Erwägungen:
1. X._ erhob am 4. September 2012 Strafanzeige gegen Y._, Präsidentin der Sozialbehörde A._, wegen Drohung, Nötigung und Amtsmissbrauchs. Die Staatsanwaltschaft Winterthur / Unterland, Zweigstelle Flughafen, überwies die Strafanzeige am 6. September 2012 der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich, um über die Erteilung bzw. Nichterteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung zu entscheiden. In seiner Stellungnahme beantragte X._, es sei eine Ermächtigung zu erteilen.
Die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich erteilte mit Beschluss vom 25. Oktober 2012 der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Strafverfolgung nicht. Die Strafkammer führte zusammenfassend aus, der Anzeiger habe weder in der Strafanzeige noch in seiner Stellungnahme dargetan, inwiefern er von der Präsidentin bedroht oder genötigt worden sein soll. Auch sei nicht ersichtlich, dass sie ihre Amtsgewalt missbraucht oder unrechtmässig angewendet hätte.
2. X._ führt mit Eingabe vom 22. November 2012 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit der Begründung des angefochtenen Beschlusses nicht rechtsgenüglich auseinander. Aus seiner Beschwerde ergibt sich nicht, inwiefern der Schluss der Strafkammer, weder aus der Strafanzeige noch aus der Stellungnahme ergebe sich die behauptete Drohung bzw. Nötigung, rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Auch legt der Beschwerdeführer nicht detailliert dar, inwiefern es zu beanstanden sei, dass für die Strafkammer das Vorliegen eines Amtsmissbrauchs nicht erkennbar war. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Winterthur / Unterland, Zweigstelle Flughafen, sowie der Oberstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli