Sachverhalt:
A. X._ wohnt in A._ (BE) und war als Generalagent einer Versicherungsgesellschaft in B._ (BE) tätig. Im Jahr 1996 übernahm er die Führung der Generalagentur C._ (SO). Auf sein Gesuch hin überliess die Steuerverwaltung des Kantons Bern seine gesamten, von 1996 bis 2000 erzielten Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit dem Kanton Solothurn zur Besteuerung.
B. Nachdem sich herausgestellt hatte, dass gewisse Aktivitäten der Generalagentur C._ weiterhin in B._ abgewickelt wurden, leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern mit Schreiben vom 26. Juli 2002 ein Nachsteuerverfahren gegen X._ ein, das es am 28. Februar 2006 mit einer Nachsteuer-, Zins- und Bussenverfügung abschloss. Kantonal letztinstanzlich bestätigte das Verwaltungsgericht am 1. Dezember 2008 einen Besteuerungsanspruch des Kantons Bern für 30% der Geschäftseinkünfte 1997-2000 von X._.
C. Am 16. Januar 2009 hat X._ beim Bundesgericht eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die Kantone Bern und Solothurn wegen interkantonaler Doppelbesteuerung eingereicht. Er beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 1. Dezember 2008 aufzuheben; es sei festzustellen, dass er dem Kanton Bern keine Nachsteuer schulde. Eventuell seien die rechtskräftigen Veranlagungsverfügungen des Kantons Solothurn für die Steuerjahre 1997 bis 2000 aufzuheben; dort zuviel bezahlte Steuern seien mit Zins zurückzuerstatten.
D. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern stellt den Antrag, auf die Beschwerde wegen Verwirkung des Beschwerderechts nicht einzutreten; eventuell sei sie abzuweisen, soweit sie sich gegen den Kanton Bern richte. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt die Abweisung des Haupt- und die Gutheissung des Eventualbegehrens. Die Steuerverwaltung des Kantons Solothurn schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit sie zulässig sei und sich gegen den Kanton Solothurn richte. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 1. Dezember 2008 ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (vgl. Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheids legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (vgl. Art. 100 BGG).
1.2 Die Steuerverwaltung des Kantons Bern macht geltend, die Beschwerde sei wegen Verwirkung des Beschwerderechts insofern nicht zulässig, als sie sich gegen den Kanton Bern richte.
Nach der Rechtsprechung verwirkt ein Pflichtiger das Recht zur Anfechtung der Veranlagung eines Kantons, wenn er die Steuerpflicht in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines andern Kantons vorbehaltlos anerkennt, z.B. wenn er sich der Veranlagung ausdrücklich oder stillschweigend unterwirft, so etwa durch ausdrückliche Erklärung, Abgabe der Steuererklärung, Unterlassen der Einsprache (bzw. weiterer Rechtsmittel) oder Bezahlung des veranlagten Steuerbetrags (vgl. BGE 123 I 264 E. 2d S. 267; 101 Ia 384 E. 1 S. 386; ASA 64 167 E. 4a; StE 2000 A 24.5 Nr. 4 E. 1b; 1998 A 24.42.4 Nr. 1 E. 1b). Die Verwirkung kann sich auch daraus ergeben, dass der Pflichtige im Veranlagungsverfahren seiner Mitwirkungspflicht nicht nachkommt, z.B. wenn er die verlangte Steuererklärung, die Bilanz und Erfolgsrechnung sowie die Belege seiner Buchhaltung nicht einreicht oder andere für die Bemessung und die Ausscheidung der Steuerfaktoren notwendige Angaben verweigert, so dass zur Ermessensveranlagung geschritten werden muss (vgl. ASA 58 538 E. 2c; 57 582 E. 2b; StE 1987 A 24.5 Nr. 2 E. 1a). Eine solche Verwirkung wird indessen nicht von Amtes wegen berücksichtigt, sondern muss von den betroffenen Behörden/Kantonen geltend gemacht werden (vgl. BGE 123 I 264 E. 2d S. 267; Pra 2003 Nr. 172 S. 939 E. 4; StE 2000 A 24.5. Nr. 4 E. 1b).
Hier hat der Beschwerdeführer den Besteuerungsanspruch des Kantons Bern weder ausdrücklich noch stillschweigend anerkannt und auch seine dortigen Steuern nicht vorbehaltlos bezahlt. Ebenso wenig hat er seine Mitwirkungspflicht in dem Sinne verletzt, wie das die Praxis bislang zur Voraussetzung für eine Verwirkung des Beschwerderechts gemacht hat: Hier geht es nicht um eine Pflichtverweigerung, die zu einer Ermessensveranlagung geführt hätte. Ob der Beschwerdeführer die Berner Steuerhoheit bei der erforderlichen Sorgfalt bzw. Ehrlichkeit hätte anerkennen müssen, ist nicht in diesem Zusammenhang zu prüfen, sondern nur, ob er sich dem Besteuerungsanspruch effektiv unterworfen hat, was nicht der Fall ist. Die Beschwerde erweist sich deshalb gegenüber dem Kanton Bern als zulässig, allerdings mit folgender Einschränkung: Nicht eingetreten werden kann auf das Feststellungsbegehren, weil das schutzwürdige Interesse ebensogut mit einer Aufhebung des angefochtenen Entscheids gewahrt wird (vgl. BGE 126 II 300 E. 2c S. 303).
1.3 Im hier zu entscheidenden interkantonalen Kompetenzkonflikt können die bereits rechtskräftigen Veranlagungen des Kantons Solothurn für die Steuerperioden 1997 bis 2000 ebenfalls mit angefochten werden (vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG, BGE 131 I 145 E. 2.1 S. 145), obwohl sie keine Urteile im Sinne von Art. 86 BGG darstellen (vgl. BGE 133 I 300 E. 2.4 S. 307, 308 E. 2.4 S. 313). Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde jedoch insoweit, als vom Kanton Solothurn eine Rückerstattung zuviel bezogener Steuern "unter Ausrichtung eines Zinses" verlangt wird. Ein etwaiger Anspruch auf Verzinsung von zuviel bezahlten Steuern ist nicht im Doppelbesteuerungsverbot von Art. 127 Abs. 3 BV begründet, sondern richtet sich ausschliesslich nach kantonalem Recht; dieser Anspruch ist bisher nicht Gegenstand eines Entscheids gewesen, weshalb darüber nicht im Rahmen des vorliegenden Verfahrens entschieden werden kann (vgl. StE 2008 A 24.24.3 Nr. 3 E. 1.3).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine gegen Art. 127 Abs. 3 BV verstossende aktuelle interkantonale Doppelbesteuerung (vgl. zu diesem Begriff BGE 134 I 303 E. 2.1 S. 306 f.; 133 I 308 E. 2.1 S. 311; 132 I 29 E. 2.1 S. 31 f., je mit Hinweisen). Eine solche ist vorliegend an sich für 30% der Geschäftseinkünfte 1997 bis 2000 erfüllt. Indessen wendet der Kanton Solothurn grundlegend ein, der Kanton Bern habe seinen Besteuerungsanspruch für die hier massgeblichen Perioden verwirkt.
2.1 Ein Kanton, der die für die Steuerpflicht massgeblichen Tatsachen kennt oder kennen kann, verwirkt sein Recht auf Besteuerung, wenn er trotzdem mit der Erhebung des Steueranspruchs ungebührlich lange zuwartet und wenn bei Gutheissung des erst nachträglich erhobenen Anspruchs ein anderer Kanton zur Rückerstattung von Steuern verpflichtet werden müsste, die er formell ordnungsgemäss, in guten Treuen und in Unkenntnis des kollidierenden Steueranspruchs bezogen hat. Bei periodischen Steuern gilt die Veranlagung in der Regel als verspätet, wenn sie nach Ablauf der in Frage stehenden Periode eingeleitet oder ihr Abschluss ohne ausreichenden Grund ungebührlich lange verzögert wird (vgl. BGE 132 I 29 E. 3.2 S. 32; 123 I 264 E. 2c S. 266; siehe auch Pra 2003 Nr. 172 S. 939 E. 3.2; ASA 64 167 E. 5a; StE 2008 A 24.1 Nr. 6 E. 3.2; 2004 A 24.35 Nr. 3 E. 3.1; StR 56/2001 813 E. 3b; mit Hinweisen). Bei einem Nachsteuerverfahren hat die Veranlagung nicht zwingend innerhalb der fraglichen Steuer- und Veranlagungsperiode zu erfolgen; umso strenger wird gefordert, dass der berechtigte Kanton den Steueranspruch erhebt, sobald er von den massgebenden Verhältnissen Kenntnis hat, und dass er das Verfahren ohne ungebührliche Verzögerung durchführt; denn bei der Nachsteuer ist in besonderem Masse mit Rückwirkungen auf bereits bezogene Steuern in anderen Kantonen zu rechnen (vgl. das Urteil vom 6. Juli 1955 E. 2, publiziert bei Kurt Locher/Peter Locher, Die Praxis der Bundessteuern, III. Teil: Das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht, § 2, IV D, Nr. 26).
Die Verwirkung ist ein Institut zugunsten der steuererhebenden Kantone und nicht der Steuerpflichtigen. Ihr Sinn und Zweck liegt darin, den betroffenen Zweitkanton - hier Solothurn - davor zu bewahren, schon bezogene Steuern auf Grund eines an sich vorrangigen, aber erst ungebührlich spät erhobenen Steueranspruches zurückerstatten zu müssen (vgl. BGE 132 I 29 E. 3.3 S. 33 ff.; StE 2000 A 24.5 Nr. 4 E. 4b; ASA 56 85 E. 4b; siehe auch schon BGE 91 I 467 E. 4 S. 475 ff.). Deshalb kann die Verwirkung auch nur durch den anderen Kanton und nicht durch den Steuerpflichtigen selbst geltend gemacht werden (vgl. BGE 132 I 29 E. 3.1 S. 32; 123 I 264 E. 2c S. 26; StE 2008 A 24.1 Nr. 6 E. 3.3; 2002 A 24.22 Nr. 4 E. 4).
2.2 Vorliegend ist unbestritten, dass der Kanton Solothurn die Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers der Jahre 1997 bis 2000 formell ordnungsgemäss, in guten Treuen und in Unkenntnis des kollidierenden Steueranspruchs erhoben hat. Es bleibt somit nur noch zu prüfen, ob der Kanton Bern mit der Geltendmachung seines Besteuerungsanspruchs ungebührlich lange zugewartet hat. Das ist hier anzunehmen: Das Nachsteuerverfahren wurde erst am 26. Juli 2002 eingeleitet; in der Folge vergingen fast vier Jahre, bis am 28. Februar 2006 die Nachsteuerveranlagung erlassen wurde; es dauerte wiederum fast ein Jahr, bis am 24. Januar 2007 der Einspracheentscheid eröffnet wurde; die Steuerrekurskommission entschied am 12. Februar 2007 und das Verwaltungsgericht am 1. Dezember 2008. Daraus ergibt sich, dass der Kanton Bern das Verfahren ungerechtfertigt lange verzögert hat. Eine solche Beurteilung entspricht nicht nur dem allgemeinen Sinn und Zweck des Instituts der Verwirkung (vgl. oben E. 2.1 in fine), sondern auch den für Nachsteuerverfahren besonders strengen Anforderungen. Namentlich ist eine vierjährige Untätigkeit selbst für eine stark überlastete Behörde nicht mehr nachvollziehbar (vgl. dazu auch StE 2000 A 24.5 Nr. 4 E. 4b). Dabei kann sogar offen bleiben, ob der Kanton Bern erst im Jahr 2002 oder nicht bereits im Jahr 2000 von seinem Steueranspruch Kenntnis hatte. Es erübrigt sich auch zu prüfen, ob in B._ effektiv eine Betriebsstätte der Generalagentur C._bestand und wie eine allfällige Steuerausscheidung auszusehen hätte.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gegenüber dem Kanton Bern gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann; das angefochtene Urteil ist aufzuheben, und die Sache ist zur Verlegung der Kosten- sowie Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerde gegen den Kanton Solothurn ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Dementsprechend wird der Kanton Bern, der Vermögensinteressen verfolgt, kosten- und entschädigungspflichtig (vgl. Art. 65 f. u. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde gegen den Kanton Bern wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 1. Dezember 2008 wird aufgehoben, und die Sache wird zur Verlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückgewiesen.
2. Die Beschwerde gegenüber dem Kanton Solothurn wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Kanton Bern auferlegt.
4. Der Kanton Bern hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, dem Kantonalen Steueramt Solothurn und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter