Fatti:
A. Il 29 ottobre 1999 i coniugi A._ hanno sottoscritto un contratto per la locazione di un appartamento nello stabile X._, ora appartenente a B._, che prevede una pigione di fr. 1'500.-- mensili oltre a fr. 250.-- quale acconto per le spese accessorie con conguaglio al termine dell'esercizio.
Il 10 luglio 2006 il locatore ha notificato ai conduttori il conteggio relativo alle spese accessorie per il periodo 1° gennaio - 31 dicembre 2005 che, dedotti gli acconti pagati, presentava un residuo a suo favore di fr. 1'454.90. Pur contestando il conteggio, i conduttori hanno versato il saldo al locatore; anche perché quest'ultimo, il 31 agosto 2006, li aveva diffidati a pagare lo scoperto con l'avvertenza che in caso di mancato versamento avrebbe notificato loro la disdetta del contratto.
B. Il 24 novembre 2006 A._ hanno promosso causa dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano chiedendo a B._ il pagamento di fr. 840.-- sulla base dell'art. 62 CO.
I conduttori hanno contestato gli aumenti delle spese di portineria e di manutenzione del giardino e hanno rimproverato al locatore di avere addebitato loro a torto i costi degli abbonamenti per la manutenzione del tetto piano e del portone del garage così come quelli concernenti la pulizia delle canalizzazioni, oneri che dovrebbero già essere compresi nella pigione.
C. C.a Statuendo il 30 ottobre 2008 il Pretore ha ammesso la proponibilità dell'azione per indebito arricchimento e l'ha accolta limitatamente a fr. 708.35.
D'un canto ha corretto le spese di portineria e di manutenzione del giardino; dall'altro ha ritenuto giustificata la richiesta del locatore di pagamento degli abbonamenti per la manutenzione del tetto piano e della porta garage come pure i costi concernenti la pulizia delle canalizzazioni; le spese di amministrazione (3%) sono state rettificate di conseguenza. Deducendo dal totale di fr. 3'746.55 così ottenuto gli acconti versati dai conduttori, il primo giudice è giunto al saldo menzionato.
C.b Il ricorso per cassazione interposto dai conduttori contro la decisione pretorile è stato respinto dalla Camera di cassazione civile del Tribunale d'appello il 14 luglio 2009.
D. Il 18 agosto 2009 A._ sono insorti davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile. Chiedono che la sentenza impugnata sia riformata nel senso di annullare il giudizio del Pretore e di defalcare dal conteggio 2005 le voci relative agli abbonamenti di manutenzione del tetto piano e della porta garage e alla pulizia delle canalizzazioni.
Con osservazioni del 29 settembre 2009 B._ ha proposto di respingere il ricorso. L'autorità cantonale non ha presentato osservazioni.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3).
1.1 Consapevole del mancato raggiungimento del valore litigioso minimo di fr. 15'000.-- prescritto dall'art. 74 cpv. 1 lett. a LTF per le controversie in materia di diritto della locazione, i ricorrenti ritengono di poter ciononostante introdurre un ricorso in materia civile in virtù dell'art. 74 cpv. 2 lett. a LTF, per il motivo che la controversia concerne una "questione di diritto d'importanza fondamentale".
Non è tuttavia necessario stabilire se questa eventualità sia realizzata. Infatti, anche se tale fosse il caso, il ricorso in materia civile dovrebbe comunque essere dichiarato inammissibile per diversi motivi.
1.2 La Corte cantonale ha premesso di statuire sulla base dell'art. 327 lett. g CPC/TI, che le permette di annullare la sentenza di primo grado solo se il Pretore ha commesso arbitrio nell'applicazione del diritto o nell'accertamento dei fatti. Essa ha aggiunto che in questo caso l'atto di ricorso deve contenere una motivazione che spieghi in modo preciso in cosa consista l'arbitrio, sia nei motivi che nel risultato. Siccome il gravame presentato dai ricorrenti è di "natura spiccatamente appellatoria", e non sostanzia l'arbitrio, come se fosse stata adita un'autorità con cognizione libera, i giudici ticinesi hanno concluso ch'esso "già per questo motivo andrebbe dichiarato inammissibile" (consid. 1 e 2). Nel seguito ne ha nondimeno esaminato il merito.
Qualora la sentenza impugnata si fondi su due motivazioni alternative e indipendenti occorre confrontarsi con entrambe, sotto pena dell'irricevibilità; infatti, se una delle motivazioni reggesse, le contestazioni dell'altra si ridurrebbero a semplici critiche volte contro i motivi, i quali, da soli, non ledono mai la parte ricorrente (DTF 132 III 555 consid. 2.3, 132 I 13 consid. 3 e 6). Nel caso in esame i ricorrenti non accennano neppure al rimprovero di avere presentato un gravame appellatorio inconciliabile con l'art. 327 lett. g CPC/TI; rivolgono le loro censure esclusivamente contro la motivazione di merito della Corte ticinese.
Il gravame potrebbe dunque essere dichiarato inammissibile già per questo motivo.
1.3 Esso risulta comunque irricevibile anche sotto il profilo seguente:
1.3.1 In linea di principio, il ricorso è ammissibile solo contro le decisioni pronunciate dalle autorità cantonali di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF). Qualora vengano proposte delle censure sulle quali esse hanno statuito con un potere cognitivo più ristretto rispetto a quello che compete al Tribunale federale nel quadro di un ricorso in materia civile, la decisione dell'autorità inferiore deve invece essere impugnata insieme a quella dell'ultima giurisdizione ("prassi Dorénaz"; DTF 134 III 141 consid. 2 pag. 143 con riferimenti). Ciò deriva dal principio dell'unità procedurale, secondo il quale l'autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale deve poter esaminare almeno le censure di cui agli articoli 95 - 98 LTF (art. 111 cpv. 3 LTF). Nella misura in cui vengono proposte tali censure, deve quindi formare oggetto d'impugnazione anche il primo giudizio. Di ciò i ricorrenti devono tenere conto tanto nelle conclusioni quanto nella motivazione del loro ricorso (DTF 134 III 141 consid. 2 pag. 144).
1.3.2 Nella fattispecie in esame la Camera di cassazione civile ticinese, come detto, ha statuito sotto l'angolo dell'arbitrio in forza dell'art. 327 lett. g CPC/TI. Essa disponeva dunque di un potere d'esame più limitato rispetto a quello del Tribunale federale.
I ricorrenti le rimproverano di avere violato gli art. 257a cpv. 1 e 2 CO e l'art. 257b CO così come l'art. 256 CO, per avere qualificato di spese accessorie i costi di alcuni abbonamenti per l'esecuzione di lavori di manutenzione dell'ente locato. Benché nella loro conclusione no. II/2 essi chiedano indirettamente anche la modifica della sentenza pretorile, contro quest'ultima essi non formulano però nessuna critica; le loro censure sono rivolte integralmente ed esclusivamente contro la sentenza della Corte cantonale. Alla luce del principio dell'unità procedurale e della prassi Dorénaz il ricorso si avvera di conseguenza inammissibile.
2. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza: esse sono pertanto poste a carico dei ricorrenti, in solido, con la precisazione che internamente essi sono responsabili in parti uguali (art. 66 cpv. 1 e 5 e 68 cpv. 1, 2 e 4 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico dei ricorrenti, i quali rifonderanno all'opponente fr. 700.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di cassazione civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.