Sachverhalt:
A.
X._ wird in der Anklage vom 1. Dezember 2009/8. September 2010 vorgeworfen, er habe zwischen ca. Ende April 2003 und Juni 2003, wissend um seine HIV-Infektion und die Übertragbarkeit des Virus, mit seinem damaligen Lebenspartner Y._ zwischen 5 und 10 Mal ungeschützt oral und anal sexuell verkehrt. Dadurch habe er zumindest in Kauf genommen, diesen mit dem HI-Virus zu infizieren, im Wissen darum, dass die Infektion nach ungewisser, relativ langer Zeit mit hoher Wahrscheinlichkeit zum Ausbruch von AIDS und anschliessend mit hoher Wahrscheinlichkeit zum Tod führe. Der nicht informierte Y._ habe sich mit dem HI-Virus angesteckt. X._ habe sich der schweren Körperverletzung im Sinne von Art. 122 Abs. 1 StGB und des Verbreitens menschlicher Krankheiten im Sinne von Art. 231 StGB schuldig gemacht.
B.
Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ am 3. April 2012 zweitinstanzlich wegen schwerer Körperverletzung (Art. 122 Abs. 1 StGB) und Verbreitens menschlicher Krankheiten (Art. 231 Ziff. 1 Abs. 1 StGB) schuldig und verurteilte ihn zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten bei einer Probezeit von 2 Jahren. Den zu vollziehenden Teil der Freiheitsstrafe legte es auf acht Monate fest. Überdies verpflichtete es X._, Y._ eine Genugtuung von Fr. 50'000.-- zu bezahlen. Dessen Schadenersatzforderung hiess es dem Grundsatz nach gut. Es verpflichtete X._, Y._ Fr. 6'000.-- als Ersatz für bisher angefallene Gesundheitskosten zu bezahlen. Im darüber hinausgehenden Betrag verwies es Y._ auf den Zivilweg.
C.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, es sei der Entscheid vom 3. April 2012 (Dispositivziffern 1, 2, 3 und 5) aufzuheben (Ziffer 1). Er sei von den Vorwürfen der schweren Körperverletzung und des Verbreitens einer menschlichen Krankheit freizusprechen (Ziffer 2 und 6). Eventuell sei er wegen vollendeter schwerer (recte: einfacher) Körperverletzung schuldig zu sprechen, wobei von einer Strafe abzusehen sei (Ziffer 3). Im Falle einer Bestrafung wegen schwerer Körperverletzung sei eine Strafe von maximal 24 Monaten auszusprechen und der Vollzug der Freiheitsstrafe bei einer Probezeit von 2 Jahren aufzuschieben (Ziffer 4 und 5). Weiter sei davon abzusehen, ihn zu einer Genugtuungszahlung zu verpflichten (Ziffer 7). Eventualiter, im Falle einer Verurteilung gemäss Beschwerdeantrag Ziffer 3, sei die Genugtuung auf Fr. 15'000.-- festzusetzen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D.
Das Obergericht des Kantons Zürich und Y._ verzichten auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. X._ nimmt zur Vernehmlassung der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich in einer Replik Stellung.
Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Beweiswürdigung, eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung und eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo". Es könne nicht ausgeschlossen werden, dass eine dritte Person, namentlich A._, den Beschwerdegegner 2 mit dem HI-Virus angesteckt habe. Die Vorinstanz verfalle in Willkür, wenn sie den Beschwerdegegner 2 als glaubwürdig und seine Aussagen als glaubhaft erachte. Dieser habe insbesondere zu seinen Sexualpraktiken mit A._ widersprüchlich ausgesagt (Beschwerde, S. 8-13). Unhaltbar sei, dass die Vorinstanz seine eigene Glaubwürdigkeit in Frage stelle und zum Ergebnis komme, seine Aussagen seien mit Vorsicht zu würdigen (Beschwerde, S. 14 f.). Sie ziehe aus dem virologischen Gutachten die falschen Schlüsse (Beschwerde, S. 15 ff.)
1.2. Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist (BGE 137 III 226 E. 4.2 mit Hinweisen; zum Begriff der Willkür BGE 138 I 49 E. 7.1; 136 III 552 E. 4; je mit Hinweisen) oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von Art. 9 BV hinausgehende Bedeutung zu (BGE 127 I 38 E. 2a; 124 IV 86 E. 2a; je mit Hinweisen; Urteil 6B_217/2012 vom 20. Juli 2012 E. 2.2.1). Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2 mit Hinweis).
1.3. Die Vorinstanz bejaht die Glaubwürdigkeit des Beschwerdegegners 2 und bezweifelt diejenige des Beschwerdeführers. Sie würdigt die massgeblichen Gesichtspunkte (z.B. Aussagen unter Strafdrohung von Art. 307 StGB, Interessen am Verfahrensausgang, Anzeigeverhalten etc.) und zieht daraus vertretbare Schlüsse. Der Beschwerdeführer stellt dem nur seine eigene Sicht der Dinge gegenüber (vgl. Beschwerde, S. 8 ff., S. 14 f.). Den Nachweis, dass die Schlussfolgerungen der Vorinstanz unhaltbar sind, bleibt er schuldig.
1.4. Die Aussagen des Beschwerdegegners 2 stuft die Vorinstanz als glaubhaft ein. Er habe stets offen über sein Intimleben berichtet, insbesondere auch darüber, dass er nach der Beziehung mit dem Beschwerdeführer weitere Sexualpartner, A._ und den HIV-positiven B._, gehabt habe. Dass er diesen Umstand offenbart habe, obwohl er ihn unbemerkt hätte verschweigen können, spreche für die Glaubhaftigkeit seiner Aussagen. Den vermeintlichen Widerspruch in seinen Aussagen zum praktizierten Schutz beim Sexualverkehr erklärt die Vorinstanz mit den unterschiedlichen Verständnissen betreffend den Begriff des "geschützten" Verkehrs. Während die Verteidigung darunter nur den kondomgeschützten Verkehr begreife, handle es sich für den Beschwerdegegner 2 stets um geschützten Verkehr, wenn aufgrund geeigneter Vorkehren ein Ansteckungsrisiko ausgeschlossen werden könne. Sein Verständnis stimme mit den "Safer Sex"-Regeln des Bundesamts für Gesundheit und den Informationen der AIDS-Hilfe Schweiz überein. Auszugehen sei davon, dass er mit dem Beschwerdeführer - was dieser bestätige - ungeschützten Anal- und Oralverkehr (mit Ejakulation in den Mund) gehabt habe, mit B._ und A._ kondomgeschützten Analverkehr sowie mit B._ und möglicherweise mit A._ Oralverkehr ohne Kondom und ohne Ejakulation in den Mund. Das Ansteckungsrisiko durch B._ und A._ sei bereits aufgrund der mit ihnen geübten Sexualpraktiken minim.
Der Beschwerdeführer versucht vor Bundesgericht wie bereits vor Vorinstanz, die Aussagen des Beschwerdegegners 2 zum praktizierten Schutz beim Sexualverkehr als widersprüchlich darzustellen (Beschwerde, S. 10 ff.). Seine Kritik dringt nicht durch. Der Beschwerdegegner 2 gab anlässlich seiner Einvernahme vom 11. April 2007 auf die ihm gestellten Fragen differenziert Antwort. Soweit er sich nicht erinnerte, wies er darauf hin (vgl. kantonale Akten, act. 4/2 S. 8). Bezogen auf den Beginn der HIV-Infektion in den 80-er Jahren engt er den praktizierten Schutz beim Sexualverkehr nachvollziehbar auf den Gebrauch von Kondomen ein, wobei er hinzufügt, es habe ihn nie gestört, Kondome zu verwenden (vgl. kantonale Akten, act. 4/2 S. 4). Im Übrigen bringt er deutlich zum Ausdruck, dass er unter geschütztem Sexualverkehr "Safer Sex" versteht, wobei seine Aussagen über den "doppelten Schutz" einleuchten (Wissen, ob der Partner HIV-positiv ist, Schutz danach ausrichten). Seine Aussagen sind nach der willkürfreien vorinstanzlichen Würdigung glaubhaft und können nicht als blosse Schutzbehauptungen abgetan werden.
1.5. Die virologischen Gutachten vom 2. Februar 2009 und 18. September 2009 stützen die Aussagen des Beschwerdegegners 2 (kantonale Akten, act. 3/4 und 3/6; Entscheid, S. 15 f.). Danach handelt es sich bei den Virusisolaten des Beschwerdeführers und des Beschwerdegegners 2 um eine hierzulande wahrscheinlich bisher unbekannte bzw. sehr seltene, in Südamerika hingegen weit verbreitete rekombinante Form von HIV-1, wobei die Konstellation mit Subtyp B in gag p24 und der viralen Integrase sowie Subtyp F1 in gp 120 des env-Gens bisher nur aus Brasilien bekannt ist. Die untersuchten Virusisolate der beiden Probanden seien bei einer durchschnittlichen Identität der Sequenzpopulationen von 93,8 % (bei einer Standardabweichung von 1,1 %) eng verwandt. Sie liessen sich nicht eindeutig voneinander abtrennen. Der epidemologische Zusammenhang sei natürlich hoch. Eine Übertragung von HIV-1 von einem Probanden auf den andern sei sehr wahrscheinlich. Da der Beschwerdegegner 2 gemäss Aktenlage zeitlich nach dem Beschwerdeführer infiziert worden sei, könne ausgeschlossen werden, dass der Beschwerdegegner 2 den Beschwerdeführer angesteckt habe. Es bestünden überdies keine Hinweise darauf, dass der Beschwerdegegner 2 noch ein anderes Virus als dasjenige des Beschwerdeführers trage. Die Wahrscheinlichkeit, dass ein weiterer Sexualpartner des Beschwerdegegners 2 mit ebendiesem hierzulande sehr seltenen Virus infiziert sei und es auf den Beschwerdegegner 2 übertragen habe, sei sehr gering. Eine solche Möglichkeit bestehe (nur) theoretisch (vgl. auch kantonale Akten, act. 23; Entscheid, S. 16). Eine Ansteckung durch B._ könne im Übrigen mit hundert prozentiger Sicherheit ausgeschlossen werden, da dessen Virusstamm im untersuchten Bereich des env-Gens dem Subtyp B angehöre (vgl. Gutachten vom 18. September 2009; Entscheid, S. 15).
1.6. Die Vorinstanz geht im Einklang mit den Gutachten davon aus, dass sämtliche Indizien in ihrer Gesamtheit mit sehr grosser Wahrscheinlichkeit darauf hinweisen, dass es der Beschwerdeführer war, der den Beschwerdegegner 2 mit dem HI-Virus ansteckte (Entscheid, S. 15 f.). Dafür spreche namentlich, dass der Beschwerdeführer zeitlich vor dem Beschwerdegegner 2 mit dem HI-Virus infiziert wurde, er und der Beschwerdegegner 2 insbesondere anal ungeschützt miteinander verkehrten, sie keine gemeinsamen Sexualpartner hatten und ihre hierzulande bislang unbekannten bzw. sehr seltenen HIV-1 Viren eng miteinander verwandt sind. Entsprechend unwahrscheinlich ist eine Infektion durch eine Drittperson, namentlich durch A._. An der gutachterlichen Wahrscheinlichkeitsaussage ändert nichts, dass eine Ansteckung mit dem fraglichen HI-Virus auch in Europa und nicht nur in Südamerika erfolgen kann (vgl. aber Beschwerde, S. 16 f.). Die vorinstanzlichen Erwägungen sind weder willkürlich noch verletzen sie den Grundsatz "in dubio pro reo". Dass A._ den Beschwerdegegner 2 infiziert haben könnte, bleibt eine bloss abstrakte Hypothese, welche keine unüberwindbaren Zweifel am Beweisergebnis aufkommen lässt.
2.
Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den Schuldspruch des Verbreitens von gefährlichen übertragbaren menschlichen Krankheiten. Er rügt eine unrichtige Anwendung von Art. 231 StGB. Das Epidemiengesetz (EPG) und Art. 231 StGB würden derzeit revidiert. Art. 231 StGB sehe neu eine Bestrafung nur noch bei "gemeiner Gesinnung" vor. Eine solche habe er nicht gehabt. Sollte die richterliche Beurteilung nach Inkrafttreten des revidierten Art. 231 StGB erfolgen, wäre die revidierte mildere Bestimmung anzuwenden. Andernfalls sei sie ihm zumindest strafmindernd zu Gute zu halten (Beschwerde, S. 20 f.). Das Vorbringen ist unbehelflich. Bei der Auslegung des geltenden Rechts kann zwar unter Umständen auf laufende Revisionen Bezug genommen werden (BGE 128 IV 3 E. 4c S. 9 mit Hinweisen). Ob das Verbreiten von menschlichen gefährlichen Krankheiten nur bei "gemeiner Gesinnung" strafbar ist, bildet aber nicht eine Frage der Auslegung, sondern vielmehr eine solche des anwendbaren Rechts. Die Vorinstanz hat den dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Vorwurf des Verbreitens menschlicher Krankheiten zutreffend und ohne Bundesrechtsverletzung auf der Grundlage des geltenden Rechts beurteilt (Entscheid, S. 17).
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt eine unrichtige Anwendung von Art. 122 StGB. Die HIV-Übertragung stelle angesichts der aktuellen wissenschaftlichen Erkenntnisse objektiv keine schwere Körperverletzung im Sinne von Art. 122 StGB mehr dar. Es handle sich zwar noch immer um eine unheilbare chronische Krankheit, die jedoch gut behandelbar sei. Die Lebenserwartung von Infizierten liege heute bei nahezu derjenigen einer nicht infizierten Person. Es falle nur noch eine einfache Körperverletzung im Sinne von Art. 123 StGB in Betracht (Beschwerde, S. 18 ff., S. 29). Weiter habe er nicht mit Eventualvorsatz, sondern lediglich fahrlässig gehandelt. Er habe seine HIV-Infektion verdrängt. Nach den Feststellungen der Vorinstanz sei er so weit gegangen, sich selber über Jahre hinweg zu täuschen und sich einzureden, nicht krank zu sein (Beschwerde, S. 29). Überdies sei der Beschwerdegegner 2 mit dem ungeschützten Verkehr einverstanden gewesen und habe eine HIV-Ansteckung willentlich in Kauf genommen. Man sei übereingekommen, sich testen zu lassen. Das Testergebnis habe der Beschwerdegegner 2 nicht sehen wollen. Offensichtlich sei es ihm in diesem Moment egal gewesen, ob er - der Beschwerdeführer - HIV-positiv sei (Beschwerde, S. 29 ff.).
Die Vorinstanz qualifiziert die Übertragung des HI-Virus objektiv als lebensgefährliche schwere Körperverletzung im Sinne von Art. 122 Abs. 1 StGB. Der Stand der Wissenschaft habe sich in den letzten Jahren nicht derart geändert, dass eine neue Qualifizierung der Gefährlichkeit der HIV-Infektion vorzunehmen wäre. Es bestehe kein Anlass, von der gefestigten Bundesgerichtspraxis abzuweichen. Die Vorinstanz bejaht weiter, dass der Beschwerdeführer in Bezug auf die schwere Körperverletzung eventualvorsätzlich handelte, und verneint, dass der Beschwerdegegner 2 in den Erfolg einwilligte. Diesem sei weder ein Fehlverhalten anzulasten noch könne davon ausgegangen werden, dass er in ein ihm bekanntes Risiko eingewilligt habe (Entscheid, S. 17 mit Verweis auf erstinstanzliche Ausführungen).
3.2.
3.2.1. Nach Art. 122 StGB wird wegen schwerer Körperverletzung bestraft, wer einen Menschen lebensgefährlich verletzt (Abs. 1); wer den Körper, ein wichtiges Organ oder Glied eines Menschen verstümmelt oder ein wichtiges Organ oder Glied unbrauchbar macht, einen Menschen bleibend arbeitsunfähig, gebrechlich oder geisteskrank macht, das Gesicht eines Menschen arg und bleibend entstellt (Abs. 2); oder wer eine andere schwere Schädigung des Körpers oder der körperlichen oder geistigen Gesundheit eines Menschen verursacht (Abs. 3). Nach Art. 123 StGB wird wegen einfacher Körperverletzung bestraft, wer einen Menschen in anderer Weise an Körper oder Gesundheit schädigt.
3.2.2. Der Tatbestand sowohl der schweren als auch der einfachen Körperverletzung im Sinne von Art. 122 bzw. Art. 123 StGB erfordern vorsätzliches Handeln, wobei eventualvorsätzliches Handeln im Sinne von Art. 12 Abs. 2 Satz 2 StGB genügt. Eventualvorsatz kann nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung auch vorliegen, wenn sich der Eintritt des tatbestandsmässigen Erfolgs statistisch gesehen nur relativ selten verwirklicht. Doch darf in diesem Fall nicht allein aus dem Wissen des Beschuldigten um die Möglichkeit des Erfolgseintritts auf dessen Inkaufnahme und damit auf Eventualvorsatz geschlossen werden. Es müssen weitere Umstände hinzukommen (BGE 131 IV 1 E. 2.2 mit Hinweis).
Art. 125 StGB regelt die fahrlässige einfache und schwere Körperverletzung. Eine fahrlässig begangene Körperverletzung ist schwer (Abs. 2), wenn die Qualifikationsmerkmale gemäss Art. 122 StGB erfüllt sind. Im Übrigen müssen die Voraussetzungen fahrlässigen Handelns im Sinne von Art. 12 Abs. 3 StGB gegeben sein.
3.2.3. Grundsätzlich kann in eine tatbestandsmässige Handlung eingewilligt und diese dadurch gerechtfertigt werden. Die Einwilligung muss sich beim vorsätzlichen Verletzungsdelikt sowohl auf die Tathandlung als auch auf den tatbestandsmässigen Erfolg beziehen (BGE 131 IV 1 E. 3.1). Von der rechtfertigenden Einwilligung in die Verletzung ist die Einwilligung in eine Gefährdung zu unterscheiden. In diesem Zusammenhang differenziert man zwischen Mitwirkung an fremder Selbstgefährdung und einverständlicher Fremdgefährdung (BGE 125 IV 189 E. 3a; 131 IV 1 E. 3.2). Die Unterscheidung richtet sich danach, ob der Träger des Rechtsguts das Tatgeschehen derart beherrscht, dass er darin jederzeit und bis zuletzt steuernd einzugreifen vermag, oder aber das Gefährdungsgeschehen in den Händen des Dritten liegt (BGE 134 IV 193 E. 9.1; 131 IV 1 E. 3.2; 125 IV 189 E. 3a). Eine rechtfertigende Einwilligung in die Verletzung oder in eine Gefahrenlage setzt voraus, dass der Betroffene die Einwilligung vor der Tathandlung in Kenntnis aller wesentlichen Umstände freiwillig abgibt (BGE 124 IV 261 E. 3 S. 261 mit Hinweis).
3.3.
3.3.1. Vorab ist zu prüfen, ob der Beschwerdegegner 2 in das Risiko einer HIV-Ansteckung einwilligte. Wäre hievon auszugehen, stellte sich die Frage nach der rechtlichen Qualifizierung der HIV-Übertragung als solche nicht mehr.
3.3.2. Die Vorinstanz stellt fest, es sei dem Beschwerdegegner 2 wichtig gewesen, die "Safer Sex"-Regeln einzuhalten. Bevor es zu ungeschütztem Verkehr gekommen sei, habe er vom Beschwerdeführer verlangt, sich testen zu lassen. Dieser habe es abgelehnt, sich einem HIV-Test in der Schweiz zu unterziehen mit der plausiblen Begründung, diesen könne er billiger in seiner Heimatstadt C._ durchführen lassen. Nach seiner Rückkehr habe er dem Beschwerdegegner 2 wahrheitswidrig zugesichert, den Test gemacht zu haben und seronegativ zu sein. Die Vorinstanz schliesst daraus willkürfrei, der Beschwerdegegner 2 habe mit seinem Verhalten klar zum Ausdruck gebracht, kein Infektionsrisiko eingehen bzw. ein Restrisiko hinsichtlich einer möglichen Ansteckung bewusst ausschalten zu wollen. Dass er die (unwahren) Behauptungen des Beschwerdeführers nicht verifizierte und sich das (angeblich) negative Testresultat nicht schriftlich vorlegen liess, kann ihm in einer gefestigten Vertrauensbeziehung nicht zum Vorwurf gemacht werden. Anhaltspunkte, dass der Beschwerdegegner 2 an der Ehrlichkeit des Beschwerdeführers hätte zweifeln und von dessen Seropositivität hätte ausgehen müssen, sind nicht ersichtlich. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, beschränkt sich auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid. Er legt nur dar, wie die Aussagen des Beschwerdegegners 2 richtigerweise zu interpretieren wären (Beschwerde, S. 30 "aufgrund dieser Aussage [..] muss gefolgert werden"), ohne die vorinstanzlichen Schlussfolgerungen als unhaltbar zu widerlegen. Darauf ist nicht einzutreten.
3.3.3. Stimmte der Beschwerdegegner 2 dem ungeschützten analen und oralen Sexualverkehr nicht in klarer Kenntnis der Umstände und der damit verbundenen Risiken einer HIV-Übertragung freiverantwortlich zu, kann von einer Einwilligung in das Risiko einer möglichen Ansteckung mit HIV nicht gesprochen werden. Die Beschwerde bleibt in diesem Punkt ohne Erfolg.
3.4.
3.4.1. Das Bundesgericht qualifizierte die HIV-Infektion in seiner bisherigen Rechtsprechung konstant als lebensgefährliche schwere Körperverletzung im Sinne von Art. 122 Abs. 1 StGB (bzw. Art. 125 Abs. 2 StGB). Es ging davon aus, dass die Infektion mit dem HI-Virus nach relativ langer Zeit bei vielen Betroffenen mit hoher Wahrscheinlichkeit zum Ausbruch der Immunschwäche AIDS und anschliessend mit hoher Wahrscheinlichkeit zum Tod führte. Dass die Lebensgefahr im Sinne der zitierten Bestimmungen notwendigerweise eine zeitlich unmittelbare bzw. akute sein müsse, verneinte es. Massgeblich sei nur, dass eine erhebliche Wahrscheinlichkeit eines tödlichen Verlaufs bestehe. Die HIV-Infektion erfülle diese Voraussetzung. Das Bundesgericht übersah nicht, dass die Medizin Fortschritte gemacht hatte und den HIV-Infizierten verbesserte medikamentöse Behandlungen zur Verfügung standen. Es stufte diese aber nicht als derart wegweisend ein, dass es sich veranlasst sah, die Qualifikation der HIV-Infektion als lebensgefährlich in Frage stellen zu müssen (BGE 131 IV 1 E. 1.1; BGE 125 IV 242 E. 2b; siehe auch BGE 134 IV 193; am Rande BGE 116 IV 133).
Die bundesgerichtliche Rechtsprechung stiess in der Lehre teilweise auf Zustimmung (vgl. Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse, Volume I, Bern 2010, Art. 122 N. 8; Andreas Donatsch, Strafrecht III, Delikte gegen den Einzelnen, 9. Aufl., Zürich 2008, S. 39; Hans Schultz, in ZBJV 128/1992, S. 12), zu einem erheblichen Teil aber auf Kritik. Einzelne Autoren erachten die Subsumtion der HIV-Übertragung unter die Tatbestandsvariante der lebensgefährlichen Verletzung nach Art. 122 Abs. 1 StGB (mangels Unmittelbarkeit der Lebensgefahr) als verfehlt und fordern eine Subsumtion unter die Generalklausel einer "andern schweren Gesundheitsschädigung" im Sinne von Art. 122 Abs. 3 StGB (so namentlich Trechsel/Fingerhuth, Schweizerisches Strafrecht, Praxiskommentar, Zürich/St. Gallen 2013, Art. 122 N. 2 sowie Art. 231 N. 9 ff.; Roth/Berkemeier, in: Basler Kommentar Strafrecht II, 2. Aufl., Basel 2007, Art. 122 N. 9 und 22). Andere qualifizierten und qualifizieren die HIV-Infektion als solche objektiv lediglich als einfache Körperverletzung (so insbesondere Karl-Ludwig Kunz, Aids und Strafrecht, Die Strafbarkeit der HIV-Infektion nach schweizerischem Recht, in ZStrR 107/1990, S. 39 ff., 46 ff.; Guido Jenny, in ZBJV 136/2000, S. 641; so wohl auch Felix Bommer, in ZBJV 146/2010, S. 163, und Stratenwerth/Jenny/Bommer, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Besonderer Teil I, Straftaten gegen Individualinteressen, 7. Aufl., Bern 2010, S. 76).
3.4.2. An der bisherigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann insofern nicht festgehalten werden, als sich heute angesichts der wissenschaftlichen Erkenntnisse und der medizinischen Behandlungsmöglichkeiten nicht mehr sagen lässt, dass der Zustand der Infiziertheit mit dem HI-Virus schon als solcher generell lebensgefährlich im Sinne von Art. 122 Abs. 1 StGB ist. Mit modernen antiretroviralen Kombinationstherapien (Highly Acitive Anti-Retroviral Therapy [HAART]) ist es möglich, den Ausbruch von AIDS hinauszuschieben, die Vermehrung der HI-Viren im Körper aufzuhalten, die Viruslast im Blut unter die Nachweisgrenze zu senken und die Lebenserwartung von HIV-Infizierten erheblich zu steigern, so dass bei früher Diagnose und guter Behandlung HIV-Infizierte fast so lange leben können wie nicht Infizierte (siehe Mösch Payot/Pärli, Der strafrechtliche Umgang mit HIV/AIDS in der Schweiz im Lichte der Anliegen der HIV/AIDS-Prävention: Status Quo, Reflexion, Folgerungen Teil 1: Die schweizerische Rechtsprechung: empirische und dogmatische Analyse, in AJP 2009, S. 1261 ff; 1269 f.; Fumiyo Nakagawa et al., Projected life expectancy of people with HIV according to timing of diagnosis, in AIDS: Official Journal of the international AIDS Society, 1. 28. 2012, Vol. 26, No. 3, S. 335-343; Rolf Rosenbrock et Al., Die Normalisierung von AIDS in Westeuropa, Der Politik-Zyklus am Beispiel einer Infektionskrankheit, Veröffentlichungsreihe der Forschungsgruppe Public Health, Wissenschaftszentrum Berlin für Sozialforschung (WZB) No. P99-201, S. 30 ff.; siehe auch Vernazza/Hirschel/Bernasconi/Flepp, Les personnes séropositives ne souffrant d'aucune autre MST et suivant un traitement antirétroviral efficace ne transmettent pas le VIH par voie sexuelle, in Schweizerische Ärztezeitung, I-2008. S. 165 ff). Damit fehlt es heute - unter der Voraussetzung medizinischer Behandlung - an der erheblichen Wahrscheinlichkeit eines tödlichen Verlaufs und folglich an der Lebensgefahr der HIV-Infektion im Sinne der Tatbestandsvariante von Art. 122 Abs. 1 StGB. Die neuen wissenschaftlichen Erkenntnisse haben teilweise bereits Eingang in die Rechtspraxis der Kantone gefunden. So sprach beispielsweise die Cour de Justice du Canton de Genève am 23. Februar 2009 einen HIV-positiven Mann, welcher ungeschützten Geschlechtsverkehr hatte, u.a. vom Vorwurf der versuchten schweren Körperverletzung frei. Er sei aufgrund der Einnahme antiretroviraler Medikamente bei einer Viruslast von Null nicht mehr infektiös gewesen (vgl. zum Sachverhalt Urteil 6B_260/2009 vom 30. Juni 2009; siehe hierzu auch Zeitschrift Plädoyer, 2/2009, Rubrik Rechtsprechung, S. 65).
3.4.3. Dass die HIV-Infektion als solche auch unter Berücksichtigung der medizinischen Fortschritte indes nach wie vor eine nachteilige pathologische Veränderung mit Krankheitswert darstellt, steht ausser Diskussion. Lässt sich diese Infektion auf einen Übertragungsakt zurückführen, ist mit nahezu einhelliger Meinung von einer tatbestandsmässigen Körperverletzung auszugehen (BGE 125 IV 242 E. 2b/aa; Stratenwerth/Jenny/Bommer, a.a.O., S. 66 N. 8; vgl. für das deutsche Recht Thomas Fischer, Strafgesetzbuch, 59. Aufl. 2012, § 223 N. 7; Eser/Sternberg-Lieben, in Schönke/Schröder, Kommentar Strafgesetzbuch, 28. Aufl. 2010, § 223 N. 7). Fraglich ist nur, ob sie unter den Tatbestand der einfachen Körperverletzung zu subsumieren ist, wie es der Beschwerdeführer fordert (so namentlich Karl-Ludwig Kunz, Aids und Strafrecht, a.a.O., S. 46 ff., weitere Hinweise unter E. 3.4.1), oder unter denjenigen der schweren Körperverletzung, namentlich im Sinne der Generalklausel nach Art. 122 Abs. 3 StGB bzw. Art. 125 Abs. 2 StGB (so u.a. Roth/Berkemeier, a.a.O., Art. 122 N. 9 und 22).
3.4.4. Im Rahmen dieser Beurteilung ist einerseits in Rechnung zu stellen, dass HIV (und AIDS) heute in der Medizin behandelt werden wie andere chronische Krankheiten (vgl. Raoul Gasquez, Pour la dépénalisation de l'exposition au VIH, Plädoyer 4/2009, S. 53). Die modernen (Kombinations-) Therapien sind effizient und werden in der Regel gut vertragen. Die Lebenserwartung von HIV-Infizierten gleicht sich derjenigen von Gesunden an (vgl. vorstehend E. 3.4.2). Andererseits ist HIV nicht heilbar. Eine Impfung ist trotz grosser medizinischer Fortschritte nicht in Sicht. Die Therapien stellen hohe Anforderungen an die Disziplin eines Betroffenen. Die Medikamente müssen ein Leben lang streng vorschriftsgemäss eingenommen werden (Therapietreue) und können zu körperlichen und/oder seelischen Nebenwirkungen mit Beeinträchtigung der Lebensqualität führen. Überdies besteht das Risiko von Resistenzentwicklungen, Wechselwirkungen mit andern Medikamenten und unerwünschten Langzeitnebenwirkungen (wie etwa dauerhafte Organschädigungen etc.). Aus dieser beispielhaften Aufzählung erhellt, dass ein Betroffener infolge der HIV-Ansteckung trotz verbesserter Behandlungsmethoden und Medikamentenverträglichkeit nach wie vor komplexen physischen und psychischen Belastungen ausgesetzt ist bzw. sein kann. Alleine die Gewissheit, mit dem heute noch nicht heilbaren HI-Virus infiziert zu sein, kann zu einer Erschütterung des seelischen Gleichgewichts führen.
3.4.5. Wie diese möglichen Belastungen in ihrer Gesamtheit rechtlich zu beurteilen sind, kann das Bundesgericht vorliegend nicht entscheiden, da diese Frage weder Gegenstand der Anklage noch der vorinstanzlichen Urteile bildete. Dass der Beschwerdeführer die Problematik aufwirft und die Beschwerdegegnerin 1 in ihrer Vernehmlassung darauf eingeht (act. 13), führt zu keinem andern Ergebnis. Die Vorinstanz wird deshalb - nach allfälliger Ergänzung der Anklageschrift und Gewährung der prozessualen Verfahrensrechte - darüber zu befinden haben, ob es sich um einen Verletzungserfolg im Sinne von Art. 122 Abs. 3 StGB (bzw. Art. 125 Abs. 2 StGB) oder um einen solchen gemäss Art. 123 StGB (bzw. Art. 125 Abs. 1 StGB) handelt. Allenfalls wird sie, um sich in tatsächlicher Hinsicht ein besseres Bild über den aktuellen Forschungsstand, die medizinischen Behandlungsmöglichkeiten und deren Folgen machen zu können, ein Gutachten einholen und/oder weitere geeignete Abklärungen vornehmen müssen.
Die Vorinstanz wird weiter beurteilen, ob und inwiefern die möglichen psychischen Belastungen (beispielsweise bei Eröffnung der Diagnose) und die allenfalls negativen Auswirkungen der Therapien dem Täter objektiv und subjektiv zugerechnet werden können. (Diese Frage konnte das Bundesgericht in den früheren BGE offen lassen; vgl. BGE 125 IV 242 E. 2b/dd letzter Absatz). Bei der Beurteilung der Zurechenbarkeit wird sie prüfen, ob und inwiefern der Umstand eine Rolle spielt, dass der Beschwerdeführer den Beschwerdegegner 2 im Jahr 2003 ansteckte und die damaligen Behandlungsmethoden (inkl. Medikamentenverträglichkeit, Risiken und Nebenwirkungen) mit den heutigen Methoden wohl nicht (vollständig) vergleichbar waren. Die Vorinstanz wird schliesslich die Strafzumessung unter Berücksichtigung der Verhältnisse im Urteilszeitpunkt und die Bemessung der Genugtuung neu vornehmen müssen.
4.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Im Übrigen ist sie abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines teilweisen Obsiegens eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Entschädigung ist dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers zuzusprechen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird in diesem Umfang gegenstandslos. Soweit der Beschwerdeführer unterliegt, ist es zufolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 3. April 2012 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 800.-- auferlegt.
4.
Der Kanton Zürich hat Rechtsanwalt Dr. Christian Widmer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. März 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill