Faits:
A. Le 2 mai 2011, le Président du Tribunal civil de la Sarine a prononcé la dissolution de la société A._ Sàrl (anciennement B._ Sàrl) en raison de carences organisationnelles et a ordonné sa liquidation selon les règles applicables à la faillite.
B. B.a L'office cantonal des faillites a déposé l'état de collocation le 17 février 2012. Il n'y figure que deux créances, colloquées en troisième classe, à savoir 3'849 fr. 10 en faveur de Fiduciaire Y._ SA et 72'917'289 fr. 65 en faveur de Banque X._. La première concerne des honoraires et frais facturés par la fiduciaire de la faillie pour des prestations jusqu'au 21 juin 2011; la seconde se rapporte à deux contrats de prêt conclus les 6 et 27 août 2008 entre Banque X._ et B._ Sàrl, lesquels sont l'objet d'une procédure pendante aux Iles Vierges britanniques.
B.b Le 27 févier 2012, Fiduciaire Y._ SA et Banque X._ ont toutes deux déposé une plainte contre l'état de collocation, chacune d'elles ayant conclu à ce que la créance de l'autre soit écartée de l'état de collocation. Banque X._ a en outre requis que le contrat de prêt du 27 août 2008 soit mentionné, en sus de celui du 6 août 2008, comme cause de l'obligation.
B.c Par arrêt du 24 avril 2012, la Chambre des poursuites et faillites du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, autorité de surveillance, a rejeté la plainte formée par Fiduciaire Y._ SA et déclaré sans objet, dans la mesure où elle était recevable, celle de Banque X._.
C. Le 7 mai 2012, Banque X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt et conclut à son annulation en tant qu'il concerne l'irrecevabilité de sa plainte. Elle requiert que la créance de Fiduciaire Y._ SA soit supprimée de l'état de collocation; subsidiairement, qu'il soit constaté que la décision colloquant dite créance est nulle; et, plus subsidiairement, que la cause soit renvoyée en instance cantonale pour nouvelle décision avec instruction de requérir de plus amples informations concernant la créance de Fiduciaire Y._ SA. À l'appui de ses conclusions, elle invoque une violation de l'art. 29 al. 2 Cst. et de l'art. 53 al. 1 CPC, de l'art. 20a al. 2 ch. 2 phr. 1 LP, de l'art. 244 LP, ainsi que des art. 245 et 247 al. 1 LP en relation avec les art. 20a al. 2 ch. 2 phr. 1 et 22 al. 1 phr. 2 LP. Elle demande en outre l'octroi de l'effet suspensif.
Par ordonnance du 25 juin 2012, l'effet suspensif a été accordé au recours.
Des réponses sur le fond n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai (art. 100 al. 2 let. a LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale de surveillance de dernière (unique) instance (art. 75 al. 1 LTF), le recours est en principe recevable, ce indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2). Il ne connaît cependant de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit ainsi satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (ATF 133 IV 286 consid. 1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2).
2.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
3. La recourante invoque tout d'abord une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst. et 53 al. 1 CPC) en tant que la cour cantonale n'aurait pas correctement examiné le grief soulevé devant elle. Elle prétend que, dans ses écritures cantonales, elle aurait expressément invoqué que la créance de Fiduciaire Y._ SA n'était pas suffisamment précise et n'avait pas été prouvée puisqu'il n'était pas possible de déterminer sur quelle période portaient les opérations dont le paiement était réclamé et donc d'intenter une action en contestation de l'état de collocation.
La question de savoir si la cour cantonale a correctement examiné le grief de la recourante - à supposer que celui-ci ait été développé de manière suffisamment claire pour être compris - peut demeurer indécise en l'espèce dès lors que la plainte était de toute manière irrecevable (cf. infra consid. 4.5).
4. 4.1 La recourante invoque l'art. 244 LP et fait valoir qu'il appartenait à l'office des faillites de vérifier la créance en cause et que, compte tenu des pièces produites et des incertitudes liées à la période pour laquelle les honoraires étaient réclamés, elle aurait dû refuser de l'admettre au passif. Elle ajoute que c'est bien par la voie de la plainte qu'il y avait lieu d'agir et qu'il ne lui était pas possible d'intenter une action en contestation de l'état de collocation faute d'être suffisamment renseignée sur la créance de l'intimée.
4.2 L'office des faillites a précisé, dans sa détermination devant l'autorité cantonale de surveillance, les raisons pour lesquelles il avait jugé vraisemblable l'existence de la prétention de l'intimée et l'avait donc admise au passif. Il a indiqué qu'il ressortait des déclarations de l'ancienne gérante de la faillie que Fiduciaire Y._ SA avait été mandatée, fait qui était, de surcroît, corroboré par les documents de la comptabilité de la faillie. Concernant la date des opérations, il a mentionné qu'une créance pouvait prendre naissance postérieurement à la conclusion du rapport d'obligation, lequel existait en l'espèce bien avant l'ouverture de la faillite. L'office des faillites note enfin que, dans la mesure où l'intimée n'avait jamais été mandatée par l'office, sa créance ne pouvait être qualifiée de dette de la masse et la production en cause ne pouvait constituer qu'une dette de la faillie.
4.3 Constatant que la recourante reprochait à l'office des faillites d'avoir colloqué la créance de Fiduciaire Y._ SA alors que celle-ci concernait des prestations tant postérieures qu'antérieures au prononcé de la faillite, la cour cantonale a considéré qu'elle n'était pas compétente pour statuer sur la question de savoir si une créance devait être qualifiée de dette du failli ou de la masse, cette question relevant de la situation juridique matérielle et non du respect des dispositions de forme et de procédure lors de l'établissement de l'état de collocation.
4.4 L'état de collocation dans la faillite peut être contesté par la voie de la plainte (art. 17 LP) ou par celle de l'action en contestation de l'état de collocation (art. 250 LP).
4.4.1 La voie de la plainte est ouverte lorsque l'état de collocation est imprécis, inintelligible ou entaché de vices de forme (lorsque, par exemple, il n'indique pas les motifs de rejet d'une créance) ou encore lorsque certaines prescriptions de procédure avec incidence de droit matériel n'ont pas été observées: ainsi, lorsqu'une décision a été prise en faveur d'une créance non produite ou insuffisamment établie, ou lorsqu'aucune décision n'est intervenue à propos d'une prétention produite ou inscrite au registre foncier.
L'action porte, elle, sur le fond; elle a pour but de déterminer si et dans quelle mesure la créance litigieuse doit participer à la liquidation de la faillite (ATF 119 III 84 consid. 2; GILLIÉRON, Commentaire de la LP, 2001, n°s 27 ss ad art. 250 LP; HIERHOLZER, Basler Kommentar, 2010, n°s 23 ss ad art. 249 LP et 8 ad art. 250 LP).
4.4.2 Doit ainsi être invoqué par la voie de la plainte le fait que la décision de collocation a été prise sans qu'il ait été procédé aux vérifications nécessaires (ATF 96 III 106 consid. 2; 93 III 59 consid. 2; arrêt 5A_476/2007 du 2 novembre 2007 consid. 3). En revanche, il n'appartient pas aux autorités de surveillance de statuer sur les litiges portant sur la qualification d'une dette comme obligation de la masse ou obligation du failli, mais à l'autorité compétente pour statuer sur le fond de la prétention en cause, à savoir le juge civil ou les autorités ou les juridictions administratives suivant la nature du contentieux (ATF 125 III 293 consid. 2; 113 III 148 consid. 1; 106 III 118 consid. 1; 78 III 172 consid. 2; 75 III 57 consid. 2; 75 III 19 consid. 3).
4.4.3 Selon l'art. 244 LP, l'administration examine chaque production et fait les vérifications nécessaires; elle consulte le failli. Bien que l'administration ait l'obligation de vérifier précisément chaque créance produite, l'examen doit rester sommaire, comme cela découle déjà du court délai qui lui est imparti pour dresser l'état de collocation. L'administration de la faillite ne vérifie pas l'existence de la production, mais elle admet au passif la prétention dont l'existence lui paraît vraisemblable (arrêt 5A_141/2008 du 6 août 2008 consid. 3.1; GILLIÉRON, op. cit., n° 3 ad rem. introductives aux art. 244-251 LP; HIERHOLZER, op. cit., n° 18 ad. art. 244 LP; JAQUES, Poursuite et faillite, Commentaire romand, 2005, n°s 10 ss ad art. 244 LP).
4.5 En l'occurrence, la créance de l'intimée a été colloquée comme dette de la faillie et n'a pas été admise comme dette de la masse; la recourante ne peut donc se plaindre de ce qu'elle ne sait pas contre qui et par quelle voie agir. Il importe peu à cet égard que l'intimée prétende désormais qu'une partie de sa prétention constituerait une dette de la masse puisqu'il ne ressort pas du dossier, ni n'est allégué, qu'elle aurait agi dans ce sens. Quoi qu'il en soit cette question ne relèverait pas, cas échéant, de la compétence de l'autorité de surveillance (cf. supra consid. 4.4.2).
De plus, on ne saurait reprocher à l'office des faillites son examen de la prétention, aussi sommaire fût-il. En effet, en présence d'une production émanant d'une société qui, selon la gérante de la faillie, a été dûment mandatée, ces dires étant en outre corroborés par la comptabilité de la faillie, l'office des faillites pouvait considérer comme vraisemblable l'existence de la créance, même si la facture produite indiquait que les prestations avaient été prises en compte jusqu'à une date postérieure à l'ouverture de la faillite.
Lorsque la recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir suffisamment vérifié la production de l'intimée, elle entend en réalité contester l'existence de la prétention admise. Elle fait valoir, d'une part, qu'une partie de la créance serait postérieure à la faillite et, d'autre part, qu'il est probable que celle-ci ait, en partie, été acquittée puisqu'il n'est pas indiqué la date à laquelle les opérations facturées ont débuté. Ces objections relèvent précisément de la question du bien-fondé de l'admission de la prétention, qui n'est pas du ressort de l'autorité de surveillance. S'il n'appartient pas à celle-ci de statuer sur les litiges portant sur la qualification d'une dette comme obligation de la masse ou obligation du failli, elle ne doit, a fortiori, pas davantage trancher la question de savoir si une obligation a pris naissance avant l'ouverture de la faillite, mais n'est devenue exigible qu'ultérieurement, ou si elle ne lie tout simplement pas le failli; d'ailleurs, la recourante l'admet elle-même dans ses écritures lorsqu'elle en fait le reproche à l'office des faillites. Déterminer si une partie de la créance aurait déjà été acquittée n'est pas non plus de sa compétence. De tels griefs pourront cependant être examinés, cas échéant, dans le cadre de l'action en contestation de l'état de collocation.
Il suit de là que c'est à juste titre que la cour cantonale a déclaré la plainte de la recourante irrecevable.
5. Dès lors que l'autorité de surveillance n'était pas habilitée à trancher la question du bien-fondé de l'admission de la prétention au passif, elle ne pouvait pas non plus prononcer la nullité éventuelle de l'état de collocation pour des motifs de droit matériel. Elle n'avait pas davantage à compléter d'office l'état de fait puisque les faits en cause, à savoir qu'une part des prestations de l'intimée n'auraient été fournies qu'après l'ouverture de la faillite et que l'intimée n'aurait pas été mandatée par l'office des faillites, n'étaient pertinents que pour des questions de droit matériel dont elle n'avait pas à juger. Le sort des griefs de la recourante en relation avec les art. 20a al. 2 ch. 2 phr. 1, 22 al. 1 phr. 2, 245 et 247 al. 1 LP est ainsi scellé par le considérant précédent.
6. En définitive, le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens, des réponses n'ayant pas été requises (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office cantonal des faillites de l'État de Fribourg et à la Chambre des poursuites et faillites du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, en qualité d'Autorité de surveillance.
Lausanne, le 5 septembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Richard