Fatti:
A. Con sentenza del 20 aprile 2010, il giudice della Pretura penale del Cantone Ticino ha riconosciuto A._ autore colpevole di falso certificato medico per negligenza, per avere, nella sua qualità di medico, negligentemente rilasciato all'assicurazione B._ un certificato contrario alla verità, segnatamente per avere attestato che il paziente C._ a seguito di un'ernia cervicale era inabile al lavoro al 100 %, ininterrottamente dal mese di luglio del 2004, nonché per avere risposto negativamente alla questione se fosse proponibile un'altra attività lavorativa.
A._ è per contro stato prosciolto dalle accuse di tentata truffa e di falso certificato medico (intenzionale). È conseguentemente stato condannato alla multa di fr. 2'000.--, da sostituirsi, in caso di mancato pagamento, con una pena detentiva di venti giorni e al pagamento delle tasse e spese giudiziarie di complessivi fr. 5'650.--.
B. Con sentenza dell'11 ottobre 2010, la Corte di cassazione e di revisione penale (CCRP) ha accolto un ricorso per cassazione del Procuratore pubblico contro la sentenza di primo grado ed ha riconosciuto l'imputato colpevole di falso certificato medico (intenzionale) e di tentata truffa. Ha quindi rinviato gli atti alla Pretura penale per un nuovo giudizio sulla commisurazione della pena e per una nuova decisione sugli oneri processuali di prima sede.
C. Con sentenza del 16 maggio 2011, il giudice della Pretura penale ha ricommisurato la pena, condannando l'imputato alla pena pecuniaria di cinquanta aliquote giornaliere di fr. 460.-- ciascuna, per complessivi fr. 23'000.--, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni, ed alla multa di fr. 4'600.--. Ha inoltre stabilito in dieci giorni la pena detentiva sostituiva nel caso di mancato pagamento e in fr. 6'800.-- l'importo delle tasse e delle spese giudiziarie a carico dell'imputato.
D. Adita dall'imputato, la Corte di appello e di revisione penale (CARP) ne ha respinto l'appello con sentenza del 12 dicembre 2011. La Corte cantonale ha quindi, per finire, confermato la pena inflitta dal giudice della Pretura penale.
E. A._ impugna questa sentenza e quella precedente della CCRP con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarle e di proscioglierlo dalle accuse di falso certificato medico e di tentata truffa. Il ricorrente fa sostanzialmente valere la violazione del diritto federale e dell'art. 6 CEDU.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. Presentato dall'imputato, che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza, le cui conclusioni sono state disattese (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 1 LTF), e diretto contestualmente contro una decisione finale e una precedente decisione incidentale (art. 90 e 93 cpv. 3 LTF) rese in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità di ultima istanza cantonale (art. 80 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia penale, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è sotto i citati aspetti ammissibile.
2. 2.1 Il ricorrente rimprovera alla CCRP di avere esaminato liberamente i fatti, nonostante il previgente CPP/TI, applicabile fino all'entrata in vigore il 1° gennaio 2011 del Codice di diritto processuale penale svizzero (CPP; RS 312.0), limitasse all'arbitrio il suo potere cognitivo riguardo agli accertamenti di fatto (cfr. art. 288 lett. c e 295 cpv. 1 CPP/TI). A suo dire, la CCRP avrebbe dovuto limitarsi a cassare la sentenza di primo grado del 20 aprile 2010 e rinviare gli atti a un altro giudice della Pretura penale per un nuovo giudizio. Secondo il ricorrente, statuendo sulla sua colpevolezza sulla base degli atti, senza svolgere un pubblico dibattimento, la CCRP si sarebbe sostituita al giudice di merito ed avrebbe violato gli art. 110 LTF e 6 CEDU.
2.2 Ora, il Tribunale federale ha già avuto modo di precisare che la procedura penale ticinese, pur non conoscendo l'istituto dell'appello, non violava né la CEDU, e più precisamente l'art. 2 cpv. 1 del suo Protocollo n. 7 (RS 0.101.07) né l'art. 14 cpv. 5 del Patto ONU II (RS 0.103.2). Ha ritenuto che un procedimento dinanzi a un tribunale di seconda istanza come la CCRP, che procede a un riesame completo delle questioni di diritto e a un controllo dei fatti e delle prove sotto il solo profilo dell'arbitrio, è compatibile con questi trattati di valore costituzionale (DTF 124 I 92 consid. 2; sentenza 6P.179/2006 del 29 novembre 2006 consid. 3.3 e 3.4.2, in: RtiD I-2007, pag. 55 segg.). Adita con un ricorso per cassazione in applicazione degli art. 287 segg. CPP/TI, che consentiva di impugnare sia la dichiarazione di colpevolezza sia la condanna contenute nella sentenza di primo grado, la CCRP costituiva quindi un Tribunale superiore conforme alle garanzie convenzionali.
Criticando genericamente il fatto che la CCRP non abbia semplicemente annullato la sentenza di primo grado, ma abbia statuito direttamente sulla sua colpevolezza, rinviando la causa alla prima istanza solo per la ricommisurazione della pena, il ricorrente non fa valere l'applicazione arbitraria dell'art. 296 cpv. 1 CPP/TI. Questa norma, non richiamata nel gravame in esame, consentiva infatti alla CCRP di riformare la sentenza quando aveva sufficienti elementi per il nuovo giudizio. Il ricorrente non si confronta con detta norma, spiegando con una motivazione conforme alle esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF quali accertamenti sarebbero mancati nella fattispecie per potere emanare una nuova decisione. Per il resto, egli si limita ad addurre che la CCRP si sarebbe semplicemente sostituita al primo giudice, ma non discute i singoli considerandi della sentenza impugnata, spiegando per quali ragioni la Corte cantonale avrebbe ecceduto nel proprio potere di cognizione laddove ha ritenuto arbitraria la decisione della prima istanza.
Il ricorrente richiama infine, a torto, l'art. 110 cpv. 1 LTF, secondo cui nella misura in cui la LTF prescrive di istituire un tribunale quale autorità cantonale di ultima istanza, i Cantoni provvedono affinché quest'ultimo o un'autorità giudiziaria di istanza inferiore esamini liberamente i fatti e applichi d'ufficio il diritto determinante. Premesso che in concreto i fatti sono stati esaminati liberamente dal Giudice della Pretura penale, nell'ambito del ricorso in materia penale le esigenze delle autorità inferiori del Tribunale federale sono invero disciplinate dall'art. 80 in relazione con l'art. 130 cpv. 1 LTF. Secondo quest'ultima disposizione, con effetto all'entrata in vigore del diritto processuale penale svizzero unificato, i Cantoni emanano le disposizioni di esecuzione concernenti la competenza, l'organizzazione e la procedura delle giurisdizioni inferiori in materia penale ai sensi degli art. 80 cpv. 2 e 111 cpv. 3 LTF, incluse le disposizioni necessarie alla garanzia della via giudiziaria di cui all'art. 29a Cost. Ritenuto che la decisione della CCRP è stata emanata prima dell'entrata in vigore del CPP ed è quindi fondata sul diritto previgente, il limitato potere cognitivo della Corte cantonale in materia di accertamento dei fatti non presta il fianco a critiche sotto il profilo delle citate disposizioni federali (cfr. DTF 135 I 313 consid. 1.2).
3.1 Il ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere basato la sua condanna per falso certificato medico su un accertamento dei fatti manifestamente inesatto, violando altresì l'art. 318 cpv. 1 CP.
3.2 Secondo l'art. 42 LTF, il ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova (cpv. 1) e dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (cpv. 2). Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1). Trattandosi di garanzie di rango costituzionale, a norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina infatti le relative censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 136 I 49 consid. 1.4.1; 134 I 83 consid. 3.2; 134 II 244 consid. 2.2; 133 IV 286 consid. 1.4). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (DTF 134 I 83 consid. 3.2; 129 I 113 consid. 2.1).
3.3 Nel gravame, il ricorrente adduce che nel certificato inviato all'assicurazione B._ il 13 febbraio 2006 si sarebbe espresso unicamente sull'incapacità lavorativa del paziente a continuare l'attività svolta fino a quel momento. Non si sarebbe per contro pronunciato sulla sua capacità di guadagno, segnatamente sulla possibilità di esercitare un'altra professione confacente al suo stato di salute.
Con queste argomentazioni il ricorrente si limita in sostanza a sminuire la portata del certificato da lui redatto, ma non si confronta puntualmente con i considerandi della sentenza della CCRP, spiegando con chiarezza e precisione perché si fonderebbe su accertamenti di fatto manifestamente insostenibili o violerebbe altrimenti il diritto. Egli si limita a ribadire ed a contrapporre al giudizio impugnato la propria opinione senza tuttavia sostanziare arbitrio alcuno. Il ricorrente omette del tutto di considerare che la Corte cantonale ha in particolare accertato che, il 18 ottobre 2005, sentito dal Procuratore pubblico quale testimone nell'ambito del procedimento penale a carico del paziente, egli ha preso atto che quest'ultimo aveva lavorato da gennaio a luglio 2005 percependo uno stipendio. In quell'occasione, il ricorrente ha affermato che non era al corrente della circostanza e che se lo avesse saputo non avrebbe allestito certificati medici attestanti un'inabilità lavorativa del 100 %. Disattende inoltre che i giudici cantonali hanno altresì accertato che dalla data dell'interrogatorio dinanzi al Procuratore pubblico all'allestimento del certificato incriminato, il ricorrente non aveva più visitato il paziente, sicché non poteva che continuare a ritenere quanto riferito al magistrato inquirente e cioè che il paziente non era inabile al lavoro al 100 %. Con questi accertamenti, il ricorrente non si confronta minimamente, in dispregio delle esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF.
4. 4.1 Il ricorrente contesta pure la condanna per tentata truffa, adducendo che non esisterebbe alcuna prova che l'assicurazione B._ non sapesse, prima del 13 febbraio 2006, di un procedimento penale avviato nei confronti del paziente per una truffa ai danni di un'altra assicurazione. A suo dire, risulterebbe negli atti, "salvo errore", uno scritto del 18 gennaio 2006 di quest'ultima assicurazione alla B._ per informarla dell'esistenza di un procedimento pendente. Comunque, sempre secondo il ricorrente, anche nell'ipotesi in cui la B._ non avesse conosciuto l'esistenza di tale procedimento, l'inoltro del certificato medico del 13 febbraio 2006 non realizzerebbe il presupposto dell'inganno astuto, giacché non era finalizzato alla concessione di prestazioni assicurative a favore del paziente, ma soltanto a verificare "le condizioni per una sua riammissione nella cerchia degli assicurati da cui era uscito contestualmente all'avvenuto licenziamento". Sostiene inoltre che il certificato verteva sull'incapacità lavorativa del paziente nella professione da lui svolta e non comportava automaticamente l'erogazione di prestazioni assicurative, che sarebbero state esaminate approfonditamente dalla B._ e riconosciute solo previo accertamento di un'incapacità al guadagno.
4.2 Accennando genericamente alla pretesa esistenza di una lettera che avrebbe informato, prima del 13 febbraio 2006, l'assicurazione B._ del procedimento penale avviato da un'altra società assicurativa, il ricorrente non sostanzia, con una motivazione conforme alle già citate esigenze, l'arbitrio dell'accertamento della Corte cantonale, secondo cui la B._ è stata informata del procedimento penale per truffa solo dopo la ricezione del certificato medico incriminato. Questa constatazione è infatti fondata sulla denuncia della B._ e su una lettera dell'11 maggio 2006, con le quali il ricorrente non si confronta.
Per il resto, il ricorrente si limita ad addurre che il certificato da lui redatto si esprimerebbe soltanto sull'incapacità lavorativa del paziente e non comporterebbe ancora il riconoscimento di una rendita d'invalidità, le cui condizioni avrebbero dovuto essere ulteriormente esaminate in modo approfondito dall'assicurazione. Con tali argomentazioni egli sminuisce semplicemente la portata della sua certificazione, ma non si confronta con il giudizio impugnato, spiegando per quali ragioni esso violerebbe il diritto. Limitandosi in sostanza a richiamare le nozioni di incapacità al lavoro, incapacità al guadagno e invalidità giusta gli art. 6 segg. LPGA (RS 830.1), il ricorrente non considera in particolare che la Corte cantonale ha accertato, in modo vincolante per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF), che, chiedendogli la certificazione, la B._ gli aveva esplicitamente precisato che i dati contenuti nel formulario avrebbero consentito di verificare la fondatezza del diritto dell'interessato alle prestazioni d'invalidità della previdenza professionale. Del resto, contrariamente all'opinione del ricorrente, anche l'accertamento dell'incapacità al lavoro è rilevante sotto il profilo del diritto alle prestazioni assicurative (cfr. DTF 130 V 343 consid. 3.1.2).
5. Il ricorrente non contesta infine la commisurazione della pena, in particolare non critica la sentenza della Corte cantonale del 12 dicembre 2011. La questione non deve quindi essere esaminata in questa sede.
6. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino.