Faits:
A. Par arrêt du 18 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a notamment condamné Y._, pour blanchiment d'argent, à une peine privative de liberté de 405 jours, avec sursis pendant trois ans, à une peine pécuniaire ferme de 45 jours-amende au montant de 400 fr. par jour et au paiement des frais de la cause à hauteur de 59'073 fr.
Cette condamnation repose, en résumé et pour l'essentiel, sur les éléments suivants.
A.a En 1999, le gouvernement de l'Etat de Rio de Janeiro a constitué une nouvelle entité de contrôle fiscal des grandes sociétés implantées dans l'Etat, soit l'Inspectorat des grands contribuables, qui était dirigé par A._ et chargé du redressement fiscal desdites entreprises, comprenant tant l'encaissement des impôts soustraits que les amendes y relatives. Cette structure rapportait plus de 80 % de la recette fiscale de l'Etat précité.
Les agents de cette structure ont rapidement mis en place un système pour obtenir des sociétés inspectées qu'elles versassent des pots-de-vin en échange d'arrangements sur les amendes et redressements à encaisser par l'administration. En bref, ils désignaient un inspecteur qui se rendait dans les locaux de l'entreprise et lui demandait de produire divers documents à bref délai, sous peine d'amende. La brièveté du délai imparti avait pour but et conséquence de mettre l'entreprise dans l'impossibilité de l'observer, ce qui entraînait une série d'amendes et, avec la mise sous pression de la société, créait les conditions utiles au chantage. Apparaissait alors un intermédiaire étranger à l'administration fiscale, venant proposer à la société un accord de clôture d'inspection et/ou de remise finale d'amende contre paiement d'un pot-de-vin. Par l'acceptation de cet accord, l'entreprise voyait l'inspection clôturée, ce qui lui permettait, d'une part, d'éviter de payer de nouvelles amendes et, d'autre part, d'échapper à un redressement fiscal plus important.
Par arrêt du 19 septembre 2007, le Tribunal régional fédéral de la 2ème région, statuant en appel, a confirmé la condamnation des trois agents fiscaux A._, B._ et C._, pour corruption passive notamment.
A.b A._, B._ et C._ ont transféré, par le biais des services d'un changeur, l'argent issu du système de corruption exposé ci-dessus sur des comptes ouverts auprès de la banque D._, dont le siège était à Genève et qui disposait de succursales à Zurich et Lugano.
Cette banque a été dissoute sans liquidation le 26 juin 2002, la banque E._ en ayant repris l'actif et le passif. Elle comprenait un Conseil d'administration et son Comité du Conseil, un Comité de Direction générale, un Comité de Direction locale pour chacune des succursales, un Comité de conformité, un organe de révision interne, des services juridiques et de compliance auprès du siège comme des succursales, ainsi que des chefs de groupe, des gestionnaires et des assistants gestionnaires. La banque D._ agissait également par ses Bureaux de représentation à l'étranger, fonctionnant notamment comme pourvoyeurs d'affaires.
A.c Y._ était chef du service juridique de la banque D._. En cette qualité, il était membre du Comité de conformité et secrétaire du Comité de Direction générale. En tant que membre du Comité de conformité, en vertu des Directives internes relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux du 29 juin 1998, il avait notamment pour mission d'informer le Comité de Direction générale des cas qui devraient ou pourraient faire l'objet d'une communication au Bureau de communication et/ou à l'autorité pénale et/ou à la CFB. Le règlement interne du Comité de conformité précisait que cette information à la Direction générale des cas susceptibles de faire l'objet d'une communication aux autorités pénales devait être faite sans délai.
Lors de la séance du Comité de conformité du 29 septembre 1998, une liste des comptes changeurs ouverts par la succursale de Zurich depuis 1992 a été soumise aux membres. Après discussion, il a été décidé de transmettre le dossier à la Direction générale pour décision au sujet de la politique en la matière sachant que l'existence de ces comptes était interdite par la CFB et pouvait poser un problème de blanchiment. Y._ était responsable de cette question.
Par courrier électronique du 30 mai 2000, G._ a attiré l'attention du Comité de Direction locale, dont il était secrétaire, sur le fait que A._ était mentionné comme auditeur fiscal pour deux comptes et vendeur de machines agricoles pour un troisième. La question de la possibilité de l'exercice d'une activité accessoire pour un agent public PEP était ainsi posée. De même, l'existence de transferts internes exécutés en faveur d'autres fonctionnaires fiscaux et l'importance des avoirs en compte étaient également relevées. Le 26 juin 2000, G._ a envoyé une copie du courrier précité à N._, responsable de l'organe de révision interne, qui l'a ensuite transmis au Comité de conformité.
Le 5 juillet 2000, O._ a transmis à Y._, pour le Comité de conformité, le mémo de P._ et Q._ du 4 juillet 2000, par lequel ceux-ci confirmaient à F._ qu'ils connaissaient très bien, depuis de nombreuses années, A._, lequel avait une bonne situation familiale et vivait avec sa femme et ses enfants. Ils précisaient que le client travaillait toujours comme auditeur fiscal et, en sus (il était autorisé à exercer une seconde profession), comme vendeur à son compte, agissant en qualité d'intermédiaire entre des industries de machines agricoles et des acheteurs à l'extérieur du pays. Les fonds entrant sur ses comptes étaient les commissions qu'il percevait sur ces transactions.
Lors de sa séance du 4 août 2000, le Comité de conformité a demandé à X._ d'enquêter sur la compatibilité des activités de A._ et le maintien de ses comptes auprès de la banque D._. Plus d'une année plus tard, soit lors de sa séance du 28 septembre 2001, le Comité est revenu sur la mission confiée à X._. Il s'est référé au courrier électronique de F._ du 10 juillet 2001, dans lequel celui-ci décrivait le profil du client précité. Il a constaté que les informations recueillies ne permettaient pas de se prononcer valablement sur la provenance et l'arrière-plan économique des transactions figurant sur ces comptes. Il a décidé qu'une analyse plus approfondie devait par conséquent être faite par la succursale de Zurich. Le patrimoine du client déposé sur ses deux comptes atteignait 12'200'000 USD et 1'100'000 USD.
Le 10 juin 2002, G._ et L._ ont adressé un procès-verbal au Comité de conformité notamment. Ils y rappelaient les éléments essentiels relatifs à deux comptes. Le premier de ceux-ci avait été ouvert en 1998. Son bénéficiaire économique, A._, était employé au service des impôts de la région de Rio de Janeiro et le total des entrées de fonds depuis l'ouverture jusqu'à ce jour était d'environ 17'000'000 USD contre 1'000'000 USD de sorties. Lors d'un voyage au Brésil au mois de juin de l'année précédente, F._ avait eu l'occasion de rencontrer ce client qui lui avait donné des explications sur les transactions enregistrées sur ce compte, informations sur la base desquelles il avait écrit un rapport. Cependant, les importantes entrées de fonds reçues depuis le début 2002 ne correspondaient pas à ce qui avait été discuté avec le client. Ainsi, le montant attendu des entrées devait s'élever à environ 50'000 USD par mois. Or, les contrôles avaient permis de constater que les montants reçus via leur changeur étaient bien plus importants (soit environ 440'000 USD par mois). En ce qui concernait le second compte, le bénéficiaire en était également un fonctionnaire travaillant pour les impôts et totalisait des entrées de fonds, depuis son ouverture en 1999, de 8'300'000 USD contre environ 20'000 USD de sorties de fonds.
Le 18 juin 2002, G._ a soumis le courrier de F._ du 3 juin 2002 à Y._, J._ et M._. F._ y indiquait notamment que Q._ lui avait encore confirmé les activités de A._ telles que décrites dans le mémo du 10 juillet 2001, que le volume des entrées de cette année était effectivement supérieur au cadre initial de 50'000 USD, que l'explication en était que le client travaillait pour une des plus grandes banques d'investissement ainsi que pour le plus grand groupe de boissons brésilien et percevait des honoraires de conseil pour ces activités.
B. Y._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il a conclu à sa libération des fins de la poursuite pénale et à son acquittement de l'infraction de blanchiment d'argent. Subsidiairement, il a demandé le renvoi de la cause à l'autorité de première instance.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié par les moyens invoqués. Il n'examine cependant pas toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, mais uniquement celles qui sont soulevées devant lui (ATF 133 III 545 consid. 2.2). Pour les griefs de violation des droits constitutionnels, les exigences de motivation sont accrues. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, ceux-ci ne peuvent être examinés que s'ils sont invoqués et motivés par le recourant. Pour de tels griefs, l'exigence de motivation correspond à celle qui résultait de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (ATF 133 III 393 consid. 6).
2. Se prévalant notamment des art. 34 PPF et 6 par. 1 CEDH, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral d'avoir admis la constitution de partie civile de la République fédérative du Brésil.
2.1 Invoquant une violation de son droit d'être entendu, il reproche tout d'abord à l'autorité précédente de ne pas avoir motivé sa décision sur cette question.
Cette critique est vaine. Il résulte en effet de la page 75 de l'arrêt entrepris, que la Cour des affaires pénales a, par décision du 17 juillet 2008, admis la République fédérale du Brésil en qualité de partie civile, au motif qu'il ne pouvait être exclu qu'elle eut été effectivement lésée dans ses intérêts patrimoniaux par le crime préalable de corruption. Elle a toutefois décidé de ne statuer, dans la présente procédure, que sur le principe de l'action civile et de renvoyer la lésée devant les tribunaux civils pour le reste en application de l'art. 210 al. 2 PPF, le jugement des prétentions civiles exigeant un travail disproportionné.
2.2 Le recourant conteste ensuite la qualité de partie civile de la République fédérative du Brésil. Il estime que cet Etat ne peut être lésé dès lors que le crime préalable de corruption vise la protection d'un intérêt collectif et qu'il n'est pas atteint immédiatement et personnellement dans ses droits protégés par la loi. Il précise également que les infractions commises en amont ne concernent que des agents de Rio de Janeiro et non pas de l'Etat fédéral.
2.2.1 L'art. 34 PPF prévoit qu'aux termes de la présente loi, sont considérés comme parties l'inculpé, le procureur général et tout lésé qui se constitue partie civile.
Par lésé, il faut entendre la personne qui prétend être atteinte, immédiatement et personnellement, dans ses droits protégés par la loi, par la commission d'une infraction (ATF 126 IV 42 consid. 2a p. 43-44; 117 Ia 135 consid. 2a p. 136). Ainsi, en cas de délits contre des particuliers, le lésé est le titulaire du bien juridique protégé. Lorsque l'infraction protège en première ligne l'intérêt collectif, les particuliers ne sont considérés comme lésés que si leurs intérêts privés ont été effectivement touchés par les actes en cause, de sorte que leur dommage apparaît comme la conséquence directe de l'acte dénoncé (ATF 129 IV 95 consid. 3.1 p. 99; 123 IV 184 consid. 1c p. 188; 120 Ia 220 consid. 3).
Le Tribunal fédéral a admis que les actes de blanchiment punissables au sens de l'art. 305bis CP pouvaient fonder une responsabilité civile de l'auteur à l'égard de la personne lésée par l'infraction principale, dont le produit avait été blanchi (cf. ATF 129 IV 322 consid. 2 p. 323 ss).
2.2.2 En l'espèce, les actes de blanchiment ont porté sur des sommes issues d'opérations de corruption par des agents du fisc de l'Etat de Rio de Janeiro (cf. supra consid. A.a). Selon les faits retenus, l'intégralité des fonds déposés sur les comptes en Suisse par trois de ces agents, à savoir A._, B._ et C._, provient de cette corruption, puisqu'obtenue sous forme de pots-de-vin versés par des entreprises inspectées aux fonctionnaires précités en échange de la clôture de l'inspection et de rabais sur les montants effectivement dus à l'Etat par ces contribuables. Ainsi, par le système mis en place par ses propres employés, l'Etat a manifestement subi un dommage dans la mesure où ces derniers ont détourné des rentrées fiscales qui devaient en réalité lui revenir. Par ailleurs, de manière générale, la corruption d'agents publics pervertit le processus de décisions au sein de l'administration, dessert l'intérêt public et affaiblit l'Etat.
Au regard de ces éléments, on peut admettre que, dans le cas particulier, l'Etat a été lésé. Le grief doit donc être rejeté.
2.3 Se prévalant des art. 18, 34 et 132 de la Constitution brésilienne, le recourant relève que les infractions commises en amont ne concernent que les agents de l'Etat de Rio de Janeiro, qui est une entité autonome, et que la République fédérative du Brésil ne peut, sauf exceptions non réalisées dans le cas d'espèce, intervenir dans les affaires des Etats confédérés.
2.3.1 Le recours en matière pénale ne peut être formé que pour violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, à savoir pour violation du droit fédéral (let. a), du droit international (let. b), des droits constitutionnels cantonaux (let. c ), de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires (let. d) et du droit intercantonal (let. e). Cette disposition, conformément à son intitulé, vise uniquement le droit suisse à l'exclusion du droit étranger (FF 2001 p. 4132 ss; NIKLAUS SCHMID, Die Strafrechtsbeschwerde nach dem Bundesgesetz über das Bundesgericht, in RPS 124 p. 188 s; YVAN JEANNERET/ROBERT ROTH, Le recours en matière pénale, Les recours au Tribunal fédéral, p. 123). L'art. 96 LTF prévoit les exceptions où le droit étranger peut faire l'objet d'un recours, à savoir en cas d'inapplication du droit étranger désigné par le droit international privé (let. a) et en cas d'application erronée du droit étranger désigné par le droit international privé suisse, pour autant qu'il s'agisse d'une affaire non pécuniaire (let. b).
2.3.2 En l'occurrence, le recourant se plaint d'une application erronée du droit étranger dans le cadre d'une affaire pécuniaire (sur cette notion: cf. ATF 108 II 77 et 126 III 198), dès lors que la République fédérative du Brésil s'est constituée partie civile pour faire valoir des dommages-intérêts dans le cadre de la procédure pénale. Au regard des dispositions précitées, la critique est irrecevable.
3. Invoquant une violation du droit à l'administration des preuves et à un procès équitable au sens de l'art. 6 par. 3 let. d CEDH, le recourant se plaint de ne pas avoir été confronté à divers témoins.
3.1 Le droit d'être entendu comporte notamment le droit à l'administration de preuves valablement offertes. Il n'y a toutefois pas violation de ce droit, lorsque la mesure probatoire refusée est inapte à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont elle dispose déjà, l'autorité parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148).
3.2 Le recourant se plaint tout d'abord de ne pas avoir été confronté à P._ et Q._. Il relève que l'audition de ces témoins devait porter sur les informations reçues des clients à Rio et sur les communications faites aux gestionnaires de la banque à Zurich. Il souligne que le Comité de conformité a été trompé par P._ et qu'il n'avait aucun élément pour douter de la probité des responsables dudit bureau.
3.2.1 La Cour des affaires pénales n'a pas ignoré le rôle des agents du bureau de Rio de Janeiro, constatant que ceux-ci constituaient, pour les gestionnaires, la seule source d'information sur le profil des clients brésiliens. Elle a également mentionné le contenu des informations qui étaient transmises depuis le Brésil à la banque D._ au sujet des comptes des fiscalistes brésiliens (cf. arrêt p. 32 à 40). Dans ces conditions, elle pouvait, sans violation du droit d'être entendu du recourant, renoncer à l'audition des témoins susmentionnés, dès lors que les déclarations de ces derniers devaient porter, pour l'essentiel, sur des faits déjà établis.
3.2.2 La Cour des affaires pénales a également constaté, sans que l'arbitraire ne soit allégué ni démontré à ce propos, que les renseignements obtenus au sujet des comptes de A._ étaient clairement insuffisants, que celui-ci n'avait jamais été interrogé sur l'origine, la progression et l'importance de ses avoirs en compte, alors que les indices étaient suffisants pour soupçonner un cas de corruption et, enfin, que les divers responsables de la banque D._ ne pouvaient plus se contenter des quelques explications qui leur étaient transmises depuis le bureau de Rio de Janeiro. On ne voit pas en quoi les auditions sollicitées auraient été susceptibles de modifier les constatations précitées et le recourant ne l'explique pas davantage. Dans cette mesure, sa critique est irrecevable.
Par ailleurs, on ne discerne aucun arbitraire dans l'appréciation du Tribunal pénal fédéral. En effet, les réponses obtenues depuis le bureau au Brésil n'étaient pas seulement insuffisantes, mais également peu crédibles, voire invraisemblables. D'une part, elles n'étaient jamais documentées, ce contrairement au prescrit de la loi (cf. art. 7 al. 1 LBA); d'autre part, elles n'étaient pas significatives quant à la provenance des fonds et comportaient des contradictions évidentes (cf. arrêt p. 37 et 38). Enfin, au vu du déroulement des événements, les banquiers responsables en Suisse n'ont eux-mêmes jamais été convaincus par les informations reçues depuis Rio, dès lors qu'ils ont chargé successivement plusieurs personnes de se renseigner à ce sujet, ce qui atteste manifestement de l'insuffisance des informations reçues et des doutes persistants en relation avec l'origine des avoirs des agents fiscaux.
Sur le vu de ce qui précède, le grief doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
3.3 Le recourant se plaint ensuite de ne pas avoir été confronté à I._, directeur général de la banque. Il soutient que ce dernier connaissait l'existence des clients brésiliens.
La Cour des affaires pénales a retenu que les arguments développés par le recourant, qui soutenait que la Direction générale était informée de l'existence de ces cas problématiques et que ceux-ci avaient été discutés sans que cela ne fût porté au procès-verbal, ne résistaient pas à l'examen des pièces du dossier. Elle a relevé, en se fondant sur différents procès-verbaux des séances du Comité de conformité et du Comité de Direction générale, que, dans un autre cas suspect, la question avait été évoquée lors de la séance du Comité de conformité et qu'il avait été décidé d'exposer le cas lors du prochain Comité de Direction générale pour décision sur l'option à prendre. Trois jours plus tard, le Comité en question décidait de dénoncer la relation d'affaires, ce qui, selon la Cour, démontrait que les cas suspects étaient traités par la Direction générale lorsqu'ils lui étaient soumis.
Le recourant n'allègue ni ne démontre aucun arbitraire dans l'appréciation précitée. Il se contente d'affirmer que les déclarations de I._, devant le Juge d'instruction, étaient lacunaires et contradictoires et méritaient un débat contradictoire sur les informations qui avaient été rapportées à la Direction générale. Il ne démontre pas en quoi, au vu des éléments exposés ci-dessus, l'autorité précédente ne pouvait retenir que la Direction générale n'était pas informée du cas des agents brésiliens et ainsi renoncer à l'administration de la preuve sollicitée. La critique est insuffisamment motivée et, par conséquent, irrecevable (cf. supra consid. 1).
4. Invoquant les art. 29 al. 2 Cst. et 179 al. 2 PPF, le recourant se plaint d'une motivation insuffisante quant à l'aspect subjectif de l'infraction retenue. Il soutient que l'état de fait est lacunaire sur l'examen de sa conscience et de sa volonté à commettre l'infraction de blanchiment.
4.1 Le droit d'être entendu déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. implique que l'autorité motive sa décision, afin que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu. Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige et expose les motifs qui fondent son prononcé, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient. Elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540).
Aux termes de l'art. 179 al. 2 ch. 1 PPF, le jugement de condamnation énonce les faits reconnus constants (let. a), ceux de ces faits qui constituent les éléments de l'infraction (let. b), les circonstances qui déterminent la mesure de la peine (let. c), les dispositions de la loi qui sont appliquées (let. d) et le dispositif (let. e).
4.2 La Cour des affaires pénales a retenu que, dès le 5 juillet 2000, le recourant était informé de l'activité accessoire de A._, raison pour laquelle le cas avait été mis à l'ordre du jour de la séance du Comité de conformité du 4 août suivant. Elle a relevé que, plus d'une année après, l'intéressé avait pu constater que rien n'avait été fait, que le client précité avait indiqué être conseiller fiscal pour de grandes entreprises, parallèlement à sa fonction publique de chef des impôts de l'Etat de Rio de Janeiro et que son patrimoine était supérieur à treize millions de dollars. Elle a précisé que, malgré ces informations alarmantes, le recourant n'avait jamais communiqué ce cas, alors même que, sur la base de ces indications (double activité fonctionnaire fiscal/conseiller fiscal pour des entreprises privées et montant du patrimoine), il avait eu des soupçons quant à un problème de corruption. Elle a admis que le recourant devait nourrir des soupçons particuliers et était en possession des informations nécessaires pour aviser la Direction générale. Ce faisant, le Tribunal pénal fédéral a exposé les éléments retenus pour assoir sa conviction quant à la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction retenue. Le grief doit par conséquent être écarté.
5. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits ainsi qu'une violation des art. 12 al. 2 et 305bis ch. 1 CP, le recourant conteste la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction de blanchiment.
5.1 L'infraction de blanchiment est intentionnelle, le dol éventuel étant suffisant. L'auteur doit vouloir ou accepter que le comportement qu'il choisit d'adopter soit propre à provoquer l'entrave prohibée. Au moment d'agir, il doit s'accommoder d'une réalisation possible des éléments constitutifs de l'infraction. L'auteur doit également savoir ou présumer que la valeur patrimoniale provenait d'un crime; à cet égard, il suffit qu'il ait connaissance de circonstances faisant naître le soupçon pressant de faits constituant légalement un crime et qu'il s'accommode de l'éventualité que ces faits se soient produits (ATF 122 IV 211 consid. 2e p. 217; 119 IV 242 consid. 2b p. 247).
5.1.1 Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat illicite, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait. Il s'agit d'une forme d'intention, qui se distingue de la négligence consciente sur le plan volitif, non pas cognitif. Dans les deux cas, l'auteur est conscient que le résultat illicite pourrait se produire, mais, alors que celui qui agit par négligence consciente escompte qu'il ne se produira pas, celui qui agit par dol éventuel l'accepte pour le cas où il se produirait (ATF 125 IV 242 consid. 3c p. 251). Parmi les éléments extérieurs permettant de conclure que l'auteur s'est accommodé du résultat dommageable pour le cas où il se produirait figurent notamment la probabilité (connue par l'auteur) de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont grandes, plus sera fondée la conclusion que l'auteur, malgré d'éventuelles dénégations, avait accepté l'éventualité de la réalisation du résultat dommageable. Peuvent également constituer des éléments extérieurs révélateurs les mobiles de l'auteur et la manière dont il a agi (ATF 125 IV 242 consid. 3c in fine p. 252).
5.1.2 Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits (ATF 135 IV 152 consid. 2.3.2 p. 156), que le Tribunal fédéral ne peut réexaminer que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (art. 97 al. 1 LTF), à savoir d'arbitraire (ATF 134 IV 36 consid. 1.4.1 p. 39).
Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient au recourant de démontrer (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
5.2 Le recourant reproche à la Cour des affaires pénales d'avoir méconnu les éléments probants concernant notamment la surveillance des comptes et la procédure de clarification, l'organisation déficiente de la banque, son professionnalisme, l'absence de mobiles et les mensonges des responsables du Bureau de Rio de Janeiro. Il estime que ces éléments ne permettent pas de retenir à sa charge la commission d'une infraction de blanchiment par dol direct ou éventuel.
5.2.1 S'agissant de la surveillance des comptes et la procédure de clarification, le recourant explique, en bref, que le Comité de conformité a été dûment saisi le 26 juin 2000, qu'il a alors procédé aux clarifications habituelles sans toutefois nourrir de soupçons quant à l'origine criminelle des avoirs de A._, qu'il a obtenu, le 10 juillet 2001, de F._, un rapport réconfortant, mais nécessitant toutefois des investigations complémentaires qui ont été ordonnées et que les soupçons de corruption n'ont finalement été fondés qu'à la suite des aveux de P._, qui, le 2 juillet 2002, a reconnu que l'argent des clients brésiliens provenait de la corruption. En relation avec l'organisation déficiente de la banque D._, le recourant relève que la mauvaise organisation de la banque, les difficultés de communication, la surcharge de travail de chaque département, la fusion ainsi que ses obligations à la succursale de Lugano ont altéré sa capacité de réaction dans le traitement du dossier de A._. Concernant son professionnalisme, l'intéressé affirme qu'il avait mis en place une documentation complète en matière de lutte contre le blanchiment d'argent, qu'il instruisait régulièrement les gestionnaires sur l'exécution de ces mesures et qu'il était très rigoureux dans l'application des directives et compétent dans son domaine.
L'ensemble de cette argumentation se réduit en réalité à une simple contestation des faits, fondée sur une rediscussion purement appellatoire de l'appréciation des preuves. Le recourant n'établit nulle part, pièces à l'appui, que la Cour des affaires pénales aurait interprété de manière absolument indéfendable les éléments sur lesquels elle s'est basée pour conclure à la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction de blanchiment. En particulier, il ne s'en prend pas à ses propres déclarations selon lesquelles il aurait eu des soupçons quant à un problème de corruption sur la base de l'information relative à la double activité de fonctionnaire fiscal et de conseiller pour des entreprises privées figurant dans le message de F._ du 10 juillet 2001 (cf. arrêt p. 101 et 102). Il ne conteste pas davantage que l'importance des sommes déposées sur les comptes de A._ et l'absence d'explications plausibles à ce sujet devaient faire naître des soupçons quant à la provenance de cet argent. Nier simplement les faits en relation avec l'aspect subjectif de l'infraction retenue en procédant à sa propre appréciation des preuves ne suffit pas à faire admettre l'arbitraire allégué. Le moyen est par conséquent irrecevable, faute de motivation qui satisfasse aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 1 et 5.1.2).
5.2.2 Par ailleurs, sur la base des faits pertinents qu'elle a tenus pour établis au terme de son appréciation des preuves (cf. supra consid. A.c et 4.2), la Cour des affaires pénales n'a pas violé le droit fédéral en admettant que le recourant s'était rendu coupable de blanchiment d'argent par omission. En effet, les indices disponibles étaient suffisants pour que le recourant dût avoir des doutes quant à la provenance criminelle des fonds de A._. D'une part, ce dernier, agent du fisc, exerçait une activité accessoire, qui lui offrait des entrées considérables pour les fonctions alléguées. D'autre part, les informations en rapport avec les diverses activités annoncées étaient contradictoires. De plus, le recourant a confirmé avoir eu des soupçons. Pour le reste, les arguments avancés par l'intéressé ne sont pas de nature à modifier cette appréciation. En particulier, il ne saurait se prévaloir d'une procédure de clarification qui aurait perduré. En effet, à teneur du règlement interne du Comité de conformité du 28 avril 1992, celui-ci devait informer, sans délai, la Direction générale des cas susceptibles de faire l'objet d'une communication aux autorités pénales. Ainsi, en restant passif malgré les indices évidents de corruption, le recourant s'est bel et bien accommodé d'une réalisation possible des éléments objectifs constitutifs de l'infraction de blanchiment. Le grief est donc infondé.
6. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 3 novembre 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge Présidant: La Greffière:
Schneider Bendani