Faits:
A. Le 25 juillet 2005, la police genevoise a arrêté Y._. Lors de ses auditions, celui-ci a reconnu avoir utilisé plusieurs cartes de crédits volées pour régler ses consommations et obtenir des retraits en espèces auprès de divers établissements. Il a précisé son mode opératoire comme suit: il allait manger, seul ou accompagné, dans des restaurants; le repas terminé, le serveur établissait une facture de 400 ou 500 fr., soit des montants largement supérieurs au prix du repas, et déduisait le montant de celui-ci; le solde était ensuite partagé par moitié entre l'employé et lui-même.
Y._ a admis avoir procédé ainsi à une douzaine de transactions, auprès du restaurant "B._", à Genève. Il a indiqué que celles-ci étaient effectuées par deux employés, identifiés comme étant X._ et Z._, qui auraient touché entre 220 et 280 fr. en espèces à chaque opération.
A.a Parallèlement à la procédure genevoise, Y._ a fait l'objet d'une instruction pénale vaudoise pour des faits identiques, ses agissements s'étendant à d'autres villes. S'agissant du restaurant "B._", Y._ a répété aux inspecteurs vaudois avoir agi avec la complicité des serveurs X._ et Z._.
A.b X._ a confirmé que Y._ s'était présenté au restaurant, qu'il réglait ses consommations au moyen de différentes cartes de crédit, dont une établie au nom de son épouse, que les repas étaient systématiquement surfacturés et qu'il se voyait parfois remettre un pourboire. Il a reconnu que le stratagème de l'homme d'affaires avait fini par éveiller ses soupçons. En revanche, il a affirmé qu'il n'était pas complice des agissements de ce client, qu'il ignorait que les cartes utilisées avaient été volées et que, dans tous les cas, il avait obtenu l'autorisation de principe de son supérieur pour procéder aux transactions en question.
Z._ a également confirmé avoir procédé à des transactions avec Y._. Il a indiqué, en outre, avoir agi sur recommandation de X._, lequel lui avait affirmé que ce client était fortuné, sûr et qu'il était possible d'obtenir de bons pourboires de la sorte.
A.c Par jugement du 19 avril 2006, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de La Côte a reconnu Y._ coupable d'escroquerie pour avoir fait usage de cartes de crédit volées ou copiées. Toutefois, les transactions effectuées auprès de "B._" ne figuraient pas dans les faits pour lesquels il a été condamné.
B. Par ordonnance du 3 septembre 2007, le Procureur général du canton de Genève a classé en opportunité la procédure dirigée contre X._, Y._ n'ayant pas été condamné pour les faits survenus dans le restaurant "B._".
Par ordonnance du 7 novembre 2007, la Chambre d'accusation genevoise a rejeté le recours de X._ et confirmé la décision de classement.
C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral pour arbitraire et violation de l'art. 160 CP. Il conclut à l'annulation de l'ordonnance cantonale et au renvoi de la cause à la Chambre d'accusation pour nouvelle décision. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recourant a qualité, en vertu de l'art. 81 al. 1 LTF, pour contester un refus de substituer un non-lieu à un classement (cf. arrêt 6B_581/2007 du 9 janvier 2008; arrêt 1P.737/1999 du 16 mai 2000, publié in SJ 2000 p. 572 et les références citées).
1.2 Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels. Sous peine d'irrecevabilité, il doit être motivé conformément à l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement l'art. 106 al. 2 LTF pour les griefs mentionnés à cette disposition, dont les exigences correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF). Il peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes ou établies en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Elle ne peut toutefois se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; elle doit plutôt indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable; une critique qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (cf. ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.).
2. En procédure genevoise, le non-lieu ne se conçoit qu'à l'issue d'une instruction suffisamment complète pour que l'autorité compétente puisse acquérir la conviction que les charges font défaut ou qu'un motif de droit conduirait, en juridiction de jugement, à reconnaître l'action pénale comme mal fondée (G. Rey, Procédure pénale genevoise et règles fédérales applicables, annotations et commentaires, 2005, ad art. 204, ch. 1.3.2 p. 266; cf. M. Heyer, Procédure pénale genevoise Chambre d'accusation, Exposé de la jurisprudence 1990-1998 in SJ 1999 p. 171).
Le bénéficiaire d'un classement en opportunité ne peut demander le non-lieu tant que des indices sérieux de culpabilité subsistent. Etant donné qu'il ne s'agit pas d'un jugement sur le fond, il n'est pas nécessaire que la preuve des faits coupables soit rapportée de manière irréfutable, la vraisemblance étant suffisante (arrêt 1P.737/1999 du Tribunal fédéral du 16 mai 2000 publié in SJ 2000 p. 574). Le droit à un non-lieu n'est pas garanti conventionnellement et les intérêts de la justice seraient d'ailleurs gravement compromis - et le classement pour motif d'opportunité vidé de sa raison d'être - si les autorités d'instruction étaient tenues de rendre des ordonnances de non-lieu dans des cas pourtant douteux ou de continuer des enquêtes jusqu'au jugement alors qu'il serait préférable d'interrompre ces recherches et d'affecter le personnel disponible à d'autres affaires, dans lesquelles l'exercice de l'action pénale répond à une nécessité plus aiguë ou peut être mené à chef de façon plus efficace (arrêt 6P.39/1998 non publié du Tribunal fédéral du 12 mai 1998, cité in G. Rey, op cit, 2005, ad art. 204, ch. 1.2.2 p. 265). Ainsi, le classement reste la règle et le non-lieu l'exception, celui-ci ne pouvant intervenir que pour des raisons de droit ou si les faits ne constituent pas une infraction (G. Rey, op cit, 2005, ad art.204, ch. 1.2.3 p. 265).
3. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
La notion d'arbitraire a été rappelée dans divers arrêts récents (cf. ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9, 173 consid. 3.1 p. 178; 128 I 177 consid. 2.1 p. 182), auxquels on peut donc se référer. En bref, il ne suffit pas, pour qu'il y ait arbitraire, que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211).
3.1 Concernant les conditions objectives du recel, la Chambre d'accusation a retenu que le recourant n'avait pas contesté avoir reçu, à plusieurs reprises, des pourboires importants de Y._, lesquels provenaient directement du produit des escroqueries commises par ce dernier. S'agissant des conditions subjectives, elle a admis, en se basant sur de multiples éléments, que le recourant devait se douter que la possession des cartes de crédit utilisées par son client reposait sur un acte délictueux.
3.1.1 Le recourant reproche à la Chambre d'accusation de ne pas avoir tenu compte des déclarations de A._ selon lesquelles la limite des paiements acceptés au moyen des cartes de crédit plafonnerait à 400 ou 500 fr., ni de celles de Y._ selon lesquelles il aurait été servi par une femme identifiée comme la gérante pour un montant de 410 fr., ni de celles de Z._ selon lesquelles un collègue de travail lui aurait dit que Y._ laissait des pourboires substantiels parce qu'il travaillait pour un émir.
Ce faisant, le recourant se réfère simplement à diverses déclarations, sans indiquer en quoi celles-ci seraient susceptibles d'infirmer ou d'affaiblir les divers éléments que la Chambre d'accusation a retenus pour conclure à une prévention suffisante d'infraction à l'art. 160 CP. Cette critique est insuffisamment motivée et par conséquent irrecevable.
3.1.2 Le recourant conteste avoir empoché d'importants pourboires de Y._ et explique n'avoir fait que suivre la pratique de l'établissement.
Le recourant ne conteste pas avoir acquis des pourboires mais uniquement l'importance de ceux-ci, ce qui n'est pas toutefois déterminant dans le cadre de l'examen des conditions objectives de l'art. 160 CP (cf. infra consid. 4.1). Pour le reste, le fait qu'il ait suivi la pratique du restaurant en matière de facturation ne suffit pas pour infirmer l'appréciation de la Chambre d'accusation quant à l'aspect subjectif de l'infraction. En effet, celle-ci a retenu plusieurs éléments (cf. arrêt attaqué p. 10; infra consid. 4.4.2), que le recourant ne conteste pas conformément aux exigences posées par l'art. 106 al. 2 LTF, et sur la base desquels elle pouvait, sans arbitraire, admettre que l'intéressé devait se douter que la possession des cartes de crédit utilisées par Y._ reposait sur un acte délictueux. Le grief est dès lors infondé.
4. Selon le recourant, la vraisemblance d'une prévention suffisante de recel au sens de l'art. 160 CP n'est pas réalisée.
4.1 Le recel est punissable parce qu'il a pour effet de perpétuer, au préjudice de la victime du premier délit, l'état de chose contraire au droit que cette infraction a créé (ATF 127 IV 79 consid. 2b p. 83). Le comportement délictueux consiste à accomplir l'un des trois actes de recel énumérés limitativement par l'art. 160 ch. 1 al. 1 CP, à savoir l'acquisition, dont la réception en don ou en gage ne sont que des variantes, la dissimulation et l'aide à la négociation d'une chose dont l'auteur sait ou doit présumer qu'un tiers l'a obtenue au moyen d'une infraction contre la patrimoine (ATF 128 IV 23 consid. 3c p. 24). Il y a acquisition lorsque l'auteur acquiert un pouvoir de disposition propre sur la chose (B. Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. I, ad art. 160, p. 414; S. Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2ème éd., ad art. 160, n. 8). Le recel est une infraction intentionnelle.
4.2 Le recourant relève que ni le titulaire de la carte de crédit utilisée par Y._, ni le restaurant "B._" n'ont subi de pertes, le premier ayant bloqué sa carte et le second ayant été entièrement réglé par l'organisme de crédit C._, qui n'a lui-même jamais prétendu avoir subi de dommage.
Ce faisant, le recourant invoque des faits nouveaux sans se prévaloir d'arbitraire dans les constatations cantonales, de sorte que sa critique est irrecevable (cf. supra consid. 1.2). Au surplus, le recel n'exige pas un dommage, ni d'ailleurs un quelconque résultat, mais prévoit seulement que la chose recelée doit provenir d'une infraction contre le patrimoine (cf. ATF 127 IV 79 consid. 2 p. 81 ss).
4.3 Le recourant explique que les pourboires, en cas de paiement par carte de crédit, n'étaient pas remis en liquide, mais inscrits sur la quittance, laquelle constituait une créance du restaurant contre l'organisme de crédit, de sorte qu'il n'aurait jamais reçu d'argent directement de Y._.
Cette argumentation repose entièrement sur des faits nouveaux, de sorte qu'elle est irrecevable (cf. supra consid. 1.2). En outre, lors de ses auditions, le recourant a bien admis avoir reçu de l'argent en espèces de Y._ (cf. arrêt p. 4). La critique est dès lors vaine.
4.4 Le recourant conteste la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction de recel. Il invoque l'autorisation de ses supérieurs de remettre de l'argent liquide contre présentation d'une carte de crédit du client, l'exigence de noter les pourboires sur les quittances, leur montant habituel, les conditions de travail extrêmement intenses et ses jours de maladie et de congé. Il explique également avoir tenté de vérifier la validité de la carte de crédit de Y._ en téléphonant à l'organisme de paiement C._, qui ne lui a finalement pas donné de réponse, de sorte qu'il pouvait admettre que les transactions effectuées n'étaient pas risquées.
4.4.1 Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté, de même que la détermination de son dessein ou de ses mobiles, relève des constatations de faits, qui lient la Cour de droit pénal, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte (cf. supra consid. 1.2). C'est en revanche une question de droit que de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention et si, sur la base des faits qu'elle a retenus, elle a correctement appliqué cette notion (cf. ATF 119 IV 1 consid. 5a p. 2s.).
4.4.2 La Chambre d'accusation a admis que le recourant devait se douter que la possession des cartes de crédit utilisées par Y._ reposait sur un acte délictueux. Elle a fondé sa conviction en se basant sur les éléments suivants. D'une part, le système de surfacturation, qui comporte un risque important d'abus, était certes autorisé au sein du restaurant "B._", mais pour des montants bien inférieurs à ceux reconnus par le recourant. D'autre part, la fréquence à laquelle Y._ s'était présenté au restaurant, soit une quinzaine de fois en trois semaines, ainsi que le fait qu'il réclamait systématiquement des espèces en fin de repas, parfois plusieurs fois par jour, étaient propres à éveiller des soupçons. En outre, le recourant avait parfaitement identifié l'opportunité de recevoir ainsi des pourboires importants, puisqu'il s'en était ouvert à son collègue, Z._, ce qu'il n'avait d'ailleurs jamais contesté. De plus, il avait, à au moins une occasion, accepté une carte de crédit qui, selon Y._, appartenait à son épouse, ce qui aurait dû l'inciter à la méfiance. Enfin, il avait lui-même admis avoir des doutes sur les opérations passées avec son client, puisqu'il avait tenté, en vain, de contacter, la société C._.
L'argumentation du recourant se réduit à nier le fait contesté en opposant sa propre appréciation des preuves à celle de la Chambre d'accusation, ce qui ne suffit pas à faire admettre l'arbitraire, lequel n'est d'ailleurs même pas allégué par l'intéressé (cf. supra consid. 1.2). Pour le reste, sur la base des indices retenus, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en admettant que l'aspect subjectif de l'infraction litigieuse pouvait être réalisé.
5. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Vu l'issue de la procédure, l'assistance judiciaire est refusée et le recourant, qui succombe, supporte les frais fixés en fonction de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 18 mars 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani