Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Baden führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts auf Raub, Diebstahl, Betrug, schwere Körperverletzung, Verbreiten menschlicher Krankheiten, Veruntreuung, einfache Körperverletzung, Drohung, Nötigung, grobe Verletzung der Verkehrsregeln, Fahren in fahrunfähigem Zustand sowie diverse weitere Delikte. X._ wurde am 26. August 2011 ein erstes Mal in Haft genommen. Auf Beschwerde gegen einen Haftverlängerungsentscheid hin entschied das Bundesgericht am 2. November 2011, X._ sei unverzüglich aus der Untersuchungshaft zu entlassen (Verfahren 1B_570/2011).
Nachdem die Staatsanwaltschaft Baden am 21. Dezember 2011 ein weiteres Untersuchungsverfahren von der Staatsanwaltschaft Bern- Seeland übernommen hatte und nachdem am 4. Februar 2012 von einer Frau bei der Stadtpolizei Zürich Strafanzeige gegen X._ wegen Vorkommnissen nach der Entlassung aus der Untersuchungshaft eingereicht worden war, wurde X._ am 27. März 2012 erneut festgenommen. Auf Beschwerde der Staatsanwaltschaft hin bestätigte das Obergericht des Kantons Aargau die Inhaftierung wegen Wiederholungsgefahr. Das Bundesgericht wies die von X._ hiergegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 24. Mai 2012 ab (1B_254/2012, teilweise publiziert in BGE 138 IV 148).
B. In der Folge verlängerte das Zwangsmassnahmengericht die Haft, letztmals mit Verfügung vom 26. September 2012 bis zum 27. Dezember 2012. Dagegen erhob X._ Beschwerde beim Obergericht des Kantons Aargau. Mit Entscheid vom 15. November 2012 wies das Obergericht (Beschwerdekammer in Strafsachen) die Beschwerde ab.
C. Mit Eingabe vom 6. Dezember 2012 führt X._ Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und die Haftentlassung zu verfügen, eventuell geeignete mildere Ersatzmassnahmen anzuordnen. Im Weiteren stellt er das Begehren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Die Staatsanwaltschaft Baden und das Obergericht des Kantons Aargau haben auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Zwischenentscheid in einer Strafsache, gegen den gemäss Art. 78 ff. i.V.m. Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG die Beschwerde in Strafsachen offen steht. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer bestreitet das Vorliegen eines dringenden Tatverdachts. Der Tatverdacht habe sich im Verlauf der Untersuchung nicht erhärtet, sondern wegen widersprüchlicher Aussagen der vermeintlichen Opfer vielmehr abgeschwächt.
Welche Grundsätze für die Annahme eines dringenden Tatverdachts massgebend sind, hat das Bundesgericht dem Beschwerdeführer bereits dargelegt (Urteil 1B_254/2012 vom 24. Mai 2012 E. 5.1). Es hat auch ausgeführt, weshalb es den Tatverdacht vorliegend als hinreichend erachtete (zitiertes Urteil, E. 5.1 ff.). Gewiss trifft grundsätzlich zu, dass sich der Tatverdacht im Laufe der Untersuchung bestätigen muss, um die Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft zu rechtfertigen (vgl. BGE 137 IV 122 E. 3.1. und 3.3 S. 126 f.). Im soeben erwähnten Urteil (E. 3.3 S. 127) hat das Bundesgericht jedoch auch darauf hingewiesen, dass "Aussage-gegen-Aussage-Konstellationen" - wie sie hier gegeben sind - keineswegs oder auch nur höchstwahrscheinlich gestützt auf den Grundsatz "in dubio pro reo" zu einem Freispruch führen müssen. Gerade wenn mehrere voneinander unabhängige Belastungen mit ähnlichem Vorgehensmuster vorliegen, sind auch einzelne Widersprüche oder korrigierte bzw. abweichende Aussagen nach mehrmaliger Befragung der mutmasslichen Opfer nicht so ungewöhnlich, dass der in diesem Stadium nur summarisch zu würdigende Tatverdacht deswegen massgebend relativiert würde. Die Vorinstanz hat deshalb kein Bundesrecht verletzt, wenn sie die einlässliche Würdigung der Aussagen der Beteiligten dem urteilenden Gericht vorbehalten hat.
3. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, dass die Voraussetzungen zur Annahme von Wiederholungsgefahr nicht gegeben seien. Es fehle sowohl am Vortatenerfordernis als auch an der Rückfallgefahr.
3.1 Das Bundesgericht hat dem Beschwerdeführer die bei der Beurteilung des Haftgrundes der Wiederholungsgefahr (Art. 221 Abs. 1 lit. c StPO) relevanten Kriterien im Urteil 1B_254/2012 (E. 6.1 und 6.2) genannt. Es kann darauf verwiesen werden. Das Vortatenerfordernis hat das Bundesgericht im vorliegenden Zusammenhang als erfüllt erachtet (E. 6.2). Daran hat sich nichts geändert. Die Kritik des Beschwerdeführers gibt dem Bundesgericht keinen Anlass, auf seine Beurteilung zurückzukommen.
3.2 Zur Beurteilung der Rückfallgefahr konnte sich die Vorinstanz nunmehr zusätzlich auf ein ausführliches psychiatrisches Gutachten vom 10. August 2012 stützen. Dieses kommt zum Ergebnis (Ziff. 6.2 S. 27 ff., insbesondere S. 32 u. S. 34), dass die Rückfallgefahr bestehen bleibt und vermutlich noch weiter ansteigt, wenn der Beschwerdeführer nicht behandelt wird und weiterhin Alkohol und Drogen konsumiert. Das bestehende Rückfallrisiko lässt sich nach Meinung des Gutachters (a.a.O.) nur mit einer Psychotherapie vermindern. Damit hat sich die frühere Einschätzung (vgl. Urteil 1B_254/2012 E. 6.3) bestätigt und verstösst der angefochtene Entscheid auch in dieser Hinsicht nicht gegen Bundesrecht.
4. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, geeignete Ersatzmassnahmen im Sinne von Art. 237 Abs. 2 StPO seien jedenfalls ausreichend. Der Rückfallgefahr könne mit einer ambulanten Therapie begegnet werden, weshalb "engmaschige Ersatzmassnahmen" gestützt auf das Verhältnismässigkeitsprinzip den Vorzug vor der Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft verdienten.
Im Gutachten vom 10. August 2012 (a.a.O., S. 36) wird eine ambulante Therapie als "zweitbeste Lösung" bezeichnet; grundsätzlich sei eine stationäre Behandlung in einer Massnahmenvollzugsanstalt angezeigt. Eine ambulante Therapie müsste intensiv sein und hätte nur Erfolgschancen, wenn die Tagesstruktur des Beschwerdeführers geregelt und gewährleistet wäre. Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, die beantragte Verpflichtung zu sofortigen Arbeitsbemühungen über die regionale Arbeitsvermittlung mit regelmässigem Reporting bei der Staatsanwaltschaft genüge nicht und die Möglichkeit zum Aufbau einer geregelten Tagesstruktur müsse als unrealistisch eingeschätzt werden (angefochtenes Urteil E. 4). Dem ist beizupflichten. Es kann derzeit nicht davon ausgegangen werden, dass der stellenlose Beschwerdeführer mit der Arbeitssuche und Begleitung durch die Familie genügend Halt fände, so dass eine ambulante Therapie Erfolg haben könnte. Die Familie hat ihm bisher offensichtlich keinen hinreichenden Rückhalt geben können und der Beschwerdeführer hat mit seinem Verhalten kurz nach der Entlassung aus der Untersuchungshaft im November 2011 deutlich gemacht, dass er in Freiheit in das bisherige Verhaltensmuster abzugleiten droht. Die Vorinstanz durfte bei dieser Sachlage davon ausgehen, dass wirksame Begleitmassnahmen derzeit als unrealistisch erscheinen und Ersatzmassnahmen ausscheiden müssen.
5. Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen. Dem Begehren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung kann stattgegeben werden, da die Beschwerde nicht gerade als zum vornherein aussichtslos bezeichnet werden muss (vgl. Art. 64 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Stefan Semela wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Baden, dem Zwangsmassnahmengericht und der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle