Faits:
A. Les 10 décembre 2010 et 2 février 2011, X._ a déposé plainte à l'encontre de Y._ des chefs de soustraction de données personnelles, de lésions corporelles simples durant une période de ménage commun, d'utilisation abusive d'une installation de télécommunication et de vol. Elle reprochait notamment à Y._ de s'être introduit illicitement dans sa messagerie électronique, aux environs du 26 janvier 2011, et d'avoir supprimé des données personnelles. Elle a ensuite produit un courrier que lui avait adressé A., ingénieur informatique, le 21 février 2011, lequel estimait qu'elle avait été victime d'un piratage informatique (sans précision quant à son auteur).
B. Par ordonnance du 13 octobre 2011, le Ministère public a décidé de ne pas entrer en matière sur la plainte précitée, constatant en substance que les faits dénoncés n'avaient pas pu être vérifiés et confirmés, de sorte qu'aucune prévention pénale ne pouvait être établie.
X._ a porté sa cause devant la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) qui a rejeté son recours par arrêt du 25 novembre 2011, considérant en bref que la plaignante n'avait produit aucun élément permettant d'incriminer le prévenu dans l'intrusion de son système informatique.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 25 novembre 2011 et de renvoyer la cause au Ministère public pour ouverture d'une instruction. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à "l'autorité cantonale" pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une mauvaise application des art. 6, 7 et 310 CPP.
La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt et n'a pas d'observations à formuler. Le Ministère public s'en remet à l'appréciation du Tribunal fédéral quant à la forme et conclut au rejet du recours comme étant mal fondé.
Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre un arrêt confirmant une décision de non-entrée en matière au sens de l'art. 310 CPP, le recours est en principe recevable comme recours en matière pénale (art. 78 LTF).
1.2 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO. Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsque ces faits ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (cf. ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
Lorsque, comme en l'espèce, le recours est dirigé contre une décision de classement de l'action pénale, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (ATF 137 IV 219 consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
1.3 En l'espèce, la recourante a déposé plainte contre Y._ notamment pour utilisation abusive d'une installation de télécommunication. En cas d'ouverture de l'action pénale, elle entend élever à l'encontre de ce dernier des prétentions en réparation de son tort moral. Elle envisage de réclamer une indemnité d'environ 3'000 fr. pour atteinte illicite à sa personnalité "suite au sentiment d'insécurité et aux désagréments causés par l'intrusion dans son système informatique personnel". Il n'est pas manifeste que les contrariétés dont se plaint la recourante représentent une atteinte objectivement grave à sa personnalité au sens de l'art. 49 CO (à propos de l'indemnité pour tort moral, cf. ATF 130 III 699 consid. 5.1 p. 704 et les références); celle-ci ne prétend en particulier pas avoir ressenti des souffrances morales à la suite des actes incriminés. La question de savoir si la décision litigieuse pourrait avoir une incidence négative sur le jugement des prétentions civiles de la recourante peut néanmoins rester indécise, tout comme celle relative à sa qualité pour agir, puisque le recours doit de toute façon être rejeté au fond pour les motifs qui suivent.
2. Alléguant une violation des art. 6, 7 et 310 CPP, la recourante estime qu'il incombait au Ministère public d'ouvrir une instruction pour éclaircir et déterminer les points obscurs entourant les faits qu'elle avait dénoncés. Le Ministère public avait en effet des indices suffisants de la commission d'une infraction pénale, à savoir de la violation de l'art. 143bis CP, ainsi que les moyens techniques à disposition pour confondre l'auteur de l'accès indu à son compte.
2.1 En vertu de l'art. 6 al. 1 CPP, les autorités pénales recherchent d'office tous les faits pertinents pour la qualification de l'acte et le jugement du prévenu. Par ailleurs, selon l'art. 7 al. 1 CPP, elles sont tenues, dans les limites de leurs compétences, d'ouvrir et de conduire une procédure lorsqu'elles ont connaissance d'infractions ou d'indices permettant de présumer l'existence d'infractions.
Aux termes de l'art. 310 al. 1 let. a CPP, le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis.
2.2 Dans le cas particulier, la Cour de justice a relevé qu'en dépit de l'avis d'un spécialiste qu'elle avait mandaté pour examiner la question, la recourante n'avait produit aucun élément permettant d'incriminer le prévenu de cette intrusion dans son système informatique. Les juges cantonaux ne voyaient pas en quoi une enquête du Ministère public arriverait à un constat technique différent, ce que la recourante n'alléguait du reste pas.
Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique. Dans son attestation du 21 février 2011, l'informaticien mis en oeuvre par la recourante estime qu'"il existe une forte probabilité qu'un accès webmail sur les comptes puisse être établi"; après avoir décrit les actes dont se plaignait la recourante (disparition de mails sur son iMac), il indique que "ceci ressemble beaucoup à un piratage via un accès webmail". L'informaticien n'affirme cependant pas catégoriquement qu'il s'agit d'un acte criminel, ni ne laisse entendre qu'il serait possible de retrouver l'éventuel responsable de ce "piratage". Dès lors, il n'apparaît guère envisageable d'établir la réalisation des éléments constitutifs de l'infraction dénoncée et encore moins l'identité de l'auteur présumé, de sorte que l'autorité compétente n'a pas violé les art. 6 al. 1, 7 al. 1 et 310 al. 1 let. a CPP en décidant de ne pas entrer en matière sur la plainte de la recourante. Pour le surplus, il peut être renvoyé aux considérants pertinents de l'arrêt attaqué sur ce point (cf. art. 109 al. 3 LTF).
3. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 2 avril 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard