Sachverhalt:
A. Der 1958 geborene K._ arbeitete von Juni 1992 bis Oktober 1997 als Schiffsführer bei der M._ AG. Am 22. Oktober 1997 meldete er sich unter Hinweis auf einen Bandscheibenschaden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Am 28. Januar 1999 musste er sich einer Spondylodese L 4/5 unterziehen. Mit Verfügung vom 31. Mai 1999 sprach ihm die IV-Stelle des Kantons St. Gallen rückwirkend ab 1. September 1998 bei einem Invaliditätsgrad von 100 % eine ganze Invalidenrente zu. Am 12. September 2001 verfügte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen den Widerruf einer Verfügung vom 6. August 2001, mit der sie die ganze Rente auf eine halbe herabgesetzt hatte, und traf in der Folge weitere Abklärungen. Am 22. Oktober 2001 eröffnete die IV-Stelle K._, er habe weiterhin Anspruch auf eine ganze Rente. Im Oktober 2004 erlitt der Versicherte bei einem Unfall multiple Verletzungen, welche lang dauernde ambulante und stationäre Behandlungen nach sich zogen. Gestützt auf umfangreiche Abklärungen, u.a. ein Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) am Spital X._ vom 31. Dezember 2005 und eine berufliche Abklärung in der BEFAS vom 2. bis 20. Juli 2007 (Schlussbericht vom 10. Oktober 2007) ermittelte die nunmehr zuständige IV-Stelle Schwyz einen Invaliditätsgrad von nur noch 63 %, worauf sie die ganze Invalidenrente nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 8. Februar 2008 ab 1. April 2008 revisionsweise auf eine Dreiviertelsrente herabsetzte.
B. Die von K._ hiegegen mit dem Antrag auf Weitergewährung der ganzen Invalidenrente über den 31. März 2008 hinaus eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz ab (Entscheid vom 14. Juli 2008).
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese, eventuell nach zusätzlichen medizinischen Abklärungen, über den Rentenanspruch neu verfüge; es sei weiterhin eine ganze Invalidenrente zu gewähren.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Ändert sich der Invaliditätsgrad einer Rentenbezügerin oder eines Rentenbezügers erheblich, so wird die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben (Art. 17 Abs. 1 ATSG). Wie die Vorinstanz unter Hinweis auf die Rechtsprechung zutreffend festgehalten hat, gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Rentenanspruch zu beeinflussen, Anlass zur Revision einer Invalidenrente. In Betracht fallen insbesondere eine wesentliche Änderung des Gesundheitszustandes und Veränderungen der erwerblichen Auswirkungen des gleich gebliebenen Gesundheitszustandes (BGE 130 V 343 E. 3.5 S. 349). Zeitlicher Ausgangspunkt für die Beurteilung einer anspruchserheblichen Änderung des Invaliditätsgrades ist die letzte rechtskräftige Verfügung, welche auf einer materiellen Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung, Beweiswürdigung und Durchführung eines Einkommensvergleichs beruht (BGE 133 V 108 E. 5 S. 110).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob im Gesundheitszustand des Beschwerdeführers zwischen 31. Mai 1999 (verfügungsweise Zusprechung einer ganzen Invalidenrente) und 8. Februar 2008 (Herabsetzung auf eine Dreiviertelsrente) eine Verbesserung eingetreten ist, welche die Herabsetzung der Rente rechtfertigt.
3.1 Die Vorinstanz zitierte sehr einlässlich die Arztberichte aus der Zeit der ursprünglichen Rentenzusprechung wie auch der Herabsetzung der ganzen auf eine Dreiviertelsrente. Mit Bezug auf eine revisionserhebliche Änderung des medizinischen Sachverhalts hat das Verwaltungsgericht jedoch keine Feststellungen getroffen, an welche das Bundesgericht gebunden wäre. Dieses kann den Sachverhalt selbst ergänzen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
3.2 Ursprünglich erhielt der Beschwerdeführer ab 1. September 1998 eine ganze Invalidenrente zugesprochen. Diese wurde am 31. Mai 1999 verfügt und stand in Zusammenhang mit der am 28. Januar 1999 durchgeführten Spondylodese L 4/5 und den damit vor sowie nach dem Eingriff einhergehenden Beschwerden. Immer noch wegen des Rückenleidens sah die IV-Stelle gemäss Schreiben vom 22. Oktober 2001 von einer revisionsweisen Herabsetzung der ganzen Invalidenrente ab. Anschliessend trat eine Anpassung und Angewöhnung an die Operationsfolgen ein, und im Gutachten der MEDAS vom 19. Januar 2006 wurde von einem klinisch derzeit erfreulichen Operationsresultat berichtet; die persistierende Schmerzsymptomatik sei organisch nicht zwingend nachvollziehbar. Die von den Ärzten der MEDAS attestierte Teilarbeitsfähigkeit von mindestens 50 % in einer angepassten Tätigkeit ist im Lichte dieser neuen Befunde nachvollziehbar und kann als Ausdruck eines revisionsrechtlich erheblichen, verbesserten Gesundheitszustandes betrachtet werden.
Im Weiteren trifft es zwar zu, dass der Beschwerdeführer im Oktober 2004 einen Unfall mit gravierenden Verletzungen (Acetabulumfraktur rechts mit Einstrahlung bis in den oberen Schambeinast rechts, nicht dislozierte Fraktur des unteren Schambeinastes rechts sowie mehrere weitere Kontusionen, Frakturen und eine traumatische Blasenruptur) erlitten hat. Zur Behandlung der Unfallfolgen musste er sich wiederum mehreren Eingriffen unterziehen. Der Unfall ereignete sich indessen in einem Moment, als der Versicherte bereits seit Jahren die höchstmöglichen Leistungen der Invalidenversicherung in Form einer ganzen Rente bezog. Auch im Zeitraum, in welchem die Unfallfolgen behandelt wurden und sich erheblich auf seine Leistungsfähigkeit auswirkten, hatte der Versicherte Anspruch auf eine ganze Invalidenrente, was er zu übersehen scheint, wenn er auf die Verschlimmerung der gesundheitlichen Situation durch das Unfallereignis hinweist. Mit Blick auf den Zeitablauf und die durchgeführten Therapien erscheint es plausibel, dass MEDAS (Gutachten vom 19. Januar 2006) und BEFAS (Schlussbericht vom 15. Oktober 2007) für den Zeitraum ab Januar 2008 auf eine Verbesserung des Leistungsvermögens des Versicherten geschlossen haben.
3.3 Ist nach dem Gesagten ein Revisionsgrund anzunehmen, kann die hauptsächlich auf dem Gutachten der MEDAS und dem Schlussbericht der BEFAS beruhende Feststellung der Vorinstanz, der Beschwerdeführer sei wieder in einer leidensangepassten Tätigkeit zu mindestens 50 % arbeitsfähig, weder als offensichtlich unrichtig bezeichnet werden, noch basiert sie auf einer Bundesrechtsverletzung, weshalb sie für das Bundesgericht verbindlich bleibt (E. 1 hievor).
4. Der von der Vorinstanz vorgenommene Einkommensvergleich ergab einen Invaliditätsgrad von 64 %, wobei das Invalideneinkommen auf den Tabellenlöhnen gemäss den Schweizerischen Lohnstrukturerhebungen des Bundesamtes für Statistik beruht. Die Festsetzung des Invalideneinkommens wird in der Beschwerde gerügt. Der Versicherte macht geltend, aufgrund der zahlreichen Einschränkungen wie verlangsamtes Arbeitstempo, erforderliche Zusatzpausen usw. nicht mehr vermittelbar zu sein. Ein Einkommensvergleich sei daher im Rahmen geschützter Arbeitsplätze durchzuführen. Die in Würdigung der umfangreichen medizinischen Unterlagen und des Berichts der BEFAS getroffene Annahme des kantonalen Gerichts, der Beschwerdeführer könne seine verbliebene Arbeitsfähigkeit auf dem ihm offen stehenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt erwerblich verwerten, ist ebenfalls nicht offensichtlich unrichtig und beruht auch nicht auf einer Bundesrechtsverletzung. Inwiefern die Vorinstanz sodann Art. 16 ATSG verletzt haben soll, ist im Hinblick darauf, dass das Invalideneinkommen im vorliegenden Fall anhand von Tabellenlöhnen ermittelt werden kann, ebenso wenig ersichtlich wie die behauptete Missachtung des Untersuchungsgrundsatzes. Im Übrigen hat das kantonale Gericht den Einkommensvergleich, soweit im Rahmen der für das Bundesgericht geltenden Kognition (E. 1 hievor) einer Überprüfung zugänglich, korrekt durchgeführt.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, der Ausgleichskasse des Schweizerischen Baumeisterverbandes und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Februar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer