Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht Gaster-See sprach X._ am 31. Oktober 2007 der vorsätzlichen Tötung (Art. 111 StGB), der fahrlässigen Körperverletzung (Art. 125 Abs. 1 StGB), des Raubs (Art. 140 Ziff. 1 StGB), der mehrfachen Verletzung der Fürsorge- oder Erziehungspflicht (Art. 219 Abs. 1 StGB), der einfachen und groben Verletzung von Verkehrsregeln (Art. 90 Ziff. 1 und 2 SVG) und des Vergehens gegen das Waffengesetz (Art. 33 Abs. 1 lit. a WG) schuldig und verurteilte ihn, teilweise im Zusatz zum Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 5. April 2006, zu einer Freiheitsstrafe von 9 Jahren (Ziff. 2 und 3). Es verfügte die Einziehung der beschlagnahmten Waffen und Munition (Ziff. 4). Die Zivilforderung von Z._ hiess es im Grundsatz gut und erklärte X._ voll haftpflichtig (Ziff. 5). Zudem verurteilte es X._ zur Bezahlung einer Genugtuung von Fr. 80'000.-- an Y._ und einer Genugtuung von je Fr. 40'000.-- an A._ und B._ (Ziff. 6). Von der Anklage des versuchten Betrugs (Art. 146 Abs. 1 i.V.m. Art. 22 Abs. 1 StGB), der Urkundenfälschung (Art. 251 Ziff. 1 StGB) und des pflichtwidrigen Verhaltens bei Unfall (Art. 92 Abs. 1 SVG) sprach es ihn frei (Ziff. 1). Gegen diesen Entscheid legte X._ Berufung ein. Die Staatsanwaltschaft erhob Anschlussberufung.
B. Das Kantonsgericht St. Gallen bestätigte am 7. Januar 2009 den Freispruch von der Anklage des versuchten Betrugs und der Urkundenfälschung (Ziff. 1). Es erklärte X._ der vorsätzlichen Tötung, der fahrlässigen Körperverletzung, des Raubs, der mehrfachen Verletzung der Fürsorge- oder Erziehungspflicht, der einfachen und groben Verletzung von Verkehrsregeln, des pflichtwidrigen Verhaltens bei Unfall und des Vergehens gegen das Waffengesetz schuldig und verurteilte ihn, im (teilweisen) Zusatz zu den Urteilen des Kantonsgerichts St. Gallen vom 29. November 2004 bzw. 5. April 2006, zu einer Freiheitsstrafe von 12 1⁄2 Jahren sowie einer Busse von Fr. 1'000.-- (Ziff. 2). Die von X._ an Y._ zu bezahlende Genugtuung setzte es auf Fr. 60'000.-- an, die Forderungen von A._ und B._ wies es ab (Ziff. 3). Im Übrigen bestätigte das Kantonsgericht den Entscheid des Kreisgerichts vom 31. Oktober 2007 (Ziff. 4).
C. X._ gelangt mit Beschwerde in Strafsachen vom 18. Mai 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt, ihn vom Vorwurf der vorsätzlichen Tötung, des Raubs und des Vergehens gegen das Waffengesetz freizusprechen. Für die fahrlässige Körperverletzung, die Verletzung der Fürsorge- oder Erziehungspflicht, die Verkehrsregelverletzung und das pflichtwidrige Verhalten bei Unfall sei er milde zu bestrafen. Die beschlagnahmten Waffen und Munition seien ihm herauszugeben und die Zivilansprüche allenfalls auf den Zivilweg zu verweisen. Eventualiter sei das Verfahren an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Das Kantonsgericht verzichtete auf eine Stellungnahme. Die Staatsanwaltschaft liess sich innert Frist nicht vernehmen.
Erwägungen:
1. 1.1 Dem angefochtenen Entscheid liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
C._ fuhr am Abend des 1. März 2005 mit seinem Mercedes C 180 in Begleitung des Beschwerdeführers von Zürich nach Uznach. Im Dorfzentrum von Uznach hielten sie an und verliessen das Fahrzeug. Da sich C._ weigerte weiterzufahren, kam es zum Streit zwischen den beiden Männern. Nachdem C._ und der Beschwerdeführer kurz ein auf der gegenüberliegenden Strassenseite gelegenes Restaurant aufgesucht hatten, eskalierte der Streit zwischen den beiden im Bereich des parkierten Mercedes. Der Beschwerdeführer war in einer persönlichen Zwangslage, da er am Vortag den Vollzug einer Freiheitsstrafe von 4 1⁄2 Jahren hätte antreten sollen. Er war daher auf die (finanzielle) Unterstützung von C._ angewiesen. Als ihm dieser weitere Unterstützung verweigerte, zog der Beschwerdeführer einen Revolver und gab auf C._ einen Nahschuss im Herzbereich ab. Der Beschwerdeführer nahm C._ anschliessend die Autoschlüssel ab und flüchtete mit dessen Mercedes, den er zu verkaufen gedachte. C._ verstarb kurz vor dem Eintreffen der Ambulanz an den Folgen der Schussverletzung.
Auf der Flucht kam es in Ernetschwil fast zu einem Zusammenstoss zwischen dem zu einem Überholmanöver ansetzenden Beschwerdeführer und einem entgegenkommenden Verkehrsteilnehmer. Dieser musste ins angrenzende Wiesland ausweichen, um eine Frontalkollision zu vermeiden. In Bazenheid prallte der Beschwerdeführer schliesslich mit deutlich überhöhter Geschwindigkeit mit dem korrekt entgegenkommenden Fahrzeug von Z._ zusammen, welcher sich dadurch einen komplizierten Beinbruch zuzog.
Der Beschwerdeführer wandte sich bereits in den Tagen vor dem 1. März 2005 an D._, welchem er einen Mercedes C 180 verkaufen wollte. Wenige Minuten nach der Schussabgabe nahm er mit D._ erneut Kontakt auf und erklärte diesem sinngemäss, dass er nun in Besitz des Mercedes sei und es zum Verkauf kommen könne. Das mit D._ vereinbarte Treffen in Herisau fand aufgrund des kurz zuvor erlittenen Unfalls des Beschwerdeführers nicht statt.
1.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe C._ nicht getötet. Dieser habe ihn anlässlich der Auseinandersetzung vor dem parkierten Mercedes mit dem Revolver bedroht. Als er versucht habe, ihm die Waffe abzunehmen, habe sich ungewollt ein Schuss gelöst. C._ habe ebenfalls Schmauchspuren an den Händen gehabt, weshalb er den Schuss selber ausgelöst haben könnte. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 50 StGB und des Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV, da die Vorinstanz den Antrag auf Einholung eines Gutachtens betreffend seine motorischen Fähigkeiten nicht behandelt habe. Er leide seit einem chirurgischen Eingriff im Nackenbereich an feinmotorischen Störungen in den Fingern und wäre daher gar nicht in der Lage gewesen, den Abzug des Revolvers zu betätigen.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG, vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (BGE 134 IV 36 E. 1.4.1).
Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt vor, wenn die Sachverhaltsfeststellung zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (BGE 134 I 140 E. 5.4; 127 I 54 E. 2b, mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer muss in der Beschwerdeschrift anhand des angefochtenen Entscheids substanziiert darlegen, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz im Ergebnis willkürlich ist (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.2; 133 II 249 E. 1.4.3).
1.4 Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist in Art. 29 Abs. 2 BV verankert. Danach haben die Parteien Anspruch darauf, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen und Vorbringen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind. Ein Verzicht auf die Abnahme von weiteren Beweisen ist zulässig, wenn sich das Gericht aufgrund der bereits erhobenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass die abgelehnten Beweisanträge nichts an seiner Überzeugung zu ändern vermögen (BGE 134 I 140 E. 5.3; 131 I 153 E. 3; 129 II 396 nicht publ. E. 2.1, mit Hinweisen).
1.5 Gemäss den forensischen Untersuchungsberichten ist aufgrund der Schmauchspuren an der linken Hand des Beschwerdeführers und an dessen rechten Jackenärmelende davon auszugehen, dass dieser die Waffe abfeuerte. Schmauchspuren wurden zudem in den Jackentaschen des Beschwerdeführers sowie am Lenkrad und am Schalthebel des Mercedes gefunden. Bei C._ wurden geringe Schmauchspuren an der rechten Handinnenseite im Zentrum der Handfläche festgestellt, welche dadurch entstanden sind, dass dieser nach der Schussabgabe an die Wunde griff. Die geringen Schmauchspuren in den beiden Mantelaussentaschen von C._ sind darauf zurückzuführen, dass der Beschwerdeführer mit seiner schmauchkontaminierten Hand in dessen Taschen den Schlüssel des Mercedes suchte, und damit ebenfalls erklärbar. Eine Schussabgabe durch C._ ist gemäss den Untersuchungsberichten aufgrund des Schmauchverteilungsbildes ausgeschlossen.
Bei der Tatwaffe handelt es sich um einen Revolver der Marke H.S., Modell R 22. Der Beschwerdeführer war als ehemaliger Polizist im Umgang mit Waffen geübt. Die Untersuchungsberichte bestätigen, dass eine Patrone in der Trommel der Tatwaffe nur durch bewusstes Betätigen des Abzugs gezündet werden kann. Eine Schussauslösung durch Bewegung des Hahns oder andere Aktivitäten mit der Waffe, etwa Kampfhandlungen, sei nicht möglich. Der Auslösemechanismus des Revolvers zeigte keine Defekte oder Störungen.
In den sechs Trommeln der Tatwaffe befanden sich fünf Patronen und eine Hülse der Marke Schönbeck Kaliber .22 long rifle. Anlässlich der Hausdurchsuchung beim Beschwerdeführer wurden mehrere Waffen und Munition sichergestellt. Darunter auch eine Munitionsschachtel der Marke Schönbeck Kaliber .22 long rifle, aus der sechs Patronen fehlten. An den Patronen in der Munitionsschachtel konnten DNA-Spuren des Beschwerdeführers sichergestellt werden. Bei C._ wurden demgegenüber weder Waffen noch Munition gefunden. Sein Umfeld erklärte übereinstimmend, dass er nie über Waffen gesprochen habe. Anzeichen, dass er jemals über eine Waffe verfügte, liegen nicht vor. Die Aussagen des Beschwerdeführers im Untersuchungsverfahren, wie C._ angeblich in den Besitz der Tatwaffe gelangt sein soll, sind in sich widersprüchlich und nicht glaubhaft.
Der vorinstanzliche Beweisschluss, der Beschwerdeführer habe die Tatwaffe mitgeführt und damit vorsätzlich auf C._ geschossen, in der Absicht, diesen zu töten, ist gestützt auf die verfügbaren Beweise nicht zu beanstanden.
1.6 Der Beschwerdeführer äusserte sich im Untersuchungsverfahren ausführlich zu den Tatvorwürfen. Die Einholung eines Gutachtens bezüglich seiner motorischen Fähigkeiten verlangte er erstmals vor dem Kreisgericht mit Schreiben vom 16. April 2007, d.h. mehr als zwei Jahre nach der Tat. Er begründete den Antrag nur sehr rudimentär. Zum Tatzeitpunkt am 1. März 2005 war der Beschwerdeführer erwiesenermassen in der Lage, handschriftliche Dokumente zu verfassen und ein Mobiltelefon zu bedienen. Angesichts auch seines Aussageverhaltens mit Bezug auf die übrigen Tatvorwürfe durfte die Vorinstanz ohne Willkür davon ausgehen, dass es sich bei der Behauptung, der Schuss habe sich ungewollt gelöst, um eine blosse Schutzbehauptung handelt, und den Antrag auf Einholung eines medizinischen Gutachtens in antizipierter Beweiswürdigung abweisen.
2. Die Anträge auf Aufhebung des Schuldspruchs wegen Raubs und Vergehens gegen das Waffengesetz, Abweisung der Zivilansprüche und Herausgabe der beschlagnahmten Waffen und Munition begründet der Beschwerdeführer damit, dass er C._ nicht erschossen habe. Da es bei der Verurteilung wegen vorsätzlicher Tötung bleibt, sind diese Anträge ebenfalls abzuweisen.
3. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Art. 47, Art. 49 und Art. 50 StGB sowie des Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV. Die Strafzumessung sei ungenügend begründet, da keine Gewichtung der einzelnen Straferhöhungs- bzw. -minderungsfaktoren erfolgt sei. Gründe für die Erhöhung der Einsatzstrafe für die vorsätzliche Tötung von 8 auf 12 Jahre gegenüber dem erstinstanzlichen Urteil würden nicht genannt. Der angefochtene Entscheid schweige sich auch über die Überlegungen bei der Berücksichtigung der retrospektiven Konkurrenz aus. Unklar sei, was die Vorinstanz unter "nichtigen Beweggründen" verstehe. Nicht zulässig sei die Straferhöhung wegen fehlender Einsicht und Reue, da sich damit jegliche Bestreitung der Anklage straferhöhend auswirke.
3.1 Der Beschwerdeführer beging seine Tat vor dem Inkrafttreten des neuen Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches am 1. Januar 2007 (vgl. Bundesgesetz vom 13. Dezember 2002; AS 2006 3459 3535). Erfolgt die Beurteilung, wie vorliegend, nach Inkrafttreten der Gesetzesrevision, gelangt das neue Recht zur Anwendung, wenn es für den Täter das mildere ist (Art. 2 Abs. 2 StGB). Die Frage nach dem milderen Recht ist anhand einer konkreten Betrachtungsweise zu beantworten. Entscheidend ist, nach welchem Recht der Täter für die zu beurteilende Tat besser wegkommt (BGE 134 IV 82 E. 6.2.1; 126 IV 5 E. 2c, mit Hinweisen).
3.2 Die Strafzumessungsgrundsätze wurden im neuen Allgemeinen Teil unter Berücksichtigung der altrechtlichen Rechtsprechung im Wesentlichen unverändert übernommen (BGE 134 IV 17 E. 2.1; 134 IV 132 nicht publ. E. 3.3; Urteil des Bundesgerichts 6B_472/2007 vom 27. Oktober 2007 E. 8.1). Die Frage nach dem milderen Recht beschränkt sich damit grundsätzlich auf die konkret ermittelten Sanktionen. Freiheitsentziehende Massnahmen des alten und des neuen Rechts sind gleichwertig, soweit sie unbedingt ausgesprochen werden (BGE 134 IV 82 E. 7.2.1). Der Beschwerdeführer ist aufgrund der ihm vorgeworfenen vorsätzlichen Tötung zu einer Freiheitsstrafe von mehr als drei Jahren zu verurteilen, wofür weder das alte noch das neue Recht den (teil-) bedingten Vollzug zulässt. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz gelangt damit das alte Recht zur Anwendung, da die Bestimmungen des neuen Allgemeinen Teils des StGB für den Beschwerdeführer nicht milder sind. Dass die Vorinstanz fälschlicherweise das neue Recht anwandte, schadete dem Beschwerdeführer insofern nicht, als dieses vorliegend mit dem alten Recht gleichwertig ist.
3.3 Der Richter misst die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Er berücksichtigt die Beweggründe, das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse des Schuldigen (Art. 63 aStGB). Bei der Bemessung der Strafe hat der Richter einerseits die Tatkomponenten und andererseits die Täterkomponenten zu berücksichtigen. Zu den Tatkomponenten gehören etwa das Ausmass des verschuldeten Erfolgs, die Art und Weise von dessen Herbeiführung sowie die Willensrichtung und die Beweggründe des Täters. Die Täterkomponenten umfassen unter anderem das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie das Verhalten nach der Tat und im Strafverfahren, etwa Schadenersatzzahlung, Geständnis, Einsicht und Reue (BGE 134 IV 132 nicht publ. E. 4.2; 129 IV 6 E. 6.1, mit Hinweisen). Ein hartnäckiges Bestreiten der Tatvorwürfe kann unter gewissen Umständen als fehlende Einsicht und Reue ausgelegt und straferhöhend berücksichtigt werden (Urteil des Bundesgerichts 6B_858/2008 vom 20. Mai 2009 E. 4.3.3 mit Hinweisen).
3.3 Der Richter misst die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Er berücksichtigt die Beweggründe, das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse des Schuldigen (Art. 63 aStGB). Bei der Bemessung der Strafe hat der Richter einerseits die Tatkomponenten und andererseits die Täterkomponenten zu berücksichtigen. Zu den Tatkomponenten gehören etwa das Ausmass des verschuldeten Erfolgs, die Art und Weise von dessen Herbeiführung sowie die Willensrichtung und die Beweggründe des Täters. Die Täterkomponenten umfassen unter anderem das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie das Verhalten nach der Tat und im Strafverfahren, etwa Schadenersatzzahlung, Geständnis, Einsicht und Reue (BGE 134 IV 132 nicht publ. E. 4.2; 129 IV 6 E. 6.1, mit Hinweisen). Ein hartnäckiges Bestreiten der Tatvorwürfe kann unter gewissen Umständen als fehlende Einsicht und Reue ausgelegt und straferhöhend berücksichtigt werden (Urteil des Bundesgerichts 6B_858/2008 vom 20. Mai 2009 E. 4.3.3 mit Hinweisen).
3.4 3.4.1 Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen mehrere Freiheitsstrafen verwirkt, so verurteilt ihn der Richter gemäss Art. 68 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB zu der Strafe der schwersten Tat (sog. Einsatzstrafe) und erhöht deren Dauer unter Berücksichtigung aller entsprechenden Strafzumessungsgründe angemessen (sog. Asperationsprinzip). Der Richter ist verpflichtet, diesen Strafschärfungsgrund mindestens straferhöhend zu berücksichtigen (BGE 132 IV 102 E. 8.1; 127 IV 101 E. 2b; 116 IV 300 E. 2b/aa).
3.4.2 Hat der Richter eine mit Freiheitsstrafe bedrohte Tat zu beurteilen, die der Täter begangen hat, bevor er wegen einer andern Tat zu einer Freiheitsstrafe verurteilt worden ist, so bestimmt er nach Art. 68 Ziff. 2 aStGB die Strafe so, dass der Täter nicht schwerer bestraft wird, als wenn die mehreren strafbaren Handlungen gleichzeitig beurteilt worden wären. Art. 68 Ziff. 2 aStGB will das Asperationsprinzip auch bei retrospektiver Konkurrenz gewährleisten. Liegt ein Anwendungsfall von Art. 68 Ziff. 2 aStGB vor, hat der Richter die Strafe auszufällen, die ausgesprochen worden wäre, wenn sämtliche strafbaren Handlungen gleichzeitig zur Beurteilung gestanden hätten. Dazu muss er die neu zu beurteilenden Straftaten mit den bereits beurteilten als ein Ganzes betrachten und nach seinem Ermessen und unter Berücksichtigung sämtlicher strafschärfenden, -mildernden, -erhöhenden und -mindernden Faktoren eine hypothetische Gesamtstrafe festlegen. Davon ist die Dauer der in den rechtskräftigen Entscheiden ausgefällten Strafen in Abzug zu bringen. Die so errechnete Zusatzstrafe gleicht die Differenz zwischen der ersten Einsatz- oder Grundstrafe und der hypothetischen Gesamtstrafe aus, die nach Auffassung des Richters bei Kenntnis der später beurteilten Straftat ausgefällt worden wäre (BGE 132 IV 102 E. 8.2; 129 IV 113 E. 1.1; 121 IV 97 E. 2d/cc; 118 IV 119 E. 2; 116 IV 14 E. 2a; Urteil des Bundesgerichts 6S.264/2006 vom 20. Oktober 2006 E. 5.2). Für die Frage, ob überhaupt und in welchem Umfang (d.h. ganz oder teilweise) das Gericht eine Zusatzstrafe aussprechen muss, ist auf das Datum des erstinstanzlichen Urteils im ersten Verfahren abzustellen. Demgegenüber ist für die Bemessung bzw. die Höhe der Zusatzstrafe das rechtskräftige Urteil im ersten Verfahren massgebend (BGE 129 IV 113 E. 1.3). In die hypothetische Gesamtstrafe einzubeziehen sind auch Dauerdelikte, deren Tathandlung oder -unterlassung über den Zeitpunkt der Ausfällung des erstinstanzlichen Urteils im früheren Verfahren andauern (Jürg-Beat Ackermann, Basler Kommentar, 2. Aufl., N. 66 ad. Art. 49 StGB).
3.4.3 Hat der Richter Straftaten zu beurteilen, die der Täter teils vor und teils nach einer früheren Verurteilung begangen hat, so ist ebenfalls eine Gesamtstrafe auszufällen. Wiegt die vor dem ersten Entscheid verübte Tat schwerer, so ist hiefür gemäss Art. 68 Ziff. 2 aStGB eine - hypothetische - Zusatzstrafe zum ersten Urteil auszufällen und deren Dauer wegen der nach dem ersten Urteil begangenen Tat in Anwendung von Art. 68 Ziff. 1 aStGB angemessen zu erhöhen. Ist die nach dem ersten Urteil verübte Tat die schwerere, so ist von der für diese Tat verwirkten Strafe auszugehen und deren Dauer wegen der vor der ersten Verurteilung begangenen Tat nach Art. 68 Ziff. 1 aStGB angemessen zu erhöhen, und zwar unter Berücksichtigung des Umstands, dass für die frühere Tat gemäss Art. 68 Ziff. 2 aStGB eine - hypothetische - Zusatzstrafe zum ersten Urteil auszufällen ist (BGE 116 IV 14 E. 2b; 115 IV 17 E. 5b/bb; 69 IV 54 E. 4; Urteil des Bundesgerichts 6S.74/2006 vom 3. Juli 2006 E. 5.2.1).
3.4.4 In gleicher Weise vorzugehen ist bei mehreren früheren Verurteilungen. Dabei ist jede ältere Tat mit der Verurteilung in Zusammenhang zu bringen, die der Tatverübung nachfolgt, was eine Bildung von Straftatengruppen ermöglicht. Um eine Gesamtstrafe festzusetzen, wird die schwerste Tat (oder Tatgruppe) ermittelt. Anschliessend wird die Strafe festgelegt, die die Zusatzstrafe bildet. Dieser fügen sich in Anwendung des Asperationsprinzips die Strafen für die anderen Tatgruppen an, wobei sie für die älteren Gruppen wie Zusatzstrafen berechnet werden (BGE 116 IV 14 E. 2c; Urteile des Bundesgerichts 6S.22/2006 vom 7. April 2006 E. 4.1; 6S.848/1998 vom 10. September 1999 E. 1c/cc; Jürg-Beat Ackermann, a.a.O., N. 77 ad. Art. 49 StGB).
3.5 Der Richter muss die Überlegungen, die er bei der Bemessung der Strafe vorgenommen hat, in den Grundzügen wiedergeben, so dass die Strafzumessung nachvollziehbar ist. Besonders hohe Anforderungen an die Begründung der Strafzumessung werden unter anderem gestellt, wenn die ausgesprochene Strafe ungewöhnlich hoch oder auffallend milde ist (BGE 127 IV 101 E. 2c; 121 IV 49 E. 2a/aa; 120 IV 136 E. 3a; 118 IV 337 E. 2a). Diese von der Rechtsprechung entwickelte Begründungspflicht ist im neuen Recht in Art. 50 StGB vorgesehen (BGE 134 IV 17 E. 2.1). Bei der retrospektiven Konkurrenz hat der Richter ausnahmsweise mittels Zahlenangaben offen zu legen, wie sich die von ihm zugemessene Strafe quotenmässig zusammensetzt (BGE 132 IV 102 E. 8.3; 118 IV 119 E. 2).
3.6 Die der Verurteilung wegen vorsätzlicher Tötung, fahrlässiger Körperverletzung, Raubs, einfacher und grober Verletzung von Verkehrsregeln und pflichtwidrigen Verhaltens bei Unfall zugrunde liegenden Taten beging der Beschwerdeführer allesamt am 1. März 2005. Der Vorwurf des illegalen Erwerbs und Besitzes von Waffen und Munition betrifft auch die Zeit vor dem 1. März 2005. Die Verletzung der Erziehungs- oder Fürsorgepflicht bezieht sich auf die Zeit von Sommer 2001 bis Sommer 2004 als der Beschwerdeführer es unterliess, seine minderjährigen Kinder E._ und F._ in den ordentlichen Schulunterricht zu schicken.
Zuvor erklärte das Kantonsgericht St. Gallen den Beschwerdeführer am 29. November 2004 des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen Gehilfenschaft zu Veruntreuung, der mehrfachen Urkundenfälschung, der mehrfachen Verfügung über mit Beschlag belegte Vermögenswerte, der mehrfachen Unterlassung der Buchführung, der Nötigung sowie der versuchten Anstiftung zur Unterdrückung von Urkunden schuldig und bestrafte ihn im teilweisen Zusatz zu früheren Urteilen mit 3 1⁄4 Jahren Gefängnis. Der Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 29. November 2004 beruht auf den erstinstanzlichen Entscheiden des Bezirksgerichts Werdenberg vom 8. März 2002 und 11. März 2003. Das Kreisgericht Werdenberg-Sargans sprach den Beschwerdeführer mit Entscheid vom 10. Mai 2005 zudem der Veruntreuung schuldig. Auf Berufung hin qualifizierte das Kantonsgericht St. Gallen das Verhalten des Beschwerdeführers am 5. April 2006 als Betrug und verurteilte ihn im Zusatz zum Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 29. November 2004 zu 9 Monaten Gefängnis.
Vorliegend waren demnach Taten zu beurteilen, die der Beschwerdeführer allesamt vor dem Entscheid des Kreisgerichts Werdenberg-Sargans vom 10. Mai 2005 beging. Die Verletzung der Erziehungs- oder Fürsorgepflicht und allenfalls auch die Vergehen gegen das Waffengesetz erfolgten zudem teilweise vor den erstinstanzlichen Entscheiden des Bezirksgerichts Werdenberg vom 8. März 2002 und 11. März 2003.
3.7 Die Vorinstanz ging im angefochtenen Entscheid von der vorsätzlichen Tötung als schwerster Tat aus, für welche sie eine Freiheitsstrafe von 12 Jahren als angemessen erachtete. Sie begründete dies damit, dass das Verschulden des Beschwerdeführers sehr schwer wiege, zumal er die Eskalation der Lage in Uznach alleine zu verantworten habe. Er habe C._ aus nichtigen Beweggründen aus kurzer Distanz niedergeschossen und ihn danach am Boden liegen gelassen. Straferhöhend wirken sich gemäss der Vorinstanz die weiteren Straftaten (Raub, fahrlässige Körperverletzung, grobe Verkehrsregelverletzung, Vergehen gegen das Waffengesetz sowie Verletzung der Fürsorge- oder Erziehungspflicht), die zahlreichen Vorstrafen sowie die fehlende Einsicht und Reue aus, weshalb sich eine Erhöhung der Strafe auf 14 Jahre rechtfertige. Unter Berücksichtigung des Alters des Beschwerdeführers (Jahrgang 1943) sowie der schwer angeschlagenen Gesundheit und der damit verbundenen Einschränkungen (Beinamputation, Zuckerkrankheit, eingeschränkte Sehkraft, Herzinsuffizienz, Rollstuhlbedürftigkeit, Vollzug der Vorstrafen im Pflegeheim) sei im Ergebnis und im (teilweisen) Zusatz zu den Urteilen des Kantonsgerichts St. Gallen vom 29. November 2004 bzw. vom 5. April 2006 eine Freiheitsstrafe von 12 1⁄2 Jahren schuldangemessen.
3.8 Die Einsatzstrafe von 12 Jahren für die vorsätzliche Tötung erscheint an sich vertretbar, ist jedoch gestützt auf die knappe Begründung des Kantonsgerichts nicht nachvollziehbar. Dies zumal das Kantonsgericht die angeklagte Qualifikation als Mord verneinte und es auch nicht auf die Ausführungen des Kreisgerichts verweisen konnte, welches von einer Einsatzstrafe von 8 Jahren ausging. Unklar bleiben die bei der Strafzumessung konkret berücksichtigten Beweggründe für die Tötung. Ob und in welchem Umfang Art. 68 Ziff. 2 aStGB bei der Strafzumessung Rechnung getragen wurde, ergibt sich aus der vorinstanzlichen Begründung ebenfalls nicht. Die Vorinstanz betrachtete die zu beurteilenden Straftaten für sich und kumulierte die so errechnete Freiheitsstrafe mit den Strafen aus den Jahren 2005 und 2006. Hypothetische Überlegungen, wie die Strafen ausgefallen wären, wenn die Taten vom 1. März 2005, die Vergehen gegen das Waffengesetz und die Verletzung der Erziehungs- oder Fürsorgepflicht zusammen mit den bereits rechtskräftigen Verurteilungen beurteilt worden wären, stellte sie nicht an. Ein solches Vorgehen wirkt sich grundsätzlich zuungunsten des Beschwerdeführers aus und ist mit Art. 68 Ziff. 2 aStGB nicht vereinbar. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen und die Sache für die Strafzumessung und Neubegründung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eine Prüfung der weiteren, im Zusammenhang mit der Strafzumessung erhobenen Rügen erübrigt sich damit.
4. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird im Umfang des teilweisen Obsiegens des Beschwerdeführers gegenstandslos. Soweit er unterliegt, ist das Gesuch zufolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG). Der Kanton St. Gallen hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines teilweisen Obsiegens eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, Ziff. 2 des Entscheids des Kantonsgerichts St. Gallen vom 7. Januar 2009 mit Bezug auf die ausgesprochene Strafe aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen, soweit es nicht zufolge teilweiser Gutheissung der Beschwerde gegenstandslos geworden ist.
3. Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 800.-- auferlegt.
4. Der Kanton St. Gallen hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld