Faits:
A. C._ a travaillé en qualité de maçon au service de l'entreprise X._ SA à partir du 22 avril 1986. A la suite d'un accident du travail survenu le 30 juin 1999, au cours duquel il a subi une atteinte au genou gauche, il a cessé toute activité lucrative. Le 19 septembre 2000, l'intéressé a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité tendant à l'octroi d'un reclassement dans une nouvelle profession ou d'une rente.
L'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'OCAI) a recueilli l'avis de la doctoresse A._, généraliste et médecin traitant de l'assuré. Dans un rapport du 18 octobre 2000, celle-ci a posé le diagnostic de gonalgies chroniques gauches post-traumatiques sur lésion méniscale interne et status post-luxation traumatique externe de la rotule, status post-arthroscopie du genou gauche, cervico-dorso-lombalgies chroniques sur troubles statiques de la colonne «CDLombaire», surdité bilatérale congénitale et état d'angoisse. Dans un rapport ultérieur du 1er mai 2002, la doctoresse A._ a fait état d'une aggravation de l'état de santé de l'assuré depuis mai 2001. Elle précisait que son patient était suivi depuis deux ans par un psychiatre.
L'OCAI a par ailleurs recueilli l'avis du docteur O._, psychiatre traitant de l'assuré, lequel a posé le diagnostic de cervico-dorso-lombalgies chroniques, gonalgie gauche chronique et épisode dépressif moyen (F 32.1). Il a estimé la capacité de travail nulle dans l'activité de maçon. En revanche, dans une activité légère, alternant les positions assise et debout, la capacité de travail était évaluée à 50 % (cf. rapport du 4 novembre 2002).
L'OCAI a mis en oeuvre un stage d'observation professionnelle auprès du Centre d'intégration professionnelle (CIP), lequel s'est déroulé du 20 octobre 2003 au 25 janvier 2004. Dans son rapport d'évaluation, le directeur du CIP a conclu que l'assuré pouvait théoriquement mettre en valeur une capacité résiduelle de travail de 75 % après une période de préparation à des activités industrielles légères et/ou mise au courant pratique en entreprise pendant six mois. Il a toutefois relevé que les rendements étaient faibles, l'intéressé ne cherchant pas à contourner ses difficultés. Le travail était abordé passivement et l'assuré était si plaintif et démonstratif qu'il perdait toute crédibilité. Ce comportement contre-indiquait tout placement direct en entreprise. Le CIP proposait en outre la mise en oeuvre d'un examen médical global (physique et psychique).
Par décision du 7 juin 2005, l'OCAI a nié le droit de l'assuré à une rente d'invalidité ainsi qu'à des mesures d'ordre professionnel. Il a fixé à 30% le degré d'invalidité, compte tenu d'un revenu d'invalide comme ouvrier de montage dans l'industrie légère de 50'548 fr. 70 (soit 37'912 fr. à 75%) et d'un revenu sans invalidité de 54'535 fr.
L'assuré ayant formé opposition contre cette décision, l'administration l'a admise et confié un examen pluridisciplinaire à son Service médical régional (SMR; cf. décision sur opposition du 11 août 2005), lequel a examiné l'assuré le 12 décembre 2005. Dans leur rapport du 28 février 2006, les médecins du SMR ont conclu à une capacité de travail nulle dans l'activité habituelle mais entière dans une activité adaptée tenant strictement compte des limitations fonctionnelles ostéoarticulaires de l'assuré, et ce, depuis le 21 décembre 2000, date de la stabilisation du problème au genou selon le médecin d'arrondissement de la CNA. Sur le plan psychique, les médecins ont relevé un trouble de la personnalité émotionnellement labile de type impulsif, lequel était sans répercussion sur la capacité de travail.
Par une nouvelle décision du 30 mars 2006, confirmée sur opposition le 11 octobre 2006, l'OCAI a rejeté la demande de prestations de l'assuré. Reprenant les mêmes chiffres que dans sa décision du 7 juin 2005, l'administration a fixé le degré d'invalidité à 7,3 % (compte tenu d'une capacité résiduelle de travail de 100 % dans une activité adaptée).
B. Statuant le 12 avril 2007 sur le recours formé par l'assuré contre la décision sur opposition, le Tribunal des assurances sociales du canton de Genève l'a rejeté.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. Sous suite de dépens, il conclut principalement à l'octroi d'une rente entière d'invalidité et, à titre subsidiaire, au renvoi de la cause à l'office AI pour la mise en oeuvre d'une nouvelle expertise psychiatrique.
Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
2. Le jugement entreprise expose correctement les règles légales et la jurisprudence sur la notion d'invalidité (art. 7 et 8 LPGA), son évaluation et le degré de cette dernière ouvrant le droit à une rente (art. 16 LPGA et art. 28 LAI), la tâche du médecin dans le cadre de l'évaluation de l'invalidité (ATF 125 V 261 consid. 4, 115 V 134 consid. 2, 114 V 314 consid. 3c, 105 V 158 consid. 1), et la valeur probante d'une expertise médicale (ATF 125 V 352 consid. 3b/cc et les références). Il suffit d'y renvoyer.
3. Les premiers juges ont retenu que le rapport d'examen rhumatologique et psychiatrique du SMR du 12 septembre 2005 (recte: 12 décembre 2005) exposait en détail l'affection psychiatrique du recourant et motivait de manière convaincante les raisons pour lesquelles celle-ci n'influait pas sur sa capacité de travail. La juridiction a par ailleurs estimé que le rapport de la doctoresse A._ du 3 décembre 2006, produit par le recourant à l'appui de son recours devant l'instance cantonale, n'était pas apte à remettre en cause les conclusions du rapport du SMR dès lors qu'il n'était pas motivé. En outre, il émanait du médecin traitant du recourant, généralement enclin en cas de doute à prendre parti pour son patient.
4. 4.1 Le recourant invoque tout d'abord une violation de son droit d'être entendu dans la mesure où la juridiction cantonale a refusé d'ordonner une nouvelle expertise psychiatrique.
Le refus de donner suite à une requête de mesures d'instruction, en l'espèce une nouvelle expertise psychiatrique, au motif que les éléments de preuve au dossier étaient suffisants pour trancher le litige ou que les mesures requises n'étaient pas pertinentes, représente une appréciation anticipée des preuves par l'autorité (cf. ATF 130 II 425 consid. 2.1 p. 428 sv., 125 I 127 consid. 6c/cc p. 134 sv., 124 V 90 consid. 5b p. 94, 122 II 464 consid. 4a p. 469, 122 III 219 consid. 3c p. 223 sv.). Cet acte ne représente pas une violation du droit d'être entendu (cf. ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504 sv., 127 I 54 consid. 2b p. 56, 127 III 576 consid. 2c p. 578 sv., 126 V 130 consid. 2a p. 130 sv., 126 I 15 consid. 2a/aa p. 16 sv., 124 V 180 consid. 1a p. 181 et les références). Dans la mesure où les premiers juges ont clairement motivé leur décision en démontrant que les preuves offertes ne pouvaient pas les amener à modifier leur opinion et que les faits retenus n'apparaissent pas manifestement inexacts ou incomplets, le recourant ne peut faire grief aux premiers juges d'avoir procédé à une telle appréciation ou violé son droit d'être entendu.
4.2 Le recourant reproche ensuite à la juridiction cantonale d'avoir suivi sans autre l'avis des médecins du SMR, malgré l'avis contradictoire de la doctoresse A._. Ce grief, par lequel l'assuré vise à substituer sa propre appréciation des preuves à celle des premiers juges, ne suffit toutefois pas à faire apparaître les faits constatés par ceux-ci comme manifestement inexacts ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF. La juridiction cantonale a expliqué de façon circonstanciée les raisons pour lesquelles elle estimait que le rapport de la doctoresse A._ du 3 décembre 2006 n'était pas de nature à remettre en cause les conclusions motivées du SMR. Par ailleurs, il y a lieu d'ajouter qu'au vu de la divergence consacrée par la jurisprudence entre un mandat de soins et un mandat d'expertise (cf. arrêt I 701/05 du 5 janvier 2007, consid. 2 et les nombreux arrêts cités, dont en particulier l'ATF 124 I 170 consid. 4 p. 175), on ne saurait remettre en cause une expertise ordonnée par l'administration ou le juge et procéder à de nouvelles investigations du seul fait qu'un ou plusieurs médecins traitants ont une opinion contradictoire. Il n'en va différemment que si ces médecins traitants font état d'éléments objectifs ayant été ignorés dans le cadre de l'expertise et qui sont suffisamment pertinents pour remettre en cause les conclusions de l'expertise. Cette hypothèse n'étant toutefois pas donnée dans le cas d'espèce, c'est à juste titre que les premiers juges se sont fondés, sans violer le droit fédéral, sur les conclusions du SMR et qu'ils ont confirmé la décision attaquée.
Vu ce qui précède, le recours est mal fondé.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par le recourant qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase LTF en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de justice, d'un montant de 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 29 janvier 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz