Sachverhalt:
A. Der Anästhesiepfleger X._ wird im laufenden Strafverfahren beschuldigt, sich zwischen Mai 2008 und August 2011 an mindestens 14 Patientinnen sexuell vergangen zu haben. Im Zeitpunkt des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 9. August 2012 befand sich X._ in Untersuchungshaft.
B. Der Kantonsärztliche Dienst des Kantons Zürich verbot X._ mit Verfügung vom 9. Januar 2012 im Sinne einer vorsorglichen Massnahme per sofort und unter Androhung der Ungehorsamsstrafe nach Art. 292 StGB die Ausübung seiner beruflichen Tätigkeit als Pfleger von Patientinnen im Kanton Zürich. Das Berufsverbot wurde bis zu dem Zeitpunkt angeordnet, in dem nach Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids in der Strafsache über die allfällige Verhängung eines definitiven Berufsverbots rechtskräftig entschieden worden sein wird. Zusätzlich verfügte der Kantonsärztliche Dienst des Kantons Zürich, dass das ausgesprochene Verbot im Amtsblatt des Kantons Zürich veröffentlicht wird, wenn X._ seine berufliche Tätigkeit als Pfleger vor dem definitiven Entscheid über das Berufsverbot wieder aufnimmt. Die dagegen erhobenen kantonalen Rechtsmittel blieben erfolglos.
C. Vor Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 9. August 2012 aufzuheben und durch folgende Anordnung zu ersetzen: "Der Beschwerdeführer wird unter Strafandrohung gemäss Art. 292 StGB verpflichtet, nach seiner Haftentlassung, mithin vor Antritt einer eventuellen, pflegerischen Tätigkeit im Kanton Zürich oder in anderen Kantonen der Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich hiervon zwecks vorgängiger Genehmigung eine Meldung zu erstatten." Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner sei dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Der Kantonsärztliche Dienst des Kantons Zürich und die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde und des Gesuchs um aufschiebende Wirkung. Darauf hat der Beschwerdeführer mit Eingabe vom 18. Oktober 2012 repliziert.
D. Mit Verfügung vom 9. Oktober 2012 hat der Abteilungspräsident das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 9. August 2012, das ein als vorsorgliche Massnahme angeordnetes Berufsverbot bestätigte. Die vorsorgliche Massnahme stützt sich auf § 6 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (LS 175.2; nachfolgend: VRG) i.V.m. § 19 des Gesundheitsgesetzes des Kantons Zürich vom 2. April 2007 (LS 810.1; nachfolgend: GesG). Gemäss diesen gesetzlichen Grundlagen handelt es sich um eine Anordnung, die im Hinblick auf einen endgültigen Entscheid in Sachen Berufsverbot ergangen ist und bis zum Abschluss des Hauptverfahrens eine vorsorgliche Regelung trifft (KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl. 1999, N. 1 zu § 6 VRG).
1. 1.1 Angefochten ist das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 9. August 2012, das ein als vorsorgliche Massnahme angeordnetes Berufsverbot bestätigte. Die vorsorgliche Massnahme stützt sich auf § 6 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (LS 175.2; nachfolgend: VRG) i.V.m. § 19 des Gesundheitsgesetzes des Kantons Zürich vom 2. April 2007 (LS 810.1; nachfolgend: GesG). Gemäss diesen gesetzlichen Grundlagen handelt es sich um eine Anordnung, die im Hinblick auf einen endgültigen Entscheid in Sachen Berufsverbot ergangen ist und bis zum Abschluss des Hauptverfahrens eine vorsorgliche Regelung trifft (KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl. 1999, N. 1 zu § 6 VRG).
1.2 1.2.1 Anordnungen, die wie die vorliegende akzessorisch zu einem Hauptverfahren sind, stellen Zwischenentscheide dar (Art. 92 f. BGG; BGE 137 III 324 E. 1.1 S. 327 ff.; 136 V 131 E. 1.1.2 S. 134 f.; Urteil 4A_36/2012 vom 26. Juni 2012 E. 1.1; HANSJÖRG SEILER, in: Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, N. 13 zu Art. 56 VwVG; je mit Hinweisen). Gegen einen solchen Zwischenentscheid ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten - von hier nicht interessierenden weiteren Fällen abgesehen - nur zulässig, soweit er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Nach ständiger Rechtsprechung muss es sich dabei um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, wobei die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur genügt (BGE 137 III 380 E. 1.2.1 S. 382; 134 III 188 E. 2.1 S. 190 f.; Urteil 2C_105/2012 vom 29. Februar 2012 E. 2.2.1).
1.2.2 Der Nachteil ist nicht irreparabel, wenn er mit einem günstigen Endurteil in der Sache behoben werden kann. Zwischenentscheide, mit denen in die Rechtsstellung, namentlich in Grundrechte, eingegriffen wird, können grundsätzlich einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken, wenn dieser Eingriff faktisch nicht rückgängig gemacht werden kann (Urteil 2C_105/2012 vom 29. Februar 2012 E. 2.2.1 mit Hinweisen). Diese Voraussetzung ist vorliegend erfüllt, könnte doch die berufliche Einschränkung des Beschwerdeführers bis zum endgültigen Entscheid über das Berufsverbot bei einem für ihn günstigen Ausgang des Hauptverfahrens später weder zur Überprüfung gebracht noch rückgängig gemacht werden (Urteil 2C_584/2010 vom 12. August 2010 E. 1.1). Das vorsorglich angeordnete partielle Berufsverbot greift zudem in die Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV) des Beschwerdeführers ein, da es ihm mit Bezug auf die Pflege von Patientinnen im Kanton Zürich jegliche und damit auch die privatwirtschaftliche berufliche Tätigkeit untersagt (vgl. E. 2.1). Es liegt damit ein zulässiges Anfechtungsobjekt vor und auf die im Übrigen form- und fristgerecht erhobene Beschwerde ist einzutreten.
1.2.2 Der Nachteil ist nicht irreparabel, wenn er mit einem günstigen Endurteil in der Sache behoben werden kann. Zwischenentscheide, mit denen in die Rechtsstellung, namentlich in Grundrechte, eingegriffen wird, können grundsätzlich einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken, wenn dieser Eingriff faktisch nicht rückgängig gemacht werden kann (Urteil 2C_105/2012 vom 29. Februar 2012 E. 2.2.1 mit Hinweisen). Diese Voraussetzung ist vorliegend erfüllt, könnte doch die berufliche Einschränkung des Beschwerdeführers bis zum endgültigen Entscheid über das Berufsverbot bei einem für ihn günstigen Ausgang des Hauptverfahrens später weder zur Überprüfung gebracht noch rückgängig gemacht werden (Urteil 2C_584/2010 vom 12. August 2010 E. 1.1). Das vorsorglich angeordnete partielle Berufsverbot greift zudem in die Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV) des Beschwerdeführers ein, da es ihm mit Bezug auf die Pflege von Patientinnen im Kanton Zürich jegliche und damit auch die privatwirtschaftliche berufliche Tätigkeit untersagt (vgl. E. 2.1). Es liegt damit ein zulässiges Anfechtungsobjekt vor und auf die im Übrigen form- und fristgerecht erhobene Beschwerde ist einzutreten.
1.3 1.3.1 Mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 98 BGG). Diese Regelung nimmt Rücksicht darauf, dass den kantonalen Behörden beim Entscheid über vorsorgliche Massnahmen ein erheblicher Spielraum zukommt (BGE 129 II 286 E. 3 S. 289; Urteil 2C_803/2009 vom 29. Januar 2010 E. 2; THOMAS MERKLI, Vorsorgliche Massnahmen und die aufschiebende Wirkung bei Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und subsidiären Verfassungsbeschwerden, ZBl 109/2008 S. 416 ff., S. 431 f.). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 137 I 167 E. 3.7 S. 176; 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
1.3.2 Das Bundesgericht legt seinem Entscheid grundsätzlich den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Soweit sich die Beschwerde - wie vorliegend - gegen eine vorsorgliche Massnahme (Art. 98 BGG) richtet, kann das Bundesgericht die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie auf einer Verletzung verfassungsmässiger Rechte beruht (BGE 133 III 393 E. 7.1 S. 398, 585 E. 4.1 S. 588 f.; MARKUS SCHOTT, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 8 zu Art. 98 BGG). Wird Letzteres geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern sie verfassungswidrig, insbesondere willkürlich (Art. 9 BV), sein soll (BGE 133 III 585 E. 4.1 S. 589).
Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Das Vorbringen von Tatsachen oder Beweismitteln, die sich zwar auf das vorinstanzliche Prozessthema beziehen, jedoch erst nach dem angefochtenen Entscheid zutage getreten oder entstanden sind, kann von vornherein nicht durch das weitergezogene Urteil veranlasst worden sein und ist im bundesgerichtlichen Verfahren unzulässig (BGE 135 I 221 E. 5.2.4 S. 229; 133 IV 342 E. 2.1 S. 343 f.; Urteil 5A_485/2012 vom 11. September 2012 E. 1.3; vgl. MEYER/DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 42 zu Art. 99 BGG). Neu entdeckte oder eingetretene Tatsachen können dagegen Anlass für eine Wiedererwägung des angefochtenen Entscheids bilden (zum Vorgehen beim Entdecken von Revisionsgründen während des bundesgerichtlichen Verfahrens vgl. Art. 125 BGG; BGE 138 II 386 E. 7 S. 392).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV) und des Willkürverbots (Art. 9 BV). Das vorsorglich angeordnete partielle Berufsverbot stelle eine unverhältnismässige Massnahme dar. Als milderes Mittel käme namentlich die von ihm beantragte Meldepflicht und vorgängige Genehmigung durch die Gesundheitsdirektion in Betracht. Damit erübrige sich auch die Publikation des Verbots. Eine gezielte Information der Arbeitgeber bleibe möglich. Auch sei die angenommene Gefahr für die Patientinnen nur auf einen bestimmten Ort (Aufwachraum eines Spitals), auf eine bestimmte Situation (Aufwachphase nach durchgeführter Operation) sowie bestimmte pflegerische Leistungen (intime Körperstellen der Patientinnen) bezogen. Es sei daher nicht erforderlich, ihm jegliche pflegerische Tätigkeit an Frauen zu untersagen. Die bloss "grundsätzliche Möglichkeit" zu sexuellen Übergriffen in einem anderen Umfeld als im Aufwachraum eines Spitals sei zu undifferenziert und lasse sich in sachlicher Weise keinesfalls rechtfertigen. Im Ergebnis sei die vorsorgliche Massnahme offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich. Sodann nehme die Vorinstanz zu Unrecht an, das gesundheitspolizeiliche Interesse am Berufsverbot sei höher zu gewichten als das wirtschaftliche Interesse des Beschwerdeführers. Es sei derzeit höchst unsicher, ob ein Schutz der Patientinnen vor einer Gesundheitsgefährdung tatsächlich notwendig sei. Bis heute sei nicht rechtsgenüglich nachgewiesen worden, dass der Beschwerdeführer tatsächlich Patientinnen sexuell belästigt habe. Es fehle damit an der für die vorsorgliche Massnahme erforderlichen Wahrscheinlichkeit des eintretenden Nachteils. Dagegen werde seine wirtschaftliche Existenz bzw. sein berufliches wie gesellschaftliches Ansehen durch das Berufsverbot unwiederbringlich geschädigt. Ein vorsorglich verfügtes Berufsverbot beinhalte stets eine gewisse Vorverurteilung und erschwere auch die Position des Beschwerdeführers in den laufenden Verfahren (Strafverfahren, arbeitsrechtliches Verfahren).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV) und des Willkürverbots (Art. 9 BV). Das vorsorglich angeordnete partielle Berufsverbot stelle eine unverhältnismässige Massnahme dar. Als milderes Mittel käme namentlich die von ihm beantragte Meldepflicht und vorgängige Genehmigung durch die Gesundheitsdirektion in Betracht. Damit erübrige sich auch die Publikation des Verbots. Eine gezielte Information der Arbeitgeber bleibe möglich. Auch sei die angenommene Gefahr für die Patientinnen nur auf einen bestimmten Ort (Aufwachraum eines Spitals), auf eine bestimmte Situation (Aufwachphase nach durchgeführter Operation) sowie bestimmte pflegerische Leistungen (intime Körperstellen der Patientinnen) bezogen. Es sei daher nicht erforderlich, ihm jegliche pflegerische Tätigkeit an Frauen zu untersagen. Die bloss "grundsätzliche Möglichkeit" zu sexuellen Übergriffen in einem anderen Umfeld als im Aufwachraum eines Spitals sei zu undifferenziert und lasse sich in sachlicher Weise keinesfalls rechtfertigen. Im Ergebnis sei die vorsorgliche Massnahme offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich. Sodann nehme die Vorinstanz zu Unrecht an, das gesundheitspolizeiliche Interesse am Berufsverbot sei höher zu gewichten als das wirtschaftliche Interesse des Beschwerdeführers. Es sei derzeit höchst unsicher, ob ein Schutz der Patientinnen vor einer Gesundheitsgefährdung tatsächlich notwendig sei. Bis heute sei nicht rechtsgenüglich nachgewiesen worden, dass der Beschwerdeführer tatsächlich Patientinnen sexuell belästigt habe. Es fehle damit an der für die vorsorgliche Massnahme erforderlichen Wahrscheinlichkeit des eintretenden Nachteils. Dagegen werde seine wirtschaftliche Existenz bzw. sein berufliches wie gesellschaftliches Ansehen durch das Berufsverbot unwiederbringlich geschädigt. Ein vorsorglich verfügtes Berufsverbot beinhalte stets eine gewisse Vorverurteilung und erschwere auch die Position des Beschwerdeführers in den laufenden Verfahren (Strafverfahren, arbeitsrechtliches Verfahren).
2.2 Das vorsorglich erlassene Berufsverbot untersagt dem Beschwerdeführer jegliche berufliche Tätigkeit als Pfleger von Patientinnen im Kanton Zürich. Der Schutzbereich der Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV) ist eröffnet, weil die angeordnete Massnahme auch die freie privatwirtschaftliche Erwerbstätigkeit erfasst (vgl. Urteil 2C_485/2010 vom 3. Juli 2012 E. 6.1, zur Publikation vorgesehen; BGE 137 I 167 E. 3.1 S. 172; je mit Hinweisen). Unbestritten ist, dass § 6 VRG i.V.m. § 19 GesG eine genügende gesetzliche Grundlage darstellt, um ein vorsorgliches teilweises Berufsverbot zu erlassen (Art. 27 i.V.m. Art. 36 Abs. 1 BV), deckt sich doch die vorsorgliche Massnahme mit derjenigen Massnahme, die nach § 19 GesG als Hauptmassnahme erlassen werden kann (vgl. SEILER, a.a.O., N. 38 zu Art. 56 VwVG). Ebenso anerkennt der Beschwerdeführer, dass es sich um eine gesundheitspolizeilich motivierte, grundsatzkonforme Einschränkung der Wirtschaftsfreiheit handelt (Art. 94 Abs. 1 BV). Damit ist zugleich gesagt, dass das vorsorgliche teilweise Berufsverbot allgemein im öffentlichen Interesse liegt (Art. 27 i.V.m. Art. 36 Abs. 2 BV; vgl. Urteil 2C_584/2010 vom 12. August 2010 E. 2.1). Schliesslich bestreitet der Beschwerdeführer nicht, dass in der vorliegenden Situation eine vorsorgliche Massnahme grundsätzlich zulässig ist. Allerdings bestreitet er die Verhältnismässigkeit des Berufsverbots (Art. 27 i.V.m. Art. 36 Abs. 3 BV), namentlich dessen Erforderlichkeit (E. 2.3) und Zumutbarkeit (E. 2.4).
2.2 Das vorsorglich erlassene Berufsverbot untersagt dem Beschwerdeführer jegliche berufliche Tätigkeit als Pfleger von Patientinnen im Kanton Zürich. Der Schutzbereich der Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV) ist eröffnet, weil die angeordnete Massnahme auch die freie privatwirtschaftliche Erwerbstätigkeit erfasst (vgl. Urteil 2C_485/2010 vom 3. Juli 2012 E. 6.1, zur Publikation vorgesehen; BGE 137 I 167 E. 3.1 S. 172; je mit Hinweisen). Unbestritten ist, dass § 6 VRG i.V.m. § 19 GesG eine genügende gesetzliche Grundlage darstellt, um ein vorsorgliches teilweises Berufsverbot zu erlassen (Art. 27 i.V.m. Art. 36 Abs. 1 BV), deckt sich doch die vorsorgliche Massnahme mit derjenigen Massnahme, die nach § 19 GesG als Hauptmassnahme erlassen werden kann (vgl. SEILER, a.a.O., N. 38 zu Art. 56 VwVG). Ebenso anerkennt der Beschwerdeführer, dass es sich um eine gesundheitspolizeilich motivierte, grundsatzkonforme Einschränkung der Wirtschaftsfreiheit handelt (Art. 94 Abs. 1 BV). Damit ist zugleich gesagt, dass das vorsorgliche teilweise Berufsverbot allgemein im öffentlichen Interesse liegt (Art. 27 i.V.m. Art. 36 Abs. 2 BV; vgl. Urteil 2C_584/2010 vom 12. August 2010 E. 2.1). Schliesslich bestreitet der Beschwerdeführer nicht, dass in der vorliegenden Situation eine vorsorgliche Massnahme grundsätzlich zulässig ist. Allerdings bestreitet er die Verhältnismässigkeit des Berufsverbots (Art. 27 i.V.m. Art. 36 Abs. 3 BV), namentlich dessen Erforderlichkeit (E. 2.3) und Zumutbarkeit (E. 2.4).
2.3 2.3.1 Von vornherein unbehelflich ist dabei der Einwand des Beschwerdeführers, dass in einer anderen Umgebung als einem Aufwachraum eines Spitals keine Massnahme erforderlich sei. Entscheidend ist nämlich nicht, in welcher konkreten Umgebung der Beschwerdeführer seine Taten begangen haben soll, sondern dass ihm vorgeworfen wird, seine verantwortungsvolle Stellung als Pflegefachmann zu sexuellen Übergriffen gegenüber wehrlosen Patientinnen missbraucht zu haben. Die damit einhergehende Gefahr für das polizeiliche Schutzgut der öffentlichen Gesundheit ist weder orts- noch anderweitig situationsgebunden, sondern wird - wie die Vorinstanz zu Recht ausführt - wieder konkret und aktuell, wenn der Beschwerdeführer als Pfleger von Patientinnen tätig werden sollte. Entsprechend hat die Vorinstanz nicht rechtsfehlerhaft gehandelt, als sie dem Beschwerdeführer die pflegerische Tätigkeit mit Patientinnen im Kanton Zürich allgemein untersagt hat.
2.3.2 Zu prüfen ist weiter, ob es erforderlich war, das teilweise Berufsverbot als vorsorgliche Massnahme anzuordnen. Vorsorgliche Massnahmen, die vor Anordnung der Verfügung im Hauptverfahren ergehen, zielen darauf ab, deren Wirksamkeit sicherzustellen. Der Entscheid über die Anordnung vorsorglicher Massnahmen setzt Dringlichkeit voraus. Es muss sich als notwendig erweisen, die fraglichen Vorkehren sofort zu treffen (BGE 130 II 149 E. 2.2 S. 155; 127 II 132 E. 3 S. 137 f.; Urteile 2A.142/2003 vom 5. September 2003 E. 3.1; 2C_105/2012 vom 29. Februar 2012 E. 4.2). Der Verzicht auf die Massnahme muss einen erheblichen Nachteil bewirken, der nicht leicht wieder gutzumachen ist und dessen Abwendung entgegenstehende Interessen überwiegt (BGE 130 II 149 E. 2.2 S. 155). Der durch die Endverfügung zu regelnde Zustand soll weder präjudiziert noch verunmöglicht werden (BGE 127 II 132 E. 3 S. 138). Dem steht nicht entgegen, dass der Massnahmeentscheid den Endentscheid für die Verfahrensdauer vorwegnimmt (Urteil 2C_105/2012 vom 29. Februar 2012 E. 4.2 und E. 4.3).
Vorsorgliche Massnahmen beruhen auf einer summarischen Prüfung der Sach- und Rechtslage (Urteil 2C_105/2012 vom 29. Februar 2012 E. 2.2.1). Die Hauptsachenprognose kann dabei berücksichtigt werden, wenn sie eindeutig ist; bei tatsächlichen oder rechtlichen Unklarheiten drängt sich hingegen Zurückhaltung auf, weil in diesem Fall die erforderlichen Entscheidgrundlagen im Hauptverfahren erst noch beschafft werden müssen (BGE 130 II 149 E. 2.2 S. 155; 127 II 132 E. 3 S. 138). Beim Entscheid über vorsorgliche Massnahmen steht den zuständigen Behörden ein erheblicher Ermessens- und Beurteilungsspielraum zu (BGE 129 II 286 E. 3 S. 289).
2.3.3 Vorliegend hat die Vorinstanz diesen Beurteilungsspielraum respektiert. Sie hat festgestellt, dass eine mögliche Gesundheitsgefährdung von Patientinnen durch sexuelle Übergriffe bestehe, wenn der Beschwerdeführer aus der Untersuchungshaft entlassen werde und seine berufliche Tätigkeit fortführen sollte. Das vom Beschwerdeführer vorgebrachte Argument, wonach die Vorwürfe auf sexuelle Halluzinationen der Patientinnen zurückzuführen seien, habe den Verdacht bis anhin nicht zu widerlegen vermocht. Der Beschwerdeführer führe selbst aus, dass der Ausgang des Strafverfahrens offen sei. Zudem seien die Vorwürfe von 14 Patientinnen erhoben worden.
Diese Feststellungen werden vom Beschwerdeführer nicht rechtsgenüglich bestritten. Er wiederholt zwar vor Bundesgericht seine abweichende Sicht der Dinge, macht jedoch nicht geltend, dass die Vorinstanz den Sachverhalt willkürlich oder anderweitig in Verletzung verfassungsmässiger Rechte erstellt habe (vgl. Art. 118 BGG). Das Bundesgericht ist daher daran gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die vom Beschwerdeführer namentlich in der Eingabe vom 18. Oktober 2012 angeführten neuen Vorbringen zu den Erkenntnissen aus dem Strafverfahren sind wegen des Novenverbots (Art. 99 Abs. 1 BGG) unbeachtlich.
2.3.4 Aufgrund dieser Sachverhaltsfeststellungen war sofortiges Handeln des Kantonsärztliches Dienstes des Kantons Zürich geboten, noch bevor endgültig über ein Berufsverbot des Beschwerdeführers entschieden werden konnte. Mit der öffentlichen Gesundheit steht ein hohes öffentliches Interesse auf dem Spiel, das nach dem gegenwärtigen Erkenntnisstand als gefährdet erscheint. Die Abwägung mit den entgegenstehenden Interessen des Beschwerdeführers bleibt vorbehalten (dazu E. 2.4).
Zu präzisieren ist mit Blick auf die Erforderlichkeit der vorsorglichen Massnahme jedoch die vorinstanzliche Auffassung, wonach der Kantonsärztliche Dienst des Kantons Zürich den rechtskräftigen Entscheid im Strafverfahren abwarten müsse, bevor ein definitiver Entscheid über ein allfälliges Berufsverbot getroffen werden könne. Die in Ziff. 2 der erstinstanzlichen Verfügung vom 9. Januar 2012 festgelegte Befristung der vorsorglichen Massnahme ist nicht dahin gehend auszulegen, dass das Hauptverfahren betreffend das definitive Berufsverbot nun ruhen darf, bis ein rechtskräftiger Entscheid in der Strafsache vorliegt. Vielmehr ist das Hauptverfahren beförderlich voranzutreiben und die angeordnete vorsorgliche Massnahme entsprechend der Sach- bzw. Erkenntnislage gegebenenfalls anzupassen oder aufzuheben.
2.3.5 Ebenfalls ist die Publikation des Berufsverbots im kantonalen Amtsblatt zur Information und zum Schutz des Publikums erforderlich. Die Massnahme findet ihre Grundlage in § 6 VRG i.V.m. § 19 Abs. 2 GesG. Nur mit der Publikation können mögliche Arbeitgeber, aber auch Patientinnen die geeigneten Massnahmen treffen, um pflegerische Tätigkeiten des Beschwerdeführers an Frauen wirksam zu verhindern und damit eine Gesundheitsgefährdung zu unterbinden. Die Androhung der Ungehorsamsstrafe nach Art. 292 StGB gegenüber dem Beschwerdeführer bietet ebenso wenig Gewähr für eine tatsächliche Einhaltung des Berufsverbots wie die vom Beschwerdeführer beantragte Meldepflicht zur vorgängigen Genehmigung einer allfälligen pflegerischen Tätigkeit.
2.3.5 Ebenfalls ist die Publikation des Berufsverbots im kantonalen Amtsblatt zur Information und zum Schutz des Publikums erforderlich. Die Massnahme findet ihre Grundlage in § 6 VRG i.V.m. § 19 Abs. 2 GesG. Nur mit der Publikation können mögliche Arbeitgeber, aber auch Patientinnen die geeigneten Massnahmen treffen, um pflegerische Tätigkeiten des Beschwerdeführers an Frauen wirksam zu verhindern und damit eine Gesundheitsgefährdung zu unterbinden. Die Androhung der Ungehorsamsstrafe nach Art. 292 StGB gegenüber dem Beschwerdeführer bietet ebenso wenig Gewähr für eine tatsächliche Einhaltung des Berufsverbots wie die vom Beschwerdeführer beantragte Meldepflicht zur vorgängigen Genehmigung einer allfälligen pflegerischen Tätigkeit.
2.4 2.4.1 Unter dem Aspekt der Zumutbarkeit ist zu beachten, dass das vorsorgliche teilweise Berufsverbot den Beschwerdeführer hart in seinem wirtschaftlichen Fortkommen trifft, besonders wenn es zum Schutz des Publikums im kantonalen Amtsblatt veröffentlicht wird. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers fällt dabei ins Gewicht, dass er erklärt hat, während des hängigen Strafverfahrens auf seine berufliche Tätigkeit als Pfleger gänzlich zu verzichten. Dieser Verzicht war Anlass dafür, die Publikation des Berufsverbots nur bedingt anzuordnen und davon abzusehen, sollte der Beschwerdeführer seine berufliche Tätigkeit nicht wieder aufnehmen.
2.4.2 Die Eingriffsintensität des vorsorglichen teilweisen Berufsverbots reduziert sich erheblich, wenn der Beschwerdeführer aus freien Stücken auf die Berufsausübung verzichtet. Dadurch wirken sich unmittelbare berufliche Erschwernisse durch die vorsorgliche Massnahme nicht oder zumindest nur vermindert aus und allfällige irreversible Erschwernisse durch die Publikation treten gar nicht erst ein. Selbst wenn es noch zur Veröffentlichung kommen sollte, erscheinen die durch sie drohenden faktischen Erschwernisse im beruflichen Fortkommen zum heutigen Zeitpunkt ungewiss. Bloss faktische Auswirkungen auf das wirtschaftliche Handeln werden denn auch vom Bundesgericht nur zurückhaltend als Grundrechtseingriff qualifiziert (Urteil 2C_485/2010 vom 3. Juli 2012 E. 6.2.2, zur Publikation vorgesehen).
2.4.3 Die möglichen finanziellen Einbussen des Beschwerdeführers werden jedenfalls durch das gegenwärtige öffentliche Interesse am Schutz der öffentlichen Gesundheit aufgewogen. Die Gefahr sexueller Übergriffe durch den Beschwerdeführer rechtfertigt staatliches Handeln. Mit der physischen und psychischen Integrität der Patientinnen sind elementare und grundrechtlich geschützte Rechtsgüter gefährdetet, die mit dem vorsorglichen teilweisen Berufsverbot und seiner (bedingt angeordneten) Publikation wirksam geschützt werden sollen (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 35 Abs. 1 und Art. 36 Abs. 2 BV; Art. 8 EMRK; BGE 136 V 117 E. 4.2.2.1 S. 125 f.; 133 I 110 E. 5.2 S. 119, 58 E. 6.1 S. 66 f.).
2.5 Mangels rechtsgenüglicher Rüge (Art. 106 Abs. 2 BV) nicht zu prüfen ist, wie die bedingt angeordnete Veröffentlichung mit Blick auf den verfassungsrechtlichen Persönlichkeitsschutz (Art. 10 Abs. 2 BV i.V.m. Art. 13 BV) zu beurteilen wäre.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV; Art. 6 Ziff. 2 EMRK). Es sei nicht gerechtfertigt, die Unschuldsvermutung im vorliegenden Administrativverfahren auszuschalten. Zwischen diesem und dem Strafverfahren bestehe ein faktischer Zusammenhang. Auch erweise sich das auf § 19 GesG gestützte vorsorgliche Berufsverbot als strafrechtliche Sanktion. Das Berufsverbot strebe zwar primär den Schutz der Patientinnen an, doch sei damit untrennbar ein präventiver bzw. repressiver Zweck verbunden, da es den Beschwerdeführer zu einem für jedermann geltenden gesetzeskonformen Verhalten anhalten soll. Schliesslich sei das Berufsverbot für den Beschwerdeführer von grösster Wichtigkeit, da es seine berufliche und soziale Identität betreffe und ihm sowie seiner Familie die wirtschaftliche Existenzgrundlage entziehe. Indem die Vorinstanz den Beschwerdeführer zu diesem entscheidenden Argument nicht angehört habe, habe sie auch seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verletzt. In Verkennung der tatsächlichen Umstände gehe die Vorinstanz implizit von der Schuld des Beschwerdeführers in Bezug auf die inkriminierten Vorwürfe aus. Die Vorinstanz habe zahlreiche Hinweise auf die Unschuld des Beschwerdeführers ausser Acht gelassen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV; Art. 6 Ziff. 2 EMRK). Es sei nicht gerechtfertigt, die Unschuldsvermutung im vorliegenden Administrativverfahren auszuschalten. Zwischen diesem und dem Strafverfahren bestehe ein faktischer Zusammenhang. Auch erweise sich das auf § 19 GesG gestützte vorsorgliche Berufsverbot als strafrechtliche Sanktion. Das Berufsverbot strebe zwar primär den Schutz der Patientinnen an, doch sei damit untrennbar ein präventiver bzw. repressiver Zweck verbunden, da es den Beschwerdeführer zu einem für jedermann geltenden gesetzeskonformen Verhalten anhalten soll. Schliesslich sei das Berufsverbot für den Beschwerdeführer von grösster Wichtigkeit, da es seine berufliche und soziale Identität betreffe und ihm sowie seiner Familie die wirtschaftliche Existenzgrundlage entziehe. Indem die Vorinstanz den Beschwerdeführer zu diesem entscheidenden Argument nicht angehört habe, habe sie auch seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verletzt. In Verkennung der tatsächlichen Umstände gehe die Vorinstanz implizit von der Schuld des Beschwerdeführers in Bezug auf die inkriminierten Vorwürfe aus. Die Vorinstanz habe zahlreiche Hinweise auf die Unschuld des Beschwerdeführers ausser Acht gelassen.
3.2 3.2.1 Die Unschuldsvermutung ergibt sich aus Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK. Sie bedeutet, dass jede Person bis zur rechtskräftigen Verurteilung als unschuldig gilt, und verankert damit den Anspruch, als unschuldig behandelt zu werden, bis ein zuständiges Gericht nach Durchführung eines fairen Verfahrens die strafrechtliche Schuld in rechtsgenüglicher Weise nachgewiesen und festgestellt hat. Für den vorliegenden Sachzusammenhang heisst das insbesondere, dass ohne entsprechendes Verfahren niemand einer strafbaren Handlung bezichtigt werden darf (BGE 137 I 31 E. 5.1 S. 43). Massnahmen polizeilicher Natur, die der präventiven Gefahrenabwehr dienen, enthalten für sich gesehen keinen strafrechtlichen Vorwurf (BGE 137 I 31 E. 5.2 S. 43; Urteil 1C_88/2011 vom 15. Juni 2011 E. 3.5; ferner JÖRG GUNDEL, in: Handbuch der Grundrechte, Bd. VI/1, 2010, § 146 Rz. 54).
3.2.2 Wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, ist das vorliegende vorsorgliche Berufsverbot gesundheitspolizeilich motiviert und enthält keinen strafrechtlichen Vorwurf. Grundlage der nach § 6 VRG i.V.m. § 19 GesG angeordneten Massnahme ist nicht die Schuld des Beschwerdeführers, sondern die Gefahr für die öffentliche Gesundheit, die sich aus den konkreten Sachumständen und namentlich dem Verdacht sexueller Übergriffe ergibt (vgl. BGE 137 I 31 E. 5.2 S. 43). Dieser präventive Charakter des Berufsverbots liefe ins Leere, wollte man die Unschuldsvermutung greifen lassen und damit die Massnahme nur bzw. erst dann zulassen, wenn die allfällige strafrechtliche Schuld des Beschwerdeführers erstellt wäre. Unbeschadet dessen wird die Rechtsstaatlichkeit der vorliegenden Massnahme durch die Einbettung in die Rechtsordnung gewährleistet, namentlich durch die allgemeinen Grundsätze rechtsstaatlichen Verwaltungshandelns (Art. 5 BV), grundrechtlich geschützte Rechtspositionen wie die geltend gemachte Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV) und die verfahrensrechtlichen Fairnessgarantien (Art. 29 f. BV). Die Rüge der Verletzung der Unschuldsvermutung ist daher vorliegend unbegründet. Damit erübrigte sich für die Vorinstanz unter diesem Titel auch eine nähere Auseinandersetzung mit den vom Beschwerdeführer vorgebrachten Argumenten, womit die gerügte Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) entfällt.
4. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Da sich die Beschwerde nicht als aussichtslos erweist und der Beschwerdeführer bedürftig ist, kann die beantragte unentgeltliche Rechtspflege bewilligt und auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet werden (Art. 64 Abs. 1 BGG). Dem Vertreter des Beschwerdeführers wird eine angemessene Entschädigung ausgerichtet (Art. 64 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer wird indessen auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach er als Begünstigter der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn er später dazu in der Lage ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen und es wird dem Beschwerdeführer Rechtsanwalt J. Mischa Mensik, Meggen, als Rechtsbeistand beigegeben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt J. Mischa Mensik, Meggen, wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Egli