Faits:
A. Par contrat de travail du 21 juin 2000, A._ (ci-après: l'employeur) a engagé X._ (ci-après: l'employée) à mi-temps, avec effet au 1er juillet 2000.
Au cours du printemps 2003, l'employée a reçu, via le courrier électronique de son ordinateur professionnel, plusieurs plaisanteries adressées à l'ensemble du personnel et dont elle a allégué qu'ils avaient gravement heurté sa sensibilité de femme et de chrétienne.
Le 18 décembre 2003, une démission avec effet immédiat a donné lieu à une réorganisation que l'employée a contestée, en particulier le nouveau rôle assigné à celui qui allait devenir son supérieur hiérarchique.
Le 23 janvier 2004, l'employeur a résilié le contrat de travail de l'employée pour le 31 mars 2004 et l'a libérée de son obligation de travailler jusqu'à l'échéance de son contrat. Par courrier du 28 janvier 2004, l'employée a demandé la reconsidération de la décision de licenciement ou, à tout le moins, sa motivation. Le 6 février 2004, il lui a été répondu que son congé avait dû lui être signifié dans le contexte de la réorganisation et qu'au demeurant, l'on ne pouvait pas réexaminer une décision nécessaire au nouveau fonctionnement.
B. Le 4 mars 2004, l'employée a déposé une requête de conciliation auprès de la Commission cantonale de conciliation en matière d'égalité entre les sexes dans les rapports de travail; elle concluait à sa réintégration provisoire, à la tentative de conciliation relativement à l'annulation du congé du 23 janvier 2004 et au versement d'une indemnité de trois mois de salaire; pour des raisons de compétence, la Commission a transmis la cause au Président de la Chambre des prud'hommes de la Sarine, qui a rejeté la requête de réintégration provisoire par ordonnance du 9 juin 2004.
Par demande du 30 juillet 2004, l'employée a assigné l'employeur devant la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Sarine; elle concluait principalement à l'annulation du congé et à sa réintégration rétroactive au 1er avril 2004, subsidiairement au versement de son salaire jusqu'au 1er juillet 2005 ainsi que d'indemnités de deux mois de salaire brut pour résiliation abusive, de deux mois de salaire brut pour harcèlement sexuel et discriminatoire et de 10'000 fr. pour tort moral. Par jugement du 4 septembre 2008, la Chambre des prud'hommes a rejeté la demande.
Statuant sur appel de l'employée - qui demandait désormais le versement de son salaire jusqu'au 1er juillet 2010 - par arrêt du 4 décembre 2009, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg a rejeté le recours et confirmé le jugement attaqué. En bref, elle a considéré que trois des six courriels produits en procédure étaient légèrement mais suffisamment sexistes pour importuner l'employée, de sorte qu'une violation de l'art. 4 de la loi fédérale du 24 mars 1995 sur l'égalité entre femmes et hommes (Loi sur l'égalité, LEg; RS 151.1) était établie; cela étant, le congé n'était pas annulable, dès lors qu'il avait été signifié après la période légale de protection prévue par l'art. 10 al. 2 LEg; enfin, si l'un des courriels avait pu avoir un impact sur la sensibilité de croyante de l'employée, ce cas ne revêtait pas un caractère de gravité tel qu'il conduise à lui allouer une indemnité pour tort moral selon l'art. 49 CO.
C. L'employée (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral; elle conclut à la réforme de l'arrêt du 4 décembre 2009 dans le sens de l'annulation de la résiliation des rapports de travail, de sa réintégration dans sa fonction avec effet au 1er avril 2004 et de la condamnation de l'employeur à lui verser, en cas de refus de la réintégration, un salaire du 1er avril 2004 au 30 juin 2010 - mais jusqu'au 30 juin 2015 si la cause devait être jugée après le 30 juin 2010 -, une indemnité équivalent à deux salaires mensuels bruts en raison du harcèlement sexuel et discriminatoire durant les rapports de travail et du licenciement discriminatoire, ainsi qu'une indemnité de 10'000 fr. pour tort moral; elle demande également sa mise au bénéfice de l'assistance judiciaire et la désignation de son conseil comme avocat d'office. L'employeur (l'intimé) n'a pas été invité à se déterminer.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué est une décision rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) et la valeur litigieuse dépasse largement le seuil de 15'000 fr. applicable en matière de droit du travail (art. 74 al. 1 let. a LTF). La voie du recours en matière civile est donc ouverte, indépendamment du point de savoir si, comme le soutient la recourante, la contestation soulève des questions juridiques de principe (art. 74 al. 2 let. a LTF), ce dont on doute au demeurant. Par ailleurs interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), dans le délai prévu par la loi (art. 100 al. 1 LTF), le recours présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 III 397 consid. 1.5) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle - telle en l'occurrence celle en paiement du salaire jusqu'au 30 juin 2015 - est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
3. Dans un premier grief, la recourante, sous le titre "de l'annulation de la résiliation du contrat de travail à raison de réclamations pour harcèlement et discrimination de genre", reproche à la cour cantonale d'avoir nié l'annulabilité de son congé au sens de l'art. 10 LEg.
3.1 Aux termes de l'art. 10 LEg, la résiliation du contrat de travail par l'employeur est annulable lorsqu'elle ne repose pas sur un motif justifié et qu'elle fait suite à une réclamation adressée à un supérieur ou à un organe compétent au sein de l'entreprise, à l'ouverture d'une procédure de conciliation ou à l'introduction d'une action en justice (al. 1); le travailleur est protégé contre le congé durant toute la durée des démarches effectuées au sein de l'entreprise, durant la procédure de conciliation et durant toute la durée du procès, de même que pendant le semestre qui suit la clôture des démarches ou de la procédure (al. 2).
3.2 En l'occurrence, la cour cantonale a considéré qu'il ne ressortait pas de la procédure que l'employée, avant de recevoir son congé début 2004, ait mis en oeuvre d'autre démarches contre les courriels discriminatoires que les plaintes exprimées à ce sujet à son supérieur hiérarchique; selon les propres termes de l'employée en procédure, ces plaintes s'étaient arrêtées au niveau de celui-ci; or, l'employée situait en juin 2003 le briefing lors duquel elle avait exposé ses doléances; elle ne prétendait pas avoir entrepris de nouvelles démarches contre des courriels sexistes après cette date; le congé du 23 juin 2004, prononcé plus d'un semestre plus tard, n'était dès lors pas annulable en application de l'art. 10 LEg, puisqu'il était intervenu après la période légale de protection prévue par l'al. 2; cela scellait dans le sens du rejet le sort des conclusions en ce qui concernait l'annulation du congé, la réintégration dans le poste de travail et le versement des salaires du 1er avril 2004 au 1er juillet 2010.
3.3 La recourante conteste que le délai semestriel de protection ait été prescrit; elle semble en réalité reprocher à la cour cantonale d'avoir commis dans ce contexte arbitraire dans l'établissement des faits.
Le Tribunal fédéral n'examine que les griefs constitutionnels expressément invoqués et motivés (art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits ou principes constitutionnels violés et préciser en quoi consiste la violation; le recourant doit discuter les attendus de la décision attaquée et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation du droit constitutionnel (cf. ATF 134 I 83 consid. 3.2; 134 II 244 consid. 2.2; 134 V 138 consid. 2.1).
Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient au recourant de démontrer (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.). Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves (ATF 120 Ia 31 consid. 4b). La partie recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, montrer qu'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (ATF 134 V 53 consid. 4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
En l'occurrence, la recourante, qui ne mentionne d'ailleurs même pas expressément se plaindre d'arbitraire, se limite pour l'essentiel à énumérer un certain nombre d'éléments de preuve que la cour cantonale n'aurait selon elle à tort pas retenus, et qui démontreraient qu'elle s'était plainte plusieurs fois également auprès d'autres personnes que son supérieur hiérarchique d'alors, et cela même après le mois de juin 2003. Semblable argumentation ne satisfait pas aux exigences de motivation applicables en la matière. En effet, la recourante ne fait qu'exposer son propre point de vue, comme si elle plaidait devant une cour d'appel. Impropre à démontrer en quoi l'appréciation des preuves à laquelle les juges cantonaux ont procédé serait arbitraire, ce procédé n'est pas admissible. Le grief est ainsi irrecevable.
3.4 Le congé n'ayant pas été donné durant le délai de protection prévu à l'art. 10 al. 2 LEg, il n'y a pas lieu d'examiner s'il reposait sur un motif justifié, de sorte que l'argumentation de la recourante y relative est sans objet. Pour le surplus, en l'absence d'annulation de la résiliation, les questions de la réintégration et du versement de salaire pour la période postérieure à l'échéance du contrat ne se posent plus.
4. Sous une rubrique "la gravité des courriels sexistes importuns", la recourante fait ensuite grief aux juges cantonaux de ne pas lui avoir alloué d'indemnité au sens de l'art. 5 al. 3 LEg.
4.1 Selon cet article, lorsque la discrimination porte sur un cas de harcèlement sexuel, le tribunal ou l'autorité administrative peuvent également condamner l'employeur à verser au travailleur une indemnité, à moins que l'employeur ne prouve qu'il a pris les mesures que l'expérience commande, qui sont appropriées aux circonstances et que l'on peut équitablement exiger de lui pour prévenir ces actes ou y mettre fin.
4.2 A cet égard, la cour cantonale a en substance considéré que des six courriels produits en procédure, seuls trois revêtaient un caractère sexiste, léger mais suffisant pour importuner la recourante; le premier était une citation de Flaubert selon laquelle "Les femmes des uns font le bonheur des autres", le deuxième était une sentence disant "Ne soyez pas méchants avec les femmes... La nature s'en charge au fur et à mesure que le temps passe" et le troisième était un dessin de presse représentant un chef du personnel sur le point de profiter sans scrupule de sa fonction pour regarder sous la minijupe d'une jeune employée en la faisant asseoir en face de son bureau sur une chaise exagérément surélevée; compte tenu du fait que lesdits messages se situaient à la limite inférieure de ce qui pouvait encore être considéré comme une discrimination à raison du sexe au sens de la LEg et que, par ailleurs, de l'aveu même de la recourante, les courriels sexistes qu'elle aurait reçus par la suite étaient (encore) "plus soft", force était d'en conclure que l'employeur avait pris les mesures nécessaires à mettre fin à la discrimination en question puisque celle-ci ne s'était plus reproduite; la cour n'imaginait pas en effet de message sexiste qui, tout en étant "plus soft" que, par exemple, la citation de Flaubert susmentionnée, tomberait encore sous le coup de la loi invoquée; il s'ensuivait le rejet du chef de conclusions tendant au versement d'une indemnité à raison de harcèlement sexuel au sens de l'art. 5 al. 3 LEg.
4.3 Dans son écriture au Tribunal fédéral, la recourante plaide en bref que les courriels litigieux - dont elle soutient à tort que quatre auraient été reconnus comme sexistes par la cour cantonale, celui contenant, sous le titre "Fécondation in vitraux", la représentation caricaturale d'un vitrail où deux animaux s'accouplaient, ayant certes été considéré comme contenant une composante sexuelle, mais ne comportant en revanche pas de caractère sexiste - l'auraient si gravement atteinte dans sa personnalité que les juges cantonaux auraient dû lui allouer une indemnité fondée sur l'art. 5 al. 3 LEg.
Force est toutefois de constater d'emblée que la question n'est pas là. En effet, la cour cantonale a considéré que la conclusion tendant au versement d'une telle indemnité devait être rejetée au motif que l'intimé avait pris les mesures utiles pour faire cesser la diffusion de courriels contrevenant à la LEg ultérieurement au mois d'avril 2003; cela excluait de le condamner au versement d'une indemnité à teneur de l'art. 5 al. 3 LEg. Or, la recourante ne discute pas cet aspect des choses, si ce n'est en affirmant de manière purement appellatoire, sans démontrer en quoi les constatations contraires des juges cantonaux seraient arbitraires, que "l'employeur n'a pas eu, durant les rapports de travail, la diligence nécessaire pour empêcher toute discrimination et harcèlement de genre" ou que "l'employeur n'a mis fin aux courriels sexistes qu'après l'intervention de la commission de conciliation". Partant, son argumentation doit derechef être écartée.
5. Sous le titre "de l'atteinte illicite à la personnalité de la recourante", celle-ci reproche enfin à la cour cantonale de ne pas lui avoir alloué d'indemnité pour tort moral fondée sur l'art. 49 CO.
5.1 Aux termes du premier alinéa de cette disposition, celui qui subit une atteinte à sa personnalité a droit à une somme d'argent à titre de réparation morale, pour autant que la gravité de l'atteinte le justifie et que l'auteur ne lui ait pas donné satisfaction autrement.
Pour justifier l'allocation d'une indemnité pour tort moral fondée sur l'art. 49 al. 1 CO, il ne suffit pas que le tribunal constate une violation de l'obligation faite à l'employeur de protéger la personnalité du travailleur découlant de l'art. 328 CO; encore faut-il que l'atteinte ait une certaine gravité objective et qu'elle ait été ressentie par la victime, subjectivement, comme une souffrance morale suffisamment forte pour qu'il apparaisse légitime qu'une personne, dans ces circonstances, s'adresse au juge pour obtenir réparation (cf. ATF 130 III 699 consid. 5.1 p. 704).
5.2 Sur ce point, les juges cantonaux ont considéré que les trois messages sexistes susmentionnés n'atteignaient manifestement pas, dans leur modération déjà relevée plus haut, un degré de gravité suffisant pour justifier une indemnisation au sens de l'art. 49 CO; des autres courriels produits en procédure, le seul susceptible de heurter la foi catholique était celui montrant un Pape Jean-Paul II déjà âgé en train de lever, dans un geste qu'on pouvait imaginer mal assuré, le calice lors de la consécration, cette photographie étant assortie de la légende suivante: "Il est des nôô-ô-tres il a bu son verre comme les au-ô-tres"; le fait que la recourante ait été confrontée à une telle image dans un contexte religieux ajoutait à l'impact que cette plaisanterie avait pu avoir sur sa sensibilité de croyante; pour autant, cette unique occurrence ne suffisait pas à faire admettre que sa personnalité ait subi une atteinte d'une gravité telle que cela justifiait une indemnisation au sens de l'art. 49 CO.
5.3 A cet égard également, la recourante se contente d'affirmer que la cour cantonale aurait eu tort de lui refuser une indemnité "puisque l'administration des preuves a démontré que l'employeur n'a pas protégé sa personnalité", avant de se lancer dans des considérations générales, notamment relatives à la doctrine ecclésiastique, qui se fondent d'ailleurs largement sur des faits non constatés dans la décision entreprise, en particulier lorsqu'elle affirme avoir été victime de diffamation. Ce mode de faire est impropre à démontrer en quoi les juges cantonaux auraient mal apprécié l'intensité de l'atteinte à sa personnalité et le moyen ne résiste ainsi pas à l'examen.
Il y a encore lieu de préciser que dans la mesure où la recourante n'a droit ni à une indemnité pour tort moral, ni à une indemnité fondée sur le LEg, il n'est pas nécessaire d'examiner la question du rapport, spécifiquement d'un éventuel cumul, entre ces deux types d'indemnités.
6. La recourante sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire et la désignation de son conseil comme avocat d'office.
Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert (art. 29 al. 3 Cst.).
Un procès est dépourvu de chances de succès lorsque les perspectives de le gagner sont notablement plus faibles que les risques de le perdre et qu'elles ne peuvent donc pas être considérées comme sérieuses, de sorte qu'une personne raisonnable et de condition aisée renoncerait à s'y engager en raison des frais qu'elle s'exposerait à devoir supporter; il ne l'est pas, en revanche, lorsque les chances de succès et les risques d'échec s'équilibrent à peu près, ou que les premières ne sont que légèrement inférieures aux secondes. La situation doit être appréciée à la date du dépôt de la demande et sur la base d'un examen sommaire (ATF 133 III 614 consid. 5).
En l'espèce, le recours apparaissait d'emblée dénué de chances de succès, si bien que la demande d'assistance judiciaire ne peut qu'être rejetée. En conséquence, la recourante supporte les frais judiciaires de la présente procédure, fixés selon le tarif réduit (art. 65 al. 4 let. b et art. 66 al. 1 LTF). Elle n'a en revanche pas à verser des dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg.
Lausanne, le 14 mai 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz