Faits:
A. X._ est propriétaire d'un quadricycle à moteur avec lequel son fils a commis diverses infractions.
Par décision du 27 février 2004, le juge d'instruction du Bas-Valais a ordonné le séquestre de ce véhicule.
A la suite de l'annulation par deux fois de la décision de confisquer le quadricycle (arrêts 6B_623/2008 du 13 janvier 2009 et 6B_864/2009 du 19 mars 2010), la juge unique de la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a ordonné, par jugement du 13 juillet 2010, la levée du séquestre sur ce véhicule et sa restitution à X._. Celle-ci est intervenue le 19 octobre 2010.
B. Par jugement du 19 juillet 2011, le juge unique de la Cour pénale I du Tribunal cantonal valaisan a partiellement admis la demande en indemnités formée par X._ le 17 septembre 2010 et condamné le canton du Valais à verser à ce dernier 5'216.65 fr. avec intérêts compensatoires à 5% l'an dès le 19 octobre 2010 et une indemnité de dépens réduite de 250 fr.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut, sous suite de dépens, à sa réforme en ce sens que le canton du Valais est condamné à lui verser 14'749.85 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 19 octobre 2010 et une indemnité de dépens de 1'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 19 juillet 2011.
La cour cantonale se réfère à son arrêt. Le Ministère public a déposé des déterminations.
Considérant en droit:
1. Le recourant prétend qu'il a droit à une réparation de son dommage plus étendue que celle qui lui a été allouée.
1.1 La cour cantonale a considéré que les prétentions émises par le recourant étaient réglées par le CPP, en particulier par son art. 434.
Le grief du recourant implique d'examiner en prémices si les prétentions invoquées sont régies par le droit fédéral ou par le droit cantonal, cet aspect constituant une question de droit fédéral (cf. JEAN-FRANÇOIS POUDRET, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, n. 1.6.2 ad art. 43 OJF, p. 138 s.), à traiter dans le cadre du recours en matière pénale.
1.2 Selon l'art. 448 al. 1 CPP, les procédures pendantes au moment de l'entrée en vigueur du CPP se poursuivent selon le nouveau droit, à moins que les art. 449 ss CPP en disposent autrement.
1.2.1 A l'aune de l'art. 448 al. 1 CPP, le Tribunal fédéral a jugé que la requête d'un prévenu acquitté qui, dans le cadre d'une procédure pendante lors de l'entrée en vigueur du CPP, entendait obtenir une indemnité pour ses frais de défense ainsi qu'une indemnité pour la destruction de chanvre séquestré, devait être traitée selon le CPP (ATF 137 IV 352 consid. 1.2). Cet arrêt concerne d'une part l'indemnité prévue à l'art. 429 al. 1 let. a CPP, autrement dit les dépens (ATF 137 IV 352 consid. 2). Les dépens sont étroitement liés à la procédure et aux règles qui la gouvernent, ce qui justifie de les soumettre directement au CPP. D'autre part, cet arrêt traite de l'indemnité prévue à l'art. 431 CPP, soit celle que le prévenu peut invoquer s'il a fait l'objet d'une mesure de contrainte illicite (arrêt 6B_365/2011 du 22 septembre 2011 consid. 3, non publié aux ATF 137 IV 352).
1.2.2 Subséquemment, le Tribunal fédéral est revenu sur l'arrêt précité et a procédé à une nouvelle analyse (arrêt 6B_428/2011 du 21 novembre 2011 consid. 2.2.1 in fine). Cette nouvelle appréciation du droit transitoire ne concerne pas tant la question de l'indemnité pour les frais de défense (dépens), pour laquelle la solution exprimée à l'ATF 137 IV 352 demeure, ni le cas particulier visé à l'art. 431 CPP, mais la question spécifique des prétentions en indemnisation d'un prévenu poursuivi à tort (arrêt 6B_428/2011 du 21 novembre 2011 consid. 2.2.2).
Le Tribunal fédéral a relevé dans cet arrêt que selon les termes de l'art. 448 al. 1 CPP (« les procédures pendantes [...] se poursuivent selon le nouveau droit »; Verfahren, die [...] hängig sind, werden nach neuem Recht fortgeführt; i procedimenti pendenti [...] sono continuati secondo il nuovo diritto), cette disposition ne vise expressément que l'application des règles strictement procédurales du nouveau code. Cette norme exprime ainsi, outre la volonté du législateur de substituer le plus rapidement possible aux anciennes les nouvelles règles de procédure (Message relatif à l'unification du droit de la procédure pénale du 21 décembre 2005, FF 2006 1334, ch. 2.12.2.1), une règle générale en droit transitoire. C'est le principe - général sous réserve des normes dérogatoires expresses et des exceptions exigées par la continuité dans l'application du droit matériel (cf. ATF 115 II 97 consid. 2c, p. 101) - de l'application immédiate des nouvelles règles de procédure soit du droit formel (v. p. ex.: art. 2 al. 1 des dispositions finales de la modification du 16 décembre 1994 de la Loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite; RS 281.1; NIKLAUS SCHMID, Übergangsrecht der Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, n. 12 p. 5; cf. en procédure civile la réglementation spécifique de l'art. 404 du Code de procédure civile du 19 décembre 2008 [CPC; RS 272]; v. aussi, parmi d'autres, sur la question des principes de droit transitoire en matière de procédure: IVO SCHWANDER, in Schweizerische Zivilprozessordnung, Kommentar, 2011, art. 404 CPC, n. 3 ss, spéc. 16 ss).
Les règles relatives à l'indemnisation du prévenu acquitté ne sont cependant pas de cette nature. Elles relèvent, en tant qu'elles définissent une responsabilité et ses conséquences financières, du droit matériel, à l'instar des autres règles semblables (v. p. ex.: art. 41 ss CO; art. 3 ss de la loi sur la responsabilité de la Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires [LRCF; RS 170.32]). Or, ni le texte de l'art. 448 al. 1 CPP, ni le principe général qu'il transcrit n'imposent, à eux seuls, une application systématique immédiate du nouveau code aux règles de droit matériel contenues dans celui-ci. Pour ces dernières, la norme est, au contraire, en règle générale, la non-rétroactivité (cf. art. 1 al. 1 tit. fin. CC; v. aussi dans le domaine spécifique du droit de la responsabilité: art. 882 al. 1 des dispositions transitoires du Code des obligations fédéral du 14 juin 1881; RO 5 577 spéc. 775), à défaut d'une règle contraire spécifique (cf. art. 26 al. 2 LRCF). En l'absence de toute réglementation inter-temporelle expresse dans le nouveau Code de procédure pénale, l'application de l'ancien droit cantonal - pour peu qu'il réglât déjà ces questions de droit matériel - se justifie, en outre, aussi lorsque les actes de procédure qui fondent la prétention en indemnisation ont été effectués sous l'empire de l'ancien droit formel, en raison des rapports existant entre ce régime juridique et la prétention en cause (v. en ce sens: NIKLAUS SCHMID, op. cit., n. 357 p. 100, n. 369 p. 103 et n. 373 p. 104).
Au vu des développements précités, le Tribunal fédéral a considéré que les prétentions en indemnisation du prévenu pour avoir été poursuivi à tort restaient soumises aux anciennes règles cantonales matérielles (arrêt 6B_428/2011 du 21 novembre 2011 consid. 2.2.2 in fine).
1.3 La présente procédure concerne les prétentions d'un tiers pour le dommage qu'il prétend avoir subi à raison d'une procédure pénale. La nature des prétentions est donc semblable à celles examinées dans l'arrêt 6B_428/2011 précité. La demande en indemnisation a été déposée le 17 septembre 2010. Elle était pendante au moment de l'entrée en vigueur du CPP, le 1er janvier 2011. A l'instar de la solution de l'arrêt 6B_428/2011, il faut retenir en l'espèce que les prétentions en réparation du dommage ne sont pas régies par la réglementation matérielle du CPP (art. 434 CPP) mais par les dispositions de droit cantonal alors applicables, par exemple l'art. 114 ch. 1 al. 2 du Code de procédure pénale valaisan du 22 février 1962 (CPP/VS).
Il s'ensuit que la cour cantonale a violé le droit fédéral en appliquant le CPP aux prétentions formulées par le recourant. Le recours doit par conséquent être admis, le jugement annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour reprise de la procédure, ce suivant les règles posées par les art. 363 ss CPP. Il est enfin précisé que le recourant ne devra pas subir d'aggravation de sa position juridique dans le cadre du renvoi par rapport au montant obtenu dans le jugement du 19 juillet 2011 (interdiction de la reformatio in pejus, cf. ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335).
2. Vu le sort du recours et le renvoi en instance cantonale, il n'y a pas lieu de traiter l'autre grief du recourant relatif à son indemnité de dépens pour le recours cantonal.
3. Aucun frais judiciaire ne sera perçu (art. 66 al. 4 LTF). Le canton du Valais versera une indemnité de dépens au recourant, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement rendu le 19 juillet 2011 par le Juge unique de la Cour pénale I du Tribunal cantonal du canton du Valais est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton du Valais.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge unique de la Cour pénale I du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 22 mars 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod