Faits:
A. Lors d'une vente aux enchères organisée par l'office des poursuites du canton de Genève le 16 décembre 1999, A._ a acquis la parcelle n° 171 sise en zone agricole de la commune de Z._ (GE).
Peu après cette acquisition, le 30 décembre 1999, elle a conclu avec son frère X._ un contrat de bail à ferme agricole affermant ce fonds dès le 1er janvier 2000 et pour une durée de 24 ans.
B. A la suite d'une cession de créances du 2 avril 2001, la société D._ SA (ci-après : la Société) est devenue créancière de A._ à concurrence de 116'087 fr. 65 et de ses frères X._ et B._ pour des montants respectifs de 678'966 fr. 70 et 410'479 fr. 05. Toutes ces créances, cédées pour un prix global de 1'100'000 fr., étaient garanties par des gages immobiliers, dont une cédule hypothécaire en premier rang de 85'000 fr. grevant la parcelle n° 171.
La Société a entamé une poursuite en réalisation de gage portant sur la parcelle n° 171. Le 23 octobre 2003, l'office des poursuites a procédé à la vente aux enchères de cette parcelle. La Société l'a acquise au prix de 145'000 fr.
Par décision du 20 janvier 2004, la commission foncière agricole du canton de Genève a débouté la Société de sa requête en autorisation d'acquérir la parcelle n° 171. Le 8 mars 2005, le Tribunal administratif a rejeté le recours formé contre cette décision. Le 3 février 2006, le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé contre l'arrêt cantonal (arrêt 5A.14/2005).
A la suite de ce refus d'autorisation, des divergences sont apparues entre les parties au sujet d'un accord conclu en novembre 2003. A._ et ses frères soutenaient que, moyennant le paiement du montant prévu dans cet accord, ils auraient réglé leurs dettes à l'égard de la Société. De son côté, celle-ci estimait qu'elle demeurait créancière « à propos de la parcelle n° 171 ».
C. Le 3 octobre 2006, l'office des poursuites a procédé à une nouvelle vente aux enchères de la parcelle n° 171 qui a été adjugée à Y._, agriculteur, pour un prix de 175'000 fr.
Le 5 octobre 2006, l'adjudicataire a résilié le bail à ferme agricole de X._ pour le 31 octobre 2007.
Par décision du 17 octobre 2006, définitive et exécutoire, la commission foncière agricole a autorisé l'acquisition de la parcelle n° 171 par Y._.
D. Le 8 janvier 2007, X._ a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une demande en constatation de la nullité de cette résiliation et, subsidiairement, en prolongation du bail. Par jugement du 30 novembre 2007, l'autorité saisie a déclaré irrecevable pour cause de tardiveté la demande de prolongation et a rejeté l'action en constatation de la nullité de la résiliation.
Parallèlement, X._ a déposé une plainte auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites afin de faire constater la nullité de la vente aux enchères forcées de la parcelle n° 171. Par décision du 22 mars 2007, définitive et exécutoire, l'autorité saisie a déclaré la plainte irrecevable.
E. Le 15 avril 2008, Y._ a ouvert devant le Tribunal de première instance une action en revendication au sens de l'art. 641 al. 2 CC concluant à ce que X._ soit condamné à libérer la parcelle n° 171 et à la lui remettre dans l'état où elle se trouvait à la fin du bail à ferme agricole, échu au 31 octobre 2007.
X._ s'est opposé à la demande. Il a fait valoir diverses erreurs commises par l'office des poursuites lors des ventes aux enchères successives de la parcelle. Il prétextait aussi que la société poursuivante n'avait plus de créance à l'égard de la famille depuis le paiement de novembre 2003, de sorte qu'elle n'était plus fondée à requérir, en 2006, la vente aux enchères de la parcelle n° 171.
Par jugement du 13 novembre 2008, le Tribunal de première instance a fait droit aux conclusions de la demande.
Saisie d'un appel de X._, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement attaqué. Elle a relevé d'une part que Y._ était devenu valablement propriétaire à la suite de la vente aux enchères du 3 octobre 2006, dont la validité ne pouvait être plus être examinée et que, d'autre part, X._ avait échoué à démontrer qu'il avait le droit de posséder la parcelle.
F. Le 7 mai 2009, X._ a déposé un recours en matière civile contre cet arrêt, en concluant au rejet de l'action en revendication.
Par ordonnance du 2 juin 2009, la présidente de la cour de céans a admis la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. Interjeté par la partie qui a entièrement succombé dans ses conclusions libératoires et qui a ainsi la qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 30'000 fr. de l'art. 74 al. 1 let. b LTF, le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
2. Le recours peut être interjeté notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels. Il doit être motivé (art. 42 al. 1 LTF) et sa motivation doit expliquer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Les griefs mentionnés à l'art. 106 al. 2 LTF, en particulier celui pris d'une violation des droits fondamentaux, sont toutefois soumis à des exigences de motivation accrues, qui correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (ATF 133 IV 286 consid. 1), auxquelles ils doivent satisfaire sous peine d'irrecevabilité (ATF 134 I 65 consid. 1.3; 134 V 138 consid. 2.1).
3. 3.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Le recourant ne peut critiquer ceux-ci que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 LTF). La correction du vice doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui prétend que les constatations de fait sont arbitraires doit démontrer, par une argumentation précise et circonstanciée, en quoi consiste la violation (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 II 244 consid. 2.2; 133 II 545 consid. 2.2).
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Le recourant doit exposer dans quelle mesure les conditions nécessaires à une présentation ultérieure des moyens de preuve sont remplies (ATF 133 III 393 consid. 3).
3.2 Les faits présentés par le recourant devant la cour de céans sont irrecevables dans la mesure où il s'écarte des constatations du jugement cantonal sans démontrer conformément aux exigences de motivation précitées que la cour cantonale aurait établi les faits de manière arbitraire ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF. S'agissant des 21 pièces que le recourant dépose devant le Tribunal fédéral, autant qu'elles ne figurent pas déjà au dossier cantonal, il s'agit de pièces nouvelles au sens de l'art. 99 al. 1 LTF. Le recourant ne présentant aucune justification à l'administration de celles-ci, il n'en sera pas tenu compte.
4. Dans un premier grief, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu au motif que la cour cantonale ne l'a pas autorisé à produire les pièces complémentaires qu'il a proposées lors de l'audience du 20 mars 2009 .
4.1 Selon la jurisprudence, si le droit d'offrir des moyens de preuve pertinents est invoqué en relation avec un droit subjectif privé découlant d'une norme de droit matériel fédéral, ce qui est le cas en l'espèce, la question relève de l'art. 8 CC (arrêt 5A_403/2007 du 25 octobre 2007 consid. 3.1).
Le droit à la preuve, tel qu'il est déduit de cette disposition, confère à la partie chargée du fardeau de la preuve la faculté de prouver ses allégations dans les contestations relevant du droit fédéral, pour autant qu'elle ait formulé un allégué selon le droit de procédure, que les faits invoqués soient juridiquement pertinents au regard du droit matériel et que l'offre de preuve correspondante satisfasse, quant à sa forme et à son contenu, aux exigences du droit cantonal (ATF 129 III 18 consid. 2.6 et les arrêts cités).
4.2 En l'espèce, le recourant n'indique pas les différentes offres de preuve qu'il aurait présentées conformément aux dispositions de la procédure civile genevoise. Comme il se borne à affirmer, sans autre explication, que la Cour de justice n'a pas tenu compte des pièces complémentaires offertes, il n'y a pas lieu d'entrer en matière faute de motivation suffisante (art. 42 al. 1 et 2 LTF).
5. Le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu au motif que la cour cantonale n'a pas examiné ses arguments au fond.
5.1 Selon la jurisprudence, le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst comporte, notamment, l'obligation pour le juge de motiver sa décision, afin que, s'il y a lieu, ses destinataires et toutes les personnes intéressées puissent la comprendre et l'attaquer utilement en connaissance de cause, et qu'une instance de recours soit en mesure, si elle est saisie, d'exercer pleinement son contrôle (ATF 133 II 429 consid. 5.1.1 et les arrêts cités; 133 III 439 consid. 3.3). Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il s'est fondé pour prendre sa décision; il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les arguments invoqués par les parties. Il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (ATF 130 II 530 consid. 4.3). Savoir si la motivation est convaincante est une question distincte de celle du droit à une décision motivée; dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé le juge, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation est erronée (arrêt 4A_117/2007 du 13 septembre 2007, consid. 4.1.1; cf. ATF 126 I 97 consid. 2c).
5.2 En l'occurrence, examinant si l'intimé était propriétaire de la parcelle revendiquée, l'autorité cantonale a relevé que c'était à bon droit que l'autorité de première instance avait refusé d'examiner les griefs relatifs à la validité de la vente aux enchères du 3 octobre 2006. Ceux-ci devaient être soumis par la voie de la plainte à l'Autorité de surveillance des offices de poursuites qui avait d'ailleurs été saisie. L'intimé était donc valablement devenu propriétaire à la suite de cette vente. Par ailleurs, la cour cantonale a considéré que le recourant avait échoué à démontrer qu'il avait le droit de posséder la parcelle. S'agissant des arguments relatifs à la nullité de la résiliation du bail à ferme qu'il invoquait à ce sujet, la Cour de justice s'est référée au jugement du 30 novembre 2007 par lequel le Tribunal de première instance avait reconnu la validité de cette résiliation. Comme le recourant ne prétendait pas qu'il avait conclu un nouveau contrat de bail et qu'il n'invoquait aucun autre droit, réel ou personnel, qui lui aurait permis de garder la possession de la parcelle, la cour cantonale a admis l'action en revendication.
Le refus d'examiner les griefs du recourant relatifs à la validité de la vente aux enchères est par conséquent motivé. Il en va de même du rejet des arguments du recourant concernant la validité de la résiliation du bail à ferme. Que les motifs retenus résistent ou non aux objections que le recourant avait élevés contre le premier jugement est une autre question, de fond, sans rapport avec le droit à une décision motivée. Le moyen pris d'une violation de celui-ci est donc mal fondé.
6. Selon le recourant, l'arrêt entrepris consacre une violation des art. 58, 70, 70 et 76 LDFR en ce sens qu'il conduit au démantèlement de son exploitation agricole.
Par cette critique, il remet à nouveau en question la régularité de la vente aux enchères effectuée par l'office des poursuites et en conclut que la Cour de justice aurait dû annuler dite vente, constater que ledit office avait violé les dispositions précitées de la LDFR et annuler l'inscription au Registre foncier faite à la suite de cette vente. Son argumentation, fondée sur des faits nouveaux (« manque d'UMOS »), n'est ainsi pas topique (sur cette exigence : Laurent Merz in : Commentaire bâlois, n. 52 et 74 ss ad art. 42 LTF) en ce sens qu'elle ne se rapporte pas à la question tranchée par la décision attaquée. Elle porte en effet sur des questions de fond concernant la validité de la vente aux enchères, alors que la cour cantonale a considéré qu'elle ne pouvait examiner les griefs relatifs à ce sujet et qu'ils auraient dû faire l'objet d'une plainte à l'autorité de surveillance. Partant, les reproches soulevés sont irrecevables.
7. En conséquence, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à se déterminer (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 23 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant: La Greffière:
Escher Rey-Mermet