Sachverhalt:
A. In der Gemeinde Vals wird seit 1930 im Gebiet "Carlag" Stein abgebaut und gespalten. Bis 2002 belief sich das Abbauvolumen auf ca. 300 m3 pro Jahr. 2003 wurde mit der Erstellung einer neuen Strasse die Voraussetzung für den Abtransport grösserer Abbaumengen geschaffen und es wurden ab 2004 ca. 1'000 m3 Stein pro Jahr abgebaut. Am 15. März 2004 stimmte das Departement des Innern und der Volkswirtschaft des Kantons Graubünden der Installation einer Steinfräse und dem Neubau eines Unterstands im Abbaugebiet zu, wobei die Zustimmung mit verschiedenen Auflagen verbunden wurde. Zudem wurde die Gemeinde beauftragt, von der damaligen XX._AG (seit 29. Februar 2009 umbenannt in X._AG und in der Folge so bezeichnet) ein Gesuch für den Gesteinsabbau ausserhalb der Bauzone zu verlangen und dem Departement zur Zustimmung zu unterbreiten. Im Hinblick auf die Erweiterung des Abbaus und eine planerische Abgrenzung des Abbaugebiets stimmten die Stimmberechtigten der Gemeinde Vals am 17. Juni 2007 einer inzwischen ausgearbeiteten Vorlage betreffend projektbezogene Nutzungsplanrevision "Abbauzone Carlag" zu. Damit sollten die Voraussetzungen geschaffen werden, um der X._AG eine baurechtliche Bewilligung für den Abbau von maximal 25'000 m3 Stein in den nächsten rund 25 Jahren, d.h. 1'000 m3 pro Jahr, im Steinbruch "Carlag" zu erteilen. Die Regierung des Kantons Graubünden genehmigte diese Nutzungsplanung samt Generellem Gestaltungsplan am 19. August 2008 unter Abweisung verschiedener Beschwerden. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Urteil vom 28. April 2009 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs gut. Diese Nutzungsplanung ist noch Gegenstand eines hängigen Genehmigungsverfahrens bei der Regierung des Kantons Graubünden. Zur Zeit ist das Verfahren auf Wunsch der Gemeinde Vals vom 22. Juni 2011 sistiert.
B. Am 6. März 2008 gelangte A.a._ in Zusammenhang mit dem Betrieb des Steinbruchs an die Gemeinde und verlangte die unverzügliche Einstellung des Abbaus. Sie kritisierte, dass der Gesteinsabbau erfolge, obwohl keine Baubewilligung dafür vorliege. Mit Verfügung vom 25. September 2008 forderte die Gemeinde die X._AG auf, innert 30 Tagen ein Baugesuch für den Abbau von Steinen im Gebiet "Carlag" einzureichen (Ziffer 1). Zudem ordnete sie für die Dauer des Verfahrens vorsorgliche Massnahmen an, die insbesondere die Begrenzung von Lärm- und Staubemissionen betrafen (Ziffer 2). Gegen diese Verfügung erhoben sowohl A.a._ als auch die X._AG Beschwerde ans Verwaltungsgericht. Mit Urteil vom 28. April 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von A.a._ ab. Die Beschwerde der X._AG hiess es gut und änderte Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids dahin gehend ab, dass das Gesuch für das Bauen ausserhalb der Bauzone erst nach Rechtskraft des Nutzungsplanungsverfahrens gestellt werden müsse.
Mit Beschwerde ans Bundesgericht vom 14. Dezember 2009 beantragte A.a._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, und die X._AG sei zu verpflichten, die Abbautätigkeit vollständig einzustellen, bis eine formell und materiell rechtskräftige Bewilligung für das Bauen ausserhalb der Bauzone vorliege. Mit Urteil 1C_276/2009 vom 26. Juli 2010 hiess das Bundesgericht die Beschwerde gut, hob das Urteil des Verwaltungsgerichts auf und ordnete an, die X._AG habe die Abbruchtätigkeit im Steinbruch "Carlag" bis zum 31. Oktober 2010 einzustellen. Das Bundesgericht erwog, der Gesteinsabbau beruhe nicht auf einer rechtskräftigen Nutzungsplanung. Er sei nie baurechtlich bewilligt worden und er könne in Ermangelung eines entsprechenden Gesuchs auch nicht bewilligt werden. Damit handle es sich um eine formell und materiell baurechtswidrige Abbautätigkeit. Der von der Betreiberin ausserhalb der Bauzone ohne die erforderlichen Bewilligungen vorgenommene Gesteinsabbau stelle eine schwerwiegende Verletzung des Grundsatzes der Trennung des Baugebiets vom Nichtbaugebiet dar. Dieses gewichtige öffentliche Interesse an einem ordentlichen Vollzug des Bau-, Planungs- und Umweltrechts überwiege die betriebswirtschaftlichen Interessen der Betreiberin.
C. Am 20. Oktober 2010 reichte die X._AG bei der Gemeinde Vals ein Gesuch um Weiterbetrieb des bestehenden Steinbruchs "Carlag" ein. Gemäss Gesuch erfolgt der Abbau innerhalb der Abbauzone auf einer Fläche von rund 900 m2. Das Abbauvolumen beträgt 7'200 m3 Stein, abbaubar in den nächsten zwölf Jahren jeweils von Anfang März bis Ende November. Die Bohrarbeiten werden werktags ausgeführt, wobei sich die maximale Einsatzdauer der Bohrlafetten auf 700 Betriebsstunden pro Jahr beläuft. Monatlich sind sieben Kleinsprengungen vorgesehen. Die Steinblöcke werden grösstenteils mittels Pneulader oder Raupenbagger verschoben. Die Verarbeitung der Blöcke zu Dachplatten und bruchrohen Bodenplatten findet alsdann ausserhalb des Steinbruchs statt. Der Abtransport des bearbeiteten Steins und des Ausschussmaterials (150 Lastwagenfahrten pro Jahr) wird über die bestehende Meliorationsstrasse vorgenommen. Nach Abschluss des Abbaus wird der Gemeinde die Detailplanung der Rekultivierung zur Prüfung vorgelegt werden. Der Bedarf an Füllmaterial wird auf 5'500-6'000 m3 geschätzt. Als Gesuchsbeilage reichte die X._AG insbesondere ein Lärmgutachten ein, welches zum Ergebnis kommt, die Planungs- und Immissionsgrenzwerte seien eingehalten. Gegen das Gesuch wurden 53 Einsprachen eingereicht. Mit Entscheiden vom 12. April 2011, mitgeteilt am 27. Mai 2011, lehnte der Gemeindevorstand Vals das Baugesuch der X._AG ab und hiess die dagegen erhobenen Einsprachen gut.
Diese Entscheide focht die X._AG am 6. Juni 2011 beim Verwaltungsgericht an. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 1. November 2011 ab.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Dezember 2011 beantragt die X._AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 1. November 2011 sei aufzuheben und die Gemeinde Vals sei anzuweisen, das Baubewilligungsgesuch zwecks Gutheissung an die kantonale Fachstelle zur Prüfung weiterzuleiten. Eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Amt für Raumentwicklung des Kantons Graubünden und das Bundesamt für Raumentwicklung verzichten auf Vernehmlassungen. Die Vorinstanz und die Beschwerdegegnerin 1 beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Vals sowie die Beschwerdegegner 23, 26, 33, 35, 36, 37, 41, 48, 50 und 51 stellen (sinngemäss) Antrag auf Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin verzichtet auf weitere Bemerkungen.
Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über ein Baugesuch (Gesuch um Weiterführung der Abbautätigkeit im Steinbruch "Carlag") und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zugrunde. Das Bundesgerichtsgesetz enthält auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts keinen Ausschlussgrund von der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a und Art. 83 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251, 409 E. 1.1 S. 411).
Die Beschwerdeführerin hat als Baugesuchstellerin und Beschwerdeführerin an den vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Sie ist durch den ihre Beschwerde abweisenden Entscheid der Vorinstanz besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung. Die Beschwerdeführerin ist damit zur Beschwerdeführung legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde vorbehältlich genügend begründeter Rügen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 BGG) einzutreten.
2. 2.1 Die Vorinstanz erwägt, das Abbauvorhaben liege innerhalb der von der Gemeinde Vals am 4. Dezember 1994 erlassenen und von der Regierung des Kantons Graubünden am 25. April 1995 genehmigten Abbauzone. Gemäss den von der Kantonsregierung am 8. März 1994 genehmigten Vollzugskonzepten "Deponien und Materialablagerungen" und "Materialabbau" habe die grundeigentümerverbindliche Festlegung der für den Materialabbau bestimmten Flächen mit Einschluss der Erschliessungsanlagen und der Standorte der notwendigerweise mit dem Abbau, der Aufbereitung und dem Abtransport in Zusammenhang stehenden Bauten und Anlagen bei Abbauvolumen über 4'000 m3 über eine Nutzungsplanung in der jeweiligen Gemeinde zu erfolgen (Ortsplanung). Einzig bei Abbauvolumen unter 4'000 m3 genüge ein Ausnahmebewilligungsverfahren. Für das hier relevante Abbauvorhaben mit einem Abbauvolumen von 7'200 m3 bedeute dies, dass es lediglich aufgrund einer rechtskräftig genehmigten nutzungsplanerischen Grundlage bewilligt werden könne, welche bislang nicht bestehe.
Unter Hinweis auf die Lehre und die bundesgerichtliche Rechtsprechung betont die Vorinstanz, ein solches Sondernutzungsplanverfahren sei unumgänglich, um den Abbau im Sinne einer haushälterischen und umweltschonenden Bodennutzung zu gewährleisten, eine umfassende Interessenabwägung sicherzustellen und die Voraussetzungen des Abbaus festzulegen. Der Erlass eines Abbauplans dürfe nicht durch den Erlass einer Zone umgangen werden, welche die Bedingungen für den Abbau und die Rekultivierung nicht festlege. Die Gemeinden seien verpflichtet, sowohl einen generellen Erschliessungsplan als auch einen generellen Gestaltungsplan mit detaillierten Angaben insbesondere über das Abbauvolumen, die Bauetappen, die Wiederherrichtung, die Rekultivierung und die Endgestaltung zu verabschieden. Im Zonenplan und Generellen Gestaltungsplan der Gemeinde Vals vom 4. Dezember 1994/25. April 1995 sei die Abbauzone ohne gestalterische Elemente eingetragen. Es fehle ein Abbauplan und es mangle an Angaben über die vorzunehmende Rekultivierung und Endgestaltung nach Abschluss des Steinabbaus, dies obwohl die Abbauzone "Carlag" nahe beim Siedlungsgebiet liege und von überall her einsehbar sei.
Zusammenfassend folgert die Vorinstanz, es sei vorliegend eine abgeschlossene Sondernutzungsplanung erforderlich, weshalb die Erteilung einer Ausnahmebewilligung ausscheide.
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung planungsrechtlicher Grundsätze. Die Auffassung der Vorinstanz, die Erteilung einer Ausnahmebewilligung komme nicht in Betracht, sei unzutreffend. Sei wie im zu beurteilenden Fall keine Umweltverträglichkeitsprüfung notwendig, brauche es auch keine Sondernutzungsplanung. Eine solche würde ein bis zwei Jahre in Anspruch nehmen, was unverhältnismässig sei, zumal die Rechte der Betroffenen im Baubewilligungsverfahren vollumfänglich gewahrt werden könnten (Beschwerde S. 8-11).
2.3 Die Raumplanung bildet mit der Richt- und Nutzungsplanung sowie nachfolgendem Baubewilligungs- und allfälligem Ausnahmebewilligungsverfahren ein Ganzes, in dem jeder Teil eine spezifische Funktion erfüllt. Für die Erstellung der Richtpläne bestimmen die Kantone in den Grundzügen, wie sich ihr Gebiet räumlich entwickeln soll (Art. 6 Abs. 1 RPG [SR 700]). Nutzungspläne ordnen die zulässige Nutzung des Bodens und unterscheiden vorab Bau-, Landwirtschafts- und Schutzzonen (Art. 14 RPG). Sie sind für jedermann verbindlich (Art. 21 Abs. 1 RPG). Das Baubewilligungsverfahren dient dagegen der Abklärung, ob Bauten und Anlagen der im Nutzungsplan ausgedrückten räumlichen Ordnungsvorstellungen entsprechen. Es bezweckt einzelfallweise Planverwirklichung, soll aber nicht selbstständige Planungsentscheide hervorbringen. Das Baubewilligungsverfahren verfügt weder über das sachlich nötige Instrumentarium, noch ist der damit verbundene Rechtsschutz nach rechtsstaatlichen und demokratischen Gesichtspunkten geeignet, um den Nutzungsplan im Ergebnis zu ergänzen oder zu ändern. Auch Ausnahmebewilligungen ausserhalb von Bauzonen (Art. 24 ff. RPG) haben sich in den planerischen Stufenbau einzufügen. Richtplanung, Nutzungsplanung und Bau- bzw. Ausnahmebewilligungsverfahren bilden "Orte typischer Entscheidungen" (Pierre Tschannen, in: Aemisegger/Kuttler/Moor/Ruch [Hrsg.], Kommentar RPG, 2010, Art. 2 N. 27 und 30).
Das Bundesrecht verlangt, dass bei der Erfüllung raumplanerischer Aufgaben das angemessene Planungs- bzw. Entscheidungsinstrument zum Einsatz gelangt. Für Bauten und Anlagen, die ihrer Natur nach nur in einem Planungsverfahren angemessen erfasst werden können, dürfen keine Ausnahmebewilligungen erteilt werden. Zieht ein nicht zonenkonformes Vorhaben durch seine Ausmasse oder seine Natur bedeutende Auswirkungen auf die bestehende Nutzungsordnung nach sich, so darf es nicht nach Art. 24 ff. RPG, sondern erst nach einer entsprechenden Änderung des Zonenplans bewilligt werden. Wann ein nicht zonenkonformes Vorhaben hinsichtlich seines Ausmasses und seiner Auswirkungen auf die Nutzungsordnung so gewichtig ist, dass es erst nach einer Änderung oder Schaffung eines Nutzungsplanes bewilligt werden darf, ergibt sich aus der Planungspflicht (Art. 2 RPG), den Planungsgrundsätzen und -zielen (Art. 1 und 3 RPG), dem kantonalen Richtplan (Art. 6 ff. RPG) sowie der Bedeutung des Projekts im Lichte der im Raumplanungsgesetz festgelegten Verfahrensordnung (Art. 4 und 33 f. RPG; vgl. zum Ganzen BGE 124 II 252 E. 3 S. 254 f.; 120 Ib 207 E. 5 S. 212 mit zahlreichen Hinweisen).
Bei der Beurteilung, ob ein Nutzungsplanverfahren durchzuführen ist oder ob eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 ff. RPG ausreicht, kommt den kommunalen und kantonalen Behörden ein gewisses Ermessen zu. So hat das Bundesgericht in BGE 113 Ib 371 E. 5 S. 373 f. erwogen, es habe zwar in einem früheren Urteil in der gleichen Sache nicht ausgeschlossen, dass das im Streit liegende Bauprojekt auch ohne besonderes Nutzungsplanungsverfahren gestattet werden könne. Wenn sich aber die zuständigen kommunalen und kantonalen Behörden für die Nutzungsplanrevision und nicht für das Ausnahmebewilligungsverfahren entschieden hätten, sei dies mit Blick auf das Ausmass und die Auswirkungen der Anlage auf die Nutzungsordnung zu begrüssen. Darin liege jedenfalls keine Umgehung des Verfahrens nach Art. 24 ff. RPG. Bezugnehmend auf dieses Urteil hat das Bundesgericht im Entscheid 1A.73/2002 vom 6. Oktober 2003 E. 4 (in: ZBl 106/2005 S. 369) zusammenfassend gefolgert, den kommunalen und kantonalen Behörden stehe in Grenzfällen ein gewisser Ermessensspielraum zu, der es ihnen gestatte, sich ohne Rechtsverletzung für das Verfahren der Nutzungsplanung oder jenes der Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 ff. RPG zu entscheiden (vgl. hierzu auch Arnold Marti, Planungspflicht für grössere Vorhaben ausserhalb der Bauzonen - wegleitende Rechtsprechung des Bundesgerichts, ZBl 106/2005 S. 353 ff., insb. S. 359 und S. 362 f.).
2.4 Das Bundesgericht hat für verschiedene Anlagen wie grössere Abbau- und Deponievorhaben die Planungspflicht bejaht (vgl. die Hinweise in BGE 120 Ib 207 E. 5 S. 212 und 119 Ib 439 E. 4a S. 440). In der Regel sind Anlagen, für welche eine Umweltverträglichkeitsprüfung nach Art. 10a ff. USG (SR 814.01) vorgeschrieben ist, nur auf dem Wege der Nutzungsplanung realisierbar (BGE 124 II 252 E. 3 S. 254 f.; 119 Ib 439 E. 4b S. 440 f.). Eine Umweltverträglichkeitsprüfung ist gemäss Ziffer 80.3 der Verordnung vom 19. Oktober 1988 über die Umweltverträglichkeitsprüfung (UVPV; SR 814.011) erforderlich bei Kies- und Sandgruben, Steinbrüchen und anderen nicht der Energiegewinnung dienenden Materialentnahmen aus dem Boden mit einem abbaubaren Gesamtvolumen von mehr als 300'000 m3.
Mit einem Abbauvolumen von 7'200 m3 liegt das vorliegend zu beurteilende Projekt deutlich unter dieser Schwelle, sodass keine Umweltverträglichkeitsprüfung notwendig ist. Daraus folgt jedoch entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht zwingend, dass das Nutzungsplanverfahren hier nicht in Betracht fallen kann. Ob eine Pflicht zur Durchführung einer Umweltverträglichkeitsprüfung besteht oder nicht, ist ein wichtiges, aber nicht das einzig massgebliche Kriterium. Auch ein Vorhaben, welches nicht der Umweltverträglichkeitsprüfungspflicht untersteht und nur eine beschränkte Bodenfläche beansprucht, kann Auswirkungen haben, die weit über den eigentlichen Standort hinausreichen, sodass bei der Prüfung der Raum- und Umweltverträglichkeit Koordinationsprobleme entstehen können. In solchen Fällen ist der Erlass eines vorgängigen Sondernutzungsplans sachgerecht, da dieses Verfahren eine umfassende und gesamtheitliche Beurteilung der Wirkungen des Projekts ermöglicht (vgl. Pierre Moor, in: Aemisegger/Kuttler/Moor/Ruch [Hrsg.], Kommentar RPG, 2010, Art. 14 N. 84; siehe auch Eric Brandt/Pierre Moor, in: Aemisegger/Kuttler/ Moor/Ruch [Hrsg.], Kommentar RPG, 2010, Art. 18 N. 131 ff. und 146 ff.).
2.5 Im zu beurteilenden Fall geht es um die verbindliche Festlegung der Abbaufläche und des Abbauvolumens, der Erschliessungsanlagen (inklusive der Standorte der mit dem Abbau, der Aufbereitung und dem Abtransport in Zusammenhang stehenden Bauten und Anlagen), der Bauetappen, der Rekultivierung sowie der eigentlichen Endgestaltung (vgl. hierzu auch Sachverhalt lit. C. hiervor). Da - wie die Vorinstanz willkürfrei festgestellt hat - der Steinbruch leicht einsehbar ist und in der Nähe des Siedlungsgebiets liegt, kommt dieser Abbauplanung und der Endgestaltung eine hohe Bedeutung zu. Weiter räumt die Beschwerdeführerin ausdrücklich ein, dass eine Kontroverse über die Einhaltung der Lärmschutzbestimmungen und über die zureichende Erschliessung besteht (Beschwerde S. 10 und S. 19 f.). Entscheidend gewichtet hat die Vorinstanz schliesslich, dass es gemäss den von der Regierung des Kantons Graubünden am 8. März 1994 genehmigten Vollzugskonzepten "Deponien und Materialablagerungen" und "Materialabbau" bei Abbauvolumen von über 4'000 m3 zweckmässig ist, die für den Materialabbau bestimmten Flächen mit Einschluss der Erschliessungsanlagen im Verfahren der Nutzungsplanung und nicht auf dem Weg der Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 ff. RPG festzulegen. Diese Vollzugskonzepte weisen zwar keinen Gesetzescharakter auf, die Wertung der Kantonsregierung durfte jedoch von der Vorinstanz im Rahmen der Entscheidfindung berücksichtigt werden.
Diese aufgeführten Umstände lassen die Durchführung eines Sondernutzungsplanverfahrens als sachgerecht erscheinen. Hierdurch wird eine umfassende Interessenabwägung gewährleistet, welche es ermöglicht, der leichten Einsehbarkeit und der Siedlungsnähe des Projekts Rechnung zu tragen und die kontroversen Fragen der Einhaltung der Lärmschutzbestimmungen und der genügenden Erschliessung zu klären. Jedenfalls verletzt die Vorinstanz mit ihrer Schlussfolgerung, ein Ausnahmebewilligungsverfahren erweise sich als ungenügend, das ihr zukommende Ermessen nicht. Offensichtlich unverhältnismässig und damit bundesrechtswidrig ist die Beschreitung des Nutzungsplanverfahrens vielmehr nur in klaren Fällen, d.h. wenn sich weder Koordinationsprobleme stellen noch gewichtige unterschiedliche Interessen im Spiel sind, die es gegeneinander abzuwägen gilt. Ein solcher Fall liegt nach dem Gesagten hier nicht vor.
3. Die weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerin (Beschwerde S. 11-24) sind unbegründet, soweit sie hinreichend substanziiert sind.
3.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Legalitätsprinzips (Art. 5 Abs. 1 BV), da sich die Vorinstanz über Art. 48 des Baugesetzes der Gemeinde Vals vom 2. April 1989/10. September 1990 (BG/Vals) hinwegsetze (Beschwerde S. 11 f.).
Gemäss Art. 48 Abs. 3 BG/Vals werden die Gestaltung von Abbauflächen nach Abschluss der Materialentnahme oder einzelner Etappen sowie allenfalls weitere notwendige Massnahmen im Zusammenhang mit dem Abbau im Generellen Gestaltungsplan festgelegt oder sind Bestandteil des Baugesuchs.
Die Vorinstanz weist in ihrer Begründung darauf hin, dass die Kantonsregierung bei der Genehmigung von Art. 48 BG/Vals am 17. Oktober 2000 ausdrücklich festgehalten habe, die Gestaltung von Abbauflächen innerhalb einer Abbauzone sei in der Grundordnung festzulegen, weil die Behandlung in einem Baugesuch in aller Regel nicht ausreiche; es seien kaum Fälle vorstellbar, in denen die Endgestaltung einer Abbauzone erst im Baugesuch geregelt werden könne. Die Vorinstanz kommt im angefochtenen Urteil zum Schluss, Art. 48 BG/Vals respektive die kommunale Abbauzone genüge den Anforderungen des RPG an Abbauzonen nicht, da kein Abbauplan und keine Angaben über die vorzunehmende Rekultivierung und Endgestaltung nach Abschluss des Steinabbaus vorhanden seien. Mit diesen Erwägungen setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander, weshalb auf die Rüge der Verletzung des Legalitätsprinzips mangels hinreichender Substanziierung nicht einzutreten ist.
3.2 Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung des Grundsatzes des Vertrauensschutzes geltend (Art. 9 BV). Durch den Zonenplan und die Auskünfte und Zusagen der kommunalen und kantonalen Behörden sei bei ihr das berechtigte Vertrauen geschaffen worden, dass die weitere Abbautätigkeit im Steinbruch "Carlag" bewilligungsfähig sei. Gestützt auf diese Vertrauensgrundlage habe sie Investitionen getätigt und bei Einreichung des Baubewilligungsgesuchs nicht mit dessen Abweisung rechnen müssen. Die Beschwerdeführerin beruft sich dabei insbesondere auf die Ausführungen des Verwaltungsgerichts im Entscheid vom 28. April 2009 (Beschwerde S. 12-16, insb. S. 14).
Das Bundesgericht hat, wie ausgeführt, mit Urteil 1C_276/2009 vom 26. Juli 2010 in der gleichen Sache den angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 28. April 2009 aufgehoben und erkannt, dass die Beschwerdeführerin ihre Abbautätigkeit einzustellen habe, weil diese formell und materiell bundesrechtswidrig sei (vgl. Sachverhalt lit. B. hiervor). Vor diesem Hintergrund ist nicht einsichtig, weshalb die Beschwerdeführerin bei der Einreichung des hier Verfahrensgegenstand bildenden Gesuchs um Weiterbetrieb des Steinbruchs "Carlag" vom 20. Oktober 2010 gestützt auf eine von den kommunalen und kantonalen Behörden angeblich geschaffene Vertrauensgrundlage nicht mit der Gesuchsabweisung hat rechnen müssen.
3.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, der angefochtene Entscheid verletze die Eigentums- und Bestandesgarantie (Art. 26 Abs. 1 BV). Eine Gestaltungsplanungspflicht bedeute einen unverhältnismässigen Eingriff in die Eigentumsgarantie. Zumindest aber hätte ihr unter dem Gesichtspunkt des Bestandesschutzes die Weiterführung der früheren Abbautätigkeit im Umfang von jährlich 300 m3 (vgl. Sachverhalt lit. A. hiervor) bewilligt werden müssen (Beschwerde S. 16 f.).
Die Vorinstanz verletzt, wie dargelegt, kein Bundesrecht, indem sie folgert, der Erlass eines Sondernutzungs- bzw. Gestaltungsplans erweise sich als sachgerecht bzw. zweckmässig. Dementsprechend kommt die Gestaltungsplanungspflicht vorliegend auch keinem unverhältnismässigen Eingriff in die Eigentumsgarantie gleich. Die Berufung auf die Bestandesgarantie geht bei einer formell und materiell baurechtswidrigen Abbautätigkeit von vorneherein fehl.
3.4 Die Beschwerdeführerin macht eine "Verletzung von Art. 24 RPG im Rahmen der Interessenabwägung" geltend (Beschwerde S. 17-23).
Diese Ausführungen sind unbehelflich, da nach dem Gesagten ein Ausnahmebewilligungsverfahren nicht genügt, sondern ein Sondernutzungsplanverfahren erforderlich ist.
3.5 Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin eine Missachtung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV), weil die Vorinstanz nicht auf ihre Vorbringen eingegangen sei, das Verhältnismässigkeitsprinzip und der Grundsatz des Vertrauensschutzes würden missachtet und die Bestandesgarantie sei verletzt (Beschwerde S. 23 f.).
Die Vorinstanz hat eingehend dargelegt, weshalb aus ihrer Sicht ein Sondernutzungsplanverfahren zweckmässig ist; damit hat sie zugleich begründet, weshalb sich die Planungspflicht nicht als unverhältnismässig erweist. Eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör liegt insoweit nicht vor.
Die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen, bedeutet nicht, dass sie sich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Vorliegend konnte die Vorinstanz ohne Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV davon absehen, näher auf die offensichtlich unbegründeten und damit nicht entscheidrelevanten Vorbringen der Beschwerdeführerin einzugehen, der Grundsatz des Vertrauensschutzes sei verletzt (vgl. E. 3.2 hiervor) und die Bestandesgarantie werde missachtet (vgl. E. 3.3 hiervor).
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat die anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin 1 für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG). Die übrigen privaten Beschwerdegegner, welche sich im bundesgerichtlichen Verfahren haben vernehmen lassen, sind nicht anwaltlich vertreten und haben daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Vals, dem Amt für Raumentwicklung Graubünden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner