Faits:
A. Le 24 septembre 2007, le Juge d'instruction du canton de Fribourg a renvoyé A._ et B._ devant le Tribunal pénal économique du canton de Fribourg, notamment pour faux dans les titres. Certaines sociétés domiciliées auprès de la société C._ avaient fait l'objet de rapports de révision établis par la société D._, et les inculpés auraient constaté faussement l'indépendance de cette dernière société. Le 10 novembre 2008, le tribunal a renvoyé la cause à l'instruction afin qu'il soit procédé à des investigations énumérées dans une lettre du 14 novembre suivant. Le Juge d'instruction devait notamment, en rapport avec la société D._, déterminer la date des infractions, les sociétés concernées et donner des précisions sur les collaborateurs impliqués.
Ce même jour, le Juge d'instruction a délivré un mandat de sommation et un mandat de perquisition et de séquestre auprès de C._, lesquels ont été immédiatement exécutés sur la base d'une liste de sociétés complétée le 19 novembre 2008 à l'appui d'un nouveau mandat de sommation. Les documents, soit les rapports et les notes de révision ainsi que les documents comptables pour les années 1996 à 2000, ont été remis sous scellé.
B. Le 3 décembre 2008, le Juge d'instruction a demandé la levée des scellés auprès du Président de la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois (ci-après: le Président). Les prévenus et C._ s'y sont opposés, en relevant que la liste de sociétés visées contenait des erreurs, que la demande de levée des scellés n'était pas suffisamment motivée et que les documents saisis n'étaient pas nécessaires pour l'instruction.
Par arrêt du 21 avril 2009, le Président a admis la demande et autorisé l'exploitation des documents séquestrés. Ces derniers correspondaient aux compléments d'enquête exigés par le Tribunal pénal économique. Le principe de la proportionnalité était respecté. Même si les listes de sociétés comportaient des erreurs - notamment la mention de sociétés dont les inculpés n'avaient pas été administrateurs durant la période pertinente -, l'examen des documents permettrait de mettre hors de cause les inculpés. Les intimés demandaient qu'un tri des documents soit effectué par une personne de confiance, mais cette conclusion n'était pas motivée. Il n'y avait pas lieu de penser que le juge n'écarterait pas du dossier les pièces inutiles à l'enquête. Le cas échéant, il appartiendrait au juge d'instruction de recourir à un expert pour trier et examiner les documents protégés par le secret.
C. A._, B._ et C._ forment un recours en matière pénale assorti d'une demande d'effet suspensif. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt du 21 avril 2009.
Le Président de la Chambre pénale n'a pas formulé d'observations. Le Juge d'instruction conclut au rejet du recours. Le Ministère public conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours.
La demande d'effet suspensif a été admise par ordonnance présidentielle du 6 juillet 2009.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision de levée de scellés prise au cours de la procédure pénale. L'arrêt attaqué ne peut faire l'objet d'un recours cantonal (art. 80 LTF; cf. art. 130 al. 6 du code de procédure pénale fribourgeois - CPP/FR).
1.1 Dans le cadre d'une procédure de levée de scellés, a qualité pour agir le détenteur des documents saisis, dans la mesure où l'accès à ces documents et leur production dans le dossier de la procédure pénale est susceptible de porter atteinte au secret professionnel dont il se prévaut. Tel est le cas de la société C._, destinataire des mandats de sommation et de perquisition et en mains de laquelle les documents ont été saisis. La qualité pour agir des autres recourants, en tant que prévenus ou gérants de la société, peut ainsi demeurer indécise.
1.2 La décision attaquée constitue, pour les parties à la procédure pénale, une décision incidente (ATF 133 IV 288 consid. 2 p. 290). Conformément à l'art. 93 al. 1 let. a LTF, une telle décision ne peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable. En principe, les décisions relatives à l'administration des preuves ne causent pas de préjudice irréparable car la personne poursuivie peut toujours remettre en cause la légalité ou la pertinence d'un moyen de preuve dans le cours ultérieur de la procédure (ATF 134 III 188; 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références). Il est toutefois fait exception à cette règle lorsque, comme en l'espèce, est invoquée la sauvegarde de secrets professionnels. Au demeurant, la décision attaquée ne revêt pas un caractère incident à l'égard de la société recourante, puisque celle-ci n'est pas partie à la procédure pénale et ne pourra donc plus intervenir par la suite (cf. arrêt 1B_206/2007 du 7 janvier 2008, consid. 3.3). Il y a donc lieu d'entrer en matière, la question de savoir si et dans quelle mesure les recourants peuvent se prévaloir d'un secret professionnel pouvant être examinée avec le fond.
2. Dans un grief formel, les recourants invoquent leur droit d'être entendus. Ils reprochent au Président d'avoir, implicitement et sans raison, refusé de suspendre la procédure de levée des scellés dans l'attente du sort de leur recours dirigé contre les mandats de sommation, alors que celui-ci avait déclaré sans objet la demande de restitution de l'effet suspensif formée avec ce recours. Par ailleurs, la décision attaquée ne serait pas suffisamment motivée s'agissant des conditions d'application de l'art. 130 al. 3 CPP/FR.
2.1 Conformément au droit d'être entendu - et à l'obligation de motiver qui découle des art. 29 al. 2 Cst. et 112 al. 1 LTF -, l'autorité doit indiquer dans son prononcé les motifs qui la conduisent à sa décision (ATF 123 I 31 consid. 2c p. 34; 112 Ia 107 consid. 2b p. 109). Elle n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties, ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540; 126 I 97 consid. 2b, et les arrêts cités).
2.2 La décision attaquée n'est certes pas très explicite quant aux motifs qui ont conduit au rejet de la demande de suspension. Le Président a considéré que le Juge d'instruction avait agi sur injonction du Tribunal pénal économique en délivrant les mandats de perquisition et que le Président était seul compétent pour statuer sur la levée des scellés. L'autorité intimée a ainsi retenu que les procédures d'opposition et de levée des scellés étaient indépendantes l'une de l'autre. Bien que succincte, une telle motivation est suffisamment compréhensible pour satisfaire aux exigences minimales de l'art. 29 al. 2 Cst. Les recourants tentent d'ailleurs en vain de remettre en cause l'appréciation du Président sur ce point: la procédure pendante devant lui était limitée à la levée des scellés, au regard du secret professionnel allégué. Le Président pouvait dès lors, pour des motifs de célérité de la procédure, statuer préalablement sur cette question, même si la question de la validité des mandats de perquisition n'avait pas encore été définitivement tranchée.
2.3 La décision attaquée est également suffisamment motivée en ce qui concerne l'application de l'art. 130 al. 6 CPP/FR. Les recourants prétendent que l'autorité appelée à statuer sur la demande de levée des scellés devait s'interroger sur l'utilité des documents saisis au regard des nécessités de l'enquête. Selon l'art. 130 al. 6 CPP/FR, en cas de mise sous scellés, le Président "statue définitivement sur l'admissibilité et l'étendue de la mesure". L'examen et le tri éventuel prévus par cette disposition tendent essentiellement à la protection du domaine privé et d'éventuels secrets professionnels. L'autorité n'a donc pas, dans ce cadre, à s'interroger dans le détail sur l'utilité des pièces saisies au regard de l'objet de l'instruction; un tel examen appartient en premier lieu au magistrat instructeur. L'autorité intimée a considéré que les pièces saisies allaient dans le sens du complément d'instruction requis par le Tribunal pénal économique, et paraissaient pertinentes dans le cadre d'une instruction ouverte pour faux dans les titres. Cette appréciation générale, que les recourants sont à même de contester efficacement, apparaît suffisante au regard du droit d'être entendu. Le grief doit par conséquent être rejeté.
3. Les recourants se plaignent, sur le fond, d'une violation de l'art. 130 al. 3 CPP/FR, en relation avec les art. 321 CP et 36 al. 3 Cst. Selon eux, le Juge d'instruction n'aurait pas expliqué en quoi il serait nécessaire de séquestrer, outre les rapports de révision, les comptes de perte et profit et les bilans des 126 sociétés concernées; le Tribunal pénal économique n'aurait pas exigé la production de ces pièces. L'arrêt attaqué n'expliquerait pas en quoi la violation du secret professionnel serait admissible et proportionnée. Les recourants reprochent aussi au Président de la Cour pénale d'avoir laissé au Juge d'instruction le soin de trier les pièces saisies alors que c'est au Président qu'incombe cette tâche.
3.1 Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (art. 98 LTF; cf. ATF 126 I 97 consid. 1c p. 102). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'art. 106 al. 2 LTF prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste sa violation (cf. ATF 134 III 186 consid. 5 p. 187; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 130 I 26 consid. 2.1. p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261s). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4. p. 589; 130 I 258 consid. 1.3 et les arrêts cités).
3.2 Selon l'art. 130 al. 3 CPP/FR, dans la mesure où ils contiennent des données protégées par le secret de fonction et le secret professionnel, les documents ne peuvent faire l'objet d'une perquisition que si la personne astreinte au secret en a été déliée (a), a elle-même la qualité de prévenu (b) ou si elle détient des objets qui ne lui sont pas destinés ou qui lui ont été confiés pour être mis en sûreté.
3.3 Dans leurs déterminations sur la demande de levée des scellés, les recourants n'invoquaient pas le secret professionnel, mais uniquement le caractère selon eux disproportionné des investigations du Juge d'instruction. L'argument fondé sur l'art. 130 al. 3 CPP/FR apparaît ainsi nouveau, de sorte que le grief d'arbitraire apparaît irrecevable (art. 80 LTF; ATF 135 I 91 consid. 2.1 p. 93). Il devrait au demeurant être rejeté, car les recourants se contentent d'invoquer le secret professionnel (secret de révision), sans démontrer que les documents saisis en mains de C._ seraient couverts par un tel secret; selon la thèse des recourants, les rapports de révision auraient été effectués par une société tierce, et non par la société recourante. Par ailleurs, les recourants ne contestent pas non plus que l'une des conditions alternatives mentionnées à l'art. 130 al. 3 let. a à c CPP/FR est remplie en l'espèce, puisque deux d'entre eux sont inculpés dans la procédure pénale. Le grief doit par conséquent être écarté, dans la mesure où il est recevable.
3.4 En l'absence d'un secret professionnel, on ne saurait non plus reprocher au Président de ne pas avoir opéré de tri conformément à l'art. 130 al. 4 CPP/FR, et d'avoir laissé au Juge d'instruction le soin de se prononcer sur la pertinence de pièces saisies. Comme cela est relevé ci-dessus, l'art. 130 al. 6 CPP/FR n'impose pas un tel examen de détail par l'autorité chargée de décider de la levée des scellés, du moins en l'absence d'un secret professionnel avéré. Dans son résultat, la décision attaquée ne viole donc pas les dispositions, cantonale et fédérale, sur la protection du secret professionnel.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable, aux frais des recourants (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Juge d'instruction, au Ministère public et au Président de la Chambre pénale du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 7 septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz