Fatti:
A. Con scritto datato 16 febbraio 2009 A._ è insorto davanti al Tribunale federale contro la sentenza del 15 dicembre 2008 con cui la Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha dichiarato irricevibile la sua istanza di promozione dell'accusa.
Con decreto del 18 febbraio 2009, A._ è stato invitato a fornire un anticipo delle spese giudiziarie presunte entro l'11 marzo 2009.
Poiché il termine fissato all'11 marzo 2009 è scaduto infruttuoso, con decreto del 16 marzo 2009 a A._ è stato assegnato un termine suppletorio non prorogabile scadente il 3 aprile 2009 per provvedere al pagamento dell'anticipo richiesto. Nel decreto veniva precisato che in caso di mancato pagamento il Tribunale federale avrebbe dichiarato il rimedio giuridico inammissibile. Anche il termine suppletorio è scaduto infruttuoso.
B. Con sentenza 6B_122/2009 del 9 aprile 2009, il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile il ricorso inoltrato da A._ per il mancato pagamento dell'anticipo spese richiesto con decreti del 18 febbraio 2009 e del 16 marzo 2009.
Entrambi i decreti sono stati intimati mediante raccomandata con attestazione di ricevuta. Il primo è stato ricevuto da A._ in data 19 febbraio 2009. Il giorno dell'emanazione della precitata sentenza, il secondo decreto risultava essere trattenuto all'ufficio postale di Z._ per ordine del destinatario. In applicazione della presunzione legale dell'art. 44 cpv. 2 LTF, il Tribunale federale ha ritenuto che la notificazione del decreto del 16 marzo 2009 fosse avvenuta in data 24 marzo 2009.
C. Con lettera datata 23 aprile 2009 A._ ha comunicato al Tribunale federale di essere stato ospedalizzato, ha quindi chiesto la restituzione del termine e ha formulato istanza di assistenza giudiziaria.
Non sono state chieste osservazioni.
Diritto:
1. Giusta l'art. 61 LTF, le sentenze del Tribunale federale passano in giudicato il giorno in cui sono pronunciate. Queste possono essere modificate, oltre che mediante una procedura di revisione, in caso di restituzione del termine il cui non rispetto ha comportato una decisione di inammissibilità.
La restituzione del termine è disciplinata all'art. 50 LTF. Secondo questa norma se, per un motivo diverso dalla notificazione viziata, una parte o il suo patrocinatore sono stati impediti senza loro colpa di agire nel termine stabilito, quest'ultimo è restituito in quanto, entro 30 giorni dalla cessazione dell'impedimento, la parte ne faccia domanda motivata e compia l'atto omesso (art. 50 cpv. 1 LTF). La restituzione del termine può essere accordata anche dopo la notificazione della sentenza; in tal caso la sentenza è annullata (art. 50 cpv. 2 LTF).
La restituzione del termine presuppone l'adempimento di tre condizioni cumulative: un impedimento non colpevole della parte o del suo patrocinatore, l'inoltro della domanda di restituzione del termine e l'esecuzione dell'atto omesso entro 30 giorni dalla cessazione dell'impedimento.
2. Con il suo scritto del 23 aprile 2009 A._ ha prodotto un rapporto di uscita rilasciato dalla clinica X._ di Davos da cui risulta che egli vi è stato degente dal 17 marzo al 4 aprile 2009.
2.1 La domanda di restituzione del termine è stata introdotta il 23 aprile 2009, entro i 30 giorni dalla cessazione dell'impedimento conformemente all'art. 50 LTF.
2.2 L'istante non ha fornito l'anticipo delle spese richiesto a suo tempo nei decreti del 18 febbraio 2009 e del 16 marzo 2009 e non ha quindi compiuto l'atto omesso contrariamente a quanto preteso all'art. 50 cvp. 1 LTF. Nella sua domanda di restituzione del termine egli ha tuttavia chiesto di essere posto a beneficio dell'assistenza giudiziaria. Qualora un ricorrente o un istante formuli una domanda di assistenza giudiziaria, di regola il Tribunale federale rinuncia a esigere un anticipo delle spese giudiziarie e tratta la stessa insieme al ricorso rispettivamente all'istanza sottoposti al suo esame. In simili circostanze, la mancata esecuzione dell'atto omesso da A._ (il mancato pagamento dell'anticipo spese) non implica l'inammissibilità della sua domanda di restituzione del termine.
2.3 Resta da valutare se, a causa della sua ospedalizzazione, l'istante è stato impedito senza sua colpa di agire nel termine stabilitogli. Il Tribunale federale esamina la domanda di restituzione del termine sulla base dei mezzi di prova forniti dall'istante (DTF 119 II 86 consid. 2).
L'istante adduce quale impedimento il suo ricovero in clinica a seguito di una frattura alla gamba e sostiene di essere stato di nuovo abile al lavoro dopo il 16 aprile 2009.
Un infortunio può costituire un impedimento non colpevole se impossibilita la parte o il suo rappresentante ad agire nel termine o a costituire un rappresentante a tale scopo. L'impedimento perdura fintantoché l'interessato non sia in grado - in funzione del suo stato fisico o mentale - di agire egli stesso o di incaricare un terzo. Secondo la giurisprudenza resa sotto l'imperio dell'art. 35 OG, ma che mantiene la sua validità anche dopo l'entrata in vigore della LTF, quando l'interessato è oggettivamente e soggettivamente in grado di agire egli stesso o di far agire un terzo al suo posto, l'impedimento cessa di essere non colpevole ai sensi dell'art. 50 cpv. 1 LTF (v. DTF 119 II 86 consid. 2).
In concreto, l'ospedalizzazione dell'istante non appare essere un impedimento non colpevole giusta l'art. 50 LTF. Già prima del suo ricovero, egli aveva ricevuto il decreto del 18 febbraio 2009 che fissava un primo termine (11 marzo 2009) per fornire l'anticipo spese, termine scaduto prima della sua ammissione in clinica (17 marzo 2009). Sapendo che vi era una procedura pendente davanti al Tribunale federale, egli si è limitato a far trattenere la posta presso l'ufficio postale, ma non ha incaricato nessuno di verificare l'eventuale ricezione di atti giudiziari su cui doveva contare. Peraltro, dai documenti prodotti con la sua istanza, non risulta che A._ non fosse stato in grado, durante la sua degenza, di affidare a un terzo l'incarico di effettuare l'anticipo spese richiesto o quantomeno, vista la sua ulteriore domanda di assistenza giudiziaria, di scrivere personalmente al Tribunale federale per chiedere di essere esentato dall'obbligo di fornire un anticipo spese.
Di conseguenza, nella fattispecie non si può ritenere che l'istante sia stato impedito senza sua colpa di agire nel termine stabilito ai sensi dell'art. 50 LTF.
3. Da quanto precede discende che la domanda di restituzione del termine dev'essere respinta. Le spese giudiziarie dovrebbero essere poste a carico dell'istante secondo soccombenza (art. 66 cpv. 1 primo periodo LTF). Egli ha tuttavia chiesto di essere posto a beneficio dell'assistenza giudiziaria.
Secondo l'art. 64 cpv. 1 LTF, se una parte non dispone dei mezzi necessari e le sue conclusioni non sembrano prive di probabilità di successo, il Tribunale federale la dispensa, su domanda, dal pagamento delle spese giudiziarie. In concreto, la domanda di restituzione del termine non appariva d'acchito infondata. L'istante non ha tuttavia documentato il suo stato di bisogno, limitandosi ad affermare di essere privo di beni, oberato di debiti e di poter disporre unicamente del minimo esistenziale a seguito del pignoramento del reddito. Queste dichiarazioni sono prive di qualsiasi riscontro documentale in urto alla giurisprudenza di questo Tribunale (v. DTF 125 IV 161 consid. 4a nonché sentenza 6B_482/2007 del 12 agosto 2008 consid. 21.2). La domanda di assistenza giudiziaria deve pertanto essere respinta.
Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può rinunciare ad addossare le spese giudiziarie alle parti (art. 66 cpv. 1 secondo periodo LTF). Viste le particolarità del caso concreto e considerato che l'istanza non sembrava priva di probabilità di successo, il Tribunale federale rinuncia eccezionalmente a porre a carico dell'istante soccombente le spese del presente procedimento.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. La domanda di restituzione del termine è respinta.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. Comunicazione alle parti e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.