Erwägungen:
1. Am 2. April 2009 verfügte die Kantonspolizei Zürich über X._ ein Rayonverbot auf dem Gebiet der Gemeinden Eglisau und Rüti sowie ein Kontaktverbot zur Ehefrau, zum gemeinsamen Kind, zur Mutter und zu den vier Geschwistern der Ehefrau samt deren Familien.
Am 6. April 2009 ersuchte X._ um gerichtliche Beurteilung der polizeilich angeordneten Schutzmassnahmen und beantragte, diese seien aufzuheben. Mit Verfügung vom 8. April 2009 wies der Haftrichter des Bezirks Affoltern das Begehren ab und bestätigte die Fortdauer der Massnahmen bis zum 16. April 2009. Am 9. April 2009 beantragte die Ehefrau, die Massnahmen seien um drei Monate zu verlängern. Im Rahmen einer vorläufigen Verfügung hiess der Haftrichter das Gesuch der Ehefrau am 16. April 2009 gut und verlängerte die Geltungsdauer der Massnahmen bis zum 16. Juli 2009. Am 17. April 2009 erhob der Ehemann Einsprache gegen die Verfügungen vom 8. und 16. April 2009. Mit Verfügung vom 23. April 2009 bestätigte der Haftrichter die am 16. April 2009 vorläufig angeordnete Verlängerung der Geltungsdauer der Schutzmassnahmen bis am 16. Juli 2009. Auf die gegen die Verfügung vom 8. April 2009 gerichtete Einsprache trat der Haftrichter am 23. April 2009 mangels aktuellen Rechtsschutzinteresses des Ehemannes nicht ein.
Gegen die Verfügungen vom 23. April 2009 erhob X._ Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht. Dessen 3. Kammer der 3. Abteilung wies die Beschwerde mit Entscheid vom 4. Juni 2009 ab, soweit sie darauf eintrat.
Gegen den ihm am 18. Juni 2009 eröffneten Entscheid führt X._ mit Eingabe vom 15. Juli 2009, die am 16. Juli 2009 beim Bundesgericht eingetroffen ist, der Sache nach Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG).
2. Im Rahmen des angefochtenen Entscheids waren Gewaltschutzmassnahmen zu beurteilen, die bis zum 16. Juli 2009 dauerten. Aus den Akten geht nichts hervor, das darauf hinweisen würde, dass diese Massnahmen über dieses Datum hinaus verlängert worden wären. Bei dieser Sachlage erweist sich die vorliegende Beschwerde als gegenstandslos und ist entsprechend abzuschreiben. Dass der Beschwerdeführer mit seiner Beschwerde ans Bundesgericht bis praktisch zum Ablauf der fraglichen Massnahmen zugewartet hat, hat er selber zu vertreten.
3. Bei den gegebenen Verhältnissen rechtfertigt es sich, für das vorliegende Verfahren keine Kosten zu erheben (s. Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird damit gegenstandslos.
Demnach wird verfügt:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos geworden abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Diese Verfügung wird dem Beschwerdeführer, der Kantonspolizei Zürich, dem Haftrichter des Bezirks Affoltern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Aemisegger Bopp