Faits:
Faits:
A. Conformément au décret du 17 novembre 1942 du Grand Conseil du canton de Vaud, la Caisse de pensions du personnel communal de Lausanne (ci-après: la Caisse de pensions) est une institution de droit public possédant la personnalité morale. Selon ses statuts du 11 mars 1975 révisés pour la dernière fois le 4 avril 2000, elle assure la prévoyance vieillesse, invalidité et survivants du personnel de la Commune de Lausanne.
Le 25 novembre 1997, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration des impôts) a notifié à la Caisse de pensions une décision de taxation fixant l'impôt complémentaire sur les immeubles pour les périodes fiscales 1995 et 1996. Par décision du 28 novembre 1997, elle lui réclamait le paiement d'un impôt de 462'545 fr. 60 pour 1995 et de 442'135 fr. 60 pour 1996. Elle n'avait jamais été assujettie à cet impôt jusqu'alors.
Le 9 décembre 1997, l'Administration des impôts a notifié à la Caisse de pensions une décision de taxation fixant l'impôt complémentaire sur les immeubles pour la période fiscale 1997, lui réclamant le paiement d'un impôt de 453'076 fr. 60. Le 27 février 1998, la Caisse de pensions a demandé l'exonération de l'impôt complémentaire. Le 11 mars 1998, l'Administration des impôts, ayant omis de taxer des immeubles sis à Prilly, a aggravé l'assiette de l'impôt dû par la Caisse de pensions pour les périodes fiscales 1995 à 1997. Le 12 juin 1998 toutefois, elle a déclaré renoncer au paiement de l'impôt complémentaire pour 1995 et 1996, mais a maintenu le bordereau d'impôt pour 1997.
Le 14 décembre 1998, l'Administration des impôts a notifié à la Caisse de pensions une décision de taxation fixant l'impôt complémentaire sur les immeubles pour la période fiscale 1998, lui réclamant par décision datée du lendemain le paiement d'un impôt de 491'220 fr. 10.
Le 14 décembre 1998, l'Administration des impôts a notifié à la Caisse de pensions une décision de taxation fixant l'impôt complémentaire sur les immeubles pour la période fiscale 1998, lui réclamant par décision datée du lendemain le paiement d'un impôt de 491'220 fr. 10.
B. Le 5 janvier 1999, la Caisse de pensions a déposé une réclamation, concluant à l'annulation de l'impôt complémentaire sur les immeubles pour les périodes fiscales 1997 et 1998.
Avant de rendre une décision sur réclamation, l'Administration des impôts a adressé le 29 novembre 2004 à la Caisse de pensions une proposition de règlement de l'impôt complémentaire sur les immeubles des périodes fiscales 1997, 1998 et 1999. Puis, par décision du 3 mars 2005, l'Administration des impôts a déclaré irrecevable la réclamation dirigée contre la décision de taxation du 9 décembre 1997 pour la période fiscale 1997. Elle a partiellement admis la réclamation s'agissant de l'impôt de la période fiscale 1998 et de celui de la période fiscale 1999, qui, selon ses dires, aurait été notifié à la Caisse de pensions le 23 novembre 1999, ce que dément cette dernière. L'impôt a été ramené à 473'080 fr. 60 pour les deux années 1998 et 1999.
Avant de rendre une décision sur réclamation, l'Administration des impôts a adressé le 29 novembre 2004 à la Caisse de pensions une proposition de règlement de l'impôt complémentaire sur les immeubles des périodes fiscales 1997, 1998 et 1999. Puis, par décision du 3 mars 2005, l'Administration des impôts a déclaré irrecevable la réclamation dirigée contre la décision de taxation du 9 décembre 1997 pour la période fiscale 1997. Elle a partiellement admis la réclamation s'agissant de l'impôt de la période fiscale 1998 et de celui de la période fiscale 1999, qui, selon ses dires, aurait été notifié à la Caisse de pensions le 23 novembre 1999, ce que dément cette dernière. L'impôt a été ramené à 473'080 fr. 60 pour les deux années 1998 et 1999.
C. Saisi par la Caisse de pensions d'un recours contre la décision sur réclamation du 3 mars 2005, le Tribunal administratif du canton de Vaud l'a partiellement admis par arrêt du 31 août 2005, annulant la décision attaquée en tant qu'elle concerne l'impôt complémentaire sur les immeubles de la période fiscale 1999. Il a considéré en substance que la décision de taxation de la période fiscale 1997 notifiée le 9 décembre 1997 était entrée en force. A défaut de motif de révision, l'aggravation, le 16 mars 1998, de cette taxation avait été annulée à bon droit dans la décision sur réclamation. La décision de taxation de l'année 1999 n'était, quant à elle, jamais parvenue à son destinataire; faute de réclamation de la part de la Caisse de pensions, elle ne pouvait faire l'objet de la décision du 3 mars 2005. S'agissant de l'impôt de la période fiscale 1998, l'impôt complémentaire sur les immeubles constituait un impôt foncier au sens de l'art. 80 al. 3 de la loi sur la prévoyance professionnelle. Les dispositions légales vaudoises ne pouvaient être interprétées dans le sens d'une exonération de la Caisse de pensions. Malgré les analogies entre les situations de la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud et de la Caisse intercommunale de pensions et celle de la Caisse de pensions du personnel communal de Lausanne, il n'était pas insoutenable d'assimiler cette dernière à une caisse de pensions d'entreprise privée ou de collectivité publique ou encore à la Banque cantonale vaudoise. Il importait peu à cet égard que la différence entre la Caisse de pensions du personnel communal de Lausanne et la Caisse intercommunale de pensions soit ténue, puisque le résultat répondait à l'approche restrictive du législateur vaudois.
C. Saisi par la Caisse de pensions d'un recours contre la décision sur réclamation du 3 mars 2005, le Tribunal administratif du canton de Vaud l'a partiellement admis par arrêt du 31 août 2005, annulant la décision attaquée en tant qu'elle concerne l'impôt complémentaire sur les immeubles de la période fiscale 1999. Il a considéré en substance que la décision de taxation de la période fiscale 1997 notifiée le 9 décembre 1997 était entrée en force. A défaut de motif de révision, l'aggravation, le 16 mars 1998, de cette taxation avait été annulée à bon droit dans la décision sur réclamation. La décision de taxation de l'année 1999 n'était, quant à elle, jamais parvenue à son destinataire; faute de réclamation de la part de la Caisse de pensions, elle ne pouvait faire l'objet de la décision du 3 mars 2005. S'agissant de l'impôt de la période fiscale 1998, l'impôt complémentaire sur les immeubles constituait un impôt foncier au sens de l'art. 80 al. 3 de la loi sur la prévoyance professionnelle. Les dispositions légales vaudoises ne pouvaient être interprétées dans le sens d'une exonération de la Caisse de pensions. Malgré les analogies entre les situations de la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud et de la Caisse intercommunale de pensions et celle de la Caisse de pensions du personnel communal de Lausanne, il n'était pas insoutenable d'assimiler cette dernière à une caisse de pensions d'entreprise privée ou de collectivité publique ou encore à la Banque cantonale vaudoise. Il importait peu à cet égard que la différence entre la Caisse de pensions du personnel communal de Lausanne et la Caisse intercommunale de pensions soit ténue, puisque le résultat répondait à l'approche restrictive du législateur vaudois.
D. Agissant par la voie du recours de droit public pour violation des art. 8 et 9 Cst., la Caisse de pensions demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 31 août 2005 en tant qu'il concerne l'impôt complémentaire sur les immeubles des années 1997 et 1998.
Le Tribunal administratif et l'Administration des impôts concluent au rejet du recours.
Par ordonnance du 19 octobre 2005, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif de la Caisse de pensions s'agissant de la période fiscale 1998.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 131 I 57 consid. 1 p. 59).
1.1 Le recours de droit public au sens de l'art. 84 al. 1 lettre a OJ est conçu pour la protection des droits constitutionnels des citoyens contre des abus de la puissance publique. Selon une jurisprudence constante et bien établie, l'Etat - cantons, communes ou leurs autorités, autres collectivités ou établissements de droit public - n'est en principe pas titulaire de ces droits constitutionnels, qui existent précisément contre lui (ATF 125 I 173 consid. 1b p. 175; 121 I 218 consid. 2a p. 219; 120 Ia 95 consid. 1a p. 96; 119 Ia 214 consid. 1a p. 216; 113 Ia 232 consid. 2b p. 235; 109 Ia 173 consid. 1 p. 174; 107 Ia 175 consid. 1a p. 178; 103 Ia 58 consid. 1 p. 59; 103 Ia 63 consid. 2a; 99 Ia 110 consid. 1; 66 I 72 consid. 1 p. 74).
La jurisprudence admet deux exceptions en faveur des communes: (1) Elles peuvent se plaindre de la violation de leur autonomie ou d'une atteinte à leur existence ou à l'intégrité de leur territoire garanties par le droit cantonal ATF 124 I 223 consid. 1b p. 226; 122 I 279 consid. 8 p. 290; 121 I 155 consid. 4 p. 159 et les arrêts cités). (2) Elles peuvent également se plaindre de la violation de droits constitutionnels lorsqu'elles n'interviennent pas en tant que détentrices de la puissance publique, mais qu'elles agissent sur le plan du droit privé ou qu'elles sont atteintes dans leur sphère privée de façon identique ou analogue à un particulier, notamment quand elles agissent en leur qualité de propriétaires de biens du patrimoine administratif ou financier, ou encore quand elles sont elles-mêmes débitrices de taxes ou d'impôts (cf. ATF 125 I 173 consid. 1b p. 175; 123 III 454 consid. 2 p. 456; 121 I 218 consid. 2a p. 220; 120 Ia 95 consid. 1a p. 97; 119 Ia 214 consid. 1a p. 216; 111 Ia 146 consid. 1b p. 148; 109 Ia 173 consid. 2 p. 175; 107 Ia 175 consid. 1b p. 179; 104 Ia 381 consid. 1 p. 387; 103 Ia 58 consid. 2b p. 62; 88 I 107; 79 I 327 consid. 1 p. 330).
En principe réservées aux communes, voire aux corporations de droit public de niveau communal telles que les communes ecclésiastiques ("Kirchgemeinde"), les communes bourgeoisiales ("Bürgergemeinde") ou le cas échéant certaines associations de communes, ces exceptions ont été étendues à de rares occasions à d'autres corporations de droit public; des collectivités d'un autre niveau ou investies d'autres tâches ne peuvent pas l'invoquer (ATF 125 II 177 consid. 3c p. 182; 113 Ia 200 consid. 1 p. 202; 113 Ia 232 consid. 2b p. 236; 110 Ia 197 consid. 1; 108 Ia 82 consid. 1a p. 84; 95 I 49 consid. 3 p. 54 et les arrêts cités).
En l'espèce, la recourante est une corporation de droit public de niveau communal jouissant de la personnalité morale, qui se défend contre une application du droit cantonal l'assujettissant, à tort selon elle, à l'impôt complémentaire sur les immeubles. Dans ces conditions, elle a qualité pour déposer un recours de droit public.
1.2 Au surplus, déposé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ.
1.2 Au surplus, déposé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ.
2. La recourante tient l'arrêt du Tribunal administratif pour arbitraire en ce qu'il a confirmé l'irrecevabilité de la réclamation contre la décision de taxation du 9 décembre 1997 de la période fiscale 1997. En notifiant le 11 mars 1998 une nouvelle décision de taxation pour la même période, l'Administration des impôts aurait créé l'apparence que la taxation du 9 décembre 1997 n'était pas définitive et pouvait être remise en cause.
2.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (ATF 131 I 217 consid. 2.1 p. 219; 57 consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée).
2.2 En l'espèce, la recourante ne conteste pas que, le 9 décembre 1997, l'Administration des impôts lui a notifié pour la période fiscale 1997 une décision de taxation de l'impôt complémentaire sur les immeubles. L'art. 101 al. 1 de la loi vaudoise du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI/VD; encore applicable à la période fiscale en cause) prévoit que la réclamation s'exerce par un acte écrit et motivé, adressé à l'autorité de taxation dans les trente jours dès la notification de la décision attaquée. Les délais de réclamation et de recours étant des délais légaux, ils ne peuvent être ni prolongés ni suspendus. Tout au plus peuvent-ils, le cas échéant, lorsque le droit cantonal le prévoit, être restitués dans le respect des conditions légales, ce dont ne se prévaut pas la recourante. Dans ces conditions, déposées en dehors du délai de 30 jours, qui courait dès la notification, le 9 décembre 1997, de la décision de taxation litigieuse, les réclamations des 27 février 1998 et 5 janvier 1999 étaient irrecevables. Une fois entrée en force, la taxation du 9 décembre 1997 liait aussi l'Administration des impôts qui ne pouvait par conséquent modifier ultérieurement sa décision en l'absence de motif de révision (art. 109 aLI). Enfin, comme la décision de taxation du 9 décembre 1997 était munie de l'indication des voies de droit, le principe de protection de la bonne foi n'a pas d'application ici.
En confirmant l'irrecevabilité de la réclamation du 5 janvier 1999, le Tribunal administratif n'est pas tombé dans l'arbitraire.
En confirmant l'irrecevabilité de la réclamation du 5 janvier 1999, le Tribunal administratif n'est pas tombé dans l'arbitraire.
3. La recourante reproche au Tribunal administratif une violation du principe de la légalité. En refusant de lui reconnaître le droit à être exonérée de l'impôt complémentaire sur les immeubles, le Tribunal administratif aurait interprété de manière arbitraire le droit cantonal.
3.1 Appelé à revoir l'interprétation d'une norme sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (ATF 117 Ia 97 consid. 5b p. 106, 292 consid. 3a p. 294 et les références citées; sur la notion d'arbitraire, cf. ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9 et la jurisprudence citée).
La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. Selon la jurisprudence, il n'y a lieu de déroger au sens littéral d'un texte clair par voie d'interprétation que lorsque des raisons objectives permettent de penser que ce texte ne restitue pas le sens véritable de la disposition en cause. De tels motifs peuvent découler des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition, ainsi que de la systématique de la loi. Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (ATF 131 II 13 consid. 7.1 p. 31).
3.2 Le canton de Vaud perçoit sur les transferts entre vifs à titre onéreux de la propriété d'un immeuble ou d'une part d'immeuble un droit de mutation de 2,2% en principe assis sur la valeur de l'immeuble transféré (art. 1, 2, 6 et 10 de la loi du 27 février 1963 concernant les droits de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations (LMSD/VD; RSVD 648.11). En 1930 déjà, le Grand Conseil vaudois constatait la création de nombreuses sociétés, notamment immobilières, dans le but d'échapper au droit de mutation par le transfert de la totalité des actions en lieu et place du transfert des immeubles (Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud; BGC automne 1930, p. 383). Pour y remédier, plutôt que d'assimiler au transfert des immeubles, le transfert de la totalité des actions, ou les actes qui, en fait et économiquement, produisent au regard du pouvoir de disposer des effets analogues, le législateur vaudois a choisi la solution qui consiste à compléter par une taxe annuelle les droits de mutation grevant la propriété foncière (BGC automne 1930, p. 384). Ces réflexions sont à l'origine des dispositions de la loi du 23 décembre 1930 concernant l'imposition complémentaire des immeubles appartenant aux société et fondations (aLICI/VD; Recueil des lois 1930, p. 195 ss), puis des art. 67 et 68 aLI/VD dès 1957 (Recueil des lois 1956, p. 359 ss), et enfin des art. 128 et 129 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux dès le 1er janvier 2001 (LI/VD; RSVD 642.11).
Selon l'art. 67 aLI/VD, applicable aux périodes fiscales en cause, les personnes morales sont astreintes à un impôt complémentaire annuel de 1  de l'estimation fiscale des immeubles dont elles sont propriétaires. Sont exceptés les immeubles ou parties d'immeubles qu'elles utilisent elles-mêmes pour l'exploitation d'un commerce ou d'une industrie et les immeubles d'habitation à caractère social. L'impôt est dû par les personnes morales propriétaires de l'immeuble au début de l'année, pour l'année civile entière. Selon l'art. 68 aLI/VD, en cas d'aliénation d'un immeuble ou d'une partie d'immeuble entraînant le paiement d'un droit de mutation, l'impôt complémentaire est remboursé à l'aliénateur, mais au plus jusqu'à concurrence de quinze fois son montant annuel. En aucun cas la somme à rembourser ne pourra excéder le montant du droit de mutation payé.
Se fondant sur l'art. 74 aLI/VD, le Conseil d'Etat vaudois a édicté le règlement d'application du 8 novembre 1957 sur l'imposition complémentaire des immeubles appartenant aux sociétés et fondations (aRègl.; Recueil des lois 1957, p. 220 s., modifié par arrêté du 7 juin 1966 [Recueil des lois 1966, p. 193]). Selon l'art. 1er aRègl., applicable en l'espèce, l'impôt complémentaire s'applique aux immeubles appartenant, au 1er janvier de l'année fiscale, aux sociétés anonymes, aux sociétés en commandite par actions, aux sociétés à responsabilité limitée, aux sociétés coopératives, aux associations, aux fondations ainsi qu'à toute personne morale de droit étranger assimilable à l'une des sociétés ou fondations précitées. Le règlement du 2 décembre 2002 sur l'imposition complémentaire des immeubles appartenant aux sociétés et fondations (Règl.; RSVD 642.11.9.5) reprend pour l'essentiel les dispositions du règlement de 1957.
De l'avis de la recourante les personnes morales de droit public, sont exonérées de l'impôt complémentaire sur les immeubles. Il convient par conséquent d'interpréter les dispositions légales applicables.
3.3 L'art. 67 aLI/VD assujettit à l'impôt complémentaire sur les immeubles les personnes morales. Prise à la lettre, cette disposition vise l'ensemble des personnes morales du droit suisse. Ne comportant aucune disposition accordant une exonération subjective, elle vise par conséquent aussi les personnes morales de droit public. L'art. 1er aRègl. en revanche donne une énumération exhaustive des personnes morales imposées qui ne comporte pas les personnes morales de droit public. En tant qu'ordonnance d'exécution cependant, le règlement du 8 novembre 1957 ne saurait en principe l'emporter sur l'art. 67 aLI/VD. Un règlement ou une ordonnance d'exécution ne peut en effet poser des règles nouvelles qui restreindraient les droits des administrés ou leur imposeraient des obligations, même si ces règles sont encore conformes au but de la loi (ATF 129 V 95 consid. 2.1 p. 97; 98 Ia 281 consid. 5b/bb p. 287 et les références citées, André Grisel, Traité de droit administratif, tome I, Neuchâtel 1984, p. 82 s.). Ils ne peuvent non plus créer des exonérations non prévues par la loi en contradiction avec le principe de la généralité de l'impôt. Il s'ensuit que les personnes morales de droit public devraient en principe être soumises à l'impôt complémentaire sur les immeubles.
Cette conclusion n'est néanmoins pas confirmée par l'examen des versions successives des dispositions légales qui ont fixé depuis 1930 le cercle des contribuables à l'impôt complémentaire. Selon l'art. 1er de la loi du 23 décembre 1930, "les sociétés anonymes, les sociétés en commandite par actions, les sociétés coopératives, les associations et, d'une manière générale, toutes les sociétés possédant la personnalité morale ainsi que les fondations" étaient assujetties à l'impôt complémentaire. Cette énumération n'a pas été reprise dans le projet de loi sur les impôts directs cantonaux de 1956 (BGC printemps 1956, p. 762, 800, 814, 1692 et 1698) sans que les travaux du Grand Conseil ne permettent d'affirmer qu'en remplaçant l'énumération initiale par les termes "personnes morales" (art. 61septies devenu l'art. 67 aLI/VD), le législateur avait l'intention de modifier le cercle des personnes morales assujetties à l'impôt complémentaire. Elle a en revanche été reprise à l'art. 1er aRègl. par arrêté du Conseil d'Etat du 7 juin 1966. Lors de ses travaux relatifs à l'adaptation de la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (BGC printemps 1986, p. 451, 467 et 477) à la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40), le Grand Conseil n'a traité que de l'exonération des impôts directs et des impôts sur les successions et donations, et n'a pas abordé le régime de l'impôt complémentaire. Conformément à l'art. 80 al. 3 LPP, les institutions de prévoyance n'ont été exonérées que de ces impôts et restent soumises à l'impôt sur les gains immobiliers, aux droits de mutation et à l'impôt foncier communal. Dans ces conditions, l'interprétation historique ne permet pas de trancher la question de l'assujettissement des personnes morales de droit public à l'impôt complémentaire, comme le constate le Tribunal administratif.
Sous l'angle systématique et téléologique, le décret du 17 novembre 1942 accordant la personnalité morale à la Caisse de pensions du personnel communal de Lausanne (RSVD 831.471) ne contient aucune précision. Le décret du 5 septembre 1923 reconnaissant comme personne morale la Caisse intercommunale de pensions (DCIP; RSVD 831.451) ainsi que la loi du 18 juin 1984 sur la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud (LCP/VD; RSVD 172.43) prévoient tous deux l'exemption de "tous les impôts cantonaux et communaux, à l'exception de l'impôt foncier communal, des droits de mutation et de l'impôt sur les gains immobiliers", l'impôt complémentaire n'étant pas mentionné.
A s'en tenir aux buts de son introduction et à sa fonction, l'impôt complémentaire devrait logiquement suivre le sort des droits de mutation, puisqu'il doit les remplacer en partie et peut être remboursé au moins partiellement en cas de perception de ces derniers. Dans cette hypothèse toutefois, la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud et la Caisse intercommunale de pensions devraient y être assujetties, ce qui n'est pas le cas, l'impôt complémentaire étant apparemment compris dans les impôts dont ces institutions sont exemptées.
Il résulte de ce qui précède que la législation vaudoise apparaît incohérente et que son interprétation ne permet pas de trancher la question de l'exonération de la recourante de l'impôt complémentaire sur les immeubles. Cela n'est toutefois pas nécessaire, car le recours doit être admis pour un autre motif.
Il résulte de ce qui précède que la législation vaudoise apparaît incohérente et que son interprétation ne permet pas de trancher la question de l'exonération de la recourante de l'impôt complémentaire sur les immeubles. Cela n'est toutefois pas nécessaire, car le recours doit être admis pour un autre motif.
4. En effet, la recourante se plaint également de la violation du droit à l'égalité de l'art. 8 Cst., la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud et la Caisse intercommunale de pensions étant, contrairement à elle, exonérées de l'impôt complémentaire sur les immeubles.
4.1 Une décision viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 131 V 107 consid. 3.4.2 p. 114; 129 I 113 consid. 5.1 p. 125; 127 V 448 consid. 3b p. 454; 125 I 1 consid. 2b/aa p. 4 et la jurisprudence citée).
4.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a constaté que "la situation de la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud, et plus encore celle de la Caisse intercommunale de pensions, présentait des analogies suffisamment importantes avec celles de la Caisse de pensions du personnel communal de Lausanne". Cette constatation de fait devait suffire à sceller le sort du recours déposé devant lui. Il s'agit en effet de trois personnes morales de droit public, dont le but similaire est d'assurer le personnel respectivement du canton et des communes, confrontées à un impôt complémentaire sur les immeubles perçu tant par le canton que par les communes (art. 1er al. 1 lettre h de la loi vaudoise du 5 décembre 1956 sur les impôts communaux; RSVD 650.11). Dans ces conditions, il n'y avait aucun motif qui justifiait l'exonération des seules Caisse de pensions de l'Etat de Vaud et Caisse intercommunale de pensions. C'est en vain que le Tribunal administratif a tenté de comparer la recourante aux institutions de prévoyance revêtant la forme de personne morale de droit privé, qu'elle n'a pas, ou encore à la Banque cantonale vaudoise, dont les activités commerciales sont par nature différentes des siennes. Il ne s'agissait pas de s'en tenir à l'approche - restrictive - du législateur, mais bien de constater sous l'angle du droit à l'égalité, que les trois caisses de pensions devaient être soumises à un régime identique, soit d'exonération de cet impôt, vu le traitement réservé aux Caisses précitées.
4.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a constaté que "la situation de la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud, et plus encore celle de la Caisse intercommunale de pensions, présentait des analogies suffisamment importantes avec celles de la Caisse de pensions du personnel communal de Lausanne". Cette constatation de fait devait suffire à sceller le sort du recours déposé devant lui. Il s'agit en effet de trois personnes morales de droit public, dont le but similaire est d'assurer le personnel respectivement du canton et des communes, confrontées à un impôt complémentaire sur les immeubles perçu tant par le canton que par les communes (art. 1er al. 1 lettre h de la loi vaudoise du 5 décembre 1956 sur les impôts communaux; RSVD 650.11). Dans ces conditions, il n'y avait aucun motif qui justifiait l'exonération des seules Caisse de pensions de l'Etat de Vaud et Caisse intercommunale de pensions. C'est en vain que le Tribunal administratif a tenté de comparer la recourante aux institutions de prévoyance revêtant la forme de personne morale de droit privé, qu'elle n'a pas, ou encore à la Banque cantonale vaudoise, dont les activités commerciales sont par nature différentes des siennes. Il ne s'agissait pas de s'en tenir à l'approche - restrictive - du législateur, mais bien de constater sous l'angle du droit à l'égalité, que les trois caisses de pensions devaient être soumises à un régime identique, soit d'exonération de cet impôt, vu le traitement réservé aux Caisses précitées.
5. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours et à l'annulation de l'arrêt du 31 août 2005 du Tribunal administratif en tant qu'il porte sur l'impôt complémentaire de l'année 1998.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de l'Administration cantonale des impôts qui succombe et qui défend un intérêt pécuniaire (art. 156 al. 1 et 156 al. 2 a contrario en relation avec les art. 153 et 153a OJ). La recourante ayant obtenu gain de cause sans le concours d'un mandataire professionnel n'a pas droit à des dépens (art. 160 OJ).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 31 août 2005 est annulé en tant qu'il porte sur l'impôt complémentaire de l'année 1998. Pour le surplus, il est rejeté.
1. Le recours est partiellement admis et l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 31 août 2005 est annulé en tant qu'il porte sur l'impôt complémentaire de l'année 1998. Pour le surplus, il est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 10'000 fr. est mis à la charge du canton de Vaud.
2. Un émolument judiciaire de 10'000 fr. est mis à la charge du canton de Vaud.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie à la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud.
Lausanne, le 24 avril 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: