Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Am 28. Januar 2009 stellte die Beschwerdeführerin gegen Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen der Vollzugs- und Bewährungsdienste des Kantons Luzern, namentlich gegen A._ und B._, ein Ausstandsbegehren wegen Befangenheit. Mit Zwischenentscheid vom 25. März 2009 entsprach das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Luzern dem Ausstandsbegehren in dem Sinne, dass B._ in den Ausstand trete, falls wider Erwarten A._ während des Verfahrens ausfallen sollte. Im Übrigen werde das Ausstandsbegehren abgewiesen, soweit darauf einzutreten sei. Die dagegen gerichtete kantonale Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern am 24. August 2009 ab, soweit es darauf eintrat. Die Beschwerdeführerin wendet sich mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht.
1.1 Gegen selbständig eröffnete kantonal letztinstanzliche Zwischen-entscheide über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde in Strafsachen grundsätzlich zulässig (Art. 78 und 92 BGG).
1.2 Soweit sich die Beschwerdeführerin mit Fragen befasst, die ausserhalb des vorliegenden Verfahrensgegenstands liegen (vgl. Beschwerde S. 3 ff., Ausführungen zum Urteil vom 8. Mai 2000, oder Beschwerde S. 5 ff., Haftprüfungsverfahren), ist auf die Beschwerde zum vornherein nicht einzutreten. Auf die Beschwerde ist aber auch nicht einzutreten, soweit die Ausführungen sachbezogen sind, da sich die Beschwerdeführerin mit den Entscheidgründen im angefochtenen Urteil nicht substanziiert auseinandersetzt und sich aus der Beschwerdebegründung nicht ergibt, dass und inwiefern die Abweisung der kantonalen Beschwerde bzw. das Nichteintreten darauf schweizerisches Recht im Sinne von Art. 95 BGG verletzen sollte.
1.3 Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Präsident der Verwaltungsrechtlichen Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill