Sachverhalt:
A. Mit öffentlich beurkundetem Kaufvertrag vom 5. Juni 2003 veräusserten A._ und B._ ein Baulandgrundstück bestehend aus verschiedenen Parzellen (aKat. Nr. 4228, 4229) in O._ an die X._ AG. Diese schloss am 4. September 2003 mit der C._ AG Generalunternehmung einen Totalunternehmervertrag für die Erstellung eines Mehrfamilienhauses gemäss bewilligtem Baugesuch. Der Kaufvertrag wurde im Grundbuch nicht eingetragen. Am 16. Dezember 2003 veräusserten A._ und B._ das unbebaute Grundstück an Y._.
Der Gemeinderat (Grundsteuer-Ausschuss) erblickte in diesen Vorgängen zwei wirtschaftliche Handänderungen, nämlich zwischen den Verkäuferinnen A._/B._ und der Käuferin X._ AG einerseits und zwischen Letzterer und Y._ andererseits. Mit Entscheid vom 14. Dezember 2005 veranlagte der Gemeinderat Handänderungssteuern aus dem ersten wirtschaftlichen Verkauf von je Fr. 2'818.20 (A._/B._, X._ AG) und aus der zweiten wirtschaftlichen Veräusserung von je Fr. 23'727.30 (X._ AG, Y._). Für die Bemessung der Handänderungssteuer aus der zweiten wirtschaftlichen Veräusserung rechnete er den Landkaufpreis und die (geschätzten) Erstellungskosten zusammen. Eine Einsprache hiess der Gemeinderat hinsichtlich der zweiten wirtschaftlichen Handänderung teilweise gut und setzte die Handänderungssteuer neu auf je Fr. 18'117.30 (X._ AG, Y._) fest, immer unter Zusammenrechnung von Landkaufpreis und Erstellungskosten.
B. Gegen diese Veranlagungen führten die X._ AG und Y._ gemeinsam Rekurs. Mit Entscheid vom 19. Dezember 2007 wies die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich den Rekurs ab.
Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 14. Mai 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die X._ AG (Beschwerdeführerin 1) und Y._ (Beschwerdeführer 2), der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass keine Handänderungssteuer aus Kettenhandel geschuldet sei.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde wurde in der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richtet sich gegen den Endentscheid (Art. 90 BBG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Die Beschwerdeführer sind durch die Entscheidung besonders berührt und besitzen ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG). Die Beschwerde ist zulässig.
1.2 Mit der Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht (einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte) gerügt werden (Art. 95 Abs. 1 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Der angefochtene Entscheid beruht auf kantonalem Recht, dessen Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nach Art. 95 lit. a BGG nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (Art. 9 BV) überprüft. Inwiefern der angefochtene Entscheid willkürlich sein soll, ist daher in der Beschwerde darzulegen (Art. 42 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 BGG). Das gilt auch für die Rüge, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig oder willkürlich festgestellt worden (Art. 97 Abs. 1 BGG). Ob die vorliegende Beschwerde diesbezüglich eine genügende Begründung enthält, scheint zweifelhaft. Die Frage kann offen bleiben, da sich die Beschwerde ohnehin als unbegründet erweist.
2. 2.1 Gemäss dem hier noch anwendbaren, inzwischen aufgehobenen § 227 Abs. 2 lit. a des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) sind den Handänderungen an Grundstücken gleichgestellt: "a) Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Handänderung wirken".
Eine wirtschaftliche Handänderung auf Grundstücken wird in der zürcherischen Praxis angenommen (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 60 ff. zu § 216 StG mit Hinweisen), wenn wesentliche Teile der dem Grundeigentum innewohnenden Verfügungsmacht rechtsgeschäftlich übertragen werden, so dass das Rechtsgeschäft tatsächlich und wirtschaftlich wie eine zivilrechtliche Handänderung wirkt. Eine solche rechtsgeschäftliche Übertragung von Verfügungsgewalt über das Grundeigentum erfolgt namentlich beim Kettenhandel, wenn eine natürliche oder juristische Person mit dem Eigentümer über ein Grundstück einen Kauf- oder Kaufrechtsvertrag mit einer Substitutionsklausel abschliesst, die sie ausübt, so dass ein Dritter das Grundstück vom zivilrechtlichen Eigentümer erwirbt. Auch ein blosser Verzicht des Berechtigten kann ausreichen, wenn damit dem Dritten zum Erwerb des Grundstücks verholfen wird. Von diesem Begriff der wirtschaftlichen Handänderung geht auch die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid aus.
2.2 Einen Kettenhandel erblicken die Veranlagungsbehörde und die Vorinstanzen auch im Vorgehen der Beschwerdeführer. Wie bereits die Steuerrekurskommission III festhielt, stellte die Beschwerdeführerin 1 nach Abschluss des Kaufvertrages vom 5. Juni 2003 ein Baugesuch im eigenen Namen, schloss mit der C._ AG am 4. September 2003 einen Generalunternehmervertrag mit einem Werkpreis von Fr. 1'852'000.-- ab und bot in der Folge das Mehrfamilienhaus vorerst zum Verkauf im Stockwerkeigentum an. Schliesslich erfolgte jedoch kein Verkauf, sondern veräusserten die Verkäuferinnen A._ und B._ die Liegenschaft an den Beschwerdeführer 2. Mit Vertrag vom 27. April 2004 übernahm die D._ das bewilligte Bauprojekt von der Beschwerdeführerin 1 zum Preis von Fr. 404'000.--. Und am gleichen Tag erwarb die D._ vom Beschwerdeführer 2 das zivilrechtliche Eigentum am Grundstück. Die Beschwerdeführerin 1 hat damit offensichtlich selbst wie eine Eigentümerin über das Grundstück verfügt. Aus diesem Grund forderte bereits der Grundsteuer-Ausschuss der Gemeinde die Beschwerdeführer auf, den Sachverhalt umfassend darzustellen und zu dokumentieren (Schreiben vom 3. Februar 2006), dem die Beschwerdeführer jedoch nur unzulänglich Folge leisteten. Mit Beweisauflage vom 9. Oktober 2007 verlangte auch die Steuerrekurskommission III von den Beschwerdeführern verschiedene Unterlagen, namentlich allfällige Vertragsergänzungen zu dem am 27. April 2004 zwischen der Beschwerdeführerin 1 und der D._ abgeschlossenen Vertrag für die Übertragung der Urheberrechte und der Baubewilligung auf die D._, die Unterlagen bezüglich des Kreditgesuchs des Beschwerdeführers 2 sowie sämtliche Unterlagen (Besprechungsprotokolle, Aktennotizen, Briefe usw.), welche im Zusammenhang mit der geplanten oder erfolgten Projektübertragung von der Beschwerdeführerin 1 auf den Beschwerdeführer 2 und mit der Projekt- und Urheberrechtsübertragung von der Beschwerdeführerin 1 auf die D._ stehen. Auch dieser Beweisauflage kamen die Beschwerdeführer nur unvollständig nach.
Fest steht damit einzig, dass die Beschwerdeführerin 1 über das Grundstück wie eine Eigentümerin wirtschaftlich verfügte. Die Art und Weise des Zusammenwirkens und dessen Einzelheiten blieben jedoch im Dunkeln. Wenn daher die Vorinstanz bei dieser Sachlage von "eine(r) nicht zu beseitigende(n) Ungewissheit über die möglicherweise steuerbegründende Art des Zusammenhangs zwischen der Auflösung des Kaufvertrages vom 5. Juni 2003 und der Übertragung des Grundeigentums an Y._" ausging und einen Kettenhandel mit wirtschaftlichen Handänderungen bejahte, kann ihr offensichtlich nicht vorgeworfen werden, sie sei in Willkür verfallen.
2.3 Die Beschwerdeführer wenden ein, die Beschwerdeführerin 1 habe das Grundstück gar nicht kaufen können, da sie ausländisch beherrscht sei. Die Vorinstanz habe die anerbotenen Beweismittel nicht abgenommen und den Sachverhalt nicht geklärt. Dabei geht es jedoch nur um den Grund oder das Motiv, weshalb die Beschwerdeführerin 1 die Liegenschaft nicht zivilrechtlich erworben haben will. Für die Annahme einer wirtschaftlichen Handänderung kommt es darauf an, ob tatsächlich (objektiv) wesentliche Teile der dem Grundeigentum innewohnenden Verfügungsmacht übertragen worden sind, und nicht auf den Kaufgrund oder das Kaufmotiv. Da es hier nicht um einen zivilrechtlichen Erwerb geht, kommt es auch nicht darauf an, was die Beschwerdeführerin 1 aus dem vom Bezirksrat im Hinblick auf den Grundstückerwerb durch eine Person im Ausland verschickten Formular bezüglich der Bewilligungspflicht ableitete.
2.4 Die Beschwerdeführer wenden sich auch gegen die Zusammenrechnung von Landpreis und Werklohn für die Festsetzung der Handänderungssteuer bei der zweiten wirtschaftlichen Handänderung. Sie machen geltend, die C._ AG Generalunternehmung sei bereits am 25. Juni 2003 in Liquidation getreten und am 5. März 2004 in Konkurs gefallen. Der Totalunternehmervertrag vom 4. September 2003 für die Erstellung des Mehrfamilienhauses sei nie zum Tragen gekommen.
Tatsache ist, dass die C._ AG Generalunternehmung bereits im Zeitpunkt des Abschlusses des Totalunternehmervertrags (4. September 2003) in Liquidation stand. Am 10. November 2003 gewährte die E._ AG der Beschwerdeführerin 1 einen Kredit für den Bau des Hauses B. Am 16. Dezember 2003 erfolgte die zweite wirtschaftliche Handänderung (Erwerb der Liegenschaft durch den Beschwerdeführer 2). Am 27. April 2004 veräusserte der Beschwerdeführer 2 die Bauliegenschaft an die D._ und am gleichen Tag schloss die Beschwerdeführerin 1 mit der D._ einen Übernahmevertrag ab zum Preis von Fr. 404'000.-- für "sämtliche Rechte, insbesondere die Urheberrechte und die Baubewilligung" des Bauwerks in O._. Im Preis inbegriffen sind insbesondere auch die Handänderungskosten und Finanzierungskosten des Beschwerdeführers 2.
Diese zeitliche Koinzidenz zeigt auf, dass die Beschwerdeführerin 1 und der Beschwerdeführer 2 eng zusammengewirkt haben und dass nicht nur die Bauparzelle, sondern auch das Projekt veräussert wurde. Es kann sich bei den verschiedenen Transaktionen offensichtlich nicht um unabhängige Geschäfte gehandelt haben. Obschon die C._ AG in Liquidation stand, wurde mit ihr der Totalunternehmervertrag abgeschlossen. Unter diesen Umständen stellte sich auch die Frage nach dem rechtlichen Schicksal des Totalunternehmervertrags bei der zweiten wirtschaftlichen Handänderung vom 16. Dezember 2003. In diesem Zeitpunkt war der Konkurs über die C._ AG noch nicht eröffnet worden (sondern erst am 5. März 2004) und hatte der Totalunternehmervertrag vermutungsweise Bestand.
Unter diesen Umständen mussten die Vorinstanzen Aufschluss und Unterlagen sowohl hinsichtlich des Schicksals des Werkvertrags (Totalunternehmervertrag) wie auch der weiteren Abmachungen verlangen, die zwischen den Beschwerdeführern bestanden, und zu einer ermessensweisen Festsetzung der Handänderungssteuer schreiten, nachdem ihnen diese Unterlagen und Auskünfte verweigert worden waren. Es ist auch nicht willkürlich, wenn das Verwaltungsgericht bei dieser Sachlage angenommen hat, dass beim Weiterverkauf der Liegenschaft an den Beschwerdeführer 2 der Werkvertrag mitübertragen wurde.
2.5 Die Beschwerdeführer tragen weiter vor, sie hätten den Vertrag vom 27. April 2004 der Vorinstanz eingereicht. Die Feststellung der Vorinstanz, sie hätten den Vertrag nicht beigebracht, sei falsch.
Auch diese Rüge ist unbegründet. Tatsache ist, dass der Vertrag vom 27. April 2004 (betreffend Übernahme des bewilligten Bauprojekts der Beschwerdeführerin 1 durch die D._) der Vorinstanz eingereicht wurde, was diese auch nicht bemängelte. Diese hat vielmehr beanstandet, dass die Beschwerdeführer die "nachträglichen Vertragsänderungen und/oder Vertragsergänzungen des am 27. April 2004 abgeschlossenen Vertrages" nicht beigebracht hätten (Urteil E. 3.2.3). Ein solcher Vertrag wurde in der Tat nicht eingereicht (vgl. Verfügung der Steuerrekurskommission vom 6. November 2007 und Eingabe der Beschwerdeführer vom 13. November 2007).
3. Das führt zur Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten sind den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin 1 und dem Beschwerdeführer 2 unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann