Sachverhalt:
A.
A.a. Die Y._ AG mit Sitz in U._/ZG reichte am 18. Dezember 2006 die Steuererklärung 2005 ein und deklarierte dabei einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 5'859'609.--. Dieser Gewinn war darauf zurückzuführen, dass die Y._ AG aus der Rückgabe eigener Anteile an der (deutschen) Z._ GmbH (2006 Umwandlung in [deutsche] W._ AG und Börsengang) einen Kapitalgewinn von Fr. 7'790'687.-- verbucht hatte. Im Laufe des Jahres 2007 reichte die Y._ AG die Steuererklärung 2006 ein und deklarierte einen Reingewinn in der Höhe von Fr. 3'028'073.--. Dieser Gewinn war auf den verbuchten Kapitalgewinn von Fr. 1'537'997.-- aus dem Verkauf von Anteilen der (deutschen) W._ AG und den Börsengang zurückzuführen.
A.b. Mit Fusionsvertrag vom 18. Juni 2008 übernahm die X._ AG (im Folgenden: Steuerpflichtige) mit Sitz in U._/ZG das gesamte Gesellschaftsvermögen mit allen Aktiven und Passiven ihrer Tochtergesellschaft Y._ AG rückwirkend per 1. Januar 2008. Am 27. Juni 2008 reichte die Steuerpflichtige rektifizierte Steuererklärungen für die Jahre 2005 und 2006 der Y._ AG ein. Sie führte aus, man habe erst bei der Fusion realisiert, dass die Y._ AG nur treuhänderisch für ihre Muttergesellschaft X._ AG gehandelt und die Beteiligung an der (deutschen) Z._ GmbH bzw. W._ AG gehalten habe, weshalb Bilanzberichtigungen vorzunehmen seien. Die rektifizierten Steuererklärungen 2005 und 2006 zeigten nur die Treuhandkommission als Ertrag (Fr. 410'015.95 bzw. Fr. 516'227.60) und somit einen Reingewinn von Fr. 31'113.-- (2005) bzw. Fr. 46'191.-- (2006) auf.
B.
Am 21. September 2011 erliess die Steuerverwaltung des Kantons Zug die Veranlagung für die Steuerjahre 2005 und 2006 gestützt auf die ursprünglich eingereichten Steuererklärungen und Jahresrechnungen (2005: steuerbarer Reingewinn Fr. 5'859'600.-- bzw. Gewinnsteuer Fr. 498'066.--; 2006: steuerbarer Reingewinn Fr. 3'028'000.-- bzw. Gewinnsteuer Fr. 257'380.--). Sie führte dazu aus, die Korrektur der Jahresrechnung der Y._ AG infolge eines anderen Sachverhalts stelle hier keinen Bilanzfehler dar. Zudem sei bei der X._ AG in den Jahresrechnungen 2005 und 2006 keine Treuhandgesellschaft aufgeführt worden; deren Veranlagung sei bereits rechtskräftig, weshalb eine Bilanzberichtigung nicht möglich sei.
Mit Entscheid vom 19. Juni 2012 wies die Rechtsmittelkommission der Steuerverwaltung des Kantons Zug die dagegen erhobene Einsprache ab. Gegen den Einspracheentscheid führte die Steuerpflichtige Rekurs beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug. Das Verwaltungsgericht wies mit Urteil vom 26. November 2013 den Rekurs ab.
C.
Gegen dieses Urteil führt die Steuerpflichtige mit Eingabe vom 9. Januar 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 26. November 2013 betreffend die direkte Bundessteuer 2005/2006 der Y._ AG sei aufzuheben. Der steuerbare Reingewinn des Geschäftsjahres 2005 sei gemäss rektifizierter Steuererklärung 2005 auf Fr. 31'113.-- und der steuerbare Reingewinn des Geschäftsjahres 2006 gemäss rektifizierter Steuererklärung 2006 auf Fr. 46'191.-- festzusetzen.
Die Steuerverwaltung des Kantons Zug und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen (soweit darauf einzutreten sei). Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Am 1. April 2014 reichte die Beschwerdeführerin freiwillige Bemer-kungen ein.
Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a BGG i.V.m. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]). Die Beschwerdeführerin ist als Rechtsnachfolgerin der Y._ AG (vgl. Art. 54 Abs. 3 DBG) durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG); auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird.
2.
Streitgegenstand bildet hier die Frage, ob die Steuerverwaltung des Kantons Zug für die direkte Bundessteuer 2005 und 2006 zu Recht die nachträglich eingereichten, rektifizierten Jahresrechnungen der Jahre 2005 und 2006 der Steuerpflichtigen nicht berücksichtigt hat.
2.1. Gemäss Art. 58 Abs. 1 lit. a DBG setzt sich der steuerbare Reingewinn aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres zusammen. Es gilt somit das Prinzip der Massgeblichkeit der nach den Regeln des Handelsrechts aufgestellten Handelsbilanz auch für die Steuerbilanz unter Vorbehalt der steuerrechtlichen Korrekturvorschriften sowie der zwingenden handelsrechtlichen Vorschriften (BGE 137 II 353 E. 6.2 S. 359 f.; 136 II 88 E. 3.1 S. 92; 132 I 175 E. 2.2 S. 177 f.; 119 Ib 111 E. 2c S. 115). Der Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz für die Steuerbilanz wirkt sich auch in verfahrensrechtlicher Hinsicht aus: Die steuerpflichtige Gesellschaft muss sich nach diesem Prinzip grundsätzlich bei der von ihr in ihren ordnungsgemäss geführten Büchern erscheinenden Darstellung der Vermögenslage des Jahresergebnisses behaften lassen (Urteil 2C_515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.2, in: StE 2011 B 23.41 Nr. 5, mit Hinweis). Unter welchen Voraussetzungen eine bei der Steuerverwaltung mit der Steuererklärung eingereichte Bilanz dennoch korrigiert werden kann, ergibt sich nicht aus dem DBG, sondern ist durch Auslegung unter Berücksichtigung des Massgeblichkeitsprinzips und des Grundsatzes von Treu und Glauben zu ermitteln (Urteil 2A.275/1998 vom 6. März 2000 E. 3 a/bb).
2.2. In Lehre und Rechtsprechung wird mit Bezug auf die Bilanzkorrekturen zwischen Bilanzberichtigungen und Bilanzänderungen unterschieden. Bei der Bilanzberichtigung wird ein handelsrechtswidriger durch einen handelsrechtskonformen Wertansatz ersetzt, während bei der Bilanzänderung ein handelsrechtskonformer Wertansatz durch eine andere, ebenfalls handelsrechtskonforme Bewertung ersetzt wird (Urteil 2C_1218/2013, 2C_1219/2013 vom 19. Dezember 2014 E. 3.3, zur Publikation vorgesehen; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 49 ff. zu Art. 58 DBG).
Bilanzberichtigungen können - solange keine rechtskräftigen Veranlagungen vorliegen - immer vorgenommen werden und sind von Amtes wegen durchzuführen, weil damit die Richtigstellung einer Bilanzposition erreicht wird, welche gegen zwingende handelsrechtliche Vorschriften verstösst (Urteil 2C_787/2012, 2C_788/2012 vom 15. Januar 2013 E. 2.2, in: StE 2013 B 72.11 Nr. 23, mit weiteren Hinweisen; ferner Urteil 2A.275/1998 vom 6. März 2000 E. 3 a/bb; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 15, 21 zu Art. 58 DBG). Sie werden von den Steuerbehörden in der Steuerbilanz von Amtes wegen berücksichtigt (Locher, a.a.O., N. 18 ff. zu Art. 58 DBG, mit Hinweis auf das Urteil 2A.275/1998 vom 6. März 2000, E. 3a/bb). Bilanzberichtigungen können sich zu Gunsten oder zu Ungunsten steuerpflichtiger juristischer Person auswirken (Locher, a.a.O. N. 15 zu Art. 58 DBG; Urteil 2C_911/2013, 2C_912/2013 vom 26. August 2014 E. 6.1.2).
Anders verhält es sich bei Bilanzänderungen. Auszugehen ist hier vom Grundsatz, dass die Bilanz von einem gewissen Zeitpunkt an endgültig ist und nachträgliche Änderungen nicht mehr vorgenommen werden können. Nach der Rechtsprechung ist eine Änderung der Bilanz nur bis zur Einreichung der Steuererklärung zulässig (Urteile 2C_515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.2, in: StE 2011 B 23.41 Nr. 5, mit Hinweis; 2C_29/2012 vom 16. August 2012 E. 2.1, in: StE 2012 B 72.1 Nr. 22; 2C_911/2013, 2C_912/2013 ebenda, mit weiteren Hinweisen). Eine Änderung der Bilanz durch die steuerpflichtige Gesellschaft im Laufe des Veranlagungsverfahrens ist grundsätzlich nur noch zulässig, wenn sich zeigt, dass sie in einem entschuldbaren Irrtum über die steuerlichen Folgen gewisse Buchungen vorgenommen hat (Urteil 2C_29/2012 ebenda; Urteil 2A.275/1998 vom 6. März 2000 E. 3 a/bb; Locher, a.a.O., N. 23 zu Art. 58 DBG mit weiteren Hinweisen). In der Regel ausgeschlossen sind hingegen Bilanzänderungen, mit denen Wertänderungen zum Ausgleich von Aufrechnungen im Veranlagungsverfahren erfolgen oder die lediglich aus Gründen der Steuerersparnis vorgenommen werden (zit. Urteil 2C_29/2012 E. 2.1; Urteile 2A.313/2004, 2P.140/2004 vom 9. Dezember 2004 E. 5.4.1, in: StR 60/2005 S. 429 ff.; 2A.275/1998 vom 6. März 2000 E. 3 a/bb). "Bilanzberichtigungen" aus solchen Motiven sind gleichfalls nur mit äusserster Zurückhaltung anzuerkennen (zit. Urteil 2C_29/2012 E. 2.1 in fine; zum Ganzen: Urteil 2C_1218/2013, 2C_1219/2013 vom 19. Dezember 2014, E. 3.3 und 3.4, zur Publikation vorgesehen).
3.
Vorab zu behandeln sind die Rügen der unrichtigen Feststellung des Sachverhalts sowie der Verletzung des rechtlichen Gehörs.
3.1. In Bezug auf den Sachverhalt legt die Beschwerdeführerin zwar ausführlich dar, wie sich der Sachverhalt aus ihrer Sicht darstellt (Beschwerdeschrift Ziff. 9 ff.). Insbesondere moniert sie dabei, die Vorinstanz habe das rechtliche Gehör sowie den Untersuchungsgrundsatz dadurch verletzt, dass sie die Frage des Bestehens des geltend gemachten Treuhandverhältnisses offen gelassen habe. Dabei geht es aber letztlich nicht um eine Frage der Sachverhaltsfeststellung, sondern um eine Rechtsfrage, die im Rahmen der materiellen Beurteilung der Beschwerde (vgl. E. 4.3 hiernach) noch zu behandeln ist. Im Übrigen vermag die Beschwerdeführerin mit ihren weitschweifigen Ausführungen zum Sachverhalt (Restrukturierungen in Deutschland, Treuhandschaft in der Schweiz, Verbuchung der Treuhandschaft, Steuererklärungsverfahren) nicht aufzuzeigen, inwiefern der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sein bzw. warum die Behebung des Mangels für das Verfahren entscheidend sein soll (vgl. Art. 97 BGG).
3.2. Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, ihr rechtliches Gehör sei dadurch verletzt worden, dass die Vorinstanz ihren Beweisantrag auf Befragung von A._ und B._ (als damalige Organe der Y._ AG bzw. X._ AG) ohne Begründung abgewiesen habe.
Diese Rügen vermögen nicht durchzudringen: Zwar umfasst der Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) u.a. auch das Recht der Betroffenen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden. Jedoch ist dieser Anspruch nicht verletzt, wenn ein Gericht deshalb auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148 mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen waren vorliegend erfüllt: Auf eine Einvernahme der (damaligen) Organe der Y._ AG bzw. X._ AG durfte die Vorinstanz aufgrund der umfangreichen Akten, welche eine abschliessende Beurteilung der Organisation der involvierten Gesellschaften (vgl. auch E 4.3.3 hiernach) zulassen, verzichten. Die Beschwerdeführerin hatte zudem genügend Gelegenheit, sich zu äussern und allenfalls weitere Belege (z.B. schriftliche Stellungnahmen) einzureichen, um ihren Standpunkt darzulegen.
Nicht zu hören ist die Beschwerdeführerin im vorliegenden Verfahren schliesslich mit ihren Beweisanträgen, soweit sie die Befragung von Zeugen durch das Bundesgericht verlangt. Der rechtserhebliche Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten.
3.3. Die Vorinstanz hat damit den rechtserheblichen Sachverhalt willkürfrei und für das Bundesgericht verbindlich festgestellt (Art. 105 Abs. 1 BGG).
4.
4.1. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid die Frage offen gelassen, ob zwischen der Y._ AG und ihrer Muttergesellschaft X._ AG in den Jahren 2005 und 2006 ein Treuhandverhältnis vorlag oder nicht. Unabhängig davon, ob die Jahresrechnung handelsrechtskonform sei oder nicht, könne das Treuhandverhältnis steuerrechtlich nur anerkannt werden, wenn die Vorgaben des Merkblattes "Treuhandverhältnisse" der ESTV (S - 02.107) vom Oktober 1967/Nachdruck 1993 erfüllt seien. Insbesondere müssten aus den der Steuerverwaltung einzureichenden Bilanzen des Treuhänders (Ziff. A.5 des Merkblattes) klar ersichtlich sein, dass er Vermögenswerte treuhänderisch besitze. Über das Treugut und die Ansprüche und Verpflichtungen des Treugebers seien in der Buchhaltung des Treuhänders (Ziff. A.6 des Merkblattes) besondere Konten zu eröffnen und zu führen (vgl. angefochtener Entscheid E. 3b). Die Vorinstanz hat zwar das Vorliegen eines Treuhandvertrages bejaht, macht aber geltend, dieser vermöge den Anforderungen von Ziff. A.5 und A.6 des Merkblattes nicht zu genügen, weshalb das Treuhandverhältnis steuerlich nicht anerkannt werden könne (vgl. angefochtener Entscheid E. 3e). Die Vorinstanz führt weiter aus, die Voraussetzungen für eine Bilanzänderung seien hier nicht gegeben, da sich die Beschwerdeführerin nicht auf einen entschuldbaren Irrtum über die steuerlichen Folgen gewisser Buchungen berufen könne; die verantwortlichen Personen hätten vom Treuhandverhältnis Kenntnis haben sollen (vgl. angefochtener Entscheid E. 4c).
4.2. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid bundesrechtswidrig sein soll.
4.3. Zunächst hat die Vorinstanz die Voraussetzungen, die erfüllt sein müssen, damit ein Treuhandverhältnis steuerrechtlich anerkannt werden kann, grundsätzlich richtig dargestellt (vgl. angefochtener Entscheid E. 3b-3e).
4.3.1. Praxisgemäss sind die Steuerbehörden berechtigt, Rechtsverhältnisse und Rechtsgeschäfte - unter Vorbehalt des Gegenbeweises - demjenigen zuzuschreiben, auf dessen Namen sie lauten, denn nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge wird ein in eigenem Namen abgeschlossenes Rechtsgeschäft auch auf eigene Rechnung getätigt. Liegt - ausnahmsweise - ein Vertretungs- bzw. Treuhandverhältnis vor, obliegt daher dessen Nachweis als steuermindernde Tatsache nach den allgemeinen Beweisregeln dem Steuerpflichtigen. Die Behauptung, ein im eigenen Namen abgeschlossenes Rechtsgeschäft sei treuhänderisch für einen Dritten abgeschlossen worden, darf nach der Praxis unberücksichtigt gelassen werden, wenn das Treuhandverhältnis nicht einwandfrei nachgewiesen ist (Urteile 2C_416/2013 vom 5. November 2013 E. 10.3.2, nicht publiziert in: BGE 140 I 68; 2C_387/2007 vom 4. März 2008 E. 4; 2A.524/2000 vom 12. April 2001 E. 4b; 2A.204/1997 vom 26. Mai 1999 E. 3a, in: ASA 68 S. 746). Nach der Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung (vgl. deren Merkblatt "Treuhandverhältnisse" vom Oktober 1967, publiziert in PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Bd. 1, 2001; im Folgenden: Merkblatt ESTV), müssen für die Anerkennung eines Treuhandverhältnisses folgende formellen Voraussetzungen (lit. A) erfüllt sein: 1) Es müssen schriftliche Abmachungen aus der Zeit der Begründung der Treuhand vorliegen; 2) Das Treugut muss im Vertrag genau umschrieben sein; 3) Dem Treuhänder dürfen aus der Anlage, Verwaltung und Veräusserung des Treuguts keine Risiken erwachsen; 4) Der Treuhänder soll vom Treugeber eine Entschädigung (Treuhandkommission) erhalten, die den für derartige Dienstleistungen handelsüblichen Ansätzen entspricht und im Vertrag genau festzuhalten ist; 5) Das Treugut muss in der Bilanz des Treuhänders klar als solches ersichtlich sein; 6) Über das Treugut sowie die Ansprüche und Verpflichtungen des Treugebers sind in der Buchhaltung des Treuhänders besondere Konti zu eröffnen und zu führen.
4.3.2. Die Erfüllung dieser formellen Voraussetzungen ist nach der Rechtsprechung zwar nicht unabdingbare Voraussetzung für die steuerliche Anerkennung eines Treuhandverhältnisses. Ein Nachweis ist dem Pflichtigen somit auch auf andere Weise möglich. Doch ist in jedem Falle ein eindeutiger Nachweis erforderlich. Gerade wenn - wie hier - auch internationale Rechtsbeziehungen in Frage stehen, sind an diesen Nachweis strenge Anforderungen zu stellen, da sich solche Rechtsgeschäfte weitgehend der Kontrolle der inländischen Steuerbehörden entziehen (Urteile 2A.79/2002 vom 27. Januar 2003 E. 5.2, in: ASA 72 S. 736; 2A.524/2000 vom 12. April 2001 E. 4b; 2A.204/1997 vom 26. Mai 1999 E. 2b und 3a, in: ASA 68 S. 746 mit Hinweis).
4.3.3. An einem solchen einwandfreien Nachweis fehlt es aber im vorliegenden Fall offensichtlich: Die Vorinstanz hat dazu festgehalten, der ins Recht gelegte Treuhandvertrag vom 11. Februar 2004 erfülle zwar die Bedingungen von lit. A.1 bis A.4 des Merkblattes der ESTV, nicht dagegen diejenigen von lit. A.5 und A.6. Dieser Schluss ist nicht zu beanstanden, da in den - ursprünglich eingereichten - Bilanzen des Treuhänders (Y._ AG) kein Treuhandverhältnis aufgeführt (lit. A.5 Merkblatt) und in der Buchhaltung keine entsprechenden Konti geführt (lit. A.6 Merkblatt) wurden. Damit kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie ausführt, dass allein schon der schriftlich abgefasste Treuhandvertrag Beweis genug sei für das Vorliegen des Treuhandverhältnisses. Auch das ins Recht gelegte Schreiben von Dr. C._ vom 5. Juli 2010, das den Hintergrund des Treuhandvertrages erläutern soll, vermag nach dem Gesagten keinen einwandfreien Nachweis zu erbringen. Das gleiche gilt für den Gesellschaftsvertrag der Z._ GmbH vom 11. Februar 2004, der die Y._ AG nicht als Treuhänderin erwähnt.
Ebenso wenig kann der Beschwerdeführerin gefolgt werden, wenn sie ausführt, die Voraussetzungen des Merkblattes ESTV seien in Bezug auf die rektifizierten Jahresrechnungen erfüllt. Wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, muss aufgrund der ins Auge springenden personellen Verflechtungen der beiden Gesellschaften ( Y._ AG: A._ im Verwaltungsrat bis 29. Juli 2004 und wieder ab 5. Juli 2005 bis zur Löschung sowie B._ ab 23. März 2004 zunächst Prokurist und ab 29. Juli 2004 Präsident des Verwaltungsrats; X._ AG: A._ ab 10. Dezember 2002 Mitglied und ab 25. Februar 2003 bis 21. Juni 2010 Präsident des Verwaltungsrats sowie B._ ab 25. Februar 2003 Delegierter und ab 21. Juni 2010 Präsident des Verwaltungsrates) davon ausgegangen werden, dass der Verwaltungsrat der Y._ AG vom Treuhandverhältnis Kenntnis haben musste. Dafür spricht auch der Umstand, dass der Treuhandvertrag im Namen beider Gesellschaften von B._ unterzeichnet worden ist. Wenig plausibel erscheinen daher die Ausführungen der Beschwerdeführerin, wonach das Treuhandverhältnis den administrativen Organen "aufgrund fehlender Kommunikation" zwischen B._, der sich um die operativen und strategischen Geschäfte kümmerte, und A._, der die Administration besorgte, nicht bekannt gewesen sei; dies erweist sich als blosse Schutzbehauptung.
4.3.4. Somit hat die Beschwerdeführerin den Nachweis für das Vorliegen eines Treuhandverhältnisses nicht erbringen können. Die Vorinstanz hat dem behaupteten Treuhandverhältnis zu Recht die steuerrechtliche Anerkennung versagt.
4.4. Weiter hat die Vorinstanz die in E. 2 hiervor dargelegte Praxis zum Massgeblichkeitsprinzip sowie zur Bilanzberichtigung bzw. Bilanzänderung korrekt wiedergegeben (vgl. angefochtener Entscheid E. 3a und 4a).
Insbesondere ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Voraussetzungen für eine Bilanzänderung (vgl. E. 2.2 hiervor) als nicht erfüllt erachtet hat. Abgesehen davon, dass Bilanzänderungen praxisgemäss nur sehr zurückhaltend vorgenommen werden dürfen, kann hier nicht von einem entschuldbaren Irrtum über die steuerlichen Folgen gesprochen werden: Die (damaligen) Organe haben offenbar schlicht keine Verwaltungsratssitzungen und Generalversammlungen zur Genehmigung der ursprünglich eingereichten Jahresabschlüsse durchgeführt. Wie bereits dargelegt, musste der Verwaltungsrat der Y._ AG zudem vom Treuhandverhältnis Kenntnis haben. Unter diesen Umständen ist eine Änderung der Bilanz durch die steuerpflichtige Gesellschaft im Laufe des Veranlagungsverfahrens nach Einreichung der Steuererklärung praxisgemäss nicht mehr zulässig. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin steht eine Bilanzberichtigung sodann hier nicht zur Diskussion, da mangels eines nachgewiesenen Treuhandverhältnisses (vgl. E. 4.3.3 hiervor) nicht von einer handelsrechtswidrigen Bewertung auszugehen ist. Damit liegt im Ergebnis keine Verletzung von Art. 58 DBG vor.
4.5. Der Vorwurf der Willkür (Art. 9 BV) hängt schliesslich mit den bereits genannten Vorbringen zusammen, der damit ebenso wenig gehört werden kann. Entsprechend wurden auch die Grundsätze der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung (Art. 127 Abs. 2 BV) nicht verletzt, wenn eine AG gemäss ihren korrekten ursprünglichen Steuererklärungen, welche in den Jahren 2005 und 2006 hohe steuerbare Gewinne ausweisen, veranlagt wird (vgl. Urteil 2C_515/2010 vom 13. September 2011 E. 3.5). Die Beschwerdeführerin kann daher daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten.
5.
Dies führt zur Abweisung der Beschwerde. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65 und Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteienschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Abgaberechtliche Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Januar 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger