Sachverhalt:
A. Der Eigentümer der in der Wohnzone 2A liegenden Parzellen Nrn. 5042 und 5043 in Guntershausen (Politische Gemeinde Aadorf) beabsichtigt, die beiden Grundstücke mit je einem Einfamilienhaus inklusive Garage zu überbauen. Die Politische Gemeinde Aadorf bewilligte das Baugesuch und wies gleichzeitig die Einsprache der X._ GmbH ab. Letztere ist Eigentümerin der südlich gelegenen, aber nicht direkt ans Bauvorhaben anstossenden Parzellen Nrn. 5023 und 4652.
B. Gegen den abweisenden Entscheid gelangte die X._ GmbH an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau, welches den erstinstanzlichen Entscheid am 30. Juli 2007 bestätigte. Daraufhin erhob die unterlegene Rekurrentin Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Dieses trat mit Urteil vom 19. Dezember 2007 mangels Legitimation der Beschwerdeführerin nicht auf die Beschwerde ein.
C. Mit als "staatsrechtliche Beschwerde" bezeichneter Eingabe vom 17. März 2008 ficht die X._ GmbH das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 19. Dezember 2007 an und beantragt dessen Aufhebung. Zudem sei das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau anzuweisen, auf ihre Beschwerde einzutreten.
Der Bauherr hat sich nicht zur Angelegenheit vernehmen lassen. Die Gemeinde Aadorf stellt sinngemäss Antrag auf Abweisung der Beschwerde, während das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU) beantragt, die Beschwerde gutzuheissen; es verweist dazu auf seinen Rekursentscheid vom 30. Juli 2007. Das Verwaltungsgericht schliesst unter Hinweis auf das angefochtene Urteil auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz [BGG; SR 173.110]) in Kraft getreten. Der angefochtene Entscheid erging nach dem 1. Januar 2007. Gemäss Art. 132 Abs. 1 BGG ist hier das Bundesgerichtsgesetz anwendbar.
1.2 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, mit welchem auf eine Beschwerde gegen die Baubewilligung für zwei Einfamilienhäuser nicht eingetreten wurde, weil die Beschwerdeführerin mangels genügender Betroffenheit durch das Bauprojekt nicht zur Beschwerde legitimiert sei. Das Urteil des Verwaltungsgerichts stützt sich mithin auf öffentliches Recht (vgl. Art. 82 lit. a BGG) und stellt einen kantonalen Endentscheid dar (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 i.V.m. Art. 90 BGG).
1.3 Die Beschwerdeführerin macht u.a. geltend, das Verwaltungsgericht sei auf ihre Beschwerde zu Unrecht nicht eingetreten und habe somit ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Zu dieser Rüge ist sie nach Art. 89 BGG befugt, ungeachtet ihrer Legitimation in der Sache. Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten. Die unrichtige Rechtsmittelbezeichnung schadet dabei nicht.
2. Die Beschwerdeführerin wirft dem Verwaltungsgericht vor, sie zu Unrecht nicht zur Beschwerde zugelassen zu haben.
2.1 Gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. a RPG (SR 700) gewährleistet das kantonale Recht gegen Verfügungen betreffend die Raumplanung (z.B. Baubewilligungen gemäss Art. 22 RPG) die Legitimation mindestens im gleichen Umfang wie für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Ferner schreibt Art. 111 BGG in Fortführung von Art. 98a des früheren Bundesrechtspflegegesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) die Einheit des Verfahrens vor: Wer zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt ist, muss sich am Verfahren vor allen kantonalen Vorinstanzen als Partei beteiligen können (Art. 111 Abs. 1 BGG); die unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts muss grundsätzlich mindestens die Rügen nach den Artikeln 95-98 BGG prüfen können (Art. 111 Abs. 3 BGG). Aus diesen Bestimmungen ergibt sich, dass die kantonalen Behörden die Rechtsmittelbefugnis nicht enger fassen dürfen, als dies für die Beschwerde an das Bundesgericht vorgesehen ist. Zur Beurteilung, ob das Verwaltungsgericht die Beschwerdeführerin teilweise vom Rechtsmittel ausschliessen durfte, ist im vorliegenden Fall die Beschwerdeberechtigung nach den Grundsätzen von Art. 89 Abs. 1 BGG, welche mit denjenigen des bisherigen Art. 103 lit. a OG übereinstimmen, zu prüfen. Wäre die Beschwerdeführerin befugt, gegen einen Sachentscheid über das Bauvorhaben auf den Parzellen Nrn. 5042 und 5043 beim Bundesgericht Beschwerde zu führen, so muss das Verwaltungsgericht auf ihr Rechtsmittel eintreten.
2.2 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist nach Art. 89 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a); durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist (lit. b); und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat (lit. c).
2.3 Die Behauptung allein, jemand sei von den Folgen einer Baubewilligung betroffen, genügt nicht, um die Beschwerdebefugnis zu begründen. Vielmehr muss aufgrund des konkreten Sachverhaltes das besondere Berührtsein (lit. b) und das schutzwürdige Interesse (lit. c) glaubhaft erscheinen, ansonsten jedermann, der eine unzutreffende Behauptung aufstellt, die Beschwerdeberechtigung zustünde. Dies liefe im Ergebnis auf eine unzulässige Popularbeschwerde hinaus. Die Voraussetzungen von Art. 89 Abs. 1 lit. b und lit. c BGG hängen eng zusammen; insgesamt kann insoweit an die Grundsätze, die zur Legitimationspraxis bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a OG entwickelt worden sind (vgl. BGE 120 Ib 48 E. 2a S. 51 f., 379 E. 4b S. 386 f.), angeknüpft werden. Will der Nachbar eine Baubewilligung anfechten, muss er glaubhaft darlegen, dass er namentlich in räumlicher Hinsicht eine besondere Beziehungsnähe zum Streitgegenstand aufweist und dass seine tatsächliche oder rechtliche Situation durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (BGE 133 II 249 E. 1.3.1 S. 252). Bei der Beurteilung der Beschwerdelegitimation ist eine Würdigung aller rechtlich erheblichen Sachverhaltselemente vorzunehmen. Eine besondere Betroffenheit wird vor allem in Fällen bejaht, in welchen von einer Anlage mit Sicherheit oder grosser Wahrscheinlichkeit Immissionen auf das Nachbargrundstück ausgehen (BGE 121 II 171 E. 2b S. 174; 120 Ib 379 E. 4c S. 387) oder die Anlage einen besonderen Gefahrenherd darstellt und die Anwohner einem besonderen Risiko ausgesetzt werden (BGE 120 Ib 379 E. 4d S. 388).
2.4 Vorliegend hat das Verwaltungsgericht in erster Linie auf den Umstand abgestellt, dass die Grundstücke der Beschwerdeführerin nicht unmittelbar an die Parzellen des Bauherrn anstossen und deswegen die Legitimation verneint. Zwar ist die räumliche Distanz des Nachbarn zu einem umstrittenen Vorhaben ein Kriterium für die Beurteilung der Beschwerdebefugnis. Allerdings kommt es nicht auf abstrakt bestimmte Distanzwerte an (vgl. Heinz Aemisegger/Stephan Haag, Kommentar zum RPG, Zürich 1999, Art. 33 Rz. 39). Indem das Verwaltungsgericht bei Terrainveränderungen generell nur auf Beschwerden von direkt angrenzenden Grundeigentümern einzutreten scheint, stellt es strengere Anforderungen an die Beschwerdelegitimation als das Bundesgericht.
2.5 Demgegenüber war das DBU zuvor zu Recht zum Schluss gelangt, die weiter südlich, etwas tiefer und in Sichtweite zu den Bauparzellen liegenden Grundstücke der Beschwerdeführerin seien mehr als andere betroffen, sofern auf den oben liegenden Bauparzellen übermässige Terrainveränderungen bewilligt und die dort geplanten Bauten zusätzlich angehoben würden. Das Departement hatte in Erwägung gezogen, die Beschwerdeführerin bringe im Wesentlichen vor, das Ausmass der geplanten Terrainaufschüttungen sei ungerechtfertigt und der Bau von dreigeschossigen Gebäuden nicht zonenkonform. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung würden Bestimmungen über die zulässigen Baumasse und -abstände auch dem Schutz der Nachbarn dienen. Vorliegend sei zu berücksichtigen, dass die Grundstücke der Beschwerdeführerin einerseits in Sichtweite der Baugrundstücke lägen und andererseits das Gelände in der Umgebung von Norden nach Süden abfalle, so dass sich Terrainveränderungen wie auch die Höhe der Gebäude auf die Unterlieger spürbar auswirken könnten.
2.6 Dieser Argumentation ist zuzustimmen, zumal sich zwischen den Grundstücken der Beschwerdeführerin und denjenigen des Bauherrn lediglich die Parzelle Nr. 5039 befindet. Die nächstgelegene Parzelle der Beschwerdeführerin liegt nur rund 18 m südwestlich der Bauparzelle Nr. 5042 entfernt. Aufgrund der abfallenden Hanglage kann dem DBU in seiner Einschätzung der möglichen Auswirkungen des Bauvorhabens auf die beschwerdeführerischen Grundstücke gefolgt werden. Nicht zu überzeugen vermag in diesem Zusammenhang die Überlegung des Verwaltungsgerichts, wonach keine zusätzlichen negativen Immissionen wie Entzug von Licht oder Schattenwurf zu erwarten seien. Gerade weil die Grundstücke der Beschwerdeführerin weiter unten im Gelände liegen, tritt das Bauvorhaben aus ihrer Sicht noch massiver in Erscheinung. Die Beschwerdeführerin ist darum zumindest in tatsächlicher Hinsicht stärker als die Allgemeinheit vom Bauvorhaben betroffen, auch wenn mit den Beeinträchtigungen allenfalls kein Schattenwurf einhergehen mag. Das Verwaltungsgericht wird die Angelegenheit darum nochmals in materieller Hinsicht zu prüfen haben.
3. Es ergibt sich, dass die vorliegende Beschwerde gutzuheissen ist. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zur weiteren Behandlung zurückgewiesen (Art. 107 Abs. 2 BGG). Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der anwaltlich nicht vertretenen Beschwerdeführerin ist praxisgemäss keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 19. Dezember 2007 aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur materiellen Prüfung der Beschwerde vom 16. August 2007 an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Aadorf, dem Departement für Bau und Umwelt sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juni 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer