Sachverhalt:
A. Der 1935 geborene G._ war bis zu seinem Konkurs im Jahr 2000 als selbstständiger Transportunternehmer tätig. Seine Geschäfte wurden von der Firma T._ GmbH weitergeführt, für welche er als Chauffeur und Geschäftsleiter tätig war. Die Firma T._ GmbH deklarierte für ihn der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) sowie der zuständigen Ausgleichskasse gegenüber einen Lohn aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit. Am 25. September 2002 war G._ als Lastwagenlenker in einen Verkehrsunfall verwickelt. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 6. Januar 2005 lehnte die SUVA ihre Leistungspflicht nachträglich ab und stellte die Rückforderung der bereits erbrachten Leistungen in Aussicht. G._ und sein Krankenversicherer erhoben Einsprache. Mit Einspracheentscheid vom 9. November 2005 hielt die SUVA an ihrem Entscheid fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 10. Dezember 2007 ab.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass er mit Blick auf den Unfall vom 25. September 2002 obligatorisch, eventualiter freiwillig, versichert war und die SUVA die gesetzlichen Leistungen zu erbringen habe. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann die Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Es kann daher auch eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz ergänzen, welche für die Anwendung des materiellen Bundesrechts von rechtserheblicher Bedeutung ist.
1.2 Für die Beurteilung des hier strittigen Falles ist das Bundesgericht nach Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG nicht an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden, da die SUVA mit Verfügung vom 6. Januar 2005 und Einspracheentscheid vom 9. November 2005 den Anspruch auf Leistungen (u. a. Taggelder) rückwirkend verneint hat und damit Geldleistungen der Unfallversicherung streitig sind.
2. Mit Verfügung vom 6. Januar 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 9. November 2005, hat die SUVA ihre Leistungen eingestellt und eine Rückforderung der bereits erbrachten Zahlungen mittels separater Verfügung angekündigt. Dabei handelt es sich nicht um eine Feststellungs-, sondern eine Leistungsaufhebungsverfügung. Daran ändert nichts, dass die SUVA nicht gleichzeitig eine Rückforderungsverfügung erliess, da die Rückerstattung von zu Unrecht erbrachten Leistungen nicht zwingend ist, sondern es der SUVA offen steht, aus einzelfallgerechten Überlegungen (etwa finanzielle Situation) im Sinne eines vorweggenommenen Erlasses auf die Rückforderung zu verzichten. Nach dem Gesagten erübrigen sich weitere Ausführungen zum geltend gemachten Mangel des Feststellungsinteresses.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die SUVA ihre Leistungspflicht für den Unfall vom 25. September 2002 nachträglich ablehnen durfte.
3.1 Art. 49 Abs. 1 ATSG bestimmt, dass über Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die erheblich sind oder mit denen die betroffene Person nicht einverstanden ist, der Versicherungsträger eine schriftliche Verfügung zu erlassen hat. Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die nicht unter Art. 49 Abs. 1 ATSG fallen, können in einem formlosen Verfahren behandelt werden (Art. 51 Abs. 1 ATSG). Nach Art. 124 UVV ist insbesondere bei der Zusprechung von Invalidenrenten, Abfindungen, Integritätsentschädigungen, Hilflosenentschädigungen, Hinterlassenenrenten und Witwenabfindungen sowie bei Revision von Renten oder Hiflosenentschädigungen (lit. a), bei der Kürzung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen (lit. b) und bei der Rückforderung von Versicherungsleistungen (lit. c) eine schriftliche Verfügung zu erlassen.
Gemäss einem allgemeinen Grundsatz des Sozialversicherungsrechts kann die Verwaltung auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide, die nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet haben, zurückkommen, wenn sie zweifellos unrichtig sind und wenn ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (Art. 53 Abs. 2 ATSG; BGE 133 V 50 E. 4.1 S. 52).
3.2 Taggelder der Unfallversicherung können in einem formlosen Verfahren zugesprochen werden (Art. 124 UVV e contrario in Verbindung mit Art. 51 Abs. 1 ATSG). Der im formlosen Verfahren nach Art. 51 Abs. 1 ATSG erlassene Entscheid zeichnet sich dadurch aus, dass er - allenfalls nach einer bestimmten Frist - in Rechtskraft erwächst. Er kann somit nicht mehr angefochten werden. Auch der Versicherungsträger kann nicht voraussetzungslos auf den formlosen Entscheid zurückkommen. Damit er eine formlose Verfügung abändern kann, müssen die Voraussetzungen eines Rückkommenstitels nach Art. 53 ATSG gegeben sein (vgl. auch Kieser, ATSG-Kommentar, Zürich 2003, N 6 zu Art. 51 und N 19 zu Art. 53). Die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Leistungen setzt voraus, dass die Bedingungen für eine Wiedererwägung oder eine prozessuale Revision des die fraglichen Leistungen zusprechenden - formell oder formlos erlassenen - Entscheids erfüllt sind (BGE 130 V 318 E. 5.2 in fine S. 320 mit Hinweisen; vgl. auch KIESER, a.a.O., N 6 zu Art. 25).
4. Die Firma T._ GmbH deklarierte für den Beschwerdeführer ab 1. Januar 2001 der SUVA sowie der zuständigen Ausgleichskasse gegenüber einen Lohn aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit. Nachdem der Beschwerdeführer sich am 25. September 2002 bei einem Unfall im Rahmen seiner Tätigkeit als Lastwagenfahrer Verletzungen zugezogen hatte, erbrachte die SUVA die gesetzlichen Leistungen. Auf Grund der bei der Firma T._ GmbH am 14. Juli 2004 durchgeführten Arbeitgeberkontrolle kamen der SUVA Zweifel an der Stellung des Beschwerdeführers als Arbeitnehmer und damit an seiner Eigenschaft als obligatorisch Versicherter. Zur Klärung dieser Zweifel forderte sie bei der Firma T._ GmbH Unterlagen an, welche Lohnzahlungen an den Beschwerdeführer belegen. Sie holte auch Auskünfte bei der Treuhänderin der Firma T._ GmbH ein. Zudem lag ihr die Steuererklärung des Beschwerdeführers für das Jahr 2002 vor. Mit Schreiben vom 13. Oktober 2004 teilte die SUVA dem Beschwerdeführer mit, dass "für den Unfall vom 25.9.2002 die Versicherungsdeckung bestanden hat. Das Taggeld wird im bisherigen Rahmen weiter ausgerichtet." Danach forderte sie nochmals Unterlagen für die Jahre 2002 und 2003 ein, lehnte mit Verfügung vom 6. Januar 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 9. November 2005, ihre Leistungspflicht nachträglich ab und stellte die Rückforderung der bereits erbrachten Leistungen in Aussicht.
5. Nachdem die SUVA verschiedene Abklärungen vorgenommen hatte, teilte sie dem Beschwerdeführer mit Schreiben vom 13. Oktober 2004 mit, dass sie das Taggeld im bisherigen Rahmen weiter ausrichte. Sie hat ihm dadurch zu verstehen gegeben, sie sei auf Grund der erfolgten Abklärungen zum Ergebnis gelangt, dass er die bereits erbrachten Leistungen zu Recht bezogen und auch Anspruch auf weitere Leistungen habe. Da sie seinem Begehren vollständig entsprach, war dazu gemäss Art. 51 Abs. 1 ATSG und Art. 124 UVV der Erlass einer formellen Verfügung im Sinne von Art. 49 Abs. 1 ATSG nicht nötig. Für den Beschwerdeführer bestand deshalb kein Anlass, eine formelle Verfügung zu verlangen.
Um die erbrachten Leistungen zurückfordern zu können, müssen auch bei diesen im Verfahren nach Art. 51 ATSG zugesprochenen Leistungen die Voraussetzungen des Art. 53 Abs. 2 ATSG erfüllt sein (E. 4). Die SUVA kann sich somit nicht drei Monate später auf den Standpunkt stellen, die Leistungsausrichtung sei von Beginn an fehlerhaft gewesen. Vielmehr fehlt es für ein Zurückkommen auf die Leistungszusprechung unter diesen Umständen an der Voraussetzung der zweifellosen Unrichtigkeit und damit eines Rückkommenstitels im Sinne von Art. 53 Abs. 2 ATSG, zumal sich die SUVA auf keine neuen, erst nach dem 13. Oktober 2004 bekannt gewordenen Tatsachen oder Beweismittel abstützen kann. Insbesondere ist die Berufung auf die in der Verfügung vom 6. Januar 2005 erwähnte Besprechung vom 23. November 2004 unbehelflich, da sich in den Akten keinerlei Unterlagen dazu befinden.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die SUVA hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der obsiegende Beschwerdeführer hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 10. Dezember 2007 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 9. November 2005 werden aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. November 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold