Faits:
A. Par jugement du 20 juillet 2007, le Tribunal criminel de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a notamment condamné X._, pour infraction grave à la LStup, à la peine privative de liberté de treize ans, sous déduction de la détention préventive.
Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants.
A.a X._ est né le 11 avril 1969 à Ferizaj, au Kosovo. Il y a effectué 10 ans de scolarité et deux années de formation technique, en section moteur et mécanique. Par la suite, il a occupé divers emplois au Kosovo, avant de venir en Suisse en 1992 et d'épouser Y._, avec laquelle il a eu une fille en 1998. Il a alors travaillé dans la région d'Yverdon-les-Bains comme ouvrier. Depuis octobre 1998 jusqu'à son arrestation, en décembre 1999, il a bénéficié d'allocations de chômage et occupé quelques emplois temporaires.
En février 2001, après plus de quatre cents jours de détention préventive, X._ s'est évadé et a fui jusqu'à Ferizaj. Après son divorce prononcé par défaut, X._ s'est remarié en 2005, ce qui lui a permis de s'installer en Allemagne, où il a été arrêté le 17 juin 2006.
A.b Au début du mois de décembre 1999, X._ a notamment été l'organisateur de l'importation, depuis la Tchéquie, de 3,5 kg d'héroïne, d'une pureté de 26,3 %, soit 920,5 g de drogue pure. La réception de ces stupéfiants en Suisse a été orchestrée par X._ et Z._, ce dernier étant le principal interlocuteur du fournisseur tchèque, surnommé A._. Conformément aux directives du fournisseur, Z._ a remis 67'000 fr. à X._, qui les a remis à B._, ressortissant tchèque venu spécialement pour l'occasion en Suisse.
A.c Le 8 décembre 1999, X._ et Z._ ont vendu une quantité de drogue indéterminée à un inconnu, à Lausanne. Le lendemain, ce dernier a commandé une quantité importante de stupéfiants aux deux comparses, mais X._, agacé par le retard du client, a reporté la transaction à plus tard.
A.d Une fois de retour à Ferizaj, X._ s'est livré à un important trafic international d'héroïne, son rôle consistant à exporter de la drogue en Suisse. Ainsi, il s'est trouvé en contact direct avec des grossistes kosovars et a organisé, en concours avec les frères C._, l'exportation en Suisse de 11 kg d'héroïne à 35 % de pureté. Il a également conditionné avec A.C._ 15 kg d'héroïne à 35 % de pureté, qui ont été exportés en Suisse. Il avait encore prévu l'exportation, toujours avec les frères C._, de 14 kg d'héroïne à 1 % de pureté, dont seulement 5,5 kg ont été effectivement livrés sur le territoire helvétique. Enfin, il a, dans des circonstances indéterminées, organisé l'exportation en Suisse de 4,981 kg d'héroïne à 27,6 % de pureté.
B. Par arrêt du 14 novembre 2007, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de X._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, une violation du principe de la présomption d'innocence, de son droit d'être entendu et de l'art. 47 CP, il conclut à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté inférieure à huit ans. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Considérant en droit:
1. Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels. Il ne peut critiquer les constatations de fait qu'au motif que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Il doit être motivé conformément à l'art. 42 al. 2 LTF, qui exige que le recourant indique en quoi la décision attaquée viole le droit. Les griefs mentionnés à l'art. 106 al. 2 LTF, en particulier celui pris d'une violation des droits à fondamentaux, sont toutefois soumis à des exigences de motivation accrues, qui correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
2. Invoquant l'arbitraire et une violation du principe de la présomption d'innocence, le recourant reproche à la Cour de cassation d'avoir tenu pour établis des éléments tirés de l'acte d'accusation, alors que les premiers juges s'en étaient écartés.
2.1 Tel qu'il est formulé, le grief de violation du principe in dubio pro reo n'a pas de portée propre par rapport au grief d'arbitraire. Il n'est d'ailleurs pas étayé par une motivation distincte.
Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211).
2.2 Selon le considérant 4 de la partie en fait de l'arrêt attaqué, le recourant s'est livré à un important trafic international d'héroïne, depuis Ferizaj. Son rôle a consisté à organiser l'exportation, soit acheter de l'héroïne, en négocier le prix, superviser le conditionnement et le chargement du véhicule à destination de la Suisse, indiquer à qui l'héroïne devait être livrée en Suisse et s'occuper de l'encaissement du prix de vente.
Ce faisant, l'autorité de recours a reproduit quasiment tel quel un passage de l'arrêt du Tribunal d'accusation du 30 mars 2007 (cf. jugement du Tribunal criminel p. 31), sans toutefois préciser que les juges de première instance s'en étaient sensiblement écartés (cf. jugement du Tribunal criminel p. 34 ss et plus particulièrement p. 42). En effet, ceux-ci ont précisé la date des infractions commises et finalement abandonné l'accusation faite par B.C._ selon laquelle le recourant devait lui indiquer à qui livrer l'héroïne en Suisse et devait également en encaisser le prix. Reste que la Cour de cassation a, toujours dans le même considérant, précisé les quantités faisant l'objet du trafic et le rôle précis de l'intéressé, à savoir qu'il se trouvait en contact avec les grossistes kosovars et avait ainsi organisé, en concours avec les frères C._, l'exportation de la drogue en Suisse. De plus, elle s'est également référée à l'état de fait du jugement de première instance dans son intégralité, lequel comprend aussi bien les faits décrits dans l'acte d'accusation que la version du recourant et les constatations finalement retenues par les premiers juges, qui font dès lors partie intégrante de l'arrêt attaqué. Enfin, le recourant ne démontre pas, conformément aux exigences légales (cf. supra consid. 1), en quoi les constatations relevées ci-dessus auraient eu une incidence négative sur le jugement et plus précisément sur la peine infligée, étant précisé à ce sujet que l'autorité cantonale a uniquement examiné les éléments retenus à charge et à décharge par les premiers juges, sans les compléter d'aucune manière. Dès lors, la critique est infondée.
3. Le recourant se plaint du refus des autorités de procéder à la traduction d'éléments essentiels du dossier.
3.1 Les art. 29 al. 2 Cst. et 6 par. 3 let. e CEDH garantissent à l'accusé le droit d'obtenir gratuitement la traduction de toutes les pièces et déclarations qu'il lui faut comprendre pour assurer efficacement sa défense et bénéficier d'un procès équitable. L'étendue de l'assistance qu'il convient d'accorder à un accusé dont la langue maternelle n'est pas celle de la procédure doit être appréciée non pas de manière abstraite, mais en fonction des besoins effectifs de l'accusé et des circonstances concrètes du cas (ATF 118 Ia 462 consid. 2a p. 464 s.; arrêt 1P.706/1999 du 29 mars 2000 consid. 3; arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme Kamasinski c. Autriche, du 19 décembre 1989, Série A, vol. 168, par. 74).
3.2 Le recourant estime que les traductions effectuées étaient insuffisantes pour qu'il pût se défendre efficacement.
Selon les faits retenus, l'intéressé a bénéficié, devant les autorités lucernoises, de la présence d'un interprète albanais et était assisté d'un avocat de langue allemande, qui avait la faculté de lui donner toute explication utile sur l'avancement de la procédure et les pièces versées au dossier. De plus, l'acte d'accusation relatif au volet lucernois du dossier a été rédigé en français, langue que connaît l'intéressé, de sorte qu'il a été avisé par écrit des faits et qualifications juridiques qui lui étaient reprochés. En outre, compte tenu des dates de la notification de l'acte d'accusation et de l'ouverture des débats, il a eu le temps de préparer sa défense. Par ailleurs, devant les autorités vaudoises, le recourant était assisté d'un avocat francophone, qui a concédé connaître l'allemand. Enfin, lors des débats, il a bénéficié de la présence de deux interprètes franco-albanais et franco-allemand, qui ont procédé à toutes les traductions sollicitées par l'intéressé. Dans ces conditions, le grief invoqué est manifestement mal fondé.
3.3 Selon le recourant, les traductions étaient insuffisantes pour que les membres du Tribunal puissent correctement maîtriser le dossier.
3.3.1 La question de savoir si le recourant peut fonder cette prétention sur les dispositions précitées peut rester ouverte (cf. arrêt 1P.706/1999 du 29 mars 2000 consid. 3a), la critique étant de toute manière irrecevable.
3.3.2 Ainsi que le rappelle la Cour de cassation, l'instruction en procédure vaudoise doit en principe se faire aux débats, de sorte qu'il incombait au recourant de faire traduire d'autres pièces à l'audience s'il souhaitait que les juges en aient connaissance. Or, ce dernier n'a pas soutenu avoir été empêché de faire traduire d'autres documents, ni expliqué en quoi des traductions supplémentaires auraient été importantes pour que les juges puissent statuer en connaissance de cause.
Le recourant ne critique pas cette motivation. Il ne conteste pas, à juste titre, que son droit d'obtenir des traductions, tel qu'il découle des art. 29 al. 2 Cst. et 6 § 3 let. e CEDH, puisse être subordonné au respect de conditions de forme fixées par le droit cantonal de procédure (cf. ATF 118 Ia 462, consid. 2b p. 465). Il ne démontre pas non plus, de manière convaincante, que les premiers juges se seraient fondés sur des pièces du dossier qu'ils n'auraient pas comprises. En effet, l'élément linguistique qu'il invoque, à savoir l'utilisation du pronom "nous" par B.C._ retenue par les autorités pour démontrer l'existence d'un partenariat entre ce dernier et le recourant n'est pas pertinent, puisque cette relation entre les deux hommes a été admise sur la base de plusieurs indices rappelés au consid. 4.3.1 de l'arrêt entrepris. Le recours est donc irrecevable sur ce point.
4. Invoquant une violation de l'art. 47 CP, le recourant se plaint de la peine infligée.
4.1 L'infraction réprimée par l'art. 19 ch. 2 LStup est passible d'une peine privative de liberté d'un an au moins, susceptible d'être cumulée avec une amende (art. 19 ch. 1 dernier alinéa LStup; art. 19 ch. 1 dernier alinéa aLStup), son maximum étant de 20 ans (art. 40 CP; art. 35 aCP).
En ce qui concerne la fixation de la peine, l'art. 47 CP correspond à l'art. 63 aCP et à la jurisprudence y relative. Le principe demeure que la peine doit être fixée d'après la culpabilité de l'auteur et celle-ci doit être appréciée en fonction d'une série de critères, énumérés, de manière non limitative, à l'art. 47 al. 2 CP et dont la jurisprudence rendue en application de l'art. 63 aCP exigeait déjà qu'ils soient pris en compte (ATF 134 IV 17 consid. 2.1 p. 19). Cette jurisprudence conserve ainsi sa valeur, de sorte qu'on peut s'y référer (cf. ATF 129 IV 6 consid. 6.1 p. 21).
En matière d'infractions à la LStup, la quantité de drogue sur laquelle a porté le trafic, comme le degré de pureté de celle-ci, n'a pas une importance prépondérante pour la fixation de la peine. Il s'agit d'un élément pertinent pour apprécier la gravité de la faute, mais qui doit être apprécié conjointement avec les autres facteurs. Par ailleurs, la quantité de drogue en jeu est d'autant moins déterminante que l'on s'éloigne de la limite à partir de laquelle le cas doit être considéré comme grave au sens de l'art. 19 ch. 2 let. a LStup (ATF 122 IV 299 consid. 2c p. 301; 121 IV 193 consid. 2b/aa p. 196).
4.2 Le recourant reproche aux autorités cantonales de ne pas avoir tenu compte de l'effet de la peine sur son avenir, alors qu'il a mis spontanément fin à son activité délictueuse et mené une vie honnête jusqu'à son arrestation en 2006, soit durant plus de quatre ans.
4.2.1 L'art. 47 CP prévoit comme critère l'effet de la peine sur l'avenir du condamné. Il ne s'agit pas d'un élément nouveau mais de la codification de la jurisprudence rendue sous l'art. 63 aCP, selon laquelle le juge doit éviter les sanctions qui pourraient détourner l'intéressé de l'évolution souhaitable (ATF 128 IV 73 consid. 4 p. 79). Cet aspect de prévention spéciale ne permet toutefois que des corrections marginales, la peine devant toujours rester proportionnée à la faute (arrêt 6B_14/2007 du Tribunal fédéral du 17 avril 2007 et les références citées).
4.2.2 Même si les autorités cantonales n'ont pas expressément indiqué qu'elles tenaient compte de l'effet de l'exécution de la peine sur l'avenir du recourant, elles ont mentionné que celui-ci avait définitivement tourné le dos à toute activité illicite depuis plus de cinq ans et qu'il s'efforçait de se construire une nouvelle vie, ces éléments ayant été retenus à décharge. Elles ont toutefois considéré que ces éléments favorables ne suffisaient pas pour prononcer une peine plus clémente au vu de l'importance des quantités de drogue mises en circulation en Suisse et le fait que l'intéressé avait déployé son activité à un niveau très élevé dans un trafic international de stupéfiants. Cette appréciation échappe à toute critique (cf. infra consid. 4.6).
4.3 Le recourant reproche aux premiers juges d'avoir accordé trop de poids à la quantité de drogue trafiquée et de lui avoir infligé une peine sans rapport avec l'intensité, la persistance et la durée de ses actes.
Cette critique est vaine. En effet, les juges ont mentionné, à charge, l'importance des quantités de drogue importées en Suisse et le rôle tenu par l'intéressé dans le trafic de 1999 et celui de 2002, étant précisé pour le surplus qu'ils n'étaient pas tenus d'exprimer, en chiffres ou en pourcentages, l'importance accordée à ces éléments. Pour le reste, savoir le poids qu'il fallait leur accorder est une pure question d'appréciation (cf. infra consid. 4.6).
4.4 S'agissant des actes commis en 2002, le recourant explique avoir agi exclusivement au Kosovo, pays dans lequel le trafic de drogue est extrêmement peu stigmatisé moralement et la pression locale intense compte tenu de la structure mafieuse de la société, de sorte que le "saut dans la délinquance" y serait plus facile qu'en Suisse.
Selon les faits retenus, le recourant est venu en Suisse en 1991 en qualité de touriste avant de s'y établir en 1992. Il s'y est marié, est devenu père d'un enfant et a travaillé régulièrement pendant près de sept ans. Le 10 décembre 1999, il a été arrêté parce qu'il s'était livré à un trafic de stupéfiants. Après quatre cent vingt-six jours de détention préventive, en février 2001, il s'est évadé avant de fuir jusqu'à Ferizaj. En 2002, alors qu'il faisait déjà l'objet d'une poursuite pénale pour infraction à la LStup, il a derechef participé à un trafic de stupéfiants, consistant à exporter en Suisse depuis son pays d'origine de grosses quantités d'héroïne. Au vu de ces circonstances et plus particulièrement du fait que l'intéressé a commencé ses activités illicites déjà lorsqu'il était établi en Suisse et que le nouveau trafic de stupéfiants auquel il participait aboutissait dans ce pays, on ne saurait admettre qu'il ne pouvait que difficilement éviter l'infraction compte tenu de la situation au Kosovo. Le grief est donc vain.
4.5 Invoquant le principe de l'égalité de traitement, le recourant estime que sa peine est trop sévère par rapport à celles infligées à B.C._, D._ et E._, dans le canton de Lucerne.
Selon les constatations cantonales qui ne sont pas contestées par le recourant, les circonstances de même que les rôles joués par les divers protagonistes jugés dans le canton de Lucerne sont différents. Les comparaisons effectuées par l'intéressé sont par conséquent sans pertinence.
4.6 La peine a été fixée dans le cadre légal, en suivant les critères posés par l'art. 47 CP et sans se laisser guider par des considérations étrangères à cette disposition. Il reste à examiner si elle est exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation.
La Cour cantonale, reprenant la motivation des premiers juges, a mentionné, à décharge, le casier judiciaire vierge du recourant, une légère diminution de responsabilité en raison de sa consommation de cocaïne pour les infractions commises en 1999, ses aveux partiels, sa situation matérielle précaire au moment des faits, son comportement irréprochable en prison et les effets de la détention sur la relation avec ses deux filles. Elle l'a également mis au bénéfice de l'atténuation prévue à l'art. 22 al. 1 CP pour les 5,5 kg d'héroïne avec un taux de pureté de 1 %. Elle a enfin tenu compte du fait qu'il a définitivement tourné le dos à toute activité illicite depuis plus de cinq ans et qu'il s'efforçait de se construire une nouvelle vie, en toute honnêteté en Allemagne.
La Cour de cassation a relevé, à charge, l'importance des quantités d'héroïne mises en circulation en Suisse (cf. supra consid. A). De plus, le recourant a déployé son activité à un niveau très élevé dans le trafic de stupéfiants, de surcroît international. Sa position en 1999 a été celle d'un partenaire de Z._, se situant ainsi déjà à ce moment-là dans les échelons supérieurs des trafiquants. En 2002, quand bien même il faisait déjà l'objet d'une poursuite pénale pour infractions à la LStup, il a à nouveau participé à un trafic d'héroïne, à plus grande échelle encore, en ayant des contacts directs avec des grossistes considérés comme proches des "barons de la drogue".
Au regard des éléments précités, la peine privative de liberté de treize ans n'est pas sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la Cour cantonale.
5. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant devra donc supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois arrêté en tenant compte de sa situation financière.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 20 mai 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani