Sachverhalt:
A. Die Eheleute X._ sind Eigentümer der mit einem Einfamilienhaus überbauten Parzelle Nr. 191 in Weingarten, Politische Gemeinde Lommis. Die unmittelbar angrenzende ebenfalls mit einem Einfamilienhaus überbaute Parzelle Nr. 192 gehört dem Ehepaar Y._. Entlang der gemeinsamen Grundstücksgrenze haben die Eheleute Y._ insgesamt 11 Granitblocksteine von ca. 50 cm Höhe und je 1.40 m Länge platziert und das frühere Gefälle bis zur westlichen Fassade ihres Hauses mit Humus ausgeebnet. Der vom Ehepaar X._ angerufene Gemeinderat Lommis hielt mit Verfügung vom 13. Dezember 2005 fest, eine kleine Stützmauer sei unumgänglich, um den Höhenunterschied zwischen den beiden Grundstücken auszugleichen. Eine Verletzung des Grenzabstands sei nicht ausgewiesen.
Mit Rekurs an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau beantragten die Eheleute X._ insbesondere, das Ehepaar Y._ sei zu verpflichten, bei der Aufschüttung einen Grenzabstand von mindestens 60 cm gegenüber der gemeinsamen Grenze einzuhalten. Das Departement hiess den Rekurs am 27. April 2007 gut und wies die Gemeinde an, die Eheleute Y._ unter Ansetzung einer angemessenen Frist sowie unter Androhung der Ersatzvornahme aufzufordern, die Terraingestaltung im gemeinsamen Grenzbereich der Parzellen Nrn. 191 und 192 so auszugestalten, dass der Grenzabstand von 60 cm eingehalten sei. Das Departement sprach keine Parteientschädigungen zu.
Gegen den Entscheid des Departements vom 27. April 2007 gelangten sowohl die Eheleute Y._ als auch die Ehegatten X._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Während das Ehepaar Y._ die Aufhebung des Entscheids des Departements verlangte, beantragten die Eheleute X._, ihnen sei für das Verfahren vor dem Departement eine Parteientschädigung zuzusprechen. Mit Urteil vom 19. Dezember 2007 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde des Ehepaars X._ ab und hiess die Beschwerde der Eheleute Y._ im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Es wies die Sache an die Gemeinde Lommis zurück, damit diese prüfe, ob für die bestehende Terraingestaltung eine Ausnahmebewilligung erteilt werden könne.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. März 2008 beantragen die Eheleute X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und der Entscheid des Departements für Bau und Umwelt vom 27. April 2007 sei zu bestätigen. Das Verfahren sei lediglich insoweit an die Vorinstanz zurückzuweisen, als die vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen zu regeln seien. Sie rügen die willkürliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts sowie die Verletzung bau- und planungsrechtlicher Bestimmungen.
C. Das Verwaltungsgericht, die Politische Gemeinde Lommis und die Eheleute Y._ beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Departement für Bau und Umwelt stellt den Antrag, die Beschwerde sei gutzuheissen. Die Beschwerdeführer haben von der Gelegenheit, sich zu den Vernehmlassungen der Verfahrensbeteiligten zu äussern, Gebrauch gemacht und halten an ihren Anträgen fest.
D. Mit Präsidialverfügung vom 21. April 2008 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung beigelegt.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.1 S. 251).
1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Das Bundesgerichtsgesetz enthält auf dem Gebiet des Bau- und des Umweltschutzrechts keinen Ausschlussgrund von der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a und Art. 83 BGG). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht somit grundsätzlich zur Verfügung (BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251, 400 E. 2.1 S. 404).
1.2 Die Beschwerdeführer haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und sind Eigentümer des Grundstücks, an dessen Grenze die umstrittene Terraingestaltung vorgenommen wurde. Sie sind davon besonders berührt und berufen sich auf schutzwürdige Interessen. Ihre Beschwerdelegitimation ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zu bejahen (BGE 133 II 249 E. 1.3 S. 252 ff.).
1.3 Mit dem angefochtenen Urteil weist das Verwaltungsgericht die Sache an die Gemeinde Lommis zurück, damit diese prüfe, ob für die bestehende Terraingestaltung eine Ausnahmebewilligung erteilt werden könne. Mit der Rückweisung der Angelegenheit zur neuen Beurteilung wird das Verfahren nicht abgeschlossen. Es liegt somit nicht ein Endentscheid über die Baubewilligung im Sinne von Art. 90 BGG vor, sondern ein Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 Abs. 1 BGG.
1.3.1 Gegen Zwischenentscheide der vorliegenden Art ist nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG die Beschwerde zulässig, wenn der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Dass den Beschwerdeführern durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG entstehen könnte, wird nicht geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil 1C_55/2007 vom 27. Februar 2008 E. 1.3.1 mit Hinweisen). Allfällige Nachteile für den Beschwerdeführer können auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung des Endentscheids behoben werden (Art. 93 Abs. 3 BGG).
1.3.2 Gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG ist gegen (andere) selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide die Beschwerde zulässig, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Diese Bestimmung gibt die früher in Art. 50 Abs. 1 OG verankerte Regelung wieder, die für das zivilrechtliche Verfahren vor Bundesgericht galt (vgl. Botschaft zum BGG in BBl 2001 S. 4334; BGE 133 III 629 E. 2.4 S. 633, IV 288 E. 3.2 S. 292). Ob die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG erfüllt sind, prüft das Bundesgericht frei (vgl. BGE 133 IV 288 E. 3.2 S. 292; 118 II 91 E. 1a S. 92).
Eine Gutheissung der vorliegenden Beschwerde würde im Ergebnis zu einer Bestätigung des Entscheids des Departements für Bau und Umwelt vom 27. April 2007 führen, mit welchem die Politische Gemeinde Lommis angewiesen wurde, die Verfahrensbeteiligten unter Ansetzung einer angemessenen Frist und unter Androhung der Ersatzvornahme aufzufordern, die Terraingestaltung so vorzunehmen, dass ein Grenzabstand von mindestens 60 cm eingehalten ist. Damit würde nicht sofort ein Endentscheid im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG herbeigeführt, weshalb bereits die erste Voraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG nicht erfüllt ist.
Somit ist nicht weiter zu prüfen, ob die zweite kumulative Voraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, wonach mit der Behandlung der Beschwerde gegen den Zwischenentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, gegeben ist. Die Beschwerdeführer äussern sich im Übrigen zum Aufwand für das weitere Verfahren nicht, womit sie ihrer diesbezüglichen Begründungspflicht nicht nachkommen (vgl. BGE 133 II 629 E. 2.4.2 S. 633, IV 288 E. 3.2 S. 292; 118 II 91 E. 1a S. 92).
2. Es ergibt sich, dass auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann. Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Lommis, dem Departement für Bau und Umwelt, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag