Sachverhalt:
A. Die X._ AG unterliess es in den Jahren 2001 bis 2003 irrtümlicherweise, die Löhne ihres Direktoren-Ehepaars gegenüber der zuständigen Sozialversicherungsanstalt anzugeben. Aufgrund dieses Irrtums berechnete die Ausgleichskasse auf den Löhnen des Ehepaars weder AHV- noch BVG-Beiträge. Aus dem gleichen Grund versäumte es die Gesellschaft in ihren Steuererklärungen für die Staats- und die direkte Bundessteuer 2001 bis 2003, die für ihre Direktoren an sich jeweils geschuldeten Sozialbeiträge ertragsmindernd anzugeben. Bei einer im Jahr 2004 durchgeführten Kontrolle bemerkte die Ausgleichskasse den Irrtum und erliess für die genannten drei Jahre eine Nachzahlungsverfügung im Gesamtbetrag von Fr. 249'207.--. Die Gesellschaft verbuchte den Betrag in ihren Geschäftsbüchern 2004 und deklarierte ihn auch in ihrer Steuererklärung für das gleiche Jahr als Betriebsaufwand.
B. Mit Veranlagungsverfügung vom 6. Juli 2007 und Einspracheentscheid vom 7. März 2008 verweigerte die Steuerverwaltung des Kantons Wallis den für 2004 geltend gemachten Abzug von Fr. 249'207.--, weil die ihm zugrunde liegende nachträgliche Aufwandverbuchung gegen das Periodizitätsprinzip verstosse. Das bestätigte die kantonale Steuerrekurskommission mit Urteil vom 24. Februar 2010.
C. Am 17. Mai 2010 hat die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie stellt den Antrag, das Urteil der kantonalen Steuerrekurskommission in Bezug auf die Staats- und die direkte Bundessteuer 2004 aufzuheben.
D. Die kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung sowie die Steuerrekurskommission schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
E. Mit Verfügung vom 25. Mai 2010 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung ein Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde ist zulässig (vgl. Art. 82 ff. BGG; siehe insb. auch ASA 79 691 E. 1).
2. 2.1 Gegenstand der Gewinnsteuer der juristischen Personen ist der Reingewinn (vgl. Art. 57 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]). Der steuerbare Reingewinn setzt sich gemäss Art. 58 Abs. 1 DBG zusammen aus: dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahres (lit. a); allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie aus den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen (lit. c). Das Gesetz stellt damit auf das Ergebnis eines handelsrechtskonformen Rechnungsabschlusses ab, der auch steuerrechtlich verbindlich ist, sofern die buchhaltungsrechtlichen Vorschriften beachtet wurden. Vorbehalten bleiben die steuerlichen Korrekturvorschriften, u.a. aufgrund des bundes- sowie kantonalrechtlich im Gesetz verankerten Periodizitätsprinzips (vgl. Art. 79 in Verbindung mit Art. 58 DBG; siehe ebenfalls die inhaltlich damit übereinstimmenden und hier für die Staatssteuer massgeblichen Bestimmungen von Art. 81 und 105 des Steuergesetzes des Kantons Wallis vom 10. März 1976, [StG/VS; 642.1]). Danach hat ein Unternehmen im Steuerjahr denjenigen Gewinn zu versteuern, den es in der entsprechenden Periode erzielt hat. Es dürfen also nicht nach freiem Belieben die Ergebnisse der Geschäftsperioden untereinander ausgeglichen werden, indem diejenigen einer Periode zugunsten oder zulasten einer andern vermindert oder erhöht werden. Dasselbe ergibt sich aus den handelsrechtlichen Buchhaltungsvorschriften, in deren Rahmen das Prinzip unter der Bezeichnung "umfassender Periodisierungsgrundsatz" und im Einklang mit dem Realisierungsgrundsatz in dem Sinne gilt, dass sämtliche Ertrags- und Kostenelemente, die in eine bestimmte Buchhaltungsperiode fallen, dieser Periode auch tatsächlich zuzuschreiben sind. Das Bundesgericht hat zum Periodizitätsprinzip eine differenzierte Praxis entwickelt (vgl. zum Ganzen u.a. BGE 133 II 287 E. 3 S. 290 ff.; Pra 2010 Nr. 82 586 E. 2.2 u. 3.3; ASA 79 704 E. 2.4; 78 301 E. 5.4; 77 257 E. 3.3; StR 64/2009 886 E. 5.1 u. 810 E. 2.1; 63/2008 630 E. 5 f. u. 883 E. 2.1; RtiD 2007 II 622 E. 3; StE 2007 B 72.11 Nr. 14 E. 2.2; 2005 B 23.44.2 Nr. 5 E. 4.5; 2003 B 21.2 Nr. 17 E. 3).
2.2 In einem zur Veröffentlichung bestimmten Urteil 2C_628/2010 vom 28. Juni 2011 ist das Bundesgericht kürzlich näher auf seine Rechtsprechung zum Periodizitätsprinzip eingegangen, und zwar im Zusammenhang mit ausserordentlichen Einmalabschreibungen, die vorgenommen werden, wenn zuvor unsichere Forderungen endgültig wertlos geworden sind:
2.2.1 Im genannten Urteil wird festgehalten, dass die steuerliche Berücksichtigung einmaliger und im Nachhinein getätigter Abschreibungen grundsätzlich mit einer Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit gemäss Art. 127 Abs. 2 BV im Einklang steht. Solche Abschreibungen bewirken nämlich, dass endgültig gewordene Wertverluste auch buchhalterisch als solche anerkannt werden (vgl. dort einleitend vor E. 6.4.1 sowie E. 6.4.1 in fine). Daraus kann aber nicht geschlossen werden, dass derartige Abschreibungen ohne weitere Voraussetzungen zulässig wären. Zumindest steuerrechtlich gilt eine doppelte Einschränkung: Einerseits sind gegenüber unsicher gewordenen Forderungen zuerst vorübergehende Wertberichtigungen vorzunehmen, bevor Abschreibungen, d.h. dauerhafte Berichtigungen, getätigt werden. Andererseits sind Abschreibungen im Normalfall periodisch vorzunehmen und können somit nur ausnahmsweise als ausserordentliche Einmalkorrekturen im Nachhinein erfolgen (vgl. E. 6.4.1 mit Hinweisen auf die Rechtsprechung und die Lehre). Der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit darf also nicht in dem Sinne verstanden werden, dass es dem Pflichtigen freigestellt wäre, den steuerbaren Ertrag nach seinem individuellen und subjektiven Gutdünken zu bestimmen. Genauso wenig kann das sog. Totalgewinnprinzip systematisch über den Periodizitätsgrundsatz gestellt werden; der Gesetzgeber hat dieses Prinzip nur insoweit berücksichtigt, als er die Verrechnung von Verlustvorträgen unter den Voraussetzungen von Art. 67 DBG zugelassen hat (vgl. E. 6.4.4; siehe dazu weiter E. 6.4.3 in initio, wo verschiedene Urteile aufgeführt werden, in denen das Bundesgericht dem Periodizitätsgrundsatz in Einklang mit dem eben Gesagten entscheidendes Gewicht beigemessen hat).
2.2.2 Gleichzeitig hat das Bundesgericht aber den gerade genannten beiden Einschränkungen, die sich aus dem Periodizitätsprinzip für die Tragweite einer Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit ergeben, zwei andere Gesichtspunkte gegenübergestellt, die sich spezifisch aus dem Sachverhalt wertlos gewordener unsicherer Forderungen ergeben: Zum einen kann unter solchen Umständen eine ausserordentliche Abschreibung steuerrechtlich nicht schon deshalb absolut und ausnahmslos verweigert werden, weil der Pflichtige es zuvor unterlassen hat, auf der unsicheren Forderung eine vorübergehende Wertberichtigung vorzunehmen; eine solche Härte liefe dem buchhalterischen Beurteilungsspielraum zuwider, über den der Pflichtige bei der Bewertung seiner Verlustrisiken verfügen muss. Zum anderen erweist es sich in einem konkreten Einzelfall oft als schwierig, genau den Zeitpunkt festlegen, in dem eine zuvor unsichere Forderung (gegenüber einem Schuldner in Zahlungsschwierigkeiten) endgültig wertlos geworden ist und der Schuldner als insolvent eingestuft werden muss (vgl. dazu schon ASA 15 217 E. 2 sowie 2C_628/2010 E. 6.4.3 in fine u. 6.4.5).
2.2.3 Gesamthaft schliesst das Urteil aus dem Periodizitätsprinzip, wie es sowohl die handelsrechtlichen Buchhaltungsvorschriften als auch das Steuerrecht prägt, dass eine ausserordentliche und im Nachhinein vorgenommene Einmalabschreibung nur insoweit berücksichtigt werden kann, als die Abschreibung nach den Gesamtumständen des konkreten Einzelfalles in einer Steuerperiode getätigt worden ist, in welcher der Gläubiger annehmen musste, dass seine Forderung wertlos geworden war. Der Wertverlust muss mit der gewählten Periode eine hinreichende Verbindung haben, so dass die buchhalterisch getätigte Zuordnung sich rechtfertigen lässt und nicht (bloss) eine Steuerminimierung bezweckt (vgl. E. 6.4.5). Das war im konkreten Einzelfall gegeben: Einerseits hatte die steuerpflichtige Gesellschaft bis zum Jahr 2000 (tatsächlich und zulässigerweise) die Hoffnung gewahrt, dass zwei zweifelhaft gewordene Forderungen doch noch einbringlich waren; in Bezug auf beide Forderungen nahm sie jeweils die massgebliche Einmalabschreibung erst unmittelbar danach vor, als ihr bewusst geworden war, dass ihre Schuldner nunmehr zahlungsunfähig waren. Zudem bestanden keine Hinweise darauf, dass die Pflichtige einen für sie steuerlich (besonders) günstigen Zeitpunkt für diese Verbuchung gewählt hätte (vgl. E. 6.4.6).
2.3 Im vorliegenden Fall ist die Steuerrekurskommission zu Recht von einem Sachverhalt ausgegangen, der vom eben erwähnten Problem der im Nachhinein und ausserordentlich vorgenommenen Einmalabschreibungen wertlos gewordener Forderungen deutlich abweicht (vgl. dazu auch unten E. 2.3.3). Und für diesen von ihr konkret zu beurteilenden Sachverhalt hat die Vorinstanz ohne Gesetzesverstoss festhalten dürfen, dass sich eine Durchbrechung des Periodizitätsprinzips nicht rechtfertigt:
2.3.1 Es steht hier ausser Streit, dass die massgeblichen AHV- und BVG-Beiträge die Buchhaltungs- und Steuerperioden 2001 bis 2003 betrafen. In diesen Perioden hätten sie an sich auch verbucht und in den jeweiligen Steuererklärungen ertragsmindernd angegeben werden müssen. Das ist jedoch - ebenfalls unbestrittenermassen - unterblieben, genauso wie eine Rückstellung für noch nicht festgelegte bzw. bezahlte Sozialleistungen. Solche Unterlassungen können nach Massgabe des Periodizitätsprinzips nicht in einer späteren Periode nachgeholt werden. Von diesem Prinzip abzuweichen, rechtfertigen die Umstände des konkreten Einzelfalls nicht, wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat: Die dem Direktoren-Ehepaar ausbezahlten Löhne wurden u.a. aus Vertraulichkeitsgründen auf manuellen, vom informatisierten Lohnsystem unabhängigen Belegblättern geführt. In den Jahren 2001 bis 2003 wurden die separaten Blätter der Ausgleichskasse irrtümlicherweise nicht eingereicht, weshalb diese auch die entsprechenden AHV- und BVG-Beiträge nicht berechnen konnte. Weiter unterliess es die Beschwerdeführerin in Verletzung ihrer Sorgfaltspflicht, die von der Kasse festgelegten Leistungsbeträge in irgendeiner Weise zu überprüfen, so dass die Falschberechnung erst der Kasse bei einer nachträglichen Kontrolle auffiel.
Die Beschwerdeführerin muss die genannten Versäumnisse vollumfänglich auf sich nehmen und kann sie insbesondere nicht (sei es auch nur teilweise) der Ausgleichskasse anlasten. Gegenüber den Steuerbehörden sind diese Unzulänglichkeiten zwar als (zumindest gesamthaft) folgenschweres Fehlverhalten einzustufen, ohne dass aber von einem geradezu offensichtlichen, in die Augen springenden Mangel der Steuererklärungen 2001 bis 2003 gesprochen werden könnte, der die Veranlagungsbehörde dazu hätte veranlassen müssen, ihre Untersuchungspflicht auszuüben und die Deklarationen jeweils zu korrigieren (vgl. dazu u.a. ASA 73 482 E. 3; StR 61/2006 442 E. 2).
2.3.2 Dazu kommt Folgendes: Als die Ausgleichskasse die ungenügende Beitragsberechnung im Laufe des Jahres 2004 bemerkte, hatte die Beschwerdeführerin ihre Steuererklärung für 2003 noch nicht eingereicht. Die Vorinstanz hat daraus geschlossen, dass die Gesellschaft verpflichtet gewesen wäre, ihren Irrtum zumindest in Bezug auf die dritte Periode zu berichtigen.
Dagegen wendet die Betroffene ein, eine solche Sichtweise würde die geschäftlichen Gepflogenheiten und die bei einer Aktiengesellschaft üblichen Abläufe verkennen, sei es doch nicht einfach möglich, aus einem derartigen Grund die Jahresrechnung bzw. den Revisionsbericht neu zu verfassen und gegebenenfalls sogar die Generalversammlung zu wiederholen.
Dem muss jedoch zweierlei entgegengehalten werden: Einerseits mag das angesprochene Problem insbesondere bei grossen Publikumsgesellschaften von Belang sein (vgl. aber hinsichtlich der selbst für solche Gesellschaften geltenden Berichtigungspflichten u.a. MARKUS BERGER, Probleme der Bilanzberichtigung, ASA 70 542 ff.); bei der hier zu beurteilenden Familienunternehmung, in der das Direktoren-Ehepaar das gesamte Aktienkapital innehatte, kann den behaupteten Unmöglichkeiten und Zwängen von allem Anfang an nicht (das gleiche) Gewicht beigemessen werden. Andererseits haben die verfahrensbeteiligten Behörden zutreffend hervorgehoben, dass die massgebliche Kontrolle der Ausgleichskasse, bei welcher diese den Irrtum aufdeckte, schon am 20. Juli 2004 im Beisein der Direktorin stattfand, der Revisionsbericht erst knapp einen Monat später erfolgte und die Steuererklärung nicht vor Ende Oktober 2004 eingereicht wurde. Vor allem daraus ist zu schliessen, dass eine Korrektur für das Jahr 2003 soweit ersichtlich nicht wegen der behaupteten Unabänderlichkeiten ausblieb, sondern eher deswegen, weil die steuerrechtlichen Auswirkungen einer Nichtdeklaration damals noch nicht erkannt wurden oder die Beschwerdeführerin es darauf ankommen lassen wollte, bei der Veranlagungsbehörde eine Geltendmachung der gesamten Abzüge 2001 bis 2003 im Jahr 2004 durchzusetzen. Wie es sich dabei im Einzelnen verhält, muss nicht weiter geprüft werden.
2.3.3 Unter den gegebenen Umständen hat die Vorinstanz also zu Recht festgehalten, dass es ungerechtfertigt wäre, vom Periodizitätsprinzip abzuweichen. Etwas anderes ergibt sich auch nicht aus dem erwähnten Urteil 2C_628/2010 (vgl. oben E. 2.2 u. einleitend vor E. 2.3.1): Hier geht es nicht um unsichere und später wertlos gewordene Forderungen, bei denen der Wertverlust zeitlich nicht (genügend klar) bestimmt werden könnte. Vielmehr handelt es sich um Sozialbeiträge, die ohne jegliche Zweifel der jeweiligen Steuerperiode zuzuordnen waren. Von dieser klaren Zuordnung ist auch nicht deshalb abzuweichen, weil die Ausgleichskasse aufgrund der ihr gelieferten Angaben eine unvollständige Beitragsbemessung vornahm; die Unvollständigkeit hätte von der Beschwerdeführerin nämlich noch rechtzeitig (d.h. jeweils innerhalb derselben Periode) überprüft bzw. korrigiert werden können und müssen (vgl. oben E. 2.3.1). Aus dem gleichen Grund kann weiter nicht argumentiert werden, eine frühere buchhalterische Fehlbehandlung genüge nicht, um eine nachmalige Berichtigung absolut und ausnahmslos auszuschliessen (vgl. oben E. 2.2.2). Eine solche Nachberichtigung wäre hier sowohl möglich als auch notwendig gewesen, aber eben im Zusammenhang mit der Überprüfung der jeweiligen Beitragsbemessung durch die Sozialversicherungsanstalt. Die Beschwerdeführerin kann sich umso weniger auf einen allfälligen Anspruch auf Nachkorrektur berufen (sofern ein solcher unter den hier gegebenen Umständen überhaupt anzunehmen ist), als sie zumindest für die Periode 2003 noch eine zweite Gelegenheit zur Nachbesserung hatte, aber ebenfalls ungenutzt verstreichen liess (vgl. oben E. 2.3.2). Die erst im Jahr 2004 vorgenommene Aufwandverbuchung muss somit selbst unter Berücksichtigung des genannten Urteils auf jeden Fall als verspätet eingestuft werden.
2.4 Dagegen beruft die Beschwerdeführerin sich in erster Linie auf ein in StR 63/2008 630 ff. veröffentlichtes Urteil:
2.4.1 Dort erwog das Bundesgericht in Bezug auf einen Einzelunternehmer, dass diesem grundsätzlich zwei Möglichkeiten offengestanden hätten, um die im Rahmen seines Betriebes angefallenen AHV-Leistungen steuermindernd geltend zu machen: Entweder hätte er sie in demjenigen Jahr angeben können, in dem sie ihm von der Ausgleichskasse in Rechnung gestellt worden waren (was konkret im Februar 2005 erfolgt war); oder er hätte den entsprechenden Abzug dann vornehmen können, als er die Sozialleistungen beglichen hatte (vgl. E. 5.4). Jedoch hatte er keine der beiden Lösungen gewählt, sondern den Abzug in seiner erst nach Februar 2005 eingereichten Abrechnung und Steuererklärung für 2004 verbucht (vgl. E. 6.1). Deshalb hiess das Bundesgericht die Beschwerde der kantonalen Steuerverwaltung gut.
2.4.2 Die Beschwerdeführerin vertritt nun die Auffassung, sie habe die vom Bundesgericht genannten Erfordernisse eingehalten: Zum einen habe sie die massgeblichen Beiträge, als sie von der Ausgleichskasse nachträglich festgelegt worden seien, noch im gleichen Jahr bezahlt und auch bei den Steuern ertragsmindernd zum Abzug gebracht; zum anderen habe sie sich an die so gewählte Vorgehensweise in den nachfolgenden Steuerperioden ausnahmslos gehalten. Wenn sie aber die von der Praxis aufgestellten Voraussetzungen vollumfänglich erfülle, dürfe ihr nicht das Periodizitätsprinzip entgegengehalten werden.
2.4.3 Mit dieser Argumentation lässt die Beschwerdeführerin indessen ausser Acht, dass zwischen dem von ihr erwähnten Urteil und ihrem eigenen Fall wohl Ähnlichkeiten und sogar gewisse Übereinstimmungen bestehen, daneben aber auch mehrere bedeutende Unterschiede, die sich hier als entscheidwesentlich erweisen:
Grundlegend muss hervorgehoben werden, dass die im anderen Urteil zugestandenen zwei Möglichkeiten einen Einzelunternehmer betrafen, für den die im Steuerrecht geltenden buchhalterischen Erfordernisse weniger streng sind als diejenigen, denen eine Aktiengesellschaft unterworfen ist (vgl. u.a. StR 63/2008 630 E. 5.1 u. 6.2). Nicht zuletzt vor diesem Hintergrund erweisen sich die schon dargelegten Versäumnisse und Unzulänglichkeiten, welche der Beschwerdeführerin bei der Erfüllung ihrer sozial- und steuerrechtlichen Pflichten unterlaufen sind (vgl. oben E. 2.3.1 u. 2.3.2), als folgenschwer. Dementsprechend kann die Beschwerdeführerin sich auch nicht auf das Massgeblichkeitsprinzip und das Erfordernis einer Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit berufen. Diese Grundsätze hätten ihr wohl im Normalfall und bei korrekter Vorgehensweise ihrerseits helfen können, nicht aber in der konkret zu beurteilenden, ganz spezifisch gelagerten Ausnahmesituation, die vollumfänglich auf den genannten Unzulänglichkeiten bzw. Pflichtverletzungen der Betroffenen selber beruht.
Entgegen der behaupteten Übereinstimmung mit dem genannten Präzedenzfall kann auch keine Rede davon sein, dass hier eine neue Praxis ein- und danach konsequent weitergeführt worden wäre. Vielmehr wurden die den gesetzlich geschuldeten AHV- und BVG-Beiträgen zugrunde liegenden Lohnbeträge während drei Jahren nur teilweise gemeldet, was von der Ausgleichskasse festgestellt und korrigiert werden musste, worauf die Beschwerdeführerin zu der zuvor befolgten Praxis einer vollständigen Angabe der massgeblichen Lohnmasse zurückkehrte.
2.5 Was die Beschwerdeführerin sonst noch vorbringt, vermag ein anderes Ergebnis ebenfalls nicht zu rechtfertigen: Insbesondere kann der Steuerrekurskommission nicht vorgeworfen werden, sie habe die Unterschiede zwischen dem vorliegenden Fall und zwei von ihr zitierten Präzedenzfällen (vgl. RtiD 2007 II 622 und StE 2005 B 23.44.2 Nr. 5) verkannt. In allen drei Fällen geht es um einen einkommens- bzw. ertragsmindernden Abzug, dessen Geltendmachung zu einem bestimmten Zeitpunkt hätte erfolgen müssen, aber unterblieben ist und in einem späteren Moment nicht beliebig nachgeholt werden kann. Daran ändert auch nichts, dass das Problem einer allenfalls missbräuchlichen Steuerminimierung in der Bemessungslücke sich vorliegend unbestrittenermassen nicht stellt. Ebenso wenig rechtfertigt sich eine Annäherung oder sogar eine Gleichstellung mit anderen Fragen, z.B. derjenigen der Abzugsfähigkeit von Nachsteuern oder jener einer periodenübergreifenden Verlustverrechnung.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in Bezug auf die Bundes- und die Staatssteuer abzuweisen, mit den entsprechenden Kostenfolgen (vgl. Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Kantonalen Steuerverwaltung Wallis, der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. August 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter