Faits:
A. Par arrêt du 18 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a notamment condamné J._, pour blanchiment d'argent, à une peine privative de liberté de 405 jours, avec sursis pendant trois ans, à une peine pécuniaire ferme de 45 jours-amende au montant de 270 fr. par jour et au paiement des frais de la cause à hauteur de 59'073 fr.
Cette condamnation repose, en résumé et pour l'essentiel, sur les faits suivants.
A.a En 1999, le gouvernement de l'Etat de Rio de Janeiro a constitué une nouvelle entité de contrôle fiscal des grandes sociétés implantées dans l'Etat, soit l'Inspectorat des grands contribuables, qui était dirigé par A._ et chargé du redressement fiscal desdites entreprises, comprenant tant l'encaissement des impôts soustraits que les amendes y relatives. Cette structure rapportait plus de 80 % de la recette fiscale de l'Etat précité.
Les agents de cette structure ont rapidement mis en place un système pour obtenir des sociétés inspectées qu'elles versassent des pots-de-vin en échange d'arrangements sur les amendes et redressements à encaisser par l'administration. En bref, ils désignaient un inspecteur qui se rendait dans les locaux de l'entreprise et lui demandait de produire divers documents à bref délai, sous peine d'amende. La brièveté du délai imparti avait pour but et conséquence de mettre l'entreprise dans l'impossibilité de l'observer, ce qui entraînait une série d'amendes et, avec la mise sous pression de la société, créait les conditions utiles au chantage. Apparaissait alors un intermédiaire étranger à l'administration fiscale, venant proposer à la société un accord de clôture d'inspection et/ou de remise finale d'amende contre paiement d'un pot-de-vin. Par l'acceptation de cet accord, l'entreprise voyait l'inspection clôturée, ce qui lui permettait, d'une part, d'éviter de payer de nouvelles amendes et, d'autre part, d'échapper à un redressement fiscal plus important.
Par arrêt du 19 septembre 2007, le Tribunal régional fédéral de la 2ème région, statuant en appel, a confirmé la condamnation des trois agents fiscaux A._, B._ et C._, pour corruption passive notamment.
A.b A._, B._ et C._ ont transféré, par le biais des services d'un changeur, l'argent issu du système de corruption exposé ci-dessus sur des comptes ouverts auprès de la banque D._, dont le siège était à Genève et qui disposait de succursales à Zurich et Lugano.
Cette banque a été dissoute sans liquidation le 26 juin 2002, la banque E._ en ayant repris l'actif et le passif. Elle comprenait un Conseil d'administration et son Comité du Conseil, un Comité de Direction générale, un Comité de Direction locale pour chacune des succursales, un Comité de conformité, un organe de révision interne, des services juridiques et de compliance auprès du siège comme des succursales, ainsi que des chefs de groupe, des gestionnaires et des assistants gestionnaires. La banque D._ agissait également par ses Bureaux de représentation à l'étranger, fonctionnant notamment comme pourvoyeurs d'affaires.
A.c J._ était directeur général adjoint et conseiller du Comité de Direction générale. Il était également membre délégué par la Direction générale au Comité de conformité.
Lors de la séance du Comité de conformité du 29 septembre 1998, une liste des comptes changeurs ouverts par la succursale de Zurich depuis 1992 a été soumise aux membres. Après discussion, il a été décidé de transmettre le dossier à la Direction générale pour décision au sujet de la politique en la matière sachant que l'existence de ces comptes était interdite par la CFB et pouvait poser des problèmes de blanchiment.
Par courrier électronique du 30 mai 2000, G._ a attiré l'attention du Comité de Direction locale sur le fait que A._ était mentionné comme auditeur fiscal pour deux comptes et vendeur de machines agricoles pour un troisième. La question de la possibilité de l'exercice d'une activité accessoire pour un agent public PEP était ainsi posée. De même, l'existence de transferts internes exécutés en faveur d'autres fonctionnaires fiscaux et l'importance des avoirs en compte étaient également relevées. Le 26 juin 2000, G._ a envoyé une copie du courrier précité à N._, responsable de l'organe de révision interne, qui l'a ensuite transmis au Comité de conformité.
Le 5 juillet 2000, O._ a transmis à Y._, pour le Comité de conformité, le mémo de P._ et Q._ du 4 juillet 2000, par lequel ceux-ci confirmaient à F._ qu'ils connaissaient très bien, depuis de nombreuses années, A._, lequel avait une bonne situation familiale et vivait avec sa femme et ses enfants. Ils précisaient que ce client travaillait toujours comme auditeur fiscal et, en sus (il était autorisé à exercer une seconde profession), comme vendeur à son compte, agissant en qualité d'intermédiaire entre des industries de machines agricoles et des acheteurs à l'extérieur du pays. Les fonds entrant sur ses comptes étaient les commissions qu'il percevait sur ces transactions.
Lors de sa séance du 4 août 2000, le Comité de conformité a demandé à X._ d'enquêter sur place sur la compatibilité de l'activité publique de A._ avec le maintien de ses comptes auprès de la banque D._. Plus d'une année plus tard, soit lors de sa séance du 28 septembre 2001, le Comité est revenu sur la mission confiée à X._. Il s'est référé au courrier électronique de F._ du 10 juillet 2001, dans lequel celui-ci décrivait le profil du client précité. Il a constaté que les informations recueillies ne permettaient pas de se prononcer valablement sur la provenance et l'arrière-plan économique des transactions de ces comptes et qu'une analyse plus approfondie devait par conséquent être faite par la succursale de Zurich. Le patrimoine du client déposé sur ses deux comptes atteignait 12'200'000 USD et 1'100'000 USD.
Le 10 juin 2002, G._ et L._ ont adressé un procès-verbal au Comité de conformité. Ils y rappelaient les éléments essentiels relatifs à deux comptes. Le premier de ceux-ci avait été ouvert en 1998. Son bénéficiaire économique, A._, était employé au service des impôts de la région de Rio de Janeiro et le total des entrées de fonds depuis l'ouverture jusqu'à ce jour était d'environ 17'000'000 USD contre 1'000'000 USD de sorties. Lors d'un voyage au Brésil au mois de juin de l'année précédente, F._ avait eu l'occasion de rencontrer ce client qui lui avait donné des explications sur les transactions enregistrées sur ce compte, informations sur la base desquelles il avait écrit un rapport. Cependant, les importantes entrées de fonds reçues depuis le début 2002 ne correspondaient pas à ce qui avait été discuté avec le client. Ainsi, le montant attendu des entrées devait s'élever à environ 50'000 USD par mois. Or, les contrôles avaient permis de constater que les montants reçus via leur changeur étaient bien plus importants (soit environ 440'000 USD par mois). En ce qui concernait le second compte, le bénéficiaire en était également un fonctionnaire travaillant pour les impôts et totalisait des entrées de fonds, depuis son ouverture en 1999, de 8'300'000 USD contre environ 20'000 USD de sorties.
Le 18 juin 2002, G._ a soumis le courrier de F._ du 3 juin 2002 à Y._, J._ et M._. F._ y indiquait notamment que Q._ lui avait encore confirmé les activités de A._ telles que décrites dans le mémo du 10 juillet 2001, que le volume des entrées de cette année était effectivement supérieur au cadre initial de 50'000 USD, que l'explication en était que ce client travaillait pour une des plus grandes banques d'investissement ainsi que pour le plus grand groupe de boissons brésilien et qu'il percevait des honoraires de conseil pour ces activités.
B. J._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il a conclu, principalement, à son acquittement, subsidiairement, au renvoi de la cause à la Cour des affaires pénales pour nouvelle décision dans le sens des considérants et, plus subsidiairement, à ce que la qualité de partie civile soit déniée à la République fédérative du Brésil. Il a également requis l'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. Le recours peut être exercé, parmi d'autres griefs, pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office (art. 106 al. 1 LTF); il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits. Il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF). Le Tribunal fédéral ne contrôle pas d'office le respect des droits fondamentaux (art. 106 al. 2 LTF).
Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF). Il peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes ou établies en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Cette partie ne peut toutefois pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; elle doit plutôt indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable; une critique qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (cf. ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.).
2. Invoquant une violation des art. 150, 169 et 180 PPF, le recourant se plaint d'une violation des principes de continuité et de concentration des débats. Se prévalant des treize mois nécessaires à la rédaction de l'arrêt, il estime que les délibérations n'ont pas eu lieu immédiatement après les débats et que le dispositif lu en audience le 18 septembre 2008 a été motivé à posteriori.
2.1 Aux termes de l'art. 150 PPF, les débats ont lieu sans interruption. Le président peut toutefois ordonner de courtes suspensions. L'art. 169 al. 2 PPF prévoit que la Cour prend en considération les constatations faites pendant l'enquête et aux débats. Selon l'art. 180 al. 1 PPF, la rédaction du jugement motivé doit être achevée, en règle générale, dans les dix jours dès le prononcé.
2.2 Le recours n'est pas recevable sur ce point, dès lors que sa motivation repose exclusivement sur des hypothèses. Il ne satisfait donc pas aux exigences de motivation déduites de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 1).
Par ailleurs, les dispositions invoquées par l'intéressé concernent le principe d'immédiateté, qui vise à ce que les éléments de preuve soient en principe produits en présence du prévenu lors d'une audience publique, en vue d'un débat contradictoire (cf. ATF 125 I 127 consid. 6b p. 132 s.). En revanche, elles ne contiennent pas de règle sur un principe strict de continuité entre les débats et les délibérations. Enfin, l'art. 180 PPF n'institue qu'un délai d'ordre.
3. Le recourant conteste l'admission de la République fédérative du Brésil en qualité de partie civile à la procédure.
3.1 L'intéressé estime que la décision admettant la qualité de partie civile de la République précitée viole son droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst., dans la mesure où elle n'indique pas, même de manière sommaire, pourquoi ses arguments ont été écartés.
Il résulte de la page 75 de l'arrêt entrepris que la Cour des affaires pénales a admis, par décision du 17 juillet 2008, la République fédérative en qualité de partie civile, au motif qu'il ne pouvait être exclu qu'elle eut été effectivement lésée dans ses intérêts patrimoniaux par le crime préalable de corruption. Elle a toutefois décidé de ne statuer, dans la présente procédure, que sur le principe de l'action civile et de renvoyer la lésée devant les tribunaux civils pour le reste en application de l'art. 210 al. 2 PPF, le jugement des prétentions civiles exigeant un travail disproportionné. Ainsi, le Tribunal pénal fédéral a motivé sa décision quant à l'admission de l'Etat intimé à la procédure. Pour le surplus, il n'avait pas, conformément à la jurisprudence (cf. infra consid. 9.1), à examiner et exposer tous les arguments qui lui étaient opposés, à ce sujet, par l'intéressé. Partant, le grief doit être rejeté.
3.2 Le recourant soutient que la République fédérative du Brésil ne s'est pas valablement constituée partie civile dans le délai et les formes prévus à l'art. 211 PPF. Il affirme que les documents produits ne permettent pas de démontrer que les personnes concernées ont le pouvoir de représenter valablement l'Etat en question et ne disent rien quant à la volonté de celui-ci de participer à la procédure.
3.2.1 L'art. 211 PPF dispose que le lésé doit se constituer partie civile au plus tard à l'ouverture des débats.
3.2.2 L'argumentation de l'intéressé repose sur de simples allégations. Il ne se réfère à aucune pièce du dossier pour étayer ses affirmations, comme il lui appartient de le faire en vertu des dispositions légales (cf. supra consid. 1), et il n'incombe pas au Tribunal fédéral, qui est un juge du droit, de compulser un volumineux dossier pour tenter de retrouver les éléments invoqués (cf. ATF 99 Ia 586 consid. 3). Par ailleurs, aucun indice concret ne vient appuyer les propos du recourant, alors qu'un avocat ne s'engage pas, en principe, dans une longue et coûteuse procédure sans être au bénéfice d'une procuration et que l'Etat concerné n'a jamais contesté cette représentation alors qu'il était tenu au courant de la procédure. La critique est donc vaine.
3.3 Se plaignant d'une violation des art. 34 et 210 PPF, le recourant nie que la République fédérative du Brésil puisse être considérée comme lésée. Il estime, en bref, que les intérêts de celle-ci ne sont touchés que de manière abstraite et indirecte.
3.3.1 Par lésé, il faut entendre la personne qui prétend être atteinte, immédiatement et personnellement, dans ses droits protégés par la loi, par la commission d'une infraction (ATF 126 IV 42 consid. 2a p. 43-44; 117 Ia 135 consid. 2a p. 136). Ainsi, en cas de délits contre des particuliers, le lésé est le titulaire du bien juridique protégé. Lorsque l'infraction protège en première ligne l'intérêt collectif, les particuliers ne sont considérés comme lésés que si leurs intérêts privés ont été effectivement touchés par les actes en cause, de sorte que leur dommage apparaît comme la conséquence directe de l'acte dénoncé (ATF 129 IV 95 consid. 3.1 p. 99; 123 IV 184 consid. 1c p. 188; 120 Ia 220 consid. 3).
Le Tribunal fédéral a admis que les actes de blanchiment punissables au sens de l'art. 305bis CP pouvaient fonder une responsabilité civile de l'auteur à l'égard de la personne lésée par l'infraction principale, dont le produit avait été blanchi (cf. ATF 129 IV 322 consid. 2 p. 323 ss).
3.3.2 En l'espèce, les actes de blanchiment ont porté sur des sommes issues d'opérations de corruption par des agents du fisc de l'Etat de Rio de Janeiro (cf. supra consid. A.a). Selon les faits retenus, l'intégralité des fonds déposés sur les comptes en Suisse par trois de ces agents, à savoir A._, B._ et C._, provient de cette corruption, puiqu'obtenue sous forme de pots-de-vin versés par des entreprises inspectées aux fonctionnaires précités en échange de la clôture de l'inspection et de rabais sur les montants effectivement dus à l'Etat par ces contribuables. Ainsi, par le système mis en place par ses propres employés, l'Etat a manifestement subi un dommage dans la mesure où ces derniers ont détourné des rentrées fiscales qui devaient en réalité lui revenir. Par ailleurs, de manière générale, la corruption d'agents publics pervertit le processus de décisions au sein de l'administration, dessert l'intérêt public et affaiblit l'Etat.
Au regard de ces éléments, on peut admettre que, dans le cas particulier, l'Etat a été lésé. Le grief doit donc être rejeté.
3.4 Le recourant soutient que la participation active du Brésil aux débats a porté atteinte à son droit à un procès équitable au sens de l'art. 6 par. 1 CEDH.
Cette critique n'est étayée par aucune motivation et est par conséquent irrecevable en application de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 1).
4. Invoquant une violation du droit d'être entendu au sens de l'art. 29 Cst. et du droit à un procès équitable visé par l'art. 6 par. 1 CEDH, le recourant reproche à la Cour des affaires pénales de ne pas avoir auditionné certains témoins.
4.1 Le droit d'être entendu comporte notamment le droit à l'administration de preuves valablement offertes. Il n'y a toutefois pas violation de ce droit, lorsque la mesure probatoire refusée est inapte à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont elle dispose déjà, l'autorité parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148).
4.2 Le recourant se plaint tout d'abord de ne pas avoir pu interroger les témoins P._, S._ et Q._. Il relève que l'audition de ces personnes devait porter sur les assurances qu'elles avaient données à la banque au sujet des clients brésiliens.
La Cour des affaires pénales n'a pas ignoré les informations qui étaient transmises par les membres du Bureau de représentation, sis à Rio de Janeiro. Elle a en effet exposé le contenu des mémos et déclarations reçues depuis le Brésil au sujet notamment des comptes de A._, B._ et C._ (cf. arrêt p. 32 à 40). Elle a toutefois constaté, sans que l'arbitraire ne soit allégué, ni démontré à ce sujet, que les renseignements obtenus au sujet des comptes de A._ étaient clairement insuffisants, que celui-ci n'avait jamais été interrogé sur l'origine, la progression et l'importance de ses avoirs en compte, alors que les indices étaient cependant suffisants pour soupçonner un cas de corruption et que les divers responsables de la banque D._ ne pouvaient par conséquent plus se contenter des quelques explications qui leur étaient transmises depuis le Bureau précité.
Sur le vu de ces éléments, la Cour des affaires pénales pouvait, sans violation du droit d'être entendu du recourant, renoncer à l'audition des témoins susmentionnés, dès lors que leurs déclarations ne devaient porter que sur des faits déjà établis, à savoir sur le caractère clairement lacunaire des informations transmises depuis Rio de Janeiro. Le grief est donc infondé.
4.3 Le recourant reproche également au Tribunal pénal fédéral de ne pas avoir entendu les tiers saisis ainsi que les témoins T._ et I._.
Dans son argumentation, l'intéressé se borne à insister sur le fait qu'il a sollicité ces mesures probatoires et à en affirmer la pertinence, sans toutefois indiquer sur quels éléments factuels précis et pertinents ces auditions devaient porter. La critique est donc insuffisamment motivée (cf. supra consid. 1) et par conséquent irrecevable.
5. Invoquant une violation du droit d'être entendu et du droit à un procès équitable, le recourant se plaint du refus d'ordonner l'apport de l'intégralité de la procédure brésilienne.
5.1 Dans son ordonnance du 11 juin 2008, le Président de la Cour des affaires pénales a mentionné que la question de savoir si les preuves apportées au dossier et aux débats étaient suffisantes ou non pour établir les faits retenus dans l'acte d'accusation relevait de l'appréciation desdites preuves et qu'il n'y avait pas lieu d'ordonner la production de documents démontrant le caractère établi des crimes allégués en amont. Il a également constaté que la demande de production de tout éventuel recours formé contre le jugement rendu le 19 septembre 2007 à Rio de Janeiro par le Tribunal régional fédéral de la 2ème région ou, à défaut, tout document démontrant que le jugement était définitif et entré en force n'était pas pertinente. En effet bien que ce jugement eût été versé au dossier, il n'avait pas été allégué qu'il aurait été définitif et entré en force. Aussi, il n'y avait pas lieu de solliciter des autorités brésiliennes des informations quant à la date prévisible du jugement de troisième instance. Enfin, le Président de la Cour a précisé que la demande d'apport à la procédure suisse de l'intégralité de la procédure brésilienne n'était pas pertinente, dans la mesure où les pièces essentielles de ladite procédure figuraient déjà au dossier.
5.2 Certes, le droit d'être entendu permet au justiciable de participer à la procédure probatoire en exigeant l'administration des preuves déterminantes. Reste que ce droit ne s'étend qu'aux éléments pertinents pour décider de l'issue du litige. Or, en l'occurrence, le recourant n'indique pas quels sont les documents essentiels de la procédure brésilienne qui auraient pu manquer au dossier, sur quels éléments pertinents ceux-ci auraient pu porter, ni en quoi ces derniers auraient pu être déterminants pour la défense de sa cause. Il ne fournit aucune précision à ce sujet, de sorte qu'il n'est pas possible de discerner en quoi consiste la violation du droit d'être entendu dont il se prévaut. La critique est dès lors irrecevable.
6. Invoquant une violation du droit d'être entendu et du droit à un procès équitable, le recourant se plaint de l'absence de traduction des pièces portugaises du dossier. Il fait valoir que certains documents étaient peut-être décisifs s'agissant des infractions préalables aux actes de blanchiment ou de la teneur des informations transmises depuis le Brésil aux représentants de la banque D._ en Suisse.
6.1 Les art. 29 al. 2 Cst. et 6 par. 3 let. e CEDH garantissent à l'accusé le droit d'obtenir gratuitement la traduction de toutes les pièces et déclarations qu'il lui faut comprendre pour assurer efficacement sa défense et bénéficier d'un procès équitable. L'étendue de l'assistance qu'il convient d'accorder à un accusé doit être appréciée non pas de manière abstraite, mais en fonction des besoins effectifs de l'accusé et des circonstances concrètes du cas (ATF 118 Ia 462 consid. 2a p. 464 s.; arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme Kamasinski c. Autriche, du 19 décembre 1989, Série A, vol. 168, par. 74). Le juge n'a pas à faire traduire d'office les principaux actes de procédure à l'intention du prévenu, mais ce dernier doit en faire la requête en temps utile (ATF 118 Ia 462 consid. 465).
6.2 Dans sa décision du 11 juin 2008, le Président de la Cour des affaires pénales a relevé que la demande de traduction du jugement rendu le 19 septembre 2007 à Rio de Janeiro par le tribunal régional fédéral de la 2ème région n'était pas pertinente, puisqu'une traduction française de ce document figurait déjà au dossier. Lors des débats, le Président a également constaté que les éléments brésiliens étaient déjà accessibles aux avocats de la défense depuis plus de deux ans, de sorte que ceux-ci auraient pu faire traduire les pièces de leur propre initiative. Il a enfin relevé que le Tribunal avait examiné quelles parties avaient été traduites et n'avait pas estimé opportun de traduire d'autres documents qui figuraient actuellement en portugais au dossier.
En l'espèce, contrairement à ce que semble penser le recourant, les droits qu'il invoque ne lui permettent pas d'obtenir la traduction écrite de toutes les pièces du dossier et l'intéressé ne précise pas quelles sont les pièces non traduites qui auraient été indispensables pour assurer efficacement sa défense. Par ailleurs, le recourant ne conteste pas qu'il aurait pu procéder à certaines traductions de sa propre initiative. Enfin, il ne résulte pas non plus de l'arrêt entrepris que la Cour des affaires pénales se serait appuyée sur des éléments essentiels non traduits du dossier pour asseoir sa conviction quant à la culpabilité du recourant. Le grief est donc infondé.
7. Invoquant une violation des art. 29, 32 al. 2 Cst., 6 CEDH et 35 al. 2 PPF, le recourant se plaint de ne pas avoir pu se constituer deux avocats pour sa défense.
7.1 Selon l'art. 6 par. 3 let. c CEDH, tout accusé a droit à se défendre lui-même ou avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent. L'art. 32 al. 2 Cst dispose que toute personne accusée doit être mise en état de faire valoir les droits de la défense.
Les dispositions précitées ne se prononcent pas sur le nombre de défenseurs que peut s'adjoindre le prévenu et ne lui confèrent pas un droit à une assistance numériquement illimitée (cf. JEAN-MARC VERNIORY, Les droits de la défense dans les phases préliminaires du procès pénal, Berne 2005, p.254 et les références citées). Partant, le recourant ne saurait utilement s'en prévaloir.
7.2 Aux termes de l'art. 35 PPF, l'inculpé a, en tout état de cause, le droit de se pourvoir d'un défenseur. Le procureur général et le juge doivent l'en informer au début du premier interrogatoire (al. 1). Exceptionnellement, le président du tribunal peut autoriser deux défenseurs à assister un inculpé aux débats (al. 2). Cette disposition a pour but de prévenir que la justice ne soit paralysée ou compliquée par une pléthore d'intervenants (cf. LAURENT MOREILLON/MICHEL DUPUIS/MIRIAM MAZOU, La pratique judiciaire du Tribunal pénal fédéral, cinq ans de jurisprudence, in JdT 2008 IV 90). Le prévenu ne peut donc bénéficier de l'assistance de deux avocats que dans des circonstances exceptionnelles et avec l'autorisation de l'autorité judiciaire.
Dans sa décision incidente du 4 juillet 2008, la Cour des affaires pénales a considéré qu'il n'y avait pas lieu d'autoriser la constitution conjointe de deux avocats pour chaque coaccusé. Elle a toutefois constaté que le Président de la Cour, au vu de l'ampleur du dossier, avait autorisé tant l'avocat constitué que son assistant à intervenir lors des débats, pour autant qu'ils n'abordassent pas les mêmes sujets, ni n'interrogeassent les mêmes témoins.
Le recourant ne prétend pas qu'il s'agissait d'une affaire exceptionnelle, mais se contente de relever l'importance du dossier, ce qui n'a toutefois pas été ignoré par le Président de la Cour, dès lors qu'il a autorisé que l'avocat se fît assisté de son collaborateur. Pour le reste, on ne voit pas, et le recourant ne l'explique pas davantage, en quoi les juges auraient excédé ou abusé de leur pouvoir d'appréciation en considérant que l'affaire n'était pas d'une complexité telle qu'elle justifierait la constitution de deux avocats, tout en admettant que le mandataire pût être assisté en raison de l'ampleur du dossier. Le grief doit donc être écarté.
7.3 Enfin, le recourant ne peut invoquer le nouveau code de procédure pénale suisse qui introduit la possibilité de bénéficier de deux défenseurs ou plus (cf. art. 127 al. 2 CPP). En effet, les tribunaux n'ont pas la compétence de suppléer le Conseil fédéral et de décider qu'une nouvelle loi fédérale, adoptée mais formellement pas mise en vigueur, sera appliquée tandis que l'ancienne loi, formellement encore en vigueur, ne le sera plus (cf. MARTIN SCHUBARTH, Legisvakanz und Verfassung, in PJA 2005 p. 1043).
8. Se plaignant d'arbitraire, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral de ne pas avoir tenu compte de l'entreprise de dissimulation mise en place par les membres du Bureau de Rio de Janeiro.
Cette critique tombe à faux. En effet, la Cour des affaires pénales n'a pas ignoré la teneur des informations transmises par les membres du Bureau de représentation. Elle a exposé le contenu des mémos et déclarations reçues depuis Rio de Janeiro au sujet des comptes de A._, B._ et C._ (cf. arrêt p. 32 à 40). Elle a toutefois considéré, sans que le recourant n'invoque d'arbitraire à ce sujet, que les responsables de la banque D._ en Suisse ne pouvaient que constater qu'ils n'avaient reçu du Bureau aucune réponse aux questions soulevées par les comptes des personnes susmentionnées (cf. arrêt p. 97). Ainsi, on ne discerne pas de lacune dans l'état de fait s'agissant des agissements des membres du Bureau de représentation à Rio de Janeiro, la Cour ayant toutefois admis que les informations transmises depuis le Brésil étaient clairement insuffisantes. Du reste, cette dernière appréciation est dénuée de tout arbitraire. En effet, d'une part, les informations obtenues n'étaient jamais documentées, ce contrairement au prescrit de la loi (cf. art. 7 al. 1 LBA). D'autre part, elles n'étaient jamais très significatives quant à la provenance des fonds et comportaient parfois des contradictions évidentes. Enfin, les banquiers responsables en Suisse n'ont eux-mêmes jamais été convaincus par les informations reçues depuis Rio, dès lors qu'ils ont chargé successivement plusieurs personnes de se renseigner à ce sujet, ce qui atteste manifestement de l'insuffisance des informations reçues et des doutes persistants en relation avec l'origine des avoirs des agents fiscaux. Dans ces conditions, la critique doit être rejetée.
9. Invoquant une violation des art. 29 al. 2 Cst., 179 PPF, 6 CEDH, le recourant reproche à la Cour des affaires pénales de ne pas avoir motivé sa décision quant à l'aspect subjectif de l'infraction de blanchiment. Il lui fait grief de ne pas avoir tenu compte de multiples éléments comme par exemple les aveux de P._ au mois de juillet 2002, la procédure de clarification mise en place par le Comité de conformité, les tromperies des représentants du Bureau de Rio de Janeiro, l'organisation déficiente de la banque, l'absence de réticence du Comité de conformité à annoncer les cas à la Direction générale, sa position au sein de la banque D._ et l'absence de mobile.
9.1 Le droit d'être entendu implique que l'autorité motive sa décision, afin que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu. Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige et expose les motifs qui fondent son prononcé, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient. Elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540).
9.2 La Cour des affaires pénales a exposé les éléments dont le recourant a eu connaissance de par ses qualités de directeur général adjoint, de conseiller du Comité de Direction et de membre du Comité de conformité (cf. supra consid. A.c). Elle a retenu qu'il disposait des informations relatives au cas douteux et qu'il avait des soupçons quant à un problème de corruption, à savoir qu'il était conscient de l'origine vraisemblablement illicite des avoirs de A._. Elle a également relevé que l'intéressé ne prenait pas vraiment au sérieux les impératifs de la lutte contre le blanchiment et n'entendait pas s'y conformer spontanément. Elle a enfin admis que le recourant avait décidé, avec le Comité, de temporiser contribuant de la sorte à ce que la Direction générale ne pût pas communiquer les comptes et bloquer les avoirs en cause. Ce faisant, il ne pouvait qu'accepter que le comportement adopté fût propre à provoquer l'entrave prohibée.
Ainsi, la Cour des affaires pénales a dûment motivé sa décision quant aux diverses conditions relatives à l'aspect subjectif de l'infraction retenue, étant précisé que, pour le reste, elle n'avait pas à discuter de tous les éléments qui pouvaient lui être opposés par le recourant (cf. supra consid. 9.1). Le grief doit par conséquent être rejeté.
10. Se plaignant d'une violation des art. 12 al. 2 et 305bis CP, le recourant conteste la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction de blanchiment.
10.1 L'infraction de blanchiment est intentionnelle, le dol éventuel étant suffisant. L'auteur doit vouloir ou accepter que le comportement qu'il choisit d'adopter soit propre à provoquer l'entrave prohibée; au moment d'agir, il doit s'accommoder d'une réalisation possible des éléments constitutifs de l'infraction. L'auteur doit également savoir ou présumer que la valeur patrimoniale provenait d'un crime; à cet égard, il suffit qu'il ait connaissance de circonstances faisant naître le soupçon pressant de faits constituant légalement un crime et qu'il s'accommode de l'éventualité que ces faits se soient produits (ATF 122 IV 211 consid. 2e p. 217; 119 IV 242 consid. 2b p. 247).
Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait, même s'il ne le souhaite pas (ATF 133 IV 9 consid. 4.1 p. 16; 131 IV 1 consid. 2.2 p. 4). La négligence consciente s'en distingue par l'élément volitif. Alors que celui qui agit par dol éventuel s'accommode du résultat dommageable pour le cas où il se produirait, celui qui agit par négligence consciente escompte - ensuite d'une imprévoyance coupable - que ce résultat, qu'il envisage aussi comme possible, ne se produira pas (ATF 133 IV 9 consid. 4.1 p. 16; 130 IV 58 consid. 8.3 p. 61). La distinction entre le dol éventuel et la négligence consciente peut parfois s'avérer délicate, notamment parce que, dans les deux cas, l'auteur est conscient du risque de survenance du résultat. En l'absence d'aveux de la part de l'auteur, la question doit être tranchée en se fondant sur les circonstances extérieures, parmi lesquelles figurent la probabilité, connue de l'auteur, de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont élevées, plus l'on sera fondé à conclure que l'auteur a accepté l'éventualité de la réalisation du résultat. Peuvent aussi constituer des éléments extérieurs révélateurs, les mobiles de l'auteur et la manière dont il a agi (ATF 133 IV 9 consid. 4.1 p. 16; 130 IV 58 consid. 8.4 p. 62).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité s'est fondée sur une juste conception du dol éventuel et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (ATF 133 IV 1 consid. 4.1 p. 4).
10.2 L'application de la loi matérielle s'examine sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 2 LTF). Or, le recourant, qui, avec raison, ne prétend pas que la Cour des affaires pénales aurait méconnu la notion de dol éventuel, n'indique pas en quoi, fondée sur les faits qu'elle a retenus, celle-ci aurait fait une fausse application de cette notion. Il se contente d'invoquer divers éléments, sans toutefois démontrer en quoi l'appréciation des preuves effectuée par le Tribunal fédéral pénal serait arbitraire au sens défini par la jurisprudence. Dans cette mesure, le moyen soulevé est irrecevable.
Pour le reste, sur la base des faits pertinents qu'elle a tenu pour établis au terme de son appréciation des preuves (cf. supra consid. A.c et 9.2), la Cour des affaires pénales n'a pas violé le droit fédéral en admettant que le recourant s'était rendu coupable de blanchiment d'argent par omission. En effet, selon les constatations retenues, le recourant disposait des informations relatives au cas douteux et avait des soupçons quant à un problème de corruption. Il était donc conscient de l'origine vraisemblablement illicite des avoirs de A._. En restant passif, il s'est accommodé d'une réalisation possible des éléments objectifs constitutifs de l'infraction de blanchiment.
Le grief doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
11. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF).
Vu l'issue du présent recours, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 3 novembre 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani