Sachverhalt:
A. X._ schloss am 18. Juni 2001 mit der Y._ AG in A._ ZG eine "Devisenhandel Investment Vereinbarung B" ab und überwies der Gesellschaft zunächst Fr. 50'000.--. Am 15. August 2001 investierte er weitere Fr. 15'000.-- und am 30. Oktober 2001 noch einmal Fr. 235'000.--, d.h. insgesamt Fr. 300'000.--. Die Y._ AG erteilte dem Beschwerdeführer im Jahr 2001 eine Gutschrift von Fr. 68'724.-- und im Jahr 2002 eine solche von Fr. 334'135.--. Allerdings beruhten diese Gutschriften grösstenteils nicht auf im Börsenhandel erwirtschafteten Gewinnen, sondern auf Einzahlungen neuer Investoren, weil die Y._ AG ein betrügerisches Schneeballsystem betrieb.
B. Für die Steuerperiode 2001 deklarierte X._ im Wertschriftenverzeichnis ein Guthaben von Fr. 364'603.-- gegenüber der Y._ AG, ohne einen Bruttoertrag anzugeben. Für 2002 bezifferte er das Guthaben nur noch mit einem pro-memoria-Wert von Fr. 1.-- und dem Vermerk: "Geschäftsführer in Untersuchungshaft; Investition vermutl. verloren"; als Bruttoertrag nannte er Fr. 0.--. Diese Angaben wurden von der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau sowohl für 2001 als auch für 2002 ohne weitere Abklärungen übernommen und erwuchsen in Rechtskraft.
C. Am 8. Juli 2004 eröffnete die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau gegenüber X._ ein Nach- und Strafsteuerverfahren für die Steuerperioden 2001 sowie 2002, da er keine Einkünfte aus der Anlage bei der Y._ AG deklariert habe. Mit Nachsteuerverfügung vom 24. November 2006 wurden deswegen für 2001 Fr. 68'724.-- und für 2002 Fr. 334'135.-- an Vermögenserträgen aufgerechnet. Die dagegen auf kantonaler Ebene erhobenen Rechtsmittel blieben hinsichtlich der Staats- und der direkten Bundessteuer erfolglos, zuletzt Beschwerden an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau.
D. Am 1. Februar 2010 hat X._ Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Er stellt den Antrag, die verwaltungsgerichtlichen Urteile vom 2. Dezember 2009 in Bezug auf die Staatssteuer (Verfahren 2C_94/2010) sowie die direkte Bundessteuer (2C_96/2010) aufzuheben und die Angelegenheit zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell sei von einer Nachbesteuerung der aufgerechneten Vermögenserträge abzusehen und das Nachsteuerverfahren für die beiden Steuerperioden einzustellen.
E. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen dieselben Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Urteile und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; siehe u.a. BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Die Beschwerden sind zulässig (vgl. Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] bzw. mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in den Beschwerden geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerden aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder sie mit einer vom angefochtenen Entscheid abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140 mit Hinweis).
2. 2.1 Es ist nicht bestritten, dass die Y._ AG den Anlagebetrug nach dem sog. Schneeballprinzip betrieb (vgl. u.a. das Urteil 2A.506/2006 vom 8. August 2007 E. 3.1; zum gewerbsmässigen Betrug im Rahmen von Schneeballsystemen: vgl. u.a. das Urteil 6P.172/2000 vom 14. Mai 2001): Ein solches System spiegelt seinen Investoren vor, deren Vermögen zu verwalten und zu vermehren, insbesondere durch lukrative Börsengeschäfte. Es werden aussergewöhnlich hohe Renditen versprochen, gleichzeitig aber oft - damit eigentlich im Widerspruch - eine ebenso grosse, wenn nicht sogar absolute Sicherheit (vgl. u.a. StR 2003 359 Sachverhalt A.). In Wirklichkeit tätigen die Betreiber des Systems aber nur in (sehr) geringem Ausmass Anlagegeschäfte, wenn überhaupt, und verfahren zumindest schwerwiegend so, dass sie die den Kunden zugesprochenen und von diesen auch zur Auszahlung verlangten "Renditen" aus den überlassenen Investitionen begleichen. Das geschieht namentlich dadurch, dass die Zahlungsforderungen der alten Kunden aus den Anlagegeldern neuer Klienten erfüllt werden (vgl. StE 2001 B 21.1 Nr. 10 E. 2 u. 5; StR 2003 353 E. 2.2; 2003 359 E. 2.2.1; Urteil 2A.613/2006 vom 8. August 2007 E. 3.1).
2.2 Die Y._ AG nahm in den Jahren 2001 und 2002 von ca. 1'400 Kunden für ungefähr 100 Mio. Fr. Anlagegelder entgegen. Noch am 19. Juni 2002 teilte der Verein zur Qualitätssicherung im Bereich der Finanzdienstleistungen (VQF) der Gesellschaft den Beschluss über die Aufnahme in die Selbstregulierungsorganisation mit. Erst die Kontrollen vom 23. Oktober 2002 und insbesondere jene vom 31. Oktober 2002 brachten verschiedene gravierende Verletzungen der statutarischen Anforderungen an die Vereinsmitgliedschaft zutage. Gemäss den polizeilichen Ermittlungen bestanden allenfalls ab November 2002 Unsicherheiten über die Zahlungsbereitschaft. Am 2. Dezember 2002 wurde der Betreiber verhaftet und am 23. November 2003 der Konkurs eröffnet. Die Konkursdividende dürfte sich auf über 60 Prozent belaufen (vgl. u.a. das Urteil 2A.613/2006 E. 3.2).
3. Betrügerische Schneeballsysteme geben namentlich zu der Frage Anlass, inwiefern die den Anlegern zugesprochenen Renditen als steuerbare Vermögenserträge (vgl. Art. 16 Abs. 1 u. 20 Abs. 1 DBG; damit übereinstimmend: § 18 Ziff. 1 u. § 22 Ziff. 1 des thurgauischen Gesetzes über die Staats- und Gemeindesteuern vom 14. September 1992, [StG/TG], sowie Art. 7 Abs. 1 StHG) einzustufen sind. Das ist nur dann möglich, wenn diese Erträge sich auch effektiv realisiert haben:
3.1 Allgemein sind Einkünfte dann als zugeflossen und damit als erzielt zu betrachten, wenn der Steuerpflichtige Leistungen vereinnahmt oder einen festen Rechtsanspruch darauf erwirbt, über den er tatsächlich verfügen kann. In der Regel wird bereits der Forderungserwerb als einkommensbildend betrachtet, sofern die Erfüllung nicht als unsicher erscheint. Nur unbedingte Leistungsansprüche können als realisiertes Einkommen betrachtet werden. Bei Einkünften aus Kapitalvermögen wird grundsätzlich auf den Zeitpunkt der Fälligkeit der Leistung abgestellt (vgl. BGE 113 Ib 23 E. 2e S. 26; ASA 66 377 E. 4a u. 66 554 E. 5d, 65 733 E. 3b u. 62 705 E. 7b; StE 2003 B 21.1 Nr. 11 [Urteil 2P.233/2002] E. 3.2; 2000 B 72.13.1 2 E. 2b/ff.; StR 2003 359 E. 2.1; 2000 500 E. 2a).
3.2 Für die Beurteilung betrügerischer Schneeballsysteme hat sich die Praxis auf die eben genannten allgemeinen Grundsätze zur Einkommensrealisierung gestützt. Demgemäss hat sie nicht nur die effektiv ausbezahlten Beträge, sondern auch die blossen Gutschriften als steuerlich erfassbar eingestuft. Denn aufgrund dieser Gutschriften können die Anleger über ihren Anspruch auf den Vermögenszuwachs verfügen, entweder indem sie sich die ihnen bestätigten Erträge auszahlen oder sie aber für zusätzliche Anlagen im System stehen lassen. Auch im weiteren Überlassen des Guthabens liegt ein erkennbarer Verfügungswille der Anleger. Das gilt zumindest dann, wenn ihre Ansprüche im fraglichen Zeitpunkt (noch) nicht unsicher sind. Von einer solchen Unsicherheit ist solange nicht auszugehen, als Gutschriften ausbezahlt werden, wenn die Anleger es fordern, d.h. nicht anzunehmen ist, dass die verlangte Auszahlung des Guthabens verweigert worden wäre. Dabei gilt eine individuelle, auf den konkreten Anleger und seine Forderung(en) im Zeitpunkt der Fälligkeit ausgerichtete Betrachtungsweise (vgl. ASA 66 377 E. 4d; StE 2001 B 21.1 Nr. 10 E. 3; 2003 B 21.1 Nr. 11 [Urteil 2P.233/2002] E. 2.3; StR 2003 359 E. 2.2.2; Urteil 2P.300/2003 vom 14. Januar 2005 E. 2.1 u. 2.4.1.2 sowie 2A.589/2003 vom 14. Januar 2005 E. 2.1).
3.3 Die bundesgerichtliche Praxis zur Realisierung von Vermögenserträgen in Schneeballsystemen ist in der Lehre kritisiert worden (vgl. insb. URS R. BEHNISCH, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 2001, ZBJV 2003 878 ff.; MARKUS REICH, Entwicklungen im Steuerrecht, SJZ 2002 260 f.; MADELEINE SIMONEK, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 2001, ASA 72 10 ff.; ROBERT WALDBURGER, Rechtsprechung im Jahr 2001, FStR 2002 139 ff.; MARKUS WEIDMANN, Realisation und Zurechnung des Einkommens, FStR 2003 83 ff.). Diese Kritik ist in den verschiedenen Verfahren vor Bundesgericht immer wieder von den besteuerten Pflichtigen aufgegriffen worden, so auch hier. Dabei stehen zwei Argumente im Vordergrund:
3.3.1 Der grundlegende Einwand lautet, soweit ein Schneeballsystem betrieben werde, könne gar nicht erst von Vermögenserträgen gesprochen werden. Die bloss gutgeschriebenen, nicht aber ausbezahlten "Renditen" müssten als rein fiktiv eingestuft werden, während die tatsächlich ausgerichteten "Erträge" in Wirklichkeit nichts anderes als Anlagegelder der gleichen oder anderer Investoren darstellten, die einfach umverteilt würden, ohne dass irgendein Mehrwert geschaffen werde. Weder im einen noch im anderen Fall liege ein steuerlich erfassbarer Vermögensertrag vor.
3.3.2 In diesem Zusammenhang wird - u.a. auch hier - darauf hingewiesen, dass die Konkursverwaltungen regelmässig von der eben genannten blossen Umverteilung der Grundinvestitionen ausgehen. Dementsprechend wird im jeweiligen Kollokationsplan nur eine Forderung in der Höhe des einbezahlten Kapitals (ohne Zinsen) zugelassen: Einerseits werden die schon erhaltenen Auszahlungen von den ursprünglichen Anlagegeldern abgezogen und nur noch die darüber hinausgehenden Restforderungen anerkannt. Andererseits wird die Kollokation für alle bloss gutgeschriebenen, nicht aber ausbezahlten Renditen (und allenfalls Provisionen) verweigert, weil es sich dabei um Ansprüche ohne zivilrechtliche Rechtsgrundlage handle.
3.4 Trotz dieser Kritik hat das Bundesgericht bislang an seiner Rechtsprechung festgehalten und eine Unsicherheit der Forderungen gegenüber Schneeballsystemen nur unter ganz bestimmten Voraussetzungen angenommen. Diese sind hier nicht erfüllt. Daran vermögen auch die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Argumente nichts zu ändern:
3.4.1 Entgegen dem ersten Einwand (vgl. oben E. 3.3.1) kann nicht allgemeingültig gesagt werden, in einem betrügerischen Schneeballsystem müssten die bloss gutgeschriebenen Renditen als fiktiv betrachtet werden. Das trifft insbesondere dann nicht zu, wenn die Gutschrift gegenüber einem Anleger erfolgt, der den ihm bestätigten Ertrag zuerst (eine gewisse Zeit lang) stehen gelassen und zum Kapital geschlagen hat, sich dann aber noch rechtzeitig, vor dem Zusammenbruch des Systems, sowohl seine ursprüngliche Investition als seinen gesamten Vermögenszuwachs hat auszahlen lassen (vgl. u.a. das Urteil 2P.300/2003 E. 2.4.1.1). Genauso wenig erweist es sich in steuerrechtlicher Hinsicht als zutreffend, dass ein Schneeballsystem bloss die Grundinvestitionen umverteile, weshalb von einem realisierten Vermögensertrag gar nicht erst gesprochen werden könne. Vielmehr tritt bei der besagten Investorenkategorie, welche die Erträge zuerst hat "stehen" lassen und sie dann doch noch rechtzeitig zur Auszahlung angefordert hat, eine tatsächliche, nicht nur potentielle oder gutgeschriebene Bereicherung ein. Das steht im Einklang mit dem Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit sowie mit demjenigen der sogenannten steuerlichen Wertneutralität. Danach ist bei einem real zugeflossenen Einkommen, über das in Wirklichkeit verfügt worden ist, nicht mehr zwischen illegalen und erlaubten Geschäften zu unterscheiden. Sogar die zivilrechtliche Unverbindlichkeit des Grundgeschäfts kann nicht dazu führen, dass die fraglichen Einkommenszuflüsse einfach als ungeschehen zu würdigen wären, soweit die Besteuerung an Guthaben anknüpft, denen eine tatsächliche Bereicherung zugrunde liegt (vgl. StE 2001 B 21.1 Nr. 10 E. 4, 2003 B 21.1 Nr. 11 [Urteil 2P.233/2002] E. 2.3, 2.5 u. 2.6.2; StR 2009 605 E. 3.4; RDAF 2002 II 253 E. 7; Urteil 2A.613/2006 E. 3.1; im Gegensatz dazu z.B. die gesetzliche Ordnung im Bereich der Spielbanken: BGE 136 II 149 E. 5.1 S. 157 f. sowie das Urteil 2C_520/2009 E. 2.4.3).
Ebenfalls nicht zu überzeugen vermag der weitere Einwand, wenn eine Vielzahl von Anlegern gleichzeitig auf ihrem Recht auf Auszahlung beharrt hätten, wären ihnen mit Sicherheit ihre Ansprüche nicht befriedigt worden, da der Anlagebetrüger gar nicht über die nötige Liquidität verfügt habe (vgl. StE 2003 B 21.1 Nr. 11 [Urteil 2A.181/2003] E. 2.4 mit Hinweisen). Dieses Pauschalargument lässt u.a. zwei wesentliche Merkmale betrügerischer Schneeballsysteme ausser Acht: Einerseits wird verkannt, welches Einlagevolumen solche Systeme regelmässig anzulocken vermögen (z.B. rund 200 Mio. Fr. an entgegengenommenen Geldern, vgl. StR 2003 353 E. 2.2 u. ASA 66 377 E. 2a; in einem anderen Fall sogar europaweit zwischen 1 und 2 Mia. Franken, vgl. StR 2003 359 Sachverhalt A.; hier: ca. 100 Mio. Fr., siehe oben E. 2.2). Andererseits tritt die Situation, dass sämtliche Anleger (oder zumindest ein Grossteil unter ihnen) gleichzeitig ihre Gewinne und Guthaben ausbezahlt bzw. zurückerstattet haben wollen, bei Schneeballsystemen regelmässig erst dann ein, wenn das System am Zusammenbrechen ist (vgl. Urteil 2A.589/2003 E. 2.2.2.2). Aus beiden Gründen verbleiben bis kurz vor dem (in der Regel plötzlichen) Ende oft beträchtliche Geldsummen im System (vgl. u.a. ASA 66 377 E. 4c). Das ist insbesondere so, wenn das System nicht unmittelbar unter dem Ansturm der Rückzahlung fordernden Gläubiger zusammenbricht, sondern - wie hier - aus einem anderen Grund (vgl. dazu schon StE 2001 B 21.1 Nr. 10 E. 5): Laut Polizeibericht wäre die Y._ AG bei der Einstellung der Geschäftstätigkeit noch über längere Zeit in der Lage gewesen, aus den thesaurierten Kundenguthaben Rückzahlungen vorzunehmen und hätte sogar dann über genügend liquide Mittel verfügt, wenn eine Mehrheit von Anlegern gleichzeitig Rück- oder Auszahlung verlangt hätte (vgl. u.a. das Urteil 2A.613/2006 E. 3.2 ). Die Gutschrift für 2002 erfolgte gegenüber dem Beschwerdeführer im Oktober 2002. Dann bestanden laut den genannten behördlichen Ermittlungen noch keine Zahlungsschwierigkeiten (vgl. oben E. 2.2).
Aus all diesen Gründen ist mit der Vorinstanz festzuhalten, dass der Beschwerdeführer in den für die Steuerperioden 2001 und 2002 massgeblichen Zeitpunkten über die ihm gutgeschriebenen Renditen verfügen konnte. Wenn er sie sich nicht auszahlen liess, sondern sie der Y._ AG weiter zur Anlage anvertraute, so liegt darin eine Entscheidung, die dennoch als Realisierung und somit als einkommensbildend einzustufen ist.
3.4.2 Der Hinweis auf die Praxis der Konkursverwaltungen (vgl. oben E. 3.3.2) kann hier schon deshalb nicht entscheidend sein, weil - wie eben wieder hervorgehoben - der hier massgebliche Beurteilungszeitpunkt derjenige der Auszahlung(en) oder Gutschrift(en) ist, während die Konkursorgane von der Sachlage bei oder nach der Konkurseröffnung ausgehen (vgl. u.a. das Urteil 2P.300/2003 E. 2.4.1.1 u. 2.4.2.3).
Die Konkurseröffnung kann hier nur insofern von Belang sein, als sie den Ausgangspunkt für die rückwärts zu berechnende einjährige Verdachtsperiode der sog. Schenkungspauliana von Art. 286 SchKG bildet: Alle Gutschriften mit Fälligkeit in dieser Jahresfrist müssen praxisgemäss als unsicher und somit nicht einkommensbildend eingestuft werden (vgl. StE 2003 B 21.1 Nr. 11 [Urteil 2A.181/2003] E. 2.3; StR 2003 353 E. 3.3 u. 3.4; siehe auch das Urteil 2A.613/2006 E. 3.2). Im Fall der Y._ AG erfolgte die Konkurseröffnung am 23. November 2003, die letzte Gutschrift zugunsten des Beschwerdeführers jedoch im Oktober 2002. Die Verdachtsperiode bleibt deshalb ohne Auswirkung auf die steuerrechtliche Beurteilung. Für beide Perioden 2001 und 2002 ist somit von einem realisierten Einkommen auszugehen.
4. Der vorliegende Fall gibt jedoch Anlass dazu, unter dem Gesichtspunkt des Nachsteuerverfahrens eine weitere Frage zu prüfen, auch wenn diese weder vom Beschwerdeführer noch von den anderen Verfahrensbeteiligten aufgeworfen worden ist (vgl. oben E. 1.3). Art. 151 Abs. 1 DBG hat folgenden Wortlaut: "Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert." (vgl. auch die praktisch gleich lautenden Bestimmungen von § 204 Ziff. 1 StG/TG u. Art. 53 Abs. 1 StHG). Im Einklang mit diesen Vorschriften kann eine Nachsteuer u.a. dann nicht erhoben werden, wenn keine neuen Tatsachen vorliegen, d.h. wenn die Steuerverwaltung schon im ordentlichen Veranlagungsverfahren über die Tatsachen verfügte, die es ihr ermöglicht hätten, die nicht deklarierten, aber in Wirklichkeit realisierten Vermögenserträge zu erfassen.
4.1 Nach Artikel 123 Absatz 1 DBG stellen die Veranlagungsbehörden zusammen mit dem Steuerpflichtigen die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest. Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 126 Abs. 1 DBG). Insbesondere muss er das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen (Art. 124 Abs. 2 DBG). Demgegenüber prüft die Veranlagungsbehörde die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor (Art. 130 Abs. 1 DBG). Die Behörde darf sich jedoch grundsätzlich darauf verlassen, dass die Steuererklärung richtig und vollständig ist. Eine Pflicht zu ergänzender Untersuchung besteht erst dann, wenn die Deklaration Fehler enthält, die klar ersichtlich bzw. offensichtlich sind. Nur solche augenfälligen Mängel begründen eine Verletzung der behördlichen Untersuchungspflicht und bewirken, dass keine "neue Tatsachen" im Sinne von Art. 151 Abs. 1 DBG vorliegen, die ein Nachsteuerverfahren rechtfertigen würden (vgl. zum Ganzen u.a. StR 2006 442 E. 2; ASA 73 482 E. 3.3; Urteil 2A.706/2006 vom 1. März 2007 E. 2.3; siehe dazu auch die damit übereinstimmenden Bestimmungen im Harmonisierungsgesetz und im kantonalen Steuergesetz, namentlich Art. 42 u. 46 Abs. 1 StHG sowie § 154 ff. StG/TG).
4.2 Im Urteil 2C_557/2007 vom 21. Dezember 2007 ging es um Zinserträge, die von einer Rentnerin nicht deklariert und einfach zum Kapital geschlagen wurden. Das Bundesgericht wertete das als eine in die Augen springende Falschdeklaration seitens der Pflichtigen, welche die Steuerbehörde bei gehöriger Sorgfalt schon im ordentlichen Veranlagungsverfahren zu zusätzlichen Abklärungen hätte veranlassen müssen.
Auch hier deklarierte der Beschwerdeführer für die Steuerperiode 2001 im Wertschriftenverzeichnis ein Guthaben von Fr. 364'603.-- gegenüber der Y._ AG, ohne aber einen Bruttoertrag anzugeben. Diese Art der Deklaration für eine neu im Wertschriftenverzeichnis auftauchende Investition veranlasste die Steuerverwaltung zu keinerlei Rückfragen oder weiteren Abklärungen. Ein solches Vorgehen seitens der Veranlagungsbehörde ist als ungewöhnlich einzustufen. Aufgrund von zwei besonderen Umständen kann jedoch davon ausgegangen werden, dass die Behörde die betreffenden Angaben noch nicht als geradezu in die Augen springende Falschdeklaration auffassen musste: Einerseits handelte es sich beim Beschwerdeführer nicht um einen betagten Rentner, sondern um einen erfahrenen Geschäftsmann. Andererseits gab er für sein Guthaben wohl keinen Nennwert an (was es nicht zuliess, auf einen Ertrag zu schliessen), wohl aber das Ausgabedatum "01", weshalb gegebenenfalls angenommen werden konnte, dass im Ausgabejahr noch keine Erträge angefallen waren. Für die Steuerperiode 2001 liegt somit noch keine Verletzung der behördlichen Untersuchungspflicht vor, welche der Erhebung einer Nachsteuer entgegengestanden hätte.
Für die Steuerperiode 2002 deklarierte der Beschwerdeführer sein Guthaben gegenüber der Y._ AG nur noch mit einem pro-memoria-Wert von Fr. 1.-- und dem Vermerk: "Geschäftsführer in Untersuchungshaft; Investition vermutl. verloren". In der Kolonne "Bruttoertrag 2002" setzte er Fr. 0.-- ein. Indem die Steuerverwaltung auch diese Angaben nicht hinterfragte und sie ungeprüft in die ordentliche Veranlagung übernahm, verletzte sie ihre behördliche Untersuchungspflicht. Wenn schon ein beträchtliches neues Guthaben, das auch nicht den geringsten Ertrag abgeworfen haben sollte, zu genaueren Abklärungen hätte Anlass geben können, so drängten sich solche Abklärungen spätestens dann auf, als schon im nächsten Jahr dasselbe Guthaben als vollumfänglich verloren bezeichnet und zusätzlich vermerkt wurde, der Investitionsverwalter befinde sich in Untersuchungshaft. Solche Informationen mussten zwar noch nicht zwangsläufig und spezifisch auf ein betrügerisches Schneeballsystem schliessen lassen, zumindest aber auf einen untersuchungsbedürftigen, je nachdem sogar rechtswidrigen Umgang mit dem betreffenden Betrag. Das gilt, auch wenn die Eidgenössische Steuerwaltung die Probleme rund um die Y._ AG den kantonalen Steuerbehörden erst im Mai 2004 offiziell meldete und die ordentliche Veranlagung des Beschwerdeführers für 2002 schon im September 2003 eröffnet wurde. Bei gehöriger Sorgfalt hätte die Steuerbehörde nicht ohne jegliche Zusatzuntersuchung auf die genannten Angaben des Pflichtigen abstellen dürfen. Sah sie pflichtwidrig davon ab, so kann dies mangels neuer Tatsachen nicht im Nachsteuerverfahren nachgeholt werden. Somit sind die Voraussetzungen für die Erhebung einer Nachsteuer hinsichtlich der Steuerperiode 2002 nicht erfüllt.
5. Nach dem Gesagten sind die Beschwerden teilweise gutzuheissen, soweit sie die Steuerperiode 2002 betreffen, in Bezug auf 2001 hingegen abzuweisen. Dementsprechend sind eine Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen sowie eine Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren vorzunehmen. Für das bundesgerichtliche Verfahren kommt die Regelung gemäss Art. 65 f. und 68 BGG zur Anwendung.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_94/2010 und 2C_96/2010 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 2. Dezember 2009 aufgehoben, soweit es die Steuerperiode 2002 betrifft, und im übrigen abgewiesen.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 2. Dezember 2009 aufgehoben, soweit es die Steuerperiode 2002 betrifft, und im übrigen abgewiesen.
4. Die Angelegenheit wird zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung und zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
5. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden zu einem Fünftel, d.h. mit Fr. 800.-- dem Beschwerdeführer und zu vier Fünfteln, d.h. mit Fr. 3'200.--, dem Kanton Thurgau auferlegt.
6. Der Kanton Thurgau hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
7. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Februar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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