Sachverhalt:
A. Die X._ AG (im Folgenden: Gesellschaft) mit Sitz in Basel bezweckt gemäss Handelsregisterauszug den Handel von und mit Rohmaterialien und Fertigprodukten aller Art sowie die Finanzierung derartiger Transaktionen. Im Februar 2005 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) bei der Gesellschaft eine Buchprüfung der Jahre 2000 bis 2003 durch. Dabei stellte sie fest, dass die Gesellschaft von A._, G._/Türkei, bzw. ihm nahe stehenden Personen beherrscht wird und als Zulieferer von Rohmaterialien für verschiedene A._-Gruppengesellschaften in G._ gedient hatte. Nach der Einstellung des Warenhandels im Jahr 2001 wurden sämtliche Debitoren- bzw. Kreditorenkonti saldiert, woraus ein Guthaben der Gesellschaft von rund Fr. 10'000'000.-- gegenüber der A._-Gruppe resultierte. Diese Forderung, die in den folgenden Jahren nach und nach durch Zahlungseingänge reduziert werden konnte, wurde während der hier streitigen Jahre nicht verzinst. Mit Schreiben vom 8. Dezember 2005 hielt die ESTV fest, der Verzicht auf eine angemessene Verzinsung zugunsten von Nahestehenden stelle eine geldwerte Leistung dar, die der Verrechnungssteuer unterliege; unter Anrechnung einer möglichen Verzinsung des Passivdarlehens im Rahmen von nicht verdecktem Eigenkapital ergebe sich für die Jahre 2001 bis 2003 eine geldwerte Leistung von rund Fr. 1'080'000.--, womit die Gesellschaft eine Verrechnungssteuer in der Höhe von Fr. 378'000.-- schulde.
B. Mit Verfügung vom 24. Mai 2006 hielt die ESTV fest, die Gesellschaft schulde Fr. 406'350.-- an Verrechnungssteuer, zuzüglich eines Verzugszinses von 5% ab dem 31. Januar 2002. Dieser Betrag setzt sich zusammen aus dem oben erwähnten Zinsverzicht (Fr. 378'000.--) sowie einem zusätzlichen Verrechnungssteuerbetrag von Fr. 28'350.-- betreffend Einnahmen aus einem Inkassovertrag. Mit Entscheid vom 10. März 2008 wies die ESTV die Einsprache der Gesellschaft in der Hauptsache ab. In teilweiser Gutheissung der Einsprache legte die ESTV einzig die Fälligkeitsdaten für den Verzugszins neu fest. Die von der Gesellschaft dagegen beim Bundesverwaltungsgericht eingereichte Beschwerde blieb ohne Erfolg.
C. Mit Eingabe vom 28. Juni 2010 führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 29. April 2010 sei aufzuheben, "so dass die Beschwerdeführerin für die Jahre 2001 - 2003 lediglich Verrechnungssteuer von Fr. 28'350.-- zuzüglich Verzugszins schulde".
D. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde, währenddem das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet der Verrechnungssteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 83 sowie Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 und Art. 42 BGG) ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Eine diesen Anforderungen (Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG) genügende Begründung ist hier nur teilweise zu erkennen. Soweit eine solche fehlt, kann auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht eingetreten werden.
1.3 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann der Beschwerdeführer die Verletzung von Bundesrecht rügen (Art. 95 BGG), und das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Der Bund erhebt gestützt auf Art. 132 Abs. 2 BV eine Verrechnungssteuer namentlich auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens (Art. 1 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer [VStG; SR 642.21]). Gemäss Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG sind Gegenstand der Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens die Zinsen, Renten, Gewinnanteile und sonstigen Erträge u.a. der von einem Inländer ausgegebenen Aktien. Nach Art. 20 Abs. 1 der Vollziehungsverordnung vom 19. Dezember 1966 zum Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer (VStV; SR 642.211) ist steuerbarer Ertrag von Aktien jede geldwerte Leistung der Gesellschaft an die Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte oder an ihnen nahe stehende Dritte, die sich nicht als Rückzahlung der im Zeitpunkt der Leistung bestehenden Anteile am einbezahlten Grundkapital darstellt (unter anderem Dividenden, Boni, Liquidationsüberschüsse und dergleichen).
2.2 Nach ständiger Rechtsprechung gehören ohne Rücksicht auf Form und Bezeichnung solche freiwilligen Zuwendungen der Gesellschaft zu den geldwerten Leistungen, die den Aktionären oder diesen nahestehenden Dritten ausgerichtet werden und die ihren Rechtsgrund im Beteiligungsverhältnis haben. In dem Masse, als solche Leistungen einem unbeteiligten Dritten unter im Übrigen gleichen Umständen nicht erbracht worden wären und auch keine Kapitalrückzahlung darstellen, ist darauf die Verrechnungssteuer geschuldet. Der Verrechnungssteuer unterworfene Leistungen bilden auch die Zuwendungen an Nichtbeteiligte, die den Inhabern der gesellschaftlichen Beteiligungsrechte nahe stehen. Als nahe stehende Personen gelten dabei solche, zu denen wirtschaftliche oder persönliche Verbindungen bestehen, welche nach den gesamten Umständen als eigentlicher Grund der zu besteuernden Leistung betrachtet werden müssen (Urteile 2C_377/2009 vom 9. September 2009 E. 2.2, in: StR 65/2010 S. 66; 2C_502/2008 vom 18. Dezember 2008 E. 3.2, in: StR 64/2009 S. 588; 2A.72/2006 vom 9. Juni 2006 E. 2.1; 2A.342/2005 vom 9. Mai 2006 E. 2.2). Nahe stehend sind auch Personen, denen der Aktionär erlaubt, die Gesellschaft wie eine eigene zu benutzen (Urteile 2A.192/ 1996 vom 5. März 1999 E. 2, in: ASA 68 S. 596; 2A.12/1994 vom 7. November 1995 E. 2a, in: ASA 65 S. 397).
2.3 Schliesslich hat nach den allgemeinen Regeln die steuerpflichtige Gesellschaft den Nachweis des Aufwandcharakters von Leistungen zu erbringen. Sie ist nach Art. 39 VStG auch verpflichtet, der Eidgenössischen Steuerverwaltung alle nötigen und zumutbaren Auskünfte zu erteilen und ihr Einblick in die Geschäftsbücher sowie weitere Belege und Urkunden zu gewähren. Es obliegt mithin der steuerpflichtigen Gesellschaft zu beweisen, dass eine fragliche Leistung geschäftsmässig begründet ist. Zwar ist es nicht Sache der Steuerbehörden, über die Zweckmässigkeit von Aufwandpositionen zu entscheiden sowie ihr eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen der Geschäftsleitung zu setzen. Aber die Steuerbehörde muss sichergehen, dass ausschliesslich geschäftliche Gründe - und nicht die engen persönlichen oder wirtschaftlichen Beziehungen zwischen Gesellschaft und Leistungsempfänger - für eine bestimmte Leistung ausschlaggebend waren. Wer Zahlungen leistet, die weder buchhalterisch erfasst noch belegt sind, hat die Folgen einer solchen Beweislosigkeit zu tragen, d.h. seine Zahlungen werden als geldwerte Leistungen betrachtet (Urteile 2C_377/2009 vom 9. September 2009 E. 2.3, in: StR 65/2010 S. 66; 2C_502/2008 vom 18. Dezember 2008 E. 3.3, in: StR 64/2009 S. 588; 2A.72/2006 vom 9. Juni 2006 E. 2.2; 2A.342/2005 vom 9. Mai 2006 E. 2.3; 2A.237/2000 vom 6. September 2000 E. 3c, in: RDAT 2001 I n. 18t pag. 421; BGE 119 Ib 431 E. 2c S. 435).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, die ESTV habe die steuerliche Drittkonformität ihrer Forderung aus Lieferungen und Leistungen gegenüber Abnehmergesellschaften anerkannt. Die Drittkonformität müsse auch in Bezug auf die Zinsforderungen gelten. Sie habe keinen Zins verlangt, weil aus damaliger Perspektive die vollständige Einbringlichkeit der Forderung innert vernünftiger Frist nicht realistisch erschien. Eine Verzinsung sei auch vertraglich nicht vereinbart worden. Die Beschwerdeführerin führt weiter aus, wenn die ESTV eine Gewinnvorwegnahme geltend mache, berufe sie sich auf eine steuerbegründende Tatsache und trage hierfür die Beweislast.
3.2 Die Ausführungen der Beschwerdeführerin vermögen nicht aufzuzeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen Bundesrecht verstossen soll:
3.2.1 Im Einklang mit Lehre und Rechtsprechung durfte die Vorinstanz zunächst ohne Weiteres den Schluss ziehen, als geldwerte Leistung gelte auch der Verzicht auf Darlehens- und Vergütungszinsen zugunsten von Aktionären oder ihnen nahe stehenden Dritten (Urteil vom 8. Oktober 1965 E. 2, in: ASA 35 S. 209; MARCO DUSS/JULIA VON AH, in: Zweifel/Athanas/Bauer-Balmelli [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band II/2, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2005, N. 141 zu Art. 4 VStG; W. ROBERT PFUND, Die Eidgenössische Verrechnungssteuer, 1971, N. 3.24 zu Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG). Die Vorinstanz hat dabei verbindlich (vgl. dazu E. 1.3 hiervor) festgestellt, dass die Beschwerdeführerin darauf verzichtet hat, auf Forderungen aus Leistungen und Lieferungen an ihr nahe stehende Gruppengesellschaften Zins zu fordern. Daraus durfte die Vorinstanz folgern, dass die Gesellschaft auf diesem Ertragsverzicht die Verrechnungssteuer schuldet, soweit sie den Verzicht unabhängigen Dritten unter gleichen Umständen nicht gewährt hätte.
3.2.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, sie habe auf eine Verzinsung verzichtet, da die Liquidität der Abnehmergesellschaften - aufgrund der türkischen Wirtschaftskrise - sehr gering gewesen sei, woraus auf eine Uneinbringlichkeit der Zinsforderungen geschlossen werden könne. Damit dringt sie jedoch nicht durch: Aufgrund der verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, welche von der Beschwerdeführerin nicht als offensichtlich unrichtig gerügt werden (vgl. Art. 97 BGG), konnten die türkischen Abnehmergesellschaften wesentliche Teile der Forderungen über die hier betroffenen Jahre begleichen: Gemäss den Bilanzen der Jahre 2001 bis 2003 der beiden Abnehmergesellschaften B._ bzw. C._ verfügten die Gesellschaften über genügend liquide oder quasi-liquide Mittel, um die geschuldeten Beträge zu verzinsen. Dabei kann es auch keine Rolle spielen, ob eine Verzinsung vertraglich abgemacht worden ist oder nicht. Zurecht hat die Vorinstanz zudem festgestellt, dass die Beschwerdeführerin - selbst wenn die Abnehmergesellschaften nicht in der Lage gewesen sein sollten, einen Zins zu leisten - die Zinsforderung zumindest hätte verbuchen müssen; der Verzicht auf eine entsprechende buchhalterische Erfassung weist darauf hin, dass sie gar nie gewillt war, ihre Ansprüche geltend zu machen.
3.2.3 Ebenso wenig zu beanstanden ist der Schluss der Vorinstanz, bei einem Verzicht auf Zinsertrag trage die Beschwerdeführerin die Beweislast: Bei einem Ertragsverzicht geht es, wie beim Nachweis des Aufwandcharakters von Leistungen (vgl. dazu E. 2.3 hiervor) um eine Leistung der Gesellschaft an einen Aktionär oder eine ihm nahestehende Person. Ist streitig, ob einer Leistung der steuerpflichtigen Gesellschaft eine Gegenleistung der nahe stehenden Person gegenübersteht, trägt nach der allgemeinen Beweislastregel die Gesellschaft die Beweislast für das Vorhandensein einer solchen Gegenleistung; die Leistung der Gesellschaft ist nur dann geschäftsmässig begründet, wenn ihr eine Gegenleistung entspricht (MARTIN ZWEIFEL, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, 1989, S. 111 f.). Hier ist der Beschwerdeführerin der Nachweis nicht gelungen, dass der umstrittene Zinsverzicht auch unabhängigen Dritten gewährt worden wäre; die Vorinstanz durfte daher - ohne Bundesrecht zu verletzen - schliessen, es handle sich beim Zinsverzicht um einen der Verrechnungssteuer unterliegenden Ertragsverzicht.
4. 4.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich demnach als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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