Sachverhalt:
A. Am 2. November 1988 verweigerte die Direktion der Polizei des Kantons Zürich (heute: Sicherheitsdirektion) X._ die Erteilung des Lernfahrausweises der Kategorie C. Die Weiterbelassung des Führerausweises der Kategorie B verband sie mit der Auflage einer amtlich überwachten Drogenabstinenz während mindestens eines Jahres.
Mit Verfügung vom 2. Mai 1994 entzog die Direktion der Polizei X._ wegen Nichtbefolgens dreier Aufgebote zur verkehrsmedizinischen Untersuchung den Führerausweis vorsorglich bis zur Abklärung von Ausschlussgründen im Rahmen einer amtsärztlichen Untersuchung und untersagte ihm das Führen von Motorfahrzeugen aller Kategorien.
Gestützt auf einen Bericht des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich, der die Fahreignung von X._ unter bestimmten Auflagen zum Nachweis der Drogenabstinenz bejahte, hob die Direktion für Soziales und Sicherheit des Kantons Zürich (heute: Sicherheitsdirektion) am 1. Dezember 2005 die Verfügungen vom 2. November 1988 und 2. Mai 1994 auf. Sie ordnete an, vor Wiedererteilung des Führerausweises habe X._ eine neue Führerprüfung der Kategorie B (Theorie, inklusive Verkehrskunde und Praxis) zu absolvieren; bis zum Bestehen der neuen Führerprüfung bleibe ihm das Führen von Motorfahrzeugen aller Kategorien verboten. Ausserdem verfügte die Direktion für Soziales und Sicherheit verkehrsmedizinische Auflagen zur Einhaltung der Drogenabstinenz.
Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich am 9. Mai 2007 ab.
Hiergegen reichte X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ein. Am 7. November 2007 wies dieses die Beschwerde ab.
B. X._ führt beim Bundesgericht Beschwerde mit dem sinngemässen Antrag, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben.
C. Das Verwaltungsgericht und die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich beantragen unter Verzicht auf Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesamt für Strassen beantragt unter Hinweis auf die seines Erachtens zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid ebenfalls die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG ist damit gegeben.
1.2 Um ein Sachgebiet, bei dem die Beschwerde gemäss Art. 83 BGG unzulässig ist, geht es hier nicht.
1.3 Die Vorinstanz hat kantonal letztinstanzlich als oberes Gericht entschieden. Die Beschwerde ist somit gemäss Art. 86 Abs. 1 lit. d in Verbindung mit Abs. 2 BGG zulässig.
1.4 Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Mit dem angefochtenen Entscheid wird er verpflichtet, eine neue Führerprüfung der Kategorie B abzulegen. Dies ist mit einem finanziellen und zeitlichen Aufwand verbunden. Der Beschwerdeführer ist damit durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung. Seine Beschwerdelegitimation nach Art. 89 Abs. 1 BGG ist gegeben.
1.5 Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren ab. Es handelt sich um einen Endentscheid nach Art. 90 BGG. Die Beschwerde ist auch insoweit zulässig.
1.6 Gemäss Art. 95 lit. a BGG kann der Beschwerdeführer insbesondere die Verletzung von Bundesrecht rügen.
Nach Art. 98 BGG kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Nach der Rechtsprechung handelt es sich beim vorsorglichen Führerausweisentzug um eine vorsorgliche Massnahme im Sinne dieser Bestimmung (Urteile 1C_233/2007 vom 14. Februar 2008 E. 1.2; 1C_420/2007 vom 18. März 2008 E. 2). Um den vorsorglichen Führerausweisentzug geht es hier nicht mehr. Die Direktion für Soziales und Sicherheit hat dem Beschwerdeführer mit Verfügung vom 1. Dezember 2005 den Führerausweis wieder erteilt unter der Bedingung, dass er vorher erfolgreich eine neue Führerprüfung der Kategorie B absolviert. Die Anordnung der neuen Führerprüfung steht nur noch in mittelbarem Zusammenhang mit dem vorsorglichen Führerausweisentzug. Die kantonalen Behörden sind der Auffassung, der Beschwerdeführer habe eine neue Führerprüfung abzulegen, weil er wegen des vorsorglichen Entzugs viele Jahre kein Motorfahrzeug mehr gelenkt hat und damit über eine mangelnde Fahrpraxis verfügt. Die Anordnung der neuen Führerprüfung stellt keine einstweilige Verfügung dar, die eine rechtliche Frage so lange regelt, bis darüber in einem späteren Hauptentscheid endgültig entschieden wird (vgl. Botschaft, a.a.O., S. 4336). Die Kognitionsbeschränkung von Art. 98 BGG greift hier somit nicht.
2. Vor Vorinstanz ging es einzig noch um die Frage, ob die Anordnung der neuen Führerprüfung rechtmässig sei. Den Streitgegenstand kann der Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren nicht erweiteren (Art. 99 Abs. 2 BGG; Botschaft, a.a.O., S. 4340). Auf sämtliche Vorbringen, die ausserhalb des Streitgegenstandes liegen, kann nicht eingetreten werden.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Anordnung der neuen Führerprüfung sei bundesrechtswidrig.
3.2 Gemäss Art. 109 BGG entscheiden die Abteilungen in Dreierbesetzung bei Einstimmigkeit über die Abweisung offensichtlich unbegründeter Beschwerden (Abs. 2 lit. a). Der Entscheid wird summarisch begründet. Es kann ganz oder teilweise auf den angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Abs. 3).
3.3 Bestehen Bedenken über die Eignung eines Führers, so ist er gemäss Art. 14 Abs. 3 SVG einer neuen Prüfung zu unterwerfen.
Nach der Rechtsprechung können Bedenken über die Eignung gerechtfertigt sein, wenn ein Führer längere Zeit kein Fahrzeug mehr gelenkt hat. Dabei darf nicht schematisiert werden. Zu würdigen sind die konkreten Umstände des Einzelfalles. Die kantonale Behörde entscheidet dabei nach pflichtgemässem Ermessen (BGE 108 Ib 62 E. 3b, mit Hinweis).
In BGE 108 Ib 62 erachtete das Bundesgericht die Anordnung einer neuen Führerprüfung nach Art. 14 Abs. 3 SVG als gerechtfertigt in einem Fall, in dem der Inhaber eines Führerausweises während rund fünf Jahren wegen eines Sicherungsentzuges kein Motorfahrzeug geführt hatte und vorher nur drei Jahre im Besitz des Führerausweises gewesen war. Das Bundesgericht erwog, der Betroffene könnte die herangebildeten Automatismen beim Lenken eines Fahrzeuges während der langen Entzugsdauer verloren haben. Zudem hätten sich die Verkehrsvorschriften inzwischen teilweise geändert und habe die Verkehrsdichte zugenommen. Unter den gegebenen Umständen bestünden ernsthafte Bedenken bezüglich der Verkehrsregelkenntnisse des Betroffenen und seiner Fähigkeit, ein Motorfahrzeug sicher zu führen (E. 3b S. 64).
Im Urteil 2A.151/1995 vom 3. Oktober 1995 erachtete es das Bundesgericht im Lichte seiner Rechtsprechung als fraglich, ob die damalige schematische Aargauer Praxis, wonach eine neue Prüfung schon anzuordnen war, wenn der Inhaber eines Führerausweises während mehr als zwei Jahren keine Motorfahrzeug mehr gelenkt hatte, vor Bundesrecht standhielte. Es liess die Frage offen (E. 2d).
Im Urteil 2A.146/1993 vom 31. August 1994 befand das Bundesgericht, eine neue Führerprüfung rechtfertige sich bei einem Lenker mit einem Alkoholproblem, der während rund 5 Jahren kein Motorfahrzeug geführt hatte; dies, obgleich der Lenker den Führerausweis bereits 1965 erworben hatte und damit über eine lange Erfahrung im Strassenverkehr verfügte (E. 5).
3.4 Am 2. Mai 1994 entzog die Direktion der Polizei dem Beschwerdeführer den Führerausweis mit Wirkung ab 21. Juli 1994 und untersagte ihm das Lenken von Motorfahrzeugen aller Kategorien. Im Zeitpunkt der Verfügung der Direktion für Soziales und Sicherheit vom 1. Dezember 2005 war er damit über 11 Jahre ohne Fahrpraxis. Dabei handelt es sich um eine ausserordentlich lange Zeitspanne. Sie beträgt mehr als das Doppelte von derjenigen im dargelegten Urteil 2A.146/1993 vom 31. August 1994. Beim Beschwerdeführer bestand - wie sich aus dem Bericht des Instituts für Rechtsmedizin vom 20. Oktober 2005 ergibt - zudem eine Drogenproblematik. Unter diesen Umständen hat die Vorinstanz im Lichte der Rechtsprechung ihr Ermessen offensichtlich nicht überschritten, wenn sie die Anordnung einer neuen Führerprüfung als gerechtfertigt beurteilt hat; dies ungeachtet des Umstandes, dass der Beschwerdeführer den Führerausweis der Kategorie B im Jahre 1985 erworben hat und damit im Zeitpunkt dessen Entzugs im Jahre 1994 ein erfahrener Lenker war. Erfahrung im Strassenverkehr - eine längere noch als der Beschwerdeführer - hatte auch der Lenker, um den es im Urteil vom 31. August 1994 ging.
Der angefochtene Entscheid verletzt demnach kein Bundesrecht.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Da sie aussichtslos war, kann das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nach Art. 64 BGG nicht bewilligt werden. Der Beschwerdeführer trägt daher die Kosten (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri