Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 7. Dezember 2010 genehmigte das Bundesamt für Verkehr (BAV) im vereinfachten Verfahren eine vom 22. Oktober 2009 datierende Planvorlage der Schweizerischen Bundesbahnen (SBB). Das Projekt beinhaltet die Aufhebung eines nur mit Andreaskreuzen gesicherten privaten Bahnübergangs zwischen den Parzellen Nrn. 1748 und 1754 in Minusio, die Errichtung eines Zauns auf der einen Seite des Bahngeleises sowie die Enteignung des zugunsten der erwähnten Grundstücke bestehenden Wegrechts. Auf der Parzelle Nr. 1748 befindet sich ein Mehrfamilienhaus mit Autoeinstellhalle, auf der Parzelle Nr. 1754 die Casa di Ferro, eine unter Denkmalschutz stehende Schlossanlage. X._ ist Alleineigentümer der Parzelle Nr. 1754 und Miteigentümer der Parzelle Nr. 1748. Zugunsten der beiden Parzellen und zulasten der der SBB gehörenden Parzelle Nr. 1750, auf welcher die Bahntrasse liegt, besteht das erwähnte, im Grundbuch mit "passo con carro agricolo" bezeichnete Wegrecht.
Gegen die Verfügung des BAV erhob X._ Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses wies das Rechtsmittel mit Urteil vom 9. Februar 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht beantragt X._, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben. Eventualiter sei die Sache an das BAV zur Ausarbeitung eines neuen Plans zurückzuweisen.
Das BAV hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesverwaltungsgericht hat sich vernehmen lassen, ohne einen Antrag zu stellen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG). Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Der Beschwerdeführer ist durch die Aufhebung des Wegrechts besonders berührt und ohne Weiteres zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Der rechtserhebliche Sachverhalt geht aus den Akten hinreichend hervor. Auf die Durchführung eines Augenscheins kann daher verzichtet werden.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer beanstandet das Verhalten der Beschwerdegegnerin im Vorfeld des Erlasses der Verfügung des BAV als treuwidrig. Im Hinblick auf den geplanten Bau eines Mehrfamilienhauses und einer Autoeinstellhalle auf der Parzelle Nr. 1748 habe er sich mit Schreiben vom 24. Februar 2004 bei der Beschwerdegegnerin nach den Kosten und den Bedingungen für die Errichtung einer Bahnunterführung erkundigt. Er habe dabei ausdrücklich auf das bestehende Wegrecht über die Parzelle Nr. 1750 hingewiesen. Die Beschwerdegegnerin habe ihn in der Folge in ihrem Antwortschreiben vom 15. März 2004 jedoch nicht darauf aufmerksam gemacht, dass sie den Niveauübergang aufzuheben gedenke. Stattdessen habe sie eine Vereinbarung über die finanziellen, eigentumsrechtlichen, technischen und über weitere Fragen gefordert. Diese Vereinbarung hätte die Aufhebung des Wegrechts im Fall der Ausführung der Unterführung regeln sollen. Damit habe die Beschwerdegegnerin klar zum Ausdruck gebracht, dass die Aufhebung des bestehenden Bahnübergangs eine wichtige Frage war. Gleichzeitig hätte sie aber auch sehen müssen, dass der Übergang auch dann weiterbenutzt werden würde, wenn keine Unterführung gebaut würde. Ein Verhalten nach Treu und Glauben hätte verlangt, ihn auf die Notwendigkeit der Sanierung des Bahnübergangs hinzuweisen. Das habe sie indessen nicht getan und ihn damit im Glauben an die Beständigkeit des Wegrechts erhebliche Investitionen in zusätzliche Parkplätze in der Autoeinstellhalle auf der Parzelle Nr. 1748 tätigen lassen. Die Vorinstanz habe diese Problematik verkannt und das Verhalten der Beschwerdegegnerin nur unter dem Gesichtspunkt der unrichtigen Auskunft beurteilt. Darum gehe es aber nicht. Auch sei der Hinweis im angefochtenen Entscheid, er hätte als Anwalt Art. 37f Abs. 1 der Verordnung vom 23. November 1983 über Bau und Betrieb der Eisenbahnen (EBV; SR 742.141.1) kennen müssen, verfehlt. Diese Bestimmung sehe nicht für alle Fälle die zwingende ersatzlose Aufhebung aller Bahnübergänge vor.
2.2 Gemäss Art. 9 BV hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden. Die Beschwerdegegnerin nimmt bei der Sanierung bestehender Bahnübergänge eine öffentliche Aufgabe wahr (Art. 3 Abs. 1 und 3 des Bundesgesetzes vom 20. März 1998 über die Schweizerischen Bundesbahnen [SBBG; SR 742.31], Art. 17 Abs. 4 und Art. 19 Abs. 1 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 [EBG; SR 742.101], Art. 37f EBV). Sie ist deshalb insofern an die Grundrechte gebunden (Art. 35 Abs. 2 BV) und der Beschwerdeführer hat einen grundrechtlichen Anspruch darauf, von ihr nach Treu und Glauben behandelt zu werden (zur Publ. bestimmte Urteile 2C_415/2011 vom 3. Juli 2012 E. 1.4 und E. 2.2.1 mit Hinweisen; 2C_271/2012 vom 14. August 2012 E. 2.3).
2.3 In ihrem Schreiben vom 15. März 2004 hat die Beschwerdegegnerin dem Architekten des Beschwerdeführers eine (kostenpflichtige) Begleitung seines Bauprojekts angeboten und ihn auf die Notwendigkeit hingewiesen, vor Aufnahme der Bauarbeiten eine Vereinbarung abzuschliessen, welche die Modalitäten der geplanten Unterführung regle. Dabei hat sie erklärt, dass sich Sanierungslösungen wie die vorgeschlagene Unterführung mit ihren Bestrebungen deckten, wo immer möglich Niveauübergänge stillzulegen. Wenn der Beschwerdeführer vorbringt, die Beschwerdegegnerin habe damit klar zum Ausdruck gebracht, dass die Aufhebung des bestehenden Bahnübergangs eine wichtige Frage war, so ist zu ergänzen, dass dies damit auch für ihn selbst klar sein musste. Hinzu kommt, dass es keine Anzeichen gibt, dass die Beschwerdegegnerin bereits im Frühling 2004 konkrete Pläne für die Aufhebung des Bahnübergangs hatte. Wie der Beschwerdeführer selbst vorbringt, sieht Art. 37f Abs. 1 EBV neben der Aufhebung auch die Anpassung sanierungsbedürftiger Bahnübergänge vor. Der Antrag der Beschwerdegegnerin auf Aufhebung des Bahnübergangs erfolgte erst ca. fünfeinhalb Jahre später. Vor diesem Hintergrund ist nicht davon auszugehen, dass sie dem Beschwerdeführer im Frühling 2004 wichtige Informationen vorenthielt. Das Bundesverwaltungsgericht, das sich entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers nicht nur mit der Frage der Richtigkeit, sondern auch der Vollständigkeit der Auskunft der Beschwerdegegnerin auseinandersetzte, hat die Tragweite des Grundsatzes von Treu und Glauben nicht verkannt. Die Rüge ist unbegründet.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die rechtlichen Voraussetzungen für den Eingriff in sein Eigentum seien nicht gegeben. Beim fraglichen Wegrecht handle es sich nicht um eine privatrechtliche Dienstbarkeit. Es beruhe vielmehr auf einer verwaltungsrechtlichen Vereinbarung, die gemäss Art. 5 EntG (SR 711) nicht Gegenstand der Enteignung sein könne. Eine verwaltungsrechtliche Vereinbarung sei nur unter den restriktiven Voraussetzungen der clausula rebus sic stantibus abänderbar, die vorliegend aber nicht erfüllt seien. Insbesondere fehle es an einer wesentlichen Änderung der Umstände.
Nach Ansicht des Beschwerdeführers sprechen zudem weitere Gründe gegen die Zulässigkeit der Enteignung. Er stellt sich auf den Standpunkt, dass der Fussgängerverkehr im Sinne von Art. 37c Abs. 3 lit. c Ziff. 1 EBV nur schwach und deshalb die konkrete Gefahr nicht besonders hoch sei. Der Übergang stehe nur den Nutzern der betroffenen Liegenschaften zur Verfügung. Bei der Beurteilung der Gefahrensituation habe die Vorinstanz die Bestimmungen von Art. 37b und Art. 37c EBV in unzulässiger Weise kumuliert.
Weiter bringt der Beschwerdeführer vor, er habe eine valable Alternative zur Diskussion gestellt, mit welcher sich das Bundesverwaltungsgericht indessen nicht auseinandergesetzt habe. Dies verletze das rechtliche Gehör. Bei der von ihm angesprochenen Alternative handle es sich um eine automatisch gesteuerte Toranlage, eventuell in Verbindung mit Verkehrsspiegeln. Dass eine derartige Anlage dem konkreten Sicherheitsbedürfnis entspreche, werde auch im angefochtenen Entscheid anerkannt. Das Tor wäre im Grundzustand abgeschlossen, so dass bei einer Störung kein Öffnungssignal erfolgen würde und es somit nicht geöffnet werden könnte. Dass damit, trotz fehlender Einbindung in die Bahnsicherungsanlagen, die gesetzlichen Erfordernisse erfüllt seien, gehe aus Art. 5 und Art. 37c EBV hervor. Im Ergebnis bedeute sein Vorschlag eine Kombination einer Lichtsignalanlage und einer Bedarfsschranke, also von Art. 37c Abs. 3 lit. b und lit. bbis EBV. Dies gewährleiste den gleichen Grad an Sicherheit wie andere gesetzlich vorgesehene Lösungen und erfülle damit auch die Voraussetzungen von Art. 5 EBV. Dass die Einbindung in die Bahnsicherungsanlagen nicht unbedingt erforderlich sei, zeige die sogenannte MICRO-Anlage im Sinne von Art. 37c Abs. 3 lit. bbis EBV. Bei dieser werde das Signal einfach vom Zug selber ausgelöst. Wenn nun bei der Installation eines Tors der Übergang im Grundzustand gesperrt sei, so gebe es keinen Grund, zusätzlich eine erhöhte Sicht zu verlangen.
Weiter bringt der Beschwerdeführer vor, er habe eine valable Alternative zur Diskussion gestellt, mit welcher sich das Bundesverwaltungsgericht indessen nicht auseinandergesetzt habe. Dies verletze das rechtliche Gehör. Bei der von ihm angesprochenen Alternative handle es sich um eine automatisch gesteuerte Toranlage, eventuell in Verbindung mit Verkehrsspiegeln. Dass eine derartige Anlage dem konkreten Sicherheitsbedürfnis entspreche, werde auch im angefochtenen Entscheid anerkannt. Das Tor wäre im Grundzustand abgeschlossen, so dass bei einer Störung kein Öffnungssignal erfolgen würde und es somit nicht geöffnet werden könnte. Dass damit, trotz fehlender Einbindung in die Bahnsicherungsanlagen, die gesetzlichen Erfordernisse erfüllt seien, gehe aus Art. 5 und Art. 37c EBV hervor. Im Ergebnis bedeute sein Vorschlag eine Kombination einer Lichtsignalanlage und einer Bedarfsschranke, also von Art. 37c Abs. 3 lit. b und lit. bbis EBV. Dies gewährleiste den gleichen Grad an Sicherheit wie andere gesetzlich vorgesehene Lösungen und erfülle damit auch die Voraussetzungen von Art. 5 EBV. Dass die Einbindung in die Bahnsicherungsanlagen nicht unbedingt erforderlich sei, zeige die sogenannte MICRO-Anlage im Sinne von Art. 37c Abs. 3 lit. bbis EBV. Bei dieser werde das Signal einfach vom Zug selber ausgelöst. Wenn nun bei der Installation eines Tors der Übergang im Grundzustand gesperrt sei, so gebe es keinen Grund, zusätzlich eine erhöhte Sicht zu verlangen.
3.2 3.2.1 Den SBB steht das Enteignungsrecht gemäss der Bundesgesetzgebung zu (Art. 1 und Art. 3 Abs. 2 lit. b EntG, Art. 3 EBG). Der mögliche Gegenstand der Enteignung wird in Art. 5 EntG definiert. Dazu gehören dingliche Rechte an Grundstücken. Das vorliegend in Frage stehende Wegrecht ist ein beschränktes dingliches Recht, genauer eine Grunddienstbarkeit im Sinne von Art. 730 ff. ZGB, welche gestützt auf Art. 958 Ziff. 2 ZGB ins Grundbuch eingetragen wurde. Das Wegrecht kann damit ohne Weiteres Gegenstand der Enteignung sein. Dass es durch einen verwaltungsrechtlichen Vertrag begründet wurde, wie der Beschwerdeführer einwendet, spielt keine Rolle. Art. 5 EntG stellt nicht auf die Art der Entstehung des zu enteignenden Rechts ab.
3.2.2 Eine Enteignung ist nur zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist (Art. 36 BV und Art. 1 EntG). Das Gebot der Verhältnismässigkeit verlangt, dass eine behördliche Massnahme für das Erreichen des im öffentlichen oder privaten Interesse liegenden Ziels geeignet und erforderlich ist und sich für die Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung als zumutbar und verhältnismässig erweist; es muss eine vernünftige Zweck-Mittel-Relation vorliegen (BGE 132 I 49 E. 7.2 S. 62 mit Hinweisen).
3.2.3 Rechtliche Grundlage für die Enteignung des Wegrechts bilden neben den genannten Bestimmungen jene des Eisenbahngesetzes, der Eisenbahnverordnung und die Ausführungsbestimmungen vom 15. Dezember 1983 zur Eisenbahnverordnung (AB-EBV; SR 742.141.11). Daraus geht auch hervor, dass der Gesetzgeber das öffentliche Interesse an der Sicherheit des Bahnbetriebs als sehr hoch einstuft. Gemäss Art. 17 Abs. 4 EBG sind die Bahnunternehmen für den sicheren Betrieb der Eisenbahnanlagen und Fahrzeuge verantwortlich. Sie sind nach Art. 19 Abs. 1 EBG verpflichtet, die Vorkehren zu treffen, die gemäss den Vorschriften des Bundesrats und den mit den genehmigten Plänen verbundenen Auflagen zur Sicherheit des Baus und Betriebs der Bahn sowie zur Vermeidung der Gefahr für Personen und Sachen notwendig sind. Art. 37b Abs. 1 EBV schreibt vor, dass Bahnübergänge entsprechend der Verkehrsbelastung und der Gefahrensituation entweder aufzuheben oder so mit Signalen oder Anlagen auszurüsten sind, dass sie sicher befahren und betreten werden können.
3.2.4 Der Beschwerdeführer stellt das öffentliche Interesse an der Aufhebung des Bahnübergangs nicht in Frage. Er ist jedoch mit Blick auf die in Art. 37c EBV vorgesehenen Signale und Anlagen der Ansicht, es bestünden mildere Massnahmen. Auch hält er die Aufhebung des Übergangs angesichts der daraus resultierenden Beeinträchtigungen für unzumutbar. In diesem Zusammenhang rügt er zudem die Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz.
Das Bundesgericht prüft die vom Beschwerdeführer beanstandete vorinstanzliche Einschätzung der Erforderlichkeit und der Verhältnismässigkeit der Massnahme frei. Dagegen ist die Rüge der Sachverhaltsfeststellung nur möglich, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG); vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG (BGE 136 II 508 E. 1.2 S. 511 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht auferlegt sich zudem Zurückhaltung bei der Überprüfung, wenn die Beurteilung von der Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die Vorinstanzen besser kennen, oder wenn es um technische Fragen geht (BGE 136 I 265 E. 2.3 S. 270; 131 II 13 E. 3.4 S. 20; je mit Hinweisen).
Das Bundesgericht prüft die vom Beschwerdeführer beanstandete vorinstanzliche Einschätzung der Erforderlichkeit und der Verhältnismässigkeit der Massnahme frei. Dagegen ist die Rüge der Sachverhaltsfeststellung nur möglich, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG); vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG (BGE 136 II 508 E. 1.2 S. 511 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht auferlegt sich zudem Zurückhaltung bei der Überprüfung, wenn die Beurteilung von der Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die Vorinstanzen besser kennen, oder wenn es um technische Fragen geht (BGE 136 I 265 E. 2.3 S. 270; 131 II 13 E. 3.4 S. 20; je mit Hinweisen).
3.3 3.3.1 Bei der Erörterung der Frage, ob die Enteignung des Wegrechts geeignet und erforderlich sei, um den sicheren Bahnbetrieb zu gewährleisten, weist das Bundesverwaltungsgericht zunächst auf die unzureichende Sicherheit des zurzeit nur mit Andreaskreuzen gesicherten Bahnübergangs hin. Die Höchstgeschwindigkeit für die Bahn von 80 km/h und die unzureichende Sichtzeit von rund 2.3 Sekunden schaffe eine gefährliche Situation (vgl. Art. 37c Abs. 3 lit. c EBV). Die rechtzeitige Räumung des Bahnübergangs sei damit nicht gewährleistet. Als mildere Massnahmen diskutierte das Bundesverwaltungsgericht die Errichtung einer manuell verschliessbaren oder automatisch schliessenden Bedarfsschranke bzw. Toranlage, das Anbringen von Spiegeln und/oder Videokameras, die Installation einer MICRO-Anlage oder einer Blinklichtsignalanlage sowie den Bau einer Unterführung. Eine Blinklichtsignalanlage und eine automatische Bedarfsschranken- bzw. Toranlage (vgl. Art. 37c Abs. 3 lit. b EBV) seien in die Bahnsicherungsanlagen integriert und damit ebenso geeignet wie die Aufhebung des Bahnübergangs. Manuell betriebene Anlagen fielen dagegen ausser Betracht, weil vor jeder Öffnung bei der Bahnbetriebsleitstelle eine temporäre Streckensperrung zu beantragen sei, was zu aufwendig sei. Bei einer MICRO-Anlage wiederum (vgl. Art. 37c Abs. 3 lit. bbis EBV) würden die Warnlichter bei der Zugsdurchfahrt aktiviert. Die Besonderheit bestehe darin, dass die MICRO-Anlage nicht in die Bahnsicherungsanlagen integriert sei, sondern ihre Signale durch das herannahende Schienenfahrzeug ausgelöst würden. Da bei einem technischen Totalausfall der Lokführer jedoch nicht automatisch benachrichtigt werde und sich die Benutzer des Bahnübergangs in falscher Sicherheit wiegen könnten, seien bei dieser Sicherungsmassnahme ausreichende Sichtverhältnisse unabdingbar. Daran fehle es. Auch die vom Beschwerdeführer vorgeschlagene Toranlage mit Spiegeln und/oder Videokameras sei nicht hinreichend sicher. Die Distanzabschätzung mittels technischer Hilfsmittel sei unzuverlässig und die Kameralinse bzw. die Spiegeloberfläche könne sich bei schlechten Witterungsverhältnissen trüben. Schliesslich sei eine Unterführung ebenfalls als geeignete Massnahme anzusehen.
3.3.2 Der Beschwerdeführer kritisiert diese Ausführungen und glaubt, eine weitere valable Variante präsentiert zu haben. Dabei übersieht er, dass die von ihm vorgeschlagene automatisch gesteuerte Toranlage ebenfalls in die Bahnsicherungsanlagen integriert werden müsste, um überhaupt funktionstüchtig zu sein, zumal ein Signal zum Öffnen des im Grundzustand geschlossenen Tors erforderlich ist. Falls das Tor dagegen nicht automatisch, sondern manuell geöffnet würde, müssten die Sichtverhältnisse hinreichend sein. Das Bundesverwaltungsgericht hat diese Voraussetzung mit Hinweis auf eine Sichtzeit von rund 2.3 Sekunden in vertretbarer Weise verneint. Es ist auch nicht zu beanstanden, dass es den Einsatz von Spiegeln und/oder Videokameras aufgrund der dabei erschwerten Distanzabschätzung und möglichen weiteren Einschränkungen bei schlechter Witterung nicht als vollwertigen Ersatz erachtete.
Im Ergebnis ist damit keine mildere Massnahme mit einem genügenden Sicherheitsstandard ersichtlich. Die betreffende Kritik des Beschwerdeführers erweist sich deshalb als unbegründet.
Das Bundesverwaltungsgericht hat sich mit den Argumenten des Beschwerdeführers zur Erforderlichkeit hinreichend auseinandergesetzt. Es kam zum Schluss, dass eine genügende Sicherheit nur gewährleistet werden könne, wenn entweder eine Integration in die Bahnsicherungsanlagen vorgenommen werde oder die Sichtverhältnisse hinreichend seien. Damit war klar, weshalb es den Vorschlag des Beschwerdeführers einer automatisch gesteuerten Toranlage ablehnte. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist in dieser Hinsicht zu verneinen. Schliesslich ist auch nicht ersichtlich, inwiefern das Bundesverwaltungsgericht die Bestimmungen von Art. 37b und Art. 37c EBV in unzulässiger Weise kumuliert haben sollte. Auch diese Rüge ist unbegründet.
Das Bundesverwaltungsgericht hat sich mit den Argumenten des Beschwerdeführers zur Erforderlichkeit hinreichend auseinandergesetzt. Es kam zum Schluss, dass eine genügende Sicherheit nur gewährleistet werden könne, wenn entweder eine Integration in die Bahnsicherungsanlagen vorgenommen werde oder die Sichtverhältnisse hinreichend seien. Damit war klar, weshalb es den Vorschlag des Beschwerdeführers einer automatisch gesteuerten Toranlage ablehnte. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist in dieser Hinsicht zu verneinen. Schliesslich ist auch nicht ersichtlich, inwiefern das Bundesverwaltungsgericht die Bestimmungen von Art. 37b und Art. 37c EBV in unzulässiger Weise kumuliert haben sollte. Auch diese Rüge ist unbegründet.
3.4 3.4.1 Im Rahmen der Prüfung der Zumutbarkeit berücksichtigte das Bundesverwaltungsgericht auf der einen Seite, dass die Beschwerdegegnerin und die Öffentlichkeit ein erhebliches Interesse an einem sicheren und möglichst ungestörten Bahnbetrieb und an einer finanziell tragbaren Sanierungslösung haben. Eine Blinklichtsignalanlage als günstigste Lösung koste gemäss dem BAV mindestens Fr. 200'000.--, bei einer automatischen Bedarfsschrankenanlage sei bereits mit Kosten von ca. Fr. 500'000.-- zu rechnen, eine Fussgängerunterführung sei noch teurer. Die Beschwerdegegnerin ergänzt dazu in ihrer Beschwerdeantwort, dass sich die für die Blinklichtsignalanlage eingesetzten Kosten von Fr. 200'000.-- lediglich auf eine nicht in die Bahnsicherungsanlagen integrierte Lösung beziehen würden. Bei einer (aus Sicherheitsgründen vorliegend notwendigen) Integration sei hingegen ebenfalls mit Fr. 500'000.-- zu rechnen. Kostenintensiv sei dabei die technische Integration des automatisierten Bahnübergangs in das bestehende Stellwerk.
Diesen Interessen stellte das Bundesverwaltungsgericht jene des Beschwerdeführers gegenüber. Dieser mache geltend, mit der Aufhebung des privaten Bahnübergangs verliere die Parzelle Nr. 1754 den direkten Zugang zu den für sie vorgesehenen acht Parkplätzen in der Autoeinstellhalle auf der Parzelle Nr. 1748. Zudem weise er darauf hin, dass absehbar sei, dass die Casa di Ferro in Zukunft in vier Wohneinheiten aufgeteilt werde, und dass sich die potenziellen Kaufinteressenten aus dem Hochpreissegment rekrutieren und nach gedeckten und bequem erreichbaren Parkplätzen verlangen würden. Das Bundesverwaltungsgericht relativiert diese Vorbringen insbesondere aus folgenden Erwägungen: Auf dem Kiesvorplatz vor der Casa di Ferro könnten zwei Fahrzeuge problemlos parkiert werden. Zudem befinde sich auf der Höhe der Einfahrt zur Schlossanlage auf der ebenfalls dem Beschwerdeführer gehörenden Parzelle Nr. 1762 entlang der Via alla Riva eine Ausbuchtung, auf welcher zwei zusätzliche Fahrzeuge abgestellt werden könnten. Unter diesen Umständen sei nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführer zwingend auf die Einstellhallenplätze auf der Parzelle Nr. 1748 angewiesen und ein Umweg von (eher grosszügig bemessenen) 600 m über die öffentliche Unterführung an der Via Navegna unzumutbar sein sollte. Dies gelte umso mehr, als die Wegstrecke von der Casa di Ferro über den privaten Bahnübergang bis zur Einstellhalle ebenfalls einen etwas längeren Fussmarsch in ansteigendem Gelände bedinge. Im Übrigen handle es sich bei dem angesprochenen Umbauvorhaben noch nicht um ein konkretes Bauprojekt. Es könne derzeit angesichts der einzuhaltenden Bestimmungen des Denkmal- und Landschaftsschutzes nicht ohne Weiteres von dessen Bewilligungsfähigkeit ausgegangen werden.
3.4.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Kostenschätzungen stammten alle von der Beschwerdegegnerin und seien zudem unzuverlässig. So habe diese für eine Bedarfsschrankenanlage das eine Mal Kosten von Fr. 700'000.--, das andere Mal solche von Fr. 500'000.-- angegeben. Er habe deshalb schon im Verfahren vor dem BAV ein Gutachten über die konkreten Kosten der verschiedenen Varianten beantragt. Dieser Antrag sei in Verletzung des rechtlichen Gehörs übergangen worden. Zudem habe die Vorinstanz fälschlicherweise festgestellt, dass die Parzelle Nr. 1754 mit Fahrzeugen von zwei Richtungen erreichbar sei. Dies widerspreche dem Protokoll des Augenscheins vom 29. Juni 2011 und sei insofern bedeutsam, als im angefochtenen Entscheid der Einbiege- und Kehrplatz als Parkiermöglichkeit für zwei Fahrzeuge bezeichnet werde. Die Freihaltung des Platzes sei aber für Wendemanöver unabdingbar. Der Wertverlust seines Grundstücks sei hoch, da keine geschützten Fahrzeugabstellplätze vorhanden seien und der kurze und bequeme Weg zum Neubau auf der Nachbarparzelle verloren gehe. Käufer aus dem Hochpreissegment würden auf einen naheliegenden Einstellplatz nicht verzichten wollen. Weiter sei willkürlich, dass sich das Bundesverwaltungsgericht nicht mit dem von ihm eingereichten Privatgutachten über den Wertverlust seiner Liegenschaft auseinandergesetzt habe. Zudem habe er zur selben Frage ein gerichtliches Gutachten verlangt. Indem die Vorinstanz dem nicht stattgegeben habe, habe sie das rechtliche Gehör verletzt. Schliesslich könne ohne Weiteres davon ausgegangen werden, dass eine Aufteilung der Liegenschaft in verschiedene Wohneinheiten baubewilligungsfähig sei. Der Wertverlust, der darin begründet liege, dass das entsprechende Potenzial der Liegenschaft wegen des Parkplatzproblems nicht mehr ausgeschöpft werden könne, überwiege die Kosten für die rechtskonforme Ausgestaltung des Bahnübergangs.
3.4.3 Zur vom Beschwerdeführer in Frage gestellten Zuverlässigkeit der Kostenschätzungen hält die Beschwerdegegnerin fest, die unterschiedlichen Angaben ergäben sich im Wesentlichen aus dem Umstand, dass beim höheren Betrag der kapitalisierte Unterhalt eingerechnet worden sei. Diese Erklärung leuchtet ohne Weiteres ein, geht auch aus dem Entscheid des BAV hervor und wird vom Beschwerdeführer in seiner Replik nicht beanstandet. Insofern sind die Kostenschätzungen nicht in Zweifel zu ziehen. Da das BAV (neben der Beschwerdegegnerin selbst) in diesem Bereich fachkundig ist, durfte das Bundesverwaltungsgericht zudem in antizipierter Beweiswürdigung davon absehen, ein Gutachten erstellen zu lassen (vgl. BGE 136 I 229 E. 5.3 S. 236 f.; Urteil 1E.1/2006 vom 12. April 2006 E. 5; je mit Hinweisen). Die in diesem Zusammenhang erhobene Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist somit unbegründet. Unbegründet ist auch die Rüge der unrichtigen Feststellung des Sachverhalts bezüglich der Möglichkeit, auf der Ausbuchtung der Via alla Riva gegenüber der Einfahrt zur Casa di Ferro zu parkieren. Im Protokoll des Augenscheins vom 29. Juni 2011 wird zwar festgehalten, dass die Zufahrt über die Via Navegna durch eine Schranke versperrt sei, doch machte der Beschwerdeführer beim Augenschein nicht geltend, den Platz deswegen nicht zum Parkieren verwenden zu können. Vielmehr wies er darauf hin, dass er dort nicht parkiere, weil er Vandalenakte befürchte. Aus dem Protokoll ergibt sich weiter, dass der Beschwerdeführer auf den Vorhalt des Instruktionsrichters, dass es sich zumindest faktisch um einen Parkplatz handle, eingeräumt hat, dass es dem Eigentümer des Grundstücks erlaubt sei, dort zu parkieren. Wenn er in seiner Beschwerdeschrift nun vorbringt, das Parkieren sei nicht möglich, weil dadurch der zum Wenden notwendige Platz versperrt werde, so ist dieses Vorbringen neu und unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG). Auch eine Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen ist diesbezüglich nicht angezeigt, da weder aus den in den Akten befindlichen Plänen noch den Fotos hervorgeht, dass die Wegfahrt nicht mehr möglich wäre, wenn gleichzeitig auf der erwähnten Ausbuchtung Autos stehen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
Zu den die Enteignungsentschädigung betreffenden Vorbringen des Beschwerdeführers ist festzuhalten, dass deren Festsetzung nicht im vorliegenden Verfahren erfolgt, sondern erstinstanzlich Sache der Schätzungskommission sein wird (Urteil 1E.10/2004 vom 3. Dezember 2004 E. 5.1). Auf die Einholung eines gerichtlichen Gutachtens und auf eine eingehende Auseinandersetzung mit dem vom Beschwerdeführer eingereichten Privatgutachten durfte das Bundesverwaltungsgericht deshalb verzichten, ohne das rechtliche Gehör zu verletzen. Eine Abschätzung des dem Beschwerdeführer erwachsenden Nachteils war nur insofern angezeigt, als ein die Kosten für die Errichtung eines sicheren Bahnübergangs übersteigender Wertverlust des betroffenen Grundstücks die Enteignung als unverhältnismässig erscheinen lassen würde. Dies durfte das Bundesverwaltungsgericht jedoch verneinen.
Die Aufhebung des Bahnübergangs bringt für die Bewohner der Casa di Ferro zweifelsohne gewisse Unannehmlichkeiten mit sich. Indessen stehen nach wie vor vier ungedeckte Parkplätze auf dem Grundstück selbst zur Verfügung. Zudem wird die Erreichbarkeit der gedeckten Parkplätze auf der benachbarten Parzelle zwar verschlechtert, doch ist auch nicht zu übersehen, dass der Zugang schon bisher nicht ideal war. Wenn der Beschwerdeführer argumentiert, die knapp 600 m Fussweg seien für potenzielle Käufer aus dem Hochpreissegment zu weit, so ist dies deshalb zu relativieren. Auch wenn der direkte Weg in Zukunft noch verbessert werden könnte, dürfte es für dieses Käufersegment nämlich ebenfalls nicht sehr attraktiv sein, zu den Garagen nur durch Überqueren eines Bahngeleises zu gelangen. Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer seine Pläne für die Errichtung und den Verkauf von Luxuswohnungen in der Casa di Ferro bisher kaum konkretisiert hat. Die Realisierbarkeit dieses Vorhabens und die Einschränkungen, welche die Aufhebung des Bahnübergangs in dieser Hinsicht mit sich bringen wird, können derzeit nicht abschliessend beurteilt werden.
Im Ergebnis hat das Bundesverwaltungsgericht die Eigentumsgarantie nicht verletzt, wenn es das öffentliche Interesse an einem sicheren Bahnbetrieb höher gewichtete und die Enteignung des Wegrechts als verhältnismässig bezeichnete.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Die Kostenfolgen im bundesgerichtlichen Verfahren richten sich nach dem Bundesgerichtsgesetz (Art. 116 Abs. 3 EntG). Danach werden die Gerichtskosten in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Ausnahmsweise, wenn es die Umstände rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG; Urteil 1C_284/2009 vom 8. Juni 2010 E. 13.3, nicht publ. in: BGE 136 II 263). Vorliegend besteht kein Grund, von der in Art. 66 Abs. 1 BGG vorgesehenen Regel abzuweichen. Die Gerichtskosten sind folglich vom Beschwerdeführer zu tragen. Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Verkehr und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold