Sachverhalt:
A. X._, Sicherheitsangestellter der Securitrans, Public Transport Security AG (im Folgenden: Securitrans), patrouillierte am 2. November 2010, um ca. 17:30 Uhr, mit einem Kollegen auf dem Areal des Hauptbahnhofs St. Gallen. Dabei stellten sie Y._, der Bier auf den Boden goss, zur Rede. In der Folge kam es zu verbalen und tätlichen Auseinandersetzungen zwischen den beiden Securitrans-Mitarbeitern einerseits und Y._ anderseits.
Y._ stellte gegen die beiden Securitrans-Mitarbeiter Strafantrag wegen Tätlichkeiten (Art. 126 StGB), welche ihn ihrerseits wegen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte (Art. 285 StGB) anzeigten.
Am 31. März 2011 trat das Untersuchungsamt St. Gallen auf die Strafanzeigen der beiden Securitrans-Mitarbeiter nicht ein mit der Begründung, sie seien keine Beamte im Sinn von Art. 285 Abs. 1 bzw. Art. 110 Abs. 3 StGB.
X._ erhob gegen diese Verfügung Beschwerde bei der Anklagekammer des Kantons St. Gallen, welche sie am 8. Juni 2011 abwies.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid der Anklagekammer aufzuheben und sie anzuweisen, das Untersuchungsamt St. Gallen anzuhalten, die Strafuntersuchung gegen Y._ weiterzuführen. Eventuell sei der Entscheid der Anklagekammer aufzuheben und das Untersuchungsamt St. Gallen anzuhalten, die Strafuntersuchung weiterzuführen. Subeventuell sei der Entscheid der Anklagekammer aufzuheben und Y._ wegen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte zu verurteilen.
C. Der Erste Staatsanwalt des Untersuchungsamts St. Gallen beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen. Die Anklagekammer verzichtet unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf Vernehmlassung.
Y._ beantragt sinngemäss, die Beschwerde abzuweisen und stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid bestätigt, dass das vom Beschwerdeführer angestrebte Strafverfahren nicht an die Hand genommen wird. Er schliesst damit das Verfahren ab. Es handelt sich um den Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 90 BGG). Dem Beschwerdeführer wurde im kantonalen Strafverfahren Parteistellung zuerkannt (Art. 80 Abs. 1 BGG). Er ist damit zur Beschwerde ans Bundesgericht befugt, da sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung allfälliger Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG).
2. Umstritten ist einzig, ob dem Beschwerdeführer bei seinem Vorgehen gegen den Beschwerdegegner Beamteneigenschaft im Sinn von Art. 285 Abs. 1 bzw. Art. 110 Abs. 3 StGB zukam oder nicht.
2.1 Der strafrechtliche Beamtenbegriff im Sinne von Art. 110 Abs. 3 StGB erfasst sowohl institutionelle als auch funktionelle Beamte. Erstere sind die Beamten im öffentlich-rechtlichen Sinn sowie Angestellte im öffentlichen Dienst. Bei Letzteren ist es nicht von Bedeutung, in welcher Rechtsform diese für das Gemeinwesen tätig sind. Das Verhältnis kann öffentlich-rechtlich oder privatrechtlich sein. Entscheidend ist vielmehr die Funktion der Verrichtungen. Bestehen diese in der Erfüllung öffentlicher Aufgaben, so sind die Tätigkeiten amtlich und die sie verrichtenden Personen Beamte im Sinne des Strafrechts (BGE 135 IV 198 E. 3.3).
2.2 "Die SBB erbringen als Kernaufgabe Dienstleistungen im öffentlichen Verkehr, namentlich in der Bereitstellung von Infrastruktur (...)" (Art. 3 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Schweizerischen Bundesbahnen vom 20. März 1998, SR 742.31; SBBG). Zur Bereitstellung der Bahninfrastruktur gehört notwendigerweise auch deren ordnungsgemässer Betrieb, zu dessen Gewährleistung die Eisenbahnunternehmen Vorschriften über die Benützung des Bahnhofgebiets erlassen können (Art. 23 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957, SR 742.101; EBG). Der Betrieb von Bahnhöfen ist somit zweifelsfrei eine öffentliche Aufgabe.
2.3 Das bedeutet indessen nicht, dass alle Tätigkeiten, die in irgendeiner Weise zum Betrieb eines Bahnhofs gehören, per se als öffentliche Aufgaben zu betrachten wären. Die Gewährleistung von Ruhe und Ordnung auf dem Bahnareal bzw. der Sicherheit des Bahnbetriebs ist allerdings klarerweise eine polizeiliche und damit öffentliche Aufgabe. Die SBB waren nach Art. 12 des damals in Kraft stehenden Bundesgesetzes über die Handhabung der Bahnpolizei vom 18. Februar 1978 denn auch befugt, diese polizeilichen Aufgaben durch amtlich in die Pflicht genommene, hinsichtlich des amtlichen Charakters ihres Auftrags den kantonalen Polizeibeamten gleichgestellte Bahnpolizeibeamte zu erfüllen. Da die Beanspruchung des der öffentlichen Hand zustehenden Gewaltmonopols einer klaren gesetzlichen Grundlage bedarf, blieb für die Durchführung polizeilicher Aufgaben durch die SBB ausserhalb der Bahnpolizei nach damals geltendem Recht von vornherein kein Raum.
2.4 Der Beschwerdeführer war kein Bahnpolizeibeamter im Sinn des Bahnpolizeigesetzes, sondern Angestellter der Securitrans, einer privatrechtlichen Aktiengesellschaft, an der die SBB (im Zeitpunkt des zu beurteilenden Vorfalls) mit 51 % und die Securitas AG mit 49 % beteiligt waren. Er war somit beim umstrittenen Vorfall als privatrechtlich Angestellter einer privaten Sicherheitsfirma tätig und hatte als solcher keine bahnpolizeilichen, den Bahnpolizeibeamten vorbehaltenen Aufgaben.
2.5 Liess die SBB somit ihre Bahnhöfe ausserhalb ihrer bahnpolizeilichen Befugnisse von Angestellten der Securitrans überwachen, so kommt als einzig denkbare Grundlage das Hausrecht in Betracht, d.h. die aus dem Grundeigentum fliessende Befugnis, eine Hausordnung aufzustellen und durchzusetzen, wie sie auch jedem privaten Inhaber des Hausrechts - z.B. dem Wirt zur Durchsetzung von Ruhe und Ordnung in seinem Lokal - zukommt. Die Tätigkeit des Beschwerdeführers bestand in der Durchsetzung des (privatrechtlichen) Hausrechts für die SBB, nicht in der Erfüllung einer öffentlichen Aufgabe. Er handelte somit nicht als Beamter im Sinn von Art. 110 Abs. 3 bzw. Art. 285 Abs. 1 StGB. Die Nichtanhandnahme des Strafverfahrens gegen den Beschwerdegegner wegen Gewalt und Drohung gegen Beamte ist damit nicht zu beanstanden, die Rüge ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66. Abs. 1 BGG). Er hat dem Beschwerdegegner ausserdem eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 BGG); dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird damit gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat dem Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Untersuchungsamt St. Gallen und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi