Sachverhalt:
A. S._, geboren 1964, schloss eine Lehre als Kaminfeger ab. In der Folge war er bis 1987 im erlernten Beruf, hernach als Lastwagenchauffeur tätig. Am 24. März 1987 meldete er sich wegen Rückenbeschwerden zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Nachdem er der IV-Stelle des Kantons Luzern (nachfolgend: IV-Stelle) mitgeteilt hatte, er habe zwischenzeitlich eine angepasste Stelle gefunden, schrieb diese sein Gesuch am 13. Mai 1988 als erledigt ab. Ab 1991 führte er als Selbstständigerwerbender ein Reinigungsgeschäft. Am 28. September 1995 meldete er sich erneut zum Bezug von Leistungen bei der Invalidenversicherung an. Mit Verfügung vom 13. November 1996 sprach ihm die IV-Stelle eine ganze Invalidenrente seit 1. November 1995 bei einem Invaliditätsgrad von 89 % zu. Gestützt auf Verlaufsberichte des Hausarztes, Dr. med. U._, Facharzt für Allgemeine Medizin, und ohne Veranlassung weiterer Abklärungen bestätigte die IV-Stelle am 28. Oktober 1997, 8. Oktober 2001, 19. September 2002 und 22. Oktober 2004 die zugesprochene ganze Invalidenrente. Am 26. Januar 2006 leitete die IV-Stelle erneut ein Revisionsverfahren ein und ordnete nach Einholung eines weiteren Verlaufsberichts des Hausarztes eine Abklärung bei Dr. med. A._, Facharzt für Innere Medizin, speziell Rheumaerkrankungen, an. Nachdem S._ gegen die durchgeführte Abklärung und das Gutachten vom 26. Mai 2006 Einwände erhoben hatte, beauftragte die IV-Stelle das Institut für forensische Psychiatrie und Psychotherapie (nachfolgend: IFPP) mit einer interdisziplinären Begutachtung. Gestützt auf das Gutachten des Dr. med. A._ vom 26. Mai 2006 und des IFPP vom 20. Februar 2007 hob die IV-Stelle mit Verfügung vom 8. Juni 2007 die Invalidenrente infolge nicht rentenbegründendem Invaliditätsgrades von 28 % per Ende Juli 2007 auf.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 29. Mai 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm weiterhin eine ganze Invalidenrente auszurichten. Zudem sei die aufschiebende Wirkung wieder herzustellen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Eingaben vom 29. September und 22. Dezember 2008 lässt S._ weitere Unterlagen, namentlich die Berichte des Dr. med. U._ vom 28. September und 18. Dezember 2008 sowie des Dr. med. B._, Facharzt für Psychiatrie, Psychotherapie und Neurologie, vom 11. Dezember 2008, einreichen.
E. Mit Verfügung vom 10. Oktober 2008 wies das Bundesgericht das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch BGE 132 V 393).
2. Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze über die Revision einer Rente und die dabei zu vergleichenden Sachverhalte (Art. 17 ATSG; BGE 133 V 108 und 545, je mit Hinweisen) sowie die für die Ermittlung des Invaliditätsgrades im Rahmen der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs massgebenden Validen- und Invalideneinkommen (Art. 28 Abs. 2 IVG in der von 1. Januar 2004 bis bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung in Verbindung mit Art. 16 ATSG; BGE 128 V 29 E. 1 S. 30 mit Hinweisen; vgl. auch Urteil I 90/01 vom 13. Juni 2001, E. 4a mit Hinweisen), insbesondere auch bezüglich des leidensbedingten Abzugs (BGE 126 V 75 E. 5 S. 78), zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht und dessen beweisrechtliche Würdigung (BGE 125 V 351 E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch des Versicherten auf eine Invalidenrente.
4. Bezüglich der mit Eingaben vom 29. September und 22. Dezember 2008 nachgereichten Unterlagen ist festzuhalten, dass es sich dabei, soweit sie sich nicht bereits bei den vorinstanzlichen Akten befinden, um unzulässige Noven im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG handelt (vgl. unter anderem Urteile 8C_699/2008 vom 19. November 2008 und 9C_281/2008 vom 16. Mai 2008, E. 3.2). Dasselbe gilt auch für den mit der Beschwerde aufgelegten Bericht des Dr. med. B._ vom 10. Juli 2008. Diese Unterlagen können somit vom Bundesgericht nicht berücksichtigt werden.
5. 5.1 Die Vorinstanz hat unter einlässlicher und überzeugender Begründung gestützt auf das Gutachten des IFPP vom 20. Februar 2007 und des Dr. med. A._ vom 26. Mai 2006 sowie den Bericht des Instituts für Anästhesie, Chirurgische Intensivmedizin und Schmerztherapie L._ vom 15. Mai 2007 und des Dr. med. W._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, vom 30. März 2007 in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 1) festgestellt, dass beim Versicherten nicht mehr das Cervicalsyndrom, sondern das chronische spondylogene Syndrom die Leistungsfähigkeit einschränkt und ihm eine wechselbelastende, leichte Tätigkeit ohne Heben, Tragen und Bewegen von schweren Lasten sowie ohne Zwangshaltungen wie vornübergebeugt stehend, kniend, hockend oder dauernd sitzend, voll zumutbar ist.
5.2 Daran vermögen auch die Einwände des Versicherten nichts zu ändern. Insbesondere hat das kantonale Gericht zu Recht nicht auf die Berichte des Dr. med. U._ abgestellt, da gemäss einer Erfahrungstatsache Hausärzte infolge des Vertrauensverhältnisses zwischen ihnen und dem Patienten im Zweifelsfall eher zu dessen Gunsten aussagen (BGE 125 V 351 E. 3b/cc S. 353 mit Hinweisen). Auch nicht zu beanstanden ist, dass sich die Vorinstanz nicht auf die Beurteilung des Dr. med. B._ vom 26. Juni 2007 abgestützt hat. Auch dabei handelt es sich um eine Einschätzung eines behandelnden Arztes. Auf Grund der unterschiedlichen Natur von Begutachtungs- und Behandlungsauftrag wird ein Administrativgutachten jedoch nicht schon deshalb in Frage gestellt, weil der Gutachter zu einem anderen Ergebnis als die behandelnden Ärzte gelangt (Urteil I 844/06 vom 24. September 2007, E. 2.3.2 mit Hinweisen). Dr. med. B._ setzt sich denn auch, wie er im Bericht vom 26. Juni 2007 selbst schreibt, mangels Kenntnis der Vorakten nicht mit diesen auseinander, so dass er die Schlussfolgerungen der Gutachter nicht in Zweifel zu ziehen vermag. Entgegen der Ansicht des Versicherten sind die ihm zumutbaren Tätigkeiten in den ärztlichen Berichten und Gutachten hinreichend konkret beschrieben und es gibt im hier massgebenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt sehr wohl Stellen, die diesen Tätigkeiten entsprechen. Zu denken ist etwa an leichte Maschinenbedienung und leichte Sortier-, Prüf- und Verpackungsarbeiten; dies gilt umso mehr, als in Industrie und Gewerbe Arbeiten, welche physische Kraft erfordern, in zunehmendem Mass durch Maschinen verrichtet werden, während den körperlich weniger belastenden Bedienungs- und Überwachungsfunktionen eine stetig wachsende Bedeutung zukommt (SVR 1999 IV Nr. 6 S. 15 E. 2b/aa; vgl. auch Urteile I 588/05 vom 27. April 2006, E. 5.2, und I 259/00 vom 27. April 2001, E. 3c/bb, je mit Hinweisen). Wenn auch in den verschiedenen erwähnten Tätigkeitsfeldern Arbeitsstellen anzutreffen sind, die wenig wechselbelastend sind, ein häufiges Heben von schweren Lasten erfordern und/oder teils in gebückter Stellung auszuführen sind, so kann doch nicht gesagt werden, die erforderlichen leichteren Arbeiten seien bloss theoretischer Natur und im als ausgeglichen unterstellten Arbeitsmarkt nicht verbreitet (vgl. Urteile I 588/05 vom 27. April 2006, E. 5.2, und I 259/00 vom 27. April 2001, E. 3c/bb, je mit Hinweisen). Da es sich dabei oft um Hilfstätigkeiten handelt, welche keine vorgängige Ausbildung oder besondere Fähigkeiten verlangen, sind diese dem Versicherten auch unter Berücksichtigung seiner bisher ausgeübten beruflichen Tätigkeiten ohne Umschulung zumutbar.
5.3 Die Vorinstanz hat die Ermittlung des Valideneinkommens durch die IV-Stelle mittels Aufrechnung des vor Eintritt der Invalidität zuletzt erzielten Betriebsgewinns geprüft und dies unter Zugrundelegung der Tabellen der Lohnstrukturerhebung des Bundes (LSE; selbstständige und qualifizierte Arbeiten [Niveau 1+2], Wirtschaftszweig "Persönliche Dienstleistungen") bestätigt. Dies ist nicht zu beanstanden. Denn das Geschäft des Versicherten wird seit Jahren weder von ihm noch von seiner Ehefrau weitergeführt, so dass dessen Geschäftsentwicklung eine reine Spekulation wäre. Somit hat das kantonale Gericht zutreffenderweise die Reinigungsbranche den Wirtschaftszweig "Persönliche Dienstleistungen" zugeordnet und angesichts der jahrelangen Tätigkeit des Versicherten als Geschäftsführer auf die Werte des Niveaus 1+2 abgestellt (Tabelle TA1 Ziff. 93). Denkbar wäre auch die Anwendung der Tabelle TA7 Ziff. 35 (Privater und öffentlicher Sektor [Bund] zusammen, Dienstleistungen, Reinigung und öffentliche Hygiene) gewesen, was zu einem unwesentlich höheren Valideneinkommen von Fr. 70'140.- geführt hätte. Ebenfalls nicht zu beanstanden ist die Ermittlung des Invalideneinkommens anhand der Tabelle in der LSE bezüglich sämtlicher Wirtschaftszweige des privaten Sektors, Niveau 4 (TA1, Total), da es bei den noch zumutbaren Tätigkeiten um Hilfsarbeiten geht, welche in den verschiedensten Wirtschaftszweigen zu finden sind und weder eine besondere Ausbildung noch spezielle Fähigkeiten erfordern (vgl. oben E. 5.2). Schliesslich handelt es sich bei der Frage des leidensbedingten Abzugs um eine typische Ermessensfrage, deren Beantwortung und Korrektur letztinstanzlich nur zulässig ist, wenn die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft (Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung) ausgeübt hat (BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399). Dies ist angesichts der einlässlichen vorinstanzlichen Begründung hier nicht der Fall.
5.4 Nach dem Gesagten resultiert bei den korrekt ermittelten Validen- und Invalideneinkommen ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad und die vorinstanzliche Aufhebung der Invalidenrente verletzt Bundesrecht nicht.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse Luzern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Februar 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold