Erwägungen:
1. Vor dem Bundesverwaltungsgericht ist eine Beschwerde von X._ gegen eine Vollstreckungsverfügung von Swissmedic vom 6. August 2008 betreffend den Rückzug eines Arzneimittels (M._ Salbe) hängig. Eine im Rahmen dieses Verfahrens ergangene Zwischenverfügung des Instruktionsrichters der Abteilung III des Bundesverwaltungsgerichts vom 17. September 2008 (Abweisung des Gesuchs um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung, Aufforderung zur Bezahlung eines Kostenvorschusses) focht X._ erfolglos beim Bundesgericht an, wobei er insbesondere die Frage der Befangenheit des Instruktionsrichters aufwarf (Urteile 2C_719/2008 vom 28. Oktober 2009 [Nichteintreten auf Beschwerde] und 2F_12/2008 vom 4. Dezember 2008 [Nichteintreten auf diesbezügliches Revisionsgesuch]).
Mit Zwischenverfügung vom 6. November 2008 forderte der zuständige Instruktionsrichter des Bundesverwaltungsgerichts X._ auf, den Kostenvorschuss gemäss Verfügung vom 17. September 2008 bis zum 20. November 2008 zu leisten. Am 20. November 2008 stellte X._ beim Bundesverwaltungsgericht ein Ausstandsbegehren gegen den Instruktionsrichter und beantragte zudem die Aufhebung der Kostenvorschussverfügung und die Feststellung, dass er für das gesamte Verfahren nicht kostenpflichtig sei. Mit Zwischenverfügung vom 14. Januar 2009 wies das Bundesverwaltungsgericht das Ausstandsbegehren ab und übermittelte die Sache zur weiteren Instruktion an den Instruktionsrichter.
Gegen die Zwischenverfügung vom 14. Januar 2009 gelangte X._ am 16. Februar 2009 ans Bundesgericht, wobei er die Beschwerde an dessen Luzerner Adresse zustellte. Die Sache wurde dort von der II. sozialrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts entgegengenommen und in der Folge an die zuständige II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts Lausanne überwiesen, was den Verfahrensbeteiligten mit Schreiben vom 24. Februar 2009 angezeigt wurde.
2. Gemäss Art. 108 Abs. 1 lit. c BGG entscheidet der Präsident der Abteilung im vereinfachten Verfahren über Nichteintreten auf querulatorische oder rechtsmissbräuchliche Beschwerden.
Der Beschwerdeführer begnügt sich damit, im Zusammenhang mit dem aktuell vor Bundesverwaltungsgericht hängigen Verfahren dort bzw. vor Bundesgericht gestellte Anträge zu wiederholen, wobei sich aus seinen Ausführungen ergibt, dass er weder die Erwägungen in den bisherigen verfahrensleitenden Verfügungen des Bundesverwaltungsgerichts noch diejenigen in den beiden bundesgerichtlichen Urteilen 2C_719/2008 und 2F_12/2008 auch nur zur Kenntnis genommen hat; er argumentiert so, als wären bisher in dieser Angelegenheit bzw. zu den von ihm aufgeworfenen Fragen noch keine Entscheidungen ergangen. Eine solche Prozessführung ist rechtsmissbräuchlich und verdient keinen Rechtsschutz (vgl. BGE 118 II 87 E. 4 S. 89; 118 IV 291 zu Art. 36a Abs. 2 OG). Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, Swissmedic und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller