Fatti:
A. Con lettera del 25 settembre 2009 indirizzata a questa Corte, il consorzio B._ ha dichiarato di ritirare il ricorso in materia di diritto pubblico e il ricorso sussidiario in materia costituzionale da lui presentati con un unico atto il 1° settembre 2009 contro la decisione 18 giugno/10 luglio 2009 del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino che annullava la risoluzione governativa 16 dicembre 2008 che gli aveva aggiudicato il mandato per uno studio pianificatorio del collegamento stradale A2-A13 (studio di fattibilità di cinque varianti) e che rinviava la vertenza al committente per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
B. Il 29 settembre 2009 il Presidente della II Corte di diritto pubblico ha quindi preso atto del ritiro dei gravami e ha stralciato la causa dai ruoli (art. 32 cpv. 1 e 2 LTF). Statuendo sulle spese giudiziarie e sull'assegnazione e l'ammontare delle ripetibili (art. 5 cpv. 2 e 73 cpv. 1 PC combinati con l'art. 71 LTF), ha posto delle spese processuali ridotte a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 2 LTF) e non ha concesso ripetibili né alle autorità (art. 68 cpv. 3 LTF) né al consorzio A._ che non aveva formulato osservazioni sull'istanza provvisionale (art. 68 cpv. 1 LTF). Ha altresì annullato il termine con scadenza al 12 ottobre 2009 fissato alle controparti per presentare un'eventuale risposta nel merito e ha dichiarato priva d'oggetto la richiesta di trasmissione degli atti formulata dal consorzio A._. Il decreto è stato inviato alle parti il 7 ottobre 2009.
C. Con scritto del 7 ottobre 2009, anticipato via fax, il consorzio A._ ha rilevato innanzitutto che il 25 settembre 2009 si era espresso sulla domanda di conferimento dell'effetto sospensivo e aveva chiesto nel contempo la trasmissione della documentazione prodotta dal ricorrente. Ha poi aggiunto che visto il passare del tempo si era rivolto al Tribunale federale per sollecitare l'invio richiesto ed era allora venuto a conoscenza del ritiro dei ricorsi. Lamentava pertanto di non esserne stato informato prima e faceva valere di avere già investito molto tempo per l'impostazione e la parziale stesura del memoriale di risposta, vista l'approssimarsi della scadenza del termine fissato per determinarsi nel merito. Chiedeva pertanto l'assegnazione di ripetibili a copertura del lavoro finora svolto nonché l'invio di una copia della lettera di ritiro.
D. L'8 ottobre 2009 il consorzio A._ ha informato questa Corte di avere ricevuto il giorno stesso il decreto di stralcio e ne ha chiesto, richiamandosi alla sua lettera del 7 ottobre precedente, la revisione in virtù degli art. 121 lett. c e d nonché 123 cpv. 2 lett. a LTF, rispettivamente la rettifica secondo l'art. 129 LTF. In ogni caso ne ha postulato la modifica nel senso che gli fossero assegnate delle ripetibili nonché ha reiterato la sua richiesta d'inviargli una copia della lettera del 25 settembre 2009.
Non sono state chieste osservazioni alle controparti.
Diritto:
1. La revisione è un rimedio giuridico straordinario che consente di chiedere il riesame di una sentenza del Tribunale federale per i motivi indicati agli art. 121-123 LTF e nei termini fissati all'art. 124 LTF. Per essere ammissibile l'istanza dev'essere motivata: l'istante deve confrontarsi con la sentenza di cui chiede la revisione e spiegare per quale ragione ritiene sussistere un motivo di revisione (v. art. 42 cpv. 2 LTF). È necessario che uno dei motivi di revisione degli art. 121 segg. LTF sia debitamente invocato dall'istante e ammesso dal Tribunale federale perché l'istanza sia accolta, la sentenza precedente annullata e ne sia pronunciata una nuova (art. 128 cpv. 1 LTF).
2. 2.1 L'istanza in esame è rivolta contro un decreto di stralcio dai ruoli emanato in seguito alla desistenza della parte ricorrente. In altre parole trattasi di una decisione, pronunciata in concreto dal Presidente della Corte adita, che pone fine al processo senza sentenza (cfr. MATTHIAS HÄRRI, in Basler Kommentar BGG, n. 19 all'art. 32 e riferimenti, tra cui il rinvio al "Titolo nono: Fine del processo senza sentenza" della legge di procedura civile federale del 4 dicembre 1947, segnatamente all'art. 73 cpv. 1 in fine PC, che disciplina i casi di desistenza ed è applicabile in virtù del rinvio dell'art. 71 LTF). Ora visto il tenore dei disposti applicabili alla revisione (art. 121 e segg. LTF) ci si può chiedere se solo le sentenze del Tribunale federale siano suscettibili di revisione (v. ELISABETH ESCHER, in Basler Kommentar BGG, n. 4 all'art. 127 e rinvii dottrinali; v. pure sentenza 6A.100/1996 del 14 novembre 1996, ove è stato lasciato aperto [per motivi che ora non sono dati] il quesito di sapere se una dichiarazione di ritiro e la conseguente decisione di stralcio dai ruoli fossero suscettibili di revisione nonché DTF 114 Ib 74 dove invece è stato giudicato che la decisione giudiziale e la decisione di stralcio dai ruoli che si limita a prenderne atto non lo erano). In concreto la questione può rimanere irrisolta dato che, per i motivi esposti di seguito, la presente istanza si avvera comunque irricevibile.
2.2 L'istante in effetti si limita a citare diversi disposti di legge senza tuttavia minimamente spiegare come, con l'emanazione del decreto di stralcio dai ruoli, questa Corte non avrebbe giudicato su singole conclusioni oppure, per svista, non avrebbe tenuto conto di fatti rilevanti che risultavano dagli atti (art. 121 lett. c e d LTF). Allo stesso modo non dimostra e per altro nemmeno adduce che sarebbe venuto a conoscenza, tra l'altro, di fatti rilevanti che esistevano già quando è stato emanato il decreto di stralcio ma che non aveva potuto allora addurre (art. 123 cpv. 2 lett. a LTF). In queste condizioni la domanda di revisione va dichiarata ammissibile.
3. L'istanza non è destinata a miglior sorte nemmeno in relazione alla richiesta di rettifica (art. 129 LTF), senza che occorre appurare (per i motivi illustrati in precedenza) se la stessa possa essere presentata contro un decreto di stralcio dai ruoli. Infatti, l'istante non spiega né dimostra in che cosa il dispositivo contestato sarebbe poco chiaro, incompleto o ambiguo o conterrebbe elementi in contraddizione tra loro o con i motivi oppure errori redazionali o di calcolo: la domanda, immotivata (v. art. 42 LTF), sfugge quindi ad un esame di merito.
4. L'istante adduce infine che quando ha ricevuto la copia del decreto di stralcio erano intercorsi 10 giorni dal ritiro del ricorso e si approssimava la scadenza del termine per l'inoltro delle osservazioni sul merito, fissato al 12 ottobre 2009. In quel momento egli aveva già investito molto tempo per l'impostazione e la parziale stesura del memoriale di risposta, motivo per cui chiede la modifica del decreto litigioso nel senso che gli vengano assegnate delle ripetibili a copertura del lavoro finora svolto. Sennonché, contrariamente a quanto sembra pensare l'istante, decisivo per il giudizio sulle ripetibili è lo stato di fatto esistente quando il Presidente della Corte ha decretato lo stralcio della causa, cioè il 29 settembre 2009. Orbene in quel momento l'istante non aveva presentato osservazioni né sull'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo (nella lettera del 25 settembre 2009 si è infatti limitato a rimettersi alle osservazioni del committente e al giudizio del Tribunale federale) né sul merito della vertenza. È quindi a ragione che non gli sono state accordate ripetibili. Ora niente nei motivi addotti permette di ritenere che tale decisione fosse sbagliata o fondata su di un errata valutazione della fattispecie. La richiesta va quindi disattesa.
5. 5.1 Ne segue che, nella misura in cui è ammissibile, l'istanza va respinta.
5.2 Pur essendo le procedura onerosa, nella fattispecie si può eccezionalmente dispensare l'istante dall'onere delle spese processuali (art. 66 cv. 1 in fine LTF). Non si concedono ripetibili né all'autorità né al consorzio B._ che non è stato invitato a determinarsi (art. 68 cpv. 1 a 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, l'istanza è respinta.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione ai patrocinatori, rispettivamente al rappresentante delle parti e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.