Faits:
A. Par jugement du 26 mars 2007, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a condamné X._, pour lésions corporelles simples qualifiées, à 20 jours-amende, et suspendu l'exécution de cette peine pendant un délai d'épreuve de trois ans.
Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants.
A.a X._ et Y._ se sont mariés en 1988. Le couple, actuellement séparé, a eu une fille en 1994, dont la garde a été attribuée à la mère. Le conflit entre les époux est très intense.
A.b Le 15 novembre 2005, une altercation a éclaté entre Y._ et X._. Ce dernier a passé son bras par l'ouverture de la fenêtre de la voiture dans laquelle se trouvait son épouse pour tenter de la faire sortir du véhicule. Il lui a saisi le poignet, lui occasionnant une entorse de l'épaule avec contusion de l'avant-bras gauche. Pour se libérer, Y._ lui a mordu la main.
X._ a contesté cette version des faits. Selon lui, son épouse l'aurait appelé sous prétexte de l'aider à ouvrir sa portière coincée. Elle l'aurait empoigné pour le mordre au moment où il passait le bras par la fenêtre de la voiture. Il aurait ensuite retiré son bras, entraînant celui de sa femme.
B. Par arrêt du 25 mai 2007, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de X._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, une violation du principe in dubio pro reo et du droit d'être entendu, il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal.
Considérant en droit:
1. 1.1 Aux termes de l'art. 80 al. 1 LTF, le recours est recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance. Partant, dans la large mesure où le recourant s'en prend au jugement de première instance, sans critiquer les arguments de la Cour de cassation, ses griefs sont irrecevables.
1.2 Le recours ordinaire au Tribunal fédéral peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels. Sous peine d'irrecevabilité, il doit être motivé conformément à l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement l'art. 106 al. 2 LTF pour les griefs mentionnés à cette disposition, dont les exigences correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
2. Le recourant se plaint d'arbitraire.
Cette notion a été rappelée dans divers arrêts récents (ATF 131 I 57 consid. 2 p. 61; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9), auxquels on peut donc se référer. En bref, il ne suffit pas, pour qu'il y ait arbitraire, que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211).
Lorsque l'autorité cantonale a forgé sa conviction quant aux faits sur la base d'un ensemble d'éléments ou d'indices convergents, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant; l'appréciation des preuves doit être examinée dans son ensemble; il n'y a pas arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments ou indices; de même, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs soient fragiles, si la solution adoptée peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction.
2.1 Le recourant reproche aux autorités cantonales d'avoir préféré la version de son épouse à la sienne en se basant sur des éléments non pertinents et insuffisants.
2.1.1 Selon l'arrêt attaqué, l'examen médical de Y._ a non seulement relevé une entorse de l'épaule mais également une contusion de l'avant bras, ce qui démontre que son bras a été fortement saisi et corrobore sa version des faits à l'inverse de celle du recourant. En effet, si ce dernier s'était contenté de retirer son bras lorsqu'il a été mordu, sa femme n'aurait pas subi d'hématome à l'avant bras. De plus, d'autres éléments - amplement exposés dans le jugement de première instance - viennent encore étayer la version de Y._. Ainsi, les mauvaises relations entre époux ne permettent pas de penser que le recourant serait intervenu pour aider son épouse, qui aurait d'ailleurs pu sortir de sa voiture du côté passager. Enfin, si Y._ avait réellement voulu piéger son mari, elle n'aurait pas été disposée à une conciliation sans condition.
2.1.2 Sur le vu de ce qui précède, la Cour cantonale a fondé sa conviction sur des éléments pertinents, à savoir un certificat médical, les mauvaises relations entre les parties, l'invraisemblance de la version du recourant et le comportement conciliant de la plaignante. Sur la base de ces indices, elle pouvait, sans arbitraire, préférer la version de l'intimée à celle du recourant. Pour le reste, ce dernier ne démontre pas, conformément aux exigences de motivation posées par l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi l'appréciation de ces éléments serait arbitraire et le raisonnement de la Cour manifestement insoutenable. Il se borne à expliquer que son argumentation ne pouvait être rejetée par simple référence à l'expérience des tribunaux. Une telle critique est irrecevable.
2.2 Le recourant conteste avoir été en colère et à bout de nerf le jour de l'altercation, aucun élément du dossier ne venant étayer cette affirmation.
Cette critique tombe à faux. En effet, l'état émotionnel du recourant au moment de l'incident ne constitue pas un élément déterminant, la Cour cantonale pouvant, sans arbitraire, sur la base des indices exposés au considérant précédent, accorder crédit à la version de l'épouse plutôt qu'à celle du mari.
3. Invoquant une violation du principe "in dubio pro reo", le recourant met en doute la crédibilité de son épouse et estime que la parole de cette dernière est insuffisante pour entraîner la conviction des juges.
3.1 En tant que règle sur le fardeau de la preuve, le principe "in dubio pro reo" signifie qu'il incombe à l'accusation d'établir la culpabilité de l'accusé, et non à ce dernier de démontrer son innocence. Il est violé lorsque le juge rend un verdict de culpabilité au seul motif que l'accusé n'a pas prouvé son innocence, mais aussi lorsqu'il résulte du jugement que, pour être parti de la fausse prémisse qu'il incombait à l'accusé de prouver son innocence, le juge l'a condamné parce qu'il n'avait pas apporté cette preuve (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 40 et les arrêts cités). Comme règle de l'appréciation des preuves, le principe "in dubio pro reo" interdit au juge de se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé, lorsqu'une appréciation objective des éléments de preuve recueillis laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait. Sa violation prétendue revient donc à se plaindre d'arbitraire dans l'établissement des faits (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 41 et les arrêts cités).
3.2 La Cour de cassation a relevé que l'argumentation du recourant au sujet de la crédibilité de son épouse était purement appellatoire et que les éléments sur lesquels elle était fondée ne figuraient pas dans le jugement et n'avaient pas tous trait à l'affaire en cause. Elle a relevé qu'au surplus les extraits cités par le recourant étaient soigneusement choisis, sortis de leur contexte et parfois tronqués. Elle a enfin admis que même si, au vu de l'intensité du conflit conjugal, une part d'interprétation et d'exagération était certainement à mettre au crédit des deux parties, il ne ressortait pas à la lecture des pièces invoquées que Y._ mentait dans le but de nuire à son mari.
En l'occurrence, le recourant ne critique pas cette appréciation conformément aux exigences posées par l'art. 106 al. 2 LTF. Il se contente de reprendre son argumentation cantonale, de sorte que son grief est irrecevable. Pour le reste, la Cour cantonale n'a pas admis la version de l'intimée en retenant les seules déclarations de cette dernière. Au contraire, elle disposait de plusieurs indices, sur la base desquels elle pouvait, sans arbitraire, fonder sa conviction (cf. supra consid. 2).
4. Le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu celui d'obtenir une décision motivée. Il suffit cependant que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse la comprendre et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 129 I 232 consid. 3.2; 126 I 97 consid. 2b p. 102). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (ATF 133 III 439 consid. 3.3 et les arrêts cités, p. 445).
4.1 Le recourant reproche au premier Juge de ne pas avoir discuté ses nombreuses remarques sur le déroulement des événements et à l'autorité de recours de s'être simplement référée au jugement de première instance.
Cette critique tombe à faux. En effet, le Tribunal de police a largement et expressément réfuté les arguments du recourant (cf. jugement p. 5) et la Cour de cassation s'est également prononcée sur les diverses remarques de l'intéressé (cf. arrêt consid. 5 p. 8 et 9).
4.2 Le recourant reproche à la Cour cantonale d'avoir confirmé qu'il était en colère et à bout de nerf, alors qu'aucune pièce ne permet d'établir ces faits. Bien qu'il se prévale d'une violation de son droit d'être entendu, sa critique revient en réalité à se plaindre d'arbitraire dans l'appréciation des preuves. Or, ce grief a été examiné au consid. 2.2.
5. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais (art. 66 al 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 15 février 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani