Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Die X._ GmbH ist Eigentümerin der Grundstücke GB Nrn. 2069 und 2342 in Gümligen auf dem Gemeindegebiet Muri bei Bern. Die Parzellen liegen unmittelbar beim Bahnareal, zwischen diesem und dem Dennigkofenweg. GB Nr. 2069 ist mit einem Lagergebäude überbaut, während auf GB Nr. 2342 ein asphaltierter Vorplatz mit Zufahrt und Abstellplätzen für Motorfahrzeuge besteht.
Im Rahmen der NEAT müssen die SBB das heute zweigleisige Bahntrassee zwischen Ostermundigen und Gümligen auf drei Gleise erweitern. Zu diesem Zweck sollen von den angrenzenden Grundstücken Landstreifen dauernd (für das dritte Geleise) respektive vorübergehend (für die Bauarbeiten) enteignet werden. Im ursprünglich aufgelegten Projekt war vorgesehen, ab GB Nr. 2069 einen Streifen von 207 m2 dauernd und einen von 113 m2 vorübergehend zu enteignen. Bei der Parzelle Nr. 2432 sollten 75 m2 dauernd und ein Streifen von 112 m2 vorübergehend enteignet werden. Am 21. Dezember 2001 schlossen die Landeigentümerin und die SBB eine entsprechende Landerwerbsvereinbarung. Die Gültigkeit dieser Vereinbarung stand ausdrücklich unter der Bedingung, dass die wesentlichen Projektbestandteile eingehalten würden und es nicht zu erheblichen Abänderungen komme, welche sich auf die Liegenschaften der Grundeigentümerin auswirken würden.
Im Rahmen der NEAT müssen die SBB das heute zweigleisige Bahntrassee zwischen Ostermundigen und Gümligen auf drei Gleise erweitern. Zu diesem Zweck sollen von den angrenzenden Grundstücken Landstreifen dauernd (für das dritte Geleise) respektive vorübergehend (für die Bauarbeiten) enteignet werden. Im ursprünglich aufgelegten Projekt war vorgesehen, ab GB Nr. 2069 einen Streifen von 207 m2 dauernd und einen von 113 m2 vorübergehend zu enteignen. Bei der Parzelle Nr. 2432 sollten 75 m2 dauernd und ein Streifen von 112 m2 vorübergehend enteignet werden. Am 21. Dezember 2001 schlossen die Landeigentümerin und die SBB eine entsprechende Landerwerbsvereinbarung. Die Gültigkeit dieser Vereinbarung stand ausdrücklich unter der Bedingung, dass die wesentlichen Projektbestandteile eingehalten würden und es nicht zu erheblichen Abänderungen komme, welche sich auf die Liegenschaften der Grundeigentümerin auswirken würden.
B. Auf Gesuch der SBB vom 19. Dezember 2001 hin, leitete das Bundesamt für Verkehr (BAV) am 6./7. Februar 2002 das ordentliche eisenbahnrechtliche Plangenehmigungsverfahren ein. Wegen der gemeinsamen Vereinbarung erhob die X._ GmbH während der öffentlichen Planauflage keine Einsprache. Indessen gingen 65 Einsprachen ein, die sich vornehmlich gegen die Erschliessung der Baustelle mitten durch Wohnquartiere wandten.
Infolge der Einsprachen verweigerte das BAV in seiner Plangenehmigungsverfügung vom 28. November 2002 dem Transportrouten-Konzept der SBB die Zustimmung. Um die Wohnbevölkerung vor möglichen Immissionen zu verschonen, wurden für verschiedene Streckenabschnitte abweichende LKW-Erschliessungen verfügt. Auch für den Streckenabschnitt, in welchem die Grundstücke der X._ GmbH liegen, wurden Änderungen beschlossen: Auf die im aufgelegten Projekt vorgesehene Zufahrt ab Dennigkofenweg zur Gleisbaustelle Ost über die Parzellen Nrn. 1560 und 1765 sei zu verzichten und als Ersatz sei eine Erschliessung weiter südlich über die Parzelle Nr. 2342 zu prüfen. Weil die X._ GmbH im Plangenehmigungsverfahren keine Einsprache erhoben hatte, konnte sie gegen diese Neuerungen keine Beschwerde einreichen. Eine öffentliche Planauflage der Änderungen erfolgte nicht.
Infolge der Einsprachen verweigerte das BAV in seiner Plangenehmigungsverfügung vom 28. November 2002 dem Transportrouten-Konzept der SBB die Zustimmung. Um die Wohnbevölkerung vor möglichen Immissionen zu verschonen, wurden für verschiedene Streckenabschnitte abweichende LKW-Erschliessungen verfügt. Auch für den Streckenabschnitt, in welchem die Grundstücke der X._ GmbH liegen, wurden Änderungen beschlossen: Auf die im aufgelegten Projekt vorgesehene Zufahrt ab Dennigkofenweg zur Gleisbaustelle Ost über die Parzellen Nrn. 1560 und 1765 sei zu verzichten und als Ersatz sei eine Erschliessung weiter südlich über die Parzelle Nr. 2342 zu prüfen. Weil die X._ GmbH im Plangenehmigungsverfahren keine Einsprache erhoben hatte, konnte sie gegen diese Neuerungen keine Beschwerde einreichen. Eine öffentliche Planauflage der Änderungen erfolgte nicht.
C. Im Laufe des Jahres 2003 wurden Verhandlungen für eine angepasste Landerwerbsvereinbarung zwischen der X._ GmbH und den SBB aufgenommen. Dabei zeigte sich, dass aufgrund des abgeänderten Transportkonzeptes von Parzelle Nr. 2342 neu 325 m2 anstelle der ursprünglich vorgesehenen 112 m2 vorübergehend beansprucht werden sollen. Bei GB Nr. 2069 sollen neu 240 m2 statt 207 m2 definitiv in Anspruch genommen werden. Bei beiden Grundstücken verlängert sich zudem die vorübergehende Beanspruchung auf 30 Monate statt der einstigen 6 Monate. Über die Höhe der Enteignungsentschädigung und das Ausmass der zu beanspruchenden Flächen konnten sich die Parteien bis anhin nicht einigen.
C. Im Laufe des Jahres 2003 wurden Verhandlungen für eine angepasste Landerwerbsvereinbarung zwischen der X._ GmbH und den SBB aufgenommen. Dabei zeigte sich, dass aufgrund des abgeänderten Transportkonzeptes von Parzelle Nr. 2342 neu 325 m2 anstelle der ursprünglich vorgesehenen 112 m2 vorübergehend beansprucht werden sollen. Bei GB Nr. 2069 sollen neu 240 m2 statt 207 m2 definitiv in Anspruch genommen werden. Bei beiden Grundstücken verlängert sich zudem die vorübergehende Beanspruchung auf 30 Monate statt der einstigen 6 Monate. Über die Höhe der Enteignungsentschädigung und das Ausmass der zu beanspruchenden Flächen konnten sich die Parteien bis anhin nicht einigen.
D. Am 14. Januar 2004 stellten die SBB bei der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, ein Gesuch um vorzeitige Besitzeseinweisung. Zusätzlich ersuchten sie am 20. Januar 2004 bei der nämlichen Instanz um den Erlass von Beweissicherungsmassnahmen bezüglich der betroffenen Liegenschaften. Die X._ GmbH beantragte die Abweisung der beiden Gesuche, da einem Baubeginn bau- und planungsrechtliche Hindernisse entgegen stünden. Zudem sei eine gestaffelte Planauflage für dieselben Grundstücke im gleichen Streckenabschnitt unzulässig.
Inzwischen hatten die SBB mit Plangenehmigungsgesuch vom 21. Januar 2004 beim BAV ein neues Plangenehmigungsverfahren für das Transportrouten-Konzept mit Zufahrt für LKWs über die Parzelle Nr. 2432 eröffnet. Sie beantragten die Durchführung des vereinfachten Plangenehmigungsverfahrens. Das BAV entsprach diesem Begehren am 27. Januar 2004 und stellte der betroffenen Grundeigentümerin eine persönliche Anzeige im Sinn von Art. 34 des Bundesgesetzes über die Enteignung vom 20. Juni 1930 (EntG; SR 711) zu. Auf Rüge der X._ GmbH wegen Unvollständigkeit der Anzeige hin, erliess das BAV am 5. Februar 2004 eine neue. Die X._ GmbH bemängelte diese Anzeige erneut, weil nach ihrer Meinung unzutreffende Pläne beigelegt worden waren.
Inzwischen hatten die SBB mit Plangenehmigungsgesuch vom 21. Januar 2004 beim BAV ein neues Plangenehmigungsverfahren für das Transportrouten-Konzept mit Zufahrt für LKWs über die Parzelle Nr. 2432 eröffnet. Sie beantragten die Durchführung des vereinfachten Plangenehmigungsverfahrens. Das BAV entsprach diesem Begehren am 27. Januar 2004 und stellte der betroffenen Grundeigentümerin eine persönliche Anzeige im Sinn von Art. 34 des Bundesgesetzes über die Enteignung vom 20. Juni 1930 (EntG; SR 711) zu. Auf Rüge der X._ GmbH wegen Unvollständigkeit der Anzeige hin, erliess das BAV am 5. Februar 2004 eine neue. Die X._ GmbH bemängelte diese Anzeige erneut, weil nach ihrer Meinung unzutreffende Pläne beigelegt worden waren.
E. Mit Entscheid vom 11. Februar 2004 verfügte die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 6, die vorzeitige Besitzeseinweisung der SBB in die Grundstücke der X._ GmbH sowie die damit zusammenhängende Beweissicherung.
Dagegen erhebt die X._ GmbH mit Eingabe vom 17. Februar 2004 Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Sie beantragt die vollumfängliche Aufhebung des Entscheides vom 11. Februar 2004 und die Abweisung der Gesuche vom 14. respektive 20. Januar 2004 um vorzeitige Besitzeinweisung und Durchführung von Beweissicherungsmassnahmen. Gleichzeitig wird um die Gewährung der aufschiebenden Wirkung ersucht. Den SBB und der Vorinstanz sei zu verbieten, während der Dauer des Beschwerdeverfahrens die Grundstücke Muri GB Nrn. 2069 und 2342 für Bauarbeiten im Zusammenhang mit der Erstellung des dritten Gleises Ostermundigen-Gümligen zu betreten oder anderweitig in Anspruch zu nehmen beziehungsweise Beweissicherungsmassnahmen an diesen Grundstücken durchzuführen.
Die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 6, und die SBB schliessen in ihren Vernehmlassungen auf Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 6, ist im angefochtenen Entscheid davon ausgegangen, die vorzeitige Besitzeinweisung könne erfolgen, weil die Voraussetzungen nach Art. 76 EntG erfüllt seien. Die Beschwerdeführerin stellt dies in Abrede.
1.1 Das Gesuch um vorzeitige Besitzeinweisung umfasst nach Meinung der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, diejenigen Teile der Parzellen Nrn. 2069 und 2342, welche Bestandteil der ursprünglichen Landerwerbsvereinbarung gewesen seien und für welche die rechtskräftige Plangenehmigungsverfügung vom 28. November 2002 gelte. Ob die Beschwerdegegnerin als Gesuchstellerin weitere Teile der Parzellen beanspruchen könne und werde, sei nicht Gegenstand dieses Verfahrens. Die Beschwerdeführerin widerspricht. Weil sie im Plangenehmigungsverfahren aufgrund der Vereinbarung keine Einsprache gemacht habe, sei ihr der anschliessende Beschwerdeweg gegen das abgeänderte Transportrouten-Konzept versagt geblieben. Eine neuerliche Auflage der Änderungen habe entgegen Art. 56 EntG nicht stattgefunden, so dass sie ihre Rechte nicht habe wahren können. Planungs- und baurechtliche Hindernisse stünden einer vorzeitigen Besitzeinweisung entgegen. Überdies sei eine gestaffelte Planauflage für ein und dieselben Grundstücke im gleichen Streckenabschnitt gemäss Bundesgerichtspraxis unzulässig. Weiter weist die Beschwerdeführerin darauf hin, dass die Landerwerbsvereinbarung durch die vom BAV in der Verfügung vom 28. November 2002 geforderten Änderungen dahin gefallen sei.
1.2 Das Bundesgericht hat in BGE 121 II 121 E. 1 S. 123 einmal mehr betont, dass die Anwendung von Art. 76 EntG nur in Frage kommt, wenn das Werk, für welches enteignet wird, nach den massgebenden Spezialbestimmungen bewilligt und zum Bau freigegeben worden ist. Diese Voraussetzung ergebe sich aus Zweck und Wesen des Institutes der vorzeitigen Besitzeinweisung selbst. Solange aus bau- und planungsrechtlicher Sicht mit den Bauarbeiten noch nicht begonnen werden kann, hat der Enteigner keinen Anspruch auf vorzeitigen Besitz der für die Erstellung des Werkes benötigten Rechte (BGE 116 Ib 241 E. 4b S. 247; 115 Ib E. 4d S. 433 ff.).
1.3 Wie sich aus dem Gesuch der Enteignerin vom 21. Januar 2004 an das BAV und dem angefochtenen Entscheid selbst ergibt, war im Zeitpunkt der Besitzeinweisung die in der Plangenehmigungsverfügung vom 28. November 2002 verlangte abgeänderte Erschliessung - mit der Zufahrt über die Parzelle Nr. 2342 - noch nicht rechtsgenüglich festgelegt. Das vereinfachte Plangenehmigungsverfahren wurde erst mit Gesuch vom 21. Januar 2004 eingeleitet, über ein Jahr nach der Plangenehmigungsverfügung des BAV, obwohl Art. 56 EntG eine unverzügliche Neuauflage geänderter Pläne verlangt. Das Verfahren befindet sich noch im Anfangsstadium, ist doch umstritten, ob die Spezialanzeige an die Beschwerdeführerin überhaupt den rechtlichen Anforderungen genügt und ob nicht das ordentliche Plangenehmigungsverfahren mit öffentlicher Auflage durchzuführen wäre.
Somit ist festzuhalten, dass es hinsichtlich der Baustellenerschliessung an einem vollstreckbaren Planungsentscheid fehlt. Zu prüfen bleibt, ob die vorzeitige Besitzeinweisung für denjenigen Teil der Parzellen, der schon gemäss dem ursprünglichen Plan enteignet werden sollte, zu Recht gewährt wurde.
Somit ist festzuhalten, dass es hinsichtlich der Baustellenerschliessung an einem vollstreckbaren Planungsentscheid fehlt. Zu prüfen bleibt, ob die vorzeitige Besitzeinweisung für denjenigen Teil der Parzellen, der schon gemäss dem ursprünglichen Plan enteignet werden sollte, zu Recht gewährt wurde.
2. Das ursprüngliche Projekt, auf dem die Landerwerbsvereinbarung beruhte, erfuhr im Plangenehmigungsverfahren massgebliche Änderungen, welche eine erhebliche Mehrbelastung in flächenmässiger und zeitlicher Hinsicht für die Grundstücke der Beschwerdeführerin zur Folge haben. Die Beschwerdeführerin hatte aufgrund der Vereinbarung im Plangenehmigungsverfahren keine Einsprache erhoben. Gegen die verfügten Erschliessungsänderungen konnte sie deshalb keine Beschwerde einreichen. Entgegen Art. 56 EntG erfolgte keine unverzügliche Neuauflage der geänderten Pläne, so dass der Beschwerdeführerin die Möglichkeit, sich zu den Änderungen zu äussern, bis anhin versagt blieb. Zudem sieht auch Art. 5 Abs. 1 der Verordnung über das Plangenehmigungsverfahren für Eisenbahnanlagen vom 2. Februar 2000 (VPVE; SR 742.142.1) vor, dass das geänderte Projekt den Betroffenen erneut zur Stellungnahme zu unterbreiten oder gegebenenfalls öffentlich aufzulegen ist, wenn sich während des Plangenehmigungsverfahrens wesentliche Änderungen gegenüber dem ursprünglichen Projekt ergeben. Entgegen der Meinung der Eidgenössischen Schätzungskommission und der Beschwerdegegnerin ist demzufolge nicht von einer vollstreckbaren Planung auszugehen. Nicht ersichtlich ist, weshalb die Landerwerbsvereinbarung noch Gültigkeit haben soll, nachdem die vom BAV verfügte Erschliessungsänderung für die Beschwerdeführerin mit beträchtlichen Mehrbelastungen verbunden ist.
Eine Aufteilung der Planung in zwei Etappen für dieselben Grundstücke führt überdies, wie die Beschwerdeführerin zu Recht geltend macht, zur Schaffung eines Präjudizes. Die vorzeitige Besitzeinweisung in denjenigen Teil der Parzellen, der für den Gleisbau benötigt wird, nützt der Beschwerdegegnerin nur, wenn die Erschliessung zur Baustelle gewährleistet ist. Die im Vernehmlassungsverfahren vor der Eidgenössischen Schätzungskommission erwähnte Erschliessungsvariante über den Dammweg ist planungs- und baurechtlich nicht sichergestellt und kann nur als vages Provisorium bezeichnet werden. Daran ändert das von der Gemeinde Muri in einem Rundschreiben vom 5. Februar 2004 an die betroffene Bevölkerung geäusserte Einverständnis zum Erschliessungsprovisorium (bis Ende September 2004) nichts. Diese provisorische Erschliessungsvariante ist jedenfalls in der Plangenehmigungsverfügung vom 28. November 2002 nicht enthalten. Die Beschwerdegegnerin macht denn auch nicht geltend, dass diesbezüglich ein Planverfahren unter Einbezug allfälliger Dritter durchgeführt worden wäre, sondern führt selber aus, dass diese Erschliessung eine aufwändige und für die Betroffenen auf die Dauer unzumutbare Lösung darstelle. In BGE 111 Ib 15 E. 5 S. 20 ff. (dazu auch BGE 121 II 378 E. 3b/bb S. 386) schloss das Bundesgericht eine gestaffelte Planauflage für den gleichen Streckenabschnitt aus. Erst recht muss von einer Aufspaltung in einzelne planerische Elemente für ein und dieselbe Parzelle im gleichen Streckenabschnitt abgesehen werden. Kann die Beschwerdegegnerin aufgrund der vorzeitigen Besitzeseinweisung bereits mit den Bauarbeiten beginnen, sind der Einspracheinstanz im Verfahren über die Transportroute wenn auch nicht rechtlich, so doch faktisch die Hände gebunden (dazu auch BGE 111 Ib 15 E. 5d S. 23). Der Enteignungseingriff muss gesamthaft beurteilt werden können. Der Betroffene soll allfällige eisenbahn- und/oder enteignungsrechtliche Einsprachen sowie Entschädigungsforderungen in Bezug auf den gesamten ihn tangierenden Eingriff geltend machen können.
Das Planauflageverfahren für die abgeänderte Erschliessungsvariante hat demzufolge die gesamte Parzelle Nr. 2342 zu umfassen. Eine vorzeitige Besitzeseinweisung in einen Teil der Grundstücke Nrn. 2342 und 2069 ist derzeit aufgrund planungsrechtlicher Hindernisse nicht zulässig.
Das Planauflageverfahren für die abgeänderte Erschliessungsvariante hat demzufolge die gesamte Parzelle Nr. 2342 zu umfassen. Eine vorzeitige Besitzeseinweisung in einen Teil der Grundstücke Nrn. 2342 und 2069 ist derzeit aufgrund planungsrechtlicher Hindernisse nicht zulässig.
3. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass sich die vorzeitige Besitzeinweisung als unrechtmässig erweist. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist demnach gutzuheissen und der Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, vom 11. Februar 2004 aufzuheben. Die Akten sind an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie die Gesuche der Beschwerdegegnerin vom 14. und 20. Januar 2004 um vorzeitige Besitzeinweisung und Beweissicherung abweise und über die Kosten neu befinde (vgl. Art. 114 Abs. 2 OG). Infolgedessen fällt auch die Notwendigkeit für Beweissicherungsmassnahmen im jetzigen Zeitpunkt dahin. Die Begehren der Beschwerdeführerin, die aufschiebende Wirkung zu gewähren und vorsorgliche Massnahmen gegenüber der Beschwerdegegnerin und der Vorinstanz betreffend, werden damit hinfällig.
3. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass sich die vorzeitige Besitzeinweisung als unrechtmässig erweist. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist demnach gutzuheissen und der Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, vom 11. Februar 2004 aufzuheben. Die Akten sind an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie die Gesuche der Beschwerdegegnerin vom 14. und 20. Januar 2004 um vorzeitige Besitzeinweisung und Beweissicherung abweise und über die Kosten neu befinde (vgl. Art. 114 Abs. 2 OG). Infolgedessen fällt auch die Notwendigkeit für Beweissicherungsmassnahmen im jetzigen Zeitpunkt dahin. Die Begehren der Beschwerdeführerin, die aufschiebende Wirkung zu gewähren und vorsorgliche Massnahmen gegenüber der Beschwerdegegnerin und der Vorinstanz betreffend, werden damit hinfällig.
4. Die bundesgerichtlichen Kosten sind aufgrund von Art. 116 EntG und entsprechend dem Ausgang des Verfahrens der Enteignerin aufzuerlegen. Diese hat der Beschwerdeführerin zudem eine Parteientschädigung auszurichten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, vom 11. Februar 2004 aufgehoben.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, vom 11. Februar 2004 aufgehoben.
2. Die Akten werden zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 6, zurückgewiesen.
2. Die Akten werden zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 6, zurückgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Schweizerischen Bundesbahnen SBB (spezialgesetzliche Aktiengesellschaft) auferlegt.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Schweizerischen Bundesbahnen SBB (spezialgesetzliche Aktiengesellschaft) auferlegt.
4. Die Schweizerischen Bundesbahnen SBB (spezialgesetzliche Aktiengesellschaft) haben die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Die Schweizerischen Bundesbahnen SBB (spezialgesetzliche Aktiengesellschaft) haben die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, den Schweizerischen Bundesbahnen SBB (spezialgesetzliche Aktiengesellschaft) und der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. März 2004
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: