Faits:
A. Le 5 décembre 1998, A._ et B._ ont vendu le capital-actions de la société SI X._ SA pour le prix de 1'930'000 fr.
Par décisions séparées du 8 mars 2001, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud a procédé à la taxation du gain immobilier réalisé lors de la vente du 5 décembre 1998. Le gain immobilier a été calculé sur une valeur de l'immeuble arrêtée à 3'307'829 fr., dont a été déduite la valeur fiscale de celui-ci cinq ans avant la vente. Aucune autre déduction n'a été effectuée. Le taux d'imposition était fixé à 18%. L'impôt dû par A._ a été fixé à 380'494 fr. 80, celui de B._ à 43'140 fr. Ces taxations ont été notifiées aux intéressés. Le 14 mars 2001, leur mandataire a écrit à l'Administration cantonale des impôts qu'il avait pris connaissance des décisions de taxation. Le 20 mars 2001, l'Office d'impôt de Vevey a notifié les bordereaux d'impôt conformément aux décisions de taxation du 8 mars 2001. Le 23 mars 2001, le mandataire des intéressés a confirmé à l'Office d'impôt que la valeur de l'immeuble était conforme à l'acte de vente.
Donnant suite à une lettre du 14 août 2001 du mandataire des intéressés selon laquelle, notamment, la valeur de l'immeuble faisait l'objet de procédure judiciaire, l'Administration cantonale des impôts a pris acte par courrier du 17 août 2001 que les intéressés admettaient la valeur de l'immeuble telle que retenue dans les décisions de taxation et que le gain immobilier n'était pas contesté. Elle a également précisé que "au cas où une décision de l'autorité judiciaire dans le cadre des procès en cours déterminait une valeur de l'immeuble à la vente différente de celle retenue lors de la taxation du 8 mars 2001, nous nous engageons à étudier les taxations susmentionnées sous l'angle de la révision".
Par arrêt du 17 janvier 2007, confirmé par le Tribunal fédéral le 6 décembre 2007, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a arrêté le prix de vente de l'immeuble à 1'930'000 fr.
B. Le 15 janvier 2008, l'Administration cantonale des impôts a envoyé des nouveaux bordereaux d'impôt sur le gain immobilier calculés en fonction d'une valeur d'immeuble de 1'930'000 fr. et non de 3'307'829 fr. Par lettre du 17 janvier 2008, les intéressés ont demandé la rectification des bordereaux en ce sens que les honoraires de courtage, qui avaient été omis lors de la taxation du 8 mars 2001, devaient être déduits et le taux d'imposition réduit à 12%. Le 23 janvier 2008, ils ont déposé une réclamation à l'encontre des taxations du 15 janvier 2008. Ils concluaient à la déduction des honoraires de courtage.
Par décision sur réclamation du 29 janvier 2008, l'Administration cantonale des impôts a déclaré la réclamation irrecevable en tant qu'elle était dirigée contre les taxations du 8 mars 2001, l'a rejetée en tant qu'elle portait sur les taxations du 15 janvier 2008. Les intéressés ont recouru contre la décision sur réclamation du 29 janvier 2008 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal).
C. Par arrêt du 24 juillet 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a jugé en substance que les décisions du 8 mars 2001 étaient entrées en force faute d'avoir fait l'objet de réclamation. Il n'y avait lieu de procéder à la révision des taxations du 8 mars 2001 ni sous l'angle de la déduction des honoraires de courtage, dont l'existence et le montant étaient connus des intéressés avant mars 2001, ni sous l'angle du taux d'imposition, qui aurait pu faire l'objet d'une réclamation dans le délai légal. Enfin, l'Administration cantonale des impôts n'avait pas violé le principe de la bonne foi, puisque les intéressés ne bénéficiaient pas d'autre promesse de la part de l'Administration cantonale des impôts que celle de modifier la valeur de l'immeuble.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 24 juillet 2008 par le Tribunal cantonal en ce sens que le calcul du gain immobilier est fondé sur une valeur de l'immeuble de 1'930'000 fr, avec déduction des frais de courtage, et imposé au taux de 18% pour A._ et au taux de 12% pour B._ sur leur part respective, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision au sens des considérants. Ils se plaignent de la violation de la loi sur l'harmonisation fiscale, du principe de la bonne foi et de celui de l'interdiction de l'arbitraire. Les intéressés ont demandé le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Le Tribunal cantonal a déposé le dossier de la cause. L'Administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le présent recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière d'impôt cantonal sur les gains immobiliers (art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d LTF). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 lettre b LTF) par les destinataires de l'arrêt attaqué qui ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le recours est donc en principe recevable.
1.2 D'après l'art. 42 LTF, le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve (al. 1). En particulier, les motifs du recours doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (al. 2). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). En revanche, il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé (art. 106 al. 2 LTF).
En l'espèce, hormis l'art. 203 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts cantonaux (LI/VD; RSV 642.11), les recourants ne précisent nullement quelles dispositions de droit cantonal, le cas échéant, le Tribunal cantonal aurait mal interprété ou mal appliqué en jugeant que, faute d'avoir fait l'objet de réclamations valables, les décisions de taxation du 8 mars 2001 étaient entrées en force. Ils se bornent à affirmer que le Tribunal cantonal a violé les principes élémentaires de procédure relatifs à la taxation. Par conséquent, les reproches qu'ils formulent sur ce point sont irrecevables.
2. Les recourants se plaignent de la violation des art. 51 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (loi sur l'harmonisation fiscale, LHID, RS 642.14) et 203 LI/VD, dont ils dénoncent en outre une application arbitraire (cf. mémoire de recours chiffre 4). Du moment que le Tribunal fédéral examine librement l'application du droit fédéral et du droit cantonal harmonisé, le grief d'arbitraire ne revêt pas de portée propre en l'espèce.
2.1 Conformément à l'art. 51 LHID, l'art. 203 LI/VD prévoit qu'une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office: a) lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts; b) lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître, ou qu'elle a violé de quelque autre manière une règle essentielle de procédure; c) lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la décision ou le prononcé. La révision est exclue lorsque le requérant invoque des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être exigée de lui (art. 203 al. 2 LI/VD).
2.2 Les décisions de taxation du 8 mars 2001 ont retenu une valeur de l'immeuble à la vente de 3'307'829 fr. dont a été déduite la valeur fiscale de celui-ci cinq ans avant la vente. Aucune autre déduction n'a été effectuée. Le taux d'imposition était fixé à 18%. Le montant de l'impôt sur les gains immobiliers ainsi que la quote part de cet impôt dû par chacun des recourants y étaient précisés. C'est dans cette teneur que les décisions de taxation ont été notifiées aux recourants et à leur mandataire, qui a précisé à l'Administration cantonale des impôts en date du 14 mars 2001 qu'il en avait pris connaissance. Les recourants disposaient par conséquent de la voie ordinaire de la réclamation, dûment mentionnée au pied des décisions de taxation en cause, pour faire valoir que la commission de courtage n'avait pas été déduite lors du calcul du gain immobilier imposable et que le taux d'imposition était, à leur avis, erroné. Ils n'ont pas fait usage de cette possibilité. Ils ne prétendent à juste titre pas avoir été empêchés de faire valoir ces deux griefs en procédure ordinaire malgré la diligence dont ils auraient, par hypothèse, fait preuve au moment de la notification des décisions de taxation en cause. Dans ces conditions, la voie de la révision était exclue. Il n'est par conséquent pas nécessaire d'examiner, sous l'angle de la violation d'une règle essentielle de procédure (art. 51 al. 1 let. b LHID), si l'autorité de taxation devait déduire d'office la commission de courtage du gain immobilier ni quelle portée il conviendrait d'accorder à une pareille omission.
Il convient encore de souligner que le grief dirigé contre l'estimation de la valeur de l'immeuble pour calculer le gain immobilier litigieux aurait également dû faire l'objet d'une réclamation ordinaire. Les recourants n'ayant pas interjeté de réclamation sur ce point, la voie de la révision était en principe exclue, sous réserve de l'engagement, comme en l'espèce, de l'autorité de taxation de réviser les taxations en cause sous certaines conditions.
En jugeant que la révision des décisions de taxation du 8 mars 2001 était exclue parce que les recourants auraient pu faire valoir leurs griefs en procédure ordinaire, le Tribunal cantonal a correctement appliqué la loi sur l'harmonisation fiscale ainsi que la loi vaudoise sur les impôts.
3. Les recourants se plaignent de la violation du droit à la protection de la bonne foi.
3.1 Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant également en droit fiscal, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636 s. et les arrêts cités). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (a) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (b) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (c) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement («ohne weiteres») de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (d) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, et (e) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636 s. et les références citées).
3.2 En l'espèce, le Tribunal cantonal a jugé à juste titre que la lettre de l'Administration cantonale des impôts du 17 août 2001 limitait strictement à la modification de la valeur de l'immeuble à la vente l'engagement de cette dernière à procéder à la révision des taxations du 8 mars 2001, de sorte qu'en ne modifiant que cette valeur dans les taxations du 15 janvier 2008, cette dernière avait pleinement respecté sa promesse. Les termes de l'engagement sont en effet clairs et ne souffrent aucune interprétation. Le fait que les commissions de courtage immobilier soient usuellement stipulées en fonction de la valeur de la vente n'y change rien. A cela s'ajoute, comme l'a dûment constaté le Tribunal cantonal, que lorsque l'Administration cantonale des impôts a formulé son engagement en date du 17 août 2001, le délai pour interjeter réclamation était échu de sorte que les recourants n'avaient pas renoncé à faire usage de cette voie de droit en raison de la promesse de l'Administration cantonale des impôts. Ce n'est par conséquent pas l'engagement de l'Administration fiscale cantonale qui a amené les recourants à ne pas faire usage de la voie de la réclamation. Dans ces conditions, le Tribunal cantonal pouvait juger que l'Administration n'avait pas violé le droit à la protection de la bonne foi des recourants.
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Les conclusions des recourants apparaissant dénuées de chance de succès, leur requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al LTF a contrario). Les frais de justice, dont ils sont débiteurs solidaires, seront fixés en application des critères arrêtés par l'art. 65 al. 2 LTF.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'500 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants, à l'Office d'impôt du district de Vevey, à l'Administration cantonales des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 17 novembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey