Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte Y._ am 22. September 2011 zweitinstanzlich wegen mehrfacher Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung und mehrfacher ungetreuer Geschäftsbesorgung. Zugleich sprach es sie in Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils von der Anklage der ungetreuen Geschäftsbesorgung in einem Punkt (im Zusammenhang mit dem Verkauf von drei Grundstücken) frei. Weiter stellte das Obergericht fest, dass das Urteil des Wirtschaftsstrafgerichts des Kantons Bern vom 27. August 2010 in Rechtskraft erwachsen war, soweit dem Strafverfahren wegen Gläubigerbevorzugung keine weitere Folge gegeben, Y._ in einzelnen Punkten vom Vorwurf der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung, der ungetreuen Geschäftsbesorgung und der mehrfachen Urkundenfälschung freigesprochen und die Zivilklage der X._ AG zurückgewiesen wurde. Das Obergericht verurteilte Y._ zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 20 Monaten bei einer Probezeit von drei Jahren. Schliesslich verfügte es die Löschung der im Grundbuch eingetragenen Verfügungsbeschränkungen betreffend drei Grundstücke.
B. Die X._ AG führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, Ziffer II des Urteilsdispositivs des Obergerichts sei aufzuheben, und Y._ sei im Zusammenhang mit dem Verkauf von drei Grundstücken der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig zu sprechen. Die Grundstücke seien einzuziehen und ihr herauszugeben. Eventualiter sei Ziffer II des vorinstanzlichen Urteilsdispositivs aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht die X._ AG um aufschiebende Wirkung. Diese wurde am 16. Dezember 2011 superprovisorisch erteilt.
Erwägungen:
1. 1.1 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Da der angefochtene Entscheid nach dem 31. Dezember 2010 datiert, beurteilt sich die Frage des rechtlich geschützten Interesses nach der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Fassung von Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG (Art. 132 Abs. 1 BGG). Danach wird der Privatklägerschaft ein rechtlich geschütztes Interesse zuerkannt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Dies setzt im Falle eines Freispruchs grundsätzlich voraus, dass der Privatkläger, soweit zumutbar, seine Zivilansprüche aus strafbarer Handlung im Strafverfahren geltend gemacht hat (BGE 137 IV 246 E. 1.3.1 S. 247 f. mit Hinweisen).
1.2 Die Beschwerdeführerin hat am kantonalen Verfahren als Privatklägerin teilgenommen und gegenüber Y._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin 2) Zivilansprüche geltend gemacht. Gegenstand der Anklage ist unter anderem ein von der Beschwerdegegnerin 2 getätigtes Grundstückgeschäft. Die Beschwerdeführerin leitet ihre Forderung insbesondere aus der Differenz zwischen Kaufpreis und Wert der veräusserten Grundstücke sowie aus entgangenem Gewinn ab (erstinstanzlicher Entscheid S. 149 ff.). Dies ist für die Bejahung der Legitimation nach Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG hinreichend. Auf ihre Beschwerde kann daher eingetreten werden.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (BGE 137 III 226 E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen; vgl. zum Begriff der Willkür BGE 138 I 49 E. 7.1 S. 51; 136 III 552 E. 4.2 S. 560; je mit Hinweisen). Eine entsprechende Rüge muss klar und substanziiert begründet werden (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 137 IV 1 E. 4.2.3 S. 5; 136 I 65 E. 1.3.1 S. 68; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss mithin detailliert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteil 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 134 III 570; Urteil 4A_140/2012 vom 25. April 2012 E. 2.3; je mit Hinweisen).
3. 3.1 Gegen die Beschwerdegegnerin 2 war unter anderem der Vorwurf der ungetreuen Geschäftsbesorgung im Zusammenhang mit dem Verkauf von drei Liegenschaften in der Gemeinde D._ (BE) erhoben worden (vgl. Antrag des kantonalen Untersuchungsrichteramts vom 4. Dezember 2008 / 15. Juli 2009 [nachfolgend: Überweisungsbeschluss], Ziffer 2.2.3, vorinstanzliche Akten pag. 01 06 0002 ff.). Die Vorinstanz, welche die Beschwerdegegnerin 2 in Bestätigung des Urteils des Wirtschaftsstrafgerichts des Kantons Bern freispricht, geht zusammengefasst und unter Hinweis auf die erstinstanzlichen Erwägungen von folgendem Sachverhalt aus.
3.1.1 Die Beschwerdegegnerin 2 war im Juni 2008 alleinzeichnungsberechtigte Verwaltungsratspräsidentin der Beschwerdeführerin. Sie war im Rahmen einer paulianischen Anfechtungsklage der Konkursmasse der A._ AG erstinstanzlich verurteilt worden, die Aktien der Beschwerdeführerin herauszugeben und deren Verwertung zu dulden. Nach erfolgter Appellation war die obergerichtliche Verhandlung am 25. Juni 2008 angesetzt. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte gleichentags das erstinstanzliche Urteil.
Die Beschwerdeführerin war Eigentümerin von vier Grundstücken (Grundbuch D._, Grundbuchblatt Nr. x, xx, xxx und xxxx [nachfolgend: Grundstück Nr. x etc.]) in E._ bei D._ (BE). Am 24. Juni 2008 schloss sie, vertreten durch die Beschwerdegegnerin 2, mit der Z._ AG einen Kaufvertrag über die Grundstücke Nr. x, xx und xxx ab. Der Kaufpreis wurde auf Fr. 9 Mio. festgesetzt. Die Tilgung der Kaufpreissumme erfolgte durch die Übernahme der Hypothek von Fr. 4.57 Mio., die Überweisung von Fr. 1.43 Mio. und ein von der Beschwerdeführerin an die Käuferin gewährtes Darlehen in der Höhe von Fr. 3 Mio.
Vom Betrag in der Höhe von Fr. 1.43 Mio. wurden Fr. 1.1 Mio. auf ein Geschäftskonto der Beschwerdeführerin überwiesen. Diese Summe liess die Beschwerdegegnerin 2 auf ein auf ihren Namen lautendes Konto übertragen. Diesbezüglich wurde sie durch die Vorinstanz (rechtskräftig) der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig gesprochen.
3.1.2 Zum Verkehrswert der an die Z._ AG verkauften Grundstücke verweist die Vorinstanz auf ein gerichtliches Gutachten von F._ vom 29. Mai 2007. Diese Expertise wurde im Rahmen des obgenannten Anfechtungsprozesses erstellt. Das Gerichtsgutachten schätzt (bei den überbauten Grundstücken gestützt auf den Nettoertrag und mittels Barwertmethode) den Verkehrswert per Juni 2003 auf Fr. 10.42 Mio. Ausgehend von einem Schätzfehler von 10 - 11 % und einer Altersentwertung respektive technischen Entwertung ab dem Jahre 2003 bis 2008 in der Höhe von rund Fr. 1.441 Mio. gelangt die Vorinstanz zum Schluss, dass der Verkehrswert der Grundstücke im Zeitpunkt des Verkaufs (gerundet) Fr. 8 Mio. betrug. Zudem würdigt die Vorinstanz drei weitere Privatgutachten aus den Jahren 2003 und 2010. Sie zeigt auf, dass die von der Z._ AG in Auftrag gegebene Expertise von B._ (erstellt per Juni 2008) nach Abzug des Schätzfehlers einen Verkehrswert von Fr. 8'592'060.-- bis Fr. 8'688'600.-- ergibt. Unter Hinweis auf das im Auftrag der Beschwerdeführerin (per Februar 2003) erstellte Privatgutachten von C._ legt die Vorinstanz schliesslich dar, dass der Verkehrswert nach Abzug des Schätzfehlers und vor dem Abzug für die Entwertung auf Fr. 9'006'800.-- bis Fr. 9'108'000.-- festzusetzen ist. Sie schliesst aus, dass der Verkehrswert der veräusserten Liegenschaften mehr als Fr. 9 Mio. betragen hat respektive die Liegenschaften unter Wert verkauft wurden. Zudem ist nach dem vorinstanzlichen Beweisergebnis nicht erstellt, dass die Beschwerdegegnerin 2 im Zeitpunkt des Verkaufs von einem deutlich höheren Wert der Immobilien als dem vereinbarten Verkaufspreis von Fr. 9 Mio. ausging (vorinstanzlicher Entscheid S. 58 ff.).
3.2 Der von der Vorinstanz festgestellte Verkehrswert der Grundstücke Nr. x, xx und xxx von (gerundet) Fr. 8 Mio. respektive von Fr. 9 Mio. nicht übersteigend ist grundsätzlich für das Bundesgericht verbindlich (E. 2 hievor). Eine im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG von Amtes wegen zu berücksichtigende offenkundige Ungenauigkeit (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255) liegt in der Berechnung der technischen Entwertung durch die Vorinstanz (vgl. dazu Gutachten von F._, Beilagen 12 - 17). Die Vorinstanz verweist auf die Entwertung von 2003 bis 2008, berechnet aber gestützt auf das Gerichtsgutachten die Entwertung innerhalb der ersten fünf Jahre ab Baujahr respektive Beginn des Erneuerungszyklus (beispielsweise für die Halle 5 auf dem Grundstück Nr. x von 1981 bis 1986), anstatt die (infolge Progression höhere) Entwertung ab 2003 bis zum Verkauf im Jahre 2008 in Abzug zu bringen. Diese beträgt für die Halle 5 ausgehend vom Gerichtsgutachten mehr als das 2 1/2-Fache der vorinstanzlich festgestellten Entwertung. Da aber der Verkehrswert der Parzellen laut vorinstanzlichen Feststellungen (gerundet) Fr. 8 Mio. beträgt, kann darauf verzichtet werden, auf die Entwertung der einzelnen Hallen auf den Grundstücken Nr. x und Nr. xxx näher einzugehen.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 158 StGB. Sie führt im Wesentlichen aus, die Vorinstanz habe sich bei der Prüfung eines Vermögensschadens allein auf den Verkaufspreis der Grundstücke abgestützt. Ein Vermögensschaden und eine Pflichtverletzung im Sinne von Art. 158 StGB lägen auch vor, wenn durch ein Abschluss von Rechtsgeschäften der Gewinn eines Unternehmens verringert werde.
Im Überweisungsbeschluss werde zutreffend ausgeführt, dass die Liegenschaften in den Jahresrechnungen 2003 - 2007 einen jährlichen Ertrag von Fr. 417'000.-- bis Fr. 707'000.-- generiert hätten. Dies ergebe einen durchschnittlichen Ertrag von Fr. 590'000.-- pro Jahr. Ihr sei nach dem Verkauf der Liegenschaften ein nachgewiesener Reingewinn von mindestens Fr. 500'000.-- entgangen, was in die Berechnung des Vermögensschadens hätte einfliessen müssen. Im krassen Missverhältnis dazu stehe der ihr zukommende Zinsertrag von 2% auf der Darlehenssumme von Fr. 3 Mio.
Die Käuferin der Grundstücke hätte auf dem Kapitalmarkt ein Darlehen über Fr. 3 Mio. zu den vereinbarten Konditionen nicht erhalten. Es bestehe "die abstrakte, wenn nicht gar die reale" Gefahr, dass die Z._ AG nicht in der Lage sein werde, die gesamte Darlehenssumme zurückzubezahlen. Auch darin liege ein Vermögensschaden im Sinne einer Vermögensgefährdung (Beschwerde S. 7 ff.).
4.2 Gemäss Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 StGB wird wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer aufgrund des Gesetzes, eines behördlichen Auftrages oder eines Rechtsgeschäfts damit betraut ist, Vermögen eines andern zu verwalten oder eine solche Vermögensverwaltung zu beaufsichtigen, und dabei unter Verletzung seiner Pflichten bewirkt oder zulässt, dass der andere am Vermögen geschädigt wird. Handelt der Täter in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, so kann gemäss Art. 158 Ziff. 1 Abs. 3 StGB auf Freiheitsstrafe von einem Jahr bis zu fünf Jahren erkannt werden.
Die Tathandlung der ungetreuen Geschäftsbesorgung wird im Gesetz nicht näher umschrieben. Sie besteht nach Lehre und Rechtsprechung in der Verletzung jener spezifischen Pflichten, die den Täter in seiner Stellung als Geschäftsführer generell, aber auch bezüglich spezieller Geschäfte zum Schutz des Auftraggebers bzw. Geschäftsherrn treffen (vgl. BGE 129 IV 124 E. 3.1 S. 125 f.; 123 IV 17 E. 3c S. 22; je mit Hinweisen; STRATENWERTH/JENNY/BOMMER, Schweizerisches Strafrecht, Straftaten gegen Individualinteressen, 7. Aufl. 2010, § 19 N. 11 ff.). Die entsprechenden Pflichten ergeben sich aus dem jeweiligen Grundverhältnis. Aus der gewinnstrebigen Grundstruktur einer Aktiengesellschaft folgt somit etwa die Verpflichtung aller Geschäftsführungsorgane zur Wahrung und Förderung der wirtschaftlichen Interessen der Gesellschaft. Das heisst, dass sie deren Vermögen bestmöglich zu mehren und jede Konkurrenzierung und überhaupt jede Begünstigung eigener Interessen im Verhältnis zur Gesellschaft zu unterlassen haben. Tätigkeiten, die sich im Rahmen einer ordnungsgemässen Geschäftsführung bewegen, sind nicht tatbestandsmässig, auch wenn die geschäftlichen Dispositionen zu einem Verlust führen. Strafbar ist einzig das Eingehen von Risiken, die ein umsichtiger Geschäftsführer in derselben Situation nicht eingehen würde (Urteil 6B_86/2009 vom 29. Oktober 2009 E. 6.3 mit Hinweisen).
Der Tatbestand von Art. 158 Ziff. 1 StGB setzt einen Vermögensschaden voraus. Nach dem wirtschaftlichen Vermögensbegriff umfasst das Vermögen die Summe aller geldwerten Güter (eingehend MARKUS BOOG, Die Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Begriff des Vermögensschadens beim Betrug, 1991, S. 13 ff.). Der juristisch-wirtschaftliche Vermögensbegriff ist enger, wobei Ausgangspunkt stets der wirtschaftliche Wert bildet. Das Vermögen setzt sich danach zusammen aus der Summe der rechtlich geschützten wirtschaftlichen Werte (BGE 126 IV 165 E. 3b S. 174; 122 IV 179 E. 3d S. 183 f.; je mit Hinweisen; STRATENWERTH/JENNY/BOMMER, a.a.O., § 15 N. 40 ff.).
Ein Vermögensschaden ist gegeben bei tatsächlicher Schädigung durch Verminderung der Aktiven, Vermehrung der Passiven, Nichtverminderung der Passiven oder Nichtvermehrung der Aktiven sowie, wenn das Vermögen in einem Masse gefährdet wird, dass es in seinem wirtschaftlichen Wert vermindert ist. Unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten vermindert ist das Vermögen, wenn der Gefährdung im Rahmen einer sorgfältigen Bilanzierung durch Wertberichtigung oder Rückstellung Rechnung getragen werden muss (BGE 129 IV 124 E. 3.1 S. 125 f. mit Hinweisen; MARTIN SCHUBARTH, Vermögensschaden durch Vermögensgefährdung, ZStrR 114/1996 S. 78 f.).
4.3 Das Bundesgericht prüft als Rechtsfrage, ob das Sachgericht dem angefochtenen Urteil einen korrekten Rechtsbegriff des Schadens zu Grunde gelegt und den Schaden nach zutreffenden Rechtsgrundsätzen berechnet hat. Dagegen beschlagen Feststellungen zu Bestand und Umfang eines Schadens grundsätzlich vom kantonalen Gericht abschliessend zu beurteilende Tatfragen (BGE 132 III 359 E. 4 S. 366, 564 E. 6.2 S. 575 f.; je mit Hinweisen).
4.3.1 Nachdem die Beschwerdeführerin insbesondere einen durch den Verkauf der Grundstücke entgangenen Gewinn vorbringt, stellt sich die Frage, von welchem Anklagesachverhalt die Vorinstanz diesbezüglich ausgeht. Mit Blick auf den obgenannten Vermögensbegriff respektive Vermögensschaden sind verschiedene Vorwürfe der ungetreuen Geschäftsbesorgung an die Adresse der Verkäuferin denkbar. So kann ihr beispielsweise zur Last gelegt werden, ein Grundstück unter Wert veräussert zu haben. Weiter kann ihr vorgeworfen werden, die Liegenschaft (selbst bei einem erzielten Gewinn) zum falschen Zeitpunkt (etwa bei sich abzeichnenden steigenden Preisen zu früh) verkauft zu haben. Auch ist der Vorwurf möglich, die Liegenschaft überhaupt verkauft und dadurch (bei fehlenden oder weniger rentablen Reinvestitionen) zukünftige Einnahmen verunmöglicht zu haben. Diese Vorwürfe fussen auf unterschiedliche Lebenssachverhalte. Gegenstand des gerichtlichen Verfahrens ist laut Vorinstanz (abgesehen von einer hier nicht interessierenden Überweisung in der Höhe von Fr. 1.1 Mio., vgl. E. 3.1.1 hievor) einzig der Verkauf der Grundstücke unter Wert für Fr. 9 Mio., wobei sich der Deliktsbetrag in der Höhe von Fr. 2.52 Mio. im Wesentlichen aus der Differenz zwischen dem im Überweisungsbeschluss behaupteten Verkehrswert und dem Verkaufspreis ergibt. Nicht umfasst vom Vorwurf ist das an die Käuferin gewährte Darlehen und damit der Vorhalt, wenig rentable oder gar keine Reinvestitionen getätigt zu haben (vorinstanzlicher Entscheid S. 60 unter Hinweis auf das erstinstanzliche Urteil S. 84). Aus diesem Grund befassen sich die Vorinstanzen zu Recht mit der Frage des Verkehrswerts der Grundstücke im Zeitpunkt des Verkaufs.
4.3.2 Die Beschwerdeführerin macht implizit geltend, dass die Vorinstanz den Gegenstand des gerichtlichen Verfahrens zu eng fasst. Indem die Beschwerdeführerin einen entgangenen Reingewinn von jährlich mindestens Fr. 0.5 Mio. behauptet, legt sie ihrer Beschwerde einen vom vorinstanzlichen Entscheid abweichenden Lebenssachverhalt zu Grunde und entfernt sie sich von den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 105 BGG). Dass und inwiefern die Unterlassung von Feststellungen zum vorgebrachten Reingewinn offensichtlich unrichtig (Art. 9 BV) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen sollte, behauptet sie nicht und zeigt sie nicht auf. Selbst wenn die Beschwerdeführerin eine unvollständige Erhebung des Sachverhalts rügte, wäre es an ihr gewesen, mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform einbrachte und damit nicht gehört wurde (E. 2 hievor).
Gleiches gilt, soweit die Beschwerdeführerin ihr Vermögen gefährdet sieht, da die Z._ AG nicht in der Lage sei, die Darlehenssumme in der Höhe von Fr. 3 Mio. vollständig zurückzuzahlen. Diese Behauptung ist zudem nicht ohne Weiteres plausibel. Das von der Beschwerdeführerin an die Käuferin gewährte Darlehen sieht, bei einer jährlichen Verzinsung zu 2 % und einer Laufzeit von zehn Jahren, eine jährliche Amortisation von Fr. 100'000.-- respektive Fr. 200'000.-- und im letzten Jahr eine Rate von Fr. 1.7 Mio. vor. Die Z._ AG soll als Eigentümerin der fraglichen Grundstücke nach der Darstellung der Beschwerdeführerin einen jährlichen Reingewinn von mindestens Fr. 500'000.-- generieren. Damit wäre das Darlehen finanzierbar.
4.3.3 Die Beschwerdeführerin, vertreten durch die Beschwerdegegnerin 2, schloss mit der Z._ AG einen Kaufvertrag über die Grundstücke Nr. x, xx und xxx ab. Die Vorinstanz legt, ausgehend von dieser inkriminierten Tathandlung, ihrem Entscheid einen zutreffenden Rechtsbegriff des Schadens zu Grunde und trifft Feststellungen zum Verkehrswert der Verkaufsobjekte. Da nach dem Beweisergebnis die Grundstücke mit Gewinn und nicht unter Wert verkauft wurden, verneint die Vorinstanz zu Recht einen Vermögensschaden. Eine Verletzung von Art. 158 StGB liegt nicht vor.
5. Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung des rechtlichen Gehörs im Zusammenhang mit einem offerierten Beweismittel (Beschwerde S. 15 f.). Mit den vorinstanzlichen Erwägungen setzt sie sich nicht auseinander (vorinstanzlicher Entscheid S. 11 und 92). Die Beschwerde genügt den Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist nicht einzutreten.
6. Auf das Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin, die Grundstücke Nr. x, xx und xxx seien in Anwendung von Art. 70 ff. StGB einzuziehen und ihr herauszugeben, ist nicht einzutreten (Beschwerde S. 1 und 17). Zum einen fehlt eine entsprechende Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG). Zum anderen steht das Rechtsbegehren im Zusammenhang mit der beantragten Schuldigsprechung der Beschwerdegegnerin 2. Es bleibt aber beim Freispruch.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerdeführerin wird ausgangsgemäss kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Den Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihnen im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. August 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Faga