Faits:
A. Les cantons de Berne, du Jura et de Neuchâtel sont parties au "Concordat intercantonal créant une Haute école pédagogique commune aux cantons de Berne, Jura et Neuchâtel (HEP-BEJUNE)", du 5 juin 2000 (ci-après: le Concordat). L'art. 2 du Concordat décrit la Haute école pédagogique (ci-après: la HEP) comme une "institution du degré tertiaire chargée de la formation initiale des enseignantes et enseignants de l'école enfantine, de l'école primaire, des écoles du niveau secondaire 1 et du niveau secondaire 2, de la formation continue de l'ensemble du personnel enseignant". Le Concordat définit la HEP comme un "établissement intercantonal de droit public doté de la personnalité morale" (art. 3 al. 1). La République et canton du Jura a adhéré au Concordat le 15 novembre 2000. L'enseignement a débuté à la HEP en août 2001.
B. Le Concordat contient des normes relatives au statut du personnel enseignant de la HEP (formateurs/formatrices), qui ont la teneur suivante:
Art. 27 - Conditions de travail et de rémunération
1 Le Comité stratégique peut, sur proposition du Comité de direction, et après consultation du Conseil des formatrices et formateurs, édicter un règlement dérogeant aux statuts cantonaux, dans les domaines suivants:
a) nombre d'heures d'enseignement et nombre de semaines de cours;
b) cahier des charges des formatrices et formateurs;
c) conditions de rémunération, dans le but de les harmoniser.
2 Les droits acquis individuels sont garantis.
Art. 28 - Statut harmonisé
1 A terme, le Comité stratégique arrête un statut harmonisé qui s'applique aux personnes nouvellement engagées.
2 Il peut mettre les formatrices et formateurs déjà engagé-e-s au bénéfice du statut harmonisé, pour autant qu'il leur soit plus favorable.
Le Comité stratégique (organe suprême de la HEP, selon l'art. 11 du Concordat) a adopté le 2 juillet 2001 un règlement transitoire fixant les modalités d'engagement du personnel enseignant ainsi que son statut jusqu'à l'adoption d'un statut harmonisé (règlement transitoire R.11.26.27). Ensuite, le 15 septembre 2005, le Comité stratégique a adopté un règlement concernant le statut général du personnel (règlement R.11.26), qui est entré en vigueur le 1er août 2006. Le chapitre II de ce règlement (art. 6 ss) est consacré au "début des rapports de service". L'art. 7 prévoit que le recteur est l'"instance d'engagement" des formateurs (ou formatrices). L'engagement définitif fait l'objet, en vertu de l'art. 10 al. 2 du règlement R.11.26, d'un contrat d'engagement qui relève du droit public.
Le Comité stratégique a encore adopté un règlement concernant les formateurs et les formatrices, qui est aussi entré en vigueur le 1er août 2006 (règlement R.11.28), ainsi que des directives concernant les modalités d'application de ce règlement (directives D.11.28.1).
C. Les formateurs de la HEP qui y travaillaient déjà avant l'entrée en vigueur du nouveau statut, le 1er août 2006, ont reçu quelques mois auparavant une proposition individuelle de contrat d'engagement. A._, qui faisait partie du corps des formateurs de la HEP depuis 2001 et qui, auparavant, enseignait à l'Institut pédagogique jurassien, a reçu sa proposition de contrat le 30 janvier 2006. Le recteur de la HEP lui a expliqué par lettre que le contrat proposé s'inscrivait dans le passage du régime des anciens statuts cantonaux au nouveau statut unique, les rapports de service devaient être transformés dans la perspective de leur continuation sur une nouvelle base uniforme permettant d'atteindre l'égalité de traitement des formateurs, qui n'était pas assurée sous le régime des statuts cantonaux.
A._ a adressé au Conseil de direction de la HEP une opposition à cette proposition de contrat d'engagement. Le 3 mai 2006, le Conseil de direction a refusé d'entrer en matière parce qu'il n'y avait pas de décision administrative susceptible d'opposition et de recours. Le 2 juin 2006, A._ a recouru contre ce refus auprès de la Chambre administrative du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura. Elle a notamment pris des conclusions tendant à ce qu'il soit constaté que l'art. 3 al. 1 let. b des Directives concernant les modalités d'application du Règlement concernant les formateurs et formatrices (D.11.28.1) était contraire au Concordat et à la Constitution fédérale, "en tant que cette disposition prévoit qu'une période d'enseignement de musique instrumentale est égale à 1,4 heure de travail" (selon les Directives, une période - soit 45 minutes - d'enseignement ordinaire est en revanche égale à 2,2 heures de travail). Elle a également demandé à ce qu'il soit ordonné à la HEP de lui soumettre "une proposition de contrat d'engagement et de fiche d'engagement pour 2006 prévoyant que pour un taux d'engagement de 35 %, 120 périodes de musique instrumentale correspondent à 220,8 heures de travail, de sorte que le nombre d'heures de travail figurant sous rubrique A2 (sic) de la fiche d'engagement est réduit au nombre de 106". Sa dernière conclusion tendait à ce que la HEP lui soumette "un contrat d'engagement prévoyant un échelon n° 14 sur l'échelle des traitements".
La fiche d'engagement pour 2006 soumise à A._ contenait les données suivantes:
Paramètres d'engagement du statut harmonisé:
A. Tâches de formation (enseignement et encadrement)
A1 Tâches courantes d'enseignement
Domaines/disciplines
UDP 184.8 heures (84 périodes)
Instruments 134.4 heures (2 groupes)
UFAC 33.6 heures (1 groupe)
A2 Tâches d'encadrement des étudiants:
Visites de stages 72 heures
Direction des mémoires 40 heures
Activités non créditées 60 heures
B/C Formation continue et
tâches institutionnelles: 131.20 heures
Total des heures: 656 heures (34.5 % EPT)
Divers: 9.5 heures (0.5 % EPT)
Contrat de base à durée indéterminée selon statut harmonisé: 35 %
D. Par un arrêt rendu le 28 mars 2007, la Chambre administrative a admis le recours de A._, dans la mesure où il était recevable. Elle a par conséquent annulé la décision du Conseil de direction de la HEP du 3 mai 2006, puis renvoyé l'affaire au Conseil de direction pour qu'il modifie la proposition d'engagement adressée le 30 janvier 2006 à A._ (dans la procédure cantonale: la recourante) en ce sens qu'une période d'enseignement de musique instrumentale doit correspondre à 1,84 heure de travail, et pour qu'il se détermine sur la requête de la recourante tendant à bénéficier de l'échelon n° 14 sur l'échelle des traitements.
En substance, la Chambre administrative a retenu que le litige portait sur des prétentions découlant des rapports de service d'un agent public. Elle a considéré que la voie de l'action de droit administratif, subsidiaire à celles de l'opposition et du recours (art. 168 Cpa), n'était pas ouverte car la proposition de contrat, par laquelle le Conseil de direction faisait application du règlement R.11.28 pour transformer le statut de la recourante, revêtait un effet contraignant pour cette dernière; l'acte en cause, "détachable" du contrat, avait donc les caractéristiques d'une décision administrative, au sens de l'art. 2 al. 1 let. a Cpa, et il était soumis à un contrôle juridictionnel par la voie du recours de droit administratif cantonal. Sur le fond, la Chambre administrative a examiné les prétentions de la recourante, au sujet du "taux de conversion" des périodes d'enseignement de musique instrumentale en heures de travail, sous l'angle des droits acquis (en se référant en particulier aux art. 27 et 28 du Concordat). Elle a notamment considéré ce qui suit (consid. 3.4 p. 14):
"Quand bien même la recourante est appelée à remplir d'autres tâches pour la HEP, il s'ensuit néanmoins que la rémunération qui lui est versée pour l'activité (à temps partiel) qu'elle exerce à la HEP est en partie déterminée par le taux de conversion appliqué aux leçons de musique. En effet, si la recourante dispense, sous le nouveau régime, le même nombre de leçons de musique instrumentale qu'auparavant, son horaire sera réduit, de sorte qu'elle gagnera moins. Elle subira en effet une diminution de revenu de 24 % pour chaque leçon de musique (0.44 : 1.84). Le seul moyen de compenser cette perte serait de travailler davantage, soit en dispensant plus d'heures de musique, soit en accomplissant des tâches supplémentaires, ou en faisant l'un et l'autre. Il y a là manifestement une atteinte aux droits acquis garantis par le Concordat aux formateurs déjà engagés (art. 27 in fine du Concordat). On doit en effet admettre que les droits acquis dont il est question à la fin de cette disposition portent sur les trois domaines énumérés juste avant aux lettres a, b et c de l'article 27, à savoir: le nombre d'heures d'enseignement, le nombre de semaines de cours, le cahier des charges et les conditions de rémunération. Or, ici, l'application du statut harmonisé est défavorable à la recourante en ce qui concerne le nombre d'heures d'enseignement, respectivement son cahier des charges et/ou les conditions de rémunération, puisqu'il a pour effet de l'obliger à travailler davantage pour garder un salaire d'un même niveau. Dès lors, le Comité stratégique ne pouvait pas, par la directive incriminée, mettre les formateurs déjà engagés, à l'instar de la recourante, au bénéfice de ce statut harmonisé, puisqu'il leur était défavorable (art. 28 al. 2 du Concordat a contrario)."
La Chambre administrative a en outre considéré qu'elle n'avait pas à statuer sur les conclusions relatives au classement à l'échelon n° 14 sur l'échelle des traitements, la HEP devant se prononcer à ce sujet dans le cadre de la nouvelle proposition d'engagement.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la HEP (par son Conseil de direction) demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 28 mars 2007 par la Chambre administrative. Elle soutient que des faits déterminants ont été établis de manière inexacte et elle se plaint d'une application incorrecte du droit concordataire à propos des droits acquis des formateurs, d'arbitraire ainsi que d'une violation du droit d'être entendu. Elle critique essentiellement le choix de la juridiction cantonale de voir dans sa proposition de contrat d'engagement une décision susceptible de recours.
A._ conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La Chambre administrative s'est déterminée dans le même sens.
F. Par ordonnance du 24 mai 2007, le Président de la Ire Cour de droit public a admis une requête d'effet suspensif présentée par la HEP (la recourante, dans la procédure fédérale).
G. Le Juge instructeur du Tribunal fédéral a entendu les parties lors d'une audience d'instruction le 14 mai 2008. Les parties ont ensuite pu produire des pièces complémentaires et déposer une écriture finale. Elles n'ont pas modifié leurs conclusions.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit public, au sens de l'art. 82 let. a LTF, les rapports de travail entre la HEP et ses formateurs étant régis par le droit public. La voie du recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) est donc en principe ouverte. Le recours a été formé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF).
1.2 La qualité pour recourir en matière de droit public est réglée à l'art. 89 LTF. Selon l'alinéa 1 de cette disposition, il faut d'abord avoir en principe participé à la procédure devant l'autorité précédente (let. a). Deux autres conditions sont prévues: le recourant doit être particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué (let. b) et il doit avoir un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c).
L'art. 89 al. 1 LTF s'applique au recours des particuliers (contrairement à l'art. 89 al. 2 LTF). Or, en l'espèce, l'auteur du recours est un établissement de droit public, qui n'agit pas véritablement au même titre qu'un particulier car les rapports de travail ne sont pas régis par le droit privé mais bien par le droit public. Néanmoins, la jurisprudence retient que, dans les contestations pécuniaires relevant du droit de la fonction publique, un établissement ou une collectivité public peut être touché de façon analogue à un employeur privé, et que par conséquent la qualité pour recourir peut lui être reconnue dans le cadre de l'art. 89 al. 1 LTF (ATF 134 I 204 consid. 2.3 p. 207).
En l'occurrence, il est manifeste que la HEP, qui a participé comme partie intimée à la procédure devant le Tribunal cantonal, est particulièrement atteinte par la décision attaquée, qui la contraint à revoir les conditions d'engagement d'une collaboratrice, et qu'elle a un intérêt digne de protection à l'annulation de cette décision. Si la HEP devait se conformer aux injonctions de la Chambre administrative, elle serait éventuellement amenée - pour maintenir au même niveau les prestations globales de l'école en matière d'enseignement de la musique - à augmenter le temps de travail et la rémunération d'un autre formateur, qui accomplirait les tâches dont l'intimée serait déchargée. De son côté, l'intimée avait saisi le Tribunal cantonal en faisant notamment valoir qu'avec les nouvelles conditions d'engagement, "la prestation qui auparavant représentait un poste complet [serait] considérée désormais comme une fraction de poste". En d'autres termes, la même prestation d'enseignement serait donc globalement, selon elle, moins payée. Dans ces conditions, on peut considérer que la contestation a un caractère ou des conséquences pécuniaires. La qualité pour recourir doit donc être reconnue à la HEP sur la base de l'art. 89 al. 1 LTF.
1.3 L'art. 83 let. g LTF dispose que le recours en matière de droit public est irrecevable "contre les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes". Comme cela vient d'être exposé, il ne s'agit pas en l'espèce d'une contestation non pécuniaire. La clause d'exclusion de l'art. 83 let. g LTF ne s'applique donc pas. Encore faut-il que la valeur litigieuse de 15'000 fr. soit atteinte (art. 85 al. 1 let. b LTF), ou bien sinon que la contestation soulève une question juridique de principe (art. 85 al. 2 LTF). Le dossier ne contient pas beaucoup d'éléments clairs pour le calcul de la valeur litigieuse, c'est-à-dire la différence de salaire pour un "poste complet" (selon l'ancien régime) et pour une "fraction de poste" (selon le nouveau régime), en reprenant le raisonnement de l'intimée. Il ressort du contrat d'engagement que l'intimée est née en 1963; on peut présumer qu'elle est disposée à enseigner encore plusieurs années à la HEP. La différence de salaire annuel, sur plusieurs années, équivaut globalement sans doute à une somme supérieure à 15'000 fr. Il convient enfin de relever que l'on peut être en présence d'une contestation pécuniaire, dans le domaine des rapports de travail de droit public, même quand aucune partie ne prend des conclusions en paiement d'une somme d'argent; il peut par exemple en aller ainsi quand un employé de l'Etat demande l'annulation de son licenciement et sa réintégration, le litige concernant alors un droit patrimonial ayant une valeur exprimable et estimable en argent.
1.4 L'arrêt attaqué est une décision de renvoi: la Chambre administrative a en effet renvoyé l'affaire au Conseil de direction de la HEP, avec des injonctions. Une telle décision ne met pas fin à la cause et elle est donc qualifiée d'incidente. Or, en vertu de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, pour que le recours au Tribunal fédéral soit recevable directement contre la décision incidente, il faut qu'elle puisse causer un préjudice irréparable. La jurisprudence admet le risque d'un tel préjudice pour la collectivité publique (souvent une commune) qui doit se soumettre aux injonctions du Tribunal cantonal sans pouvoir ensuite attaquer la nouvelle décision qu'elle est tenue de rendre (cf. ATF 133 II 409 consid. 1.2 p. 412). La situation est analogue dans le cas particulier, puisque l'arrêt attaqué contraint la HEP à modifier une proposition d'engagement sur un point qui n'est pas de détail (prévoir désormais qu'une période d'enseignement de musique instrumentale correspond à 1,84 heure de travail). La voie du recours au Tribunal fédéral est donc directement ouverte, dans cette mesure, contre l'arrêt du Tribunal cantonal, nonobstant sa nature incidente.
En revanche, on ne saurait voir une véritable injonction dans le second élément du dispositif de l'arrêt attaqué, le renvoi de l'affaire au conseil de direction de la HEP pour qu'il se détermine sur la requête de la formatrice intimée tendant à bénéficier de l'échelon n° 14 sur l'échelle des traitements. Quoi qu'il en soit, d'après le recours, la contestation ne porte pas sur ce second élément, de sorte qu'il ne sera pas examiné par le Tribunal fédéral.
1.5 Il résulte de ce qui précède que les conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont remplies. Il y a ainsi lieu d'entrer en matière.
2. La recourante reproche à la Chambre administrative d'avoir mal interprété l'art. 27 al. 2 du Concordat qui dispose que "les droits acquis individuels sont garantis". Selon elle, la notion des droits acquis ne s'étend pas aux modalités d'organisation du travail à fournir par les formateurs; aucune disposition du Concordat ne précise la notion des droits acquis dans un sens particulier, de sorte que leur contenu et leur étendue ne pouvaient pas être déduits directement des normes concordataires. Préalablement, la recourante critique l'application de la théorie de l'acte détachable, en vertu de laquelle la Chambre administrative a admis l'existence, à propos des droits acquis, d'une décision susceptible de recours.
2.1 Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris le droit constitutionnel fédéral (art. 95 let. a LTF). En vertu de l'art. 95 let. e LTF, le recours en matière de droit public peut également être formé pour violation du droit intercantonal.
La recourante peut donc se plaindre en l'espèce d'une violation des dispositions du Concordat au sujet des droits acquis - en l'occurrence des art. 27 al. 2 et 28 al. 2 du Concordat, qui ont selon elle été interprétés d'une manière erronée. Dans l'arrêt attaqué, la Chambre administrative a précisément appliqué ces normes du Concordat. Comme le législateur qui adopte un nouveau statut pour les agents de l'Etat doit respecter certaines garanties constitutionnelles (découlant des art. 8 et 9 Cst. - cf. infra, consid. 2.3.2), notamment dans l'institution d'un régime transitoire, la contestation peut également porter sur l'application de ces normes constitutionnelles (grief de violation du droit fédéral).
2.2 Selon l'arrêt attaqué, le statut harmonisé adopté par les organes de la HEP - qui comporte un règlement concernant le statut général du personnel (règlement R.11.26), un règlement concernant les formateurs (règlement R.11.28) et des directives sur les modalités d'application - ne respecterait pas, s'agissant de la formatrice intimée, la garantie des droits acquis (art. 27 al. 2 du Concordat) ou l'interdiction de prévoir un statut moins favorable (art. 28 al. 2 du Concordat).
Ce statut harmonisé est entré en vigueur en août 2006. Pour un formateur déjà engagé par un institut ou établissement cantonal avant la création de la HEP, l'application des dispositions concordataires sur les droits acquis suppose une comparaison entre le statut du personnel dans cet institut ou établissement cantonal d'une part (avant le Concordat), et le statut harmonisé d'autre part. Les art. 27 et 28 du Concordat ne protègent à l'évidence pas des "droits acquis" qui résulteraient le cas échéant du règlement transitoire de 2001 (R.11.26.27), voire de décisions prises par les organes concordataires durant cette période transitoire qui a commencé à la rentrée d'août 2001. En outre, même si des éléments des anciens statuts cantonaux ont été conservés durant la période 2001-2006 (par exemple en matière de rémunération), cela ne signifie pas que la réglementation transitoire avait prévu cette solution parce qu'elle s'imposait au titre des droits acquis.
Comme le relève la recourante, le passage au nouveau statut implique un changement juridique important, puisque les rapports de service créés par un acte de nomination ont été remplacés par des rapports de service réglés dans un contrat. Avec le passage au régime contractuel, il faut concevoir un système où, en l'absence d'un nouvel acte de nomination, il existe tout de même un acte administratif définissant concrètement les éventuels droits acquis résultant du précédent statut, acte qui puisse être contesté par le formateur concerné devant une autorité de recours - comme pouvaient l'être les décisions prises dans le cadre du précédent statut. Il importe en effet qu'une protection juridique suffisante soit accordée à l'agent de l'Etat qui se prévaut de droits acquis ne résultant pas d'un contrat mais d'un régime défini par des normes du droit public et des décisions administratives; cette protection juridique devrait a priori être mise en oeuvre par la voie ordinaire du recours (de droit) administratif, lorsque des actes relevant du droit public sont contestés. On pourrait théoriquement imaginer que l'ancienne autorité de nomination - dans l'administration cantonale jurassienne - rende une décision en constatation, qui lierait les organes du Concordat. Cette solution ne s'impose pas d'emblée dans une situation où un régime transitoire valable plusieurs années a été prévu (2001-2006 en l'occurrence) et où la HEP en tant que telle est compétente, depuis le début du régime transitoire, pour organiser l'enseignement.
La solution retenue en l'espèce par la Chambre administrative, à savoir l'existence d'un acte "détachable" de la conclusion du contrat, permet précisément aux deux intéressés, la HEP et la formatrice intimée, d'utiliser les voies ordinaires de la procédure administrative pour invoquer, ou contester l'existence, des droits acquis. Il n'y a pas lieu, dans le présent arrêt, de rappeler avec précision les fondements et la portée de la théorie des deux niveaux, ou des actes détachables (cf. à ce propos PIERRE MOOR, Droit administratif, vol. II, 2e éd., Berne 2002 p. 376 ss; MINH SON NGUYEN, Le contrat de collaboration en droit administratif, thèse Lausanne 1998, p. 267 ss); l'arrêt attaqué donne du reste certaines indications à ce sujet. Il ne s'agit en effet pas de décider si cette théorie doit être généralement reçue dans la pratique administrative suisse. Il ne s'agit pas non plus d'examiner si d'autres éléments des propositions de contrat d'engagement de la HEP revêtent le caractère d'une décision administrative "détachable"; aussi l'argumentation de la recourante, qui s'oppose à ce que la proposition de contrat en tant que telle soit considérée comme une décision, n'a-t-elle pas à être discutée. Il convient en effet uniquement de déterminer si, du point de vue de la protection juridique, il est adéquat d'appliquer cette théorie afin de permettre à l'intimée de se prévaloir d'une décision sur la question des droits acquis, dans ces circonstances particulières où le régime de la nomination est remplacé par le régime contractuel (l'arrêt attaqué parle de "transformation de rapports de service existants", à distinguer de la "création initiale des rapports de service"). Or, comme les cantons ont la compétence, en matière d'organisation de leurs écoles normales (ou des institutions qui leur ont succédé), de définir leurs règles de procédure administrative, et que la solution retenue ne compromet pas l'application des garanties générales de procédure du droit constitutionnel fédéral (art. 29 et 29a Cst.), on ne voit aucun motif de critiquer l'arrêt attaqué en tant qu'il retient l'existence d'un acte revêtant le caractère d'une décision au sens de l'art. 2 al. 1 let. a Cpa, soumis à un contrôle juridictionnel par la voie du recours de droit administratif. En résumé, la portée de cet acte est limitée: la HEP statue uniquement sur la question des droits acquis résultant d'un précédent statut, en tant que successeur de l'ancienne autorité de nomination (un organe de l'administration cantonale jurassienne), pour une formatrice déjà engagée sous le régime précédent.
2.3 Dans les rapports de travail de droit public, en principe, le fonctionnaire n'a pas droit au maintien de ses conditions générales d'engagement telles qu'elles existaient au moment où il a été nommé; le régime qui lui est applicable suit les modifications que le législateur apporte au statut, sous réserve de la protection des droits acquis, lesquels constituent l'exception. Il y a, premièrement, droit acquis lorsque la loi déclare explicitement conférer tel droit ou, par diverses formulations, fixer un droit une fois pour toutes. La seconde catégorie de droits acquis se rapporte aux arrangements que l'administration et le fonctionnaire peuvent passer (cf. PIERRE MOOR, Droit administratif, vol. III, Berne 1992, p. 211/212; à ce propos, également, ATF 134 I 23 consid. 7.1-7.2 p. 35). En l'espèce, il n'est pas question d'un arrangement particulier, ni d'un accord entre l'administration cantonale jurassienne, voire la HEP, et l'intimée. Les droits acquis invoqués par l'intimée devraient donc trouver leur fondement dans un acte normatif.
2.3.1 En posant la règle selon laquelle "les droits acquis individuels sont garantis", l'art. 27 al. 2 du Concordat ne définit pas avec précision le contenu de ces droits acquis. On peut seulement déduire du titre de cet article qu'ils concernent le cas échéant les "conditions de travail et de rémunération" (titre de l'art. 27 du Concordat).
Quand bien même la garantie des droits acquis individuels (al. 2) se trouve dans le même article (art. 27) que la définition du contenu du règlement que le comité stratégique de la HEP est chargé d'édicter en matière de conditions de travail et de rémunération (al. 1), cela ne signifie pas que dans chaque domaine à réglementer (nombre d'heures d'enseignement, nombre de semaines de cours, cahier des charges des formateurs, conditions de rémunération), les prescriptions des anciens statuts cantonaux équivalent à des droits acquis pour les formateurs déjà engagés. Du reste, l'art. 27 al. 2 du Concordat ne renvoie pas directement à l'al. 1, et l'interprétation de cette disposition selon les méthodes littérale et systématique ne permet pas de conclure que les auteurs du Concordat auraient voulu, par exemple, que le nombre d'heures d'enseignement selon l'ancien statut soit considéré comme un droit acquis, ni que le cahier des charges d'un ancien formateur ne puisse pas être modifié. Sur ce point, le Tribunal cantonal retient à tort que puisque l'art. 27 al. 1 du Concordat décrit le contenu de la future réglementation harmonisée (let. a, b et c), il réserve également des droits acquis dans tous les domaines concernés.
Quant à l'art. 28 al. 2 du Concordat, il donne au comité stratégique la compétence de mettre les formateurs déjà engagés "au bénéfice du statut harmonisé, pour autant qu'il leur soit plus favorable". Cette disposition n'énumère cependant pas les critères permettant d'évaluer si le statut harmonisé est plus ou moins favorable que le statut du canton d'origine. Telle qu'elle est rédigée, cette disposition n'impose pas une comparaison détaillée, ou séparée, de chaque élément du statut d'enseignant formateur, selon l'ancien et le nouveau régime, avec la conséquence que l'on retiendrait, sur chaque point, la solution la plus favorable (on pourrait penser par exemple au nombre de périodes d'enseignement hebdomadaires, à la durée de chaque période, à la durée globale des vacances, à la durée de chaque période de vacances, à l'importance de la décharge pour certaines tâches spéciales, à la rémunération globale, à la rémunération des heures supplémentaires, aux conditions de formation continue, etc.). Il faut en déduire que l'application de l'art. 28 al. 2 du Concordat suppose soit une appréciation globale des deux statuts - avec la difficulté, voire l'impossibilité pratique de déterminer lequel est en somme objectivement le plus favorable -, soit une comparaison des éléments fondamentaux du statut; en d'autres termes, l'introduction du statut harmonisé ne pourrait être différée à l'égard d'un ancien formateur que si sur un point essentiel, il apparaissait clairement moins favorable. On doit donc constater que l'art. 28 al. 2 du Concordat ne crée pas de droits acquis clairement définis et ne confère pas directement des prétentions précises aux formateurs concernés.
Il n'est en outre pas prétendu par les parties, dans la présente contestation, que des droits acquis seraient consacrés par une norme du droit cantonal jurassien, ou par une disposition d'un règlement adopté par les organes du Concordat.
2.3.2 La jurisprudence retient qu'en l'absence d'une définition spécifique des droits acquis (dans la loi ou un arrangement particulier), les agents de l'Etat ne peuvent invoquer, à l'encontre d'un nouveau régime adopté par le législateur, que les garanties générales tirées de l'égalité de traitement, de l'interdiction de l'arbitraire et des règles de la bonne foi (art. 8 et 9 Cst.). Il en découle notamment que les prétentions pécuniaires ne peuvent pas être modifiées, supprimées ou réduites, au détriment de certains fonctionnaires ou de certaines catégories d'entre eux, sans une justification particulière (cf. ATF 118 Ia 245 consid. 5b p. 256; 106 Ia 163 consid. 1c p. 169). Il faut tenir compte, dans ce contexte, de l'existence de régimes transitoires, qui prévoient des modalités particulières d'application du nouveau droit, satisfaisant au principe de la proportionnalité (cf. BLAISE KNAPP, La modification des conditions de service et les droits acquis des agents publics, in Mélanges Alexandre Berenstein, Genève 1989, p. 330).
2.3.3 Dans le cas particulier, la contestation porte sur la détermination du "taux de conversion appliqué aux leçons de musique": la Chambre administrative a imposé, dans l'arrêt attaqué, l'application d'un taux de 1.84 au titre de droit acquis de la formatrice intimée, tandis que la HEP veut appliquer un taux de 1.4.
Il ressort du dossier que ce taux de conversion concerne exclusivement la formation en instrument (dans la fiche d'engagement 2006 reproduite dans l'état de fait, le deuxième élément de la rubrique A1, la discipline "instruments"). L'enseignement est dispensé à des groupes de 4 étudiants (avec certaines périodes en solo et certaines périodes en groupe). Pour le formateur, un groupe représente 48 heures ou périodes. Dès lors que l'intimée doit enseigner le piano à deux groupes, le total des périodes données est de 96 (2 x 48); en appliquant le coefficient 1.4, on obtient le chiffre de 134.4 figurant dans la fiche d'engagement. Les autres tâches courantes d'enseignement ("unité de développement de la personne [UDP], "unité de cours facultatifs [UFAC]), les tâches d'encadrement des étudiants, les périodes de formation continue et les tâches institutionnelles ne sont pas évaluées en fonction du taux de conversion de 1.4. En définitive, l'application de ce taux de conversion ne concerne qu'une partie limitée de l'activité de cette formatrice (134.4 heures sur 665.5, soit environ 20 %); en d'autres termes, l'application du taux de 1.84 n'aurait qu'une influence modeste sur l'organisation globale du travail, du point de vue du temps consacré aux diverses tâches.
2.3.4 La recourante fait valoir que la notion de droits acquis ne s'étend pas aux modalités d'organisation du travail à fournir par les formateurs. Selon elle, son comité stratégique ne peut pas baisser le salaire des formateurs mais il est habilité à modifier les paramètres principaux qui caractérisent leur travail. Comme la HEP est issue de la fusion de trois écoles normales cantonales qui n'assuraient pas le niveau tertiaire de la formation destinée aux futurs enseignants, la restructuration des programmes des cours et des modalités de dispensation de l'enseignement constituait une nécessité. D'après le recours, l'art. 27 du Concordat accorde au comité stratégique la compétence de décider de ces changements dans la structure de l'enseignement, aussi bien au niveau global de l'institution qu'au niveau individuel de chaque formateur. La HEP expose aussi que la différenciation des taux de conversion des heures annuelles en périodes d'enseignement est liée au critère du groupe-classe: il est tenu compte du fait que certains formateurs dispensent leur enseignement au sein d'un groupe de 25 à 30 étudiants (ou de 12 à 15 étudiants), alors que d'autres formateurs, notamment dans le domaine de l'enseignement de la musique, donnent des cours individuels ou en petits groupes de 3 à 4 étudiants.
Toujours selon le recours, contrairement aux statuts précédents, le nouveau règlement (R.11.28) ne définit plus d'horaire de travail pour les formateurs mais les astreint au contraire à accomplir différents types de tâches convenues individuellement, qui équivalent, pour un poste à plein temps, à 1'900 heures annuelles. Il est dès lors difficile d'effectuer une comparaison directe entre la charge de travail correspondant à un poste de formateur à plein temps selon le règlement transitoire (R.11.26-27, abrogé le 1er août 2006 - qui prévoyait que les formateurs restaient soumis au statut cantonal pour ce qui concernait le temps de travail) et la charge de travail déterminée selon le nouveau statut uniforme.
Dans sa réponse au recours, l'intimée ne critique pas véritablement cette description des enjeux de la nouvelle organisation de l'enseignement et de l'harmonisation des statuts. Elle ajoute cependant que, d'après elle, le seul but du nouveau taux de conversion est de permettre à la HEP de faire des économies.
2.3.5 Si, comme cela ressort du dossier, l'application du taux de conversion de 1.4 est effectivement moins favorable pour l'intimée que le régime appliqué durant la période transitoire 2001-2006, cela ne signifie pas pour autant que le nouveau statut serait, en tant que tel, moins favorable que le statut cantonal (Institut pédagogique jurassien). Le régime transitoire décidé par la HEP ne peut pas conférer des droits acquis au sens des art. 27 et 28 du Concordat (cf. supra, consid. 2.2), et c'est donc à une comparaison globale entre le statut harmonisé et le statut cantonal qu'il faut procéder (cf. supra, consid. 2.3.1). Dans ce cadre, on ne peut à l'évidence pas déduire du seul élément invoqué par l'intimée (le taux de 1.4) que, d'un point de vue général, les conditions de travail et de rémunération des formateurs dispensant (entre autres enseignements et tâches) des cours de musique instrumentale sont moins favorables dans le statut harmonisé. La réorganisation de la formation des futurs enseignants, par rapport au système des anciennes écoles normales, comporte sans doute également des avantages. De toute manière, il ne ressort pas clairement du dossier que le statut harmonisé serait, en l'espèce, globalement moins favorable. Dans ces conditions, l'art. 28 al. 2 du Concordat n'impose pas, à lui seul, l'application d'un taux de conversion différent (plus élevé) pour l'enseignement de l'instrument et l'intimée ne saurait se prévaloir, à ce propos, d'un droit acquis.
Il reste donc à examiner si les garanties constitutionnelles (art. 8 et 9 Cst.) imposaient une autre solution, à savoir un régime transitoire garantissant, après l'établissement du nouveau statut, l'application d'un taux de conversion de 1.4 pour l'enseignement de la musique instrumentale.
Cette mesure intervient dans un processus qui, après une période transitoire, doit aboutir à l'harmonisation de trois statuts cantonaux paraissant assez différents les uns des autres. Dans ce contexte, une interprétation extensive de la notion de droits acquis, dans le sens proposé par l'intimée, pourrait empêcher la réalisation de l'objectif général d'harmonisation, avec la mise en place d'un nouveau système d'enseignement et la suppression progressive d'inégalités de traitement entre formateurs.
Il n'a, d'après le dossier, jamais été reproché à la HEP d'agir contrairement aux règles de la bonne foi. Les cantons concordataires et les organes de la HEP ont invoqué des motifs objectifs justifiant d'une part l'évolution des tâches des formateurs, et d'autre part le régime particulier pour l'enseignement de la musique instrumentale (qui, on le rappelle, ne représente dans le cas particulier qu'une des tâches de l'intimée). Il ne s'agit manifestement pas de faire supporter des économies aux seuls formateurs enseignant la musique instrumentale, tandis qu'aucune contrainte financière ne serait prévue dans les autres branches. Les choix faits par les organes du Concordat ne paraissent pas manifestement insoutenables ni abusifs. Comme cela a été exposé plus haut (consid. 2.3, 2.3.2), le législateur a le droit de faire évoluer le statut des enseignants des écoles publiques; sur le point litigieux, cette évolution ne viole ni le principe d'égalité, ni l'interdiction de l'arbitraire (à propos de la portée de ces garanties constitutionnelles dans ce contexte, cf. notamment KATHRIN KLETT, Verfassungsrechtlicher Schutz "wohlerworbener Rechte" bei Rechtsänderungen, thèse Berne 1994, p. 179/180).
Dès lors, en reconnaissant l'existence de droits acquis dans le cas particulier, la Chambre administrative a mal appliqué les art. 27 al. 2 et 28 al. 2 du Concordat, de même que les garanties constitutionnelles pertinentes. Les griefs de violation du droit fédéral et du droit intercantonal apparaissent donc bien fondés.
2.4 Il s'ensuit que le recours de la HEP doit être partiellement admis. L'arrêt attaqué doit en effet être annulé non pas dans sa totalité, mais en tant qu'il annule "la décision du Conseil de direction de la HEP-BEJUNE du 3 mai 2006" et qu'il renvoie l'affaire à ce Conseil de direction "pour qu'il modifie la proposition d'engagement (...) en ce sens qu'une période d'enseignement de musique instrumentale doit correspondre à 1.84 heure de travail". Il n'y a pas lieu de prendre une nouvelle décision sur le fond ni de renvoyer, à ce propos, l'affaire au Tribunal cantonal (art. 107 al. 2 LTF); sur le point litigieux en effet, l'intimée ne peut en effet pas se prévaloir de droits acquis qui devraient être constatés dans une décision administrative (cf. consid. 2.2).
Comme la contestation ne porte pas sur le renvoi de l'affaire au Conseil de direction "pour qu'il se détermine sur la requête de la recourante tendant à bénéficier de l'échelon n° 14 sur l'échelle des traitements" (cf. supra, consid. 1.4), cet élément de l'arrêt attaqué n'a pas à être annulé.
Les décisions (accessoires) de la Chambre administrative sur les frais et dépens de la procédure cantonale de recours doivent elles aussi être annulées. L'affaire doit être renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision sur ce point.
3. Les frais judiciaires doivent être mis à la charge de l'intimée, qui succombe (art. 65 al. 1 et art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à la collectivité publique recourante, qui a au demeurant procédé sans être représentée par un avocat (cf. art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, et l'arrêt rendu le 28 mars 2007 par la Chambre administrative du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura est annulé:
- en tant qu'il annule la décision du Conseil de direction de la HEP-BEJUNE du 3 mai 2006,
- en tant qu'il renvoie l'affaire au Conseil de direction de la HEP-BEJUNE pour qu'il modifie la proposition d'engagement adressée à A._ le 30 janvier 2006 en ce sens qu'une période d'enseignement de musique instrumentale doit correspondre à 1.84 heure de travail, et
- en tant qu'il statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
L'arrêt attaqué est maintenu en tant qu'il renvoie l'affaire au Conseil de direction de la HEP-BEJUNE pour qu'il se détermine sur la requête de A._ tendant à bénéficier de l'échelon n° 14 sur l'échelle des traitements.
L'affaire est renvoyée à la Chambre administrative pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de A._.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie à la recourante, au mandataire de l'intimée et au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura.
Lausanne, le 26 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier:
Féraud Jomini