Faits:
A. H.Z._ et F.Z._ sont locataires d'une villa sise 125, chemin ..., à .... Depuis le 1er avril 2002, le loyer annuel hors charges s'élève à 55'860 fr.
Par avis officiel du 10 novembre 2011, X._ et Y._, les bailleresses, ont résilié le bail pour défaut de paiement du loyer, avec effet au 31 décembre 2011.
B. Le 22 novembre 2011, H.Z._ et F.Z._ ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève d'une requête en contestation du congé; ils faisaient également valoir une créance de 147'920 fr. en remboursement de travaux qu'ils alléguaient avoir effectués dans la villa.
Par pli du 9 février 2012, la Commission de conciliation a convoqué, dans les deux causes, une audience pour le 27 février 2012 à 10 h 55. Les locataires ne se sont pas présentés à cette audience et ne s'y sont pas fait représenter. Vu le défaut des demandeurs, la Commission a rayé les causes du rôle en application de l'art. 206 al. 1 CPC.
Par courrier du 27 février 2012 auquel était joint un certificat médical, les locataires ont demandé à la Commission de convoquer une nouvelle audience de conciliation; ils expliquaient que leur absence à l'audience du jour était due à un problème de santé de H.Z._.
La Commission a convoqué les parties à une nouvelle audience le 30 mars 2012. A cette occasion, les bailleresses se sont opposées à la requête de restitution des locataires; elles étaient d'avis que la procédure de restitution du défaut n'était pas applicable en conciliation et faisaient valoir, subsidiairement, que F.Z._ n'avait fourni aucune excuse pour son absence à l'audience du 27 février 2012.
Par décision du 30 mars 2012, la Commission a admis la demande de restitution. En substance, elle a jugé que le certificat médical fourni par H.Z._ constituait une excuse suffisante pour accorder la restitution sur la base de l'art. 148 al. 1 CPC. Le même jour, la Commission a constaté l'échec de la tentative de conciliation et autorisé les demandeurs à procéder dans le litige concernant le congé extraordinaire.
C. X._ et Y._ forment un recours en matière civile contre la décision de restitution du 30 mars 2012. Elles demandent au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et de constater que l'affaire est rayée du rôle dès lors que la procédure est sans objet.
Parallèlement, les recourantes ont interjeté appel de la décision du 30 mars 2012 auprès de la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève.
Par ordonnance présidentielle du 23 mai 2012, la procédure de recours au Tribunal fédéral a été suspendue jusqu'à droit connu sur l'appel cantonal.
Par arrêt du 5 novembre 2012, la Chambre des baux et loyers a déclaré l'appel irrecevable.
Invités à répondre au recours, H.Z._ et F.Z._ n'ont pas donné suite.
Pour sa part, la Commission de conciliation persiste dans sa décision.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 138 I 475 consid. 1 p. 476; 138 III 46 consid. 1, 471 consid. 1 p. 475).
1.1 La décision de restitution attaquée est de nature incidente. La Commission de conciliation l'a rendue en appliquant par analogie les art. 148 et 149 CPC. Selon l'art. 149 CPC, le tribunal statue définitivement sur la restitution. Il est admis en doctrine que la décision sur restitution ne peut, au niveau cantonal, faire l'objet d'un recours immédiat; est réservé un appel (art. 308 ss CPC) ou un recours (art. 319 ss CPC) contre la décision finale qui interviendra par la suite (NINA J. FREI, in Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, vol. I, 2013, n° 11 ad art. 149 CPC; ADRIAN STAEHELIN, in Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO), Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [éd.], 2e éd. 2013, n° 4 ad art. 149 CPC; ADRIAN STAEHELIN/DANIEL STAEHELIN/PASCAL GROLIMUND, Zivilprozessrecht, 2e éd. 2013, p. 281 n° 16a; DENIS TAPPY, in CPC: Code de procédure civile commenté, Bohnet et al. [éd.], 2011, n° 12 ad art. 149 CPC; BARBARA MERZ, in Schweizerische Zivilprozessordnung (ZPO) Kommentar, Brunner/Gasser/Schwander [éd.], 2011, p. 149; NICCOLÒ GOZZI, in Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, n° 11 ad art. 149 CPC; URS H. HOFFMANN-NOWOTNY, in Schweizerische Zivilprozessordnung, Kurzkommentar, Oberhammer [éd.], 2010, n° 5 ad art. 149 CPC).
Si d'aucuns sont d'avis qu'un recours au Tribunal fédéral contre une décision de restitution est également exclu (MERZ, op. cit., n° 6 ad art. 149 CPC; plus hésitant, TAPPY, op. cit., n° 12 ad art. 149 CPC), d'autres auteurs précisent qu'une telle décision incidente pourra être revue par le Tribunal fédéral dans le cadre d'un recours en matière civile (ou d'un recours constitutionnel subsidiaire dans les cas où la valeur litigieuse n'est pas atteinte) contre la décision finale ou partielle intervenue dans la procédure en cause, conformément à l'art. 93 al. 3 LTF (FREI, op. cit., n° 12 ad art. 149 CPC; GOZZI, op. cit., n° 14 ad art. 149 CPC), ou même faire l'objet d'un recours immédiat pour autant que l'une ou l'autre des conditions posées à l'art. 93 al. 1 LTF soit réalisée (GOZZI, op. cit., n° 15 ad art. 149 CPC); encore faut-il, dans ces hypothèses, que la décision entreprise émane d'un tribunal cantonal supérieur au sens de l'art. 75 al. 2 LTF (GOZZI, op. cit., n° 13 ad art. 149 CPC).
En effet, dans les causes traitées par les autorités cantonales, le recours en matière civile est exclusivement ouvert contre des décisions rendues par des tribunaux supérieurs de dernière instance cantonale, statuant sur recours (art. 75 al. 2 LTF). Aucune exception n'est prévue pour les décisions incidentes, hormis le cas où le tribunal supérieur a pris une telle décision dans le cadre de la procédure de recours. La double instance cantonale n'est toutefois pas exigée dans les cas énumérés de manière exhaustive à l'art. 75 al. 2 let. a à c LTF, par exemple lorsqu'une loi fédérale prévoit une instance cantonale unique (let. a) (ATF 138 III 41 consid. 1.1 p. 42 et les arrêts cités). Seule l'exigence de la double instance est alors levée, mais non celle d'un tribunal supérieur.
1.2 En l'espèce, la décision entreprise a été rendue par la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, qui n'a pas statué sur recours et n'est pas un tribunal cantonal supérieur. Pour démontrer que le recours en matière civile serait tout de même recevable contre une telle décision, les recourantes invoquent l'arrêt publié aux ATF 134 III 524. Dans cette affaire, le Tribunal fédéral avait admis que l'ancien art. 265a al. 1 LP - qui prévoyait que le juge du for de la poursuite statuait définitivement sur l'opposition de retour à meilleure fortune - était une norme spéciale qui dérogeait au principe de la double instance et à l'exigence d'un tribunal supérieur, posés à l'art. 75 al. 2 LTF (consid. 1.3 et 1.4; jurisprudence confirmée après l'entrée en vigueur de l'art. 265a al. 1 LP dans sa nouvelle teneur, selon laquelle la décision n'est sujette à aucun recours [ATF 138 III 44 consid. 1.3 p. 45]).
Le parallèle entre l'ancien art. 265a al. 1 LP et l'art. 149 CPC n'est pas convaincant. Il est à relever tout d'abord que la jurisprudence susmentionnée a été rendue dans le domaine particulier de la poursuite pour dettes. Par ailleurs, l'autorité qui précède immédiatement le Tribunal fédéral selon l'art. 75 al. 2 LTF doit, en tout état de cause, être un tribunal, ce qui signifie notamment qu'elle doit avoir la cognition nécessaire, dont le pouvoir d'établir librement les faits et d'appliquer d'office le droit pertinent (ATF 135 II 94 consid. 3.3). Tel est le cas du juge du for de la poursuite dont il est question à l'art. 265a al. 1 LP. En revanche, la commission en cause dans le cas présent est une autorité de conciliation qui, si elle dispose d'un certain pouvoir de proposition (art. 210 al. 1 let. b CPC) et de décision (art. 212 CPC), doit avant tout chercher à concilier les parties (art. 208 CPC) et, en cas d'échec de la conciliation, délivrer l'autorisation de procéder (art. 209 CPC). Il ne s'agit donc pas d'un tribunal (cf. TAPPY, op. cit., n° 5 ad art. 149 CPC), ce qui exclut d'emblée qu'une décision émanant de cette autorité puisse faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral.
Il s'ensuit que le recours est irrecevable.
2. Vu le sort réservé au recours, les frais judiciaires seront mis à la charge des recourantes (art. 66 al. 1 LTF). Elles n'auront pas à verser de dépens aux intimés, qui n'ont pas déposé de réponse (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 22 mars 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
La Greffière: Godat Zimmermann