Faits:
A. La Fondation des ?uvres sociales X._ SA (ci-après: la fondation) avec siège social à Y._, commune de Z._, a été créée par acte constitutif du 30 août 1951. Les statuts ont été modifiés à plusieurs reprises, la version actuellement applicable date du 4 juillet 2006 (ci-après: les statuts).
L'art. 4 al. 1 des statuts précise que la fondation a pour but de venir en aide au personnel et à ses proches en cas de vieillesse, de maladie, d'accidents, d'invalidité ou de mort (let. a) et d'améliorer ou de maintenir les prestations assurées par la Caisse de retraite et de prévoyance en faveur du personnel X._ SA (let. b). L'alinéa 2 prévoit également une aide en cas de chômage et de service militaire si les personnes concernées sont dans une situation de nécessité.
L'art. 5 des statuts stipule que les ressources de la fondation sont les revenus de sa fortune, des versements effectués par KIF Parechoc SA ainsi que des dons et legs éventuels. La fondation a reçu des versements de X._ SA entre 1950 et 1975. Par la suite, elle n'a plus été alimentée. Aucune contribution du personnel n'a jamais été exigée.
Par lettre d'avril 2008, l'Autorité de surveillance des fondations du canton de Vaud a demandé à la fondation d'établir un règlement de liquidation partielle conformément aux art. 53b et 53d LPP. Après avoir satisfait à la demande en transmettant un projet de règlement, la fondation a décidé de renoncer à l'adoption d'un règlement sur la liquidation partielle. Par décision du 29 juin 2010, l'autorité de surveillance a ordonné au conseil de fondation d'établir un tel règlement et de le lui soumettre jusqu'au 31 août 2010.
B. Par recours du 17 août 2010, la fondation a déféré cette décision au Tribunal administratif fédéral (TAF) et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Celle-ci a suspendu la procédure dans l'attente d'une décision du TAF sur sa compétence.
Par jugement du 2 décembre 2011, le TAF, Cour III, a admis sa compétence, a confirmé l'obligation faite à la fondation d'établir un règlement sur la liquidation partielle et lui a imparti un délai pour s'exécuter de deux mois après l'entrée en force du jugement.
C. La fondation interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à ce qu'elle soit libérée de l'obligation d'établir un règlement de liquidation partielle. Elle demande la restitution de l'effet suspensif au recours.
L'Autorité de surveillance a conclu au rejet du recours, sans s'opposer à l'octroi de l'effet suspensif. L'Office fédéral des assurances sociales a proposé l'admission du recours, estimant qu'une fondation patronale n'avait pas à suivre les règles de la LPP pour procéder à sa liquidation.
L'effet suspensif a été restitué par ordonnance du juge instructeur du 20 août 2012.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140).
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
2. 2.1 La juridiction inférieure a retenu que la recourante était une fondation patronale, allouant des prestations discrétionnaires en rapport avec les risques de vieillesse, survivants et invalidité à titre exclusif ou en parallèle avec d'autres risques conformément à ses buts statutaires. De ce fait, elle a considéré qu'elle était soumise au droit des fondations et à l'art. 89bis al. 1 à 6 CC. Partant, elle a admis sa compétence conformément à l'art. 74 LPP par renvoi de l'art. 89bis al. 6 ch. 19 CC. Sur le fond, elle a estimé que la fondation devait établir un règlement de liquidation partielle en se référant à l'art. 89bis al. 6 ch. 9 CC.
2.2 La recourante a contesté cette manière de voir. Elle a estimé qu'en sa qualité de fondation patronale, elle ne fournissait que des prestations discrétionnaires, uniquement financées par la fondatrice, ce qui excluait l'application des règles spécifiques de la LPP et de l'art. 89bis al. 6 CC.
3. La qualité de fondation patronale, qui fournit des prestations discrétionnaires et qui est alimentée par les seuls versements de la fondatrice, reconnue à la recourante, est admise par toutes les parties et aucun élément du dossier ne permet de le mettre en doute. Est donc seule litigieuse la question de savoir si une fondation patronale de prévoyance, telle que la recourante, est soumise à l'art. 89bis al. 6 CC et, partant, par renvoi des chiffres 9 et 19, aux règles de la LPP sur le contentieux et sur la liquidation totale ou partielle.
4. Dans l'arrêt 9C_2/2012 du 30 août 2012 (destiné à la publication), le Tribunal fédéral a fait une étude complète de sa jurisprudence antérieure et de la doctrine. Il est arrivé à la conclusion que la jurisprudence rendue sous l'empire de l'ancien art. 89bis al. 6 CC, selon laquelle la liquidation partielle d'un fonds patronal de bienfaisance était soumise aux dispositions générales du droit des fondations (en particulier l'art. 84 al. 2 CC), ne pouvait être maintenue après l'entrée en vigueur de la 1ère révision de la LPP. Il y a désormais lieu d'appliquer à un fonds patronal de bienfaisance l'art. 53b LPP par analogie (changement de jurisprudence; consid. 5). Les conditions légales de la liquidation partielle au sens de l'art. 53b al. 1 let. a-c LPP doivent (également) être concrétisées dans le règlement du fonds patronal de bienfaisance (consid. 6).
5. La recourante étant soumise à l'art. 89bis al. 6 CC, la compétence de l'intimée pour exiger l'établissement d'un tel règlement était donnée, de même qu'était ouverte la voie du recours devant le Tribunal administratif fédéral en application de l'art. 74 LPP.
6. L'art. 53b al. 1 LPP prévoit que les institutions de prévoyance fixent dans leurs règlements les conditions et la procédure de liquidation partielle.
Cette disposition légale est claire. Elle ne laisse aucune place à une interprétation au cas par cas, mais elle exige que les conditions de la liquidation soient fixées à l'avance (arrêt 9C_2/2012 du 30 août 2012, consid. 6.3.1; UELI KIESER, in: Handkommentar zum BVG und FZG, Schneider/Geiser/Gächter [édit.] n° 26 ad art. 53b LPP; HANS MICHAEL RIEMER, Vorsorgeeinrichtungen, in RSAS 2005 p. 67).
En l'espèce, la recourante a l'obligation d'établir un règlement sur sa liquidation partielle. L'intimée pouvait donc exiger d'elle l'établissement d'un tel règlement, même si cette éventualité n'était pas envisagée actuellement.
7. Le recours doit dès lors être rejeté.
8. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 3 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Wagner