Faits:
A. Le 9 septembre 2010, C._ a été prévenu d'abus de confiance. Le 5 septembre 2012, il avait pris possession d'une montre d'une valeur de plusieurs centaines de milliers de francs, qui avait été confiée à son employeur D._ par le directeur de A._, et l'aurait remise à un inconnu en échange de 780'000 euros, déclarant que la montre avait été volée. Divers objets ont été saisis dans un véhicule appartenant au prévenu, en particulier cinq diamants dont le prévenu affirmait qu'ils lui auraient été remis le 20 août 2010 par l'administrateur de B._. Cette dernière a réclamé, le 18 octobre 2012, la restitution des pierres, ce à quoi s'est opposée la plaignante A._.
B. Par décision du 16 juillet 2012, le Ministère public genevois a refusé de lever le séquestre. B._ n'avait pas produit de documents établissant sa propriété sur les pierres, et on ne pouvait exclure qu'il y ait un lien entre leur remise au prévenu et l'infraction d'abus de confiance.
Par arrêt du 31 octobre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a admis le recours formé par B._ et levé le séquestre. Les diamants avaient été remis avant la disparition de la montre. La propriété de B._ était attestée par une expertise et divers documents. Après deux ans d'enquête, le lien avec l'abus de confiance ne paraissait plus suffisant.
C. Par acte du 9 novembre 2012, A._ forme un recours en matière pénale par lequel elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et la confirmation de l'ordonnance de refus de levée du séquestre. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante a requis et obtenu, le 3 décembre 2012, l'effet suspensif.
La Chambre pénale de recours se réfère à son arrêt. Le Ministère public conclut à l'admission du recours. D._ conclut également à l'admission du recours. B._ conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, ainsi que la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 29 al. 1 LTF; ATF 138 IV 186 consid. 1 p. 188).
1.1 Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision relative à un séquestre pénal, confirmée en dernière instance cantonale (art. 80 LTF).
1.2 La décision relative au maintien ou à la levée d'un séquestre pénal constitue une décision incidente puisque, dans les deux cas, elle ne met pas fin à la procédure pénale (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Le recours n'est dès lors recevable, selon l'art. 93 al. 1 let. a LTF, que si l'acte attaqué est susceptible de causer un préjudice irréparable. Il appartient au recourant d'indiquer en quoi la décision incidente est susceptible de lui causer un tel préjudice, à tout le moins lorsque cela n'est pas évident (ATF 136 IV 92 consid. 4 p. 95). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable, en raison de l'atteinte directe au droit de propriété. En revanche, la levée d'un séquestre n'est susceptible de causer un tel préjudice à la partie plaignante que pour autant que ses prétentions en restitution s'en trouvent ainsi compromises (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101).
En l'occurrence, la recourante estime que la levée du séquestre compromettrait la confiscation et l'allocation en sa faveur des diamants qu'elle considère comme étant le produit de l'infraction; elle précise que le prévenu est notoirement insolvable. Cela suffit pour admettre la possibilité d'un préjudice irréparable.
1.3 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir (cf. ATF 133 Il 353 consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251). Cette disposition s'applique également aux recours dirigés contre des décisions incidentes (ATF 1B_ 432/2011 consid. 2.1).
Le recours est également recevable de ce point de vue, puisque la recourante entend faire valoir une créance en dommage-intérêt de 900'000 euros, résultant de la disparition de la montre.
Il y a lieu, dès lors, d'entrer en matière.
1.4 Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation et l'application des conditions posées par le droit fédéral pour les atteintes aux droits fondamentaux (art. 95 let. a LTF; cf. ATF 128 II 259 consid. 3.3 p. 269). La décision relative aux mesures de contrainte ne constitue pas une décision sur mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF. La limitation des griefs prévue par cette disposition, de même que le principe d'allégation au sens de l'art. 106 al. 2 LTF ne s'appliquent donc pas. Cela vaut également pour le séquestre d'objets ou de valeurs patrimoniales (ATF 129 I 103 consid. 2 p. 105 ss). Dans la mesure où les conditions de l'art. 93 al. 1 LTF sont réunies pour statuer à propos d'une décision incidente, le Tribunal fédéral examine librement l'admissibilité de la mesure malgré son caractère provisoire compte tenu de la gravité de l'atteinte et afin d'assurer le respect des garanties de la CEDH (art. 36 et 190 Cst.; cf. ATF 131 I 333 consid. 4 p. 339; 425 consid. 6.1 p. 434 et les références). S'agissant en revanche de l'application de notions juridiques indéterminées, le Tribunal fédéral respecte la marge d'appréciation qui appartient aux autorités compétentes (cf. ATF 136 IV 97 consid. 4 p. 100 et les références).
2. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 263 al. 1 let. d CPP. Selon elle, une possibilité de confiscation subsisterait: la valeur des diamants correspondrait à celle de la montre (valeur de consignation: 975'835 fr.; valeur plancher: 630'000 fr.). Les circonstances de la remise des diamants (deux personnes se connaissant à peine, dans un lieu public et sans formalités) seraient suspectes, de même que les conditions de leur détention (dans un coffre de voiture). Il serait improbable que le prévenu ait risqué de dérober la montre sans avoir reçu de contre-prestation. Le fait que les diamants ont été remis avant la disparition de la montre ne serait pas déterminant. On ignorerait encore les circonstances de leur remise, et la propriété de B._ ne serait toujours pas démontrée.
2.1 Le séquestre pénal contesté est fondé sur l'art. 263 CPP. Cette mesure conservatoire provisoire est destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. Elle est proportionnée lorsqu'elle porte sur des avoirs dont on peut admettre qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués en application du droit pénal. Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre conservatoire peut être maintenu tant que subsiste la probabilité d'une confiscation (arrêt 1B_175/2012 du 5 septembre 2012 consid. 4.1; arrêt 1P.405/1993 du 8 novembre 1993 consid. 3 publié in SJ 1994 p. 97; cf. également LEMBO/JULEN BERTHOD, in Commentaire romand CPP, 2011, n. 27 ad art. 263 CPP). Enfin, pour que le maintien du séquestre pendant une période prolongée se justifie, il importe que les présomptions se renforcent en cours d'enquête (ATF 122 IV 91 consid. 4 p. 96; LEMBO/JULEN BERTHOD, op. cit., n. 26 ad art. 263 CPP).
2.2 Force est de constater en l'occurrence que les soupçons qui ont initialement conduit au séquestre des diamants (soit la succession et la proximité des évènements dans le temps, les montants comparables et les circonstances singulières de la remise des pierres) ne se sont nullement renforcés. Les documents comptables (attestation d'une fiduciaire indiquant que les diamants figuraient au stock de l'intimée en 2009-2010), des certificats et justificatifs d'achats ainsi que deux attestations et une expertise permettent d'admettre le droit de propriété de l'intimée sur les pierres. Par ailleurs, après deux ans d'enquête, aucun élément concret ne permet de remettre en cause les déclarations concordantes du prévenu et de l'intimée selon lesquels les diamants auraient été remis pour être vendus à un tiers. S'il existait des éléments sérieux permettant d'impliquer l'intimée dans la disparition de la montre ou de penser que la remise des diamants constitue une contrepartie, on ne comprend pas que l'intimée n'ait à ce jour nullement été inquiétée. Enfin, ni la recourante, ni le Ministère public n'expliquent quel acte d'instruction serait propre à éclaircir la situation, de manière à permettre une confiscation.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais sont mis à la charge de la recourante, qui succombe. Selon l'art. 68 al. 2 LTF, la partie qui succombe est en outre tenue à des dépens en faveur de la partie qui obtient gain de cause. En l'occurrence, B._ et C._ obtiennent gain de cause, mais le second n'a déposé qu'une brève détermination, sans motivation et n'a dès lors droit qu'à des dépens réduits. Ces dépens sont mis à charge égale et solidaire de la recourante et de D._ (art. 66 al. 5 LTF par renvoi de l'art. 68 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les indemnités de dépens suivantes sont mises à la charge de la recourante et de D._, à parts égales et solidairement:
2.1 500 fr. en faveur de C._;
2.2 2'000 fr. en faveur de B._.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 24 janvier 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz