Faits:
A. X._ SA, société sise dans le canton de Genève, a pour but la prise et l'administration de participations dans différentes entreprises, la réalisation de toutes opérations financières ou commerciales ainsi que les conseils et services en matière d'investissements et de gestion.
Le 29 août 1997, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a ouvert, sur le plan cantonal, une procédure de vérification des déclarations d'impôts 1993, 1994 et 1995 pour lesquelles des décisions de taxation étaient déjà entrées en force. Elle a alors demandé à X._ SA de lui fournir le détail des honoraires et des salaires des années 1992 à 1994. Le 1er décembre 1998, elle a également ouvert une procédure en soustraction pour l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1993-1994 et 1995.
L'Administration fiscale cantonale a procédé à différentes reprises. L'une d'elles concernait cinq factures émises par X._ SA adressées à la société Y._ SA les 22 mars, 22 avril, 22 mai, 25 juin et 27 juillet 1992 et qui n'avaient pas été comptabilisées. Ces factures se montaient à respectivement 9'315 fr., 8'100 fr., 8'100 fr., 7'500 fr. et 5'870 fr., soit un total de 38'885 fr. L'autorité de taxation a repris 10% du total de ces factures, soit 3'889 fr., pour la période fiscale 1993.
Trois bordereaux rectificatifs datés du 28 décembre 1998 ont été notifiés à X._ SA pour les suppléments d'impôts cantonaux et communaux suivants:
Période fiscale
Bénéfice repris (fr.)
Supplément d'impôt
(fr.)
1993
3'889 (factures non comptabilisées)
+ 7'459 (frais forfaitaires non admis)
11'348
4'418,40
1994
18'898 (frais forfaitaires)
7'448,10
1995
7'299 (frais forfaitaires)
1'653,55
Des intérêts de retard ainsi qu'une amende se montant au double de l'impôt soustrait, soit 27'040 fr., ont également été mis à la charge de la société.
Les reprises étaient identiques en ce qui concerne l'impôt fédéral direct. Le 28 décembre 1998 un supplément d'impôt a été fixé à 982 fr. 50 pour la période fiscale 1993-1994 et à 1'394 fr. 85 pour la période fiscale 1995. L'amende était de 4'755 fr., c'est-à-dire le double de l'impôt soustrait. L'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations de X._ SA par deux décisions du 16 février 1999.
B. Après avoir invité X._ SA à se prononcer sur les cinq factures non comptabilisées et avoir attiré son attention sur la possibilité d'une reformatio in pejus, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) a partiellement admis le recours par décision du 27 juin 2002. Elle a annulé certaines reprises: elle a par contre repris en totalité les factures non comptabilisées. En outre, elle a ramené la quotité de l'amende aux 3⁄4 du montant de l'impôt soustrait, estimant que, si X._ SA avait fait preuve de négligence relativement grave, elle avait coopéré avec l'autorité de taxation et fourni tous les documents requis.
C. Estimant que le droit d'être entendue de la société n'avait pas été respecté, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a admis le recours de X._ SA par arrêt du 17 juin 2003 et renvoyé la cause à la Commission cantonale de recours.
Une fois les parties entendues, ladite Commission a partiellement admis le recours par décisions du 21 juin 2004 pour les impôts cantonaux et du 23 juin 2004 pour l'impôt fédéral direct. Elle a annulé certaines reprises mais a pris en compte la totalité des cinq factures non comptabilisées. L'amende a été fixée à une fois l'impôt soustrait car, bien que X._ SA ait fait preuve de négligence, elle avait collaboré par la suite.
D. Le Tribunal administratif a rejeté les recours de X._ SA par arrêt du 14 juin 2005. Il a jugé en substance qu'aucune des prescriptions entrant en ligne de compte, tant au niveau cantonal que fédéral, n'était acquise, que le principe de la bonne foi n'avait pas été violé, et que la reprise de la totalité des cinq factures litigieuses par la Commission de recours était autorisée dans le cadre de la reformatio in pejus et justifiée sur le fond. Il en allait de même du montant de l'amende.
E. Agissant par la voie du recours de droit administratif (2A.520/2005), dont X._ SA demande à ce qu'il soit traité, si nécessaire, comme recours de droit public (2P.217/2005), la société requiert du Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 14 juin 2005 du Tribunal administratif, de lui donner acte qu'elle accepte une reprise pour la taxation 1993 de 3'888 fr. 50 (10% des factures litigieuses), de dire qu'elle n'a commis aucune faute et qu'elle ne sera donc pas condamnée à une amende ou de renvoyer la cause à l'autorité intimée pour une nouvelle décision. Elle se plaint d'une violation des principes de la bonne foi, de la célérité et de la proportionnalité, ainsi que de la garantie de la propriété et de l'interdiction de l'arbitraire. Elle invoque aussi l'application de la lex mitior en ce qui concerne l'amende.
Dans leur recours de droit public (2P.217/2005), X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 14 juin 2005 du Tribunal administratif. Les griefs sont identiques à ceux du recours de droit administratif.
L'Administration fiscale cantonale estime que le recours doit être examiné uniquement sous l'angle du recours de droit administratif et donc de l'impôt fédéral direct. Elle conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Sans déposer d'observations, le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions, en se référant à l'arrêt attaqué et à la réponse au recours de l'Administration fiscale cantonale, conclut également au rejet du recours de droit administratif, sous suite de frais.
F. Par ordonnance du 23 septembre 2005, le Président de la IIe Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours de droit public.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 132 III 291 consid. 1 p. 292; 131 I 57 consid. 1 p. 59 et les arrêts cités).
1.2 La recourante a déposé un recours de droit administratif et demandé qu'il soit traité, si nécessaire, comme recours de droit public. Dirigés contre le même arrêt, ces deux recours reposent sur le même état de fait et soulèvent des griefs similaires. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure.
I. Impôt fédéral direct (2A.520/2005)
2. Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi contre un arrêt rendu par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale, et fondé sur le droit public fédéral, le mémoire est recevable en tant que recours de droit administratif en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11).
3. Saisi d'un recours de droit administratif, le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709). A cet égard, le grief d'arbitraire soulevé par l'intéressée se confond avec celui de violation du droit fédéral qui est examiné ci-dessous (consid. 6-9).
4. La loi sur l'impôt fédéral direct, en vigueur depuis le 1er janvier 1995, a abrogé l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (ci-après: AIFD ou l'arrêté sur l'impôt fédéral direct; RO 56 2021) en vigueur jusqu'au 31 décembre 1994. Les prescriptions de droit matériel de cette loi sont donc applicables à partir de la période fiscale 1995. En tant que le présent litige concerne la période fiscale 1993-1994, le calcul des éléments imposables et la fixation des rappels d'impôts s'effectuent selon le droit en vigueur à cette époque (Revue fiscale 55 p. 122 consid. 5a, 2P.241/1998; 53 p. 743 consid. 1b p. 745-746 = RDAF 1999 II 543, 2A.82/1996; ATF 119 Ib 103 consid. 5 p. 110), soit selon l'arrêté sur l'impôt fédéral direct.
5. 5.1 La recourante se plaint d'une motivation insuffisante de l'arrêt attaqué, car le Tribunal administratif n'aurait pas examiné le grief relatif à la violation du principe de célérité (art. 29 al. 1 Cst. et 6 CEDH) par la Commission cantonale de recours.
5.2 Il est vrai que la recourante mentionnait la violation du principe de la célérité dans son recours devant le Tribunal administratif, mais de façon très succincte, sans développer ses arguments, et dans le cadre de griefs relatifs à la violation du principe de la bonne foi et de la reformatio in pejus. Le Tribunal administratif s'est prononcé sur le grief tiré du principe de la bonne foi, sur la prétendue reformatio in pejus et également sur la prescription sans mentionner explicitement le principe de la célérité. Indirectement, il a ainsi examiné le déroulement de la procédure au regard des dispositions du droit positif qui participent à la réalisation de ce principe. Par ailleurs, selon la jurisprudence relative à l'art. 29 al. 2 Cst., si le droit d'être entendu implique pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision, elle peut se limiter aux points essentiels pour la décision à rendre (ATF 130 II 530 consid. 4.3 p. 540, 473 consid. 4.1 p. 477 et les arrêts cités), ce qu'elle a fait en l'espèce.
En traitant les griefs ayant trait à la prescription et aux principes de la bonne foi et de la reformatio in pejus, l'autorité intimée s'est déterminée sur les principaux points soulevés dans le recours, de sorte que le droit d'être entendue de la recourante a été respecté.
6. Le litige ne porte plus que sur le rappel d'impôt de la période fiscale 1993-1994 découlant de la reprise de la totalité des cinq factures émises en 1992, soit 38'885 fr. et l'amende y relative.
Selon l'art. 129 al. 1 AIFD, celui qui se soustrait totalement ou partiellement à l'impôt en éludant les obligations qui lui incombent, conformément aux art. 82 à 87, 89, 91 et 97 AIFD, dans la procédure de taxation, de réclamation, de recours et d'inventaire (lettre a) ou en celant des éléments essentiels à la détermination de l'existence ou de l'étendue de l'obligation fiscale ou en donnant, intentionnellement ou par négligence, des indications inexactes (lettre b), est passible d'une amende allant jusqu'à quatre fois le montant soustrait; ce montant doit être payé en sus de l'amende.
Un rappel d'impôt - soit la reprise des montants non imposés - au sens de cette disposition ne peut dès lors être effectué que si l'existence d'une soustraction fiscale est établie (cf. Archives 52 p. 454 consid. 2 p. 458). Deux conditions objectives, soit la soustraction d'un montant d'impôt et la violation d'une obligation légale incombant au contribuable ainsi qu'une condition subjective, la faute du contribuable, doivent être réunies pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée (Revue fiscale 2000 p. 122 consid. 5b)cc) p. 125, 2P.241/1998 et les références citées).
7. 7.1 Selon l'art. 49 al. 1 AIFD, le rendement net imposable d'une société anonyme se détermine d'après le solde du compte de pertes et profits, y compris le solde reporté de l'année précédente (lettre a) et, notamment, tous les prélèvements opérés avant le calcul de ce solde qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l'usage commercial. Comptent au nombre des prélèvements qui entrent dans le calcul du solde du compte de pertes et profits, les libéralités en faveur de tiers (lettre b).
7.2 La recourante ne conteste pas le fait qu'elle a émis cinq factures en 1992, pour un montant un total de 38'885 fr., envers la société Y._ SA et que ces factures n'ont pas été comptabilisées. Elle estime toutefois qu'elle n'avait pas à le faire puisqu'elle n'a fait que facturer et encaisser ces factures pour le compte d'un tiers, Z._. Celui-ci, alors qu'il n'était pas encore employé de la recourante, aurait travaillé en 1992 pour ladite société et les honoraires et frais relatifs à cette activité auraient été facturés mensuellement par la recourante puis restitués intégralement à Z._. La recourante aurait ainsi "fourni un service gratuit en facturant ses prestations de service à la société Y._ SA et en les reversant en intégralité sous forme de chèques" à Z._. Les charges salariales et patronales auraient été déduites à l'intéressé postérieurement.
Les explications contradictoires de la recourante ne convainquent pas. Si Z._ a travaillé pour Y._ SA avant d'être engagé par la recourante, on ne voit pas pour quelle raison ses prétendus honoraires étaient facturés par la recourante qui n'apporte aucune preuve d'un éventuel mandat la chargeant de procéder de la sorte. En outre, selon les dires de la recourante, Z._ aurait fourni des prestations à la société en cause en tant qu'indépendant. La précision selon laquelle les charges salariales et patronales auraient été déduites postérieurement par la recourante est dès lors étonnante. Quoiqu'il en soit, cette rémunération n'a pas été traitée par la recourante comme un salaire qu'elle aurait versé puisque l'impôt à la source n'a pas été retenu (alors que Z._ habitait en France) et qu'il n'y a vraisemblablement pas eu non plus de retenues sociales.
7.3 La recourante relève aussi que l'autorité intimée n'a pas tenu compte des charges liées à ces factures. Elle affirme qu'elles sont égales au montant des factures puisqu'elles correspondent au paiement du salaire et des frais de Z._. A titre subsidiaire, elle estime que devrait lui être appliquée "la pratique 50/50". Finalement, elle déclare accepter, à bien plaire, une reprise de 10% des 38'885 fr., montant qu'avait initialement arrêté l'Administration fiscale cantonale.
Comme indiqué, Z._ n'était pas employé de la recourante en 1992 lorsque les factures ont été émises, il n'y a dès lors pas lieu de mettre à la charge de la société un salaire et des frais concernant cette personne pour ladite période.
Par ailleurs, la pratique dite 50/50, qui permet de déterminer par appréciation les charges relatives à une activité commerciale à l'étranger, s'applique aux entreprises qui ont une telle activité, ce qui n'est pas le cas de la recourante. L'argumentation de la recourante selon laquelle le service a été fourni à un tiers, la société Y._ SA, sur "une base fiduciaire, par Z._ (fiduciant) mais évidemment sans contrat de fiducie écrit avec la recourante (fiduciaire)" tombe à faux: la circulaire no 9 du 19 décembre 2001 de l'Administration fédérale des contributions sur la pratique 50/50 en matière d'impôt anticipé et d'impôt fédéral direct (Archives 70 p. 520) précise à son chiffre 8 que de prétendus rapports fiduciaires ne sont pas reconnus fiscalement, en particulier lorsqu'aucun motif économique sérieux ne les motive. Tel est le cas en l'espèce de sorte que ladite pratique ne s'applique pas.
Au surplus, la reprise non pas de l'intégralité des factures mais du 10% ne repose sur aucune base légale. La totalité de leurs montants aurait dû être comptabilisée (art. 663 al. 1 et 2 CO), ce qui n'a pas été le cas. C'est ainsi à bon droit que le Tribunal administratif a arrêté la reprise à 38'885 fr.
7.4 En émettant, en 1992, des factures pour un montant total de 38'885 fr., en ne les comptabilisant pas, en violation de l'art. 49 AIFD, et en les rétrocédant dans leur intégralité à Z._, la recourante a diminué indûment son bénéfice imposable et, partant, a été taxée sur des montants trop bas. Le fisc n'avait pas à s'écarter de la situation que la recourante a créée et pouvait considérer qu'il s'agissait d'une libéralité en faveur de tiers (sur cette notion cf. ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607 et les arrêts cités). La recourante a ainsi violé l'obligation de déclarer la totalité de ses revenus (art. 86 et 87 AIFD). Les conditions objectives de la soustraction - qui correspondent au rappel d'impôt - sont ainsi réalisées.
7.5 La recourante nie avoir commis une faute qui puisse donner lieu à une amende. Elle considère ainsi que la condition subjective de la soustraction fiscale n'est pas réalisée. Contrairement à ce que soutient l'intéressée, l'omission de comptabiliser des factures constitue une faute. En agissant tel que décrit ci-dessus, la recourante a pour le moins agi par dol éventuel; elle a ainsi commis une soustraction fiscale et une amende devait lui être infligée.
7.6 La recourante conteste également la quotité de l'amende. Elle estime qu'une amende d'une fois le montant d'impôt soustrait est trop élevée.
Conformément au principe de la lex mitior (cf. art. 2 al. 2 CP), également applicable en matière de droit pénal fiscal (Revue fiscale 55 p. 122 consid. 5 b)aa), 2P.241/1998; RDAT 1997 II n. 33t p. 398 consid. 2, 2A.69/1996 et les références citées), si un délit commis avant l'entrée en vigueur d'une nouvelle loi est jugé après cette entrée en vigueur, la peine est fixée d'après le droit le plus favorable à l'intéressé. Il s'agit dès lors de déterminer lequel de l'arrêté sur l'impôt fédéral direct ou de la loi sur l'impôt fédéral direct est plus favorable à la recourante quant à la répression d'une éventuelle soustraction fiscale.
8. 8.1 L'art. 175 LIFD dispose que le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1 par. 1); en règle générale, cette dernière est fixée au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2).
8.2 Les conditions de réalisation de la soustraction fiscale sont similaires dans l'ancien et le nouveau droit (cf. consid. 6; Revue fiscale 53 p. 743 consid. 2a p. 746 = RDAF 1999 II 543, 2A.82/1996; Message du Conseil fédéral du 25 mai 1983 concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que l'impôt fédéral, in FF 1983 III p. 1 ss, p. 235/236).
L'art. 175 al. 1 par. 1 LIFD exige ainsi que le contribuable ait diminué indûment un revenu. Or, l'art. 58 al. 1 LIFD, qui définit le bénéfice net imposable, a une teneur analogue à l'art. 49 al. 1 AIFD. En outre, la déclaration d'impôt de la recourante, basée sur une comptabilité erronée, mentionnait indûment un bénéfice imposable insuffisant. Partant, les conditions objectives de la soustraction sont remplies (cf. consid. 7.1 à 7.4).
Quant à la condition subjective, la faute de la recourante, elle est également réalisée au regard de l'art. 175 LIFD dont les conditions sont identiques.
8.3 Les sanctions prévues par l'ancien et le nouveau droit sont différentes. A cet égard, l'art. 175 al. 2 LIFD est, en principe, plus favorable que l'art. 129 AIFD (cf. consid. 6) puisque la peine maximale est moins élevée (RDAT 1997 II n. 33t p. 398 consid. 2 p. 400, 2A.69/1996). Toutefois, dans certains cas, notamment lorsque le montant de l'impôt soustrait est modeste et la faute commise légère, cette dernière disposition peut s'avérer plus avantageuse car, contrairement à l'art. 175 LIFD, elle ne prescrit pas une sanction minimum et permet même de renoncer à toute amende. Dès lors, la question de savoir quel est le droit le plus favorable ne peut être résolue de manière abstraite; il faut plutôt déterminer lequel des deux droits conduit dans le cas d'espèce au résultat le plus avantageux pour l'intéressée, la combinaison des deux droits et l'application en partie de l'ancien et en partie du nouveau droit étant cependant exclues (Revue fiscale 55 p. 122 consid. 5b)cc), 2P.241/1998; 53 p. 743 consid. 1a p. 745, 2A.82/1996 et les références citées).
8.4 Pour un cas tel que la présente affaire, l'arrêté sur l'impôt fédéral direct prévoit une amende d'environ deux fois le montant d'impôt soustrait (cf. Administration fédérale des contributions, circulaire no 10 du 9 décembre 1987 "Instructions concernant la poursuite et la répression de la soustraction d'impôt consommée, de la tentative de soustraction et d'autres infractions" in Archives 56 p. 344 ss, p. 347/348). La loi sur l'impôt fédéral direct prescrit une amende équivalente au montant d'impôt soustrait.
Le montant de base de l'amende étant près du double selon l'arrêté sur l'impôt fédéral direct de celui fixé selon la loi sur l'impôt fédéral direct, celle-ci est la plus favorable à la recourante. C'est ainsi à bon droit que, dans son arrêt du 14 juin 2005, le Tribunal administratif a fait application de l'art. 175 al. 2 LIFD.
8.5 La recourante estime que sa faute devrait être qualifiée de légère puisque, ayant cédé la totalité des cinq factures à Z._, elle pouvait considérer que celles-ci ne devaient pas être comptabilisées comme un produit. L'amende devrait ainsi être réduite au tiers du montant d'impôt soustrait.
Contrairement à l'avis de la recourante, l'omission de comptabiliser des factures représente une faute grave. Toutefois, il convient de tenir compte de la collaboration de la recourante avec l'autorité de taxation lors de la procédure, ce qui constitue une circonstance atténuante. Dès lors, une amende d'une fois le montant d'impôt soustrait est une sanction adaptée à la faute.
8.6 En confirmant l'amende fixée par la Commission cantonale de recours à une fois l'impôt soustrait afin de tenir compte "de toutes les circonstances du cas d'espèce", le Tribunal administratif a fait une application correcte de l'art. 175 al. 2 LIFD.
9. La recourante se plaint d'une reformatio in pejus par rapport à la quotité de l'amende. Selon elle, le Tribunal administratif aurait dû appliquer, le cas échéant, l'amende sur le montant repris initialement par l'Administration fiscale cantonale (3'889 fr.) et non sur la reprise totale des cinq factures de 38'885 fr.
9.1 Il découle de l'art. 104 AIFD (réclamation) et de l'art. 110 AIFD (recours devant la Commission cantonale de recours - dernière instance avant le Tribunal fédéral, cf. art. 112 AIFD -) que la reformatio in pejus est autorisée pour la taxation. L'art. 132 al. 2 AIFD, relatif à la procédure en cas de soustraction, mentionne que l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct fixe le montant de l'amende et de l'impôt. Selon l'art. 132 al. 3 AIFD, les décisions de cette administration peuvent être déférées à la Commission cantonale de recours, les art. 106 à 111 AIFD étant applicables par analogie.
L'art. 153 al. 3 LIFD, pour le rappel, et l'art. 182 al. 3 LIFD, pour l'amende, précisent tous deux que les dispositions sur les principes généraux de procédure et les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie. Or, les art. 135 al. 1 (réclamation), 143 al. 1 (recours devant la Commission cantonale de recours en matière d'impôt) et 145 al. 2 LIFD (recours devant une autre autorité cantonale, en l'occurrence le Tribunal administratif) prévoient la reformatio in pejus.
Ainsi, l'ancien arrêté sur l'impôt fédéral direct comme la loi actuelle sur l'impôt fédéral direct autorisent la reformatio in pejus. En l'absence de modification législative sur ce point, le principe de la lex mitior n'a pas d'application et ne saurait empêcher une modification à la hausse du rappel d'impôt et de la quotité de l'amende (cf. consid. B) autorisée aussi bien selon l'arrêté sur l'impôt fédéral direct que la loi sur l'impôt fédéral direct.
9.2 La reprise a été arrêtée à 38'885 fr. à bon droit et l'amende à une fois le montant d'impôt soustrait en application de l'art. 175 LIFD (consid. 7 et 8 supra). Aucune disposition ne permet de fixer l'amende en fonction de la reprise de 3'889 fr. initialement retenue de manière erronée par l'Administration fiscale cantonale. De plus, la recourante oublie que ladite Administration, dans sa décision du 28 décembre 1998, avait fixé l'amende au double du montant d'impôt soustrait. Celle-ci a été ramenée à une fois ce montant par la Commission cantonale de recours et le Tribunal administratif. Le recours doit dès lors être rejeté sur ce point.
9.2 La reprise a été arrêtée à 38'885 fr. à bon droit et l'amende à une fois le montant d'impôt soustrait en application de l'art. 175 LIFD (consid. 7 et 8 supra). Aucune disposition ne permet de fixer l'amende en fonction de la reprise de 3'889 fr. initialement retenue de manière erronée par l'Administration fiscale cantonale. De plus, la recourante oublie que ladite Administration, dans sa décision du 28 décembre 1998, avait fixé l'amende au double du montant d'impôt soustrait. Celle-ci a été ramenée à une fois ce montant par la Commission cantonale de recours et le Tribunal administratif. Le recours doit dès lors être rejeté sur ce point.
10. Selon l'intéressée, le montant élevé de l'impôt porte atteinte à la garantie de la propriété privée (art. 191 Cst.) et celui de l'amende viole le principe de la proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.).
L'art. 49 AIFD, en ce qui concerne le bénéfice imposable, et l'art. 175 LIFD, pour ce qui est de l'amende, ayant été appliqués correctement, il n'y pas lieu d'examiner si les garanties susmentionnées ont été violées.
L'art. 49 AIFD, en ce qui concerne le bénéfice imposable, et l'art. 175 LIFD, pour ce qui est de l'amende, ayant été appliqués correctement, il n'y pas lieu d'examiner si les garanties susmentionnées ont été violées.
11. Dans la mesure où la Commission cantonale de recours a rendu sa décision, le grief de déni de justice formel est irrecevable, la recourante n'ayant pas d'intérêt actuel à la constatation d'un tel déni (art. 103 lettre a OJ; ATF 131 II 361 consid. 1.2 p. 365; 128 II 34 consid. 1b p. 36, 156 consid. 1c p. 159).
La question de savoir s'il subsiste, dans le cadre des art. 29 al. 1 Cst. et 6 CEDH (applicable au seul droit pénal fiscal), un droit à la constatation d'une éventuelle violation du principe de la célérité, qui sanctionne le dépassement du délai raisonnable ou adéquat et qui constitue une forme de réparation pour celui qui en est la victime (ATF 130 I 312 consid. 5.3 p. 332; 129 V 411 consid. 1.3 p. 417), peut restée ouverte puisque, que ce soit devant le Tribunal administratif (recours du 29 juillet 2004 p. 12) ou devant le Tribunal fédéral (recours du 29 août 2005 p. 3), la recourante n'a jamais conclu qu'à l'annulation de la décision ou de l'arrêt attaqué sans prendre de conclusion en constatation de la violation du principe de la célérité. Or, la sanction de la violation de ce principe ne saurait consister en l'abandon de la procédure (arrêt non publié du 30 janvier 2003 H 134/02).
La question de savoir s'il subsiste, dans le cadre des art. 29 al. 1 Cst. et 6 CEDH (applicable au seul droit pénal fiscal), un droit à la constatation d'une éventuelle violation du principe de la célérité, qui sanctionne le dépassement du délai raisonnable ou adéquat et qui constitue une forme de réparation pour celui qui en est la victime (ATF 130 I 312 consid. 5.3 p. 332; 129 V 411 consid. 1.3 p. 417), peut restée ouverte puisque, que ce soit devant le Tribunal administratif (recours du 29 juillet 2004 p. 12) ou devant le Tribunal fédéral (recours du 29 août 2005 p. 3), la recourante n'a jamais conclu qu'à l'annulation de la décision ou de l'arrêt attaqué sans prendre de conclusion en constatation de la violation du principe de la célérité. Or, la sanction de la violation de ce principe ne saurait consister en l'abandon de la procédure (arrêt non publié du 30 janvier 2003 H 134/02).
12. La recourante invoque également le principe de la bonne foi sans toutefois dire en quoi ce principe serait applicable en l'espèce. Les conditions (cf. ATF 131 III 627 consid. 6.1 p. 636; 130 I 26 consid. 8.1 p. 60 et les arrêts cités) n'en sont de toute façon pas remplies. En particulier, l'intéressée n'indique pas quels renseignements inexacts le fisc lui aurait donnés, ni quel dommage elle aurait subi.
Ce grief doit donc être rejeté.
II. Impôts cantonal et communal (2P.217/2005).
II. Impôts cantonal et communal (2P.217/2005).
13. La recourante demande que son recours de droit administratif soit traité, si nécessaire, comme recours de droit public.
Le recours porte sur la période fiscale 1993, soit une période antérieure au délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après : LHID; RS 642.14) le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de cette loi. La voie du recours de droit administratif (art. 73 al. 1 LHID) n'est dès lors pas ouverte (ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591 ss; 124 I 145 consid. 1a p. 148) seule celle du recours de droit public l'étant.
Déposé en temps utile contre un arrêt final pris en dernière instance cantonale et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est en principe recevable au regard des art. 84 ss OJ.
Déposé en temps utile contre un arrêt final pris en dernière instance cantonale et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est en principe recevable au regard des art. 84 ss OJ.
14. 14.1 En vertu de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261, 26 consid. 2.1 p. 31 et les arrêts cités). En outre, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 110 Ia 1 consid. 2a p. 3/4; 128 I 295 consid. 7a p. 312 et la jurisprudence citée).
14.2 La recourante prétend, dans une argumentation identique à celle de son recours de droit administratif, que l'autorité intimée a violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), ainsi que les principes de la bonne foi (art. 9 Cst.), de la célérité (art. 29 al. 1 Cst.), de la proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.) et de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.). L'arrêt attaqué serait également entaché d'arbitraire (art. 9 Cst.).
S'agissant des différents droits susmentionnés, l'intéressée n'invoque aucune disposition cantonale qui lui conférerait des droits plus étendus que les dispositions constitutionnelles. Les griefs doivent dès lors être écartés pour les mêmes motifs que ceux mentionnés ci-dessus (consid. 5 et 10-12 supra).
En ce qui concerne le rappel d'impôt et l'amende, la recourante ne dit pas quelles dispositions cantonales - le cas échéant différentes de celles du droit fédéral - auraient été violées. Elle se borne à opposer sa propre appréciation du cas d'espèce à celle du Tribunal administratif et ne démontre nullement en quoi l'arrêt attaqué serait arbitraire. Le recours ne contient dès lors pas de motivation conforme aux exigences tirées de l'art. 90 al. 1 OJ et, partant, est irrecevable.
En ce qui concerne le rappel d'impôt et l'amende, la recourante ne dit pas quelles dispositions cantonales - le cas échéant différentes de celles du droit fédéral - auraient été violées. Elle se borne à opposer sa propre appréciation du cas d'espèce à celle du Tribunal administratif et ne démontre nullement en quoi l'arrêt attaqué serait arbitraire. Le recours ne contient dès lors pas de motivation conforme aux exigences tirées de l'art. 90 al. 1 OJ et, partant, est irrecevable.
15. Vu ce qui précède, mal fondé, le recours de droit administratif doit être rejeté. Il en va de même du recours de droit public dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1 OJ). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2A.520/2005 et 2P.217/2005 sont jointes.
2. Le recours de droit administratif (2A.520/2005) est rejeté.
3. Le recours de droit public (2P.217/2005) est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Un émolument judiciaire de 3'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 16 octobre 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: