Faits:
A. F._ a été engagé le 4 janvier 2002 en qualité d'auxiliaire par les X._ pour une durée déterminée, jusqu'au 3 juillet 2002. Selon le contrat signé par l'intéressé, cet engagement était soumis aux dispositions légales et statutaires relatives aux conditions de travail du personnel des X._. La fonction de F._ était définie ainsi: "coordinateur/formateur support applicatif/9 à la direction informatique de gestion".
Par courrier du 12 juin 2002, les X._ ont prolongé le contrat jusqu'au 31 décembre 2002. Le 7 juin 2003, ils l'ont reconduit jusqu'au 31 janvier 2003.
Le 16 janvier 2003, F._ a participé à un entretien d'évaluation et de développement des compétences en présence de ses supérieurs hiérarchiques. Ses prestations ont été jugées excellentes. Son responsable hiérarchique s'est prononcé en faveur de la poursuite de la collaboration, avec une évolution vers la fonction d'analyste-programmeur.
Sans interruption, le contrat de F._ a encore été plusieurs fois prolongé. Par courrier du 11 novembre 2003, les X._ ont reporté pour une dernière fois son échéance au 30 juin 2004, précisant qu'il s'agissait de la dernière prolongation possible.
En février et en juin 2004, F._ a sans succès postulé pour deux emplois au sein des X._.
L'engagement de F._ a comme prévu définitivement pris fin le 30 juin 2004. Le poste a cependant été peu après remis au concours et F._ a ainsi été réengagé le 17 août 2004 en qualité d'auxiliaire. Selon le contrat signé à cette occasion, l'engagement devait débuter le 1er septembre 2004 pour s'achever le 31 août 2005. La fonction était identique à celle précédemment exercée.
En novembre 2004 et janvier 2005, F._ a en vain déposé sa candidature pour trois postes différents, toujours aux X._.
Le 28 juin 2005, les X._ ont prolongé le contrat de F._ jusqu'au 31 août 2006.
Le lendemain, un nouvel entretien d'évaluation a eu lieu. Les prestations de F._ ont derechef été qualifiées d'excellentes, de sorte qu'il a été proposé de lui octroyer la fonction d'analyste-programmeur, ce qui fut fait le 12 juillet suivant.
En juillet 2005 et en février 2006, F._ a répondu à des offres pour des postes ouverts au sein des X._.
Par courrier du 20 janvier 2006, faisant suite à la réunion du jour précédent au cours de laquelle F._ avait exprimé des craintes quant à son avenir, les X._ ont déclaré qu'ils ne pouvaient absolument pas envisager un engagement de durée indéterminée. Au mieux, ils pourraient lui offrir une dernière prolongation jusqu'au 31 août 2007, sans garantie. Ils ont très vivement encouragé F._ à entreprendre rapidement des démarches pour trouver un emploi "à l'extérieur des X._".
Cette lettre ayant suscité des difficultés d'interprétation, une entrevue a eu lieu le 9 février 2006 entre la responsable des ressources humaines, le directeur adjoint de la direction informatique, F._ et G._ (ancien collaborateur des X._ ayant travaillé dans le même service que ce dernier et ayant assuré la fonction de représentant syndical).
Suite à cette séance, les X._ ont confirmé par courrier du 16 février 2006 que F._ pouvait effectuer des recherches d'emploi également au sein des X._, regrettant la confusion ainsi créée.
Par courrier du 4 mai 2006, les X._ ont informé F._ que son contrat ne serait pas prolongé au-delà du 31 août 2006.
Le 28 juin 2006, par l'entremise d'un avocat, F._ a demandé à être reçu par les X._. Il faisait valoir qu'il n'était pas acceptable que ceux-ci renvoient un collaborateur ayant donné satisfaction durant plus de cinq ans. Il avait abusivement été maintenu dans un statut d'auxiliaire, l'interruption durant l'été 2004 n'ayant eu d'autre but que de celui de l'empêcher de bénéficier d'un poste stable.
Les X._ ont fait suite à cette requête le 7 juillet 2006, proposant une rencontre fin juillet ou début août 2006. Ils se contentaient de préciser que c'était à la demande expresse de F._ qu'un nouveau contrat de durée déterminée lui avait été proposé à partir du 1er septembre 2004. Le représentant syndical avait lui-même suggéré ce mode de faire, en s'engageant à ne pas le considérer comme liant les X._ à long terme.
Par acte du 8 août 2006, F._ a recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre la résiliation de son contrat de travail, concluant à ce que le statut d'employé lui soit reconnu de même qu'à ce que la nullité, subsidiairement l'annulation, de son licenciement soit constatée.
Par courrier du 4 octobre 2006, le juge délégué a demandé aux X._ de produire les documents suivants: demande de F._ de se voir proposer un engagement dès le 1er septembre 2004 et/ou compte rendu de la séance au cours de laquelle cette demande aurait été formulée; proposition de G._ de ne pas considérer ce mode de faire comme engageant les X._ sur le long terme et/ou compte rendu de la séance au cours de laquelle ce point aurait été évoqué; compte rendu de la séance du 9 février en présence de F._ et G._.
Les X._ ont produit la lettre de candidature de F._ pour le poste auquel il a été engagé dès septembre 2004 ainsi que des courriers évoquant les réunions des 19 janvier et 9 février 2006. Ils précisaient qu'il n'existait pas de document écrit relatif à l'entretien qui s'était déroulé avec le représentant syndical. L'accord n'avait été qu'oral.
Plusieurs témoins ont été entendus: G._, H._ (directeur adjoint de la direction informatique de gestion), I._ (directeur de la direction informatique de gestion), J._ (supérieure hiérarchique de F._), K._ (supérieur hiérarchique également), L._ (analyste-programmeur au sein du même groupe que G._ et F._) et enfin, M._ (membre de la délégation des syndicats du service public ayant négocié l'attribution de trois postes supplémentaires à l'informatique, qui devaient revenir aux collaborateurs n'étant pas au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée).
Le 15 mars 2007, F._ a complété ses conclusions du 8 août 2006, en ce sens qu'il soit constaté que le contrat du 17 août 2004 aurait dû être conclu sous forme d'un contrat de durée indéterminée et qu'il soit ordonné qu'il soit modifié en ce sens. Il contestait au surplus avoir été présent lors de la réunion au cours de laquelle G._ aurait prétendument pris l'engagement de ne pas "créer de problèmes".
Par arrêt du 13 novembre 2007, le Tribunal administratif a admis, dans la mesure de sa recevabilité, le recours contre le courrier des X._ du 4 mai 2006 valant décision de résiliation des rapports de service et constaté la nullité de cette dernière.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les X._ demandent au Tribunal fédéral de constater que les rapports de travail conclus avec F._ ont pris fin le 31 août 2006. Subsidiairement, ils requièrent que l'arrêt rendu le 13 novembre 2007 par le Tribunal administratif soit annulé et que la cause soit renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils invoquent le principe de l'interdiction de l'arbitraire. Ils sollicitent en outre l'octroi de l'effet suspensif.
Par ordonnance du 25 janvier 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif des X._.
Le Tribunal administratif n'a formulé aucune observation sur le recours. F._ a conclu à son rejet.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) est ouverte contre les décisions en matière de rapports de travail de droit public, lorsque la valeur litigieuse dépasse 15'000 fr. (art. 85 al. 1 let. b LTF).
En l'espèce, l'intimé n'a pas conclu au versement d'une somme d'argent, mais a demandé que son statut d'employé soit reconnu. Dès lors que cette action a, en tout cas partiellement, un but économique et dans la mesure où son objet peut être apprécié en argent, il y a lieu de considérer qu'il s'agit d'une contestation de nature pécuniaire. Il s'ensuit que le motif d'exclusion de l'art. 83 let. g LTF n'entre pas en considération. En cas d'admission de l'action, les recourants devraient verser à l'intimé sa rémunération depuis le 1er septembre 2006. La valeur litigieuse atteint donc manifestement le seuil des 15'000 fr. ouvrant la voie du recours en matière de droit public dans ce domaine.
Les recourants sont un établissement de droit public cantonal, doté de la personnalité juridique (art. 1 et 5 de la loi genevoise sur les établissements publics médicaux du 19 septembre 1980 [LEPM]). En tant qu'employeurs de droit public, ils sont touchés par l'arrêt attaqué, qui constate la nullité du licenciement d'un de leurs employés, d'une manière analogue à un employeur privé. Ils ont donc la qualité pour agir en vertu de l'art. 89 al. 1 LTF (arrêt 1C_183/2007 du 5 février 2008 consid. 2.3 destiné à la publication).
Pour le surplus, interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours respecte les exigences des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2. Les recourants reprochent au Tribunal administratif d'avoir jugé que l'intimé devait être assimilé à un membre de leur personnel régulier. Subsidiairement, ils estiment que le recours aurait dû être déclaré irrecevable pour cause de tardiveté. Plus subsidiairement encore, ils soutiennent avoir valablement respecté les règles régissant la suppression de poste. Ils se prévalent du principe de l'interdiction de l'arbitraire sur tous ces points.
3. Selon la jurisprudence, il y a arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsque la décision attaquée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indiscuté ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Par ailleurs, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 131 I 57 consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée), ce qu'il appartient au recourant de démontrer en vertu de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et la jurisprudence citée).
4. La question de l'assimilation de l'intimé à un employé régulier du personnel des recourants étant déterminante pour la justification du raisonnement du Tribunal administratif sur la recevabilité du recours, il convient de l'examiner en premier lieu.
4.1 Le droit privé autorise en principe les parties à passer un nouveau contrat de durée déterminée à la suite d'un contrat de durée déterminée (Message du 9 mai 1984 concernant la révision des dispositions sur la résiliation du contrat de travail dans le code des obligations, in FF 1984 II, p. 617). Néanmoins, l'art. 2 al. 2 CC, qui prohibe la fraude à la loi, s'oppose à la conclusion de "contrats en chaîne" (Kettenverträge) dont la durée déterminée ne se justifie par aucun motif objectif et qui ont pour but d'éluder l'application des dispositions sur la protection contre les congés ou d'empêcher la naissance de prétentions juridiques dépendant d'une durée minimale des rapports de travail (ATF 129 III consid. 6.2 p. 624 et les arrêts cités).
Les "contrats en chaîne" sont en principe également admissibles - sous réserve de l'interdiction de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC) - s'agissant de rapports de travail de droit public (cf. Matthias Michel, Beamtenstatus im Wandel, Thèse Zurich 1998, p. 275; Peter Hänni, Das öffentliche Dienstrecht der Schweiz, Zurich 2002, p. 57 ss).
Le droit cantonal applicable au cas d'espèce réglemente d'ailleurs précisément cette problématique. Il prévoit que lorsqu'une personne est engagée par l'Etat de Genève pour assumer des travaux temporaires pour une durée déterminée ou non, elle a le statut d'auxiliaire. Il précise que la relation de service ne peut excéder une durée maximale de trois ans (art. 7 de la loi générale relative au personnel de l'administration cantonale et des établissements publics médicaux du 4 décembre 1997 (aLPAC), dont la teneur n'a pas été modifiée par l'entrée en vigueur le 31 mai 2007 de la nouvelle LPAC).
4.2 Le Tribunal administratif a jugé qu'il ressortait clairement de l'instruction de la cause que les recourants avait sciemment choisi la formule de la succession de contrats pour pouvoir bénéficier des compétences de l'intimé pendant une durée supérieure à trois ans, tout en le maintenant dans une situation précaire. Les recourants se bornent quant à eux à renvoyer au consentement de l'intimé. Ils ne font pas expressément valoir que cette reconduction aurait été dictée par des motifs objectifs. Or, le Tribunal administratif a estimé qu'il n'était ni établi que G._ avait agi comme représentant de l'intimé ni qu'il avait pris l'engagement de ne pas "faire d'histoires" au nom de ce dernier, ni enfin que l'intimé avait participé à la séance au cours de laquelle cet engagement aurait été pris. Les recourants se plaignent certes d'une constatation arbitraire des faits sur ce point. Ils ne nient toutefois pas que les déclarations des différentes personnes entendues sont contradictoires. Ils font simplement valoir qu'il faudrait s'en tenir aux affirmations de I._, qui est au demeurant le seul à soutenir avec certitude que l'intimé était présent lors de ladite séance. Ils se contentent de souligner qu'on ne saurait accorder de crédit aux propos de l'intimé, ce dernier ayant eu qualité de partie et non de témoin. Un tel argument n'est à l'évidence pas suffisant pour démontrer le caractère arbitraire de l'appréciation du Tribunal administratif. Les recourants occultent en effet les déclarations de G._, entendu comme témoin, et celles de H._, lequel n'a pas été en mesure de confirmer sans hésitation la présence de l'intimé à l'entretien. C'est donc sans arbitraire que la Cour cantonale a retenu que, si durant les trois premières années de service l'intimé avait eu un statut d'auxiliaire, il devait être considéré comme un membre personnel régulier dès le début de la quatrième (janvier 2005).
5. C'est à l'aune de cette conclusion qu'il y a lieu de procéder à l'examen de la qualification juridique du courrier du 4 mai 2006.
5.1 L'aLPAC connaît deux catégories de membres du personnel régulier de la fonction publique: les employés et les fonctionnaires. Les premiers sont ceux qui accomplissent une période probatoire (art. 6 al. 1 aLPAC), d'une durée de trois ans, à l'issue de laquelle intervient leur nomination en qualité de fonctionnaire (art. 5 aLPAC). Il en va de même pour un auxiliaire qui a occupé un poste sans interruption depuis trois ans (art. 47 al. 4 aRLPAC). Le Tribunal administratif a dès lors jugé que les règles applicables au statut des fonctionnaires devaient régir les rapports de travail entre les recourants et l'intimé, quand bien même, faute d'arrêté de nomination, ce dernier ne pouvait avoir accédé automatiquement à ce statut. Il a par conséquent considéré le courrier du 4 mai comme une décision mettant fin aux rapports de service.
En vertu de l'art. 21 al. 2 let. b aLPAC, il peut être mis fin aux rapports de service après la période probatoire pour un motif objectivement fondé, dûment constaté, démontrant que la poursuite des rapports de service est rendue difficile, moyennant le respect du délai de résiliation qui est de trois mois pour la fin d'un mois lorsque les rapports de service ont duré plus d'une année. La fin des rapports de service peut également intervenir en cas de suppression d'un poste pour des motifs d'organisation du service (art. 23 al. 1 aLPAC). Le délai de résiliation est alors de quatre mois pour la fin d'un mois et cette dernière ne peut intervenir que s'il se révèle impossible de confier au membre du personnel régulier - employé ou fonctionnaire - un autre poste correspondant à ses capacités. L'intéressé a notamment le droit d'être entendu (art. 23 al. 4 aLPAC).
5.2 Selon l'art. 46 al. 1 de la loi genevoise sur la procédure administrative (LPA), les décisions doivent être désignées comme telles, motivées et signées et indiquer les voies ordinaires et délais de recours. L'art. 47 LPA précise qu'une notification irrégulière ne peut entraîner aucun préjudice pour les parties.
En l'occurrence, la Cour cantonale a estimé que le recours interjeté par l'intimé était recevable. Elle a observé que le courrier du 4 mai 2006 n'indiquait pas les voies de droit, de sorte que le délai de recours n'avait pas immédiatement commencé à courir. L'intimé avait consulté un avocat qui avait pu intervenir en juin 2006 encore. Par ailleurs, le mémoire avait été déposé dans les trente jours suivant la réponse insatisfaisante communiquée par lettre des recourants du 7 juillet 2006. Au vu de l'ensemble des circonstances, le Tribunal administratif a dès lors jugé qu'il fallait admettre que l'intimé avait agi en temps utile, en respectant le devoir de diligence qui lui incombait.
5.3 A supposer que l'intimé puisse être considéré comme un membre régulier de leur personnel tel que cela vient d'être admis (cf. consid. 4.2), les recourants ne nient pas que le courrier du 4 mai 2006 doive être regardé comme une décision. Ils soulignent cependant qu'il ressort du dossier que l'intimé a consulté un avocat au plus tard le 28 juin 2006. Dès cette date, le dépôt d'un recours aurait donc été possible. Ils estiment au surplus que leur réponse du 7 juillet 2006 ne saurait constituer un motif excusable puisque l'intimé n'aurait pas recouru contre celle-ci mais contre la lettre du 4 mai 2006.
5.4 Il est douteux que la lettre du 4 mai 2006 constitue véritablement une décision. Peu importe en définitive. L'intimé pouvait en effet comprendre le courrier du 4 mai 2006 non pas comme une décision refusant de le considérer comme étant au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée, mais comme un refus de statuer sur cette problématique. Sa démarche consistant à interpeller dans un premier temps les recourants sur ce point précis et de ne saisir le Tribunal administratif qu'après avoir reçu une réponse jugée insatisfaisante ne saurait ainsi être critiquée. Les recourants font grand cas de ce que l'intimé aurait tenu la lettre du 4 mai 2006 pour une décision puisque son recours serait dirigé contre cette dernière. Ils perdent cependant de vue d'une part, qu'ils ne la considéraient eux-mêmes pas comme une décision, puisqu'ils auraient alors simplement renvoyé à sa force exécutoire dans leur réponse du 7 juillet 2006 et, d'autre part, que l'intimé n'a pas uniquement recouru contre la lettre du 4 mai 2006 mais qu'il a conjointement déposé une demande en constatation, laquelle n'est soumise à aucun délai.
Il s'ensuit que le Tribunal administratif n'a pas fait preuve d'arbitraire en entrant en matière sur la contestation.
6. Ayant assimilé la lettre du 4 mai 2006 à une décision de résiliation des rapports de service, le Tribunal administratif a affirmé que seule l'hypothèse de la suppression de poste était envisageable à rigueur de dossier. Le droit d'être entendu de l'intimé n'avait cependant pas été observé et ne pouvait pas être réparé. Il a donc jugé que le licenciement de l'intimé était nul et que ce dernier faisait toujours partie du personnel des recourants.
Il n'est pas exclu que, contrairement à l'opinion du Tribunal administratif, on eût pu considérer qu'une décision de licenciement n'avait en réalité jamais été rendue. Quoi qu'il en soit, l'appréciation de la Cour cantonale n'apparaît pas pour autant arbitraire dans son résultat. Les recourants ne contestent en effet pas qu'aucun manquement ne peut être opposé à l'intimé. Par ailleurs, le Tribunal administratif n'a fait qu'évoquer la possibilité de la suppression de poste sans toutefois la valider. Enfin, si l'intimé a certes été entendu à plusieurs reprises, il ne l'a jamais été sur ce point. Les recourants font au demeurant remonter la dernière audition de l'intimé au 9 février 2006, soit plus de trois mois avant la "décision" litigieuse. Or, à cette date, l'éventualité d'une prolongation du contrat jusqu'au 31 août 2007 était encore ouverte. Dans ces circonstances, les recourants ne sauraient soutenir qu'une décision de licenciement a valablement été rendue. Il s'agit donc de confirmer la conclusion du Tribunal administratif selon laquelle l'intimé fait toujours partie du personnel des X._.
7. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Il n'est pas perçu de frais judiciaires. Les recourants verseront en revanche une indemnité de dépens à l'intimé (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 26 mars 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Truttmann