Sachverhalt:
A. Der Y._ (Beschwerdegegner) vertreibt seit 1983 unter dem Kennzeichen "Z. A._" Uhren. Diese wurden bis zu Beginn des Jahres 2010 von der X._ Ltd (Beschwerdeführerin) hergestellt. In der Folge ergaben sich zwischen den Parteien Differenzen, worauf die Zusammenarbeit aufgelöst wurde.
B. B.a Am 9. März 2010 reichte der Beschwerdegegner beim Handelsgericht des Kantons Zürich eine Klage ein mit dem Begehren, es seien die auf den Namen der Beschwerdeführerin registrierten Marken "Z. A. X._" und "Z. B._" auf den Beschwerdegegner zu übertragen, eventualiter zu löschen.
Die Beschwerdeführerin beantragte die Abweisung der Klage und erhob ihrerseits Widerklage mit dem Begehren, es sei die Nichtigkeit der verschiedenen "Z._" Marken des Beschwerdegegners für die Warenklasse 14 (Uhren und Zeitmesser) festzustellen.
Mit Massnahmengesuch vom 29. September 2010 beantragte die Beschwerdeführerin sodann unter anderem, es sei dem Beschwerdegegner vorsorglich unter Androhung der Bestrafung seiner Organe nach Art. 292 StGB zu verbieten, die Bezeichnung "Z. A._" eigenständig in welcher Form auch immer gewerblich zu nutzen, insbesondere Uhren von Drittlieferanten unter dieser Bezeichnung zu verkaufen, zu bewerben oder in anderer Form selbst oder durch mit ihr direkt oder indirekt verbundene Dritte in Verkehr zu bringen (Antrag 1). Weiter sei der Beschwerdegegner vorsorglich unter Androhung der Bestrafung seiner Organe nach Art. 292 StGB zu verpflichten, allfällig bereits erfolgte Nutzungen der Bezeichnung "Z. A._" gemäss Ziff. 1 unverzüglich zu beseitigen (Antrag 2).
B.b Mit Beschluss vom 9. Februar 2011 wies das Handelsgericht das Massnahmengesuch der Beschwerdeführerin ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei der Beschluss des Handelsgerichts aufzuheben und es seien die Anträge 1 und 2 des Massnahmengesuchs vom 29. September 2010 gutzuheissen. Eventualiter sei der Entscheid des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde; für den Fall der Gutheissung des Gesuchsantrags 2 beantragt der Beschwerdegegner, es sei die Beschwerdeführerin zu einer angemessenen Sicherheitsleistung zu verpflichten.
Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Entscheide über vorsorgliche Massnahmen gelten nur dann als Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmeentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, stellen Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG dar (BGE 134 I 83 E. 3.1 S. 86 f.).
Der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts betrifft vorsorgliche Massnahmen, die während eines hängigen Hauptverfahrens beantragt wurden. Demnach handelt es sich um einen Zwischenentscheid nach Art. 93 BGG.
1.2 Gegen solche Zwischenentscheide ist die Beschwerde gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur zulässig, sofern der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Bei Massnahmeentscheiden kommt zum Vornherein nur die erste Variante in Betracht (BGE 134 I 83 E. 3.1 S. 87).
Der Begriff des nicht wieder gutzumachenden Nachteils entspricht demjenigen, der Art. 87 Abs. 2 des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) zugrunde lag, so dass zu seiner Auslegung die Rechtsprechung zu jener Bestimmung heranzuziehen ist (BGE 135 III 127 E. 1.3 S. 129 mit Hinweis). Danach muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der sich auch mit einem späteren günstigen Entscheid nicht gänzlich beseitigen lässt (BGE 134 III 188 E. 2.1 S. 190; 133 IV 139 E. 4 S. 141, 288 E. 3.1 S. 291, und 335 E. 4 S. 338; mit Hinweisen).
Nach konstanter Rechtsprechung zu Art. 93 Abs. 1 BGG ist von der beschwerdeführenden Partei darzulegen, inwiefern die Beschwerdevoraussetzungen nach dieser Bestimmung erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten ist (vgl. BGE 134 III 426 E. 1.2 S. 429; 133 III 629 E. 2.3.1 S. 632 und E. 2.4.2 S. 633; vgl. auch BGE 136 IV 92 E. 4 S. 95; 133 IV 288 E. 3.2 S. 292).
1.3 Die Beschwerdeführerin äussert sich in ihrer Eingabe an das Bundesgericht mit keinem Wort zur Natur des angefochtenen Entscheids bzw. dazu, inwiefern der angefochtene Entscheid einer Beschwerde in Zivilsachen zugänglich sein soll. Entsprechend äussert sie sich denn auch nicht ansatzweise zu den spezifischen Voraussetzungen nach Art. 93 Abs. 1 BGG und legt auch im Zusammenhang mit ihren Rügen, die sich ausschliesslich gegen die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen richten, nicht dar, weshalb ihr durch die Verweigerung provisorischer Massnahmen ein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur droht. Auf die Beschwerde ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten.
2. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Juli 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Hurni