Fatti:
A. Nella seduta del 14 marzo 2011, il Gran Consiglio del Cantone Ticino ha adottato il decreto legislativo concernente il rilascio alla costituenda B._ SA della concessione per l'utilizzazione delle acque del fiume Verzasca in località Y._, l'approvazione della variante del piano regolatore di X._ per la definizione della zona AP-EP Microcentrale elettrica Y._ e l'autorizzazione al dissodamento.
Il progetto di microcentrale elettrica prevede di derivare le acque del fiume Verzasca a una quota di 721 m.s.m., nei pressi dell'abitato di X._ (in località Z._, 50 m a valle della passerella pedonale), e di restituirle a una quota di 654 m.s.m., a Y._, all'altezza del ponte della strada cantonale, dove verrebbe pure situata la centrale di produzione. La condotta forzata, lunga 615 m, sarebbe posta sulla sponda sinistra della Verzasca, per circa 365 m in un cunicolo e per i restanti 250 m interrata sotto un sentiero esistente. È inoltre prevista la realizzazione di un dissabbiatore sotterraneo e di una rampa di risalita per i pesci. Il dimensionamento massimo della captazione delle acque è fissato in 2'700 l/s. Il deflusso residuale minimo è stabilito in 500 l/s durante tutto l'anno, incrementato a 1'500 l/s dal 1° al 30 aprile e dal 1° luglio al 31 ottobre, ed a 2'500 l/s dal 1° maggio al 30 giugno. La potenza lorda media è stata calcolata in 1'070 kWh, mentre la produzione annua media è stata valutata in 6.6 mio kWh. Per la realizzazione della microcentrale elettrica è inoltre stata definita un'apposita zona per attrezzature d'interesse pubblico ed è stato autorizzato il dissodamento di una superficie boschiva di 310 m2.
Trascorso inutilizzato il termine di referendum, il Consiglio di Stato ha fissato l'entrata in vigore del decreto legislativo per il 1° giugno 2011 (cfr. BU 25/2011, pag. 317 segg.).
B. Con sentenza del 23 luglio 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto, in quanto ricevibile, un ricorso presentato contro il decreto legislativo da D._ e C._, F._ e E._, G._, H._ e I._. Ha quindi annullato il decreto legislativo. La Corte cantonale ha rilevato che la Valle Verzasca è iscritta nell'inventario federale dei paesaggi, siti e monumenti naturali d'importanza nazionale (IFP) ed ha ritenuto rilevante l'impatto della progettata microcentrale elettrica sull'oggetto IFP. Ha negato un interesse di importanza nazionale alla realizzazione dell'impianto e lo ha quindi giudicato in contrasto con l'obbligo di conservare intatto l'oggetto IFP.
C. Il Comune di X._ e la costituenda B._ SA impugnano con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questa sentenza, chiedendo di annullarla. Fanno valere l'accertamento inesatto dei fatti e la violazione del divieto dell'arbitrio e dell'art. 6 della legge federale sulla protezione della natura e del paesaggio, del 1° luglio 1966 (LPN; RS 451).
Non sono state chieste osservazioni al ricorso, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.
Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale che ha annullato il rilascio di una concessione per l'utilizzazione di forze idriche, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo dell'art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. b LTF (cfr. DTF 136 II 436 consid. 1.1).
1.2 Il gravame è presentato dalla costituenda società concessionaria e dal Comune, che dovrebbe detenere la maggioranza delle azioni della società, non ancora formalmente costituita. Visto l'esito del ricorso, la loro legittimazione ricorsuale in questa sede giusta l'art. 89 LTF può rimanere indecisa.
2. 2.1 I ricorrenti producono in questa sede due documenti dell'aprile 2012 relativi alla strategia energetica 2050 del Consiglio federale, che prevede di incrementare entro quella data la quota di energie rinnovabili nella produzione di elettricità. In particolare, tra le misure del pacchetto energetico 2050, è previsto di fissare a livello legislativo federale lo sfruttamento delle energie rinnovabili come importante principio di interesse nazionale. Producono inoltre l'articolo di un quotidiano apparso nell'agosto del 2012 in cui è dato rilievo alla questione, prospettando la possibilità di realizzare impianti per la produzione di energia da fonti rinnovabili a condizioni più favorevoli rispetto a quelle attualmente vigenti. Secondo i ricorrenti, l'accresciuta importanza strategica delle fonti di energia rinnovabile dovrebbe portare a riconoscere un'importanza nazionale anche al progetto di microcentrale in esame, nonostante le sue dimensioni ridotte.
2.2 Giusta l'art. 99 cpv. 1 LTF, nell'ambito di un ricorso al Tribunale federale possono essere prodotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione impugnata. Spetta al riguardo ai ricorrenti spiegare perché sarebbe adempiuta la condizione per l'inoltro di nuove prove (DTF 133 III 393 consid. 3). La questione dell'ammissibilità dei documenti prodotti in questa sede può in concreto rimanere indecisa, giacché essi non sono comunque determinanti per l'esito della decisione, che deve essere presa sulla base della legislazione in vigore. L'oggetto della presente causa verte infatti sulla conformità dell'impianto progettato al diritto applicabile. I nuovi indirizzi della politica energetica della Confederazione sfoceranno se del caso in modifiche legislative sulla cui base potranno eventualmente essere presentati e vagliati questo o altri progetti futuri.
2.3 Richiamando gli art. 89 cpv. 1-3 Cost., 3 cpv. 1 lett. b e 5 della legge sull'energia, del 26 giugno 1998 (LEne; RS 730.0) e la giurisprudenza del Tribunale federale (sentenza 1A.151/2002 del 22 gennaio 2003, consid. 4.3, in: URP 2003 pag. 235 segg., in particolare pag. 242), la Corte cantonale ha rilevato che la quantità di energia prodotta annualmente dalla microcentrale in esame, pari a 6.6 GWh, non è sufficiente per riconoscerle un interesse d'importanza nazionale. Ciò in particolare ove si consideri che, nel 2006, la produzione di energia idroelettrica in Svizzera raggiungeva i 35'500 GWh.
Riferendosi in modo generico all'interesse generale ad incrementare l'energia prodotta da fonti rinnovabili conformemente alla nuova strategia del Consiglio federale, i ricorrenti non si confrontano con il quantitativo di energia che verrebbe prodotta dal loro impianto, ponendolo in relazione con l'approvvigionamento nazionale. In particolare non si esprimono con le considerazioni contenute al riguardo nel giudizio impugnato, spiegando con una motivazione conforme all'art. 42 cpv. 2 LTF per quali ragioni violerebbero il diritto federale. Sulla mancanza di un interesse d'importanza nazionale a realizzare il progetto litigioso, puntualmente spiegata dalla Corte cantonale, non v'è quindi ragione di rivenire.
3. 3.1 I ricorrenti rimproverano alla Corte cantonale di avere statuito fondandosi ampiamente sulla perizia del 6 settembre 2005 della Commissione federale per la protezione della natura e del paesaggio (CFNP), la quale si basa tuttavia su uno studio preliminare della microcentrale e non sul progetto definitivo del 2009 presentato con la domanda di concessione. Secondo i ricorrenti, quest'ultimo progetto avrebbe subito modifiche sostanziali rispetto a quello preliminare, in almeno tre delle quattro componenti principali individuate dalla CFNP.
3.2 Giusta l'art. 7 cpv. 2 LPN, se nell'adempimento di un compito della Confederazione un oggetto iscritto in un inventario federale ai sensi dell'art. 5 LPN può subire un danno rilevante oppure se sorgono questioni d'importanza fondamentale al riguardo, la Commissione redige una perizia a destinazione dell'autorità cui spetta la decisione. La perizia indica se l'oggetto deve essere conservato intatto oppure la maniera per salvaguardarlo. Secondo la giurisprudenza, la perizia riveste grande importanza e l'autorità competente vi si può scostare solo per fondati motivi, anche se dispone di un libero potere d'esame. Ciò concerne in particolare anche gli accertamenti di fatto alla base della perizia (DTF 136 II 214 consid. 5; 127 II 273 consid. 4b).
3.3 Nella perizia del 6 settembre 2005 la CFNP ha esaminato il progetto preliminare della microcentrale elettrica, situata all'interno dell'oggetto IFP n. 1807 "Valle Verzasca". Ha rilevato che l'impianto era costituito da quattro componenti principali: opera di presa, dissabbiatore, condotta forzata e centrale. Il progetto era previsto in un tratto poco accessibile e particolarmente intatto del fiume Verzasca e comportava alterazioni dovute sia agli interventi costruttivi sia alla modifica del regime idrico. Riguardo ai primi, la CFNP ha in particolare ritenuto che la presa d'acqua e la relativa rampa per la risalita dei pesci, nonostante le dimensioni ridotte, costituivano strutture tecniche estranee al paesaggio fluviale, che perturbavano il carattere selvaggio e naturale del fiume. Ha ritenuto che anche la centrale e l'opera necessaria al rilascio dell'acqua rappresentavano elementi tecnici estranei al paesaggio fluviale, pur rilevando che una realizzazione del manufatto sulla sponda sinistra poteva permettere di integrarlo nei muri di sostegno del ponte della strada cantonale. Alla fine della sua valutazione, la CFNP ha considerato che la costruzione dell'infrastruttura, la quale richiedeva importanti lavori di scavo sulle sponde e di rimodellamento dell'alveo, alterava il carattere selvaggio e naturale del paesaggio fluviale. Anche con misure di integrazione paesaggistica, le opere costruttive rappresentavano dei corpi tecnici estranei al paesaggio. Il progetto modificava in modo rilevante la portata del fiume e la dinamica fluviale, riducendo nel tratto toccato la quantità d'acqua, la profondità del corso d'acqua e la larghezza dell'alveo bagnato: il carattere selvaggio e naturale sarebbe quindi stato compromesso. La CFNP ha concluso che la prospettata microcentrale pregiudicava in modo considerevole l'oggetto IFP e che, in considerazione degli effetti negativi provocati sia dagli interventi costruttivi sia dalla captazione dell'acqua, non vedeva la possibilità di ottimizzare il progetto, riducendo sensibilmente tali effetti.
3.4 I ricorrenti rilevano che la CFNP non è più stata coinvolta nel seguito della procedura e non si è quindi espressa sul progetto definitivo oggetto della concessione. Come esposto, essa ha tuttavia ritenuto importante il danno all'oggetto IFP ed ha negato la possibilità di ridurre in modo significativo gli effetti negativi migliorando il progetto. Al riguardo, i ricorrenti si limitano ad addurre che la CFNP non avrebbe potuto conoscere gli estremi delle possibili modifiche ed avrebbe quindi esposto in modo inammissibile un'argomentazione preconcetta. Essi non si confrontano puntualmente con i cambiamenti concretamente apportati al progetto spiegando per quali motivi sarebbero di rilievo sotto il profilo degli obiettivi di protezione dell'oggetto IFP e sarebbero quindi idonei a mutare il preavviso della CFNP. Né hanno formalmente chiesto l'esperimento di un sopralluogo o un complemento della perizia da parte della CFNP.
I ricorrenti evidenziano il fatto che nel progetto definitivo il dissabbiatore è rimasto completamente interrato ed invisibile, ma il rilascio del deflusso minimo non è ora più previsto dal dissabbiatore medesimo, bensì dalla rampa di risalita dei pesci. È inoltre stata accorciata la condotta forzata, che non risulta peraltro visibile, ed è stata spostata la centralina, che appare ora ubicata subito a monte del ponte della strada cantonale, accorpata allo stesso.
Tuttavia, nel suo preavviso, la CFNP ha ritenuto problematiche sotto il profilo degli elementi costruttivi soprattutto la presa d'acqua e la relativa rampa di risalita dei pesci, come pure la centrale, che costituivano strutture tecniche estranee al paesaggio fluviale. Questi elementi costruttivi, rilevanti per il preavviso della CFNP, permangono nelle loro caratteristiche essenziali anche nel progetto definitivo. La CFNP ha per contro riconosciuto che il dissabbiatore, interrato, non dovrebbe provocare effetti negativi sul paesaggio, né ha dato un peso decisivo alla condotta forzata, il cui impatto negativo riguarderebbe soprattutto la fase dei lavori di costruzione. Le modifiche citate dai ricorrenti non incidono quindi in misura significativa sulla valutazione degli interventi costruttivi operata dalla CFNP. D'altra parte, il progetto definitivo è stato sottoposto all'esame dell'Ufficio cantonale della natura e del paesaggio (UPN), che il 10 settembre 2009 ha confermato il suo preavviso negativo, rilevando tra l'altro che l'impianto previsto non si scostava da quello vagliato nella fase preliminare e che le modifiche di rilievo concernevano essenzialmente l'aumento delle portate di dotazione. La posizione dell'UPN è poi stata condivisa dall'Ufficio federale dell'ambiente (UFAM), che nell'ambito del suo esame ha formulato il 9 giugno 2010 all'indirizzo dell'autorità cantonale la richiesta di rinunciare al progetto, precisando tra l'altro che, secondo la sua valutazione, il progetto definitivo corrispondeva nei suoi elementi centrali a quello preliminare. Nelle loro prese di posizione, entrambe le autorità specialistiche hanno peraltro fatto riferimento alla perizia della CFNP. Alla luce di queste circostanze complessive, non può essere rimproverato alla Corte cantonale di avere abusato o ecceduto nel proprio potere di apprezzamento per essersi fondata (anche) sulla perizia della CFNP.
4. 4.1 I ricorrenti lamentano una valutazione arbitraria da parte della Corte cantonale circa la portata dell'intervento sull'oggetto IFP. Sostengono che la centralina non altererebbe il paesaggio naturale e antropico della Valle Verzasca, anche perché la componente antropica sarebbe espressamente indicata nella descrizione dell'oggetto IFP. Riconoscono che il carattere naturale e selvaggio della Valle Verzasca avrebbe potuto essere intaccato con il progetto del 2005, ma ritengono che le modifiche apportate successivamente avrebbero limitato fortemente gli effetti dell'impianto sul paesaggio. I ricorrenti sostengono inoltre che gli interventi non pregiudicherebbero biotopi e habitat di alto valore ecologico, né modificherebbero le caratteristiche cromatiche dell'acqua. Sottolineano che, per limitare l'impatto sul paesaggio, i deflussi minimi sono stati aumentati rispetto a quanto previsto nel progetto preliminare e supererebbero ampiamente il valore minimo giusta l'art. 31 cpv. 1 della legge federale sulla protezione delle acque, del 24 gennaio 1991 (LPAc; RS 814.20), che nella fattispecie ammonterebbe a 370 l/s. Rimproverano alla Corte cantonale di non essersi confrontata con l'incremento dei deflussi minimi imposto nella concessione, limitandosi a dare credito ai pareri dell'UPN e dell'UFAM, basati però a torto sul presupposto che il progetto preliminare non avesse subito modifiche. Sostengono inoltre che la presa sarebbe costituita da uno sbarramento alto circa 1.6 m dalla quota dell'acqua, incastonato tra due massi di grosse dimensioni, ricoperto dall'acqua mediamente per 135 giorni all'anno e difficilmente visibile. Reputano minimo anche l'impatto visivo della rampa di risalita per i pesci, che sarebbe sempre ricoperta dall'acqua, mentre la condotta forzata comporterebbe degli effetti negativi soltanto nella fase di cantiere. L'edificio della centralina verrebbe poi accorpato al ponte della strada cantonale, come suggerito nel preavviso della stessa CFNP, e costituirebbe un elemento minore rispetto agli ingombri complessivi dell'opera stradale. Il rilascio delle acque sarebbe poi previsto mediante un canale interrato. Secondo i ricorrenti, sulla base degli approfondimenti eseguiti e delle conseguenti modifiche apportate al progetto, l'impatto provocato dalla microcentrale elettrica sarebbe oggettivamente leggero.
4.2 Giusta l'art. 6 cpv. 1 LPN, l'iscrizione di un oggetto d'importanza nazionale in un inventario federale significa che esso merita specialmente di essere conservato intatto, ma, in ogni caso, di essere salvaguardato per quanto possibile, anche per mezzo di eventuali provvedimenti di ripristino o di adeguati provvedimenti di sostituzione. Questa esigenza di protezione degli oggetti d'importanza nazionale iscritti nell'inventario viene ulteriormente sottolineata dall'art. 6 cpv. 2 LPN, per il quale il principio secondo cui un oggetto deve essere conservato intatto nelle condizioni stabilite dall'inventario non soffre deroghe nell'adempimento dei compiti della Confederazione, sempreché non s'opponga un interesse equivalente o maggiore, parimenti d'importanza nazionale. Per valutare l'aspetto della conservazione intatta, occorre fondarsi sulla descrizione del contenuto della protezione. I possibili pregiudizi devono quindi essere confrontati con i diversi obiettivi di protezione risultanti dalla descrizione del comprensorio inventariato (DTF 127 II 273 consid. 4c pag. 281 segg. e riferimenti).
Se un progetto di costruzione comporta un intervento grave sull'oggetto IFP, vale a dire un pregiudizio esteso e irreversibile con riferimento a un obiettivo di protezione, tale da avere conseguenze sull'esigenza di conservazione intatta ai sensi dell'inventario, esso è di principio inammissibile nell'adempimento di un compito della Confederazione. Un'eccezione è possibile solo se l'intervento si fonda su un interesse equivalente o maggiore, pure di importanza nazionale (art. 6 cpv. 2 LPN; DTF 127 II 273 consid. 4c pag. 282). Quest'ultima evenienza non è però realizzata nella fattispecie, giacché non è di per sé messo in discussione che la quantità di energia che verrebbe prodotta dalla microcentrale elettrica non consente di riconoscerle una simile importanza nel contesto della produzione nazionale (cfr. consid. 2.3).
4.3 L'importanza dell'oggetto IFP n. 1807 "Valle Verzasca" giusta l'OIFP del 10 agosto 1977 (RS 451.11) viene definita nell'inventario come segue: "Vallata dall'aspetto selvaggio e primitivo, intagliata nelle formazioni di gneiss delle coltri pennidiche lepontiche. Corsi d'acqua famosi per la perfetta limpidità con riflessi verdastri. Grazie all'isolamento geografico la valle ha potuto conservare la caratteristica originaria e rappresenta un'armoniosa sintesi di paesaggio naturale e antropico. Costruzioni di pietra tipiche e ben conservate. Nella bassa valle terrazzi coltivi, residui dell'attività agropastorale con spostamenti pendolari stagionali caratteristici per alcune popolazioni montane ticinesi".
Nella sua perizia, la CFNP ha definito quali obiettivi di protezione per il comprensorio dell'oggetto IFP il mantenimento intatto del ricco e variato paesaggio naturale e antropico della valle, il mantenimento intatto del carattere naturale e selvaggio del paesaggio fluviale, in special modo del fiume Verzasca, e il mantenimento intatto dei biotopi degni di protezione e delle loro specie animali e vegetali caratteristiche.
4.4 Con le loro argomentazioni i ricorrenti ribadiscono in sostanza che il progetto definitivo presenterebbe miglioramenti rispetto a quello preliminare, riconoscendo in sostanza che in assenza di tali modifiche l'oggetto IFP poteva effettivamente essere considerato pregiudicato. Come visto, la CFNP ha però escluso la possibilità di ottimizzare il progetto sotto il profilo degli obiettivi di protezione dell'inventario e, del resto, gli elementi costruttivi di rilievo, da lei ritenuti problematici, sono presenti anche nel progetto definito. I ricorrenti cercano di sminuire la portata e la visibilità di questi interventi come accertati dalla CFNP. Essa ha riconosciuto che la presa d'acqua e la rampa per la risalita dei pesci presentavano dimensioni ridotte, rilevando comunque che costituivano strutture tecniche estranee al paesaggio fluviale, pregiudizievoli per il carattere naturale e selvaggio del fiume. Ha altresì precisato che nemmeno il rivestimento con pietre indigene avrebbe potuto rendere l'aspetto naturale dell'alveo. Quanto all'edificio previsto per ospitare la centrale, pur dando atto degli sforzi compiuti rispetto al progetto preliminare, la Corte cantonale ha accertato che si tratta di un corpo voluminoso, di circa 1'300 m3, alto 13.8 m, il quale, più che un manufatto che si integra nel ponte, configura un'aggiunta allo stesso. Questi accertamenti sono vincolanti per il Tribunale federale (cfr. art. 105 cpv. 1 LTF) e consentono di ritenere rilevante l'impatto degli interventi edilizi sull'oggetto IFP, ove si consideri che essi sono previsti sul corso d'acqua medesimo o nelle sue immediate vicinanze e toccano quindi un aspetto centrale del contenuto di protezione dell'oggetto IFP, ossia quello del mantenimento del carattere naturale e selvaggio del paesaggio fluviale. I ricorrenti accennano al fatto che la descrizione nell'inventario richiama esplicitamente anche la componente antropica del paesaggio della Valle Verzasca. Ma tale richiamo si riferisce essenzialmente alla presenza di originarie costruzioni in pietra, tipiche della valle, e al loro armonioso inserimento nel paesaggio naturale. Non giova quindi alla costruzione di un nuovo impianto idroelettrico, estraneo alle caratteristiche naturali dei luoghi.
Certo, la perizia della CFNP non è basata sui deflussi minimi stabiliti nell'atto di concessione, superiori rispetto a quelli previsti nello studio preliminare. La modifica è tuttavia stata considerata dall'UPN e dall'UFAM, che hanno confermato il contrasto con gli obiettivi di protezione dell'oggetto IFP. Tenuto conto che in tali obiettivi rientra in particolare quello di mantenere intatto il carattere naturale e selvaggio del fiume Verzasca, è senza eccedere nel proprio potere di apprezzamento che la Corte cantonale ha ritenuto la captazione dell'acqua nel tratto fluviale interessato dall'opera di sfruttamento idrico non trascurabile sotto il profilo dell'impatto paesaggistico. I ricorrenti rilevano poi che l'obiettivo di mantenere intatti i biotopi degni di protezione e le loro specie animali e vegetali caratteristiche, non era stato adeguatamente approfondito nella fase preliminare e risulterebbe risolto con il progetto definitivo. La questione non è decisiva per l'esito del giudizio e non deve essere esaminata oltre in questa sede. Nelle esposte circostanze, considerati il complesso delle opere di costruzione e la modifica del regime idrico provocati dall'impianto progettato, la Corte cantonale non ha infatti violato il diritto federale ritenendo comunque grave, e pertanto inammissibile, l'intervento sull'oggetto IFP. Ciò indipendentemente dall'esistenza o meno di eventuali pregiudizi anche per i biotopi.
5. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dei ricorrenti (art. 66 cpv. 1 LTF), ritenuto che anche il Comune aveva un interesse pecuniario nella causa (art. 66 cpv. 4 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Gran Consiglio del Cantone Ticino, al Tribunale cantonale amministrativo e all'Ufficio federale dell'ambiente.