Sachverhalt:
A. Die Kantonspolizei Basel-Stadt intervenierte am 18. September und am 18. Oktober 2007 wegen häuslicher Gewalt in der Wohnung von X._ an der A._strasse in Basel. Dabei ergab sich beim als Buschauffeur tätigen X._ der Verdacht, er sei alkoholabhängig. In der Folge wurde er verkehrsmedizinisch abgeklärt. Am 1. November 2008 beliess ihm die Kantonspolizei den Führerausweis unter der Auflage einer kontrollierten Totalabstinenz während mindestens dreier Jahren. Ausserdem verpflichte sie ihn, während mindestens eines Jahres Therapiesitzungen bei einer geeigneten Fachstelle durchzuführen. Die von X._ gegen diese Verfügungen ergriffenen Rechtsmittel blieben erfolglos.
Am 7. Oktober 2011 entzog die Kantonspolizei X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit und ordnete eine verkehrsmedizinische Untersuchung an. Sie stellte den Erlass einer neuen Verfügung in Aussicht, sobald er sich einer solchen unterzogen habe und ein entsprechendes Gesuch stelle. Einer allfälligen Beschwerde entzog sie vorsorglich die aufschiebende Wirkung. Sie begründete den Sicherungsentzug damit, dass X._ die Auflagen der Verfügung vom 1. November 2008 nicht eingehalten habe.
X._ rekurrierte ans Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Basel-Stadt mit dem Antrag, den Ausweisentzug aufzuheben. Ausserdem ersuchte er, dem Rekurs aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Das Justiz- und Sicherheitsdepartement wies den Antrag auf Erteilung der aufschiebenden Wirkung am 26. Oktober 2011 ab.
Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt wies als Verwaltungsgericht den gegen die Verweigerung der aufschiebenden Wirkung gerichteten Rekurs von X._ am 27. Dezember 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses appellationsgerichtliche Urteil abzuändern und seiner Beschwerde gegen den Entzug des Führerausweises aufschiebende Wirkung zuzuerkennen, sodass er während der Dauer des Verfahrens arbeiten könne. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Das Appellationsgericht verzichtet auf Vernehmlassung und beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Justiz- und Sicherheitsdepartement beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
C. Am 28. Februar 2012 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
D. In zwei Vernehmlassungen beschwert sich X._ darüber, dass das Verfahren in der Hauptsache offenbar bis zum Entscheid des vorliegenden Verfahrens über die aufschiebende Wirkung ruhen soll. Dadurch werde seine berufliche Existenz zerstört.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Appellationsgericht hat die von der Kantonspolizei erstinstanzlich getroffene Anordnung, einer allfälligen Beschwerde gegen den Sicherungsentzug die aufschiebende Wirkung zu entziehen, kantonal letztinstanzlich geschützt. Angefochten ist damit ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit, gegen den die Beschwerde nach Art. 82 ff. zulässig ist (vgl. Urteile 1C_233/2007 vom 4. Februar 2008 E. 1 und 1C_163/2007 vom 4. Juli 2007 E. 4). Der Entscheid schliesst allerdings das Verfahren nicht ab; es handelt sich um einen Zwischenentscheid, der nach Art. 93 Abs. 1 BGG unter anderem dann anfechtbar ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a). Ein solcher Nachteil ist vorliegend zu bejahen, da der Beschwerdeführer während der Dauer des Verfahrens seinen Beruf als Buschauffeur nicht ausüben kann (vgl. BGE 122 II 359 E. 1b S. 362; Urteil 1C_233/2007 vom 4. Februar 2008 E. 1.1). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Die Verweigerung der aufschiebenden Wirkung stellt eine vorsorgliche Massnahme zur Sicherstellung gefährdeter Interessen bis zum Abschluss des Hauptverfahrens dar (BGE 125 II 396 E. 3 S. 401; 122 II 359 E. 1a S. 362). Gemäss Art. 98 BGG kann der Beschwerdeführer somit nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügen.
1.3 Soweit der Beschwerdeführer neue Tatsachen und Beweismittel ins Recht legt - das betrifft im Wesentlichen die verkehrspsychologische Abklärung vom 31. Januar 2012 -, kann darauf nicht eingetreten werden (Art. 99 BGG).
2. 2.1 Nach Art. 16 Abs. 1 SVG sind Ausweise zu entziehen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen für ihre Erteilung nicht mehr gegeben sind. Grundvoraussetzung für die Erteilung des Führerausweises ist die Fahreignung. Ist sie nicht mehr gegeben, weil die körperliche und geistige Leistungsfähigkeit einer Person nicht oder nicht mehr ausreicht, ein Motorfahrzeug sicher zu führen (Art. 16d Abs. 1 lit. a SVG), weil sie an einer Sucht leidet, die die Fahreignung ausschliesst (lit. b), oder weil sie aufgrund ihres bisherigen Verhaltens nicht Gewähr bietet, dass sie künftig beim Führen eines Motorfahrzeugs die Vorschriften beachten und auf die Mitmenschen Rücksicht nehmen wird (lit. c), ist der Führerausweis auf unbestimmte Zeit zu entziehen. Nach dieser gesetzlichen Regelung muss ein Sicherungsentzug zwingend in jedem Fall angeordnet werden, bei dem die Fahreignung nicht mehr gegeben ist. Da der Sicherungsentzug einen schwerwiegenden Eingriff in den Persönlichkeitsbereich des Betroffenen bewirkt, setzt er eine sorgfältige Abklärung aller wesentlichen Gesichtspunkte voraus (BGE 133 II 384 E. 3.1). Vorsorglich kann der Führerausweis bereits entzogen werden, wenn ernsthafte Bedenken an der Fahreignung bestehen (Art. 30 VZV).
2.2 Das verkehrspsychiatrische/verkehrspsychologische Gutachten der Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) vom 12. September 2008 ergab, dass der Beschwerdeführer in den Jahren 1999 und 2000 sowie dreimal im Jahr 2007 in der UPK stationär behandelt wurde, u.a. unter der Diagnose der Alkoholabhängigkeit (ICD-10 F.10.25); vom 19. bis zum 28. Dezember 2007 wurde ein stationärer Entzug durchgeführt. Die Gutachter fanden keine Hinweise, die im Zeitpunkt des Gutachtens gegen die Diagnose einer "Alkoholabhängigkeit, gegenwärtig abstinent" (ICD-10 F.10.20) gesprochen hätten. Sie erachteten die Wiedererteilung des Führerausweises nur unter Einhaltung einer kontrollierten Abstinenz von mindestens drei Jahren für vertretbar. Gestützt darauf beliess die Kantonspolizei dem Beschwerdeführer mit Verfügung vom 1. November 2008 den Führerausweis unter der Auflage einer dreijährigen, regelmässig kontrollierten Totalabstinenz und der mindestens monatlichen Fortführung von Beratungsgesprächen bei einer Fachperson während mindestens eines Jahres. Unbestritten ist, dass der Beschwerdeführer diese Auflagen nicht einhielt: so unterzog er sich offenbar lediglich einer einzigen Abstinenzkontrolle, deren Ergebnisse Dr. Kummer am 4. Mai 2009 einreichte. Am 1. Juli 2009 teilte die Suchtberatungsstelle der Kantonspolizei mit, der Beschwerdeführer habe sich Mitte 2009 entschieden, von Totalabstinenz auf kontrollierten Alkoholkonsum umzusteigen. Gut drei Monate später verfügte dann die Kantonspolizei den umstrittenen Sicherungsentzug.
2.3 Die aktuellste verkehrsmedizinische Begutachtung vom 12. September 2008 stufte den Beschwerdeführer als gegenwärtig abstinenten Alkoholabhängigen ein, dessen Eignung zum Führen von Reisebussen nur unter Einhaltung einer mindestens dreijährigen Alkoholabstinenz bejaht werden könne. Daraus ergibt sich der Umkehrschluss, dass nach der Auffassung der Gutachter jeglicher Alkoholkonsum während dieser Bewährungszeit die Fahrtauglichkeit des Beschwerdeführers in Frage stellt. Mit dem Verstoss gegen die von der Kantonspolizei rechtskräftig verfügten Auflagen und insbesondere mit dem eigenmächtig getroffenen und augenscheinlich in die Tat umgesetzten Entschluss, von der Totalabstinenz zu kontrolliertem Konsum überzugehen, erweckt der Beschwerdeführer daher zwangsläufig Bedenken an seiner Fahreignung, welche nur durch eine erneute verkehrsmedizinische Begutachtung zu entkräften sind. Diesen Bedenken kommt bei einem Buschauffeur aus Gründen der Verkehrssicherheit selbstredend ein besonderes Gewicht zu. Das Appellationsgericht ist daher keineswegs in Willkür verfallen, indem es die Verweigerung der aufschiebenden Wirkung schützte, auch wenn dies den Beschwerdeführer als Berufschauffeur naturgemäss hart trifft und möglicherweise seine berufliche Existenz gefährdet. In der Natur der Sache liegt, dass ein Verfahren verzögert wird, wenn Zwischenentscheide durch alle Instanzen angefochten werden. Das spielt vorliegend indessen ohnehin keine Rolle, da sich der Beschwerdeführer, wie sich aus dem von ihm ins Recht gelegten Schreiben des Justiz- und Sicherheitsdepartements vom 12. März 2012 ergibt, der von der Kantonspolizei angeordneten verkehrsmedizinischen Abklärung noch nicht unterzogen hat und die Sache damit ohnehin noch nicht spruchreif ist.
3. Der angefochtene Entscheid erweist sich damit als nicht verfassungswidrig. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Kantonspolizei, dem Justiz- und Sicherheitsdepartement und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht sowie dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi