Fatti:
A. In seguito ad un'istruttoria che non occorre qui rievocare, il 10 novembre 2009 la Direzione del circondario delle dogane di Lugano (in seguito: DCD) ha emanato nei confronti di A._ una decisione di esazione posticipata di tributi doganali per complessivi fr. 412'436.40 (fr. 330'174.40 a titolo di dazio doganale, fr. 13'244.30 per l'imposta sul valore aggiunto e fr. 69'017.70 d'interessi di mora).
Seguendo l'indicazione dei rimedi di diritto figuranti nella decisione, A._ ha adito, il 14 dicembre 2009, la Direzione generale delle dogane (in seguito: DGD). Detta autorità, osservando di avere, tra l'altro, dato delle istruzioni alla DCD sulla decisione da prendere, ora impugnata, ne ha concluso che non poteva più fungere da autorità di ricorso e ha quindi trasmesso, il 29 settembre 2010, l'allegato ricorsuale al Tribunale amministrativo federale affinché lo tratti quale ricorso omisso medio (art. 47 cpv. 2 PA).
B. Con decisione incidentale del 19 luglio 2012 il Tribunale amministrativo federale, Corte I, ritenendo adempiute le condizioni poste dall'art. 47 cpv. 2 PA nonché dalla prassi affinché una decisione possa essere deferita direttamente all'autorità di ricorso immediatamente superiore, si è dichiarato competente per statuire in merito. Ha prescisso dal porre spese giudiziarie a carico di A._ - dato che l'indicazione dei rimedi di diritto nella decisione querelata era errata - ed ha garantito a quest'ultimo che avrebbe potuto replicare.
C. Il 29 agosto 2012 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che, accertata l'incompetenza del Tribunale amministrativo federale, il suo ricorso del 14 dicembre 2009 sia trattato in prima istanza da un'autorità giudiziaria indipendente ed imparziale, allestita a tale scopo, o, in via subordinata, sia retrocesso alla DGD per evasione. Postula inoltre il conferimento dell'effetto sospensivo.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43; 136 II 101 consid. 1 pag. 103 con rispettivi rinvii).
2. 2.1 La decisione litigiosa è stata emanata nell'ambito di una vertenza concernente la riscossione posticipata di tributi previsti dalla legislazione federale determinante in materia. Pronunciata dal Tribunale amministrativo federale (art. 86 cpv. 1 lett. a LTF) in una causa di diritto pubblico ai sensi dell'art. 82 lett. a LTF, che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF segnatamente, trattandosi di tariffe doganali preferenziali, quella di cui alla lettera l della norma (sentenza 2C_355/2007 del 19 novembre 2007 consid. 1), la decisione contestata può, di principio, essere impugnata mediante il rimedio ordinario del ricorso in materia di diritto pubblico.
2.2 La decisione impugnata non è un giudizio finale (art. 90 LTF), ma una decisione incidentale concernente la competenza notificata separatamente: la via del ricorso in materia di diritto pubblico è quindi aperta (art. 92 cpv. 1 LTF; cfr. BERNARD CORBOZ, in: CORBOZ/WURZBURGER/ FERRARI/FRÉSARD/AUBRY GIRARDIN, Commentaire de la LTF, n. 9 segg. all'art. 92). Presentato in tempo utile (art. 100 LTF) da una persona legittimata ad agire (art. 89 cpv. 1 LTF), il gravame è quindi, in linea di principio, ricevibile.
3. 3.1 Il ricorrente lamenta la violazione dell'art. 116 cpv. 1bis della legge federale del 18 marzo 2005 sulle dogane (LD; RS 631.0), norma che prevede che contro le decisioni di prima istanza delle direzioni di circondario è ammissibile il ricorso presso la DGD. Sebbene, a suo avviso, quest'ultima non adempia i requisiti dell'autorità giudiziaria indipendente ai sensi degli artt. 6 CEDU, 29a e 30 Cost., non potendo essere considerata un'autorità imparziale, egli non concorda ciononostante con il fatto che l'incarto sia stato deferito al Tribunale amministrativo federale perché così, di fatto, perde un'istanza di ricorso legalmente prevista. Afferma infatti di avere diritto a che la sua causa sia trattata in maniera indipendente ed imparziale anche e soprattutto in prima istanza. Aggiunge inoltre che siccome il rimedio giuridico previsto all'art. 116 cpv.1bis LD non rispetta i precetti internazionali e costituzionali in materia di tribunale indipendente, gli dev'essere offerta la possibilità di adire già in prima istanza un'autorità giudiziaria imparziale e indipendente senza ricorrere allo stratagemma dell'omisso medio di cui all'art. 47 cpv. 2 PA. È dell'avviso infatti che se ogni qualvolta l'autorità di ricorso ha già dato istruzioni all'autorità di prime cure si preclude una via di ricorso invocando l'art. 47 cpv. 2 PA, così facendo si vanifica allora sistematicamente il rimedio giuridico di cui all'art. 116 cpv. 1bis LD, ciò che comporta un'inammissibile ed automatica esclusione della prima istanza di ricorso, a grave pregiudizio del ricorrente. Adduce quindi che prima di ricorrere a quanto previsto dalla PA occorre provvedere affinché la prima via di ricorso prevista dalla LD possa trovare effettiva e concreta attuazione, pena una grave violazione dei diritti della parte ricorrente.
Per quanto riguarda più specificamente l'applicazione in casu dell'art. 47 cpv. 2 PA, non condivide l'opinione del Tribunale amministrativo federale secondo cui avendo la DGD già dato delle istruzioni all'autorità inferiore in merito alla trattazione della pratica, era quindi inutile ricorrere dinanzi ad essa, l'esito apparendo troppo prevedibile. Secondo lui, si poteva invece rimediare al problema adottando accorgimenti atti ad escludere dal processo decisionale quelle persone che effettivamente avevano dato istruzioni all'autorità inferiore, ciò che avrebbe risolto la questione dell'asserita prevenzione della DGD e, di riflesso, non l'avrebbe lui privato di un'istanza di ricorso. Critica tanto più la soluzione scelta che egli ha fondato principalmente il suo gravame sul tema della prescrizione dei dazi e tributi, argomento che non lascia spazio a qualsiasi potere di apprezzamento, motivo per cui ritiene che la DGD poteva evadere il suo ricorso senza che si potesse dubitare della sua imparzialità ed indipendenza.
3.2 Dopo avere richiamato l'art. 116 cpv. 1bis LD che apre il ricorso alla DGD contro le decisioni di prima istanza delle direzioni di circondario e ricordato che, se sono date le condizioni del cosiddetto ricorso omisso medio (detto anche ricorso diretto o Sprungbeschwerde) di cui all'art. 47 cpv. 2 PA, si poteva allora eccezionalmente prescindere dall'adire la DGD e direttamente deferire l'impugnativa all'autorità di ricorso immediatamente superiore alla medesima DGD, ossia a se stesso, il Tribunale amministrativo federale ha esposto le condizioni e le esigenze che dovevano essere soddisfatte affinché trovi applicazione l'art. 47 cpv. 2 PA (cfr. decisione incidentale impugnata pag. 6 segg., consid. 1.2.1 - 1.2.6). In proposito ci si limita a ricordare che il ricorso omisso medio o ricorso diretto, previsto dall'art. 47 cpv. 2 PA, costituisce un'eccezione alle disposizioni imperative sulla competenza e al principio dell'esaurimento delle istanze. Esso permette di omettere un'istanza decisionale qualora l'uso di un rimedio di diritto, di per sé esistente, costituisca soltanto una vana formalità, segnatamente nel caso in cui l'istanza di ricorso abbia già dato istruzioni all'autorità inferiore circa il contenuto della decisione da prendere.
3.3 È evidente che nella presente fattispecie le condizioni per potere ricorrere all'art. 47 cpv. 2 PA sono adempiute: non è contestato, nemmeno da parte del ricorrente, che la DGD abbia dato delle istruzioni alla DCD riguardo alla decisione del 10 novembre 2009 (cfr. consid. 1.2.7.1 del giudizio contestato ove le stesse sono dettagliate ed è precisato che le due autorità condividono lo stesso punto di vista). È altresì vero che per il ricorrente ne consegue la perdita di un'istanza di ricorso; tale risultato è tuttavia espressamente previsto dalla legge. La situazione è dovuta al fatto che nella gerarchia amministrativa l'autorità superiore gode della facoltà d'impartire delle istruzioni a quella inferiore ed è nell'interesse di un buon funzionamento dell'amministrazione che detta competenza sia effettivamente esercitata nonché rispettata. Indubbiamente ciò crea un conflitto con le funzioni giurisdizionali delle autorità gerarchicamente superiori. Orbene, il legislatore l'ha risolto istituendo il ricorso omisso medio (ricorso diretto o Sprungbeschwerde). Non si è quindi, come erroneamente addotto dal ricorrente, in presenza di un comportamento poco corretto e incurante delle disposizioni legali da parte dell'autorità gerarchicamente superiore. Al contrario. Dopo avere fatto uso (come consentitole) delle sue facoltà d'istruire l'autorità inferiore, la DGD ha, a giusto titolo, trasmesso il gravame al Tribunale amministrativo federale per competenza al fine di evitare che l'inoltro del rimedio dinanzi ad essa costituisse un'inutile formalità. Per quanto concerne poi l'argomentazione ricorsuale secondo cui l'art. 47 cpv. 2 PA vanificherebbe completamente il rimedio giuridico di cui all'art. 116 cpv. 1bis LD, trattasi di mere supposizioni non comprovate; la stessa va pertanto disattesa.
È vero che altre soluzioni - ad esempio, come proposto dal ricorrente, l'adozione di misure volte ad escludere dal processo decisionale quelle persone che hanno dato istruzioni all'autorità inferiore - appaiono immaginabili. Ciò tuttavia nulla cambia al fatto che la soluzione scelta dalle competenti autorità nel caso concreto è conforme alla legge e va, di conseguenza, confermata. Infine non può nemmeno essere tacciata d'incostituzionalità la circostanza che la DGD, autorità di ricorso prevista dall'art. 116 cpv. 1bis LD, non sia un'autorità ricorsuale nel senso prescritto dagli artt. 29a e 30 Cost. nonché 6 CEDU. Effettivamente la DGD non è un'autorità giudiziaria indipendente. Sennonché oltre al fatto che tale funzione è assunta dal Tribunale amministrativo federale e poi, se del caso, da questa Corte, il ricorrente dimentica che non vi è alcun diritto costituzionale a potere disporre di più istanze di ricorso, solo l'esistenza di una essendo garantita dalla Costituzione. Dalle considerazioni che precedono discende che il ricorso si rivela infondato e, come tale, va respinto.
4. 4.1 Con l'evasione del ricorso, la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto.
4.2 Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili alle autorità vincenti (art. 68 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla Direzione generale delle dogane e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.