Sachverhalt:
A.
Gegenüber der Y._ SA, A._, legte die Kantonale Steuerverwaltung Freiburg mit Verfügungen vom 17. Dezember 2009 und Einspracheentscheid vom 15. Dezember 2010 für die direkte Bundessteuer der Perioden 1995 bis 2002 folgende Steuern fest: Nachsteuern von Fr. 24'090.25 (nebst Verzugszins von Fr. 11'377.05) und Strafsteuern von Fr. 24'000.-- wegen vollzogener Steuerhinterziehung.
B.
Die von der Y._ SA gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde hat der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg mit Urteil vom 28. September 2012 teilweise gutgeheissen. Er hat festgestellt, die hinsichtlich der Perioden 1995 und 1996 vorgenommenen Aufrechnungen seien von der Pflichtigen ausdrücklich anerkannt worden und endgültig in Rechtskraft erwachsen; das Recht zur Festsetzung der Nachsteuer für die Periode 1997 sei verjährt und das Hinterziehungsverfahren bezüglich der Perioden 1995 bis 1997 einzustellen. Im Übrigen hat der Steuergerichtshof die Beschwerde abgewiesen, soweit er darauf eingetreten ist.
C.
Am 7. November 2012 hat die Y._ SA gegen das Urteil des Steuergerichtshofs Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie stellt in Bezug auf die direkte Bundessteuer 1998-2002 den Antrag, das kantonsgerichtliche Urteil vom 28. September 2012 sowie die Verfügungen der kantonalen Steuerverwaltung vom 17. Dezember 2009 aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an den Steuergerichtshof bzw. an die kantonale Steuerverwaltung zurückzuweisen.
D.
Die Kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung sowie der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
E.
Mit weiteren Eingaben halten die Y._ SA einerseits, die Kantonale Steuerverwaltung Freiburg, die Eidgenössische Steuerverwaltung und der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg andererseits an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen ein (End-) Urteil einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 2 lit. d und Art. 90 BGG i.V.m. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]).
1.2. Nicht einzutreten ist auf das Rechtsmittel, soweit es sich gegen die Entscheide der kantonalen Steuerverwaltung richtet, da diese durch das Urteil des Steuergerichtshofs ersetzt worden sind (sog. Devolutiveffekt, vgl. u.a. BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144).
1.3. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.3.1. Unerlässlich ist dabei u.a., dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin Bundesrecht verletzt wird. Die Beschwerdeschrift soll vor Bundesgericht nicht bloss die Rechtsstandpunkte und Argumente wiederholen, wie sie im kantonalen Verfahren vorgebracht worden sind, sondern muss sich konkret und spezifisch mit den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.; 121 III 397 E. 2a S. 400; 116 II 745 E. 3 S. 749).
1.3.2. Eine den gesetzlichen Anforderungen genügende Begründung liegt hier nur in beschränktem Umfang vor, weil eine solche Auseinandersetzung mit den vorinstanzlichen Erwägungen nur am Rande erfolgt. Das gilt insbesondere dort, wo die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes geltend macht. Der Steuergerichtshof hat sich mit dieser bereits vor ihm erhobenen Rüge eingehend beschäftigt. Mit dessen Erwägungen dazu befasst sich die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht, sondern gibt - mit Ausnahme eines einzigen zusätzlich eingefügten Satzes - wörtlich das bereits in der Beschwerde an die Vorinstanz Ausgeführte wieder. Das vermag den Begründungserfordernissen nicht zu genügen.
Aus dem gleichen Grund sind die Vorbringen der Beschwerdeführerin vor Bundesgericht in anderen (Einzel-) Punkten unzulässig, z.B. wenn sich die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit dem "Gehalt M._" mit der diesbezüglichen eingehenden Würdigung durch das Kantonsgericht nicht wirklich auseinandersetzt, sondern im Wesentlichen nur das bereits vor dem Steuergerichtshof Vorgetragene wiederholt.
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren tatsächliche Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ermittelt worden sind (Art. 9 BV u. BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356; zum Willkürbegriff: BGE 138 I 49 E. 7.1 S. 51; 137 I 1 E. 2.4 S. 5) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 137 III 226 E. 4.2 S. 234).
2.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine qualifiziert unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch den Steuergerichtshof: Dieser habe ihre geprüfte und extern revidierte Buchhaltung in keiner Weise berücksichtigt, sondern sie pauschal und ohne Begründung als unerheblich qualifiziert; auch habe er weitere von ihr angebotene Beweismittel zu Unrecht ausser Acht gelassen; insgesamt habe er den Sachverhalt aktenwidrig und krass einseitig zu ihren Ungunsten festgestellt. Die Rüge erweist sich indessen in mehrfacher Hinsicht als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann:
2.2.1. Unzutreffend scheint die Beschwerdeführerin davon auszugehen, dass es dem Bundesgericht obliege, aufgrund eines Vergleichs des angefochtenen Urteils mit der vor dem Kantonsgericht eingereichten Beschwerde festzustellen, inwiefern der Steuergerichtshof den Sachverhalt allenfalls falsch ermittelt haben könnte. Gerade das hat indessen die Beschwerdeführerin im Einzelnen darzulegen. Soweit sie sich in ihren Vorbringen nicht differenziert mit den im angefochtenen Urteil enthaltenen tatsächlichen Feststellungen auseinandersetzt, vermag ihre Beschwerde den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht zu genügen (vgl. dazu schon oben E. 1.3).
2.2.2. Die Rüge erweist sich weiter überall dort als unbegründet, wo die Beschwerdeführerin sich damit begnügt, den Feststellungen der Vorinstanz bloss ihre eigene Auffassung in tatsächlicher Hinsicht entgegenzusetzen, statt im Einzelnen und spezifisch aufzuzeigen, dass der vom Steuergerichtshof ermittelte Sachverhalt geradezu offensichtlich unrichtig ist (vgl. oben E. 2.1), z.B. hinsichtlich der Aufrechnung der Naturalien X._ jun.
2.2.3. Unzureichend ist auch die Argumentation der Beschwerdeführerin, der Steuergerichtshof habe keinen substantiierten Nachweis zugunsten seiner tatsächlichen Feststellungen erbracht (z.B. im Zusammenhang mit dem aufgerechneten Mietaufwand C._). Damit weist sie nicht nach, dass das Kantonsgericht den Sachverhalt qualifiziert unrichtig festgestellt hat. Soweit sie geltend macht, die blosse Behauptung des Bestehens einer geldwerten Leistung könne nicht zu einer Beweislastumkehr führen, übersieht sie, dass es der Steuergerichtshof (wie zuvor schon die Steuerbehörden) nicht bei blossen Behauptungen hat bewenden lassen, sondern detailliert aufgezeigt hat, weshalb er die geschäftsmässige Begründetheit der Aufwendungen abgelehnt hat. Bei dieser Sachlage wäre es an der Beschwerdeführerin gewesen, den erforderlichen Nachweis zu erbringen.
2.3. Zusammenfassend hat das Bundesgericht demnach uneingeschränkt vom Sachverhalt auszugehen, wie er von der Vorinstanz festgestellt worden ist.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Sie zeigt indessen nicht auf, welche von ihr genannten Argumente der Steuergerichtshof zu Unrecht nicht berücksichtigt haben soll. Ihrem Vorbringen, wonach es ihr nicht erlaubt worden sei, sich an der Sachverhaltsermittlung weiter zu beteiligen, fehlt jede Grundlage, hatte sie es doch während dem ganzen Verfahren in der Hand, die geschäftsmässige Begründetheit der aufgerechneten Aufwandpositionen zu belegen. Genauso wenig vermag sie darzutun, dass der allfällige Einsatz von Steuerkommissaren mit französischer Muttersprache zu Problemen geführt hätte.
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin rügt, es sei zu Unrecht ein Nachsteuerverfahren durchgeführt worden.
Der Steuergerichtshof hat jedoch die Anwendung von Art. 151 DBG im Zusammenhang mit den spezifischen Einzelposten jeweils umfassend, sorgfältig und zutreffend geprüft (vgl. zu den von der Rechtsprechung aufgestellten Anforderungen in Bezug auf diese Bestimmung sowie u.a. Art. 123 Abs. 1 DBG, Art. 124 Abs. 2 DBG, Art. 126 Abs. 1 DBG und Art. 130 Abs. 1 DBG: Urteil 2C_494/2011 vom 6. Juli 2012 in: StE 2012 B 72.25 Nr. 2 mit weiteren Hinweisen). Die Beschwerdeführerin macht - abgesehen von der bereits geprüften und verworfenen Rüge, wonach der Sachverhalt falsch festgestellt worden sei (vgl. oben E. 2) - zu Recht nicht geltend, die Ausführungen der Vorinstanz seien rechtsfehlerhaft. Es kann daher ohne Weiterungen auf die kantonsgerichtlichen Feststellungen verwiesen werden, aus denen sich ergibt, dass zu Recht Nachsteuern erhoben wurden. Im Masslichen ist die Nachsteuerfestsetzung nicht bestritten.
4.2. Die Beschwerdeführerin beanstandet im Weiteren die Auferlegung einer Busse wegen Steuerhinterziehung gemäss Art. 175 DBG.
Die Vorinstanz hat sich mit den einschlägigen Gesetzesbestimmungen, der dazu ergangenen Rechtsprechung (vgl. insb. die Urteile 2A.706/2006 vom 1. März 2007 E. 3.4; 2A.583/2004 vom 21. April 2005 E. 3.1; vgl. auch das Urteil 2C_223/2011 vom 13. September 2011 E. 3.3 zur Nachsteuer), sowie deren Anwendung im vorliegenden Fall und sämtlichen Vorbringen der Beschwerdeführerin dazu eingehend auseinandergesetzt. Diese legt nicht dar, inwiefern die betreffenden Bestimmungen verletzt sein sollten. Ihre Ausführungen basieren im Wesentlichen darauf, dass es an der unvollständigen Veranlagung mangle. Damit geht sie, gemäss dem bereits Ausgeführten, fehl. Soweit sie ausführt, die Aufrechnungen beruhten lediglich auf einer unterschiedlichen Beurteilung von Leistungen mit gemischtem Charakter durch die Pflichtige einerseits und die Steuerbehörden andererseits, so ist ihr die Feststellung der Vorinstanz entgegenzuhalten, wonach sie über Jahre hinweg sowie systematisch private Aufwendungen übernommen und auch sonst völlig unangemessene Leistungen erbracht hat. Dem Kantonsgericht ist zuzustimmen, dass angesichts solcher Verhältnisse auf ein erhebliches Verschulden der Verantwortlichen zu schliessen ist. Das angefochtene Urteil erweist sich somit auch in Bezug auf die Busse als rechtskonform.
4.3. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich, die Erhebung von Verzugszinsen sei rechtswidrig, da diese aufgrund der unverhältnismässig langen Verfahrensdauer Strafcharakter hätten.
Die Vorinstanz hat sich mit der gleichen Rüge bereits auseinandergesetzt und festgestellt, Verzugs- bzw. Ausgleichszinsen würden verschuldensunabhängig festgesetzt und stellten ihrer Rechtsnatur nach keine Strafsanktionen dar. Dem ist beizupflichten (vgl. auch Art. 151 Abs. 1 in fine DBG). Diese Zinsen gleichen bloss den Umstand aus, dass ein Pflichtiger geschuldete Steuern mit Verzögerung begleicht, was zur Folge hat, dass er einen entsprechenden Zinsvorteil und der Fiskus im gleichen Ausmass einen Nachteil erleidet. Das trifft auch hier zu, weshalb sich die Beschwerde hinsichtlich der Erhebung von Verzugszinsen ebenfalls als unbegründet erweist.
5.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg, dem Kantonsgericht Freiburg, Steuergerichtshof, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter