Sachverhalt:
A. A.a Mit je drei Verfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 verpflichtete die Ausgleichskasse Grosshandel + Transithandel die Firma P._ AG zur Nachzahlung von Beiträgen auf im Hinblick auf vorzeitige Pensionierungen erbrachte Leistungen in die Pensionskasse der Firma zuzüglich Verzugszins von insgesamt Fr. 401'547.50. Mit acht Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 stellte sodann die Ausgleichskasse den Betrag von Fr. 212'303.05 in Rechnung.
Mit Schreiben vom 18. Dezember 2008 und 18. Februar 2009 ersuchte die Firma P._ AG unter Hinweis auf das Urteil 9C_435/2008 vom 21. Oktober 2008 um Wiedererwägung der Verfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 sowie der Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 und Rückerstattung der geleisteten Beiträge zuzüglich Vergütungszins zu 5 % ab 29. Dezember 2006 resp. 30. April 2007. Mit Schreiben vom 19. Januar und 17. April 2009 teilte die Ausgleichskasse mit, sie könne dem Rückerstattungsgesuch und dem Gesuch um Wiedererwägung der diesbezüglichen rechtskräftigen Beitragsverfügungen nicht nachkommen. Auf die hiegegen erhobene Beschwerde der Firma P._ AG trat das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. Juni 2009 mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein und überwies die Akten an die Verwaltung zum Erlass einer Verfügung im Sinne der Erwägungen, was das Bundesgericht mit Urteil 9C_761/2009 vom 14. Dezember 2009 bestätigte.
A.b Mit Verfügung vom 6. April 2010 trat die Ausgleichskasse Grosshandel + Transithandel auf das Wiedererwägungsgesuch zu den Verfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 nicht ein und wies das diesbezügliche Rückerstattungsgesuch ab. Ebenfalls wies sie das Gesuch um Rückerstattung der am 11. April 2007 in Rechnung gestellten Beiträge mit der Begründung ab, eine Überprüfung der Beitragspflicht erfolge anlässlich der noch im laufenden Jahr stattfindenden Arbeitgeberkontrolle über die Jahre 2005-2008. Daran hielt die Ausgleichskasse mit Einspracheentscheid vom 2. August 2010 fest. Auf die gleichzeitig mit der Einsprache erhobene Rechtsverweigerungsbeschwerde war das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 18. Mai 2010 nicht eingetreten.
B. Die Firma P._ AG reichte beim das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde ein und beantragte zur Hauptsache, der Einspracheentscheid vom 2. August 2010 sei aufzuheben und die Ausgleichskasse Grosshandel + Transithandel anzuweisen, die Verfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 wiedererwägungsweise aufzuheben und die damit erhobenen Beiträge von insgesamt Fr. 401'547.50 zuzüglich Zins von 5 % seit 29. Dezember 2006 zurückzuerstatten sowie die Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 im Rahmen des vorliegenden Verfahrens zu überprüfen und die betreffenden Beiträge von insgesamt Fr. 212'303.05 zuzüglich Zins von 5 % seit 30. April 2007 zurückzubezahlen.
Nachdem sich die Verbandsausgleichskasse hatte vernehmen lassen, stellte sie lite pendente mit Verfügung vom 21. Dezember 2010 fest, bei den den Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 zugrunde liegenden Beträgen handle es sich um massgebenden Lohn. Das Rückerstattungsgesuch werde daher in vollem Umfang zurückgewiesen. Dagegen erhob die Firma P._ AG Einsprache.
Mit Entscheid vom 18. Januar 2011 schrieb das kantonale Sozialversicherungsgericht den Prozess betreffend die Rückerstattung der am 11. April 2007 in Rechnung gestellten Beiträge unter dem Titel Rechtsverzögerung bzw. Rechtsverweigerung als gegenstandslos geworden ab (Dispositiv-Ziffer 1a) und es stellte fest, der Einspracheentscheid vom 2. August 2010, insoweit darin auf die Einsprache vom 5. Mai 2010 eingetreten und insoweit diese abgewiesen wurde, sei nichtig; demgemäss werde auf die Beschwerde nicht eingetreten (Dispositiv-Ziffer 1b).
C. Die Firma P._ AG führt Beschwerde in öffentlichrechtlichen Angelegenheiten mit dem hauptsächlichen Rechtsbegehren, der Entscheid vom 18. Januar 2011 sei aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung der Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 2. August 2010 an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Die Ausgleichskasse beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Anfechtungsgegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens bildete der Einspracheentscheid vom 2. August 2010, womit die Ausgleichskasse die angefochtene Verfügung vom 6. April 2010 bestätigte. Mit Bezug auf die Beitragsverfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 hielt sie am Nichteintreten auf das Wiedererwägungsgesuch und Rückerstattungsbegehren vom 18. Dezember 2008 und 18. Februar 2009 fest. Hinsichtlich der Beiträge gemäss Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 wies sie darauf hin, die Frage des Rückforderungsanspruchs werde im Rahmen der am 17. August 2010 durchzuführenden Arbeitgeberkontrolle geprüft.
1.2 Den Antrag in der Beschwerde, die Ausgleichskasse sei anzuweisen, die mit den Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 erhobenen Beiträge von insgesamt Fr. 212'303.05 im Rahmen des vorliegenden Verfahrens zu überprüfen und diese zuzüglich Zins zu 5 % seit 30. April 2007 zurückzubezahlen, behandelte die Vorinstanz mangels eines Anfechtungsgegenstandes als Begehren um Feststellung einer Rechtsverweigerung bzw. Rechtsverzögerung. Sie schrieb den Prozess insoweit als gegenstandslos geworden ab, nachdem die Ausgleichskasse mit Verfügung vom 21. Dezember 2010 die Beitragspflicht in der Höhe von Fr. 212'303.05 bejaht und das diesbezügliche Rückerstattungsgesuch abgewiesen hatte.
Mit ihren Vorbringen vermag die Beschwerdeführerin nicht darzutun, inwiefern diese Verfahrenserledigung Bundesrecht verletzt. Ihre Argumentation beruht auf der Annahme, die Ausgleichskasse sei mit der Verfügung vom 6. April 2010 auf das Wiedererwägungsgesuch vom 18. Dezember 2008 eingetreten und habe das Rückerstattungsbegehren materiell geprüft und abgewiesen. So verhält es sich indessen nicht. Im Dispositiv wurde zwar das Gesuch um Rückerstattung der am 11. April 2007 in Rechnung gestellten Beiträge im Sinne der Erwägungen abgewiesen. Gleichzeitig wurde jedoch festgehalten, dass eine Überprüfung der Beitragspflicht anlässlich der noch im laufenden Jahr stattfindenden Arbeitgeberkontrolle 2005-2008 erfolge. Nach dem wirklichen Gehalt der Verfügung, auf den es praxisgemäss ankommt (BGE 120 V 496 E. 1a S. 497), hatte somit die Ausgleichskasse im Verfügungszeitpunkt den geltend gemachten Rückforderungsanspruch betreffend die mit Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 erhobenen Beiträge weder materiell geprüft noch darüber entschieden.
2. Mit Bezug auf das die Beitragsverfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 betreffende Wiedererwägungsgesuch und Rückforderungsbegehren vom 18. Dezember 2008 und 18. Februar 2009 stellt sich einzig die Frage, ob die Vorinstanz insofern zu Recht nicht auf die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 2. August eingetreten ist (BGE 117 V 121 E. 1 S. 122; 116 V 265 E. 2a S. 266). Soweit die Anträge in der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten darüber hinausgehen, ist darauf nicht einzutreten und die diesbezüglichen Vorbringen, insbesondere weshalb die Voraussetzungen gemäss Art. 53 Abs. 2 ATSG für eine Wiedererwägung der Verfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 erfüllt sind, sind unbeachtlich.
3. 3.1 Die Ausgleichskasse kann auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig sind und wenn ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (Art. 53 Abs. 2 ATSG in Verbindung mit Art. 1 Abs. 1 AHVG und Art. 2 ATSG). Es besteht kein gerichtlich durchsetzbarer Anspruch auf Wiedererwägung (BGE 133 V 50 E. 4.1 S. 52; SVR 2009 EL Nr. 5 S. 17, 8C_773/2008 E. 2.3). Tritt die Ausgleichskasse auf ein Wiedererwägungsgesuch nicht ein, was im Bestreitungsfalle durch Auslegung ihres diesbezüglichen Schreibens zu ermitteln ist (Urteil 9C_505/2007 vom 7. Mai 2008 E. 1.3.3), kann dagegen nicht Einsprache erhoben werden (BGE 133 V 50 E. 4.2.2 S. 55).
3.2 Es kann offenbleiben, ob die Ausgleichskasse mit der Verfügung vom 6. April 2010 auf das Gesuch vom 18. Dezember 2008 um Wiedererwägung der Beitragsverfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 eingetreten war und aufgrund einer materiellen Neubeurteilung der Beitragsschuld das Rückerstattungsbegehren in der Höhe von Fr. 401'547.50 abgewiesen hatte, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, oder ob das Gegenteil zutrifft, wie die Vorinstanz angenommen hat. Ebenfalls braucht nicht abschliessend entschieden zu werden, ob aufgrund der Regelung von Art. 41 AHVV und Art. 25 Abs.3 ATSG abweichend von Art. 53 Abs. 2 ATSG ein durchsetzbarer Anspruch auf Rückerstattung besteht, soweit die Wiedererwägungsvoraussetzungen erfüllt sind (von der Beschwerdeführerin bejaht unter Hinweis auf Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2008, N. 47 zu Art.25 ATSG, und derselbe, Alters- und Hinterlassenenversicherung, SBVR, Bd. XIV, 2. Aufl. 2007, S. 1275 Rz 204 sowie auf Rz 3067 der Wegleitung über den Bezug der Beiträge in der AHV, IV und EO [WBB], in der ab 1. Januar 2008 geltenden Fassung).
3.2 Es kann offenbleiben, ob die Ausgleichskasse mit der Verfügung vom 6. April 2010 auf das Gesuch vom 18. Dezember 2008 um Wiedererwägung der Beitragsverfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 eingetreten war und aufgrund einer materiellen Neubeurteilung der Beitragsschuld das Rückerstattungsbegehren in der Höhe von Fr. 401'547.50 abgewiesen hatte, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, oder ob das Gegenteil zutrifft, wie die Vorinstanz angenommen hat. Ebenfalls braucht nicht abschliessend entschieden zu werden, ob aufgrund der Regelung von Art. 41 AHVV und Art. 25 Abs.3 ATSG abweichend von Art. 53 Abs. 2 ATSG ein durchsetzbarer Anspruch auf Rückerstattung besteht, soweit die Wiedererwägungsvoraussetzungen erfüllt sind (von der Beschwerdeführerin bejaht unter Hinweis auf Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2008, N. 47 zu Art.25 ATSG, und derselbe, Alters- und Hinterlassenenversicherung, SBVR, Bd. XIV, 2. Aufl. 2007, S. 1275 Rz 204 sowie auf Rz 3067 der Wegleitung über den Bezug der Beiträge in der AHV, IV und EO [WBB], in der ab 1. Januar 2008 geltenden Fassung).
3.3 3.3.1
3.3.1.1 Im Entscheid vom 24. Juni 2009 hatte die Vorinstanz - nach Wiedergabe von Art. 41 AHVV und Art. 25 Abs. 3 ATSG - erwogen, bei den Schreiben vom 19. Januar und 17. April 2009, womit die Ausgleichskasse der Beschwerdeführerin mitgeteilt habe, dass sie dem Rückerstattungsbegehren und dem Wiedererwägungsgesuch vom 18. Dezember 2008 und 18. Februar 2009 nicht nachkommen werde, handle es sich um Entscheide im formlosen Verfahren nach Art. 51 ATSG, welche laut Art. 49 Abs. 1 ATSG in Verfügungsform hätten ergehen müssen. Dagegen könne nicht direkt Beschwerde oder Einsprache erhoben werden. Vielmehr sei vorerst eine anfechtbare Verfügung zu erlassen. Die Vorinstanz trat daher auf die Beschwerde gegen die Schreiben vom 19. Januar und 17. April 2009 mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein und ordnete die Überweisung der Akten an die Ausgleichskasse zum Erlass einer Verfügung im Sinne der Erwägungen nach Eintritt der Rechtskraft an. Die Ausgleichskasse hat dieses Erkenntnis nicht angefochten, wie in der Beschwerde richtig festgehalten wird.
3.3.1.2 In E. 3 des Urteils 9C_761/2009 vom 14. Dezember 2009 führte das Bundesgericht im Zusammenhang mit der Eintretensvoraussetzung des nicht wieder gutzumachenden Nachteils (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) aus, ungeachtet des gewählten Terminus der Überweisung statt der Rückweisung verpflichte der vorinstanzliche Entscheid vom 24. Juni 2009 nach seinen wirklichen rechtlichen Gehalt die Ausgleichskasse, über die Rückerstattung der angeblich zuviel bezahlten Beiträge - ob auf im November und Dezember 2006 ergangenen Verfügungen beruhend oder mit Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 formlos erhoben - eine anfechtbare Verfügung zu erlassen.
Das Urteil 9C_761/2009 vom 14. Dezember 2009 erwuchs mit seiner Ausfällung in Rechtskraft (Art. 61 BGG). Das in E. 3 Gesagte war kraft Verweisung auf die Erwägungen in Dispositiv-Ziffer 1 des damit bestätigten vorinstanzlichen Entscheids vom 24. Juni 2009 für die Ausgleichskasse und im Anfechtungsfalle für die Beschwerdeinstanz grundsätzlich verbindlich. Diese Bindungswirkung gilt auch für das Bundesgericht (BGE 120 V 233 E. 1a S. 237; vgl. auch BGE 135 III 334; Urteil 9C_210/2011 vom 21. April 2011 E. 1.2). Dem ist die Ausgleichskasse insofern nachgekommen, als sie im Dispositiv der Verfügung vom 6. April 2010 das Gesuch um Rückerstattung der auf Grund der Verfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 bezahlten Beiträge abwies. Die materielle Beurteilung des Anspruchs auf Rückerstattung von formell rechtskräftig verfügten Beiträgen umfasst indessen, und zwar ungeachtet, in welchem Verhältnis Art. 41 AHVV und Art. 25 Abs. 3 ATSG zu Art. 53 Abs. 2 ATSG stehen (E. 3.2.1), auch die Prüfung der Wiedererwägungsvoraussetzungen der zweifellosen Unrichtigkeit und der erheblichen Bedeutung einer Berichtigung, wie die Beschwerdeführerin richtig vorbringt. Im Widerspruch dazu hielt das Dispositiv der Verfügung vom 6. April 2010 fest, dass auf das Wiedererwägungsgesuch zu den Verfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 nicht eingetreten werde.
3.3.2 Nach dem Gesagten hätte somit die Vorinstanz auf die Beschwerde, soweit die Wiedererwägung der Beitragsverfügungen vom 30. November und 11. Dezember 2006 sowie die Rückerstattung der gestützt darauf bezahlten Beiträge betreffend, eintreten müssen. Zu beachten ist indessen Folgendes: Die Beschwerdeführerin stützt ihren Rückerstattungsanspruch auf das Urteil 9C_435/2008 vom 21. Oktober 2008, wo entschieden wurde, dass die Übernahme der versicherungstechnischen Kosten einer vorzeitigen Pensionierung (Deckungskapital) durch einen patronalen Wohlfahrtsfonds nicht massgebenden Lohn im Sinne von Art. 5 Abs. 2 AHVG und Art. 7 lit. q AHVV darstellt. Soweit diese Aussage im Widerspruch zur früheren Rechtslage steht, kann daran gemäss dem zur Publikation in der Amtlichen Sammlung (BGE) bestimmten Urteil 9C_12/2011 vom 8. August 2011 jedoch nicht festgehalten werden. Vielmehr gilt weiterhin die frühere Rechtsprechung, wonach Zuwendungen patronaler Wohlfahrtsfonds als Ermessensleistungen grundsätzlich der Beitragspflicht unterliegen. BGE 9C_12/2011 vom 8. August 2011 bestätigt somit die frühere Rechtslage, unter deren Geltung die zurückgeforderten Beiträge erhoben worden waren. Daraus ergibt sich, dass dem wiedererwägungsweise geltend gemachten Rückerstattungsanspruch die materielle Grundlage entzogen ist, was zur Abweisung der Beschwerde im Sinne der Erwägungen führt.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat grundsätzlich die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen. Unter den gegebenen Umständen ist von der Erhebung von Gerichtskosten jedoch abzusehen (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG; Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 31 zu Art. 66 BGG; Thomas Geiser, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 17 zu Art. 66 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. September 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Fessler