Sachverhalt:
A. Die Schweizerische Eidgenossenschaft beabsichtigt, mit Deutschland, dem Vereinigten Königreich und Österreich Staatsverträge über die Zusammenarbeit in den Bereichen Steuern und Finanzmarkt abzuschliessen. Die mit diesen Staaten ausgehandelten Abkommen wurden im BBl 2012 5039 ff., 5157 ff. und 5335 ff. veröffentlicht. Die Bundesversammlung der Schweizerischen Eidgenossenschaft erliess am 15. Juni 2012 entsprechende Bundesbeschlüsse über die Genehmigung der Abkommen. Die Referendumsfrist von 100 Tagen (Art. 141 Abs. 1 BV) lief für diese Bundesbeschlüsse am 27. September 2012 ab (BBl 2012 5823, 5825, 5827). Mit Verfügungen vom 30. Oktober 2012 hielt die Schweizerische Bundeskanzlei fest, dass die Referenden nicht zustande gekommen seien, da sie die notwendigen 50'000 Unterschriften innert der Sammelfrist von 100 Tagen nicht erreicht hätten (BBl 2012 8555, 8575, 8591).
B. Mit E-Mail vom 25. Oktober 2012 an die Bundeskanzlei verlangte Anton Keller:
"1. Es sei sicherzustellen, dass meine rechtzeitig vor Ablauf der Referendumsfrist an meinem Wohnsitz Genf geleisteten Unterschriften der obigen Referenden mitgezählt worden sind.
2. Eventualiter sei die vom 20. Juni bis 27. September 2012 gelaufene Referendumsfrist zu den genannten Verträgen als ungültig zu erklären und neu anzusetzen.
3. Subeventualiter seien alle beglaubigten Unterschriften zu den obigen Referenden als fristgerecht eingereicht mitzuzählen, soweit diese vor oder am 26. September von den Beglaubigungsbehörden der Post übergeben worden sind, und damit bei pflichtgemässer Behandlung am 27. September 2012 bei der Bundeskanzlei hätten sein können.
4. Soweit die Bundeskanzlei sich nicht zur selbständigen Befolgung dieser Eingabe in der Lage sieht, sei der Bundesrat und/oder die dafür zuständigen Kommissionen der Eidgenössischen Räte damit zu betrauen."
C. Die Bundeskanzlei teilte Anton Keller mit Schreiben vom 6. November 2012 mit, sie könne über seine Unterschriften keine Auskunft geben. Die Genfer Staatskanzlei stelle grösstenteils Gesamtbescheinigungen aus, in welchen auf einem Begleitbrief für alle beigelegten Unterschriftenlisten das Stimmrecht gesamthaft bescheinigt werde. Solche Gesamtbescheinigungen müssten mit den davon erfassten Unterschriftenlisten fest verbunden werden (vgl. die Weisungen in BBl 1978 I 1650 Ziff. 7). Genf verschnüre die erfassten Unterschriftenlisten zusammen mit der sie umfassenden Gesamtbescheinigung. Diese würden von der Bundeskanzlei nicht geöffnet, weil sonst der Beweis für die Gültigkeit der Unterschriften gerade zerstört würde. Die Bundeskanzlei könne aus diesem Grund die einzelnen Unterzeichnungen bei dieser Art der Gesamtbescheinigung nicht einsehen. Den Eventual- und Subeventualanträgen gab die Bundeskanzlei keine Folge, da sie die in der Verfassung festgelegte Referendumsfrist nicht für ungültig erklären könne und diese auch nicht neu ansetzen dürfe. Zudem müssten die Referenden nach Art. 59a BPR (SR 161.1) mit der nötigen Anzahl Unterschriften samt Stimmrechtsbescheinigung innerhalb der Referendumsfrist bei der Bundeskanzlei eintreffen. Nach Art. 1 Abs. 4 lit. b der Organisationsverordnung für die Bundeskanzlei vom 29. Oktober 2008 (SR 172.210.10) veröffentliche die Bundeskanzlei die Rechtstexte und die übrigen nach der Publikationsgesetzgebung zu veröffentlichenden Texte so schnell wie möglich und in der gebotenen Qualität. Es bestehe keine Praxis, wonach die Publikation im Bundesblatt erst 10 Tage nach einem Beschluss erfolge. Es habe auch schon andere mit den vorliegenden Steuerabkommen vergleichbare Fälle gegeben. Ausserdem habe die Bundeskanzlei die sofortige Publikation u.a. mit einer vorangehenden Medienmitteilung bekannt gegeben. Eine Weiterleitung der Eingabe an den Bundesrat oder eine Parlamentskommission sei unter den gegebenen Umständen nicht angebracht. Stattdessen verwies die Bundeskanzlei Anton Keller auf ihre Verfügungen vom 30. Oktober 2012 zu den Referenden gegen die drei Abgeltungssteuerabkommen.
D. Mit Beschwerde an das Bundesgericht vom 28. November 2012 beantragt Anton Keller in Bezug auf die Verfügungen zum Nicht-Zustandekommen der Referenden und das Schreiben der Bundeskanzlei vom 6. November 2012:
"1. Es sei festzustellen, dass die nicht bedarfsgerechte, die nicht zweckmässige und/oder die nicht zeitgemässe Handhabung der Unterschriftenbeglaubigung durch eine signifikante Anzahl dafür zuständiger Behörden die Verfassungs-Garantie zu den politischen Rechten verletzte, auf welche auch der Beschwerdeführer Anspruch hat.
2. Es seien die Nichtzustandekommens-Verfügungen der Bundeskanzlei vom 1. November 2012 [recte 30. Oktober 2012] aufzuheben, und eine neue Verfügung zu erlassen gestützt auf eine Nachzählung, wobei alle beglaubigten Unterschriften zu den obigen Referenden als fristgerecht eingereicht mitzuzählen sind, soweit diese vor oder am 26. September 2012 sich im Besitz der Beglaubigungsbehörden befanden, und damit bei pflichtgemässer Behandlung am 27. September 2012 bei der Bundeskanzlei hätten fristgerecht eintreffen können.
3. Eventualiter sei die vom 20. Juni bis 27. September 2012 gelaufene Referendumsfrist zu den genannten Verträgen als ungültig zu erklären und neu anzusetzen.
4. Es sei die mit den angefochtenen Bundeskanzlei-Akten erfolgten Rechtsverweigerungen festzustellen.
5. Es sei dieser Beschwerde aufschiebende Wirkung beizulegen.
6. Es sei im Sinne von Art. 62 Abs. 1 BGG auf die Erhebung eines Kostenvorschusses ganz oder teilweise zu verzichten. Gegebenenfalls sei im Sinne von Art. 64 Abs. 2 BGG dem Beschwerdeführer ein besonders qualifizierter anwaltschaftlicher Beistand beizugeben.
7. Eventualiter, und soweit das Bundesgericht sich nicht zur selbstständigen Befolgung dieser Beschwerde in der Lage sehen mag, sei diese im Sinne von Art. 33 BV dem Bundesrat und/oder den dafür zuständigen Kommissionen der Eidgenössischen Räte zur Erledigung an die Hand zu geben."
Auf die Begründung der Beschwerde wird, soweit erforderlich, in den nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
E. Mit Präsidialverfügung vom 11. Dezember 2012 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung bzw. vorsorgliche Massnahmen abgewiesen. Der Bundeskanzlei wurde eine Frist zur Stellungnahme zur Beschwerde bis zum 17. Dezember 2012 eingeräumt.
Am 13. Dezember 2012 reichte Anton Keller beim Bundesgericht ein Wiedererwägungs-, eventuell Revisionsbegehren betreffend die Präsidialverfügung vom 11. Dezember 2012 ein. Darin beantragt er:
"1. Es sei die Verfügung vom 11. Dezember 2012 unverzüglich aufzuheben, und damit und/oder mittels entsprechender Neuverfügung sicherzustellen, dass die auf dem Spiel stehenden politischen Rechte, als die verfassungsmässig vorrangigen Grundrechte, durch keinerlei Massnahmen beschnitten, präjudiziert oder behindert werden.
2. Eventualiter sei die Behandlung dieses Revisionsgesuches durch die zuständige Abteilung in Fünferbesetzung, gegebenenfalls durch das Gesamtgericht vorzunehmen.
3. Eventualiter sei der Instruktionsrichter, welcher die angefochtene Verfügung erliess, einzuladen in den Ausstand zu treten oder, gegebenenfalls, in den Ausstand zu setzen, ebenso wie die dazu allenfalls konsultierten Mitglieder des Bundesgerichts.
4. Es sei dem Beschwerdeführer eine Nachfrist zur eingehenderen Begründung dieses Revisionsbegehrens einzuräumen."
F. Das Ausstandsbegehren wurde ohne Mitwirkung des Instruktionsrichters mit Verfügung vom 14. Dezember 2012 abgewiesen, soweit darauf einzutreten war.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ist zulässig gegen Verfügungen der Bundeskanzlei über das Nicht-Zustandekommen einer Volksinitiative oder eines Referendums (Art. 80 Abs. 2 BPR i.V.m. Art. 82 lit. c und Art. 88 Abs. 1 lit. b BGG). Der Beschwerdeführer ist als Stimmberechtigter zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 3 BGG). Er ficht alle drei Verfügungen vom 30. Oktober 2012 über das Nichtzustandekommen des Referendums mit einer einzigen Beschwerde an. Angesichts der unterschiedlichen Stimmenzahl, welche die drei Referenden auf sich vereinigen konnten, erscheint es notwendig, die Beschwerde in Bezug auf jeden der angefochtenen Entscheide gesondert zu behandeln. Gegenstand des vorliegenden Urteils ist der Entscheid der Bundeskanzlei vom 30. Oktober 2012 über das Nicht-Zustandekommen des Referendums betreffend den Staatsvertrag mit Österreich. Weiter beanstandet der Beschwerdeführer das Schreiben der Bundeskanzlei vom 6. November 2012. Ob es sich dabei um ein zulässiges Beschwerdeobjekt handelt, kann offen bleiben, da die Beschwerde in diesem Punkt ohnehin abzuweisen ist, soweit überhaupt die gesetzlichen Begründungsanforderungen erfüllt sind (s. E. 4 hiernach).
2. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung der Anträge in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Blosse Verweise auf die Akten sind unbeachtlich. Inwiefern das angefochtene Urteil Recht verletzt, ist in der Rechtsschrift selbst darzulegen (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399 f. mit Hinweisen). Ebenfalls ist in der Beschwerdeschrift selbst auf die Argumentation des angefochtenen Entscheids einzugehen (Urteil des Bundesgerichts 4A_709/2011 vom 31. Mai 2012, E. 1.1).
Die Beschwerde genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen über weite Strecken nicht. Lediglich in Bezug auf die Problematik der ordnungsgemässen Ansetzung der Referendumsfrist und zur Frage, ob die Vorinstanz den Gründen für die verspätete Einreichung von mehreren tausend Unterschriften hinreichend Rechnung getragen habe, sind die Begründungsanforderungen knapp erfüllt. Nur in diesem Umfang kann auf die Beschwerde eingetreten werden.
Soweit der Beschwerdeführer beantragt, ihm sei ein Anwalt beizugeben, kann der Beschwerde nicht entsprochen werden. Aus der Beschwerde ergibt sich, dass der Beschwerdeführer in der Lage ist, sein Anliegen selbst zu vertreten.
3. 3.1 Aus dem angefochtenen Entscheid vom 30. Oktober 2012 betreffend den Staatsvertrag mit Österreich ergibt sich, dass das Referendumskomitee «Stopp fremde Steuervögte», die Junge SVP Schweiz, das Referendumskomitee Steuerabkommen und die Lega dei Ticinesi bei Ablauf der Referendumsfrist am 27. September 2012 der Bundeskanzlei nach eigenen Angaben folgende Unterschriftenzahlen einreichten:
1. das Referendumskomitee «Stopp fremde Steuervögte», die Junge SVP Schweiz und das Referendumskomitee Steuerabkommen gemeinsam:
a) 40 850 Unterschriften;
b) ein ungeöffnetes Postpaket mit einer nicht bekannten Anzahl weiterer Unterschriften und
c) einen weiteren Karton mit einer nicht bekannten Anzahl weiterer Unterschriften;
2. die Lega dei Ticinesi 5022 Unterschriften.
Das Postpaket und der zusätzliche Karton wurden von der Bundeskanzlei gleichentags geöffnet und die darin enthaltenen Unterschriften gezählt. Das Postpaket enthielt 758, der Karton 269 Unterschriften. Ein Vertreter der erstgenannten drei Komitees reichte am 27. September 2012 um 20.30 h nach eigenen Angaben noch ein Couvert mit weiteren 25 Unterschriften ein. Nach Ablauf der verfassungsmässigen Referendumsfrist reichte das Referendumskomitee «Stopp fremde Steuervögte» am Montagnachmittag, 1. Oktober 2012, um 17.00 h ein Paket mit laut eigenen Angaben 1501 verspätet eingegangenen Unterschriften nach.
Die Bundeskanzlei kontrollierte das Referendum vom Donnerstagabend, 27. September bis und mit Montag, 1. Oktober 2012. Die Kontrolle ergab 46'656 gültige und 192 ungültige Unterschriften (Tabelle 1 des angefochtenen Entscheids). Dabei zeigte sich, dass für eine korrekte Erhebung des Zustandekommens verschiedentlich einzelne Unterschriftenlisten zu einem der anderen beiden Referenden oder aber zu Gemeinden anderer Kantone umgeteilt werden mussten. Umgekehrt betrafen verschiedene Unterschriftenlisten unter den Referenden zu den Steuerabkommen mit Deutschland oder dem Vereinigten Königreich de facto das Steuerabkommen mit Österreich. Diese Umteilungen wurden von der Bundeskanzlei laufend vorgenommen. Beim Kontrollgang wurden nur wenige Unterschriften für ungültig erklärt; die Hälfte der Streichungen betrafen fehlende oder ununterschriebene Stimmrechtsbescheinigungen (Art. 62 Abs. 3 und Art. 66 Abs. 1 BPR), ein Drittel Eintragungen, bei denen die Unterschrift entgegen klarer gesetzlicher Anordnung fehlte (Art. 61 Abs. 1 BPR), und ein Sechstel überzählige Mehrfachunterschriften derselben Personen (bis zu acht Unterschriften einer einzigen Person; Art. 34 und Art. 136 Abs. 1 BV sowie Art. 61 Abs. 3 BPR).
Die Bundeskanzlei kam aufgrund ihrer Kontrollen zum Schluss, dass selbst, wenn sämtliche Unterzeichnungen anerkannt werden könnten, das verfassungsmässige Quorum fristgerecht eingereichter Unterschriften um über 3'000 Unterschriften verfehlt bliebe. Das Referendum also auch dann nicht zustande käme.
Die Bundeskanzlei teilte allen vier Referendumskomitees daher den Entwurf einer Nichtzustandekommens-Verfügung zur Stellungnahme im Rahmen des rechtlichen Gehörs mit. Mit Schreiben vom 26. Oktober 2012 soll das Referendumskomitee «Stopp fremde Steuervögte» das Nichtzustandekommen des Referendums gegen das Abkommen mit Österreich implizit anerkannt haben.
3.2 Der Beschwerdeführer setzt sich mit der hier wiedergegebenen Begründung des vorinstanzlichen Entscheids nicht sehr detailliert auseinander. Immerhin bringt er vor, zu den 46'656 von der Bundeskanzlei maximal als gültig anerkannten Unterschriften seien 5'033 Unterschriften hinzuzuzählen, was ein Total von 51'689 gültigen Unterschriften ergebe, womit das Referendum zustande gekommen sei. Die Berechnung des Beschwerdeführers ist nicht nachvollziehbar. Er verweist für seine Behauptung auf ein Schreiben vom 26. Oktober 2012 der Aktion für eine unabhängige und neutrale Schweiz (AUNS) an die Bundeskanzlei, was im bundesgerichtlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig ist (Art. 42 Abs. 2 BGG, E. 2 hiervor). Aus dem genannten Schreiben ergibt sich im Übrigen aber nicht einmal der vom Beschwerdeführer behauptete Sachverhalt. Vielmehr geht die AUNS darin für das Referendum gegen den Staatsvertrag mit Österreich von insgesamt 48'157 gültigen Unterschriften aus, womit auch nach ihrer Ansicht dieses Referendum gescheitert ist. Die AUNS hat deshalb die Nicht-Zustandekommens-Verfügung der Bundeskanzlei betreffend den Staatsvertrag mit Österreich nicht angefochten, sondern nur gegen die Verfügungen der Bundeskanzlei vom 30. Oktober 2012 betreffend die Staatsverträge mit Deutschland und dem Vereinigten Königreich beim Bundesgericht Beschwerde erhoben (Verfahren 1C_606/2012 und 1C_607/2012).
3.3 Den Vorbringen des Beschwerdeführers kann in diesem Punkt somit nicht gefolgt werden. Es ergibt sich vielmehr, dass die gerügten Mängel bei der Beglaubigung auf das Zustandekommen des Referendums gegen den Staatsvertrag mit Österreich keinen entscheidenden Einfluss hatten.
4. Der Beschwerdeführer kritisiert weiter den frühen Beginn der Referendumsfrist mit der Publikation des Bundesbeschlusses vom 15. Juni 2012 im Bundesblatt vom 19. Juni 2012. Nach der Praxis gelte eine Karenzfrist von 10 Tagen nach dem Parlamentsbeschluss, die hier nicht eingehalten worden sei.
4.1 Die Bundeskanzlei teilte dem Beschwerdeführer mit Schreiben vom 6. November 2012 mit, dass sie nach Art. 1 Abs. 4 lit. b der Organisationsverordnung für die Bundeskanzlei vom 29. Oktober 2008 (OV-BK; SR 172.210.10) die Rechtstexte und die übrigen nach der Publikationsgesetzgebung zu veröffentlichenden Texte so schnell wie möglich und in der gebotenen Qualität veröffentliche. Es bestehe keine Praxis, wonach die Publikation im Bundesblatt erst 10 Tage nach einem referendumspflichtigen Beschluss erfolge. Es habe auch schon andere mit den vorliegenden Steuerabkommen vergleichbare Fälle gegeben. Ausserdem habe die Bundeskanzlei die sofortige Publikation u.a. mit einer vorangehenden Medienmitteilung bekannt gemacht.
4.2 Der Beschwerdeführer setzt sich in seiner Beschwerde auch mit diesem Schreiben der Bundeskanzlei kaum auseinander (Art. 42 Abs. 2 BGG). Er hält das Veröffentlichungsdatum im Bundesblatt als unzuverlässiges und ungeeignetes Datum zur Bestimmung des Beginns der Referendumsfrist, da die rechtzeitige Kenntnisnahme durch Interessierte von der Zuverlässigkeit der Druckerei und der postalischen Zustellung abhänge.
4.3 Eine vom Beschwerdeführer als gängige Praxis bezeichnete Regel, wonach Referendumsfristen immer erst zehn Tage nach der Beschlussfassung durch die Eidg. Räte angesetzt würden, ist weder gesetzlich noch im Verordnungsrecht festgelegt. Hingegen bestimmt Art. 1 Abs. 4 lit. b OV-BK, dass die Rechtstexte und die übrigen nach der Publikationsgesetzgebung zu veröffentlichenden Texte so schnell wie möglich und in der gebotenen Qualität veröffentlicht werden. In Bezug auf das vorliegende Steuerabkommen bestand eine gewisse Dringlichkeit, über die Notwendigkeit einer Volksabstimmung Klarheit zu erlangen, da sowohl die Schweizer Behörden als auch der Partnerstaat an einem möglichst raschen Inkrafttreten der Abkommen interessiert sind. Die mögliche Volksabstimmung war auf den 25. November 2012 vorgesehen. Es lagen somit namhafte Gründe vor, die Referendumsvorlage rasch zu publizieren. Die Bundeskanzlei machte das Publikationsdatum des 19. Juni 2012 am 15. Juni 2012 vorweg mit einer Medienmitteilung bekannt, was interessierten Kreisen erlaubte, die Organisation des Referendums darauf auszurichten. Im Übrigen wird das Bundesblatt auch über das Internet verbreitet, was allfällige Nachteile wegen postalischen oder anderen Verzögerungen bei der Zustellung mindert. Die vom Beschwerdeführer kritisierte frühe Publikation der Referendumsvorlage ist unter den genannten Umständen mit dem Bundesrecht vereinbar.
5. Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache wird die der Bundeskanzlei angesetzte Frist zur Stellungnahme zur Beschwerde hinfällig. Das Gesuch des Beschwerdeführers um Wiedererwägung bzw. Revision der Präsidialverfügung vom 11. Dezember 2012 betreffend aufschiebende Wirkung bzw. vorsorgliche Massnahmen wird mit dem Entscheid in der Sache betreffend den Staatsvertrag mit Österreich gegenstandslos.
6. Die Gerichtskosten sind praxisgemäss dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG; BGE 133 I 141 E. 4). Der Beschwerdeführer nennt keine Gründe, die einen Verzicht auf die Erhebung von Gerichtskosten rechtfertigen würden. Den Besonderheiten der Beschwerde im Bereich der politischen Rechte wird bei der Bemessung der Kosten Rechnung getragen (BGE 133 I 141 E. 4.1). Der in ihrem Wirkungsbereich obsiegenden Bundeskanzlei steht keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in Bezug auf die Verfügung der Bundeskanzlei vom 30. Oktober 2012 betreffend das Nicht-Zustandekommen des Referendums gegen den Bundesbeschluss vom 15. Juni 2012 über die Genehmigung des Abkommens zwischen der Schweiz und Österreich und das Schreiben der Bundeskanzlei vom 6. November 2012 abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und der Schweizerischen Bundeskanzlei schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Haag