Sachverhalt:
A. Das Place Hotel in I._ wird durch die X._ AG (Bestellerin) betrieben. Diese führte betreffend den Umbau der Gebäudeteile "Q._" und "R._" eine Totalunternehmersubmission durch. Die Y._ AG (Unternehmerin) mit Sitz in Zürich unterbreitete der Bestellerin am 26. März 2007 ein revidiertes Angebot, das diese am folgenden Tag annahm. Die Unternehmerin begann im April 2007 mit den Umbauarbeiten.
Am 2. Mai und 11. Juni 2007 unterzeichneten die Parteien bezüglich der Umbauarbeiten einen Totalunternehmer-Werkvertrag (nachstehend: WerkV) mit folgenden Passagen:
"3.1. Der Totalunternehmer verpflichtet sich, für die erforderliche Planung und schlüsselfertige Erstellung des Bauwerkes folgende Termine einzuhalten:
[...]
Fertigstellung Gebäudeteil Q._ inkl. Penthouse Suite
und Gebäudehülle Gebäudeteil R._ 14.12.2007
Fertigstellung Innenausbau Gebäudeteil R._ 27.06.2008
Mitte Oktober 2007 wird beurteilt, ob die komplette Fertigstellung
per 21.12.07 (Ziel), bzw. möglichst viele Geschosse mit
Hotelzimmern/Suiten, erfolgt
[...]
3.2 Termine
Ausführungsplan und Realisierung des Vertragsobjektes gemäss vorliegendem Terminprogramm gemäss Beilage 9.
3.3 Der TU verpflichtet sich, alles zu unternehmen, um die garantierten Fertig-stellungstermine zu gewährleisten, eine Konventionalstrafe wird nicht verein-bart.
Die Bauherrschaft behält sich bei Terminverzögerungen entsprechende Schadenersatzansprüche und Zahlungsabzüge vor. [...]
3.4 Sofern der garantierte Fertigstellungstermin verzögert oder gestoppt wird aus Gründen, die nicht durch den TU verursacht werden (gemäss Ziff. 3.5), verschiebt sich der Termin zur Ingebrauchnahme um die aus der Verzögerung resultierende Dauer.
3.5 Vorbehalten bleiben höhere Gewalt und andere vom Totalunternehmer nicht zu verantwortende Umstände wie Mobilmachung, Krieg, Erdbeben, Feuersbrunst, Streiks sowie Verspätung in den Entscheiden des Bauherrn (Materialwahl, Änderungen etc.) von mehr als 10 Arbeitstagen. In diesen Fällen verschiebt sich der Bezugstermin um die aus der Verzögerung resultierende Dauer.
[...]
4. WERKPREIS UND HONORARE / TEUERUNG
4.1 Der Werkpreis ermittelt sich aufgrund der effektiven Baukosten gemäss Bauabrechnung bzw. der durch die Parteien genehmigten Mehr- und Minderkostenabrechnungen und dem dadurch angepassten Kostendachwerkpreis.
[...]
Total Kostendachwerkpreis inkl. Aufstockung exkl. MWST CHF 24'930'000.00
MWST 7.6 % CHF 1'894'680.00
Total Kostendachwerkpreis inkl. Aufstockung und MWST CHF 26'824'680.00
[...]
4.6 Überschreitet der Gesamtbetrag der Schlussabrechnung - einschliesslich Honorare und Risikoentschädigung des TU - den (allenfalls angepassten) Kostendach-Werkpreis, so geht die Kostendifferenz vollumfänglich zu Lasten des TU.
4.7 Liegt der Gesamtbetrag der Schlussabrechnung unter dem (allenfalls angepassten) Kostendach-Werkpreis, so hat der TU Anspruch auf 25 % der Kostendifferenz (exkl. MWST)
4.8 Die Zahlungen gemäss Zahlungsplan (Beilage 10) sind im Sinne eines bestimmten Verfalltages (Art. 102 Abs. 2 OR) jeweils spätestens innert 30 Tagen ab Teilrechnungsdatum zur Zahlung fällig. Die Zahlungen erfolgen auf das Konto einer schweizerischen Grossbank [...].
Der TU verpflichtet sich, dass von diesem Konto nur Zahlungen geleistet werden, die in direktem Zusammenhang mit der Erstellung der Bauten, gemäss Ziff. 1 dieses Vertrages, stehen und soweit diese dem Baufortschritt entsprechen.
Sämtliche Zahlungen sind nur unter der Voraussetzung geschuldet, dass die jeweiligen Arbeiten gemäss Terminprogramm (Beilage 10) fertiggestellt und die Bedingungen gemäss Ziff. 10.2 dieses Werkvertrages eingehalten sind. Vorbehalten bleiben ferner allfällige Direktzahlungen an Subunternehmer des TU gemäss Ziff. 13.4 und allfällige Zahlungsrückbehalte seitens Bauherr.
[...]
8.3 Optionen / Varianten Bauherr
Die in der Beilage 2 definierten Positionen stellen Optionen der Bauherrschaft dar, welche als Mehr- oder Minderkosten (...) den Kostendach-Werkpreis verändern.
Die einzelnen Optionen sind durch den Bauherrn rechtzeitig, nach Aufforderung und in Absprache mit dem TU, schriftlich zu bestätigen.
Die Entscheidungsfrist des Bauherrn beträgt in der Regel 5 Arbeitstage.
[...]"
Der Zahlungsplan (Vertragsbeilage 10) enthält eine Liste von 20 Akontozahlungen mit folgenden Angaben:
"Zahlungsplan (inkl. Aufstockung R._)
Akonto Fälligkeit exkl. MWST inkl. MWST
1. Akonto 30. April 2007 CHF 420'000 CHF 451'920
[...]
9. Akonto 31. Dezember 2007 CHF 2'610'000 CHF 2'808'360
10. Akonto 31. Januar 2008 CHF 2'330'000 CHF 2'507'080
[...]
20. Akonto 30. November 2008 CHF 950'000 CHF 1'022'200
Total Schweizer Franken CHF 24'630'000 CHF 26'501'880"
Am Ende des Dokuments findet sich folgender Hinweis:
"Der Zahlungsplan wird entsprechend dem Baufortschritt und dem kompletten Fertigstellungstermin (Ziel 21.12.07 für den Gebäudeteil R._) gemäss Ziff. 3.1 dieses Vertrages Mitte Oktober 2007 nochmals beurteilt."
Im Verlaufe des Jahres 2007 bezahlte die Bestellerin die ersten acht Akontozahlungen gemäss Werkvertrag über insgesamt Fr. 10,54 Mio. (zuzüglich MWSt). Die Unternehmerin stellte am 22. November 2007 die 9. Akontozahlung und am 5. Dezember 2007 die 10. Akontozahlung in Rechnung. Am 21. Dezember 2007 übergab die Unternehmerin zwölf der 13 Zimmer im Gebäudeteil Q._ an die Bestellerin. Die Übergabe des 13. Zimmers erfolgte am 24. Januar 2008. Die Gebäudehülle des Gebäudeteils R._ war per Weihnachten 2007 grundsätzlich fertiggestellt. Am 7. Februar 2008 verhängte die Bestellerin einen Baustopp bis Anfang April 2008. Im Schreiben vom 11. April 2008 führte sie gegenüber der Unternehmerin zusammengefasst aus, vor Weihnachten habe lediglich eine "bedingte Teilübergabe/Teilübernahme" stattgefunden; es gebe vom dritten Unter- bis zum dritten Obergeschoss fast unzählige Fertigstellungsarbeiten, die Penthouse Suite stehe dem Direktionsehepaar noch nicht zur Verfügung, im Dachbereich sei die Gebäudehülle noch unfertig, im Bereich R._ seien die meisten Rohinstallationen Haustechnik erst in Ansätzen vorhanden und mit den Gipserarbeiten sowie den Unterlagsböden sei noch nicht begonnen worden. Aus diesen Gründen sei einstweilen die 9. und 10. Akontozahlung gemäss Zahlungsplan zurückbehalten worden. Um für die Zeit bis zur vollständigen Fertigstellung und Abnahme der Gebäudeteile Q._ und R._ klare Verhältnisse zu schaffen, werde die Unternehmerin gebeten, eine Offerte für einen neuen, den wirklichen Baufortschritt berücksichtigenden Zahlungsplan zu unterbreiten. Ebenfalls am 11. Februar 2008 stellte die Unternehmerin der Bestellerin per Fax eine Frist bis zum 15. Februar 2008, um die beiden ausstehenden Akontozahlungen zu leisten. Mit E-Mail vom 15. Februar 2008 erklärte die Bestellerin, eine Leistung der 9. und 10. Akontozahlung bis und mit heute könne nicht in Frage kommen, weil dies der Baufortschritt nicht zulasse und zuerst von Seiten der Unternehmerin ein neuer Zahlungsplan offeriert werden müsse, welcher den tatsächlichen Baufortschritt berücksichtige, und ein alle Aspekte der Teil- und Ganzfertigstellung des Gebäudeteils Q._ wie des Gebäudeteils R._ berücksichtigendes Bauprogramm zu präsentieren sei. Am 19. Februar 2008 erklärte die Unternehmerin der Bestellerin "vorsorglich" den Vertragsrücktritt. Nach erfolglosen Gesprächen mit der Bestellerin bestätigte die Unternehmerin mit Schreiben vom 27. Februar 2008 den Vertragsrücktritt und erklärte, sie werde den Bau mit Stichtag 1. März 2008 abrechnen. Die Bestellerin übertrug in der Folge die Umbaufertigstellung an ein Konsortium und schloss mit fast allen Subunternehmern, die bisher für die Unternehmerin tätig waren, direkt Verträge zur Fertigstellung der Arbeiten ab.
Am 9. Juli 2008 sandte die Unternehmerin der Bestellerin ihre Schlussrechnung über den Betrag von Fr. 14'551'565.20 (inkl. MWSt) und am 14. August 2008 eine entsprechende Mahnung. Am 1. Oktober 2008 leistete die Bestellerin der Unternehmerin eine Zahlung von Fr. 4 Mio. Nach einer Bestandesaufnahme von Mängeln im September 2008 erbrachte die Unternehmerin Nachbesserungsarbeiten, welche die Mängel bis auf zwei umstrittene Positionen behoben.
B. Mit Weisung vom 10. September 2009 machte die Unternehmerin (Klägerin) beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Bestellerin (Beklagte) eine Klage über Fr. 10'714'147.55 nebst Zins hängig. Mit Klageschrift vom 15. Februar 2010 reduzierte die Klägerin den eingeklagten Betrag auf Fr. 10'448'214.65 nebst Zins zu 5 % auf Fr. 2'808'360.-- seit 1. Januar 2008, auf Fr. 2'507'080.-- seit 1. Februar 2008, auf Fr. 9'236'125.20 seit 15. August 2008 (abzüglich Teilzahlung von Fr. 4'000'000.-- Wert 1. Januar 2008) und auf Fr. 89'880.65 seit Klageeinleitung. Damit verlangte die Klägerin den restlichen Werklohn für das von ihr bis zum Vertragsrücktritt erstellte Teilwerk. Die Beklagte schloss auf Abweisung der Klage, da der Vertragsrücktritt durch die Klägerin ungerechtfertigt erfolgt sei. Zudem verlangte die Beklagte verrechnungsweise Ersatz für ihren Aufwand für die Umbaufertigstellung und Mängelbehebungen, für Umsatz- und Ertragsausfälle und für einen Vertrauensschaden aus falscher Kostenschätzung.
Mit Beschluss vom 6. Mai 2011 wies das Handelsgericht ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Wiederherstellung der Frist zur Erstattung der Duplik ab und wies die Duplikschrift vom 21. März 2011 samt Beilagen aus dem Recht. Auf eine gegen diesen Zwischenentscheid gerichtete Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil vom 4. August 2011 mangels eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht ein.
Mit Beschluss vom 4. September 2012 schrieb das Handelsgericht das Verfahren im Umfang von Fr. 265'932.90 als durch Klagerückzug erledigt ab. Mit Urteil vom gleichen Tag verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte in teilweiser Gutheissung der Klage, der Klägerin Fr. 8'049'350.70 (inkl. MWSt) nebst Zins zu 5 % auf Fr. 2'808'360.-- (inkl. MWSt) seit dem 1. Februar 2008 sowie auf Fr. 6'733'901.-- (abzüglich Teilzahlung von Fr. 4'000'000.-- Wert am 1. Oktober 2008) seit dem 14. August 2008 zu bezahlen. Im Mehrbetrag wies das Handelsgericht die Klage ab.
C. Die Beklagte (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil des Handelsgerichts vom 4. September 2012 aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventuell die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit Präsidialverfügung vom 6. November 2012 wurde der Beschwerde auf Antrag der Beschwerdeführerin die aufschiebende Wirkung erteilt.
Die Klägerin (Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Beschwerdeführerin hat eine Replik und die Beschwerdegegnerin eine Duplik eingereicht. Das Handelsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Da das erstinstanzliche Verfahren noch vor Inkrafttreten der Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO; SR 272) angehoben wurde, war auf dieses noch die Zivilprozessordnung des Kantons Zürich anwendbar (Art. 404 Abs. 1 ZPO). Das erstinstanzliche Urteil ist am 4. September 2012 ergangen und somit unter der Herrschaft des neuen Rechts eröffnet worden, weshalb für das kantonale Rechtsmittelverfahren die Schweizerische Zivilprozessordnung gilt (Art. 405 Abs. 1 ZPO). Diese sieht für Entscheide von Handelsgerichten keine kantonale Anfechtung vor (Art. 6 Abs. 1 ZPO), weshalb solche Entscheide unabhängig vom Streitwert mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden können (Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG; Urteil 4A_435/2012 vom 4. Februar 2013 E. 1.2, zur Publ. vorgesehen). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde in Zivilsachen einzutreten. Mit dieser kann auch der Zwischenentscheid des Handelsgerichts vom 6. Mai 2011 betreffend die Wiederherstellung der Frist zur Erstattung der Duplik angefochten werden (Art. 93 Abs. 3 BGG).
1.2 Mit Beschwerde in Zivilsachen kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Der Begriff des Bundesrechts umfasst die von den Bundesorganen erlassenen Rechtsnormen aller Erlassstufen, insbesondere die Bundesverfassung und die Bundesgesetze (BGE 133 I 201 E. 1 S. 203). Die Verletzung kantonalen Rechts kann - unter Vorbehalt von Art. 95 lit. c-e BGG - nicht gerügt werden. Soweit sich der angefochtene Entscheid auf kantonales Recht stützt, kann dagegen gerügt werden, dessen Anwendung führe zu einer Bundesrechtswidrigkeit. Im Vordergrund steht dabei eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte, insbesondere des Willkürverbots nach Art. 9 BV (BGE 135 V 94 E. 1 S. 95; 133 I 201 E. 1 S. 203 mit Hinweisen).
1.3 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen). Dies gilt namentlich bezüglich der Rüge gemäss Art. 97 Abs. 1 BGG, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich festgestellt worden (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252; 135 III 397 E. 1.5). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 462 E. 2.4 S. 466 f.). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die den genannten Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
2. 2.1 Der Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV verleiht in Gerichtsverfahren den Parteien das Recht, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind (BGE 136 I 265 E. 3.2 S. 272; 131 I 153 E. 3 S. 157; je mit Hinweisen). Dieses Recht ergibt sich gemäss der Rechtsprechung im Bereich des Zivilrechts auch aus Art. 8 ZGB (Urteile 4A_264/2011 vom 14. November 2011 E. 3.2; 4A_341/2011 vom 21. März 2012 E. 2.1). Macht ein Beschwerdeführer geltend, sein Recht auf Beweis sei verletzt worden, hat er in der Beschwerdeschrift detailliert darzulegen und mit Aktenhinweisen zu belegen, dass er die entsprechenden Tatsachen behauptet und prozesskonform dazu Beweise angeboten hat, soweit sich dies aus dem angefochtenen Entscheid nicht ergibt (BGE 133 III 189 E 5.2.2 S. 196 mit Hinweisen). Ebenso hat die beschwerdeführende Partei, die den Sachverhalt ergänzen will, mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 134 III 570; 4A_526/2008 vom 21. Januar 2009 E. 3.2).
2.2 Soweit die Beschwerdeführerin, ohne die erforderlichen Hinweise auf kantonale Akten, tatsächliche Behauptungen aufstellt, die im angefochtenen Urteil keine Stütze finden, und geltend macht, das Handelsgericht hätte diesbezüglich Beweise abnehmen müssen, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2.3 Auf die Rüge, es hätten Zeugen zu den Fragen einvernommen werden müssen, weshalb es zu Verzögerungen bei der Festlegung des Musterzimmers und der Penthouse Suite gekommen sei und weshalb die Beschwerdeführerin ein Verbot für die Fortsetzung der Umbauarbeiten ab Mitte Februar 2008 ausgesprochen habe, ist mangels konkreter Tatsachenbehauptungen und Aktenhinweisen nicht einzutreten.
3. 3.1 In seinem Beschluss vom 6. Mai 2011, der im Urteil vom 4. September 2012 bestätigt wurde, verweigerte das Handelsgericht die Wiederherstellung der Frist zur Einreichung der Duplik, weil es dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin insoweit ein grobes Verschulden im Sinne von § 199 Abs. 1 des Zürcher Gerichtsverfassungsgesetzes (GVG) anlastete. Zur Begründung führte es zusammengefasst aus, gemäss der Rechtsprechung treffe einen Anwalt für versäumte Fristen ohne spezielle entlastende Umstände ein schweres Verschulden. Solche Umstände seien nicht ersichtlich, da der Rechtsanwalt der Beschwerdeführerin den Fristablauf gemäss dem eingereichten Auszug aus der elektronischen Agenda nach dem Ablauf der First eingetragen habe, ohne dafür einen Rechtfertigungsgrund anführen zu können. Selbst wenn gemäss seinen Angaben von einer Verwechslung von richtig eingetragenen Fristen ausgegangen würde, läge ein schweres Verschulden vor, weil er sich nach eigenen Angaben nicht auf die Zweitkontrolle durch die Kanzleimitarbeiterinnen habe verlassen können und damit die Fristenkontrolle ungenügend organisiert gewesen sei.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, das Handelsgericht habe § 199 GVG mit übertriebener Strenge angewendet. Zur Begründung verweist sie zum einen auf ihre bereits früher beim Bundesgericht eingereichte Beschwerde. Dieser Verweis ist unbeachtlich, weil die Begründung in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen hat (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 400). Zum anderen führt die Beschwerdeführerin an, dass ihr Rechtsanwalt zwei Fristen zur Einreichung von Dupliken verwechselt habe, die in seinem tauglichen Fristerfassungssystem in unterscheidbarer Art erfasst gewesen seien, begründe bloss ein leichtes Verschulden. Die Zweitkontrolle habe versagt, weil ihr Rechtsanwalt die Kanzlei gewechselt habe und die (neuen) Kanzleimitarbeiterinnen mit den mitgebrachten Fällen noch zu wenig vertraut gewesen seien. Dies stelle kein elementares Organisationsversagen dar.
3.3 Mit diesen Ausführungen vermag die Beschwerdeführerin nicht aufzuzeigen, inwiefern das Handelsgericht § 199 GVG willkürlich angewendet und das ihm bei der Beurteilung des Verschuldens zustehende Ermessen überschritten haben soll, zumal sie auf die Hauptbegründung betreffend die falsche Eintragung in der elektronischen Agenda nicht eingeht (vgl. E. 3.1). Demnach kann offen bleiben, ob sich der Ausschluss der Duplik auf das Urteil des Handelsgerichts vom 4. September 2012 ausgewirkt hat.
4. 4.1 Das Handelgericht kam zum Ergebnis, die Parteien hätten Art. 4.8 Abs. 3 WerkV nach Treu und Glauben so verstehen müssen, dass die Pflicht zur Leistung von Akontozahlungen davon abhängig sei, dass zum jeweiligen vereinbarten Zahlungstermin die Arbeiten gemäss Terminprogramm fertiggestellt sind, soweit bis zu diesem Zeitpunkt die Beendigung bestimmter Arbeiten vorgesehen war. Per 14. Dezember 2007 sei die Fertigstellung des Gebäudeteils Q._ (inkl. Penthouse-Suite) sowie der Gebäudehülle R._ vereinbart worden. Für die Fälligkeit der 9. und 10. Akontozahlung am 31. Dezember 2007 bzw. am 31. Januar 2008 sei nach Ziff. 4.8 Abs. 3 und Ziff. 3.1 WerkV daher entscheidend, ob diese Arbeiten zu diesem Zeitpunkt vertragsgemäss fertiggestellt waren. Im Zeitpunkt der Fälligkeit der 9. Akontozahlung Ende 2007 seien im Gebäudeteil Q._ eines der 13 Zimmer sowie die Penthouse-Suite nicht gemäss der ursprünglichen Vereinbarung am 14. Dezember 2007 fertiggestellt gewesen. Dies habe sich jedoch auf die Fälligkeit der 9. Akontozahlung nicht ausgewirkt, weil die Beschwerdeführerin für Verzögerungen verantwortlich sei, welche den Abgabetermin für diese Gebäudeteile über den 31. Dezember 2007 hinausgeschoben hätten. Demnach sei davon auszugehen, dass an diesem Termin sämtliche Arbeiten gemäss Terminprogramm fertiggestellt worden seien. Die von der Beschwerdeführerin erhobene Einrede des nicht bzw. nicht gehörig erfüllten Vertrages sei daher unberechtigt gewesen.
4.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, die Formulierung in Ziff. 4.8 Abs. 3 WerkV, wonach die Akontozahlungen unter der Voraussetzung geschuldet seien, dass die jeweiligen Arbeiten gemäss Terminprogramm fertiggestellt sind, sei so zu verstehen, dass der Zahlungsplan an den tatsächlichen Baufortschritt anzupassen sei, wenn ein vertraglich fixierter Meilenstein nicht eingehalten sei. "Jeweilig" beziehe sich auf diese Meilensteine und nicht auf jedes Monatsende bzw. auf den Zeitpunkt der Fälligkeit einer Akontozahlung, denn per einem solchen Stichtag lasse sich in einem Totalunternehmer-Werkvertrag kein konkreter und mit Vertragsvorgaben vergleichbarer Baufortschritt bestimmen. Am Meilenstein des 14. Dezember 2007 hätte der Gebäudeteil Q._ inkl. Penthouse Suite und die Gebäudehülle R._ fertiggestellt sein müssen. Ersteres sei nicht der Fall gewesen, da zwölf Hotelzimmer erst am 21. Dezember 2007 und das 13. Hotelzimmer erst am 24. Januar 2009 übergeben worden seien. Die Penthouse Suite sei auch im Zeitpunkt des Vertragsrücktritts noch eine Baustelle gewesen. Demnach ergebe sich ein Anspruch der Beschwerdeführerin auf Anpassung des Zahlungsplans (Verschiebung der Fälligkeit der 9. Akontozahlung) an den wirklichen Baufortschritt per Ende Dezember 2007 (erst 12 Hotelzimmer fertiggestellt) und per Ende Januar 2008 (Penthouse Suite, Business Center und Direktionsbüro noch nicht fertiggestellt). Schliesslich sei auch Ziff. 3.3 des Werkvertrages zu beachten, wonach sich die Beschwerdeführerin vorbehalte, bei Terminverzögerungen entsprechende Schadenersatzansprüche und Zahlungsabzüge geltend zu machen.
4.3 Die Beschwerdeführerin hat gemäss diesen Ausführungen und den Erläuterungen in ihren Schreiben vom 11. und 15. Februar 2008 Ziff. 4.8 Abs. 3 WerkV nicht so verstanden, dass sie berechtigt war, die 9. und 10. Akontozahlungen bis zur vollständigen Erbringung aller bis zum Meilenstein des 14. Dezember 2007 geschuldeten Leistungen zu verweigern. Vielmehr verlangt sie unter Berufung auf zum Teil fehlende bzw. mangelhafte Werkteile eine Anpassung des Zahlungsplans an den tatsächlichen Baufortschritt und damit eine Reduktion der Akontozahlung auf den Wert der von der Beschwerdegegnerin bereits erstellten Werkteile oder deren Kürzung um den Wert der fehlenden Teile. Da die bis Ende Januar 2008 von der Beschwerdegegnerin erstellten Werkteile offensichtlich einen erheblichen Wert hatten und in diesem Zeitpunkt bezüglich der bis zum Meilenstein vom 14. Dezember 2007 geschuldeten Werkteile im Wesentlichen nur die Penthouse Suite fehlte, wäre somit im Februar 2008 auch nach dem Vertragsverständnis der Beschwerdeführerin unter Berücksichtigung des tatsächlichen Baufortschritts bloss eine teilweise Verweigerung der 9. und 10. Akontozahlung gerechtfertig gewesen. Dennoch hat die Beschwerdeführerin unter Berufung auf die Teillieferung der Beschwerdegegnerin jede Zahlung verweigert. Damit war sie auch nach dem eigenen Vertragsverständnis zumindest teilweise im Zahlungsverzug. Soweit die Beschwerdeführerin ihre Zahlungsverweigerung mit Schadenersatzansprüchen wegen Terminverzögerungen rechtfertigen will, muss sie sich gemäss Ziff. 3.5 WerkV die Verzögerungen anrechnen lassen, für welche sie verantwortlich ist. Inwiefern dies zutrifft, ist nachstehend zu prüfen.
4.4 Das Handelgericht hat bezüglich der Auslegung von Ziff. 4.8 Abs. 3 WerkV die Unklarheitsregel nicht anwendet. Da dies von der Beschwerdeführerin nicht verlangt wird, ist auf ihre Kritik an den vorinstanzlichen Feststellung bezüglich der Frage, welche Partei den Werkvertrag formulierte, mangels Rechtserheblichkeit nicht einzutreten.
5. 5.1 Das Handelsgericht stellte bezüglich des Termins zur Fertigstellung des letzten Zimmers mit der Nr. 351 fest, das Musterzimmer, von dessen Genehmigung der Innenausbau der anderen Hotelzimmer sowie die Vergabe der entsprechenden Arbeiten abgehangen habe, habe ab 1. Juli 2007 zur Begutachtung durch die Beschwerdeführerin bereitgestanden. Diese habe jedoch das Musterzimmer erst einen Monat später überhaupt begutachtet. Überdies sei die Begutachtung am 1. August 2007 insofern unvollständig geblieben, als auch am 8. August 2007 noch Angaben zu bestimmten Aspekten des Innenausbaus gefehlt hätten. Die mit der Begutachtung verbundene Genehmigung oder Ablehnung von verwendeten Materialien sei ein typischer Bauherrenentscheid im Sinne von Art. 3.5 WerkV gewesen, der ab dem 1. Juli 2007 möglich und Anfang Juli 2007 geboten gewesen sei. Damit sei die Beschwerdeführerin am 1. August 2007 drei Wochen und bezüglich der am 8. August 2007 noch ausstehenden Entscheide sogar noch um eine Woche mehr im Verzug gewesen. Dieser Verzug habe eine spätere Vergabe und Durchführung der Innenausbauarbeiten zur Folge gehabt und damit die Fertigstellung der Zimmer verzögert. Die Beschwerdeführerin habe die Bedeutung der Dringlichkeit der Genehmigung des Musterzimmers gekannt, weshalb ein eigentlicher Hinweis, dass eine Verzögerung in der Begutachtung des Musterzimmers den Bau verzögern könnte, verzichtbar gewesen wäre. Dennoch sei die Beschwerdeführerin am 18. Juli 2007 von der Beschwerdegegnerin auf die fehlenden Entscheide hingewiesen worden. Damit habe sich der Fertigstellungstermin auch in Bezug auf das Zimmer Nr. 351 mindestens um drei Wochen nach hinten verschoben, weshalb dessen fehlende Fertigstellung am 31. Dezember 2007 den Eintritt der Fälligkeit der 9. Akontozahlung nicht verhindert habe.
5.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Musterzimmer habe für den Umbau des Hotels grundlegende Bedeutung gehabt. Zwar habe es Vorgaben und Anhaltspunkte in bereits bestehenden Hotelzimmern und im Raumbuch des Architekten gegeben, aber für die Auswahl im Detail habe die Beschwerdeführerin eine gewisse vertraglich nicht zum Voraus festgelegte Zeit in Anspruch nehmen dürfen. Ein Monat sei dafür nicht zu viel gewesen, denn die Beschwerdeführerin habe im Laufe des Monats Juli 2007 gerügt, dass nicht der massgebende "Palace Standard" realisiert worden sei, so dass laufend habe nachgebessert werden müssen, bis endlich am 1. August 2007 etwas Abnahmefähiges (exkl. Badezimmer) vorhanden gewesen sei. Hätte das Handelsgericht Zweifel daran gehabt, ob sich diese Vorgänge im Monat Juli 2007 tatsächlich so zugetragen haben, hätte es ein Beweisverfahren durchführen müssen.
5.3 Auf die Behauptungen betreffend die verlangten Nachbesserungen des Musterzimmers im Monat Juli 2007 ist nicht einzutreten, weil sie vom angefochtenen Urteil abweichen oder dieses ergänzen, ohne dass die Beschwerdeführerin substanziierte Sachverhaltsrügen mit Hinweisen auf die kantonalen Akten vorbringt. Die Beschwerdeführerin verweist bezüglich ihrer ebenfalls vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweichenden Behauptung, sie habe sich mit dem endlich bereitstehenden Musterzimmer sofort und laufend befasst und sei der Beschwerdegegnerin laufend Red und Antwort gestanden, zwar auf Rz. 7.20 ihrer Klageantwort, welche folgende Passage aufweist:
"Es war im Gegenteil die Klägerin, welche die Beklagte zeitlich unter Druck setzte, weil das Hotelmusterzimmer nicht schon auf Ende der Frühjahrszwischensaison bereitstand. Die Beklagte musste sich nicht gefallen lassen, das von der Klägerin Vorgeschlagene nur gerade noch absegnen zu dürfen, weil für Alternativen und Varianten nur noch wenig Zeit zur Verfügung stand. Gleichwohl gab sich die Beklagte jede Mühe, Anfragen der Klägerin und Bauherrenentscheide so rasch wie nur möglich, oft gar sofort oder am Folgetag, zu beantworten. Auch dass eine Bauherrenbegleitung vorhanden war, hatte keine Verzögerung zur Folge."
Mit diesen allgemeinen Ausführungen in der Klageantwort hat die Beschwerdeführerin jedoch nicht behauptet, sie habe mit der Begutachtung des Musterzimmers bereits Anfangs Juli 2007 begonnen. In der vorliegenden Beschwerde nennt die Beschwerdeführerin keine konkreten Gründe dafür, weshalb von ihr nicht hätte verlangt werden können, den Entscheid über die Genehmigung des weitgehend vordefinierten Musterzimmers innerhalb einer Woche nach seiner Zurverfügungstellung und nicht erst nach einem Monat oder teilweise sogar noch später zu treffen. Dies ist auch nicht ersichtlich, wenn berücksichtigt wird, dass nach der Darstellung der Beschwerdeführerin in ihrer Klageantwort der Genehmigungsentscheid nur noch "Detailkonkretisierungen" bzw. den "letzen Schliff" des Musters für die neuen Hotelzimmer betraf (vgl. act. 14 S. 34 Rz. 7.12 und 7.17).
5.4 Weiter wendet die Beschwerdeführerin ein, die Beschwerdegegnerin habe ihr nie vorgehalten, Bauherrenentscheide zu spät und damit bauzeitverlängernd gefällt zu haben. Vielmehr habe sie die gelegentlich durch die Beschwerdeführerin geäusserte Befürchtung, es könne mit dem entscheidenden Termin vom 14. Dezember 2007 knapp werden, in den Wind geschlagen. Es sei nur von "Gefährdung" des Fertigstellungstermins für das Musterbad gesprochen worden.
Mit diesen Ausführungen zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich auf, inwiefern die Feststellung des Handelsgerichts, sie habe den Zeitdruck und die Wichtigkeit der raschen Genehmigung des Musterzimmers auch ohne ausdrücklichen Hinweis der Beschwerdegegnerin gekannt, willkürlich sein soll, was auch nicht ersichtlich ist.
5.5 Sodann wirft die Beschwerdeführerin dem Handelsgericht sinngemäss vor, seine Feststellung, die späte Genehmigung des Musterzimmers habe die Erstellung eines Zimmers über den 31. Dezember 2007 hinaus verzögert, stehe im Widerspruch dazu, dass zwölf von dreizehn Hotelzimmern am 21. Dezember 2007 hätten abgenommen werden können.
Die damit dem Sinne nach erhobene Willkürrüge ist unbegründet, da durchaus möglich ist, dass die durch die Beschwerdeführerin verzögerte Genehmigung des Musterzimmers sich bei einer gestaffelten Ausführung der Renovationsarbeiten unterschiedlich auf die Übergabe der verschiedenen Zimmer auswirkte.
Die damit dem Sinne nach erhobene Willkürrüge ist unbegründet, da durchaus möglich ist, dass die durch die Beschwerdeführerin verzögerte Genehmigung des Musterzimmers sich bei einer gestaffelten Ausführung der Renovationsarbeiten unterschiedlich auf die Übergabe der verschiedenen Zimmer auswirkte.
5.6 5.6.1 Die Beschwerdeführerin wendet weiter ein, das Handelsgericht habe ihre Rüge des zu späten Beginns der Herrichtung des Musterzimmers übergangen. Sie habe in der Klageantwort (act. 14 Ziff. 7.10, 7.15, 7.11) geltend gemacht, die Beschwerdegegnerin, die gemäss ihrer Submissionseingabe das Musterzimmer am 8. Juni 2007 fertig bemustert haben wollte, habe dazu die Grundlagen zu spät geliefert und sei am 15. Juni 2007 bezüglich des Verzugs gemahnt worden. Obwohl sie schon vor Baubeginn alle Planungsunterlagen für das Musterzimmer erhalten habe, habe sie nach eigenem Zugeständnis am 5. Juni 2007 mit der Herrichtung dieses Zimmers erst gerade begonnen.
5.6.2 In der Klageantwort hat die Beschwerdeführerin ausgeführt, bezüglich des Musterzimmers sei am 5. Juni 2007 (zwei Monate, nachdem die Beschwerdegegnerin von den Architekten alles Nötige erhalten habe) nur gerade festgestellt worden, dass der "Ausbau gestartet" sei [...] (Rz. 7.10). Mit dem Musterzimmer sei anfangs Juni 2007 überhaupt erst begonnen worden, was sich die Beschwerdegegnerin zuzuschreiben habe (Rz. 7.15). In ihrer Submissionseingabe habe sie den Bauherrenentscheid für die "Bemusterung Bauteile Innenausbau" bis am 8. Juni 2007 vorgesehen, wofür sie selber die Voraussetzungen nicht geschaffen habe (Rz. 7.33).
5.6.3 Das Handelsgericht brauchte auf diese Einwände nicht einzugehen, weil sie nicht entscheidrelevant sind. So hätte eine allenfalls späte Ausführung des Musterzimmers die Beschwerdeführerin nicht dazu berechtigt, mit ihrem Genehmigungsentscheid übermässig lange zuzuwarten, weshalb die dadurch verursachte Verzögerung ohnehin ihr anzurechnen war. Dass sich diese Verzögerung möglicherweise bei einer früheren Erstellung des Musterzimmers nicht ausgewirkt hätte, vermag daran entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin nichts zu ändern.
6. 6.1 Bezüglich des Abgabetermins für die Penthouse Suite erwog das Handelsgericht, in dieser Suite sei ab dem 11. September 2007 die anstehende Einbringung der Unterlagsböden auf Grund des Beizugs des Innenarchitekten A._ durch die Beschwerdeführerin um vier Wochen verzögert worden. Die Beschwerdeführerin habe zwar in der Klageantwort vorgebracht, die Entscheide im Bereich Innenarchitektur hätten keinen Einfluss auf die Unterlagsböden gehabt. In der Replik habe die Beschwerdegegnerin jedoch neu vorgebracht, Architekt A._ habe auch die Verschiebung von Trennwänden in Betracht gezogen, weshalb die Einbringung der Unterlagsböden sofort habe gestoppt werden müssen. Zudem hätten die Raumaufteilung und die Details der Möblierung Einfluss auf elektrische Anlagen und damit auf die Planungs- und Rohbauarbeiten gehabt. Diese neuen Vorbringen würden von der Beschwerdeführerin nicht in Abrede gestellt und hätten daher - trotz der pauschalen Bestreitung in der Klageantwort - als anerkannt zu gelten. Die durch den Beizug eines Innenarchitekten verursachte Verzögerung sei als Umstand im Sinne von Ziff. 3.4 i.V.m. Ziff. 3.5 WerkV zu qualifizieren, der von der Beschwerdeführerin zu verantworten sei. Die fehlende Fertigstellung der Suite sei damit am 31. Dezember 2007 kein Hindernis für die Fälligkeit der 9. Akontozahlung gewesen.
6.2 Die Beschwerdeführerin übt in diesem Zusammenhang bezüglich der tatsächlichen Feststellungen des Handelsgerichts appellatorische Kritik, auf die nicht einzutreten ist.
6.3 Zudem rügt die Beschwerdeführerin, das Handelsgericht habe bezüglich der Auswirkungen des Beizugs des neuen Innenarchitekten überspannte Anforderungen an die Substanziierung von Bestreitungen gestellt. Die Beschwerdeführerin hätte in der Klageantwort vorgebracht, die Bauzeit habe durch den Beizug des Architekten A._ nicht verlängert werden können, weil es nur um die Möblierung und Ausstattung der Penthouse Suite gegangen sei, was den Weiterbau durch die Beschwerdegegnerin nicht habe verhindern können. Hätte dem Handelsgericht diese Bestreitung nicht genügt, hätte es konkrete Fragen an die Beschwerdeführerin stellen sollen.
Die Rüge ist unbegründet, da der bereits im kantonalen Verfahren anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin ohne Weiteres zumutbar war, die Behauptung der Beschwerdegegnerin, die Einbringung der Unterlagsböden sei unterbrochen worden, weil der Architekt A._ erwogen habe, Änderungen am Rohbau durch Verschiebung von Trennwänden vorzunehmen, konkret zu bestreiten (vgl. Urteil 4A_709/2011 vom 31. Mai 2012 E. 3.2). Dazu genügte die allgemeine Behauptung, der Beizug des Innenarchitekten habe nur Auswirkungen auf die Möblierung und Ausstattung der Suite gehabt, nicht, zumal damit die Angabe der Beschwerdegegnerin, wonach die Möblierung auch Einfluss auf die elektrischen Anlagen und damit auf den Rohbau gehabt habe, nicht widerlegt wird. Unter diesen Umständen ist eine Verletzung der Fragepflicht zu verneinen.
6.4 Weiter wendet die Beschwerdeführerin ein, das Handelsgericht habe ausser Acht gelassen, dass die von der Beschwerdegegnerin selber verschuldete Verspätung der Festlegung des Musterzimmers sich auf die Festlegung der Penthouse Suite übertragen habe.
Das Handelsgericht hat jedoch nicht übersehen, dass die Verzögerung der Fertigstellung bzw. der Genehmigung des Musterzimmers sich auch auf die Erstellung der Penthouse Suite auswirkte. Vielmehr hat es angenommen, diese Verzögerung sei nur bezüglich des Zimmers Nr. 351 relevant, da sich der Termin zur Übergabe der Penthouse Suite bereits aufgrund des Beizugs des Architekten A._ über den 31. Dezember 2007 hinaus verschoben habe. Inwiefern diese Auffassung bundesrechtswidrig sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Dies ist auch nicht ersichtlich, da der Beschwerdeführerin in Bezug auf die Genehmigung des Musterzimmers gemäss den vorstehenden Erwägungen eine Verzögerung von mindestens drei Wochen anzulasten ist.
7. 7.1 Die Beschwerdeführerin rügt, es treffe auch deshalb nicht zu, dass im Zeitpunkt der Fälligkeit der 9. Akontozahlung alles fertiggestellt gewesen sei, was gemäss Werkvertrag versprochen gewesen sei, weil auch das Business Center und das Direktionsbüro Ende Januar 2008 nicht fertiggestellt gewesen seien, obwohl sie am 14. Dezember 2007 hätten abgeliefert werden müssen. Diesen Einwand habe die Beschwerdeführerin bereits in der Klageantwort (act. 14, Rz. 2.3; 2.7; 3.48; 3.50) erhoben. Das Handelsgericht sei jedoch darauf nicht eingegangen. Zum Beweis sei in der Klageantwort auf Fotos hingewiesen worden (Rz. 3.67; 7.55; 8.29; 8.39; 11.10; 3.38). Der unfertige Zustand des Business Centers und des Direktionsbüros am 14. Dezember 2007 ergebe sich aus dem Übergabeprotokoll (Klageantwortbeilage act. 15/16 S. 14). Nur soweit sich im Erdgeschoss des Gebäudeteils R._ noch Teile des Business Centers befunden hätten, sei die Weiterarbeit auch im ersten Quartal 2008 und die Fertigstellung erst auf den 28. Juni 2008 hin geplant gewesen (act. 8/27 Zeile 357).
7.2 In ihrer Klageantwort behauptete die Beschwerdeführerin zwar, im Gebäudeteil Q._ sei der Einbau eines Business Centers (Konferenzräume und administrativ-technische Räume) vorgesehen gewesen (act. 14, S. 3 Ziff. 2.3). Aus der von der Beschwerdeführerin angerufenen Klageantwortbeilage act. 15/16 (S. 14) ergibt sich jedoch, dass sich das Business Center im Erdgeschoss (Konferenz) des Gebäudeteils R._ befindet (vgl. auch Klageantwortbeilage 15/11), wie dies die Beschwerdegegnerin bereits in ihrer Replik vom 9. Februar 2011 geltend machte (act. 22 Rz. 196). Demnach konnte gemäss Art. 3.1 WerkV die Fertigstellung des Business Centers nicht bis zum 14. Dezember 2007, sondern erst mit der Fertigstellung des Innenausbaus des Gebäudeteils R._ bis zum 27. Juni 2008 verlangt werden, was durch das von der Beschwerdeführerin angerufene act. 8/27 Nr. 357 bestätigt wird. Das Handelsgericht brauchte daher auf die anderslautende Behauptung der Beschwerdeführerin nicht ausdrücklich einzugehen.
7.3 In ihrer Klageantwort führte die Beschwerdeführerin auf S. 16 in Ziff. 3.48 aus, die Folgen davon, dass die Beschwerdegegnerin am 24. Dezember 2007 bewusst, etwas erst Teilfertiges und mit vielen Mängeln Behaftetes übergeben habe, seien ihr Ende Februar 2008 schriftlich wie folgt zusammengefasst vorgehalten worden (Klagebeilage 69 S. 3 unten = act. 8/69):
"Sie wissen genau, dass der gemäss TU-Vertrag zuständige Bereichsleiter und Ansprechpartner der Geschäftsleitung Ihres Unternehmens, Herr B._, noch bis vor Weihnachten 2007 beteuerte, alle Zweifel an der Einhaltung der vereinbarten Termine seien unberechtigt, man schaffe die Meilensteine schon. Das war aber nicht der Fall. An Weihnachten waren vier Zimmer verfügbar und an Silvester neun. Drei Zimmer sind auch heute nicht vertragskonform fertiggestellt und können nicht dem Hotelstandard entsprechend benutzt werden. Die Penthouse Suite ist gänzlich unbenutzbar, das neue Direktionsbüro ebenfalls, weil Heizung und EDV fehlen. Die neuen Infrastrukturräume versehen zwar ihren Dienst, aber nicht in voller Funktionstüchtigkeit."
7.4 Gemäss diesen Ausführungen bemängelte die Beschwerdeführerin hinsichtlich des Direktionsbüros das Fehlen der Heizung und der EDV. Dass das Handelsgericht davon ausging, solche Mängel könnten die Verweigerung der Zahlung der 9. Akontozahlung nicht rechtfertigen, ergibt sich daraus, dass es ausführte, Mängel, wie z.B. eine fehlende Dichtigkeit, hätten unter dem Blickwinkel der Fertigstellungstermine nach Ziff. 3.1 WerkV bzw. des Terminplanes unbeachtlich zu bleiben (S. 25 Abs. 2). Inwiefern diese Auslegung unzutreffend sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar und ist auch nicht ersichtlich.
8. Gemäss den vorstehenden Erwägungen hat das Handelsgericht kein Bundesrecht verletzt, wenn es annahm, am 31. Dezember 2007 seien unter Berücksichtigung der von der Beschwerdeführerin zu verantwortenden Verzögerungen die gemäss Vertrag an diesem Termin fertigzustellenden Gebäudeteile abgeliefert worden.
9. 9.1 Wenn sich ein Schuldner bei zweiseitigen Verträgen im Verzuge befindet, so ist der Gläubiger berechtigt, ihm eine angemessene Frist zur nachträglichen Erfüllung anzusetzen (Art. 107 Abs. 1 OR). Wird auch bis zum Ablaufe dieser Frist nicht erfüllt, so kann der Gläubiger, wenn er es unverzüglich erklärt, auf die nachträgliche Leistung verzichten und vom Vertrage zurücktreten (Art. 107 Abs. 2 OR). Die Ansetzung einer Frist zur nachträglichen Erfüllung ist nicht erforderlich, wenn aus dem Verhalten des Schuldners hervorgeht, dass sie sich als unnütz erweisen würde (Art. 108 Ziff. 1 OR).
9.2 Das Handelsgericht erwog, die im Schreiben vom 11. Februar 2008 für die Leistung der 9. und 10. Akontozahlung angesetzte Frist von vier Tagen habe der Beschwerdeführerin unter den gegebenen Umständen eine vertretbare Gelegenheit zur Nacherfüllung gegeben, weshalb eine angemessene Nachfristansetzung vorgelegen habe. Zudem wäre eine Nachfrist gar nicht erforderlich gewesen, weil die Beschwerdeführerin in ihrem Schreiben vom 11. Februar 2008 und ihrer E-Mail vom 15. Februar 2008 angezeigt habe, dass vor der Zustellung eines revidierten Zahlungsplanes sowie eines überarbeiteten Bauprogrammes keine weiteren Zahlungen ausgelöst würden. Die Beschwerdegegnerin habe daher davon ausgehen dürfen, das Ansetzen einer weiteren Nachfrist sei unnütz. In ihrem Schreiben vom 19. Februar 2008 habe die Beschwerdegegnerin unstreitig den Rücktritt vom Werkvertrag erklärt. Diese Rücktrittserklärung sei gemäss Art. 107 Abs. 2 OR bzw. Art. 190 Abs. 2 SIA-Norm 118 unverzüglich nach Ablauf der Zahlungsfrist am 16. Februar 2008 erfolgt. Die Beschwerdegegnerin sei demnach auf Grund der verweigerten Leistung der 9. Akontozahlung berechtigt gewesen, den Vertrag zu kündigen. Da der Verzug mit einer Akontozahlung ausreichend sei, könne offen bleiben, ob sich die Beschwerdeführerin am 19. Februar 2008 auch mit der Leistung der 10. Akontozahlung in Verzug befunden habe.
9.3 Die Beschwerdeführerin wendet ein, die Parteien seien zwar zu keiner konsensualen Änderung des Zahlungsplans gekommen. Die Beschwerdegegnerin habe jedoch durch ihr Verhalten im Dezember 2007, Januar und Februar 2008 bei der Beschwerdeführerin das berechtigte Vertrauen erweckt, über eine Anpassung des Zahlungsplans an den Baufortschritt und über eine Mehr-/Minderkostenliste zu verhandeln. Die Kündigung des Vertrages am 19. Februar 2008 und die nachträgliche Ablehnung der Vorschläge zur Differenzbereinigung stelle daher einen Missbrauch erweckten Vertrauens (culpa in contrahendo) dar.
Auf diese Rüge ist nicht einzutreten, da die Beschwerdeführerin nicht aufzeigt, aus welchen von der Vorinstanz festgestellten Umständen, die Beschwerdeführerin auf einen Verhandlungswillen der Beschwerdegegnerin hätte schliessen dürfen. Auch legt die Beschwerdeführerin nicht mit Aktenhinweisen dar, welche entsprechenden Behauptungen das Handelgericht übergangen haben soll. Damit kann offen bleiben, ob und inwieweit ein einmal gezeigter Verhandlungswille eine Obliegenheit zur Führung von Verhandlungen mit sich bringen kann.
9.4 Weiter rügt die Beschwerdeführerin, die angesetzte Zahlungsfrist von bloss vier Tagen sei zu kurz gewesen.
Auf diese Rüge ist nicht einzutreten, weil der Länge der Nachfrist keine entscheiderhebliche Bedeutung zukommt, da die Beschwerdeführerin die vorinstanzliche Erwägung, wonach eine Nachfristansetzung unnütz gewesen sei, nicht anficht.
9.5 Sodann bringt die Beschwerdeführerin vor, die Kündigung sei nicht eindeutig und vorbehaltlos erfolgt, weil sie nur "vorsorglich" ausgesprochen worden sei.
Zwar trifft zu, dass eine Kündigung als einseitige Gestaltungserklärung grundsätzlich bedingungsfeindlich und unwiderruflich ist (BGE 128 III 129 E. 2a S. 135 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin legt jedoch nicht dar, unter welchem Vorbehalt bzw. unter welcher Bedingung die Kündigung ausgesprochen werden sein soll, was auch nicht ersichtlich ist.
9.6 Nach dem Gesagten hat das Handelsgericht kein Bundesrecht verletzt, wenn es annahm, die Beschwerdegegnerin sei aufgrund der trotz der Zahlungsaufforderung verweigerten Leistung der 9. Akontozahlung berechtigt gewesen, den Werkvertrag zu kündigen.
9.7 Der Eventualerwägung des Handelsgerichts bezüglich der Fälligkeit der 10. Akontozahlung kommt keine entscheidrelevante Bedeutung zu. Auf die dagegen gerichtete Kritik der Beschwerdeführerin ist daher ebenfalls nicht einzutreten.
10.
10.1 Das Handelsgericht erwog, da die Beschwerdegegnerin den Werkvertrag ex nunc habe auflösen dürfen, habe sie die vertraglich vereinbarte Vergütung der geleisteten Arbeit gegen Überlassung des bereits hergestellten Werkpreises verlangen können. Der Werkpreis sei nach dem Fertigstellungsgrad am Stichtag vom 29. Februar 2008 zu bestimmen. Der Werkvertrag stelle klar, dass sich der Werkpreis aufgrund der effektiven Baukosten und dem Kostendach-Werkpreis bestimme, der durch genehmigte Mehr- oder Minderkosten anzupassen sei. Dieser Kostendach-Werkpreis sei aufgrund des damit verknüpften Bonus-Malus-Systems eigentlich ein Referenzpreis. Bei dessen Unterschreitung partizipiere der Unternehmer zu einem Viertel an den Einsparungen (Bonus), während bei einer Überschreitung die Vergütung grundsätzlich auf den Referenzpreis beschränkt sei (Malus). Infolge der nur teilweisen Fertigstellung des Werkes müsse - gleich wie bei einem Pauschalpreis - entsprechend dem Fertigstellungsgrad ein Interims-Kostendach-Werkpreis bestimmt werden. Die einzelnen Fertigstellungsgrade würden von der Beschwerdegegnerin für jede BKP-Position, die sie für die Berechnung des Interims-Kostendachs heranziehe, genau angeführt und damit rechtsgenüglich behauptet. Die Beschwerdegegnerin habe diese Behauptungen nicht konkret bestritten, obwohl ihr dies zumutbar gewesen sei.
10.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, da gemäss dem vereinbarten Kostendach eine Kostenüberschreitung von der Beschwerdegegnerin zu tragen gewesen wäre, hätte sie nachweisen müssen, dass sie das Werk mit dem noch nicht beanspruchten Teil des Werklohns hätte fertigstellen können. Die Beschwerdeführerin habe deshalb die Umbaufertigstellungskosten substanziiert und durch Rückrechnung gezeigt, dass die Beschwerdegegnerin bis Ende Februar 2008 bereits so viel Kosten generiert haben müsse, dass sie innerhalb des Kostendaches nicht mehr hätte fertigstellen können. Das Handelsgericht übersehe dies und ziehe deshalb falsche Schlüsse bezüglich der Substanziierung, die ihr obliegen soll.
10.3 Das Handelsgericht hat jedoch den erwähnten Einwand nicht übersehen, sondern dazu erwogen, der von der Beschwerdeführerin zur Beendigung des Werkes angeführte Betrag stehe der Schlüssigkeit der von der Beschwerdegegnerin dargestellten Fertigstellungsgrade nicht entgegen, da einerseits nicht sicher sei, ob die Fertigstellung des Werkes nach den Wünschen der Beklagten bei der Beschwerdeführerin bloss Baukosten von lediglich Fr. 24,93 Mio. generiert hätten. Andererseits sei auch offen, welche Arbeiten die Beschwerdeführerin den Subunternehmern im Rahmen der Fertigstellung des Werkes aufgegeben habe und welche Mehrkosten durch den Baustopp und den Wechsel der Bauleitung entstanden seien.
10.4 Dass diese tatsächlichen Feststellungen willkürlich sein sollen, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Damit erweist sich die Rüge der falschen Schlüsse hinsichtlich der Verteilung der Beweislast bzw. der Bestreitungsobliegenheit als unbegründet.
11.
11.1 Das Handelsgericht kam zum Ergebnis, die Beschwerdeführerin könne keinen Ersatz für Umsatz- und Ertragsausfälle verlangen, die durch die teilweise Nichtablieferung des Werkes am 14. Dezember 2007 verursacht wurden, weil sich der Abgabetermin zufolge der Beschwerdeführerin anzulastenden Verzögerungen bezüglich der Hotelzimmer um mindestens drei Wochen und bezüglich der Penthouse Suite sogar um einen Monat nach hinten verschoben habe. Die Beschwerdeführerin mache keine Umsatz- oder Ertragsausfälle geltend, die auf der Nichteinhaltung der verschobenen Fertigstellungstermine beruhten. Überdies nahm das Handelsgericht an, die Beschwerdeführerin habe die geltend gemachten Einbussen nicht genügend substanziiert, zumal die ins Recht gelegten "Rechnungsblätter" nicht ohne Weiteres nachvollziehbar seien.
11.2 Da der Eventualerwägung bezüglich der Substanziierung keine entscheiderhebliche Bedeutung zukommt, ist auf die dagegen gerichtete Kritik der Beschwerdeführerin nicht einzutreten. Dasselbe gilt bezüglich der allgemeinen Ausführungen der Beschwerdeführerin zu den Substanziierungsanforderungen, die keinen Bezug zu bestimmten Erwägungen des Handelsgerichts aufweisen.
12. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens wird die Beschwerdeführerin dafür kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 30'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 35'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. April 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer