Sachverhalt:
A. A.a I._ und C._ heirateten am 10. August 1982. In der Folge waren beide Ehegatten in der Schweiz erwerbstätig und erwarben hier Vorsorgeguthaben der beruflichen Vorsorge. Im Juli 2001 kauften sie gemeinsam eine Wohnliegenschaft in O._. I._ bezog dazu von seiner Vorsorgeeinrichtung einen Vorbezug im Betrag von Fr. 71'547.-, C._ aus ihrer Vorsorgeeinrichtung einen solchen von Fr. 50'000.-.
A.b Mit Urteil vom 17. Mai 2004 wurde die Ehe vom Familiengericht in der Türkei geschieden. Am 3. März 2006 erhob C._ beim Bezirksgericht X._ eine Klage auf Ergänzung des Scheidungsurteils. Mit Urteil vom 18. Oktober 2007 ordnete das Gericht die hälftige Teilung der für die Ehedauer gemäss Art. 22 f. FZG zu ermittelnden Austrittsleistung an und überwies nach Eintritt der Rechtskraft die Sache gemäss Art. 142 Abs. 2 ZGB an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau.
B. Mit Urteil vom 16. Juni 2009 errechnete das Versicherungsgericht für C._ ein zu teilendes Vorsorgeguthaben von Fr. 63'058.10 (Fr. 16'587.50 Freizügigkeitsleistung im Zeitpunkt der Scheidung + Fr. 50'000.- Vorbezug - Fr. 3'529.40 aufgezinstes voreheliches Guthaben) und für I._ ein solches von Fr. 114'898.- (Fr. 33'351.- Freizügigkeitsleistung im Zeitpunkt der Scheidung + Fr. 71'547.- Vorbezug). Das Gericht wies demgemäss die Vorsorgeeinrichtung von I._ an, auf das Freizügigkeitskonto von C._ Fr. 25'914.95 (Hälfte der Differenz) zuzüglich Zins zu überweisen.
C. C._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, die Vorsorgeeinrichtung des Beschwerdegegners sei anzuweisen, den Betrag von Fr. 75'914.95 zuzüglich Zins auf ihr Freizügigkeitskonto zu überweisen. Eventualiter sei das angefochtene Urteil zu ergänzen und die Vorsorgeeinrichtung des Beschwerdeführers (recte: Beschwerdegegners) zu verpflichten, den von der Beschwerdeführerin im Rahmen des Vorbezugs in die eheliche Liegenschaft investierten Betrag von Fr. 50'000.- auf ihr Freizügigkeitskonto zu überführen. Subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 134 V 250 E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; 133 III 545 E. 2.2 S. 550; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. Der Sachverhalt ist von der Beschwerdeführerin nicht bestritten, insbesondere auch nicht die von der Vorinstanz angestellte Berechnung als solche. Die Vorinstanz hat allerdings einen offensichtlichen Rechnungsfehler gemacht, indem sie das zu teilende Vorsorgeguthaben des Ehemannes (Vorbezug Fr. 71'547.- + Vorsorgeguthaben im Zeitpunkt der Scheidung Fr. 33'351.-) auf Fr. 114'898.- anstatt Fr. 104'898.- errechnet hat. Das wirkt sich jedoch zum Nachteil des Beschwerdegegners aus (vgl. Art. 107 Abs. 1 BGG), der selber keine Beschwerde erhoben hat, so dass darauf nicht weiter einzugehen ist.
3. Umstritten ist nur die Rechtsfrage, wie die unbestrittenen Vorbezüge im Rahmen des Vorsorgeausgleichs zu berücksichtigen sind.
3.1 Das schweizerische Recht unterscheidet im Scheidungsfall die durch das Scheidungsgericht zu beurteilende güterrechtliche und die durch das Berufsvorsorgegericht vorzunehmende vorsorgeausgleichsrechtliche Teilung (BGE 132 V 337 E. 3.1 S. 344). Das rechtliche Schicksal des mit dem Vorbezug erworbenen Wohneigentums richtet sich nach Ehegüterrecht (Jacques-André Schneider/Christian Bruchez, La prévoyance professionnelle et le divorce, in: Paquier/Jaquier [Hrsg.], Le nouveau droit du divorce, Lausanne 2000, S. 232; Thomas Sutter/Dieter Freiburghaus, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, Zürich 1999, Art. 122/141-142 Rz. 45, S. 214). Der für den Kauf dieses Wohneigentums verwendete Vorbezug von Vorsorgegeldern wird demgegenüber vorsorgeausgleichsrechtlich geteilt (Art. 30c Abs. 6 BVG [SR 831.40] und Art. 331e Abs. 6 OR). Der während der Ehe getätigte Vorbezug wird daher bei der Berechnung des Vorsorgeausgleichs - soweit noch eine Rückzahlungspflicht (Art. 30d BVG) besteht - zur Austrittsleistung im Zeitpunkt der Rechtskraft der Scheidung hinzugerechnet (BGE 128 V 230 E. 3b S. 235, 132 V 337 E. 1.2 und 3.1; Andrea Bäder Federspiel, Wohneigentumsförderung und Scheidung, Zürich 2008, S. 268 Rz. 547 und S. 298 Rz. 610 f., mit weiteren Hinweisen). Haben beide Parteien einen Vorbezug getätigt, ist demzufolge bei beiden je dieser Vorbezug zur Austrittsleistung hinzuzuzählen. So ist die Vorinstanz richtigerweise vorgegangen.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, damit stehe ihr die für sie ermittelte Austrittsleistung nicht effektiv zur Verfügung, was Art. 122 ZGB und Art. 22 FZG (SR 831.42) verletze. Sie beantragt daher, es sei ihr zusätzlich zu der zugesprochenen Leistung ihr ganzer Vorbezug von Fr. 50'000.- zu überweisen. Damit verkennt sie, dass das vorbezogene Kapital zwar im Falle einer Scheidung vor Eintritt des Vorsorgefalls als Freizügigkeitsleistung gilt und wertmässig bei der Vorsorgeausgleichsteilung zu berücksichtigen ist (Art. 30c Abs. 6 BVG; Art. 331e Abs. 6 OR), aber eben in das mit dem Vorbezug gekaufte Wohneigentum investiert ist. Es ist weiterhin für die Vorsorge gebunden (Art. 30d und 30e BVG) und dient dieser, indem das Wohneigentum genutzt werden kann, aber es fällt aus dem Vermögen der Vorsorgeeinrichtung heraus (BGE 132 V 332 E. 4.1; Bäder Federspiel, a.a.O., S. 12 f. Rz. 26, S. 267 Rz. 546) und kann deshalb nicht in Form von Vorsorgeguthaben bzw. einer Austrittsleistung zur Verfügung stehen. Mit der gleichen Argumentation könnte übrigens auch der Beschwerdegegner beantragen, es sei ihm zu Lasten der Beschwerdeführerin der ganze von ihm bezogene Vorbezugsbetrag (Fr. 71'547.-) zu überweisen, weil ihm sonst seine Austrittsleistung nicht zur Verfügung stehe, was aber ebenso unbegründet wäre. Dass die vorbezogenen Gelder zur Zeit nicht in Form von Vorsorgeguthaben bei einer Vorsorgeeinrichtung vorhanden sind, ist die Konsequenz der von beiden Parteien getroffenen Entscheidung, einen Vorbezug zu tätigen. Der betreffende Betrag ist aber für die Beschwerdeführerin vorsorgerechtlich keineswegs verloren: Er steckt nach wie vor in dem damit erworbenen Wohneigentum und ist dort im Rahmen von Art. 30d und 30e BVG für die Vorsorge gesichert. Unter den Voraussetzungen von Art. 30d Abs. 1 und 5 BVG wird der Betrag der Vorsorgeeinrichtung der Beschwerdeführerin zurückzuzahlen sein und damit deren Vorsorgeguthaben wieder erhöhen.
4. Im Eventualantrag verlangt die Beschwerdeführerin, die Vorsorgeeinrichtung ihres ehemaligen Ehemannes sei zu verpflichten, den von ihr in die ehemals eheliche Liegenschaft investierten Betrag von Fr. 50'000.- auf ihre Vorsorgeeinrichtung zu überweisen. Nach dem Gesagten ist dieser Antrag ebenfalls unbegründet, da der entsprechende Betrag bei der Vorsorgeeinrichtung des Ehemannes gar nicht mehr vorhanden ist. Er kann daher nicht durch Überweisung von der Vorsorgeeinrichtung des ausgleichspflichtigen Ehegatten auf diejenige des ausgleichsberechtigten übertragen werden (BGE 135 V 324 E. 5.2.2 S. 331 f.). Es trifft auch nicht zu, dass infolge der Scheidung die Voraussetzungen für den Vorbezug nicht mehr erfüllt wären, weshalb dieser in die Vorsorgeeinrichtung der Beschwerdeführerin zurückzuführen sei. Unbestritten waren die Vorbezüge zulässig. Eine Rückerstattungspflicht entsteht nur in den Fällen von Art. 30d Abs. 1 BVG. Vorliegend steht jedoch die Liegenschaft nach wie vor im Gesamteigentum der ehemaligen Ehegatten, so dass namentlich auch der Tatbestand von Art. 30d Abs. 1 lit. a oder b BVG (Veräusserung oder Einräumung gleichartiger Rechte) von vornherein nicht erfüllt ist, ohne dass auf die Frage eingegangen werden müsste, unter welchen Umständen eine Zuweisung des Wohneigentums an einen der ehemaligen Ehegatten gemäss Art. 30e Abs. 1 Satz 3 BVG überhaupt eine Rückzahlungspflicht auslöst (dazu und zu den verschiedenen Lehrauffassungen Bäder Federspiel, a.a.O., S. 118 ff., Rz. 218 ff.). Die Scheidung als solche führt nicht zu einer Rückerstattungspflicht und macht den Vorbezug nicht nachträglich unzulässig, auch wenn einer der Ehegatten nachher nicht mehr in der Wohnung lebt.
5. 5.1 In Wirklichkeit stösst sich die Beschwerdeführerin daran, dass offenbar ihr früherer Ehemann in der ehemals ehelichen Wohnung lebt, während sie selber nicht mehr in dieser Liegenschaft wohnt und daraus keinen Nutzen zieht. Indessen ist nach schweizerischem Recht das rechtliche Schicksal des mit dem Vorbezug erworbenen Wohneigentums - wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat - nicht im Rahmen des Vorsorgeausgleichs, sondern des Scheidungsverfahrens zu regeln (E. 3.1 hievor; Bäder Federspiel, a.a.O., S. 42 Rz. 88 mit Hinweis).
5.2 Die Besonderheit des vorliegenden Falles liegt darin, dass das Scheidungsurteil von einem türkischen Gericht gefällt wurde und das von diesem angewendete türkische Recht die Trennung von güterrechtlicher und vorsorgeausgleichsrechtlicher Teilung nicht kennt. In der gerichtlich genehmigten Scheidungskonvention ("Protokoll") wurde erwähnt, dass die Parteien die Liegenschaft in O._ gemeinsam gekauft haben und dafür Fr. 50'000.- verwendet wurden, die aus der Pensionskasse der Beschwerdeführerin stammten. Weiter ist darin ausgeführt (Ziff. 6 Abs. 2, zit. nach der in den Akten liegenden Übersetzung): "Dieses Haus wird I._ gehören, unter der Bedingung, dass er den gesamten Bankkredit bezahlt, die für das Haus eingenommen wurde. Falls der Bankkredit nicht bezahlt wird oder falls bei der Bezahlung ein Problem auftauchen sollte, wird das Recht von C._ auf diesem Haus weiter bestehen bleiben." In der Folge erfüllte der Ehemann offenbar diese Bedingung nicht, so dass das Haus weiterhin im Gesamteigentum steht. Eine Regelung über den Vorsorgeausgleich enthielt das türkische Urteil nicht. In solchen Fällen ist mittels einer Ergänzungsklage vor dem schweizerischen Scheidungsgericht die Teilung des Vorsorgeguthabens nach den Art. 122 ff. ZGB anzuordnen (Art. 59 und 64 IPRG [SR 291]; BGE 131 III 289 E. 2.3), was die Beschwerdeführerin denn auch durch Ergänzungsklage beim Bezirksgericht X._ getan hat. Sie hat dort - soweit das Gericht auf die Klage eintrat - die Rechtsbegehren gestellt, die Austrittsleistung sei hälftig zu teilen (Ziff. 4), der Ehemann sei zu verpflichten, den Betrag von Fr. 50'000.- in die Vorsorgeeinrichtung der Beschwerdeführerin zu überführen (Ziff. 5) und die einfache Gesellschaft der Parteien bezüglich der ehemals ehelichen Liegenschaft in O._ sei aufzulösen und die Liegenschaft ins Alleineigentum des Ehemannes zu überführen gegen Übernahme der Hypothekarschulden und nach Rücküberführung des WEF-Vorbezugs in die Vorsorgeeinrichtung der Beschwerdeführerin (Ziff. 6). In seinem rechtskräftigen Urteil vom 18. Oktober 2007 hat das Gericht das Rechtsbegehren Ziff. 4 gutgeheissen und die Sache gemäss Art. 142 Abs. 2 ZGB an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau überwiesen. In Bezug auf das Rechtsbegehren Ziffer 5 hat es erwogen, es falle nicht in die Zuständigkeit des Scheidungsgerichts, die Rückerstattung nach Art. 30d BVG anzuordnen; insoweit damit ein güterrechtlicher Anspruch geltend gemacht werde, sei das Begehren abzuweisen, da das anerkennungsfähige türkische Scheidungsurteil diesbezüglich nicht lückenhaft sei. Auch das Rechtsbegehren Ziffer 6 sei abzuweisen, soweit das Güterrecht betreffend. Im Übrigen handle es sich um vollstreckungsrechtliche Probleme, die im Rahmen des Ergänzungsurteils nicht behandelt werden könnten.
5.3 Befindet sich die Liegenschaft somit nach wie vor im Gesamteigentum der Parteien, hat die Beschwerdeführerin rechtlich gesehen nach wie vor einen Nutzen aus dieser Liegenschaft (Art. 653 ZGB). Sie kann damit auch von den darin investierten Vorsorgemitteln profitieren, womit der Vorsorgezweck grundsätzlich ebenfalls erfüllt ist (vgl. BGE 132 V 332 E. 4.1). Wenn der ehemalige Ehemann der Beschwerdeführerin die Nutzung des gemeinschaftlichen Eigentums verwehrt, so ist dies eine Frage des sachen- oder gesellschaftsrechtlichen Verhältnisses zwischen den Parteien und kann nicht durch eine der gesetzlichen Regelung widersprechende vorsorgeausgleichsrechtliche Anordnung korrigiert werden.
5.4 Die Beschwerdeführerin bringt allerdings vor, die vom türkischen Gericht getroffene Regelung sei dem schweizerischen Recht fremd; eine Weiterführung des Gesamthandverhältnisses bei Scheidung wäre nur im Einvernehmen der Parteien möglich gewesen. Sie macht damit sinngemäss geltend, das türkische Scheidungsurteil verletze den schweizerischen materiellen Ordre public (Art. 27 Abs. 1 IPRG). Es kann offenbleiben, ob dies überhaupt noch im vorsorgeausgleichsrechtlichen Verfahren geltend gemacht werden kann (Art. 29 Abs. 3 IPRG) oder ob es nicht im Rahmen der Scheidungs-Ergänzungsklage vor dem Bezirksgericht X._ hätte geltend gemacht werden müssen (vgl. Urteil 2A.94/1999 vom 2. Juni 1999, E. 1c). Denn jedenfalls kann von einer Verletzung des Ordre public nicht gesprochen werden: Eine Anerkennung verstösst dann gegen den materiellen Ordre public, wenn das einheimische Rechtsgefühl durch die Anerkennung und Vollstreckung eines ausländischen Entscheides in unerträglicher Weise verletzt würde, weil dadurch grundlegende Vorschriften der schweizerischen Rechtsordnung missachtet werden. Die Anwendung des Ordre-public-Vorbehaltes ist im Bereich der Anerkennung ausländischer Entscheide restriktiver als im Bereich der Anwendung des fremden Rechtes gemäss Art. 17 IPRG (BGE 122 III 344 E. 4a). Eine solche Verletzung ist nicht schon dann zu bejahen, wenn einer der Ehegatten nach dem ausländischen Urteil weniger Leistungen erhält als er nach dem schweizerischen Recht erhalten würde (BGE 134 III 661 E. 4.2). Vorliegend wird gemäss dem türkischen Urteil das Gesamteigentum zumindest vorläufig weitergeführt. Die Beschwerdeführerin hat der Scheidungskonvention unterschriftlich zugestimmt und damit auch die darin enthaltene Regelung betreffend die Liegenschaft in O._ genehmigt. Auch im schweizerischen Recht ist die Weiterführung gemeinschaftlichen Eigentums über die Scheidung hinaus nicht ausgeschlossen (Bäder Federspiel, a.a.O., S. 312 f. Rz. 638; Gian Sandro Genna, Auflösung und Liquidation der Ehegattengesellschaft, Bern 2008, S. 52; Felix Kobel, Immobilien in der güterrechtlichen Auseinandersetzung, Basel 2007, S. 91; Daniel R. Trachsel, Spezialfragen im Umfeld des scheidungsrechtlichen Vorsorgeausgleiches: Vorbezüge für den Erwerb selbstbenutzten Wohneigentums und Barauszahlungen nach Art. 5 FZG, FamPra.ch 2005 S. 529 ff., 536; vgl. BGE 132 V 337 E. 3.4 S. 345). Der Ordre public ist somit nicht verletzt.
6. Bei diesem Verfahrensausgang ist die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Ihr kann die unentgeltliche Rechtspflege (Prozessführung und Verbeiständung; Art. 64 BGG) gewährt werden, da die entsprechenden Voraussetzungen erfüllt sind (BGE 135 I 2 E. 7.1; 125 V 201 E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwältin Ruth Lanz-Bosshard wird als unentgeltliche Rechtsbeiständin der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. November 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer