Faits :
A. A.a Au printemps 1994, Y._ (le demandeur) a confié à X._ SA (la défenderesse) la réalisation de différents travaux d'aménagement extérieur sur la parcelle dont il est propriétaire à Féchy (Vaud). Lesdits travaux, qui comprenaient notamment la construction d'une terrasse, d'un muret d'entrée et d'un escalier extérieur, ont fait l'objet d'un contrat d'entreprise non daté. Pour l'exécution de ces ouvrages, Y._ - qui n'a aucune expérience ni formation en matière de construction et de matériaux de construction - a choisi de la pierre de l'Yonne, département français situé en Bourgogne. Il a effectué ce choix en raison de l'aspect naturel de cette pierre, après en avoir vu des exemplaires en exposition sur le stand du tailleur de pierre Z._ (l'appelé en cause) à l'occasion du salon "Habitat et Jardin" de 1994 à Lausanne. A dire d'expert, la surface de cette pierre est naturellement accidentée, irrégulière, cassée, fissurée et tourmentée; pas très connu en Suisse romande, ce matériau est particulièrement attractif en raison de son prix économique.
Pour la réalisation de l'ouvrage, X._ SA s'est approvisionnée auprès de Z._, qui lui a directement livré les pierres de l'Yonne convenues. Même si ce dernier ignorait à l'origine l'emploi qui devait être fait de ces pierres, il a appris par la suite qu'elles étaient destinées à des ouvrages extérieurs. A._, employé de la défenderesse qui était chargé de la pose des pierres chez le demandeur, n'a reçu de son employeur aucune instruction particulière relative aux pierres de l'Yonne. Pour sa part, X._ SA n'a pas sollicité de Z._ des conseils d'utilisation des pierres commandées; elle n'a pas davantage mis en garde Y._ au sujet de la résistance de cette pierre au gel. Il est cependant établi que l'appelé en cause, occupé par un chantier sur une parcelle adjacente à celle du demandeur, est venu plusieurs fois sur les lieux et a donné à A._ quelques conseils de présentation des dalles au sol.
Les travaux commandés à X._ SA ont été achevés et livrés en automne 1994. Y._ n'a élevé aucune critique à cette occasion et s'est déclaré satisfait du caractère sauvage et naturel des aménagements extérieurs. Le prix de tous ces travaux s'est élevé à 196'358 fr. 35, dont la somme de 36'228 fr. 15 concernait le dallage en pierres de l'Yonne. La fourniture des pierres elles-mêmes a été facturée 29'570 fr., le 31 octobre 1994, par Z._ à la défenderesse.
A.b A la fin de l'hiver 1994-1995, quelques pierres de l'Yonne se sont fêlées. Sur demande de Y._, X._ SA a gracieusement changé les pierres endommagées dans le courant de l'année 1995. II n'est pas établi que des incidents de ce genre se soient produits au cours des trois hivers suivants.
Au printemps 1999, toutes les pierres de l'Yonne de la propriété de Y._ se sont complètement effritées et décomposées, devenant du gravier. Cela a été dû aux conditions météorologiques de l'hiver 1998-1999, décrites comme étant les plus défavorables pour ce matériau: très forte humidité sous la couche de neige, très grand nombre d'alternances gel/dégel, pluie/neige, froid/redoux.
En mars 1999, le demandeur a pris contact avec X._ SA qui lui a déclaré que d'autres de ses clients avaient connu les mêmes problèmes avec de la pierre de Bourgogne. Le 22 mars 1999, une réunion s'est tenue chez Y._ en présence de Z._ et des représentants de X._ SA pour constater les dégâts. Le contenu de la réunion du 22 mars 1999 ne ressort pas de la procédure.
A la suite de cette entrevue, l'appelé en cause a recueilli auprès de la carrière productrice de la pierre de l'Yonne des renseignements techniques qu'il a communiqués à la défenderesse le 23 avril 1999. Le 10 mai suivant, Z._ a indiqué à la défenderesse qu'il était dans l'attente des résultats du laboratoire qu'il avait mandaté. Ce rapport technique a été établi le 17 mai 1999; il en ressort notamment que l'utilisation de la pierre de l'Yonne est exclue pour les dallages extérieurs.
A.c En réponse à une plainte émise par l'épouse de Y._ dans un pli du 14 avril 1999, la défenderesse lui a répondu le 27 mai 1999, d'une part, que le problème évoqué ne pouvait être considéré comme un défaut caché et, d'autre part, que le délai de garantie était échu.
Le 10 mai 1999, X._ SA a écrit à Z._ que la garantie de ce dernier était toujours valable puisqu'il avait fourni, à bien plaire jusqu'à fin 1998, du matériau à des fins de retouches. Elle a ainsi déclaré résoudre le contrat de vente passé avec Z._ conformément à l'art. 205 CO. La défenderesse a en outre réclamé la restitution du prix et a fait notifier à Z._ un commandement de payer la somme de 400'000 fr. à titre de dommages-intérêts.
Par courrier du 19 mai suivant, Z._ a déclaré prolonger jusqu'en mai 2000 sa garantie pour défauts sur la fourniture des dalles de l'Yonne posées par X._ SA dans la propriété du demandeur; dans l'intervalle, l'appelé en cause s'engageait encore à fournir gratuitement des dalles pour que X._ SA puisse procéder à la remise en état des terrasses. Le 28 mars 2000, Z._ a encore renoncé à son droit d'invoquer la prescription à l'encontre de X._ SA jusqu'au 31 décembre 2001, dans la mesure où elle n'était pas déjà acquise.
A.d Le 24 juin 1999, le demandeur a saisi le juge compétent d'une requête d'expertise hors procès. X._ SA n'a pas souhaité poser de questions à l'expert. Le rapport, daté du 25 août 1999, a constaté que le dallage ainsi que les marges des escaliers et les pierres sous les marges présentaient des écaillages profonds sur toute leur surface, entraînant des pertes d'épaisseur allant par endroit jusqu'à 5 cm; les pierres des murs montraient uniquement localement des fissurations et des écaillages; quant aux parties abritées, elles n'étaient pas entachées de défaut. L'expert en a déduit que la cause des dégâts était l'utilisation d'une roche qui ne résistait pas au gel; il a relevé que la pierre de l'Yonne n'était certainement pas adaptée au climat local et qu'elle ne devait pas être employée comme dallage extérieur ou pour toute autre application à l'extérieur; en conséquence, la durée de vie de l'ouvrage - qui devrait en principe tenir sans aucun problème une centaine d'années - avait été très sérieusement réduite par un mauvais choix de matériau. L'expert hors procès, dans un rapport complémentaire, a estimé les coûts de remise en état de l'ouvrage à 101'000 fr., une variation de 15% étant réservée.
A.e Par lettre du 30 janvier 2000, Y._ a imparti à X._ SA un délai au 14 février 2000 pour faire des propositions de pierres alternatives, à choisir en lieu et place des pierres de Bourgogne, pour indiquer la date d'ouverture du chantier et déterminer un planning des travaux à venir. Ce courrier précisait que Y._ se réservait le droit de faire exécuter les travaux par une entreprise tierce, aux frais de X._ SA, si cette dernière ne donnait pas suite à cette demande.
Par courrier du 14 février 2000, X._ SA a rejeté toutes les prétentions de Y._. Elle a précisé que celles-ci étaient entièrement prescrites, qu'il n'existait aucun défaut caché, que l'ouvrage avait été accepté avec ses fissures et que le demandeur avait choisi la pierre de l'Yonne précisément pour son côté naturel et ses irrégularités apparentes. X._ SA se déclarait cependant d'accord d'exécuter les travaux de remise en état des dallages et des escaliers contre rémunération, celle-ci étant devisée à près de 70'000 fr.
B. Le 3 mars 2000, Y._ a assigné X._ SA devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois en paiement de 100'000 fr. et a sollicité la mainlevée, à concurrence de ce montant, du commandement de payer qu'il avait notifié à la défenderesse le 14 juillet 1999 pour la somme de 250'000 fr. X._ SA a appelé en cause Z._ le 14 juillet 2000; excipant de la prescription, la défenderesse a conclu principalement à sa libération et, subsidiairement, à ce que l'appelé en cause la relève de toute condamnation qui serait prononcée contre elle. Se prévalant lui-même de la prescription, l'appelé en cause a conclu à sa libération. En temps utile selon les règles de la procédure cantonale, X._ SA a invoqué l'absence d'avis des défauts.
L'expert judiciaire mandaté par la cour cantonale est arrivé à la conclusion que les désordres et fêlures des pierres de l'Yonne constatés chez Y._ étaient essentiellement dus à la gélivité de la pierre utilisée, à savoir son manque de résistance aux cycles de gel et dégel; selon l'expérience de l'expert, dès l'instant où une telle pierre devient fragile après une alternance de gel et de dégel dans une situation humide, son utilisation est normalement exclue en extérieur, à moins de la protéger contre l'humidité (couverture) et contre le gel (chauffage). L'expert a d'ailleurs relevé que la pierre de l'Yonne est rarement utilisée sous forme de dalles.
Par jugement du 20 décembre 2005, la Cour civile a condamné la défenderesse à verser au demandeur la somme de 100'000 fr. Elle a prononcé à concurrence de ce montant la mainlevée définitive de l'opposition formée par la défenderesse au commandement de payer notifié le 14 juillet 1999 et a entièrement rejeté les conclusions récursoires prises par X._ SA contre l'appelé en cause.
Les motifs de cette décision seront repris ci-après dans la mesure utile à l'examen des questions de droit qu'il conviendra successivement de résoudre.
Le recours en nullité formé par la défenderesse contre ce jugement a été rejeté par arrêt de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois du 3 octobre 2006.
C. Contre le jugement précité de la Cour civile, X._ SA exerce un recours en réforme au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à ce que les conclusions prises par le demandeur à son encontre soient intégralement rejetées. Subsidiairement, elle sollicite la réforme du jugement cantonal en ce sens que l'appelé en cause est tenu de la relever de toutes condamnations en capital, intérêts, frais et dépens qui pourraient être prononcées en faveur de Y._ et à la charge de X._ SA. Plus subsidiairement, la défenderesse requiert l'annulation du jugement cantonal et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Tant le demandeur que l'appelé en cause proposent le rejet du recours.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 La loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2005, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (art. 132 al. 1 LTF).
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires et dirigé contre un jugement final rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 48 al. 1 OJ) sur une contestation civile dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 8'000 fr. (art. 46 OJ), le recours en réforme est en principe recevable, puisqu'il a été déposé en temps utile (art. 54 al. 1 OJ) dans les formes requises (art. 55 OJ).
1.3 Le recours en réforme est ouvert pour violation du droit fédéral, mais non pour violation directe d'un droit de rang constitutionnel (art. 43 al. 1 2e phrase OJ) ou pour violation du droit cantonal (art. 55 al. 1 let. c in fine OJ; ATF 127 III 248 consid. 2c). L'acte de recours doit contenir les motifs à l'appui des conclusions; ils doivent indiquer succinctement quelles sont les règles de droit fédéral violées par la décision attaquée et en quoi consiste cette violation (art. 55 al. 1 let. c OJ).
Saisi d'un recours en réforme, le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits contenus dans la décision attaquée, à moins que des dispositions fédérales en matière de preuve n'aient été violées, qu'il y ait lieu à rectification de constatations reposant sur une inadvertance manifeste (art. 63 al. 2 OJ) ou qu'il faille compléter les constatations de l'autorité cantonale parce que celle-ci n'a pas tenu compte de faits pertinents et régulièrement allégués (art. 64 OJ; ATF 130 III 102 consid. 2.2). Dans la mesure où une partie recourante présente un état de fait qui s'écarte de celui contenu dans la décision attaquée sans se prévaloir avec précision de l'une des exceptions qui viennent d'être rappelées, il n'est pas possible d'en tenir compte. L'appréciation des preuves à laquelle s'est livrée l'autorité cantonale ne peut être remise en cause (ATF 130 III 136 consid. 1.4). II ne peut être présenté de griefs contre les constatations de fait, ni de faits ou de moyens de preuve nouveaux (art. 55 al. 1 let. c OJ).
2. Les parties ne remettent pas en cause devant le Tribunal fédéral la qualification de contrat de livraison d'ouvrage (cf. art. 365 al. 1 CO) pour le contrat liant le demandeur à la défenderesse. Elles ne contestent pas non plus que leur relation contractuelle est entièrement régie par leur convention ainsi que par les règles dispositives du Code des obligations, à l'exclusion des Normes SIA qu'elles n'ont pas valablement intégrées à leur contrat. Enfin, la défenderesse ne prétend plus devant le Tribunal fédéral que sa responsabilité serait prescrite.
3. La défenderesse soutient que la cour cantonale a retenu à tort l'existence d'un défaut de l'ouvrage et invoque une violation de l'art. 367 al. 1 CO. A la suivre, le demandeur a choisi la pierre de l'Yonne en raison de son caractère naturellement accidenté, de ses irrégularités, de ses cassures et de ses fissures; d'ailleurs, lors de la réception de l'ouvrage, le demandeur s'est encore déclaré satisfait du caractère sauvage et naturel des aménagements extérieurs. Dès lors, les fêlures et les désordres constatés sur l'ouvrage au printemps 1999 correspondent aux caractéristiques normales de la pierre convenue, en sorte qu'il n'y aurait pas de place pour un défaut de l'ouvrage.
3.1 Pour les défauts ayant leur origine dans la matière fournie par l'entrepreneur, ce dernier répond en vertu des règles sur la garantie des défauts du contrat d'entreprise et non de celles afférentes à la vente (ATF 117 II 425 consid. 3). L'ouvrage est entaché d'un défaut au sens de l'art. 367 al. 1 CO lorsqu'il ne possède pas les qualités convenues - expressément ou tacitement - par les parties, ou les qualités auxquelles le maître pouvait s'attendre d'après les règles de la bonne foi (ATF 114 II 239 consid. 5/a/aa). S'agissant du premier type de défauts, il ne faut pas se limiter à ce qui a été expressément formulé, mais il convient de rechercher, selon les règles générales d'interprétation, ce que les parties ont voulu dans chaque cas concret. Quant à la qualité attendue, elle vise d'une part la matière utilisée - qui ne doit pas être de qualité inférieure à la moyenne (cf. art. 71 al. 2 CO) - et concerne, d'autre part, les propriétés nécessaires ou usuelles pour l'usage convenu (François Chaix, Commentaire romand, n. 5 ad art. 368 CO; Peter Gauch, Le contrat d'entreprise, adaptation française par Benoît Carron, n. 1352 ss).
En principe, l'ouvrage doit répondre aux exigences techniques et à la destination que lui réserve le maître. Si celui-ci entend affecter l'ouvrage à une destination sortant de l'ordinaire, il doit en aviser l'entrepreneur (arrêt C.211/1987 du 27 juin 1988 consid. 3, in SJ 1989 p. 309). En revanche, il n'a pas cette obligation lorsque l'utilisation prévue est usuelle; l'ouvrage doit alors correspondre au minimum aux règles de l'art reconnues ou à un standard équivalent (Gauch, op. cit., n. 1422). Le maître peut, par exemple, s'attendre à ce qu'une façade ou l'accès à un garage ne se fissurent pas de manière inhabituelle (ATF 117 II 425; pour le garage, cf. Blätter für Zürcherische Rechtsprechung (ZR) 69/1970, n. 8 p. 47). De même, il peut légitimement espérer que l'étanchéité nouvelle de cuves destinées à l'encavement du moût résistera plus que quelques mois (arrêt 4C.347/2005 du 13 février 2006, consid. 2). Il n'a pas non plus à compter avec la déformation des planches d'une façade en bois (ATF 118 II 142) ou avec des tuiles d'un toit qui ne résistent pas au gel (Gauch, op. cit., n. 1422).
3.2 L'ouvrage consistait en l'espèce en des travaux d'aménagement extérieur comprenant notamment la construction d'une terrasse, d'un muret et d'un escalier. Pour avoir procédé à la conception et à la réalisation de l'ouvrage, la défenderesse connaissait les conditions climatiques régnant sur la propriété du demandeur. Dans la mesure où l'ouvrage n'était pas destiné à une utilisation sortant de l'ordinaire, le demandeur était en droit d'escompter que le matériau choisi soit au moins de qualité moyenne, autrement dit que l'ouvrage corresponde au minimum aux règles de l'art.
A dire d'expert, l'ouvrage convenu devait en principe tenir sans aucun problème pendant une centaine d'années. Or, selon les faits qui lient le Tribunal fédéral (art. 63 al. 2 OJ), moins de cinq ans après l'exécution des travaux, les pierres incorporées à l'ouvrage et qui n'étaient pas abritées se sont complètement effritées et décomposées, au point de devenir du gravier. Contrairement à ce que soutient la défenderesse, cette décomposition de la pierre est sans commune mesure avec le caractère accidenté et irrégulier de cette roche. De même, l'aspect sauvage du matériau choisi ne signifie pas qu'il soit destiné à finir en tas de petits cailloux quelques années seulement après avoir été posé.
3.3 Au vu de ce qui précède, l'ouvrage litigieux se trouvait entaché de défauts à l'issue de l'hiver 1998-1999. Ces défauts consistaient non seulement dans la présence de nombreuses pierres entièrement délitées, mais également dans une très nette réduction de la durée de vie de l'ouvrage. La recourante ne saurait à cet égard se prévaloir de circonstances exceptionnelles et imprévisibles, pour lesquelles sa garantie contractuelle n'entrerait pas en ligne de compte: si l'hiver 1998-1999 a été décrit comme ayant réuni les conditions les plus défavorables pour le matériau choisi, la cour cantonale n'est pas allée jusqu'à affirmer qu'il se serait agi de conditions météorologiques extrêmes ou d'événements relevant de la force majeure (cf. Gauch, op. cit., n. 1080). Par ailleurs, les deux experts qui se sont exprimés sur le sujet ont tous deux relevé que les défauts étaient dus au fait que la pierre utilisée résistait mal aux cycles naturels de gel et de dégel, circonstance qui évidemment n'a rien d'insolite dans le bassin lémanique.
Par conséquent, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a retenu que l'ouvrage était entaché de défaut au printemps 1999.
4. La recourante invoque une violation des art. 370 al. 2 CO et 367 al. 1 CO. Elle prétend d'abord que le demandeur a accepté l'ouvrage. Bien qu'il ait eu connaissance dès le premier hiver 1994-1995 des fêlures de la pierre de l'Yonne causées par le gel, il s'est alors contenté d'un remplacement des pierres détériorées par d'autres pierres de même nature, si bien qu'il aurait tacitement accepté le caractère gélif de ces pierres et ne pourrait plus s'en plaindre ultérieurement. Ensuite, dans l'hypothèse où l'ouvrage n'aurait pas été accepté, la défenderesse soutient que l'avis des défauts n'a pas été donné en temps utile. Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, la réunion des parties du 22 mars 1999 n'équivaudrait pas à un avis des défauts; de même, la communication de l'expertise avant procès ne manifesterait pas la volonté du maître de tenir l'entrepreneur pour responsable des défauts constatés.
4.1 L'acceptation de l'ouvrage constitue une déclaration de volonté du maître par laquelle il signifie à l'entrepreneur considérer l'ouvrage livré comme exécuté conformément au contrat et renoncer à invoquer les droits découlant de la garantie des défauts (arrêt 4C.149/1995 du 5 décembre 1995 consid. 6a, in SJ 1996 p. 353). Le maître découvre les défauts lorsqu'il en constate l'existence avec certitude: les défauts apparents sont ceux qui ont été ou qui pouvaient être décelés lors de la vérification régulière et diligente de l'ouvrage; quant aux défauts cachés, ils sont ceux qui ne se manifestent que plus tard (cf. art. 370 al. 3 CO). Dans tous les cas, le maître doit pouvoir constater indubitablement l'existence des défauts de manière à pouvoir formuler une réclamation suffisamment motivée. Il n'en est pas ainsi dès qu'apparaissent les premiers signes de défauts évolutifs dans leur étendue ou leur gravité, mais uniquement lorsque le maître se rend compte - ou devrait se rendre compte en application des règles de la bonne foi - que ce défaut équivaut à une inexécution du contrat (ATF 131 III 145 consid. 7.2 pour le contrat de vente; arrêt 4C.149/1995 déjà cité, in SJ 1996 p. 353). II y a défaut caché notamment lorsque l'ouvrage se dégrade plus rapidement qu'il ne le devrait (cf. ci-dessus arrêt 4C.347/2005 consid. 2; Chaix, op. cit., n. 6 ad art. 370 CO).
A considérer l'état de fait déterminant, quelques pierres de l'ouvrage se sont fêlées lors du premier hiver, puis trois hivers se sont succédé sans entraîner de dégâts; enfin, la décomposition complète des pierres est apparue au printemps 1999. Pour ne pas s'être immédiatement reproduites lors des hivers suivants, les premières cassures de la pierre n'avaient rien d'alarmant; elles ne constituaient en tout cas pas des indices suffisants de l'existence indubitable de la gélivité de la pierre utilisée. A raison, la cour cantonale n'a pas déduit de l'absence d'avis de défauts à la fin de l'hiver 1994-1995 une acceptation tacite de l'ouvrage. Pour le surplus, le manque de résistance aux cycles de gel/dégel de la pierre ne pouvait être décelé par le demandeur lors de la livraison de l'ouvrage; quant à la conséquence de ce défaut intrinsèque, à savoir la dégradation accélérée de la pierre, elle ne devait nécessairement se manifester que "plus tard". Cela fonde donc la qualification de défaut caché au sens de l'art. 370 al. 3 CO, comme l'ont retenu à juste titre les juges cantonaux.
4.2 En matière de défauts cachés, le maître est tenu de les signaler à l'entrepreneur aussitôt qu'il en a connaissance; sinon, l'ouvrage est tenu pour accepté avec ses défauts (art. 370 al. 3 CO).
4.2.1 Les règles sur le contenu et la forme de l'avis des défauts sont les mêmes, qu'il s'agisse de défauts apparents ou cachés (Chaix, op. cit., n. 15 ad art. 370 CO; Gaudenz G. Zindel/Urs Pulver, Commentaire bâlois, n. 15 ad art. 370 CO). A teneur de l'art. 367 al. 1 CO, le maître est uniquement tenu de "signaler" les défauts à l'entrepreneur. Cette seule communication (Anzeigepflicht) n'est toutefois pas suffisante et elle doit être accompagnée de la déclaration de volonté du maître selon laquelle il considère l'entrepreneur comme responsable du défaut constaté (Rügepflicht); une certaine précision quant à la description du défaut est de mise et les déclarations toutes générales sont donc insuffisantes (arrêt 4C.76/1991 du 10 juillet 1991 consid. 1a, in SJ 1992 p. 103). En tant que partie non expérimentée au contrat, le maître n'a pas à se prononcer sur l'origine des défauts qu'il dénonce; il n'a pas non plus à utiliser une terminologie technique ou juridique pour décrire les droits de garantie qu'il invoque. L'essentiel est que l'entrepreneur comprenne sans hésitation que le maître entend s'en prendre à lui sur la base de sa responsabilité du fait des défauts (Chaix, op. cit., n. 27 ad art. 367 CO; Gauch, op. cit., n. 2129 ss; Zindel/Pulver, op. cit., n. 17 ad art. 367 CO). En règle générale, la simple communication des défauts implique bien que le maître en tient l'entrepreneur pour responsable; il n'en va autrement qu'en présence de circonstances particulières, par exemple si le maître signale les défauts dans le seul but de mettre en garde l'entrepreneur pour l'avenir (Chaix, op. cit., n. 26 ad art. 367 CO; Gauch, op. cit., n. 2134).
L'avis des défauts n'est soumis à aucune forme particulière (arrêt 4C.76/1991 déjà cité, ibidem, in SJ 1992 p. 103). Il peut même intervenir de manière tacite, par exemple lorsque le maître exerce immédiatement l'un des droits de garantie résultant de l'art. 368 CO en se fondant sur un défaut précis de l'ouvrage (Chaix, op. cit., n. 26 ad art. 367 CO; Gauch, op. cit., n. 2134).
4.2.2 L'exigence légale d'avis immédiat des défauts sert les intérêts de l'entrepreneur qui doit être fixé le plus rapidement possible sur l'acceptation ou le refus de l'ouvrage (arrêt C.364/1987 du 1er décembre 1987 consid. 3a, in SJ 1988 p. 284; Chaix, op. cit., n. 1 ad art. 367 CO; Gauch, op. cit., n. 2108). Ce caractère immédiat de l'avis ne doit cependant pas priver le maître d'un court délai de réflexion lui permettant de prendre sa décision et de la communiquer à l'entrepreneur (arrêt 4C.205/2003 du 17 novembre 2003, consid. 3.2 [contrat de vente]; Chaix, op. cit., n. 16 ad art. 370 CO; Gauch, op. cit., n. 2180).
Selon la jurisprudence en matière de vente et de contrat d'entreprise, un avis des défauts communiqué deux ou trois jours ouvrables après la découverte de ceux-ci respecte la condition d'immédiateté prévue par la loi (ATF 98 II 191 consid. 4; 76 II 221 consid. 3). Il en va de même, à la rigueur, d'une communication intervenue sept jours après la découverte des défauts (arrêt 4C.82/2004 du 3 mai 2004 consid. 2.3 et les références). En revanche sont tardifs des avis transmis dix-sept ou vingt jours après la découverte des défauts (ATF 118 II 142 consid. 3b; arrêt 4C.205/2003 déjà cité, consid. 3.3.1). Une partie de la doctrine considère que cette jurisprudence est rigoureuse et que, en matière d'avis des défauts, une sévérité excessive n'a pas sa place, notamment en raison de l'atteinte très grave à la situation juridique du maître que constitue la péremption de tous ses droits de garantie (Theodor Bühler, Commentaire zurichois, n. 48 ad art. 370 CO et les références à H. Becker et Hugo Oser/Wilhelm Schönenberger; Gauch, op. cit., n. 2175-2176 et 2180-2181). Pour un autre auteur, la réglementation légale serait même aujourd'hui dépassée en regard de la pratique (Alfred Koller, Das Nachbesserungsrecht im Werkvertrag, 2e édition, 1995, ch. 83 p. 28). Dans l'application de l'art. 370 CO, il faudrait dès lors faire preuve d'une certaine souplesse et, pour apprécier la durée du délai de réflexion, tenir compte de l'ensemble des circonstances de chaque cas concret; enfin, en cas de doute, il conviendrait de trancher en faveur du maître, partie au contrat qui mérite également des égards, en particulier lorsqu'il ne s'agit pas d'un professionnel de la construction (Chaix, op. cit., n. 17 ad art. 370 CO; Gauch, op. cit., n. 2177 et 2181). La jurisprudence va dans cette direction puisqu'elle insiste, pour apprécier les exigences liées à l'obligation de signaler les défauts, sur la nécessité de prendre en compte les circonstances particulières de chaque situation concrète (ATF 131 III 145 consid. 7.2).
4.2.3 Lorsque le maître de l'ouvrage émet des prétentions en garantie, l'entrepreneur peut alléguer que l'ouvrage a été accepté malgré ses défauts. Dans une telle situation, il incombe alors au maître de prouver qu'il a donné l'avis des défauts et qu'il l'a fait en temps utile (ATF 118 II 142 consid. 3a). Savoir si tel a été le cas relève de l'appréciation des faits à laquelle procède la juridiction cantonale et que le Tribunal fédéral ne revoit pas à l'occasion d'un recours en réforme (art. 63 al. 2 OJ; arrêt 4C.93/1992 20 juillet 1992 consid. 2a, in SJ 1993 p. 262).
4.3 En l'occurrence, les constatations de fait de la cour cantonale relatives à l'avis des défauts sont les suivantes: la décomposition complète des pierres litigieuses est apparue au printemps 1999; en mars 1999, à une date qui n'a pas pu être précisée, la défenderesse a été contactée par le demandeur et a répondu à celui-ci que d'autres de ses clients avaient rencontré les mêmes problèmes avec ce type de pierre; enfin, le 22 mars 1999, les trois parties se sont retrouvées sur place pour constater les dégâts.
Il ressort ainsi des faits souverainement établis par la Cour civile que le demandeur a signalé à la défenderesse l'existence du défaut de l'ouvrage en mars 1999. A défaut de circonstance particulière de l'espèce, la cour cantonale pouvait inférer de cette simple communication des défauts que le demandeur - dénué de toute expérience en matière de construction - se plaignait auprès de la défenderesse de la décomposition complète des pierres et la tenait pour responsable de ce résultat. La recourante l'a d'ailleurs parfaitement compris puisqu'elle a accepté de se rendre sur place le 22 mars 1999 pour constater l'ampleur des dégâts et, de surcroît, a demandé à son fournisseur, l'appelé en cause, de l'accompagner à cette réunion. Les courriers échangés ultérieurement entre les parties confirment encore que le demandeur, même sans utiliser des termes techniques ou juridiques précis, a manifesté son intention de rechercher la défenderesse sur la base de sa responsabilité pour la garantie des défauts, ce que toutes les parties ont saisi. En appréciant de la sorte les circonstances de la présente affaire, la cour cantonale n'a aucunement violé le droit fédéral. Le grief doit être rejeté.
5. La recourante invoque une violation de l'art. 368 al. 2 CO. Elle fait valoir que la réfection de l'ouvrage - fixée à 100'000 fr. par la cour cantonale - est hors de proportion avec le prix de l'ouvrage lui-même. Dès lors, les conditions nécessaires à la réfection de l'ouvrage ne seraient pas réalisées.
5.1 Le droit à la réfection de l'ouvrage est prévu par l'art. 368 al. 2, 2e hypothèse, CO: ainsi, lorsque les défauts de l'ouvrage sont de moindre importance qu'en cas de résolution, le maître peut obliger l'entrepreneur à réparer l'ouvrage à ses frais si la réfection est possible sans dépenses excessives. Le critère de l'exécution raisonnable de la réfection vise à protéger les intérêts de l'entrepreneur, en privant le maître d'une intervention qui se révélerait disproportionnée par rapport à l'intérêt qu'il a à recevoir un ouvrage sans défaut. Savoir si une réfection est hors de proportion dans un cas particulier relève du pouvoir d'appréciation du juge, lequel fait appel aux règles du droit et de l'équité pour déterminer les intérêts réciproques des parties (Bühler, op. cit., n. 145 ad art. 368 CO; Chaix, op. cit., n. 41 ad art. 368 CO; Gauch, op. cit., n. 1764; Koller, op. cit., ch. 94). Dans ce contexte, la proportion arithmétique entre le prix de l'ouvrage et le coût des réparations est - sous réserve de situations extrêmes - sans incidence (ATF 111 II 173 consid. 5; Chaix, op. cit., n. 43 ad art. 368 CO; Gauch, op. cit., n. 1752; Zindel/Pulver, op. cit., n. 50 ad art. 368 CO). Il est question de situation extrême lorsque, par exemple, les coûts de réfection sont deux fois supérieurs au prix de l'ouvrage (Bühler, op. cit., n. 146 ad art. 368 CO).
Lorsqu'il revoit une décision d'équité prise en dernière instance cantonale, le Tribunal fédéral n'intervient que lorsque celle-ci s'écarte sans raison des règles établies par la doctrine et la jurisprudence en matière de libre appréciation, ou lorsqu'elle s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucune rôle, ou, à l'inverse, lorsqu'elle n'a pas tenu compte d'éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; il sanctionnera en outre les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (ATF 132 III 109 consid. 2).
5.2 En l'espèce, la cour cantonale s'est référée au coût de remise en état de l'ouvrage et a constaté que ceux-ci représentaient à peu près la moitié du prix des travaux. Elle a ensuite insisté sur l'importance des dégâts apparents et rappelé que, à dire d'experts, l'ouvrage se détériorerait encore à l'avenir. Dès lors, les frais de réfection de l'ouvrage n'étaient pas déraisonnables par rapport à l'intérêt matériel et immatériel qu'avait le demandeur à disposer à long terme d'une terrasse et d'escaliers sans défauts.
Dans son appréciation, la cour cantonale a pris en compte tous les éléments pertinents. A juste titre, elle a souligné l'intérêt du demandeur à disposer d'un dallage et d'escaliers qui ne soient pas réduits en gravier après cinq années seulement d'existence. Sur le sujet, l'argumentation de la défenderesse, selon laquelle le demandeur doit se voir imputer une plus grande tolérance en raison du caractère naturellement tourmenté de la pierre choisie, est dénuée de tout fondement. Là encore, en effet, la décomposition complète de la roche est sans commune mesure avec un aspect sauvage du matériau (cf. consid. 3.2 supra). Pour le surplus, la défenderesse s'en prend de manière irrecevable aux constatations de fait lorsqu'elle remet en cause les conclusions d'expert relatives à la détérioration future du reste de l'ouvrage. Enfin, dans la mesure où les frais de remise en état de l'ouvrage représentent approximativement la moitié du prix des travaux facturés, il ne s'agit pas d'une situation extrême où ce critère pourrait éventuellement jouer un rôle pour apprécier le caractère déraisonnable de la suppression du défaut.
5.3 Par conséquent, l'appréciation qu'a faite la cour cantonale du caractère raisonnable de la réfection de l'ouvrage ne s'écarte pas des critères tirés de l'art. 368 al. 2 CO. Elle ne conduit pas non plus à une solution manifestement injuste ou à une iniquité choquante. Le moyen doit être rejeté.
6. La recourante soutient que la Cour civile a retenu à tort qu'elle connaissait ou aurait dû connaître les caractéristiques de la pierre choisie par le demandeur, à savoir son manque de résistance aux cycles de gel et dégel. Elle fait valoir qu'elle aurait apporté la preuve libératoire de son absence de faute. Pour ne l'avoir pas admis, les magistrats vaudois auraient violé l'art. 97 al. 1 CO.
6.1 En matière de garantie des défauts, le maître a le droit alternativement de demander la résolution du contrat, la diminution du prix ou encore la réfection de l'ouvrage; il peut en outre, cumulativement à l'une des trois options précitées, exiger des dommages-intérêts pour le préjudice subi à raison de l'exécution défectueuse de l'ouvrage. Il s'agit ainsi de réparer le dommage qui a sa source dans le défaut mais se développe en dehors de ce dernier, que la terminologie allemande désigne par "Mangelfolgeschaden" (ATF 116 II 454 consid. 2a; Bühler, op. cit., n. 166ss ad art. 368 CO; Gauch, op. cit., n. 1851). L'acte par lequel le maître choisit le droit qu'il entend exercer est un acte formateur, en principe irrévocable. Une fois communiqué, le choix d'exiger la suppression du défaut est ainsi définitif. Cela étant, lorsque l'entrepreneur nie l'existence du défaut, conteste le droit à la réfection de l'ouvrage, tombe en demeure d'exécuter les réparations nécessaires, refuse ou est incapable de les exécuter, le maître n'est plus lié par son choix; il peut alors à nouveau opter pour l'action résolutoire ou minutoire (Gauch, op. cit., n. 1842 ss; Zindel/Pulver, op. cit., n. 62 ad art. 368 CO).
Le maître qui choisit l'action en réfection de l'ouvrage doit fixer à l'entrepreneur un délai convenable pour s'exécuter. Un tel délai n'est cependant pas nécessaire s'il apparaît d'emblée que l'entrepreneur ne s'exécutera pas, soit parce qu'il s'y refuse, soit parce qu'il en est incapable; dans une telle situation, le maître bénéficie des règles sur la demeure de débiteur, conformément à la jurisprudence relative à l'art. 366 al. 2 CO applicable ici par analogie (ATF 107 II 50 consid. 3). Il peut donc choisir, parmi les trois possibilités que lui offre l'art. 107 al. 2 CO, celle de renoncer à la prestation - i.e. la réfection de l'ouvrage - et de réclamer des dommages-intérêts positifs à l'entrepreneur. Son dommage équivaut à l'intérêt qu'il avait à l'exécution régulière de l'obligation de l'entrepreneur. Le maître pourra ainsi porter en compte, entre autres postes de son dommage, tous les frais se rapportant à l'achèvement de l'ouvrage, respectivement à l'élimination du défaut (ATF 126 III 230 consid. 7/a/bb p. 236). Cette créance en dommages-intérêts, qui prend la place de la créance en réfection de l'ouvrage, présuppose que la demeure soit imputable à la faute de l'entrepreneur ou de ses auxiliaires (art. 101 CO) (Gauch, op. cit., n. 1796 et 1832; Alfred Koller, Commentaire bernois, n. 544 et 627 ad art. 366 CO).
6.2 Il ressort du jugement déféré que le demandeur, dans son courrier du 30 janvier 2000, a d'abord opté pour la réfection de l'ouvrage, indiquant explicitement qu'en cas de refus il ferait exécuter les travaux par une entreprise tierce, aux frais de la défenderesse. Au vu de la fin de non-recevoir de celle-ci, la cour cantonale a constaté qu'une mise en demeure était superflue, ce qui faisait renaître le droit initial d'option du demandeur. La cour cantonale a ensuite retenu, de manière à lier le Tribunal fédéral en instance de réforme (art. 63 al. 2 OJ), que le demandeur, en ouvrant directement action en paiement de 100'000 fr., avait implicitement renoncé à l'exécution de la réfection et demandé des dommages-intérêts pour inexécution.
A ce stade, il faut garder à l'esprit que la prétention du demandeur en paiement des coûts de réparation de l'ouvrage ne vise pas la réparation d'un dommage supplémentaire par rapport au défaut lui-même ("Mangelfolgeschaden"); elle vise simplement à replacer le maître dans la situation où il serait si le défaut avait été supprimé. En d'autres termes, l'action en paiement qu'a choisie le demandeur se substitue à l'action en exécution, respectivement en réfection de l'ouvrage, laquelle tend à la livraison d'un ouvrage exempt de tout défaut. Or, l'entrepreneur est débiteur d'une obligation de résultat, ce qui se traduit - pour l'exercice des droits formateurs du maître - par un système de responsabilité largement causal (cf. Chaix, op. cit., n. 8 ad art. 363 CO et n. 1 ad art. 368 CO). Par conséquent, pour apprécier le bien-fondé de la présente action en paiement, il suffit de constater que la responsabilité objective de la défenderesse est engagée par la livraison d'un ouvrage ne correspondant pas aux attentes légitimes du demandeur. Il n'y a en particulier pas lieu de rechercher si la défenderesse a commis une faute en acceptant d'exécuter l'ouvrage avec de la pierre de l'Yonne. Un tel débat aurait uniquement lieu d'être si le demandeur actionnait la défenderesse en responsabilité pour un dommage supérieur aux frais de réfection de l'ouvrage, ce qu'aucune des parties n'allègue ici.
6.3 Il suit de là qu'il convient d'examiner si la défenderesse s'est trouvée, par sa faute, en demeure d'exécuter les travaux de réfection de l'ouvrage sollicités en janvier 2000. Comme les conditions de l'action en suppression du défaut étaient réalisées (cf. consid. 5.2 ci-dessus), la défenderesse ne pouvait pas refuser d'exécuter les travaux requis par le demandeur. Elle s'est donc trouvée en demeure fautivement. Dans son recours, elle ne prétend d'ailleurs pas pouvoir bénéficier, sur ce point, d'une quelconque preuve libératoire.
Le grief est sans consistance.
7. Dans un dernier moyen concernant l'éventuelle action récursoire contre l'appelé en cause, la défenderesse invoque une violation de l'art. 200 al. 2 CO relatif aux défauts connus de l'acheteur. Dans sa réponse au recours en réforme, l'appelé en cause reprend son argumentation - rejetée par la cour cantonale - selon laquelle le droit de la défenderesse d'invoquer la garantie des défauts du vendeur serait périmé, faute d'avis donné dans le délai d'une année après la livraison. Il convient de se pencher d'abord sur cette question, puisque la péremption des droits de garantie est susceptible de rendre sans objet l'action récursoire de la défenderesse.
7.1 Il n'est pas contesté que l'appelé en cause et la défenderesse ont été liés par un contrat de vente portant sur la livraison d'une chose mobilière (art. 184 ss CO), c'est-à-dire les pierres de l'Yonne qui ont été utilisées pour les travaux d'aménagement extérieur réalisés sur la parcelle du demandeur.
Le devoir de l'acheteur de vérifier et de signaler les défauts est analogue à celui du maître de l'ouvrage dans le contrat d'entreprise (ATF 131 III 145 consid. 7.2). Ainsi, à l'instar du maître de l'ouvrage, l'acheteur a l'obligation de vérifier l'état de la chose vendue aussitôt qu'il le peut d'après la marche habituelle des affaires (art. 201 al. 1 CO). S'il s'agit de défauts cachés, l'acheteur doit les signaler immédiatement après leur découverte (art. 201 al. 3 CO). L'action en garantie pour les défauts de la chose se prescrit en outre par un an dès la livraison faite à l'acheteur, même si ce dernier n'a découvert les défauts que plus tard (art. 210 al. 1 CO).
L'art. 210 al. 1 CO institue un délai de prescription et non de péremption (ATF 104 II 357 consid. 4a; Heinrich Honsell, Commentaire bâlois, n. 2 ad art. 210 CO; Pierre Tercier, Les contrats spéciaux, 3e éd., ch. 731; Silvio Venturi, Commentaire romand., n. 5 ad art. 210 CO). La loi réserve elle-même aux parties la possibilité de prolonger par convention le délai légal d'une année (art. 210 al. 1 in fine CO). Il est également admis que le vendeur a la faculté de renoncer à invoquer la prescription (Venturi, op. cit., n. 6 ad art. 210 CO).
7.2 En l'espèce, l'appelé en cause s'est rendu avec la défenderesse chez le demandeur, le 22 mars 1999, pour constater les dégâts subis sur les dallages. II a ensuite sollicité des renseignements techniques sur les pierres en cause auprès de la carrière productrice et d'un laboratoire. Nanti de ces informations, il a déclaré à l'intention de la défenderesse prolonger jusqu'en mai 2000 sa garantie pour les défauts sur la fourniture des dalles. Enfin, le 28 mars 2000, il a renoncé à son droit d'invoquer la prescription à l'encontre de la défenderesse jusqu'à la fin de l'année 2001.
Toutes ces déclarations s'inscrivent dans le cadre de la liberté dont disposent les parties pour organiser la prescription relative à la garantie des défauts de la chose vendue. S'agissant de propositions entièrement favorables à l'acheteur, peu importe que la défenderesse n'ait pas expressément accepté la prolongation du délai de prescription (art. 6 CO). ll en découle que l'argumentation de l'appelé en cause relative à la péremption des droits de garantie de la défenderesse est dénuée de fondement. Pour le surplus, l'appelé en cause ne conteste pas que la défenderesse a respecté ses incombances relatives à la communication de l'avis des défauts.
Dès lors, il convient d'aborder le fond de l'action.
7.3 La notion de défaut est la même en matière de contrat de vente et de contrat d'entreprise (ATF 100 II 30 consid. 2). Les développements qui précèdent relatifs au caractère inadapté des pierres en fonction de l'ouvrage prévu s'appliquent donc également ici (cf. consid. 3 supra). En particulier, il ressort de l'état de fait définitif que l'appelé en cause a eu connaissance de la destination des pierres qu'il a vendues. Dans ces circonstances, la défenderesse pouvait s'attendre à ce que le matériau livré par l'appelé en cause supporte une utilisation à l'extérieur au lieu de s'effriter complètement après quelques hivers.
Les faits de la cause ne permettent pas de retenir une connaissance effective par la défenderesse du caractère gélif de la pierre utilisée (art. 200 al. 1 CO).
Et, contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, il n'est pas possible d'imputer à la défenderesse une connaissance présumée du défaut (cf. art. 200 al. 2 CO). D'une part, la mauvaise résistance de la pierre de l'Yonne aux cycles de gel et de dégel n'est apparue qu'à la lumière de recherches complémentaires et d'expertises techniques. Il ne s'agissait donc pas d'une circonstance connue des professionnels tels que la défenderesse, de sorte que celle-ci ne pouvait appréhender les conséquences économiques de ce défaut (cf. ATF 66 II 132 consid. 5). D'autre part, l'appelé en cause a assisté à la pose des dalles sur la parcelle du demandeur. Non seulement il n'a pas mis en garde la défenderesse contre les risques d'effritement de la pierre en raison des conditions météorologiques du bassin lémanique, mais il a encore prodigué des conseils pour la présentation des dalles au sol. Ce faisant, il a donné des assurances quant au caractère adapté du matériau pour l'usage prévu.
Par conséquent, en retenant que la défenderesse avait perdu son droit de garantie en raison de son manque de diligence, la cour cantonale a violé le droit fédéral. Le jugement critiqué sera réformé sur ce point.
7.4 En temps utile, la défenderesse a déclaré résoudre le contrat la liant à l'appelé en cause et lui a réclamé la somme de 400'000 fr. à titre de restitution du prix de vente et de dommages-intérêts. Comme l'autorité cantonale a constaté que les dalles litigieuses ont été réduites en gravier, on se trouve dans la situation où la chose a péri par suite de ses défauts (art. 207 al. 1 CO). Dès lors et contrairement à ce qu'a admis la Cour civile, la résolution du contrat restait possible indépendamment de la question de savoir si la chose vendue avait été ultérieurement aliénée par l'acheteur. En plus de la restitution du prix de vente, le vendeur est tenu d'indemniser l'acheteur des dommages résultant directement de la livraison des marchandises défectueuses. Ces dommages, qui sont dus indépendamment de toute faute du vendeur, comprennent, au moins, la perte éprouvée par l'acheteur (cf,, sur cette problématique, arrêt 4C.180/2005 du 28 novembre 2006, consid. 2, destiné à la publication).
Les conclusions de la défenderesse tendant à ce qu'elle soit relevée par l'appelé en cause de toutes condamnations envers le demandeur sont fondées. Par conséquent, le recours doit être admis sur ce point et le jugement cantonal réformé.
8. Au sujet des frais et dépens, il faut constater que le demandeur a obtenu l'entier de ses conclusions, alors que le recours en réforme de la défenderesse est partiellement fondé et que l'appelé en cause a entièrement succombé.
Vu l'issue de la querelle, l'émolument judiciaire doit être réparti par moitié entre la défenderesse et l'appelé en cause (art. 156 al. 1 OJ). La défenderesse et l'appelé en cause seront en outre condamnés solidairement à verser au demandeur une indemnité à titre de dépens (art. 159 al. 1 OJ).
Il appartiendra à la cour cantonale de statuer à nouveau sur le sort des frais et dépens de la procédure cantonale.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Le chiffre III du dispositif du jugement attaqué est réformé comme il suit:
III. Z._ est tenu de relever X._ SA de toutes condamnations en capital, intérêts, frais et dépens qui pourraient être prononcées en faveur de Y._ et à la charge de X._ SA.
Les chiffres I et II du dispositif du jugement déféré sont confirmés.
Les chiffres IV, V et VI dudit dispositif sont annulés.
2. Un émolument judiciaire de 2'500 fr. est mis à la charge de la défenderesse.
3. Un émolument judiciaire de 2'500 fr. est mis à la charge de l'appelé en cause.
4. La défenderesse et l'appelé en cause verseront solidairement au demandeur une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
5. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
6. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 8 mai 2007
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: