Faits:
A. A._, ressortissant paraguayen né en 1978, se trouve en détention à Genève depuis le 1er mars 2010, sous la prévention de lésions corporelles simples, vol, dommages à la propriété, menaces, violation de domicile et viol. La détention préventive a été régulièrement prolongée par la Chambre d'accusation genevoise, alors compétente, compte tenu des charges suffisantes et des risques de fuite et de récidive. Par ordonnance du 14 septembre 2010, la Chambre d'accusation a renvoyé l'inculpé devant la Cour correctionnelle avec jury. Le 10 décembre 2010, la cause a été transmise au Tribunal de police, puis au nouveau Tribunal pénal. Le 28 décembre 2010, la Chambre d'accusation a prolongé la détention jusqu'au 28 février 2011, précisant que l'inculpé devrait être jugé dans la première quinzaine du mois de février. L'audience de jugement a été convoquée pour les 7 et 8 février 2011. A l'ouverture des débats, il fut constaté que l'avocate de l'accusé n'était pas en mesure de défendre son client, et le conseil venu pour l'assister déclara qu'il ne pouvait assurer immédiatement la défense. La cause fut reportée au 16 mai 2011.
B. Le 17 février 2011, le Ministère public demanda au Tribunal des mesures de contraintes (Tmc) la mise en détention pour des motifs de sûreté. Par ordonnance du 28 février 2011, le Tmc a fait droit à cette requête en retenant l'existence d'un risque de fuite et de collusion.
Par arrêt du 22 mars 2011, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a confirmé cette décision. La constatation de l'existence de charges suffisantes ne violait pas la présomption d'innocence. L'instruction avait duré moins de six mois, les réquisitions du Ministère public avaient été prises rapidement et la Chambre d'accusation avait statué sans délai. L'audience avait été fixée au 7 février 2011, mais avait dû être reportée au 16 mai en raison de l'état de santé de l'avocate de l'accusé. Aucun retard n'était imputable aux autorités de poursuite. La durée de la détention n'était pas excessive au regard de la peine susceptible d'être prononcée. Le risque de fuite était évident et le recourant ne proposait aucune mesure de substitution efficace. Les frais de la cause, soit 1'060 fr., ont été mis à la charge du recourant.
C. Par acte du 26 avril 2011, A._ forme un recours en matière pénale par lequel il demande l'annulation de l'arrêt cantonal et sa mise en liberté immédiate, subsidiairement la constatation d'une violation du principe de célérité et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert l'assistance judiciaire.
La Chambre pénale de recours se réfère à son arrêt, sans observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours. Le recourant a répliqué et maintenu ses conclusions.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 78 LTF, le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions rendues en matière pénale, notamment les décisions rendues en matière de détention provisoire ou pour des motifs de sûreté au sens des art. 212 ss CPP.
1.1 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 1 LTF, l'accusé a qualité pour agir. Le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF.
1.2 Le code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0) est entré en vigueur le 1er janvier 2011. Il est applicable au cas d'espèce.
2. Invoquant l'art. 56 let. b CPP, le recourant relève que le Président de la Chambre pénale de recours avait déjà pris part à l'arrêt de renvoi de la Chambre d'accusation du 14 septembre 2010. Ayant connu de l'affaire à un autre titre, il devait se récuser. Le recourant estime que son grief est soulevé en temps utile, car la cause de récusation ne serait apparue qu'à réception de l'arrêt attaqué.
2.1 Selon l'art. 58 al. 1 CPP, la demande de récusation doit être présentée "sans délai", dès que la partie a connaissance du motif de récusation. Celui qui omet de se plaindre immédiatement de la prévention d'un magistrat et laisse le procès se dérouler sans intervenir, agit contrairement à la bonne foi et voit son droit se périmer (ATF 134 I 20 consid. 4.3.1; 132 II 485 consid. 4.3 p. 496; 130 III 66 consid. 4.3 p. 75; 126 III 249 consid. 3c p. 253/254; 124 I 121 consid. 2 p. 122). Dès lors, même si la loi ne prévoit aucun délai particulier, il y a lieu d'admettre que la récusation doit être formée aussitôt, c'est-à-dire dans les jours qui suivent la connaissance de la cause de récusation. Par ailleurs, l'identité des juges appelés à statuer ne doit pas nécessairement être communiquée de manière expresse au justiciable; il suffit en effet que le nom de ceux-ci ressorte d'une publication générale facilement accessible, par exemple l'annuaire officiel. La partie assistée d'un avocat est en tout cas présumée connaître la composition régulière du tribunal saisi (ATF 128 V 82 consid. 2b p. 85; arrêt 6B_515/2009 du 25 août 2009).
2.2 En l'occurrence, le recourant est représenté par deux avocats, qui ne pouvaient ignorer l'identité du président de la Chambre pénale de recours, également vice-président de la Cour de justice. Il était dès lors en mesure de demander la récusation du magistrat dès le dépôt du recours auprès de la Chambre pénale, et ne saurait prétendre n'avoir découvert le motif de récusation qu'après réception de l'arrêt attaqué. Le grief soulevé à ce propos est par conséquent tardif.
3. Le recourant invoque ensuite le principe de célérité (art. 5 par. 3 CEDH, 10 Cst. et 5 CPP). Il relève qu'il a été renvoyé en jugement le 14 septembre 2010, soit il y a plus de sept mois. Les premiers débats avaient été fixés au 7 février 2011, pour de simples motifs organisationnels. Les débats avaient ensuite été reportés pour des raisons qui n'étaient certes pas imputables à l'autorité, mais le délai de plus de trois mois (les nouveaux débats sont agendés au 16 mai 2011, alors que le Tribunal correctionnel a statué sur de nombreux cas durant les mois de février à mai 2011) serait excessif: s'agissant d'un accusé détenu, le Tribunal ne pouvait se contenter de retenir la première date disponible. La cour cantonale n'aurait pas répondu à cette dernière objection. Le recourant conclut de ce chef à sa mise en liberté, ou à une constatation de violation du principe de célérité.
3.1 L'incarcération peut être disproportionnée en cas de retard injustifié dans le cours de la procédure pénale (ATF 128 I 149 consid. 2.2.1 p. 151; 123 I 268 consid. 3a p. 273; 116 Ia 147 consid. 5a; 107 Ia 257 consid. 2 et 3). Il doit toutefois s'agir d'un manquement particulièrement grave, faisant au surplus apparaître que l'autorité de poursuite n'est plus en mesure de conduire la procédure à chef dans un délai raisonnable (ATF 128 I 149 consid. 2.2.1 p. 151 s.). Le caractère raisonnable de la durée d'une procédure pénale s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard en particulier à la complexité de l'affaire, au comportement du requérant et à celui des autorités compétentes, ainsi qu'à l'enjeu du litige pour l'intéressé (ATF 133 I 270 consid. 3.4.2 p. 281 et les arrêts cités).
Après la clôture de l'instruction, le prévenu doit en principe être renvoyé devant le juge du fond dans un délai qui, pour être conforme aux exigences des art. 10 Cst. et 5 par. 3 CEDH, ne devrait en principe pas excéder quelques semaines, voire quelques mois (arrêt 1P.540/2002 du 4 novembre 2002 consid. 4.3). Un délai de plusieurs mois peut se révéler nécessaire dans des procès particulièrement complexes, aux multiples ramifications, impliquant plusieurs inculpés et nécessitant une préparation méticuleuse des débats et de nombreux actes d'instruction; la jurisprudence a ainsi admis, dans ce genre d'affaires, qu'un délai de six à huit mois et demi entre la mise en accusation et l'ouverture des débats était encore conforme au principe de célérité (cf. arrêt 1B_295/2007 du 22 janvier 2008 consid. 2.3; 1B_95/2008 du 14 mai 2008 consid. 5.4). En revanche, en l'absence de circonstances particulières, un délai de sept mois a été jugé incompatible avec le principe de célérité (arrêt 1P.750/1999 du 23 décembre 1999 consid. 2d/ee) alors qu'un délai de quatre mois a encore été considéré comme admissible (arrêt 1B_97/2007 du 20 juin 2007 consid. 3.2).
3.2 En l'occurrence, le recourant a été renvoyé en jugement le 14 septembre 2010 devant la Cour correctionnelle avec jury. Toutefois, le rôle de cette juridiction étant complet jusqu'à la fin de l'année, la cause a été transmise au nouveau Tribunal correctionnel, entré en fonction le 1er janvier 2011. Compte tenu de l'entrée en vigueur du CPP et des importantes modifications qui en ont résulté, la fixation des débats au 7 février 2011 peut être considérée comme compatible avec l'exigence de célérité. S'il estimait ce délai excessif, le recourant aurait d'ailleurs déjà pu invoquer le principe de la célérité à l'encontre de l'ordonnance de la Chambre d'accusation prolongeant la détention jusqu'à fin février 2011. Les débats ont commencé le 7 février 2011, mais l'avocate du recourant a produit un certificat médical et s'est trouvée dans l'incapacité d'assurer la défense de son client. Un collègue de l'avocate, venu à l'audience pour la seconder, a toutefois estimé ne pas pouvoir la remplacer. Le recourant soutient que le délai de trois mois entre les premiers et les seconds débats serait excessif. On ne saurait toutefois exiger de l'autorité de jugement, dans de telles circonstances, qu'elle fixe de nouveaux débats à très brève échéance. Il ressort en effet de l'arrêt attaqué que la date fixée était la première utile, et rien dans l'argumentation du recourant ne vient mettre en doute cette affirmation. Dès lors, si le délai total écoulé entre le renvoi en jugement et les débats apparaît important, cela est dû à un enchaînement particulier des circonstances dont l'autorité de poursuite ne saurait être tenue pour responsable. Le grief tiré du principe de célérité doit lui aussi être écarté.
4. Le recourant invoque enfin son droit à l'assistance judiciaire garanti constitutionnellement (art. 29 al. 3 Cst.) et légalement à l'art. 132 CPP. Il relève qu'il a été mis au bénéfice de l'assistance judiciaire totale, mais que l'arrêt attaqué le condamne inconditionnellement aux frais de la cause. Il expose que la pratique genevoise permettrait à l'autorité de recouvrer les frais judiciaires relatifs aux décisions incidentes sans attendre l'issue de la procédure pénale.
Selon l'art. 421 al. 2 CPP, l'autorité peut fixer les frais de manière anticipée dans les décisions intermédiaires, y compris sur recours (let. c); s'agissant d'une procédure de recours, les frais sont fixés en fonction de l'issue de la cause (art. 428 al. 1 CPP). L'arrêt attaqué est conforme à l'une et à l'autre de ces prescriptions. Pour le surplus, il ne dit rien sur le moment et la manière de recouvrer les frais fixés, de sorte qu'il ne saurait violer le droit fédéral, voire le droit à l'assistance judiciaire du recourant (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.4.2.3 p. 97). Au contraire du droit cantonal applicable dans l'ATF 135 I 91 précité, le CPP prévoit désormais expressément que le recouvrement des frais mis à la charge du prévenu au bénéfice de l'assistance judiciaire ne peut pas être entrepris indépendamment de toute condamnation au fond (art. 426 al. 1 CPP), respectivement d'une amélioration de la situation financière de l'intéressé (art. 135 al. 4 CPP). Le grief doit dès lors être écarté.
5. Le recours est par conséquent être rejeté. Le recourant a demandé l'assistance judiciaire et les conditions en sont réunies. MMes Romain Jordan et Saskia Ditisheim sont désignés comme défenseurs d'office, rétribués par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise; MMes Romain Jordan et Saskia Ditisheim sont désignés comme défenseurs d'office du recourant et une indemnité de 1'500 fr. leur est allouée à titre d'honoraires. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 18 mai 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Fonjallaz Kurz