Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ AG wurde am 18. Januar 2001 als Beteiligungsgesellschaft durch die B._ AG gegründet und firmierte vorerst als C._ AG mit Sitz in U._/BE. Sie erlitt infolge Abschreibungen auf Beteiligungen in den Jahren 2001 und 2002 Verluste von rund 15 Mio. Fr. Sie wurde in liquide Form gebracht und war in den Jahren 2003 bis 2006 inaktiv. Im Jahr 2006 wurde sie im Hinblick auf einen Beteiligungserwerb umbenannt und vollumfänglich saniert, einerseits durch Herabsetzung des Aktienkapitals von 17 Mio. Fr. auf 4 Mio. Fr., wobei der Herabsetzungsbetrag vollumfänglich zur Reduktion der Unterbilanz verwendet wurde, andererseits durch einen Zuschuss à fonds perdu durch die B._ AG von rund 3,2 Mio. Fr. Nachdem der geplante Beteiligungserwerb gescheitert war, verlegte die A._ AG am 19. Juni 2007 ihren Sitz nach V._/ZH und änderte ihren Zweck dahin gehend, dass sie neu Dienstleistungen im Bereich des Forderungsmanagements sowie des Inkassowesens erbringt. Alleinaktionärin war stets die B._ AG.
A.b. Mit der D._ AG in V._/ZH besass die B._ AG eine weitere hundertprozentige Tochtergesellschaft, die im Inkassogeschäft sowie im Bereich Kunden- und Kreditkartengeschäft aktiv war. Vom Kunden- und Kreditkartengeschäft wollte sich die B._ als Folge eines strategischen Entscheides trennen. Mit Vertrag vom 27. Juni 2007 übernahm die A._ AG rückwirkend ab 1. Januar 2007 von der D._ AG deren Inkassogeschäft einschliesslich Personal und das benötigte Sachanlagevermögen zu Buchwerten zum Preis von 4 Mio. Fr. Die dergestalt in verkaufsfähige Form gebrachte D._ AG konnte in der Folge an die E._ AG veräussert werden.
A.c. Per 31. Oktober 2009 wurde die A._ AG durch die F._ AG - auch eine Tochtergesellschaft der B._ AG - absorbiert, womit ihre Steuerpflicht endete. Seither firmiert die F._ AG als Rechts- und Steuernachfolgerin der (alten) A._ AG ebenfalls als A._ AG.
B.
In der Steuererklärung 2009 deklarierte die A._ AG einen Reingewinn von Fr. 1'626'493.-- und verrechnete diesen mit den aus den Vorjahren (ab 2002) verbliebenen Verlusten von rund 16,5 Mio. Fr. Abweichend davon schätzte das Kantonale Steueramt Zürich die Steuerpflichtige für die direkte Bundessteuer 2009 (Periode vom 1.1. bis 31.10.) mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 734'000.-- ein. Dabei liess es lediglich den Verlust des Geschäftsjahres 2007, soweit dieser nicht bereits mit dem im Geschäftsjahr 2008 erzielten Gewinn verrechnet werden konnte, zum Abzug zu. Die Verrechnung mit Verlusten aus den Jahren 2002 bis 2006 wurde der Steuerpflichtigen verweigert. Eine Einsprache blieb ohne Erfolg.
Eine Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 24. August 2012 ab. Dabei erklärte es in einem ersten Schritt die von der Steuerpflichtigen gewünschte Verlustverrechnung unter dem Gesichtswinkel von Art. 67 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) als grundsätzlich zulässig, verweigerte jedoch die Verlustverrechnung infolge Steuerumgehung.
Das in der Folge angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess mit Urteil vom 22. Mai 2013 demgegenüber die Beschwerde der Steuerpflichtigen gut, und veranlagte die Steuerpflichtige für die direkte Bundessteuer vom 1. Januar 2009 bis 31. Oktober 2009 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 0.-- bei einem Eigenkapital von Fr. 4'744'000.--.
C.
Hiergegen führt das Kantonale Steueramt Zürich Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. Mai 2013 sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 8. März 2012 sei zu bestätigen.
Die A._ AG (Beschwerdegegnerin) beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt Gutheissung, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schiesst auf Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten sei).
Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten oberen kantonalen Instanz (Art. 86 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG), der unter keinen der Ausschlussgründe von Art. 83 BGG fällt und gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist. Das kantonale Steueramt ist gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG zur Beschwerde berechtigt (Urteil 2C_276/2007 vom 6. Mai 2008 E. 1.1, in: StE 2008 A 32 Nr. 10, RDAF 2008 II 374; Urteil 2C_43/2010 vom 18. Juni 2010 E. 1). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Fragen des Bundesrechts klärt das Bundesgericht mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; Urteile 2C_596/2012 vom 19. März 2013 E. 1.3; 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.4). Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht im Rahmen der für die Abfassung der Beschwerde geltenden allgemeinen Begründungspflicht (vgl. Art. 42 BGG) grundsätzlich nur die erhobenen Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389; 134 III 102 E. 1.1 S. 104; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Besondere Anforderungen an die Begründung der Beschwerde gelten für die Geltendmachung von Grundrechten (nebst Art. 7-34 BV auch die übrigen verfassungsmässigen Rechte, vgl. BGE 133 III 638 E. 2), doch stehen solche hier nicht in Frage.
1.3. Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz ist vorliegend nicht bestritten und für das Bundesgericht verbindlich (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2.
2.1. Gegenstand der Gewinnsteuer der juristischen Person ist der Reingewinn (Art. 57 DBG). Gemäss Art. 67 Abs. 1 DBG können vom Reingewinn der Steuerperiode Verluste aus sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
Art. 67 Abs. 2 DBG enthält sodann eine erweiterte Verlustverrechnungsmöglichkeit: Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen (Art. 60 lit. a DBG) sind, können auch Verluste früherer Jahre verrechnet werden. Damit sind echte Sanierungserträge gemeint, die sich ertragsmässig auswirken, wie namentlich der Forderungsverzicht durch Dritte. Abschreibungen, Rückstellungen und Verlustausbuchungen, welche zulasten solcher Sanierungsgewinne vorgenommen werden, gelten steuerlich als erfolgt; das heisst, sie gelten als Ertrag und berühren ein Bestandes- und ein Erfolgskonto ( BRÜLISAUER/KUHN, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 31 zu Art. 67 DBG; BERNHARD FELIX SCHÄRER, Verlustverrechnung von Kapitalgesellschaften im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht, 1997, S. 45 f., S. 151). Art. 67 Abs. 2 DBG will verhindern, dass ein Unternehmen, welches von Dritten erfolgswirksam Leistungen zur Beseitigung eines Verlustes erhalten hat, den Sanierungsgewinn deshalb versteuern muss, weil dieser ausserhalb der Verlustvortragsperiode von Art. 67 Abs. 1 DBG fällt ( PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2004, N. 20 zu Art. 67 DBG). Unechte Sanierungsgewinne wie etwa durch Herabsetzung des Aktienkapitals oder durch Zuschuss von Aktienkapital werden durch diese Vorschrift nicht erfasst, da sie sich nicht erfolgswirksam auswirken ( BRÜLISAUER/KUHN, a.a.O., N. 30 zu Art. 67 DBG; ausführlich dazu SCHÄRER, a.a.O., S. 39 ff.).
2.2. Der Verlust gemäss Art. 67 DBG kann nur vom steuerpflichtigen Subjekt selbst geltend gemacht werden; eine Verlustübertragung etwa im Konzern ist nicht zulässig. Der Verlust ist somit an die juristische Person geknüpft, die ihn erlitten hat ( HANS JAKOB NOLD, Die zeitliche Bemessung des Gewinns im Unternehmenssteuerrecht, 1984, S. 91). Ausnahmen von dieser Regelung sind bei Umstrukturierungen wie Umwandlungen, Fusionen und Teilungen vorgesehen (s. dazu Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 E. 2, in ASA 81 S. 390, StE 2012 B 72.15.2 Nr. 9, StR 67/2012 S. 188, RDAF 2012 II 288; FRANK LAMPERT, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, S. 53, 86 ff.; je mit weiteren Hinweisen).
Der Subjektsbegriff ist wie folgt im wirtschaftlichen Sinn zu verstehen: Wird das Aktionariat einer inaktiven und in liquide Form gebrachten Aktiengesellschaft ausgewechselt (sog. Mantelhandel) findet gleichwohl ein Subjektswechsel statt, was die Verrechnung von Verlusten früherer Jahre ausschliesst; ein solcher Mantelhandel wird trotz gleichbleibender zivilrechtlicher Identität der juristischen Person steuerlich wie eine Liquidation mit anschliessender Neugründung einer Gesellschaft behandelt (2A.133/2000 29. September 2000 E. 2c/bb, in: StE 2001 A 12 Nr. 11; LAMPERT, a.a.O., S. 24, 53, 57; NOLD, a.a.O., S. 91 ff.; RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 9 zu Art. 67; SCHÄRER, a.a.O., S. 69 f.).
2.3. Im Übrigen ist aber die Zulässigkeit der Verlustverrechnung gemäss Art. 67 Abs. 1 DBG nach herrschender Lehre an kein weiteres Kriterium geknüpft. Insbesondere ist eine Fortführung der betrieblichen Tätigkeit im Sinne einer wirtschaftlichen Kontinuität nicht Tatbestandsmerkmal von Art. 67 DBG und kann nicht als Voraussetzung für die Zulässigkeit der ordentlichen Verlustverrechnung nach dieser Vorschrift herangezogen werden ( ROBERT DANON, in: Impôt fédéral direct, 2008, N. 14 zu Art. 67 DBG; Obrist/Hänni, Report de pertes, continuité économique et rattachement des facteuers fiscaux, in: RDAF 2012 II S. 392 f.; MADELEINE SIMONEK, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 2008, in: ASA 79 S.144 f.; Frage noch offen gelassen im Urteil 2A.129/2007 vom 17. März 2008 E. 3.2 i.f., in: StR 63/2008 S. 463 und StE 2009 B 72.19 Nr. 10). Es kann einer Gesellschaft - bei unveränderten Eigentumsverhältnissen - auch nicht verwehrt sein, eine unrentable Geschäftstätigkeit aufzugeben und eine neue aufzunehmen, ohne dabei steuerliche Nachteile befürchten zu müssen (Urteil 2A.129/2007 17. März 2008 E. 4.2, in: StR 63/2008 S. 463 und StE 2009 B 72.19 Nr. 10; RICHNER ET AL., a.a.O., N. 9 zu Art. 67). Diese Betrachtung entspricht auch der Rechtsprechung zur Verlustverrechnung bei Selbständigerwerbenden (vgl. Urteil 2C_101/2008 vom 16. Juni 2008 E. 3, in: ASA 78 S. 317, StE 2009 B 23.9 Nr. 11, RDAF 2008 II 505).
2.4. Anders verhält es sich bei Umstrukturierungen von Unternehmen. Das Kriterium der wirtschaftlichen Kontinuität stammt aus dem Umstrukturierungsrecht. Es soll dort vor allem die gleichbleibende Funktion der stillen Reserven vor und nach der Umstrukturierung sicherstellen. Das Kriterium der wirtschaftlichen Kontinuität wurde bereits in der älteren Lehre und Rechtsprechung zur direkten Bundessteuer als Voraussetzung für eine steuerneutrale Reservenübertragung erkannt, wie die Beschwerdegegnerin zutreffend darlegt (vgl. MARKUS REICH, Die Realisation stiller Reserven im Bilanzsteuerrecht 1983, S. 164, 192 f., 264; Reich/Duss, Unternehmensumstrukturierungen im Steuerrecht, 1. Teil, 1996, S. 46 ff.; MADELEINE SIMONEK, Verlustverrechnung nach steuerneutraler Fusion - nur bei wirtschaftlicher Kontinuität?, in: Liber amicorum für Martin Zweifel, 2013, S. 94 f.; je mit weiteren Hinweisen). Auch ein Verlust ist mit dem Unternehmen verknüpft, weshalb das Bundesgericht für dessen Anerkennung eine gewisse wirtschaftliche Kontinuität bei der Übertragung eines Betriebes oder Betriebsteils im Rahmen einer Unternehmensumstrukturierung verlangt (Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 E. 2.2 ff., 3.1, in: ASA 81 S. 390, StR 67/2012 S. 188, StE 2012 B 72.15.2 Nr. 9, RDAF 2012 II 288; HÖHN/WALDBURGER, Steuerrecht, Band II, 9. Aufl. 2002, § 48 Rz. 193 S. 544).
2.5. Die Verlustverrechnung gemäss Art. 67 DBG steht aber, wie generell jede Rechtsausübung, unter dem Vorbehalt des Rechtsmissbrauchsverbots (vgl. Art. 2 Abs. 2 ZGB). So ist sie namentlich ausgeschlossen, wo eine Steuerumgehung vorliegt (Urteil 2A.583/2003 vom 31. Januar 2005 E. 2.2, in: StE 2005 B 72.15.2 Nr. 7; 2A.148/1991 vom 30. November 1992, in: ASA 63 S. 225 f. E. 4; vgl. BRÜLISAUER/KUHN, a.a.O., N. 15 zur Art. 67 DBG; LOCHER, a.a.O., Rz. 41 zu Art. 61 und Rz. 11 zu Art. 67; vgl. auch Urteile 2A.129/2007 vom 17. März 2008, in: StR 63/2008 S. 463 und StE 2009 B 72.19 Nr. 10; 2A.133/2000 vom 29. September 2000 E. 2, in: StE 2001 A 12 Nr. 11). In diesem Rahmen ist auch das Merkmal der wirtschaftlichen Kontinuität zu würdigen und kann deren Fehlen möglicherweise einen Hinweis für eine missbräuchliche Rechtsausübung bilden (so auch ROBERT DANON, a.a.O., N. 14 zu Art. 67 DBG).
3.
3.1. Es ist unbestritten, dass sich das Aktionariat der Beschwerdegegnerin in keinem Zeitpunkt verändert hat. Die Beschwerdegegnerin war sowohl vor wie auch nach der Übernahme des Inkassogeschäfts der D._ AG eine hundertprozentige Tochtergesellschaft der B._ AG. Das Inkassogeschäft wurde aus der D._ AG herausgelöst und zu Buchwerten auf die Beschwerdegegnerin übertragen. Es geht vorliegend somit weder um einen Mantelhandel (vorn E. 2.2) noch um eine Fusion durch Absorption oder Verschmelzung. Die Frage der wirtschaftlichen Kontinuität bei Umstrukturierungen im Sinne der dargestellten Rechtsprechung (vorn E. 2.4) stellt sich folglich nicht.
3.2. Die Beschwerdegegnerin wurde im Jahr 2006 vollumfänglich saniert, einerseits durch Herabsetzung des Aktienkapitals von 17 Mio. Fr. auf 4 Mio. Fr., wobei der Herabsetzungsbetrag vollumfänglich zur Reduktion der Unterbilanz verwendet wurde, andererseits durch einen Zuschuss à fonds perdu durch ihre Alleinaktionärin von rund 3,2 Mio. Fr. Gemäss Darstellung des Beschwerdeführers handelt es sich um unechte Sanierungsbeiträge (vgl. vorn E. 2.1). Damit wurde der Verlust in der Steuerbilanz nicht beseitigt und besteht kein Grund, Art. 67 DBG betreffend Verlustvortrag im vorliegenden Fall nicht in Betracht zu ziehen. Vorbehalten bleibt das Rechtsmissbrauchsverbot (Art. 2 Abs. 2 ZGB) und das daraus abgeleitete Steuerumgehungsverbot. Dieses ist nachfolgend zu prüfen.
4.
4.1. Eine Steuerumgehung wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (BGE 138 II 239 E. 4.1; 131 II 627 E. 5.2 S. 635 f.; Urteil 2C_487/2011 vom 13. Februar 2013 E. 2.8, in: ASA 82 S. 241 E. 2.8; je mit Hinweisen) angenommen, wenn (1.) eine von den Beteiligten gewählte Rechtsgestaltung als ungewöhnlich (insolite), sachwidrig oder absonderlich, jedenfalls den wirtschaftlichen Gegebenheiten völlig unangemessen erscheint, (2.) anzunehmen ist, dass die gewählte Rechtsgestaltung missbräuchlich lediglich deshalb getroffen wurde, um Steuern einzusparen, die bei sachgemässer Ordnung der Verhältnisse geschuldet wären, und (3.) das gewählte Vorgehen tatsächlich zu einer erheblichen Steuerersparnis führen würde, sofern es von den Steuerbehörden hingenommen würde (zur Bedeutung dieser Kriterien, vgl. BGE 138 II 239 E. 4.1 und das zitierte Urteil 2C_487/2011 vom 13. Februar 2013 E. 2.8). Ob diese Voraussetzungen erfüllt sind, ist aufgrund der konkreten Umstände des Einzelfalls zu prüfen. Wird eine Steuerumgehung bejaht, ist der Besteuerung die Rechtsgestaltung zugrunde zu legen, die sachgemäss gewesen wäre, um den erstrebten wirtschaftlichen Zweck zu erreichen.
4.2. Die Vorinstanz (Urteil E. 2.3.2) hat erwogen, dass die Beschwerdegegnerin von der B._ im Jahr 2006 saniert worden sei. Der Vertrag zur Übernahme der Aktivität der D._ AG sei indessen erst rund ein Jahr später - Ende Juni 2007 - erfolgt. Damit sei der Schluss des Beschwerdeführers, wonach eine "eben gerade noch überschuldete Unternehmung" eine wirtschaftlich gesunde Aktivität übernommen habe, nicht haltbar. Dass die Übernahme auf den 1. Januar 2007 - Datum des letzten Geschäftsabschlusses - zurückbezogen worden sei, entspreche dem üblichen Vorgehen im Geschäftsleben. Damit stehe auch fest, dass das vom Beschwerdeführer als einschlägig bezeichnete Urteil des Bundesgerichts zur Steuerumgehung (2C_1027/2011 / 1028/2011 vom 14. Juni 2012, in: StR 67/2012 S. 593) auf einem anderen Sachverhalt beruhe. Das in diesem Entscheid vom Bundesgericht als ungewöhnlich und absonderlich bezeichnete Vorgehen des Zusammenführens von Haftungssubstrat in einer überschuldeten Gesellschaft sei vorliegend gerade nicht gegeben.
Die Vorinstanz legt zudem dar, der Entschluss der B._ AG, sich von ihrem Geschäftsfeld "Kunden und Kreditkarten" zu trennen, sei als strategischer Entscheid nicht zu hinterfragen. Auch der Entscheid, das Inkassogeschäft aus der D._ AG herauszulösen und auf eine vormals inaktive, finanziell aber sanierte Konzerngesellschaft zu überführen, könne nicht als ungewöhnlich oder sachwidrig bezeichnet werden, auch wenn für die Umsetzung des strategischen Entscheides auch noch andere Wege offen gestanden hätten. Tatsächlich sei es der B._ AG auf diese Weise gelungen, die D._ AG rasch verkaufsbereit zu machen und umgehend an die E._ AG zu veräussern. Inwieweit dieses von der B._ AG gewählte Vorgehen ungewöhnlich, sachwidrig oder gar absonderlich sein soll, sei nicht zu sehen. Damit fehle es bereits am ersten Kriterium, das für die Annahme einer Steuerumgehung erfüllt sein muss.
4.3. Die Begründung der Vorinstanz überzeugt. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, legt keine anderen Schlüsse nahe. Eine Sachverhaltsrüge (Art. 97 Abs. 2 BGG) erhebt der Beschwerdeführer nicht. Auf die Ausführungen der Vorinstanz zu den strategischen Überlegungen im Konzern geht der Beschwerdeführer nicht näher ein. Sein Einwand, die Reaktivierung einer Mantelgesellschaft sei gleich wie ein Mantelhandel stets als Steuerumgehung zu werten, verkennt die tatsächlichen Verhältnisse. Das Vorbringen impliziert, dass die Beschwerdegegnerin aufgrund ihrer Inaktivität zu liquidieren und aufzulösen gewesen wäre. Tatsächlich wurde aber die Beschwerdegegnerin nicht erst im Hinblick auf die Übernahme des Inkassogeschäfts der D._ AG saniert, sondern bereits im Hinblick auf den Beteiligungserwerb, der aber fehl schlug. In der Folge wurde die sanierte Gesellschaft zur Fortführung des ursprünglich von der D._ AG betriebene Inkassogeschäft eingesetzt.
Wie die Beschwerdegegnerin in ihrer Vernehmlassung zu Recht ausführt, handelt es sich bei einem Konzern von der Grösse der B._-Gruppe nicht um ein statisches Gebilde und kam der Beschwerdegegnerin im Rahmen des Konzerns im Hinblick auf den geplanten Beteiligungserwerb und schliesslich die Übernahme der Aktivitäten der D._ AG durchaus eine Funktion zu. Es wäre zudem unüblich, im Rahmen eines solchen Konzerns eine Tochtergesellschaft, welche für einige Zeit inaktiv ist, zu liquidieren und für jede neue Aktivität jeweils eine neue Tochtergesellschaft zu gründen.
Die Beschwerdegegnerin erlitt im Jahr 2002 erhebliche Verluste. Sie war in den Jahren 2002 bis 2005 inaktiv. Im Jahr 2006 wurde sie im Hinblick auf den Beteiligungserwerb umbenannt und saniert. Der Beteiligungserwerb kam nicht zustande, worauf die Beschwerdegegnerin mit Vertrag vom 27. Juni 2007 rückwirkend ab 1. Januar 2007 das Inkassogeschäft von der D._ AG übernahm. Damit konnte auch der Verlust der Vorjahre verrechnet werden. Es ist einer steuerpflichtigen Personen freigestellt, ihre Verhältnisse so zu gestalten, dass möglichst niedrige Steuern anfallen. Gegen eine solche Steuerplanung ist nichts einzuwenden, solange erlaubte Mittel eingesetzt werden (Urteil 2C_487/2011 vom 13. Februar 2013 E. 2.7, in: ASA 82 S. 241; 2C_711/2013 vom 7. Januar 2014 E. 6.3.2). Es wird vom Beschwerdeführer auch nicht behauptet (und bewiesen), die Beschwerdegegnerin sei einzig mit dem Ziel der Verlustverrechnung reaktiviert worden. Dass die Sanierungsbeiträge der B._ AG den Verlustvortrag nicht zum Verschwinden gebracht haben, wie der Beschwerdeführer moniert, ist systembedingt (unechter Sanierungsgewinn, vgl. vorn E. 2.1) und kann nicht der Beschwerdegegnerin angelastet werden.
4.4. Die Vorinstanz hat somit Bundesrecht nicht verletzt, wenn sie vorliegend eine Steuerumgehung verneint hat.
5.
Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Dieser hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren zudem angemessen zu entschädigen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
3.
Der Kanton Zürich hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. April 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann