Erwägungen:
1. X._ focht den Einspracheentscheid des kantonalen Steueramts Zürich betreffend Ermessenseinschätzung zur Staats- und Gemeindesteuer 2005 bei der Steuerrekurskommission des Kantons Zürich an. Der Einzelrichter der Steuerrekurskommission II trat am 27. März 2009 auf den Rekurs mangels Leistung der Prozesskostenkaution von Fr. 800.-- nicht ein. Die gegen diesen Nichteintretensentscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. September 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 28. November 2009 beantragt X._ dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sowie alle damit in kausalem Zusammenhang stehenden Verfahren seien aufzuheben und das Verfahren sei an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen mit der positiven Anweisung, ihn für alle seine ihm unnütz verursachten kantonalen Kosten und Umtriebe zu entschädigen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 42 BGG haben Rechtsschriften insbesondere die Begründung und deren Begehren zu enthalten (Abs. 1); in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze (Abs. 2). Es muss sich dabei um schweizerisches Recht im Sinne von Art. 95 BGG handeln (namentlich Bundesrecht einschliesslich Bundesverfassungsrecht, Völkerrecht und kantonale verfassungsmässige Rechte); beruht der angefochtene Entscheid, wie vorliegend, auf kantonalem Verfahrensrecht, kann daher im Wesentlichen bloss gerügt werden, dass dessen Anwendung die Verletzung verfassungsmässiger Rechte bewirke; die entsprechende Rüge bedarf spezieller Geltendmachung und Begründung (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Das Verwaltungsgericht hat sich darauf beschränkt zu prüfen, ob die Beurteilung der Eintretensfrage durch die Steuerrekurskommission an beschwerdefähigen Rechtsmängeln leide; es hielt dafür, ein weiter gehender, materiellrechtlicher Entscheid - namentlich über die Einschätzung - sei ihm bei Anfechtung eines blossen Nichteintretensentscheids verwehrt. Der Beschwerdeführer rügt diesbezüglich die Verletzung von Art. 29 Abs. 2 und 30 BV sowie von Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Inwiefern sich aus diesen Grundrechtsnormen etwas ableiten liesse, das gegen die vom Verwaltungsgericht geübte, letztlich auf der Hand liegende Beschränkung des Prozessthemas sprechen würde, tut der Beschwerdeführer nicht dar. Ebenso wenig sind die Ausführungen des Beschwerdeführers geeignet, auch nur im Ansatz aufzuzeigen, inwiefern die von ihm angerufenen Rechtssätze der Auferlegung einer Kautionspflicht entgegenstehen könnten. Dasselbe gilt für die Behauptung, bei der gegebenen Prozesslage wäre eine öffentliche mündliche Verhandlung geboten gewesen.
Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende, den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG genügende Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), sodass darauf im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Dezember 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller