Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Konstanz führt eine Strafuntersuchung gegen X._ und einen Mitbeschuldigten wegen des Verdachts der Korruption und der Untreue. Mit Eingabe vom 13. Mai 2011 ersuchte die Staatsanwaltschaft Konstanz die schweizerischen Behörden auf dem Rechtshilfeweg um Haus- und Fahrzeugdurchsuchungen sowie Beweismittelbeschlagnahmungen. Mit Eintretens- und Zwischenverfügung vom 31. Mai 2011 bewilligte die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Thurgau das Ersuchen und übermittelte es zum Vollzug der beantragten Zwangsmassnahmen an die Staatsanwaltschaft Kreuzlingen. Gleichzeitig erlaubte die Generalstaatsanwaltschaft ermittelnden deutschen Beamten die Teilnahme an den Rechtshilfehandlungen.
B. Am 1. Juli 2011 erliess die Staatsanwaltschaft Kreuzlingen einen Durchsuchungsbefehl, am 5. August 2011 einen Beschlagnahmebefehl. In den Rechtsmittelbelehrungen der beiden Verfügungen wurde ausgeführt, dass dagegen "nach Art. 393 ff. StPO" Beschwerde beim Obergericht des Kantons Thurgau erhoben werden könne. Gestützt auf die genannten Verfügungen vollzog die Staatsanwaltschaft Kreuzlingen (bzw. die von ihr beauftragte Thurgauer Kantonspolizei) rechtshilfeweise diverse Durchsuchungen und Beschlagnahmungen. Die sichergestellten Gegenstände wurden versiegelt.
C. Am 5./9. August 2011 stellte die Staatsanwaltschaft Kreuzlingen ein Entsiegelungsgesuch. Mit Verfügung vom 5. September 2011 bewilligte das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau zu Rechtshilfezwecken die Entsiegelung. In der Rechtsmittelbelehrung des Entsiegelungsentscheides wurde ausgeführt, dass dagegen eine "Beschwerde an das Schweizerische Bundesgericht, 1000 Lausanne 14," möglich sei.
D. Am 6. Oktober 2011 focht der Beschuldigte den Entsiegelungsentscheid vom 5. September 2011 mit Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht an. Er beantragt die Aufhebung des Entsiegelungsentscheides. Das Zwangsmassnahmengericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, während die Staatsanwaltschaft auf eine Vernehmlassung verzichtet hat. Am 28. November 2011 verzichtete der Beschwerdeführer auf eine weitere Stellungnahme (Verfahren 1B_563/ 2011).
E. Die vom Beschuldigten gegen den Durchsuchungsbefehl vom 1. Juli 2011 und den Beschlagnahmebefehl vom 5. August 2011 separat erhobenen Beschwerden wies das Obergericht des Kantons Thurgau mit Entscheiden (SW.2011.110 und SW.2011.122) vom 29. September 2011 ab, soweit es darauf eintrat. In den Rechtsmittelbelehrungen dieser Entscheide wurde ausgeführt, dass dagegen "gemäss Art. 42 und 90 ff. BGG" die Beschwerde an das Bundesgericht zulässig sei.
F. Gegen die beiden Entscheide des Obergerichtes vom 29. September 2011 gelangte der Beschuldigte mit separaten Beschwerden (je vom 7. November 2011) ans Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung der Beschwerdeentscheide des Obergerichtes. Das Obergericht beantragt die Abweisung der beiden Beschwerden, während die Staatsanwaltschaft auf Vernehmlassungen verzichtet hat (Verfahren 1B_631+ 633/2011).
Erwägungen:
1. Alle drei Beschwerden wurden von demselben Rechtsuchenden erhoben. Sie stehen in einem engen prozessualen Sachzusammenhang. Die Beschwerdeverfahren sind daher (wie vom Beschwerdeführer beantragt) zu vereinigen.
2. Zunächst ist von Amtes wegen und mit freier Kognition die Zuständigkeit des Bundesgerichtes zu prüfen (bzw. die Frage, ob gemäss BGG mit Beschwerde an das Bundesgericht anfechtbare letztinstanzliche Entscheide vorliegen).
2.1 Die angefochtenen Entscheide kantonaler Instanzen betreffen keine strafprozessualen Zwangsmassnahmen im Sinne von Art. 78 i.V.m. Art. 93 BGG, welche im Rahmen eines in der Schweiz hängigen Strafverfahrens verfügt worden wären, sondern Zwischenentscheide in einer Rechtshilfeangelegenheit. Dass für den Vollzug von Rechtshilfemassnahmen in der Schweiz grundsätzlich die StPO (SR 312.0, in Kraft seit 1. Januar 2011) anwendbar ist (Art. 80a Abs. 2 IRSG), ändert daran nichts. Für den prozessualen Rechtsschutz gegen Rechtshilfemassnahmen ist nicht die StPO massgeblich, sondern das IRSG als "lex specialis" (Art. 1 Abs. 1 IRSG, Art. 54 StPO). Rechtshilfeentscheide kantonaler Instanzen sind nicht direkt beim Bundesgericht anfechtbar (vgl. Art. 84, Art. 86 Abs. 1 lit. b und Art. 93 Abs. 2 BGG), sondern (in den von Art. 80e IRSG vorgesehenen Fällen) zunächst bei der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes. Für Zwischenentscheide in Rechtshilfesachen ergibt sich dieser gesetzliche Rechtsweg aus Art. 80e Abs. 2 IRSG. Die StPO ist auf Fragen des Vollzuges von rechtshilfeweisen Zwangsmassnahmen anwendbar, nicht aber auf die im IRSG geregelten Fragen des Rechtsweges (Art. 54 StPO, Art. 80a Abs. 2 IRSG).
2.2 Damit ist auf die Beschwerden nicht einzutreten und erweisen sich die vom Dargelegten abweichenden Rechtsmittelbelehrungen der kantonalen Entscheide als unzutreffend. Soweit das kantonale Obergericht (in den Fällen 1B_631+633/2011) als StPO-Beschwerdeinstanz zweitinstanzlich entschieden hat, war es gemäss Art. 80e IRSG gar nicht zuständig.
2.3 Folglich sind die unzutreffenden Rechtsmittelbelehrungen in den erstinstanzlichen Verfügungen der Staatsanwaltschaft Kreuzlingen vom 1. Juli bzw. 5. August 2011 und des Zwangsmassnahmengerichtes des Kantons Thurgau vom 5. September 2011 von Amtes wegen zu korrigieren und durch einen Hinweis auf Art. 80e Abs. 2 IRSG zu ersetzen. Die zweitinstanzlichen Entscheide des Obergerichtes vom 29. September 2011 sind (mangels gesetzlicher Zuständigkeit) von Amtes wegen aufzuheben. Schliesslich hat zuständigkeitshalber eine Weiterleitung der Akten an die II. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes zu erfolgen (zur Instruktion eines IRSG-Beschwerdeverfahrens). Insbesondere wird es Sache des Bundesstrafgerichtes sein zu prüfen, inwieweit es auf die Rechtsmitteleingaben des Beschuldigten gestützt auf Art. 80e ff. IRSG (namentlich Art. 80e Abs. 2 lit. a-b IRSG) einzutreten hat.
2.4 Gerichtskosten sind ausnahmsweise (angesichts der diversen unzutreffenden Rechtsmittelbelehrungen) nicht zu erheben (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Eine Parteientschädigung an den anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer ist nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG), zumal der zutreffende Verfahrensweg sich aus dem Gesetz ergab. Der Antrag auf aufschiebende Wirkung der Beschwerde 1B_563/2011 wird mit dem vorliegenden Entscheid hinfällig (im Übrigen ist auf Art. 80l IRSG hinzuweisen).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerdeverfahren 1B_563/2011, 1B_631/2011 und 1B_633/ 2011 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Das Bundesgericht verfügt von Amtes wegen Folgendes:
3.1 Im Durchsuchungsbefehl vom 1. Juli 2011 der Staatsanwaltschaft Kreuzlingen, im Beschlagnahmebefehl vom 5. August 2011 der Staatsanwaltschaft Kreuzlingen sowie im Entsiegelungsentscheid vom 5. September 2011 des Zwangsmassnahmengerichtes des Kantons Thurgau werden die fehlerhaften Rechtsmittelbelehrungen je durch einen Hinweis auf Art. 80e Abs. 2 IRSG ersetzt.
3.2 Die Entscheide vom 29. September 2011 (SW.2011.110 und SW.2011.122) des Obergerichtes des Kantons Thurgau werden aufgehoben.
3.3 Die Akten werden zuständigkeitshalber an die II. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes weitergeleitet.
4. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Kreuzlingen, der Generalstaatsanwaltschaft, dem Zwangsmassnahmengericht und dem Obergericht des Kantons Thurgau sowie der II. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts und dem Bundesamt für Justiz, Fachbereich Rechtshilfe, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster