Sachverhalt:
A.
Am 3. Februar 2006 wurde die Gesellschaft Y._ GmbH mit Sitz in U._ (ZH) gegründet. Am 8. Juni 2007 wurde der Sitz nach V._ (SZ) und am 10. April 2008 nach W._ (NW) verlegt. Am 3. April 2012 wurde die Gesellschaft schliesslich in eine Aktiengesellschaft mit der Firma Z._ umgewandelt und der Sitz wurde in die Stadt X._ verlegt.
Für die Periode 2007 beanspruchte der Kanton Zürich weiterhin die Steuerhoheit, da er die Sitzverlegung in den Kanton Schwyz als rein fiktiv erachtete, zumal die tatsächliche Geschäftsführung weiterhin im Kanton Zürich stattfand. Ein entsprechender Entscheid der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich erwuchs in Rechtskraft.
Für die Steuerperioden 2008 und 2009 beanspruchte der Kanton Nidwalden die Steuerhoheit. Für diese beiden Perioden wurde die Gesellschaft in Nidwalden mit Verfügungen vom 6. April 2009 (Steuerperiode 2008) und vom 19. April 2010 (Steuerperiode 2009) definitiv veranlagt. Für die Steuerperioden 2010 und 2011 wies der Kanton Nidwalden mit Verfügung vom 28. September 2012 die Steuerfaktoren gänzlich dem Kanton Zürich zu.
B.
Mit Verfügung vom 7. Mai 2013 beanspruchte auch das Kantonale Steueramt Zürich die Steuerhoheit betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperioden 2008 bis und mit 2011. Es begründete dies im Wesentlichen damit, auch die Sitzverlegung nach V._ sei rein fiktiv gewesen, da die tatsächliche Leitung der Gesellschaft nach wie vor in X._ erfolgt sei.
Die gegen diese Verfügung von der Gesellschaft erhobenen kantonalen Rechtsmittel wurden vom Kantonalen Steueramt Zürich (Einspracheentscheid vom 5. Juli 2013), vom Steuerrekursgericht des Kantons Zürich (Rekursentscheid vom 30. September 2013) sowie vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (Urteil vom 2. April 2014) abgewiesen.
C.
Mit Eingabe vom 8. Mai 2014 führt die Z._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, die Steuerhoheit für die Jahre 2008 bis und mit 2011 sei dem Kanton Nidwalden zuzuweisen.
Während das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürichs die Abweisung der Beschwerde beantragen, schliessen das Kantonale Steueramt Nidwalden und die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) auf teilweise Gutheissung der Beschwerde: Letztere vertreten dabei im Wesentlichen die Auffassung, der Kanton Zürich habe sein Besteuerungsrecht für die Perioden 2008 und 2009 verwirkt.
Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Steuerhoheitsentscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, bei dem es sich um einen Endentscheid handelt (Art. 90 BGG), ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Anfechtung dieses Urteils legitimiert. Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist einzutreten (vgl. Art. 100 und Art. 42 BGG).
1.2. Das Bundesgericht stellt grundsätzlich auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt ab (Art. 105 Abs. 1 BGG). Diese Sachverhaltsfeststellungen können vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Rüge, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden, ist gleichbedeutend mit der Willkürrüge und muss daher gemäss den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG in der Beschwerdeschrift begründet werden (BGE 134 II 349 E. 3 S. 351 f.; 133 II 249 E. 1.2.2 und E. 1.4.3 S. 252 ff.).
1.3. Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Indes prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG; vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rügepflicht: Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; 133 IV 286 E. 1.4 S. 287). Die Verletzung von kantonalem Recht ist ausser in den Fällen von Art. 95 lit. c - e BGG kein zulässiger Beschwerdegrund. Überprüft werden kann diesbezüglich nur, ob der angefochtene Entscheid auf willkürlicher Gesetzesanwendung beruht oder sonstwie gegen übergeordnetes Recht verstösst (BGE 136 I 241 E. 2.4 und E. 2.5.2 S. 249 f.; 133 II 249 E. 1.2.1 S. 151 f.).
1.4. Im vorliegend zu entscheidenden interkantonalen Kompetenzkonflikt könnten die bereits rechtskräftigen Veranlagungen des Kantons Nidwalden für die Steuerperioden 2008 und 2009 an sich mitangefochten werden (vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG, BGE 131 I 145 E. 2.1 S. 145), obwohl sie keine Urteile im Sinne von Art. 86 BGG darstellen (vgl. BGE 133 I 300 E. 2.4 S. 307; 133 I 308 E. 2.4 S. 313). Indes prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, ob eine vom Beschwerdeführer nicht angefochtene konkurrierende Veranlagung das Verbot der Doppelbesteuerung verletzt (vgl. BGE 111 la 44 E. 1b S. 46, mit Hinweisen; Urteil 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 1.2). Im vorliegenden Fall wurde die Eingabe der Beschwerdeführerin durch ihren Geschäftsführer verfasst, einem Juristen und diplomierten Steuerexperten. In dieser Beschwerdeschrift wird weder explizit noch implizit ein Rechtsbegehren gegen die Veranlagungen des Kantons Nidwalden gestellt; diese bilden mithin nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens (vgl. das Urteil 2C_95/2013 resp. 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 3.10, publ. in: StR 68 2013 S. 810, ASA 82 S. 227, StE 2013 B 22.2 Nr. 28, RDAF 2014 II 336). Bei einer Abweisung der Beschwerde und der Bestätigung der Steuerhoheit des Kantons Zürich müsste die Steuerpflichtige die rechtskräftigen Veranlagungsverfügungen der Nidwaldner Steuerbehörden daher mittels Revision aufheben lassen: Art. 223 Abs. 1 Ziff. 4 des Gesetzes des Kantons Nidwalden vom 22. März 2000 über die Steuern des Kantons und der Gemeinden sieht diesbezüglich ausdrücklich vor, dass eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten der steuerpflichtigen Person revidiert werden kann, wenn bei interkantonalen oder internationalen Doppelbesteuerungskonflikten die erkennende Behörde zum Schluss kommt, dass nach den anwendbaren Regeln der Kanton sein Besteuerungsrecht einschränken müsste. Ob sich bei aktueller inter kantonaler Doppelbesteuerung - analog der Rechtslage bei inter nationaler Doppelbesteuerung - darüber hinaus auch unmittelbar gestützt auf Art. 127 Abs. 3 BV ein Revisionsanspruch ergibt, hat das Bundesgericht offengelassen (BGE 139 II 373 E. 1.5 S. 376 f.; vgl. CASANOVA in: Zweifel / Beusch / Mäusli / Allenspach [Hrsg.], Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 45 E. 10 f.).
2.
2.1. Juristische Personen sind nach Art. 20 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und § 55 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) steuerpflichtig, wenn sich ihr Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung im Kanton befindet. Dabei sind die Verhältnisse am Ende der Steuerperiode massgebend (Art. 22 Abs. 1 Satz 2 StHG). Sitz der juristischen Person ist der Ort, den die Statuten als Sitz bezeichnen (vgl. Art. 56 ZGB). Aufgrund der Bestimmung von Art. 20 Abs. 1 StHG kann es zu Fällen kommen, wo sowohl der Sitzkanton als auch der Kanton der tatsächlichen Verwaltung die Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit, d.h. das Hauptsteuerdomizil, beanspruchen. Dieser Konflikt ist nach den Regeln zu lösen, welche die Praxis zum interkantonalen Steuerrecht entwickelt hat.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 127 Abs. 2 BV befindet sich das Hauptsteuerdomizil einer juristischen Person im interkantonalen Verhältnis grundsätzlich an ihrem durch die Statuten und den Handelsregistereintrag bestimmten Sitz. Auf diesen zivilrechtlichen Sitz wird jedoch dann nicht abgestellt, wenn ihm in einem anderen Kanton ein Ort gegenübersteht, an dem die normalerweise am statutarischen Sitz sich abspielende Geschäftsführung und Verwaltung, d.h. die leitende Tätigkeit, in Wirklichkeit vor sich geht. In solchen Fällen wird der Ort der effektiven Leitung bzw. Verwaltung als Steuerdomizil betrachtet. Entscheidend sind die gesamten Umstände des Einzelfalls (Urteil 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.1 m.w.H.). In Bezug auf die Beweisführung und den relevanten Zeitpunkt gilt das Folgende: Der steuerrechtliche (Wohn-) Sitz als steuerbegründende Tatsache ist grundsätzlich von der Steuerbehörde nachzuweisen. Der Pflichtigen kann allerdings der Gegenbeweis für die von ihr behauptete subjektive Steuerpflicht an einem neuen Ort auferlegt werden, wenn die von der Steuerbehörde angenommene bisherige subjektive Steuerpflicht als sehr wahrscheinlich gilt (Urteil 2C_183/2007 vom 15. Oktober 2007 E. 3.2).
2.2. Gemäss den grundsätzlich verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz erfolgte zu keinem Zeitpunkt eine Verlegung der Gesellschaftsleitung bzw. von wesentlicher Geschäftsinfrastruktur oder gar Personal vom ursprünglichen Sitzkanton Zürich in den Kanton Nidwalden. Die Pflichtige mietete lediglich ab Februar 2008 einen ersten Büroraum für Fr. 400.--/Monat und ab Oktober 2008 einen weiteren Büroraum für monatlich Fr. 400.-- an. Ab 30. April 2010 wurden Büros zu einem Mietzins von insgesamt Fr. 1'500.--/Monat gemietet. Indes wurden die Büroräumlichkeiten der Pflichtigen während der Mietdauer an andere Gesellschaften weitervermietet; das Geschäftsmodell der Pflichtigen bestand darin, internationale Unternehmen anzusiedeln, indem sie ihnen ihrerseits in den angemieteten Räumen in V._ ein Domizil bot. Die vom Gesellschafter und Geschäftsführer angegebenen Wohn- und Arbeitsorte liegen dagegen alle im Kanton Zürich: Für die Korrespondenz der Pflichtigen hat er stets seine Arbeitsadresse "Strasse xx, X._" genannt und den entsprechenden Telefonanschluss dieser Adresse als Kontakt für Rückfragen deklariert.
Bei dieser Sachlage erscheint die vom Kantonalen Steueramt Zürich angenommene Fortsetzung der bisherigen subjektiven Steuerpflicht im Kanton Zürich als sehr wahrscheinlich, weshalb der Pflichtigen der Gegenbeweis für die Verlagerung des Sitzes nach V._ obliegt.
2.3. Was die Steuerpflichtige diesbezüglich vorbringt, überzeugt nicht:
So macht sie etwa geltend, der Kanton Zürich habe betreffend die Steuerperiode 2008 auf die Steuerhoheit verzichtet, da er für die direkte Bundessteuer die Steuerhoheit nicht in Anspruch genommen habe. Indessen hatte das Kantonale Steueramt während des Verfahrens stets betont, der Verzicht bezüglich der direkten Bundessteuer für die Periode 2008 sei einzig deshalb erfolgt, weil der Kanton Nidwalden diese bereits bezogen hatte, und der Kanton Zürich ein umständliches Stornierungsverfahren im Kanton Nidwalden vermeiden wollte. Ein solches Vorgehen erscheint aus Gründen der Zweckmässigkeit und der Prozessökonomie als sinnvoll. Ein impliziter Verzicht auf die Steuerhoheit für die Kantons- und Gemeindesteuern lässt sich daraus nicht ableiten. Ebenso wenig stellt dieses einzig mit Praktikabilitätsüberlegungen begründete Vorgehen eine Verletzung des Prinzips der einheitlichen und ungeteilten Veranlagungs- und Bezugszuständigkeit dar.
Soweit die Beschwerdeführerin auf die in Nidwalden angemieteten Räumlichkeiten und die dafür angeschaffte Büroeinrichtung verweist, erscheint entscheidend, dass diese Büros weitervermietet wurden, um anderen Gesellschaften ihrerseits ein Domizil zu bieten. Dass die Beschwerdeführerin diese Infrastruktur für eine massgebliche eigene Geschäftstätigkeit bzw. für geschäftsleitende Aktivitäten benutzt hat, behauptet sie nicht. Ob der aus der Weitervermietung resultierende Mietertrag dem Kanton Nidwalden zuzuweisen ist, wie dies die Beschwerdeführerin geltend macht, erscheint bezüglich der hier einzig zu behandelnden Frage der grundsätzlichen Steuerhoheit von untergeordnetem Interesse; es wird darüber gegebenenfalls im Rahmen der Veranlagung zu befinden sein.
Schliesslich bringt die Beschwerdeführerin mit Bezug auf die von ihr angegebenen Korrespondenz- und Kontaktdaten vor, das Verwaltungsgericht vermenge ihre Tätigkeit mit jener der in X._ ansässigen Einzelunternehmung ihres Gesellschafters und Geschäftsführers: Bei der Geschäftstätigkeit der Beschwerdeführerin habe es sich um eine blosse verselbständigte Nebentätigkeit der Einzelunternehmung ihres Geschäftsführers gehandelt. Indessen ist nicht ersichtlich, was die Beschwerdeführerin aus dieser Behauptung zu ihren Gunsten ableiten will: Wie das Kantonale Steueramt Zürich in seiner Vernehmlassung zutreffend aufzeigt, führt die von der Beschwerdeführerin behauptete enge wirtschaftliche Verknüpfung zwischen der Tätigkeit der Einzelunternehmung ihres Geschäftsführers und ihrer eigenen Tätigkeit sogar umso mehr zur Annahme, dass die Nebentätigkeit ebenfalls vom Ort der Haupttätigkeit ausgeführt wurde, wofür auch die angegebenen Kontaktdaten in der Stadt X._ sprechen.
2.4. Aufgrund der obenstehenden Erwägungen erscheint es nicht als bundesrechtswidrig, wenn der Kanton Zürich für die im Streit liegenden Steuerperioden 2008-2011 weiterhin die Steuerhoheit betreffend die Staats- und Gemeindesteuern beansprucht; ebenso wenig ist darin eine willkürliche Anwendung von kantonalem Recht zu erkennen.
3.
3.1. Das Kantonale Steueramt Nidwalden erhebt in seiner Vernehmlassung wie bereits erwähnt die Einrede der Verwirkung betreffend die Steuerperioden 2008 und 2009: Diese beiden Perioden seien bereits in guten Treuen rechtskräftig veranlagt gewesen, als der Kanton Nidwalden durch die Mitteilung des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 27. Mai 2010 erstmals Kenntnis davon erhalten habe, dass konkurrierende Steueransprüche im Raum stehen könnten. Zudem seien ab diesem Zeitpunkt nochmals fast drei Jahre vergangen, bis das Kantonale Steueramt Zürich am 7. Mai 2013 die Steuerhoheit betreffend die genannten Perioden definitiv für den Kanton Zürich beansprucht habe.
3.2. Ein Kanton, der die für die Steuerpflicht massgeblichen Tatsachen kennt oder kennen kann, verwirkt sein Recht auf Besteuerung, wenn er trotzdem mit der Erhebung des Steueranspruchs ungebührlich lange zuwartet und wenn bei Gutheissung des erst nachträglich erhobenen Anspruchs ein anderer Kanton zur Rückerstattung von Steuern verpflichtet werden müsste, die er formell ordnungsgemäss in guten Treuen und in Unkenntnis des kollidierenden Steueranspruchs bezogen hat. Diese Regelung bezweckt, den die Einrede erhebenden Kanton davor zu bewahren, schon bezogene Steuern aufgrund eines an sich vorrangigen, aber erst ungebührlich spät erhobenen Steueranspruches des anderen Kantons zurückerstatten zu müssen. Aus diesem Grund kann die Verwirkung auch nur durch den betroffenen Kanton und nicht etwa durch die steuerpflichtige Person geltend gemacht werden (BGE 139 I 64 E. 3.2 S. 67; 137 I 273 E. 3.3.4 S. 279 f.; Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 3.1 m.w.H.). Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gilt der Anspruch auf periodische Steuern unter der heute herrschenden einjährigen Gegenwartsbemessung (vgl. Art. 16 f. StHG) in der Regel dann als verspätet, wenn er später als ein Jahr nach Ablauf der auf die Steuerperiode folgenden Veranlagungsperiode geltend gemacht wird. Dies bedeutet Folgendes: Fallen die Steuerperiode und damit auch die Bemessungsperiode auf das Jahr "n", erstreckt sich die Veranlagungsperiode über das Jahr "n+1" und verwirkt das Besteuerungsrecht des untätigen Kantons damit am Ende des Jahres "n+2" (BGE 139 I 64 E. 3.3 S. 68; 132 I 29 E. 3.3 in fine S. 33 ff., 35; Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 3.1).
3.3. Auf den vorliegenden Fall angewendet, bedeutet diese Praxis, dass betreffend die Steuerperiode 2008 (=Veranlagungsperiode 2009) der Steueranspruch verwirkt ist, wenn er nicht vor Ende 2010 geltend gemacht wurde. Für die Steuerperiode 2009 (=Veranlagungsperiode 2010) tritt die Verwirkung mit Ablauf des Jahres 2011 ein. Das Steueramt des Kantons Zürich teilte dem Kantonalen Steueramt Nidwalden indes bereits am 27. Mai 2010 schriftlich mit, dass es sich bei der neuen Adresse der Beschwerdegegnerin vermutlich um ein Scheindomizil handle und kündigte an, den Kanton Nidwalden über die weiteren Rechtsmittelverfahren auf dem Laufenden zu halten. Gegenüber der Beschwerdegegnerin brachte das Kantonale Steueramt Zürich mit E-Mails vom 26. November 2010 resp. vom 1. Dezember 2010 ebenfalls zum Ausdruck, dass es an der Steuerhoheit festhält und den Domizilwechsel nach Nidwalden nicht ohne Weiteres akzeptiert, sondern es diesbezüglich weitere Abklärungen für notwendig hält. Mit diesem Vorgehen hat das Kantonale Steueramt Zürich sein Besteuerungsrecht gewahrt: Der Erlass einer anfechtbaren Verfügung innert der Verwirkungsfrist ist gemäss der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht mehr notwendig (BGE 139 I 64 E. 3.4 S. 68 ff. m.H.). Erst recht ist es nicht erforderlich, dass innert der Verwirkungsfrist bereits die (erstinstanzliche) Veranlagung stattfindet; hierfür besteht vielmehr die (unterbrechbare) fünfjährige Verjährungs frist gemäss Art. 47 Abs. 1 StHG (BGE 139 I 64 E. 3.3 f. S. 68 f.).
4.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde unbegründet und somit abzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend, sind die Gerichtskosten vollumfänglich der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 BGG). Parteientschädigungen sind keine geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Zähndler