Sachverhalt:
A. Die Einzelfirma Y._ reichte am 7. November 2007 ein Baugesuch für die Erstellung von drei Einfamilienhäusern auf der Parzelle Nr. 3045 bei der Einmündung der Birchmattstrasse in die Egliswilerstrasse in Seon ein. X._, Eigentümer der östlich angrenzenden Parzelle Nr. 3022, sprach gegen das Bauvorhaben ein.
Am 7. April 2008 wies der Gemeinderat Seon die Einsprache ab und bewilligte das Baugesuch unter verschiedenen Nebenbestimmungen.
Am 10. September 2008 wies der Regierungsrat des Kantons Aargau die von X._ gegen die Baubewilligung erhobene Verwaltungsbeschwerde ab.
Am 2. November 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ gegen diesen regierungsrätlichen Entscheid ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid aufzuheben und die Sache ans Verwaltungsgericht zur Neubeurteilung zurückzuweisen, wobei die Kosten des kantonalen Verfahrens der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen und ihm eine Parteientschädigung zuzusprechen sei.
Der Gemeinderat Seon beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht sowie die Einzelfirma Y._ beantragen, sie abzuweisen.
C. Am 26. April 2010 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das nachträgliche Gesuch von X._ um aufschiebende Wirkung ab.
D. In seiner Replik hält X._ an der Beschwerde fest. Der Gemeinderat Seon verweist auf die Vorakten und beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Einzelfirma Y._ hält an ihrem Standpunkt fest.
Der Gemeinderat Seon reicht kommentarlos folgenden, aufgrund einer Eingabe von X._ ergangenen Beschluss vom 31. Mai 2010 ein: "Der Gemeinderat sieht sich nicht veranlasst, tätig zu werden. Der Beschwerdeführer wird an die zuständige Beschwerdeinstanz verwiesen."
Erwägungen:
1. Gegen den angefochtenen, kantonal letztinstanzlichen Entscheid über eine Baubewilligung steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG). Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, verfügt als unmittelbarer Nachbar über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache und könnte aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids einen praktischen Nutzen ziehen, z.B. wenn das Bauprojekt verkleinert werden müsste; er ist damit zur Beschwerde befugt (Art. 89 Abs. 1 BGG). Die vorgebrachten Rügen - der angefochtene Entscheid wende kantonales Recht in willkürlicher und damit bundesrechtswidriger Weise an und verletze das rechtliche Gehör - sind zulässig (Art. 95 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.2.1). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 § 52 Abs. 2 des Aargauer Baugesetzes vom 19. Januar 1993 (BG) lautet: "Alle Gebäude müssen den Anforderungen des Gesundheitsschutzes entsprechen, namentlich in Bezug auf Raum-, Wohnungs- und Fenstergrössen, Besonnung, Belichtung, Trockenheit, Wärmedämmung und Schallschutz." § 39 Abs. 1 der Bauordnung der Gemeinde Seon vom 23. November 2001 (BO) lautet: "Die Ausrichtung von Wohnungen ist auf die örtlichen Gegebenheiten (Lärm, Besonnung, Nutzung der Räume, Einpassung usw.) abzustimmen. Ausschliesslich nach Norden orientierte Wohnungen sind nicht gestattet. Bei Unterschreitung der zonengemässen Grenzabstände ist eine genügende Besonnung an den mittleren Winterhalbjahrestagen (29. Oktober bzw. 9. Februar) zu gewährleisten."
Der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht habe diese Bestimmungen willkürlich angewandt und seinen Entscheid diesbezüglich nicht in einer den Anforderungen von Art. 29 Abs. 2 BV entsprechenden Weise begründet.
2.2 Das umstrittene Bauprojekt sieht vor, die Parzelle Nr. 3045 mit drei frei stehenden Einfamilienhäusern mit angebauten Einzelgaragen zu überbauen. Das Vorhaben ist in der Bauzone W2 unbestrittenermassen zonenkonform, die zulässige Ausnutzung von 0.40 und die Grenzabstände sowie der Gebäudeabstand zum Haus des Beschwerdeführers sind eingehalten. Das Verwaltungsgericht hat die Belichtungs- bzw. Besonnungsverhältnisse der projektierten Bauten geprüft und ist zum Schluss gekommen, dass diese völlig unproblematisch seien und insbesondere auch durch die Verkürzung des Gebäudeabstandes gegenüber dem Haus Nr. 858 auf der südlich angrenzenden Parzelle Nr. 2675 von 8 m auf 5 m nicht erheblich beeinträchtigt würden und damit den Anforderungen von § 39 BO entsprächen (angefochtener Entscheid E. 3 S. 7). Da alle Grenzabstände eingehalten sind, hat es nach § 39 Abs. 1 Satz 3 BO auf nähere Abklärungen zur Frage der Besonnung an den mittleren Winterhalbjahrestagen verzichtet.
2.3 Grenz- und Gebäudeabstände dienen unter anderem dazu, die ausreichende Besonnung der Bauten sicherzustellen und eine Beeinträchtigung der Nachbarparzellen durch übermässigen Schattenwurf zu verhindern. Sie sind in den kommunalen Bauordnungen unter Berücksichtigung der lokalen Verhältnisse so bemessen, dass mit ihrer Einhaltung diese Ziele in der Regel gewährleistet sind. Nach der Auffassung des Verwaltungsgerichts schreibt § 39 Abs. 1 BO den Baubewilligungsbehörden allgemein vor, die Besonnungs- und Belichtungsverhältnisse von projektierten Bauten unter gesundheitspolizeilichen bzw. wohnhygienischen Gesichtspunkten zu prüfen, und dabei bei Bauten im Unterabstand zur Grenze (zusätzlich) abzuklären, ob sie auch am 29. Oktober bzw. 9. Februar ausreichend besonnt sind. Diese Auslegung von § 39 Abs. 1 BO entspricht dem klaren Wortlaut der Bestimmung. Da die Gefahr der ungenügenden Besonnung einer Baute naturgemäss zunimmt, je näher die umliegenden Bauten stehen, ist es auch durchaus, sachgerecht, bei Bauten im Unterabstand zur Grenze die Besonnung vertieft - d.h. insbesondere auch für die Tage mit besonders tiefem Sonnenstand - abzuklären. Diese Auslegung ist ohne Weiteres vertretbar, und es ist nicht ersichtlich, inwiefern sie gegen § 52 Abs. 2 BG verstossen soll. Das Verwaltungsgericht konnte sich daher, auch gestützt auf das Fachwissen seines als Architekt fachkundigen Mitglieds, mit einer allgemeinen, aber keineswegs bloss summarischen oder oberflächlichen Beurteilung der Wohnhygiene der projektierten Bauten begnügen. Diese erweist sich denn auch als nachvollziehbar und plausibel (unten E. 2.4), und der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was sie in Frage stellen könnte. Was er aus dem völlig anders gelagerten, auf einer anderen kantonalen Rechtsgrundlage beruhenden Fall 1C_267/2007 betreffend das Projekt für den Bau eines Fussballstadions für sich ableiten will, ist unerfindlich. Die Willkürrüge ist (offensichtlich) unbegründet.
2.4 Das Verwaltungsgericht hat eingehend begründet, dass und weshalb das Bauprojekt die Anforderungen von § 39 Abs. 1 BO an die Besonnung erfüllt. So seien die drei frei stehenden Bauten nach Westen und Osten orientiert und wiesen in diesen Richtungen zu den umliegenden Bauten grosse Abstände auf, sodass eine relevante Beschattung der Ost- und Westfassaden von vornherein ausgeschlossen werden könne (E. 3 S. 7). Diese unbestrittene Feststellung im angefochtenen Entscheid bedeutet, dass die Ost- und Westfassaden optimal, d.h. durch keine umliegenden Bauten zeitlich eingeschränkt, besonnt sind. Damit brauchte das Verwaltungsgericht offenkundig keine weitergehenden Berechnungen über die Dauer der Besonnung anzustellen, wäre doch sonst die Errichtung von Wohnbauten an diesem Ort - was auch der Beschwerdeführer zu Recht nicht behauptet - aus wohnhygienischen Gründen grundsätzlich ausgeschlossen. Das Verwaltungsgericht hat seine verfassungsrechtliche Begründungspflicht keineswegs verletzt.
3. Die Beschwerde erweist sich somit als offensichtlich unbegründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat ausserdem der Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Seon sowie dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi