Erwägungen:
1. Gegen X._ wird ein Strafverfahren unter anderem wegen versuchter vorsätzlicher Tötung geführt. Im Rahmen des Untersuchungsverfahrens erteilte das Statthalteramt Arlesheim Dr. med. Y._ am 9. Juni 2008 den Auftrag, ein forensisch-psychiatrisches Gutachten über den Angeschuldigten zu erstellen.
Mit Schreiben vom 3. April 2009 beantragte X._ die Entfernung des Gutachtens von Dr. med. Y._ vom 19. Februar 2009 aus den Akten, da es sich um ein reines Aktengutachten ohne fremdanamnestische Erhebungen handle. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft wies mit Verfügung vom 6. Mai 2009 diesen Antrag ab. Dagegen erhob X._ am 11. Mai 2009 Beschwerde, welche das Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft mit Beschluss vom 24. August 2009 abwies.
2. X._ führt mit Eingabe vom 12. Oktober 2009 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss des Verfahrensgerichts in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Der angefochtene Beschluss des Verfahrensgerichts in Strafsachen schliesst das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab. Er stellt somit einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar.
3.1 Gegen Vor- und Zwischenentscheide - die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen (s. dazu Art. 92 BGG) - ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
3.2 Liegt wie hier ein Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG vor, hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sein sollen. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, hierzu von Amtes wegen Nachforschungen anzustellen. Der Beschwerdeführer macht vorliegend nicht geltend und solches ist auch nicht ersichtlich, dass die Gutheissung der vorliegenden Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Er beruft sich einzig auf Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG und begründet den nicht wieder gutzumachenden Nachteil damit, dass das urteilende Strafgericht keine Kenntnis des von der Verteidigung kritisierten Aktengutachtens erhalten dürfe, ansonsten eine unabhängige und unvoreingenommene materiellrechtliche gerichtliche Beurteilung nicht mehr gewährleistet sei. Zu prüfen bleibt somit einzig, ob die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zur Anfechtung eines Zwischenentscheides gegeben sind.
3.3 Nach ständiger Praxis zu Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist ein Vor- oder Zwischenentscheid nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 134 I 83 E. 3.1 S. 86 f.; 134 IV 43 E. 2.1 S. 45, je mit Hinweisen). So hat das Bundesgericht bei der Bestellung von gerichtlichen Gutachtern (BGE 133 IV 121 E. 1.3 S. 125; Urteil 2C_507/2008 vom 14. Juli 2008) und bei der Abweisung von Beweisanträgen (BGE 99 Ia 437 E. 1) einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil verneint. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers bewirkt der vorliegend angefochtene Zwischenentscheid keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG. Gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Strafentscheid steht dem Beschwerdeführer die Beschwerde ans Bundesgericht offen. Gemäss Art. 93 Abs. 3 BGG können dannzumal auch zuvor gefällte Zwischenentscheide angefochten werden, so dass der Beschwerdeführer im betreffenden Beschwerdeverfahren - soweit erforderlich - sämtliche Rügen gegen den Beschluss des Verfahrensgerichts in Strafsachen erneut vortragen kann. Zudem steht es dem Beschwerdeführer im Hauptverfahren weiterhin offen, dem urteilenden Strafgericht die ihm nötig erscheinenden Anträge bezüglich des beanstandeten Gutachtens zu unterbreiten.
3.4 Nach dem Gesagten handelt es sich beim Beschluss des Verfahrensgerichts in Strafsachen vom 24. August 2009 um einen Zwischenentscheid, der offensichtlich nicht selbständig anfechtbar ist.
Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unzulässig. Über sie kann im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG entschieden werden.
4. Angesichts der Aussichtslosigkeit des Verfahrens ist dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht zu entsprechen (Art. 64 BGG). Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache selbst wird das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Oktober 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli