Faits:
A. B._ SA est propriétaire de la parcelle n° 2166 de la commune de C._.
X._ et A._ SA sont copropriétaires, pour moitié chacune, de la parcelle voisine n° 2276.
Sur ces deux parcelles sont édifiés des bâtiments à toits plats adossés l'un à l'autre. Le bâtiment sis sur la parcelle n° 2166 est d'un seul niveau tandis que celui sis sur la parcelle n° 2276 comporte un niveau de plus.
B. Le 6 juillet 2007, le Département genevois des constructions, des technologies et de l'information a délivré à X._ et à A._ SA une autorisation de construire portant sur la surélévation de deux étages de l'immeuble sis sur la parcelle n° 2276. B._ SA n'a pas formé de recours dans la procédure qui a conduit à la délivrance de l'autorisation.
C. Les travaux de surélévation ont débuté le 15 mai 2008.
Le 11 juin 2008, B._ SA a déposé devant le Tribunal de première instance du canton de Genève une requête de mesures provisionnelles tendant à faire suspendre les travaux de construction. A l'appui de cette requête, elle faisait valoir que le projet contrevenait aux règles de construction relatives aux jours et vues sur le fonds d'autrui, et constituait par conséquent une immission excessive au sens de l'art. 684 CC.
Statuant le 30 juillet 2008, l'autorité saisie a rejeté la requête.
Par arrêt du 17 octobre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours formé par B._ SA, annulé l'ordonnance précitée et fait interdiction à X._ et A._ SA, sous la menace des peines prévues par l'art. 292 CP, de poursuivre les travaux de construction sur la parcelle n° 2166 jusqu'à droit jugé sur le fond. Elle a également astreint B._ SA à déposer des sûretés de 200'000 fr. dans un délai de trente jours dès la notification de l'arrêt, à défaut de quoi les mesures provisionnelles cesseraient de produire leurs effets.
D. X._ et A._ SA forment un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant au rejet de la requête de mesures provisionnelles.
E. Par ordonnance du 8 décembre 2008, la demande d'effet suspensif des recourantes a été rejetée.
L'intimée a conclu au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) puisqu'elle a pour objet des rapports de voisinage (ATF 52 II 292 consid. 1). En matière d'action en cessation de trouble, la valeur litigieuse se détermine selon l'intérêt du demandeur à l'admission de ses conclusions (ATF 126 III 223, consid. 1a non publié; 116 II 431 consid. 1; 95 II 14 consid. 1; 92 II 62 consid. 3), voire, s'il est plus élevé, selon l'intérêt du défendeur au rejet des conclusions de la demande (ATF 92 II 62 consid. 3-5; 82 II 120 consid. 1; 81 II 189 consid. 1; 45 II 402 consid. 1; arrêt non publié 5C.249/1994 du 5 janvier 1996, consid. 1b). En l'espèce, l'intérêt des recourantes et défenderesses à la requête de mesures provisionnelles à la poursuite des travaux de construction qui tendent à la surélévation de leur immeuble en vue de la création de six appartements, est manifestement supérieur à 30'000 fr.
L'ordonnance de mesures provisionnelles fondée sur le droit cantonal de procédure est finale (art. 90 LTF) lorsqu'elle est prise dans une procédure indépendante (cf. ATF 134 I 83 consid. 3.1 et les réf. citées). Tel n'est pas le cas en l'espèce, dès lors que l'ordonnance déférée fait interdiction aux recourantes de poursuivre des travaux de construction « jusqu'à droit jugé sur le fond ou accord entre les parties ». Selon la jurisprudence, une telle décision cause toutefois un préjudice irréparable, de sorte que le recours est recevable sous l'angle de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (ATF 134 I 83 consid. 3.1 et les arrêts cités).
Par ailleurs, le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise par l'autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF).
2. L'arrêt attaqué, pris en application des dispositions de la procédure civile genevoise en matière de mesures provisionnelles (art. 320 ss LPC/GE; RS E 3 05), est une décision portant sur une mesure provisionnelle au sens de l'art. 98 LTF, en sorte que seule peut être invoquée la violation de droits constitutionnels.
Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire que s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2). Le recours doit, comme sous l'empire de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip; ATF 134 I 83 consid. 3.2 et les arrêts cités). Ainsi, lorsque le recourant soulève l'arbitraire dans l'application du droit cantonal, il doit indiquer avec précision quelle est la disposition cantonale qui aurait été violée et l'examen se limite à cette question (ATF 128 I 273 consid. 2.1; 110 Ia 1 consid. 2a).
3. Les recourantes reprochent à l'autorité cantonale d'avoir admis la requête de mesures provisionnelles qui tendait à l'arrêt des travaux. Selon elles, l'intimée n'avait pas rendu vraisemblable l'apparence du droit invoqué car contrairement à ce qui a été retenu par la cour cantonale, la construction en cours ne consacre aucune violation des règles de voisinage, en particulier de la réglementation en matière de vues droites qui concerne la création de fenêtres. Elles se plaignent notamment d'une application arbitraire de l'art. 679 CC en relation avec l'art. 45 de la loi cantonale du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI/GE; RSG L 5 05).
3.1 Le prononcé de mesures provisionnelles présuppose de rendre vraisemblables le bien-fondé de la prétention matérielle, la menace d'un dommage difficile à réparer et l'urgence de la situation; le juge doit évaluer les chances de succès de la demande au fond (ATF 97 I 481 consid. 3a) et admettre ou refuser la mesure selon que l'existence du droit allégué apparaît plus vraisemblable que son inexistence.
3.2 Selon l'art. 684 CC, le propriétaire est tenu, dans l'exercice de son droit, de s'abstenir de tout excès au détriment de la propriété du voisin (al. 1). Sont interdits en particulier les émissions de fumée ou de suie, les émanations incommodantes, les bruits, les trépidations qui ont un effet dommageable et qui excèdent les limites de la tolérance que se doivent les voisins eu égard à l'usage local, à la situation et à la nature des immeubles (al. 2 ). En cas de violation des règles de voisinage, le propriétaire voisin dispose de l'action tendant à faire cesser le trouble en demandant que la construction contraire aux règles sur le droit de voisinage ne soit pas construite ou soit démolie (art. 679 CC; cf. ATF 101 II 360).
3.3 Selon l'art. 686 al. 2 CC, la législation cantonale peut établir d'autres règles encore pour les constructions. L'art. 686 CC exprime une réserve proprement dite qui laisse aux cantons le pouvoir de réglementer l'ensemble du droit privé de la construction (ATF 129 III 161 consid. 2.4; 132 III 49 consid. 2.2). Aujourd'hui cependant, le droit civil fédéral n'est plus confronté, dans la majeure partie des cas, à des règles cantonales de droit privé édictées en vertu de l'art. 686 CC, mais aux règles de droit public fédéral et cantonal. En particulier, en matière de distances entre les constructions, c'est le droit public cantonal qui s'applique presque exclusivement. S'agissant des relations entre le droit civil fédéral et le droit public cantonal dans ce domaine, le Tribunal fédéral a jugé que les normes de droit public adoptées par les cantons en matière de constructions (art. 6 al. 1 CC) étaient admissibles car elles répondaient à un intérêt public, étaient prises dans une matière que le législateur fédéral n'avait pas entendu régler de manière exhaustive et n'éludaient ni le droit civil fédéral, ni n'en contredisaient le sens ou l'esprit. Plus qu'une réserve improprement dite en faveur des cantons, l'art. 6 CC impose aussi une harmonisation des règles du droit civil fédéral et du droit public cantonal. Ainsi, lorsqu'un projet de construction correspond aux normes déterminantes de droit public sur la distance entre les constructions, qui ont été promulguées dans le cadre d'un règlement des constructions et des zones détaillé conforme aux buts et aux principes de la planification définis par le droit de l'aménagement du territoire, il n'y a en général pas d'immissions excessives au sens de l'art. 684 CC (ATF 129 III 161 consid. 2.6; cf aussi ATF 132 III 49 consid. 2.2; cf. aussi ATF 132 III 6 consid. 3 pour les plantations).
3.4 Selon le droit cantonal genevois, les pièces servant à l'habitation de jour ou de nuit, les cuisines et les locaux où l'on travaille en permanence doivent être pourvus de baies ouvrant directement sur l'extérieur et disposant d'un champ de vue libre dénommé vue droite (art. 47 LCI/GE). On entend par « vue » toute ouverture dans le mur d'un bâtiment permettant de regarder facilement chez le voisin, une « vue droite » étant pratiquée dans un mur parallèle à la limite d'un fonds (ATF 99 II 152 consid. II). La longueur des vues droites se calcule de la même manière que les distances entre constructions (art. 48 al. 1 LCI/GE). Dans toutes les zones, les distances entre deux constructions ne peuvent être inférieures à la somme des distances qui seraient exigibles entre chacune de ces constructions et la limite de propriété passant entre elles (art. 45 al. 1 LCI/GE), cette distance devant être d'au moins quatre mètres dans la zone 2 (art. 25 al. 4 LCI/GE) dans laquelle se trouvent les bâtiments des parties. L'al. 3 de l'art. 45 LCI/GE réserve toutefois les dispositions des règlements de quartier et des plans localisés de quartier adoptés conformément à la loi sur l'extension des voies de communication et l'aménagement des quartiers ou localités, du 9 mars 1929, et de la loi générale sur les zones de développement du 29 juin 1957. Ces dérogations sont également applicables aux vues droites (arrêt du Tribunal administratif genevois ATA/321/1994 du 28 juin 1994 consid. 3).
3.5 La cour cantonale a considéré comme vraisemblable que les recourantes procédaient à la surélévation de leur bâtiment en deçà de la distance minimale d'au moins 4 mètres prescrite par l'art. 25 al. 4 LCI/GE. Elle a également constaté que les recourantes n'avaient donné aucune explication permettant de connaître les raisons pour lesquelles le Département ayant délivré l'autorisation de construire aurait dérogé aux art. 25 al. 4, 45 et 48 LCI. Elle en a déduit que l'intimée avait rendu vraisemblable que les normes cantonales de droit public sur les vues droites n'étaient pas respectées, et, partant, qu'un excès dans le droit de voisinage au sens de l'art. 684 CC était également vraisemblable. Elle a ensuite considéré que les travaux étaient susceptibles de causer un dommage à l'intimée, qui ne pourrait plus surélever des constructions sur une certaine surface, ce qui entraînait une dépréciation de son terrain.
3.6 Les recourantes ne contestent pas que les vues droites qui vont être créées dans les nouveaux étages ne respectent pas les distances minimales de 4 m. à la limite de propriété (art. 25 al. 4 et 45 LCI/GE). Elles se prévalent toutefois de l'exception de l'art. 45 al. 3 LCI/GE qui réserve les plans localisés de quartier. Outre qu'elles ne précisent pas avoir invoqué cette exception devant l'autorité précédente, elles ne disent pas non plus - et il ne ressort nullement du dossier - que le plan localisé de quartier prévoyait la création des vues droites litigieuses. Elles admettent d'ailleurs qu'en raison de l'existence de ces ouvertures, l'intimée ne sera pas en mesure de surélever son immeuble sur la surface comme l'y autorise le plan de quartier. Dans ces conditions, il était soutenable de la part de l'autorité précédente de considérer que les recourantes n'avaient pas rendu vraisemblable qu'elles pouvaient déroger aux distances minimales prévues par le droit cantonal. Les juges cantonaux pouvaient déduire sans verser dans l'arbitraire qu'il apparaissait que le projet de construction contrevenait aux normes de droit public sur les vues droites, ce qui rendait vraisemblable l'existence d'un excès dans le droit de voisinage au sens de l'art. 684 CC. S'agissant des conditions supplémentaires à l'octroi des mesures provisionnelles, les recourantes ne les remettent pas en question devant le Tribunal fédéral, de sorte qu'elles ne seront pas revues. Partant, l'arrêt attaqué doit être confirmé.
4. Au vu de ce résultat, les recourantes, qui succombent, supporteront les frais et dépens de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF). Elles verseront également à l'intimée une indemnité de dépens (68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3. Une indemnité de 4'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 10 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet