Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts der Veruntreuung und Geldwäscherei. Am 1. September 2010 liess das Kantonale Untersuchungsrichteramt das Wohnhaus der Beschuldigten durchsuchen. Dabei wurden diverse Akten sowie ein Laptop sichergestellt und auf Antrag der Beschuldigten versiegelt. Am 21./22. September 2010 schieden das Untersuchungsrichteramt und die Beschuldigte gemeinsam jene Akten aus, die versiegelt bleiben sollten, jene, die zur Durchsuchung freigegeben werden konnten und jene, die für die Strafuntersuchung nicht relevant erschienen. Am 8. Oktober 2010 stellte das Untersuchungsrichteramt Antrag auf Entsiegelung jener Aufzeichnungen und Gegenstände, welche nach dieser ersten Ausscheidung (gemeinsame Grobtriage) noch versiegelt geblieben waren.
B. Am 4. Januar 2011 überwies der Präsident der Anklagekammer des Kantons Thurgau das hängige Entsiegelungsverfahren zuständigkeitshalber (Inkrafttreten der neuen StPO am 1. Januar 2011) an das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau. Dieses verfügte am 3. März 2011, dass die versiegelten Aufzeichnungen und Gegenstände sichergestellt blieben. Das Gesuch der Beschuldigten um unbelastete Herausgabe wies das Zwangsmassnahmengericht ab. Weiter ordnete es die Durchführung des richterlichen Entsiegelungsverfahrens an. Die zahlreichen versiegelten Akten würden dabei durch das Zwangsmassnahmengericht (im Beisein der Parteien) daraufhin geprüft, ob schützenswerte Geheimhaltungsinteressen einer Weitergabe an die Strafuntersuchungsbehörden entgegenstehen. Über die Entsiegelung des beschlagnahmten Laptops werde in einem separaten Verfahren entschieden.
C. Auf eine von der Beschuldigten gegen den prozessleitenden Entscheid vom 3. März 2011 des Zwangsmassnahmengerichts erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil vom 14. Juni 2011 nicht ein (Verfahren 1B_155/2011).
D. Am 24. August 2011 erfolgte eine (parteiöffentliche) Triage der umfangreichen Akten durch das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau. Mit Entscheid vom 16. September 2011 bewilligte es die Entsiegelung eines Teils der sichergestellten Akten bzw. deren Freigabe an die Staatsanwaltschaft zur Durchsuchung bzw. weiteren Verwendung zu Untersuchungszwecken.
E. Gegen die Entscheide des Zwangsmassnahmengerichts gelangte die Beschuldigte mit Beschwerde vom 19. Oktober 2011 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des Entsiegelungsentscheides vom 16. September 2011 sowie der prozessleitenden Zwischenverfügung vom 3. März 2011 unter Kosten- und Entschädigungsfolgen. Die in den Ziffern 1.2-1.7 des angefochtenen Entscheiddispositives vom 16. September 2011 aufgelisteten Unterlagen seien von der Entsiegelung ebenfalls auszunehmen. Angefochten wird auch die der Beschwerdeführerin (in Ziffer 3 des Dispositives) auferlegte Entscheidgebühr von Fr. 10'000.--.
Die Staatsanwaltschaft und das Zwangsmassnahmengericht beantragen je die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin replizierte am 12. Dezember 2011 (Verfahren 1B_595/2011).
F. Mit Urteil vom 21. März 2012 entschied das Bundesgericht, dass es in besonders komplexen Entsiegelungsfällen nicht als erste und einzige Beschwerdeinstanz gegen Entscheide des Zwangsmassnahmengerichts fungiert und dass in solchen Ausnahmefällen zunächst die StPO-Beschwerde an die kantonale Beschwerdeinstanz (bzw. bei Bundesgerichtsbarkeit an die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts) gegeben ist. Gestützt darauf erklärte das Bundesgericht im hier zu beurteilenden besonders komplexen Entsiegelungsfall das Obergericht des Kantons Thurgau für zuständig, und es überwies ihm die Streitsache von Amtes wegen zur Instruktion des Beschwerdeverfahrens nach Art. 393 ff. StPO (Verfahren 1B_595/2011).
G. Mit Entscheid vom 15. Mai 2012 trat das Obergericht des Kantons Thurgau auf die ihm überwiesene Beschwerdesache nicht ein. Es erklärte sich für unzuständig und erwog, bei Weiterleitungsentscheiden sei die betroffene kantonale Gerichtsinstanz (anders als bei Rückweisungsentscheiden) nicht an die Erwägungen des Bundesgerichts gebunden.
H. Gegen den Nichteintretensentscheid des Obergerichts gelangte X._ mit Beschwerde vom 2. Juli 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt im Hauptstandpunkt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Obergericht zu verpflichten, die Beschwerde vom 19. Oktober 2011 materiell zu beurteilen. Zur Begründung verweist sie namentlich auf das bundesgerichtliche Urteil 1B_595/2011 vom 21. März 2012.
Das Obergericht beantragt mit Schreiben vom 10. Juli 2012 die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat auf Stellungnahme verzichtet (Verfahren 1B_397/2012).
Erwägungen:
1. Nach dem Nichteintretensentscheid des Obergerichtes ist die Beschwerde gegen den Entsiegelungsentscheid des Zwangsmassnahmengerichts vom 16. September 2011 sowie die prozessleitende Zwischenverfügung vom 3. März 2011 weiterhin beim Bundesgericht hängig. Zu prüfen ist, ob die Entsiegelungsstreitsache zur materiellen Behandlung an das Obergericht zurückzuweisen ist oder ob das Bundesgericht die Beschwerde vom 19. Oktober 2011 (Verfahren 1B_595/2011) selbst materiell beurteilt. Das Bundesgericht prüft diese Frage von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG). Der Meinungsaustausch über die Zuständigkeitsfrage hat unterdessen stattgefunden (vgl. Art. 29 Abs. 2 BGG).
1.1 In seinem Urteil 1B_595/2011 vom 21. März 2012 (publiziert in Pra 2012 Nr. 69 S. 467) hat das Bundesgericht nach öffentlicher Beratung entschieden, dass es in besonders komplexen Entsiegelungsfällen nicht als erste und einzige Beschwerdeinstanz gegen Entscheide des Zwangsmassnahmengerichtes fungieren kann und dass in solchen Ausnahmefällen zunächst die StPO-Beschwerde an die kantonale Beschwerdeinstanz (bzw. bei Bundesgerichtsbarkeit an die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts) gegeben ist. Der Entscheid wurde ausführlich begründet. Der vom Obergericht vertretene Standpunkt, es sei im vorliegenden sehr komplexen Fall nicht als Beschwerdeinstanz zuständig, wurde ausdrücklich verworfen. Der angefochtene Nichteintretensentscheid des Obergerichts setzt sich mit diesen Erwägungen nicht näher auseinander.
1.2 Bei dieser Sachlage wäre der angefochtene Nichteintretensentscheid zwar aufzuheben und die Streitsache zur materiellen Erledigung im StPO-Beschwerdeverfahren an das Obergericht zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 BGG). In Nachachtung des Beschleunigungsgebotes in Strafsachen (Art. 29 Abs. 1 BV, Art. 5 Abs. 1 StPO), dem auch die kantonalen Instanzen Rechnung zu tragen haben, drängt es sich unterdessen jedoch auf, dass das Bundesgericht den besonders komplexen Entsiegelungsfall ausnahmsweise selber unverzüglich materiell behandelt. Das Entsiegelungsgesuch datiert vom 8. Oktober 2010; der Entsiegelungsentscheid des Zwangsmassnahmengerichts wurde am 16. September 2011 gefällt, der mitangefochtene prozessleitende Zwischenentscheid am 3. März 2011. Am 5. Juli 2012 ersuchte die Staatsanwaltschaft um beförderliche Behandlung der Entsiegelungsangelegenheit. Die Beschwerdeführerin beansprucht mit ihrer Beschwerde vom 19. Oktober 2011 primär Rechtsschutz gegen den Entsiegelungsentscheid des Zwangsmassnahmengerichts. Für den Fall einer abschlägigen Behandlung ihrer Beschwerde gegen den obergerichtlichen Nichteintretensentscheid (Verfahren 1B_397/2012) beantragt sie im Eventualstandpunkt ausdrücklich, das Bundesgericht habe ihre hängige Beschwerde vom 19. Oktober 2011 zu prüfen und gutzuheissen (Verfahren 1B_595/2011). Der in der Entsiegelungssache beanspruchte Rechtsschutz wird mit der materiellen Prüfung des erstinstanzlichen Entsiegelungsentscheides durch das Bundesgericht somit ausreichend und mit der hier gebotenen Beschleunigung gewährleistet.
1.3 Die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 78 ff. BGG (im Hauptverfahren 1B_595/2011) sind grundsätzlich erfüllt. Insbesondere droht ein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG; Art. 98 BGG ist nicht anwendbar (Urteil 1B_595/ 2011 vom 21. März 2012 E. 1 = Pra 2012 Nr. 69 S. 467 ff. E. 1).
1.4 Unter den dargelegten Umständen sind alle von der Beschwerdeführerin in ihren Beschwerden vom 19. Oktober 2011 und 2. Juli 2012 vorgebrachten Rügen gegen den Entsiegelungsentscheid noch offen und zu beurteilen. Damit stellt sich die Zuständigkeitsfrage nicht mehr und erübrigt es sich, auf die Erwägungen des Urteils 1B_595/2011 vom 21. März 2012 (die in der Doktrin teilweise auf Kritik gestossen sind) im vorliegenden Zusammenhang zurückzukommen.
2. Im angefochtenen Entsiegelungsentscheid vom 16. September 2011 hat das Zwangsmassnahmengericht Folgendes erwogen und entschieden:
2.1 Die Aktentriage vom 24. August 2011 habe ergeben, dass die Beschwerdeführerin bei einem Liegenschaftsgeschäft, welches Gegenstand der Untersuchung bildet, von verschiedenen Anwälten vertreten bzw. beraten worden sei. Die nicht dieses untersuchte Geschäft betreffenden Akten seien von der Entsiegelung auszunehmen. Zu entsiegeln seien Akten, die nicht der Anwaltstätigkeit zuzurechnen sind und bei denen die Beschwerdeführerin "kein anderweitig schützenswertes Interesse geltend gemacht" habe (angefochtener Entscheid, S. 3 f., E. 2). Das untersuchte Geschäft betreffende Korrespondenz sei ihr teilweise doppelt (von zwei Anwälten) zugestellt worden. Diesbezüglich sei eine enge Zusammenarbeit zwischen einem mitbeschuldigten Schweizer Anwalt und dessen deutschen Kollegen erfolgt. Akten von Berufsgeheimnisträgern dürften entsiegelt werden, falls diese im gleichen Zusammenhang Mitbeschuldigte seien. Dies treffe für den genannten Schweizer Anwalt und einen mitbeteiligten Rechtsanwalt und Notar zu. Alle von diesen zwei Berufsgeheimnisträgern in Zusammenhang mit dem untersuchten Geschäft produzierten und erhaltenen Unterlagen seien zu entsiegeln. Analoges gelte für konnexe Akten, welche von ihren Mitarbeitern oder Büropartnern stammen. Soweit in diesem Zusammenhang ein anwaltlicher Büropartner substituiert worden sei, gelte für diesen "kein originäres", sondern ein vom mandatierten Anwalt abgeleitetes Anwaltsgeheimnis, weshalb für beide kein Berufsgeheimnisprivileg gelte. Als nicht mandatierter Anwalt habe der substituierte Kollege im Hinblick auf die Beschuldigte auch kein Zeugnisverweigerungsrecht. Letzteres gelte auch für den genannten Rechtsanwalt und Notar (vgl. angefochtener Entscheid, S. 4 E. 3).
2.2 Von der Entsiegelung auszunehmen seien (gemäss Vorinstanz) die Unterlagen von nicht mitbeschuldigten deutschen Anwälten. Die von ihnen bloss weitergeleiteten Aktendoppel der oben genannten mitbeschuldigten Berufsgeheimnisträger seien ihnen zwar "grundsätzlich zurückzugeben". "Im Zweifelsfall" seien die vom mitbeschuldigten mandatierten Schweizer Anwalt stammenden Dokumente jedoch zu entsiegeln, "auch wenn sie über einen deutschen Anwalt der Beschuldigten zugeleitet worden sind". Einige der deutschen Anwälte der Beschuldigten seien im Auftrag des früheren Ehemannes der Beschwerdeführerin tätig gewesen. Die Beschwerdeführerin könne sich nicht auf Mandatsverhältnisse zwischen Anwälten und Dritten als Entsiegelungshindernis berufen. Zur Durchsuchung freizugeben seien auch Anwaltsakten, welche der sogenannten Geschäftstätigkeit von Anwälten (als Vermögensverwalter oder Treuhänder) zuzurechnen sind. Der überwiegende Teil der betreffenden Unterlagen stamme vom mitbeschuldigten Schweizer Anwalt. Nicht zu entsiegeln seien die Beschwerdeführerin betreffende frühere Verteidigerakten dieses Rechtsvertreters sowie Anwaltsakten, die nichts mit dem untersuchten Liegenschaftsgeschäft zu tun haben (vgl. angefochtener Entscheid, S. 4 f., E. 4-7). Was die "grundsätzlichen" Entsiegelungs- und Beschlagnahmevoraussetzungen betrifft, verweist die Vorinstanz im Übrigen auf die Begründung ihrer prozessleitenden Verfügung vom 3. März 2011 (vgl. angefochtener Entscheid, S. 3 E. 1).
2.3 Angesichts des grossen Aufwandes für das Entsiegelungsverfahren (inklusive Aktentriage) legte die Vorinstanz der Beschwerdeführerin eine Entscheidgebühr von Fr. 10'000.-- (Maximalhöhe nach dem kantonalen Gebührentarif) auf (Dispositiv Ziffer 3).
3. Die Beschwerdeführerin bringt (im Wesentlichen zusammengefasst) Folgendes vor:
3.1 In der angefochtenen prozessleitenden Verfügung vom 3. März 2011 werde der Tatverdacht von Veruntreuung und Geldwäscherei einzig auf einen Haftentscheid der kantonalen Anklagekammer vom 6. September 2010 gestützt. Wann und auf wessen Initiative dieser Haftentscheid zu den Entsiegelungsakten genommen wurde, sei unklar. Der Aktenbeizug sei jedenfalls ohne Mitteilung an sie, die Beschwerdeführerin, erfolgt, und es sei ihr keine Gelegenheit eingeräumt worden, dazu Stellung zu nehmen. Seit September 2010 seien zudem zahlreiche entlastende Dokumente aufgetaucht und entlastende Zeugenaussagen erfolgt, denen der Entsiegelungsrichter keine Rechnung getragen habe. Die Begründung des Tatverdachtes stütze sich auf reine Spekulation bzw. willkürliche Tatsachenfeststellungen und verletze die Unschuldsvermutung.
3.2 Am 17. August 2011 habe sie, die Beschwerdeführerin, dem Vorschlag des Entsiegelungsrichters zugestimmt, dass dieser das Siegel bereits vor dem mit den Parteien vereinbarten Triagetermin (vom 24. August 2011) öffnete und die zahlreichen sichergestellten Unterlagen im Hinblick auf eine effiziente Verfahrensführung bereits vorab sichtete. Am 24. August 2011 habe die (parteiöffentliche) richterliche Triage der sichergestellten Dokumente stattgefunden. Die Beschwerdeführerin und die Staatsanwaltschaft hätten sich dabei zu den Dokumenten äussern können. Der Staatsanwaltschaft sei noch kein Einblick in die Akten gewährt worden. Im angefochtenen Entscheid scheine der Entsiegelungsrichter die Ansicht zu vertreten, dass (in Ermangelung von Geheimnisschutzgründen) eine Entsiegelung auch möglich sei, wenn keine Konnexität zwischen den Dokumenten und dem untersuchten Sachverhalt vorliegt. Jedenfalls unterlasse es die Vorinstanz, konkret auszuführen, inwiefern die zahlreichen zur Entsiegelung freigegebenen Unterlagen einen Deliktskonnex aufwiesen. Eine entsprechende ausreichende Begründung dränge sich aber besonders bei betroffenen Anwaltsakten auf. Die Beschwerdeführerin listet Hunderte von Unterlagen aus 16 Bundesordnern auf, die ihrer Ansicht nach mangels Deliktskonnexität nicht entsiegelt werden dürften.
3.3 Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, Anwaltsakten dürften nur entsiegelt werden, falls gegen die fraglichen Anwälte selbst ein dringender konkreter Tatverdacht eines deliktischen Verhaltens besteht. Einen solchen Verdacht habe die Vorinstanz jedoch (gegenüber den mitbeschuldigten Anwälten) weder geprüft noch dargelegt. Soweit der Entsiegelungsrichter davon ausgehe, ein von der Entsiegelung mitbetroffener Anwalt sei von ihr, der Beschwerdeführerin, gar nicht mandatiert worden, sei diese Ansicht unzutreffend bzw. nicht begründet. Selbst wenn der fragliche Anwalt von einem mitbeschuldigten Kollegen substituiert worden wäre, gelte für Ersteren das Anwaltsgeheimnis bzw. ein Beschlagnahmeverbot. Bundesrechtswidrig sei sodann die Ansicht des Entsiegelungsrichters, soweit ihre Schweizer Anwälte deutsche Korrespondenzanwälte mandatiert hätten, falle der betreffende Schriftverkehr nicht unter das Anwaltsgeheimnis. Bei gewissen Dokumenten habe die Vorinstanz offensichtlich zu Unrecht eine Geheimnisträgerschaft verneint.
3.4 Ausserdem sei ihr, der Beschwerdeführerin, in Verletzung von Art. 426 StPO eine Entscheidgebühr von Fr. 10'000.-- auferlegt worden.
3.5 Nach Ansicht der Beschwerdeführerin verletzen die angefochtenen Entscheide in diesem Zusammenhang Art. 5, Art. 9, Art. 29 Abs. 2, Art. 32 Abs. 1 und Art. 36 BV, Art. 6 EMRK sowie Art. 263 f. i.V.m. Art. 248 Abs. 1 und Art. 426 StPO.
4. Bei Entsiegelungen ist darüber zu entscheiden, ob die Geheimnisinteressen, welche von der Inhaberin oder dem Inhaber der versiegelten Aufzeichnungen und Gegenstände angerufen werden, einer Durchsuchung und weiteren strafprozessualen Verwendung durch die Staatsanwaltschaft entgegen stehen (Art. 248 Abs. 1 StPO; BGE 137 IV 189 E. 4 S. 194 f.; 132 IV 63 E. 4.1-4.6 S. 65 ff.). Strafprozessuale Zwangsmassnahmen setzen auch voraus, dass ein hinreichender Tatverdacht vorliegt (Art. 197 Abs. 1 lit. b StPO) und der damit verbundene Eingriff verhältnismässig erscheint (Art. 197 Abs. 1 lit. c-d und Abs. 2 StPO).
5. Die Beschwerdeführerin bestreitet zunächst einen hinreichenden Tatverdacht.
5.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des hinreichenden Tatverdachtes (Art. 197 Abs. 1 lit. b StPO) keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Bestreitet der von strafprozessualen Zwangsmassnahmen Betroffene das Vorliegen eines ausreichenden Tatverdachts, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Es genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. BGE 137 IV 122 E. 3.2 S. 126; 124 IV 313 E. 4 S. 316; 116 Ia 143 E. 3c S. 146).
Bei Beschwerden gegen schwerwiegende Eingriffe in individuelle Grundrechte durch Zwangsmassnahmen prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung der StPO frei (BGE 137 IV 122 E. 2 S. 125, 340 E. 2.4 S. 346 mit Hinweisen). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 137 IV 122 E. 2 S. 125 f.; 135 I 71 E. 2.5 S. 73 f.).
5.2 In der mitangefochtenen prozessleitenden Zwischenverfügung vom 3. März 2011 (E. 5, S. 6 f.) wird der Tatverdacht wie folgt begründet:
Im Zusammenhang mit dem Verkauf einer Villa in St. Moritz bestehe der begründete Verdacht, "dass ein Betrag von Fr. 4 Mio. deliktischer Herkunft sein könnte". Dies ergebe sich "unter anderem aus dem Umstand, dass Sinn und Zweck verschiedener dazu getätigter Transaktionen nicht nachvollziehbar" seien, "weil sie weder wirtschaftlich noch rechtlich einen Sinn machen, es sei denn zur Verschleierung einer möglichen deliktischen Herkunft". Vor der Veräusserung der Liegenschaft an den Käufer, der neben dem verurkundeten Kaufpreis von Fr. 17,5 Mio. mit unklarer bzw. widersprüchlicher Begründung noch zusätzlich Fr. 4 Mio. an die Beschwerdeführerin überwiesen habe, sei das Eigentum an der Liegenschaft an ihre Kinder übertragen worden, gegen Einräumung eines Wohnrechts an die Beschwerdeführerin. Diese Eigentumsübertragung sei "kurze Zeit später wieder rückgängig gemacht" worden, indem die Liegenschaft dem genannten Käufer überschrieben worden sei. Auf diese Weise sei das "faktisch 'verselbständigte' Wohnrecht quasi aus dem Kaufobjekt 'herausgeschält'" worden, mit dem Ziel, es separat veräussern zu können. Um die betreffende Zusatzvergütung bestmöglich zu kaschieren, seien verschiedene Massnahmen ergriffen worden. Die Zusatzentschädigung sei nicht öffentlich beurkundet worden. Sodann sei die Zahlung in bar geleistet worden, um keine "Papierspur" zu hinterlassen. Zur Einzahlung des Bargeldes sei eigens ein neues Bankkonto für die Beschwerdeführerin eröffnet worden. Es bestehe der Verdacht, dass dieses Prozedere letztlich dem Ziel diente, kontaminiertes Geld aus strafrechtlich abgeurteilten Delikten des früheren Ehemannes der Beschwerdeführerin dem Zugriff der Rechtspflege zu entziehen. Für weitere Details könne auf die Begründung eines Haftanordnungsentscheids vom 6. September 2010 der kantonalen Anklagekammer verwiesen werden. Auch im Entsiegelungsverfahren habe die Beschwerdeführerin keine Dokumente vorgelegt, die geeignet wären, die fraglichen Transaktionen zu plausibilisieren. Zwar müsse eine beschuldigte Person nicht ihre Unschuld beweisen. Sie habe sich jedoch die gesetzlich zulässigen Zwangsmassnahmen gefallen zu lassen, wenn sie nicht willens oder nicht in der Lage sei, den Tatverdacht zu entkräften.
5.3 In einem sachlich konnexen Urteil des Bundesgerichtes 1B_27/ 2012 vom 27. Juni 2012 (E. 7.3.-7.5) wurde der von den kantonalen Instanzen dargelegte Tatverdacht wie folgt zusammengefasst:
Die Strafuntersuchungen gegen die Beschwerdeführerin und einen mitbeschuldigten früheren Anwalt seien aufgrund von Verdachtsmeldungen der Meldestelle für Geldwäscherei im Bundesamt für Polizei sowie einer Bank eröffnet worden. In den schweizerischen Verfahren seien die Verbrechen des früheren Ehemannes der Beschwerdeführerin als Geldwäscherei-Vortaten anzusehen. Dieser sei am 18. Dezember 2001 in Deutschland wegen Betruges in 145 Fällen, bandenmässigen Betruges in weiteren 97 Fällen sowie Kapitalanlagebetruges mit einem Deliktsbetrag von mehreren hundert Millionen D-Mark zu 12 Jahren Freiheitsstrafe verurteilt worden. Die Beschwerdeführerin sei am 3. Dezember 2009 vom Landgericht Karlsruhe wegen Geldwäscherei (an Deliktsgut im fraglichen Fall) bereits rechtskräftig verurteilt worden. Ihr und dem genannten Anwalt werde vorgeworfen, weitere Vermögenswerte deliktischen Ursprungs (Schmuck sowie eine Liegenschaft) in strafbarer Weise weiterveräussert (bzw. die entsprechenden Transaktionen organisiert) zu haben. Im Zusammenhang mit dem Verkauf einer Liegenschaft in St. Moritz bestehe der begründete Verdacht, "dass die Zahlung eines Betrags von Fr. 4 Mio." an die Beschwerdeführerin, welchen der Käufer "über den beurkundeten Kaufpreis von Fr. 17,5 Mio. hinaus" bezahlt habe, "deliktischer Herkunft sein könnte". Der Verdacht stütze sich auf den Umstand, dass der Sinn und Zweck verschiedener Transaktionen weder wirtschaftlich noch juristisch nachvollziehbar sei. Offenbar dienten diese der "Verschleierung einer möglichen deliktischen Herkunft". Kurz nachdem die Beschwerdeführerin ihren Eigentumsanteil (gegen ein Wohnrecht zu ihren Gunsten) an ihre Kinder übertragen habe, sei die Liegenschaft weiterveräussert worden. Die Bezahlung des erwähnten Aufpreises von Fr. 4 Mio. habe der Käufer unklar bzw. widersprüchlich begründet. Zur Verschleierung sei der Aufpreis nicht öffentlich beurkundet worden. Sodann sei die Zahlung, offenbar zur Verwischung von Transaktionsspuren wie Banküberweisungen, in bar geleistet worden. Und schliesslich sei das Geld auf ein "eigens hiezu eröffnetes Bankkonto" der Beschwerdeführerin einbezahlt worden. Es bestehe der Verdacht, dass damit betrügerisch erworbenes Vermögen (des in Deutschland verurteilten Ex-Ehemannes der Beschwerdeführerin) reingewaschen werden sollte. Der mitbeschuldigte Anwalt habe eingeräumt, die fraglichen Transaktionen für sie "vorbereitet und begleitet" zu haben. Weiter habe er bei der Übertragung von Fr. 600'000.-- auf ein auf seinen Namen lautendes Konto mitgewirkt, obwohl ihm bekannt gewesen sei, dass Erträgnisse aus Liegenschaftsverkäufen nicht der Beschwerdeführerin zustünden und auch "die Verrechnung irgendwelcher Provisionszahlungen nicht ohne entsprechende Deklaration bzw. Zustimmung des Insolvenzverwalters zu Lasten seiner Mandantin und zu seinen eigenen Gunsten (bzw. allenfalls der Anwalts-AG)" hätte erfolgen dürfen. Bei einer Zahlung von USD 1'489'500.-- auf das Konto der Beschwerdeführerin habe der mitbeschuldigte Anwalt der Bank gegenüber "eine Begründung abgegeben, welche offenbar nicht mit der Realität übereinstimmt". Es falle auch auf, dass die Beschwerdeführerin (nach Darstellung des Anwaltes) "innert relativ kurzer Frist Schmuckstücke und Juwelen in einem Gesamtumfang von mehr als USD 2,5 Mio veräussert haben müsste" und sich gleichzeitig von der Villa in St. Moritz getrennt habe. Für die angeblichen Schmuck- und Juwelenverkäufe in Millionenhöhe seien aber keinerlei Belege vorgelegt worden.
5.4 Wie das Bundesgericht schon im Urteil 1B_27/2012 vom 27. Juni 2012 (E. 7.6) festgestellt hat, hält die Annahme eines hinreichenden Tatverdachtes (insbesondere von Geldwäscherei) im aktuellen Verfahrensstadium vor dem Bundesrecht stand. Willkürliche Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz (oder eine Verletzung des rechtlichen Gehörs) sind in diesem Zusammenhang nicht ersichtlich. Die Beschwerdeführerin hatte (auch im vorliegenden Verfahren) ausreichend Gelegenheit, sich zu den von den kantonalen Behörden dargelegten Verdachtsgründen zu äussern. Spezifische Fragen der Beweiswürdigung sind nicht im Entsiegelungsverfahren abschliessend zu beurteilen, sondern - im Falle einer strafrechtlichen Anklage - vom erkennenden Strafgericht.
6. Zu prüfen ist sodann, inwiefern sich die Beschwerdeführerin auf das anwaltliche Berufsgeheimnis als Entsiegelungshindernis berufen kann.
6.1 Gemäss Art. 248 Abs. 1 StPO können nur die Inhaberinnen oder Inhaber von vorläufig sichergestellten (und allenfalls nach Art. 263 ff. StPO voraussichtlich zu beschlagnahmenden) Aufzeichnungen und Gegenständen geschützte Geheimnisrechte anrufen und die Siegelung verlangen. Macht eine berechtigte Person geltend, eine Beschlagnahme sei wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts (oder aus anderen Gründen) nicht zulässig, so gehen die Strafbehörden nach den Vorschriften über die Siegelung vor (Art. 264 Abs. 3 StPO). Nicht beschlagnahmt werden dürfen (ungeachtet des Ortes, wo sie sich befinden, und des Zeitpunktes, in welchen sie geschaffen worden sind) alle Gegenstände, namentlich Aufzeichnungen und Korrespondenzen, die aus dem Verkehr zwischen der beschuldigten Person und Personen stammen, die nach den Art. 170-173 StPO das Zeugnis verweigern können und die im gleichen Sachzusammenhang nicht selber beschuldigt sind (Art. 264 Abs. 1 lit. c StPO). Dazu gehören insbesondere Aufzeichnungen und Korrespondenzen aus dem Verkehr zwischen der beschuldigten Person und ihren (nicht selber beschuldigten) mandatierten Rechtsanwältinnen und Rechtsanwälten (Art. 171 Abs. 1 StPO). Einem absoluten Beschlagnahme- und Entsiegelungsverbot unterliegen Unterlagen aus dem Verkehr der beschuldigten Person mit ihrer Verteidigung (Art. 264 Abs. 1 lit. a StPO).
6.2 Alle Dokumente, bei denen das Einverständnis der Beschwerdeführerin zur Entsiegelung vorliegt, sowie alle Anwaltsakten des mitbeschuldigten Anwaltes im Zusammenhang mit dem untersuchten Liegenschaftsgeschäft durfte die Vorinstanz zur Durchsuchung freigeben. Für die anwaltliche Korrespondenz zwischen ihr und dem betreffenden Anwalt kann sie sich grundsätzlich nicht auf ein Entsiegelungs- und Beschlagnahmehindernis berufen (Art. 264 Abs. 1 lit. c StPO; vgl. Urteil des Bundesgerichtes 1B_27/2012 vom 27. Juni 2012 E. 6.2). Dies gilt umso mehr für Akten, welche gar nicht die vom Berufsgeheimnis geschützte anwaltliche Tätigkeit betrafen. Die früheren Verteidigungsakten dieses Rechtsvertreters hat die Vorinstanz von der Entsiegelung ausgenommen. Ebenfalls zur Durchsuchung freizugeben ist die untersuchungsrelevante Korrespondenz mit einem weiteren mitbeschuldigten Rechtsanwalt und Notar.
6.3 Zwar macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe auch noch Akten von Anwälten zur Durchsuchung freigegeben, die nicht selber mitbeschuldigt würden. Der in der Beschwerde vertretenen Ansicht, selbst wenn die fraglichen Anwälte von ihrem mitbeschuldigten Kollegen substituiert worden wären, gelte zugunsten der Substituten ein Beschlagnahmeverbot, kann jedoch nicht gefolgt werden. Ein in der Sache selbst mitbeschuldigter Anwalt kann untersuchungsrelevante Beweisunterlagen aus dem Mandatsverhältnis (insbesondere seine eigene Korrespondenz mit der Mandantschaft) nicht dem Zugriff der Strafverfolgungsbehörde entziehen, indem er einfach Büropartner mit dem Fall substituiert. Solches widerspräche offensichtlich dem Sinn und Zweck von Art. 264 Abs. 1 lit. c StPO. Analoges gilt für die Einschaltung von ausländischen Korrespondenzanwälten zur Unterstützung des vom mitbeschuldigten Anwalt selbstständig geführten Mandats. Anders zu entscheiden wäre bei unabhängigen (originären) Mandatsverhältnissen der Beschwerdeführerin mit nicht beschuldigten Anwälten (im In- oder Ausland) in nicht untersuchungsrelevanten Sachbereichen. Dass solche Mandate von der Entsiegelung betroffen wären, wird von ihr nicht konkret dargetan. Offensichtlich unrichtige tatsächliche Feststellungen des Zwangsmassnahmengerichtes sind in diesem Zusammenhang nicht ersichtlich (vgl. Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 105 Abs. 2 BGG). Es kann offen bleiben, inwieweit gewisse Unterlagen aus Drittquellen darüber hinaus der nicht gesetzlich privilegierten sogenannten anwaltlichen Geschäftstätigkeit (Vermögens- und Immobilienverwaltung, Eigengeschäfte mit treuhänderischen Darlehen und Provisionsbeteiligungen usw.) zuzurechnen wären.
7. Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, es werde von den kantonalen Strafjustizbehörden kein ausreichender Deliktszusammenhang zwischen Hunderten von zu entsiegelnden Dokumenten und dem Gegenstand der Untersuchung dargetan.
7.1 Nach der Praxis des Bundesgerichtes hat der Entsiegelungsrichter (auch bei grossen Datenmengen) offensichtlich irrelevante Gegenstände auszusondern. Schon in ihrem Entsiegelungsgesuch hat die Staatsanwaltschaft darzulegen, inwiefern die versiegelten Gegenstände grundsätzlich verfahrenserheblich seien. Sodann kann das Zwangsmassnahmengericht für die Triage (falls nötig) auch Untersuchungsbeamte bzw. schriftliche Auskünfte der Untersuchungsbehörde beiziehen, um die Sichtung zu erleichtern (BGE 137 IV 189 E. 5.1.2 S. 196 f. mit Hinweisen). Betroffene Inhaber von Aufzeichnungen und Gegenständen, welche die Versiegelung beantragen bzw. Durchsuchungshindernisse geltend machen, haben ihrerseits die prozessuale Obliegenheit, das Zwangsmassnahmengericht bei der Sichtung und Klassifizierung von Dokumenten zu unterstützen. Dies umso mehr, als der Entsiegelungsrichter die Einzelheiten der Untersuchung nicht kennt und die Staatsanwaltschaft noch keine Detaileinsicht in die versiegelten Akten nehmen kann. Auch haben die betroffenen Inhaber jene Gegenstände zu benennen, die ihrer Ansicht nach der Geheimhaltung unterliegen oder offensichtlich keinen Sachzusammenhang mit der Strafuntersuchung aufweisen. Dies gilt besonders, wenn sie die Versiegelung von sehr umfangreichen bzw. komplexen Dokumenten oder Dateien verlangt haben (BGE 137 IV 189 E. 4.2 S. 194 f., E. 5.1.2 S. 197, E. 5.3.1 S. 198, mit Hinweisen).
7.2 Zur Verhältnismässigkeit der Entsiegelung bzw. zur Beweiseignung der sichergestellten Dokumente (Art. 197 Abs. 1 lit. c-d und Abs. 2 StPO) erwägt die Vorinstanz Folgendes: Die Durchsicht der beschlagnahmten Ordner habe ergeben, dass im Rahmen des untersuchten Gegenstandes (Liegenschaftsgeschäft St. Moritz und damit verknüpfte Finanztransaktionen) verschiedene Anwälte in der Schweiz und in Deutschland tätig geworden seien. Die Akten, die nichts mit dem Untersuchungsgegenstand zu tun haben, seien ausgesondert worden. Die Einzelkriterien der Triage sowie die konkret betroffenen Ordner und Dokumente ergeben sich aus dem 20 Seiten umfassenden Dispositiv des angefochtenen Entsiegelungsentscheides.
7.3 Zwangsmassnahmen, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreifen, sind besonders zurückhaltend einzusetzen (Art. 197 Abs. 2 StPO). Da im vorliegenden Fall die Beschwerdeführerin selber beschuldigt ist, drängt sich bei der Frage der möglichen Beweiseignung der versiegelten Unterlagen (bzw. bei den Anforderungen an die Substanzierung des fehlenden Deliktszusammenhangs) keine besondere Zurückhaltung auf. Wie bereits dargelegt, kann sie sich im Verhältnis zu selber beschuldigten früheren Anwälten auch nicht auf das Anwaltsgeheimnis berufen (vgl. oben, E. 6.1-6.3). Wie sich aus den Akten ergibt, erhielt die Beschwerdeführerin im Rahmen des Entsiegelungsverfahrens vor dem Zwangsmassnahmengericht (und nochmals im Beschwerdeverfahren) ausführlich Gelegenheit, sich zu allfälligen Entsiegelungshindernissen zu äussern.
7.4 Zwar listet die Beschwerdeführerin Hunderte von Unterlagen aus 16 Bundesordnern auf, die ihrer Ansicht nach nicht entsiegelt werden dürften. Sie legt jedoch nicht dar, weshalb die einzelnen Dokumente für die Strafuntersuchung offensichtlich unerheblich wären. Eine stichprobenweise Überprüfung zeigt, dass die pauschale Bestreitung der Deliktskonnexität zu Unrecht erfolgt. Dies gilt insbesondere für interne Abrechnungen zwischen der Beschwerdeführerin und einem wegen mutmasslicher Geldwäscherei mitbeschuldigten Anwalt, für untersuchungsrelevante Korrespondenz (zwischen diesen beiden und mit Dritten) oder für sachkonnexe Finanztransaktionen bzw. Eigengeschäfte eines mitbeschuldigten Anwalts (z.B. Darlehens- und Provisionsbeteiligungsverträge).
8. Die Beschwerdeführerin wendet sich schliesslich gegen die Auflage der erstinstanzlichen Entscheidgebühr. Sie habe die Kosten des Verfahrens nicht rechtswidrig und schuldhaft erwirkt und auch dessen Durchführung nicht erschwert. Die Kostenauflage an sie (eventualiter auch deren Höhe) verletze Art. 426 StPO.
8.1 Die Verfahrenskosten des Strafprozesses werden vom Bund oder dem Kanton getragen, der das Verfahren geführt hat; abweichende Bestimmungen der StPO bleiben vorbehalten (Art. 423 Abs. 1 StPO). Bund und Kantone regeln die Berechnung der Verfahrenskosten und legen die Gebühren fest (Art. 424 Abs. 1 StPO). Die Bestimmungen des 10. Titels der StPO über die Verfahrenskosten (sowie über Entschädigung und Genugtuung) gelten für alle Verfahren nach StPO, insbesondere für in selbstständigen strafprozessualen Zwischenentscheiden auferlegte Gerichtsgebühren (Art. 416 i.V.m. Art. 421 Abs. 2 lit. a StPO). Die beschuldigte Person trägt grundsätzlich die Verfahrenskosten, wenn sie verurteilt wird (Art. 426 Abs. 1 StPO). Wird das Verfahren eingestellt oder die beschuldigte Person freigesprochen, so können ihr die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig oder schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (Art. 426 Abs. 2 StPO).
8.2 Das Entsiegelungsverfahren vor dem Zwangsmassnahmengericht (Art. 248 StPO) stellt ein selbstständiges erstinstanzliches Zwangsmassnahmenverfahren dar. Der Entsiegelungsentscheid schliesst das Strafverfahren nicht ab. Die Bestimmungen von Art. 423 Abs. 1 i.V.m. Art. 426 bzw. Art. 428 StPO gelten auch für das Entsiegelungsverfahren (Art. 416 i.V.m. Art. 421 Abs. 2 lit. a StPO). Art. 428 StPO, welcher die Kostentragung im StPO-Rechtsmittelverfahren regelt, ist auf erstinstanzliche Entscheide nicht anwendbar. Damit besteht in der vorliegenden Konstellation keine gesetzliche Grundlage (im Sinne von Art. 423 Abs. 1 StPO) für die Auferlegung von Verfahrenskosten an die Beschwerdeführerin als beschuldigte Person (vgl. auch BGE 132 I 117 E. 7.4 S. 125). Eine Auferlegung von Verfahrenskosten an sie kommt erst nach Abschluss der Strafuntersuchung (nach Massgabe von Art. 426 StPO) in Frage. Bis dahin hat gemäss Art. 423 Abs. 1 StPO der Kanton die angefallenen Verfahrenskosten zu tragen. Nach dem Gesagten ist Ziffer 3 des Dispositives des angefochtenen Entscheides vom 16. September 2011 aufzuheben.
9. Über das aufzuhebende Kostendispositiv des Entsiegelungsentscheides hinaus erweisen sich die angefochtenen Entscheide vom 3. März 2011 und 16. September 2011 (Verfahren 1B_595/2011) als bundesrechtskonform. Die von der Beschwerdeführerin angerufenen Grundrechtsnormen haben im vorliegenden Zusammenhang keine über das bereits Dargelegte hinausgehende selbstständige Bedeutung.
10. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerden (im Verfahren 1B_595/2011 betreffend das Kostendispositiv) teilweise gutzuheissen und im Übrigen - soweit nicht gegenstandslos geworden - abzuweisen sind.
Damit sind der Beschwerdeführerin ausgangsgemäss die (reduzierten) Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Für die Parteikosten ist massgebend, dass die Beschwerdeführerin zur Hauptsache unterliegt, ihre Beschwerde im Kostenpunkt aber gutzuheissen ist. Sie hat daher Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 BGG). Diese hat auch ihrem in guten Treuen geleisteten Aufwand für das Überweisungsverfahren vor dem Obergericht und das Verfahren 1B_397/2012 Rechnung zu tragen und wird einfachheitshalber pauschal (inkl. Mehrwertsteuer) aus der Bundesgerichtskasse geleistet.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerden werden teilweise gutgeheissen, und Ziffer 3 des Dispositives des angefochtenen Entscheides vom 16. September 2011 des Zwangsmassnahmengerichts des Kantons Thurgau wird aufgehoben. Im Übrigen werden die Beschwerden abgewiesen, soweit sie nicht gegenstandslos geworden sind.
2. Der Beschwerdeführerin werden (reduzierte) Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Der Beschwerdeführerin wird eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- (inkl. MWST) aus der Bundesgerichtskasse zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten sowie dem Zwangsmassnahmengericht und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster