Faits:
A. Au début de l'année 1993, A._ SA, succursale de D._, a acquis une parcelle d'une surface d'environ vingt mille mètres carrés. B._ a alors pris spontanément contact avec elle pour lui proposer ses services.
Par lettre du 15 juillet 1993, faisant référence à une entrevue de la veille, A._ SA a fait parvenir à B._ les documents suivants: esquisse d'implantation avec courbes de niveau; préavis du service d'urbanisme; copie de l'acte de vente avec liste des servitudes; copie d'un document concernant la hauteur autorisée; tableau des prestations et des pourcentages selon SIA 102 avec indication des prestations lui incombant. A._SA demandait en même temps à B._ de lui soumettre, jusqu'au 20 août 1993, son idée d'utilisation rationnelle et commercialisable de la parcelle et ses propositions d'honoraires.
Le 3 décembre 1993, B._ a adressé à A._ SA une proposition d'honoraires pour l'établissement d'un plan de quartier et les constructions pour un montant total de 559'000 fr. Par lettre du 31 janvier 1994, A._ SA a informé B._ que les travaux avaient été confiés à une autre entreprise. Par la suite, elle a refusé de revenir sur sa décision, précisant qu'après réception de la proposition du 3 décembre 1993, elle avait demandé et obtenu de trois autres architectes des offres beaucoup plus favorables.
Par lettre du 13 avril 1994, B._, soutenant que A._ SA avait résilié sans motif, en date du 31 janvier 1994, le contrat d'entreprise qui les liait, a exigé 114'000 fr. d'honoraires pour le travail accompli. A._ SA s'est déclarée d'accord de rémunérer le travail accompli et a fait une proposition de versement d'un montant de 5'000 fr., que B._ a refusée par lettre du 5 juillet 1994.
B. Le 27 janvier 2006, B._ en liquidation a ouvert action à l'encontre de A._ SA devant la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, concluant notamment à ce que son adverse partie soit condamnée à lui payer les sommes de 62'233 fr. à titre d'honoraires et 20'000 fr. à titre de dommages-intérêts pour violation de ses droits d'auteur.
Par jugement du 3 mars 2008, la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a condamné A._ SA à payer à B._ en liquidation le montant de 23'200 fr. à titre d'honoraires, avec intérêt à 5 % l'an dès le dépôt de la demande.
C. A._ SA (la recourante) dépose au Tribunal fédéral un acte de recours intitulé « recours en matière civile et recours constitutionnel subsidiaire ». Elle conclut à ce qu'il lui plaise, sur le recours en matière civile ou, « si mieux n'aime » sur recours constitutionnel subsidiaire, annuler le jugement du 3 mars 2008 et renvoyer la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, avec suite de dépens. En substance, elle reproche aux juges cantonaux d'avoir arbitrairement omis de retenir une faute grave commise par son adverse partie, admis que les intéressées étaient liées par un contrat et enfin écarté l'exception de prescription.
B._ en liquidation (l'intimée) conclut à ce que les deux recours soient déclarés mal fondés dans la mesure où ils sont recevables, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 III 629 consid. 2).
1.1 Le jugement attaqué a été rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par l'autorité judiciaire cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF). La valeur litigieuse, qui correspond au montant encore litigieux devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF), est de 82'233 fr. Partant, la voie du recours en matière civile est ouverte (art. 74 al. 1 let. b LTF), nonobstant le fait que le jugement attaqué ait été rendu en instance cantonale unique (cf. art. 75 al. 2 et art. 130 al. 2 LTF).
La voie du recours en matière civile étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable (art. 113 LTF). Son contenu étant identique à celui du recours en matière civile, la question d'une conversion ne se pose pas.
1.2 Le mémoire de recours doit indiquer les conclusions (art. 42 al. 1 LTF). Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral peut en principe statuer lui-même sur le fond (art. 107 al. 2 LTF), comme au demeurant aussi lorsqu'il est saisi d'un recours constitutionnel subsidiaire (art. 117 LTF). Le recourant ne peut dès lors pas se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, mais doit prendre des conclusions sur le fond du litige; des conclusions tendant uniquement à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale ne suffisent pas et entraînent l'irrecevabilité du recours. Il n'en va différemment que lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait pas en situation de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (ATF 133 III 489 consid. 3.1 p. 489 s.).
En l'occurrence, la recourante n'a pas pris de conclusions au fond. Or, l'on ne discerne pas ce qui empêcherait le Tribunal fédéral de rendre une décision au fond dans le cas d'espèce, notamment si les griefs relatifs à la prescription ou au défaut de lien contractuel entre les parties étaient admis; la recourante ne dit d'ailleurs mot à ce sujet. Il s'ensuit l'irrecevabilité du recours en matière civile.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière civile est irrecevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois.
Lausanne, le 2 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz