Sachverhalt:
A. A.a Am 23. Februar 2006 erteilte die Baukommission Lindau der A._ AG die Baubewilligung für acht Mehrfamilienhäuser. Nach Erteilung der Bewilligung wurde das betreffende Grundstück an die B._ GmbH und die C._ AG verkauft, welche sich zur Einfachen Gesellschaft "D._" zusammengeschlossen hatten.
Am 30. August 2006 erteilte die Baukommission Lindau die Wasseranschlussbewilligung für das genannte Bauprojekt und setzte hierfür eine Gebühr in Höhe von Fr. 2'000.-- für jedes der acht Mehrfamilienhäuser sowie von Fr. 3'500.-- für einen Kunden (d.h. insgesamt Fr. 19'500.--) zuzüglich Mehrwertsteuer fest. Gegen die Verfügung wurde kein Rechtsmittel ergriffen und die Abgabe wurde bezahlt.
Am 11. Dezember 2006 veräusserten die B._ GmbH und die C._ AG das Grundstück an die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) und schlossen mit dieser gleichzeitig einen Totalunternehmervertrag über die Errichtung von acht Mehrfamilienhäusern samt Tiefgarage.
A.b Am 30. Juli 2009 widerrief der Gemeinderat Lindau die Verfügung der Baukommission vom 30. August 2006, soweit es die Höhe der verlangten Wasseranschlussgebühren anbelangte. Neu auferlegte er der B._ GmbH und der C._ AG Wasseranschlussgebühren in Höhe von Fr. 184'000.-- zuzüglich Mehrwertsteuer (total Fr. 188'416.--). Diese setzen sich zusammen aus der Grundgebühr von Fr. 2'000.-- für jedes der acht Mehrfamilienhäuser sowie von Fr. 3'500.-- für jeden der 48 Kunden, d.h. für jeden Erwerber der 48 einzelnen Wohneinheiten. Die B._ GmbH und die C._ AG rekurrierten hiergegen ohne Erfolg beim Bezirksrat Pfäffikon. Jedoch hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 11. Februar 2010 eine gegen den Rekursentscheid eingereichte Beschwerde gut, da die B._ GmbH und die C._ AG zum Zeitpunkt der Fälligkeit der Gebühren nicht mehr Grundeigentümer waren.
A.c Als Folge des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 11. Februar 2010 fällte der Gemeinderat Lindau am 27. Oktober 2010 einen neuen Beschluss, mit welchem er die Wasseranschlussgebühr abermals auf Fr. 188'416.-- (inkl. Mehrwertsteuer) festlegte und diese nun unter Abzug der bereits bezahlten Gebühr in Höhe von Fr. 19'968.-- der SUVA als neuer Grundeigentümerin auferlegte.
B. Gegen den Beschluss des Gemeinderates vom 27. Oktober 2010 rekurrierte die SUVA ohne Erfolg beim Bezirksrat Pfäffikon. Gegen den negativen Rekursentscheid beschwerte sie sich sodann beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 26. Januar 2012 ab.
C. Mit Eingabe vom 9. März 2012 führt die SUVA Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht und beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 26. Januar 2012.
Während der Bezirksrat Pfäffikon auf eine Vernehmlassung verzichtet, schliessen das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Gemeinde Lindau auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Verfügung vom 15. März 2012 lehnte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichtes das Gesuch der SUVA um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit dem ordentlichen Rechtsmittel der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert; auf die form- und fristgerecht (Art. 42 Abs. 2 und Art. 100 Abs. 1 BGG) eingereichte Beschwerde ist daher einzutreten.
2. Art. 51 des Reglements der Gemeinde Lindau vom 27. Juni 2005 über die Abgabe von Wasser durch die Gemeindewasserversorgung (Wasserreglement) lautet auszugsweise wie folgt:
Art. 51 - Anschlussgebühren
Für den Anschluss an die Wasserversorgung und die Mitbenützung der bestehenden Wasserversorgungsanlagen wird eine einmalige Anschlussgebühr erhoben:
Die Anschlussgebühr besteht aus einer Grundgebühr pro Hauptgebäude und einer Gebühr pro Kunde.
Als Hauptgebäude gelten Ein-, Doppel- und Reiheneinfamilienhäuser, Mehrfamilienhäuser oder Gewerbe- und Industriebauten. (...)
Als Kunden gelten räumliche und wirtschaftliche Einheiten (z.B. Wohnungen, Gewerbe, Dienstleistungsbetriebe etc.).
(...)
Aufgrund der obenstehenden Bestimmung erhellt ohne Weiteres, dass die ursprüngliche Verfügung der Baukommission Lindau vom 30. August 2006, welche ungeachtet der Anzahl Wohneinheiten von einem einzigen Kunden ausging, auf einer fehlerhaften Anwendung des Wasserreglements beruhte und somit an einem ursprünglichen Mangel litt. Dies wird denn von der Beschwerdeführerin auch nicht in Abrede gestellt. Umstritten und somit im Nachfolgenden zu prüfen ist dagegen, ob die Gemeinde Lindau diese Verfügung bezüglich der verlangten Anschlussgebühr widerrufen und eine neue Berechnung der Abgabe vornehmen durfte.
3. 3.1 Im vorliegenden Fall ist nicht ersichtlich, dass die Voraussetzungen eines Widerrufs einer formell rechtskräftigen Verfügung der Gemeinde gesetzlich geregelt würden. Aus diesem Grund beurteilt sich die Zulässigkeit des Widerrufs nach den Anforderungen des Vertrauensschutzes (Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV), welche von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung aufgestellt werden (BGE 137 I 69 E. 2.3 S. 71 f. mit Hinweisen). Hierauf beruft sich die Beschwerdeführerin und rügt, der erfolgte Widerruf der Gebührenverfügung vom 30. August 2006 verstosse gegen ihren verfassungsmässigen Anspruch auf Schutz des Vertrauens.
3.2 Praxisgemäss scheidet ein Widerruf aus, wenn das Interesse der Rechtssicherheit jenem an der richtigen Anwendung des Rechts vorgeht. So verhält es sich in der Regel, wenn eine Verfügung in einem Verfahren ergangen ist, in dem die sich gegenüberstehenden Interessen allseitig zu prüfen und gegeneinander abzuwägen waren oder wenn der Private von einer ihm durch die Verfügung eingeräumten Befugnis bereits Gebrauch gemacht hat (BGE 137 I 69 E. 2.3 S. 71 f.). Aus diesem Grund gelten namentlich Steuerveranlagungen nach Eintritt der (formellen) Rechtskraft grundsätzlich als unabänderlich, zumal sie in einem Verfahren ergehen, in dem der Sachverhalt besonders eingehend untersucht wird und sie das Steuerrechtsverhältnis ähnlich einem Urteil für einen zeitlich abgeschlossenen und einmaligen Sachverhalt regeln (BGE 121 II 273 E. 1a/bb S. 277). Neben den Steuerveranlagungen werden in der Praxis aber auch Gebührenverfügungen grundsätzlich als unwiderruflich angesehen, zumal dann, wenn die Abgaben bereits bezahlt sind (Urteile 2C_810/2010 und 2C_765/2010 vom 20. September 2011 E. 3.2 und E. 3.3 betreffend Wasser- und Kanalisationsanschlussgebühren; vgl. auch Urteil 2C_452/2010 vom 22. August 2011 E. 2.6 betreffend Erschliessungsbeiträge).
4. 4.1 Mit der aufgezeigten bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum Vertrauensschutz setzt sich der angefochtene Entscheid nur unzureichend auseinander: Die Vorinstanz hält zwar an sich zutreffend fest, dass eine Interessenabwägung zwischen der richtigen Anwendung des objektiven Rechts und der Wahrung der Rechtssicherheit vorzunehmen sei, doch äussert sie sich nicht substantiiert zur spezifischen Kasuistik im Abgaberecht. In Erwägung 3.2 des angefochtenen Entscheids nimmt das Verwaltungsgericht wohl auf die Urteile 2C_452/2010 und 2C_765/2010 Bezug und erkennt, dass das Bundesgericht dort die Abgabeverfügungen als unabänderlich betrachtete. Indes legt die Vorinstanz nicht dar, inwiefern der vorliegend zu beurteilende Fall anders gelagert sein soll als die Konstellationen in den genannten Urteilen, welche u.a. ebenfalls Wasseranschlussgebühren betrafen.
4.2 Immerhin weist die Vorinstanz darauf hin, dass sich das Formular, welches für ein Wasseranschlussgesuch verwendet wird, massgebend von einer Steuererklärung unterscheide: Letztere umfasse das gesamte steuerbare Einkommen und Vermögen minutiös anhand zahlreicher Unterpositionen, was einen direkten Schluss auf die zu erwartende Steuer zulasse. Das Anschlussgesuchsformular erfasse dagegen nur allgemeine Angaben zum Bauprojekt sowie den Hinweis auf die beizulegenden Projektpläne. Nicht speziell erhoben würden darin aber die Anzahl der Hauptgebäude oder die Anzahl der Wohnungen bzw. Kunden. Erst diese Angaben - so das Verwaltungsgericht weiter - erlaubten es aber dem Verfügungsadressaten, auf die zu veranlagende Gebühr zu schliessen. Die Vorinstanz geht daher davon aus, dass es gar nicht zum vorliegend streitigen Widerruf gekommen wäre, wenn die Erhebung der massgebenden Daten in einer vergleichbar förmlichen Weise wie in einem Steuerveranlagungsverfahren stattgefunden hätte, da der Berechnungsfehler der Behörde diesfalls durch den korrekten Hinweis der Bauherrschaft auf die tatsächliche Anzahl der erstellten Wohnungen verhindert worden wäre.
4.3 Die Ausführungen des Verwaltungsgerichts überzeugen im Ergebnis nicht: Es trifft zwar zu, dass der Detaillierungsgrad des Formulars für das Wasseranschlussgesuch geringer ist als bei einer Steuererklärung. Das von der Gemeinde eingereichte Musterformular erfragt in seiner aktuellen Fassung (Ausgabe 9. August 2010) bloss Angaben zur Bauherrschaft, zum Grundeigentümer und zum Projektverfasser sowie die Gebäudeversicherungsnummer, die Grundbuchnummer und die Bezeichnung des konkreten Bauprojekts. Massgeblich ist jedoch, dass dem Formular umfassende Unterlagen beizulegen sind, insbesondere ein Situationsplan 1:500 (Baueingabe), Grundrisspläne (Untergeschoss und Erdgeschoss) sowie Schnitte und Fassadenansichten. Ein einfacher Blick auf die eingereichten Unterlagen hätte mithin genügt, um zu erkennen, dass eine grosse Zahl von Wohnungen erstellt wird. Ausschlaggebend ist im vorliegenden Fall sodann ein weiterer Umstand: Die Baukommission hat hier nicht nur den Wasseranschluss bewilligt und die entsprechende Gebühr festgelegt, sondern rund sechs Monate zuvor auch die Baubewilligung für die acht Mehrfamilienhäuser erteilt. Es ist daher davon auszugehen, dass die Baukommission über sämtliche Einzelheiten des konkreten Bauprojekts bestens im Bilde war. Dass das von der Gemeinde erstellte Formular generell unzureichend wäre und stets zu einem ungenügenden Informationsstand führen würde, ist nicht ersichtlich und wäre im Übrigen ihr selbst anzulasten, hätte sie es doch in der Hand, allfällige Unklarheit durch eine Neugestaltung des Formulars aus der Welt zu schaffen.
5. 5.1 Nach dem hiervor Ausgeführten ist die von der Baukommission Lindau erlassene Verfügung gemäss der bundesgerichtlichen Praxis prinzipiell als unwiderrufbar anzusehen. Daran ändert der Hinweis des Verwaltungsgerichts grundsätzlich nichts, dass ein beachtliches öffentliches Interesse an einer rechtsgleichen Anwendung der kommunalen Gebührenregelung bestehe, weil lediglich 11 % der an sich geschuldeten Gebühr (Fr. 19'500.-- von Fr. 184'000.--) abgegolten worden seien: Der Schutz des berechtigten Vertrauens muss in der vorliegenden Konstellation vorgehen, könnte der Vertrauensschutz doch ansonsten regelmässig mit dem Argument der rechtsgleichen Behandlung der Grundeigentümer aus den Angeln gehoben und seines Gehaltes auf diese Weise weitgehend entleert werden (Urteil 2C_452/2010 vom 22. August 2011 E. 2.6 in fine). Es ist gerade das Wesen des Grundsatzes von Treu und Glauben, dem berechtigten Vertrauen eines Privaten in staatliches Handeln ausnahmsweise Vorrang einzuräumen gegenüber einer gesetzeskonformen und damit rechtsgleichen Behandlung. Soweit die Vorinstanz in diesem Zusammenhang ein "eklatantes Ungleichgewicht zwischen Leistung und Gegenleistung" erkennt, ist dies aber nichtsdestotrotz von potenzieller Bedeutung: Bei rechtskräftigen Steuerveranlagungen lässt die Rechtsprechung nämlich eine nachträgliche Abänderung zu Ungunsten des Steuerpflichtigen ausnahmsweise auch bei Fehlen von Revisionsgründen zu, wenn der Fehler auf ein offensichtliches Versehen der Steuerbehörde zurückzuführen ist und für den Steuerpflichtigen ohne Weiteres erkennbar war (Urteile 2P.262/2002 vom 22. April 2003 E. 2.3; 2A.508/2002 vom 4. April 2003 E. 2.2). Zu prüfen bleibt mithin, ob die Mangelhaftigkeit der Verfügung im hier zu beurteilenden Fall für den ursprünglichen Verfügungsadressaten offenkundig war und es sich deshalb rechtfertigt, den Widerruf zuzulassen.
5.2 Diesbezüglich erwog das Verwaltungsgericht in Erwägung 5.5 des angefochtenen Entscheids, die damaligen Verfügungsadressaten hätten bei Konsultation von Art. 51 des kommunalen Wasserreglements leicht erkennen können, dass die Wasseranschlussgebühren zu tief veranlagt worden waren.
Jedoch hielt die Vorinstanz auch fest, dass der Fehler ohne Beizug des Wasserreglements selbst für professionelle Bauherrschaften keineswegs offensichtlich gewesen sei, zumal die Wasseranschlussgebühren in den zürcherischen Gemeinden sehr unterschiedlich ausgestaltet seien. Eine ähnliche Grössenordnung der Gebühren wäre allenfalls dann gegeben, wenn die Gemeinden beispielsweise allein auf den Gebäudeversicherungswert abstellen würden. Indes stelle es das kantonale Recht den Gemeinden gerade frei, ob sie die Kosten für den Bau und die Benutzung der öffentlichen Wasserversorgung über eine Kombination von Erschliessungsbeiträgen, Anschluss- und Benutzungsgebühren oder lediglich über eine Verbindung von Anschluss- und Benutzungsgebühren oder gar ausschliesslich über Benutzungsgebühren finanzieren wollten. Die kantonale Baudirektion und das kantonale Gemeindeamt würden jenen Gemeinden mit rückläufiger Neubautätigkeit ausserdem dazu raten, auf Anschlussgebühren künftig gänzlich zu verzichten und den Betrieb und den Unterhalt ihrer Wasserversorgungsanlagen nur mittels Benutzungsgebühren zu bestreiten.
Weiter zog das Verwaltungsgericht in Betracht, dass in der Verfügung der Baukommission der Gemeinde Lindau vom 30. August 2006 nicht nur die Gebühren für den Wasseranschluss (in Höhe von Fr. 19'500.--) sondern auch Erschliessungsbeiträge und die Bauwasserbezugsgebühren festgesetzt worden seien, woraus immerhin ein Gesamtbetrag von Fr. 100'218.35 resultiert habe.
5.3 Diesen Ausführungen des Verwaltungsgerichts hält die Beschwerdegegnerin in ihrer Vernehmlassung entgegen, die Verfügung vom 30. August 2006 weise sämtliche Gebühren detailliert aus und die ursprünglichen Adressaten seien somit nicht darauf angewiesen gewesen, aus der Gesamtsumme (Fr. 100'218.35) abzuleiten, ob die Anschlussgebühr richtig berechnet worden sei. Im Übrigen zeige der Kostenvoranschlag, welcher die Einfache Gesellschaft "D._" für die SUVA erstellt habe, dass die Anschlussgebühren von den Projektverantwortlichen schon im Voraus berechnet und insgesamt, d.h. für alle Medien, mit Fr. 484'000.-- veranschlagt worden seien.
5.4 Die Einwendungen der Beschwerdegegnerin dringen nicht durch: Dass in der Verfügung vom 30. August 2006 sowohl die Gebühren für den Wasseranschluss als auch die Erschliessungsbeiträge und die Bauwasserbezugsgebühren einzeln ausgewiesen wurden, kann nichts daran ändern, dass die Differenz zwischen der reglementarisch geschuldeten und der effektiv fakturierten Wasseranschlussgebühr aufgrund der anschliessenden Zusammenrechnung der verschiedenen Abgaben weniger gut erkennbar gewesen ist, als wenn die entsprechende Rechnungsstellung separat erfolgt wäre. Ins Leere geht sodann der Hinweis auf den Kostenvoranschlag: Zum einen hat die Beschwerdegegnerin selbst eingeräumt, der Budgetposten in Höhe von Fr. 484'000.-- beinhaltete sämtliche Anschlussgebühren, d.h. nicht nur jene für Wasser; insofern erscheint es von vornherein schwierig, Rückschlüsse auf die von den Projektverantwortlichen eingeplanten Wasseranschlussgebühren zu ziehen, zumal der Budgetposten keine entsprechende Aufschlüsselung enthält und es entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin auch nicht gerichtsnotorisch ist, dass für Elektro- und Medienanschlüsse überhaupt keine Anschluss- bzw. Einkaufsgebühren erhoben werden. Zum anderen datiert der Kostenvoranschlag vom 27. November 2006, d.h. er wurde erst nach Erlass der Verfügung vom 30. August 2006 erstellt: Es ist daher fraglich, ob es sich bei den darin enthaltenen (Wasser-)anschlussgebühren überhaupt noch um eine im Voraus vorgenommene Schätzung bzw. Berechnung handelt, wie dies die Beschwerdegegnerin behauptet, oder ob in diesem Kostenvoranschlag nicht viel eher die bereits veranlagten und bezahlten Gebühren gemäss der Verfügung vom 30. August 2006 berücksichtigt wurden.
5.5 Bei dieser Sachlage ist der Einschätzung des Verwaltungsgerichts zuzustimmen, dass der Veranlagungsfehler für die ursprünglichen Verfügungsadressaten jedenfalls nicht offensichtlich war. Aus diesem Grund besteht kein Anlass, von der grundsätzlichen Unwiderrufbarkeit der hier im Streit liegenden Gebührenverfügung abzuweichen.
6. Gemäss den obigen Erwägungen steht fest, dass die Gemeinde Lindau ihre Verfügung vom 30. August 2006 nicht widerrufen und die verlangte Wasseranschlussgebühr nicht neu festlegen durfte. Dies führt zur Gutheissung der Beschwerde und zur ersatzlosen Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Auf die weiteren Rügen der Beschwerdeführerin muss bei diesem Ergebnis nicht weiter eingegangen werden.
Dem Ausgang des Verfahrens folgend, sind die bundesgerichtlichen Kosten der Gemeinde Lindau aufzuerlegen, welche durch ihr Handeln Vermögensinteressen verfolgte (Art. 66 Abs. 1 BGG i.V.m. Art. 66 Abs. 4 BGG e contrario). Ebenso hat die Gemeinde Lindau der SUVA für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 1 und Abs. 2 BGG). Zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens ist die Sache überdies an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. Januar 2012 wird aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Verfügung der Baukommission Lindau vom 30. August 2006 materielle Rechtskraft zukommt und eine nachträgliche Abänderung unzulässig ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Gemeinde Lindau auferlegt.
3. Die Gemeinde Lindau hat der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 6'000.-- zu entrichten.
4. Zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens wird die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. September 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Zähndler