Fatti:
A. A.a X._ SA è una società anonima avente quale scopo l'esecuzione di opere edilizie, civili, industriali, di sopra e sotto struttura di ogni genere. Il 15 aprile 1992 essa ha stipulato con la V._ (Fondazione di previdenza del 2° pilastro del C._) un contratto di adesione, valido a partire dal 1° gennaio 1992, per l'attuazione della previdenza professionale dei suoi dipendenti. In seguito alle cessioni operate dal C._, X._ SA si è affiliata alla Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro, Zurigo.
A.b Dopo vari richiami, Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro, nel maggio 2000 ha fatto spiccare nei confronti di X._ SA un precetto esecutivo (esecuzione n. ...) di fr. 1'103'136.- per il mancato pagamento di contributi del 2° pilastro dal 1999. Il 20 dicembre 2000 le parti hanno sottoscritto una convenzione di pagamento in base alla quale X._ SA riconosceva di essere debitrice per il periodo dal 28 luglio 1999 al 31 dicembre 2000 di fr. 1'086'367.19 più interessi al 5.5% e si impegnava a saldare l'importo con pagamenti rateali.
A.c Visto il solo parziale rispetto della convenzione, nel giugno 2001 Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro ha avviato una seconda procedura esecutiva per un importo di fr. 1'200'546.89 (pari al debito maturato fino al 25 giugno 2001; esecuzione n. ...). X._ SA ha interposto opposizione al precetto esecutivo. Il 2 ottobre 2001 Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro ha chiesto alla Pretura del Distretto di L._ il rigetto in via provvisoria dell'opposizione. Preso atto del ritiro dell'opposizione da parte di X._ SA, il 13 dicembre 2001 il Pretore del Distretto di L._ ha dichiarato la causa priva d'oggetto e l'ha stralciata dai ruoli.
Dopo che X._ SA non ha aderito a una proposta di convenzione di pagamento, il 27 giugno 2002 Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro ha disdetto per il 31 dicembre 2002 il contratto di affiliazione.
Il 22 agosto 2002 alla X._ SA è stata intimata la comminatoria di fallimento per fr. 725'756.90, cui è seguita il 18 ottobre 2002 l'istanza di fallimento presentata dalla Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro.
Il 21 gennaio 2003 X._ SA ha chiesto alla Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro di ritirare o rinviare la procedura di fallimento e ha proposto un piano di pagamento. Il 3 febbraio 2003 X._ SA ha rinnovato l'impegno a saldare il debito, nel frattempo aumentato a fr. 1'630'677.75. Il giorno seguente, 4 febbraio 2003, X._ SA ha garantito, in cambio del ritiro della domanda di fallimento, il versamento di fr. 500'000.- entro il 7 febbraio 2003 e chiesto un piano di pagamento per l'importo rimanente (fr. 1'130'677.75; ossia fr. 1'063'649.90 più interessi). Ricevuto l'importo di fr. 500'000.- la Fondazione ha ritirato l'istanza di fallimento, ma ha preteso che lo scoperto venisse saldato entro il 30 aprile 2003.
Con effetto al 1° gennaio 2003 il personale della X._ SA è stato affiliato alla Fondazione P._ per l'incremento dell'assicurazione del personale, Basilea. Il 28 febbraio 2003 Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro ha comunicato a X._ SA che avrebbe provveduto a trasferire (alla nuova Fondazione) la differenza sui capitali di risparmio non appena avrebbe segnatamente ricevuto il pagamento delle fatture scoperte.
A.d Scaduto infruttuoso il termine stabilito, Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro ha fatto spiccare il 4 giugno 2003 un ulteriore precetto esecutivo (esecuzione n. ...) dall'Ufficio esecuzione di L._ per l'importo di fr. 1'130'677.75, più interessi al 5.5% dal 1° gennaio 2003, nei confronti di X._ SA, la quale ha interposto opposizione. Con istanza del 16 giugno 2003 Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro ha chiesto e ottenuto dalla Pretura del Distretto di L._ il rigetto in via provvisoria dell'opposizione (sentenza del 12 ottobre 2004).
B. Il 2 novembre 2004 X._ SA, patrocinata dall'avv. Carlo Brusatori, ha inoltrato mediante un unico atto al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino un'azione di disconoscimento del debito e un'azione creditoria nei confronti di Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro. Con la prima ha chiesto l'accertamento dell'inesistenza del credito rivendicato con l'esecuzione n. ... e quindi la cancellazione del precetto esecutivo. Con la seconda ha postulato la condanna della convenuta a versare (a lei direttamente o comunque alla Fondazione P._, Istituto di previdenza LPP, ma in suo favore) l'importo di fr. 1'394'974.62 oltre ad interessi del 5.5% a partire dal 1° gennaio 2003 per gestione negligente di mandato in relazione ad investimenti effettuati sui capitali affidati, per restituzione di averi depositati a titolo di "misure speciali" e non riversati e infine per interessi di mora sugli averi previdenziali versati, a suo dire, in ritardo dalla Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro alla Fondazione P._, Istituto di previdenza LPP. In via subordinata, nell'evenienza in cui l'azione di disconoscimento fosse respinta, l'attrice ha chiesto, per effetto della compensazione, la condanna della convenuta a versare (a lei direttamente o comunque alla Fondazione P._, Istituto di previdenza LPP, ma in suo favore) l'importo di fr. 331'324.72.
Con giudizio del 23 gennaio 2006 il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto la petizione e rigettato in via definitiva l'opposizione al precetto esecutivo n. ... .
C. Sempre assistita dall'avv. Carlo Brusatori, X._ SA è insorta il 2 marzo 2006 con ricorso al Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale), al quale chiede la riforma del giudizio cantonale nel senso della petizione.
In seguito al decreto del 16 marzo 2006 della Pretura del Distretto di L._, che ha pronunciato il fallimento di X._ SA (Foglio Ufficiale del Cantone Ticino [FUC] n. ...), la procedura è stata sospesa. Il 4 giugno 2008 la stessa Pretura ha omologato un concordato e conseguentemente revocato il fallimento di X._ SA (FUC n. ...).
Dopo aver concesso alle parti, su loro richiesta, un periodo di tempo per addivenire a una soluzione transattiva della causa, il Giudice dell'istruzione della II Corte di diritto sociale, accertato l'esito negativo delle trattative, ha riattivato la procedura con decreto del 24 giugno 2009.
Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro, patrocinata dall'avv. Heinz Lang, propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio non solo se e in che maniera un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 135 II 22 consid. 1.1 pag. 24; 134 V 138 consid. 1 pag. 140), bensì anche se sono dati i presupposti formali di validità e regolarità della procedura e in particolare se è a giusto titolo che l'autorità giudiziaria cantonale è entrata nel merito della petizione sottopostale (DTF 134 V 269 consid. 2 pag. 271; 128 V 89 consid. 2a).
1.2 Oggetto del contendere sono due azioni indipendenti l'una dall'altra. La prima è un'azione di disconoscimento del debito a norma dell'art. 83 cpv. 2 LEF; la seconda un'azione creditoria nei confronti dell'opponente. Ora, se il debitore inoltra contemporaneamente all'azione di disconoscimento un'azione di risarcimento danni contro il convenuto dell'azione di disconoscimento, sussiste un cumulo di azioni nonostante l'inversione dei ruoli delle parti (DTF 124 III 207 consid. 3a pag. 208 seg.). Una congiunzione dell'azione di disconoscimento con una parallela azione creditoria è unicamente possibile qualora sussista la medesima competenza territoriale e per materia (DTF 124 III 207 consid. 3b/bb pag. 210 e seg.).
2. 2.1 Il 1° gennaio 2007 è entrata in vigore la legge sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110). Poiché la decisione impugnata è stata pronunciata precedentemente a questa data, la procedura resta disciplinata dall'OG (art. 132 cpv. 1 LTF; DTF 132 V 393 consid. 1.2 pag. 395). Per contro le disposizioni organizzative del Tribunale federale sono immediatamente applicabili (sentenza 7B.3/2007 del 12 gennaio 2007 consid. 2). Essendo stato dissolto il Tribunale federale delle assicurazioni, spetta ormai alla II Corte di diritto sociale del Tribunale federale trattare la presente controversia in materia di previdenza professionale (art. 35 lett. e del Regolamento del Tribunale federale [RTF; RS 173.110.131]; sentenza 9C_101/2008 del 26 febbraio 2009 consid. 1.1).
2.2 La presente vertenza ha per oggetto contributi LPP e non già l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative. Il Tribunale federale deve pertanto limitarsi ad esaminare se il giudizio impugnato viola il diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere d'apprezzamento, oppure se l'accertamento dei fatti sia manifestamente inesatto, incompleto o avvenuto in violazione di norme essenziali di procedura (art. 132 OG in relazione con gli art. 104 a e b e 105 cpv. 2 OG; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni B 1/04 del 1° settembre 2006 consid. 2.3, in SVR 2007 BVG n. 17 pag. 57).
3. Il Tribunale cantonale delle assicurazioni, dopo aver esaminato l'ammissibilità dell'azione di disconoscimento del debito e avere ammesso la correttezza dei calcoli dei contributi, ha respinto l'eccezione di carente legittimazione materiale della Fondazione Winterthur-Columna a chiedere il pagamento dei contributi insoluti. La Corte cantonale ha osservato a tal proposito che le parti erano legate per quel periodo da un valido contratto di affiliazione e che la Fondazione opponente aveva proceduto a versare alla Fondazione P._ unicamente la parte di capitale di risparmio coperta a quel momento, oltre alle riserve tecniche per i costi di invalidità, senza per contro cederle anche il credito relativo ai contributi non ancora soluti e senza che quest'ultima si fosse presa l'impegno di incassare gli arretrati.
I primi giudici hanno poi scartato le eccezioni di errore essenziale e timore sollevate nei confronti dei riconoscimenti di debito sottoscritti precedentemente. Oltre a ritenerle immotivate e al limite della temerarietà, i giudici di prime cure hanno ricordato che dall'aprile 2002 la ricorrente si era dotata di un consulente assicurativo che doveva essere perfettamente in grado di verificare i conteggi della Fondazione opponente, mentre per il periodo precedente una ditta edile delle dimensioni della ricorrente con oltre un centinaio di dipendenti doveva comunque essere in grado di prestare la dovuta attenzione a simili conteggi.
I giudici cantonali hanno ritenuto in seguito infondata, in quanto non comprovata, la pretesa di fr. 578'247.67 avanzata a titolo di compenso per perdite di gestione sui capitali affidati. Riguardo all'importo di fr. 755'768.60 rivendicato sui fondi trattenuti a titolo di "misure speciali" e reclamato per il fatto che con l'entrata in vigore della prima revisione della LPP non sarebbe più contemplato un tale obbligo, la Corte del merito ha ricordato come alla controversia fosse applicabile ancora il diritto precedente alla 1a revisione, essendo litigioso il pagamento di contributi maturati precedentemente e come in ogni caso l'ammontare non fosse di pertinenza della ricorrente, ma degli assicurati. In relazione agli interessi di mora di fr. 60'958.35 reclamati per il periodo dal 3 gennaio al 3 marzo 2003 sugli averi previdenziali (fr. 6'650'000.-) versati asseritamente in ritardo dalla Fondazione opponente alla Fondazione P._, i primi giudici hanno precisato che la definizione del capitale previdenziale a seguito dello scioglimento del contratto di adesione esulava dall'oggetto della vertenza e che comunque un eventuale interesse di mora andava, se del caso, versato al nuovo istituto previdenziale, ma non costituiva di certo un credito del datore di lavoro nei confronti del vecchio istituto di previdenza. In mancanza di reciproca identità fra debitore e creditore, la Corte cantonale ha quindi escluso anche la possibilità di compensare questa pretesa con il debito contestato.
4. La ricorrente (ora nuovamente in liquidazione) ripropone in sede federale sostanzialmente le censure sollevate con la petizione al Tribunale cantonale delle assicurazioni.
5. Fra il 1° aprile 2004 e il 1° gennaio 2006 è entrata in vigore la modifica della legge federale sulla previdenza professionale per la vecchiaia, i superstiti e l'invalidità (LPP; RS 831.40) e di altre leggi federali (1a revisione della LPP; RU 2004 1677 1699). Per la disamina della presente causa, in mancanza di disposizioni transitorie specifiche, si devono applicare le regole generali del diritto intertemporale, secondo cui sono da considerare le disposizioni in vigore al momento della realizzazione dello stato di fatto che deve essere valutato giuridicamente o che produce conseguenze giuridiche. Ne discende che nel caso in esame, come rettamente riferito dalla Corte cantonale, si applicano le norme materiali in vigore prima della 1a revisione LPP, poiché litigioso è il pagamento di contributi dovuti sino al 31 dicembre 2002 (DTF 130 V 445 consid. 1 pag. 446 seg. con riferimento a DTF 130 V 329).
6. L'azione di disconoscimento del debito fa seguito alla decisione di rigetto provvisorio dell'opposizione al precetto esecutivo n. ... fatto spiccare dall'Ufficio esecuzioni di L._ nei confronti della ricorrente per un importo di fr. 1'130'677.75.
6.1 In virtù dell'art. 83 cpv. 2 LEF, l'escusso può domandare, entro venti giorni dal rigetto dell'opposizione, con la procedura ordinaria il disconoscimento del debito al giudice del luogo dell'esecuzione (sulla natura non imperativa del foro cfr. DTF 135 V 124 consid. 4.3.2 pag. 132). L'azione di disconoscimento è così speculare all'azione di riconoscimento dell'art. 79 LEF, dalla quale si distingue per l'inversione del ruolo delle parti (DTF 130 III 285 consid. 5.3.1 pag. 292 con riferimenti). Ciò è dovuto innanzitutto alla doppia natura dell'azione stessa (DTF 134 III 656 consid. 5.3 pag. 659). Da un lato essa è inserita nel procedimento esecutivo LEF ed esplica i suoi effetti sulla procedura (art. 83 cpv. 2 e 4 LEF). D'altro lato essa non costituisce però soltanto una tappa nella procedura esecutiva, bensì configura un'azione di accertamento negativo del diritto materiale federale, che conferisce autorità di cosa giudicata all'esistenza e all'esigibilità del credito posto in esecuzione. Il fatto che la sentenza di disconoscimento non pronunci una condanna alla prestazione accertata e conseguentemente non contenga un ordine in tal senso, deriva dalla doppia natura dell'azione di disconoscimento del debito. A ben vedere un simile ordine nemmeno sarebbe necessario perché la richiesta di condanna è già stata formulata dal creditore con la domanda esecutiva, mentre la possibilità di incasso forzato della prestazione dipende soltanto dall'accertamento del giudice sulla pertinenza delle eccezioni opposte dal debitore all'obbligo di pagamento (DTF 134 III 656 consid. 5.3.1 pag. 659 con numerosi riferimenti). In sostanza, con l'accertamento che la pretesa rivendicata esiste ed è esigibile, la sentenza di disconoscimento del debito completa unicamente una domanda condannatoria già formulata in precedenza dal creditore (DTF 134 III 656 consid. 5.4 pag. 660). Fatte queste premesse, è superfluo esaminare, come ha fatto il Tribunale cantonale delle assicurazioni, l'esistenza di un interesse degno di protezione a una decisione d'accertamento, essendo per l'appunto in presenza di un'azione di accertamento negativo istituita dal diritto federale.
6.2 L'azione di disconoscimento del debito non è un mezzo d'impugnazione, bensì un'azione di accertamento negativo. Con essa si può chiedere l'accertamento dell'inesistenza del credito posto in esecuzione, ma non l'annullamento della decisione di rigetto provvisorio dell'opposizione (95 II 617 consid. 1 pag. 620; cfr. anche sentenza 5P.84/1996 del 29 aprile 1996 consid. 2b; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 1999, n. 76 ad art. 83 LEF con riferimenti). Nella misura in cui la ricorrente chiede in particolare di mettere a carico dell'opponente le spese della procedura di rigetto dell'opposizione, il ricorso sfugge di conseguenza a un esame di merito.
7. 7.1 La ricorrente contesta anche in questa sede la legittimazione della Fondazione opponente a chiedere il pagamento dei contributi rimasti insoluti. Rileva che a quest'ultima sarebbe integralmente subentrata la Fondazione P._, la quale avrebbe così assunto ogni credito ed avere investito. In mancanza di un accordo fra i due istituti e in particolare di una cessione di credito da parte della Fondazione P._ in favore della Fondazione opponente, quest'ultima agirebbe senza alcun titolo valido. In realtà però non è così.
7.2 Il cosiddetto contratto di affiliazione a un istituto di previdenza è un contratto innominato sui generis di portata propria ed è retto principalmente dalle disposizioni generali del diritto privato (DTF 120 V 299 consid. 4a pag. 304; THOMAS LÜTHY, Das Rechtsverhältnis zwischen Arbeitgeber und Personalvorsorgestiftung, insbesondere der Anschlussvertrag mit einer Sammel- oder Gemeinschaftsstiftung, 1989, pag. 80). Il rapporto di affiliazione è un tipico contratto di durata (DTF 120 V 299 consid. 4b pag. 305; LÜTHY, op. cit., pag. 127). Di conseguenza, la sua disdetta esplica effetti solo ex nunc, per il futuro (INGEBORG SCHWENZER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 3a edizione, 2003, n. 3.27; PETER GAUCH/WALTER R. SCHLUEP, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 9a edizione, 2008, n. 2815).
Fino al 31 dicembre 2002 il personale della ricorrente era affiliato presso l'opponente e gli scoperti si riferiscono proprio al periodo in cui il contratto era in vigore. In simili circostanze non si può pretendere che il debito non spetterebbe all'opponente. Del resto, come accertato in maniera vincolante per il Tribunale federale dai giudici cantonali (art. 105 cpv. 2 OG), il nuovo istituto non ha proceduto direttamente all'incasso e nemmeno si è fatto cedere il credito dall'opponente. Contrariamente a quanto preteso con il ricorso, neppure può entrare in linea di conto una eventuale assunzione di patrimonio ai sensi dell'art. 181 CO. All'insorgente va a questo riguardo ricordato che l'art. 181 CO regola unicamente il trapasso dei debiti, ma non anche degli attivi; il trasferimento di questi ultimi segue infatti il disciplinamento ad esso specifico (Schwenzer, op. cit., n. 91.24), che però chiaramente non si realizza nel caso di specie. Nulla di diverso potrebbe infine risultare dall'applicazione dell'art. 11 cpv. 3 LPP secondo cui l'affiliazione - ma non la disdetta - avrebbe effetto retroattivo (cfr. pure Bollettino UFAS della previdenza professionale n. 48 del 21 dicembre 1999 n. 285 cifra 4, http://www.bsv.admin.ch/vollzug/storage/documents/2623/2623_1_fr.pdf; LÜTHY, op. cit., pag. 136 e seg.; ISABELLE VETTER-SCHREIBER, BVG-Kommentar, 2009, n. 6 ad art. 11 LPP).
7.3 Vengono così a cadere anche le tesi speciose di indebito arricchimento (art. 62 CO) espresse dalla ricorrente, la quale continua a non avvedersi che è proprio lei ad avere trattenuto per anni indebitamente contributi dei propri dipendenti. Per il resto la Fondazione opponente ha già lasciato intendere che procederà a trasferire il saldo sui capitali di risparmio (scoperti) non appena avrà ricevuto in particolare il pagamento dei contributi mancanti.
Ugualmente pretestuose e confuse appaiono inoltre le critiche sull'ammontare del credito, che gli atti e le dichiarazioni stesse della ricorrente quantificano chiaramente in fr. 1'130'677.75 al 31 dicembre 2002 (cfr. ad esempio lettera del 3 febbraio 2003 in cui X._ SA dava atto che - prima del pagamento di fr. 500'000.-, convenuto il 4 febbraio 2003 e poi effettivamente anche eseguito - il debito ammontava a fr. 1'630'677.75).
7.4 La ricorrente è parimenti malvenuta ad eccepire l'errore, a cui si sarebbe aggiunto il timore per il fallimento, in rapporto all'esistenza e alla consistenza del credito vantato dalla Fondazione opponente. L'insorgente non tenta nemmeno di spiegare in quale misura l'accertamento della Corte cantonale sul fatto (DTF 134 III 643 consid. 5.3.1 pag. 650 seg.; cfr. anche DTF 118 II 58) che lei non si trovasse in errore al momento in cui si era dichiarata debitrice dello scoperto calcolato dalla Federazione opponente sarebbe non solo sbagliato, ma addirittura manifestamente errato. Per il resto, il fatto che disponesse asseritamente di crediti deducibili o comunque compensabili nei confronti della Fondazione opponente, non inficia, per vizio di volontà, la validità dei riconoscimenti di debito. L'insorgente confonde invero il vizio di volontà, inesistente nel caso di specie, con la possibilità di opporre al debito riconosciuto le eccezioni del caso (DTF 131 III 268 consid. 3.2 pag. 272 seg.). Nemmeno infine la ricorrente si potrebbe richiamare, come tenta vanamente di fare, all'inesperienza dei suoi dirigenti nel settore della previdenza professionale. Come hanno rettamente osservato i giudici cantonali, da un'impresa di costruzioni delle dimensioni e del volume finanziario della ricorrente si deve esigere un'attenzione particolare nella verifica dei conteggi, soprattutto se, come si avvera nel caso di specie, le difficoltà nel pagamento di contributi non sono nuove per la parte interessata (cfr. sentenza 2P.196/1999 del 13 marzo 2000). In caso contrario l'impresa si deve assumere le conseguenze di tale negligenza.
7.5 Per il resto, si ricorda che la ricorrente non contesta (nemmeno in sede federale) la correttezza dei conteggi per quanto concerne il calcolo del prelievo dei contributi sui salari.
7.6 I fatti accertati dalla Corte cantonale non risultano incompleti. Di conseguenza, l'apprezzamento anticipato delle prove offerte (cfr. DTF 124 I 208 consid. 4a pag. 211 con riferimenti) a cui quest'autorità è pervenuta resiste alle critiche sollevate nel ricorso. Ulteriori verifiche nel senso auspicato dalla ricorrente, che chiede l'audizione di M._, consulente assicurativo, non sono necessarie, dalle stesse non potendosi attendere con ogni verosimiglianza nuovi elementi probatori di rilievo suscettibili di modificare l'esito del presente apprezzamento.
8. La ricorrente fa valere, eventualmente in parte in compensazione, un suo credito di fr. 1'394'974.62 nei confronti dell'opponente per le seguenti pretese: fr. 578'247.67 per gestione negligente di mandato da parte della Fondazione opponente che avrebbe provocato un danno di tale entità a causa delle perdite realizzate nel 2001 sugli investimenti effettuati; fr. 755'768.60 per la restituzione di averi in deposito a titolo di "misure speciali" e non riversati; e infine fr. 60'958.35 per interessi di mora.
8.1 Per quanto concerne la prima domanda (compenso per perdite di gestione), essa appare manifestamente infondata per le considerazioni espresse dal Tribunale cantonale, alle quali si può rinviare per brevità (esistenza di un mandato di gestione patrimoniale conferito dalla Commissione di previdenza paritetica, crollo dei mercati finanziari riconducibile ai noti fatti dell'11 settembre 2001 e assorbimento pressoché totale della perdita nell'anno successivo). Non mette pertanto conto di esaminare ulteriormente se tale domanda andasse addirittura dichiarata improponibile per incompetenza materiale del giudice a statuire sulla pretesa, e più precisamente per il fatto che, secondo giurisprudenza, non è il tribunale competente in materia di previdenza professionale, bensì il foro civile a dover giudicare richieste risarcitorie del datore di lavoro per inadempienza o cattiva esecuzione del contratto di affiliazione (sentenza B 37/03 del 10 marzo 2004 consid. 2.3 in fine con riferimenti, in RSAS 2005, pag. 176).
8.2 Riguardo alla seconda pretesa, la Corte cantonale ha giustamente considerato che gli importi rivendicati a titolo di "misure speciali" non potevano essere dedotti dall'ammontare dei premi mancanti. Correttamente i primi giudici hanno rilevato che l'importo in questione, contrariamente a quanto preteso dalla ricorrente, non costituiva un avere in deposito presso la Fondazione, bensì una voce passiva di bilancio, di spettanza degli assicurati e non della datrice di lavoro, da ripartirsi secondo un piano approvato che non è oggetto della presente controversia. Quanto al fatto che l'obbligo previsto dall'art. 70 LPP non esista più, la circostanza non modifica l'esito della valutazione poiché oggetto dell'esame sono contributi dovuti fino al 2002, quando l'art. 70 LPP, nel frattempo abrogato, era ancora in vigore.
8.3 Sugli interessi di mora, i giudici cantonali hanno accertato in maniera vincolante per il Tribunale federale che con lettera del 20 febbraio 2003 la Fondazione opponente aveva comunicato alla Fondazione P._ che al 31 dicembre 2002 il capitale complessivo di risparmio degli assicurati ammontava a fr. 7'065'878.35, ma che in ragione dello scoperto ancora esistente, poteva per il momento accreditarle solo l'importo di fr. 6'650'000.-; importo, quest'ultimo, che è poi stato versato al nuovo istituto con ordine 3 aprile 2003 e valuta 8 aprile 2003. Ad ogni modo, per i primi giudici, se sono sorti interessi, questi non potevano essere compensati con il debito contributivo della ricorrente in mancanza di reciproca identità tra debitore e creditore. Tale valutazione va condivisa poiché, pur essendo il datore di lavoro legittimato a convenire in giudizio il precedente istituto di previdenza (DTF 127 V 377 consid. 5a/bb pag. 381), il destinatario del capitale previdenziale, e quindi anche degli interessi, era e rimane soltanto il nuovo istituto previdenziale (DTF 127 V 377 consid. 5c/bb pag. 385 e seg.). In tali condizioni, la ricorrente non dispone di un credito che possa essere compensato con il credito della Fondazione opponente, poiché l'eventuale diritto agli interessi di mora spetta a un'altra entità (sulle condizioni per procedere a una compensazione, in assenza di una specifica normativa, cfr. DTF 128 V 224 consid. 3b pag. 228). Contrariamente a quanto pretende il ricorso, X._ SA non è debitrice verso la Fondazione P._ per il mancato versamento degli interessi e non è quindi gravata di un debito creato dalla Fondazione opponente, per il quale quest'ultima, a sua volta creditrice verso X._ SA, sarebbe tenuta a rispondere per inadempienza contrattuale. Vanamente, dunque, l'insorgente cerca di fondare un credito compensativo nei confronti della Fondazione opponente, da opporre al credito principale di quest'ultima, al fine di creare le condizioni di reciprocità, e quindi di compensabilità. Né la ricorrente può altrimenti chiedere, in suo favore, il pagamento degli interessi alla Fondazione P._.
9. Ne segue che il ricorso di diritto amministrativo dev'essere respinto, in quanto ammissibile.
9.1 Non vertendo sull'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative (art. 134 OG e contrario), la procedura è onerosa. Le spese giudiziarie, che seguono la soccombenza e che vanno fissate secondo la tariffa delle tasse di giustizia del Tribunale federale del 31 marzo 1992 (RU 1993 3173), devono essere poste a carico della ricorrente (art. 135 in relazione con l'art. 156 cpv. 1 OG).
9.1 Non vertendo sull'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative (art. 134 OG e contrario), la procedura è onerosa. Le spese giudiziarie, che seguono la soccombenza e che vanno fissate secondo la tariffa delle tasse di giustizia del Tribunale federale del 31 marzo 1992 (RU 1993 3173), devono essere poste a carico della ricorrente (art. 135 in relazione con l'art. 156 cpv. 1 OG).
9.2 9.2.1 Giusta l'art. 159 cpv. 2 OG nessuna indennità di regola è assegnata in sede federale alle autorità vincenti o agli organismi con compiti di diritto pubblico. Questo principio vale pure per gli istituti previdenziali in materia di LPP (DTF 128 V 323 consid. 1a; 126 V 143 consid. 4b pag. 150). Un'eccezione a tale principio è data in caso di conduzione processuale temeraria o sconsiderata. Una conduzione temeraria o sconsiderata comporta il dovere di indennizzare le spese di patrocinio legale dell'istituto di previdenza vincente in causa (DTF 126 V 143 consid. 4b pag. 150 seg.). I concetti di temerarietà e sconsideratezza possono segnatamente realizzarsi nel caso in cui una parte intenzionalmente dichiara conformi alla realtà fatti non veri oppure fonda la propria posizione su circostanze delle quali dovrebbe conoscere l'inesattezza in base all'attenzione che può essere da lei pretesa oppure provoca un dispendio inutile e rilevante (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni B 119/03 del 10 dicembre 2004 consid. 7.1 con riferimenti, in RtiD 2005 II pag. 243). Per contro la mancanza di probabilità di esito favorevole di un ricorso non consente di considerarlo di per sé temerario o sconsiderato, a tale circostanza dovendosi aggiungere l'elemento soggettivo stante il quale, pur potendo senz'altro ragionevolmente riconoscere l'improbabilità di successo della procedura, la parte la promuove ugualmente (DTF 124 V 285 consid. 3b pag. 288).
9.2.2 Nel caso in esame la ricorrente, patrocinata da un avvocato, ha in sostanza imperniato il suo ricorso sul trapasso dei diritti in causa in favore del nuovo istituto di previdenza per liberarsi dal debito nei confronti della Fondazione opponente. Orbene l'infondatezza manifesta di questa remota eventualità, poiché sprovvista di ogni base legale e/o contrattuale applicabile al caso di specie, era facilmente riconoscibile. Malgrado le ripetute promesse di pagamento e la chiara situazione debitoria, la ricorrente ha tuttavia preferito intraprendere un estenuante contenzioso. Questo unicamente per procrastinare all'eccesso la procedura e senza mai manifestare in qualche modo la volontà di assolvere i suoi impegni legali. Tenuto conto di queste considerazioni come pure del fatto che la ricorrente non è purtroppo nuova a questo genere di pratiche (cfr. sentenza citata 2P.196/1999, Fatti B e C), il gravame va dichiarato temerario (cfr. pure DTF 124 V 285, in cui il Tribunale federale ha ricordato come il giudizio sulla temerarietà dipenda anche dall'atteggiamento preprocessuale delle parti).
9.2.3 La ricorrente dev'essere così tenuta a rifondere all'opponente un'indennità per ripetibili fissata secondo il valore litigioso, l'importanza e le difficoltà della lite, nonché secondo il dispendio di lavoro e il tempo che l'avvocato ha dovuto dedicarle (art. 2 cpv. 2 della tariffa delle spese ripetibili nelle procedure dinanzi al Tribunale federale delle assicurazioni; RU 1992 2442). L'art. 4 cpv. 2, 3 e 4 della tariffa del 9 novembre 1978 del Tribunale federale svizzero (RU 1975 1956) è applicabile per analogia. Per i ricorsi di diritto amministrativo le ripetibili variano tra i fr. 500.- e i fr. 15'000.- (art. 2 cpv. 2 in relazione con il cpv. 1 lett. a della tariffa delle spese ripetibili nelle procedure dinanzi al Tribunale federale delle assicurazioni). In concreto, all'importante valore litigioso della causa si contrappone un dispendio di lavoro tutto sommato contenuto del legale della Fondazione opponente, il quale ha potuto determinarsi sul ricorso con un allegato di tre pagine limitandosi per lo più a rinviare alle considerazioni del giudizio cantonale. In tali condizioni si giustifica di assegnare un'indennità per ripetibili di fr. 3'000.-, comprensiva dell'imposta sul valore aggiunto (cfr. per analogia sentenza B 8/07 del 28 giugno 2007, consid. 5.2, non pubblicato in DTF 133 V 488, ma in SVR 2008 BVG n. 10 pag. 39).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 16'000.- sono poste a carico della ricorrente.
3. La ricorrente verserà all'opponente fr. 3'000.- a titolo di indennità di parte per la sede federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.