Sachverhalt:
A. Am 6. Oktober 2011 erstattete die im Handel mit Metallen und Erzen tätige A._ AG bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug Strafanzeige gegen X._ und weitere, unbekannte Mitbeteiligte wegen unbefugter Datenbeschaffung (Art. 143 Abs. 1 StGB), eventuell unbefugten Eindringens in ein Datenverarbeitungssystem (Art. 143bis StGB) sowie Verletzung von Fabrikations- und Geschäftsgeheimnissen (Art. 6 i.V.m. Art. 23 UWG). Zur Begründung führte sie an, seltsame Geschäftsvorfälle deuteten daraufhin, dass jemand aus dem Umfeld der Y._-Gruppe (Y._ Trading AG bzw. Y._ Investment AG), einer ihrer Konkurrentinnen, ihre E-Mails bzw. diejenigen ihrer Verwaltungsrätin B._ mitlese. C._ habe D._, Verwaltungsrat der A._ AG, mitgeteilt, dass Personen aus dem Umfeld der Y._-Gruppe, insbesondere X._, E-Mails der A._ AG mitlesen würden. Der von ihr beauftragte Sachverständige habe bestätigt, dass am 31. Mai 2011 über das Netzwerk der Y._-Gruppe ein Fremdzugriff auf den von ihr geschäftlich genutzten E-Mail-Server erfolgt sei. Es sei zu vermuten, dass die durch unerlaubte Zugriffe erlangten Informationen von der Y._-Gruppe zur Erzielung von Gewinnen verwendet worden seien.
Gestützt auf einen Hausdurchsuchungsbefehl der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug vom 8. November 2011 durchsuchte die Polizei am 9. November 2011 die Räumlichkeiten der Y._ Trading AG an der E._strasse 53 in H._ sowie die gemeinsame Wohnung von X._ und F._, G._strasse 10, in I._. Sie stellte in den Räumlichkeiten der Y._ Trading AG u.a. verschiedene Personalcomputer und in der Wohnung von X._ die "Datensicherung ab dem E-Mail-Server" und eine Datensicherungsfestplatte sicher.
B. 1B_310/2012
B.a X._ erhob beim Obergericht des Kantons Zug Beschwerde mit den Anträgen, es sei festzustellen, dass die Hausdurchsuchung an seinem Wohnort zu Unrecht erfolgt sei und die dabei beschlagnahmten Gegenstände und Daten im Strafverfahren gegen ihn nicht verwendet werden dürften. Die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, die beschlagnahmten Gegenstände und kopierten Daten gemäss Art. 141 Abs. 5 StPO aus den Akten zu entfernen und ihm auszuhändigen oder unter Verschluss zu halten. In prozessualer Hinsicht beantragte X._, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, das Entsiegelungsverfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des vorliegenden Beschwerdeverfahrens zu sistieren.
Am 30. November 2011 erkannte der Abteilungspräsident der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. Am 5. Dezember 2011 sistierte das Zwangsmassnahmengericht das von der Staatsanwaltschaft anhängig gemachte Entsiegelungsverfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des Beschwerdeverfahrens.
Am 23. August 2012 wies das Obergericht Zug die Beschwerde von X._ ab.
B.b Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und festzustellen, dass die Hausdurchsuchung an seinem Wohnort zu Unrecht erfolgt sei und die dabei beschlagnahmten Gegenstände und Daten im Strafverfahren gegen ihn nicht verwendet werden dürften. Die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, die beschlagnahmten Gegenstände und kopierten Daten gemäss Art. 141 Abs. 5 StPO aus den Akten zu entfernen und ihm auszuhändigen oder unter Verschluss zu halten. In prozessualer Hinsicht beantragt er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
B.c Am 18. Juni 2012 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
B.d Das Obergericht beantragt unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen und verzichtet auf weitere Vernehmlassung.
C. 1B_312/2012
C.a Die Y._ Trading AG erhob beim Obergericht des Kantons Zug Beschwerde mit den Anträgen, die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 8. November 2011 betreffend Hausdurchsuchung und Beschlagnahme aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, ihr die beschlagnahmten bzw. gespiegelten oder kopierten Daten herauszugeben oder sie eventuell aus den Akten zu entfernen und unter Verschluss zu halten. In prozessualer Hinsicht beantragte die Y._ Trading AG, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, das Entsiegelungsverfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des vorliegenden Beschwerdeverfahrens zu sistieren.
Am 30. November 2011 erkannte der Abteilungspräsident der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. Am 5. Dezember 2011 sistierte das Zwangsmassnahmengericht das von der Staatsanwaltschaft anhängig gemachte Entsiegelungsverfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des Beschwerdeverfahrens.
Am 23. April 2012 wies das Obergericht die Beschwerde der Y._ Trading AG ab.
C.b Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Y._ Trading AG, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, ihr die beschlagnahmten bzw. gespiegelten oder kopierten Daten herauszugeben oder sie eventuell aus den Akten zu entfernen und unter Verschluss zu halten. In prozessualer Hinsicht beantragt sie, ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
C.c Am 18. Juni 2012 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
C.d Das Obergericht beantragt unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen und verzichtet auf weitere Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die beiden Beschwerden stehen in engem sachlichem Zusammenhang und richten sich gegen zwei über weite Strecken identische Entscheide. Die Verfahren sind dementsprechend zu vereinigen.
2. Mit den angefochtenen Urteilen weist das Obergericht die Einwände der Beschwerdeführer gegen die Hausdurchsuchungen zurück. Es handelt sich um Entscheide einer letzten kantonalen Instanz in Strafsachen, gegen die die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 BGG). Sie schliessen die Verfahren gegen die Beschwerdeführer nicht ab, sind mithin Zwischenentscheide. Als solche sind sie nach Art. 93 Abs. 1 BGG nur anfechtbar, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (BGE 133 IV 139 E. 4) bewirken könnten (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerden sofort Endentscheide herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die Beschwerdeführer berufen sich auf lit. a dieser Bestimmung und machen zu Recht nicht geltend, die Eintretensvoraussetzungen von lit. b seien erfüllt.
Es liegt in der Natur der Sache, dass Zwangsmassnahmen - hier zwei Hausdurchsuchungsbefehle - stets nur im Nachhinein gerichtlich überprüft werden können, weil die Betroffenen erst mit dem Vollzug von ihrer Existenz Kenntnis erlangen und die Eingriffe zunächst zu erdulden haben. Demgegenüber steht den Betroffenen im weiteren Verfahren voller gerichtlicher Rechtsschutz zu. Belegen die Strafbehörden wie hier im Sinn einer provisorischen Zwangsmassnahme zur Beweissicherung Gegenstände und Unterlagen mit Beschlag, können sie deren Siegelung verlangen (Art. 248 Abs. 1 StPO). Findet sich die Strafbehörde damit nicht ab, kann sie beim Zwangsmassnahmengericht deren Entsiegelung verlangen (Art. 248 Abs. 2 und 3 lit. a StPO). In diesem Entsiegelungsverfahren können die Betroffenen auch die Rechtmässigkeit der Hausdurchsuchungsbefehle bestreiten, da es jedenfalls in der Regel unzulässig wäre, rechtswidrig erlangte Beweismittel ins Strafverfahren einzuführen (vgl. Art. 139 - 141 StPO). Sind die Beschwerdeführer somit befugt, die Rechtmässigkeit der Hausdurchsuchungen in den (zurzeit sistierten) Entsiegelungsverfahren zu bestreiten, droht ihnen offensichtlich kein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur, wenn sich das Bundesgericht nicht bereits vor deren Durchführung mit dieser Frage befasst. Die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG für ein Eintreten auf die Beschwerden sind nicht erfüllt.
3. Auf die Beschwerden ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerdeverfahren 1B_310/2012 und 1B_312/2012 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern je zur Hälfte auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, I. Abteilung, und dem Obergericht des Kantons Zug, I. Beschwerdeabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi