Sachverhalt:
A. Die X._ AG erstellte auf ihrer Hotel- und Restaurantliegenschaft auf dem A._ (Grundstück Kat.-Nr. B._) verschiedene unbewilligte Erweiterungsbauten. Deren nachträgliche Bewilligung wurde von den kommunalen und kantonalen Behörden und letztinstanzlich vom Bundesgericht im Wesentlichen verweigert (Urteil 1C_328/2010 vom 7. März 2011). Mit Beschluss vom 24. Mai 2011 ordnete die Bau- und Planungskommission Stallikon den Abbruch namentlich von Bauten und Anlagen auf der Süd- und Rondoterrasse mit Steg innert sechs Monaten seit Rechtskraft der Wiederherstellungsanordnung an. Zudem verlangte sie eine Kaution zur Sicherstellung der Verfahrenskosten ein.
Hiergegen beschwerte sich die X._ AG beim Baurekursgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess den Rekurs teilweise gut und hob die Kostensicherstellungpflicht auf; im Übrigen wies es den Rekurs ab (Dispositiv Ziff. I). Zudem drohte es der X._ AG die Ersatzvornahme auf eigene Kosten an, falls der fristgemässe Rückbau unterbleibe (Dispositiv Ziff. II).
Gegen diesen Entscheid gelangte die X._ AG mit einer Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses erwog mit Beschluss vom 12. Juli 2012, hinsichtlich der Androhung der Ersatzvornahme habe das Baurekursgericht eine reformatio in peius vorgenommen. Das sei zwar an sich zulässig, doch hätte das Gericht der Rekurrentin zuvor das rechtliche Gehör gewähren und Gelegenheit einräumen sollen, ihren Rekurs zurückzuziehen. Der Anhörungsmangel könne als im verwaltungsgerichtlichen Verfahren geheilt betrachtet werden; indessen sei der Rekurrentin noch Gelegenheit zu geben, innert 10 Tagen diejenigen Anträge zurückzuziehen, die sie im Rahmen des Rekursverfahrens hätte zurückziehen können, wenn ihr das rechtliche Gehör zur beabsichtigten reformatio in peius gewährt worden wäre. Das Verwaltungsgericht verfügte daher, der X._ AG laufe eine einmalige 10-tägige Frist, um den Rückzug ihrer Beschwerdeanträge 1 und 3-6 zu erklären; Stillschweigen gelte als Verzicht auf den Rückzug der Beschwerdeanträge (Ziff. 1 des Dispositivs). Falls ein Rückzug im genannten Umfang erfolge, werde das Verwaltungsgericht die Ziff. II des Dispositivs des Rekurserkenntnisses aufheben (Ziff. 2 des Dispositivs). Wenn der Rückzug nicht erklärt werde, werde das Verwaltungsgericht den Endentscheid in der Beschwerdesache fällen (Ziff. 3 des Dispositivs).
B. Gegen diesen Beschluss führt die X._ AG mit Eingabe vom 16. August 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, die Ziffern 1 bis 3 des angefochtenen Beschlusses seien aufzuheben und das Verwaltungsgericht anzuweisen, die Ziff. II des Rekurserkenntnisses unabhängig von einem Rückzug der bei ihm erhobenen Beschwerde aufzuheben und die bei ihm erhobenen Gehörsverweigerungsrügen sowie den Rückweisungsantrag einzeln zu prüfen, eventuell sei der Beschluss zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Im Weiteren stellt die Beschwerdeführerin den Antrag, ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Das Verwaltungsgericht beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Die Bau- und Planungskommission Stallikon hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der weitere Verfahrensbeteiligte Zürcher Heimatschutz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hält in abschliessenden Bemerkungen an ihren Anträgen fest.
Mit Verfügungen vom 18. September und 3. Oktober 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt bzw. diese bestätigt.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Beschluss des Verwaltungsgerichts ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) in einer Wiederherstellungsangelegenheit und stützt sich damit auf öffentliches Recht. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung (BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251, 400 E. 2.1 S. 404). Ausnahmegründe im Sinne von Art. 83 ff. BGG liegen nicht vor. Die Beschwerdeführerin nimmt am vorinstanzlichen Verfahren teil und ist nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert.
1.2 Der Beschluss des Verwaltungsgerichts schliesst das Verfahren vor dieser Instanz nicht ab; es handelt sich um einen Zwischenentscheid (vgl. Art. 90 BGG). Gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die nicht die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (vgl. Art. 92 BGG), nur zulässig, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (BGE 135 II 30 E. 1.3.2 S. 34 f.).
1.3 Die Zweite Tatbestandsvariante (lit. b) von Art. 93 Abs. 1 BGG fällt hier von vornherein ausser Betracht. Die Beschwerdeführerin macht denn auch geltend, der angefochtene Beschluss könne für sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge haben (lit. a). Entgegen ihrer Auffassung ist ein solcher Nachteil jedoch nicht erkennbar. Es ist nicht einzusehen, weshalb der Beschwerdeführerin ein unwiederbringlicher Nachteil aus dem Umstand erwachsen soll, dass ihr das Verwaltungsgericht die gleiche Rückzugsmöglichkeit eröffnet hat (Ziff. 1 und 2 des Beschluss-Dispositivs), wie sie ihr nach Meinung der Vorinstanz bereits vor dem Baurekursgericht hätte eingeräumt werden sollen. Falls sie darin einen Rechtsfehler erblicken will, so kann sie eine entsprechende Rüge gegen den Endentscheid des Verwaltungsgerichts erheben. Das gilt auch hinsichtlich der Ziff. 3 des Dispositivs, wonach das Verwaltungsgericht im Fall eines Verzichts auf den Beschwerderückzug einen Endentscheid fällen werde. Ob das Verwaltungsgericht mit dieser Formulierung die Möglichkeit eines Rückweisungsentscheids ausschliessen wollte, wie die Beschwerdeführerin befürchtet, kann dahin gestellt bleiben. Es ist bzw. wäre der Beschwerdeführerin unbenommen, eine entsprechende Rüge im Anschluss an den Endentscheid der Vorinstanz zu erheben. Soweit sie vorbringt, die Androhung der Ersatzvornahme sei ohnehin nichtig, weil hierzu (nur) die Gemeinde und nicht das Baurekursgericht zuständig sei, ist sie darauf hinzuweisen, dass die Nichtigkeit einer Verfügung nur bei besonders schweren, offensichtlichen oder zumindest leicht erkennbaren Mängeln anzunehmen ist (BGE 136 II 415 E. 3.2 S. 426; 129 I 361 E. 2.1 S. 363). Da die Rüge fehlender Anordnungskompetenz die kantonale Zuständigkeitsordnung und damit auch die Organisationsfreiheit der Kantone betrifft (vgl. BGE 134 I 125 E. 2.2 S. 129) und die Zwangsandrohung zudem gesetzlich eigens vorgesehen bzw. vorgeschrieben ist (§ 31 Abs. 1 PBG/ZH) und im Übrigen mit der zu vollstreckenden Anordnung verbunden werden kann (§ 31 Abs. 2 PBG/ZH), besteht kein Anlass, dass das Bundesgericht im jetzigen Verfahrensstadium insofern erstmals von einem besonders schweren Anordnungsmangel mit Nichtigkeitsfolge ausgeht und annimmt, der angefochtene Beschluss sei für die Beschwerdeführerin aus diesem Grunde mit einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil verbunden. Auch hinsichtlich dieses Einwands ist die Beschwerdeführerin auf den ordentlichen Rechtsmittelweg zu verweisen (vgl. Art. 93 Abs. 3 BGG).
1.4 Nach dem Ausgeführten steht gegen den angefochtenen Beschluss die Beschwerde an das Bundesgericht nicht offen. Es ist darauf nicht einzutreten.
2. Da die Beschwerdeführerin unterliegt, wird sie kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen an die verfahrensbeteiligten Behörden sind nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG). Indessen hat die Beschwerdeführerin dem Mitbeteiligten (Zürcher Heimatschutz) eine Entschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat dem Zürcher Heimatschutz eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Baudirektion des Kantons Zürich, dem Zürcher Heimatschutz und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle