Faits:
A. A la requête de Y._, l'Office des poursuites de Morges-Aubonne a établi, le 14 septembre 2006, à l'encontre de X._ SA, (c/o D._ SA ...) un commandement de payer dans la poursuite n° xxx portant sur la somme de 6'818 fr. 60, plus intérêts à 5 % l'an dès le 1er avril 2006. Cet acte a été notifié le 15 septembre 2006 à l'adresse indiquée en mains de Mme B._, secrétaire. Il est demeuré libre d'opposition.
Au bénéfice d'une commination de faillite exécutoire, notifiée le 18 octobre 2006 en mains de Mme C._, secrétaire, la créancière a requis la faillite de la poursuivie le 29 novembre 2006. La convocation à l'audience de faillite, fixée au 11 janvier 2007, a été déposée dans la case postale de la poursuivie le 2 décembre 2006 et a été retirée le 6 décembre 2006.
Par jugement du 11 janvier 2007, rendu par défaut des parties et notifié le même jour, la Présidente du Tribunal d'arrondissement de la Côte a prononcé la faillite de la poursuivie. Le pli recommandé contenant ce jugement et destiné à la faillie a été retiré le 12 janvier 2007. Tout comme le commandement de payer, la commination de faillite et la convocation à l'audience de faillite, il avait été envoyé à l'adresse susmentionnée (X._ SA c/o D._ SA ...) et il ne mentionnait pas le nom de la seule personne disposant, selon le registre du commerce, d'un pouvoir de signature individuel, à savoir l'administrateur unique A._.
B. Le 2 février 2007, ce dernier a fait savoir à la Présidente du Tribunal d'arrondissement que ce n'était qu'à la réception, le jour-même, de la convocation de l'office des faillites qu'il avait pris connaissance de l'existence d'un jugement de faillite, n'ayant jamais reçu, "suite à des dysfonctionnements qui ont pu être réglés à ce jour", le commandement de payer, la commination de faillite, la citation à l'audience de faillite et le jugement du 11 janvier 2007.
Le 7 février 2007, la faillie a déposé une requête de relief, qui a été rejetée le lendemain par la présidente du tribunal pour cause de tardiveté.
La faillie a alors saisi la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois d'un recours dirigé contre le jugement de faillite du 11 janvier 2007. Elle a notamment produit à cette occasion une attestation établie le 27 février 2007 par le sous-directeur de la fiduciaire D._ SA et collaborateur de l'administrateur précité, certifiant que ce dernier n'avait jamais été informé des éléments relatifs à la procédure de poursuite et de faillite, vraisemblablement en raison des manquements d'une employée, B._, qui avait été licenciée depuis lors.
Par arrêt du 24 mai 2007, la cour cantonale a déclaré le recours irrecevable et a confirmé le jugement entrepris, en bref pour les motifs suivants, communiqués le 12 juillet 2007: la recourante avait été valablement assignée à l'audience de faillite et le jugement de faillite régulièrement notifié le 12 janvier 2007, de sorte que l'acte de recours posté le 8 février 2007 était tardif; la recourante ne pouvait obtenir une restitution de délai, car l'une des conditions cumulatives posées par l'art. 33 al. 4 LP, à savoir un empêchement non fautif, n'était pas remplie.
C. Par actes des 30 mai/7 septembre 2007, la faillie a interjeté auprès du Tribunal fédéral un recours en matière civile, concluant à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'elle n'est pas déclarée en faillite, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué.
Le dépôt de réponses n'a pas été requis.
L'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 19 juin 2007.
Considérant en droit:
1. Interjeté par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), le recours est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. d LTF). Il a en outre été déposé dans le délai légal (art. 100 al. 1 LTF), compte tenu de la suspension de l'art. 46 al. 1 let. b LTF.
2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Les pièces 25 et 26, relatives au retrait de la citation à comparaître au tribunal et du pli contenant le jugement du 12 janvier 2007, qui ont été produites devant le Tribunal fédéral seulement, n'ont donc pas à être prises en considération. Il en va de même du fait, qui ne ressort pas de l'arrêt attaqué, selon lequel "l'employée C._, qui a apposé sa signature sur l'acte de commination de faillite, était sous les ordres de B._, celle-ci [ayant] ainsi pu intervenir à temps pour empêcher l'administrateur A._ d'avoir connaissance de l'évolution de la procédure".
3. 3.1 Conformément à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, les motifs que doit contenir tout mémoire de recours doivent exposer succinctement en quoi l'arrêt attaqué viole le droit. Pour satisfaire à cette obligation de motiver, qui correspond à celle de l'art. 55 al. 1 let. c OJ (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4000 ss, p. 4093 ad art. 39; ci-après: Message), le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il n'est pas indispensable qu'il indique expressément les dispositions légales - le numéro des articles de loi - ou qu'il désigne expressément les principes non écrits de droit qui auraient été violés; il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ, les ATF 121 III 397 consid. 2a p. 400; 116 II 745 consid. 3 p. 748 et les arrêts cités). Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique en effet d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF).
Toutefois, si le recourant se plaint de la violation de droits fondamentaux ou de dispositions de droit cantonal, il doit, comme sous l'empire de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, satisfaire au principe d'allégation (Message, p. 4142 ad art. 100), soit indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée. Ainsi, si le recourant se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.), il ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où la juridiction supérieure jouit d'une libre cognition; en particulier, il ne saurait se limiter à opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, mais il doit démontrer par une argumentation précise que cette décision se fonde sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 III 585 consid. 4.1, 589 consid. 2, 638 [n° 87] consid. 2 et les arrêts cités).
3.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires, au sens de l'art. 9 Cst. (Message, FF 2001 p. 4035 n. 2.3.1.2 et p. 4135 ad art. 92), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation.
4. L'assignation à l'audience de faillite (art. 168 LP) et la notification du jugement de faillite (art. 171 ss LP) sont réglées par le droit cantonal de procédure (P.-R. Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, n. 9 ad art. 168 LP et n. 19 ad art. 174 LP; Flavio Cometta, Commentaire romand de la LP, n. 1 ad art. 168 LP et n. 5 ad art. 171 LP; Philippe Nordmann, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, n. 8 ad art. 168 LP). Pour trancher la question de la validité de l'assignation à l'audience de faillite et de la notification du jugement de faillite, la cour cantonale s'est donc fondée sur les art. 20 al. 2 let. c du Code de procédure civile vaudois (CPC) et les 50 et 54 de la loi vaudoise d'application de la LP (LVLP), ainsi que sur l'art. 65 al. 2 LP, disposition de droit fédéral appliquée à titre de droit cantonal supplétif (cf. ATF 133 III 462 consid. 4.4.1 p. 470). Elle a retenu qu'en l'espèce les actes judiciaires en question avaient été adressés sous plis recommandés au siège social de la société, soit dans les bureaux de D._ SA, dont l'administrateur de la recourante était par ailleurs le collaborateur, que même si les plis n'indiquaient pas le destinataire ayant qualité pour les recevoir, ils avaient été retirés, respectivement le 6 décembre 2006 et le 12 janvier 2007, par une employée ayant qualité d'auxiliaire et que, par conséquent, ces retraits valaient notifications. Ainsi, a conclu la cour cantonale, tant l'assignation à l'audience de faillite que la notification du jugement de faillite étaient régulières.
Dans ses écritures, la recourante ne s'en prend pas à ces considérants d'une façon conforme aux exigences de motivation susmentionnées (consid. 3.1). D'une part, elle se contente d'affirmer que les actes en question n'ont pas été valablement communiqués et que leur notification était entachée d'irrégularités, se bornant ainsi à opposer sa propre opinion à celle de la cour cantonale sans autre développement, ce qui est insuffisant. D'autre part, elle renvoie simplement à l'opinion minoritaire d'un juge de la cour cantonale sans même en indiquer le contenu ou tout au moins l'essentiel; elle n'expose pas davantage en quoi les autres juges cantonaux auraient eu tort de s'en écarter. Un tel renvoi à la procédure cantonale est d'ailleurs inadmissible selon la jurisprudence constante (ATF 131 III 384 consid. 2.3 p. 387 s.; 130 I 290 consid. 4.10 p. 302), récemment confirmée sous l'empire du nouveau droit d'organisation judiciaire (arrêt 4A_137/2007 du 20 juillet 2007 consid. 4).
Faute de contenir, en ce qui concerne la notification des actes en cause, une argumentation précise démontrant en quoi l'arrêt attaqué consacrerait une application manifestement insoutenable du droit déterminant, le recours est irrecevable sur ce point.
5. En ce qui concerne l'application de l'art. 33 al. 4 LP, la cour cantonale a estimé que la recourante n'avait pas droit à une restitution de délai parce qu'une faute propre lui était imputable: son employée (B._) avait commis une faute en ne remettant pas le courrier à l'administrateur et ce comportement fautif dénotait une grave insuffisance dans les instructions données à l'auxiliaire et/ou dans la surveillance de celle-ci, un acte de malveillance de la part de l'employée n'ayant pas été allégué; à cela s'ajoutait le fait que la commination de faillite avait été réceptionnée par une autre employée (C._); si celle-ci s'était également abstenue de la communiquer à l'administrateur de la recourante, le défaut d'instruction et de surveillance apparaissait d'autant plus caractérisé; si la commination de faillite était parvenue en mains de l'administrateur, celui-ci devait s'attendre à recevoir une convocation à l'audience de faillite ainsi que le jugement rendu à l'issue de celle-ci; il devait se montrer d'autant plus attentif dans les instructions données à ses employés.
Sur ce point, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir mal interprété les faits. Elle se borne toutefois à présenter sa propre version de ceux-ci, se fondant pour partie sur des éléments dont l'arrêt attaqué ne fait nullement état et qui ne peuvent donc pas être pris en considération (cf. consid. 2). Elle invoque certes le comportement inconcevable et totalement imprévisible de l'employée concernée, mais n'avance rien qui puisse faire apparaître comme arbitraires et le constat de défaut d'instruction et/ou de surveillance établi par la cour cantonale et l'imputation d'une faute à elle-même. La recourante concède par ailleurs qu'une malveillance de la part de l'employée fautive n'a pas pu être démontrée. Elle laisse néanmoins entendre qu'une telle démonstration pouvait résulter des explications du sous-directeur de la fiduciaire et collaborateur de l'administrateur du 27 février 2007. Elle omet cependant de considérer et surtout de critiquer le point de vue de la cour cantonale à ce propos, qui a estimé que cette "attestation" devait être accueillie avec réserve en raison, d'une part, du fait qu'il s'agissait d'un témoignage écrit dans une procédure n'autorisant pas l'audition de témoins et en raison, d'autre part, des liens existant entre son auteur et la recourante.
Dans la mesure où il est recevable, le grief de mauvaise interprétation des faits s'avère donc mal fondé faute d'une démonstration, conforme aux exigences susmentionnées (consid. 3.2), du caractère insoutenable de cette interprétation.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF).
Le dépôt de réponses n'ayant pas été requis, il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 24 janvier 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Raselli Fellay