Faits:
A. Une instruction préparatoire a été ouverte, par un Juge d'instruction fédéral, à l'encontre de A._ et de deux membres de sa famille. A._, qui avait été arrêté, a été remis en liberté par une ordonnance du Juge d'instruction du 8 décembre 2005, qui lui imposait certaines conditions, notamment de ne pas quitter le territoire allemand.
Le 10 décembre 2007, A._ a déposé une demande tendant à obtenir la levée de l'interdiction de se rendre à l'étranger, en invoquant notamment le fait que l'instruction préparatoire était terminée (un acte d'accusation a été dressé). Le Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a statué sur cette demande le 17 janvier 2008. Le dispositif de cette décision présidentielle a la teneur suivante:
1. Ordonne le maintien des conditions auxquelles A._ a été remis en liberté le 8 décembre 2005, conditions lui faisant obligation de:
- donner suite à toute convocation qui lui serait adressée à son domicile élu;
- ne pas révoquer son élection de domicile sans en avoir préalablement choisi un autre;
- ne pas s'entretenir avec des personnes liées à la présente procédure, ne pas exercer de pression sur des témoins ou autres personnes, ne pas établir de faux documents destinés à justifier faussement les revenus de la famille.
2. Lui interdit formellement de quitter le territoire allemand jusqu'à la clôture de la présente procédure.
3. Ordonne que A._ fasse parvenir son passeport, par la poste, au greffe du tribunal de céans d'ici au 25 janvier 2008 et l'informe que, faute d'obtempérer, ce Tribunal entreprendra les démarches internationales utiles à la procédure.
4. Dit que la présente décision est rendue sans frais.
Cette décision a été notifiée à l'avocat d'office de A._, qui l'a reçue le 18 janvier 2008.
B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, selon un mémoire du 24 janvier 2008 de son avocat d'office, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer la décision du Président de la Cour des affaires pénales en ce sens que, d'une part, il est autorisé à quitter le territoire allemand pour se rendre à l'étranger, en particulier au Kosovo, et que, d'autre part, il n'est pas tenu de faire parvenir son passeport au greffe du Tribunal pénal fédéral. A titre subsidiaire, il conclut à la constatation de la nullité, sur les deux points précités, de la décision attaquée.
Le recours contient une requête d'effet suspensif et une demande d'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
C. A._ a informé le Tribunal fédéral du fait qu'il avait adressé, le 23 janvier 2008, à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral une plainte contre la décision présidentielle précitée du 17 janvier 2008. Les conclusions de cette plainte correspondent aux conclusions du présent recours.
Par une ordonnance rendue le 25 janvier 2008, le Président de la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a suspendu cette procédure "jusqu'à l'entrée en force de la décision du Tribunal fédéral sur la compétence".
Considérant en droit:
1. Le présent arrêt rend sans objet la requête d'effet suspensif.
2. L'objet du recours est une mesure prise à titre incident au cours d'un procès qui relève de la juridiction fédérale (justice pénale de la Confédération). Dans ce cadre, les décisions pouvant faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral (recours en matière pénale, art. 78 ss LTF) sont définies aux art. 79 et 80 LTF.
2.1 L'art. 80 al. 1 LTF dispose que le recours est recevable "contre les décisions prises [...] par le Tribunal pénal fédéral" ("gegen Entscheide [...] des Bundesstrafgerichts", "contro le decisioni del Tribunale penale federale"). Cette norme vise, essentiellement, les jugements rendus par la Cour des affaires pénales de ce Tribunal (art. 26 s. de la loi fédérale sur le Tribunal pénal fédéral [LTPF; RS 173.71]), qui mettent fin à l'action pénale. En d'autres termes, cette cour assume la fonction d'un juge du fond de première instance (cf. ATF 133 IV 278 consid. 1.2.2 p. 282). La Cour des affaires pénales - dans les différentes compositions mentionnées à l'art. 27 al. 1 LTPF - n'est en principe pas compétente pour se prononcer, durant l'instruction préparatoire ou avant les débats, sur des mesures incidentes. Le contrôle de ces mesures est normalement confié à la Cour des plaintes du même Tribunal (art. 28 s. LTPF). Ses décisions ne peuvent pas toutes faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral. L'art 79 LTF dispose en effet que "le recours est irrecevable contre les décisions de la cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral, sauf si elles portent sur des mesures de contrainte". La notion de "mesures de contrainte" se réfère aux mesures investigatrices ou coercitives prises, à titre incident, au cours du procès pénal, telles que l'arrestation, la détention, le séquestre, la fouille, la perquisition ou la surveillance téléphonique (ATF 133 IV 278 consid. 1.2.2 p. 281). Si une mesure incidente n'est pas une mesure de contrainte au sens de l'art. 79 LTF, le recours au Tribunal fédéral n'est pas recevable. Il ne saurait au demeurant être question d'appliquer à ce propos l'art. 80 al. 1 LTF car la notion, dans cette disposition, de "décision prise par le Tribunal pénal fédéral" ne vise pas les décisions prises à ce stade de la procédure (cf. notamment à ce sujet Marc Thommen, Basler Kommentar BGG, Bâle 2008, art. 80 n. 4-6).
2.2 La décision attaquée, en tant qu'elle interdit au recourant de quitter le territoire du pays où il réside et lui impose de déposer son passeport, constitue une mesure de contrainte. Elle n'a toutefois pas été rendue par la Cour des plaintes, mais par le Président de la Cour des affaires pénales. Sans doute ce magistrat, président de la juridiction saisie après la mise en accusation, déduit-il de l'art. 45 ch. 3 de la loi fédérale sur la procédure pénale (PPF; RS 312.0) sa compétence pour statuer sur des mesures de substitution à la détention préventive. Dans cette hypothèse, l'art. 79 LTF ne prévoit pas la recevabilité du recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il en va de même lorsque le Président de la Cour des plaintes, et non pas la Cour des plaintes en tant que telle, rend une décision au sujet d'une mesure d'instruction (cf. ATF 133 IV 182 consid. 4.4 p. 186). Il s'ensuit que le présent recours doit être déclaré irrecevable.
3. Il se justifie de statuer sans frais (art. 66 al. 1 LTF). Comme le recourant n'obtient pas gain de cause, il n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF). La rémunération du défenseur d'office du recourant, pour la rédaction de ce recours déposé en même temps qu'une plainte, d'un contenu analogue, adressée au Tribunal pénal fédéral, sera fixée par le tribunal compétent au fond, qui appréciera globalement le temps consacré aux deux démarches. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu de statuer sur la requête d'assistance judiciaire.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral (en deux exemplaires, l'un destiné au Président de la Cour des affaires pénales et l'autre au Président de la Ire Cour des plaintes).
Lausanne, le 31 janvier 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Jomini