Faits:
A. M._, né le 5 octobre 1945, a exploité depuis 1970 une menuiserie à titre indépendant. A partir de 1990, il a en outre repris le domaine agricole familial, soit une surface de 8000 m2 d'arbres fruitiers (pommiers et poiriers). Par la suite, il a agrandi son exploitation agricole en louant 28'000 m2 supplémentaires, délaissant petit à petit l'activité de menuiserie, laquelle est devenue accessoire.
Souffrant de lombo-sciatalgies depuis l'automne 2003, M._ a déposé une demande de rente d'invalidité auprès de l'Office cantonal AI du Valais (ci-après: l'OAI) le 2 mai 2005.
Dans un rapport du 11 août 2004, le docteur O._, spécialiste FMH en neurochirurgie, a fait état d'une petite hernie L5-S1 médiane-paramédiane droite, sans syndrome radiculaire irritatif ni déficitaire. Il a ajouté que l'assuré, en incapacité de travail totale depuis le 9 juin 2004, pouvait reprendre son activité professionnelle.
Mandaté par l'assureur perte de gain de M._, le docteur E._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique, a posé le diagnostic de lombo-sciatalgie droite sur hernie discale L5-S1. Il a indiqué que l'assuré avait abandonné son activité de menuisier-charpentier à la fin de l'année 2003 en raison de sa pathologie lombaire. Dans la profession d'agriculteur, la taille des arbres demeurait possible mais avec un rendement réduit de moitié; les traitements antiparasitaires et l'entretien des parcelles au moyen d'un véhicule était possible à raison de 4 heures par jour. Il n'existait aucune limitation dans l'administration, la surveillance et le transport des ouvriers. En revanche, l'incapacité de travail était totale dans la récolte des fruits qui exigeait des attitudes posturales prolongées et le port de caisses. Dans une activité adaptée, alternant les positions assise et debout, sans port de charges de plus de 10 kilos et sans travaux lourds, l'assuré disposait d'une capacité de travail entière (cf. expertise du 2 juin 2005).
Dans un rapport du 7 septembre 2005, le docteur B._, spécialiste FMH en médecine interne et médecin traitant de l'assuré, a fait état d'une incapacité totale de travail du 9 juin au 31 août 2004, puis de 50% en tant qu'agriculteur à partir du 1er septembre 2004. Il a confirmé ses conclusions dans un nouveau rapport du 7 novembre 2006.
Le 9 janvier 2007, le Service médical régional de l'assurance-invalidité (SMR) a confirmé que l'assuré disposait d'une capacité de travail de 50% dans son activité habituelle d'agriculteur et de 100% dans une activité adaptée, dès le 1er septembre 2004.
Par décision du 23 février 2007, l'OAI a nié à M._ le droit à une rente d'invalidité au motif que le degré d'invalidité présenté (21%) était insuffisant pour ouvrir droit à une rente.
B. Par jugement du 25 juillet 2007, le Tribunal cantonal des assurances du Valais a admis le recours interjeté par M._ contre la décision de l'OAI du 23 février 2007 et lui a accordé une demi-rente d'invalidité dès le 1er juin 2005.
C. L'OAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation en concluant à la confirmation de sa décision du 23 février 2007.
M._ conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 s. LTF) peut être formé pour violation du droit selon l'art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF) et peut rectifier ou compléter d'office les constatations de celle-ci si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Au regard de la réglementation sur le pouvoir d'examen prévue par la LTF, il convient d'examiner sur la base des griefs soulevés dans le recours formé devant le Tribunal fédéral si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (art. 95 let. a LTF), y compris une éventuelle constatation des faits contraire au droit (art. 97 al. 1, art. 105 al. 2 LTF).
Par ailleurs, aucun fait ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Le 5 décembre 2007, l'intimé a produit un rapport médical du 30 novembre 2007. Il s'agit d'une preuve nouvelle au sens de l'art. 99 al. 1 LTF qui n'est pas recevable: établie postérieurement au jugement entrepris, elle ne peut par définition "résulter" du jugement entrepris (Meyer, in: M. A. Niggli/P. Uebersax/H. Wiprächtiger [édit.], Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, ad art. 99 LTF, n. 43 p. 979).
1.2 En ce qui concerne l'évaluation de l'invalidité, les principes relatifs au pouvoir d'examen développés dans l'ATF 132 V 393 consid. 3 p. 397 ss en relation avec l'art. 132 OJ dans sa version en vigueur du 1er juillet au 31 décembre 2006 continuent à s'appliquer pour distinguer les constatations de fait de l'autorité précédente (qui lient en principe le Tribunal fédéral) de l'application qu'elle fait du droit (question qui peut être examinée librement en instance fédérale). Conformément à ces principes, les constatations de l'autorité cantonale de recours sur l'atteinte à la santé, la capacité de travail de l'assuré et l'exigibilité - dans la mesure où elle dépend d'une évaluation de la personne concrète, de son état de santé et de ses capacités fonctionnelles - relèvent d'une question de fait et ne peuvent être contrôlées que sous un angle restreint (ATF 132 V 393 consid. 3.2 p. 398). Dans la mesure cependant où il en va de l'évaluation de l'exigibilité d'une activité professionnelle au regard de l'expérience générale de la vie, il s'agit d'une question de droit qui peut être examinée librement en instance fédérale.
2. 2.1 Est réputée incapacité de gain toute diminution de l'ensemble ou d'une partie des possibilités de gain de l'assuré sur le marché du travail équilibré dans son domaine d'activité, si cette diminution résulte d'une atteinte à sa santé physique, mentale ou psychique et qu'elle persiste après les traitements et les mesures de réadaptation exigibles (art. 7 LPGA). Pour évaluer le taux d'invalidité, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (art. 16 LPGA et 28 al. 2 LAI).
2.2 Le litige porte sur le droit de l'intimé à une rente de l'assurance-invalidité. Il n'est pas contesté, en l'espèce, que la capacité de travail de l'assuré est limitée à 50% dans son activité habituelle d'agriculteur en raison de problèmes lombaires mais qu'elle est en revanche entière dans une activité adaptée. Est cependant litigieuse la question de savoir si l'on peut encore raisonnablement exiger de l'assuré - au vu de son obligation de diminuer le dommage et des possibilités de gain sur un marché du travail équilibré - qu'il mette en valeur sa capacité de travail résiduelle afin de réaliser un revenu excluant le droit à une rente.
3. Les premiers juges ont considéré qu'on ne saurait raisonnablement exiger de l'intimé qu'il abandonnât son activité indépendante et reprît une activité salariée. En effet, à l'époque où la décision litigieuse avait été rendue (en février 2007), l'intimé était âgé de 62 ans. Or, il était irréaliste de penser qu'un employeur fût disposé à engager, trois ans avant sa retraite, une personne ayant diverses limitations fonctionnelles, peu d'expérience professionnelle et n'ayant pas l'habitude de travailler sous les instructions d'un tiers. En outre, le fait d'exiger de l'assuré qu'il abandonnât son activité indépendante apparaissait d'autant moins exigible que la liquidation du domaine agricole ne se ferait pas du jour au lendemain.
4. L'office recourant soutient pour sa part qu'il est insoutenable de conclure que l'assuré ne fût plus en mesure de reprendre une activité adaptée à son état de santé six ans avant l'âge de la retraite, d'autant moins que sur le plan médical, l'assuré disposait d'une capacité de travail entière dans toute activité adaptée. Il ajoute que pour examiner l'exigibilité de la reprise d'une activité adaptée, il y a lieu de se placer au moment de la naissance du droit à la rente et non au moment de la décision litigieuse comme l'ont fait à tort les premiers juges.
5. 5.1 Lorsqu'il s'agit d'examiner dans quelle mesure un assuré peut encore exploiter économiquement sa capacité de gain résiduelle sur le marché du travail entrant en considération pour lui (art. 16 LPGA), on ne saurait subordonner la concrétisation des possibilités de travail et des perspectives de gain à des exigences excessives; l'examen des faits doit être mené de manière à garantir dans un cas particulier que le degré d'invalidité est établi avec certitude. Il s'ensuit que pour évaluer l'invalidité, il n'y a pas lieu d'examiner la question de savoir si un invalide peut être placé eu égard aux conditions concrètes du marché du travail, mais uniquement de se demander s'il pourrait encore exploiter économiquement sa capacité résiduelle de travail lorsque les places de travail disponibles correspondent à l'offre de la main d'oeuvre (VSI 1998 p. 293 consid. 3b et les références). S'il est vrai que des facteurs tels que l'âge, le manque de formation ou les difficultés linguistiques jouent un rôle non négligeable pour déterminer dans un cas concret les activités que l'on peut encore raisonnablement exiger d'un assuré, ils ne constituent pas des circonstances supplémentaires qui, à part le caractère raisonnablement exigible d'une activité, sont susceptibles d'influencer l'étendue de l'invalidité, même s'ils rendent parfois difficile, voire impossible la recherche d'une place et, partant, l'utilisation de la capacité de travail résiduelle (VSI 1999 p. 246 consid. 1 et les références). Toutefois, lorsqu'il s'agit d'évaluer l'invalidité d'un assuré qui se trouve proche de l'âge donnant droit à la rente de vieillesse, il faut procéder à une analyse globale de la situation et se demander si, de manière réaliste, cet assuré est (ou était) en mesure de retrouver un emploi sur un marché équilibré du travail. Indépendamment de l'examen de la condition de l'obligation de réduire le dommage (cf. ATF 123 V 233 consid. 3c et les références), cela revient à déterminer, dans le cas concret qui est soumis à l'administration ou au juge, si un employeur potentiel consentirait objectivement à engager l'assuré, compte tenu notamment des activités qui restent exigibles de sa part en raison d'affections physiques ou psychiques, de l'adaptation éventuelle de son poste de travail à son handicap, de son expérience professionnelle et de sa situation sociale, de ses capacités d'adaptation à un nouvel emploi, du salaire et des contributions patronales à la prévoyance professionnelle obligatoire, ainsi que de la durée prévisible des rapports de travail (cf. arrêts I 819/04 du 27 mai 2005, consid. 2.2; I 462/02 du 26 mai 2003, consid. 2.3; I 617/02 du 10 mars 2003, consid. 3.1; I 401/01 du 4 avril 2002, consid. 4c).
5.2 En l'espèce, au moment de la naissance du droit à la rente - auquel il y a lieu de se placer pour déterminer l'exigibilité d'un changement d'activité comme le relève à juste titre l'office recourant (cf. arrêts S. du 14 juin 2005 consid. 2.3, I 761/04 et K. du 17 août 2004 consid. 3.3.1, I 643/03) - l'intimé était âgé de près de 60 ans, soit un seuil à partir duquel on peut parler d'âge avancé (cf. l'arrêt D. du 12 juin 1997, U 218/96). Comme le relève la juridiction cantonale, l'intimé n'a aucune expérience professionnelle dans un autre domaine économique que ceux dans lesquels il a travaillé pendant plus de quarante ans, à savoir en tant que menuisier puis agriculteur. En particulier, il a toujours travaillé en qualité d'indépendant, de sorte que la reprise d'une activité salariée nécessiterait un important effort d'adaptation de sa part. Compte tenu du contexte personnel et professionnel, il paraît difficile d'exiger que l'intimé abandonne son activité indépendante pour se lancer dans une recherche hasardeuse d'un emploi adapté à ses limitations fonctionnelles, d'autant plus que de tels postes sont très prisés par de plus jeunes assurés ayant également des limitations fonctionnelles. On peine en effet à imaginer qu'un employeur eût consenti à engager l'intimé, eu égard à l'âge de celui-ci et au temps nécessaire qu'il lui aurait fallu pour s'adapter à un emploi d'emblée limité dans le temps. Aussi, en retenant qu'il n'était pas exigible, dans le cas d'espèce, que l'assuré abandonnât son activité indépendante avec tout ce que cela eût impliqué pour reprendre une activité salariée, la juridiction cantonale n'a pas procédé à une appréciation insoutenable des circonstances. Son argumentation échappe par conséquent au grief de violation du droit fédéral.
6. En ce qui concerne le calcul proprement dit du taux d'invalidité de l'intimé, la comparaison des revenus selon la méthode extraordinaire à laquelle a procédé la juridiction cantonale n'est pas contestée ni contestable. Aussi, le jugement entrepris est conforme au droit fédéral de ce point de vue également et le recours se révèle mal fondé.
7. Compte tenu de l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par le recourant qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase LTF en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF). L'intimé a droit à une indemnité de dépens pour l'instance fédérale, à charge du recourant (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'office recourant.
3. L'office recourant versera à l'intimé la somme de 500 fr. (y compris la taxe sur la valeur ajoutée) à titre de dépens pour l'instance fédérale.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 14 juillet 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz