Fatti:
A. A seguito di un controllo del conteggio dei salari - relativo al periodo dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2011 - eseguito l'11 maggio 2012 presso il Consorzio X._, la Cassa di compensazione del Cantone Ticino ha proceduto, mediante decisione del 16 maggio 2012, a una tassazione d'ufficio riprendendo salari non notificati per complessivi fr. 67'150.-, di cui fr. 4'500.- per regali di anzianità di servizio e fr. 62'650.- per il rimborso del premio dell'assicurazione contro la perdita di guadagno in caso di malattia che il datore di lavoro aveva versato ai dipendenti che nel corso dell'anno non avevano registrato assenze per malattia o comunque si erano assentati solo per pochi giorni. La Cassa cantonale di compensazione ha di conseguenza fissato in fr. 9'991.15 l'importo dei contributi dovuti dal Consorzio.
Il 2 luglio 2012 la Cassa cantonale di compensazione ha confermato il proprio provvedimento e rigettato l'opposizione della datrice di lavoro.
B. Il Consorzio X._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino al quale ha chiesto di non aggiungere al salario determinante dei suoi dipendenti il contributo per l'assicurazione perdita di guadagno e dunque di annullare la ripresa salariale per l'importo di fr. 62'650.-.
Per pronuncia del 26 novembre 2012 la Corte cantonale ha respinto il gravame e confermato il provvedimento amministrativo.
C. Il Consorzio ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale chiede di annullare il giudizio cantonale ribadendo le richieste di prima istanza. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per contro, in linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (art. 105 cpv. 2 LTF; DTF 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62), e a condizione che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
2. Oggetto del contendere è la decisione con la quale la Corte cantonale ha confermato la ripresa salariale dell'importo di fr. 62'650.- che il Consorzio ricorrente ha versato a titolo di rimborso del premio dell'assicurazione contro la perdita di guadagno in caso di malattia a quei dipendenti che nel corso dell'anno 2011 non erano stati assenti per malattia o comunque lo erano stati solo per pochi giorni. In effetti, per quanto pacificamente accertato dalla Corte cantonale, allo scopo - apparentemente raggiunto - di ridurre le ripetute assenze per malattia inferiori a tre giorni che non richiedono una giustificazione mediante certificato medico, il Consorzio insorgente ha introdotto all'art. 47 cpv. 3 del Regolamento organico dei suoi dipendenti (ROD) il principio secondo cui:
A dipendenza dei giorni di assenza effettivi per malattia, tenuto conto della percentuale d'impiego, il dipendente ha diritto a fine anno o alla fine del rapporto di lavoro ai seguenti rimborsi sulla sua quota parte del premio per l'assicurazione perdita di guadagno per malattia:
0 - 5 giorni: rimborso 100%
6 -15 giorni: rimborso 50%
oltre: nessun rimborso.
Occorre verificare se questi rimborsi vanno inclusi nel salario determinante soggetto all'obbligo contributivo AVS come hanno ritenuto i primi giudici, ai quali invece il Consorzio ricorrente rimprovera un'applicazione errata del diritto federale, segnatamente dell'art. 8 lett. b OAVS.
3. Giusta l'art. 5 cpv. 2 LAVS, il salario determinante comprende qualsiasi retribuzione del lavoro a dipendenza d'altri per un tempo determinato od indeterminato. Esso comprende inoltre le indennità di rincaro e altre indennità aggiunte al salario, le provvigioni, le gratificazioni, le prestazioni in natura, le indennità per vacanze o per giorni festivi ed altre prestazioni analoghe, nonché le mance, se queste costituiscono un elemento importante della retribuzione del lavoro. A norma del suo cpv. 4, inoltre, il Consiglio federale può escludere dal salario determinante le prestazioni di carattere sociale, nonché le elargizioni fatte da un datore di lavoro a favore dei suoi dipendenti in occasione di avvenimenti particolari. Facendo uso di tale delega, l'Esecutivo federale ha tra l'altro stabilito che non sono compresi nel salario determinante segnatamente i contributi versati dal datore lavoro agli assicuratori malattia e infortuni dei loro salariati e alle casse di compensazione per la gestione degli assegni familiari, nella misura in cui tutti i salariati fruiscano dello stesso trattamento (art. 8 lett. b OAVS).
4. 4.1 La volontà alla base della norma in esame (art. 8 lett. b OAVS) è ben stata ricordata dalla Corte cantonale che a tal scopo si è riferita al commento dell'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) pubblicato in VSI 1996 pag. 285 segg. L'autorità di vigilanza ha ivi ricordato come il disposto, nella sua prima versione, risalga a un'epoca, il 1948, in cui le condizioni economiche non erano certamente paragonabili a quelle attuali. Poiché la maggior parte delle assicurazioni sociali non erano in quel periodo obbligatorie, si trattava di incentivare i datori di lavoro ad offrire ai propri impiegati una copertura in caso di vecchiaia, malattia e infortuni. I miglioramenti nella protezione sociale dei salariati succedutisi nel tempo - con l'introduzione della LAINF, LPP e da ultimo della LAMal - hanno in seguito imposto di riesaminare l'art. 8 OAVS. Occorreva ridefinire alcuni elementi del salario determinante che si era cercato sempre più di sottrarre all'obbligo contributivo, soprattutto per i salari socialmente favoriti. La versione attualmente in vigore, più restrittiva rispetto a quella originaria, si spiega con il fatto che i lavoratori sono oggi obbligatoriamente assicurati contro i principali rischi, sicché l'esigenza di incentivare i datori di lavoro a fornire prestazioni sociali si è vieppiù affievolita (cfr. Ueli Kieser, Alters- und Hinterlassenenversicherung, in: Soziale Sicherheit, SBVR vol. XIV, 2a ed. 2007, pag. 1252 n. 141). Sebbene non cerchi di limitare in maniera generale il catalogo delle eccezioni, la versione attualmente in vigore rimane però pur sempre vincolata allo scopo della norma che consiste nel preservare il salariato da ogni situazione di bisogno (VSI 1996 pag. 286). Tenuto conto del fatto che l'introduzione dell'assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie da un lato è stata accompagnata dalla possibilità di ridurre i premi per gli assicurati in condizioni economiche precarie ma dall'altro ha comportato un aumento dei premi per gli altri assicurati, il legislatore ha deciso di continuare ad escludere dal salario determinante i premi dell'assicurazione malattia presi a carico dal datore di lavoro, a condizione però che questi contributi siano versati direttamente all'assicuratore. Questa esigenza permette di escludere che essi vengano utilizzati per altri scopi, garantendo che vengano destinati unicamente all'assicurazione malattie (VSI 1996 pag. 289).
4.2 La giurisprudenza federale - correttamente esposta nel giudizio impugnato - ha già avuto modo di confrontarsi con questa norma di ordinanza. In DTF 126 V 221 il Tribunale federale delle assicurazioni, basandosi anche sulle Direttive dell'UFAS sul salario determinante (DSD) nell'AVS/AI e nelle IPG (cifre marginali 2172 e 2173 nella versione attualmente in vigore), ha infatti stabilito che l'art. 8 lett. b OAVS è conforme alla legge e deve essere interpretato nel senso che l'esclusione delle prestazioni sociali dal salario determinante presuppone (oltre alla parità di trattamento dei salariati) che i contributi del datore di lavoro siano versati direttamente agli assicurati contro le malattie e gli infortuni dei salariati. Nel caso di specie si trattava di verificare se le indennità di fr. 250.- mensili versate da una società ai propri dipendenti, dietro esibizione della relativa polizza assicurativa, quale contributo al premio di cassa malati soggiacessero o meno all'obbligo contributivo AVS. Nel rispondere affermativamente al quesito, la Corte federale ha precisato che con l'esigenza del versamento diretto agli assicuratori si intende garantire che il premio venga utilizzato a favore del lavoratore senza però che questi possa disporne liberamente (DTF 126 V 221 consid. 7a pag. 224; cfr. pure Michel Valterio, Droit de l'assurance-vieillesse et survivants [AVS] et de l'assurance-invalidité [AI], 2011, pag. 120 n. 376).
5. La Corte cantonale ha accertato che a fine anno, con il pagamento del salario del mese di dicembre, il Consorzio ricorrente aveva rimborsato ai dipendenti che non avevano registrato assenze (o solo poche) per malattia nel corso dell'anno, l'intero importo dedotto mensilmente a titolo di assicurazione contro la perdita di guadagno. In questo modo, i giudici di prime cure hanno escluso che il prelievo di contributi sociali - disposto dalla Cassa opponente - sul rimborso in parola potesse creare un doppio assoggettamento. Essi hanno inoltre concluso che il procedimento messo in atto dall'insorgente non rientrava nell'ipotesi prevista dall'art. 8 lett. b OAVS. Prevedendo infatti il rimborso del contributo (o di parte di esso) al lavoratore, la ratio legis non veniva osservata poiché alla fine dell'anno (o del rapporto di lavoro) il dipendente riceveva la sua quota parte di cui poteva disporre liberamente. Inoltre, secondo la Corte cantonale, non veniva neppure rispettata la parità di trattamento tra tutti i salariati poiché il premio veniva rimborsato solo a quei lavoratori che non avevano registrato o avevano registrato solo in parte - entro i limiti fissati dall'art. 47 cpv. 3 ROD - giorni di malattia, penalizzando così gli assicurati con una salute cagionevole e contravvenendo al senso dell'art. 8 lett. b OAVS.
6. Gli accertamenti del giudizio impugnato, per nulla arbitrari, ma anzi conformi agli atti, vincolano il Tribunale federale il quale condivide pure in pieno le conclusioni giuridiche che ne sono state tratte. Anche volendo per ipotesi - che però, per quanto verrà esposto in seguito, non occorre approfondire oltre in questa sede, anche perché la risposta dell'UFAS del 4 aprile 2011 alla richiesta d'informazione sul tema della vicepresidente del Consorzio ricorrente costituisce un inammissibile novum (art. 99 cpv. 1 LTF; Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, 2009, n. 13 e 15 all'art. 99 LTF) - fare rientrare i premi di assicurazione contro la perdita di guadagno in caso di malattia retta dalla LCA, ossia dal diritto privato, nel possibile campo di applicazione dell'art. 8 lett. b OAVS, la fattispecie in esame andrebbe comunque giudicata similmente a quanto fatto in DTF 126 V 221. Infatti, rimborsando - per giunta solo di caso in caso, alle condizioni poste dall'art. 47 cpv. 3 ROD e quindi senza garantire a tutti i salariati lo stesso trattamento - ai dipendenti i premi inizialmente pagati da loro, poiché prelevati dai loro stipendi, il datore non ha di certo pagato i contributi direttamente all'assicuratore contro la perdita di guadagno in caso di malattia, come pretende invece la norma in esame, ma ha anzi fatto sì - contrariamente allo scopo perseguito - che i lavoratori potessero in sostanza disporne liberamente. Quanto basta - alla luce della suesposta prassi giudiziaria che, in assenza di serio motivo, non occorre rivedere (DTF 133 V 37 consid. 5.3.3 pag. 39) - per negare ai contributi in esame la qualifica di prestazione di carattere sociale ai sensi dell'art. 5 cpv. 4 LAVS come pure l'applicazione dell'art. 8 lett. b OAVS (cfr. pure VSI 1996 pag. 289 seg.).
Questa conclusione non deve sorprendere più di tanto il Consorzio insorgente perché a ben vedere gli obiettivi da esso perseguiti, che in definitiva tendono a favorire - per legittime ragioni sue di natura imprenditoriale - i lavoratori che non si assentano o si assentano poco per malattia e, di riflesso, a sfavorire gli altri, non coincidono per nulla con gli intendimenti dell'art. 8 lett. b OAVS, che al contrario mira unicamente ed eccezionalmente a esonerare dall'obbligo contributivo quelle prestazioni a carattere sociale che vengono fornite a tutela di situazioni di bisogno dei lavoratori. Se pertanto intende beneficiare dell'esenzione contributiva, nulla impedisce al Consorzio insorgente di assumere la quota parte dei salariati e versarla direttamente all'assicuratore interessato (cfr. DTF 126 V 221 consid. 7b in fine pag. 225).
7. Per quanto precede, il gravame va respinto e la pronuncia impugnata confermata senza che occorra esaminare le ulteriori censure ricorsuali. Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico del ricorrente (art. 66. cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1000.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.