Sachverhalt:
A. Der 1962 geborene K._ war ab 1. Januar 2003 bis 31. Oktober 2006 als Hilfsisoleur bei der Firma D._ AG angestellt. Am 17. Februar 2006 stolperte er bei der Arbeit auf einem Flachdach und fiel auf Rücken und Kopf. Das Spital X._, wo er ambulant behandelt wurde, diagnostizierte gleichentags eine Kontusion der Lendenwirbelsäule (LWS) mit/bei Status nach Stolpersturz sowie Zahnfraktur Nr. 11 und 21. Am 8. Januar 2008 meldete sich der Versicherte bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Zur Abklärung der Verhältnisse holte die IV-Stelle des Kantons Zürich diverse Arztberichte sowie ein Gutachten des Dr. med. U._, MBA Spezialarzt Psychiatrie und Psychotherapie (FMH) sowie Psychosomatische uns psychosoziale Medizin (APPM), und des Dr. med. M._ vom 5. Mai 2007 ein. Mit Verfügung vom 5. November 2007 verneinte die IV-Stelle einen Rentenanspruch des Versicherten.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab, soweit es darauf eintrat (Dispositiv-Ziffer 1); es auferlegte dem Versicherten die Gerichtskosten von Fr. 800.-, nahm sie jedoch zufolge Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung einstweilen auf die Gerichtskasse (Dispositiv-Ziffer 2; Entscheid vom 30. September 2008).
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte die Aufhebung von Dispositiv-Ziffer 1 und 2 des kantonalen Entscheides; ab Februar 2007 sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung für das bundesgerichtliche Verfahren. Er legt neue Akten auf. Mit Verfügung vom 5. Dezember 2008 wies das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde ab, worauf der Versicherte fristgemäss den einverlangten Kostenvorschuss von Fr. 500.- bezahlte.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Dies ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen (in SVR 2008 AlV Nr. 12 S. 35 publ. E. 1.2 und 2.2 des Urteils BGE 133 V 640).
2. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur insoweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.1 Letztinstanzlich reicht der Versicherte neu eine Stellungnahme der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 3. Februar 2006 betreffend Heilkosten- und Taggeldausrichtung für die Folgen des Unfalls vom 17. Februar 2006 ein. Im Rahmen von Art. 99 Abs. 1 BGG sind die Parteien grundsätzlich gehalten, alle rechtsrelevanten Tatsachen und Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen zu nennen. Gründe zur Abweichung von dieser Regel sind vorliegend nicht erkennbar, zumal der Versicherte nicht darlegt, dass ihm die frühere Beibringung dieser SUVA-Stellungnahme prozessual unmöglich und objektiv unzumutbar war (vgl. Urteil 8C_195/2008 vom 16. Dezember 2008, E. 4 mit Hinweis).
2.2 Weiter legt der Versicherte neu den vorinstanzlichen, unangefochten in Rechtskraft erwachsenen Entscheid vom 30. September 2008 betreffend den Einspracheentscheid der SUVA vom 28. März 2007 auf; hierin hat die Vorinstanz die Leistungseinstellung der SUVA für die Folgen des Unfalls vom 17. Februar 2006 auf den 30. November 2006 bestätigt. Aus diesem vorinstanzlichen Entscheid kann der Versicherte - wie die folgenden Erwägungen zeigen - nichts zu seinen Gunsten ableiten. Zudem reicht er neu einen Bericht des Sozialpsychiatrischen Dienstes vom 24. Oktober 2008 ein, worin ausgeführt wurde, ab 27. Oktober 2008 werde er wegen aktueller Zustandsverschlechterung (anhaltende Anpassungsstörung, Angst und depressive Reaktion gemischt, ICD-10: F43.22) in die Psychiatrische Klinik Y._ eintreten. Auch dieser Bericht, der lediglich obige Angaben enthält, ist unbehelflich, da er nicht geeignet ist, die Beurteilung bezogen auf den massgebenden Zeitpunkt bis zum Verfügungserlass am 5. November 2007 zu beeinflussen (BGE 132 V 215 E. 3.1.1 S. 220, 121 V 362 E. 1b S. 366, je mit Hinweisen). Unter diesen Umständen kann offenbleiben, ob die Einreichung dieser beiden neuen Akten im Lichte von Art. 99 Abs. 1 BGG überhaupt zulässig ist.
3. Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass die am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen des IVG vom 6. Oktober 2006 und der IVV vom 28. September 2007 (5. IV-Revision) nicht anwendbar sind, da die streitige Verfügung vom 5. November 2007 datiert. Bei den nachfolgend zitierten Bestimmungen handelt es sich demnach um die bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassungen.
Weiter hat die Vorinstanz die Bestimmungen über die Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG), die Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG; Art. 4 Abs. 1 IVG), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 IVG) sowie die Rechtsprechung zum invalidisierenden Charakter psychischer Gesundheitsschäden (BGE 131 V 49, 130 V 352) und zum Beweiswert von Arztberichten (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232, 125 V 351) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Die auf Grund medizinischer Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit ist Entscheidung über eine Tatfrage. Tatfrage ist weiter, in welchem Umfang eine versicherte Person vom funktionellen Leistungsvermögen und vom Vorhandensein bzw. von der Verfügbarkeit psychischer Ressourcen her eine (Rest-)Arbeitsfähigkeit aufweist und ihr die Ausübung entsprechend profilierter Tätigkeiten zumutbar ist, es sei denn, andere als medizinische Gründe stünden der Bejahung der Zumutbarkeit im Einzelfall in invalidenversicherungsrechtlich erheblicher Weise entgegen. Soweit die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.). Die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 43 Abs. 1 bzw. Art. 61 lit. c ATSG ist Rechtsfrage. Die konkrete und die antizipierte Beweiswürdigung betreffen Tatfragen (Urteil 8C_474/2008 vom 4. Dezember 2008, E. 3 mit Hinweis).
5. 5.1 Die Dres. med. U._ und M._ stellten im Gutachten vom 5. Mai 2007 folgende Diagnosen mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit: Anpassungsstörung mit vorwiegender Störung des Sozialverhaltens (ICD-10: F43.24). Auslösend sei vermutlich der Unfall vom 17. Februar 2006 gewesen. Ohne Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit seien a. Status nach depressiver Episode (ICD-10: F32.4), aktuell remittiert, bei Status nach Anpassungsstörung mit vorwiegender Beeinträchtigung von anderen Gefühlen (ICD-10: F43.23) bei Status nach Unfall vom 17. Februar 2006 und b. Abhängigkeitssyndrom von ärztlich verordneten Benzodiazepinen (Diazepam; ICD-10: F13.24). Die Vorinstanz hat gestützt auf dieses Gutachten sowie in sorgfältiger Würdigung der übrigen medizinischen Akten mit einlässlicher Begründung richtig festgestellt, dass die Arbeitsfähigkeit des Versicherten in der bisherigen und in einer leidensangepassten Tätigkeit zu weniger als 20 % eingeschränkt und er sofort eingliederungsfähig ist.
5.2 Diese vorinstanzliche, auf ärztlicher Stellungnahme beruhende Feststellung der Restarbeitsfähigkeit ist tatsächlicher Natur. Der Versicherte erhebt letztinstanzlich keine Rügen, welche diese Feststellung als offensichtlich unrichtig oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhend erscheinen lassen (vgl. E. 1.2 hievor).
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers wurde der Sachverhalt weder willkürlich (Art. 9 BV) noch in Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) ermittelt. Hieran ändert nichts, dass im Gutachten der Dres. med. U._ und M._ vom 5. Mai 2007 ausgeführt wurde, die therapeutischen Massnahmen seien (noch) nicht ausgeschöpft und im Verlauf sollte eine allfällige stationäre psychiatrisch-psychotherapeutische Behandlung evaluiert werden. Denn entscheidend ist, dass sich diese Massnahmen auf eine weitere Verbesserung des Gesundheitszustandes bezogen und bis zum massgebenden Zeitpunkt des Verfügungserlasses am 5. November 2007 die Voraussetzungen für einen Rentenanspruch nicht erfüllt waren (vgl. auch E. 6 hienach; Urteil I 128/07 vom 16. Januar 2008, E. 7 mit Hinweisen).
Weiter ist es angesichts der eingeschränkten Kognition des Bundesgerichts nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz zur Auffassung gelangte, die Berichte des Sozialpsychiatrischen Dienstes vom 21. Dezember 2006, 23. November 2007 und 21. April 2008 vermöchten das Ergebnis des Gutachtens der Dres. med. U._ und M._ vom 5. Mai 2007 nicht in Frage zu stellen.
5.3 Der Versicherte wendet ein, die Vorinstanz habe ihm in Verletzung von Art. 29 Abs. 1 BV das Recht verweigert, da sie es unterlassen habe, die Anspruchsberechtigung nach Massgabe von Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG zu prüfen; er sei seit dem Unfall vom 17. Februar 2006 während mehr als einem Jahr ohne Unterbruch zu 100 % arbeitsunfähig gewesen; die SUVA habe ihm seit dem Unfall bis 30. November 2006 auf Grund 100%iger Arbeitsunfähigkeit das ganze Taggeld ausgerichtet. Auch dieser Einwand ist nicht stichhaltig. Denn vorliegend ist auf das Gutachten der Dres. med. U._ und M._ vom 5. Mai 2007 abzustellen, wonach die Arbeitsfähigkeit des Versicherten zu weniger als 20 % eingeschränkt ist (E. 5.1 hievor). Zudem vermag eine Arbeitsunfähigkeit von mindestens 40 % im bisherigen Beruf während eines Jahres nach Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG (BGE 130 V 97 E. 3.2 S. 99) allein keinen Rentenanspruch zu begründen, sondern nur, wenn sich daran eine Erwerbsunfähigkeit bzw. Invalidität (Art. 7, Art. 8 Abs. 1 ATSG; Art. 4 Abs. 1 IVG) in mindestens gleicher Höhe anschliesst. Dies gilt in gleicher Weise für alle gesetzlichen Rentenabstufungen (Art. 28 Abs. 1 IVG; BGE 121 V 264 E. 6b/cc S. 274; Urteil 8C_189/2008 vom 4. Juli 2008, E. 2.2). In casu liegt indessen der für einen Rentenanspruch vorausgesetzte Invaliditätsgrad im massgebenden Zeitpunkt des Verfügungserlasses am 5. November 2007 nicht vor (vgl. auch E. 6 hienach).
5.4 Schliesslich hat die Vorinstanz richtig erkannt, dass der Versicherte aus dem Einspracheentscheid des Amtes für Industrie, Gewerbe und Arbeit vom 13. November 2007, worin seine Vermittlungsfähigkeit verneint wurde, nichts zu seinen Gunsten ableiten kann.
Bei der gegebenen Aktenlage kann in antizipierter Beweiswürdigung (dazu BGE 131 I 153 E. 3 S. 157, 124 V 90 E. 4b S. 94) von weiteren medizinischen Beweismassnahmen abgesehen werden.
6. Vorliegend durfte die Vorinstanz ausnahmsweise auf einen Einkommensvergleich (vgl. Art. 16 ATSG in Verbindung mit Art. 28 Abs. 2 IVG; BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399) verzichten, zumal der Versicherte nicht geltend macht und nicht ersichtlich ist, inwiefern im Rahmen seiner unter 20 % liegenden Arbeitsunfähigkeit (E. 5.1 hievor) der für einen Rentenanspruch erforderliche Invaliditätsgrad von mindestens 40 % erreicht werden sollte (vgl. auch Urteil 8C_588/2007 vom 27. August 2008, E. 12.3). Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz den Anspruch auf eine Invalidenrente zu Recht verneint.
7. Der unterliegende Versicherte trägt die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Januar 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar