Sachverhalt:
A. Das Untersuchungsamt Uznach verurteilte X._ mit Strafbescheid vom 31. Juli 2007 wegen grober Verkehrsregelverletzung zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen à 100 Franken. Es hielt für erwiesen, dass er am 21. Juli 2006 mit seinem Personenwagen auf der A 13 in Richtung Chur fuhr und dabei bei der Verzweigung Sarganserland die zulässige Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h um 36 km/h überschritt.
Auf Einsprache von X._ hin bestätigte die Einzelrichterin des Kreisgerichts Werdenberg-Sargans diese Verurteilung am 11. Dezember 2007.
Das Kantonsgericht St. Gallen wies die Berufung von X._ am 17. September 2008 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen kantonsgerichtlichen Eintscheid aufzuheben und ihn freizusprechen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Für das Kantonsgericht bestehen keine Zweifel an der Zuverlässigkeit und Verwertbarkeit der von der Kantonspolizei St. Gallen mit dem stationären Lasermessgerät Laveg Nr. 24'004 vorgenommenen Geschwindigkeitsmessung. Auch der Beschwerdeführer äusserte nach seiner Anhaltung keinerlei Zweifel daran und anerkannte den Vorwurf, die zulässige Geschwindigkeit massiv überschritten zu haben. Die Einwände des Beschwerdeführers betreffen denn auch nicht in erster Linie die Messung als solche, sondern deren Protokollierung. Diese widerspricht nach seiner Auffassung den technischen Weisungen des UVEK vom 10. August 1998 (im Folgenden: Weisungen) über Geschwindigkeitskontrollen im Strassenverkehr, weshalb sie nach dem Entscheid des Bundesgerichts 6B_744/2007 vom 10. April 2008 nicht zu seinen Lasten verwertet werden dürfe.
1.2 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers lässt sich aus dem Entscheid des Bundesgerichts 6B_744/2007 nicht ableiten, eine nach den Weisungen vorgenommene Messung unterliege nicht der freien Beweiswürdigung, sondern einem Beweisverwertungsver bot, wenn die Weisungen nicht in allen Teilen vollumfänglich befolgt wurden. Im erwähnten Entscheid lehnte das Bundesgericht die Verwertung einer Geschwindigkeitsmessung ab, die durch eine Privatperson ohne jegliche polizeiliche Befugnisse vorgenommen wurde und damit mit einem schweren, eine Verwertung ausschliessenden Mangel behaftet war. Es trifft keineswegs zu, dass das Bundesgericht damit seine konstante Rechtsprechung aufgegeben hat, wonach Geschwindigkeitsmessungen der freien Beweiswürdigung unterliegen (BGE 121 IV 64 E. 3 mit Hinweisen).
1.3 Nach den Weisungen sind Korrekturen auf dem Messprotokoll mit Visum und Datum zu versehen. Es trifft zu, dass auf dem Feld "Gerätetest: 0 km/h" bei der handschriftlich eingesetzten Ziffer "1417" Uhr die letzte, schlecht leserliche Ziffer durchgestrichen und durch eine gut lesbare "7" ersetzt wurde, und das Feld "Näh. Bezeichnung:", in welches handschriftlich "Mercedeskurve" eingesetzt ist, mit dem Nachtrag "km 136.300L" ergänzt wurde. Beide mit anderem Schreibwerkzeug und in anderer Handschrift als das Protokoll verfassten Nachträge sind weder datiert noch visiert. Im ersten Fall wurde eine schlecht lesbare Ziffer durch eine gut lesbare ersetzt, im zweiten die offenbar nur für Polizei-Insider verständliche Ortsangabe "Mercedeskurve" mit der entsprechenden Kilometer-Angabe der A13 ergänzt und damit für die übrigen Leser nachvollziehbar gemacht. Korrekturen im Sinne von inhaltlichen Änderungen des Messprotokolls wurden somit nicht vorgenommen, man könnte sich daher mit Fug fragen, ob es sich dabei überhaupt um Korrekturen im Sinne der Weisungen handelt. Um Zweifel an der Echtheit und Unverfälschtheit des Messprotokolls gar nicht erst aufkommen zu lassen, wäre es allerdings empfehlenswert, jeden Nachtrag zu datieren und zu visieren.
Die beiden Nachträge sind nicht geeignet, die Zuverlässigkeit der Messung oder ihrer Protokollierung in Frage zu stellen. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kann kein vernünftiger Zweifel daran bestehen, dass seine Geschwindigkeit auf dem Autobahnabschnitt gemessen wurde, in welchem die zulässige Höchstgeschwindigkeit 80 km/h betrug. Das entsprechende Signal ist am gleichen Masten wie die Einspurtafel "Zürich/Sargans" befestigt und befindet sich dementsprechend vor der Abzweigung. Auf den "Laser-Fotos" ist klar erkennbar, dass das Auto des Beschwerdeführers nach dieser Abzweigung vom Messgerät erfasst wurde, die Messung erfolgte somit auf einem Streckenabschnitt, in welchem die Höchstgeschwindigkeit auf 80 km/h begrenzt ist. Dies entspricht auch der Aussage des Beschwerdeführers selber, der nach seiner Anhaltung erklärte, er habe sein Fahrzeug aus Unaufmerksamkeit bei der Signaltafel "Höchstgeschwindigkeit 80" zu spät abgebremst. Insofern ist auch die vom Beschwerdeführer angehobene Diskussion über den genauen Standort des Messgeräts, der aus dem Messprotokoll nicht korrekt hervorgehe und der auf Grund der nicht verwertbaren Darstellung eines der an der Messung beteiligten Beamten rekonstruiert worden sei, unerheblich. Der Standort lässt sich anhand der bekannten Messdistanz von 201 m und dem auf den "Laser-Fotos" erkennbaren Ort des Messbeginns mit Hilfe eines massstabgetreuen Plans leicht und mit ausreichender Genauigkeit bestimmen. Der von der Polizei nachgereichte Plan, nach welchem sich das Messgerät unter der Autobahnüberführung befand, stimmt damit überein. Diese befindet sich rund 200 m vor der Stelle, an der der Beschwerdeführer vom Messgerät erfasst wurde. Es sind somit in Bezug auf den Standort des Messgeräts keine Ungereimtheiten erkennbar, die die Messung in irgendeiner Weise beeinträchtigt haben könnten. Für deren Ablauf und Auswertung kann auf die zutreffenden Ausführungen des Kantonsgerichts im angefochtenen Entscheid (E. 5 S. 5 ff.) verwiesen werden. Dieses konnte ohne Willkür oder sonstige Verfassungsverletzungen auf die Messung abstellen und den Vorwurf als erstellt annehmen, der Beschwerdeführer habe die erlaubte Geschwindigkeit um 36 km/h überschritten. Die Beschwerde ist unbegründet.
2. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi