Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Mit Urteil vom 2. Juli 2008 trat das Bundesgericht auf eine Beschwerde des Gesuchstellers nicht ein, weil er den Kostenvorschuss nicht bezahlt hatte (6B_301/2008).
Ein dagegen gerichtetes Revisionsgesuch wies das Bundesgericht am 7. Oktober 2008 ab. Zur Begründung führte es aus, dass der Gesuchsteller der Bundesgerichtskasse am 18. Juni 2008 Fr. 2'000.-- eingezahlt habe. Er habe dazu aber nicht einen Einzahlungsschein benutzt, den er zur Bezahlung des Kostenvorschusses im Verfahren 6B_301/ 2008 erhalten habe, sondern einen, der das Verfahren 5A_297/2008 betreffe, und in welchem Verfahren er die Gerichtskosten von Fr. 300.-- noch nicht bezahlt habe. Das eingezahlte Geld sei daher zu Recht primär zur Tilgung der im Verfahren 5A_297/2008 noch ausstehenden Schuld von Fr. 300.-- verwendet worden. Selbst wenn man den im falschen Verfahren einbezahlten Restbetrag von Fr. 1'700.-- berücksichtigen wollte, hätte der Gesuchsteller den für das Verfahren 6B_301/2008 verlangten Kostenvorschuss von Fr. 2'000.-- nicht in seiner vollen Höhe einbezahlt. Der Gesuchsteller habe das entstandene Durcheinander mindestens fahrlässig selber verursacht. Davon, dass dem Bundesgericht ein Versehen im Sinne von Art. 121 lit. d BGG unterlaufen wäre, könne daher keine Rede sein (6F_13/2008).
Gegen diesen Entscheid richtet sich das neue Revisionsgesuch.
2. Was der Gesuchsteller vorbringt, erschöpft sich im Wesentlichen in rein appellatorischer Urteilskritik und ist schon von daher nicht geeignet, den angefochtenen Entscheid in Revision zu ziehen. Soweit er geltend macht, das Bundesgericht habe irrtümlich übersehen, dass die beschwerdeführende Person im Verfahren 5A_297/2008 die Firma Y._ gewesen sei, im Verfahren 6B_301/2008 aber er selber, ist darauf hinzuweisen, dass das Bundesgericht diese Tatsache nicht übersehen, sondern sie als nicht entscheiderheblich eingestuft hat, da es der Gesuchsteller persönlich war, der im Verfahren 5A_297/2008 im Namen der Firma Y._ aufgetreten war. Im Übrigen ist vorliegend ohnehin ausschlaggebend, dass der Gesuchsteller einen Einzahlungsschein benutzte, welcher für das Verfahren 5A_297/2008 ausgestellt worden ist. Insoweit hat er das entstandene Durcheinander, wie bereits aus dem angefochtenen Entscheid hervorgeht, mindestens fahrlässig selber verursacht und mithin auch zu verantworten. Sein Vorbringen, das Bundesgericht habe eine "eingegangene Zahlung zugunsten des Falles" zu verwenden, "in welchem dem Zahler der grösste Nachteil entstehe", ist denn auch abwegig.
3. Nach dem Gesagten ist das Revisionsgesuch abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Ausgangsgemäss trägt der Gesuchsteller die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
4. Das Bundesgericht behält sich vor, weitere Eingaben in dieser Angelegenheit, insbesondere auch Revisionsgesuche, in Zukunft ohne förmliche Erledigung zu den Akten zu legen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsgesuch wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Gesuchsteller auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Dezember 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill