Faits:
A. Dès octobre 1993, X._ a travaillé au service de la société Y._ SA en qualité de gérant de magasin. L'employeuse a résilié son contrat de travail avec effet au 31 août 2003; il percevait alors un salaire mensuel brut de 7'410 fr., treize fois par année.
Le risque de perte de ce salaire en cas de maladie était couvert par une police d'assurance collective du personnel de Y._ SA. Une indemnité journalière correspondant à 80% du salaire était promise après un délai d'attente de trente jours, pendant 720 jours au plus dans une période de 900 jours. L'assuré acquittait une prime fixée à 1,5% de son salaire. L'assureur était une fondation liée à la société Z._ SA.
La police faisait référence à des conditions générales d'assurance dont l'art. 25 ch. 1 était ainsi libellé :
Sous réserve de la coordination LPP, si une assurance sociale ou professionnelle [...] verse des prestations, l'assureur les complète, après le délai d'attente, au plus jusqu'à concurrence de la prestation prévue dans la police.
La prévoyance professionnelle était assurée auprès d'une autre fondation appartenant au même groupe. Le contrat prévoyait notamment des prestations en cas d'invalidité.
B. Dès août 1999, X._ a subi de longues périodes d'incapacité de travail, totale ou partielle, pour cause de maladie. En particulier, il s'est trouvé en incapacité totale de travail dès le 19 août 2002 et il n'a plus repris son activité. Dès cette date, l'assureur lui a versé des indemnités journalières au montant de 211 fr.60.
Dès sa sortie de l'assurance collective, sortie résultant de l'expiration du contrat de travail, X._ a exercé son droit de libre passage dans une assurance individuelle portant sur la même couverture. L'indemnité journalière était désormais fixée à 211 fr.10 et l'assuré acquittait une prime mensuelle de 392 fr.65.
L'assureur a versé des indemnités journalières jusqu'au 17 août 2004, soit pendant 730 jours d'incapacité de travail.
C. X._ a introduit une demande de rente de l'assurance-invalidité fédérale.
Le 5 mai 2006, informé que les prestations ainsi demandées seraient prochainement accordées à l'assuré dès le 1er août 2003, l'assureur d'indemnités journalières lui a communiqué qu'il se ferait verser directement un montant de 45'067 fr.10 à prélever sur ces mêmes prestations, à titre de « surindemnisation » pour la période du 1er août 2003 au 17 août 2004. X._ a fait savoir qu'il s'opposait à ce prélèvement.
Par décision du 9 juin 2006, l'office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud a admis l'assuré au bénéfice d'une rente d'invalidité complète, d'une rente complémentaire pour son épouse et de deux rentes complémentaires pour enfant, le tout dès le 1er août 2003. Sur l'arriéré de la rente d'invalidité complète, un montant de 45'067 fr.10 était retenu en faveur de l'assureur d'indemnités journalières.
D. Sur la base du contrat de prévoyance professionnelle, X._ a également requis et obtenu des rentes d'invalidité à compter du 19 août 2004. L'assureur s'est cependant refusé à verser ces prestations, comme requis par l'assuré, à compter du 1er août 2003 déjà.
E. Le 6 novembre 2006, X._ a ouvert action contre Z._ SA devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud. Sa demande tendait au paiement de 45'067 fr.10 avec intérêts au taux de 5% par an dès le 15 juin 2006, à titre d'indemnités pour perte de gain en cas de maladie; la demande tendait en outre au versement de rentes d'invalidité à fixer par justice, du 1er août 2003 au 18 août 2004, avec intérêts au même taux.
A la partie Z._ SA, le juge instructeur a substitué la fondation A._ en qualité de défenderesse dans l'action concernant les indemnités journalières; il a substitué la fondation B._ en qualité de défenderesse dans l'autre action.
Invoquant les clauses contractuelles concernant la surindemnisation, la fondation A._ a conclu au rejet de l'action concernant les indemnités journalières.
La fondation B._ a reconnu devoir des prestations d'invalidité aussi pendant la période litigieuse; ces prestations devaient être fixées de manière à éviter une surindemnisation.
Le tribunal a rendu un jugement le 27 septembre 2007. Il a décidé de suspendre l'instance concernant la prévoyance professionnelle jusqu'à droit connu sur l'action relative aux indemnités journalières. Il a entièrement rejeté cette action. Il a considéré que le contrat d'assurance d'indemnités journalières n'autorise pas le demandeur à recevoir des prestations d'invalidité en sus de ces indemnités.
F. Agissant par la voie du recours en matière civile, le demandeur requiert le Tribunal fédéral de condamner la fondation A._ à lui payer 45'067 fr.10 avec intérêts au taux de 5% par an dès le 15 juin 2006; subsidiairement, il requiert le renvoi de la cause au Tribunal des assurances pour nouvelle décision.
La fondation A._ conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Au regard de l'art. 91 let. a LTF, le jugement du Tribunal des assurances est une décision partielle, réglant un objet dont le sort est indépendant d'un autre objet demeurant en cause; ce jugement est susceptible de recours selon cette disposition.
Pour le surplus, le recours est dirigé contre un jugement rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF; ATF 124 III 229 consid. 2b p. 232) et en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF). La valeur litigieuse excède le minimum légal de 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF). Il est formé par une partie qui a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF). Introduit en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours est en principe recevable.
Le recours peut être exercé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office, hormis les droits fondamentaux (art. 106 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; ATF 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254). Il peut admettre un recours pour des motifs autres que ceux invoqués par la partie recourante; il peut aussi rejeter un recours en opérant une substitution de motifs, c'est-à-dire en adoptant un raisonnement juridique autre que celui de la juridiction cantonale (ATF 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254). En règle générale, le tribunal conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF).
2. Il est constant que dans le cadre d'un contrat d'assurance, la fondation A._ s'est obligée à verser des indemnités journalières en cas de maladie du demandeur. Il est également constant que les indemnités promises ont été dûment et intégralement versées à cette partie pendant toute la période prévue par le contrat.
La contestation porte sur une prestation de l'assurance-invalidité fédérale, soit le montant de 45'067 fr.10 que cette assurance devait a priori au demandeur, selon sa décision du 9 juin 2006, et qu'elle a distrait en faveur de la fondation A._. D'après le décompte que cette dernière avait présenté, ledit montant correspondait à des indemnités journalières versées en trop, compte tenu de la rente d'invalidité ultérieurement obtenue, et qui devaient lui être remboursées.
Le demandeur soutient que ce prélèvement en faveur de la fondation A._ ne pouvait pas être opéré conformément aux dispositions et directives régissant l'assurance-invalidité fédérale, en particulier parce que lui-même ne l'avait pas autorisé et que, au regard de ces dispositions, l'art. 25 ch. 1 des conditions générales ne constituait pas une clause de subrogation qui pût lui être opposée. Cette argumentation est irrecevable car elle contredit l'autorité de la décision du 9 juin 2006; celle-ci, faute d'avoir été attaquée par la voie de l'opposition prévue par l'art. 52 de la loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales (LPGA), ne peut plus être modifiée que par les procédures prévues à l'art. 53 de cette loi; jusqu'à cette éventualité, elle lie les parties et les autorités concernées (Ulrich Häfelin, Georg Müller et Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., ch. 900 à 993 p. 206; Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, Zurich 2003, ch. 2 ad art. 53 LPGA).
Le demandeur se plaint de violation de l'art. 18 al. 1 CO concernant l'interprétation des contrats. Il a pourtant reçu le montant litigieux, en indemnités journalières versées par la fondation A._, et de toute évidence, le contrat conclu avec cet assureur ne permet pas de réclamer les mêmes indemnités une deuxième fois. A titre subsidiaire, le demandeur se plaint de n'avoir pas reçu au moins le remboursement des primes versées par lui mais il ne se réfère, dans le contrat, à aucune clause prévoyant que l'assuré soit libéré du paiement des primes lorsqu'il perçoit des indemnités journalières.
3. Le recours se révèle privé de fondement, dans la mesure où l'argumentation présentée est recevable. A titre de partie qui succombe, son auteur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral. Il n'est pas alloué de dépens à l'autre partie car celle-ci a procédé sans le concours d'un mandataire.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Le demandeur acquittera un émolument judiciaire de 2'000 fr.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal des assurances du canton de Vaud.
Lausanne, le 29 février 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier:
Corboz Thélin