Erwägungen:
1. Mit Verfügung des Audienzrichteramtes A._ vom 30. April 2009 wurde der Beschwerdegegnerin in der Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes B._ für den Betrag von Fr. 6'167.95 (zuzüglich Zinsen und Kosten) definitive Rechtsöffnung erteilt. Das Obergericht des Kantons Zürich wies mit Zirkularerledigungsbeschluss vom 29. Juli 2009 die vom Beschwerdeführer gegen den erstinstanzlichen Entscheid erhobene Nichtigkeitsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Der Beschwerdeführer hat gegen diesen Beschluss mit einer am 20. August 2008 der Post aufgegebenen Eingabe subsidiäre Verfassungsbeschwerde eingereicht mit den Begehren, den obergerichtlichen Beschluss aufzuheben, das Rechtsöffnungsbegehren der Beschwerdegegnerin abzuweisen und das Urteil des Bezirksgerichts C._ vom 6. April 2000 nichtig zu erklären. Am 6. Oktober 2009 ersuchte er um unentgeltliche Rechtspflege.
2. 2.1 Das Obergericht hat erwogen, der Beschwerdeführer könne im Rahmen einer Nichtigkeitsbeschwerde einzig die in § 281 ZPO/ZH erwähnten Rügen erheben. So könne er geltend machen, dass der angefochtene Entscheid auf einer Verletzung eines wesentlichen Verfahrensgrundsatzes, auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme oder auf einer Verletzung klaren materiellen Rechts beruhe. Der Beschwerdeführer habe in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern und weshalb der angefochtene Entscheid mit einem der erwähnten Mängel behaftet sei. Dabei prüft die Kassationsinstanz nur die geltend gemachten Mängel. Neue tatsächliche Behauptungen seien unzulässig. Der Beschwerdeführer habe keinen entsprechenden Nichtigkeitsgrund nachgewiesen, sondern habe sich im Wesentlichen darauf beschränkt, seine bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorgebrachten Argumente zu wiederholen. Er sei bereits im erstinstanzlichen Entscheid darauf hingewiesen worden, dass im Rechtsöffnungsverfahren weder die Zuständigkeit des verfügenden Gerichts in C._ noch die sachliche Richtigkeit der der Rechtsöffnung zugrunde liegenden Verfügung überprüft werden könnten. Was die im Beschwerdeverfahren vorgebrachte Einwendung nach Art. 81 Abs. 2 SchKG anbelange, er sei in C._ nicht gehörig vorgeladen worden, so hätte er diese Rüge im Rechtsöffnungsverfahren vorbringen müssen, was er indes nicht getan habe. In dem vom Novenverbot beherrschten Kassationsverfahren sei diese Einwendung ausgeschlossen.
2.2 Mit der Verfassungsbeschwerde kann einzig eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 113 i.V.m. Art. 116 BV). Es gilt das sogenannte Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer hat in der Beschwerdeschrift darzulegen, welche verfassungsmässigen Rechte und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur rechtsgenügend vorgebrachte, klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (BGE 133 II 396 E. 3.1).
2.3 Der Beschwerdeführer setzt sich mit den obgenannten Erwägungen des angefochtenen Entscheids nicht auseinander und nennt nicht einmal ein verfassungsmässiges Recht, welches seiner Ansicht nach verletzt worden sein soll. Soweit er vor Bundesgericht wie schon vor der kantonalen Beschwerdeinstanz vorbringt, vom Richter in C._ nicht gehörig vorgeladen worden zu sein, geht er nicht auf die Erwägung des Obergerichts ein, wonach diese Einwendung im Rechtsöffnungsverfahren hätte geltend gemacht werden müssen. Er behauptet nunmehr, die entsprechende Einwendung im Rechtsöffnungsverfahren erhoben zu haben, was sich aber entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers nicht aus dem Entscheid der Einzelrichterin vom 30. April 2009 ergibt.
Auf die offensichtlich unzulässige Verfassungsbeschwerde ist daher in Anwendung von Art. 106 Abs. 2 BGG i.V.m. Art. 117 und Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG durch die Präsidentin der Abteilung unter Kostenfolge für den Beschwerdeführer (Art. 66 Abs. 1 BGG) nicht einzutreten.
3. Die Beschwerde hat sich als von Anfang an aussichtslos erwiesen, da der Beschwerdeführer den obergerichtlichen Beschluss nicht den Begründungsforderungen entsprechend angefochten hat. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist daher abzuweisen (Art. 64 BGG).
Demnach erkennt die Präsidentin:
1. Auf die Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden