Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral a enregistré le recours sous deux numéros d'ordre 2C_685/2011 et 2C_699/2011 correspondant aux deux décisions incidentes rendues les 27 mai 2011 et 28 juillet 2011 par le Tribunal administratif fédéral. Ces deux causes sont jointes et font l'objet d'un seul arrêt par économie de procédure.
2. D'après l'art. 100 LTF, le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète. En l'espèce, le mémoire du recourant semble également être dirigé contre la décision incidente du 27 mai 2011 refusant d'accorder l'assistance judiciaire. Si tel est bien le cas, le recours 2C_685/2011 doit être déclaré irrecevable pour tardiveté, le délai légal de trente jours étant largement dépassé. Comme aucune décision sur le fond n'a encore été rendue, l'art. 93 al. 3 LTF n'entre pas en considération.
Le présent recours ne porte donc plus que sur la décision incidente du 28 juillet 2011, dont le seul objet consistait en l'examen de la demande de récusation du juge Y._. Il est par conséquent irrecevable en tant qu'il porte sur d'autres objets notamment en ce qu'il demande au Tribunal fédéral de contraindre le Tribunal administratif fédéral d'ordonner rapidement des expertises médicales et de vérifier que des données privées n'ont pas été transmises par la police du canton de Berne à des personnes non autorisées.
3. Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions sur les résultats d'examens ou d'autres évaluations des capacités en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession (art. 83 let. t LTF). Selon la jurisprudence, l'examen des circonstances exceptionnelles qui ont trait à la situation personnelle des candidats équivaut à une évaluation globale de leur capacité au sens de l'art. 83 let. t LTF (cf. arrêts 2C_573/2007 du 23 janvier 2008, consid. 1.1; 2D_16/2007 du 14 mai 2007, consid. 2.1 et 2D_34/2007 du 20 juillet 2007, consid. 1.2). A contrario, une exmatriculation ou une élimination reposant sur une absence injustifiée, comme en l'espèce, ne tombe pas sous le coup de l'art. 83 let. t LTF (2D_57/2009 du 3 décembre 2009 consid. 1.2). Le présent recours est par conséquent recevable comme recours en matière de droit public dirigé contre la décision incidente du 28 juillet 2011 notifiée séparément et portant sur une demande de récusation (art. 92 al. 1 LTF).
4. Le recourant demande à être entendu oralement par le juge du Tribunal fédéral. Cette requête est rejetée. En effet, à lui seul l'art. 29 al. 2 Cst., que le recourant n'invoque pas, ne confère pas un droit d'être entendu oralement. Un tel droit n'est pas non plus accordé par la loi sur le Tribunal fédéral devant lequel la procédure se déroule par écrit. La tenue de débats - au demeurant publics (art. 59 al. 1 LTF) - devant le Tribunal fédéral revêt un caractère exceptionnel et les parties n'ont en principe aucun droit à ce qu'il y soit procédé (art. 57 ss LTF; arrêt 4A_612/2009 du 10 février 2010 consid. 4.2 et les références citées).
5. Le recourant se plaint de ce que le Tribunal administratif fédéral a rejeté sa demande de récusation du juge Y._, alors que celui-ci a estimé son recours dépourvu de chances de succès.
5.1 D'après l'art. 34 al. 1 let. e LTF applicable par analogie en vertu de l'art. 38 LTAF, les juges et les greffiers du Tribunal administratif fédéral se récusent notamment s'ils peuvent être prévenus en raison d'une amitié étroite ou d'une inimitié personnelle avec une partie ou son mandataire.
Selon la jurisprudence, maintes fois confirmée, l'examen des chances de succès d'un recours pour décider de l'octroi, ou non, de l'assistance judiciaire et, le cas échéant, désigner un défenseur d'office constitue une évaluation préliminaire de la situation factuelle et juridique, sur la base des pièces disponibles. Le juge n'est pas lié par son pronostic au fond. Le but de l'examen des chances de succès est simplement d'éviter qu'une partie ne mène un procès aux frais de l'Etat pour la seule raison qu'il ne lui en coûte rien. Comme l'issue du procès est encore ouverte, le refus d'octroyer l'assistance judiciaire gratuite ne constitue par conséquent pas à lui seul un motif de récusation (ATF 131 I 113 consid. 3.7 p. 120 ss).
En l'espèce, le recourant fonde son recours sur des faits certes concrets mais qui tendent uniquement à démontrer que le pronostic du juge Y._ sur les chances de succès du recours et sur la nécessité d'administrer certaines preuves serait erroné. Sous cet angle, les griefs du recourant sont mal fondés puisque précisément l'examen des chances de succès constitue une évaluation préliminaire de la situation factuelle et juridique, sur la base des pièces disponibles, et que le Tribunal administratif fédéral n'est pas lié par ce pronostic, comme le rappelle la jurisprudence exposée ci-dessus. En considérant que le juge Y._ ne devait pas être récusé, le Tribunal administratif fédéral a dûment appliqué le droit fédéral.
5.2 Pour le surplus, il n'appartient pas au Tribunal fédéral, saisi d'un recours en matière d'échec définitif aux examens, de donner des instructions aux autorités chargées d'appliquer la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infraction ni au Tribunal administratif fédéral sur la manière dont il doit désormais mener la procédure qui conduira à l'arrêt sur le fond.
6. Les considérants qui précèdent aboutissent à l'irrecevabilité du recours 2C_685/2011 et au rejet du recours 2C_699/2011 dans la mesure où il est recevable. Les recours étant d'emblée dénués de chances de succès, la demande d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 LTF). La cause étant jugée, les autres requêtes de procédure, notamment celle tendant à ne pas transmettre certaines pièces aux autorités de l'EPFL, sont devenues sans objet. Succombant, le recourant doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_685/2011 et 2C_699/2011 sont jointes.
2. Le recours 2C_685/2011 est irrecevable.
3. Le recours 2C_699/2011 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
5. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
6. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), à la Commission de recours des EPF et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 18 septembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey