Faits:
A. Par contrat du 7 avril 2003, A._ a cédé à W._ Sàrl - qui deviendra en mai 2007 X._ Sàrl -, moyennant un loyer mensuel de 18'000 fr., l'usage de locaux commerciaux à B._. destinés à l'exploitation d'un dancing, discothèque, bar et café. Il a été convenu que le contrat durerait jusqu'au 30 septembre 2008 et se renouvellerait ensuite pour cinq ans sauf résiliation donnée douze mois à l'avance; une annexe au contrat offre au preneur un droit d'option lui permettant de prolonger le contrat jusqu'au 30 septembre 2013, ce droit devant être exercé jusqu'au 31 août 2007 au plus tard. Pour tenir compte des travaux d'aménagement que le preneur devait effectuer et lui permettre de lancer son affaire, un avenant au contrat prévoit un système d'échelonnement du loyer, de sorte que les sommes convenues, soit 18'000 fr. par mois à titre de loyer et 1'500 fr. à titre d'acompte de charges, ne devaient être payées que dès le 1er septembre 2004 et jusqu'à l'expiration des relations contractuelles, sous réserve d'une clause d'indexation contenue dans le contrat.
Par la suite, la locataire a régulièrement demandé au bailleur de revoir le montant du loyer, en invoquant les problèmes rencontrés dans l'exploitation de son établissement et ses difficultés financières. Les demandes de baisse de loyer ont été refusées, mais le bailleur a accepté à chaque fois, à bien plaire et pour une période déterminée, de renoncer à une partie du loyer convenu.
Le 27 mars 2007, l'immeuble a été acquis par Y._ Sàrl, avec entrée en jouissance rétroactive au 1er janvier 2006, et l'acquéreur a repris le bail. Au moment de l'entrée en jouissance rétroactive, A._ avait accepté de se contenter de 12'000 fr. par mois jusqu'à fin mars 2006 et l'acquéreur a respecté cet accord.
A la suite d'une nouvelle demande de la locataire, la bailleresse a accepté, pour la période d'avril 2006 à fin mars 2007, de s'accommoder d'un loyer de 12'500 fr. par mois, en précisant qu'à défaut de paiement ponctuel, elle se réservait le droit d'exiger avec effet rétroactif le paiement du loyer convenu dans le contrat du 7 avril 2003.
A l'expiration de cette période, les parties n'ont pas trouvé un nouvel arrangement et la bailleresse a fait savoir à la locataire, sur une formule officielle datée du 7 juin et notifiée le 11 juin 2007, qu'elle exigeait 16'000 fr. par mois de loyer dès le 1er août 2007.
La locataire a alors saisi l'autorité de conciliation pour contester ce qu'elle considère comme une augmentation de loyer, en prenant également d'autres conclusions à l'encontre de la bailleresse. Par ailleurs, le 24 août 2007, elle a exercé son droit d'option, prolongeant le bail jusqu'au 30 septembre 2013.
B. Le litige n'ayant pas été concilié, la cause a été portée devant le Tribunal de commerce du canton de Berne le 3 décembre 2007. La locataire a conclu que la hausse de loyer était nulle ou en tout cas abusive, que le loyer initial était abusif, que l'avance pour les frais accessoires était excessive et qu'il fallait installer un compteur séparé pour l'installation de climatisation. La défenderesse a conclu au rejet de la demande et, soutenant que le loyer était fixé à 18'000 fr. dès le 1er août 2007, a conclu à la condamnation de sa partie adverse à lui verser en capital le montant de 77'000 fr.
Par jugement du 5 février 2009, le Tribunal de commerce du canton de Berne a rejeté la demande, constaté que le loyer dû était de 16'000 fr. dès le 1er août 2007 et condamné la demanderesse à payer à la défenderesse la somme de 49'000 fr. avec intérêts, statuant par ailleurs sur les frais et dépens.
Analysant les témoignages recueillis et les pièces produites, la cour cantonale est parvenue à la conclusion que le loyer convenu dans le contrat du 7 avril 2003 correspondait à la réelle et commune intention des parties. A la suite d'une appréciation des preuves, elle a retenu que la locataire ne pouvait déduire des comportements de ses deux bailleurs successifs qu'ils avaient à un certain moment renoncé au loyer convenu initialement (arrêt attaqué p. 18). Il n'y a eu que des renonciations, à la demande de la locataire et pour tenir compte de ses difficultés financières, à percevoir le loyer intégral, à chaque fois pendant des périodes déterminées. La cour cantonale en a déduit qu'il ne s'agissait pas d'une hausse de loyer, mais que la bailleresse était liée par son offre de se contenter de 16'000 fr. par mois dès le 1er août 2007. Elle a observé que la locataire n'était plus dans les délais pour contester le loyer initial et a rejeté les conclusions de la locataire concernant le caractère excessif de l'acompte pour les frais accessoires, ainsi que sa demande de poser un compteur individuel, considérant sur ce dernier point que la requête ne répondait à aucun intérêt actuel parce qu'il n'était pas établi que de l'électricité était utilisée pour le local au-dessous de celui de la locataire, qui était alors vacant.
C. La locataire a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement du 5 février 2009. Soutenant que la hausse de loyer qui lui avait été notifiée le 11 juin 2007 est nulle, subsidiairement mal fondée, et qu'elle a droit à une modification de l'installation de climatisation, elle a conclu, sous suite de frais et dépens, à la réforme du jugement attaqué en ce sens que ses conclusions soient admises et celles, reconventionnelles, de la bailleresse soient intégralement rejetées.
La bailleresse a conclu à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions sur la fixation de son loyer et sur des travaux à exécuter (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 48 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62 - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140). Une correction de l'état de fait ne peut d'ailleurs être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 La recourante soutient que la formule officielle, datée du 7 juin 2007 et reçue le 11 juin 2007, doit être considérée comme une augmentation de loyer et que celle-ci est nulle parce qu'elle n'indique pas suffisamment ses motifs (art. 269d al. 2 let. b CO), et qu'elle ne trouve d'ailleurs aucune justification. La cour cantonale a considéré au contraire qu'il ne s'agissait pas d'une hausse de loyer, le loyer convenu étant supérieur. Il faut donc déterminer quel était le loyer convenu précédemment entre les parties.
Il s'agit typiquement d'un litige portant sur la détermination d'un point essentiel du contrat par la voie de l'interprétation.
En présence d'un litige sur l'interprétation de clauses contractuelles, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO). Il faut rappeler qu'un accord peut résulter non seulement de déclarations expresses concordantes, mais aussi d'actes concluants (art. 1 al. 2 CO). Déterminer ce qu'une partie savait ou voulait au moment de la conclusion du contrat relève des constatations de fait (ATF 131 III 606 consid. 4.1 p. 611; 128 III 419 consid. 2.2 p. 422). Si la cour cantonale parvient à se convaincre, sur la base de l'appréciation des preuves, que les parties ont échangé des manifestations de volonté concordantes qui correspondaient à leur volonté intime, il s'agit d'une constatation de fait qui est en principe soustraite à l'examen du Tribunal fédéral (ATF 133 III 681 consid. 3.3 p. 681; 132 III 268 consid. 2.3.2 p. 274 s., 626 consid. 3.1 p. 632; 131 III 606 consid. 4.1 p. 611). Une telle constatation clôt le débat sur l'interprétation, sans qu'il y ait lieu d'appliquer le principe de la confiance; en effet, l'interprétation subjective prime l'interprétation objective (ATF 131 III 467 consid. 1.1 p. 469, 606 consid. 4.1 p. 611; 130 III 554 consid. 3.1 p. 557).
En l'espèce, la cour cantonale a constaté, en procédant à une appréciation des preuves apportées, que les parties voulaient l'une et l'autre que le loyer mensuel soit fixé à 18'000 fr., comme elles l'ont déclaré dans le contrat écrit. Elle a ainsi constaté une volonté réelle et concordante. Il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF). La recourante n'invoque pas que cette constatation serait arbitraire ou établie en violation d'une règle du droit fédéral. Faute d'une motivation répondant aux exigences de la jurisprudence (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140), elle ne peut demander une rectification de l'état de fait (art. 97 al. 1 LTF). Une rectification d'office est également exclue, puisqu'il ne saute pas aux yeux que cette constatation soit insoutenable (cf. art. 105 al. 2 LTF). Il faut donc raisonner sur la base de cette dernière (art. 105 al. 1 LTF).
La cour cantonale est également parvenue à la conviction que les deux bailleurs successifs n'avaient jamais eu la volonté de modifier le loyer initial, qu'ils n'avaient fait aucune déclaration qui puisse être interprétée dans ce sens et que les deux parties étaient au contraire toujours conscientes que le loyer dû contractuellement était celui prévu dans le contrat initial. Ces constatations de fait sur la commune et réelle intention des parties lient le Tribunal fédéral pour les mêmes raisons que celles qui viennent d'être exposées (art. 105 al.1 LTF).
Ensuite, toujours sur la base de l'appréciation des preuves, la cour cantonale a constaté que les deux bailleurs successifs avaient accepté régulièrement, à la demande de la locataire et pour tenir compte de ses difficultés financières, de renoncer à une partie de leurs créances, toujours pour des périodes déterminées, étant entendu que le loyer dû contractuellement restait celui fixé dans le contrat initial; elle a également constaté que la locataire avait compris les prises de position des bailleurs dans ce sens. Là aussi, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF).
Il faut donc raisonner en droit sur la base de la commune et réelle intention des parties, telle qu'elle a été constatée par la cour cantonale.
2.2 Les accords successifs dans lesquels la bailleresse renonçait à une partie de sa créance, pour une période déterminée, sans remettre en question le loyer convenu initialement et sans jamais accepter que ce loyer soit définitivement modifié pour l'avenir, se caractérisent comme des remises de dettes au sens de l'art. 115 CO.
La remise de dette constitue un contrat bilatéral non formel, par lequel le créancier et le débiteur conviennent d'éteindre une créance ou un rapport juridique (ATF 131 III 586 consid. 4.2.3.4 p. 593). Elle peut être conclue de manière expresse ou tacite (art. 1 al. 2 CO); l'offre et l'acceptation peuvent donc résulter d'actes concluants et l'acceptation du bénéficiaire peut même résulter de son silence (art. 6 CO) (cf. ATF 110 II 344 consid. 2b p. 346). Même en matière de bail à loyer, le bailleur et le locataire peuvent convenir de manière informelle de libérer le locataire de tout ou partie du loyer (arrêt 4C.183/1995 du 6 décembre 1995, consid. 5b non publié à l'ATF 121 III 408).
En l'espèce, le loyer était fixé contractuellement à 18'000 fr. par mois et la bailleresse, en envoyant la formule litigieuse, a manifesté la volonté de se contenter de 16'000 fr. par mois pour la période commençant le 1er août 2007. Vu la réaction de la locataire, on peut se demander si cette proposition a été acceptée et, par voie de conséquence, si la remise de dette a été conclue. Une réponse négative conduirait à la conclusion que la recourante doit le loyer contractuel de 18'000 fr. par mois; cependant, comme la bailleresse n'a pas recouru et que le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF), il n'y a pas lieu d'examiner cette question. En qualifiant la formule officielle litigieuse d'offre de conclure une remise de dette, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral.
Selon l'art. 115 CO, il n'est besoin d'aucune forme spéciale pour annuler ou réduire conventionnellement une créance, même si, d'après la loi ou la volonté des parties, l'obligation n'a pu prendre naissance que sous certaines conditions de forme. En conséquence, aucune formule officielle ni aucune motivation particulière n'était nécessaire pour conclure la remise de dette d'espèce.
Toute l'argumentation juridique de la recourante sur l'exigence d'une formule officielle correctement remplie et sur les conditions d'une hausse de loyer repose sur un état de fait qui n'est pas celui qui lie le Tribunal fédéral, de sorte que cette argumentation est dépourvue de tout fondement dans les faits.
2.3 La recourante persiste à demander devant le Tribunal fédéral la mise en place d'un compteur séparé pour l'installation de climatisation (cf. art. 258 al. 2 et 259a al. 1 let. a CO).
La cour cantonale a constaté que le compteur était commun à des locaux durablement inoccupés, qu'il n'était pas prouvé que de l'électricité était consommée pour ces locaux et que la bailleresse se déclarait disposée à prendre les mesures nécessaires si ces locaux venaient un jour à être occupés. Il s'agit là de questions qui relèvent de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits et, en l'absence d'un grief répondant aux exigences de l'art. 97 al. 1 LTF, il faut s'en tenir aux constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF).
La chose louée ne peut pas être considérée comme défectueuse si elle est dépourvue d'un équipement auquel le locataire n'a aucun intérêt. Aussi longtemps que les locaux voisins sont inoccupés, on ne voit pas que l'absence d'un compteur séparé puisse conduire à des confusions préjudiciables à la locataire. En conséquence, dans la situation réelle actuelle - dont la constatation lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) -, on ne peut pas considérer que l'absence d'un compteur séparé constitue un défaut de la chose louée. En rejetant cette demande de travaux, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral.
3. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires fixés à 4'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal de Commerce du canton de Berne.
Lausanne, le 2 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget