Faits:
A. Par jugement du 27 avril 2012, le Tribunal pénal du Tribunal de première instance de la République et canton du Jura a déclaré A.X._ coupable de viols, commis à deux reprises au moins entre l'automne 2007 et le 18 janvier 2011, contraintes sexuelles, commises à réitérées reprises dès l'automne 2007 jusqu'au 18 janvier 2011, actes d'ordre sexuel avec des enfants, commis à réitérées reprises dès l'automne 2007 jusqu'au 29 août 2009, incestes, commis à deux reprises au moins entre l'automne 2007 et le 18 janvier 2011, lésions corporelles simples, commises dans la nuit du 17 au 18 janvier 2011 et voies de fait, commises à réitérées reprises en un temps non prescrit, soit du 27 avril 2009 au 16 janvier 2011, toutes ces infractions étant perpétrées au préjudice de sa fille B.X._, née le 30 août 1993. Le Tribunal pénal a condamné A.X._ à une peine privative de liberté de sept ans, sous déduction de la détention subie avant jugement, ainsi qu'à une amende de 2'000 francs. Il l'a également condamné à payer à B.X._ une somme de 20'000 francs, plus intérêts à 5% dès le 18 janvier 2011, à titre d'indemnité pour tort moral, le tout sous suite de frais et dépens.
B. Saisie d'un appel du condamné, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a confirmé la décision attaquée par jugement du 28 août 2012. Elle s'est fondée sur les principaux éléments de fait suivants.
B.a Dès l'arrivée de sa fille B.X._ en Suisse à l'automne 2007, A.X._ lui a donné des gifles, des coups de pied et des coups de poing à plusieurs reprises. Il lui a également touché le vagin ou les fesses avec son pénis et l'a forcée à lui faire des fellations. Il a également pénétré vaginalement sa fille à au moins deux reprises, la première fois avant qu'elle ait seize ans.
B.b Durant la nuit du 17 au 18 janvier 2011, B.X._ est sortie de l'appartement familial. Lorsqu'elle est rentrée, son père, qui avait remarqué son absence, l'a questionnée sur son emploi du temps. B.X._ restant sans réponse, A.X._ l'a frappée durement pendant plusieurs minutes avec les mains et les pieds, provoquant de nombreux hématomes et contusions sur les membres supérieurs, au visage, en particulier au nez, à la lèvre, sur la joue droite, sur l'arcade sourcilière droite ainsi qu'aux tympans, provoquant également des douleurs au niveau de l'arrière de la tête et de la nuque. Son père lui a ensuite dit d'aller se coucher. Il l'a rejointe et l'a pénétrée analement. Il est parti travailler vers 5 heures ou 5 heures trente.
B.c Le 18 janvier 2011 au matin, B.X._ a envoyé un message à une amie pour lui dire ce qui venait de se passer. Elle en a également parlé au directeur de son école puis, accompagnée de deux membres des Services sociaux régionaux de Porrentruy, elle s'est rendue à la police afin de déposer plainte contre son père. Elle a fait l'objet d'une audition qui s'est déroulée de manière conforme aux exigences LAVI.
C. A.X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à l'annulation du jugement du 28 août 2012 et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale et, subsidiairement, à l'annulation du jugement du 31 mai 2011 (recte: 28 août 2012) de la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien dans la mesure où il a été reconnu coupable de contrainte sexuelle, d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, de voies de fait et a été condamné à une peine privative de liberté de sept ans, à une amende de 2'000 francs et à payer une somme de 20'000 francs à titre d'indemnité pour tort moral.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant soutient être l'objet d'un coup monté par sa fille qui entend se soustraire à son autorité parentale, respectivement aux m?urs et conceptions de leur pays d'origine, la Turquie, et ainsi obtenir sa liberté pleine et entière. Il indique que, même s'il ne reconnaît pas les faits qui lui sont reprochés, il ne conteste plus devant le Tribunal fédéral les infractions de viol et inceste commises à deux reprises entre l'automne 2007 et le 18 janvier 2011, vu les preuves scientifiques retenues par l'autorité cantonale, à savoir en particulier des traces ADN du recourant relevées sur les parties intimes de l'intimée ainsi que de traces ADN de l'intimée trouvées sur un slip du recourant. Il indique également ne pas contester les lésions corporelles simples commises dans la nuit du 17 au 18 janvier 2011.
Il conteste en revanche les infractions de contrainte sexuelle, d'actes d'ordre sexuel avec des enfants et de voies de fait commises à réitérées reprises entre l'automne 2007, respectivement le 27 avril 2009, et le 18 janvier 2011. Il fait valoir qu'en l'absence de preuves matérielles, sa condamnation repose uniquement sur les déclarations de sa fille qui ont été jugées crédibles alors qu'elles ont varié et sont contradictoires. Il invoque la violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits (art. 9 Cst.) et du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst., art. 10 CPP et art. 6 par. 2 CEDH).
1.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF). Il n'en va différemment que si les faits ont été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; sur la notion d'arbitraire, voir ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; 138 V 74 consid. 7 p. 82). Le Tribunal fédéral n'est en effet pas une autorité d'appel. Il n'a pas à procéder à nouveau librement à l'appréciation des preuves ou à la constatation des faits comme le fait l'autorité de première instance (arrêts 6B_118/2009 et 6B_12/2011 du 20 décembre 2011 consid. 7.2.1, non publié in ATF 138 I 97). S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560). Au stade de l'appréciation des preuves, le grief d'arbitraire se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (ATF 138 V 74 consid. 7 p. 82; ATF 124 IV 86 consid. 2a p. 88).
Lorsque l'autorité cantonale a forgé sa conviction sur la base d'un ensemble d'éléments ou d'indices convergents, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant. L'appréciation des preuves doit être examinée dans son ensemble. Il n'y a pas d'arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments ou indices. De même, il n'y a pas d'arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs sont fragiles, si la solution retenue peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction (arrêt 6B_689/2011 du 1er mars 2012 consid. 1.1; 6B_992/2008 du 5 mars 2009 consid. 1.2).
Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (ATF 134 I 83 consid. 3.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 5; 137 II 353 c. 5.1 p. 365).
1.2 La cour cantonale a considéré que les explications fournies par l'intimée quant aux agissements de son père étaient constantes et les faits essentiels dénoncés apparaissaient de façon répétitive. Il subsistait un doute quant au fait que l'intimée aurait été fiancée contre son gré durant les vacances de Noël 2010 en Turquie, comme elle l'avait prétendu. Il ne s'agissait toutefois que d'un détail périphérique qui n'était pas suffisant pour remettre en cause la crédibilité de ses déclarations. L'intimée ne cherchait pas à accuser son père avec acharnement, racontant par exemple qu'il l'avait pénétrée la première fois "sans faire exprès", et elle avait indiqué qu'elle attendait simplement de la procédure de ne pas rentrer à la maison car elle avait peur. Les déclarations de l'intimée comportaient des détails qu'il était difficile d'imaginer s'ils n'avaient pas été réellement vécus. Elle avait ainsi expliqué qu'après chaque attouchement, son père pleurait et jurait qu'il ne recommencerait plus ou que les faits se produisaient à chaque fois que son père pensait avoir fait quelque chose de bien pour elle, comme lui acheter un téléphone portable. L'intimée n'avait pas de motif de vengeance et il n'existait aucune raison permettant de penser à une dénonciation calomnieuse, même si l'intimée cherchait à disposer de plus de liberté que son père lui en accordait. Après le dépôt de sa plainte, elle avait d'ailleurs été placée dans une institution où la vie était réglementée de manière plus stricte que chez elle, ce qui ne l'avait pas empêchée de respecter notamment les heures de rentrée. En dénonçant son propre père, elle prenait en outre le risque de perdre tout contact avec sa famille et de se retrouver seule, sa mère étant restée en Turquie, et elle s'était d'ailleurs effectivement retrouvée complétement isolée après sa dénonciation. L'absence durable de dévoilement s'expliquait par ailleurs par le sentiment de honte qu'elle éprouvait et sa peur de ne pas être crue. Son curateur avait déclaré qu'il n'avait pas l'impression qu'elle mentait. Ses cousines avaient en revanche indiqué ne pas croire ses déclarations, mais elles n'apparaissaient pas neutres et leur sentiment personnel devait être apprécié avec retenue au vu de leur lien familial et de leur propension à prendre fait et cause pour le recourant. Le fait qu'aucun des membres de la famille n'avait rien remarqué ou entendu, alors que les actes reprochés au recourant avaient été commis dans l'appartement familial, n'était pas déterminant au vu de la culture familiale et du conflit de loyauté dans lequel ils se trouvaient. Les personnes présentes dans l'appartement durant la nuit du 17 au 18 janvier 2011 avaient d'ailleurs déclaré n'avoir rien entendu alors que l'intimée se faisait violemment frapper dans le salon. Quant au recourant, ses déclarations se révélaient de plus en plus farfelues au fur et à mesure de ses interrogatoires. Il avait ainsi indiqué que sa fille se jetait contre les murs pour expliquer ses lésions corporelles. De plus, selon lui, elle avait dû mettre en ?uvre un plan consistant à frotter ses parties intimes avec le mouchoir qu'il avait utilisé après avoir eu un rapport sexuel avec son épouse dans la nuit du 17 au 18 janvier 2011 pour qu'on y trouve son profil ADN. Pour expliquer pourquoi des traces de son ADN avaient été retrouvées dans son véhicule - dans lequel des traces appartenant à l'intimée avaient également été relevées -, il avait en outre indiqué qu'il s'était arrêté une fois au bord de la route près de Laufon et s'était masturbé après s'être reposé. Il devait dès lors être considéré, en définitive, que les actes dénoncés par l'intimée étaient suffisamment établis.
1.3 Le recourant fait valoir que l'intimée avait menti à différentes occasions, quant au fait qu'elle aurait été fiancée contre son gré en Turquie à l'occasion des vacances de Noël 2010, qu'elle aurait été déflorée par lui, qu'elle aurait été atteinte d'un cancer ou pour pouvoir sortir avec son petit ami ou des copines. Si elle avait pu mentir à ses amis ou aux responsables de son école, elle pouvait également mentir à la justice. Le recourant invoque également que les actes qui lui étaient reprochés n'étaient pas confirmés par le médecin traitant de l'intimée, que l'enseignante de cette dernière en 2007 n'avait jamais rencontré de problème avec elle, que l'intimée n'avait jamais donné l'impression de souffrir ou d'être perturbée et qu'elle ne s'était jamais plainte auprès de ses amis. Rien dans le comportement de l'intimée ne permettait de déceler la commission, par lui, des actes qui lui sont reprochés. Les proches de l'intimée indiquaient en outre ne pas croire ses accusations. Selon les déclarations d'un témoin, elle entretenait des relations sexuelles et amicales avec plusieurs copains et on pouvait se demander si un tel comportement était compatible avec les accusations portées à son encontre. Si ces dernières étaient véridiques, l'intimée n'aurait pas été aussi sereine et n'aurait pu entretenir autant de relations amoureuses. Il peinait par ailleurs à comprendre comment les actes qui lui sont reprochés auraient pu se passer au domicile familial sans que les autres membres de la famille ne remarquent quoi que ce soit, alors qu'ils se trouvaient dans l'appartement la majeure partie du temps.
1.4 L'argumentation du recourant consiste, principalement, à opposer sa propre appréciation des preuves à celle de la cour cantonale. Un tel procédé est appellatoire et, partant, irrecevable.
Au demeurant, la discussion du recourant porte sur plusieurs points périphériques qui, à supposer qu'ils soient établis, ne seraient, en tout état, pas de nature à remettre en cause la crédibilité de l'intimée quant aux actes dénoncés, respectivement, à démontrer que les faits auraient été établis de manière arbitraire. Il en va ainsi par exemple du fait que l'intimée aurait menti en affirmant avoir été fiancée contre son gré en Turquie, qu'elle aurait été atteinte d'un cancer ou qu'elle mentait pour sortir avec des amis. Au surplus, l'appréciation de la cour cantonale relative, notamment, aux raisons pour lesquelles l'intimée n'avait pas parlé des actes qu'elle subissait échappe à toute critique d'arbitraire. Il en va de même de son appréciation relative aux motifs pour lesquels les déclarations des cousines de l'intimée, qui avaient indiqué ne pas croire les accusations de cette dernière, devaient être appréciées avec retenue ou quant aux motifs pour lesquels il n'était pas déterminant que les membres de la famille avaient déclaré n'avoir rien remarqué ou entendu, alors que les actes reprochés au recourant avaient été commis dans l'appartement familial. Le recourant ne critique par ailleurs pas la décision attaquée en tant qu'elle a retenu, comme éléments qui ont contribué à forger la conviction de l'autorité cantonale quant à la crédibilité des déclarations de l'intimée, que celle-ci ne cherchait pas à accuser son père avec acharnement, que ses déclarations comportaient des détails qu'il était difficile d'imaginer s'ils n'avaient pas été réellement vécus, que l'intimée n'avait pas de motif de vengeance, qu'il n'existait aucun motif permettant de penser à une dénonciation calomnieuse, même si l'intimée cherchait à disposer de plus de liberté que son père lui en accordait, ou que les explications du recourant étaient de plus en plus farfelues au fur et à mesure des ses interrogatoires.
En définitive, au vu de l'ensemble des éléments pris en compte par la cour cantonale, celle-ci n'est pas tombée dans l'arbitraire en retenant que les déclarations de l'intimée étaient crédibles et a considéré que les faits qu'elle avait dénoncés étaient suffisamment établis. Le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recourant invoque une violation de l'art. 47 CP.
2.1 Selon l'art. 47 CP, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
2.1.1 La culpabilité de l'auteur doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution (objektive Tatkomponente). Du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur (subjektive Tatkomponente). A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même (Täterkomponente), à savoir les antécédents, la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (ATF 134 IV 17 consid. 2.1 p. 19 s.; 129 IV 6 consid. 6.1 p. 20; arrêt 6B_759/2011 du 19 avril 2012 consid. 1.1).
2.1.2 En vertu de l'art. 49 al. 1 CP, si, en raison d'un ou de plusieurs actes, l'auteur remplit les conditions de plusieurs peines de même genre, le juge le condamne à la peine de l'infraction la plus grave et l'augmente dans une juste proportion. Il ne peut toutefois excéder de plus de la moitié le maximum de la peine prévue pour cette infraction. Il est en outre lié par le maximum légal de chaque genre de peine. Pour satisfaire à cette règle, le juge, dans un premier temps, fixera la peine pour l'infraction la plus grave, en tenant compte de tous les éléments pertinents, parmi lesquels les circonstances aggravantes ou atténuantes. Dans un second temps, il augmentera cette peine pour sanctionner les autres infractions, en tenant là aussi compte de toutes les circonstances y relatives (ATF 127 IV 101 consid. 2c p. 104; 116 IV 300 consid. 2c/dd p. 305; arrêt 6B_260/2012 du 19 novembre 2012 consid. 5.1; 6B_460/2010 du 4 février 2011 consid. 3.3.4, non publié à l'ATF 137 IV 57).
2.1.3 L'art. 47 CP confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'art. 47 CP, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (ATF 136 IV 55 consid. 5.6 p. 61; 134 IV 17 consid. 2.1).
2.1.4 L'exercice de ce contrôle suppose que le juge exprime, dans sa décision, les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens aggravant ou atténuant (art. 50 CP). Il peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui apparaissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit cependant justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté même si le juge n'est pas tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (ATF 127 IV 101 consid. 2c p. 104 s.; arrêt 6B_49/2012 du 5 juillet 2012 consid. 1.1; 6B_485/2011 du 1er décembre 2011 consid. 1.3). Plus la peine est élevée, plus la motivation doit être complète; cela vaut surtout lorsque la peine, dans le cadre légal, apparaît comparativement très élevée. Un recours ne saurait toutefois être admis simplement pour améliorer ou compléter un considérant lorsque la décision rendue apparaît conforme au droit (ATF 127 IV 101 consid. 2c p. 104 s. et les références citées; cf. également arrêt 6B_283/2010 du 16 juillet 2010 consid. 3.3; 6B_341/2007 du 17 mars 2008 consid. 8.4, non publié à l'ATF 134 IV 97).
2.2 Le recourant fait valoir que la peine privative de liberté de sept ans qui lui a été infligée était sévère, de sorte qu'une motivation particulièrement complète et précise était nécessaire, ce qui n'était pas le cas en l'espèce. Les motifs de la décision devaient expliquer comment la peine d'ensemble avait été formée et ils devaient donc permettre d'identifier la peine de base et en particulier quelle infraction justifiait en elle-même le prononcé d'une peine privative de liberté de sept ans. Les circonstances atténuantes et aggravantes prises en compte devaient également être mentionnées. La motivation de la décision attaquée était cependant lacunaire et la cause devait être renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvel examen et nouvelle motivation.
2.3 La cour cantonale a qualifié la faute du recourant de particulièrement grave. Il avait réitéré son activité criminelle à de nombreuses reprises durant plusieurs mois, entre l'automne 2007 et le 18 janvier 2011. Il avait gravement trompé la confiance placée en lui par sa fille, profitant, d'une part des liens familiaux qui les unissaient et, d'autre part, de l'infériorité cognitive et de la dépendance de sa fille dues notamment à son jeune âge. Sa responsabilité pénale était entière et sa liberté de décision totale. Les mobiles du recourant étaient purement égoïstes, soit l'assouvissement de ses pulsions sexuelles, au détriment du développement et de la liberté sexuels de sa fille. Il s'était limité à contester les faits, en fournissant parfois des explications farfelues et avait tenté de jeter le discrédit sur les déclarations de sa fille, l'accusant d'avoir procédé à des manigances extrêmement sournoises à son égard. Par son comportement, il avait démontré une absence totale de remords et de prise de conscience de la gravité des infractions commises. Les actes du recourant avaient en outre eu des conséquences néfastes pour la santé psychique de l'intimée et pour son équilibre. Il était notoire que des actes tels que ceux qu'il avait commis sur sa fille étaient de nature à causer un grave traumatisme chez la victime. Le viol l'avait privée de sa virginité, pourtant essentielle dans sa culture, elle avait dû quitter le foyer familial et être suivie par un psychologue. En faveur du recourant, il devait être retenu que son casier judiciaire était vierge et qu'il s'était spontanément présenté à la police sachant qu'il était recherché. Le recourant était passible d'une peine privative de liberté d'un à dix ans pour l'infraction la plus grave, soit le viol. La peine à infliger devait encore être augmentée en raison du concours d'infractions. Au vu de ce qui précédait, une peine privative de liberté de sept ans sanctionnait équitablement la gravité de la culpabilité du recourant compte tenu de l'ensemble des circonstances à prendre en considération. Pour les mêmes motifs et au vu de la situation financière du recourant, il y avait lieu de confirmer l'amende conventionnelle de 2'000 francs.
2.4 La cour cantonale a indiqué sur quels éléments elle fondait la peine prononcée. Le recourant ne soutient pas, à cet égard, qu'elle a pris en compte des critères étrangers à l'art. 47 CP - étant relevé qu'elle a tenu compte, comme élément à décharge, que le casier judiciaire du recourant était vierge, ce qui, selon la jurisprudence, a cependant un effet neutre sur la fixation de la peine et n'avait donc pas à être pris en considération dans un sens atténuant (ATF 136 IV 1) - ou qu'elle aurait omis de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition. Par ailleurs, la cour cantonale a indiqué quelle était l'infraction la plus grave, soit le viol, ce qui permet de saisir comment elle a procédé pour fixer la peine. Elle a en outre indiqué les différentes circonstances à prendre en compte, tant à charge qu'à décharge, dont elle n'avait pas à quantifier, pour chacune d'elles, l'importance. On comprend dès lors comment elle a fixé la peine prononcée et sur quels éléments elle s'est fondée. Elle n'a certes pas chiffré la peine de base pour l'infraction de viol. Il n'apparaît toutefois pas que cette omission aurait conduit à un résultat de nature à causer un préjudice au recourant, ce qui celui-ci ne soutient d'ailleurs pas, et il ne se justifie pas d'admettre le recours simplement pour améliorer ou compléter le considérant concerné à cet égard (cf. arrêt 6B_71/2012 du 21 juin 2012 consid. 5.2.3; 6B_460/2010 du 4 février 2011 consid. 3.3.4, non publié à l'ATF 137 IV 57; 6B_218/2010 du 8 juin 2010 consid. 2.2).
Le recourant, qui ne motive pas son affirmation selon laquelle une peine privative de liberté de sept ans serait trop sévère compte tenu des faits qui lui sont reprochés, ne conteste pas que sa faute doit être qualifiée de particulièrement grave. Plusieurs infractions ont été retenues à son encontre, commises à réitérées reprises, sur une longue période de temps, alors que l'intéressé ne pouvait ignorer le caractère gravement répréhensible de ses actes. Il fait preuve d'une absence totale de remords et de prise de conscience, puisqu'il clame encore son innocence et soutient être l'objet d'un coup monté par sa fille. La peine privative de liberté de sept ans n'apparaît ainsi pas exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation dont disposait l'autorité cantonale. Le grief doit être rejeté.
2.5 Pour le surplus, le recourant conclut, à titre subsidiaire, à l'annulation du jugement entrepris en tant qu'il l'a condamné à une amende de 2'000 francs ainsi qu'au paiement à l'intimée d'une somme de 20'000 francs à titre d'indemnité pour tort moral. Cette conclusion doit être comprise en relation avec celle tendant à sa libération des infractions retenues à son encontre et il ne développe d'ailleurs aucune motivation spécifique à cet égard. Vu l'issue du litige, il n'y a dès lors pas davantage à examiner ces points.
3. Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant a requis le bénéfice de l'assistance judiciaire. Comme ses conclusions étaient dépourvues de chance de succès, celle-ci ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant devra donc supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois arrêté en tenant compte de sa situation financière.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 22 janvier 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben