Sachverhalt:
A. R._, geboren 1957, war seit 19. März 2003 bei der Firma X._ AG angestellt. Am 22. September 2005 unterzeichnete er eine Vereinbarung mit der Firma X._ AG, wonach das Arbeitsverhältnis auf den 31. Dezember 2005 in gegenseitigem Einvernehmen aufgelöst werde. Am 29. Dezember 2005 meldete er sich zur Arbeitsvermittlung an und ersuchte in der Folge um Arbeitslosenentschädigung. Mit Verfügung vom 20. März 2006, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 20. April 2006, stellte ihn die Kantonale Arbeitslosenkasse (nachfolgend: Arbeitslosenkasse) für 52 Tage ab 1. Januar 2006 in der Anspruchsberechtigung ein.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 28. März 2007 teilweise gut und stellte R._ für 31 Tage ab 1. Januar 2006 in der Anspruchsberechtigung ein.
C. Die Arbeitslosenkasse führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Weil die angefochtene Entscheidung nach dem Datum des Inkrafttretens des Bundesgesetzes über das Bundesgericht (BGG; SR 173.110), dem 1. Januar 2007 (AS 2006 1242) ergangen ist, untersteht die Beschwerde dem neuen Recht (Art. 132 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Die Arbeitslosenkasse rügt die Ermessensausübung durch die Vorinstanz, welche die Dauer der Einstellung von 52 Tagen auf das unterste Mass bei schwerem Verschulden von 31 Tage reduzierte.
2.2 Ermessensmissbrauch ist gegeben, wenn die Behörde zwar im Rahmen des ihr eingeräumten Ermessens bleibt, sich aber von unsachlichen, dem Zweck der massgebenden Vorschriften fremden Erwägungen leiten lässt oder allgemeine Rechtsprinzipien, wie das Verbot von Willkür und von rechtsungleicher Behandlung, das Gebot von Treu und Glauben sowie den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verletzt (BGE 123 V 150 E. 2 S. 152 mit Hinweisen). Dagegen liegt Ermessensüberschreitung vor, wenn die Behörde Ermessen walten lässt, wo ihr das Gesetz keines einräumt, oder wo sie statt zweier zulässiger Lösungen eine dritte wählt. In diesem Zusammenhang ist auch die Ermessensunterschreitung bedeutsam, die darin besteht, dass die entscheidende Behörde sich als gebunden betrachtet, obschon sie nach Gesetz berechtigt wäre, nach Ermessen zu handeln, oder dass sie auf Ermessensausübung ganz oder teilweise von vornherein verzichtet (BGE 116 V 307 E. 2 S. 310).
2.3 Das kantonale Gericht hat die Reduktion der Einstelltage mit der Drucksituation, in welcher sich der Versicherte befand, begründet. Dabei handelt es sich um eine Feststellung tatsächlicher Natur, an welche das Bundesgericht gebunden ist (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG); denn sie ist weder offensichtlich unrichtig noch kam sie unter Verletzung von Vorschriften im Sinne von Art. 95 BGG zu Stande. Da sich die Vorinstanz zudem an die untere Grenze innerhalb des Rahmens von 31 bis 60 Tagen (Art. 45 Abs. 2 AVIV) hielt und ihr von der Verwaltung abweichendes Ermessen hinreichend begründet hat, kann auch nicht gesagt werden, sie habe ihr Ermessen missbraucht oder überschritten.
3. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im Verfahren nach Art. 109 BGG, insbesondere ohne Durchführung eines Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung, erledigt wird.
4. 4.1 Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG). Nach Art. 66 Abs. 1 BGG werden die Gerichtskosten in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie den mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis und, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist (Art. 66 Abs. 4 BGG). Es stellt sich demnach die Frage, ob der unterliegenden Arbeitslosenkasse die Gerichtskosten aufzuerlegen sind.
4.2 Bereits unter dem alten Recht durften gemäss Art. 156 Abs. 2 OG "dem Bund, Kantonen oder Gemeinden, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis und ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen, oder gegen deren Verfügungen in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt wird", in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden. Dieser Text findet sich bereits als Art. 156 Abs. 2 in der Botschaft des Bundesrates zum OG vom 9. Februar 1943 (BBl 1943 97, 208). Er wurde mit geringen sprachlichen Änderungen aus Art. 221 Abs. 4 des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 22. März 1893 übernommen (BBl 1893 I 1107, 1165). Nach der Rechtsprechung hatten Arbeitslosenkassen unter der Herrschaft des OG in kostenpflichtigen Verfahren (z.B. in Verfahren um prozessuale Fragen) allfällige Gerichtskosten zu tragen (vgl. etwa Urteile C 162/04 vom 20. Januar 2005, C 38/05 vom 7. April 2005 oder C 28/05 vom 13. Dezember 2005).
4.3 Die Grundsätze der Kostentragungspflicht vor Bundesgericht (Art. 66 BGG) sind weitgehend vom bisherigen Recht übernommen worden (Botschaft des Bundesrates vom 28. Februar 2001, BBl 2001 4202, 4305). Kostenpflichtig ist gemäss Art. 66 BGG grundsätzlich die unterliegende (Abs. 1) oder die unnötig Kosten verursachende (Abs. 3) Partei. Diese Regelung kennt ausdrücklich erwähnte Ausnahmen: Von den Gerichtskosten befreit sind Bund, Kantone und Gemeinden sowie - neu - die mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen, sofern sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis handeln und es nicht um ihr Vermögensinteresse geht (Abs. 4). Das Bundesgericht kann die Gerichtskosten anders verteilen oder auf die Kostenerhebung verzichten, wenn es die Umstände rechtfertigen (Abs. 1 zweiter Satz). Zudem kann es auf die Erhebung der Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichten, wenn ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt wird (Abs. 2). Aus dem Vergleich des Wortlauts von Art. 156 Abs. 2 OG und Art. 66 Abs. 4 BGG wird deutlich, dass die bisher für Bund, Kantone und Gemeinden geltende Kostenbefreiung auf die Organisationen mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben erweitert werden sollte. Dieser Begriff fand sich bisher bereits in Art. 159 Abs. 2 OG, so dass die zu dieser Bestimmung ergangene Rechtsprechung übernommen werden kann (vgl. Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, Art. 66 N 46).
4.4 In Abweichung vom bisherigen Art. 134 OG hat der Gesetzgeber sämtliche Verfahren vor Bundesgericht für kostenpflichtig erklärt und für das Sozialversicherungsrecht lediglich einen reduzierten Gebührenrahmen vorgesehen (Art. 65 Abs. 4 lit. a BGG).
4.5 Während die kantonalen Arbeitsämter, welchen Aufgaben im Sinne von Art. 85 AVIG übertragen sind, als kantonale Amtsstellen ohne Weiteres dem Begriff "Kanton" zuzuordnen sind, ist die Ausgangslage bei den Arbeitslosenkassen anders, da der Gesetzgeber nebst den kantonalen (Art. 77 AVIG) auch private (Art. 78 AVIG) Arbeitslosenkassen vorsieht. Nach Art. 79 Abs. 2 AVIG kommt sowohl den kantonalen wie auch den privaten Arbeitslosenkassen keine Rechtspersönlichkeit zu; sie können jedoch nach aussen in eigenem Namen handeln und als Partei auftreten. Damit bestimmt sich ihre Zuordnung nach ihrem jeweiligen Träger: Die kantonalen Arbeitslosenkassen, deren Träger die Kantone sind (Art. 77 Abs. 2 AVIG), fallen demnach unter den Begriff "Kanton" im Sinne von Art. 66 Abs. 4 BGG; die privaten Arbeitslosenkassen, deren Träger Arbeitgeber- oder Arbeitnehmerorganisationen sein können (Art. 78 Abs. 1 AVIG), zählen hingegen zu den mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen.
4.6 Den kantonalen und privaten Arbeitslosenkassen ist gemeinsam, dass sie bei Leistungsstreitigkeiten Aufgaben in ihrem amtlichen Wirkungskreis erfüllen (Art. 81 Abs. 1 AVIG; vgl. Seiler/von Werdt/Güngerich, a.a.O., Art. 66 N 49). Dabei verfolgen sie eigene Vermögensinteressen (vgl. Seiler/von Werdt/Güngerich, a.a.O., Art. 66 N 54). Sie sind für die Auszahlung der Leistungen zuständig (Art. 81 Abs. 1 lit. c AVIG). Somit fallen Arbeitslosenkassen nicht unter den Ausnahmetatbestand von Art. 66 Abs. 4 BGG. Dies steht in Einklang sowohl mit der bisherigen, mit dem BGG grundsätzlich nicht geänderten Praxis, wonach die Arbeitslosenkassen in kostenpflichtigen Verfahren Gerichtskosten zu tragen haben (vgl. E. 4.2 in fine sowie E. 4.3), als auch mit der Einführung der Kostenpflicht für sämtliche Sozialversicherungsverfahren vor Bundesgericht (vgl. E. 4.4).
4.7 Nach dem Gesagten sind die Gerichtskosten der unterliegenden Arbeitslosenkasse aufzuerlegen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Arbeitslosenkasse des Kantons St. Gallen auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, dem Amt für Arbeit des Kantons St. Gallen und dem Staatssekretariat für Wirtschaft zugestellt.
Luzern, 25. September 2007
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: