Faits:
A. A la suite du décès de leurs parents, B._ (père) et C._ (mère), ainsi que d'un avancement d'hoirie de leur mère, D._ et E._ sont devenus copropriétaires respectivement à raison de trois quarts et d'un quart de l'immeuble n° 1079, sis rue Y._ à Z._ (ci-après: immeuble Y._).
B. D._ est décédé le 5 février 2001. Par testament olographe du 5 avril 1998, il a exhérédé son épouse F._, institué sa compagne, G._, unique héritière de sa succession et prescrit une "substitution fidéicommissaire résiduelle", en ce sens qu'au décès de sa compagne, le solde de sa succession reviendrait au fils de celle-ci et à sa propre nièce, A._, chacun pour moitié. D._ a en outre désigné Me X._ en qualité d'exécuteur testamentaire.
La veuve de D._ a obtenu la reconnaissance de sa qualité d'héritière réservataire dans la succession de son défunt époux en dépit de la clause d'exhérédation.
C. Par convention du 13 mars 2006, E._ et l'exécuteur testamentaire, Me X._, sont notamment convenus de nommer un expert afin d'évaluer la valeur actuelle de l'immeuble Y._, puis de procéder ensemble à la vente de cet immeuble. La valeur actuelle de l'immeuble Y._ a été estimée à 2'400'000 fr. Les 16 septembre et 9 octobre 2006, E._, d'une part, et les héritières de D._, F._ et G._, d'autre part, sont convenus de la vente de l'immeuble Y._. Aux termes de l'art. 3 de dite convention, "[...] la vente sera exécutée obligatoirement si l'offre d'achat est supérieure à la taxation vénale de l'immeuble [...]".
C.a E._ est décédé ab intestat le 18 janvier 2007. Ses héritières, son épouse H._ et sa fille A._, ont ratifié le 19 mars 2007 la convention des 16 septembre et 9 octobre 2006 relative à l'immeuble Y._.
La veuve de D._, F._, est décédée le 5 avril 2007.
C.b Par courrier du 5 mars 2007, les exécuteurs testamentaires des successions de D._ et de F._ ont reçu une offre d'achat de I._ pour l'immeuble Y._ à hauteur de 2'800'000 fr., laquelle a été transmise à l'ancien comptable et ami de E._ qui l'avait assisté dans le cadre de l'établissement de la convention des 16 septembre et 9 octobre 2006, J._.
Un projet d'acte de vente de l'immeuble Y._ à I._ a été préparé par un notaire. Celui-ci a demandé à Me X._ de lui confirmer son accord avec cet acte et lui a précisé que tout était en ordre avec l'hoirie de E._. L'acte de vente devait être instrumenté le 9 octobre 2007. Par fax du 3 octobre 2007, les héritières de E._, H._ et A._ ont indiqué au notaire qu'elles ne signeraient pas l'acte de vente en faveur de l'acheteur I._. Ce dernier a fait savoir à Me X._ qu'il entendait réserver "tous ses droits" si la vente n'était pas conclue en sa faveur. Par courrier du 22 novembre 2007, Me X._ a écrit à l'avocat des héritières de E._, Me K._, afin de fixer un nouveau rendez-vous pour la signature de la vente de l'immeuble.
Par fax du 25 janvier 2008, Me K._ a informé Me X._ que ses clientes souhaitaient acquérir l'immeuble Y._, "avec droit de substitution, pour 2'800'000 fr., sous déduction des dettes grevant ce bien", sous réserve que l'hoirie de C._ soit définitivement liquidée et que les hoirs de D._ payent immédiatement A._ en échange de l'abandon de celle-ci de ses prétentions résultant de la substitution fidéicommissaire.
C.c Par jugement du 4 décembre 2008, le Tribunal de première instance de Genève a ordonné aux héritières de E._ de signer dans un délai de dix jours l'acte de vente de l'immeuble Y._ à I._. Statuant le 16 octobre 2009 sur appel des héritières de E._, la Cour de justice les a condamnées à exécuter l'article 3 de la convention des 16 septembre et 9 octobre 2006 en tant qu'il prévoit que la vente sera exécutée obligatoirement si une offre d'achat supérieure à l'estimation vénale est présentée.
C.d Le 19 mars 2008, l'acheteur I._ s'est déclaré prêt à attendre jusqu'à la fin de l'année 2008, mais a annoncé qu'en cas de non-exécution de la vente, ses prétentions se chiffraient à 30'000 fr.
Le 18 décembre 2008, H._ et A._ ont offert d'acheter l'immeuble Y._ pour 2'850'000 fr., précisant qu'elles assumeraient les éventuelles prétentions de l'acheteur I._, payeraient aux hoirs de D._ la somme de 1'541'725 fr. 20 "pour solde de tout compte et de toutes prétentions", et renonceraient à toutes prétentions contre l'exécuteur testamentaire et/ou les hoirs de D._, à la condition que ces derniers renoncent à toutes prétentions dans le cadre de la liquidation de la succession de C._.
Le conseil de I._ a informé les propriétaires de l'immeuble Y._ par lettre du 7 mai 2010 que son client exigeait la réparation de son préjudice, mais que I._ était prêt à verser le prix de 2'900'000 fr. si la vente était conclue au mois de mai 2010, et qu'en cas d'acceptation de cette offre, il était disposé à renoncer au remboursement de ses frais.
D. Le 17 mars 2010, A._ a déposé devant le Tribunal des districts de Martigny et de St-Maurice une "plainte (518 CCS)" contre Me X._ tendant principalement à ce qu'il soit destitué de sa qualité d'exécuteur testamentaire de la succession de D._, subsidiairement à ce qu'il soit astreint à vendre l'immeuble Y._ à la requérante et à sa mère.
Par décision du 14 janvier 2011, le juge suppléant des districts de Martigny et de St-Maurice a destitué Me X._ de sa fonction d'exécuteur testamentaire.
Statuant le 5 septembre 2011 sur appel de Me X._, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Valais a annulé la décision entreprise et rejeté la plainte de A._. L'arrêt a été expédié aux parties le lendemain.
E. Par acte du 7 octobre 2011, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle invoque les art. 518 et 595 ss CC et se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits. La recourante conclut à ce que Me X._ soit "révoqué de sa fonction d'exécuteur testamentaire de D._".
Des réponses n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le présent recours en matière civile a été interjeté contre une décision finale (art. 90 LTF) en matière de surveillance d'un exécuteur testamentaire (art. 72 al. 2 let. b ch. 5 LTF), rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Il a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (art. 42 LTF), par une partie ayant succombé devant l'autorité précédente et ayant un intérêt à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris (art. 76 al. 1 LTF, cf. infra consid. 4.1); il est ainsi recevable au regard de ces dispositions.
Il n'est pas nécessaire d'examiner si la décision querellée ayant pour objet le contrôle de l'activité de l'exécuteur testamentaire est de nature contentieuse ou gracieuse (ATF 90 II 376 consid. 4 p. 385 s.; arrêt 5A_395/2010 du 22 octobre 2010 consid.1.2), ni si l'éventuel caractère gracieux de la procédure ayant abouti à la décision entreprise (ATF 118 II 108 consid. 1 p. 110; 98 II 148 p. 149; arrêt 5A_502/2008 du 4 mars 2009 consid. 1.1) a pour effet de soustraire le recours en matière civile à l'exigence d'une valeur litigieuse minimale, le seuil de 30'000 fr. fixé à l'art. 74 al. 1 let. b LTF étant de toute façon atteint en l'espèce.
2. Le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2 p. 550).
3. 3.1 L'exécuteur testamentaire est soumis à la surveillance de l'autorité qui a le pouvoir d'ordonner l'exécution ou d'interdire un acte déterminé et de prendre des mesures disciplinaires (art. 518 CC et art. 595 al. 3 CC par analogie avec l'administrateur officiel; ATF 90 II 376 consid. 3 p. 383 ss; KARRER/VOGT/LEU, Basler Kommentar, 4ème éd., 2011, n° 97 ad art. 518 ZGB; STEINAUER, Le droit des successions, 2006, n° 1185 p. 554 s.; BREITSCHMID, Behördliche Aufsicht über den Willensvollstrecker, in: Willensvollstreckung, 2001, n° 2 p. 151), dont la plus grave est la destitution de l'exécuteur testamentaire pour cause d'incapacité ou de violation grossière de ses devoirs (KARRER/VOGT/LEU, op. cit., no 103 ad art. 518 ZGB; BREITSCHMID, op. cit., n° 3 p. 154 s.; CHRIST/EICHNER, Praxiskommentar Erbrecht, 2ème éd., n° 97 ad art. 518 ZGB; LOB, Les pouvoirs de l'exécuteur testamentaire en droit suisse, 1952, p. 109). La révocation de l'exécuteur testamentaire a des conséquences majeures sur l'administration future de la succession, l'autorité de surveillance n'ayant pas le pouvoir de nommer un remplaçant à l'exécuteur testamentaire destitué et, faute de désignation d'un exécuteur testamentaire de remplacement par le disposant, les héritiers devant liquider eux-mêmes la succession (KARRER/VOGT/LEU, op. cit., n° 103 ad art. 518 ZGB; STEINAUER, op. cit. n° 1185d p. 555).
3.2 L'autorité de surveillance n'intervient en principe que sur plainte, laquelle peut être déposée par les héritiers légaux, institués et potentiels, ainsi que par toute personne gratifiée par le disposant d'une libéralité testamentaire (KARRER/VOGT/LEU, op. cit., n° 99 ad art. 518 ZGB; STEINAUER, op. cit., n° 1185b p. 555; BREITSCHMID, op. cit., n° 5 p. 156 s.; SCHULER-BUCHE, op. cit., p.129; GUINAND/STETTLER/LEUBA, op. cit., n° 541 p. 258; CHRIST/EICHNER, op. cit., n° 91 ad art. 518 ZGB). L'héritier, le légataire ou le bénéficiaire qui dépose une plainte doit au surplus être intéressé au point critiqué (PAUL PIOTET, Traité de droit privé suisse IV, Droit successoral, 2ème éd., 1988 [ci-après cité: TDPS IV], § 20 p. 111; LOB, op. cit., p. 108). En d'autres termes la plainte peut émaner de toute personne participant matériellement à la succession (ATF 90 II 376 consid. 3 p. 383), car on ne peut imposer à ceux qui ont des droits dans une succession le maintien d'un exécuteur testamentaire qui n'est pas à la hauteur de sa tâche ou qui n'y voue pas tous ses soins (ATF 66 II 148 p. 150 s.). Le créancier d'un héritier, de même que l'ex-époux du disposant ne sont notamment pas légitimés à déposer une plainte contre l'exécuteur testamentaire (CHRIST/EICHNER, op. cit., n° 91 in fine ad art. 518 ZGB; SCHULER-BUCHE, op. cit., p. 129).
4. S'agissant de la qualité de la recourante pour déposer une plainte contre l'exécuteur testamentaire, la cour cantonale, constatant que celle-ci n'est pas héritière de son oncle, mais uniquement appelée d'une substitution fidéicommissaire sur les biens résiduels, a émis des doutes quant à son droit de saisir l'autorité de surveillance. L'autorité précédente a toutefois laissé cette question ouverte et rejeté la plainte considérant qu'il n'existait aucun motif de destitution de l'exécuteur testamentaire.
Pour sa part, la recourante soutient que l'appelé d'une substitution fidéicommissaire doit être légitimé à "se plaindre d'une activité négative dans une succession dans laquelle [il] a des droits". Elle en conclut qu'elle "avait évidemment la qualité pour déposer la plainte auprès de l'autorité de surveillance".
Dès lors que le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'argumentation juridique retenue dans l'arrêt attaqué, il convient d'examiner la qualité de la recourante pour déposer une plainte contre l'exécuteur testamentaire (cf. supra consid. 2).
4.1 Le droit à la protection judiciaire étatique présuppose que l'intéressé soit lésé ("Beschwer"), formellement et matériellement. L'intérêt à agir ou à défendre à l'action, c'est-à-dire la qualité pour agir ou pour défendre appartiennent aux conditions matérielles de la prétention litigieuse; elles se déterminent selon le droit au fond et leur défaut conduit au rejet de l'action (ATF 126 III 59 consid. 1a p. 63). La qualité pour agir et celle pour défendre ne se confondent pas avec la qualité pour recourir (art. 76 LTF) lorsque, en tant que partie, le recourant n'a pas obtenu ce à quoi il avait conclu ("formelle Beschwer", arrêt 5C.157/2003 du 22 janvier 2004 consid. 4.1). Pour que le recourant soit matériellement lésé, il faut que, selon son argumentation, il apparaisse atteint dans sa situation, dans un droit qui lui appartient en propre (ATF 129 III 689 consid. 1.2 p. 691; ATF 107 II 504 consid. 3 p. 506; arrêts 5C.157/2003 du 22 janvier 2004 consid. 4.1 in fine; 5P.331/2002 du 12 décembre 2002 consid. 1.2.2). Le recourant est matériellement lésé lorsque la décision attaquée lui est désavantageuse dans ses effets et que, partant, il a un intérêt digne de protection à sa modification ou à son annulation (ATF 120 II 5 consid. 2a p. 7 s.; ATF 116 II 721 consid. 6 p. 729).
4.2 La substitution fidéicommissaire d'héritiers (art. 488 ss CC) est une disposition pour cause de mort en vertu de laquelle la succession, ou une part de la succession, est acquise à titre universel par un premier héritier, le grevé, puis, quand se réalise une condition ou quand arrive un terme - soit l'ouverture de la substitution -, elle est transférée à titre universel du grevé à un second héritier, l'appelé (PAUL PIOTET, Transferts de propriété, expectatives réelles et substitutions fidéicommissaires, 1992 [ci-après cité: Transferts de propriété], n° 536, p. 131). La substitution fidéicommissaire règle ainsi deux dévolutions successives (arrêt 2P.31/2004 du 25 février 2005 consid. 3.2). Tant que le grevé succède directement au disposant, l'appelé est un héritier du testateur sous condition suspensive (ATF 95 II 519 consid. 3 p. 522; STEINAUER, op. cit., n° 551 p. 281 s.; GUINAND/STETTLER/LEUBA, op. cit., n° 340 p. 162), c'est-à-dire qu'il ne devient héritier du disposant qu'à l'ouverture de la substitution. Exceptionnellement, l'appelé succède immédiatement au disposant lorsque le grevé meurt avant ce dernier, est indigne ou répudie (art. 492 al. 3 CC); il s'agit alors d'un cas de substitution vulgaire (GUINAND/STETTLER/LEUBA, op. cit., n° 338 p. 161 s.). L'appelé n'a donc aucun droit dans la succession avant le terme fixé par le testateur pour l'ouverture de la substitution (PAUL PIOTET, TDPS IV, § 20 p. 94); il ne dispose que d'une expectative successorale et de prérogatives relatives à l'octroi de mesures de sûretés (EITEL, Die Anwartschaft des Nacherben, 1991, p. 227 et 382 ss; PAUL PIOTET, Transferts de propriété, nos 723 ss p. 165 ss; STEINAUER, op. cit., nos 570 ss p. 290 ss; EUGEN SPIRIG, Nacherbeneinsetzung und Nachvermächtnis, in: RNRF 58, 1977, p. 201 s.).
Cela est d'autant plus vrai lorsque le disposant prévoit une substitution fidéicommissaire sur les biens résiduels (ou "pour le surplus", "auf den Überrest", arrêt 5C.18/1997 du 1er décembre 1997 consid. 7a). Bien que non prévue par le Code civil, cette institution est admise par la jurisprudence (ATF 133 III 309 consid. 5 p. 310, 100 II 92 p. 93 s.; arrêts 5C.53/2006 du 12 avril 2007 consid. 5.2; 2P.31/2004 précité consid. 3.2). Sa particularité par rapport à la substitution fidéicommissaire ordinaire réside en ce que le grevé n'est pas tenu de maintenir l'existence et la consistance de la succession pour qu'elle parvienne dans la mesure du possible intacte à l'appelé lors de la substitution. Dans la substitution fidéicommissaire sur les biens résiduels, le grevé peut disposer des biens successoraux et entamer le patrimoine reçu, non seulement pour ses besoins de base mais également pour mener une vie plus aisée (PAUL PIOTET, TDPS IV, § 20 p. 111); il peut, le cas échéant, épuiser le patrimoine hérité. L'appelé acquerra par conséquent seulement ce qui restera éventuellement de la succession au moment de l'ouverture de la substitution (ATF 102 Ia 418 consid. 3a p. 421, 100 II 92 p. 94) et ne dispose d'aucune action contre l'héritier grevé s'il ne reçoit rien de celui-ci à l'ouverture de la substitution, sous réserve de l'abus de droit du grevé qui aurait dilapidé les biens de la succession ou détruit dolosivement ces biens (art. 2 CC; ATF 100 II 92 p. 95 s.; STEINAUER, op. cit., n° 568 p. 289; GEORG SCHÜRMAN, Praxiskommentar Erbrecht, 2ème éd., n° 27 ad art. 491 ZGB; EUGEN SPIRIG, op. cit., p. 212 s.).
4.3 En l'occurrence, la recourante, qui est co-appelée d'une substitution fidéicommissaire sur les biens résiduels grevant la moitié de la succession administrée par l'exécuteur testamentaire critiqué, est ainsi une héritière sous condition suspensive. Elle n'a pas actuellement le statut d'héritière dans la succession de son oncle; elle dispose uniquement d'une expectative successorale, mais non des droits dont jouissent les héritiers. En particulier, elle ne dispose pas même d'une action contre l'héritière grevée, sous réserve de l'abus de droit (art. 2 CC, cf. supra consid. 4.2). Vu le statut de la recourante dans la succession de son oncle, à savoir qu'elle doit recevoir des mains d'un tiers qui n'est pas le testateur, à un moment déterminé et en vertu d'un acte juridique, une prestation ou une somme d'argent dont le tiers pouvait disposer, elle se trouve dans une position analogue à celle du créancier d'un héritier - auquel la doctrine majoritaire dénie la qualité pour saisir l'autorité de surveillance (cf. supra consid. 3.2 in fine) - et n'est pas, dans ce cas, habilitée à requérir des mesures contre l'exécuteur testamentaire. Il s'ensuit que les circonstances qui doivent être réunies pour que la recourante puisse matériellement être gratifiée dans la succession de son oncle ne dépendent nullement des agissements de Me X._; la destitution de celui-ci de ses fonctions d'exécuteur testamentaire n'est pas de nature à lui procurer un quelconque avantage par rapport à son statut dans la succession de D._ lorsqu'elle sera appelée éventuellement à lui succéder. La recourante n'était ainsi pas légitimée à déposer une plainte à l'autorité de surveillance.
Au demeurant, la recourante ne peut pas non plus se prévaloir de sa qualité d'héritière de E._. En particulier, il est douteux qu'elle puisse intervenir dans le processus de décision relatif à la vente de l'immeuble Y._ plus qu'elle ne l'est autorisée actuellement, quand bien même Me X._ serait écarté de l'administration de la succession (cf. supra consid. 3.1). A cet égard, tant les héritiers de D._ que ceux de E._, dont la recourante fait partie, ont adhéré à la convention des 16 septembre et 9 octobre 2006, les obligeant à vendre obligatoirement à l'acheteur offrant un prix supérieur à l'estimation vénale de l'immeuble Y._, de sorte que l'exécuteur testamentaire ne fait qu'appliquer l'accord. La destitution disciplinaire de Me X._, déployant des effets ex-nunc, n'aurait pas pour conséquence de rendre caduque la convention litigieuse qui continuerait d'être applicable.
En conséquence, la recourante n'est pas lésée par l'arrêt entrepris "rejetant sa plainte" à l'autorité de surveillance. Le recours doit par conséquent être rejeté par substitution de motifs (cf. supra consid. 2).
5. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté, sans qu'il y ait lieu d'examiner les griefs soulevés au fond. Les frais de justice seront supportés par la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens à l'exécuteur testamentaire, ni à l'autorité, qui n'ont au demeurant pas été invités à répondre (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Valais et à Me X._.
Lausanne, le 2 février 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin