Fatti:
A. A seguito di una segnalazione anonima pervenuta il 22 novembre 2011, il Ministero pubblico del Cantone Ticino ha aperto un procedimento penale contro B._ e la moglie A._ per i reati di truffa e di riciclaggio di denaro. Il giorno successivo, il Procuratore pubblico (PP) ha incaricato la polizia di eseguire delle verifiche preliminari.
Il citato scritto anonimo era stato inviato anche a due società svizzere per le quali B._ aveva operato nell'ambito della sua attività professionale di commercialista in Italia, in particolare quale loro rappresentante IVA. A seguito della segnalazione, le società hanno fatto eseguire delle verifiche, segnatamente presso le autorità fiscali italiane, ed è emersa l'esistenza di differenze sostanziali tra gli importi dovuti all'erario per l'IVA, calcolati da B._ e a lui anticipati dalle due società, e quanto effettivamente da lui dichiarato e versato allo Stato italiano. Sulla base di questi accertamenti, il 15 febbraio 2012 le società hanno presentato una denuncia penale al Ministero pubblico, che ha aperto un ulteriore procedimento penale nei confronti di B._ e A._ per i reati di appropriazione indebita, truffa, falsità in documenti e riciclaggio di denaro.
B. Dopo avere eseguito alcuni atti istruttori, il PP ha arrestato B._ e A._ e, il 15 marzo 2012, ha proposto al giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC) la loro carcerazione preventiva. Con decisione dello stesso giorno, il GPC ha in particolare ordinato la carcerazione preventiva di A._ fino al 13 giugno 2012.
C. Adita dall'interessata, con sentenza del 5 aprile 2012, la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), ne ha respinto il reclamo. Ha ritenuto realizzata l'esistenza di gravi indizi di reato a suo carico sia riguardo ai reati a monte sia per quanto concerne il reato di riciclaggio di denaro. Ha inoltre considerato dati un pericolo di inquinamento delle prove e un rischio di fuga, che non potevano essere esclusi mediante l'adozione di misure sostitutive.
D. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento e la sua rimessa in libertà, riservate eventuali misure sostitutive quali il deposito del passaporto e la visita regolare presso gli uffici della polizia cantonale.
E. La CRP formula alcune osservazioni sulla censurata carente motivazione della sua decisione, rimettendosi per il resto al giudizio del Tribunale federale. Il PP presenta una risposta articolata, chiedendo di respingere il ricorso e di mantenere la carcerazione preventiva. La ricorrente ha replicato il 30 aprile 2012 alle osservazioni delle autorità, ribadendo sostanzialmente le proprie conclusioni.
Diritto:
1. Il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) contro una decisione emanata dall'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF) relativa a una carcerazione preventiva è ammissibile. Il rimedio è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF). La legittimazione della ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 LTF). La richiesta di scarcerazione immediata è ammissibile (art. 107 cpv. 2 LTF; DTF 133 I 270 consid. 1.1).
2. 2.1 Il Tribunale federale esamina soltanto le censure sollevate e motivate. In effetti, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute, laddove la ricorrente lamenta la violazione di diritti fondamentali (art. 106 cpv. 2 LTF), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 136 II 304 consid. 2.4 e 2.5; 136 I 229 consid. 4.1).
2.2 Il gravame in esame disattende in larga misura queste esigenze di motivazione, giacché la ricorrente non si confronta con la sentenza della CRP, la sola a costituire oggetto dell'impugnativa, spiegando con chiarezza e precisione per quali ragioni essa si fonderebbe su accertamenti di fatto arbitrari o violerebbe altrimenti il diritto. La ricorrente in particolare non indica quali disposizioni sarebbero state disattese dalla Corte cantonale, lamentando essenzialmente manchevolezze della decisione del GPC che non sarebbero state adeguatamente rimarcate in seconda istanza.
3. 3.1 Secondo l'art. 221 cpv. 1 CPP, la carcerazione preventiva è ammissibile soltanto quando l'imputato è gravemente indiziato di un crimine o un delitto e vi è seriamente da temere che si sottragga con la fuga al procedimento penale o alla prevedibile sanzione (lett. a); influenzi persone o inquini mezzi di prova, compromettendo in tal modo l'accertamento della verità (lett. b); o minacci seriamente la sicurezza altrui commettendo gravi crimini o delitti dopo avere già commesso in precedenza reati analoghi (lett. c). Vi è inoltre il caso speciale del motivo di carcerazione fondato sul rischio di commissione di un reato giusta l'art. 221 cpv. 2 CPP, che non entra qui in considerazione.
3.2 Nell'ambito di ricorsi fondati su una restrizione del diritto alla libertà personale (art. 10 cpv. 2, art. 31 Cost.) causata da una carcerazione preventiva, il Tribunale federale esamina liberamente l'interpretazione e l'applicazione del CPP, in considerazione anche della gravità dell'ingerenza. L'art. 98 LTF, con la relativa limitazione dei motivi di ricorso, non è applicabile a una decisione sui provvedimenti coercitivi, come è qui il caso (cfr. DTF 137 IV 340 consid. 2.4, 122 consid. 2; sentenza 1B_277/2011 del 28 giugno 2011 consid. 1.2). Tuttavia, laddove è questione di mero accertamento dei fatti e di esercizio del potere di apprezzamento, il Tribunale federale interviene solamente quando l'accertamento dei fatti da parte della precedente istanza sia stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 97 cpv. 1 in relazione con l'art. 105 cpv. 1 e 2 LTF; cfr. anche DTF 135 I 71 consid. 2.5).
4. 4.1 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale una motivazione insufficiente del suo giudizio, poiché non si sarebbe espressa sulle critiche sollevate all'indirizzo della decisione di primo grado, che costituirebbe in pratica già una sentenza di condanna nel merito. Secondo la ricorrente, la CRP avrebbe dovuto considerare nulla la decisione del GPC e ravvisare in capo a quest'ultimo un motivo di ricusa.
4.2 Dal diritto di essere sentito, sancito dall'art. 29 cpv. 2 Cost., invero non esplicitamente invocato dalla ricorrente come le incombeva giusta gli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, la giurisprudenza ha dedotto, tra l'altro, il diritto dell'interessato di ottenere una decisione motivata. Questa norma non pone esigenze troppo severe all'obbligo di motivazione e l'autorità giudicante è tenuta ad esprimersi unicamente sulle circostanze significative, atte a influire in qualche maniera sul giudizio di merito, e non su ogni singola asserzione delle parti: essa ha essenzialmente lo scopo di permettere, da un lato, agli interessati di afferrare le ragioni che stanno alla base della decisione e di impugnarla con cognizione di causa e, dall'altro, all'autorità di ricorso di esaminare la fondatezza della decisione medesima (DTF 136 I 229 consid. 5.2; 134 I 83 consid. 4.1 e rinvii).
4.3 La decisione impugnata, come già rilevato unico oggetto del gravame in esame, adempie tali esigenze, poiché la Corte cantonale ha sufficientemente spiegato le ragioni per cui confermava la carcerazione preventiva. Ha in particolare esposto i gravi indizi di reato a carico della ricorrente e i motivi per cui, tenuto conto della fase iniziale in cui si trovava il procedimento penale, riteneva dati sia un pericolo di inquinamento delle prove sia un rischio di fuga. Ha altresì rilevato che la durata della carcerazione risultava rispettosa del principio della proporzionalità e che, allo stadio attuale, non entravano in considerazione eventuali misure sostitutive. I motivi alla base del provvedimento coercitivo sono quindi chiaramente indicati nel giudizio impugnato, in modo tale da permettere alla ricorrente di contestarlo in questa sede con cognizione di causa.
La ricorrente richiama la decisione del GPC riportandone alcuni stralci, che, presi a sé stanti, potrebbero suscitare l'impressione che il primo giudice abbia dato per acquisito l'adempimento di fatti e reati tutt'ora contestati dagli imputati e che devono ancora essere oggetto di giudizio da parte del giudice di merito. La questione non è tuttavia rilevante. Nel giudizio oggetto della presente impugnativa, la CRP, che disponeva di un potere cognitivo pieno (cfr. art. 393 cpv. 2 CPP), ha infatti esaminato autonomamente la legalità della carcerazione preventiva, vagliandone liberamente l'adempimento delle condizioni, senza esprimersi in modo definitivo e privo di riserve sulla colpevolezza della ricorrente, questione che rimane di competenza del giudice di merito (cfr. DTF 124 I 327 consid. 3b).
Né spettava alla Corte cantonale dichiarare nulla la decisione del primo giudice, ove solo si consideri che quali motivi di nullità entrano in considerazione unicamente vizi particolarmente gravi e manifesti, riconoscibili con evidenza o perlomeno con una certa facilità. Si tratta, al riguardo, innanzitutto di gravi errori di procedura, come per esempio l'incompetenza dell'autorità giudicante, che non sono dimostrati né seriamente ravvisabili nella fattispecie (cfr., sulla nozione di nullità, DTF 133 II 366 consid. 3.2; 132 II 342 consid. 2.1). Quanto all'eventuale ricusa del GPC, prospettata dalla ricorrente, la questione non è oggetto del giudizio impugnato ed esula pertanto dal presente litigio.
5. 5.1 La ricorrente contesta l'esistenza di gravi indizi di reato a suo carico, sostenendo che il suo ruolo nell'ambito dell'attività del marito sarebbe soltanto secondario e che da un verbale risulterebbe che nel dicembre del 2006 non vi sarebbe stata alcuna scorrettezza. Adduce inoltre, che nella sua scarsa conoscenza della propria situazione finanziaria non potrebbe essere ravvisato un indizio per il reato di riciclaggio di denaro: si tratterebbe, a suo dire, di un argomento astratto, che potrebbe consentire di arrestare qualsiasi moglie con un marito imputato.
5.2 Con queste argomentazioni la ricorrente si limita a sminuire il suo ruolo nell'ambito dell'attività commerciale del marito, ma non si confronta conformemente agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF con gli accertamenti complessivi contenuti nel giudizio impugnato, spiegando perché sarebbero manifestamente inesatti, in chiaro contrasto con gli atti e quindi arbitrari. La ricorrente disattende infatti che la CRP ha pure accertato che la ricorrente disponeva del diritto di firma sul conto bancario, mediante il quale sarebbero stati commessi i reati, e che curava, almeno in parte, i contatti con i clienti: ha quindi negato che il suo ruolo nel contesto dell'attività professionale del marito fosse soltanto marginale. Omette inoltre di considerare che la Corte cantonale ha rilevato che la sua scarsa conoscenza della situazione finanziaria contrastava con il trasferimento dei beni da parte del marito nel contesto di una separazione dei coniugi, che di fatto non sarebbe mai stata effettiva. Al riguardo, la ricorrente non si confronta in particolare con l'accertamento secondo cui gli imputati vivrebbero sempre in comune in un immobile intestato unicamente alla ricorrente, acquistato senza far capo ad alcun credito ipotecario e di cui essa non conosce il prezzo con adeguata precisione.
6. 6.1 La ricorrente contesta l'esistenza di un pericolo di inquinamento dei mezzi di prova (art. 221 cpv. 1 lett. b LTF), rilevando che il PP avrebbe già sequestrato valori patrimoniali e beni mobiliari ed immobiliari per oltre dieci milioni di euro, sicché il possibile provento dei reati risulterebbe certamente assicurato. Adduce inoltre che l'eventuale rischio di collusione con il marito sarebbe evitato con la carcerazione di quest'ultimo e che la sentenza impugnata non indicherebbe un simile rischio con riferimento a terze persone.
6.2 I rischi di collusione e di inquinamento delle prove sono legati soprattutto ai bisogni dell'istruttoria. Da un lato si tratta generalmente di evitare o prevenire accordi tra l'imputato e i testimoni, o i correi e i complici, messi in atto per compromettere l'accertamento della verità, dall'altro di impedire interventi fraudolenti dell'imputato in libertà sui mezzi di prova non ancora in possesso della giustizia, allo scopo di distruggerli o di alterarli a suo vantaggio. Le possibilità di ostacolare in tal modo l'azione dell'autorità giudiziaria da parte dell'imputato devono essere apprezzate sulla base di indizi concreti, la realtà di questo rischio non potendo essere ammessa aprioristicamente e in maniera astratta. L'esistenza del motivo di carcerazione fondato sul rischio di collusione e di inquinamento delle prove deve essere esaminata sulla base delle circostanze nel singolo caso (DTF 137 IV 122 consid. 4.2; 132 I 21 consid. 3.2 e rinvii).
Elementi concreti per riconoscere un simile rischio possono risultare in particolare dal comportamento dell'imputato nel procedimento penale, dalle sue caratteristiche personali, dalla sua posizione e dai suoi contributi alla commissione dei reati, come pure dai suoi rapporti con le persone che hanno rilasciato dichiarazioni a suo carico. Occorre inoltre considerare il genere e l'importanza dei mezzi di prova che potrebbero essere minacciati, la gravità dei reati perseguiti e lo stato della procedura (DTF 132 I 21 consid. 3.2.1 e rinvii). Se il procedimento penale si trova in una fase avanzata e la fattispecie è già stata chiarita in modo preciso, le esigenze per dimostrare un rischio di collusione e di inquinamento devono di massima essere valutate più severamente (DTF 137 IV 122 consid. 4.2; 132 I 21 consid. 3.2.2 e rinvii). Il giudice della carcerazione deve inoltre esaminare se un determinato rischio di collusione può essere sufficientemente evitato mediante l'adozione di adeguate misure sostitutive (DTF 137 IV 122 consid. 6.2; 133 I 270 consid. 3.3.1).
6.3 In concreto, il procedimento penale si trova nella fase iniziale e la fattispecie deve ancora essere compiutamente acclarata. L'inchiesta risulta laboriosa, concernendo reati finanziari relativi ad illeciti importanti con implicazioni anche all'estero, segnatamene in Italia, dove il PP ha avviato una procedura di assistenza giudiziaria. La CRP ha rilevato che occorre evitare che le persone sospettate di avere concorso alla commissione dei reati possano nascondere o rendere più ardua la ricostruzione dei fatti e il reperimento di ulteriori valori patrimoniali illeciti. Sulla base di queste considerazioni è a ragione che la Corte cantonale ha ammesso un rischio di collusione e di inquinamento delle prove. Le contestazioni sollevate in questa sede dalla ricorrente non consentono, a questo stadio del procedimento, di ritenere lesivo del diritto l'accertato motivo di carcerazione preventiva. Il fatto che finora sono stati recuperati importi ingenti e che pure il marito della ricorrente si trova in detenzione non basta infatti ad escludere un simile rischio. Ciò ove si consideri che occorre ancora chiarire se sono state compiute ulteriori malversazioni, anche a danno di altre persone, e che deve essere accertata l'eventuale esistenza di altri valori patrimoniali distratti. Inoltre, nonostante la carcerazione del marito della ricorrente, in concreto il rischio di collusione permane comunque con riferimento ai collaboratori dello studio commercialista, che devono ancora essere sentiti dal PP. In queste circostanze, tale rischio non può per il momento essere evitato mediante l'adozione di misure sostitutive meno severe della carcerazione preventiva.
6.4 Nelle esposte condizioni può qui rimanere indecisa la questione di sapere se, accanto al rischio di collusione e di inquinamento delle prove, siano dati ulteriori motivi di carcerazione, segnatamente un rischio di fuga giusta l'art. 221 cpv. 1 lett. a CPP.
7. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.