Sachverhalt:
A. Die X._ AG hat die Y._ AG gemäss dem von den Verwaltungsräten beider Aktiengesellschaften unterzeichneten Fusionsvertrag vom 12. November 2005 sowie den diesbezüglichen Zustimmungsbeschlüssen ihrer Generalversammlungen vom 16. und 17. Dezember 2005 durch Absorptionsfusion i.S.v. Art. 3 Abs. 1 lit. a FusG übernommen und wurde gleichzeitig zur V._ AG (Beschwerdeführerin). Gemäss Ziff. 6.1 des Fusionsvertrags haben die fusionierenden Gesellschaften nach Verhandlungen und unter Berücksichtigung von vorgängig durchgeführten Einzelbewertungen der beiden Bergbahnunternehmungen ein Aktienumtauschverhältnis von 1 X._-Aktie zu 5 Y._-Aktien bzw. von 1 X._-Aktie zu 1 Y._-Aktie nach einem bei der X._ AG durchzuführenden Aktiensplit von 1:5 festgelegt.
A._ (Beschwerdegegner) war vor dem Aktiensplitting Eigentümer von 980 Namenaktien der vormals unter der Firma X._ AG geführten Beschwerdeführerin. Nach dem Aktiensplitting und der Fusion ist er Eigentümer von 4'900 Namenaktien der Beschwerdeführerin.
B._, C._ und die W._ AG (Nebenintervenienten) waren im Zeitpunkt der Fusion ebenfalls Aktionäre der vormals unter der Firma X._ AG geführten Beschwerdeführerin. Sie begehrten mit Eingabe vom 21. September 2006 sich als Nebenintervenienten i.S.v. Art. 33 der Zivilprozessordnung des Kantons Graubünden vom 1. Dezember 1985 (ZPO/GR) zur Unterstützung des Beschwerdegegners am Rechtsstreit zu beteiligen.
B. B.a Der Beschwerdegegner stellte am 24. Februar 2006 beim Kreispräsidenten Alvaschein folgendes Sühnebegehren:
1. Die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, dem Beschwerdegegner und allen übrigen Aktionären der vormals unter der Firma X._ AG geführten Beschwerdeführerin, die ihre Stellung als Aktionär dieser Gesellschaft bereits vor der Fusion mit der Y._ AG erworben und nicht vor dem Vollzug dieser Fusion wieder aufgegeben haben, eine vom Gericht festzulegende angemessene Ausgleichszahlung gemäss Art. 105 FusG zu zahlen.
2. Eventualiter sei die Beschwerdeführerin zu verpflichten, an den Beschwerdegegner für 980 alte Aktien der X._ AG beziehungsweise 4900 neue Aktien der Beschwerdeführerin insgesamt eine Ausgleichszahlung von Fr. 29'400.-- zu leisten.
C. Mangels Streitbeilegung setzte der Beschwerdegegner das Verfahren durch Einreichung einer Prozesseingabe an das Bezirksgericht Albula fort. Er machte geltend, mit 1:5 sei zu Lasten der (Alt-)Aktionäre der Beschwerdeführerin (Aktionäre der ehemaligen X._ AG) ein unangemessenes Umtauschverhältnis festgesetzt worden. Die X._ AG als übernehmende Gesellschaft sei gezielt im Hinblick auf die Fusion erheblich unterbewertet und die Y._ AG als zu übernehmende Gesellschaft extrem überbewertet worden. Zum Beweis seiner Sachdarstellungen verlangte der Beschwerdegegner unter anderem die Edition des sich in den Händen der Beschwerdeführerin befindenden Unternehmensbewertungsgutachtens. Mit Prozessantwort vom 31. August 2006 beantragte die Beschwerdeführerin, die Klage abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Zudem reichte sie einen verschlossenen Briefumschlag ein, der das vom Beschwerdegegner zur Edition herausverlangte Bewertungsgutachten der Z._ AG vom 10. November 2005 enthalten solle, und stellte den Verfahrensantrag, dem Beschwerdegegner von diesem Bewertungsbericht keine direkte Kenntnis zu geben, sondern zum Schutz ihrer Geschäftsgeheimnisse die notwendigen Schutzmassnahmen nach Art. 160 Abs. 1 und Art. 171 Abs. 2 ZPO/GR anzuordnen, sofern das Gericht auf die Klage überhaupt eintrete. Der Beschwerdegegner beantragte die Abweisung des Verfahrensantrags der Beschwerdeführerin. Es sei ihm volle Einsicht in den Bewertungsbericht der Z._ AG zu gewähren. Eventuell sei durch das Gericht zu prüfen, inwieweit Geheimhaltungsbedarf bestehe und diesem durch Schwärzung der betreffenden Stellen vor der Aushändigung des Berichts Rechnung zu tragen. Für den Fall der Ablehnung beider Anträge habe das Gericht stattdessen ohne weiteren Schriftverkehr zur Unternehmensbewertung zunächst die Einholung eines neutralen Gutachtens eines Hochschullehrers der Betriebswirtschaftslehre anzuordnen, das so aufzubereiten sei, dass die rechnerischen Grundlagen für alle Prozessbeteiligten nachvollzogen werden könnten, ohne dass unter Wettbewerbsgesichtspunkten bedeutsame Geschäftsgeheimnisse offenbart würden. Mit Verfügung vom 2. Mai 2007 wies der Bezirksgerichtspräsident Albula das Gesuch der Beschwerdeführerin betreffend die Verweigerung bzw. Einschränkung des Einsichtsrechts in den Bewertungsbericht der Z._ AG ab und ordnete an, den Bericht dem Beschwerdegegner und den Nebenintervenienten zur Einsicht und Stellungnahme zuzustellen.
C.a Mit Beschwerde an den Kantonsgerichtspräsidenten von Graubünden beantragte die Beschwerdeführerin, die Verfügung vom 2. Mai 2007 aufzuheben sowie dem Beschwerdegegner und den Nebenintervenienten die Einsicht in den Bewertungsbericht zu verweigern. Eventuell sei die Angelegenheit zur erneuten Entscheidung in der Sache zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner und die Nebenintervenienten schlossen auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgerichtspräsidium wies am 16. August 2007 die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
D. Die Beschwerdeführerin begehrt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Kantonsgerichtspräsidiums vom 16. August 2007 und den Entscheid des Bezirksgerichtspräsidenten Albula vom 2. Mai 2007 aufzuheben. Die Vorinstanzen seien anzuweisen, dem Beschwerdegegner und den Nebenintervenienten die Einsicht in den Bewertungsbericht der Z._ AG zu verweigern. Eventuell sei die Sache an das Bezirksgerichtspräsidium Albula zur erneuten Entscheidung zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner stellt den Antrag, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Eventuell sei sie abzuweisen. Die Nebenintervenienten schliessen in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Der Kantonsgerichtspräsident beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Am 29. Dezember 2007 reichte der Beschwerdegegner eine Ergänzung seiner Vernehmlassung ein. Die Beschwerdeführerin nahm dazu unaufgefordert mit Schreiben vom 17. Januar 2008 Stellung.
E. Der Beschwerde wurde mit Präsidialverfügung vom 15. November 2007 die aufschiebende Wirkung gewährt.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 132 III 291 E. 1).
1.1.1 Im vorliegend angefochtenen, selbständig eröffneten Urteil des Kantonsgerichtspräsidiums vom 16. August 2007 wurde während des hängigen Klageverfahrens nach Art. 105 FusG (Hauptverfahren) über die Edition des sich im Gewahrsam der Beschwerdeführerin befindenden Bewertungsberichts der Z._ AG vom 10. November 2005 entschieden. Demnach handelt es sich bei diesem Urteil um einen Zwischenentscheid i.S.v. Art. 93 BGG, gegen den die Beschwerde in Zivilsachen - abgesehen vom hier nicht gegebenen Ausnahmefall gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG - nur zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Dabei muss es sich - entsprechend dem Begriff des Nachteils i.S.v. Art. 87 OG - um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für die Beschwerde führende Partei günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte (zur Publikation vorgesehene Urteile 4A_453/2007 vom 9. Januar 2008, E. 2.1; 4A_221/2007 vom 20. November 2007, E. 3.1; BGE 117 Ia 396 E. 1 S. 398, je mit Hinweisen). Diese Voraussetzung ist vorliegend erfüllt. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann es zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil führen, wenn im Rahmen von Beweismassnahmen Geschäftsgeheimnisse offen gelegt werden müssen (Urteile 4A_232/2007 vom 2. Oktober 2007, E. 1.3.2; 4P.335/2006 vom 27. Februar 2007, E. 1.2.4; 4P.117/1998 vom 26. Oktober 1998, E. 1b/bb/aaa, SJ 1999 I S. 186 ff.). Die Beschwerdeführerin könnte vorliegend ihre zur Diskussion stehenden Rechte im Zusammenhang mit dem Schutz ihrer Geschäftsgeheimnisse nach Art. 160 Abs. 1 und Art. 171 Abs. 2 ZPO/GR selbst bei einem für sie positiven Endentscheid in der Hauptsache nicht mehr wahren, da die zu diesem Zeitpunkt allenfalls bereits erfolgte Beeinträchtigung ihrer Geheimsphäre durch die Freigabe der im Bewertungsbericht enthaltenen Informationen nicht rückgängig gemacht werden könnte.
1.1.2 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen - unter Vorbehalt arbeits- und mietrechtlicher Fälle (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG) sowie der Ausnahmen von Art. 74 Abs. 2 BGG - nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 30'000.-- beträgt (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
Der Streitwert bestimmt sich bei Beschwerden gegen Vor- und Zwischenentscheide nach den Begehren, die vor der Instanz streitig sind, wo die Hauptsache hängig ist (Art. 51 Abs. 1 lit. c BGG). Das Rechtsbegehren in der Hauptsache lautet vorliegend auf Bezahlung einer gerichtlich festzulegenden angemessenen Ausgleichszahlung gemäss Art. 105 FusG. Nach Art. 105 Abs. 2 FusG hat das Urteil Wirkung für alle Gesellschafter des beteiligten Rechtsträgers, sofern sie sich in der gleichen Rechtsstellung wie der Kläger befinden. Als Folge dieser Erstreckung der Urteilswirkung auf die nicht klagenden Gesellschafter bemisst sich der Streitwert aus Sicht der Gesellschaft, d.h. er richtet sich nach dem Gesamtbetrag, den das Gericht als Ausgleichszahlung festsetzen soll. Als Streitwert gilt somit der Betrag, den die beklagte Gesellschaft im Fall ihres Unterliegens sämtlichen Gesellschaftern zu bezahlen hätte (Paul Bürgi/Lukas Glanzmann, Stämpflis Handkommentar, N. 25 zu Art. 105 FusG; Felix C. Meier-Dieterle, Zürcher Kommentar, N. 52 zu Art. 105 FusG). Als Korrektiv dafür, dass der Kläger auch die Rechte der nicht klagenden Gesellschafter verfolgen muss und sich demzufolge der Streitwert massiv erhöhen kann, findet sich in Art. 105 Abs. 3 FusG eine spezielle Kostenfolge zulasten der übernehmenden Gesellschaft (vgl. Daniel Emch, System des Rechtsschutzes im Fusionsgesetz, Diss. Bern 2006, S. 163).
Der Beschwerdegegner beantragt in seinem Eventualbegehren, die Beschwerdeführerin zu verpflichten, ihm insgesamt eine Ausgleichszahlung von Fr. 29'400.-- zu bezahlen. Da bei einem Obsiegen des Beschwerdegegners mit den drei Nebenintervenienten mindestens drei weitere Gesellschafter in gleicher Rechtsstellung wie der Beschwerdegegner in den Genuss von Ausgleichszahlungen kommen würden, beläuft sich der Streitwert vorliegend auf über Fr. 30'000.--.
1.1.1 Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt. Somit ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
Der Streitwert bestimmt sich bei Beschwerden gegen Vor- und Zwischenentscheide nach den Begehren, die vor der Instanz streitig sind, wo die Hauptsache hängig ist (Art. 51 Abs. 1 lit. c BGG). Das Rechtsbegehren in der Hauptsache lautet vorliegend auf Bezahlung einer gerichtlich festzulegenden angemessenen Ausgleichszahlung gemäss Art. 105 FusG. Nach Art. 105 Abs. 2 FusG hat das Urteil Wirkung für alle Gesellschafter des beteiligten Rechtsträgers, sofern sie sich in der gleichen Rechtsstellung wie der Kläger befinden. Als Folge dieser Erstreckung der Urteilswirkung auf die nicht klagenden Gesellschafter bemisst sich der Streitwert aus Sicht der Gesellschaft, d.h. er richtet sich nach dem Gesamtbetrag, den das Gericht als Ausgleichszahlung festsetzen soll. Als Streitwert gilt somit der Betrag, den die beklagte Gesellschaft im Fall ihres Unterliegens sämtlichen Gesellschaftern zu bezahlen hätte (Paul Bürgi/Lukas Glanzmann, Stämpflis Handkommentar, N. 25 zu Art. 105 FusG; Felix C. Meier-Dieterle, Zürcher Kommentar, N. 52 zu Art. 105 FusG). Als Korrektiv dafür, dass der Kläger auch die Rechte der nicht klagenden Gesellschafter verfolgen muss und sich demzufolge der Streitwert massiv erhöhen kann, findet sich in Art. 105 Abs. 3 FusG eine spezielle Kostenfolge zulasten der übernehmenden Gesellschaft (vgl. Daniel Emch, System des Rechtsschutzes im Fusionsgesetz, Diss. Bern 2006, S. 163).
Der Beschwerdegegner beantragt in seinem Eventualbegehren, die Beschwerdeführerin zu verpflichten, ihm insgesamt eine Ausgleichszahlung von Fr. 29'400.-- zu bezahlen. Da bei einem Obsiegen des Beschwerdegegners mit den drei Nebenintervenienten mindestens drei weitere Gesellschafter in gleicher Rechtsstellung wie der Beschwerdegegner in den Genuss von Ausgleichszahlungen kommen würden, beläuft sich der Streitwert vorliegend auf über Fr. 30'000.--.
1.1.1 Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt. Somit ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.2 Die vom Beschwerdegegner nach Ablauf der Vernehmlassungsfrist eingereichte Ergänzung seiner Vernehmlassung vom 29. Dezember 2007 sowie die dazu eingereichte Stellungnahme der Beschwerdeführerin vom 17. Januar 2008 sind als unzulässige Ergänzungen unbeachtlich.
2. Streitig ist vorliegend einzig, ob der Bewertungsbericht der Z._ AG vom 10. November 2005 dem Beschwerdegegner und den Nebenintervenienten im Klageverfahren nach Art. 105 FusG zur Einsicht offen zu legen sei.
2.1 Dies bejahte die Vorinstanz im Wesentlichen mit der Begründung, Art. 160 Abs. 1 ZPO/GR schreibe vor, dass der Gerichtspräsident die notwendigen Schutzmassnahmen anordne, wenn bei der Erhebung von Beweismitteln schutzwürdige Interessen oder Geschäftsgeheimnisse gefährdet würden. Nach Art. 171 Abs. 2 ZPO/GR könne der Gerichtspräsident selbst oder ein von ihm bezeichneter Sachverständiger beim Inhaber der Urkunde in diese Einsicht nehmen, wenn durch die Herausgabe von Urkunden an das Gericht Interessen i.S.v. Art. 160 ZPO/GR verletzt würden. Grundsätzlich stünden alle Prozessakten den Parteien zur Einsicht offen (Art. 89 ZPO/GR). Zur vorzunehmenden Interessenabwägung zwischen dem Geheimhaltungsinteresse des Urkundeninhabers einerseits und dem Bedürfnis des Prozessgegners nach Offenbarung andererseits habe die prozessrechtliche Praxis festgehalten, dass die Parteirechte im Zivilprozess und insbesondere das aus Art. 29 BV fliessende Akteneinsichtsrecht nicht leichthin eingeschränkt werden sollten. In Bezug auf den materiell-rechtlich verankerten Informationsanspruch des Aktionärs gemäss Art. 697 OR habe das Bundesgericht zu den Anforderungen an die Substantiierung und den Beweis eines entgegenstehenden Geheimhaltungsanspruchs der Gesellschaft festgehalten, dass es nicht genüge, lediglich zu behaupten, eine bestimmte Information gehöre zur Geheimsphäre der Gesellschaft. Während der Beschwerdegegner dargetan habe, weshalb das Bewertungsgutachten offen zu legen sei, habe die Beschwerdeführerin nicht ausgeführt, welcher Art und Ausprägung ihre entgegenstehenden Geheimhaltungsinteressen seien. Sie sei ihrer Pflicht zur Substantiierung und zur Glaubhaftmachung bzw. zum Beweis, dass in der streitgegenständlichen Editionsunterlage schützenswerte Geschäftsgeheimnisse vorliegen würden, nicht nachgekommen. Demnach lasse sich eine Abwägung der gegensätzlichen Interessen von vornherein gar nicht bewerkstelligen. Infolge mangelnder Substantiierung des schutzwürdigen Geheimhaltungsinteresses erübrige es sich auch, von der Möglichkeit Gebrauch zu machen, vorab vom Inhalt der Urkunde Kenntnis zu nehmen und gestützt darauf zu entscheiden, ob schützenswerte Geheimhaltungsinteressen vorliegen würden. Die Beschwerdeführerin beharre unspezifiziert darauf, dass jede Unternehmensbewertung integral ein nicht zu offenbarendes Geschäftsgeheimnis darstellen würde. Diese Behauptung könne bereits in antizipierter Beweiswürdigung als falsch abgetan werden, da im Bewertungsgutachten unter anderem die letzten Jahresabschlüsse, das Resultat der Bewertung und andere Angaben stünden, welche die betroffenen Aktionäre auch dem abgegebenen Fusionsbericht entnehmen könnten.
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt sinngemäss eine Verletzung des Fusionsgesetzes, indem sie vorbringt, dieses sehe die Edition einer Unternehmensbewertung nicht mehr von den Aktionärsinteressen getragen. Die Vorinstanz habe den Streitgegenstand zu Unrecht ausschliesslich aus einem zivilprozessualen Blickwinkel beurteilt und die dienende Rolle des Zivilprozessrechts im Verhältnis zum materiellen Recht ausser Acht gelassen. Das Fusionsgesetz verpflichte die Gesellschaft, die für den Aktionär zur Beurteilung der Fusion notwendigen Informationen offen zu legen. Zu diesem Zweck sei unter anderem ein Fusionsbericht zu erstellen (Art. 14 FusG), in dem den Aktionären die für die Fusion relevanten Informationen aufbereitet würden. Das Einsichtsrecht der Gesellschafter der an der Fusion beteiligten Gesellschaften beziehe sich auf die in Art. 16 FusG genannten Unterlagen. Der Bewertungsbericht werde in Art. 16 FusG gerade nicht als Dokument bezeichnet, in das den Aktionären Einsicht zu gewähren sei. Die Herausgabe des Bewertungsberichts sei daher nicht mehr von den Informationsinteressen der Gesellschafter getragen. In einer Unternehmensbewertung stünden abgesehen von detaillierten Zahlen zu den einzelnen Geschäftsbereichen unter anderem Ideen und Konzepte zu neueren technischen Entwicklungen, zu Investitionen und zu der umfassenden strategischen Stossrichtung. Durch die detaillierten Angaben im Fusionsbericht erhalte der Aktionär alle notwendigen Informationen, um die Fusion zu beurteilen und allenfalls eine Überprüfungsklage rechtsgenüglich zu substantiieren. Die Einsicht in den Bewertungsbericht sei dazu weder notwendig noch vom Gesetz vorgesehen. Zusammenfassend behandle das Fusionsgesetz ein Bewertungsgutachten als schutzwürdiges Geschäftsgeheimnis. Art. 160 Abs. 1 ZPO/GR besage, dass wenn bei der Erhebung von Beweismitteln schutzwürdige Interessen oder Geschäftsgeheimnisse gefährdet werden, der Gerichtspräsident Schutzmassnahmen anordne, weshalb vorliegend das Bewertungsgutachten dem Beschwerdegegner nicht offen gelegt werden dürfe.
2.3 Die Bestimmung von Art. 14 FusG zum Fusionsbericht bezweckt in erster Linie, den Gesellschaftern die erforderlichen Informationen als Entscheidgrundlage für eine sachgerechte Beschlussfassung über die beantragte Fusion zur Verfügung zu stellen (Botschaft zum Bundesgesetz über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung vom 13. Juni 2000, BBl 2000 4337 ff., 4410; Beat Kühni, Basler Kommentar, N. 5 zu Art. 14 FusG). Die obersten Leitungs- oder Verwaltungsorgane der an der Fusion beteiligten Gesellschaften müssen einen schriftlichen Bericht über die Fusion erstellen, in dem insbesondere das Umtauschverhältnis für Anteile zu erläutern und zu begründen ist (Art. 14 Abs. 3 lit. c FusG). In der Lehre wird die Meinung vertreten, eine integrale Offenlegung des Bewertungsgutachens im Fusionsbericht zur Erläuterung der Umtauschverhältnisse sei vom Informationsinteresse der Gesellschafter nicht mehr gedeckt und für die Plausibilitätskontrolle der Gesellschafter im Hinblick auf die Beschlussfassung über die Fusion auch nicht erforderlich (Albert Comboeuf, Stämpflis Handkommentar, N. 27 zu Art. 14 FusG; Beat Kühni, a.a.O., N. 47e zu Art. 14 FusG).
Art. 16 FusG regelt die gesellschaftsinterne Offenlegung der wesentlichen Unterlagen zur Fusion vor der Beschlussfassung durch die Generalversammlung. Nach dieser Bestimmung muss jede der an der Fusion beteiligten Gesellschaften den Gesellschaftern während der 30 Tage vor der Beschlussfassung Einsicht in verschiedene Unterlagen (Fusionsvertrag, Fusionsbericht, Prüfungsbericht, Jahresrechnungen und Jahresberichte der letzten drei Geschäftsjahre sowie gegebenenfalls Zwischenbilanz) aller an der Fusion beteiligten Gesellschaften gewähren. Das Einsichtsrecht nach Art. 16 FusG gewährleistet die innergesellschaftliche Transparenz des Fusionsverfahrens und soll der Willensbildung der Gesellschafter im Hinblick auf die Beschlussfassung über die Fusion an der Generalversammlung dienen (Botschaft, a.a.O., S. 4415). Art. 16 FusG regelt demnach nicht das Einsichtsrecht im Stadium der Überprüfungsklage gemäss Art. 105 FusG nach erfolgter Beschlussfassung über die Fusion. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin kann aus Art. 14 und 16 FusG auch nicht abgeleitet werden, das Fusionsgesetz behandle ein Bewertungsgutachten generell als schutzwürdiges Geschäftsgeheimnis.
2.4 Nach Art. 105 Abs. 1 FusG kann jeder Gesellschafter innerhalb von zwei Monaten nach der Veröffentlichung des Fusionsberichts verlangen, dass das Gericht eine angemessene Ausgleichszahlung festsetzt, wenn bei der Fusion die Anteils- oder Mitgliedschaftsrechte nicht angemessen gewahrt sind oder die Abfindung nicht angemessen ist. In der Literatur wird postuliert, dass an die Substantiierung bei der Klage nach Art. 105 FusG keine zu hohen Anforderungen gestellt werden dürfen (Felix C. Meier-Dieterle, a.a.O., N. 46 zu Art. 105 FusG; Daniel Emch, a.a.O., S. 153; Karin Eugster, Die Überprüfung der Anteils- und Mitgliedschaftsrechte nach Art. 105 FusG, Diss. Zürich 2006, S. 147 Rz. 372). Die klagende Partei trägt nach Art. 8 ZGB die Beweislast für das Vorliegen der Tatbestandsvoraussetzungen von Art. 105 Abs. 1 FusG (Felix C. Meier-Dieterle, a.a.O., N. 46 zu Art. 105 FusG; Daniel Emch, a.a.O., S. 151; Karin Eugster, a.a.O., S. 146 Rz. 370) und das Beweismass ist jenes der strikten Beweisführung (Daniel Emch, a.a.O., S. 154). Demnach muss es der klagenden Partei möglich sein, den Beweis mit allen Beweismitteln zu führen (vgl. Karin Eugster, a.a.O., S. 148 Rz. 374); grundsätzlich auch mit dem Bewertungsbericht, muss sich der Aktionär doch im Klageverfahren nicht mehr mit einer blossen Plausibilitätsprüfung zufriedengeben.
2.5 Aus dem Fusionsgesetz lässt sich demnach nicht herleiten, dass die Edition des Bewertungsberichts im Klageverfahren nach Art. 105 FusG grundsätzlich unzulässig wäre und es sich bei der Unternehmensbewertung um ein integral nicht zu offenbarendes Geschäftsgeheimnis handeln würde. Dies bedeutet indes nicht, dass die Beschwerdeführerin im Bewertungsbericht enthaltene Geschäftsgeheimnisse im Verfahren nach Art. 105 FusG nicht schützen lassen könnte. Wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, ist bei einem Editionsbegehren eine Interessenabwägung vorzunehmen, wenn sich die herausgabepflichtige Partei auf Geheimhaltungsinteressen beruft. Diese hat jedoch hinreichend zu substantiieren, inwiefern solche geheimzuhaltende Informationen vorliegen. Dieser Pflicht ist die Beschwerdeführerin gemäss den vorinstanzlichen Ausführungen nicht nachgekommen. Sie macht vor Bundesgericht zudem nicht geltend, die Vorinstanz wäre zu Unrecht davon ausgegangen, sie habe nicht substantiiert dargelegt, dass der Bewertungsbericht der Z._ AG schützenswerte Geschäftsgeheimnisse enthalte. Auch rügt sie keine willkürliche Anwendung von Art. 160 Abs. 1 i.V.m. Art. 171 ZPO/GR.
Die Beschwerdeführerin hat somit den Bewertungsbericht der Z._ AG vom 10. November 2005 dem Beschwerdegegner und den Nebenintervenienten im Klageverfahren nach Art. 105 FusG zur Einsicht offenzulegen.
3. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Ob die Sonderregel von Art. 105 Abs. 3 FusG, wonach der übernehmende Rechtsträger die Kosten des Verfahrens trägt, auch im bundesgerichtlichen Verfahren gilt, kann demnach offen bleiben (vgl. Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich 2004, § 3 N. 264, S. 356 f.; Daniel Emch, a.a.O., S. 167). Der Beschwerdegegner ist nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihm gemäss der bundesgerichtlichen Praxis keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 133 III 439 E. 4 S. 446 mit Hinweis).
Die Nebenintervenienten, welche die Abweisung der Beschwerde unter Kosten- und Entschädigungsfolgen beantragten, obsiegen mit dem Beschwerdegegner. Das Bundesgericht befindet nach seinem Ermessen über die Berücksichtigung der Nebenintervenienten im Kosten- und Entschädigungspunkt (Art. 71 BGG i.V.m. Art. 69 Abs. 2 BZP). Da das Urteil in der Hauptsache nach Art. 105 Abs. 2 FusG auch Wirkung für die Nebenintervenienten als Gesellschafter des beteiligten Rechtsträgers in der gleichen Rechtsstellung wie der Beschwerdegegner entfaltet, nehmen sie mit ihrer Teilnahme am Prozess Interessen wahr, die im Rechtsverhältnis zwischen ihnen und der Beschwerdeführerin begründet sind. Es rechtfertigt sich daher, ihnen einen Anspruch gegenüber der Beschwerdeführerin auf Ersatz ihrer Parteikosten einzuräumen (vgl. BGE 130 III 571 E. 6 S. 578, in dem auf die Zusprechung von Parteikosten an die Nebenintervenientin verzichtet wurde).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dem Beschwerdegegner wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Die Beschwerdeführerin hat die Nebenintervenienten für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, den Nebenintervenienten und dem Kantonsgericht von Graubünden, Kantonsgerichtspräsidium, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Februar 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Sommer