Erwägungen:
1. Die Schulpflege Brittnau lehnte am 22. April 2008 ein Gesuch von X._ und Y._ ab, ihrer Tochter A._ die freiwillige Wiederholung der 5. Klasse der Primarschule zu gestatten. Beschwerden an den Schulrat des Bezirks Zofingen und an den Regierungsrat des Kantons Aargau blieben erfolglos. Am 29. September 2008 fochten die Eltern von A._ den Beschwerdeentscheid des Regierungsrats vom 10. September 2008 beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau an. Dieses trat mit Urteil vom 3. Dezember 2008 auf die Beschwerde nicht ein. Es begründete dies damit, dass Entscheide der Schulpflege über die Zuweisung von Schülern in Stufen beim Schulrat des Bezirks und dessen Entscheide beim Regierungsrat angefochten werden können (§§ 73 Abs. 2, 75 und 78 des kantonalen Schulgesetzes vom 17. März 1981 [SchulG; Systematische Sammlung des Aargauischen Rechts SAR 401.100]), wobei dieser letztinstanzlich entscheide, da eine materiellrechtliche Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts nach den §§ 51 und 52 des kantonalen Gesetzes vom 9. Juli 1968 über die Verwaltungsrechtspflege (Verwaltungsrechtspflegegesetz, aVRPG [SAR 271.100]) nicht vorgesehen sei; beim Verwaltungsgericht könnten nur Rügen im Sinne von § 53 aVRPG (insbesondere Rechtsverweigerung, Rechtsverzögerung, Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften) erhoben werden; solche Rügen würden nicht erhoben.
Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde (die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten dürfte gemäss Art. 83 lit. t des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG; SR 173.110] unzulässig sein; die Frage kann vorliegend offen bleiben) vom 19. Januar 2009 stellen X._ und Y._ dem Bundesgericht die Anträge, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei vollumfänglich aufzuheben und es sei ihrer Tochter A._ das Recht einzuräumen, die fünfte Klasse der Primarschule zu wiederholen bzw. in der Bezirksschule Brittnau zu bleiben.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden. Mit dem vorliegenden Urteil wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer beantragen allein die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts; nicht (mit) angefochten (was Art. 100 Abs. 6 BGG - allenfalls - erlaubte) wird der Entscheid des Regierungsrats, der als letzte kantonale Instanz eine materiellrechtliche Prüfung der Angelegenheit vorgenommen hat. Da es sich beim angefochtenen Urteil um einen Nichteintretensentscheid handelt, kann auf die Beschwerde nur insoweit eingetreten werden, als die Beschwerdeführer sich mit der Frage der Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts befassen; von vornherein nicht zu hören sind mithin die auf S. 6 unten bis S. 10 der Beschwerdeschrift erhobenen Rügen (Ziff. II.5 und II.6).
2.2 Die Beschwerdeführer machen nicht geltend, dass der angefochtene Nichteintretensentscheid auf verfassungswidriger Anwendung des kantonalen Rechts, insbesondere von § 53 aVRPG beruhe. Hingegen berufen sie sich auf Art. 29a BV und behaupten, dass die Beschwerde an das Verwaltungsgericht unmittelbar gestützt auf dieses verfassungsmässige Recht hätte zugelassen werden müssen. Dabei verweisen sie auf das neue Verwaltungsrechtspflegegesetz vom 4. Dezember 2007 (nVRPG [SAR 271.200]), welches der Kanton Aargau auf den 1. Januar 2009 in Kraft gesetzt hat (Regierungsratsbeschluss vom 21. Mai 2008 [Aargauische Gesetzessammlung AGS 2008 376]) und dessen § 54 nunmehr in Schulsachen wie der vorliegenden mangels Ausschlussgrundes die Beschwerde ans Verwaltungsgericht zulasse. Ihre Rüge, das Verwaltungsgericht habe ihren verfassungsmässigen Anspruch auf eine materielle gerichtliche Überprüfung des Regierungsratsentscheids vom 10. September 2008 missachtet, ist offensichtlich unbegründet (Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG):
Richtig ist, dass Art. 29a BV den Ausschluss der Beschwerde an eine gerichtliche Instanz nur in begrenzten und gesetzlich zu umschreibenden Ausnahmefällen zulässt. Diese Verfassungsnorm ist zwar am 1. Januar 2007 in Kraft getreten. Sie hat(te) - auch - Auswirkungen auf die Neuregelung der Bundesrechtspflege; insbesondere musste die verfassungsmässige Rechtsweggarantie in Bezug auf die Vorinstanzen des Bundesgerichts umgesetzt werden (Art. 86 Abs. 2 BGG). Der Gesetzgeber ist dieser Aufgabe mit dem Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die Bereinigung und Aktualisierung der Totalrevision der Bundesrechtspflege (AS 2006 4213) nachgekommen. Durch dessen Ziff. I/1 wurde das Bundesgerichtsgesetz geändert. Art. 130 Abs. 3 BGG lautet: "Innert zwei Jahren nach Inkrafttreten dieses Gesetzes erlassen die Kantone Ausführungsbestimmungen über die Zuständigkeit, die Organisation und das Verfahren der Vorinstanzen im Sinne der Artikel 86 Absätze 2 und 3 und 88 Absatz 2, einschliesslich der Bestimmungen, die zur Gewährleistung der Rechtsweggarantie nach Artikel 29a der Bundesverfassung erforderlich sind." Die Übergangsregelung betrifft damit ausdrücklich auch Art. 29a BV selber (s. dazu Botschaft des Bundesrats vom 1. März 2006 zum Bereinigungsgesetz BBl 2006 S. 3067 ff., S. 3075/76 und 3078). Das Bundesgerichtsgesetz ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten; die Kantone mussten spätestens auf den 1. Januar 2009 ihre Verfahrenserlasse anpassen; dieser Pflicht wird durch Inkraftsetzung der neuen Regeln auf dieses Datum hin Genüge getan. Bis Ende 2008 durften kantonale Instanzen noch nach der bisher massgeblichen Verfahrensordnung vorgehen, sofern diese nicht vorher zugunsten der neuen Regelung ausser Kraft gesetzt worden war. Da der Kanton Aargau das neue Verwaltungsverfahrensgesetz erst auf den 1. Januar 2009 in Kraft gesetzt hat, durfte das Verwaltungsgericht, ohne Art. 29a BV zu verletzen, vorliegend noch die restriktive Regelung von §§ 51 ff. aVRPG anwenden.
2.3 Nach dem Gesagten ist die Beschwerde im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
2.4 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 und Abs. 6 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern je zur Hälfte unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Schulpflege Brittnau sowie dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht (4. Kammer) des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Feller