Sachverhalt:
A. X._ ist selbständiger Landwirt und IV-Rentner. Für das Bemessungsjahr 2001 führte er weder eine Buchhaltung noch Aufzeichnungen. In der Steuererklärung 2001 deklarierte er - gestützt auf einen Vermögensvergleich - ein Betriebseinkommen aus Landwirtschaft in der Höhe von Fr. _, was ein steuerbares Einkommen von Fr. _ ergab. Mit Verfügung vom 25. August 2005 veranlagte die Steuerkommission von E._/AG X._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. _. Das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit wurde nach Ermessen auf Fr. _ festgesetzt.
B. Mit Entscheid vom 10. Januar 2007 hiess die Steuerkommission - nach Einholen einer Stellungnahme des Landwirtschaftsexperten des Steueramts - die Einsprache von X._ teilweise gut, welcher beantragt hatte, das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit sei auf Fr. 2'759.-- herabzusetzen. Die Steuerkommission reduzierte das steuerbare Vermögen leicht, am steuerbaren Einkommen von Fr. 94'490.-- wurde jedoch festgehalten. Den dagegen erhobenen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 25. September 2008 teilweise gut, indem es das steuerbare Vermögen auf Fr. 0.-- herabsetzte, am steuerbaren Einkommen von Fr. 94'490.-- aber festhielt. Die gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, mit Urteil vom 6. März 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Dagegen führt X._ mit Eingabe vom 24. April 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 6. März 2009 sei aufzuheben und er sei grundsätzlich "nach Selbstdeklaration" zu veranlagen. Zudem beantragt er, es sei über die Einkommenssituation eine Expertise zu erstellen.
D. Das Steueramt sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verzichten auf eine Vernehmlassung, während die Eidgenössische Steuerverwaltung die Abweisung der Beschwerde beantragt.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.3).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten. Im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist in der vorliegenden Beschwerde nur teilweise zu erkennen, insbesondere soweit der Beschwerdeführer der Vorinstanz in pauschaler Weise willkürliches Verhalten vorwirft. Soweit eine solche qualifizierte Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. Das vorliegende Beschwerdeverfahren betrifft die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2001. Massgebend für die Beurteilung ist somit das Steuergesetz [des Kantons Aargau] vom 15. Dezember 1998 (StG/AG; SAR 651.100), welches am 1. Januar 2001 in Kraft getreten ist (vgl. § 263 Abs. 1 StG/AG).
3. Nach Art. 46 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) resp. § 190 Abs. 1 StG/AG prüft die Veranlagungsbehörde die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor. Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor. Sie kann dabei Erfahrungszahlen, Vermögensentwicklung und Lebensaufwand des Steuerpflichtigen berücksichtigen (Art. 46 Abs. 3 StHG resp. § 191 Abs. 3 StG/AG).
3.1 Bei der Ermessenseinschätzung hat die Steuerbehörde von Amtes wegen alle Unterlagen zu berücksichtigen, die ihr zur Verfügung stehen. Sie hat alle Umstände in Rechnung zu stellen, von denen sie Kenntnis hat, auch wenn sie möglicherweise nicht in den Akten vermerkt sind; denn die amtliche Veranlagung ist nach pflichtgemässem Ermessen vorzunehmen. Der Steuerpflichtige soll möglichst entsprechend seiner wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit eingeschätzt werden. Das setzt eine Würdigung der gesamten Verhältnisse voraus. Die Steuerbehörde hat dabei eine vorsichtige Schätzung vorzunehmen, ohne allerdings dazu verpflichtet zu sein, bei der durch das Verhalten des Steuerpflichtigen bedingten Ermessensbetätigung im Zweifelsfall die für diesen günstigste Annahme zu treffen: Es soll vermieden werden, dass derjenige Steuerpflichtige, der für die Möglichkeit der Nachprüfung der von ihm erklärten Verhältnisse Sorge getragen hat, höhere Steuern zu bezahlen hat als derjenige, bei dem eine solche Nachprüfung aus von ihm zu vertretenden Gründen unmöglich ist. Die Verletzung von Verfahrenspflichten darf sich nicht lohnen (Urteile 2A.53/2003 vom 13. August 2003 E. 4.1, in: RDAF II p. 581; A.74/1987 vom 30. Oktober 1987 E. 3b, in: ASA 58 S. 670 mit Hinweisen).
3.2 Der Steuerpflichtige kann eine Ermessensveranlagung nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen (Art. 48 Abs. 2 StHG resp. § 193 Abs. 3 StG/AG). Offensichtlich unrichtig ist eine Schätzung, die einen wesentlichen Gesichtspunkt übergangen oder falsch gewürdigt hat. Das Bundesgericht ist an die Ermessenseinschätzung gebunden, wenn sie auf einer richtigen und vollständigen Sachverhaltsermittlung und auf einer sachgerechten Abwägung der Gesamtheit der für die Veranlagung massgebenden Verhältnisse beruht, wobei den zuständigen Behörden ein gewisser Spielraum für die zahlenmässige Auswertung der Untersuchungsergebnisse zusteht; so lange sich ihre Schätzung im Rahmen des so gegebenen Spielraums hält, kann das Bundesgericht nicht eingreifen (Urteil A.74/1987 vom 30. Oktober 1987 E. 1b, in: ASA 58 S. 670 mit Hinweisen).
3.3 Dieser Unrichtigkeitsnachweis ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung umfassend zu führen und kann nicht nur einzelne Positionen der Ermessensveranlagung betreffen. Der Steuerpflichtige muss die bisher versäumten Mitwirkungshandlungen nachholen und insbesondere eine nicht eingereichte Steuererklärung nachträglich vorlegen (vgl. für die direkte Bundessteuer: Urteil 2A.39/2004 vom 29. März 2005 E. 5.1, in: ASA 75 S. 329).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Steuerbehörden hätten das pflichtgemässe Ermessen verletzt und von ihm angerufene Beweismittel abgesprochen. Weiter rügt er "die menschenunwürdige Behandlung durch die Vorinstanzen und vor allem die Missachtung seines desolaten Gesundheitszustandes". Der Beschwerdeführer führt aus, die Steuerbehörden seien beweispflichtig, wenn sie eine Veranlagung zuungunsten des Pflichtigen vornehmen würden. Der in der Steuererklärung eingereichte Vermögensvergleich weise auf ein Einkommen von wenigen tausend Franken hin; damit sei die Annahme eines Einkommens aus hauptberuflicher landwirtschaftlicher Tätigkeit von Fr. 70'000.-- "erwiesenermassen" falsch.
4.2 Aus der Beschwerdebegründung lässt sich nur schwer entnehmen, inwiefern der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzen soll. Abgesehen von den pauschalen Willkürvorwürfen (vgl. dazu E. 1.3 in fine) wird sinngemäss eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung gerügt. Der Beschwerdeführer scheint jedoch zu verkennen, dass die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden kann, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht; solches wird vom Beschwerdeführer jedoch nicht genügend substantiiert dargelegt. Der Beschwerdeführer begnügt sich mit der allgemeinen Aussage, die Vorinstanzen hätten das pflichtgemässe Ermessen verletzt. Vorliegend steht jedoch eine Ermessensveranlagung in Frage und der Steuerpflichtige müsste die Unrichtigkeit der Veranlagung nachweisen (vgl. E. 3.2 und 3.3). Diesen Unrichtigkeitsnachweis vermag der Beschwerdeführer nicht einmal ansatzweise zu führen. Der Beschwerdeführer geht somit auch fehl, wenn er ausführen lässt, die Steuerbehörden seien beweispflichtig, wenn sie eine Veranlagung "zuungunsten des Pflichtigen" vornehmen würden.
4.3 Unklar bleibt auch, inwiefern die Steuerbehörden den "desolaten Gesundheitszustand" des Beschwerdeführers missachtet haben sollen. Hierzu wird bloss geltend gemacht, die Arztzeugnisse hätten bewiesen, dass der Beschwerdeführer zur Führung einer ordnungsgemässen Buchhaltung nicht in der Lage war. Daraus kann der Beschwerdeführer aber nichts zu seinen Gunsten ableiten.
4.4 Der Beschwerdeführer bringt vor, der in der Steuererklärung eingereichte Vermögensvergleich weise auf ein Einkommen von wenigen tausend Franken hin. Zudem beantragt er die Einholung einer neutralen Expertise über seine Einkommenssituation. Wie das Bundesgericht schon im Beschwerdeverfahren bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern 1993/1994 des Beschwerdeführers (Urteil 2P.131/2003 vom 3. Oktober 2003 E. 3.2) feststellte, durften die kantonalen Instanzen unter den vorliegenden Umständen annehmen, dass die tatsächlichen Verhältnisse nachträglich nicht mehr rekonstruiert werden könnten. Weiter durften sie im Rahmen einer antizipierten Beweiswürdigung ohne Verletzung der Untersuchungspflicht und damit ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs darauf verzichten, die vom Beschwerdeführer geforderte Expertise durchführen zu lassen.
Damit ist auch der Antrag auf Einholung einer Expertise über die Einkommenssituation des Beschwerdeführers im bundesgerichtlichen Verfahren abzuweisen (vgl. E. 1.2 hiervor).
5. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich daher als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
6. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger