Fatti:
A. Statuendo su opposizione al decreto d'accusa emanato il 22 agosto 2005 dal Procuratore pubblico, con sentenza del 13 gennaio 2006, il Presidente della Pretura penale riconosceva A._ autore colpevole di ripetuta contravvenzione alla legge federale sul trasporto pubblico per avere, sapendo che le prestazioni erano concesse unicamente a pagamento, fraudolentemente ottenuto ai danni delle Ferrovie Federali Svizzere (FFS) il 23 marzo 2005 e il 15 aprile 2005 ripetute prestazioni di trasporto della propria bicicletta, non smontata e sprovvista dell'apposito imballaggio come invece prescritto dalle disposizioni tariffarie dell'azienda di trasporto, sul tratto Locarno-Bellinzona. A._ veniva quindi condannato a una multa di fr. 100.--, al pagamento della tassa di giustizia e delle spese giudiziarie, nonché al versamento alla parte civile FFS dell'importo di fr. 250.-- a titolo di risarcimento.
B. Adita su ricorso di A._, il 12 dicembre 2007, la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP) confermava il giudizio del Presidente della Pretura penale. Per la CCRP, il processo si era svolto nel rispetto delle procedure vigenti circa l'acquisizione agli atti delle tariffe prodotte dalle FFS prima del dibattimento. In merito alle censure sollevate dal ricorrente nei confronti della validità delle disposizioni invocate per giustificare la sua condanna, la corte cantonale riteneva che il diritto in materia di regolamentazione del trasporto pubblico fosse stato interpretato e applicato correttamente. Essa escludeva poi un errore di diritto, atteso che A._ era perfettamente consapevole che le biciclette non smontate e non trasportate con gli appositi sacchi sono soggette al pagamento del biglietto.
C. Contro la sentenza della Corte di cassazione e di revisione penale, A._ insorge al Tribunale federale con ricorso in materia penale. Fa valere la violazione del diritto di essere sentito; non reitera per contro le censure di anticostituzionalità delle disposizioni d'applicazione della LTP addotte davanti all'autorità cantonale. Postula l'annullamento della decisione dell'ultima istanza cantonale e il rinvio della causa all'istanza inferiore per nuova decisione, subordinatamente il suo proscioglimento. Formula altresì istanza di assistenza giudiziaria e gratuito patrocinio.
D. Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Presentato dall'imputato, le cui conclusioni sono state disattese (art. 81 cpv. 1 LTF), e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF) resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), il ricorso è di massima ammissibile, poiché interposto nei termini legali (art. 100 cpv. 1 LTF) e nelle forme richieste (art. 42 LTF).
1.2 Il ricorso al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il ricorrente deve motivare il suo gravame (art. 42 cpv. 1 LTF) spiegando in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto (art. 42 cpv. 2 LTF). Le censure di violazione dei diritti costituzionali, del diritto cantonale e del diritto intercantonale sottostanno a severe esigenze di motivazione. A norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF, il Tribunale federale esamina infatti queste censure soltanto ove il ricorrente le abbia sollevate e motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (DTF 133 IV 286 consid. 1.4).
2. L'insorgente lamenta anzitutto la violazione del diritto di essere sentito a causa della mancata disamina da parte della CCRP di tutte le censure formulate nel suo ricorso proposto dinanzi ad essa.
2.1 Dal diritto di essere sentito, garantito dall'art. 29 cpv. 2 Cost., la giurisprudenza ha dedotto, tra l'altro, il diritto dell'interessato di ottenere una decisione motivata. Questa norma non pone esigenze troppo severe all'obbligo di motivazione: l'autorità giudicante è tenuta a esprimersi unicamente sulle circostanze significative, atte a influire in qualche maniera sul giudizio di merito, e non su ogni asserzione delle parti. La garanzia ha essenzialmente lo scopo di permettere, da un lato, agli interessati di afferrare le ragioni che stanno alla base della decisione e di impugnarla con cognizione di causa e, dall'altro, all'autorità di ricorso di esaminare la fondatezza della decisione medesima (DTF 134 I 83 consid. 4.1 e rinvii). Una motivazione può essere ritenuta sufficiente quando l'autorità menziona, almeno brevemente, i motivi che l'hanno indotta a decidere in un senso piuttosto che nell'altro e pone quindi l'interessato nella condizione di rendersi conto della portata del giudizio e delle eventuali possibilità di impugnazione (DTF 129 I 232 consid. 3.2).
2.2 L'insorgente sostiene che la CCRP, in urto al suo obbligo di motivazione, non ha evaso le censure attinenti la violazione della Costituzione federale da lui sollevate nei confronti della Tariffa 600 delle FFS e dell'art. 6 dell'ordinanza del 5 novembre 1986 sul trasporto pubblico (OTP; RS 742.401). A suo dire, le tariffe emanate dalle FFS richiamate dall'art. 6 cpv. 1 lett. b OTP - per cui sono esclusi come bagagli a mano le cose che non soddisfano le disposizioni tariffali su le dimensioni, la massa e il condizionamento dei bagagli - non gli sarebbero opponibili e quindi non potrebbero costituire base legale per la repressione penale del comportamento contestatogli perché esuberanti il quadro della delega legislativa fissata nella legge federale del 4 ottobre 1985 sul trasporto pubblico (LTP; RS 742.40). Sempre secondo il ricorrente, la CCRP non avrebbe neppure esaminato le censure di disparità di trattamento nei confronti di altri viaggiatori e di violazione del principio di proporzionalità, rivolte contro l'obbligo di pagamento del trasporto di biciclette fissato dalle suddette tariffe.
2.3 Nel giudizio impugnato, la CCRP ha dapprima ricordato l'art. 3 cpv. 1 lett. a LTP che sancisce l'obbligo di trasporto a condizione che il viaggiatore si sottoponga alle disposizioni legali e tariffali vigenti, stabilite dalle stesse imprese di trasporto in virtù della delega di cui agli art. 9 cpv. 1 e 15 cpv. 1 LTP. Quanto al bagaglio, la corte cantonale si è riferita all'art. 19 cpv. 1 LTP, secondo cui il viaggiatore può portare con sé gratuitamente soltanto oggetti facilmente trasportabili e soltanto se le circostanze lo permettono, osservando che la legge sul trasporto pubblico, al suo art. 22 cpv. 1, ha demandato al Consiglio federale la facoltà di disciplinare in via di ordinanza le modalità e le condizioni dell'adempimento contrattuale. Riassunto il quadro legale pertinente, la CCRP ha quindi esposto le disposizioni dell'OTP fondate su tale delega, segnatamente l'art. 6 cpv. 1 lett. b OTP - per cui sono escluse come bagagli a mano le cose che non soddisfano le disposizioni tariffali su le dimensioni, la massa e il condizionamento dei bagagli - e l'art. 5 OTP - per cui il viaggiatore dispone per il bagaglio a mano soltanto dello spazio previsto al riguardo. Infine, richiamando l'art. 2 lett. f LTP che definisce "tariffa" le condizioni e i prezzi di trasporto e delle altre prestazioni connesse, l'ultima istanza cantonale ha esaminato le prescrizioni fissate nella Tariffa generale per i viaggiatori (T600) e ha concluso che, in concreto, il ricorrente ha viaggiato in treno senza pagare il biglietto per il trasporto della propria bicicletta, non smontata, come invece previsto nelle disposizioni tariffali regolanti le condizioni del trasporto di biciclette.
2.4 Vero è che, esplicitamente almeno, la CCRP non si è chinata sulle critiche formulate dal ricorrente, segnatamente quella relativa all'incostituzionalità dell'OTP e della T600. Altrettanto vero è che la decisione qui contrastata, dopo aver compiutamente riassunto le censure sollevate (sentenza impugnata pag. 3-5), ha esposto per esteso i principi legali disciplinanti il trasporto di bagagli in treno. Così facendo la corte cantonale ha palesemente, seppur indirettamente, inteso respingere la tesi del ricorrente, ritenendo il diritto in vigore come esente dai lamentati vizi di anticostituzionalità, e lasciato comprendere che - come peraltro pare ovvio - la legislazione federale che demanda all'azienda la fissazione della tariffa fosse una base legale sufficiente. Ne consegue che la tariffa delle FFS - che peraltro stabilisce le condizioni di trasporto di tutti i bagagli e non solo delle biciclette - fondata sulla LTP e sull'OTP e succintamente ricordata dalla CCRP è stata dalla stessa ritenuta sufficiente a giustificare - pure ineccepibilmente - l'illecito rimproverato all'insorgente. Certo, la motivazione contenuta nella sentenza impugnata può apparire sintetica e succinta, tuttavia, conto tenuto della giurisprudenza in materia, non si può rimproverare alla corte cantonale di non aver sufficientemente esplicitato il proprio giudizio. Essa ha infatti illustrato il sistema legale in vigore e esposto i motivi che l'hanno indotta a ritenerlo correttamente interpretato e applicato alla fattispecie, pronunciandosi quindi su tutti i punti pertinenti per il giudizio e ponendo così il ricorrente nella condizione di rendersi conto della portata del giudizio e delle eventuali possibilità di impugnazione. Su questo punto, il ricorso di A._ si rivela infondato.
3. Lamentando una violazione dei diritti della difesa, il ricorrente contesta poi l'acquisizione agli atti di causa della tariffa T600.
3.1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento nel rispetto del principio della buona fede (art. 9, 29 cpv. 1 Cost. e art. 6 n. 1 CEDU). Ogni accusato deve avere la possibilità di far valere i diritti di difesa che gli competono (art. 32 cpv. 2 seconda frase Cost.). Il Tribunale federale esamina liberamente se tali garanzie sono state rispettate nell'applicazione del diritto cantonale di procedura (DTF 133 I 12 consid. 5 e rinvii).
Il diritto di essere sentito sancito dagli art. 29 cpv. 2 Cost. e 6 n. 3 CEDU costituisce un aspetto importante e specifico del principio generale di un equo processo giusta gli art. 29 cpv. 1 Cost. e 6 n. 1 CEDU. Tale diritto garantisce all'accusato la facoltà, di principio illimitata, di consultare l'incarto, di modo che possa prendere conoscenza dei fondamenti della decisione e difendersi efficacemente. L'esercizio effettivo di questa facoltà presuppone necessariamente che l'incarto sia completo. Nella procedura penale questo significa che, a meno che non siano prodotti direttamente al dibattimento, i mezzi di prova devono figurare negli atti istruttori. Occorre inoltre che venga adeguatamente documentato come tali mezzi di prova siano stati raccolti affinché l'accusato possa verificare la loro validità formale o materiale e, se del caso, contestare il loro utilizzo. Si tratta di un presupposto per l'esercizio dei suoi diritti di difesa garantiti dall'art. 32 cpv. 2 Cost. (DTF 131 I 272 consid. 3.2.3.2 pag. 276; 129 I 85 consid. 4.1).
3.2 L'insorgente rimprovera alla CCRP di non aver censurato l'acquisizione agli atti della tariffa T600 delle FFS da parte del Procuratore pubblico, avvenuta senza averne dato comunicazione alla difesa. A suo dire, la mancata comunicazione dell'assunzione di suddetta tariffa agli atti non poteva neppure essere sanata dalla procedura adottata dal Procuratore pubblico e fondata sull'art. 207a del codice di procedura penale del Cantone Ticino (CPP/TI; RL 3.3.3.1), giacché tale disposizione è applicabile soltanto a casi non contestati e unicamente per evitare che i diritti delle parti diventino puro formalismo di ostacolo alla celerità del procedimento. Così invece non era nel caso di specie. Né il decreto d'accusa né l'ordinanza di apertura elencavano gli atti formanti l'incarto, il ricorrente non poteva pertanto desumere che fossero state acquisite nuove prove rispetto a quelle a lui note. In queste circostanze, prima che la decisione fosse presa, egli non ha potuto esprimersi sulla tariffa T600 della cui esistenza nulla sapeva.
3.3 Nel respingere la doglianza del ricorrente, la corte cantonale ha esposto le peculiarità della procedura semplificata giusta l'art. 207a CPP/TI. Essa ha poi osservato come nella fattispecie il Ministero pubblico, a seguito dell'opposizione al decreto d'accusa, abbia trasmesso l'incarto penale alla Pretura penale. Con ordinanza di apertura ai sensi dell'art. 224 CPP/TI, oltre ad ammettere i mezzi di prova indicati nel decreto d'accusa, il Presidente della Pretura penale ha assegnato alle parti un termine di 10 giorni per notificare le prove che intendevano far assumere al dibattimento. La CCPR ha constatato che il ricorrente non ha fatto uso di questa sua facoltà né ha sollevato al dibattimento eccezioni riguardanti aspetti formali della procedura; egli non ha neppure impugnato il decreto d'accusa con ricorso alla Camera dei ricorsi penali giusta l'art. 212 CPP/TI. In conclusione, l'autorità cantonale ha quindi ritenuto che A._ aveva disatteso i precisi doveri processuali imposti dal CPP/TI.
3.4 Pur ammettendo di non aver compulsato gli atti del procedimento prima del dibattimento, il ricorrente pretende di non averlo fatto fidandosi della conoscenza dell'incarto maturata fino a quello stadio procedurale. Conto tenuto delle prove raccolte fino a quel momento, egli sostiene di non aver avuto ragioni di credere che nel frattempo altri mezzi probatori sarebbero stati assunti e pretende che non debba spettare alla difesa visionare gli atti con fini indagatori alla ricerca di eventuali nuove prove assunte a sua insaputa.
A torto. Il diritto di essere sentito non esime la difesa dall'attivarsi personalmente per far uso delle facoltà che tale diritto comprende. Proprio la procedura semplificata di cui all'art. 207a CPP/TI adottata in concreto dal Procuratore pubblico (e preannunciata con notifica di procedimento penale del 5 luglio 2005) avrebbe dovuto indurre il ricorrente a consultare gli atti del procedimento in vista del dibattimento. A tenore dell'art. 207a CPP/TI - la cui conformità alla costituzione è già stata vagliata dal Tribunale federale (sentenza 6P.78/1999 e 6S.292/1999 del 2 luglio 1999 consid. 3b) - il decreto d'accusa può essere formulato a qualsiasi stadio del procedimento, segnatamente dopo le informazioni preliminari, senza promuovere l'accusa e senza procedere all'istruzione formale (lett. a) rispettivamente prima della chiusura dell'istruzione formale, senza procedere alle formalità degli art. 196 e 197 CPP/TI (lett. b). In caso di opposizione al decreto d'accusa, l'accusato viene rinviato direttamente al dibattimento, ove l'istruttoria per quelle prove che non fossero state assunte e fossero di rilievo per la sua difesa può ancora aver luogo. Questa procedura non priva l'accusato della possibilità di offrire propri mezzi difensivi o di contestare le prove raccolte dal magistrato inquirente; il confronto tra accusa e difesa sul materiale probatorio, invece di aver luogo nello stadio predibattimentale, avviene nella fase dibattimentale, senza quindi ledere i diritti della difesa. Così stando le cose, sarebbe stato dovere del ricorrente, oltre che suo diritto, compulsare gli atti prima del dibattimento per preparare adeguatamente il processo; come del resto avrebbe potuto - e dovuto - fare in una procedura ordinaria, al momento del deposito degli atti (momento al quale peraltro si riferisce la sentenza 17.1998.68 della CCRP, di conseguenza citata a sproposito dal ricorrente). Di transenna si rileva come le contrastate tariffe siano liberamente accessibili via internet. Orbene, durante il dibattimento lo stesso ricorrente ha ammesso di essere al corrente che di principio per le biciclette occorre pagare il biglietto, salvo se si è in possesso di un abbonamento annuale o si provvede a smontare la bicicletta ponendola in un sacco, ragion per cui egli ha inventato il "Tranzburqua". In tal modo, ha dimostrato di conoscere i principi tariffali vigenti, ossia le condizioni del trasporto (art. 2 lett. f LTP). Sapeva - e non poteva ignorare - dell'esistenza di una tariffa emanata in virtù della delega legislativa di cui all'art. 9 LTP, per l'accertamento della quale avrebbe potuto presentare tempestiva domanda di prova al Presidente della Pretura penale.
4. Nell'impugnativa viene infine criticato il mancato riconoscimento dell'errore di diritto. Il ricorrente pretende che la CCRP abbia mal compreso la sua censura. Certo egli sapeva che, per non pagare il trasporto della bicicletta, occorreva piegarla o smontarla e introdurla nell'apposito sacco. Riteneva però, coprendola con il suo personale sacco "Tranzburqua" pur senza smontarla, di aver ossequiato a tale prescrizione, posto come tale agire non fosse stato sanzionato dalle FFS prima del 23 aprile 2005.
La censura, insufficientemente motivata, non ha pregio. Lo stesso insorgente ammette di aver saputo che per il trasporto della bicicletta occorre pagare un biglietto, a meno che non la si smonti o pieghi e la si introduca nel sacco. Afferma pure di aver inventato il sacco "Tranzburqua" proprio per non dover smontare la bicicletta. In queste circostanze, il ricorrente non può seriamente pretendere di aver creduto che questo stratagemma fosse compatibile con le condizioni stabilite dalle FFS, come già rettamente osservato dalla corte cantonale.
5. Da quanto precede discende che il gravame, manifestamente infondato, dev'essere integralmente respinto. La domanda di assistenza giudiziaria e di gratuito patrocinio non può trovare accoglimento, dal momento che l'impugnativa appariva fin dall'inizio priva di probabilità di successo (art. 64 cpv. 1 LTF). Le spese giudiziarie dovrebbero pertanto essere poste a carico del ricorrente soccombente (art. 66 cpv. 1 LTF). Tuttavia, vista la sua precaria situazione finanziaria, si rinuncia in via eccezionale ad addossargli le spese di giustizia.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. Comunicazione alle parti e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.