Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in S._/ZH, bezweckt die Fabrikation von und den Handel mit Textilien und verwandten Produkten. Sie hat verschiedene Tochtergesellschaften, darunter die A._ AG mit Sitz in T._/TG. In dieser waren die gesamten Aktivitäten auf dem Gebiet der Weberei der A._-Gruppe zusammengefasst. Mit Fusionsvertrag vom 1. Dezember 2006 übernahm die X._ AG ihre Tochtergesellschaft A._ AG durch Absorption. Gemäss Fusionsbilanz vom 30. Juni 2006 bestanden die Aktiven der A._ AG zu 94,9 % aus (vermieteten) Immobilien.
B. Im Rahmen der Veranlagung für die Steuerperiode 2006 (1. Januar-31. Dezember) machte die X._ AG u.a. Verlustvorträge der absorbierten A._ AG von Fr. ... geltend. Mit Veranlagungsverfügung vom 13. Januar 2010 rechnete das Kantonale Steueramt Zürich diesen Vorjahresverlust auf. Mit Einspracheentscheid vom 10. Januar 2011 hielt das kantonale Steueramt an dieser Aufrechnung fest. Der für die direkte Bundessteuer steuerbare Reingewinn belief sich auf Fr. ...
Die von der Steuerpflichtigen gegen den Einspracheentscheid betreffend die direkte Bundessteuer erhobene Beschwerde wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 17. Mai 2011 ab. Hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern blieb der Einspracheentscheid unangefochten.
Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 14. Dezember 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 14. Dezember 2011 sei aufzuheben und der Vorjahresverlust der fusionsweise übernommenen A._ AG sei im Umfang von Fr. ... mit dem steuerbaren Gewinn der Steuerperiode 2006 zu verrechnen.
Das Kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten ist).
Die Beschwerdeführerin hat von ihrem Recht auf Replik Gebrauch gemacht.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts ist zulässig (Art. 82 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid berührt und zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a BGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (vgl. Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit nicht an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden und kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen bzw. abweisen.
Der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt ist für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (vgl. Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann, sofern rechtserheblich, nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Verweist die Vorinstanz auf die Feststellungen der unteren kantonalen Instanz, so macht sie diese zu ihren eigenen, womit diese auch für das Bundesgericht verbindlich sind.
2. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin die Verluste der ehemaligen A._ AG, die sie per Stichtag am 30. November 2004 durch Fusion (Absorption) übernommen hat, noch steuerwirksam geltend machen kann.
2.1 Gegenstand der Gewinnsteuer der juristischen Person ist der Reingewinn (Art. 57 DBG). Vom Reingewinn der Steuerperiode, die mit dem Geschäftsjahr zusammenfällt (Art. 79 DBG), können Verluste aus den sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten (Art. 67 Abs. 1 DBG).
Doktrin und Praxis wenden diese Vorschrift auch an, wenn im Rahmen einer gewinnsteuerneutralen Unternehmensumstrukturierung, insbesondere bei der Fusion durch Absorption, eine Gesellschaft Verlustvorträge auf eine andere Gesellschaft überträgt (Urteil 2A.583/2003 vom 31. Januar 2005 E. 2.1, in: StE 2005 B 72.15.2 Nr. 7, mit Literaturhinweisen und unter Bezugnahme auf das Kreisschreiben Nr. 5 vom 1. Juni 2004 der Eidgenössischen Steuerverwaltung, "Umstrukturierungen", Ziff. 4.1.2.2.4 S. 31). In einem kürzlich ergangenen Urteil befasste sich das Bundesgericht eingehend - namentlich auch im Lichte des am 1. Juli 2004 in Kraft getretenen Fusionsgesetzes vom 3. Oktober 2003 (FusG; SR 221.301) - mit der Problematik und den Voraussetzungen, die erfüllt sein müssen, damit im Rahmen einer solchen Annexion Verluste der absorbierten Gesellschaft mit dem Reingewinn verrechnet werden können (Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 E. 2, in: StE 2012 B 72.15.2 Nr. 9, besprochen von Jakob/Schüpfer/Grunder, Fusion mit umstrittener Verlustverrechnung im Konzern, Bundesgericht schafft Klarheit, ST 86/2012 S. 265 ff.). Dessen Ausführungen können wie folgt zusammengefasst werden:
2.2 Das Bundesgericht prüfte zunächst die Frage der gesetzlichen Grundlage. Es erwog, Art. 67 Abs. 1 DBG bilde nicht die unmittelbare gesetzliche Grundlage, um bei Übernahme einer Gesellschaft durch eine andere im Rahmen einer Unternehmensumstrukturierung die Verlustvorträge weiterzuführen. Diese Folge ergäbe sich aber aus der Übernahme der Steuerfaktoren im Rahmen von Unternehmensumstrukturierungen nach Art. 61 DBG. Die Übernahme der Steuerfaktoren beinhalte nicht nur die Anrechnung der positiven, sondern auch der negativen Ergebnisse im Sinne einer Nettogrösse. Die in die Verlustvortragsperiode (Art. 67 Abs. 1 DBG) fallenden Verluste der übertragenden Gesellschaft seien daher grundsätzlich auch bei der übernehmenden Gesellschaft zu berücksichtigen (Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012, E. 2, in: StE 2012 B 72.15.2 Nr. 9).
2.3 Das Bundesgericht nahm auch zur Frage Stellung, ob die steuerneutrale Unternehmensumstrukturierung durch Fusion (Absorption) die Übertragung eines Betriebs oder eines Betriebsteiles erfordere. Es befand, die steuerneutrale Übertragung bei Umstrukturierungen verlange dem Grundsatz nach, dass stille Reserven den bisherigen Vermögenswerten verhaftet bleiben. Auch der Verlustvortrag sei mit dem Unternehmen verknüpft, weshalb für dessen Anrechnung im Rahmen einer Unternehmensumstrukturierung eine gewisse wirtschaftliche Kontinuität verlangt werden müsse. Da aber nach dem Fusionsgesetz selbst eine Gesellschaft in Liquidation sich als übertragende Gesellschaft an einer Fusion beteiligen kann (vgl. Art. 5 Abs. 1), dürfe die steuerneutrale Übertragung der stillen Reserven und die Verrechnung der übertragenen Verluste nicht bereits deshalb verweigert werden, weil betriebliches oder Anlagevermögen liquidiert worden sei. Es bedürfe vielmehr qualifizierter Voraussetzungen, um die Übertragung stiller Reserven bzw. um die gesetzlich vorgesehene Verlustverrechnung ausnahmsweise nicht zuzulassen. Das sei namentlich dann der Fall, wenn keine sachlichen bzw. betriebswirtschaftlichen Gründe für die Umstrukturierung vorliegen, wobei die blosse Schaffung von Verlustverrechnungspotential nicht als solcher Grund zu qualifizieren sei. Dabei sei keine statische, auf die Fortführung des Betriebes gerichtete Betrachtungsweise, angebracht. Massgebend sei vielmehr eine dynamische, auf die Weiterführung der wirtschaftlichen Existenz der annektierten Gesellschaft gerichtete Analyse. Dementsprechend stellte das Gericht auch klar, dass es bei einer Fusion - anders als bei einer Auf- oder Abspaltung - nicht auf die Weiterführung eines Betriebes oder Betriebsteils oder auf eine betriebliche Kontinuität ankommen kann. Im Unterschied zu der bis 1. Juli 2004 geltenden Fassung von Art. 61 Abs. 1 lit. b unrev. DBG verwende die revidierte Bestimmung den zu engen Begriff "Unternehmenszusammenschluss" nicht mehr (Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 E. 3.3 f., 4.2, in: StE 2012 B 72.15.2 Nr. 9).
2.4 Im damals beurteilten Fall wurde kein Geschäftsbetrieb von der absorbierten auf die übernehmende Gesellschaft übertragen, da im Zeitpunkt der Fusion die Sparte Produktion der übertragenden Gesellschaft bereits stillgelegt war und die Handelssparte an einen Dritten veräussert worden war. Dennoch gab es sachliche bzw. betriebswirtschaftliche Gründe, welche für die Umstrukturierung, d.h. die Übernahme der teilweise liquidierten Gesellschaft durch die damalige Beschwerdeführerin, sprachen. So verfügte die übertragende Gesellschaft noch immer über immaterielle Werte (Kundenstamm, Know-how in der Produktion), die zwar nicht aktiviert werden konnten, aus betriebswirtschaftlicher Sicht aber dennoch von Bedeutung waren. Das Ziel der damals beurteilten Fusion bestand zudem in der Zusammenlegung und Bündelung der Aktivitäten und Kräfte der im gleichen Bereich tätigen Gesellschaften. Aus den erwähnten immateriellen Werten zog die übernehmende Gesellschaft denn auch Profit, was sich in den Umsatzzahlen niederschlug. Das waren nach Ansicht des Bundesgerichts sachliche bzw. betriebswirtschaftliche Gründe, welche die damalige Fusion und die Verlustanrechnung als gerechtfertigt erscheinen liessen (Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 E. 4, in: StE 2012 B 72.15.2 Nr. 9).
3. Vorliegend hat die Vorinstanz erwogen, dass die A._ AG im Übernahmezeitpunkt (30. Juni 2006) keine der ursprünglichen Weberei-Aktivitäten mehr ausgeübt habe und insoweit vollständig inaktiv gewesen sei. Sie habe insbesondere auch keinen Immobilienbetrieb geführt. Damit habe die Beschwerdeführerin im Zuge der Absorptionsfusion auch keinen Betrieb ihrer Tochtergesellschaft übernehmen können, womit die Verlustverrechnung nicht anerkannt werden können. Damit legt aber die Vorinstanz (sie hatte im Urteilszeitpunkt noch keine Kenntnis vom Bundesgerichtsurteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012) das Gewicht zu sehr auf den (hier nicht vorhandenen) Betrieb. Vielmehr stellt sich die Frage, ob für die Absorption der A._ AG durch die Beschwerdeführerin sachliche bzw. betriebswirtschaftliche Gründe angeführt werden können, auch ohne dass ein eigentlicher Betrieb übertragen wird.
3.1 Nach den Feststellungen des Steuerrekursgerichts, welche die Vorinstanz als zutreffend und vollständig bezeichnet hat und die für das Bundesgericht verbindlich sind (vorn E. 1.2), waren in der A._ AG die gesamten Weberei-Aktivitäten der A._-Gruppe zusammengefasst. Diese Aktivitäten umfassten drei Bereiche: die Schaftweberei, die Technischen Gewebe und die so genannte Jacquardweberei. Der Bereich Technische Gewebe wurde bereits im Jahr 2002 abgespalten und auf eine neu gegründete Schwestergesellschaft übertragen. Der Bereich Schaftweberei wurde nach einem Einbruch im Jahr 2003 eingestellt. Der verbleibende Betriebsteil Jacquardweberei, auf den rund 84 % des Verlustvortrags entfiel, sollte bei einer neu zu gründenden Tochtergesellschaft, der B._ AG, bezüglich Produktion und Vermarktung vollständig neu aufgebaut werden. Am 30. Juni 2005 übernahm die B._ AG von der Beschwerdeführerin das Warenlager im Wert von Fr. ... und beschaffte sich im gleichen Jahr neue Webmaschinen. Im Fusionszeitpunkt (Übernahmebilanz vom 30. Juni 2006) bestanden die Aktiven der A._ AG zur Hauptsache (94,9 %) aus Immobilien.
3.2 Es ist daher - anders als in dem vom Bundesgericht beurteilten Fall 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 - nicht zu erkennen, welche betriebswirtschaftlichen Gründe für die Absorption der A._ AG durch die Beschwerdeführerin angeführt werden könnten. Die Beschwerdeführerin nennt als Grund für die Absorption der Tochtergesellschaft die "Konzentration auf den Produktionsstandort S._ mit dem Standort der zentralen Verwaltung". Jedoch ist fraglich, inwiefern der Produktionsstandort in S._/ZH angesiedelt werden könnte, nachdem es sich bei den von der A._ AG übernommenen Fabrikliegenschaften um solche im Kanton Thurgau handelt. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin hätten "sachenrechtliche und gesellschaftsrechtliche Überlegungen (...) klar für eine Fusion" gesprochen, doch werden diese Gründe nicht näher spezifiziert. Im Gegenteil bringt die Beschwerdeführerin vor, es sei vor allem darum gegangen, sich vom bisherigen Marktauftritt, der noch mit der wenig erfolgreichen "A._" in Verbindung gebracht wurde, ausdrücklich zu distanzieren, um nicht negative Assoziationen zu wecken. Für die Fusion durch Absorption ist damit kein anderer Grund ersichtlich, als die Schaffung einer Verlustverrechnungsmöglichkeit. Das wird auch durch eine E-Mail vom 8. November 2004 von C._ an D._ bestätigt, wonach man mit den hinzukommenden Verlustvorträgen die rund ... Franken stillen Reserven auf dem Wertschriftenportefeuille der Beschwerdeführerin ohne Steuerfolgen offenlegen könne.
3.3 Die Beschwerdeführerin wendet ein, für die Fortschreibung der Verluste im Falle einer Übernahme (Fusion) genüge eine minimale Geschäftstätigkeit. Sei eine solche zu bejahen, könne eine Verlustübernahme oder -verrechnung nur noch verweigert werden, wenn eine Steuerumgehung vorliege.
Auch zu dieser Frage nahm das Bundesgericht im Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 Stellung. Es führte aus, dass Steuernormen mit wirtschaftlichen Anknüpfungspunkten nach wirtschaftlichen Kriterien auszulegen sind. Nur wenn durch richtige Auslegung und Anwendung der Norm einer missbräuchlichen Rechtsgestaltung oder einer missbräuchlichen Inanspruchnahme von Rechten nicht beizukommen ist, sei die Frage der Steuerumgehung zu prüfen. Das Gericht lehnte damit die Lehrmeinung ab, wonach für die Verweigerung der Verlustverrechnung immer eine Steuerumgehung vorliegen müsse, und folgte jenem Teil der Doktrin, der die Frage der Zulässigkeit einer Verlustanrechnung zunächst losgelöst von einer allfälligen Steuerumgehung untersuchen will (Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 E. 3.4, in: StE 2012 B 72.15.2 Nr. 9 mit Hinweisen; s. auch Cagianut/Höhn, Unternehmenssteuerrecht, 3. Aufl. 1993, S. 696; Frank Lampert, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, S. 100 f.; so bereits Urteil 2A.583/2003 vom 31. Januar 2005 E. 2.2, in: StE 2005 B 72.15.2 Nr. 7; s. auch das Urteil der Bundessteuer-Rekurskommission Zürich vom 6. Januar 2003, in: StE 2004 B 72.15.2 Nr. 5). Im vorliegenden Fall ergibt sich bereits durch Auslegung der Rechtsvorschriften, dass die Verlustverrechnung nicht zugelassen werden kann. Die Frage der Steuerumgehung stellt sich folglich nicht.
3.4 Die Beschwerdeführerin kann schliesslich auch aus den verschiedenen Rulinganfragen nichts zu ihren Gunsten ableiten. Wie die Vorinstanz feststellte, bezogen sich die Anfragen der Beschwerdeführerin auf die Fortführung des Webereibetriebs. Nachdem aber die A._ AG sämtliche mit der Weberei zusammenhängenden Aktivitäten bereits vor der Absorptionsfusion ausgelagert oder eingestellt hat, liegt nach Treu und Glauben keine Bindung der Steuerbehörden an die erteilten Zusagen vor (für die Voraussetzungen, die erfüllt sein müssen, damit eine Behörde nach dem Vertrauensprinzip an ihre - selbst unrichtige - Auskunft gebunden ist, vgl. BGE 137 II 182 E. 3.6.2 S. 193).
3.5 Zusammenfassend sind keine nachvollziehbaren sachlichen oder betriebswirtschaftlichen Gründe für die Umstrukturierung zu erkennen. Die Vorinstanz hat daher - wenn auch mit abweichender Begründung - die Verlustverrechnung zu Recht verweigert.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen. Da die Beschwerdeführerin unterliegt, sind ihr die Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. September 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann