Sachverhalt:
A. Mit Abwesenheitsurteil vom 2. November 2006 verurteilte das Kriminalgericht des Kantons Luzern X._ wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie Verweisungsbruch zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und sechs Monaten unter Anrechnung von 155 Tagen Untersuchungshaft. Am 20. Dezember 2011 wurde X._ das Abwesenheitsurteil in einer Justizvollzugsanstalt in Deutschland persönlich ausgehändigt. Am 23. Dezember 2011 stellte er beim Kriminalgericht des Kantons Luzern ein Gesuch um Neubeurteilung. Am 15. Mai 2012 wurde X._, der sich zu diesem Zeitpunkt in Deutschland in Auslieferungshaft befand, an die Schweiz ausgeliefert und in der Schweiz inhaftiert.
B. Am 10. August 2012 führte das Kriminalgericht des Kantons Luzern im Beisein von X._ eine neue Gerichtsverhandlung durch. Es stellte das Verfahren wegen Verweisungsbruchs ein und verurteilte ihn wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz als Zusatzstrafe zu zwei von deutschen Amtsgerichten ausgesprochenen Freiheitsstrafen zu einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren und einem Monat unter Anrechnung von 362 Tagen Haft. Das Kriminalgericht stellte fest, dass das Abwesenheitsurteil vom 2. November 2006 mit Eintritt der Rechtskraft des neuen Urteils dahinfalle.
C. Am 23. Oktober 2012 erhob X._ gegen das Urteil des Kriminalgerichts vom 10. August 2012 Berufung ans Obergericht des Kantons Luzern. Am 14. November 2012 beantragte er, dem Gesuch um Neubeurteilung vom 2. November 2006 sei aufschiebende Wirkung beizugeben. Mit Verfügung vom 4. Dezember 2012 entschied die Präsidentin des Obergerichts, X._ sei am 3. Januar 2013 aus dem Strafvollzug bedingt zu entlassen. Bis zum 3. Januar 2013 werde dem Gesuch um Neubeurteilung keine aufschiebende Wirkung erteilt. Sie begründete ihren Entscheid damit, dass X._ am 2. Januar 2013 auf der Grundlage des noch nicht rechtskräftigen Urteils des Kriminalgerichts vom 10. August 2012 zwei Drittel seiner Strafe verbüsst habe.
D. Gegen die Verfügung der Präsidentin des Obergerichts vom 4. Dezember 2012 hat X._ am 3. Januar 2013 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und dem Gesuch um Neubeurteilung vom 2. November 2006 per sofort die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Die Vorinstanz beantragt sinngemäss, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht abschliessender, kantonal letztinstanzlicher Entscheid, gegen den unter den Voraussetzungen von Art. 78 ff. sowie Art. 93 BGG die Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht offen steht.
2. Nach Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG ist zur Beschwerde in Strafsachen nur berechtigt, wer ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Der Beschwerdeführer muss grundsätzlich ein aktuelles praktisches Interesse an der Behandlung der Beschwerde haben. Dieses Erfordernis soll sicherstellen, dass das Bundesgericht konkrete und nicht bloss theoretische Fragen entscheidet. Das aktuelle praktische Interesse ist nicht erforderlich, wenn sich die aufgeworfene Frage jederzeit unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnte, an ihrer Beantwortung wegen der grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und eine rechtzeitige bundesgerichtliche Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre (BGE 135 I 79 E. 1.1 S. 81 mit Hinweis).
3. Mit dem beim Obergericht gestellten Begehren um Erteilung der aufschiebenden Wirkung seines Gesuchs um Neubeurteilung vom 2. November 2006 bezweckte der Beschwerdeführer die Aufhebung des Freiheitsentzugs während der Dauer des Berufungsverfahrens. Er ist am Tag der Einreichung der Beschwerde ans Bundesgericht aus dem Strafvollzug entlassen worden. Damit fehlte es ihm bereits im Zeitpunkt der Beschwerdeeinreichung an einem aktuellen praktischen Interesse im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG (vgl. BGE 136 I 274 E. 1.3 S. 276 zum aktuellen praktischen Interesse an der Behandlung einer Haftbeschwerde nach Beendigung der Untersuchungshaft). Daran ändern auch die Einwände des Beschwerdeführers nichts, die Vorinstanz sei zu Unrecht davon ausgegangen, er habe sich seit seiner Auslieferung an die Schweiz im Strafvollzug (Vollzug des Abwesenheitsurteils vom 2. November 2006) befunden, und wenn schon hätte gegen ihn - wie in Art. 369 Abs. 3 StPO (SR 312.0) vorgesehen - Sicherheitshaft angeordnet werden müssen, was nicht geschehen sei.
4. Der Beschwerdeführer macht geltend, an der Beantwortung der Frage, ob ein rechtskräftiges Abwesenheitsurteil vollzogen werden könne, wenn - wie vorliegend - ein Staat der Auslieferung des in Abwesenheit Verurteilten an die Schweiz nur für eines von zwei Delikten zugestimmt habe, während das Abwesenheitsurteil eine Gesamtstrafe für beide Delikte umfasse, bestehe wegen der grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse. Diese Frage könne sich in einer gleichen oder ähnlichen Situation ohne Weiteres wieder stellen. Hingegen legt der Beschwerdeführer nicht dar und ist nicht ersichtlich, weshalb eine rechtzeitige bundesgerichtliche Überprüfung dieser Frage im Einzelfall kaum je möglich sein sollte. Es besteht kein Anlass, die vorliegende Beschwerde trotz des fehlenden aktuellen praktischen Interesses des Beschwerdeführers ausnahmsweise materiell zu behandeln.
5. Nach dem Ausgeführten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege inklusive unentgeltliche Verbeiständung ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (vgl. Art. 64 Abs. 1 BGG). Es rechtfertigt sich indes, auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (vgl. Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern und dem Obergericht des Kantons Luzern, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Mai 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle