Sachverhalt:
A. A.a X._ nahm 1990 Wohnsitz in Oberlunkhofen, Kanton Aargau. Im Juli 2001 bezog er eine Wohnung in Zürich, wo er sich als Wochenaufenthalter anmeldete. Mit Schreiben an das Gemeindesteueramt Oberlunkhofen vom 23. Dezember 2002 stellte er sich auf den Standpunkt, sein Steuerdomizil befinde sich in Zürich, und beantragte einen Vorentscheid über die Steuerhoheit ab 2001. Nach einem Meinungsaustausch zwischen dem Gemeindesteueramt Oberlunkhofen und dem Kantonalen Steueramt Zürich (Schreiben Gemeindesteueramt Oberlunkhofen vom 9. Januar 2003, Schreiben Kantonales Steueramt Zürich vom 3. März 2003) stellte die Steuerkommission Oberlunkhofen mit Verfügung vom 10. Juni 2003 fest, das Steuerdomizil von X._ befinde sich in Oberlunkhofen. Am 24. Juni 2003 teilte das Steueramt der Stadt Zürich X._ schriftlich mit, aufgrund der Feststellungsverfügung der Gemeinde Oberlunkhofen könne sein Wochenaufenthalterstatus (in Zürich) längstens bis Ende Januar 2006 anerkannt werden.
Gegen die Feststellungsverfügung (Steuerdomizilentscheid) der Steuerkommission Oberlunkhofen vom 10. Juni 2003 führte X._ Einsprache und sodann Rekurs. Mit Urteil vom 21. Oktober 2004 hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau den Rekurs gut, hob den Einspracheentscheid vom 7. August 2003 auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Steuerkommission Oberlunkhofen zurück. Nach einer telefonischen Befragung, anlässlich welcher X._ angegeben hatte, seiner Einschätzung nach befinde sich sein Lebensmittelpunkt seit 1. Juli 2001 in Zürich, verfügte die Steuerkommission Oberlunkhofen, dass X._ ab 1. Juli 2001 in Oberlunkhofen nicht mehr steuerpflichtig sei (Verfügung vom 7. April 2005).
A.b Am 25. Mai 2005 stellte das kantonale Steueramt Zürich X._ die Steuererklärungsformulare für die Jahre 2001, 2002 und 2003 zu. Nachdem er die Steuererklärungen nicht eingereicht hatte, wurde er am 12. Juli 2005 gemahnt. In der Folge verlangte X._ eine Fristerstreckung. Diese wurde ihm mit der Begründung verwehrt, Mahnfristen seien gesetzlich nicht erstreckbar. Am 21. Oktober 2005 wurde er für die Steuerjahre 2001, 2002 und 2003 nach pflichtgemässem Ermessen je mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 50'000.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 0.-- eingeschätzt. Mit Einsprache verlangte X._, es sei ein Feststellungsentscheid über die Steuerhoheit im Kanton Zürich zu erlassen. Er stellt sich auf den Standpunkt, das kantonale Steueramt habe mit der Zuschrift an das Steueramt Oberlunkhofen vom 3. März 2003 (von welcher er eine Kopie erhalten hatte) auf die Steuerhoheit verzichtet und den Steueranspruch für die Steuerjahre 2001 und 2002 verwirkt.
Mit Vorentscheid vom 16. Mai 2006, bestätigt auf Einsprache hin am 11. Januar 2007, befand das Kantonale Steueramt Zürich, dass X._ ab der Steuerperiode 2001 im Kanton Zürich steuerpflichtig sei.
Den Rekurs von X._ wies die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich mit Urteil vom 4. Mai 2007 ab, hob den angefochtenen Entscheid auf und wies die Angelegenheit zur Durchführung des Einspracheverfahrens betreffend die Einschätzungen 2001 bis 2003 an das kantonale Steueramt zurück. Sie erwog, die Voraussetzungen für den Erlass eines Vorentscheides über die Steuerpflicht seien nicht erfüllt gewesen; es sei nunmehr das Einspracheverfahren durchzuführen.
B. Eine Beschwerde des Steuerpflichtigen gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich vom 4. Mai 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 19. Dezember 2007 ab.
C. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten dient der Rüge von Bundesrechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 BGG. Zum Bundesrecht zählen auch die Grundsätze, die das Bundesgericht in gesetzesvertretender Rechtsprechung aus dem verfassungsmässigen Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung gemäss Art. 127 Abs. 3 BV hergeleitet hat. Soweit sich die Besteuerung nach kantonalem Recht richtet, prüft das Bundesgericht dessen Auslegung und Anwendung nur unter dem Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte, namentlich des Willkürverbots (Art. 9 BV). Hierfür gilt die qualifizierte Rügepflicht nach Art. 106 Abs. 2 BGG. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht, namentlich wenn sie offensichtlich unrichtig ist (Art. 97 Abs. 1 BGG). Inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt, ist in der Beschwerde darzulegen (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2. Angefochten war bei der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich ein Vorentscheid des kantonalen Steueramtes über die unbeschränkte Steuerpflicht ab der Steuerperiode 2001 im Kanton Zürich. Die Steuerrekurskommission wies in ihrem Entscheid vom 4. Mai 2007 den Rekurs ab, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Angelegenheit an das kantonale Steueramt zurück. Sie erwog, das kantonale Steueramt sei zu Unrecht auf das Begehren des Beschwerdeführers um Erlass eines Vorentscheids über die Steuerpflicht eingetreten und habe nunmehr das Einspracheverfahren betreffend die Einschätzungen 2001 bis 2003 durchzuführen. Verfahrensgegenstand vor dem Vewaltungsgericht war somit allein die Frage, ob der Beschwerdeführer Anspruch auf einen Vorentscheid über die Steuerhoheit im Kanton Zürich hatte. Nur diese Frage ist vom Bundesgericht zu prüfen. Der Verfahrensgegenstand kann vor Bundesgericht nur eingeengt, nicht ausgedehnt werden.
3. Bestreitet ein Steuerpflichtiger die Steuerhoheit eines Kantons, so muss zunächst in einem grundsätzlichen Entscheid über die Frage der Steuerpflicht (Steuerhoheit) befunden werden, bevor das Veranlagungsverfahren durchgeführt wird. Es ist unzulässig und verstösst gegen Art. 127 Abs. 3 BV, zu einer Ermessensveranlagung zu schreiten, obschon der Steuerpflichtige die Steuerhoheit bestritten hat. Dieser Anspruch besteht nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts direkt auf Grund des verfassungsmässigen Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV) und ist unabhängig davon, ob das kantonale Recht ein solches Verfahren kennt oder nicht (K. Locher/P. Locher, Die Praxis der Bundessteuern, § 1 III A 1 Nr. 7, 10, 23, 24). Das Recht auf einen Vorentscheid wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung verwirkt, wenn der Steuerpflichtige sich widerspruchslos auf das Veranlagungsverfahren einlässt (Locher/Locher, a.a.O., § 1, II A 1 Nr. 23).
4. 4.1 Das Verwaltungsgericht hat in haltbarer Weise festgestellt, dass weder im Schreiben des Kantonalen Steueramtes vom 3. März 2003 noch im Brief des Steueramtes der Stadt Zürich vom 24. Juni 2003 ein (negativer) Feststellungsentscheid über die Steuerpflicht im Kanton Zürich erblickt werden kann. Das Schreiben des Kantonalen Steueramtes erging im Rahmen des Meinungsaustausches mit der aargauischen Gemeinde Oberlunkhofen und ist schon von daher eine Stellungnahme, keine Verfügung. Das geht schon daraus hervor, dass das Schreiben sich an die Behörde und nicht an den Beschwerdeführer richtete (dieser wurde lediglich mit einer Kopie bedient), der Brief weder als Verfügung bezeichnet war noch eine Rechtsmittelbelehrung enthielt und auch inhaltlich so abgefasst war, dass daraus hervorgeht, dass er lediglich die Meinung des Steuerkommissärs in der laufenden Abklärung wiedergibt ("betreffend der abzuklärenden Steuerhoheit ... möchte ich folgendes festhalten"). Es kann diesbezüglich auch auf die zutreffenden Ausführungen im Entscheid der Steuerrekurskommission II hingewiesen werden.
Im Schreiben des Steueramts der Stadt Zürich vom 24. Juni 2003 kann schon deshalb kein Vorentscheid über die Steuerpflicht gesehen werden, weil das städtische Steueramt zum Erlass solcher Entscheide nicht zuständig ist.
4.2 Zu prüfen bleibt, ob der Beschwerdeführer seinen Anspruch auf Vorentscheid über die Steuerhoheit verwirkt hat. Die Vorinstanz hat die Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 127 Abs. 3 BV zutreffend wiedergegeben und den grundsätzlichen Anspruch des Steuerpflichtigen auf Vorausbeurteilung der Steuerhoheitsfrage bejaht. Sie hat jedoch den Anspruch des Beschwerdeführers als verwirkt bezeichnet, nachdem dieser die Steuerhoheit des Kantons Zürich erst im Einspracheverfahren bestritten hat. In der Tat hat der Beschwerdeführer im gesamten Verfahren gegenüber den Steuerbehörden beider Kantone stets die Ansicht verfochten, dass sich sein Steuerdomizil seit dem 1. Juli 2001 im Kanton Zürich befinde und er dort unbeschränkt steuerpflichtig sei. Das Kantonale Steueramt Zürich hat ihm am 25. Mai 2005 die Steuererklärungsformulare 2001, 2002 und 2003 zugestellt und damit zu erkennen gegeben, dass es gewillt sei, die zürcherische Steuerhoheit in Anspruch zu nehmen. Der Beschwerdeführer hat darauf nicht reagiert. Weder hat er seine unbeschränkte Steuerpflicht im Kanton Zürich bestritten, noch die Steuererklärungen eingereicht. Er wurde daher am 12. Juli 2005 gemahnt. Der Beschwerdeführer verlangte daraufhin eine Fristerstreckung. Es wurde ihm mitgeteilt, Mahnfristen seien gesetzlich nicht erstreckbar. In der Folge wurde er für die Jahre 2001, 2002 und 2003 je mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 50'000.-- sowie einem steuerbaren Vermögen von Fr. 0.-- veranlagt. Erst mit der Einsprache gegen die Ermessensveranlagung hat der Beschwerdeführer seine Steuerpflicht im Kanton Zürich für die Jahre 2001 und 2002 bestritten und einen Vorentscheid über die Steuerpflicht verlangt. Diese Bestreitung erfolgte verspätet. Der Beschwerdeführer hätte bereits nach der Zustellung der Steuererklärungsformulare reagieren und einen Vorentscheid über die Steuerhoheit verlangen können. Er hatte dazu Anlass, nachdem er im gesamten bisherigen Verfahren gegenüber den Steuerbehörden stets die Ansicht verfochten hatte, er sei ab Juli 2001 im Kanton Zürich steuerpflichtig. Spätestens mit dem Gesuch um Fristverlängerung hat sich der Beschwerdeführer somit auf das Veranlagungsverfahren eingelassen. Er verhielt sich auch widersprüchlich, wenn er um Fristerstreckung für die Einreichung der Steuererklärung ersuchte, obschon er angeblich der Meinung war, es liege bereits ein rechtskräftiger (negativer) Steuerdomizilentscheid des Kantons Zürich vor. Wenn das Verwaltungsgericht somit die rekursrichterliche Auffassung bestätigte, wonach der Beschwerdeführer sich auf das Veranlagungsverfahren eingelassen und er den Anspruch auf Vorausbescheid verwirkt habe, hat es den bundesrechtlichen Anspruch nicht vereitelt.
5. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts verletzt mithin Bundesrecht nicht, und die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kantonalen Steueramt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (2. Abteilung, 2. Kammer) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann