Faits:
A. Par jugement du 7 décembre 2007, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a constaté que X._ s'était rendu coupable de violation simple et grave des règles sur la circulation routière, conduite en état d'ébriété qualifiée, lésions corporelles simples et graves par négligence (I), a révoqué le sursis qui lui avait été octroyé le 1er septembre 2005 par le Juge d'instruction de La Côte (II), l'a astreint à une peine de travail d'intérêt général de cent huitante heures, peine d'ensemble avec la peine de trois jours d'emprisonnement dont le sursis a été révoqué selon le chiffre II ci-dessus (III), a suspendu l'exécution de la peine sous chiffre III ci-dessus et fixé au condamné un délai d'épreuve de cinq ans (IV), l'a condamné à une amende de 1'500 fr., la peine privative de liberté de substitution étant de vingt-cinq jours (V et VI) et a donné acte aux plaignants AD._, BD._ et CD._ de leurs réserves civiles (VII).
Cette décision retient, en substance, les éléments suivants.
A.a Le 16 juillet 2006, alors qu'il circulait, sous l'influence de l'alcool (1.04 g ?), sur l'autoroute A1, X._ s'est assoupi et a perdu le contrôle de son véhicule, lequel a dévié à gauche, puis empiété sur la bande herbeuse de la berme centrale. Après avoir repris ses esprits et afin de revenir sur la chaussée, le prénommé a donné un brusque coup de volant à droite, mais a néanmoins perdu une nouvelle fois le contrôle de son automobile, qui est partie en tête-à-queue et a violemment percuté la glissière centrale de sécurité.
Suite à ce choc, plusieurs éléments de ladite glissière se sont détachés et ont percuté le véhicule de AD._, lui arrachant le pare-brise et le toit. Le prénommé a subi des problèmes de colonne vertébrale et cervicale et est en incapacité de travail depuis l'accident. Son épouse a subi un coup du lapin et est limitée dans ses activités qu'elle accomplit plus lentement. Leur fils CD._ a souffert de maux de tête et leur second enfant, bien que choqué, n'a pas été blessé.
A.b Le casier judiciaire de X._ comporte une condamnation à trois jours d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans, pour violation grave des règles de la circulation routière et contravention à la LStup, prononcée le 1er septembre 2005 par le Juge d'instruction de La Côte. Il a en outre fait l'objet de deux retraits du permis de conduire pour excès de vitesse prononcés en 2005 et 2006.
B. Par arrêt du 19 mai 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de X._. Elle a en revanche admis celui du Ministère public et celui de AD._, BD._ et CD._ et réformé les chiffres II, III et VII du dispositif de première instance en ce sens qu'elle a révoqué le sursis octroyé le 1er septembre 2005 par le Juge d'instruction de l'arrondissement de La Côte et ordonné l'exécution de la peine de trois jours d'emprisonnement (II), astreint X._ à une peine de travail d'intérêt général de cent soixante-huit heures (III) et reconnu l'intéressé seul responsable de l'accident de circulation survenu le 16 juillet 2006, les victimes AD._, BD._ et CD._ étant renvoyées à agir devant le juge civil pour détermination du dommage subi en relation avec cet accident et fixation de l'étendue de sa réparation (VII). Elle a confirmé le jugement de première instance pour le surplus.
C. X._ dépose un recours en matière pénale contre la décision précitée. Il conclut, principalement, à ce qu'il soit constaté qu'il ne s'est pas rendu coupable de violation simple des règles de la circulation routière et que le sursis octroyé le 1er septembre 2005 portant sur une peine de trois jours d'emprisonnement ne soit pas révoqué.
Le Tribunal cantonal ne présente pas d'observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recourant reproche à la Cour de cassation de ne pas avoir modifié le dispositif de première instance et de ne pas avoir diminué la peine infligée alors qu'elle a supprimé un chef d'accusation.
1.1 La Cour de cassation a constaté que le jugement de première instance avait retenu l'application de l'art. 90 ch. 1 LCR, soit la violation simple des règles de la circulation routière, en raison d'un excès de vitesse et d'une perte de maîtrise du véhicule. Elle a relevé que si la perte de maîtrise résultait des faits retenus dans le jugement, notamment par référence à l'ordonnance de renvoi non contestée, il n'en était pas de même de l'excès de vitesse, lequel n'avait pas été envisagé et ne pouvait donc être retenu, faute de renvoi pour cette infraction, qui ne résultait pas même implicitement de la description des faits. Elle a toutefois considéré que la libération du recourant du chef d'accusation d'excès de vitesse ne modifiait en rien le dispositif du jugement entrepris. Elle a en effet jugé que, d'une part, l'infraction simple des règles de la circulation routière était également retenue s'agissant de la perte de maîtrise du véhicule et que, d'autre part, l'excès de vitesse tel qu'il résultait du dossier était si minime qu'il n'avait aucune incidence au regard des autres infractions.
1.2 Selon le jugement de première instance, le recourant s'est rendu coupable de violation simple des règles de la circulation pour l'excès de vitesse commis et de violation grave des règles de la circulation pour s'être endormi au volant et avoir perdu la maîtrise de son véhicule (jugement p. 8 consid. 3).
Ainsi, contrairement à ce qu'ont retenu les juges cantonaux (cf. supra consid. 1.1), la violation simple visée par l'art. 90 ch. 1 LCR n'a été retenue qu'en raison de l'excès de vitesse, la perte de maîtrise constituant en revanche une violation grave au sens de l'art. 90 ch. 2 LCR. Partant, la Cour de cassation devait modifier le dispositif du jugement de première instance en conséquence, le recourant étant en définitive libéré de l'infraction de violation simple des règles sur la circulation routière. Ce grief est donc admis et l'arrêt attaqué réformé dans le sens de ce considérant.
1.3 Lorsqu'à la suite d'un recours, un élément d'appréciation retenu par les premiers juges est écarté, l'autorité ne peut maintenir la peine inchangée sans que cela ne soit justifié par une motivation particulière (ATF 117 IV 395 consid. 4 p. 397).
La Cour cantonale a constaté que, lors de l'instruction, le recourant avait déclaré que son compteur marquait 130 km/h et qu'il devait excéder la vitesse autorisée de quelques km/h. Elle a considéré que cet excès de vitesse - dont elle a libéré le recourant - était si minime qu'il n'avait aucune incidence sur la peine au regard des autres infractions. Cette motivation suffit à maintenir la sanction inchangée. En effet, le recourant a été condamné pour plusieurs infractions (cf. supra consid. A) beaucoup plus importantes, comme les lésions corporelles simples et graves par négligence, la conduite en état d'ébriété qualifié, et la violation grave des règles de la circulation, soit des infractions qui peuvent être toutes punies d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire (art. 125 CP, 91 al. 1 et 90 ch. 2 LCR). L'excès de vitesse, abandonné devant l'autorité de recours, était de moindre gravité et tout à fait secondaire par rapport à ces dernières. Son abandon ne saurait remettre en cause la peine initialement prononcée. Dans ces conditions, la solution de la Cour de cassation ne viole pas le droit fédéral. Le grief est donc rejeté.
2. Invoquant l'art. 46 CP, le recourant reproche à la Cour de cassation d'avoir révoqué le sursis qui lui avait été accordé précédemment. Il explique que le premier juge avait la possibilité de procéder comme il l'a fait, soit de révoquer un précédent sursis, puis de fixer une nouvelle peine d'ensemble tout en l'assortissant d'un sursis. Il affirme que le premier juge n'a pas posé de pronostic défavorable, sa volonté étant finalement de le faire bénéficier du sursis non seulement pour la nouvelle peine, mais également pour celle infligée précédemment.
2.1 Selon l'art. 46 CP, si, durant le délai d'épreuve, le condamné commet un crime ou un délit et qu'il y a dès lors lieu de prévoir qu'il commettra de nouvelles infractions, le juge révoque le sursis ou le sursis partiel. Il peut modifier le genre de la peine révoquée pour fixer, avec la nouvelle peine, une peine d'ensemble conformément à l'art. 49. Il ne peut toutefois prononcer une peine privative de liberté ferme que si la peine d'ensemble atteint une durée de six mois au moins ou si les conditions prévues à l'art. 41 sont remplies (al. 1). S'il n'y a pas lieu de prévoir que le condamné commettra de nouvelles infractions, le juge renonce à ordonner la révocation. Il peut adresser au condamné un avertissement et prolonger le délai d'épreuve de la moitié au plus de la durée fixée dans le jugement. Il peut ordonner une assistance de probation et imposer des règles de conduite pour le délai d'épreuve ainsi prolongé. Si la prolongation intervient après l'expiration du délai d'épreuve, elle court dès le jour où elle est ordonnée (al. 2).
2.2 Le Tribunal de police a révoqué le sursis octroyé précédemment au recourant, relevant que la peine de trois jours d'emprisonnement avec sursis prononcée le 1er septembre 2005 sanctionnait une infraction de même nature et que la condamnation était de peu antérieure aux faits relatifs à la présente procédure. Toutefois, faisant application de l'art. 46 al. 1, seconde phrase, CP, il a fixé une peine d'ensemble conformément à l'art. 49 CP, qu'il a assortie d'un sursis de longue durée, voulant croire que la leçon subie par le recourant était suffisante pour lui faire prendre conscience des conséquences de son comportement.
La Cour de cassation a estimé que le premier juge avait, à juste titre, émis un pronostic défavorable à l'encontre du recourant et révoqué le sursis qui lui avait été accordé précédemment, compte tenu de ses antécédents, et notamment du fait qu'il avait récidivé peu après sa dernière condamnation et qu'il avait fait l'objet de deux retraits de permis de conduire entre 2005 et 2006 pour excès de vitesse. Elle a toutefois considéré qu'en réintroduisant le sursis dans le cadre de la nouvelle peine, le Tribunal de police avait mal appliqué la loi, relevant que le juge ne pouvait en effet assortir la peine d'ensemble d'un nouveau sursis puisque cela revenait à dire que, pour la révocation, il existait un pronostic défavorable, mais que dans l'examen de la peine d'ensemble, tel n'était pas le cas. La Cour de cassation a jugé que le premier sursis devait être révoqué et que le recourant ne pouvait d'ailleurs pas non plus bénéficier du sursis pour la nouvelle sanction prononcée à son encontre vu la gravité de son comportement moins d'une année après sa condamnation du 1er septembre 2005 et l'exécution de la peine de trois jours d'emprisonnement ne permettant pas d'éviter un pronostic défavorable.
2.3 Contrairement aux affirmations du recourant, il résulte de l'argumentation du Tribunal de police, que celui-ci a clairement posé un pronostic défavorable à l'encontre de l'intéressé, puisqu'il a révoqué le sursis qu'il lui avait été accordé précédemment. Pour le reste, le recourant se contente de souligner la pertinence du raisonnement du premier juge. En revanche, il ne démontre pas, conformément aux exigences minimales de l'art. 42 al. 2 LTF, en quoi la motivation suivie par la Cour de cassation violerait le droit fédéral ou procéderait d'un abus de son pouvoir d'appréciation. Il n'explique pas en quoi elle ne pouvait, comme l'avait fait le Tribunal de police, conclure à un pronostic défavorable et révoquer le sursis à la peine de trois jours d'emprisonnement prononcée le 1er septembre 2005 par le Juge d'instruction de l'arrondissement de La Côte. Il ne prétend pas non plus, ni ne démontre, que la peine de travail d'intérêt général qui lui a été infligée aurait dû être assortie d'un sursis au motif que les conditions y relatives seraient réalisées. Dans ces conditions, le grief doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
3. En conclusion, le recours est partiellement admis et le chiffre III de l'arrêt attaqué est réformé. Le recourant obtient très partiellement gain de cause. Il peut prétendre à une indemnité de dépens réduite (art. 68 al. 1 LTF) et supporte des frais réduits en raison de l'issue du recours (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et le chiffre III de l'arrêt attaqué est complété comme suit:
Le jugement de première instance est réformé aux chiffres I, II, III et VII de son dispositif en sens que le tribunal: I. Constate que X._ s'est rendu coupable de violations graves des règles de la circulation routière, conduite en état d'ébriété qualifiée, lésions corporelles simples et graves par négligence.
Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le canton de Vaud versera au recourant la somme de 500 francs à titre de dépens pour la procédure fédérale.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 16 février 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani