Sachverhalt:
A. Über die X._ AG wurde am 10. Juni 2008 der Konkurs eröffnet. A._ ist Verwaltungsratspräsidentin der Konkursitin.
Am 12. September 2008 publizierte das Konkursamt Y._ die Auflage des Kollokationsplanes samt Inventar und verschickte diesen mittels Zirkularschreiben an die Gläubiger. Zu den Gläubigern gehören u.a. die "Familien B._" sowie die "Firma C._". Die Zustellungen an diese Gläubiger erfolgten "z.Hd. Frau A._" als deren Vertreterin.
Mit Schreiben vom 3. Februar 2009 forderte das Konkursamt Y._ A._ in ihrer Eigenschaft als Gläubigervertreterin auf, innert 10 Tagen allfällige schriftliche Kaufangebote für Inventargegenstände zu unterbreiten.
B. Mit Schreiben vom 14. Februar 2009 (Postaufgabe 16. Februar 2009) gelangte A._ namens der Konkursitin an die Amtsgerichtspräsidentin von Y._. Darin nahm sie Bezug auf das Schreiben des Konkursamtes Y._ vom 3. Februar 2009 und machte geltend, dieses entspreche nicht den Tatsachen. Insbesondere sei ihr das Inventar erst am 19. Januar 2009 übergeben worden.
Die Amtsgerichtspräsidentin D._ von Y._ nahm diese Eingabe als Beschwerde gegen das Inventar vom 12. September 2008 entgegen und trat mit Entscheid vom 17. März 2009 mangels Einhaltung der Beschwerdefrist nicht darauf ein.
Die hiergegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Luzern als obere Aufsichtsbehörde mit Entscheid vom 29. Juni 2009 ab.
C. Gegen diesen Entscheid hat A._ für die Konkursitin am 10. Juli 2009 Beschwerde beim Bundesgericht erhoben mit den Anträgen, der Entscheid sei aufzuheben, das Inventar sei als nicht rechtsgültig zu erklären und ihre Einwände seien gutzuheissen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Erwägungen:
1. Angefochten ist der Endentscheid einer oberen kantonalen Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen; die Beschwerde in Zivilsachen ist gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c, Art. 75 Abs. 1, Art. 90 BGG).
2. Die kantonalen Aufsichtsbehörden haben erwogen, am 12. September 2008 sei die öffentliche Auflage des Kollokationsplanes samt Inventar im SHAB publiziert worden, womit die Beschwerdefrist ausgelöst worden sei. Im Übrigen seien der Kollokationsplan und das Inventar als Rundschreiben an alle Gläubiger, so auch an die Verwaltungsratspräsidentin der Beschwerdeführerin in deren Funktion als Gläubigervertreterin, verschickt worden, und überdies sei ihr das Inventar anlässlich der Einvernahme am 18. November 2008 auch als Schuldnervertreterin unterbreitet worden. Aus ihrem Schreiben vom 9. Dezember 2008 ergebe sich denn auch, dass sie spätestens in diesem Zeitpunkt in Besitz des Inventars gewesen sei.
3. Die Beschwerdeführerin räumt ein, am 19. November 2008 persönlich in den Besitz des Inventars gekommen zu sein. Sie macht indes geltend, erst indem sie am 3. Februar 2009 zur Einreichung von Kaufofferten eingeladen worden sei, habe sie erfahren, was wirklich zur Konkursmasse gehöre.
Die Beschwerdeführerin verwechselt die Bekanntgabe des Inventars, die vorliegend zusammen mit der öffentlichen Auflage des Kollokationsplanes erfolgte, mit den auf dem rechtskräftigen Plan und Inventar beruhenden Verwertungshandlungen. Im deren Rahmen fragte das Konkursamt Y._ mit Schreiben vom 3. Februar 2009 an, ob für die inventarisierten Vermögenswerte Kaufangebote eingereicht würden; andernfalls würden die betreffenden Gegenstände bestmöglich verwertet. Dieses Schreiben kann keine verpassten Beschwerdefristen mit Bezug auf das Inventar wiederherstellen.
Das Inventar ist zusammen mit dem Kollokationsplan öffentlich aufgelegt worden. Bei der Publikation der öffentlichen Auflage im SHAB am 12. September 2008 wurde ausdrücklich auf die 20-tägige Frist für Kollokationsklagen und auf die 10-tägige Frist für Beschwerden gegen das Inventar hingewiesen. Die Publikation löste die betreffenden Fristen aus (Art. 35 Abs. 1 SchKG; MÖCKLI, in: Kurzkommentar zum SchKG, Basel 2009, N. 3 zu Art. 35). Im Übrigen wurde das Inventar der Beschwerdeführerin auch persönlich zugestellt, und sie hält selbst fest, am 19. November 2008 sei sie in dessen Besitz gewesen. Entgegen ihrer Behauptung war aus dem Inventar auch im Einzelnen ersichtlich, welche Vermögenswerte zur Masse gezogen worden waren (nämlich die inventarisierten Gegenstände).
Haben die kantonalen Aufsichtsbehörden die erst am 14./16. Januar 2009 gegen das Inventar eingereichte Beschwerde demnach zu Recht als verspätet betrachtet, ist ihnen keine Rechtsverletzung vorzuwerfen, wenn sie die inhaltlichen Beanstandungen des Inventars nicht materiell behandelt haben. Wenn die Beschwerdeführerin vorbringt, auf ihre Einwände werde gar nicht eingegangen, so ist dies eine zwingende Folge der verpassten Beschwerdefrist.
Soweit die Beschwerdeführerin im Übrigen implizit Eigentumsanspruch an verschiedenen inventarisierten Gegenständen erhebt, handelt sie nicht für die Konkursitin, sondern als Gläubigervertreterin. Ohnehin wäre die Beschwerde auch diesbezüglich verspätet: Eigentumsansprüche sind im Rahmen des Schuldenrufes zu erheben (Art. 232 Abs. 2 Ziff. 2 SchKG), worauf sie inventarisiert werden (Art. 34 KOV) und das Aussonderungsverfahren eingeleitet wird (Art. 242 SchKG, Art. 45 KOV); im Übrigen wurde die Beschwerdeführerin am 18. November 2008 im Sinn von Art. 228 SchKG als Organ der Schuldnerin zum Inventar einvernommen.
4. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist und die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen sind (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission als obere kantonale Aufsichtsbehörde, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. September 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli