Fatti:
A. Il 28 gennaio 2009 la Corte delle assise criminali ha dichiarato B._ autore colpevole di atti sessuali con fanciulli, violenza carnale, infrazione nonché contravvenzione alla LStup e lo ha condannato alla pena detentiva di tre anni e dieci mesi e a versare alla parte civile A._ fr. 15'000.-- quale risarcimento del torto morale subito e fr. 7'676.40 per spese legali.
B. Con sentenza del 4 maggio 2009 la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP) ha parzialmente accolto il ricorso interposto dal condannato prosciogliendolo dall'accusa di violenza carnale. Ha inoltre rinviato gli atti a una Corte delle assise correzionali per nuovo giudizio sulla pena e nuova decisione sull'importo da assegnare alla parte civile a titolo di risarcimento del torto morale subito e rimborso delle spese legali. Nei considerandi della sua sentenza la CCRP ha precisato che spetterà alla nuova Corte decidere se imputare a B._ i toccamenti degli organi genitali esterni (accertati dalla presenza di tracce di DNA dell'imputato in tale zona) e non indicati nell'atto d'accusa quali atti sessuali con fanciulli o altro reato di cui dovesse ritenere dati i presupposti, rispettando i diritti della difesa.
C. Avverso la decisione della CCRP, il Procuratore pubblico e A._ insorgono al Tribunale federale con due diversi ricorsi in materia penale.
Il Procuratore pubblico postula, in via principale, l'annullamento della sentenza impugnata e la condanna di B._ per il reato di violenza carnale. In via subordinata, chiede che il dispositivo 1.2 della decisione contrastata con cui la CCRP rinvia gli atti a una Corte delle assise correzionali sia annullato e riformato nel senso che il rinvio avviene davanti a una Corte delle assise criminali.
A._ conclude, in via principale, chiedendo l'annullamento del giudizio impugnato e la conferma della sentenza di condanna di prima istanza. In via subordinata, postula l'annullamento del dispositivo 1.1 con cui la CCRP ha prosciolto B._ dall'imputazione di violenza carnale nonché la riforma del dispositivo 1.2 nel senso che il rinvio avviene davanti a una Corte delle assise criminali. A._ chiede inoltre di essere posta a beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio.
D. Non sono state chieste osservazioni sui gravami.
Diritto:
1. I gravami sono diretti contro la stessa decisione, si riferiscono al medesimo complesso di fatti e si fondano su motivazioni analoghe. Per ragioni di economia di procedura, si giustifica pertanto di congiungerli e di evaderli con un unico giudizio (v. art. 71 LTF e 24 PC; v. anche DTF 128 V 194 consid. 1; 126 II 377 consid. 1; 123 II 16 consid. 1).
2. Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza e se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 134 IV 36 consid. 1).
2.1 Presentati dal pubblico ministero (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 3 LTF) e dalla vittima (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF) e diretti contro una decisione resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), i ricorsi sono di massima ammissibili poiché interposti nei termini legali (art. 100 cpv. 1 LTF) e nelle forme richieste (art. 42 LTF).
2.2 Il ricorso al Tribunale federale è proponibile contro le decisioni finali (art. 90 LTF), le decisioni parziali (art. 91 LTF) nonché le decisioni pregiudiziali e incidentali (art. 92 e 93 LTF).
2.2.1 Sebbene alcuni suoi punti non possano più essere messi in discussione in sede cantonale, la decisione qui impugnata non è una decisione finale ai sensi dell'art. 90 LTF in quanto non pone fine al procedimento nei confronti di B._. La fine del procedimento va intesa nel suo senso prettamente procedurale: è finale la decisione che mette fine al procedimento dinanzi all'istanza iniziale (v. Messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 3887 seg. n. 4.1.4.1). In altri termini la decisione resa dall'ultima istanza cantonale è finale nella misura in cui pone un termine anche alla procedura dinanzi all'istanza precedente la cui decisione è stata impugnata con ricorso all'ultima istanza cantonale. Di massima quindi una decisione di rinvio non costituisce una decisione finale (v. DTF 133 V 477 consid. 4.2; sentenza 6B_174/2007 dell'11 ottobre 2007 consid. 4.1).
In casu, la CCRP ha rinviato gli atti a una Corte delle assise correzionali per nuovo giudizio sulla pena e sull'importo da assegnare alla parte civile. Sotto il profilo procedurale dunque non si tratta di una decisione finale, il procedimento continua anche se solo per determinati aspetti e dinanzi a un'altra autorità.
2.2.2 Costituisce decisione parziale ai sensi dell'art. 91 LTF la decisione che concerne soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a), come pure la decisione che pone fine al procedimento soltanto per una parte dei litisconsorti (lett. b).
Le diverse componenti di un giudizio penale - condanna, pena, misura, ecc. - non formano delle decisioni parziali giusta l'art. 91 LTF (v. sentenza 6B_174/2007 dell'11 ottobre 2007 consid. 4.2).
Nella fattispecie, la CCRP ha prosciolto l'opponente dall'accusa di violenza carnale e rinviato gli atti a una Corte delle assise correzionali per ricommisurare la pena e rideterminare il risarcimento dovuto alla parte civile. Suddetta Corte potrà anche formulare una nuova imputazione per i fatti di causa in applicazione dell'art. 250 CPP/TI. I punti su cui occorre ancora pronunciarsi (in particolare la pena) non possono essere dissociati da quelli già decisi e fare l'oggetto di una procedura separata (v. sentenza 6B_71/2007 del 31 maggio 2007 consid. 2.2 nonché CORBOZ, Commentaire de la LTF, 2009, n. 19 ad art. 91 LTF). Ne consegue che la sentenza impugnata non si configura quale decisione parziale ai sensi dell'art. 91 lett. a LTF.
Quanto alla seconda ipotesi menzionata dall'art. 91 lett. b LTF, manifestamente non entra in considerazione nel caso concreto.
2.2.3 Se notificate separatamente, contro le decisioni pregiudiziali e incidentali concernenti la competenza o domande di ricusazione può essere interposto ricorso al Tribunale federale (art. 92 cpv. 1 LTF).
Sebbene i ricorrenti contestino il rinvio degli atti a una Corte delle assise correzionali deciso dall'ultima istanza cantonale, l'avversato giudizio non può essere considerato una decisione incidentale concernente la competenza. Perché una decisione incidentale sulla competenza possa essere impugnata con ricorso al Tribunale federale, è necessario infatti che questa definisca in modo definitivo l'autorità competente (v. DTF 133 IV 288 consid. 2; sentenza 1B_230/2007 del 25 ottobre 2007). Qualora la Corte delle assise correzionali decidesse di imputare all'opponente i toccamenti e ritenesse che i fatti rivestono un carattere più grave rispetto a quello ipotizzato dalla CCRP, in applicazione dell'art. 250 cpv. 2 CPP/TI essa dovrebbe ordinare un rimando del dibattimento affinché venga presentato un nuovo atto di accusa e, se la nuova imputazione esorbita dalla sua competenza, l'accusato sia deferito alla competente autorità. La competenza della Corte delle assise correzionali non è dunque definitiva.
2.2.4 In virtù dell'art. 93 cpv. 1 LTF, il ricorso è ammissibile contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente se possono causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) oppure se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b).
2.2.4.1 Per pregiudizio irreparabile s'intende un pregiudizio di natura giuridica, ossia un pregiudizio a cui non può essere posto ulteriormente rimedio con una sentenza finale o un'altra decisione favorevole al ricorrente (v. DTF 133 IV 139 consid. 4, 335 consid. 4).
Nel caso concreto, la sentenza impugnata non causa alcun pregiudizio irreparabile agli insorgenti che peraltro nulla adducono al riguardo.
2.2.4.2 Rimane da esaminare se sia adempiuta la condizione alternativa dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF. Questa norma riprende quasi testualmente l'art. 50 vOG. Si applica quindi soprattutto in materia civile. Secondo la giurisprudenza, la possibilità di impugnare le decisioni pregiudiziali o incidentali, giustificata da considerazioni di economia processuale, costituisce un'eccezione e, in quanto tale, va ammessa in modo restrittivo, tanto più che simili decisioni possono essere contestate mediante un ricorso diretto contro la decisione finale (art. 93 cpv. 3 LTF). In materia penale, l'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF dev'essere interpretato in maniera ancor più restrittiva, risulterebbero altrimenti ammissibili i ricorsi diretti contro le diverse decisioni prese nel corso della procedura, segnatamente la promozione dell'accusa o il rinvio a giudizio. La giurisprudenza però ha sempre negato la possibilità di impugnare immediatamente simili decisioni (DTF 133 IV 288 consid. 3.2 con rinvii).
Il Tribunale federale esamina con piena cognizione l'adempimento delle condizioni di ammissibilità (v. supra consid. 2). Se risulta in modo evidente dalla decisione impugnata o dalla natura della causa che la prosecuzione della procedura si estenderebbe su un considerevole lasso di tempo o necessiterebbe di costi importanti, è possibile rinunciare a una lunga dimostrazione. Per contro, se così non è, la parte ricorrente deve indicare in modo dettagliato quali questioni di fatto sono ancora contestate e quali logoranti e dispendiose prove devono essere amministrate (DTF 133 IV 288 consid. 3.2).
In concreto, non è per nulla manifesto l'adempimento dei presupposti dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF. In virtù del rinvio decretato dalla CCRP, la Corte delle assise correzionali dovrà semplicemente rideterminare il risarcimento dovuto alla parte civile e ricommisurare la pena dell'opponente. La decisione su questi punti non dovrebbe richiedere molto tempo né necessitare una procedura probatoria dispendiosa. Certo, la Corte a cui gli atti sono stati rinviati potrebbe imputare all'opponente i toccamenti quali atti sessuali con fanciulli o altro reato. Tuttavia, non è certo che essa faccia uso di tale possibilità. Così stando le cose, spettava ai ricorrenti dimostrare che l'accoglimento del ricorso in materia penale consentirebbe di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa. Sennonché, non ravvisando la natura particolare della sentenza impugnata, i ricorrenti non si esprimono in merito.
3. Da quanto precede discende che la sentenza della CCRP non è una decisione impugnabile ai sensi degli art. 90-93 LTF. I ricorsi del Procuratore pubblico e di A._ devono pertanto essere dichiarati inammissibili.
Incaricato di un compito di diritto pubblico e privo di un interesse pecuniario, al Procuratore pubblico non vengono addossate spese giudiziarie (art. 66 cpv. 4 LTF).
Risultando soccombente, A._ dovrebbe sopportare le spese del presente procedimento (art. 66 cpv. 1 LTF). Ella ha tuttavia formulato domanda di assistenza giudiziaria e di gratuito patrocinio. Tale domanda non può però trovare accoglimento perché le sue conclusioni sembravano d'acchito prive di probabilità di successo (art. 64 LTF). La ricorrente, patrocinata, non poteva infatti ignorare la natura particolare dell'avversata decisione. Considerate comunque le particolari circostanze personali e finanziarie dell'insorgente, il Tribunale rinuncia a porre a suo carico le spese giudiziarie.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Le cause 6B_433/2009 e 6B_489/2009 sono congiunte.
2. Il ricorso del Procuratore pubblico è inammissibile.
3. Il ricorso di A._ è inammissibile.
4. La domanda di assistenza giudiziaria e di gratuito patrocinio di A._ è respinta.
5. Non si prelevano spese giudiziarie.
6. Comunicazione alle parti e alla Corte di cassazione e di revisione penale Tribunale d'appello del Cantone Ticino.