Fatti:
A. A.A._, che ha iniziato il 1° luglio 2003 l'attività di fiduciario commercialista a Lugano, ha dichiarato, per il 2003, un reddito professionale di fr. 5'566.-- e, per il 2004, di fr. 52'775.--. Egli ha inoltre indicato, tra l'altro, a titolo di spese professionali, fr. 44'083.-- per il 2003 e fr. 12'381.85 per il 2004, per "corsi e seminari d'istruzione professionali" nonché fr. 18'445.75 per il 2003 e fr. 4'052.65 per il 2004, per spese di trasferta e di rappresentanza.
B. Il 6 dicembre 2006 l'Ufficio di tassazione circondariale di Lugano ha notificato al contribuente e alla di lui moglie le tassazioni IFD e IC per gli anni 2003 e 2004, nelle quali ha, in particolare, ripreso i costi per "corsi e seminari" osservando che si riferivano a corsi organizzati da Scientology e, quindi, erano di natura privata, così come ha ripreso l'importo di fr. 10'000.-- su un totale di fr. 18'445.-- per le spese di trasferta e rappresentanza, trattandosi a suo avviso di costi legati ai soprammenzionati corsi.
Le tassazioni sono state confermate con decisione su reclamo del 24 febbraio 2010.
C. Adita da A.A._ e dalla di lui moglie, la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello ticinese ha, con sentenza del 16 dicembre 2011, respinto il gravame per quanto riguarda la deducibilità dei costi legati ai corsi e seminari seguiti presso Scientology nonché rinviato la causa all'autorità di tassazione affinché si pronunci di nuovo sui presupposti alla base della ripresa di fr. 10'000.-- per le spese di trasferta e rappresentanza.
D. Il 16 gennaio 2012 A.A._ ha esperito, per sé e per la moglie, un ricorso dinanzi al Tribunale federale con cui chiede l'annullamento della decisione su reclamo e della sentenza cantonale. Richiamati gli artt. 26 della legge tributaria ticinese del 21 giugno 1994 (LT; RL/TI 10.2.1.1) e 27 della legge federale sull'imposta federale diretta del 14 dicembre 1990 (LIFD; RS 642.11) chiede che le spese sostenute in relazione ai corsi di Scientology, nonché tutti i costi di trasferta e rappresentanza da lui menzionati siano ammessi in deduzione per gli anni 2003 e 2004. In via subordinata domanda che le spese per i corsi siano riconosciute in ragione del 50 %.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43).
2. 2.1 Oggetto di disamina è l'accertamento del reddito da attività indipendente, segnatamente la deduzione di spese professionali, nonché la ripresa di spese di trasferta e rappresentanza, ai fini dell'imposta federale diretta e dell'imposta cantonale e comunale per gli anni 2003 e 2004. La decisione contestata è stata emanata da un'autorità di ultima istanza cantonale con natura di tribunale superiore (art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF) e concerne una causa di diritto pubblico (art. 82 LTF) in materia d'imposta federale diretta e d'imposta cantonale armonizzata (art. 9 cpv. 1 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni, LAID; RS 642.14), ciò che è ammissibile dato che il quesito giuridico da risolvere è disciplinato in identica maniera per le due categorie d'imposta (DTF 135 II 260 consid. 1.3 pag. 262 seg.; sentenza 2C_604/2007 del 1° aprile 2008 consid. 1.2). Il gravame è quindi di massima ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico conformemente agli artt. 82 segg. LTF, 146 della legge sull'imposta federale diretta del 14 dicembre 1990 (LIFD; RS 642.11) e 73 cpv. 1 LAID.
L'allegato ricorsuale ossequia inoltre la giurisprudenza che autorizza la presentazione di un unico allegato ricorsuale quando emerge chiaramente dal medesimo che sono contestate le due categorie d'imposta (DTF 135 II 260 consid. 1.3.2 pag. 263 seg.).
2.2 Per poter essere dichiarato ammissibile, occorre però anche che il gravame rispetti ulteriori condizioni, segnatamente quelle prescritte per l'impugnazione di una decisione incidentale giusta l'art. 93 cpv. 1 LTF. In effetti, la sentenza impugnata non pone fine alla procedura di tassazione, ma rinvia gli atti per nuovi accertamenti e nuova decisione all'autorità di prima istanza. Al riguardo va precisato che anche se, oltre i fattori di tassazione per i quali la Camera di diritto tributario ha statuito il rinvio, nel giudizio querelato vi sono pure altri fattori che sono stati decisi in via definitiva, ciò non toglie che, conformemente alla giurisprudenza, trattasi comunque di una decisione incidentale (DTF 134 II 137 consid. 1.3.1 e 1.3.2 pag. 139 segg., 124 consid. 1.3 pag. 127; 133 V 477 consid. 4.1.3 e 4.2 pag. 481 seg.; sentenza 2C_538/2007 del 21 febbraio 2008 consid. 2.1). I giudici cantonali non si sono infatti pronunciati a titolo definitivo su una tra varie domande giudicabili a titolo indipendente, ma su una tra varie censure concernenti l'unica conclusione ricorsuale (cfr. DTF 133 V 477 consid. 4.3 pag. 482), ovvero l'allestimento delle decisioni di tassazione come ai valori indicati nelle dichiarazioni fiscali. La sentenza della Camera di diritto tributario è quindi impugnabile soltanto se risultano adempiuti i presupposti dell'art. 93 cpv. 1 LTF.
Sennonché i ricorrenti, ai quali spetta dimostrare l'adempimento di tali condizioni (DTF 134 III 426 consid. 1.2 in fine pag. 429), non si sono avveduti affatto di questo aspetto. Essi non fanno valere, e d'altronde non si scorge neppure, l'esistenza di un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, ricordato che per pregiudizio irreparabile s'intende un pregiudizio di natura giuridica, ossia un pregiudizio a cui non può essere posto ulteriormente rimedio con una sentenza finale o un'altra decisione favorevole al ricorrente (DTF 135 I 261 consid. 1.2 pag. 263). Inoltre nemmeno la condizione dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF è realizzata nel caso concreto perché l'eventuale accoglimento del ricorso non comporterebbe affatto una decisione finale immediata, consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa.
2.3 Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente inammissibile e va deciso secondo la procedura semplificata dell'art. 108 cpv. 1 lett. a LTF.
3. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vanno poste a carico dei ricorrenti con vincolo di solidarietà (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 800.-- sono poste a carico dei ricorrenti, con vincolo di solidarietà.
3. Comunicazione al rappresentante dei ricorrenti, alla Divisione delle contribuzioni e alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, nonché all'Amministrazione federale delle contribuzioni, Divisione principale imposta federale diretta, imposta preventiva, tasse di bollo.