Faits:
A. Le 31 octobre 2008, le Département genevois des constructions et des technologies de l'information (DCTI) a accordé à A._ une autorisation préalable portant sur un immeuble de neuf étages sur rez plus attique et garage souterrain sur la parcelle n° 3956 de la commune du Petit-Saconnex, en 5ème zone de développement 3. Le bâtiment doit venir prolonger un immeuble de même hauteur réalisé en application d'un plan de quartier. L'autorisation préalable porte sur l'implantation, la destination, le gabarit, le volume et la dévestiture du bâtiment. Le 27 août 2008, le Conseil d'Etat avait autorisé l'application des normes de la 3ème zone.
La République fédérale d'Allemagne, propriétaire des parcelles voisines sur lesquelles se trouvent trois villas affectées à un usage diplomatique, a recouru contre ces deux décisions auprès de la Commission cantonale de recours, en faisant valoir notamment que le projet devait préalablement faire l'objet d'un plan localisé de quartier (PLQ).
B. Par décision du 26 mars 2010, la commission a déclaré irrecevable le recours formé contre la décision du 27 août 2008, les décisions prises par le Conseil d'Etat en application de la loi générale sur les zones de développement (LGZD) ne pouvant lui être déférées. Elle a en revanche annulé l'autorisation de construire. Une dérogation à l'établissement préalable d'un PLQ n'était possible que dans les quartiers de développement déjà fortement urbanisés (art. 2 al. 2 let. c LGZD). En l'espèce, l'ensemble du périmètre comprenait trois sous-périmètres de densification dont l'un ne faisait pas l'objet d'un PLQ; les deux autres, couverts par plusieurs PLQ, n'étaient réalisés qu'en partie voire pas du tout, de sorte que l'on ne pouvait considérer le développement de la zone comme suffisamment avancé pour permettre une dispense de PLQ.
C. Par arrêt du 21 septembre 2010, le Tribunal administratif genevois a rejeté le recours formé par la République fédérale d'Allemagne, considérant que les griefs dirigés contre l'arrêté d'application de la LGZD devaient être soulevés à l'occasion d'un recours contre l'autorisation de construire. Il a en revanche admis partiellement le recours formé par A._. Le but de l'art. 2 al. 2 let. c LGZD était d'éviter une longue procédure d'adoption d'un PLQ pour quelques parcelles seulement, dont les environs immédiats ont déjà été développés selon les critères applicables aux zones de développement. Tel était le cas en l'occurrence, le périmètre comptant deux barres d'immeubles édifiées sur la rue Moillebeau et sept bâtiments édifiés entre ces deux barres, conformément à plusieurs PLQ. La commission n'ayant examiné aucun des griefs soulevés à l'égard de l'autorisation préalable, la cause lui a été renvoyée pour nouvelle décision.
D. Par acte du 29 octobre 2010, la République fédérale d'Allemagne forme un recours en matière de droit public par lequel elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif, de l'arrêté du Conseil d'Etat du 27 août 2008 et de l'autorisation de construire du 31 octobre 2008.
Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DCTI conclut à l'irrecevabilité ou au rejet du recours. A._ conclut également à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. L'Etat recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal administratif. En tant que propriétaire s'opposant à une construction voisine, il a qualité pour agir.
1.1 Le recours en matière de droit public au Tribunal fédéral est recevable contre les décisions finales (art. 90 LTF) ou partielles (art. 91 LTF). Il est également recevable contre certaines décisions préjudicielles et incidentes, comme celles qui concernent la compétence et les demandes de récusation (art. 92 LTF). Quant aux autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément, elles peuvent faire l'objet d'un recours si elles sont susceptibles de causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
1.2 Les conclusions de la recourante sont irrecevables en tant qu'elles sont dirigées, sur le fond, contre l'arrêté du Conseil d'Etat du 27 août 2008. En effet, tant la commission que le Tribunal administratif ont refusé d'entrer en matière à ce stade, la question pouvant être examinée dans le cadre d'un recours contre l'autorisation de construire. La recourante critique cette appréciation en invoquant son droit d'accès au juge, perdant toutefois de vue que le refus d'entrer en matière n'est pas définitif.
1.3 L'arrêt attaqué ne porte pas sur un permis de construire définitif mais sur une autorisation préalable concernant l'implantation, la destination, le gabarit, le volume et la dévestiture du bâtiment. Point n'est toutefois besoin d'examiner si le recours devrait être déclaré irrecevable en raison de la nature de cette décision (cf. arrêt 1C_86/2008 du 10 juillet 2008), car l'arrêt attaqué revêt plus clairement encore le caractère d'une décision incidente contre laquelle un recours immédiat n'est pas ouvert.
1.4 Le Tribunal administratif s'est exclusivement prononcé sur l'obligation d'adopter un PLQ au regard de l'art. 2 al. 2 let. c LGZD. Ayant nié l'existence d'une telle obligation, il a renvoyé la cause à la commission afin que cette dernière examine les autres griefs soulevés par la recourante à l'encontre de l'autorisation préalable. L'arrêt attaqué ne met donc pas fin à la procédure d'autorisation de construire introduite par l'intimé et s'analyse comme une décision de renvoi (ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 127, 186 consid. 1.2 p. 188; 133 II 409 consid. 1.2 p. 412; 133 V 477 consid. 4.2 p. 481). De telles décisions revêtent en règle générale un caractère incident et, sous réserve de celles qui tombent dans le champ d'application des art. 92 et 93 LTF, ne sont pas susceptibles d'être attaquées immédiatement alors même qu'elles tranchent de manière définitive certains aspects de la contestation lorsque, comme en l'espèce, ceux-ci ne peuvent être considérés comme indépendants des points encore litigieux au sens de l'art. 91 let. a LTF (ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 127, 137 consid. 1.3.2 p. 140; 133 V 477 consid. 4.2 et 4.3 p. 482). Par ailleurs, la commission de recours, appelée à statuer à nouveau, conserve une pleine latitude de jugement quant au sort des griefs invoqués par la recourante à l'appui de ses conclusions en annulation de l'autorisation de construire (cf. ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 127; 133 V 477 consid. 5.2.2 p. 483).
1.5 La cour de céans ne pourrait donc entrer en matière sur le recours que si les conditions alternatives de l'art. 93 al. 1 let. a et b LTF étaient réalisées, s'agissant d'une décision qui n'entre pas dans le champ d'application de l'art. 92 LTF.
1.5.1 La recourante ne démontre pas, comme il lui appartenait de faire (ATF 134 II 137 consid. 1.3.3 p. 141), que les conditions posées pour retenir la présence d'un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF seraient réunies. Le seul allongement de la durée de la procédure n'est d'ailleurs en principe pas considéré comme tel (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36).
1.5.2 Le recours au Tribunal fédéral est également ouvert contre les décisions préjudicielles ou incidentes si son admission peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF). La première des deux conditions cumulatives posées par cette disposition est réalisée si le Tribunal fédéral peut mettre fin une fois pour toutes à la procédure en jugeant différemment la question tranchée dans la décision préjudicielle ou incidente (cf. ATF 132 III 785 consid. 4.1 p. 791 et les arrêts cités). Tel pourrait être le cas si le Tribunal fédéral partageait l'opinion exprimée par la commission et annulait ainsi l'autorisation de construire. Toutefois, il apparaît que la seconde condition n'est manifestement pas réalisée: la recourante, qui s'oppose à l'autorisation délivrée à l'intimé, n'est pas exposée à une longue procédure (celle-ci est simplement renvoyée à l'instance inférieure à qui il appartiendra de statuer à nouveau), et elle n'encourt pas, dans sa position, de frais particulièrement élevés.
Aucune des conditions auxquelles une décision préjudicielle ou incidente peut faire l'objet d'un recours en vertu de l'art. 93 al. 1 LTF n'est réalisée. L'arrêt attaqué ne peut donc pas faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral, mais il pourra être contesté, le cas échéant, en même temps que la décision finale (art. 93 al. 3 LTF).
2. Le recours doit par conséquent être déclaré irrecevable, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Les intimés, qui obtiennent gain de cause, ont droit à l'allocation de dépens, à la charge de la recourante (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée à l'intimé A._, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève, Office des autorisations de construire, et au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section.
Lausanne, le 27 janvier 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Fonjallaz Kurz