Sachverhalt:
A. M. und N. X._ waren Alleinaktionäre der am 23. Dezember 1996 gegründeten A._ AG mit Sitz in ..... Deren Hauptaktivum bestand in den Aktien der D._ AG.
Mit Kaufvertrag 14. Oktober 1999 verkauften die Eheleute X._ die Aktien der A._ AG zu einem Preis von Fr. 1'355'000.-- an die B._ GmbH. Der Kaufpreis wurde mittels einer Banküberweisung von Fr. 155'000.-- sowie durch Abtretung von Call-Optionen für die A._ AG in der Höhe von nominal Fr. 1'200'000.-- beglichen. Alleingesellschafter der B._ GmbH ist L._, der auch die Verkäufer in der vorliegenden Steuersache vertritt.
Im Laufe des Jahres 2000 kaufte die B._ GmbH die Call-Optionen zum Preis von Fr. 4'000'000.-- zurück. Zum Teil stammten die Mittel zur Bezahlung des Rücknahmepreises aus der A._ AG.
B. Das Gemeindesteueramt ... beurteilte den Verkauf der Aktien der A._ AG an die B._ GmbH als indirekte Teilliquidation. Dementsprechend erfasste es den Betrag von Fr. 4'000'000.-- als Beteiligungsertrag und veranlagte die Eheleute X._ für die Steuerperiode 2000 bei der direkten Bundessteuer und für die Staats- und Gemeindesteuer unter Aufrechnung des entsprechenden Einkommens.
Rekurs und Beschwerde hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 16. Januar 2007 teilweise gut, indem sie die Substanzausschüttung auf Fr. 3'315'000.-- festsetzte.
Mit Urteil vom 4. Juli 2007 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Beschwerde der Eidgenössischen Steuerverwaltung und diejenige der Steuerpflichtigen teilweise gut und wies die Sache zu neuem Entscheid an die Steuerrekurskommission zurück. Diese bestimmte im neuen Entscheid vom 4. Juli 2007 die Substanzausschüttung auf Fr. 3'800'000.-- und wies die Sache zur betragsmässigen Festsetzung der Veranlagung an die Steuerbehörde zurück.
Die dagegen gerichteten Beschwerden wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau je mit Entscheid für die direkte Bundessteuer und für die Staats- und Gemeindesteuern am 23. Dezember 2009 ab.
C. Die Steuerpflichtigen führen in getrennten, aber praktisch gleichlautenden Eingaben Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, die beiden Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 23. Dezember 2009 seien aufzuheben und das steuerbare Einkommen sei für die direkte Bundessteuer auf Fr. 130'500.-- und für die Staats- und Gemeindesteuer auf Fr. 123'300.--, bei einem steuerbaren Vermögen von Fr. 4'980'900.--, festzusetzen.
Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau, das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerden.
Die Beschwerdeführer verlangen Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens bis zum rechtskräftigen neuen Veranlagungsentscheid der kantonalen Steuerverwaltung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die beiden Beschwerden betreffen den gleichen Sachverhalt, die gleichen Parteien und werfen weitgehend die gleichen Rechtsfragen auf. Es ist angezeigt, die beiden Verfahren zu vereinigen und über die Beschwerden im gleichen Urteil zu befinden (Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60).
1.2 Das Eintreten auf die Beschwerden wirft keine besonderen Fragen auf. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur, wenn eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts (Art. 95 BGG), hier namentlich von Normen über die Steuerharmonisierung, oder gegen verfassungsmässige Rechte und Grundsätze (Art. 95 lit. a und c BGG; BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351).
Das Bundesgericht legt im Übrigen seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig festgestellt worden ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Die Beschwerdeführer begründen das Sistierungsgesuch nicht näher. Gemäss Art. 6 Abs. 1 BZP in Verbindung mit Art. 71 BGG kann das Verfahren insbesondere dann ausgesetzt werden, wenn das Urteil von der Entscheidung in einem anderen Rechtsstreit beeinflusst werden kann. Dass hier die Veranlagungsbehörde gemäss der Anweisung der Steuerrekurskommission die Veranlagung noch betragsmässig festzusetzen hat, erfordert keine Sistierung. Die Rückweisung dient einzig noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten und eröffnet der Veranlagungsbehörde keinen Entscheidungsspielraum. Trotz Rückweisung der Sache handelt es sich mithin beim angefochtenen Urteil um einen Endentscheid, gegen den die Beschwerde zulässig ist (Art. 90 BGG; BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127).
2. Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien im Verfahren vor Gerichten und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf rechtliches Gehör. Dazu gehört namentlich, dass rechtzeitig und formrichtig angebotene rechtserhebliche Beweismittel abgenommen werden und dass die Entscheide hinreichend begründet werden. Aufgrund von Art. 30 Abs. 1 BV hat die entscheidende Behörde rechtmässig zusammengesetzt zu sein und haben befangene Personen in den Ausstand zu treten.
2.1 Die Beschwerdeführer rügen in verschiedener Hinsicht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Sie machen geltend, dass der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau mit der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau Kontakt aufgenommen habe. Diese Rüge ist unbegründet. Die Kontaktaufnahme stand im Zusammenhang mit dem von den Beschwerdeführern im vorinstanzlichen Verfahren gestellten Sistierungsgesuch und war sachlich begründet. Hätte die Vorinstanz dies unterlassen, wären möglicherweise gleichzeitig beide Verfahren sistiert worden. Im Übrigen gab der Präsident des Verwaltungsgerichts den Beschwerdeführern am 28. Mai 2009 von der telefonischen Rückfrage schriftlich Kenntnis. Wenn die Beschwerdeführer der Ansicht waren, die für ein Gerichtsverfahren unabdingbare Unabhängigkeit des Richters sei wegen der Anfrage nicht mehr gewährleistet gewesen, hätten sie daher ein entsprechendes Ausstandsgesuch bereits im vorinstanzlichen Verfahren mit der Replik stellen können. Es verletzt den Grundsatz von Treu und Glauben, Ablehnungs- und Ausstandsgründe, von denen die Partei Kenntnis hat, erst später im Rechtsmittelverfahren geltend zu machen (Urteil 2C_203/2009 vom 13. November 2009 E. 2.2).
2.2 Die Beschwerdeführer machen sodann geltend, dass Personen nicht befragt bzw. als Zeugen einvernommen worden seien. Es geht bei den angebotenen Zeugen oder Auskunftspersonen offenbar um L._, den Steuervertreter der Beschwerdeführer und Alleingesellschafter der B._ GmbH, sowie um den Steuerkommissär S._. Beide konnten indessen ihre Sicht der Dinge im Verfahren hinreichend einbringen, weshalb die Vorinstanz auf weitere Beweismassnahmen verzichten durfte. Nach der Rechtsprechung ist eine beschränkte (antizipierte) Beweisaufnahme zulässig, wenn der Richter aufgrund bereits abgenommener Beweise zur Überzeugung gelangt, die Tatsachenbehauptung sei bewiesen (oder widerlegt) und von weiteren Beweisen sei kein anderes Ergebnis zu erwarten (BGE 130 III 591 E. 5.4 S. 601 f.; 130 II 425 E. 2.1; 124 I 208 E. 4a; vgl. auch BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148). Die Beschwerdeführer legen nicht dar, welche Angaben diese Personen zusätzlich hätten machen können. Die Rüge ist unbegründet, soweit sie überhaupt eine ausreichende Begründung enthält (Art. 106 Abs. 2 BGG).
2.3 Die Beschwerdeführer rügen schliesslich eine Verletzung der Begründungspflicht. Sie werfen der Vorinstanz vor, diese habe sich mit dem Einwand, dass der Aktienverkauf bereits im Jahre 1999 stattgefunden habe und auch ein Vermögensertrag infolge einer allfälligen indirekten Teilliquidation erst in diesem Jahr zugeflossen sei, nicht hinreichend befasst. Weil die Veranlagung für das Steuerjahr 1999 rechtsbeständig bzw. rechtskräftig sei, könne darauf nicht mehr zurückgekommen werden, zumal die Voraussetzungen für eine Nachbesteuerung nicht gegeben seien. Mit diesem Vorbringen befasste sich die Vorinstanz im angefochtenen Urteil (E. 2.2.1) indessen ausführlich. Sie begründete auch in überzeugender Weise, weshalb der Zufluss richtigerweise im Jahre 2000 anzunehmen sei. Von einer Verletzung der Begründungspflicht kann unter diesen Umständen keine Rede sein.
3. 3.1 Der Gesetzgeber hat mit dem Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die dringende Anpassung bei der Unternehmensbesteuerung (AS 2006 4883) die indirekte Teilliquidation einer gesetzlichen Regelung zugeführt. Der entsprechende Art. 20a DBG ist seit dem 1. Januar 2007 in Kraft. Art. 205b DBG ordnet zudem eine beschränkte Rückwirkung an, indem die neue Vorschrift in Art. 20a DBG auch für noch nicht rechtskräftige Veranlagungen der in den Steuerjahren ab 2001 erzielten Erträge gilt.
Im vorliegenden Fall geht es indessen um das Steuerjahr 2000, weshalb noch nach der alten Praxis zu Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG zu entscheiden ist. Für solche Fälle hat das Bundesgericht in einem Grundsatz-Urteil bereits festgehalten, dass auf Steuertatbestände, die sich bis zum Jahre 2000 verwirklicht haben und die noch nicht rechtskräftig entschieden sind, die damals geltende Gerichts- und Verwaltungspraxis anzuwenden sei und nicht die ab 2001 geltende strengere Rechtsprechung. In der Tat hat der Gesetzgeber mit der gesetzlichen Regelung der indirekten Teilliquidation im neuen Art. 20a DBG der strengeren Praxis des Bundesgerichts (dazu unten E. 3.3) eine Absage erteilt, weshalb auf Besteuerungstatbestände, die sich bis zum Steuerjahr 2000 verwirklicht haben, die damals geltende mildere und nicht die seit 2001 verschärfte Praxis anzuwenden ist. Für die noch nicht rechtskräftigen Veranlagungen der Steuerjahre ab 2001 findet ohnehin das neue (mildere) Recht rückwirkend Anwendung (ausführlich StE 2009 B 24.4 Nr. 77, 2A_100/2007 E. 5.6).
3.2 Nach der bis Ende 2001 ergangenen Rechtsprechung zu Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG müssen die folgenden drei Voraussetzungen kumulativ erfüllt sein, damit Einkommen aus einer indirekten Teilliquidation der Besteuerung unterliegt (ASA 69, 642 S. 646 ff., 2A.555/1996 E. 2c mit Hinweisen):
Die Beteiligungsrechte müssen in das Geschäftsvermögen eines Käufers übergeführt werden, für den das Buchwertprinzip gilt.
Bei der übernommenen Gesellschaft muss eine Mittelentnahme bzw. eine Substanzverminderung eintreten oder zumindest eingeleitet werden.
Verkäufer und Käufer müssen durch gemeinsames Zusammenwirken die Entnahme der Mittel eingeleitet haben.
Es rechtfertigt sich nur dann, eine indirekte Teilliquidation anzunehmen und den Zufluss beim Verkäufer der Aktien als Ertrag aus seiner Beteiligung zu besteuern, wenn der Verkäufer in seiner Eigenschaft als Beteiligter durch ein Zusammenwirken mit dem Käufer die Entnahme der Gesellschaftsmittel selbst einleitete und dabei wusste oder wissen musste, dass die zur Finanzierung des Kaufpreises dienenden Mittel der veräusserten Gesellschaft nicht wieder zugeführt werden. Ob die Gesellschaft bei der Veräusserung der Beteiligungsrechte durch ein Zusammenwirken von Verkäufer und Käufer teilweise liquidiert und dem Verkäufer dadurch eine geldwerte Leistung ausgerichtet wird, ist nach objektiven Kriterien und aufgrund der gesamten für die Finanzierung massgebenden Umstände zu entscheiden (ZStP 16 S. 78, Urteil 2A. 537/2005 E. 2; StE 2007 B 24.4 Nr. 75, 2A.471/2005 E. 4.3; ASA 73 S. 402, 2A.331/2003 E. 4.3).
Es rechtfertigt sich nur dann, eine indirekte Teilliquidation anzunehmen und den Zufluss beim Verkäufer der Aktien als Ertrag aus seiner Beteiligung zu besteuern, wenn der Verkäufer in seiner Eigenschaft als Beteiligter durch ein Zusammenwirken mit dem Käufer die Entnahme der Gesellschaftsmittel selbst einleitete und dabei wusste oder wissen musste, dass die zur Finanzierung des Kaufpreises dienenden Mittel der veräusserten Gesellschaft nicht wieder zugeführt werden. Ob die Gesellschaft bei der Veräusserung der Beteiligungsrechte durch ein Zusammenwirken von Verkäufer und Käufer teilweise liquidiert und dem Verkäufer dadurch eine geldwerte Leistung ausgerichtet wird, ist nach objektiven Kriterien und aufgrund der gesamten für die Finanzierung massgebenden Umstände zu entscheiden (ZStP 16 S. 78, Urteil 2A. 537/2005 E. 2; StE 2007 B 24.4 Nr. 75, 2A.471/2005 E. 4.3; ASA 73 S. 402, 2A.331/2003 E. 4.3).
3.3 3.3.1 Dass das erste (Systemwechsel) und das dritte Kriterium (Zusammenwirken von Verkäufer und Käufer) einer indirekten Teilliquidation hier erfüllt sind, ist offensichtlich und wird auch von den Beschwerdeführern nur halbherzig bestritten. Nachdem ihr persönlicher Steuerberater zugleich Alleingesellschafter der Käufergesellschaft (B._ GmbH) ist, liegt dieses Zusammenwirken auf der Hand. Beide Seiten kannten die wirtschaftliche Situation der A._ AG bestens und suchten einvernehmlich nach einer Lösung, das ausschüttbare Substrat möglichst einkommenssteuerfrei herauszulösen. Hingegen bedarf das zweite Kriterium (Substanzentzug) näherer Prüfung.
3.3.2 Die Beschwerdeführer rügen erneut, der Kaufvertrag sei am 14. Oktober 1999 abgeschlossen worden, während der Rückkauf der an Zahlung abgegebenen Call-Optionen für die A._ AG in das Jahr 2000 falle; die beiden Vorgänge hätten miteinander nichts zu tun.
Dieser rein zivilrechtlichen Betrachtungsweise kann nicht gefolgt werden. Wirtschaftlich hängen die verschiedenen Bausteine des Steuervermeidungskonstrukts sehr wohl zusammen. Die Steuerbehörden sind bei der Auslegung von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG nicht strikte an die zivilrechtliche Gestaltung von Rechtsgeschäften gebunden, sondern haben den Sachverhalt rechtlich entsprechend seinem wirtschaftlichen Gehalt zu würdigen (ZStP 16 S. 78, 2A.537/205 E. 2.1 mit Hinweisen). Dazu kommt, dass für den Zufluss von geldwerten Leistungen die Ist- Methode gilt (ASA 64 S.137, Urteil vom 19. Juli 1993 E. 2 ). Der Zufluss des Vermögensertrags aus indirekter Teilliquidation erfolgte mithin in der Tat im Jahr 2000 (vgl. oben E. 2.3).
3.3.3 Gemäss der neueren, ab dem Jahre 2001 verschärften Rechtsprechung des Bundesgerichts zur indirekten Teilliquidation lag eine Substanzentnahme (im Sinne des zweiten Kriteriums) auch dann vor, wenn zur Finanzierung des Kaufpreises der übertragenen Beteiligung auf erst noch zu erwirtschaftende, künftige Gewinne der übernommenen Gesellschaft gegriffen werden musste (vgl. StE 2007 B 24.4 Nr. 75, 2A.471/2005 E. 4; ASA 73, 402 E. 4 S. 408 ff., 2A.331/2003; ASA 72, 218 S. 223 ff., 2A.474/2000 vom 22. Oktober 2001 E. 4). Der Gesetzgeber hat demgegenüber mit dem neuen Art. 20a Abs. 1 lit. a DBG die Besteuerung der indirekten Teilliquidation auf die bereits vorhandene, ausschüttungsfähige und nicht betriebsnotwendige Substanz der übertragenen Gesellschaft beschränkt und damit mindestens teilweise an Grundsätze angeknüpft, die nach der Rechtsprechung zur indirekten Teilliquidation bereits unter der Herrschaft des Bundesratsbeschlusses über die direkte Bundessteuer (BdBSt) zur Anwendung kamen. Danach musste eine Substanzentleerung der übertragenen Gesellschaft tatsächlich stattgefunden haben (typischerweise in Form einer Substanzdividende). Die Substanzentnahme musste zudem innerhalb einer angemessenen Zeit erfolgen (StE 2009 B 24.4 Nr. 77, 2A.100/2007 E. 5.6 mit Hinweisen). Diese Rechtsprechung ist nach dem Gesagten hier noch massgebend (oben E. 3.1).
3.3.4 Die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau hat in ihrem zweiten Urteil vom 26. Februar 2009 überzeugend nachgewiesen, dass es sich bei den Ausschüttungen der A._ AG an die B._ GmbH von Fr. 1'400'000.-- (Generalversammlungsbeschluss vom 24. April 2000) bzw. von Fr. 200'000.-- (Generalversammlungsbeschluss vom 25. Oktober 1999) um Substanzentnahmen im Sinne der alten Praxis zur indirekten Teilliquidation handelte (total Fr. 1'600'000.--).
Hingegen ist ein Zusammenhang zwischen den Fr. 2'200'000.--, die L._ seiner B._ GmbH als Darlehen zwecks Finanzierung des Beteiligungserwerbs zur Verfügung stellte, mit einer Entnahme vorhandener Substanz bei der A._ AG nicht erstellt. Diese Mittel beschaffte sich L._ durch einen Kredit bei der St. Galler Kantonalbank, wobei er erwiesenermassen nicht die Aktien der A._ AG als Faustpfand einsetzte. Die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau stellt in ihrem Urteil vom 26. Februar 2009 E. 7.3 fest, das Darlehen an die B._ GmbH werde "aus künftigen Gewinnen bei der übertragenen Gesellschaft" verzinst und amortisiert bzw. es spiele keine Rolle, "dass die entsprechenden Mittel unter Umständen aus erst noch zu erwirtschaftenden Erträgen der A._ AG stammen" (unter Berufung auf Peter Gurtner, Die handelsrechtlich ausschüttbare nichtbetriebsnotwendige Substanz nach dem neuen Recht der indirekten Teilliquidation, ASA 76 S. 560, wobei der Autor an der angegebenen Stelle lediglich die bis zur Gesetzesrevision geltende, verschärfte Praxis des Bundesgerichts nachzeichnet, sie aber nicht bejaht). Auch die Eidgenössische Steuerverwaltung stellt in ihrer Vernehmlassung vom 28. April 2009 zuhanden des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau fest, dass "der Vermögensertrag von Fr. 3'800'000.-- in einer Entreicherung aus bestehender Substanz in Höhe von Fr. 1'600'000.-- sowie in einer Entreicherung aus künftigen Gewinnen in Höhe von Fr. 2'200'000.-- bestand' (Hervorhebung nicht im Original). Die Vorinstanz (Urteil E. 2.2.3) bezeichnet die Ausführungen der Steuerrekurskommission in deren Entscheid (E. 7) ausdrücklich als zutreffend, womit sie auch für das Bundesgericht massgebend sind (Art. 105 Abs. 1 BGG). Entsprechend ist mit der Steuerrekurskommission davon auszugehen, dass dieses Darlehen aus später erarbeiteten Mitteln - sei es der A._ AG oder anderer Tochtergesellschaften der B._ GmbH - amortisiert werden sollte.
Den Aussagen der Beschwerdeführer kann nichts Gegenteiliges entnommen werden. Wenn sie bestreiten, dass diese Darlehen "aus künftigen Gewinnen der A._ AG amortisiert und verzinst wurden" (S. 13 der Beschwerde), so wollen sie damit offensichtlich zum Ausdruck bringen, dass die Mittel zur Verzinsung und zur Amortisation der Darlehen aus anderen Quellen der B._ GmbH stammten (als der A._ AG). Daraus kann nicht geschlossen werden, dass die Mittel für das Darlehen der Substanz der A._ AG im Zeitpunkt des Aktienverkaufs entnommen wurden.
Die Substanzausschüttung und damit der bei den Beschwerdeführern steuerbare Vermögensertrag im Sinne von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG beläuft sich demnach nur auf Fr. 1'600'000.--.
4. Für das kantonale Steuerrecht ist noch § 22 Ziff. 4 StG massgebend, wonach Erträge aus beweglichem Vermögen steuerbar sind, insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen und dergleichen. Diese Norm stimmt damit wörtlich mit Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG überein, der die gesetzliche Grundlage bildet zur Praxis des Bundesgerichts zur indirekten Teilliquidation. Nachdem diese Praxis im Interesse einer vertikalen Steuerharmonisierung auch für das kantonale Recht massgebend ist (Urteil 2A.215/2006 vom 29. Mai 2007 E. 7.1), gilt das zur direkten Bundessteuer Ausgeführte auch für das kantonale Steuerrecht.
5. Die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer sowie die Staats- und Gemeindesteuer sind damit teilweise gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und die angefochtenen Urteile sind aufzuheben. Die Sache ist zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau zurückzuweisen.
6. Da keine der Parteien vollständig obsiegt, sind die Gerichtskosten anteilsmässig zu verlegen (Art. 65 f. BGG). Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil solidarisch (Art. 66 Abs. 5 BGG). Der Kanton Thurgau schuldet den Beschwerdeführern zudem eine reduzierte Parteientschädigung (Art. 68 BBG).
Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens hat das Verwaltungsgericht neu zu befinden. (Art. 67, 68 Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_388/2010 und 2C_389/2010 werden vereinigt.
2. Das Sistierungsgesuch wird abgewiesen.
3. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 23. Dezember 2009 aufgehoben und die Sache zu neuer Veranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau sowie zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
4. Die Beschwerden betreffend die Staats- und Gemeindesteuern wird, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 23. Dezember 2009 aufgehoben und die Sache zu neuer Veranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau sowie zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
5. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden im Betrag von Fr. 7'000.-- dem Kanton Thurgau und im Betrag von Fr. 5'000.-- den Beschwerdeführen, diesen unter Solidarhaft, auferlegt.
6. Der Kanton Thurgau hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
7. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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