Faits:
A. Le 27 juin 2008, l'Office fédéral de la justice (OFJ) est entré en matière sur une demande d'entraide judiciaire présentée par la République d'Haïti, formée initialement le 12 juin 1986 et complétée en dernier lieu aux mois de mai et juin 2008. La demande faisait état de détournements commis au préjudice de l'Etat haïtien par l'ancien président Jean-Claude Duvalier et ses proches. L'OFJ a considéré qu'une procédure pénale était ouverte dans l'Etat requérant pour des faits qui, en droit suisse, tomberaient sous le coup de l'art. 260ter CP. Deux comptes ouverts à Genève ont notamment été bloqués et un délai a été imparti aux détenteurs des avoirs pour démontrer que ceux-ci n'étaient pas de provenance délictueuse.
Par lettre de leur avocat en Suisse du 26 novembre 2008, X._ et Y._, tous deux ressortissants haïtiens, se sont adressés à l'OFJ. En tant que victimes du régime Duvalier, ils se prévalaient d'un jugement rendu en Floride le 8 janvier 1998, condamnant Jean-Claude et Michelle Duvalier à leur verser respectivement 1'000'000 USD et 750'000 USD à titre de réparation morale. Un séquestre avait été obtenu à Bâle-Ville, à hauteur de ces montants, sur les deux comptes de Genève; une action en contestation avait été ouverte par l'un des titulaires des comptes, et demeurait pendante devant le Tribunal civil de Bâle-Ville. Compte tenu des déficiences du système judiciaire haïtien et de l'incapacité de poursuivre effectivement les crimes commis par le régime Duvalier, un recouvrement de ces créances en Haïti ne serait pas possible. L'OFJ était invité à tenir compte de ces prétentions dans sa décision relative à la demande d'entraide judiciaire.
B. Par décision de clôture du 11 février 2009, l'OFJ a décidé de remettre à la République d'Haïti l'ensemble des avoirs saisis. Les détenteurs de ces avoirs ne pouvaient se prévaloir de l'art. 2 EIMP puisqu'il s'agissait soit de personnes morales, soit de personnes physiques non domiciliées en Haïti. L'Etat étranger avait fourni des garanties au sujet du respect des droits de procédure. Il n'y avait pas prescription dans l'Etat requérant et la condition de la double incrimination était réalisée. Les détenteurs interpellés n'avaient pas pu démontrer que les avoirs n'étaient pas d'origine criminelle. Les fonds restitués devraient être utilisés de façon transparente au bénéfice de la population haïtienne, par le biais de projets humanitaires ou sociaux, sous la supervision du DFAE.
Par lettre du même jour, X._ et Y._ ont été informés de cette décision. L'OFJ précisait que l'art. 74a al. 4 let. c EIMP permettait aux seuls titulaires d'un droit réel de s'opposer à la remise des valeurs. En l'espèce, les intéressés faisaient valoir de simples créances.
Les intéressés ont protesté le 16 février 2009 contre cette décision, dont ils ont requis la notification. L'OFJ a refusé une telle notification le 27 février 2009, précisant que la lettre du 11 février 2009 valait décision susceptible de recours.
C. X._ et Y._ ont saisi le Tribunal pénal fédéral (TPF) par acte du 16 mars 2009. Outre les faits mentionnés ci-dessus, ils relevaient que le 9 janvier 2009, ils avaient passé une convention à Genève avec un représentant de Jean-Claude Duvalier, emportant notamment novation des créances reconnues par le tribunal de Floride, avec élection de droit et de for en Suisse. Ils estimaient que la République d'Haïti ne serait pas en mesure de garantir une procédure de restitution conforme aux droits fondamentaux. Ils invoquaient l'art. 74a EIMP en se prévalant de la reconnaissance de dette signée à Genève, du séquestre obtenu à Bâle, et de leur qualité de victimes du régime Duvalier. Ils demandaient l'assistance judiciaire.
Par arrêt du 7 avril 2009, la IIe Cour des plaintes du TPF a rejeté le recours et la demande d'assistance judiciaire. La personne lésée dans la procédure pénale étrangère n'avait pas qualité de partie à la procédure suisse d'entraide. La reconnaissance de dette n'avait pas été signée par un représentant autorisé de Jean-Claude Duvalier. La créance était née aux Etats-Unis. Seuls les tiers de bonne foi au bénéfice de droits réels - et non de simples créances - pouvaient s'opposer à la remise des fonds. La qualité de partie avait dès lors été déniée avec raison. Au surplus, la Cour des plaintes a considéré que les intérêts du peuple haïtien à bénéficier des quelque 7 millions de francs saisis en Suisse devaient l'emporter sur l'intérêt des recourants à se voir attribuer près de 30% de cette somme.
D. X._ et Y._ ont formé, par acte du 20 avril 2009, un recours en matière de droit public avec une demande d'assistance judiciaire. Ils demandent l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes, la suspension de la procédure d'entraide jusqu'à droit connu sur la validation du séquestre civil, et le refus de l'entraide à concurrence des sommes réclamées par les recourants. Subsidiairement, ils demandent que l'OFJ soit invité à vérifier l'existence d'une procédure pénale permettant aux victimes de faire valoir leurs droits, et à obtenir des garanties à propos du respect des droits fondamentaux des recourants. Plus subsidiairement, ils demandent qu'il soit interdit à l'OFJ d'utiliser les valeurs saisies à d'autres fins que celles prévues à l'art. 74a EIMP.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. L'OFJ conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Le 27 mai 2009, les recourants ont demandé confirmation que le dossier du TPF ne contenait pas d'autres pièces que celles qu'ils avaient eux-mêmes produites. Ils se plaignaient aussi de la production, par l'OFJ, d'extraits de son dossier, et en demandaient la consultation. Par lettre du 29 mai 2009, le juge instructeur leur a confirmé que le dossier du TPF ne comportait que leurs propres pièces. La consultation par les recourants du dossier de l'OFJ n'était pas possible à ce stade, puisque la question de leur qualité de partie à la procédure était litigieuse. Les pièces inconnues des recourants n'étaient de toute façon pas pertinentes dans la perspective de l'application de l'art. 74a EIMP, et le Tribunal fédéral n'entendait pas en tenir compte.
Le 2 juin 2009, l'avocat des recourants a informé le tribunal que X._ était décédé la semaine précédente. Il demandait la suspension de la procédure conformément à l'art. 6 al. 2 PCF, en attendant de connaître les intentions des héritiers. Par ordonnance du 5 juin 2009, la demande de suspension a été rejetée, en raison du principe de célérité, et compte tenu du fait qu'une suspension ne se justifiait pas à l'égard du recourant Y._.
Ce dernier a produit de nouvelles observations le 19 juin 2009, en persistant dans ses moyens et ses conclusions.
Considérant en droit:
1. L'avocat des recourants a demandé la suspension de la procédure après le décès de X._, conformément à l'art. 6 al. 2 PCF, par renvoi de l'art. 71 LTF. Cette disposition prévoit la suspension de plein droit de la procédure lors du décès d'une partie. Comme l'a relevé le juge instructeur dans son ordonnance du 5 juin 2009, une suspension de la procédure conduirait au blocage sine die des sommes revendiquées par les recourants. Cela porterait atteinte au principe de célérité qui régit la procédure d'entraide judiciaire (art. 17a EIMP), et qui doit prévaloir à titre de lex specialis (cf. arrêt 1A.24/1999 du 29 mai 1999, consid. 1a). Au demeurant, la suspension de la procédure ne se justifie pas à l'égard du recourant Y._.
2. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 29 al. 1 LTF; ATF 134 IV 36 consid. 1 p. 37).
Selon l'art. 84 LTF, le recours n'est recevable contre une décision rendue en matière d'entraide pénale que s'il a pour objet, notamment, une saisie, le transfert d'objets ou de valeurs ou la transmission de renseignements concernant le domaine secret. Il doit en outre s'agir d'un cas particulièrement important. Le cas est particulièrement important notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves. L'emploi de l'adverbe notamment indique que ces motifs d'entrée en matière ne sont pas exhaustifs. Le Tribunal fédéral peut en effet être appelé à intervenir lorsqu'il s'agit de trancher une question juridique de principe, ou lorsque l'instance précédente s'est écartée de la jurisprudence suivie jusque-là (ATF 133 IV 215 consid. 1.2 p. 218 et les références). L'art. 84 LTF a pour but de limiter fortement l'accès au Tribunal fédéral dans le domaine de l'entraide judiciaire (ATF 124 IV 156 consid. 1.3.1 p. 160 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral dispose d'une grande liberté d'appréciation lorsqu'il s'agit de décider si un cas est particulièrement important (idem).
2.1 La décision de clôture porte sur la transmission de valeurs à l'Etat requérant. La première des conditions posées à l'art. 84 LTF est dès lors remplie.
2.2 Les recourants estiment que la procédure en Haïti ne présenterait aucune garantie de conformité au regard des droits des victimes, ce qui justifierait d'entrer en matière en vertu de l'art. 84 al. 2 LTF.
2.2.1 La violation de principes fondamentaux ou les autres "vices graves" affectant la procédure étrangère, au sens de l'art. 84 al. 2 LTF, se rapportent exclusivement à la procédure pénale ouverte dans l'Etat requérant, pour laquelle l'entraide est requise (ATF 133 IV 271 consid. 2.2.2 p. 274 et 131 consid. 3). L'intervention d'une seconde instance de recours peut se justifier lorsqu'il s'agit de s'assurer que la collaboration offerte par la Suisse - sous la forme d'une extradition ou d'une transmission de renseignements - ne risque pas de favoriser une procédure qui ne garantit pas à la personne poursuivie un traitement conforme aux droits fondamentaux. Ainsi, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière, dans les cas d'extradition, lorsque l'Etat étranger, bien que connaissant des difficultés du point de vue du respect des droits humains, présente des garanties diplomatiques jugées suffisantes quant au traitement des personnes poursuivies (arrêt 1C_301/2007 du 2 octobre 2007). La jurisprudence considère par ailleurs que seule a qualité pour invoquer des vices dans la procédure à l'étranger, la personne qui risque concrètement une atteinte à ses droits (ATF 131 II 228 consid. 1). Tel n'est pas le cas des tiers soumis aux actes d'entraide, des personnes morales ou de la personne poursuivie elle-même, lorsqu'elle ne se trouve pas sur le territoire de l'Etat requérant et ne court pas, de ce fait, le risque d'un traitement prohibé (ATF 130 II 217 consid. 8.2 p. 227; 129 II 268 consid. 6.1 p. 271; 125 II 356 consid. 8b p. 365).
2.2.2 En l'occurrence, les recourants ne sont pas parties à la procédure à l'étranger, laquelle ne se rapporte d'ailleurs pas à l'indemnisation des victimes du régime Duvalier, mais à la restitution des sommes détournées au préjudice de l'Etat. Le recourant Y._, qui réside en Floride, ne prétend pas être ou vouloir être partie à cette procédure. L'entraide judiciaire offerte par la Suisse se limite en l'occurrence au transfert de valeurs. Elle n'est pas destinée, comme le serait une extradition ou une transmission de renseignements, à une procédure pénale déterminée, ni même à une procédure qui aurait pour objet l'indemnisation directe des victimes du régime Duvalier. Les recourants n'ont dès lors par qualité pour prétendre que la procédure de confiscation ou de restitution en Haïti ne présenterait pas de garantie suffisante. S'agissant de la restitution des fonds appartenant au clan Duvalier, les seules garanties de procédure que doit fournir l'Etat requérant concernent les droits des personnes poursuivies. Pour leur part, les recourants n'agissent qu'en tant que créanciers ordinaires, puisque leur qualité de victime a déjà été reconnue dans le jugement dont il se prévalent. Leur démarche tend à l'exécution de ce jugement et au recouvrement des sommes qui leur ont été allouées, et cette procédure de recouvrement n'est pas celle pour laquelle l'entraide judiciaire est requise. Les critiques à l'encontre de la procédure étrangère ne justifient pas, par conséquent, d'entrer en matière.
2.3 Les recourants relèvent ensuite que la cause porterait sur la qualité pour recourir des créanciers et des victimes au sens de l'art. 80h EIMP - et non, comme l'a estimé le TPF, sur la qualité de partie au sens de l'art. 80b EIMP - dans le cadre d'une décision de remise au sens de l'art. 74a EIMP. Il s'agirait d'une question de principe. La question du conflit entre le séquestre civil et la procédure d'entraide serait elle aussi irrésolue par la jurisprudence, de même que celle de la limitation du droit d'intervention aux seuls titulaires de droits réels.
2.3.1 Un cas peut aussi être considéré comme particulièrement important, au sens de l'art. 84 al. 2 LTF, lorsque se pose une question de principe, ou lorsque l'autorité précédente s'est écartée de la jurisprudence (ATF 133 IV 125 consid. 1.2).
En l'espèce, point n'est besoin de déterminer si les questions soulevées par les recourants constituent des questions de principe; à supposer que le recours soit recevable de ce point de vue, force serait d'admettre que la solution retenue par le TPF est conforme au droit fédéral.
2.3.2 Les recourants relèvent que la Cour des plaintes aurait confondu la qualité de partie à la procédure (au sens de l'art. 80b EIMP) et le droit de recours reconnu à l'art. 80h EIMP. Ils admettent qu'une telle confusion est irrelevante car les deux questions sont étroitement liées (cf. ATF 129 II 453 consid. 2.2.2 in fine), mais soutiennent que la jurisprudence serait lacunaire à propos de la qualité pour recourir dans le cadre de l'application de l'art. 74a EIMP: elle ne préciserait pas notamment si, comme l'a fait la Cour des plaintes, il y aurait lieu d'examiner le bien-fondé des prétentions des recourants, au stade de la recevabilité.
2.3.3 Selon l'art. 80h EIMP, a qualité pour recourir quiconque est personnellement et directement touché par une mesure d'entraide et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée. Est directement touchée, au sens de cette disposition, la personne qui doit se soumettre directement à une mesure d'entraide: celui qui fait l'objet d'une perquisition, qui est convoqué et entendu comme témoin, ou le titulaire d'un compte bancaire au sujet duquel des renseignements sont transmis. La jurisprudence s'en tient au schématisme du texte légal (cf. aussi l'art. 9a OEIMP) afin de limiter et de définir le plus précisément possible le cercle des personnes habilitées à s'opposer à l'entraide, dans le but de ne pas paralyser l'exécution des demandes adressées à la Suisse.
2.3.4 Lorsque la demande d'entraide tend à la remise d'objets ou de valeurs en vue de confiscation ou de restitution (art.74a EIMP), la qualité pour agir est définie, elle aussi, de manière restrictive (ATF 123 II 595 consid. 6a p. 612); elle appartient en premier lieu au détenteur des avoirs, en particulier le titulaire du compte bancaire sur lequel se trouvent les fonds concernés (ATF 131 II 169 consid. 2.2.1) ou le propriétaire des objets saisis (ATF 123 II 134), selon les critères déduits de l'art. 80h let. b EIMP. Les autres personnes légitimées à intervenir, dans le cadre spécifique de l'art. 74a EIMP, sont la personne lésée résidant en Suisse au bénéfice d'une prétention en restitution (art. 74a al. 4 let. a EIMP), l'autorité qui fait valoir des droits sur les objets ou valeurs (let. b) ou la personne étrangère à l'infraction et dont les prétentions ne sont pas garanties par l'Etat requérant (let. c). Si celle-ci ne réside pas habituellement en Suisse, elle doit rendre vraisemblable qu'elle a acquis de bonne foi, en Suisse, des droits sur ces objets ou valeurs.
Les termes mêmes du texte légal ("droits... sur ces objets ou valeurs") font ressortir qu'il doit s'agir de droits réels, et non de simples prétentions, même si celles-ci font l'objet d'un séquestre civil prononcé en Suisse (ATF 123 II 595 consid. 6b/aa p. 613 et les références citées; ZIMMERMANN, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 3ème éd., Berne 2009 p. 318; HARARI, Remise internationale d'objets et valeurs, réflexions à l'occasion de la modification de l'EIMP, in: Etudes en l'honneur de Dominique Poncet, Genève 1997 p. 188). Le séquestre civil constitue une simple mesure provisoire destinée à garantir une créance, et ne crée aucun privilège de droit matériel, au contraire d'un gage (ATF 117 Ia 504). La reconnaissance de dette signée à Genève par un représentant - prétendu - de Jean-Claude Duvalier, ne porte elle aussi que sur une simple créance, et ne saurait, pour les mêmes motifs fonder un droit d'intervention dans la procédure suisse d'entraide.
2.3.5 Sur ces points, l'arrêt attaqué est conforme non seulement à la loi, mais aussi à la jurisprudence constante et à la doctrine. C'est à juste titre que la Cour des plaintes a dénié aux recourants un droit d'intervention fondé sur l'art. 74a EIMP, ainsi que la qualité de partie à la procédure d'entraide.
3. Le recours doit par conséquent être rejeté, en tant qu'il serait recevable. Les recourants ont demandé l'assistance judiciaire, et celle-ci peut être accordée. Me Henzelin est désigné comme avocat d'office, rétribué par la Caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté en tant qu'il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Marc Henzelin est désigné comme avocat d'office et une indemnité de 2000 fr., lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la Caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 3 juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz