Faits:
A. Le 22 avril 2002, Y._ (ci-après: la bailleresse) a remis à bail à Z._ une arcade commerciale, destinée à l'exploitation d'un café-restaurant, au rez-de-chaussée, et un dépôt au sous-sol d'un immeuble à A._.
Conclu pour une durée de cinq ans, le contrat était ensuite renouvelable tacitement chaque année, sauf avis de résiliation notifié au moins six mois à l'avance. Le loyer, charges non comprises, s'élevait en dernier lieu à 3'200 fr. par mois.
Par avenant du 20 janvier 2004, le bail a été transféré à X._ (ci-après: le locataire ou le failli). Celui-ci y exploitait un café-restaurant à l'enseigne "xxx".
Le 28 avril 2005, la régie B._ SA, en charge de la gestion de l'immeuble, a informé le locataire qu'elle refusait le transfert du bail commercial à C._ et D._ au motif que ceux-ci ne présentaient pas les ressources nécessaires pour exploiter l'établissement.
Le 14 juillet 2005, la faillite du locataire a été prononcée par le tribunal compétent.
Se fondant sur l'art. 266h CO, B._ SA a invité le locataire et l'Office des faillites, par courriers du 19 octobre 2005, à verser la somme de 63'000 fr., d'ici au 15 décembre 2005, à titre de sûretés pour les loyers à échoir jusqu'à la prochaine échéance contractuelle.
Le même jour, C._ a informé la régie qu'elle avait acquis le fonds de commerce "xxx" par contrat du 13 avril 2005 et qu'elle s'acquittait du paiement du loyer depuis cette date. Elle a demandé à ce que la bailleresse revienne sur sa décision et accepte le transfert de bail en sa faveur.
En octobre 2005, l'Office des faillites a sommé les époux C._ et D._ de s'acquitter du prix de vente de 100'000 fr., conformément au contrat de reprise de fonds de commerce. Elle leur a précisé ne pas pouvoir favoriser un éventuel transfert de bail puisque la masse en faillite n'avait jamais repris le bail concerné.
Le 21 octobre 2005, l'Office des faillites a indiqué à la régie ne pas être lié par le bail puisque tous les contrats liant le failli aux tiers étaient, sauf avis exprès de la masse en faillite, résiliés dès le prononcé de la faillite.
Les sûretés réclamées n'ayant pas été versées, la bailleresse a, par deux avis officiels du 19 décembre 2005, l'un adressé au locataire et l'autre à l'Office des faillites, résilié le contrat de bail commercial avec effet immédiat conformément à l'art. 266h al. 2 CO; elle a sollicité la restitution immédiate des locaux.
Par courrier du même jour, la régie a informé C._ de la résiliation et sollicité la restitution immédiate des locaux. La bailleresse ayant ouvert une action en revendication contre C._, celle-ci a, lors d'une audience de conciliation du 26 juillet 2006, accepté de quitter les locaux et de restituer la clé de l'arcade.
Le 7 novembre 2006, la régie a indiqué à l'Office des faillites avoir constaté que le failli avait conservé les clés de l'arcade et qu'il avait été nommé gardien d'actifs. Elle a également relevé que des plaintes du voisinage lui indiquait que ce dernier exploitait toujours l'arcade.
Par jugement du 29 novembre 2006, confirmé par la Cour de Justice, le Tribunal des baux et loyers a ordonné l'évacuation du failli des locaux commerciaux.
La bailleresse a réclamé à la masse en faillite de X._ le paiement d'indemnités pour occupation illicite de l'arcade commerciale. A cet égard, elle lui a fait notifier un commandement de payer, qui a été frappé d'opposition.
Les locaux ont été restitués par le failli à la bailleresse le 14 septembre 2007 au terme d'une procédure en évacuation.
B. Par requête déposée le 21 février 2008 devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, la bailleresse a conclu au paiement de 57'633 fr. 35, intérêts en sus, sollicité le prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition et pris diverses autres conclusions.
La conciliation ayant échoué, le Tribunal des baux et loyers s'est prononcé le 2 mars 2009. Il a considéré que la masse en faillite n'avait entrepris aucune démarche pour restituer les locaux, qu'elle en avait gardé la maîtrise et que les dettes découlant de la non restitution des locaux commerciaux constituaient des dettes de la masse. Il a condamné celle-ci a payé la somme de 52'800 fr., intérêts en sus, à la bailleresse.
Sur appel de la masse en faillite, la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 11 octobre 2010, confirmé le jugement de première instance.
C. La masse en faillite exerce un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt cantonal du 11 octobre 2010. Dans le premier recours, elle invoque une violation de l'art. 267 CO, de l'art. 266h CO, de l'art. 274d al. 3 CO et de l'art. 8 CC. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt entrepris, au déboutement de la bailleresse de toutes ses conclusions, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente. Dans le deuxième recours, elle fait grief à la cour cantonale d'avoir violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et d'avoir arbitrairement (art. 9 Cst.) retenu que la masse en faillite avait repris le contrat de bail litigieux. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité précédente.
L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt de la Cour de justice, sous suite de frais et dépens.
L'effet suspensif sollicité par la recourante lui a été accordé par ordonnance présidentielle le 6 décembre 2010.
Considérant en droit:
1. 1.1 Il n'est à juste titre pas contesté que la présente espèce relève des juridictions civiles; les litiges portant sur la qualification d'une dette comme obligation de la masse ou obligation du failli ne relèvent pas des autorités de surveillance de la poursuite et de la faillite, mais de l'autorité compétente pour statuer sur le fond de la prétention en cause, soit du juge civil ou des autorités et juridictions administratives, suivant la nature du contentieux (ATF 125 III 293 consid. 2; 113 III 148 consid. 1 p. 149; 106 III 118 consid. 1 p. 121 s.).
Interjeté par la partie qui a été condamnée à paiement (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Dès lors que le recours en matière civile est recevable, il en résulte nécessairement que le recours constitutionnel, qui est subsidiaire (art. 113 LTF), est irrecevable. L'intitulé erroné de l'écriture ne nuit cependant pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui aurait dû être interjeté soient réunies (sur l'ensemble de la question: ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382).
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. La notion de droit fédéral englobe également les droits constitutionnels (ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 314; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées; à défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de prendre en considération un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée, ni des faits qui n'y sont pas contenus (ATF 136 I 184 consid. 1.2 p. 187; 133 IV 286 consid. 1.4 et 6.2). En conséquence, il n'est pas possible de prendre en considération l'exposé des faits figurant aux pages 3 à 7 du recours.
Le recourant ne peut demander une rectification de l'état de fait que si celle-ci est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 La cour cantonale constate que, à la suite de la faillite du locataire prononcée le 14 juillet 2005, la recourante ne s'est pas manifestée auprès de la bailleresse, mais qu'elle s'est limitée, après la sommation du 19 octobre 2005 afférant au paiement des sûretés, à alléguer, à tort, que tous les contrats liant le failli avaient été résiliés dès le prononcé de la faillite. A cet égard, l'autorité précédente est d'avis qu'il appartenait à la masse en faillite de résilier le bail par écrit si elle n'entendait pas reprendre le contrat. Elle constate également qu'en réclamant le paiement du montant de 100'000 fr. aux époux C._ et D._, la masse a sollicité l'exécution du contrat de reprise de fonds de commerce et manifesté sa volonté de reprendre ce contrat (dont l'exécution est soumise à la condition suspensive de l'obtention, par les époux C._ et D._, d'un transfert de bail) ainsi que le contrat de bail (étant sous-entendu que seule la personne ayant la qualité de locataire sortant pouvait obtenir le transfert du bail). Enfin, elle souligne que la recourante a laissé le failli, qu'elle a nommé gardien d'actifs, exploiter les locaux concernés pour les besoins de l'administration de la faillite, ce malgré la résiliation du bail avec effet immédiat notifié par l'intimée (le 19 décembre 2005). En conclusion, elle considère que ces éléments de faits ne peuvent s'interpréter que comme l'expression d'une volonté de garder l'arcade commerciale parce qu'il était dans l'intérêt de la recourante, pour faciliter la liquidation, de disposer de locaux permettant d'abriter le mobilier appartenant au failli. Elle en déduit que la masse en faillite a repris le contrat de bail et qu'elle est tenue de verser les indemnités pour occupation illicite allant du 1er mai 2006 au 14 septembre 2007 puisqu'elle n'a pas évacué les locaux nonobstant l'expiration du bail.
2.2 Selon la recourante, la cour précédente aurait retenu implicitement que la masse en faillite a repris le contrat de bail le 1er mai 2006, le jugement de première instance, confirmé en appel, la condamnant au paiement de diverses sommes dès cette date. La masse en faillite fait grief à l'autorité cantonale d'avoir violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), en particulier son droit d'obtenir une décision motivée, l'arrêt entrepris n'indiquant pas pour quelle raison elle n'aurait repris les obligations découlant du contrat de bail qu'à partir du 1er mai 2006.
Ce grief est principalement fondé sur la mauvaise compréhension de l'arrêt entrepris par la recourante. La date du 1er mai 2006 ne correspond pas au jour de la reprise du bail (à ce sujet, cf. infra consid. 3.2.3), mais à celle de l'exigibilité des premières indemnités pour occupation illicite dues par la masse en faillite. La cour précédente a pourtant clairement différencié ces deux aspects. D'une part, elle a indiqué qu'en cas de reprise de bail par la masse, le loyer est une dette de la masse dès l'ouverture de la faillite (arrêt entrepris consid. 3.4); elle a ensuite reproché à la masse de ne s'être pas immédiatement manifestée auprès de la bailleresse à la suite de la faillite de X._ prononcée le 14 juillet 2005 (arrêt entrepris consid. 3.5). D'autre part, revenant sur le montant des dettes de la masse, l'autorité cantonale a indiqué que celui-ci se composait d'indemnités pour occupation illicite allant du 1er mai 2006 au 14 septembre 2007, la masse n'ayant pas restitué les locaux, malgré la résiliation du bail avec effet immédiat notifiée par la bailleresse le 19 décembre 2005 (arrêt entrepris consid. 4.2).
On comprend donc sans peine que la cour cantonale considère que la période du 1er mai 2006 au 14 septembre 2007 correspond à une occupation illicite de l'arcade commerciale (la masse n'ayant pas restitué, conformément à l'art. 267 al. 1 CO, la chose louée). On ne saurait ici contester que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision du juge; le droit à une décision motivée est dès lors respecté (cf. arrêt 4A_474/2008 du 13 février 2009 consid. 2.1; cf. ATF 126 I 97 consid. 2c p. 103). Savoir si la période d'occupation illicite retenue est ou non correcte est une autre question, qui ne relève plus du droit d'être entendu (cf. 4A_474/2008 déjà cité consid. 2.1).
On relèvera au demeurant que la recourante a elle-même souligné certains éléments de fait permettant de comprendre le choix de la date du 1er mai 2006. Elle rappelle en effet que le failli a payé à la bailleresse les montants de 3'500 fr. correspondant aux loyers mensuels (ou aux indemnités pour occupation illicite) jusqu'au 30 avril 2006 (cf. supra consid. 3.3.1). Cela explique la raison pour laquelle la bailleresse a requis le paiement depuis le 1er mai 2006 et jusqu'au 14 septembre 2007 (date de la restitution des locaux).
2.3 La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir apprécié les faits de manière arbitraire en considérant que la masse, n'ayant pas résilié par écrit le bail, avait repris celui-ci. Elle n'indique toutefois pas quels faits auraient été établis arbitrairement. Son grief est dès lors irrecevable (cf. supra consid. 1.4). En réalité, l'argumentation de la recourante vise la conséquence juridique du comportement de la masse en faillite suite au prononcé de la faillite (cf. infra consid. 3).
2.4 La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir violé l'art. 8 CC en retenant qu'elle avait nommé X._ gardien d'actifs, alors qu'elle a toujours contesté cette nomination.
Le juge cantonal viole l'art. 8 CC s'il tient pour exactes les allégations non prouvées d'une partie, nonobstant leur contestation par l'autre (ATF 114 II 289 consid. 2a p. 291). En l'espèce, on ne peut toutefois pas suivre la recourante lorsqu'elle affirme qu'elle a toujours contesté la nomination du gardien d'actifs. La recourante reproduit elle-même un passage de son mémoire d'appel cantonal du 30 avril 2009 dans lequel elle reconnaît que "l'Office des faillites [a] nommé le locataire en faillite gardien de ses actifs". Devant la Cour de céans, la recourante tente de revenir sur sa déclaration, argumentant qu'il s'agissait alors de se prononcer sur une question particulière "dans le contexte de l'appel". L'explication, qui ne remet d'ailleurs pas en question le fait qu'elle a reconnu avoir nommé le gardien d'actifs, ne convainc pas.
Quant au reproche fait à l'autorité cantonale selon lequel "le dossier ne contient aucun élément permettant de retenir que cette nomination est intervenue avec effet au 1er mai 2006", il tombe à faux. La cour cantonale n'a en effet pas défini la date exacte à laquelle la nomination a eu lieu, cette détermination n'étant pas nécessaire (cf. supra consid. 3.3.4). Le grief est dès lors infondé.
3. 3.1 La recourante soutient que c'est en violant l'art. 266h CO que l'autorité précédente est arrivée à la conclusion qu'elle avait repris le contrat de bail. Seule cette question reste litigieuse, les montants dus à titre d'indemnités pour occupation illicite, les frais accessoires et les intérêts n'étant pas discutés devant la Cour de céans.
3. 3.1 La recourante soutient que c'est en violant l'art. 266h CO que l'autorité précédente est arrivée à la conclusion qu'elle avait repris le contrat de bail. Seule cette question reste litigieuse, les montants dus à titre d'indemnités pour occupation illicite, les frais accessoires et les intérêts n'étant pas discutés devant la Cour de céans.
3.2 3.2.1 Le droit suisse ne contient aucune disposition générale selon laquelle la faillite met automatiquement fin aux contrats auxquels le failli est partie, mais seulement quelques dispositions particulières prévoyant la caducité de tels contrats, voire la possibilité pour l'autre partie de le résilier, que l'art. 211 al. 3 LP réserve expressément (cf. arrêt 4C.252/2005 du 6 février 2006, publié in SJ 2006 I p. 365, consid. 5.1 et les références).
En matière de bail à loyer, la faillite du locataire n'a pas pour effet de provoquer automatiquement la fin du contrat de bail (cf. ATF 104 III 84 consid. 3b p. 90; arrêt 4C.252/2005 déjà cité consid. 5.1 et les références; JEANNERET/HARI, Contrat de bail et insolvabilité du bailleur ou du locataire, JdT 2007, Supplément hors édition, p. 29 s.). Cependant, l'art. 266h CO donne au bailleur le droit d'exiger du locataire qu'il lui fournisse des sûretés pour les loyers à échoir et, à ce défaut, de résilier le contrat avec effet immédiat. Si le locataire - ou un tiers (par exemple son conjoint) - fournit les sûretés, la relation contractuelle est maintenue entre le bailleur et le locataire (DAVID LACHAT, Le bail à loyer, nouvelle éd. 2008, n. 6.4 p. 706; PETER HIGI, Berner Kommentar, 4e éd. 1995, no 78 ad art. 266h CO). L'administration de la masse en faillite ne peut alors plus reprendre le contrat au sens de l'art. 211 al. 2 LP (BISE/PLANAS, in Droit du bail à loyer, 2010, no 19 ad art. 266h CO; LACHAT, op. cit., n. 6.4 p. 706; HIGI, op. cit, no 79 ad art. 266h CO).
La loi ne reconnaît en revanche pas au locataire, respectivement à la masse en faillite, le droit à une résiliation immédiate du bail en cours au moment de l'ouverture de la faillite (ATF 104 III 84 consid. 3b p. 90 s.; arrêt 4C.252/2005 déjà cité consid. 5.1). Le locataire ou la masse peuvent cependant, selon les circonstances, résilier, au moyen d'un congé ordinaire, le contrat de bail avant la clôture de la faillite (HIGI, op. cit, no 39 ad art. 266h CO; BISE/PLANAS, op. cit., no 28 ad art. 266h CO).
3.2.2 En cas de faillite, la masse peut choisir de poursuivre elle-même les contrats en cours. Cette faculté est prévue expressément par l'art. 211 al. 2 LP lorsque le failli doit fournir une prestation en nature. La jurisprudence a admis qu'elle existait également lorsqu'il doit fournir une prestation en argent, comme c'est le cas pour le locataire, qui est tenu de payer le loyer (ATF 104 III 84 consid. 3a p. 88; arrêt 4C.252/2005 déjà cité consid. 5.2).
La reprise du contrat est une possibilité et non une obligation (arrêt 4C.252/2005 déjà cité consid. 5.2; cf. arrêt 4C.236/1995 du 4 décembre 1995, publié et traduit in Mietrechtpraxis [mp] 1996 p. 207, consid. 2a et les références citées). La continuation des rapports d'obligation ne nécessite aucune déclaration au sens de l'art. 211 al. 2 LP et elle peut découler d'actes concluants (arrêt 4C.252/2005 déjà cité consid. 5.2; arrêt 4C.236/1995 déjà cité consid. 2a; 107 III 106 consid. 3c p. 109).
En matière de contrat de bail à loyer, la Cour de céans a eu l'occasion de prononcer que le fait, pour la masse, de verser des sûretés constituait une reprise par actes concluants (ATF 107 III 1206 consid. 3c p. 109; arrêt 4C.252/2005 déjà cité et les références). Le fait, pour la masse, de continuer à s'acquitter des loyers est également significatif de sa volonté d'entrer dans le contrat (arrêt 4C.252/2005 déjà cité consid. 5.2; HIGI, op. cit., no 40 ad art. 266h CO). Il en va de même lorsque la masse n'évacue pas les locaux, mais en dispose pour abriter les objets appartenant au failli (arrêt 4C.252/2005 déjà cité consid. 5.2; SYLVAIN MARCHAND, Contrats et insolvabilité, in Actualités du droit des contrats, Le contrat à la croisée des chemins, 2008, p. 37; BISE/PLANAS, op. cit., no 21 ad art. 266h CO; HANSJÖRG PETER, Edition annotée de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2010, art. 211 LP p. 911; OLIVIER CRISPIN, Faillite et décès du locataire: le recouvrement du loyer, la libération de la garantie et le gardiennage des actifs, 2008, p. 6). A l'inverse, la restitution immédiate et anticipée des locaux vides ne constitue pas une reprise du bail par actes concluants (arrêt 4C.252/2005 déjà cité consid. 5.2; HIGI, op. cit., no 40 ad art. 266h CO).
3.2.3 Lorsque la masse en faillite a repris le contrat, les loyers sont alors, dès l'ouverture de la faillite (soit dès son prononcé par le juge, cf. art. 175 al. 1 LP), des dettes de la masse (ATF 115 III 65 consid. 3b p. 67; 41 III 224 consid. 2 p. 231; HANSJÖRG PETER, op. cit., art. 211 LP p. 911; JEANNERET/HARI, op. cit., p. 33 s.). Celles-ci sont payées intégralement sur le produit brut de la vente des biens, avant la répartition aux créanciers, c'est-à-dire avant la distribution des deniers (ATF 120 III 153 consid. 2b p. 156; 96 I 244 consid. 2 p. 246). Sont des dettes de la masse non seulement les loyers, mais également les éventuelles indemnités pour occupation illicite (cf. arrêt 4C.236/1995 du 4 décembre 1995 consid. 2; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4e éd. 2005, n. 1746 p. 334; BISE/PLANAS, op. cit., no 24 ad art. 266h CO et les références).
Si la masse ne reprend pas le contrat, les loyers arrivant à échéance, ainsi que les éventuelles indemnités pour occupation illicite, sont alors des dettes dans la masse qui doivent être colloquées (4C.252/2005 déjà cité consid. 5.3).
Si la masse ne reprend pas le contrat, les loyers arrivant à échéance, ainsi que les éventuelles indemnités pour occupation illicite, sont alors des dettes dans la masse qui doivent être colloquées (4C.252/2005 déjà cité consid. 5.3).
3.3 3.3.1 La recourante insiste sur le fait que le failli a encore versé des montants de 3'500 fr., correspondant aux loyers mensuels, par bulletin de versement les 31 octobre 2005, 30 novembre 2005, 31 décembre 2005, 31 janvier 2006, 28 février 2006, 31 mars 2006 et 30 avril 2006. Elle soutient que la cour cantonale a ignoré les pièces produites prouvant ces versements et qu'elle a violé l'art. 274d al. 3 CO; elle considère que le fait que le failli ait continué à verser le loyer signifie qu'il a "repris ses droits".
L'art. 274d al. 3 CO impose à l'autorité de conciliation et au juge le devoir d'inviter les parties à compléter un état de fait qui paraît lacunaire et à présenter des preuves (ATF 125 III 231 consid. 4a p. 238 s.). Or, la recourante ne soutient pas que la cour cantonale aurait dû inviter les parties à présenter des preuves supplémentaires et le grief soulevé se révèle sans consistance. En réalité, la masse reproche à l'autorité précédente d'avoir omis de tenir compte d'éléments de fait pertinents, contenus dans le dossier, qui auraient été utiles à son raisonnement juridique. Elle laisse ainsi entendre que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en établissant les faits (cf. ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9) et il lui appartenait, sous peine d'irrecevabilité, d'invoquer cette transgression (cf. supra consid. 1.4). En l'espèce, la recourante désigne toutefois les versements qui ont été opérés par le failli et l'intimée n'en conteste ni leur nombre ni leur montant. Ces éléments de fait ressortent à l'évidence du dossier cantonal, si bien que le Tribunal fédéral peut en tenir compte (cf. art. 105 al. 2 LTF; BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, no 62 ad art. 105 LTF).
Cela étant, on ne saurait, pour la seule raison que le failli a continué à verser ponctuellement les loyers (et les indemnités d'occupation illicite dès la résiliation du bail) arriver à la conclusion qu'il était exclu que la masse en faillite reprenne le contrat de bail, celui-ci étant maintenu tel quel entre le locataire et la bailleresse. Il faut observer que ni la masse en faillite ni le locataire ont fourni les sûretés requises par la bailleresse. Le locataire ne saurait ainsi prétendre avoir "repris ses droits". Les sûretés doivent permettre à la bailleresse de se prémunir contre l'insolvabilité du locataire, dont la faillite a été prononcée; elles doivent couvrir les loyers bruts dus jusqu'au prochain terme du congé. Les paiements ponctuels effectués par le failli dépendaient de sa bonne volonté (le failli a d'ailleurs cessé tout paiement à partir de mai 2006) et il est patent qu'ils n'offraient pas à la bailleresse une garantie équivalente aux sûretés requises. Au demeurant, la bailleresse ayant résilié le bail le 19 décembre 2005, on ne saurait admettre qu'elle a accepté de continuer tacitement sa relation contractuelle avec le failli (cf. SIVT-Kommentar, 3e éd. 2008, no 18 ad art. 266h CO et les références).
Il était dès lors toujours possible pour la masse en faillite de reprendre le contrat (cf. infra consid. 3.2.1). Il reste à déterminer si elle a exprimé une telle volonté, au moins par actes concluants.
3.3.2 La recourante reproche à la cour précédente d'avoir violé l'art. 266h CO en concluant que la masse en faillite a repris le contrat de bail au motif qu'elle ne l'avait pas résilié. La recourante rappelle qu'elle a au contraire respecté le droit en ne résiliant pas le bail et qu'on ne saurait interpréter son comportement comme la volonté de reprendre les obligations découlant du contrat.
On peut ici observer que la cour cantonale a introduit un élément erroné, ou du moins imprécis, dans son argumentation. En effet, la faillite du locataire ne permettait pas à la masse de résilier immédiatement le bail en cours, au moment de l'ouverture de la faillite (cf. supra consid. 3.2.1). Il faut d'emblée ajouter que la cour cantonale ne s'est pas appuyée sur ce seul argument pour retenir que la masse en faillite a, par son comportement, manifesté sa volonté de reprendre le contrat de bail. Il reste donc à examiner si l'autorité précédente a appliqué correctement le droit fédéral en concluant, sur la base d'autres éléments de fait, à la reprise du bail par la masse.
3.3.3 Il ressort des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que la masse en faillite n'a entrepris aucune démarche pour restituer les locaux, que ce soit après la faillite du locataire (le 14 juillet 2005), après avoir été interpellée par la bailleresse au sujet des sûretés (le 19 octobre 2005), ou encore après la résiliation du bail par cette dernière (le 19 décembre 2005). Concernant ce dernier point, on observe qu'un avis officiel de résiliation a également été notifié à l'Office des faillites et que la restitution des locaux sans délai a alors été sollicitée. Enfin, bien que la représentante de la bailleresse se soit plainte le 7 novembre 2006, auprès de l'Office des faillites, du fait que X._ avait conservé les clés de l'arcade commerciale et qu'il ait été nommé gardien d'actifs, l'Office des faillites n'a pas procédé à l'évacuation des locaux, laissant le failli les exploiter.
Au regard de ces éléments, on ne voit pas qu'on puisse interpréter le comportement de la masse autrement que comme l'expression d'une volonté de conserver la chose louée. Sur la base des constatations cantonales, on peut se demander si la masse entendait disposer des locaux pour que le failli puisse continuer leur exploitation et/ou pour abriter les objets appartenant au failli, ce qui, dans l'intérêt de la masse, permettait d'en faciliter la liquidation. La question peut rester indécise. Dans les deux cas, les dettes contractées représentent typiquement des dettes de la masse (cf. ATF 106 III 118 consid. 4 p. 124).
La recourante insiste sur le fait qu'elle a affirmé, suite à la sommation de la bailleresse du 19 octobre 2005, qu'elle n'était pas liée par le bail puisque celui-ci avait été résilié automatiquement du simple fait de l'ouverture de la faillite. La recourante soutient que, même si cette réponse n'était pas correcte, elle permettait à la bailleresse de se rendre compte que la masse n'entendait pas reprendre le contrat de bail. On ne saurait la suivre. La recourante s'est accrochée à cette constatation erronée par la suite sans modifier son comportement; après avoir reçu un avis officiel de résiliation (le 19 décembre 2005) et la sollicitation de restituer les locaux sans délai, la masse n'a pas communiqué à la bailleresse qu'elle n'avait pas repris le bail ni procédé à l'évacuation des locaux. En revanche, elle a laissé le failli, qu'elle a nommé gardien des actifs, continuer son activité, ceci nonobstant la résiliation du bail avec effet immédiat. La réponse (erronée) transmise à la représentante de la bailleresse ne permet ainsi pas de comprendre différemment le comportement de la masse et de revenir sur la conclusion prise ci-dessus.
3.3.4 A réitérées reprises, la recourante revient à la charge en isolant certains éléments de fait exposés dans l'arrêt cantonal, dans l'objectif de contester la reprise du contrat de bail par la masse.
Elle insiste notamment sur le fait que, C._ ayant accepté de restituer les clés de l'arcade le 26 juillet 2006, la masse en faillite n'a pas pu désigner le failli gardien d'actifs avant cette date. Elle en déduit qu'elle n'a pu reprendre le bail qu'après et que le contrat de bail - qui liait toujours le failli - était alors déjà résilié par la bailleresse. On ne peut aboutir à une conclusion juridique valable en partant du seul point de fait mis en évidence par la recourante, et en écartant les autres éléments factuels retenus par la cour cantonale. Il convient de se fonder sur l'ensemble des constatations de la Cour de justice; il en ressort que, depuis le jour déterminant pour la reprise du contrat de bail (celui du prononcé de la faillite), la masse n'a entrepris aucune démarche pour restituer les locaux commerciaux et la nomination du gardien des actifs apparaît alors plutôt comme un élément supplémentaire confirmant la volonté de la masse de conserver les locaux loués (peu importe à cet égard que cette nomination ait eu lieu bien après le prononcé de la faillite).
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir retenu que la masse a repris le bail "du simple fait qu'elle a souhaité l'exécution de la convention du 13 avril 2005, conclue entre C._ et D._, d'une part, et X._, d'autre part". Confrontée à l'ensemble des éléments de fait retenus par la cour cantonale (en particulier la non restitution des locaux) la longue argumentation de la recourante ne résiste pas non plus à l'examen. Au demeurant, la recourante ne conteste pas avoir sollicité l'exécution du contrat de cession du fonds de commerce. L'exécution de ce contrat était vouée à l'échec si le transfert du bail n'avait pas lieu (le transfert du fonds ne pouvant avoir lieu que si les époux C._ et D._ pouvaient obtenir, en leur faveur, le transfert du bail). A cet égard, la masse en faillite ne pouvait arriver à ses fins qu'en maintenant le fonds de commerce dans la chose louée (et non en évacuant celle-ci), ce qui souligne encore la volonté de la masse de disposer des locaux commerciaux.
Quant aux explications données par la recourante visant à contester que la nomination du gardien d'actifs aurait un quelconque effet juridique à l'égard de la bailleresse, elles ne sont, pour autant qu'on les comprenne, pas convaincantes. Il ressort des constatations cantonales que le failli a été nommé gardien d'actifs. Le but d'une telle nomination est d'assurer une certaine maîtrise en faveur de l'administration de la faillite des actifs à conserver en vue de leur réalisation. La masse en faillite était ainsi le possesseur médiat des clés de l'arcade (le gardien d'actifs qui détenait les clés étant son auxiliaire pour la garde des biens saisis). Il n'est donc pas douteux que cet état de fait contribue à mettre en évidence que le comportement de la masse en faillite exprimait sa volonté de garder les locaux commerciaux.
Sous l'angle de l'art. 266h CO, la recourante tente à plusieurs reprises de tirer argument de la date du 1er mai 2006, indiquant ne pas comprendre pour quelle raison la masse n'aurait repris les obligations dérivant du contrat de bail qu'à cette date. Cet argument repose principalement sur une mauvaise compréhension de l'arrêt de la cour cantonale et il est impropre à démontrer une quelconque violation du droit (cf. supra consid. 2.2).
3.3.5 La recourante revient sur les loyers versés par le failli du 14 juillet 2005 (prononcé de la faillite du locataire) au 19 décembre 2005 (date de la résiliation immédiate par la bailleresse). Elle souligne qu'il ne ressort pas du dossier que la masse aurait, elle, versé des loyers durant cette période.
Les versements opérés par le failli ne permettent pas de conclure que celui-ci aurait repris le contrat et donc d'exclure toute reprise du bail par la masse (cf. supra consid. 3.3.1). Ils ne permettent pas non plus de soutenir la thèse selon laquelle le paiement de ces loyers démontrerait que la masse n'a pas repris, par actes concluants, le contrat de bail. Suivre la thèse de la recourante reviendrait à admettre que si le failli paie encore ponctuellement, après le prononcé de la faillite, quelques loyers, la masse en faillite pourrait alors, sans informer la bailleresse de ses intentions, conserver les locaux commerciaux pour une durée indéterminée (allant bien au-delà des quelques mois couverts par les versements du failli), sans que la masse n'ait à assumer les moindres paiements, sauf un dividende (pour autant encore que les créanciers de troisième classe y aient droit). Un tel raisonnement ne peut être suivi. Si la masse en faillite n'avait pas l'intention de conserver le bail, il lui appartenait d'en informer la bailleresse et de restituer l'objet de la location.
Enfin, le fait que le bail ait été résilié par l'intimée (en application de l'art. 266h CO) le 19 décembre 2005 ne change rien à ce qui précède. Le contrat de bail n'était pas encore résilié lorsqu'il a été repris par la masse (le moment déterminant étant le 14 juillet 2005, soit le jour du prononcé de la faillite, cf. supra consid. 3.2.3). Il importe donc peu qu'il se soit éteint le 19 décembre 2005; l'obligation contractuelle - reprise par la masse - consistant à restituer la chose louée (art. 267 al. 1 CO) perdurait. Tout au plus, le fait pour l'administration de la faillite de maintenir le locataire failli dans les locaux en qualité de gardien d'actifs en dépit de la résiliation a eu pour effet de rendre la masse en faillite débitrice non plus de loyers mais d'indemnités pour occupation illicite des locaux (cf. supra consid. 3.2.3).
On ne saurait dès lors reprocher à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 266h CO, ni d'ailleurs l'art. 211 al. 2 LP.
Quant au moyen tiré de la transgression de l'art. 267 CO, il doit également être écarté. Selon la recourante, l'autorité précédente ne pouvait exiger de la masse la restitution des locaux commerciaux alors même qu'elle n'a jamais été partie au contrat de bail. Ce grief se fonde sur la prémisse erronée d'une absence de reprise du bail par la masse en faillite.
3.4 Enfin, la recourante est d'avis que s'il fallait retenir qu'un gardien d'actifs a effectivement été nommé par la masse en faillite, la demande de la bailleresse serait alors irrecevable. Elle soutient en effet que le gardien d'actifs aurait occupé illicitement les locaux et que la responsabilité du canton serait alors engagée, le gardien d'actifs étant l'auxiliaire de l'office des faillites. Elle en conclut que l'action en responsabilité, fondée sur l'art. 5 LP, aurait dû être engagée contre l'Etat (et non contre la masse en faillite).
L'argumentation tombe à faux. En l'espèce, il ne s'agit pas de déterminer une éventuelle responsabilité du canton pour son auxiliaire, mais bien de trancher un litige entre la bailleresse et la masse en faillite. Celle-ci doit bien s'acquitter des dettes de la masse en faveur de celle-là, le contrat de bail ayant été repris par actes concluants et la masse en faillite n'ayant pas restitué les locaux alors même que le contrat de bail avait été résilié par la bailleresse.
4. Il ressort des considérants qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1, 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière civile est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 27 janvier 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget