Faits:
A. A.a Les époux X._, étaient copropriétaires chacun pour moitié de l'immeuble n° 1172 de la commune de Y._.
Le 19 juin 2008, les époux X._ ont grevé leur parcelle d'une cédule hypothécaire au porteur de 5'040'000 fr. Le 14 octobre 2008, cette cédule a été remise à titre de sûreté à la Banque C._ afin de garantir un prêt.
A.b Le 29 janvier 2009, les époux X._ ont octroyé un droit d'emption sur leur immeuble à D._ SA, dont l'échéance était fixée au 15 mars 2009. Ce droit a été cédé à A._ SA, par contrat du 18 février 2009, et l'échéance a été repoussée au 30 avril 2009. La nouvelle inscription a été opérée au Registre foncier le 3 mars 2009.
B. B.a Le 14 avril 2009, la société B._ Limited a obtenu du Tribunal de première instance de Genève une ordonnance de séquestre contre X._ portant sur l'immeuble précité.
B.b L'office des poursuites de Genève a immédiatement exécuté cette ordonnance en expédiant un avis de séquestre au Registre foncier le 15 avril 2009, lequel a porté sans délai cette réquisition au journal.
Par avis du 20 avril 2009, le conservateur du Registre foncier a rejeté provisoirement la réquisition d'inscription de séquestre, pour le motif que la mesure visait l'entier de l'immeuble alors que X._ n'était propriétaire que de la moitié de ce bien-fonds, l'autre moitié appartenant à son épouse.
C. C.a Le 22 avril 2009, A._ SA a exercé son droit d'emption sur l'immeuble en cause au prix de 6'900'000 fr. Son inscription en tant que propriétaire du bien a été portée au journal le jour même. Dans le cadre de l'exercice de ce droit d'emption, A._ SA s'est vu céder gratuitement la cédule hypothécaire au porteur, après son remboursement à la Banque C._. Selon A._ SA, ce paiement était de 6'555'000 fr.
C.b Par nouvel avis du 11 mai 2009, annulant et remplaçant celui du 20 avril 2009, le Registre foncier du canton de Genève a rejeté la réquisition d'inscription du séquestre en application des art. 965 CC, 272 al. 1 ch. 3 et 101 LP ainsi que 10 de l'Ordonnance du Tribunal fédéral du 23 avril 1920 sur la réalisation forcée des immeubles (RS 281.42; ORFI). Il a retenu à nouveau que le séquestre portait sur l'entier de l'immeuble alors que celui-ci appartenait aux époux X._ chacun pour moitié; l'avis de rejet indique également que l'immeuble a été transféré au bénéficiaire du droit d'emption le 22 avril 2009.
C.c Statuant sur recours de B._ Limited, par décision du 9 novembre 2009, l'Autorité de surveillance du registre foncier du canton de Genève a préalablement admis l'intervention de A._ SA; au fond, elle a annulé la décision attaquée et retourné le dossier au conservateur du Registre foncier pour qu'il exécute l'ordonnance de séquestre du 14 avril 2009. En substance, elle a considéré que le conservateur n'avait pas à vérifier si le titulaire du droit immatriculé au Registre foncier était le poursuivi ou un tiers, car il appartient aux autorités de poursuite de décider si un immeuble inscrit au nom d'un autre que le poursuivi peut être séquestré et d'introduire la procédure de revendication et, dans le cadre de cette procédure, au juge de décider si le droit séquestré est ou non soustrait à l'exécution forcée; le conservateur n'était ainsi pas compétent pour refuser d'annoter le séquestre de l'entier du bien immobilier litigieux pour le motif que les conditions matérielles du droit à l'inscription n'étaient pas remplies, étant précisé que l'ordonnance de séquestre indiquait clairement qu'il portait sur l'ensemble de l'immeuble litigieux.
D. A._ SA interjette le 14 décembre 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa réforme en ce sens qu'il soit dit et constaté que le recours formé par B._ Limited est dénué d'objet, subsidiairement, que cette société n'avait aucun intérêt à recourir, "plus subsidiairement", à ce que B._ Limited soit déboutée de toutes ses conclusions; "plus subsidiairement encore", la recourante conclut au renvoi de la cause à l'Autorité cantonale de surveillance pour qu'elle détermine le montant à consigner sur lequel portera le séquestre. Elle se plaint d'une violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire et de l'art. 24 al. 4 de l'Ordonnance du 22 février 1910 sur le registre foncier (RS 211.432.1; ORF), de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et de l'art. 96 al. 2 LP, de l'art. 965 al. 3 CC et du principe de la légalité de l'activité administrative, ainsi que d'une violation du droit d'être entendu et d'un déni de justice (art. 29 al. 1 et 2 Cst.).
L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 Le recours est dirigé contre une décision de l'Autorité de surveillance du registre foncier du canton de Genève, compétente en vertu de l'art. 103 ORF pour statuer sur un recours en cas de rejet d'une inscription (art. 24 ORF). Il s'agit d'une décision prise dans une matière connexe au droit civil, à savoir sur la tenue du registre foncier (art. 72 al. 2 let. b ch. 2 LTF). Partant, la voie du recours en matière civile est en principe ouverte.
1.1 Le recours est dirigé contre une décision de l'Autorité de surveillance du registre foncier du canton de Genève, compétente en vertu de l'art. 103 ORF pour statuer sur un recours en cas de rejet d'une inscription (art. 24 ORF). Il s'agit d'une décision prise dans une matière connexe au droit civil, à savoir sur la tenue du registre foncier (art. 72 al. 2 let. b ch. 2 LTF). Partant, la voie du recours en matière civile est en principe ouverte.
1.2 1.2.1 Alors que sous l'empire de l'aOJ, la recevabilité du recours de droit administratif - qui constituait la voie de droit contre la décision prise par l'autorité de surveillance en application de l'art. 103 ORF - était subordonnée à l'existence d'un intérêt digne de protection à ce que la décision attaquée soit annulée ou modifiée, l'art. 76 al. 1 let. b LTF subordonne la recevabilité du recours en matière civile, désormais ouvert, à l'existence d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée.
Il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsqu'ils ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251 et 400 consid. 2 p. 404), de telle sorte que le Tribunal fédéral puisse déterminer en quoi la décision attaquée porte une atteinte à ses intérêts juridiques (cf. à propos de l'art. 88 OJ: ATF 120 Ia 227 consid. 1 p. 229; 115 Ib 505 consid. 2 in fine p. 508).
1.2.2 La recourante affirme que, en sa qualité de propriétaire de l'immeuble sur lequel l'autorité cantonale a ordonné l'inscription du séquestre requis par l'intimée, elle a un "intérêt juridique certain à ce que la décision de l'autorité cantonale soit annulée".
1.2.3 En principe, a qualité pour recourir contre la décision de rejet du conservateur du Registre foncier le propriétaire de l'immeuble dont la réquisition est rejetée. Lorsque le juge ou, comme en l'espèce, l'office des poursuites chargé de l'exécution du séquestre (art. 275 LP) communique l'ordonnance de séquestre au Registre foncier en vue de l'annotation du séquestre (art. 960 al. 1 ch. 2 CC, applicable au séquestre; cf. art. 101 al. 1 et 275 LP), la personne ayant qualité pour recourir contre le rejet du conservateur est le bénéficiaire de l'ordonnance de séquestre (DESCHENAUX, Le registre foncier, TDPS vol. V, tome II, 2, 1983, p. 468). Le titulaire du droit d'emption annoté, qui, ayant exercé son droit, est inscrit au registre foncier en qualité de propriétaire postérieurement à l'annotation d'un séquestre, n'a pas qualité pour recourir dès lors que le litige relatif au séquestre (art. 278 LP et 17 ss LP), comme celui concernant l'annotation de celui-ci (art. 960 al. 1 ch. 2 CC et 103 ORF), opposent le créancier poursuivant et celui qui était propriétaire au moment de l'annotation du séquestre au journal. D'une part, l'existence d'un droit d'emption annoté n'empêche pas le séquestre (ou la saisie) de l'immeuble du propriétaire (ATF 128 III 124 consid. 2a p. 127). D'autre part, l'annotation du séquestre n'a que l'effet d'une restriction du droit d'aliéner et ne fait pas obstacle au transfert de propriété consécutif à l'exercice du droit d'emption annoté (ATF 128 III 124 consid. 2b/aa p. 128; 114 III 18 consid. 3 p. 19; 102 III 20 consid. 1 p. 22). Quand ensuite de l'exercice du droit d'emption annoté par le titulaire, l'immeuble échappe au séquestre (art. 959 al. 2 CC), celui-ci ne peut plus porter que sur la créance du propriétaire en paiement du prix de vente; le titulaire du droit d'emption annoté, qui a connaissance du séquestre par la restriction du droit d'aliéner annotée au registre foncier, est responsable de ce que le prix de vente revienne au créancier, respectivement à l'office des poursuites, sous déduction des dettes hypothécaires antérieures au séquestre (à propos de la saisie, cf. ATF 102 II 20 consid. 2 p. 24). L'empteur peut obtenir la radiation de la restriction du droit d'aliéner fondée sur le séquestre en versant à l'office des poursuites la part du prix de vente qui n'a pas été éteinte par la reprise des dettes hypothécaires existant avant le séquestre (ATF 128 III 124 consid. 3 p. 128).
Ainsi donc, si l'annotation du séquestre est antérieure à l'inscription du transfert de propriété à l'empteur, celui-ci n'a pas qualité pour recourir. Tel est le cas en l'espèce. La réquisition d'annotation du séquestre a été portée au journal par le conservateur du Registre foncier le 15 avril 2009, à savoir avant la réquisition d'inscription du transfert de propriété faisant suite à l'exercice du droit d'emption datée du 22 avril 2009. C'est cette date du 15 avril 2009 qui est décisive pour la détermination des parties au litige relatif à l'annotation du séquestre. Celle-ci prend la date de l'inscription au journal (art. 972 al. 2 CC). Contrairement à ce que soutient la recourante, durant toute la procédure de recours auprès de l'autorité de surveillance, le feuillet de l'immeuble n'est pas libre: d'une part, l'inscription du séquestre au journal subsiste, quel que soit le sort dévolu à la réquisition, c'est-à-dire qu'elle soit admise ou rejetée (DESCHENAUX, op. cit., p. 434); d'autre part, la décision de rejet du conservateur ne devient définitive que lorsque le délai de recours à l'autorité de surveillance s'est écoulé sans avoir été utilisé (art. 24 al. 3 ORF) et, s'il y a recours, que lorsque la procédure de recours est définitivement close, une mention au feuillet de l'immeuble étant inscrite pour la durée de la procédure (art. 24 al. 4 ORF).
Par conséquent, le recours doit être déclaré irrecevable. Il n'y a dès lors pas lieu d'examiner les griefs de fond soulevés par la recourante, ni de renvoyer la cause à l'autorité de surveillance pour fixation du montant à consigner sur lequel portera le séquestre, cet objet ne relevant pas de la compétence de l'Autorité de surveillance du registre foncier.
2. Vu ce qui précède, le recours est irrecevable. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Autorité de surveillance du registre foncier du canton de Genève, à l'Office des poursuites et des faillites du canton de Genève et à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 13 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet