Erwägungen:
1. 1.1 A.X._ und B.X._ fochten am 20. Oktober 2007 den ihre Veranlagung für die Staats- und Gemeindesteuern 1999/2000 betreffenden Entscheid des Steuerrekursgerichts des Kantons Aargau vom 25. Juli 2007 beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau an. Mit Verfügung vom 24. Oktober 2007 setzte ihnen der Präsident der zuständigen Kammer des Verwaltungsgerichts eine Frist zur Leistung des Kostenvorschusses von Fr. 3'000.-- an. Die Beschwerdeführer ersuchten am 12. November 2007 um Gewährung einer letzten Frist zur Zahlung des geforderten Prozesskostenvorschusses; für den Fall, dass das Gericht dem gestellten Antrag nicht nachkommen könne, werde Prozesskostenbefreiung beantragt, wobei dann selbstverständlich die derzeitigen wirtschaftlichen Verhältnisse offengelegt würden. Mit einer weiteren Verfügung vom 13. November 2007 setzte das Verwaltungsgericht den Beschwerdeführern eine "letzte, nicht erstreckbare" Frist zur Leistung des Kostenvorschusses bis zum 3. Dezember 2007. In der Verfügung wurde ausdrücklich darauf hingewiesen, dass zusammen mit einem allfälligen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege der Nachweis der Mittellosigkeit mit allen nötigen Belegen zu erbringen sei und es nicht ausreiche, Nachweis und Belege lediglich in Aussicht zu stellen. Am 3. Dezember 2007 baten die Beschwerdeführer um eine allerletzte Frist zur Zahlung des geforderten Prozesskostenvorschusses, weil dieser nunmehr erst am 20. Dezember 2007 "verfügt und geleistet" werden könne; für den Fall, dass das Gericht dem gestellten Antrag nicht nachkommen könne, werde hiermit Kostenbefreiung beantragt; selbstverständlich würden dann die derzeitigen wirtschaftlichen Verhältnisse offen gelegt. Mit Beschluss und Urteil vom 7. Dezember 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau das Fristerstreckungsgesuch vom 3. Dezember 2007 sowie das Gesuch um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege mangels Substantiierung und Bedürftigkeitsnachweises ab; auf die Beschwerde vom 20. Oktober 2007 trat es entsprechend nicht ein.
1.2 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. Februar 2008 beantragten A.X._ und B.X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und (das Verfahren) in den vorherigen Stand zurückzuversetzen.
Am 8. Februar 2008 wurden die Beschwerdeführer aufgefordert, bis spätestens zum 29. Februar 2008 einen Kostenvorschuss von Fr. 1'500.-- einzuzahlen. Am 29. Februar 2008 ersuchten sie um Zahlungsaufschub bis zum 20. März 2008, weil die erforderlichen Mittel vorerst noch fehlten. Mit Schreiben vom 3. März 2008 wurde ihnen die Frist bis zum 31. März 2008 erstreckt; dabei wurde darauf hingewiesen, dass die Fristerstreckung als Nachfristansetzung im Sinne von Art. 62 Abs. 3 BGG gelte und im Unterlassungsfall auf die Beschwerde nicht eingetreten würde. Am 31. März 2008 ersuchten die Beschwerdeführer um das Ansetzen einer nochmaligen Notfrist bis zum 15. April 2008. Dem Begehren wurde mit Schreiben vom 3. April 2008 entsprochen, unter Hinweis darauf, dass die Fristerstreckung letztmals erfolge, und unter Verweis auf die im Schreiben vom 3. März 2008 angekündigten Säumnisfolgen.
Am letzten Tag der erstreckten Frist ersuchten die Beschwerdeführer um Prozesskostenbefreiung, weil ihnen die Bezahlung des geforderten Betrages derzeit nicht möglich sei. Sie erwähnten (unter Hinweis auf den e-mail-Verkehr mit einem aargauischen Regierungsrat), dass sie gegen den Kanton Aargau eine Verantwortlichkeitsklage erhoben und auch Strafverfahren gegen Exponenten des Kantons angestrengt hätten. Mit Rücksicht darauf beantragten sie die Sistierung des Verfahrens.
2. 2.1 Gemäss Art. 62 Abs. 1 BGG hat die Partei, die das Bundesgericht anruft, einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Gerichtskosten zu leisten. Der Instruktionsrichter (bzw. der Abteilungspräsident, vgl. Art. 32 Abs. 1 BGG) setzt zur Leistung des Kostenvorschusses eine angemessene Frist; läuft diese unbenutzt ab, so setzt er der Partei eine Nachfrist; wird der Kostenvorschuss auch innert der Nachfrist nicht geleistet, so tritt das Bundesgericht auf die Eingabe nicht ein (Art. 62 Abs. 3 BGG). Nebst durch Bezahlung des Vorschusses kann die (Nach-)Frist an sich auch durch ein formgültiges Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gewahrt werden.
Den Beschwerdeführern ist nicht bloss, wie vom Gesetz vorgeschrieben, eine Nachfrist angesetzt worden; diese ist vielmehr - ausdrücklich letztmals - noch einmal erstreckt worden. Mit einer weiteren Fristerstreckung konnten die Beschwerdeführer, vorbehältlich ganz besonderer, nicht voraussehbarer und spezifisch darzulegender Hinderungsgründe nicht rechnen. Solche haben sie nicht genannt; vielmehr haben sie sich damit begnügt, am letzten Tag der doppelt erstreckten Frist zu erklären, dass ihnen die Zahlung des geforderten Betrags in der Höhe von Fr. 1'500.-- nicht möglich sei, weshalb sie nun neu um Kostenbefreiung ersuchten. Um Kostenbefreiung kann grundsätzlich nur ersuchen, wer nicht über die erforderlichen Mittel zur Tragung der Prozesskosten verfügt (Art. 64 Abs. 1 BGG). Dies setzt voraus, dass die um Kostenbefreiung ersuchende Partei umfassend Auskunft über ihre finanziellen Verhältnisse gibt, sind doch prozessuale Begehren in jedem Fall zu begründen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Dass es sich so verhält, musste den Beschwerdeführern gerade angesichts des Prozessthemas bekannt sein. Nun machen sie nicht die geringsten Angaben über ihre Einkommens- und Vermögensverhältnisse; anders als noch im kantonalen Verfahren stellen sie nicht einmal in Aussicht, dass sie ihre aktuellen wirtschaftlichen Verhältnisse offenlegen würden.
Unter diesen Umständen genügt die Eingabe vom 15. April 2008 zur Fristwahrung nicht, und auf die Beschwerde ist, ungeachtet des Sistierungsbegehrens, schon wegen Nichtleisten des Kostenvorschusses - im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG - nicht einzutreten.
2.2 Auf die Beschwerde könnte zudem aus einem weiteren Grund nicht eingetreten werden:
Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt; es muss sich dabei um schweizerisches Recht im Sinne von Art. 95 BGG handeln (nebst Bundesrecht einschliesslich Bundesverfassungsrecht unter anderem auch Völkerrecht und kantonale verfassungsmässige Rechte). Nicht unmittelbar gerügt werden kann die Auslegung und Anwendung von kantonalem Recht. Stützt sich ein Entscheid auf kantonales Recht, muss in der Beschwerdeschrift aufgezeigt werden, inwiefern dessen Anwendung zu einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG führt; appellatorische Ausführungen genügen nicht. Fehlt es an einer diesen Anforderungen genügenden Begründung, tritt das Bundesgericht auf ein Rechtsmittel nicht ein.
Der angefochtene Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts stützt sich (zutreffenderweise) auf kantonales Verfahrensrecht. Der Beschwerdeschrift vom 4. Februar 2008 lässt sich nicht entnehmen, inwiefern die fraglichen kantonalen Rechtsnormen als solche bzw. deren Auslegung schweizerisches Recht verletzten; die Beschwerdeführer nehmen darauf nicht einmal Bezug. Mit keinem Wort wird auf die vom Verwaltungsgericht behandelte Frage der Begründungspflicht von Eventualanträgen (E. 1.2) eingegangen. Ohnehin ist unerfindlich, wie die Beschwerdeführer nach der Verfügung des Verwaltungsgerichts vom 13. November 2007 im Unklaren über ihre verfahrensrechtlichen Pflichten gewesen sein wollen. Es fehlt offensichtlich eine hinreichende Beschwerdebegründung (vgl. Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
2.3 Da auf die Beschwerde nicht einzutreten ist, sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern, je zur Hälfte unter Solidarhaft, aufzuerlegen (Art. 65 sowie 66 Abs. 1 und 5 BGG). Auf das Kostenbefreiungsgesuch ist wegen fehlender Substantiierung der Bedürftigkeit nicht einzutreten. Es könnte ihm wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde (s. dazu insbesondere E. 2.2) ohnehin nicht entsprochen werden (vgl. Art. 64 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Auf das Gesuch um Kostenbefreiung wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern je zur Hälfte unter Solidarhaft auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. April 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Feller