Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. 1.1 La B._ SA ha escusso la A._ SA con un precetto esecutivo n. 775210 emesso il 2 marzo 2009 dall'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Locarno e notificato 7 giorni dopo all'amministratrice unica dell'escussa, che ha interposto un'opposizione rigettata in via provvisoria dal Pretore della Giurisdizione di Locarno-Città con sentenza 7 maggio 2009.
Il 26 giugno 2009 la B._ SA ha chiesto la continuazione dell'esecuzione e il 30 giugno 2009 l'Ufficio ha emesso la comminatoria di fallimento da notificare al - nuovo - amministratore unico dell'escussa a Minusio. La Polizia comunale di Minusio, alla quale era stata demandata la notifica, ha comunicato con scritto 5 agosto 2009, pervenuto all'Ufficio unicamente il 25 agosto 2009, che l'amministratore unico dell'escussa non era domiciliato in tale comune, ma ad Ascona.
1.2 Il 4 agosto 2009 l'Ufficio ha riemesso il precetto esecutivo n. 775210 menzionando il nuovo indirizzo dell'amministratore unico e l'indicazione "il presente atto annulla e sostituisce quello emesso il 02.03.09". Il 17 settembre 2009 questo precetto è stato notificato al nuovo amministratore, che ha fatto opposizione.
La comminatoria di fallimento è invece stata nuovamente allestita il 19 agosto 2009 con l'indicazione che essa annulla e sostituisce quella del 30 giugno 2009 ed è stata notificata il 27 agosto 2009 all'escussa.
1.3 Il 17 settembre 2009 la A._ SA ha chiesto al Pretore della Giurisdizione di Locarno-Città di annullare la comminatoria di fallimento intimatale il 27 agosto 2009, poiché il precetto esecutivo su cui era fondata è stato annullato e sostituito. Il Pretore ha trasmesso lo scritto all'Ufficio, che il 24 settembre 2009 ha comunicato all'escussa che il precetto esecutivo del 4 agosto 2009 era stato emesso per errore e che viene quindi annullato. L'Ufficio ha poi ritenuto che rimanevano validi il precetto notificato nel mese di marzo 2009, l'opposizione rigettata dal Pretore il 7 maggio 2009 e la comminatoria di fallimento spedita il 30 giugno 2009 e notificata il 27 agosto 2009.
2. Con sentenza del 16 ottobre 2009 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale di appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza, ha respinto un ricorso della A._ SA. L'autorità di vigilanza ha rilevato che incontestatamente tutte le condizioni per emanare la comminatoria di fallimento del 30 giugno 2009 - che non ha potuto essere notificata - erano adempiute e che l'annullamento e la sostituzione del precetto esecutivo operati il 4 agosto 2009 erano manifestamente dovuti ad una svista, poiché l'impossibilità di notificare tale comminatoria non era in alcun modo suscettibile di influenzare la fase della procedura esecutiva che l'aveva preceduta. Essa ha poi osservato che rimediando a questo errore con l'annullamento del precetto esecutivo del 4 agosto 2009 e il ripristino di quello emesso nel mese di marzo precedente, l'Ufficio avrebbe preso l'unica decisione possibile. Alla creditrice non può nemmeno essere imputata una corresponsabilità, atteso che essa non aveva ricevuto un esemplare del precetto esecutivo emesso il 4 agosto 2009 ed era stata messa al corrente della presente fattispecie unicamente con scritto 24 settembre 2009 con il quale l'Ufficio le aveva comunicato la decisione impugnata. L'autorità di vigilanza ha infine rilevato che l'Ufficio ben poteva emettere una nuova comminatoria di fallimento, dopo che la prima era andata smarrita e non aveva potuto essere notificata all'escussa.
3. Con ricorso in materia civile del 29 ottobre 2009 la A._ SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, che venga accertata la nullità di tutta la procedura esecutiva n. 775210 e che sia ordinato all'Ufficio e alla Pretura di annullare tutti gli atti emessi in relazione a tale procedura. Ritiene violati gli art. 82 segg. e 88 segg. LEF, nonché gli art. 8, 9 e 29 Cost. Sostiene che la comminatoria di fallimento intimatale il 27 agosto 2009 era quella basata sul precetto esecutivo annullato del marzo 2009 e che non sarebbe possibile proseguire un'esecuzione fondata su un precetto annullato, motivo per cui sia la comminatoria che il precetto sarebbero diventati nulli. Afferma che, contrariamente a quanto indicato nella sentenza impugnata, una decisione annullata perderebbe ogni validità giuridica e non potrebbe essere sanata "a posteriori". Ritiene irrilevante sia il fatto che al creditore non possa essere imputato alcun errore, sia che essa non abbia promosso un'azione di disconoscimento del debito, atteso che la nullità non è sanabile. Termina il suo ricorso affermando che la decisione impugnata sarebbe arbitraria, e violerebbe la parità di trattamento perché essa non avrebbe tenuto conto del principio della legalità, ritenendo valido un procedimento che non si fondava su un precetto esistente.
Con decreto del 18 novembre 2009 la Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.
4. 4.1 Il gravame è stato interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 2 lett. a LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in materia di esecuzione e fallimento (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF). Trattandosi di una decisione dell'autorità cantonale di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento, il valore di causa è privo di rilievo (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2). Il ricorso in materia civile è quindi in linea di principio ammissibile.
4.2 Giusta l'art. 105 cpv. 1 LTF il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore. L'accertamento dei fatti può essere censurato unicamente se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF oppure in maniera manifestamente inesatta (art. 97 cpv. 1 LTF); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta una violazione del diritto (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39). Poiché il divieto d'arbitrio rientra fra i diritti fondamentali, la censura relativa ad una sua violazione va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 135 III 232 consid. 1.2, con rinvii; 134 II 244 consid. 2.2).
5. 5.1 Per giurisprudenza costante un Ufficio di esecuzione o dei fallimenti può riconsiderare una decisione che ha preso fintanto che il termine di ricorso non è scaduto e, in caso di ricorso, fino all'invio della sua risposta. Una volta scaduto il termine di ricorso una riconsiderazione o una rettifica non sono più ammissibili, a meno che la decisione in questione non sia assolutamente nulla ai sensi dell'art. 22 LEF e non abbia per tale motivo potuto crescere in giudicato (sentenza 5A_460/2009 del 20 ottobre 2009 consid. 2.1; DTF 97 III 3 consid. 2; 88 III 12 consid. 1).
5.2 In concreto l'autorità di vigilanza ha accertato che la creditrice ha avuto conoscenza della fattispecie unicamente con lo scritto 24 settembre 2009 e la ricorrente non formula alcuna censura conforme ai requisiti di motivazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF (supra consid. 4.2) da cui risulterebbe che la creditrice fosse invece al corrente dell'annullamento del precetto esecutivo emesso il 2 marzo 2009 prima che l'Ufficio abbia comunicato alle parti la propria decisione di ripristino dello stesso. Ciò significa che il 24 settembre 2009 il termine di ricorso, che inizia a decorrere dalla conoscenza del provvedimento (art. 17 cpv. 2 LEF), per impugnare la decisione 4 agosto 2009 di annullare il precetto precedentemente notificato non era ancora trascorso per la creditrice. In queste circostanze erano dati i presupposti che permettono all'Ufficio di riconsiderare la propria decisione - peraltro del tutto errata - del 4 agosto 2009 nel senso che ne vengono annullati gli effetti, con il ripristino del precetto esecutivo precedentemente annullato.
Giova inoltre rilevare che la ricorrente confonde le nozioni di annullamento e nullità quando sostiene apoditticamente e in modo ripetitivo che con un suo annullamento una decisione diventa nulla. Essa non indica alcun motivo per il quale il precetto esecutivo del 2 marzo 2009 sarebbe stato nullo e cioè privo di qualsiasi efficacia, e riconosce di non aver incoato un'azione di disconoscimento del debito dopo aver ricevuto la sentenza 7 maggio 2009 di rigetto provvisorio dell'opposizione. Ne segue che non sussistevano ostacoli all'emanazione della comminatoria di fallimento del 19 agosto 2009, che è basata su un precetto esecutivo, quello del 2 marzo 2009, perfettamente valido.
6. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela manifestamente infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), mentre non si giustifica assegnare ripetibili all'opponente, che non è stata invitata a determinarsi sul ricorso e aveva comunicato di non opporsi alla domanda di conferimento dell'effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.