Faits:
A. X._, né en 1957, de nationalité suisse, et dame X._, née en 1960, de nationalités syrienne et allemande, se sont mariés le 13 novembre 1998 à Miami (Etats-Unis). Ils n'ont pas conclu de contrat de mariage. Un enfant est issu de cette union : A._, né en 2000.
Les époux se sont séparés en juillet 2001. Ils sont convenus, par convention du 7 octobre 2002, que la garde de l'enfant revenait à la mère avec un large et libre droit de visite du père.
B. Le 15 mars 2005, dame X._ a ouvert action en divorce devant le Tribunal de première instance du canton de Genève.
Par jugement sur mesures provisoires du 21 février 2006, cette autorité a réglé le droit de visite du père à raison d'un samedi après-midi sur deux dans un Point Rencontre. Elle a instauré une curatelle d'appui éducatif et d'accès aux soins au sens de l'art. 308 al. 1 CC et une curatelle d'organisation et de surveillance du droit de visite au sens de l'art. 308 al. 2 CC.
En juin 2006, dame X._ a confié l'enfant à sa soeur à Damas, en Syrie. L'enfant y est resté une année pendant que sa mère se faisait traiter en Suisse pour un cancer du sein.
C. Le 19 avril 2007, le Tribunal de première instance a prononcé le divorce, attribué l'autorité parentale et la garde de l'enfant à la mère, réservé au père un droit de visite s'exerçant un samedi après-midi sur deux au Point Rencontre et confirmé la curatelle d'appui éducatif et d'accès aux soins ainsi que celle d'organisation et de surveillance du droit de visite. Il a en outre fixé la contribution d'entretien à l'enfant à 1'000 fr. par mois jusqu'à l'âge de 12 ans puis de 1'200 fr. par mois de cet âge jusqu'à la majorité, ordonné le transfert de la moitié de la prestation de sortie du mari et condamné celui-ci à verser à l'épouse au titre de la liquidation du régime matrimonial un montant de 176'491 fr. 40 avec intérêts à 5 % dès l'entrée en force du jugement de divorce.
L'époux a formé appel de ce jugement. Parallèlement, il a sollicité de nouvelles mesures provisoires concernant l'autorité parentale, la garde, le droit de visite et la contribution en faveur de l'enfant.
En été 2007, l'enfant a rejoint sa mère à Zurich où il a suivi l'année scolaire 2007/2008. En septembre 2008, sa mère l'a envoyé chez sa tante maternelle en Syrie.
Par arrêt du 20 février 2009, la Cour de justice a statué sur appel et sur mesures provisoires. Sur mesures provisoires, elle a modifié la réglementation du droit de visite, prévoyant que celui-ci s'exercerait dorénavant sans surveillance durant la moitié des vacances scolaires. Sur appel, l'autorité cantonale a adopté la même réglementation du droit de visite et a condamné l'épouse à verser au mari à titre de liquidation du régime matrimonial un montant de 24'673 fr. 15 avec intérêts à 5 % dès l'entrée en force de l'arrêt cantonal.
D. Dame X._ et A._ forment un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Ils concluent à l'annulation du jugement au fond en ce sens que le droit de visite s'exercera durant la moitié des vacances scolaires en Syrie et sous surveillance. Concernant la liquidation du régime matrimonial et des rapports juridiques spéciaux existant entre les époux, la recourante demande le versement par l'intimé d'un montant de 176'491 fr. 40. Elle s'en prend également au prononcé de mesures provisoires affirmant que l'autorité cantonale n'était pas compétente en raison du lieu pour prononcer ces mesures et, subsidiairement, qu'elle aurait dû appliquer le droit syrien.
Considérant en droit:
1. L'arrêt entrepris, rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF), est une décision finale (art. 90 LTF) aussi bien en tant qu'il statue sur le fond que sur mesures provisoires (ATF 134 III 326 consid. 2.2). Dès lors que le litige soumis au Tribunal fédéral porte sur les modalités d'exercice du droit de visite, la liquidation du régime matrimonial et la compétence des tribunaux suisses pour prononcer des mesures provisoires, soit sur des contestations de nature à la fois pécuniaire et non pécuniaire, le recours en matière civile est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (arrêts 5A_108/2007 du 11 mai 2007 consid. 1.2; 5A_25/2008 du 14 novembre 2008 consid. 2).
Déposé en outre dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, le recours en matière civile est en principe recevable.
2. Le recours est formé par la mère et par l'enfant.
2.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 et les arrêts cités). Toutefois, lorsque les conditions de recevabilité, en particulier la qualité pour recourir, ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause, le recourant doit exposer en quoi elles sont réunies sous peine d'irrecevabilité (art. 42 al. 1 et 2 LTF; ATF 133 II 353 consid. 1 et les références citées).
2.2 La qualité pour recourir de la mère qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à la modification de l'arrêt attaqué ne prête pas à discussion (art. 76 al. 1 LTF).
Il n'en va pas de même de celle de l'enfant mineur. Sa qualité pour recourir est en tous les cas exclue en ce qui concerne la liquidation du régime matrimonial au regard de l'art. 76 al. 1 let. b LTF. S'agissant des questions liées au droit de visite, dès lors qu'il est pourvu d'un curateur de représentation au sens de l'art. 146 CC, une représentation par sa mère n'entre pas en ligne de compte (SUTTER/FREIBURGHAUS, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, 1999, n. 20 ad art. 146/147). La jurisprudence admet certes que l'enfant mineur capable de discernement puisse procéder seul en justice en ce qui concerne la réglementation du droit de visite car elle affecte les droits de sa personnalité (ATF 120 Ia 369 consid. 1a; arrêt 5C.51/2005 du 2 septembre 2005 consid. 2.2 in : Fampra.ch 2006 p. 186; CYRIL Hegnauer, Droit suisse de la filiation, 4ème éd., 1998, n. 26.24). En l'espèce, le dossier ne contient toutefois aucun élément démontrant que l'enfant, âgé de 9 ans, aurait pleinement saisi la portée du contentieux (cf. par ex. arrêt 5C.51/2005 précité consid. 2.2 dans lequel le recourant âgé de 10 ans et demi avait produit une attestation établie par un pédopsychiatre constatant que l'intéressé avait saisi la portée du litige). Dès lors que la qualité pour recourir de l'enfant n'apparaît pas immédiatement donnée et que les recourants n'avancent aucune indication sur cette question, force est de constater que le recours formé par A._ est irrecevable.
3. En tant qu'il est dirigé contre le prononcé au fond, le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu des exigences de motivation posées à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1).
En revanche, en tant que la recourante s'en prend à la décision de mesures provisoires, seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels (art. 98 LTF). Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de ces droits que si le grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), les exigences de motivation correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2; 133 III 393 consid. 6). L'acte de recours doit ainsi, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 134 I 83 consid. 3.2). Le justiciable qui se plaint d'arbitraire ne peut, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité supérieure jouit d'une libre cognition; il ne saurait, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais il doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (ATF 133 II 396 consid. 3.2); les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 et la jurisprudence citée).
4. La cause présente des éléments d'extranéité au vu des nationalités syrienne et allemande de la recourante et des différents séjours de l'enfant en Syrie en cours de procédure. Il convient donc de vérifier la compétence locale des tribunaux genevois, contestée par la recourante en ce qui concerne les mesures provisoires.
4. La cause présente des éléments d'extranéité au vu des nationalités syrienne et allemande de la recourante et des différents séjours de l'enfant en Syrie en cours de procédure. Il convient donc de vérifier la compétence locale des tribunaux genevois, contestée par la recourante en ce qui concerne les mesures provisoires.
4.1 4.1.1 En vertu de l'art. 63 al. 1 LDIP, les tribunaux suisses compétents pour connaître d'une action en divorce le sont également pour se prononcer sur les effets accessoires. Toutefois, la compétence du juge suisse ne peut être reconnue que dans les limites tracées par la Convention de La Haye, du 5 octobre 1961, concernant la compétence des autorités et la loi applicable en matière de protection des mineurs, à laquelle la Suisse a adhéré (RS 0.211.231.01; ci-après : la Convention), réservée à l'art. 85 al. 1 LDIP. Or, il est admis que la réglementation du droit aux relations personnelles constitue une mesure de protection de l'enfant au sens de ce traité (ATF 132 III 586 et les réf. citées).
Aux termes de l'art. 1er de la Convention, les autorités, tant judiciaires qu'administratives, de l'Etat de la résidence habituelle d'un mineur sont en principe compétentes pour prendre les mesures tendant à la protection de sa personne et de ses biens. En cas de changement de résidence habituelle de l'enfant en cours de procédure alors que les mesures requises n'ont pas encore été prises, il faut distinguer selon que ce changement s'opère dans un Etat contractant ou non.
Dans les relations entre Etats contractants, le changement de résidence habituelle du mineur entraîne un changement simultané de la compétence; le principe de la perpetuatio fori en vertu duquel lorsqu'un tribunal est localement compétent au moment de la création de la litispendance, il le reste même si les faits constitutifs de sa compétence changent par la suite, ne s'applique pas (ATF 132 III 586 consid. 2.2.4 et les réf. citées; 123 III 411 consid. 2a). En revanche, lorsque la nouvelle résidence habituelle de l'enfant se trouve dans un Etat non contractant, la compétence de l'autorité saisie peut être conservée, dans le sens de la perpetuatio fori (ATF 123 III 411 p. 414 in fine; obs. ANDREAS BUCHER in : RSDIE 1998 p. 283 ss; IVO SCHWANDER in : PJA 1998 p. 840ss, 842; Andreas Bucher, L'enfant en droit international privé, 2003, n° 338; BlZR 96/1997, n° 52 p. 132; cf. aussi Ivo Schwander, Das Haager Kindesschutzübereinkommen von 1996 in : RDT 2009 p. 1ss, en particulier note 46 p. 18; PAUL LAGARDE, Rapport explicatif sur la Convention-Protection des enfants, in : Bureau permanent de la Conférence de La Haye de droit international privé, Actes et documents de la Dix-huitième session 1996, vol. 2, La Haye 1998, n° 42 disponible sur internet : http://hcch.e-vision.nl).
4.1.2 La notion de résidence habituelle, que la convention ne définit pas, doit être interprétée conformément au but et à l'esprit du traité; on peut s'inspirer de l'art. 20 al. 1 let. b LDIP, dont la définition correspond en règle générale au rôle attribué à la résidence habituelle dans le cadre de la convention; la notion de résidence habituelle est basée sur une situation de fait et implique la présence physique dans un lieu donné; la résidence habituelle d'un enfant se détermine ainsi d'après le centre effectif de sa propre vie (ATF 110 II 119 consid. 3). Pour déterminer si une personne s'est créé une résidence habituelle, ce n'est pas la durée de la présence dans un endroit donné qui est décisive, mais bien la «perspective d'une telle durée» (ANDREAS Bucher, L'enfant en droit international privé, n° 64; STAUDINGER/Kropholler, in Kommentar zum BGB, 13e éd., 1994, n° 131; IVO Schwander, Commentaire bâlois, Internationales Privatrecht, 2ème éd., 2007, n° 29 ad art. 85; KURT Siehr, Münchner Kommentar zum BGB, vol. 10, 3ème éd., 1998, n° 24 ad art. 19 Anh. I, p. 1057).
4.1.2 La notion de résidence habituelle, que la convention ne définit pas, doit être interprétée conformément au but et à l'esprit du traité; on peut s'inspirer de l'art. 20 al. 1 let. b LDIP, dont la définition correspond en règle générale au rôle attribué à la résidence habituelle dans le cadre de la convention; la notion de résidence habituelle est basée sur une situation de fait et implique la présence physique dans un lieu donné; la résidence habituelle d'un enfant se détermine ainsi d'après le centre effectif de sa propre vie (ATF 110 II 119 consid. 3). Pour déterminer si une personne s'est créé une résidence habituelle, ce n'est pas la durée de la présence dans un endroit donné qui est décisive, mais bien la «perspective d'une telle durée» (ANDREAS Bucher, L'enfant en droit international privé, n° 64; STAUDINGER/Kropholler, in Kommentar zum BGB, 13e éd., 1994, n° 131; IVO Schwander, Commentaire bâlois, Internationales Privatrecht, 2ème éd., 2007, n° 29 ad art. 85; KURT Siehr, Münchner Kommentar zum BGB, vol. 10, 3ème éd., 1998, n° 24 ad art. 19 Anh. I, p. 1057).
4.2 4.2.1 En l'espèce, au moment de l'ouverture de l'action en divorce, les parties et l'enfant étaient domiciliés à Genève. Les tribunaux genevois étaient par conséquent compétents pour statuer sur le divorce (art. 59 LDIP) et ses effets accessoires tels que le régime matrimonial (art. 63 al. 1 LDIP). En tant qu'autorités de la résidence habituelle du mineur, ils l'étaient également en ce qui concerne les relations personnelles de celui-ci avec son père sur le fond et sur mesures provisoires (art. 1 de la Convention; arrêt 5C.192/1998 consid. 3a/bb-3a/cc publié in : SJ 1999 I p. 222).
4.2.2 Reste à déterminer si les autorités genevoises sont restées compétentes pour régler le droit de visite malgré les déplacements successifs de l'enfant. Il ressort des faits qu'en juin 2006, la recourante a confié l'enfant à sa soeur à Damas en Syrie, pendant qu'elle se faisait traiter en Suisse pour un cancer du sein. Après avoir suivi l'année scolaire en Syrie, l'enfant a rejoint sa mère en été 2007 à Zurich où ils se sont établis. En septembre 2008, la recourante l'a envoyé une nouvelle fois chez sa tante en Syrie où il a été scolarisé.
Il s'ensuit que l'enfant s'est constitué une résidence habituelle à Zurich où il s'est établi avec sa mère - détentrice du droit de garde qui comprend notamment la compétence de déterminer le lieu de résidence de l'enfant (ATF 128 III 9 consid. 4a) - et où il a été scolarisé. Cette circonstance n'a toutefois pas entraîné un changement de compétence en faveur des autorités zurichoises. En effet, en cas de changement de résidence habituelle en Suisse, lorsque la mesure de protection constitue l'accessoire d'un procès en divorce, le juge suisse du divorce reste compétent pour ordonner les mesures de protection, aussi bien dans le cadre de la procédure principale que des mesures provisoires (art. 1 de la Convention; ANDREAS BUCHER, L'enfant en droit international privé, n° 328, 388-389; arrêt 5A_43/2008 du 15 mai 2008 consid. 2.1). Au moment où la Cour de justice a statué, l'enfant se trouvait en Syrie depuis six mois; le dossier ne comporte aucune indication sur la durée prévisible de ce séjour. Il y avait déjà suivi l'année scolaire durant l'année 2006/2007 où il était hébergé par sa tante maternelle. S'agissant de ces deux séjours en Syrie, la question de savoir si l'enfant s'y est créé une résidence habituelle peut rester ouverte. La Syrie n'étant pas partie à la Convention de La Haye, les tribunaux genevois sont restés compétents en vertu du principe de la perpetuatio fori (cf. consid. 4.1.1).
5. S'agissant d'un litige de nature internationale, le Tribunal fédéral doit vérifier d'office et avec un plein pouvoir d'examen le droit applicable (ATF 133 III 37 consid. 2; 131 III 153 consid. 3), sur la base du droit international privé suisse en tant que lex fori (ATF 133 III 37 consid. 2; 130 III 417 consid. 2).
En ce qui concerne la liquidation du régime matrimonial qui est un effet accessoire du divorce, il ne ressort pas de l'arrêt entrepris que les parties aient choisi de soumettre leur régime matrimonial à un droit national en particulier (cf. let. A supra). A défaut d'élection de droit, le régime matrimonial est donc régi par le droit suisse (art. 54 al. 1 let. a LDIP), étant précisé que les allégations de la recourante relatives à la constitution d'un nouveau domicile en Syrie ne ressortent pas de l'arrêt entrepris et, partant, ne peuvent être prises en compte (art. 105 al. 1 LTF). Au vu du for situé en Suisse, le droit suisse est également applicable au droit de visite (art. 2 de la Convention; IVO SCHWANDER, Commentaire bâlois, n. 8 ad art. 82 LDIP).
6. S'en prenant à la fois au jugement au fond et à la décision sur mesures provisoires, la recourante estime que la cour cantonale a versé dans l'arbitraire en supprimant la surveillance du droit de visite. Selon elle, l'autorité précédente a ignoré les indices concrets de mise en danger du bien de l'enfant.
6.1 Aux termes de l'art. 273 al. 1 CC, le père ou la mère qui ne détient pas l'autorité parentale ou la garde ainsi que l'enfant mineur ont réciproquement le droit d'entretenir les relations personnelles indiquées par les circonstances. Autrefois considéré comme un droit naturel des parents, le droit aux relations personnelles est désormais conçu à la fois comme un droit et un devoir de ceux-ci (cf. art. 273 al. 2 CC), mais aussi comme un droit de la personnalité de l'enfant; il doit servir en premier lieu l'intérêt de celui-ci (ATF 127 III 295 consid. 4a; 123 III 445 consid. 3b). D'après la jurisprudence, l'établissement d'un droit de visite surveillé nécessite, comme le retrait ou le refus du droit aux relations personnelles selon l'art. 274 al. 2 CC, des indices concrets de mise en danger du bien de l'enfant. Il ne suffit pas que ce dernier risque abstraitement de subir une mauvaise influence pour qu'un droit de visite surveillé soit instauré (ATF 122 III 404 consid. 3c).
Pour fixer le droit aux relations personnelles, le juge fait usage de son pouvoir d'appréciation (art. 4 CC). Le Tribunal fédéral s'impose dès lors une certaine retenue en la matière; il n'intervient que si la décision a été prise sur la base de circonstances qui ne jouent aucun rôle selon l'esprit de la loi, ou si des aspects essentiels ont été ignorés (ATF 120 II 229 consid. 4a et l'arrêt cité; CYRIL HEGNAUER, Commentaire bernois, n. 61 ad art. 273 CC). L'établissement des faits est soumis à la maxime d'office (ATF 122 III 404 consid. 3d; 120 II 229 consid. 1c).
6.2 Se fondant sur l'expertise judiciaire du 13 octobre 2006, la cour cantonale a observé qu'il était dans l'intérêt de l'enfant d'entretenir des relations personnelles avec son père. Constatant que l'enfant résidait désormais à Zurich et qu'il n'était pas exclu qu'il soit, au moins temporairement, encore plus éloigné, elle a fixé le droit de visite à la moitié des vacances scolaires, ces modalités étant plus adaptées à des relations à grande distance. Elle a en outre renoncé à maintenir la surveillance ordonnée en première instance au motif que l'enfant était âgé de huit ans et qu'il n'y avait désormais plus lieu de rassurer la mère, les soupçons d'attouchements ayant été écartés depuis un certain temps.
6.3 La recourante prétend que la Cour de justice a ignoré les indices concrets de mise en danger de l'enfant qui ressortent selon elle de l'expertise judiciaire et du rapport médical des Hôpitaux universitaires genevois (ci-après : HUG). Ce rapport avait été établi par le Service de psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent à qui la mère s'était adressée au printemps 2005 en énonçant des suspicions d'actes d'ordre sexuel du père sur l'enfant. Bien que la recourante cite des passages de ces documents, elle ne démontre pas dans quelle mesure les constatations faites sur ce point par la Cour de justice seraient clairement en contradiction avec ces pièces. Au demeurant, soit le médecin qui a examiné l'enfant aux HUG, soit les experts judiciaires ont clairement écarté les suspicions d'attouchements de la part du père sur l'enfant. On ne saurait dès lors reprocher à la cour cantonale d'avoir conclu à l'absence d'indices concrets de mise en danger de l'enfant sur cette question.
La recourante expose ensuite que la poursuite des relations personnelles dans un lieu protégé s'impose car l'enfant n'a actuellement plus entretenu aucune relation avec son père depuis plus de quatre ans et demi et que le père n'a pendant ce laps de temps jamais demandé d'exercer son droit de visite. Ces faits sont en contradiction avec les constatations de l'arrêt attaqué duquel il ressort que c'est la mère qui, à la suite d'une altercation en octobre 2004, a refusé que le fils entre en contact avec le père. Au printemps 2005, celui-ci se rendait une à deux fois par semaine à l'école durant la pause de midi pour voir l'enfant. Lorsque celui-ci est rentré de Syrie, en été 2007, la recourante a permis deux rencontres avant d'emmener l'enfant à Zurich. Lorsque le père a tenté d'avoir des nouvelles de son fils par le biais du directeur de l'école zurichoise, il s'est heurté à un refus qu'il n'a pu surmonter qu'avec l'aide de son avocat. Au demeurant, même si père et fils n'ont pu entretenir des relations régulières et étroites durant ces dernières années, cette circonstance ne constitue pas à elle seule un indice concret de mise en danger de l'enfant qui justifierait le maintien d'un droit de visite surveillé. La cour cantonale a observé à juste titre à ce sujet que la recommandation des experts de reprendre un droit de visite surveillé était motivée par le contexte conflictuel marqué par les dénonciations d'attouchements de la mère et le souci de rassurer celle-ci. Les soupçons ayant été écartés depuis lors et vu l'écoulement du temps, cette mesure de surveillance ne se justifiait plus.
Toujours à l'appui de son argumentation tendant à démontrer la nécessité de maintenir un droit de visite surveillé, dans un long développement purement appellatoire, la recourante taxe d'arbitraire la constatation selon laquelle elle n'aurait pas collaboré à l'exercice du droit de visite. La recourante affirme qu'elle n'a pas empêché les relations personnelles entre le fils et son père qu'elle accuse de se désintéresser complètement de l'enfant. La recourante dénonce ici une constatation arbitraire des faits; la limitation du droit de visite devant permettre d'écarter les dangers qu'encourt l'enfant, on ne voit toutefois pas en quoi cette circonstance aurait une influence sur l'issue du litige en ce sens qu'elle serait de nature à faire apparaître une violation de l'art. 273 al. 1 CC, ce qu'il appartenait à la recourante d'exposer (art. 42 al. 2 LTF); la critique est partant irrecevable. En conclusion, dès lors que le dossier ne laisse apparaître aucun indice concret de mise en danger de l'enfant, la cour cantonale ne saurait se voir reprocher d'avoir abusé de son pouvoir d'appréciation en estimant qu'il n'y avait aucune raison de maintenir la surveillance du droit de visite.
7. La recourante s'en prend à sa condamnation à verser à son ex-mari un montant de 24'673 fr. à titre de liquidation des rapports juridiques spéciaux existant entre les époux et de liquidation du régime matrimonial.
7.1 S'agissant en premier lieu des rapports juridiques spéciaux entre les époux, la recourante prétend que, contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, elle a contesté avoir reçu de l'intimé, antérieurement au mariage, un prêt de 30'000 DM. Il en découle que, faute d'avoir établi l'existence de ce prêt, l'intimé ne pouvait en obtenir le remboursement et qu'il devait en conséquence supporter l'échec de cette preuve.
7.1.1 Selon les constatations cantonales, l'intimé a allégué en première instance dans ses conclusions du 1er décembre 2005 avoir versé à la recourante, avant le mariage, un montant de 30'000 DM à titre de prêt. Lors de l'audience de plaidoiries du 8 décembre 2005, la recourante ne s'est pas prononcée à ce sujet, pas plus que dans son écriture du 23 mars 2007. Dans ces conditions, la cour cantonale a fait application de l'art. 126 al. 3 de la loi de procédure civile du 10 avril 1987 du canton de Genève (ci-après : LPC/GE; E 3 05) qui prévoit que le silence d'une partie peut être pris pour un aveu de la réalité. Elle a par conséquent considéré que, faute de contestation, l'existence du prêt allégué par l'époux était établie.
7.1.2 La recourante ne prétend pas avoir contesté l'allégué relatif à l'existence du prêt devant le tribunal de première instance. En revanche, elle affirme que la cour cantonale a établi les faits de manière inexacte en omettant de retenir qu'elle avait, dans sa réponse à l'appel, contesté tous les allégués de la partie adverse qu'elle n'avait pas expressément admis. Encore faut-il que cette omission soit de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Or, la cour cantonale a fait application de l'art. 126 LPC/GE - dont la recourante ne prétend pas qu'il aurait été appliqué de manière arbitraire -. En vertu de cette disposition, les parties doivent alléguer et contester les faits lors de l'échange d'écritures préalable à l'ouverture des enquêtes devant le premier juge. Cette disposition exprime le principe de la maxime éventuelle qui commande que les parties doivent articuler leurs moyens d'attaque et de défense en une seule fois jusqu'à un certain stade du procès sous peine de déchéance (cf. sur ce principe, FABIENNE HOHL, 2001. Procédure civile, I, n. 807). Dans le canton de Genève, toute contestation doit ainsi être formulée en première instance avant l'ordonnance de mesures probatoires, à défaut de quoi elle est sans portée (BERTOSSA/GAILLARD/GUYET, Commentaire de la loi de procédure civile du canton de Genève du 10 avril 1987, n. 3 ad art. 126 et la réf. citée). L'appel ne permet pas d'exiger l'administration de preuves qui auraient dû être sollicitées devant le premier juge en temps utile et selon les formes adéquates (BERTOSSA/GAILLARD/GUYET, op. cit., n. 2 ad art. 307 LPC). Dans ces conditions, la contestation du prêt au stade de l'appel dont se prévaut la recourante n'aurait aucune influence sur l'issue du litige puisqu'elle auraît dû intervenir au stade de la première instance pour être prise en compte; on ne saurait par conséquent voir une constatation arbitraire des faits pertinents sur ce point.
7.2 Dans le cadre de la liquidation du régime matrimonial, la cour cantonale a constaté qu'au jour de la dissolution du régime, les seuls acquêts de l'intimé étaient constitués du solde d'un compte auprès de la Banque Migros à hauteur de 798 fr. 78 mais que ce montant était grevé d'une importante dette fiscale ainsi que d'une dette à l'égard des victimes des agissements illicites de l'intimé. S'agissant du compte personnel UBS de l'intimé, la cour cantonale a relevé qu'il était tombé sous le coup d'une saisie pénale et avait servi à désintéresser les victimes d'actes illicites commis par l'intimé avant l'ouverture de la procédure de divorce. Le compte d'acquêts de l'intimé ne présentait donc aucun bénéfice à partager. Quant aux acquêts de la recourante, l'autorité précédente a constaté qu'elle était titulaire d'un compte Postfinance dont le solde était de 1'346 fr. 30 à la date la plus proche de la dissolution du régime. L'existence de dettes grevant ces acquêts n'avait pas été établie. Les juges précédents ont par conséquent fixé à 673 fr. 15 (1'346 fr. 30 : 2) le montant dû par la recourante à l'intimé à titre de liquidation du régime matrimonial.
La recourante prétend que l'intimé a, dans ses conclusions motivées du 1er décembre 2005, renoncé à exiger le partage des acquêts sauf en ce qui concerne les photos et dessins de l'enfant. Cette affirmation est en contradiction avec les faits de l'arrêt attaqué selon lesquels l'intimé a conclu, sur liquidation du régime matrimonial, au paiement par son épouse d'un montant de 1'223'779 fr. composé de 1'108'779 fr. de biens propres, de 30'000 DM (dont la contre-valeur admise par les parties est de 24'000 fr.), le solde restant, soit 91'000 fr., correspondant à des acquêts, l'intimé ne renonçant au partage de ceux-ci que pour le surplus.
En ce qui concerne le compte personnel UBS, la recourante affirme que les avoirs de ce compte existaient au moment de la dissolution du régime et qu'ils devaient par conséquent faire l'objet d'un partage par moitié. C'est oublier que la cour cantonale a retenu que ces avoirs étaient grevés d'une dette en faveur des victimes des actes illicites du mari. Les dettes découlant d'un acte illicite étant, sous réserve de cas non réalisés en l'espèce, rattachées aux acquêts (Deschenaux/Steinauer/Baddeley, Les effets généraux du mariage, 2000, n° 1219; Hausheer/Aebi-Müller, Commentaire bâlois, 3ème éd., n. 14 ad art. 209; Hausheer/ Reusser/Geiser, Commentaire bernois, n. 28 ad art. 209), il était conforme au droit fédéral de déduire cette dette pour dégager le bénéfice du compte d'acquêts de l'époux (art. 210 al. 1 CC).
8. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours formé par A._ est irrecevable.
2. Le recours formé par dame X._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 30 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant: La Greffière:
Escher Rey-Mermet