Sachverhalt:
A. Das Regionalgericht Bern-Mittelland sprach A._, B._ und C._ am 17. Juni 2011 vom Vorwurf der üblen Nachrede, evtl. Beschimpfung zum Nachteil von X._ frei. Die Feststellungsbegehren und die Anträge auf Zusprechung einer Genugtuung von X._ wies es ab. Gegen dieses Urteil erhob Letzterer Berufung.
B. Das Obergericht des Kantons Bern trat mit Beschluss vom 14. März 2012 auf das Verfahren gegen A._, B._ und C._ wegen übler Nachrede, evtl. Beschimpfung, angeblich begangen zum Nachteil von X._ in der Zeit von September bis November 2007, infolge Eintritts der Verjährung nicht ein.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Entscheid des Obergerichts vom 14. März 2012 sei aufzuheben, soweit auf die Zivilklage gegen A._, B._ und C._ nicht eingetreten werde. Das Obergericht sei anzuweisen, das Berufungsverfahren in Bezug auf den Zivilpunkt anhand zu nehmen.
Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2011 trat die Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (StPO; SR 312.0) in Kraft. Der Entscheid des Regionalgerichts Bern-Mittelland erging nach dem 1. Januar 2011. Das Verfahren richtet sich daher nach neuem Recht (Art. 454 Abs. 1 StPO).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe im Nichteintretensbeschluss zu Unrecht nicht zwischen dem Strafanspruch und dem Zivilanspruch unterschieden. Sie hätte (zumindest) die Beurteilung der Zivilklage anhand nehmen müssen. Seine Feststellungs-, Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche seien erstinstanzlich abgewiesen worden. Die Berufung habe sich auch gegen dieses im Rahmen des Strafverfahrens ergangene zivilrechtliche Urteil gerichtet. Durch das Nichteintreten auf die Berufung werde das Urteil im Zivilpunkt rechtskräftig. Das Zivilrecht kenne keine Verjährung, die der Kläger nicht unterbrechen könne. Der Gesetzgeber habe diesen Grundsatz mit der Fixierung der (Straf-)Verfolgungsverjährung auf den Zeitpunkt des erstinstanzlichen Urteils nicht ändern wollen.
2.2 Die Strafverfolgungsverjährung für Vergehen gegen die Ehre beträgt gemäss Art. 178 Abs. 1 StGB vier Jahre. Das neue Verjährungsrecht sieht weder ein Ruhen noch eine Unterbrechung der Verjährung vor und unterscheidet entsprechend nicht zwischen relativen und absoluten Verjährungsfristen (BGE 135 IV 196 E. 2.1; 133 IV 112 E. 9.4.1). Ist vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen, so tritt die Verjährung jedoch nicht mehr ein (Art. 97 Abs. 3 StGB). Unter erstinstanzlichen Urteilen im Sinne von Art. 97 Abs. 3 StGB sind ausschliesslich verurteilende Erkenntnisse zu verstehen (BGE 135 IV 196 E. 2.1; 134 IV 328 E. 2.1).
2.3 Die Verfahrensleitung prüft im Hauptverfahren, ob Verfahrenshindernisse bestehen (Art. 329 Abs. 1 lit. c StPO). Kann ein Urteil definitiv nicht ergehen, so stellt das Gericht das Verfahren ein (Art. 329 Abs. 4 StPO). Mit der Einstellung des Verfahrens entfällt die Möglichkeit einer adhäsionsweisen Beurteilung der Zivilansprüche (Art. 126 Abs. 2 lit. a StPO). Verfahrenshindernisse sind von den mit dem Fall befassten Strafbehörden in allen Verfahrensstadien vorweg und laufend sowie von Amtes wegen zu prüfen (NIKLAUS SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2009, N. 321 S. 121). Das Berufungsgericht entscheidet in einem schriftlichen Verfahren, wenn die Verfahrensleitung oder eine Partei Prozesshindernisse geltend macht (vgl. Art. 403 Abs. 1 lit. c und Abs. 3 StPO). Stellt die Berufungsinstanz ein Prozesshindernis fest, ergeht analog zu Art. 329 Abs. 4 StPO eine Einstellung des Verfahrens (NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, N. 9 zu Art. 403 StPO). Zu den Verfahrens- bzw. Prozesshindernissen im Sinne von Art. 329 Abs. 1 lit. c und Art. 403 Abs. 1 lit. c StPO gehört namentlich die Verjährung (BBl 2005 1278 und 1315; SCHMID, Handbuch, a.a.O., N. 1287 S. 589 und N. 1558 S. 712). Die Verjährung führt zur Einstellung des Verfahrens und nicht zum Freispruch (SCHMID, Handbuch, a.a.O., N. 323 S. 122). Diese Frage wurde unter den kantonalen Strafprozessordnungen nicht einheitlich gehandhabt (vgl. NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 2. Aufl. 2005, N. 1372 f. S. 583; LUZIUS EUGSTER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 6 zu Art. 403 StPO).
2.4 Da die Beschwerdegegner vom Regionalgericht freigesprochen wurden, lief die Strafverfolgungsverjährung nach dem erstinstanzlichen Urteil weiter. Die Beschwerdegegner erklärten sich je mit Schreiben vom 15. Dezember 2011 mit der Beschränkung des Berufungsverfahrens auf die Frage der Verjährung einverstanden (Urteil ad. Ziff. 1 S. 2). Das Obergericht prüfte lediglich die Verjährung und verfügte zu Recht die Einstellung des Verfahrens gegen die Beschwerdegegner im Straf- und Zivilpunkt, soweit die vorgeworfenen Taten strafrechtlich verjährt waren. Nicht einzutreten war damit auf die Berufung des Beschwerdeführers betreffend die Freisprüche und die Abweisung der Zivilklagen (Art. 403 Abs. 1 lit. c und Abs. 3 StPO).
2.5 Stellt das Berufungsgericht das Verfahren wegen eines Prozesshindernisses wie der Verjährung ein, wird das erstinstanzliche Urteil hinfällig (SCHMID, Praxiskommentar, a.a.O., N. 9 zu Art. 403 StPO; vgl. auch Art. 408 StPO). Die Zivilansprüche des Beschwerdeführers wurden somit nicht rechtskräftig abgewiesen, sondern es erfolgte wegen eines im Adhäsionsprozess zu beachtenden Prozesshindernisses ein Nichteintretensentscheid. Das Nichteintreten auf die Zivilklage im Adhäsionsprozess führt dazu, dass diese auf dem Zivilweg geltend gemacht werden muss (vgl. Art. 329 Abs. 4 Satz 2 i.V.m. Art. 320 Abs. 3 StPO). Es entspricht im Ergebnis einer Verweisung auf den Zivilweg (ANNETTE DOLGE, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 29 zu Art. 126 StPO). Dem Privatkläger steht es frei, den Zivilweg zu beschreiten, wenn er der Auffassung ist, die zivilrechtliche Verjährung sei noch nicht eingetreten.
2.6 Ob die Vorinstanz die Zivilklage ausdrücklich auf den Zivilweg hätte verweisen müssen (vgl. Art. 126 Abs. 2 lit. a StPO), kann offenbleiben, da Entsprechendes vom Beschwerdeführer nicht beantragt wird.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Die Beschwerdegegner wurden nicht zur Stellungnahme aufgefordert. Es sind ihnen im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten erwachsen und keine Parteientschädigungen zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. August 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld