Faits:
A. Par ordonnance du 10 octobre 2008, le Juge d'instruction de l'arrondissement de l'Est vaudois a clôturé l'enquête instruite contre X._ pour diffamation, injure et dénonciation calomnieuse, d'office et sur plainte de Y._, respectivement contre ce dernier pour lésions corporelles simples et voies de fait, sur plainte de X._. Cette ordonnance repose, en résumé, sur l'état de fait suivant.
A.a Le 26 octobre 2007, entre 18h00 et 19h00, X._, qui avait consommé dans un établissement public, a eu une altercation avec Y._, gérant de ce dernier, à propos du paiement des consommations. X._ a accusé Y._, devant les autres clients, de lui avoir volé de l'argent et l'a traité de « voleur » et de « connard ». Le 29 octobre 2007, X._ a déposé plainte contre Y._, lui reprochant, dans le cadre de l'altercation précitée, de l'avoir saisi au cou et jeté par terre, lui occasionnant un hématome à la cuisse gauche, une ecchymose du côté cervical gauche avec éraflure et des contusions. Y._ a reproché à X._ d'avoir déposé cette plainte en le sachant innocent. Tout en contestant avoir saisi X._ par le cou et l'avoir jeté par terre, il a admis, en riposte à l'attitude méprisante de ce dernier, l'avoir saisi par les habits à la hauteur du col, avant de l'accompagner jusqu'à la sortie du café. Un autre client s'était chargé de le mettre à la porte.
A.b Le juge d'instruction a déclaré X._ coupable de diffamation et d'injure et l'a condamné à une peine pécuniaire de dix jours-amende à trente francs l'un, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de cent cinquante francs, avec peine privative de liberté de substitution de cinq jours. Cette même décision prononçait un non-lieu en faveur de X._ en ce qui concerne le chef de prévention de dénonciation calomnieuse et en faveur de Y._ de ceux de lésions corporelles simples et de voies de fait.
B. Saisi d'une opposition à cette ordonnance par X._, le Tribunal d'accusation a pris acte de l'opposition. Il a renvoyé X._ devant le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois comme accusé de diffamation ainsi que d'injure et a confirmé la partie libératoire de l'ordonnance.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut à sa réforme en ce sens que Y._ soit renvoyé devant le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois comme accusé de lésions corporelles simples, subsidiairement de voies de fait et de contrainte.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. La décision entreprise confirme le non-lieu prononcé en faveur de Y._ en ce qui concerne les accusations de lésions corporelles simples et de voies de fait. Rendue en matière pénale (art. 78 al. 1 LTF) par une autorité de dernière instance cantonale (art. 80 al. 1 LTF), elle met fin à la procédure pénale sur ce point. Elle est, dans cette mesure, finale au sens de l'art. 90 LTF. Partant, elle peut faire l'objet d'un recours en matière pénale.
On n'aboutit pas à une autre solution si l'on considère la procédure dans son ensemble et que la décision entreprise a été rendue sur opposition à une ordonnance du juge d'instruction combinée (condamnation et non-lieu) et/ou mixte (condamnation de certains prévenus et non-lieu en faveur d'autres; cf. art. 271 et 272 CPP/VD; v. aussi sur ces notions de droit cantonal: BOVAY ET AL., Procédure pénale vaudoise, 3e éd. 2008, art. 271 CPP n. 1 et 2 et art. 272 CPP n. 1). En tant qu'elle confirme le prononcé d'un non-lieu en faveur de Y._, l'ordonnance querellée statue en effet sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (le renvoi du recourant en jugement, qui n'est pas l'objet du présent recours), de sorte que le recours est recevable sous cet angle également (art. 91 let. a LTF).
2. L'art. 81 al. 1 LTF confère la qualité pour former un recours en matière pénale à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, notamment la victime, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5).
2.1 Le Tribunal fédéral examine librement si une personne est une victime au sens de la LAVI et ce pour chacune des infractions en cause (ATF 126 IV 147 consid. 1 p. 149; 120 Ia 157 consid. 2d p. 162 et les arrêts cités). Tant que les faits ne sont pas définitivement arrêtés, il faut se fonder sur les allégués de celui qui se prétend lésé pour déterminer s'il est une victime au sens de la LAVI (ATF 126 IV 147 consid. 1 p. 149).
2.2 La doctrine et la jurisprudence exigent que l'atteinte justifiant la qualité de victime ait une certaine gravité. Les délits de peu de gravité, tels que les voies de fait, qui ne causent pas de lésions, sont en principe exclus du champ d'application de la LAVI. Il ne suffit pas que la victime ait subi des désagréments, qu'elle ait eu peur ou qu'elle ait eu quelque mal. La notion de victime ne dépend pas de la qualification de l'infraction, mais exclusivement de ses effets sur le lésé. Des voies de fait peuvent ainsi suffire à fonder la qualité de victime si elles causent une atteinte notable à l'intégrité psychique du lésé, mais il est aussi possible que des lésions corporelles simples n'entraînent, au contraire, qu'une altération insignifiante de l'intégrité physique et psychique. En définitive, il faut déterminer si, au regard des conséquences de l'infraction en cause, le lésé pouvait légitimement invoquer le besoin de la protection prévue par la loi fédérale (ATF 129 IV 216 consid. 1.2.1 p. 218 et les références citées).
2.2.1 En l'espèce, le recourant justifie sa qualité pour recourir en alléguant avoir subi des « lésions corporelles simples », relevées dans un certificat médical. Il mentionne également dans ses conclusions le délit de contrainte, sans toutefois étayer ce point dans ses développements. Ces qualifications juridiques n'étant pas déterminantes à elles seules, il convient de rechercher dans les écritures du recourant la nature des atteintes qu'il allègue avoir concrètement subies.
2.2.2 Il ressort tout d'abord du certificat médical établi le 26 octobre 2007 que le recourant présentait au moment du constat, des contusions de la loge rénale droite et de l'aile iliaque droite, un hématome de la cuisse gauche ainsi qu'une ecchymose du côté cervical gauche avec éraflure.
La cour cantonale a retenu, sur la base des déclarations des témoins entendus durant l'enquête, que les lésions ainsi constatées avaient pu être causées par la chute du recourant, survenue indépendamment de l'intervention de Y._ (arrêt entrepris, p. 3). L'argumentation fondée sur l'interdiction de l'arbitraire développée par le recourant dans ses écritures ne remet pas en cause cette constatation en ce qui concerne les contusions et l'hématome. Le recourant tente uniquement, pour fonder ses griefs de violation des art. 123 et 126 CP, de démontrer que l'ecchymose avec éraflure qu'il présentait au niveau du cou ne peut être imputée à sa chute mais doit l'être au fait que Y._ l'aurait saisi par le col de ses vêtements (mémoire de recours, pp. 8 et 9). Il s'ensuit que la qualité de victime ne doit être examinée qu'en fonction de la gravité de cette dernière lésion, le recourant ne soutenant plus, à ce stade de la procédure, que les autres lésions pourraient être imputables au comportement de Y._.
2.2.3 Le recourant a, par ailleurs, produit diverses photographies montrant notamment son cou (pièce 13 du dossier cantonal). Bien que l'on ignore précisément à quelle date ils ont été pris, il y a tout lieu de penser que ces clichés, réalisés dans un contexte médical et sur lesquels on distingue une éraflure encore fraîche au niveau du cou du recourant, l'ont été au moment du constat médical ou peu après.
Cette éraflure, que l'on perçoit au niveau du cou du recourant sous la forme d'une vague rougeur apparaît très superficielle et l'ecchymose est à peine visible. Aucune autre pièce du dossier ne suggère que ces apparences seraient trompeuses. Le peu de gravité de ces lésions est, au demeurant, corroboré par les explications du recourant, qui les impute au seul fait d'avoir été saisi par le col de ses vêtements, ce qui suggère un frottement quelque peu appuyé du tissu sur la peau. Dans ces conditions, le recourant n'alléguant, par ailleurs, ni avoir ressenti des douleurs particulièrement importantes en relation avec cette meurtrissure ni avoir souffert d'une atteinte psychique, il y a lieu d'admettre que la seule atteinte susceptible, selon le point de vue adopté par le recourant dans son recours, de résulter d'une infraction pénale imputable à Y._, ne constitue qu'une altération insignifiante de son intégrité physique, qui ne suffit pas à lui conférer la qualité de victime.
3. Le simple lésé ne peut recourir que pour se plaindre de la violation d'un droit formel que la loi de procédure ou le droit constitutionnel applicable lui attribue en sa qualité de partie au procès ou parce qu'on lui aurait dénié à tort le droit de porter plainte (cf. art. 81 al. 1 let. b ch. 5 et 6 LTF; ATF 133 IV 228 et les références). Les droits formels dont le lésé peut invoquer la violation devant le Tribunal fédéral doivent être entièrement séparés du fond. Ainsi, le lésé peut faire valoir que l'autorité cantonale a refusé à tort d'entrer en matière sur le recours dont il l'avait saisie ou, encore, qu'elle ne lui a pas donné l'occasion de s'exprimer, de formuler des réquisitions tendant à l'administration de preuves ou de consulter le dossier. Mais, faute d'avoir qualité pour recourir sur le fond, le lésé ne peut contester ni l'appréciation des preuves, ni le rejet d'une réquisition motivé par l'appréciation anticipée de la preuve requise ou par le défaut de pertinence du fait à établir (cf. arrêt non publié 6B_733/2007 du 11 octobre 2008 et les références, notamment ATF 120 Ia 157 consid. 2a/bb p. 160).
3.1 Il s'ensuit qu'il n'y a pas lieu d'examiner l'argumentation du recourant relative à l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et à une prétendue violation des art. 123 et 126 CP.
3.2 Le recourant invoque également la violation de son droit d'être entendu. Il reproche aux autorités cantonales de ne l'avoir pas mis en mesure d'interroger les témoins qui ont été entendus par la police à la demande du juge d'instruction.
L'art. 29 al. 2 Cst. ne confère aucun droit à l'oralité de la procédure (ATF 130 II 425 consid. 2.1 p. 428 et les arrêts cités). Il ne donne notamment pas aux parties le droit de s'exprimer verbalement devant l'autorité appelée à prendre une décision (ATF 125 I 209 consid. 9b p. 219). Au regard de cette disposition, il suffit que chaque intéressé puisse fournir ses explications ou présenter son point de vue verbalement ou par écrit, en personne ou par l'intermédiaire d'un représentant (ATF 125 I 113 consid. 2a p. 115). On ne saurait dès lors déduire de cette norme un droit inconditionnel du lésé à interroger personnellement et oralement des témoins à décharge à quelque stade de la procédure que ce soit. Le recourant ne tente pas de démontrer que le droit cantonal de procédure lui garantirait une telle prétention au stade de l'instruction, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner la cause sous cet angle (art. 106 al. 2 LTF).
Par ailleurs, le recourant, informé par le juge d'instruction de la prochaine clôture de l'enquête, a été mis en mesure de formuler toutes réquisitions utiles (art. 188 al. 1 CPP/VD), ce qui lui aurait permis, le cas échéant, de requérir une audition complémentaire des témoins sur certains points de leurs déclarations, voire une confrontation. Le recourant y a cependant renoncé sans équivoque (cf. ATF 121 I 30 consid. 5f p. 37 ss) par courrier du 29 août 2008 adressé au juge d'instruction. Enfin, si le recourant paraît aussi faire grief au Tribunal d'accusation de n'avoir pas procédé à de telles mesures, il n'allègue pas en avoir fait la demande et l'existence d'une telle requête ne ressort pas non plus du dossier de la cause. Le recourant ne démontre pas non plus qu'en n'y procédant pas d'office, le Tribunal d'accusation aurait appliqué arbitrairement une norme de droit cantonal. Le grief est infondé.
4. Le recourant succombe. Il supporte les frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1, 2 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 francs sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 28 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat