Faits:
A. A._ exerce la profession de notaire à Genève. Par son ministère, le 26 juin 2002, les propriétaires d'un bien-fonds de Thônex ont conclu en la forme authentique, avec et en faveur de la société X._ SA, une promesse de lui vendre cet immeuble. La promesse était subordonnée à diverses conditions; l'une d'elles avait pour objet l'octroi, par l'autorité administrative compétente, de l'autorisation de construire au minimum onze villas sur le terrain concerné. La vente définitive devait être conclue dans les trente jours qui suivraient l'entrée en force de l'autorisation, mais au plus tard le 30 septembre 2003. La promesse était garantie par un droit d'emption et le prix de vente convenu s'élevait à 3'300'000 francs.
X._ SA avait chargé Me A._ de rédiger l'acte sur la base d'un document qu'elle lui avait remis; il s'agissait d'un projet de promesse de vente provenant d'un autre notaire.
L'autorité a délivré l'autorisation de construire le 20 octobre 2003 seulement. Les propriétaires ont alors fait savoir qu'ils refusaient de vendre l'immeuble et qu'ils contestaient le droit d'emption, au motif que l'une des conditions convenues, auxquelles leur promesse était subordonnée, ne s'était pas réalisée. Sans succès, X._ SA a entrepris des démarches judiciaires afin d'acquérir l'immeuble nonobstant l'opposition de ses cocontractants.
B. Le 12 mai 2005, X._ SA a ouvert action contre Me A._ devant le Tribunal de première instance du canton de Genève. Sa demande tendait au versement de dommages-intérêts. Elle alléguait que le défendeur n'avait pas rédigé la promesse de vente conformément au modèle qu'elle lui avait remis. La condition relative à l'autorisation de construire aurait dû être libellée de manière que l'acquéresse pût, à son choix, dans le cas où cette autorisation n'interviendrait pas dans le délai convenu, faire valoir la promesse ou s'en libérer. Avec la rédaction effectivement soumise aux parties et adoptée par elles le 26 juin 2002, le retard de l'autorisation entraînait la caducité complète de la promesse; il en résultait, pour l'acquéresse, un dommage dont elle exigeait réparation.
Le défendeur a conclu au rejet de l'action.
Le tribunal a rendu un jugement sur partie le 7 février 2008, par lequel il a «[admis], dans son principe, la responsabilité [du défendeur] ».
La Cour de justice a statué le 5 décembre suivant sur l'appel de ce dernier; elle a confirmé le jugement.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile, le défendeur requiert le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Cour de justice pour prononcer que sa responsabilité n'est pas engagée.
La demanderesse conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours au Tribunal fédéral est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF). Il est aussi recevable contre les décisions préjudicielles ou incidentes communiquées séparément de la décision finale, lorsque, parmi d'autres cas, le succès du recours peut conduire immédiatement à une décision finale, et éviter ainsi une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
Selon la jurisprudence, il incombe à la partie recourante d'établir, si cela n'est pas manifeste, qu'une décision finale immédiate permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse; cette partie doit indiquer de manière détaillée, en particulier, quelles questions de fait sont encore litigieuses, et quelles preuves, déjà offertes ou requises, doivent encore être administrées, et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (ATF 133 III 629 consid. 2.4.2 p. 633).
Il est constant que la décision attaquée ne termine pas le procès entrepris contre le défendeur. Si le Tribunal fédéral accueillait le recours de ce dernier et prononçait que sa responsabilité n'est pas engagée, cela constituerait une décision finale.
Le défendeur affirme aussi qu'une procédure probatoire longue et coûteuse serait ainsi économisée, mais il ne fournit pas d'explication suffisante à ce sujet. Il indique seulement que « si [sa responsabilité] est retenue, il conviendra d'instruire notamment par l'audition de témoins, voire [par expertise], le dommage allégué par [le demandeur], chiffré à 2'990'983 fr.70, ainsi que la question du lien de causalité adéquate et de la rupture du lien de causalité ». La nature du dommage n'est donc pas précisée dans l'acte de recours et elle ne ressort, non plus, ni de la décision attaquée ni du jugement de première instance. La nature des faits susceptibles d'avoir interrompu le lien de causalité est également inconnue. Les éléments fournis au Tribunal fédéral sont lacunaires et ils ne permettent pas d'apprécier l'ampleur et les difficultés de l'instruction encore nécessaire. Dans ces conditions, il n'est pas établi qu'une décision de ce tribunal puisse réellement permettre l'économie d'une procédure probatoire longue et coûteuse; en conséquence, le recours est irrecevable au regard de l'art. 93 al. 1 let. b LTF.
2. L'auteur du recours doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral et les dépens auxquels l'autre partie peut prétendre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Le défendeur acquittera un émolument judiciaire de 5'000 francs.
3. Le défendeur versera une indemnité de 6'000 fr. à la demanderesse, à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 22 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Le greffier:
Klett Thélin