Faits:
A. Le 22 octobre 2008, A.X._ a déposé plainte contre Y._, pour lésions corporelles, après que son fils, B.X._, se soit cassé le bras et contusionné le visage en tombant du toit du garage du dénoncé.
B. Par décision du 7 janvier 2009, le Juge d'instruction a refusé de donner suite à cette dénonciation.
Par décision du 3 mars 2009, le Juge de l'autorité de plainte du Tribunal cantonal valaisan a rejeté la plainte déposée par A.X._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de la décision cantonale, à ce que la qualité de représenter son fils lui soit reconnue, à ce que l'instruction soit reprise et, subsidiairement, à la désignation d'un curateur pour défendre les intérêts de son enfant.
Considérant en droit:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire n'est ouvert que contre les décisions de dernière instance cantonale qui ne peuvent faire l'objet d'aucun recours ordinaire (art. 113 LTF). Dans le cas présent, le recours en matière pénale étant ouvert contre le jugement attaqué (cf. art. 78 al. 1 et 80 al. 1 LTF), le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Dans la mesure où le recourant s'écarte des constatations cantonales, sans invoquer ni démontrer d'arbitraire, ses critiques sont irrecevables (cf. art. 105 al. 1, 97 al. 1 et 42 al. 2 LTF). Tel est le cas lorsqu'il affirme que la décision attribuant l'autorité parentale sur l'enfant B.X._ à sa mère n'est pas définitive. Par ailleurs, il explique seulement que le jugement de divorce fait l'objet d'un appel, alors que la décision attribuant l'autorité parentale à la mère est une décision sur mesures provisionnelles que le recourant ne prétend pas avoir contestée.
3. Le recourant estime être habilité à défendre les intérêts de son fils, soit à dénoncer pénalement l'infraction éventuellement commise à l'encontre de ce dernier.
3.1 En l'espèce, l'enfant s'est cassé un bras et contusionné le visage en tombant du toit d'un garage. Partant, seule l'infraction de lésions corporelles simples par négligence au sens de l'art. 125 al. 1 CP entre en ligne de compte, infraction qui n'est poursuivie que sur plainte.
Aux termes de l'art. 30 CP, si une infraction n'est punie que sur plainte, toute personne lésée peut porter plainte contre l'auteur (al. 1). Si le lésé n'a pas l'exercice des droits civils, le droit de porter plainte appartient à son représentant légal. S'il est sous tutelle, le droit de porter plainte appartient également à l'autorité tutélaire (al. 2). Le lésé mineur ou interdit a le droit de porter plainte s'il est capable de discernement (al. 3).
3.1.1 La personne lésée au sens de l'al. 1 de la norme précitée est celle dont le bien juridique protégé par la disposition pénale est directement atteint par l'infraction. Celui qui n'est atteint qu'indirectement, en tant que proche par exemple, n'est pas un lésé au sens de cette définition et n'a donc pas qualité pour porter plainte (ATF 92 IV 1 consid. a p. 2).
3.1.2 Les représentants légaux d'un mineur au sens de l'al. 2 de l'article susmentionné sont en principe les père et mère, dans les limites de leur autorité parentale (cf. art. 304 al. 1 CC). Des problèmes particuliers peuvent par conséquent se poser lorsque l'auteur de l'infraction est le représentant légal de l'enfant ou même l'un des proches du détenteur de l'autorité parentale. Dans ces cas, un curateur doit alors être désigné et chargé de porter plainte. En effet, selon l'art. 306 al. 2 CC, les dispositions sur la curatelle de représentation sont applicables lorsque, dans une affaire, les intérêts des pères et mères s'opposent à ceux de l'enfant. De même, l'art. 392 ch. 2 CC prévoit que l'autorité tutélaire institue une curatelle soit à la requête d'un intéressé, soit d'office, dans les cas prévus par la loi et, en outre lorsque les intérêts du mineur ou de l'interdit sont en opposition avec ceux du représentant légal (cf. C. RIEDO, Der Strafantrag, p. 292 s.; C. RIEDO, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2ème éd., art. 30 n° 24; D. STOLL, Commentaire romand, Code pénal I, ad art. 30 n° 38).
3.2 En l'occurrence, le recourant n'a pas qualité pour déposer plainte en application de l'art. 30 al. 1 CP, puisqu'il n'est pas un lésé au sens défini ci-dessus (cf. supra consid. 3.1.1).
Il n'a pas non plus qualité pour déposer plainte en application de l'art. 30 al. 2 CP, étant donné que, selon les constatations cantonales, le Juge I des districts d'Hérens et Conthey a, par décision du 9 octobre 2008, confié l'autorité parentale et la garde de l'enfant lésé exclusivement à sa mère, C.X._ (cf. supra consid. 3.1.2).
Enfin, selon la décision du juge d'instruction du 7 janvier 2009, refusant de donner suite à la dénonciation du recourant et à laquelle se réfère l'autorité cantonale, l'affaire en question n'est pas pénale, mais relève de la responsabilité civile. De plus, aucun manquement ne saurait être reproché à l'intimé, celui-ci ayant fait le nécessaire pour que l'enfant fut surveillé. Au regard de ces éléments, des lésions constatées et des circonstances de l'accident (cf. supra consid. A et 3.1), on ne saurait reprocher aux autorités valaisannes de ne pas avoir requis l'institution d'une curatelle en faveur de l'enfant en application des art. 306 al. 2 et 392 ch. 2 CC (cf. supra consid. 3.1.2).
Sur le vu de ce qui précède, le grief du recourant doit donc être rejeté.
4. Par surabondance, on peut relever que l'autorité cantonale a dénié au recourant la qualité pour recourir contre la décision du juge d'instruction, au motif que l'intéressé ne réalisait pas les conditions posées par l'art. 46 ch. 4 CPP/VS. Or, dans ses écritures, le recourant n'invoque aucun arbitraire dans l'application du droit cantonal de procédure, de sorte qu'il est douteux que sa critique soit recevable compte tenu des exigences de motivation posées par les art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
5. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Juge de l'autorité de plainte.
Lausanne, le 14 juillet 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani