Fatti:
A. In viaggio su di un taxi da Francoforte a Como, il 3 ottobre 2005 A._ si è recata da una veterinaria di Giubiasco, già consultata anche alcune settimane prima, per far visitare i 17 gatti con cui viaggiava. Constatato come in precedenza che i gatti erano stipati in alcune gabbiette, erano malati ed apparivano magri e sottosviluppati, la veterinaria ha contattato le autorità. Intervenuto sul posto, il veterinario cantonale aggiunto ha ritenuto che lo stato degli animali rivelava una ripetuta incuria nei loro confronti e l'incapacità della proprietaria di gestirli in modo adeguato. Egli ha quindi disposto verbalmente il loro sequestro. Con decisione scritta del 6 ottobre seguente, l'Ufficio del veterinario cantonale ha poi ordinato la confisca dei 17 gatti e il loro affidamento a terzi, dopo le cure del caso.
B. Respingendo il gravame interposto dall'interessata, il 29 novembre 2005 il Consiglio di Stato ticinese ha confermato la decisione di prime cure. A._ è allora insorta dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo che, con sentenza del 31 maggio 2006, ne ha parzialmente accolto il ricorso: annullata la pronuncia governativa, la Corte cantonale ha confermato la decisione del veterinario cantonale unicamente quale sequestro cautelare, mentre in merito alla confisca definitiva gli ha rinviato gli atti per stabilire, raccolte le necessarie informazioni, quanti gatti ed a quali condizioni potessero essere restituiti alla detentrice.
C. Come già avvenuto a più riprese nei mesi precedenti, il 9 e il 30 giugno 2006 A._ ha inoltrato due scritti al Tribunale federale, uno dei quali denominato in questo caso "ricorso in appello", con cui chiede, in sostanza, la restituzione dei 17 gatti.
Il Tribunale federale ha aperto un procedimento senza però ordinare alcuno scambio di allegati.
D.
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E.
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Diritto:
1. La decisione del Tribunale amministrativo ticinese contestata dalla ricorrente concerne un provvedimento di sequestro e confisca di animali fondato sull'art. 25 della legge federale sulla protezione degli animali del 9 marzo 1978 (LPDA; RS 455). Tale decisione, emanata dall'ultima istanza cantonale, è quindi di per sé impugnabile al Tribunale federale mediante ricorso di diritto amministrativo (art. 97 cpv. 1 e 98 lett. g OG, art. 5 PA e art. 26 cpv. 2 LPDA; cfr. sentenza 2A.618/2002 del 12 giugno 2003, consid. 1.1, non pubbl. in: TVR 2002 n. 20). Destinataria del giudizio impugnato e detentrice dei gatti confiscati, la ricorrente è senz'altro legittimata a ricorrere (art. 103 lett. a OG).
2. 2.1 Per quanto riguarda la questione della confisca permanente dei gatti, la pronuncia controversa costituisce pacificamente una decisione incidentale. Rinviando gli atti per nuovi accertamenti all'Ufficio del veterinario cantonale, su questo aspetto essa non pone infatti termine al procedimento cantonale e nemmeno risolve in maniera definitiva alcuni dei quesiti che la fattispecie pone sotto questo profilo (cfr. sentenza 2A.224/1997 del 27 agosto 1998, in: SZS 1999 pag. 318, consid. 2; sentenza 2A.469/1996 del 17 aprile 1998, in: ASA 67 pag. 661, consid. 1b). In virtù dell'art. 97 OG, combinato con gli art. 5 e 45 PA, le decisioni incidentali possono essere impugnate a titolo indipendente solo se sono suscettibili di causare al ricorrente un pregiudizio irreparabile; al riguardo è sufficiente un interesse di puro fatto, in particolare di natura economica (DTF 130 II 149 consid. 1.1; 127 II 132 consid. 2a; 125 II 613 consid. 2a).
2.2 Ora, la decisione di rinvio per l'assunzione di nuove prove ed informazioni non compromette in alcun modo le possibilità della ricorrente di rientrare se del caso in possesso dei suoi gatti. Anzi, rispetto agli elementi già agli atti, l'approfondimento dell'istruttoria appare semmai inteso a raccogliere indicazioni proprio in suo favore. In effetti, i giudici cantonali hanno ad esempio rilevato che se la fattoria da lei locata in Germania dovesse rivelarsi adeguata, potrebbe eventualmente ottenere la restituzione persino di tutti gli animali. In merito alla confisca definitiva dei gatti, il ricorso risulta di conseguenza irricevibile, essendo rivolto contro una decisione incidentale che non causa alcun pregiudizio irreparabile all'insorgente, nel senso che comporta semplicemente un prolungamento della procedura.
3. Nella misura in cui conferma la decisione del veterinario cantonale quale provvedimento di sequestro cautelare, la sentenza del Tribunale amministrativo rappresenta per contro una decisione impugnabile. Anche se la si considera di natura incidentale, in quest'ottica essa appare infatti atta a provocare un pregiudizio irreparabile.
3.1 I principi legislativi in materia di custodia e di protezione degli animali in base al quale dev'essere esaminato il sequestro dei gatti sono stati esposti in maniera esaustiva al considerando 2 del giudizio impugnato, a cui si può certamente rinviare. Giova unicamente ribadire che, conformemente al carattere cautelare delle misure, l'allontanamento temporaneo degli animali e il loro ricovero adeguato a spese del detentore non s'impongono soltanto quando è comprovata con assoluta certezza una grave trascuratezza, ma già quando sussistono fondati motivi per dubitare dell'adeguatezza delle condizioni di detenzione (sentenza 2A.618/2002 del 12 giugno 2003, in: TVR 2002 n. 20, consid. 2; Antoine F. Goetschel, Kommentar zum Eidgenössischen Tierschutzgesetz, Berna 1986, n. 2 ad art. 25). Gli accertamenti di fatti ritenuti a questo proposito dalla Corte cantonale vincolano il Tribunale federale, non apparendo manifestamente inesatti né assunti in violazione di norme essenziali di procedura (art. 105 cpv. 2 OG). La ricorrente del resto non li contesta in modo dettagliato e puntuale.
3.2 La veterinaria a cui la ricorrente si è rivolta il 3 ottobre 2005 ha descritto i suoi contatti con l'interessata e le sue constatazioni al momento del sequestro in un dettagliato resoconto redatto il 10 ottobre seguente ed in un ulteriore rapporto del 26 gennaio 2006. Ella ha rilevato di esser stata consultata non solo il 3 ottobre, ma anche in una precedente occasione alcune settimane prima, nel corso di viaggi intrapresi dalla proprietaria dei gatti da e per la Germania. In entrambe le occasioni ha riscontrato che gli animali non risultavano vaccinati ed erano denutriti, imbrattati dei propri escrementi, infestati dagli acari e con segni di raffreddore virale e congiuntivite; interrogando la ricorrente riguardo ad una gatta che aveva manifestamente partorito da poco, si è inoltre sentita rispondere che questa era solita mangiarsi i piccoli. Dai referti della professionista interpellata così come da quello allestito dal veterinario cantonale aggiunto emerge pure un'evidente precarietà logistica dell'interessata. Negli ultimi tempi quest'ultima era infatti stata frequentemente in viaggio ed aveva soggiornato in Germania, a Como, in Ticino e nel Canton Uri senza mai separarsi dai numerosi gatti, stipati per i lunghi trasporti in un numero insufficiente di gabbiette. A più riprese l'insorgente è stata altresì colta dalle autorità, sia nel Canton Uri sia nei Grigioni, mentre passeggiava con una carrozzella per bambini contenente le gabbiette con le bestiole.
3.3 Nelle descritte circostanze, il sequestro provvisionale di tutti i gatti insito nella decisione dell'Ufficio del veterinario cantonale non può che apparire adeguato. È vero che in corso di procedura la ricorrente ha prodotto una serie di documenti, ed in particolare diverse attestazioni veterinarie, che certificano il soddisfacente stato di salute di alcuni degli animali nei mesi precedenti all'intervento dell'autorità. Quest'ultima, al pari poi anche del Tribunale amministrativo, disponeva tuttavia di indizi sufficientemente eloquenti per poter quantomeno sospettare che le condizioni di custodia dei gatti non rispettavano i principi in materia e che la ricorrente non era pienamente capace di gestirli in modo conveniente in numero così elevato. A ragione i giudici cantonali potevano chiedersi se, a prescindere dall'indiscusso attaccamento della detentrice verso i gatti, ella non intrattenga con gli stessi un rapporto singolare che mal si concilia con la loro natura e le loro necessità. Il dubbio sorge del resto anche dall'esame dell'atto di ricorso al Tribunale federale, in cui la ricorrente si sofferma su particolari del comportamento degli animali perlomeno anomali.
3.4 Nella misura in cui conferma la decisione dell'Ufficio del veterinario cantonale quale sequestro cautelare, il giudizio impugnato va pertanto condiviso. Detto provvedimento ha carattere provvisorio e dev'essere seguito in tempi ragionevoli da una decisione sulla sorte definitiva degli animali (sentenza 2A.591/2004 del 6 aprile 2005, in: RtiD II-2005 n. 36, consid. 4.3). Di per sé, il veterinario cantonale si è comunque già pronunciato a questo riguardo e le autorità di ricorso hanno statuito in termini del tutto congrui; inoltre l'allungamento dei tempi procedurali per le rilevate ulteriori necessità istruttorie non può semmai che portare ad una soluzione più favorevole alla ricorrente (cfr. consid. 3.2). Già la Corte cantonale ha infine opportunamente invitato l'autorità inferiore a raccogliere le informazioni mancanti e ad emanare la nuova decisione con la dovuta sollecitudine.
4. Laddove è ammissibile, il ricorso risulta pertanto manifestamente infondato. Esso può essere evaso secondo la procedura prevista dall'art. 36a OG sulla scorta delle considerazioni che precedono, rinviando per il resto alla pertinente motivazione del giudizio impugnato (art. 36a cpv. 3 OG). Come già ripetutamente esposto all'insorgente, il Tribunale federale non può inoltre entrare nel merito delle sue ulteriori richieste e denunce.
Le spese processuali vanno poste a carico della ricorrente, secondo soccombenza (art. 156 cpv. 1, 153 e 153a OG). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 159 cpv. 2 OG).
Per questi motivi, visto l'art. 36a OG, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 1'000.-- è posta a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alla ricorrente, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché al Dipartimento federale dell'economia pubblica.