Sachverhalt:
A. Am 23. Juli 2007 bewilligte der Gemeinderat Wohlen ein Baugesuch der C._ AG für eine Arealüberbauung auf der Parzelle Nr. 607 in Wohlen, bestehend aus zwei Wohn- und Geschäftshäusern mit 30 Wohnungen, zwei Verkaufsgeschäften, zwei Büros, einer Tiefgarage mit 66 Abstellplätzen sowie zehn oberirdischen Parkplätzen. Gleichzeitig wies er eine von A._ sowie B._ gegen das Bauvorhaben erhobene Einsprache ab, soweit er ihr nicht durch Bedingungen und Auflagen entsprach. Die Einwohnergemeinde Wohlen als Eigentümerin der Parzelle Nr. 607 verkaufte die Liegenschaft der C._ AG unter der Bedingung, dass die Baubewilligung in Rechtskraft erwächst.
B. Der Regierungsrat des Kantons Aargau hiess eine von A._ sowie B._ gegen den Beschluss des Gemeinderats erhobene Beschwerde am 2. April 2008 gut und hob den Beschluss auf, weil das Projekt die Voraussetzung der guten Einordnung ins Orts- und Quartierbild nicht erfülle und den bestehenden baulichen Gesamtcharakter nicht wahre.
C. Gegen den Entscheid des Regierungsrats gelangten die Einwohnergemeinde Wohlen sowie die C._ AG mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Mit Urteil vom 16. Juni 2009 hob das Verwaltungsgericht den Entscheid des Regierungsrats auf und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat zurück. Das Verwaltungsgericht war der Ansicht, der Gemeinderat habe die kommunalen und kantonalen Bestimmungen, welche eine gute Einordnung des Projekts ins Orts- und Quartierbild sowie die Wahrung des bestehenden baulichen Gesamtcharakters verlangen, korrekt angewendet. Die Rückweisung der Sache an den Regierungsrat begründete es damit, dass der Regierungsrat sich zu den übrigen Streitpunkten wie Grenzabstand, Mehrlängenzuschlag, Schattenwurf, Aufhebung der bestehenden Parkplätze, Neubau von Parkplätzen und Veloabstellplätzen sowie ökologischen Ausgleichsflächen nicht geäussert habe.
D. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts haben A._ und B._ am 7. September 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts und die Baubewilligung des Gemeinderats seien aufzuheben. Eventualiter sei das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Die Vorinstanz beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
F. Mit Stellungnahme vom 14. Dezember 2009 halten die Beschwerdeführer an ihrer Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit die Aufhebung der Baubewilligung des Gemeinderats Wohlen beantragt wird, weil diese durch die Entscheide der übergeordneten Instanzen ersetzt wird (Devolutiveffekt) und im Falle einer Beschwerde ans Bundesgericht gegen den letztinstanzlichen kantonalen Entscheid als inhaltlich mitangefochten gilt (BGE 134 II 142 E. 1.4 mit Hinweis).
2. Da die Vorinstanz die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat zurückgewiesen hat, liegt ein Zwischenentscheid vor, der nicht im Sinne von Art. 92 BGG die Zuständigkeit oder den Ausstand betrifft und somit nur unter den Voraussetzungen des Art. 93 Abs. 1 BGG selbstständig anfechtbar ist (BGE 134 II 137 E. 1.3.2; 133 V 477 E. 4.2). Voraussetzung für die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden ist gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zunächst, dass sie selbstständig eröffnet worden sind, was hier zutrifft. Erforderlich ist sodann alternativ, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
3. Die Beschwerdeführer machen zunächst geltend, der selbstständig eröffnete Zwischenentscheid der Vorinstanz bewirke für sie nicht wieder gutzumachende prozessuale und kostenmässige Nachteile und sei deshalb gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG anfechtbar.
3.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid in Anwendung von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zulässig, wenn er einen Nachteil bewirken könnte, der auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid (sei es im kantonalen Verfahren, sei es in einem anschliessenden Verfahren vor Bundesgericht) nicht mehr behoben werden könnte. Die blosse Verzögerung oder Verteuerung des Verfahrens genügt generell nicht, um einen sofortigen Entscheid des Bundesgerichts zu erwirken (BGE 135 II 30 E. 1.3.4). Insbesondere bewirkt die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zu neuer Entscheidung in der Regel keinen im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht wieder gutzumachenden Nachteil (BGE 133 V 477 E. 5.2.1 f.; 133 V 645 E. 2.1).
3.2 Vorliegend stünde den Beschwerdeführern die Möglichkeit offen, einen für sie ungünstigen Entscheid des Regierungsrats erneut anzufechten. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass die Vorinstanz sich im angefochtenen Zwischenentscheid zu einzelnen Streitpunkten bereits geäussert hat. Der angefochtene Zwischenentscheid bewirkt keinen Nachteil für die Beschwerdeführer, der durch einen für sie günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte. Insbesondere handelt es sich beim von den Beschwerdeführern für den Fall der Anfechtung eines für sie ungünstigen Entscheids des Regierungsrats namhaft gemachten Kostenrisiko nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht um einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG.
4. Die Beschwerdeführer berufen sich sodann auf Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG. Sie bringen vor, mit einer Gutheissung ihrer Beschwerde durch das Bundesgericht könnte ein erheblicher Prozessaufwand erspart werden, weil die weiteren umstrittenen Punkte nicht mehr beurteilt werden müssten.
Zwar würde mit der Gutheissung der Beschwerde durch das Bundesgericht im Ergebnis die regierungsrätliche Aufhebung der Baubewilligung bestätigt und somit sofort ein Endentscheid herbeigeführt. Es ist aber zu berücksichtigen, dass der Regierungsrat - wie die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung festhält und aus den Akten ersichtlich ist - ein umfangreiches Instruktions- bzw. Beweisverfahren bereits durchgeführt hat, und zwar auch hinsichtlich der von ihm noch nicht gewürdigten umstrittenen Punkten. So holte er von der kantonalen Abteilung für Baubewilligungen sowie vom Gemeinderat Wohlen umfangreiche kantonale und kommunale Vorakten ein. Im Verfahren vor dem Regierungsrat nahmen neben den Parteien auch die kantonalen Abteilungen für Baubewilligungen sowie für Verkehr Stellung zum Bauprojekt und ausserdem wurde ein Augenschein durchgeführt, an welchem sich die Verfahrensbeteiligten zu den umstrittenen Punkten geäussert haben (vgl. Protokoll der Augenscheinverhandlung vom 11. Dezember 2007). Inwiefern unter diesen Umständen mit einer Gutheissung der Beschwerde durch das Bundesgericht ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart würde, wird von den Beschwerdeführern nicht dargetan und ist nicht ersichtlich. Damit ist der vorinstanzliche Entscheid auch nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG nicht mit öffentlich-rechtlicher Beschwerde ans Bundesgericht anfechtbar.
5. Da es vorliegend nach dem Gesagten an einem anfechtbaren Entscheid gemäss Art. 90 ff. BGG fehlt, kann die Frage der Beschwerdelegitimation offen bleiben und erübrigt es sich, die weiteren Anträge zu behandeln.
6. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführer haben der Beschwerdegegnerin 1 für das Verfahren vor Bundesgericht eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Einwohnergemeinde Wohlen (Beschwerdegegnerin 2) obsiegt nicht in ihrem amtlichen Wirkungskreis, sondern ist als (mögliche) Verkäuferin der Bauparzelle Nr. 607 ähnlich wie ein privater Grundeigentümer in ihren eigenen Interessen betroffen. Damit steht auch ihr eine angemessene Parteientschädigung für das Verfahren vor Bundesgericht zu, welche von den Beschwerdeführern zu bezahlen ist (Art. 68 Abs. 2 und 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben der C._ AG sowie der Einwohnergemeinde Wohlen AG für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit eine Parteientschädigung von je Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Mattle