Faits:
A. Le 23 novembre 2005, donnant suite à une dénonciation pénale du chef du Service cantonal des mineurs et des tutelles, le Ministère public neuchâtelois a requis le juge d'instruction d'ouvrir une information pénale contre X._, assistant social et fonctionnaire dudit service, pour escroqueries, subsidiairement abus de confiance et faux dans les titres.
B. Par jugement du 18 mars 2008, la Cour d'assises du canton de Neuchâtel a condamné X._, pour escroqueries par métier, faux dans les titres, obtentions frauduleuses de constatation fausse et détournement de prestations complémentaires, à une peine privative de liberté de sept ans, sous déduction de la détention préventive.
En bref, elle a retenu qu'il avait commis des escroqueries à plus de mille reprises sur un montant de l'ordre d'un million de francs, en utilisant divers stratagèmes - tels que fausses signatures, abus de blanc-seings, falsifications ultérieures de quittances ou présentation de quittances d'achats abusivement utilisées - pour tromper astucieusement dans chaque cas les responsables de la caisse du service des tutelles, les autorités tutélaires et finalement les personnes dont il gérait les comptes, ceci au préjudice de 31 de ses pupilles et sur une période de 10 ans, soit depuis le 22 novembre 1995 - la prescription étant acquise pour la période antérieure - jusqu'au 23 novembre 2005, date de son arrestation. Elle a considéré que, dans plus de mille cas, ces actes étaient aussi constitutifs de faux dans les titres et d'obtention frauduleuse de constatation fausse puisque l'intéressé avait amené les autorités tutélaires à approuver, dans plusieurs dizaines de décisions, des comptes reconnus exacts alors qu'ils ne reflétaient pas la réalité. Elle a également constaté un cas de détournement de prestations complémentaires.
C. Par arrêt du 18 décembre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours de X._.
D. Ce dernier a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, une violation de la présomption d'innocence, de la maxime d'accusation, du principe de l'oralité et de l'immédiateté des débats, du droit à être jugé par un tribunal indépendant et impartial et des art. 146 et 47 CP, il a conclu, principalement, à son acquittement et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt cantonal. Il a requis l'effet suspensif et sa mise en liberté immédiate.
Par ordonnance du 29 janvier 2009, la Cour de céans a déclaré la requête d'effet suspensif sans objet et rejeté la requête de mise en liberté provisoire.
Considérant en droit:
1. Le recourant invoque une violation de la maxime d'accusation (cf. infra consid. 1.1) et de son droit d'être entendu (cf. infra consid. 1.2). Il estime que l'ordonnance de renvoi était insuffisante s'agissant de la désignation des moyens de preuves, respectivement des quittances et agendas retenus comme éléments à charge. Il explique que cette ordonnance faisait état de 716 quittances, alors que la Cour d'assises en a finalement retenu 1455. Il relève également qu'il n'a jamais été fait référence à toutes ces quittances ni à ses agendas professionnels, que ce soit durant l'instruction ou lors des débats.
1. Le recourant invoque une violation de la maxime d'accusation (cf. infra consid. 1.1) et de son droit d'être entendu (cf. infra consid. 1.2). Il estime que l'ordonnance de renvoi était insuffisante s'agissant de la désignation des moyens de preuves, respectivement des quittances et agendas retenus comme éléments à charge. Il explique que cette ordonnance faisait état de 716 quittances, alors que la Cour d'assises en a finalement retenu 1455. Il relève également qu'il n'a jamais été fait référence à toutes ces quittances ni à ses agendas professionnels, que ce soit durant l'instruction ou lors des débats.
1.1 1.1.1 Le principe d'accusation est une composante du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. et peut aussi être déduit des art. 32 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 CEDH, qui n'ont à cet égard pas de portée distincte. Il implique la présentation de l'objet du procès, raison pour laquelle l'accusation doit désigner l'accusé et les infractions qui lui sont imputées de façon suffisamment précise pour lui permettre d'apprécier sur les plans objectif et subjectif les reproches qui lui sont faits. Le prévenu doit connaître exactement les faits qui lui sont imputés et les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense (ATF 126 I 19 consid. 2a p. 21; 120 IV 348 consid. 2b p. 353).
1.1.2 L'ordonnance de renvoi du 27 août 2007 contient tout d'abord l'énumération des infractions reprochées au recourant, la période sur laquelle celles-ci s'étendent et les cinq différents modes opératoires utilisés. Elle décrit ensuite, pour chacune des 31 victimes identifiées, le ou les processus utilisés, énumère, de manière exemplative, des quittances se rapportant au mode opératoire choisi et précise, enfin, le montant ainsi détourné pendant la période en cause (cf. jugement p. 19).
Au regard des éléments ainsi exposés dans l'ordonnance précitée, le recourant, qui était assisté de plusieurs défenseurs, devait être en mesure de s'expliquer et de préparer efficacement sa défense. En effet, l'acte d'accusation énumère tous les faits qui lui sont imputés et l'adverbe « notamment », utilisé pour citer les moyens de preuves, en référence avec le mode opératoire choisi, démontre que seules les quittances les plus importantes étaient mentionnées dans l'ordonnance en question. De plus, le recourant pouvait aisément déduire du montant total indiqué pour chaque pupille que les moyens exposés dans l'ordonnance ne l'étaient qu'à titre exemplatif, les montants mentionnés fixant au demeurant la limite maximale des détournements pouvant être retenus par la Cour d'assises. Enfin le recourant ne saurait déduire de l'ATF 120 IV 348 consid. 3e dont il se prévaut que le Ministère public aurait dû inventorier toutes les pièces du dossier avec une analyse critique de leur pertinence pour les débats. En effet, de telles exigences ne sont pas déduites directement des dispositions conventionnelle et constitutionnelle précitées, mais de l'art. 126 PPF qui ne s'applique pas dans le cas particulier.
Au regard des éléments ainsi exposés dans l'ordonnance précitée, le recourant, qui était assisté de plusieurs défenseurs, devait être en mesure de s'expliquer et de préparer efficacement sa défense. En effet, l'acte d'accusation énumère tous les faits qui lui sont imputés et l'adverbe « notamment », utilisé pour citer les moyens de preuves, en référence avec le mode opératoire choisi, démontre que seules les quittances les plus importantes étaient mentionnées dans l'ordonnance en question. De plus, le recourant pouvait aisément déduire du montant total indiqué pour chaque pupille que les moyens exposés dans l'ordonnance ne l'étaient qu'à titre exemplatif, les montants mentionnés fixant au demeurant la limite maximale des détournements pouvant être retenus par la Cour d'assises. Enfin le recourant ne saurait déduire de l'ATF 120 IV 348 consid. 3e dont il se prévaut que le Ministère public aurait dû inventorier toutes les pièces du dossier avec une analyse critique de leur pertinence pour les débats. En effet, de telles exigences ne sont pas déduites directement des dispositions conventionnelle et constitutionnelle précitées, mais de l'art. 126 PPF qui ne s'applique pas dans le cas particulier.
1.2 1.2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277).
1.2.2 Selon l'arrêt attaqué, toutes les pièces, à savoir l'ensemble des quittances ainsi que les agendas professionnels du recourant, figuraient au dossier, ce que ce dernier ne conteste pas. Or, l'intéressé ne prétend pas que l'accès au dossier lui aurait été refusé. Il ne soutient pas non plus que le juge d'instruction et l'autorité de jugement l'auraient injustement empêché de faire valoir oralement ses arguments lors des auditions ou dans le cadre des débats, ni qu'ils l'auraient privé, en cours de procédure, d'une possibilité adéquate et suffisante pour contester les moyens de preuves contenus au dossier et finalement retenus à son encontre. Le fait qu'il n'ait éventuellement pas usé de cette dernière possibilité ne saurait être imputée à la Cour d'assises qui n'avait pas à lire chaque pièce du dossier lors des débats, un tel procédé étant manifestement impossible dans une affaire de cette ampleur. Dans ces conditions, on ne discerne pas de violation du droit d'être entendu du recourant.
2. Le recourant invoque le principe de l'oralité et de l'immédiateté des débats (cf. infra consid. 2.1) ainsi que l'arbitraire dans l'application de l'art. 231 CPP/NE (cf. infra consid. 2.2). Il soutient que l'établissement d'un tableau récapitulatif après la clôture des débats constitue un nouvel acte d'instruction. Il reproche à la Cour d'assises d'avoir renvoyé de deux mois les délibérations, puis d'avoir statué dans une composition irrégulière.
2. Le recourant invoque le principe de l'oralité et de l'immédiateté des débats (cf. infra consid. 2.1) ainsi que l'arbitraire dans l'application de l'art. 231 CPP/NE (cf. infra consid. 2.2). Il soutient que l'établissement d'un tableau récapitulatif après la clôture des débats constitue un nouvel acte d'instruction. Il reproche à la Cour d'assises d'avoir renvoyé de deux mois les délibérations, puis d'avoir statué dans une composition irrégulière.
2.1 2.1.1 Ni l'art. 6 ch. 1 CEDH, ni la Constitution n'imposent aux cantons l'obligation d'introduire le système de l'oralité des débats dans leurs procédures. Tout au plus doivent-ils garantir au prévenu la possibilité de faire administrer des preuves essentielles au cours du procès, afin que sa cause soit entendue équitablement (G. PIQUEREZ, Traité de procédure pénale suisse, 2ème éd., n° 319 p. 205). Ainsi, selon l'art. 6 ch. 3 let. d CEDH, tout accusé a notamment le droit d'interroger ou de faire interroger les témoins à charge et d'obtenir la convocation et l'interrogation des témoins à décharge dans les mêmes conditions que les témoins à charge. Le même droit découle de l'art. 29 Cst.
Selon la jurisprudence rendue en application de ces dispositions, les éléments de preuve doivent en principe être produits en présence de l'accusé lors d'une audience publique, en vue d'un débat contradictoire. Cette règle tend à assurer l'égalité des armes entre l'accusateur public et la défense (ATF 121 I 306 consid. 1b p. 308; 104 Ia 314 consid. 4a p. 316). Il n'est toutefois pas exclu de prendre en considération des dépositions recueillies durant la phase de l'enquête dans la mesure où l'accusé a disposé d'une occasion adéquate et suffisante de contester ces témoignages à charge et en interroger ou faire interroger l'auteur (ATF 118 Ia 327 consid. 2b/aa p. 330, 457 consid. 2b, 462 consid. 5a/bb et les arrêts cités; ACEDH Saïdi, du 20 septembre 1993, série A, vol. 261-C).
2.1.2 La Cour d'assises a fondé sa conviction sur les éléments du dossier, l'ensemble des quittances et les agendas professionnels du tuteur y figurant. Les tableaux qu'elle a élaborés suite à la clôture des débats, puis intégrés dans son jugement, ont été établis uniquement sur les pièces du dossier auquel le recourant avait également accès. Ils ne constituent donc pas un nouveau moyen, mais simplement un document de travail établi à l'attention des juges et qui n'avait donc pas à être soumis préalablement au recourant. Pour le reste, ce dernier ne prétend pas avoir demandé l'analyse de toutes ces quittances lors des débats. Il ne fait pas non plus valoir que la juridiction de première instance lui aurait opposé un refus d'exposer, du moins oralement, ses critiques lors de l'audience. Dans ces conditions, il ne saurait invoquer une violation de son droit d'être entendu découlant des art. 6 ch. 3 let. d CEDH et 29 al. 2 Cst.
2.1.2 La Cour d'assises a fondé sa conviction sur les éléments du dossier, l'ensemble des quittances et les agendas professionnels du tuteur y figurant. Les tableaux qu'elle a élaborés suite à la clôture des débats, puis intégrés dans son jugement, ont été établis uniquement sur les pièces du dossier auquel le recourant avait également accès. Ils ne constituent donc pas un nouveau moyen, mais simplement un document de travail établi à l'attention des juges et qui n'avait donc pas à être soumis préalablement au recourant. Pour le reste, ce dernier ne prétend pas avoir demandé l'analyse de toutes ces quittances lors des débats. Il ne fait pas non plus valoir que la juridiction de première instance lui aurait opposé un refus d'exposer, du moins oralement, ses critiques lors de l'audience. Dans ces conditions, il ne saurait invoquer une violation de son droit d'être entendu découlant des art. 6 ch. 3 let. d CEDH et 29 al. 2 Cst.
2.2 2.2.1 Selon l'art. 231 CPP/NE, la délibération a lieu immédiatement après la clôture des débats, en Chambre du conseil. Exceptionnellement, le tribunal peut renvoyer sa délibération, en particulier si le repos des membres du tribunal l'exige (al. 1). Le président fixe les questions à résoudre et les met en discussion. Chaque membre du tribunal est tenu de donner son avis dans l'ordre établi par le président, qui donne également le sien (al. 2). Le jugement est rendu à la majorité (al. 3).
En matière d'application du droit cantonal, l'arbitraire et la violation de la loi ne sauraient être confondus; une violation de la loi doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (ATF 132 I 13 consid. 5.1; 131 I 217 consid. 2.1; 128 II 259 consid. 5).
2.2.2 Compte tenu de l'abondance extrême des griefs et des informations recueillies, la Cour d'assises a considéré qu'elle ne pouvait rendre un jugement dans les quelques heures, voire jours, suivant la clôture des débats et a par conséquent décidé le renvoi des délibérations dans le but d'analyser les éléments du dossier avant d'établir une synthèse dans un tableau récapitulatif (cf. jugement p. 39).
2.2.3 L'art. 231 al. 1 CPP/NE autorise le renvoi des délibérations de manière exceptionnelle, sans toutefois en préciser les motifs de manière exhaustive. Dans le cas particulier, les juges avaient à trancher un millier d'actes délictueux d'un montant de l'ordre d'un million de francs. L'affaire visait de multiples victimes. Le dossier comptabilisait plusieurs classeurs fédéraux et des milliers de documents à examiner, notamment un nombre considérable de preuves et plus particulièrement de quittances. Dans ces conditions, on peut admettre que la présente affaire présentait un caractère tout-à-fait exceptionnel, qui justifiait le renvoi des délibérations. Dès lors, la Cour d'assises n'a pas interprété le droit cantonal de manière arbitraire. Le grief est donc rejeté.
2.2.4 L'al. 1 de l'art. 231 CPP/NE précise encore que les délibérations doivent avoir lieu en Chambre du conseil et l'al. 2 explique la manière dont la Cour doit délibérer. En l'occurrence, la juridiction de première instance, pour forger son intime conviction, a délibéré sur la base d'une analyse du dossier en forme de tableaux synthétiques. Ce faisant, elle a en quelque sorte verbalisé sa réflexion tirée des pièces du dossier et des débats. En Chambre du conseil, elle a ensuite pris position sur les questions mises en discussion par le président et qui étaient contenues dans les tableaux récapitulatifs qui devaient faciliter l'examen et la décision sur chacune d'elles. Au regard de ces éléments, on ne discerne pas d'arbitraire dans l'application du droit cantonal. La critique est donc infondée.
3. Le recourant se prévaut du droit à être jugé par un tribunal indépendant et impartial.
3. Le recourant se prévaut du droit à être jugé par un tribunal indépendant et impartial.
3.1 3.1.1 La garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 ch. 1 CEDH - qui ont, de ce point de vue, la même portée - permet, indépendamment du droit de procédure cantonal, de demander la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à faire susciter des doutes quant à son impartialité. Elle vise à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective est établie, car une disposition interne de la part du juge ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence d'une prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Cependant, seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en compte, les impressions purement individuelles n'étant pas décisives (ATF 134 I 20 consid. 4.2 p. 21).
Le motif de récusation doit être invoqué aussitôt que l'intéressé en a eu connaissance, sous peine d'être déchu du droit de s'en prévaloir ultérieurement. En particulier, il est contraire à la bonne foi d'attendre l'issue d'une procédure pour tirer ensuite argument, à l'occasion d'un recours, de la composition incorrecte de l'autorité qui a statué, alors que le motif de récusation était déjà connu auparavant (ATF 134 I 20 consid. 4.3.1 p. 21; 132 II 485 consid. 4.3 p. 496 s.). Cela ne signifie toutefois pas que l'identité des juges appelés à statuer doive nécessairement être communiquée de manière expresse au justiciable; il suffit en effet que le nom de ceux-ci ressorte d'une publication générale facilement accessible, par exemple l'annuaire officiel. La partie assistée d'un avocat est en tout cas présumée connaître la composition régulière du tribunal (ATF 128 V 82 consid. 2b p. 85 s.).
3.1.2 La récusation d'un tribunal en corps ne peut être admise que pour des motifs graves, car le principe du juge naturel s'en trouve davantage touché que dans le cas de la récusation d'un seul magistrat (ATF 105 Ia 157 consid. 6b p. 164). Ainsi, une campagne de presse n'est susceptible d'influer sur les membres d'un tribunal, en particulier les juges laïcs, que si elle se révèle particulièrement violente et unilatérale (ATF 116 Ia 14 consid. 7 p. 22).
En vertu de la liberté d'expression (art. 10 CEDH et 16 Cst.), les médias doivent pouvoir diffuser, et le public recevoir, des informations sur les activités des autorités judiciaires et des services de police à travers les médias; les journalistes peuvent librement relater et commenter les affaires pénales. Ces informations sont parfaitement compatibles avec le principe de publicité énoncé à l'art. 6 par. 1 CEDH, et permettent à la population d'exercer son droit de regard sur le fonctionnement de l'activité judiciaire. Toutefois, les opinions et informations concernant les procédures en cours ne doivent être diffusées que si cela ne porte pas atteinte à la présomption d'innocence (art. 6 par. 2 CEDH et 32 al. 1 Cst.; Recommandation Rec (2003)13 du Comité des Ministres du Conseil de l'Europe aux Etats membres, sur la diffusion d'informations par les médias en relation avec les procédures pénales).
3.2 Le recourant estime que les juges, et tout spécialement les jurés de la Cour d'assises, ont pu subir des pressions extérieures en raison du report de deux mois des délibérations et du déchaînement médiatique dont il a été victime durant cette période.
Il invoque une longue campagne de presse, sans toutefois la démontrer par des éléments concrets et documentés. Les seuls quatre articles qu'il produit en annexe à ses écritures sont datés des jours ayant suivi les débats tenus par la Cour d'assises. Ils exposent les arguments de l'accusation et de la défense et relatent le déroulement des audiences ainsi que le report des délibérations avec les réactions des parties, sans jamais désigner le recourant par avance comme coupable des faits qui lui sont reprochés. Ces informations, dont l'objectivité n'est pas contestée par l'intéressé, ne peuvent être assimilées à une campagne de presse violente et unilatérale pouvant porter atteinte à l'impartialité des juges appelés à trancher. Pour le reste, le recourant n'apporte pas non plus le moindre indice qui laisserait penser que l'opinion des juges aurait été déformée par d'éventuels articles ou qui permettrait de mettre en doute l'indépendance et l'impartialité de la juridiction saisie. La critique est donc vaine.
3.3 Le recourant reproche au juge Delachaux, membre de la Cour de cassation, de ne pas s'être récusé alors qu'il a présidé l'autorité tutélaire du district de Boudry et qu'il s'est occupé, à ce titre, du cas d'une des victimes.
Le recourant était représenté par un avocat devant la juridiction de recours. Il était donc présumé connaître la composition de cette autorité qui ressort clairement du site internet officiel du canton de Neuchâtel. Par conséquent, il ne pouvait attendre le prononcé du jugement cantonal pour soulever une violation des art. 30 al. 1 Cst. et 6 ch. 1 CEDH devant le Tribunal fédéral.
4. Invoquant une violation de la présomption d'innocence au sens des art. 32 Cst., 6 ch. 2 CEDH et 14 al. 2 Pacte II, le recourant soutient que les preuves retenues à son encontre sont insuffisantes pour admettre sa culpabilité. En bref, il reproche à la Cour d'assises de s'être fondée sur les déclarations de ses anciens pupilles, sans avoir ordonné d'expertises de crédibilité, sur les indices de falsifications des quittances, sans avoir requis d'expertises graphologiques et sur le fait que les lésés avaient une vie bien réglée et sans surprise.
L'argumentation exposée est irrecevable. D'une part, elle se réduit à une rediscussion purement appellatoire de l'appréciation de certains éléments corroboratifs sur lesquels s'est fondée l'autorité de première instance pour retenir la culpabilité du recourant. Ce dernier se borne en effet à opposer sa propre appréciation des éléments retenus à celle des premiers juges, sans démontrer d'arbitraire conformément aux exigences légales (art. 106 al. 2 LTF; cf. infra consid. 5.1.4). D'autre part, le recourant ne conteste que certains indices, sans toutefois discuter de l'appréciation des preuves dans son ensemble. Enfin, l'intéressé s'en prend au jugement de première instance, sans toutefois démontrer pourquoi la Cour de cassation aurait nié à tort l'arbitraire dans l'appréciation des éléments, alors que seule la décision de l'autorité de dernière instance peut être attaquée (art. 80 al. 1 LTF; cf. infra consid. 5.1.2).
5. Le recourant se plaint d'arbitraire en relation avec les quittances retenues à charge.
5.1 Pour l'essentiel, ses critiques sont irrecevables pour les motifs suivants.
5.1.1 A l'appui de son argumentation, l'intéressé invoque de nombreux éléments, sans toutefois les démontrer puisqu'il ne se réfère à aucune pièce précise du dossier. Tel est notamment le cas lorsqu'il se réfère à des expertises psychiatriques de pupilles ou certains frais d'entretien ou d'achats de ces derniers ou lorsqu'il invoque des rapports tutélaires.
Or, il n'appartient pas au Tribunal fédéral, qui est un juge du droit, de passer en revue toutes les pièces d'un volumineux dossier pour parvenir à retrouver celles sur lesquelles le recourant entendrait se fonder (ATF 99 Ia 346 consid. 4).
5.1.2 Le recourant se contente très souvent de critiquer le raisonnement de la Cour d'assises, à l'exclusion des arguments qui lui ont été opposés par la Cour de cassation.
Or, pour satisfaire aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit certes remettre en cause l'appréciation des preuves du jugement de première instance, mais également, puisque seule la décision de l'autorité de dernière instance peut être attaquée, démontrer pourquoi celle-ci a refusé à tort de qualifier d'arbitraire l'appréciation des preuves de l'autorité inférieure. Il ne peut simplement reprendre les critiques qu'il avait formulées en instance cantonale, mais doit s'en prendre également à la motivation de la décision de l'autorité supérieure (ATF 125 I 492 consid. 1a/cc et 1b).
5.1.3 Le recourant invoque aussi l'arbitraire par rapport à des éléments qui ont été retenus par les premiers juges mais qui n'ont pas été examinés par l'autorité de recours, sans que l'intéressé ne s'en plaigne, ni ne prétende et moins encore ne démontre qu'il n'aurait pu faire valoir ce grief en vertu du droit cantonal de procédure. Tel est notamment le cas des arguments développés en relation avec les pupilles E._ et O._.
Or, suivant le principe de l'épuisement préalable des instances cantonales qui découle de l'art. 80 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral n'examine, dans la règle, que les griefs constitutionnels qui, pouvant l'être, ont été présentés à l'autorité cantonale de dernière instance et aux questions qui constituaient l'objet du litige devant l'autorité inférieure.
5.1.4 Le recourant se contente très souvent d'opposer son appréciation à celle des autorités cantonales ou d'exposer sa propre version des faits.
Or, l'arbitraire n'est examiné que s'il est invoqué et motivé (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il est expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2). Le justiciable qui se plaint d'arbitraire ne peut donc se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité supérieure jouit d'une libre cognition; il ne saurait, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais il doit démontrer, par une argumentation rigoureuse, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (ATF 133 III 585 consid. 4.1; 130 I 258 consid. 1.3).
5.2 S'agissant du pupille T._, le recourant reproche à la Cour de cassation d'avoir violé la présomption d'innocence.
Cette critique tombe à faux. En effet, contrairement à ce que soutient l'intéressé, l'autorité cantonale n'a pas admis que « le prévenu n'était pas parvenu à faire la preuve de son innocence », mais que « le prévenu n'avait pas à faire la preuve de son innocence ». Pour le reste, elle s'est fondée sur des éléments suffisants, que le recourant ne conteste d'ailleurs pas, pour admettre, sans renversement du fardeau de la preuve, ni arbitraire, les détournements litigieux.
5.3 A l'appui de son argumentation sur l'arbitraire, le recourant fait également valoir une violation du principe d'accusation et du principe de l'oralité et de l'immédiateté des débats. Il explique qu'il n'a pas été en mesure de se prononcer sur de nombreuses quittances, puisque celles-ci ne lui ont pas toutes été présentées et qu'elles n'ont pas non plus été mentionnées de manière exhaustive dans l'ordonnance de renvoi. Ces griefs ont déjà été examinés ci-dessus (cf. supra consid. 1 et 2).
6. Le recourant soutient que les faits auraient dû être qualifiés de gestion déloyale au sens de l'art. 158 CP et non pas d'escroquerie visée par l'art. 146 CP.
6.1 Celui qui dispose sans droit d'une chose ou d'une valeur patrimoniale appartenant à autrui, qui lui a été confiée et sur laquelle il a un pouvoir matériel de disposition en vertu d'un accord passé avec le propriétaire, est punissable pour abus de confiance. En revanche, là où il existe bien une relation de confiance entre le propriétaire et l'auteur, mais où ce dernier obtient le pouvoir matériel de disposition grâce à une tromperie astucieuse, parce que les pouvoirs à lui conférés ne suffisent pas, il y a exclusivement escroquerie (ATF 111 IV 130 consid. 1 p. 132 ss). Il y a cependant abus de confiance, et non pas escroquerie, si une chose ou une valeur patrimoniale est confiée à l'auteur, sans tromperie de sa part, et qu'il se borne alors à dissimuler son intention de se l'approprier (ATF 117 IV 429 consid. 3c p. 436).
6.2 En l'espèce, les liquidités étaient sorties de la caisse du service des mineurs et tutelles sur présentation des quittances par le recourant. Or, celui-ci a élaboré divers stratagèmes - à savoir le système des tickets de caisse, l'imitation des signatures des pupilles, le rajout des sommes après signature de la quittance par le pupille, la signature des quittances en blanc et la signature des quittances aux pupilles sous prétexte qu'il s'agissait d'un justificatif nécessaire - pour obtenir de la caisse dudit service des montants indus qu'il ne remettait finalement pas ou alors partiellement à ses pupilles. C'est donc bien par des tromperies initiales que l'intéressé a obtenu de son service les sommes qu'il a finalement détournées à son avantage.
Dans ces conditions, l'arrêt attaqué ne viole pas le droit fédéral en tant qu'il retient la qualification d'escroquerie, et non d'abus de confiance.
7. Invoquant une violation de l'art. 146 CP, le recourant conteste la réalisation des éléments constitutifs de l'escroquerie.
7.1 L'argumentation est irrecevable dans la mesure où l'intéressé s'écarte des faits retenus, introduit des éléments non constatés ou propose sa propre appréciation des preuves, aucun arbitraire n'ayant été démontré (cf. supra consid. 4 et 5).
7.2 Le recourant conteste la réalisation de l'astuce. Il explique que le SMT et l'autorité tutélaire devaient effectuer des contrôles et leur reproche leur manque de prudence.
7.2.1 L'astuce est réalisée non seulement lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il se borne à donner de fausses informations dont la vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire, par exemple en raison d'un rapport de confiance particulier (ATF 133 IV 256 consid. 4.4.3; 128 IV 18 consid. 3a p. 20). Tel est notamment le cas si l'auteur exploite un rapport de confiance préexistant qui dissuade la dupe de vérifier (ATF 122 IV 246 consid. 3a p. 248) ou encore si la dupe, en raison de sa situation personnelle (faiblesse d'esprit, inexpérience, grand âge ou maladie), n'est pas en mesure de procéder à une vérification et que l'auteur exploite cette situation (ATF 120 IV 186 consid. 1a p. 188).
L'astuce n'est toutefois pas réalisée si la dupe pouvait se protéger avec un minimum d'attention ou éviter l'erreur avec le minimum de prudence que l'on pouvait attendre d'elle. Il n'est pas nécessaire, pour qu'il y ait escroquerie, que la dupe ait fait preuve de la plus grande diligence et qu'elle ait recouru à toutes les mesures de prudence possibles. La question n'est donc pas de savoir si elle a fait tout ce qu'elle pouvait pour éviter d'être trompée. L'astuce n'est exclue que lorsque la dupe est coresponsable du dommage parce qu'elle n'a pas observé les mesures de prudence élémentaires que commandaient les circonstances (ATF 128 IV 18 consid. 3a p. 20).
7.2.2 Selon les constatations cantonales, le recourant, en qualité de fonctionnaire de l'Office des tutelles, a usé de diverses méthodes pour tromper les responsables de la caisse de son service, les autorités tutélaires et enfin les personnes dont il gérait les comptes. Ainsi, il a imité des signatures, modifié les sommes après signature par les pupilles, fait signer des quittances en blanc, falsifié des quittances et présenté des quittances d'achats abusivement utilisées. Ce faisant, il a procédé à des manoeuvres frauduleuses.
Le recourant savait que ses pupilles, de par leur inexpérience, n'étaient pas en mesure de vérifier la comptabilité. Il a tiré profit du lien de confiance et de dépendance qui existait avec lui. Il a également profité des liens avec ses collègues du SMT au sein duquel son expérience et sa formation professionnelle en faisaient un fonctionnaire respecté et digne de confiance. Il bénéficiait dans son service d'une aura et d'une renommée indiscutables, si bien qu'il n'y avait pas de place pour la méfiance. Ce rapport de confiance préexistant a ainsi dissuadé le SMT de vérifier les agissements de son employé. Enfin, s'agissant de l'autorité tutélaire, le recourant, fort de son expérience, savait que cette dernière recevait, à l'appui des rapports biennaux, un extrait de comptabilité relatif au pupille concerné, mais non pas les quittances de remise de fonds au tuteur ou curateur. En outre, les agissements de l'intéressé ont porté sur un nombre impressionnant d'actes durant une très longue période et non pas sur quelques sommes suffisamment importantes pour être facilement décelables. Au regard de ces éléments, on ne saurait reprocher au SMT et à l'autorité tutélaire de ne pas avoir opéré des contrôles plus approfondis des comptes en question.
Dans ces conditions, il faut admettre que la tromperie est de nature astucieuse.
7.3 Le recourant nie l'existence d'un dommage et d'un enrichissement illégitime.
7.3.1 Le dommage est une lésion du patrimoine sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif, mais aussi d'une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique. Il n'est pas nécessaire que le dommage corresponde à l'enrichissement de l'auteur, ni qu'il soit chiffré; il suffit qu'il soit certain (ATF 123 IV 17 consid. 3d p. 22; 122 IV 279 consid. 2a; 121 IV 104 consid. 2c p. 107). Il n'existe que lorsque la personne trompée astucieusement a un droit protégé par le droit civil à la compensation du dommage subi (ATF 126 IV 165 consid. 3b p. 174).
Du point de vue subjectif, l'auteur doit avoir agi intentionnellement et dans un dessein d'enrichissement illégitime, un résultat correspondant n'étant cependant pas une condition de l'infraction (ATF 119 IV 210 consid. 4b p. 214).
7.3.2 Prétextant les besoins de ses pupilles, le recourant a reçu, à leur intention, des montants de la caisse du service des mineurs et tutelles, sommes qu'il ne leur a que partiellement ou pas du tout remises, leur causant ainsi un dommage. La condition de l'enrichissement illégitime est également réalisée dès lors que le recourant, qui n'avait aucune prétention à faire valoir à l'encontre de ses pupilles, a conservé la différence qui a été comptabilisée et estimée à un montant de l'ordre d'un million de francs.
8. Se prévalant de l'art. 47 CP, le recourant se plaint de la peine infligée.
Il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que ce grief aurait été soulevé devant la Cour de cassation. Du moins cette dernière ne l'a-t-elle pas examiné, sans que le recourant ne s'en plaigne, ni ne démontre qu'il n'aurait pu l'invoquer en vertu du droit cantonal de procédure. Le moyen est donc nouveau et, partant irrecevable, faute d'épuisement des instances cantonales (cf. art. 80 al. 1 LTF).
9. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 20 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani