Erwägungen:
1. Das Bezirksamt Laufenburg führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen mehrfachen Diebstahls und Hausfriedensbruchs. X._ befindet sich seit dem 6. Januar 2009 in Untersuchungshaft, welche mit Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau vom 19. Januar 2009 bis zum Eingang der Anklage beim Gericht verlängert wurde.
Das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts wies mit Verfügung vom 19. Januar 2009 ein erstes Haftentlassungsgesuch ab. Eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil vom 9. Februar 2009 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 1B_31/2009). Am 28. Januar 2009 wies das Präsidium ein zweites und am 12. März 2009 ein drittes Haftentlassungsgesuch ab. Eine gegen den dritten Haftentscheid erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil vom 23. März 2009 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 1B_81/2009).
2. Mit einer am 27. März 2009 beim Obergericht eingetroffenen Eingabe ersuchte X._ erneut um Haftentlassung. Das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau wies mit Verfügung vom 30. März 2009 das Haftentlassungsgesuch ab. Es bejahte den dringenden Tatverdacht wie auch das Vorliegen des besonderen Haftgrundes der Fortsetzungsgefahr gemäss § 67 Abs. 2 StPO/AG.
3. X._ führt mit Eingabe vom 22. April 2009 (Postaufgabe 24. April 2009) Beschwerde in Strafsachen gegen die Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau vom 30. März 2009.
Das Präsidium der Beschwerdekammer beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bezirksamt Laufenburg hat sich nicht vernehmen lassen. Am 14. Mai 2009 ging die Replik des Beschwerdeführers ein.
4. Der Beschwerdeführer bestreitet den dringenden Tatverdacht nicht. Er stellt in seiner Beschwerde einzig den besonderen Haftgrund der Fortsetzungsgefahr (§ 67 Abs. 2 StPO/AG) in Abrede, da er die ihm vorgeworfenen Delikte für geringfügig hält.
4.1 Gemäss § 67 Abs. 1 und 2 der kantonalen Strafprozessordnung kann Untersuchungshaft u.a. angeordnet werden, wenn der Beschuldigte einer mit Freiheitsstrafe bedrohten Handlung dringend verdächtigt ist und eine Fortsetzung der strafbaren Tätigkeit zu befürchten ist.
4.2 Nach der Praxis des Bundesgerichtes kann die Anordnung von Haft wegen Fortsetzungsgefahr dem strafprozessualen Ziel der Beschleunigung dienen, indem verhindert wird, dass sich das Verfahren durch immer neue Delikte kompliziert und in die Länge zieht. Auch die Wahrung des Interesses an der Verhütung weiterer Delikte ist nicht verfassungs- und grundrechtswidrig. Vielmehr anerkennt Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK ausdrücklich die Notwendigkeit, Angeschuldigte an der Begehung strafbarer Handlungen zu hindern, somit Spezialprävention, als Haftgrund (BGE 135 I 71 E. 2.2 S. 72 mit Hinweisen).
Bei der Annahme, dass der Angeschuldigte weitere Verbrechen oder erhebliche Vergehen begehen könnte, ist allerdings Zurückhaltung geboten. Da Präventivhaft einen schwerwiegenden Eingriff in das Recht der persönlichen Freiheit darstellt, muss sie auf einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein. Die Aufrechterhaltung von strafprozessualer Haft wegen Fortsetzungsgefahr ist verhältnismässig, wenn einerseits die Rückfallprognose sehr ungünstig und anderseits die zu befürchtenden Delikte von schwerer Natur sind. Die rein hypothetische Möglichkeit der Verübung weiterer Delikte sowie die Wahrscheinlichkeit, dass nur geringfügige Straftaten verübt werden, reichen dagegen nicht aus, um eine Präventivhaft zu begründen. Schliesslich gilt auch bei der Präventivhaft - wie bei den übrigen Haftarten - dass sie nur als "ultima ratio" angeordnet oder aufrecht erhalten werden darf. Wo sie durch mildere Massnahmen ersetzt werden kann, muss von der Anordnung oder Fortdauer der Haft abgesehen und an ihrer Stelle eine dieser Ersatzmassnahmen verfügt werden (BGE 135 I 71 E. 2.3 S. 73 mit Hinweisen).
4.3 Der Beschwerdeführer wurde bereits am 27. März 2003 vom Jugendgericht u.a. wegen bandenmässigen Diebstahls zu einer Einschliessungsstrafe von sieben Monaten verurteilt. Am 11. November 2005 wurde er wegen gewerbsmässigen Diebstahls und anderen Delikten zu 10 Monaten Gefängnis verurteilt. Am 6. April 2006 erfolgte eine Verurteilung von 20 Monaten Gefängnis wegen gewerbs- und bandenmässigen Diebstahls, Sachbeschädigung und Hausfriedensbruchs u.a. Am 20. September 2007 erfolgte eine weitere Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren und sechs Monaten wegen weitgehend gleichartiger Delikte.
Am 24. Dezember 2008 ist der Beschwerdeführer bedingt aus dem Strafvollzug entlassen worden. Der nicht verbüsste Strafrest der Freiheitsstrafe betrug 419 Tage. Dem Beschwerdeführer wird bereits in der Schlussphase des Strafvollzuges am 30. November 2008 (offenbar in einem Urlaub) erneut ein Einbruchdiebstahl vorgeworfen. Weiter wird ihm vorgeworfen, am Vortag der Entlassung aus dem Strafvollzug erneut einschlägig delinquiert zu haben, des Weiteren am 2. Januar 2009 und am 5. Januar 2009. Nach der Verhaftung am 6. Januar 2009 hat er einen Aufenthalt in der Psychiatrischen Klinik Königsfelden am 15./16. Februar 2009 zur Entweichung und zur Begehung eines Einbruchdiebstahls genutzt. Die einzelnen Delikte werden von der Beschwerdekammer als verhältnismässig geringfügig beurteilt. Die Art und Weise der Begehung lasse jedoch auf eine Gewerbsmässigkeit schliessen. In diesem Sinne sei die Vermögensdelinquenz nicht mehr derart leicht zu gewichten.
4.4 Es trifft wohl zu, dass die einzelnen dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Delikte aufgrund des deliktischen Erlöses als verhältnismässig geringfügig beurteilt werden können. Es besteht indessen der Verdacht, dass der Beschwerdeführer die deliktische Tätigkeit bei jeder sich bietenden Gelegenheit verübte, was auf Gewerbsmässigkeit schliessen lässt und es sich deshalb nicht mehr um geringfügige Delinquenz handeln kann. Es bestehen somit ausreichend konkrete Anhaltspunkte für die Befürchtung, dass der Beschwerdeführer nach einer Haftentlassung trotz Sozialhilfeleistung erneut einschlägig delinquieren könnte. Hinzu kommt, dass die genannten Vorstrafen bereits für sich allein keineswegs als leicht zu beurteilen sind. Die Beschwerdekammer durfte deshalb ohne Verfassungsverletzung davon ausgehen, dass eine Fortsetzungsgefahr besteht.
5. Die Beschwerde ist daher abzuweisen. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Laufenburg und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli