Erwägungen:
1. Das Bezirksamt Rheinfelden führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen mehrfachen Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung, mehrfachen Hausfriedensbruchs, Widerhandlung gegen das Transportgesetz und Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. X._ befindet sich seit dem 3. Juli 2009 in Untersuchungshaft, welche zunächst im Kanton Basel-Stadt und seit dem 31. Juli 2009 im Kanton Aargau vollzogen wird.
2. Mit Eingabe vom 7. August 2009 stellte X._ ein Haftentlassungsgesuch. Das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau wies das Haftentlassungsgesuch mit Verfügung vom 13. August 2009 ab. Es bejahte den dringenden Tatverdacht sowie das Vorliegen des besonderen Haftgrundes der Fortsetzungsgefahr. Dem vorbestraften Angeschuldigten würden u.a. mehrere Einbruchdiebstähle in der Zeit vom 8. Juli 2008 bis 3. Juli 2009 vorgeworfen. Obwohl er sich in der Zeit 16. November 2008 bis 18. November 2008, vom 27. Dezember 2008 bis 9. Januar 2009 und vom 12. Mai 2009 bis 20. Mai 2009 jeweils in Untersuchungshaft befand, habe er danach jeweils ungehindert weiter delinquiert. Die Fortsetzungsgefahr sei bereits mehrfach verwirklicht worden, weshalb von sehr hoher Rückfallgefahr auszugehen sei.
3. X._ führt mit Eingabe vom 9. September 2009 Beschwerde in Strafsachen gegen die Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau vom 13. August 2009. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte, wie etwa das Willkürverbot oder den Anspruch auf persönliche Freiheit, verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 I 313 E. 2 S. 315; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Ausführungen des Präsidiums der Beschwerdekammer, die zur Abweisung seines Haftentlassungsgesuchs führten, nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern das Präsidium in verfassungswidriger Weise sein Haftentlassungsgesuch abgewiesen haben sollte. Da die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen der angefochtenen Verfügung darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Rheinfelden und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli