Fatti:
A. Con sentenza del 4 luglio 2005 (C 270/04) l'allora Tribunale federale delle assicurazioni, confermando la decisione su opposizione emanata dalla Sezione del lavoro il 26 gennaio 2004 e il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 10 novembre 2004, ha dichiarato M._ inidonea al collocamento a far tempo dal 1° gennaio 2003, in quanto la posizione del marito all'interno della ditta di cui era dipendente era analoga a quella di un datore di lavoro.
Tramite decisione passata in giudicato del 13 settembre 2005 la Cassa disoccupazione cristiano sociale (OCST; in seguito Cassa) ha quindi decretato, nei confronti di M._, la restituzione di fr. 28'087.90 a titolo di indennità di disoccupazione percepite a torto da gennaio a agosto 2003.
Con provvedimento su opposizione del 20 novembre 2006, la Sezione del lavoro ha confermato la precedente decisione del 16 maggio 2006 con cui aveva respinto, per carenza di buona fede, la domanda di condono dell'importo chiesto in restituzione presentata dall'assicurata il 12 settembre 2005.
B. Avverso detto provvedimento, M._, patrocinata dall'avv. Raffaele Dadò, si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, per pronuncia del 13 giugno 2007, ha respinto l'impugnativa.
C. Assistita dall'avv. Dadò, M._ interpone ricorso al Tribunale federale delle assicurazioni (recte, dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale), al quale chiede, in via principale, l'annullamento del giudizio impugnato, con conseguente accertamento della nullità della decisione del 20 novembre 2006 della Sezione del lavoro (recte: della decisione di restituzione del 13 settembre 2005), ed in via subordinata il rinvio degli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio ai sensi dei considerandi e previa completazione dell'istruttoria mediante l'audizione del collocatore della ricorrente.
La Sezione del lavoro e la Segreteria di Stato dell'economia hanno rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Tema del contendere è il condono della restituzione dell'importo di fr. 28'087.90.
2. Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF).
Se la parte ricorrente intende scostarsi dai fatti stabiliti dall'autorità precedente, deve spiegare in maniera circostanziata per quali motivi ritiene che le condizioni di una delle eccezioni previste dall'art. 105 cpv. 2 LTF sarebbero realizzate; in caso contrario, non si può tener conto di uno stato di fatto diverso da quello posto a fondamento della decisione impugnata (art. 97 cpv. 1 LTF; sentenza 1C_24/2007 del 15 marzo 2007, consid. 1.6; sentenza 6B_2/2007 del 14 marzo 2007, consid. 3).
Va pure ricordato che nell'ambito dell'accertamento dei fatti e della valutazione delle prove il giudice di merito dispone di un ampio potere di apprezzamento. Per censurare un asserito accertamento arbitrario dei fatti o un'asserita valutazione arbitraria delle prove non è sufficiente che il ricorrente critichi semplicemente la decisione impugnata o che contrapponga a quest'ultima un proprio accertamento o una propria valutazione, per quanto essi siano sostenibili o addirittura preferibili. Egli deve bensì dimostrare per quale motivo l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove da lui criticati sarebbero manifestamente insostenibili o in chiaro contrasto con la situazione di fatto, si fondano su una svista manifesta o contraddicono in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 125 I 166 consid. 2a pag. 168; 125 II 10 consid. 3a pag. 15; 124 I 312 consid. 5a pag. 316; 124 V 137 consid. 2b pag. 139 e riferimenti).
3. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso né è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati e respingerlo sulla base di una motivazione differente da quella posta a fondamento del giudizio impugnato (cfr. DTF 130 III 136 consid. 1.4 pag. 140). Tenuto conto dell'esigenza di motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 LTF, sotto pena d'inammissibilità (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF), il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a esaminare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono se queste ultime non sono più oggetto di discussione in sede federale. Il Tribunale non può entrare nel merito sulla pretesa violazione di un diritto costituzionale o su questioni attinenti al diritto cantonale o intercantonale se la censura non è stata sollevata né motivata in modo preciso dalla parte ricorrente (art. 106 cpv. 2 LTF).
4. Nel giudizio impugnato il Tribunale cantonale ha preliminarmente stabilito che la decisione di restituzione risultava annullabile, non nulla, mentre nel merito ha giudicato che la ricorrente non era in buona fede, non avendo comunicato all'amministrazione la sua effettiva disponibilità e capacità lavorativa.
Dal canto suo M._, oltre a ribadire la nullità della decisione di restituzione, si ritiene in buona fede, poiché ha sempre informato in maniera chiara e precisa il proprio collocatore, S._, il quale non ha mai espresso alcun dubbio circa il suo diritto di percepire indennità di disoccupazione. In proposito la ricorrente censura inoltre un accertamento incompleto dei fatti per non aver sentito il proprio consulente.
5. Nei considerandi dell'impugnato giudizio è stato correttamente ricordato che ai sensi dell'art. 25 cpv. 1 LPGA, cui rinvia l'art. 95 LADI, disciplinante il tema della restituzione, le prestazioni indebitamente riscosse non devono essere restituite se l'interessato era in buona fede e verrebbe a trovarsi in gravi difficoltà. A questa esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione, non senza tuttavia soggiungere che i predetti due presupposti devono essere cumulativamente adempiuti (cfr. Kieser, ATSG-Kommentar, Zurigo/Basilea/Ginevra 2003, no. 19 all'art. 25).
Per l'art. 28 LPGA gli assicurati e il loro datore di lavoro devono collaborare gratuitamente all'esecuzione delle varie leggi d'assicurazione sociale (cpv. 1). Colui che rivendica prestazioni assicurative deve fornire gratuitamente tutte le informazioni necessarie per accertare i suoi diritti e per stabilire le prestazioni assicurative (cpv. 2). Secondo l'art. 31 LPGA inoltre l'avente diritto, i suoi congiunti o i terzi ai quali è versata la prestazione sono tenuti a notificare all'assicuratore o, secondo i casi, al competente organo esecutivo qualsiasi cambiamento importante sopraggiunto nelle condizioni determinati per l'erogazione di una prestazione (cpv. 1). Qualsiasi persona o servizio che partecipa all'esecuzione delle assicurazioni sociali ha l'obbligo di informare l'assicuratore se apprende che le condizioni determinati per l'erogazione di prestazioni hanno subito modifiche (cpv. 2).
6. 6.1 Preliminarmente va esaminato il quesito circa la nullità o meno della decisione di restituzione del 13 settembre 2005 (e non del provvedimento con cui la Sezione del lavoro ha negato il condono, come sostenuto per svista manifesta dalla ricorrente), la quale è stata emessa - il fatto non è contestato - dopo la scadenza del termine di perenzione. In tal caso la richiesta di condono risulterebbe priva di oggetto.
6.2 Secondo l'art. 25 cpv. 2 LPGA il diritto di esigere la restituzione si estingue dopo un anno a decorrere dal momento in cui l'istituto d'assicurazione ha avuto conoscenza del fatto, ma al più tardi cinque anni dopo il versamento della prestazione. Se il credito deriva da un atto punibile per il quale il diritto penale prevede un termine di prescrizione più lungo, quest'ultimo è determinante.
Il termine è rispettato se la decisione di restituzione viene emessa entro un anno (DTF 119 V 89 consid. 4c pag. 95, 431 consid. 3b pag. 433). La perenzione provoca l'estinzione del diritto (Kieser, ATSG-Kommentar, Zurigo/Basilea/Ginevra 2003, no. 9 all'art. 24; Maeschi, Kommentar zum Bundesgesetz über die Militärversicherung [MVG], Berna 2000, no. 31 all'art. 15 LAM, pag. 147), non solo la possibilità di porlo in esecuzione. Essa va quindi esaminata d'ufficio, indipendentemente da un'eventuale eccezione (DTF 113 V 180 consid. 2 pag. 181; 112 V 6 consid. 4c pag. 8; 111 V 135 consid. 3b pag. 136).
Secondo prassi federale costante (sviluppata in relazione al vecchio art. 47 cpv. 2 LAVS e applicabile anche alla LPGA: DTF 133 V 579 consid. 4.1 pag. 582; 119 V 431 consid. 3a pag. 433; Kieser, op. cit., no. 26 all'art. 25) il termine di perenzione decorre nel momento in cui l'amministrazione, usando l'attenzione da essa ragionevolmente esigibile, avuto riguardo alle circostanze concrete, avrebbe dovuto rendersi conto dei fatti giustificanti la restituzione (v. consid. 5.1 non pubblicato in DTF 133 V 579; 124 V 380 consid. 1 pag. 383 e riferimenti). Per poter esaminare i presupposti della restituzione l'amministrazione deve disporre di tutti i fatti rilevanti, da cui emerga sia il principio che la misura del diritto alla medesima. Per determinare la pretesa non è quindi sufficiente che la cassa venga solo a conoscenza di circostanze che forse potrebbero condurre ad ammetterla oppure che permettono di stabilirne il principio ma non la misura (DTF 112 V 180 consid. 4a pag. 181; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni C 11/00 del 10 ottobre 2001, consid. 2).
6.3 Per prassi costante, una decisione amministrativa viziata è, di regola, unicamente annullabile. Se, quindi, non viene impugnata tempestivamente, essa diviene formalmente definitiva e non può più venire contestata. Solo di rado una simile decisione è nulla, cioè non esplica effetto alcuno (DTF 104 Ia 172 consid. 2c pag. 176 con rinvii; Grisel, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, volume I, pag. 421; Rhinow/Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Basilea/Francoforte 1990, n. 40 B I, pag. 118; Moor, Droit administratif, vol. II, 2a ed., Berna 2002, pag. 310). Ciò è segnatamente il caso se il vizio è particolarmente grave, è evidente o perlomeno facilmente riconoscibile e, infine, l'accertamento della nullità non mette in serio pericolo la sicurezza del diritto (sentenze 2A.18/2007 dell'8 agosto 2007, consid. 2.4 e 2.5, e 5P.178/2003 del 2 giugno 2003, consid. 3.2; DTF 116 Ia 215 consid. 2c pag. 219; 104 Ia 172 consid. 2c pag. 176 con rinvii). Di norma, vengono considerati vizi particolarmente gravi taluni errori di procedura, quali l'incompetenza dell'autorità giudicante. Gli errori riguardanti il contenuto invece causano raramente la nullità dell'atto (DTF 104 Ia 172 consid. 2c pag. 176 con rinvii), e meglio solo se sono eccezionalmente gravi; ciò si verifica, ad esempio, quando l'atto diviene, in pratica, privo di effetto e meglio impossibile da eseguire, insensato, immorale (sentenza 5P.178/2003 succitata, consid. 3.2; Rhinow/Krähenmann, op. cit., n. 40 B V e, pag. 121) oppure in contrasto con un divieto assoluto posto dalla Costituzione (si veda in proposito Moor, op. cit., pag. 321), ad esempio nel caso in cui una decisione non abbia alcuna base legale (Knapp, Précis de droit administratif, 4a ed., Basilea/Francoforte 1991, n. 1219; si confronti anche sentenza 2A.18/2007 succitata, consid. 2.4 e 2.5). Del resto se così non fosse e meglio se ogni illegalità riguardante il merito provocasse la nullità della decisione, l'organo esecutivo si sostituirebbe di fatto all'autorità decisionale (sentenza 5P.178/2003 succitata; Imboden, Der nichtige Staatsakt, Zurigo 1944, pag. 137).
Il Tribunale federale non ha per esempio ritenuto nulla la decisione tendente a prelevare contributi di miglioria malgrado il diritto di tassare fosse perento (RDAT 1996 I n. 49 pag. 138 consid. 5). Secondo l'alta Corte trattandosi di un errore riguardante il contenuto si doveva dar prova di grande riserbo nell'ammettere la nullità (DTF 104 Ia 172 consid. 2c pag. 176 con rinvii; Rhinow/Krähenmann, op. cit., n. 40 B V e, pag. 121; Moor, op. cit., pag. 321; Knapp, op. cit., n. 1219); inoltre in concreto i lavori erano stati eseguiti e i proprietari dei fondi ne avevano beneficiato. Il solo fatto che l'autorità comunale aveva disatteso un termine di perenzione, seppur grave, non permetteva di ammettere la nullità della procedura d'imposizione. Pure il Tribunale federale delle assicurazioni si era già espresso in tal senso al consid. 4b della sentenza pubblicata in RCC 1988 pag. 260 (H 116/86), in cui, non considerando un termine di perenzione, restituiva dei contributi ad un assicurato (si confronti anche la sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 335/95 del 22 maggio 1997, secondo cui una decisione di fissazione dei contributi non è nulla, ma soltanto annullabile, anche se emessa dopo la scadenza del termine di perenzione).
6.4 In concreto non è soltanto incontestato, ma addirittura ammesso dalla Sezione del lavoro - la quale ha precisato che il provvedimento di restituzione avrebbe dovuto essere emanato immediatamente dopo la decisione con cui essa aveva decretato l'inidoneità al collocamento dell'interessata e non solo dopo la sentenza con cui il Tribunale federale delle assicurazioni aveva confermato definitivamente detta decisione - che la Cassa ha statuito sull'esistenza di un diritto nel frattempo estinto, in seguito a perenzione.
La decisione è pertanto gravemente viziata nel merito (sentenza del Tribunale federale 2P.171/1995 del 26 ottobre 1995 pubblicata in RDAT 1996 I n. 49 pag. 137), in quanto attesta l'esistenza di un diritto estinto; la carenza inoltre, pur non essendo palese, è facilmente riconoscibile. Tuttavia, la richiesta di restituzione era giustificata in quanto l'inidoneità al collocamento dell'assicurata e quindi il fatto che abbia percepito a torto indennità di disoccupazione sono stati confermati in ultima istanza (RDAT 1996 I n. 49 pag. 139 consid. 5b). Alla luce della suesposta giurisprudenza quindi, malgrado l'intervenuta perenzione, la decisione è annullabile e quindi in concreto definitiva. Una modifica potrebbe infatti intervenire solo tramite riesame da parte dell'amministrazione (si confronti RCC 1988 pag. 261 consid. 3c.).
Su questo punto, in quanto conforme al diritto federale, il giudizio impugnato va confermato.
7. 7.1 Nel merito va pertanto esaminato se l'assicurata era in buona fede. Al riguardo va rilevato che il solo fatto che l'assicurata ignorasse di non avere diritto alle prestazioni versate non basta per ammetterne l'esistenza. La buona fede, in quanto condizione necessaria per il condono, è infatti esclusa a priori se i fatti che danno luogo all'obbligo di restituzione (per esempio la violazione dell'obbligo di annunciare o di informare) sono imputabili ad un comportamento doloso oppure ad una grave negligenza. Per contro, l'assicurata può invocarla se l'azione o l'omissione costituiscono una lieve negligenza (cfr. DLA 1998 no. 14 pag. 73 consid. 4a; 1992 no. 7 pag. 103 consid. 2b; cfr. pure DTF 112 V 97 consid. 2c pag. 103; 110 V 176 consid. 3c pag. 180). In questo ordine di idee, occorre differenziare tra la buona fede intesa come mancata consapevolezza dell'illiceità ("Unrechtsbewusstsein") e la questione di sapere se l'interessato, facendo uso dell'attenzione che le circostanze permettevano di esigere da lui (alla luce di un criterio oggettivo, sentenza 9C_14/2007 del 2 maggio 2007), avrebbe potuto e dovuto riconoscere il vizio giuridico esistente. La consapevolezza o meno dell'illiceità dell'atto o dell'omissione è una questione di fatto, in merito alla quale il potere d'esame del Tribunale federale è limitato (art. 97 e 105 LTF). Per contro, il tema se una persona abbia fatto prova dell'attenzione ragionevolmente esigibile, è una questione di diritto, che il Tribunale esamina liberamente (DTF 122 V 221 consid. 3 pag. 223 e riferimenti; DLA 1998 no. 41 pag. 237 consid. 3; sentenze 8C_594/2007 del 10 marzo 2008, consid. 5.1, e 8C_1/2007 dell'11 maggio 2007).
7. 7.1 Nel merito va pertanto esaminato se l'assicurata era in buona fede. Al riguardo va rilevato che il solo fatto che l'assicurata ignorasse di non avere diritto alle prestazioni versate non basta per ammetterne l'esistenza. La buona fede, in quanto condizione necessaria per il condono, è infatti esclusa a priori se i fatti che danno luogo all'obbligo di restituzione (per esempio la violazione dell'obbligo di annunciare o di informare) sono imputabili ad un comportamento doloso oppure ad una grave negligenza. Per contro, l'assicurata può invocarla se l'azione o l'omissione costituiscono una lieve negligenza (cfr. DLA 1998 no. 14 pag. 73 consid. 4a; 1992 no. 7 pag. 103 consid. 2b; cfr. pure DTF 112 V 97 consid. 2c pag. 103; 110 V 176 consid. 3c pag. 180). In questo ordine di idee, occorre differenziare tra la buona fede intesa come mancata consapevolezza dell'illiceità ("Unrechtsbewusstsein") e la questione di sapere se l'interessato, facendo uso dell'attenzione che le circostanze permettevano di esigere da lui (alla luce di un criterio oggettivo, sentenza 9C_14/2007 del 2 maggio 2007), avrebbe potuto e dovuto riconoscere il vizio giuridico esistente. La consapevolezza o meno dell'illiceità dell'atto o dell'omissione è una questione di fatto, in merito alla quale il potere d'esame del Tribunale federale è limitato (art. 97 e 105 LTF). Per contro, il tema se una persona abbia fatto prova dell'attenzione ragionevolmente esigibile, è una questione di diritto, che il Tribunale esamina liberamente (DTF 122 V 221 consid. 3 pag. 223 e riferimenti; DLA 1998 no. 41 pag. 237 consid. 3; sentenze 8C_594/2007 del 10 marzo 2008, consid. 5.1, e 8C_1/2007 dell'11 maggio 2007).
7.2 7.2.1 In concreto il Tribunale di prime cure non ha accertato che l'interessata era cosciente dell'illecito (contrariamente a quanto attestato dall'amministrazione), bensì le ha rimproverato di non avere notificato correttamente la propria disponibilità lavorativa, commettendo una grave negligenza. Rinviando a quanto statuito dal Tribunale federale delle assicurazioni il 4 luglio 2005, la Corte ha in particolare evidenziato che lavorare dalle 8 alle 18, come indicato dall'interessata, non era possibile viste le attività svolte di segretaria amministrativa presso la ditta H._ Sagl da un lato e di consulente immobiliare presso lo Studio di architettura M._ dall'altro. La questione sull'eventualità di riconoscere unicamente negligenza lieve per avere notificato all'Ufficio regionale di collocamento (in seguito URC), ma non alla Cassa, il proprio nome da sposata, è invece stata lasciata aperta.
7.2.2 Secondo questa Corte quanto dedotto in prima sede dalla sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni del 4 luglio 2005 non permette di per sé di concludere che l'assicurata non ha fatto uso dell'attenzione che le circostanze permettevano di esigere da lei e che quindi la violazione dell'obbligo di informare sarebbe riconducibile ad una grave negligenza. Tale conclusione poggia infatti su una valutazione manifestamente errata delle prove e su un accertamento incompleto dei fatti che devono pertanto essere completati alla luce dell'art. 105 cpv. 2 LTF (si veda in proposito sentenza 8C_594/2007 del 10 marzo 2008, consid. 5.6.3).
Al riguardo va infatti rilevato che quanto attestato dal Tribunale di prime cure è da un lato irrilevante ai fini del riconoscimento o meno della buona fede, ritenuto che secondo gli accertamenti vincolanti eseguiti dal Tribunale federale delle assicurazioni nella succitata sentenza la seconda attività, in favore dello Studio di architettura M._ , è stata avviata soltanto nell'agosto 2003 per 50/60 ore mensili (v. Fatti A.b della sentenza C 270/04 del 4 luglio 2005). Non risulta quindi dagli atti che l'assicurata abbia esercitato, da gennaio ad agosto, due attività contemporaneamente. Per quanto riguarda inoltre in particolare il periodo da gennaio a maggio, non si può neppure affermare che l'interessata abbia omesso di indicare correttamente la propria disponibilità lavorativa alla Cassa rispettivamente all'URC. Dagli atti emerge infatti che in quel periodo svolgeva solo un'attività a ore su chiamata notificata alla Cassa quale guadagno intermedio, che poteva essere considerata senz'altro compatibile con un'attività a tempo pieno (Fatti A.a della sentenza succitata). Dalle notifiche del guadagno intermedio all'attenzione della Cassa, allegate alla domanda di indennità, richiamata anche dal Tribunale cantonale, emerge infatti che l'interessata ha lavorato in media quasi quattordici ore al mese.
Soltanto nei mesi di giugno e luglio l'interessata ha notificato in media, a titolo di guadagno intermedio, 58 ore, ridottesi a 36 in agosto. Alla ricorrente può tuttavia essere eventualmente rimproverato di non aver chiesto un'immediata riduzione delle indennità, non essendo presumibilmente in grado di accettare un lavoro a tempo pieno, non tuttavia una scorretta notifica della sua disponibilità lavorativa. In effetti l'URC era esattamente al corrente delle modalità di lavoro dell'assicurata, la quale aveva pure notificato fin dall'inizio che la percentuale lavorativa avrebbe potuto essere anche del 30-50% (verbale del 5 febbraio 2003). Durante il colloquio del mese di maggio 2003 aveva altresì precisato che in giugno avrebbe lavorato al 50% (ciò che tuttavia non si è avverato avendo l'assicurata eseguito solo 60 ore mensili). Pure la Cassa inoltre tramite la comunicazione del numero di ore eseguite a titolo di guadagno intermedio, nettamente più elevato dei primi cinque mesi, poteva e doveva notare il cambiamento intervenuto. Sia l'URC che la Cassa erano pertanto al corrente nei minimi dettagli dell'attività che stava svolgendo l'assicurata, della misura di tale attività e della sua evoluzione, che avrebbe portato, presumibilmente da ottobre, all'esercizio di un'attività a tempo pieno (verbali dei colloqui di consulenza), fatto anch'esso più volte dichiarato. In simili circostanze sia la Cassa che l'URC erano nelle condizioni di agire almeno già dalla fine di giugno, in base all'obbligo dell'accertamento d'ufficio dei fatti (art. 43 LPGA, che non viene neutralizzato dall'obbligo di collaborare e informare del richiedente di cui all'art. 28 LPGA: Kieser, op. cit., no. 2 all'art. 28), approfondendo la questione circa la misura della disponibilità lavorativa, con eventuale relativa riduzione delle indennità di disoccupazione rispettivamente circa l'idoneità al collocamento dell'assicurata (ciò che del resto l'URC ha fatto nel mese di luglio). Altresì l'URC, in base alle informazioni in suo possesso, alla luce dell'obbligo di informazione e consulenza di cui all' art. 27 cpv. 1 e 2 LPGA, avrebbe potuto perlomeno accennare all'assicurata che il diritto a indennità intere non era presumibilmente più dato nella medesima misura (in proposito DTF 131 V 472 consid. 4 e 5 pag. 476 segg. e sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni C 157/05 del 28 ottobre 2005).
Visto quanto sopra, all'assicurata, a partire dal mese di giugno, è eventualmente imputabile una lieve negligenza, non senz'altro una violazione grave dell'obbligo di informare (per un caso di lieve negligenza, v. sentenze 8C_594/2007 del 10 marzo 2008 e C 288/06 del 27 marzo 2007, consid. 4, in cui la colpa di un assicurato che ha notificato un guadagno intermedio al collocatore, non tuttavia alla Cassa, è stata considerata lieve in ambito di sospensione; per un caso di grave negligenza, v. sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni C 292/02 del 15 marzo 2004, consid. 4, e C 162/98 del 23 settembre 1998, consid. 3).
Dovendo pertanto l'insorgente essere ritenuta in buona fede al momento della riscossione delle indennità di disoccupazione, a torto la precedente istanza le ha negato il diritto al condono. La pronuncia impugnata, che viola il diritto federale, va pertanto annullata, mentre l'incarto va rinviato all'amministrazione affinché esamini se, in caso di restituzione, l'assicurata verrebbe a trovarsi in gravi difficoltà ai sensi dell'art. 25 cpv. 1 seconda frase LPGA (cfr. pure l'art. 4 OPGA) e si pronunci nuovamente sul diritto al condono.
8. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Al Servizio cantonale del lavoro, parimenti soccombente, non possono infatti essere addossate spese giudiziarie, avendo agito nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (art. 66 cpv. 4 LTF; DTF 133 V 637 consid. 4.5 pag. 639; Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Berna 2007, no. 52 all'art. 66). Parzialmente vincente in lite, l'insorgente, rappresentata da un legale, ha diritto a ripetibili ridotte (art. 68 cpv. 1 LTF).
M._, in quanto parzialmente vittoriosa in causa, ha diritto al rimborso di spese ripetibili (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. In parziale accoglimento del ricorso, il giudizio del 13 giugno 2007 e la decisione su opposizione del 20 novembre 2006 sono annullati, mentre è riconosciuta la buona fede di M._ in ordine alla restituzione dell'importo di fr. 28'087.90. L'incarto va pertanto rinviato alla Sezione del lavoro del Cantone Ticino affinché proceda ai sensi dei considerandi e si pronunci nuovamente sulla domanda di condono. Per il resto, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico della ricorrente.
3. La Sezione del lavoro verserà a M._ la somma di fr. 1500.- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino statuirà sulla questione delle spese ripetibili di prima istanza, tenuto conto dell'esito del processo in sede federale.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, alla Segreteria di Stato dell'economia e alla Cassa disoccupazione cristiano sociale (OCST), Locarno.