Faits:
A. Y._ AG a notamment pour but social la distribution et le commerce de produits pharmaceutiques de toutes sortes. Cette société a engagé X._ dès le 1er juin 2003 en qualité de déléguée médicale, principalement pour la visite de médecins dans les cabinets et les hôpitaux. Il s'agissait d'une activité à plein temps. Depuis janvier 2006, le salaire mensuel brut de X._ s'élevait à 8'980 fr., auxquels s'ajoutaient un bonus, le remboursement des frais professionnels, ainsi que, jusqu'en juin 2006, une prime mensuelle liée à la croissance des ventes des médicaments dont la collaboratrice assurait la promotion.
X._ a été totalement incapable de travailler pour cause de maladie du 10 au 20 février 2006, puis du 28 avril au 18 juin 2006. Sa capacité de travail était de 50% entre le 19 juin et le 9 juillet 2006.
Le 14 juillet 2006, X._ a annoncé à son employeur qu'elle était enceinte. Elle était alors au tout début de sa grossesse. Son incapacité de travail a été totale du 18 juillet au 21 septembre 2006.
Y._ AG a adressé à X._ deux conventions datées du 17 octobre 2006. L'une réglait la reprise à plein temps des activités professionnelles à l'échéance du congé maternité de seize semaines et précisait qu'aucun emploi à temps partiel n'était envisageable dans le service extérieur. L'autre prévoyait la résiliation du contrat de travail à l'échéance du congé maternité. X._ était invitée à choisir entre ces deux propositions d'ici fin mars ou avril 2007 au plus tard. La collaboratrice n'a jamais donné suite à ces propositions, qu'elle estimait prématurées.
Du 21 octobre 2006 au 15 mars 2007, la collaboratrice avait une capacité de travail de 50%. Puis, elle a été totalement incapable de travailler jusqu'à l'accouchement, qui a eu lieu le 6 avril 2007.
Au début 2007, Y._ AG a entamé le processus d'une importante réorganisation intitulée «Go to Market», qui allait de pair avec une réduction de 20% du personnel de vente travaillant sur le terrain. Le nouveau système est entré en vigueur le 1er juin 2007.
Par lettre du 6 juin 2007, X._ a informé Y._ AG qu'elle avait décidé de continuer à allaiter son enfant après la reprise du travail et qu'elle entendait dès lors travailler depuis son domicile jusqu'à la fin de l'allaitement.
Le congé maternité est venu à échéance le 27 juillet 2007. X._ a été totalement incapable de travailler pour cause de maladie du 17 juillet 2007 au 29 février 2008.
Par courrier du 2 août 2007, Y._ AG a résilié le contrat de travail pour le 30 novembre 2007, en précisant que l'employée était libérée immédiatement de ses obligations contractuelles. X._ a contesté la validité du congé, notifié pendant une incapacité de travail pour cause de maladie. Y._ AG a adressé alors à la collaboratrice une seconde lettre de résiliation en date du 27 octobre 2007, la fin des rapports de travail étant fixée au 31 janvier 2008; l'employée était également libérée de l'obligation de fournir sa prestation de travail.
X._ a formé opposition à ce congé. Elle le qualifiait de représailles faisant suite à sa prétention légitime à organiser son temps de travail de manière à pouvoir allaiter son enfant. Elle considérait au surplus la résiliation du contrat de travail comme discriminatoire, l'employeur cherchant à éviter de subir les inconvénients inhérents à la maternité de son employée.
B. Par demande du 27 juillet 2008, X._ a ouvert action contre Y._ AG en paiement de 102'166 fr., dont 78'690 fr. plus intérêts à 5% dès le 31 janvier 2008 à titre d'indemnité pour licenciement abusif.
Y._ AG a conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 16 mars 2009, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné Y._ AG à payer à X._ le montant total de 26'341 fr.05, dont 20'609 fr.20 plus intérêts à 5% dès le 1er février 2008 à titre d'indemnité pour licenciement abusif.
Statuant le 1er juin 2010 sur appel de Y._ AG et appel incident de X._, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a annulé le jugement de première instance. Puis, elle a donné acte à Y._ AG de ce qu'elle reconnaissait devoir à X._ la somme de 398 fr.45 avec intérêts à titre d'indemnité pour vacances non prises en 2006 et l'y a condamnée en tant que de besoin. Enfin, elle a condamné Y._ AG à verser à X._ les montants suivants, avec intérêts:
- 8'845 fr.40 à titre d'indemnité pour vacances non prises en 2007;
- 1'103 fr.90 à titre d'indemnité pour vacances non prises en 2008;
- 673 fr.50 à titre de restitution d'une retenue opérée par l'employeur sur les salaires de février et mars 2007.
Les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions.
Contrairement aux juges de première instance, la cour cantonale n'a pas alloué à X._ d'indemnité pour congé abusif. En substance, elle a considéré comme tout à fait vraisemblable que des motifs objectifs liés à la réorganisation prévue dans le service de vente et à la très longue absence de la collaboratrice aient conduit l'employeur à résilier le contrat de travail. Les juges genevois ont retenu que la décision de licencier X._ était déjà prise lorsque Y._ AG a reçu la lettre de l'employée du 6 juin 2007. Dans ce contexte, la relative proximité chronologique entre ledit courrier et la première lettre de licenciement du 2 août 2007 ne constituait pas un indice d'une volonté de l'employeur d'exercer des représailles. Par identité de motifs et faute d'éléments faisant apparaître le congé comme discriminatoire, la cour cantonale a jugé que le licenciement litigieux ne violait pas non plus la loi fédérale sur l'égalité entre femmes et hommes.
C. X._ interjette un recours en matière civile. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal en tant qu'il la déboute de ses conclusions en paiement d'une indemnité pour licenciement abusif et à la condamnation de Y._ AG à lui payer la somme de 78'690 fr. avec intérêts à 5% dès le 1er février 2008 à titre d'indemnité pour congé abusif, l'arrêt attaqué étant confirmé pour le surplus.
Y._ AG propose l'irrecevabilité, subsidiairement le rejet du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire de droit du travail dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours, déposé par une partie qui n'a pas obtenu le plein de ses conclusions en instance cantonale (art. 76 al. 1 LTF), est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur la violation d'un droit de rang constitutionnel ou sur une question afférente au droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF). Pour le reste, il applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue dans la décision déférée; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés, ou à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Cependant, compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 105).
Par ailleurs, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de l'autorité précédente ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) et le droit à la preuve (art. 8 CC). Les juges genevois auraient considéré comme déterminant un courriel du 18 mai 2007 de A._, responsable du département des ressources humaines de l'intimée, en tant qu'il démontrait que la décision de rompre le contrat de travail avait été prise avant le 7 juin 2007. Or, cette pièce n'aurait fait l'objet d'aucune instruction, alors qu'elle serait clairement en contradiction avec le témoignage de A._, qui a reconnu avoir relancé la recourante en juin 2007 pour qu'elle signe l'une ou l'autre des conventions liées à la fin du congé maternité.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 I 279 consid. 2.3 p. 282; 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 132 V 368 consid. 3.1 p. 370; 129 II 497 consid. 2.2 p. 504 s.).
Un droit à la preuve et à la contre-preuve a également été déduit de l'art. 8 CC. Ainsi, le juge enfreint l'art. 8 CC s'il refuse d'administrer une preuve régulièrement offerte, dans les formes et les délais prévus par la loi de procédure, et portant sur un fait pertinent pour l'appréciation juridique de la cause (ATF 133 III 189 consid. 5.2.2 p. 195, 295 consid. 7.1 p. 299 et les arrêts cités). Il n'y a pas violation de l'art. 8 CC si une mesure probatoire est refusée à la suite d'une appréciation anticipée des preuves; par conséquent, si le juge estime que le moyen de preuve requis ne pourrait fournir la preuve attendue ou ne pourrait en aucun cas prévaloir sur les autres moyens de preuve déjà administrés, c'est-à-dire ne serait pas de nature à modifier le résultat des preuves qu'il tient pour acquis, il ne méconnaît pas l'art. 8 CC (ATF 129 III 18 consid. 2.6; 127 III 519 consid. 2a).
2.2 En l'espèce, les juges cantonaux ont considéré qu'il n'était pas nécessaire de procéder à une nouvelle audition de A._ afin de lui permettre, le cas échéant, de confirmer le contenu de son courriel du 18 mai 2007, produit pour la première fois devant la Cour d'appel par l'intimée. Ils sont arrivés à cette conclusion parce que d'autres éléments que le courriel en question les avaient déjà conduits à la conviction que la décision de licencier la déléguée médicale avait été prise avant la réception de la lettre de la recourante du 6 juin 2007. C'est dire que, contrairement à ce que la recourante prétend, la cour cantonale ne s'est pas fondée sur le courriel du 18 mai 2007, qu'elle n'a simplement pas pris en compte. Dans ces conditions, on ne voit pas comment le droit d'être entendu et, singulièrement, le droit à la preuve de la recourante aurait pu être violé. Le moyen est privé de tout fondement.
3. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves sur trois points. Premièrement, la cour cantonale aurait ignoré un fait essentiel, à savoir l'envoi par l'intimée, après l'accouchement et peu avant le licenciement, des deux conventions déjà adressées en octobre 2006, dont l'une prévoyait précisément la reprise des activités professionnelles par la collaboratrice. Deuxièmement, les juges genevois auraient retenu de manière insoutenable que, dans son courrier du 6 juin 2007, la recourante ne formulait pas de prétentions, mais annonçait sa décision unilatérale de travailler depuis son domicile à l'issue de son congé maternité. Troisièmement, une appréciation des preuves dénuée d'arbitraire aurait dû conduire la Cour d'appel à retenir que le licenciement était bien la conséquence des prétentions formulées le 6 juin 2007 par la recourante afin que son travail soit organisé de façon à ce qu'elle puisse allaiter son enfant.
3.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait envisageable ou même préférable. Le Tribunal fédéral n'annule la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Pour qu'une décision soit annulée au titre de l'arbitraire, il ne suffit pas qu'elle se fonde sur une motivation insoutenable; encore faut-il qu'elle apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
3.2 Les trois griefs fondés sur l'art. 9 Cst. se rapportent au motif du congé signifié par l'employeur. Le fardeau de la preuve du caractère abusif du licenciement incombant à la travailleuse, les juges précédents ont considéré que celle-ci n'avait pas établi que le motif du congé résidait dans la volonté de l'intimée d'exercer des représailles à la suite de la lettre de la recourante du 6 juin 2007. Ils ont observé au passage que le courrier en question ne formulait pas de prétentions au sens de l'art. 336 al. 1 let. d CO, mais qu'il annonçait la décision prise unilatéralement par la recourante de travailler depuis son domicile, une fois son congé maternité terminé. Mais surtout, ils ont retenu que la décision de résilier le contrat de travail était déjà prise lorsque la collaboratrice a envoyé le courrier en question et que cette décision était fondée sur des motifs objectifs, à savoir la très longue absence de la recourante et, partant, son ignorance des nouvelles structures mises en place le 1er juin 2007.
Les éléments avancés dans le recours ne sont pas propres à faire apparaître ces constatations comme arbitraires. La recourante insiste sur le fait que les deux conventions applicables alternativement à l'issue du congé maternité lui auraient été envoyées une nouvelle fois après l'accouchement, intervenu le 6 avril 2007, mais elle ne démontre pas la date précise de leur envoi; en particulier, elle n'établit pas que ces conventions lui auraient été adressées après le 6 juin 2007, ce qui aurait pu, selon les circonstances, être de nature à ébranler la constatation d'après laquelle la décision de licencier était déjà prise à cette date.
Par ailleurs, pour tenter de démontrer que le congé était la conséquence de sa demande à pouvoir allaiter son enfant à la reprise du travail, la recourante invoque le témoignage de A._. Or, si la responsable du département des ressources humaines a certes informé ses supérieurs de la lettre du 6 juin 2007 et reconnu que l'activité de déléguée médicale ne pouvait être exercée depuis le domicile de la collaboratrice, elle a également admis que la décision de licencier la recourante n'émanait pas d'elle et qu'elle ignorait les raisons du licenciement. On ne voit dès lors pas en quoi ce témoignage serait déterminant pour la thèse de la recourante. De même, le fait que A._ ait relancé la déléguée médicale en juin 2007, à une date indéterminée, afin qu'elle lui remette l'une des deux conventions citées plus haut, n'est pas en soi incompatible avec le motif de congé retenu dans l'arrêt attaqué, ni avec le moment auquel la volonté de l'employeur s'est formée selon la cour cantonale. En effet, l'employeur ne pouvait résilier le contrat de travail en juin 2007, sous peine de nullité (cf. art. 336c al. 1 let. c et al. 2 CO), et il n'est pas impossible que la responsable des ressources humaines ignorât à cette époque que le licenciement de la recourante avait déjà été décidé par la direction de l'intimée, même s'il ne pouvait pas encore être notifié.
La recourante met également en avant les déclarations de B._, représentant de Y._ AG lors de l'audience du 13 novembre 2008. Ce témoin a notamment déclaré à cette occasion que la capacité de la recourante à s'adapter aux changements intervenus durant son absence n'était pas décisive. Mais il avait expliqué préalablement que la restructuration entreprise en 2007 avait provoqué une réduction de 20% du personnel de vente sur le terrain, ce qui avait obligé la société à des licenciements. A ce propos, le témoin a précisé que l'entreprise avait gardé comme employés «les meilleurs et les plus performants à ce moment-là», c'est-à-dire ceux qui avaient la meilleure connaissance des nouveaux produits et de la nouvelle structure; il a ajouté que l'activité de déléguée médicale était largement basée sur les rapports avec la clientèle et que le fait d'avoir cessé toute activité pendant une longue période était problématique. Placée dans son contexte, la déclaration de B._ mise en évidence dans le recours n'a donc nullement la portée que la recourante lui attribue.
Enfin, la recourante se fonde sur un passage du témoignage de C._, autre représentant de l'intimée lors de l'audience du 13 novembre 2008. A cette occasion, le témoin a déclaré que la fonction de «field secretary» - que la recourante avait exercée depuis chez elle à la place de celle de déléguée médicale lorsque sa capacité de travail était partielle - allait être supprimée et qu'il n'était pas possible que l'employée travaille en cette qualité, à la maison, comme elle le demandait dans son courrier du 6 juin 2007. Cette seule déclaration ne dit encore rien du motif du congé. Le fait que la recourante ne puisse plus travailler depuis chez elle n'exclut pas que le licenciement ait été décidé avant sa demande, pour des motifs liés à la restructuration induite par le système «Go to Market». Du reste, le même témoin, lors de l'audience du 9 décembre 2009, a déclaré que la décision de licencier la recourante avait été prise le 1er juin 2007, soit avant la réception de la lettre du 6 juin 2007.
En conclusion, la cour cantonale ne s'est pas livrée à une appréciation arbitraire des preuves en retenant que le motif de congé allégué par la recourante n'était pas établi et que la raison du licenciement résidait bien plutôt dans la volonté de l'employeur, dans le cadre d'une réduction du personnel liée au système «Go to Market», de ne pas garder une déléguée médicale, très longtemps absente, qui n'était pas au courant de la nouvelle structure.
Dès lors que le motif du licenciement n'a pas été établi de manière arbitraire par la cour cantonale, il importe peu de savoir si la lettre de la recourante du 6 juin 2007 formule ou non des prétentions en rapport avec le contrat de travail. Le grief d'arbitraire se révèle sans objet sous cet angle.
Le moyen fondé sur l'art. 9 Cst. ne peut être qu'écarté.
4. 4.1 La recourante invoque ensuite une violation des art. 336 et 336a CO relatifs à la résiliation abusive du contrat de travail. Elle fait valoir que sa lettre du 6 juin 2007 portait sur des prétentions découlant du contrat de travail, en particulier celles accordées aux mères allaitantes par les art. 35 ss de la loi sur le travail (LTr; RS 822.11) et les dispositions du chapitre 5 de l'ordonnance 1 relative à la loi sur le travail (OLT 1; RS 822.111). Selon la recourante, cette demande a provoqué l'envoi de la lettre de licenciement. Le congé aurait ainsi été signifié par l'employeur parce que la collaboratrice faisait valoir de bonne foi des prétentions résultant du contrat de travail et serait abusif au sens de l'art. 336 al. 1 let. d CO.
4.2 Le motif pour lequel un congé est donné relève des constatations de fait (ATF 131 III 535 consid. 4.3 p. 540; 130 III 699 consid. 4.1 p. 702). En l'espèce, le raisonnement de la recourante repose sur un fait qui n'a pas été constaté par la cour cantonale, celle-ci ayant au contraire retenu, de manière dénuée d'arbitraire, que le licenciement était lié au fait que l'entreprise devait réduire le nombre de délégués médicaux dans le cadre du système «Go to Market» et que le choix s'était porté sur la recourante en raison de sa très longue absence qui ne lui avait pas permis de se mettre au courant de la nouvelle structure. Fondé sur un état de fait différent de celui constaté par la cour cantonale, le grief tiré d'une violation des art. 336 ss CO se révèle irrecevable.
5. A titre subsidiaire, la recourante se plaint d'une violation des art. 3 et 9 de la loi fédérale sur l'égalité entre femmes et hommes du 24 mars 1995 (LEg; RS 151.1). A son avis, le motif de congé tel que retenu par la cour cantonale consacre une discrimination à raison du genre. Elle fait valoir à cet égard que son ignorance de la nouvelle organisation discutée à partir d'avril 2007 résulte de sa grossesse et de sa maternité.
5.1 Aux termes de l'art. 3 al. 1 LEg, il est interdit de discriminer les travailleurs à raison du sexe, soit directement, soit indirectement, notamment en se fondant sur leur état civil ou leur situation familiale ou, s'agissant de femmes, leur grossesse. L'interdiction de toute discrimination s'applique notamment à la résiliation des rapports de travail (art. 3 al. 2 LEg). En cas de congé discriminatoire, l'employeur versera à la personne lésée une indemnité; celle-ci sera fixée compte tenu de toutes les circonstances et calculée sur la base du salaire; elle ne peut excéder le montant correspondant à six mois de salaire (art. 5 al. 2 et al. 4 LEg). Par renvoi de l'art. 9 LEg, la procédure à suivre par la personne qui se prétend victime d'un congé discriminatoire est régie par l'art. 336b CO.
Une discrimination est dite directe lorsqu'elle se fonde explicitement sur le critère du sexe ou sur un critère ne pouvant s'appliquer qu'à l'un des deux sexes et qu'elle n'est pas justifiée objectivement (Message concernant la loi sur l'égalité du 24 février 1993, FF 1993 I 1210 ch. 31; Rémy Wyler, Droit du travail, 2e éd. 2008, p. 711). Constitue ainsi une discrimination directe le licenciement notifié à une travailleuse parce qu'elle est enceinte, parce qu'elle souhaite le devenir ou parce qu'elle est mère (Elisabeth Freivogel, in Claudia Kaufmann/Sabine Steiger-Sackmann [Hrsg.], Kommentar zum Gleichstellungsgesetz, 2e éd. 2009, p. 76 n° 65). Le caractère apparemment discriminatoire d'une mesure disparaît si celle-ci est justifiée objectivement. Un critère peut être justifié objectivement lorsqu'il poursuit un but légitime, sans rapport avec la répartition des rôles entre les sexes, par exemple un objectif de politique sociale (Message, FF 1993 I 1211 ch. 31; Wyler, op. cit., p. 712).
5.2 En l'espèce, le licenciement a fait suite à des périodes d'absence totale ou partielle de la recourante, lesquelles s'étaient succédées pendant près d'un an et demi au moment où la décision de résilier le contrat a été prise. Ainsi, la recourante a été totalement incapable de travailler pendant dix jours en février 2006 et presque deux mois en avril - juin 2006, puis sa capacité de travail a été de 50% pendant vingt jours, soit jusqu'au 9 juillet 2006. Ces absences pour cause de maladie sont intervenues, en tout cas pour la période d'incapacité totale, avant la grossesse de la recourante. Une fois enceinte, la recourante a été totalement incapable de travailler pendant deux mois à partir du 18 juillet 2010. Dans la mesure où cette incapacité est intervenue très peu de temps après d'autres périodes d'incapacité pour cause de maladie, il n'est pas possible de la relier sans autre à la grossesse, celle-ci ne supposant pas en elle-même une incapacité de travail. Par la suite, la capacité de travail de la recourante a été de 50% pendant un peu moins de cinq mois, puis la travailleuse s'est trouvée en incapacité totale de travail pendant près d'un mois, jusqu'à l'accouchement.
Ces périodes d'absence n'ont pas permis à la recourante de se tenir à jour comme déléguée médicale et, en particulier, de connaître le nouveau système «Go to Market», lequel impliquait par ailleurs de réduire le nombre de délégués médicaux de 20%. Confronté à la nécessité de diminuer les effectifs, l'employeur devait opérer un choix. Il n'est pas établi à cet égard que l'intimée aurait agi de manière discriminatoire en licenciant les mères de famille en priorité ou en donnant leur congé aux femmes plutôt qu'aux hommes. S'agissant du cas particulier de la recourante, son licenciement est intervenu après son congé maternité. Cela n'implique pas ipso facto qu'il consacre une discrimination à raison du sexe. En effet, l'employeur disposait de motifs objectifs de se séparer de cette collaboratrice. Dans le cadre de la réorganisation du service impliquant une réduction du personnel, les absences pour cause de maladie de la recourante depuis février 2006, qui n'étaient pas toutes liées à son statut de future mère ou de mère, apparaissent comme un critère justifié objectivement qui ôte tout caractère discriminatoire au licenciement.
Dès lors, c'est à bon droit que la cour cantonale a conclu que le congé ne violait pas la LEg. Le grief ne peut être que rejeté.
6. Vu le sort réservé au recours, il convient de mettre les frais judiciaires à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 et 2 LTF). Comme, à l'ouverture de l'action, les conclusions de la demande dépassaient 30'000 fr., l'émolument judiciaire ne sera pas réduit (cf. art. 65 al. 4 let. c LTF; ATF 115 II 30 consid. 5b p. 41). En outre, la recourante versera des dépens à l'intimée (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 4'000 fr., à payer à titre de dépens à l'intimée, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 25 octobre 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Godat Zimmermann