Sachverhalt:
A. X._ wurde am 26. August 2011 im Rahmen einer Strafuntersuchung inhaftiert und in der Folge vom Zwangsmassnahmengericht des Kantons Aargau in Untersuchungshaft gesetzt. Er wird verdächtigt, eine Frau in der Nacht vom 25. auf den 26. August 2011 geschlagen und ihr Fr. 1'900.-- Bargeld sowie ein Mobiltelefon abgenommen zu haben. Am 7. September 2011 verlängerte das Zwangsmassnahmengericht die Untersuchungshaft bis am 5. Dezember 2011. Eine von X._ gegen die Haftverlängerung erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau am 22. September 2011 ab.
B. Das Bundesgericht hiess eine von X._ gegen den Entscheid des Obergerichts vom 22. September 2011 erhobene Beschwerde am 2. November 2011 gut und entschied, dieser sei unverzüglich aus der Untersuchungshaft zu entlassen (Urteil 1B_570/2011). Zur Begründung führte es aus, der Haftgrund der Ausführungsgefahr sei nicht gegeben und den Haftgrund der Wiederholungsgefahr habe das Zwangsmassnahmengericht verneint, wogegen die Staatsanwaltschaft im Verfahren vor dem Obergericht und im bundesgerichtlichen Verfahren nichts vorgebracht habe.
C. Am 21. Dezember 2011 übernahm die Staatsanwaltschaft Baden von der Staatsanwaltschaft Bern-Seeland ein weiteres Untersuchungsverfahren gegen X._. In diesem Zusammenhang wird X._ verdächtigt, eine andere Frau dazu gebracht zu haben, zwischen dem 23. Dezember 2010 und dem 16. Februar 2011 mehrfach zu seinen Gunsten Geld von ihrem Konto abzuheben. Ausserdem solle er sie genötigt haben, eine Vollmacht zu unterschreiben, wonach ihr Gehalt von ihrem Arbeitgeber direkt auf sein Konto überwiesen werden sollte. Am 16. Februar 2011 soll X._ Fr. 2'000.-- vom Konto der Frau abgehoben und sie während eineinhalb Stunden in seiner Wohnung eingeschlossen haben. Anschliessend soll er ihr gegenüber gewalttätig geworden sein und sie genötigt haben, mit einem Abschiedsbrief ihren Selbstmord anzukündigen. Schliesslich habe er sie aufgefordert, sich die Pulsadern aufzuschneiden.
Die Staatsanwaltschaft Baden verdächtigt X._ überdies, nach seiner Entlassung aus der Untersuchungshaft erneut straffällig geworden zu sein. Er habe eine weitere Frau veranlasst, einen Kredit über Fr. 40'000.-- aufzunehmen und ihm diesen Geldbetrag zu übergeben. In der Folge habe er sie aufgefordert, ihm noch einmal Fr. 20'000.-- auszuhändigen, wenn sie den Betrag von Fr. 40'000.-- zurückerhalten wolle, woraufhin die Frau am 4. Februar 2012 bei der Stadtpolizei Zürich Anzeige gegen ihn erstattet habe.
D. Am 27. März 2012 wurde X._ erneut festgenommen. Gleichentags beantragte die Staatsanwaltschaft Baden beim Zwangsmassnahmengericht, der Beschuldigte sei für die vorläufige Dauer von drei Monaten, d.h. bis zum 27. Juni 2012 in Untersuchungshaft zu versetzen. Das Zwangsmassnahmengericht wies diesen Antrag am 28. März 2012 ab und verfügte, X._ sei aus der Haft zu entlassen. Der nicht an der Gerichtsverhandlung teilnehmenden Staatsanwaltschaft eröffnete es diesen Entscheid unverzüglich telefonisch. Daraufhin erhob die Staatsanwaltschaft innerhalb von weniger als zwei Stunden Beschwerde ans Obergericht. Sie beantragte die Genehmigung der Untersuchungshaft und die Erteilung der aufschiebenden Wirkung ihrer Beschwerde bzw. die vorläufige Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft. Am 29. März 2012 ordnete die Verfahrensleitung der Beschwerdeinstanz vorsorglich die vorläufige Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft an. Am 11. April 2012 hiess das Obergericht die Beschwerde der Staatsanwaltschaft gut, hob die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 28. März 2012 auf und ordnete über X._ die Untersuchungshaft für die Dauer von drei Monaten, d.h. bis zum 27. Juni 2012 an.
E. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 30. April 2011 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und er sofort aus der Haft zu entlassen.
F. Unter Hinweis auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid verzichtet die Vorinstanz auf eine Stellungnahme. Die Staatsanwaltschaft beantragt sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Das Zwangsmassnahmengericht liess sich nicht vernehmen. Mit Eingabe vom 15. Mai 2012 hält der Beschwerdeführer an der Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid in einer Strafsache, gegen den gemäss Art. 78 ff. BGG grundsätzlich die Beschwerde in Strafsachen offen steht. Nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist die Beschwerde gegen den selbstständig eröffneten Zwischenentscheid zulässig, da die Anordnung von Untersuchungshaft einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Der Beschwerdeführer ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG beschwerdebefugt. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Der angefochtene Entscheid betrifft die Anordnung von Untersuchungshaft und damit eine Zwangsmassnahme im Sinne von Art. 196 ff. StPO (SR 312.0). Strafprozessuale Zwangsmassnahmen sind Verfahrenshandlungen der Strafbehörden, die in die Grundrechte der Betroffenen eingreifen und dazu dienen, Beweise zu sichern, die Anwesenheit von Personen im Verfahren sicherzustellen oder die Vollstreckung des Endentscheids zu gewährleisten (Art. 196 lit. a-c StPO). Die Auslegung und die Anwendung der im Bundesrecht geregelten Voraussetzungen für die Grundrechtsbeschränkungen prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; vgl. BGE 128 II 259 E. 3.3 S. 269). Mit dem Entscheid über strafprozessuale Zwangsmassnahmen wird über die Grundrechtsbeschränkung definitiv entschieden. Somit stellen diese Zwangsmassnahmen keine vorsorgliche Massnahmen im Sinne von Art. 98 BGG dar. Die nach dieser Bestimmung vorgeschriebene Beschränkung der Rügegründe ist demnach nicht anwendbar (vgl. Urteil 1B_277/2011 vom 28. Juni 2011 E. 1.2 mit Hinweisen).
3. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Staatsanwaltschaft sei nicht berechtigt gewesen, gegen die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 28. März 2012 Beschwerde ans Obergericht zu erheben, weil sie nicht an der Verhandlung vor dem Zwangsmassnahmengericht teilgenommen habe. Demzufolge hätte die Vorinstanz auf die Beschwerde nicht eintreten dürfen.
3.1 Nach Art. 222 StPO kann die verhaftete Person Entscheide über die Anordnung, die Verlängerung und die Aufhebung der Untersuchungs- oder Sicherheitshaft bei der Beschwerdeinstanz anfechten. Dasselbe Beschwerderecht steht nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung der Staatsanwaltschaft zu. Das Bundesgericht hat zusammenfassend erwogen, aufgrund der in Art. 111 BGG statuierten Einheit des Verfahrens müsse derjenige, der zur Beschwerde ans Bundesgericht berechtigt sei, sich am Verfahren vor allen kantonalen Instanzen als Partei beteiligen können. Dazu verlange das öffentliche Interesse an einer funktionierenden Strafjustiz, dass die Staatsanwaltschaft ein Beschwerderecht gegen einen die Haft aufhebenden Entscheid des Zwangsmassnahmengerichts besitze (BGE 137 IV 230 E. 1 S. 232 mit Hinweisen).
3.2 Gemäss Art. 226 Abs. 5 StPO ist die beschuldigte Person unverzüglich freizulassen, wenn das Zwangsmassnahmengericht die Untersuchungshaft nicht anordnet. Dieses Recht auf unverzügliche Freilassung ergibt sich aus dem Grundrecht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 BV), welches gestützt auf die Art. 31 BV und Art. 5 EMRK in strafrechtlichen Verfahren unter bestimmten Voraussetzungen eingeschränkt werden kann (vgl. auch Art. 36 BV). Verfügt das Zwangsmassnahmengericht die sofortige Freilassung, obwohl nach Auffassung der Staatsanwaltschaft ein Haftgrund nach Art. 221 StPO besteht, kann das die Fortführung des Strafverfahrens indessen erschweren oder gar vereiteln. Um dies zu verhindern, besteht ein Interesse, dass die Staatsanwaltschaft im Rahmen ihrer Beschwerde an die Beschwerdeinstanz nach Art. 393 StPO zumindest vorübergehend die Freilassung verhindern kann (BGE 137 IV 230 E. 2.1 S. 233, 237 E. 2.1 S. 241). Zur Gewährleistung des Beschwerderechts der Staatsanwaltschaft ist erforderlich, die Freilassung des Beschuldigten aufzuschieben, bis die Beschwerdeinstanz über die Fortdauer der Haft während des Beschwerdeverfahrens im Sinne von Art. 388 lit. b StPO wenigstens superprovisorisch entscheiden kann (BGE 137 IV 237 E. 2.4 S. 244).
Vor dem Hintergrund des Anspruchs des Beschuldigten auf unverzügliche Freilassung gemäss Art. 226 Abs. 5 StPO muss die Staatsanwaltschaft ihre Beschwerde unmittelbar nach Kenntnis des Haftentlassungsentscheids und grundsätzlich vor dem Zwangsmassnahmengericht ankündigen. Die Ankündigung hat zur Folge, dass die Haft nach dem Freilassungsentscheid des Zwangsmassnahmengerichts bis zur sofortigen Beschwerdeerhebung durch die Staatsanwaltschaft fortbesteht. Um dem Erfordernis der unverzüglichen Beschwerdeerhebung im Anschluss an die Ankündigung nachzukommen, muss die Staatsanwaltschaft spätestens drei Stunden nach der Ankündigung beim Zwangsmassnahmengericht eine (wenigstens kurz) begründete Beschwerdeschrift einreichen und darin die Aufrechterhaltung der Haft beantragen. Diesfalls ist das Zwangsmassnahmengericht gehalten, den Beschuldigten weiter in Haft zu belassen und die Beschwerde mit dem Dossier und seiner allfälligen Stellungnahme verzugslos der Beschwerdeinstanz zu übermitteln (BGE 138 IV 92 E. 3.3 S. 97).
Nach dem Eingang der Beschwerde bei der Beschwerdeinstanz hat deren Verfahrensleitung die erforderlichen Anordnungen im Sinne von Art. 388 StPO zu erlassen. Solche Anordnungen müssen aus Gründen der Dringlichkeit meist ohne Anhörung der betroffenen Person als superprovisorische Verfügung ergehen. Sie sind anschliessend nach Gewährung des rechtlichen Gehörs zu bestätigen oder zu ändern. Eine von der Staatsanwaltschaft unmittelbar nach Kenntnis des Haftentlassungsentscheids, aber vor der tatsächlichen Entlassung des Beschuldigten eingereichte Beschwerde hat somit zur Folge, dass die Untersuchungshaft vorläufig weiterbesteht, bis die zuständige Verfahrensleitung der Beschwerdeinstanz (superprovisorisch) über weitere Massnahmen im Sinne von Art. 388 StPO entscheiden kann. Es handelt sich dabei in der Regel um eine Verlängerung der Haft um einige Stunden, was im Interesse der Erreichung des Untersuchungszwecks bei bestehenden Haftgründen und zur Gewährleistung eines wirksamen Beschwerderechts der Staatsanwaltschaft mit Art. 226 Abs. 5 StPO vereinbar erscheint (BGE 138 IV 92 E. 3.4 S. 98).
3.3 Das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Aargau teilt der Staatsanwaltschaft einen negativen Entscheid, nämlich die Nichtanordnung der beantragten Untersuchungshaft, praxisgemäss vorab telefonisch mit, wenn die Staatsanwaltschaft wie vorliegend nicht an der Verhandlung vor dem Zwangsmassnahmengericht teilnimmt (vgl. Art. 225 Abs. 1 StPO). Dem Beschwerdeführer ist darin zuzustimmen, dass die StPO eine telefonische Eröffnung des (negativen) Haftanordnungsentscheids nicht ausdrücklich vorsieht. Die nicht an der Verhandlung vor dem Zwangsmassnahmengericht teilnehmende Staatsanwaltschaft hat denn auch keinen gesetzlichen Anspruch darauf, dass ihr ein solcher Entscheid vorab telefonisch mitgeteilt wird. Dies schliesst allerdings nicht aus, dass sich die beteiligten Behörden hinsichtlich des Vorgehens in solchen Fällen untereinander absprechen. Sofern der Entscheid der nicht persönlich an der Verhandlung vertretenen Staatsanwaltschaft wie von Art. 226 Abs. 2 StPO vorgeschrieben (zusätzlich) unverzüglich schriftlich eröffnet wird, steht einer vorgängigen telefonischen Mitteilung nichts entgegen. Dieses Vorgehen ermöglicht es der Staatsanwaltschaft, ihre Beschwerde sofort anzukünden, selbst wenn sie nicht persönlich an der Verhandlung vor dem Zwangsmassnahmengericht vertreten ist. Die vorläufige Fortdauer der Untersuchungshaft ist in einem solchen Fall mit Art. 226 Abs. 5 StPO vereinbar, sofern die Abwesenheit der Staatsanwaltschaft an der Verhandlung nicht zu Verzögerungen führt. Insbesondere muss die Staatsanwaltschaft auch bei einem solchen Vorgehen spätestens drei Stunden nach der (mündlichen) Eröffnung des Entscheids gegenüber der beschuldigten Person beim Zwangsmassnahmengericht eine (wenigstens kurz) begründete Beschwerdeschrift einreichen und darin die Aufrechterhaltung der Haft beantragen (vgl. E. 3.2 hiervor).
3.4 Vorliegend hat die nicht persönlich an der Verhandlung vor dem Zwangsmassnahmengericht vertretene Staatsanwaltschaft, nachdem ihr die Nichtanordnung der Untersuchungshaft vorab telefonisch mitgeteilt worden ist, innerhalb von drei Stunden nach der (mündlichen) Eröffnung des Entscheids gegenüber dem Beschwerdeführer eine begründete Beschwerdeschrift eingereicht und darin die Aufrechterhaltung der Haft beantragt. Dieses Vorgehen hat zu keinen weiteren Verzögerungen geführt und ist nach dem Gesagten nicht zu beanstanden. Damit erweist sich die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz hätte nicht auf die Beschwerde eintreten dürfen, als unbegründet.
4. Nach Art. 221 Abs. 1 StPO sind Untersuchungs- und Sicherheitshaft nur zulässig, wenn die beschuldigte Person eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und ausserdem Flucht-, Kollusions- oder Wiederholungsgefahr vorliegt. Weiter ist Haft zulässig, wenn ernsthaft zu befürchten ist, eine Person werde ihre Drohung, ein schweres Verbrechen auszuführen, wahrmachen (Art. 221 Abs. 2 StPO). Das zuständige Gericht ordnet gemäss Art. 237 Abs. 1 StPO an Stelle der Untersuchungs- oder Sicherheitshaft eine oder mehrere mildere Massnahmen an, wenn sie den gleichen Zweck wie die Haft erfüllen.
5. Der Beschwerdeführer bestreitet zunächst den allgemeinen Haftgrund des dringenden Tatverdachts.
5.1 Das Bundesgericht hat bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrunds des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in Untersuchungshaft, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Im Haftprüfungsverfahren genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. BGE 116 Ia 143 E. 3c S. 146).
5.2 In ihrem Antrag auf Anordnung von Untersuchungshaft führte die Staatsanwaltschaft aus, die Frau, welche den Beschwerdeführer am 4. Februar 2012 bei der Stadtpolizei Zürich anzeigte, habe ausgesagt, Anfang August 2011 über eine Chat-Plattform einen Mann kennengelernt zu haben. Nachdem der Kontakt zunächst abgebrochen sei, habe sich dieser Mann Anfang November 2011 wieder gemeldet, woraufhin sie sich in Zürich getroffen hätten. Er habe mit ihr als Geschäftspartnerin ein Restaurant in Luzern eröffnen wollen, weshalb er sie gebeten habe, ihm Fr. 40'000.-- zu geben. Sie habe einen Kredit über diesen Betrag aufgenommen und ihm das Geld Ende November 2011 in bar ausgehändigt. In der Folge sei sie von ihm aufgefordert worden, ihm nochmals Fr. 20'000.-- auszuhändigen, ansonsten sie den bereits ausgehändigten Betrag nicht mehr zurückbekommen werde. Nachdem sie anfänglich bereit gewesen sei, auf diese Forderung einzugehen, habe sie von einer Kollegin nach langem Zureden davon abgehalten werden können. Weiter führte die Staatsanwaltschaft aus, die Anzeigeerstatterin habe den Beschwerdeführer anlässlich einer polizeilichen Einvernahme anhand eines Fotowahlbogens mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit als diejenige Person identifiziert, die sie auf der Chat-Plattform kennengelernt habe. Der Beschwerdeführer habe anlässlich der Eröffnung der Festnahme bestätigt, dass er die Anzeigeerstatterin im August 2011 über eine Internet-Plattform kennengelernt und sie im November 2011 getroffen habe. Es hätten lediglich zwei Treffen stattgefunden, wobei er nie Geld oder andere Vermögenswerte von ihr erhalten habe. Sämtliche Vorhalte betreffend ein nötigendes Verhalten habe der Beschwerdeführer in Abrede gestellt. Aufgrund der Aussagen der am 4. Februar 2012 Anzeige erstattenden Frau und des Beschwerdeführers anlässlich der Strafuntersuchung kam das Zwangsmassnahmengericht in seiner Verfügung vom 28. März 2012 zum Schluss, es bestehe ein dringender Tatverdacht zumindest hinsichtlich einer versuchten Nötigung (Art. 181 i.V.m. Art. 22 Abs. 1 StGB).
Die Vorinstanz bezog bei der Prüfung, ob ein dringender Tatverdacht im Sinne von Art. 221 Abs. 1 StPO bestehe, neben den vom Beschwerdeführer seit November 2011 mutmasslich begangenen Delikte diejenigen Straftaten mit ein, die er bereits zwischen dem 23. Dezember 2010 und dem 16. Februar 2011 sowie im August 2011 begangen haben soll. Das geschilderte Tatmuster stimme mit den unabhängig voneinander zur Anzeige gebrachten und untersuchten früheren Vorfällen überein. Der Beschwerdeführer habe jedesmal mit seinen Opfern unter falschem Namen in Chat-Foren Kontakt aufgenommen und sie anschliessend zu veranlassen versucht, ihm auf unterschiedliche Weise und unter falschen Angaben über den Verwendungszweck Geld zu beschaffen, sei es direkt von ihren Konten mit Bezügen via Bancomat, mit der Erteilung einer Vollmacht zur Lohnüberweisung auf sein Konto oder durch Aufnahme eines Kredits zu seinen Gunsten. In allen Fällen stimmten die Schilderungen dahingehend überein, dass der Beschwerdeführer vor Gewalt und Drohung nicht zurückgeschreckt habe.
5.3 Der Beschwerdeführer bringt diesbezüglich vor, die Vorinstanz habe mit unsubstanziierten Pauschalvorwürfen die Begründungspflicht und insofern sein Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Die Aussagen der Frau, welche gegen ihn am 4. Februar 2012 bei der Stadtpolizei Zürich Anzeige erstattet habe, seien nicht glaubwürdig. Der geschilderte Sachverhalt werde von ihm vollständig bestritten. Ausserdem wären die geschilderten Handlungen auch gar nicht strafbar. Die Androhung, ein Darlehen nicht zurückzubezahlen, könne nicht als Androhung ernstlicher Nachteile im Sinne von Art. 181 StGB gelten.
5.4 Die von der Vorinstanz zum Vorliegen des dringenden Tatverdachts gemachten Ausführungen genügen der behördlichen Begründungspflicht (vgl. dazu BGE 134 I 83 E. 4.1; 133 I 270 E. 3.1 S. 277; je mit Hinweisen). In der Sache ist festzuhalten, dass die Staatsanwaltschaft gegen den Beschwerdeführer eine Strafuntersuchung führt wegen des Verdachts auf Raub, mehrfachen Diebstahl, Betrug, schwere Körperverletzung, Verbreitung menschlicher Krankheiten, Veruntreuung, einfache Körperverletzung, Drohung, Nötigung, grobe Verletzung der Verkehrsregeln, Fahren in fahrunfähigem Zustand sowie diverse weitere Vergehen. Der Vorinstanz ist darin zuzustimmen, dass bei der Beurteilung der Frage, ob ein dringender Tatverdacht bestehe, nicht nur auf die Taten abzustellen ist, die der Beschwerdeführer seit November 2011 begangen, sondern auch auf diejenigen, die er schon zwischen dem 23. Dezember 2010 und dem 16. Februar 2011 sowie im August 2011 verübt haben soll. Aus dem angefochtenen Entscheid und den weiteren Akten ergibt sich, dass der Beschwerdeführer von drei verschiedenen mutmasslich geschädigten Frauen konkret und detailliert belastet worden ist, schwere strafbare Handlungen gegen Leib und Leben, gegen das Vermögen und gegen die Freiheit begangen zu haben (vgl. Rapport der Kantonspolizei Bern vom 28. Februar 2011, Rapport der Kantonspolizei Aargau vom 13. November 2011, Rapport der Stadtpolizei Zürich vom 20. Februar 2012 sowie diverse Einvernahmeprotokolle).
Zwar bestreitet der Beschwerdeführer die ihm vorgeworfenen Handlungen. Das Vorliegen eines dringenden Tatverdachts vermag er allerdings nicht glaubwürdig zu widerlegen. Wie die Vorinstanz zu Recht dargelegt hat, lassen die Schilderungen der mutmasslich geschädigten Frauen eine übereinstimmende Vorgehensweise des Beschwerdeführers bzw. ein identisches Tatmuster erkennen. Verbunden mit dem Umstand, dass die drei mutmasslich geschädigten Frauen die Handlungen des Beschwerdeführers völlig unabhängig voneinander geschildert haben, spricht dies für die Annahme eines dringenden Tatverdachts. Die Vorinstanz hat kein Bundesrecht verletzt, wenn sie aufgrund der bisherigen Untersuchung im Ergebnis davon ausgegangen ist, dass insgesamt genügend Anhaltspunkte für die Erfüllung schwerer Straftaten im Sinne von Art. 221 Abs. 1 StPO bestehen.
6. Der Beschwerdeführer rügt ausserdem, die Vorinstanz habe den Haftgrund der Wiederholungsgefahr zu Unrecht bejaht.
6.1 Der besondere Haftgrund der Wiederholungsgefahr ist gegeben, wenn ernsthaft zu befürchten ist, dass die beschuldigte Person durch Verbrechen oder schwere Vergehen (vgl. dazu BGE 137 IV 84 E. 3.2 S. 85 f.) die Sicherheit anderer erheblich gefährdet, nachdem sie bereits früher gleichartige Straftaten verübt hat (Art. 221 Abs. 1 lit. c StPO). Nach der Praxis des Bundesgerichts kann die Anordnung bzw. Fortsetzung von strafprozessualer Haft wegen Wiederholungsgefahr dem Verfahrensziel der Beschleunigung dienen, indem verhindert wird, dass sich der Strafprozess durch immer neue Delikte kompliziert und in die Länge zieht. Auch die Wahrung des Interesses an der Verhütung weiterer schwerwiegender Delikte ist nicht verfassungs- und grundrechtswidrig. Vielmehr anerkennt Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK ausdrücklich die Notwendigkeit, Beschuldigte an der Begehung strafbarer Handlungen zu hindern, somit Spezialprävention, als Haftgrund (BGE 137 IV 84 E. 3.2 S. 85 mit Hinweis).
6.2 Bei den Vortaten muss es sich um Verbrechen oder schwere Vergehen gegen gleiche oder gleichartige Rechtsgüter gehandelt haben. Die früher begangenen Straftaten können sich aus rechtskräftig abgeschlossenen Strafverfahren ergeben. Sie können jedoch auch Gegenstand eines noch hängigen Strafverfahrens bilden, in dem sich die Frage der Untersuchungs- und Sicherheitshaft stellt, sofern mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit feststeht, dass die beschuldigte Person solche Straftaten begangen hat. Der Nachweis, dass die beschuldigte Person eine Straftat verübt hat, gilt bei einem glaubhaften Geständnis oder einer erdrückenden Beweislage als erbracht (BGE 137 IV 84 E. 3.2 S. 86 mit Hinweisen). Der Haftgrund der Wiederholungsgefahr kann unter Umständen auch schon gegeben sein, wenn die beschuldigte Person früher nur eine gleichartige Straftat verübt hat (Urteil 1B_133/2011 vom 12. April 2011 E. 4.7). Bei akut drohenden Schwerverbrechen kann nach der Praxis des Bundesgerichtes unter bestimmten Voraussetzungen sogar ausnahmsweise auf das Vortatenerfordernis ganz verzichtet werden (vgl. BGE 137 IV 13 E. 3-4 S. 18 ff.).
Die Vorinstanz stellte im angefochtenen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht fest, dass der Beschwerdeführer mit Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 27. Juli 2010 wegen versuchter schwerer Körperverletzung, mehrfacher Tätlichkeit, mehrfachen (teilweise versuchten) Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung, versuchter Nötigung, mehrfachen Hausfriedensbruchs sowie weiterer Delikte und am 28. Februar 2003 von der Jugendanwaltschaft des Kantons Aargau unter anderem wegen mehrfachen Diebstahls verurteilt worden ist. Dem in den Akten liegenden Auszug aus dem Schweizerischen Strafregister ist zu entnehmen, dass er die Taten, für die er vom Kantonsgericht Basel-Landschaft verurteilt worden ist, über einen Zeitraum vom Januar 2006 bis Juni 2008 zu verschiedenen Zeitpunkten begangen hat. Die Verurteilung durch die Jugendanwaltschaft des Kantons Aargau betreffen Taten aus dem Jahr 2002. Es handelt sich bei den früher verübten Taten mindestens teilweise um schwere und die Sicherheit anderer erheblich gefährdende Straftaten im Sinne von Art. 221 Abs. 1 lit. c StPO. Die verübten Taten betreffen wie diejenigen, denen der Beschwerdeführer in der laufenden Strafuntersuchung dringend verdächtig ist, die Rechtsgüter Leib und Leben, Vermögen und Freiheit. Damit ist das Erfordernis der verübten Vortaten gemäss Art. 221 Abs. 1 lit. c StPO erfüllt, ohne dabei auf die Gegenstand der laufenden Strafuntersuchung bildenden Straftaten abzustellen, hinsichtlich derer der Beschwerdeführer nicht geständig ist.
6.3 Die Begehung der in Art. 221 Abs. 1 lit. c StPO genannten Delikte muss ernsthaft zu befürchten sein. Erforderlich ist eine sehr ungünstige Rückfallprognose. Dabei sind insbesondere die Häufigkeit und Intensität der untersuchten Delikte sowie die einschlägigen Vorstrafen zu berücksichtigen (BGE 137 IV 84 E. 3.2 S. 86).
Das Zwangsmassnahmengericht in seiner Verfügung vom 28. März 2012 sowie die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid stellten dem Beschwerdeführer unter anderem gestützt auf ein Kurzgutachten der Psychiatrischen Dienste Aargau vom 15. November 2011 eine ungünstige Rückfallprognose aus. Die Gutachter haben erkannt, dass der Beschwerdeführer an einer mittelschweren dissozialen Persönlichkeitsstörung leide. Darüber hinaus sei ein problematischer Gebrauch von psychotropen Substanzen festzustellen. Für Drogen- und verkehrsrechtliche Delikte sowie Eigentumsdelikte bestehe eine mittelgradige, für Gewaltdelikte eine mittelgradige bis hohe Rückfallwahrscheinlichkeit. Bei der Beurteilung der Rückfallgefahr würden insbesondere die psychiatrische Störung, die persistierende Delinquenz und der Konsum von Drogen ins Gewicht fallen. Darüber hinaus seien Persönlichkeitsmerkmale festgestellt worden, die mit einem erhöhten Risiko für weitere Delinquenz korrelierten.
Angesichts der einschlägigen Vorstrafen und des psychiatrischen Kurzgutachtens erweist sich die Rückfallprognose für den Beschwerdeführer als sehr ungünstig und es ist ernsthaft zu befürchten, dass er im Falle einer Haftentlassung erneut schwere Straftaten im Sinne von Art. 221 Abs. 1 lit. c StPO begehen würde.
7. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer grundsätzlich kostenpflichtig. Er ersucht indes um unentgeltliche Rechtspflege. Da die Voraussetzungen von Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG erfüllt sind, kann dem Gesuch entsprochen werden.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Stefan Semela wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Baden, dem Zwangsmassnahmengericht und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle