Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Stuttgart führt ein Strafverfahren gegen X._ wegen des Verdachts des Betrugs.
Am 5. Mai 2009 ersuchte sie die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich um Rechtshilfe.
Mit Eintretensverfügung vom 19. Juni 2009 beauftrage die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich die Kantonspolizei, X._ zu befragen und weitere Ermittlungen vorzunehmen.
B. Dagegen reichte X._ Beschwerde beim Bundesamt für Justiz ein, welches sie zuständigkeitshalber an das Bundesstrafgericht weiterleitete.
Mit Entscheid vom 28. Juli 2009 trat das Bundesstrafgericht (II. Beschwerdekammer) auf die Beschwerde nicht ein. Es befand (S. 3) die Eintretensverfügung stelle eine nicht anfechtbare Zwischenverfügung dar. Die Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- auferlegte es X._.
C. Mit Schreiben vom 31. Juli 2009 an das Bundesstrafgericht stellte X._ das Begehren, es sei ihm die Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- zu erlassen.
Am 5. August 2009 schrieb das Bundesstrafgericht X._, Gerichtsentscheide könnten nicht in Wiedererwägung gezogen werden. Es bat X._ um Mitteilung, ob sein Schreiben als Beschwerde gegen den bundesstrafgerichtlichen Entscheid gelte. Bejahendenfalls werde es das Bundesstrafgericht zuständigkeitshalber dem Bundesgericht übermitteln.
Mit Schreiben vom 29. August 2009 an das Bundesstrafgericht hielt X._ an seinem Rechtsbegehren fest. Er ersuchte darum, "diesen behördlichen rechtswidrigen Entscheid" (gemeint: den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 28. Juli 2009) aufheben zu lassen.
Am 10. September 2009 sandte das Bundesstrafgericht dem Bundesgericht zuständigkeitshalber die zwei Schreiben X._ vom 31. Juli und 29. August 2009.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesstrafgericht bemerkt im Schreiben vom 10. September 2009, es sei ihm auch auf Nachfrage bei X._ hin nicht klar, ob es sich um eine Beschwerde gegen seinen Entscheid vom 28. Juli 2009 handle.
X._ nahm vom Schreiben des Bundesstrafgerichts vom 5. August 2009 Kenntnis. Darin wurde ihm mitgeteilt, dass Gerichtsentscheide nicht in Wiedererwägung gezogen werden können. Es musste ihm also klar sein, dass das Bundesstrafgericht nicht auf seinen Entscheid zurückkommen konnte. Gleichwohl hielt er in der Folge mit Schreiben vom 29. August 2009 an seinem Rechtsbegehren fest. Er bezeichnete den bundesstrafgerichtlichen Entscheid vom 28. Juli 2009 als rechtswidrig und ersuchte darum, ihn aufheben zu lassen. X._ wollte damit offenbar, dass sich eine andere - notwendig übergeordnete - Behörde mit der Sache befasst. Unter diesen Umständen müssen seine Schreiben als Beschwerde gegen den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 28. Juli 2009 betrachtet werden.
1.2 Der angefochtene Entscheid schliesst das Rechtshilfeverfahren nicht ab. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid.
Gemäss Art. 93 Abs. 2 BGG sind auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen Zwischenentscheide nicht anfechtbar. Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sind.
Im vorliegenden Fall geht es weder um Auslieferungshaft noch die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen. Die Beschwerde ist daher unzulässig.
Die Beschwerde genügte im Übrigen auch den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG nicht.
Auf die Beschwerde kann danach nicht eingetreten werden. Gemäss Art. 108 BGG ist der Einzelrichter zum Entscheid befugt (vgl. insb. Abs. 1 lit. a und b).
2. Unter den gegebenen Umständen rechtfertigt es sich, auf die Erhebung von Kosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich, dem Bundesstrafgericht, II. Beschwerdekammer, und dem Bundesamt für Justiz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Aemisegger Härri