Sachverhalt:
A. X._ veräusserte bis zum 19. Dezember 1996 mehrere Grundstücke, wobei er den Erlös aus den Verkäufen als Rückstellungen für Ersatzbeschaffungen verbuchte.
Mit Verfügung vom 4. Juli 2005 veranlagte die Steuerkommission der Gemeinde E._ (AG) die Eheleute X._ - Y._ für die Staats- und Gemeindesteuer 1999 zu einer separaten Jahressteuer mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 702'992.--. Darin enthalten war (unter anderem) die Auflösung der genannten Rückstellungen im Betrag von Fr. 1'371'065.-- (abzüglich Besitzesdauerabzug von Fr. 685'533.--). Einsprache und Rekurs blieben in diesem Punkt ohne Erfolg.
Mit Entscheid vom 8. April 2009 bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die separate Jahressteuer 1999 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 685'533.--.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Steuerpflichtigen:
"1. Es sei die Veranlagung einer Sonderjahressteuer 1999 aufzuheben und ersatzlos zu streichen.
2. Es sei vollumfänglich Ersatzbeschaffung zu gewähren.
3. Es sei anzuerkennen, dass die Buchwerte bei den verkauften Objekten
untergegangen sind.
4. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten des Staates Aargau."
Die Beschwerdeführer machen geltend, die Frist für die Ersatzbeschaffung sei Ende 1999 nicht abgelaufen gewesen. Sie hätten zudem die Erlöse aus den Verkäufen in den Jahren 1994 bis 2000 vollumfänglich reinvestiert.
Das Steueramt des Kantons Aargau, das aargauische Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen je auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher gerichtlicher Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern. Gegen solche Entscheide kann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 lit. a, 86 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführer sind durch die Steuerauflage beschwert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
Mit der Beschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann im Wesentlichen nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts (Art. 95 lit. a BGG), hier über die Steuerharmonisierung. Inwiefern das der Fall sein soll, ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen (Art. 42 Abs. 1 BGG). Im Übrigen kann die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts lediglich im Lichte der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze, namentlich des Verbots von Willkür (Art. 9 BV), oder der kantonalen verfassungsmässigen Rechte (Art. 95 lit. c BGG) geprüft werden (BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351; 134 III 379 E. 1.2 S. 382 f.). Solche Rügen sind ausdrücklich zu erheben (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 349 E. 3 S. 352). Das gilt auch für die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz. Die Sachverhaltsfeststellung, soweit rechtserheblich, kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder anderweitig auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden ist oder unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze oder verfassungswidriger Verletzung kantonaler Verfahrensregeln zustandegekommen ist, was in der Beschwerde in einer Art. 106 Abs. 2 BGG genügenden Weise zu rügen ist (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; ferner 133 III 393 E. 7.1 S.398).
2. Die Beschwerdeführer beantragen, die besondere Jahressteuer 1999 sei ersatzlos aufzuheben und die Ersatzbeschaffung sei zu gewähren (Beschwerdebegehren Ziff. 1 und 2).
Als Ersatzbeschaffung gilt die Übertragung stiller Reserven auf betriebsnotwendiges Anlagevermögen, das innert einem Jahr vor oder innert drei Jahren nach der Veräusserung für das gleiche Unternehmen erworben worden ist (§ 24bis Abs. 1 des hier noch anwendbaren Steuergesetzes des Kantons Aargau in der Fassung vom 26. Januar 1988, aStG). Die Vorinstanz erwog, massgebend für die Fristberechnung sei der Abschluss bzw. die öffentliche Beurkundung des schuldrechtlichen Vertrags. Die letzte öffentliche Beurkundung im Zusammenhang mit den Veräusserungen habe am 19. Dezember 1996 statt gefunden (Verkauf R._). Damit sei per 31. Dezember 1999 keine noch laufende Ersatzbeschaffungsfrist erkennbar und die Ersatzbeschaffungsreserve aufzulösen. Die Vorinstanz hielt im angefochtenen Entscheid (E. 5 in fine) überdies fest, dass die angeblichen Ersatzbeschaffungen in ihrer Höhe nicht nachgewiesen seien und insbesondere auch die Kosten der im Jahr 1999 erfolgten Bauten am Wohnhaus und an dem Pferdestall aktiviert und nicht als Ersatzbeschaffung geltend gemacht worden seien.
Was die Beschwerdeführer dagegen vorbringen, genügt den Anforderungen an die Begründung der Beschwerde offensichtlich nicht. Sie machen weder eine willkürliche Auslegung oder Anwendung des kantonalen Rechts geltend, noch berufen sie sich auf eine falsche Anwendung des Steuerharmonisierungsgesetzes (SR 642.14), das hinsichtlich seines Artikels 69 bereits für das Übergangsjahr 1999 greift. Sie legen auch nicht dar, inwiefern die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz willkürlich sein oder unter Verletzung verfassungsmässiger Garantien zustande gekommen sein könnten. Ihre pauschalen Behauptungen und Bestreitungen ändern daran nichts. Auf die Beschwerdebegehren Ziffer 1 und 2 kann daher mangels Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 2 und 106 Abs. 2 BGG) nicht eingetreten werden.
3. Die Beschwerdeführer beantragen in Ziffer 3, es sei anzuerkennen, dass die Buchwerte bei den verkauften Objekten untergegangen seien. Hinsichtlich des damit sinngemäss gestellten Feststellungsbegehrens wird indessen kein besonderes Feststellungsinteresse begründet. Das Bundesgericht prüft zwar die Prozessvoraussetzungen von Amtes wegen. Das Feststellungsbegehren ist jedoch gegenüber dem Leistungsbegehren subsidiär, weshalb der Beschwerdeführer darzulegen hat, worin sein besonderes Feststellungsinteresse begründet ist (BGE 122 II 97 E. 3 S. 98; s. auch 126 II 300 E. 2c S. 303; 123 II 402 E. 4b S. 413). Auf das Feststellungsbegehren ist nicht einzutreten.
4. Zusammenfassend erweist sich die Beschwerde als ungenügend substantiiert und nahezu trölerisch. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) den Beschwerdeführern aufzuerlegen; sie haften hierfür solidarisch (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr ist dem Streitwert Rechnung zu tragen. Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann