Sachverhalt:
A. Das Migrationsamt des Kantons Bern verfügte am 16. Juli 2003 gegen X._ eine zeitlich unbefristete Eingrenzungsverfügung für das Gebiet des Kantons Bern, unter Hinweis darauf, dass eine Widerhandlung mit Gefängnis oder Busse bestraft werden kann und zur Anordnung von Vorbereitungs- oder Ausschaffungshaft führen könne. Diese Verfügung wurde am 16. Dezember 2008 bestätigt.
B. X._ wurde am 11. Februar 2009 in Volketswil im Studio "Sexy Teenys" festgenommen. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland beantragte am 12. Februar 2009 die Anordnung von Untersuchungshaft wegen Widerhandlung gegen das Ausländergesetz (Art. 119 Abs. 1 AuG). Am 13. Februar 2009 versetzte der Einzelrichter in Haftsachen am Bezirksgericht Uster X._ in Untersuchungshaft. Er bejahte den Tatverdacht und die Fluchtgefahr sowie die Verhältnismässsigkeit der Massnahme. Nach Vorliegen der Anklageschrift vom 19. Februar 2009 (mit dem Antrag auf Bestrafung mit einer Freiheitsstrafe von sechs Monaten) wurde X._ am 24. Februar 2009 in Sicherheitshaft versetzt.
X._ wurde mit Wirkung ab dem 17. Februar 2009 ein amtlicher Verteidiger in der Person von Rechtsanwalt Daniel U. Walder beigegeben. Die Hauptverhandlung ist angesetzt auf den 14. April 2009.
C. Gegen den haftrichterlichen Entscheid vom 13. Februar 2009 hat X._, erbeten vertreten durch Rechtsanwalt Théo Chr. Portmann, beim Bundesgericht am 16. März 2009 Beschwerde erhoben und dessen Aufhebung verlangt. Sein Rechtsvertreter bringt vor, dass er bisher noch keine Akteneinsicht erhalten habe und daher nicht in der Lage sei, die Beschwerde hinreichend zu begründen. In materieller Sicht fügt er an, es könne keine Fluchtgefahr angenommen werden und die Haft sei unverhältnismässig.
Der Haftrichter weist auf die Verfahrensabläufe betreffend die Übermittlung der Vollmacht und der Akten hin, enthält sich im Übrigen einer Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft hat auf Stellungnahme verzichtet.
Nachdem der Rechtsvertreter die genannten Stellungnahmen sowie die Akten von Seiten des Bundesgerichts erhalten hat, hält er in seiner Replik an seinem Antrag um Aufhebung der angefochtenen Verfügung fest.
Erwägungen:
1. Die angefochtene Verfügung kann mit Beschwerde in Strafsachen gemäss Art. 78 ff. BGG angefochten werden. Der Rechtsvertreter konnte im bundesgerichtlichen Verfahren Einsicht in die Akten nehmen und demnach die Rechte des Beschwerdeführers tatsächlich wahrnehmen. Der einverlangte und bis zum 25. März 2009 zu leistende Kostenvorschuss ist bisher nicht bezahlt worden; aus zeitlichen Gründen ist auf die Einräumung einer Nachfrist gemäss Art. 62 Abs. 3 Satz 2 BGG zu verzichten.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Vorbringen müssen sachbezogen sein und es muss ersichtlich sein, in welchen Punkten und aus welchen Gründen der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt. Eine qualifizierte Rügepflicht gilt nach Art. 106 Abs. 2 BGG hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet werden.
Diesen Anforderungen genügen die Beschwerde und die Replik nicht. Es wird nicht dargetan, welche Rechtssätze oder verfassungsmässigen Rechte verletzt sein sollen. Der Rechtsvertreter legt nicht dar, weshalb der dringende Tatverdacht der Widerhandlung gegen das Ausländergesetz nicht gegeben sein soll. In Bezug auf die vom Haftrichter angenommene Fluchtgefahr belässt er es bei der Bemerkung, dass eine Flucht aus der Schweiz nicht angenommen werden könne; er setzt sich mit der Gefahr des Untertauchens nicht auseinander. Schliesslich begründet er nicht, weshalb die Haft - insbesondere vor dem Hintergrund der von der Staatsanwaltschaft beantragten Freiheitsstrafe - unverhältnismässig sein soll.
Damit genügt die Beschwerde den formellen Anforderungen nicht, weshalb darauf im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
Es rechtfertigt sich, für das bundesgerichtliche Verfahren keine Kosten zu erheben.
Demnach erkennt der Instruktionsrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft See/Oberland und dem Bezirksgericht Uster, Einzelrichter in Haftsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Instruktionsrichter: Der Gerichtsschreiber:
Eusebio Steinmann