Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in B._ bezweckt u.a. die Erbringung von Dienstleistungen auf dem Gebiet der Vermögensverwaltung und Steuerberatung. In ihrer Erfolgsrechnung 2007 bildete sie erstmals eine "pauschale Wertschwankungsreserve" von 14,1%, ausmachend 2,5 Mio Franken, als ausserordentlichen Aufwand auf ihrem börsenkotierten Wertschriftenbestand per 31. Dezember 2007 von total Fr. 17'726'093.-- (Beteiligungen Fr. 12'976'472.--; Wertschriften Fr. 4'749'621.--). Sie stützte sich dabei auf das Merkblatt des kantonalen Steueramtes Zürich vom 20. Juli 2005 über die Besteuerung von Banken und Effektenhändlern, das auf Handelsbeständen in Wertschriften und Edelmetallen solch pauschale Wertberichtigungen vorsieht. Danach wies sie noch einen Gewinn pro 2007 von Fr. 1'336'160.-- aus.
B. Für die Steuerperiode 2007 deklarierte die X._ AG sowohl für die Staats- und Gemeindesteuern wie auch für die direkte Bundessteuer einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 1'336'160.-- und ein steuerbares Eigenkapital von Fr. 9'137'127.-- (Kanton). Demgegenüber veranlagte das kantonale Steueramt die X._ AG am 9. bzw. 30. August 2010 für die Staats- und Gemeindesteuern bzw. für die direkte Bundessteuer mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 3'836'100.-- unter Aufrechnung der Wertschwankungsreserve von Fr. 2'500'000.--. Hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern wurde das steuerbare Eigenkapital unter Erhöhung um die Wertschwankungsreserve auf Fr. 11'637'000.-- festgesetzt. Daran hielt das kantonale Steueramt auch in den Einspracheentscheiden vom 30. September 2010 fest. Die nachfolgenden Rechtsmittel hatten keinen Erfolg.
C. Vor Bundesgericht beantragt die X._ AG, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. Januar 2012 aufzuheben, auf die Aufrechnung der Wertschwankungsreserve von 2,5 Mio Franken zu verzichten, sie für das Steuerjahr 2007 nach Massgabe der eingereichten Steuererklärung für die Staats- und Gemeindesteuern sowie für die direkte Bundessteuer für einen steuerbaren Reingewinn mit Fr. 1'336'160.-- und ein steuerbares Eigenkapital von Fr. 9'137'127.-- zu veranlagen sowie eventualiter die Sache an die Vorinstanz zur neuen Entscheidung zurückzuweisen. Sie rügt die Verletzung von Bundesrecht sowie die offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung.
D. Das kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.
Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um kantonale letztinstanzliche Entscheide über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG (SR 642.11) sowie Art. 73 StHG (SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden der gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführerin ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 Mit der Beschwerde kann namentlich eine Rechtsverletzung nach Art. 95 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Die vorliegenden Beschwerdeschriften genügen diesen Anforderungen nicht vollumfänglich; soweit das nicht der Fall ist, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss Art. 58 Abs. 1 DBG u.a. zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a) und allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden wie insbesondere geschäftsmässig nicht begründete Abschreibungen und Rückstellungen (lit. b). Nach Art. 63 Abs. 1 DBG sind Rückstellungen bzw. Wertberichtigungen zu Lasten der Erfolgsrechnung u.a. zulässig für Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind (lit. b) bzw. für andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen (lit. c). Auch nach allgemeinem Begriffsverständnis wird mittels vorübergehend gedachter Wertberichtigungen temporären Werteinbussen von Gegenständen des Geschäftsvermögens (vor allem Umlaufvermögen) Rechnung getragen (ROBERT DANON, Commentaire romand de la LIFD, 2008, N. 24 ad art. 63 LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2. Teil, 2004, Rz. 23 zu Art. 63 DBG unter Hinweis auf den 1. Teil, 2001, Rz. 25 zu Art. 29 DBG; MARKUS REICH/MARINA ZÜGER, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. 2008, Rz. 25 zu Art. 29 DBG; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, Rz. 13 zu Art. 29 DBG). Dabei werden diese Wertberichtigungen vielfach pauschal festgesetzt, so das Delkredere für Debitorenverluste oder die "Unterbewertung" des Warenlagers (vgl. ROLF BENZ, Handelsrechtliche und steuerrechtliche Grundsätze ordnungsgemässer Bilanzierung, 2000, S. 115; JÜRG STOLL, Die Rückstellung im Handels- und Steuerrecht, 1992, S. 265 ff.). Besondere Regelungen gibt es für Verlustgefahren auf branchenspezifischen Bilanzpositionen der Banken (STOLL, a.a.O., S. 268). So dürften etwa nach der regierungsrätlichen Abschreibungsverordnung des Kantons Bern vom 18. Oktober 2000 (BSG 661.312.59) Banken und Sparkassen auf ihrem Wertschriftenbestand eine Wertberichtigung von 12 Prozent auf dem Kurswert oder auf dem Verkehrswert bilden.
2.2 Der Chef des Kantonalen Steueramtes Zürich gab am 20. Juli 2005 das "Merkblatt des kantonalen Steueramtes über die Besteuerung von Banken und Effektenhändlern" heraus (Zürcher Steuerbuch Teil I Nr. 25/620). Unter B. "Bewertungen" wird dort - soweit hier von Interesse - ausgeführt:
"I. Wertberichtigungen auf Forderungen gegenüber Kunden und Hypothekarforderungen...
II. Wertberichtigungen auf Handelsbeständen in Wertschriften und Edelmetallen
10% auf schweizerischen Obligationen (Fair Value Werte)
20% auf übrigen Werten.
III. Finanzanlagen
Es sind keine pauschalen Wertberichtigungen auf den zum Niedrigstwertprinzip bilanzierten Werten zulässig.
IV. Beteiligungen
IV. Beteiligungen
... Wertberichtigungen und Abschreibungen auf den Gestehungskosten von Beteiligungen (Anteil mindestens 20%) sind nur bis zum anteiligen buchmässigen Eigenkapital der Tochtergesellschaft zulässig. Die diese Höhe übersteigenden Wertberichtigungen und Abschreibungen werden im Sinne von Art. 62 Abs. 4 DBG bzw. § 64 Abs. 5 StG (idR) steuerlich nicht anerkannt und aufgerechnet.
V. Sachanlagen
V. Sachanlagen
... VI. Fremdwährungsrisiken
Es sind keine Rückstellungen zulässig."
Das Merkblatt regelt nicht näher, wer als "Bank" und als "Effektenhändler" gilt. Aber es liegt nahe, für den erstgenannten Begriff auf das Bundesgesetz vom 8. November 1934 über die Banken und Sparkassen (Bankengesetz, BankG, SR 952.0) und für den zweitgenannten Begriff auf das damit verwandte Bundesgesetz vom 24. März 1995 über die Börsen und den Effektenhandel (Börsengesetz, BEHG, SR 954.1) abzustellen. Beide Bundesgesetze gehören zum Regelungsbereich des Kreditwesens. Entsprechend handelt es sich durchwegs um Unternehmen, die zur Aufnahme ihrer Geschäftstätigkeit einer Bewilligung der FINMA bedürfen (Art. 3 ff. BankG, Art. 3 Abs. 1 bzw. 10 Abs. 1 BEHG). Kantonalen Steuerbehörden sind diese Gesetze vor allem wegen des Bank-, Börsen- und Effektenhändlergeheimnisses nach Art. 47 BankG bzw. Art. 43 BEHG vertraut. Demgegenüber haben diese Steuerbehörden mit dem rein steuertechnischen Begriff des "Effektenhändlers" nach Art. 13 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 27. Juni 1973 über die Stempelabgaben (StG, SR 641.10), das - im Gegensatz zu den Staats- und Gemeindesteuern sowie der direkten Bundessteuer - ausschliesslich von Bundesbehörden vollzogen wird, überhaupt nichts zu tun. Dieses Bundesgesetz gehört zudem zum Bereich der Bundessteuern und nicht zum Kreditwesen. Hätte man in einem kantonalen Merkblatt diesen umsatzabgaberechtlichen, an sich nur bundesrechtlich relevanten Begriff eines "Effektenhändlers" heranziehen wollen, wäre dies ausdrücklich zu präzisieren gewesen. Ohne eine solche Klarstellung und damit Ausweitung des Anwendungsbereichs des "organischen" Effektenhändlerbegriffs (vgl. Ziffer 2.1 des Kreisschreibens Nr. 12 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 10. März 2011 betreffend die Umsatzabgabe) ist ohne Weiteres davon auszugehen, einzig der engere und auf der Hand liegende Begriff des Effektenhändlers nach BEGH sei im vorliegenden Zusammenhang gemeint.
2.3 Damit stellt sich die Anschlussfrage, ob es sachgerechte Gründe dafür gibt, das kantonale Merkblatt nur auf Banken gemäss BankG bzw. Effektenhändler im Sinne des BEGH anzuwenden. Zur Beantwortung dieser Frage holte das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich vom Kantonalen Steueramt Zürich den Amtsbericht vom 21. Februar 2011 ein, wo unter Ziffer 4 ausgeführt wird:
"Dabei ist zu berücksichtigen, dass mit einem Handelsbestand an Wertschriften und Edelmetallen, welcher für den kurzfristigen Wiederverkauf bestimmt ist, grundlegend anders gelagerte wirtschaftliche Risiken verbunden sind, als wenn Wertschriften zu Anlagezwecken oder als Liquiditätsreserve mittel- oder langfristig gehalten werden. Handelsbestände an Wertschriften und Edelmetallen für den kurzfristigen Wiederverkauf unterliegen in einem erhöhten Ausmass insbesondere den Volumen- wie auch Volatilitätsrisiken der betreffenden Wertschriftentitel und Edelmetallen, was bei einem mittel- oder langfristigen Anlagehorizont ungleich weniger von Bedeutung ist. Steuerpflichtige, welche gewerbsmässig Effekten, die von Dritten ausgegeben worden sind, fest übernehmen und sie öffentlich auf dem Primärmarkt anbieten, tragen insbesondere das Absatz- und Preisrisiko, d.h. das Risiko, dass die Emission nicht vollständig platziert werden kann und sie auf einem Bestand an Titel "sitzenbleiben", welcher dann häufig unter dem Einstandspreis veräussert werden muss.
Da solche unbestrittenermassen bestehenden Volumen-, Volatilitäts- und Absatzrisiken bei Handelsbeständen im einzelnen nur schwer quantifizierbar sind, wird diesem Umstand in der Praxis seit jeher dadurch Rechnung getragen, dass die anspruchsberechtigten Steuerpflichtigen auf ihren Handelsbeständen in Wertschriften und Edelmetallen steuerlich zulässige pauschale Wertberichtigungen im Umfang von 10% auf schweizerischen Obligationen und 20% auf übrigen Werten bilden dürfen."
2.4 Gestützt darauf erwog die Vorinstanz, die Beschwerdeführerin gehöre - auch wenn sie mit Wertschriften handle - nicht zu den steuerpflichtigen Personen, welche in den Anwendungsbereich des Merkblattes fallen würden, sei sie doch weder eine Bank nach BankG noch eine Effektenhändlerin gemäss BEHG. Zudem gebe es durchaus sachliche Gründe, um den Effektenhändlern nach BEHG eine pauschale Wertberichtigung nach dem Merkblatt zu gewähren, auf welche sich andere steuerpflichtige Personen nicht berufen könnten. Handelsbestände an Wertschriften und Edelmetallen für den kurzfristigen Wiederverkauf unterlägen in einem erhöhten Ausmass insbesondere den Volumen-, Volatilitäts- und Absatzrisiken der betreffenden Wertschriftentitel und Edelmetalle.
Im Übrigen wäre die Beschwerdeführerin - was von der Vorinstanz nicht speziell erwähnt wird - durchaus berechtigt, konkret ausgewiesenen Verlustrisiken mittels einer Wertberichtigung auf einzelnen Bilanzpositionen erfolgswirksam Rechnung zu tragen. Nur die pauschale Wertberichtigung im Sinne des Merkblattes steht ihr nicht zu.
3. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, überzeugt nicht:
3.1 Zunächst rügt die Beschwerdeführerin eine "willkürliche unvollständige Feststellung des relevanten Sachverhalts" durch die Vorinstanz. Diese habe den von der Beschwerdeführerin 2007 erzielten Wertschriftenertrag von Fr. 3'786'061.-- nicht berücksichtigt, der - durch Kontoblätter betreffend Aktien- und Wertschriftenertrag belegt - auf zahlreichen Transaktionen beruhe. Allerdings hat schon das Steuerrekursgericht festgestellt, dass diese Transaktionen zur Hauptsache vier Gesellschaften betrafen, deren Beteiligungsrechte vermutungsweise längere Zeit gehalten wurden. Indem die Vorinstanz auf den bereits durch das Steuerrekursgericht entkräfteten Einwand nicht erneut eintrat, ging sie keineswegs von einem unvollständigen Sachverhalt aus, sondern trat zulässigerweise nicht auf sämtliche der teilweise weit hergeholten Vorbringen der Beschwerdeführerin ein.
3.2 Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, das Merkblatt des kantonalen Steueramtes Zürich vom 20. Juli 2005 über die Besteuerung von Banken und Effektenhändlern sei auch auf sie anwendbar, mache es doch keinen Unterschied zwischen Effektenhändlern gemäss BEHG und solchen nach Stempelsteuerrecht. Wende man dieses nicht auf sie als anerkannte "Effektenhändlerin nach Stempelsteuerrecht" an, verfalle man in Willkür. Wie bereits ausgeführt, ist die Anwendung dieses Merkblattes nur auf Effektenhändler nach BEHG sachgerecht (vgl. E. 2.2). Darauf ist nicht zurückzukommen.
3.3 Weiter rügt die Beschwerdeführerin, dass das Merkblatt des kantonalen Steueramtes Zürich vom 20. Juli 2005 über die Besteuerung von Banken und Effektenhändlern auf jeden Fall aus Gründen der Gleichbehandlung zumindest analog auf sie angewendet werden müsse. Auch zu diesem Einwand wurde bereits Stellung genommen (vgl. E. 2.3) und aufgezeigt, dass es sachliche Gründe gibt (in der Regel keine kurzfristigen Haltezeiten, viel geringeres Umsatzvolumen mit reduzierterem Absatz- und Preisrisiko), die pauschale Wertberichtigung der Beschwerdeführerin nicht zu gewähren. Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin werden diese rechtlich relevanten Unterschiede von den Vorinstanzen hinreichend zum Ausdruck gebracht. Sollte die Beschwerdeführerin ausnahmsweise bestimmte Wertschriften nur kurzfristig über den Bilanzstichtag halten, wäre es ihr unbenommen, darauf eine - konkret zu quantifizierende (und nicht eine pauschale) - Wertberichtigung zu bilden (vgl. E. 2.4 in fine). Die pauschale Wertberichtigung will ganz speziellen, branchenspezifischen Verlustrisiken auf Handelsbeständen schematisch - ohne besonderen Nachweis - Rechnung tragen. Derart spezifische Risiken trägt der "gut diversifizierte Anleger", dessen Anlagehorizont normalerweise viel längerfristig ist, demgegenüber nicht. Im Übrigen geht es hier um eine möglichst praktikable Lösung. Es ist auch im Rahmen der Rechtsanwendung zulässig, an einem Durchschnittssachverhalt orientierte schematische Lösungen (Pauschalen) vorzusehen (ADRIENNE HEIL-FROIDEVAUX, Steuerrechtliche Praktikabilität unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten, 2006, S. 261 ff.; siehe auch BGE 136 I 1 E. 4.3.1 S. 7). Dabei ist hinzunehmen, dass ein Anspruchsberechtigter ausnahmsweise die Pauschale beansprucht, obwohl er gewisse Wertschriften etwas länger oder in beschränktem Umfang hält, und ein nicht Anspruchsberechtigter die Pauschale nicht beanspruchen kann, obwohl er einen beachtlichen Wertschriftenposten vereinzelt nur kurzfristig hält. Letzterer muss aber die Möglichkeit haben, eine Wertberichtigung nach dem Grundsatz der Einzelbewertung zu beanspruchen, sofern er eine Verlustgefahr dartun kann.
3.4 Weiter rügt die Beschwerdeführerin, das Merkblatt des kantonalen Steueramtes Zürich vom 20. Juli 2005 über die Besteuerung von Banken und Effektenhändlern verlange gar keine kurzfristige Haltezeit. Dieses Erfordernis habe der Amtsbericht vom 21. Februar 2011 dort hinein interpretiert.
Bereits aus dem Begriff "Handelsbestand" geht hervor, dass es sich nicht um längerfristige Anlagen handeln kann. Entsprechend werden auf "Finanzanlagen" (III.) und "Beteiligungen" (IV.) keine pauschalen Wertberichtigungen zugelassen. Wenn die Beschwerdeführerin mit der "pauschalen Wertschwankungsreserve" von 2,5 Mio Franken auch Risiken auf ihren Beteiligungen - aber "entsprechend dem Prinzip der Einzelbewertung" - abdecken will, kann ihr nicht gefolgt werden. Für jede ihrer Beteiligungen müsste sie einzeln und konkret ein - vorübergehendes (Wertberichtigung) oder dauerhaftes (Abschreibung) - Verlustrisiko nachweisen. Der rein rechnungsmässige Hinweis, dass eine Wertberichtigung auf ihrer Beteiligung an der A._ AG "einen Betrag von weit über CHF 2,5 Mio ausmacht", genügt nicht; es müsste dargetan werden, dass dieser Beteiligung Verluste drohten, die ihren Grund im Geschäftsjahr 2007 hatten. Dabei hätte dieser Nachweis bereits im vorinstanzlichen Verfahren erbracht werden müssen. Wenn überhaupt, käme die Pauschale nur auf Wertschriften in Frage, die zum Umlaufvermögen gehören, und fiele damit viel geringer aus als die 2,5 Mio Franken. Damit erweist sich auch die diesbezügliche Rüge einer Verletzung des rechtlichen Gehörs als unbegründet.
3.5 Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, eine Beschränkung des Anwendungsbereichs des Merkblattes des kantonalen Steueramtes Zürich vom 20. Juli 2005 über die Besteuerung von Banken und Effektenhändlern verstosse gegen Treu und Glauben. Selbst das Kantonale Steueramt stelle in seinem Amtsbericht vom 21. Februar 2011 fest, die fehlende Begriffsdefinition des "Effektenhändlers" könne zu Missverständnissen führen. Allerdings wurde festgestellt (vgl. E. 2.2), dass aufgrund der Auslegung keine Unklarheiten bestehen. Jedenfalls ist diese behördliche Verlautbarung nicht geeignet, irgendeine Vertrauensbasis zu bilden, aus welcher die Beschwerdeführerin etwas zu ihren Gunsten ableiten könnte.
3.6 Zusammenfassend erweist sich die Nichtzulassung der "pauschalen Wertschwankungsreserve" per Ende 2007 bei der Beschwerdeführerin als gerechtfertigt, weshalb insoweit die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2007 unbegründet und abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
II. Staats- und Gemeindesteuern
4. 4.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss § 64 des zürcherischen Steuergesetzes vom 5. Juni 1997 (StG; LS 631.1) zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahres (Ziff. 1), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (Ziff. 2), wie insbesondere geschäftsmässig nicht begründete Abschreibungen und Rückstellungen (lit. b). Diese Bestimmungen entsprechen Art. 58 Abs. 1 DBG bzw. Art. 24 Abs. 1 StHG. Das zum DBG Festgestellte gilt damit ebenfalls für die kantonalen Steuern.
4.2 Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2007 ist damit ebenso unbegründet und abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5. 5.1 Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin die Kostensprüche der beiden Vorinstanzen. Das Steuerrekursgericht setzte die Gerichtsgebühr für die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer auf Fr. 9'000.-- und die Zustellkosten auf Fr. 40.-- (total Fr. 9'040.--) und die Gerichtsgebühr für den Rekurs betreffend die Staats- und Gemeindesteuern auf Fr. 14'300.-- und die Zustellkosten auf Fr. 40.-- (total Fr. 14'340.--) fest. Demgegenüber setzte die Vorinstanz die Gerichtsgebühr für die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer auf Fr. 9'500.-- und die Zustellkosten auf Fr. 100.-- (total Fr. 9'600.--) und die Gerichtsgebühr für die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern auf Fr. 14'500.-- und die Zustellkosten auf Fr. 120.-- (total Fr. 14'620.--) fest. Die Beschwerdeführerin beanstandet die nicht näher begründete Höhe dieser Gerichtsgebühren als gehörsverletzend und bezweifelt, dass das Kostendeckungs- und das Äquivalenzprinzip gewahrt sind.
5.2 Das Bundesgericht musste sich erst vor Kurzem mit den Gebühren vor dem zürcherischen Verwaltungsgericht befassen (Urteil 2C_603/2011 vom 16. Januar 2012 E. 2 und 3, in: ASA 80, S. 626 ff., 629 ff.). Es führte aus, die erforderliche Begründungsdichte von Kostensprüchen hänge eng mit der Frage zusammen, ob das Gericht die Gebühr im üblichen Rahmen gemäss Gebührentarif festzusetzen hatte oder im Gegenteil ausserordentliche Umstände zu berücksichtigen waren. Hier zog die Vorinstanz die ab 1. Januar 2011 gültige Gebührenverordnung des Verwaltungsgerichts vom 23. August 2010 (GebV VGer, LS 175.252) heran, die auch für das Steuerrekursgericht massgebend ist (§ 1 GebV VGer). Gemäss § 2 GebV VGer bemisst sich die Gerichtsgebühr nach dem Zeitaufwand des Gerichts, der Schwierigkeit des Falles und dem Streitwert oder dem tatsächlichen Streitinteresse. Nach § 3 GebV VGer richtet sich bei Verfahren mit bestimmbarem Streitwert die Grundgebühr nach dem Streitwert und beträgt in der Regel:
Streitwert (in Franken)
Gerichtsgebühr (in Franken)
bis 5 000
500
von 5 000
bis 10 000
500
bis 1 000
von 10 000
bis 20 000
1 000
bis 2 000
von 20 000
bis 50 000
2 000
bis 4 000
von 50 000
bis 100 000
4 000
bis 6 000
von 100 000
bis 250 000
6 000
bis 10 000
von 250 000
bis 500 000
10 000
bis 15 000
von 500 000
bis 1 Million
15 000
bis 20 000
Über 1 Million
20 000
bis 50 000
Die Vorinstanz bestimmte den Streitwert bei der direkten Bundessteuer auf Fr. 195'750.--. Nachdem für Streitwerte von Fr. 100'000.-- bis Fr. 250'000.-- die Gerichtsgebühr Fr. 6'000.-- bis Fr. 10'000.-- beträgt, liegt die ausgefällte Gebühr innerhalb dieses Rahmens und ist nicht zu beanstanden. Für die Staats- und Gemeindesteuern bestimmte die Vorinstanz den Streitwert auf Fr. 462'500.--. Nachdem für Streitwerte von Fr. 250'000.-- bis Fr. 500'000.-- die Gerichtsgebühr Fr. 10'000.-- bis Fr. 15'000.-- beträgt, liegt auch diese Gebühr innerhalb dieses Rahmens. Damit ist weder eine Gehörsverletzung noch ein Verstoss gegen das Kostendeckungs- und das Äquivalenzprinzip gegeben. Soweit die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang die Verfahrensaufteilung (betreffend direkte Bundessteuer sowie Staats- und Gemeindesteuern) rügt, ist auf BGE 130 II 509 E. 8.3 S. 511 f. verwiesen.
III. Kosten und Entschädigung
6. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_243/2012 und 2C_244/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer (2C_243/2012) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_244/2012) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juli 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass