Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 4. März 2008 sprach die IV-Stelle des Kantons Thurgau der 1967 geborenen S._ vom 1. November 2003 bis 30. Juni 2005 eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu. Für die Zeit danach verneinte sie einen Leistungsanspruch.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 17. September 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei ihr, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids, ab 1. November 2003 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zu weiterer Abklärung an die Verwaltung zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat in pflichtgemässer Würdigung der gesamten Aktenlage mit einlässlicher und nachvollziehbarer Begründung erkannt, dass bei der Beschwerdeführerin kein die Beschwerden erklärendes somatisches Korrelat vorhanden ist und die in psychischer Hinsicht erhobenen Befunde dem Formenkreis der somatoformen Schmerzstörung angehören (zur dissoziativen Störung vgl. Urteil 9C_903/2007 vom 30. April 2008 E. 3.4), die Voraussetzungen jedoch nicht gegeben sind, um ausnahmsweise eine durch die somatoforme Schmerzstörung verursachte Invalidität berücksichtigen zu können (vgl. BGE 132 V 65 E. 4.2.2 S. 71; 130 V 352 E. 2.2.3 S. 353 ff.). Diese Schlussfolgerung ist nicht offensichtlich unrichtig noch ist darin eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung oder eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes zu erblicken. Dass in den Berichten der Klinik G._ und von Dr. med. F._ eine orthopädische Begutachtung vorgeschlagen wurde, lässt die rheumatologische Beurteilung, wonach kein erheblicher somatischer Befund bestehe, nicht als unvollständig oder offensichtlich unrichtig erscheinen. Auch im Bericht der Klinik K._ vom 4. November 2003 werden nur geringfügige objektivierbare somatische Befunde festgestellt. Sodann sind die festgestellten psychischen Leiden normale Begleiterscheinungen somatoformer Störungen und keine selbständigen Komorbiditäten. Schliesslich ändert der Umstand, dass psychosoziale Faktoren in den Arztberichten nicht ausdrücklich erwähnt werden, nichts daran, dass die rechtsprechungsgemässen Kriterien, welche ausnahmsweise eine somatoforme Störung als invalidisierend erscheinen liessen (BGE 130 V 352), überwiegend nicht ausgewiesen sind. Da keine erheblichen Zweifel an Vollständigkeit und/oder Richtigkeit der getroffenen Tatsachenfeststellungen bestehen (vgl. Urteil 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.2), hat das kantonale Gericht zu Recht in antizipierter Beweiswürdigung von Beweisweiterungen abgesehen (vgl. BGE 124 V 90 E. 4b S. 94; 122 V 157 E. 1d S. 162), ohne sich hiebei in einer Verletzung des rechtlichen Gehörs zu ergehen (Urteil 1P.26/2007 vom 4. Juli 2007 E. 4.1.1). Die weitestgehend appellatorischen Vorbringen der Beschwerdeführerin vermögen die Schlussfolgerungen der Vorinstanz nicht in Zweifel zu ziehen (Urteil 9C_569/2008 vom 1. Oktober 2008 E. 1.2). Die tatsächlichen Feststellungen sind nicht mangelhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG und die rechtliche Würdigung des kantonalen Gerichts ist bundesrechtskonform.
3. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Ausgleichskasse des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Januar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin