Sachverhalt:
A. Das Strafgericht Basel-Stadt sprach J._ am 11. Dezember 2008 vom Vorwurf der Ehrverletzung zum Nachteil von B._ frei.
Die Beschwerde von B._ gegen diesen Entscheid wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt am 30. Juli 2009 ab.
B. B._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt zur Hauptsache, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und J._ sei wegen Verleumdung, eventualiter wegen übler Nachrede, zu verurteilen.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz habe § 20 und 148 Abs. 3 in Verbindung mit § 144 Abs. 1 der Basler Strafprozessordnung verletzt.
Der Beschwerdeführer spricht weder von willkürlicher Anwendung kantonalen Rechts noch nennt er den entsprechenden Verfassungsartikel (Art. 9 BV). Er legt auch nicht dar, inwiefern die Vorinstanz die gerügten Bestimmungen willkürlich angewandt haben soll. Mangels rechtsgenüglicher Begründung ist auf die Rüge nicht einzutreten (BGE 134 I 140 E. 5.4).
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe Beweise willkürlich gewürdigt:
2.1 Er argumentiert, der Arztbericht des Beschwerdegegners stütze sich praktisch vollumfänglich auf Aussagen von Eltern, die weder im Skilager gewesen seien noch in der Schule eigene Feststellungen gemacht hätten. Gestützt auf solche Elternaussagen, auf Tagebücher, die Schüler im Auftrag der Eltern angefertigt hätten, auf ein Schreiben der Logopädin, das im Auftrag der Eltern verfasst worden sei, sei der Wahrheitsbeweis offensichtlich nicht erbracht.
Diese Argumentation des Beschwerdeführers geht am Wesentlichen vorbei. Entscheidend ist nicht, ob die Eltern selbst im Skilager und in der Schule waren. Für den Beschwerdegegner war vielmehr von Bedeutung, dass er einen Schüler in den Jahren 2004/2005 wegen neuropsychologischer Probleme erfolgreich behandelt hatte. Nachdem dieser ab August 2007 beim Beschwerdeführer den Schulunterricht besuchte, stellte der Beschwerdegegner beim Knaben eine ab Oktober über Hände, Arme und Brust sich ausbreitende Neurodermitis mit psychisch stark belastendem und kaum zu dämpfendem Juckreiz fest. Diese psychische Somatisierungsstörung habe offensichtlich im Zusammenhang mit einer entwertenden und rücksichtslos blossstellenden Art des Beschwerdeführers gestanden, den Unterricht zu gestalten. Andere Eltern hätten von der entwertenden Haltung des Lehrers gesprochen, die offenbar auch von dessen Kollegen beobachtet worden sei. Deren Bemühungen, ihn in seiner schroffen Unterrichtsweise zu dämpfen, seien erfolglos geblieben. Auf Anlass besorgter Eltern sei der Beschwerdeführer verwarnt und es sei ihm ein Begleiter zugeordnet worden. Zudem wurde dem Beschwerdegegner zugetragen, der Beschwerdeführer habe während eines Skilagers einem Kind mit gebrochenem Handgelenk befohlen weiterzufahren, ohne der Verletzung Rechnung zu tragen und Unterstützung zu gewähren (Akten des Strafgerichts, act. 9 f.).
Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz willkürfrei schliessen, der Beschwerdegegner habe in guten Treuen annehmen dürfen, dass die ihm zugetragenen Informationen der Wahrheit entsprächen.
2.2 Die Vorinstanz kommt zum Schluss, der Beschwerdegegner habe die unwahren Äusserungen im Arztbericht bloss für möglicherweise unrichtig gehalten. Der Beschwerdeführer erachtet diese Begründung für willkürlich, weil dafür in den Akten jeder Beweis fehle.
Im Zusammenhang mit dem Mädchen, das angeblich mit gebrochenem Handgelenk weiterfahren musste, schrieb der Beschwerdegegner, ein solches Verhalten "könnte als psychisch persönlichkeitsgestört bezeichnet werden, mit sadistischen Zügen, also krank ..." (a.a.O., S. 10; Hervorhebung durch das Bundesgericht). Die Formulierung im Konjunktiv - der Möglichkeitsform - ist Beleg für die willkürfreie vorinstanzliche Würdigung.
2.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, den Wahrheitsbeweis für den Inhalt des Arztzeugnisses als erbracht anzusehen sei willkürlich, weil die behauptete Persönlichkeitsstörung (Sadismus etc.) nicht nachgewiesen sei. Denn Sadismus sei nach der Internationalen Klassifikation psychischer Störungen eine Persönlichkeits- und Verhaltensstörung, bei der sexuelle Aktivitäten mit Zufügung von Schmerzen, Erniedrigung oder Fesseln bevorzugt werden (F65.5).
Entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers hat ihm der Beschwerdegegner keine Diagnose gestellt. Gestützt auf seine Informationen hat er lediglich eine Vermutung über die psychologischen Hintergründe für das - seiner Ansicht nach - pädagogische Fehlverhalten des Beschwerdeführers geäussert. Auch diese Willkürrüge ist unbegründet.
3. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz habe Art. 173 f. StGB verletzt. Inwiefern dies gestützt auf den willkürfrei festgestellten Sachverhalt zutreffen sollte, macht er nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich. Eine Verletzung von Bundesrecht liegt nicht vor.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Dem Beschwerdegegner ist keine Parteientschädigung zuzusprechen, da er im bundesgerichtlichen Verfahren keine besonderen Aufwendungen hatte (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. März 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Borner