Faits:
A. Au mois de juillet 2003, l'Administration fédérale des contributions (AFC) a ouvert une enquête contre A._, son épouse B._ et leur société C._, pour soustraction d'impôt et délits fiscaux. Le 17 septembre 2003, l'AFC a ordonné le séquestre, auprès d'établissements financiers, de toutes les valeurs dont les inculpés pouvaient être titulaires ou ayants droit. Le séquestre a notamment porté sur les avoirs de D._ et de la Fondation X._, toutes deux au Liechtenstein, pour un montant de quelque 10 millions de francs.
Le 21 septembre 2006, la Division d'enquêtes fiscales spéciales a rendu son rapport, concluant à l'existence d'actes de soustraction d'impôts au moyen notamment de l'intervention de D._ comme société-écran, et à des frais fictifs de sous-traitance. Les fonds dégagés auraient été versés en grande partie sur des comptes détenus par la Fondation X._. L'enquête close, le rapport d'enquête a été remis à l'administration cantonale vaudoise des impôts (ACI). Celle-ci a rendu, le 11 octobre 2007, des décisions de rappels d'impôts et des prononcés d'amendes à l'endroit des époux A._ et B._ (1'268'300 fr. d'IFD pour 1995 à 2002, et 1'443'500 fr. d'amende; 1'886'880 fr. d'impôts cantonaux et communaux pour 1999 à 2002, et 2'034'700 fr. d'amende) et de C._ (892'424 fr. d'IFD pour 1995 à 2002 et 1'047'300 fr. d'amende; 1'499'150 fr. d'impôts cantonaux et communaux pour 1999 à 2002 et 1'606'100 fr. d'amende). Les réclamations formées contre ces prononcés ont été rejetées le 4 décembre 2008 par l'ACI. Les intéressés ont recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois.
B. Le 5 décembre 2008, l'ACI a formé une demande de sûretés à l'encontre des époux A._ et B._ et de C._. Cette demande concerne les rappels et amendes pour l'impôt fédéral direct et pour les impôts communaux et cantonaux pour les périodes fiscales concernées par les décisions du 11 octobre 2007, ainsi que pour les années 2003 à 2006. Une ordonnance de séquestre a été rendue le même jour, portant sur tous les avoirs des débiteurs à leur domicile et dans les banques de Genève, Zurich, Morges et Lausanne, ainsi qu'au siège de C._.
C. Le 4 mars 2010, D._ et Fondation X._ ont demandé à la Division affaires pénales et enquêtes de l'AFC (DAPE) la levée des séquestres ordonnés en 2003 sur leurs comptes bancaires. Par décision formelle du 11 mars 2010, la DAPE répondit que l'existence de sûretés au niveau cantonal n'obligeait pas à renoncer aux séquestres ordonnés par l'autorité fédérale; seul le juge du fond pourrait se prononcer définitivement.
D. Par arrêt du 27 mai 2010, la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a partiellement admis la plainte formée par C._ et Fondation X._, en ordonnant à l'AFC de leur restituer les documents se trouvant encore en sa possession. S'agissant en revanche des séquestres d'avoirs bancaires, l'enquête reposait sur des soupçons suffisants et les comptes des plaignantes auraient servi à recueillir des fonds détournés au fisc. Ils étaient donc susceptibles d'être confisqués. Les décisions de rappel d'impôt permettaient de mieux déterminer les montants dus par le couple A._ et B._; elles n'étaient toutefois pas définitives, une reformatio in peius n'étant notamment pas exclue. Les montants bloqués, en tout cas pour les époux A._ et B._, étaient inférieurs aux sommes dues en lien avec l'IFD. Les sûretés ne couvraient pas l'éventuelle amende pour les délits d'usage de faux. Compte tenu de ces incertitudes, les séquestres ne devaient pas être levés à tout le moins jusqu'à l'entrée en force des décisions de rappels d'impôts. Les plaignantes invoquaient leur situation financière difficile, mais l'argument n'était pas documenté.
E. Par acte du 28 juin 2010, D._ et Fondation X._ forment un recours en matière pénale. Elles demandent l'annulation des ch. 3 et 4 du dispositif de l'arrêt attaqué (les ch. 2 et 5 n'étant pas contestés) et la levée des séquestres ordonnés en 2003. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause à la Cour des plaintes pour nouvel arrêt.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. L'AFC conclut au rejet du recours. Les recourantes ont répliqué.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contraintes. Il en va ainsi des décisions relatives à un séquestre fondé sur l'art. 46 DPA (arrêt 6B_205/2007 du 27 octobre 2007).
1.1 La décision par laquelle le juge prononce ou maintient un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Dès lors, conformément à l'art. 93 al. 1 let. a LTF, une telle décision ne peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable. Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 89 I 185 consid. 4 p. 187 et les références).
1.2 Les recourantes ont participé à la procédure devant l'instance précédente (art. 81 al. 1 let. a LTF) et disposent, en tant que titulaires des comptes séquestrés, d'un intérêt juridique évident à l'annulation de l'arrêt attaqué et à l'éventuelle suppression d'un titre de séquestre, même si leurs avoirs demeurent bloqués à un autre titre.
1.3 Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (art. 98 LTF; cf. ATF 126 I 97 consid. 1c p. 102). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'art. 106 al. 2 LTF prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste sa violation (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 130 I 26 consid. 2.1. p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261s). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4. p. 589; 130 I 258 consid. 1.3 et les arrêts cités).
2. Les recourantes invoquent leur droit d'être entendues. Elles reprochent à la Cour des plaintes de ne pas avoir examiné les griefs soulevés. Les recourantes faisaient valoir que les mesures ordonnées par la DAPE ne pouvaient pas être maintenues après le rapport de 2006 mettant fin à l'enquête et la transmission de la cause à l'autorité cantonale, cette dernière ayant ordonné ses propres mesures de sûreté. Dans un second grief, les recourantes se plaignaient de la durée du séquestre, soit six ans depuis son prononcé et quatre ans depuis la fin de l'enquête; dans un troisième grief, elles relevaient que, contrairement à ce que soutient la DAPE, les décisions cantonales de rappels d'impôts et d'amendes ne se prononçaient pas sur le séquestre fédéral.
2.1 Conformément au droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), l'autorité doit indiquer dans son prononcé les motifs qui la conduisent à sa décision (ATF 136 I 229 consid. 5.5 p. 236). Elle n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties, ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540; 126 I 97 consid. 2b, et les arrêts cités).
2.2 En l'occurrence, l'arrêt attaqué examine l'admissibilité des séquestres au regard de l'art. 46 al. 1 let. b DPA et notamment la question des soupçons suffisants tels qu'ils résultent du rapport d'enquête. Sous l'angle de la proportionnalité, la Cour des plaintes a ensuite relevé que les montants d'impôts et d'amendes pouvaient être estimés sur la base des décisions de l'ACI, même si ces dernières n'étaient pas définitives, de sorte que l'ampleur des séquestres ne paraissait pas disproportionnée. Ces points n'étaient d'ailleurs pas contestés par les recourantes. Cette motivation ne répond en revanche nullement aux griefs, a priori pertinents, soulevés dans la plainte. Elle ne traite en particulier ni du rapport entre les séquestres prononcés au niveau fédéral et les mesures de sûreté obtenues par l'ACI, ni de la proportionnalité du séquestre fédéral au regard de sa durée, soit actuellement sept ans. Cela ne satisfait manifestement pas à l'obligation de motiver. Il en résulte que le droit d'être entendu des recourantes n'a pas été respecté.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être admis et les ch. 3 et 4 de l'arrêt attaqué (rejet de la plainte et frais) sont annulés. Suivant la nouvelle décision que la Cour des plaintes sera amenée à rendre, les recourantes pourraient avoir droit à une indemnité de dépens plus élevée que celle qui est fixée au ch. 5 de l'arrêt attaqué. Elles ont toutefois expressément renoncé à contester ce point, et le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà de leurs conclusions (art. 107 al. 1 LTF). La cause est donc renvoyée à la Cour des plaintes pour nouvelle décision au sens des considérants, y compris le cas échéant sur les frais de la procédure. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires. La Confédération (AFC) versera aux recourantes une indemnité de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Les chiffres 3 et 4 de l'arrêt attaqué sont annulés et la cause est renvoyée à la Cour des plaintes pour nouvelle décision au sens des considérants.
2. Une indemnité de dépens de 1500 fr. est allouée aux recourantes, à la charge de la Confédération (Administration fédérale des contributions).
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes, à l'Administration fédérale des contributions et au Tribunal pénal fédéral, Ire Cour des plaintes.
Lausanne, le 28 septembre 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz