Faits:
A. Le 27 juin 2006, le Conseil communal de Lausanne a approuvé le plan partiel d'affectation "Flon supérieur" (ci-après: PPA), le plan routier relatif au contournement de la place de la Sallaz (PRC) et le rapport d'impact y relatif, du 15 mai 2005 (RIE). Dans son ensemble, le projet prévoit la suppression du trafic de transit sur la place de la Sallaz, au profit des transports publics et des piétons. La route de contournement permet de dévier le trafic provenant de la route de Berne. Elle passe à l'ouest de la place, entre la station du métro M2 et l'usine Tridel, et rejoint l'avenue de la Sallaz au sud de la place. L'accès à l'avenue Victor-Ruffy depuis la route de Berne se fait par la route de la Feuillère et la route d'Oron. Le PPA et le PRC ont été approuvés le 13 septembre 2006 par les départements cantonaux compétents.
B. Par arrêt du 4 juillet 2007, le Tribunal administratif du canton de Vaud a annulé les décisions des 27 juin et 13 septembre 2006. La modi-fication du trafic sur la route de la Feuillère était régie par l'art. 8 OPB (modification notable d'une installation fixe) et non par l'art. 9 OPB. Les valeurs limites d'immission (VLI) devaient donc être respectées, sous réserve d'allègements. Or, ni le RIE, ni le rapport du 15 septem-bre 2005 ne précisaient les mesures de protection envisageables et leur coût. Le Service cantonal de l'environnement et de l'énergie (SEVEN) estimait dans son préavis du 18 janvier 2006 que le respect des VLI était une charge disproportionnée, mais sans expliquer pour-quoi. Un mur de protection à la route de la Feuillère figurait dans le projet routier, mais n'avait pas été mis à l'enquête publique, de même que d'autres mesures complémentaires concernant la route de contournement (couverture totale de la chaussée, parois antibruit et adjonction d'un giratoire). Une enquête complémentaire s'imposait. Le Tribunal administratif a néanmoins confirmé en opportunité le choix de la variante retenue (variante B4): l'allongement du parcours entre la route de Berne et l'avenue Victor-Ruffy n'avait que peu d'incidences sur les émissions polluantes; la variante dérogeait certes à la hiérar-chisation des réseaux prévue dans le plan directeur des déplace-ments de la commune de Lausanne; toutefois, en terme de gêne pour les riverains, cette variante était légèrement favorable, et l'exclusion du trafic au nord de la place favorisait la fonction d'interface pour les transports publics et les piétons.
C. Une enquête complémentaire a eu lieu du 21 novembre au 21 décembre 2007. Elle porte notamment sur les modifications suivan-tes: pour la route de contournement: l'adjonction d'un giratoire à mi-parcours, et d'une nouvelle passerelle pour piétons et cyclistes; la couverture totale d'un tronçon de route et le remplacement d'une paroi antibruit par un talus végétalisé; deux parois antibruit et la pose de fenêtres isolantes pour les immeubles situés au bas de la route de Berne. Pour la route de la Feuillère, un rapport complémentaire du 10 octobre 2007 était venu compléter l'étude acoustique réalisée au mois de septembre 2005; la pose d'un revêtement phono-absorbant était prévue, ainsi que la réalisation d'un mur antibruit d'une hauteur de 1,5 à 3,6 m sur une longueur d'environ 220 m du côté sud de la route, et des mesures d'insonorisation sur deux bâtiments. Pour la route d'Oron, un revêtement phono-absorbant était prévu, ainsi que la pose de fenêtres isolantes sur une vingtaine d'immeubles.
Le 28 août 2008, le Conseil communal a décidé d'approuver les me-sures complémentaires. Les oppositions, formées notamment par A._ et 54 consorts, ont été écartées.
D. Par arrêt du 9 octobre 2009, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (CDAP) a rejeté le recours de A._ et consorts. L'objet du litige était limité à l'enquête complé-mentaire exigée dans l'arrêt du 4 juillet 2007; les autres griefs des recourants, notamment quant au choix de la variante mise à l'enquête initiale, étaient irrecevables. Les recourants critiquaient les évaluations de trafic à la base de l'étude de bruit; ils proposaient leur propre évaluation, qui ne tenait notamment pas compte des reports globaux de trafic et des modifications d'attractivité. Le dépassement des VLI pour un nombre important de bâtiments situés sur la route d'Oron était justifié par l'intérêt public. Les griefs relatifs au giratoire et à la distance à la forêt ont été déclarés irrece-vables ou mal fondés. Il n'y avait pas de circonstances exceptionnelles qui auraient pu nécessiter la consul-tation des offices fédéraux (OFEV et OFROU).
E. Par acte du 12 novembre 2009, A._ et consorts forment un recours en matière de droit public assorti d'une demande d'effet sus-pensif. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt de la CDAP et au renvoi de la cause à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La CDAP a renoncé à répondre au recours. Le Conseil communal de Lausanne conclut au rejet du recours. Le service cantonal des routes et le SEVEN concluent au rejet du recours. L'OFEV a déposé une prise de position. En réplique, les recourants ont persisté dans leurs griefs et leurs conclusions.
L'effet suspensif a été refusé par ordonnance du 1er mars 2010.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière ins-tance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit pu-blic de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF.
1.1 Comme l'a retenu la CDAP, un certain nombre au moins des re-courants est susceptible d'être touché par les nuisances de bruit qui pourront résulter de la réalisation du projet. Les recourants concernés peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué et disposent, dès lors, de la qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
1.2 Les autres conditions de recevabilité étant réunies, il y a lieu d'entrer en matière.
2. Les recourants se plaignent d'une application arbitraire des règles de droit cantonal. Ils estiment que l'arrêt du 4 juillet 2007, annulant les décisions municipale et cantonales, avait pour effet d'imposer une nouvelle étude d'impact globale.
2.1 Il y a arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsque la décision atta-quée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indis-cuté ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Par ailleurs, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 131 I 57 consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée).
2.2 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant conformément au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF). Ainsi, lorsque le grief d'ar-bitraire est soulevé, il appartient au recourant d'expliquer clairement en quoi consiste l'arbitraire (cf. ATF 134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.; 134 II 124 consid. 4 p. 133).
2.3 En l'occurrence, les recourants se plaignent d'une violation "des règles de droit cantonal", sans toutefois en mentionner une seule. L'exigence d'allégation n'est pas satisfaite, pour ce motif déjà. La cour cantonale rappelle d'ailleurs les motifs et les conséquences de l'arrêt du 4 juillet 2007: l'impossibilité de déterminer si les VLI étaient res-pectées et si des allègements pouvaient être accordés, impliquait né-cessairement l'annulation des décisions d'approbation. En revanche, l'arrêt du Tribunal administratif replaçait la procédure dans son état avant le prononcé des décisions annulées. Cela appelait une simple enquête complémentaire, et non la reprise de l'ensemble de la procé-dure, sans quoi on ne verrait pas pour quelle raison le Tribunal ad-ministratif aurait statué sur les autres griefs soulevés en confirmant notamment le choix de la variante retenue. La cour cantonale n'a dès lors commis aucun arbitraire en interprétant - conformément aux prin-cipes généraux de procédure administrative -, le dispositif de l'arrêt du 4 juillet 2007 à la lumière de ses considérants.
3. Dans un grief de fond, les recourants estiment que l'étude d'impact devait porter sur l'ensemble du projet, dans le cadre de la procédure décisive d'approbation du projet routier. Une étude d'impact par éta-pes ne serait pas possible. En l'occurrence, aucune étude d'impact d'ensemble n'aurait été réalisée pour évaluer les différentes variantes et examiner l'admissibilité des dérogations requises.
3.1 L'étude d'impact exigée par l'art. 9 al. 1 (actuellement, 10a à 10d) de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01) intervient sur la base d'un rapport d'impact (art. 10b LPE), de l'avis des services spécialisés de l'administration, d'informations complémentaires et éventuellement d'expertises (art. 10b al. 4 et 10c LPE). Son objet est défini à l'art. 3 al. 1 OEIE: il s'agit de déterminer si un projet d'installation répond aux prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement. Aux termes de l'art. 5 al. 2 OEIE, l'EIE est effectuée dans le cadre d'une procédure donnée ("procédure déci-sive"). En l'occurrence, la procédure décisive est à déterminer par le droit cantonal (ch. 11.3 de l'annexe à l'OEIE). Il s'agit de la procédure d'adoption des projets de construction des routes (ch. 11.3 de l'annexe au règlement cantonal d'application de l'OEIE - RVOEIE), pour laquelle une EIE par étapes (art. 6 OEIE) n'est pas prévue (cf. art. 3 al. 2 et 4 RVOEIE). Rien ne s'oppose en effet, dans ce cadre, à la réalisation d'une EIE exhaustive conformément à l'art. 5 al. 3, 3e phrase OEIE.
3.2 Les recourants considèrent à tort que l'annulation des premières décisions aurait empêché un examen d'ensemble de l'impact du projet sur l'environnement. Le premier arrêt du Tribunal administratif se pro-nonce en effet sur l'opportunité de la variante retenue. Le complé-ment exigé portait sur des points précis, soit la mise à l'enquête des mesures d'accompagnement et des modifications du projet, le respect des VLI et la possibilité d'allègements, soit des questions que les recourants eux-mêmes qualifient de détails. Ainsi, en dépit de l'annu-lation des décisions formelles d'approbation, la cour cantonale n'a fait qu'exiger des rapports complémentaires, comme aurait pu le faire l'au-torité compétente sur la base de l'art. 10b al. 4 LPE, sans que l'on puisse pour autant parler d'EIE par étapes. Au demeurant, les recou-rants estiment que les dérogations requises par le projet nécessitait une nouvelle pesée globale des intérêts, mais ils ne prétendent pas avoir soulevé des arguments relatifs au projet dans son ensemble, que la cour cantonale aurait refusé d'examiner. Celle-ci a notamment ré-pondu aux griefs concernant les prévisions de trafic qui figuraient dans le premier rapport d'impact. A l'exception de ces griefs, les arguments soulevés dans le présent recours sont eux aussi limités aux objets de l'enquête complémentaire.
3.3 Les recourants invoquent également l'art. 22 OEIE. Ils estiment que la route de contournement serait financée en partie par le sub-ventionnement accordé par la Confédération dans le cadre du projet d'agglomération Lausanne-Morges (PALM), de sorte que l'autorité fé-dérale aurait dû être consultée. Bien que prévue par la LPE, cette consultation s'inscrit dans le cadre de l'octroi de subventions. Elle est sans aucune incidence sur le respect des conditions matérielles rela-tives à la protection de l'environnement, et son absence ne saurait jus-tifier l'annulation des mesures de planification. L'argument des recou-rants doit par conséquent être écarté.
4. Les recourants se prévalent également du Manuel du bruit routier, aide à l'exécution pour l'assainissement, publié en 2006 par l'OFEV et l'OFROU. Ils estiment que l'étude acoustique complémentaire ne satisferait pas aux exigences figurant dans ce manuel. Elle ne présenterait pas l'incidence d'éléments comme le giratoire, le portail du tunnel et la pente de la route. Elle se fonderait sur des chiffres de trafic remontant à 2004, et ne préciserait pas le logiciel utilisé. Les demandes d'allègements concernant les routes de la Feuillère et d'Oron seraient présentées sous la forme d'un simple tableau.
4.1 Contrairement à ce que semblent soutenir les recourants - et comme le confirme l'OFEV lui-même -, le Manuel du bruit routier ne constitue pas une directive proprement dite, mais une simple aide à l'application de l'OPB. En outre, il s'applique à l'assainissement des routes existantes, voire aux installations nouvelles (pp. 12-13), mais pas aux mesures de protection contre le bruit en cas de modification notable au sens de l'art. 8 al. 2 OPB. Quoi qu'il en soit, même en tant que directive applicable au cas d'espèce, un tel texte n'en aurait pas pour autant force de loi et ne lierait ni les administrés, ni l'administration. Il tend à assurer l'application uniforme de certaines dispositions légales, et à expliciter leur interprétation. De telles directives ne peuvent sortir du cadre fixé par la norme supérieure qu'elles sont censées concrétiser. A défaut de lacune, elles ne peuvent prévoir autre chose que ce qui découle de la législation ou de la jurisprudence (ATF 133 II 305 consid. 8.1 p. 315; 121 II 473 consid. 2b p. 478 et les références). Le Manuel précise d'ailleurs lui-même (p. 2) que d'autres solutions que celles qu'il retient sont également admissibles au regard du droit fédéral.
4.2 En l'occurrence, les recourants soulèvent, à l'égard de l'étude acoustique complémentaire, une série de griefs d'ordre formel (défaut de mention du logiciel, mode de présentation des demandes d'allègements, défaut d'indication de certains facteurs de pondération), sans prétendre que ces irrégularités auraient des incidences matérielles sur la détermination du bruit routier. Ces griefs apparaissent d'ailleurs mal fondés: l'étude complémentaire mentionne les méthodes de détermination (logiciel IMMI 5.2, mesurages et calculs effectués en juin 2005); le rapport complémentaire relatif à la route de contournement précise qu'il a été tenu compte des modifications et de toutes les mesures d'accompagnement mentionnées (les écrans, le revêtement phono-absorbant, l'implantation du giratoire, la modification du profil, la couverture de la route notamment); les caractéristiques de calcul sont clairement exposées. Enfin, si les demandes d'allègements figurent effectivement sur un tableau récapitulatif, chaque immeuble concerné fait l'objet d'une détermination distincte, avec les façades et étages concernés, et figure sur les plans annexés. On ne saurait qualifier la demande d'allègements de simple énumération. En définitive, rien ne permet de mettre en doute l'exactitude des études de bruit dont le service cantonal spécialisé a estimé - et confirmé dans le cadre de la présente procédure de recours - qu'elles étaient conformes à la pratique usuelle.
5. Dans un grief relatif à la constatation des faits, les recourants prétendent que le projet aurait dû être soumis à l'OFROU et à l'OFEV en raison de ses coûts et de l'importance des mesures de lutte contre le bruit. Les recourants se réfèrent également sur ce point au Manuel sur le bruit routier, sans toutefois prétendre que le défaut d'implication des offices fédéraux violerait une disposition de droit fédéral, ni que cela devrait impliquer l'annulation des décisions d'approbation. Il n'est dès lors pas possible de savoir quelle influence aurait eu l'état de fait contesté sur l'application du droit (art. 97 al. 1 LTF). Cela étant, point n'est besoin de rechercher si, par son ampleur, le projet correspond aux "circonstances exceptionnelles" évoquées dans le Manuel du bruit routier. En effet, ce dernier ne s'applique qu'aux procédures d'assainissement. Au demeurant, l'OFEV, invité à se déterminer dans le cadre de la procédure devant le Tribunal fédéral, n'a pas estimé que son droit d'être informé et impliqué aurait été indûment ignoré.
6. Dans un second grief relatif à la constatation des faits, les recourants estiment que les pronostics de trafic retenus dans le rapport d'impact seraient erronés. Certains flux de véhicules disparaîtraient d'un tronçon à l'autre, notamment entre le bas de la route de Berne et la route de contournement.
6.1 Les recourants contestaient, dans leur recours cantonal, les mouvements journaliers de véhicules sur les routes de la Feuillère et d'Oron. En revanche, leurs critiques ne portaient pas sur la continuité des flux de véhicules. Tel qu'il est soulevé, l'argument est nouveau, de sorte que le grief d'arbitraire apparaît irrecevable (art. 86 al. 1 let. d LTF; ATF 135 I 91 consid. 2.1 p. 93).
Il serait de toute manière mal fondé.
6.2 Il n'y a arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits (art. 105 al. 2 LTF) que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a effectué des déductions insoutenables (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322).
6.3 Interpellé à ce sujet par le Tribunal administratif dans le cadre du premier recours cantonal, le Service cantonal des routes et de la mobilité a expliqué, dans une note du 16 mai 2007, qu'il n'était pas possible de suivre linéairement les différences de trafic car les flux, en se croisant, s'additionnent par endroit et se compensent ailleurs partiellement. Le Service des routes illustrait son explication par un exemple fictif et simplifié du changement de régime à la place de la Sallaz, selon la variante finalement retenue. Il expliquait que les calculs de trafic devaient tenir compte d'une part de la diminution du trafic liée à l'entrée en exploitation du M2 et d'autre part de la réorganisation complète des flux dans le périmètre, puisqu'il n'y avait plus de croisement de flux. Répondant aux objections des recourant, le Service cantonal relevait que l'on ne pouvait se limiter au seul périmètre de la place de la Sallaz, mais qu'il fallait tenir compte de l'ensemble des déplacements dans tout le nord-est de l'agglomération, ainsi que des changements d'attractivité des différents itinéraires.
Compte tenu de ces explications, reprises dans l'arrêt attaqué, les arguments de détail des recourants ne suffisent pas pour faire apparaître arbitraire le pronostic de trafic retenu dans le rapport d'impact, et confirmé par le service spécialisé au sens des art. 10c LPE et 13 OEIE.
7. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants qui succombent. Il n'est pas alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5000 fr., sont mis à la charge des recourants. Il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et du Conseil communal de la Ville de Lausanne, au Département des infrastructures, au Département de la sécurité et de l'environnement, Service de l'environnement et de l'énergie, et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 17 mai 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz