Sachverhalt:
A. Y._ (Beschwerdegegner 1) arbeitete ab dem 29. September 2008 im Betrieb von X._ (Beschwerdeführer). Dieser kündigte das Arbeitsverhältnis am 15. Juni 2009 auf den 31. Juli 2009 und stellte den Beschwerdegegner 1 per sofort frei.
B. Mit Teilklage vom 6. Oktober 2009 beantragte der Beschwerdegegner 1 dem Arbeitsgericht Brugg, den Beschwerdeführer zu verpflichten, ihm Fr. 19'900.-- nebst Zins zu bezahlen und ein Arbeitszeugnis auszustellen. Dem Verfahren trat die Öffentliche Arbeitslosenkasse des Kantons Solothurn (Beschwerdegegnerin 2) bei. Sie verlangte, ihr zufolge Subrogation vom eingeklagten Betrag Fr. 6'109.70 direkt zuzusprechen. Das Arbeitsgericht hiess die Klage am 12. August 2010 teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer, dem Beschwerdegegner 1 Fr. 17'185.90 nebst Zins zu bezahlen und ihm ein Arbeitszeugnis bestimmten Inhalts auszustellen. Das Begehren der Arbeitslosenkasse wies es ab. Gegen dieses Urteil appellierte der Beschwerdeführer, im Wesentlichen mit dem Antrag, dem Beschwerdegegner 1 lediglich Fr. 4'502.65 brutto zu bezahlen. Das Obergericht des Kantons Aargau wies die Appellation am 4. April 2012 ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung des Urteils des Obergerichts und die Rückweisung der Sache zur Vervollständigung des Sachverhalts in Bezug auf Arbeitsleistung und auf Kompensation von Überstunden und/oder Freizeit während der Freistellungszeit durch den Kläger. Ferner sei das Obergericht anzuweisen, danach die Klage abzuweisen. Der Beschwerdegegner 1 schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdegegnerin 2 hat sich nicht vernehmen lassen. Das Obergericht hat auf Stellungnahme verzichtet. Der Beschwerdeführer hat eine Replik, der Beschwerdegegner 1 eine Duplik eingereicht.
Erwägungen:
1. Nach Art. 51 Abs. 1 lit. a BGG bestimmt sich der Streitwert bei Beschwerden gegen Endentscheide nach dem Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren. Dies verkennt der Beschwerdeführer, wenn er unter Berufung auf das erstinstanzliche Urteil, mit welchem dem Beschwerdegegner 1 Fr. 17'185.90 nebst Zins zugesprochen wurde, behauptet, der Streitwert von Fr. 15'000.-- gemäss Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG werde für die zu beurteilende arbeitsrechtliche Streitigkeit erreicht. Er lässt dabei ausser Acht, dass er sich in seinem Rechtsbegehren vor der Vorinstanz bereit erklärt hat, Fr. 4'502.65 zu bezahlen, womit im Appellationsverfahren einzig noch der Betrag von Fr. 12'683.25 im Streite lag, wie die Vorinstanz angab. Damit wird die Streitwertgrenze von Fr. 15'000.-- nicht erreicht.
1.1 Der Beschwerdeführer macht allerdings geltend, das Bundesgericht habe sich zur Frage der Kompensation von Überstunden während der Freistellungszeit bisher nicht geäussert. Sollte er damit sinngemäss geltend machen wollen, es stelle sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, womit die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig vom Streitwert zulässig wäre (Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG), genügen seine Vorbringen den Anforderungen an die Begründung, weshalb der Frage grundsätzliche Bedeutung zukommen sollte (Art. 42 Abs. 2 zweiter Satz BGG), nicht. Er zeigt nicht auf, dass sich die aufgeworfene Frage durch die Anwendung der Grundsätze der Rechtsprechung auf den konkreten Fall nicht beantworten liesse (BGE 135 III 1 E. 1.3 S. 4; 134 III 115 E. 1.2 S. 117). Vielmehr zieht er selbst die Rechtsprechung zur Frage der Verrechnung nicht bezogener Ferien mit Freistellungszeit (BGE 128 III 271 E. 4) heran. Zwar erwähnt er, die Erwägung des Bundesgerichts zum Zweck der Ferien (Erholung) treffe nur teilweise auf die Abgeltung der Überstunden durch Freizeit zu. Er beruft sich aber selbst auf Art. 24 Abs. 4 GAV Metzgergewerbe, wonach die Kompensation der Überstunden durch Freizeit von gleicher Dauer nur dann der Bezahlung zu weichen habe, wenn die Kompensation nicht möglich sei. Damit stellt er selbst die Analogie zur Abgeltungsregel betreffend Ferien (Art. 329d Abs. 2 OR) her. Er selbst gewinnt die Lösung durch Anwendung der Rechtsprechung auf den Einzelfall und zeigt nicht auf, dass eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung zur Debatte steht.
1.2 Die Beschwerde in Zivilsachen steht damit nicht offen. Zu prüfen bleibt, ob die Beschwerde als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegengenommen werden kann (Art. 113 BGG). Mit dieser kann allerdings nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 116 BGG). Das Bundesgericht prüft demnach grundsätzlich nicht, ob die Vorinstanz Bundesrecht korrekt angewendet hat. Zulässig ist allerdings der Vorwurf, die Rechtsanwendung verletzte das Willkürverbot nach Art. 9 BV. Der Beschwerdeführer muss aber angeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde und substanziiert darlegen, worin die Verletzung besteht (BGE 134 V 138 E. 2.1 S. 143; 133 III 439 E. 3.2 S. 444 mit Hinweis). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.3 Eine derartige Rüge findet sich jedoch in der Beschwerdeschrift nicht.
1.3.1 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (BGE 136 I 316 E. 2.2.2 S. 318 f.; 129 I 8 E. 2.1 S. 9; je mit Hinweisen).
1.3.2 Der Beschwerdeführer vertritt im Wesentlichen die Meinung, analog zur Ferienkompensation seien zufolge der erwähnten GAV-Regel Überstunden auch ohne klare Anweisung des Arbeitgebers mit der durch die Freistellung gewonnenen Freizeit auszugleichen. Damit nennt der Beschwerdeführer Umstände, die seine Rechtsauffassung stützen sollen. Dies genügt indessen nicht, um die davon abweichende Auffassung der Vorinstanz als offensichtlich unhaltbar auszuweisen. Ebenso wenig legt er dar, dass die Vorinstanz bei der Feststellung des Sachverhalts in Willkür verfallen wäre. Unter diesen Umständen kommt eine Konversion des Rechtsmittels nicht in Frage.
2. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dieser Verfahrensausgang führt zur Kosten- und Entschädigungspflicht des Beschwerdeführers (Art. 65 Abs. 4 lit. c, Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. September 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak