Faits:
A. A._ fait l'objet d'une instruction pénale pour assassinats conduite par le Ministère public du canton de Genève. Il lui est reproché d'avoir exécuté ou fait exécuter douze personnes entre novembre 2005 et septembre 2006, alors qu'il était Directeur général de la police nationale civile du Guatemala.
Le prévenu a requis une première fois, le 31 août 2012, la récusation du Procureur Yves Bertossa, en raison de ses liens prétendus avec l'association X._, laquelle s'était jointe aux dénonciations formées contre A._ et s'était impliquée pour obtenir l'arrestation du prévenu et l'audition de témoins à charge. Cette demande a été rejetée le 15 octobre 2012 par la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise, les motifs allégués ne permettant pas de fonder un soupçon de prévention du Procureur. Par arrêt du 10 janvier 2013 (1B_685/2012), le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par A._. Alors qu'il était avocat, le Procureur Bertossa avait relu et corrigé bénévolement, en 2003, un ouvrage publié par X._; il était aussi intervenu aux côtés de cette association. Toutefois, aucune de ces interventions, qui remontaient à dix ans, n'était en rapport avec A._, le Guatemala ou l'Amérique centrale. Le manque de réponse aux nombreuses questions du requérant, les souvenirs imprécis du magistrat et les irrégularités de procédures alléguées ne constituaient pas non plus des motifs de récusation.
B. Le 13 décembre 2012, A._ a sollicité une deuxième fois la récusation du Procureur. Il évoquait l'appréciation de X._, selon laquelle Yves Bertossa avait réussi, contrairement aux magistrats qui l'avaient précédé, à "faire avancer les choses". Il reprochait également au Procureur, lors de l'audition du témoin B._, de ne pas avoir relevé les contradictions existant avec ses déclarations antérieures filmées par X._, de n'avoir pas autorisé l'enregistrement de cette audition et d'avoir refusé de mentionner au procès-verbal les déclarations de l'interprète; il formulait encore d'autres griefs, notamment que les DVD de X._ ne figuraient pas dans la copie du dossier qui lui avait été remise.
Par arrêt du 30 janvier 2013, la Chambre de recours pénale a rejeté cette seconde demande de récusation. La présence des DVD au dossier était connue tant du prévenu que des autorités saisies; ces pièces n'avaient pas été délivrées en copie avec le dossier le 14 novembre 2012, mais avaient été remises à la défense le 7 décembre 2012, soit sept jours avant le contre-interrogatoire du témoin B._. Les droits de la défense avaient été respectés. Les appréciations de X._ sur l'efficacité du Procureur n'engageaient que cette association. En dépit des nombreux incidents et interventions intempestives de la défense lors de l'audition du témoin B._, le Procureur n'avait démontré aucune prévention. L'audition était consacrée aux questions de la défense, ce qui expliquait que le Procureur ne soit pas intervenu. L'audience n'avait pas à être enregistrée; rien ne permettait d'affirmer que les pièces à charge étaient traduites plus rapidement que les autres; la demande de prolongation de détention ne laissait pas non plus apparaître un motif de récusation.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale assorti d'une demande d'assistance judiciaire, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et d'ordonner la récusation du Procureur Yves Bertossa. Il demande l'audition de la traductrice présente à l'audience du 14 décembre 2013. La Cour de justice se réfère à son arrêt, sans observations. Le Procureur Yves Bertossa conclut au rejet du recours. Le recourant a déposé de nouvelles observations, le 10 avril 2013, persistant dans ses conclusions.
Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un magistrat pénal peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale.
1.1 Le recourant, dont la demande de récusation a été rejetée, a qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF). Pour le surplus, interjeté en temps utile contre une décision prise en dernière instance cantonale, le recours est recevable au regard des art. 80 al. 1 et 100 al. 1 LTF.
1.2 Le recourant demande en vain l'audition de la traductrice présente à l'audience du 14 décembre 2012. En effet, des mesures probatoires devant le Tribunal fédéral ne sont qu'exceptionnellement ordonnées dans une procédure de recours (JEAN-MAURICE FRÉSARD, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 9 ad art. 55), dès lors que le Tribunal fédéral statue et conduit en principe son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 LTF). En l'occurrence, le témoignage requis porte sur la teneur d'une déclaration de témoin, et non directement sur un indice de partialité du Procureur. Celui-ci a d'ailleurs reposé la question directement au témoin, qui a pu préciser ses déclarations (cf. consid. 2.7). Dans ces conditions, le témoignage requis apparaît sans pertinence et il ne se justifie pas de procéder, à titre exceptionnel, à cet acte d'instruction.
2. Le recourant reprend l'ensemble de ses motifs de récusation, élevant contre le Procureur une série de griefs qui fonderaient selon lui une apparence de prévention.
2.1 Les principes applicables à la récusation d'un procureur général ont été rappelés dans l'arrêt du 10 janvier 2013 (consid. 3.1-3.2) ainsi que dans l'arrêt cantonal (cf. également ATF 138 IV 142 consid. 2 p. 144). La jurisprudence constante considère par ailleurs que les décisions ou des actes de procédure d'un magistrat qui se révèlent par la suite erronés ne fondent pas en soi une apparence objective de prévention; seules des erreurs particulièrement lourdes ou répétées, constitutives de violations graves des devoirs du magistrat, peuvent fonder une suspicion de partialité, pour autant que les circonstances dénotent que le juge est prévenu ou justifient à tout le moins objectivement l'apparence de prévention (ATF 138 IV 142 consid. 2.3 p. 146 et les arrêts cités). En effet, la fonction judiciaire, en particulier celle du magistrat instructeur, oblige à se déterminer rapidement sur des éléments souvent contestés et délicats. C'est en outre aux juridictions de recours normalement compétentes qu'il appartient de constater et de redresser les erreurs éventuellement commises dans ce cadre. La procédure de récusation n'a donc pas pour objet de permettre aux parties de contester la manière dont est menée l'instruction et de remettre en cause les différentes décisions incidentes prises par la direction de la procédure (ATF 138 IV 142 consid. 2.3 p. 146; 116 Ia 135 consid. 3a).
2.2 S'agissant du DVD de l'audition du témoin B._ réalisée par X._, le recourant reproche au Procureur de ne pas lui en avoir remis une copie alors qu'il avait déclaré lui avoir transmis l'intégralité du dossier le 9 novembre 2012. Le recourant estime aussi que l'appréciation de X._, dans ce DVD, selon laquelle le Procureur "ferait avancer les choses" ne pourrait se comprendre que comme un indice supplémentaire des liens pouvant exister entre l'association et le magistrat, et pourrait expliquer l'attitude du magistrat à l'égard de ce DVD.
2.2.1 Le Procureur rappelle que l'existence du DVD était mentionnée dès l'arrestation du recourant, et celui-ci ne conteste pas en avoir eu effectivement connaissance. Il explique par ailleurs les raisons pour lesquelles ce support n'a pas été remis avec le reste du dossier, le 14 novembre 2012, et relève que le dossier s'est trouvé durant une certaine période en mains du Tribunal fédéral; le magistrat a demandé et obtenu le retour du dossier et a informé la défense, le 7 décembre 2012, que le DVD pouvait être consulté; une copie en a été remise le 12 décembre 2012 sous diverses conditions. Compte tenu de ces explications, on ne saurait reprocher au Procureur d'avoir dissimulé une quelconque partie du dossier au prévenu, ni d'en avoir délibérément compliqué la consultation.
2.2.2 Les appréciations de X._ à propos des représentants successifs du ministère public ne sauraient engager que leur auteur. Elles ne sont pas propres à remettre en cause la conclusion à laquelle est parvenu le Tribunal fédéral dans son arrêt précédent, s'agissant des liens présumés entre le magistrat et l'association.
2.3 Le recourant reproche aussi au Procureur d'avoir tardé (entre le 26 novembre 2012 et le 8 janvier 2013) à produire la traduction de pièces nécessaires à sa défense, alors qu'il avait été à même de traduire quelque cent pages d'allemand en français dans un délai de six jours. Le Procureur relève que les traductions demandées par le Tmc ont été sollicitées le 6 décembre 2012 et ont été achevées le 21 décembre 2012. Le recourant se contente de reprendre ses griefs, sans chercher à démontrer que le retard prétendu dans les traductions l'aurait empêché de faire valoir en temps utile un moyen particulier.
2.4 Le recourant se plaint ensuite de divers propos tenus par le Procureur: il aurait considéré X._ comme une "simple dénonciatrice" et aurait estimé que les faits de la cause seraient "circonscrits", alors que ces faits sont complexes et que plusieurs d'entre eux (soit cinq assassinats sur les douze reprochés au recourant) ne seraient nullement étayés. Même si le rôle de X._ semble aller au-delà de celui d'un simple dénonciateur (cf. arrêt du 10 janvier 2013, consid. 3.3.1), on ne voit pas en quoi l'affirmation contraire dénoterait un parti pris en défaveur du recourant. De même, en qualifiant de "circonscrits" certains faits, le Procureur n'a pas voulu prétendre que ces faits étaient d'ores et déjà établis. Il n'y a aucun indice de partialité sur ce point.
2.5 Le recourant reproche au Procureur de l'avoir mis en prévention pour cinq assassinats (cas de la prison "El Infiernito"), alors qu'il n'existerait aucun élément à charge. Conformément à la jurisprudence constante, une simple mise en prévention (respectivement le prononcé d'une inculpation), ne saurait constituer un indice de partialité (arrêt 1P.334/2002 du 3 septembre 2002, SJ 2003 I p. 174). Comme cela est relevé ci-dessus, le Procureur n'a pas laissé entendre qu'il tiendrait ces accusations pour établies; l'instruction ne semble d'ailleurs pas avoir encore porté sur ces faits.
2.6 Le recourant se plaint aussi de la complaisance dont le Procureur aurait fait preuve à l'égard du témoin B._, en ne relevant pas (alors que l'art. 143 al. 5 CPP le lui impose) les contradictions entre son témoignage, sa déposition enregistrée et d'autres éléments du dossier. Le témoin avait déclaré ignorer le contenu de sa déposition enregistrée, et évoqué la possibilité d'un montage. Le Procureur aurait utilisé des déclarations litigieuses et aurait repoussé le moment pour le recourant d'en prendre connaissance.
Le Procureur a procédé à une première audition du témoin le 1er septembre 2012. Il a ensuite consacré trois auditions aux questions de la défense, après que celle-ci a eu accès au témoignage enregistré. Le recourant a dès lors eu l'occasion de confondre le cas échéant le témoin, sans que l'on puisse reprocher au Ministère public de ne pas l'avoir fait à sa place. Il n'y a en tout cas aucun procédé déloyal, ni aucune violation de l'égalité des armes susceptible de remettre en cause l'impartialité du magistrat.
2.7 Les derniers griefs du recourant se rapportent au déroulement de l'audience du 14 décembre 2012. Le Procureur aurait d'abord refusé que l'audition soit enregistrée. Il aurait ensuite refusé de protocoler une déclaration après que le témoin s'était ravisé, et refusé de demander à la traductrice si le témoin avait bien, dans un premier temps, tenu les propos incriminés.
2.7.1 Comme le relève la cour cantonale, les auditions de témoins sont consignées au procès-verbal (art. 76 al. 1 et 78 CPP); le choix de procéder à un enregistrement appartient à la direction de la procédure, soit en l'occurrence le ministère public (art. 76 al. 4 CPP). En l'espèce, le Procureur expose que rien ne justifiait un enregistrement de l'audience: la salle d'audition n'était pas équipée pour cela et le témoin avait été entendu à plusieurs reprises dans la langue de la procédure. Le recourant n'indique pas les motifs dont il aurait pu se prévaloir a priori pour obtenir un tel enregistrement.
2.7.2 Quant au terme litigieux dont aurait usé le témoin dans un premier temps ("X. était nu"), le Procureur affirme ne pas l'avoir entendu. Selon le procès-verbal, les avocats du recourant ont entendu le témoin déclarer que X. était nu; le Procureur a alors demandé au témoin si tel était le cas; les avocats sont intervenus pour faire valoir qu'il y avait faux témoignage et que le Procureur corrigeait les déclarations du témoin. Le Procureur a répondu qu'il dressait le procès-verbal sous le contrôle de la greffière et qu'il était "très difficile d'entendre lorsque tout le monde parle en même temps". Il a refusé que la traductrice soit interrogée sur ce qu'elle avait entendu, dès lors que son rôle se limitait à traduire, considération qui ne prête pas le flanc à la critique. Le Procureur a à nouveau posé la question au témoin, lequel a affirmé que X. était "à moitié nu". Le prévenu et ses avocats ont encore eu l'occasion d'interroger le témoin sur les contradictions existant selon eux avec les précédentes déclarations du témoin.
Il ressort de ce qui précède que le Procureur a fait figurer au procès-verbal l'intégralité de l'incident. Si une question a été reposée au témoin, c'est parce que le Procureur n'avait pas entendu les propos litigieux, et non pour permettre au témoin de corriger ses déclarations. Il apparaît que l'audience s'est déroulée dans un climat tendu, et a été interrompue par de nombreux incidents. Le Procureur a d'ailleurs décidé d'y mettre un terme à 16h15 (l'audience avait commencé à 9h30) et d'agender une nouvelle audience au mois de janvier 2013.
Il n'en demeure pas moins que l'ensemble des interventions des parties a été portée au procès-verbal. Il n'y a aucune dissimulation ou déformation des déclarations et l'on ne saurait reprocher au Procureur, sur ce point non plus, un quelconque procédé déloyal.
2.8 En définitive, l'ensemble des griefs soulevés par le recourant consiste en réalité en une critique systématique de la manière dont le Procureur mène l'instruction. Sur le vu de ce qui précède, ces griefs sont infondés et c'est dès lors à juste titre que la cour cantonale a rejeté la deuxième demande de récusation.
3. Le recours est par conséquent rejeté. Le recourant a requis l'assistance judiciaire. Celle-ci peut lui être accordée (la condition de l'indigence peut être considérée comme réalisée, compte tenu notamment des décisions précédentes rendues à propos de l'assistance judiciaire - arrêt 1B_46/2013 du 12 mars 2013), quand bien même le sort du recours apparaissait d'emblée incertain. Me Campá et Baier sont désignés comme avocats d'office, rétribués par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires, ni alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Florian Baier et Me Giorgio Campá sont désignés comme avocats d'office du recourant et leurs honoraires, supportés par la caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 2'000 francs.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 19 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz