Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl führte eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen qualifizierten Drogendelikten, mehrfachen Diebstahls, Körperverletzung und weiteren mutmasslichen Straftaten (begangen zwischen 2006 und 2007). Am 23. Januar 2007 wurde er verhaftet und in Untersuchungshaft versetzt. Nachdem der Angeschuldigte am 23. März 2007 aus der Haft entlassen worden war, wurde er am 18. Juni 2007 erneut inhaftiert. Seit dem 2. September 2008 befindet er sich im vorzeitigen Strafvollzug. Mit Urteil vom 20. Januar 2009 (teilweise amtlich publiziert in BGE 135 I 71) wies das Bundesgericht eine Beschwerde des Angeschuldigten gegen einen Haftprüfungsentscheid des Bezirksgerichtes Zürich, Haftrichter, ab (Verfahren 1B_344/2008).
B. Am 9. Juli 2009 erhob die Staatsanwaltschaft Anklage beim Bezirksgericht Zürich. Am 30. September 2009 ersuchte der Angeklagte letztmals um Haftentlassung; gleichzeitig beantragte er (im Eventualstandpunkt) die Gewährung von Urlauben und eines "offenen" (vorzeitigen) Strafvollzuges. Der Haftrichter des Bezirksgerichtes Zürich wies alle Anträge mit Verfügung vom 16. Oktober 2009 ab.
C. Gegen den haftrichterlichen Entscheid vom 16. Oktober 2009 gelangte X._ mit Beschwerde vom 19. November 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt (im Hauptstandpunkt) seine unverzügliche Haftentlassung.
Der kantonale Haftrichter und die Staatsanwaltschaft haben Ende November 2009 je auf Stellungnahmen verzichtet.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein strafprozessualer Haftprüfungsentscheid betreffend Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug bzw. Änderung der Haftbedingungen. Die Eintretenserfordernisse von Art. 78 ff. BGG (vgl. BGE 133 I 270 E. 1.1 S. 272 f. mit Hinweisen) geben zu keinen Vorbemerkungen Anlass.
2. Nach zürcherischem Strafprozessrecht darf vorzeitiger Strafvollzug nur fortgesetzt werden, wenn der Angeklagte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und ausserdem konkrete Anhaltspunkte für einen besonderen Haftgrund vorliegen (§ 58 Abs. 1 i.V.m. § 71a StPO/ZH).
2.1 Der Beschwerdeführer bestreitet den dringenden Tatverdacht von Verbrechen und Vergehen (qualifizierten Drogendelikten, mehreren Vermögensdelikten und weiteren Straftaten) grundsätzlich nicht (vgl. auch BGE 135 I 71 E. 2.1 S. 72, E. 2.6 S. 74). Er wendet sich jedoch gegen die Annahme des besonderen Haftgrundes der Fortsetzungsgefahr (§ 58 Abs. 1 Ziff. 3 StPO/ZH) und rügt in diesem Zusammenhang insbesondere eine Verletzung von Art. 10 Abs. 2 und Art. 31 Abs. 1 BV.
2.2 Im Urteil 1B_344/2008 vom 20. Januar 2009 wurde ausführlich dargelegt, dass der Beschwerdeführer mehrfach (insbesondere wegen Vermögensdelikten) vorbestraft ist bzw. bereits "zahlreiche Verbrechen oder erhebliche Vergehen" im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 3 StPO/ZH verübt hat. Zusätzlich berücksichtigte das Bundesgericht, dass er am 23. Januar 2007 (wegen des Verdachtes von qualifizierten Drogendelikten und Vermögensdelikten) verhaftet, am 23. März 2007 aus der U-Haft entlassen und dabei vom Staatsanwalt ausdrücklich darauf aufmerksam gemacht wurde, dass ihm im Falle weiterer Delinquenz die Re-Inhaftierung drohe. Am 18. Juni 2007 wurde der Beschwerdeführer erneut festgenommen; er war geständig, gleichentags zwei Brillen gestohlen zu haben. Zudem musste ihm neu der Diebstahl einer Lederjacke aus einer Boutique sowie FiaZ (begangen am 5. Juni 2007 mit 1,5 Gewichtspromille Blutalkohol) zur Last gelegt werden, und es wurden bei einer Hausdurchsuchung vom 18. Juni 2007 am Wohnort des Beschwerdeführers 9,7 Gramm Heroin beschlagnahmt. Das Bundesgericht bestätigte das Vorliegen von Fortsetzungsgefahr (vgl. BGE 135 I 71 E. 2.1-2.15 S. 72-78).
2.3 Im angefochtenen Entscheid werden die Einwände des Beschwerdeführers gegen die Fortdauer dieses Haftgrundes als nicht stichhaltig verworfen. Die Vorinstanz verweist dabei auch auf die obigen Erwägungen des Bundesgerichtes sowie auf einen (ebenfalls den Angeklagten betreffenden) Entscheid des kantonalen Haftrichters vom 13. August 2009 (vgl. angefochtener Entscheid, S. 3-5, E. 3.1). Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, lässt die Annahme von Fortsetzungsgefahr nicht als verfassungswidrig erscheinen. Dies gilt insbesondere für die Einwände, der bisherige Haftvollzug habe sich positiv auf ihn ausgewirkt, und die Delikte, welche am 18. Juni 2007 zu seiner zweiten Verhaftung geführt hätten (zwei Diebstähle, FiaZ und Heroinbesitz), seien nicht schwerer Natur. Die Frage der Verfassungskonformität der bisherigen Haftdauer (vgl. dazu unten, E. 3) betrifft nicht die Begründung des materiellen Haftgrundes. Der auch noch (beiläufig) erhobene Vorwurf, die Vorinstanz habe das Bestehen von Wiederholungsgefahr nicht in verfassungskonformer Weise begründet, ist offensichtlich nicht stichhaltig.
2.4 Der Beschwerdeführer bestreitet sodann das Vorliegen von Fluchtgefahr, und er rügt, bei der Prüfung dieses Haftgrundes sei ihm das rechtliche Gehör (Art. 29 Abs. 2 i.V.m. Art. 31 Abs. 4 BV) verweigert worden. Die kantonalen Behörden hätten bei den letzten Haftprüfungen "im Wesentlichen nur noch Wiederholungsgefahr als Haftgrund behauptet". Im angefochtenen Entscheid werde "nun nebst Wiederholungsgefahr überraschend und neu auch Fluchtgefahr geltend gemacht".
2.5 Die betreffenden Rügen sind unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann:
2.5.1 Wie dargelegt, erweist sich die Annahme von Fortsetzungsgefahr als verfassungskonform (vgl. E. 2.1-2.3). Weder die Zürcher StPO noch Art. 31 Abs. 1 BV verlangen als Voraussetzung für die Rechtmässigkeit von strafprozessualer Haft zusätzlich noch einen weiteren besonderen Haftgrund. Nach ständiger Praxis beschränkt sich das Bundesgericht (auf Beschwerde hin und im Rahmen substanziierter Rügen) auf die Prüfung von ausreichenden Haftgründen (nämlich des allgemeinen Haftgrundes des dringenden Tatverdachtes und eines gesetzlichen besonderen Haftgrundes). Alternative besondere Haftgründe werden mangels aktuellen praktischen Rechtsschutzinteresses (Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG) und aus Gründen der Prozessökonomie grundsätzlich nicht "auf Vorrat" geprüft. Auf die materiellen Vorbringen des Beschwerdeführers zur Frage der Fluchtgefahr ist demnach nicht einzutreten. Der blossen Vollständigkeit halber kann erwähnt werden, dass auch in den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz im Ergebnis keine Rechtsverletzung erkennbar wäre (vgl. angefochtener Entscheid, S. 5-6, E. 3.2).
2.5.2 Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs bei der Prüfung von Fluchtgefahr erweist sich als offensichtlich unbegründet. Es war dem Haftrichter unbenommen, auch noch auf den (seiner Ansicht nach zusätzlich erfüllten) alternativen Haftgrund der Fluchtgefahr von Amtes wegen (und im Sinne eines obiter dictums) hinzuweisen. Und auch dem Beschwerdeführer hätte die Möglichkeit offen gestanden, sich - namentlich im Rahmen seiner Stellungnahme vom 12. Oktober 2009 zum Antrag der Staatsanwaltschaft - dazu zu äussern. Dies gilt umso mehr, als er darlegt, dass er in (Ziffer 8) seiner Stellungnahme selber eine Fluchtkaution angeboten habe. Darüber hinaus gewähren Art. 29 Abs. 2 und Art. 31 Abs. 4 BV in der vorliegenden Konstellation keinen Anspruch auf eine (zusätzliche) Anhörung zu nicht entscheiderheblichen Rechts- und Tatfragen.
2.6 Als mit der Bundesverfassung vereinbar erweist sich auch die Ansicht der Vorinstanz, mit blossen Ersatzmassnahmen für strafprozessuale Haft lasse sich der dargelegten Wiederholungsgefahr momentan nicht ausreichend begegnen.
2.6.1 Schon in BGE 135 I 71 E. 2.16 S. 78 f. wurde erwogen, dass weder Vorstrafen, noch eine mehrmonatige Untersuchungshaft, noch ausdrückliche Ermahnungen der Staatsanwaltschaft den Beschwerdeführer nach seiner letzten Haftentlassung offenbar davon abhalten konnten, weiter zu delinquieren. Es sei nicht ersichtlich, wie mit dem von ihm vorgeschlagenen "Aufenthaltsgebot" in Clarens/VD (wo er eine Stelle als Hilfskoch antreten könne), mit einem "Kontaktverbot" oder dem "Verbot, Mobiltelefone und Privatfahrzeuge zu verwenden", die Wiederholungsgefahr (etwa betreffend weitere Einbruchdiebstähle oder Drogendelikte) entscheidend gebannt werden könnte. Was die vom Beschwerdeführer angebotene Pass- und Schriftensperre betrifft, erscheint auch die Erwägung der Vorinstanz sachlich vertretbar, die schweizerischen Strafverfolgungsbehörden hätten bei Ausländern keinen Einfluss darauf, ob die Vertretung ihres Heimatlandes nicht ein Ersatzdokument bzw. ein "Laisser-Passer" ausstellen könnte (angefochtener Entscheid, S. 6 E. 4).
2.6.2 Als offensichtlich unbegründet erweist sich die Rüge, die Vorinstanz habe sich mit den wesentlichen Vorbringen des Beschwerdeführers zur Frage von Ersatzmassnahmen für Haft nicht in verfassungskonformer Weise auseinandergesetzt (vgl. angefochtener Entscheid, S. 6-7, E. 4). Dass der Haftrichter der Argumentation des Beschwerdeführers nicht folgte, begründet keine Verletzung des rechtlichen Gehörs (vgl. BGE 135 I 71 E. 2.16 S. 79).
3. Schliesslich beanstandet der Beschwerdeführer die Weiterdauer der strafprozessualen Haft als unverhältnismässig. Es drohe Überhaft, und die kantonalen Strafjustizbehörden hätten das Verfahren nicht ausreichend vorangetrieben. Er rügt in diesem Zusammenhang insbesondere eine Verletzung von Art. 31 Abs. 3 BV und Art. 5 Ziff. 3 EMRK.
3.1 Gemäss Art. 31 Abs. 3 BV und Art. 5 Ziff. 3 EMRK hat eine in strafprozessualer Haft gehaltene Person Anspruch darauf, innerhalb einer angemessenen Frist richterlich abgeurteilt oder während des Strafverfahrens aus der Haft entlassen zu werden. Eine übermässige Haftdauer stellt eine unverhältnismässige Beschränkung dieses Grundrechts dar. Sie liegt dann vor, wenn die Haftfrist die mutmassliche Dauer der zu erwartenden freiheitsentziehenden Sanktion übersteigt. Bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Haftdauer ist namentlich der Schwere der untersuchten Straftaten Rechnung zu tragen. Der Richter darf die Haft nur so lange erstrecken, als sie nicht in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer rechtskräftigen Verurteilung) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt (BGE 133 I 168 E. 4.1 S. 170, 270 E. 3.4.2 S. 281; je mit Hinweisen). Im Weiteren kann eine Haft die zulässige Dauer auch dann überschreiten, wenn das Strafverfahren nicht genügend vorangetrieben wird, wobei sowohl das Verhalten der Justizbehörden als auch dasjenige des Inhaftierten in Betracht gezogen werden müssen. Gemäss der übereinstimmenden Rechtsprechung des Bundesgerichtes und des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte ist die Frage, ob eine Haftdauer als übermässig bezeichnet werden muss, aufgrund der konkreten Verhältnisse des einzelnen Falles zu beurteilen (BGE 133 I 168 E. 4.1 S. 170 f., 270 E. 3.4.2 S. 281; 132 I 21 E. 4.1 S. 27 f.; je mit Hinweisen).
3.2 Die Anklagebehörde hat beim erkennenden Strafgericht eine Freiheitsstrafe von sechs Jahren beantragt. Dieses allfällige Strafmass erscheint angesichts der zahlreichen schweren Tatvorwürfe nicht unhaltbar. Wie sich aus den Akten ergibt, hat der Beschwerdeführer bisher insgesamt 32 Monate strafprozessuale Haft absolviert. Damit ist die bisherige Haftdauer noch nicht in grosse Nähe der Freiheitsstrafe gerückt, die dem Beschwerdeführer im Falle einer strafrechtlichen Verurteilung droht. Daran vermag auch eine allfällige bedingte Entlassung aus dem (ordentlichen) Strafvollzug (Art. 86 StGB) nichts zu ändern. Dabei ist zu berücksichtigen, dass dem Beschwerdeführer selbst bei einer frühestmöglichen Entlassung (nach zwei Dritteln der Freiheitsstrafe) ein effektiver Strafvollzug von ca. 48 Monaten drohen könnte. Darüber hinaus ist hier kein Ausnahmefall gegeben, bei dem eine bedingte Entlassung im frühestmöglichen Zeitpunkt bereits als sehr wahrscheinlich erschiene (vgl. Urteile des Bundesgerichtes 1B_281/2009 vom 19. Oktober 2009 E. 3.3; 1B_250/2009 vom 24. September 2009 E. 3.4; 1B_234/2008 vom 8. September 2008 E. 3; 1P.493/2006 vom 5. September 2006 E. 6.1, und die dort zitierte einschlägige Praxis).
3.3 Weiter beanstandet der Beschwerdeführer eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes. Die gerichtliche Verfahrensleitung habe seinen Straffall "nach nicht überprüfbaren Kriterien" der 9. Abteilung des Bezirksgerichtes Zürich zur Beurteilung zugewiesen. Diese Abteilung sei überlastet. Als frühester Hauptverhandlungstermin sei der 14. April 2010 vorgesehen. In anderen, "mittleren und kleineren Straffällen" des Verteidigers des Beschwerdeführers seien die entsprechenden Hauptverhandlungen noch vor Jahresende 2009 terminiert worden. Nach der Praxis des Bundesgerichtes könne ein mehrmonatiger Zeitbedarf zwischen Anklageerhebung und gerichtlicher Beurteilung nur in schwierigen und komplexen Fällen gerechtfertigt sein. Der hier zu beurteilende Fall sei nicht besonders aufwändig. Die 17 Bundesordner Telefonprotokolle seien unbeachtlich, unbrauchbar und unverwertbar, da sie formelle Mängel und Übersetzungsfehler aufwiesen.
3.4 Im vorliegenden Fall sind keine schweren prozessualen Versäumnisse der Strafverfolgungsbehörden ersichtlich, die eine Weiterdauer der Haft als verfassungswidrig erscheinen liessen:
3.4.1 Die Anklageerhebung erfolgte am 9. Juli 2009. Im angefochtenen Entscheid wird dargelegt, dass es sich hier um einen komplexen Fall mit sehr umfangreichen Akten handle; allein die Protokolle der Telefonüberwachung (mit Beweisergebnissen etwa betreffend umfangreichen Drogenhandel) umfassten 17 Bundesordner. Das von der Staatsanwaltschaft beantragte Strafmass (Freiheitsstrafe von sechs Jahren) erscheine angesichts der Schwere und Anzahl der dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Delikte nicht abwegig. Die Vorbereitung der Hauptverhandlung durch das erkennende Strafgericht verlange im vorliegenden komplexen Fall einen adäquaten Arbeitsaufwand und Zeitbedarf. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes rechtfertigten nur besonders schwer wiegende Verfahrensfehler eine Haftentlassung; weniger gewichtige Verzögerungen könnten gegebenenfalls auch noch durch den Sachrichter im Rahmen der Strafzumessung mitberücksichtigt werden (vgl. angefochtener Entscheid, S. 7-8, E. 5.1).
3.4.2 Die Erwägungen der Vorinstanz lassen keine Verletzung der verfassungsmässigen Rechte des Beschwerdeführers erkennen. Seiner Ansicht, die umfangreichen Telefonprotokolle seien zum Vornherein unbeachtlich und unbrauchbar, deshalb erscheine der Straffall wenig aufwändig, kann nicht gefolgt werden. Mit seinen diversen Einwänden zur Verwertbarkeit der Beweisergebnisse wird sich das erkennende Strafgericht zu befassen haben. Dass die Hauptverhandlung auf den 14. April 2010 traktandiert worden sei, gebietet im hier zu beurteilenden Fall von Verfassungs wegen keine sofortige Haftentlassung des Angeklagten.
4. Im (Sub-)Eventualstandpunkt beantragt der Beschwerdeführer die Gewährung von Hafturlauben sowie eines "offenen" (vorzeitigen) Strafvollzuges.
4.1 Für den vorzeitigen Strafantritt ist grundsätzlich das Haftregime der Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft massgebend. Die strafprozessualen Haftzwecke müssen gewährleistet sein (BGE 133 I 270 E. 3.2.1 S. 277). Eine entsprechende differenzierte Behandlung von strafprozessualen Häftlingen und Gefangenen im ordentlichen Strafvollzug (etwa hinsichtlich Urlaubs- und Besuchsregelung oder Kontrolle des Brief- und Telefonverkehrs usw.) hält vor der Verfassung stand (vgl. BGE 133 I 270 E. 3.2.1 S. 278; 123 I 221 E. I/4c S. 228; 118 Ia 64 E. 2d S. 73 f., E. 3n-q S. 88; 117 Ia 257 E. 3c S. 259 f.; je mit Hinweisen). Art. 84 Abs. 2 Satz 1 StGB bestimmt (selbst für den ordentlichen Strafvollzug), dass Aussenkontakte kontrolliert und zum Schutz der Ordnung und Sicherheit der Strafanstalt beschränkt oder untersagt werden können. Zwar wäre eine Überwachung von Besuchen (ohne Wissen der Beteiligten) im ordentlichen Strafvollzug in der Regel nicht zulässig (Art. 84 Abs. 2 Satz 2 StGB). Zur Sicherstellung einer Strafverfolgung behält das Gesetz jedoch "strafprozessuale Massnahmen" ausdrücklich vor (Art. 84 Abs. 2 Satz 3 StGB; vgl. Bundesgerichtsurteil 1B_195/2009 vom 6. November 2009 E. 6).
4.2 Die Ansicht der Vorinstanz, wonach die vom Beschwerdeführer beantragten Lockerungen des strafprozessualen Haftregimes (Aufhebung des Urlaubsverbots, Gewährung eines "offenen" vorzeitigen Strafvollzuges) die gesetzlichen Haftzwecke gefährden würden, hält vor der Verfassung stand.
5. Die übrigen (teilweise weitschweifigen) Vorbringen und Rügen des Beschwerdeführers haben keine über das bereits Dargelegte hinausgehende selbstständige Bedeutung.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt erscheinen, kann dem Ersuchen entsprochen werden (Art. 64 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Claude Hentz wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'000.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster