Faits:
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A. Le 26 novembre 1998, Y._ S.A. (ci-après: Y._) a demandé l'autorisation de construire un entrepôt, sur les parcelles n° 3798 et 4055 de la commune de Vernier, en zone de développement industriel. La société X._ S.A. (ci-après: la société) était désignée comme entreprise générale. Le 3 mars 1999, le Département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: DAEL) a accordé l'autorisation de construire, sous diverses charges et conditions.
Le 14 janvier 2000, l'inspecteur du DAEL a constaté que les mesures de sécurité prévues par l'art. 94 du règlement cantonal sur les chantiers (ci-après: RCh) n'étaient pas respectées. A raison de ces faits, une nouvelle amende de 10'000 fr. a été infligée le 8 février 2000 à la société, laquelle a recouru auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions du canton de Genève (ci-après: la commission).
Le 14 janvier 2000, l'inspecteur du DAEL a constaté que les mesures de sécurité prévues par l'art. 94 du règlement cantonal sur les chantiers (ci-après: RCh) n'étaient pas respectées. A raison de ces faits, une nouvelle amende de 10'000 fr. a été infligée le 8 février 2000 à la société, laquelle a recouru auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions du canton de Genève (ci-après: la commission).
B. Le 1er février 2000, Y._ a décidé de suspendre les travaux sur le chantier. Elle en a informé la société, en lui demandant de lui remettre le double des clés correspondant aux serrures installées sur le bâtiment. Simultanément, Y._ a averti le DAEL de l'interruption des travaux, qui devait se prolonger durant "quelques semaines", en vue de la réorganisation de la direction du chantier.
Le 23 février 2000, l'inspecteur du DAEL a constaté que des matériaux avaient été entreposés dans une partie de la halle (soit 19'000 m2 pour une superficie totale de 26'000 m2), notamment pour le compte de A._; d'autre part, toute une série de mesures techniques, liées à la construction et à la sécurité du bâtiment, telles qu'elles avaient été définies dans l'autorisation de construire, n'avaient pas été prises ou ne fonctionnaient pas. Par deux décisions séparées du 6 mars 2000, le DAEL a ordonné à Y._ et à la société de prendre des mesures immédiates de sécurité; il leur a infligé en outre, solidairement entre elles, une amende de 60'000 fr. Contre ces décisions, Y._ et la société ont recouru séparément auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, la seconde en faisant notamment valoir que le contrat d'entreprise générale avait été transféré à la société Z._ SA (ci-après: Z._), dès le mois de février 1999.
Le 23 février 2000, l'inspecteur du DAEL a constaté que des matériaux avaient été entreposés dans une partie de la halle (soit 19'000 m2 pour une superficie totale de 26'000 m2), notamment pour le compte de A._; d'autre part, toute une série de mesures techniques, liées à la construction et à la sécurité du bâtiment, telles qu'elles avaient été définies dans l'autorisation de construire, n'avaient pas été prises ou ne fonctionnaient pas. Par deux décisions séparées du 6 mars 2000, le DAEL a ordonné à Y._ et à la société de prendre des mesures immédiates de sécurité; il leur a infligé en outre, solidairement entre elles, une amende de 60'000 fr. Contre ces décisions, Y._ et la société ont recouru séparément auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, la seconde en faisant notamment valoir que le contrat d'entreprise générale avait été transféré à la société Z._ SA (ci-après: Z._), dès le mois de février 1999.
C. Le 21 novembre 2000, la commission a rejeté le recours dirigé contre l'amende du 8 février 2000. Cette décision a également fait l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif.
C. Le 21 novembre 2000, la commission a rejeté le recours dirigé contre l'amende du 8 février 2000. Cette décision a également fait l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif.
D. Par arrêt du 3 avril 2001, le Tribunal administratif, après avoir joint les trois causes, a rejeté le recours formé contre la décision du 21 novembre 2000 concernant l'amende du 8 février 2000. La société était désignée comme entreprise générale durant la phase d'étude, ainsi que lors de la réalisation du projet, durant laquelle elle assurait la coordination entre les sous-traitants; elle devait être considérée comme perturbateur par situation, et le montant de l'amende apparaissait proportionné. Le Tribunal administratif a en revanche admis les recours formés directement contre les décisions du 6 mars 2000, l'amende ne pouvant être infligée aux différents perturbateurs pris conjointement et solidairement entre eux. Après avoir déterminé leur responsabilité respective de manière séparée, il a infligé à la société une amende de 40'000 fr. et à Y._ une amende de 20'000 fr.
D. Par arrêt du 3 avril 2001, le Tribunal administratif, après avoir joint les trois causes, a rejeté le recours formé contre la décision du 21 novembre 2000 concernant l'amende du 8 février 2000. La société était désignée comme entreprise générale durant la phase d'étude, ainsi que lors de la réalisation du projet, durant laquelle elle assurait la coordination entre les sous-traitants; elle devait être considérée comme perturbateur par situation, et le montant de l'amende apparaissait proportionné. Le Tribunal administratif a en revanche admis les recours formés directement contre les décisions du 6 mars 2000, l'amende ne pouvant être infligée aux différents perturbateurs pris conjointement et solidairement entre eux. Après avoir déterminé leur responsabilité respective de manière séparée, il a infligé à la société une amende de 40'000 fr. et à Y._ une amende de 20'000 fr.
E. Par arrêt du 30 août 2001, le Tribunal fédéral, saisi d'un recours de droit public formé par la société, a annulé cet arrêt en tant qu'il portait sur l'amende du 6 mars 2000, celle du 8 février 2000 n'étant pas remise en cause. La société prétendait que la direction générale des travaux était assuré par Z._, elle-même n'étant que sous-traitant. Le Tribunal administratif avait rejeté les offres de preuve sur ce point, considéré comme non déterminant. Cette appréciation anticipée des preuves, certes discutable, n'était pas arbitraire car, sur le vu des autres moyens de preuve disponibles, l'on pouvait considérer que le rôle effectif de la recourante dépassait celui défini par contrat. La société faisait aussi valoir que les travaux étaient suspendus dès le 1er février 2000, et qu'elle ne pouvait être tenue pour responsable des faits constatés le 23 février 2000. Cette question n'avait pas été explicitement examinée, alors qu'elle pouvait avoir une influence sur la responsabilité de la société; la cause a été renvoyée au Tribunal administratif afin qu'il procède aux investigations nécessaires.
E. Par arrêt du 30 août 2001, le Tribunal fédéral, saisi d'un recours de droit public formé par la société, a annulé cet arrêt en tant qu'il portait sur l'amende du 6 mars 2000, celle du 8 février 2000 n'étant pas remise en cause. La société prétendait que la direction générale des travaux était assuré par Z._, elle-même n'étant que sous-traitant. Le Tribunal administratif avait rejeté les offres de preuve sur ce point, considéré comme non déterminant. Cette appréciation anticipée des preuves, certes discutable, n'était pas arbitraire car, sur le vu des autres moyens de preuve disponibles, l'on pouvait considérer que le rôle effectif de la recourante dépassait celui défini par contrat. La société faisait aussi valoir que les travaux étaient suspendus dès le 1er février 2000, et qu'elle ne pouvait être tenue pour responsable des faits constatés le 23 février 2000. Cette question n'avait pas été explicitement examinée, alors qu'elle pouvait avoir une influence sur la responsabilité de la société; la cause a été renvoyée au Tribunal administratif afin qu'il procède aux investigations nécessaires.
F. Après avoir invité les parties à se déterminer et appelé Y._ en cause, le Tribunal administratif a, par arrêt du 18 novembre 2003, repris le dispositif de son arrêt du 3 avril 2001, en infligeant à la société une amende de 40'000 fr. Les pièces du dossier faisaient ressortir la présence de la société après le 1er février 2000, et sa volonté de poursuivre la direction et l'exploitation de ce chantier. Il n'y avait donc pas lieu de réduire le montant de l'amende.
F. Après avoir invité les parties à se déterminer et appelé Y._ en cause, le Tribunal administratif a, par arrêt du 18 novembre 2003, repris le dispositif de son arrêt du 3 avril 2001, en infligeant à la société une amende de 40'000 fr. Les pièces du dossier faisaient ressortir la présence de la société après le 1er février 2000, et sa volonté de poursuivre la direction et l'exploitation de ce chantier. Il n'y avait donc pas lieu de réduire le montant de l'amende.
G. X._ SA forme un recours de droit public, avec demande d'effet suspensif, contre ce dernier arrêt. Elle conclut à son annulation, en tant qu'il porte sur l'amende qui lui a été infligée le 6 mars 2000.
Le Tribunal administratif persiste dans les termes et conclusions de son arrêt. Le DAEL conclut au rejet du recours. Y._ SA conclut à son irrecevabilité, subsidiairement à son rejet.
Par ordonnance présidentielle du 4 février 2004, l'effet suspensif a été accordé.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. L'arrêt attaqué est une décision finale prise en dernière instance cantonale. La recourante, qui fait l'objet de l'amende administrative, a qualité pour recourir.
1. L'arrêt attaqué est une décision finale prise en dernière instance cantonale. La recourante, qui fait l'objet de l'amende administrative, a qualité pour recourir.
2. La recourante soulève plusieurs griefs, d'ordre formel et matériel. Elle reproche en premier lieu au Tribunal administratif d'avoir omis de tenir compte de pièces (contrat, procès-verbaux de chantier, courrier) destinées à la mettre hors de cause en démontrant d'une part qu'elle agissait comme sous-traitant, après l'intervention de Z._ en tant qu'entrepreneur général, et d'autre part, que Y._ était seule responsable de l'installation de ses propres employés et de locataires dans les locaux. L'arrêt attaqué n'indiquerait pas pour quelles raisons ces pièces ont été écartées. L'appel en cause de Y._ avait pour seul but d'obtenir des éléments à charge contre la recourante. Sur le fond, la recourante se plaint essentiellement d'arbitraire et d'une violation de la présomption d'innocence: l'amende était liée à l'occupation illicite des locaux, et la recourante, n'ayant rien à voir avec cette occupation, ne pouvait être considérée comme perturbatrice par situation, contrairement au cas de l'amende prononcée en 1999. L'appréciation de la faute, et le montant de l'amende, procéderaient par ailleurs d'un abus du pouvoir d'appréciation, compte tenu de l'intervention limitée de la recourante.
2.1 D'un point de vue formel, la recourante se plaint de ce que la cour cantonale ait appelé en cause Y._. Selon l'art. 71 de la loi genevoise de procédure administrative, un tiers peut être appelé en cause lorsque sa situation juridique est susceptible d'être affectée; en l'occurrence, Y._ n'avait pas d'intérêt à intervenir, dès lors que l'amende de 20'000 fr. prononcée à son encontre était devenue exécutoire après le prononcé du premier arrêt du Tribunal administratif. La recourante ne saurait toutefois prétendre que l'appel en cause avait pour seul but de recueillir des éléments de preuve à sa charge; les pièces sur lesquelles le Tribunal administratif s'est finalement fondé figuraient déjà dans le dossier cantonal et, même si Y._ n'était plus touchée par la nouvelle décision à rendre, elle était partie à la première procédure et pouvait être amenée à s'exprimer sur la portée des pièces qu'elle avait produites dans ce cadre. Il n'en est en tout cas résulté aucun préjudice pour la recourante.
2.2 La société reprend son argumentation d'ensemble quant à son implication dans les faits reprochés. Ce faisant, elle méconnaît que l'objet du litige s'est trouvé considérablement limité après le prononcé du premier arrêt du Tribunal fédéral, du 30 août 2003. A cette occasion, le Tribunal fédéral a déjà examiné les griefs soulevés par la recourante quant à sa responsabilité dans les irrégularités constatées. La recourante invoquait déjà l'intervention de Z._ en tant qu'entreprise générale et reprochait au Tribunal administratif d'avoir omis d'instruire sur ce point. La cour de céans a toutefois considéré que l'appréciation anticipée des preuves, certes discutable, n'était pas arbitraire pour autant, car sur le vu des autres moyens de preuve à disposition, on pouvait considérer que le rôle effectif de la recourante dépassait celui défini contractuellement. Pour l'essentiel, la recourante tente de revenir sur cette appréciation, pourtant revêtue de la chose jugée, et son argumentation, tant formelle que matérielle, relative au principe de la sanction administrative, à son degré de responsabilité et au montant de l'amende, est irrecevable.
2.3 En réalité, le seul point que la cour cantonale était invitée à éclaircir concernait la responsabilité de la recourante pour les faits survenus entre la suspension du chantier, le 1er février 2000, et le constat du 23 février suivant, période durant laquelle la recourante avait affirmé avoir perdu la maîtrise du chantier. Se limitant à ces aspects, la cour cantonale a notamment invité les parties à se déterminer sur des pièces produites par Y._ concernant des sous-traitants de la recourante, qui auraient continué de travailler sur le chantier malgré la suspension. Font notamment partie de ces pièces deux lettres de la recourante des 4 et 17 février 2002, selon lesquelles la société avait "décidé de poursuivre le chantier depuis le lundi 7 février 2000 et d'en assurer son exploitation", et précisé qu'elle n'avait "jamais totalement interrompu les travaux". En outre, selon un constat du 23 février 2000, le responsable de la société aurait déclaré faire "au mieux pour avancer le chantier". Le Tribunal administratif en a déduit que l'intervention de la recourante s'était poursuivie durant le mois de février 2000, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de diminuer le montant de l'amende. La recourante omet totalement de critiquer l'arrêt cantonal sur ce point, le seul qui puisse être revu à ce stade. Quoi qu'il en soit, il n'est pas arbitraire de considérer, sur le vu des pièces mentionnées, que la société est restée active sur le chantier durant la période déterminante, nonobstant la suspension du chantier.
2.3 En réalité, le seul point que la cour cantonale était invitée à éclaircir concernait la responsabilité de la recourante pour les faits survenus entre la suspension du chantier, le 1er février 2000, et le constat du 23 février suivant, période durant laquelle la recourante avait affirmé avoir perdu la maîtrise du chantier. Se limitant à ces aspects, la cour cantonale a notamment invité les parties à se déterminer sur des pièces produites par Y._ concernant des sous-traitants de la recourante, qui auraient continué de travailler sur le chantier malgré la suspension. Font notamment partie de ces pièces deux lettres de la recourante des 4 et 17 février 2002, selon lesquelles la société avait "décidé de poursuivre le chantier depuis le lundi 7 février 2000 et d'en assurer son exploitation", et précisé qu'elle n'avait "jamais totalement interrompu les travaux". En outre, selon un constat du 23 février 2000, le responsable de la société aurait déclaré faire "au mieux pour avancer le chantier". Le Tribunal administratif en a déduit que l'intervention de la recourante s'était poursuivie durant le mois de février 2000, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de diminuer le montant de l'amende. La recourante omet totalement de critiquer l'arrêt cantonal sur ce point, le seul qui puisse être revu à ce stade. Quoi qu'il en soit, il n'est pas arbitraire de considérer, sur le vu des pièces mentionnées, que la société est restée active sur le chantier durant la période déterminante, nonobstant la suspension du chantier.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours de droit public doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 156 al. 1 OJ, un émolument judiciaire est mis à la charge de la recourante. Y._, partie à la procédure cantonale et intimée, obtient gain de cause et a droit à une indemnité de dépens, à la charge de la recourante (art. 159 al. 1 OJ).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
2. Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée à Y._ SA, intimée, à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée à Y._ SA, intimée, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties, au Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 26 mars 2004
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: