Faits:
A. B._ a travaillé en qualité de concierge au service de la Commune de X._ du 15 avril 1982 au 30 novembre 2000. Titulaire du brevet de cafetier, il a exploité à partir du 1er décembre 2000 un débit de boissons à Z._.
Le 15 septembre 2003, il a été victime d'un accident vasculaire cérébral (AVC), qui a entraîné une parésie quasi complète du membre supérieur gauche, ainsi que de légers troubles frontaux et mnésiques (rapport médical du 7 octobre 2003 des docteurs E._, chef de clinique du Service de rééducation de l'Hôpital Y._, et O._, spécialiste en médecine interne).
Le 21 janvier 2004, B._ a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Dans un rapport du 30 mars 2004, le docteur R._, spécialiste en médecine interne, a conclu à une incapacité de travail de 100 % depuis le 15 septembre 2003.
Dans un rapport du 10 juin 2004, le docteur A._, chef de clinique du Service de rééducation de l'Hôpital Y._, a posé les diagnostics ayant des répercussions sur la capacité de travail de parésie du membre supérieur gauche, de syndrome épaule-main, de status après AVC hémorragique frontal droit et de cataracte cortico-nucléaire des deux yeux. En annexe, il a répondu par la négative à la question de savoir si l'activité exercée jusque-là était encore exigible et indiqué que l'on pouvait exiger de l'assuré qu'il exerce à plein temps une autre activité (services) et qu'il fallait s'attendre à une diminution de rendement. Dans un rapport médical du 25 janvier 2005, il a déposé ses conclusions à l'issue de la prise en charge de l'assuré dans le service.
Dans un rapport intermédiaire du 17 octobre 2005, le docteur J._, spécialiste en médecine interne, a qualifié l'état de santé du patient de stationnaire. Dans le questionnaire du 2 novembre 2005, elle a précisé que les limitations fonctionnelles consistaient dans l'usage presque impossible du membre supérieur gauche et dans les troubles de la mémoire, qui rendaient difficile un retour au travail.
L'Office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève a procédé à une enquête pour activité professionnelle indépendante. Le travail de l'assuré pouvait être pondéré en trois champs d'activité : la direction à raison de 10 % sans handicap et de 50 % avec handicap, le service au bar à raison respectivement de 70 et de 40 % et le service en salle à raison de 20 et 10 %. Sur la base des données statistiques (ESS 2004, TA7 ch. 22 et 37, niveau 3) et d'une incapacité de travail de 25, 80 et 100 % dans les différents champs d'activité, l'administration a fixé à 53'327 fr. et à 31'377 fr. les revenus sans et avec invalidité, mettant en évidence une diminution de revenu imputable au handicap de 21'950 fr. ou une invalidité de 41 % (rapport du 16 février 2006). Par décision du 7 avril 2006, confirmée sur opposition le 15 novembre 2006, l'office AI a alloué à B._ un quart de rente à partir du 1er septembre 2004.
B. Par jugement du 21 novembre 2007, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, devant lequel B._ s'était porté, a annulé les décisions des 7 avril et 15 novembre 2006 (ch. 2 du dispositif), dit qu'il avait droit à une demi-rente d'invalidité à partir du 1er septembre 2004 (ch. 3 du dispositif), renvoyé la cause à l'office AI pour calcul de la rente (ch. 4 du dispositif), condamné l'office AI à verser une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens et mis à sa charge un émolument fixé à 500 fr. (ch. 5 et 6 du dispositif).
C. L'Office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation, le Tribunal fédéral étant invité à constater que B._ a droit à une demi-rente d'invalidité à compter du 1er septembre 2004 et à un quart de rente dès 2005.
Considérant en droit:
1. Au terme de son dispositif (ch. 3), le jugement attaqué doit être qualifié de décision incidente (art. 93 LTF), laquelle contient des instructions ne laissant plus aucune latitude de jugement au recourant pour la suite de la procédure, susceptible dès lors de lui causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF; ATF 133 V 477 consid. 5.2 p. 483), si bien que le recours est recevable.
2. Le recours en matière de droit public (art. 82 s. LTF) peut être formé pour violation du droit selon l'art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF) et peut rectifier ou compléter d'office les constatations de celle-ci si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
Au regard de la réglementation sur le pouvoir d'examen prévue par la LTF, il convient d'examiner sur la base des griefs soulevés dans le recours formé devant le Tribunal fédéral si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (art. 95 let. a LTF), y compris une éventuelle constatation des faits contraire au droit (art. 97 al. 1, art. 105 al. 2 LTF).
3. 3.1 En instance fédérale, le litige ne porte plus que sur le droit de l'intimé à une demi-rente d'invalidité à partir du 1er janvier 2005, singulièrement sur le calcul du revenu d'invalide et le taux d'invalidité fondant le droit à la prestation.
3.2 Les principes relatifs au pouvoir d'examen développés dans l'ATF 132 V 393 consid. 3 p. 397 s. (en relation avec l'art. 132 OJ dans sa version en vigueur du 1er juillet au 31 décembre 2006) continuent à s'appliquer pour distinguer les constatations de fait de l'autorité précédente (qui lient en principe le Tribunal fédéral) de l'application qu'elle fait du droit (question qui peut être examinée librement en instance fédérale). Conformément à ces principes, les constatations de l'autorité cantonale de recours sur l'atteinte à la santé, la capacité de travail de l'assuré et l'exigibilité relèvent d'une question de fait et ne peuvent être contrôlées que sous un angle restreint (ATF 132 V 393 consid. 3.2 p. 398). Les règles légales et jurisprudentielles sur la manière d'effectuer la comparaison des revenus relèvent de questions de droit. Sous cet angle, la constatation des deux revenus hypothétiques à comparer est une question de fait, dans la mesure où elle repose sur une appréciation concrète des preuves; il s'agit en revanche d'une question de droit dans la mesure où elle se fonde sur l'expérience générale de la vie (ATF 132 V 393 consid. 3.3 p. 399).
4. Après avoir procédé à une pondération des champs d'activité avant (10, 70 et 20 %) et après l'atteinte à la santé, différente en 2004 (20, 70 et 10 %) et en 2005 (40, 50 et 10 %), les premiers juges ont retenu des empêchements de 25 % (direction), 50 % (service au bar) et 100 % (service en salle). En l'absence de renseignements fiables, ils se sont référés aux données statistiques (ESS 2004, TA7 ch. 37, niveau 3) pour fixer les deux revenus hypothétiques, considérant en outre qu'il ne se justifiait pas de faire appel à des données différentes pour les trois champs d'activité. Tenant compte, dès lors, d'une capacité résiduelle globale de 50 % pour 2004 et de 55 % pour 2005, ils ont fixé le revenu d'invalide, après réduction de 15 %, à 21'746 fr. 40 pour 2004 et à 24'208 fr. pour 2005.
4.1 Le recourant conteste l'évaluation du revenu d'invalide par la juridiction cantonale, qui aurait procédé à tort à la déduction de 15 %. Il fait valoir qu'une réduction des salaires ressortant des statistiques n'est possible et n'a de sens que si l'assuré est amené à changer de profession, pour exercer une activité adaptée à son handicap.
Cet argument n'est pas pertinent. L'arrêt I 269/03 du 25 avril 2005, auquel le recourant se réfère, ne lui est d'aucun secours sur ce point. S'il est vrai que la déduction sur les salaires statistiques intervient en règle générale pour des assurés qui bénéficient d'une capacité résiduelle de travail dans une activité adaptée autre que leur ancien emploi, la Cour de céans n'a pour autant jamais dit qu'une réduction du revenu statistique était impossible dans un cas comme celui de l'intimé où il s'agit de déterminer le revenu hypothétique d'invalide d'un indépendant qui n'a pas encore été en mesure de mettre pleinement en valeur sa capacité résiduelle de travail dans une activité raisonnablement exigible.
4.2 Selon le recourant, les facultés réduites de rendement ont été prises en considération lors de l'appréciation de la capacité résiduelle de travail de l'intimé et ne sauraient l'être une seconde fois en tant que facteur de réduction du salaire statistique.
L'intimé présentant des entraves dans les différents champs d'activité constituant son occupation professionnelle, on ne saurait reprocher aux premiers juges, dans la mesure où ils ont eu recours aux valeurs statistiques en l'absence de données concrètes fiables, d'avoir procédé à une réduction au titre des limitations prévues par la jurisprudence (ATF 126 V 75), le cumul des entraves dans les divers champs d'activité permettant, en l'espèce, dans le cadre de la détermination d'un revenu hypothétique de justifier une telle réduction.
4.3 L'étendue de l'abattement justifié dans un cas concret constitue une question typique relevant du pouvoir d'appréciation (ATF 132 V 393 consid. 3.3 p. 399), dont on ne saurait reprocher aux premiers juges de l'avoir exercé de manière non conforme au droit (ATF 126 V 75) et le recourant ne le démontre pas. Le recours se révèle mal fondé.
5. Les frais judiciaires doivent être mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Le dépôt du recours n'a pas occasionné de frais à l'intimé car il n'a pas été invité à répondre, de sorte qu'il n'y a pas matière à lui allouer des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève, Chambre 4, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 22 juillet 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner