Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 18. März 2008 verurteilte das Bezirksgericht Zürich X._ wegen sexueller Nötigung, mehrfacher einfacher Körperverletzung und mehrfacher Pornographie zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von zwei Jahren, unter Anrechnung von 62 Tagen Haft. Der Vollzug wurde zugunsten einer ambulanten Massnahme aufgeschoben. Diese wurde am 7. Dezember 2010 durch das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich wegen Aussichtslosigkeit aufgehoben.
Am 20. Mai 2011 beschloss das Bezirksgericht den Vollzug der am 18. März 2008 ausgesprochenen Freiheitsstrafe, wobei es zehn Tage Massnahmevollzug anrechnete. Eine dagegen gerichtete kantonale Beschwerde wurde durch das Obergericht des Kantons Zürich am 18. Oktober 2011 abgewiesen, soweit darauf einzutreten war.
X._ wendet sich mit Beschwerde ans Bundesgericht und beantragt sinngemäss, auf den Vollzug der Freiheitsstrafe sei zu verzichten.
2. In Anwendung von Art. 109 Abs. 3 BGG kann auf die einlässlichen und überzeugenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden. Sie kommt zum Schluss, dass dem Beschwerdeführer keine günstige Prognose gestellt werden könne, weil die negativ zu gewichtenden Faktoren überwögen (vgl. angefochtenen Entscheid S. 3-15 E. III und IV).
Was der Beschwerdeführer vorbringt, dringt nicht durch. Die Vorinstanz hat nicht verkannt, dass er seit dem 5. November 2005 keine Straftaten mehr begangen hat. Für die Prognose entscheidend war jedoch, dass er sich nur im Jahr 2006 der für ihn notwendigen Therapie regelmässig unterzog. Danach kamen zwei Jahre, in denen er überhaupt keine Therapie absolvierte. Seit der Invollzugsetzung der ambulanten Massnahme am 15. Oktober 2008 bis zu deren Einstellung am 7. Dezember 2010 fanden nur elf Sitzungen und seit der Wiederaufnahme der Therapie im Jahre 2011 maximal sieben Sitzungen statt. Unter diesen Umständen kann von einer ausreichenden Behandlung nicht die Rede sein. Weiter stellt die Vorinstanz fest, der Beschwerdeführer habe sich in Bezug auf die Therapie nicht kooperativ verhalten, da er die Termine nicht regelmässig eingehalten habe. Nachdem er früher geltend gemacht hatte, sein mangelndes Engagement habe damit zu tun, dass er durch die Termine am Samstagnachmittag stark in seiner Freiheit eingeschränkt werde (angefochtener Entscheid S. 14), bringt er heute vor, man könne von seinem Arbeitgeber nicht verlangen, dass er jeweils pro Woche einen halben Tag abwesend sei. Dies erscheint mutwillig. Das Problem ist offenbar nicht, dass die Therapeuten "kein Verständnis betreffend der Gestaltung der Termine" gehabt hätten, sondern liegt darin, dass sich der Beschwerdeführer einer effektiven Behandlung seiner Probleme widersetzt. Gesamthaft gesehen ist es bundesrechtlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz gestützt auf die bereits vorhandenen und ausreichenden Berichte von einer ungünstigen Prognose ausging.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen.
3. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. März 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Monn