Fatti:
A. Nel 2002 nei confronti dell'avv. dott. A._ è stato aperto un procedimento penale per ipotesi di violazione di domicilio (art. 186 CP). Per quanto qui interessa, nel 2008, l'indagato ha chiesto al Procuratore pubblico (PP) di richiamare dalla Pretura di Lugano un incarto concernente la rivendicazione della proprietà dell'immobile in relazione al quale sarebbe stato commesso l'ipotizzato reato e di sospendere la procedura penale in attesa del giudizio civile: misure necessarie, al suo dire, per accertare l'avente diritto ai sensi dell'art. 186 CP. Con sentenza 1B_53/2009 del 2 aprile 2009, il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile un ricorso presentato dall'indagato contro il rifiuto del PP, confermato dal Giudice dell'istruzione e dell'arresto, di dar seguito alle citate istanze.
B. Con decreto di accusa dell'11 febbraio 2009, il PP ha posto A._ in stato di accusa davanti alla Pretura penale, per essersi indebitamente introdotto, nel 2002, nella casa di sua proprietà, "lecitamente" occupata da B._, proponendone la condanna alla pena pecuniaria di fr. 32'400.-- (quindici aliquote di fr. 2'160.--), sospesa condizionalmente, e a una multa. Adita dall'accusato, la Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello (CRP) ne ha dichiarato irricevibile il ricorso.
C. Avverso questa decisione A._ presenta al Tribunale federale un ricorso in materia penale, chiedendo di annullarla.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 IV 36 consid. 1).
1.2 La decisione impugnata non pone fine al procedimento penale e costituisce pertanto una decisione incidentale. I ricorsi in materia penale contro decisioni incidentali sono ammissibili soltanto a determinate condizioni (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'art. 93 cpv. 1 LTF). La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. a e lett. b n. 1 LTF) e il ricorso tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF).
2. 2.1 La CRP ha ritenuto che l'eccezione sollevata dall'accusato, secondo cui B._ non sarebbe l'avente diritto dell'immobile giusta l'art. 186 CP, per cui occorrerebbe sospendere il procedimento penale e acquisire agli atti l'incarto inerente alla causa civile sulla rivendicazione della proprietà, tendente a dimostrare l'asserita occupazione illecita dello stabile (al riguardo cfr. la sentenza 4C.356/2005 del 21 marzo 2006), concerne questioni di merito, che esulano dai motivi di ricorso previsti dall'art. 201 CPP/TI. Spetta quindi al giudice del merito pronunciarsi al riguardo.
2.2 Ora, secondo l'art. 93 cpv. 1 LTF, contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente, che non rientrano nella fattispecie dell'art. 92 LTF, il ricorso è ammissibile soltanto se esse possono causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del gravame comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b).
2.2.1 Riguardo alla prima condizione, il ricorrente si limita ad addurre che non si potrebbe affermare ch'egli dovrebbe attendere una formale incriminazione, con il conseguente pubblico dibattimento, per difendersi dall'asserita ingiustificata accusa promossa nei suoi confronti, ritenuto che il solo fatto di subire un procedimento penale, senza potersi avvalere delle necessarie prove a discarico, costituirebbe al suo dire un pregiudizio giuridico irreparabile.
2.2.2 Come noto al ricorrente (causa 1B_53/2009, citata), questo assunto è privo di qualsiasi consistenza. Secondo la costante prassi, la promozione dell'accusa e un'eventuale decisione di rinvio a giudizio, come in generale il fatto di dover subire un procedimento penale, non rappresentano infatti di massima pregiudizi irreparabili di natura giuridica (DTF 133 IV 288 consid. 3.1, 139 consid. 4; 134 IV 43 consid. 2.1). Riguardo ai diritti di difesa, il ricorrente potrà avvalersene compiutamente dinanzi al giudice di merito, ritenuto che il 16 marzo 2009 egli ha interposto opposizione al decreto di accusa.
2.2.3 Il ricorrente richiama anche l'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF, condizione che riprende la disciplina prevista dal previgente art. 50 cpv. 1 OG (messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 3890 in alto n. 4.1.4.1; DTF 134 II 142 consid. 1.2.3; 133 II 409 consid. 1.2).
Ora, limitandosi ad accennare, del resto in maniera del tutto generica, all'audizione di numerosi testi e al richiamo degli incarti delle procedure civili pendenti e di quello fiscale del querelato B._, il ricorrente neppure tenta di rendere verosimile che l'accoglimento del gravame permetterebbe di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (DTF 133 III 629 consid. 2.4.2 pag. 634 in alto). Per di più, il Tribunale federale ha precisato che in ambito penale l'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF dev'essere interpretato in maniera ancora più restrittiva, poiché altrimenti occorrerebbe riconoscere l'ammissibilità di ricorsi diretti contro le differenti decisioni prese nel corso della procedura, in particolare, come in concreto, contro la promozione d'accusa o il rinvio a giudizio, decisioni che secondo la prassi non possono essere impugnate immediatamente (DTF 133 IV 288 consid. 3.3; 139 consid. 4 pag. 141; sentenza 6B_782/2008 del 12 maggio 2009).
3. Ne segue, che il ricorso è inammissibile. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.