Sachverhalt:
A. Die Z._ AG verlegte am 28. Oktober 1998 ihren Sitz von Basel nach Wollerau/SZ. Am 27. September 1999 wurde sie in Y._ AG und am 22. November 2007 in X._ AG umfirmiert. Am 22. Oktober 1999 übernahm sie rückwirkend fusionsweise per 30. April 1999 die in A._/ZH domizilierte W._ (Schweiz) AG. Vor der Sitzverlegung in den Kanton Schwyz waren sowohl bei dieser als auch bei der Y._ AG Verluste entstanden.
B. Die X._ AG machte in ihrer Steuererklärung 2004 einen Verlust von Fr. -3'456'175.-- und ein steuerbares Kapital von Fr. 636'000.-- geltend. Die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz lehnte es im Rahmen der Veranlagungsverfügung für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 am 20. September 2005 ab, die Verluste aus der Zeit vor dem Zuzug in den Kanton Schwyz in der Höhe von Fr. 2'806'221.-- zur Verrechnung zuzulassen. Sie veranlagte die Pflichtige mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 849'100.-- sowie einem steuerbaren Kapital von Fr. 3'860'000.-- (beides zugleich satzbestimmend). Die kantonale Steuerkommission Schwyz und das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz lehnten es am 22. März bzw. 22. November 2007 ebenfalls ab, die vor der Sitzverlegung in den Kanton entstandenen Verluste der X._ AG zu berücksichtigen.
C. Die X._ AG beantragt vor Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz abzuändern und ihren steuerbaren Gewinn 2004 auf kantonaler Ebene mit Fr. 0.-- zu veranlagen; die Verluste aus der Zeit vor dem Zuzug in den Kanton Schwyz per 28.Oktober 1998 seien anzuerkennen und voll zur Verrechnung zuzulassen, womit der verbleibende Verlustvortrag per 1. Oktober 2004 noch Fr. 1'957'041.-- betrage.
Die Steuerkommission des Kantons Schwyz, das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. Gegen den Entscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Eingabe der hierzu legitimierten Beschwerdeführerin ist auch insofern einzutreten, als sie mehr verlangt, als das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen (so das zur Publikation bestimmte Urteil 2C_637/2007 vom 4. April 2008, E. 1.5.3). Unzulässig ist ihr Ersuchen, auch den allenfalls verbleibenden Verlustvortrag neu festzulegen: Hieran fehlt ihr ein schutzwürdiges Interesse, da bei einer Gutheissung der Beschwerde praxisgemäss lediglich eine Nulltaxation erfolgt (vgl. Adrian Kneubühler, Auswirkungen des "Vereinfachungsgesetzes" auf die Steuerpraxis, in: Insolvenz- und Wirtschaftsrecht 2001, S.131 ff., dort S. 135; Ivo P. Baumgartner, Verlustverrechnung im interkantonalen Verhältnis [Verlustverrechnung], in: IFF Forum für Steuerrecht 2002, S. 293 ff., dort S. 296; Urteil 2A.192/2000 vom 9. Mai 2001, E. 1cc u. dd sowie E. 3, publ. in: StE 2001 B 96.11 Nr. 6); die kantonalen Behörden können eine entsprechende Auskunft im Rahmen der Veranlagung für die folgenden Steuerjahre geben.
2. 2.1 Umstritten ist die Frage, ob der Kanton Schwyz gestützt auf das Steuerharmonisierungsgesetz vom Reingewinn der Steuerperiode 2004 Verluste aus den sieben vorangegangenen Geschäftsjahren zum Abzug zulassen muss, obwohl die Verlegung des Sitzes bzw. der tatsächlichen Verwaltung der Steuerpflichtigen vor dem Inkrafttreten des Vereinfachungsgesetzes am 1. Januar 2001 erfolgte (vgl. Art. 25 Abs. 2 und 4 StHG in der Fassung des Bundesgesetzes vom 15. Dezember 2000 zur Koordination und Vereinfachung der Veranlagungsverfahren für die direkten Steuern im interkantonalen Verhältnis ["Vereinfachungsgesetz", AS 2001 1051]). Der Kanton Schwyz hat in seinem Steuergesetz vom 9. Februar 2000 (StG; SR/SZ 172.200) die siebenjährige Verlustvortragsperiode übernommen (§ 70 Abs. 1 bzw. § 31); bezüglich der Berücksichtigung von ausserkantonalen Vorjahresverlusten sieht § 64 der Vollziehungsverordnung vom 22. Mai 2001 zum Steuergesetz (VVStG; SR/SZ 172.211) vor, dass Selbständigerwerbende, die nach dem 31. Dezember 2000 aus einem anderen Kanton zuziehen, die dort erlittenen, noch nicht verrechneten Verluste gemäss § 31 StG nunmehr verrechnen können; das Gleiche gilt für juristische Personen bei Zuzug ab der Steuerperiode, die im Jahre 2001 endet (§ 70 StG). Steuerpflichtige mit früherem Kantonswechsel können ausserkantonal erlittene Vorjahresverluste hingegen "nicht zur Verrechnung bringen" (§ 64 Abs. 2 VVStG). Diese Regelung entspricht der im Kreisschreiben Nr. 15 der Schweizerischen Steuerkonferenz vom 31. August 2001 über die Koordination und Vereinfachung der Veranlagungsverfahren für die direkten Steuern im interkantonalen Verhältnis angeregten restriktiven Auslegung von Art. 25 Abs. 4 StHG, wenn dort unter Ziffer 312.3 (Inkrafttreten) ausgeführt wird: "Die gesetzlich vorgesehene Möglichkeit des interkantonalen Verlustvortrags betrifft Steuerpflichtige, die im Laufe des Jahres 2001 oder später abgeschlossenen Geschäftsjahres ihren steuerrechtlichen Wohnsitz, ihren Geschäftsbetrieb, ihren Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung innerhalb der Schweiz verlegt haben".
2.2 Die Vorinstanz ging davon aus, dass diese Regelung mit Art. 25 Abs. 2 und 4 StHG in der Fassung vom 15. Dezember 2000 vereinbar sei und keinen harmonisierungsrechtlichen Vorgaben widerspreche, weshalb - entgegen den Einwänden der Beschwerdeführerin - das Bundes(harmonisierungs)recht nicht direkt zur Anwendung komme (vgl. BGE 133 II 114 E. 3.2 bzw. 3.5 S. 116 ff.): Art. 25 Abs. 4 StHG sei rückwirkend bzw. ohne Übergangsfrist per 1. Januar 2001 in Kraft getreten. Aus diesem Grund müsse die interkantonale Verlustverrechnung auch von jenen Kantonen rückwirkend unmittelbar zugelassen werden, welche diese Bestimmung noch nicht umgesetzt hätten. Es sei damit klar, dass die interkantonale Verlustverrechnung dann zum Tragen komme, wenn die Sitzverlegung (oder die Umstrukturierung) nach dem 1. Januar 2001 erfolge, hingegen finde sich im Steuerharmonisierungsgesetz keine Regelung, wie vorzugehen ist, wenn dies bereits zuvor geschehen sei. Der Wortlaut von Art. 25 Abs. 4 StHG enthalte keinerlei Anhaltspunkte dafür, dass dem Begriff der "Verlegung" des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung innerhalb der Schweiz ein "rückwärtsgewandter, vergangenheitsbezogener Bedeutungsinhalt" zukomme; angesichts der erforderlichen präzisen zeitlichen Angaben im Zusammenhang mit der Verlustverrechnung "wäre es auch" - so das Verwaltungsgericht - "in systematischer Hinsicht erstaunlich, wenn der Gesetzgeber entgegen dem üblichen kontextuellen Verständnis dem Begriff der 'Verlegung' ohne entsprechende Präzisierung und Klarstellung - auch - einen die Kantone bindenden rückwärtsgewandten Bedeutungsgehalt hätte verleihen wollen". In gesetzgeberischer Hinsicht wäre es zudem "kaum sinnvoll", die Verwirklichung des Tatbestandes, der in einem einzelnen Absatz geregelt ist, ohne entsprechende Präzisierung an zwei unterschiedliche Zeitpunkte anzuknüpfen (Verlustverrechnungsmöglichkeit ab 1. Januar 2001; Massgeblichkeit eines Zuzugs vor dem 1. Januar 2001). Die Auslegung von Art. 25 Abs. 4 StHG gebe unter keiner der verschiedenen Auslegungsmethoden Hinweise dafür, dass die Kantone gestützt auf Art. 25 Abs. 4 StHG verpflichtet wären, eine Verlustverrechnung auch für vor dem 1. Januar 2001 zugezogene Unternehmungen zuzulassen; für die Zeit bis Ende 2000 bestehe diesbezüglich ein kantonaler Gestaltungsspielraum, der es erlaube, ausserkantonale Verlustvorträge vor 2001 nicht mit späteren Gewinnen zu verrechnen. Die Beschwerdeführerin bestreitet dies und vertritt die Auffassung, Art. 25 Abs. 4 StHG (in der Fassung vom 15. Dezember 2000) gebiete, auch Verluste bei einer früheren Sitzverlegung im Umfang von Abs. 2 zur Verrechnung zuzulassen.
3. 3.1 Das Steuerharmonisierungsgesetz ist ein Rahmen- und Grundsatzerlass, dessen Regelungsdichte je nach Gegenstand variiert, weshalb auslegungsweise zu ermitteln ist, welcher Gestaltungsspielraum dem kantonalen Gesetzgeber jeweils im Einzelnen verbleibt (vgl. Danielle Yersin, Harmonisation fiscale: procédure, interprétation et droit transitoire, in: RDAF 59 [2003] II S. 1 ff., dort S. 8 f.). Ausgangspunkt bildet dabei der Wortlaut der betroffenen Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss - unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente - nach dessen wahren Tragweite gesucht werden. Dabei ist namentlich auf den Zweck der Regelung, die dem Text zu Grunde liegenden Wertungen sowie den Sinnzusammenhang abzustellen, in dem die Norm steht. Die Gesetzesmaterialien sind nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, um den Sinn der Norm zu erkennen; ihnen kommt um so grössere Bedeutung zu, je jünger ein Text ist, da sich in diesem Fall die Umstände in der Regel noch nicht verändert haben und nicht ein inzwischen (allenfalls) gewandeltes Rechtsverständnis zu berücksichtigen ist. Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und nur dann allein auf das grammatische Element abgestellt, wenn sich daraus zweifelsfrei die sachlich richtige Lösung ergeben hat. Sind mehrere Interpretationen denkbar, soll jene gewählt werden, welche die verfassungsrechtlichen Vorgaben am besten konkretisiert; die verfassungskonforme Auslegung findet ihre Schranken jedoch wiederum im klaren Wortlaut und Sinn des Gesetzes (vgl. BGE 131 II 697 E. 4.1 S. 702 f. mit Hinweisen).
3.2 Bis zum "Vereinfachungsgesetz" war die Tragweite der Verlustverrechnungsmöglichkeiten in interkantonalen Verhältnissen nicht bundesgesetzlich geregelt. Es galt die bundesgerichtliche Rechtsprechung zum Doppelbesteuerungsverbot von Art. 127 Abs. 3 BV, wonach kein Kanton verpflichtet war, Verluste, die vor dem Zuzug angefallen waren, mit unter seiner Steuerhoheit erzielten Gewinnen zu verrechnen (Urteil P.1270/1980 vom 25. Mai 1984, E. 3b, publ. in: ASA 56 S. 144 ff.). Umgekehrt war der Wegzugskanton auch dann zur Verlustverrechnung mit dem beim Wegzug angefallenen Liquidationsgewinn (Wegzugsgewinn) verpflichtet, wenn das interne Recht diese Möglichkeit nicht vorsah (Urteil P.1270/1980 vom 25. Mai 1984, E. 5a, publ. in: ASA 56 S. 144 ff.). Die entsprechende Praxis vermochte im Rahmen des harmonisierten Steuerrechts nicht mehr zu überzeugen: Mit dem Steuerharmonisierungsgesetz entfiel die Wegzugsbesteuerung und wurden die Verlustverrechnungsmöglichkeiten sowohl bei natürlichen als auch bei juristischen Personen bundesrechtlich geregelt; die Verweigerung der Verlagerung noch nicht verrechneter Verluste führte damit zu einem Verstoss gegen das aus Art. 127 Abs. 3 BV fliessende Schlechterstellungsverbot (vgl. Höhn/Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2000, S. 449 f.; Frank Lampert, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht unter besonderer Berücksichtigung des DBG und StHG, Basel/Genf/München 2000, S. 249 ff.). Die bisherige Praxis hätte deshalb auch ohne das "Vereinfachungsgesetz" nach dem 1. Januar 2001 nicht unbesehen weitergeführt werden können (vgl. Kuhn/ Brülisauer, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl., Basel/Genf/Zürich 2002, N 88 zu Art. 25 StHG). Das Bundesgericht hat diesem Umstand bei der Behandlung der sogenannten "Ausscheidungsverluste" bereits Rechnung getragen (vgl. hierzu BGE 131 I 249 ff. und 285 sowie BGE 132 I 220 ff.).
3.2 Bis zum "Vereinfachungsgesetz" war die Tragweite der Verlustverrechnungsmöglichkeiten in interkantonalen Verhältnissen nicht bundesgesetzlich geregelt. Es galt die bundesgerichtliche Rechtsprechung zum Doppelbesteuerungsverbot von Art. 127 Abs. 3 BV, wonach kein Kanton verpflichtet war, Verluste, die vor dem Zuzug angefallen waren, mit unter seiner Steuerhoheit erzielten Gewinnen zu verrechnen (Urteil P.1270/1980 vom 25. Mai 1984, E. 3b, publ. in: ASA 56 S. 144 ff.). Umgekehrt war der Wegzugskanton auch dann zur Verlustverrechnung mit dem beim Wegzug angefallenen Liquidationsgewinn (Wegzugsgewinn) verpflichtet, wenn das interne Recht diese Möglichkeit nicht vorsah (Urteil P.1270/1980 vom 25. Mai 1984, E. 5a, publ. in: ASA 56 S. 144 ff.). Die entsprechende Praxis vermochte im Rahmen des harmonisierten Steuerrechts nicht mehr zu überzeugen: Mit dem Steuerharmonisierungsgesetz entfiel die Wegzugsbesteuerung und wurden die Verlustverrechnungsmöglichkeiten sowohl bei natürlichen als auch bei juristischen Personen bundesrechtlich geregelt; die Verweigerung der Verlagerung noch nicht verrechneter Verluste führte damit zu einem Verstoss gegen das aus Art. 127 Abs. 3 BV fliessende Schlechterstellungsverbot (vgl. Höhn/Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2000, S. 449 f.; Frank Lampert, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht unter besonderer Berücksichtigung des DBG und StHG, Basel/Genf/München 2000, S. 249 ff.). Die bisherige Praxis hätte deshalb auch ohne das "Vereinfachungsgesetz" nach dem 1. Januar 2001 nicht unbesehen weitergeführt werden können (vgl. Kuhn/ Brülisauer, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl., Basel/Genf/Zürich 2002, N 88 zu Art. 25 StHG). Das Bundesgericht hat diesem Umstand bei der Behandlung der sogenannten "Ausscheidungsverluste" bereits Rechnung getragen (vgl. hierzu BGE 131 I 249 ff. und 285 sowie BGE 132 I 220 ff.).
3.3 3.3.1 Aus der Botschaft des Bundesrats vom 24. Mai 2000 zur Koordination und Vereinfachung der Veranlagungsverfahren für die direkten Steuern im interkantonalen Verhältnis ergibt sich (BBl 2000 S. 3898 ff.), dass mit dem "Vereinfachungsgesetz" Steuerhindernisse beseitigt werden sollten, welche die Mobilität der Steuerpflichtigen einschränken; ein Wechsel der Steuerpflicht in der Schweiz dürfe nicht (mehr) grössere administrative Schwierigkeiten bereiten als ein Wechsel innerhalb eines Kantons (BBl 2000 S. 3903). Nach dem harmonisierungsrechtlichen Wegfall der Wegzugssteuer gehe es beim "Verlustvortrag im interkantonalen Verhältnis" darum, nicht berücksichtigte Verlustüberschüsse wie die stillen Reserven im Zuge einer Sitzverlegung steuerneutral auf den Zuzugskanton verlagern zu können. Art. 25 Abs. 4 StHG präzisiere in diesem Sinn, dass beim Sitzwechsel zwischen Kantonen die vor dieser Änderung der Steuerpflicht erwirtschafteten Verluste weiterhin abgezogen werden könnten; der Verlustvortrag über die Kantonsgrenzen hinweg stelle eine Massnahme zu Gunsten der interkantonalen Mobilität der Unternehmungen dar, hebe ein Steuerhindernis für grenzüberschreitende Umstrukturierungen auf und verhindere, dass ein Sitzwechsel innerhalb der Schweiz die juristische Person im Vergleich zu jener diskriminiere, welche der gleichen kantonalen Steuerhoheit unterstellt bleibe (BBl 2000 S. 3909 f.). Es sei damit eine bewusste Abwendung von der aktuellen bundesgerichtlichen Rechtsprechung gewollt, die dem Zuzugskanton erlaube, den vor dem Wechsel unberücksichtigt gebliebenen Verlusten keine Rechnung zu tragen; die entsprechende Änderung beuge einer "Überbesteuerung der Steuerpflichtigen infolge eines solchen Wechsels vor" (BBl 2000 S. 3908).
3.3.2 Diese Ausführungen blieben in den parlamentarischen Beratungen unbestritten (AB N 2000 S. 1112 ff.; AB S 2000 S. 883 f.). Die Kommissionssprecher wiesen daraufhin, dass mit der Verlustverrechnung über die kantonalen Grenzen hinaus im Interesse der Wirtschaft zwar ein materieller Eingriff in die Steuerhoheit der Kantone verbunden sei, indem diese gezwungen würden, solche Verlustvorträge zu übernehmen; wegen der steigenden Mobilität der KMU und Industriebetriebe sei dies aber "dringend nötig" (AB N 2000 S. 1113) bzw. bestehe "nun" die Möglichkeit hierzu (AB S 2000 S. 883). Damit lässt sich den Materialien zur Frage des Zeitpunkts der Sitzverlegung keine eindeutige Antwort entnehmen. Immerhin geht daraus hervor, dass der Gesetzgeber zwischen der Verlustverrechnung über die Kantonsgrenzen hinweg und der Aufhebung der Wegzugsbesteuerung einen Zusammenhang schaffen und durch die interkantonale Verlustverrechnung Diskriminierungen vermeiden bzw. Überbesteuerungen ausmerzen wollte. Die Formulierung der Voten der Kommissionssprecher lassen eher auf eine sofortige und uneingeschränkte Wirksamkeit dieser Massnahmen schliessen ("dringend nötig", "nun"); es kann ihnen auf jeden Fall nicht entnommen werden, dass die geänderten Bestimmungen nur auf Kantonswechsel Anwendung finden könnten, die nach dem Inkrafttreten der Neuregelung erfolgen.
3.4 3.4.1 Unter diesen Umständen kommt den Wertungen, die dem Text zu Grunde liegen und dem damit verbundenen Sinnzusammenhang im Lichte der verfassungs- und insbesondere der doppelbesteuerungsrechtlichen Vorgaben wesentliche Bedeutung zu: Das "Vereinfachungsgesetz" hat die Steuerharmonisierung interkantonal um die Komponente einer möglichst konsequenten Realisierung des Binnenmarkts ergänzt, in dem die wirtschaftliche Freiheit der Standortwahl nicht mehr durch steuerliche Hemmnisse beeinträchtigt werden soll. Art. 95 Abs. 2 BV verankert ausdrücklich den Grundsatz des einheitlichen schweizerischen Wirtschaftsraums, womit die kantonale Souveränität im Bereich der Steuern nicht mehr voraussetzungslos höher bewertet werden kann als der verfassungsrechtliche Auftrag, den Binnenmarkt zu realisieren. Mit dem "Vereinfachungsgesetz" ist im Ingress des StHG ein ausdrücklicher Verweis auf Art. 127 Abs. 3 BV aufgenommen worden, was unterstreicht, dass dieses heute auch Ausführungsrecht zum Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung bildet. Soweit verschiedene Auslegungen von Art. 25 Abs. 4 StHG möglich sind, ist deshalb jene zu wählen, die es erlaubt, sowohl die Ziele des StHG als auch jene des Doppelbesteuerungsverbots bestmöglich zu verwirklichen (vgl. Ivo P. Baumgartner, Steuerharmonisierung und interkantonale Freizügigkeit [1. Teil; "Steuerharmonisierung"], in: IFF Forum für Steuerrecht 2004, S. 112 ff. dort S. 116).
3.4.2 Das Doppelbesteuerungsrecht will vermeiden, dass das gleiche Steuersubjekt für den gleichen Sachverhalt in zwei Kantonen besteuert wird. Das interkantonale Diskriminierungs- bzw. Schlechterstellungsverbot soll eine unsachgemässe, andersartige Behandlung von Steuerpflichtigen verhindern, die - auch zeitlich nacheinander - der Steuerhoheit mehrerer Kantone unterstellt sind, wenn hieraus eine ungerechtfertigte steuerliche Mehrbelastung resultiert (vgl. BGE 131 I 285 E. 2, 249 E. 3.1; Baumgartner, Steuerharmonisierung, a.a.O., S. 118). Das Schlechterstellungsverbot untersagt es einem Kanton, einen Steuerpflichtigen stärker zu belasten, weil er nicht in vollem Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist oder war; es ist gestützt darauf unzulässig, den Pflichtigen Regeln zu unterwerfen, welche einen ausschliesslich innerkantonalen Steuerpflichtigen - unter sonst gleichen Umständen - nicht treffen würden. Diese materiellen Grundsätze legen es nahe, die damit verbundenen Überlegungen der Steuergerechtigkeit möglichst umgehend umzusetzen und Art. 25 Abs. 4 StHG sofort und uneingeschränkt anzuwenden, wie dies in den Voten der parlamentarischen Kommissionssprecher im Interesse des Binnenmarktes auch zum Ausdruck gekommen ist. Eine andere Lösung führte insofern zu einer Diskriminierung, als eine vor dem 1. Januar 2001 umgezogene Gesellschaft alte, nicht kompensierte Verlustvorträge - im Gegensatz zu einem im Kanton ansässigen oder nach dem 1. Januar 2001 dorthin ziehenden Unternehmen - bei sonst gleichen Bedingungen nicht verrechnen könnte und insofern diskriminiert bzw. in unzulässiger Weise schlechter gestellt würde.
3.4.3 Im Gegensatz zu den Art. 72 ff. StHG wurde den Kantonen bezüglich der interkantonalen Verlustverrechnung keine Frist eingeräumt, um ihre Gesetze anzupassen. Das "Vereinfachungsgesetz" umfasste mit Art. 72c und Art. 72d StHG auch Änderungen an den bestehenden Umsetzungsvorschriften, weshalb nicht davon ausgegangen werden kann, der Gesetzgeber habe versehentlich hierauf verzichtet bzw. den Kantonen die Möglichkeit einräumen wollen, die entsprechende Vorgabe neben der Siebenjahresfrist an eine zusätzliche zeitliche Schranke (Sitzverlegung nach dem 1. Januar 2001) knüpfen zu können. Die möglichst rasche Realisierung der mit Art. 25 Abs. 2 (in Verbindung mit Abs. 4) StHG bezweckten Steuergerechtigkeit muss unter diesen Umständen allfälligen praktischen oder finanzpolitischen Überlegungen vorgehen. Die bundesrechtliche Regelung von Art. 25 Abs. 2 i.V.m. Abs. 4 StHG ist demnach dahin zu verstehen, dass für die Veranlagung von Steuerjahren, die nach dem 1. Januar 2001 enden, nicht verrechnete Verluste der sieben vorangegangenen Geschäftsjahre unabhängig davon geltend gemacht werden können, in welchem Kanton sie entstanden sind (in diesem Sinn: Hanspeter Kurz, Interkantonale Verlustverrechnung neu geregelt, in: Der Schweizer Treuhänder 2001, S. 853 ff., dort S. 855; ihm zustimmend: Adrian Kneubühler, a.a.O., 134 f.; Roman Blöchliger, Die Verlustverrechnung im interkantonalen und internationalen Verhältnis, in: StR 2006, S. 698 ff., dort S. 699). Dies gilt, soweit der Verlustvortrag rechtzeitig geltend gemacht wird und nachgewiesen ist, dass er nicht bereits in den Vorjahren berücksichtigt wurde oder hätte berücksichtigt werden können.
4. 4.1 Die von der Vorinstanz und einem Teil der Doktrin gegen diese Auslegung vorgebrachten Argumente vermögen mit Blick auf das verfassungsrechtliche Gebot der Realisierung des Binnenmarkts bzw. der Steuergerechtigkeit nicht zu überzeugen (vgl. Ivo P. Baumgartner, Koordination und Vereinfachung der Veranlagungsverfahren für die direkten Steuern im interkantonalen Verhältnis [Koordination und Vereinfachung], in: IFF Forum für Steuerrecht 2001, S. 222 ff., dort S. 231; derselbe, Verlustverrechnung, a.a.O., S. 299; ohne vertiefte Begründung: Kuhn/Brülisauer, a.a.O., N. 85 zu Art. 25 StHG; Jean-Blaise Paschoud, Evolution ou révolution du droit fiscal intercantonal ? La loi sur la coordination et la simplification des procédures de taxation des impôts directs dans les rapports intercantonaux, in: ASA 69 S. 837 ff., dort S. 853; Claudia Rihner Baumgartner, Koordination und Vereinfachung der Veranlagungsverfahren für die direkten Steuern im interkantonalen Verhältnis, in: StR 2001 S. 177 ff., dort S. 188): Allein aus der Tatsache, dass der Gesetzgeber im Zusammenhang mit Art. 25 Abs. 4 StHG keine Übergangsfrist vorgesehen hat, kann - wie dargelegt - nicht abgeleitet werden, dass eine Anerkennung von Verlustvorträgen grundsätzlich nur bei Wechseln des Wohnsitzes bzw. des Sitzes nach dem 31. Dezember 2000 möglich sein soll (so aber Baumgartner, Koordination und Vereinfachung, a.a.O., S. 231; Kuhn/ Brülisauer, a.a.O., N. 85 zu Art. 25 StHG). Auch kann nicht von einer (unzulässigen) echten Rückwirkung gesprochen werden, geht es doch lediglich darum, den Umfang der Steuerpflicht unter dem geltenden Erlass nach Tatsachen zu bestimmen, die vor dessen Inkrafttreten eingetreten sind; eine solche - unechte - Rückwirkung ist zulässig (vgl. auch Kuhn/Brühlisauer, a.a.O., N. 86 zu Art. 25 StHG).
4.2 Der Einwand, dass die Wegzugsbesteuerung weggefallen ist und dem Zuzugskanton erst ab dem 1. Januar 2001 neues Substrat anfällt, mit dem die ausserkantonalen Verluste kompensiert werden können (so: Baumgartner, Verlustverrechnung, a.a.O., S. 299), stimmt so nur teilweise: Bereits bisher kannten längst nicht alle Kantone eine Wegzugssteuer (vgl. Peter Christian Schreiner, Die Besteuerung der stillen Reserven beim interkantonalen Transfer von Wirtschaftsgütern, Diss. BS 1992, S. 3 N. 5); zudem unterlagen dieser jeweils ganz unterschiedliche Substrate. Gewisse Kantone rechneten bei der Verlegung des Sitzes oder einer Betriebsstätte über sämtliche stillen Reserven (Abschreibungs- und Wertzuwachsquote) auf den Wirtschaftsgütern ab, welche die kantonale Steuerhoheit verliessen (z.B. Thurgau); andere besteuerten die stillen Reserven nur im Umfang, in dem früher Abschreibungen (oder andere Wertberichtigungen) zugelassen und damit das steuerbare Einkommen bzw. der steuerbare Gewinn geschmälert worden waren (z.B. Solothurn, St. Gallen, Glarus); eine dritte Kategorie beschränkte sich darauf, die sog. "privilegierte Warenreserve" aufzurechnen (z.B. Bern). Schon vor dem vollständigen Verzicht auf die Wegzugsbesteuerung kam dem Zuzugskanton damit unter Umständen potentiell steuerbares Substrat zu. Muss ein Kanton vor dem 1. Januar 2001 angefallene ausserkantonale Verluste verrechnen lassen, kann er dies deshalb vielfach mit Substrat tun, das ebenfalls aus früheren Jahren und aus einer anderen Steuerhoheit stammt (vgl. Madeleine Simonek, Ausgewählte Probleme der steuerlichen Behandlung von Verlusten bei Kapitalgesellschaften, in: ASA 67 S. 513 ff., dort S. 534). Auch bei der hier vertretenen Auffassung ist zudem davon auszugehen, dass sich die "wegziehenden" und "zuziehenden" Verlustvorträge auf die Dauer - mit Blick auf deren Beschränkung auf "die sieben der Steuerperiode [...] vorangegangenen" Geschäftsjahre - ausgleichen werden.
4.3 Gegen die vom Gesetzgeber gewollte Mobilitätsförderung kann nicht eingewendet werden, dass eine Unternehmung, die ihren Sitz vor dem 1. Januar 2001 verlegt hat, dies in Kenntnis der damit verbundenen steuerrechtlichen Konsequenzen tat und sich dadurch in ihrer Mobilität gerade nicht beeinträchtigen liess (so Baumgartner, Verlustverrechnung, a.a.O., S. 299). Eine Sitzverlegung kann aus ganz unterschiedlichen Gründen erfolgen bzw. nötig werden; mit der rein formalen Sitzverlegung dürfte die "Mobilität" in der Regel zudem nicht abgeschlossen sein. Dieser folgen oft zusätzliche Anpassungen, die - angesichts des unzulässigen Verlustabzugs - durch höhere Steuern (weiterhin) erschwert werden. Zwar deckt sich die vorliegend umstrittene Regelung in § 64 Abs. 2 VVStG mit der entsprechenden Empfehlung der Schweizerischen Steuerkonferenz im Kreisschreiben Nr. 15 vom 31. August 2001; dieses ist für das Bundesgericht indessen nicht verbindlich, nachdem die verfassungskonforme Auslegung von Art. 25 Abs. 4 StHG ergibt, dass die Kantone gestützt auf diese Bestimmung Verlustvorträge auch bei Sitzverlegungen vor dem 1. Januar 2001 zur Verrechnung zulassen müssen. Diesem Grundsatz widersprechendes kantonales Recht hat dem Bundesrecht zu weichen.
5. 5.1 Da § 64 Abs. 2 VVStG mit den harmonisierungsrechtlichen Vorgaben nicht vereinbar ist, ist der gestützt darauf ergangene angefochtene Entscheid aufzuheben, festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin befugt ist, den steuerbaren Reingewinn für die Steuerperiode 2004 mit dem Verlust aus dem Jahr 1998 zu kompensieren, und der Reingewinn antragsgemäss auf Fr. 0.-- festzulegen. Dies kann direkt im vorliegenden Verfahren geschehen, da die Steuerkommission des Kantons Schwyz in ihrer Vernehmlassung ausdrücklich zugesteht, "dass sich erst bei der Veranlagung 2004 die Frage gestellt hat, ob die ausserkantonalen Verluste zu verrechnen sind, da zuvor die innerkantonalen Verluste ausreichend waren, um zu einem steuerbaren Ergebnis von Fr. 0.-- zu kommen". Der Grundsatz des Verrechnungszwangs ist deshalb nicht verletzt; die Beschwerdeführerin holt die interkantonale Verrechnung nicht in unzulässiger Weise erst in der hier umstrittenen Steuerperiode nach (vgl. zu dieser Problematik: Kuhn/Brülisauer, a.a.O., N. 87 zu Art. 25 StHG; Baumgartner, Verlustverrechnung, a.a.O., S. 296). Im Übrigen hat die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz nicht behauptet, die hier zu verrechnenden Verluste hätten nicht berücksichtigt werden können, wenn die Beschwerdeführerin ihren Sitz immer im Kanton Schwyz gehabt hätte. Die Beschwerde ist in diesem Sinn gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bezüglich der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das kantonale Verfahren rechtfertigt es sich, die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 BGG).
5.2 Der unterliegende Kanton Schwyz, der in seinem amtlichen Wirkungskreis gehandelt und eigene Vermögensinteressen wahrgenommen hat, wird für das bundesgerichtliche Verfahren kostenpflichtig (vgl. Art. 66 Abs. 4 BGG). Die Beschwerdeführerin hat Anspruch auf eine angemessene Parteientschädigung (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 22. November 2007 aufgehoben und der steuerbare Reingewinn für die Steuerperiode 2004 auf Fr. 0.-- festgesetzt.
1.2 Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. 2.1 Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Kanton Schwyz auferlegt.
2.2 Der Kanton Schwyz hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Hugi Yar