Fatti:
A. A.a B._ è stato alle dipendenze della A._SA quale perito di automobili e natanti dal 1° giugno 2001 al 31 ottobre 2003. Dal 1° novembre 2003 al 20 dicembre 2003 ha avuto lo statuto di mandatario indipendente della sua ex datrice di lavoro.
A.b Con petizione 8 novembre 2004 B._ ha convenuto in giudizio innanzi al Pretore della giurisdizione di Locarno-Campagna la A._SA, chiedendo che quest'ultima sia obbligata a versargli fr. 106'997.60, ridotti in sede di conclusioni a fr. 95'743.35. Il Pretore ha accolto la petizione con pronuncia 11 marzo 2010 limitatamente a fr. 43'377.55 (di cui fr. 21'221.75 a titolo di indennità per vacanze).
B. La II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto, con sentenza 7 maggio 2012, l'appello della convenuta. La Corte cantonale ha ritenuto che in concreto non è stato concluso un valido accordo in virtù del quale il salario corrisposto avrebbe compensato le vacanze e che non è nemmeno possibile rimproverare all'attore un abuso di diritto per essersi unicamente prevalso nella presente causa delle carenze di un eventuale accordo concernente la retribuzione delle vacanze.
C. Con atto dell'8 giugno 2012, che racchiude un ricorso in materia civile e - in via subordinata - un ricorso sussidiario in materia costituzionale, la A._SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la reiezione della petizione con riferimento al predetto importo riconosciuto quale indennità per vacanze e la conseguente modifica degli oneri processuali e delle ripetibili fissati nella sede cantonale. Lamenta un accertamento incompleto dei fatti, perché la Corte cantonale non ha stabilito che le parti avevano convenuto che la rimunerazione del lavoratore includeva un'indennità per le vacanze, e ritiene che l'attore sia incorso in abuso di diritto facendo valere solo dopo la fine del rapporto di lavoro la nullità dell'asserito accordo, impedendole così di tutelare i suoi interessi.
La Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso con decreto 3 luglio 2012.
Con riposta 12 luglio 2012 B._ propone la reiezione del ricorso.
Diritto:
1. La tempestiva (art. 100 cpv. 1 LTF) impugnativa è stata proposta dalla parte soccombente nella sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata su ricorso dall'autorità di ultima istanza del Cantone Ticino (art. 75 LTF) in una causa civile in materia di diritto del lavoro. Il valore litigioso supera la soglia di fr. 15'000.-- prevista dall'art. 74 cpv. 1 lett. a LTF. La via del ricorso in materia civile è pertanto aperta. In queste circostanze, vista la proponibilità del predetto rimedio di diritto, il ricorso sussidiario in materia costituzionale si rivela di primo acchito inammissibile (DTF 133 III 545 consid. 5 pag. 552). L'argomentazione posta a fondamento di tale impugnativa sarà tuttavia esaminata nella trattazione del ricorso in materia civile.
2. 2.1 La ricorrente lamenta un accertamento incompleto dei fatti ai sensi dell'art. 105 cpv. 2 LTF, perché la Corte cantonale non ha esaminato come è nato l'accordo con cui le parti avrebbero convenuto che il salario contenesse pure un'indennità per le vacanze.
2.2 Giusta l'art. 329d cpv. 1 CO il datore di lavoro deve pagare al lavoratore il salario completo per la durata delle vacanze. A tale disposto non può essere derogato a svantaggio del lavoratore, pena la nullità dell'accordo (art. 362 CO). La norma assolutamente imperativa (art. 361 CO) contenuta nell'art. 329d cpv. 2 CO prevede poi che, finché dura il rapporto di lavoro, le vacanze non possono essere compensate con denaro o altre prestazioni. In ragione delle difficoltà, segnatamente riscontrabili nei rapporti di lavoro a tempo parziale, di attuare il divieto della compensazione in denaro delle vacanze, la giurisprudenza ha eccezionalmente ammesso tale possibilità. Presupposto per una tale eccezione è, oltre alla necessità oggettiva causata da un'attività irregolare, che dal contratto di lavoro e dal periodico conteggio la parte del salario che viene versata quale compensazione per le vacanze risulti in modo chiaro (DTF 129 III 493 consid. 3.2).
Nella fattispecie la ricorrente non contesta l'accertamento contenuto nella sentenza impugnata secondo cui dai conteggi paga non risulta quale quota o percentuale del salario versato all'attore sarebbe stato destinato alla rimunerazione delle vacanze. Ne discende che le condizioni formali richieste dalla giurisprudenza per ritenere valida una deroga a quanto disposto dall'art. 329d CO non sarebbero realizzate in concreto. Così stando le cose, la Corte cantonale ben poteva lasciare indecisa la questione di sapere se le parti avessero effettivamente concluso un accordo nel senso preteso dalla ricorrente, atteso che lo stesso si sarebbe in ogni caso rivelato inefficace.
3. 3.1 La ricorrente ritiene poi che l'attore sia incorso in un abuso di diritto per essersi unicamente prevalso dopo la fine del rapporto di lavoro della nullità del - preteso - accordo, impedendole così di tempestivamente cambiare il sistema di retribuzione, "indicando perlomeno sulle buste paga quale quota di salario compensava la remunerazione per le vacanze". Essa sostiene poi che la Corte cantonale avrebbe addirittura violato il suo diritto di essere sentita, "perché la questione della buona fede nemmeno è stata analizzata".
3.2 Occorre innanzi tutto rilevare che la Corte cantonale dedica quasi una pagina del giudizio impugnato all'esame del rimprovero mosso dalla convenuta all'attore di aver agito abusivamente. Ne segue che la censura attinente a una pretesa violazione del diritto di essere sentita è del tutto inconferente. Per il resto giova aggiungere che, in base alla costante giurisprudenza, solo se sussistono ulteriori circostanze particolari un abuso di diritto può essere riconosciuto nella contraddizione sgorgante dal fatto che una parte abbia dapprima acconsentito ad un accordo per poi successivamente prevalersi dell'inefficacia della pattuizione prevista dal diritto imperativo; la soluzione contraria avrebbe infatti per conseguenza di privare, mediante l'applicazione dell'art. 2 cpv. 2 CC, il lavoratore della protezione offertagli dal diritto imperativo. Il semplice fatto di lasciar trascorrere del tempo, agendo però nel termine di prescrizione, non connota un abuso, salvo il caso in cui il ritardo cagioni in maniera riconoscibile degli inconvenienti al debitore, come la difficoltà di stabilire l'ammontare del credito o se procura all'avente diritto un vantaggio ingiustificato (DTF 129 III 493 consid. 5.1 e rinvii; DTF 110 II 273 consid. 2).
Ora, come rettamente indicato nella sentenza impugnata, tali circostanze particolari non risultano in concreto. Nemmeno la ricorrente pretende che il lavoratore abbia avuto conoscenza del suddetto vizio di forma che inficia il - preteso - accordo prima dell'inoltro della causa in esame. Essa pare poi ignorare che il predetto requisito di forma ha, da un lato, lo scopo di evitare difficoltà probatorie e, dall'altro, di fungere da avvertimento per il lavoratore, che dev'essere cosciente a cosa rinuncia per impedirgli così di impegnarsi alla leggera (sentenza 4A_172/2012 del 22 agosto 2012 consid. 6.3).
4. Da quanto precede discende che il ricorso sussidiario in materia costituzionale risulta inammissibile, mentre quello in materia civile si rivela manifestamente infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.