Faits:
A. En juillet 2007, A._ a acquis l'immeuble édifié sur la parcelle 6383 de la commune de Genève, à l'adresse rue de Lyon 27, en société simple.
Le but de A._ consiste notamment en l'achat, la vente, l'exploitation et la gérance de commerces et de biens immobiliers. B._ en est l'administrateur président.
En décembre 2008, l'immeuble précité a été soumis au régime de la propriété par étages (PPE).
Par arrêtés du 24 mars 2009, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le DCTI ou le Département cantonal) a autorisé les aliénations des appartements suivants:
- l'appartement n° 8.03 de trois pièces en faveur de C._ et D._, locataires depuis plus de 12 ans;
- les appartements nos 5.03, 5.04 et 7.04 de trois pièces au profit de E._ et F._;
- les appartements nos 4.02, 5.02 et 6.02 de trois pièces au profit de G._;
- les appartements nos 6.04, 7.02 et 9.03 de trois et quatre pièces au profit de la société H._.
Ces autorisations précisaient qu'elles ne pourraient être invoquées ultérieurement pour justifier une aliénation individualisée des appartements concernés en application de l'art. 39 al. 4 let. d de la loi cantonale du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (LDTR).
B. L'Association genevoise de défense des locataires (ci-après: l'Asloca) a recouru contre les quatre autorisations précitées du 24 mars 2009 auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions (remplacée par la Commission cantonale de recours en matière administrative; ci-après: la Commission cantonale).
Le 2 novembre 2009, A._, par le biais de la régie I._, a déposé auprès du Département cantonal une nouvelle requête en autorisation d'aliéner en faveur de G._ qui désirait acquérir un appartement supplémentaire. Par arrêté du 25 novembre 2009, le DCTI a autorisé l'aliénation des appartements nos 4.02, 5.02, 6.02 et 7.03 de trois pièces au profit de G._. L'Asloca a également recouru contre cette décision.
Le 1er mars 2010, la Commission cantonale a admis les recours de l'Asloca après les avoir joints.
Par arrêt du 15 février 2011, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté les recours de A._ et du DCTI contre la décision précitée. Elle a considéré en substance que la vente en bloc des appartements ne pouvait, en l'espèce, être autorisée sur la base de l'art. 39 al. 4 LDTR. Il restait à examiner si elle pouvait être admise en application des art. 39 al. 2 ou 3 LDTR. L'intérêt privé de la société A._ n'apparaissait toutefois pas particulier et devait s'effacer face à l'intérêt public, prépondérant dans la situation actuelle difficile du marché locatif genevois. La société recourante invoquait par ailleurs en vain le principe de l'égalité de traitement.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 15 février 2011, de constater que le recours de l'Asloca contre l'autorisation du 25 novembre 2009 était irrecevable et de rétablir les autorisations litigieuses. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une application arbitraire du droit cantonal et d'une violation de la garantie de la propriété ainsi que du principe de l'égalité de traitement.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DCTI conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué. L'Asloca conclut au rejet du recours ainsi qu'à la confirmation de l'arrêt attaqué et de la décision de la Commission cantonale du 1er mars 2010. La recourante a répliqué; elle persiste intégralement dans ses conclusions.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante, qui a pris part à la procédure devant la Cour de justice, est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme l'annulation des autorisations d'aliéner qu'elle avait obtenues du Département cantonal. Elle a donc la qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
2. La recourante estime que la Cour de justice est tombée dans l'arbitraire en considérant que le recours de l'Asloca contre l'autorisation du 25 novembre 2009 était recevable en dépit du défaut de signature. L'Asloca avait posté son recours non signé le dernier jour du délai. La Commission cantonale ne pouvait donc pas lui donner la possibilité de signer son mémoire plusieurs jours après l'échéance du délai, aucune norme cantonale ne l'y autorisant.
La Cour de justice a relevé que, selon le droit cantonal de procédure, le défaut de signature était réparable pour autant que la signature soit ajoutée pendant le délai de recours (art. 62 et 65 al. 3 de la loi cantonale du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA]). Elle a ensuite rappelé la jurisprudence du Tribunal fédéral relative aux art. 9 et 29 al. 1 Cst., selon laquelle une autorité administrative ou judiciaire a, en règle générale, l'obligation d'avertir la personne qui accomplit auprès d'elle un acte juridique lorsque celle-ci commet un vice de forme; l'obligation d'avertir suppose toutefois que le vice soit clairement reconnaissable et que, de plus, il soit possible au plaideur de le réparer à temps (ATF 125 I 166 consid. 3a p. 170). Si l'autorité a méconnu cette obligation, elle doit tolérer que l'acte concerné soit régularisé, éventuellement hors délai. Il importe peu que l'inadvertance (i.e le vice ou l'irrégularité) soit de fait restée inaperçue. C'est le caractère objectivement apparent de l'erreur qui est déterminant (arrêt 4P.71/ 2001 du 12 juin 2001 consid. 3b).
En l'espèce, le mémoire de l'Asloca a été déposé le 30 décembre 2009, soit la veille d'un jour férié et pendant le pont de fin d'année. Il n'est pas contesté que l'absence de signature était clairement identifiable et que le vice aurait donc encore pu être réparé s'il était survenu dans des conditions normales de travail. Dans ces conditions particulières, la Commission de recours a accordé un délai supplémentaire à l'Asloca pour venir signer le recours et cette dernière s'est exécutée dans le délai imparti. Au vu de la jurisprudence susmentionnée, la Cour de justice pouvait dès lors sans arbitraire considérer que le recours déposé devant la Commission de recours était effectivement recevable.
3. La recourante soutient par ailleurs que les juges cantonaux auraient violé les principes de l'interdiction de l'arbitraire et de la garantie de la propriété en procédant à une pesée des intérêts erronée.
3.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; le Tribunal fédéral ne s'écarte ainsi de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
3.2 La LDTR a pour but la préservation de l'habitat et des conditions de vie existants, en prévoyant notamment des restrictions quant à l'aliénation des appartements destinés à la location (art. 1 al. 2 let. c LDTR). Ces mesures figurent à l'art. 39 de la loi, dont la teneur est la suivante:
Art. 39 Aliénation
1 L'aliénation, sous quelque forme que ce soit (notamment cession de droits de copropriété d'étages ou de parties d'étages, d'actions, de parts sociales), d'un appartement à usage d'habitation, jusqu'alors offert en location, est soumise à autorisation dans la mesure où l'appartement entre, à raison de son loyer ou de son type, dans une catégorie de logements où sévit la pénurie.
Motifs de refus
2 Le département refuse l'autorisation lorsqu'un motif prépondérant d'intérêt public ou d'intérêt général s'y oppose. L'intérêt public et l'intérêt général résident dans le maintien, en période de pénurie de logements, de l'affectation locative des appartements loués.
Exception
3 Afin de prévenir le changement d'affectation progressif d'un immeuble locatif, le désir d'un locataire, occupant effectivement son logement depuis trois ans au moins, d'acquérir ledit logement n'est présumé l'emporter sur l'intérêt public que si les conditions suivantes sont réunies:
- 60 % des locataires en place acceptent formellement cette acquisition; dans ce cas cependant, les locataires restants devront obtenir la garantie de ne pas être contraints d'acheter leur appartement ou de partir.
Motifs d'autorisation
4 Le département autorise l'aliénation d'un appartement si celui-ci:
a) a été dès sa construction soumis au régime de la propriété par étages ou à une forme de propriété analogue;
b) était, le 30 mars 1985, soumis au régime de la propriété par étages ou à une forme de propriété analogue et qu'il avait déjà été cédé de manière individualisée;
c) n'a jamais été loué;
d) a fait une fois au moins l'objet d'une autorisation d'aliéner en vertu de la présente loi.
L'autorisation ne porte que sur un appartement à la fois. Une autorisation de vente en bloc peut toutefois être accordée en cas de mise en vente simultanée, pour des motifs d'assainissement financier, de plusieurs appartements à usage d'habitation ayant été mis en propriété par étages et jusqu'alors offerts en location, avec pour condition que l'acquéreur ne peut les revendre que sous la même forme, sous réserve d'une autorisation individualisée au sens du présent alinéa.
Relogement du locataire
5 Au cas où l'autorisation est délivrée, celle-ci peut être soumise à certaines conditions concernant le relogement du locataire.
L'art. 13 du règlement d'application de la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation du 29 avril 1996 (RDTR) précise encore que:
Art. 13 Pesée des intérêts
1 Dans le cadre de l'examen de la requête en autorisation, le département procède à la pesée des intérêts publics et privés en présence.
Acquisition par le locataire en place
2 [...]
Intérêt privé prépondérant
3 L'intérêt privé est présumé l'emporter sur l'intérêt public lorsque le propriétaire doit vendre l'appartement pour l'un des motifs suivants:
a) nécessité de liquider un régime matrimonial ou une succession;
b) nécessité de satisfaire aux exigences d'un plan de désendettement;
c) prise d'un nouveau domicile en dehors du canton.
Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de considérer que l'intérêt public poursuivi par la LDTR, qui tend à préserver l'habitat et les conditions de vie existants, en restreignant notamment le changement d'affectation des maisons d'habitation (art. 1 al. 1 et 2 let. a LDTR), procède d'un intérêt public important (ATF 128 I 206 consid. 5.2.4 p. 211 s.; 113 Ia 126 consid. 7a p. 134; 111 Ia 23 consid. 3a p. 26 et les arrêts cités). Par ailleurs, la réglementation mise en place par la LDTR est en soi conforme au droit fédéral et à la garantie de la propriété, y compris dans la mesure où elle prévoit un contrôle des loyers après transformations (cf. ATF 116 Ia 401 consid. 9 p. 414); de même, le refus de l'autorisation de vendre un appartement loué lorsqu'un motif prépondérant d'intérêt public ou d'intérêt général s'y oppose n'est pas une atteinte disproportionnée à la garantie de la propriété, pourvu que l'autorité administrative effectue une pesée des intérêts en présence et évalue l'importance du motif de refus au regard des intérêts privés en jeu (ATF 113 Ia 126 consid. 7b/aa p. 137).
4. En l'occurrence, s'agissant des autorisations de vente en bloc d'appartements, la recourante ne soutient pas que l'un ou l'autre des motifs d'autorisation prévus à l'art. 39 al. 4 LDTR serait réalisé. Elle ne nie pas davantage que les appartements entrent dans des catégories de logements où sévit la pénurie. Elle critique uniquement la pesée des intérêts à laquelle la Cour de justice s'est livrée.
4.1 La Cour de justice a tout d'abord rappelé la teneur de son arrêt ATA/852/2004 du 2 novembre 2004, auquel la recourante se réfère, et qui portait sur la vente de trois appartements acquis précédemment dans le cadre d'un lot. A cette occasion, elle avait jugé que la division du lot permettait de dégager des fonds propres nécessaires à l'aménagement d'appartements dans les combles d'un autre immeuble. Depuis lors, elle avait toutefois, dans divers arrêts, souligné la prépondérance de l'intérêt public à la préservation du marché locatif et avait considéré que l'opération consistant à transformer un lot de plusieurs appartements en des lots plus petits diminuait concrètement la protection du parc locatif en facilitant la vente à des locataires en place (ATA/403/2006, ATA/161/2006, ATA/355/2009 et ATA/244/2007).
Dans le cas d'espèce, la Cour cantonale a relevé que les intérêts privés de la recourante étaient de nature économique. Certes, le produit des ventes permettrait la construction de nouveaux logements. Toutefois, la recourante ne prétendait pas que les ventes litigieuses répondaient à un véritable besoin pour permettre la réalisation des nouveaux logements et l'autorisation de construire avait été délivrée à la société J._ et non à la recourante.
Quant à l'intérêt public à la conservation d'un parc immobilier locatif, il ressortait des autorisations de vente en bloc litigieuses que les acquéreurs reprenaient les droits et obligations découlant des contrats de bail en cours, ce qui laissait présager que, dans un premier temps à tout le moins, ceux-ci n'étaient pas menacés. Toutefois, la vente de dix appartements par lots de trois ou quatre permettait une transformation progressive de l'immeuble locatif, qui n'était pas indifférente au regard de la LDTR, au vu de la présomption instituée par l'art. 39 al. 3 LDTR en faveur du locataire en place depuis plus de trois ans. La Cour de justice a encore relevé que les aliénations sollicitées intervenaient un an après l'acquisition par la recourante de l'immeuble et que de telles ventes aboutissaient à un démembrement progressif de l'immeuble et contrevenaient ainsi à la LDTR.
4.2 La jurisprudence cantonale affirme, il est vrai, que la vente en bloc doit être préférée à la vente par unités séparées, ce procédé-là ne mettant en principe pas en péril les buts de la LDTR (arrêt du Tribunal administratif genevois du 15 janvier 2002 ATA/28/2002 consid. 2c).
Le Tribunal fédéral a lui-même eu l'occasion de dire que la LDTR s'appliquait lorsqu'un appartement était individualisé, puis vendu, mais qu'elle ne saurait empêcher la vente en bloc de plusieurs appartements à un même acquéreur, car, dans ce cas, le risque de voir ces appartements sortir du marché locatif était pratiquement nul (arrêt du Tribunal fédéral 1P.2/1999 du 19 avril 1999 consid. 2f).
4.3 On ne saurait cependant en déduire qu'en cas de vente en bloc, les parties sont dispensées de justifier d'un intérêt privé particulier (arrêt 1C_180/2007 du 12 octobre 2007 consid. 5.7). Il convient donc d'examiner si l'intérêt privé de la recourante est spécial et prime sur l'intérêt public à la préservation du marché locatif.
Ici, comme l'a relevé la Cour de justice, l'intérêt privé de la recourante est de nature purement économique. Même si le produit des ventes devait servir à la construction de nouveaux logements, l'intéressée ne fait toutefois pas valoir ni ne démontre que les fonds dégagés seraient indispensables à cette fin. Par ailleurs, l'Asloca relève que, de plus en plus, des immeubles locatifs sont transformés en PPE pour procéder ensuite à des ventes d'appartements "à la découpe", dans une perspective spéculative, et que ce type d'opération contribuerait à l'envolée des prix immobiliers à Genève. Il ressort du dossier que la recourante est une société dont le but consiste notamment en l'achat, la vente, l'exploitation et la gérance de commerces et de biens immobiliers. Elle a acquis l'immeuble sis à l'adresse 27 rue de Lyon en juillet 2007. Elle l'a soumis au régime de la PPE en décembre 2008 et, quelques mois plus tard, elle a requis l'autorisation d'aliéner dix appartements par blocs de trois et quatre, motivant cette vente par la construction de nouveaux logements. Le même procédé a été suivi dans trois autres affaires similaires pendantes céans (causes 1C_137/2011, 1C_139/2011 et 1C_143/2011). Compte tenu du but de la société recourante, du court laps de temps entre l'achat de l'immeuble, la constitution de la PPE et la revente des appartements par bloc ainsi que de la petite taille de ces lots (deux lots de trois et un lot de quatre appartements), il est très vraisemblable que cette opération ait été faite dans un but commercial. L'on ne saurait dès lors parler d'intérêt particulier de la recourante. Quant à l'intérêt public en jeu, il apparaît que le fait de vendre "à la découpe" des immeubles locatifs en blocs de petites tailles a pour effet une transformation progressive de l'immeuble locatif contraire à l'esprit de la LDTR (cf. art. 39 al. 3 LDTR, 1ère partie de la phrase). Une diminution de la taille des lots et, parallèlement, une multiplication du nombre des propriétaires tendent en effet indéniablement à mettre en péril le maintien de l'affectation locative des appartements loués ainsi que la préservation de loyers bon marché, maintenus en vertu du but de la LDTR.
Ainsi, en raison de la pénurie notoire de logements qui sévit dans le canton de Genève depuis plusieurs années, la Cour de justice n'est pas tombée dans l'arbitraire en considérant que l'intérêt public en cause l'emporte sur l'intérêt privé de la recourante.
5. La Cour de justice a également confirmé le refus de l'autorisation d'aliéner l'appartement n° 8.03 à C._ et D._. A la date de la requête, l'immeuble comprenait vingt-trois appartements et une enseigne. L'accord de 13,2 locataires était donc nécessaire pour atteindre les 60 % exigés par la loi. Or, il ressortait des quatorze attestations produites que l'avis des locataires des appartements destinés à être vendus à G._ et H._ n'avait pas été requis et que dix locataires seulement s'étaient déclarés favorables à une aliénation à C._ et D._. La vente ne respectait donc pas la formalité posée par l'art. 39 al. 3 LDTR et une autorisation ne pouvait pas être délivrée sur cette base. Par ailleurs, même si les acquéreurs habitaient dans ce logement depuis de nombreuses années (treize et trois ans), le refus de l'autorisation ne les empêchera toutefois pas de continuer à y demeurer. L'intérêt des acquéreurs était dès lors de pure convenance personnelle. Dans la situation actuelle, l'intérêt public au maintien de l'appartement dans le parc locatif devait donc l'emporter sur l'intérêt privé des locataires à acquérir leur logement.
La recourante soutient que la vente à un locataire reste possible même si 60 % des locataires ne se sont pas prononcés, le Département cantonal restant libre d'apprécier si la vente est admissible au vu des intérêts en présence. Le DCTI aurait par ailleurs comme pratique constante de ne pas consulter les autres locataires lorsque le locataire acheteur occupe son logement depuis plus de quatre ans. Les juges cantonaux auraient dû admettre l'intérêt prépondérant des acquéreurs, locataires de leur logement depuis plus de douze ans. La recourante se contente ainsi de discuter la motivation de la Cour de justice et d'y opposer sa propre opinion. Elle n'allègue ni ne démontre que l'arrêt cantonal serait insoutenable sur ce point (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF). Quoi qu'il en soit, le raisonnement critiqué échappe à l'arbitraire si bien que le présent recours doit être rejeté sur ce point.
6. La recourante se plaint d'une inégalité de traitement. Elle conteste qu'il y ait un changement de pratique dans le canton s'agissant des ventes en bloc, le DCTI continuant de délivrer de telles autorisations. Elle serait donc en droit d'invoquer son droit à être traitée de manière égale aux autres personnes ayant bénéficié d'autorisation de vente dans des circonstances analogues.
6.1 Le principe de la légalité de l'activité administrative prévaut en principe sur celui de l'égalité de traitement. En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité devant la loi lorsque celle-ci est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas (ATF 126 V 390 consid. 6a p. 392 et les références citées). Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité dont la décision est attaquée, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question. Le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi (ATF 127 I 1 consid. 3a p. 2 s.; 125 II 152 consid. 5 p. 166; 122 II 446 consid. 4a p. 451 s. et les arrêts cités); en principe, si l'autorité ne s'exprime pas sur ses intentions futures, le Tribunal fédéral présume qu'elle se conformera à la loi à l'avenir (cf. ATF 115 Ia 81 consid. 2 p. 83). Il faut encore que l'autorité n'ait pas respecté la loi selon une pratique constante, et non pas dans un ou quelques cas isolés (ATF 132 II 485 consid. 8.6 p. 510; 127 I 1 consid. 3a p. 2; 126 V 390 consid. 6a p. 392 et les arrêts cités), et qu'aucun intérêt public ou privé prépondérant n'impose de donner la préférence au respect de la légalité (ATF 123 II 248 consid. 3c p. 254; 115 Ia 81 consid. 2 p. 83 et les références). C'est seulement lorsque toutes ces conditions sont remplies que le citoyen est en droit de prétendre, à titre exceptionnel, au bénéfice de l'égalité dans l'illégalité.
6.2 En l'espèce, la Cour de justice pouvait à juste titre considérer, devant l'importance que revêt la préservation du parc locatif immobilier genevois et qui a été reconnue d'intérêt public à maintes reprises, tant par la jurisprudence fédérale que cantonale, que le principe de l'égalité de traitement devait s'effacer devant celui de la légalité. A cela s'ajoute que le DCTI, qui a conclu à l'annulation de l'arrêt attaqué, ne s'est pas exprimé sur ce point; l'on peut dès lors présumer qu'il se conformera, à l'avenir, à l'interprétation de la Cour de justice relative aux ventes d'appartements en bloc.
7. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 LTF). En vertu de l'art. 68 al. 2 LTF, celle-ci versera en outre une indemnité de dépens à l'intimée qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 1'500 fr. est allouée à l'intimée à titre de dépens, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département des constructions et des technologies de l'information et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative 2ème Section.
Lausanne, le 14 juillet 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Fonjallaz Mabillard