Sachverhalt:
A. X._ (Beschwerdeführer) erwarb von Y.B._ am 20. Juli 2006 eine Beteiligung von 30 % (Inhaberaktien) an der Z._ AG mit dem Ziel, die Papiere in Deutschland an die Börse zu bringen. Am 26. Oktober 2006 erwarb er vom Verkäufer ein weiteres Aktienpaket, womit er eine Beteiligung von 42 % erlangte. Dabei vereinbarten die Parteien sinngemäss, der Beschwerdeführer habe, sofern er beim Verkauf der Aktien einen Nettokapitalgewinn erzielen sollte, eine Kaufpreisbesserung auf die zusätzlich erworbenen Aktien entsprechend dem darauf entfallenden Nettokapitalgewinn zu überweisen, maximal jedoch Fr. 1'000'000.--.
B. Nachdem Y.B._ seinen Wohnsitz nach Dubai verlegt und eine Forderung von Fr. 1'000'000.-- in Betreibung gesetzt hatte, trat er sämtliche Forderungen gegenüber dem Beschwerdeführer an seine Tochter, Y.A._ (Beschwerdegegnerin), ab, welche vor dem Kreisgericht St. Gallen den in Betreibung gesetzten Betrag einklagte. Das Kreisgericht verpflichtete den Beschwerdeführer am 6. Oktober 2010 zur Zahlung von Fr. 1'000'000.-- nebst Zins und beseitigte den Rechtsvorschlag. Die dagegen angehobene kantonalrechtliche Berufung wies das Kantonsgericht St. Gallen am 19. Januar 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht im Wesentlichen, den Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben und auf die Klage nicht einzutreten oder diese eventuell abzuweisen. Sein Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 13. März 2012 ab. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, während das Kantonsgericht auf Vernehmlassung verzichtet. Obwohl kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde, hat der Beschwerdeführer eine Replik eingereicht. Die Beschwerdegegnerin hat diese Ausführungen pauschal bestritten.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer stellt die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin in Abrede. Die Abtretung der Forderung sei ausschliesslich erfolgt, um die kantonalprozessrechtliche Pflicht zur Kautionierung zu umgehen, und daher nichtig. Die Beschwerdegegnerin habe seine Behauptung, sie sei zur Finanzierung des Prozesses nicht in der Lage, nicht rechtsgültig bestritten. Daher hätte über die Leistungsfähigkeit der Beschwerdegegnerin nicht Beweis abgenommen werden dürfen und sei die Abtretung zufolge Gesetzesumgehung und Rechtsmissbrauchs nichtig. Sodann rügt der Beschwerdeführer im Zusammenhang mit der Beweisverfügung bezüglich der Leistungsfähigkeit der Beschwerdegegnerin die Verletzung diverser Bestimmungen der kantonalen Zivilprozessordnung.
1.1 Die Rüge ist offensichtlich unbegründet. Die Vorinstanz ging sinngemäss davon aus, die Beschwerdegegnerin verfüge über hinreichende Mittel, um im Falle ihres Unterliegens die Prozesskosten begleichen zu können. Unter dieser Voraussetzung kann von vornherein nicht von einer Umgehung der Kautionspflicht gesprochen werden. Der Beschwerdeführer versucht zwar, die Annahme der Vorinstanz bezüglich der Leistungsfähigkeit der Beschwerdegegnerin zu Fall zu bringen. Er beschränkt sich aber im Wesentlichen darauf, darzustellen, wie das kantonale Verfahren nach seiner Auffassung korrekt hätte ablaufen müssen. Die Anwendung des kantonalen Prozessrechts prüft das Bundesgericht indessen nicht (Art. 95 BGG). Dass die Berücksichtigung der Beweise für die Leistungsfähigkeit der Beschwerdegegnerin auf eine Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV) hinausläuft, zeigt der Beschwerdeführer nicht rechtsgenügend (Art. 106 Abs. 2 BGG) auf. Vielmehr unterbreitet er dem Bundesgericht bloss seine eigene Sicht der Dinge, ohne damit die davon abweichende Auffassung der kantonalen Instanzen als offensichtlich unhaltbar auszuweisen. In diesem Punkt kann mithin bereits mangels hinreichender Begründung nicht auf die Beschwerde eingetreten werden.
1.2 Selbst wenn die Abtretung die Umgehung der Pflicht zur Kautionierung bezweckt haben sollte, würde dies im Übrigen nicht die Ungültigkeit der Abtretung nach sich ziehen. Die Kautionspflicht stellt sicher, dass die Prozesskosten einer Partei gedeckt sind, unabhängig davon, wem die eingeklagte Forderung zusteht. Eine Abtretung zur Umgehung der Kautionsbestimmung hätte nicht zur Folge, dass die Zession ungültig beziehungsweise unsittlich, unmöglich oder rechtswidrig (Art. 20 OR) wäre, sondern lediglich, dass die Gesetzesbestimmung, die hätte umgangen werden sollen, dennoch angewendet würde und die Beschwerdegegnerin kautionspflichtig wäre. Die Aktivlegitimation wird dadurch nicht beeinflusst.
2. Materiell macht der Beschwerdeführer sinngemäss geltend, Grundlage der Kaufpreisbesserung seien von Y.B._ akquirierte Aufträge in Deutschland und Bulgarien gewesen, an deren Umsätzen dieser partizipieren sollte. Die zugesicherten Aufträge seien indessen frei erfunden gewesen. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, die von ihm für diese Behauptungen angerufenen Beweismittel hätten abgenommen werden müssen. Er räumt ein, "dass die in der schriftlichen Vereinbarung geregelte Kaufpreisnachbesserung einzig im Verhältnis zum beim Verkauf erzielten Preis steht". Dies schliesse aber nicht aus, dass der Grund für die Kaufpreisnachbesserung in der persönlichen Leistung des Verkäufers liege und dieser nur an einem besseren Preis partizipiere, wenn er einen entscheidenden Beitrag dazu geliefert habe. Der Beschwerdeführer habe keine Nachbesserungspflicht eingehen wollen, Y.B._ habe aber darauf beharrt. Entscheidend für das Akzeptieren der Kaufpreisnachbesserung seien die vorgeschwindelten Zusicherungen gewesen, dass aufgrund der Akquisitionstätigkeit des Verkäufers aus Deutschland grosse Umsätze und aus Bulgarien Aufträge für mehrere Millionen eingehen würden.
2.1 Mit diesen Ausführungen macht der Beschwerdeführer genau besehen geltend, er sei durch eine Täuschung des Verkäufers zum Abschluss der Kaufpreisnachbesserungsklausel verleitet worden. Eine derartige Täuschung hat indessen nicht zur Folge, dass keine Kaufpreisnachbesserung geschuldet wäre, sondern dass der Getäuschte den Vertrag mit Blick auf die Täuschung (ganz oder teilweise) anfechten kann (Art. 28 Abs. 1 OR). Dass der Beschwerdeführer dies fristgerecht (Art. 31 OR) getan hätte, ist dem angefochtenen Entscheid nicht zu entnehmen, und der Beschwerdeführer erhebt diesbezüglich keine hinreichend substanziierte Sachverhaltsrüge (Art. 97 Abs. 1 BGG), die dem Bundesgericht eine Ergänzung des Sachverhalts erlauben würde (Art. 105 BGG). Daher kann der Beschwerdeführer aus einer allfälligen Täuschung nichts zu seinen Gunsten ableiten.
2.2 Ein Wegfall der Pflicht zur Kaufpreisnachbesserung könnte nur angenommen werden, wenn die Parteien die Kaufpreisnachbesserung im Sinne einer eigentlichen Bedingung von der erfolgreichen Akquisitionstätigkeit des Verkäufers abhängig gemacht hätten. Entsprechendes lässt sich aber dem Vertragstext nach Treu und Glauben nicht entnehmen. Daher wäre es Sache des Beschwerdeführers gewesen, einen entsprechenden tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen zu behaupten. Dass er dies im kantonalen Verfahren prozesskonform getan hätte, zeigt er nicht rechtsgenügend auf und ist nicht ersichtlich. Die Vorinstanz hält vielmehr fest, der Beschwerdeführer äussere sich nicht substanziiert zur Rechtsgrundlage seiner Einwendung betreffend das Ausbleiben der Geschäfte. Der Annahme einer Bedingung stehen zudem die Ausführungen des Beschwerdeführers selbst entgegen. Er behauptet nicht, die Akquisitionstätigkeit sei bei Vertragsschluss eine ungewisse Tatsache gewesen, von deren Eintritt die Kaufpreisnachbesserung abhängig gemacht worden sei (Art. 151 OR), sondern er macht geltend, er habe der Aufnahme einer Kaufpreisnachbesserung in die Vereinbarung nur zugestimmt, weil er (infolge der behaupteten Täuschung) eine bestimmte Tatsache (nämlich die Akquisitionstätigkeit des Verkäufers und die gestützt darauf zu erwartenden Geschäfte) als gegeben erachtet habe. Selbst wenn dies zutreffen sollte, läge keine Bedingung vor und könnte der Beschwerdeführer daraus ohne rechtzeitige Täuschungsanfechtung nichts zu seinen Gunsten ableiten. Damit kommt den vom Beschwerdeführer angerufenen Beweismitteln in der Tat keine Bedeutung zu und ist der angefochtene Entscheid im Ergebnis nicht zu beanstanden.
3. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juni 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak