Sachverhalt:
A. X._, wohnhaft in Oftringen/AG, reichte am 25. Mai 2007 seine Steuererklärung für die Kantons- und Gemeindesteuern 2006 ein. Dazu legte er u.a. den Lohnausweis seiner Arbeitgeberin (A._ GmbH in Deutschland) bei. Nach mehreren Aufforderungen, zusätzliche Unterlagen einzureichen, veranlagte das Gemeindesteueramt am 16. November 2007 ihn für die Kantons- und Gemeindesteuern 2006. Dabei wich es von der Selbstdeklaration in mehreren Bereichen zu Ungunsten des X._ ab. Dagegen erhob dieser erfolglos Einsprache. Der gegen den Einspracheentscheid gerichtete Rekurs wurde vom Steuerrekursgericht mit Urteil vom 23. Juli 2009 wie folgt entschieden:
"1. In Bezug auf den in der Schweiz zu besteuernden Nettolohn wird der Rekurs teilweise gutgeheissen. Der Nett[o]lohn II wird auf CHF 83'441.00, zuzüglich CHF 4'800.00 Privatanteil für die private Nutzung des Geschäftsautos, festgesetzt.
2. In Bezug auf die Mehrkosten der auswärtigen Verpflegung, den Pauschalabzug, die Mitgliederbeiträge für Berufsverbände, die Zuwendungen an steuerbefreite politische Parteien und die Liegenschaftsunterhaltskosten wird der Rekurs abgewiesen. Der Pauschalabzug wird auf CHF 2'647.00 festgesetzt.
3. In Bezug auf den Eigenmiet- und den Vermögenssteuerwert wird auf den Rekurs nicht eingetreten.
4. Im Übrigen wird der Einspracheentscheid vom 26. Februar 2008 aufgehoben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Steuerkommission Oftringen zurückgewiesen.
(...)."
In E. 12 seines Entscheids hielt das Steuerrekursgericht fest, dass die Ziffern 1-3 des Dispositivs innert 30 Tagen anzufechten seien, wenn sie materiell zu beanstanden seien, da es bei einem allfällig erneuten Rekurs nicht mehr darauf eintreten könne. X._ focht die Ziffern 1-3 beim Verwaltungsgericht erfolglos an. Nicht angefochten hat er die Rückweisung (Ziffer 4 des Dispositivs), welche die Steuerkommission verpflichtete, sich mit den in der Steuererklärung deklarierten freiwilligen Zuwendungen (Fr. 500.-- als Kirchenopfer) begründet auseinanderzusetzen.
B. Vor Bundesgericht beantragt X._ Folgendes:
"1. In Aufhebung der Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau und der Vorinstanzen sei festzustellen, dass der Lohnausweis der A._ GmbH Basis der Steuerveranlagung 2006 ist.
2. Es seien die eingereichten Beweismittel zu würdigen, ebenso die Bestätigung der früheren Eingaben und die weiteren Angaben.
(...)."
Begründet wurden die Anträge im Wesentlichen mit einer unrichtigen Feststellung des Sachverhalts.
C. Das Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verzichten auf eine Vernehmlassung, während die Eidgenössische Steuerverwaltung die Abweisung beantragt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde ist innert der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) eingereicht worden und richtet sich gegen den Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG), die unter keinen Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG fällt. Der Beschwerdeführer ist vor dem kantonalen Verwaltungsgericht unterlegen; er ist demnach durch dessen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG).
2. Anfechtbar sind vor Bundesgericht grundsätzlich nur Endentscheide (Art. 90 BGG) und Teilentscheide (Art. 91 BGG), Vor- und Zwischenentscheide nur ausnahmsweise (Art. 92 f. BGG). Endentscheide schliessen das Verfahren ab. Teilentscheide sind u.a. solche, welche nur einen Teil der Begehren behandelt haben, soweit diese unabhängig von den anderen Begehren beurteilt werden konnten.
2.1 Das Steuerrekursgericht hat seinen Entscheid vom 23. Juli 2009 gesplittet. Es hat den Rekurs teilweise abgewiesen, teilweise gutgeheissen sowie einen Teil des Einspracheentscheids aufgehoben und zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Steuerkommission Oftringen zurückgewiesen. Es hat dazu ausgeführt, dass die Erwägungen zum steuerbaren Nettolohn, zum Abzug für die Mehrkosten der auswärtigen Verpflegung, zum Pauschalabzug, zu den Mitgliederbeiträgen für Berufsverbände, zu den Zuwendungen an steuerbefreite politische Parteien, zu den Liegenschaftsunterhaltskosten, zum Eigenmiet- und zum Vermögenssteuerwert Dispositivcharakter hätten. Bei einem allfälligen erneuten Rekurs nach dem neuen Einspracheentscheid der Steuerkommission Oftringen könne das Steuerrekursgericht darauf nicht zurückkommen. Entsprechend sei gegen den Entscheid Beschwerde an das Verwaltungsgericht zu erheben, falls eine Partei diese Dispositivziffern anfechten wolle. Der Beschwerdeführer hat diese dann auch beim Verwaltungsgericht und dessen Entscheid beim Bundesgericht angefochten. Nicht Gegenstand des verwaltungsgerichtlichen Urteils bildete demgegenüber die Rückweisung, mit der die Steuerkommission Oftringen verpflichtet wurde, sich mit den in der Steuererklärung deklarierten Fr. 500.-- Kirchenopfer im Sinne einer freiwilligen Zuwendung zu befassen.
2.2 Offensichtlich ist, dass durch den Entscheid des Verwaltungsgerichts das Steuerveranlagungsverfahren für die Kantons- und Gemeindesteuern 2006 nicht abgeschlossen wird; ein Endentscheid liegt nicht vor. Fraglich kann höchstens sein, ob es sich vorliegend um einen Teilentscheid handelt. Dies ist indes zu verneinen. Mit der Steuerveranlagung soll das steuerbare Einkommen und das steuerbare Vermögen sowie die daraus resultierende Steuerschuld festgestellt werden. Zwar setzen sie sich aus einzelnen Positionen (z.B. die einzelnen Abzüge) zusammen, welche für sich allein beurteilt werden können, doch bilden diese lediglich einen Aspekt des zu beurteilenden Steuerrechtsverhältnisses. Einzelne Aspekte bzw. Rechtsfragen eines Entscheids sollen nach dem Art. 91 BGG zugrundeliegenden Zweck nicht losgelöst von der Gesamtbeurteilung an das Bundesgericht zur Überprüfung weitergezogen werden: Das Bundesgericht soll sich nicht quasi abstrakt mit einem Aspekt (BGE 135 II 30 E. 1.3.1 S. 33), sondern nur einmal mit der strittigen Sache befassen müssen (vgl. Urteil 2C_222/2007 vom 15. Oktober 2007 E. 2 i.f.). Dementsprechend handelt es sich im vorliegenden Fall nicht um einen Teilentscheid nach Art. 91 BGG, sondern um einen Zwischenentscheid nach Art. 93 BGG, wie auch die Vorinstanz selbst ihren Entscheid bezeichnete.
3. 3.1 Nach Art. 93 Abs. 1 BGG ist gegen Vor- und Zwischenentscheide die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Insbesondere ist im Rahmen von Beschwerden gegen Vor- und Zwischenentscheide begründet darzulegen, inwiefern die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a oder b BGG erfüllt sind.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt in seiner Beschwerde im Wesentlichen die unrichtige Feststellung des Sachverhalts, daneben auch die unrichtige Anwendung des Rechts in der Hauptsache. Er äusserst sich dagegen nicht dazu, ob die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sind. Er genügt somit nicht den geforderten Begründungsanforderungen, damit überhaupt die Zulässigkeit der Beschwerde gegen Vor- und Zwischenentscheide geprüft werden kann.
4. Auf die Beschwerde ist nach dem Gesagten nicht einzutreten. Diesem Ausgang entsprechend hat der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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