Sachverhalt:
A. Der aus Nigeria stammende X._, geb. 1985, reiste am 16. Dezember 2005 illegal in die Schweiz ein. Mit rechtskräftigem Entscheid vom 2. März 2007 trat das Bundesamt für Migration auf ein von ihm gestelltes Asylgesuch nicht ein und wies ihn aus der Schweiz weg.
Mit Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat vom 17. April 2007 wurde X._ unter anderem wegen mehrfachen Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer bedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und zu einer Busse von Fr. 3'000.-- verurteilt. Am 19. Juli 2007 wurde er wegen des Verdachts des Handels mit Betäubungsmitteln verhaftet; er befand sich anschliessend bis zum 17. August 2007 in Untersuchungshaft. Das Strafverfahren ist noch hängig. Ebenfalls noch nicht abgeschlossen ist ein Strafverfahren gegen zwei Polizisten, das auf Anzeige von X._ eingeleitet wurde, in der dieser geltend machte, er sei misshandelt worden.
B. Seit dem 17. August 2007 befindet sich X._ in Ausschaffungshaft. Deren Anordnung durch das Migrationsamt des Kantons Zürich wurde vom Haftrichter am Bezirksgericht Zürich am 21. August 2007 geprüft und bis zum 16. November bestätigt. Mit Urteil vom 5. Oktober 2007 wies das Bundesgericht eine dagegen erhobene Beschwerde ab (Verfahren 2C_434/2007). Am 13. November 2007 verfügte der Haftrichter am Bezirksgericht erstmals die Verlängerung der Ausschaffungshaft bis zum 16. Februar 2008. Mit weiterem Entscheid vom 18. Dezember 2007 wies der Haftrichter ein Entlassungsgesuch von X._ ab. Am 15. Februar 2008 bewilligte der Haftrichter sodann die Fortsetzung der Ausschaffungshaft bis zum 16. Mai 2008.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 21. Februar 2008 an das Bundesgericht, ergänzt durch eine weitere Beschwerdeschrift vom 26. Februar 2008, beantragt X._, er sei umgehend aus der Ausschaffungshaft zu entlassen; überdies sei ihm für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren und sein Rechtsvertreter sei dafür angemessen zu entschädigen. In seiner Beschwerdebegründung wendet sich X._ einzig gegen die Haftbedingungen im Ausschaffungsgefängnis am Flughafen Zürich-Kloten.
Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich, Migrationsamt, schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Der Haftrichter am Bezirksgericht Zürich hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Migration hat innert Frist keine Stellungnahme eingereicht.
Mit Eingabe vom 10. März 2008 hat sich X._ nochmals zur Sache geäussert.
Erwägungen:
1. 1.1 Nach Art. 76 Abs. 3 AuG darf die Ausschaffungshaft höchstens drei Monate dauern; stehen dem Vollzug der Weg- oder Ausweisung besondere Hindernisse entgegen, so kann sie mit Zustimmung der kantonalen richterlichen Behörde um höchstens 15 Monate verlängert werden. In Beachtung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes wird die Haft in der Regel nicht direkt um die gesamthaft zulässige (Rest-) Höchstdauer verlängert, sondern die Verlängerung erfolgt in mehreren richterlichen Entscheiden für einzelne Zeitabschnitte. Sowohl gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die Anordnung der Ausschaffungshaft als auch gegen jeden kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die Haftverlängerung steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. BGG an das Bundesgericht offen. Die vorliegende Beschwerde erweist sich daher als zulässig.
1.2 Der Tonfall der Eingaben des Beschwerdeführers bewegt sich teilweise an der Grenze des Anständigen und mithin des Zulässigen (vgl. Art. 42 Abs. 6 BGG). Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird nahegelegt, seine Ausdrucksweise in künftigen Verfahren zu mässigen.
2. In verfahrensrechtlicher Hinsicht macht der Beschwerdeführer in seiner Stellungnahme vom 10. März 2008 zu den Vernehmlassungen des Bezirksgerichts und des Migrationsamts geltend, diese seien ihren prozessualen Pflichten nicht nachgekommen. Mit Verfügung vom 26. Februar 2008 habe nämlich der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts die kantonalen Behörden insbesondere beauftragt, über die Haftvollzugsbedingungen im Flughafengefängnis (inklusive Lärmsituation) zu informieren, was sie unterlassen hätten. Sinngemäss beruft sich der Beschwerdeführer damit auf eine Verletzung seiner Parteirechte.
In der Tat haben sich weder das Bezirksgericht noch das Migrationsamt in ihren Eingaben an das Bundesgericht selbst direkt zu den Haftbedingungen geäussert. Das Migrationsamt hat aber den Justizvollzug des Kantons Zürich beauftragt, die Haftbedingungen zu erläutern. Diese Amtsstelle ist dem Auftrag mit Schreiben vom 29. Februar 2008 nachgekommen und ist dabei auch auf die vom Beschwerdeführer erhobenen Beanstandungen eingegangen. Auf dieses Schreiben verweist das Migrationsamt in seiner Eingabe an das Bundesgericht ausdrücklich. Damit haben die kantonalen Behörden dem Ersuchen des Bundesgerichts in einer Weise, die angesichts der zur Verfügung stehenden kurzen Zeit durchaus angebracht erscheint, Folge geleistet. Das Schreiben des Justizvollzugs wurde allerdings nicht als direkte Beilage zur Stellungnahme des Migrationsamts eingereicht, sondern zu den migrationsamtlichen Akten genommen und mit diesen dem Bundesgericht zugestellt. Bedauerlicherweise wurde das Schreiben daher auch dem Beschwerdeführer nicht unmittelbar zusammen mit der Vernehmlassung des Migrationsamts, sondern erst separat auf entsprechende Nachfrage hin zugestellt. Er konnte sich jedoch in seiner ergänzenden Eingabe vom 10. März 2008 dazu äussern, so dass seine Parteirechte im Ergebnis nicht verkürzt wurden.
3. Der Beschwerdeführer macht nicht ausdrücklich geltend, die materiellen Voraussetzungen der Ausschaffungshaft seien nicht (mehr) erfüllt. Darüber ist daher nicht zu befinden (vgl. 42 Abs. 2 BGG). Immerhin rechtfertigt sich mit Blick auf allfällige künftige Haftverlängerungsverfahren der Hinweis darauf, dass die tatsächlichen Verhältnisse nicht mehr völlig mit denjenigen übereinzustimmen scheinen, die im Rahmen der Haftanordnung und damit auch der erstmaligen bundesgerichtlichen Haftprüfung zu beurteilen waren. Im Unterschied zu damals scheint der Beschwerdeführer, jedenfalls nach den insoweit an sich verbindlichen Feststellungen des Haftrichters (vgl. Art. 105 Abs. 1 BGG), inzwischen einverstanden zu sein, an der Ausschaffung mitzuwirken, und hindern ihn heute Umstände an der Ausreise, für die er nicht direkt selbst einzustehen hat. Der Heimatstaat Nigeria ist offenbar nicht bereit, vor dem Abschluss des hängigen Strafverfahrens einen Laissez-passer auszustellen, und der Beschwerdeführer hat keinen massgeblichen Einfluss auf den Ablauf dieses Strafverfahrens. Er scheint gegenwärtig nichts dazu beitragen zu können, um seine Ausschaffung zu beschleunigen. Dadurch wird zwar die Haft zurzeit nicht unzulässig, die Frage der Verhältnismässigkeit dürfte sich aber allenfalls innert absehbarer Frist mit noch offenem Ausgang in neuem Lichte stellen. Darauf werden die kantonalen Behörden gegebenenfalls Rücksicht zu nehmen haben.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Haftbedingungen verstiessen gegen Art. 3 EMRK, Art. 10 Abs. 3 BV, Art. 5 der Allgemeinen Erklärung der Menschenrechte, Art. 7 des UNO-Pakts II und Art. 1 der Folterkonvention. Die Allgemeine Erklärung der Menschenrechte ist allerdings rechtlich nicht verbindlich und verschafft dem Beschwerdeführer keine subjektiv anrufbaren Rechte (vgl. etwa Walter Kälin/Jörg Künzli, Universeller Menschenrechtsschutz, Basel/Genf/ München 2005, S. 16). Auf die übrigen Bestimmungen kann er sich jedoch berufen. Dabei trägt er im Wesentlichen vor, die Haftbedingungen im Flughafengefängnis Zürich-Kloten stellten Folter oder eine erniedrigende oder unmenschliche Behandlung dar und verstiessen gegen die Menschenwürde.
4.2 Die Begriffe der Folter sowie der erniedrigenden oder unmenschlichen Behandlung werden in der Lehre und Praxis unterschiedlich voneinander abgegrenzt. Im Wesentlichen bedeutet aber Folter einen schweren Eingriff physischer oder psychischer Art, der in der Absicht ergeht, die Willensfreiheit einer Person zu brechen; erniedrigende Behandlung liegt vor, wenn mit dem Eingriff in die physische oder psychische Integrität eine Person erniedrigt oder gedemütigt wird und das Leiden primär dieser Herabsetzung dient; unmenschliche Behandlung stellt die Zufügung eines psychischen oder physischen Leidens in ungerechtfertigter Weise dar, welche die für die Einstufung als Folter erforderliche Eingriffsintensität nicht erreicht. Bei der Beurteilung von Haftbedingungen, die nicht den Zweck der Willensbrechung verfolgen, geht es vor allem darum, ihre Vereinbarkeit mit dem Verbot der unmenschlichen Behandlung zu prüfen (dazu Kälin/Künzli, a.a.O., S. 326 f.). Dem gleichen Zweck dienen in diesem Zusammenhang im Wesentlichen auch der verfassungsrechtliche Schutz der Menschenwürde (nach Art. 7 BV) und der persönlichen Freiheit (nach Art. 10 BV).
4.3 Nach Art. 80 Abs. 4 AuG berücksichtigt die richterliche Behörde bei der Überprüfung des Entscheides über die Anordnung, Fortsetzung und Aufhebung der Haft unter anderem die Umstände des Haftvollzugs. Gemäss Art. 81 Abs. 2 AuG ist die Haft in geeigneten Räumlichkeiten zu vollziehen. Dabei sind die Anforderungen des Verfassungs- und Völkerrechts, insbesondere die europäischen und internationalen Mindestgrundsätze für die Behandlung von Gefangenen, zu beachten. Im Wesentlichen ist eine menschenwürdige Unterbringung zu garantieren. Allerdings bringt Ausschaffungshaft als Zwangsmassnahme unausweichlich Einschränkungen der persönlichen Freiheit und allenfalls weiterer Grundrechte mit sich. Diese beruhen - aufgrund der Regelung der Zwangsmassnahmen in einem Bundesgesetz - klarerweise auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage, sind aber nur zulässig, soweit sie sich aus dem Haftzweck ergeben und als verhältnismässig erweisen. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung definiert lediglich den Mindeststandard, der - in der Regel bezogen auf den konkret zu entscheidenden Fall - einzuhalten ist. Das schliesst zwar eine grosszügigere Behandlung nicht aus, wo dies von den äusseren Gegebenheiten her möglich ist (so insbesondere BGE 122 II 299 E. 3a S. 302 f.). Dem Bundesgericht bleibt es aber verwehrt, die Haft in einem konkreten Fall als unzulässig zu beurteilen, wenn keine grosszügigere Behandlung gewährt wird, solange der Mindeststandard eingehalten ist. Ohnehin kann das Bundesgericht die Haftbedingungen nur auf den konkreten Fall bezogen überprüfen und anders als eine Aufsichtsbehörde über die Vollzugsanstalten nur beschränkt allgemeine Kontrollen vornehmen oder generelle Überlegungen zur Zulässigkeit des Haftregimes anstellen. Vielmehr geht es um die hauptsächlichen Haftbedingungen, welche die Zumutbarkeit der Haft als solcher beeinflussen können (BGE 122 II 299 E. 3d S. 305). Das scheint der Beschwerdeführer bis zu einem gewissen Grad zu verkennen, wenn er im vorliegenden Haftverfahren den allgemeinen Standard der Bedingungen der administrativen Ausländerhaft rügt.
4.4 Am 12. August 1996 führte eine Delegation des Bundesgerichts in einem ausländerrechtlichen Haftprüfungsverfahren einen Augenschein im damaligen Flughafengefängnis 1 in Zürich-Kloten durch. Dabei handelte es sich um das Untersuchungsgefängnis, in dem damals auch Ausschaffungshaft vollzogen wurde, weil das besondere Ausschaffungsgefängnis noch im Bau war. Die Ergebnisse des damaligen Augenscheins können daher an sich nur bedingt auf den vorliegenden Fall, in dem der Beschwerdeführer die Haftbedingungen im Ausschaffungsgefängnis rügt, übertragen werden. Allerdings ist unbestritten, dass die vom Bundesgericht verlangten baulichen Anpassungen (vgl. BGE 122 II 299) bei der Erstellung des Ausschaffungsgefängnisses ausgeführt worden sind. Dagegen wendet sich der Beschwerdeführer auch gar nicht. Vielmehr macht er in allgemeiner Weise geltend, Ausschaffungshaft dürfe nicht in eigentlichen Gefängnisräumlichkeiten vollzogen werden, sondern nur in besonderen, dafür geeigneten Vollzugszentren mit einem deutlich freiheitlicheren Regime. Der Beschwerdeführer beantragt dazu aber nicht die Durchführung eines erneuten Augenscheins. Es ist denn auch nicht ersichtlich, dass ein solcher neue Erkenntnisse bringen würde, die sich nicht bereits aus den früheren bundesgerichtlichen Verfahren und den vorliegenden Akten ergeben.
4.5 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung darf die Beschränkung der Freiheitsrechte von Gefangenen nicht über das hinausgehen, was zur Gewährleistung des Haftzwecks und zur Aufrechterhaltung eines ordnungsgemässen Anstaltsbetriebs erforderlich ist. Bei der ausländerrechtlichen Haft geht es einzig um die Sicherung des Wegweisungsverfahrens und den Vollzug des entsprechenden Entscheides. Verhältnismässige Vorkehren zur Verringerung der Fluchtgefahr und zur Begrenzung von Sicherheitsrisiken sind jedoch zulässig. Wichtig ist sodann die Dauer der Haft: Je länger eine solche dauert, desto weniger einschneidend haben - dem Grundsatz nach - die Freiheitsbeschränkungen auszufallen; bei lediglich kurzer Haft können hingegen weitergehende Restriktionen zulässig sein (BGE 122 II 299 E. 3b S. 303). Das Bundesgericht hat überdies wiederholt festgehalten, dass ausländerrechtlich Inhaftierte auch nicht in einzelnen Belangen schlechter gestellt werden dürfen als Untersuchungs- oder Strafgefangene. Dabei ist allfälligen unterschiedlichen Sicherheitsbedürfnissen einzig durch Beschränkungen im Einzelfall Rechnung zu tragen (BGE 122 II 49 ff. und 299, E. 5cS. 309).
4.6 Das Ausschaffungsgefängnis Zürich-Kloten, in dem der Beschwerdeführer einsitzt, hat, wie bereits seine Bezeichnung zu erkennen gibt, den Charakter eines eigentlichen Gefängnisses. Zweifellos könnte ausländerrechtliche Administrativhaft auch in andern Lokalitäten als Gefängnissen vollzogen werden, soweit sich das von den konkreten Umständen her als angemessen erwiese (vgl. BGE 122 II 299 E. 3a S. 303 sowie BBl 1994 I 326 ).
4.6.1 Das Europäische Komitee zur Verhütung von Folter und unmenschlicher und erniedrigender Behandlung oder Strafe (CPT) empfiehlt in seinen Haftstandards aus dem Jahre 2004 (S. 45), dass "in den Fällen, in denen es als notwendig erachtet wird, Personen aufgrund ausländerrechtlicher Vorschriften die Freiheit für längere Zeit zu entziehen, diese in speziell für diesen Zweck vorgesehenen Zentren untergebracht werden" sollten; zu vermeiden sei, soweit möglich, der Eindruck einer Gefängnisumgebung (vgl. das entsprechende Zitat bei Jim Murdoch, Le traitement des détenus, Critères européens, Strassburg 2007, S. 355). Formell erfüllt das Ausschaffungsgefängnis Zürich-Kloten diese Empfehlung, ist es doch räumlich vom Untersuchungsgefängnis getrennt und dient es nicht als strafprozessuale oder -rechtliche Vollzugsanstalt. Von der Ausgestaltung der Haft unterscheidet es sich jedoch in verschiedener Hinsicht kaum von einer Strafvollzugsanstalt.
4.6.2 Andererseits hat gerade das genannte Europäische Komitee im Jahre 2001 das Ausschaffungsgefängnis Zürich-Kloten besucht und in seinem Bericht vom 25. März 2002 (Ziff. 68 ff.) im Wesentlichen als unbedenklich eingestuft. Dem ist mit Blick darauf, dass das Bundesgericht in einem konkreten Haftfall nur den Mindeststandard zu prüfen hat, grundsätzlich beizupflichten. Es ist auch nochmals zu unterstreichen, dass die vom Bundesgericht in BGE 122 II 299 verlangten Anforderungen an die Haft unbestrittenermassen erfüllt sind.
4.6.3 Allerdings hat das Bundesgericht damals die Haftbedingungen im Rahmen der erstmaligen Anordnung einer Ausschaffungshaft für die Dauer von drei Monaten beurteilt. Die maximale Haftdauer betrug damals bei der Ausschaffungshaft neun Monate (Art. 13b Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer, ANAG, in der Fassung vom 18. März 1994; AS 1995 151), und selbst bei einer Kombination von Vorbereitungs- und Ausschaffungshaft war eine Inhaftierung von höchstens zwölf Monaten möglich (vgl. Art. 13a und 13b ANAG). Demgegenüber beträgt heute die maximal zulässige Dauer der Ausschaffungshaft 18 Monate (vgl. Art. 76 Abs. 3 AuG), und in Kombination mit anderen ausländerrechtlichen Haftarten kann der Freiheitsentzug sogar 24 Monate erreichen (Art. 79 AuG). Im vorliegenden Fall befindet sich der Beschwerdeführer nunmehr seit über sechs Monaten in Ausschaffungshaft, und es ist über die Verlängerung bis zum neunten Monat zu befinden. Damit handelt es sich aber immer noch um die erste Hälfte der maximal zulässigen Haftdauer, und die altrechtliche Höchstdauer der Ausschaffungshaft, die letztlich als Massstab für die bundesgerichtliche Beurteilung in BGE 122 II 299 diente, ist noch nicht erreicht. Unter diesen Umständen erweisen sich die Haftbedingungen im Ausschaffungsgefängnis Zürich-Kloten im vorliegenden Fall als zulässig.
4.7 Der Beschwerdeführer erhebt sodann Einwände mit Blick auf die Lärm- und Luftbelastung, welcher er ausgesetzt sei. Das fragliche Ausschaffungsgefängnis befindet sich im Gelände des Flughafens und liegt angeblich direkt in einer Flugschneise. Es ist offensichtlich, dass unabhängig von seiner genauen Lage im Flughafen eine besondere Lärmbelastung besteht. Auch eine erhöhte Schadstoffbelastung der Luft ist nicht auszuschliessen. Wieweit spezielle Abwehrmassnahmen - wie Schallschutz - ergriffen wurden, ist nicht bekannt. Indessen ist der Bundesgerichtsdelegation, die im Jahre 1996 einen Augenschein im Flughafengefängnis durchgeführt hatte, eine besondere Belastung genauso wenig aufgefallen wie dem Europäischen Komitee zur Verhütung von Folter und unmenschlicher und erniedrigender Behandlung oder Strafe (CPT) bei seinem Besuch im Jahre 2001. In keinem offiziellen Dokument finden sich Hinweise auf eine unzumutbare Lärm- oder Luftbelastung. Allerdings vermag ein kurzzeitiger Aufenthalt auch kaum die massgeblichen Eindrücke zu vermitteln, da es sich lediglich um eine Momentaufnahme handeln könnte. Aus dem gleichen Grund brächte auch ein erneuter Augenschein kaum brauchbare Erkenntnisse. Aufschlussreich wären einzig fachkundige Messungen über längere Dauer. Den zürcherischen Behörden ist zu empfehlen, solche Messungen im Hinblick auf künftige Verfahren durchzuführen, damit entweder die entsprechenden Bedenken definitiv beseitigt oder im Bedarfsfall angemessene Gegenmassnahmen ergriffen oder in letzter Konsequenz die erforderlichen rechtsstaatlichen Konsequenzen gezogen werden könnten. Das mag dem Beschwerdeführer im vorliegenden Verfahren wenig nützen. Indessen vermag auch er seine Bedenken, die auf subjektiven Empfindungen beruhen, insofern nicht wirklich objektiv zu unterlegen. Damit liegen zurzeit keine gesicherten Tatsachen dafür vor, um die Haftbedingungen als geradezu gesundheitsschädigend einzustufen bzw. um auf Seiten des Beschwerdeführers von einem so erheblichen Leiden auszugehen, das einer unmenschlichen Behandlung bzw. einem Verstoss gegen die Menschenwürde gleichkäme.
4.8 Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, er sei am 25. Januar 2008 willkürlich in Einzelhaft verlegt worden, was erneut belege, dass die Haftbedingungen rechtsstaatlich bedenklich seien.
4.8.1 Zunächst erscheint fraglich, ob diese Rüge bereits vor dem Haftrichter rechtsgenüglich erhoben wurde. Es gibt dafür denn auch keine für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen des Haftrichters. So oder so können besondere konkrete Vollzugsanordnungen wie die Anordnung von Einzelhaft im Rahmen eines Haftprüfungsverfahrens nicht in Frage gestellt werden. Dafür sind die entsprechenden besonderen Verfahren vorgesehen. Weder das Bundesgericht noch der Haftrichter sind daher zuständig für Klagen, welche die Handhabung der Gefängnisordnung sowie der Anstaltsgewalt in einem einzelnen Fall betreffen. Demnach ist hier nicht darüber zu befinden, ob konkret die materiellen Voraussetzungen zur Anordnung von Einzelhaft erfüllt waren und diese in rechtsstaatlich unbedenklicher Weise vollzogen wurde. Der Haftrichter und das Bundesgericht haben nur dann zu intervenieren, wenn sich mit Blick auf die rechtsstaatlichen Garantien die Gesetzgebung als unzulänglich erweist oder Anhaltspunkte für deren systematische Missachtung bestehen.
4.8.2 Das Europäische Komitee zur Verhütung von Folter und unmenschlicher und erniedrigender Behandlung oder Strafe (CPT) hielt in seinem Bericht vom 25. März 2002 gerade in Bezug auf das Ausschaffungsgefängnis Zürich-Kloten (Ziff. 73) fest, bei der Isolation aus Sicherheitsgründen sei die Gesetzgebung dahingehend zu ergänzen, dass der Insasse schriftlich über die Gründe der gegen ihn ergriffenen Massnahmen informiert werde sowie seine Sicht der Dinge vortragen und allenfalls ein Rechtsmittel ergreifen könne. Eine analoge Praxis verfolgt im Übrigen grundsätzlich auch das Bundesgericht (vgl. etwa das Urteil 2C_661/2007 vom 17. Dezember 2007, E. 2.2.2). In seiner Stellungnahme vom 25. März 2002 zum Bericht des Komitees verweist der Bundesrat darauf, die Gesetzgebung sehe eine schriftliche Information vor und die Aushändigung einer schriftlich begründeten Verfügung mit Rechtsmittelbelehrung werde geprüft (S. 32 der Stellungnahme).
4.8.3 Das Disziplinarwesen für das Ausschaffungsgefängnis Zürich-Kloten ist heute in den §§ 152 ff. der zürcherischen Justizvollzugsverordnung vom 6. Dezember 2006 (JVV) geregelt, die auch für den Vollzug der Ausschaffungshaft gilt (vgl. §§ 137 ff. JVV). § 163 JVV ordnet das Verfahren und kommt den Empfehlungen des genannten Europäischen Komitees vollumfänglich nach. Ein - rechtsstaatlich unbedenklicher - Vorbehalt besteht einzig insoweit, als bei zeitlicher Dringlichkeit der Entscheid vorerst lediglich mündlich eröffnet wird, sobald als möglich aber schriftlich zu bestätigen ist (§ 164 Abs. 3 zweiter Satz JVV).
4.8.4 Gegen Anordnungen oder Unterlassungen der Anstaltsorgane kann bei der vorgesetzten Verwaltungsbehörde (hier der Direktion der Justiz und des Innern) Rekurs erhoben werden (vgl. § 167 JVV). Überdies besteht jederzeit die Möglichkeit, bei Verstössen gegen die Anstaltsordnung an die kantonale Aufsichtsbehörde zu gelangen. Dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer wären solche Schritte in seinem Fall durchaus möglich und zumutbar gewesen. Hinweise auf eine systematische Missachtung der rechtsstaatlichen Garantien bei der Anordnung von Einzelhaft bestehen nicht. Ebensowenig gibt es objektive Anhaltspunkte für systematische unmenschliche Praktiken beim Vollzug der Einzelhaft.
5. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet. Angesichts der im bundesgerichtlichen Urteil vorgenommenen Klarstellungen rechtfertigt es sich aber, die Beschwerde lediglich im Sinne der Erwägungen abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang würde der Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Da seine Begehren aber nicht von vornherein aussichtslos erscheinen, ist ihm für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren (vgl. Art. 64 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege bewilligt.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Rechtsanwalt Dr. Bruno Steiner wird als unentgeltlicher Rechtsbeistand des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18 März 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Uebersax