Sachverhalt:
A. Die Bundesanwaltschaft stellte am 20. November 2007 ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren gegen A. und B. C._ ein. Gleichzeitig verfügte sie die Einziehung zweier Geldbeträge von Fr. 150'000.-- und Fr. 165'000.--. Eine gegen diese Anordnung erhobene Beschwerde der beiden Beschuldigten wurde vom Bundesstrafgericht (I. Beschwerdekammer) am 14. April 2008 gutgeheissen. Das Gericht gab die beschlagnahmten Vermögenswerte frei und verpflichtete die Bundesanwaltschaft, A. und B. C._ für das Verfahren vor der I. Beschwerdekammer eine Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 2'000.-- (exkl. MwSt) zu leisten.
B. A. und B. C._ erheben Beschwerde in Strafsachen und beantragen, es sei ihnen für das Verfahren vor Bundesstrafgericht eine Parteientschädigung von Fr. 12'000.-- zuzusprechen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer machen geltend, eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- sei offensichtlich unangemessen. Das Anwaltshonorar werde in Streitsachen mit Vermögensinteressen in der Regel nach dem Streitwert bemessen, zudem nach der Wichtigkeit der Streitsache, ihrer Schwierigkeit sowie dem Umfang der Arbeitsleistungen und dem Zeitaufwand des Anwaltes. Im vorliegenden Fall gehe es einzig um eine Streitigkeit von Vermögenswerten. Das Strafverfahren selbst sei eingestellt worden. Die im Streit liegenden blockierten Fr. 315'000.-- würden dem Streitwert entsprechen. Gehe man von Art. 4 des Reglementes über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht aus, so bemesse sich das Honorar bei einem Streitwert von Fr. 100'000.-- bis Fr. 500'000.-- auf Fr. 5'000.-- bis Fr. 15'000.--. Bei einer Interpolation des Streitwertes von Fr. 315'000.-- komme man auf einen Betrag von Fr. 5'375.--, der zum Grundbetrag von Fr. 5'000.-- hinzukomme, was Fr. 10'375.-- ergebe. Interpoliere man über den Gesamtbetrag von Fr. 15'000.-- ohne den "Sockelbetrag" von Fr. 5'000.--, so erhalte man für Fr. 315'000.-- eine Parteientschädigung von Fr. 9'450.--. Da das Reglement für die Entschädigung vor dem Bundesstrafgericht keine analoge Bestimmung aufweise, jedoch die gleichen Kriterien für anwendbar erkläre, welche dieser Bestimmung zugrunde lägen, habe sich auch das Bundesstrafgericht bei der Ausübung des Ermessens an dieser Bestimmung zu orientieren.
2. Gemäss Art. 245 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Bundesstrafrechtspflege vom 15. Juni 1934 (SR 312.0) gelten für Kosten und Entschädigung im gerichtlichen Verfahren die Artikel 62 - 68 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) sinngemäss, soweit dieses Gesetz keine abweichende Bestimmung enthält. Nach Art. 68 Abs. 2 BGG wird die unterliegende Partei in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei "nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts" alle durch den Rechtsstreit verursachten Kosten zu ersetzen. Die Einzelheiten dazu finden sich im "Reglement über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht" vom 31. März 2006 (SR 173.110.210.3). Das Bundesgesetz über das Bundesstrafgericht vom 4. Oktober 2002 (Strafgerichtsgesetz, SGG; SR 173.71) regelt in seinem Art. 15 die Zuständigkeiten des Gesamtgerichtes. Art. 15 Abs. 1 lit. a SGG sieht unter anderem den Erlass von Reglementen über die Entschädigung an Parteien, amtliche Vertreter, Sachverständige und Zeugen vor. Gestützt darauf erliess das Bundesstrafgericht am 26. September 2006 das "Reglement über die Entschädigungen im Verfahren vor dem Bundesstrafgericht" (SR 173.711.31). Gemäss dessen Art. 3 wird das Honorar nach dem notwendigen und ausgewiesenen Zeitaufwand des Anwalts oder der Anwältin bemessen. Der Stundenansatz beträgt mindestens 200 und höchstens 300 Franken.
2.1 Die Vorinstanz hat sich bei ihrem Entscheid über die Höhe der Entschädigung zu Recht auf diese letztgenannte Bestimmung abgestützt. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer kommt das Bundesgerichtsgesetz (BGG) bzw. das darauf beruhende "Reglement über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht" nicht zum Zuge, nachdem der Gesetzgeber für das Verfahren vor dem Bundesstrafgericht eine eigenständige Regelung vorsieht. Die Entschädigung richtet sich ausschliesslich nach dem entsprechenden Reglement, wonach der ausgewiesene und notwendige Zeitaufwand massgebend ist. Die Beschwerdeführer legen nicht näher dar, inwieweit die Vorinstanz von einem unzutreffenden Aufwand ausgegangen wäre. Ihr Hinweis, das Verfahren habe einen "Fr. 2'000.-- weit übersteigenden" Aufwand verursacht, reicht als Begründung nicht aus. Die festgesetzten Fr. 2'000.-- sind daher nicht zu beanstanden. Sie liegen innerhalb des Ermessens und lassen sich insbesondere auch mit der von den Beschwerdeführern behaupteten vierzehnseitigen Beschwerdeschrift und der achtseitigen Replik vereinbaren.
2.2 Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Ausgangsgemäss sind die Kosten des Verfahrens den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG), wobei diese von Gesetzes wegen zu gleichen Teilen und solidarisch haften (Art. 66 Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz