Faits:
A. Dans le cadre de la poursuite n° xxx, en paiement de loyers et de frais accessoires, la Juge de paix du district de Nyon a prononcé le 23 mai 2008 la mainlevée provisoire de l'opposition formée par X._ au commandement de payer qui lui a été notifié à la réquisition de Y._.
B. Le 26 juin 2008, la poursuivie a recouru au Tribunal cantonal vaudois à l'encontre de cette décision.
Le 3 juillet 2008, l'intéressée a été invitée à fournir une avance de frais de 315 fr. jusqu'au 4 août suivant, à défaut de quoi son recours serait considéré comme non avenu. Le 6 août 2008, le Président de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois l'a interpellée pour l'informer qu'une avance de frais avait bien été effectuée pour le recours «concernant la poursuite n° xxx» - interjeté par son codébiteur solidaire -, «mais rien dans la poursuite [la] concernant»; le magistrat précité lui a dès lors fixé un délai au 15 août 2008, en vertu de l'art. 464 CPC/VD, pour «formuler toutes observations utiles».
Le 14 août 2008, la poursuivie a requis la jonction des deux poursuites afin d'«éviter le double paiement des avances de frais de justice»; elle a expliqué que les deux poursuites concernaient la même affaire, que le Tribunal cantonal avait statué précédemment par un seul arrêt dans la même procédure de poursuite et que le premier juge avait aussi joint les deux causes.
Le 18 août 2008, le Président de l'autorité cantonale a refusé la jonction par les motifs que la poursuivante a exercé deux poursuites distinctes et que le juge de paix n'a pas joint les causes, mais rendu deux prononcés distincts; en revanche, il a prolongé jusqu'au 25 août suivant le délai pour payer l'avance de frais, sous peine d'irrecevabilité du recours. Ce courrier a été retourné au Tribunal cantonal, avec la mention «non réclamé».
C. La poursuivie n'ayant pas versé l'avance requise dans le délai imparti, le Président de la cour cantonale a, par arrêt du 2 septembre 2008, dit que le recours est considéré comme non avenu (I) et rayé la cause du rôle (II).
D. X._ exerce un recours au Tribunal fédéral contre cet arrêt, dont elle demande l'annulation; elle sollicite, en outre, le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Des observations n'ont pas été requises.
E. Par ordonnances des 21 et 28 octobre 2008, le Président de la IIe Cour de droit civil a refusé l'effet suspensif au recours.
F. Par courrier du 27 novembre 2008, le Président de la IIe Cour de droit civil a informé la recourante que son écriture du 21 novembre 2008 ne pouvait constituer un «nouveau recours» contre la décision entreprise ni un complément - qui serait alors tardif - du recours initial.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 379 consid. 1 p. 381, 426 consid. 1 p. 428 et les arrêts cités).
1.1 La décision attaquée, en tant qu'elle déclare irrecevable un recours dirigé contre un prononcé de mainlevée (provisoire) de l'opposition est en principe sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF; ATF 133 III 399 consid. 1.2).
1.2 Le recours en matière civile n'est ouvert, en l'occurrence, que si la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), même si le prononcé de mainlevée (provisoire) concerne une créance de loyer (cf. art. 74 al. 1 let. a LTF; ATF 134 III 267 consid. 1.1 p. 269; KRAUSKOPF, JdT 2008 II p. 23 ss, 24 in fine); il ressort du dossier que cette exigence n'est pas réalisée. De surcroît, la recourante n'expose pas en quoi la présente cause soulèverait une question juridique de principe (art. 42 al. 2 et 74 al. 2 let. a LTF; cf. sur cette notion: ATF 134 III 267 consid. 1.2 p. 269, 354 consid. 1.3 p. 357).
1.3 Il s'ensuit que seul le recours constitutionnel subsidiaire, au sens des art. 113 ss LTF, est ouvert. Les autres conditions de recevabilité sont données: le recours, déposé à temps (art. 100 al. 1 et 117 LTF), est dirigé à l'encontre d'une décision finale (art. 90 et 117 LTF) rendue en dernière instance cantonale (art. 75 et 114 LTF); la recourante a la qualité pour recourir (art. 115 LTF).
2. 2.1 Saisi d'un recours constitutionnel, le Tribunal fédéral n'examine que les griefs soulevés et motivés par le recourant (art. 106 al. 2 LTF, par renvoi de l'art. 117 LTF). Les exigences de motivation correspondent à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 III 439 consid. 3.2 p. 444); le mémoire de recours doit donc contenir, sous peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés, précisant en quoi consiste la violation (ATF 134 II 349 consid. 3 p. 352 et les arrêts cités).
2.2 Ces conditions ne sont aucunement satisfaites ici. La recourante ne mentionne pas le moindre droit constitutionnel ou principe juridique que le Président de la juridiction cantonale aurait violé. Au surplus, elle fonde ses arguments sur des faits qui ne résultent pas de la décision attaquée, sans dénoncer pour autant, conformément aux prescriptions légales, une constatation lacunaire des faits (cf. à ce sujet: ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398, 585 consid. 4.1 p. 588/589). Partant, le recours est irrecevable.
3. Au demeurant, il s'avère manifestement infondé - voire téméraire -, en sorte qu'il eût été de toute manière rejeté.
3.1 La jonction des procédures de recours est une mesure d'instruction dont l'opportunité est laissée au tribunal. Or, la recourante ne critique nullement les motifs que le Président de la cour cantonale a avancés à l'appui de son refus de joindre les causes, pas plus qu'elle ne soutient qu'une telle mesure était imposée par la procédure cantonale (art. 106 al. 2 LTF). Quoi qu'elle en dise, la jonction, si elle peut certes justifier la réduction de l'émolument de justice (cf. STRÄULI/MESSMER, Kommentar zur Zürcherischen ZPO, 2e éd., ad § 26 in fine), n'entraîne pas de soi la perception d'une seule et unique avance.
3.2 La recourante ne prétend pas, à juste titre, qu'elle n'aurait pas été dûment informée quant au montant de l'avance de frais, au délai pour s'en acquitter et aux conséquences de l'inobservation de ce délai. La sanction de l'irrecevabilité du recours ne procède donc, sous cet angle, d'aucun formalisme excessif, prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. (ATF 96 I 251; 133 V 402 consid. 3.3 in fine p. 405).
3.3 La recourante se plaint, en outre, de ce que la lettre par laquelle le Président de l'autorité précédente a refusé de joindre les causes et lui a réclamé derechef l'avance de frais lui a été communiquée «en pleine période de vacances» et sans même lui accorder un délai de paiement supplémentaire.
Cette critique est téméraire. D'une part, il ne ressort pas de sa lettre du 14 août 2008 que la recourante aurait avisé le magistrat cantonal ou le greffe du tribunal qu'elle serait «en vacances» à cette période. D'autre part, comme elle avait requis elle-même une dispense de l'avance de frais, elle devait évidemment s'attendre à recevoir une communication du tribunal; il lui incombait, dès lors, de prendre toutes les dispositions nécessaires pour pouvoir être atteinte (ATF 90 I 273 p. 275).
3.4 Enfin, la recourante affirme que, puisque le Président de l'autorité cantonale l'a invitée à se déterminer sur le non-paiement de l'avance de frais, elle a été «sous l'impression que cela signifierait qu'en formulant une simple demande les deux dossiers pouvaient être joints».
Autant que l'intéressée semble se prévaloir du principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 et 9 Cst.), le moyen est dénué de tout fondement. La lettre du 6 août 2008 ne comporte, en effet, aucune assurance du magistrat concerné quant à une jonction de causes, mesure qui n'avait d'ailleurs pas même été requise à ce moment-là.
4. Vu ce qui précède, le présent recours doit être déclaré irrecevable. Les conclusions de la recourante étaient d'emblée dépourvues de chances de succès, ce qui entraîne le rejet de sa requête d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 LTF) et sa condamnation aux frais (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Président de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 5 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Braconi