Sachverhalt:
A. Die X._ AG - ein Kleinbetrieb mit drei Personen (der allein zeichnungsberechtigte Verwaltungsrat Y._, ein Bauzeichner und eine Teilzeitsekretärin) - wurde am 2. Juni 2009 für den Kanton und den Bund für das Steuerjahr 2007 ermessensweise veranlagt. Dagegen erhob sie am 8. Juli 2009 Einsprache und reichte gleichzeitig ihre Steuererklärung ein. In der Folge hat die kantonale Steuerverwaltung die X._ AG informiert, dass auf die Einsprache nicht eingetreten werden könne; diese sei verspätet erfolgt. Trotz Einwendungen der X._ AG, die im Wesentlichen geltend machte, dass die Verfügung zu Unrecht ihr und nicht ihrer Vertreterin, der Z._ AG (nachfolgend: Vertreterin), zugestellt worden sei, trat die Steuerkommission/Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons Schwyz nicht auf die an sie überwiesene Einsprache ein. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz ab.
B. Vor Bundesgericht beantragt die X._ AG, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 16. September 2010 sowie den zugrundeliegenden Entscheid der Steuerrekurskommission (recte: Steuerkommission/Verwaltung für die direkte Bundessteuer) des Kantons Schwyz und die Ermessenseinschätzung der kantonalen Verwaltung aufzuheben sowie sie für die Staats- und Gemeindesteuern als auch für die direkte Bundessteuer für die Steuerperiode 2007 mit einem steuerbaren Reinertrag von Fr. 3'500.-- und mit einem steuerbaren Kapital von Fr. 200'000.-- zu veranlagen.
C. Die Steuerkommission/Verwaltung für die direkte Bundessteuer und das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz sowie die eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz über die Staats- und Gemeinde- sowie Bundessteuer ist zulässig (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d, 89 Abs. 1, 100 Abs. 1 BGG, Art. 146 DBG [SR 642.11], Art. 73 StHG [SR 642.14]).
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz über die Staats- und Gemeinde- sowie Bundessteuer ist zulässig (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d, 89 Abs. 1, 100 Abs. 1 BGG, Art. 146 DBG [SR 642.11], Art. 73 StHG [SR 642.14]).
1.2 1.2.1 Streitgegenstand ist lediglich die Frage, ob die Einsprache bei der kantonalen Steuerverwaltung rechtzeitig erfolgt ist. Das zweite Rechtsbegehren, wonach die Beschwerdeführerin für die Staats- und Gemeindesteuern als auch für die direkte Bundessteuer für die Steuerperiode 2007 mit einem steuerbaren Reinertrag von Fr. 3'500.-- und mit einem steuerbaren Kapital von Fr. 200'000.-- zu veranlagen sei, ist deshalb nicht zulässig.
1.2.2 Die Beschwerdeführerin beantragt vor Bundesgericht zudem, den Entscheid der Steuerkommission/Verwaltung für die direkte Bundessteuer aufzuheben. Darauf ist nicht einzutreten: Vor Bundesgericht sind lediglich Entscheide bundesgerichtlicher Vorinstanzen anfechtbar (Art. 86 BGG), welche die unterinstanzlichen Entscheide ersetzen (sog. Devolutiveffekt); diese gelten indes als mitangefochten (vgl. BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144).
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich eine Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, insbesondere des Willkürverbots, gilt zudem eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 136 I 229 E. 4.1. S. 235; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254, 396 E. 3.1 S. 399).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil zudem den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Nach § 136 des Steuergesetzes des Kantons Schwyz vom 9. Februar 2000 (StG; SRSZ 172.200) und Art. 117 Abs. 1 DBG kann sich der Steuerpflichtige vor den Steuerbehörden vertraglich vertreten lassen, soweit seine persönliche Mitwirkung nicht notwendig ist. Die Behörde kann den Vertreter auffordern, sich durch schriftliche Vollmacht auszuweisen (Art. 117 Abs. 2 Satz 2 DBG). Ob sie eine solche Vollmacht verlangen will, liegt in ihrem Ermessen. Sie darf sich dabei auch auf eine nach den Umständen genügend konkrete Ermächtigung verlassen. Hat der Steuerpflichtige einen vertraglichen Vertreter bezeichnet, muss die Steuerbehörde ihre Mitteilungen und Verfügungen durch Zustellung an diesen eröffnen. Tut sie dies nicht, ist die Eröffnung mangelhaft; daraus darf dem Steuerpflichtigen kein Nachteil erwachsen (BGE 113 Ib 296 E. 2 S. 297 ff.; Urteil 2A.451/1996 E. 2a, in: ASA 67 S. 391 ff., 394 f.). Eine mangelhafte Eröffnung kann einen Hinderungsgrund im Sinne von § 151 Abs. 4 StG bzw. Art. 133 Abs. 3 DBG für den Eintritt der Rechtskraft darstellen. Inwieweit dies zutrifft, ist anhand der Beurteilung der gesamten Umstände des konkreten Einzelfalles zu prüfen.
2.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, dass die Zustellung der Ermessensveranlagung sowie die zuvor erfolgten Mahnungen mangelhaft seien. Diese hätten an ihre Vertreterin und nicht an sie zugestellt werden müssen. Denn zwischen ihr und ihrer Vertreterin habe ein Vertretungsverhältnis bestanden, das aufgrund der verschiedenen Fristverlängerungsgesuche und des bereits seit mehreren Jahren bestehenden Vertretungsverhältnisses für die Steuerverwaltung ohne Weiteres erkennbar gewesen sei. Die direkte Zustellung der Mahnungen und der Ermessensveranlagung an die Beschwerdeführerin würde dem allgemeinen Grundsatz von Treu und Glauben widersprechen. Deshalb habe die Beschwerdeführerin auf die Mahnungen und auf die Ermessensveranlagung nicht bzw. zu spät reagieren können.
2.3 Im vorliegenden Fall hat die Beschwerdeführerin eine Vertreterin bestellt, ohne dass der Steuerverwaltung allerdings eine schriftliche Vollmacht eingereicht worden wäre. Die Vertreterin beantragte am 25. Juli sowie am 19. Dezember 2008 Fristverlängerungen zur Einreichung der Steuererklärung 2007. In beiden Fällen trat die Steuerverwaltung auf die Gesuche ein, bewilligte das erste und lehnte das zweite mit der Aufforderung ab, die Steuererklärung mit Beilagen unverzüglich einzureichen. Insoweit hat die Steuerbehörde eine Vertrauensgrundlage gesetzt, an die sie sich zu halten hätte.
Die Mahnungen vom 5. Februar und vom 6. März 2009 sowie die Ermessensveranlagung vom 2. Juni 2009 richtete die Steuerverwaltung allerdings direkt an die Beschwerdeführerin. Auch dieser obliegen als direkte Adressatin der Verfügungen unter dem Gesichtswinkel von Treu und Glauben zumutbare Schritte, im Zweifelsfalle mit ihrer Vertreterin oder mit der Behörde Verbindung aufzunehmen, um die Sachlage zu klären. So hätte die Beschwerdeführerin spätestens nach der zweiten Mahnung stutzig werden und mit ihrer Vertreterin oder der Steuerbehörde das Gespräch suchen müssen, um abzuklären, warum die Mahnung ihr zugestellt worden sei. Sie kann sich in diesem Fall nicht einfach darauf verlassen, dass ihr Vorgehen korrekt und dasjenige der Steuerverwaltung falsch wäre. Vorzuwerfen ist ihr überdies die sachwidrige und realitätsfremde Anweisung, eingeschriebene Briefe, welche definitionsgemäss eine erhöhte Aufmerksamkeit erfordern, während der Abwesenheit des allein zeichnungsberechtigten Verwaltungsrats nicht zu öffnen, womit sie sich ausser Stand gesetzt hat, auf Verfügungen der Steuerbehörden reagieren zu können. Unter diesen Umständen lässt sich den kantonalen Behörden keine Bundesrechtsverletzung vorwerfen.
3. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. April 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass