Sachverhalt:
A. A.a Der 1963 geborene P._ meldete sich am 27. Dezember 2007 wegen "Schleudertrauma, Rückenschmerzen, Kopfschmerzen, Brustschmerzen, Probleme wegen eines Herzschrittmachers" bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau liess den Versicherten beim Begutachtungsinstitut X._ polydisziplinär abklären. Gemäss Expertise vom 11. November 2008 litt P._ an einer leichten bis mittelgradigen depressiven Episode, einer undifferenzierten Somatisierungsstörung, einem chronischen panvertebralen Schmerzsyndrom ohne radikuläre Ausfälle, chronischen Fussschmerzen rechts und es bestand Verdacht auf ein Brugada-Syndrom (genetische Herzrhythmusstörung). Aus polydisziplinärer Sicht sei der Explorand seit März 2003 für jegliche leichte bis mittelschwere Tätigkeiten zu 70 % arbeits- und leistungsfähig. Dies gelte auch für die zuletzt ausgeübte Tätigkeit als selbstständigerwerbender Immobilienvermittler, die in einem vollen Pensum - mit vermehrten Pausen - umgesetzt werden könne. Mit Verfügung vom 12. März 2009 wies die IV-Stelle das Rentenbegehren mit der Begründung ab, der Versicherte sei nicht während mindestens eines Jahres im Umfang von 40 % arbeitsunfähig gewesen. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 16. September 2009 ab, welcher vom Bundesgericht mit Urteil 8C_900/2009 vom 18. März 2010 bestätigt wurde.
A.b Am 3. Mai 2010 erfolgte eine erneute Anmeldung zum Leistungsbezug. Mit Verfügung vom 16. Juli 2010 wies die IV-Stelle das neue Leistungsbegehren ab, soweit es darauf eintrat. Zur Begründung wurde angeführt, einerseits sei mit dem anlässlich der Neuanmeldung eingereichten Bericht des behandelnden Psychiaters, Dr. med. K._, Klinik Y._, vom 17. Mai 2010 keine Verschlechterung des Gesundheitszustandes glaubhaft gemacht worden, weshalb nicht darauf eingetreten werden könne. Selbst wenn dies der Fall wäre, müsste im gegenwärtigen Zeitpunkt das Rentenbegehren abgewiesen werden, da die einjährige Wartefrist gemäss Art. 28 Abs. 1 lit. b IVG noch nicht erfüllt sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hiess eine dagegen gerichtete Beschwerde mit Entscheid vom 2. März 2011 gut und wies die IV-Stelle an abzuklären, ob sich der Gesundheitszustand des Versicherten seit Erlass der Verfügung vom 12. März 2009 in anspruchsrelevanter Weise verändert habe.
A.c Die IV-Stelle liess P._ wiederum im Begutachtungsinstitut X._ polydisziplinär begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 21. November 2011 verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 24. April 2012 den Leistungsanspruch des Versicherten erneut.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 29. August 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt P._ beantragen, die Sache sei in Aufhebung des kantonalen Entscheides an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie eine stationäre Begutachtung seines Gesundheitszustandes anordne und danach über seinen Anspruch auf eine Invalidenrente neu entscheide.
Das Bundesgericht hat die vorinstanzlichen Akten beigezogen. Es ist kein Schriftenwechsel durchgeführt worden.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
Der gestützt auf medizinische Akten gerichtlich festgestellte Gesundheitszustand bzw. die damit einhergehende Arbeitsfähigkeit ist Tatfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.). Rechtsfragen sind die unvollständige Feststellung rechtserheblicher Tatsachen sowie die Missachtung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG) und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (BGE 135 V 465, 134 V 231 E. 5.1 S. 232). Die konkrete Beweiswürdigung ist Tatfrage (nicht publ. E. 4.1 des Urteils BGE 135 V 254, in SVR 2009 IV Nr. 53 S. 164 [9C_204/2009]; Urteil8C_886/2011 vom 4. April 2012 E. 1). Der Verzicht auf weitere Abklärungen oder im Beschwerdefall auf Rückweisung der Sache an die Verwaltung zu diesem Zwecke (antizipierte Beweiswürdigung) verletzt etwa dann Bundesrecht, wenn der festgestellte Sachverhalt unauflösbare Widersprüche enthält oder wenn eine entscheidwesentliche Tatfrage, wie namentlich Gesundheitszustand und Arbeitsfähigkeit einer versicherten Person, auf unvollständiger Beweisgrundlage beantwortet wird (Urteil 8C_148/2011 vom 5. Juli 2011 E. 1).
1.2 Dem kantonalen Versicherungsgericht steht als Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zu (vgl. BGE 120 Ia 31 E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (BGE 132 III 209 E. 2.1 S. 211; zum Begriff der Willkür BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 261). Auf bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweis).
2. Im angefochtenen Entscheid werden die für die Beurteilung wesentlichen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Es betrifft dies insbesondere die gesetzlichen Bestimmungen und von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze zu den Begriffen der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG) und der Invalidität (Art. 4 Abs. 1 IVG in Verbindung mit Art. 8 ATSG), namentlich bei psychischen Gesundheitsschäden (BGE 132 V 65 E. 3.4 S. 69; 131 V 49 E. 1.2 S. 50; 130 V 396, je mit Hinweisen), zu den Voraussetzungen und zum Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 IVG), zu den bei einer Neuanmeldung der versicherten Person nach vorausgegangener rechtskräftiger Rentenverweigerung analog zur Revision (Art. 17 ATSG) anwendbaren Regeln (Art. 87 Abs. 3 f. IVV; vgl. BGE 134 V 131 E. 3 S. 132; 133 V 108; 130 V 64 und 71), zur Aufgabe der Ärzte (und gegebenenfalls auch anderer Fachleute) im Rahmen der Invaliditätsbemessung (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99) sowie zum Beweiswert und zur Würdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat eine einlässliche Würdigung der fachärztlichen Unterlagen, insbesondere auch des polydisziplinären Gutachtens des Begutachtungsinstituts X._ vom 21. November 2011 vorgenommen. Dabei gelangte es zum Schluss, diesem sei voller Beweiswert zuzumessen. Die weiteren medizinischen Unterlagen, im Speziellen die verschiedenen Berichte des behandelnden Psychiaters Dr. med. K._, Chefarzt der Klinik Y._, vermögen nach den Feststellungen der Vorinstanz zu keinem anderen Ergebnis zu führen. Aufgrund eines Vergleichs der Verhältnisse bei Erlass der ursprünglichen ablehnenden Rentenverfügung vom 12. März 2009 mit dem Sachverhalt, wie er sich bis zur neuen Verfügung vom 24. April 2012 entwickelt hatte, gelangte die Vorinstanz zum Schluss, weder aus somatischer, noch aus psychiatrischer Sicht sei eine rentenerhebliche Veränderung des Gesundheitszustandes eingetreten. Der Versicherte sei für körperlich leichte bis mittelschwere Tätigkeiten in somatischer Hinsicht in seiner Leistungsfähigkeit nicht eingeschränkt, in psychischer Hinsicht betrage seine Arbeitsunfähigkeit seit März 2003 30 %. Damit sei die Voraussetzung einer durchschnittlichen Arbeitsunfähigkeit von mindestens 40 % während eines Jahres nicht gegeben und es bestehe kein Anspruch auf eine Invalidenrente.
3.2 Die Tatsachenfeststellungen des kantonalen Gerichts, namentlich die aus den medizinischen Akten gewonnene Erkenntnis, wonach eine Arbeits- und Leistungsfähigkeit in einer körperlich angepassten Tätigkeit - wozu auch die früher ausgeübte gehört - von 70 % besteht, ist im letztinstanzlichen Prozess grundsätzlich verbindlich. Im Rahmen der eingeschränkten Sachverhaltskontrolle (Art. 97 Abs. 1 BGG) ist es nicht Aufgabe des Bundesgerichts, die schon im vorinstanzlichen Verfahren im Recht gelegenen medizinischen Berichte neu zu würdigen und die rechtsfehlerfreie Sachverhaltsfeststellung des kantonalen Gerichts hinsichtlich der medizinisch begründeten Einschränkung des Leistungsvermögens und des Ausmasses der trotz gesundheitlicher Einschränkungen verbleibenden Arbeitsfähigkeit zu korrigieren (E. 1 hievor).
3.3 Daran ändern auch die Einwände des Versicherten nichts: Soweit er die "Unzumutbarkeit" einer zweiten Begutachtung am selben Institut geltend macht, welches schon vor der ersten ablehnenden Rentenverfügung den medizinischen Sachverhalt untersuchte, wird nicht nachvollziehbar ausgeführt und begründet, weshalb er durch die erste Begutachtung objektiv eine "ausgesprochen schlechte" Behandlung erfahren haben sollte. Eine "Unzumutbarkeit" ist nirgends ersichtlich. Wäre die angeordnete Abklärungsmassnahme tatsächlich unzumutbar gewesen, hätte er diese verweigern können. Dieses Verhalten hätte die IV-Stelle als Verletzung der Mitwirkungspflicht qualifizieren können (Art. 43 Abs. 3 ATSG). Gegen eine entsprechende Verfügung hätte die versicherte Person Rechtsmittel ergreifen und darin geltend machen können, die Rechtsfolgen von Art. 43 Abs. 3 ATSG dürften nicht eintreten, weil die angeordnete Beweismassnahme ungerechtfertigt gewesen sei (vgl. Urteil 9C_548/2010 vom 10. August 2010 E. 3.3).
Was die inhaltlichen Einwände gegen das Gutachten des Begutachtungsinstituts X._ betrifft, vermögen diese ebenfalls nicht durchzudringen. Die umfangreichen Vorbringen des Beschwerdeführers, die sich mit dem erwähnten Gutachten und damit mit der vorinstanzlichen Beweiswürdigung befassen, sind daher als unzulässige appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht weiter zu beachten. Sie sind jedenfalls nicht geeignet, eine Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG als erstellt oder die vorinstanzliche Feststellung des Sachverhalts als mangelhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG erscheinen zu lassen. Die Vorinstanz hat konkret und detailliert begründet, weshalb sie auf die Angaben der Gutachter des Begutachtungsinstituts X._ und nicht auf diejenigen des behandelnden Arztes Dr. med. K._ abgestellt hat und sich damit bereits mit den auch letztinstanzlich vorgebrachten Einwänden auseinandergesetzt. Ebenso hat sie begründet festgestellt, dass von weiteren Abklärungen in Form eines Obergutachtens keine entscheidrelevanten neuen Erkenntnisse zu erwarten seien weshalb darauf zu verzichten ist.
4. Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG - ohne Durchführung des Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung - erledigt wird.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. März 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer