Faits:
A. Le 18 juin 1976, X.X._, ressortissant libyen alors domicilié à M._, a fondé la société Y._ SA, ayant son siège à Genève et un capital-action de 1'000'000 fr. entièrement libéré. Cette société avait pour but social de rendre des services administratifs, comptables et publicitaires et d'effectuer des études de marché. Propriétaire de l'intégralité du capital social, sous réserve de deux ou trois actions cédées à titre fiduciaire, X.X._ présidait le conseil d'administration et disposait d'un droit de signature individuelle. Il a été retenu que l'activité effective de Y._ SA consistait essentiellement à rendre des services personnels et professionnels à la famille X._. Il a été établi, au moins dès 1994, que l'essentiel, sinon la totalité, des frais généraux de la société étaient couverts par son actionnaire. En 1987, X.X._ s'est établi en République Dominicaine.
Chaque année, les comptes de Y._ SA faisaient apparaître une créance à l'encontre de l'actionnaire destinée à équilibrer le solde. Le détail du compte de l'actionnaire mentionnait les prestations mises à sa charge et les versements effectués par ce dernier, soit directement, soit par l'entremise de l'une de ses sociétés. Lors de l'assemblée générale tenue à Genève le 14 juin 2001, l'actionnaire, par l'intermédiaire de son frère muni d'une procuration écrite, a approuvé les comptes de l'année 2000, qui faisaient apparaître une créance à son encontre de 1'416'368 fr. 09.
A la suite d'une longue maladie, X.X._ est décédé en République Dominicaine le 22 avril 2002.
L'hoirie est constituée de son épouse, B.X._, et de ses deux filles, A.X._ et C.X._.
D'entente entre les membres de l'hoirie, la société Y._ SA cessa ses activités au début de l'année 2003 et licencia l'ensemble de son personnel dans l'optique de sa liquidation.
Les héritières refusèrent de payer à Y._ SA le montant de 353'050 fr. 05 correspondant au solde du compte de l'actionnaire selon le bilan au 31 décembre 2002.
B. Le 14 avril 2003, le vice-président du conseil d'administration déposa, au nom de Y._ SA, une requête de faillite, laquelle fût prononcée le 6 mai 2003.
Le 30 avril 2003, la société a obtenu, à concurrence de sa créance, le séquestre d'un immeuble à Z._ (Genève) qui appartenait au défunt et qui est entré dans la succession.
Les commandements de payer ayant été frappés d'opposition, Y._ SA en faillite a ouvert, le 24 novembre 2003, une action en validation de séquestre.
Par décision du 4 février 2004, la masse en faillite de Y._ SA a renoncé à poursuivre la procédure et a cédé ses droits à trois créanciers admis à l'état de collocation, D._, F.X._ et E._, qui ont repris la procédure.
Par jugement du 20 décembre 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a admis la demande à concurrence de 353'050 fr. 05 avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er janvier 2003, avec suite de dépens.
Statuant sur appel des héritières, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé ce jugement avec suite de dépens, par arrêt du 5 décembre 2008.
C. Les héritières ont déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 5 décembre 2008. Invoquant une violation du droit comptable fédéral, une violation des règles sur le fardeau de la preuve et un établissement manifestement inexact, respectivement arbitraire, des faits, les recourantes concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au déboutement de leurs parties adverses avec suite de frais et dépens. Elles ont également sollicité l'effet suspensif, qui leur a été accordé par ordonnance du 19 février 2009.
Les intimés ont conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par les parties qui ont succombé dans leurs conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire : ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 63 - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140). Une correction de l'état de fait ne peut d'ailleurs être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peuvent être présentés à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 Les recourantes soutiennent que la comptabilité de la société a été établie de manière chaotique, en violation des art. 957 et 663 al. 3 CO.
La question n'est cependant pas de savoir si le conseil d'administration a correctement rempli son devoir d'établir les comptes annuels (art. 662 al. 1 et 716a al. 1 ch. 3 CO) ou si l'employé éventuellement chargé de ce travail a correctement accompli la tâche qui lui était confiée (art. 321a al. 1 CO). Le point pertinent est seulement de définir si les héritières de l'actionnaire doivent ou non le montant qui leur est réclamé. Pour trancher cette question, la comptabilité, les pièces justificatives et les déclarations recueillies dans la procédure constituent des moyens de preuves qu'il appartient au juge d'apprécier. L'appréciation des preuves ne relève pas des dispositions légales invoquées par les recourantes. Seules des critiques précises sur la manière dont la dette de l'actionnaire a été déterminée dans les comptes pourraient, au stade de l'appréciation des preuves, faire apparaître comme arbitraire le chiffre retenu par la cour cantonale.
2.2 Les recourantes reprochent à la cour cantonale d'avoir violé les règles sur le fardeau de la preuve (art. 8 CC), en lui demandant constamment de prouver l'inexactitude des allégués adverses.
Ce grief mérite un examen plus approfondi, parce qu'il est décisif pour l'issue du recours.
La cour cantonale a retenu en fait - d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que l'actionnaire utilisait la société pour ses besoins personnels et ceux de sa famille, moyennant quoi il acceptait de prendre à sa charge les frais de fonctionnement de la société. L'acceptation de l'actionnaire résulte des versements qu'il a faits constamment pendant des années, ainsi que de l'approbation, lors des assemblées générales, des comptes faisant apparaître une créance de la société contre son actionnaire. La cour cantonale a donc retenu qu'il existait, sur ce point, un contrat entre la société et son actionnaire, ce que les recourantes ne mettent pas en cause devant le Tribunal fédéral. La prestation caractéristique était fournie par la société (qui fournissait des services, voire permettait d'intercaler une personne morale), de sorte que ce contrat, à défaut d'élection de droit, est soumis au droit suisse (art. 117 LDIP; sur la nécessité d'examiner d'office la question du droit applicable selon le droit international privé du for : ATF 132 III 661 consid. 2 p. 663). La cour cantonale a également constaté en fait que, dans le compte de l'actionnaire auprès de la société, les prestations qui lui étaient facturées et les versements qu'il effectuait se compensaient automatiquement, de sorte qu'elle en a déduit que les parties se trouvaient dans une relation de compte-courant, ce que les recourantes ne contestent pas devant le Tribunal fédéral. Il faut ici rappeler que la conclusion d'un contrat de compte-courant n'est soumise à aucune exigence de forme (arrêt 5P.94/1998 du 15 juin 1998 consid. 3c). Ce contrat se caractérise par un accord de compensation selon lequel toutes les prétentions nées de part et d'autre, comprises dans le rapport de compte-courant, seront compensées automatiquement, sans déclaration de compensation, soit pendant que le compte-courant est ouvert, soit à la fin d'une période comptable (ATF 129 III 118 consid. 2.3 p. 121). Dans un compte-courant, les prétentions et contre-prétentions portées en compte s'éteignent par compensation, si bien qu'une nouvelle créance prend naissance à concurrence du solde (ATF 130 III 694 consid. 2.2.2 p. 697). Il y a novation lorsque le solde du compte a été arrêté et reconnu (art. 117 al. 2 CO), étant précisé que les parties peuvent convenir d'une reconnaissance tacite du solde (ATF 130 III 694 consid. 2.2.2 p. 697; 129 III 118 consid. 2.3 p. 121).
En l'espèce, l'actionnaire avait accepté, par l'entremise de son représentant, le solde du compte au 31 décembre 2000, en approuvant les comptes lors de l'assemblée générale du 14 juin 2001. L'accord sur le solde du compte à cette date entraîne novation.
La novation suppose cependant une cause valable. Certes, la reconnaissance du solde vaut renonciation à invoquer les exceptions et les objections connues; il n'est cependant pas exclu de démontrer que le solde reconnu était faux et que la reconnaissance est affectée d'un vice du consentement (ATF 127 III 147 consid. 2b p. 150; arrêt 4C.383/2001 du 11 avril 2002, publié in SJ 2002 I p. 597 consid. 1d). Dans un tel cas de figure, il incombe cependant à celui qui voudrait se libérer des effets de sa reconnaissance d'établir les faits permettant de constater que celle-ci est viciée.
Il incombait donc bien à l'actionnaire (respectivement ses héritières) de prouver que le solde accepté lors de l'assemblée générale était en réalité faux.
Il est vrai qu'il n'y a plus eu de reconnaissance de solde depuis lors et qu'il n'y a donc pas eu de novation ultérieure.
L'argumentation des recourantes consiste cependant pour l'essentiel - comme on le verra (cf. consid. 2.3 infra) - à soutenir que des versements effectués par l'actionnaire n'ont pas été pris en compte. Les recourantes soutiennent donc que l'actionnaire a exécuté, plus largement qu'il n'est admis, son obligation de payer les frais de la société. Cependant, selon les principes généraux de la procédure, il incombe au débiteur de prouver les faits permettant de constater qu'il s'est exécuté ou qu'il est survenu des faits libératoires (ATF 128 III 271 consid. 2a/aa p. 273 s.; 125 III 78 consid. 3b p. 79 s.). Il incombait donc bien aux recourantes de prouver que la société avait reçu d'autres versements que ceux admis par la partie adverse.
La cour cantonale n'a donc pas violé les règles sur le fardeau de la preuve en admettant qu'il incombait au débiteur de prouver les faits permettant de constater qu'il n'était pas lié par sa reconnaissance du solde ou qu'il avait payé par la suite davantage que ce qui est admis par la société créancière. Dès lors que le fardeau de la preuve incombait aux recourantes, les éventuelles incertitudes qui pourraient planer sur les comptes ne peuvent jouer en leur faveur.
2.3 Les recourantes soutiennent enfin que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF) et qu'il y a eu arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. Les deux griefs se confondent, parce que l'établissement manifestement inexact des faits n'est rien d'autre qu'un cas d'arbitraire (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252).
Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
Contrairement à ce que suggèrent les recourantes, le montant de la dette n'a pas été arrêté sur la seule base des comptes au 31 décembre 2002, qui n'ont pas fait l'objet d'une approbation par l'assemblée générale. Il ressort en effet de l'arrêt cantonal (let. f p. 10) que le montant de 353'050 fr. 05 a été confirmé par le réviseur, entendu comme témoin, qui a expliqué que ce chiffre avait été arrêté sur la base de justificatifs que lui avait fournis le directeur de la société. On ne voit pas en quoi il serait arbitraire de croire ce témoin et les recourantes ne tentent même pas d'en faire la démonstration.
La cour cantonale a constaté que l'actionnaire utilisait la société pour ses besoins personnels et ceux de sa famille. Les recourantes n'ont pas tenté de montrer que cette constatation serait arbitraire. Il n'y a dès lors rien d'étonnant - contrairement à ce que suggèrent les recourantes - que l'on trouve dans le décompte des frais afférents à des services personnels, comme des frais de véhicules, de nettoyage à sec, de tabac ou de leasings de voitures.
Rien ne permet donc de dire que les montants mis à la charge de l'actionnaire auraient été arrêtés arbitrairement.
Les recourantes soutiennent cependant que des versements qu'il a effectués n'ont pas été pris en compte. Comme on vient de le voir, le fardeau de la preuve leur incombait. Savoir si la société a reçu d'autres versements de la part de son actionnaire est évidemment une question de fait. Lorsque la partie recourante conteste l'état de fait retenu par l'autorité précédente (art. 97 al. 1 LTF), il lui incombe de démontrer, dans l'acte de recours lui-même, de manière circonstanciée et précise, si possible avec des preuves à l'appui, que la constatation cantonale est insoutenable (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 255).
Les recourantes font valoir que des fonds ont été prélevés sur les comptes de l'actionnaire ou des sociétés qui lui appartenaient. Elles ne prétendent cependant pas qu'il ressortirait des pièces que ces fonds ont été reçus par la société genevoise faillie. Or, c'est précisément ce qu'il fallait établir. Les recourantes n'ont pas démontré, par des pièces ou des témoignages concordants, que toutes les sommes prélevées sur les comptes de l'actionnaire ou de ses sociétés étaient destinées à alimenter la société genevoise. Elles n'ont pas démontré que l'employée T._, entendue dans la procédure, aurait dit ce qu'elle avait fait des fonds qu'elle aurait prétendument reçus. Même le témoignage du frère de l'actionnaire, que les recourantes citent en caractères gras, ne leur est d'aucun secours. En disant que les retraits en argent liquide qu'il a effectués étaient une histoire entre lui et son frère, il donne clairement à penser qu'il y a eu un accord entre les deux frères, que ces prélèvements avaient un caractère privé, et il n'y a aucune raison de penser que les fonds étaient destinés à la société genevoise faillie.
L'argumentation contenue dans l'acte de recours - qui est déterminante (ATF 133 II 396 consid. 3.1 p. 399 s.) - est impropre à démontrer qu'il était arbitraire d'admettre que les recourantes ne sont pas parvenues à prouver que la société genevoise faillie avait reçu d'autres montants (en paiement de la dette de l'actionnaire) que ceux qui ont été admis par les parties adverses.
3. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge des recourantes qui succombent (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3. Les recourantes verseront solidairement aux intimés, en tant que créanciers solidaires, une indemnité de 7'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 1er avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget