Faits:
A. Par jugement du 26 juin 2009, le Tribunal de police a reconnu X._ coupable d'abus d'autorité et l'a condamné à une peine pécuniaire de 30 jours-amende à 60 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de trois ans.
B. Par arrêt du 13 décembre 2010, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a réduit la peine à 20 jours-amende, à 60 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de deux ans.
En bref, cette autorité a retenu que X._ avait usé des pouvoirs de sa fonction dans un but contraire au droit en faisant annuler deux amendes d'ordre infligées à des proches et trente-cinq amendes d'ordre le concernant pour stationnement illicite. Elle l'a en revanche acquitté concernant vingt-deux autres amendes infligées à des tiers sans lien particulier avec lui, faute de disposer de tous les éléments d'appréciation lui permettant de se prononcer sur le bien-fondé de leur annulation.
C. X._ forme un recours en matière pénale. Il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision.
Il n'a pas été requis d'observations.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit essentiellement de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450; sur la notion d'arbitraire, v. ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5).
En outre, le Tribunal fédéral n'examine les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux ou de dispositions de droit cantonal que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; 134 II 349 consid. 3 p. 351).
2. Le recourant soutient que l'autorité intimée aurait violé son droit d'être entendu en n'explicitant pas pour quels motifs elle avait jugé que les directives émises par le Procureur général le 21 janvier 1998 lui étaient opposables.
2.1 Le droit d'être entendu, consacré à l'art. 29 al. 2 Cst., impose à l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88 et réf. citées). Ce droit, bien que constituant une garantie constitutionnelle de caractère formel, n'est toutefois pas une fin en soi. Il constitue un moyen d'éviter qu'une procédure judiciaire ne débouche sur un jugement vicié en raison de la violation du droit des parties de participer à la procédure. Ainsi, lorsqu'on ne voit pas quelle influence la violation du droit d'être entendu a pu avoir sur la procédure, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée (arrêts 4A_153/2009 du 1er mai 2009 consid. 4.1; 2D_144/2008 du 23 mars 2009 consid. 5.2; 2P.20/2005 du 13 avril 2005 consid. 3.2).
2.2 Comme on va le voir, le recourant a été condamné, à juste titre, en vertu de l'art. 312 CP, indépendamment du fait de savoir s'il avait respecté ou non les directives litigieuses (cf. infra consid. 5). La question de savoir si celles-ci lui étaient applicables est ainsi sans pertinence sur le sort de la cause. Partant, une motivation insuffisante sur ce point ne saurait justifier l'annulation de l'arrêt entrepris.
3. Le recourant invoque la violation du principe d'accusation, arguant que la feuille d'envoi du 3 mai 2008 lui reprochait pour les amendes infligées à Y._ et Z._ (cas. 42 et 59) de s'être arrogé le pouvoir d'annuler une amende alors qu'il savait pertinemment qu'il n'était pas l'autorité compétente en la matière, tandis qu'il a été condamné parce que jugé compétent pour annuler une telle amende, il avait abusé de sa charge en prononçant dite annulation de façon infondée. Selon le recourant, ce caractère infondé ne figure pas dans l'acte d'accusation et n'a pas été discuté devant les autorités cantonales.
3.1 Le principe d'accusation est une composante du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. Il peut aussi être déduit des art. 32 al. 2 Cst. et 6 § 3 CEDH, qui n'ont à cet égard pas de portée distincte. Il implique que le prévenu sache exactement les faits qui lui sont imputés et quelles sont les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense. Il n'empêche toutefois pas l'autorité de jugement de s'écarter de l'état de fait ou de la qualification juridique retenus dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, à condition que les droits de la défense soient respectés. Le principe est violé lorsque le juge se fonde sur un autre état de fait que celui qui figure dans l'acte d'accusation, sans que le prévenu ait eu la possibilité de s'exprimer au sujet de l'acte d'accusation complété ou modifié d'une manière suffisante et en temps utile (ATF 126 I 19 consid. 2 p. 21 ss; également ATF 133 IV 235 consid. 6.2 et 6.3 p. 245).
3.2 La feuille d'envoi renvoyait le recourant devant le Tribunal de police pour avoir abusé de son autorité en annulant des amendes. Si elle ne mentionnait pas expressément pour les cas 42 et 59 le caractère infondé de l'annulation des amendes visées par ces cas, elle le faisait en revanche s'agissant de trente-six autres annulations prononcées durant la même période, reprochant expressément au recourant une annulation "sans raison" ou "sans le moindre motif légal" (cas 1 à 27; 33-35; 44-46 et 55 à 57). Il ne saurait dès lors de bonne foi soutenir qu'il ne savait pas à la lecture de la feuille d'envoi, pour deux cas similaires aux autres à l'exception de la personne avantagée, qu'il était poursuivi pour avoir annulé ces amendes, notamment sans motif valable. S'agissant toujours des cas 42 et 59, il était reproché au recourant d'avoir procuré, par l'annulation de l'amende, un avantage illicite. Cela démontre encore qu'il lui était fait grief d'avoir annulé ces amendes de manière injustifiée, sauf quoi l'avantage n'aurait pas été qualifié d'illicite. Enfin, on ne peut suivre le recourant lorsqu'il soutient que le caractère infondé des annulations n'aurait jamais été abordé durant la procédure. Il s'est en effet expliqué sur les motifs des annulations qui lui étaient reprochées, tant durant l'enquête (pièces 177 et 183 ss; jugement, ch. 15 p. 7; arrêt, let. ca p. 9), que par devant le Tribunal de police, sur interpellation notamment de son conseil (procès-verbal d'audience du Tribunal de police du 18 mars 2009, p. 2, 4, 5, 6 et 7; jugement, ch. 5 p. 15; arrêt, let. cb et cc p. 9). Le grief de violation du principe accusatoire est partant infondé.
4. Le recourant s'en prend ensuite aux faits retenus par l'arrêt entrepris.
4.1 Il soutient tout d'abord que l'autorité précédente, en considérant qu'il avait "usé de ses fonctions de conseiller administratif pour obtenir l'annulation de trente-sept amendes" et "ordonné à ses subordonnés de procéder à l'annulation des amendes d'ordres", aurait apprécié les preuves de manière arbitraire. Il cite des extraits des dépositions de MM. A._, B._, C._ et D._, censés démontrer que le Service des agents de Ville et du domaine public de F._, saisi d'une demande d'annulation de sa part, décidait "en toute indépendance" de l'admettre ou non.
Lors de sa déposition (pièces 667 à 670), M. A._, interpellé sur la pièce 458, a attesté que le recourant avait lui-même pris la décision d'accepter de réduire l'amende. Il a ensuite déclaré qu'il n'avait pas de raison de ne pas "appliquer" cet accord ayant "pour habitude d'obéir à sa hiérarchie". M. A._ était en effet à l'époque adjoint de direction au Service des agents de Ville et du domaine public de F._, service dépendant du Département municipal des sports et de la sécurité dirigé par le recourant. Interpellé sur une pièce dans laquelle le recourant le "prie de bien vouloir faire annuler l'amende d'ordre" et à laquelle était joint le courrier par lequel le recourant informait la contrevenante qu'il "accepte de faire annuler l'amende d'ordre" (pièces 1371 et 1372), M. A._ a expliqué qu'il s'agissait là d'un "ordre" du recourant. Cette amende était celle prononcée contre Mme Y._, pour l'annulation de laquelle le recourant a été condamné. M. C._, également adjoint de direction audit service, a quant à lui admis que ce service recevait des "instructions" du recourant (recours, ch. 74). Il a également déclaré que "lorsque M. X._ demandait l'annulation d'amendes le concernant directement, il n'y avait aucune explication. Il y avait simplement un mot de la secrétaire indiquant: "veuillez annuler" qui était contresigné par M. X._" (procès-verbal d'audience du Tribunal de police du 22 avril 2009, p. 4). M. B._, secrétaire juriste au département dirigé par le recourant, a quant à lui reconnu que le recourant prenait lui-même la décision d'annuler des amendes d'ordre, ce même si M. C._ "n'était pas tout à fait d'accord". S'agissant d'une demande de réduction d'amende, il a encore déclaré que le recourant après l'avoir admise avait transmis les pièces directement au service en indiquant le sens de la décision (pièces 755 et 756). Enfin, M. D._, commandant du corps des agents de la ville de F._, n'a pas nié que le recourant ait pu répondre directement aux demandes d'annulation sans consulter le service préalablement (pièce 528). Ce témoin a certes déclaré que le recourant ne transmettait pas d'instruction. Un tel témoignage ne saurait toutefois prévaloir sur celui des personnes ayant participé à la procédure d'annulation, soit qu'elles formalisaient les décisions prises par le recourant (M. B._), soit qu'elles recevaient dites décisions (MM. C._ et D._).
Il résulte de la lecture complète de ces dépositions, seuls éléments invoqués par le recourant à l'appui de son grief, qu'il n'était pas arbitraire de retenir qu'il avait usé de ses fonctions pour obtenir l'annulation des amendes litigieuses ou ordonné dite annulation.
4.2 Pour le surplus, le recourant complète les faits retenus dans l'arrêt entrepris. Il soutient également que "plusieurs amendes" seraient "en lien avec son activité de conseiller administratif", rediscutant ainsi des motifs qui l'avaient conduit à se parquer illégalement.
Faute pour le recourant de soulever le grief d'arbitraire conformément aux exigences de motivation accrues posées par l'art. 106 al. 2 LTF, il ne sera toutefois pas tenu compte des faits qu'il allègue, dans la mesure où ils s'écartent de ceux retenus par l'autorité précédente.
5. Le recourant conteste s'être rendu coupable d'abus d'autorité au sens de l'art. 312 CP en faisant annuler plusieurs amendes d'ordre réprimant des contraventions à la circulation routière et prononcées sur la base de la loi fédérale du 24 juin 1970 sur les amendes d'ordre (LAO; RS 741.03).
5.1 L'art. 312 CP réprime le fait pour un membre d'une autorité ou un fonctionnaire d'abuser des pouvoirs de sa charge dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite ou de nuire à autrui.
Cette disposition protège, d'une part, l'intérêt de l'État à disposer de fonctionnaires loyaux qui utilisent les pouvoirs qui leur ont été conférés en ayant conscience de leur devoir et, d'autre part, l'intérêt des citoyens à ne pas être exposés à un déploiement de puissance étatique incontrôlé et arbitraire. L'incrimination pénale doit être interprétée restrictivement, compte tenu de la formule très générale qui définit l'acte litigieux. L'auteur n'abuse ainsi de son autorité que lorsqu'il use de manière illicite des pouvoirs qu'il détient de sa charge, c'est-à-dire lorsqu'il décide ou contraint en vertu de sa charge officielle dans un cas où il ne lui était pas permis de le faire. L'infraction peut aussi être réalisée lorsque l'auteur poursuit un but légitime, mais recourt pour l'atteindre à des moyens disproportionnés (ATF 127 IV 209 consid. 1a/aa et b p. 211 s. et arrêts cités; HEIMGARTNER, BASLER KOMMENTAR, STRAFRECHT II, 2E ÉD., 2007, N. 4 SS. AD ART. 312 CP; STRATENWERTH/BOMMER, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II: Straftaten gegen Gemeininteressen, 6e éd., 2008, § 57 n. 10). Une violation insoutenable des pouvoirs confiés n'est en revanche pas nécessaire.
Du point de vue subjectif, l'infraction suppose un comportement intentionnel, au moins sous la forme du dol éventuel, ainsi qu'un dessein spécial, qui peut se présenter sous deux formes alternatives, soit le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, soit le dessein de nuire à autrui.
5.2 Au moment des faits, le recourant était conseiller administratif de la Ville de F._ et responsable du Département municipal des sports et de la sécurité. Selon l'appréciation du droit cantonal faite par l'autorité précédente, dont l'arbitraire n'a pas été démontré, le recourant était compétent pour ordonner l'annulation d'amendes d'ordre. Il convient donc de déterminer si, ce faisant, le recourant a employé ses pouvoirs dans un but contraire à celui recherché.
5.3 Le Procureur général du canton de Genève a émis des directives, datées du 21 janvier 1998, relatives à l'intervention des fonctionnaires de police en matière de contraventions. Celles-ci rappellent que "la renonciation au recouvrement d'une amende doit obéir exclusivement à un critère découlant du droit pénal lui-même". Elles indiquent ainsi que constitue un abus punissable une annulation fondée sur des motifs relevant de la simple complaisance, du favoritisme ou de motifs liés à la seule personnalité du contrevenant. Elles soulignent encore que "en aucun cas il ne pouvait être renoncé à la poursuite en raison de la personne du contrevenant".
Le recourant conteste que ces directives, qui lui avaient été transmises, lui soient applicables. Il estime que l'autorité intimée, qui est arrivée à cette conclusion, a apprécié de manière arbitraire le droit cantonal (sur les conditions d'admission d'un tel grief, v. ATF 136 I 241 consid. 2.4 p. 249). Il soutient en outre que la référence à ces directives viole l'art. 1 CP (pas de sanction sans loi). Ce dernier grief est infondé dès lors que la condamnation repose non sur les directives mais sur l'art. 312 CP. Il en découle aussi que l'appréciation faite par l'autorité intimée s'agissant de l'application des directives ne saurait être considérée comme arbitraire, à défaut de l'être, à tout le moins, dans son résultat.
La question de savoir si ces directives étaient applicables peut d'ailleurs rester ouverte. En effet, indépendamment de celles-ci, le recourant devait respecter l'ordre juridique suisse dans l'exercice de ses fonctions. Il avait ainsi l'obligation de respecter le principe d'égalité devant la loi consacré par les art. 8 Cst. et 2 al. 1 de la Constitution de la République et canton de Genève du 24 mai 1847 (Cst/GE; A 2 00). Il ne pouvait par conséquent pas faire en sorte qu'une personne échappe à une sanction prévue par la loi au seul motif qu'elle disposait de liens privilégiés avec des personnes compétentes pour annuler une telle sanction ou, pire, parce qu'elle était elle-même une de ces personnes. En outre, un classement en opportunité relatif à des infractions réprimées, comme en l'espèce (LAO), par le droit fédéral viole ce droit lorsqu'il en résulte que l'autorité compétente se refuse par principe à appliquer une disposition du droit pénal ou que son refus dans le cas d'espèce ne repose sur aucun motif raisonnable, de telle sorte qu'il équivaut à un refus d'appliquer le droit fédéral (cf. ATF 120 IV 92 consid. 2c p. 111; 119 IV 92 consid. 3b).
5.4 La cour cantonale a retenu que le recourant avait fait annuler les amendes d'ordre infligées à Y._ le 1er juin 2004 et à Z._ le 22 juillet 2005 en raison de leurs liens d'amitié avec le recourant. Il ne s'agit pas d'un motif raisonnable, mais de favoritisme. En acceptant, sur la base d'un tel motif, d'annuler les amendes d'ordre, le recourant a abusé de son autorité au sens de l'art. 312 CP.
5.5 Le recourant a également fait annuler trente-cinq amendes d'ordre le concernant pour violation des règles de stationnement entre le 7 octobre 1996 et le 23 avril 2005.
Le recourant exerçait certes à cette époque des activités officielles. L'état de fait de l'arrêt entrepris, dont le caractère arbitraire n'a pas été invoqué encore moins démontré par le recourant sur ce point, ne retient toutefois pas que ces fonctions, de par leur nature, auraient justifié que le recourant stationne son véhicule sans respecter les règles en la matière, aux occasions où une amende lui a été infligée. En particulier, la nécessité de charger ou de décharger des dossiers importants, invoquée de manière générale et sans preuve par le recourant, ne justifiait pas les dizaines de contraventions commises, ce d'autant plus que le recourant disposait d'une place de parc à proximité de son travail et pouvait demander de l'aide à ses collaborateurs en cas de besoin. L'autorité précédente a ainsi retenu que le recourant se parquait devant son lieu de travail, en violation de la loi, par confort. Tel est également le cas des cinq contraventions commises devant le centre sportif des Vernets, lorsqu'il choisissait de stationner sur des places réservées aux handicapés, situées aux abords immédiats de l'entrée du centre, alors qu'il aurait pu se parquer sur des cases blanches.
S'agissant des amendes infligées au recourant pour avoir parqué son véhicule à proximité de son domicile, l'autorité cantonale a considéré que les infractions commises n'avaient pas été imposées par l'exercice de ses fonctions. En effet, le recourant se parquait pour rentrer chez lui, utilisant donc son véhicule à des fins privées. Il ne pouvait non plus être suivi lorsqu'il soutenait s'être parqué à ces occasions sur le domaine privé, dès lors qu'il était impossible, au vu de la configuration des lieux, de stationner devant les immeubles concernés sans empiéter sur le trottoir.
Au vu des faits retenus, le recourant ne disposait pas de motif raisonnable lui permettant d'échapper aux amendes d'ordre infligées. Un emploi du temps chargé ou le fait que d'autres personnes violent la loi ne sont pas des circonstances propres à exonérer le recourant de respecter les règles en vigueur. Il ne pouvait non plus annuler les amendes qui lui avaient été infligées pour avoir stationné devant son domicile, en arguant que de telles amendes auraient été injustifiées, dans la mesure où les faits établis par l'autorité précédente démontrent que tel n'était pas le cas. Il devait donc assumer ces sanctions, dont rien ne justifiait par ailleurs qu'elles soient prises en charge par la collectivité pour laquelle il travaillait. En décidant néanmoins dans ces circonstances d'annuler les amendes d'ordre prononcées contre lui, le recourant a abusé des pouvoirs qui lui étaient confiés, au sens de l'art. 312 CP.
5.6 Le recourant estime que l'arrêt entrepris ne serait pas motivé au regard de l'élément subjectif de l'infraction.
5.6.1 S'agissant des amendes infligées à Y._ et Z._, l'autorité cantonale a retenu que le recourant avait accepté "sciemment" de donner suite à leur requête en dépit du fait qu'elles n'étaient pas justifiées (arrêt, ch. 2.2.3 p. 15). Ce faisant, elle a considéré que le recourant avait consciemment utilisé ses pouvoirs afin d'annuler des amendes qu'il n'était pas en droit d'annuler, en l'absence de motif raisonnable, ce dans le but d'économiser à des proches le paiement de dites amendes. Le recourant a donc bel et bien agi intentionnellement et dans le dessein de procurer à des tiers un avantage illicite au sens de l'art. 312 CP.
5.6.2 S'agissant des amendes qui lui ont été infligées personnellement, l'autorité précédente a retenu que le recourant savait que ces amendes étaient justifiées (arrêt. ch. 2.2.4 p. 16). On peut donc en déduire qu'elle a, tout au moins implicitement, admis la réalisation des conditions subjectives prévues par l'art. 312 CP. A nouveau, cette appréciation, suffisante, est justifiée. Le recourant avait en effet enfreint la réglementation en matière de parcage par confort. Il ne pouvait donc ignorer que l'annulation d'une contravention commise dans ces circonstances ne se justifiait pas. Il ne pouvait non plus ignorer qu'il ne devait pas ordonner lui-même l'annulation de ses propres amendes. En y procédant néanmoins, le recourant a dès lors abusé intentionnellement, à tout le moins par dol éventuel, de ses pouvoirs dans le dessein de s'exonérer du paiement des amendes. Les éléments subjectifs de l'infraction réprimée par l'art. 312 CP sont ici également réunis.
5.7 Il résulte de ce qui précède que la condamnation du recourant pour abus d'autorité ne viole pas le droit fédéral.
6. Le recours doit donc être rejeté, dans la mesure où il est recevable, et les frais de la cause mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 31 mai 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Mathys Cherpillod