Faits:
A. Selon un rapport établi par la police cantonale bernoise, le 20 octobre 2004, alors qu'elle quittait le parking d'un restaurant à Sutz en direction de Möringen, A._ n'a pas vu le signal lumineux ni entendu le signal sonore au passage à niveau sans barrière du train. Alors qu'un train arrivait depuis la gare de Sutz, elle a tenté de reculer afin de dégager la voie de chemin de fer, sans toutefois y parvenir: son véhicule a été heurté par le train.
Par décision du 3 décembre 2004, la Commission administrative du Service cantonal des automobiles et de la navigation du canton de Neuchâtel (ci-après: la Commission) a ordonné le retrait du permis de conduire de la prénommée pour une durée de deux mois. Sur requête de l'intéressée, la Commission accepté "de suspendre la décision du 3 décembre 2004 dans l'attente du jugement pénal à intervenir".
Par ordonnance du 25 octobre 2007, le président de l'Arrondissement judiciaire II Bienne-Nidau a prononcé un non-lieu dans la procédure pénale dirigée à son encontre, l'action pénale relative aux infractions qui lui étaient reprochées étant prescrite.
Le 16 janvier 2008, la Commission a décidé "de remettre en vigueur la décision du 3 décembre 2004", au motif que l'ordonnance de non-lieu avait été rendue en raison de la prescription uniquement.
B. Par décision du 25 juin 2008, le Département de la gestion du territoire du canton de Neuchâtel a rejeté le recours formé par l'intéressée contre cette décision. A._ a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 21 février 2011, celle-ci a rejeté le recours.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué ainsi que la décision du 3 décembre 2004, remise en vigueur par la décision du 16 janvier 2008. Elle conclut subsidiairement au renvoi de l'affaire à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. La Commission conclut principalement au rejet du recours et subsidiairement à son admission partielle "dans ce sens où la décision de retrait est intégralement confirmée, mais où le dispositif de l'arrêt du Tribunal fédéral constate une violation du droit d'être jugé dans des délais raisonnables". Le Service juridique du Département de la justice, de la sécurité et des finances du canton de Neuchâtel et l'Office fédéral des routes concluent au rejet du recours. La recourante a présenté des observations complémentaires.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) au sujet d'une mesure administrative de retrait du permis de conduire (art. 82 let. a LTF). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable.
2. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.). Elle fait valoir que les observations qu'elle a adressées le 16 novembre 2004 à la Commission ne figuraient pas au dossier officiel transmis par cette autorité à son mandataire, qui a pu les consulter seulement après que la décision a été rendue.
S'agissant d'un grief d'ordre constitutionnel, le recours est soumis à des exigences accrues de motivation et doit indiquer en quoi consisterait la violation alléguée (cf. art. 106 al. 2 LTF).
La recourante se borne cependant à prétendre qu'elle n'a pas pu se déterminer sur toutes les pièces du dossier, sans préciser en quoi la consultation de sa propre écriture aurait eu une influence déterminante sur l'issue du litige ou l'aurait aidée dans la défense de ses droits. Faute de satisfaire aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, ce grief est irrecevable. De surcroît, il est contraire au principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.) qu'une partie se prévale du fait que son mandataire ignorait l'une de ses propres écritures.
3. La recourante reproche en outre à la Commission de s'être écartée sans motifs pertinents des constatations de fait du jugement pénal entré en force. Elle se prévaut d'une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents et d'une violation du principe "ne bis in idem".
3.1 En principe, l'autorité administrative statuant sur un retrait du permis de conduire ne peut pas s'écarter des constatations de fait d'un prononcé pénal entré en force. La sécurité du droit commande en effet d'éviter que l'indépendance du juge pénal et du juge administratif ne conduise à des jugements opposés, rendus sur la base des mêmes faits (ATF 109 Ib 203 consid. 1 p. 204; 96 I 766 consid. 4 p. 774). L'autorité administrative ne peut s'écarter du jugement pénal qu'à certaines conditions, notamment en présence de preuves ou de faits nouveaux (ATF 129 II 312 consid. 2.4 p. 315; 123 II 97 consid. 3c/aa p. 104).
3.2 En l'espèce, le juge pénal a rendu une ordonnance de non-lieu dans la procédure pénale dirigée à l'encontre de la recourante, en raison de la prescription des infractions qui lui étaient reprochées. Il ne s'est prononcé ni sur les faits, ni sur l'existence et la qualification de l'infraction. On peine dès lors à suivre la recourante lorsqu'elle fait grief à l'autorité administrative de ne pas avoir suivi "les constatations de fait du jugement pénal". C'est donc à juste titre que l'instance précédente a retenu que la Commission était libre de procéder à sa propre appréciation juridique des faits pertinents.
3.3 Par ailleurs, le Tribunal fédéral examine le droit d'office, sous réserve des exigences particulières de motivation en matière constitutionnelle notamment (art. 106 al. 1 et 2 LTF). Toutefois, en vertu du principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.), celui qui laisse procéder et ne soulève pas devant l'autorité de dernière instance cantonale un grief lié à la conduite du procès, ne peut en principe plus le soulever devant le Tribunal fédéral; il s'agit en effet d'éviter qu'une partie garde en réserve un moyen en fonction de l'issue défavorable de la procédure alors qu'il aurait pu être signalé immédiatement (ATF 119 Ia 221 consid. 5a p. 228; 122 IV 285 consid. 1f p. 288; 133 III 638 consid. 2 p. 640; 135 I 91 consid. 2.1 in fine p. 93. Bernard Corboz et al., Commentaire de la LTF, note 46 ad art. 99 LTF). En l'occurrence, la recourante n'a pas fait valoir le grief fondé sur le principe "ne bis in idem" devant le Tribunal cantonal et n'explique pas pour quelle raison elle a renoncé à l'invoquer. Il n'y a dès lors pas lieu d'entrer en matière sur ce grief qui n'a pas été soulevé en temps utile conformément au principe de la bonne foi.
4. La recourante se prévaut ensuite de la configuration particulière du lieu de l'accident, modifié depuis lors, ainsi que du déroulement des faits pour soutenir qu'elle n'a pas commis de faute. Elle reproche à l'instance précédente d'avoir retenu qu'elle avait vu le train déjà lorsqu'il était arrêté en gare de Sutz. Elle invoque encore une faute prépondérante du conducteur du train, sans laquelle l'accident ne se serait pas produit.
4.1 La modification de la LCR, datée du 14 décembre 2001, relative au retrait de permis, est entrée en vigueur le 1er janvier 2005 (RO 2002 p. 2767, 2004 p. 2849). Les dispositions transitoires prévoient que cette modification s'applique à la personne qui aura commis une infraction, légère, moyenne ou grave aux dispositions de la circulation routière après son entrée en vigueur. Les mesures ordonnées en vertu de l'ancien droit sont régies par ce dernier. En l'occurrence, les faits sanctionnés remontant au 20 octobre 2004, la présente affaire doit être examinée sous l'angle des dispositions sur le retrait de permis dans leur teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004.
4.2 A teneur de l'art. 16 al. 2 aLCR, "le permis de conduire peut être retiré au conducteur qui, par des infractions aux règles de la circulation, a compromis la sécurité de la route ou incommodé le public. Un simple avertissement pourra être ordonné dans les cas de peu de gravité". Par ailleurs, l'art. 16 al. 3 let. a LCR dispose que le permis de conduire doit être retiré "si le conducteur a compromis gravement la sécurité de la route".
A partir du texte légal, quatre situations doivent être distinguées (ATF 128 II 86 consid. 2a p. 87 s.). D'abord, le cas où le conducteur n'a pas "compromis la sécurité de la route ou incommodé le public", pour lequel l'autorité n'ordonnera aucune mesure administrative. Deuxièmement, le cas de peu de gravité (art. 16 al. 2 2ème phrase aLCR), pour lequel l'autorité donnera un avertissement. En troisième lieu, le cas de gravité moyenne (art. 16 al. 2 1ère phrase aLCR), pour lequel l'autorité doit retirer le permis de conduire. Enfin, le cas grave, qui implique le retrait du permis de conduire en application de l'art. 16 al. 3 let. a aLCR.
Selon la jurisprudence, il ne peut en principe être renoncé au retrait du permis de conduire que s'il s'agit d'un cas de peu de gravité au sens de l'art. 16 al. 2 2ème phrase aLCR. Si le cas est moyennement grave, une renonciation n'entre en ligne de compte qu'en présence de circonstances spéciales. Pour déterminer si le cas est de peu de gravité, l'autorité doit tenir compte de la gravité de la faute commise et de la réputation du contrevenant en tant que conducteur; la gravité de la mise en danger du trafic n'est prise en considération que dans la mesure où elle est significative pour la faute (ATF 126 II 202 consid. 1a p. 204, 192 consid. 2b p. 194; 125 II 561 consid. 2b p. 567; cf. art. 31 al. 2 OAC). Trois critères permettent de distinguer le cas de peu de gravité de celui de gravité moyenne, à savoir la faute, la mise en danger du trafic dans la mesure où elle est significative pour la faute et les antécédents, étant précisé que même de bons antécédents ne permettent pas de retenir un cas de peu de gravité lorsque la faute est moyenne ou grave (ATF 125 II 561 consid. 2 p. 566).
4.3 Selon l'art. 28 LCR, les usagers de la route s'arrêteront devant les passages à niveau, lorsque les barrières se ferment ou que des signaux commandent l'arrêt; à défaut de barrières ou de signaux, ils s'arrêteront lorsque des véhicules s'approchent sur la voie ferrée. A teneur de l'art. 24 al. 2 de l'ordonnance du 13 novembre 1962 sur les règles de la circulation routière (OCR; RS 741.11), celui qui franchit un passage à niveau doit éviter de s'attarder.
4.4 En l'occurrence, après avoir examiné les faits tels que la recourante les a exposés dans son recours au Département de la gestion du territoire et dans ses observations du 16 novembre 2004 à la Commission ainsi que les déclarations faites par celle-ci à la police, le Tribunal cantonal a considéré de manière convaincante qu'on ne saurait reprocher au Département d'avoir retenu qu'il ressortait du dossier et des déclarations de la recourante qu'elle avait vu le train lorsqu'il était déjà à la gare et que, ne sachant pas quand elle pourrait s'insérer dans le trafic, elle aurait dû immédiatement libérer la voie en reculant (cf. arrêt attaqué p. 7 et 8). A cet égard, la recourante ne peut se contenter d'imputer le fait que "le contenu et la tournure de [ses observations du 16 novembre 2004] ont pu paraître ambigus" au fait qu'elle n'est pas de langue maternelle française.
Quoi qu'il en soit, qu'elle ait vu ou non le train arrêté en gare de Sutz, la recourante se trouvait à un endroit où elle devait redoubler d'attention pour ne pas gêner la circulation du train. Dans ces conditions, contrairement à ce que soutient la recourante, c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a considéré qu'en ne prenant pas toutes les mesures nécessaires pour céder la priorité au train et éviter ainsi une collision, la recourante a commis une faute de gravité moyenne. Ce d'autant plus que si la signalisation optique et acoustique ne s'était effectivement enclenchée qu'une fois la recourante déjà sur les voies - ainsi qu'elle l'allègue -, sa position ne lui permettait certes plus de voir les feux clignotants, mais ne l'empêchait nullement d'entendre le signal sonore. L'intéressée a d'ailleurs sérieusement compromis la sécurité routière, puisque la violation des règles de la circulation qu'elle a commise a provoqué un accident. Dans ces circonstances, l'admission d'une infraction de peu de gravité au sens de l'art. 16 al. 2 2ème phrase aLCR - qui permettrait en l'espèce de prononcer un avertissement en lieu et place du retrait du permis de conduire - est exclue. Les arguments avancés par la recourante (l'éventuelle faute du conducteur du train et le fait que le passage à niveau ait été pourvu de barrières automatiques par la suite) ne sont pas susceptibles de disculper la recourante.
Le Tribunal cantonal n'a donc pas violé le droit fédéral en confirmant que les éléments constitutifs d'une infraction moyennement grave au sens de l'art. 16 al. 2 1ère phrase aLCR étaient réunis.
5. La recourante s'en prend également à la durée du retrait de permis qu'elle estime disproportionnée, compte tenu du contexte général de l'accident, de son besoin professionnel de conduire un véhicule automobile et du fait qu'aucune infraction significative ne peut plus lui être reprochée depuis 2005. Elle se prévaut aussi de l'écoulement du temps depuis la commission de l'infraction et soutient qu'après plus de six ans la peine apparaît disproportionnée.
5.1 Conformément à l'art. 17 al. 1 let. a aLCR, l'autorité qui retire un permis de conduire fixe selon les circonstances la durée de ce retrait, qui est d'un mois au minimum. La durée d'un tel retrait est fixée surtout en fonction de la gravité de la faute, de la réputation de l'intéressé en tant que conducteur et de la nécessité professionnelle de conduire des véhicules automobiles (ATF 126 II 196 consid. 2, 202 consid. 1a/b).
Ces éléments doivent faire l'objet d'une appréciation d'ensemble, de manière à atteindre autant que possible l'effet éducatif et préventif auquel tend la mesure. Dans ce contexte, l'autorité cantonale dispose d'un large pouvoir d'appréciation et le Tribunal fédéral n'intervient que si celle-ci a abusé de ce pouvoir, par exemple en ne prenant pas en compte certains éléments pertinents ou encore en appréciant leur portée de manière tout à fait insoutenable (ATF 128 II 173 consid. 4b p. 178 et la jurisprudence citée).
Selon la jurisprudence rendue en application de l'art. 17 aLCR dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2004, lorsqu'il s'est écoulé un temps relativement long depuis les faits qui ont provoqué la mesure, que l'intéressé s'est bien conduit pendant cette période et que la durée excessive de la procédure ne lui est pas imputable, l'autorité peut prononcer une mesure d'une durée inférieure au minimum légal et, cas échéant, renoncer à toute mesure (ATF 127 II 297 consid. 3d p. 300; 120 Ib 504 consid. 4e p. 510). En effet, l'éducation et l'amendement d'un auteur supposent que la mesure soit dans un rapport temporel approprié avec l'infraction commise. En outre, l'écoulement du temps relativise la nécessité d'une sanction éducative lorsque l'auteur s'est bien comporté dans l'intervalle. A défaut de norme spécifique en la matière, il y a lieu de s'inspirer des règles sur la prescription pénale. Toutefois, il n'est pas possible de dire abstraitement et en chiffres absolus à partir de quel moment une procédure doit être considérée comme trop longue. Pour répondre à cette question, il faut prendre en considération les circonstances du cas particulier (ATF 127 II 297 consid. 3d p. 300).
5.2 Selon l'art. 29 al. 1 Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Le caractère raisonnable ou adéquat du délai s'apprécie au regard de la nature de l'affaire et de l'ensemble des circonstances, selon un principe déjà fixé sous l'empire de l'art. 4 al. 1 aCst. (ATF 125 V 188 consid. 2a p. 191/192; ATF 117 Ia 193 consid. 1c p. 197; ATF 107 Ib 160 consid. 3b p. 164/165). A l'instar de l'art. 6 par. 1 CEDH - qui n'offre, à cet égard, pas une protection plus étendue que les garanties constitutionnelles nationales (ATF 114 Ia 179 ss) -, l'art. 29 al. 1 Cst. consacre le principe de la célérité en ce sens qu'il prohibe le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie constitutionnelle lorsqu'elle ne rend pas la décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans un délai que la nature de l'affaire, ainsi que toutes les autres circonstances, font apparaître comme raisonnable (ATF 119 Ib 311 consid. 5 p. 323 ss et les références citées).
5.3 En l'occurrence, la recourante a commis une infraction moyennement grave au sens de l'art. 16 al. 2 1ère phrase aLCR. De plus, elle avait deux antécédents au moment des faits, soit une interdiction de conduire durant cinq mois pour excès de vitesse de 80 km/h prononcée en 1999 ainsi qu'un avertissement pour excès de vitesse de 26 km/h prononcé en 2003. Depuis les faits litigieux, elle a fait l'objet de deux nouvelles mesures, soit un avertissement pour un excès de vitesse de 17 km/h commis en mars 2005 et un retrait du permis de conduire d'une durée d'un mois en raison d'un excès de vitesse de 19 km/h commis en août 2005. Dans ces circonstances, le retrait de permis pour une durée de deux mois n'apparaît pas disproportionné.
Il faut cependant prendre en compte le fait que la durée de toute la présente procédure, soit plus de six ans et demi depuis les faits reprochés, est trop longue, sans être imputable à la recourante. Il y a donc une violation du droit à être jugé dans un délai raisonnable selon les art. 29 al. 1 Cst. et 6 ch. 1 CEDH. Cette violation n'est toutefois pas si grave au point d'envisager une renonciation au retrait du permis de conduire. En effet, il n'est pas évident que ledit retrait ne puisse plus avoir un effet éducatif en raison du temps écoulé. La violation du principe de la célérité conduit en revanche à prononcer une mesure de retrait d'une durée inférieure, soit d'un mois au lieu de deux, à titre de réparation. En outre, l'émolument additionnel de 200 francs mis à la charge de la recourante par la Commission "pour les multiples démarches qu'il a fallu faire avant d'obtenir le jugement pénal" (ci-après: l'émolument additionnel) est injustifié, lesdites démarches ne pouvant être imputées à la recourante: il y a lieu de l'annuler.
6. Il s'ensuit que le recours doit être admis partiellement. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le retrait de permis est prononcé pour une durée d'un mois et que l'émolument additionnel de 200 francs est annulé. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de l'instance cantonale (art. 68 al. 5 LTF). Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). La recourante qui a agi avec l'assistance d'un avocat a droit à des dépens réduits de 1'000 francs (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis partiellement, l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le retrait de permis est prononcé pour une durée d'un mois et que l'émolument additionnel de 200 francs est annulé.
2. La cause est renvoyée à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de l'instance cantonale.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Une indemnité de 1'500 francs est allouée à la recourante, à titre de dépens réduits, à la charge du canton de Neuchâtel.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Commission administrative du Service cantonal des automobiles et de la navigation, au Département de la gestion du territoire et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 14 septembre 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller