Sachverhalt:
A. Die Bundesanwaltschaft hat gegen X._ und weitere Personen Anklage beim Bundesstrafgericht erhoben. Der Beginn der Hauptverhandlung vor der Strafkammer wurde auf 1. April 2009 angesetzt. Das Strafkammerpräsidium des Bundesstrafgerichts hat (in Ziffer 1 seiner prozessleitenden Verfügung vom 18. Februar 2009) Deutsch als Verfahrenssprache der Hauptverhandlung definitiv bestimmt.
B. Dagegen hat X._ am 17. März 2009 Beschwerde beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, die Verfügung vom 18. Februar 2009 sei aufzuheben und als Verfahrenssprache der Hauptverhandlung sei Italienisch festzulegen. Mit Verfügung vom 25. März 2009 wies das Bundesgericht das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde bzw. Anordnung einer vorsorglichen Massnahme ab. Am 7. April 2009 trat das Bundesgericht (im Verfahren 1B_70/2009) auf eine konnexe Beschwerde betreffend Sprache der Hauptverhandlung nicht ein.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition.
Strafprozessuale Zwischenentscheide der Strafkammer des Bundesstrafgerichts sind (unter den Voraussetzungen von Art. 92-94 BGG) grundsätzlich anfechtbar (Art. 80 Abs. 1 BGG). Dies gilt auch für verfahrensleitende Entscheide des Präsidenten der Strafkammer. Im Gegensatz zu Art. 79 BGG (Entscheide der Beschwerdekammer) beschränkt das Gesetz die Anfechtbarkeit nicht auf Zwangsmassnahmenentscheide der Strafkammer (zur amtlichen Publikation bestimmter Entscheid 1B_7/2009 vom 16. März 2009 E. 1). Zu prüfen ist, ob die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG erfüllt sind.
2. Als oberste rechtsprechende Behörde des Bundes soll sich das Bundesgericht in der Regel nur einmal mit der gleichen Streitsache befassen müssen. Nach ständiger Praxis zu Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG (und schon zum altrechtlichen Art. 87 Abs. 2 OG) ist ein Vor- oder Zwischenentscheid daher nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen (für die rechtsuchende Partei günstigen) Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 134 I 83 E. 3.1 S. 86 f.; 134 IV 43 E. 2.1 S. 45; 133 IV 139 E. 4 S. 141, 288 E. 3.1 S. 291, 335 E. 4 S. 338, je mit Hinweisen). Ein nicht verfahrensabschliessender Zwischenentscheid begründet grundsätzlich selbst dann keinen nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteil, wenn er zu einem zusätzlichen Verfahrensaufwand führt (BGE 133 IV 121 E. 1.3 S. 125).
2.1 Strafprozesse müssen beförderlich geführt werden. Sie unterliegen dem verfassungs- und konventionsrechtlichen Beschleunigungsgebot (vgl. BGE 133 IV 158 E. 8 S. 170; 130 IV 54 E. 3.3 S. 54 f.). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts fehlt es namentlich bei folgenden Gegenständen von Zwischenentscheiden in der Regel am irreparablen Rechtsnachteil im Sinne des Gesetzes: Nichtauswechslung des Offizialverteidigers (BGE 126 I 207 E. 2b S. 211; Urteil 1B_245/2008 vom 11. November 2008 E. 2), Bestellung von gerichtlichen Gutachtern (BGE 133 IV 121 E. 1.3 S. 125; Urteil 2C_507/2008 vom 14. Juli 2008 E. 2.3-2.4), Abweisung von Beweisanträgen oder vorläufige Verfahrenssistierung (BGE 134 IV 43 E. 2 S. 44 f.; 133 IV 139 E. 4 S. 141; 99 Ia 437 E. 1 S. 438; 97 I 1 E. 1a S. 2; 96 I 462 E. 3a S. 464 f.; Urteile 1B_161/2008 vom 27. November 2008 E. 3; 1B_273/2007 vom 6. Februar 2008 E. 1.2-1.4; 1B_226/2007 vom 11. Januar 2008 E. 3; 4P.335/2006 vom 27. Februar 2007 E. 1.2.4), Anklageerhebung (BGE 133 IV 139 E. 4 S. 141; Urteil 6B_149/2007 vom 17. Juli 2007 E. 1), Eröffnung, Wiederaufnahme oder Vereinigung von Strafverfahren (Urteile 6B_23/2007 vom 2. April 2007 E. 1.1.2; 1P.423/2003 vom 16. Juli 2003 E. 2), verfahrensleitende Entscheide über die Strafhoheit (BGE 133 IV 288 E. 3.1 S. 291 f.) oder Rückweisungen der Akten an die Anklagebehörde bzw. an die Vorinstanz (Urteile 6B_205/2007 vom 27. Oktober 2007 E. 2-3; 6B_516/2007 vom 22. Oktober 2007 E. 1). Im Urteil 1P.76/2002 vom 14. Februar 2002 hat das Bundesgericht den nicht wieder gutzumachenden Nachteil auch bei einem Zwischenentscheid verneint, der dem Angeschuldigten die Übersetzung von Einvernahmeprotokollen in seine Muttersprache verweigerte.
2.2 Der Beschwerdeführer begründet den nicht wieder gutzumachenden Nachteil damit, dass er die Verhandlungssprache Deutsch nicht ausreichend verstehe. Bei den Angeklagten handle es sich überwiegend um Personen italienischer Muttersprache.
2.3 Aus der vom Strafkammerpräsidium gewählten Verhandlungssprache folgt für den Beschwerdeführer kein irreparabler Rechtsnachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG. Wie sich aus den Akten ergibt, war die durch das Bundesstrafgericht mehrfach überprüfte Verfahrenssprache im aufwändigen Ermittlungs-, Voruntersuchungs- und Anklageverfahren während mehr als sechs Jahren Deutsch. Die jeweilige Verfahrensleitung hat sehr umfangreiche Übersetzungen von Dokumenten und Prozesshandlungen in verschiedene Sprachen veranlasst. Es besteht keinerlei Anhaltspunkt dafür, dass die Strafkammer des Bundesstrafgerichts im hängigen gerichtlichen Hauptverfahren nicht weiterhin für die gebotenen Übersetzungen (auch in die Muttersprache des Beschwerdeführers) besorgt sein wird. Das Strafkammerpräsidium hat schon in seiner separaten prozessleitenden Verfügung vom 10. Februar 2009 (unter Hinweis auf BGE 118 Ia 462 E. 2b) vermerkt, dass die Angeklagten Anspruch haben auf ausreichende Übersetzung aller Schriftstücke und mündlichen Äusserungen, auf deren Verständnis sie angewiesen sind, um in den Genuss eines fairen Verfahrens zu kommen (vgl. auch konnexes Urteil 1B_55/2009 vom 19. März 2009 E. 1.1). Solche Übersetzungen haben nicht nur ins Italienische, sondern auch ins Spanische und ins Französische zu erfolgen wegen der unterschiedlichen Muttersprachen der Angeklagten. Die Beibehaltung der Verhandlungssprache Deutsch hindert die Gerichtsleitung nicht an der Gewährleistung der Parteirechte. Entsprechende Beanstandungen könnte der Beschwerdeführer, falls nötig, immer noch im Rahmen einer Anfechtung des Endentscheides vorbringen. Zudem steht es ihm im gerichtlichen Hauptverfahren weiterhin offen, der Strafkammer die ihm nötig erscheinenden Prozessanträge (betreffend Übersetzung usw.) zu unterbreiten.
2.4 Im Übrigen kann sinngemäss auf die ausführlichen Erwägungen im konnexen Urteil 1B_70/2009 vom 7. April 2009 (betreffend Verhandlungssprache) verwiesen werden.
2.5 Nach dem Gesagten fehlt es hier am nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG. Auch die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG sind (offensichtlich) nicht erfüllt.
3. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Die gesetzlichen Voraussetzungen (Art. 64 BGG) werden vom Gesuchsteller ausreichend glaubhaft gemacht, so dass dem Ersuchen entsprochen werden kann.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Fürsprecher Dino Degiorgi, Bern, wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, Präsident der Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster