Sachverhalt:
A. Die Personalvorsorgestiftung X._ (im Folgenden: Vorsorgestiftung) bezweckt die berufliche Vorsorge im Rahmen des BVG und seiner Ausführungsbestimmungen für die Arbeitnehmer der Stifterfirma. Nachdem in Bezug auf die Finanzierung der Altersguthaben Fragen aufgetaucht waren und nach Gesprächen mit dem Amt für Stiftungen und berufliche Vorsorge des Kantons Basel-Landschaft (nachfolgend: Aufsichtsbehörde) beauftragte die Vorsorgestiftung am 7. Oktober 2005 die Firma Z._ mit einem Berechnungsmandat. Diese lieferte am 12. Januar 2006 ihren Bericht ab, worin sie ausführte, ihre Aufgabe habe nicht darin gelegen, die effektive Höhe der Altersguthaben bzw. die Vorsorgeleistungen der Rentenbezüger zu bestimmen, sondern vielmehr in der Feststellung und Prüfung der Berechnungsmethodik bzw. der in den Jahresrechnungen ausgewiesenen Werte. Nach erneuter Unterredung mit der Vorsorgestiftung verpflichtete die Aufsichtsbehörde die Stiftung mit Verfügung vom 1. September 2006, einen anerkannten Experten für berufliche Vorsorge zu beauftragen, die reglementarischen Altersguthaben der aktiven oder ausgetretenen Destinatäre und die Vorsorgeleistungen der Rentenbezüger zu berechnen, wobei der Berechnung unpräjudiziell folgende Prämissen zu Grunde zu legen seien:
a) Die bis zum 31. Dezember 1984 vorhandenen (wohlerworbenen) Altersguthaben werden vollumfänglich gewahrt und zum reglementarischen, also mindestens zum gesetzlichen Zinssatz verzinst.
b) Die Altersguthaben werden ab 1. Januar 1985 im reglementarischen, mindestens also im gesetzlichen Umfang, geäufnet und verzinst. Dabei sind auch sämtliche gesamtarbeitsvertraglichen Verpflichtungen zu respektieren.
c) Die Verjährung ihrer Ansprüche vorbehalten, sind in die Berechnungen sämtliche Mitarbeitenden der Firma X._ einzubeziehen, welche seit dem 1. Januar 1985 Destinatärinnen oder Destinatäre der Personalvorsorgestiftung sind oder waren, mithin auch all jene, welche zwischenzeitlich ausgetreten, zur PK-SBV übergetreten oder Bezüger von Vorsorgeleistungen geworden sind. Im letzteren Fall sind ggf. die Hinterlassenen als Destinatärinnen und Destinatäre zu betrachten.
d) Stichtag für die Berechnung ist der 31. Dezember 2005.
Diese Berechnungen sind in drei Varianten vorzunehmen. Dabei gilt für alle Varianten, dass die Mindestleistungen gemäss BVG jederzeit erfüllt sein müssen.
e) Die jährliche Betrachtung der Erfüllung des BVG ist ab 1990 zu beachten (Art. 28 des Vorsorgereglements, Ausgabe 1990).
f) Die jährliche Betrachtung der Erfüllung des BVG ist ab 1995 zu beachten (Art. 5.8.1 des Vorsorgereglements, Ausgabe 1995).
g) Die jährliche Betrachtung der Erfüllung des BVG ist nicht zu beachten.
Zudem verhielt die Aufsichtsbehörde den Stiftungsrat, die Rechte gegen allfällige Ersatzpflichtige zu wahren und gegebenenfalls verjährungsunterbrechende Massnahmen zu treffen. Sodann wies sie die Vorsorgestiftung an, die Geschäftsführung sowie die Führung der Alterskonten für die Jahre 1985 bis 2005 durch eine ausgewiesene und anerkannte Kontrollstelle prüfen und testieren zu lassen. Für die Auftragserteilung bezeichnete sie vier in Frage kommende Revisionsgesellschaften.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 1. September 2009 ab. Es bejahte namentlich die Verhältnismässigkeit der angeordneten aufsichtsrechtlichen Massnahmen.
C. Die Vorsorgestiftung lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei die Verfügung vom 1. September 2006 und der angefochtene Entscheid aufzuheben.
Die Aufsichtsbehörde schliesst auf Abweisung der Beschwerde, währenddem sich das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) der Stellungnahme enthält.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Beschwerdeentscheide des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Verfügungen der Aufsichtsbehörden im Bereich der beruflichen Vorsorge (Art. 61 f. und 74 BVG) ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an die II. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichts zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG; Art. 35 lit. e BGerR).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
1.3 Ob die Voraussetzungen für ein aufsichtsrechtliches Einschreiten erfüllt und die angeordneten Massnahmen angebracht sind, überprüft das Bundesgericht als Rechtsfragen ohne Einschränkung der Kognition frei (Art. 95 lit. a BGG). Hingegen ist die Feststellung der Verhältnisse, welche der aufsichtsbehördlichen Anordnungen zugrunde liegen, tatsächlicher Natur, und vom Bundesgericht lediglich auf ihre offensichtliche Unrichtigkeit hin zu prüfen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG; Urteil 2A.395/2002 vom 14. August 2003 E. 2.2).
2. 2.1 Die Verfügung vom 1. September 2006 enthält in ihrem Dispositiv mehrere Ziffern. Davon betreffen die Ziff. 1 und 2 die Pflicht, die Altersguthaben und Vorsorgeleistungen zu berechnen, die Ziff. 3 und 4 ordnen die Wahrung der Rechte an (Einleitung verjährungsunterbrechender Handlungen) und darüber zu berichten. Schliesslich verpflichten die Ziff. 5 und 6 die Beschwerdeführerin, die Geschäftsführung und Führung der Alterskonten während der Jahre 1985 bis 2005 durch eine anerkannte Kontrollstelle überprüfen zu lassen. In der Beschwerde an die Vorinstanz beantragte die Beschwerdeführerin gesamthaft die Aufhebung der Verfügung ohne Beschränkung auf bestimmte Ziffern; daneben stellte sie eine Reihe weiterer Anträge, wobei sie in der Begründung die erlassenen Massnahmen als unverhältnismässig bezeichnete. Allerdings bezieht sich die Begründung inhaltlich nur auf die Ziff. 1 und 2 sowie 5 und 6, hingegen nicht auf die Ziff. 3 und 4; im Gegenteil ging die Beschwerdeführerin selber davon aus, dass Dritte eine Verantwortung für einen allfälligen Schaden tragen.
2.2 Das Bundesverwaltungsgericht hat formell die Prüfung auf alle angeordneten Massnahmen bezogen (E. 6.3), materiell aber nur die Ziff. 1 und 2 betreffend die Berechnung der Altersguthaben sowie die Ziff. 5 und 6, soweit darin die Untersuchung der Geschäftsführung und der Führung der Alterskonten der Jahre 1985 bis 2005 angeordnet worden ist, geprüft (E. 7 und 8). Das Gericht hat die Rechtmässigkeit dieser Anordnungen bejaht und demgemäss die Beschwerde abgewiesen. Zu den übrigen in der Beschwerde mit den Anträgen 2 bis 9 gestellten Rechtsbegehren, mittels welcher die Vorsorgestiftung u.a. Feststellungen zur Geschäfts- und Kontenführung, zum zeitlichen Umfang der Prüfung der Alterskonten und zu allfälligen Verantwortlichkeiten beantragt hat, äusserte sich die Vorinstanz weder in den Erwägungen noch im Dispositiv ausdrücklich.
2.3 In der Beschwerde an das Bundesgericht beanstandet die Beschwerdeführerin nebst der Verletzung des rechtlichen Gehörs einzig die angeordneten Nachkalkulationen, sowie die Auswahl von bloss vier Revisionsgesellschaften. Sie rügt somit weder die angeordnete Pflicht, die Rechte wegen allfälliger Schadenszufügungen zu wahren und der Aufsichtsbehörde darüber zu berichten (Ziff. 3 und 4 des Verfügungsdispositivs) noch den Umstand, dass die Vorinstanz auf ihre übrigen Begehren nicht eingegangen ist. Es besteht daher kein Anlass, diese Punkte näher zu behandeln. Denn das Bundesgericht prüft, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil die Verfügung vom 1. September 2006 nicht rechtsgenügend begründet sei. Namentlich erläutere die Aufsichtsbehörde nicht, weshalb und gestützt auf welche gesetzlichen Grundlagen sie verfügt habe. Unerwähnt bleibe damit, welche Gesetzesverletzungen die angeordneten Massnahmen erheischten. Zudem sei ihr vor Verfügungserlass keine Gelegenheit gegeben worden, sich zur vorgesehenen Verfügung zu äussern, welche die Beschwerdegegnerin für sie völlig überraschend und ohne vorherige Ankündigung erlassen habe.
3.2 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) folgt unter anderem die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (BGE 133 III 439 E. 3.3 S. 445; 126 I 97 E. 2b S. 102 f. mit Hinweisen; Urteil 2C_700/2008 vom 18. Juni 2009 E. 3.2; Urteil 2A.783/2006 vom 23. Januar 2008 E. 4.1).
3.3 Die Begründung der angefochtenen Verfügung ist hinreichend. Die Beschwerdeführerin wusste aus der Vorgeschichte und den Ausführungen in der Verfügung, was verlangt wird und warum. Offensichtlich sind die aufsichtsrechtlichen Massnahmen ergriffen worden, weil Zweifel über die Korrektheit der BVG-Altersguthaben und Austrittsleistungen aufgetreten sind. Diese Thematik war bereits vor der Anordnung der Massnahmen Gegenstand zweier Unterredungen auf dem Amt, an welchen die Beschwerdeführerin teilnahm, und bei deren Anlass sie ihren Rechtsstandpunkt darlegen konnte. Sodann ist ihre Kritik in weiten Teilen materieller Natur, welche bei der Prüfung der inhaltlichen Rechtmässigkeit der Verfügung von Bedeutung ist. Entgegen der offenbaren Ansicht der Beschwerdeführerin gibt der Anspruch auf rechtliches Gehör kein Recht darauf, sich vor Verfügungserlass zu deren materiellem Inhalt zu äussern, sondern nur zum Sachverhalt als solchem sowie gegebenenfalls zu den angewendeten Rechtsgrundlagen (BGE 129 II 497 E. 2.2 S. 504, 134 V 97 E. 2.8.2 S. 107). Der Sachverhalt war der Beschwerdeführerin klar, wie sie selber einräumt und die Aufsichtsbehörde hat - wie zu erwarten war - auf der Grundlage von Art. 62 BVG entschieden, währenddem Anlass des aufsichtsbehördlichen Handelns von Anfang an erkennbar die Berechnung der Altersguthaben und Austrittsleistungen nach BVG bildete. Die Rüge der Gehörsverletzung dringt nicht durch.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet mit Recht nicht die grundsätzliche Befugnis der Aufsichtsbehörde, gestützt auf Art. 62 Abs. 1 lit. d BVG die Erstellung von Berichten oder Berechnungen zu verlangen. Sie behauptet hingegen die Unverhältnismässigkeit der Aufsichtsmassnahme, indem die Beschwerdegegnerin auch Nachkalkulationen für Ansprüche angeordnet habe, die verjährt seien oder bzgl. deren sie nicht mehr aktenaufbewahrungspflichtig sei. Sie wirft der Aufsichtsbehörde zudem vor, von der Unzulässigkeit einer Durchschnittsfinanzierung auszugehen, und sie beachte nicht, dass trotz zu kleiner Altersgutschriften in einzelnen Jahren deren Total ausreichend sei. Ferner sieht sie den Grundsatz von Treu und Glauben verletzt, weil Nachprüfungen verlangt werden, obwohl die Aufsichtsbehörde schon früher die Mängel hätte beanstanden müssen.
4.2 Die Beschwerdeführerin hat im vorinstanzlichen Verfahren nicht konkret geltend gemacht, inwiefern die angeordnete Massnahme unverhältnismässig sein soll, sondern nur vorgebracht, es sei gerechtfertigt, vorerst das Ergebnis der bisherigen Begutachtung zu würdigen und eine Lösung zu finden. Daran hält sie sinngemäss vor Bundesgericht fest, ist sie doch der Ansicht, eine Nachprüfung sei nicht nötig. Indessen ist eine Lösung nicht möglich, solange das Ausmass der allfällig notwendigen Korrekturen nicht hinreichend zuverlässig bekannt ist. Die aufsichtsrechtlichen Massnahmen sind geeignet, die Grundlagen zur späteren Feststellung rechtskonformer Verhältnisse oder eines allenfalls rechtswidrigen Zustandes zu liefern. Im Übrigen erwähnt das Gutachten der Vorsorgeexpertin Z._ vom 12. Januar 2006 eine der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht entsprechende Berechnung der Austrittsleistungen, ohne aber die fehlerhaften Konten auszuweisen oder den Fehlbetrag zu nennen. Inwiefern die Expertise unter diesen Umständen die Mängel in ausreichendem Masse aufzeigt, erläutert die Beschwerdeführerin nicht und ist nicht ersichtlich.
4.3 Die Anordnung in Ziff. 1 der Verfügung betreffend die Berechnung der Altersguthaben entspricht ziemlich genau der Fragestellung, deren Beantwortung Inhalt des Auftrages vom 7. Oktober 2005 an die Expertin Z._ war. Damals erteilte die Vorsorgestiftung nach vorheriger Rücksprache mit der Aufsichtsbehörde das "Berechnungsmandat". Die Beschwerdeführerin hat im vorinstanzlichen Verfahren selbst vorgebracht, bei wörtlicher Auslegung des Reglements hätte sie die Leistungen nicht finanzieren können, was auch der Bericht der Firma Z._ vom 12. Januar 2006 bemerkt. Sie beanstandet auch nicht die Aussage im erwähnten Bericht, wonach bei ausgetretenen Versicherten zusätzliche Ansprüche aus vorobligatorischer Zeit vorhanden sein könnten. Damit besteht berechtigter Bedarf, Klarheit über das Ausmass der im Grundsatz nicht bestrittenen Mängel zu schaffen. Jedenfalls steht keineswegs fest, dass die Altersguthaben und Austrittsleistungen richtig berechnet und geäufnet worden sind. Sodann hat die Beschwerdegegnerin im Schreiben vom 28. Februar 2006 die Expertise der Firma Z._ vom 12. Januar 2006 in verschiedener Hinsicht beanstandet. Die Firma Z._ als Expertin für berufliche Vorsorge bestätigte ihrerseits, dass bei Anwendung des Reglements nach dem Wortlaut ab dem 1. Januar 1995 (Zeitpunkt des Inkrafttretens des Freizügigkeitsgesetzes [FZG; SR 831.40]) für alle Versicherten die Kontoführung neu nachvollzogen werden müsse und dies die finanzielle Lage der Beschwerdeführerin erheblich beeinträchtigen werde (Schreiben vom 4. April 2006). Dasselbe gilt jedoch auch für die Situation vor 1995, da offenbar bereits die im Reglement 1990 vorgesehenen Beiträge ohne Zuschüsse des Arbeitgebers nicht ausreichten, um die Leistungen zu finanzieren. Mit der angeordneten Berechnung geht es gerade darum, einen allfälligen Nachfinanzierungsbedarf zu erheben, um in Kenntnis der relevanten Fakten die je nach Abklärungsergebnis notwendig werdenden weiteren Massnahmen in die Wege zu leiten. Gleichermassen wird die Zulässigkeit und gesetzeskonforme Anwendung der reglementarischen Prämienordnung als Durchschnittsprämie (Arbeitnehmer- und Arbeitgeberanteil von je 4 %) massgeblich anhand der Abklärungsergebnisse zu beurteilen sein.
4.4 Die Beschwerdeführerin beanstandet auch, es sei unverhältnismässig, für Ansprüche Nachkalkulationen zu verlangen, die verjährt seien und bezüglich derer sie keine Aktenaufbewahrungspflicht mehr habe. Gemäss Ziff. 1c der Verfügung sind - "die Verjährung ihrer Ansprüche vorbehalten" - sämtliche Mitarbeitenden in die rückwirkende Nachkalkulation ab 1. Januar 1985 einzubeziehen. Diese Umschreibung ist so auszulegen, dass diejenigen Ansprüche, welche verjährt sind, nicht mehr berechnet werden müssen. In diesem Zusammenhang ist daran zu erinnern, dass nach dem bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Art. 41 BVG wohl die Forderungen auf Leistungen verjährten, nicht aber der Anspruch auf Freizügigkeitsleistungen, solange die Pflicht zur Erhaltung des Vorsorgeschutzes besteht (BGE 127 V 315 E. 6a S. 326). Danach bestimmt sich die Dauer, während welcher die Akten aufzubewahren sind. Im Übrigen hat die Beschwerdeführerin nicht konkret vorgebracht, dass die verlangten Berechnungen einen übermässigen Aufwand zur Folge hätten. Sie hat auch nicht die in der Begründung der Verfügung wiedergegebene Aussage des Experten T._ der Firma Z._ beanstandet, wonach die Berechnungen realistischerweise innert 14 Tagen vorgenommen werden könnten. Unter diesen Umständen ist die angeordnete Massnahme nicht als unverhältnismässig zu beurteilen.
5. 5.1 Weiter macht die Beschwerdeführerin die Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben geltend, weil die Aufsichtsbehörde jahrelang vorbehaltlos die Rechnungen mit den versicherungstechnischen Berichten abgenommen habe. Mit der Infragestellung der korrekten Führung der Alterskonten rückwirkend auf über 20 Jahre werde sie in ihrem berechtigten Vertrauen auf die Rechtsakte der Aufsichtsbehörde enttäuscht.
5.2 Die Rüge ist unbegründet. Wie das Bundesgericht konkretisiert hat, verleiht der in Art. 9 BV enthaltene Grundsatz von Treu und Glauben Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden (BGE 126 II 377 E. 3a S. 387; 122 II 113 E. 3b/cc S. 123, je mit Hinweisen). Mit der angeordneten Nachberechnung werden erst die Grundlagen für die später allenfalls zu treffenden Massnahmen geschaffen (vgl. E. 4.2 hievor). Die Frage, ob sich die Beschwerdeführerin gutgläubig auf die von ihr offenbar geübte Auslegung des Reglements stützen konnte und ob allenfalls eine Mitverantwortung der Aufsichtsbehörde für Mängel besteht, wird im Rahmen der Anordnung von Massnahmen zu prüfen sein. Sie stellt sich erst, wenn die Fehler feststehen und kann nicht beurteilt werden, ohne dass das Ausmass der notwendigen Korrekturen bekannt wäre. Sodann schreibt Art. 62 Abs. 1 lit. d BVG den Aufsichtsbehörden in genereller Weise vor, Massnahmen zur Beseitigung von Mängeln zu treffen. Daraus erhellt die Handlungspflicht der Aufsichtsbehörde, wenn sie Mängel erkennt unbesehen davon, ob sie diese beispielsweise im Rahmen der jährlichen Rechnungsprüfung zunächst nicht erkannt oder trotz Erkennens darauf nicht reagiert hat.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin behauptet schliesslich eine Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips und einen unzulässigen Eingriff in das ihr zustehende Ermessen, indem ihr die Beschwerdegegnerin auferlege, zur Prüfung aus vier konkret bezeichneten Revisionsgesellschaften eine auszuwählen, wogegen sie der Aufsichtsbehörde vorgeschlagen habe, die Firma Z._, welche die Sache bereits kenne, mit den Nachkalkulationen zu beauftragen. Die Firma Z._ befinde sich nicht unter den aufgeführten Revisionsgesellschaften.
6.2 Die Beschwerdegegnerin hat besagte Anweisung mit Anforderungen an die Fachkenntnisse und Kapazitäten begründet. Zwar bestehen keine Anhaltspunkte, dass die Firma Z._ nicht auch über die nötigen Fachkenntnisse und Kapazitäten verfügt; hingegen fällt ins Gewicht, dass sie in ihrem Gutachten vom 12. Januar 2006 und erneut im Schreiben vom 4. April 2006 entgegen dem erteilten Auftrag und trotz Insistierens seitens der Aufsichtsbehörde erklärt hat, sie erachte es nicht als ihre Aufgabe, die Höhe der Altersguthaben der aktiven oder ausgetretenen Destinatärinnen und Destinatäre zu ermitteln. Die Aufsichtsbehörde hatte mithin ausreichend Gründe, die Firma Z._ für die Auftragserteilung nicht vorzusehen; denn zur Anordnung aufsichtsrechtlicher Massnahmen gehört die Sicherstellung ihres korrekten Vollzugs. Die Beschwerdeführerin kann zudem im Rahmen der vier bezeichneten Revisionsgesellschaften, deren Qualifizierung sie nicht in Frage stellt, eine Auswahl treffen. Insofern räumt ihr die Behörde Ermessen ein, und der Eingriff ist milder, als wenn das Amt von vornherein eine bestimmte Prüferin vorgeschrieben hätte. Der Verhältnismässigkeitsgrundsatz ist auch in dieser Hinsicht gewahrt. Die Beschwerde ist unbegründet.
7. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Februar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin