Sachverhalt:
A. A.a Der 1961 geborene B._ war seit 13. März 1991 bis 31. März 2001 als Gipser/Handlanger bei der Firma Y._ angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 19. Dezember 1998 erlitt er bei einem Autounfall eine Commotio cerebri, Zahnschäden, Schnittwunden sowie Kontusionen des Thorax beidseits und der linken Hand. Die SUVA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Am 8. Dezember 2000 und 31. März 2001 erlitt der Versicherte mit seinem Auto Auffahrkollisionen. Seit 3. April 2001 war er zu 100 % als Gipser bei der Firma X._ angestellt und bei der SUVA obligatorisch unfallversichert. Am 1. November 2001 stürzte er von einer Leiter, wobei er sich Kontusionen der Lendenwirbelsäule (LWS) und des rechten Knies mit Bursitis präpatellaris rechts zuzog. Am 10. und 15. Dezember 2001 wurde er im Kreisspital F._ am rechten Knie operiert. Die SUVA kam für die Heilbehandlung und das Taggeld auf. Mit Verfügung vom 10. September 2004 sprach sie dem Versicherten für die Folgen des Unfalls vom 19. Dezember 1998 ab 1. August 2004 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 53 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 45 % zu. Die hiegegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 21. Februar 2005 ab, was das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2007 bestätigte. Das Bundesgericht hob diese Entscheide auf und wies die Sache an die SUVA zurück, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung neu verfüge (Urteil 8C_457/2007 vom 9. September 2008).
A.b In der Folge zog die SUVA diverse Arztberichte und das für die IV-Stelle des Kantons Zürich erstellte interdisziplinäre Gutachten der Medizinischen Begutachtungsstelle, Medizinisches Zentrum V._, vom 13. Juni 2009 bei. Zudem holte sie Beurteilungen des Dr. med. von P._, Facharzt FMH für Neurologie, SUVA Versicherungsmedizin, vom 20. Januar und 17. Februar 2011 ein. Mit Verfügung vom 2. März 2011 stellte sie die Leistungen per 1. August 2004 ein. Die aktuell laufende Invalidenrente müsse per 31. März 2011 eingestellt werden. Die vom 1. April 2006 bis 31. März 2011 zu Unrecht bezahlten Rentenleistungen von Fr. 143 ́809.50 müssten zurückgefordert werden. Auf die Rückforderung der nicht geschuldeten Integritätsentschädigung und der Invalidenrente vom 1. August 2004 bis 31. März 2006 sei aufgrund der Verjährungsfrist zu verzichten. Hiegegen erhoben der Versicherte und sein Krankenversicherer Einsprache; Letzterer zog sie in der Folge zurück. Die Einsprache des Versicherten wies die SUVA mit Entscheid vom 22. Juli 2011 ab.
B. Die hiegegen geführte Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 28. September 2012 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei der Einspracheentscheid vom 21. Februar 2005 unverändert zu übernehmen; die unentgeltliche Rechtspflege sei ihm zu gewähren. Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Trotzdem prüft es - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtsverstösse (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Grundlagen über den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden im Allgemeinen (BGE 134 V 109 E. 2.1 S. 111 f.) und bei Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) oder äquivalenter Verletzung ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (BGE 134 V 109) im Besonderen richtig dargelegt. Gleiches gilt zum Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (BGE 134 V 109 E. 9.5 S. 125). Darauf wird verwiesen. Zu ergänzen ist Folgendes: Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen - bei denen die Unfalladäquanz praktisch keine Rolle spielt - kann erst gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/ bildgebenden Abklärungen bestätigt werden und die angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich auf breiter Basis anerkannt sind (BGE 134 V 231 f. E. 5.1; SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105 E. 2.1 [8C_413/2008]). Dies gilt auch für neuropsychologische Defizite (Urteile 8C_198/2011 vom 9. August 2011 E. 4.3.3.2 und 8C_717/2010 vom 15. Februar 2011 E. 7.4.1).
3. Der Versicherte reicht neu fünf Fotos vom 22. Dezember 1998 seines beim Unfall vom 19. Dezember 1998 beschädigten Autos (ein weiteres aufgelegtes Fotos liegt schon in den SUVA-Akten) und Berichte des Spitals F._ vom 6. Februar und 1. Juni 2012 sowie der Klinik Z._ vom 11. Juni 2012 ein. Er macht hiefür aber keine nach Art. 99 Abs. 1 BGG relevanten Gründe geltend (BGE 135 V 194; nicht publ. E. 2.3 des Urteils BGE 135 V 163, in SVR 2009 BVG Nr. 30 S. 109 [9C_920/2008]; SVR 2010 UV Nr. 17 S. 63 E. 4 [8C_239/2008]). Insbesondere bringt er angesichts des am 28. September 2012 erlassenen kantonalen Entscheides nicht vor, dass ihm die vorinstanzliche Beibringung dieser Akten trotz hinreichender Sorgfalt prozessual unmöglich und objektiv unzumutbar war (Urteil 8C_953_2011 vom 9. Mai 2012 E. 2.2). Sie sind demnach unbeachtlich. Weiter legt der Versicherte neu einen Bericht des Psychiaters Dr. med. S._ vom 26. Oktober 2012 auf; dieser ist ein so genanntes echtes Novum, das auch unberücksichtigt bleiben muss (BGE 135 I 221 E. 5.2.4 S. 229 f.; Urteile 2C_695/2012 vom 28. Januar 2013 E. 3.2.3 und 8C_561/2012 vom 12. Dezember 2012 E. 3.2).
4. Nicht zu beanstanden ist die vorinstanzliche Feststellung, dass die Unfälle des Versicherten vom 8. Dezember 2000 und 31. März 2001 weder zu erheblichen Verletzungen noch zu einer relevanten Arbeitsunfähigkeit führten, weshalb sie bei der Beurteilung ausser Acht gelassen werden können. Dies ist unbestritten.
Hinsichtlich der zu beurteilenden Unfälle vom 19. Dezember 1998 und 1. November 2001 ist unbestritten, dass der Fallabschluss per 1. August 2004 unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung rechtmässig war, da von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung überwiegend wahrscheinlich keine namhafte, ins Gewicht fallende Steigerung der Arbeitsfähigkeit mehr zu erwarten war (Art. 19 Abs. 1 UVG; BGE 134 V 109 E. 4.3 S. 115).
5. Gegen das interdisziplinäre (internistische, rheumatologische, neurologische und psychiatrische) Gutachten des Medizinischen Zentrums V._ vom 13. Juni 2009, auf das die Vorinstanz unter anderem abstellte, wendet der Versicherte ein, der damalige Chefarzt Dr. med. N._, Facharzt für Innere Medizin FMH, der es mitunterzeichnet habe, habe sich vor dem Bezirksgericht C._ wegen des Verdachts auf Urkundenfälschung von Gutachten des Medizinischen Zentrums V._ verantworten müssen. Obwohl eine Urkundenfälschung nicht habe nachgewiesen werden können, erschüttere obiges Strafverfahren die Glaubwürdigkeit des vorliegenden Gutachtens wesentlich. Dieser Einwand ist unbehelflich. Das Gutachten des Medizinischen Zentrums V._ vom 13. Juni 2009 ist im Lichte der gesamten Aktenklage nicht in Frage zu stellen. Hievon abgesehen wurde Dr. med. N._ in dem vom Beschwerdeführer genannten Strafverfahren sowohl vom Bezirksgericht als auch vom Obergericht freigesprochen.
6. 6.1 Unbestritten ist die vorinstanzliche Feststellung, hinsichtlich des Unfalls vom 1. November 2001 hätten bei Leistungseinstellung per 1. August 2004 keine behandlungsbedürftigen oder die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden Kniebeschwerden mehr bestanden. Hiermit hat es sein Bewenden.
6.2 Umstritten und zu prüfen ist als Erstes, ob als Folge des Unfalls vom 1. November 2001 bei Leistungseinstellung noch unfallbedingte lumbale Beschwerden vorlagen. Die Vorinstanz erwog in Würdigung der medizinischen Aktenlage, der Versicherte habe sich bei diesem Unfall keine strukturellen Läsionen am Achsenskelett zugezogen. Es lägen lediglich leichte degenerative Veränderungen und Traction-spurs-Bildung vor. Die Letztere sei jedoch nicht auf den Unfall, sondern auf eine Fehlhaltung zurückzuführen (vgl. insbesondere das Zeugnis des Dr. med. T._ vom 7. Dezember 2001 mit Verweis auf den Röntgenbefund; Bericht des Kreisspitals F._ betreffend das Röntgen der LWS vom 1. Februar 2002; Bericht der Klinik I._ betreffend das MRI der LWS vom 9. Juli 2002 und das Gutachten des Medizinischen Zentrums vom 13. Juni 2009, in dessen Rahmen die LWS geröntgt wurde). Damit sei - gestützt auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (vgl. SVR 2009 UV Nr. 1 S. 1 E. 2.3.2 [8C_677/2007]; Urteile 8C_794/2012 vom 26. November 2012 E. 2.3 und 8C_396/2011 vom 21. September 2011 E. 3.2) - die unfallbedingte Verschlimmerung spätestens im Verlaufe eines Jahres nach dem Unfall abgeklungen gewesen. Deshalb sei die Leistungseinstellung betreffend die lumbalen Beschwerden per 1. August 2004 wegen Wegfalls der natürlichen Kausalität nicht zu beanstanden.
Der Versicherte wendet ein, aufgrund der neuen ärztlichen Befunde (Berichte des Spitals Männerdorf vom 4. [recte 6.] Februar und 1. Juni 2012 sowie der Klinik Z._ vom 1. [recte 11.] Juni 2012) sei zu bezweifeln, dass er sich keine strukturellen Läsionen zugezogen habe; am Achsenskelett sei eine unfallbedingte Verschlimmerung eingetreten und die natürliche Kausalität somit nicht weggefallen. Dieser Einwand ist unbehelflich, zumal es sich bei diesen Arztberichten um unzulässige Noven handelt (vgl. E. 3 hievor). Andere Arztberichte, die eine richtunggebende Verschlimmerung der lumbalen Problematik durch den Unfall vom 1. November 2001 belegen würden, führt der Versicherte nicht an. Da von weiteren Abklärungen keine entscheidrelevanten neuen Erkenntnisse zu erwarten sind, ist darauf zu verzichten (antizipierte Beweiswürdigung; BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148) und der angefochtene Entscheid in diesem Punkt zu bestätigen.
6.3 Weiter macht der Versicherte im Wesentlichen geltend, beim Unfall vom 19. Dezember 1998 habe er gemäss dem Austrittsbericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 eine dramatische (recte: traumatische) Hirnverletzung durchgemacht mit als Folge davon wahrscheinlich leichter grobmotorischer Störung mit leichter Beeinträchtigung des Gleichgewichts und signifikant verlangsamten Fingerbewegungen, wahrscheinlicher Verstärkung des vorbestehenden Stotterns und neuropsychologischen Störungen. Der Neuropsychologe Dr. phil. G._ habe am 8. März 2004 eine wahrscheinlich leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung mit Belastbarkeitsminderung bei Status nach Schädelhirntrauma am 19. Dezember 1998 diagnostiziert. Gemäss der verkehrsmedizinischen Begutachtung des Instituts für Rechtsmedizin, Universität W._, vom 20. April 2011 leide er an Hirnleistungsdefiziten, weshalb seine Fahreignung verneint worden sei. Der Versicherte bringt vor, hierfür könne es keine andere Ursache geben als die Unfälle vom 19. Dezember 1998 bzw. allenfalls vom 1. November 2001.
6.3.1 Gemäss der nach dem Unfall im Ausland durchgeführten CT des Kopfes bestand der Verdacht auf eine hämorrhagischen Läsion, diffus in den Basalganglien bzw. auf hyperdense Herde im Bereich der Basalganglien der Grosshirnhemisphären. Im Bericht des Universitätsspitals W._ vom 15. März 1999 wurde aufgrund der am 12. März 1999 vorgenommenen EEG folgende Beurteilung abgegeben: Leichte Allgemeinveränderungen, Schläfrigkeit. Intermittierend frontotemporal bds., insgesamt links überwiegend schwere irritative Abnormität, unter Hyperventilation mit epilepsiespezifischen Potenzialen, ohne klinisches Korrelat. Aufgrund dieser EEG lasse sich nicht entscheiden, ob es sich um eine posttraumatische oder eine vorbestehende Störung handle. Empfohlen würden weitere Abklärungen (MRI). Das im Universitätsspital W._ am 5. Mai 1999 durchgeführte MRI des Gehirns ergab keinen Hinweis auf eine fokale Läsion oder einen Parenchymverlust; im Bereich der Basalganglien zeigten sich symmetrische Verhältnisse. Im Bericht des Dr. med. O._, Facharzt FMH für Ohren-, Nasen- und Halskrankheiten, Hals- und Gesichtschirurgie, Allergologie, klinische Immunologie und Arbeitsmedizin, SUVA Abteilung Arbeitsmedizin, vom 19. Mai 2003 wurde für die Schwindelproblematik kein unfallbedingtes, organisch objektiv ausgewiesenes Korrelat angegeben; der Verdacht auf eine peripher-vestibuläre Funktionsstörung konnte nicht bestätigt werden.
6.3.2 Gestützt auf diese Aktenlage und die Feststellungen im Gutachten des Medizinischen Zentrums V._ vom 13. Juni 2009 ist der Vorinstanz beizupflichten, dass hinsichtlich des erlittenen Schädelhirntraumas bei Fallabschluss per 1. August 2004 überwiegend wahrscheinlich keine organisch objektiv ausgewiesenen Folgen des Unfalls vom 19. Dezember 1998 vorlagen und auch eine traumatische Schädigung des craniocervicalen Übergangs auszuschliessen ist. Der Versicherte führt keine Arztberichte an, die den gegenteiligen Schluss zuliessen. Dies gilt auch hinsichtlich seines pauschalen Vorbringens, allenfalls sei der Unfall vom 1. November 2001 Ursache seiner Hirnleistungsdefizite (vgl. auch E. 7 Ingress hienach). Die Vorinstanz legte zutreffend dar, dass die Berichte des Neurologen Dr. med. R._ vom 11. Februar 2011 betreffend die EEG-Untersuchung vom 10. Februar 2011 und der Frau Dr. phil. L._ vom 18. März 2011 betreffend die verkehrspsychologische Abklärung der kognitiven Fahreignung vom 11. März 2011 sowie das verkehrsmedizinische Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin, Universität W._, vom 20. April 2011 nicht für die Annahme einer Schädigung des Gehirns im Sinne einer strukturellen unfallbedingten Veränderung genügen (vgl. E. 2 hievor; Urteil 8C_890/2010 vom 28. März 2011 E. 3.2 betreffend die EEG). Auch diesbezüglich ist in antizipierter Beweiswürdigung auf weitere medizinische Abklärungen zu verzichten. Insbesondere ist von einer weiteren neuropsychologischen Untersuchung abzusehen, zumal diese nach derzeitigem Wissensstand nicht vermag, die Beurteilung der Kausalität eines Beschwerdebildes selbstständig und abschliessend vorzunehmen (BGE 119 V 335 E. 2b/b S. 341; Urteil 8C_110/2010 vom 18. März 2010 E. 3.4.2).
7. Die Vorinstanz prüfte die adäquate Unfallkausalität der organisch nicht objektiv ausgewiesenen Folgen der am 19. Dezember 1998 erlittenen Commotio cerebri nach der Praxis für HWS-Schleudertraumen bzw. äquivalente Verletzungen (BGE 134 V 109), was nicht zu beanstanden ist. Da die Adäquanz zu verneinen ist, erübrigen sich weitere Erhebungen zur Frage der natürlichen Kausalität (SVR 2010 UV Nr. 3 S. 11 E. 7 [8C_283/2009]).
Die Vorinstanz erwog, die Adäquanz sei nur in Bezug auf den Unfall vom 19. Dezember 1998 zu prüfen, da es hinsichtlich des Unfalls vom 1. November 2001 keinen Hinweis auf eine Mitbeteiligung der HWS und des Kopfes gebe. Dies ist nicht zu beanstanden und wird nicht substanziiert bestritten (vgl. auch E. 6.3.2 hievor).
7.1 Die Unfallschwere ist im Rahmen einer objektivierten Betrachtungsweise aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen. Irrelevant sind die anschliessend bei der Adäquanzprüfung bei mittelschweren Unfällen zu beachtenden Kriterien (E. 7.2 hienach; SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1 [U 2/07]; Urteil 8C_481/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 5). Der Unfall vom 19. Dezember 1998 ereignete sich aufgrund der Akten wie folgt: Der Versicherte fuhr auf der linken Spur der Autobahn mit ca. 100 km/h, da er einen Lastwagen überholen wollte. Ein rechts neben ihm fahrendes Auto scherte auf seine Fahrbahn aus und touchierte sein Auto. Letzteres drehte sich dreimal, kollidierte mit weiteren Fahrzeugen und erlitt Totalschaden. Die Vorinstanz qualifizierte diesen Unfall zu Recht als mittelschwer im mittleren Bereich. Entgegen dem Versicherten bestehen keine Anhaltspunkte, welche eine andere Betrachtungsweise rechtfertigen könnten (vgl. die Praxisübersicht in der nicht publ. E. 3.4.1 des Urteils BGE 137 V 199). Die Unfalladäquanz des Beschwerdebildes kann somit nur bejaht werden, wenn drei der sieben Adäquanzkriterien erfüllt sind oder eines besonders ausgeprägt vorliegt (BGE 134 V 109 E. 10.3 S. 130; SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100 E. 4.5 [8C_897/2009]). Die Vorinstanz sah die drei Kriterien der erheblichen Beschwerden, der erheblichen Komplikationen und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt an, aber nicht besonders ausgeprägt oder auffallend; damit hätte sie die Adäquanz praxisgemäss bejahen müssen. Ihre Adäquanzverneinung ist aber im Ergebnis zu bestätigen, wie die folgenden Erwägungen zeigen.
7.2 Unbestritten ist, dass das Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung nicht erfüllt ist. Weiter hat die Vorinstanz eingehend begründet, weshalb die drei Kriterien der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls, der Schwere oder besonderen Arzt der erlittenen Verletzungen und der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert, ebenfalls zu verneinen sind. Der Versicherte erhebt diesbezüglich keine substanziierten stichhaltigen Einwände.
7.2.1 Auf einen schwierigen Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen (BGE 134 V 109 E. 10.2.6 S. 129) darf nicht schon aus der blossen Dauer der ärztlichen Behandlung und der geklagten Beschwerden geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Genesung bis zum Fallabschluss beeinträchtigt oder verzögert haben (SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5 [U 479/05]). Der Umstand, dass trotz verschiedener Therapien keine Beschwerdefreiheit erreicht werden konnte, reicht allein nicht aus (Urteil 8C_481/2012 E. 7.6). Besondere Gründe für die Bejahung des Kriteriums bestehen hier nicht. Entgegen der Vorinstanz kann eine erhebliche Komplikation nicht in den Folgen des Unfalls vom 1. November 2001 erblickt werden, da - wie sie selber anführte - bei diesem weder die HWS noch der Kopf, sondern im Wesentlichen die LWS und das rechte Knie betroffen waren (E. 6.1 f. und 7 Ingress hievor; SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105 E. 2.3 [8C_413/2008]; Urteil 8C_481/2012 E. 6). Inwiefern sich die LWS- und die Knieverletzung negativ auf den Heilungsverlauf der am 19. Dezember 1998 erlittenen Commotio cerebri ausgewirkt haben sollen, ist nicht ersichtlich.
7.2.2 Das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen bis zum Fallabschluss (BGE 134 V 109 E. 10.2.7 S. 129 f.) bezieht sich nicht nur auf den angestammten Beruf, sondern auch auf alternative leidensangepasste Arbeiten (Urteil 8C_481/2012 E. 7.7). Nach dem Unfall vom 19. Dezember 1998 nahm der Versicherte die angestammte Tätigkeit ab 12. April 1999 wieder zu 100 % auf. Seit dem Unfall vom 1. November 2001 ging er jedoch keiner Erwerbstätigkeit mehr nach. Dies obwohl ihm gemäss dem von ihm selbst angerufenen Austrittsbericht der Rehaklinik A._ vom 28. Februar 2002 - auch unter Berücksichtigung der neuropsychologischen Problematik - leichte bis mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ohne erhöhte Absturzgefahr und ohne erhöhte konzentrative Anforderungen zeitlich 2 x 3 Stunden täglich zumutbar waren. Ab. 1. November 2001 bis zum Fallabschluss per 1. August 2004 sind mithin Anstrengungen um alternative, der gesundheitlichen Einschränkung besser Rechnung tragende Tätigkeiten unbestrittenermassen nicht erstellt. Entgegen dem pauschalen Einwand des Versicherten kann aufgrund der Akten nicht gesagt werden, er sei wegen einem psychischen Handicap nicht in der Lage gewesen, zu arbeiten. In diesem Lichte ist das Kriterium nicht erfüllt. Gründe für eine Praxisänderung (siehe BGE 135 I 79 E. 3 S. 82) bestehen hinsichtlich dieses Kriteriums entgegen dem Versicherten nicht.
7.3 Damit ist einzig das Kriterium der erheblichen Beschwerden gegeben, aber unbestrittenermassen nicht besonders ausgeprägt. Demnach ist die adäquate Unfallkausalität zu verneinen.
8. Der unterliegende Versicherte trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden; er hat der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 1, 2 und 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwalt Ervin Deplazes wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. März 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Jancar