Sachverhalt:
A. Am 23. Januar 2009 reichte die Simmentaler Kraftwerke AG beim Amt für Wasser und Abfall (AWA) des Kantons Bern ein Konzessions- und Baugesuch ein für ein neues Kleinwasserkraftwerk an der Simme in der Landwirtschaftszone der Einwohnergemeinde Boltigen. Die Gesuchstellerin plant, das Wasser mit einem Klappenwehr ca. 150 m oberhalb des Laubeggfalls zu stauen und die natürliche Geländestufe von 27 m zu nutzen. Vorgesehen ist, 2,8 bis 12 m3 Wasser pro Sekunde durch einen ca. 275 m langen unterirdischen Druckstollen zu einer Turbine in einer Zentrale am linken Ufer zu leiten und rund 450 m unterhalb des Laubeggfalls ins Bachbett zurückzuführen. Das Kraftwerk soll Strom für die Öffentliche Versorgung produzieren. Bei 2,6 MW installierter Leistung wird mit einer Jahresproduktion von rund 11,3 GWh gerechnet.
Gegen dieses Projekt erhob unter anderem die Fischerei Pachtvereinigung Spiez Einsprache. Nach Einholen verschiedener Amts- und Fachberichte erteilte der Regierungsrat des Kantons Bern mit Beschluss vom 1. Dezember 2010 (Gesamtentscheid) die beantragte Konzession für die Dauer von 80 Jahren. Gleichzeitig erteilte er die zugehörigen Bewilligungen mit Auflagen und wies die Einsprachen ab, soweit er darauf eintrat. Der Gesamtentscheid des Regierungsrats umfasst - soweit für die vorliegende Beurteilung relevant - unter anderem eine Bewilligung zur Wasserentnahme nach Art. 29 ff. GSchG (SR 814.20), eine Bewilligung für technische Eingriffe in ein Gewässer nach Art. 8 f. des Bundesgesetzes vom 21. Juni 1991 über die Fischerei (BGF; SR 923.0) sowie eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG (SR 700).
Gegen diesen Beschluss führte die Fischerei Pachtvereinigung Spiez am 4. Januar 2011 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Auf richterliche Aufforderung hin reichten die Simmentaler Kraftwerke AG und das Fischereiinspektorat weitere Unterlagen und Berichte ein.
Mit Urteil vom 14. Juni 2012 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und ergänzte den Beschluss des Regierungsrats vom 1. Dezember 2010 durch Auflagen zum Spülreglement (Verbot betrieblicher Spülungen des Stauraums während der Schon- und Entwicklungszeit der Bachforellen vom 1. Oktober bis 15. April) und zur planmässigen In- und Ausserbetriebnahme des Kraftwerks.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 7. August 2012 beantragt die Fischerei Pachtvereinigung Spiez im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 14. Juni 2012 und der Beschluss des Regierungsrats vom 1. Dezember 2010 seien aufzuheben, und die nachgesuchte Konzession und Baubewilligung seien zu verweigern. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter seien die Konzession und Baubewilligung unter verschiedenen Auflagen zu erteilen.
Mit Verfügung vom 18. September 2012 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch der Beschwerdeführerin, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen, ab.
Die Vorinstanz beantragt die Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Umwelt BAFU hat eine Stellungnahme zur Beschwerde eingereicht, ohne ausdrücklich Anträge zu stellen. Der Regierungsrat und das Bundesamt für Raumentwicklung ARE verzichten auf eine Vernehmlassung. Die Gemeinde Boltigen hat sich nicht vernehmen lassen. In ihrer Replik vom 3. Januar 2013 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegenstand des Verfahrens bildet die Erteilung einer Wassernutzungskonzession samt zugehöriger Bewilligungen. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid betrifft damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist als Pächterin des Laichfischfangs an der betroffenen Strecke der Simme durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung und Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt der nachfolgenden Erwägungen einzutreten.
1.2 Nicht einzutreten ist auf den Antrag der Beschwerdeführerin, den Beschluss des Regierungsrats vom 1. Dezember 2010 aufzuheben. Unterinstanzliche Entscheide sind mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht selbstständig anfechtbar. Sie werden mit Blick auf den Devolutiveffekt durch den Entscheid der letzten kantonalen Instanz ersetzt und gelten mit der dagegen gerichteten Beschwerde als mitangefochten (vgl. BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144).
1.3 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV im erstinstanzlichen Verfahren. Sollte tatsächlich eine Anhörung des BAFU im Sinne von Art. 35 GSchG stattgefunden haben, so habe sie jedenfalls keine Gelegenheit erhalten, sich zu dessen Ausführungen zu äussern (Beschwerde S. 13 f. und S. 20).
Das BAFU hat im erstinstanzlichen Verfahren schriftlich zum Projekt Stellung genommen (Akten AWA pag. 226) und dabei die Anträge der kantonalen Fachstellen unterstützt (insbesondere denjenigen, es sei eine Mindestrestwassermenge von 1 m3/s festzulegen). Im Beschluss des Regierungsrats vom 1. Dezember 2010 wurde hierauf explizit hingewiesen (S. 7).
Im Verfahren vor der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin keine Gehörsverletzung behauptet. Die erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren erhobene Rüge, ihr rechtliches Gehör sei im erstinstanzlichen Verfahren verletzt worden, ist damit verspätet, weshalb hierauf nicht einzutreten ist.
1.4 Die Beschwerdeführerin macht eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung geltend (Beschwerde S. 13).
1.4.1 Gemäss Art. 97 Abs. 1 BGG kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 135 III 127 E. 1.5 S. 129). Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 135 III 127 E. 1.6 S. 130). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246).
1.4.2 Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, der Sachverhalt sei bezüglich der "saisonalen Verteilung der Stromproduktion" ungenügend abgeklärt worden (Beschwerde S. 20), genügt ihr Vorbringen den Begründungsanforderungen nicht. Sie weist an anderer Stelle (Beschwerde S. 16) selber darauf hin, dass Angaben über die saisonal unterschiedliche Produktion vorliegen. Inwiefern diese nicht genügen sollen, wird nicht ausgeführt, weshalb auf das Vorbingen nicht einzutreten ist.
1.4.3 Des Weiteren macht die Beschwerdeführerin geltend (Beschwerde S. 21), mit der Festsetzung einer Mindestrestwassermenge von 1 m3/s verkehre die Vorinstanz die Aussagen des Fischereiinspektorats des Kantons Bern in dessen Amtsbericht vom 8. April 2010 (Akten AWA pag. 207) ins Gegenteil.
Die Rüge erweist sich als unbegründet. Das Fischereiinspektorat hat in seinem Amtsbericht vom 8. April 2010 ausdrücklich beantragt, die Mindestrestwassermenge solle konstant 1 m3/s betragen (Akten AWA pag. 208 f.). Inwiefern die Vorinstanz in diesem Zusammenhang den Sachverhalt willkürlich festgestellt haben soll, ist nicht ersichtlich. Auf die Frage, ob mit der Festsetzung einer Mindestrestwassermenge von 1 m3/s gegen das GSchG verstossen worden ist, wird zurückzukommen sein (nachfolgend E. 3).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 24 RPG, da keine Prüfung alternativer Projektstandorte vorgenommen worden sei. Nicht fundiert abgeklärt worden seien insbesondere die Möglichkeit einer Kavernenzentrale mit Wasserrückgabe direkt unterhalb des Laubeggfalls und die damit verbundene Variante einer Verschiebung der Wasserfassung flussaufwärts (Beschwerde S. 13 und S. 16 ff.).
2.2 Eine Bewilligung nach Art. 24 RPG setzt voraus, dass der Zweck der Bauten und Anlagen einen Standort ausserhalb der Bauzonen erfordert (lit. a, Standortgebundenheit) und ihr keine überwiegenden Interessen entgegenstehen (lit. b). Sie beruht auf einer gesamthaften Abstimmung aller räumlich wesentlichen Gesichtspunkte und Interessen. Die Standortgebundenheit im Sinn von Art. 24 lit. a RPG ist nach ständiger Praxis zu bejahen, wenn eine Anlage aus technischen oder betriebswirtschaftlichen Gründen oder wegen der Bodenbeschaffenheit auf einen Standort ausserhalb der Bauzone angewiesen ist, oder wenn ein Werk aus bestimmten Gründen in einer Bauzone ausgeschlossen ist. Dabei genügt eine relative Standortgebundenheit: Es ist nicht erforderlich, dass überhaupt kein anderer Standort in Betracht fällt; es müssen jedoch besonders wichtige und objektive Gründe vorliegen, die den vorgesehenen Standort gegenüber anderen Standorten innerhalb der Bauzone als viel vorteilhafter erscheinen lassen (BGE 136 II 214 E. 2.1 S. 218 mit weiteren Hinweisen).
2.3 Der Laubeggfall liegt in einem engen, schluchtartigen Talkessel. Die steilen Hänge sind mehrheitlich bewaldet und von Felspartien geprägt. Durch den engen Geländeeinschnitt führt auf der rechten Seite der Simme die weitgehend auf Kunstbauten errichtete Kantonsstrasse.
Die Beschwerdegegnerin hat in der Dokumentation zu Projektstandort und Wasserrückgabe vom 6. September 2011 (Akten Vorinstanz act. 12/4) zu möglichen Alternativstandorten Stellung genommen. Demnach besteht auf der rechten Seite der Simme kein geeigneter Standort für das Zentralen-Gebäude. Das Gebiet in diesem Bereich sei rutschgefährdet, weshalb die Druckleitung nicht bergwärts in den Hang verlegt werden könne. Zudem wäre ein Leitungsbau unterhalb der Kantonsstrasse bautechnisch nur mit unverhältnismässig grossem Aufwand realisierbar. Auch würden eine rechtsufrige Linienführung der Druckleitung sowie ein Auslaufbauwerk zu einem massiven Eingriff in den Gewässerraum und die Landschaft führen. Nach den Angaben der Beschwerdegegnerin sind auch auf der linken Seite der Simme keine Alternativstandorte vorhanden. Oberhalb des gewählten Standorts der Zentrale seien die Verhältnisse eng und steil. Erforderlich wären insoweit einschneidende und kostspielige Eingriffe in die Landschaft (mit Sprengungen), in den geschützten Uferbereich und in den Wald (grossflächige Rodung). Entsprechendes gälte für das Auslaufbauwerk direkt unterhalb des Laubeggfalls unmittelbar am Simmeufer. Zudem müsste dieser Standort von oben mit einer Piste für den Bau und den späteren Betrieb erschlossen werden, was angesichts der Steilheit des Geländes nicht realistisch sei.
2.4 Die Vorinstanz hat erwogen, gemäss den Gewässerkarten der Wassernutzungsstrategie 2010 des Kantons Bern sei die Nutzung dieses Abschnitts der Simme realisierbar, und die zu nutzende Gewässerstrecke weise ein hohes Wasserkraftpotenzial auf. Die Verfasser des Berichts zur Umwelt vom 23. Januar 2009 (im Projektdossier) seien zum Schluss gekommen, aufgrund der hydrologischen, topografischen und geologischen Situation seien keine Alternativen zur geplanten Variante möglich. Das Projekt sei an die Simme und insbesondere an die Steilstufe des Laubeggfalls gebunden (Bericht zur Umwelt der Emch+Berger AG vom 23. Januar 2009 S. 27). Zu bejahen sei auch die Standortgebundenheit der einzelnen Anlageteile. Aufgrund der Fotoaufnahmen in der von der Beschwerdegegnerin erstellten Dokumentation zu Projektstandort und Wasserrückgabe vom 6. September 2011 (Akten Vorinstanz act. 12/4) sei ohne Weiteres nachvollziehbar, dass die Variante einer Kavernenzentrale mit Wasserrückgabe direkt unterhalb des Laubeggfalls weniger geeignet sei als das zu beurteilende Projekt.
2.5 Ob ein Gericht die in einem (Partei-)Gutachten oder Bericht enthaltene Erörterung der lokalen Gegebenheiten und betrieblichen Erfordernisse für überzeugend hält oder nicht, ist eine Frage der Beweiswürdigung, die mit Beschwerde ans Bundesgericht wegen Verletzung des Willkürverbots aufgeworfen werden kann. Willkür ist nur zu bejahen, wenn das Gericht offensichtlich den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels verkannt, ohne vernünftigen Grund ein wichtiges und erhebliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder aus den vorhandenen Elementen offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen hat (BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9 mit Hinweisen; vgl. auch E. 1.4.1 hiervor).
2.6 Die Vorinstanz hat begründet, weshalb sie die Folgerungen in der Dokumentation der Beschwerdegegnerin zu Projektstandort und Wasserrückgabe vom 6. September 2011 (Akten Vorinstanz act. 12/4) als schlüssig beurteilt hat. Die Beschwerdeführerin setzt sich in ihrer Beschwerde nicht mit diesen Ausführungen auseinander. Dass die Vorinstanz das Privatgutachten willkürlich gewürdigt hätte, wird von der Beschwerdeführerin mithin nicht substanziiert aufgezeigt und ist auch nicht ersichtlich. Vielmehr wird in der Dokumentation nachvollziehbar dargelegt, dass ein alternativer Projektstandort sowie eine Wasserrückgabe direkt unterhalb des Laubeggfalls weder rechtsufrig noch linksufrig sinnvoll realisierbar wären. Gestützt auf diesen willkürfrei festgestellten Sachverhalt hat die Vorinstanz die Standortgebundenheit im Sinne von Art. 24 lit. a RPG zu Recht bejaht.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt einen Verstoss gegen gewässerschutzrechtliche Bestimmungen. Sie macht geltend, Art. 33 Abs. 4 GSchG sei verletzt, da kein den gesetzlichen Anforderungen genügender Restwasserbericht vorgelegt worden sei. Es fehlten die Darstellung der alternativen Betriebszustände und die dazugehörigen Betriebsrechnungen. Des Weiteren hätte sich der Restwasserbericht auch mit den quantitativen Verlusten an Laichflächen in der Simme unterhalb des Laubeggfalls auseinandersetzen müssen. Nicht genügend klar belegt sei ferner, dass die notwendigen Wassertiefen für Seeforellen überall eingehalten seien. Im Ergebnis erachtet die Beschwerdeführerin die gestützt auf Art. 33 GSchG festgesetzte Restwassermenge von 1 m3/s als unzureichend (Beschwerde S. 13 ff.).
3.2 Nach Art. 29 lit. a GSchG bedarf einer Bewilligung, wer einem Fliessgewässer mit ständiger Wasserführung über den Gemeingebrauch hinaus Wasser entnimmt. Art. 31 GSchG legt bestimmte Mindestrestwassermengen fest. Die Mindestrestwassermenge hängt von der Abflussmenge Q347 (Abs. 1; vgl. Art. 4 lit. h GSchG) ab und muss gegebenenfalls erhöht werden, damit die für die freie Fischwanderung erforderliche Wassertiefe gewährleistet ist (Abs. 2 lit. d). Art. 33 GSchG sieht vor, dass die Behörde die Mindestrestwassermenge in dem Ausmass erhöht, als es sich aufgrund einer Abwägung der Interessen für und gegen die vorgesehene Wasserentnahme ergibt (Abs. 1). Interessen für die Wasserentnahme sind namentlich öffentliche Interessen, denen sie dienen soll, die wirtschaftlichen Interessen des Wasserherkunftsgebiets, die wirtschaftlichen Interessen desjenigen, der Wasser entnehmen will, sowie die Energieversorgung, wenn ihr die Wasserentnahme dienen soll (Abs. 2). Interessen gegen die Wasserentnahme sind namentlich die Bedeutung der Gewässer als Landschaftselement und als Lebensraum für die davon abhängige Tier- und Pflanzenwelt, die Erhaltung einer ausreichenden Wasserführung, um die Anforderungen an die Wasserqualität der Gewässer langfristig zu erfüllen, die Erhaltung eines ausgeglichenen Grundwasserhaushalts und die Sicherstellung der landwirtschaftlichen Bewässerung (vgl. Abs. 3). Gemäss Abs. 4 der Bestimmung hat, wer einem Gewässer Wasser entnehmen will, der zuständigen Behörde einen Bericht zu unterbreiten über die Auswirkungen unterschiedlich grosser Wasserentnahmen auf die Interessen an der Wasserentnahme, insbesondere auf die Herstellung von elektrischer Energie und deren Kosten (lit. a), sowie über die voraussichtlichen Beeinträchtigungen der Interessen gegen eine Wasserentnahme und über mögliche Massnahmen zu deren Verhinderung (lit. b).
3.3 Das Fischereiinspektorat hat in seiner Eingabe im vorinstanzlichen Verfahren weitere Abklärungen und Untersuchungen als erforderlich erachtet (Fachbericht des Fischereiinspektorats vom 23. September 2011, Akten Vorinstanz act. 13). Die Beschwerdegegnerin hat in der Folge einen entsprechenden Bericht erstellen lassen (fachtechnischer Bericht zu Gewässertiefe und Fischwanderung der Emch+Berger AG vom 28. November 2011, Akten Vorinstanz act. 19B). Die Gutachter sind darin gestützt auf eine hydraulische Simulation zum Schluss gekommen, dass bei der festgelegten Restwassermenge von 1 m3/s eine Wassertiefe von 42 cm erreicht und somit die Mindestwassertiefe für Bach- und Seeforellen erfüllt respektive übertroffen werde.
Das Fischereiinspektorat hat am 4. Januar 2012 zu diesem Bericht Stellung genommen und erklärt, es werde glaubhaft aufgezeigt, dass die notwendige Wassertiefe von 40 bis 50 cm für Seeforellen mit einer Dotation von 1 m3/s gewährleistet sei (Akten Vorinstanz act. 21).
3.4 Die Vorinstanz hat ausgeführt, der Restwasserbericht müsse so abgefasst sein, dass gestützt darauf eine sorgfältige Abwägung der in Art. 33 Abs. 2 und 3 GSchG genannten Interessen möglich sei. Diese Voraussetzung sei erfüllt. Der Restwasserbericht als Teil des Berichts zur Umwelt der Emch+Berger AG vom 23. Januar 2009 (im Projektdossier) befasse sich mit den nach Art. 33 GSchG massgebenden Interessen und insbesondere mit den Auswirkungen, die eine höhere Restwassermenge auf die vorgesehene Energieproduktion hätte. Weitere Angaben zu gewässerschutzrechtlich relevanten Folgen der geplanten Anlage seien im Technischen Bericht der Beschwerdegegnerin vom 23. Januar 2009 (ebenfalls im Projektdossier) mit Ergänzungen vom 10. Juni 2009 (Akten AWA pag. 74 ff.) und in dem von der Beschwerdegegnerin eingereichten fachtechnischen Bericht zu Gewässertiefe und Fischwanderung der Emch+Berger AG vom 28. November 2011 (Akten Vorinstanz act. 19B) enthalten. Aufgrund dieser Unterlagen liessen sich die betroffenen Interessen beurteilen und gewichten.
Die Vorinstanz hat weiter festgehalten, gemäss der unbestrittenen Feststellung des BAFU (Stellungnahme vom 7. Juni 2010, Akten AWA pag. 226) betrage die Abflussmenge Q347 2,23 m3/s, woraus sich gemäss Art. 31 Abs. 1 GSchG eine Mindestrestwassermenge von 0,816 m3/s ergebe. Auf Vorschlag der Beschwerdegegnerin und auf Antrag des AWA und des Fischereiinspektorats (Akten AWA pag. 141 und 210) habe der Regierungsrat in seinem Beschluss vom 1. Dezember 2010 die Restwassermenge in Anwendung von Art. 33 GSchG auf 1 m3/s erhöht. Das Fischereiinspektorat habe alsdann in seiner Stellungnahme vom 4. Januar 2012 den fachtechnischen Bericht zu Gewässertiefe und Fischwanderung der Emch+Berger AG vom 28. November 2011 (Akten Vorinstanz act. 19B) gewürdigt und die dort gezogenen Schlüsse als plausibel eingestuft. Es bestehe kein Anlass, an der Beurteilung des Fischereiinspektorats als zuständiger Fachbehörde zu zweifeln. Gestützt auf dessen Angaben (und den von der Beschwerdegegnerin eingereichten Bericht der Emch+Berger AG vom 6. Februar 2012 zur Laichgrubenkartierung vom Dezember 2011 [Akten Vorinstanz act. 24/2]) sei zudem davon auszugehen, dass mit einer Restwassermenge von 1 m3/s das Laichplatzangebot in den Flachwasserzonen unterhalb des Laubeggfalls erhalten bleibe und der untere flache Abschnitt der Restwasserstrecke flächendeckend überströmt werde.
3.5 Das BAFU hat in seiner Stellungnahme vom 12. November 2012 (Akten Bundesgericht act. 19) erwogen, im Restwasserbericht seien die einzelnen in Art. 33 Abs. 4 GSchG umschriebenen Gesichtspunkte knapp, aber vollständig abgehandelt. Insbesondere seien im Bericht zur Umwelt der Emch+Berger AG vom 23. Januar 2009 (S. 36; im Projektdossier) auch verschiedene Restwasserregimes und deren Auswirkungen auf die Stromproduktion ausgewiesen worden.
Das BAFU hat unter Bezugnahme auf seinen Bericht vom 7. Juni 2010 (Akten AWA pag. 226) weiter hervorgehoben, es befürworte die Festsetzung der Restwassermenge auf 1 m3/s. Gründe, weshalb gestützt auf Art. 33 GSchG eine weitere Erhöhung der Restwassermenge vorgenommen werden müsste, liessen sich den Akten nicht entnehmen.
3.6 Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet. Die Vorinstanz war gestützt auf die Akten in der Lage, eine zuverlässige Abwägung der in Art. 33 Abs. 2 und 3 GSchG umschriebenen Interessen vorzunehmen. Sie hat unter Bezugnahme auf den fachtechnischen Bericht zu Gewässertiefe und Fischwanderung der Emch+ Berger AG vom 28. November 2011 (Akten Vorinstanz act. 19B) und die Stellungnahme des Fischereiinspektorats vom 4. Januar 2012 (Akten Vorinstanz act. 21) begründet, weshalb eine Restwassermenge von 1 m3/s als gesetzeskonform einzustufen ist. Das BAFU hat diese Auffassung bestätigt. Die Beschwerdeführerin setzt sich in ihrer Beschwerde nicht substanziiert mit den erwähnten Berichten und den Erwägungen der Vorinstanz auseinander. Für das Bundesgericht besteht kein Grund, von den übereinstimmenden Fachmeinungen des Fischereiinspektorats und des BAFU abzuweichen. Inwiefern deren Feststellungen und die Ausführungen im angefochtenen Urteil gegen Bundesrecht verstossen sollten, ist nicht ersichtlich.
3.7 Betreffend den Geschiebehaushalt (Art. 43a GSchG) hat die Vorinstanz unter Bezugnahme auf die Beurteilung des Fischereiinspektorats in dessen Fachbericht vom 23. September 2011 (Akten Vorinstanz act. 13) erwogen, eine wesentliche Beeinträchtigung von Tieren und deren Lebensräumen sei auch bei einem Klappenwehr anstelle eines Schlauchwehrs nicht zu befürchten. Um den gesetzlichen Vorgaben Rechnung zu tragen, seien jedoch betriebliche Spülungen des Stauraums während der Schon- und Entwicklungszeit der Bachforellen (1. Oktober bis 15. April) zu unterlassen (vgl. angefochtenes Urteil S. 21 ff.).
Art. 43a Abs. 1 GSchG mit dem Randtitel "Geschiebehaushalt" bestimmt, dass der Geschiebehaushalt im Gewässer durch Anlagen nicht so verändert werden darf, dass die einheimischen Tiere und Pflanzen, deren Lebensräume, der Grundwasserhaushalt und der Hochwasserschutz wesentlich beeinträchtigt werden. Die Inhaber der Anlagen treffen dazu geeignete Massnahmen.
Die Beschwerdeführerin stellt zwar den Antrag, das Wehr sei als Schlauch- statt als Klappenwehr auszuführen (vgl. Beschwerde S. 2 Rechtsbegehren 3c). Sie begründet diesen Antrag jedoch nicht und setzt sich auch nicht mit den überzeugenden Erwägungen der Vorinstanz zu Art. 43a Abs. 1 GSchG auseinander.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung fischereirechtlicher Bestimmungen. Gemäss Art. 9 Abs. 1 lit. a BGF hätten die zur Erteilung der fischereirechtlichen Bewilligung zuständigen Behörden unter Berücksichtigung der natürlichen Gegebenheiten und allfälliger anderer Interessen alle Massnahmen vorzuschreiben, die geeignet seien, günstige Lebensbedingungen für die Wassertiere zu schaffen. Diese Anforderungen seien vorliegend nicht erfüllt. Insbesondere sei die im Amtsbericht des Fischereiinspektorats vom 8. April 2010 (Akten AWA pag. 207 ff.) beantragte Turbinenbypassleitung zur Verhinderung von "Schwall/Sunk-Effekten" nicht verwirklicht worden (Beschwerde S. 15 f.).
4.2 Eingriffe in die Gewässer, ihren Wasserhaushalt oder ihren Verlauf sowie Eingriffe in die Ufer und den Grund von Gewässern brauchen nach Art. 8 BGF eine fischereirechtliche Bewilligung, soweit sie die Interessen der Fischerei berühren können. Dazu gehören unter anderem die Nutzung der Wasserkräfte und Wasserentnahmen (Art. 8 Abs. 3 lit. a und h BGF). Die für die Bewilligung von Neuanlagen zuständigen Behörden haben gemäss Art. 9 Abs. 1 BGF unter Berücksichtigung der natürlichen Gegebenheiten und allfälliger anderer Interessen alle Massnahmen vorzuschreiben, die geeignet sind, günstige Lebensbedingungen für die Wassertiere zu schaffen (lit. a), die freie Fischwanderung sicherzustellen (lit. b), die natürliche Fortpflanzung zu ermöglichen (lit. c) und zu verhindern, dass Fische und Krebse durch bauliche Anlagen oder Maschinen getötet oder verletzt werden (lit. d). Wenn schwerwiegende Beeinträchtigungen nicht vermieden werden können, so muss nach der Abwägung der Gesamtinteressenlage entschieden werden (Art. 9 Abs. 2 BGF). Gemäss Art. 8 Abs. 4 BGF ist für Wasserentnahmen nach Art. 29 GSchG keine Bewilligung nach dem BGF erforderlich, da diese in der umfassenderen Bewilligung nach Art. 29 ff. GSchG enthalten ist. Wie Art. 9 Abs. 2 BGF macht Art. 33 GSchG die Bewilligung von Wasserentnahmen gemäss Art. 29 GSchG von einer Gesamtabwägung der dafür und dagegen sprechenden Interessen abhängig (BGE 125 II 18 E. 4a/bb S. 21 f.). Eine Bewilligung nach Art. 8 BGF ist hingegen erforderlich für technische Eingriffe in Gewässer, die von der gewässerschutzrechtlichen Bewilligung zur Wasserentnahme nicht abgedeckt sind.
4.3 Das Fischereiinspektorat hat in seinem Fachbericht vom 23. September 2011 (Akten Vorinstanz act. 13) angeregt, eine fachtechnische Stellungnahme zur "Schwall/Sunk-Problematik" einzuholen. Die Beschwerdegegnerin hat daraufhin einen entsprechenden Bericht erarbeitet. Darin wird ausgeführt, die Inbetriebnahme des Kraftwerks erfolge ab einer Gesamtabflussmenge von 3,8 m3/s und bewirke ein allmähliches Absenken des Abflusses auf der Restwasserstrecke auf 1 m3/s. Dieser Prozess erfolge über einen Zeitraum von 15 Minuten nach einem klar definierten und steuerungsmässig hinterlegten Ablauf (Vorabsenken des Staus um 20 cm, kontinuierliche Verringerung der Dotierwassermenge auf 2 m3/s innerhalb von 10 Minuten, Inbetriebnahme der Maschine, kontinuierliche Verringerung der Dotierwassermenge auf 1 m3/s innerhalb von weiteren 5 Minuten). Klar umschrieben sei auch die Ausserbetriebnahme des Kraftwerks, welche bei Unterschreitung der minimal nutzbaren Abflussmenge erfolge (Vorabsenken des Staus um 30 cm bei minimaler turbinierbarer Wassermenge, kontinuierliche Erhöhung der Dotationswassermenge auf 2 m3/s innerhalb von 5 Minuten, Ausserbetriebnahme der Maschine, kontinuierliche Erhöhung der Dotationswassermenge auf 3,8 m3/s innerhalb von weiteren 10 Minuten; vgl. zum Ganzen fachtechnische Stellungnahme "Schwall/Sunk" vom 28. November 2011, Akten Vorinstanz act. 19A).
Das Fischereiinspektorat hat in seinem Fachbericht vom 4. Januar 2012 (Akten Vorinstanz act. 21) festgehalten, das in der fachtechnischen Stellungnahme "Schwall/Sunk" vom 28. November 2011 (Akten Vorinstanz act. 19A) beschriebene Vorgehen für die In- und Ausserbetriebnahme des Kraftwerks sei aus seiner Sicht akzeptabel.
4.4 Die Vorinstanz hat erwogen, im Gegensatz zu den von der Beschwerdeführerin eingereichten Unterlagen, welche bloss allgemeine Richtwerte enthielten respektive sich auf andere Kraftwerke bezögen, erfolge in der von der Beschwerdegegnerin vorgelegten fachtechnischen Stellungnahme "Schwall/Sunk" vom 28. November 2011 (Akten Vorinstanz act. 19A) eine Auseinandersetzung mit dem konkreten Projekt. In Übereinstimmung mit der Bewertung des Fischereiinspektorats sei die vorgeschlagene Lösung für die In- und Ausserbetriebnahme des Kraftwerks als sachgerecht einzustufen. Bei Befolgung des beschriebenen Vorgehens sei nicht mit schädlichen Auswirkungen auf die Laichplätze in der Restwasserstrecke zu rechnen.
Ergänzend hat die Vorinstanz betont, eine Turbinenbypassleitung würde nach den unwidersprochenen Angaben der Beschwerdegegnerin bedingen, dass das Wasser am Zentralenstandort durch einen Nebenauslass in ein separates Bauwerk geleitet werden müsste. Die Beschwerdegegnerin schätze die Baukosten auf rund 1 Mio. Franken. Da das in der fachtechnischen Stellungnahme "Schwall/Sunk" vom 28. November 2011 (Akten Vorinstanz act. 19A) umschriebene Vorgehen der planmässigen In- und Ausserbetriebnahme des Kraftwerks die "Schwallproblematik" entschärfe, wäre es unverhältnismässig, eine konstante Restwassermenge und damit eine Turbinenbypassleitung zu verlangen, zumal das Erstellen einer solchen ebenfalls einen Einschnitt in die Landschaft bedeuten würde.
4.5 Das BAFU hat in seiner Stellungnahme vom 12. November 2012 (Akten Bundesgericht act. 19) ausgeführt, soweit das Restwasserregime betreffend enthielten Art. 29 ff. GSchG eine abschliessende Regelung. Bei den auftretenden unnatürlichen Abflussänderungen auf der Restwasserstrecke bei geplanter Ein- und Abschaltung des Kraftwerks liessen sich indes Massnahmen im Sinne von Art. 9 Abs. 1 lit. a BGF rechtfertigen. Dass insoweit auf eine Turbinenbypassleitung verzichtet worden sei und nun stattdessen Regelungen für die In- und Ausserbetriebnahme des Kraftwerks verbindlich festgelegt worden seien, sei nicht zu beanstanden. Diese vom Fischereiinspektorat akzeptierten Vorgaben trügen dem Anliegen eines verbesserten Schutzes der Laichgebiete hinreichend Rechnung.
4.6 Das in der fachtechnischen Stellungnahme "Schwall/Sunk" vom 28. November 2011 (Akten Vorinstanz act. 19A) umschriebene Vorgehen für die In- und Ausserbetriebnahme des Kraftwerks und der Verzicht auf eine Turbinenbypassleitung werden von den Fachbehörden (Fischereiinspektorat und BAFU) als sachgerecht bewertet, und die Vorinstanz hat eingehend dargelegt, weshalb sie der Einschätzung des Fischereiinspektorats gefolgt ist. Mit ihren allgemein gehaltenen Ausführungen vermag die Beschwerdeführerin nicht aufzuzeigen, weshalb die getroffene Lösung respektive das Absehen von einer Turbinenbypassleitung Art. 9 BGF widersprechen sollte.
5. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451; vgl. Beschwerde S. 18 ff.).
5.1 Die Beschwerdeführerin bringt vorab vor, es hätte ein Gutachten der Eidgenössischen Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) oder eine anderen kantonalen Fachstelle eingeholt werden müssen, welche das Projekt unter dem Gesichtspunkt des Landschaftsschutzes beurteilt hätte. Jedenfalls obliege es - wie das Bundesgericht in BGE 136 II 214 ausdrücklich festgehalten habe - der ENHK zu entscheiden, ob die Angelegenheit wichtig genug sei für eine Begutachtung im Sinne von Art. 8 NHG.
5.2 Der Bund, seine Anstalten und Betriebe sowie die Kantone sorgen gemäss Art. 3 NHG bei der Erfüllung der Bundesaufgaben dafür, dass das heimatliche Landschafts- und Ortsbild, geschichtliche Stätten sowie Natur- und Kulturdenkmäler geschont werden und, wo das allgemeine Interesse an ihnen überwiegt, ungeschmälert erhalten bleiben. Diese Pflicht gilt unabhängig davon, ob der Eingriff in ein Objekt von nationaler, regionaler oder lokaler Bedeutung vorgenommen wird (Art. 3 Abs. 1 und 3 i.V.m. Art. 4 NHG). Art. 3 NHG verlangt keinen absoluten Schutz der Landschaft; der Eingriff ist jedoch nur gestattet, wo ein überwiegendes allgemeines Interesse dies erfordert. Zur Beurteilung dieser Frage ist eine möglichst umfassende Abwägung aller für und gegen das Vorhaben sprechenden öffentlichen und privaten Interessen vorzunehmen (BGE 137 II 266 E. 4 S. 274 f.).
Gemäss Art. 7 Abs. 2 NHG hat die ENHK zuhanden der Entscheidbehörde ein Gutachten zu verfassen, wenn bei der Erfüllung der Bundesaufgabe ein Objekt, das in einem Inventar des Bundes nach Art. 5 NHG aufgeführt ist, erheblich beeinträchtigt werden kann oder sich in diesem Zusammenhang grundsätzliche Fragen stellen. Die Beschwerdeführerin bestreitet zu Recht nicht, dass Art. 7 Abs. 2 NHG vorliegend keine Anwendung findet, da der Laubeggfall nicht in einem Bundesinventar aufgeführt ist. Hingegen beruft sie sich auf Art. 8 NHG. Nach dieser Bestimmung mit dem Randtitel "Fakultative Begutachtung" kann eine Kommission in wichtigen Fällen von sich aus in jedem Stadium des Verfahrens ihr Gutachten über die Schonung oder ungeschmälerte Erhaltung von Objekten abgeben. Die Kommission tut dies jedoch so früh wie möglich. Auf Verlangen sind ihr alle erforderlichen Unterlagen zur Verfügung zu stellen.
5.3 Die Vorinstanz hat willkürfrei festgestellt, der Laubeggfall sei schlecht erreichbar und schlecht einsehbar, und die Umgebung sei wesentlich durch die Kantonsstrasse geprägt. Sie hat daraus gefolgert, die touristische Bedeutung des Laubeggfalls sei beschränkt; diesem komme als Landschaftselement lediglich eine geringe Bedeutung zu. Aufgrund des schmalen Gewässerbetts bleibe zudem der Charakter des Laubeggfalls auch bei einer Restwassermenge von 1 m3/s weitgehend erhalten. Der Eingriff in die Landschaft sei im Ergebnis als gering einzustufen. Damit liege kein wichtiger Fall vor, weshalb es sich erübrige, eine Stellungnahme der ENHK einzuholen.
5.4 Das BAFU hat die Einschätzung der Vorinstanz als zutreffend beurteilt und in der Stellungnahme vom 12. November 2012 (Akten Bundesgericht act. 19) festgehalten, die Notwendigkeit einer Begutachtung durch die ENHK sei nicht ersichtlich.
5.5 In BGE 136 II 214, auf welchen sich die Beschwerdeführerin beruft, hat das Bundesgericht in Bezug auf den geplanten Neubau eines Bergrestaurants auf dem Gipfelplateau des Aroser Weisshorns erwogen, der Weisshorngipfel sei nicht in einem Inventar des Bundes nach Art. 5 NHG enthalten, weshalb eine Pflicht zur Begutachtung durch die ENHK nicht direkt auf Art. 7 Abs. 2 NHG abgestützt werden könne (BGE 136 II 214 E. 4.1 S. 221 f.). Vor dem Hintergrund der aktenkundigen Problematik der möglichen landschaftlichen Beeinträchtigung des Weisshorngipfels durch das umstrittene Vorhaben hätten jedoch die zuständigen kantonalen Behörden das Projekt der ENHK zur Begutachtung unterbreiten müssen. Handle es sich um einen wichtigen Fall im Sinne der Natur- und Heimatschutzgesetzgebung, so müsse die Sache der ENHK zugeleitet werden, damit diese entscheiden könne, ob sie eine Begutachtung vornehmen wolle. Der Entscheid, ob bei Vorliegen eines wichtigen Falls gemäss Art. 8 NHG eine Begutachtung erfolgen solle, sei ausschliesslich der ENHK vorbehalten (BGE 136 II 214 E. 4.3 S. 222 f.).
5.6 Aus diesen Erwägungen wird deutlich, dass die Beschwerdeführerin aus BGE 136 II 214 nichts zu ihren Gunsten ableiten kann. So ist das Bundesgericht in jenem Entscheid zum Schluss gekommen, dass es sich um einen wichtigen Fall handle, da das umstrittene Vorhaben in mehrfacher Hinsicht wichtige Anliegen des Landschaftsschutzes tangiere, welche wegen ihrer grundsätzlichen Bedeutung für das Bauen im Bereich von Berggipfeln vertiefter, fachkundiger Beurteilung bedürften (E. 4.3).
Im zu beurteilenden Fall hingegen hat die Vorinstanz aufgezeigt, weshalb der Eingriff in die Landschaft als geringfügig zu bewerten ist. Gestützt darauf hat sie geschlossen, es handle sich beim Projekt der Beschwerdegegnerin nicht um einen wichtigen Fall, welcher der ENHK vorzulegen sei. Diese Einschätzung wird vom BAFU geteilt und ist nicht zu beanstanden. Eine Verletzung von Art. 8 NHG liegt nicht vor.
5.7 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, Art. 18 Abs. 1ter NHG sei missachtet worden, da die verfügten kompensatorischen Massnahmen ungenügend seien.
5.8 Gemäss Anhang 1 der Verordnung vom 24. November 1993 zum Bundesgesetz über die Fischerei (VBGF; SR 923.01) sind die Bachforelle potenziell und die Seeforelle stark gefährdet. Die Simme unterhalb der Laubeggfälle stellt ein Laichgebiet für Bachforellen und ein potenzielles Laichgebiet für Seeforellen dar. Damit handelt es sich um ein schützenswertes Biotop im Sinne von Art. 18 Abs. 1 NHG (vgl. auch Art. 14 Abs. 3 lit. c der Verordnung vom 16. Januar 1991 über den Natur- und Heimatschutz [NHV; SR 451.1]). Art. 18 Abs. 1 NHG verlangt, dass dem Aussterben einheimischer Tier- und Pflanzenarten durch die Erhaltung genügend grosser Lebensräume (Biotope) und andere geeignete Massnahmen entgegenzuwirken ist. Bei diesen Massnahmen ist schutzwürdigen land- und forstwirtschaftlichen Interessen Rechnung zu tragen. Lässt sich eine Beeinträchtigung schutzwürdiger Lebensräume durch technische Eingriffe unter Abwägung aller Interessen nicht vermeiden, so hat der Verursacher gemäss Art. 18 Abs. 1ter NHG für besondere Massnahmen zu deren bestmöglichem Schutz, für Wiederherstellung oder ansonst für angemessenen Ersatz zu sorgen.
5.9 Die Vorinstanz hat festgehalten, der Regierungsrat habe die Beschwerdegegnerin auf deren Vorschlag hin gestützt auf Art. 18 Abs. 1ter NHG verpflichtet, als Ersatz für verschiedene, vor Ort nicht kompensierbare Eingriffe ein Feuchtgebiet mit Pufferzone zu erstellen. Das Naturschutzinspektorat (heute Abteilung für Naturförderung) des Kantons Bern habe diese Ersatzmassnahme im Amtsbericht vom 20. Oktober 2009 (Akten AWA pag. 182 ff.) als zweckmässig beurteilt. Dies sei nicht zu beanstanden. Weitere Ersatzmassnahmen rechtfertigten sich nicht, da dem Schutz des Fischbestands bereits durch bauliche Massnahmen und die Erhöhung der Restwassermenge auf 1 m3/s genügend Rechnung getragen werde.
5.10 Die Beschwerdeführerin setzt sich auch in diesem Punkt nicht substanziiert mit den Ausführungen im angefochtenen Urteil auseinander. Ein Verstoss gegen Art. 18 Abs. 1ter NHG ist nicht ersichtlich.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, eine Konzessionsdauer von 80 Jahren sei übermässig lange. Das geplante Werk werde von der kostendeckenden Einspeisevergütung profitieren und daher bereits in 20 Jahren amortisiert sein. Es sei willkürlich, subventionierte und nicht subventionierte Werke gleich zu behandeln. Sachgerechterweise sei die Konzessionsdauer vorliegend auf maximal 30 Jahre festzusetzen (Beschwerde S. 2 und S. 20 f.).
6.2 Die vom Regierungsrat festgelegte Konzessionsdauer von 80 Jahren entspricht der gesetzlichen Höchstdauer von Konzessionen für die Wasserkraftnutzung nach Art. 58 des Bundesgesetzes vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (Wasserrechtsgesetz, WRG; SR 721.80) und Art. 11 Abs. 4 des Wassernutzungsgesetzes des Kantons Bern vom 23. November 1997 (WNG/ BE; BSG 752.41).
Gemäss Art. 7a des Energiegesetzes vom 26. Juni 1998 (EnG; SR 730.0), auf welchen die Beschwerdeführerin mit ihrer Argumentation Bezug nimmt, sind Netzbetreiber verpflichtet, in ihrem Netzgebiet die gesamte Elektrizität, die aus Neuanlagen durch die Nutzung von Sonnenenergie, Geothermie, Windenergie, Wasserkraft bis zu 10 MW, sowie Biomasse und Abfällen aus Biomasse gewonnen wird, in einer für das Netz geeigneten Form abzunehmen und zu vergüten, sofern diese Neuanlagen sich am betreffenden Standort eignen (vgl. Abs. 1). Die Vergütung richtet sich nach den im Erstellungsjahr geltenden Gestehungskosten von Referenzanlagen, die der jeweils effizientesten Technologie entsprechen. Die langfristige Wirtschaftlichkeit der Technologie ist Voraussetzung. Der Bundesrat regelt die Einzelheiten, insbesondere die Gestehungskosten je Erzeugungstechnologie, Kategorie und Leistungsklasse (Abs. 2 lit. a), die jährliche Absenkung der Vergütung (Abs. 2 lit. b), und die Dauer der kostendeckenden Vergütung unter Berücksichtigung der Amortisation (Abs. 2 lit. c). Bei Kleinwasserkraftanlagen hat der Bundesrat die Dauer der kostendeckenden Einspeisevergütung auf 25 Jahre festgesetzt (Anhang 1.1 Ziff. 4.2 zur Energieverordnung vom 7. Dezember 1998 [EnV; SR 730.01]).
6.3 Die Vorinstanz hat unter Bezugnahme auf die Erwägungen des Regierungsrats im Beschluss vom 1. Dezember 2010 festgehalten, Anlagen mit über 1 MW Leistung seien auf lange Laufzeiten ausgerichtet und mit grossen Investitionen verbunden. Ein wirtschaftlicher Betrieb erfordere, die Investitionskosten über eine lange Konzessionsdauer hinweg abschreiben zu können. Angesichts der voraussichtlichen Investitionskosten von 20 Mio. Franken sei es gerechtfertigt, die Konzession für 80 Jahre zu erteilen.
Die Vorinstanz hat weiter erwogen, mit der kostendeckenden Einspeisevergütung solle Planungssicherheit für einen langfristig wirtschaftlichen Betrieb der Anlagen geschaffen werden. Allerdings sei die Ausrichtung der Vergütung von der effektiven Stromproduktion abhängig. Ob und in welcher Höhe sie tatsächlich ausbezahlt werde, stehe somit im Zeitpunkt der Konzessionserteilung noch nicht fest, weshalb sich dieser Umstand bei der Festsetzung der Konzessionsdauer nicht auswirken dürfe. Ferner ändere diese Vergütungsmöglichkeit nichts daran, dass das wirtschaftliche Risiko letztlich bei der Beschwerdegegnerin verbleibe. Im Übrigen würde die mit der kostendeckenden Einspeisevergütung bezweckte Förderung der Stromproduktion aus erneuerbaren Energien abgeschwächt, wenn im Gegenzug zufolge vereinfachter Amortisation die Konzessionsdauer verkürzt werden müsste.
6.4 Die Maximaldauer für Konzessionen wurde vom Bundesgesetzgeber im öffentlichen Interesse eingeführt, da eine zeitlich unbegrenzte Konzession oder eine Konzession von allzu langer Dauer darauf hinauslaufen würde, dass sich das Gemeinwesen seiner Rechte und seiner Hoheit entäusserte. Der gesetzliche Rahmen wurde so gewählt, dass die ökonomischen Interessen der Konzessionärin gewahrt bleiben, namentlich im Hinblick auf die Amortisation der getätigten Investitionen (vgl. BGE 130 II 18 E. 3.2 S. 21 f.). Bei der Bestimmung der Konzessionsdauer verfügt die Konzessionsbehörde über ein Entscheidungsermessen. Ist die Ausübung einer Konzession mit hohen Bau- und Betriebskosten verbunden, setzt dies eine hinreichend lange Konzessionsdauer voraus, damit die Konzession sinnvoll genutzt werden kann.
Das neu eingeführte Instrument der kostendeckenden Einspeisevergütung hat, wie die Vorinstanz zutreffend dargelegt hat, keinen entscheidenden Einfluss auf die Festsetzung der Konzessionsdauer. Die Energieverordnung kann geändert und die kostendeckende Einspeisevergütung gekürzt oder vorzeitig beendet werden. Aber selbst wenn die Vergütung während 25 Jahren ausgerichtet werden sollte, ändert dies vor dem Hintergrund der veranschlagten und von der Beschwerdeführerin nicht bestrittenen Investitionskosten der Beschwerdegegnerin von ca. 20 Mio. Franken nichts daran, dass die Konzessionsbehörde mit der Ausschöpfung der gesetzlich zulässigen Konzessionsdauer im zu beurteilenden Fall das ihr zustehende Ermessen weder missbraucht noch überschritten hat.
7. 7.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die von der Vorinstanz getroffene Kosten- und Entschädigungsregelung sei willkürlich. Die Konzessionsunterlagen seien unvollständig gewesen. Richtigerweise hätte die Vorinstanz die Sache deshalb zur Neubeurteilung an den Regierungsrat zurückweisen müssen, statt selbst weitere Berichte und Gutachten einzuholen. Jedenfalls aber sei es in dieser Situation nicht gerechtfertigt, ihr sämtliche Verfahrenskosten aufzuerlegen und sie zur Zahlung einer Parteientschädigung an die Beschwerdegegnerin zu verpflichten (Beschwerde S. 21).
7. 7.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die von der Vorinstanz getroffene Kosten- und Entschädigungsregelung sei willkürlich. Die Konzessionsunterlagen seien unvollständig gewesen. Richtigerweise hätte die Vorinstanz die Sache deshalb zur Neubeurteilung an den Regierungsrat zurückweisen müssen, statt selbst weitere Berichte und Gutachten einzuholen. Jedenfalls aber sei es in dieser Situation nicht gerechtfertigt, ihr sämtliche Verfahrenskosten aufzuerlegen und sie zur Zahlung einer Parteientschädigung an die Beschwerdegegnerin zu verpflichten (Beschwerde S. 21).
7.2 7.2.1 Art. 84 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Bern vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG/BE; BSG 155.21) bestimmt, dass das Verwaltungsgericht bei Aufhebung des angefochtenen Entscheids in der Sache urteilt oder die Akten zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückweist.
7.2.2 Dass die Vorinstanz weitere Beweise erhoben (vgl. insoweit Art. 18 ff. VRPG/BE) und im Anschluss daran reformatorisch entschieden hat, indem sie den angefochtenen Beschluss in zwei Punkten ergänzt hat, ist nicht zu beanstanden. Es liegt weder eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts noch eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör vor.
7.2.2 Dass die Vorinstanz weitere Beweise erhoben (vgl. insoweit Art. 18 ff. VRPG/BE) und im Anschluss daran reformatorisch entschieden hat, indem sie den angefochtenen Beschluss in zwei Punkten ergänzt hat, ist nicht zu beanstanden. Es liegt weder eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts noch eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör vor.
7.3 7.3.1 Gemäss Art. 108 VRPG/BE werden die Verfahrenskosten der unterliegenden Partei auferlegt, es sei denn, das prozessuale Verhalten einer Partei gebiete eine andere Verlegung oder die besonderen Umstände rechtfertigten, keine Verfahrenskosten zu erheben (Abs. 1). Die unterliegende Partei hat der Gegenpartei die Parteikosten zu ersetzen, sofern nicht deren prozessuales Verhalten oder die besonderen Umstände eine andere Teilung oder die Wettschlagung gebieten oder die Auflage der Parteikosten an das Gemeinwesen als gerechtfertigt erscheint (Abs. 3).
7.3.2 In Bezug auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen hat die Vorinstanz erwogen, die Beschwerdeführerin obsiege nur bezüglich zweier zusätzlicher Auflagen. Dieser Aspekt falle insgesamt kaum ins Gewicht, weshalb hierfür keine Kosten auszuscheiden seien. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werde die grösstenteils unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig, und sie habe die anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin zu entschädigen.
7.3.3 Die Vorinstanz hat Art. 108 VRPG/BE nicht willkürlich angewendet. Dass sie die Beschwerdeführerin als "unterliegend" im Sinne des Gesetzes qualifiziert hat, weil diese mit ihrer Beschwerde einzig in zwei Nebenpunkten durchgedrungen ist, ist ohne Weiteres haltbar.
7.3.3 Die Vorinstanz hat Art. 108 VRPG/BE nicht willkürlich angewendet. Dass sie die Beschwerdeführerin als "unterliegend" im Sinne des Gesetzes qualifiziert hat, weil diese mit ihrer Beschwerde einzig in zwei Nebenpunkten durchgedrungen ist, ist ohne Weiteres haltbar.
7.4 7.4.1 Gemäss Art. 104 Abs. 1 VRPG/BE umfassen die Parteikosten den durch die berufsmässige Parteivertretung anfallenden Aufwand. Die Bemessung des Parteikostenersatzes richtet sich nach den Vorschriften der Anwaltsgesetzgebung.
Gestützt auf Art. 41 Abs. 1 des Anwaltsgesetzes des Kantons Bern vom 28. März 2006 (KAG/BE; BSG 168.11) i.V.m. Art. 11 Abs. 1 der Verordnung des Kantons Bern vom 17. Mai 2006 über die Bemessung des Parteikostenersatzes (Parteikostenverordnung, PKV/BE; BSG 168.811) beträgt das Honorar in Beschwerdeverfahren Fr. 400.-- bis Fr. 11'800.--. Innerhalb dieses Rahmentarifs bemisst sich der Parteikostenersatz nach dem in der Sache gebotenen Zeitaufwand, der Bedeutung der Streitsache und der Schwierigkeit des Prozesses (Art. 41 Abs. 3 KAG/BE). Ein Zuschlag von bis zu 100 Prozent auf das Honorar wird gewährt bei Verfahren, die besonders viel Zeit und Arbeit beanspruchen, wie namentlich bei schwieriger und zeitraubender Sammlung oder Zusammenstellung des Beweismaterials, bei grossem Aktenmaterial oder umfangreichem Briefwechsel, wenn ein wesentlicher Teil des Aktenmaterials oder des Briefwechsels in einer anderen als der Gerichtssprache vorliegt, oder bei besonders komplexen tatsächlichen oder rechtlichen Verhältnissen (Art. 16 i.V.m. Art. 9 PKV/ BE). Sind bedeutende vermögensrechtliche Interessen zu wahren, wird auf dem Honorar ein Zuschlag von bis zu 200 Prozent gewährt (Art. 11 Abs. 2 PKV/BE).
7.4.2 Betreffend die Höhe der zu bezahlenden Parteientschädigung hat die Vorinstanz ausgeführt, das von der Beschwerdegegnerin geltend gemachte Honorar von Fr. 28'000.-- zuzüglich Auslagen und Mehrwertsteuer, entsprechend einem Zeitaufwand von 112 Stunden, sei überhöht. Auch wenn es sich um ein aufwendiges Verfahren handle, sei dieses nicht derart komplex, dass sich eine Entschädigung in dieser Höhe rechtfertigen würde. Zudem weise die Kostennote nicht näher bezifferten Aufwand für zusätzliche Abklärungen betreffend Standortgebundenheit, Schwall und Sunk sowie Fischwanderung aus. Dabei handle es sich nicht um Aufwand aus berufsmässiger Parteivertretung, sondern um internen Aufwand der Beschwerdegegnerin bzw. Kosten von Privatgutachten. Ein Anspruch auf Erstattung der Kosten einer Privatexpertise komme jedoch nur ausnahmsweise in Betracht, wenn das Gutachten wesentliche neue Erkenntnisse gebracht oder sich deswegen die Anordnung eines amtlichen Gutachtens erübrigt habe. Dies sei vorliegend nicht der Fall. Die fachlichen Stellungnahmen wären richtigerweise bereits im Gesuchsverfahren vorzulegen gewesen und stellten daher Projektkosten dar, die nicht im Beschwerdeverfahren der Gegenpartei überbunden werden könnten. Unter Berücksichtigung der gesamten Umstände erscheine es gerechtfertigt, den Parteikostenersatz der Beschwerdegegnerin auf Fr. 17'000.-- zuzüglich die geltend gemachten Auslagen von Fr. 460.-- und Fr. 1'396.80 Mehrwertsteuer, somit total auf Fr. 18'856.80, festzusetzen.
7.4.3 Die Vorinstanz hat die Kostennote der Beschwerdegegnerin mithin um rund 40 Prozent von Fr. 28'000.-- (zuzüglich Auslagen und Mehrwertsteuer) auf Fr 17'000.-- (zuzüglich Auslagen und Mehrwertsteuer) gekürzt. Dieser Betrag liegt innerhalb des gesetzlich vorgegebenen Rahmens und trägt dem Umstand Rechnung, dass die von der Beschwerdegegnerin eingereichten fachlichen Stellungnahmen bereits im Gesuchsverfahren vorzulegen gewesen wären. Eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts kann der Vorinstanz auch insoweit nicht angelastet werden.
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat der Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die von der Beschwerdegegnerin eingereichte Kostennote von Fr. 7'500.-- (zuzüglich Fr. 80.-- Auslagen und Fr. 606.40 Mehrwertsteuer) ist übersetzt. Die Beschwerdeantwort ist zwar umfangreich, stimmt inhaltlich aber weitgehend mit den Eingaben im vorinstanzlichen Verfahren überein, weshalb der für das Verfahren vor Bundesgericht geltend gemachte Zeitaufwand von 30 Stunden nicht gerechtfertigt ist. Die Entschädigung ist pauschal auf Fr. 4'000.-- festzusetzen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Einwohnergemeinde Boltigen, dem Regierungsrat des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, dem Bundesamt für Umwelt und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Mai 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner