Sachverhalt:
A. Nach seiner Frühpensionierung meldete sich der mit Y._ verheiratete X._ Ende 1998 nach langjähriger Tätigkeit in der Direktion der Firma A._ von F._ (ZH) nach Kuala Lumpur (Malaysia) ab. Dort beschäftigte er sich im Auftragsverhältnis mit der Expansion der A._ Gruppe in Malaysia.
In den Steuererklärungen 1999-2002 gaben die Eheleute X._-Y._ an, freiwillig getrennt zu leben, und zwar die Ehefrau (weiterhin) in F._ und der Ehemann in Kuala Lumpur. Dementsprechend wiesen sie die Einkünfte von X._ aus selbständiger Erwerbstätigkeit, die Pensionskassen-Rente sowie die Hälfte der Wertschriften und Guthaben samt den entsprechenden Erträgen Malaysia zur Besteuerung zu, wogegen sie die Erwerbseinkünfte von Y._, das Grundeigentum mit den entsprechenden Erträgen sowie die andere Hälfte der Wertschriften und Guthaben samt den diesbezüglichen Erträgen als in der Schweiz steuerbar deklarierten. Mit Veranlagungsverfügung vom 5. April 2005 schätzte der Steuerkommissär die Eheleute X._-Y._ für die direkte Bundessteuer sowie für die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerjahre 1999-2002 ein. Seine Einschätzung basierte auf der Selbstdeklaration der Steuerpflichtigen, jedoch ging der Steuerkommissär davon aus, dass X._ unverändert in F._ ansässig sei, und lehnte es deshalb ab, ausländisches Einkommen und Vermögen auszuscheiden. An seiner Einschätzung hielt der Steuerkommissär auch im Einspracheentscheid vom 1. November 2005 fest.
B. Eine Beschwerde hiergegen wurde von der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. März 2006 abgewiesen. Der Entscheid der Steuerrekurskommission betraf sowohl die direkte Bundessteuer als auch die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerjahre 1999-2002.
Die Pflichtigen führten in der Folge betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1999-2002 einerseits sowie die direkte Bundessteuer 2001-2002 andererseits Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welche mit zwei Entscheiden vom 20. Dezember 2006 abgelehnt wurde (vgl. BGE 130 II 65 zu den unterschiedlichen Rechtsmittelzügen für die kantonalen und kommunalen Steuern einerseits und die direkte Bundessteuer andererseits vor und nach Verbindlichkeit der Vorgaben des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden). Die Urteile des Verwaltungsgerichts wurden von den Steuerpflichtigen mittels Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten (Verfahren 2A.119/2007 und 2A.120/2007). Mit Urteil vom 13. August 2007 vereinigte das Bundesgericht die beiden Verfahren 2A.119/2007 und 2A.120/2007 und wies die Verwaltungsgerichtsbeschwerden kostenfällig ab.
C. Betreffend die direkte Bundessteuer 1999-2000 sowie die Bundessteuer auf der Kapitalleistung aus Vorsorge 1999 fechten die Steuerpflichtigen den Entscheid der Steuerrekurskommission mit Eingabe vom 5. Mai 2006 direkt beim Bundesgericht an. Sie stellen sinngemäss den Antrag, der angefochtene Entscheid der Steuerrekurskommission sei aufzuheben, und die Faktoren seien, unter Berücksichtigung der in den Steuererklärungen vorgenommenen Ausscheidung von ausländischem Einkommen und Vermögen, neu festzusetzen. Von der Besteuerung der Kapitalleistung aus Vorsorge sei abzusehen. Sie rügen eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung von Bundesrecht.
Das Kantonale Steueramt Zürich, die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Während des Verfahrens betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1999-2002 sowie die direkte Bundessteuer 2001-2002 blieb das vorliegende bundesgerichtliche Verfahren sistiert. Im Anschluss an die Eröffnung des bundesgerichtlichen Urteils vom 13. August 2007 betreffend die Verfahren 2A.119/2007 und 2A.120/2007 und in Beantwortung einer entsprechenden Anfrage des Präsidenten der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts haben die Beschwerdeführer mitgeteilt, dass sie an ihrer Beschwerde vollumfänglich festhalten.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Entscheid der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich vom 29. März 2006 ist vor dem Inkrafttreten des BGG am 1. Januar 2007 ergangen, weshalb hier noch das OG anwendbar ist (vgl. Art. 132 Abs. 1 BGG).
1.2 Der angefochtene Entscheid der Steuerrekurskommission ist betreffend die direkte Bundessteuer 1999/2000 ein auf Steuerrecht des Bundes gestütztes, letztinstanzliches kantonales Urteil, das mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 5 VwVG [SR 172.021] und Art. 98 lit. g OG sowie Art. 146 DBG [SR 642.11]). Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 103 lit. a OG zur Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheids legitimiert, weshalb auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde einzutreten ist.
1.3 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde können die Beschwerdeführer die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens (Art. 104 lit. a OG) sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 104 lit. b OG) rügen. Hat - wie im vorliegenden Fall - als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden, so ist das Bundesgericht an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, wenn der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig oder unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
2. 2.1 Gemäss Art. 3 DBG ist eine natürliche Person aufgrund persönlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig, wenn sie ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt in der Schweiz hat. Bei persönlicher Zugehörigkeit ist die Steuerpflicht grundsätzlich unbeschränkt. Sie erstreckt sich aber nicht auf Geschäftsbetriebe, Betriebsstätten und Grundstücke im Ausland (Art. 6 Abs. 1 DBG).
2.2 Bezüglich dem Begriff des Wohnsitzes i.S. von Art. 3 Abs. 2 DBG hat die Steuerrekurskommission ausgeführt, dass dieser dem Wohnsitzbegriff des Zivilrechts (Art. 23 Abs. 1 ZGB) nachgebildet, jedoch nicht mit diesem identisch sei. Der steuerrechtliche Wohnsitzbegriff knüpfe nach der für das Abgaberecht geltenden wirtschaftlichen Betrachtungsweise an die tatsächliche Gestaltung der Dinge an (Faktizitätsbegriff). Entscheidend sei daher die Gesamtheit der objektiven äusserlich erkennbaren Umstände. Subjektive Absichten eines Steuerpflichtigen seien dagegen nicht beachtlich, wenn sie zur tatsächlichen Gestaltung der Verhältnisse im Widerspruch stünden. Einen steuerrechtlichen Wohnsitz in der Schweiz habe eine Person dann, wenn sie sich hier mit der Absicht dauernden Verbleibens aufhalte. Massgebend hierfür sei, wo sich der Mittelpunkt ihrer persönlichen und wirtschaftlichen Interessen befinde. Nicht entscheidend für die Frage des steuerrechtlichen Wohnsitzes bzw. des tatsächlichen Aufenthaltes sei dagegen die polizeiliche An- oder Abmeldung. Auch eine vorübergehende Unterbrechung des tatsächlichen Aufenthaltes am steuerrechtlichen Wohnsitz bleibe in der Regel ohne steuerliche Auswirkungen. Ehegatten hätten bei rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe ihren gemeinsamen steuerrechtlichen Wohnsitz grundsätzlich dort, wo sich die Familie befinde. Zwar sei es möglich, dass ein Ehegatte einen eigenen steuerrechtlichen Wohnsitz haben könne, ohne dass deswegen die Ehe als (tatsächlich) getrennt zu betrachten wäre; selbst wenn sich ein Ehegatte aus beruflichen oder sonstigen Gründen langfristig im Ausland oder in einem anderen Kanton aufhalte, behalte dieser Ehegatte aber den steuerrechtlichen Wohnsitz bei der Familie bei, solange er am Arbeitsort nicht den Mittelpunkt seiner Lebensinteressen (und somit seinen eigenen steuerrechtlichen Wohnsitz) begründe.
Aufgrund der kantonalen Steuerakten stellte die Steuerrekurskommission fest, dass bei einer rein quantitativen Aufenthaltsgewichtung ohnehin nur in Bezug auf das Jahr 1999 eine (kurzzeitige) Vertiefung der Beziehungen des Pflichtigen zum asiatischen Raum bzw. zu Malaysia erkennbar sei. Auch im Jahr 1999 sei er aber immer wieder zu seiner Ehefrau nach F._ zurückgekehrt, mit welcher er unbestrittenermassen eine Ehe mit gemeinsamer Mittelverwendung weitergeführt habe. Die von der Ehefrau bewohnte 4 1⁄2-Zimmer Terrassenwohnung in F._ stehe zudem im Eigentum des Pflichtigen. Die Aufenthalte in Kuala Lumpur hätten nie länger als sechs Wochen gedauert. Der Pflichtige habe in Malaysia auch nicht über eine eigene Wohnung verfügt, sondern er habe in der Regel in den Häusern von Privatpersonen oder in Hotels übernachtet. Auch die Ebene der beruflichen Tätigkeiten spreche nicht für eine schwergewichtige Verlagerung seines Lebensmittelpunktes nach Malaysia, zumal die Übernahme von projektbezogenen Beratungsmandaten mit damit verbundenen einzelnen Aufenthalten am Ort der zu beratenden Gesellschaften auch bei schweizerischem Steuerdomizil erfolgen könne, und die Inanspruchnahme von nicht näher substantiierten Dienstleistungen eines Office Centres ebenfalls nicht auf die Absicht des dauernden Aufenthaltes schliessen lasse. Aufgrund dieser Umstände sei davon auszugehen, dass der Steuerpflichtige in der fraglichen Periode Wohnsitz in F._ gehabt habe. Die Steuerrekurskommission setzte sich auch ausführlich mit den von den Steuerpflichtigen vorgebrachten Gegenargumenten auseinander, befand jedoch, dass diese nicht geeignet seien, den (Gegen-)beweis für eine Wohnsitzverlegung nach Malaysia zu erbringen.
Was die Beschwerdeführer gegen diese Ausführungen der Steuerrekurskommission vorbringen, vermag nicht zu überzeugen. Vielmehr leiten sie ihre Einwände aus einer anderen Würdigung von bereits bekannten und von der Steuerrekurskommission gebührend berücksichtigten Gegebenheiten ab und beschränken sich in den wesentlichen Punkten auf die blosse Wiederholung ihres bereits im Rekursverfahren vertretenen Standpunktes. Es gelingt ihnen nicht, darzutun, inwieweit der Sachverhalt von der Vorinstanz offensichtlich unrichtig oder unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt worden sein soll, oder inwiefern die Steuerrekurskommission das Bundesrecht falsch angewendet habe. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, dass die Beschwerdeführer in den streitbetroffenen Jahren ihren gemeinsamen steuerrechtlichen Wohnsitz in der Schweiz bzw. in F._ ZH hatten, ist demnach nicht zu beanstanden. Im Verfahren 2A.119/2007 bzw. 2A.120/2007, welches dieselbe Steuerperiode betraf, hatten die Pflichtigen diesen Umstand denn auch ausdrücklich nicht mehr bestritten (vgl. E. 3.1 des Urteils 2A.119/2007).
2.3 Im Verfahren 2A.119/2007 bzw. 2A.120/2007 hat das Bundesgericht festgestellt, dass der Beschwerdeführer in Kuala Lumpur weder über eine Betriebsstätte noch über einen Geschäftsbetrieb verfügte (E. 3 des erwähnten Urteils vom 13. August 2007). Im vorliegenden Verfahren wurden diesbezüglich keine neuen, noch unberücksichtigten Argumente vorgebracht. Aufgrund des DBG allein bleibt es daher bei der unbeschränkten Steuerpflicht der Beschwerdeführer in der Schweiz.
3. 3.1 Zu prüfen bleibt demzufolge nur, ob diese unbeschränkte Steuerpflicht in der Schweiz gestützt auf Art. 14 des Abkommens vom 30. Dezember 1974 zwischen dem Schweizerischen Bundesrat und der Regierung von Malaysia zur Vermeidung der Doppelbesteuerung auf dem Gebiete der Steuern vom Einkommen (DBA-MAL, SR 0.672.952.71) eingeschränkt wird. Nach Art. 14 Abs. 1 DBA-MAL sind Einkünfte aus unselbständiger oder selbständiger Erwerbstätigkeit grundsätzlich im Ansässigkeitsstaat (Wohnsitz) der steuerpflichtigen Person steuerbar. Wenn die Arbeit, die Dienste oder die Tätigkeiten aber im andern Vertragsstaat ausgeübt oder geleistet werden, können die dafür bezogenen Vergütungen oder Einkünfte im Tätigkeitsstaat besteuert werden. Die Honorareinnahmen des Beschwerdeführers aus Tätigkeiten in Malaysia sind demnach grundsätzlich dort steuerbar.
3. 3.1 Zu prüfen bleibt demzufolge nur, ob diese unbeschränkte Steuerpflicht in der Schweiz gestützt auf Art. 14 des Abkommens vom 30. Dezember 1974 zwischen dem Schweizerischen Bundesrat und der Regierung von Malaysia zur Vermeidung der Doppelbesteuerung auf dem Gebiete der Steuern vom Einkommen (DBA-MAL, SR 0.672.952.71) eingeschränkt wird. Nach Art. 14 Abs. 1 DBA-MAL sind Einkünfte aus unselbständiger oder selbständiger Erwerbstätigkeit grundsätzlich im Ansässigkeitsstaat (Wohnsitz) der steuerpflichtigen Person steuerbar. Wenn die Arbeit, die Dienste oder die Tätigkeiten aber im andern Vertragsstaat ausgeübt oder geleistet werden, können die dafür bezogenen Vergütungen oder Einkünfte im Tätigkeitsstaat besteuert werden. Die Honorareinnahmen des Beschwerdeführers aus Tätigkeiten in Malaysia sind demnach grundsätzlich dort steuerbar.
3.2 3.2.1 Von der Möglichkeit einer Besteuerung im Tätigkeitsstaat sieht Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL jedoch folgende Ausnahme vor:
"Ungeachtet des Absatzes 1 dieses Artikels können Vergütungen oder Einkünfte, die eine in einem Vertragsstaat ansässige Person für in dem anderen Vertragsstaat während eines Kalenderjahres ausgeübte oder geleistete unselbständige Arbeit, Dienste oder Tätigkeiten bezieht, nur in dem erstgenannten Vertragsstaat besteuert werden, wenn
a) der Empfänger sich in dem anderen Vertragsstaat insgesamt nicht länger als 183 Tage während des betreffenden Kalenderjahres aufhält,
b) die Dienste oder Tätigkeiten im Auftrag oder für Rechnung einer Person ausgeübt oder geleistet werden, die nicht in dem anderen Vertragsstaat ansässig ist, und
c) die Vergütungen oder Einkünfte nicht unmittelbar von den Einkünften einer Betriebsstätte abgezogen werden können, die die Person in dem anderen Vertragsstaat hat."
Wenn diese Voraussetzungen von Art. 14 Abs. 2 DBA-Mal kumulativ erfüllt sind, kann das im Tätigkeitsstaat erzielte Einkommen gleichwohl im Ansässigkeitsstaat (d.h. vorliegend in der Schweiz) erfasst werden. Diese Bestimmung bezieht sich nicht nur auf Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit, sondern ebenso auf solche aus selbständiger Erwerbstätigkeit, und zwar selbst dann, wenn daselbst keine feste Einrichtung existiert (Urteil 2A.119/2007; 2A.120/2007 vom 13. August 2007 E. 4.3 ff.).
3.2.2 Der Beschwerdeführer behauptet nicht mehr, er habe sich in einem der streitbetroffenen Kalenderjahre länger als 183 Tage in Malaysia aufgehalten. Dass er in Malaysia keine Betriebsstätte führte, wurde bereits aufgezeigt. Der Beschwerdeführer hält jedoch nach wie vor dafür, der Auftrag für sein Tätigwerden sei von einer in Malaysia ansässigen Person erteilt worden bzw. eine solche habe die Vergütung für seine Bemühungen letztlich getragen. Die Vorinstanz argumentierte dagegen, der Beschwerdeführer sei für das in Malaysia betreute Projekt im Auftrag der Zurich Asia Holdings, Hamilton (Bermuda), tätig gewesen, die ihn auch bezahlt habe. Die Tätigkeit sei mithin im Auftrag oder für Rechnung einer Person ausgeübt worden, die nicht in Malaysia ansässig ist.
Was die Auftragserteilung anbetrifft, so hat sich das Bundesgericht mit dieser Frage einlässlich auseinandergesetzt (Urteil 2A.119/2007; 2A.120/2007 vom 13. August 2007 E. 4.5.1). Aus keinem der ins Recht gelegten Beweismittel ergibt sich ein klarer Grundauftrag der malaysischen Gesellschaft für das bearbeitete Fusionsvorhaben. Die Tatsache, dass gewisse vom Beschwerdeführer unterzeichnete Einzelanweisungen auf Briefpapier dieser Gesellschaft erteilt wurden, vermag darüber noch nichts auszusagen. Analog verhält es sich mit dem "Memorandum of Understanding" vom 6. Dezember 2000. Aufgrund dieser UnterIagen ergibt sich wohl eine Bevollmächtigung des Beschwerdeführers für gewisse Rechtsgeschäfte bzw. Tathandlungen, aber daraus lässt sich nicht auf einen eigentlichen Grundauftrag seitens der Tochtergesellschaft bezüglich der Fusion zurückschliessen. Es besteht daher keine Veranlassung, von den Feststellungen im erwähnten Urteil abzuweichen.
Die Beschwerdeführer stützen ihren Standpunkt, die Zahlung des Beratungshonorars sei letztlich von der malaysischen Tochtergesellschaft der Firma A._ getragen worden, im Wesentlichen auf Unterlagen, die sie dem Bundesgericht mit Schreiben vom 16. Mai 2006 beigebracht haben. Diese Beweismittel lagen demnach der Steuerrekurskommission noch nicht vor. Es erhellt daher ohne weiteres, dass der Vorinstanz keine unvollständige Sachverhaltsfeststellung vorgehalten werden kann, wenn sie die fraglichen Dokumente überhaupt nicht kennen konnte. Auch legen die Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern erst der angefochtene Entscheid zur Einreichung der Beweismittel Anlass gegeben hätte, oder weswegen es ihnen nicht möglich gewesen sei, die Unterlagen rechtzeitig zu präsentieren. Ohnehin wären jedoch die eingereichten Belege nicht geeignet, etwas zu Gunsten der Beschwerdeführer herzuleiten: Die Schweiz hält jedenfalls bei unselbständiger Erwerbstätigkeit an einer formalen Betrachtungsweise des Arbeitgeberbegriffs fest, wonach massgebend ist, wer zivilrechtlich als weisungsberechtigter Arbeitgeber in Erscheinung tritt und das Entgelt auszahlt, nicht jedoch an wen es letztlich weiter belastet wird (ERNST HÖHN, Handbuch des internationalen Steuerrechts der Schweiz, 2. Aufl. 1993, S. 183; ROBERT WALDBURGER, Das Einkommen aus unselbständiger Arbeit im internationalen Steuerrecht der Schweiz, Diss. St. Gallen 1990, S. 124; vgl. ERICH BOSSHARD/FELIX RAJOWER, Begriff des Arbeitgebers gemäss Art. 15 Abs. 2 Bst. b OECD-Musterabkommen [Monteurklausel], IFF Forum für Steuerrecht, 2003, H. 3, S. 200 ff., insbesondere S. 211 ff.). Nichts anderes kann gelten, wenn das fragliche Entgelt aus einem Auftragsverhältnis resultiert.
3.3 Zusammenfassend hat die Vorinstanz den rechtserheblichen Sachverhalt in nicht zu beanstandender Weise festgestellt und die Anwendung von Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL zu Recht bejaht. Die fraglichen Einkünfte aus der Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers in Malaysia sind demzufolge in der Schweiz als Ansässigkeitsstaat zu besteuern.
Auf die Pensionskassen-Rente, auf die den Beschwerdeführern im Jahr 1999 zugeflossene Kapitalleistung aus Vorsorge sowie auf die Einkünfte aus beweglichem Vermögen war Art. 14 DBA-MAL zum vornherein nicht anwendbar.
Dass der Beschwerdeführer in Malaysia auf seinen dortigen Einkünften aus Erwerbstätigkeit tatsächlich Einkommenssteuern entrichtet hätte, wird von diesem im Übrigen nicht behauptet.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich dem Gesagten zufolge als unbegründet und ist abzuweisen.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 153 und Art. 153a in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 und 7 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (vgl. Art. 159 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. November 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Zähndler