Fatti:
A. Nel quadro del dissesto finanziario del gruppo italiano X._, A._, cittadino italiano, è stato arrestato in Slovenia il 29 febbraio 2008, su ordine del Ministero pubblico della Confederazione (MPC), nell'ambito di due distinte inchieste di polizia giudiziaria promosse nei suoi confronti e contro altre persone. La prima, aperta il 24 marzo 2004, per titolo di truffa (art. 146 cpv. 2 CP), riciclaggio di denaro (art. 305bis CP), falsità in documenti (art. 251 n. 1 CP) e corruzione di pubblici ufficiali svizzeri (art. 322ter CP), l'altra, aperta il 19 settembre 2007, per gli stessi reati tranne quello di truffa. A._ è stato estradato alla Svizzera il 13 maggio 2008 ed è stato incarcerato il giorno successivo. In seguito, il MPC ha presentato all'Ufficio dei Giudici istruttori federali (UGIF) due domande di conferma dell'arresto, adducendo sia il pericolo di fuga sia il rischio di collusione.
B. Con decisioni del 16 maggio 2008 l'UGIF, ritenuto superato il rischio di collusione ma ammesso il pericolo di fuga, ha respinto entrambe le istanze e ha ordinato la scarcerazione dell'arrestato, subordinandola al deposito di una cauzione di  100'000, all'obbligo di residenza a Lugano per trenta giorni a decorrere dalla scarcerazione, all'obbligo di ottemperare a ogni citazione e al divieto di rilasciare a terzi informazioni o atti relativi al procedimento federale.
C. Il 21 maggio 2008 il MPC ha impugnato queste decisioni con due distinti reclami dinanzi alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (I CRP). Postulava, oltre alla concessione dell'effetto sospensivo, il mantenimento della detenzione preventiva dell'imputato, ribadendo sia il pericolo di fuga sia quello di collusione. L'esecuzione del citato provvedimento era stata sospesa a titolo superprovvisionale.
D. Con un'unica decisione del 10 giugno 2008, la I CRP ha accolto i reclami e ha confermato l'arresto dell'imputato. Accertata l'esistenza di un concreto rischio di collusione, requisito ritenuto sufficiente per il mantenimento della detenzione preventiva, l'istanza precedente ha stabilito che le questioni della sussistenza di un pericolo di fuga, rispettivamente dell'adozione di eventuali misure sostitutive dell'arresto, potevano pertanto rimanere indecise.
E. Con lettera del 25 giugno 2008 il MPC ha chiesto alla I CRP, se la decisione del 10 giugno 2008 dovesse essere interpretata nel senso che l'arresto dell'imputato sia stato confermato, oltre che per il pericolo di collusione secondo l'art. 44 n. 2 PP, anche per il pericolo di fuga ai sensi dell'art. 44 n. 1 PP. Qualora ciò non fosse il caso, chiedeva di considerare il suo scritto quale istanza di proroga del carcere preventivo giusta l'art. 51 cpv. 3 PP.
Mediante decisione del 9 luglio 2008, la I CRP ha respinto, siccome infondata, l'istanza di interpretazione e dichiarato irricevibile l'istanza di proroga, poiché tardiva, non essendo stata inoltrata entro 14 giorni dalla pronuncia della decisione di conferma dell'arresto.
F. Contro la decisione del 10 giugno 2008 il MPC, il 10 luglio 2008, aveva presentato al Tribunale federale una (inammissibile) "dichiarazione di ricorso" con domanda di conferimento dell'effetto sospensivo nel senso di mantenere l'arresto dell'indagato per i pericoli di fuga e di collusione. Con scritto del giorno seguente, ribadito il 14 luglio successivo, il MPC l'ha revocata.
G. Con un unico ricorso in materia penale del 14 luglio 2008, il MPC impugna sia la decisione del 10 giugno sia quella del 9 luglio 2008. Chiede, riguardo alla prima, in via principale, di accogliere i reclami del 21 maggio 2008, di annullare le misure sostitutive dell'arresto pronunciate dall'UGIF e di confermare l'arresto dell'imputato sia per il pericolo di fuga sia per quello di collusione e, in via subordinata, di rinviare la causa all'istanza precedente affinchè si pronunci nuovamente sulla sussistenza del pericolo di fuga. Riguardo alla seconda sentenza, il MPC postula, in via principale, di riformarla nel senso di accogliere l'istanza di interpretazione e di confermare l'arresto per la sussistenza dei pericoli di fuga e di collusione e, in via subordinata, di accogliere l'istanza di proroga della carcerazione e di mantenere l'arresto dell'imputato per il pericolo di collusione.
H. Il 17 luglio 2008 A._ ha precisato che il 12 luglio precedente l'UGIF aveva ordinato la sua scarcerazione, avvenuta due giorni dopo: a quella data egli si trovava in Italia.
L'istanza precedente e A._ chiedono di respingere il ricorso in quanto ammissibile. L'UGIF si astiene dal formulare osservazioni, proponendo nondimeno di confermare le decisioni impugnate.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 IV 36 consid. 1).
1.2 Presentato contro decisioni rese dalla I CRP in materia di provvedimenti coattivi (art. 79 LTF; sentenza 1B_95/2008 del 14 maggio 2008 consid. 1.3 destinata a pubblicazione; cfr. anche DTF 131 I 52 consid. 1.2.2; 130 II 302 consid. 3.1), il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF), tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile. La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 2 LTF; DTF 134 IV 36).
1.3 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1; 133 IV 286 consid. 1.4; cfr. anche DTF 134 IV 43 consid. 2.5: sulle censure proponibili da parte del pubblico ministero v. DTF 134 IV 36 consid. 1.4.3-1.4.5). L'atto in esame adempie, come si vedrà, solo in parte queste esigenze di motivazione.
1.4 Il ricorrente adduce che A._ è stato nuovamente arrestato il 9/10 luglio 2008. Esso non ha tuttavia comunicato al Tribunale federale, come addotto dall'opponente, il quale contesta inoltre la possibilità di interporre un unico gravame contro due decisioni distinte, che l'UGIF, con ordinanza di non conferma dell'arresto del 12 luglio seguente, ritenuto che il MPC neppure durante l'udienza ha sostanziato l'esistenza di nuovi fatti rilevanti, ha respinto le ulteriori richieste di conferma dell'arresto e deciso la messa in libertà provvisoria dell'indagato dietro versamento di una cauzione e con l'obbligo di ottemperare a ogni citazione. Il ricorrente non si è pronunciato su un'eventuale impugnazione di questa ordinanza e quindi sull'esistenza, tutt'altro che evidente e compiutamente contestata dall'opponente, di un interesse pratico e attuale all'esame del ricorso, esigenza applicabile anche nel quadro della PP (sentenza 1S.14/2004 del 21 dicembre 2004 consid. 3.1) e della LTF (cfr. sentenze 1C_89/2007 del 13 luglio 2007 consid. 1.3 e 1C_161/2007 del 18 febbraio 2008 consid. 1.2).
1.4.1 Questa prassi assicura che il Tribunale federale statuisca, nell'interesse dell'economia processuale, su questioni concrete e non soltanto teoriche (DTF 125 I 394 consid. 4a). Esso può tuttavia rinunciare eccezionalmente all'esigenza di un interesse pratico e attuale ed esaminare comunque il ricorso, allorché i quesiti sollevati si potrebbero ripetere in qualsiasi momento nelle stesse o in analoghe circostanze e un tempestivo esame da parte del giudice costituzionale sarebbe pressoché impossibile; occorre inoltre che esista un interesse pubblico sufficientemente importante per risolverli (DTF 127 I 164 consid. 1a; 127 III 429 consid. 1b pag. 432). Del resto, come si vedrà, volendo seguire l'assunto (errato) addotto dal ricorrente, esso, non opponendovisi, avrebbe accettato implicitamente la scarcerazione. Questa eventualità, come sostiene l'opponente, parrebbe essere data in concreto, ritenuto che il MPC poteva senz'altro impugnare la nuova ordinanza dell'UGIF del 12 luglio 2008 dinanzi alla I CRP, con la quale, come già detto, ritenuta ormai l'inesistenza del pericolo di collusione, è stata ordinata la scarcerazione in esame.
1.4.2 Ci si può quindi chiedere se sussista ancora un interesse pratico del ricorrente a chiedere l'annullamento della sentenza 10 giugno 2008, con la quale sono stati accolti i suoi reclami e confermato l'ordine di arresto, sebbene soltanto sulla base del pericolo di collusione. L'opponente adduce che il ricorso costituirebbe una specie di domanda di revisione tendente a sostituire i motivi del primo ordine di arresto, aggiungendovi il pericolo di fuga. L'interesse del ricorrente a far accertare anche la presenza del pericolo di fuga perseguirebbe in effetti soltanto lo scopo di evitargli di dover inoltrare, ogni 14 giorni, una richiesta di proroga dell'arresto (art. 51 cpv. 2 PP), rispettivamente di sanare il ritardo nella presentazione della domanda di proroga in esame.
1.5 L'opponente contesta inoltre la possibilità di presentare un unico atto di ricorso contro due differenti decisioni, sostenendo che spetta semmai al Tribunale federale stabilire la congiunzione delle cause e deciderle con un'unica sentenza. Il ricorso sarebbe quindi inammissibile. Invero, di massima, il ricorso è diretto contro un solo giudizio. Inoltre, la presentazione come nella fattispecie di un unico gravame diretto contro più decisioni, certo inerenti alla medesima fattispecie ma emanate in date differenti, pone problemi di trattazione: in effetti, prima di decidere il secondo gravame, occorre attendere di regola la scadenza del secondo termine di ricorso, ciò che può disattendere il principio di celerità vigente nei procedimenti penali (DTF 133 I 270 consid. 1.2.2). Il ricorrente ha infatti la facoltà di completare il gravame entro la scadenza del termine ricorsuale e nel caso di specie il MPC non ha espressamente rinunciato a tale possibilità. L'evenienza di una possibile violazione del principio di celerità non è comunque realizzata in concreto, perchè l'opponente è stato scarcerato. Visto l'esito del gravame, queste questioni non devono essere approfondite oltre.
2. 2.1 Riguardo alla sentenza del 10 giugno 2008, il ricorrente ricorda che secondo l'art. 44 PP l'imputato può essere incarcerato quando esistano gravi indizi di colpevolezza a suo carico e ricorrano una delle due condizioni seguenti: la presunzione della sua imminente fuga, ciò che si verifica segnatamente quando all'imputato sia attribuito un reato punibile con la reclusione o quando egli non sia in grado di stabilire la propria identità o non abbia domicilio in Svizzera (n. 1) e la sussistenza di un pericolo di collusione (n. 2; sul rischio concreto di collusione cfr. DTF 132 I 21 consid. 3.2 e 3.3). Questi due requisiti, aggiunge il MPC, sono alternativi, ma cumulabili. Esso insiste poi sul fatto che l'istanza precedente dispone nell'ambito in esame di un libero potere di apprezzamento, ma che nel decretare la carcerazione preventiva non disporrebbe della facoltà di optare per l'una o l'altra delle due ipotesi, qualora siano adempiute entrambe. A dire del ricorrente, quando il MPC, come nella fattispecie, lo richiede, il Tribunale penale federale dovrebbe pertanto valutare ambedue le condizioni e, qualora ne siano date le premesse, confermare la carcerazione sia per il pericolo di fuga sia per quello di collusione. Ciò anche perché quest'ultimo può svanire col passare del tempo, mentre può persistere quello di fuga. Per mantenere oltre 14 giorni il carcere preventivo fondato sul solo pericolo di collusione, è poi necessario presentare, prima della scadenza di questo termine, una richiesta di proroga dell'arresto (art. 51 cpv. 2 PP), condizione non richiesta quando sia accertato il pericolo di fuga. In concreto, visti i gravi crimini rimproverati all'imputato, sarebbe realizzata la presunzione del pericolo di fuga, che sarebbe dato pure concretamente, per cui occorreva accertarne l'esistenza.
2.2 Il ricorrente insiste in sostanza sul fatto d'aver presentato all'UGIF due distinte domande di conferma dell'arresto, segnatamente fondate sia sul pericolo di fuga sia su quello di collusione: ciò, in pratica, perché se è riconosciuto il pericolo di fuga non è necessario chiedere una proroga della detenzione dopo 14 giorni. L'UGIF ha ritenuto che il rischio di collusione era superato dagli eventi, mentre ha accertato l'esistenza del pericolo di fuga; in applicazione del principio di proporzionalità esso ha nondimeno ordinato la scarcerazione dell'imputato alle citate condizioni (sulla proporzionalità della detenzione preventiva cfr. DTF 132 I 21 consid. 4.1, sulle misure sostitutive della stessa riguardo al pericolo di fuga DTF 133 I 27 consid. 3.2 e 3.3 con numerosi riferimenti anche alla dottrina, 270 consid. 3.3.3 e 3.4.2; sentenza 1B_44/2008 del 13 marzo 2008 consid. 9). Il ricorrente rileva inoltre che l'istanza precedente, accertando la sussistenza del pericolo di collusione, ha smentito su questo punto l'UGIF: al suo dire, accogliendo i suoi reclami e annullando quindi le misure sostitutive dell'arresto e confermando la detenzione dell'imputato, la I CRP avrebbe quindi ripristinato la conferma degli ordini d'arresto. Il MPC, rilevato che l'indagato non ha impugnato le ordinanze di misure sostitutive dell'arresto e neppure le susseguenti decisioni della I CRP, ne deduce ch'egli avrebbe ammesso l'esistenza segnatamente anche del pericolo di fuga.
2.2.1 L'assunto è infondato. In effetti, nella decisione del 10 giugno 2008, l'istanza precedente ha chiaramente stabilito che le questioni dell'esistenza o no di un pericolo di fuga, rispettivamente dell'adozione di misure sostitutive all'arresto, potevano rimanere indecise, poiché il mantenimento della detenzione poteva fondarsi, in maniera sufficiente, sull'accertato pericolo di collusione. L'assunto ricorsuale, secondo cui riguardo al pericolo di fuga, la decisione impugnata non sarebbe motivata, non regge.
2.2.2 Per di più, la I CRP nella sentenza del 9 luglio 2008 ha aggiunto, in via abbondanziale, che detta mancata impugnazione da parte dell'opponente non permetteva di concludere, contrariamente all'assunto del MPC, per l'esistenza di un pericolo di fuga, avendo la Corte accertato la sussistenza soltanto del pericolo di collusione e sostituendosi la sua decisione a quelle dell'UGIF impugnate.
Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (DTF 133 IV 119). L'assunto ricorsuale non regge in ogni modo, visto che l'opponente, come peraltro rilevato nella risposta, non aveva interesse ad impugnare la sua scarcerazione. Certo, poteva essere opportuno che la I CRP si esprimesse anche sull'invocato pericolo di fuga, ma disponendo di un libero potere di apprezzamento (sentenza 1S.13/2005 del 22 aprile 2005 consid. 4), essa poteva limitarsi a ritenere l'adempimento di una delle condizioni giustificanti l'arresto (cfr. DTF 132 I 21 consid. 3.5 in fine, concernente tuttavia le normative cantonali e non la PP), la circostanza che questo modo di procedere imponga al MPC di presentare in seguito eventuali domande di proroga non essendo decisiva.
3. 3.1 Riguardo alla decisione del 9 luglio 2008, il ricorrente rileva che si sarebbe in presenza di una contraddizione tra il dispositivo e le motivazioni della stessa. Esso aveva chiesto la conferma dell'arresto sia per il pericolo di fuga sia per quello di collusione: accogliendo i suoi gravami, l'istanza precedente avrebbe pertanto accolto integralmente le sue richieste. Non esaminando nei suoi considerandi la sussistenza del pericolo di fuga, la I CRP le avrebbe accolte soltanto parzialmente. Al riguardo egli lamenta pure una lesione del diritto di essere sentito, poiché la decisione non sarebbe sufficientemente motivata, limitandosi a rilevare che il rischio di collusione era più fondato ed evidente rispetto a quello di fuga, facilmente scongiurabile con l'imposizione di provvedimenti sostitutivi come quelli adottati dall'UGIF. Ora, mal si comprende perché questa motivazione, logica e coerente, applicata peraltro dal Tribunale federale nell'ambito dell'esame di detenzioni fondate sul diritto cantonale (DTF 132 I 21 consid. 3.5 in fine: cfr. sentenza 1S.13/2004 del 1° dicembre 2004 consid. 5), sarebbe insufficiente (DTF 133 I 270 consid. 3.1 e 3.5.1).
4. 4.1 Il ricorrente sostiene poi che la I CRP avrebbe ritenuto a torto tardiva la domanda di proroga dell'arresto.
4.2 Secondo l'art. 51 cpv. 2 PP, se si intende mantenere oltre 14 giorni il carcere preventivo ordinato per il pericolo di collusione, prima della scadenza di questo termine, occorre presentare alla Corte dei reclami penali la richiesta di proroga dell'arresto. Nella decisione del 9 luglio 2008 è stato rilevato che il MPC ha presentato la domanda litigiosa il 25 giugno 2008, ovvero 15 e non 14 giorni dopo la pronuncia della sentenza 10 giugno 2008, intimata il giorno successivo e da esso ricevuta il 12 luglio seguente. La Corte ha ritenuto che l'opponente, il 25 giugno 2008, già scontava il quindicesimo giorno di carcere preventivo, per cui la domanda non era stata trasmessa, come previsto dalla legge, entro il termine di 14 giorni. Essa ha poi precisato perché, nell'ambito dell'art. 51 cpv. 2 PP, come già risulterebbe dal messaggio del Consiglio federale (FF 1929 II 607), non sarebbe decisivo l'eventuale computo del termine di 14 giorni a partire dalla notifica o conoscenza della decisione d'arresto come previsto da altre disposizioni (in particolare gli art. 106, 120bis cpv. 2, 217 PP): ciò allo scopo di evitare un prolungamento della carcerazione, ritenuto l'obbligo imposto al giudice di adoperarsi per abbreviarla. La volontà del legislatore di limitare a 14 giorni effettivi la durata del carcere preventivo, e quindi l'esigenza di presentare un'eventuale istanza di proroga entro tale termine, risulterebbe inoltre dall'analisi dell'evoluzione giurisprudenziale (cfr. al riguardo DTF 120 IV 342 consid. 3; sentenza 2A.604/2006 dell'8 maggio 2007 consid. 3.1). La Corte, riferendosi ancora ai materiali legislativi e alla dottrina, ha altresì sottolineato che anche il Parlamento ha poi deciso che i 14 giorni devono corrispondere al termine per la presentazione della domanda di proroga e non a quello entro il quale l'autorità deve rendere la decisione (Felix Bänziger/Luc Leimgruber, Das neue Engagement des Bundes in der Strafverfolgung, Kurzkommentar zur "Effizienzvorlage", Berna 2001, n. 213; cfr. anche FF 1998 pag. 1121 e 1136). La Corte ha concluso che, contrariamente all'assunto del MPC, comportante un illecito prolungamento del periodo di carcerazione, il termine per l'inoltro dell'istanza di proroga non può essere calcolato a partire dall'effettiva notifica dell'ordine di arresto. Questa conclusione sarebbe confortata pure dall'art. 227 cpv. 2 del futuro Codice di diritto processuale penale svizzero del 5 ottobre 2007, secondo cui la domanda di proroga dev'essere presentata al più tardi quattro giorni prima della scadenza della durata della carcerazione. La Corte ha poi addotto ulteriori motivi che osterebbero alla tesi del MPC, tra i quali il principio di celerità e, per analogia, la giurisprudenza secondo la quale la prescrizione dell'azione penale si determina già al momento della pronuncia della sentenza di prima istanza e non al momento della sua notifica (DTF 130 IV 101 consid. 2).
4.3 Il ricorrente non si confronta del tutto con queste differenziate motivazioni, né tenta di spiegare perché la censurata conclusione violerebbe il diritto federale. Esso si limita a rilevare, in maniera del tutto generica e senza esprimersi minimamente sulle specificità e lo scopo della disciplina fissata dall'art. 51 cpv. 2 PP, che la pronuncia della carcerazione diverrebbe opponibile solo a partire dal giorno in cui è nota e quindi notificata (sulla mancata notifica di una decisione cfr. DTF 122 I 97). Questo accenno di critica, meramente appellatorio, non adempie chiaramente le citate esigenze di motivazione imposte dall'art. 42 LTF ed è quindi inammissibile.
5. 5.1 Il ricorrente sostiene poi che la domanda di proroga era tempestiva, poiché la decisione impugnata non sarebbe stata pronunciata il 10 ma l'11 giugno 2008, come risulterebbe dalla data apposta nel dispositivo dell'ultima pagina (11 giugno 2008), che coincide con la data d'intimazione. Nella risposta al gravame, la I CRP ha confermato che la sentenza è stata pronunciata il 10 giugno 2008.
5.2 La critica, nuova, è inammissibile. In effetti, nella domanda di interpretazione del 25 giugno 2008, il MPC aveva impugnato la decisione del "10" giugno 2008, come del resto precisato nella citata dichiarazione di ricorso al Tribunale federale del 10 luglio 2008 e nelle relative revoche, senza minimamente sostenere che il contestato giudizio sarebbe stato emanato il giorno successivo. Premesso che la nuova ipotesi addotta dal MPC disattenderebbe anche il principio della buona fede processuale, si è quindi in presenza di un'inammissibile nuova allegazione (art. 99 cpv. 1 LTF).
6. 6.1 L'istanza precedente ha infine ricordato che nell'ambito di una carcerazione preventiva, fondata esclusivamente sul pericolo di collusione e non prorogata entro il termine di 14 giorni, dev'essere ordinata la liberazione (DTF 120 IV 342). Ha precisato che, in concreto, essa non poteva verificare l'esistenza di un pericolo di fuga, poiché l'istanza di proroga dell'arresto era irricevibile siccome tardiva e, per di più, insufficientemente motivata.
6.2 Quest'ultima conclusione è corretta, visto che l'istanza di proroga era priva di qualsiasi motivazione. In effetti, il MPC si era semplicemente limitato a rilevare che qualora non fosse confermato l'arresto anche per il pericolo di fuga, l'istanza di interpretazione doveva essere considerata quale istanza di proroga ai sensi dell'art. 51 cpv. 3 PP. L'assunto del ricorrente, secondo cui, contrariamente all'art. 227 cpv. 2 del futuro Codice di diritto processuale penale svizzero che richiede espressamente una motivazione, l'art. 51 PP non imporrebbe al MPC di motivare la domanda di proroga, perché già solo la sua formulazione fa ritenere che siano ancora dati gli stessi presupposti concreti, non regge. Con quest'argomentazione il ricorrente disconosce che se il rischio di fuga tende a perdurare, per contro quello di collusione diminuisce assai rapidamente, per cui un nuovo esame da parte di un tribunale dopo un determinato periodo appare opportuno (Bänziger/ Leimgruber, op. cit., n. 215). Secondo la prassi, l'istanza di proroga deve pertanto indicare i nuovi concreti indizi dai quali risulti che l'agire dell'interessato posto in libertà possa compromettere il risultato dell'istruttoria (sentenza 8G.43/2002 del 25 aprile 2002 consid. 3c). Occorre pertanto menzionare, per lo meno in maniera sommaria, le nuove esigenze istruttorie che giustificano l'ulteriore domanda. Di conseguenza anche l'accenno del ricorrente, secondo cui l'istanza precedente avrebbe dovuto interpretare "nel senso reale" la domanda di proroga e chiedergli di motivarla ulteriormente, non regge.
7. Ne segue che il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere respinto. Non si prelevano spese (art. 66 cpv. 4 LTF). La Confederazione rifonderà a A._ congrue ripetibili per la sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie. La Confederazione (MPC) rifonderà all'opponente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione al ricorrente, al patrocinatore dell'opponente, all'Ufficio dei giudici istruttori federali e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.