Faits:
A. R._ a travaillé comme conductrice de machines filtres auprès de la société X._ SA à partir du 1er juin 1978. Le 18 juillet 1997, elle a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité tendant à l'obtention d'une mesure de réadaptation ou d'une rente. Par décision du 21 juin 2001, l'office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) a refusé tout droit à des prestations. L'assurée ayant interjeté un recours contre cette décision, le Tribunal des assurances du canton de Vaud l'a admis, annulé la décision de l'office AI et renvoyé la cause à ce dernier pour qu'il procède à un complément d'instruction et rende une nouvelle décision (cf. jugement du 17 janvier 2002).
Après avoir mis en oeuvre un examen clinique bidisciplinaire auprès de son Service médical régional, lequel concluait à une incapacité de travail totale dans toute activité, l'office AI a alloué à R._, par décision du 4 février 2003, une rente entière d'invalidité à partir du 1er septembre 2001. L'assurée a recouru contre cette décision en concluant à titre principal à ce que son droit à la rente fût reconnu dès le 1er janvier 1998. Par jugement du 8 septembre 2003, le Tribunal des assurances a une nouvelle fois annulé la décision de l'office AI et lui a renvoyé la cause pour qu'il mette en oeuvre une nouvelle expertise médicale.
L'office AI a confié une expertise psychiatrique à la doctoresse O._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie (cf. rapport du 26 novembre 2004). Celle-ci a conclu à une incapacité de travail n'excédant pas 20 à 30 % depuis 1997. Par décision du 4 juillet 2007, l'office a décidé de mettre fin au versement de la rente d'invalidité servie depuis le 1er septembre 2001 pour le premier jour du deuxième mois suivant la notification de sa décision, soit à partir du 1er septembre 2007. Il a considéré que l'état de santé de l'assurée s'était amélioré au cours de l'année 2004 et qu'elle pouvait raisonnablement exercer une activité légère de substitution à 70 %, de sorte que son degré d'invalidité (37 %) n'ouvrait pas droit à une rente.
B. R._ a recouru contre cette décision en concluant à sa réforme, en ce sens qu'elle avait droit à un quart de rente d'invalidité depuis le 1er janvier 1998.
Par jugement du 4 mars 2008, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours.
C. R._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande derechef la réforme, en ce sens qu'elle a droit à une rente d'invalidité à compter du 1er janvier 1998.
L'office AI a conclu implicitement au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon l'art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Cette disposition lui donne la faculté de rectifier ou compléter d'office l'état de fait de l'arrêt attaqué dans la mesure où des lacunes ou erreurs dans celui-ci lui apparaîtraient d'emblée comme manifestes. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation des faits importants pour le jugement en cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF).
2. 2.1 En procédure juridictionnelle administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée préalablement, d'une manière qui la lie sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, la décision détermine l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par voie de recours. En revanche, dans la mesure où aucune décision n'a été rendue, la contestation n'a pas d'objet, et un jugement sur le fond ne peut pas être prononcé. Le juge n'entre donc pas en matière, en règle générale, sur des conclusions qui vont au-delà de l'objet de la contestation (ATF 125 V 413 consid. 1a p. 414; MEYER/VON ZWEHL, L'objet du litige en procédure de droit administratif fédéral, in: Mélanges Pierre Moor, Berne 2005, n° 8 p. 439).
2.2 L'objet du litige dans la procédure administrative subséquente est le rapport juridique qui - dans le cadre de l'objet de la contestation déterminé par la décision - constitue, d'après les conclusions du recours, l'objet de la décision effectivement attaqué. D'après cette définition, l'objet de contestation et l'objet du litige sont identiques lorsque la décision administrative est attaquée dans son ensemble. En revanche, lorsque le recours ne porte que sur une partie des rapports juridiques déterminés par la décision, les rapports juridiques non contestés sont certes compris dans l'objet de la contestation, mais non pas dans l'objet du litige (ATF 125 V 413 consid. 1b et 2 p. 414 ss et les références citées). Les questions qui - bien qu'elles soient visées par la décision administrative et fassent ainsi partie de l'objet de la contestation - ne sont plus litigieuses, d'après les conclusions du recours, et qui ne sont donc pas comprises dans l'objet du litige, ne sont examinées par le juge que s'il existe un rapport de connexité étroit entre les points non contestés et l'objet du litige (ATF 122 V 242 consid. 2a p. 244, 117 V 294 consid. 2a p. 295).
2.3 Par sa décision du 4 juillet 2007, - qui détermine l'objet de la contestation -, l'office AI a en réalité octroyé à la recourante une rente entière d'invalidité de manière rétroactive à partir du 1er septembre 2001, puis l'a supprimée à partir du 1er septembre 2007.
3. En instance fédérale, la recourante conclut à l'octroi d'un quart de rente d'invalidité depuis le 1er janvier 1998.
Le droit éventuel de la recourante à une rente d'invalidité pour la période comprise entre le 1er janvier 1998 et le 31 août 2001 n'a pas fait l'objet d'une décision de l'intimé. Dans ces conditions, la contestation devant la juridiction cantonale n'avait pas d'objet et les premiers juges étaient fondés à ne pas entrer en matière sur ces conclusions. Il appartiendra à l'administration de se prononcer encore sur ce point.
Le droit à la rente pour la période comprise entre le 1er septembre 2001 et le 31 août 2007 n'est quant à lui pas litigieux puisque les premiers juges ont confirmé la décision de l'office AI, du 4 juillet 2007, allouant à la recourante une rente entière d'invalidité pour ladite période. On voit donc mal l'intérêt de la recourante à contester ce point.
Enfin, dans la mesure où la recourante a conclu à une rente non limitée dans le temps, elle conteste implicitement la décision de suppression de la rente par l'office AI, confirmée par la juridiction cantonale. Il s'ensuit que l'objet du litige sur lequel les premiers juges devaient se prononcer comprenait le point de savoir si c'est à juste titre que l'office AI a supprimé la rente d'invalidité de la recourante à partir du 1er septembre 2007.
4. 4.1 Selon la jurisprudence rendue en application du l'art. 41 aLAI, toujours valable sous l'empire de la LPGA (ATF 130 V 343), la décision qui simultanément accorde une rente avec effet rétroactif et en prévoit la réduction ou la suppression correspond à une décision de révision selon l'art. 17 LPGA (ATF 125 V 413 consid. 2d p. 417 s. et les références). Aux termes de cette disposition, si le degré d'invalidité du bénéficiaire subit une modification notable, la rente est d'office ou sur demande révisée pour l'avenir (augmentée, réduite, supprimée). Tout changement important des circonstances propre à influencer le droit à la rente peut motiver une révision au sens de l'art. 17 LPGA. La rente peut être révisée en cas de modifications sensibles de l'état de santé ou lorsque celui-ci est resté le même mais que ses conséquences sur la capacité de gain ont subi un changement important (ATF 130 V 343 consid. 3.5 p. 349 ss, 113 V 273 consid. 1a p. 275, ATF 112 V 371 consid. 2b p. 372 s., 387 consid. 1b p. 390 s.). Le point de savoir si un tel changement s'est produit doit être tranché en comparant les faits tels qu'ils se présentaient lors de la décision initiale de rente et les circonstances régnant à l'époque de la décision litigieuse (ATF 130 V 343 consid. 3.5.2 p. 350 s., 125 V 368 consid. 2 p. 369, ATF 112 V 371 consid. 2b p. 372 s. et 387 consid. 1b p. 390 s. et les références).
4.2 En l'espèce, les premiers juges auraient dû comparer au plan économique les circonstances qui se présentaient le 1er septembre 2001 avec celles régnant le 4 juillet 2007. Or, tant l'office AI que la juridiction cantonale ont établi les faits de façon manifestement inexacte (art. 105 al. 2 LTF) puisqu'ils ont calculé le taux d'invalidité de la recourante en se fondant sur des revenus hypothétiques réalisés en 1997, respectivement 1998. Il y a dès lors lieu d'annuler le jugement attaqué et de renvoyer la cause à l'office AI afin qu'il se prononce à nouveau sur le droit de la recourante à une rente au-delà du mois d'août 2007, après avoir procédé à la comparaison des revenus sans et avec invalidité (cf. art. 16 LPGA) déterminants pour l'année 2007. Le recours s'avère par conséquent bien fondé.
5. Vu l'issue du litige, les frais et les dépens de la procédure fédérale doivent être mis à la charge de l'intimé (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du Tribunal des assurances du canton de Vaud du 4 mars 2008 et la décision de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud du 4 juillet 2007 sont annulés, la cause étant renvoyée audit office pour instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera à la recourante la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. La cause est renvoyée au Tribunal des assurances du canton de Vaud pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure antérieure.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud, à la Caisse de compensation AVS/AI/APG de la Chambre vaudoise du commerce et de l'industrie - Association des industries vaudoises et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 10 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz