Faits:
A. Par jugement du 7 février 2012, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a libéré X._ du chef d'accusation de voies de fait. Il l'a en revanche condamné pour lésions corporelles simples à une peine de 60 jours-amende à 30 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de 2 ans. Enfin, il a dit que Y._ est le débiteur de X._ d'un montant de 500 fr. à titre d'indemnité pour tort moral.
B. Par jugement du 25 juin 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par X._.
En bref, il en ressort les faits suivants:
Le dimanche 1er novembre 2009 peu après minuit, à l'intérieur d'un établissement public, X._ a empoigné un tiers et lui a asséné un coup de pied au visage. La victime a subi un traumatisme crânio-cérébral. Plus tard, devant l'établissement au moment de la fermeture, X._ s'est battu avec une autre personne, laquelle est ensuite entrée dans l'établissement. X._ a alors saisi une chaise, voire une table à pieds métalliques, et l'a lancée en direction du tenancier de l'établissement, Y._. L'objet a heurté la vitrine du commerce. Voyant X._ se diriger vers lui, le tenancier est sorti du bar et est intervenu en le frappant à la tête au moyen d'une bouteille en verre d'un demi-litre. X._ a souffert d'une dermabrasion du cuir chevelu et est resté quelques heures en observation à l'hôpital. Il n'a pas consulté d'autre médecin et a expliqué avoir subi des maux de tête durant 15 jours et avoir été incapable de travailler durant 2 jours.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant, sous suite de dépens, à son annulation et au renvoi de la cause en instance cantonale. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.
Aucun échange d'écritures n'a été ordonné.
Considérant en droit:
1. La dernière instance cantonale a statué aussi bien sur l'aspect pénal que sur les prétentions civiles. Dans cette configuration et quand bien même le recours devant le Tribunal fédéral porte uniquement sur l'aspect civil (indemnisation du tort moral), c'est la voie du recours en matière pénale qui est ouverte (art. 78 al. 2 let. a LTF; ATF 133 III 701 consid. 2.1 p. 702 ss).
2. A l'instar du recours en matière civile, le recours en matière pénale limité à l'aspect des prétentions civiles est une voie de réforme (art. 107 al. 2 LTF). Le recourant ne peut se borner à demander l'annulation de la décision et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale, mais doit également, sous peine d'irrecevabilité, prendre des conclusions sur le fond du litige. Il n'est fait exception à ce principe que lorsque le Tribunal fédéral, s'il admettait le recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (ATF 137 II 313 consid. 1.3 p. 317; 134 III 379 consid. 1.3 p. 383; 133 III 489 consid. 3.1 p. 489 s.). En l'occurrence, le recourant n'a pas pris de conclusions sur le fond, mais a uniquement sollicité l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente. Il n'est toutefois pas nécessaire de trancher l'admissibilité de telles conclusions, le recours devant de toute façon être déclaré irrecevable pour un autre motif.
3. Le Tribunal fédéral n'examine, en général, que les questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF). De plus, il n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 138 I 171 consid. 1.4 p. 176 et arrêts cités).
Il incombait ainsi au recourant d'indiquer précisément en quoi la cour cantonale avait méconnu le droit fédéral. On cherche en vain dans le recours une argumentation qui répondrait à ces exigences. Le recourant n'invoque la violation d'aucune norme légale spécifique ni n'explique en quoi la cour cantonale aurait appliqué le droit de manière erronée. Sa motivation ne respecte pas les exigences minimales déduites de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF. Le recours est irrecevable.
Au demeurant, le recourant laisse uniquement entendre que la cour cantonale aurait à tort substitué son pouvoir d'appréciation à celui du juge de première instance. Il perd de vue que cette autorité dispose d'un plein pouvoir d'appréciation en fait et en droit (cf. art. 398 al. 2 CPP). La cour cantonale a retenu qu'un motif de réduction de l'indemnité pour tort moral se justifiait en application de l'art. 44 CO vu le comportement du recourant au moment des faits. Elle a relevé que le premier juge avait implicitement admis l'application de cette disposition légale pour réduire l'indemnité, que s'il n'y avait pas eu de motif de réduction une indemnité pour tort moral de l'ordre de 1'500 fr. serait entrée en considération et qu'il n'était pas inéquitable de ramener l'indemnité à 500 fr. compte tenu de la faute concurrente du recourant (jugement attaqué p. 15 et 16). Au vu des explications de l'autorité précédente, rien ne permet de retenir une quelconque violation du droit fédéral au regard des art. 44 et 49 CO dans la fixation de l'indemnité pour tort moral.
4. Comme le recours était voué à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant devra donc supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière (art. 65 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 4 octobre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod