Faits:
A. Par jugement du 27 juin 2012, le Tribunal correctionnel de la Broye et du Nord vaudois a condamné A.X._ à 3 ans de privation de liberté, dont 2 avec sursis pendant 2 ans, pour viol, menaces qualifiées, conduite en état d'ébriété qualifiée et opposition aux mesures visant à déterminer l'incapacité de conduire. B.X._ a obtenu la réserve de ses conclusions civiles.
B. La Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a débouté le condamné, par jugement du 9 novembre 2012. Cette décision repose, en résumé, sur les faits suivants.
B.a Lors de vacances au Portugal, B.X._ a annoncé à A.X._ vouloir mettre un terme à leur relation à la suite de mensonges de ce dernier. Il l'a alors menacée, pour la première fois le 18 août 2009, d'enlever leur fille C.X._ (5 mois). Dès leur retour en Suisse, il a imposé à B.X._, qui avait exprimé son refus, l'acte sexuel par la force ainsi que des allusions à ses menaces d'enlèvement, les 23, 24 et 25 août 2009. N'arrivant plus à lutter et ne pouvant plus lui dire qu'elle ne voulait plus avoir de rapports avec lui, B.X._ a été, depuis lors, contrainte de subir quotidiennement de tels rapports sexuels en restant sur le dos sans bouger jusqu'au début du mois de novembre. A.X._ n'a cessé ses agissements que lorsqu'elle lui a dit qu'elle ne les supportait plus et qu'elle voulait le dénoncer à la police.
Après leur séparation et jusqu'en avril 2010, A.X._ a encore envoyé depuis son téléphone portable de nombreux messages à B.X._ dans lesquels il menaçait d'enlever leur fille et de la vendre. Il a menacé de tuer son ex-compagne et sa famille s'ils l'empêchaient de prendre l'enfant.
B.b Le 3 octobre 2010, A.X._ a circulé au volant de son automobile alors qu'il était sous l'influence de l'alcool (1,25o/oo; taux mesuré dans l'haleine le plus favorable). Il a refusé de se soumettre à une prise de sang.
C. A.X._ recourt contre ce jugement, concluant à sa réforme, une peine privative de liberté compatible avec un sursis total pendant deux ans étant prononcée. Subsidiairement, il en demande l'annulation et le renvoi de la cause à l'autorité précédente. Il requiert l'assistance judiciaire.
Considérant en droit:
1. Le recourant ne discute pas la qualification des infractions retenues, mais uniquement la quotité de la sanction qu'il estime trop sévère et qui aurait été fixée sur la base de considérations sans pertinence et en ignorant des facteurs favorables. Il invoque aussi l'arbitraire (art. 9 Cst.).
2. On renvoie sur la fixation de la peine aux arrêts publiés aux ATF 136 IV 55 et 134 IV 17 (consid. 2.1 et les références citées).
Par ailleurs, dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Cela suppose que la décision soit insoutenable dans son résultat (ATF 138 III 378 consid. 6.1 p. 379). La recevabilité de tels griefs suppose l'articulation de critiques circonstanciées (ATF 136 II 101 consid. 3, p. 105), claires et précises, répondant aux exigences de motivation accrues déduites de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
2.1 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu que « la déclaration du prévenu selon laquelle [...], si une femme vit dans une maison avec un homme, c'est normal qu'il y ait des relations sexuelles démontre que celui-ci considère avoir un droit sur son ex-concubine d'entretenir des relations sexuelles avec elle, indépendamment de sa volonté » (arrêt entrepris, consid. 4.4.2 p. 18). Ses propos auraient été sortis de leur contexte. Il entendait que les relations sexuelles sont la norme dans un couple.
Quel que soit le sens voulu par le recourant de ces propos, il n'en demeure pas moins qu'imposer des relations sexuelles quotidiennes non consenties à une femme qui avait exprimé le v?u de mettre fin à leur relation et son refus de ces rapports, manifeste la prétention du recourant à la soumission sexuelle de son ex-compagne. En tant qu'il porte sur l'établissement des faits, ce grief n'est, dès lors, pas de nature à conduire à une modification du jugement querellé. Pour le surplus, le caractère répréhensible de l'acte, les motivations et les buts de l'auteur constituent des éléments pertinents pour la fixation de la peine (art. 47 al. 2 CP).
2.2 Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir admis que la peine fixée en première instance l'avait été sur la base de considérations étrangères à l'art. 47 CP en tant qu'il mentionnait « ses faibles compétences intellectuelles, compte tenu de son niveau scolaire et de l'absence d'un titre de formation professionnelle » mais de n'avoir pas réduit la quotité de la sanction en conséquence.
L'autorité de première instance avait jugé que ces éléments personnels ne justifiaient pas l'attitude (jugée détestable) du recourant (jugement de première instance, consid. 3 p. 22). En d'autres termes, elle a refusé de les apprécier à décharge. En appel, le recourant a invoqué le caractère subjectif de ces considérations. La cour cantonale lui a concédé que le jugement de première instance présentait des faiblesses rédactionnelles. Rendant un nouveau jugement (art. 408 CPP), elle n'a pas fait sienne ces considérations, jugées « maladroites » (jugement sur appel, consid. 4.4.1 p. 17, 4.4.2 p. 18 et 6.4 p. 25 s.). Devant la cour de céans, le recourant ne reproche pas à la cour cantonale d'avoir ignoré ses compétences intellectuelles, son niveau scolaire et son absence d'un titre de formation professionnelle. On ne perçoit, dès lors, pas concrètement quelle conclusion favorable il reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tirée de l'admission de son grief relatif à la motivation du jugement de première instance.
2.3 Selon le recourant, la cour cantonale aurait, à tort, retenu à sa charge, qu'il « semble tirer une certaine fierté de ses agissements [...] Ne prenant absolument pas en considération la volonté de B.X._, il a porté atteinte à son intégrité sexuelle. Ceci ne suffisant pas, il a encore continué à proférer des menaces après la séparation du couple ». Ces considérations seraient empreintes de subjectivité et ne ressortiraient pas du dossier. Le recourant conteste, en particulier, toute fierté. En retenant qu'il n'avait pas pris en compte la volonté de B.X._ et porté atteinte à son intégrité sexuelle comme circonstance aggravante, la cour cantonale aurait, de surcroît, indûment apprécié, à charge, cet élément à deux stades successifs (qualification des viols et fixation de la peine).
Le recourant, qui n'invoque pas expressément l'arbitraire dans ce contexte, n'explique pas précisément s'il s'en prend aux constatations de fait ou à l'application du droit. La recevabilité du grief est douteuse, sur le premier point tout au moins. Quoi qu'il en soit, le comportement de l'auteur après les actes, notamment l'absence de remords, constitue un facteur pertinent de fixation de la peine en tant qu'il renseigne sur la personnalité de l'auteur (ATF 113 IV 56 consid. 4c p. 57; arrêt 6B_20/2012, du 29 mai 2012, consid. 2.3). En l'espèce, au moment d'arrêter la durée de la privation de liberté, l'autorité de première instance a retenu que le recourant « était parfaitement conscient de ce qu'il faisait puisque, comme on l'a vu, il s'est gaussé de sa victime en lui rappelant ce qu'il lui avait fait subir pendant de nombreux mois. Il semble donc qu'il tire une certaine fierté de ses vils agissements » (jugement de première instance, consid. 3 p. 22). Ce jugement se réfère, sur ce point, à un SMS adressé par le recourant à son ex-compagne, le 4 février 2010, dans lequel il écrivait, notamment: « Fais attention parce que si je te croise seule je vais me soulager sur toi, tu te souviens de ce qui s'est passé d'août à novembre? Cela me faisait plaisir quand tu te débattais et je gagnais toujours. Je dois encore remercier C.X._ pour être à côté en train de dormir, ce qui t'empêchait de réagir » (jugement de première instance, consid. 2c p. 20). Ces éléments, dont la constatation est dénuée de tout arbitraire, sont pertinents pour la fixation de la peine. Par ailleurs, nonobstant la formulation synthétique adoptée par la cour cantonale, on comprend - de l'adverbe « absolument » en particulier -, qu'elle a mis en exergue l'absence totale de prise en considération de la volonté de la victime. Elle a ainsi souligné ce que la répétition (quotidienne) des viols dans la durée pouvait révéler du mépris du recourant pour l'intégrité sexuelle de la victime. Dans la suite, la cour cantonale a, implicitement, mentionné la pluralité d'infractions différentes, en se référant aux menaces qualifiées. Ces circonstances renseignent sur l'intensité particulière de la volonté délictuelle du recourant et mettent, en outre, en évidence le concours (art. 49 CP) de crimes identiques, réitérés (des viols), et d'infractions différentes (les menaces qualifiées et les infractions à la LCR). Tous ces facteurs sont pertinents au stade de la fixation de la peine et ne procèdent pas de la prise en compte à un double titre d'un même élément aggravant.
2.4 Le recourant objecte également que la cour cantonale n'aurait pris en compte ni les liens qu'il entretient avec sa fille, ni la relation amoureuse nouée depuis plusieurs années avec une nouvelle compagne, sans que des faits similaires lui soient reprochés.
Le recourant n'invoque pas expressément l'interdiction de l'arbitraire à ce propos. Il s'écarte, sur ces deux points, de manière inadmissible de l'état de fait de la décision entreprise. Le grief est irrecevable sous cet angle. Au demeurant, aucune infraction n'a été reprochée au recourant à l'encontre de sa fille et les faits de la cause résultent de la séparation du couple provoquée par le comportement du recourant. Ce dernier ne peut, dès lors, rien déduire en sa faveur ni de son comportement - normal - de père envers son enfant ni du déroulement d'une nouvelle relation qu'il affirme paisible. En soi, un comportement qui constitue la norme sociale (à l'instar de l'absence d'antécédents que le recourant invoque par ailleurs) ne peut, sous réserve de circonstances non réalisées en l'espèce, que constituer un facteur neutre au stade de la fixation de la peine (à propos de l'absence d'antécédents v.: ATF 136 IV 1).
2.5 Le recourant invoque encore l'effet de la peine sur son avenir. Il relève que l'exécution de la sanction interromprait ses relations avec sa fille et aurait un effet néfaste sur son avenir professionnel, alors que sa situation financière est difficile.
Il argue, de la sorte, de l'effet qu'a toute peine privative de liberté ferme d'une certaine durée sur la situation d'un père. Sous l'angle de la sensibilité à la peine, sa paternité ne permettrait ainsi que des corrections marginales de la quotité de la sanction (arrêts du Tribunal fédéral 6B_395/2009 consid. 6.4.1 du 20 octobre 2009 et 6B_14/2007 consid. 6.4 du 17 avril 2007). De surcroît, la peine prononcée est à la limite supérieure de l'octroi du sursis partiel (art. 43 al. 1 CP). Il s'ensuit que les éléments invoqués ne justifieraient, de toute manière, pas une réduction de la quotité de la sanction susceptible d'en atténuer de manière sensible les effets sur l'entourage du recourant et sa situation économique (sur la question du sursis, v.: infra consid. 2.7).
2.6 Pour le surplus, dans la mesure où le recourant prétend avoir, au moment des faits, été dans un état de tristesse et de souffrance dû à la séparation, il s'écarte de manière inadmissible de l'état de fait établi souverainement par les autorités cantonales. Le grief est irrecevable.
2.7 La cour cantonale n'a ainsi méconnu aucun élément favorable au recourant ni pris en considération, à tort, des circonstances à charge. On peut se limiter à constater que la peine infligée (3 ans de privation de liberté), demeure dans les premiers échelons du cadre légal (1 à 15 ans de privation de liberté (art. 190 en corrélation avec l'art. 49 al. 1 CP). Eu égard à la culpabilité du recourant, jugée lourde (jugement entrepris, consid. 6.4 p. 25), à la gravité des infractions, leur répétition, le concours avec des menaces (art. 180 CP) et d'autres infractions à la LCR d'une certaine gravité (art. 91 al. 1 et 91a al. 1 LCR), on ne saurait reprocher à la cour cantonale, aux considérants de laquelle on renvoie (art. 109 al. 3 LTF), d'avoir abusé de son large pouvoir d'appréciation. Le sursis complet est exclu (art. 42 al. 1 CP) et le recourant ne critique pas non plus la durée de la peine non soumise au délai d'épreuve. L'absence de prise de conscience constatée par la cour cantonale (arrêt entrepris, consid. 6.4 p. 26) suffit, à elle seule, à exclure de réduire de un an à six mois (art. 43 al. 3 CP) la partie de la peine à exécuter.
3. Le recourant succombe. Ses conclusions étaient dénuées de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Il supporte les frais de la procédure, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al.1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. L'assistance judiciaire est refusée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud ainsi qu'à B.X._, pour information.
Lausanne, le 30 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Vallat