Sachverhalt:
A. A.a Am 14. Oktober 2008 wurde über X._ auf eigenen Antrag (nach Art. 191 SchKG) vom Konkursrichter beim Gerichtskreis III Aarberg-Büren-Erlach der Konkurs eröffnet, welcher vom Konkursamt Seeland im summarischen Verfahren durchgeführt wird.
A.b Mit Eingabe vom 19. Juli 2010 gelangte X._ an das Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, gegen im Konkursprotokoll vom 2. Juni 2010 aufgeführte Kosten. Nach Aufhebung der Sistierung des Beschwerdeverfahrens am 8. März 2011 (vgl. Urteil 5A_524/2010 des Bundesgerichts vom 9. Februar 2011 E. 1.3) hielt X._ mit ihrer Eingabe vom 21. März 2011 an ihren Begehren fest.
B. Die Aufsichtsbehörde wies die Beschwerde gegen die im Einzelnen gerügten Gebührenpositionen mit Entscheid vom 5. Oktober 2011 ab, soweit darauf eingetreten wurde.
C. Mit Eingabe 24. Oktober 2011 (Postaufgabe) hat X._ Beschwerde "nach Art. 19 SchKG" erhoben. Die Beschwerdeführerin verlangt im Wesentlichen, der Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde vom 5. Oktober 2011 sei aufzuheben. In der Sache beantragt sie im Wesentlichen die Aufhebung bzw. Herabsetzung von Positionen in der Kostenrechnung. Weiter verlangt sie die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die Aufsichtsbehörde und das Konkursamt haben auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde, welcher die Beurteilung der Kostenrechnung im Konkursverfahren zum Gegenstand hat. Entscheide kantonaler Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 19 SchKG). Sie ist unabhängig von einer gesetzlichen Streitwertgrenze gegeben (Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Die Beschwerde gegen den letztinstanzlichen Entscheid ist fristgemäss erhoben worden (Art. 75 Abs. 1, Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin als Schuldnerin ist zur Beschwerde in Zivilsachen ohne weiteres legitimiert (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG; Urteil 5A_524/2010 vom 9. Februar 2011 E. 1.4). Die Beschwerde in Zivilsachen ist grundsätzlich zulässig.
1.2 Mit vorliegender Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). In der Beschwerdeschrift ist das Begehren aufzuführen und in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG), wobei das Rügeprinzip gilt (BGE 133 III 589 E. 2 S. 591).
1.3 Anfechtungsobjekt im Verfahren vor der Aufsichtsbehörde waren bestimmte Positionen in der Kostenrechnung der amtlichen Konkursverwaltung. Der Antrag und die Vorbringen der Beschwerdeführerin sind unzulässig, soweit sie sich gegen die Zusprechung eines Entgeltes zugunsten der Konkursamtes für anspruchsvolle Verfahren richten. Die Festsetzung des Entgeltes nach Art. 47 GebV SchKG ist Gegenstand des Entscheides (ABS 10 169) der Aufsichtsbehörde vom 5. Oktober 2011, welchen die Beschwerdeführerin ebenfalls mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten hat (Verfahren 5A_741/2011). Andere Anträge (wie die anbegehrte Zustellung von Verlustscheinen an die Schuldnerin) hat die Vorinstanz als unzulässig erachtet. Soweit die Beschwerdeführerin diese Anträge erneuert, ohne sich mit der vorinstanzlichen Begründung der Unzulässigkeit auseinanderzusetzen, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt die Kostenrechnung im Konkursverfahren. Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen (wie bereits im kantonalen Verfahren) geltend, die Aufsichtsbehörde habe die massgebenden Rechtsgrundlagen verletzt, indem sie eine Reihe von Kostenpunkten bestätigt habe.
2.1 Welche Gebühren und Auslagen im Konkursverfahren im Einzelfall zu belasten sind und wie sie zu bemessen sind, bestimmt ausschliesslich der SchKG-Gebührentarif (Art. 16 Abs. 1 SchKG; Art. 1 Abs. 1 GebV SchKG). Die Aufsichtsbehörden haben die Einhaltung der massgeblichen Verordnung zu überwachen (Art. 2 GebV SchKG). Mit Beschwerde in Zivilsachen kann die gesetzwidrige Anwendung der GebV SchKG gerügt werden; darunter fällt auch die gesetzwidrige Ermessensbetätigung durch die Zwangsvollstreckungsorgane bzw. Aufsichtsbehörden. Das Bundesgericht greift ein, wenn die Vorinstanz ihr Ermessen überschritten bzw. missbraucht hat, namentlich wenn sie sachwidrige Gesichtspunkte berücksichtigt oder sachgemässe unberücksichtigt gelassen hat. Die blosse Unangemessenheit einer Entscheidung kann vor Bundesgericht nicht gerügt werden (vgl. BGE 134 III 323 E. 2 S. 324; Urteil 5A_142/2008 vom 3. November 2008 E. 5; betreffend Gebühren im Konkursverfahren vgl. Urteil 7B.99/2001 vom 15. Juni 2001 E. 3).
2.2 Zu Recht ist unbestritten, dass für die Aufstellung des vorläufigen Gläubigerverzeichnisses nach Art. 44 lit. e GebV SchKG eine Gebühr von Fr. 50.-- pro halbe Stunde zu erheben ist (LUSTENBERGER, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 35 zu Art. 221; SCHOBER, in: Kommentar Gebührenverordnung, 2008, N. 21 zu Art. 44). In der Kostenrechnung hat das Konkursamt für das Erstellen der (vorläufigen) Gläubigerliste am 14. Oktober 2008 anhand der vorhandenen Unterlagen eine Gebühr von Fr. 200.-- aufgeführt.
2.2.1 Die Aufsichtsbehörde hat festgehalten, dass der Umfang von zwei Stunden à Fr. 50.-- pro halbe Stunde nicht zu beanstanden sei, zumal bei diesem Verfahrensschritt "ein sorgfältiges Vorgehen" geboten sei. Dagegen wendet die Beschwerdeführerin ein, für das Erstellen einer Liste von "weniger als 20 Gläubiger" sei höchstens eine Stunde bzw. Fr. 100.-- angemessen.
2.2.2 Die Beschwerdeführerin übergeht, dass der zeitliche Aufwand, um die Gläubigerliste zu erstellen, nicht nur von der blossen Anzahl der Gläubiger, sondern auch von der Zugänglichkeit der Informationen abhängig ist. Dass die vorhandenen oder vorgelegten Unterlagen weniger Aufwand erfordert hätten, behauptet die Beschwerdeführerin selber nicht. Es gibt keinen Anhaltspunkt, dass zwei Stunden, die das Konkursamt hier zur ersten, möglichst präzisen Klärung der Gesamtsituation (SCHOBER, a.a.O., N. 1 zu Art. 44) betreffend die Gläubiger im Konkurs der Beschwerdeführerin eingesetzt hat, einen unhaltbaren Aufwand darstellen.
2.3 Gemäss Art. 44 lit. b GebV SchKG beträgt die Gebühr für die Einvernahme des Konkursiten oder anderer Personen Fr. 50.-- pro halbe Stunde. Das Konkursamt hat für die Einvernahme der Schuldnerin am 21. Oktober 2008 eine Gebühr von Fr. 400.-- erhoben, welche mit dem Zeitaufwand von 2,5 Stunden für die Einvernahme und mit 1,5 Stunden für den Beizug eines weiteren Konkursbeamten begründet wird.
2.3.1 Die Aufsichtsbehörde hat erwogen, dass der Beizug eines zweiten Beamten bzw. der entsprechende Zeitaufwand von 1,5 Stunden gerechtfertigt sei, weil die Beschwerdeführerin in Begleitung einer Drittperson (Ex-Ehemann Y._) erschien, mit welchem sie dauernd Rücksprache genommen habe und der eigene Stellungnahmen abgegeben und seinerseits Fragen gestellt habe. Soweit die Beschwerdeführerin ausführt, sie sei berechtigt, sich vor dem Konkursbeamten in französischer Sprache zu äussern und dadurch entstehender Aufwand ihr nicht angelastet werden könne, geht sie fehl. Nach den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil (Art. 105 Abs. 1 BGG) ist der zusätzliche Aufwand nicht wegen sprachlicher Schwierigkeiten entstanden, sondern wegen der Anwesenheit von Y._ anlässlich der Einvernahme. Darauf geht die Beschwerdeführerin nicht ein. Sie macht lediglich geltend, die Einvernahme durch zwei Konkursbeamten sei nicht nötig gewesen.
2.3.2 Vorliegend hat das Konkursamt hinreichenden Anlass gesehen, um den Ex-Ehemann bei der Einvernahme der Insolvenz erklärenden Beschwerdeführerin zuzulassen und miteinzubeziehen. Dies ist grundsätzlich nicht zu beanstanden, zumal anerkannt ist, dass im Bereich der Finanzen bei anderen Personen oft mehr in Erfahrung gebracht werden kann, als beim Schuldner bzw. bei der verantwortlichen Person selber (SCHOBER, a.a.O., N. 9 zu Art. 44). Dass die Einvernahme mit einem Beamten speditiver vorangegangen wäre, macht die Beschwerdeführer selber nicht hinreichend geltend. Hätte die Einvernahme mit einem Beamten entsprechend länger gedauert, wäre sie m.a.W. in zeitlicher Hinsicht kostenneutral ausgefallen. Insoweit legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwieweit die GebV SchKG verletzt worden ist, wenn für die zeitweise Gegenwart eines zweiten Konkursbeamten entsprechende Einvernahmegebühren erhoben werden. In diesem Punkt ist die Beschwerde mangels hinreichender Begründung unzulässig (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2.4 Gemäss Art. 44 lit. c GebV SchKG beträgt die Gebühr für die Aufnahme und Bewertung der Aktiven Fr. 50.-- pro halbe Stunde. Das Konkursamt hat für die Inventaraufnahme in A._ am 24. Oktober 2008 durch zwei Konkursbeamte Fr. 400.-- zuzüglich Fr. 98.-- für die Wegentschädigung in Rechnung gestellt. Im vorliegenden Verfahren ist (wie vor der Aufsichtsbehörde) einzig das Erfordernis eines zweiten Beamten umstritten.
2.4.1 Nach der Vorinstanz ist der Beizug eines zweiten Beamten dadurch begründet, dass sich die "Zusammenarbeit" mit der Beschwerdeführerin "schwierig und kompliziert" gestaltet habe; es sei mehr Sach- und Fachkunde gefragt gewesen, insbesondere weil es um die Inventarisierung "von Tieren" ging. In diesem Zusammenhang ist vorweg festzuhalten, dass es - zum einen - Sache des Konkursamtes ist, sein Personal so einzusetzen, dass es die Verfahren mit angemessener Sachkenntnis erledigen kann (vgl. Art. 2 Abs. 2 und 3 SchKG; SCHOBER, a.a.O., N. 6 zu Art. 43). Zum anderen ist im Fall, dass eine Inventarisierung bzw. Schätzung besondere Fachkunde erfordern, ein Sachverständiger beizuziehen, dessen Auslagen nach Art. 13 GebV SchKG zu ersetzen sind (SCHOBER, a.a.O., N. 18 zu Art. 44).
2.4.2 Ob die Begründung der Vorinstanz unter Ermessensgesichtspunkten haltbar ist, braucht nicht weiter erörtert zu werden. Das Konkursamt hat in der Kostenrechnung festgehalten, dass es bei der Inventaraufnahme um "Pferde auf der Weide", Vermögenswerte in der Garage und anderen Räumen ging. Dass ein zweiter Konkursbeamter einzig deshalb beigezogen wurde, um die Pferde zu schätzen, lässt sich der Kostenrechnung nicht entnehmen; im Gegenteil, erst am 28. Oktober 2008 hat das Konkursamt auswärts Erkundigungen über den Schätzwert der Pferde eingeholt. Dass die Inventaraufnahme bei der Beschwerdeführerin als Pferdehalterin mit einem Beamten nicht ungefähr kostenneutral erfolgt wäre, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Hinreichende Anhaltspunkte, um wegen einer gesetzwidrigen Anwendung des GebV SchKG in die Ermessensbetätigung des Konkursamtes bzw. der Aufsichtsbehörde einzugreifen, bestehen nicht.
2.5 Gemäss Art. 44 lit. d GebV SchKG beträgt die Gebühr für die Reinschrift des Inventars Fr. 50.-- pro halbe Stunde. In der Kostenrechnung hat das Konkursamt für die Reinschrift des Inventars am 29. Oktober 2008 Fr. 200.-- eingesetzt. Die Aufsichtsbehörde hat den Arbeitsaufwand von 2 Stunden für diese amtliche Tätigkeit als verhältnismässig erachtet. Die Beschwerdeführerin macht geltend, für das Inventar hätte im konkreten Fall eine Stunde zur Reinschrift genügt. Damit rügt sie die blosse Unangemessenheit des Kostenpunktes, ohne eine Gesetzesverletzung darzutun bzw. den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG zu genügen.
2.6 Die Gebührenfrage im Zusammenhang mit der Auflistung und Bewertung von Vermögenswerten, die behaupteterweise einem Dritten gehören, werden durch Art. 44 lit. c GebV SchKG geregelt (SCHOBER, a.a.O., N. 13 zu Art. 44), d.h. nach Zeitaufwand (Fr. 50.-- pro halbe Stunde) in Rechnung gestellt. Das Konkursamt hat für die Überprüfung der eingereichten Unterlagen etc. im Zusammenhang mit den angemeldeten Eigentumsansprüchen am 3. Dezember 2008 Fr. 200.-- eingesetzt.
2.6.1 Die Aufsichtsbehörde hat den Gebührenpunkt bestätigt. Die Beschwerdeführerin wendet ein, der Aufwand sei auf Fr. 150.-- zu reduzieren, zumal Fürsprecher Z._ "mit E-Mails vom 22. und 27. Oktober 2008" die Prüfung der Ansprüche vorgenommen habe.
2.6.2 Aus den Vorbringen der Beschwerdeführerin und den Angaben im Konkursprotokoll geht hervor, dass Fürsprecher Z._ offenbar mit der Wahrung der rechtlichen Interessen der Konkursmasse gegenüber Drittansprechern beauftragt wurde. Zu Recht ist unbestritten, dass jener Aufwand nicht in die Kostenrechnung nach GebV SchKG gehört (BGE 58 III 38 E. 2 S. 42/43; GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Bd. III, 2001, N. 17 zu Art. 262). Wenn die Beschwerdeführerin jedoch behauptet, aufgrund der Korrespondenz mit dem Rechtsvertreter der Konkursmasse seien nicht 2, sondern 1,5 Stunden für die Bearbeitung der Drittansprüche angebracht, wirft sie eine blosse - unzulässige - Frage der Angemessenheit auf.
2.6.3 Soweit die Beschwerdeführerin die Mandatierung des Rechtsvertreters im Weiteren kritisiert, wendet sie sich gegen eine Verwaltungshandlung des Konkursamtes (vgl. Art. 240 SchKG; RUSSENBERGER, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 12 zu Art. 240), was nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist. Dass in der Kostenrechnung des Konkursamtes keine Honorarkosten des beigezogenen Rechtsanwaltes aufgeführt sind, wird von der Vorinstanz bestätigt und in der Beschwerdeschrift nicht in Frage gestellt.
2.7 Schliesslich hat die Vorinstanz mit Bezug auf die weiteren Einwände der Beschwerdeführerin die Gebühren für Telefon-, Telefax- und E-Mails behandelt und dabei von den Gebühren für Schriftstücke und Auskunft abgegrenzt (Art. 9, Art. 10 und Art. 12 GebV SchKG). Darauf geht die Beschwerdeführerin nicht ein, sondern sie wiederholt ihre Vorbringen im kantonalen Verfahren. Insoweit genügt die Beschwerdeschrift - wie auch in den übrigen Ausführungen (u.a. betreffend "Differenzierungen" in der Kostenrechnung oder eine angebliche Verletzung von Art. 9 BV) - den Begründungsanforderungen nicht (E. 1.2).
3. Nach dem Dargelegten ist der Beschwerde in Zivilsachen kein Erfolg beschieden. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Ihrem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann zufolge Aussichtslosigkeit der Begehren nicht entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind nicht zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juni 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante