Faits:
A. X._, née en 1954 et médecin de formation, exploite un cabinet médical à A._.
Respectivement les 8 novembre 2005, 31 décembre 2006 et 28 octobre 2007, X._ a déposé sa déclaration d'impôt pour les périodes fiscales 2004, 2005 et 2006.
Des taxations provisoires ont d'abord été émises.
Le 1er avril 2008, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a mis en oeuvre une expertise des comptes du cabinet médical de X._ pour les exercices 2004 à 2006. Selon le rapport d'expertise du 18 avril 2008, il y avait lieu de procéder à des reprises de respectivement 25'007, 17'932 et 9'544 fr. pour les périodes 2004, 2005 et 2006.
La Commission d'impôt de district pour la commune de B._ a procédé aux taxations définitives de l'impôt fédéral direct et de l'impôt cantonal et communal des périodes en cause en suivant les conclusions de l'expertise.
Sur réclamation de la contribuable, les reprises ont été partiellement annulées et confirmées pour le surplus.
Le 17 novembre 2008, le Service cantonal des contributions a informé la contribuable de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction fiscale en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal. Celle-ci portait sur une partie des montants repris, selon le détail suivant:
2004
2005
2006
Recettes non comptabilisées
9'100
1'800
4'300
Cotisations AVS déduites à double
3'412
Intérêts passifs déduits à double
10'666
10'000
4'497
Total du revenu soustrait
23'178
11'800
8'797
Les recettes non comptabilisées concernaient le cabinet médical. Les cotisations AVS de 3'412 fr. avaient été, d'une part, comptabilisées dans les charges du cabinet et, d'autre part, déduites du revenu de l'activité indépendante sur la déclaration d'impôt. De même, les intérêts passifs de 4'497 fr. figuraient dans les charges du cabinet et avaient été en outre indiqués sous la rubrique "Intérêts passifs" de la déclaration d'impôt. Les intérêts passifs de 10'666 (2004) et 10'000 fr. (2005) se rapportaient à un immeuble locatif sis à C._, dont X._ était copropriétaire. La contribuable avait indiqué sous la rubrique "Revenu de la fortune immobilière/immeubles sis dans un canton confédéré" de sa déclaration d'impôt le rendement net (après déduction des frais d'entretien et des intérêts passifs) de l'immeuble en question et avait de plus mentionné les montants en cause sous la rubrique "Déductions/intérêts passifs privés".
Par décision du 23 septembre 2009, le Service cantonal des contributions a prononcé contre X._ une amende de 1'330 fr. pour tentative de soustraction de l'impôt fédéral direct relatif aux périodes 2004 à 2006. Le même jour, deux autres amendes ont été prononcées à son endroit en relation avec les mêmes périodes fiscales, l'une de 2'966 fr. pour tentative de soustraction de l'impôt cantonal et l'autre, de 3'048 fr., pour tentative de soustraction de l'impôt communal.
B. A l'encontre de ces prononcés, la contribuable a formé une réclamation qui a été partiellement admise par décisions du 23 septembre 2010 rendues respectivement par le Chef de l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par le Chef du Département des finances, des institutions et de la santé du canton du Valais. L'autorité de réclamation a estimé que la non-comptabilisation des recettes était seulement imputable à une négligence de la contribuable et les montants des amendes ont été ramenés à 1'140 (impôt fédéral direct), 1'958 (impôt cantonal) et 2'135 fr. (impôt communal).
X._ a déféré ces prononcés à la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours), qui a rejeté le recours par décision du 16 février 2011. Cette autorité a considéré que la double déduction de cotisations AVS et des intérêts passifs "se remarque facilement et ne passe pas inaperçu". Force était ainsi d'admettre que la contribuable avait intentionnellement tenté de se soustraire à l'impôt.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler la décision du 16 février 2011.
La Commission de recours renonce à se déterminer en renvoyant à la décision entreprise. L'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, propose de rejeter le recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 La recourante a formé, en un seul acte (cf. art. 119 LTF), un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire. La recevabilité du premier excluant celle du second s'agissant des mêmes griefs (cf. art. 113 LTF), il convient d'examiner en priorité si la voie du recours en matière de droit public est ouverte.
1.2 La décision attaquée est un prononcé d'amendes pour tentatives de soustraction de l'impôt fédéral direct et de l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2004 à 2006, ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. S'agissant de l'impôt cantonal et communal, la soustraction est une matière harmonisée au titre 6 chap. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), de sorte que la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
1.3 Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF; RS/VS 642.1]). Par ailleurs, il a été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Le recours est donc recevable en tant que recours en matière de droit public. Il est, partant, irrecevable comme recours constitutionnel subsidiaire.
1.4 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), ainsi que du droit cantonal harmonisé (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 210). Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitrairement (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 133 III 393 consid. 7.1 p. 398) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), ce qu'il appartient au recourant d'exposer de manière circonstanciée (cf. ATF 135 III 397 consid 1.4 p. 400). Au demeurant, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
En l'occurrence, la recourante allègue des faits qui n'ont pas été retenus par l'autorité précédente (elle affirme ainsi, notamment, que le montant des cotisations AVS repris en 2004 constituerait "une ristourne des années précédentes" qu'elle aurait omis de déclarer comme revenu, et non une somme déduite deux fois). La recourante n'exposant toutefois nullement en quoi les conditions rappelées ci-dessus seraient réalisées, le Tribunal fédéral fondera son examen sur la seule base des faits établis par l'autorité précédente.
1.5 Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 III 552 consid. 4 p. 560; 134 I 263 consid. 1 p. 265).
I. Impôt fédéral direct
2. Selon l'art. 176 al. 1 LIFD, celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende. La tentative de soustraction (art. 176 LIFD) se situe entre les actes préparatoires d'une soustraction, qui ne sont pas punissables, et la soustraction consommée (art. 175 LIFD), qui l'est. Le comportement illicite réprimé correspond à celui de la soustraction fiscale au sens de l'art. 175 LIFD. Dans la procédure de taxation (art. 175 al. 1 LIFD), il suffit que le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète et qui n'est pas conforme à la vérité au sens de l'art. 124 al. 2 LIFD. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts avant que la décision de taxation ne soit entrée en force, car ensuite, la soustraction est consommée. Sur le plan subjectif, la tentative de soustraction fiscale suppose un agissement intentionnel de l'auteur (arrêt 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.1 et les références). Il faut donc que le contribuable ait agi intentionnellement, soit avec conscience et volonté (cf. art. 12 al. 2 CP, applicable par renvoi combiné des art. 333 al. 1 et 104 CP; cf. Yvan Jeanneret, in Commentaire romand, Code pénal I, 2009, no 2 ad art. 104 CP). Le dol éventuel suffit; il suppose que l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode au cas où il se produirait (ATF 130 IV 58 consid. 8.2 p. 61).
Selon la jurisprudence, la preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée, lorsqu'il est établi de façon suffisamment sûre que le contribuable était conscient que les informations données étaient incorrectes ou incomplètes. Si tel est le cas, il faut présumer qu'il a volontairement voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins qu'il a agi par dol éventuel afin d'obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l'on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations qu'il sait incorrectes ou incomplètes (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29/30; arrêts 2C_447/2010 du 4 novembre 2010 consid. 3.2, in RDAF 2011 II p. 153, RF 66/2011 p. 222, StE 2011 B 101.7 no 3; 2C_336/2010 du 7 octobre 2010 consid. 4.1, in RDAF 2010 II p. 593, RF 66/2011 p. 218; StE 2011 B 102.1 no 6). Etablir la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (cf. consid. 1.4 ci-dessus), à moins que celle-ci ne soit manifestement inexacte ou arbitraire, en particulier lorsque l'autorité judiciaire a méconnu certaines pièces déterminantes du dossier ou s'est écartée sans raison des enseignements de l'expérience. En revanche, vérifier si l'autorité s'est fondée sur la notion exacte d'intention est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement (arrêts 2C_29/2011 du 16 juin 2011 consid. 2.5, in RF 66/2011 p. 704; 2C_447/2010, précité, consid. 3.2; 2C_336/2010, précité, consid. 4.1).
S'agissant de savoir si une tentative de soustraction est intentionnelle ou procède d'une négligence, l'importance des montants en cause joue un rôle non négligeable, dès lors que l'absence d'un montant sur la déclaration d'impôt peut d'autant plus difficilement échapper au contribuable que la somme est plus élevée. Lorsqu'un montant est déduit à la fois dans la comptabilité commerciale et dans la déclaration d'impôt, il convient ainsi de le mettre en relation avec les autres sommes en jeu, afin de déterminer si le contribuable devait s'apercevoir de l'irrégularité (arrêt du Tribunal administratif du canton des Grisons du 20 juin 2000 consid. 3, in StE 2000 B 101.21 no 14).
3. Le litige porte uniquement sur le caractère intentionnel des tentatives de soustraction reprochées à la recourante.
3.1 La recourante fait grief à l'autorité précédente d'avoir admis arbitrairement qu'en remplissant sa déclaration d'impôt elle était consciente que les montants en cause seraient déduits deux fois et voulait dans cette mesure se soustraire à l'impôt. La déduction à double des intérêts passifs résulterait selon elle d'une erreur sur les faits au sens de l'art. 13 CP. La recourante fait valoir qu'elle a commis d'autres erreurs à son détriment (défaut d'amortissement du cabinet médical, intérêts hypothécaires de l'emprunt y relatif non déduits, valeur locative d'environ 10'000 fr. par an pour le cabinet indiquée à tort). Ces circonstances auraient dû selon elle à tout le moins semer le doute sur le caractère intentionnel de son comportement et conduire l'autorité précédente à retenir une simple négligence au sens de l'art. 12 CP, conformément au principe "in dubio pro reo".
3.2 Dans la mesure où la recourante invoque le principe "in dubio pro reo" comme règle d'appréciation des preuves, le grief se confond avec celui d'arbitraire (cf. ATF 124 IV 86 consid. 2a p. 88).
Les intérêts hypothécaires de 10'666 et 10'000 fr. représentent une part relativement importante du rendement brut de l'immeuble de C._ (à savoir respectivement 64'096 et 63'746 fr. pour 2004 et 2005) et sont du même ordre que les frais d'entretien (soit respectivement 12'352 et 12'356 fr.). S'agissant par ailleurs des cotisations AVS (2004) et des intérêts passifs afférents au cabinet (2006), les montants sont plus modestes (respectivement 3'412 et 4'497 fr. pour des charges totales de 143'587 et 119'566 fr.), mais n'en sont pas moins significatifs et figurent avec le libellé correspondant sur les tableaux synoptiques présentant le résultat d'exploitation du cabinet pour les exercices 2004 et 2006, dûment signés par la recourante. On peine dès lors à comprendre que la recourante ait pu, par erreur, déduire une seconde fois ces montants en les faisant figurer parmi les déductions de la déclaration d'impôt, ce d'autant que les rubriques concernées étaient intitulées "Cotisations AVS, personnelles non comptabilisées" et "Intérêts passifs privés". Dans ces conditions, il n'est à tout le moins pas insoutenable de retenir que la recourante était consciente de donner des informations incorrectes et qu'elle a agi en tout cas par dol éventuel. Le fait qu'elle a par ailleurs commis des erreurs à son détriment n'y change rien.
Au vu de ce qui précède, le grief d'arbitraire doit être rejeté et la décision attaquée confirmée, même si la motivation de celle-ci sur le point litigieux est particulièrement sommaire.
II. Impôt cantonal et communal
4. Conformément à l'art. 56 al. 2 LHID, l'art. 204 al. 1 LF prévoit que celui qui tente de se soustraire à l'impôt est puni de l'amende, en précisant que le contribuable doit avoir agi intentionnellement. Il peut être renvoyé s'agissant de l'impôt cantonal et communal à la motivation présentée en matière d'impôt fédéral direct.
5. Vu ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (cf. art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. Des frais judiciaires de 2'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 janvier 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Vianin