Sachverhalt:
A. A.a Die IV-Stelle des Kantons Uri verfügte nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren am 20. Mai 2010 die Aufhebung der G._ am 12. Juni 2003 zugesprochenen Invalidenrente auf Ende des der Zustellung folgenden Monats und entzog einer hiegegen erhobenen Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Das Obergericht des Kantons Uri wies mit Zwischenentscheid vom 23. Juni 2010 den Antrag des G._ um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ab. Die gegen die Rentenaufhebung erhobene Beschwerde des G._ wies das kantonale Obergericht mit Entscheid vom 18. März 2011 ab. Das Bundesgericht hiess mit Urteil 9C_262/2011 vom 20. Juni 2011 die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten des G._ teilweise gut, hob den Entscheid des kantonalen Obergerichts vom 18. März 2011 und die Verfügung der IV-Stelle vom 20. Mai 2010 auf und wies die Sache an die Verwaltung zurück, damit sie nach weiteren Abklärungen über den Rentenanspruch ab 1. Juli 2010 neu verfüge.
A.b Am 28. Juli 2011 ersuchte G._ die IV-Stelle um Weiterausrichtung der Rente; diese teilte ihm mit Schreiben vom 16. August 2011 mit, sie werde die Rente "einstweilen nicht weiter ausrichten (BGE 129 V 370)".
B. Ebenfalls am 16. August 2011 erhob der Versicherte Beschwerde an die Vorinstanz und beantragte u.a. die Weiterausrichtung der Rente. Mit Schreiben vom 18. August 2011 ersuchte er die IV-Stelle um Erlass einer Verfügung betreffend die streitige weitere Ausrichtung der Rente. Das Obergericht trat mit Entscheid vom 18. Dezember 2011 auf die Beschwerde nicht ein.
C. G._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Feststellung, dass die IV-Stelle bis zum rechtskräftigen Entscheid im Revisionsverfahren, "eventuell mindestens bis zum Vorliegen eines medizinischen Gutachtens, weiterhin Rentenleistungen auszurichten habe". Zusätzlich sei ihm für das vorinstanzliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Auch für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.
Mit Verfügung vom 12. Januar 2012 weist das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung ab. Am 30. Januar 2012 reicht G._ ein Wiedererwägungs- und Fristerstreckungsgesuch (bezüglich Kostenvorschuss) ein. Das Bundesgericht verfügt am 2. Februar 2012, über das Wiedererwägungsgesuch werde mit dem Endentscheid befunden und entspricht dem Fristerstreckungsgesuch.
Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht trat auf die Beschwerde betreffend den vorliegend einzig streitigen Punkt der Rentenzahlungen während des Abklärungsverfahrens nicht ein mit der Begründung, der Beschwerdeführer habe erst nach Beschwerdeerhebung den Erlass einer Verfügung verlangt, weshalb es an einem Anfechtungsobjekt fehle. Im Sinne eines obiter dictum erwog die Vorinstanz, der mit der revisionsweise verfügten Rentenaufhebung verbundene Entzug der aufschiebenden Wirkung gelte bei Rückweisung der Sache an die Verwaltung auch noch für den Zeitraum dieses Abklärungsverfahrens bis zum Erlass der neuen Verwaltungsverfügung.
2. Der Beschwerdeführer hält fest, die Beschwerdegegnerin habe bis dato keine Verfügung betreffend Nichtweiterausrichtung der Rente erlassen und rügt, darin liege eine Rechtsverweigerung. Der vorinstanzliche Nichteintretensentscheid verletzte seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Mit Urteil 9C_262/2011 vom 20. Juni 2011 habe das Bundesgericht festgehalten, dass die Verwaltung (recte: Vorinstanz) ohne einlässliche Prüfung eines Revisionsgrundes den Entscheid der Beschwerdegegnerin aufgehoben und festgestellt habe, die Akten seien insoweit nicht spruchreif. Die fehlende medizinische Abklärung der Beschwerdegegnerin bedeute offensichtlich eine missbräuchliche Provokation eines möglichst frühen Revisionszeitpunktes, weshalb der Entzug der aufschiebenden Wirkung ungerechtfertigt sei. Sodann bestünden nicht einmal ansatzweise Revisionsgründe, weshalb ein öffentliches Interesse an einer Auszahlung von Renten, die allenfalls nicht mehr zurückgefordert werden können, fehle.
3. Nach den letztinstanzlich verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz ersuchte der Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin am 28. Juli 2011 um Weiterausrichtung der Rente und entsprechende "Bestätigung". Die IV-Stelle verneinte mit Schreiben vom 16. August 2011 eine diesbezügliche Pflicht unter Hinweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung. Gleichentags erhob der Versicherte Beschwerde an die Vorinstanz und beantragte u.a. die Weiterausrichtung der Rente. Erst zwei Tage später, am 18. August 2011, ersuchte er die Beschwerdegegnerin um Erlass einer entsprechenden Verfügung. Wenn das kantonale Gericht auf die Beschwerde nicht eintrat, soweit der Versicherte rügte, der Nichterlass einer - erst nach Beschwerdeerhebung verlangten - Verfügung stelle eine Rechtsverweigerung dar, liegt darin keine Bundesrechtswidrigkeit, namentlich keine Verletzung des Gehörsanspruches. Die Darstellung in der Beschwerde Ziff. 3 S. 3 f. ist denn auch insoweit unvollständig, als zwar der Geschehensablauf nachgezeichnet, aber nicht erwähnt wird, dass die Beschwerdeerhebung bereits am 16. August 2011 erfolgt war. Damit ist die Beschwerde gegen den vorinstanzlichen Nichteintretensentscheid unbegründet. Zu den beanstandeten vorinstanzlichen Erwägungen hinsichtlich des Entzugs der aufschiebenden Wirkung ist, da nicht Anfechtungsobjekt, nicht Stellung zu beziehen.
4. Selbst wenn der Beschwerdeführer bei Erhebung der vorinstanzlichen Beschwerde am 16. August 2011 die Rentenleistungen nicht mehr erhalten hätte (was gemäss seinen Ausführungen in jener Rechtsschrift S. 5 Ziff. 8 3. Satz indes nicht zutraf, wonach er "die nach wie vor mit rechtskräftiger Verfügung festgestellte ganze IV-Rente" noch erhalte), bliebe dies ohne Einfluss auf die Beurteilung der fehlenden Erfolgschancen seiner letztinstanzlichen Beschwerde gegen den bundesrechtskonformen vorinstanzlichen Nichteintretensentscheid (E. 3 hievor). Für eine Wiedererwägung des Zwischenentscheides vom 12. Januar 2012 bleibt kein Raum.
5. Die im Sinne von Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG offensichtlich unbegründete Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren abzuweisen.
6. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG). Wie eingangs erwähnt, wurde sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege mit Zwischenentscheid vom 12. Januar 2012 zufolge Aussichtslosigkeit abgewiesen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Wiedererwägungsgesuch wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Uri und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Februar 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle