Faits:
A. Sur les parcelles n° 2555 et 2556 du registre foncier de Chêne-Bougeries (GE) se trouve une maison d'habitation, sise à cheval sur les deux bien-fonds. C._ occupe avec son époux D._ la partie de la maison sise sur la parcelle n° 2555, dont elle est propriétaire. L'autre partie de la maison - sise sur la parcelle n° 2556 - est occupée par B._, administrateur et actionnaire unique de la société A._, celle-ci étant propriétaire de la parcelle en question. L'accès à la partie de la maison occupée par B._ se fait par une allée sise sur la parcelle no 2557, également propriété de la société susmentionnée. La propriété de C._ est grevée d'une servitude de passage en faveur de cette dernière parcelle.
B. Le 10 septembre 2004, C._ a déposé une demande de permis de construire, en bordure de la parcelle n° 2557, un abri de jardin et un muret d'une hauteur de 1 m et d'une longueur de 10 mètres. Par décision du 10 décembre 2004, le Département cantonal des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le département) a délivré l'autorisation requise, qui n'a fait l'objet d'aucun recours.
En novembre 2005, B._ a informé le département du fait que les travaux réalisés n'étaient pas conformes à l'autorisation de construire. Selon les relevés effectués par un géomètre mandaté par le prénommé, le muret avait une hauteur de 1,10 m et une longueur de 11,70 m et il empiétait sur la servitude de passage inscrite en faveur de la parcelle n° 2557. B._ se plaignait également du fait que le cabanon de jardin était adossé au muret alors qu'il aurait dû s'en écarter de 30 cm selon l'autorisation. Par décision du 13 janvier 2006, le département a ordonné la démolition de la partie du muret qui dépassait la longueur autorisée et la correction de l'implantation du muret et du cabanon, de sorte qu'ils n'empiètent plus sur la servitude.
C. C._ et D._ ont recouru contre cette décision devant la Commission cantonale de recours en matière de constructions, qui a transmis le dossier au Tribunal administratif du canton de Genève comme objet de sa compétence. Le Tribunal administratif a ordonné l'appel en cause de B._ et de sa société A._ et il a procédé à une inspection locale. Il a admis le recours par arrêt du 22 mai 2007, considérant que les conditions n'étaient pas réunies pour ordonner une démolition: l'intérêt public au rétablissement d'une situation conforme au droit ne prédominait pas l'intérêt privé des intéressés à garder leur muret en l'état et rien ne justifiait l'engagement de travaux de démolition coûteux.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B._ et la société A._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, d'ordonner la démolition du muret et le déplacement de la cabane de jardin hors de l'assiette de la servitude, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif afin qu'il procède à une instruction complète des faits, notamment en ce qui concerne le dommage que la démolition causerait aux intimés. Ils se plaignent d'un établissement inexact des faits, d'une violation du principe de la proportionnalité, d'arbitraire et d'un déni de justice formel. Le Tribunal administratif et le département ont renoncé à formuler des observations. C._ et D._ se sont déterminés; ils concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 I 206 consid. 2 p. 210; 132 I 140 consid. 1.1 p. 142; 130 I 312 consid. 1 p. 317 et les arrêts cités).
1.1 Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss de la loi sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110). Aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée.
1.2 Selon l'avis publié le 31 août 2007 dans la feuille d'avis officielle du canton de Genève, les parcelles n° 2556 et 2557 ont été vendues par la société recourante en date du 22 août 2007, soit après le dépôt du recours en matière de droit public. La LTF ne contenant pas de prescriptions réglant le changement de parties, il convient de se référer aux dispositions de la PCF, applicables par analogie (art. 71 LTF). Conformément à l'art. 21 al. 2 PCF, l'aliénation en cours d'instance de l'objet du litige ou la cession du droit litigieux n'influence pas la qualité pour agir ou pour défendre. Il convient donc de poursuivre la procédure au nom de la société recourante, qui conserve sa qualité pour agir découlant de son statut de propriétaire directement touché par la construction litigieuse (cf. arrêt non publié 1C_32/2007 du 18 octobre 2007 consid. 1.1 et les références). Quant à B._, l'arrêt attaqué retient qu'il habitait la partie de la maison sise sur la parcelle n° 2556 et qu'il était administrateur de la société précitée, mais on ignore à quel titre il agit dans la présente procédure et il ne démontre pas avoir un intérêt digne de protection à obtenir l'annulation de la décision querellée. La question peut cependant demeurer indécise, dans la mesure où la société recourante a la qualité pour agir.
1.3 Pour le surplus, interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. Les recourants reprochent au Tribunal administratif d'avoir violé le principe de la proportionnalité en considérant que celui-ci s'opposait à la démolition du muret litigieux. Ils se plaignent à cet égard d'une violation grave du droit fédéral ainsi que d'arbitraire (art. 9 Cst.).
2.1 L'ordre de démolir une construction édifiée sans droit et pour laquelle une autorisation ne pouvait être accordée n'est en soi pas contraire au principe de la proportionnalité. L'autorité renonce à une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (ATF 123 II 248 consid. 3a/bb p. 252; 111 Ib 213 consid. 6b p. 224s.; 102 Ib 64 consid. 4 p. 69). Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17; 131 I 217 consid. 2.1 p. 219; 129 I 173 consid. 3.1 p. 178).
2.2 En l'espèce, il n'est pas contesté que les constructions litigieuses ne respectent pas l'autorisation de construire. Des dépassements de l'ordre de 10 à 15 % ont été constatés aussi bien en ce qui concerne la hauteur (1,10 m au lieu de 1 m) que la longueur du mur (11,70 m au lieu des 10 m autorisés). De plus, le cabanon de jardin n'est pas exactement à l'emplacement prévu et le mur n'est pas implanté conformément à l'autorisation précitée, soit en retrait ou à la limite de l'assiette de la servitude de passage inscrite en faveur du fonds voisin no 2557. Si cette violation de l'autorisation de construire n'apparaît pas en soi comme particulièrement importante, il convient de l'apprécier au regard de l'ensemble des circonstances, en procédant à une pesée des intérêts complète.
2.3 Il y a d'abord lieu de rappeler qu'il existe un intérêt public au respect des décisions de l'autorité, en particulier au respect des autorisations de construire. Cet intérêt public évident - qui est lié à des motifs de sécurité du droit et d'égalité de traitement - implique que la renonciation au rétablissement d'une situation conforme doit demeurer exceptionnelle.
De plus, il n'est pas exclu en l'espèce qu'un intérêt public lié à la sécurité du trafic entre également en considération. En effet, l'assiette de la servitude de passage subissant l'empiétement avait été déterminée pour remédier au danger présenté par le débouché sur le chemin de Fossard. Le département l'a d'ailleurs relevé dans sa détermination du 22 mars 2006 et son représentant l'a rappelé lors de l'inspection des lieux du 2 octobre 2006. Le Tribunal administratif n'a toutefois retenu que l'appréciation émise lors de la même inspection par le représentant de l'office cantonal de la circulation et de la mobilité, selon laquelle "le débouché sur la voie publique est satisfaisant du point de vue de la sécurité". Or, cette déclaration n'est pas dénuée d'équivoque, puisque le représentant se réfère ensuite au croisement des véhicules sur le chemin d'accès et non pas aux problèmes de visibilité que pourrait entraîner le muret litigieux. Il ressort enfin du rapport de géomètre déposé par les recourants que le muret semble restreindre la visibilité à l'approche du chemin de Fossard. Dans ces circonstances, le Tribunal administratif ne pouvait pas conclure sur la seule base de l'inspection locale que le respect de l'autorisation de construire ne répondait pas à un intérêt public lié à la sécurité du trafic. Comme le relèvent à juste titre les recourants, l'arrêt querellé souffre à tout le moins d'un défaut de motivation à cet égard. On ignore en effet pour quelles raisons le Tribunal administratif n'a pas tenu compte du rapport de géomètre et on ne sait pas sur quels éléments cette autorité se fonde concrètement pour exclure tout danger, en dépit des motifs ayant déterminé l'assiette de la servitude et malgré les préoccupations exprimées par le département.
2.4 Compte tenu des intérêts publics susmentionnés, ce n'est que si l'intérêt privé des propriétaires des constructions non conformes était particulièrement atteint que l'on pourrait renoncer à la mise en conformité pour des motifs de proportionnalité. Or, tel ne semble pas être le cas en l'espèce, dès lors qu'il s'agit seulement de déplacer un cabanon de jardin amovible de quelques centimètres et de procéder à la correction d'un muret. S'il est vrai que la démolition d'une partie du muret et sa reconstruction en conformité avec le permis causeront des frais - dont on ignore d'ailleurs le montant - ceux-ci doivent être relativisés au regard notamment de la grande valeur de la propriété des intéressés. De plus, s'il s'avère, comme les intimés l'affirment, que l'erreur est imputable à l'entreprise qu'ils avaient mandatée, il n'est pas exclu qu'ils puissent obtenir une réparation de la part de celle-ci. Quoi qu'il en soit, l'arrêt attaqué souffre également d'un défaut de motivation quant à l'ampleur du préjudice que la mise en conformité causerait aux intimés.
2.5 Dans ces circonstances, il y a lieu de constater que la pesée des intérêts est manifestement lacunaire et par conséquent arbitraire. En effet, sur le vu du dossier, on ne peut pas exclure en l'état que l'intérêt public sous ses divers aspects l'emporte sur l'intérêt privé des intimés. Par ailleurs, dans la mesure où la servitude de passage figure expressément sur les plans autorisés, les constructeurs ne sauraient se prévaloir de leur bonne foi. Il n'est enfin pas contesté que les constructions litigieuses ne peuvent pas être reconnues comme conformes au droit.
En privilégiant sans motif objectif l'intérêt pécuniaire des propriétaires n'ayant pas respecté l'autorisation de construire, l'arrêt attaqué est également arbitraire dans son résultat; il doit par conséquent être annulé. Il y a lieu de renvoyer la cause à l'autorité intimée pour qu'elle procède à une nouvelle pesée des intérêts en se conformant aux exigences de motivation découlant de l'art. 29 al. 2 Cst., le cas échéant en complétant l'état de fait ou en ordonnant des mesures d'instruction supplémentaires si elle l'estime nécessaire.
3. Il s'ensuit que le recours en matière de droit public doit être admis et l'arrêt attaqué annulé, la cause étant renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les intimés, qui succombent, doivent supporter les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF). Ils verseront en outre une indemnité à titre de dépens aux recourants, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis; l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève, pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge des intimés.
3. Une indemnité globale de 2000 fr. est allouée aux recourants à titre de dépens, à la charge des intimés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 12 février 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Rittener