Erwägungen:
1. Vor dem Regionalgericht Bern-Mittelland ist ein Strafverfahren gegen X._ und Y._ hängig. Ein von den beiden Beschuldigten gegen den zuständigen Gerichtspräsidenten des Regionalgerichts gestelltes Ausstandsgesuch wies die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern mit Beschluss vom 3. März 2011 ab, soweit sie darauf eintrat. Die Beschwerdekammer führte zusammenfassend aus, die Gesuchsteller hätten lediglich ausgeführt, dass ihr ehemaliger Vertreter vom Gerichtspräsidenten "beredet" worden sei. Es gäbe indessen keinerlei Anhaltspunkte, dass sich der Gerichtspräsident mit dem Vertreter der Gesuchsteller unterhalten hätte, geschweige denn ihn dazu bringen wollte, das Mandat niederzulegen. Wie aus den Akten hervorgehe, habe der Gerichtspräsident im vorliegenden Verfahren erst drei Schreiben verfasst. Soweit die Gesuchsteller aus dem ersten Schreiben eine Befangenheit ableiten wollten, sei ihr erst zwei Monate später gestelltes Ausstandsgesuch verspätet. Bei den zwei weiteren Schreiben sei nicht ersichtlich und werde auch nicht geltend gemacht, inwiefern sich daraus eine Befangenheit ergeben sollte.
2. X._ und Y._ führen gegen den Beschluss der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern mit Eingabe vom 29. März 2011 Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Die Beschwerdeführer setzen sich mit der Begründung der Beschwerdekammer in Strafsachen nicht rechtsgenüglich auseinander und vermögen nicht darzulegen, inwiefern die Begründung bzw. der Beschluss rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Da die von den Beschwerdeführern vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen des angefochtenen Beschlusses darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, Daniel Gerber und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. April 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Pfäffli