Faits:
A. Dans sa déclaration d'impôt pour la période 2001/2002, A.X._, qui a exercé la profession d'avocat à titre indépendant de 1959 à 2002, et son épouse ont fait état d'un revenu imposable de 180'700 fr. et d'une fortune imposable de 1'801'000 fr. Par décision du 15 novembre 2002, les époux X._ (ci-après: les intéressés) ont été taxés pour cette période sur un revenu de 184'700 fr. et une fortune de 1'798'000 fr.
Dans la déclaration d'impôt pour la période 2001-2002bis, A.X._ a mentionné un revenu d'activité lucrative indépendante de 208'676 fr. pour 2001 et de 420'058 fr. pour 2002 ainsi qu'un chiffre d'affaires de 435'400 fr. pour 2001 et de 545'500 fr. en 2002. La déclaration portait encore la précision suivante:
"Le montant élevé du chiffre d'affaires en 2002 s'explique par le fait que le soussigné, dès qu'il a décidé à fin 2001 de mettre complètement fin à son activité professionnelle, a classé progressivement ou transmis à des confrères (associés ou non) tous ses dossiers en cours (env. 160 notes d'honoraires). Il ne s'agit donc pas de revenus "extraordinaires" au sens de l'art. 273 LI, des instructions générales complémentaires et de la déclaration spéciale. La pièce 9 du bordereau montre que les revenus professionnels sont très irréguliers en fonction des variations du chiffre d'affaires. Depuis 1983, celui-ci a dépassé quatre fois fr. 400.000 (...)".
Le 23 janvier 2004, l'Office d'impôt du district de Morges a notifié aux intéressés une décision de taxation définitive concernant l'année 2002. Pour la première partie de celle-ci, soit la période allant du 1er janvier au 22 juillet 2002, il a fixé le revenu imposable à 183'500 fr., et la fortune imposable à 1'798'000 fr. Pour le solde de l'année 2002, il a fixé le revenu imposable à 80'700 fr. et la fortune imposable à 1'798'000 fr.
Le 31 octobre 2006, l'Inspectorat régional de l'Office d'impôt de Nyon (ci-après: l'Inspectorat) a notifié aux intéressés une décision de taxation définitive pour la période 2002, frappant d'un impôt fédéral, cantonal et communal annuel séparé un revenu extraordinaire de 450'000 fr. réalisé lors de la cessation d'activité de A.X._.
Le 8 novembre 2006, les intéressés ont déposé une réclamation contre la décision du 31 octobre 2006. Le 6 janvier 2009, l'Administration cantonale des impôts a partiellement admis la réclamation et réduit le revenu extraordinaire à 313'700 fr. En bref, l'Administration cantonale des impôts a considéré que les honoraires encaissés en 2001 et 2002 en lien avec la cessation de l'activité d'avocat devaient faire l'objet d'une taxation spéciale, tandis que les honoraires des factures qui avaient été émises, mais non encaissées, devaient être considérées comme des réserves latentes imposables comme bénéfice en capital au moment de leur réalisation.
Les intéressés ont interjeté recours contre la décision sur réclamation du 6 janvier 2009 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Ils ont conclu à l'annulation des décisions du 6 janvier 2009 et 31 octobre 2006, principalement en ce sens que les décisions de taxation de janvier 2004 étaient définitives, subsidiairement parce qu'aucun motif de taxation n'était réalisé. A titre plus subsidiaire, les recourants concluent à ce qu'il soit constaté qu'aucun revenu extraordinaire n'a été réalisé pour l'année 2001 et enfin que les décisions attaquées soient réformées en ce sens que le montant de l'impôt dû au titre du bénéfice en capital ne dépasse pas 109'000 fr. ou au maximum 145'500 fr.
B. Par arrêt du 18 juin 2009, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours. Il a annulé toute imposition de bénéfice en capital pour 2001, confirmé l'imposition séparée d'un bénéfice de 195'500 fr. pour 2002 et renvoyé la cause pour calcul de l'impôt. Il fallait qualifier d'extraordinaires le chiffre d'affaires 2002 qui dépassait la moyenne de ceux obtenus durant les années 1996 à 2001 (545'500 - 350'500), soit 195'500 fr. et soumettre ce montant à une imposition séparée.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les époux X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, l'annulation de l'arrêt attaqué, entraînant par voie de conséquence l'annulation de la décision rendue le 6 janvier 2009 par l'Administration cantonale des impôts et de celle rendue le 31 octobre 2006 par l'Office régional d'impôt, les taxations de janvier 2004 étant confirmées. Ils se plaignent de la constatation incomplète des faits et de la violation des art. 147 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), 51 et 53 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). A leur avis, la procédure de taxation spéciale des art. 47 LIFD, 18 LHID et 82 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11; en vigueur depuis le 1er janvier 2001, dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2002) était englobée dans les décisions de taxation définitives rendues en janvier 2004 par l'Office d'impôt de Morges.
Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration cantonale des impôts concluent au rejet du recours.
D. Par ordonnance du 8 septembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par les intéressés.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué renvoie la cause pour calcul de l'impôt. Il ne laisse aucune liberté à l'autorité fiscale de renvoi, de sorte qu'il met fin à la procédure et constitue une décision finale au sens de l'art. 90 LTF (ATF 134 II 124 consid. 1.3). Rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), l'arrêt concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible du moment que la notion de "bénéfice en capital" soumis à imposition spéciale est identique pour les deux catégories d'impôts (cf. ci-dessous, consid. 5). Dans ces conditions, déposé en temps utile par les destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 LTF), le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des art. 82 ss LTF, 146 LIFD et 73 al. 1 LHID. Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire que le recourant s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 ss).
1.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, l'autorité de céans n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254 s.).
1.2 Les recourants reprochent au Tribunal cantonal de n'avoir arbitrairement pas mentionné qu'ils avaient déposé en mars 2003, en même temps que la déclaration 2001/2002bis, la déclaration spéciale portant sur les revenus et charges extraordinaires des années 2001 et 2002. Ce fait aurait une influence, selon eux, sur le sort de la cause, car il permettrait de soutenir que les taxations définitives de janvier 2004 englobaient nécessairement la question de la prétendue dissolution des réserves latentes dont l'imposition est en l'espèce litigieuse.
Ce reproche est infondé, puisque le Tribunal cantonal a mentionné que les recourants avaient déposé leur déclaration d'impôt 2001/2002bis. Cette mention englobe les annexes jointes à dite déclaration et par conséquent l'annexe intitulée "déclaration spéciale portant sur les revenus et charges extraordinaires des années 2001 et 2002". Le grief est par conséquent infondé.
I. Impôt fédéral direct.
2. Le recourant se plaint, au moins implicitement, que le Tribunal cantonal a confirmé l'application de l'art. 47 LIFD en lieu et place de celle de l'art. 218 LIFD.
2.1 Selon l'art. 41 LIFD, les cantons sont libres, en dérogation à l'art. 40 LIFD, de fixer pour l'imposition dans le temps une période fiscale annuelle correspondant à une année civile. Sont alors valables les dispositions prévues au chapitre 3 (art. 208 à 220 LIFD) des dispositions transitoires. La loi fiscale vaudoise a introduit le système de taxation postnumerando annuelle, en remplacement du système de taxation praenumerando bisannuelle, pour les personnes physiques, dès la période fiscale 2003 (art. 271 et 272 de la loi fiscale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI/VD; RSV 642.11], dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2003). Il s'ensuit que les deux années précédant le changement, soit 2001 et 2002, tombent dans une brèche de calcul pour l'imposition du revenu (arrêt 2C_900/2008 du 28 avril 2008, consid. 4.1). Les modalités de ce changement sont notamment réglées par l'art. 218 LIFD.
Pour le recourant, l'année 2002 constitue une année de taxation incomplète en raison de la cessation de son activité lucrative indépendante le 22 juillet 2002. L'imposition en cas de cessation de l'activité lucrative est notamment réglée par l'art. 47 LIFD.
2.1.1 Selon l'art. 218 al. 1 LIFD, pour la première période fiscale suivant la modification mentionnée à l'art. 41 LIFD, la taxation relative à l'impôt sur le revenu des personnes physiques est régie par le nouveau droit. L'art. 218 al. 2 LIFD prévoit que les revenus extraordinaires réalisés durant les deux années précédentes ou lors d'un exercice clos au cours de ces années et qui tombent ainsi dans la brèche de calcul sont soumis à un impôt annuel entier pour l'année fiscale où ils ont été acquis, au taux correspondant à ces seuls revenus. Sont en particulier considérés comme des revenus extraordinaires les prestations en capital, les revenus de fortune non périodiques, les gains de loterie et, par analogie avec l'art. 206 al. 3 LIFD, les revenus extraordinaires provenant d'une activité lucrative indépendante (art. 218 al. 3 LIFD).
2.1.2 D'après l'art. 47 al. 1 LIFD, à la fin de l'assujettissement ou lors d'une taxation intermédiaire, notamment pour modification durable et essentielle des bases de l'activité lucrative ensuite de cessation de celle-ci (cf. art. 45 let. b LIFD), les bénéfices en capital définis à l'art. 18 al. 2 LIFD, qui n'ont pas été imposés comme revenu, ou qui ne l'ont pas encore été pendant une période fiscale entière, sont soumis ensemble, l'année fiscale au cours de laquelle ils ont été acquis, à un impôt annuel entier perçu au taux correspondant à ces seuls revenus.
L'art. 18 al. 2 LIFD prévoit que tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante, la fortune commerciale comprenant tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante. L'art. 18 al. 2 LIFD rend imposable les gains en capital de l'indépendant qu'il soit ou non astreint à la tenue d'une comptabilité commerciale (Yves Noël, Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008 n° 9 et 45 ad art. 18 LIFD).
Cette imposition spéciale - dont la fonction est similaire à celle qui était prévue par l'art. 43 AIFD (cf. arrêt 2A.477/2000 du 11 juin 2001, consid. 2b; Marco Duss/Daniel Schär, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht [cité: Kommentar], vol. I/2a, Bâle 2000, n. 3 ad art. 47 LIFD; Danielle Yersin, La distinction entre l'activité indépendante et la gestion de la fortune privée, dans le domaine immobilier, in Archives 67 p. 97 ss, p. 112) - vise à imposer les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale. Elle établit une sorte de décompte fiscal final en soumettant à l'impôt, non seulement les bénéfices de liquidation obtenus lors de la cessation ou de l'aliénation de l'entreprise, mais également toutes les réserves réalisées au cours de la période de calcul et de celle de taxation, qui échapperaient sinon à l'impôt en raison de la brèche de calcul provoquée par la taxation intermédiaire, soit aussi les réserves qui ne sont pas en rapport direct avec la liquidation elle-même (cf. dans ce sens, Archives 66 p. 56 consid. 3c p. 61, 232 consid. 3c p. 236-237). L'art. 47 LIFD est toutefois plus large que l'art. 44 AIFD, puisqu'il vise aussi les bénéfices en capital provenant de la fortune commerciale des indépendants non astreints à tenir une comptabilité commerciale (arrêt 2A.477/2000 du 11 juin 2001, consid. 2d ainsi que les références citées à propos de la portée de l'art. 18 al. 2 LIFD).
2.1.3 Le Tribunal fédéral a confirmé que le montant du poste "débiteurs" ajouté par un médecin qui cessait son activité indépendante à l'actif de son bilan de liquidation, alors que les bilans des années antérieures n'en comprenaient pas, les honoraires ayant jusque-là été comptabilisés au moment de leur encaissement, constituait un bénéfice en capital provenant de la réévaluation d'un actif commercial selon le droit fiscal valaisan. Il pouvait donc faire l'objet d'une taxation spéciale. Il s'agissait de la réévaluation complète d'un actif qui n'avait jusqu'alors jamais été comptabilisé (arrêt du Tribunal fédéral du 7 août 1986 consid. 2b in RF 43 112, p. 116). Dans un autre arrêt, le Tribunal fédéral a jugé que la méthode de l'encaissement, que pouvait choisir un indépendant pour déclarer ses honoraires, provoquait un report de l'imposition des honoraires facturés mais non encore perçus. Elle permettait de différer le paiement de l'impôt dans le temps. Un tel report équivalait dans ses effets à la constitution de réserves latentes dissoutes au plus tard au moment de la cessation de l'activité lucrative indépendante (arrêt 2A.338/1998 du 11 février 2000, consid. 3c in RF 55 p. 500), puisque la taxation intermédiaire pour cessation d'activité n'intervenait en pareille hypothèse que lorsque l'encaissement des honoraires était terminé (arrêt A.344/1980 du 17 février 1984, consid. 3b in Archives 53 p. 352 = RDAF 1985 p. 362).
2.2 Selon l'art. 9 de l'ordonnance du 16 septembre 1992 sur le calcul dans le temps de l'impôt fédéral direct dû par les personnes physiques (RS 642.117.1), les revenus extraordinaires des années n-1 et n-2 au sens de l'art. 218 al. 3 LIFD sont additionnés pour l'année fiscale durant laquelle ils sont réalisés. L'impôt est dû pour l'année fiscale; il est calculé selon les barèmes de l'art. 36 LIFD, au taux correspondant à ces seuls revenus. L'art. 37 LIFD est applicable. Aucune déduction sociale n'est autorisée (al. 1). L'art. 38 LIFD est applicable aux prestations en capital provenant de la prévoyance et dont le contribuable a bénéficié durant les années n-1 et n-2. Une taxation spéciale selon l'art. 47 LIFD est également réservée (al. 2). En d'autres termes, lorsque les conditions pour effectuer une taxation spéciale au sens de l'art. 47 LIFD (en cas de cessation de l'activité lucrative ou en cas de taxation intermédiaire) sont réunies, pareille taxation l'emporte sur la réglementation de l'art. 218 LIFD, ce que confirme également la doctrine (Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, 1ère éd., Zurich 2003, n° 12 ad art. 218 LIFD; Marc Bugnon, Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008, n° 14 ad art. 218 LIFD; cf. également: Circulaire n° 6 de l'Administration fédérale des contributions du 20 août 1999, chiffre 251, in Archives 68, 400, p. 402).
2.3 En l'espèce, le recourant exerçait la profession d'avocat à titre indépendant. Il ne tenait pas de comptabilité commerciale mais déclarait ses honoraires à la date de leur encaissement. Il a annoncé à l'Administration fiscale la cessation de son activité lucrative pour le 22 juillet 2002. C'est par conséquent à bon droit que le Tribunal cantonal a jugé que le recourant tombait sous le coup de l'art. 47 LIFD, à l'exclusion de l'art. 218 LIFD (cf. ci-dessus consid. 3.2).
3. Le Tribunal cantonal a établi le montant des réserves latentes dissoutes en soustrayant du chiffre d'affaires réalisés en 2002 (545'500) la moyenne des chiffres d'affaires obtenus par le recourant pour les années 1996 à 2001 (350'500 fr.), soit 195'500, ce que ni le recourant ni les autorités fiscales fédérale et cantonale de l'impôt fédéral direct ne critiquent. Il n'y a par conséquent pas lieu d'examiner en détail le mode de calcul du bénéfice en capital.
Obtenu en 2002, ce bénéfice en capital ne peut pas être imposé durant une période fiscale entière, la cessation de l'activité lucrative du recourant le 22 juillet 2002 provoquant une taxation intermédiaire. Il doit par conséquent être soumis à un impôt annuel entier perçu au taux correspondant à son montant conformément à l'art. 47 LIFD.
3.1 Le recourant soutient en vain qu'il n'est pas possible de revenir sur les taxations ordinaires qui ont été rendues en janvier 2004 et qui comprenaient déjà les honoraires que le Tribunal cantonal entend soumettre à taxation spéciale. Conformément à l'art. 47 al. 3 LIFD, en effet, les revenus imposés conformément à l'al. 1, en l'espèce 195'500 fr., ne doivent pas être pris en considération lors des taxations ordinaires et, si tel est le cas, celles qui ont déjà été effectuées doivent être révisées. L'art. 47 al. 3 LIFD exige la révision des taxations ordinaires entrées en force indépendamment des conditions prévues par l'art. 147 LIFD. Il s'agit d'un cas de révision sui generis directement institué par le législateur fédéral, ce que le Tribunal cantonal a bien vu en écartant à bon droit l'application des art. 147 et 151 LIFD au profit de l'art. 47 LIFD (cf. arrêt attaqué, consid. 2 et 3). Lorsque les conditions de l'art. 47 LIFD pour soumettre un bénéfice en capital à un impôt annuel entier sont réunies, une taxation spéciale doit être établie et les taxations ordinaires déjà effectuées qui comprendraient ce bénéfice doivent être révisées sans que le contribuable concerné ne puisse s'y opposer en arguant de la force de chose jugée des taxations ordinaires.
3.2 Par conséquent, en jugeant que le recourant avait obtenu un bénéfice en capital de 195'500 fr. en 2002 qui devait être soumis à imposition spéciale, le Tribunal cantonal n'a violé ni l'art. 47 LIFD ni les art. 147 et 151 LIFD. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II Impôt cantonal et communal
4. L'art. 82 LI/VD (dans sa version en vigueur du 1er janvier 2000 au 31 décembre 2002), au moins pour ce qui concerne l'imposition spéciale des bénéfices en capital définis à l'art. 21 al. 2 LI/VD, a pratiquement la même teneur que les art. 18 al. 2 et 47 LIFD, dont le contenu correspond également à celui des 8 al. 1 et 18 LHID (Marco Duss/Daniel Schär, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (LHID), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, vol. I/1, 2e éd., n ° 3 ad art. 18 LHID). L'art. 82 al. 4 LI/VD prévoit également que les revenus imposés conformément à l'alinéa premier ne sont pas pris en considération lors de la taxation ordinaire et que les taxations ordinaires déjà effectuées doivent être révisées.
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives au bénéfice en capital constitué par la dissolution des réserves latentes provenant de la fortune commerciale du recourant lors de la cessation de son activité lucrative indépendante le 22 juillet 2002 s'appliquent aux impôts cantonal et communal. La violation alléguée par le recourant des art. 9 Cst. et 11 Cst./VD en relation avec l'application arbitraire du droit fédéral et cantonal harmonisé est absorbée en l'espèce par le grief de violation de la loi sur l'impôt fédéral direct et de la loi sur l'harmonisation fiscale, que le Tribunal fédéral a librement examiné (art. 106 al. 1 LTF). Par conséquent, le recours doit également être rejeté en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF), solidairement entre eux. Ils n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, tant en ce qu'il concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué aux recourants, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions Division principale DAT.
Lausanne, le 18 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey