Fatti:
A. A._SA dispone di una concessione per la diffusione di un canale televisivo locale e beneficia regolarmente di un'aliquota dei proventi delle tasse di ricezione, in virtù della legislazione federale sulla radiotelevisione. Il 25 agosto 2003 l'Ufficio federale delle comunicazioni (UFCOM) le ha accordato, in via provvisoria, la somma di fr. 937'420.-- a titolo di quota parte dei citati proventi per il 2003. Il 5 luglio 2004 l'UFCOM ha chiesto che venisse effettuata una revisione contabile presso A._SA; conclusosi il relativo procedimento esso ha finalmente attribuito, il 22 marzo 2007, l'importo di fr. 802'894.-- alla società.
Questa decisione è stata confermata su ricorso dal Tribunale amministrativo federale, Corte I, con giudizio del 20 marzo 2008. In primo luogo la Corte ha rilevato che la vertenza era retta dalla pregressa legge federale sulla radiotelevisione del 21 giugno 1991 (vLRTV), segnatamente dall'art. 17 cpv. 2 della medesima, combinato con l'art. 10 della previgente ordinanza sulla radiotelevisione del 6 ottobre 1997 (vORTV). Ha poi osservato che non si trattava di una decisione di revoca di sussidi e che il diritto a procedere alla riduzione contestata non era prescritto. Infine ha confermato sia la correzione al rialzo dei ricavi determinanti della richiedente per il calcolo della quota parte, sia la riduzione lineare del 12 % applicata dall'autorità di prime cure a tutte le sovvenzioni erogate.
B. Il 30 aprile 2008 A._SA ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale, con cui chiede che la menzionata sentenza sia annullata e che l'importo accordatole sia fissato a fr. 937'420. Protesta inoltre spese e ripetibili.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 134 IV 36 consid. 1; 133 II 249 consid. 1.1; 133 I 185 consid. 2).
2. 2.1 Contro decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) che emanano dal Tribunale amministrativo federale (cfr. art. 86 cpv. 1 lett. a LTF) è di massima esperibile il ricorso ordinario in materia di diritto pubblico, a meno che la fattispecie ricada sotto una delle eccezioni previste dagli art. 83-85 LTF. Tra queste, l'art. 83 lett. k LTF esclude il rimedio ordinario contro le decisioni concernenti sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto.
2.2 Sulla questione del diritto ad ottenere il sussidio litigioso e, di conseguenza, sull'applicabilità alla fattispecie dell'art. 83 lett. k LTF la ricorrente non sviluppa un'argomentazione giuridica, ma si limita ad addurre che se un richiedente soddisfa le condizioni alle quali il sussidio è stato accordato ad altri, allora anche lui vi ha diritto. L'affermazione è priva di qualsiasi pertinenza. La presente vertenza è retta - e le parti non lo contestano - dalla previgente legge federale sulla radiotelevisione del 21 giugno 1991 (vLRTV). L'art. 17 cpv. 2 della medesima sanciva che "le emittenti locali e regionali possono ottenere eccezionalmente un'aliquota dei proventi delle tasse di ricezione se nella rispettiva zona destinataria non esistono risorse finanziare sufficienti e se i loro programmi hanno un interesse pubblico particolare". Come rilevato dall'autorità precedente, che si fonda sulla giurisprudenza (GAAC 67.26 consid. 1.1), i sussidi federali contemplati dal citato disposto sono delle sovvenzioni concesse con piena libertà di apprezzamento e per le quali non vi è alcun diritto: ne discende che in virtù dell'art. 83 lett. k LTF la via del ricorso in materia di diritto pubblico è di conseguenza esclusa.
2.3 Al riguardo si può aggiungere che questa clausola d'esclusione è sostanzialmente identica a quella che era prevista dall'art. 99 cpv. 1 lett. h della pregressa legge federale del 16 dicembre 1943 sull'organizzazione giudiziaria (OG; cfr. RU 1969 pag. 784 segg.) in relazione al ricorso di diritto amministrativo. Orbene già all'epoca era stato giudicato che quest'ultimo rimedio di diritto non era dato contro decisioni fondate sull'art. 17 cpv. 2 vLRTV (GAAC 67.26 consid. 1.1).
2.4 Anche se la ricorrente ammette che la decisione dell'UFCOM riguarda stricto sensu la concessione di un sussidio, essa afferma tuttavia che la decisione ora impugnata assumerebbe le sembianze di una revoca. Ci si può chiedere allora se, da questo profilo, sia aperta la via del ricorso in materia di diritto pubblico.
Infatti va ricordato che, vigente l'abrogata legge federale sull'organizzazione giudiziaria, laddove la controversia concerneva non il rilascio o il diniego, ma la restituzione di sussidi già percepiti, il rimedio ordinario era ammissibile indipendentemente dall'esistenza di un diritto all'ottenimento del contributo. L'art. 101 lett. d OG ammetteva infatti il ricorso contro la revoca di decisioni attributive di vantaggi ai sensi, tra l'altro, dell'art. 99 cpv. 1 lett. h OG. Per quanto concerne la nuova legge questa Corte ha già avuto modo di spiegare (cfr. sentenza 2C_266/2007 del 21 gennaio 2008, consid. 1.1. con rinvii) che, sebbene la stessa non preveda in maniera esplicita una norma analoga all'art. 101 lett. d OG, nel caso di un ordine di restituzione l'ammissibilità del ricorso si fonda sul legittimo affidamento riposto nel fatto che, una volta concesso, il contributo rimane di principio acquisito, ammesso che vengano adempiute le condizioni stipulate all'atto della concessione, senza alcuna ingerenza ulteriore nella posizione giuridica conferita. Sennonché nel caso concreto, per i pertinenti motivi esposti nel giudizio querelato, qui condivisi e ai quali ci si limita a rinviare (cfr. decisione contestata pag. 8 consid. 5), non si è confrontati con una decisione di revoca, motivo per cui anche da questo profilo il ricorso è irricevibile.
3. Il ricorso, manifestamente inammissibile, può essere evaso secondo la procedura dell'art. 108 cpv. 1 LTF. Le spese seguono l'esito della causa e vanno poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti intervenute in causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro patrocinatore e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.