Faits:
A. X._ SA, active notamment dans le domaine de la fabrication et du commerce de machines-outils, a été déclarée en faillite le 26 octobre 2005. Depuis septembre 2003, l'intégralité de son capital-actions était détenu par Y._ Holding BV et A._ Holding BV, sociétés elles-mêmes intégralement détenues et animées par Y._. Ce dernier a en outre été l'administrateur-président de X._ SA avec signature collective à deux dès le 27 avril 2004 et jusqu'au prononcé de la faillite.
Entre septembre 2003 et septembre 2005, Y._ Holding BV a octroyé à X._ SA plusieurs prêts pour un montant global de 14'281'630 fr., dont six garantis par le nantissement de diverses machines. Les contrats relatifs à ces six prêts prévoyaient en particulier que les machines nanties seraient conservées dans les locaux de X._ SA, à l'intérieur d'espaces grillagés et cadenassés sur lesquels seraient apposés des panneaux mentionnant « mis en gage au bénéfice de Y._ Holding BV » et auxquels seule Y._ Holding BV, à l'exclusion du personnel de X._ SA, aurait le droit d'accéder, les clefs des cadenas lui étant remises à cette fin.
B. B.a L'état de collocation dans la faillite de X._ SA a été publié le 29 novembre 2006. La créance produite par Y._ Holding BV, à hauteur de 10'304'556 fr., y était écartée en totalité.
B.b Y._ Holding BV a agi en contestation de l'état de collocation devant le Tribunal de première instance de Genève contre la masse en faillite de X._ SA. Elle concluait à ce que sa créance soit colloquée à raison de 2'072'670 fr. au titre de créance garantie par gages mobiliers, à raison de 3'485'966 fr. au titre de créance ordinaire de 3ème classe et à raison de 5'055'000 fr. au titre de créance ordinaire de 3ème classe postposée.
Par jugement du 8 septembre 2008, le tribunal de première instance a ordonné la rectification de l'état de collocation en ce sens que la créance produite par Y._ Holding BV à hauteur de 10'304'556 fr. devait être admise à cet état à raison de 5'249'556 fr. au titre de créance de 3ème classe et à raison de 5'055'000 fr. au titre de créance de 3ème classe postposée.
B.c Y._ Holding BV a appelé du jugement précité auprès de la Cour de justice du canton de Genève en concluant en substance à ce que sa créance soit colloquée, à concurrence de 1'622'670 fr., au titre de créance garantie par gages mobiliers. La masse en faillite de X._ SA a conclu à la confirmation du jugement entrepris.
Par arrêt du 20 mars 2009 communiqué aux parties le 24 du même mois, la cour cantonale a annulé le jugement de première instance et, statuant à nouveau, a ordonné la rectification de l'état de collocation en ce sens que la créance de Y._ Holding BV d'un montant total de 1'304'556 [recte: 10'304'556] fr. devait être inscrite à raison de 1'622'670 fr. en qualité de créance garantie par gages, à raison de 3'626'886 fr. en 3ème classe et à raison de 5'055'000 fr. en 3ème classe postposée.
C. Par acte adressé le 8 mai 2009 au Tribunal fédéral, la masse en faillite de X._ SA, agissant par l'Office des faillites de Genève, a interjeté un recours en matière civile tendant à ce que la créance de 1'622'670 fr. soit inscrite à l'état de collocation en 3ème classe et non pas en qualité de créance garantie par gages. La recourante soulève les griefs de constatation inexacte et incomplète des faits (art. 97 al. 1 LTF), ainsi que de violation du droit fédéral en matière de nantissement (art. 884 al. 3 CC) et de collocation des créances dans la faillite (art. 219 LP).
Le dépôt d'une réponse n'a pas été requis.
Sur requête de la recourante, l'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 27 mai 2009.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée a pour objet l'ordre ou la classe dans lequel/laquelle, selon l'art. 219 LP, doit être colloquée la créance litigieuse, dont ni l'existence ni le montant ne sont contestés. Il s'agit donc d'une décision en matière de faillite contre laquelle le recours en matière civile est recevable en vertu de l'art. 72 al. 2 let. a LTF (arrêt 5A_802/2008 du 6 mars 2009 consid. 1 et les références citées). Le recours est dirigé contre la décision d'une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF) et a été interjeté dans le délai légal (art. 100 al. 1 LTF en liaison avec les art. 45 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF), ainsi que dans la forme requise (art. 42 LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF). Quant à la valeur litigieuse, elle correspond, s'agissant d'une contestation portant sur un droit de gage, à la différence entre le dividende (probable) qui reviendrait à la créancière intimée si le droit de gage était admis et celui qu'elle recevrait si sa créance était colloquée en 3ème classe (ATF 106 III 67 consid. 1; 93 II 82 consid. 1). La valeur de réalisation des machines mises en gage est estimée à « plusieurs dizaines de milliers de francs » par la cour cantonale (arrêt attaqué, consid. 1 p. 5) et à 562'500 fr. par l'office des faillites (recours, p. 6 ch. 21), et aucun dividende n'est prévisible pour les créances de 3ème rang (arrêt attaqué, consid. 1 p. 5). Le seuil fixé par l'art. 74 al. 1 let. b LTF est donc atteint.
Il y a lieu par conséquent d'entrer en matière.
2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation; le Tribunal fédéral n'examine, en effet, la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si un tel grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 134 II 244 consid. 2.2 p. 246; 133 II 396 consid. 3.1 p. 399), les exigences de motivation de l'acte de recours correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254); les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 585 consid. 4.1 p. 589, 589 consid. 2 p. 591/592 et les arrêts cités).
Quant à l'appréciation des preuves et à la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 104 Ia 381 consid. 9 p. 399 et les arrêts cités). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., en relation avec les art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62). Le juge est par ailleurs autorisé à effectuer une appréciation anticipée des preuves déjà disponibles et, s'il peut admettre de façon exempte d'arbitraire qu'une preuve supplémentaire offerte par une partie serait impropre à ébranler sa conviction, refuser d'administrer cette preuve (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 428; 125 I 417 consid. 7b p. 430).
3. Dans son appel cantonal, l'intimée reprochait au tribunal de première instance d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des faits en retenant que « les grillages érigés, symboliques, pouvaient [...] être enlevés sans difficulté » et d'avoir violé l'art. 884 al. 3 CC en considérant que les nantissements octroyés par X._ SA en sa faveur n'avaient pas été valablement constitués.
La cour cantonale a tenu pour établi que les machines objets des nantissements litigieux étaient d'un poids et d'un volume tels qu'elles étaient difficiles à déplacer; en outre, il ressortait des photographies produites en première instance (pièce 41) que l'aménagement autour des machines était constitué de parois grillagées d'une hauteur d'homme posées sur de larges pieds, attachées les unes aux autres par une chaîne et un cadenas, et sur lesquelles étaient disposées plusieurs pancartes indiquant « PLEDGED BY Y._ HOLDING BV ». La cour en a donc déduit, contrairement au premier juge, que les grillages érigés ne pouvaient être enlevés sans difficulté, soit sans qu'une chaîne, un cadenas ou une grille soit scié, c'est-à-dire en procédant clandestinement ou de force par la commission d'actes pénalement répréhensibles. Partant, l'aménagement litigieux devait être considéré comme étant de nature à priver X._ SA de la possession exclusive sur les biens gagés. Certes, les clés des locaux étaient détenues exclusivement par X._ SA, alors que les clés des cadenas l'étaient exclusivement par Y._ Holding BV. X._ SA disposait ainsi de la maîtrise effective sur ses locaux et était à même d'empêcher Y._ Holding BV d'accéder à l'espace grillagé. Toutefois, l'éventualité que celle-ci fût effectivement empêchée d'accès était peu probable compte tenu de la dualité de fonctions de Y._. Il convenait dès lors de retenir que le constituant et la créancière gagiste ne pouvaient exercer qu'ensemble la maîtrise de fait sur les machines nanties, de telle sorte qu'ils détenaient la possession en main commune sur celles-ci. En conclusion, selon la cour cantonale, les nantissements litigieux avaient été valablement constitués.
4. 4.1 La recourante invoque une appréciation arbitraire des preuves concernant la portée des inscriptions figurant sur les pancartes apposées sur les grillages entourant les machines « nanties » de X._ SA. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir, certes correctement constaté en fait que les six contrats de prêts prévoyaient l'apposition de panneaux portant l'inscription « mis en gage au bénéfice de Y._ Holding BV » (« pledged to Y._ Holding BV » dans le texte original anglais), mais constaté et retenu en droit, sur la base des photographies versées au dossier, que lesdits panneaux indiquaient « pledged by Y._ Holding BV », sans se poser de question, ni fournir d'explication, ni relever la divergence quant à la contradiction résultant de l'utilisation de la préposition « by » au lieu de « to », ni tenir compte du sens trompeur pour les tiers de l'inscription affichée sur les grillages.
La divergence de texte entre les contrats et l'inscription, due probablement à une maladresse ou une méconnaissance de la langue anglaise, ne méritait pas que la cour cantonale s'y arrêtât spécialement, car elle ne pouvait de toute façon pas la conduire à admettre, contrairement à ce que prouvaient les autres pièces du dossier, que les machines avaient été nanties en faveur de X._ SA. L'inscription n'était en outre pas de nature à tromper les tiers, auxquels il ne pouvait échapper, à première lecture, que les machines à l'intérieur des grillages faisaient l'objet d'un gage. La jurisprudence n'exige d'ailleurs pas qu'une constitution de gage mobilier soit accompagnée d'une sorte de publicité ou d'une manifestation extérieure rendant le gage reconnaissable pour tout le monde (ATF 55 II 298 consid. 3).
Le grief d'appréciation arbitraire des preuves soulevé doit donc être rejeté.
4.2 La recourante s'en prend à la constatation de la cour cantonale selon laquelle les grillages érigés ne pouvaient pas être enlevés sans qu'une chaîne, un cadenas ou une grille soit scié, c'est-à-dire en procédant par la force et en commettant des actes pénalement répréhensibles. La juridiction cantonale aurait, de façon arbitraire, incomplètement apprécié les photographies versées au dossier (pièce 41) en ne retenant pas qu'elles montraient également l'existence, au plafond de la halle où étaient entreposées les machines, de rails, de portiques de levage et de palans, soit de moyens permettant de soulever et d'enlever les grillages en cause facilement, sans effraction ni dommage.
La recourante omet de considérer que la cour cantonale conclut à une difficulté d'enlèvement des grillages ou bien parce que cette opération impliquerait de la force, partant une effraction et des dommages à la propriété, ou bien parce qu'elle supposerait un procédé clandestin. La recourante ne remet pas en cause ce second motif. Or, un procédé clandestin pourrait consister, sans qu'il soit nécessaire de le dire, à utiliser les moyens de levage en question à l'insu de la créancière gagiste détentrice des clés de l'espace grillagé et il va sans dire aussi qu'un tel procédé consacrerait l'infraction pénale du détournement de choses frappées par un droit de gage (art. 145 CP). La décision attaquée résiste donc, sur ce point, au grief d'arbitraire soulevé par la recourante.
4.3 La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir totalement et arbitrairement ignoré des faits, pourtant allégués, concernant la vente illicite d'une machine en 2005 par Y._ et dont une analyse comptable (rapport de Mme B._) faisait état. Ces faits étaient déterminants, selon elle, pour l'appréciation des risques que le prénommé porte préjudice à l'une ou l'autre de ses sociétés du fait de sa double casquette.
Sur ce point, la recourante ne fait qu'opposer sa propre appréciation, fondée sur l'hypothèse que le prénommé pourrait à nouveau agir de manière similaire. Elle ne démontre pas en quoi la cour cantonale aurait arbitrairement constaté que Y._ n'aurait pas pu, dans les circonstances données et compte tenu des intérêts et enjeux en présence [il ne l'avait d'ailleurs pas fait selon le juge de première instance], vouloir exercer la maîtrise sur les machines nanties dans l'intérêt de X._ SA, qui se trouvait notoirement en proie à d'importantes difficultés financières, et agir en faveur de celle-ci au risque de perdre les investissements obtenus de la créancière gagiste. En vertu de son large pouvoir d'appréciation, la cour cantonale pouvait d'ailleurs écarter d'emblée par appréciation anticipée, sans avoir à motiver spécialement sa décision sur ce point, les offres de preuve faites dans ce contexte, dont en particulier le rapport de Mme B._.
5. L'art. 884 CC prévoit notamment que, en dehors des exceptions prévues par la loi, les choses mobilières ne peuvent être constituées en gage que sous forme de nantissement (al. 1) et que le droit de gage n'existe pas tant que le constituant garde exclusivement la maîtrise effective de la chose (al. 3).
La recourante fait valoir que les nantissements en faveur de l'intimée n'ont pas été valablement constitués à défaut de perte de la possession exclusive par le constituant du gage X._ SA et à cause de la dualité des fonctions de Y._, administrateur et actionnaire unique, direct ou indirect, à la fois de la créancière gagiste et de la constituante du gage.
5.1 Le nantissement suppose un transfert de possession qualifié (ATF 89 II 192 consid. 2 p. 200). Ce qui est décisif n'est pas que le créancier gagiste acquière la maîtrise exclusive de la chose, mais bien que le constituant perde cette maîtrise exclusive. La maîtrise directe sur la chose peut être confiée à un tiers ou être exercée en commun par le constituant et le créancier. Le but de la règle est en effet, outre d'assurer la publicité nécessaire à toute constitution de droit réel, d'éviter que le constituant puisse remettre la chose grevée une deuxième fois en nantissement, au détriment du premier créancier gagiste. Ce but n'exige cependant pas que la constitution du droit de gage soit dans tous les cas reconnaissable pour les tiers (ATF 102 Ia 229 consid. 2d et les références citées; 55 II 298, 301 s.; PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, tome III, 2003, n° 3099; HONSELL/BAUER, Commentaire bâlois, n. 7 et 57 ad art. 884 CC).
En règle générale, le transfert de la possession s'opère par la remise de la chose au créancier gagiste ou par la remise des moyens qui permettent d'exercer la maîtrise de la chose (par exemple les clés du local où sont déposées les choses mises en gage). Le nantissement n'est toutefois valable que si le constituant ne conserve pas lui aussi les moyens d'exercer la maîtrise, par exemple au moyen d'une seconde clé, sans avoir à agir clandestinement ou par la force, et que le créancier gagiste peut accéder librement à l'endroit où se trouvent les choses mises en gage (ATF 89 II 192 consid. 2 p. 200; 80 II 235; 58 III 121 consid. 2; STEINAUER, op. cit., n°s 3100 s.).
Le représentant du créancier gagiste ne peut pas être en même temps le représentant du constituant, puisque le pouvoir de fait est indivisible et ne peut être exercé que pour l'un ou l'autre des possesseurs. La remise d'une chose à une personne représentant les deux parties créerait une situation confuse inadmissible (ATF 43 II 15 consid. 1 p. 23), de sorte que le représentant doit lui aussi acquérir la possession de la chose d'une manière telle que le constituant ne soit plus à même d'exercer un pouvoir (ATF 58 III 121). Rien ne s'oppose, en revanche, à ce que le constituant demeure copossesseur avec le créancier gagiste, à la condition que les circonstances soient telles que le créancier puisse aussi disposer de la chose et empêcher, au besoin, un acte de disposition du constituant (ATF 102 Ia 229 consid. 2d; 55 II 298, 300; HOMBERG/MARTI, Gage mobilier, FJS 672, p. 3).
5.2 En l'espèce, il est constant que les machines objets des nantissements litigieux sont d'un poids et d'un volume tels qu'elles sont difficiles à déplacer et que les grillages installés autour d'elles sont normalement difficiles à enlever sans qu'une chaîne, un cadenas ou une grille soit scié, soit sans que des actes pénalement répréhensibles soient commis (art. 144 al. 1 CP). Il faut également retenir que même si les machines et les grillages peuvent être enlevés aisément avec le matériel de levage disponible sur place, ils ne peuvent l'être de cette façon que clandestinement, soit en violation de l'interdiction de détournement de choses frappées par un droit de gage (art. 145 CP) et clairement signalées comme telles par des panneaux, dont l'effet de publicité, contrairement à ce que soutient la recourante, n'était nullement trompeur pour les tiers (cf. consid. 4.1 ci-dessus). La cour cantonale a donc correctement retenu que l'aménagement litigieux était de nature à priver X._ SA de la possession exclusive sur les machines nanties.
Les clés des cadenas étant en principe détenues exclusivement par la créancière gagiste et celles des locaux exclusivement par la constituante des gages, celle-ci était à même, théoriquement, d'empêcher celle-là d'accéder aux espaces grillagés. Une telle éventualité, selon la cour cantonale, était cependant peu probable compte tenu de la dualité de fonctions de Y._. La recourante ne le conteste pas et admet d'ailleurs expressément (p. 27, ch. 129 de son mémoire) que "en réalité c'était Monsieur Y._ qui avait la possession de toutes les clés, des locaux et des cadenas, avec la possibilité matérielle de faire usage des unes et des autres, dans sa fonction d'organe de X._ SA et de Y._ Holding BV indifféremment ". Cela étant, c'est à raison que la cour cantonale a retenu que la constituante des gages et la créancière gagiste ne pouvaient exercer qu'ensemble la maîtrise de fait sur les choses nanties, de telle sorte qu'elles détenaient la possession en main commune sur ces objets.
Quant à la dualité de fonctions de Y._, la recourante se borne pour l'essentiel à évoquer le précédent de 2005 et à affirmer que l'intéressé pourrait à nouveau agir de manière similaire. Or, il est constant que Y._ n'aurait pas pu, compte tenu des intérêts et enjeux en présence, vouloir exercer la maîtrise sur les machines dans l'intérêt de X._ SA, et qu'il ne l'avait d'ailleurs pas fait. Il ne pouvait pas, en effet, en sa qualité d'ayant droit économique de ladite société, méconnaître le fait - au demeurant notoire - que celle-ci se trouvait en proie à d'importantes difficultés financières et qu'une action en sa faveur aurait constitué un risque de perdre les investissements octroyés par la créancière gagiste (cf. consid. 4.3 ci-dessus). La cour cantonale a dès lors exclu à juste titre une possibilité de confusion des intérêts propres du prénommé avec ceux de X._ SA dans les circonstances données. Cela étant, c'est en conformité avec les principes rappelés plus haut (consid. 5.1) que la cour cantonale a retenu que la dualité de fonctions de l'intéressé n'avait pas été à même d'empêcher que les nantissements litigieux fussent valablement constitués.
5.3 Le grief de violation du droit fédéral en matière de nantissement (art. 884 al. 3 CC) est donc mal fondé. Partant, c'est à bon droit que la cour cantonale a ordonné la rectification de l'état de collocation en ce sens que la créance de 1'622'670 fr. soit inscrite en qualité de créance garantie par gages conformément à l'art. 219 al. 1 LP.
6. Le recours doit par conséquent être rejeté, aux frais de son auteur.
Le dépôt d'une réponse n'ayant pas été requis, il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 13 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Fellay