Faits:
A. Le 3 décembre 2008, le Juge d'instruction du canton de Genève (ci-après: le Juge d'instruction) a inculpé A._ de viols (art. 190 CP), de contraintes sexuelles (art. 189 CP), d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187 CP), d'incestes (art. 213 CP) et de violations du devoir d'assistance et d'éducation (art. 219 CP), à la suite d'une plainte déposée par sa fille aînée B._ et des déclarations de sa deuxième fille C._. Il lui est reproché d'avoir abusé sexuellement de ses deux filles aînées à de multiples reprises, alors qu'elles étaient âgées respectivement de treize à dix-huit ans et de dix à treize ans. Par décision du même jour, le Juge d'instruction a placé A._ en détention préventive, pour les besoins de l'instruction et en raison des risques de collusion et de réitération. D._, épouse de l'intéressé et mère de B._ et C._, a également été placée en détention préventive, sous la prévention de violation du devoir d'assistance et d'éducation (art. 219 CP).
Interrogée le 10 décembre 2008 par le Juge d'instruction, B._ a affirmé qu'elle avait menti à la police au sujet des abus sexuels et des viols qu'elle avait décrits dans sa plainte, car elle voulait que ses parents se séparent. Elle a en revanche maintenu que son père l'avait frappée à plusieurs reprises. Répondant aux questions relatives à ses rétractations, elle a notamment affirmé vouloir uniquement que sa mère soit relâchée. Lors de l'audience du 19 décembre 2008, C._ a formulé des déclarations contradictoires et a également demandé à ce que sa mère soit remise en liberté. Par ordonnance du 22 décembre 2008, le Juge d'instruction a ordonné la mise en liberté provisoire de D._.
B. A._ a déjà fait l'objet de différentes procédures pénales. En 2005, le Procureur général du canton de Genève (ci-après: le Procureur général) avait ouvert une procédure à son encontre à la suite d'une dénonciation du Service de protection des mineurs: C._ aurait confié à son enseignante que son père aurait eu un rapport sexuel avec elle ainsi qu'avec sa soeur B._ en 2001. Par ordonnance du 30 août 2005, le Procureur général avait classé cette procédure, n'ayant pu entendre C._ alors en fugue. En outre, par ordonnance du 15 décembre 2005, le Procureur général avait condamné A._ pour lésions corporelles simples. Par ailleurs, son épouse avait déposé plainte contre lui, en 2003, pour lésions corporelles simples et menaces. Elle avait retiré sa plainte par la suite.
C. Le 19 janvier 2009, A._ a formé une demande de mise en liberté provisoire. Par ordonnance du 23 janvier 2009, la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre d'accusation) a rejeté cette demande. Considérant qu'il existait des charges suffisantes et graves à l'encontre de A._, elle a retenu en substance que le risque de collusion était important et concret: des risques de pressions importants existaient par rapport à B._, C._ et D._, le prénommé ayant exercé à de nombreuses reprises des menaces et des violences physiques à leur encontre. S'ajoutait à cela le fait que l'instruction n'en était qu'à ses débuts. Le risque de récidive devait en outre être retenu, vu la durée des actes décrits par les filles et vu les antécédents de violence du prénommé. Le risque de fuite ne pouvait par ailleurs pas être écarté.
D. Le 11 février 2009, A._ a formé un recours en matière pénale contre l'ordonnance du 23 janvier 2009. Il demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et d'ordonner sa mise en liberté immédiate, subsidiairement de renvoyer la cause à la Chambre d'accusation pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert en outre l'assistance judiciaire. Le Procureur général a présenté des observations et conclut au rejet du recours. La Chambre d'accusation se réfère aux considérants de sa décision. Dans ses observations complémentaires, le recourant persiste dans ses conclusions.
Considérant en droit:
1. Les décisions relatives au maintien en détention préventive sont des décisions en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF (cf. ATF 133 I 270 consid. 1.1 p. 273; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4111). Pour le surplus, formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours en matière pénale est recevable.
2. Une mesure de détention préventive n'est compatible avec la liberté personnelle, garantie par les art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH, que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'art. 34 du Code de procédure pénale du canton de Genève du 29 septembre 1977 (CPP/GE; RSG E 4 20). Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.; ATF 123 I 268 consid. 2c p. 270). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, un risque de fuite ou un danger de collusion et de réitération (cf. art. 34 let. a à c CPP/GE). La gravité de l'infraction et l'importance de la peine encourue ne sont, à elles seules, pas suffisantes (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62; 117 Ia 69 consid. 4a p. 70). Préalablement à ces conditions, il doit exister à l'égard de l'intéressé des charges suffisantes (art. 5 par. 1 let. c CEDH; ATF 116 Ia 144 consid. 3; art. 34 in initio CPP/GE). S'agissant d'une restriction grave à la liberté personnelle, le Tribunal fédéral examine librement ces questions, sous réserve toutefois de l'appréciation des preuves, revue sous l'angle de l'arbitraire (ATF 123 I 268 consid. 2d p. 271).
3. En l'espèce, le recourant, à juste titre, ne remet pas en cause la base légale de la détention, ni l'existence de charges suffisantes à son encontre. Il soutient en revanche que son maintien en détention ne peut pas se fonder sur les besoins de l'instruction liés aux risques de récidive, de collusion et de fuite.
3.1 Selon la jurisprudence, le maintien en détention se justifie s'il y a lieu de présumer, avec une certaine vraisemblance, qu'il existe un danger de récidive. Il convient de faire preuve de retenue dans l'appréciation d'un tel risque: le maintien en détention ne peut se justifier pour ce motif que si le pronostic est très défavorable et que les délits dont l'autorité redoute la réitération sont graves (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62, 361 consid. 5 p. 367; 124 I 208 consid. 5 p. 213; 123 I 268 consid. 2c p. 270 et les arrêts cités). La jurisprudence se montre toutefois moins stricte dans l'exigence de vraisemblance lorsqu'il s'agit de délits de violence graves ou de délits sexuels, car le risque à faire courir aux victimes potentielles est alors considéré comme trop important; en pareil cas, il convient de tenir compte de l'état psychique du prévenu, de son imprévisibilité ou de son agressivité (ATF 123 I 268 consid. 2e p. 271).
En l'occurrence, les actes reprochés au recourant sont particulièrement graves, s'agissant d'abus sexuels, de viols et d'incestes commis sur ses filles alors âgées de dix et treize ans. Ces atteintes à l'intégrité sexuelle auraient été commises pendant de nombreuses années et auraient conduit à des grossesses pour l'une des filles. De plus, l'intéressé semble avoir un comportement impulsif et violent: il a déjà été condamné pour des actes de violence en 2005. S'ajoute à cela le fait que l'un des motifs du dépôt de la plainte et des déclarations des filles aînées était de protéger leur soeur, la fille cadette du recourant âgée de sept ans. Dans ces circonstances, vu en particulier la gravité des actes reprochés au recourant, le fait que les deux filles aînées habitent dans un foyer et que la troisième fille a été placée sous la protection du Service de protection des mineurs et pourvue d'une curatrice, tout comme le fait que le recourant n'aurait plus commis d'abus sexuel depuis 2004 ni d'actes de violences conjugales depuis 2005, ne sont pas suffisants pour écarter le risque de récidive. Par conséquent, il y a lieu de considérer que l'existence d'un risque de réitération est établie avec suffisamment de vraisemblance, du moins à ce stade de la procédure où tous les témoins n'ont pas encore été entendus.
3.2 Le maintien du prévenu en détention peut être justifié par l'intérêt public lié aux besoins de l'instruction en cours. Tel est le cas par exemple lorsqu'il est à craindre que l'intéressé ne mette sa liberté à profit pour faire disparaître ou altérer les preuves, ou pour prendre contact avec des témoins ou d'autres prévenus, afin de tenter d'influencer leurs déclarations (ATF 132 I 21 consid. 3.2 p. 23; 128 I 149 consid. 2.1 p. 151 et les arrêts cités). Le danger de collusion est en règle générale plus important au début d'une procédure pénale (ATF 107 Ia 138 consid. 4g p. 144). On ne saurait toutefois se contenter d'un risque de collusion abstrait, car ce risque est inhérent à toute procédure pénale en cours et doit, pour permettre à lui seul le maintien en détention préventive, présenter une certaine vraisemblance. L'autorité doit ainsi indiquer, au moins dans les grandes lignes et sous réserve des opérations à conserver secrètes, quels actes d'instruction elle doit encore effectuer et en quoi la libération du prévenu en compromettrait l'accomplissement (ATF 132 I 21 consid. 3.2 p. 23; 128 I 149 consid. 2.1 p. 151 et les arrêts cités).
En l'espèce, l'instruction n'en est qu'à ses débuts et le danger de collusion est en règle générale plus important à ce stade de la procédure pénale, ce que le recourant ne conteste pas. Il est vrai que les filles du recourant se sont partiellement rétractées. Cependant, comme l'a relevé la Chambre d'accusation, leurs rétractations partielles peuvent être relativisées à ce stade de la procédure, dans la mesure où elles ont été recueillies dans un contexte particulier, alors que leur mère était en détention préventive. Il est possible qu'elles aient été impressionnées par l'arrestation de leur mère et qu'elles se soient principalement préoccupées de la libération de celle-ci. De plus, vu la gravité des accusations que les filles ont portées à l'encontre de leur père, il est nécessaire qu'elles puissent s'exprimer dans la suite de la procédure sans subir de pressions de la part de ce dernier. Il n'est pas exclu qu'elles soient à nouveau entendues suite aux auditions des médecins, des enseignants et des assistants sociaux. Il y a donc lieu de s'assurer que le recourant, qui s'est déjà montré violent envers son épouse et qui, selon les déclarations de ses filles, les aurait frappées et menacées, ne puisse pas tenter d'influencer leurs déclarations. Ce risque ne saurait être pallié par le simple engagement du recourant de ne pas réintégrer l'appartement familial, ni par le fait que les filles habitent dans un foyer et que l'une d'elles est pourvue d'une curatrice. Le risque de collusion apparaît dès lors suffisant, en l'état, pour justifier le maintien en détention.
3.3 Le maintien de la détention préventive étant justifié par des risques de récidive et de collusion, il n'y a pas lieu d'examiner si cette mesure s'impose également en raison d'un risque de fuite, comme l'a retenu la Chambre d'accusation.
4. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Dès lors que le recourant est dans le besoin et que ses conclusions ne paraissaient pas d'emblée vouées à l'échec, l'assistance judiciaire doit lui être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant requiert la désignation de Me Dario Nikolic en qualité d'avocat d'office. Il y a lieu de faire droit à cette requête et de fixer d'office les honoraires de l'avocat, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (art. 64 al. 2 LTF). Le recourant est en outre dispensé des frais judiciaires (art. 64 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Me Dario Nikolic est désigné comme défenseur d'office du recourant et ses honoraires, supportés par la caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 1'500 fr.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant ainsi qu'au Procureur général et à la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 2 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Aemisegger Tornay