Faits:
A. Mme A.X._, née en 1976, et M. B.X._, né en 1975, se sont mariés le 16 août 2002. Deux enfants sont issus de cette union: C._, née le 12 juin 2003, et D._, née le 3 janvier 2007.
Le 21 septembre 2011, l'époux a ouvert action en divorce; de son côté, l'épouse a requis le 14 juin 2012 des mesures superprovisionnelles et provisionnelles. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles rendue le lendemain, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a, notamment, annulé un prononcé antérieur de mesures protectrices de l'union conjugale, confié à la mère la garde des enfants, suspendu le droit de visite du père et mandaté le Service de protection de la jeunesse (SPJ) afin d'évaluer la situation des enfants et de faire toutes propositions utiles. Entendues en audience le 27 juin 2012, les parties sont convenues de laisser la Présidente trancher les questions relatives à la garde - sur la base de l'expertise pédopsychiatrique - et à l'éventuelle contribution d'entretien à verser par le père.
Considérant qu'il existait un «risque concret de fuite à l'étranger» de la mère avec ses enfants, la Présidente a, par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 29 novembre 2012, retiré le droit de garde à la mère et l'a confié au SPJ.
Agissant par la voie de mesures provisionnelles et superprovisionnelles, la mère a requis le 3 décembre 2012 le rétablissement du droit de garde sur les enfants. Cette requête a été rejetée par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 5 décembre 2012.
B. Par ordonnance du 28 décembre 2012, la Présidente a rejeté la requête de mesures provisionnelles de la mère et confirmé les mesures prises à titre superprovisionnel les 29 novembre et 5 décembre 2012; elle a, en outre, désigné une curatrice aux enfants.
Le 31 décembre 2012, la mère a interjeté un appel contre l'ordonnance précitée, assorti d'une requête d'«effet suspensif» tendant à ce que le droit de garde sur les enfants lui soit immédiatement restitué «par voie de mesures provisionnelles et superprovisionnelles».
Par ordonnance du 3 janvier 2013, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté la «requête de mesures superprovisionnelles».
C. Par mémoire du 14 janvier 2013, la mère forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre la décision précitée; sur le fond, elle conclut principalement à sa réforme en ce sens que l'effet suspensif est restitué à l'appel cantonal et que la garde des enfants lui est immédiatement restituée, subsidiairement à ce que la restitution de la garde soit assortie de diverses mesures, encore plus subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Par ordonnance du 16 janvier 2013, le Président de la IIe Cour de droit civil a rejeté la requête de mesures d'extrême urgence de la recourante tendant à la restitution de l'effet suspensif à l'appel cantonal pendant la procédure fédérale.
Des observations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité du recours qui lui est soumis (ATF 138 III 471 consid. 1 et la jurisprudence citée).
1.1 Inscrit dans le cadre d'une procédure de divorce, le litige principal a pour objet un appel dirigé à l'encontre d'une ordonnance de mesures provisionnelles, rendue en première instance, refusant de restituer à la recourante le droit de garde sur ses enfants. Le présent recours a pour objet la décision superprovisionnelle du Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois rejetant la requête d'effet suspensif «conformément à l'art. 315 al. 5 CPC».
1.2 D'après la jurisprudence constante, la décision de mesures superprovisionnelles - même celle qui rejette la requête (cf. ATF 137 III 417 consid. 1.3 et les références) - n'est pas en principe une décision de dernière instance cantonale au sens de l'art. 75 al. 1 LTF, dès lors que les parties peuvent requérir une décision de mesures provisionnelles ou que le juge doit prendre une ordonnance confirmant, modifiant ou révoquant les mesures superprovisionnelles; la possibilité d'obtenir une ordonnance de mesures provisionnelles qui se substitue au prononcé d'extrême urgence constitue en effet un moyen de droit cantonal avant l'épuisement duquel le recours en matière civile au Tribunal fédéral est irrecevable (arrêt 5A_473/2012 du 17 août 2012 consid. 1.2.1; HOHL, Procédure civile, t. II, 2e éd., 2010, n° 3082, avec les arrêts cités). Le recourant ne peut en principe exiger qu'il soit statué sur son droit à des mesures provisionnelles urgentes (HOHL, loc. cit.).
1.3 En l'espèce, l'appel est dirigé contre une ordonnance de mesures provisionnelles rendue en première instance; la juridiction de recours cantonale devra encore statuer contradictoirement sur le maintien ou non de la mesure adoptée à titre de mesures provisionnelles, ainsi que, préalablement, sur la requête tendant à la suspension de l'exécution des mesures ordonnées par le premier juge. Vu les principes exposés ci-dessus (consid. 1.2), le recours est dès lors irrecevable.
Au demeurant, dans le cadre d'un recours dirigé contre une décision superprovisionnelle, le Tribunal fédéral ne pourrait, en toute hypothèse, pas se prononcer sur des questions qui n'auraient pas été discutées par l'intimé, ni traitées par la Cour d'appel. Or, l'examen des conclusions principales et subsidiaires du présent recours imposerait de résoudre de telles questions, liées à des éléments qui doivent précisément faire l'objet d'une appréciation au fond (par exemple: le risque de fuite de la mère ou l'intérêt prépondérant des enfants).
2. Vu ce qui précède, la recours est irrecevable. L'indication erronée de la voie de droit figurant au pied de la décision attaquée ne saurait créer un recours qui n'existe pas (ATF 117 Ia 297 consid. 2; arrêt 5A_638/2011 du 21 octobre 2011 consid. 1 et la jurisprudence citée).
Le recours étant d'emblée voué à l'insuccès, la demande d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF), ce qui entraîne la condamnation de la recourante aux frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'accorder des dépens à l'intimé, qui n'a pas été appelé à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire de la recourante est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 1er février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
Le Greffier: Braconi