Faits:
A.
C._, né en 1961, a créé en 1984 et exploité une entreprise en raison individuelle sous la raison de commerce «C._» dont le but était la serrurerie et les constructions métalliques. Les actifs de l'entreprise en raison individuelle ont été repris par la société A._ SA (ci-après : la société), inscrite au Registre du commerce de Genève en 1995. C._ en est l'administrateur unique. Le but de la société est l'exploitation d'une entreprise de serrurerie, de constructions métalliques ainsi que travaux s'y rapportant.
Dans sa déclaration fiscale 2004 du 13 juin 2005, la société a fait état d'un bénéfice net de l'exercice de 107'545 fr. et d'un capital propre imposable de 325'357 fr. Selon le compte de profits et pertes pour l'année 2004, le chiffre d'affaires s'est élevé à 4'436'039 fr. 85. Le total des produits a atteint 4'472'936 fr. 21. Les charges directes d'exploitation ont totalisé 3'352'487 fr. 85, donc 1'550'520 fr. à titre de « salaire, gratifications », et 164'602 fr. 25 pour « autres charges et frais de personnel, CPS ». Les autres charges d'exploitation se sont élevées à 948'211 fr. 79. Selon la comptabilité produite, les fonds propres s'élevaient à 475'356 fr. 56. Le formulaire « Renseignements complémentaires relatifs aux comptes » faisait état d'un salaire brut versé à l'administrateur de 1'025'000 fr. auquel s'est ajouté le versement de frais forfaitaires d'un montant de 36'000 fr.
Le 4 août 2006, répondant à une demande de renseignements de l'Administration fiscale du canton de Genève, la société a expliqué que C._ détenait 100% du capital-actions de la société, en était l'administrateur unique et en assumait seul la responsabilité. A ce titre, il déployait une activité de chef d'entreprise (PME) qui occupait une dizaine d'employés. Il avait un taux d'activité de 100 %, mais son horaire de travail excédait largement 40 heures par semaine. Il était présent avant et après les heures d'ouverture de la société et travaillait quasiment tous les samedis, voire le dimanche. Le chiffre d'affaires réalisé en 2004 représentait une augmentation de plus de 23 % de celui de l'année 2001.
Le 17 novembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a adressé à la société un bordereau de taxation définitif d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2004 d'un montant de 48'764 fr. 50, fondé sur un bénéfice imposable de 573'700 fr. et un capital propre imposable de 325'000 fr. Le 27 novembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a adressé à la société un bordereau pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2004 d'un montant de 136'089 fr. 45, calculé sur un bénéfice imposable de 573'747 fr. et un capital imposable de 325'357 fr. Le bénéfice imposable était augmenté d'une reprise sur salaire excessif de 466'202 fr. de C._ considérée comme prestation à l'actionnaire.
Le montant de la reprise était calculé comme suit :
Bénéfice net comptable 107545 + Salaires effectifs 1025000 - Salaires de base -230000 - Suppléments en fct du CA -41924 Sous-total 860621 Part du bénéfice imposable 2/3 537747 Salaires effectifs 1025000 - Rémunération maximum totale: Salaires de base 230000 - Supplément en fct CA 41924 Part du bénéfice suppl. 1/3 286874 -588798 Salaires excessifs 466202 Preuve Bénéfice net comptable 107545 + Salaires excessifs 466202 Bénéfice minimum 573747
Le 14 décembre 2006, la société a déposé une réclamation contre les bordereaux de taxation d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004.
Par décisions sur réclamation du 26 février 2007, l'Administration fiscale cantonale a maintenu les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004. Selon elle, la méthode valaisanne avait le mérite de fixer des éléments cohérents. Le salaire de base avait été déterminé par comparaison avec d'autres sociétés déployant le même type d'activité et de même taille et porté à 230'000 fr. afin de tenir compte du rôle de C._ dans la société. Celui-ci pouvait en outre procéder à des distributions de dividendes afin de se rémunérer en tant qu'actionnaire de la société.
B.
Dans sa déclaration fiscale 2005, la société a fait état d'un bénéfice net de l'exercice de 60'251 fr. et d'un capital propre imposable de 248'898 fr. Selon le compte de profits et pertes pour l'année 2005, le chiffre d'affaires avait été de 5'049'157 fr. 45. Les produits étaient de 5'089'730 fr. 94. Les charges directes d'exploitation totalisaient 3'907'110 fr. 80, dont 1'979'524 fr. 95 à titre de «salaire, gratifications», et 174'997 fr. 90 pour « autres charges et frais de personnel, CPS ». Les autres charges d'exploitation étaient de 1'085'776 fr. 26 et les fonds propres de 434'898 fr. 07. Le formulaire « Renseignements complémentaires relatifs aux comptes » faisait état d'un salaire brut versé à l'administrateur de 1'175'000 fr. et de frais forfaitaires de 36'000 fr.
Le 5 mars 2007, l'Administration fiscale cantonale a adressé à la société un bordereau de taxation définitif d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2005 d'un montant de 54'289 fr. 50, fondé sur un bénéfice net imposable de 638'700 fr. et un capital propre imposable de 284'000 fr. et un bordereau de taxation d'impôts cantonal et communal pour la période fiscale 2005 de 151'226 fr. 45, calculé sur un bénéfice imposable de 638'775 fr. et un capital imposable de 282'898 fr. Le bénéfice imposable était augmenté d'une reprise sur salaire excessif de 578'524 fr. de C._ considérée comme prestation à l'actionnaire.
Le montant de la reprise était calculé comme suit :
Bénéfice net comptable 52542 + Salaires effectifs 1175000 - Salaires de base -230000 - Suppléments en fct du CA -47442 Sous-total 957100 Part du bénéfice imposable 2/3 638066 Salaires effectifs 1175000 - Rémunération maximum totale: Salaires de base 230000 - Supplément en fct CA 47442 Part du bénéfice suppl. 1/3 319033 -596476 Salaires excessifs 578524 Preuve Bénéfice net comptable 59542 + Salaires excessifs 478524 Bénéfice minimum 638066
La société a déposé une réclamation contre les bordereaux de taxation d'impôts fédéral direct, cantonal et communal de la période fiscale 2005, en faisant valoir en substance les mêmes moyens qu'elle avait développés dans les réclamations du 14 décembre 2006.
Le 20 avril 2007, l'Administration fiscale cantonale a maintenu les taxations d'impôt fédéral direct, cantonal et communal 2005.
C.
Le 26 mars 2007, la société a interjeté recours contre les décisions du 26 février 2007 concernant les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts et de la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct, remplacées par la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après : la Commission), devenue depuis le 1er janvier 2011, le Tribunal administratif de première instance. Le 22 mai 2007, elle a également interjeté recours contre les décisions du 20 avril 2007 concernant les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2005 auprès de la Commission.
Le 22 décembre 2009, la société a changé sa raison sociale, qui est devenue B._ SA.
Par décision du 1er octobre 2010, la Commission a joint les recours et les a rejetés.
Le 15 mars 2010, la société a recouru auprès du Tribunal administratif devenu depuis le 1er janvier 2011 la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la Cour de justice), contre la décision de la Commission du 1er octobre 2010.
Le 20 décembre 2012, la raison sociale de la société est redevenue A._ SA.
D.
Par arrêt du 15 janvier 2013, la Cour de justice a partiellement admis le recours et fixé la reprise au titre de salaire excessif à 413'085 fr. pour les impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004 et à 523'858 fr. pour les impôts fédéral direct, cantonal et communal 2005. C'était à bon droit que la Commission avait appliqué la méthode valaisanne pour déterminer si une partie des rémunérations versées à l'actionnaire unique salarié constituait des distributions dissimulées de bénéfices devant être réintégrées dans le bénéfice imposable. En tenant compte de l'âge, du cahier des charges, de la position de cadre supérieur en charge de la définition de la stratégie de l'entreprise, de cinquante heures de travail par semaine en moyenne, la Commission avait respecté les critères destinés à utiliser le calculateur de salaire de base fondé sur les données statistiques de l'Observatoire genevois du marché du travail (ci-après : OGMT). Parmi les trois salaires mensuels bruts donnés par le calculateur (inférieur, médian et supérieur), la Commission avait retenu à tort le salaire médian de la fourchette, perçu par 50 % des salariés au vu du cahier des charges, des fonctions et du rôle essentiel d'apporteur d'affaires de C._. C'était le salaire supérieur, touché par 25 % des salariés, qui aurait dû être pris en compte ainsi que 65 heures hebdomadaires de travail, soit un salaire annuel de 309'676 fr. (238'212 x 1.3) pour l'année 2004 et de 312'000 fr. (240'000 x 1,3) pour l'année 2005. Les reprises s'élevaient ainsi à 413'085 fr. pour 2004 et à 523'858 fr. pour 2005.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public le 28 février 2013, l'Administration fiscale du canton de Genève demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 15 janvier 2013 en tant qu'il retient un salaire de base supérieur et une durée hebdomadaire de travail de 65 heures et de renvoyer la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint de la violation du droit fédéral.
F.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'intimée conclut à l'irrecevabilité du recours pour cause de tardiveté, subsidiairement à son rejet. Selon elle, l'arrêt attaqué a été notifié le 28 janvier 2013. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours.
Par ordonnance du 16 mai 2013, la Chancellerie de la IIe Cour de droit public a imparti à l'Administration fiscale cantonale un délai au 27 mai 2013 pour déposer d'éventuelles observations sur les prises de position des parties à la procédure. Par courrier du 30 mai 2013, l'Administration cantonale a déposé des observations et produit la preuve que la décision attaquée lui avait été notifiée le 29 janvier 2013.
Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 I 43 consid. 1 p. 43).
1.1. D'après l'art. 100 al. 1 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1.2. L'intimée soutient que le recours est tardif parce que la décision attaquée aurait été notifiée le 28 janvier 2013. Dans un courrier déposé hors délai imparti par le juge, la recourante a produit la preuve qu'elle avait reçu la décision attaquée le 29 janvier 2013. Comme le respect du délai de recours doit faire l'objet d'un examen d'office par le Tribunal fédéral, le dépôt tardif du courrier auquel était annexée la preuve de la date de notification ne conduit pas à rejeter l'offre de preuve ni à déclarer irrecevable le recours par voie de conséquence. Une irrecevabilité en pareille hypothèse serait d'ailleurs contraire à l'interdiction du formalisme excessif, à tout le moins en l'absence d'avertissement approprié sur les conséquences de l'inobservation du délai (cf. sur ce point arrêt 2C_45/2013 consid. 4.1 et les références citées). Il s'ensuit que le recours, qui a été posté le 28 février 2013, l'a été dans le délai légal.
1.3. L'arrêt attaqué concerne le calcul du bénéfice imposable au titre de l'impôt cantonal et communal et de l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2004 et 2005. Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte (art. 82 let. a LTF). L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. L'art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) ouvre aussi cette voie de droit du moment que l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice est une matière harmonisée réglée par les art. 24 ss LHID (cf. ATF 134 II 186).
1.4. La Cour de justice a rendu une seule décision valant pour l'impôt cantonal et communal et pour l'impôt fédéral direct, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.) et qu'elle a rendu un dispositif distinguant les deux domaines. Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport aux cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal et communal (2C_209/2013), l'autre l'impôt fédéral direct (2C_210/2013). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
1.5. Déposé en temps utile (cf. consid. 1.1 ci-dessus) par l'Administration cantonale des impôts, qui a qualité pour recourir en matière d'impôt fédéral direct aussi bien qu'en droit fiscal cantonal (art. 89 al. 2 let. d LTF ainsi que 146 LIFD et 73 al. 2 LHID), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
1.6. L'autorité qui a qualité pour recourir peut, dans le cadre de ses compétences, invoquer toute violation d'un droit susceptible d'être alléguée par la voie du recours en matière de droit public, y compris la violation de droits découlant de la Constitution fédérale, en particulier l'interdiction de l'arbitraire (ATF 134 II 124 consid. 3 p. 131 ss).
2.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 2 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450). Si la partie recourante entend s'en prendre aux faits ressortant de l'arrêt attaqué, elle doit établir de manière précise la réalisation des conditions de l'art. 97 al. 1 LTF. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou l'appréciation des preuves (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
I. Impôt fédéral direct
3.
Selon la recourante, en retenant le quartile supérieur ressortant des statistiques de l'Observatoire genevois du marché du travail (ci-après: OGMT) et 65 heures hebdomadaires de travail effectuées par l'actionnaire-directeur de la société intimée pour établir le salaire de l'actionnaire-directeur, l'instance précédente a violé l'art. 58 al. 1 let. b LIFD.
3.1. L'art. 57 LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par ledit usage (art. 58 al. 1 let. b in fine LIFD).
Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - qui devra être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société, lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607); il faut encore que le caractère disproportionné de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêts 2C_265/2009 du 1er septembre 2009 consid. 2.1, RF 64/2009 p. 915; 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2).
Selon la jurisprudence, le versement d'un salaire disproportionné accordé à un actionnaire-directeur constitue une situation classique de distribution dissimulée de bénéfice. Certes, l'employeur dispose d'une liberté d'appréciation étendue dans la fixation du salaire de son personnel. Pour déterminer si, malgré cette liberté, l'on a affaire à une rémunération excessive constituant une distribution dissimulée de bénéfice, il convient de prendre en compte l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, étant précisé qu'il n'appartient pas à l'administration fis-cale de substituer sa propre appréciation en matière de salaire à celle de la société. Parmi les critères pertinents, on peut notamment citer la rémunération des personnes de rang et de fonction identiques ou similaires, les salaires versés par d'autres entreprises opérant dans le même domaine, la taille de l'entreprise et sa situation financière, ainsi que la position du salarié dans l'entreprise, sa formation et son expérience (arrêts 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 et les références citées).
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, il est possible de se fonder sur des statistiques pour déterminer un salaire de base moyen, lorsque les données servant de base à la détermination de la rémunération des cadres dans une société font défaut ou sont inexploitables. Cette méthode induit un certain schématisme qui a l'avantage d'assurer l'égalité de traitement entre les personnes travaillant dans la même branche. Ce schématisme doit toutefois rester dans certaines limites et ne pas tomber dans l'arbitraire (arrêt 2C_188/2008 du 19 août 2008 consid. 5.2).
3.2. En l'espèce, l'instance précédente a correctement exposé le droit applicable. Elle a ensuite confirmé l'utilisation, par la recourante, de la formule schématique dite valaisanne destinée à établir, en l'absence de points de comparaison pertinents, le salaire de l'actionnaire-directeur dont la déduction est admise par le droit fiscal dans le chapitre de la société. Elle a en revanche retenu que le cahier des charges, les fonctions ainsi que le rôle d'apporteur d'affaires de l'actionnaire-directeur justifiaient de prendre en compte un salaire résultant du quartile supérieur et non pas médian. Elle a également retenu que ce dernier effectuait 65 heures hebdomadaires et non pas 50 comme le soutenait la recourante.
3.3. Contrairement à ce que pense la recourante, qui se plaint uniquement de la violation de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, la détermination du salaire de référence, le choix des critères à introduire dans le calculateur de salaire en ligne de l'OGMT ainsi que le nombre d'heures de travail hebdomadaires de l'actionnaire-directeur de la société intimée sont des questions de fait. En outre, lorsqu'elles servent, comme en l'espèce, uniquement à compléter un état de fait, les données d'expériences (" Erfahrungszahlen ") telles que les résultats statistiques d'enquête sont des éléments de l'état de fait fiscal (cf. arrêt 2P.3/2002 du 3 avril 2002 consid. 2c; M. ZWEIFEL, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Schulthess, Zurich 1989, p. 107 s.; M. PLÜSS, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 2e éd., M. Klöti-Weber/D. Siegrist/D. Weber éd., Muri-Berne 2004, vol. 2, n° 31 ad § 191; M. ZWEIFEL/H. CASANOVA, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2008, n°5 ss ad § 19; RICHNER/FREI/ KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd., 2009, n° 48 ad art. 131 LIFD). Par conséquent, sous couvert de violation de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, la recourante se plaint en réalité de l'établissement des faits. De tels griefs sont recevables si les conditions de l'art. 97 al. 1 LTF sont réunies, ce que la recourante doit démontrer conformément aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. consid. 2 ci-dessus).
Le mémoire de recours n'invoque aucun droit constitutionnel ni n'expose en quoi de tels droits auraient le cas échéant été violés par l'Instance précédente dans l'établissement des faits. Ne répondant pas aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF, le grief est par conséquent irrecevable.
3.4. Pour le surplus, l'Instance précédente a correctement appliqué le droit fédéral. En tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct, le recours est par conséquent rejeté dans la mesure où il est recevable.
II. Impôts cantonal et communal
4.
L'art. 12 let. a et h de la loi du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RSGE D3 15) qui prévoit que le bénéfice net tel qu'il résulte du compte de profits et pertes et les allocations volontaires à des tiers et les prestations de toute nature fournies gratuitement à des tiers ou à des actionnaires de la société sont considérés comme bénéfice net imposable pose le même principe que l'art. 58 LIFD et l'art. 24 al. 1 LHID en matière de distribution dissimulée de bénéfice (arrêt 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 4 et les références citées), de sorte qu'il peut être renvoyé à la motivation exposée en matière d'impôt fédéral direct.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
Les frais judiciaires doivent être mis à la charge du canton de Genève, qui succombe et qui défend un intérêt patrimonial (art. 66 al. 1 et 4 in fine LTF; cf. ATF 136 I 39 consid. 8.1.3 p. 40 s.). Ce dernier versera en outre des dépens à la recourante, qui a gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2C_209/2013 et 2C_210/2013 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la République et canton de Genève.
5.
Le canton de Genève versera à A._ SA une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
6.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au mandataire de la société intimée, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 16 janvier 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey