Fatti:
A. A.a A.A._ è la madre di C.A._ e D.A._. I ragazzi sono attualmente sotto la custodia parentale del padre, B.A._. L'autorità di vigilanza sulle tutele ha sospeso, con decisione provvisionale 25 novembre 2003, il diritto di visita della madre; il Tribunale di appello ha respinto un ricorso della madre contro tale decisione in data 6 luglio 2005. Nel merito, la Commissione tutoria regionale 8 (qui di seguito: CTR 8) ha revocato il diritto di visita alla madre con decisione 12 dicembre 2006, confermata dall'autorità di vigilanza 15 febbraio 2007 ed apparentemente non oggetto di ulteriore impugnativa.
A.b Un'istanza di misure provvisionali 2 agosto 2007 proposta da A.A._ e volta al ripristino del suo diritto di visita è stata respinta dalla CTR 8 con decisione 24 aprile 2008, confermata dall'autorità di vigilanza in data 11 luglio 2008.
B. A.A._ è insorta contro tale decisione con appello 25 luglio 2008. Il Presidente della I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto con il qui impugnato decreto 14 agosto 2008 la richiesta di provvedimenti cautelari contenuta nel gravame.
C. Con il presente ricorso in materia civile 15 settembre 2008, A.A._ (qui di seguito: ricorrente) postula in via principale l'annullamento della decisione impugnata ed il rinvio della causa all'autorità inferiore per nuovo giudizio, e subordinatamente l'immediato ripristino del proprio diritto di visita; in via subeventuale la ricorrente chiede che la I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino sia obbligata a nominare una persona che partecipi e controlli i primi cinque incontri della madre con i figli. La ricorrente chiede altresì di essere messa a beneficio dell'assistenza giudiziaria.
Non sono state chieste osservazioni.
Diritto:
1. La decisione impugnata ha per oggetto le relazioni personali fra il genitore non detentore della custodia parentale ed i figli (art. 273 CC). Pronunciata in materia di vigilanza sulle autorità tutorie e concernente la protezione del figlio, il suo evidente rapporto diretto con il diritto civile la rende impugnabile con ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 2 lett. b n. 5 e 7 LTF). Il termine di ricorso (art. 100 cpv. 1 LTF) e le forme ricorsuali (art. 42 LTF) sono rispettate.
2. Decisioni su misure provvisionali sono decisioni finali ai sensi dell'art. 90 LTF se sono pronunciate in una procedura a sé stante; se invece sono pronunciate nel quadro di un'azione principale e valgono per la durata della medesima, sono da considerarsi di natura incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF. Ciò vale anche se esse sono pronunciate prima della litispendenza dell'azione principale e se la loro efficacia nel tempo è fatta dipendere dal successivo inoltro dell'azione di merito (DTF 134 I 83 consid. 3.1). La fattispecie in discussione si caratterizza per l'assenza di un'azione di merito: la ricorrente non l'ha inoltrata. La validità di eventuali misure provvisionali sarebbe tuttavia subordinata all'inoltro di un'azione di merito entro un termine stabilito dal giudice (art. 381 CPC/TI). Pertanto, la decisione impugnata va considerata di natura incidentale. Misure emanate sotto forma di decisione incidentale possono essere impugnate a titolo indipendente unicamente se sono atte a causare al ricorrente un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF; DTF 134 II 349 consid. 1.3; 134 I 83 consid. 3.1). Per le ragioni che seguono si può tuttavia soprassedere all'esame di questo requisito.
3. 3.1 Infatti, per essere impugnabile avanti al Tribunale federale, la decisione avversata deve essere di ultima istanza cantonale (art. 75 cpv. 1 LTF); "il ricorrente deve pertanto aver esaurito tutti i rimedi cantonali per le censure che intende invocare dinanzi al Tribunale federale" (Messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001, FF 2001 3868 n. 4.1.3.1). Quest'esigenza vale tanto per le decisioni finali (art. 90 LTF) che per quelle pregiudiziali e incidentali (art. 93 LTF).
3.2 Come già sotto l'egida della legge federale sull'organizzazione giudiziaria del 16 dicembre 1943 (art. 86 cpv. 1 OG), il concetto di "rimedio cantonale" include tutte le vie di diritto a disposizione del ricorrente atte ad annullare il pregiudizio allegato e di natura tale da obbligare l'autorità adita a statuire (DTF 126 III 110 consid. 1b, 485 consid. 1a; 120 Ia 61 consid. 1a; sentenza 5A_678/2007 dell'8 gennaio 2008 consid. 3.1). In tema di misure preprovvisionali, la giurisprudenza aveva già ammesso che la possibilità di richiedere al giudice una decisione provvisionale che sostituisca la misura preprovvisionale costituisse un rimedio di diritto cantonale che doveva essere esperito prima del ricorso al Tribunale federale, pena l'inammissibilità di quest'ultimo (DTF 120 Ia 61 consid. 1a; sentenza 5P.238/2003 del 17 novembre 2003 consid. 2.3; sentenza 5P.307/2004 del 6 ottobre 2004 consid. 1.2, in JdT 2004 III 113 e nota di Denis Tappy). Lo stesso deve valere qualora il diritto cantonale prescriva al giudice di fissare un'udienza per sentire le parti e di confermare, modificare o revocare le misure preprovvisionali (sentenza 5A_678/2007 dell'8 gennaio 2008 consid. 3.1; sentenza 4A_335/2007 del 13 settembre 2007 consid. 3, con riferimento all'art. 106 CPC/VD; Denis Tappy, Les mesures provisionnelles en matière civile dans le nouveau système de recours au Tribunal fédéral, in RSPC 2007 pag. 99 segg., part. pag. 107).
3.2 Come già sotto l'egida della legge federale sull'organizzazione giudiziaria del 16 dicembre 1943 (art. 86 cpv. 1 OG), il concetto di "rimedio cantonale" include tutte le vie di diritto a disposizione del ricorrente atte ad annullare il pregiudizio allegato e di natura tale da obbligare l'autorità adita a statuire (DTF 126 III 110 consid. 1b, 485 consid. 1a; 120 Ia 61 consid. 1a; sentenza 5A_678/2007 dell'8 gennaio 2008 consid. 3.1). In tema di misure preprovvisionali, la giurisprudenza aveva già ammesso che la possibilità di richiedere al giudice una decisione provvisionale che sostituisca la misura preprovvisionale costituisse un rimedio di diritto cantonale che doveva essere esperito prima del ricorso al Tribunale federale, pena l'inammissibilità di quest'ultimo (DTF 120 Ia 61 consid. 1a; sentenza 5P.238/2003 del 17 novembre 2003 consid. 2.3; sentenza 5P.307/2004 del 6 ottobre 2004 consid. 1.2, in JdT 2004 III 113 e nota di Denis Tappy). Lo stesso deve valere qualora il diritto cantonale prescriva al giudice di fissare un'udienza per sentire le parti e di confermare, modificare o revocare le misure preprovvisionali (sentenza 5A_678/2007 dell'8 gennaio 2008 consid. 3.1; sentenza 4A_335/2007 del 13 settembre 2007 consid. 3, con riferimento all'art. 106 CPC/VD; Denis Tappy, Les mesures provisionnelles en matière civile dans le nouveau système de recours au Tribunal fédéral, in RSPC 2007 pag. 99 segg., part. pag. 107).
3.3 La decisione del Presidente della I Camera civile del Tribunale di appello, qui impugnata, si fonda sugli art. 377 cpv. 2 CPC/TI per la competenza e art. 376 cpv. 1 CPC/TI per le condizioni materiali.
3.3.1 Il diritto processuale cantonale ticinese prevede, in tema di procedimenti cautelari (artt. 376-384bis CPC/TI), che la relativa domanda può essere presentata in udienza (art. 378 cpv. 1 CPC/TI) oppure tramite istanza scritta (art. 378 cpv. 2 CPC/TI). Nel primo caso, è decisa seduta stante (art. 378 cpv. 1 CPC/TI), nel secondo caso il giudice cita di regola le parti per il contraddittorio, riservata la facoltà di ordinare misure cautelari (art. 379 cpv. 1 CPC/TI). Egli può tuttavia anche decidere senza contraddittorio, ammettendo o respingendo la domanda; in tal caso, è facoltà delle parti chiedere entro 10 giorni con istanza scritta che, previo contraddittorio, la domanda sia accolta, rispettivamente che le misure ordinate siano revocate o modificate (art. 379 cpv. 2 CPC/TI). La conduzione di un contraddittorio è condizione per l'impugnazione di provvedimenti cautelari in sede cantonale (art. 382 cpv. 1 CPC/TI).
3.3.2 È indubbio che lo svolgimento di un contraddittorio, sia esso ordinato d'ufficio (art. 379 cpv. 1 CPC/TI) o su richiesta di parte (art. 379 cpv. 2 CPC/TI), permette un riesame nel merito del provvedimento cautelare preso o rifiutato dal giudice. Coerentemente, lo svolgimento del contraddittorio ed il conseguente riesame è condizione per impugnare avanti al Tribunale di appello una decisione pretorile (art. 382 cpv. 1 CPC/TI). Non vi è necessità di dilungarsi oltre per spiegare che la medesima condizione debba essere soddisfatta prima che un decreto cautelare prolato dal Giudice d'appello competente secondo l'art. 377 cpv. 2 CPC/TI possa essere impugnato avanti al Tribunale federale: il contraddittorio di cui all'art. 379 cpv. 1 e 2 CPC/TI corrisponde senz'altro alle evenienze dibattimentali esaminate nella giurisprudenza del Tribunale federale (supra consid. 3.2).
3.3.3 Dall'istoriato processuale nella decisione impugnata non emerge che la stessa sia stata emanata previo contraddittorio, né la ricorrente fa valere il contrario. Una sommaria scorsa dell'incarto d'appello conferma che non vi è traccia di contraddittorio rispettivamente di una richiesta in tal senso da parte della qui ricorrente, in applicazione dell'art. 379 cpv. 2 CPC/TI.
4. Ne consegue che la decisione impugnata non è di ultima istanza cantonale ai sensi dell'art. 75 cpv. 1 LTF, ragione per cui il presente ricorso in materia civile deve essere dichiarato inammissibile, con conseguenza di tassa e spese a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Le sue conclusioni essendo sin dall'inizio manifestamente prive di una qualsiasi possibilità di successo, la domanda di assistenza giudiziaria formulata dalla ricorrente per la procedura federale deve essere respinta (art. 64 cpv. 1 LTF). Poiché la controparte non è stata invitata ad esprimersi avanti al Tribunale federale, non sono dovute ripetibili (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. La domanda di assistenza giudiziaria della ricorrente è respinta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico della ricorrente.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Presidente della I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino.