Faits:
A. Par contrat de travail du 5 juillet 2001, une société finalement devenue X._ AG (ci-après: l'employeuse) le 14 janvier 2008 a engagé Y._ (ci-après: l'employé) en qualité de chef de projet pour une durée indéterminée à compter du 1er septembre 2001, pour un salaire mensuel brut, payable douze fois l'an, fixé en dernier lieu à 10'850 fr. au mois de janvier 2005.
Un avenant du 25 février 2002 indiquait notamment que le règlement du personnel distribué à la fin du mois de décembre 2001 faisait partie intégrante du contrat de travail. Sous la rubrique "5.3. Frais"/"5.3.3. Frais de déplacement", ledit règlement comportait un art. 5.3.3.9. disposant que "le temps consacré au déplacement sur un projet ou mandat est rémunéré par la Société lorsque le trajet aller/retour depuis le lieu habituel du travail de l'Employé dépasse 2 heures par jour. Lorsque le droit à la rémunération est ouvert, le tarif à l'heure est fixé à CHF 130.--". Cette disposition n'a subi aucune modification lors de la mise à jour du règlement du personnel le 15 mars 2004.
Le 2 décembre 2005, l'employeuse a licencié l'employé avec effet immédiat avant de lui confirmer, le 19 décembre 2005, qu'elle abandonnait sa décision et qu'ainsi, le contrat liant les parties prendrait fin le 28 février 2006, compte tenu du préavis contractuel de deux mois. L'employé demeurait libéré de son obligation de travailler et devait prendre son solde de vacances avant le 28 février 2006. Par courriel du 28 décembre 2005, l'employé s'est étonné auprès de l'employeuse d'avoir reçu son salaire pour le mois de décembre vu le licenciement avec effet immédiat survenu le 2 décembre 2005.
Du 31 janvier au 3 février 2006, l'employé s'est trouvé en incapacité de travail pour cause de maladie, de sorte qu'il a finalement perçu son salaire jusqu'au 31 mars 2006.
B. Par demande du 30 août 2006, l'employé a assigné l'employeuse en paiement du montant de 145'594 fr. 50 nets, prétention qu'il a ultérieurement amplifiée en ce sens qu'il réclamait le versement des sommes de 226'354 fr. 50 bruts - soit 214'500 fr. à titre de rémunération du temps consacré aux déplacements, 4'854 fr. 50 à titre de paiement de 12.25 jours de vacances et 7'000 fr. à titre de solde sur rémunération des objectifs pour l'année 2004 - et 65'100 fr. nets à titre d'indemnité pour licenciement immédiat injustifié, le tout avec intérêt à 5 % l'an dès le 2 décembre 2005. L'employeuse a déclaré vouloir compenser toute somme qu'elle se verrait condamnée à verser à l'employé avec le montant de 3'280 frqu'elle lui avait payé à titre d'indemnité repas et frais fixes pour la période de décembre 2005 à mars 2006.
Par jugement du 6 juin 2007, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné l'employeuse à verser à l'employé les sommes de 210'774 fr. 50 bruts - soit 4'854 fr. 50 d'indemnité pour vacances non prises en nature et 205'920 fr. à titre de rémunération du temps consacré aux déplacements - et 18'420 fr. nets d'indemnité pour licenciement immédiat injustifié, le tout avec intérêt à 5 % l'an dès le 2 décembre 2005.
Saisie par l'employeuse et statuant par arrêt du 19 mai 2008, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a confirmé le jugement du 6 juin 2007.
C. L'employeuse (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, dans lequel elle a conclu à l'annulation de l'arrêt du 19 mai 2008 en tant qu'il confirme sa condamnation à payer à l'employé la somme de 210'774 fr. 50 bruts avec intérêt à 5 % l'an dès le 2 décembre 2005, avec suite de frais et dépens. Elle a également requis l'octroi de l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 18 juillet 2008. L'employé (l'intimé) a proposé le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. Interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. déterminant dans les affaires de droit du travail (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1 et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), dont il ne peut s'écarter que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Il n'est lié ni par les moyens invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par la juridiction cantonale; il peut dès lors admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104).
3. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 329d CO en allouant à l'intimé une indemnité pour vacances non prises en nature.
3.1 Aux termes de l'art. 329d al. 2 CO, tant que durent les rapports de travail, les vacances ne peuvent pas être remplacées par des prestations en argent ou d'autres avantages. En règle générale, l'interdiction de remplacer les vacances par des prestations en argent s'applique aussi après la résiliation des rapports de travail. Il peut cependant être dérogé à ce principe selon les circonstances. D'après la jurisprudence, des prestations en argent peuvent remplacer les vacances lorsque celles-ci ne peuvent être prises avant la fin des rapports de travail ou lorsqu'on ne peut exiger qu'elles le soient (ATF 128 III 271 consid. 4a/aa p. 280).
3.2 Selon l'art. 337c al. 1 CO, lorsque l'employeur résilie immédiatement le contrat sans justes motifs, le travailleur a droit à ce qu'il aurait gagné, si les rapports de travail avaient pris fin à l'échéance du délai de congé. La prétention du travailleur fondée sur cette disposition est donc une créance en dommages-intérêts et le contrat prend fin immédiatement, en droit, que la résiliation immédiate soit justifiée ou non. Cette créance en dommages-intérêts comprend non seulement le salaire, mais aussi, en principe, le droit aux vacances, remplacé par des prestations en argent. Selon la jurisprudence, le droit au paiement des vacances en espèces n'est toutefois pas absolu. S'il est en tout cas reconnu au travailleur qui est renvoyé alors que le contrat aurait normalement pu prendre fin dans un délai relativement bref, estimé à deux ou trois mois, il n'en va pas de même lorsque l'employé est indemnisé pour une longue période au cours de laquelle il ne travaille pas. En effet, le paiement des vacances en plus du salaire perdu se justifie lorsque le travailleur, privé de ses ressources et obligé de rechercher un nouvel emploi, ne peut véritablement organiser et prendre ses vacances, ou lorsqu'il trouve une place qu'il doit occuper immédiatement. En revanche, lorsque le travailleur est indemnisé pour une longue période au cours de laquelle il ne travaille pas et n'a même guère de possibilités de trouver un emploi, on peut admettre que l'indemnité reçue inclut le droit aux vacances (cf. ATF 117 II 270 consid. 3b).
3.3 La résiliation est un droit formateur qui s'exerce par un acte juridique unilatéral (ATF 133 III 360 consid. 8.1.1). Afin d'assurer une situation juridique claire dans l'intérêt de la partie adverse, l'exercice d'un droit formateur est en principe inconditionnel et irrévocable (ATF 128 III 129 consid. 2a).
3.4 En l'occurrence, les rapports de travail ont irrévocablement pris fin le 2 décembre 2005, sans égard au fait que la recourante ait ultérieurement entendu transformer le licenciement immédiat en résiliation ordinaire, et qu'elle ait continué à verser son salaire à l'intimé. Cela étant, il a été retenu en fait qu'au mois de décembre 2005, les parties avaient encore été en contact concernant notamment des demandes de motivation du congé, la restitution d'un ordinateur portable et autres documents ainsi que la délivrance du certificat de travail, situation dont il résulte que l'employé ne pouvait pas s'absenter pour des vacances. En outre, celui-ci a été en incapacité de travail du 31 janvier au 3 février 2006, jours pendant lesquels il est supposé ne pas avoir été en état de rechercher du travail. En définitive, compte tenu de l'ensemble des circonstances de l'espèce, l'on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir violé le droit fédéral en considérant que l'on ne pouvait attendre de l'intimé qu'il prenne son solde de vacances, de 12.25 jours, en nature, entre le 2 décembre 2005 et le 31 mars 2005. Le montant de l'indemnité allouée n'étant pour le surplus pas contesté, le grief doit être rejeté.
4. La recourante reproche aux précédents juges d'avoir apprécié de façon arbitraire la teneur de la clause 5.3.3.9. de son règlement du personnel, respectivement commis une "violation arbitraire" de l'art. 18 CO, en considérant, sur la base d'une interprétation purement littérale, que celle-ci était parfaitement claire, et en reconnaissant ainsi le droit de l'intimé à la rémunération du temps consacré aux déplacements.
4.1 En présence d'un litige sur l'interprétation d'une disposition contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO); s'il y parvient, il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral conformément à l'art. 105 LTF. Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance; il doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances; le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime. L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner librement (art. 106 al. 1 LTF); pour trancher cette question, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, dont la constatation relève du fait (ATF 133 III 675 consid. 3.3 p. 681 s.). Les circonstances déterminantes sont celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté (ATF 133 III 61 consid. 2.2.1).
Le sens d'un texte, apparemment clair, n'est pas forcément déterminant, de sorte que l'interprétation purement littérale est prohibée. Même si la teneur d'une clause contractuelle paraît limpide à première vue, il peut résulter d'autres conditions du contrat, du but poursuivi par les parties ou d'autres circonstances que le texte de ladite clause ne restitue pas exactement le sens de l'accord conclu. Il n'y a cependant pas lieu de s'écarter du sens littéral du texte adopté par les cocontractants lorsqu'il n'existe aucune raison sérieuse de penser qu'il ne correspond pas à leur volonté (ATF 133 III 61 consid. 2.2.1).
4.2 En l'occurrence, les parties divergent d'opinion sur le sens à donner à l'art. 5.3.3.9. du règlement du personnel de l'employeuse, l'intimé estimant qu'il s'applique à son cas, tandis que la recourante soutient en substance qu'il aurait en réalité dû figurer dans le chapitre relatif aux heures supplémentaires, à la rémunération desquelles les chefs de projet n'ont pas droit, conformément à l'art. 6.6.6. dudit règlement. Dès lors, la cour cantonale a interprété ladite disposition en application du principe de la confiance. A cet égard, elle a en bref considéré que la clause litigieuse signifiait que l'employé avait droit au paiement du temps consacré au déplacement entre le lieu d'exécution du projet auquel il était affecté et son lieu habituel de travail lorsque ce temps de déplacement dépassait deux heures par jour; son texte était clair et rien n'indiquait que c'était par erreur qu'elle avait été insérée dans le chapitre 5 consacré à la rémunération; la recourante ne soutenait pas qu'au moment de l'introduction du règlement du personnel en janvier 2002, la question de la rémunération du temps de déplacement aurait fait l'objet d'une quelconque discussion avec l'intimé qui permettrait de considérer que les parties n'entendaient pas se soumettre au texte clair de l'art. 5.3.3.9. du règlement du personnel, qui fait partie intégrante du contrat de travail qui les liaient; l'interprétation de la recourante selon laquelle la rémunération du temps de déplacement ne concernerait que les employés non-cadres était matériellement insoutenable, car elle impliquerait un tarif horaire correspondant à près de trois fois et demi le salaire le plus bas pratiqué dans l'entreprise et deux fois et demi le salaire moyen, alors que les heures supplémentaires n'étaient majorées que de 25 %; à supposer qu'il subsiste un doute, ce qui n'était pas le cas, la recourante devrait se voir opposer le principe in dubio contra stipulatorem.
Quoi qu'en dise la recourante, l'on ne voit pas que le fait d'avoir fait figurer la clause litigieuse dans la partie du règlement du personnel relative aux frais découle d'une erreur, étant observé à cet égard que l'employeuse n'a nullement corrigé cette prétendue erreur lors de la mise à jour de son règlement au mois de mars 2004. Cela étant, la recourante plaide en vain qu'il n'y aurait aucune raison objective justifiant qu'un salarié de l'entreprise puisse bénéficier d'une rémunération supplémentaire liée à son temps de déplacement, en comparaison de ses collègues travaillant au siège de la société, si celui-ci devait s'inscrire dans l'horaire normal de travail; en effet, il apparaît clairement que le but de la disposition en question était d'indemniser les désagréments liés aux longs déplacements. Cette problématique n'a rien à voir avec celle de l'accomplissement d'heures supplémentaires, un déplacement de longue durée pouvant tout aussi bien intervenir dans les limites de l'horaire normal d'un employé. Enfin, les faits que l'intimé n'ait jamais réclamé d'indemnité en cours d'emploi et que la clause litigieuse n'ait jamais été appliquée aux cadres de l'entreprise ne sont pas déterminants pour l'interprétation en application du principe de la confiance, s'agissant de faits postérieurs à la conclusion du contrat. En définitive, l'on ne voit pas que la cour cantonale ait violé le droit fédéral en considérant que l'article 5.3.3.9. trouvait application en l'espèce, étant encore relevé que, dès lors que l'interprétation de la disposition en question en application du principe de la confiance a permis d'en dégager le sens, il n'y avait pas lieu de faire appel au principe in dubio contra stipulatorem, qui revêt un caractère subsidiaire par rapport à ce moyen d'interprétation (ATF 133 III 61 consid. 2.2.2.3 p. 69).
4.3 A titre subsidiaire, dans l'hypothèse où il serait reconnu que l'intimé pouvait se prévaloir de la clause litigieuse, la recourante soutient encore que la rémunération du temps de déplacement ne serait effective qu'à partir de la troisième heure de déplacement.
Sur ce point, la cour cantonale, se fondant sur le texte de la disposition litigieuse, a considéré que celle-ci ne prévoyait pas que seule la rémunération du temps de déplacement excédant deux heures serait de 130 fr. l'heure.
Force est de constater que le texte litigieux n'est pas aussi clair que les précédents juges le laissent entendre. En effet, le terme "lorsque" peut tout aussi bien signifier "dans l'hypothèse où" le droit à la rémunération est ouvert qu'"à partir du moment où", respectivement "une fois que", il est ouvert, à savoir à l'issue des deux premières heures de déplacement. L'obligation pour l'employeuse de rémunérer rétroactivement les deux premières heures de déplacement ne ressort ainsi nullement de l'interprétation littérale de l'article 5.3.3.9. du règlement du personnel. Cela étant, l'argument de la recourante selon lequel la rémunération ne devrait courir qu'à compter de la première minute venant en dépassement des deux premières heures de déplacement, et selon laquelle le tarif 130 fr. tiendrait compte, de façon forfaitaire, des deux premières heures, apparaît pertinent. Dès lors qu'il a été établi que l'indemnité en question visait à rémunérer les inconvénients liés à un voyage de longue durée - étant encore précisé que les frais en tant que tels étaient remboursés séparément et en plus -, qui pouvait au demeurant se dérouler dans le cadre de l'horaire contractuel, l'on ne peut objectivement, raisonnablement et logiquement concevoir que l'application de la clause litigieuse ait pour conséquence qu'un déplacement d'un peu moins de deux heures ne donne droit à aucune indemnisation, tandis qu'un déplacement de deux heures et quelques minutes donnerait rétroactivement droit à la rémunération de ce qui n'était précisément pas dû quelques minutes avant.
Il s'ensuit que le recours doit être admis sur ce point. Lorsqu'il admet un recours, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond ou renvoyer l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision (art. 107 al. 2 LTF). En l'occurrence, il ressort du jugement du Tribunal des prud'hommes du 6 juin que l'intimé a invoqué avoir effectué, entre 2001 et 2005, un total de 528 déplacements aller/retour journaliers à Fribourg, d'une durée de trois heures par jour, nombre que la recourante reprend à son compte dans son écriture à la Cour de céans. Il s'ensuit que le montant à allouer à l'intimé à titre de rémunération du temps consacré aux déplacements doit être fixé à 528 x 130 fr. = 68'640 fr. bruts.
5. En définitive, le recours doit être partiellement admis et le dispositif du jugement du 6 juin 2007 réformé en ce sens que la recourante est condamnée à verser à l'intimé le montant de 68'640 fr. bruts mentionné au considérant qui précède, lequel doit être ajouté à celui de 4'854 fr. 50 bruts alloué à l'intimé à titre d'indemnité pour vacances non prises en nature, d'où la somme de 73'494 fr. 50 bruts; il est maintenu en tant qu'il condamne celle-là à payer à celui-ci le montant de 18'420 fr. nets. Pour le surplus, le point de départ des intérêts alloués n'ayant pas été remis en cause, il n'y a pas lieu d'y revenir.
6. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (ATF 115 II 30 consid. 5b p. 41), dépasse le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif ordinaire (art. 65 al. 3 let. b LTF) et non réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu du montant sur lequel la recourante obtient gain de cause, il se justifie de mettre les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., pour un tiers à sa charge et pour deux tiers à celle de l'intimé (art. 66 al. 1 LTF). La même clé de répartition sera appliquée au dépens, fixés à 7'000 fr., qui seront compensés dans cette mesure (art. 68 al. 1 LTF).
Pour le surplus, il appartiendra à la cour cantonale de statuer à nouveau sur les frais et éventuels dépens de la procédure cantonale (art. 68 al. 5 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Le dispositif du jugement du 6 juin 2007 est réformé en ce sens que la recourante est condamnée à verser à l'intimé la somme de 73'494 fr. 50 bruts avec intérêt à 5 % l'an dès le 2 décembre 2005; il est maintenu en tant qu'il condamne celle-là à payer à celui-ci le montant de 18'420 fr. nets avec intérêt à 5 % l'an dès la même date.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis pour un tiers à la charge de la recourante et pour deux tiers à celle de l'intimé.
3. Une indemnité de 2'335 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et éventuels dépens de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 25 septembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz