Sachverhalt:
A. Die X._ Immobilien AG, welche damals ihren Sitz in der Stadt Luzern hatte, übernahm rückwirkend per 1. Januar 2001 die im Kanton Bern domizilierte Y._ AG. Die X._ Immobilien AG ist in der Liegenschaftsverwaltung und im Liegenschaftshandel tätig. Sie beschäftigt offenbar kein Personal. Ihre Geschäfte in Luzern werden von Verwaltungsratspräsident A._ wahrgenommen, der die luzernische Liegenschaft und die sie betreffenden Geschäfte betreut. In der O._strasse 4 in Bern stehen der Gesellschaft die für die laufende Geschäftsbesorgung nötigen Räume durch das Verwaltungsratsmitglied B._, der ein Treuhandbüro betreibt, zur Verfügung.
Im Jahre 2001 veräusserte die Gesellschaft die im Jahre 1999 erworbene und einer Sanierung unterworfene Liegenschaft an der P._strasse in Luzern mit einem Rohgewinn von rund Fr. 2,9 Mio. Zudem sanierte sie die von der Y._ AG eingebrachte Liegenschaft in I._, Kanton Bern, für rund Fr. 2,3 Mio. und holte eine Abschreibung von knapp Fr. 300'000.-- nach. Schliesslich erwarb sie zwei ausschliesslich mit Fremdkapital finanzierte Liegenschaften in Biel und Brügg, beide Kanton Bern.
Für die Steuerperiode 2001 behandelte die Steuerverwaltung des Kantons Luzern die X._ Immobilien AG als interkantonale Liegenschaftenhändlerin, verlegte die Erträge objektmässig, die Schuldzinsen proportional nach Lage der Aktiven und verweigerte eine Verrechnung des im Kanton Bern entstandenen Aufwandüberschusses mit dem Grundstücksgewinn im Kanton Luzern. Eine Einsprache wies die Steuerkommission juristische Personen am 4. September 2006 ab.
Die Steuerverwaltung des Kantons Bern schätzte die Gesellschaft demgegenüber als interkantonale Unternehmung ein und schied den Reingewinn quotenmässig nach Umsatz aus (Veranlagung vom 17. Mai 2006).
B. Die X._ Immobilien AG führte gegen den Einspracheentscheid Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, mit der sie eine der bernischen Einschätzung entsprechende Veranlagung als interkantonale Unternehmung beantragte. Mit Entscheid vom 11. April 2007 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zur Neuveranlagung an die Vorinstanz zurück.
C. Hiergegen führte die X._ Immobilien AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 11. April 2007, soweit ihre Beschwerde nur teilweise gutgeheissen worden ist, und stellt Anträge, wie die Steuerausscheidung vorzunehmen sei. Die Beschwerdeführerin verlangt auch die Aufhebung des angefochtenen Entscheids im Kostenpunkt und beantragt überdies die Zusprechung einer Parteientschädigung für das vorinstanzliche Verfahren.
Steuerverwaltung und Verwaltungsgericht des Kantons Luzern beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Steuerverwaltung des Kantons Bern schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und frei, ob auf die Beschwerde einzutreten ist (BGE 132 III 291 E. 1).
1.1 Da der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern nach dem 1. Januar 2007 erging, findet auf das vorliegende Verfahren das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 BGG). Es geht um die Anwendung von (kantonalem) öffentlichem Recht. In Frage steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a BGG). Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann (Art. 100 Abs. 5 BGG). Ein Entscheid des Kantons Bern ist vorliegend freilich nicht angefochten worden. Die Beschwerde wurde fristgerecht gegenüber dem Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern eingereicht. Zu prüfen ist, ob in Bezug auf dieses Urteil die Beschwerde zulässig ist.
1.2 Nach dem Bundesgerichtsgesetz ist die Beschwerde zulässig gegen Endentscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG), oder gegen Teilentscheide im Sinne von Art. 91 BGG. Das hier angefochtene Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts schliesst das Verfahren nicht ab, sondern lautet auf Rückweisung, und ist daher nicht als Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG zu qualifizieren. Der Entscheid behandelt auch nicht einzelne Begehren abschliessend, so dass kein Teilentscheid gemäss Art. 91 BGG vorliegt. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, gegen den gemäss Art. 92 Abs. 1 und 93 Abs. 1 BGG die Beschwerde nur zulässig ist:
a) wenn er die Zuständigkeit oder Ausstandsfragen betrifft; solche Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (Art. 92 Abs. 1 und 2 BGG);
b) wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder
c) wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
1.3 Um eine Frage der Zuständigkeit im Sinne von Art. 92 Abs. 1 BGG geht es vorliegend nicht. Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin in der hier fraglichen Steuerperiode 2001 ihr Hauptsteuerdomizil im Kanton Luzern hatte und dieser Kanton zur Besteuerung zuständig ist. In Frage steht nur, ob und gegebenenfalls wie die interkantonale Doppelbesteuerung, die sich daraus ergibt, dass die Beschwerdeführerin auch im Kanton Bern steuerpflichtig ist (Ausscheidungsverlust), im Kanton Luzern beseitigt werden kann.
1.4 Zu prüfen ist, ob die Beschwerde zulässig ist, weil der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG bewirken könnte. Die Vorschrift entspricht wörtlich Art. 87 des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) und Art. 45 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren (VwVG; SR 172.021). Nach der Rechtsprechung zur Anfechtung von Zwischenentscheiden mit staatsrechtlicher Beschwerde (Art. 87 OG) bedurfte es eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur, der auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Entscheid nicht mehr behoben werden konnte (BGE 131 I 57 E. 1 S. 59; 127 I 92 E. 1c S. 94 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung zur Anfechtung von Zwischenentscheiden mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde genügte bereits ein nicht wieder gutzumachender Nachteil faktischer Art (Art. 45 VwVG in Verbindung mit Art. 97 OG und Art. 5 VwVG; vgl. BGE 130 II 149 E. 1.1 S. 153, 120 Ib 97 E. 1c S. 100 je mit Hinweisen). Auch bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde reichte es jedoch nicht aus, wenn es dem Beschwerdeführer bloss darum ging, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu verhindern (BGE 120 Ib 97 E. 1c S. 100; 116 Ib 344 E. 1c S. 347 f.). Diese Praxis rechtfertigte sich einerseits dadurch, dass ein Rückweisungsentscheid zur neuen Abklärung und Entscheidung an die Vorinstanz in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt, und andererseits damit, dass die Anfechtung eines Zwischenentscheides ihrerseits regelmässig eine Verlängerung und Verteuerung des Verfahrens bewirkt (zur amtlichen Publikation bestimmtes Urteil 9C_15/2007 vom 25. Juli 2007, E. 5.2.1 und 5.2.2).
Im angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz in der Sache nicht selbst entschieden, sondern den Einspracheentscheid aufgehoben und die Angelegenheit "zum weiteren Vorgehen und zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen" an die Vorinstanz zurückgewiesen. Dieser Entscheid kann wiederum mit den ordentlichen Rechtsmitteln, letztinstanzlich beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, angefochten werden. Da mit der Beschwerde gegen den Endentscheid nach Art. 93 Abs. 3 BGG auch alle Vor- und Zwischenentscheide mitangefochten werden können, gegen welche die Beschwerde gemäss Art. 93 Abs. 1 und 2 BGG ausgeschlossen war oder die nach diesen Bestimmungen nicht angefochten worden sind, kann die Beschwerdeführerin sämtliche Rügen, die sich gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts richten, auch noch im Anschluss an den kantonalen Endentscheid vorbringen. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil, welcher dem Beschwerdeführer durch die Nichtanfechtung des Rückweisungsentscheides entstehen könnte, ist daher nicht dargetan.
1.5 In Frage steht, ob die vorliegende Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG zulässig ist. Diese Bestimmung ist prozessökonomisch motiviert und dem Art. 50 OG nachgebildet, wonach die Berufung gegen Vor- und Zwischenentscheide ausnahmsweise zulässig ist, wenn dadurch sofort ein Endentscheid herbeigeführt und ein so bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden kann, dass die gesonderte Anrufung des Bundesgericht gerechtfertigt erscheint. Das Bundesgericht entscheidet über diese Voraussetzung nach freiem Ermessen unter Berücksichtigung der Umstände (Art. 50 Abs. 1 und 2 OG, vgl. BGE 118 II 91 E. 1a S. 92).
Im angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz nicht in der Sache selbst entschieden, sondern den Einspracheentscheid nur aufgehoben und die Angelegenheit "zum weiteren Vorgehen und zur Neuveranlagung im Sinn der Erwägungen" an die Vorinstanz zurückgewiesen. In diesen Erwägungen fasst die Vorinstanz zunächst die neueste bundesgerichtliche Rechtsprechung betreffend die Vermeidung von Ausscheidungsverlusten und die Schuldzinsenverlegung bei Liegenschaftshändlern im interkantonalen Verhältnis zusammen (BGE 131 I 249 ff., 285 ff., 132 I 220 ff., 133 I 19 ff.). Sie stellt fest, die Behandlung der Beschwerdeführerin als Liegenschaftshändlerin sei - nach damaligem Aktenstand - nicht zu beanstanden; hingegen entspreche es nicht mehr der neuesten bundesgerichtlichen Praxis, Aufwandüberschüsse (namentlich Abschreibungen und Liegenschaftsunterhalt) nicht mit luzernischen Erträgen verrechnen zu lassen. Weil diese Aufwendungen von der Steuerverwaltung des Kantons Luzern bislang nicht überprüft worden seien, sei die Sache zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Dabei sei es dieser unbenommen, auch bezüglich der Frage, ob die Beschwerdeführerin als interkantonales Unternehmen oder als Liegenschaftshändlerin zu qualifizieren sei, "auf ihre bisherige Würdigung der Aktenlage zurück zu kommen und eine andere Beurteilung zu treffen" (angefochtenes Urteil E. 2b/cc in fine).
Damit hat die Vorinstanz zur hier einzig noch umstrittenen Frage der anwendbaren Ausscheidungsmethode nicht definitiv Stellung bezogen. Wohl bestimmte sie, dass der Aufwandüberschuss berücksichtigt werden muss, aber ob dies im Rahmen einer quotenmässigen Ausscheidung (Vorgehen des Kantons Bern) oder einer objektmässigen Ausscheidung (bisheriges Vorgehen des Kantons Luzern) zu erfolgen habe, liess sie offen. Selbst wenn mit der Beschwerdeführerin davon ausgegangen würde, dass im Kanton Bern eine Betriebsstätte bestünde, bliebe zudem die Frage der geltend gemachten Aufwendungen zu prüfen. Weder kann sofort ein Endentscheid gefällt werden, noch können weitere Abklärungen unterbleiben. Es fehlt somit auch am Erfordernis, dass sofort ein Endentscheid herbeigeführt werden kann.
2. Die Beschwerdeführerin beanstandet auch die Kosten- und Entschädigungsregelung im angefochtenen Urteil. Unter dem bisherigen Recht stellte die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen in einem Entscheid, mit dem die Sache zu neuer Entscheidung an eine untere Instanz zurückgewiesen wurde, ihrerseits einen Zwischenentscheid dar, der keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge hat. Das galt gemäss ausdrücklicher Vorschrift für die Verwaltungsgerichtsbeschwerde (Art. 101 lit. b OG) und entsprach auch der Praxis zu Art. 87 Abs. 2 OG für die staatsrechtliche Beschwerde (BGE 131 III 404 E. 3.3 S. 407; 122 I 39 E. 1a/aa und bb S. 41 f.). Es rechtfertigt sich, diese Praxis auch für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anzuwenden. Das Bundesgericht soll sich wenn möglich nur einmal mit einem Prozess befassen müssen. Da die Kosten und die Parteientschädigung vorab nach Massgabe des Obsiegens und Unterliegens verlegt werden, müsste sich das Bundesgericht, falls der Entscheid über die Kosten und die Entschädigung gesondert direkt angefochten werden könnte, unter Umständen zwei Mal mit der Sache befassen. Unter dem Gesichtswinkel der Prozessökonomie lässt sich das nicht rechtfertigen. Es entsteht der Beschwerdeführerin auch kein nicht wieder gutzumachender Nachteil, da auch die Rügen hinsichtlich der Kosten- und Entschädigungsregelung mit Beschwerde gegen den Endentscheid vorgebracht werden können (Art. 93 Abs. 3 BGG).
3. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist nicht einzutreten. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Ein Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Luzern, der Steuerverwaltung des Kantons Bern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Oktober 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: