Sachverhalt:
A. A._ und B._ (Beschwerdegegner) liessen im Jahre 2005 ein Einfamilienhaus in Hanglage erstellen. Die Baumeisterarbeiten (Betonarbeiten inklusive Abdichtungen) übernahm die X._ AG (Beschwerdeführerin), welche für die Ausführung der Abdichtungsarbeiten eine Unterakkordantin hinzuzog. Nach Bezug des Hauses traten im Frühjahr 2006 Feuchtigkeitsschäden auf. Nach von der Beschwerdeführerin durchgeführten Sanierungsarbeiten, welche keinen Erfolg zeigten, wies diese jegliche Verantwortung für die aufgetretenen Wasserschäden von sich. In der Folge gab die Bauherrschaft ein Gutachten in Auftrag, welches zwei Sanierungsvarianten aufzeigte und deren Kosten mit Fr. 205'000.-- und mit Fr. 116'000.-- bezifferte. Die Verantwortung für die Mängel lag gemäss Gutachten zu 56 % bei der Planung und Bauleitung und zu 44 % beim Baumeister. Nachdem die Beschwerdeführerin das Ergebnis des Gutachtens nicht akzeptiert hatte, gelangten die Beschwerdegegner nach erfolgloser Schlichtungsverhandlung an das Bezirksgericht Imboden und beantragten, die Beschwerdeführerin zu verpflichten, einen Kostenvorschuss von Fr. 90'000.-- oder 44 % der Sanierungskosten von insgesamt Fr. 205'000.-- zu bezahlen, unter Vorbehalt des Nachklagerechts.
B. Am 11. März 2009 erliess der Bezirksgerichtspräsident eine Beweisverfügung, worin er die Einholung einer von den Beschwerdegegnern anbegehrten Expertise ablehnte. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess der Bezirksgerichtsausschuss Imboden mit Beiurteil vom 1. September 2009 gut und wies seine Vorinstanz an, eine gerichtliche Expertise betreffend Ursache, Verschuldensanteile, Mängelbeseitigungskosten und Kostenvorschusshöhe einzuholen. Am 22. Januar 2010 betraute der Bezirksgerichtspräsident vier Gutachter mit der Beantwortung der aufgeworfenen Fragen und auferlegte beiden Parteien einen Kostenvorschuss von je Fr. 200'000.--. Gegen diese Verfügung erhoben die Beschwerdegegner wiederum Beschwerde an den Bezirksgerichtsausschuss, der diese mit Beiurteil vom 4. Mai 2010 abwies. Auf die dagegen angestrengte Beschwerde trat das Bundesgericht nicht ein (Urteil des Bundesgerichts 4A_401/2010 vom 1. November 2010).
C. Nach Eingang des Urteils des Bundesgerichts setzte der Bezirksgerichtspräsident den Parteien mit Verfügung vom 9. Dezember 2010 eine letzte Nachfrist zur Leistung des Kostenvorschusses bis zum 17. Januar 2011 unter Hinweis auf die Säumnisfolgen. Die Beschwerdegegner suchten am 13. Januar 2011 um eine Erstreckung dieser Frist bis 28. Februar 2011 für Fr. 150'000.-- und für die restlichen Fr. 50'000.-- bis zum Beginn der Vorarbeiten für die Expertise eventuell bis 10 Tage davor nach. Daraufhin erstreckte der Bezirksgerichtspräsident die Frist zur Leistung des gesamten Vorschusses mit unilateraler Verfügung vom 17. Januar 2011 bis zum 28. Februar 2011. Nachdem dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin mündlich mitgeteilt worden war, der Kostenvorschuss der Gegenseite sei noch nicht eingegangen, die Frist zur Leistung aber erstreckt, ersuchte die Beschwerdeführerin den Bezirksgerichtspräsidenten am 2. Februar 2011, den mit der Verfügung vom 9. Dezember 2010 angedrohten Säumnisfolgen Nachachtung zu verschaffen. Mit Verfügung vom 4. Februar 2011 stellte sich dieser auf den Standpunkt, die angesetzte "letzte Nachfrist" sei nicht unerstreckbar. Da die Beschwerdegegner plausibel gemacht hätten, dass sie Willens und in der Lage seien, den Kostenvorschuss zu leisten, die Mittel aber nicht sofort erhältlich machen könnten, würde es angesichts der Höhe der verlangten Vertröstung eine Rechtsverweigerung darstellen, die Fristerstreckung zu verweigern. Dagegen erhob die Beschwerdeführerin "Rechtsverweigerungsbeschwerde im Sinne von Art. 237 lit. a der Bündner Zivilprozessordnung", welche das Kantonsgericht des Kantons Graubünden mit Urteil vom 14. April 2011 abwies, soweit es darauf eintrat. Der Kostenvorschuss war von den Beschwerdegegnern zwischenzeitlich innert der erstreckten Frist geleistet worden.
D. Daraufhin gelangte die Beschwerdeführerin an das Bundesgericht und beantragte im Wesentlichen, das Urteil vom 14. April 2011 aufzuheben, die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen und dieses anzuweisen, den bei der Erstinstanz hängigen Prozess kostenfällig abzuschreiben. Eventuell sei das Kantonsgericht zu verpflichten, die Erstinstanz zu einer entsprechenden Entscheidung anzuhalten. Auf diese Beschwerde trat das Bundesgericht nicht ein, da es die Voraussetzungen für die Anfechtung dieses Zwischenentscheides im Sinne von Art. 93 BGG nicht als gegeben erachtete. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil drohe nicht, da das Bundesgericht auf Beschwerde gegen den Endentscheid die Abschreibung des Verfahrens veranlassen könnte, sofern sich die Auffassung der Beschwerdeführerin als zutreffend erweisen sollte. Da die Beschwerdeführerin nicht beantragt hatte, das Bundesgericht selbst solle das Verfahren abschreiben, erachtete das Bundesgericht die Anträge mit Blick auf das Erfordernis, einen materiellen Antrag zu stellen (BGE 133 III 489 E. 3.1), und die Möglichkeit, das Verfahren durch einen Endentscheid zu beenden (Art. 93 Abs. 1 lit. b und Art. 107 Abs. Abs. 1 BGG), als ungenügend (Urteil des Bundesgerichts 4A_333/2011 vom 1. November 2011).
E. Neben der Beschwerde an das Bundesgericht hatte die Beschwerdeführerin am 23. Mai 2011 den Bezirksgerichtspräsidenten ersucht, ihr die Verfügung vom 17. Januar 2011 zu eröffnen und ihr Gelegenheit zu geben, in das von der Gegenpartei gestellte Gesuch vom 13. Januar 2011 Einsicht zu nehmen und dazu Stellung zu beziehen. Mit Verfügung vom 3. Januar 2012 erkannte der Bezirksgerichtspräsident, die Beschwerdeführerin werde vom Verfahren ausgeschlossen, solange sie nicht den Kostenvorschuss von Fr. 200'000.-- leiste. Am 11. Januar 2012 erinnerte die Beschwerdeführerin an ihr Gesuch vom 23. Mai 2011, das immer noch der Beantwortung harre. Am 13. Januar 2012 antwortete der Bezirksgerichtspräsident, mangels Bezahlung des Kostenvorschusses stünden der Beschwerdeführerin keine Verfahrensmitwirkungsrechte mehr zu und werde ihre Eingabe vom 23. Mai 2011 nicht beantwortet.
F. Die Beschwerdeführerin focht die beiden Verfügungen vom 3. und vom 13. Januar 2012 fristgerecht an. Sie verlangte im Wesentlichen deren Aufhebung, den beim Bezirksgericht hängigen Prozess abzuschreiben und sie ausseramtlich zu entschädigen. In Eventualbegehren beantragte sie die Rückweisung an das Bezirksgericht zur Abschreibung des Verfahrens beziehungsweise die Zustellung des Fristerstreckungsgesuchs vom 13. Januar 2011 zur Stellungnahme sowie die ordnungsgemässe Zustellung und Eröffnung der Verfügung vom 17. Januar 2011. Mit Urteil vom 20. Juni 2012 vereinigte das Kantonsgericht beide Verfahren und trat auf die Beschwerden nicht ein.
G. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin im Wesentlichen, die beim Bezirksgericht hängige Klage abzuschreiben, eventuell eine Rückweisung zur Abschreibung oder zur Durchführung eines ordnungsgemässen Verfahrens und zu neuer Entscheidung. Die Beschwerdegegner beantragen, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell diese abzuweisen, beides unter Kostenfolge. Das Kantonsgericht beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und verzichtet auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil befasst sich mit Zwischenentscheiden im Sinne des BGG und betrifft weder die Zuständigkeit noch den Ausstand (Art. 92 BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen steht damit nur offen, wenn durch die Gutheissung der Beschwerde sofort ein Endentscheid herbeigeführt und ein so bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden kann, dass die gesonderte Anrufung des Bundesgerichts gerechtfertigt erscheint (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG; BGE 133 III 629 E. 2.4 S. 633 mit Hinweisen) oder wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), wobei der mögliche Nachteil rechtlicher Natur sein muss, also auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid des Bundesgerichts nicht mehr behoben werden könnte (BGE 137 III 380 E. 1.2.1 S. 382 mit Hinweisen). Die bundesgerichtliche Praxis zur Zulässigkeit der Anfechtung eines Zwischenentscheides nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG ist streng, zumal die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Zwischenentscheid nicht selbständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG; BGE 133 IV 288 E. 3.2 S. 292 mit Hinweis).
1.1 In der Beschwerde wird der angefochtene Entscheid in zwei Punkten beanstandet:
1.1.1 Hauptsächlich ist die Beschwerdeführerin der Auffassung, die Verfügung vom 17. Januar 2011 sei nichtig und das Verfahren abzuschreiben. Diesbezüglich könne das Bundesgericht durch einen sofortigen Endentscheid einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen.
1.1.2 Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör, da ihr im kantonalen Beschwerdeverfahren die Beschwerdeantwort der Beschwerdegegner nicht zugestellt worden sei. Daher habe sie sich zu Behauptungen in der Beschwerdeantwort, die mit Bezug auf die Nichtigkeit der Verfügung vom 17. Januar 2011 wesentlich gewesen wären, nicht äussern können. In diesem Punkt drohe der Beschwerdeführerin ein nicht wieder gutzumachender Nachteil.
1.2 Die Beschwerdeführerin ist bereits einmal an das Bundesgericht gelangt und hat die von ihr behauptete Unzulässigkeit der Fristerstreckung für die Leistung des Kostenvorschusses thematisiert. Auf diese Beschwerde konnte das Bundesgericht mit Blick auf die ungenügenden Rechtsbegehren nicht eintreten (zit. Urteil 4A_333/2011). Vor dem Hintergrund, dass sich das Bundesgericht aus prozessökonomischen Gründen wenn möglich nur einmal mit einem Fall befassen soll (BGE 133 III 629 E. 2.3 S. 632 mit Hinweisen), kann es nicht zulässig sein, die bereits einmal mit nicht hinreichender Begründung thematisierte Frage anlässlich des nächsten Zwischenentscheides mit verbesserten Rechtsbegehren erneut aufzuwerfen. Es wäre vielmehr an der Beschwerdeführerin gewesen, dem Bundesgericht mit hinreichenden Rechtsbegehren bereits im Verfahren 4A_333/2011 die Möglichkeit zur Herbeiführung eines Endentscheides und damit zur Prüfung der von ihr mit etwas abgewandelter Begründung erneut aufgeworfenen Rechtsfragen zu eröffnen. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.3 Mit Blick auf die geltend gemachte Gehörsverletzung ist entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin kein nicht wieder gutzumachender Nachteil ersichtlich. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die unterlassene Zustellung könne im Hauptverfahren nicht nachgeholt und die Gehörsverletzung vor Bundesgericht mit Blick auf die eingeschränkte Kognition nicht geheilt werden. Sie rügt die Gehörsverletzung aber mit Bezug auf Tatsachen, denen für die Beurteilung der behaupteten Nichtigkeit der Fristerstreckung Bedeutung zukommen soll. Das Verfahren ist aber nach wie vor erstinstanzlich hängig. Die Beschwerdeführerin hat darin die Unzulässigkeit der Fristerstreckung thematisiert. Auf Beschwerde gegen den kantonalen Endentscheid hin könnte das Bundesgericht diese Frage prüfen. Würde die Prüfung zu Gunsten der Beschwerdeführerin ausfallen, wäre damit ein allfälliger Nachteil behoben. Beschwert ist die Beschwerdeführerin allerdings insoweit, als die Vorinstanz ihr Kosten- und Entschädigungsfolgen auferlegt hat. Auch dies gereicht ihr aber nicht zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil, da sie den Zwischenentscheid diesbezüglich beim Bundesgericht anfechten könnte, nachdem der kantonale Endentscheid ergangen ist (BGE 135 III 329 E. 1.2.2 S. 333 f.).
2. Mit Blick auf die von der Beschwerdeführerin erhobenen Rügen sind die Voraussetzungen für die Anfechtung des Zwischenentscheides nicht gegeben. Daher ist auf die Beschwerde nicht einzutreten und wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak