Faits:
A. Par trois décisions séparées du 13 décembre 2011, le Service de l'économie, du logement et du tourisme de l'Etat de Vaud (ci-après: le SELT; actuellement Unité logement) a accordé à A._ l'autorisation de vendre trois appartements situés dans l'immeuble dont elle est propriétaire à l'adresse 6, rue des Alpes à Lausanne. Ces autorisations ont été accordées sur la base de la loi vaudoise concernant l'aliénation d'appartements loués (LAAL; RS/VD 840.13); elles prévoient la fixation d'un prix de vente maximal fixé par le SELT pour chaque appartement (ch. 1) et l'obligation de maintenir chaque objet en location avec une surveillance administrative du loyer pour une durée minimale de cinq ans (ch. 2 à 4).
Par acte du 26 janvier 2012, A._ a recouru contre ces trois décisions auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Elle a conclu à la réforme de ces décisions en ce sens que les autorisations sollicitées seraient accordées, principalement sans restrictions, et, subsidiairement sans aucune restriction concernant le prix de vente, les décisions étant maintenues pour le surplus.
L'Unité logement a conclu au rejet du recours. De leur côté, l'Association suisse des locataires, section Vaud (ci-après: l'ASLOCA) ainsi que B._ et C._, locataires d'un des appartements concernés, ont conclu au rejet du recours; ils ont également demandé que les décisions entreprises soient réformées en ce sens que les autorisations de vente seraient purement et simplement annulées.
B. Par arrêt du 10 octobre 2012, la Cour de droit administratif et public a partiellement admis le recours (ch. I), a partiellement admis les conclusions de l'ASLOCA et des époux B._ et C._ (ch. II), a annulé les décisions entreprises et retourné le dossier à l'Unité logement pour nouvel examen et nouvelle décision au sens des considérants (ch. III), le tout avec suite de frais et dépens (ch. IV et V).
En substance, la cour cantonale a retenu que les trois logements concernés appartenaient à une catégorie où sévit la pénurie, de sorte que les autorisations de vente ne pouvaient pas être délivrées sans conditions. Appliquant sa propre et toute récente jurisprudence à teneur de laquelle la fixation d'un prix de vente maximal ne repose pas sur une base légale suffisante, elle a annulé la première condition des autorisations (ch. 1). En raison de la suppression de cette condition, les juges cantonaux se sont demandés si les conditions restantes (ch. 2 à 4) étaient suffisantes pour assurer la réalisation du but poursuivi par la LAAL, à savoir la préservation du parc locatif soumis à pénurie; estimant que cette question n'avait pas été examinée par l'Unité logement, les juges cantonaux lui ont retourné le dossier "afin qu'elle vérifie si les autorisations peuvent être délivrées avec cette seule condition ou si elles doivent être purement et simplement refusées".
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que le ch. 1 des trois autorisations litigieuses est annulé, lesdites décisions étant confirmées pour le surplus. L'Unité logement ainsi que l'ASLOCA et les époux B._ et C._ concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
A._ a répliqué.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 III 462 consid. 2). Toutefois, lorsque la recevabilité du recours est subordonnée aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF, il incombe à la partie recourante de démontrer la réalisation de celles-ci (ATF 134 III 426 consid. 1.2 p. 429).
1.1 La recevabilité du recours en matière de droit public suppose que celui-ci soit dirigé contre une décision finale, à savoir une décision mettant fin à la procédure (art. 90 LTF). Il est également recevable contre toute décision qui statue sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause ou qui met fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts (décision partielle; art. 91 let. a et b LTF), ainsi que contre les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation (art. 92 al. 1 LTF). Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément sont susceptibles de recours si elles peuvent causer un préjudice irréparable ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. a et b LTF). Si le recours n'est pas recevable, faute de remplir ces conditions, ou qu'il n'a pas été utilisé, la décision préjudicielle ou incidente peut être attaquée avec la décision finale dans la mesure où elle influe sur le contenu de celle-ci (art. 93 al. 3 LTF).
Un jugement qui ne tranche que certains aspects d'un rapport juridique litigieux n'est en principe pas un jugement partiel, mais un jugement incident ou préjudiciel. Tel sera le cas, par exemple, d'un jugement de renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision. Même s'il comporte des instructions sur la manière de trancher certains aspects du rapport de droit litigieux ou s'il tranche définitivement certaines questions préalables, ce jugement de renvoi ne peut être qualifié de partiel au sens de l'art. 91 LTF; il ne peut faire l'objet d'un recours qu'aux conditions de l'art. 93 LTF (ATF 133 V 477 consid. 4.2). En outre, de manière générale, une décision de renvoi n'est pas de nature à causer un préjudice irréparable aux parties, le seul allongement de la durée de la procédure ou le seul accroissement des frais de celle-ci n'étant pas considérés comme des éléments constitutifs d'un tel dommage (ATF 134 III 426 consid. 1.3). Néanmoins, si le renvoi ne laisse aucune latitude de jugement à l'autorité cantonale inférieure appelée à statuer (à nouveau), il est assimilé à une décision finale et peut, de ce fait, faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral (ATF 134 II 124 consid. 1.3). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure; en tant que cour suprême, le Tribunal fédéral doit en principe ne s'occuper qu'une seule fois d'un procès, et cela seulement lorsqu'il est certain que le recourant subit effectivement un dommage définitif (ATF 134 IV 43 consid. 2.1).
1.2 Comme elle l'admet elle-même, la recourante dirige en l'espèce son recours contre la décision de renvoi à l'autorité communale. Elle ne conteste pas que cette décision de renvoi laisse une grande latititude à l'autorité inférieure, de sorte que la recevabilité de son recours devant le Tribunal fédéral est soumise aux conditions restrictives de l'art. 93 al. 1 LTF. Elle ne prétend pas que l'arrêt cantonal, en tant qu'il renvoie la cause à l'autorité communale, serait de nature à lui causer un préjudice irréparable (cf. art. 93 al. 1 let. a LTF). Dans ces conditions, seule entre en considération l'hypothèse visée à l'art. 93 al. 1 let. b LTF, à savoir que l'admission du recours pourrait conduire immédiatement à une décision finale qui permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Là encore, la recourante ne prétend pas que tel serait le cas en l'occurrence: elle soutient uniquement que l'admission immédiate de son recours "permettrait de faire l'économie d'un nouvel examen et d'une nouvelle décision de la part de l'autorité cantonale inférieure et d'une nouvelle procédure de recours auprès de l'autorité cantonale supérieure (...) à l'initiative de la partie insatisfaite de la nouvelle décision de première instance". Or, le but d'économie de procédure que vise l'art. 93 LTF tend à décharger le Tribunal fédéral, en tant que cour suprême, et non pas les autorités cantonales. A défaut de préjudice irréparable et en l'absence de perspective d'une procédure probatoire longue et coûteuse lors du renvoi à l'autorité inférieure, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de se prononcer sur le litige à ce stade, tant qu'une nouvelle décision finale n'est pas rendue.
1.3 Dans ces conditions, le recours doit être déclaré irrecevable, sans qu'il soit nécessaire d'aborder la question d'une éventuelle violation arbitraire du droit de procédure administratif cantonal.
2. Les frais judiciaires, réduits à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Celle-ci versera en outre aux intimés, qui obtiennent gain de cause, une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'Association suisse des locataires, section Vaud, ainsi qu'à B._ et C._, solidairement entre eux, la somme de 2'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'intérieur, Unité logement, et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 25 mars 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant Le Greffier:
Aemisegger Kurz