Fatti:
A. G._, nato nel 1966, al momento dei fatti impiegato presso la ditta Z._ AG in qualità di macchinista e, in quanto tale, assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), in data 30 marzo 2004, mentre lavorava presso il cantiere X._, è scivolato su una scala, riportando una contusione al ginocchio destro. In seguito alla lacerazione del corno posteriore del menisco destro, l'interessato è stato sottoposto a due interventi artroscopici.
Esperiti numerosi accertamenti medici, sulla cui base l'assicurato è stato esaminato da un punto di vista ortopedico, neurologico e psichiatrico, con decisione del 30 agosto 2006, l'INSAI ha dichiarato estinto il diritto al versamento di indennità giornaliere a far tempo dal 1° dicembre 2005, perché l'assicurato, tenuto conto delle sole conseguenze organiche dell'infortunio, andava considerato completamente abile al lavoro, mentre per i disturbi di natura psichica non si riteneva responsabile.
Con provvedimento del 14 novembre 2006, emanato in seguito all'opposizione presentata dall'interessato, rappresentato dall'avv. Sergio Sciuchetti, e dopo aver sottoposto il caso al dott. M._, della divisione di medicina assicurativa, specialista in chirurgia ortopedica, l'assicuratore infortuni ha confermato la precedente decisione.
B. Sempre patrocinato dall'avv. Sciuchetti, l'assicurato si è quindi aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo l'accoglimento del ricorso con ripristino delle indennità giornaliere al 100% dal 23 agosto 2005, rispettivamente con riconoscimento di un nesso di causalità adeguato tra i disturbi psichici e l'infortunio, così come il rinvio degli atti all'INSAI per ulteriori indagini tese alla definizione di prestazioni LAINF. A motivazione delle proprie richieste l'assicurato ha in particolare addotto che, alla luce del rapporto medico del dott. K._, specialista in neurologia, l'origine dei dolori al ginocchio destro non era stata sufficientemente indagata.
Per pronuncia del 19 novembre 2007, il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto il gravame, adducendo che non vi era un nesso di causalità adeguato tra disturbi psichici e infortunio, i disturbi di presunta origine neurologica non potevano essere oggettivati, mentre quelli di natura ortopedica lo erano solo in minima parte e non giustificavano una riduzione della capacità lavorativa.
C. Contro la pronunzia cantonale l'assicurato, ancora rappresentato dall'avv. Sciuchetti, è insorto con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendone l'accoglimento e segnatamente l'annullamento del giudizio impugnato con conseguente rinvio degli atti all'INSAI per l'esecuzione degli accertamenti medici e ispettivi indicati al consid. 8 dell'atto scritto. Delle motivazioni si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto.
In seguito alla richiesta di questa Corte di versare un anticipo spese, il ricorrente ha chiesto di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria con gratuito patrocinio, trasmettendo la documentazione atta a sostanziare la propria richiesta.
L'INSAI propone la reiezione del gravame, precisando che non è dato di sapere se la situazione medica accertata dagli specialisti del Servizio medico Y._ rispecchi quella esistente al momento della decisione su opposizione del 14 novembre 2006, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi .
Diritto:
1. 1.1 ll ricorso può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (art. 97 cpv. 2 LTF); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 3 LTF).
1.2 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso non è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte ricorrente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella ritenuta nel giudizio impugnato. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1 pag. 254; sentenza 1B_222/2007 del 29 novembre 2007, consid. 1.3).
2. 2.1 Con il ricorso G._ postula l'assunzione agli atti della perizia esperita dal Servizio medico Y._ per conto dell'Ufficio assicurazione invalidità (UAI) in data 28 novembre 2007, segnatamente le conclusioni cui è giunto il dott. A._, specialista in reumatologia, nel suo rapporto del 28 settembre 2007, in relazione alla limitata capacità lavorativa nell'attività precedentemente svolta a causa dei disturbi al ginocchio.
Secondo l'art. 99 cpv. 1 LTF possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
Esclusi sono in particolare i fatti che si sono realizzati prima della pronuncia impugnata (i cosiddetti "unechte Nova"), così come i mezzi di prova che esistevano già in precedenza (DTF 134 V 223 consid. 2.2.1 pag. 226; sentenza 4A_36/2008 del 18 febbraio 2008, consid.4.1).
Mediante sentenza 9C_40/2007 del 31 luglio 2007, consid. 3.1, questa Corte ha pure stabilito, che la giurisprudenza del Tribunale federale relativa agli art. 105 cpv. 2 e 132 vOG, secondo la quale nelle liti in cui vi era cognizione limitata, rispettivamente nei casi con cognizione lata, dopo la decorrenza del termine per il ricorso oppure dopo la conclusione di un secondo scambio di scritti, nuovi mezzi di prova o nuovi fatti rilevanti potevano essere presentati solo se potevano giustificare una revisione ai sensi dell'art. 137 let. b vOG (DTF 127 V 353; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni del 10 dicembre 2001 [I 600/00]), andava applicata anche dopo l'entrata in vigore della LTF. Secondo l'art. 123 cpv. 2 lett. a LTF, la revisione può tra l'altro essere domandata in materia civile e di diritto pubblico, se l'istante, dopo la pronuncia della sentenza, viene a conoscenza di fatti rilevanti o ritrova mezzi di prova decisivi che non ha potuto addurre nel procedimento precedente, esclusi i fatti e i mezzi di prova posteriori alla sentenza.
Nella sentenza 8C_260/2007 del 31 ottobre 2007, consid. 2 in fine, questa Corte ha inoltre lasciato aperta la questione se mezzi di prova trasmessi per la prima volta in ultima istanza vanno considerati fatti nuovi inammissibili anche nelle procedure rette dalla cognizione lata secondo l'art. 97 cpv. 2 LTF (nella sentenza 8C_82/2007 del 20 giugno 2007, consid 2.2, l'ammissibilità è stata negata con riferimento a Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Berna 2007, n. 4 all'art. 99; si veda in proposito anche Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum BGG, Basilea 2008, n. 9, 11 e 40 all'art. 99, secondo cui una tale esclusione non sarebbe compatibile ("kaum vereinbar") con il principio del libero esame d'ufficio dei fatti e quindi sarebbe ammissibile solo in caso di violazione dell'obbligo di collaborare).
Fatti nuovi realizzatisi dopo la decisione impugnata non rientrano nel campo di applicazione della disposizione (Meyer, op. cit., n. 43 all'art. 99; sentenza 2C_32/2008 del 25 aprile 2008, consid. 2.4).
2.2 In concreto, la perizia del Servizio medico Y._, prodotta con il ricorso, attesta, per quanto riguarda l'aspetto ortopedico, la situazione esistente al momento della decisione su opposizione dell'INSAI. Il referto è stato tuttavia redatto posteriormente alla pronuncia impugnata, mentre i consulti su cui si basa e gli accertamenti concreti risalgono ad un periodo precedente (agosto e settembre 2007). Il consulto del dott. A._ in particolare, a cui fa riferimento il ricorrente, è stato eseguito il 24 agosto e redatto il 28 settembre 2007 e quindi precedentemente alla decisione impugnata. Non essendo tuttavia stata ancora redatta la perizia del Servizio medico Y._ al momento della pronuncia impugnata, il referto del dott. A._ non poteva ancora essere prodotto.
Ne consegue che le conclusioni di cui al consulto del dott. A._ possono essere considerate (sentenza 9C_40/2007 del 31 luglio 2007 succitata). Non è per contro necessario, ai fini del giudizio, stabilire se anche la perizia del Servizio medico Y._ (essendo essa stata redatta dopo la pronuncia del giudizio impugnato, ma attestando fatti precedenti; si veda in proposito, sentenza 8C_260/2007 del 31 ottobre 2007; si confronti anche DTF 134 V 223 consid. 2.2.1 pag. 226; Meyer, op. cit., n 9, 11 e 40 all'art. 99) lo debba essere.
3. Oggetto del contendere è il diritto dell'insorgente a prestazioni pecuniarie dell'assicurazione infortuni anche dopo il 1° dicembre 2005, segnatamente l'eventuale riduzione della capacità lavorativa causata dai disturbi di natura ortopedica al ginocchio destro.
Incontestati in sede federale sono invece l'assenza di nesso di causalità adeguato tra disturbi psichici e infortunio e l'impossibilità di accertare l'esistenza di disturbi di origine neurologica (lesione del nervo infrapatellare).
4. Nei considerandi del giudizio impugnato l'autorità cantonale ha indicato in modo corretto le norme legali e l'ordinamento giurisprudenziale applicabili in concreto per quanto concerne l'assegnazione di prestazioni dell'assicurazione infortuni (art. 10 e 16 LAINF e art. 6 LPGA). A questa esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
Giova nondimeno ribadire che il diritto a prestazioni a dipendenza di un infortunio presuppone in primo luogo l'esistenza di un nesso di causalità naturale fra l'evento infortunistico e il danno alla salute. Questo presupposto è da considerarsi adempiuto qualora sia lecito ammettere che, senza l'evento infortunistico, il danno alla salute non si sarebbe potuto verificare del tutto o comunque non nel modo in cui si è prodotto. Non occorre, viceversa, che l'infortunio sia stato la sola o immediata causa del danno alla salute; è sufficiente che l'evento, se del caso unitamente ad altri fattori, abbia comunque provocato un danno all'integrità corporale o psichica dell'assicurato, vale a dire che l'evento appaia come una condizione sine qua non del danno. È questione di fatto lo stabilire se tra evento infortunistico e danno alla salute esista un nesso di causalità naturale; su detta questione amministrazione e giudice, fondandosi essenzialmente su indicazioni di natura medica, si determinano secondo il principio della probabilità preponderante applicabile generalmente nell'ambito dell'apprezza-mento delle prove in materia di assicurazioni sociali. Ne discende che ove l'esistenza di un nesso di causalità tra infortunio e danno sembri possibile, ma essa non possa essere reputata probabile nel caso di specie, il diritto a prestazioni derivato dall'infortunio assicurato dev'essere negato (DTF 129 V 177 consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1 pag. 406; 119 V 335 consid. 1 pag. 337; 118 V 286 consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
Se uno stato patologico preesistente è aggravato oppure si manifesta in seguito a un infortunio, l'obbligo dell'assicurazione contro gli infortuni di corrispondere le prestazioni decade se l'evento non costituisce più la causa naturale (e adeguata) del danno, ossia se quest'ultimo è da ricondurre soltanto ed esclusivamente a fattori extra-infortunistici. Ciò si verifica in particolare con il ripristino dello stato di salute esistente immediatamente prima dell'infortunio (status quo ante) oppure con il raggiungimento di quello stato che, prima o poi, secondo l'evoluzione ordinaria, sarebbe intervenuto anche senza l'infortunio (status quo sine; cfr. RAMI 1994 no. U 206 pag. 329, 1992 no. U 142 pag. 75 consid. 4b e riferimenti). L'estinzione del nesso di causalità deve essere stabilita con il grado della verosimiglianza preponderante richiesto in materia di assicurazioni sociali. Per contro, la semplice possibilità che l'evento non esplichi più effetto causale non è sufficiente. Trattandosi nel caso di specie della soppressione del diritto a prestazioni, l'onere della prova non incombe all'assicurato, bensì all'assicuratore (RAMI 2000 no. U 363 pag. 46 consid. 2, 1994 no. U 206 pag. 329, 1992 no. U 142 pag. 76 consid. 4b).
5. Per determinarsi sull'esistenza ed estinzione di un rapporto di causalità naturale, il Tribunale deve ricorrere, in ambito medico, per necessità di cose, alle indicazioni del personale sanitario specializzato (DTF 129 V 177 consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1 pag. 406; 119 V 335 consid. 1 pag. 337; 118 V 286 consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
Quanto alla valenza probatoria di un rapporto medico, determinante, secondo la giurisprudenza, è che i punti litigiosi importanti siano stati oggetto di uno studio approfondito, che il rapporto si fondi su esami completi, che consideri parimenti le censure espresse, che sia stato approntato in piena conoscenza dell'incarto (anamnesi), che la descrizione del contesto medico sia chiara e che le conclusioni del perito siano ben motivate. Determinante quindi per stabilire se un rapporto medico ha valore di prova non è tanto né l'origine del mezzo di prova, né la denominazione, ad esempio, quale perizia o rapporto (DTF 125 V 351 consid. 3a pag. 352; 122 V 157 consid. 1c pag. 160; Hans-Jakob Mosimann, Zum Stellenwert ärztlicher Beurteilungen, in: Aktuelles im Sozialversicherungsrecht, Zurigo 2001, pag. 266). Nella sentenza pubblicata in VSI 2001 pag. 106 segg. questa Corte ha però ritenuto conforme al principio del libero apprezzamento delle prove (art. 40 PC e art. 19 PA, art. 95 cpv. 2, art. 113 e 132 vOG) definire delle direttive in relazione alla valutazione di determinate forme di rapporti e perizie.
Così, in particolare, i referti affidati dagli organi dell'amministrazione a medici esterni oppure ad un servizio specializzato indipendente che fondano le proprie conclusioni su esami e osservazioni approfondite, dopo aver preso conoscenza dell'incarto, e che giungono a risultati concludenti, dispongono di forza probatoria piena, a meno che non vi siano indizi concreti a mettere in discussione la loro attendibilità (VSI 2001 pag. 109 consid. 3b/bb e pag. 110 consid. 3c).
Se infine vi sono dei rapporti medici contraddittori il giudice non può evadere la vertenza senza valutare l'intero materiale e indicare i motivi per cui egli si fonda su un rapporto piuttosto che su un altro (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 673/00 dell'8 ottobre 2002, consid. 3.3). Al riguardo va tuttavia precisato che non si può pretendere dal giudice che raffronti i diversi pareri medici e parimenti esponga correttamente da un punto di vista medico, come farebbe un perito, i punti in cui si evidenziano delle carenze precisando qual è l'opinione più adeguata (SVR 2000 UV no. 10 pag. 35 consid. 4b).
6. Il diritto a prestazioni assicurative presuppone pure l'esistenza di un nesso di causalità adeguata tra l'infortunio e il danno che ne deriva. Un evento è da ritenere causa adeguata di un determinato effetto quando secondo il corso ordinario delle cose e l'esperienza della vita il fatto assicurato è idoneo a provocare un effetto come quello che si è prodotto, sicché il suo verificarsi appaia in linea generale propiziato dall'evento in questione (DTF 129 V 177 consid. 3.2 pag. 181, 402 consid. 2.2 pag. 405; 125 V 456 consid. 5a pag. 461 e sentenze ivi citate). A quest'ultimo proposito occorre aggiungere che in presenza di un danno alla salute fisica la questione della causalità adeguata praticamente non si pone, in quanto l'assicuratore risponde anche in caso di complicazioni particolarmente singolari e gravi che, secondo l'esperienza medica, non si producono abitualmente (DTF 118 V 286 consid. 3a pag. 291). È quindi essenzialmente in presenza di un'affezione psichica che la causalità adeguata riveste un ruolo importante.
7. 7.1 Nel proprio ricorso G._, partendo dal presupposto che è incontestata l'esistenza di disturbi al ginocchio destro di natura ortopedica riconducibili all'infortunio, seppure non nella misura da lui indicata, essendo essi in parte non oggettivabili, ritiene scorretta la conclusione del dott. U._, specialista in chirurgia, secondo cui egli disporrebbe di una piena capacità lavorativa nella precedente attività. In effetti il dott. L._, specialista in ortopedia, ha ritenuto l'assicurato abile unicamente al 50%, mentre gli specialisti della Clinica Q._ hanno considerato necessaria una riorganizzazione professionale. Tale tesi sarebbe suffragata dalle conclusioni del dott. A._, secondo cui la capacità lavorativa nell'attività di manovale, muratore, conducente di mezzi da cantiere e di treno sarebbe ridotta del 30%.
7.2 Dal canto suo la Corte cantonale ha statuito che i disturbi di cui soffre l'assicurato al ginocchio destro sono stati sufficientemente approfonditi dal profilo medico. Per quanto riguarda in particolare l'aspetto ortopedico il Tribunale adito ha evidenziato che sia gli specialisti w._ che quelli v._ non hanno oggettivato un reperto organico suscettibile di giustificare i dolori manifestati dall'interessato. Di conseguenza la Corte ha confermato la decisione secondo cui i disturbi residui non provocavano una limitazione della capacità lavorativa.
8. 8.1 In concreto, dagli atti emerge che, in seguito all'infortunio del 30 marzo 2004, l'assicurato ha manifestato una gonalgia anteriore destra persistente, malgrado i vari interventi chirurgici e i provvedimenti terapeutici applicati.
In data 14 gennaio 2005, il medico di circondario, dott. F._, specialista in ortopedia, dopo aver riscontrato una discrepanza tra reperto soggettivo e oggettivo ha chiesto di disporre ulteriori accertamenti specialistici, affidati al dott. L._, il quale, in data 18 aprile 2005, ha riscontrato da un punto di vista oggettivo un ginocchio blando, con dei dolori anteriori e antero-mediali che non hanno una ripercussione massiccia sulla funzione del ginocchio. Da un punto di vista oggettivo risultava quindi difficile sostenere un'incapacità lavorativa.
In occasione della successiva visita medica circondariale del 19 agosto 2005, il dott. F._, dopo aver ribadito la diagnosi di "stato dopo trauma distorsivo al ginocchio destro con lesione meniscale, stato dopo duplice artroscopia con meniscectomia, persistenti algie al ginocchio destro di natura da determinarsi", ha evidenziato nuovamente che i dolori importanti accusati dal paziente non erano oggettivabili neppure "se si trattasse di un'irritazione del nervo infrapatellare" (patologia che non è stata dimostrata, il fatto non è contestato). Lo specialista ha pertanto concluso che l'assicurato risultava inabile al lavoro al 50% in qualità di macchinista dal 22 agosto 2005 e che dopo la visita presso il dott. L._ in data 18 ottobre 2005 il caso sarebbe stato chiuso. Quest'ultimo specialista ha in particolare attestato che "basandomi sulla sintomatologia evocata e le manifestazioni soggettive che il paziente manifesta, ho difficoltà a credere in una capacità lavorativa. Basandomi semplicemente sui dati obiettivi allo status clinico (in particolar modo i segni patellari e a livello del portale antero-mediale), associati ai segni soprattutto dell'artro-RM del 2005 (che esclude una sofferenza particolare intra-articolare), ritengo che una capacità lavorativa del 50% sia indicata".
In occasione dell'ulteriore visita circondariale del 21 novembre 2005, il dott. U._, ha ritenuto l'assicurato abile al lavoro nella misura del 100% dal 1° dicembre 2005; i reperti soggettivi infatti non potevano essere messi in correlazione con i reperti oggettivabili.
In data 15 dicembre 2006, l'assicurato è quindi stato visitato dagli specialisti del ginocchio presso la Clinica Q._, i quali hanno precisato che i disturbi non sono spiegabili nella misura indicata dal paziente: "Morphologisch stellt sich lediglich eine kleine Unterflächenlesion des verbliebenen medialen Meniskus dar. Diese kann jedoch u. E. nicht für die Beschwerden des Patienten verantwortlich gemacht werden, welche vorwiegend infrapatellär lokalisiert sind. Ein gewisses Schmerzgeschehen dürfte sicher auch in vernarbten Hoffa-Fettkörper liegen... Beruflich müsste eine entsprechende Umgestaltung vorgenommen werden".
8.2 Prima dell'emanazione della decisione su opposizione, l'INSAI ha sottoposto il caso al dott. M._, il quale ha dichiarato che il ginocchio di G._ è stato sufficientemente esaminato e che correttamente sono state escluse modifiche rilevanti o trattabili, concludendo che "gemessen an den objektiven Befunden (dies setzen sich im Prinzip lediglich aus den zwangsläufigen Folgen der arthroskopischen Eingriffe mit Plica- und partiellem Meniskus-Resektion zusammen) kann das Knie problemlos einer alltäglichen Belastung standhalten, zum Beispiel in einem Beruf wie demjenigen des Maschinisten".
8.3 L'interessato è quindi stato nuovamente esaminato dal dott. A._, su incarico del Servizio medico Y._ in data 4 settembre 2007, il quale, oltre agli stati dopo gli interventi artroscopici, ha diagnosticato gonalgia a destra in stato dopo trauma con contusione e distorsione del ginocchio di destra, precisando che "l'esame clinico attuale mostra un ginocchio sostanzialmente nella norma senza gonfiori o sinoviti, senza versamenti. Non vi sono segni per lesioni ligamentari o meniscali clinicamente. Vi è una dolenzia soprattutto alla palpazione a livello della zona peripatellare alla parte mediale più che laterale. L'indagine radiologica da me eseguita mostra unicamente una leggera riduzione della rima articolare al compartimento mediale nell'ambito delle problematiche di discectomia e su una possibile iniziale artrosi a livello del compartimento mediale... Si tratta in questo paziente di reperti clinici e radiologici sostanzialmente blandi. Non ho potuto riscontrare delle patologie rilevanti a livello del ginocchio di destra".
Egli ha quindi concluso per un'incapacità lavorativa del 30% in relazione all'attività di manovale/muratore, di conducente di trax, bagger o di un trenino presso X._, necessitando egli pause prolungate e essendovi limitazioni nello svolgere movimenti ripetitivi di flessione del ginocchio o nel lavorare con le ginocchia piegate. In un'attività adeguata per contro vi sarebbe una capacità lavorativa del 100%.
9. 9.1 Dai referti succitati emerge che da un punto di vista meramente ortopedico le diagnosi poste dai vari specialisti coincidono, segnatamente i reperti oggettivi sono considerati blandi e non spiegano i gravi disturbi risentiti soggettivamente dall'interessato, mentre l'iniziale artrosi accertata dal dott. A._ risale ad una radiografia eseguita dopo la pronuncia della decisione su opposizione contestata (si veda per contro il rapporto del dott. L._, in cui non è stata riscontrata artrosi).
Contrastanti risultano invece le conclusioni circa la capacità lavorativa residua dell'assicurato: se infatti l'INSAI ritiene una capacità lavorativa totale nell'attività di macchinista (di questo parere era già il dott. L._ nell'aprile 2005, in base ad un referto particolarmente approfondito e motivato, mentre in seguito, senza che ve ne fosse motivo, ha attestato una capacità lavorativa del 50%), il dott. A._ ritiene vi sia una riduzione del 30% nell'attività precedente, mentre una capacità lavorativa intatta in un'attività adeguata. I medici della Clinica Q._ dal canto loro propongono invece una riorganizzazione a livello professionale.
9.2 Un attento esame dell'incarto non permette tuttavia di considerare, ai fini del giudizio, le conclusioni del dott. A._. Dall'intera documentazione agli atti, in particolare anche dalla perizia del Servizio medico Y._, emerge che l'assicurato, precedentemente all'infortunio, svolgeva l'attività di macchinista di treni per trasporto inerti, mentre il reumatologo interpellato dall'AI considera anche altre attività, senza tuttavia alcun substrato probatorio - neppure l'assicurato, che sostiene di aver svolto anche attività pesanti proprie del cantiere, non ne ha in alcun modo specificato il genere - e meglio quelle di manovale/muratore, di conducente di trax, bagger.
Inoltre egli ha senz'altro tenuto conto anche dell'iniziale artrosi, riscontrata tuttavia dopo la pronuncia della decisione su opposizione, che potrebbe contribuire alla riduzione della capacità lavorativa nelle attività indicate.
In simili condizioni, poiché non è verosimile che l'assicurato avrebbe svolto, oltre all'attività di macchinista, anche quelle di manovale e muratore, in cui le ginocchia risultano senz'altro già solo secondo la generale esperienza della vita maggiormente sollecitate, e che quindi potrebbero giustificare una riduzione della capacità lavorativa, non si può che concordare con le precedenti istanze, secondo cui, alla luce del blando referto obbiettivo, la capacità lavorativa non può essere considerata ridotta nell'attività precedente svolta di macchinista.
Neppure rilevante è la valutazione del dott. L._ del 18 ottobre 2005, che differisce da quella precedente, non poggiando su alcun giustificato motivo.
Ne consegue che, in quanto infondato, il ricorso in materia di diritto pubblico va respinto.
10. Il ricorrente ha chiesto di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria gratuita. Ora, egli effettivamente risulta trovarsi in una situazione di indigenza ai sensi dell'art. 64 cpv. 1 LTF. Per il resto, non si poteva pretendere che il richiedente difendesse i suoi interessi senza l'ausilio di un patrocinatore qualificato (art. 64 cpv. 2 LTF). La domanda dev'essere pertanto accolta.
11. L'INSAI, vittorioso in causa, non ha diritto al rimborso di spese ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Al ricorrente viene concessa l'assistenza giudiziaria.
3. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente e per il momento assunte dalla cassa del Tribunale.
4. L'Avvocato Sergio Sciuchetti, Lugano, viene designato patrocinatore del ricorrente per la procedura innanzi al Tribunale federale. La Cassa del Tribunale gli verserà un'indennità di fr. 2500.-.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.