Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 9. Februar 2011 und Einspracheentscheid vom 1. April 2011 verneinte das Amt für Wirtschaft und Arbeit (AWA) des Kantons Zürich einen Anspruch auf Arbeitslosentschädigung des C._ aus seinem Arbeitsverhältnis mit der X._ GmbH aufgrund seiner arbeitgeberähnlichen Stellung. Es bejahte jedoch in Berücksichtigung seiner 50%igen Tätigkeit bei der Y._ AG einen Leistungsanspruch bei einem anrechenbaren Arbeitsausfall von 50 %. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, soweit es darauf eintrat, teilweise gut, und hob den Einspracheentscheid vom 1. April 2011 des AWA insoweit auf, als dieses den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung ab dem 9. März 2011 infolge Umgehung der Bestimmungen über die Kurzarbeitsentschädigung verneinte (Entscheid vom 30. Dezember 2011). Mit Urteil 8C_143/2012 vom 19. September 2012 hiess das Bundesgericht die vom AWA dagegen geführte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gut und hob den Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Dezember 2011 auf. Zur Begründung wurde ausgeführt, es könne weder eine rechtsmissbräuchliche Umgehung der Vorschriften über die Kurzarbeitsentschädigung noch die Gefahr eines missbräuchlichen Beanspruchens der Arbeitslosenversicherung in der relevanten Zeit (17. Dezember 2010 bis 1. April 2011) ausgeschlossen werden. C._ sei somit - trotz fehlender formeller Organstellung bei der X._ GmbH - über den 9. März 2011 hinaus als arbeitgeberähnliche Person anzusehen.
Das in der Zwischenzeit vom Versicherten gestellte Begehren um Neubeurteilung der Anspruchsberechtigung wies das AWA mit Verfügung vom 29. August 2011 ab und verneinte erneut einen Leistungsanspruch im Umfang von 50 % des anrechenbaren Arbeitsausfalls einer Vollzeitbeschäftigung. Daran hielt das Amt auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 16. November 2011).
B. Dagegen erhob C._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde. Auf Gesuch des AWA hin sistierte das Gericht das Verfahren bis zum Vorliegen des Urteils des Bundesgerichts im Prozess gegen den Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Dezember 2011. Nach Fortsetzung des sistierten Verfahrens wies das Sozialversicherungsgericht mit Entscheid vom 30. November 2012 die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. C._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag "Es sei grundsätzlich zu definieren, ob die Bekämpfung von hypothetischem Missbrauch höher zu gewichten sei als der Erhalt von real existierenden Arbeitsplätzen und in der Folge sei die verneinte Anspruchsberechtigung von C._ für Unterstützungsleistungen der ALV im Umfang von 50 % seit dem 17.12.2010 zu beurteilen."
Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Im kantonalen Entscheid werden die Bestimmungen und Grundsätze über die gesetzlichen Vorschriften zum Ausschluss arbeitgeberähnlicher Personen und im Betrieb mitarbeitender Ehegatten vom Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung (Art. 31 Abs. 3 lit. c AVIG), die Rechtsprechung zur analogen Anwendung dieser Bestimmung auf arbeitgeberähnliche Personen und ihre Ehegatten, die Arbeitslosenentschädigung verlangen (BGE 123 V 234 E. 7 S. 236), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig ist der Umfang des anrechenbaren Arbeitsausfalls mit entsprechender Auswirkung auf die Höhe des Entschädigungsanspruchs für den Zeitraum vom 1. April bis 16. November 2011. Soweit der Beschwerdeführer einen Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung seit dem 17. Dezember 2010 beurteilt haben will, muss dies, da ausserhalb des den Anfechtungs- und Streitgegenstand bestimmenden Zeitraums liegend, unbeachtet bleiben. Ebenfalls nicht eingetreten wird auf das Rechtsbegehren insoweit, als es sich dabei um einen unzulässigen Feststellungsantrag handelt (vgl. Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG und BGE 114 II 253 E. 2a S. 255, mit Hinweisen).
3.1 Das kantonale Gericht gelangte zum Schluss, in Berücksichtigung des bundesgerichtlichen Urteils 8C_143/2012 vom 19. September 2012 und des darin angewendeten materiellen Organbegriffs sowie des bejahten Firmenkonglomerats sei auch im massgeblichen Zeitraum vom 1. April bis 16. November 2011 von einer den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung ausschliessenden arbeitgeberähnlichen Stellung bezüglich der X._ GmbH auszugehen.
3.2 Den vorinstanzlichen Erwägungen ist vollumfänglich zu folgen. Die Einwendungen in der Beschwerde führen zu keinem anderen Ergebnis, zumal sich im hier zu beurteilenden Zeitraum in sachverhaltlicher Hinsicht seit dem Urteil 8C_143/2012 vom 19. September 2012 nichts geändert hat.
3.3 Bei einer nach wie vor bestehenden engen Verflechtung der beiden Unternehmungen X._ GmbH und Z._ GmbH, in welchen der Beschwerdeführer beliebig seine Funktion und Beteiligung bestimmen kann (seit 11. Dezember 2012 ist der Versicherte erneut Gesellschafter und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der Z._ GmbH (Tagebucheintrag im Handelsregister des Kantons Zürich), ist vollumfänglich auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid und auf das im Urteil 8C_143/2012 vom 19. September 2012 Gesagte zu verweisen.
4. 4.1 Die im Sinne von Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG offensichtlich unbegründete Beschwerde wird im vereinfachten Verfahren abgewiesen.
4.2 Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 Abs. 4 lit. a und Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. März 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Polla