Erwägungen:
1. X._ (geb. 1982) stammt aus Ägypten. Er war vom 7. September 2005 bis zum 10. November 2009 mit einer Schweizer Bürgerin verheiratet, wobei sich die Eheleute bereits am 27. März 2008 getrennt haben. Am 31. Dezember 2009 heiratete er eine weitere Schweizer Bürgerin. Die Eheleute trennten sich am 1. November 2011. Das Migrationsamt des Kantons Zürich widerrief am 14. Mai 2012 die Aufenthaltsbewilligung von X._. Die Sicherheitsdirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich bestätigten die aufenthaltsbeendende Massnahme am 6. September 2012 bzw. 27. März 2013. X._ beantragt vor Bundesgericht, das kantonale Urteil aufzuheben und ihm für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie die Vorinstanz ihn festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er in einem entscheidwesentlichen Punkt offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der Sachverhalt bzw. die beanstandete Beweiswürdigung klar und eindeutig mangelhaft - mit anderen Worten willkürlich - erscheint (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3; 133 III 350 E. 1.3).
2.2 Der Beschwerdeführer macht in verschiedener Hinsicht geltend, die Vorinstanz sei von einem unvollständig bzw. unzutreffenden Sachverhalt ausgegangen. Er legt indessen entgegen seiner Begründungspflicht nicht dar, inwiefern dieser offensichtlich fehlerhaft wäre. Der Beschwerdeführer stellt seine Behauptungen lediglich den Feststellungen der Vorinstanz gegenüber, zeigt indessen nicht auf, in welchen für die rechtlichen Fragen relevanten Punkten diese als willkürlich gelten könnten. Es ist deshalb bei der rechtlichen Beurteilung vom festgestellten Sachverhalt auszugehen.
3. 3.1 Ausländische Ehegatten von Schweizer Bürgern haben unter Vorbehalt von Art. 51 Abs. 1 AuG (SR 142.20) Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit ihrem Partner zusammenwohnen (Art. 42 Abs. 1 AuG). Der Bewilligungsanspruch besteht trotz Auflösens bzw. definitiven Scheiterns der Ehegemeinschaft fort, wenn sie mindestens drei Jahre gedauert und die betroffene ausländische Person sich hier erfolgreich integriert hat (Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG; BGE 136 II 113 E. 3.3.3). Eine (relevante) Ehegemeinschaft liegt vor, solange die eheliche Beziehung tatsächlich gelebt wird und ein gegenseitiger Ehewille besteht. Dabei ist im Wesentlichen auf die Dauer der nach aussen wahrnehmbaren ehelichen Wohngemeinschaft abzustellen (Urteil 2C_544/2010 vom 23. Dezember 2010 E. 2.2).
3.2 Der Beschwerdeführer lebt mit seiner Schweizer Gattin seit dem 14. November 2011 nicht mehr zusammen. Zwar macht er geltend, dass die Ehe nicht geschieden worden sei und er nach wie vor an der gleichen Adresse lebe wie seine Ehefrau, lediglich in einer anderen Wohnung. Damit ist indessen nicht dargetan, dass die eheliche Gemeinschaft trotz räumlicher Trennung weiter gelebt würde. Der Beschwerdeführer behauptet dies selber nicht, sondern wendet ein, dass nicht ausgeschlossen sei, dass er mit seiner Gattin wieder zusammenfinden werde; das Migrationsamt habe zu früh entschieden. Eheliche Probleme können zwar nach der bundesgerichtlichen Praxis einen wichtigen Grund bilden, um nicht mehr zusammenzuwohnen (vgl. Art. 49 AuG), indessen gilt dies nur vorübergehend und nicht - wie hier - über längere Zeit hinweg. Die kantonalen Instanzen sind zu Recht davon ausgegangen, dass der Aufenthaltszweck des Beschwerdeführers (Familiennachzug) somit entfallen ist und er sich rechtsmissbräuchlich darauf beruft, die Ehe bestehe formell fort (vgl. Art. 62 lit. d und Art. 51 Abs. 1 lit. a AuG).
3.2 Der Beschwerdeführer lebt mit seiner Schweizer Gattin seit dem 14. November 2011 nicht mehr zusammen. Zwar macht er geltend, dass die Ehe nicht geschieden worden sei und er nach wie vor an der gleichen Adresse lebe wie seine Ehefrau, lediglich in einer anderen Wohnung. Damit ist indessen nicht dargetan, dass die eheliche Gemeinschaft trotz räumlicher Trennung weiter gelebt würde. Der Beschwerdeführer behauptet dies selber nicht, sondern wendet ein, dass nicht ausgeschlossen sei, dass er mit seiner Gattin wieder zusammenfinden werde; das Migrationsamt habe zu früh entschieden. Eheliche Probleme können zwar nach der bundesgerichtlichen Praxis einen wichtigen Grund bilden, um nicht mehr zusammenzuwohnen (vgl. Art. 49 AuG), indessen gilt dies nur vorübergehend und nicht - wie hier - über längere Zeit hinweg. Die kantonalen Instanzen sind zu Recht davon ausgegangen, dass der Aufenthaltszweck des Beschwerdeführers (Familiennachzug) somit entfallen ist und er sich rechtsmissbräuchlich darauf beruft, die Ehe bestehe formell fort (vgl. Art. 62 lit. d und Art. 51 Abs. 1 lit. a AuG).
3.3 3.3.1 Sein Anwesenheitsanspruch gilt auch nicht gestützt auf Art. 50 AuG weiter: Der Beschwerdeführer hat mit seiner Gattin weniger als drei Jahre in ehelicher Gemeinschaft zusammengelebt; dass seine frühere Ehe bei der Berechnung mit einzubeziehen wäre, macht er - entgegen seinen Ausführungen vor dem Verwaltungsgericht - nicht mehr geltend, weshalb hierauf nicht weiter einzugehen ist. Da die Voraussetzungen von Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG kumulativ erfüllt sein müssen, erübrigen sich Ausführungen dazu, ob er als erfolgreich integriert zu gelten hätte oder nicht.
3.3.2 Auch ein nachehelicher Härtefall im Sinne von Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG liegt entgegen den Einwänden des Beschwerdeführers nicht vor: Nach dieser Bestimmung besteht der Bewilligungsanspruch fort, falls wichtige persönliche Gründe einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen (vgl. BGE 137 II 345 E. 3.2 S. 348 ff.). Bei der Anwendung von Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG ist entscheidend, ob die persönliche, berufliche und familiäre Wiedereingliederung der betroffenen ausländischen Person bei einer Rückkehr in ihre Heimat als stark gefährdet zu gelten hätte und nicht, ob ein Leben in der Schweiz einfacher wäre und von ihr vorgezogen würde (vgl. BGE 137 II 345 E. 3.2.3 S. 350 und die Urteile 2C_489/2011 vom 16. Juni 2011 E. 2.2 sowie 2C_216/2009 vom 20. August 2009 E. 3). Ein persönlicher, nachehelicher Härtefall setzt aufgrund der gesamten Umstände eine erhebliche Intensität der Konsequenzen für das Privat- und Familienleben voraus, die mit der Lebenssituation nach dem Dahinfallen der gestützt auf Art. 42 Abs. 1 AuG abgeleiteten Anwesenheitsberechtigung verbunden sein muss (vgl. BGE 137 II 345 E. 3.2.3 S. 350 und das Urteil 2C_781/2010 vom 16. Februar 2011 E. 2.2).
3.3.3 Wurden wie im vorliegenden Fall keine engen sozialen und beruflichen Beziehungen zur Schweiz geknüpft bzw. dargetan, besteht praxisgemäss kein Anspruch auf einen weiteren Verbleib, auch wenn die betroffene ausländische Person - wie der Beschwerdeführer - hier nicht straffällig geworden ist, gearbeitet hat und inzwischen allenfalls auch etwas Deutsch spricht. Der Beschwerdeführer ist in Ägypten aufgewachsen. Er spricht Arabisch und hat seine erste Frau in Sharm el Sheik kennengelernt und sich in Kairo "im Beisein der Familie und aller Verwandten" verheiratet. Beruflich war er in der Schweiz punktuell als Maler und Möbelmonteur tätig, vor seiner Ausreise aus Ägypten arbeitete er dort in Sharm el Sheik. Er ist gelernter Metzger und verfügt über ein "diplôme industriel". Weshalb seine Wiedereingliederung, trotz des Aufenthalts in der Schweiz von rund sieben Jahren, unter diesen Umständen mit besonderen Problemen verbunden sein sollte, ist nicht ersichtlich. Der Umstand, dass die Verhältnisse in Ägypten seit dem "Arabischen Frühling" von gewissen Unsicherheiten geprägt sind, genügt hierfür nicht, nachdem dort keine Situation allgemeiner Gewalt besteht, welche im Sinne von Art. 83 Abs. 4 AuG ein Vollzugshindernis darstellen würde.
3.3.4 Wie die Vorinstanz zutreffend dargelegt hat, verletzt der angefochtene Entscheid schliesslich auch Art. 8 Ziff. 1 EMRK nicht: Aus dem Schutz des Privatlebens kann ein Recht auf Verbleib in der Schweiz nur unter besonderen Umständen abgeleitet werden. Eine lange Anwesenheit und die damit verbundene normale Integration genügen für sich allein nicht; es bedarf hierfür vielmehr besonders intensiver, über eine normale Integration hinausgehender privater Bindungen gesellschaftlicher oder beruflicher Natur bzw. entsprechender vertiefter sozialer Beziehungen zum ausserfamiliären Bereich (BGE 130 II 281 E. 3.2.1 S. 286; 126 II 377 E. 2c S. 384 ff.). Das Bundesgericht hat es abgelehnt, schematisch von einer bestimmten Aufenthaltsdauer an eine solche besondere, einen Anspruch auf die Einräumung eines Anwesenheitsrechts begründende Verwurzelung in den hiesigen Verhältnissen anzunehmen; die Aufenthaltsdauer bildet nur ein Element unter anderen (BGE 130 II 281 E. 3.2.1 S. 287). Der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte (EGMR) stellt im Zusammenhang mit einer allfälligen Verletzung von Art. 8 EMRK nicht allein auf die Dauer der bisherigen Anwesenheit ab, sondern nimmt seinerseits ebenfalls eine Gesamtwürdigung vor (vgl. das Urteil Gezginci gegen Schweiz vom 9. Dezember 2010 [Nr. 16327/05] Ziff. 60 ff. [keine Verletzung von Art. 8 EMRK durch die Verweigerung einer Aufenthaltsbewilligung bei einer Anwesenheit von rund 30 Jahren]).
4. 4.1 Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet und kann ohne Weiterungen im Verfahren nach Art. 109 BGG abgewiesen werden, soweit darauf einzutreten ist. Ergänzend wird auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
4.2 Da die vorliegende Eingabe aussichtslos war, ist das damit verbundene Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung abzuweisen (vgl. Art. 64 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer hat die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (vgl. Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
2.2 Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Mai 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar