Erwägungen:
1. Die Baukommission Zell erteilte mit Beschluss vom 11. Oktober 2011 unter gleichzeitiger Eröffnung der im koordinierten Verfahren ergangenen forstrechtlichen Bewilligung der Baudirektion Zürich vom 1. September 2011 Y._ die Baubewilligung für die Erstellung eines Anbaus und den Abbruch eines Garagengebäudes in Rikon. Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs wies das Baurekursgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. Februar 2012 ab, soweit es darauf eintrat. Gegen den Rekursentscheid erhob X._ Beschwerde, welche das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 20. Juli 2012 abwies, soweit es darauf eintrat.
2. X._ führt mit Eingabe vom 20. September 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das ihm am 21. August 2012 zugestellte Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich. Der private Beschwerdegegner, die Baudirektion und das Verwaltungsgericht beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Bauamt Zell hat auf eine Beschwerdeantwort verzichtet. Am 30. Oktober 2012 reichte X._ eine Beschwerdeergänzung ein.
3. Eine Beschwerde ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen (Art. 100 Abs. 1 BGG). Auf die am 30. Oktober 2012 eingereichte Beschwerdeergänzung ist somit wegen offensichtlichen Ablaufs der Beschwerdefrist nicht weiter einzugehen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit der Begründung des angefochtenen Urteils nicht auseinander und legt nicht im Einzelnen dar, inwiefern das angefochten Urteil bzw. die ihm zugrunde liegende Begründung rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Die Gerichtskosten sind dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bauamt Zell sowie der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli