Faits :
A.
A.a. La société D._ SA était locataire d'une surface commerciale de 525 m2, au 1er étage de l'immeuble sis avenue xxx 12b, à X._, ainsi que de 8 places de parc non couvertes et une place de parc couverte, appartenant à A._, à Zurich.
Le 14 novembre 2008, la bailleresse A._ a mis la locataire en demeure de s'acquitter dans un délai de trente jours d'un arriéré de loyer de 123'080 fr.80, sous menace de résiliation du contrat en application de l'art. 257d al. 2 CO. Le 28 janvier 2009, la bailleresse a résilié le contrat avec effet au 28 février suivant, au motif que la sommation était demeurée vaine.
La faillite de la locataire est survenue dans l'intervalle; elle prenait effet au 16 février 2009.
A.b. Le 27 février 2009, D._ SA en liquidation (ci-après: D._), C._ SA (ci-après: C._) et B._ ont conjointement ouvert action en annulation du congé devant l'autorité de conciliation compétente, puis devant le Tribunal civil du district de Neuchâtel; selon leurs conclusions, le bail devait être " repris " par C._.
Par décision du 15 mars 2012, le Tribunal civil a rejeté l'action, dans la mesure où elle était recevable. Il a jugé que C._ et B._, faute d'être parties au contrat de bail à loyer, n'avaient pas qualité pour agir. D._ en liquidation, de son côté, ne pouvait pas intenter une action en annulation du congé car cette démarche était étrangère aux opérations de liquidation d'une société. L'action en annulation du congé ne pouvait pas non plus tendre à imposer un autre partenaire contractuel à la bailleresse. Par ailleurs, le tribunal a constaté que cette partie était créancière d'un montant de 146'074 fr. au jour de la sommation, de sorte que le congé était valable au regard de l'art. 257d CO et qu'il n'existait pas de motif d'annulation.
La Cour d'appel civile du Tribunal cantonal, par arrêt du 18 décembre 2012, a rejeté l'appel des demandeurs, dans la mesure où il était recevable. Comme D._ était seule locataire des locaux sis Champs-Montants 12b, qu'il n'a pas été prouvé que C._ SA aurait la qualité de sous-locataire, ni que le bail lui aurait été transféré, la cour cantonale a confirmé que C._ et B._ n'avaient pas qualité pour agir en contestation du congé. Quant à D._, puisqu'elle se trouvait en liquidation, elle n'était pas autorisée à agir. Subsidiairement, la Cour a examiné la question de la validité du congé et confirmé " un retard considérable dans le paiement du loyer et des charges ", quoiqu'il ne lui fût " pas possible d'affirmer avec certitude et totale précision le montant du retard (sic) ".
Par arrêt du Tribunal fédéral du 13 mars 2013 (4A_63/2013), le recours en matière civile déposé conjointement par D._ en liquidation, C._ SA et B._ a été déclaré irrecevable, pour défaut de motivation suffisante au sens de l'art. 42 al. 2 LTF. Bien que critiquant le rejet de leur qualité pour agir, les recourants semblaient surtout faire valoir qu'un changement de locataire se serait produit après que D._ SA eut pris les locaux à bail. Dès lors que leur argumentation divergeait des constatations de fait déterminantes et ne comportait pas de critiques suffisamment motivées de celles-ci, elle était irrecevable. Quant aux griefs concernant l'existence d'un arriéré de loyer au 14 novembre 2008 et l'application de l'art. 257d CO, la motivation du recours était en tous points insuffisante. Enfin, la requête d'assistance judiciaire a été rejetée.
La validité du congé donné le 28 janvier 2009 pour le 28 février suivant est donc en force et exécutoire, de sorte qu'elle ne peut pas être remise en question au cours de la procédure d'expulsion du locataire.
B.
Dans l'intervalle, la faillite de D._, qui avait été prononcée le 16 février 2009, a été suspendue faute d'actif par le Tribunal civil du district de Neuchâtel le 27 août 2009 et clôturée par le même tribunal le 2 novembre 2009. La société est néanmoins restée inscrite au registre du commerce avec la mention " en liquidation " en raison d'une opposition à sa radiation au sens de l'art. 159 al. 5 let. a ORC (arrêt entrepris p. 2).
C.
Le 17 avril 2013, A._ a requis l'expulsion de D._ SA selon la procédure de protection dans les cas clairs de l'art. 257 CPC.
Le 23 mai 2013, la Juge du Tribunal civil de Neuchâtel a ordonné l'expulsion de l'ex-locataire, en lui fixant un délai au 3 juin 2013 pour quitter volontairement les lieux; elle a également pris les mesures d'exécution nécessaires conformément à l'art. 236 al. 3 CPC (cf. art. 219 CPC) pour le cas où l'ex-locataire ne s'exécuterait pas, en prévoyant que l'exécution forcée pourra être mise en oeuvre par le greffe du tribunal sur simple demande écrite de la bailleresse, le cas échéant avec l'aide de la force publique (art. 343 al. 3 CPC; art. 36 s. de la Loi d'introduction du Code de procédure civile du 27 janvier 2010 [LI-CPC; RS/NE 251.1]), ce qui rendait superflue toute procédure d'exécution ultérieure au sens des art. 335 ss CPC (art. 337 al. 1 CPC).
Par arrêt du 3 février 2014, le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté l'appel de l'ex-locataire et confirmé la décision du premier juge.
Dans un arrêt du même jour, il a statué sur une requête de preuve à futur déposée par les deux sociétés et B._, laquelle fait l'objet de la procédure sous référence 4A_143/2014.
D.
D._ SA, qui est toujours inscrite au registre du commerce comme étant en liquidation (art. 159 al. 5 let. a ORC), exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à la réforme de l'arrêt du 3 févier 2014 en ce sens que la procédure du cas clair est déclarée irrecevable; subsidiairement, elle sollicite le renvoi de la cause au tribunal civil pour nouveau jugement, en tenant compte du fait que la requête d'expulsion était uniquement dirigée contre les biens de D._. Elle invoque la violation de l'art. 257 CPC et l'établissement arbitraire des faits (art. 97 al. 1 LTF). Elle sollicite l'octroi de l'effet suspensif et requiert également l'assistance judiciaire.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit :
1.
Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF en relation avec l'art. 46 al. 1 let. c LTF) contre une décision ordonnant l'expulsion d'un locataire selon la procédure de protection dans les cas clairs (art. 72 al. 1 LTF), qui est donc une décision finale (art. 90 LTF) et qui a été rendue sur appel par une autorité cantonale supérieure (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF; arrêts 4A_501/2011 du 15 novembre 2011 consid. 1.1; 4A_273/2012 du 30 octobre 2012 consid. 1.2.2 non publié in ATF 138 III 620; cf. ATF 137 III 389 consid. 1.1 p. 390).
L'état de fait de l'arrêt attaqué a été complété d'office à l'aide du précédent arrêt du Tribunal fédéral déjà rendu entre les parties et du dossier cantonal (art. 105 al. 2 LTF).
2.
Le Tribunal fédéral examine d'office la capacité d'être partie (Parteifähigkeit), la capacité d'ester en justice (Prozessfähigkeit) et la capacité de procéder (Prozessführungsbefugnis) des parties à la procédure. Si l'une ou l'autre fait défaut au recourant, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière et statuer sur le fond (cf. 5A_617/2011 du 18 octobre 2011 consid. 1.2.1; Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, no 11 ad art. 76 LTF).
2.1. La société est dissoute par l'ouverture de sa faillite (art. 736 ch. 3 CO). Elle entre alors en liquidation, laquelle est effectuée par l'administration de la masse (art. 240 LP) en conformité des règles de la faillite, les organes de la société ne conservant le pouvoir de la représenter que dans la mesure où leur intervention est encore nécessaire (art. 740 al. 5 CO; ATF 117 III 39 consid. 3b p. 42; cf. 88 III 28 consid. 2a p. 34 s.; récemment: arrêt 4A_87/2013 du 21 janvier 2014 consid. 1.3). L'office du registre du commerce inscrit l'ouverture de la faillite au registre (art. 158 al. 1 let. a et al. 2 ORC), mentionnant la date et le moment (le jour et l'heure) du jugement de faillite (art. 159 al. 1 let. b ORC; GUILLAUME VIANIN, in Commentaire romand, 2008, no 3 ad art. 939 CO). La dissolution de la société qui résulte de la faillite est inscrite en ajoutant à la raison de commerce la mention " en liquidation " ou " en liq. " (art. 939 al. 1 CO et 159 al. 1 let. c ORC; VIANIN, loc. cit.).
Lorsqu'il est probable que la masse ne suffira pas à couvrir les frais de liquidation sommaire de la faillite (art. 231 LP), le juge qui a ordonné la faillite prononce la suspension de celle-ci (art. 230 al. 1 LP), laquelle est inscrite au registre du commerce (art. 159 al. 3 let. a ORC). Si, dans les dix jours de la publication de la suspension, les créanciers ne requièrent pas la liquidation et ne fournissent pas les sûretés exigées pour les frais qui ne seront pas couverts par la masse, la faillite est clôturée (art. 230 al. 2 LP). La clôture est inscrite au registre du commerce (art. 158 al. 1 let. f ORC). Comme la faillite est close sans qu'il y ait eu liquidation, la société ne peut pas être radiée immédiatement ( VIANIN, op. cit., no 15 ad art. 939 CO).
Le préposé au registre du commerce procède d'office à la radiation de la société si, dans les trois mois suivant la publication de l'inscription de la suspension faute d'actif, aucune opposition motivée n'a été présentée (art. 159 al. 5 let. a ORC). Toute personne qui a un intérêt légitime au maintien de l'inscription de la société peut former opposition à sa radiation en vertu de l'art. 159 al. 5 let. a ORC; elle doit motiver pour quelle raison l'entité juridique ne doit pas être radiée ( DAVID RÜETSCHI, in Handkommentar Handelsregisterverordnung, Rino Siffert et al. [éd.], 2013, no 27 ad art. 159 ORC). En particulier, si la société possède encore des actifs, qui d'après l'office des faillites ne suffisent pas pour couvrir les frais de la procédure sommaire, mais qu'il vaut néanmoins la peine de liquider, l'administrateur de la société peut former opposition à la radiation (ATF 113 III 116 consid. 3c p. 119; 102 III 49 consid. 6 p. 59; 90 II 247 consid. 3 p. 256; RÜETSCHI, op. cit., no 28 ad art. 159 ORC). La radiation de la société anonyme du registre du commerce suppose en effet que sa liquidation soit terminée (art. 746 in initio CO).
Lorsque la société reste ainsi inscrite au registre du commerce malgré la clôture de sa faillite faute d'actif, l'administration de la faillite (i.e l'office des faillites) n'a plus le pouvoir de réaliser les biens lui appartenant, mais les liquidateurs (cf. art. 740 al. 1 CO) ne peuvent en disposer qu'en vue de la liquidation (ATF 90 II 247 consid. 2 et 3 p. 252 s.; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2001, no 37 ad art. 230 LP). La radiation devra en tout cas être opérée lorsque la liquidation sera terminée. En effet, lorsqu'une société a été une fois mise en faillite, son patrimoine doit être entièrement liquidé et sa raison sociale doit être radiée à l'issue de cette liquidation (ATF 113 III 116 ibidem).
Il s'ensuit que les liquidateurs ne peuvent accomplir que les actes nécessaires à la liquidation des actifs qui ne couvrent pas les frais de la procédure sommaire de faillite, mais valent néanmoins la peine d'être liquidés. Le recours contre une décision d'expulsion des locaux dont la société était locataire, après rejet de l'action en contestation du congé, comme d'ailleurs l'introduction même de cette action, n'entrent pas dans le cadre des actes nécessaires à la liquidation de ces actifs.
2.2. En l'espèce, la société locataire était en faillite depuis le 16 février 2009. Sa faillite a été suspendue faute d'actif suffisant et clôturée le 2 novembre 2009. L'administrateur de la société en liquidation, c'est-à-dire son liquidateur, n'a donc plus que le pouvoir de liquider les actifs qui ne couvrent pas les frais de la procédure sommaire, mais valent néanmoins la peine d'être liquidés. S'opposer à l'expulsion des locaux occupés par la société avant sa faillite ne constitue pas un tel acte.
La société en liquidation, représentée par son administrateur/liquidateur n'a donc pas la capacité de procéder (Prozessführungsbefugnis) pour interjeter le présent recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le prononcé de son expulsion des locaux, comme elle ne l'avait pas non plus pour former appel contre celui-ci.
Il s'ensuit que le recours doit être déclaré irrecevable.
3.
Les frais de la procédure doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Dès lors que le recours était d'emblée dénué de toute chance de succès, la requête d'assistance judiciaire de la recourante - à supposer qu'elle eût pu l'obtenir en dépit de sa qualité de personne morale - doit être rejetée. Le prononcé du présent arrêt sur le fond rend sans objet la requête d'effet suspensif. L'intimée n'ayant pas été invitée à se déterminer, il ne lui sera pas alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire de la recourante est rejetée.
3.
La requête d'effet suspensif est devenue sans objet.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Il n'est pas alloué de dépens.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 16 juin 2014
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Le Greffier :
Klett Piaget