Sachverhalt:
A. Die X._ (Beschwerdegegnerin) hat im Rahmen eines Werkvertrages an den A._ (Beschwerdeführer) gehörenden Liegenschaften in D._ und E._ Elektroinstallationsarbeiten ausgeführt. Umstritten blieben die Höhe des (noch) geschuldeten Werklohns sowie die Kosten einer Ersatzvornahme.
B. Mit Klage vom 11. Dezember 2007 verlangte die Beschwerdegegnerin vom Bezirksgericht Aarau nebst diversen Feststellungen, auf welche die kantonalen Gerichte nicht eintraten und die nicht mehr im Streit liegen, den Beschwerdeführer zu verpflichten, ihr Fr. 93'813.-- nebst Zins zu bezahlen. Der Beschwerdeführer beantragte die Abweisung des Klagebegehrens und erhob Widerklage im Betrage von Fr. 56'523.95 nebst Zins. Das Bezirksgericht Aarau verpflichtete den Beschwerdeführer in teilweiser Gutheissung der Klage, der Beschwerdegegnerin Fr. 44'800.-- nebst Zins und Kosten zu bezahlen. Im Übrigen wies es die Klage sowie die Widerklage ab. Das hierauf mit der Sache befasste Obergericht des Kantons Aargau verpflichtete den Beschwerdeführer in teilweiser Gutheissung der von diesem ergriffenen Appellation, der Beschwerdegegnerin Fr. 26'500.-- nebst Zins und Kosten zu bezahlen. Die Anschlussappellation der Beschwerdegegnerin wies es ab, soweit es darauf eintrat.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 8. Dezember 2009 (Ziffern 1-3) aufzuheben, die Klage abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm Fr. 12'912.-- nebst 5 % Zins seit 30. September 2007 zu bezahlen. Eventuell sei das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen. Seinem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht am 26. Februar 2010 statt. Die Beschwerdegegnerin hat sich nicht vernehmen lassen, und die Vorinstanz hat Verzicht auf Vernehmlassung erklärt.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe sein aus Art. 8 ZGB abgeleitetes Recht auf Beweis verletzt.
1.1 Art. 8 ZGB regelt nach der Rechtsprechung einerseits für den Bereich des Bundeszivilrechts die Beweislastverteilung und gibt anderseits der beweispflichtigen Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, zum Beweis zugelassen zu werden, sofern ihr Beweisantrag rechtserhebliche Tatsachen betrifft und nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Prozessrechts entspricht (BGE 133 III 295 E. 7.1 S. 299 mit Hinweisen). Mit welchen Mitteln der Sachverhalt abzuklären und wie das Ergebnis davon zu würdigen ist, schreibt diese Bestimmung dem Gericht dagegen nicht vor; sie schliesst selbst eine vorweggenommene Beweiswürdigung und Indizienbeweise nicht aus. Eine beschränkte Beweisabnahme verletzt Art. 8 ZGB daher nicht, wenn der Richter schon nach deren Ergebnis von der Sachdarstellung einer Partei überzeugt ist, gegenteilige Behauptungen also für unbewiesen hält (BGE 130 III 591 E. 5.4 S. 601 f. mit Hinweisen). Die Beweiskraft eines Beweismittels ist Frage der kantonalrechtlich geregelten Beweiswürdigung (Bundesgerichtsurteil 4C.225/2002 vom 7. Februar 2003 E. 2.1.3 mit Hinweisen, publ. in: Pra 92/2003 Nr. 146 S. 786 f.), welche vom Bundesgericht nur im Rahmen von Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG überprüft werden kann.
1.2 Wie der Sachverhalt zu ermitteln ist, bestimmt grundsätzlich das kantonale Prozessrecht. Danach beurteilt sich auch, ob und wie weit die Verhandlungsmaxime greift, soweit nicht das Bundesrecht Abweichendes normiert (BGE 116 II 196 E. 3a S. 201, 594 E. 3a S. 595). Auf der Verhandlungsmaxime beruht unter anderem die Last der Prozessparteien, die Tatsachen zu behaupten, auf welche das Gericht die Rechtssätze zur Anwendung bringen soll (Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 1979, S. 159; Vogel/Spühler, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8. Aufl. 2006, Kapitel 10 Rz. 54 S. 264). Ob ein bundesrechtlicher Anspruch durch die Sachvorbringen einer Partei ausreichend substanziiert ist, beurteilt sich nicht nach kantonalem Prozessrecht, sondern nach materiellem Bundesrecht; dem kantonalen Recht bleibt dagegen grundsätzlich vorbehalten, die Anforderungen festzulegen, denen eine Behauptung in formeller Hinsicht zu genügen hat. Es kann beispielsweise die Substanziierung auf das Behauptungsverfahren beschränken oder deren Ergänzung im Beweisverfahren zulassen (BGE 108 II 337 E. 2b und E. 3 S. 339 ff.).
1.3 Die Vorinstanz behaftete den Beschwerdeführer bei seiner Zugabe, wonach vom vereinbarten Werklohn für die Liegenschaften in D._ ein Betrag von Fr. 28'000.-- noch offen sei. Aufgrund dieses Anerkenntnisses liess sie explizit dahingestellt, auf welchen Betrag die an sich unbestrittene Pauschalpreisvereinbarung gelautet hatte.
1.4 Vor Bundesgericht macht der Beschwerdeführer geltend, er habe vor Vorinstanz die unterlassene Beweisabnahme bezüglich der Höhe des vereinbarten Pauschalpreises moniert, indem er in der Appellation ausgeführt habe:
"Völlig widersprüchlich ist die Argumentation und die Schlussfolgerung der Vorinstanz dann in gleicher Ziffer, wenn sie ausführt, die Klägerin unterlässt trotz wiederholter richterlicher Aufforderung, Offerten, Verträge und Rapporte ins Recht zu legen um dann den angeblichen Pauschalpreis von Fr. 232'570.-- (Klagebeilage 1) ohne weitere Beweisabnahme als gegeben hinzunehmen."
Die Vorinstanz erblicke darin zu Unrecht ein neues Vorbringen. Zu diesem Punkt hätte der Beschwerdeführer vielmehr zur Wahrung seines Beweisführungsanspruchs gemäss Art. 8 ZGB zum Beweis zugelassen werden müssen.
1.5 Der Beschwerdeführer verkennt, dass die Gutheissung der Klage auf seiner eigenen Zugabe beruht. Inwiefern die Vorinstanz mit dieser Beweiswürdigung in Willkür verfallen sein soll, zeigt er nicht auf. Seine Ausführungen gehen an der Sache vorbei und sind nicht zu hören, da sie sich auf einen nicht entscheiderheblichen Umstand beziehen.
1.6 Was die Kosten der Ersatzvornahme für die Liegenschaft in E._ anbelangt, für welche der Beschwerdeführer unter Hinweis auf die ins Recht gelegte Offerte der Firma Y._ einen Betrag von Fr. 14'470.05.-- in Rechnung gestellt hat, führte die Vorinstanz aus, diese Forderung sei in der Widerklage mit den ausstehenden Sicherheitsnachweisen begründet worden. Der Beschwerdeführer habe erst in der Duplik ergänzt, dass er der Beschwerdegegnerin am 28. Juli 2007 die von den technischen Betrieben E._ gerügten Mängel angezeigt und ihr gleichzeitig Frist zur Mängelbehebung angesetzt hat. Nach Auffassung der Vorinstanz hat der Beschwerdeführer diese Mängel jedoch im Rahmen des Behauptungsverfahrens nicht hinreichend konkretisiert. Der blosse Hinweis auf ins Recht gelegte Unterlagen stelle keine rechtsgenügliche Substanziierung einer Forderung dar. Dasselbe gelte für die erstmals mit der Antwort auf die Anschlussappellation und damit ohnehin verspätet ins Recht gelegte Rechnung der Z._ GmbH. Betreffend die zugestandenermassen fehlenden Sicherheitsnachweise liessen sich der Offerte der Firma Y._ keine Angaben über die Kosten der nachträglichen Erstellung entnehmen. Da insoweit auch kein Zugeständnis der Beschwerdegegnerin vorliege, sei die Abweisung der Widerklage durch das Bezirksgericht nicht zu beanstanden.
1.7 Der Beschwerdeführer setzt sich mit dem Vorwurf, er habe die geltend gemachten Mängel nicht hinreichend substanziiert, in der Beschwerde in Zivilsachen nicht auseinander. Indem er sich darauf beschränkt, zu erläutern, weshalb er nicht in der Lage gewesen ist, bestimmte Belege früher einzureichen, kommt er gegen den Vorwurf mangelnder Substanziierung, welche die Behauptungs-, nicht die Beweislast beschlägt, nicht an. Dass er zusätzlich die Beweise nach Auffassung der Vorinstanz verspätet beigebracht hat, ist unter diesen Umständen nicht ausschlaggebend. Eine Verletzung von Art. 8 ZGB ist auch in dieser Hinsicht nicht dargetan.
2. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde unbegründet und abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig. Hingegen entfällt die Zusprechung einer Parteientschädigung an die Beschwerdegegnerin, da sich diese nicht hat vernehmen lassen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. April 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak