Fatti:
A. Il 13 dicembre 2005 A._ ha promosso avanti al Pretore del distretto di Lugano un'azione tendente alla cancellazione di una servitù di passo pedonale che grava la particella xxx di Z._ - di sua proprietà - in favore della contigua particella yyy di proprietà di B._. In via subordinata ha chiesto lo spostamento della servitù.
Il 27 febbraio 2009 A._ ha chiesto quali "provvedimenti cautelari urgenti", la cancellazione provvisoria del predetto diritto di passo e l'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre sul fondo del convenuto "a tutela della pretesa di cancellazione o spostamento contro indennità della servitù di passo". Il Pretore ha dapprima respinto l'istanza in via supercautelare e poi con decreto cautelare del 19 giugno 2009. Il giudice di prime cure non ha esaminato i requisiti di cui all'art. 376 cpv. 1 CPC/TI, perché ha ritenuto che una restrizione della facoltà di disporre non può essere richiesta per una pretesa fondata sull'art. 736 cpv. 2 CC e che una cancellazione provvisoria è unicamente data per le azioni di rettifica del registro fondiario.
B. Con sentenza 3 agosto 2009 la I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto un rimedio di A._ e ha confermato il decreto pretorile. La Corte cantonale ha dapprima indicato che la procedura sommaria, prevista dall'art. 961 cpv. 3 CC per le iscrizioni provvisorie, si applica pure alle richieste di annotazione di una restrizione della facoltà di disporre e che essa non esclude l'emanazione di provvedimenti cautelari. I giudici cantonali hanno poi ritenuto che A._ si è limitato a formulare le domande di cancellazione provvisoria del diritto di passo e di annotazione di una restrizione della facoltà di disporre in via cautelare, motivo per cui esse non sono state trattate dal Pretore nella procedura sommaria, ma quest'ultimo si è limitato a deciderle in via cautelare nell'apposita procedura prevista dalla legge processuale cantonale. La Corte cantonale ha quindi considerato che ai provvedimenti richiesti si applicano i requisiti previsti dall'art. 376 cpv. 1 CPC/TI e segnatamente quello dell'urgenza, in concreto non adempiuto. Non sussisterebbero infatti indizi che confortano il pericolo di un'alienazione del fondo da parte del convenuto, atteso che questi si è sposato pendente causa, ha fatto dello stabile situato sulla particella yyy l'abitazione coniugale e ha, per stessa ammissione dell'attore, "inoltrato una domanda di costruzione di non irrisoria entità". Non basterebbe inoltre nemmeno la congettura secondo cui il convenuto potrebbe gravare il suo fondo con diritti di pegno o vederselo gravare da ipoteche legali. La Corte cantonale ha altresì ritenuto che non poteva vagliare le argomentazioni del giudice di prime cure, perché in tal modo avrebbe anticipato un giudizio che potrebbe essere chiamata a pronunciare nel caso in cui l'istante dovesse ritualmente introdurre le domande in discussione con la procedura sommaria.
C. Il 2 settembre 2009 A._ ha presentato al Tribunale federale un ricorso in materia civile e un ricorso sussidiario in materia costituzionale con cui postula l'iscrizione provvisoria a carico della particella dell'opponente della cancellazione del diritto di passo, nonché l'iscrizione di una restrizione della facoltà di disporre a tutela della pretesa di cancellazione o di spostamento contro indennità. Il ricorrente afferma di aver adottato la procedura corretta, ma che in ogni caso la questione non avrebbe alcuna rilevanza pratica nella fattispecie. Sostiene poi che la Corte cantonale avrebbe violato l'art. 29 cpv. 2 Cost., effettuando un repentino ed inaspettato cambiamento di giurisprudenza, e che in base a dottrina e giurisprudenza l'accoglimento delle sue domande non potrebbe essere fatto dipendere dal requisito - previsto dal diritto cantonale - dell'urgenza. La sentenza impugnata violerebbe quindi il principio della prevalenza del diritto federale, atteso che negli art. 960 e 961 CC il legislatore federale avrebbe esaurientemente regolato le condizioni per un'annotazione rispettivamente un'iscrizione. Il ricorrente chiede inoltre al Tribunale federale di esaminare se la Corte cantonale ha leso altri diritti costituzionali e tratta infine gli argomenti da questa lasciati indecisi (ammissibilità di una restrizione della facoltà di disporre a tutela delle azioni fondate sull'art. 736 CC e di un'iscrizione provvisoria).
Il 23 settembre 2009 la Presidente della II Corte di diritto civile ha respinto una domanda di misure cautelari del ricorrente.
Non è stata chiesta una risposta al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Nelle cause di carattere pecuniario, la via del ricorso in materia civile è - in linea di principio - unicamente aperta se viene raggiunto un valore litigioso di fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. b LTF). Quando le conclusioni non tendono al pagamento di una somma di denaro determinata, il Tribunale federale fissa il valore litigioso secondo il suo apprezzamento (art. 51 cpv. 2 LTF). Tale controllo non supplisce però all'assenza di un'indicazione del valore litigioso; non spetta infatti al Tribunale federale di procedere ad indagini per determinare esso stesso tale valore se questo non risulta dagli accertamenti di fatto della decisione impugnata o da altri elementi dell'incarto. In tal caso il ricorrente deve indicare conformemente all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, pena l'inammissibilità del ricorso, elementi sufficienti da permettere al Tribunale federale di agevolmente stimare il valore litigioso (DTF 136 III 60 consid. 1).
In concreto la decisione impugnata menziona che il valore litigioso di fr. 18'000.-- indicato sull'inserto della causa principale non è necessariamente corretto. Il ricorrente afferma che tale importo corrisponde a quello calcolato dal perito per l'area interessata dalla servitù e ritiene che la svalutazione causata al suo fondo sia invece maggiore per i seguenti motivi. Egli afferma che "notoriamente il valore di stima ufficiale in Ticino raramente supera i 2/3 del valore venale effettivo" e ritiene che il suo fondo, con un valore di stima ufficiale di fr. 351'345.--, perderebbe il 10 % del suo valore a causa dell'avversato passo pedonale, che è situato proprio davanti alla sua casa, separandola dal giardino. Tali congetture non consentono tuttavia al Tribunale federale di accertare di primo acchito e con sicurezza che il valore litigioso di fr. 30'000.-- sia in concreto raggiunto.
1.2 Nella fattispecie non entra nemmeno in linea di conto la possibilità che il ricorso in materia civile sia ammissibile in virtù dell'art. 74 cpv. 2 LTF, perché solleverebbe una questione di diritto di importanza fondamentale. Infatti il ricorrente si limita ad indicare nel proprio rimedio di non essere in grado di pronunciarsi su tale "ardua questione", senza spiegare - come invece imposto dall'art. 42 cpv. 2 LTF - per quale motivo invece le condizioni previste dalla citata norma sarebbero invece adempiute (DTF 135 III 1 consid. 1.3 in fine). In queste circostanze, visto che il ricorrente ha esplicitamente pure proposto, nell'eventualità che i requisiti generalmente posti ad un ricorso in materia civile non fossero adempiuti, un ricorso sussidiario in materia costituzionale, si giustifica dichiarare inammissibile il primo ed esaminare il secondo, atteso che - in ogni caso - come rilevato dal ricorrente medesimo, trattandosi di misure cautelari ai sensi dell'art. 98 LTF, i motivi di ricorso sono limitati alla violazione di diritti costituzionali.
1.3 Decisioni concernenti provvedimenti cautelari sono unicamente decisioni finali ai sensi dell'art. 90 LTF se vengono emanate in una procedura indipendente. Il Messaggio sulla LTF annovera segnatamente fra le decisioni finali le iscrizioni provvisorie ai sensi dell'art. 961 CC dell'ipoteca legale degli artigiani e degli imprenditori (Messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 3887 n. 4.1.4.1 seg.). Sotto l'egida dell'OG il rifiuto di ordinare l'iscrizione di una restrizione della facoltà di disporre era paragonato al rifiuto di ordinare un'iscrizione provvisoria e come tale considerato una decisione finale nel senso dell'art. 87 OG (sentenza 5P.411/2004 del 15 marzo 2005 consid. 1.2). Decisioni cautelari notificate separatamente che vengono emanate prima o durante la procedura principale e che rimangono in vigore unicamente per la durata di questa, rispettivamente a condizione che una procedura principale venga incoata, sono decisioni incidentali nel senso dell'art. 93 LTF (DTF 134 I 83 consid. 3.1). In concreto può restare indecisa la questione a sapere se la decisione impugnata sia finale, come preteso dal ricorrente, o se essa sia invece incidentale, come invece ritenuto dall'autorità cantonale. Infatti, anche in quest'ultima ipotesi, essa sarebbe idonea a causare un danno irreparabile nel senso dell'art. 93 cpv. 1 LTF. Ne segue che il ricorso sussidiario in materia costituzionale è ammissibile (art. 113 e art. 117 LTF).
1.4 Con un ricorso sussidiario in materia costituzionale può unicamente essere censurata la violazione di diritti costituzionali (art. 116 LTF). Il ricorrente che solleva avanti al Tribunale federale un ricorso sussidiario in materia costituzionale deve indicare con precisione quale diritto fondamentale egli ritenga violato, e spiegare fondatamente in cosa consista tale violazione. Contrariamente a quanto ritenuto dal ricorrente, il Tribunale federale non è quindi abilitato a cercare esso medesimo eventuali violazioni di diritti costituzionali da parte della Corte cantonale, ma può unicamente esaminare la pretesa violazione di un diritto fondamentale nella misura in cui una tale censura sia stata sollevata e motivata in termini precisi nel gravame (art. 117 e art. 106 cpv. 2 LTF combinati; DTF 133 III 439 consid. 3.2; sentenza 5D_164/2008 del 10 febbraio 2009 consid. 1.2, non pubblicato in DTF 135 III 315).
2. 2.1 La Corte cantonale ha indicato che l'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre e una cancellazione provvisoria sono rette dalla procedura sommaria, e che nell'ambito della procedura sommaria possono pure essere formulate delle domande cautelari (art. 371 CPC/TI). Essa ha poi ritenuto che le predette misure avrebbero dovuto essere trattate nella procedura sommaria, ma che il qui ricorrente aveva unicamente formulato una "domanda di provvedimenti cautelari urgenti", correttamente decisa dal Pretore solo a titolo cautelare. Da tale assunto i giudici cantonali hanno dedotto due conseguenze. Innanzi tutto, secondo la Corte cantonale, i requisiti fissati dal diritto cantonale (art. 376 cpv. 1 CPC/TI) per le misure cautelari, e segnatamente l'esistenza del presupposto dell'urgenza, devono essere in concreto adempiuti. Quale seconda conseguenza essa ha indicato che l'istante aveva la possibilità di riproporre ritualmente le sue richieste nella procedura sommaria. In altre parole, la Corte cantonale pare partire dal presupposto che il ricorrente non abbia chiesto l'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre e un'iscrizione provvisoria nella procedura sommaria, ma si sia limitato a formulare delle domande cautelari antecedenti una siffatta procedura.
2.2 Il ricorrente assevera di aver correttamente introdotto le sue richieste, atteso che l'iscrizione provvisoria e l'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre sono provvedimenti cautelari e che in ogni caso sarebbe spettato al Pretore applicare d'ufficio il diritto processuale e trattare l'istanza nelle forme da questo previste. Afferma inoltre che nel Cantone Ticino le misure cautelari fanno parte della procedura sommaria e la stessa Corte cantonale applicherebbe per l'iscrizione provvisoria e l'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre gli art. 376 segg. CPC/TI relativi alle misure cautelari. Sostiene poi che in ogni caso tale questione sarebbe senza importanza, perché gli art. 361 segg. rispettivamente gli art. 376 segg. CPC/TI sono praticamente uguali e il procedimento innanzi al Pretore sarebbe stato rispettoso di entrambe le normative. Inoltre l'azione di merito prevista dall'art. 961 cpv. 3 CC sarebbe già pendente.
2.3 Ora, a giusta ragione il ricorrente indica che l'azione di merito per la quale ha chiesto le predette misure di chiara natura cautelare (Henri Deschenaux, Le registre foncier, Traité de droit privé suisse. vol. V., pag. 286 e 689) è già pendente. Inoltre, dalle sentenze cantonali citate nel ricorso e diffuse dalla Corte cantonale sul proprio sito internet (www.sentenze.ti.ch) risulta effettivamente che nel Cantone Ticino alle domande di annotazione di una restrizione della facoltà di disporre si applicano gli art. 376 segg. CPC/TI (così testualmente in sentenza 11.2009.9 della I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino del 19 gennaio 2009 consid. 1; v. anche sentenza 11.2004.43 della I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino del 22 giugno 2006 consid. 8). In queste circostanze la qualifica dell'istanza del qui ricorrente da parte della Corte cantonale e le critiche sulla procedura seguita non solo risultano incondivisibili, ma paiono pure essere in contraddizione con la stessa giurisprudenza cantonale diffusa per internet. La questione non merita però maggiore disamina perché, come del resto osservato dallo stesso ricorrente, essa si rivela - come si vedrà nei considerandi che seguono - senza pertinenza ai fini del presente giudizio.
3. Giusta l'art. 961 cpv. 3 CC il giudice accorda un'iscrizione provvisoria dietro giustificazione di un interesse da parte del richiedente. Quest'ultimo deve quindi dimostrare la sua legittimazione (prima condizione) e la minaccia della relativa posizione giuridica (seconda condizione). Una siffatta minaccia sussiste se l'avente diritto materiale corre il pericolo, a causa della pubblicità legata al registro fondiario (art. 973 cpv. 1 CC), di perdere il proprio diritto non corrispondente alle iscrizioni. In altri termini, la richiesta di un'iscrizione provvisoria è giustificata se un attore deve temere che un terzo in buona fede possa essere protetto nel suo acquisto in base ad una ingiustificata iscrizione a registro fondiario di un diritto reale. Alla verosimiglianza richiesta dall'art. 961 cpv. 3 CC non possono essere poste esigenze elevate (sentenza del Tribunale federale 5P.221/2003 del 12 settembre 2003 consid. 3.2.1, in ZBGR 85/2004 pag. 97, con rinvii).
Anche la decisione sull'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre ai sensi dell'art. 960 cpv. 1 n. 1 CC presuppone che la stessa sia necessaria per la "conservazione" del diritto litigioso (Henri Deschenaux, op. cit., pag. 286). Lo stesso ricorrente riconosce peraltro, citando Christian Peter Meister (Vorsorgliche Massnahmen bei immobiliarsachenrechtlichen Streitigkeiten, 1977, pag. 87), che all'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre devono essere applicati i medesimi principi di cui all'art. 961 cpv. 3 CC.
3.1 Nella fattispecie, trattando il requisito dell'"urgenza", la Corte cantonale si è in realtà - pure - pronunciata sulla seconda delle due predette condizioni, negando l'esistenza di una minaccia della posizione giuridica del ricorrente. I giudici cantonali hanno infatti considerato che non vi sono indizi che confortano l'ipotesi di un'alienazione del fondo del qui opponente ad un terzo ignaro della causa pendente, che si prevarrebbe poi dell'affidamento posto nel registro fondiario, costringendo così l'attore a ricominciare il processo. Secondo la sentenza impugnata infatti, l'istante non ha nemmeno affermato che il convenuto intenda vendere il fondo dominante, non ha contestato che questi si è sposato pendente causa, facendo divenire lo stabile sito sul predetto fondo l'abitazione coniugale e ha addirittura ammesso l'inoltro di una "domanda di costruzione di non irrisoria entità". Con riferimento alla congettura secondo cui il qui opponente potrebbe gravare con diritti di pegno il suo fondo o vederselo gravare da ipoteche legali, i giudici cantonali hanno rilevato di non scorgere il pregiudizio che deriverebbe all'istante da tali circostanze.
3.2 Il ricorrente ritiene tale argomentazione arbitraria, assevera di non avere alcuna possibilità di dimostrare che l'opponente abbia l'intenzione di alienare o di gravare con diritti di pegno il suo fondo e ritiene che la prova impostagli dai giudici cantonali lo metterebbe in balia della buona volontà della controparte. Sostiene che anche l'accensione di una cartella ipotecaria - verosimile visto il progetto edilizio in corso - da un terzo in buona fede basterebbe per rendere ineseguibile a registro fondiario la sentenza sull'azione principale.
3.3 Giova innanzi tutto ribadire che, come già esposto (supra, consid. 3), per ottenere l'iscrizione provvisoria della cancellazione di un diritto di passo, rispettivamente l'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre non è sufficiente che l'azione principale concerna diritti suscettivi di essere tutelati da tali misure, ma l'istante deve pure aver reso verosimile che le summenzionate due condizioni previste dal diritto federale siano date. In concreto la motivazione con cui la Corte cantonale ha negato che nella fattispecie vi sia una minaccia della posizione giuridica del ricorrente non risulta arbitraria. Infatti escludere il pericolo di un'alienazione del fondo dominante con il recente matrimonio dell'opponente, che ha fatto divenire l'edificio situato su tale particella l'abitazione coniugale e che ha pure previsto dei lavori edilizi di una certa importanza, appare del tutto sostenibile e il ricorrente nemmeno pretende di aver apportato un qualsiasi elemento che infici tali considerazioni e faccia invece apparire verosimile il pericolo di un'alienazione.
Per quanto concerne poi l'eventualità che l'opponente gravi con un diritto di pegno il fondo in discussione, occorre osservare che un creditore pignoratizio può unicamente opporsi alla cancellazione di una servitù esistente se viene leso nei suoi diritti, rispettivamente abbia un interesse al mantenimento della servitù (JÜRG SCHMID, Commento basilese, Zivilgesetzbuch II, 3a ed. 2007, n. 13 ad art. 964 CC; PETER LIVER, Commento zurighese, 2a ed. 1980, n. 38 ad art. 734 CC; HOMBERGER, Commento zurighese, 2a ed. 1938, n. 10 ad art. 964 CC). Ora, il ricorrente pare dimenticare di aver in primo luogo chiesto la cancellazione del diritto di passo in virtù dell'art. 736 cpv. 1 CC e omette di fornire una qualsiasi spiegazione perché un eventuale creditore pignoratizio sarebbe toccato nei suoi interessi e potrebbe opporsi alla cancellazione di una servitù divenuta senza interesse per il fondo gravato dal diritto di pegno. Ne discende che la censura risulta infondata.
4. Ne segue che la Corte cantonale ha negato, senza violare i diritti costituzionali invocati dal ricorrente, che in concreto siano adempiuti i requisiti previsti dal diritto federale per poter accogliere la richiesta di un'iscrizione provvisoria della cancellazione del diritto di passo e l'annotazione di una restrizione della facoltà di disporre. In queste circostanze non occorre esaminare né la censura secondo cui il diritto cantonale non potrebbe, senza violare il principio della prevalenza del diritto federale (art. 49 Cost.), far dipendere la pronuncia di tali misure da esigenze supplementari quali l'urgenza, né la critica ricorsuale secondo cui la Corte cantonale avrebbe preteso l'adempimento di tale requisito di diritto cantonale con un inaspettato cambiamento di giurisprudenza lesivo del diritto di essere sentito, rispettivamente della buona fede processuale.
5. Da quanto precede discende che il ricorso in materia civile si rivela inammissibile e quello sussidiario in materia costituzionale infondato. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Il ricorrente dovrà unicamente rifondere ripetibili all'opponente per le osservazioni alla domanda di misure cautelari, atteso che non è stata chiesta una risposta al ricorso (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile è inammissibile.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è respinto.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico del ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 500.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.