Sachverhalt:
A. S._, geboren 1957, ist verheiratet und Mutter eines 1989 geborenen Sohnes. Sie lebt seit 1993 in der Schweiz und war als Monteurin in der Uhrenindustrie tätig, zuletzt von Februar 2001 bis April 2004 bei der X._ SA. Am 30. Juli 2002 schlug sie mit dem Nacken und dem Hinterkopf am Beckenrand eines Schwimmbades auf, nachdem ein anderer Feriengast sie von ihrem Liegestuhl gekippt hatte. In der Folge litt sie unter einem posttraumatischen Zervikalsyndrom mit Nacken- und Kopfschmerzen sowie Übelkeit und Erbrechen. Dr. med. E._, Facharzt für Allgemeine Medizin, attestierte verschiedentlich Arbeitsunfähigkeit. Am 24. Mai 2004 war sie in einen Verkehrsunfall verwickelt, welcher ihre Beschwerden verschlechterte. Mit Anmeldung vom 8. April 2005 ersuchte S._ um eine Rente der Invalidenversicherung. Die für den Unfall vom 24. Mai 2004 zuständige Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) stellte am 12. August 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 19. Juni 2007, ihre Leistungen per Ende August 2005 ein (vgl. dazu Urteil 8C_620/2007 vom 9. Juni 2008). Mit Verfügung vom 9. Oktober 2007 lehnte die IV-Stelle Bern (nachfolgend: IV-Stelle) das Leistungsbegehren ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 5. März 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid sowie die Verwaltungsverfügung vom 9. Oktober 2007 aufzuheben und die Invalidenversicherung habe ihr die gesetzlichen Leistungen (Rente) zu erbringen. Eventualiter sei die Sache zur weiteren Abklärung, insbesondere einer interdisziplinären Begutachtung, an die IV-Stelle zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Schreiben vom 20. August 2008 teilte die Rechtsvertreterin von S._ mit, ihr Mandat sei erloschen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch BGE 132 V 393).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über das anwendbare Recht (BGE 132 V 215 E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen), die Begriffe der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung), insbesondere bei einer somatoformen Schmerzstörung (BGE 131 V 49, 130 V 352 und 396, je mit Hinweisen), sowie den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG in der von 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99 mit Hinweisen) und die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht sowie dessen beweisrechtliche Würdigung (BGE 125 V 351 E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. Die Versicherte lässt rügen, IV-Stelle und Vorinstanz hätten die Ablehnung einer Invalidenrente auf Grund ungenügender Abklärungen getroffen und die verschiedenen Berichte des Dr. med. E._ und des Dr. med. U._, Chiropraktik, sowie das Gutachten des Dr. med. M._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, Oberarzt, Universitätsklinik und Poliklinik Y._ für Psychiatrie, vom 6. Juni 2007 zu Unrecht ausser Acht gelassen. Demzufolge habe die Vorinstanz den Untersuchungsgrundsatz verletzt.
4. Die Vorinstanz hat in einlässlicher und überzeugender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere der Berichte der Rehaklinik Z._ vom 30. März 2004, des Dr. med. D._, Facharzt für Neurologie, vom 21. Juni 2004 und 15. Dezember 2003, des Kreisarztes vom 20. Mai 2005 und des Dr. med. B._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, RAD, vom 3. Oktober 2007 in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 1) festgestellt, dass die Versicherte im Wesentlichen an einer somatoformen Schmerzstörung (ICD-10: F 45.4) leidet, und gestützt auf den Bericht des Dr. med. B._ vom 3. Oktober 2007 die Voraussetzungen der ausnahmsweisen Bejahung der Unüberwindbarkeit der willentlichen Schmerzüberwindung verneint.
Daran ändern auch die Vorbringen der Versicherten nichts: Es ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den Berichten der behandelnden Ärzte Dr. med. E._ und Dr. med. U._ nicht das gleiche Gewicht einräumte wie denjenigen der übrigen Ärzte; auf Grund der unterschiedlichen Natur von Behandlungs- und Begutachtungsauftrag wird ein Administrativgutachten nicht allein schon deshalb in Frage gestellt, weil die Gutachter zu einem anderen Ergebnis als die behandelnden Ärzte kommen (Urteil 9C_176/2008 vom 19. Juni 2008, E. 3 mit Hinweisen). Die Vorinstanz hat auch zu Recht nicht auf das Gutachten des Dr. med. M._ vom 6. Juni 2007 abgestellt, da dieses den - sozialversicherungsrechtlich nicht massgeblichen - psychosozialen Belastungsfaktoren grosses Gewicht beimisst und die erforderliche Komorbidität von erheblicher Schwere nicht nachweist (BGE 130 V 352 E. 2.2.3 S. 353). Nichts zu ihren Gunsten abzuleiten vermag die Versicherte mit ihrem Vorbringen, sie habe bei ihren Unfällen ein Schleudertrauma resp. ein mildes Hirntrauma erlitten. Dies mag im Rahmen der Adäquanzprüfung bei der Unfallversicherung eine Rolle spielen, ist jedoch vorliegend unbeachtlich. Denn erforderlich ist im Rahmen der Invalidenversicherung allein, dass ein massgeblicher Gesundheitsschaden vorliegt. Die von der Versicherten geschilderten Beschwerden sind denn auch von allen Ärzten festgehalten und in die Beurteilung des Gesundheitszustandes miteinbezogen worden; es liegen jedoch unterschiedliche Beurteilungen über die Auswirkungen des letztlich unbestrittenen Gesundheitszustandes vor. Für die Beurteilung des Gesundheitsschadens und der Zumutbarkeit bei somatoformen Schmerzstörungen ist das in BGE 130 V 352, 130 V 396 und 131 V 49 Gesagte massgeblich. So hat Dr. med. B._ in seiner Stellungnahme vom 3. Oktober 2007 überzeugend dargelegt, weshalb die sogenannten Foersterkriterien (BGE 131 V 49 E. 1.2 S. 50) nicht erfüllt sind und insbesondere auch unter Berücksichtigung der beiden Vorfälle in den Jahren 1999 und 2001 keine Komorbidität von erheblicher Schwere gegeben ist. Schliesslich ist auch nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz angesichts der umfangreichen medizinischen Akten im Rahmen der antizipierten Beweiswürdigung (SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4b mit Hinweisen) von weiteren medizinischen Abklärungen abgesehen hat. Sie hat demnach die Ablehnung des Leistungsbegehrens durch die IV-Stelle zu Recht bestätigt.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Versicherte hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. September 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold