Fatti:
A. Il 6 marzo 2009 l'Ufficio di comunicazione in materia di riciclaggio di denaro ha trasmesso al Ministero pubblico della Confederazione (MPC) una comunicazione indicante l'esistenza, presso una banca di Zurigo, di tre relazioni bancarie intestate alle società panamensi A._, di cui l'avente diritto economico è C._, D._, di cui E._ è l'avente diritto economico e, infine, F._, di cui l'avente diritto economico è G._, figlio del Presidente della Repubblica di X._. Nella comunicazione si ipotizza che sui citati conti sarebbero transitati e confluiti, attraverso l'interposizione di diverse società estere, ingenti valori provenienti dalla società spagnola H._SA di Madrid, che avrebbe stipulato importanti accordi con la Repubblica di X._ per l'edificazione di opere pubbliche.
B. Il 9 marzo 2009 il MPC ha avviato un'indagine preliminare di polizia giudiziaria nei confronti di G._ per il reato di riciclaggio (art. 305bis CP), ipotizzando che gli averi patrimoniali confluiti sulle relazioni oggetto di segnalazione fossero di origine criminale, in quanto provento di attività corruttive effettuate da parte della H._SA a danno del citato Stato e in favore di G._, allo scopo di ottenere la sottoscrizione di contratti con detta Repubblica o altri indebiti vantaggi. Il MPC ha ordinato il sequestro delle tre menzionate relazioni bancarie. Il 23 giugno 2009 l'Ufficio di comunicazione ha segnalato l'esistenza di una procedura condotta dal Servicio Ejecutivo de Prevencion del Blanqueo de Capitales spagnolo nei confronti di H._SA in relazione a pagamenti indebiti a cittadini di X._. Il MPC, preso atto del preavviso negativo da parte del Dipartimento federale degli affari esteri circa la praticabilità e gli esiti di una commissione rogatoria alla Repubblica di X._, il 17 luglio e il 4 dicembre 2009 ha presentato una rogatoria alle autorità spagnole. Il 23 marzo 2010, la Procura speciale contro la corruzione e la criminalità organizzata di Madrid, inoltrata a sua volta una rogatoria alla Svizzera, ha trasmesso al MPC atti dai quali si evince che diversi funzionari pubblici e politici della citata Repubblica, nonché G._ medesimo, avrebbero ricevuto tangenti per i fatti oggetto d'inchiesta. Il 13 gennaio 2011 l'autorità spagnola ha confermato telefonicamente al MPC di possedere riscontri giudiziari e probatori relativi all'ipotesi di corruzione e alla natura criminale dei fondi litigiosi. Il 19 gennaio 2011 il MPC ha inoltrato un'ulteriore rogatoria per acquisire detti documenti.
C. Il 21 gennaio 2011 il MPC ha respinto un'istanza di dissequestro dei conti. D._ ha quindi presentato un reclamo al Tribunale penale federale (TPF), che con giudizio del 18 maggio 2011 l'ha respinto.
D. D._ impugna questa decisione con un ricorso al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di riformarla nel senso di annullare il blocco del proprio conto e di dissequestrarlo.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 L'ammissibilità del ricorso in materia penale, visto che si tratta di un sequestro di beni (art. 79 LTF; DTF 136 IV 92 consid. 2.1), la tempestività del gravame (art. 100 LTF) e la legittimazione della ricorrente sono pacifiche.
1.2 La decisione impugnata concerne un provvedimento coercitivo ai sensi dell'art. 196 segg. CPP. Poiché l'atto di procedura litigioso non pone fine al procedimento penale (art. 90 seg. LTF), si tratta di una decisione incidentale notificata separatamente ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 LTF. Avverso la stessa, il ricorso è ammissibile soltanto alle condizioni dell'art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF, ossia, in particolare, quando può causare un pregiudizio irreparabile. L'eccezione prevista dall'art. 93 cpv. 1 lett. b, secondo il quale il ricorso è ammissibile contro decisioni incidentali notificate separatamente qualora l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa, non è realizzata in concreto (cfr. DTF 136 IV 92 consid. 3.3).
La ricorrente non si esprime sull'esistenza o meno di un pregiudizio irreparabile. Un siffatto danno dev'essere di natura giuridica, vale a dire non sanabile con una successiva decisione finale favorevole alla ricorrente. Per contro, un danno di mero fatto, come il prolungamento della procedura o un aumento delle relative spese, non costituiscono un simile pregiudizio: spetta alla ricorrente indicare in che misura la decisione pregiudiziale o incidentale sia suscettibile di causare loro un pregiudizio irreparabile (DTF 136 IV 92 consid. 4 e rinvii). Certo, di massima, il blocco di un conto bancario può causare un tale pregiudizio: tuttavia, in concreto, la ricorrente nemmeno adduce che il contestato sequestro implicherebbe, effettivamente, un siffatto nocumento.
1.3 I provvedimenti coercitivi costituiscono atti di procedura delle autorità penali, che incidono sui diritti fondamentali degli interessati e sono intesi ad assicurare le prove, garantire la presenza di persone durante il procedimento o l'esecuzione della decisione finale (art. 196 lett. a-c CPP). Il Tribunale federale esamina liberamente l'interpretazione e l'applicazione delle condizioni poste dal diritto federale per le restrizioni dei diritti fondamentali (art. 95 lett. a LTF; cfr. DTF 128 II 259 consid. 3.3 pag. 269). La decisione sui provvedimenti coercitivi stabilisce in maniera definitiva la restrizione dei diritti fondamentali. Non si tratta quindi di una decisione in materia di misure cautelari ai sensi dell'art. 98 LTF. Sia le limitazioni imposte da questa norma ai motivi di ricorso sia il principio dell'allegazione ai sensi dell'art. 106 cpv. 2 LTF, che va oltre le esigenze di motivazione poste dall'art 42 cpv. 2 LTF, non sono pertanto applicabili. Ciò vale anche per il sequestro di oggetti e valori patrimoniali (art. 263 segg. CPP; cfr. DTF 129 I 103 consid. 2 pag. 105 segg.). Poiché la sorte dei beni sequestrati è decisa definitivamente soltanto alla fine del procedimento penale, il Tribunale federale, nella misura in cui la relativa decisione incidentale possa essere impugnata secondo l'art. 93 cpv. 1 LTF, tenuto conto della gravità della restrizione dei diritti fondamentali e per assicurare il rispetto delle garanzie della CEDU (art. 36 e 190 Cost.; cfr. DTF 131 I 333 consid. 4 pag. 339; 425 consid. 6.1 pag. 434; ambedue con rinvii), esamina liberamente la legalità del provvedimento coercitivo nonostante la sua natura provvisionale. Nell'applicazione di nozioni giuridiche indeterminate, il Tribunale federale rispetta il margine di apprezzamento dell'autorità competente (sentenza 1B_277/2011 del 28 giugno 2011 consid. 1.2; cfr. DTF 136 IV 97 consid. 4 pag. 100 seg.).
2. 2.1 Il TPF, esaminando liberamente il reclamo (art. 393 CPP), ha ricordato che spetta al giudice di merito pronunciare le misure definitive. Ha poi ritenuto che allo stadio attuale dell'inchiesta, tenuto conto anche delle informazioni trasmesse dalla Spagna, non è chiaro, né fuori dubbio, che gli averi litigiosi non sarebbero di origine criminale. Le indagini esperite mostrano infatti che diversi aspetti della fattispecie necessitano di ulteriori chiarimenti, tra i quali segnatamente: la causale del compenso fisso previsto in un determinato contratto, sottoscritto tra D._ e H._SA, pari al 10 % del valore della commessa principale e dovuto in caso di successo dell'operazione indipendentemente dal grado d'avanzamento dei lavori; le ragioni per l'interposizione di un'articolata e complessa struttura societaria costituita da società estere per il flusso del denaro transitato estero su estero; verifiche sulla ripartizione della commissione del 10 % tra G._, C._ e E._, non fondata su prestazioni da essi fornite alla H._SA, bensì, apparentemente, sulla loro partecipazione a una società che avrebbe prestato a quest'ultima attività di consulenza senza tuttavia sottoscrivere un regolare contratto, come invece, al dire della ricorrente, sarebbe stato fatto per motivi fiscali con D._; infine, il chiarimento delle relazioni tra le varie persone coinvolte, in particolare per quanto concerne la specifica posizione di G._.
Il TPF ha aggiunto che le autorità spagnole hanno comunicato al MPC di disporre di indizi in merito ad attività criminose a danno dello Stato di X._, nelle quali sarebbero coinvolti anche G._ e H._SA. Informazioni queste oggetto della rogatoria 18 gennaio 2011 del MPC, che dev'essere ancora evasa. Il TPF ha quindi ritenuto che fino all'espletamento del citato complemento rogatoriale non si può escludere che il MPC possa avere accesso a importanti informazioni per il proseguo delle sue indagini, anche riguardo alla verifica delle informazioni provenienti dalla Spagna.
2.2 La ricorrente fonda il gravame in larga misura su un fatto nuovo, segnatamente un'ordinanza del 24 maggio 2011 e quindi posteriore alla decisione impugnata, emanata dall'Audiencia National di Madrid, con la quale è stata ordinata la chiusura della procedura avviata in Spagna per carenza di sufficienti prove: questo mezzo di prova, di massima, è pertanto inammissibile, ritenuto che, come peraltro da essa accennato, non ne ha dato motivo il giudizio dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF), né esso rende d'acchito privo di oggetto la presente procedura ricorsuale. La ricorrente rileva che in tal caso la richiamata ordinanza dovrebbe essere considerata come un parere legale sull'insussistenza di elementi probatori provenienti dalla Spagna. Precisa d'avere chiesto nel frattempo al MPC, senza avere avuto alcun riscontro, di revocare i criticati sequestri. Insiste sul fatto che l'argomento principale del MPC a sostegno del sequestro, condiviso dal TPF, era proprio la necessità di ricevere dalla Spagna le prove dell'asserita corruzione, prove che, al suo dire, come rilevato nella richiamata ordinanza spagnola da loro prodotta, non esisterebbero.
Insistendo su questo tema, essa disattende tuttavia che detta sentenza, come espressamente precisato nella stessa, non è definitiva, ma suscettibile d'appello o di revisione e che l'abbandono del procedimento potrà avvenire soltanto quand'essa sarà definitiva. Spetterà quindi al MPC esaminare, se del caso unitamente a eventuali ulteriori documenti trasmessi dalla Spagna, la portata dell'invocata ordinanza e decidere, sulla base dell'ordinamento svizzero, se, di fronte alla nuova situazione, il mantenimento del criticato sequestro sia o no ancora giustificato.
2.3 La ricorrente fa valere che non sussisterebbero pertanto sufficienti, oggettivi e concreti sospetti di reato nei confronti degli inquisiti e dei loro conti. Riguardo al primo indizio ritenuto dal MPC e dal TPF, segnatamente il quadro giuridico dell'accordo sulla base del quale era fornita la prestazione, ritenuto poco chiaro, come la relativa giustificazione, nonché l'elevato e inusuale compenso pattuito del 10 %, la ricorrente adduce che si tratterrebbe di un onorario fissato in base al successo dell'operazione e non all'attività effettivamente svolta peraltro in un paese uscito da una lunga guerra con il rischio di un mancato guadagno in caso di insuccesso. Circa l'interposizione di una struttura societaria complessa e articolata, essa rileva che tale fattispecie, non singolare nell'ambito del commercio internazionale, tenderebbe soltanto a realizzare un importante risparmio fiscale. Il coinvolgimento di G._, il quale non riveste alcun ruolo pubblico, non sarebbe sorretto da alcun elemento atto a dimostrare ch'egli avrebbe agito illegalmente. Sostiene, che per sostanziare l'ipotesi di riciclaggio dovrebbe sussistere un crimine a monte, individuato dal MPC in un atto di corruzione a opera di H._SA. Al proposito asserisce che se H._SA fosse la corruttrice, dovrebbe necessariamente esservi un corrotto, che non potrebbe essere G._, poiché non è membro di alcuna autorità.
2.4 Certo, la fattispecie non è del tutto chiara, ciò che del resto è inevitabile all'inizio delle indagini. D'altra parte, l'assunto del MPC secondo cui G._ beneficerebbe di una posizione privilegiata nell'Amministrazione dello Stato in questione, benché non rivesta formalmente alcuna funzione all'interno dello stesso, al momento attuale dell'inchiesta e sulla base delle argomentazioni addotte dal MPC non è priva di qualsiasi fondamento. In effetti, anche le autorità spagnole avevano ritenuto fondata la presenza di indizi che devono essere verificati ulteriormente, se del caso anche alla luce della citata ordinanza.
2.5 A torto poi la ricorrente ritiene che, in concreto, sarebbe stato violato il principio della celerità (al riguardo cfr. DTF 134 IV 43 consid. 2.3 e 2.5; 133 IV 158 consid. 8 pag. 170; 130 I 269 consid. 2.1 e 3.1), in quanto il TPF non avrebbe potuto considerare la comunicazione spagnola quale ulteriore indizio di reato giustificante il mantenimento del sequestro vigente da oltre due anni, visto che le indagini non avrebbero fatto alcun progresso.
In effetti, la fattispecie può essere chiarita soltanto tramite l'inoltro di rogatorie all'estero, che, notoriamente, implicano tempi di trattazione assai lunghi, come rettamente ritenuto dall'istanza precedente. D'altra parte, ricordato che il richiamo alla presunzione d'innocenza non è applicabile in questo stadio della procedura (sentenza 1B_123/2011 dell'11 luglio 2011, consid. 7.3, destinata a pubblicazione), il MPC ha proceduto a perquisizioni e sequestri di documenti, alla loro analisi e a interrogatori. Decisiva è inoltre la circostanza, non imputabile al MPC, che il Dipartimento federale degli affari esteri ha preavvisato negativamente l'inoltro di una rogatoria a X._. In merito, anche nell'ordinanza spagnola invocata dalla ricorrente si precisa espressamente che lo Stato in questione non ha collaborato, né collaborerà per assumere mezzi di prova atti a fornire elementi di fatto. Ora, l'assenza di una siffatta collaborazione, ritenuta indispensabile anche nella richiamata ordinanza estera, rende assai difficoltosa, se non impossibile, la questione decisiva di sapere se un funzionario di X._ sia o no stato corrotto. In tali circostanze, nemmeno è ravvisabile l'asserita violazione del principio della proporzionalità.
2.6 Ne segue, che per il momento il contestato sequestro non è incostituzionale. È nondimeno palese che, ricevute le necessarie informazioni dalla Spagna, il MPC dovrà determinarsi senza indugio sul mantenimento o meno dello stesso.
3. Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si accordano ripetibili alle autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione e al Tribunale penale federale, I Corte dei reclami penali.