Sachverhalt:
A. Das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt verurteilte X._ wegen mehrfachen Betrugs und gewerbsmässiger Geldwäscherei zu einer Freiheitsstrafe von 2 1⁄2 Jahren, wovon zwei Jahre bedingt aufgeschoben, bei einer Probezeit von zwei Jahren, sowie zu einer unbedingten Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 1'100.--. Vom Vorwurf der Anstiftung zu gewerbsmässigem Betrug, mehrfacher Veruntreuung, mehrfacher Urkundenfälschung sowie zu mehrfacher Urkundenunterdrückung sprach es X._ frei.
X._ appellierte gegen dieses Urteil beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt. Dieses verurteilte ihn am 16. Oktober 2009 wegen mehrfachen Betrugs und gewerbsmässiger Geldwäscherei zu einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren und fünf Monaten unter Anrechnung von 20 Tagen Untersuchungshaft, davon ein Jahr und elf Monate bedingt aufgeschoben, bei einer Probezeit von zwei Jahren, sowie zu einer unbedingten Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 1'100.--.
B. Die von X._ erhobene Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht teilweise gut (Urteil 6B_209/2010 vom 2. Dezember 2010), hob das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurück.
C. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt verurteilte X._ am 27. Mai 2011 wegen gewerbsmässiger Geldwäscherei zu einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren, einem Monat und 15 Tagen unter Anrechnung von 20 Tagen Untersuchungshaft, davon ein Jahr, sieben Monate und 15 Tage bedingt aufgeschoben, bei einer Probezeit von zwei Jahren, sowie zu einer unbedingten Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 800.--. Von der Anklage des mehrfachen Betrugs sprach es X._ frei.
D. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt sei aufzuheben. Die Freiheitsstrafe sei auf zwei Jahre festzusetzen, unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs bei einer Probezeit von zwei Jahren. Der Tagessatz der Geldstrafe sei auf Fr. 607.-- festzulegen und der bedingte Vollzug anzuordnen. X._ beantragt eventualiter, die Sache zur neuen Entscheidung an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt zurückzuweisen.
E. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt beantragt, das angefochtene Urteil zu bestätigen. X._ reichte in der Folge Bemerkungen zu den Vernehmlassungsantworten ein.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz sei zu Unrecht davon ausgegangen, dass die Sanktion in Art. 305bis StGB in der seit dem 1. Januar 2007 geltenden Fassung milder als die altrechtliche Bestimmung sei. Der Betrag der konkreten neurechtlichen Geldstrafe sei mit der konkreten altrechtlichen Busse zu vergleichen, um herauszufinden, welches das mildere Recht sei. Soweit das Gericht die Geldstrafe unbedingt ausspreche, müsse es somit zuerst festlegen, wie hoch die Busse nach altem Recht gewesen wäre. Dass Strafen nach neuem Recht bis zu zwei Jahren bedingt ausgesprochen werden könnten, spiele für die konkrete Beurteilung, welches Recht das mildere sei, keine Rolle (Beschwerde, S. 6 f.).
1.2 Die Vorinstanz führt aus, dass Art. 305bis StGB in seiner aktuellen Fassung als lex mitior Anwendung finde. Die Geldstrafe und Busse seien insofern gleichwertig, als beide den Täter in seinem Vermögen träfen. Die unterschiedliche Berechnungsart der beiden Sanktionen führe jedoch je nach Fallkonstellation zu unterschiedlichen Ergebnissen. Zudem könne für die Geldstrafe der bedingte Vollzug gewährt werden. Die Möglichkeit des bedingten und teilbedingten Vollzugs nach neuem Recht sei in Bezug auf die Freiheitsstrafe für den Beschwerdeführer offensichtlich milder. Auch sei die Geldstrafe (maximal 500 Tagessätze zu Fr. 800.--) milder als eine Busse von maximal 1 Mio. Franken (angefochtenes Urteil, S. 26 f.).
1.3 Am 1. Januar 2007 ist der revidierte Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches in Kraft getreten. Die zu beurteilenden strafbaren Handlungen sind vor diesem Zeitpunkt erfolgt. Gemäss Art. 2 Abs. 2 StGB gelangt bei dieser Konstellation das neue Recht zur Anwendung, wenn es für den Beschwerdeführer das mildere ist. Ob das neue Recht im Vergleich zum alten milder ist, entscheidet sich aufgrund eines konkreten Vergleichs. Massgebend ist, nach welchem Recht der Täter für die zu beurteilenden Taten besser wegkommt (BGE 134 IV 82 E. 6.2.1; 126 IV 5 E. 2c mit Hinweisen). Der Richter hat deshalb den Sachverhalt in umfassender Weise sowohl nach dem alten als auch nach dem neuen Recht zu beurteilen und die Ergebnisse miteinander zu vergleichen. Die gleichzeitige Anwendung von altem und neuem Recht auf ein und dieselbe Tat ist ausgeschlossen (BGE 134 IV 121 E. 3.3.3 mit Hinweisen). Neues Recht findet auch Anwendung, wenn der allein nach dem neuen Recht mögliche bedingte beziehungsweise teilbedingte Vollzug der Freiheitsstrafe und/oder der Geldstrafe im konkreten Fall nicht gewährt werden kann, weil die Prognose ungünstig ist (Urteil 6B_83/2009 vom 30. Juni 2009 E. 2.3 mit Hinweis auf die nicht publizierte E. 2.4 von BGE 134 IV 241). Diese Rechtsprechung ist auch in der hier gegebenen Konstellation anzuwenden. Wird eine Freiheitsstrafe zwischen 18 Monaten und drei Jahren ausgefällt, so ist das neue Recht milder, weil allein nach diesem Recht im konkreten Fall ein bedingter beziehungsweise teilbedingter Strafvollzug möglich und daher von den Behörden zu prüfen ist.
1.4 Da Art. 305bis Ziff. 2 StGB in schweren Fällen zwingend die Kombination einer Freiheitsstrafe mit einer Geldstrafe vorsieht (nach altem Recht Zuchthaus bis zu fünf Jahren oder Gefängnis und Busse bis zu 1 Mio. Franken), ist für beide Sanktionsarten dasselbe Recht zu Grunde zu legen. Im vorliegenden Fall wendet die Vorinstanz im Ergebnis richtigerweise neues Recht an, da sie die berechnete Freiheitsstrafe von zwei Jahren, einem Monat und 15 Tagen teilbedingt ausfällen kann, was nach altem Recht ausgeschlossen ist. Die Vorinstanz verzichtet in der Folge darauf, die zusätzlich auszufällende Geldstrafe mit der nach altem Recht geschuldeten Busse zu vergleichen. Dies ist aufgrund der Ausführungen in E. 1.3 zutreffend.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter eine überlange Verfahrensdauer und damit eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes. Die vorinstanzliche Begründung, das Verfahren weise aussergewöhnliche Dimensionen auf, treffe höchstens auf den Deliktsbetrag zu, nicht jedoch auf den einfachen, im Grunde unbestrittenen Sachverhalt. Es sei auch nicht nachvollziehbar, weshalb die Vorinstanz 2 1⁄2 Jahre ab Zustellung des erstinstanzlichen Urteils benötigt habe, um die zweitinstanzliche Verhandlung durchzuführen. Insgesamt seien nun 4 1⁄2 Jahre vergangen, was das Beschleunigungsverbot klar verletze. Diese Verfahrensverzögerungen hätten zu einer weiteren Strafreduktion in grösserem Umfang führen müssen, da ihn die Verzögerungen als kranken 82-Jährigen besonders schwer träfen (Beschwerde, S. 8 f.).
2.2 Die Vorinstanz verneint eine übermässige Verfahrensdauer. Es gehe im vorliegenden Verfahren um Vermögensdelikte im zweistelligen Millionenbereich. Das Verfahren sei ausserordentlich aufwendig gewesen. Bis zur erstinstanzlichen Verhandlung hätten die Akten bereits aus 20 Bundesordnern sowie 16 Ordnern mit relevanten Beilagen bestanden. Der Beschwerdeführer habe vor zweiter Instanz einen vollumfänglichen Freispruch verlangt, weshalb eine umfassende Beurteilung der Sache erforderlich gewesen sei. Die Dauer von rund zwei Jahren zwischen dem erst- und zweitinstanzlichen Entscheid sei daher begründet gewesen. Der Beschwerdeführer habe denn auch diese Dauer in seiner ersten Beschwerde ans Bundesgericht nicht beanstandet. Nach der Rückweisung durch das Bundesgericht sei die Verhandlung ohne Verzögerung durchgeführt worden. Insgesamt sei weder bei einzelnen Verfahrensschritten noch für das gesamte Verfahren eine Verfahrensverschleppung erkennbar (angefochtenes Urteil, S. 30 f.).
2.3 Nach dem Grundsatz von Treu und Glauben ist es nicht zulässig, verfahrensrechtliche Einwendungen, welche in einem früheren Verfahrensstadium hätten geltend gemacht werden können, noch später vorzubringen (BGE 133 III 638 E. 2; 117 Ia 491 E. 2a). Der Beschwerdeführer hätte deshalb die Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebots für die Zeit zwischen dem erst- und zweitinstanzlichen Urteil bereits im bundesgerichtlichen Verfahren 6B_209/2010 vorbringen müssen. Inwiefern die Vorinstanz seit dem bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid das Beschleunigungsverbot verletzt haben sollte, legt der Beschwerdeführer nicht dar und ist auch nicht ersichtlich. Auf die Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebots ist nicht einzutreten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe eine willkürlich geringe Reduktion der Strafe um 15 Tage vorgenommen, obwohl sie ihn vom Betrugsvorwurf vollständig freigesprochen habe. Diesfalls würde für die Geldwäscherei allein (und ohne Strafschärfung) eine Sanktion von zwei Jahren, vier Monaten und 15 Tagen resultieren, was nicht zutreffen könne (Beschwerde, S. 8). Er verlangt, dass die gegen ihn ausgefällte Sanktion auf zwei Jahre zu senken sei. Er habe bereits im vorinstanzlichen Verfahren auf die Rechtsprechung des Bundesgerichts zur Strafzumessung im Grenzbereich der bedingten/unbedingten Strafe hingewiesen. Die Vorinstanz habe gegen die bundesgerichtliche Rechtsprechung sowie gegen die Begründungspflicht nach Art. 50 StGB verstossen. Die Vorinstanz gehe fälschlicherweise davon aus, dass für die massgebende Strafhöhe die Freiheits- und die Geldstrafe zusammen zu betrachten seien. Dies treffe nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht zu. Bei der vorliegenden Strafzumessung sei das Kriterium der Strafempfindlichkeit nicht zweimal unter dem Stichwort "Folgenberücksichtigung" heranzuziehen. Die Vorinstanz habe vielmehr ihr Ermessen auszuüben. Prüfe sie nicht, ob neben der unbedingten Geldstrafe nicht auf eine teilweise unbedingte Freiheitsstrafe verzichtet werden könnte, begehe sie eine Ermessensunterschreitung, die sie ausserdem nicht begründe (Beschwerde, S. 10 ff.).
3.2 Die Vorinstanz erwägt, angesichts der ausgesprochenen Strafhöhe scheide jedenfalls für die Freiheitsstrafe die Gewährung des bedingten Vollzugs aus. Zu berücksichtigen sei, dass neben der Freiheitsstrafe von zwei Jahren, einem Monat und 15 Tagen eine Geldstrafe von sechs Monaten auszufällen sei. Die sich aus beiden Strafarten zusammensetzende Gesamtdauer der schuldangemessenen Strafe übersteige das Höchstmass von zwei Jahren erheblich, so dass eine Herabsetzung ohnehin nicht in Frage komme. Die Strafempfindlichkeit und das Alter seien bereits bei der Strafzumessung strafmindernd berücksichtigt worden. Diese Umstände würden allenfalls im Rahmen der Hafterstehungsfähigkeit zu prüfen sein.
3.3 Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (BGE 136 IV 55 E. 5.6 mit Hinweisen).
Führt die Strafzumessung unter Würdigung aller wesentlichen Umstände zu einer Freiheitsstrafe, die im Bereich eines Grenzwertes liegt, hat sich der Richter zu fragen, ob - zugunsten des Beschuldigten - eine Sanktion, welche die Grenze nicht überschreitet, noch innerhalb seines Ermessensspielraumes liegt. Bejaht er die Frage, hat er die Strafe in dieser Höhe festzulegen. Verneint er sie, ist es zulässig, auch eine nur unwesentlich über der Grenze liegende Freiheitsstrafe auszufällen. In jedem Fall hat der Richter diesen Entscheid im Urteil zu begründen, andernfalls er seiner Begründungspflicht nach Art. 50 StGB nicht nachkommt (BGE 134 IV 17 E. 3).
3.4 Der Beschwerdeführer verweist zu Recht auf das Urteil 6B_165/2011 vom 19. Juli 2011. Das Bundesgericht hatte in diesem Fall den Vollzug einer Freiheitsstrafe und einer Geldstrafe, die aus je verschiedenen Delikten herrühren, zu beurteilen. Es entschied, die Geldstrafe könne bei kumulierten ungleichartigen Strafen, unabhängig von der Höhe der gleichzeitig ergangenen Freiheitsstrafe, bedingt oder teilbedingt ausgesprochen werden, wenn die übrigen Voraussetzungen hierfür erfüllt sind. Für die Zulässigkeit des bedingten oder teilbedingten Vollzugs von Freiheitsstrafen ist entscheidend, dass diese die Höchstgrenze von zwei bzw. drei Jahren gemäss Art. 42 bzw. Art. 43 StGB nicht übersteigt. Für die Vollzugsfrage ist nicht auf die sich aus Freiheitsstrafe und Geldstrafe zusammensetzende Gesamtdauer abzustellen. Vielmehr sind die Geldstrafe und die Freiheitsstrafe je für sich zu betrachten (6B_165/2011 vom 19. Juli 2011 E. 2.3.4 mit Hinweisen).
Im Rahmen von Art. 305bis Ziff. 2 StGB ist eine Freiheitsstrafe zwingend mit einer Geldstrafe zu verbinden. Dies schliesst nicht aus, dass die Vollzugsform für die Freiheits- und Geldstrafe unterschiedlich ausfallen (zum Beispiel eine teilbedingte Freiheitsstrafe mit einer unbedingten Geldstrafe). Die Rechtsprechung zur Strafzumessung im Bereich eines Grenzwertes zwischen bedingtem/teilbedingtem und unbedingtem Vollzug ist daher auch auf Art. 305bis Ziff. 2 StGB anzuwenden, wenn die Freiheitsstrafe - wie vorliegend - knapp über dem Grenzwertbereich von 24 Monaten liegt. Die Vorinstanz hat nicht ausreichend dargetan, weshalb für sie unter Berücksichtigung sämtlicher Strafzumessungskriterien eine - noch bedingt vollziehbare - Freiheitsstrafe von maximal zwei Jahren (statt der ausgesprochenen zwei Jahre, einem Monat und 15 Tagen) nicht als angemessen erachtet. Die Rüge des Beschwerdeführers ist insofern begründet.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe die Anzahl Tagessätze der Geldstrafe nicht weiter begründet. Sie verstosse damit gegen ihre Begründungspflicht (Beschwerde, S. 12). Die Vorinstanz begründe auch nicht, weshalb die Geldstrafe unbedingt auszusprechen sei (Beschwerde, S. 15 f.).
4.2 Der Beschwerdeführer focht die Anzahl Tagessätze sowie deren Vollzugsart im bundesgerichtlichen Verfahren 6B_209/2010 (und auch im vorinstanzlichen Verfahren) nicht an. Er machte lediglich geltend, die Vorinstanz habe sein Vermögen und insbesondere den Tagessatz willkürlich festgelegt (Beschwerdeschrift im Verfahren 6B_209/2010, S. 41 f.). Das Bundesgericht ging hierauf nicht weiter ein, verpflichtete die Vorinstanz jedoch, in ihrem neuen Urteil die Tagessatzhöhe gemäss Art. 34 Abs. 2 StGB neu festzulegen (a.a.O. E. 10). Die Vorinstanz war daher nicht gehalten, die Anzahl Tagessätze sowie deren Vollzugsform zu begründen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe die Höhe des Tagessatzes falsch berechnet. Entweder enthalte deren Rechnung einen Fehler oder sie habe die eingereichten Unterlagen nicht berücksichtigt. Die Tagessatzhöhe von Fr. 100.-- sei aufgrund seines Einkommens willkürlich. Sie verstosse jedoch zumindest gegen Art. 34 Abs. 2 StGB, da die Vorinstanz sein Existenzeinkommen und dasjenige seiner Frau nicht bestimmt habe. Angemessen sei ohne Berücksichtigung des Vermögens eine Tagessatzhöhe von Fr. 90.-- (Beschwerde, S. 12 ff.). Er könne zudem der vorinstanzlichen Bewertung seiner Liegenschaft im Rahmen der Berücksichtigung des Vermögens zur Bemessung der Tagessatzhöhe nicht folgen. Die Liegenschaft werde zu hoch bewertet, gesichert sei nur ein Wert von EUR 800'000.-- (nicht 1 Mio. Euro). Ihm gehörten davon lediglich 140/520, während die Vorinstanz ihm die Hälfte anrechne. Zusammen mit seinem unbestrittenen beweglichen Vermögen von Fr. 750'000.--, sei ein Vermögen von 1 Mio. Franken zu berücksichtigen. Dies führe unter Berücksichtigung des Vermögens (ohne Erwerbseinkommen) zu einem Tagessatz von Fr. 500.-- (und nicht Fr. 700.-- gemäss Vorinstanz; Beschwerde, S. 14 f.). Der Beschwerdeführer geht somit von einem Tagessatz von insgesamt Fr. 590.-- aus, beantragt allerdings einen solchen von Fr. 607.-- (Rechtsbegehren, S. 2).
5.2 Das Gericht bestimmt die Höhe des Tagessatzes nach den persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnissen des Täters im Zeitpunkt des Urteils, namentlich nach Einkommen und Vermögen, Lebensaufwand, allfälligen Familien- und Unterstützungspflichten sowie nach dem Existenzminimum (Art. 34 Abs. 2 StGB). Das Bundesgericht hat die Berechnung der Tagessatzhöhe anhand der Einkommensverhältnisse in BGE 134 IV 60 E. 6.1 ausführlich dargestellt. Hierauf kann verwiesen werden. Weiter befasste es sich mit dem im Gesetz genannten Bemessungskriterium des Vermögens. Es hielt fest, dass damit die Substanz des Vermögens gemeint ist, da dessen Ertrag bereits Einkommen darstellt. Wer seinen Lebensunterhalt aus laufenden Einkommen bestreitet, soll die Geldstrafe daraus bezahlen und sich in seiner gewohnten Lebensführung einschränken müssen. Fehlendes Vermögen stellt insoweit kein Grund dar, die Höhe des Tagessatzes zu senken, ebenso wenig wie vorhandenes Vermögen zu einer Erhöhung führen soll. Denn die Geldstrafe will den Täter in erster Linie in seinem Einkommen treffen und nicht in den Quellen, aus denen es fliesst. Auch ist nicht einzusehen, weshalb ein Täter, der durch eigene Leistung oder vergangenen Konsumverzicht Vermögen äufnete, schlechter gestellt werden sollte, als jener, der es in der Vergangenheit ausgegeben hat. Es kann nicht der Sinn der Geldstrafe sein, Vermögen ganz oder teilweise zu konfiszieren. Das Vermögen ist bei der Bemessung des Tagessatzes daher nur (subsidiär) zu berücksichtigen, wenn besondere Vermögensverhältnisse einem vergleichsweise geringen Einkommen gegenüberstehen. Mit anderen Worten bleibt es von Bedeutung, wenn der Täter ohnehin von der Substanz des Vermögens lebt, und es bildet Bemessungsgrundlage in dem Ausmass, in dem er selbst es für seinen Alltag anzehrt (BGE 134 IV 60 E. 6.2 mit Hinweisen).
5.3 Die Vorinstanz geht bei der Einkommens- und Vermögensermittlung grundsätzlich korrekt vor. Die Ausführungen des Beschwerdeführers können die Erwägungen der Vorinstanz nicht in Frage stellen. Die vom Beschwerdeführer geltend gemachte Einkommenssteuer (taxe sur le revenu) von EUR 1'661.--, die vom Einkommen abzuziehen wäre, berücksichtigt die Vorinstanz allerdings zu Unrecht nicht, was sie in ihrer Vernehmlassungsantwort selber einräumt (Vernehmlassung der Vorinstanz, S. 5). Sie wird im Rahmen ihres neuen Entscheids die korrekte Berechnung des Tagessatzes vorzunehmen haben. Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers beruht die Ermittlung des Tagessatzes auf einer vernünftigen Schätzung, die sich in einem begrenzten Rahmen zu halten hat. Es geht daher nicht an, dass im Rahmen der Vermögensermittlung umfangreiche Beweismassnahmen zu den Immobilien- und den übrigen Vermögenswerten angestellt werden.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht schliesslich geltend, die Vorinstanz habe nicht weiter begründet, ob die Geldstrafe bedingt oder unbedingt auszusprechen sei (Beschwerde, S. 15 f.).
6.2 Die Vorinstanz führt aus, dass aufgrund des Tatmotivs des Beschwerdeführers - das Streben nach Bereicherung - und des gesetzgeberischen Zwecks der kumulativ mit der Freiheitsstrafe zu verhängenden Geldstrafe in Art. 305bis Ziff. 2 StGB, auch eine finanzielle Bestrafung angezeigt sei. Die Geldstrafe sei daher unbedingt auszusprechen (angefochtenes Urteil, S. 36). Entgegen dem Beschwerdeführer begründet die Vorinstanz damit sehr wohl, weshalb sie eine unbedingte Geldstrafe für angemessen hält. Die Begründung der Vorinstanz ist nicht zu beanstanden.
7. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 27. Mai 2011 ist aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer reduzierte Gerichtskosten zu tragen. Dem Kanton Basel-Stadt sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Abs. 4 BGG). Der Kanton Basel-Stadt hat dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 27. Mai 2011 wird aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton Basel-Stadt hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. März 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Keller