Sachverhalt:
A. Mit unangefochten gebliebener Verfügung vom 1. Februar 2007 wies die IV-Stelle des Kantons Aargau ein Rentengesuch des 1966 geborenen B._ ab, da kein invalidisierender Gesundheitsschaden vorlag. Am 28. April 2008 meldete sich der Versicherte unter Hinweis auf einen Bericht des Dr. med. H._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 14. April 2008 erneut zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle trat auf diese Neuanmeldung mit Verfügung vom 10. Juni 2008 nicht ein.
B. Die von B._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. September 2009 ab, soweit es auf sie eintrat.
C. Mit Beschwerde beantragt B._, er sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides zu berenten, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen. Gleichzeitig stellt B._ ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; Urteile 9C_689/2008 vom 25. Februar 2009 E. 3.1 und 9C_1025/2008 vom 19. Januar 2009 E. 4.1).
1.3 Die Vorinstanz ist auf den Antrag des Versicherten auf Ausrichtung einer Invalidenrente nicht eingetreten. Der Beschwerdeführer beantragt vor Bundesgericht erneut, er sei zu berenten, ohne sich jedoch mit dem vorinstanzlichen Nicht-Eintreten auseinanderzusetzen. Auf den Eventualantrag ist somit vorliegend nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG; vgl. auch BGE 123 V 335 E. 1b S. 337 f.).
1.4 Einzutreten ist demgegenüber auf die Beschwerde, soweit der Versicherte sinngemäss geltend macht, die IV-Stelle sei ihrerseits zu Unrecht nicht auf die Neuanmeldung eingetreten und habe demgemäss zu Unrecht auf weitere medizinische Abklärungen verzichtet.
2. Wurde eine Rente wegen eines zu geringen Invaliditätsgrades verweigert, so wird eine neue Anmeldung gemäss Art. 87 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 87 Abs. 3 IVV nur dann geprüft, wenn glaubhaft gemacht wird, dass sich der Invaliditätsgrad des Versicherten in einer für den Anspruch erheblichen Weise geändert hat.
3. Mit Verfügung vom 1. Februar 2007 wurde ein Rentenanspruch des Beschwerdeführers mangels eines invalidisierenden Gesundheitsschadens verneint. Der Versicherte begründete seine Neuanmeldung vom 28. April 2008 lediglich mit dem Bericht des Dr. med. H._ vom 14. April 2008. Wie das kantonale Gericht für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt hat, finden sich in diesem Bericht keine Hinweise auf eine wesentliche Verschlechterung des Gesundheitszustands des Versicherten zwischen dem 1. Februar 2007 und dem 10. Juni 2008. Was der Beschwerdeführer gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie nicht als offensichtlich unrichtig oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhend erscheinen zu lassen (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG). Unbehelflich sind insbesondere die Hinweise des Versicherten auf den Untersuchungsgrundsatz; dieser spielt erst dann, wenn eine Verschlechterung des Invaliditätsgrades zumindest glaubhaft gemacht ist (BGE 130 V 64 E. 5.2.5 S. 68 f.). Da die der Verwaltung eingereichten Unterlagen nicht ausreichen, eine solche Verschlechterung auch nur glaubhaft zu machen, ist die Beschwerdegegnerin zu Recht nicht auf die Neuanmeldung eingetreten. Die Verfügung und der kantonale Gerichtsentscheid waren somit rechtens; die Beschwerde ist abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist.
4. Da die Beschwerde offensichtlich unbegründet ist, wird sie im Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG erledigt. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung im bundesgerichtlichen Verfahren ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdeführer sind demnach die Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Dezember 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer