Faits:
A. Le 18 mai 2004, A._ a été condamné, par un juge bernois, à 500 fr. d'amende pour rixe. A l'expiration du délai d'épreuve d'une année, l'inscription correspondante au casier judiciaire a été radiée. Le 30 septembre 2005, A._ a subi une nouvelle condamnation, par un tribunal fribourgeois, à 7 jours d'emprisonnement avec sursis, pour une violation grave de la LCR commise le 15 août 2004. En raison de cette condamnation, l'autorité bernoise a annulé la radiation de l'inscription précédente, le 17 novembre 2005.
Le 29 octobre, puis le 18 novembre 2008, A._ a demandé à l'Office fédéral de la justice (OFJ) que le jugement bernois ne soit plus mentionné sur l'extrait de son casier judiciaire, ou qu'il soit précisé, sur cet extrait, que les données qui y figurent sont litigieuses, conformément à l'art. 25 al. 2 de la loi fédérale sur la protection des données (LPD; RS 235.1). Par décision du 16 décembre 2008, l'OFJ a rejeté les deux conclusions. L'annulation de la radiation avait été prononcée par l'autorité compétente. La mise à l'épreuve de la première condamnation n'ayant pas été subie avec succès, l'inscription devait subsister, selon le nouveau droit, durant six ans et huit mois.
B. Par arrêt du 14 janvier 2010, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours formé par A._. L'annulation de la radiation n'avait pas à être notifiée à l'intéressé; il ne s'agissait pas d'une décision, mais d'un simple traitement de données. Selon les dispositions transitoires du nouveau droit, les inscriptions radiées selon l'ancien droit continuaient de ne pas apparaître dans les extraits délivrés aux particuliers. Cette disposition ne s'appliquait toutefois pas, puisque la radiation avait été annulée. Selon le nouveau droit, il n'y avait plus de mention sur l'extrait après les deux tiers du délai de dix ans pour la radiation d'office.
C. A._ forme un recours en matière de droit public. Il demande l'annulation de l'arrêt attaqué, la radiation de l'inscription du 18 mai 2004 ainsi que de la mention "échec de la mise à l'épreuve".
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. L'OFJ déclare persister dans sa décision.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public est ouvert, conformément à l'art. 82 LTF contre les décisions rendues dans les causes de droit public. Tel est le cas de la présente cause en tant qu'elle porte sur l'application de la LPD. L'arrêt attaqué émane du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF). Le recourant a participé à la procédure devant les instances précédentes et dispose d'un intérêt digne de protection à la rectification d'une inscription au casier judiciaire. Il a donc qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF).
2. Le recourant reproche en premier lieu au TAF de ne pas avoir examiné, à titre préjudiciel, si l'échec de la mise à l'épreuve justifiait l'annulation de la radiation. Il estime que la seconde infraction était de peu de gravité, et que seule une décision du juge de police appelé à connaître du nouveau délit pouvait prononcer l'annulation; or, le second jugement, du 30 septembre 2005, était muet sur ce point. L'autorité administrative était liée par cette décision et la décision d'annulation par l'autorité administrative était nulle. L'inscription litigieuse était illicite et devait être radiée conformément à l'art. 25 al. 1 let. c LPD.
2.1 La démarche du recourant s'inscrit dans l'exercice du droit de rectification au sens de l'art. 25 LPD. Ce droit est réservé à l'art. 26 al. 4 de l'ordonnance VOSTRA (RS 331), qui permet à la personne concernée de faire valoir de telles prétentions si elle constate que l'extrait complet de son casier judiciaire contient des données erronées. Selon l'art. 25 LPD, quiconque a un intérêt légitime peut exiger de l'organe fédéral responsable qu'il s'abstienne de procéder à un traitement illicite (a), qu'il en supprime les effets (b) et qu'il en constate le caractère illicite (c).
2.2 Le recourant fait référence à l'art. 41 ch. 3 aCP (en vigueur jusqu'au 1er janvier 2007), disposition selon laquelle, en cas d'infraction commise durant le délai d'épreuve, le juge peut renoncer à ordonner l'exécution de la peine dans les cas de peu de gravité. Cette disposition se rapporte toutefois à la révocation du sursis, et non à la radiation de l'inscription au casier judiciaire. Certes, l'art. 49 ch. 4 aCP, prévoit l'application analogique de l'art. 41 ch. 2 et 3 aCP et permet au juge d'ordonner la radiation de l'amende, aux mêmes conditions. En l'occurrence toutefois, le jugement du 30 septembre 2005 ne prévoit rien de tel. C'est donc bien à l'autorité bernoise qui a procédé à l'inscription de la première condamnation, puis à sa radiation, qu'il appartenait d'apporter la rectification nécessaire (art. 49 ch. 4 al. 2 aCP, s'agissant d'une amende).
3. Le recourant invoque ensuite son droit d'être entendu. Contrairement à ce que retient le TAF, l'annulation de la radiation de l'inscription aurait un caractère décisionnel, compte tenu de ses effets sur la situation juridique de l'intéressé. Une telle décision aurait dû être notifiée au recourant, à défaut de quoi celui-ci s'est trouvé empêché d'agir sur la base de l'ancien droit. Il en résulterait la nullité de la décision, qui devrait être radiée en application de l'art. 25 al. 1 let. c LPD.
3.1 Le droit fédéral ne prévoit pas que les inscriptions au casier judiciaire fassent systématiquement l'objet d'une notification d'office à la personne concernée. Cela n'est prévu ni par les prescriptions relatives au casier judiciaire (art. 359 ss aCP; actuellement, art. 365 ss CP), ni par celles de la LPD. Le recourant n'en disconvient d'ailleurs pas. Il reconnaît, en ce qui concerne les inscriptions, que le traitement de données du casier judiciaire est opéré de par la loi (cf. l'art. 7a al. 4 let. a LPD, entré en vigueur le 1er janvier 2008) et trouve son fondement directement dans le jugement de condamnation. Il n'en va pas différemment lorsqu'une radiation est annulée: l'opération se fonde sur le nouveau jugement de condamnation, intervenu avant l'échéance du délai d'épreuve. Dans tous les cas, la protection juridique est assurée par l'accès au fichier, qui peut avoir lieu en tout temps (actuellement, art. 370 CP et art. 26 ordonnance VOSTRA; cf. également art. 8 LPD), et par le droit de rectification consacré aux art. 26 al. 4 VOSTRA et 25 LPD. Il n'y a pas, dès lors de violation du droit à une notification. On ne voit pas non plus en quoi le changement de réglementation, qui avait pour conséquence un allongement du délai d'épreuve, aurait nécessité une telle notification.
3.2 Le recourant se plaint également du fait que la décision d'annulation de la radiation ne serait pas motivée. Il considère que les décisions successives de l'OFJ et du TAF n'auraient pas permis de réparer ce vice. Le recourant part là aussi de la prémisse erronée qu'une inscription au casier judiciaire constituerait une décision formelle sujet à notification, puis à recours, alors que rien de tel ne ressort du droit fédéral. Comme cela est relevé ci-dessus, l'intéressé est à même de faire valoir ses objections contre le maintien d'une inscription dans le cadre de la procédure de rectification. Il a ainsi obtenu des décisions motivées et a pu faire valoir ses arguments conformément à son droit d'être entendu. Le grief doit donc être écarté.
4. Le recourant invoque ensuite l'art. 8 Cst. Il estime que le TAF aurait commis une inégalité de traitement en admettant, dans un arrêt rendu deux jours avant l'arrêt attaqué, que le refus de radier une inscription au casier judiciaire constituait une décision au sens de l'art. 5 PA, et non un simple traitement de données comme le retient l'arrêt attaqué.
Point n'est besoin d'examiner si les deux arrêts rendus successivement par le TAF comportent, sur ce point une inégalité de traitement. En effet, le recourant entend ainsi se prévaloir de la nature décisionnelle de l'acte attaqué, et par conséquent de la nécessité de notifier une décision motivée. Or, comme cela est relevé ci-dessus, indépendamment de la nature de l'acte attaqué, il n'existe pas d'obligation de notifier ou de motiver le traitement de données contesté. L'argument tombe par conséquent à faux.
5. Le recourant se prévaut enfin des art. 6, 8 et 13 CEDH. Invoquant la jurisprudence de la CourEDH, il estime que la contestation relative à une inscription au casier judiciaire entrerait dans le champ d'application des art. 6 et 8 CEDH et nécessiterait un recours effectif. Faute d'un devoir d'information (art. 7a al. 3 LPD), la protection juridique offerte par la LPD serait insuffisante.
5.1 Le recourant méconnaît une fois encore que la procédure instituée à l'art. 26 VOSTRA permet un droit d'accès, qui peut être exercé en tout temps, puis un droit de rectification des données erronées, au sens de l'art. 25 LPD. Contrairement à ce que soutient le recourant, l'intéressé ne doit donc pas forcément agir dans les trente jours suivant l'inscription litigieuse.
5.2 En l'occurrence, la demande de rectification formée par le recourant a fait l'objet d'une décision formelle de la part de l'OFJ, puis de deux décisions judiciaires. Les instances précédentes ont par ailleurs clairement indiqué pour quelles raisons le nouveau droit trouvait à s'appliquer. Cela satisfait manifestement aux exigences des art. 6 et 13 CEDH, sans qu'il y ait lieu de s'interroger sur l'applicabilité de ces dispositions.
6. Sur le vu de ce qui précède, le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Office fédéral de la justice et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 29 avril 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz