Sachverhalt:
A. Am 23. Januar 1961 erwarb die K._ AG drei Liegenschaften auf dem Gebiet der schwyzerischen Gemeinde I._ (Grundbuchblätter GB xx1 und xx2 sowie xx3). Am 25. Januar 2000 änderte die Gesellschaft ihren Namen auf H._ AG und wurde von der C._ AG (U._) übernommen. In weiteren Schritten wurde die H._ AG ohne Liquidation aufgelöst, während die C._ AG in die Z._ AG umfirmiert wurde. Die drei Liegenschaften in I._ gelangten dadurch ins Eigentum der Z._ AG. Am 6. April 2004 löste die Generalversammlung die Z._ AG (U._) infolge Fusion mit der X._ AG in W._ auf.
B. Noch vor der Fusion mit der X._ AG veräusserte die Z._ AG die drei Liegenschaften in I._.
B.a Am 30. Juli 2003 verkaufte sie das Grundstück GB xx2 für Fr. 50'000.--. Mit Verfügung vom 25. März 2004 ging die kantonale Steuerverwaltung Schwyz dafür von einer massgeblichen Besitzesdauer seit dem 25. Januar 2000 aus und ermittelte einen Grundstückgewinn von Fr. 33'450.--, den sie mit einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 6'680.-- veranlagte.
Ebenfalls am 30. Juli 2003 verkaufte die Z._ AG die Liegenschaft GB xx1 zum Preis von Fr. 25'000.--. Auch für diesen Verkauf ging die kantonale Steuerverwaltung von einer massgeblichen Besitzesdauer seit dem 25. Januar 2000 aus. Bei einem berechneten Grundstückgewinn von Fr. 9'300.-- veranlagte sie die Z._ AG am 25. März 2004 zu einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 2'709.--.
Gegen die beiden Veranlagungsverfügungen vom 25. März 2004 erhob die Z._ AG bzw. ihre Rechtsnachfolgerin X._ AG Einsprache.
B.b Mit Vertrag vom 2. Juli 2003 bzw. 21. Juli 2004 veräusserte die Z._ AG bzw. ihre Rechtsnachfolgerin X._ AG die Liegenschaft GB xx3 für Fr. 2'250'000.--. Für diesen Landverkauf ermittelte die kantonale Steuerverwaltung am 5. Oktober 2004 einen Grundstückgewinn von Fr. 2'240'000.--, den sie, erneut ausgehend von einer massgeblichen Besitzesdauer seit dem 25. Januar 2000, mit einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 667'710.-- veranlagte.
Auch dagegen erhob die X._ AG Einsprache.
C. Mit Entscheid vom 28. März 2007 vereinigte die kantonale Steuerkommission Schwyz die drei Einsprachen und wies sie ab.
D. Am 23. August 2007 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz eine dagegen erhobene Beschwerde der X._ AG gut, hob den Einspracheentscheid vom 28. März 2007 auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen an die Steuerkommission Schwyz zurück, damit diese die geschuldeten Grundstückgewinnsteuern auf der Grundlage einer anrechenbaren Besitzesdauer von über 25 Jahren neu ermitteln könne.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. Oktober 2007 an das Bundesgericht beantragt die kantonale Steuerverwaltung Schwyz, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 23. August 2007 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an dieses zurückzuweisen.
Die X._ AG schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Im Streit stehen drei Veranlagungen für Grundstückgewinnsteuern gemäss den §§ 104 ff. des Steuergesetzes des Kantons Schwyz vom 9. Februar 2000 (StG) für Landverkäufe der Beschwerdegegnerin bzw. ihrer Rechtsvorgängerin in den Jahren 2003 und 2004. Strittig ist die für die Bemessung der Grundstückgewinnsteuern anrechenbare Besitzesdauer. Das Verwaltungsgericht gelangte in Auslegung der übergangsrechtlichen Bestimmungen des Steuergesetzes, insbesondere von § 247 StG, zum Ergebnis, die Fusion vom 25. Januar 2000 sei für die Berechnung der Besitzesdauer unbeachtlich, weshalb auf den 23. Januar 1961 abzustellen sei. Demgegenüber ist die beschwerdeführende kantonale Steuerverwaltung der Auffassung, die Besitzesdauer habe am 25. Januar 2000 zu laufen begonnen. Unbestritten ist, dass die späteren Umstrukturierungen nach § 107 lit. e StG steueraufschiebende Wirkung entfalteten.
1.2 Die Beschwerde richtet sich gegen den Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor. Im Hinblick auf die Vorinstanz und den Streitgegenstand erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten damit grundsätzlich als zulässig (vgl. Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG).
1.3 Nach Art. 90 BGG steht die Beschwerde an das Bundesgericht offen gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Endentscheide). Angefochten ist hier ein Rückweisungsentscheid. Solche sind grundsätzlich Zwischenentscheide, gegen die nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht Beschwerde erhoben werden kann, selbst wenn damit über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden wird (vgl. BGE 133 V 477 E. 4.2 und 4.3 S. 481 f.; 132 III 785 E. 3.2 S. 790). Wenn jedoch der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, handelt es sich in Wirklichkeit um einen Endentscheid (Urteil des Bundesgerichts 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007, E. 1.1; vgl. auch Felix Uhlmann, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, Art. 90 N 9).
Im vorliegenden Fall hat das Verwaltungsgericht die Angelegenheit an die Steuerkommission Schwyz zurückgewiesen zur neuen Ermittlung der Grundstückgewinnsteuer auf der Grundlage einer anrechenbaren Besitzesdauer von über 25 Jahren. Dabei hat sich diese in erster Linie mit rein rechnerischen Fragen zu befassen, zu deren Beantwortung kein Beurteilungsspielraum verbleibt. Das angefochtene Urteil ist daher als Endentscheid zu behandeln.
Abgesehen davon wäre nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ausnahmsweise die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung liegt ein solcher irreversibler Nachteil unter anderem dann vor, wenn die beschwerdeführende Behörde einen neuen Entscheid fällen muss, den sie in der Folge nicht weiterziehen könnte (vgl. dazu BGE 133 II 409 E. 1.2 S. 412; 133 V 477 E. 5.2 S. 483 ff.). Auch diese Voraussetzung wäre vorliegend erfüllt.
2. 2.1 Die beschwerdeführende kantonale Steuerverwaltung behauptet nicht, der Kanton Schwyz sei wie ein Privater betroffen, und sie leitet ihre Beschwerdeberechtigung folgerichtig nicht aus Art. 89 Abs. 1 BGG ab. Es erscheint denn auch ausgeschlossen, den Staat als Steuergläubiger einem Privaten gleichzustellen. Das allgemeine Interesse an der richtigen Rechtsanwendung verschafft keine Beschwerdebefugnis im Sinne dieser Regelung; insbesondere ist die im Rechtsmittelverfahren unterlegene Behörde nicht ohne weiteres berechtigt, gegen den sie desavouierenden Entscheid an das Bundesgericht zu gelangen (BGE 131 II 58 E. 1.3 S. 62; 127 II 31 E. 2e S. 38, mit Hinweisen). Zur Begründung des allgemeinen Beschwerderechts genügt namentlich nicht jedes beliebige, mit der Erfüllung einer öffentlichen Aufgabe direkt oder indirekt verbundene finanzielle Interesse des Gemeinwesens (BGE 133 II 400 E. 2.4.2 S. 407; 133 V 188 E. 4.4.2 S. 194; 131 II 58 E. 1.3 S. 62; vgl. nunmehr auch BGE 134 II 45 E. 2.2.1).
2.2 Die beschwerdeführende Steuerverwaltung beruft sich hingegen auf Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG. Danach sind zur Beschwerde berechtigt Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
2.3 Gemäss Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) unterliegen Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie betreffen, nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Beschwerdeberechtigt sind nach Art. 73 Abs. 2 StHG die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung. Art. 73 Abs. 2 StHG bildet grundsätzlich einen Anwendungsfall von Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG (vgl. Bernhard Waldmann, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, Art. 89 N 68). § 168 StG bezeichnet die Veranlagungsbehörde als zuständige kantonale Behörde. Nach § 124 Abs. 1 StG handelt es sich dabei um die kantonale Steuerverwaltung.
2.4 Art. 12 StHG regelt die Besteuerung der Grundstückgewinne durch die Kantone. Die Bestimmung befindet sich im Zweiten Titel des Steuerharmonisierungsgesetzes, der die Vorschriften zur Vereinheitlichung der Steuern der natürlichen Personen enthält. Sie fällt damit in den Anwendungsbereich von Art. 73 StHG. Allerdings macht das beschwerdeführende Amt nicht eine Verletzung des Steuerharmonisierungsgesetzes geltend, sondern eine willkürliche Auslegung und Anwendung des ergänzenden kantonalen Steuerrechts. Es fragt sich, ob es dazu berechtigt ist.
2.5 Unter der Geltung des alten Verfahrensrechts (Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege, OG; BS 3 531) ging das Bundesgericht - übrigens in einem eine Grundstückgewinnsteuer betreffenden Fall - davon aus, dass es für die Frage der Legitimation nach Art. 73 StHG keine Rolle spiele, ob sich die Streitsache auf den Bereich abschliessender bundesrechtlicher Regelungen beziehe oder den Kantonen im Rahmen des harmonisierten Rechts Freiräume verblieben seien (BGE 130 II 202 E. 1 S. 204). Allerdings beschränkte das Bundesgericht trotz Zulässigkeit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde seine Prüfungsbefugnis gemäss den für die staatsrechtliche Beschwerde geltenden Grundsätzen, soweit der Bundesgesetzgeber dem kantonalen Gesetzgeber einen Gestaltungsspielraum einräumte (BGE 130 II 202 E. 3.1 S. 206). Da die kantonale Steuerverwaltung zur staatsrechtlichen Beschwerde jedoch nicht legitimiert war, entfiel für sie die Möglichkeit, insoweit selbst Beschwerde zu führen (BGE 131 II 710 E. 1.2 S. 713).
2.6 Neurechtlich ist die Unterscheidung von Verwaltungsgerichtsbeschwerde und staatsrechtlicher Beschwerde weggefallen bzw. sind die Funktionen der beiden Rechtsmittel weitgehend in der neuen Einheitsbeschwerde vereinigt.
2.6.1 Im öffentlichen Recht dient die Behördenbeschwerde an das Bundesgericht grundsätzlich dazu, die einheitliche und richtige Anwendung des Bundes(verwaltungs)rechts sicherzustellen (vgl. Etienne Poltier, Le recours en matière de droit public, in: La nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, hrsg. von Urs Portmann, Lausanne 2007, S. 160 f.; Waldmann, a.a.O., Art. 89 N 47; BBl 2001 4330). In Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG wird dieser enge Konnex zwischen Legitimation und Beschwerdegrund bei der allgemeinen Behördenbeschwerde ausdrücklich verlangt, indem die Beschwerdeberechtigung davon abhängt, dass der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung verletzen kann. Die gleiche Voraussetzung wird in Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG bei der besonderen Behördenbeschwerde nicht ausdrücklich wiederholt. Der Bundesgesetzgeber hat sich damit die Möglichkeit vorbehalten, in den entsprechenden Sonderbestimmungen spezifische Legitimationsvoraussetzungen zu definieren (vgl. Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, Art. 89 N 64; Waldmann, a.a.O., Art. 89 N 64 und 67). Grundsätzlich ist daher davon auszugehen, dass die Voraussetzungen der Beschwerdelegitimation von den zulässigen Beschwerdegründen systematisch strikt zu trennen sind, wenn der Bundesgesetzgeber nicht ausdrücklich eine spezifische Verknüpfung der beiden Gesichtspunkte vorsieht.
2.6.2 In analoger Weise hat das Bundesgericht im Zusammenhang mit der Beschwerdebefugnis der Staatsanwaltschaft zur Beschwerde in Strafsachen entschieden, das Bundesgerichtsgesetz behandle die Beschwerdegründe systematisch getrennt vom Legitimationserfordernis. Dies beruhte auf dem Hintergrund, dass sich die Legitimation der Staatsanwaltschaft (gemäss Art. 81 BGG) aus dem staatlichen Strafanspruch ableitet und sich mithin auf jede Rechtsverletzung bezieht, die bei der Anwendung von materiellem Strafrecht oder Strafprozessrecht begangen wird. Die Staatsanwaltschaft ist daher nach der Rechtsprechung zur neuen Einheitsbeschwerde in Strafsachen auch berechtigt, ein kantonales Strafurteil wegen willkürlicher Beweiswürdigung, aktenwidriger Sachverhaltsfeststellung oder willkürlicher Anwendung des kantonalen Prozessrechts anzufechten (BGE 134 IV 36 E. 1.4.3 S. 40 f.).
2.6.3 Kommt es somit massgeblich auf die gesetzliche Regelung der Beschwerdelegitimation an, ist vorliegend die Tragweite von Art. 73 StHG entscheidend. Mit der Justizreform erfuhr der Wortlaut dieser Bestimmung nur eine redaktionelle Änderung, indem in Abs. 1 der Begriff der Verwaltungsgerichtsbeschwerde durch denjenigen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ersetzt wurde (BBl 2001 4440). Aus den Materialien ergibt sich nirgends ein Hinweis darauf, dass der Gesetzgeber Änderungen bei der Beschwerdelegitimation beabsichtigte. Die Frage der Beschwerdeberechtigung ist daher gleich zu beantworten wie unter dem alten Verfahrensrecht. Das bedeutet insbesondere, dass die kantonale Steuerverwaltung unabhängig von der Frage der zulässigen Beschwerdegründe weiterhin zur Beschwerde legitimiert ist, wenn der angefochtene Entscheid eine Materie des Steuerharmonisierungsgesetzes gemäss der entsprechenden Umschreibung in Art. 73 StHG, nämlich eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie, betrifft. Dabei ist für die Frage der Beschwerdeberechtigung unmassgeblich, ob das Steuerharmonisierungsrecht dem Kanton insofern einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder nicht.
2.7 Nun hat allerdings das Bundesgericht entschieden, dass die kantonalen Durchführungsstellen im Zusammenhang mit Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung in Anwendung von Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 62 Abs. 1bis des Bundesgesetzes vom 6. Oktober 2000 über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG; SR 830.1) und Art. 38 der Verordnung vom 15. Januar 1971 über die Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (ELV; SR 831.301) nur zur Beschwerdeerhebung an das Bundesgericht legitimiert sind, soweit es um Ergänzungsleistungen geht, die im Bundesrecht geregelt sind, und nicht um solche, die sich auf kantonales Recht stützen. Das Bundesgericht hielt dazu ausdrücklich fest, die Bestimmungen über die Beschwerdeberechtigung könnten sich einzig auf den Vollzug des Bundesrechts beziehen (vgl. BGE 134 V 53 E. 2). Die rechtliche Ausgangslage unterscheidet sich jedoch wesentlich vom vorliegenden Fall: Anders als bei der nach Art. 12 StHG zwingend zu erhebenden Grundstückgewinnsteuer sind die Kantone von Bundesrechts wegen frei, ob und in welchem Umfang sie Unterstützungsleistungen erbringen wollen, die über das bundesgesetzliche Obligatorium hinausgehen (vgl. Art. 2 Abs. 2 ELG). Bei der Grundstückgewinnsteuer bestehen keine solchen Spielräume. Zwar verfügen die Kantone über gewisse Freiheiten bei der Ausgestaltung der Steuer, nicht aber bei deren Erhebung. Das rechtfertigt insofern eine uneingeschränkte Beschwerdelegitimation auch der kantonalen Steuerbehörden.
3. 3.1 Ist die kantonale Steuerverwaltung zur Beschwerde legitimiert, bleibt zu prüfen, welche Beschwerdegründe sie anrufen kann. Auszugehen ist dabei von der entsprechenden gesetzlichen Regelung in Art. 95-98 BGG, wobei die Geltendmachung einer Verletzung von Bundesrecht im Vordergrund steht (Art. 95 lit. a BGG).
3.2 Zum Bundesrecht zählt namentlich das Bundesgesetzesrecht. Art. 12 StHG enthält freilich nur wenige Vorschriften zur Grundstückgewinnsteuer bei der Veräusserung von Liegenschaften des Geschäftsvermögens. Vorgeschrieben wird zwar die Erhebung einer Grundstückgewinnsteuer; das Gesetz bleibt aber hinsichtlich der Ausgestaltung derselben und insbesondere betreffend die anrechenbare Besitzesdauer vage und enthält nur wenige Vorgaben an die Kantone. Die Kantone sind frei, die Grundstückgewinnsteuer über die ordentliche Einkommens- oder Gewinnsteuer oder mit einer besonderen Einkommenssteuer zu erheben (vgl. Art. 12 Abs. 4 StHG; Bernhard Zwahlen, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl., Basel/Genf/München 2002, Art. 12 N 3 ff.). Für den Fall, dass ein Kanton, wie hier, eine solche besondere Steuer erhebt, schreibt das Gesetz vor, wie bestimmte Grundstücke bei Umstrukturierungen zu behandeln sind (Art. 12 Abs. 4 lit. a StHG in Verbindung mit Art. 8 Abs. 3 und 4 sowie Art. 24 Abs. 3 und 3quater StHG) und dass die Überführung einer Liegenschaft vom Privat- ins Geschäftsvermögen nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden darf (Art. 12 Abs. 4 lit. b StHG). Ebenfalls zu beachten ist die allgemeine Regel, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden müssen als langfristige (Art. 12 Abs. 5 StHG).
Alle diese Grundsätze ruft das beschwerdeführende Amt indessen nicht direkt an. Vielmehr macht es einzig geltend, die Auslegung und Anwendung des kantonalen Steuergesetzes durch die Vorinstanz sei willkürlich. Die vorliegende Beschwerde der Steuerverwaltung zielt demnach nicht unmittelbar auf die Überprüfung des angefochtenen Entscheids mit dem Steuerharmonisierungsrecht des Bundes ab, sondern auf eine Kontrolle der Anwendung des kantonalen Rechts im Bereich eines entsprechenden Gestaltungsspielraums des Kantons.
3.3 Zu entscheiden ist somit, ob die Steuerverwaltung auch die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügen kann. Altrechtlich verfügte die staatliche Steuerverwaltung nicht über diese Möglichkeit, da sie insoweit zur staatsrechtlichen Beschwerde nicht legitimiert war (BGE 131 II 710 E. 1.2 S. 713; vgl. auch E. 2.5). Neurechtlich ist die Frage der Legitimation von derjenigen der zulässigen Beschwerdegründe jedoch zu trennen (vgl. E. 2.6.1). Im neuen System der Einheitsbeschwerde bestimmt das Gesetz die Beschwerdegründe einheitlich (in Art. 95-98 BGG). Die zur Beschwerde berechtigte Behörde kann - im Rahmen ihres Aufgabenbereichs - jede Rechtsverletzung geltend machen, die bei der Rechtsanwendung begangen wird, mithin auch eine Verletzung von Bundesverfassungsrecht als Teil des Bundesrechts im Sinne von Art. 95 lit. a BGG (BGE 134 IV 36 E. 1.4.3 S. 41).
3.4 Von der Steuerverwaltung angerufen werden kann vorliegend insbesondere das Willkürverbot nach Art. 9 BV als Bestandteil des Bundesverfassungsrechts. Das Willkürverbot räumt nicht nur dem Einzelnen im Sinne eines Grundrechts einen Anspruch auf willkürfreies Handeln der Behörden ein, sondern es beansprucht auch Geltung als objektives, für die gesamte Staatstätigkeit verbindliches Grundprinzip (BGE 134 IV 36 E. 1.4.4 S. 41 f.). Gestützt auf diesen objektiv-rechtlichen Gehalt von Art. 9 BV kann die kantonale Steuerverwaltung daher vorliegend geltend machen, die Vorinstanz habe das kantonale Recht willkürlich ausgelegt und angewendet.
4. 4.1 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 132 I 175 E. 1.2 S. 177; 131 I 467 E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
4.2 Strittig ist die Auslegung und Anwendung der Bestimmungen des Steuergesetzes des Kantons Schwyz vom 9. Februar 2000 (StG) über die Berechnung der für die Grundstückgewinnsteuer massgeblichen Besitzesdauer. Fraglich ist, wie sich die Kombination der ordentlichen gesetzlichen Regelung mit der entsprechenden Übergangsordnung im vorliegenden Fall auswirkt.
Nach § 113 StG entspricht der Grundstückgewinn dem Betrag, um den der Veräusserungserlös die Anlagekosten übersteigt (Abs. 1). Für die Gewinnbemessung bei der Veräusserung eines unter Steueraufschub erworbenen Grundstücks ist auf die letzte Veräusserung abzustellen, die keinen Steueraufschub bewirkt hat (Abs. 2). Gemäss § 121 StG bestimmen sich Beginn und Ende der Besitzesdauer nach dem Datum des Grundbucheintrages bzw. bei Fehlen eines solchen nach dem Zeitpunkt des Übergangs der Verfügungsgewalt oder der Beteiligungsrechte (Abs. 1). Massgebend für die Berechnung der Besitzesdauer ist die letzte Veräusserung (Abs. 2). Wurde das Grundstück aus steueraufschiebender Veräusserung erworben, wird für die Berechnung der Besitzesdauer auf die letzte steuerbegründende Veräusserung abgestellt. Bei Erwerb des Grundstücks durch Ersatzbeschaffung kommt nur für den nicht besteuerten Gewinn die Besitzesdauer des bei der Ersatzbeschaffung veräusserten Grundstücks zur Anrechnung (Abs. 3).
Übergangsrechtlich sieht das Gesetz in § 246 StG als Grundsatz vor, dass die Grundstückgewinnsteuer nach neuem Recht für alle Veräusserungen erhoben wird, die nach dem 31. Dezember 2000 im Grundbuch eingetragen werden. Für Veräusserungen ohne Grundbucheintrag ist das Datum des Übergangs der Verfügungsgewalt oder der Beteiligungsrechte massgebend. § 247 StG enthält eine spezifische Ergänzung für altrechtliche Sonderfälle. Danach ist insbesondere für die Gewinnbemessung und die Berechnung der Besitzesdauer bei der Veräusserung eines vor dem 1. Januar 2001 steuerfrei erworbenen Grundstücks auf die letzte besteuerte Veräusserung abzustellen. Dasselbe gilt für die Veräusserung eines Grundstücks, das vor dem 1. Januar 2001 aus einer Handänderung erworben wurde, die nach bisherigem Recht besteuert wurde, nach neuem Steuergesetz jedoch einen Steueraufschub bewirken würde.
4.3 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass für die drei hier fraglichen Grundstückverkäufe in den Jahren 2003 und 2004 gemäss § 246 StG das neue Recht anwendbar sei, was an sich unter den Verfahrensbeteiligten auch unbestritten ist. Demgegenüber habe für die früheren Handänderungen der Vorgängergesellschaft, die am 25. Januar 2000 im Grundbuch eingetragen wurden, noch das alte Grundstückgewinnsteuerrecht gegolten. In Übereinstimmung mit der Steuerverwaltung nahm das Verwaltungsgericht sodann an, dass ein altrechtlicher Sonderfall im Sinne von § 247 Abs. 1 StG vorliege, da die Auswirkungen der mit Grundbucheintrag vom 25. Januar 2000 erfolgten Umstrukturierung zu prüfen seien; dabei seien damals nach Durchführung der Umstrukturierung mit Fusion und Grundbucheintrag per 25. Januar 2000 Veranlagungsverfügungen getroffen worden, wonach keine Grundstückgewinnsteuern anfielen, weil die Übertragung zu Buchwerten erfolgt sei.
Zur hier strittigen Frage hielt das Verwaltungsgericht fest, dass die übergangsrechtliche Regelung in § 247 Abs. 1 StG bei den erfassten Sondertatbeständen eine Verlängerung der Besitzesdauer bewirke, wenn eine steuerfreie Handänderung stattgefunden habe, weil einzig auf den Zeitpunkt der letzten besteuerten Veräusserung abzustellen sei. Mithin solle in solchen Fällen die Besitzesdauer nicht unterbrochen werden. Vielmehr sei sie von der letzten besteuerten Veräusserung bis zur aktuellen Handänderung zu berechnen. Das gelte auch für die Veräusserung eines Grundstücks, die nach bisherigem Recht besteuert worden sei, nach neuem Steuergesetz jedoch einen Steueraufschub erhielte.
4.4 Der Standpunkt der Steuerverwaltung in der Beschwerdeschrift ist nicht ohne weiteres verständlich. Sie scheint jedoch im Wesentlichen einzuwenden, die im früheren Recht vorgesehenen (echten) Steuerbefreiungstatbestände hätten - im Unterschied zu so genannten unechten Befreiungs- sowie zu Steueraufschubtatbeständen - altrechtlich dazu geführt, dass die Besitzesdauer neu zu laufen beginne (vgl. dazu die Darstellung bei Xaver Mettler, Die Grundstückgewinnsteuer des Kantons Schwyz, Zürich 1990, S. 126 ff. ). Solche Steuerbefreiungen widersprächen heute jedoch dem Steuerharmonisierungsrecht des Bundes und seien deshalb abgeschafft worden. Die Auslegung des Verwaltungsgerichts führe nunmehr dazu, dass übergangsrechtlich eine altrechtliche Steuerbefreiung die Besitzesdauer nicht mehr unterbreche, was im Ergebnis krass stossend erscheine.
4.5 Der Standpunkt der beschwerdeführenden Steuerverwaltung ist insbesondere aus systematischen Gründen bis zu einem gewissen Grade nachvollziehbar. Die früheren, damals zulässigen Tatbestände der Steuerbefreiung beeinflussen übergangsrechtlich die Rechtslage und führen zu systematisch fragwürdigen Folgen. Demgegenüber spricht für die Auffassung der Vorinstanz zunächst der Wortlaut des Gesetzes. Der angefochtene Entscheid steht sodann im Einklang mit dem gesetzgeberischen Willen, im Grundstückgewinnsteuerrecht Umstrukturierungen grundsätzlich steuerneutral auszugestalten. Insofern entspricht er auch besser dem heute geltenden Harmonisierungsrecht. Art. 23 Abs. 4 StHG (in der Fassung des Fusionsgesetzes vom 3. Oktober 2003, in Kraft seit dem 1. Juli 2004; SR 221.301) sieht nämlich vor, dass bei Umstrukturierungen wie Fusion, Spaltung oder Umwandlung die stillen Reserven nicht zu besteuern sind, wenn die bisher massgeblichen Werte weitergeführt werden, was bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln ist (Art. 12 Abs. 4 lit. a StHG, ebenfalls in der Fassung des Fusionsgesetzes vom 3. Oktober 2003; SR 221.301).
4.6 Nach dem neuen kantonalen Steuergesetz wird dementsprechend bei Eigentumserwerb infolge Fusion in Übereinstimmung mit den Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes die Besteuerung des Grundstückgewinns aufgeschoben. Wird die Liegenschaft weiterveräussert, ist sowohl bei der Gewinnbemessung als auch bei der Berechnung der Besitzesdauer auf die letzte steuerbegründende Handänderung abzustellen (§ 113 Abs. 2 und § 121 Abs. 3 erster Satz StG). Diese Rechtsfolge tritt nach der Übergangsbestimmung von § 247 Abs. 1 StG auch dann ein, wenn das Grundstück unter der Geltung des alten Rechts steuerfrei erworben wurde. Im vorliegenden Fall erfolgte zwar im Anschluss an den Eigentumserwerb durch Fusion am 28. März 2000 formell eine Veranlagung für die Grundstückgewinnsteuer; diese stellte aber einzig auf den Buchwert ab, was dazu führte, dass die Steuer, ob zu Recht oder zu Unrecht, auf Fr. 0.-- festgesetzt wurde, obwohl die fraglichen Grundstücke seit dem ursprünglichen Erwerb im Jahre 1961 offensichtlich eine beträchtliche Wertsteigerung erfahren hatten. Im Ergebnis wurde der mit der Fusion erzielte Wertzuwachs damit, unabhängig davon, ob es sich um eine (echte) Steuerbefreiung handelte oder nicht, nicht besteuert. Dass bei dieser Ausgangslage für die Bestimmung der Besitzesdauer auf den ursprünglichen Erwerb zurückgegriffen wird, ist nicht stossend. Zwar wäre allenfalls auch die Auffassung der Steuerverwaltung vertretbar. Der angefochtene Entscheid beruht aber auf einer möglichen und zulässigen Auslegung des kantonalen Rechts. Er ist damit nicht unhaltbar.
5. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Die beschwerdeführende Steuerverwaltung unterliegt. Da Vermögensinteressen im Spiel stehen, sind ihr dem Verfahrensausgang entsprechend die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzuerlegen (Art. 65 sowie Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Die kantonale Steuerverwaltung hat die Beschwerdegegnerin überdies für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. März 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Uebersax