Faits:
A. Souffrant notamment de troubles lombaires consécutifs à deux cures de hernies discales en 1984 et 1996, D._ a touché des prestations de l'assurance-invalidité jusqu'au 31 mars 2005. Après avoir repris une activité lucrative à plein temps en janvier 2005 au service de X._ SA (recte: Y._ SA), il a exercé comme chauffeur de camion du 1er mai 2008 au 31 octobre suivant, date de son licenciement, auprès de V._ SA. A ce titre-là, il était assuré collectivement auprès de la CSS Assurance (ci-après: CSS), contre la perte de gain en cas de maladie, par le biais du contrat cadre de l'Association valaisanne des entrepreneurs (AVE) conclu entre l'assurance-maladie professionnelle de l'industrie du bâtiment, du génie civil et des branches annexes du canton du Valais et les caisses-maladies CSS Assurance, CMBB et Progrès. Sur la déclaration d'adhésion destinée à la CSS qu'il a signée le 8 juillet 2008, D._ a répondu par l'affirmative à la question de savoir s'il était en bonne santé et par la négative à celles de savoir s'il avait été en arrêt de travail durant plus de trente jours sans interruption durant les deux dernières années et si un traitement médical ou une hospitalisation étaient envisagés ou prévisibles.
Le 24 octobre 2008, D._ a été engagé par Z._ SA, Placement temporaire, et a conclu avec cette société un contrat de mission d'une durée indéterminée auprès de W._ SA avec une entrée en service le 3 novembre suivant. Toujours le 24 octobre 2008, il a signé une déclaration d'adhésion à l'intention de la CSS, soit l'une des assurances auprès de qui Z._ SA assurait collectivement ses employés contre la perte de gain en cas de maladie par le biais du contrat cadre de l'AVE, et a derechef répondu par l'affirmative à la question de savoir s'il était en bonne santé et par la négative à celles de savoir s'il avait été en arrêt de travail durant plus de trente jours sans interruption durant les deux dernières années et si un traitement médical ou une hospitalisation étaient envisagés ou prévisibles.
D._ ne s'est pas présenté à son poste de travail. Le 21 janvier 2009, il a envoyé à la CSS un certificat daté du 11 décembre 2008 du docteur C._, médecin-traitant, qui y attestait une incapacité de travail d'une durée indéterminée à partir du 3 novembre 2008. Le 27 mars 2009, la CSS a refusé de lui verser des indemnités journalières, au motif qu'il n'était pas assuré auprès d'elle, en cas de perte de gain, à titre individuel ou par le biais d'une assurance collective.
Le 31 mars 2009, D._ a été opéré en raison d'une hernie discale L4-L5 droite avec canal lombaire étroit en L4-L5. Afin de compléter son dossier, l'office cantonal AI du Valais, auprès duquel D._ avait déposé une nouvelle demande de prestations en date du 4 mai 2009, a requis des informations de la CSS; celle-ci lui a alors demandé en retour une copie de son dossier. Il en ressortait que D._ était suivi depuis de nombreuses années pour des troubles dorsaux.
Après avoir été à nouveau interpellée par D._, la CSS, par décision du 20 août 2010, confirmée sur opposition le 8 juin 2011, a refusé de lui verser des indemnités journalières pour l'incapacité de travail présentée à partir du 3 novembre 2008. Elle a formulé une réserve de trois ans à compter du 1er mai 2008 pour toute incapacité de travail liée à des problèmes dorsaux, au motif que l'intéressé avait commis une réticence en ne mentionnant pas l'existence de tels troubles sur les deux déclarations d'adhésion qu'il lui avait remises. Elle a par ailleurs considéré qu'il n'était pas couvert pour la perte de gain entraînée par cette incapacité de travail, à défaut d'être assuré auprès d'elle par le biais de l'assurance collective contractée par Z._ SA, l'intéressé ayant abandonné son poste de travail en ne s'y présentant pas.
B. D._ a déféré cette décision au Tribunal cantonal valaisan, Cour des assurances sociales. Après avoir requis l'édition du dossier AI et de celui de Z._ SA notamment, la juridiction cantonale a débouté D._ par jugement du 19 avril 2012.
C. D._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut, en substance, à ce que la CSS lui verse à partir du 5 novembre 2008 des indemnités journalières pour perte de gain, sous suite de frais et dépens.
Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'examine en principe que les griefs invoqués (art. 42 al. 2 LTF) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (art. 105 al. 2 LTF).
2. Compte tenu des conclusions du recours et du jugement entrepris, le litige porte sur le droit du recourant à des indemnités journalières de la part de l'intimée à partir du 5 novembre 2008. Il s'agit notamment d'examiner la validité de la réserve d'assurance, formulée par celle-ci, avec effet au 1er mai 2008 et d'une durée de trois ans pour toute incapacité de travail liée à des troubles dorsaux.
3. La juridiction cantonale a constaté que D._ était atteint depuis de nombreuses années de troubles dorsaux notables et durables susceptibles de s'exacerber en cas d'activités trop lourdes. Celui-ci avait bénéficié de prestations de l'assurance-invalidité jusqu'en mars 2005 en raison de problèmes lombaires consécutifs à deux cures de hernies discales en 1984 et en 1996. Par ailleurs, le docteur C._ avait régulièrement attesté la présence de troubles dorsaux (certificats des 10 décembre 2004, 4 avril 2007 et 17 juin 2009) justifiant même une nouvelle intervention chirurgicale le 31 mars 2009 (courrier du 28 avril 2009). Quant aux médecins du Service médical régional AI (ci-après: SMR), ils avaient mis en évidence l'existence de lombalgies de longue date (rapport du 4 décembre 2009). Dans ces circonstances, la juridiction cantonale a considéré qu'en répondant à la CSS par l'affirmative à la question de savoir s'il était en bonne santé, D._ avait commis une réticence. L'assurance était donc justifiée à instaurer rétroactivement au 1er mai 2008, date à partir de laquelle l'intéressé s'était affilié auprès d'elle dans le cadre de ses relations de travail avec X._ SA (recte: V._ SA), une réserve de trois ans portant sur toute incapacité de travail liée à des problèmes dorsaux. La question de savoir si le contrat auprès de Z._ SA était devenu effectif dès le 3 novembre 2008 pouvait ainsi demeurer ouverte, l'intéressé n'ayant pas le droit à des indemnités journalières, à défaut d'être couvert pour toute incapacité de travail liée aux troubles précités en novembre 2008.
4. Invoquant une violation de l'art. 69 LAMal, le recourant soutient avoir été en bonne santé lors de son adhésion auprès de la CSS. Il fait valoir, entre autres arguments, que ses problèmes de dos ne s'étaient pas manifestés depuis des années et qu'il ne percevait plus de rente d'invalidité depuis avril 2005. Dans ces circonstances, la question qui lui avait été soumise par l'intimée, à savoir s'il était en bonne santé, était trop générale et pas suffisamment précise pour justifier la réserve formulée par l'assurance au motif qu'il ne lui avait pas déclaré l'existence de ses troubles dorsaux.
4.1 Aux termes de l'art. 69 al. 1 LAMal, les assureurs peuvent exclure de l'assurance, par une clause de réserve, les maladies existant au moment de l'admission. Il en va de même pour les maladies antérieures si, selon l'expérience, une rechute est possible. Selon la jurisprudence (arrêt du Tribunal fédéral 9C_28/2007 du 22 juin 2007 consid. 2.2), si la caisse n'a pas formulé de réserve lors de l'admission ou de l'augmentation des prestations assurées, elle ne peut le faire après coup (dans un certain délai) qu'en cas de réticence (ATF 110 V 308 consid. 2c p. 311 s.; arrêt du Tribunal fédéral des assurances K 89/85 du 19 août 1986 consid. 1a, non publié in ATF 112 V 185). La jurisprudence qualifie de réticence le fait de ne pas annoncer à la caisse, en passant sous silence de manière fautive, une maladie existante ou une maladie antérieure sujette à rechute, que l'assuré connaissait ou devait connaître en faisant preuve de l'attention qu'on pouvait exiger de lui (ATF 125 V 292 consid. 2 p. 293 s. et les références). L'obligation de renseigner ne s'étend toutefois pas à des indispositions survenues sporadiquement, qu'en toute bonne foi l'intéressé pouvait considérer comme des atteintes passagères et sans importance à son bien-être et que l'attention requise ne lui commande pas d'annoncer (ATF 109 V 36 consid. 1b p. 38 et l'arrêt cité). L'étendue de l'attention qu'on peut attendre de l'assuré dépend entre autres circonstances de la précision du questionnaire qui lui est adressé par la caisse; il faut juger avec plus de sévérité le silence de l'intéressé lorsque le questionnaire est établi de manière minutieuse et concrète que lorsqu'il invite à fournir des renseignements sommaires et abstraits (ATF 96 V 1 consid. 3 p. 4).
4.2 Il ressort des constatations de la juridiction cantonale que les prestations de l'assurance-invalidité dont a bénéficié le recourant jusqu'au 31 mars 2005 étaient justifiées par la perte de gain due aux problèmes lombaires consécutifs à deux cures de hernies discales en 1984 et 1996. L'instruction médicale menée dans le cadre de l'assurance-invalidité avait par ailleurs montré la persistance de ces troubles au-delà de mars 2005: le recourant présentait, sans effort, des lombalgies assez fréquentes et souffrait de blocage avec lombo-sciatalgies droites irradiant jusqu'à l'extrémité de son gros orteil en cas de fatigue ou de surcharge du dos (rapport du docteur C._ du 4 avril 2007), ce praticien relevant également de nombreux problèmes dorsaux qui entraînaient des restrictions dans un travail physique (rapport du 17 juin 2009). Les lombalgies existaient de longue date (rapport du SMR du 4 décembre 2009) et, de l'aveu même du recourant en instance fédérale, il consulte plusieurs fois par année pour un syndrome lombaire aigu avec importante contracture et irradiation et douleur dans les membres inférieurs. Au vu de cette situation et plus particulièrement de ses déclarations, le recourant ne pouvait pas ignorer, en l'occurrence, que ses problèmes dorsaux étaient conséquents et sujets à rechutes, l'existence d'une incapacité de travail n'étant pas nécessaire pour admettre l'importance de ses troubles. Dans ces circonstances et comme l'a retenu la juridiction cantonale, on était en droit d'attendre du recourant qu'il annonçât les troubles précités en réponse à la question de savoir s'il était en bonne santé sur les déclarations d'adhésion à l'intention de la CSS. Les arguments de celui-ci selon lesquels il n'était pas nécessaire de mentionner les problèmes dorsaux ne sont donc pas pertinents.
Il découle de ce qui précède que les premiers juges n'ont pas violé le droit lorsqu'ils ont conclu que l'instauration, par la CSS, d'une réserve d'assurance d'une durée de trois ans à partir du 1er mai 2008 pour toute incapacité de travail liée à des problèmes dorsaux était justifiée, au motif que le recourant avait commis une réticence en répondant par l'affirmative à la question de savoir s'il était en bonne santé.
5. 5.1 Dans un second motif, le recourant soutient que le seul examen mené par la juridiction cantonale, lequel portait sur l'existence d'une réticence, pour lui nier le droit à des indemnités journalières pour perte de gain n'est pas suffisant. Il fait valoir une violation de l'art. 71 LAMal, en ce sens que la CSS aurait refusé, à tort, de le transférer de l'assurance collective dont il bénéficiait jusqu'à la fin de ses rapports de travail auprès de V._ SA au 31 octobre 2008 à l'assurance individuelle, en soutenant qu'elle aurait omis de le renseigner par écrit sur son droit de passage dans ce type d'assurance, lui ouvrant ainsi le droit aux indemnités journalières. Par ailleurs, dans l'hypothèse où la CSS aurait également assuré la perte de gain maladie des employés de Y._ SA, il en aurait été de même lors de son passage de cet employeur à V._ SA au 1er mai 2008. Il y avait donc lieu, selon lui, de statuer sur ces deux points.
5.2 Les arguments soulevés par le recourant ne sont pas pertinents. En effet, en laissant ouverte la question de savoir si le contrat conclu entre le recourant et Z._ SA était devenu effectif le 3 novembre 2008, partant si D._ était assuré auprès de la CSS dès cette date, la juridiction cantonale a considéré, du moins de manière implicite, que la réserve, fondée (cf. consid. 4.2 supra), formulée par l'intimée pour une durée de trois ans à compter du 1er mai 2008 était valable au-delà du 31 octobre 2008, soit indépendamment de la fin des rapports de travail du recourant avec V._ SA. Ce raisonnement échappe à toute critique. En effet, à supposer que l'intimée eût omis de renseigner le recourant par écrit sur son droit de passage dans l'assurance individuelle, comme le prétend ce dernier, celui-ci serait resté dans l'assurance collective, conformément à l'art. 71 al. 2 LAMal. Dans ces conditions, la réserve instaurée par l'intimée pour une durée de trois ans à partir du 1er mai 2008 à l'endroit du recourant aurait encore été valable le 3 novembre 2008, date à partir de laquelle il a subi une incapacité de travail.
En outre, et il y a lieu de compléter sur ce point les constatations de la juridiction cantonale sur la base des dossiers versés à la procédure devant elle (art. 105 al. 2 LTF), Y._ SA n'était pas assurée pour une indemnité journalière maladie par le biais du contrat-cadre AVE (duplique de la CSS du 14 décembre 2011); cette entreprise ne couvrait pas ses employés pour ce risque auprès de la CSS mais d'un autre assureur (rapport d'employeur AI du 21 mars 2007), si bien que la question d'un libre passage dans l'assurance individuelle de l'intimée au 1er mai 2008 ne se posait pas.
6. Il suit de ce qui précède que c'est à bon droit que la juridiction cantonale a nié au recourant le droit à des indemnités pour perte de gain. Le recours, mal fondé, doit être rejeté.
7. Vu l'issue du litige, les frais de la procédure sont mis à la charge du recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal valaisan, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 22 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Hichri