Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Eine Beschwerde ans Bundesgericht ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen (Art. 100 Abs. 1 BGG). Der angefochtene Entscheid SK 2007.18 des Bundesstrafgerichts, Strafkammer, vom 16. September 2008 wurde in Bezug auf E. 6 sowie Dispositiv Ziff. 7, 8 und 9 einem Rechtsanwalt als Vertreter der Beschwerdeführerin gemäss Empfangsbestätigung am 24. Juni 2009 ausgehändigt. Die Beschwerde hätte daher, um rechtzeitig zu sein, unter Berücksichtigung des Fristenstillstandes von Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG spätestens am 25. August 2009 beim Bundesgericht eingereicht sein müssen. Die Beschwerde vom 17. September 2009 ist verspätet. Darauf ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn