des enfants d'intenter une action en désaveu, qui se révélerait contraire à l'intérêt prioritaire de la famille traditionnelle. Sa critique, en tant qu'elle porterait sur la violation du droit fédéral, est dépourvue de toute réfutation des motifs de la décision entreprise (art. 42 al. 2 LTF); en conséquence, elle est irrecevable. Quoi qu'il en soit, elle serait mal fondée. L'autorité cantonale a procédé, conformément aux exigences jurisprudentielles, à une correcte pesée des intérêts des enfants à agir en désaveu: elle a examiné leur bien-être psycho-social en rapport avec les liens noués avec leur père juridique, considérés comme peu intenses, et les liens plus suivis noués (pour A._) avec D._, ainsi que leur possibilité de continuer à vivre en Suisse; elle a également regardé les conséquences d'un désaveu sur le plan matériel, en retenant que leur prétendu père biologique serait en mesure de pourvoir à leur entretien; enfin, elle a estimé que leur droit de connaître leur origine l'emportait sur celui au maintien d'un lien de filiation purement juridique, si l'action devait aboutir.
3. Vu ce qui précède, le recours doit être déclaré irrecevable, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à l'Autorité de surveillance des tutelles du canton de Genève.
Lausanne, le 22 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant: Le Greffier:
Escher Braconi