Sachverhalt:
A. Am 8. Februar 2005 erteilte die Einwohnergemeinde Walkringen den Eheleuten X._ die Bewilligung für den Neubau eines Einfamilienhauses mit Einstellhalle auf Parzelle Nr. 1474, Grundbuch Walkringen. Die Baubewilligung erwuchs in Rechtskraft. Am 13. November 2006 stellten Gemeindeorgane fest, dass die Eheleute X._ entlang der Parzellengrenze zur Zihlstrasse am Fahrbahnrand Granitblöcke als Bordsteine aufstellten. Am 16. November 2006 verfügte die Baupolizeibehörde der Einwohnergemeinde Walkringen die Einstellung der Bauarbeiten und forderte die Bauherrschaft auf, diese Bauarbeiten rückgängig zu machen. Am 25. November 2006 reichten die Eheleute X._ ein nachträgliches Baugesuch für die Vorplatzgestaltung ein und ersuchten um Erteilung einer Ausnahmebewilligung für das Unterschreiten des Lichtraumprofils der Strasse, das nach Art. 68 Abs. 1 des Gesetzes vom 2. Februar 1964 über Bau und Unterhalt der Strassen (Strassenbaugesetz, SBG/BE; BSG 732.11) in der Regel 50 cm beträgt. Mit Verfügung vom 11. Januar 2007 verweigerte die Einwohnergemeinde die Ausnahmebewilligung nach Art. 68 SBG/BE. Nachdem die Eheleute X._ am 18. Januar 2007 hiergegen Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern erhoben hatten, erliess die Einwohnergemeinde Walkringen am 24. Januar 2007 eine korrigierte Verfügung, in der sie der Bauherrschaft Frist bis 31. März 2007 ansetzte, um die Stützmauer an der Strassengrenze zu entfernen oder sie um 50 cm vom Strassenrand zurückzuversetzen. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion schrieb darauf das bei ihr eingeleitete Beschwerdeverfahren ab.
B. Gegen die Verfügung vom 24. Januar 2007 erhoben die Eheleute X._ am 26. Februar 2007 erneut Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion. Sie beantragten, die Wiederherstellungsverfügung sei aufzuheben und ihnen sei eine Ausnahmebewilligung für das Unterschreiten des Lichtraumprofils zu erteilen. Am 13. September 2007 wies die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion die Beschwerde ab.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies mit Urteil vom 13. Mai 2008 eine gegen diesen Entscheid erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde von den Eheleuten X._ ab, soweit es darauf eintrat. Es setzte eine neue Frist von zwei Monaten ab Rechtskraft des Urteils zur Entfernung bzw. Rückversetzung der strittigen Bordsteinmauer an.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 16. Juni 2008 beantragen die Eheleute X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 13. Mai 2008 sei aufzuheben und die Sache sei zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen des Bundesgerichts an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion verzichtet auf Vernehmlassung. Das Verwaltungsgericht und die Einwohnergemeinde Walkringen schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eheleute X._ halten in einer weiteren Eingabe an ihrer Beschwerde fest. Am 8. Oktober 2008 reicht die Einwohnergemeinde Walkringen unaufgefordert eine zusätzliche Eingabe ein. Die Eheleute X._ beantragen mit Schreiben vom 9. Oktober 2008, diese Eingabe aus den Akten zu weisen.
E. Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat der Beschwerde mit Verfügung vom 15. Juli 2008 aufschiebende Wirkung beigelegt.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 133 III 489 E. 3 mit Hinweis).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid öffentlich-rechtlicher Natur (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Ein Ausschlussgrund ist nicht gegeben (Art. 83 BGG). Ebensowenig liegen die Unzulässigkeitsgründe der Art. 84 und 85 BGG vor. Die Beschwerdeführer haben am Verfahren vor Verwaltungsgericht und vor den vorausgegangenen Instanzen teilgenommen (Art. 89 Abs. 1 lit. a BGG). Als Bauherrschaft und Eigentümer des Baugrundstücks sind sie durch das angefochtene Urteil besonders berührt (lit. b) und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung (lit. c). Sie sind daher zur Beschwerde berechtigt. Die Beschwerde erweist sich im Grundsatz als zulässig.
1.2 Die Beschwerdeführer beantragen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz. Diese Anträge genügen den Anforderungen von Art. 42 Abs. 1 BGG, da sich aus der Beschwerde zweifelsfrei ergibt, dass die Beschwerdeführer die Aufhebung einer baurechtlichen Wiederherstellungsverfügung anstreben (BGE 133 II 409 E. 1.4 S. 414 f.; 133 III 489 E. 3.1; je mit Hinweisen).
Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind grundsätzlich erfüllt. Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt der Ausführungen in E. 2.2.1 und 2.2.2 hiernach einzutreten.
2. Das Verwaltungsgericht und seine kantonalen Vorinstanzen begründen die Pflicht zur Entfernung bzw. Rückversetzung der von den Beschwerdeführern gesetzten Bordsteine mit Art. 68 Abs. 1 SBG/BE, wonach Bauten und Anlagen, auch wenn sie als solche nicht der Baubewilligungspflicht unterstehen, grundsätzlich ein Lichtraumprofil von mindestens 50 cm zum Fahrbahnrand einer öffentlichen Strasse zu wahren haben. Sie rechtfertigen dies in Würdigung der örtlichen Verhältnisse insbesondere mit Erwägungen der Verkehrssicherheit. Die Einhaltung des Lichtraumprofils soll die Sichtverhältnisse verbessern und vermeiden, dass Hindernisse in den Verkehrsraum ragen, und sie soll den Verkehrsteilnehmenden ermöglichen, die ganze, ohnehin geringe Fahrbahnbreite dieser in einer Tempo-30-Zone liegenden Strasse zu nutzen, ohne bei Kreuzungsmanövern zur Mitte hin ausweichen zu müssen. Die Vorinstanz erachtet demzufolge die Wiederherstellungsverfügung als verhältnismässig.
2.1 Die Beschwerdeführer rügen, das Verwaltungsgericht lasse ausser Acht, dass die Zihlstrasse gestützt auf die einschlägigen Vorschriften des Bundesrechts als Tempo-30-Zone ausgestaltet sei. Die Bordsteine seien als Verkehrsberuhigungselemente nach Art. 5 der Verordnung vom 28. September 2001 über die Tempo-30-Zonen und die Begegnungszonen (SR 741.213.3; nachfolgend: VO Tempo-30-Zonen) anzusehen. Wenn die Vorinstanz die Entfernung oder Versetzung der Bordsteine gestützt auf Art. 68 SBG/BE verlange, verkenne sie den Vorrang des Bundesrechts.
2.1.1 Sollten die Beschwerdeführer damit dartun wollen, die Vorinstanz habe bezüglich des Bestehens einer Tempo-30-Zone im fraglichen Gebiet den Sachverhalt unvollständig festgestellt, ist ihre Rüge offensichtlich unbegründet. Das angefochtene Urteil erwähnt in E. 3.4.1 die an Ort und Stelle bestehende Tempo-30-Zone ausdrücklich.
2.1.2 Nach Art. 82 Abs. 1 BV erlässt der Bund Vorschriften über den Strassenverkehr. Demgegenüber bleibt die Strassenhoheit, vorbehältlich der in der Bundesverfassung genannten Ausnahmen (Art. 82 Abs. 2 sowie Art. 83 f. i.V.m. Art. 3 BV), bei den Kantonen (RENÉ SCHAFFHAUSER, Grundriss des schweizerischen Strassenverkehrsrechts, Bd. I, 2. Aufl. Bern 2002, Rz. 2 ff., 68 f.). Gestützt auf Art. 82 BV hat der Bund das Strassenverkehrsgesetz (SVG) erlassen. Dieses behält in Art. 3 Abs. 1 die Strassenhoheit der Kantone ausdrücklich vor und räumt in den folgenden Absätzen den Kantonen Kompetenzen ein für örtlich und/oder zeitlich beschränkte Fahrverbote, Verkehrsbeschränkungen, sonstige Verkehrsregelungen sowie für "andere Beschränkungen und Anordnungen", insbesondere zum Schutz von Anwohnern und sonstigen Betroffenen. Letztere - die sog. "funktionellen Verkehrsanordnungen" - sind Massnahmen, die nicht in einem (vollständigen oder zeitlich begrenzten) Fahrverbot bestehen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_206/2008 vom 9. Oktober 2008, E. 2.1 mit Hinweisen; RENÉ SCHAFFHAUSER, a.a.O., Rz. 37 ff.). Ihre Zulässigkeit wird durch Art. 3 Abs. 4 SVG an besondere sachliche Voraussetzungen geknüpft; sie unterstehen der Herrschaft des SVG. Die Kantone können diese Befugnisse den Gemeinden übertragen unter Vorbehalt der Beschwerde an eine kantonale Behörde (Art. 3 Abs. 2 Satz 2 SVG).
Nach Art. 32 Abs. 3 SVG kann insbesondere die vom Bundesrat festgesetzte Höchstgeschwindigkeit von der zuständigen Behörde herab- oder heraufgesetzt werden, dies aber nur aufgrund eines Gutachtens. Diese Bestimmung wird in Art. 108 der Signalisationsverordnung vom 5. September 1979 (SSV; SR 741.21) näher ausgeführt. Abs. 2 dieser Bestimmung nennt die Voraussetzungen der Herabsetzung der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit, und Abs. 5 regelt näher, welche abweichenden Höchstgeschwindigkeiten zulässig sind; lit. e dieses Absatzes erwähnt als innerorts zulässige Temporeduktionsmassnahmen die Tempo-30-Zonen (Art. 22a SSV) und die Begegnungszonen (Art. 22b SSV). Nach Art. 32 Abs. 3 SVG in Verbindung mit Art. 108 Abs. 4 SSV ist vor der Festlegung abweichender Höchstgeschwindigkeiten durch Gutachten abzuklären, ob die Massnahme nötig, zweck- und verhältnismässig ist oder ob andere Massnahmen vorzuziehen sind. Nach Art. 108 Abs. 6 SSV regelt das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) die Einzelheiten für die Festlegung abweichender Höchstgeschwindigkeiten und legt insbesondere für Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen bezüglich Ausgestaltung, Signalisierung und Markierung die Anforderungen fest. Das UVEK hat dazu die VO Tempo-30-Zonen erlassen, die in Art. 3 insbesondere die Anforderungen an das von Art. 32 Abs. 3 SVG und Art. 108 Abs. 4 SSV geforderte Gutachten und in Art. 5 Massnahmen zur Gestaltung des Strassenraumes festlegt (vgl. hierzu Urteile des Bundesgerichts 2A.38/2006 vom 13. Juli 2006, in: ZBl 108/2007 S. 611; 1C_206/2008 vom 9. Oktober 2008).
2.1.3 Solche funktionelle Verkehrsanordnungen zur Gestaltung des Strassenraums liegen an der Schnittstelle zwischen bundesrechtlicher Verkehrsregelungskompetenz und kantonaler Strassen(bau)hoheit (vgl. RENÉ SCHAFFHAUSER, a.a.O., Rz. 68 f.). Der vor Aufhebung (per 1. Januar 2003) des Ausschlussgrunds von Art. 100 Abs. 1 lit. 1 Ziff. 1 OG zuständige Bundesrat (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2A.90/2006 vom 26. Juni 2006 E. 1.1; 2A.23/2006 vom 23. Mai 2006 E. 2.1 und 2A.387/2003 vom 1. März 2004 E. 1.1) nahm in seiner damaligen Praxis zu Art. 3 Abs. 4 SVG an, dass der Bund verfassungsrechtlich nicht befugt sei, die bauliche Ausgestaltung einer kantonalen Strasse zu bestimmen, und dass das Strassenverkehrsrecht des Bundes auch in Tempo-30-Zonen keine Handhabe biete, um von den Kantonen bauliche Veränderungen der Strassen zu verlangen (Urteil 2A.90/2006 vom 26. Juni 2006 E. 1.2, mit Hinweisen auf die frühere bundesrätliche Praxis; vgl. die bei RENÉ SCHAFFHAUSER, a.a.O., Rz. 69 erwähnte Kritik).
Die Frage, ob der Bund bauliche Änderungen kantonaler Strassen verlangen könne, ist hier nicht entscheidend. Dass das SVG und seine Ausführungserlasse die Kantone bzw. - bei entsprechender Kompetenzübertragung nach Art. 3 Abs. 2 Satz 2 SVG - die Gemeinden zur Anordnung solcher spezifischer Massnahmen zum Schutz von Quartierbewohnern, anderen Betroffenen oder Umweltinteressen nach Art. 108 Abs. 2 SSV sowie Art. 3 und 5 VO Tempo-30-Zonen i.V.m. Art. 3 Abs. 4 SVG ermächtigt, hebt entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer das kantonale Strassenrecht oder gar die kantonale Strassenhoheit in Gebieten, in denen Massnahmen wie Tempo-30-Zonen oder Begegnungszonen im Sinne dieser Vorschriften realisiert worden sind, nicht einfach auf. Hingegen vergrössert dieses bundesrechtliche Instrumentarium die Möglichkeiten der kantonalen bzw. kommunalen Behörden, aus eigener Initiative in Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen "nötigenfalls... weitere Massnahmen... wie das Anbringen von Gestaltungs- oder Verkehrsberuhigungselementen..." (Art. 5 Abs. 3 der VO Tempo-30-Zonen) zur Einhaltung der signalisierten Höchstgeschwindigkeit und damit zur Wahrung der in Art. 3 Abs. 4 SVG und Art. 108 Abs. 2 SSV genannten öffentlichen Interessen zu treffen. Solche Massnahmen können auch baulicher Art sein (vgl. Urteil 2A.38/2006 vom 13. Juli 2006, in: ZBl 108/2007 S. 611 ff. E. 3.4.1; RENÉ SCHAFFHAUSER, a.a.O., Rz. 68 f.). In allen Fällen sind dabei aber die strengen Anforderungen an den Nachweis der Notwendigkeit, Zweck- und Verhältnismässigkeit solcher Massnahmen gemäss Art. 108 Abs. 2, 4 und 5 SSV und Art. 3 und 5 der VO Tempo-30-Zonen in Verbindung mit Art. 32 Abs. 3 SVG einzuhalten. Dieser Nachweis muss - wie erwähnt - durch ein Gutachten erbracht werden. Art. 3 der VO Tempo-30-Zonen nennt in lit. a-g Anforderungen an dieses Gutachten. Nach lit. g dieser Bestimmung muss das Gutachten insbesondere eine Aufzählung und Umschreibung der Massnahmen enthalten, die erforderlich sind, um die angestrebten Ziele zu erreichen. In diesem Rahmen lassen sich Abweichungen von kantonalen strassenrechtlichen Vorschriften auf Bundesrecht stützen und kann sich die Frage des Vorrangs des Bundesrechts gegenüber kantonalem Recht stellen.
2.1.4 Die Beschwerdeführer behaupten nicht, dass ein der vorliegenden Tempo-30-Zone zugrundeliegendes Gutachten an der fraglichen Stelle einen Verzicht auf das nach Art. 68 SBG/BE geforderte Lichtraumprofil vorsieht oder empfiehlt. Ein solches Gutachten liegt weder bei den Akten noch haben die Beschwerdeführer dessen Beizug verlangt. Ebensowenig machen sie insoweit eine unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend. Schon aus dieser Perspektive erweist sich die Rüge der Verletzung des Vorrangs des Bundesrechts als unbehelflich. Im Übrigen steht den zuständigen Behörden erhebliches Ermessen zu (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_206/2008 vom 9. Oktober 2008 E. 2.3; RENÉ SCHAFFHAUSER, a.a.O., Rz. 50). Dass für eine bestimmte Strasse eine Tempo-30-Zone angeordnet ist, begründet nicht einfach einen Anspruch einzelner Anwohner auf Erlass von insbesondere (auch) ihren eigenen Interessen dienenden Massnahmen im Bereich ihrer Liegenschaften. Erst recht schiene es auch aus grundsätzlichen Erwägungen problematisch, ein ohne vorgängige behördliche Abklärung und Interessenabwägung (vgl. Art. 108 SSV i.V.m. der VO Tempo-30-Zonen) durch Private geschaffenes fait accompli nachträglich in eine Verkehrsberuhigungsmassnahme umzuinterpretieren.
2.2 Ob die Abwägung der massgebenden Interessen im Rahmen der einschlägigen Gesetzgebung und insbesondere des Aspekts der Sicherheit von Verkehrsteilnehmern und Anwohnern vor den gültig erhobenen Rügen standhält, thematisieren die Beschwerdeführer praktisch nur bezüglich der von ihnen angerufenen bundesrechtlichen Erlasse, d.h. des SVG und dessen Ausführungsverordnungen. Insoweit verfügt das Bundesgericht an sich über freie Prüfung, übt aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die zuständigen Behörden besser kennen als das Bundesgericht, und respektiert einen Gestaltungsspielraum dieser Behörden (BGE 131 II 680 E. 2.3.2 S. 684 mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 1C_206/2008 vom 9. Oktober 2008 E. 2.3). Da wie erwähnt schon die verfahrensmässigen Voraussetzungen für weitergehende Gestaltungsmassnahmen nach Art. 5 Abs. 3 VO Tempo-30-Zonen i.V.m. Art. 108 SSV nicht behauptet werden (vgl. E. 2.1.4 hiervor), kommt diesen bundesrechtlichen Bestimmungen höchstens beschränkte Wirkung zu. Vorrangig geht es vielmehr um die Anwendung des einschlägigen kantonalen Rechts, welche nur im Rahmen der Beschwerdegründe des Art. 95 BGG überprüft werden kann, was mangels weiterer Grundrechtsrügen im Wesentlichen auf die Prüfung hinausläuft, ob die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts vor dem Willkürverbot standhält und auch im Übrigen bundesrechtskonform erfolgt ist.
2.2.1 In der Beschwerdebegründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Damit obliegt den Beschwerdeführern, die behaupteten Rechtsverletzungen zu nennen und diese Rügen zu begründen (allgemeine Rüge- und Begründungspflicht). Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist jedoch nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht. Bei solchen Rügen gilt der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht. Vielmehr sind diese Rügen präzise vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG). Führt der Beschwerdeführer nicht zumindest in erkennbarer Weise an, welches Grundrecht seiner Meinung nach verletzt sei, und legt er nicht dar, worin die behauptete Verletzung bestehe, unterbleibt die Prüfung durch das Bundesgericht (vgl. Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001, BB1 2001 4344 f.). Im Anwendungsbereich von Art. 106 Abs. 2 BGG ist demnach die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG (vgl. dazu BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 261 f.; 129 I 113 E.2.1 S. 120) weiterzuführen (BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
2.2.2 Die Begründung der von den Beschwerdeführern erhobenen Rügen genügt den erwähnten Anforderungen nur teilweise. Soweit in Bezug auf die Anwendung von Art. 68 SBG/BE überhaupt hinreichend substanziierte Rügen erhoben werden, ist die von der Vorinstanz vorgenommene Interessenabwägung nicht zu beanstanden. Aufgrund des Augenscheinprotokolls und der verschiedenen Fotodossiers ist der Schluss durchaus haltbar, dass die strittige Anlage von ihrer konkreten Ausgestaltung her je nach Sicht- und Witterungsverhältnissen als gefährliches, überraschend auftauchendes Hindernis in Erscheinung treten und Verkehrsteilnehmer zwingen kann, zur Strassenmitte hin auszuweichen, und dass demzufolge der Verzicht auf das gesetzliche Lichtraumprofil ausgerechnet an dieser ohnehin schon engen Stelle der für anwohnerverträglichen Langsam- und Veloverkehr vorgesehenen Zihlstrasse unter Sicherheitsaspekten problematisch wäre. Wenn das Verwaltungsgericht und seine Vorinstanzen in Anbetracht dessen auf der Einhaltung des von Art. 68 SBG/BE geforderten Lichtraumprofils bestehen, liegt darin weder Willkür noch eine sonstwie bundesrechtswidrige Anwendung des kantonalen Rechts. Diese Rügen der Beschwerdeführer erweisen sich, soweit auf sie einzutreten ist, als unbegründet. Dass unter dieser Prämisse die Wiederherstellung des gesetzlichen Zustands nicht im öffentlichen Interesse stehe oder unverhältnismässig sei, machen die Beschwerdeführer nicht geltend. Die vom Verwaltungsgericht und seinen Vorinstanzen geforderte Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands hält vor den angerufenen Beschwerdegründen deshalb stand.
3. Die Beschwerdeführer machen schliesslich geltend, die Einwohnergemeinde Walkringen habe Art. 68 SBG/BE bisher nur sehr inkonsequent angewendet. Zudem habe sie sogar nach Erlass der angefochtenen Wiederherstellungsverfügung auf einem Nachbargrundstück (Parzelle Nr. 1512) eine neuerliche Unterschreitung des Lichtraumprofils toleriert. Damit bringe die Gemeinde zum Ausdruck, dass sie weiterhin an ihrer gesetzeswidrigen Praxis festhalte. Die Beschwerdeführer hätten deshalb Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht.
3.1 Nach der Rechtsprechung geht der Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Verwaltung in der Regel der Rücksicht auf die gleichmässige Rechtsanwendung vor. Der Umstand, dass das Gesetz in anderen Fällen nicht oder nicht richtig angewendet worden ist, gibt dem Bürger und der Bürgerin grundsätzlich keinen Anspruch darauf, ebenfalls abweichend vom Gesetz behandelt zu werden. Das gilt jedoch nur, wenn lediglich in einem einzigen oder in einigen wenigen Fällen eine abweichende Behandlung dargetan ist. Wenn dagegen die Behörde die Aufgabe der in anderen Fällen geübten gesetzeswidrigen Praxis ablehnt, kann der Bürger oder die Bürgerin verlangen, dass die gesetzeswidrige Begünstigung, die den Dritten zuteil wird, auch ihm bzw. ihr gewährt werde, soweit dies nicht andere legitime Interessen der Öffentlichkeit oder Dritter verletzt. Die Anwendung der Gleichbehandlung im Unrecht setzt als Vorbedingung voraus, dass die zu beurteilenden Sachverhalte identisch oder zumindest ähnlich sind (BGE 127 I 1 E. 3a S. 3; 126 V 390 E. 6a S. 392; 122 II 446 E. 4a S. 451 f.; je mit Hinweisen).
3.2 Die Einwohnergemeinde Walkringen anerkennt, Art. 68 SBG/BE in der Vergangenheit nicht konsequent gehandhabt zu haben. Die Fotos in den Akten belegen denn auch diverse weitere Verletzungen des Lichtraumprofils. Unbestritten ist auch, dass die Einwohnergemeinde Walkringen auch nach Erlass der dem vorliegenden Verfahren zugrunde liegenden Wiederherstellungsverfügung erneut in einer Bauabnahme auf dem Nachbargrundstück Nr. 1512 eine Unterschreitung des von Art. 68 SBG/BE geforderten Lichtraumprofils nicht ausdrücklich beanstandet hat. Sie erklärt indes, in Zukunft dieser Bestimmung Nachachtung verschaffen zu wollen; bezüglich des Nachbargrundstücks Nr. 1512 gibt sie ihren Fehler zu und stellte am vorinstanzlichen Augenschein in Aussicht, nach Rechtskraft der vorliegenden Wiederherstellungsverfügung auch gegen jene Unterschreitung vorzugehen. Die Vorinstanz hat die Gemeinde hierauf behaftet und gestützt darauf die Rechtsgleichheitsrüge verworfen.
Die Beschwerdeführer erachten die von der Einwohnergemeinde Walkringen am Augenschein abgegebenen Erklärungen als zu vage und nicht als glaubwürdig und die Behaftung durch die Vorinstanz nicht als ausreichend. Bis zur Beschwerdeeinreichung sei denn auch kein Verfahren gegen die Eigentümer der Parzelle Nr. 1512 eingeleitet worden.
3.3 Dass Art. 68 SBG/BE in der Vergangenheit inkonsequent gehandhabt wurde, ist offenkundig. Wenig überzeugend sind die Vorbringen der Einwohnergemeinde Walkringen im kantonalen Verfahren namentlich auch bezüglich der Nachbarparzelle Nr. 1512, wo in sachverhaltlicher Hinsicht zunächst behauptet wurde, der zuständige Baukontrolleur habe mit den Grundeigentümern vereinbart, dass diese ihre das Lichtraumprofil der Strasse verletzende Anlage entfernen würden, wenn die Wiederherstellungsverfügung betreffend die Beschwerdeführer rechtskräftig werde. Wie die Einwohnergemeinde Walkringen in der bundesgerichtlichen Beschwerdeantwort darlegt, besteht eine solche Vereinbarung offenbar aber nicht. Das ändert indessen nichts daran, dass die Einwohnergemeinde Walkringen durch Parteierklärung schon im vorinstanzlichen und erneut im bundesgerichtlichen Verfahren explizit darlegt, bei Obsiegen im vorliegenden Verfahren auch die Entfernung bzw. Rückversetzung der Anlage auf Parzelle Nr. 1512 zu verlangen und in Zukunft strikte auf Einhaltung des Lichtraumprofils zu dringen. Gemäss Aussage der Einwohnergemeinde Walkringen am vorinstanzlichen Augenschein sollen auch im Rahmen von Strassensanierungen die bestehenden Abschlüsse überprüft werden.
Diese Zusicherungen der Einwohnergemeinde Walkringen lassen ihren Willen, dem Gesetz in Zukunft Nachachtung zu verschaffen, als glaubwürdig erscheinen. Sie ist darauf zu behaften. Demzufolge sind die Voraussetzungen einer Gleichbehandlung der Beschwerdeführer im Unrecht nicht gegeben, und die Beschwerde erweist sich auch insofern als unbegründet.
4. Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten den unterliegenden Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Die in ihrem amtlichen Wirkungskreis handelnden kantonalen und kommunalen Behörden haben keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG; BGE 134 II 117).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Einwohnergemeinde Walkringen, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag