Sachverhalt:
A. A.a Gegen die ihnen am 20. März 2004 eröffnete Veranlagungsanzeige für die Steuerperiode 2002 führten A. und B.X._ Einsprache mit u.a. dem Antrag, der Abzug von Fr. 4'000.-- für die Fremdbetreuung der Kinder sei zu gewähren. Zur Begründung legten sie dar, dass beide Ehegatten berufstätig seien und die Kinder während der Woche auch über Mittag von Drittpersonen oder in der Privatschule betreut würden. Für das jüngste Kind sorge die Grossmutter, Y._, welche teilweise auch die älteren Kinder betreue. Frau Y._ erhalte dafür Kost und Logis im Hause. Die Steuerpflichtigen verwiesen auf eine "Aufstellung betreffend Leistungen an unterstützungsbedürftige Person (Frau Y._)". Danach beliefen sich die Leistungen in der Steuerperiode an Frau Y._ auf Fr. 28'490.-- (Taschengeld, Kost und Logis, Feriengeld).
Mit Entscheid vom 2. Juli 2004 hiess die Kantonale Steuerverwaltung Freiburg die Einsprache bezüglich der Kinderbetreuungskosten gut und gestand den geltend gemachten Abzug von Fr. 4'000.-- zu. Der Entscheid erwuchs in Rechtskraft.
A.b Am 15. Juli 2004 erliess die Kantonale Steuerverwaltung gegenüber A. und B.X._ eine Quellensteuerveranlagung für die Steuerperiode 2003 mit einem massgebenden Bruttoeinkommen von Fr. 18'000.-- für Frau Y._ (Steuer Fr. 410.40). Die Steuerverwaltung betrachtete die an Frau Y._ erbrachten Leistungen (Fr. 28'490.--) im Teilbetrag von Fr. 18'000.-- als Arbeitsentgelt für die Kinderbetreuung. Eine Einsprache gegen die Quellensteuerveranlagung wies die Kantonale Steuerverwaltung am 11. August 2004 ab.
B. Der Steuergerichtshof des Verwaltungsgerichts des Kantons Freiburg, an das die Steuerpflichtigen die Quellensteuerveranlagung weiterzogen, hiess mit Entscheid vom 4. November 2005 die Beschwerde bzw. den Rekurs hinsichtlich der direkten Bundessteuer und der Kantonssteuer im Sinne der Erwägungen gut und hob die Quellensteuerveranlagung auf. Die Kosten des Verfahrens auferlegte es den Beschwerdeführern. Eine Parteientschädigung sprach es ihnen nicht zu. Ferner lud das Gericht die Kantonale Steuerverwaltung ein, bezüglich der ordentlichen Veranlagung das Nachsteuerverfahren einzuleiten, um den "gestützt auf die irreführenden Aussagen der Beschwerdeführer zu Unrecht gewährten Abzug für Fremdbetreuungskosten der Kinder rückgängig zu machen".
C. Mit Beschwerde beantragen A. und B.X._ dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg sei hinsichtlich der direkten Bundessteuer und der Kantonssteuer aufzuheben, soweit die Beschwerde nicht gutgeheissen worden sei.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
I. Direkte Bundessteuer
1. Gegen den Entscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts (Steuergerichtshof) über die Quellensteuerveranlagung für die direkte Bundessteuer 2003 von Y._ steht letztinstanzlich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht nach Art. 146 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) offen. Die Beschwerdeführer sind als Schuldner der steuerbaren Leistung (vgl. Art. 88 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990, DBG; SR 642.11) zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert.
Vorliegend hiess das Verwaltungsgericht die kantonale Beschwerde im Hauptpunkt gut und hob die Quellensteuerveranlagung auf. Das ist mit Beschwerde nicht angefochten. Zu prüfen ist der Entscheid nur hinsichtlich der Verfahrenskosten, welche die Vorinstanz den Beschwerdeführern auferlegte, sowie in Bezug auf die Frage, ob die Beschwerdeführer Anspruch auf Parteientschädigung haben.
2. 2.1 Gemäss Art. 144 Abs. 1 DBG werden die Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Rekurskommission (hier der Steuergerichtshof) der unterliegenden Partei auferlegt. Sie werden ganz oder teilweise der obsiegenden Partei auferlegt, wenn diese bei pflichtgemässem Verhalten schon im Veranlagungsverfahren oder Einspracheverfahren zu ihrem Recht gekommen wäre oder wenn sie die Untersuchung der kantonalen Steuerkommission durch trölerisches Verhalten erschwert hat (Absatz 2 daselbst). Für die Zusprechung von Parteikosten gilt Art. 64 Abs. 1-3 VwVG sinngemäss (Art. 144 Abs. 3 DBG). Gemäss Art. 64 Abs. 1 VwVG kann die Rekurskommission der ganz oder teilweise obsiegenden Partei eine Parteientschädigung für die ihr erwachsenen notwendigen und verhältnismässigen Kosten zusprechen. Notwendig sind Parteikosten dann, wenn sie zur sachgerechten und wirksamen Rechtsverfolgung oder Rechtsverteidigung unerlässlich erscheinen. Unnötige Kosten begründen demgegenüber keinen Anspruch auf Parteientschädigung (BGE 131 II 200 E. 7.2 mit Hinweisen; vgl. auch Art. 159 Abs. 5 in Verb. mit Art. 156 Abs. 6 OG).
2.2 Wie bereits erwähnt, legten die Beschwerdeführer in der Einsprache vom 19. April 2004 unter dem Titel Fremdbetreuungskosten dar, dass sie beide berufstätig seien und die Kinder während der Woche auch über Mittag von Drittpersonen oder in der Privatschule betreut würden. Für das jüngste Kind sorge die Grossmutter, Y._, welche teilweise auch die älteren Kinder betreue. Diese erhalte dafür Kost und Logis im Hause. Die Steuerpflichtigen verwiesen auf eine "Aufstellung betreffend Leistungen an unterstützungsbedürftige Person (Frau Y._)", wonach sich die Leistungen in der Steuerperiode an Frau Y._ auf Fr. 28'490.-- beliefen (Taschengeld, Kost und Logis, Feriengeld). Gestützt auf diese Ausführungen gewährte die Kantonale Steuerverwaltung im Einspracheentscheid für die Kantonssteuer (nur diese sieht einen solchen Abzug vor) den Abzug für die Fremdbetreuungskosten im gesetzlichen Umfang von Fr. 4'000.--.
Die Einsprache wurde von der Treuhänderin verfasst. Dieser musste klar sein, dass die Kosten für die Fremdbetreuung eines Kindes beim Inhaber der elterlichen Gewalt zum Abzug zugelassen werden, sie aber andererseits beim Empfänger der Leistung steuerbares Einkommen bilden. Die Steuerverwaltung liess denn auch den Sozialabzug zu, unterwarf aber die an die Mutter der Beschwerdeführerin gewährte Unterstützung von immerhin rund Fr. 28'000.-- teilweise (im Betrag von Fr. 18'000.--) als Entgelt für die Betreuung der Kinder der Besteuerung an der Quelle.
In der Beschwerde gegen die Quellensteuerveranlagung vom 4. Oktober 2004 an das Verwaltungsgericht (S. 2 f. und 5 f.) änderte die Steuervertreterin ihre rechtliche Argumentation und behauptete nunmehr, dass es sich bei den der Quellensteuer unterworfenen Leistungen nicht um ein Entgelt (Entschädigung für Kinderhütedienst) an Frau Y._ handle, sondern um Leistungen an eine unterstützungsbedürftige Person. Es liege auch kein Arbeitsverhältnis vor. Frau Y._ betreue die Kinder (unentgeltlich) im Rahmen ihrer "grossmütterlichen Pflichten".
Das Verwaltungsgericht gab den Beschwerdeführern Recht, was die Quellensteuerveranlagung betraf, auferlegte ihnen jedoch die Verfahrenskosten und sprach ihnen keine Parteientschädigung zu, weil sie das Beschwerdeverfahren unnötig verursacht haben. In der Tat wäre es zum Quellensteuerverfahren nicht gekommen, wenn die Beschwerdeführer nicht den Anschein erweckt hätten, dass die Unterstützungsleistungen an die Mutter der Beschwerdeführerin teilweise Entgelt für die Betreuung der Kinder darstellen würden. Die widersprüchliche Haltung der Steuervertreterin kam übrigens nicht erst im Verfahren vor dem Verwaltungsgericht, sondern bereits in der Einsprache vom 19. April 2004 zum Ausdruck. Einerseits behauptete die Steuervertreterin, es handle sich bei den Leistungen im Wert von rund Fr. 28'000.-- um Unterstützungsleistungen (vgl. Überschrift zur "Aufstellung betreffend Leistungen an unterstützungsbedürftige Person [Frau Y._]"), andererseits jedoch qualifizierte sie die Leistungen als Fremdbetreuungskosten. Wenn daher das Verwaltungsgericht die Kosten des Beschwerdeverfahrens den Beschwerdeführern auferlegte, obschon diese obsiegten, und ihnen keinen Kostenersatz zusprach, hat es die massgeblichen bundesrechtlichen Bestimmungen nicht verletzt.
II. Kantonssteuer
3. Die Quellenbesteuerung ist in Art. 32 ff. im vierten Titel des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; SR 642.14) geregelt. In Bezug auf die Quellensteuerveranlagung für die Kantonssteuer steht daher die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 73 StHG offen. Das Steuerharmonisierungsgesetz enthält über die Kostenverlegung keine Regelung, weshalb das kantonale Recht die massgebenden Bestimmungen aufstellen muss. Deren Auslegung und Anwendung prüft das Bundesgericht auch im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel des Willkürverbots (Art. 9 BV).
Das Gesetz über die direkten Kantonssteuern vom 6. Juni 2000 (DStG/FR) in Verbindung mit dem Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Mai 1991 (VRG/FR) umschreiben die Voraussetzungen für die Kostenpflicht der obsiegenden Partei, die durch Verschulden oder Verletzung von Verfahrenspflichten unnötigerweise Kosten verursacht hat, sowie den Ausschluss oder die Herabsetzung der Parteientschädigung (Art. 182 DStG in Verb. mit Art. 131 Abs. 2 und Art. 138 VRG/FR) ähnlich wie das Recht der direkten Bundessteuer. Wenn daher bei freier Prüfung im Rahmen des DBG bzw. VwVG der Kosten- und Entschädigungsentscheid der Vorinstanz nicht zu beanstanden ist, kann er auch im Hinblick auf die kantonale Regelung nicht als willkürlich bezeichnet werden. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich hinsichtlich der Kantonssteuer als unbegründet.
III. Nachsteuerverfahren
4. Die Beschwerdeführer erblicken eine unzulässige Ausweitung des Streitgegenstandes sowie eine reformatio in peius darin, dass das Verwaltungsgericht die Steuerverwaltung angewiesen habe, den Sozialabzug für die Fremdbetreuungskosten im Nachsteuerverfahren rückgängig zu machen. Sie bestreiten zudem, dass die Voraussetzungen für die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens erfüllt seien. Die Beschwerdeführer übersehen, dass die Aufforderung des Verwaltungsgerichts im angefochtenen Entscheid an die Steuerverwaltung, den zu Unrecht gewährten Abzug im Nachsteuerverfahren zu korrigieren, nicht bereits die Einleitung dieses Verfahrens ist. Zuständig für die Einleitung des Nachsteuerverfahrens ist vielmehr die Veranlagungsbehörde, welche die ursprüngliche Veranlagung vorgenommen hat. Diese wird auch zu prüfen haben, ob die Voraussetzungen für die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens (Art. 192 DStG/FR) erfüllt sind, und gegebenenfalls die Veranlagung den neu bekannt gewordenen Umständen anpassen müssen (vgl. auch Art. 53 StHG und dazu Vallender, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/1, 2. Aufl., N 7 ff. zu Art. 53 StHG). Die Vorinstanz hat denn auch richtigerweise die Steuerverwaltung "eingeladen" (nicht verpflichtet), den Sozialabzug im Rahmen des Nachsteuerverfahrens rückgängig zu machen. Dass das der Sinn von Dispositiv Ziffer III des angefochtenen Entscheides ist, und dieser Teil keine rechtsverbindliche Anweisung beinhaltet, geht auch aus der Rechtsmittelbelehrung hervor, die sich ausdrücklich auf die Dispositivziffern I (Quellensteuerveranlagung direkte Bundessteuer) und II (Quellensteuerveranlagung Kantonssteuer) ohne Dispositivziffer III (Nachsteuerverfahren) bezieht. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
5. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, soweit darauf einzutreten ist, und im Verfahren nach Art. 36a OG zu erledigen. Bei dieser Sachlage kann darauf verzichtet werden, die beteiligten Behörden zur Vernehmlassung einzuladen. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung ist der obsiegenden Behörde nicht zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Januar 2006
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: