Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Der 1964 geborene B._ war seit 1. September 1993 bei der Stiftung H._ angestellt und bei den Berner Versicherungen (heute: Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft, nachfolgend: Allianz) obligatorisch gegen die Folgen von Unfall und Berufskrankheit versichert. Am 31. März 1998 wurde er Opfer eines Verkehrsunfalles. Während er mit seinem Personenwagen vor einem Fussgängerstreifen anhielt, fuhr ein nachfolgendes Fahrzeug auf sein Auto auf. Gemäss Unfallprotokoll klagte der Versicherte bereits am Unfallort über Schulter- und Nackenschmerzen. Dr. med. K._, den er am Unfalltag aufsuchte, diagnostizierte ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule. Laut Zeugnis vom 11. September 1998 konnte die Behandlung beschwerdefrei abgeschlossen werden. Im Bericht vom März 1999 hielt derselbe Arzt jedoch fest, die Besserung sei nur vorübergehender Natur gewesen. Wegen erneut massiven Nacken-, Kopf- und Rückenschmerzen habe die Arbeitsunfähigkeit ab 1. September 1998 50 % betragen, am 3. November und vom 7. bis 9. Dezember 1998 sogar 100 %. Ab Januar 1999 nahm B._ an einer Therapiestudie für Patienten mit chronischen Beschwerden nach HWS-Distorision der Psychiatrischen Poliklinik des Spitals X._ teil. Gemäss Bericht vom 21. April 1999 wurde im Rahmen der dortigen Betreuung neben therapieresistenten Beschwerden eine chronische psychosoziale Überforderungssituation mit Gefahr zur Dekompensation festgestellt. Aus diesem Grund erfolgte vom 23. April bis 8. Juli 1999 eine stationäre Behandlung in der Klinik Y._ für Psychosomatik. Dort wurden chronische Schmerzen im HWS-Bereich (ICD-10 S13.4) und eine psychosoziale Krise (ICD-10 Z63.0) aufgrund der chronischen Schmerzen diagnostiziert (Bericht vom 12. Juli 1999). Mit Verfügung vom 2. Februar 2000 stellte die Allianz ihre Leistungen rückwirkend per 1. Juni 1999 ein, da die noch bestehenden Beschwerden psychogener Natur seien und es diesbezüglich am adäquaten Kausalzusammenhang zum Unfallereignis vom 31. März 1998 fehle. Nachdem der Versicherte Einsprache erhoben hatte, veranlasste die Allianz die Gutachten des Orthopäden Dr. med. Z._ vom 17. März 2001 und des Dr. med. lic. phil. O._ vom Institut M._, vom 12. Februar 2002. Mit Einspracheentscheid vom 28. Mai 2002 hielt sie an ihrer Beurteilung fest.
A. Der 1964 geborene B._ war seit 1. September 1993 bei der Stiftung H._ angestellt und bei den Berner Versicherungen (heute: Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft, nachfolgend: Allianz) obligatorisch gegen die Folgen von Unfall und Berufskrankheit versichert. Am 31. März 1998 wurde er Opfer eines Verkehrsunfalles. Während er mit seinem Personenwagen vor einem Fussgängerstreifen anhielt, fuhr ein nachfolgendes Fahrzeug auf sein Auto auf. Gemäss Unfallprotokoll klagte der Versicherte bereits am Unfallort über Schulter- und Nackenschmerzen. Dr. med. K._, den er am Unfalltag aufsuchte, diagnostizierte ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule. Laut Zeugnis vom 11. September 1998 konnte die Behandlung beschwerdefrei abgeschlossen werden. Im Bericht vom März 1999 hielt derselbe Arzt jedoch fest, die Besserung sei nur vorübergehender Natur gewesen. Wegen erneut massiven Nacken-, Kopf- und Rückenschmerzen habe die Arbeitsunfähigkeit ab 1. September 1998 50 % betragen, am 3. November und vom 7. bis 9. Dezember 1998 sogar 100 %. Ab Januar 1999 nahm B._ an einer Therapiestudie für Patienten mit chronischen Beschwerden nach HWS-Distorision der Psychiatrischen Poliklinik des Spitals X._ teil. Gemäss Bericht vom 21. April 1999 wurde im Rahmen der dortigen Betreuung neben therapieresistenten Beschwerden eine chronische psychosoziale Überforderungssituation mit Gefahr zur Dekompensation festgestellt. Aus diesem Grund erfolgte vom 23. April bis 8. Juli 1999 eine stationäre Behandlung in der Klinik Y._ für Psychosomatik. Dort wurden chronische Schmerzen im HWS-Bereich (ICD-10 S13.4) und eine psychosoziale Krise (ICD-10 Z63.0) aufgrund der chronischen Schmerzen diagnostiziert (Bericht vom 12. Juli 1999). Mit Verfügung vom 2. Februar 2000 stellte die Allianz ihre Leistungen rückwirkend per 1. Juni 1999 ein, da die noch bestehenden Beschwerden psychogener Natur seien und es diesbezüglich am adäquaten Kausalzusammenhang zum Unfallereignis vom 31. März 1998 fehle. Nachdem der Versicherte Einsprache erhoben hatte, veranlasste die Allianz die Gutachten des Orthopäden Dr. med. Z._ vom 17. März 2001 und des Dr. med. lic. phil. O._ vom Institut M._, vom 12. Februar 2002. Mit Einspracheentscheid vom 28. Mai 2002 hielt sie an ihrer Beurteilung fest.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 21. November 2003 im Sinne der Erwägungen insofern gut, als es den Einspracheentscheid aufhob und die Sache an die Allianz zurückwies, damit sie über die dem Versicherten zustehenden Leistungen ab dem 1. Juni 1999 neu verfüge.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 21. November 2003 im Sinne der Erwägungen insofern gut, als es den Einspracheentscheid aufhob und die Sache an die Allianz zurückwies, damit sie über die dem Versicherten zustehenden Leistungen ab dem 1. Juni 1999 neu verfüge.
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die Allianz die Aufhebung des kantonalen Entscheids.
B._ lässt das Rechtsbegehren stellen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei abzuweisen. Das Bundesamt für Gesundheit lässt sich nicht vernehmen.
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Das kantonale Gericht hat die gesetzliche Bestimmung über den Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung im Allgemeinen (Art. 6 Abs. 1 UVG) ebenso zutreffend dargelegt wie die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; BGE 129 V 181 Erw. 3.1, 406 Erw. 4.3.1, 119 V 337 Erw. 1, 118 V 289 Erw. 1b, je mit Hinweisen), zur vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (BGE 129 V 181 Erw. 3.2, 405 Erw. 2.2, 125 V 461 Erw. 5a mit Hinweisen), bei psychischen Unfallfolgen (BGE 115 V 133 ff.) und Folgen eines Unfalles nach Schleudertrauma der HWS (BGE 117 V 359 ff.) bzw. einer diesem äquivalenten Verletzung (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 Erw. 2) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle im Besonderen, soweit nicht eine ausgeprägte psychische Problematik vorliegt (BGE 123 V 99 Erw. 2a). Beizupflichten ist im Weiteren den Erwägungen der Vorinstanz, dass das am 1. Januar 2003 in Kraft getretene Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2000 nicht anwendbar ist (BGE 129 V 4 Erw. 1.2 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
1. Das kantonale Gericht hat die gesetzliche Bestimmung über den Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung im Allgemeinen (Art. 6 Abs. 1 UVG) ebenso zutreffend dargelegt wie die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; BGE 129 V 181 Erw. 3.1, 406 Erw. 4.3.1, 119 V 337 Erw. 1, 118 V 289 Erw. 1b, je mit Hinweisen), zur vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (BGE 129 V 181 Erw. 3.2, 405 Erw. 2.2, 125 V 461 Erw. 5a mit Hinweisen), bei psychischen Unfallfolgen (BGE 115 V 133 ff.) und Folgen eines Unfalles nach Schleudertrauma der HWS (BGE 117 V 359 ff.) bzw. einer diesem äquivalenten Verletzung (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 Erw. 2) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle im Besonderen, soweit nicht eine ausgeprägte psychische Problematik vorliegt (BGE 123 V 99 Erw. 2a). Beizupflichten ist im Weiteren den Erwägungen der Vorinstanz, dass das am 1. Januar 2003 in Kraft getretene Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2000 nicht anwendbar ist (BGE 129 V 4 Erw. 1.2 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
2. Es steht aufgrund der medizinischen Unterlagen fest und ist unbestritten, dass zwischen dem Unfall vom 31. März 1998, bei welchem der Versicherte ein Schleudertrauma der HWS mit dem dafür typischen Beschwerdebild (vgl. dazu BGE 117 V 360 Erw. 4b) erlitten hat und den anhaltenden Beschwerden ein natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist. Streitig und zu prüfen ist hingegen die Adäquanz des Kausalzusammenhangs. Während die Vorinstanz diese nach Massgabe der in BGE 117 V 367 Erw. 6a publizierten Kriterien geprüft und bejaht hat, geht die Allianz davon aus, spätestens ab September 1998 seien die somatischen Beschwerden von einer ausgeprägten psychischen Problematik überlagert worden, was die Anwendung der bei psychischen Fehlentwicklungen relevanten Rechtsprechung gemäss BGE 115 V 140 Erw. 6c/aa rechtfertige.
2. Es steht aufgrund der medizinischen Unterlagen fest und ist unbestritten, dass zwischen dem Unfall vom 31. März 1998, bei welchem der Versicherte ein Schleudertrauma der HWS mit dem dafür typischen Beschwerdebild (vgl. dazu BGE 117 V 360 Erw. 4b) erlitten hat und den anhaltenden Beschwerden ein natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist. Streitig und zu prüfen ist hingegen die Adäquanz des Kausalzusammenhangs. Während die Vorinstanz diese nach Massgabe der in BGE 117 V 367 Erw. 6a publizierten Kriterien geprüft und bejaht hat, geht die Allianz davon aus, spätestens ab September 1998 seien die somatischen Beschwerden von einer ausgeprägten psychischen Problematik überlagert worden, was die Anwendung der bei psychischen Fehlentwicklungen relevanten Rechtsprechung gemäss BGE 115 V 140 Erw. 6c/aa rechtfertige.
3. 3.1 In Fällen, in welchen die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der HWS gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise gegeben sind, im Vergleich zur vorliegenden ausgeprägten psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten, ist die Beurteilung unter dem Gesichtspunkt einer psychischen Fehlentwicklung nach Unfall vorzunehmen (BGE 123 V 99 Erw. 2a). Dies gilt namentlich dann, wenn die psychische Problematik bereits unmittelbar nach dem Unfall eindeutige Dominanz aufweist (RKUV 2002 Nr. U 465 S. 438 Erw. 3a). Nicht zulässig ist es, längere Zeit nach einem Unfall, wenn die zum typischen Beschwerdebild gehörenden physischen Beschwerden weitgehend abgeklungen sind, die psychische Problematik aber fortbesteht, diese fortan nach der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen zu beurteilen, während sie in einem früheren Stadium, als das typische Beschwerdebild noch ausgeprägt war, nach der Schleudertrauma-Praxis beurteilt worden wäre. Vielmehr ist in einem solchen Fall zu prüfen, ob im Verlaufe der ganzen Entwicklung vom Unfall bis zum Beurteilungszeitpunkt die physischen Beschwerden gesamthaft nur eine sehr untergeordnete Rolle gespielt haben und damit ganz in den Hintergrund getreten sind. Nur wenn dies zutrifft, ist die Adäquanz nach der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen (BGE 115 V 133) zu beurteilen (RKUV 2002 Nr. U 465 S. 439 Erw. 3b).
3.2 Aufgrund der medizinischen Unterlagen standen unmittelbar nach dem Unfall Nacken- und Hinterkopfschmerzen im Vordergrund. Dr. med. R._ vom Medizinisch-Radiologischen Zentrum S._ diagnostizierte am 28. Juli 1998 eine Fehlhaltung im Sinne einer Streckhaltung, jedoch ohne Anhaltspunkte für ossäre Läsionen. Die von Dr. med. K._ erwähnte schmerzfreie Phase bis Ende August war nur vorübergehender Natur. Anschliessend stellten sich erneut massive Nacken-, Kopf- und Rückenschmerzen ein, welche den Hausarzt veranlassten, ab 1. September 1998 eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % zu attestieren (undatierter Bericht des Dr. med. K._ vom März 1999). Laut Bericht der Psychiatrischen Poliklinik des Spitals X._ vom 21. April 1999 standen Schmerzen im Kopf-, Nacken- und Schulterbereich sowie Konzentrationsstörungen im Vordergrund, welche durch körperliche Aktivität ausgelöst und verstärkt wurden. Diese belastende Situation äusserte sich in einer dysphorischen Stimmung. Zu den therapieresistenten Beschwerden stellte sich eine chronische psychosoziale Überforderungssituation ein. Gemäss Austrittsbericht der Klinik Y._ für Psychosomatik vom 12. Juli 1999 konnte bezüglich der Schmerzsymptomatik im HWS-Bereich nur eine geringgradige Verbesserung erzielt werden. Auch im Bericht der Psychiatrischen Poliklinik des Spitals X._ vom 14. September 1999 werden persistierende Beschwerden nach HWS-Distorsion angeführt. Aufgrund der medizinischen Unterlagen ist die Schmerzproblematik nicht allein auf psychische Ursachen zurückzuführen. Auch wenn es zutrifft, dass sich der Versicherte in einer sehr schwierigen psychosozialen Situation befand und unter einem hohen subjektiven Leidensdruck stand, kann nicht gesagt werden, die psychosoziale Krisensituation habe die somatischen Unfallfolgen vollständig in den Hintergrund gedrängt. Für die Adäquanz ist daher die Rechtsprechung gemäss BGE 117 V 359 massgebend.
3.2 Aufgrund der medizinischen Unterlagen standen unmittelbar nach dem Unfall Nacken- und Hinterkopfschmerzen im Vordergrund. Dr. med. R._ vom Medizinisch-Radiologischen Zentrum S._ diagnostizierte am 28. Juli 1998 eine Fehlhaltung im Sinne einer Streckhaltung, jedoch ohne Anhaltspunkte für ossäre Läsionen. Die von Dr. med. K._ erwähnte schmerzfreie Phase bis Ende August war nur vorübergehender Natur. Anschliessend stellten sich erneut massive Nacken-, Kopf- und Rückenschmerzen ein, welche den Hausarzt veranlassten, ab 1. September 1998 eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % zu attestieren (undatierter Bericht des Dr. med. K._ vom März 1999). Laut Bericht der Psychiatrischen Poliklinik des Spitals X._ vom 21. April 1999 standen Schmerzen im Kopf-, Nacken- und Schulterbereich sowie Konzentrationsstörungen im Vordergrund, welche durch körperliche Aktivität ausgelöst und verstärkt wurden. Diese belastende Situation äusserte sich in einer dysphorischen Stimmung. Zu den therapieresistenten Beschwerden stellte sich eine chronische psychosoziale Überforderungssituation ein. Gemäss Austrittsbericht der Klinik Y._ für Psychosomatik vom 12. Juli 1999 konnte bezüglich der Schmerzsymptomatik im HWS-Bereich nur eine geringgradige Verbesserung erzielt werden. Auch im Bericht der Psychiatrischen Poliklinik des Spitals X._ vom 14. September 1999 werden persistierende Beschwerden nach HWS-Distorsion angeführt. Aufgrund der medizinischen Unterlagen ist die Schmerzproblematik nicht allein auf psychische Ursachen zurückzuführen. Auch wenn es zutrifft, dass sich der Versicherte in einer sehr schwierigen psychosozialen Situation befand und unter einem hohen subjektiven Leidensdruck stand, kann nicht gesagt werden, die psychosoziale Krisensituation habe die somatischen Unfallfolgen vollständig in den Hintergrund gedrängt. Für die Adäquanz ist daher die Rechtsprechung gemäss BGE 117 V 359 massgebend.
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat das Unfallereignis vom 31. März 1998 dem mittleren Bereich im Grenzbereich zu den leichten Unfällen zugeordnet, was aufgrund der Akten nicht zu beanstanden ist. Dies entspricht denn auch der Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts, wonach Auffahrkollisionen vor einem Fussgängerstreifen in der Regel als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen zu qualifizieren sind (HAVE 2003 S. 298). Die Adäquanz des Kausalzusammenhangs ist demnach zu bejahen, falls ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien (besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls; Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen; ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung; Dauerbeschwerden; ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert; schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen; Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit) in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (BGE 117 V 367 f.). Die Beschwerdeführerin führt unter Hinweis auf RKUV 1998 Nr. U 297 S. 243 aus, es sei in der Regel das Vorliegen von vier Kriterien zu verlangen. Dies kann für einen leichten Fall, wie er dort zu beurteilen war, zutreffen. Im gesamten mittleren Bereich kann jedoch ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Trifft dies nicht zu, müssen bei einem Unfall im mittleren Bereich, der dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein (BGE 117 V 367 Erw. 6b).
4.2 Der Unfall vom 31. März 1998 ereignete sich weder unter dramatischen Begleitumständen noch ist er als besonders eindrücklich zu bezeichnen. Was sodann das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen anbelangt, vermag zwar die Diagnose eines Schleudertraumas dieses für sich allein nicht zu begründen. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für ein Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besondere Umstände (wie etwa eine ungünstige Körperhaltung; vgl. RKUV 1998 Nr. U 297 S. 245 Erw. 3c), welche das Beschwerdebild beeinflussen können (Urteil P. vom 24. September 2003, U 361/02). Infolge der ausgeprägten Schmerzproblematik wurde der Versicherte nicht nur zunehmend unruhiger und aggressiver gegenüber den Familienangehörigen, er geriet auch in beruflicher Hinsicht an die Belastungsgrenze. In Anbetracht der persistierenden Schmerzen sowie ihrer erheblichen Auswirkungen auf den Alltag und die Persönlichkeit (vgl. BGE 117 V 369) kann das erwähnte Kriterium als - wenn auch nur knapp - erfüllt gelten. Offen bleiben kann, ob und allenfalls inwieweit die HWS-Distorsion durch die Körperhaltung im Zeitpunkt der mechanischen Einwirkung beeinflusst wurde und namentlich ob die Kopfstütze den Aufprall auffangen konnte. Bezüglich der ungewöhnlich langen Dauer der ärztlichen Behandlung ist eine Behandlungsbedürftigkeit während zwei bis drei Jahren nach einem Schleudertrauma der HWS oder äquivalenten Verletzungen mit ähnlichem Beschwerdebild noch als in einem üblichen Rahmen liegend zu betrachten (Urteil H. vom 19. Mai 2004, U 330/03). Nach dem Unfall stand der Beschwerdegegner in der Behandlung seines Hausarztes. Er wurde anfänglich medikamentös und physikalisch behandelt. Nach vorübergehender Beschwerdefreiheit im Sommer 1998 wurde wegen erneut auftretenden Nacken-, Kopf- und Rückenschmerzen ab November 1998 eine massive Analgetikatherapie eingeleitet, welche in der Folge etwas reduziert werden konnte. Die Physiotherapie wurde wieder aufgenommen und ab 26. Januar 1999 eine Schmerzbehandlungstherapie im Rahmen einer Nationalfondstudie in die Wege geleitet, welche eine vom 8. Februar bis 19. April 1999 dauernde physiotherapeutische Behandlung mit begleitendem kognitivem Schmerzbewältigungstraining beinhaltete (vgl. die Berichte des Dr. med. K._ vom März 1999 und der Psychiatrischen Poliklinik des Spitals X._ vom 21. April und 14. September 1999). Vom 24. April bis 9. Juli 1999 erfolgte eine stationäre Behandlung in der Klinik Y._ für Psychosomatik. Anschliessend wurde die Therapie ambulant weitergeführt (Bericht Dr. med. K._ vom 13. Juli 1999). Gemäss Bericht der Fachpsychologin für Psychotherapie FSP A._ vom 25. Juli 2000 stand der Versicherte bei ihr seit Ende August 1999 in regelmässiger Behandlung, wobei ein weiteres Jahr psychotherapeutischer Arbeit im bisherigen Rahmen als angezeigt erachtet wurde. Wie dem Bericht des Paraplegikerzentrums C._ vom 20. Februar 2001 zu entnehmen ist, wurde die medikamentöse Behandlung fortgesetzt und eine muskuläre Infiltration im Bereich der HWS ins Auge gefasst. Die medikamentöse Therapie mit begleitender psychologischer Behandlung dauerte auch im Zeitpunkt der Berichterstattung des Dr. med. K._ vom 13. April 2002 an. Unter diesen Umständen ist mit der Vorinstanz eine drei Jahre übersteigende und damit ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung zu bejahen. Von einer ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat, ist nichts bekannt. Dem Bericht des Paraplegikerzentrums C._ vom 15. März 2002 ist zu entnehmen, dass der Versicherte an Dauerschmerzen im Nacken- und Occipitalbereich leidet. Nacken- und Kopfschmerzen wurden, abgesehen von einer kurzen beschwerdearmen Phase im Sommer 1998, seit dem Unfall angegeben. In Würdigung dieser Sachlage ist das Kriterium der Dauerbeschwerden gegeben. Es muss zudem von einem schwierigen Heilungsverlauf ohne nachhaltige Besserung des Beschwerdebildes ausgegangen werden. Trotz aufwändiger Therapien konnte, abgesehen von einer vorübergehend kurzfristigen Beschwerdereduktion, keine wesentliche Verbesserung des Gesundheitsschadens erreicht werden. Der Heilungsverlauf kann sich als schwierig erweisen, auch wenn dabei keine erheblichen Komplikationen auftreten. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin müssen die Kriterien des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen nicht kumulativ erfüllt sein (vgl. auch BGE 117 V 368 Erw. 7b). Seit dem Unfall war der Versicherte gemäss den Angaben des Dr. med. K._ vom 31. März bis 2. April 1998, am 3. November 1998, vom 7. bis 9. Dezember 1998 und ab 13. Februar 2002 vollständig arbeitsunfähig. Vom 1. September bis 2. November 1998, vom 4. November bis 6. Dezember 1998 und ab 10. Dezember 1998 wurde eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % attestiert (Arztberichte vom März 1999 und vom 13. April 2002). Dabei gilt es zu berücksichtigen, dass der Beschwerdegegner sein Arbeitspensum, welches er nebst der Ausbildung zum Sozialarbeiter absolvierte, per 1. September 1998 von 70 % auf 50 % reduziert hatte, wobei dies offenbar nicht nur auf gesundheitliche Gründe, sondern teilweise auch auf eine berufliche und familiäre Überbelastung zurückzuführen ist. Zudem fand vom 27. Juni bis 30. August 1998 kein Schulunterricht statt. Im Bericht vom März 1999 wies Dr. med. K._ im Hinblick darauf, dass der Versicherte vor dem Unfall ein 70%iges Arbeitspensum innehatte darauf hin, die 50%ige Arbeitsunfähigkeit sei gleichbedeutend mit einer 50%igen Arbeitsfähigkeit. Selbst wenn somit ein Teil der Arbeitszeitreduktion nicht krankheitsbedingt war, verbleibt doch eine namhafte unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit über längere Zeit, weshalb das Kriterium einer hinsichtlich Dauer und Grad erheblichen Arbeitsunfähigkeit als erfüllt zu betrachten ist (vgl. zur Kasuistik RKUV 2001 Nr. U 442 S. 544).
4.3 Eine Gesamtwürdigung des Unfallgeschehens und der unfallbezogenen Kriterien, welche in gehäufter Weise erfüllt sind, ergibt, dass dem Unfall vom 31. März 1998 für die über den 1. Juni 1999 hinaus anhaltende gesundheitlichen Beeinträchtigungen mit Einschränkung der Arbeits- und Erwerbsfähigkeit eine massgebende Bedeutung zukommt, weshalb die Adäquanz des Kausalzusammenhangs, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin, zu bejahen ist.
4.3 Eine Gesamtwürdigung des Unfallgeschehens und der unfallbezogenen Kriterien, welche in gehäufter Weise erfüllt sind, ergibt, dass dem Unfall vom 31. März 1998 für die über den 1. Juni 1999 hinaus anhaltende gesundheitlichen Beeinträchtigungen mit Einschränkung der Arbeits- und Erwerbsfähigkeit eine massgebende Bedeutung zukommt, weshalb die Adäquanz des Kausalzusammenhangs, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin, zu bejahen ist.
5. Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Der obsiegende anwaltlich vertretene Beschwerdegegner hat Anspruch auf eine Parteientschädigung zu Lasten der Beschwerdeführerin (Art. 159 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG).
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
3. Die Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit (BAG) zugestellt.
Luzern, 7. Juli 2004
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer: Die Gerichtsschreiberin: