Erwägungen:
1. Der togolesische Staatsangehörige X._, geboren 1966, reiste im März 2004 als Asylbewerber in die Schweiz ein. Das Bundesamt für Migration wies das Asylgesuch am 24. Februar 2006 ab und ordnete die Wegweisung an. Mit Urteil vom 14. April 2009 wies das Bundesverwaltungsgericht die gegen die Verfügung des Bundesamtes erhobene Beschwerde ab. Ein gegen dieses Urteil erhobenes Revisionsgesuch blieb erfolglos (Urteil des Bundeswaltungsgerichts vom 13. August 2009).
Am 30. August 2009 nahm das Amt für Polizeiwesen und Zivilrecht Graubünden X._ in Ausschaffungshaft. Nachdem dieser sich geweigert hatte, den per 2. September 2009 organisierten Rückflug anzutreten, schützte der Bezirksgerichtspräsident Plessur mit Entscheid vom 3. September 2009 die Rechtmässigkeit und Angemessenheit der bis zum 30. Oktober 2009 angeordneten Ausschaffungshaft. Die gegen diesen Haftbestätigungsentscheid erhobene Beschwerde wies der Einzelrichter der II. Strafkammer des Kantonsgerichts von Graubünden am 10. September 2009 ab. Gegen diesen Entscheid beschwerte sich X._ mit am 30. September 2009 zur Post gegebenem, als Rekurs bezeichnetem Schreiben beim Kantonsgericht selber. Das Kantonsgericht überwies die Eingabe am 1. Oktober 2009 mitsamt den kantonalen Akten ans Bundesgericht. Hier ist die Eingabe als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den kantonsgerichtlichen Entscheid entgegengenommen worden.
2. Gegenstand der vorliegenden Beschwerde ist allein die Frage, ob die zur Sicherstellung des Vollzugs der asylrechtlichen Wegweisung angeordnete Ausschaffungshaft rechtmässig ist; nicht prüfen kann das Bundesgericht, ob die (rechtskräftig gewordene) Wegweisung als solche rechtmässig ist (vgl. BGE 128 II 193 E. 2). Die Ausführungen des Beschwerdeführers betreffen vorab die Verhältnisse in seinem Heimatland und die von ihm behauptete Unmöglichkeit, dorthin zurückzukehren. Damit ist er nicht zu hören. Soweit überhaupt eine den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG genügende sachbezogene Beschwerdebegründung vorliegt und auf die Beschwerde eingetreten werden kann, gilt Folgendes:
Die Ausschaffungshaft stützt sich auf Art. 77 AuG (Ausschaffungshaft wegen fehlender Mitwirkung bei der Beschaffung der Reisepapiere). Danach kann die zuständige kantonale Behörde eine Person zur Sicherstellung des Vollzugs der Weg- oder Ausweisung in Haft nehmen, wenn ein vollstreckbarer Entscheid vorliegt, der Ausländer die Schweiz nicht innert angesetzter Frist verlassen hat und die Behörde die Reisepapiere für den Ausländer beschaffen musste (Abs. 1); die Haft darf höchstens 60 Tage dauern (Abs. 2), und die für den Vollzug der Wegweisung notwendigen Vorkehrungen sind umgehend zu treffen (Abs. 3). Die Vorinstanz hat die Voraussetzungen dieser besonderen Ausschaffungshaft zutreffend umschrieben und einleuchtend dargelegt, warum sie im konkreten Fall des Beschwerdeführers erfüllt sind (E. 1 des angefochtenen Entscheids, auf die vollumfänglich verwiesen werden kann [vgl. Art. 109 Abs. 3 BGG] und welcher nichts beizufügen ist). Was sodann das Anliegen des Beschwerdeführers betrifft, nach Deutschland ausreisen zu können, hat die Vorinstanz zutreffend erklärt, warum es an einer legalen Möglichkeit, dorthin auszureisen, fehlt und weshalb daher diesbezüglich der Rechtmässigkeit der Haft nichts entgegensteht. Es kann auch in dieser Hinsicht vollumfänglich auf die einschlägige Erwägung (E. 2) des angefochtenen Entscheids und die dort zitierte Rechtsprechung (BGE 133 II 97 S. 4.2.2 S. 103) verwiesen werden. Weitere Ausführungen hierzu erübrigen sich schon darum, weil der Beschwerdeführer sich damit begnügt, seinem Wunsch Ausdruck zu geben, nach Deutschland auszureisen, ohne sich mit der Argumentation im angefochtenen Entscheid hierzu auch nur ansatzweise auseinanderzusetzen.
Die offensichtlich unbegründete Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
Diesem Verfahrensausgang entsprechend würde der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG); indessen rechtfertigen es die Umstände, auf die Erhebung von Kosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonsgericht Graubünden, Einzelrichter der II. Strafkammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller