Fatti:
A. A.a Lamentando le conseguenze di un infortunio subito agli arti inferiori nel 1991 nell'ambito di un'attività "Gioventù e Sport", G._, nato nel 1974, già attivo professionalmente come montatore di impianti sanitari e di riscaldamento, il 22 settembre 1997 ha presentato una domanda di prestazioni dell'assicurazione invalidità (AI). Nel frattempo, l'assicurazione militare ha posto l'interessato al beneficio di una riqualifica professionale come informatico, conclusasi con l'ottenimento del relativo attestato federale di capacità.
L'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI), con decisione del 9 settembre 2003, preso atto del successo della riqualifica professionale e accertato un grado di invalidità del 17%, manifestamente inferiore al minimo edittale del 40%, ha respinto la domanda di prestazioni AI.
A.b Accusando gli esiti di una frattura femorale con ulcera (dal 1996) e di una depressione (dal 2005), il 14 dicembre 2006 G._ ha formulato una seconda richiesta di prestazioni AI. Una perizia psichiatrica affidata al dott. B._ (del Centro peritale per le assicurazioni sociali) ha messo in evidenza un disturbo di personalità paranoide (ICD-10: F 60.0) e attestato un'incapacità lavorativa del 100% dal mese di dicembre 2005 a quello di luglio 2007. Dal 17 luglio 2007 (data della visita peritale) l'assicurato è per contro stato ritenuto pienamente abile al lavoro, dal profilo psichiatrico, nella sua attività di tecnico informatico che andava svolta in ambienti tolleranti, scarsamente competitivi e con ritmi tali da consentire pause o cambi di posizione in caso di dolore al ginocchio. Dal profilo somatico, considerati gli impedimenti a inginocchiarsi, a rimanere carponi o a trasportare materiale pesante da un locale all'altro, l'attività di tecnico informatico, così come era stata esercitata fino ad allora, è stata ritenuta totalmente inesigibile dal Servizio X._ e parzialmente inesigibile (50%) dal medico dell'assicurazione militare. Per la stessa attività, esercitabile in un contesto più sedentario, in cui occorreva analizzare i bisogni degli utenti, risolvere i problemi di funzionamento delle postazioni, fornire assistenza e consulenza agli utenti, collaborare con i gestori dei server e della rete, la capacità lavorativa è per contro stata fissata all'80%-100%. Per decisione del 25 febbraio 2008 l'UAI ha così accordato una rendita intera dal 1° dicembre 2006 (trascorso l'anno di carenza legale) al 31 ottobre 2007 (quando il miglioramento perdurava da ormai tre mesi).
B. Con giudizio del 21 aprile 2009 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, statuendo per giudice unico, ha respinto il ricorso di G._, patrocinato dall'avv. Z._, contro la decisione dell'UAI.
C. Assistito da T._, l'assicurato è insorto il 19 maggio 2009 (timbro postale) al Tribunale federale, al quale chiede l'annullamento del giudizio cantonale e la concessione di una rendita AI in suo favore.
L'UAI propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Oggetto del contendere è la soppressione del diritto alla rendita d'invalidità a partire dal 1° novembre 2007. In sostanza l'assicurato domanda che la stessa continui ad essergli versata poiché egli non sarebbe in grado di svolgere i compiti di tecnico informatico se non in condizioni del tutto particolari, difficilmente compatibili con le esigenze del mondo del lavoro.
2. 2.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che maniera un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3; 134 IV 36 consid. 1 pag. 37).
2.2 Il ricorso contro una decisione, salvo casi particolari che non si verificano in concreto, deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione (art. 100 cpv. 1 LTF). La pronuncia impugnata, del 21 aprile 2009, è stata recapitata al precedente patrocinatore, avv. Z._, il 22 aprile 2009. Con lettera del medesimo giorno il legale comunicava alla Corte cantonale che egli aveva rinunciato nel frattempo a patrocinare il ricorrente e le ha rinviato l'originale del giudizio. Il 23 aprile 2009 il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha trasmesso direttamente al ricorrente la decisione, affermando che "il termine di ricorso inizierà a decorrere dalla ricezione della presente". Il ricorso è stato consegnato all'indirizzo del Tribunale federale alla posta svizzera il 19 maggio 2009, sicché il ricorso è ampiamente tempestivo (art. 48 cpv. 1 LTF), senza che occorra esaminare oltre il momento effettivo da cui è iniziato a decorrere il termine (art. 44 cpv. 1 LTF e 71 LTF combinato con l'art. 10 cpv. 1 PC; DTF 99 V 177 consid. 3 pag. 182; cfr. anche sentenza 8C_210/2008 del 5 novembre 2008 consid. 3; KATHRIN AMSTUTZ/PETER ARNOLD, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, n. 12 ad art. 44 LTF), se il ricorrente avrebbe potuto fondarsi in buona fede sull'indicazione della Corte cantonale (art. 49 LTF; DTF 134 I 199 consid. 1.3.1 pag. 202 e seg.; da ultimo DTF 5A_814/2008 del 12 marzo 2008 consid. 1.2.2.2) oppure ancora se sarebbe stato dato un motivo di restituzione del termine (art. 50 LTF; DTF 114 Ib 67 consid. 2 pag. 69 con riferimenti; cfr. anche sentenza 2C_98/2008 del 12 marzo 2008 consid. 3; AMSTUTZ/ARNOLD, op. cit., n. 5 e 6 ad art. 50 LTF).
2.3 Il ricorso presentato da una parte direttamente toccata dalla decisione e avente un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (art. 89 cpv. 1 LTF), diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF) resa in una causa di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF combinato con l'art. 62 LPGA), è di massima ammissibile anche perché non ricade sotto alcuna delle eccezioni menzionate all'art. 83 LTF.
2.4 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso né è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati e respingerlo sulla base di una motivazione differente da quella posta a fondamento del giudizio impugnato (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.4.1 pag. 254; DTF 130 III 136 consid. 1.4 pag. 140). Nondimeno, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono più presentate nella sede federale.
2.5 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). Occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Spetta alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella pronuncia impugnata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF).
3. Nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere addotti soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF; cfr. anche DTF 129 I 49 consid. 3 pag. 57; 128 I 354 consid. 6c pag. 357 e seg.). La memoria ricorsuale deve esporre le ragioni per cui questa condizione risulterebbe adempiuta (DTF 133 III 393 consid. 3 pag. 395). Le prove documentali devono inoltre essere prodotte di massima entro la scadenza del termine di ricorso o del termine eventualmente assegnato per la presentazione di un atto di replica (art. 42 cpv. 3 e 102 cpv. 3 LTF). È comunque esclusa l'allegazione di fatti accaduti dopo la data della pronuncia impugnata, così come di prove non ancora esistenti a tale momento (cosiddetti veri nova; DTF 129 V 1 consid. 1.2 pag. 4; cfr. anche DTF 133 IV 342 consid. 2.1 pag. 343 seg.; 130 II 493 consid. 2 pag. 497; 128 II 145 consid. 1.2.1 pag. 150). Di conseguenza, il ricorrente non può riservarsi il diritto di fare valere ogni "sviluppo maggiore in fatto e in diritto in corso di procedura". Per quanto riguarda poi il rapporto del dott. D._ del 4 giugno 2009, dal momento che è posteriore alla resa del giudizio impugnato, esso costituisce un inammissibile nuovo mezzo di prova (cfr. anche ULRICH MEYER, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, n. 43 ad art. 99 LTF ).
4. Il 1° gennaio 2008 è entrata in vigore la modifica del 6 ottobre 2006 della legge federale sull'assicurazione invalidità (LAI), di altre leggi federali nonché della legge federale sulla parte generale del diritto delle assicurazioni sociali (5a revisione dell'AI; RU 2007 5129 e segg.). Per la disamina del diritto a una rendita di invalidità eventualmente già insorto in precedenza occorre rifarsi alle regole generali del diritto intertemporale, secondo cui sono applicabili le disposizioni in vigore al momento della realizzazione dello stato di fatto che deve essere valutato giuridicamente o che produce conseguenze giuridiche (DTF 130 V 445 consid. 1 pag. 446 seg. con riferimento a DTF 130 V 329). Ne discende che nel caso in esame si applicano le norme materiali in vigore fino al 31 dicembre 2007 per quanto attiene allo stato di fatto realizzatosi fino a tale data, mentre per il periodo dal 1° gennaio 2008 al 25 febbraio seguente, data della decisione impugnata, che delimita temporalmente il potere cognitivo del giudice delle assicurazioni sociali (DTF 132 V 215 consid. 3.1.1 pag. 220 con riferimenti), trovano applicazione le nuove norme. In concreto la questione non ha comunque particolare portata pratica, poiché la 5a revisione dell'AI non ha modificato in maniera sostanziale le disposizioni legali sulla valutazione del grado d'invalidità. La giurisprudenza fondata sulle norme precedenti mantiene pertanto la sua validità (cfr. sentenza 8C_76/2009 del 19 maggio 2009, consid. 2).
5. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, cui si rinvia, l'autorità giudiziaria cantonale ha già esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti e l'estensione del diritto alla rendita (art. 28 cpv. 1 LAI), il metodo ordinario di confronto dei redditi per la determinazione del grado di invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (art. 16 LPGA), i compiti del medico ai fini di tale valutazione e il valore probatorio generalmente riconosciuto ai referti medici fatti allestire da un tribunale o dall'amministrazione conformemente alle regole di procedura applicabili (DTF 125 V 256 consid. 4 pag. 261, 351 consid. 3b/ee pag. 353; 115 V 133 consid. 2; 114 V 310 consid. 3c pag. 314; 105 V 156 consid. 1 pag. 158). Alle considerazioni della pronuncia impugnata può inoltre essere prestata adesione anche nella misura in cui ha correttamente enunciato le condizioni e gli effetti temporali della riduzione o soppressione di una rendita in caso di prima assegnazione retroattiva decrescente o temporanea (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 297/03 del 3 maggio 2005, consid. 1 non pubblicato in DTF 131 V 164, ma in SVR 2006 IV n. 14 pag. 51; cfr. pure DTF 106 V 16 consid. 3).
È infine opportuno ricordare che, mentre il medico è chiamato a porre un giudizio sullo stato di salute, a indicare in quale misura e in quali attività l'assicurato è incapace al lavoro come pure a fornire un importante elemento di giudizio per determinare quali lavori siano ancora ragionevolmente esigibili dall'assicurato, spetta al consulente professionale, avuto riguardo alle indicazioni sanitarie, valutare quali attività professionali siano concretamente ipotizzabili (DTF 125 V 256 consid. 4 pag. 261; 115 V 133 consid. 2 pag. 134; 114 V 310 consid. 3c pag. 314; 105 V 156 consid. 1 pag. 158; cfr. anche sentenza 9C_635/2007 del 21 agosto 2008 consid. 3.3; MEYER-BLASER, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, pag. 228 seg.).
6. Il Tribunale cantonale delle assicurazioni, dopo aver richiamato per l'aspetto psichiatrico la perizia del dott. B._ e per quello fisico (problematica al ginocchio) l'esposto del dott. L._ (chirurgo ortopedico incaricato dall'assicurazione militare di esprimere una propria valutazione specialistica), ha indicato nel dettaglio le limitazioni funzionali riscontrate a livello medico (Fatti; A.b). In seguito, ricordato come la questione relativa alle attività professionali concretamente realizzabili (alla luce delle risultanze mediche) fosse di competenza del consulente in integrazione professionale, si è confrontato con gli accertamenti dell'UAI relativi all'esigibilità dell'attività di tecnico informatico. Esaminandone poi, alla luce delle limitazioni funzionali rilevate a livello medico, il mansionario (consultabile al sito www.orientamento.ch), il giudice, preso anche atto della valutazione 9 novembre 2007 del responsabile del servizio informatico Y._ - presso il quale il ricorrente aveva effettuato un'esperienza lavorativa, invero negativa - secondo cui il sollevamento e il trasporto di materiali tra 6 e 10 kg sarebbero stati limitati nel tempo e la posizione inginocchiata assunta di rado, ha concluso che la capacità lavorativa andava stabilita nella misura di almeno l'80%. Donde la conferma della decisione amministrativa.
7. Il ricorrente critica il giudizio cantonale per non avere considerato o per lo meno per avere sottovalutato le limitazioni professionali correlate alla funzione di tecnico informatico che gli impedirebbero di svolgere talune mansioni. L'assicurato ricorda così che, per quanto indicato dal dott. B._, per lui sarebbe proponibile soltanto un ambiente di lavoro tollerante, scarsamente competitivo e con ritmi tali da consentire pause o cambi di posizione, condizioni difficilmente compatibili con il mondo del lavoro. Anche per questo motivo si renderebbe necessario il mantenimento della rendita AI.
8. 8.1 Per costante giurisprudenza, gli accertamenti dell'autorità cantonale in merito al danno alla salute, alla capacità lavorativa dell'assicurato e all'esigibilità di un'attività professionale - nella misura in cui quest'ultimo giudizio non si fonda sull'esperienza generale della vita - costituiscono questioni di fatto che possono essere riesaminate dal Tribunale federale solo in maniera molto ristretta (consid. 2.5; DTF 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62; 132 V 393 consid. 3.2 pag. 398).
8.2 Nel caso in esame, l'accertamento del giudice del merito secondo cui l'assicurato sarebbe in grado di svolgere l'attività appresa di tecnico informatico almeno nella misura dell'80% non lede alcuna norma del diritto federale, né risulta da un accertamento o da un apprezzamento delle prove manifestamente inesatto.
8.3 Il ricorrente, per un verso si richiama alla perizia del dott. L._, ma per l'altro dimentica che per l'attività di tecnico informatico in ambito di lavoro più sedentario lo stesso specialista aveva valutato la capacità lavorativa almeno all'80%. Ciò che trova del resto riscontro nella valutazione espressa dal segretario generale del servizio informatico Y._, il quale, rivolgendosi il 12 ottobre 2004 al precedente patrocinatore del ricorrente, aveva limitato al massimo al 20% del tempo lavorativo le mansioni di spostamento di apparecchiature informatiche o periferiche. Mal si comprende quindi come quest'accertamento possa dirsi manifestamente inesatto. Senza arbitrio peraltro la Corte cantonale poteva fondarsi sulla valutazione della consulente in integrazione professionale che era la persona più indicata per verificare quali attività fossero possibili alla luce delle indicazioni mediche e quindi anche per giudicare le possibilità di lavoro nella professione appresa tenuto conto delle indicazioni psichiatriche del dott. B._, il quale, giova ricordarlo, aveva attestato una piena capacità lavorativa dalla data delle sue consultazioni, sebbene in un ambiente che sollecitasse meno il carattere difficile del ricorrente.
8.4 Per il resto il ricorrente si confronta solo parzialmente e in maniera generica con i considerandi del giudizio cantonale, riproponendo spesso soltanto quanto già affermato in sede cantonale. Ciò non basta poiché occorre spiegare in maniera circostanziata perché esso sarebbe insostenibile (DTF 129 I 8 consid. 2.1 pag. 9; cfr. pure sentenza 9C_337/2007 del 12 giugno 2008, in RSAS 2008 pag. 568). In particolare, nel suo ricorso l'assicurato non rende in alcun modo oggettivamente verosimile che l'affermazione secondo cui l'attività di tecnico informatico sarebbe essenzialmente leggera, come sostanzialmente confermato dai responsabili del servizio informatico Y._ (segretario generale e responsabile del servizio informatico), sarebbe manifestamente inesatta. In simili condizioni non vi sono motivi preminenti per scostarsi dagli accertamenti del giudizio cantonale.
8.5 La Corte cantonale, accertando un'incapacità lavorativa limitata al 20% nella professione appresa e negando di conseguenza l'esistenza di un'invalidità di grado pensionabile, non ha così violato il diritto federale nel confermare la decisione dell'UAI che ha soppresso, dal 1° novembre 2007 (art. 88a cpv. 1 OAI; DTF 106 V 16 consid. 3), la rendita di invalidità.
9. Ne segue che il ricorso dev'essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 65 cpv. 4 lett. a LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.