Sachverhalt:
A. X._ war Inhaber der 1991 gegründeten Einzelfirma "E._", welche zur Hauptsache im Hard- und Softwarehandel tätig war. Nach Einreichung der Steuererklärung für die hier massgebende Veranlagungsperiode 1997/98 sowie nach einer eingehenden Buchprüfung durch die zuständigen Steuerbehörden wurde ihm am 13. März 2003 persönlich mitgeteilt und protokollarisch festgehalten, der von ihm geführten Buchhaltung müsse die Beweiskraft aufgrund verschiedener Unstimmigkeiten (nicht vollständig erfasster Barverkehr, Bareinzahlungen teilweise ohne Nachweis der Finanzierung und der Mittelherkunft, erhebliche Differenz zwischen deklariertem Einkommen und Lebenshaltungskosten einerseits sowie Vermögensentwicklung andererseits) abgesprochen werden. In Abweichung von der Selbstdeklaration wurden der Beschwerdeführer sowie seine inzwischen von ihm geschiedene Ehefrau A._ mit Verfügung vom 15. Mai 2003 durch die Steuerkommission Wettingen für die Staats- und Gemeindesteuer der Veranlagungsperiode 1997/98 auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 301'582.-- und auf ein steuerbares Vermögen von Fr. 55'335.-- eingeschätzt. Als Grundlage ging die Steuerkommission dabei von einem nach Ermessen festgesetzten Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit von Fr. 360'000.-- aus. Im Einspracheentscheid vom 9. November 2006 reduzierte sie ihre Einschätzung des Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit auf Fr. 254'445.--; sie rechnete zum deklarierten Erwerbseinkommen von Fr. 141'945.-- einen Ermessenszuschlag von Fr. 112'500.-- auf. Als steuerbar bezeichnete die Steuerkommission im Einspracheentscheid ein Einkommen von Fr. 196'027.-- und ein Vermögen von Fr. 82'335.--.
B. Das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau hiess am 21. Juni 2007 einen von X._ erhobenen Rekurs (nur) teilweise gut, indem es u.a. das steuerbare Einkommen auf Fr. 192'000.-- herabsetzte. Eine hiergegen erhobene Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wurde von diesem mit Urteil vom 7. April 2008 abgewiesen.
C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt sinngemäss, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 7. April 2008 sei aufzuheben, und die Sache sei wegen "fahrlässiger Verschleppung bei der Erledigung von Amtsgeschäften" neu zu beurteilen. Die Ermessensveranlagung sei sodann "unter dem Gebot der rechtlichen Beachtung der Willkür zu überprüfen". Er rügt mithin implizit eine Verletzung des Beschleunigungsgebots (Art. 29 Abs. 1 BV) sowie eine willkürliche Anwendung des kantonalen Rechts.
Das kantonale Steueramt beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau auf einen Antrag verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.3).
1.2 Mit der Beschwerde kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht (einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte) gerügt werden (Art. 95 Abs. 1 lit. a BGG). Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann lediglich beanstandet werden, wenn sie offensichtlich unrichtig oder Folge einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG ist (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Ob die vorliegende Beschwerde unter diesen Gesichtspunkten eine genügende Begründung enthält, ist fraglich. Die Frage kann jedoch offen bleiben, zumal sich die Beschwerde als unbegründet erweist, wie die nachfolgenden Ausführungen zeigen.
2. Verfahrensgegenstand bilden kantonale Steuern der Veranlagungsperiode 1997/98. Das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) ist im vorliegenden Fall nicht anwendbar, weil es um eine Steuerperiode geht, die in die Frist fällt, die den Kantonen gemäss Art. 72 Abs. 1 StHG zur Anpassung ihrer Steuergesetze offen stand (BGE 123 II 588 E. 2 S. 591 ff.; vgl. auch Urteil 2C_636/2007 vom 7. April 2008 E. 1.4). In Frage steht mithin einzig die Anwendung des kantonalen Rechts. Diese wird vom Bundesgericht aber nur unter dem Gesichtspunkt der verfassungsmässigen Rechte geprüft, insbesondere daraufhin, ob der angefochtene Entscheid willkürlich ist (Art. 9 BV). Nach konstanter Rechtsprechung (BGE 133 I 149 E. 3.1, 132 I 113 E. 5.1, je mit Hinweisen) liegt Willkür nicht bereits dann vor, wenn der angefochtene Entscheid falsch oder diskutabel ist oder eine andere Lösung vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur dann wegen Willkür auf, wenn er schlechthin unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem und offensichtlichem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft.
3. 3.1 § 144 des hier noch anwendbaren Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 13. Dezember 1983 (aStG) bestimmt, dass die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vorzunehmen ist, wenn der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder wenn nach durchgeführter Untersuchung Ungewissheit über die Höhe der steuerbaren Faktoren besteht. Fehlen Beweismittel oder sind sie unglaubwürdig, muss die Veranlagung nach dem Lebensaufwand des Steuerpflichtigen, nach der Vermögensvermehrung oder nach Erfahrungszahlen getroffen werden.
Gemäss § 147 Abs. 2 aStG haben nach pflichtgemässem Ermessen veranlagte Steuerpflichtige im Einspracheverfahren die Unrichtigkeit der Veranlagung nachzuweisen. Unterlagen und Beweismittel, welche trotz Aufforderung unter Hinweis auf die Säumnisfolgen fahrlässig oder vorsätzlich nicht vorgelegt wurden, können im Rekurs- und Beschwerdeverfahren nicht mehr berücksichtigt werden.
3.2 Implizit macht der Beschwerdeführer zunächst geltend, die Voraussetzungen zur Vornahme einer Ermessensveranlagung seien nicht erfüllt.
Allgemeine Voraussetzung einer Ermessensveranlagung ist stets eine Ungewissheit über die steuerlich massgebenden Verhältnisse. Diese kann entweder durch Nichterfüllen der Verfahrenspflichten durch den Steuerpflichtigen verursacht sein, oder sie kann andere Gründe haben, z.B. fehlende oder unglaubwürdige Beweismittel, ohne dass eine unmittelbar Verletzung der Mitwirkungspflicht vorliegt (Jürg Baur in: Baur/Klöti-Weber/Koch/Meier/Ursprung, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 1991, Rz. 5 zu § 144 aStG). Zwar wirft die Vorinstanz dem Beschwerdeführer nicht ausdrücklich eine unmittelbare Verletzung der Mitwirkungspflicht vor; sie legt jedoch ausführlich und nachvollziehbar dar, dass der umfangreiche Bargeldverkehr des Beschwerdeführers nicht vollständig und nicht ordnungsgemäss erfasst und belegt worden sei, weshalb es an den für eine Festsetzung des Einkommens notwendigen Aufzeichnungen fehle (E. 3.3 des angefochtenen Entscheids). Der Beschwerdeführer bestreitet dies nicht substantiiert; vielmehr räumt er sogar selbst ein, dass er für diverse Buchungen keine Belege beizubringen vermochte, weshalb er sich diesbezüglich auf "mündliche Glaubhaftmachung" berief. Gerade für Kleinbetriebe und insbesondere für bargeldintensive Unternehmen ist die ordnungsgemässe Führung eines Kassabuches aber von zentraler Bedeutung (vgl. auch Urteil 2A.657/2005 vom 9. Juni 2007 E. 3, StR 62, 44 S. 45 f.). Es erscheint daher nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz die Voraussetzungen für die Anwendung von § 144 aStG als erfüllt erachtet hat.
3.3 Der Beschwerdeführer beanstandet sodann die Höhe des Ermessenszuschlags bezüglich seines Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit. Diesbezüglich ist ihm entgegenzuhalten, dass ihm die Zusammensetzung dieses Zuschlags bereits in der vom Kantonalen Steueramt ausgearbeiteten Stellungnahme vom 30. Oktober 2006 sowie im Einspracheentscheid vom 9. November 2006 einlässlich begründet worden war. Weder in seiner Eingabe zuhanden des Steuerrekursgerichts noch in jener zuhanden des Verwaltungsgerichts setzte sich der Beschwerdeführer substantiiert mit dieser Begründung auseinander. Auch in seiner Beschwerdeschrift an das Bundesgericht weist er lediglich in pauschaler Weise darauf hin, dass die Steuerbehörde Ermessensveranlagungen "realistisch und aufgrund branchenüblicher Möglichkeiten" vorzunehmen habe; das angenommene Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit sei "um 345% höher als der Durchschnittswert der Vorjahre". Die Argumentation des Beschwerdeführers vermag die Berechtigung des Ermessenszuschlags jedoch schon deshalb nicht in Zweifel zu ziehen, weil die Veranlagungen der Vorperioden allenfalls zu tief ausgefallen sein können und sich mithin nicht als verlässliche Vergleichsgrösse eignen. Zudem haben die Steuerbehörden gemäss konstanter Rechtsprechung bei einer Ermessensveranlagung zwar eine vorsichtige Schätzung vorzunehmen; sie sind jedoch nicht verpflichtet, im Zweifelsfall die für die steuerpflichtige Person günstigste Annahme zu treffen. Vielmehr ist es zu vermeiden, dass diejenige steuerpflichtige Person, die für die Möglichkeit der Nachprüfung der von ihr erklärten Verhältnisse Sorge getragen hat, höhere Steuern zu bezahlen hat als diejenige, bei der eine solche Nachprüfung aus von ihr zu vertretenen Gründen unmöglich ist (Urteil 2A.384/2003 vom 29. Januar 2004 E. 2.2; Urteil 2A.53/2003 vom 13. August 2003 E. 4.1). Im vorliegenden Fall ging die Steuerbehörde davon aus, dass sich die verbleibende Ungewissheit hinsichtlich des Erwerbseinkommens des Beschwerdeführers in einem Bereich zwischen Fr. 75'000.-- und Fr. 150'000.-- bewege, und sie stellte für die Höhe des Ermessenszuschlags auf den Mittelwert, d.h. auf Fr. 112'500.-- ab. Willkür ist in dieser Vorgehensweise nicht zu erkennen.
4. Weiter rügt der Beschwerdeführer sinngemäss einen Verstoss gegen das Beschleunigungsgebot von Art. 29 Abs. 1 BV. Gemäss dieser Bestimmung hat jede Person in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsbehörden unter anderem Anspruch auf Beurteilung innert angemessener Frist. Die Angemessenheit der Dauer eines Verfahrens bestimmt sich nicht absolut, sondern unter Berücksichtigung der gesamten Umstände des Einzelfalls (Urteil 2A.455/2006 vom 1. März 2007 E. 3.3, mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall dauerte das bisherige Verfahren seit der Veranlagungsverfügung vom 15. Mai 2003 rund 5 1⁄2 Jahre. Davon beanspruchte das Einspracheverfahren allein mehr als die Hälfte (Einspracheentscheid vom 9. November 2006). Die Berechnungsgrundlagen für die Ermessenseinschätzung vom 15. Mai 2003 wurden trotz mehrfacher Rückfragen seitens des Beschwerdeführers bzw. seiner Vertreter erst am 24. Februar 2006 geliefert. Eine solche Verfahrensdauer kann allerdings unabhängig von einer allenfalls hohen Geschäftsbelastung der Steuerbehörde und der mangelhaften Mitwirkung des Beschwerdeführers nicht mehr als "angemessen" im Sinn von Art. 29 Abs. 1 BV bezeichnet werden.
Aus der Verletzung des Beschleunigungsgebots vermag der Beschwerdeführer indes im vorliegenden Fall nichts zu seinen Gunsten abzuleiten: Eine solche führt in Steuerangelegenheiten nicht dazu, dass die geschuldete Steuer nicht mehr zu bezahlen wäre (Urteil 2A.455/2006 vom 1. März 2007 E. 3.3.2, mit Hinweisen). Dass der Steueranspruch verjährt oder verwirkt wäre (vgl. § 179 aStG), wird selbst vom Beschwerdeführer nicht behauptet.
Soweit die Kritik des Beschwerdeführers als generelle Beanstandung der Amtsführung der Veranlagungsbehörde zu verstehen ist, ist festzuhalten, dass die allgemeine Aufsicht über die Amtsführung der Steuerbehörden des Kantons Aargau nicht dem Bundesgericht obliegt, sondern dem Finanzdepartement des Kantons Aargau (vgl. § 113 aStG bzw. § 161 StG).
5. Die Beschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Zähndler