Erwägungen:
1. Die Eidgenössische Steuerverwaltung führt gegen Z._ und weitere Personen eine besondere Steueruntersuchung nach Art. 190 ff. DBG wegen Verdachts auf schwere Steuerwiderhandlungen. Im Rahmen dieser Untersuchung erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung am 9. Juni 2010 gegenüber der Graubündner Kantonalbank eine Verfügung, worin diese aufgefordert wurde, alle Vermögenswerte, die Z._ gehören oder an denen er wirtschaftlich berechtigt oder zeichnungsberechtigt ist, zu sperren. Daraufhin sperrte die Graubündner Kantonalbank unter anderem ein Konto der X._ AG, da Z._ diesbezüglich wirtschaftlich Berechtigter sei. Am 11. Juni 2010 hob die Eidgenössische Steuerverwaltung die Beschlagnahme dieses Kontos "unter Vorbehalt der bestimmungsgemässen Verwendung" wieder auf.
Gegen die Beschlagnahmeverfügung der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 9. Juni 2010 bzw. gegen den "Vorbehalt der bestimmungsgemässen Verwendung" vom 11. Juni 2010 erhob die X._ AG am 14. Juni 2010 Beschwerde. Am 20. Juli 2010 reichte die Y._ AG der Eidgenössischen Steuerverwaltung eine Solidarbürgschaft für allfällige Steuerschulden von Z._ ein. Aufgrund dieser Bürgschaft hob die Eidgenössische Steuerverwaltung am 22. Juli 2010 die Verfügungsbeschränkung des Kontos der X._ AG mit sofortiger Wirkung auf. Die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts schrieb mit Entscheid vom 25. Oktober 2010 das Verfahren infolge Gegenstandslosigkeit ab und verpflichtete die Eidgenössische Steuerverwaltung, die X._ AG für das Beschwerdeverfahren mit Fr. 1'775.-- zu entschädigen.
2. Die Eidgenössische Steuerverwaltung führt mit Eingabe vom 10. November 2010 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid der I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts vom 25. Oktober 2010. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, soweit die Parteientschädigung betreffend. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 79 i.V.m. Art. 78 BGG ist die Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht gegen Entscheide der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts zulässig, soweit es sich um Entscheide über Zwangsmassnahmen handelt. Streitgegenstand ist vorliegend einzig die von der Beschwerdekammer gesprochene Parteientschädigung. Ob es sich beim angefochtenen Entscheid gleichwohl um einen Entscheid über Zwangsmassnahmen im Sinne von Art. 79 BGG handelt, weil - wie die Eidgenössische Steuerverwaltung ausführt - die umstrittene Parteientschädigung in einem Verfahren über eine Beschlagnahme gesprochen wurde, kann offen bleiben, da aus einem anderen Grund auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
4. Beim angefochtenen Entscheid der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts handelt es sich um einen im Rahmen eines Verwaltungsstrafverfahrens ergangenen Zwischenentscheid. Ein solcher Entscheid ist nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 BGG anfechtbar (BGE 136 IV 92 E. 3).
4.1 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide - die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand zum Gegenstand haben (vgl. Art. 92 BGG) - ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder - was indes hier von vornherein ausser Betracht fällt - wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
4.2 Die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (BGE 135 II 30 E. 1.3.2 S. 34 f.).
4.3 Im Verfahren der Beschwerde in Strafsachen setzt Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG das Vorliegen eines Nachteils rechtlicher Natur voraus, der auch durch einen günstigen Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 134 IV 43 E. 2.1 S. 45). Es obliegt dabei dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind (BGE 134 III 426 E. 1.2; 133 III 629 E. 2.3.1). Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, hierzu von Amtes wegen Nachforschungen anzustellen. Vorliegend äussert sich die Beschwerdeführerin nicht zu den Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG. Die Beschwerde enthält somit insoweit keine hinreichende Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG. Hinzu kommt, dass ein rechtlich nicht wieder gutzumachender Nachteil auch nicht ersichtlich ist.
4.4 Zusammenfassend ergibt sich, dass auf die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 BGG nicht einzutreten ist.
5. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 4 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. November 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli