Sachverhalt:
A. A.a Am 6. März 2009 erliess die Eidgenössische Elektrizitätskommission (ElCom) eine Verfügung betreffend "Kosten und Tarife für die Netznutzung Netzebene 1 und Systemdienstleistungen". Darin verfügte sie u.a., gestützt auf Art. 31b der Stromversorgungsverordnung vom 14. März 2008 (StromVV; SR 734.71):
"2. Der Tarif 2009 für allgemeine Systemdienstleistungen wird ab 1. Januar 2009 auf 0.77 Rappen/kWh festgelegt. Davon werden 0.40 Rappen/kWh den Endverbrauchern entsprechend der bezogenen elektrischen Energie angelastet.
3. Der Tarif 2009 für Systemdienstleistungen für Kraftwerke mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW gemäss Anhang 2 dieser Verfügung beträgt ab 1. Januar 2009 0.45 Rappen/kWh. Die swissgrid ag hat bei diesen Kraftwerken eine Erhebung der effektiv erzeugten Bruttoenergie durchzuführen. Sie hat nach Vorliegen der tatsächlichen SDL-Kosten der ElCom einen Bericht zur Genehmigung vorzulegen. Die swissgrid ag hat die von der ElCom genehmigten anrechenbaren SDL-Kosten den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW individuell nachzubelasten oder gutzuschreiben. Diese Abrechnung kann unterjährig erfolgen."
Im Rubrum der Verfügung wurden die swissgrid ag als "Verfügungsadressatin" sowie u.a. die "Betreiber von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW" als beteiligte Parteien aufgeführt. Die Verfügung wurde an die swissgrid ag und an "Verfahrensbeteiligte gemäss Liste in Anhang 1" eröffnet. In der Liste in Anhang 1 war u.a. auch die Kraftwerk Birsfelden AG aufgeführt. Im Anhang 2 wurde unter den Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW u.a. auch das Kraftwerk Birsfelden der Kraftwerk Birsfelden AG aufgeführt.
A.b Eine analoge Verfügung erging am 4. März 2010 für die Tarife ab 1. Januar 2010, wobei hier in Ziff. 4 der Tarif 2010 für allgemeine Systemdienstleistungen auf 0.76 Rappen/kWh und in Ziff. 5 der Tarif 2010 für die Kraftwerke mit einer Leistung von mindestens 50 MW auf 0.42 Rappen/kWh festgelegt wurde.
A.c Im Nachgang zu den beiden Verfügungen stellte die swissgrid ag den betroffenen Kraftwerkgesellschaften, darunter auch der Kraftwerk Birsfelden AG, A-Konto-Zahlungen für allgemeine Systemdienstleistungen in Rechnung (vgl. Art. 105 Abs. 2 BGG).
A.d Gegen die Verfügung vom 6. März 2009 hatten verschiedene Kraftwerkgesellschaften, aber nicht die Kraftwerk Birsfelden AG, Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht erhoben. In einem Grundsatzurteil vom 8. Juli 2010 (A-2607/2009; BVGE 2010/49) betreffend die Gommerkraftwerke AG erkannte das Bundesverwaltungsgericht, dass Art. 31b Abs. 2 StromVV gesetzes- und verfassungswidrig sei; demgemäss hob es in teilweiser Gutheissung der Beschwerde Ziff. 2 Satz 2 sowie Ziff. 3 des Dispositivs der angefochtenen Verfügung vom 6. März 2009 mit Bezug auf die Beschwerdeführerin auf. Das Urteil wurde rechtskräftig. Analoge rechtskräftige Urteile ergingen in der Folge auch in Bezug auf die anderen Beschwerde führenden Kraftwerkgesellschaften.
A.e Bezug nehmend auf das erwähnte Urteil des Bundesverwaltungsgerichts ersuchte die Kraftwerk Birsfelden AG die ElCom mit Schreiben vom 12. Oktober 2010, die beiden Verfügungen vom 6. März 2009 und 4. März 2010 betreffend die Tarife 2009 und 2010 in Wiedererwägung zu ziehen und Ziff. 2 Satz 2 und Ziff. 3 der Verfügung vom 6. März 2009 sowie Ziff. 4 Satz 2 und Ziff. 5 der Verfügung vom 4. März 2010 zu widerrufen.
A.f Die ElCom trat mit Verfügung vom 13. Januar 2011 nicht auf das Wiedererwägungsgesuch der Kraftwerk Birsfelden AG ein und auferlegte dieser eine Gebühr in der Höhe von Fr. 6'470.--.
B. Am 17. Februar 2011 erhob die Kraftwerk Birsfelden AG Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte, die Verfügung der ElCom vom 13. Januar 2011 sei aufzuheben und die Vorinstanz sei anzuweisen, das Wiedererwägungsgesuch materiell zu behandeln. Eventualiter sei die von der Vorinstanz verlegte Gebühr um die Hälfte zu kürzen. Mit Urteil vom 28. März 2012 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C. Die Kraftwerk Birsfelden AG erhebt am 9. Mai 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die ElCom anzuweisen, das Wiedererwägungsgesuch materiell zu beurteilen; eventualiter sei die Gebühr für die Verfügung der ElCom um die Hälfte auf Fr. 3'235.-- zu kürzen.
Das Bundesverwaltungsgericht, die ElCom und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) verzichten auf eine Vernehmlassung. Die swissgrid ag äussert sich zur Sache, ohne einen ausdrücklichen Antrag zu stellen. Die Kraftwerk Birsfelden AG äussert sich mit Eingabe vom 30. Oktober 2012 zur Stellungnahme der swissgrid ag.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwiefern auf eine Beschwerde einzutreten ist (BGE 135 III 1 E. 1.1 S. 3; 132 III 291 E. 1 S. 292).
1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Verfügungen der ElCom ist grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG) und die Beschwerdeführerin ist dazu legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Verfügungen der ElCom ist grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG) und die Beschwerdeführerin ist dazu legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2 1.2.1 Beim Bundesgericht anfechtbar sind Endentscheide, d.h. Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG), ebenso Teilentscheide, d.h. Entscheide, die einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (Art. 91 BGG). Ferner ist die Beschwerde zulässig gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren. Diese Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (Art. 92 BGG). Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist nach Art. 93 Abs. 1 BGG die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Ist die Beschwerde nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (Art. 93 Abs. 3 BGG). Eine analoge Regelung gilt gemäss Art. 46 VwVG (i.V.m. Art. 37 VGG) für das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht; die Neufassung dieser Bestimmung erging im Zusammenhang mit dem Erlass des BGG und ist parallel zu diesem auszulegen (UHLMANN/WÄLLE-BÄR, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, Rz. 12 und 22 zu Art. 44 VwVG, Rz. 4 f. zu Art. 45 VwVG; MARTIN KAYSER, in: Auer/Müller/ Schindler [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2008, Rz. 8 zu Art. 46 VwVG; RHINOW/KOLLER/ KISS/THURNHERR/BRÜHL-MOSER, Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl. 2010, S. 414 Rz. 1530; KIENER/RÜTSCHE/KUHN, Öffentliches Verfahrensrecht, 2012, S. 284 ff.; BGE 138 V 271 E. 3.2 S. 278).
1.2.2 Aus dieser Regelung ergibt sich, dass vorliegend die materielle Beurteilung und die Eintretensfrage eng zusammenhängen:
1.2.2.1 In der Sache geht es darum, ob die Beschwerdeführerin gestützt auf die Verfügungen vom 6. März 2009 bzw. 4. März 2010 Kosten für Systemdienstleistungen zu tragen hat. Diese beiden Verfügungen stützten sich im hier interessierenden Punkt auf Art. 31b StromVV. Nach dieser Bestimmung stellt die nationale Netzgesellschaft in den Jahren 2009-2013 den Netzbetreibern und den am Übertragungsnetz direkt angeschlossenen Endverbrauchern die Kosten für allgemeine Systemdienstleistungen zu höchstens 0,4 Rappen pro kWh in Rechnung. Die darüber hinausgehenden Kosten stellt sie den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW in Rechnung.
1.2.2.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die Kostenauflage an die Kraftwerke gemäss Art. 31b StromVV sei zwar verfassungs- und gesetzwidrig; dieser Mangel sei aber nicht so schwerwiegend, dass die entsprechenden Verpflichtungen in den Verfügungen vom 6. März 2009 bzw. 4. März 2010 nichtig seien. Diese Verpflichtungen seien daher für diejenigen Kraftwerkgesellschaften, welche sie nicht angefochten haben, in Rechtskraft getreten. Die Verfügungen bezögen sich jeweils auf einen abgeschlossenen Zeitraum und seien somit nicht als Dauerverfügung zu betrachten. Eine Wiedererwägung wegen ursprünglicher Fehlerhaftigkeit würde sich nur rechtfertigen, wenn der Mangel schwerwiegend sei und zu einem stossenden, dem Gerechtigkeitsempfinden zuwiderlaufenden Ergebnis führen würde; das sei zu verneinen, da es der Beschwerdeführerin zumutbar gewesen wäre, die ursprünglichen Verfügungen anzufechten, und sie allein in ihren finanziellen Interessen betroffen sei. Auch aus dem Umstand, das die ursprünglichen Verfügungen Sammelverfügungen waren, oder aus dem Rechtsgleichheitsgebot ergebe sich kein Anspruch auf Wiedererwägung. Die Vorinstanz geht somit davon aus, dass es sich bei den beiden Verfügungen um Endentscheide handelt, welche materielle Rechtskraft schaffen, die nur durch Wiedererwägung behoben werden kann.
1.2.2.3 Die Beschwerdeführerin beantragt, diese Verfügungen in Wiedererwägung zu ziehen, wobei sie u.a. geltend macht, es handle sich nicht um End-, sondern um Zwischenentscheide, weil diese ihre Zahlungspflicht nicht definitiv festlegten. Trifft das zu, wäre auch der Entscheid, diese Verfügungen nicht in Wiedererwägung zu ziehen, seinerseits eine Zwischenverfügung, so dass die Beschwerde nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig wäre. Das hätte zur Folge, dass - sofern das Bundesgericht auf die vorliegende Beschwerde nicht eintritt - die umstrittene Zahlungspflicht der Beschwerdeführerin auch in einem späteren Stadium im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid noch angefochten werden kann (Art. 93 Abs. 3 BGG; Art. 46 Abs. 2 VwVG), ohne dass es dazu einer Wiedererwägung bedürfte. Handelt es sich bei den ursprünglichen Verfügungen hingegen um Endentscheide, können sie nur nach den von der Vorinstanz dargelegten Kriterien für eine Wiedererwägung aufgehoben oder abgeändert werden; der Entscheid, sie nicht in Wiedererwägung zu ziehen, ist in diesem Fall seinerseits ein Endentscheid, der nach Art. 90 BGG anfechtbar wäre.
1.3 Zu prüfen ist somit, ob es sich bei den ursprünglichen Verfügungen vom 6. März 2009 bzw. 4. März 2010 um End- oder Zwischenentscheide handelt.
1.3.1 Eine Endverfügung liegt vor, wenn das Verfahren prozessual abgeschlossen wird. Zwischenverfügungen schliessen demgegenüber das Verfahren vor einer Behörde nicht ab, sondern stellen lediglich einen Zwischenschritt auf dem Weg zur Verfahrenserledigung dar (BGE 135 II 30 E. 1.3.1 S. 34; 135 V 141 E. 1.4.4 S. 146; BBl 2001 4331 f.). Für die verfahrensrechtliche Qualifizierung eines angefochtenen Erkenntnisses unter dem Gesichtspunkt der Art. 90 ff. BGG ist nicht dessen formelle Bezeichnung entscheidend, sondern sein materieller Inhalt (BGE 136 V 131 E. 1.1.2 S. 134; 135 II 30 E. 1.3.1 S. 33).
1.3.2 Zwischenentscheide können formell- oder materiellrechtlicher Natur sein (BBl 2001 4333). Im Unterschied zur früheren Praxis im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gelten materiellrechtliche Grundsatzentscheide, die einen Teilaspekt einer Streitsache beantworten (z.B. eine von mehreren materiellrechtlichen Anspruchsvoraussetzungen, die Grundsatzfrage der Haftung oder Entschädigungspflicht oder das Vorliegen einer Invalidität) nach der Systematik des BGG als materiellrechtliche Zwischenentscheide (BGE 136 II 165 E. 1.1 S. 170; 135 II 30 E. 1.3.1 S. 34; 133 V 477 E. 4.1.3 S. 481).
1.3.3 Entscheide über vorsorgliche Massnahmen, die ein Rechtsverhältnis vorläufig, vorübergehend oder befristet regeln, sind Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmeentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, sind hingegen Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG (BGE 137 III 324 E. 1.1 S. 327 f.; 136 V 131 E. 1.1.2 S. 135; 134 I 83 E. 3.1 S. 86 f.; vgl. UHLMANN, Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl. 2011, Rz. 12 zu Art. 90). So ist z.B. die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts (Art. 961 ZGB) ein Zwischenentscheid, da sie zwangsläufig von einem Klageverfahren gefolgt werden muss, um dauerhafte Rechtswirkungen zu erzielen (BGE 137 III 589 E. 1.2.3 S. 591). Dagegen sind Eheschutzmassnahmen Endentscheide (BGE 133 III 393 E. 4 S. 396), da sie nicht zwingend von einem Scheidungsverfahren gefolgt werden müssen.
1.3.4 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts gelten als Zwischenentscheide beispielsweise: Die Verfügung über Akontozahlungen an einen amtlichen Verteidiger in einem Strafverfahren (Urteil 1P.302/2006 vom 20. Juli 2006 E. 3); der Entscheid, der einige Steuerveranlagungsfaktoren endgültig festlegt und die Sache zur Prüfung anderer Punkte zurückweist (Urteil 2C_677/2007 vom 31. Oktober 2008 E. 3.3 und 3.4, in: RtiD 2009 I S. 473); ein Beitragsplan, welcher bei der Erstellung von Erschliessungsanlagen vor der Bauausführung gestützt auf einen Kostenvoranschlag die Beitragspflicht und die Höhe der Beiträge der einzelnen Grundeigentümer festlegt, wenn erst nach der Erstellung der Anlage die definitiv zu leistenden Beiträge verfügt werden (Urteil 2D_81/2007 vom 4. Dezember 2007 E. 1.2.3, m.H. auf BGE 115 Ia 315 E. 1a/aa S. 319); ein baurechtlicher "Vorentscheid", mit welchem als Zwischenschritt zur Erteilung der Baubewilligung die Unterschreitung eines Waldabstandes bewilligt wird (BGE 135 II 30 E. 1.3.1 S. 33); ein Entscheid, mit dem eine baurechtliche Auflage aufgenommen wird, wonach das Bauprojekt in einem bestimmten Sinn zu überarbeiten ist, weil so die Baubewilligung vor der noch vorzunehmenden Überarbeitung keine praktische Wirkung entfalten kann (Urteil 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.2); ein Entscheid über eine Beschwerde gegen einen Nutzungsplan, solange die Genehmigung des Planes gemäss Art. 26 RPG (SR 700) noch nicht vorliegt (BGE 135 II 22 E. 1; Urteil 1C_357/2008 vom 5. Dezember 2008 E. 1 und 2); ein Entscheid, der einen Punkt (die Notwendigkeit einer Bauzone) definitiv bejaht und zugleich zur Prüfung einer anderen Frage (Parkplatzbedarf) an die Gemeinde zurückweist (Urteil 1C_251/2008 vom 16. Dezember 2008 E. 2, in: RtiD 2009 II S. 138); eine Verfügung, mit welcher einer Sozialhilfe beziehenden Person bestimmte Verhaltenspflichten auferlegt werden, deren Verletzung zu einer Kürzung der Leistungen führt (Urteil 8C_871/2011 vom 13. Juni 2012 E. 4.3); die Gutheissung eines Gesuchs um vorsorgliche Beweisführung (BGE 138 III 46 E. 1.1) oder die Nichtgenehmigung der Schlussrechnung eines Vormunds unter Beauftragung eines Dritten, diese zu erstellen (BGE 137 III 637 E. 1.2).
1.3.5 Endentscheide sind praxisgemäss demgegenüber z.B. Steuersicherungsentscheide, die in einem vom Veranlagungsverfahren getrennten Verfahren ergehen (BGE 134 II 349 E. 1.4 S. 351); der sog. Vorentscheid, mit welchem über die Steuerpflicht in einem Kanton zu befinden ist, wenn der Steuerpflichtige die Steuerhoheit bestreitet (BGE 134 I 303 E. 1.1 S. 305); die Festlegung des Katasterwerts eines Grundstücks, wenn dies unabhängig von einem konkreten Steuerveranlagungsverfahren und durch eine andere Behörde als die Veranlagungsbehörde erfolgt (Urteile 2C_742/2010 vom 16. Februar 2011 E. 1.1; 2C_101/2010 vom 24. Juni 2010 E. 1.4; 2C_83/2009 vom 8. Mai 2009 E. 1.2); der Entscheid, wonach der Staat ein gesetzliches Vorkaufsrecht ausübt, auch wenn in einem zweiten Schritt noch ein Schätzungsverfahren zu erfolgen hat (Urteil 1C_250/2007 vom 2. Juni 2008 E. 3) oder der Entscheid über die Vorleistungspflicht eines Versicherers im Sinne von Art. 26 Abs. 4 BVG (SR 831.40), da diese unter Umständen zu einer endgültigen Leistungspflicht führen kann (BGE 136 V 131 E. 1.1.3 S. 115).
1.3.6 Ein Teilentscheid liegt für den jeweils abgeschlossenen Teil vor, wenn über einen Teil einer Steuerforderung definitiv entschieden wird und für einen anderen Teil zur weiteren Abklärung an die Verwaltung zurückgewiesen wird (Urteil 2C_561/2009 vom 25. März 2011 E. 2, in: StR 66/2011 S. 643) oder wenn eine (Dauer-)Leistung für einen bestimmten, abgeschlossenen Zeitraum zugesprochen wird und für einen nachfolgenden Zeitraum die Sache zur neuen Entscheidung zurückgewiesen wird (BGE 135 V 141 E. 1.4 S. 144 ff.).
1.4 Die ursprünglichen Verfügungen vom 6. März 2009 bzw. 4. März 2010 enthalten unterschiedliche Teile: In Ziff. 1 werden die Arbeits-, Leistungs- und Grundtarife für die Netznutzung der Netzebene 1 auf bestimmte Beträge abgesenkt; das Bundesgericht hat diese Absenkung (stillschweigend) als Endentscheid qualifiziert, ebenso die Ablehnung des Gesuchs um Verwendung des nicht reduzierten Zinssatzes gemäss Art. 31a Abs. 2 StromVV in Ziff. 4 der Verfügung vom 6. März 2009 (Urteil 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 1.1 und 1.5, nicht publ. in: BGE 138 II 465). In Ziff. 2 und 3 bzw. 4 und 5 regeln die Verfügungen die Kosten für allgemeine Systemdienstleistungen. Diese bildeten im erwähnten Verfahren BGE 138 II 465 nicht Streitgegenstand (Urteil 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 1.4, nicht publ. in: BGE 138 II 465), wohl aber im Urteil 2C_367/2012 vom 20. November 2012: Dort hatte die swissgrid ag die Reduktion der SDL-Kosten auf 0,77 Rp/kWh gemäss Ziff. 2 der Verfügung vom 6. März 2009 angefochten. Das Bundesgericht ging ohne nähere Prüfung davon aus, es handle sich dabei um einen Endentscheid (Urteil 2C_367/2012 vom 20. November 2012 E. 1.1). Bei vertiefter Betrachtung kann an dieser Sichtweise nicht festgehalten werden:
1.4.1 Nach dem Konzept des Stromversorgungsgesetzes ist es grundsätzlich Sache des Netzbetreibers, die Tarife für die Benützung seines Netzes festzulegen (Art. 18 Abs. 1 StromVV; BGE 137 III 522 E. 1.5 S. 526; BGE 138 II 465 E. 8.6.4 S. 496 f.). Das gilt auch für die Tarife für das von der nationalen Netzgesellschaft betriebene Netz mit Einschluss der darin enthaltenen Preise für Systemdienstleistungen (Art. 22 Abs. 2 StromVV; vgl. erwähntes Urteil 2C_367/2012 E. 2.2). Die ElCom ist aber zuständig für die Überprüfung der Netznutzungstarife und -entgelte und kann Absenkungen verfügen oder Erhöhungen untersagen (Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG). Gestützt darauf hat die ElCom in den hier zur Diskussion stehenden Verfügungen den Tarif für allgemeine Systemdienstleistungen auf 0.77 bzw. 0.76 Rp./kWh abgesenkt und diese gemäss Art. 31b StromVV im Umfang von 0.40 Rp./kWh den Endverbrauchern, im Übrigen - ausmachend 0.45 bzw. 0.42 Rp./kWh - den im Anhang zur Verfügung namentlich genannten Betreibern von Kraftwerken mit mindestens 50 MW elektrischer Leistung auferlegt.
1.4.2 Verfügungen, mit denen Tarife (soweit es sich nicht um Erlasse im Sinne von Art. 82 lit. b BGG handelt) festgelegt bzw. genehmigt (oder allenfalls abgeändert) werden, gelten grundsätzlich als Endverfügungen (vgl. BGE 133 II 263 E. 2.2 S. 269; Urteil 2C_658/2008 vom 18. März 2009 E. 1.1, nicht publ. in: BGE 135 II 172; Urteil 2C_146/2012 vom 20. August 2012 E. 1). Zwar werden damit nicht die Kosten, welche die einzelnen Zahlungspflichtigen zu tragen haben, individuell festgelegt; das liegt aber im Wesen jedes Tarifs und ändert am Charakter als Endentscheid nichts.
1.4.3 Hier verhält es sich aber anders: Die ElCom hat nämlich die Absenkung verfügt, bevor die effektiv anfallenden SDL-Kosten für die betreffenden Tarifjahre bekannt waren; sie hat gleichzeitig verfügt, dass die swissgrid ag nach Vorliegen der tatsächlichen SDL-Kosten der ElCom einen Bericht zur Genehmigung vorzulegen und die von der ElCom genehmigten anrechenbaren SDL-Kosten den betroffenen Kraftwerkbetreibern individuell nachzubelasten oder gutzuschreiben habe (Ziff. 3 Satz 3 und 4 der Verfügung vom 6. März 2009; Ziff. 5 Satz 4 und 5 der Verfügung vom 4. März 2010); das ergibt sich daraus, dass ungerechtfertigte Gewinne, die sich aus überhöhten Netznutzungstarifen ergeben, nachträglich in den Folgejahren zu kompensieren sind (Art. 19 Abs. 2 StromVV); desgleichen sind Unterdeckungen in den Folgejahren auszugleichen (vgl. Weisung 4/2010 der ElCom "Deckungsdifferenzen aus den Vorjahren" vom 10. Juni 2010; heute abgelöst durch die gleichnamige Weisung 1/2012 vom 19. Januar 2012; BGE 137 III 522 E. 1.5 S. 527; erwähntes Urteil 2C_367/2012 E. 3.6). Der Tarif von 0.77 oder 0.76 Rp./kWh bzw. von 0.45 oder 0.42 Rp./kWh gemäss den ursprünglichen Verfügungen hat somit nur provisorisch Geltung, bis die effektiven Kosten bekannt sind; es ist ein Akonto-Tarif und die gestützt darauf in Rechnung gestellten Zahlungen sind blosse Akontozahlungen, die an die später festzulegenden definitiven Zahlungen anzurechnen sind. Zugleich mit der Festlegung des provisorischen Tarifs hat die ElCom verfügt, sie werde später die tatsächlichen SDL-Kosten genehmigen, worauf die swissgrid ag die Differenz zwischen den Akonto- und den definitiven Zahlungen auszugleichen habe. Damit ist nicht nur inhaltlich, sondern auch prozessual ein Konnex zwischen der provisorischen und der definitiven Tariffestlegung hergestellt: Der Festlegung des provisorischen Tarifs folgt zwangsläufig ein Hauptverfahren (vgl. E. 1.3.3 hiervor), in welchem die definitiven Kosten und der definitive Tarif festzulegen sein werden. Demnach sind die Ziff. 2 und 3 der Verfügung vom 6. März 2009 bzw. Ziff. 4 und 5 derjenigen vom 4. März 2010 als Zwischenverfügungen zu qualifizieren, die einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid - nämlich die definitive Festlegung der massgebenden SDL-Preise - darstellen (vgl. E. 1.3.4 hiervor). Damit ist über die zu bezahlenden Preise noch nicht mit einer Endverfügung entschieden, namentlich nicht über diejenigen Zahlungen, welche die Betreiber von Kraftwerken mit mindestens 50 MW Leistung zu erbringen haben (vgl. BGE 115 Ia 315 E. 1a/aa S. 319). Folglich ist auch der in diesen Verfügungen enthaltene Entscheid über die grundsätzliche Kostenpflicht der betroffenen Kraftwerkbetreiber kein Endentscheid; vielmehr handelt es sich um einen materiellrechtlichen Grundsatzentscheid, der einen Teilaspekt einer Streitsache beantwortet und nach den dargelegten Kriterien ebenfalls als Zwischenentscheid zu qualifizieren ist (vgl. E. 1.3.2 hiervor).
1.4.4 Damit ist aber auch der angefochtene Entscheid, diese Verfügungen nicht in Wiedererwägung zu ziehen, ein Zwischenentscheid, auf den nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG einzutreten ist.
1.5 Die Voraussetzungen nach Art. 93 Abs. 1 BGG sind von der Beschwerdeführerin darzulegen (BGE 137 III 324 E. 1.1 S. 329 mit Hinweisen), soweit sie nicht offensichtlich erfüllt sind (BGE 136 IV 92 E.4 S. 95 mit Hinweisen). Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil liegt nur vor, wenn er rechtlicher Natur ist und auch durch einen späteren Endentscheid des Bundesgerichts nicht wieder behoben werden kann (BGE 138 III 333 E. 1.3 S. 335; 137 III 522 E. 1.3 S. 525). Das ist hier nicht der Fall, denn die Beschwerdeführerin kann im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid ihre Kostenpflicht bestreiten (Art. 93 Abs. 3 BGG; vgl. E. 1.2.2.3 und 1.4.3 hiervor). Ein sofortiger Endentscheid wäre bei Gutheissung zwar grundsätzlich möglich; die Beschwerdeführerin legt aber nicht dar, inwiefern dadurch ein bedeutender Aufwand vermieden werden könnte. Zudem stellt sie kein reformatorisches materiellrechtliches Rechtsbegehren, sondern nur das Begehren, die ElCom sei anzuweisen, das Wiedererwägungsgesuch materiell zu beurteilen; das Bundesgericht könnte daher ohnehin nicht einen materiellrechtlichen Endentscheid fällen (Art. 107 Abs. 1 BGG).
1.6 Demzufolge ist auch der in der Beschwerde angefochtene Kostenentscheid der ElCom ein Zwischenentscheid, der erst zusammen mit dem Endentscheid anfechtbar sein wird (BGE 138 III 94 E. 2.3 S. 96; 135 III 329 E. 1 S. 331 ff.; 133 V 645 E. 2 S. 647 f.).
1.7 Daraus ergibt sich, dass auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin grundsätzlich die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie konnte allerdings auf die nicht erkennbar unrichtige Rechtsmittelbelehrung vertrauen (Art. 49 BGG). Zudem erweist sich ihr Rechtsstandpunkt in der Sache nach dem vorne Gesagten als grundsätzlich berechtigt. Es sind daher keine Kosten zu erheben. Die nicht anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Elektrizitätskommission ElCom, der swissgrid ag, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger