Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête dirigée contre B._, C._, D._, E._ et autres pour blanchiment d'argent, faux dans les titres et les certificats et corruption d'agents étrangers, le Ministère public de la Confédération (MPC) a ordonné, le 10 mars 2011, le séquestre d'un compte bancaire détenu par A._ AG auprès de la banque X._. B._ (administrateur de la fiduciaire A._ AG) est soupçonné d'avoir prêté son concours notamment à D._ pour fournir de fausses identités à des bénéficiaires de comptes, et d'avoir dissimulé en Suisse des fonds provenant d'escroqueries commises aux Etats-Unis. Saisi d'une requête de A._ AG, le MPC a maintenu la mesure de séquestre par décision du 16 septembre 2011.
B. Par arrêt du 15 novembre 2011, la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) a rejeté le recours formé par A._ AG contre le maintien du séquestre. Le MPC faisait état d'un versement suspect de 13 millions de yens effectué le 14 mai 2009, mais on ne pouvait retenir qu'une partie de cette somme proviendrait de l'activité illicite de D._. Toutefois, une opération suspecte était précédemment intervenue sur le compte de la recourante, soit un versement de 12,9 millions d'USD provenant d'un compte approvisionné par le produit des agissements de D._. Ces fonds, dont l'origine n'avait pas fait l'objet d'explications satisfaisantes de la part de B._, avaient été retirés en espèce le lendemain. Au cas où la trace ne pourrait en être retrouvée, une créance compensatrice pourrait être prononcée.
C. Par acte du 19 décembre 2011, A._ AG forme un recours en matière pénale par lequel elle demande de compléter l'état de fait (s'agissant de la réputation de D._), d'annuler l'arrêt de la Cour des plaintes et de lever le séquestre de son compte.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Le MPC conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. La recourante a répliqué.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contrainte. Les décisions relatives au séquestre d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (ATF 136 IV 92 consid. 2.2 p. 94).
1.1 La décision ordonnant un séquestre pénal constitue une décision incidente (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, car le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131).
1.2 La société recourante, titulaire du compte séquestré, a qualité pour agir au sens de l'art. 81 al. 1 LTF.
1.3 Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation et l'application des conditions posées par le droit fédéral pour les atteintes aux droits fondamentaux (art. 95 let. a LTF; cf. ATF 128 II 259 consid. 3.3 p. 269). La décision relative aux mesures de contrainte ne constitue pas une décision sur mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF. La limitation des griefs prévue par cette disposition, de même que le principe d'allégation au sens de l'art. 106 al. 2 LTF (qui va au-delà de l'obligation de motiver posée à l'art. 42 al. 2 LTF), ne s'appliquent donc pas. Cela vaut également pour le séquestre d'objets ou de valeurs patrimoniales (ATF 129 I 103 consid. 2 p. 105 ss). Dès lors que le sort des biens saisis n'est décidé définitivement qu'à l'issue de la procédure pénale, et dans la mesure où les conditions de l'art. 93 al. 1 LTF sont réunies pour statuer à propos d'une décision incidente, le Tribunal fédéral examine librement l'admissibilité de la mesure malgré son caractère provisoire compte tenu de la gravité de l'atteinte et afin d'assurer le respect des garanties de la CEDH (art. 36 et 190 Cst.; cf. ATF 131 I 333 consid. 4 p. 339; 425 consid. 6.1 p. 434 et les références). S'agissant en revanche de l'application de notions juridiques indéterminées, le Tribunal fédéral respecte la marge d'appréciation qui appartient aux autorités compétentes (cf. ATF 136 IV 97 consid. 4 p. 100 et les références).
2. Le séquestre pénal ordonné par une autorité d'instruction est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, le séquestre est fondé non pas sur l'art. 263 CPP, disposition selon laquelle les objets et les valeurs patrimoniales appartenant au prévenu ou à des tiers peuvent être séquestrés notamment lorsqu'il est probable qu'ils devront être confisqués (let. d), mais sur l'art. 71 al. 3 CP, qui permet à l'autorité d'instruction de placer sous séquestre les valeurs patrimoniales appartenant à la personne concernée, en vue de l'exécution d'une créance compensatrice.
Une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des valeurs dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront faire l'objet d'une créance compensatrice en application du droit pénal fédéral (ATF 126 I 97 consid. 3d/aa p. 107 et les références citées). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation, respectivement de créance compensatrice (SJ 1994 p. 90 et 102).
2.1 Invoquant l'art. 97 LTF, la recourante soutient qu'il y aurait lieu de compléter l'état de fait et de retenir qu'en 2007, D._ était considéré par la presse spécialisée comme le "Hedge Fund Leader of the Year". La recourante estime ensuite qu'il y aurait contradiction entre, d'une part, l'affirmation que D._ pourrait encore être l'ayant droit économique du compte et, d'autre part, la considération que les fonds actuellement au crédit du compte ne pourraient être suspectés de provenir d'une infraction.
2.1.1 L'art. 97 LTF ne permet toutefois de s'écarter de l'état de fait retenu par l'autorité inférieure (voire d'ajouter certains faits pour autant que ceux-ci ne soient pas nouveaux au sens de l'art. 99 LTF) que si les constatations figurant dans l'arrêt attaqué sont manifestement inexactes ou contraires au droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF; ATF 136 II 101 consid. 3 p. 103). En l'occurrence, on ne voit pas en quoi la simple réputation de D._ permettrait de remettre en cause les soupçons qui pèsent à son égard. L'arrêt attaqué retient que les soupçons du MPC, s'agissant des infractions préalables d'escroqueries, apparaissaient suffisants en l'état puisqu'ils reposaient sur une plainte formée par la SEC auprès des autorités américaines. Le fait évoqué par la recourante n'est pas propre à remettre en cause cette appréciation et apparaît dès lors dépourvu de pertinence.
2.1.2 Il n'y a par ailleurs aucune contradiction entre les incertitudes concernant l'ayant droit économique du compte (qui pourrait encore être D._) et les considérations concernant la provenance des fonds se trouvant actuellement sur le compte séquestré.
2.2 La recourante se plaint ensuite d'arbitraire. Elle estime que le prononcé d'une créance compensatrice serait exclu en l'espèce puisqu'elle-même n'aurait retiré aucun bénéfice de la mise à disposition de son compte. L'arrêt attaqué répond toutefois pertinemment à cette objection. En effet, si elle retient que les fonds qui se trouvent actuellement sur le fond séquestré ne proviennent apparemment pas des infractions reprochées à D._ (ce qui exclurait une confiscation), la Cour des plaintes estime en revanche que tel pouvait être le cas du versement de 12,9 millions d'USD parvenu sur le compte le 7 septembre 2007, retiré en espèces le lendemain et versé sur un compte dont D._ était l'ayant droit par le biais d'une fausse identité. Dès lors que le montant litigieux aurait pu être confisqué s'il était encore disponible, une créance compensatrice d'un montant équivalent pourrait également être prononcée, indépendamment du profit réalisé par la recourante.
La recourante prétend ensuite en vain qu'elle ignorait les infractions prétendument commises par D._. Cette question, de même que celle de la responsabilité pénale de la recourante, pourra être résolue par la suite, mais n'enlève rien à la possibilité d'actes de blanchiment intentionnels. L'administrateur de la recourante ayant permis à D._ d'effectuer sur son compte une transaction suspecte sous une fausse identité, les soupçons du MPC apparaissent justifiés à ce stade.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Ire Cour des plaintes.
Lausanne, le 9 février 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz