Sachverhalt:
A. Mit Schreiben vom 2. März 2010 stellte die Rolex SA bei der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland Strafanzeige und Strafantrag gegen X._ und gegen Unbekannt wegen Warenfälschung (Art. 155 StGB), Markenrechtsverletzung (Art. 61 MSchG [SR 232.11]) und betrügerischem Markengebrauch (Art. 62 MSchG). Zur Begründung führte die Rolex SA aus, ihr sei vom Zollinspektorat Zürich-Flughafen mitgeteilt worden, dass vier mit der Rolex-Krone versehene leere Uhrenschachteln inklusive Brieftaschen und kleinen Etuis sowie Rolex-Zertifikaten und -Prospekten zurückbehalten worden seien. Der Absender sei aus China, infolge der unleserlichen chinesischen Schriftzeichen aber unbekannt. Die Sendung sei an X._, c/o Y._GmbH, Baar adressiert. Die Rolex SA führte weiter aus, sie habe die Gegenstände begutachtet und bestätigen können, dass es sich um Fälschungen handle. Da leere Schachteln mit Zertifikaten zugeschickt worden seien, könne nicht ausgeschlossen werden, dass X._ diese in der Schweiz zur Bestückung mit gefälschten Rolex-Uhren verwende. Es werde beantragt, eine Hausdurchsuchung durchzuführen.
Das Strafverfahren wurde in der Folge an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug abgetreten. Mit Hausdurchsuchungsbefehl vom 18. April 2011 beauftragte die Staatsanwaltschaft die Zuger Polizei mit der Durchsuchung der Räumlichkeiten der Y._GmbH und der am gleichen Ort domizilierten Z._ sowie der Wohnung von X._ und der Wohnung des Geschäftsführers der Y._GmbH, W._. Die Hausdurchsuchung fand am 8. Juni 2011 statt. Dabei beschlagnahmte die Zuger Polizei in der Wohnung von X._ eine leere Rolex-Schachtel, ein IBM ThinkPad und ein iPhone (Gegenstände A1-A3) und in der Wohnung von W._ vier Rolex-Armbanduhren mit Schachteln und fünf Rolex-Armbanduhren ohne Schachteln, eine zerlegte Rolex-Armbanduhr in einem Stoffetui, eine Schachtel mit diversen Papieren betreffend Rolex-Uhren, eine Schachtel mit einer Bedienungsanleitung, eine leere Schachtel, einen Kleinordner mit Versicherungsunterlagen (Gegenstände B1-B14) und zwei Pistolen (Gegenstände X1-X2). In den Räumlichkeiten der Y._GmbH wurden ein Laptop, vier Computer-Tower und zwei USB-Sticks beschlagnahmt (Gegenstände D1-D7).
Mit Eingabe vom 8. Juni 2011 veranlassten X._, W._ und die Y._GmbH bei der Staatsanwaltschaft die Versiegelung der beschlagnahmten Gegenstände. Die Staatsanwaltschaft stellte in der Folge beim Zwangsmassnahmengericht des Kantons Zug einen Antrag auf Entsiegelung. Einer entsprechenden Aufforderung des Zwangsmassnahmengerichts folgend teilte W._ mit, für die Gegenstände B2, B3, B4, B9, B10, B13 und X1 werde keine Siegelung mehr beantragt. Mit Verfügung vom 25. Oktober 2011 entschied das Zwangsmassnahmengericht, der Antrag der Staatsanwaltschaft auf Entsiegelung des iPhone (Gegenstand A3) werde abgewiesen. Die entsprechende Sicherstellung sei X._ wieder auszuhändigen. Mit Bezug auf die übrigen Sicherstellungen, für welche noch die Siegelung verlangt sei, werde der Antrag der Staatsanwaltschaft auf Entsiegelung gutgeheissen. Die Aufzeichnungen und Gegenstände würden der Staatsanwaltschaft im Sinne der Erwägungen zum Zwecke der Durchsuchung und gegebenenfalls der Beschlagnahme tatrelevanter Aufzeichnungen als Beweismittel zur Verfügung gestellt.
Parallel zum Entsiegelungsverfahren ergriffen X._ und die Y._GmbH auch gegen die Beschlagnahme Rechtsmittel. Mit Beschwerde vom 20. Juni 2011 ans Obergericht des Kantons Zug beantragten sie insbesondere die Herausgabe der Gegenstände A2, A3 und D1-D7. Das Obergericht wies die Rechtsmittel mit Urteilen vom 6. Oktober 2011 ab, soweit es darauf eintrat. Die dagegen von der Y._GmbH und X._ erhobenen Beschwerden wies das Bundesgericht mit Urteil vom 9. Januar 2012 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 1B_636/2011 und 1B_638/2011).
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 25. November 2011 beantragt X._, die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 25. Oktober 2011 sei aufzuheben und es seien ihm die Gegenstände A2 und A3 sofort herauszugeben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Auflage, dem Beschwerdeführer eine Frist von mindestens 15 Werktagen anzusetzen, um die nicht für die Spiegelung bestimmten Dateien auf den Datenträgern A2 und A3 schriftlich zu benennen (Verfahren 1B_668/2011).
Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 25. November 2011 beantragt die Y._GmbH, die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 25. Oktober 2011 sei aufzuheben und es seien ihr die Gegenstände D1-D7 sofort herauszugeben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Auflage, der Beschwerdeführerin eine Frist von mindestens 15 Werktagen anzusetzen, um die nicht für die Spiegelung bestimmten Dateien auf den Datenträgern D1-D7 schriftlich zu benennen (Verfahren 1B_670/2011).
Die Staatsanwaltschaft hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Das Zwangsmassnahmengericht beantragt die Abweisung der Beschwerden.
Mit Präsidialverfügung vom 21. Dezember 2011 hat das Bundesgericht den Beschwerden die aufschiebende Wirkung beigelegt und die Verfahren sistiert, bis in den Verfahren 1B_636/2011 und 1B_638/2011 entschieden sei. Nach Abschluss jener Verfahren nahm das Bundesgericht die vorliegenden Verfahren mit Präsidialverfügung vom 19. Januar 2012 wieder auf.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerden betreffen im Wesentlichen den gleichen Sachverhalt und werfen die gleichen Rechtsfragen auf. Die Verfahren 1B_668/2011 und 1B_670/2011 sind deshalb zu vereinigen.
1.2 Am 1. Januar 2011 ist die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) in Kraft getreten. Ausschlaggebend für die Anwendbarkeit des alten oder neuen Prozessrechts ist das erstinstanzliche Entscheiddatum (Art. 453 f. StPO). Der hier streitige Entsiegelungsentscheid datiert vom 25. Oktober 2011. Die Beschwerde ist deshalb nach den Bestimmungen der Schweizerischen Strafprozessordnung zu beurteilen.
1.3 Im Urteil 1B_516/2011 vom 17. November 2011 hat das Bundesgericht mit Blick auf die Voraussetzung der Erschöpfung des kantonalen Rechtsmittelwegs die Frage aufgeworfen, ob der sich aus Art. 248 Abs. 3 StPO i.V.m. Art. 380 StPO und Art. 393 Abs. 1 lit. c StPO ergebende Ausschluss der StPO-Beschwerde in Entsiegelungsangelegenheiten den gesetzgeberischen Willen korrekt zum Ausdruck bringt. Im Ergebnis hat es die Frage offen gelassen. Im Hinblick auf den Verfahrensausgang braucht sie auch vorliegend nicht beantwortet zu werden.
1.4 Die angefochtene Verfügung schliesst das Strafverfahren nicht ab (Art. 90 f. BGG); es liegt ein selbstständig eröffneter Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 Abs. 1 BGG vor. Die Entsiegelung der Unterlagen kann einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zur Folge haben (Urteil 1B_516/2011 vom 17. November 2011 E. 1.2 mit Hinweis). Die Beschwerdeführer nahmen vor der Vorinstanz am Verfahren teil und haben grundsätzlich ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids (Art. 81 Abs. 1 BGG). Indessen besteht in Bezug auf das sichergestellte iPhone kein solches Interesse. Die Vorinstanz verfügte, der Antrag auf Entsiegelung des iPhones werde abgewiesen und dieses sei dem Beschwerdeführer wieder auszuhändigen. Insofern ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2. Die Beschwerdeführer bringen zum Teil die gleichen Rügen vor wie in den Verfahren 1B_636/2011 und 1B_638/2011. So machen sie erneut geltend, es fehle an einem hinreichenden Tatverdacht, das Obergericht habe in den Verfahren betreffend Beschlagnahme und Hausdurchsuchung zu Unrecht das Bestehen von milderen Massnahmen verneint, der Polizei sei angeboten worden, die Datenträger vor Ort gemeinsam zu durchsuchen und die Zwangsmassnahmen seien unzumutbar gewesen. Das Bundesgericht hat im Urteil 1B_636/2011, 1B_638/2011 vom 9. Januar 2012 dargelegt, dass ein hinreichender Tatverdacht besteht und dass die Hausdurchsuchung und Beschlagnahme sowohl notwendig wie auch zumutbar waren. Auf diese Ausführungen kann verwiesen werden. Die Rügen der Beschwerdeführer sind somit unbegründet.
3. 3.1 Das Zwangsmassnahmengericht führte zur Begründung seines Entscheids im Wesentlichen Folgendes aus: Die Beschwerdeführer hätten einzig mit Bezug auf das sichergestellte iPhone (Gegenstand A3) geltend gemacht, dieses enthalte schützenswerte persönliche Daten, bei welchen der Schutz der Privatsphäre und der Persönlichkeit der Entsiegelung entgegenstehe. Bezüglich der übrigen Datenträger (Gegenstände A1 und D1-D7) werde einzig vorgebracht, diese seien Eigentum der Beschwerdeführerin und es befänden sich darauf Geschäftsunterlagen, welche sensitiv und grundsätzlich nicht für Dritte bestimmt seien. Weiter werde vorgebracht, das öffentliche Interesse an der Wahrheitsfindung überwiege die privaten Interessen der Betroffenen nicht, da diese keine strafbaren Handlungen begangen hätten und daher eine Strafverfolgung gegen sie weder angezeigt noch erforderlich sei.
Das Zwangsmassnahmengericht prüfte vor dem Hintergrund der Vorbringen der Beschwerdeführer die in Art. 264 Abs. 1 StPO vorgesehenen Schranken der Beschlagnahme. In Betracht falle ausschliesslich lit. b dieser Bestimmung, wonach persönliche Aufzeichnungen und Korrespondenz der beschuldigten Person nicht beschlagnahmt werden dürfen, wenn ihr Interesse am Schutz der Persönlichkeit das Strafverfolgungsinteresse überwiegt. Diesbezüglich sei zu beachten, dass immerhin Vergehen zur Diskussion stünden (Verstösse gegen das Markenschutzgesetz und der Tatbestand der Warenfälschung nach Art. 155 StGB). Es bedürfe konkreter Anhaltspunkte, dass der Entsiegelung ein strafprozessual zu achtendes Geheimnis nach Art. 264 Abs. 1 lit. b StPO entgegenstehe. Davon sei in Bezug auf das iPhone auszugehen, zumal dieses möglicherweise höchstpersönliche Aufzeichnungen enthalte und der Konnex zum Tatverdacht weder geltend gemacht worden noch erkennbar sei. Bei den übrigen Datenträgern handle es sich dagegen nicht um solche, welche in der Regel persönliche Aufzeichnungen und Korrespondenz im Sinne von Art. 264 Abs. 1 lit. b StPO enthielten. Die Beschwerdeführer würden zudem auch nicht ansatzweise geltend machen, inwiefern dies hier anders sei. Mangels ausreichender prozessualer Mitwirkung im Entsiegelungsverfahren sei den Beschwerdeführern auch nicht nachträglich Gelegenheit einzuräumen, sich zum Inhalt der Aufzeichnungen zu äussern. Schliesslich sei nicht ausgeschlossen, dass sich auf den Datenträgern untersuchungsrelevante Aufzeichnungen befinden, welche beispielsweise Aufschluss über die Vorgehensweise und das Ausmass eines möglichen Handels mit gefälschten Rolex-Uhren zu geben vermöchten.
3.2 Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz vor, sie habe zu Unrecht eine Triage verweigert. In aktenwidriger Weise sei sie davon ausgegangen, es sei nur für das iPhone geltend gemacht worden, dieses enthalte schützenswerte persönliche Daten. Die Beschwerdeführer verweisen diesbezüglich auf Ziff. 43 ff. ihrer Eingabe an die Vorinstanz. Gar keine Berücksichtigung fänden die geltend gemachten Persönlichkeitsrechte Dritter, insbesondere der Kunden der Beschwerdeführerin, bei denen es sich u.a. um Arztpraxen und deren Kunden handle. Patientendaten seien datenschutzrechtlich höchst sensible Daten, die unter den Schutz von Art. 13 Abs. 2 BV fielen. Als Beispiele seien sensible Verschlüsselungstechniken für die Weiterleitung von eingescannten Verordnungen genannt. Es bestünden Verträge mit den Kunden, welche die Geheimhaltung von schützenswerten Daten garantieren sollten. Auf den Servern befänden sich Kopien von Computern (Images) von Physiopraxen, Treuhändern und Unternehmen, welche der Schweizerischen Finanzmarktaufsicht Finma unterstellt seien. Diesbezüglich bestehe für die Beschwerdeführerin eine Schweigepflicht. Auf dem ThinkPad befänden sich zudem Daten über die Familiengeschichte des Beschwerdeführers und insbesondere über die gewalttätigen Ausschreitungen in Konstantinopel im Jahre 1955, als seine Familie in die Schweiz geflohen sei, um nicht misshandelt zu werden. Weiter befänden sich auf dem ThinkPad zahlreiche persönliche Fotos, E-Mails, Korrespondenz mit der griechischen Botschaft, Korrespondenz mit dem Rechtsanwalt, Back-ups vom versiegelten iPhone und andere höchstpersönliche Daten. Die Beschwerdeführer machen weiter geltend, sie hätten während des ganzen Entsiegelungsverfahrens ihre Bereitschaft erklärt, an der Triage der Daten mitzuwirken. Angesichts der schieren Datenmenge und der weiterhin bestehenden Beschlagnahmung der Datenträger grenze es fast schon an überspitzten Formalismus, von ihnen eine umfassende Liste aller Dateien mit Einschätzung der Schutzwürdigkeit zu verlangen (Art. 29 Abs. 1 BV). Indem die Vorinstanz auf die Vorbringen nicht eingegangen und den Entscheid nicht hinreichend begründet habe, habe sie zudem das rechtliche Gehör verletzt (Art. 29 Abs. 2 BV). Insgesamt habe sie Recht krass unrichtig angewendet und damit das Willkürverbot verletzt (Art. 9 BV).
3.3 Aufzeichnungen und Gegenstände, die nach Angaben der Inhaberin oder des Inhabers wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts oder aus anderen Gründen nicht durchsucht werden dürfen, sind zu versiegeln und dürfen von den Strafbehörden weder eingesehen noch verwendet werden (Art. 248 Abs. 1 StPO). Stellt die Strafbehörde innert 20 Tagen ein Entsiegelungsgesuch, so entscheidet darüber im Vorverfahren das Zwangsmassnahmengericht; dieser Entscheid hat innerhalb eines Monats zu ergehen (Art. 248 Abs. 3 StPO).
Vorliegend ist strittig, ob das Zwangsmassnahmengericht die Entsiegelung der Datenträger anordnen durfte, ohne die einzelnen Dateien zu sichten und ohne die Beschwerdeführer persönlich zur Triage beizuziehen. Es trifft zu, dass die Triage dem in Art. 248 Abs. 3 StPO bezeichneten Gericht obliegt und nicht an die Strafbehörde delegiert werden darf (BGE 137 IV 189 E. 5.2.3 S. 198). Die Anforderungen, welche an diese richterliche Verfahrenshandlung zu stellen sind, bestimmen sich indessen weitgehend nach den Vorbringen der Betroffenen, die die Versiegelung verlangt haben. Insofern trifft die Betroffenen im Entsiegelungsverfahren eine Mitwirkungsobliegenheit (BGE 137 IV 189 E. 4 f. S. 194 ff.; 126 II 258 E. 9b S. 262 ff.; je mit Hinweisen). Diese betrifft einerseits die Frage, welche und wessen schützenswerte Geheimhaltungsinteressen der Entsiegelung entgegenstehen, andererseits die Frage, in Bezug auf welche Dateien solche Geheimhaltungsinteressen vorhanden sind (vgl. Urteile 1B_212/2010 vom 22. September 2010 E. 4.5; 1B_241/2008 vom 26. Februar 2009 E. 5.4 f.; 1B_206/2007 vom 7. Januar 2007 E. 6.4). In dieser Hinsicht werfen die Beschwerdeführer der Vorinstanz zu Unrecht vor, eine umfassende Liste mit entsprechenden Dateien verlangt zu haben. Vielmehr hat das Zwangsmassnahmengericht angesichts lediglich pauschal geltend gemachter Geheimhaltungsinteressen eine Interessenabwägung in allgemeiner Weise vorgenommen. Dieses Vorgehen ist grundsätzlich nicht zu beanstanden.
Die Beschwerdeführer kritisieren zudem, die Vorinstanz habe aktenwidrig und in Verletzung des rechtlichen Gehörs ihre Vorbringen zu den Geheimhaltungsinteressen übersehen. Diese Kritik ist unbegründet. In ihrer Stellungnahme vom 27. Juni 2011 zum Entsiegelungsgesuch der Staatsanwaltschaft haben sich die Beschwerdeführer darauf beschränkt, geltend zu machen, dass sich auf den fraglichen Rechnern und Speichermedien Geschäftsunterlagen der Beschwerdeführerin befinden. Diese seien sensitiv und nicht bestimmt für Dritte, welche nicht im Rahmen ihrer Tätigkeit mit diesen Daten beschäftigt seien. Zwar berief sich der Beschwerdeführer auch auf ein Zeugnisverweigerungsrecht, weil er Beschuldigter in diesem Verfahren sei. Im angefochtenen Entscheid wird dem richtigerweise entgegengehalten, dass in dieser Hinsicht wohl ein Aussage- nicht aber ein Zeugnisverweigerungsrecht bestehe (vgl. Art. 113, Art. 168 ff. sowie Art. 264 Abs. 1 lit. c StPO).
Das Zwangsmassnahmengericht hat insgesamt zu Recht erwogen, dass - abgesehen vom iPhone - keine konkreten Anhaltspunkte vorgebracht worden oder ersichtlich waren, welche ein Aussortieren einzelner Dateien bzw. Dateienordner nahelegten. Die Beschwerdeführer machten mit ihrem Hinweis auf "sensitive Geschäftsunterlagen" keines der in Art. 264 Abs. 1 StPO genannten Beschlagnahmeverbote geltend. Das Zwangsmassnahmengericht durfte, ohne die genannte Bestimmung oder den Verhältnismässigkeitsgrundsatz (Art. 197 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 StPO, Art. 5 Abs. 2 BV) zu verletzen, davon ausgehen, dass das Interesse an der Wahrheitsfindung vor dem Hintergrund der in Frage stehenden Vergehen jenes an der Geheimhaltung der Geschäftsunterlagen überwiegt. Auch indem die Beschwerdeführer ihren Standpunkt im bundesgerichtlichen Verfahren mit neuen Vorbringen zu bestätigen versuchen, vermögen sie den angefochtenen Entscheid insofern nicht als rechtswidrig erscheinen zu lassen (Art. 99 Abs. 1 BGG). Dass sie die entsprechenden Angaben nicht bereits in ihrer Stellungnahme zuhanden des Zwangsmassnahmengerichts gemacht haben, haben sie selbst zu verantworten (vgl. BGE 126 II 258 E. 9b/cc S. 263 f.).
3.4 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass das Zwangsmassnahmengericht kein Bundesrecht verletzt hat, indem es die teilweise Entsiegelung angeordnet hat. Bei der vorzunehmenden Durchsuchung der entsiegelten Aufzeichnungen werden die Strafbehörden die Bestimmungen der Strafprozessordnung zu beachten haben (vgl. v.a. Art. 197, Art. 246 f. und Art. 263 ff. StPO). Insbesondere müssen Aufzeichnungen, welche sich nachträglich für das Verfahren als nicht relevant erweisen sollten, aus den Verfahrensakten ausgeschieden werden.
4. Die Beschwerden sind abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie haben keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_668/2011 und 1B_670/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden im Umfang von Fr. 2'000.-- dem Beschwerdeführer (Verfahren 1B_668/2011) und im Umfang von Fr. 2'000.-- der Beschwerdeführerin (Verfahren 1B_670/2011) auferlegt.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, I. Abteilung, und dem Strafgericht des Kantons Zug, Zwangsmassnahmengericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold