Sachverhalt:
A. Die X._ AG, eine Immobiliengesellschaft mit Sitz in Luzern, ist eine Tochtergesellschaft der börsenkotierten Y._ Holding AG. Mangels einer eigenen Infrastruktur in Luzern erledigte die in A._/ZH (ab 18. September 2006 in B._/ZH) domizilierte Gruppengesellschaft Z._ Verwaltungs AG das Tagesgeschäft und stellte der X._ AG als Schwestergesellschaft hierfür lückenlos Rechnung.
Die X._ AG ist in den Bereichen Immobilienanlagen und -promotionen tätig. Im Anlagebereich nimmt sie die Aufgaben einer klassischen Immobiliengesellschaft wahr, indem sie Renditeobjekte zwecks Erzielung nachhaltiger Mieterträge erwirbt, langfristig hält und im Anlagevermögen bilanziert. Im Bereich Immobilienpromotionen werden Liegenschaften gekauft, (neu) überbaut und in der Regel in Form von Stockwerkeinheiten wieder verkauft. Die betreffenden Liegenschaften werden weniger lang gehalten und entsprechend im Umlaufvermögen bilanziert.
In den Jahren 2001 bis 2004 veräusserte die X._ AG im Geschäftsbereich Immobilienpromotionen Objekte im Wert von rund CHF 387 Mio. (2001: CHF 64.8 Mio.; 2002: CHF 92.8 Mio.; 2003: CHF 129.6 Mio.; 2004: CHF 100 Mio.). Ein Grossteil dieser Objekte befindet sich in verschiedenen Gemeinden des Kantons Zürich. Zu den in der Stadt Zürich verkauften Objekten gehörten u.a. die Liegenschaften Q._strasse 44 (diverse Handänderungen 2001), R._strasse 48-52 (Verkauf am 22. Dezember 2002), S._strasse 15 (Handänderungen 2002 bis 2003) und T._strasse 6 (Handänderungen 2003 bis 2004).
B. Am 22. August 2006 veranlagte die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich die X._ AG betreffend die folgenden Grundstückgewinne:
Liegenschaft
Grundstückgewinn CHF
Steuerbetrag CHF
Q._strasse 44
697'624.--
213'050.--
R._strasse 48-52
469'568.--
177'200.--
S._strasse 15
779'395.--
227'615.--
T._strasse 6
584'126.--
217'666.--
Total
2'530'713.--
835'531.--
Die hiergegen erhobenen Einsprachen der X._ AG wies die Kommission mit Beschlüssen vom 8. Mai 2007 im Wesentlichen ab. Einzig bei der Liegenschaft R._strasse 48-52 berücksichtige sie die Grundstückgewinnsteuer anlagekostenmindernd und reduzierte die Steuerforderung von CHF 177'200.-- auf CHF 126'560.--. Mittels Rekurs vom 13. Juni 2007 beantragte die X._ AG u.a., es sei zusätzlich eine Händlerpauschale in Höhe von 3 % der Verkaufspreise zu berücksichtigen und es seien die in anderen Zürcher Gemeinden erlittenen Verluste mit den vorliegend interessierenden Gewinnen zu verrechnen. Mit Entscheid vom 11. November 2009 hiess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich das Rechtsmittel insoweit teilweise gut, als sie u.a. eine Händlerpauschale von 1 % der Verkaufspreise berücksichtigte, an die Gewinne der Liegenschaft T._strasse 6 ausserkommunale Verluste anrechnete und die zu entrichtenden Grundstückgewinnsteuern neu wie folgt festsetzte:
Liegenschaft
Steuerbetrag CHF
Q._strasse 44
196'100.--
R._strasse 48-52
113'000.--
S._strasse 15
215'625.--
T._strasse 6
196'001.--
Total
720'726.--
Gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission III beschwerte sich die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragte die Erhöhung der berücksichtigten Händlerpauschale auf 2 % sowie die Anrechnung von Betriebsverlusten und von Verlusten aus der Veräusserung von anderen Liegenschaften. Mit Entscheid vom 2. Juni 2010 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab: Die Steuerrekurskommission III habe die Händlerpauschale zutreffend festgesetzt, weitere ausserkommunale Verluste seien ausschliesslich revisionsweise zu berücksichtigen und Betriebsverluste seien nach dem Grundsatz des Vorranges der sog. "Verlustverrechnung in der Zeit" zunächst mit künftigen Betriebsgewinnen zu verrechnen.
C. Mit Eingabe vom 7. September 2010 führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt sinngemäss, es sei das Urteil der Vorinstanz aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuern seien unter Berücksichtigung einer Händlerpauschale von 2 % sowie unter Verrechnung von Betriebsverlusten und von Verlusten aus der Veräusserung von anderen Liegenschaften wie folgt festzusetzen:
Liegenschaft
Steuerbetrag CHF
Q._strasse 44
0.--
R._strasse 48-52
20'195.--
S._strasse 15
30'240.--
T._strasse 6
0.--
Total
50'435.--
Die Steuerpflichtige rügt im Wesentlichen eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung von Bundesrecht, insbesondere einen Verstoss gegen das Doppelbesteuerungsverbot von Art. 127 Abs. 3 BV.
D. Während das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Abweisung der Beschwerde beantragt, soweit darauf einzutreten ist, verzichten die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich, die Eidgenössische Steuerverwaltung sowie die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Finanzdepartement des Kantons Luzern auf eine Stellungnahme.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von Art. 83 BGG ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Ergreifung des Rechtsmittels legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 100 BGG).
1.2 Bei Beschwerden in Zusammenhang mit interkantonalen Kompetenzkonflikten könnte die bereits rechtskräftige Veranlagung eines andern Kantons mitangefochten werden (Art. 100 Abs. 5 BGG); es spielt keine Rolle, dass es sich dabei nicht um ein Urteil im Sinne von Art. 86 BGG handelt (BGE 133 I 300 E. 2.4 S. 307 ff.). Vorliegend wurden indes nur die Grundstückgewinnsteuerveranlagungen der Stadt Zürich für die Jahre 2001 bis 2004 resp. die betreffenden Rechtsmittelentscheide angefochten, nicht aber die - jedenfalls bis 2003 rechtskräftigen - Veranlagungen der Steuerbehörden des Kantons Luzern betreffend die ordentlichen Gewinn- und Kapitalsteuern dieser Steuerperioden am Hauptsitz der Beschwerdeführerin.
1.3 Das Bundesrecht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Mit einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur dann gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252; 133 III 393 E. 7.1 S. 398) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Zudem ist vom Beschwerdeführer aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Diese Bindung an das vorinstanzlich Festgestellte gilt grundsätzlich auch bei Beschwerden in Doppelbesteuerungssachen (Urteil 2C_514/2008 vom 8. September 2009 E. 3.1 publ. in: StR 65, 138, S. 140 f.), insbesondere wenn wie hier nur das letztinstanzliche Endurteil eines einzigen Kantons Anfechtungsobjekt bildet. Neue Beweismittel sind nur insoweit zulässig, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
1.4 Die Rechtsfragen im Zusammenhang mit einer Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots prüft das Bundesgericht mit voller Kognition (Urteil 2P.126/1998 vom 27. Januar 2000 E. 1b publ. in: StE 2000 A 24.35 Nr. 1). Die Anwendung von nicht harmonisierungsbedürftigem kantonalem Recht wird dagegen nur auf Willkür hin überprüft (vgl. BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; Urteil 2C_211/2009 vom 12. August 2009 E. 1.2).
2. Die Beschwerdeführerin verlangt die Berücksichtigung einer Händlerpauschale von 2 % während die Vorinstanz lediglich eine solche von 1 % akzeptiert hat.
2.1 Die Grundstückgewinnsteuer wird gemäss § 205 bzw. § 210 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) von den Gemeinden erhoben. Massgeblich sind die Gewinne, die sich bei Handänderungen an Grundstücken oder Anteilen von solchen ergeben (§ 216 Abs. 1 StG/ZH). Beim Grundstückgewinn handelt es sich um den Betrag, um welchen der Erlös die Anlagekosten übersteigt (§ 219 Abs. 1 StG/ZH). Die Anlagekosten entsprechen der Summe von Erwerbspreis (§ 220 StG/ZH) und Aufwendungen (§ 221 StG/ZH; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, Rz. 3 zu § 219 StG/ZH).
Die Aufzählung der anrechenbaren Aufwendungen in § 221 Abs. 1 StG/ZH ist an sich abschliessend (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., Rz. 3 zu § 221 StG/ZH). Allerdings können Liegenschaftshändler nach § 221 Abs. 2 StG/ZH weitere mit der Liegenschaft zusammenhängende Aufwendungen geltend machen. Aufgrund der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Doppelbesteuerungsverbot von Art. 127 Abs. 3 BV hat nämlich der Belegenheitskanton einen Anteil an den allgemeinen Unkosten des Liegenschaftshändlers, in der Regel pauschal 5 % des Verkaufspreises (sog. "Händlerpauschale"), im Sinne einer Gewinnschmälerung anzuerkennen (vgl. BGE 120 la 361 E. 5b S. 366 mit Hinweisen; Höhn/Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl. 2000, Rz. 53 zu § 28; Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl. 2009, S. 119 f.; Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, S. 225; Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter, a.a.O., Rz. 166 ff. zu § 221 StG/ZH).
Diese Händlerpauschale soll einerseits die "veränderlichen" d.h. auf das einzelne Rechtsgeschäft bezogenen Kosten und andererseits einen Anteil der "festen Kosten" berücksichtigen (vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 22. Januar 1969 E. 3 publ. in: ASA 38, 416 S. 420). Sie soll mithin einen Anteil an jenen Unkosten des Liegenschaftshändlers am Hauptsitz übernehmen, die mit dem Verkauf von Liegenschaften zusammenhängen (BGE 111 la 220 E. 2d S. 226 f.). Von dem als Faustregel aufzufassenden Satz von 5 % kann abgewichen werden, wenn hinreichende Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass er zu tief oder zu hoch ist. Ein niedriger Satz kann sich etwa rechtfertigen, wenn Vermittlungsprovisionen und Dienstleistungshonorare an Dritte zum Abzug gebracht werden (Urteil 2P.118/1992 vom 23. Februar 1993 E. 5 publ. in: ASA 62, 720 S. 728 ff.). In einem neueren, auch den Kanton Zürich betreffenden Urteil wurde nur eine Pauschale von 1,75 % zum Abzug zugelassen. Dies deshalb, weil ein Grossteil der normalerweise vom Liegenschaftshändler selbst verrichteten Arbeiten durch Dritte erledigt wurden, wobei sich die entsprechenden Aufwendungen bei der Berechnung des Grundstückgewinnes schon vollumfänglich ertragsmindernd auswirkten (Urteil 2P.58/2007 vom 5. September 2007 E. 2.2). Wo ein Liegenschaftshändler die Hilfe eines Dritten benötigt und er die Anrechnung von Vermittlungsprovisionen verlangt, rechtfertigt es sich, für allgemeine Umtriebe nur einen bescheidenen Pauschalabzug von 1 % vorzunehmen (Ferdinand Zuppinger, Die Besteuerung des Liegenschaftenhändlers im interkantonalen Verhältnis, 1971, S. 30).
2.2 Hier ist nicht umstritten, dass die Beschwerdeführerin eine interkantonale Liegenschaftshändlerin ist. Strittig ist hingegen, welche ihrer nur indirekt mit dem An- und Verkauf von Liegenschaften verbundenen allgemeinen Unkosten bei der Festlegung der Händlerpauschale zu berücksichtigen sind. Die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich ging aufgrund des intensiven Leistungsaustauschs zwischen der Beschwerdeführerin und der Z._ Verwaltungs AG davon aus, dass sämtliche Aufwendungen in Form von Drittkosten bei der Grundstückgewinnsteuer gewinnmindernd angerechnet worden seien, weshalb sich jede zusätzliche Händlerpauschale erübrige.
Demgegenüber liess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich gleichwohl eine Händlerpauschale von 1 % zum Abzug zu. Dies begründet sie in ihrem Entscheid vom 11. November 2009 damit, dass gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung nicht nur jene Unkosten abzudecken seien, die objektbezogen mit dem An- und Verkauf von konkreten Liegenschaften zusammenhängen. Vielmehr seien damit auch allgemeine Aufwendungen des Liegenschaftshändlers im Hinblick auf die Gewinnerzielung zu berücksichtigen. Bei der Beschwerdeführerin sei allerdings der auf den Geschäftsbereich der Anlageobjekte entfallende Anteil auszuscheiden. Dieser könne anhand der Erfolgsrechnung der Z._ Verwaltungs AG bestimmt werden und mache 48 % der gesamten Geschäftstätigkeiten aus. Demgegenüber entfielen 52 % der Unkosten der Beschwerdeführerin während den Jahren 2001-2004 auf ihre Tätigkeit als Liegenschaftshändlerin. Dies entspreche einem Betrag von CHF 4'651'021.-- (52 % von CHF 8'944'272.--), bzw. ziemlich genau 1 % der gesamten Verkaufserlöse dieser vier Jahre (CHF 451'851'751.--). Diese Bemessung der Händlerpauschale rechtfertige sich im Übrigen auch deshalb, weil die Beschwerdeführerin für ihre Kaufs- und Verkaufsaktivitäten keine aussenstehende Drittperson beigezogen habe, sondern diese durch die ihr nahestehende Z._ Verwaltungs AG wahrgenommen wurden. Die hierfür entrichteten Mäklerprovisionen würden zusätzlich zur Pauschale berücksichtigt, obwohl sie wirtschaftlich als Eigenprovisionen zu würdigen seien. Die Händlerpauschale sei nur für jene mit dem An- und Verkauf zusammenhängenden Dienstleistungen gerechtfertigt, die über die von einem Mäkler erbrachten Leistungen hinausgehen.
Die Vorinstanz erachtete die Begründung der Steuerrekurskommission III im Wesentlichen als zutreffend und bestätigte im angefochtenen Urteil die Berücksichtigung einer Händlerpauschale von 1 %.
2.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet die von der Vorinstanz und der Steuerrekurskommission III vorgenommene Unkostenaufteilung: Sie erachtet es als offensichtlich unrichtig, dass die Bautreuhandhonorare und die Umsätze aus notariellen Dienstleistungen dem Anlagebereich zugeordnet wurden; diese Auslagen zählten vielmehr zum Geschäftsbereich Immobilienpromotionen. Im Übrigen sei es sachwidrig, als Bezugsgrösse die Erlöse sämtlicher Liegenschaftsverkäufe der Jahre 2001 bis 2004, d.h. auch jene des Anlagebereichs, heranzuziehen; massgeblich seien einzig die Erlöse aus dem Verkauf von Handelsliegenschaften, wogegen die Erlöse aus dem Verkauf von Anlageliegenschaften auszuklammern seien.
Bei diesen Vorbringen der Beschwerdeführerin handelt es sich um eine Sachverhaltsrüge, welche den Begründungsanforderungen von Art. 97 Abs. 1 BGG genügen muss (Urteil 2P.58/2007 vom 5. September 2007 E. 2.2; vgl. auch E. 1.3 hiervor). Vor diesem Hintergrund dringt der Einwand der Beschwerdeführerin nicht durch: Sie vermag insbesondere nicht rechtsgenüglich darzutun, dass die beiden Posten "Bautreuhandhonorare" und "Umsätze aus notariellen Dienstleistungen" mit ihrer Tätigkeit als Liegenschaftshändlerin zusammenhängen. Auch die Berechnung der Bezugsgrösse durch die Vorinstanzen erscheint jedenfalls nicht als willkürlich, zumal die Beschwerdeführerin als interkantonale Liegenschaftshändlerin beim Verkauf von Objekten stets eine Händlerpauschale beanspruchen dürfte und somit auch der Verkauf früherer Anlageobjekte in diesem Zusammenhang als relevant erscheint. Im Übrigen rechtfertigt sich im vorliegenden Fall - wie bereits die Steuerrekurskommission III zutreffend festgehalten hat - bereits deshalb eine vorsichtige Bemessung der Händlerpauschale, weil es sich bei den hier angerechneten Mäklerprovisionen wirtschaftlich um Eigenprovisionen handelt (vgl. E. 2.2 hiervor).
Im Gegenteil erscheint sogar die von Verwaltungsgericht und Steuerrekurskommission III zugestandene Händlerpauschale von 1 % als problematisch: Einerseits steht nicht fest, ob der Bereich "Einkauf und Verkauf", der von den Vorinstanzen vollständig dem Promotionsbereich zugeordnet wurde, nicht auch Anlageobjekte umfasst. Andererseits wurde die Beschwerdeführerin jedenfalls für die Steuerperioden 2001 bis 2003 in ihrem Sitzkanton Luzern rechtskräftig veranlagt, wobei davon auszugehen ist, dass die hier im Streit stehenden Unkosten bereits gewinnmindernd anerkannt wurden. Etwas Gegenteiliges ist jedenfalls nicht aktenkundig. Es entspräche somit einem doppelten Abzug, wenn nun im Liegenschaftskanton nochmals Anteile an den allgemeinen Unkosten aus der Bemessungsgrundlage ausgeklammert würden; nur wenn die Beschwerdeführerin auch die Veranlagungen des Sitzkantons mitangefochten hätte, was hier nicht der Fall ist, könnte das Steuersubstrat vom Bundesgericht nach den herkömmlichen Regeln auf die beteiligten Kantone aufgeteilt werden. Letztlich können diese Fragen jedoch offen bleiben, da eine reformatio in peius nicht in Frage kommt (Art. 107 Abs. 1 BGG). Somit hat es hier mit der vorinstanzlich berücksichtigten Händlerpauschale von 1 % sein Bewenden.
3. Weiter ist zu prüfen, ob und gegebenenfalls auf welche Art und Weise die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten, im gleichen Jahr entstandenen Veräusserungsverluste betreffend andere Liegenschaften in zürcherischen Gemeinden zu berücksichtigen sind.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind bei einem interkantonalen Liegenschaftshändler die Verluste aus Grundstücksverkäufen mit den im gleichen Jahr und im selben Kanton erzielten Gewinnen zu verrechnen, und es ist diese Verrechnung selbst dann möglich, wenn sie im kantonalen Recht nicht vorgesehen ist (BGE 92 I 198 E. 3b S. 200; Urteil 2P.63/1993 vom 21. November 1994 E. 3c publ. in: ASA 65, 74 S. 77; Höhn/Mäusli, a.a.O., Rz. 52a zu § 28; Locher, a.a.O., S. 120; De Vries Reilingh, a.a.O., S. 226). Sogar mit dem Gewinn aus dem Verkauf sämtlicher Aktien einer Immobiliengesellschaft kann der Verlust aus dem gleichzeitigen Verkauf eines Grundstücks im selben Kanton verrechnet werden (Urteil 2P.215/1999 vom 19. Juni 2000 E. 3c). Die Vorinstanz geht an sich von dieser Rechtsprechung aus (vgl. E. 4.1 des angefochtenen Entscheids). Sie erwog jedoch weiter, dass die Beschwerdeführerin für die Verrechnung auf den Weg der Revision zu verweisen sei, zumal bezüglich diverser Veräusserungen noch keine rechtskräftige Veranlagung erfolgt sei und Verluste aus Teilveräusserungen von Liegenschaften gemäss § 224 Abs. 3 StG/ZH zunächst innerhalb einer Gemeinde zu bereinigen seien.
Ob die besondere Revisionsmöglichkeit bei Teilveräusserungen von Liegenschaften gemäss § 224 Abs. 3 StG/ZH auch im vorliegenden Fall, betreffend die Verrechnung von Grundstückverlusten in zürcherischen Gemeinden mit Grundstückgewinnen in anderen Gemeinden desselben Kantons analog herangezogen werden darf, ist jedoch fraglich: Eine steuerpflichtige Person hat grundsätzlich Anspruch darauf, dass solche Kompensationsmöglichkeiten bei der Veranlagung berücksichtigt werden. Entsprechend erscheint es als unzulässig, einfach auf den Weg der Revision zu verweisen, zumal dort bedeutsame zeitliche Schranken gelten. Kann mangels genauer Kenntnis der anrechenbaren Verluste noch nicht definitiv veranlagt werden, so ist die Steuer einstweilen nur aufgrund provisorisch festgesetzter Steuerfaktoren zu beziehen (Urteil 2A.585/2005 vom 8. Mai 2006 E. 3.4.2 publ. in: StE 2007 B 97.41 Nr. 19). Wenn das Verwaltungsgericht auf solch unsicherer Grundlage ergangene (definitive) Veranlagungen unter dem Vorbehalt einer Revision geschützt hat und diese Verfügungen in Rechtskraft erwachsen sollen, so kann dem nicht gefolgt werden. Insoweit ist das Urteil der Vorinstanz aufzuheben.
4. Sodann ist streitig, ob die im gleichen Jahr im Kanton Zürich erzielten Betriebsverluste der Beschwerdeführerin mit Gewinnen auf Grundstücken im gleichen Kanton verrechenbar sind.
4.1 Die Vorinstanz verneint eine solche Verrechenbarkeit, indem sie auf die in § 70 Abs. 1 StG/ZH vorgesehene Möglichkeit der sog. "Verlustverrechnung in der Zeit" verweist (E. 4.2 des angefochtenen Entscheids). In der Tat war nach der früheren Rechtsprechung des Bundesgerichts u.a. bei der Behandlung von Aufwandüberschüssen der Liegenschaftshändler die "Verrechnung in der Zeit" im Liegenschaftskanton vorrangig gegenüber der Verrechnung von Verlusten in anderen Liegenschaftskantonen (BGE 111 la 318 E. 4a in fine S. 320; Urteil 2P.305/1988 vom 14. Juni 1989 E. 3d publ. in: ASA 59, 564 S. 567 f.; vgl. auch BGE 116 la 127 E. 3 f. S. 131 ff.; Urteil 2P.439/1997 vom 27. Oktober 1999 E. 4b publ. in: StR 55, 182 S. 186 f.).
4.2 Mit BGE 131 I 249 hat das Bundesgericht allerdings seine Rechtsprechung bezüglich der Steuerausscheidung bei Liegenschaften im interkantonalen Verhältnis grundlegend geändert. Es ist nun bestrebt, die sog. Ausscheidungsverluste möglichst zu vermeiden. Solche Verluste können entstehen, falls der Kanton der gelegenen Sache einen Grundstücksertrag bzw. -gewinn selbst dann in voller Höhe besteuern kann, wenn der Gesamtgewinn bzw. das Gesamteinkommen der steuerpflichtigen Person infolge von anderen Verlusten oder Abzügen niedriger ist. Ebenso soll mit der neuen Praxis die Ausscheidungsvielfalt reduziert werden. In BGE 131 I 249 E. 6.3 in fine S. 262 hält das Bundesgericht fest, dass Betriebsliegenschaften zum betriebsnotwendigen Vermögen gehören und der Leistungserbringung dienen, weshalb sich eine Inpflichtnahme des Kantons der gelegenen Sache - welcher am Geschäftsergebnis ebenfalls partizipiert - sachlich begründen lässt. Im erwähnten Leitentscheid ging es um den Wertzuwachsgewinn auf einer Betriebsliegenschaft eines Liegenschaftshändlers. Das Gericht erwog, dass der Gewinn dem Belegenheitskanton grundsätzlich zur ausschliesslichen Besteuerung zusteht, wobei er einen allfälligen Geschäftsverlust daran anrechnen muss. Diese Rechtsprechung wurde mit BGE 131 I 285 weitergeführt, wo ein Nebensteuerdomizil (Spezialsteuerdomizil des Liegenschaftsortes) den Gewinnungskostenüberschuss einer Privatliegenschaft am Hauptsteuerdomizil zu übernehmen hatte. Mit BGE 132 I 220 wurde sodann einem Nebensteuerdomizil (Spezialsteuerdomizil der Kapitalanlageliegenschaft) der Verlust am Hauptsteuerdomizil angelastet. Gemäss BGE 133 I 19 sind schliesslich die Schuldzinsen auch bei Liegenschaftshändlern proportional nach Lage der Aktiven und nicht mehr objektmässig zu verlegen. Aus E. 6 des letztgenannten Urteils geht in eindeutiger Weise hervor, dass das Bundesgericht den Grundsatz des Vorrangs der "Verlustverrechnung in der Zeit" aufgegeben hat.
4.3 Gestützt auf diese neue bundesgerichtliche Rechtsprechung gab die Schweizerische Steuerkonferenz (SSK) das Kreisschreiben Nr. 27 vom 15. März 2007 heraus. Nach dessen Ziffer 3.1.4 werden in den Liegenschaftskantonen die (Geschäfts-)Verluste mit Grundstückgewinnen des Geschäftsvermögens verrechnet, unabhängig davon, ob diese Gewinne mit der Einkommens- oder mit der Grundstückgewinnsteuer erfasst werden. Dabei ist auch nicht massgebend, ob die Grundstückgewinne des Geschäftsvermögens das Anlagevermögen oder das Umlaufvermögen betreffen. Zwar trifft es zu, dass ein Kreisschreiben der SSK das Bundesgericht nicht zu binden vermag, doch weicht letzteres nicht ohne triftigen Grund davon ab, soweit das Kreisschreiben die rechtlichen Vorgaben überzeugend konkretisiert (BGE 133 II 305 E. 8.1 S. 315; 133 V 346 E. 5.4.2 S. 352; Urteil 2C_800/2008 vom 12. Juni 2009 E. 5 publ. in: StR 64, 910 S. 913). Soweit hier von Interesse, gibt das Kreisschreiben Nr. 27 der SSK die neue Bundesgerichtspraxis korrekt wieder und zieht daraus sachgerechte Schlüsse: Verluste von juristischen Personen seien in erster Linie mit im gleichen Kanton steuerbaren Gewinnen/Erträgen zu verrechnen, wobei diese Verlustübernahme definitiv sei (Ziff. 3.2.1 und Ziff. 3.2.4). Dieselbe Lösung wird im Übrigen auch von der Lehre postuliert (Julia von Ah, Besteuerung des Liegenschaftenhandels und Ermittlung des Grundstückgewinns bei Geschäftsgrundstücken [inkl. Verrechnung von Geschäfts- und Grundstücksverlusten], zsis vom 24. November 2006 [Aufsätze N. 2], Ziffer 2.4.2.5; Schenk/Walter, Ausscheidungsverlusten [fast] den Garaus gemacht, ST 79 [2005], S. 617 ff., insbesondere S. 621).
4.4 Zu prüfen bleibt, ob dieses grundsätzlich erst ab der Steuerperiode 2006 gültige Kreisschreiben hier schon angewendet werden darf. In seiner Ziffer 4 ist vorgesehen, dass die Grundsätze des Kreisschreibens auf Antrag der steuerpflichtigen Personen auch schon auf frühere pendente Steuerperioden angewandt werden können, um Ausscheidungsverluste zu vermeiden. Ein solcher Antrag liegt hier vor. Die Vorinstanz lehnt die Anwendung des Kreisschreibens jedoch mit der Begründung ab, dass die Beschwerdeführerin an ihrem Hauptsitz jedenfalls bis zur Steuerperiode 2003 rechtskräftig veranlagt sei, weshalb diese Perioden i.S. von Ziff. 4 des Kreisschreibens "nicht mehr offen" seien (E. 4.2 des angefochtenen Entscheids). Diese Begründung des Verwaltungsgerichts überzeugt nicht: Entscheidend ist vielmehr, dass die hier interessierenden Veranlagungen zur Grundstückgewinnsteuer noch pendent sind, weshalb einer Anwendung des Kreisschreibens insoweit nichts entgegensteht. Im Übrigen geht es hier nicht nur um die Anwendung eines Kreisschreibens der SSK sondern in erster Linie um die Umsetzung einer Praxisänderung des Bundesgerichts (vgl. E. 4.1 und E. 4.2 hiervor). Eine solche ist grundsätzlich sofort in allen hängigen Verfahren anzuwenden (BGE 133 V 96 E. 4.4.6 S. 103; 132 II 153 E. 5.1 S. 159; vgl. auch Urteil 2C_156/2008 vom 28. Juli 2008 E. 5.1 publ. in: RtiD I-2009, 466 S. 470). Nichts anderes gilt im vorliegenden Fall. Als interkantonale Liegenschaftshändlerin kann die Beschwerdeführerin daher die im Kanton Zürich erlittenen Betriebsverluste an die in zürcherischen Gemeinden erzielten Grundstückgewinne anrechnen. Dass das geltende zürcherische Grundstückgewinnsteuerrecht eine solche Verlustanrechnung (noch) nicht kennt (vgl. E. 4.5 hiernach), bildet keinen Hinderungsgrund. Die Beschwerde erweist sich mithin auch in diesem Punkt als begründet.
4.5 Nur der Vollständigkeit halber ist darauf hinzuweisen, dass praktisch sämtliche Kantone, welche (wie der Kanton Zürich) ein monistisches System der Grundstückgewinnbesteuerung besitzen, nunmehr auch im innerkantonalen Verhältnis eine solche Verlustverrechnung eingeführt haben. Während einzelne Kantone (wie z.B. der Kanton Bern und der Kanton Jura) eine solche Verlustanrechnung an Gewinne auf Geschäftsliegenschaften schon immer kannten (vgl. Art. 143 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 bzw. Art. 100 des Steuergesetzes des Kantons Jura vom 26. Mai 1988), sehen nun auch die Kantone Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Schwyz und Nidwalden eine entsprechende Möglichkeit vor (§ 108 Abs. 3 des Gesetzes des Kantons Basel-Stadt über die direkten Steuern vom 12. April 2000; § 79 Abs. 3 des Gesetzes des Kantons Basel-Landschaft über die Staats- und Gemeindesteuern vom 7. Februar 1974; Art. 119 Abs. 4 des Steuergesetzes des Kantons Schwyz vom 9. Februar 2000; Art. 150 Abs. 2 des Gesetzes des Kantons Nidwalden über die Steuern des Kantons und der Gemeinden vom 22. März 2000; vgl. auch Niederer/Stuck, Verrechnung von Grundstückgewinnen mit Geschäftsverlusten, in: ST 82 [2008], S. 480 ff.).
Im Kanton Tessin ordnete die Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello mit Urteil vom 19. Mai 2010 eine solche Verlustanrechnung aus Gründen der Gleichbehandlung von inter- und innerkantonalen Sachverhalten an (RtiD II-2010, 432). Auch das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich stellt im Übrigen in seinem Urteil vom 25. August 2010 (SB.2009.00079) unmissverständlich fest, dass die im innerkantonalen Recht fehlende Möglichkeit, Geschäftsverluste mit den der Grundstückgewinnsteuer unterworfenen Gewinnen auf Geschäftsgrundstücken zu verrechnen, den Grundsatz der Rechtsgleichheit verletze und sich damit als verfassungswidrig erweise (E. 3.2 des erwähnten Urteils); das Verwaltungsgericht erachtete es jedoch als Aufgabe des Gesetzgebers, die gebotene Gleichbehandlung der inner- und ausserkantonalen Unternehmungen herbeizuführen.
Abschliessend bleibt anzumerken, dass auch im Rahmen der sog. "Unternehmenssteuerreform II" vorgesehen war, die Kantone mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung zu verpflichten, die Verrechnung von Geschäftsverlusten mit realisierten Gewinnen aus der Veräusserung von Geschäftsliegenschaften zuzulassen. Zwar wurde dieses Vorhaben vorläufig zurückgestellt; indessen soll es in die Botschaft zum Bundesgesetz über die Vereinheitlichung der zeitlichen Bemessung, über die Vereinfachung der Besteuerung der Lotteriegewinne und über die Bereinigung des Veranlagungs- und Steuerausscheidungsverfahrens integriert werden (vgl. BBI 2005 4821 in fine).
5. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde bezüglich zweier Punkte als begründet und sie ist insoweit teilweise gutzuheissen. Die fraglichen Veranlagungen sind aufzuheben und die Sache ist zwecks Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich sowie zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten je zur Hälfte der Stadt Zürich, welche im vorliegenden Verfahren Vermögensinteressen verfolgt hat, sowie der Beschwerdeführerin zu auferlegen (Art. 65 f. BGG). Die Stadt Zürich hat der Beschwerdeführerin zudem eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 2. Juni 2010 wird aufgehoben und die Sache an die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich zwecks Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen sowie an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zwecks Regelung der Kosten für das kantonale Verfahren zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von CHF 10'000.-- werden je hälftig der Beschwerdeführerin und der Stadt Zürich auferlegt.
3. Die Stadt Zürich hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von CHF 5'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, sowie dem Finanzdepartement des Kantons Luzern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. April 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Zähndler