Sachverhalt:
A. A.a Der Fussballclub X._ (Beschwerdeführer) und die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) schlossen im März 2002 einen per 22. Dezember 2001 datierten Vertrag mit folgendem Wortlaut:
"Vereinbarung
[...]
INGRESS
Y._ hat im Jahre 2000 die Transferrechte von zwei Spielern erworben zu einem Preis von CHF 800'000.--. Y._ wird nun die Transferrechte aller Spieler, inklusive dem Nachwuchs, per 31.12.01 erwerben, mit Ausnahme des Spielers A._ (ev. B._). Dafür bezahlt Y._ nochmals einen Betrag von CHF 1'200'000.--. Somit ist Y._ im Besitz sämtlicher Transferrechte des Fussball-Club X._ und bezahlt hierfür gesamthaft CHF 2'000'000.-- (davon CHF 800'000.-- bereits bezahlt). Vor diesem Hintergrund vereinbaren die Parteien was folgt:
1. Y._ stellt die Spieler dem FC X._ zur Verfügung gegen ein Entgelt von CHF 10'000.-- je Monat (6% pro Jahr).
2. Sämtliche Transfererlöse (nach Abzug von MwSt und CHF 10'000.-- Abgabe NL) fliessen zurück an Y._.
3. Sobald gesamthaft CHF 2'500'000.-- zuzügl. Zinsen an Y._ zurückgeflossen sind, ist der FC X._ wieder im Besitz von sämtlichen Transferrechten.
4. Y._ nimmt zur Kenntnis, dass die Transferrechte von A._ verkauft sind, nämlich zu CHF 300'000.--. Ein allfälliger Mehrerlös aus dem Transfer A._ (VP abzüglich Rückzahlung an Investor) fliesst ebenfalls an Y._. Sollte A._ den Vertrag nicht verlängern und dadurch dem Investor ein Verlust entstehen, wird der Transfererlös von B._ vertragsgemäss dem Investor gutgeschrieben.
5. Der FC X._ ist besorgt, die Transferrechte möglichst umgehend zurückzukaufen.
6. Die Gründung einer AG oder der Verkauf an "Investoren" wird mit oberster Priorität vorangetrieben. Y._ kann bei der Aktiengründung das AK voll übernehmen und mit einem Agio von 5% an Dritte weiterveräussern.
7. Die Zahlung der Restsumme von CHF 1'200'000.-- wird in vier Raten bezahlt, und zwar CHF 300'000.-- Ende Januar 2002 , CHF 300'000.-- Ende Februar 2002, CHF 300'000.-- 15. März 2002 und CHF 300'000.-- 31. März 2002.
8. FC X._ stellt Y._ Rechnung für diesen Transfer (zuzügl. MwSt).
9. Der FC X._ organisiert mind. zwei weitere Sponsoren, welche sich an diesem Modell mit rund CHF 700'000.-- beteiligen. Dieser Betrag wird dann an Y._ zurückfliessen.
10. Mit dieser Vereinbarung sind die Vereinbarungen betr. Transferrechte C._ resp. D._ aufgehoben bzw. gegenstandslos.
[...]"
A.b Gestützt auf diesen Vertrag überwies die Beschwerdegegnerin dem Beschwerdeführer einen Betrag von insgesamt Fr. 2 Mio.
In der Folge entzündete sich zwischen den Parteien ein Streit über die Rückzahlung dieses Betrags. Die Beschwerdegegnerin stellte sich auf den Standpunkt, dass sie dem Beschwerdeführer den Betrag lediglich als Darlehen überwiesen und die Transferrechte als Kreditsicherheit erhalten habe. Sie könne den Vertrag kündigen und den Darlehensbetrag zurückfordern. Demgegenüber hielt der Beschwerdeführer dafür, dass es sich bei dem ihm überwiesenen Betrag von Fr. 2 Mio. um einen Kaufpreis handelte, den die Beschwerdegegnerin für die ihr abgetretenen Transferrechte bezahlte. Eine unbedingte Verpflichtung, die Transferrechte zurückzukaufen, bestehe nicht.
Mit Schreiben vom 18. April 2005 kündigte die Beschwerdegegnerin den Vertrag und verlangte vom Beschwerdeführer die Zahlung von Fr. 2,3 Mio.
B. B.a Mit Klage vom 10. Februar 2006 beantragte die Beschwerdegegnerin dem Bezirksgericht Aarau, es sei der Beschwerdeführer zu verurteilen, der Beschwerdegegnerin einen Betrag von Fr. 2,3 Mio. nebst Zins zu bezahlen.
Mit Urteil vom 7. Oktober 2009 hiess das Bezirksgericht die Klage teilweise gut und verurteilte den Beschwerdeführer zur Zahlung von Fr. 302'000.-- nebst Zins an die Beschwerdegegnerin.
Das Bezirksgericht kam zum Schluss, dass im vorliegenden Fall kein übereinstimmender wirklicher Wille der Parteien betreffend die Qualifikation und den Inhalt des Vertrags ermittelt werden könne. Der Vertrag sei deshalb objektiviert nach dem Vertrauensprinzip auszulegen. Danach ergebe sich, dass das Vertragsverhältnis zwischen den Parteien als Innominatvertrag mit einem Schwergewicht kaufvertraglicher Elemente und nicht als Darlehensvertrag zu qualifizieren sei. Der Beschwerdegegnerin stehe kein Anspruch gestützt auf Art. 318 OR auf Rückzahlung des dem Beschwerdeführer überwiesenen Betrags zu. Die Beschwerdegegnerin könne lediglich die ihr gestützt auf die Vereinbarung geschuldeten Erlöse aus den Transfers der Spieler E._ und F._ im Umfang von Fr. 302'000.-- geltend machen.
B.b Gegen das Urteil des Bezirksgerichts legte die Beschwerdegegnerin am 12. Oktober 2009 beim Obergericht des Kantons Aargau Appellation ein mit dem Antrag, es sei das angefochtene Urteil aufzuheben und der Beschwerdeführer zu verurteilen, der Beschwerdegegnerin den Betrag von Fr. 2,3 Mio. nebst Zins zu bezahlen.
Der Beschwerdeführer legte am 20. Oktober 2009 seinerseits Appellation gegen das Urteil des Bezirksgerichts ein mit dem Antrag, die Klage der Beschwerdegegnerin sei abzuweisen, soweit mit ihr ein Fr. 95'714.-- übersteigender Betrag geltend gemacht werde.
Mit Urteil vom 9. Dezember 2010 hiess das Obergericht die Appellation der Beschwerdegegnerin teilweise gut und verurteilte den Beschwerdeführer zur Zahlung von Fr. 1'704'286.-- nebst Zins an die Beschwerdegegnerin. Die Appellation des Beschwerdeführers wies das Obergericht ab.
Das Obergericht kam zum Schluss, dass aufgrund einer subjektiven Auslegung ein Vertragsinhalt feststehe, der von einem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen getragen sei: Danach hätten die Parteien entgegen dem juristisch-technischen Sinn der in der Vereinbarung vom 22. Dezember 2001 verwendeten Begriffe des Kaufes und des Rückkaufes von Transferrechten keinen Kaufvertrag, sondern einen Darlehensvertrag inkl. Sicherungsübereignung der Transferrechte an die Beschwerdegegnerin vereinbart. Nachdem die Beschwerdegegnerin diesen Darlehensvertrag gestützt auf Art. 318 OR gekündigt habe, stehe ihr ein Anspruch auf Rückzahlung der Darlehensvaluta von Fr. 2 Mio. abzüglich eines vom Beschwerdeführer bereits an die Beschwerdegegnerin geleisteten Betrags von Fr. 295'714.-- zu.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin abzuweisen. Weiter sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 135 III 329 E. 1 S. 331 mit Hinweisen).
2.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 i.V.m. Art. 90 BGG) in einer Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 BGG), die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (Art. 76 Abs. 1 BGG), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (E. 1.2 hiernach) grundsätzlich einzutreten.
2.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254; 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Unerlässlich ist mit Blick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.; 121 III 397 E. 2a S. 400; 116 II 745 E. 3 S. 749). Dabei hat die Begründung in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen; Verweise auf andere Rechtsschriften, insbesondere im kantonalen Verfahren eingereichte, sind unbeachtlich (vgl. BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399 f.; 131 III 384 E. 2.3 S. 387 f., je mit Verweisen).
3. Der Beschwerdeführer rügt, die vorinstanzliche Feststellung des übereinstimmenden wirklichen Parteiwillens beruhe auf einer willkürlichen Beweiswürdigung und sei daher offensichtlich unrichtig. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz seien sich die Parteien nicht darüber einig gewesen, dass der Beschwerdeführer den Betrag von Fr. 2 Mio. an die Beschwerdegegnerin zurückbezahlen müsse.
3.1 Die Vorinstanz ist in Würdigung namentlich der Entstehungsgeschichte der Vereinbarung vom 22. Dezember 2001 zum Schluss gelangt, dass der von der Beschwerdegegnerin an den Beschwerdeführer überwiesene Betrag von Fr. 2 Mio. nach dem übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien kein Kaufpreis im technischen Sinne sei. Vielmehr sei es den Parteien um eine kurzfristige und übergangsweise finanzielle Unterstützung des Beschwerdeführers durch die Beschwerdegegnerin gegangen. Entsprechend handle es sich bei dem in den Ziffern 1 bis 3 der Vereinbarung vorgesehenen "Rückfluss" der Transfererlöse bzw. dem "Entgelt" für die Zurverfügungstellung der Spieler um die Modalitäten, unter denen der Beschwerdeführer das ihm gewährte verzinsbare Kapital an die Beschwerdegegnerin zurückzubezahlen habe.
Ziff. 3 der Vereinbarung, wonach der Beschwerdeführer wieder in den Besitz sämtlicher Transferrechte gelangt, sobald Fr. 2,5 Mio. zuzüglich Zinsen an die Beschwerdegegnerin zurückgeflossen sind, stehe der Annahme eines Kaufvertrags schon nur deshalb entgegen, weil der Beschwerdeführer danach die Transferrechte mit Mitteln zurückkaufen würde, welche eigentlich der Beschwerdegegnerin als "Käuferin" und Inhaberin der Transferrechte zustünden. Die Parteien hätten den im Ingress der Vereinbarung erwähnten "Erwerb" und "Besitz" von Transferrechten denn auch nicht als Kauf, sondern als Abtretung derselben zu Sicherungszwecken verstanden, bezüglich welcher gemäss Ziff. 3, 2. Teilsatz, eine Rückzession erfolge, sobald die Forderung der Beschwerdegegnerin erfüllt sei. Diese Auslegung stimme mit Aussagen von Vertretern des Beschwerdeführers überein, welche von "Verpfändung" und von der "Ablösung der verpfändeten Spieler" gesprochen hätten. Entgegen dem Wortlaut von Ziff. 5 der Vereinbarung, in welcher von einem möglichst umgehenden "Rückkauf" der Transferrechte durch den Beschwerdeführer die Rede ist, habe sich der Beschwerdeführer nicht zu einem Rückkauf, sondern zu einer Herauslösung der Transferrechte aus der Sicherungsübereignung durch Rückzahlung des Darlehens verpflichtet. Aus weiteren Zeugenaussagen gehe denn auch hervor, dass der Beschwerdeführer im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses davon ausgegangen sei, dass er den ihm zur Verfügung gestellten Betrag an die Beschwerdegegnerin zurückbezahlen müsse.
Aufgrund der Zeugenaussage des Verantwortlichen für Recht und Lizenzierung bei der Swiss Football League (SFL) sowie aus der Übergangsbestimmung eines Reglementes der SFL ergebe sich zudem, dass die Gewährung eines Darlehens im Moment des Vertragsabschlusses entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers geeignet gewesen sei, einem in finanzielle Schwierigkeiten geratenen Fussballclub die notwendigen Mittel für die Erteilung der Spiellizenz zu verschaffen.
Als Fazit der Beweiswürdigung hielt die Vorinstanz fest, dass aufgrund einer empirischen Auslegung ein übereinstimmender wirklicher Wille der Parteien feststehe. Danach hätten die Parteien entgegen dem juristisch-technischen Sinn der in der Vereinbarung verwendeten Begriffe des Kaufes und des Rückkaufes einen Darlehensvertrag samt Sicherungsübereignung der Transferrechte vereinbart. Mit der Kündigung dieses Darlehens durch die Beschwerdegegnerin sei der Darlehensbetrag zur Rückzahlung fällig geworden.
3.2 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen, während die unrichtige Bezeichnung oder Ausdrucksweise, die von den Parteien aus Irrtum oder in Absicht gebraucht wird, die wahre Beschaffenheit des Vertrages zu verbergen, unbeachtlich ist (Art. 18 Abs. 1 OR). Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung (BGE 132 III 626 E. 3.1 S. 632 m.H.). Stellt die Vorinstanz einen von einem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen getragenen Vertragsinhalt fest, so handelt es sich dabei um eine Sachverhaltsfeststellung, welche für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich ist (Art. 105 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht kann eine subjektive Vertragsauslegung lediglich unter dem Blickwinkel der willkürlichen Beweiswürdigung überprüfen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 135 III 410 E. 3.2 S. 413, 133 III 675 E. 3.3 S. 681; vgl. BGE 131 III 606 E. 4.1 S. 611; 129 III 118 E. 2.5 S. 122).
Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid nur wegen Willkür auf, wenn er im Ergebnis unhaltbar ist (BGE 133 I 149 E. 3.1 S. 153 mit Hinweisen). Im Bereich der Beweiswürdigung steht dem Sachgericht zudem ein erheblicher Ermessensspielraum zu. Die Beweiswürdigung ist nur willkürlich, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, indem es zum Beispiel offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht oder erhebliche Beweise übersieht (BGE 129 I 8 E. 2.1. S. 9; 120 Ia 31 E. 4b S. 40, mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 462 E. 2.4 S. 466 f.).
3.3 Diese Grundsätze verkennt der Beschwerdeführer in mehrerer Hinsicht:
3.3.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, diese habe bei der Ermittlung des wirklichen Parteiwillens diverse Beweismittel willkürlich nicht berücksichtigt, so etwa "das Verhalten von Dr. G._, Verwaltungsratspräsident der u.a. in der Finanzberatung tätigen Beschwerdegegnerin". Dieser sei auch Vorstandsmitglied des Beschwerdeführers gewesen und habe nie Einspruch erhoben gegen dessen Jahresabschluss 2001, in dem kein Darlehen unter den Passiven bilanziert gewesen sei. Weiter sei die "klare Aussage von H._ über den 'Verkauf der Transferrechte' in der ordentlichen Mitgliederversammlung 2002 des Beschwerdeführers" unberücksichtigt geblieben.
Ob und in welcher Form das "Verhalten" von Dr. G._ bzw. die "klare Aussage" von H._ der Vorinstanz überhaupt als Beweismittel angeboten worden wären, geht aus den Ausführungen des Beschwerdeführers freilich nicht hervor. Mit dem blossen Verweis auf die Duplikschrift des erstinstanzlichen Verfahrens vermag der Beschwerdeführer jedenfalls nicht darzulegen, dass die Vorinstanz in diesem Zusammenhang Beweismittel willkürlich übersehen hätte. Den Begründungsanforderungen an eine Sachverhaltsrüge genügen diese Vorbringen nicht.
3.3.2 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz weiter mehrfach vor, diese habe willkürlich auf "falsche" Zeugenaussagen abgestellt. So bezeichnet er etwa die Aussage von H._ über die "Verpfändung sämtlicher Spieler" als "falsch", begründet diese Behauptung aber mit keinem Wort. Als "grob falsch" bezeichnet er weiter die Aussage des Zeugen I._, wonach die Einräumung eines Darlehens genüge, um die Lizenzfähigkeit eines überschuldeten Fussballvereins sicherzustellen. Zur Begründung verweist der Beschwerdeführer pauschal auf die Ausführungen in seiner Duplikschrift im Verfahren vor dem Bezirksgericht bzw. darauf, dass "diese Tatsache als gerichtsnotorisch" zu betrachten sei. Dass die Zeugenaussage falsch wäre, zeigt er jedoch nicht im Einzelnen auf und übersieht zudem, dass die Vorinstanz nicht nur auf die Aussagen des Zeugen I._, sondern auch auf eine Bestimmung des Reglements der Swiss Football League abgestellt hat. Inwiefern die entsprechenden Schlussfolgerungen willkürlich sein sollten, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Seine Vorwürfe, die Vorinstanz habe auf "falsche" Zeugenaussagen abgestellt, genügen den Begründungsanforderungen an eine Sachverhaltsrüge nicht.
3.3.3 Dies gilt auch für die weiteren Vorwürfe, die der Beschwerdeführer in Ziff. 6 der Beschwerdeschrift gegen die Erwägung der Vorinstanz vorbringt, wonach die Gewährung eines Darlehens geeignet sei, die Lizenzfähigkeit eines überschuldeten Fussballvereins sicherzustellen. Mit einem blossen Hinweis auf die Duplikschrift im erstinstanzlichen Verfahren sowie unbelegten, appellatorischen Behauptungen über den "Informationsstand von J._ bei den Vertragsverhandlungen" und "das Verhalten von Dr. G._" vermag der Beschwerdeführer keine willkürliche Beweiswürdigung darzutun.
3.3.4 Der Beschwerdeführer hält weiter dafür, die Vorinstanz hätte nicht auf die Zeugenaussage seines ehemaligen Geschäftsführers K._ abstellen dürfen, wonach klar gewesen sei, dass die an den Beschwerdeführer überwiesenen Fr. 2 Mio. zurückbezahlt werden müssten. Als Begründung führt der Beschwerdeführer an, dass der Zeuge K._ nicht an den Vertragsverhandlungen mit der Beschwerdegegnerin beteiligt gewesen sei und zudem anlässlich der Befragung durch das Bezirksgericht angegeben habe, dass er zwar von der Vereinbarung gewusst, deren Details und Inhalt aber nicht gekannt habe. Aus diesem Grund könne die Aussage des Zeugen K._ nicht zur Feststellung des wirklichen Parteiwillens des Beschwerdeführers herangezogen werden.
Der Beschwerdeführer führt jedoch selbst an, dass der Zeuge K._ vor dem Bezirksgericht gleichzeitig auch ausgesagt habe, das "Kernstück" der Vereinbarung vom 22. Dezember "haargenau" zu kennen. Wie die Beschwerdegegnerin in ihrer Vernehmlassung zu Recht vorbringt, dürfte es sich jedenfalls bei der Rückzahlungsverpflichtung um ein "Kernstück" der Vereinbarung handeln. Vor diesem Hintergrund ist es nicht willkürlich, bei der Ermittlung des Vertragsinhalts auch die Aussagen des Zeugen K._ zu berücksichtigen. Die Rüge ist unbegründet.
3.3.5 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz sodann vor, diese habe bei der Ermittlung des wirklichen Parteiwillens willkürlich nicht berücksichtigt, dass sich die Parteien für ihre Leistungen gegenseitig Mehrwertsteuerzuschläge in Rechnung gestellt hätten. Eine Mehrwertsteuer werde weder auf die Gewährung eines Darlehens noch auf Darlehenszinsen erhoben, womit ein "wichtiges - wenn nicht entscheidendes - Indiz" für ein "Kaufgeschäft" vorliege. Die unterlassene Berücksichtigung der "steuerlichen Fakten" sei ein "offensichtlich grober Fehler bei der Tatsachenfeststellung bzw. eine willkürliche Beweiswürdigung".
Die Vorinstanz führte aus, dass unklar geblieben sei, ob und weshalb allenfalls Zahlungen zuzüglich Mehrwertsteuern getätigt worden seien. Entsprechend mass die Vorinstanz dieser Frage keine ausschlaggebende Bedeutung bei. Auch vor Bundesgericht schafft der Beschwerdeführer keine Klarheit. Er verweist zwar auf Rechnungen, auf denen ein Mehrwertsteuerzuschlag aufgeführt ist, vermag jedoch nicht aufzuzeigen, dass entsprechende Beträge von den Parteien tatsächlich eingezogen, geschweige denn an die Steuerverwaltung abgeführt worden wären. Inwiefern der Frage der Mehrwertsteuern im Gesamtkontext der Beweismittel, welche die Vorinstanz bei der Ermittlung des tatsächlichen Parteiwillens gewürdigt hat, ausschlaggebende Bedeutung zukommen sollte, vermag der Beschwerdeführer jedenfalls nicht darzutun und ist auch nicht ersichtlich. Eine willkürliche Beweiswürdigung liegt nicht vor.
3.3.6 Die Rügen des Beschwerdeführers gegen die subjektive Vertragsauslegung durch die Vorinstanz genügen damit entweder den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge nicht oder erweisen sich als unbegründet. Weitere Rügen, insbesondere gegen die materiellrechtliche Beurteilung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts, trägt der Beschwerdeführer nicht vor.
4. Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. April 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Hurni