Sachverhalt:
A. A.a Die Gemeinsame Einrichtung gemäss Art. 18 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Krankenversicherung vom 18. März 1994 (KVG; SR 832.10; im Folgenden: GemE KVG) ist eine gesetzlich vorgesehene Stiftung, welche der Aufsicht des Eidgenössischen Departementes des Innern untersteht (Art. 26 der Verordnung über die Krankenversicherung vom 27. Juni 1995 [KVV; SR 832.102]). Ihre Hauptaufgabe bildet - abgesehen von den Verpflichtungen aus den bilateralen Verträgen - die Übernahme der Kosten für die gesetzlichen Leistungen anstelle von zahlungsunfähigen Versicherern (Art. 18 Abs. 2 KVG). Ferner fungiert sie als Ausgleichsfonds zur Durchführung des Risikoausgleichs unter den Krankenversicherern (Art. 7 Abs. 1 der Verordnung über den Risikoausgleich in der Krankenversicherung vom 12. April 1995 [VORA; SR 832.112.1]). Dieser bezweckt einen Ausgleich der Unterschiede in der Struktur der Versichertenbestände, welche zu unterschiedlichen Krankenpflegekosten und damit zu unterschiedlichen Prämien führen (Art. 105 KVG).
A.b X._, Y._, Z._ und A._ waren Mitglieder der Geschäftsleitung der Krankenkasse B._, welche im Jahr 2001 mit über 90'000 Versicherten und einem Prämienvolumen von über 160 Mio. Franken zu den 20 grössten Krankenversicherern der Schweiz gehörte. Im Verlauf der Diskussion des Budgets für das Jahr 2000 entwickelten jene den Plan, in den Versichertenbestand der Krankenkasse B._ fiktive ältere Versicherte aufzunehmen, um durch die Meldung des erhöhten Versichertenbestandes mit älteren Versicherten an die GemE KVG für die B._ unberechtigte Risikoausgleichszahlungen für das Jahr 2000 und die folgenden Jahre zu erwirken. In der Folge erfassten die Mitglieder der Geschäftsleitung über die von X._ kontrollierte C._ Management AG als Vermittlerin per 1. Januar 2000 1'540 und per 1. Januar 2001 weitere 500 fiktive Versicherte mit Alter über 66 Jahre. Entsprechend ihrem Plan generierten sie fiktive Schadenfälle (Behandlungskosten), liessen Zahlungen der B._ für die Schadenfälle der Versicherten auf ein Kontokorrentkonto bei der Bank D._, bei welcher der Vorsitzende der Geschäftsleitung der B._ Verwaltungsratspräsident war, und transferierten im Gegenzug fiktive Prämienzahlungen der Versicherten zurück auf die Konten der B._. Durch die Meldung der fiktiven Daten (Versichertenmonate, Kosten und Kostenbeteiligung nach Kanton, Alter und Geschlecht) für den Risikoausgleich an die GemE KVG erzielten die Mitglieder der Geschäftsleitung der B._ für die Jahre 2000 bis 2002 zum Nachteil des Stiftungsvermögens einen unrechtmässigen Vorteil für die B._ von insg. Fr. 27'506'175.--, um welchen Betrag die GemE KVG aufgrund der fiktiven Daten die Zahlungen der B._ in den Risikoausgleich zu tief festgesetzt hatte.
B. Das Bezirksgericht Winterthur erklärte X._, Y._, Z._ und A._ mit Urteil und Beschluss vom 17. Oktober 2008 u.a. des mehrfachen Betruges schuldig und verurteilte sie zu Freiheitsstrafen zwischen 2 und 4 1/2 Jahren. Die gegen A._ ausgesprochene, bedingt vollziehbare Freiheitsstrafe verband es mit einer unbedingten Geldstrafe. Ferner verpflichtete es die Beurteilten unter solidarischer Haftbarkeit, der GemE KVG Schadenersatz in der Höhe von Fr. 27'506'175.--, zuzüglich 5 % Zins auf Fr. 10'526'352.-- vom 23. Dezember 2003 bis zum 7. Januar 2004, 5 % Zins auf Fr. 20'807'180.-- vom 8. Januar 2004 bis zum 21. Januar 2004 sowie 5 % Zins auf Fr. 27'506'175.-- ab 22. Januar 2004 zu bezahlen. Im übersteigenden Betrag verwies es die Forderung auf den Zivilweg.
Auf Berufung der Staatsanwaltschaft und der Beurteilten hin bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 16. November 2010 das erstinstanzliche Urteil in Bezug auf den Schuldspruch des mehrfachen Betruges. In Bezug auf den Strafpunkt nahm es geringfügige Änderungen vor. Die Schadenersatzforderung der GemE KVG in der Höhe von Fr. 27'506'175 zuzüglich 5 % Zins verwies es auf den Weg des Zivilprozesses. Im Weiteren entschied es über die weiteren Schadenersatzforderungen sowie die Einziehung der beschlagnahmten Vermögenswerte und Gegenstände.
C. Die GemE KVG führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Sie beantragt, die Ziffern 4.5 und 11 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben und X._, Y._, Z._ und A._ seien zu verurteilen, ihr Schadenersatz in der Höhe von Fr. 27'506'175.--, nebst Zins zu 5 % auf Fr. 10'526'352.-- vom 23. Dezember 2003 bis zum 7. Januar 2004, Zins zu 5 % auf Fr. 20'807'180.-- vom 8. Januar 2004 bis zum 21. Januar 2004 sowie Zins zu 5 % auf Fr. 27'506'175.-- seit 22. Januar 2004 zu bezahlen. Ferner seien die Ziffern 2-6, 8, 11-15, 18-20 und 24 des angefochtenen Beschlusses aufzuheben und es seien ihr die eingezogenen Vermögenswerte bzw. deren Verwertungserlös zur Deckung ihres Schadenersatzanspruchs zuzusprechen. Schliesslich seien X._, Y._, Z._ und A._ zu verurteilen, ihr eine Prozessentschädigung für das Berufungsverfahren in Höhe von Fr. 42'486.95 zu bezahlen. Eventualiter sei ihr Schadenersatzanspruch dem Grundsatz nach gutzuheissen, und seien ihr die eingezogenen Vermögenswerte bzw. deren Verwertungserlös im Umfang des noch festzusetzenden Schadenersatzes zuzusprechen. Subeventualiter seien die Schadenersatzforderung sowie die Frage der Zusprechung der eingezogenen Vermögenswerte bzw. des Verwertungserlöses zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner ersucht die GemE KVG um Erteilung der aufschiebenden Wirkung für ihre Beschwerde.
D. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Seit dem 1. Januar 2011 ist die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) in Kraft. Soweit ein Entscheid noch vor Inkrafttreten der StPO gefällt worden ist, werden dagegen erhobene Rechtsmittel nach bisherigem Recht und von den bisher zuständigen Behörden beurteilt (Art. 453 Abs. 1 StPO). Für Rechtsmittel gegen erstinstanzliche Entscheide, die nach dem 31. Dezember 2010 gefällt werden, gilt das neue Recht (Art. 454 Abs. 1 StPO). Ausschlaggebend für die Anwendbarkeit des alten oder des neuen Prozessrechts ist insofern das erstinstanzliche Entscheiddatum (BGE 137 IV 189 E. 1 und 219 E. 1.1 mit Hinweisen). Im zu beurteilenden Fall datieren der erstinstanzliche Entscheid vom 17. Oktober 2008 und das angefochtene Urteil vom 16. November 2010. Für die vorliegende Beschwerde ist daher das bisherige kantonale Strafprozessrecht massgebend.
1.2 Gemäss Art. 132 Abs. 1 BGG ist das Bundesgerichtsgesetz auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten des Gesetzes ergangen ist (Art. 132 Abs. 1 BGG). Für die Frage der Beschwerdelegitimation nach Art. 81 BGG gilt intertemporalrechtlich Art. 132 Abs. 1 BGG (Urteil des Bundesgerichts 1B_200/2011 vom 15.6.2011 E. 2.1). Die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Bestimmung von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG ist demnach auf letztinstanzliche angefochtene Entscheide anwendbar, die nach dem 31. Dezember 2010 (Urteilsdatum) gefällt wurden. Damit ist für das vorliegende Beschwerdeverfahren Art. 81 Abs. 1 BGG in der bis zum 31. Dezember 2010 geltenden Fassung vom 17. Juni 2005 (im Folgenden: aArt. 81 BGG) massgeblich.
2. 2.1 Gemäss aArt. 81 Abs. 1 BGG ist zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (lit. b; BGE 133 IV 121 E. 1.1). Zur Erhebung der Beschwerde legitimiert sind insbesondere die beschuldigte Person (Ziff. 1), ihr gesetzlicher Vertreter oder ihre gesetzliche Vertreterin (Ziff. 2), die Staatsanwaltschaft (Ziff. 3), die Privatstrafklägerschaft, wenn sie nach dem kantonalen Recht die Anklage ohne Beteiligung der Staatsanwaltschaft vertreten hat (Ziff. 4), das Opfer, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Ziff. 5) sowie die Person, die den Strafantrag stellt, soweit das Strafantragsrecht als solches betroffen ist (Ziff. 6).
Die Voraussetzungen von lit. a und b müssen kumulativ erfüllt sein. Dies bedeutet einerseits, dass die in aArt. 81 Abs. 1 lit. b BGG beispielhaft aufgeführten Personen im Einzelfall ein Rechtsschutzinteresse nachweisen müssen. Andererseits sind auch in der Bestimmung nicht aufgeführte Personen beschwerdebefugt, sofern sie ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids haben, zumal die Liste gemäss aArt. 81 Abs. 1 lit. b BGG, wie sich aus dem Wort "insbesondere" ergibt, nicht abschliessend ist (BGE 133 IV 121 E. 1.1 und 228 E. 2.3).
2.2 Die Beschwerdeführerin fällt unter keine der in aArt. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 1-6 BGG ausdrücklich genannten Beschwerdeberechtigten. Sie macht mit ihrer Beschwerde geltend, sie sei in ihren Vermögensrechten beeinträchtigt worden. Damit ist sie nicht Opfer im Sinne von aArt. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG und Art. 1 Abs. 1 OHG (Art. 2 Abs. 1 aOHG), mithin keine Person, die durch eine Straftat in ihrer körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist.
2.3 Nach der Rechtsprechung ist die Geschädigte, die nicht Opfer im Sinne des Opferhilfegesetzes ist, im Strafpunkt grundsätzlich nicht zur Beschwerde legitimiert (BGE 136 IV 29 E. 1.7 und 41 E. 1.1; 133 IV 228 E. 2.3; vgl. auch BGE 137 IV 246 E. 1 3 1; ferner 6B_89/2009 vom 29.10.2009 E. 1.1). Sie hat indessen ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des Entscheids im Zivilpunkt, falls insoweit die Beschwerde in Strafsachen zur Verfügung steht. Dies hängt gemäss Art. 78 Abs. 2 lit. a BGG davon ab, ob die Zivilansprüche zusammen mit der Strafsache zu behandeln sind (BGE 136 IV 29 E. 1.9).
Nach der Rechtsprechung ist im Sinne des italienischen Gesetzestextes für die Zulässigkeit der Beschwerde in Strafsachen massgebend, dass die letzte kantonale Instanz oder das Bundesstrafgericht (Art. 80 Abs. 1 BGG) sowohl über den Straf- als auch den Zivilpunkt befunden hat oder dies hätte tun müssen. War in einem kantonalen Verfahren vor der oberen Instanz nur noch der Zivilpunkt streitig, ist nicht die Beschwerde in Strafsachen, sondern die Beschwerde in Zivilsachen gegeben (BGE 133 III 701 E. 2.1). Verweisen das kantonale obere Gericht oder das Bundesstrafgericht die Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche der Geschädigten auf den Zivilweg, werden diese nicht zusammen mit der Strafsache behandelt. Sie können daher nicht auf Beschwerde in Strafsachen hin vom Bundesgericht beurteilt werden (Urteil des Bundesgerichts 6B_89/2009 vom 29.10.2009 E. 1.2.1; ferner BGE 104 IV 68 E. 3B; 118 II 410 E. 1).
2.4 Zu bejahen ist die Beschwerdebefugnis der Geschädigten schliesslich, soweit sich diese dagegen wendet, dass das Gericht von einer Einziehung bzw. von der Erhebung einer Ersatzforderung abgesehen hat, da die Geschädigte die Zusprechung der eingezogenen Vermögenswerte oder die Ersatzforderung bis zur Höhe des gerichtlich oder durch Vergleich festgesetzten Schadenersatzes verlangen kann (Art. 73 Abs. 1 StGB [Art. 60 Abs. 1 aStGB]; BGE 136 IV 29 E. 1.9; Urteil des Bundesgerichts 6B_89/2009 vom 29.10.2009 E. 1.2.2 mit weiteren Hinweisen; vgl. auch zur Beschwerdebefugnis des Geschädigten gegen einen die Aufrechterhaltung einer Vermögensbeschlagnahme ablehnenden Entscheid: Urteil des Bundesgerichts 1B_212/2007 vom 12.3.2008 E. 1.4; ebenso BGE 126 I 97 E. 1a S. 100 [zu Art. 88 OG]).
2.5 Unbekümmert um die fehlende Legitimation in der Sache selbst kann die Geschädigte mit der Beschwerde in Strafsachen - wie vormals mit der staatsrechtlichen Beschwerde gestützt auf Art. 88 OG (siehe dazu BGE 131 I 455 E. 1.2.1) - die Verletzung von Verfahrensrechten rügen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt. Das nach aArt. 81 Abs. 1 lit. b BGG erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Ist die Geschädigte in diesem Sinne nach kantonalem Recht Partei, kann sie die Verletzung jener Parteirechte geltend machen, die ihnen nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund der Bundesverfassung oder der EMRK zustehen und deren Missachtung auf eine formelle Rechtsverweigerung hinausläuft. Zulässig sind Rügen, die formeller Natur sind und von der Prüfung der Sache getrennt werden können (BGE 136 IV 29 E. 1.9 und 41 E. 1.4; 133 I 185 E. 6.2; vgl. auch BGE 136 II 383 E. 3.3).
Nicht zu hören sind demgegenüber Rügen, die im Ergebnis auf eine materielle Überprüfung des angefochtenen Entscheids abzielen. Ein in der Sache nicht legitimierter Beschwerdeführer kann beispielsweise geltend machen, auf ein Rechtsmittel sei zu Unrecht nicht eingetreten worden, er sei nicht angehört worden, er habe keine Gelegenheit erhalten, Beweisanträge zu stellen, oder er habe nicht Akteneinsicht nehmen können. Hingegen kann er weder die Beweiswürdigung rügen noch kann er geltend machen, die Begründung sei materiell unzutreffend, da er insoweit nicht die Verletzung von ihm zustehenden Verfahrensrechten rügt, sondern den Entscheid in der Sache kritisiert. Auch kann er nicht beanstanden, dass seine Anträge wegen Unerheblichkeit oder auf Grund antizipierter Beweiswürdigung abgelehnt wurden. Die Beurteilung dieser Fragen kann von der Prüfung der materiellen Sache nicht getrennt werden, auf welche der in der Sache selbst nicht Legitimierte keinen Anspruch hat (BGE 136 IV 41 E. 1.4; 128 I 218 E. 1.1; 126 I 81 E. 7b; 120 Ia 157 E. 2a/bb). Das allgemeine Willkürverbot begründet für sich allein keine geschützte Rechtsstellung, welche zur Erhebung der Beschwerde berechtigt (BGE 133 I 185 E. 6; 126 I 81 E. 3).
2.6 Im zu beurteilenden Fall wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die Verweisung ihrer Schadenersatzforderung auf den Zivilweg durch die Vorinstanz. Sie rügt eine willkürliche Anwendung kantonalen Strafprozessrechts.
Gemäss § 192 Abs. 1 StPO/ZH können Geschädigte Zivilansprüche gegen den Angeklagten entweder selbstständig auf dem Weg des Zivilprozesses oder durch schriftliches oder mündliches Begehren an das für den Entscheid über die Anklage zuständige Strafgericht geltend machen. Zivilansprüche, die nicht von den in Art. 2 aOHG (nunmehr Art. 1 OHG) genannten Personen geltend gemacht werden, kann das Gericht nach § 193a StPO/ZH i.V.m § 193 Abs. 1 auf den Zivilweg verweisen, wenn ihm aufgrund der Akten und Vorbringen der Parteien kein sofortiger Entscheid über die Zivilansprüche möglich ist. Die Regelung verschafft der Geschädigten keinen Anspruch auf materielle Beurteilung ihrer Forderung (vgl. KÜNG/HAURI/BRUNNER, Handkommentar zur Zürcher Strafprozessordnung, 2005, S. 388 mit Hinweis auf ZR 97/1998 Nr. 88 [zum gleichlautenden § 317 Abs. 3 StPO/ZH in der bis zum 1.1.2007 geltenden Fassung]). Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang mithin zu Unrecht eine formelle Rechtsverweigerung (Beschwerde S. 17 ff.; vgl. BGE 135 I 6 E. 1.2). Die Frage der Verweisung auf den Zivilweg kann nicht getrennt werden von der materiellen Begründetheit des Anspruchs. Die Beschwerdeführerin ist demnach nicht zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht befugt, so dass auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann (offengelassen noch in Urteil des Bundesgerichts 6B_89/2009 vom 29.10.2009 E. 1.2.1 a.E.; anders MARC THOMMEN, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, Art. 78 N 32 [in Bezug auf die Ansprüche des Opfers gemäss OHG]; nach der Praxis des Kantons Zürich kann die Verweisung der Schadenersatzforderung auf den Zivilweg trotz Liquidität allerdings als Verletzung gesetzlicher Prozessformen gemäss § 430 Abs. 1 Ziff. 4 StPO/ZH mit Nichtigkeitsbeschwerde angefochten werden, vgl. NIKLAUS SCHMID, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2004, N 1072 [recte 1073]; ders. NIKLAUS SCHMID, in: Donatsch/Schmid, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 1996 ff., § 192 N 58/73 und § 430 N 23 [nachfolgend: Kommentar]; JÖRG REHBERG, Zum zürcherischen Adhäsionsprozess, in: Festschrift für Max Keller, 1989, S. 642 f.).
3. Der Beschwerde wäre indes auch kein Erfolg beschieden, wenn auf sie eingetreten würde.
3.1 Die Vorinstanz geht davon aus, dass die Beschwerdeführerin durch die Auszahlungen aus dem Insolvenzfonds an die Krankenversicherer - zumindest vorübergehend - einen Vermögensschaden von vermutlich rund Fr. 27'506'175.-- erlitten habe. Sie nimmt indes an, der geltend gemachte Schadensbetrag sei nicht genügend substantiiert. Die Beschwerdeführerin habe die Forderung mit Verfügungen, mit welchen von der B._ insgesamt Fr. 27'506'175.-- eingefordert wurden, belegt. Diese seien aber nie den Beschwerdegegnern 2-5 zugestellt worden. Auch in den anschliessenden Rechtsöffnungsverfahren seien die Forderungen nicht materiell geprüft worden. Ausserdem richteten sie sich nicht gegen die Beschwerdegegner 2-5. Weitere Belege, welche die Forderungen liquid nachweisen würden, fänden sich nicht in den Akten. Ausserdem könne nicht beurteilt werden, inwiefern die Forderungen der Beschwerdeführerin aufgrund einer Vermischung von Daten der Krankenkasse B._ und der Krankenkasse Stoffel falsch berechnet worden sein könnten. Ebenso sei unklar, ob und in welcher Höhe eine allfällige auf die Beschwerdeführerin entfallende Dividende im Konkurs der B._ vom Schaden abzuziehen sei (angefochtenes Urteil S. 152 ff.).
Was die Beschwerdeführerin hiegegen einwendet (Beschwerde S. 13 ff.), ist nicht geeignet, Willkür darzutun. Nach ständiger Rechtsprechung liegt Willkür in der Rechtsanwendung nur vor, wenn der angefochtene kantonale Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar als vorzugswürdig erscheint, genügt nicht (BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen).
Es mag zutreffen, dass die Beschwerdeführerin gestützt auf die Meldung der 2'040 fiktiven Versicherten seitens der B._ den Risikoausgleich für die Jahre 2000-2002 falsch berechnet und dementsprechend zugunsten der B._ zu tiefe Ausgleichszahlungen verfügt hat (Differenzbeträge von Fr. 6'698'995.-- für das Jahr 2000, von Fr. 10'280'828.-- für das Jahr 2002 und von Fr. 10'526'352.-- für das Jahr 2003). Doch nimmt die Vorinstanz zu Recht an, dass die Verfügungen betreffend die Nachberechnungen des Risikoausgleichs für die Jahre 2000-2002 den Beschwerdegegnern 2-5 nie eröffnet wurden und diese sich zu jenen nicht äussern konnten. Es sind jedenfalls nicht von vornherein jegliche Zweifel an der Richtigkeit der Berechnungen von der Hand zu weisen (vgl. angefochtenes Urteil S. 155; im Einzelnen Plädoyernotizen des Beschwerdegegners 5, Akten des OGer, Urk. 152 S. 22 ff.).
Im Weiteren ist darauf hinzuweisen, dass jedenfalls der Beschwerdegegner 3 mit der B._ eine Vereinbarung über den Schadenersatz getroffen und den Schaden tatsächlich beglichen hat (angefochtenes Urteil S. 131). Der von der B._ aufgrund der ungetreuen Geschäftsbesorgung durch die Beschwerdegegner 2-5 erlittene Schaden steht aber in engem Zusammenhang mit dem unrechtmässig erzielten Vorteil der B._. Insofern ist unklar, ob und inwiefern sich die genannte Vereinbarung auf die Höhe der Schadenersatzforderung der Beschwerdeführerin auswirken könnte. Der Schaden scheint daher in der Höhe nicht liquid. Ein Anspruch gilt nur dann als spruchreif, wenn der Schaden im Grundsatz wie auch in der fraglichen Höhe durch Beweismittel und Zeugenaussagen oder Urkunden klar ausgewiesen bzw. nicht ausgewiesen ist (SCHMID, Kommentar, § 192 N 58 und 193a N 2; REHBERG, a.a.O., S. 640 f.). Dies hat die Vorinstanz für den vorliegenden Fall zu Recht verneint. Jedenfalls ist dieser Schluss nicht schlechterdings unhaltbar, zumal die Verweisung auf den Zivilweg in nicht eindeutigen Fällen offensichtlich einer langjährig geübten - wenn auch in der Lehre kritisierten - Praxis der Zürcher Gerichte entspricht (vgl. SCHMID, Kommentar, § 192 N 60 und § 193a N 2). Im Übrigen ist die Verweisung auf den Zivilweg auch zulässig, wenn zur Beurteilung des Zivilpunktes weitere Beweise erhoben werden müssten und dies zu einer Verlängerung des Verfahrens führen würde (SCHMID, Kommentar, § 193a N 2). Auch angesichts der beträchtlichen Verfahrensdauer im zu beurteilenden Fall wäre die Verweisung auf den Zivilweg daher nicht zu beanstanden.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet ferner, dass die Vorinstanz die beschlagnahmten Vermögenswerte der Beschwerdegegner 2-5 zur Deckung der Verfahrenskosten sowie der Kosten für die amtliche Verteidigung eingezogen hat. Ihre Schadenersatzforderung sei substantiiert und liquid. Sie hätte daher im Rahmen des Strafverfahrens gutgeheissen werden müssen. Damit hätte die Vorinstanz über ihren Antrag betreffend die Zusprechung der eingezogenen Vermögenswerte entscheiden müssen. Stattdessen habe sie einen Teil des Erlöses der B._ zugesprochen und den Rest zur Deckung der Verfahrens- und Verteidigerkosten verwendet (Beschwerde S. 19 ff.).
4.2 Nach Art. 73 Abs. 1 StGB spricht das Gericht dem Geschädigten, der durch ein Verbrechen oder ein Vergehen einen Schaden erleidet, der nicht durch eine Versicherung gedeckt ist, auf dessen ausdrückliches Verlangen bis zur Höhe des Schadenersatzes bzw. der Genugtuung, die gerichtlich oder durch Vergleich festgesetzt worden sind, unter anderem die nach Art. 69-72 StGB eingezogenen Gegenstände und Vermögenswerte oder deren Verwertungserlös unter Abzug der Verwertungskosten (lit. b) oder die gestützt auf Art. 71 StGB erhobenen Ersatzforderungen (Abs. 1 lit. c) zu, wenn anzunehmen ist, dass der Täter den Schaden nicht ersetzen oder eine Genugtuung nicht leisten wird. Art. 73 StGB begründet nach der Rechtsprechung einen Anspruch des Geschädigten gegen den Staat im Strafverfahren. Der Staat soll sich nicht auf Kosten des Geschädigten bereichern können, sondern vielmehr bei Einziehungen die Rechte der geschädigten Partei in den Vordergrund stellen. Die genannte Bestimmung gewährt demnach, soweit die darin genannten Voraussetzungen erfüllt sind, ein Recht auf Zusprechung eingezogener Vermögenswerte (Urteil des Bundesgerichts 6B_53/2009 vom 24.8.2009 E. 2.5 mit Hinweisen).
4.3 Die Zusprechung der eingezogenen Vermögenswerte und der erhobenen Ersatzforderung an die Beschwerdeführerin setzt voraus, dass der Schadenersatz in einem Straf- oder Zivilverfahren rechtskräftig zugesprochen oder durch Vergleich festgesetzt worden ist (Urteil des Bundesgerichts 6B_405/2008 vom 12.12.2008 E. 1.3 mit Hinweisen). Diese Voraussetzung ist hier, unabhängig davon, ob die Verweisung der Schadenersatzforderung auf den Zivilweg durch die Vorinstanz vor dem Willkürverbot standhält oder nicht, nicht erfüllt. Denn die Vorinstanz hat über die Zivilforderung materiell nicht entschieden. Damit entfällt die Grundlage für die Beurteilung der Frage, ob die eingezogenen Vermögenswerte bzw. die erhobenen Ersatzforderungen der Beschwerdeführerin zugewiesen werden können.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet.
5. 5.1 Zuletzt wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die Kostenverlegung im zweitinstanzlichen Verfahren. Sie macht geltend, die Beschwerdegegner 2-5 seien mit ihren Anträgen auf Freispruch unterlegen und hätten daher die Verfahrens- und Parteikosten zu tragen. Sie selbst habe gegen das erstinstanzliche Urteil kein Rechtsmittel erhoben. Sie sei als Geschädigte zur Teilnahme berechtigt gewesen und habe faktisch die Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils beantragt. Zudem habe sie in Bezug auf die Frage, ob sie als Geschädigte zu betrachten sei, obsiegt. Eine Wettschlagung der für das Berufungsverfahren geltend gemachten Prozessentschädigung von Fr. 42'486.95 rechtfertige sich daher nicht (Beschwerde S. 23).
5.2 Die Vorinstanz nimmt an, zwischen den Beschwerdegegnern 2-5 einerseits und der Beschwerdeführerin andererseits seien die Prozessentschädigungen für das Berufungsverfahren wettzuschlagen, da die Beschwerdeführerin zwar im Grundsatz, d.h. in Bezug auf die Frage ihrer Stellung als Geschädigte, obsiege, hingegen im Quantitativ unterliege (angefochtenes Urteil S. 162 f.).
5.3 Gemäss § 396a StPO/ZH erfolgt die Auflage der Kosten und die Zusprechung einer Entschädigung im Rechtsmittelverfahren in der Regel im Verhältnis von Obsiegen und Unterliegen der Verfahrensbeteiligten. Die Vorinstanz verweist die Zivilforderung auf den Zivilweg. Insofern unterliegt die Beschwerdeführerin mit ihrem Antrag im zweitinstanzlichen Verfahren, der auf Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils lautete. Vor diesem Hintergrund ist die Wettschlagung der Prozessentschädigungen im Berufungsverfahren jedenfalls nicht schlechterdings unhaltbar.
Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet.
6. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Boog