Fatti:
A. A.A._ e B.A._ sono comproprietari di un appartamento sito in un condominio ubicato nella zona residenziale semi-estensiva di Lugano, sezione Pregassona. Nel 1996 essi hanno chiuso il balcone (m 7.70 x 1.50) del loro appartamento con ampie finestre in alluminio, in modo da ricavarne una veranda. Sollecitati dal Municipio di Lugano, subentrato a quello di Pregassona in seguito alla fusione dei due Comuni, con notifica del 18 agosto 2005 essi hanno presentato un permesso in sanatoria per la chiusura del balcone, domanda avversata da alcuni vicini e respinta dal Municipio il 30 novembre 2005. Il 26 aprile 2006, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, adito dagli istanti, ha confermato la risoluzione municipale, ritenendo anch'esso dato un superamento dell'indice di sfruttamento e l'ininfluenza di un asserito permesso verbale rilasciato da un non meglio indicato funzionario comunale.
B. Con giudizio del 27 gennaio 2010, il Tribunale cantonale amministrativo, in applicazione del principio di proporzionalità, ha annullato nel senso dei considerandi sia la decisione governativa sia quella municipale nella misura in cui negano, ordinandone la rimozione, la licenza edilizia in sanatoria per le finestre in alluminio posate sul lato sud-ovest (m 1.50) del balcone: ha quindi rinviato gli atti al Municipio, affinché rilasci la relativa licenza.
C. Avverso questa pronunzia A.A._ e B.A._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di accertare che la posa della veranda sul loro balcone è legale, in subordine di rilasciare la licenza edilizia in sanatoria. In un secondo tempo, hanno chiesto di concedere al gravame l'effetto sospensivo.
Non sono state chieste osservazioni.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 135 III 483 consid. 1).
1.2 Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza, è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (DTF 135 II 30 consid. 1.1). La legittimazione dei ricorrenti è pacifica.
1.3 Le decisioni, come quella in esame, di rinvio a un'autorità inferiore, non costituiscono di regola decisioni finali, poiché non pongono fine al procedimento (art. 90 LTF). Fanno eccezione i giudizi che, pur essendo formalmente di rinvio, in realtà rappresentano già decisioni finali, impugnabili in quanto non lasciano alcun margine di apprezzamento all'istanza precedente, ma le impongono semplicemente di concretare ciò che è stato ordinato dall'autorità di ricorso (DTF 134 II 124 consid. 1.3; 133 V 477 consid. 5.2.2; 129 I 313 consid. 3.3 pag. 318; 128 I consid. 1b). Nella fattispecie è manifesto che il Comune, che peraltro non l'ha impugnata, dovrà semplicemente attuarla, per cui si è in presenza di una decisione finale.
1.4 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Il ricorso, di natura meramente appellatoria, adempie solo in minima parte tali esigenze di motivazione.
2. 2.1 La Corte cantonale ha accertato che ai ricorrenti non è mai stata rilasciata da parte del Municipio, unica autorità competente in merito, una licenza edilizia per la chiusura del loro balcone e ha negato l'invocata lesione del principio della buona fede. Ha infatti ritenuto che l'asserito permesso rilasciato verbalmente ai ricorrenti da uno sconosciuto funzionario dell'Ufficio tecnico, ch'essi, espressamente invitati a farlo, non hanno saputo indicare nemmeno dinanzi all'ultima istanza cantonale, non costituirebbe comunque un'assicurazione vincolante, poiché emanato da un'autorità manifestamente incompetente.
2.2 I ricorrenti adducono quindi a torto che il Tribunale amministrativo non avrebbe considerato l'esistenza di un non meglio precisato e per nulla dimostrato permesso orale di posare la veranda.
2.3 D'altra parte, come rettamente stabilito dai giudici cantonali, il principio della buona fede, sancito dall'art. 9 Cost., tutela la fiducia riposta in un'assicurazione ricevuta dall'autorità competente (DTF 131 II 627 consid. 6.1 pag. 636; 130 I 26 consid. 8.1 pag. 60). Ora, rilevando semplicemente la passività del Municipio, che avrebbe tollerato per circa un decennio la situazione abusiva, i ricorrenti non si fondano su alcuna assicurazione concreta rilasciata dall'autorità competente circa l'eventuale permesso di posare la veranda. È infatti notorio che, come ricordato dalla Corte cantonale, il rilascio di una licenza edilizia, dopo la presentazione di una domanda formale, compete unicamente al Municipio e non a non meglio indicati funzionari comunali, per di più solo oralmente. È pure notorio che in ambito edilizio chiaramente non è sufficiente il rilascio di "permessi" di costruzione secondo modalità non previste dalla legge (cfr. sentenze 1C_49/2008 del 30 maggio 2008 consid. 5.3 e 1A.77/2005 del 6 giugno 2005, consid. 2, apparsa in: RtiD II-2005, n. 18, pag. 107 segg.). Né i ricorrenti fanno valere d'aver presentato, in quell'ambito, una domanda formale di costruzione, stesa sul formulario ufficiale e corredata dal relativo progetto. Per di più, la sentenza impugnata è corretta anche sotto il profilo della tutela dei diritti dei proprietari confinanti, non essendone riguardati solo i condomini, diritti che devono essere salvaguardati dalle garanzie offerte dalla procedura ordinaria, segnatamente tramite la pubblicazione delle domande di costruzione (DTF 117 Ia 285 consid. 3d-e; 113 Ia 332 consid. 3a).
2.4 I ricorrenti, ammessa la correttezza dei calcoli effettuati dalla Corte cantonale circa il superamento dell'indice di sfruttamento, accennano poi semplicemente al fatto ch'essa non avrebbe dovuto riferirli solo al loro appartamento, bensì all'intero immobile. Prescindendo dalla circostanza, pure rilevata dai ricorrenti stessi, che anche in tale ambito l'indice disponibile sarebbe comunque sorpassato, l'assunto si fonda sull'improponibile ipotesi che l'asserita licenza di costruzione, comunque come si è visto nulla, sarebbe stata rilasciata per l'intero edificio.
2.5 Infine, nemmeno l'accenno al principio di proporzionalità, con riferimento anche alle spese di ripristino, regge. In effetti, i giudici cantonali ne hanno tenuto conto, poiché non hanno ordinato la rimozione di tutte le finestre in alluminio, ma solo dei serramenti sul lato maggiore del balcone (sud-est), ritenendo che la chiusura di uno solo dei due lati rende il balcone più aperto che chiuso, non influendo quindi sulla superficie utile lorda.
3. 3.1 In quanto ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
3.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di concessione dell'effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione alle parti, al Municipio di Lugano, al Dipartimento del territorio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.