Sachverhalt:
A. Mit Schreiben vom 22. Dezember 2011 erstattete X._ bei der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich Strafanzeige gegen ihre Tochter A._ wegen "Veruntreuung, unrechtmässiger Aneignung und allen sonstigen tatbestandsrelevanten Gründen". Zusammengefasst wird A._ vorgeworfen, sie habe ohne Wissen und Einverständnis von X._ von den auf diese lautenden Konten Nr. yyy.yyy und Nr. xxx.xxx bei der B._ Bank in Zürich mittels Kontovollmacht die sich auf diesen Konten befindlichen und X._ zustehenden Vermögenswerte bezogen und dem Zugriff derselben entzogen, wobei am 16. Februar 1995 das Konto Nr. yyy.yyy mit dem Kontostand DM 1'068'000.-- und am 3. April 1997 das Konto Nr. xxx.xxx mit dem Kontostand DM 1'037'000.-- aufgehoben worden seien.
Am 27. Dezember 2011 überwies die Oberstaatsanwaltschaft die Strafanzeige an die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl. Diese stellte mit Schreiben vom 19. Januar 2012 bei der Staatsanwaltschaft Frankfurt am Main (Deutschland) ein Strafübernahmebegehren im Sinne von Art. 88 lit. a IRSG (SR 351.1). Zur Begründung des Ersuchens fügte die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl insbesondere an, X._ und A._ seien deutsche Staatsbürgerinnen mit Wohnsitz in Deutschland. Sodann sei gegen A._ bereits am 24. August 2011 eine Strafanzeige wegen ähnlicher Delikte zum Nachteil derselben Geschädigten bei der Staatsanwaltschaft Regensburg (Deutschland) eingereicht worden; diese Anzeige sei zuständigkeitshalber an die Staatsanwaltschaft Frankfurt am Main weitergeleitet worden, wo das Verfahren unter der Nummer 3550 Js 236520/11 geführt werde. Mit Schreiben vom 12. März 2012 erklärte die Staatsanwaltschaft Frankfurt am Main, dass sie die Strafverfolgung gegen A._ unter dem Aktenzeichen 3550 Js 210353/12 übernommen habe.
Mit Verfügung vom 3. April 2012 sistierte die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl das gegen A._ geführte Strafverfahren bis zum Abschluss des Ermittlungsverfahrens der deutschen Behörden.
Gegen diese Sistierungsverfügung erhob X._ mit Eingabe vom 16. April 2012 Beschwerde ans Obergericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Beschluss vom 3. August 2012 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 15. September 2012 beantragt X._ die Aufhebung des obergerichtlichen Beschlusses.
Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Stellungnahmen zur Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin hat sich nicht vernehmen lassen.
Erwägungen:
1. 1.1 Mit dem angefochtenen Beschluss hat die Vorinstanz die von der Beschwerdeführerin gegen die Sistierungsverfügung der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl erhobene Beschwerde abgewiesen. Es handelt sich um einen Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in Strafsachen, gegen welchen die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 BGG). Der Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab. Als Zwischenentscheid ist er gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (BGE 133 IV 139 E. 4 S. 140 f.) bewirken kann (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die Variante nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG fällt hier ausser Betracht, da die Gutheissung der Beschwerde zu einer Weiterführung des Verfahrens führen würde.
1.2 Bei der Anfechtung von Sistierungsentscheiden verzichtet das Bundesgericht auf das Erfordernis des nicht wieder gutzumachenden Nachteils gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG, wenn eine Verletzung des Beschleunigungsgebots nach Art. 29 Abs. 1 BV substanziiert gerügt wird. Vorliegend erstattete die Beschwerdeführerin am 22. Dezember 2011 Strafanzeige. Am 19. Januar 2012 stellte die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl bei der Staatsanwaltschaft Frankfurt am Main ein Strafübernahmebegehren. Nachdem letztere diesem Begehren am 12. März 2012 entsprochen hatte, sistierte die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl das Strafverfahren am 3. April 2012. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl hat die Angelegenheit somit bis zu ihrem Sistierungsentscheid beförderlich behandelt. Eine Verletzung des Beschleunigungsgebots ist bislang offensichtlich zu verneinen und wird von der Beschwerdeführerin im bundesgerichtlichen Verfahren auch nicht substanziiert gerügt (vgl. hierzu auch Urteil 1B_108/2009 vom 24. August 2009 E. 1.3.3 und 1.3.4).
Steht keine Verletzung des Beschleunigungsgebots zur Diskussion, muss das Erfordernis des nicht wieder gutzumachenden Nachteils erfüllt sein. Bei Sistierungsentscheiden kann ein solcher Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG namentlich gegeben sein, falls ein definitiver und erheblicher Beweisverlust droht (Urteile 1B_226/2007 vom 11. Januar 2008 E. 3 und 1B_161/2008 vom 27. November 2008 E. 3; vgl. zum Ganzen auch BGE 134 IV 43 E. 2.2 ff. S. 45 ff.).
1.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, gemäss Art. 314 Abs. 3 StPO müsse die Staatsanwaltschaft vor der Sistierung des Verfahrens die Beweise erheben, deren Verlust zu befürchten sei. Dies habe die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl nicht getan. Diese unterbliebene Beweissicherung sei geeignet, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zu bewirken, denn die Sistierung könne dazu führen, dass ihr Vermögen in der Schweiz für immer unauffindbar bleibe und dass die strafrechtlich Verantwortlichen nicht zur Rechenschaft gezogen würden. Insbesondere sei davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin "die allenfalls noch vorhandenen Spuren des beträchtlichen Vermögens zu verwischen und zu eliminieren" versuche. Die Beschwerdeführerin betont, sie habe bereits in der Strafanzeige aufgezeigt, dass ein Beweisverlust drohe. So habe sie damals beantragt, es sei unverzüglich eine Strafuntersuchung einzuleiten, "um herauszufinden, durch wen das Vermögen der Anzeigeerstatterin welchen Weg genommen hat" und "um nach Möglichkeit zur Auffindung und Sicherstellung des veruntreuten Vermögens der Anzeigeerstatterin beizutragen".
1.4 Die Beschwerdeführerin macht damit vorliegend zwar geltend, es drohe ihr durch die Sistierung des Verfahrens ein Beweisverlust. Mit ihren pauschalen Ausführungen und Anträgen substanziiert sie jedoch nicht, welche konkreten und erheblichen Beweise ihr definitiv verloren gehen könnten, wenn diese nicht sofort sichergestellt würden. Dies ist auch nicht ersichtlich. Die Beschwerdegegnerin soll die ihr vorgeworfenen Delikte am 16. Februar 1995 und am 3. April 1997 begangen haben. Weshalb die Sistierung des Verfahrens mit Verfügung vom 3. April 2012 dazu führen könnte, dass die Beschwerdegegnerin im heutigen Zeitpunkt allfällige Spuren ihres deliktischen Handelns verwischt bzw. das deliktische Vermögen dem Zugriff der Behörden entzieht, ist nicht einsichtig, hätte sie hierzu doch längst Gelegenheit gehabt. Der von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Beweisverlust ist somit nicht in genügender Weise dargetan.
2. Die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a und b BGG sind folglich nicht erfüllt, weshalb auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner