Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2008 stellte die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) fest, dass die A._ AG, die B._ AG in Liquidation, die C._ Ltd. und die D._ AG als Gruppe bewilligungslos gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegengenommen und damit gegen das Bundesgesetz vom 8. November 1934 über die Banken und Sparkassen (BankG; SR 952.0) verstossen haben. Sie verbot Y._ und X._, unter jeglicher Bezeichnung selbst oder über Dritte weitere Publikumseinlagen gewerbsmässig entgegenzunehmen oder eine Tätigkeit, die nach dem Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die kollektiven Kapitalanlagen (KAG; SR 951.31) bewilligungspflichtig ist, auszuüben bzw. hierfür in Inseraten, Prospekten, Rundschreiben, elektronischen oder anderen Medien zu werben (Ziff. 12 des Dispositivs). Für den Fall, dass sie sich nicht hieran halten sollten, wurden sie auf die einschlägigen Strafnormen hingewiesen (Ziff. 13 des Dispositivs); die EBK ermächtigte ihr Sekretariat bei einem weiteren Verstoss zudem, die Ziffern 12 und 13 des Dispositivs auf Kosten der Betroffenen zu veröffentlichen (Ziff. 14 des Dispositivs). Die Untersuchungskosten von Fr. 62'669.60 (inkl. MWST) und die Verfahrenskosten von Fr. 30'000.-- auferlegte sie unter solidarischer Haftung den betroffenen Gesellschaften sowie Y._ und X._ (Ziff. 16 und 17 des Dispositivs).
B. Am 30. März 2009 wies das Bundesverwaltungsgericht die von X._ und Y._ hiergegen eingereichte Beschwerde ab; auf jene der A._ AG, der B._ AG, der C._ Ltd. und der D._ (jeweils in Liquidation) trat es nicht ein, da diese den Kostenvorschuss nicht geleistet hatten. Das Bundesverwaltungsgericht begründete seinen Entscheid gegenüber X._ im Wesentlichen damit, dass sie in der von ihrem Lebenspartner geleiteten, illegal tätigen Gruppe entscheidend mitgewirkt habe. Das Verbot, weiter gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegenzunehmen bzw. für finanzmarktrechtlich bewilligungspflichtige Aktivitäten zu werben, sei verhältnismässig und die von ihr in Solidarhaft erhobenen Untersuchungs- und Verfahrenskosten seien rechtens; durch ihre Tätigkeit im Rahmen der Gruppe habe X._ die entstandenen Kosten mitverursacht.
C. X._ beantragt mit Eingabe vom 18. Mai 2009, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben, soweit ihr von der EBK die Untersuchungs- und Verfahrenskosten unter solidarischer Haftung auferlegt worden seien; allenfalls müssten diese auf ihre Angemessenheit hin geprüft und angemessen reduziert werden. Die Ziffern 12 bis 14 des Dispositivs der Verfügung der EBK vom 29. Oktober 2008 (Werbeverbot) seien aufzuheben, soweit diese sich auf sie bezögen. X._ macht geltend, in der umstrittenen Gruppe keine zentrale Rolle gespielt zu haben und im Vergleich zum anderen Geschäftsführer der D._ AG (Z._), der stärker in die Strukturen und die Geschäftstätigkeit eingebunden gewesen sei, ungleich behandelt zu werden. Die Untersuchungsbeauftragten hätten zu Unrecht einen Mitarbeiter beigezogen (RA H._) und für dessen Einsatz Fr. 13'276.60 verrechnet; der entsprechende Betrag sei auf Fr. 3'319.15 herabzusetzen. Die Verfahrenskosten von Fr. 30'000.-- erschienen übertrieben und müssten auf maximal Fr. 7'500.-- gekürzt werden.
Die FINMA beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts im Bereich der Finanzmarktaufsicht kann grundsätzlich mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden (Art. 82 ff. BGG i.V.m. Art. 31 VGG; vgl. auch Art. 54 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht [FINMAG; SR 956.1]). Die EBK hat der Beschwerdeführerin unter Hinweis auf die allfälligen Straffolgen verboten, weiterhin finanzmarktrechtlich bewilligungspflichtigen Aktivitäten nachzugehen bzw. für solche zu werben; sie hat sie zudem für die Untersuchungs- und Verfahrenskosten solidarisch haftbar erklärt. Die Beschwerdeführerin ist in diesen Punkten befugt, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in eigenem Namen anzufechten (Art. 89 Abs. 1 BGG; Urteil 2C_749/2008 vom 16. Juni 2009 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.2 Auf die frist- (Art. 100 BGG) und formgerecht (Art. 42 BGG) eingereichte Beschwerde ist unter folgenden Vorbehalten einzutreten: Die Verfügung der EBK ist in Rechtskraft erwachsen, soweit sie die anderen Verfahrensbeteiligten betrifft. Deren Unterstellungspflicht und Beteiligung an der von der EBK ins Recht gefassten Gruppe sind nicht (mehr) zu prüfen, da sich die Beschwerdeführerin nicht als Organ oder anderweitig Berechtigte einer der betroffenen Gesellschaften an das Bundesgericht wendet (vgl. BGE 132 II 382 E. 1.1 S. 385; Urteil 2C_749/2008 vom 16. Juni 2009 E. 1.3.1). Anfechtungsobjekt im bundesgerichtlichen Verfahren bildet ausschliesslich der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts, nicht auch die Verfügung der EBK als solche (Devolutiveffekt; vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG); deren Handeln gilt aber inhaltlich als mitangefochten (vgl. BGE 129 II 438 E. 1 S. 441; 125 II 29 E. 1c S. 33).
2. 2.1 Das Finanzmarktgesetz ist am 1. Januar 2009 in Kraft getreten. Die Eidgenössische Bankenkommission wurde auf dieses Datum hin durch die "Eidgenössische Finanzmarktaufsicht" abgelöst (Art. 58 Abs. 1 FINMAG). Diese überwacht nunmehr als öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit den Finanzmarkt (Art. 4 Abs. 1 FINMAG). Sie hat alle Verfahren der EBK übernommen, die bei Inkrafttreten des Finanzmarktgesetzes noch hängig waren (Art. 58 Abs. 3 FINMAG). Da es die Bankenkommission somit nicht mehr gibt, ist das vorliegende Verfahren mit der FINMA als deren Nachfolgeorganisation abzuschliessen. Materiellrechtlich gilt die Rechtslage, wie sie zum Zeitpunkt des Entscheids der EBK bestand, d.h. es ist auf die jeweilige Fassung der einschlägigen finanzmarktrechtlichen Bestimmungen vor dem 1. Januar 2009 abzustellen (vgl. das Urteil 2C_276/2009 vom 22. September 2009 E. 2 mit Hinweisen).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte festgestellt worden ist (Art. 105 Abs. 2 BGG). Der Betroffene muss rechtsgenügend darlegen, dass und inwiefern der Sachverhalt klar und eindeutig mangelhaft ist (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3; 133 III 350 E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Soweit die Beschwerdeführerin vorliegend die Feststellung des Sachverhalts rein appellatorisch kritisiert und die Beweiswürdigung des Bundesverwaltungsgerichts ohne detaillierte Auseinandersetzung mit den Ausführungen im angefochtenen Urteil infrage stellt bzw. diesem lediglich ihre eigenen Einschätzungen entgegenstellt, ist auf ihre Vorbringen nicht weiter einzugehen (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4 S. 254; Urteil 2C_276/ 2009 vom 22. September 2009 E. 1.4.1).
3. 3.1 Die EBK und das Bundesverwaltungsgericht haben angenommen, dass wegen der wirtschaftlichen, personellen und organisatorischen Verflechtungen zwischen der A._ AG, der B._ AG (in Liquidation), der C._ Ltd. sowie der D._ AG eine aufsichtsrechtlich als Einheit zu behandelnde Gruppe bestand, an deren Aktivitäten Y._ und X._ massgeblich beteiligt gewesen seien. Die Gruppe habe als Einheit mit Hilfe von Vermittlern gewerbsmässig Gelder von mindestens 88 Anlegern entgegengenommen und bei ihrem Broker über die D._ AG die individuellen "Accounts" einheitlich verwaltet und für ihren Devisenhandel von EUR/USD "gepoolt" bzw. gemeinsam "getraded".
3. 3.1 Die EBK und das Bundesverwaltungsgericht haben angenommen, dass wegen der wirtschaftlichen, personellen und organisatorischen Verflechtungen zwischen der A._ AG, der B._ AG (in Liquidation), der C._ Ltd. sowie der D._ AG eine aufsichtsrechtlich als Einheit zu behandelnde Gruppe bestand, an deren Aktivitäten Y._ und X._ massgeblich beteiligt gewesen seien. Die Gruppe habe als Einheit mit Hilfe von Vermittlern gewerbsmässig Gelder von mindestens 88 Anlegern entgegengenommen und bei ihrem Broker über die D._ AG die individuellen "Accounts" einheitlich verwaltet und für ihren Devisenhandel von EUR/USD "gepoolt" bzw. gemeinsam "getraded".
3.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet zu Unrecht den Einbezug in diese Gruppe; ihre Ausführungen sind nicht geeignet, die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung als offensichtlich unzutreffend oder die Beweiswürdigung als willkürlich erscheinen zu lassen (vgl. BGE 2C_749/ 2008 vom 16. Juni 2009 E. 4.2):
3.2.1 Y._ war einziger Verwaltungsrat der A._ AG und der B._ AG, einziger Direktor und Vertreter der C._ Ltd., Alleinaktionär der B._ AG, der C._ Ltd. sowie der D._ AG. Die Beschwerdeführerin als seine Lebenspartnerin beteiligte sich ihrerseits massgeblich an diesem Firmengeflecht und dessen Aktivitäten. Als Geschäftsführerin der D._ AG zeichnete sie für diese (zu zweien). In den Akten findet sich ein (nicht unterschriebener) Arbeitsvertrag und ein Einreisebewilligungsgesuch an das Migrationsamt des Kantons Zürich, wonach sie bei der B._ AG seit dem 1. April 2006 als kaufmännische Angestellte tätig sei. Sie ist für gewisse von deren Konten einzelzeichnungsbefugt und an diesen wirtschaftlich berechtigt. Die Untersuchungsbeauftragten fassten ihre Erkenntnisse im Bericht vom 1. Oktober 2008 dahin zusammen, dass die vier untersuchten Gesellschaften als "Anlagevehikel" erschienen, welche es "hauptsächlich Y._ und X._ " ermöglicht hätten, "von Anlegern Kundengelder entgegenzunehmen und bei amerikanischen Brokerfirmen im Devisenhandel (EUR/USD) einzusetzen". Nach ihren Abklärungen sei X._ Eigentümerin der A._ und Miteigentümerin der B._ und "dürfte zusammen mit Y._" als "treibende Kraft hinter den Aktivitäten der untersuchten Gesellschaften" gestanden haben. Das Bundesverwaltungsgericht hat zwar die Frage offengelassen, ob die Beschwerdeführerin tatsächlich Alleinaktionärin der A._ AG gewesen ist; aus den Unterlagen ergibt sich aber (zumindest), dass sie als Gründungsmitglied der B._ AG aufgetreten ist und 9'998 (von 10'000) Aktien gezeichnet hat. Sie war für die D._ AG zudem nicht nur punktuell und in untergeordneter Weise tätig. Nach eigenen Angaben hat sie für diese zu 50 bis 70 % gearbeitet, ohne dafür entschädigt worden zu sein; sie will vielmehr von eigenen Mitteln und denjenigen ihres Partners gelebt haben.
3.2.2 Zwar wies die Beschwerdeführerin im Gespräch mit den Untersuchungsbeauftragten darauf hin, dass sie sich nicht getraut habe, ohne einen erfahrenen Analysten selber Anlageentscheide zu treffen; dies steht jedoch im Widerspruch zur Erklärung des zweiten Geschäftsführers, dass er am 29. Juli 2008 Informationen des Account Managers des amerikanischen Brokers "mit der dringenden Bitte um Weiterleitung und Erledigung durch die verantwortliche Traderin und Geschäftsführerin Frau X._" an Y._ weitergeleitet habe, da er davon ausgegangen sei, dass es sich dabei um wichtige, den laufenden Trade betreffende Absprachen handelte, die er kaum habe klären können, da er "weder über den Tradeverlauf, aktuellen Stand, noch über die Absichten des verantwortlichen Traders" informiert gewesen sei. Auf die Frage, wer für die eigentlichen Anlageentscheide verantwortlich gezeichnet habe, antwortete er, dass dies der "jeweilige Trader" gewesen sei, d.h. "im Wesentlichen X._ und er". Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, dass sie - aus Gründen der Rechtsgleichheit mit diesem - nicht persönlich hätte belangt werden dürfen, verkennt sie die unterschiedlichen Verstrickungen in die Gruppenaktivitäten: Z._ war als (bezahlter) Angestellter tätig und nur in diesem Rahmen an den Geschäften der Gruppe um Y._ und sie selber beteiligt; es bestand damit ein sachlicher Grund, sie anders zu behandeln als jenen.
3.3 Unter diesen Umständen war auch das ihr auferlegte Verbot der Entgegennahme von Publikumseinlagen und der Werbung für eine solche gerechtfertigt: Nach Art. 23ter Abs. 1 BankG erlässt die Aufsichtsbehörde die zur Herstellung des ordnungsgemässen Zustands und zur Beseitigung der Missstände notwendigen Verfügungen. Die Beschwerdeführerin war massgebend als Teil einer Gruppe tätig, die einer bewilligungspflichtigen Aktivität nachgegangen ist. Mit dem ausdrücklichen Verbot, zukünftig ohne Bewilligung gewerbsmässig Kundengelder entgegenzunehmen, wird ihr lediglich in Erinnerung gerufen, was bereits von Gesetzes wegen gilt. Es handelt sich dabei um eine Warnung bzw. Ermahnung als "Reflexwirkung" der unangefochten gebliebenen aufsichtsrechtlichen Massnahmen, die zur Konkurserklärung der verschiedenen Gesellschaften geführt haben, über welche die Beschwerdeführerin und ihr Partner ihrer eigenen finanzmarktrechtlich bewilligungspflichtigen Tätigkeit nachgegangen sind (Urteil 2A.721/2006 vom 19. März 2007 E. 2.2, in: EBK-Bulletin 50/2007 S. 148 ff.). Die Aufsichtsbehörde kann bei Widersetzlichkeit gegen vollstreckbare Verfügungen deren Inhalt im Schweizerischen Handelsamtsblatt veröffentlichen oder in anderer Form bekanntmachen, wenn sie dies - wie hier - zuvor angedroht hat (vgl. Art. 23ter Abs. 3 BankG; vgl. POLEDNA/MARAZZOTTA, in: Watter et al. [Hrsg.], BSK Bankengesetz, N. 13 - 15 zu Art. 23ter BankG). Art. 34 FINMAG sieht heute generell vor, dass die FINMA ihre Endverfügung nach Eintritt der Rechtskraft unter Angabe von Personendaten in elektronischer oder in gedruckter Form veröffentlichen kann, wenn eine schwere Verletzung aufsichtsrechtlicher Bestimmungen vorliegt und Publikation in der Verfügung selber angeordnet wird. Eine Veröffentlichung ist vorliegend nur vorgesehen, wenn die Beschwerdeführerin in Verletzung des Gesetzes wiederum einer bewilligungspflichtigen Tätigkeit nachgehen sollte, was sie nicht plant, weshalb die Androhung sie kaum nachhaltig berührt (vgl. BGE 2C_749/2008 vom 16. Juni 2009 E. 5). Sollte sie künftig als Gewährsträgerin eine Funktion in einem überwachten Institut wahrnehmen wollen, müsste die Frage, ob sie im finanzmarktrechtlichen Sinn hinreichende "Gewähr für eine einwandfreie Geschäftstätigkeit" bietet, in Bezug auf die konkreten Aufgaben und Funktionen so oder anders neu geprüft werden (vgl. ZULAUF/WYSS/ROTH, Finanzmarktenforcement, Bern 2008, S. 92 ff.; Urteile 2A.573/2003 vom 30. Juli 2004 E. 2.4, in: EBK-Bulletin 46/2004 S. 154 ff.; 2A.261/2004 vom 27. Mai 2004 E. 2.2, in: EBK-Bulletin 46/2004 S. 31 ff.). Allfällige strafrechtliche Konsequenzen wären ebenfalls in einem eigenständigen neuen Verfahren zu prüfen, womit der Beschwerdeführerin auch in diesem Punkt letztlich nur in Erinnerung gerufen wird, was bereits ohne die beanstandete Verfügung gilt.
4. Die Beschwerdeführerin bestreitet die ihr unter solidarischer Haftung auferlegten Untersuchungs- und Verfahrenskosten; auch in diesem Punkt überzeugen ihre Ausführungen gegen die Überlegungen des Bundesverwaltungsgerichts nicht:
4.1 Nach Art. 12 Abs. 1 lit. h der Verordnung vom 2. Dezember 1996 (in der Fassung vom 26. September 2003; AS 2003 3701 ff.) über die Erhebung von Abgaben und Gebühren durch die Eidgenössische Bankenkommission (EBK-GebV) dürfen für den Entscheid über eine Zwangsunterstellung unter ein Aufsichtsgesetz von natürlichen und juristischen Personen bis zu Fr. 30'000.-- je Partei erhoben werden (vgl. BGE 131 II 306 E. 3.4.3 S. 319). Nach Art. 13 Abs. 1 lit. a EBK-GebV stellt die Bankenkommission Gebühren für besonderen Aufsichtsaufwand in Rechnung. Der Gebührensatz richtet sich dabei nach Art. 14 EBK-GebV, der einen Stundenansatz von Fr. 100.-- bis Fr. 400.-- je nach Funktionsstufe des ausführenden Personals vorsieht (Abs. 1); daneben können besondere Auslagen - namentlich Kosten für den Beizug von Experten, die Anfertigung von Gutachten sowie Reisen - separat verrechnet werden (Abs. 2). Massgebend für die Bemessung der Gebühren sind insbesondere der Zeitaufwand, die erforderliche Sachkenntnis, die Behandlung eines Geschäfts durch die Bankenkommission selber oder ihr Sekretariat sowie das Interesse des Gebührenpflichtigen an der Dienstleistung (Art. 10 EBK-GebV). Im Übrigen richtet sich die Erhebung der Gebühren nach der Verordnung vom 10. September 1969 über Kosten und Entschädigungen im Verwaltungsverfahren (KostenV VwV; SR 172.041.0; Art. 11 Abs. 1 EBK-GebV). Nach deren Art. 7 tragen mehrere Parteien ihre gemeinsamen Verfahrenskosten zu gleichen Teilen und haften dafür solidarisch, soweit nichts anderes bestimmt worden ist.
4.2 Die Untersuchungskosten von Fr. 62'669.60 sind ausgewiesen und wurden durch die gemeinsamen Aktivitäten aller an der Gruppe beteiligten juristischen und natürlichen Personen verursacht. Die Beschwerdeführerin gehörte - wie dargelegt - zu diesen (vgl. zum Gruppenbegriff: BGE 2C_276/2009 vom 22. September 2009 E. 4.3; zum Einbezug natürlicher Personen in die Gruppe: BGE 2C_749/2008 vom 16. Juni 2009 E. 6.2.2): Aufgrund ihres Beitrags an die (gesamthaft) bewilligungspflichtige Tätigkeit bestand ein objektiv begründeter Anlass, auch ihre (persönlichen) Aktivitäten näher zu untersuchen. Sie hat deshalb die Gesamtkosten solidarisch mit den anderen Gruppenmitgliedern zu tragen (vgl. Art. 36 Abs. 4 FINMAG; vgl. BGE 132 II 382 E. 5 S. 389; 130 II 351 E. 4 S. 360 ff. mit Hinweisen). Rechtfertigt sich finanzmarktrechtlich, eine Aktivität gruppenweise zu erfassen, ist es konsequent, den einzelnen Mitgliedern auch die entstandenen Kosten solidarisch aufzuerlegen, andernfalls es zu einem ungerechtfertigten Wertungswiderspruch zwischen dem Sach- und Kostenentscheid käme. Die interne Aufteilung ist in der Folge allenfalls eine Frage des Regresses (vgl. BGE 2C_749/2008 vom 16. Juni 2009 E. 6.2.1). Um die Verfahrensfolgen für die beteiligten natürlichen Personen jeweils klarzustellen und die Massgeblichkeit von deren Beitrag an die Gruppenaktivität auch im Dispositiv unzweideutig festzuhalten, ist die FINMA einzuladen, ihre Praxis in diesem Punkt künftig zu harmonisieren: In der Verfügung zum vorliegenden Verfahren hat die EBK es - anders als in jenem, das zum Entscheid 2C_749/2008 geführt hat -, unterlassen, in Ziffer 1 des Dispositivs darauf hinzuweisen, welche natürlichen Personen gestützt auf ihre Beiträge derart an der Gruppenaktivität beteiligt erscheinen, dass sie selber das Gesetz verletzt haben und es sich deshalb rechtfertigt, sie auch die Untersuchungskosten (mit-)tragen zu lassen (vgl. BGE 2C_749/2008 vom 16. Juni 2009 E. 6.2.2); hierauf ist künftig nicht (mehr) zu verzichten.
4.3 Die Untersuchungskosten sind in ihrer Höhe nicht zu beanstanden: Die Bankenkommission hat bei der Mandatierung der beiden Untersuchungsbeauftragten am 3. September 2008 ausdrücklich darauf hingewiesen, dass der Aufwand für die Erledigung des Mandats verhältnismässig zu sein habe und bei dessen Ausübung kostenbewusst vorgegangen werden müsse (Ziff. 5 Abs. 1). Zur Kontrolle dieser Vorgaben hielt sie die Untersuchungsbeauftragten an, mindestens monatliche Zwischenrechnungen zu ihren Handen und zu Handen der betroffenen Gesellschaften zu erstellen und mit den vorgenommenen Handlungen, deren Datum, den damit beschäftigten Personen, den für diese verrechneten Betrag sowie den Auslagen und Spesen zu spezifizieren (Ziff. 5 Abs. 3). Die Abmachung sah abgestufte Stundenansätze von Fr. 320.-- (Mandatsleiter [inkl. Sekretariat]) bis Fr. 120.-- (Buchhalter) vor (Ziff. 3), womit implizit klargestellt war, dass die Untersuchungsbeauftragten den Abklärungszwecken entsprechend geeignete Drittpersonen oder Mitarbeiter beiziehen durften. Der im vorliegenden Fall tätig gewordene H._ war Angestellter in der Anwaltskanzlei der Untersuchungsbeauftragten und wurde zu einem Stundenansatz von Fr. 280.-- in Rechnung gestellt (Rechtsanwalt). Da einer der Untersuchungsbeauftragten darauf verzichtet hat, als Mandatsleiter (Fr. 320.-- pro Stunde) abzurechnen, besteht kein Anlass, die Kosten für die Tätigkeit von H._ um 75 % zu reduzieren, selbst wenn es zu untergeordneten Überschneidungen von Aktivitäten (Informationsübermittlung usw.) gekommen sein sollte.
4.4 Schliesslich sind auch die von der EBK erhobenen Verfahrenskosten vertretbar: Mit Blick auf die Anzahl involvierter Gesellschaften, die Tatsache, dass diese keine nachvollziehbaren Buchhaltungen geführt haben und die verschiedenen beteiligten Personen sich zum Teil in wesentlichen Punkten widersprachen, was eine enge Begleitung der Untersuchungsbeauftragten durch das Sekretariat der EBK rechtfertigte, hielten sich die auferlegten Kosten von Fr. 30'000.-- im Rahmen des Zulässigen, zumal neben der Endverfügung zwei superprovisorische Verfügungen ausgearbeitet werden mussten und Kundengelder von mehreren Millionen Franken entgegengenommen worden waren (vgl. Ziff. 27 der EBK-Verfügung vom 29. Oktober 2008).
5. 5.1 Da die Beschwerde sich damit als unbegründet erweist, ist sie abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar