Faits:
A. F.X._ (ci-après: l'assurée) a conclu avec Y._ Assurances SA (ci-après: l'assureur) un contrat d'assurance portant sur l'assurance obligatoire des soins ainsi que plusieurs assurances complémentaires soumises à la LCA dénommées "A._", "B._", "C._" et "D._".
Selon les conditions générales incorporées au contrat, l'assurance complémentaire "B._" indemnise les frais de traitement et les frais hôteliers lors d'une hospitalisation en division privée d'un hôpital public ou dans une clinique qui figure dans la planification hospitalière d'un canton suisse, et ceci sans limite de durée (complètement d'office: art. 105 al. 2 LTF). Selon le chiffre 4.1.9 des conditions générales, sont exclus de l'assurance notamment "les cures d'air, de repos, d'ingestion d'eau et de thalassothérapie, les traitements de l'obésité, les corrections des défauts de la vue, les hospitalisations à caractère médico-social, ainsi que les séjours justifiés par des soins palliatifs en fin de vie, par des mesures diététiques, de réadaptation, de réhabilitation ou de traitement de la douleur".
Quant à l'assurance complémentaire "A._", elle prévoit au chiffre 8.2 de ses conditions générales que l'assureur prend en charge "jusqu'à concurrence d'une facturation brute de 500 fr. par année civile, 80% des frais d'acquisition ou de location d'appareils médicaux et d'articles orthopédiques prescrits par le médecin-traitant".
Le 9 novembre 2005, l'assureur a reçu, par fax, une demande de garantie d'hospitalisation de la part de la Clinique W._ à ... pour l'assurée. L'assureur a garanti la prise en charge des soins relatifs à la phase aiguë du traitement uniquement, jusqu'au 25 novembre 2005.
Le 5 janvier 2006, la Clinique W._ a demandé à l'assureur de prolonger la garantie de prise en charge. L'assureur a requis des renseignements médicaux auprès de son médecin-conseil, lequel s'est mis en rapport avec le médecin-traitant, le Dr H._. Dans un courrier du 10 janvier 2006, ce dernier a expliqué que l'assurée souffrait d'une paraplégie des membres inférieurs, avec apparition d'un déficit au niveau des membres supérieurs qui entraînaient une impotence partielle et surtout une impossibilité de se rendre aux WC. A ce stade, il n'y avait toutefois pas de déficit respiratoire ni de troubles de la déglutition. L'assurée se trouvait "en attente" pour aller à l'hôpital de R._ et le Dr H._ avait pris contact également avec une unité de réadaptation à .... Divers établissements de réhabilitation avaient été contactés et un retour à domicile s'était avéré un échec.
Par courrier du 8 février 2006 adressé à la Clinique W._, l'assureur a refusé de prendre en charge la part des frais relevant de l'hospitalisation privée pour le motif qu'il s'agissait, pour la période du 9 novembre 2005 au 31 janvier 2006, d'un séjour de réadaptation ou de soins palliatifs.
L'assurée est décédée à l'hôpital V._ le 20 juin 2006 et a laissé pour héritier son époux H.X._.
Dans un rapport du 7 août 2007, le Dr H._ a donné de nouvelles explications sur l'état de santé de l'assurée et son évolution. Il a confirmé sa lettre du 10 janvier 2006 en indiquant avoir effectué de nombreuses démarches auprès de plusieurs institutions telles que l'hôpital de R._, l'hôpital de S._ et l'institution de T._ qui ont toutes refusé la prise en charge de la patiente étant donné la gravité de son cas. Finalement, elle a été transférée à l'institution de U._ où l'aggravation de son état de santé a rendu nécessaire un transfert dans le département médical de l'hôpital V._. Le médecin conteste que le séjour à la Clinique W._ puisse être qualifié de prise en charge palliative ou de séjour de réadaptation.
Dans un rapport médical du 27 septembre 2007, le Dr. I._, du service de neurologie de l'hôpital V._, a déclaré qu'il ne pouvait pas se déterminer sur le séjour de l'assurée à la Clinique W._.
La facture établie le 30 novembre 2007 par la Clinique W._ mentionne exclusivement, pour la période litigieuse, de la physiothérapie et quelques médicaments, principalement destinés à calmer les douleurs de l'assurée, à l'exclusion de tout traitement de type aigu.
Le 26 avril 2007, le technicien orthopédiste K._ a établi une facture concernant la location d'un fauteuil roulant et la fourniture de divers viatiques orthopédiques pour un montant de 2'182 fr.60 pour la période de septembre 2005 à juin 2006. L'assureur a pris en charge le 80% des frais de location du fauteuil roulant, au titre de l'assurance "A._", mais il n'a pas payé les autres accessoires orthopédiques; il a été retenu que ceux-ci n'avaient pas été prescrits par un médecin.
B. Par demande du 24 juin 2008, H.X._ a introduit action contre Y._ Assurances SA, concluant à ce que cette dernière soit condamnée à verser à la succession de F.X._ la somme de 45'532 fr.15 avec intérêts à 5% l'an dès le 13 janvier 2006. Cette somme correspond à la part non couverte des frais d'hospitalisation en division privée à la Clinique W._ du 9 novembre 2005 au 31 janvier 2006, en y ajoutant le coût des accessoires orthopédiques qui n'ont pas été pris en considération.
L'assureur s'est opposé à la demande en totalité.
Par jugement du 26 septembre 2011, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois a rejeté la demande.
H.X._ a appelé de ce jugement. Il a sollicité notamment l'audition des Drs I._ et J._, ce qui fut refusé. Il a repris ses conclusions sur le fond.
Par arrêt du 8 février 2012, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours et confirmé le jugement attaqué.
C. H.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 8 février 2012. Invoquant une violation des art. 57, 229 al. 3, 247 al. 2 et 243 al. 2 let. f CPC ainsi que de l'art. 33 LCA, il conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et reprend ses conclusions sur le fond; subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente.
L'intimée, qui plaide sans l'assistance d'un avocat, a conclu, sous suite de frais, au rejet du recours pour autant qu'il soit recevable.
Les parties ont répliqué et dupliqué.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans la forme requise (art. 42 LTF) et en temps utile compte tenu de la suspension des délais à Pâques (art. 46 al. 1 let. a, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF).
Il convient de rappeler à ce sujet que les assurances complémentaires au sens de l'art. 12 al. 2 de la loi fédérale du 18 mars 1994 sur l'assurance-maladie (LAMal; RS 832.10) relèvent de la loi fédérale du 2 avril 1908 sur le contrat d'assurance (LCA; RS 221.229.1), de sorte qu'elles donnent lieu à une contestation civile (ATF 133 III 439 consid. 2.1 p. 441 s.).
Il résulte du déroulement de la procédure cantonale que le canton de Vaud, au moins à la période déterminante, n'a pas fait usage de la faculté offerte par l'art. 7 CPC d'instituer un tribunal statuant en instance cantonale unique pour ce type de litige. Dès lors que la cause a été examinée par deux instances cantonales successives, elle ne saurait être dispensée de l'exigence d'une valeur litigieuse minimale, puisque l'art. 74 al. 2 let. b LTF ne s'applique que lorsqu'une instance unique est prévue. En l'espèce, la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. fixé à l'art. 74 al. 1 let. b LTF.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc être formé pour violation des diverses dispositions de droit fédéral invoquées par le recourant (art. 95 let. a LTF).
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 137 II 313 consid. 4 p. 317 s.; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 137 III 580 consid. 1.3 p. 584; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 I 184 consid. 1.2 p. 187). La partie recourante qui se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits doit présenter une motivation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
En l'espèce, le recourant ne tente pas de démontrer qu'une constatation de fait serait arbitraire, de sorte qu'il faut s'en tenir aux constatations contenues dans l'arrêt attaqué (art. 105 al. 1 LTF). Il faut toutefois observer que l'état de fait cantonal est plutôt chaotique. Alors que certaines constatations sont contenues dans la partie en fait, d'autres - sans que l'on comprenne pourquoi - se trouvent dans la partie en droit. Par ailleurs, certaines données, non contestées et ressortant à l'évidence du dossier, n'y figurent pas, alors qu'elles sont nécessaires pour la compréhension du litige; le Tribunal fédéral a procédé ci-dessus au complètement d'office en application de l'art. 105 al. 2 LTF.
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 1 LTF).
2. 2.1 Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir procédé à l'audition des deux médecins qu'il avait cités comme témoins.
L'autorité précédente a considéré qu'elle n'avait pas à procéder à ces auditions parce que le recourant, en faisant preuve de la diligence requise, aurait pu faire valoir ces moyens de preuve durant la procédure de première instance, s'agissant d'établir des faits qui ne sont pas nouveaux (art. 317 al. 1 let. b CPC).
Le recourant ne conteste pas que les conditions de l'art. 317 al. 1 CPC n'étaient pas réunies, de sorte qu'il n'y a pas lieu de revenir sur cette question.
Il fait cependant valoir que les litiges portant sur des assurances complémentaires à l'assurance-maladie sociale sont soumis à la procédure simplifiée (art. 243 al. 2 let. f CPC). Il en résulte que le tribunal établit les faits d'office (art. 247 al. 2 let. a CPC). Il s'agit donc d'un cas où une disposition spéciale instaure la maxime inquisitoire, en lieu et place de la maxime des débats (art. 55 al. 2 CPC).
Le recourant soutient qu'il faut appliquer par analogie l'art. 229 al. 3 CPC - en principe destiné à la procédure de première instance - qui prescrit que lorsque le juge doit établir les faits d'office, il admet des faits et moyens de preuve nouveaux jusqu'aux délibérations.
2.2 Plusieurs auteurs soutiennent effectivement qu'il faut, en procédure d'appel, appliquer par analogie la règle de l'art. 229 al. 3 CPC lorsque le juge doit établir les faits d'office (KARL SPÜHLER, in Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, n° 7 ad art. 317 CPC; PETER VOLKART, in Schweizerische Zivilprozessordnung - Kommentar, Brunner/Gasser/Schwander (éd.), 2011, n° 17 ad art. 317 CPC; ALEXANDER BRUNNER, in Kurzkommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, Paul Oberhammer (éd.), 2010, n° 8 ad art. 317 CPC; THOMAS SUTTER-SOMM, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2e éd. 2012, § 17 n° 1372 p. 346; GASSER/RICKLI, Schweizerische Zivilprozessordnung, Kurzkommentar, 2010, n° 4 ad art. 317 CPC; HOFMANN/LÜSCHER, Le code de procédure civile, Berne 2009, p. 197; REETZ/HILBER, in Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger (éd.), 2010, n°s 14 et 16 ad art. 317 CPC; pour une application atténuée de l'art. 317 al. 1 CPC: NICOLAS JEANDIN, in Code de procédure civile commenté, Bohnet et al. (éd.), 2011, n° 4 ad art. 317 CPC).
En revanche, quelques auteurs soutiennent le contraire (DENIS TAPPY, in Code de procédure civile commenté, Bohnet et al. (éd.), 2011, n° 31 ad art. 229 CPC; du même auteur, Les voies de droit du nouveau code de procédure civile, in JT 2010 III p. 115 ss, soit plus précisément p. 139; FABIENNE HOHL, Procédure civile, tome II, 2e éd. 2010, n. 2410 p. 437; dans le même sens, mais seulement sous l'angle de l'arbitraire parce qu'il s'agissait de mesures provisionnelles: arrêts 5A_592/2011 du 31 janvier 2012 consid. 4.1; 5A_402/2011 du 5 décembre 2011 consid. 4.1 et 4.2).
Une majorité semble donc se dessiner en faveur d'une application analogique. Il faut cependant constater que l'opinion de ces auteurs est souvent peu motivée ou repose sur le Message du Conseil fédéral, tandis que l'avis minoritaire procède d'un examen plus approfondi.
Le Message du Conseil fédéral du 28 juin 2006 relatif au code de procédure civile suisse prévoit une application analogique (FF 2006 6982 ch. 5.23.1). On ne peut cependant rien déduire de cette affirmation, puisqu'elle venait à l'appui de l'art. 314 al. 1 du projet du Conseil fédéral (FF 2006 p. 7092) qui prévoyait d'appliquer par analogie, en appel, l'art. 225 al. 2 et 3 du projet; cette dernière disposition correspond précisément à l'art. 229 al. 3 du texte actuel (cf. FF 2006 p. 7068). La formulation de l'actuel art. 317 al. 1 CPC émane de la Commission juridique du Conseil des Etats qui ne voulait pas de renvoi à la procédure de première instance (procès-verbal de la séance des 26/27 mars 2007 p. 27 et procès-verbal de la séance du 4 mai 2007 p. 6). Elle a été adoptée en séance plénière du Conseil des Etats (BO CE 2007 p. 638), puis, à une courte majorité et après débats, par le Conseil national (BO CN 2008 p. 1633 et 1634), lequel s'est écarté, par souci de célérité, de la proposition de sa commission qui souhaitait permettre de reprendre, en appel, la procédure comme en première instance.
On ne discerne aucune trace d'une volonté du législateur de faire une exception pour les cas où le juge établit les faits d'office. Il faut en tout cas constater que le texte adopté ne contient plus le renvoi à la règle de l'art. 229 al. 3 CPC qui figurait dans le projet du Conseil fédéral et on doit supposer que le nouveau texte a été examiné avec soin puisqu'il a fait l'objet d'une discussion nourrie en séance plénière du Conseil national.
Si on lit l'art. 317 al. 1 CPC, on comprend qu'il régit de manière complète et autonome la possibilité pour les parties d'invoquer des faits et moyens de preuve nouveaux. Il résulte clairement de la systématique de la loi que l'art. 229 al. 3 CPC ne s'applique qu'à la procédure de première instance. L'art. 317 CPC concerne la procédure d'appel et ne contient aucun renvoi, ni aucune règle spéciale pour la procédure simplifiée ou pour les cas où le juge établit les faits d'office. Qu'un renvoi ait été prévu dans le projet du Conseil fédéral et qu'il ait été éliminé lors des travaux parlementaires incite plutôt à penser que le législateur n'en a pas voulu.
Que le juge doive établir les faits d'office signifie qu'il peut de lui-même ordonner des mesures probatoires et compléter l'état de fait qui lui a été présenté. La maxime inquisitoire ne dit pas jusqu'à quel moment les parties, elles, peuvent invoquer des faits ou des moyens de preuve nouveaux. Cette question est régie, en première instance, par l'art. 229 al. 3 CPC et, en appel, par l'art. 317 al. 1 CPC.
L'existence d'une procédure simplifiée implique logiquement qu'elle doit être plus rapide et plus expédiente. Il serait paradoxal qu'elle soit en réalité plus difficile parce que le plaideur négligent pourrait faire rebondir la cause en appel en invoquant pour la première fois des faits ou moyens de preuve qu'il a omis de présenter en première instance.
On ne constate donc aucune violation de l'art. 317 al. 1 CPC, ni des autres dispositions du CPC invoquées par le recourant.
2.3 Quoi qu'il en soit, le juge n'est jamais obligé d'ordonner toutes les mesures probatoires sollicitées par les parties. Il peut toujours refuser d'administrer une preuve inutile. Le droit de procédure détermine dans quel délai et sous quelles formes les parties peuvent proposer des mesures probatoires. Il ne règle pas quelles sont les mesures que le juge doit effectivement ordonner.
En cas de refus d'administrer une preuve, une partie ne peut s'en plaindre qu'en invoquant une violation de son droit à la preuve. Or, le droit à la preuve est régi, dans le domaine du droit privé, par l'art. 8 CC, en tant que disposition spéciale par rapport à l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêt 5A_726/2009 du 30 avril 2010 consid. 3.1 non publié in ATF 136 III 365; arrêt 5A_620/2007 du 7 janvier 2010 consid. 6.1 publié in SJ 2010 I p. 568).
Pour qu'il y ait violation du droit à la preuve, il faut que le recourant veuille prouver un fait pertinent, que la mesure probatoire sollicitée ait été régulièrement offerte, qu'elle soit propre à apporter la preuve et que le fait ne soit pas déjà prouvé ou qu'il ne soit pas déjà admis ou écarté à la suite d'une appréciation anticipée des preuves qui ne peut pas être taxée d'arbitraire (ATF 129 III 18 consid. 2.6 p. 24 s. et les arrêts cités). Ainsi, le juge peut renoncer à administrer une preuve lorsque sa conviction est déjà formée sur la base des éléments apportés et qu'il peut admettre sans arbitraire qu'elle ne pourrait pas être ébranlée par le résultat de la mesure probatoire sollicitée (ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148).
En l'espèce, le premier médecin cité a rédigé un rapport dans lequel il déclare qu'il ne connaît rien du séjour de l'assurée pendant la période litigieuse. On ne voit pas pourquoi il changerait d'attitude et comment il pourrait, dans ces conditions, apporter des renseignements utiles sur les points pertinents. Le recourant ne tente d'ailleurs pas de rendre vraisemblable le contraire. Dès lors, le refus de cette audition, qui apparaît inutile, ne viole pas le droit à la preuve du recourant. Quant au second médecin cité, le recourant n'explique pas quel fait pertinent sa déposition permettrait d'établir. On ne peut pas imaginer qu'il ait une meilleure connaissance du cas que le médecin-traitant. On ne peut pas supposer non plus qu'il ait prodigué des soins qui n'auraient pas été facturés à l'assureur, puisqu'il relève de l'expérience générale de la vie que les soins médicaux prodigués à titre professionnel ne sont pas gratuits. Comme l'utilité de cette audition n'apparaît pas, son refus ne viole pas le droit à la preuve du recourant.
Ainsi, le refus d'entendre ces deux témoins ne viole pas, sous cet angle également, le droit fédéral.
3. 3.1 Invoquant une violation de l'art. 33 LCA, le recourant se plaint de la manière dont les dispositions contractuelles, en particulier les conditions générales d'assurance, ont été interprétées.
3.2 Les conditions générales d'assurance qui ont été expressément incorporées au contrat doivent être interprétées selon les mêmes principes juridiques que les autres dispositions contractuelles (ATF 135 III 1 consid. 2 p. 6; 133 III 675 consid. 3.3 p. 681).
En présence d'un litige sur l'interprétation d'une clause contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO); s'il y parvient, il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral conformément à l'art. 105 LTF. Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie (ce qui est le cas en l'espèce) ou si leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance; il doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances; le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime. L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal peut examiner librement (art. 106 al. 1 LTF); cependant, pour trancher cette question, il doit se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, dont la constatation relève du fait (ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 412 s.).
Lorsque l'assureur, au moment de conclure, présente des conditions générales, il manifeste la volonté de s'engager selon les termes de ces conditions. Lorsqu'une volonté réelle concordante n'a pas été constatée, il faut donc se demander comment le destinataire de cette manifestation de volonté pouvait la comprendre de bonne foi. Cela conduit à une interprétation objective des termes contenus dans les conditions générales, même si elle ne correspond pas à la volonté intime de l'assureur. Dans le domaine particulier du contrat d'assurance, l'art. 33 LCA précise d'ailleurs que l'assureur répond de tous les événements qui présentent le caractère du risque contre les conséquences duquel l'assurance a été conclue, à moins que le contrat n'exclue certains événements d'une manière précise, non équivoque. Il en résulte que le preneur d'assurance est couvert contre le risque tel qu'il pouvait le comprendre de bonne foi à la lecture du contrat et des conditions générales incorporées à celui-ci; si l'assureur entend apporter des restrictions ou des exceptions, il lui incombe de le dire clairement. Conformément au principe de la confiance, c'est à l'assureur qu'il incombe de délimiter la portée de l'engagement qu'il entend prendre et le preneur n'a pas à supposer des restrictions qui ne lui ont pas été clairement présentées (ATF 133 III 675 consid. 3.3 p. 682; sous une forme résumée: ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 413).
3.3 S'agissant de l'assurance complémentaire "B._", il résulte clairement du chiffre 4.1.9 des conditions générales que les prestations d'assurance sont exclues pour des séjours justifiés par des soins palliatifs en fin de vie ou pour des mesures de réhabilitation. Le texte est clair en ce sens qu'il mentionne expressément des cas d'exclusion qui peuvent être circonscrits.
Savoir quel était l'état de l'assurée pendant le séjour litigieux est une question de fait que le Tribunal fédéral ne pourrait revoir que dans les conditions strictes de l'art. 105 al. 2 LTF. Le recourant ne prétend pas que les faits aient été établis arbitrairement et on ne voit pas en quoi ils le seraient. En conséquence, le Tribunal fédéral se trouve lié par les constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF).
Il résulte de l'état de fait dressé par la cour précédente que l'assurée se trouvait, pendant la période litigieuse, en attente d'être transférée dans un établissement de réadaptation. Il ne ressort pas des constatations cantonales qu'elle subissait des examens en vue de poser un diagnostic ou qu'il lui était administré un traitement curatif pour une maladie aiguë. Il a été retenu au contraire qu'elle ne recevait que des médicaments pour calmer ses douleurs inévitables et suivait une physiothérapie pour conserver autant que possible ses facultés. Admettre dans une telle situation que son séjour à la clinique ne visait plus qu'à des mesures de réadaptation voire à des soins palliatifs est une conclusion qui, sur la base du texte des conditions générales, ne viole pas les règles du droit fédéral sur l'interprétation des manifestations de volonté.
Certes, l'assurée se trouvait dans une situation particulière, puisqu'elle ne pouvait pas rentrer chez elle en raison de son invalidité et ne pouvait pas être placée dans un établissement de réadaptation, faute de place disponible. On peut peut-être regretter, dans ces circonstances, que l'assureur se soit montré rigoureux dans l'application des textes, ce qui a manifestement choqué le médecin-traitant. Dire si un séjour en clinique dans des conditions déterminées constitue ou non un séjour de réadaptation voire de soins palliatifs est une question qui porte sur l'interprétation des termes contenus dans les conditions générales; il s'agit d'une question de droit, et non de science médicale. Au vu des faits qu'elle a retenus, la cour cantonale a interprété les conditions générales d'une manière qui ne viole pas le droit fédéral.
4. En ce qui concerne l'assurance complémentaire "A._", il résulte des constatations cantonales que le chiffre 8.2 des conditions spéciales prévoit que l'assureur prend en charge 80% des frais d'acquisition ou de location des moyens auxiliaires (à concurrence de 500 fr. par année civile au plus) lorsqu'ils sont prescrits par le médecin-traitant.
La cour cantonale a constaté que l'assureur avait pris en charge le 80% des frais de location du fauteuil roulant, soit 240 fr.40 en 2005 et 328 fr. en 2006. En conséquence, il apparaît bien que l'assureur a rempli ses obligations, telles qu'elles résultent des clauses contractuelles, pour ce qui est du fauteuil roulant.
Le litige porte en réalité sur le refus de prendre en charge les frais des autres accessoires orthopédiques. La cour cantonale a cependant constaté que ces moyens n'ont pas été prescrits par le médecin. Le recourant ne prétend pas, en présentant une motivation conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, que cette constatation serait arbitraire. Dès lors que ces moyens n'ont pas été prescrits par le médecin, il est évident, à lire la clause contractuelle, qu'ils ne donnent pas lieu à un remboursement de la part de l'assureur.
On ne discerne donc à cet égard aucune violation du droit fédéral.
5. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être entièrement rejeté.
Les frais doivent être mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). En revanche, il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, puisqu'elle n'a pas recouru aux services d'un avocat et n'invoque aucune dépense particulière (cf. art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 28 août 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil oy
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget