Faits :
A.
Au bénéfice d'un droit de superficie, A._ SA (active dans la distribution de produits électriques) occupe la parcelle n° 2627 de Genève-Plainpalais, située en zone industrielle et artisanale. Le 9 avril 2008, A._ SA a déposé deux demandes d'autorisation pour la construction d'un nouveau bâtiment contigu à celui existant ainsi que la surélévation des bâtiments existant et futur. Le 9 septembre 2008, le département cantonal compétent (actuellement, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie, ci-après: le département) a refusé l'autorisation: le "Masterplan" relatif à l'aménagement du secteur La Praille-Acacias-Vernets (ci-après: PAV), approuvé par le Conseil d'Etat en mai 2007, prévoyait une densification ainsi que, sur la parcelle en cause, la création d'un espace vert. Il y avait lieu d'appliquer l'art. 13B de la loi cantonale d'application de la LAT (LaLAT), disposition permettant un refus à titre préventif pour autant que la modification de la planification intervienne dans les deux ans suivant ce refus. La question du stationnement et de l'accès au parking souterrain avait en outre fait l'objet de réserves. A._ SA a saisi la Commission cantonale de recours puis le Tribunal administratif genevois, qui a rejeté le recours le 29 juin 2010.
B.
Le projet de modification des zones dans le périmètre du PAV a été mis à l'enquête en décembre 2008. Il a fait l'objet d'un préavis favorable de la Ville de Genève, d'un référendum puis d'une nouvelle mise à l'enquête en avril 2010. Le projet de loi y relatif a été soumis au Grand Conseil le 10 février 2011 et ce dernier l'a adopté le 23 juin 2011. La parcelle n° 2627 se trouvait en zone de développement 2 (affectation mixte).
C.
Le 19 mai 2011, A._ SA a déposé de nouvelles demandes d'autorisation de construire, les deux premières reprenant les projets refusés à titre conservatoire, les secondes adaptant les accès au parking afin de tenir compte des réserves exprimées sur ce point. La requérante estimait que le délai de deux ans de l'art. 13B LaLAT était parvenu à échéance. Le 17 novembre 2011, elle a déposé un projet modifié tenant compte du préavis de la Direction générale de la mobilité et prévoyant des places de stationnement pour vélos.
Le 15 décembre 2011, le département a rendu quatre décisions de refus fondées à nouveau, essentiellement, sur l'art. 13B LaLAT. Le projet était en outre contraire à la planification, laquelle exigeait l'adoption préalable d'un PLQ et prévoyait à cet endroit un axe de mobilité douce et un espace public nécessitant l'élargissement de la rue Boissonnas. Le nombre de places de stationnement dépassait les normes applicables.
A._ SA a saisi le Tribunal administratif de première instance (TAPI). En cours d'instance, elle a retiré ses demandes d'autorisation déposées en 2008. Par jugement du 12 décembre 2012, le TAPI a déclaré le recours sans objet en tant qu'il concernait les projets de 2008, et l'a rejeté en tant qu'il concernait les nouvelles demandes de 2011. Le département avait statué dans un délai raisonnable, se fondant à juste titre sur la loi du 23 juin 2011 entrée en vigueur le 30 août 2011.
D.
Par arrêt du 8 avril 2014, la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par A._ SA. Le premier refus datait du 9 septembre 2008; compte tenu du référendum contre le préavis municipal et de l'annulation de la votation, le délai de deux ans était arrivé à échéance le 11 février 2012. Toutefois, lorsque le département avait statué, la loi du 23 juin 2011 était déjà en vigueur et le projet ne respectait pas la nouvelle planification. Même si les nouvelles demandes avaient été déposées après le délai de deux ans mais avant la modification de la réglementation, l'autorité n'avait pas commis d'abus de droit car elle avait statué dans un délai raisonnable. La nouvelle planification représentait un intérêt public important permettant de déroger à l'application du droit en vigueur.
E.
A._ SA forme un recours en matière de droit public par lequel elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et des décisions du département, ainsi que le renvoi de la cause à la Chambre administrative afin qu'elle statue sur les dépens de l'instance cantonale et renvoie la cause au département afin que ce dernier délivre les autorisations sollicitées.
La cour cantonale a renoncé à formuler des observations. Le département conclut au rejet du recours.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours en matière de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme le refus d'une autorisation de construire. Elle a donc qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
Dans un grief d'ordre formel, qu'il convient d'examiner en premier, la recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir traité de l'argumentation fondée sur le principe de la bonne foi: elle se prévalait d'assurances données par la Fondation pour les terrains industriels de Genève (FTI) lors de la constitution du droit de superficie en faveur de la recourante. Un an et demi plus tard, cette même fondation avait préavisé négativement au projet de la recourante.
2.1. Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 139 IV 179 consid. 2.2 p. 183; 134 I 83 consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités). L'autorité se rend en revanche coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. si elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (cf. ATF 133 III 235 consid. 5.2 p. 248).
2.2. La recourante faisait certes valoir, dans son recours cantonal, les garanties prétendument données par la FTI. Le grief était toutefois lié à l'argumentaire relatif à l'abus de droit (durée du traitement des demandes d'autorisation et application du droit en vigueur). La recourante relevait avec raison que la FTI n'était pas l'autorité de décision, et elle n'invoquait pas expressément le principe de la bonne foi. Elle évoquait également des pourparlers avec l'Office de l'urbanisme, sans non plus en tirer de conséquences autres qu'un "malaise de l'autorité". Dans ces circonstances, la cour cantonale pouvait considérer que l'argumentation soulevée n'appelait pas d'autre réponse que celle apportée au grief d'abus de droit. Il n'y a donc pas de violation du droit d'être entendu.
3.
Se plaignant d'arbitraire, la recourante estime, contrairement à la cour cantonale, que le département aurait volontairement retardé le déroulement de la procédure. Après le premier refus conservatoire, le département n'avait toujours pas statué six mois après le dépôt des nouvelles demandes d'autorisation de construire et avait été mis en demeure de statuer. Or, selon l'art. 4 al. 1 de la loi genevoise sur les constructions et installations diverses (LCI), l'autorité doit en principe répondre dans les soixante jours à toute demande d'autorisation. La seule objection soulevée dans les préavis était fondée sur le projet de modification des zones.
3.1. L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable à celle qui a été adoptée. Il faut encore que cette dernière soit insoutenable non seulement dans sa motivation, mais aussi dans dans son résultat (ATF 138 I 305 consid. 4.3 p. 319; 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62 ).
3.2. Le premier refus à titre préventif fondé sur l'art. 13B LaLAT a été confirmé par la cour cantonale et ne saurait être remis en cause à ce stade. Dès lors, seule doit être prise en considération la période qui a suivi le dépôt des nouvelles demandes d'autorisation, le 19 mai 2011. Le département n'a statué à leur propos que le 15 décembre 2011. Selon l'art. 4 LCI, le délai de réponse à toute demande d'autorisation est de soixante jours à compter de la date d'enregistrement de la demande. Toutefois, ce délai peut être prolongé notamment en cas de demande de dérogation, d'application des dispositions régissant les zones de développement ou si l'importance du projet le justifie (al. 2). Ce délai est également suspendu lorsque le département demande des pièces ou renseignements complémentaires nécessaires (al. 3). La recourante a en l'occurrence déposé, le 17 novembre 2011, un projet modifié tenant compte du préavis du 6 juillet 2011 de la Direction générale de la mobilité, intégrant vingt places de stationnement pour vélos. Compte tenu de cette nouvelle production, de l'importance du projet dans le contexte litigieux et de l'application des dispositions sur les zones de développement, on ne saurait considérer que les délais imposés par la loi auraient été arbitrairement ou délibérément dépassés. L'autorité a d'ailleurs statué dans le délai de dix jours suivant la mise en demeure adressée par la recourante le 7 décembre 2011, comme le prévoit l'art. 4 al. 4 LCI. Le grief doit par conséquent être écarté.
4.
La recourante estime enfin que la cour cantonale aurait fait une application insoutenable du principe de la proportionnalité. L'élargissement de la voie publique pour réaliser "un axe structurant de mobilité douce et d'espace de loisir et de détente" ne constituerait qu'un projet en cours d'élaboration, insuffisant pour fonder un refus dans l'état actuel. L'affectation prévue dans le périmètre (logement et activités) ne serait pas incompatible avec l'agrandissement des locaux de la recourante.
4.1. Un refus d'autorisation de construire motivé par des motifs d'aménagement représente une atteinte au droit de propriété qui n'est compatible avec l'art. 26 Cst. que pour autant qu'elle repose sur un intérêt public suffisant et respecte les principes de la proportionnalité et de l'égalité devant la loi (art. 36 Cst.). Le Tribunal fédéral examine en principe librement si une restriction de la propriété se justifie par un intérêt public et si cet intérêt l'emporte sur l'intérêt privé auquel il s'oppose; il jouit d'une même latitude lorsqu'il s'agit d'apprécier si une telle restriction viole le principe de la proportionnalité. Il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 136 I 265 consid. 2.3 p. 270; 135 I 302 consid. 1.2 p. 305).
4.2. Selon la modification des zones adoptée le 23 juin 2011, la parcelle n° 2627 se trouve en zone de développement 2 destinée à une affectation mixte comportant logements, activités tertiaires et entreprises sans nuisances ou moyennement gênantes. Il n'est dès lors pas arbitraire de considérer qu'un immeuble exclusivement consacré à une activité commerciale ne correspond pas à l'affectation prévue. En outre, la recourante ne conteste pas que selon le régime de la zone de développement, et comme le prévoit la loi du 23 juin 2011, tous les projets de quelque importance doivent être précédés de l'adoption d'un plan de quartier accompagné d'un règlement (art. 2 al. 1 de la loi générale sur les zones de développement - LGZD). En l'absence d'un tel plan, le projet ne pouvait être autorisé, sans qu'il y ait à s'interroger plus avant sur l'application du principe de la proportionnalité.
5.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1 ère section.
Lausanne, le 1 er octobre 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
Le Greffier : Kurz