Faits:
A. En 2000, Z._, artiste allemand, a exposé diverses oeuvres dans une galerie d'art exploitée par Y._ SA. L'oeuvre intitulée "A._" était proposée à la vente au prix de 80'000 euros. Elle n'a pas trouvé preneur et est restée en possession de Y._ SA jusqu'en octobre 2003. Le 23 octobre 2003, celle-ci a mandaté l'entreprise de transport X._SA pour transporter diverses oeuvres dont "A._" vers l'Allemagne. Informé que la caisse contenant cette dernière oeuvre avait été transportée en position horizontale et non verticale comme requis, Z._ s'est rendu à Cologne pour l'examiner. En présence de témoins, il a constaté seize fissures et émis l'avis que l'oeuvre ne pouvait pas être réparée.
B. Le 1er novembre 2004, Y._ SA et Z._ ont assigné X._SA devant le Tribunal de première instance du canton de Genève en paiement des sommes de 80'000 euros et 401 fr. 75 avec intérêt. Par jugement du 6 décembre 2007, ladite autorité les a déboutés de leurs conclusions.
Statuant sur appel de Y._ SA et Z._ par arrêt du 20 juin 2008, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement du 6 décembre 2007, renvoyé la cause au Tribunal de première instance pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants et débouté Y._ SA et Z._ de leur conclusion en paiement de 401 fr. 75 avec intérêt. En substance, elle a admis le principe de la responsabilité de X._SA; elle a ensuite retenu que celle-ci ne se prévalait d'aucun fait d'exonération de la responsabilité prévu à l'art. 17 de la Convention du 19 mai 1956 relative au contrat de transport international de marchandises par route (CMR; RS 0.741.611) et ne pouvait pas se prévaloir du plafond de l'indemnité prévu à l'art. 23 ch. 3 CMR, dès lors qu'elle avait commis une faute grave; elle a enfin constaté qu'elle n'était pas en mesure de juger si l'oeuvre était réparable et si, même réparable, celle-ci n'avait pas perdu toute valeur vénale au regard du marché de l'art, de sorte qu'elle a renvoyé la cause au Tribunal de première instance afin qu'il ordonne une expertise.
C. X._SA (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, dans lequel elle a conclu à l'annulation de l'arrêt du 20 juin 2008 sauf en tant qu'il déboute Y._ SA et Z._ de leur conclusion en paiement de 401 fr. 75, avec suite de dépens; dans le cadre de nombreux griefs, elle a contesté tant le principe et la portée de sa responsabilité que la légitimation active de ses adverses parties; elle a également requis l'octroi de l'effet suspensif au recours, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 23 septembre 2008. Y._ SA et Z._ (les intimés) ont proposé l'irrecevabilité, subsidiairement le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 235 consid. 1).
1.1 L'arrêt attaqué rejette la conclusion des intimés portant sur 401 fr. 75. Dans cette mesure, il n'est pas remis en cause, étant précisé que n'étant pas lésée, la recourante n'était pas habilitée à le faire, et que les intimés n'ont pas recouru. Ce point est donc définitivement acquis.
1.2 Cela étant, l'arrêt attaqué est contesté en tant qu'il renvoie la cause au Tribunal de première instance afin qu'il statue à nouveau sur la conclusion des intimés portant sur 80'000 euros. Cette décision est une décision incidente (ATF 133 IV 121 consid. 1.3). Dès l'instant où elle ne porte pas sur la compétence ou sur une demande de récusation (cf. art. 92 LTF), elle ne peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si l'une des deux conditions posées par l'art. 93 al. 1 LTF est réalisée: soit elle peut causer un préjudice irréparable (let. a), soit l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b), cas de figure que la recourante estime en l'occurrence réalisé. Si le recours n'est pas recevable au regard de ces conditions ou s'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci (art. 93 al. 3 LTF). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de la procédure: en tant que cour suprême, le Tribunal fédéral ne doit en principe connaître qu'une seule fois de la même affaire, à la fin de la procédure, à moins que l'on ne se trouve dans l'un des cas où la loi autorise exceptionnellement, précisément pour des raisons d'économie de la procédure, un recours immédiat contre une décision préjudicielle ou incidente (ATF 133 III 629 consid. 2.1 p. 631; cf. également ATF 134 III 188 consid. 2.2).
1.3 La première des deux conditions cumulatives de l'art. 93 al. 1 let. b LTF est réalisée si le Tribunal fédéral peut mettre fin une fois pour toutes à la procédure en jugeant différemment la question tranchée dans la décision préjudicielle ou incidente (ATF 133 III 629 consid. 2.4.1). Quant à la seconde condition, il appartient à la partie recourante d'établir qu'une décision finale immédiate permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse, si cela n'est pas manifeste; il doit en particulier indiquer de manière détaillée quelles questions de fait sont encore litigieuses, quelles preuves - déjà offertes ou requises - devraient encore être administrées et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (ATF 133 III 629 consid. 2.4.2 p. 633).
1.4 En l'espèce, le mémoire de recours ne satisfait pas à ces exigences. Reproduisant simplement le texte légal, la recourante se limite à affirmer sans autre mot d'explication qu'une procédure probatoire longue et coûteuse pourrait être évitée. Or, cela n'est pas évident, la seule question ouverte étant celle de savoir si l'oeuvre endommagée peut être réparée et si elle n'en perdrait pas néanmoins toute valeur vénale sur le marché de l'art. Rien ne permet de penser que l'expertise à ordonner sera particulièrement complexe et coûteuse. Il s'ensuit l'irrecevabilité du recours.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 6'000 fr., à payer aux intimés, créanciers solidaires, à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 3 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz