Erwägungen:
1. X._ focht die Veranlagungsverfügung des Kantonalen Steueramtes Zürich zu den Staats- und Gemeindesteuern 2008 beim Steuerrekursgericht des Kantons Zürich an. Da er als zahlungsunfähig erachtet wurde, forderte ihn das Steuerrekursgericht gestützt auf § 15 Abs. 2 lit. c des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) zur Sicherstellung der Verfahrenskosten, d.h. zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 600.--, auf. X._ ersuchte darauf um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege, was der Einzelrichter des Steuergerichts mit Verfügung vom 23. Januar 2012 wegen Aussichtslosigkeit des Rekurses ablehnte; zugleich wurde eine nicht erstreckbare Nachfrist zur Vorschussleistung angesetzt mit der Androhung, dass bei Säumnis auf den Rekurs nicht eingetreten werde. Am 26. März 2012 trat das Steuerrekursgericht wegen Nichtleistung des Vorschusses innert Nachfrist auf den Rekurs nicht ein. Die gegen diesen Nichteintretensentscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit kostenpflichtigem Urteil des Einzelrichters vom 22. August 2012 ab.
Gegen dieses Urteil hat X._ am 11. Oktober (Datum der Rechtsschrift 10. Oktober) 2012 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht mit dem Antrag, es sei auf den Rekurs einzutreten und es seien ihm die vom Verwaltungsgericht auferlegten Kosten zu erlassen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form dazulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Nicht unmittelbar gerügt werden kann die Verletzung von kantonalem Gesetzesrecht, sondern allein die Verletzung von schweizerischem Recht (Art. 95 BGG). Beruht ein Entscheid auf kantonalem Recht, kann im Wesentlichen bloss gerügt werden, dessen Anwendung verstosse gegen verfassungsmässige Rechte; entsprechende Rügen bedürfen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG spezieller Geltendmachung und Begründung (BGE 135 III 513 E. 4.3 S. 521 f.; 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351 f.; 133 III 462 E. 2.3 S. 466). Besonderes gilt hinsichtlich der Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanzen des Bundesgerichts. An diese ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, sie seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. 97 Abs. 1 BGG). Dabei fallen letztlich bloss die Rügen in Betracht, die Sachverhaltsfeststellung sei willkürlich oder sie beruhe auf der Verletzung von Verfahrensrechten (willkürliche Anwendung kantonaler Verfahrensvorschriften, Verletzung des rechtlichen Gehörs); auch die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen betreffend Rügen müssen mithin den strengen Begründungsanforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG genügen (BGE 137 I 58 E. 4.1.2 S. 62 mit Hinweisen).
Das Verwaltungsgericht hat dargelegt, dass das Steuerrekursgericht sich für die Kostenvorschusserhebung auf § 15 Abs. 2 lit. c VRG stützen konnte und davon in Beachtung von § 16 VRG bzw. Art. 29 Abs. 3 BV nur hätte absehen müssen, wenn die Begehren des Beschwerdeführers nicht aussichtslos erschienen; es habe zu Recht auf Aussichtslosigkeit erkannt, weil die zum Nachweis der geltend gemachten abzugsfähigen Kosten erforderlichen Belege dem Steuerrekursgericht nicht vorgelegt worden seien. Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei unlogisch, gerade bei Zahlungsunfähigkeit einen Vorschuss zu verlangen, ohne indessen diesbezüglich auf den Zusammenhang zwischen § 15 Abs. 2 lit. c und § 16 VRG (bzw. Art. 29 Abs. 3 BV) einzugehen. Insofern wird keine schweizerisches Recht verletzende Anwendung kantonalen Rechts geltend gemacht. Was die Frage der Aussichtslosigkeit des Rekurses vor dem Steuerrekursgericht betrifft, widerspricht der Beschwerdeführer der Feststellung des Verwaltungsgerichts, dass Belege für die geltend gemachten Abzüge gefehlt hätten. Er führt dazu aus, er sei "sicher, dass diese eingereicht wurde(n)". Inwiefern die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts offensichtlich unrichtig wäre, wird damit nicht in einer der Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG genügenden Weise dargetan.
Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung (Art. 108 Abs. 2 lit. b BGG), sodass darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller