Faits:
A. Par jugement du 30 octobre 2008, la juge pénale du Tribunal de première instance du canton du Jura a condamné X._, pour faux dans les titres et corruption active, à une peine de 360 jours-amende, d'un montant de 165 fr. chacun, avec sursis pendant 2 ans, ainsi qu'à une amende de 8000 fr. Elle a par ailleurs condamné un coaccusé, A._, et libéré deux autres coaccusés, B._ et C._.
Statuant sur appel de X._, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien l'a partiellement admis par arrêt du 28 avril 2009, en ce sens qu'elle a libéré l'appelant de l'accusation de corruption active. Subséquemment, elle l'a condamné, pour faux dans les titres, à 210 jours-amende, d'un montant unitaire de 165 fr., avec sursis pendant 2 ans, et à une amende de 5000 fr.
B. Cet arrêt retient, pour l'essentiel et en résumé, ce qui suit.
B.a Entre 1996 et 2004, X._, exploitant du garage D._ SA et concessionnaire régional de la marque F._ depuis 1995, a établi et signé 14 contrats avec le commandant de la police cantonale, dont la plupart avec A._ et les autres avec son successeur B._. Ces contrats portaient sur la vente de voitures de marque F._, prétendument acquises pour le compte de la police cantonale, qui, conformément au chiffre 6.1 du "Règlement concernant le concept de vente, ventes spéciales" de F._ Suisse SA, pouvait bénéficier d'un "rabais autorité" de 16 %. En réalité, comme le prévenu le savait, les véhicules étaient achetés, à titre privé, par A._, un membre de sa famille ou un fonctionnaire de police.
B.b Le prévenu procédait toujours de la même manière. Il établissait le contrat et le signait avec le commandant de la police cantonale, puis émettait une facture au nom de la police. Après quoi, les démarches nécessaires étaient entreprises auprès des compagnies d'assurance, afin d'obtenir deux attestations d'assurance, l'une au nom du canton et l'autre au nom de l'acheteur réel. Sur la base de ces attestations, le véhicule était immatriculé, d'abord au nom du canton, puis, immédiatement après, au nom de l'acheteur réel. Le prévenu transmettait ensuite à F._ Suisse SA les papiers attestant que la voiture était destinée à la police, laquelle lui ristournait une partie du rabais, cette rétrocession équivalant en général à 5 %, voire 6%, du montant net.
B.c Sur les 14 transactions, 8 contrats de vente, dont 7 étaient en possession de F._ Suisse SA, et 12 factures, toutes en possession de cette dernière, ont été versés à la procédure. Par ailleurs, tous les véhicules ont d'abord été immatriculés au nom du canton, puis au nom du véritable acheteur.
B.d Le prévenu, se fondant notamment sur des déclarations du témoin E._, responsable au sein de F._ Suisse SA pour la vente directe et la vente spéciale, a soutenu que seul était pertinent pour l'octroi du rabais le permis de circulation du véhicule, qui était considéré comme la preuve de ce qu'il s'agissait d'un véhicule de la police, le contrat et la facture n'ayant qu'une valeur interne.
Sur la base d'une appréciation des preuves, la cour cantonale a tenu pour établi que le contrat de vente, qui devait nécessairement être produit à F._ Suisse SA comme attestant de la commande du véhicule par une autorité, en l'occurrence la police, était la pièce qui justifiait l'octroi du "rabais autorité" et permettait la rétrocession d'une partie du rabais au concessionaire.
B.e Au fond, la cour cantonale a considéré que les contrats de vente litigieux, à l'exclusion des factures et des permis de circulation, revêtaient la qualité de titre au sens de la loi pénale et qu'ils devaient être qualifiés de faux intellectuels. Elle a constaté que le prévenu avait agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à des tiers un avantage illicite. Elle en a conclu que, dans les 14 cas, le prévenu s'était rendu coupable de faux dans les titres au sens de l'art. 251 CP.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral, pour arbitraire dans l'établissement des faits et violation de l'art. 251 CP. Il conclut à son acquittement, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le recourant soutient que la constatation cantonale selon laquelle c'est le contrat de vente qui justifiait l'octroi du "rabais autorité" et permettait la rétrocession d'une partie de ce rabais au concessionaire repose sur une appréciation arbitraire des preuves.
1.1 De jurisprudence constante, une décision, respectivement une appréciation, n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable. Il faut qu'elle soit manifestement insoutenable ou, autrement dit, absolument inadmissible, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités). Sous peine d'irrecevabilité, l'arbitraire allégué doit par ailleurs être démontré conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
1.2 Le recourant se prévaut de déclarations faites par le témoin E._ lors de son audition du 5 avril 2006 par le juge d'instruction ainsi que d'un courrier de F._ Suisse SA du 8 août 2007, adressé à son mandataire. Il allègue que ces pièces attestent clairement de ce que seul le permis de circulation était déterminant pour l'octroi du rabais par F._ Suisse SA et pour que cette dernière lui rétrocède ensuite une partie de ce rabais, la facture et le contrat de vente n'ayant de valeur que pour la facturation interne.
1.3 Pour admettre que c'est le contrat de vente, et non le permis de circulation qui était déterminant, la cour cantonale s'est fondée sur un ensemble d'indices.
Elle a d'abord relevé qu'il ressortait des déterminations de B._, successeur de A._ comme commandant de la police cantonale, que seul le contrat de vente passé au nom de cette dernière permettait d'obtenir le "rabais autorité". Elle a en outre relevé que A._ avait précisé que les contrats de vente ne servaient qu'à F._ Suisse SA, sans être contredit par le recourant, qui avait par ailleurs admis que ces contrats valaient commandes pour obtenir la rétrocession du rabais et qu'il les avait transmis, avec les autres documents, à F._ Suisse SA. Elle a encore observé que E._, s'il avait certes déclaré que le permis de circulation établi au nom de l'autorité constituait la preuve qu'il s'agissait d'un véhicule de la police et que la rétrocession au concessionnaire pouvait avoir lieu, avait ajouté que la facture et le contrat signé étaient néanmoins indispensables pour que F._ Suisse SA sache qu'un "rabais autorité" allait être accordé. Elle s'est aussi fondée sur le "Règlement concernant le concept de vente, ventes spéciales" de F._ Suisse SA. A cet égard, elle a constaté que le chiffre 6.1 de ce règlement prescrivait que le concessionnaire devait produire la copie de la commande de l'autorité, donc le contrat de vente, la copie de la facture client et le permis de circulation du véhicule et qu'il précisait que le "rabais autorité" ne s'appliquait que lorsque les véhicules avaient été "commandés, payés et immatriculés au nom du correspondant". Enfin, analysant le courrier de F._ Suisse SA du 8 août 2007, elle a constaté que ce document, adressé au mandataire du recourant suite à une demande de ce dernier non versée au dossier, avait en réalité trait au "rabais pour parc de véhicules", et non au "rabais autorité" tel que prévu par le chiffre 6.1 du "Règlement concernant le concept de vente, ventes spéciales", applicable à l'époque des faits et avec lequel il était en contradiction quant au rabais accordé à la police, le montant du rabais indiqué dans ce courrier, soit 5% au maximum, étant d'ailleurs différent de ceux, de 18 % sur la voiture et de 15 % sur les options, prévus par le règlement précité.
1.4 Le recourant n'établit pas, conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, que cette appréciation serait arbitraire, au sens défini par la jurisprudence. Il ne conteste pas les déclarations de B._ et de A._, ni les siennes propres, sur lesquelles s'est fondée la cour cantonale et, à plus forte raison, n'en démontre pas d'appréciation manifestement insoutenable. S'agissant des déclarations de E._, il se borne à rappeler celles qui vont dans le sens de sa thèse, en passant sous silence celles qui viennent la relativiser. De même, il se borne à se prévaloir du courrier de F._ Suisse SA du 8 août 2007, sans aucunement démontrer que la cour cantonale en aurait fait une interprétation absolument inadmissible, notamment qu'elle aurait admis de manière totalement indéfendable que ce courrier a en réalité trait à un autre type de rabais. Il ne démontre pas plus qu'il était manifestement insoutenable de se fonder sur le "Règlement concernant le concept de vente, ventes spéciales" de F._ Suisse SA, en particulier sur le chiffre 6.1 de ce règlement, ni que la cour cantonale en aurait tiré des conclusions inadmissibles, notamment en retenant qu'en vertu de cette clause le concessionnaire doit produire, outre une copie de la facture et le permis de circulation, une copie de la commande de l'autorité, soit du contrat de vente, et que le "rabais autorité" ne s'applique qu'à cette condition. Il ne conteste même pas ce raisonnement. Au reste, le recourant allègue vainement, dans le cadre de son grief de violation de l'art. 251 CP, que deux des contrats n'étaient pas en possession de F._ Suisse SA. Il n'est pas pour autant démontré que, sauf arbitraire, il fallait en déduire que ces contrats n'ont jamais été transmis à celle-ci et, à supposer qu'ils ne l'aient pas été, qu'il fallait en conclure que, nonobstant le prescrit du ch. 6.1 du "Règlement concernant le concept de vente, ventes spéciales", ils n'avaient pas à l'être pour que le "rabais autorité" puisse être accordé.
Il n'est ainsi nullement établi à satisfaction de droit que, sur la base des divers éléments de preuve retenus, il était manifestement insoutenable d'admettre que ce sont les contrats de vente, et non les permis de circulation, qui étaient déterminants pour l'octroi du "rabais autorité" et la rétrocession ultérieure d'une partie de ce dernier au recourant. Le grief est par conséquent irrecevable, faute de motivation suffisante.
2. Le recourant invoque une violation de l'art. 251 CP. Il conteste que les contrats litigieux puissent être considérés comme des faux intellectuels. Il soutient en outre que l'élément subjectif de l'infraction en cause n'est pas réalisé.
2.1 Selon les faits retenus, dont l'arbitraire n'a pas été démontré, les contrats de vente devaient permettre à F._ Suisse SA de constater qu'une commande au nom d'une autorité avait été passée et qu'un "rabais autorité" pouvait donc être accordé. Ces documents étaient ainsi destinés et propres à attester de l'existence d'une commande de l'autorité, justifiant l'octroi d'un "rabais autorité", donc à prouver un fait ayant une portée juridique. Il a dès lors été admis avec raison que les contrats litigieux revêtent la qualité de titres au sens de l'art. 110 al. 4 CP. Cela n'est d'ailleurs pas réellement contesté.
2.2 L'art. 251 CP vise non seulement le faux matériel, qui consiste dans la fabrication d'un titre faux ou la falsification d'un titre, mais le faux intellectuel, qui consiste dans la constatation d'un fait inexact, en ce sens que la déclaration contenue dans le titre ne correspond pas à la réalité. Ainsi, constitue un faux matériel, un titre dont l'auteur réel ne coïncide pas avec l'auteur apparent, alors que le faux intellectuel vise un titre qui émane de son auteur apparent mais qui est mensonger dans la mesure où son contenu ne correspond pas à la réalité (ATF 126 IV 65 consid. 2a p. 67).
La confiance dans le fait qu'un titre ne soit pas faux ou falsifié est plus grande que la confiance dans le fait que quelqu'un ne mente pas dans la forme écrite. C'est pourquoi l'existence d'un faux intellectuel ne doit être retenue que si le document a une capacité accrue de convaincre, parce qu'il présente des garanties objectives de la vérité de son contenu. Une simple allégation, par nature sujette à vérification, ne suffit pas. Il doit résulter des circonstances concrètes ou de la loi que le document est digne de confiance, de telle sorte qu'une vérification par le destinataire n'est pas nécessaire et ne saurait être exigée. Tel est le cas lorsque certaines assurances objectives garantissent aux tiers la véracité de la déclaration; il peut s'agir, par exemple, d'un devoir de vérification qui incombe à l'auteur du document ou encore de l'existence de dispositions légales comme les art. 958 ss CO relatifs au bilan, qui définissent le contenu du document en question. En revanche, le simple fait que l'expérience montre que certains écrits jouissent d'une crédibilité particulière ne suffit pas, même si dans la pratique des affaires il est admis que l'on se fie à de tels documents. La question de savoir si l'on se trouve en présence d'un mensonge écrit ou d'un faux intellectuel doit être tranchée de cas en cas, en fonction des circonstances concrètes (ATF 126 IV 65 consid. 2a p. 67/68 et les arrêts cités).
2.1 Le recourant a établi et signé, en tant que vendeur, des contrats portant sur la vente de véhicules. Il n'a donc pas fabriqué un titre faux ou falsifié un titre, par l'apposition d'une fausse signature ou la modification d'un titre établi par un tiers, de sorte qu'on ne se trouve pas en présence de faux matériels. Le contenu des contrats était toutefois mensonger, dans la mesure où il y était indiqué que les véhicules étaient achetés par la police cantonale, alors qu'ils l'étaient par le commandant de cette dernière, par un membre de sa famille ou encore par un fonctionnaire de police. Il y a donc lieu d'examiner si les contrats litigieux avaient une capacité accrue de convaincre, justifiant de les considérer comme des faux intellectuels.
2.2 Selon la jurisprudence, un contrat établi en la forme écrite simple, dont le contenu ne retrace pas la réalité, ne peut en principe être considéré comme un faux intellectuel dans les titres. En effet, un tel contrat prouve que deux personnes ont fait, de manière concordante, une déclaration de volonté déterminée, mais ne prouve en revanche pas que les deux manifestations de volonté concordantes correspondent à la volonté réelle des parties. En particulier, il ne prouve pas l'absence de vices de la volonté ou l'inexistence d'une simulation. Ce n'est que s'il existe des garanties spéciales de ce que les déclarations concordantes des parties correspondent à leur volonté réelle, qu'un contrat en la forme écrite simple peut être qualifié de faux intellectuel dans les titres (ATF 123 IV 61 consid. 5c/cc p. 68/69; 120 IV 25 consid. 3f p. 29; cf. aussi arrêts 6S.114/2004 consid. 3.2, 6S.375/2000 consid. 2b et 2c, 6S.244/1995 consid. 3b et les arrêts cités). Cela vaut aussi pour un contrat établi dans la forme écrite qualifiée prévue à l'art. 226a al. 2 CO, dès lors que les conditions de forme imposées par la loi en matière de vente par acomptes tendent avant tout à protéger le consommateur et n'ont donc pas pour but de garantir la véracité du contenu des déclarations des parties vis-à-vis des tiers (cf. arrêt 6S.244/1995 consid. 3b et les références citées).
2.3 En l'espèce, outre les contrats de vente, étaient transmis à F._ Suisse SA les permis de circulation et les factures, ce que prescrivait d'ailleurs le chiffre 6.1 du "Règlement concernant le concept de vente, ventes spéciales" de F._ Suisse SA pour l'octroi d'un "rabais autorité", dont, le cas échéant, une partie était rétrocédée au concessionnaire. Les contrats, qui mentionnaient que l'acquéreur du véhicule était la police cantonale, portaient la signature du commandant de cette dernière, ce qui était de nature à fonder une confiance particulière dans la véracité de leur contenu, notamment quant au fait que les véhicules étaient effectivement achetés par la police, et propre à convaincre qu'une vérification n'était pas nécessaire. Les permis de circulation qui accompagnaient les contrats confortaient cette confiance, dans la mesure où il en résultait que les véhicules étaient immatriculés au nom de la police cantonale. Cette confiance était en outre renforcée par les factures, qui étaient établies au nom de la police cantonale. A cela s'ajoute que le recourant était le concessionnaire pour la région de F._ Suisse SA, ce qui créait entre eux un lien particulier, propre à asseoir encore la confiance de celle-ci dans l'exactitude des documents qu'il lui transmettait. Les contrats litigieux avaient ainsi une capacité accrue de convaincre, résultant de la personne des cocontractants et du fait que les pièces produites parallèlement venaient en confirmer le contenu en ce qui concerne l'identité de l'acquéreur du véhicule, déterminante pour l'octroi du rabais. Dans ces conditions, leur qualification de faux intellectuels, à l'exclusion de simples mensonges écrits, ne viole pas le droit fédéral.
2.4 Sur le plan subjectif, l'infraction réprimée par l'art. 251 CP suppose que l'auteur ait agi intentionnellement et dans un dessein spécial, qui peut se présenter sous deux formes alternatives, soit le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui ou le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite.
2.4.1 Il résulte clairement des faits retenus, dont aucun arbitraire sur ce point n'est démontré ni même allégué, que le recourant a, consciemment et volontairement, établi, signé et transmis à F._ Suisse SA des contrats dont le contenu était faux quant à l'identité réelle des acheteurs des véhicules, en vu de l'octroi du "rabais autorité". Il a donc agi intentionnellement.
2.4.2 En réalité, le recourant conteste surtout avoir agi dans le dessein spécial prévu à l'art. 251 CP. Son argumentation sur ce point repose toutefois largement sur l'allégation d'un fait non retenu et dont il n'a pas été établi qu'il aurait été écarté arbitrairement, à savoir que les contrats de vente n'étaient pas déterminants pour l'octroi du "rabais autorité" (cf. supra, consid. 1).
Pour le surplus, c'est en vain que le recourant argue de ce que F._ Suisse SA n'a pas subi de dommage, dès lors que l'art. 251 CP n'implique pas un dommage effectif, le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui étant suffisant. Au demeurant, un tel dessein n'a été retenu qu'à titre subsidiaire, voire éventuel, par la cour cantonale. La réalisation de l'élément subjectif litigieux a en effet essentiellement été admise sur la base du constat que le recourant a agi dans le but de procurer à autrui un avantage illicite, du fait que le stratagème utilisé permettait aux acquéreurs réels des véhicules de bénéficier d'un rabais auquel ils n'avaient pas droit, et de se procurer à lui-même un avantage illicite, dans la mesure où une partie du rabais lui était rétrocédée. Or, ce raisonnement et la constatation de fait sur laquelle il repose ne sont en rien contestés dans le recours, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'entrer en matière.
3. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant, qui succombe, devra supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 7 septembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Angéloz