Erwägungen:
1.
Nach einer Selbstanzeige des neuen Hauptaktionärs auferlegte das Kantonale Steueramt Zürich der A._AG für die Staats- und Gemeindesteuern sowie für die direkte Bundessteuer der Jahre 2001 bis 2009 Nachsteuern. Die gegen diese Veranlagung vom 15. Juli 2014 erhobene Einsprache hiess das Steueramt teilweise gut, mit der Begründung, dass es als Veranlagungsbehörde eine Ermessensveranlagung vorgenommen habe, ohne dies der Pflichtigen vorgängig anzudrohen. Wegen dieses formellen Mangels ordnete es eine Neubeurteilung an. Dagegen erhob die Pflichtige Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, das Verfahren sei in das Einsprache verfahren zurückzuweisen. Mit Verfügung des Einzelrichters vom 12. Oktober 2015 trat das Verwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein. Es wertete den Rückweisungsentscheid als Zwischenentscheid und stellte fest, dass die Voraussetzungen für dessen Anfechung nach den Kriterien von Art. 93 BGG, die gemäss § 19a Abs. 2 in Verbindung mit § 41 Abs. 3 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG) sinngemäss zur Anwendung kommen, nicht erfüllt seien.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 16. November 2015 beantragt die A._AG dem Bundesgericht, die Nichteintretensverfügung des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Verfahren zum Entscheid an dieses zurückzuweisen, eventualiter und subeventualiter mit verschiedenen Anweisungen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2.
2.1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zunächst zulässig gegen Endentscheide, d.h. gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG). Alsdann steht sie gemäss Art. 91 BGG auch offen gegen Teilentscheide, d.h. Entscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können (lit. a), oder wenn sie das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen abschliessen (lit b). Gegen Vor- und Zwischenentscheide steht sie hingegen nur unter bestimmten Voraussetzungen (Art. 92 und 93 BGG) offen.
Als Zwischenentscheide gelten auch Rechtsmittelentscheide betreffend Zwischenentscheide, selbst wenn mit dem angefochtenen Entscheid auf eine Beschwerde gegen eine Zwischenverfügung nicht eingetreten wird (Urteil 2C_475/2011 und 2C_476/2011 vom 13. Dezember 2011 E. 2.1 mit Hinweisen).
Da vorliegend dem Kantonalen Steueramt nach Aufhebung der Veranlagung Entscheidungsspielraum verbleibt, stellt die angefochtene Nichteintretens-Verfügung des Verwaltungsgerichts einen Zwischenentscheid dar, der nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG anfechtbar ist. Art. 92 BGG (selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren) fällt hier ausser Betracht.
2.2. Gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde gegen andere (als in Art. 92 BGG genannte) selbstständig eröffnete Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Ist die Beschwerde nach Art. 93 Abs. 1 BGG nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- oder Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (Art. 93 Abs. 3 BGG). Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Rückweisungsentscheid habe für sie im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge.
2.3. Beim nicht wiedergutzumachenden Nachteil muss es sich im Prinzip um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen späteren günstigen Endentscheid nicht oder nicht gänzlich beseitigt werden kann; rein tatsächliche Nachteile wie die Verfahrensverlängerung oder -verteuerung, die ein Rückweisungsentscheid zur Folge haben kann, reichen nicht aus (BGE 141 III 80 E. 1.2 S. 80; 140 V 321 S. 326 f.; 137 III 380 E. 1.2.1 S. 382; 136 II 165 E. 1.2.1 S. 170). Vorliegend geht es darum, dass nach Auffassung des Verwaltungsgerichts das Kantonale Steueramt die Beschwerdeführerin neu zu veranlagen hat. Es ist dabei nicht ersichtlich, inwiefern die Beschwerdeführerin durch die Verfahrens-Gestaltung des Steueramtes der Möglichkeit verlustig gehen könnte, erneut wirksam Einsprache (namentlich in Bezug auf das Vorliegen oder Fehlen der Voraussetzungen einer Ermessensveranlagung) und nötigenfalls Beschwerde zu erheben und sämtliche ihr notwendig erscheinenden Rügen vorzutragen. Dass das Verfahren durch neue Veranlagung und nicht im Rahmen der Einsprache weitergeführt wird, mag zwar eine gewisse Verfahrensverlängerung zur Folge haben; ein wirklich ins Gewicht fallender Unterschied ist jedoch nicht auszumachen. Die Voraussetzungen, die Beschwerde ausnahmsweise unter dem Aspekt des Beschleunigungsgebots entgegenzunehmen, sind hier offensichtlich nicht erfüllt (vgl. Urteil 2C_475/ 1011 und 2C_476/2011 vom 13. Dezember 2011 E. 2.4 und E. 3.3). Dasselbe gilt hinsichtlich einer möglichen Verfahrensverteuerung.
2.4. Die gesetzlichen Voraussetzungen zur Anfechtung der als Zwischenentscheid zu qualifizierenden Nichteintretensverfügung des Verwaltungsgerichts sind nicht erfüllt. Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde ist mit Entscheid des Abteilungspräsidenten als Einzelrichter im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2.5. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG sind entsprechend dem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller