Fatti:
A. L'11 maggio 2007 A._ e B._, titolari di conti presso una banca di Lugano, hanno denunciato C._, allora dipendente della banca e consulente dei querelanti, per titolo di truffa, amministrazione infedele e falsità in documenti, poiché, consigliandoli di effettuare investimenti che potessero offrire maggiori possibilità di guadagno, avrebbe causato loro forti perdite. Il 16 aprile 2009 il Procuratore pubblico ha decretato il non luogo a procedere, ritenendo non sussistessero seri e concreti indizi di colpevolezza.
B. Il 2 ottobre 2009 la Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) ha dichiarato irricevibile un'istanza di promozione dell'accusa dei denuncianti, costituitisi parti civili.
C. Avverso questo giudizio A._ e B._ presentano un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiedono di annullarlo e di rinviare gli atti di causa alla CRP per nuovo giudizio nel senso dei considerandi esposti nel gravame.
Non sono state chieste osservazioni.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 135 III 483 consid. 1).
1.2 La sentenza della CRP, decisione pronunciata in materia penale da un'autorità cantonale di ultima istanza, è impugnabile con ricorso in materia penale ai sensi degli art. 78 e segg. LTF.
1.3 Giusta l'art. 81 cpv. 1 LTF, può interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b). La legittimazione a proporre ricorso in materia penale disciplinata dall'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 4-6 LTF, corrisponde a quanto prevedeva il previgente diritto all'art. 270 lett. e-g vPP (DTF 133 IV 228). In generale questo rimedio è quindi precluso al semplice danneggiato, ossia a colui che non è accusatore privato né vittima LAV né querelante giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 4-6 LTF. Il danneggiato, così come il denunciante, la parte lesa o la parte civile, non sono infatti legittimati a impugnare nel merito decisioni con cui è stata respinta la loro istanza di promozione dell'accusa o è stato pronunciato l'abbandono di un procedimento penale. La pretesa punitiva spetta infatti unicamente allo Stato e le citate persone non possono quindi prevalersi di un interesse giuridico ai sensi dell'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF. Esse nemmeno possono rimproverare all'autorità cantonale di aver violato la Costituzione, segnatamente il divieto dell'arbitrio nell'applicare la legge, nell'accertare i fatti, nel valutare le prove o nell'apprezzarne la rilevanza (sentenza 6B_540/2009 del 22 ottobre 2009 destinata a pubblicazione; sentenza 6B_686/2007 del 21 febbraio 2008, in RtiD 2008 II n. 42 pag. 165 segg. e rinvii).
1.3.1 Nonostante l'assenza di una legittimazione ricorsuale nel merito, dette persone possono nondimeno presentare ricorso per diniego di giustizia formale, ossia per la violazione di norme di procedura che accordano loro determinati diritti di parte. Il leso o il denunciante può pertanto far valere, per esempio, che a torto il ricorso non sarebbe stato esaminato nel merito, ch'egli non sarebbe stato sentito, che gli sarebbe stata negata la possibilità di consultare gli atti o che non gli sarebbe stata riconosciuta, a torto, la qualità di danneggiato (DTF 128 I 218 consid. 1.1). In tal caso, l'interesse giuridicamente protetto non si fonda su aspetti di merito, bensì sul diritto di essere parte nella procedura, conformemente alle norme processuali cantonali o a quelle sgorganti dalla Costituzione federale: le citate persone possono allora insorgere contro la violazione di tali diritti di parte (DTF 131 I 455 consid. 1.2.1).
1.3.2 Il diritto di invocare le garanzie procedurali non permette tuttavia al ricorrente di rimettere in discussione, nemmeno indirettamente, il giudizio di merito; il ricorso in materia penale non può quindi riguardare questioni strettamente connesse con il merito della vertenza, quali in particolare il rifiuto di assumere una prova in base alla sua irrilevanza o al suo apprezzamento anticipato o l'obbligo dell'autorità di motivare sufficientemente la decisione (DTF 120 Ia 227 consid. 1; 157 consid. 2a/bb).
1.4 I ricorrenti chiedono la promozione dell'accusa per i reati di truffa (art. 146 cpv. 1 CP), amministrazione infedele (art. 158 CP) e falsità in documenti (art. 251 CP). Si tratta manifestamente di infrazioni che non fondano la qualità di vittima ai sensi della LAV. Riguardo alla loro legittimazione, essi si limitano a rilevare d'essere destinatari della decisione impugnata, d'essere particolarmente toccati dalla stessa e d'avere un interesse degno di protezione al suo annullamento (art. 81 cpv. 1 lett a e lett. b n. 1 LTF).
1.4.1 Ora, secondo l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 6 LTF, il denunciante può ricorrere in materia penale soltanto per quanto trattasi del diritto di querela come tale, censura che i ricorrenti non sollevano (DTF 129 IV 206 consid. 1). Per di più, la questione della querela è ininfluente, ritenuto che i reati lamentati non sono perseguibili a querela di parte, bensì d'ufficio, per cui la loro legittimazione non può fondarsi neppure su detta norma. Né essi possono definirsi accusatori privati ai sensi dell'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 4 LTF, ritenuto che il CPP/TI non prevede questo istituto (sentenza 6S.125/2005 del 18 maggio 2005, in RtiD 2005 II n. 35 pag. 181 segg.). Essi sono quindi semplici denuncianti e, in questa veste, le uniche censure che possono formulare davanti al Tribunale federale attengono alla violazione dei loro diritti di parte.
1.4.2 L'atto di ricorso è incentrato unicamente, in maniera inammissibile, su critiche attinenti a un asserito accertamento arbitrario dei fatti e a una valutazione arbitraria delle prove. Certo, i ricorrenti sostengono che la CRP non avrebbe esaminato l'ipotesi del reato di falsità in documenti. Con questo argomento essi rimettono tuttavia in discussione, indirettamente, il giudizio di merito e l'obbligo dell'autorità di motivare sufficientemente la decisione. Queste critiche, attinenti al merito, sono inammissibili.
1.4.3 D'altra parte i ricorrenti, rilevato che la CRP ha dichiarato irricevibile l'istanza per carenza di motivazione, si limitano ad accennare soltanto implicitamente a un diniego di giustizia, nel senso ch'essa non avrebbe esaminato nel merito la loro denuncia. La critica non regge, ritenuto che la Corte cantonale ha compiutamente spiegato, a titolo abbondanziale, perché l'istanza di promozione dell'accusa era infondata anche nel merito. Per di più, l'irricevibilità di tale istanza è stata pronunciata in applicazione del diritto processuale cantonale, per cui i ricorrenti avrebbero dovuto spiegare perché nell'interpretare e nell'applicare l'art. 186 cpv. 1 CPP/TI la CRP avrebbe violato il diritto federale, segnatamente avrebbe commesso arbitrio (DTF 133 I 201 consid. 1). Al riguardo, essi si limitano ad addurre un asserito apprezzamento arbitrario dei fatti. Questo accenno di motivazione disattende le esigenze di motivazione dell'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF ed è quindi inammissibile (DTF 133 IV 286 consid. 1.4). Del resto, anche in tale ambito, essi criticano in sostanza, in maniera inammissibile, la valutazione delle prove da parte della CRP.
2. Ne segue, che il ricorso è inammissibile.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrrenti.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.