Erwägungen:
1. Die Eidgenössische Steuerverwaltung wies am 3. Februar 2010 drei Einsprachen der X._ AG betreffend Mehrwertsteuer für drei Quartale (3. und 4. Quartal 2008, 1. Quartal 2009) ab und hielt fest, dass die Betroffene für das dritte Quartal 2008 zu Recht Verzugszinsen von Fr. 1'034.-- bezahlt habe und für das vierte Quartal 2008 sowie das erste Quartal 2009 Mehrwertsteuern von Fr. 41'335.-- bzw. Fr. 11'023.45 zuzüglich Verzugszinsen zu bezahlen habe. Die X._ AG reichte am 1. März 2010 beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde gegen die drei Einspracheentscheide ein. Dieses trat mit drei Urteilen vom 5. März 2010 auf die Beschwerden nicht ein und überwies die Sache je zuständigkeitshalber der Eidgenössischen Steuerverwaltung, weil die Beschwerdeführerin sich einzig zu einer Vereinbarung über Zahlungserleichterungen äussere, welche nicht Gegenstand der Einspracheentscheide gebildet habe und wofür die Zuständigkeit der Eidgenössischen Steuerverwaltung gegeben sei, und weil hinsichtlich des alleinigen Inhalts der Einspracheentscheide (Bestätigung bzw. Festsetzung von Steuer- und Verzugszinsen) kein Beschwerdewille erkennbar sei.
Die X._ AG gelangte am 12. April 2010 mit einem Schreiben ans Bundesgericht, wobei sie "frist- und formgerechte Anfechtung (der) Urteile vom 05. März 2010" erklärte und kundtat, dass sie bereit sei, die Mehrwertsteuer-Schulden zu begleichen, dazu aber zur Zeit nicht in der Lage sei. Mit Schreiben vom 14. April 2010 wurde sie über die bei der Anfechtung von Urteilen des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Mehrwertsteuer zu beachtenden Formvorschriften und den Fristenlauf informiert, wobei sie, unter Androhung des Nichteintretens im Säumnisfall, aufgefordert wurde, bis spätestens am 26. April 2010 ein Exemplar des angefochtenen Urteils einzureichen. Nachdem sie am 26. April 2010 Kopien der drei vorerwähnten Urteile des Bundesverwaltungsgerichts fristgerecht nachgereicht hat, ist davon auszugehen, dass sie ihr Schreiben vom 12. April 2010 als Beschwerde gegen diese drei Urteile behandelt wissen will. Entsprechend sind drei Verfahren eröffnet worden, die gestützt auf Art. 24 Abs. 1 BZP, der gemäss Art. 71 BGG Anwendung findet, zu vereinigen sind.
2. Rechtsschriften haben unter anderem die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Begehren und Begründung müssen sachbezogen sein, d.h. Bezug auf die für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen haben. Eine diesen Anforderungen genügende Beschwerdeschrift muss dem Bundesgericht innert der gesetzlichen Beschwerdefrist vorgelegt werden.
Bei den angefochtenen Urteilen handelt es sich um Nichteintretensentscheide; in seinen Erwägungen hat das Bundesverwaltungsgericht erklärt, warum es sich mit der Sache, insbesondere mit der Frage der Zahlungserleichterungen, nicht befassen könne. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich, wie schon vor Bundesverwaltungsgericht, auch vor Bundesgericht darauf zu erklären, dass sie zahlungsbereit sei und eine annehmbare Zahlungsvereinbarung zu treffen wünsche. Diese Ausführungen sind von vornherein nicht geeignet darzutun, dass bzw. inwiefern das Bundesverwaltungsgericht Recht verletzt haben könnte. Es fehlt mithin offensichtlich an einer hinreichenden Beschwerdebegründung (vgl. Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), weshalb auf die Beschwerde im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Die Verfahren 2C_349/2010, 2C_359/2010 und 2C_359/2010 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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