Faits:
A. Z._, domiciliée à ... (Genève) a été engagée dès le 31 janvier 2008 en qualité d'hôtesse par X._ SA, société ayant son siège à ... (Genève) et qui exploite dans cette ville une discothèque à l'enseigne "W._". Le contrat conclu prévoit un salaire horaire et il fut convenu entre les parties que l'employée devait travailler en qualité d'hôtesse à raison de 14 heures par semaine. Elle a été chargée par ailleurs de tâches d'administration, qui sont qualifiées d'extrêmement limitées par l'employeur, mais pour lesquelles l'employée affirme avoir consacré 23,5 heures par semaine dès le 9 avril 2008.
Z._ a résilié le contrat de travail pour le 31 juillet 2010. Le dernier jour de travail, elle a signé un "reçu pour solde de tout compte" portant sur la somme de 2'515 fr.90.
Le 4 août 2010, le syndicat A._, faisant état d'une plainte de Z._, demanda que l'employeur soit contrôlé par l'Office de contrôle de la convention collective nationale de travail pour les hôtels, restaurants et cafés. Après avoir effectué un contrôle le 14 septembre 2010, cet office a pris position le 28 septembre 2010, constatant que le salaire minimum n'avait pas été respecté, que les jours fériés n'avaient pas été correctement indemnisés, de même que les heures supplémentaires et le treizième salaire; retenant que l'employée travaillait 37,5 heures par semaine, l'office en a déduit qu'il lui restait encore dû un montant net de 34'342 fr.95.
L'employeur ayant contesté le nombre d'heures de travail, l'office de contrôle a maintenu sa position en précisant qu'il s'était fondé sur un avis de maladie et attestation de perte de gains signé par l'employeur et indiquant une durée hebdomadaire de travail de 37,5 heures. L'employeur n'a jamais produit de copie de ce document pour en contester la teneur.
B. Par acte déposé le 17 novembre 2011, Z._ a formé devant la juridiction genevoise des prud'hommes une demande en paiement dirigée contre X._ SA, réclamant à cette dernière la somme de 89'225 fr.75 avec intérêts moratoires. Elle a cependant admis que ce chiffre procédait d'une erreur de sa part et elle a ensuite réduit sa prétention à 40'233 fr.10 brut.
L'employeur s'est opposé à la demande en totalité.
Entendu comme témoin, un collègue de Z._ a déclaré qu'il avait travaillé avec elle dans le bureau et qu'elle s'occupait de l'administration, des factures et répondait aux téléphones pour les questions administratives et les réservations; le week-end, elle fonctionnait plutôt à l'accueil et au bar.
Par jugement du 30 mai 2011, le Tribunal des prud'hommes, retenant que la durée du travail hebdomadaire avait été de 37,5 heures, condamna X._ SA à verser à Z._ la somme brute de 40'233 fr.10 avec intérêts moratoires.
Saisie d'un appel formé par l'employeur, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice, par arrêt du 18 juin 2012, a confirmé le jugement attaqué.
C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 18 juin 2012. Invoquant une violation de l'art. 8 CC et l'arbitraire dans l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.), elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au rejet de la demande sous suite de frais et dépens, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale.
L'intimée Z._, qui n'a pas recouru aux services d'un avocat, a déposé des conclusions tendant à la confirmation de l'arrêt attaqué avec suite de dépens.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de droit du travail (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. b, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc être formé pour violation d'un droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 138 II 331 consid. 1.3 p. 336; 137 II 313 consid. 4 p. 317 s.). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 137 III 580 consid. 1.3 p. 584; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 I 184 consid. 1.2 p. 187). Si la recourante entend se plaindre d'arbitraire dans l'appréciation des preuves, elle doit motiver ce grief d'une manière répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 Sur la base des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) -, la convention passée entre les parties doit être qualifiée de contrat individuel de travail au sens de l'art. 319 al. 1 CO.
Le litige porte exclusivement sur le nombre d'heures de travail effectuées. L'employée allègue qu'elle effectuait, dès le 9 avril 2008, des travaux administratifs, en sus des 14 heures hebdomadaires pour lesquelles elle était rémunérées, et ceci à raison de 23,5 heures par semaine, soit au total 37,5 heures hebdomadaires. L'employeur soutient au contraire que le travail administratif était d'une ampleur insignifiante. En tant que partie demanderesse, il incombait donc à l'employée de prouver qu'elle avait travaillé pendant 37,5 heures par semaine (art. 8 CC).
A supposer cette preuve apportée, la recourante ne conteste pas les montants dus, tels qu'ils ont été déterminés par la cour cantonale, de sorte qu'il n'y a pas de raison d'y revenir.
La seule question litigieuse devant le Tribunal fédéral est donc de savoir si l'employée a apporté la preuve qu'elle avait travaillé durant 37,5 heures par semaine.
2.2 La recourante invoque à ce propos une violation de l'art. 8 CC (et non pas l'art. 9 CC comme elle l'indique une fois par erreur).
En l'absence d'une disposition spéciale instituant une présomption, l'art. 8 CC répartit le fardeau de la preuve pour toutes les prétentions fondées sur le droit fédéral et détermine, sur cette base, laquelle des parties doit assumer les conséquences de l'échec de la preuve (ATF 129 III 18 consid. 2.6 p. 24; 127 III 519 consid. 2a p. 522). Il en résulte que la partie demanderesse doit prouver les faits qui fondent sa prétention, tandis que sa partie adverse doit prouver les faits qui entraînent l'extinction ou la perte du droit (ATF 130 III 321 consid. 3.1 p. 323). L'art. 8 CC ne prescrit cependant pas comment les preuves doivent être appréciées et sur quelles bases le juge peut forger sa conviction (ATF 128 III 22 consid. 2d p. 25; 127 III 248 consid. 3a p. 253, 519 consid. 2a p. 522). Dès le moment où le juge est parvenu à une conviction sur la base de l'appréciation des preuves, l'art. 8 CC, en tant que règle sur le fardeau de la preuve, cesse d'être applicable (ATF 132 III 626 consid. 3.4 p. 634; 131 III 646 consid. 2.1 p. 649).
En l'espèce, il résulte clairement de l'arrêt attaqué que la cour cantonale est parvenue à la conviction, sur la base des preuves apportées, que l'employée a travaillé 37,5 heures par semaine. Dès lors que le juge n'est pas resté dans le doute, il n'y a pas lieu d'appliquer les règles sur le fardeau de la preuve et l'art. 8 CC ne peut pas avoir été violé.
Savoir si l'employée a ou non apporté la preuve qu'elle a travaillé 37,5 heures par semaine est une pure question d'appréciation des preuves, que le Tribunal fédéral ne peut revoir que sous l'angle restreint de l'arbitraire (art. 9 Cst.).
2.3 La recourante se plaint donc également d'arbitraire dans l'appréciation des preuves.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.; 138 IV 13 consid. 5.1 p. 22).
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, il n'y a arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9). Il incombe à la partie qui invoque l'arbitraire d'en faire la démonstration par une argumentation précise répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62).
En l'espèce, la recourante fait valoir que l'employée ne s'est pas plainte d'être insuffisamment payée durant toute la durée du rapport de travail. Il n'est cependant pas rare qu'un employé, durant le rapport de travail, répugne à faire valoir l'intégralité de ses prétentions par crainte de perdre son poste. Il a été jugé que le simple écoulement du temps pendant le délai de prescription ne peut être interprété ni comme une renonciation à la prétention, ni comme son exercice abusif (ATF 110 II 273 consid. 2 p. 274 s.; cf. aussi: ATF 129 III 619 consid. 5.2 p. 622). Qu'un travailleur ne fasse pas valoir sa prétention durant le rapport de travail ne permet pas de déduire, pour les mêmes raisons, que cette prétention n'existe pas.
Dans la procédure cantonale, la recourante a également fait valoir que l'employée avait signé une quittance pour solde de tout compte. Selon l'art. 341 al. 1 CO, le travailleur ne peut pas renoncer, pendant la durée du contrat et durant le mois qui suit la fin de celui-ci, aux créances résultant de dispositions impératives de la loi ou d'une convention collective. Le législateur a ainsi voulu tenir compte du fait que l'employé peut être amené, sous la pression de l'employeur, à signer des actes de renonciation qui ne sont pas justifiés. Une renonciation unilatérale à un droit impératif n'est donc pas possible, sauf si elle s'accompagne de concessions réciproques (ATF 118 II 58 consid. 2b p. 61; 110 II 168 consid. 3b p. 171). Le salaire minimum prévu par une convention collective revêt un caractère impératif et ne peut pas faire l'objet, en vertu de l'art. 341 al. 1 CO, d'une renonciation de la part du travailleur (STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, Arbeitsvertrag, 7e éd. 2012, n° 5 ad art. 341 CO p. 1290 s.). Il résulte des constatations cantonales - au sujet desquelles l'arbitraire n'est pas invoqué - qu'il n'y a pas eu de contre-prestation de la part de l'employeur. En conséquence, la quittance pour solde de tout compte est sans effet juridique. On ne saurait donc y voir un indice sérieux en faveur de l'inexistence de la prétention litigieuse.
Contrairement à ce que soutient la recourante, la cour cantonale n'a pas simplement suivi les allégations de la partie demanderesse. Elle a au contraire procédé à une appréciation des preuves qui lui ont été apportées.
Alors que l'employeur soutenait que le travail de bureau confié à l'employée était pratiquement insignifiant, un collègue de travail de l'intimée, entendu comme témoin, a décrit les nombreuses tâches confiées à l'employée, ce qui va clairement dans le sens soutenu par cette dernière. On ne voit pas ce qu'il y a d'arbitraire à croire cet employé et à admettre que cette déposition va dans le sens soutenu par la demanderesse.
L'organe de contrôle de la convention collective, à l'issue de ses investigations, a également conclu que l'intimée travaillait 37,5 heures par semaine. Interpellé par la recourante, l'organe de contrôle a précisé qu'il s'était fondé, pour admettre ce chiffre, sur une déclaration de maladie émanant de l'employeur lui-même. En raison de la structure paritaire de l'organe de contrôle, l'affirmation de celui-ci apparaît crédible. Surtout, l'employeur n'a pas tenté de présenter une copie de ce document pour en contester ou mettre en doute la teneur. On doit donc admettre que l'employeur a lui-même avancé ce nombre d'heures de travail en s'adressant à une assurance.
Dans une telle situation, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire - au sens de la définition rappelée ci-dessus - en concluant que la demanderesse avait prouvé qu'elle travaillait à raison de 37,5 heures par semaine.
3. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a en revanche pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, puisque celle-ci n'a pas recouru aux services d'un avocat et n'a pas justifié de dépenses particulières (cf. art. 68 al. 1 LTF; ATF 125 II 518 consid. 5b p. 519 s.; arrêt 4A_66/2010 du 27 mai 2010 consid. 3).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 3 décembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget