Faits:
A. A.a X._ était propriétaire d'un domaine agricole sis sur les communes de F._ et G._.
A.b Le 27 décembre 1978, il a donné à sa fille A._, la nue-propriété de la parcelle n° 2072 (actuellement n° 1065) du registre foncier de la commune de G._, qu'il a continué à exploiter au bénéfice de l'usufruit qu'il a conservé jusqu'à sa mort.
A.c Le 18 juin 1983, X._ est décédé sans avoir rédigé de testament, laissant pour héritiers son épouse, dame X._, et ses cinq enfants, D._, A._, E._, C._ et B._. Après le décès de son père, D._ a continué d'exploiter le domaine familial. Il ne s'est jamais acquitté d'aucun fermage, ni n'a fait participer les autres héritiers au résultat de l'exploitation; il s'est en revanche chargé seul du paiement des intérêts hypothécaires.
A.d Le 20 mai 1994, dame X._ est décédée ab intestat.
B. B.a Le 16 octobre 2000, D._ a ouvert action en partage de la succession de X._ devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, demandant notamment que le domaine agricole lui soit attribué moyennant paiement d'une soulte à chacune de ses soeurs. Le 12 février 2002, A._ a formé action en partage de la succession de dame X._. Les deux causes ont été jointes par jugement du 23 mai 2002.
B.b Statuant sur le fond le 17 juin 2004, le Tribunal de première instance a ordonné le partage des successions de feus X._ et dame X._, dit que le droit de chacun des héritiers, à savoir D._, B._, E._, C._ et A._, était d'un cinquième de la succession, dressé l'inventaire estimatif des actifs et des passifs de la succession, attribué le domaine agricole à D._ à charge pour lui de reprendre la dette hypothécaire ainsi que de verser des soultes à ses soeurs, désigné un notaire à l'exécution du partage et compensé les dépens.
B.c Par arrêt du 18 février 2005, la Cour de justice du canton de Genève a partiellement admis le recours formé par B._ et C._ en introduisant dans les actifs de la succession une créance de fermage contre D._ de 95'365 fr. pour les cinq dernières années et renvoyant la cause au Tribunal de première instance pour qu'il assujettisse au rapport la parcelle donnée à A._, conformément aux art. 628 ss CC, et procède à toute enquête utile à cet effet. Par arrêts du 30 juin 2005, le Tribunal fédéral n'est pas entré en matière sur les recours formés contre cet arrêt par B._ et C._, d'une part, et A._, d'autre part.
B.d Par jugement du 23 avril 2009, le Tribunal de première instance a arrêté, sur renvoi, les actifs et passifs de la succession en retenant notamment un fermage de 95'365 fr., ainsi que 19'073 fr. par année à compter de l'arrêt de la Cour de justice du 18 février 2005 et une valeur de rendement de 45'925 fr. pour le bien de G._ assujetti au rapport. Un notaire a en outre été désigné pour l'exécution du partage.
B.e Statuant sur appel de D._, d'une part, et de B._ et C._, d'autre part, ainsi que sur appel incident de A._, la Cour de justice du canton de Genève a modifié ce jugement par arrêt du 12 mars 2010, en ne retenant que le seul montant de 95'365 fr. pour le fermage et en comptabilisant la parcelle de G._ à une valeur vénale de 217'750 fr. La Cour a dès lors attribué le domaine agricole à D._ à charge pour lui de reprendre à son seul nom la dette hypothécaire et de s'acquitter de soultes à hauteur de 68'065 fr. 25 chacune en faveur de B._ et de C._, de 72'619 fr. 25 en faveur de E._ - qui s'est vu attribuer les comptes bancaires du défunt - et de 45'025 fr. 25 en faveur de A._, cette dernière étant condamnée à verser une somme de 28'787 fr. 50 à chacune de ses soeurs.
C. C.a Le 30 avril 2010, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. A titre principal, elle conclut, avec suite de frais et dépens, à ce que, une fois constaté le caractère non rapportable de la donation qui lui a été faite le 27 décembre 1978 et la parcelle n° 2072 ôtée des actifs de la masse à partager, le domaine agricole soit attribué à D._ à charge pour lui de reprendre à son seul nom la dette hypothécaire et de payer des soultes à hauteur de 53'302 fr. 80 chacune en faveur de B._ et de C._, de 57'856 fr. 80 en faveur de E._ - à qui les comptes bancaires du défunt sont attribués - et de 59'050 fr. 50 pour elle-même, lesdits montants portant intérêts à 5 % l'an à compter de l'arrêt du Tribunal fédéral. A titre subsidiaire, elle conclut à ce que, une fois constaté que la parcelle n° 2072 est rapportable pour un montant de 45'925 fr., le domaine agricole soit attribué à D._ à charge pour lui de reprendre à son seul nom la dette hypothécaire et de payer des soultes à hauteur de 62'487 fr. 80 chacune en faveur de B._ et de C._, de 67'041 fr. 80 en faveur de E._ - à qui les comptes bancaires du défunt sont attribués - et de 22'310 fr. 05 pour elle-même, lesdits montants portant intérêts à 5 % l'an à compter de l'arrêt du Tribunal fédéral. À titre préalable, elle requiert que l'effet suspensif soit accordé au recours. Elle invoque une violation des art. 626 al. 2 CC, 9 Cst., ainsi que 7 et 17 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR, RS 211.412.11).
C.b Par mémoire du 3 mai 2010, D._ a également formé un recours en matière civile contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à ce que, une fois constaté que les actifs de la succession ne comprennent aucun fermage, l'arrêt attaqué soit réformé en ce sens qu'il est condamné à payer des soultes à hauteur de 48'992 fr. 25 chacune en faveur de B._ et de C._, de 53'546 fr. 25 en faveur de E._ et de 25'952 fr. 25 en faveur de A._. Pour le surplus, il réclame la confirmation de l'arrêt entrepris et la condamnation des intimées au versement de dépens. Il fait valoir l'arbitraire dans l'établissement des faits ainsi qu'une violation des art. 1 ss de la loi fédérale sur le bail à ferme agricole du 4 octobre 1985 (LBFA, RS 212.213.2) et des art. 1 ss CO en tant que la cour cantonale a retenu la conclusion tacite d'un bail à ferme agricole entre le recourant et l'hoirie.
C.c Après avoir invité les intimés à se déterminer sur la requête d'effet suspensif déposée par A._, le Tribunal fédéral l'a déclarée sans objet par ordonnance du 3 juin 2010 dès lors que l'acte entrepris est un arrêt constitutif au sens de l'art. 103 al. 2 let. a LTF.
C.d Le recours déposé le 29 avril 2010 au Tribunal fédéral par B._ et C._ contre les arrêts de la Cour de justice du 18 mai 2005 et du 12 mars 2010 a été déclaré irrecevable par arrêt du 2 août 2010.
C.e Invitée à se déterminer sur le recours formé par A._, E._ s'en est remise à justice par courrier du 8 septembre 2010. Dans leur réponse du 16 septembre 2010, B._ et C._ ont conclu principalement au rejet du recours et subsidiairement à la réduction de la donation faite à leur soeur à hauteur de 35'800 fr., soit 17'900 chacune. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt et D._ n'a pas répondu à l'invitation. En ce qui concerne le recours déposé par ce dernier, les intimées n'ont pas été invitées à répondre.
Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre la même décision, reposent sur les mêmes faits et opposent les mêmes parties dont les droits dérivent de la même cause juridique; dans ces conditions, il y a lieu, par économie de procédure, de les joindre et de statuer à leur sujet par un seul arrêt (art. 24 PCF, applicable par analogie en raison du renvoi de l'art. 71 LTF).
2. Interjetés en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) - compte tenu des féries de Pâques (art. 46 al. 1 let. a LTF) - ainsi que dans les formes légales (art. 42 al. 1 et 2 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF), par deux parties qui ont succombé en dernière instance cantonale (art. 76 al. 1 LTF et art. 75 al. 1 LTF), dans une affaire de partage successoral (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), les recours en matière civile sont recevables.
Conformément à l'art. 93 al. 3 LTF, chaque recourant s'en prend aussi implicitement à l'arrêt incident du 18 février 2005 qui a manifestement influé sur le contenu de l'arrêt du 12 mars 2010 dès lors que la Cour de justice y a déterminé les actifs et passifs de la succession, en particulier en tenant compte du caractère rapportable de la donation qui a été faite à la recourante le 27 décembre 1978 ainsi qu'en comptabilisant un fermage à charge du recourant.
3. 3.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), il n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 II 244 consid. 2.1; 134 III 102 consid. 1.1; 133 III 545 consid. 2.2). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (arrêt 5A_129/2007 du 28 juin 2007 consid. 1.4; ATF 121 III 397 consid. 2a). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF ; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione). Il doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés, c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 II 396 consid. 3).
3.2 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (consid. 3.1).
Un jugement rendu sans que les faits nécessaires à l'application de la loi soient constatés est contraire au droit (art. 95 let. a LTF; ATF 133 IV 293 consid. 3.4.1; 134 V 53 consid. 4.3 et les références citées). La faculté de rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente que l'art. 105 al. 2 LTF confère au Tribunal fédéral, ne dispense pas le recourant de son obligation d'allégation et de motivation (ATF 133 IV 286 consid. 6.2). Aussi, lorsque le recourant entend faire compléter les faits, il doit les désigner avec précision en se référant aux pièces du dossier; le complètement suppose en effet que les allégations de fait correspondantes aient été introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale, qu'elles aient été considérées à tort comme dépourvues de pertinence ou aient été simplement ignorées; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (art. 99 al. 1 LTF), partant irrecevables (arrêt 5A_249/2007 du 12 mars 2008 consid. 4.3; arrêt 4A_290/2007 du 10 décembre 2007 consid. 5.1; cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ: ATF 115 II 484 consid. 2a et la jurisprudence citée).
I. Sur le recours de D._ (5A_341/2010)
4. La Cour cantonale a constaté, dans son arrêt incident du 18 février 2005, que la proposition de partage établie le 26 avril 1984 sous l'égide de la Chambre genevoise d'agriculture attestait de ce que le principe d'un fermage avait été évoqué entre les héritiers lors de la reprise du domaine par le recourant. Elle a ainsi considéré que, même si la proposition n'a pas été entérinée, aucun des héritiers n'avait contesté le bien-fondé d'un fermage, dont le versement fut également repris dans la seconde proposition de partage du 20 août 1984 qui n'a pas davantage été concrétisée. Elle a en outre estimé que, le contrat de bail à ferme agricole étant par principe onéreux, il convenait de présumer que les bailleurs n'avaient pas renoncé à tout versement en leur faveur et que le recourant, qui a perçu les fruits ou produits de l'exploitation agricole, devait logiquement s'acquitter d'un fermage. Elle en a déduit la conclusion tacite d'un contrat de bail à ferme agricole, le fermage annuel convenu correspondant au montant évoqué lors de la première proposition de partage, à savoir 19'073 fr. La Cour de justice a enfin estimé que, dans la mesure où aucune disposition n'avait été entreprise pour interrompre la prescription, le montant entrant dans la masse successorale se limitait aux cinq annuités précédant le 30 juin 2003, date à laquelle elle a arrêté l'attribution du bien.
5. Le recourant se plaint tout d'abord d'arbitraire dans l'établissement des faits dès lors que l'autorité cantonale n'a mentionné, ni dans l'état de fait de l'arrêt incident, ni dans celui de la décision querellée, l'existence de la seconde proposition de partage datée du 20 août 1984 et prévoyant le versement d'un montant de 18'275 fr. En outre, il fait valoir que cette omission a conduit la Cour de justice à retenir arbitrairement et sans motivation que le montant contenu dans la première proposition valait fermage convenu entre les parties.
En l'occurrence, l'autorité cantonale a expressément mentionné, dans la partie "en fait" de son arrêt incident du 18 février 2005, la seconde proposition de partage intervenue le 20 août 1984 en indiquant le montant de 18'275 fr. Elle fait également référence à cette proposition dans la motivation dudit arrêt en ce qui concerne la conclusion tacite d'un contrat de bail. En conséquence, il n'y a pas lieu de compléter l'état de fait sur ce point.
6. Le recourant conteste ensuite l'existence d'une quelconque manifestation de volonté unanime des membres de l'hoirie concernant la conclusion d'un bail à ferme agricole, faute de son propre consentement ainsi que de celui de A._ et de E._, qui ont toujours nié avoir demandé le paiement d'un montant en contrepartie de l'exploitation agricole par le recourant. Il fait également valoir l'absence de tout accord tacite entre les parties quant à la conclusion d'un tel contrat puisqu'il ne s'est jamais acquitté d'un quelconque fermage, dont on ne lui a par ailleurs jamais réclamé le paiement avant le dépôt du mémoire de réponse des intimées B._ et C._ en date du 21 septembre 2001. Il invoque en outre que le fermage prétendument convenu n'a jamais été soumis à l'approbation de l'autorité compétente comme l'exige la LBFA et indique que les montants prévus dans les propositions de partage s'inscrivent dans une autre perspective que celle d'un contrat passé entre l'hoirie et l'exploitant puisqu'ils étaient destinés à leur mère usufruitière. Enfin, il argue que, des deux montants contenus dans les propositions de partage, l'autorité cantonale a retenu celui de 19'073 fr. sans préciser les motifs de son choix ni même mentionner l'existence d'un autre montant.
6.1 À teneur de l'art. 602 al. 2 CC, les héritiers sont propriétaires et disposent en commun des biens qui dépendent de la succession. Tous les membres de la communauté héréditaire ont le droit d'utiliser les biens successoraux dans les limites des droits des autres ainsi que de participer aux fruits et aux revenus des biens successoraux dans la mesure de leur part héréditaire (STEINAUER, Le droit des successions, 2006, p. 566). Selon la jurisprudence, un héritier qui ne peut réclamer l'attribution d'un bien que lors du partage de la succession, mais en use auparavant, doit indemniser ses cohéritiers pour la jouissance du bien entre le décès du de cujus et le moment du partage (ATF 101 II 36 consid. 3; arrêt 5A_141/2007 du 21 décembre 2007 consid. 4.2.3 publié in: Revue suisse du notariat et du registre foncier [RNRF] 2009/90 p. 359; arrêt 5A_776/2009 du 27 mai 2010 consid. 10.4.1; STEINAUER, op. cit, p. 566; STUDER, Die Teilung in der Praxis, in: DRUEY/BREITSCHMID(éd.), Praktische Probleme der Erbteilung, 1997, p. 93). Le loyer ou le fermage dû par cet héritier pour l'usage du bien se détermine en fonction de la valeur du marché, soit selon les critères qui prévaudraient en cas de remise à bail à un tiers ou, cas échéant, en fonction de la valeur d'attribution arrêtée par le de cujus (ATF 101 II 36 consid. 3; STUDER, op. cit., p. 94).
6.2 En l'espèce la question de savoir si un contrat de bail à ferme a effectivement été conclu entre les membres de la communauté héréditaire et le recourant peut rester indécise dès lors que l'obligation à charge du recourant doit être admise même en l'absence de tout contrat. En effet, en se fondant sur le rapport de droit successoral liant les membres de la communauté (art. 602 CC en lien avec les art. 652 ss CC), le recourant est tenu d'indemniser ses cohéritiers pour l'usage exclusif de l'exploitation agricole entre le décès de son père et le partage, le domaine agricole étant, durant cette période, propriété de la communauté héréditaire. En outre, concernant la fixation de cette indemnité, la jurisprudence et la doctrine préconisent de recourir au prix du marché lorsque le défunt n'a pas arrêté une valeur d'attribution pour le bien en cause, de sorte que la comptabilisation d'un fermage dans les actifs de la succession se révèle justifiée.
S'agissant du montant retenu pour le fermage annuel, l'autorité cantonale n'a pas motivé son choix de retenir le montant de 19'073 fr. contenu dans la première proposition de partage. Cela étant, dit montant s'inscrit dans les limites licites puisque la Commission d'affermage du canton de Genève a arrêté, par décision du 17 septembre 2009, le montant maximum du fermage à 20'064 fr. par an. En outre, même si la seconde proposition prévoyait un montant légèrement inférieur, le recourant n'a pas démontré en quoi la comptabilisation dans les actifs de la succession du montant de 95'365 fr. se révélerait insoutenable. Par ailleurs, il sied de relever que l'autorité cantonale a arrêté l'attribution du bien au 30 juin 2003 et n'a, en conséquence, pris en compte des fermages que jusqu'à cette date, alors que le partage n'interviendra qu'une fois l'entrée en force du présent arrêt. Une modification de l'arrêt querellé sur ce point conduirait cependant à une reformatio in pejus, prohibée dans les causes soumises au principe de disposition (ATF 129 III 417 consid. 2.1.1, 481 consid. 3.3).
Il s'ensuit que, mal fondé, le recours formé par D._ doit être rejeté, aux frais de son auteur.
II. Sur le recours de A._ (5A_338/2010)
7. Dans l'arrêt incident du 18 février 2005, la Cour cantonale a considéré que l'acte de donation de la parcelle de Meiner faite par le de cujus à sa fille ne contenait aucune indication quant à une éventuelle dispense de rapport et que le de cujus n'avait pas non plus manifesté une telle volonté dans un testament subséquent. Elle en a conclu à l'absence de volonté expresse du de cujus de dispenser la recourante du rapport. La juridiction a en outre constaté que la parcelle attribuée à la recourante représentait une valeur considérable, propre à améliorer la situation patrimoniale de celle-ci. De plus, dans la mesure où il s'agissait d'un bien-fonds agricole reçu par une exploitante, elle a jugé que cette attribution était de nature à assurer ou améliorer l'établissement de la bénéficiaire dans l'existence. Elle a enfin jugé que les motifs de dite donation, à savoir remercier la recourante de sa collaboration bénévole depuis plusieurs années dans l'exploitation de l'entreprise agricole du défunt, n'était pas à même de modifier le caractère rapportable de l'attribution.
8. La recourante conteste tout d'abord le caractère gratuit de l'attribution et, donc, qu'elle soit rapportable.
8.1 Selon la jurisprudence, la cession d'une valeur patrimoniale est sujette à réduction ou rapport lorsque l'acte de disposition du de cujus a eu lieu totalement ou partiellement à titre gratuit, à savoir quand il n'y a pas eu de contre-prestation ou que celle-ci était de valeur sensiblement moindre de sorte qu'il existe une disproportion entre les prestations (ATF 120 II 417 consid. 3a; 116 II 667 consid. 3/b/aa), en d'autres termes, lorsque la fortune du futur de cujus a subi une diminution en raison de la libéralité, pour laquelle aucune compensation économiquement équivalente n'a été perçue. Ce sont les circonstances au moment de l'attribution qui déterminent si la libéralité doit être qualifiée de gratuite (ATF 120 II 417 consid. 3a; 84 II 338 consid. 2; ESCHER/ESCHER, Zürcher Kommentar, 3e éd.,1960, n. 18 ss ad art. 626 CC; PIOTET, Traité de droit privé IV, 1975, p. 281 ss; EITEL, Berner Kommentar, 2004, n. 25 et 100 ss. ad art. 626 CC; STEINAUER, op. cit., p. 118; FORNI/PIATTI, Basler Kommentar, 3e éd., 2007, n. 9 ss ad art. 626 CC).
8.2 La recourante soutient en substance que l'attribution de la parcelle s'inscrit dans une relation contractuelle et représente la contre-prestation, soit le salaire dû, pour l'activité qu'elle a déployée dans l'exploitation agricole de son père. En d'autres termes, elle conteste le caractère gratuit de l'attribution excluant ainsi tout rapport.
À l'appui de cette critique, la recourante se borne à invoquer que, selon le texte même de l'acte d'attribution, son père entend la remercier. Contrairement à son devoir de motivation (art. 42 al. 2 LTF), elle ne mentionne pas sur la base de quelles allégations et de quelles preuves offertes en procédure cantonale l'autorité précédente aurait dû déduire le caractère onéreux de l'attribution (cf. consid. 3 supra). Le contrat passé en la forme authentique étant intitulé "donation", il lui appartenait en effet d'alléguer et de prouver une simulation, à savoir que l'acte n'était en réalité pas gratuit mais avait eu lieu à titre onéreux en paiement du salaire qui lui était dû pour l'aide apportée (ATF 131 III 49 consid. 4.1.1 in fine; 112 II 337 consid. 4a). Or, rien de tel ne ressort des constatations de l'arrêt querellé. De plus, dans son recours au Tribunal fédéral, la recourante ne mentionne nullement que, en procédure cantonale, elle aurait allégué et offert de prouver la simulation, en indiquant précisément des passages de ses écritures et les pièces y relatives. Au contraire, dans sa réponse à l'appel cantonal, elle s'est limitée à alléguer que son père lui avait fait don de la parcelle en cause pour la remercier de l'aide apportée dans l'exploitation. En conséquence, faute de satisfaire aux exigences de motivation (cf. supra consid. 3.2), sa critique est irrecevable.
9. La recourante fait ensuite valoir que, son père s'étant réservé l'usufruit de la parcelle, la donation ne pouvait être destinée à assurer ou améliorer son établissement dans la vie. Elle conteste par là le caractère de dotation retenu par l'autorité cantonale.
9.1 À teneur de l'art. 626 al. 2 CC, les libéralités, telles que constitutions de dot, frais d'établissement, abandons de biens, remises de dettes et autres avantages semblables, faites à des descendants sont assujetties au rapport, à moins que le donateur n'ait expressément disposé le contraire.
9.1.1 Selon la jurisprudence, l'énumération des libéralités contenues à l'art. 626 al. 2 CC n'est pas exhaustive, mais n'a qu'un caractère exemplatif; leur caractère commun est la dotation, à savoir le fait que la libéralité est destinée à créer, assurer ou améliorer l'établissement du descendant dans l'existence. Le but recherché par le de cujus est déterminant, non l'emploi effectif qu'en fait le bénéficiaire (ATF 131 III 49 consid. 4.1.2, 124 III 102 consid. 4a; 116 II 667 consid. 3; 107 II 119 consid. 3b; 98 II 356 consid. 3a; Escher/Escher, op. cit., n. 32 ss ad art. 626 CC; Piotet, op. cit., p. 284 ss; Eitel, op. cit., n. 69 ss ad art. 626 CC; Steinauer, op. cit., p. 120 s.; Forni/Piatti, op. cit., n. 14 ss ad art. 626 CC). Les libéralités ayant pour objet des immeubles sont sujettes à rapport lorsqu'il s'agit de biens importants (ATF 131 III 49 consid. 4.1.2; 116 II 667 consid. 3b/aa; 107 II 119 consid. 3b; 84 II 338 consid. 7b).
9.1.2 Le transfert d'un immeuble grevé d'un droit d'habitation ou d'un usufruit constitue un cas particulier de donation mixte; il faut tenir compte de la valeur capitalisée de ceux-ci pour mesurer l'étendue de la libéralité lors de l'acte d'attribution (ATF 120 II 417 consid. 3a et b; 116 II 667 consid. 3b/cc; Steinauer, op. cit., p. 118, Mooser, Le droit d'habitation, 1997, p. 78 s.; Moser, Die erbrechtliche Ausgleichung gemischter Schenkungen, 2e éd., 1973, p. 2 s.). Le fait que le bien immobilier soit grevé d'un usufruit ou d'un droit d'habitation n'empêche pas, à lui seul, que la libéralité soit qualifiée de dotation (ATF 120 II 417 consid. 3a et b; 116 II 667 consid. 3b/cc; Moser, op. cit., p. 42).
9.2 En l'espèce, la cour cantonale n'a pas déterminé la volonté réelle du de cujus, mais a déduit sa volonté objective de l'acte de donation lui-même. Elle a en effet considéré que la parcelle litigieuse a été et pourra être affectée à l'exercice de la profession de la donataire de sorte qu'elle est bien destinée à améliorer son établissement dans l'existence, le motif de la donation, à savoir remercier la bénéficiaire pour sa collaboration bénévole, n'étant pas à même de modifier le caractère de celle-ci.
9.2.1 Invoquant la violation de l'art. 9 Cst., la recourante se plaint tout d'abord de constatation incomplète et inexacte des faits dans la mesure où l'instance inférieure n'a pas examiné la cause de la donation que lui a faite son père, ni les circonstances qui l'entouraient. Sa critique purement appellatoire ne satisfait pas aux exigences de motivation (cf. consid. 3.2 supra) et est donc irrecevable.
9.2.2 La recourante invoque ensuite que la donation qui lui a été faite ne saurait être qualifiée d'avancement d'hoirie puisque seule la nue-propriété lui a été transférée. Sur ce point, elle précise que l'attribution de la parcelle n'était pas en mesure d'améliorer son établissement dans l'existence dès lors que, du vivant de son père, elle ne pouvait en tirer aucun bénéfice. Elle se contente ainsi d'objecter que le fait que son père se soit réservé un usufruit sur l'objet de la donation s'oppose à ce que celui-ci ait le caractère de dotation. Or, un tel argument a déjà été réfuté par la jurisprudence (ATF 120 II 417 consid. 3a et b; 116 II 667 consid. 3b/cc). Mal fondé, le recours doit donc être rejeté sur ce point.
10. Enfin, dans l'hypothèse où l'attribution de la parcelle de G._ ne serait pas considérée comme une rémunération, la recourante se prévaut de la dispense de rapport du de cujus contenue dans l'acte du 27 décembre 1978. Elle fait en particulier référence au fait qu'il a précisé le caractère irrévocable de la donation, puis a exprimé la cause de la donation, à savoir la remercier pour sa collaboration bénévole depuis plusieurs années dans l'exploitation de l'entreprise.
10.1
10.1.1 Selon le système instauré par l'art. 626 al. 2 CC, une dotation en faveur d'un descendant ne doit pas rompre l'égalité des héritiers ab intestat. Toutefois, cette disposition n'entend nullement restreindre la liberté de disposer à cause de mort, le de cujus n'étant à cet égard limité que par les règles relatives à la quotité disponible et aux réserves fixées à l'art. 471 CC. Dans ces limites, il peut décider si une libéralité donnée entre vifs à un héritier doit être imputée sur sa part, ou lui demeurer acquise à titre préciputaire. Le champ d'application de l'art. 626 al. 2 CC est ainsi réduit aux situations dans lesquelles le défunt n'a pas exprimé sa volonté, ou, du moins, ne s'est pas écarté, d'une manière ou d'une autre, du système prévu par la loi. En d'autres termes, les règles relatives aux rapports successoraux sont de nature dispositive si bien que le de cujus peut, dans les limites de la quotité disponible, prévoir une dispense totale ou partielle de rapport (ATF 124 III 102 consid. 5a; 131 III 49 consid. 4.2; 126 III 171 consid. 2; 118 II 282 consid. 3).
10.1.2 Les dispositions sur l'obligation ou la dispense de rapport sont des dispositions pour cause de mort, qui ne sont soumises à aucune exigence de forme (ATF 118 II 282 consid. 3 et les références citées). L'art. 626 al. 2 CC précise cependant que les dotations en faveur des descendants sont assujetties au rapport faute pour le défunt d'avoir expressément disposé le contraire. La dispense doit donc prendre la forme d'une déclaration expresse de volonté du de cujus, à l'exclusion d'actes concluants. Mais il n'est pas nécessaire que cette déclaration soit explicite; si elle n'est pas claire, elle peut être interprétée (ATF 89 II 72 consid. 2; 84 II 338 consid. 7; 69 II 71 consid. 2; arrêt 5C.135/2005 du 2 novembre 2005 consid. 2.3; ESCHER/ESCHER, op. cit., n. 48 ss ad art. 626 CC; TUOR/PICENONI, Berner Kommentar, 1964, n. 45 ad art. 626 CC; PIOTET, op. cit., p. 329 ss; EITEL, op. cit., n. 154 ss ad art. 626 CC; STEINAUER, op. cit., p. 128; FORNI/PIATTI, op. cit., n. 19 ad art. 626 CC).
10.1.3 Les dispositions sur le rapport peuvent être unilatérales ou conventionnelles; les clauses d'ordonnance ou de dispense de rapport contenues dans un contrat ou un pacte successoral peuvent avoir un caractère unilatéral ou bilatéral selon la volonté des parties, qu'il y a lieu, cas échéant, d'interpréter. Sauf indices contraires, ces clauses sont présumées contractuelles lorsque le cocontractant du de cujus y a intérêt, ce qui est toujours le cas quand il s'agit de dispositions en faveur du cocontractant (ATF 118 II 282 consid. 5; arrêt 5C.256/2004 du 2 juin 2005 consid. 3.2; Piotet, op. cit., p. 327).
10.2 En l'occurrence, force est de constater que l'acte du 27 décembre 1978 contient une déclaration de volonté expresse du de cujus qui doit être interprétée (cf. consid. 10.1.2 supra). En outre, la clause dont se prévaut la recourante est contenue dans le contrat de donation passé en la forme authentique; elle est dès lors bilatérale. Il s'agit donc d'interpréter objectivement l'acte en cause pour déterminer si le de cujus entendait ou non dispenser sa fille du rapport, la recourante n'invoquant pas qu'une volonté réelle du défunt puisse être établie sur la base d'allégués et d'offres de preuves qu'elle aurait formulés. À ce sujet, il n'est pas logique d'admettre qu'un père donne entre vifs un immeuble à un descendant, en en précisant le caractère irrévocable ainsi que les motifs, à savoir la reconnaissance pour l'aide fournie, et dans le même temps qu'il ait l'intention de maintenir une stricte égalité entre les parts successorales de ses héritiers. Au contraire, l'indication du caractère irrévocable de l'attribution, ainsi que de la causa donandi doit être comprise comme une dispense de rapport de la part du de cujus. Le fait que celui-ci a procédé à cette donation de son vivant, tout en conservant l'usufruit du bien cédé jusqu'à son décès vient en outre corroborer cette interprétation. En effet, si son intention consistait uniquement en ce que sa fille se voie attribuer la parcelle en imputation sur sa part successorale, une simple règle de partage contenue dans un testament eût suffit. En conséquence, il y a lieu d'admettre que le de cujus a expressément dispensé la recourante de rapporter la parcelle de G._. Le recours doit donc être admis sur ce point.
11. Même si le caractère rapportable de la parcelle de G._ a ainsi été écarté, il convient encore d'examiner si la donation est sujette à réduction dès lors que cette exception a été soulevée par certains intimés. La recourante avait, quant à elle, invoqué dans sa réponse à l'appel des intimées, B._ et C._, qu'une action en réduction serait prescrite.
11.1 Constituant une libéralité au sens de l'art. 626 al. 2 CC dont le bénéficiaire a été dispensé du rapport, l'acte de donation se révèle réductible en vertu de l'art. 527 ch. 1 CC (ATF 126 III 171 consid. 3a; 116 II 667 consid. 2b). Selon la jurisprudence constante, la réduction peut toujours être invoquée par voie d'exception dans le procès en partage opposant les héritiers. L'art. 533 al. 3 CC prévoit expressément que la réduction peut être opposée en tout temps par voie d'exception. La position procédurale de l'héritier concerné dans le procès est sans importance; seule sa qualité de copossesseur de la succession est déterminante (ATF 120 II 417 consid. 2; 108 II 288 consid. 2).
11.2 En l'espèce, les intimés, héritiers réservataires, sont habilités à se prévaloir de la réduction pour autant qu'ils l'aient soulevée devant l'instance cantonale. Or, B._ et C._ avaient, dans leur appel du 17 août 2004, conclu à la réduction de la donation du 27 décembre 1978 dans l'hypothèse où celle-ci ne serait pas rapportable. Les conditions pour faire valoir la réduction par voie d'exception sont donc remplies en l'espèce, s'agissant de B._ et de C._. Il est en outre sans pertinence que la réduction concerne une libéralité que le de cujus avait effectuée de son vivant: la prétention litigieuse est en effet dirigée contre un cohéritier copossesseur de la succession, à savoir la recourante. En revanche, D._ et E._ n'ont à aucun stade de la procédure opposé l'exception de réduction en lien avec la donation perçue par la recourante si bien qu'il ne sont plus habilités à s'en prévaloir. Il convient dès lors d'examiner si les réserves de B._ et de C._ sont lésées.
12. Avant de calculer le montant des réserves, il faut encore établir si la parcelle de G._ doit être réunie à sa valeur vénale ou à sa valeur de rendement, la recourante contestant une évaluation à la valeur vénale.
12.1 En vertu de l'art. 21 al. 1 LDFR, s'il existe dans une succession un ou plusieurs immeubles agricoles qui ne font pas partie d'une entreprise agricole, un héritier peut en demander l'attribution au double de la valeur de rendement lorsqu'il est propriétaire d'une entreprise agricole ou qu'il dispose économiquement d'une telle entreprise et que l'immeuble est situé dans le rayon d'exploitation de cette entreprise, usuel dans la localité. Le droit à l'attribution ne peut être exercé que lorsque le prétendant est déjà propriétaire d'une entreprise agricole, et non lorsqu'il a pris une partie de celle-ci à ferme ou est propriétaire commun d'une entreprise agricole en vertu d'un contrat de mariage contenant une clause permettant à l'époux du prétendant d'exiger que l'entreprise agricole lui soit attribuée au cas où les rapports contractuels de propriété commune sur l'exploitation agricole prendraient fin (ATF 134 III 433 consid. 2.4, 1 consid. 3.4.1). Lorsque le droit à l'attribution n'existe pas, l'imputation de l'immeuble doit avoir lieu à la valeur vénale (STEINAUER, op. cit., p. 615; STUDER, in: Le droit foncier rural, Commentaire de la loi fédérale sur le droit foncier rural du 4 octobre 1991, 1998, n. 13 ad art. 17 LDFR; DOSIOS PROBST, La loi sur le droit foncier rural: objet et conditions du droit d'attribution dans une succession ab intestat, 2002, p. 144 s.; BEELER, Bäuerliches Erbrecht, 1998, p. 259 s.).
L'art. 7 al. 1 LDFR définit l'entreprise agricole comme une unité composée d'immeubles, de bâtiments et d'installations agricoles qui sert de base à la production agricole et qui exige, dans les conditions d'exploitation usuelles dans le pays, au moins une unité de main-d'oeuvre standard.
12.2 En l'espèce, la cour cantonale a jugé que la recourante ne disposait pas d'une entreprise agricole au sens de la LDFR, quand bien même son conjoint était propriétaire d'autres parcelles dont elle assure elle-même l'exploitation, dès lors que les époux ne possédaient aucun bâtiment agricole ou installation agricole. Elle a par conséquent nié un droit à l'attribution préférentielle de celle-ci et évalué la parcelle en cause à sa valeur vénale.
12.3 Cette appréciation ne prête pas le flanc à la critique. En effet, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle prétend que la parcelle doit être évaluée au regard de son rattachement au domaine du de cujus. En effet, depuis l'ouverture de la succession du père défunt, l'usufruit de celui-ci a pris fin et la recourante a obtenu, en sus de la nue-propriété, l'entière jouissance de la parcelle qu'elle a exploitée, alors que son frère s'est occupé du reste du domaine. La parcelle en cause constitue donc bien, lors de l'ouverture de la succession, un immeuble agricole isolé au sens des art. 6 al. 1 et 21 al. 1 LDFR. La recourante ne peut ainsi prétendre à une imputation au double de la valeur de rendement que si elle est propriétaire d'une entreprise agricole ou qu'elle dispose économiquement d'une telle entreprise; encore faut-il que l'immeuble soit situé dans le rayon d'exploitation de cette entreprise, usuel dans la localité. À cet égard, elle n'allègue pas être propriétaire d'autres immeubles agricoles que la parcelle reçue de son père et reconnaît qu'à elle seule, celle-ci ne saurait être considérée comme une entreprise agricole. Elle fait en revanche valoir que son époux est propriétaire d'immeubles agricoles dont l'exploitation en commun constitue l'essentiel des revenus du couple. Or, la recourante ne peut se fonder sur la propriété de son époux pour prétendre disposer d'une entreprise agricole. En effet, la jurisprudence exige que le prétendant dispose lui-même de l'entreprise; le bénéfice d'un bail ou d'une propriété commune - conférant à un autre propriétaire commun un droit d'attribution en cas de fin de la communauté - a notamment été jugé insuffisant (cf. consid. 12.1 supra). En l'espèce, force est dès lors de constater que la recourante ne dispose pas d'une entreprise agricole au sens de la LDFR. Dans ces circonstances, la question de savoir si les terres de la recourante et de son époux peuvent être qualifiées d'entreprise agricole au sens de l'art. 7 al. 1 LDFR et celle concernant la qualité d'exploitante à titre personnel de la recourante peuvent rester indécises (art. 9 LDFR). Il s'ensuit qu'à défaut de droit de la recourante à l'attribution préférentielle, la parcelle de G._ devra être réunie à sa valeur vénale.
13. L'immeuble transféré ayant été grevé d'un usufruit jusqu'au décès du de cujus, il convient de tenir compte de la valeur capitalisée de celui-ci pour mesurer l'étendue de la libéralité à réunir (cf. consid. 9.1.2 supra), calcul auquel n'a, en l'occurrence, pas procédé l'autorité cantonale. Le Tribunal fédéral procédera à ce calcul dès lors que les chiffres résultent clairement de l'expertise du 26 mars 2008, qui n'a pas été contestée, ainsi que de l'arithmétique.
La parcelle de G._ reçue entre vifs par la recourante doit donc être réunie à une valeur de 206'383 fr., à savoir la valeur vénale de 217'750 fr. à laquelle il sied de retrancher 11'367 fr. correspondant à la valeur capitalisée de l'usufruit dont le de cujus a joui jusqu'à son décès (la valeur de rendement de l'immeuble agricole de 45'925 fr. représente en effet le capital dont l'intérêt [rente] calculé à un taux de 5.5 % - selon l'ordonnance sur l'estimation des domaines et des biens-fonds agricoles du 26 décembre 1951 dans sa teneur du 18 juin 1979 - correspond, en moyenne pluriannuelle, au revenu du bien-fonds exploité selon les conditions usuelles, soit 2'526 fr. par an durant 4 ans et demi).
Pour obtenir la masse de calcul des réserves, il convient ainsi d'ajouter la libéralité perçue par la recourante aux actifs de la succession avant d'en retrancher les passifs, à savoir (450'036 fr. + 206'383 fr.) - 154'785 fr. 75 = 501'633 fr. 25. La réserve de chacun des héritiers s'élève dès lors aux 3/4 de 1/5 de 501'633 fr.25, soit à 75'245 fr. (montant arrondi).
14. Reste à examiner si les réserves de B._ et de C._ sont atteintes. Le solde de la succession s'élève à 295'250 fr. 25 (actifs de la succession: 450'036 fr. - passifs de la succession: 154'785 fr. 75) de sorte que la part revenant à chacun des héritiers correspond à 59'050 fr. 05, soit à un cinquième. Le partage des biens extants ne permet en conséquence pas aux intimées B._ et C._ d'obtenir leur réserve, à hauteur de 75'245 fr., si bien qu'il convient de les reconstituer au moyen de la part successorale de la recourante bénéficiaire de la libéralité sujette à réduction. D._ et E._ n'ayant pas opposé la réduction, ils ne percevront que leur part.
En définitive, dès lors que B._ et C._ ont déjà perçu une somme de 5'747.25 fr., D._ - lequel a obtenu l'attribution de la quasi-totalité des actifs de la succession - s'acquittera du solde de 69'497.75 en faveur de chacune d'elles. Pour ce faire, il prélèvera un montant de 32'389 fr. 90 (2 x 16'194 fr. 95 [75'245 fr. - 59'050 fr. 05]) sur la part successorale de la recourante à laquelle il versera ainsi une soulte de 26'660 fr. 15 (59'050 fr. 05 - 32'389 fr. 90). Enfin, E._ percevra de D._ 57'856 fr. 80 puisqu'elle a déjà reçu 747 fr. 25 et s'est vu attribuer des avoirs bancaires à hauteur de 446 fr.
15. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, le recours de D._ doit être rejeté alors que celui de A._ doit être partiellement admis dans la mesure où, même si la parcelle de G._ n'est pas sujette à rapport, il convient de reconstituer les réserves de B._ et C._ qui ont subsidiairement invoqué la réduction. L'arrêt cantonal est donc réformé en ce sens que D._ est condamné à payer 69'497 fr. 75 à B._, 69'497 fr. 75 à C._, 57'856 fr. 80 à E._ et 26'660 fr. 15 à A._ laquelle n'est astreinte au versement d'aucune soulte.
Les frais judiciaires sont arrêtés à un montant global de 15'000 fr. Ils sont pour 5'000 fr. mis à la charge de D._ qui succombe s'agissant de son recours; il n'y a pas lieu d'allouer de dépens aux intimées qui n'ont pas été invitées à répondre. Le solde des frais est mis solidairement pour 6'600 fr. à la charge de B._ et C._ qui succombent dans leurs conclusions principales concernant le recours de A._ et pour 3'400 fr. à la charge de cette dernière qui n'obtient que partiellement gain de cause (art. 66 al. 1 et 5 LTF). B._ et C._ verseront en outre à A._ une indemnité de dépens à hauteur de 2'000 fr. (art. 68 al. 1 et 4 LTF). Il appartiendra à l'autorité cantonale de statuer à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale (art. 68 al. 5 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 5A_338/2010 et 5A_341/2010 sont jointes.
2. Le recours formé par D._ est rejeté.
3. Le recours formé par A._ est partiellement admis, l'arrêt cantonal est réformé en ce sens que D._ est condamné à payer 69'497 fr. 75 à B._, 69'497 fr. 75 à C._, 57'856 fr. 80 à E._ et 26'660 fr. 15 à A._, lesdits montants portant intérêts à 5% dès l'entrée en force du présent arrêt, et que A._ n'est astreinte au versement d'aucune soulte.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont pour 5'000 fr. mis à la charge de D._, pour 6'600 fr. solidairement à la charge de B._ et C._ et pour 3'400 fr. à la charge de A._.
5. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à A._ à titre de dépens, est mise solidairement à la charge de B._ et C._.
6. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de l'instance cantonale.
7. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 4 octobre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Richard