Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern Region Berner Jura-Seeland eröffnete am 25. November 2011 eine Strafuntersuchung gegen Z._ wegen des Verdachts auf sexuelle Handlungen mit seinem X._ (geb. 1. Juni 2007). Nach verschiedenen Befragungen der beteiligten Personen erliess die Staatsanwaltschaft am 16. April 2012 eine Einstellungsverfügung. Gegen diese Verfügung gelangten X._ und seine Mutter an das Obergericht des Kantons Bern, das mit Beschluss vom 27. Juli 2012 auf die Beschwerde der Mutter nicht eintrat und die Beschwerde des Kindes abwies. Eine gegen dieses Urteil gerichtete Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht mit Urteil 1B_531/2012 vom 27. November 2012 gut. Es wies die Angelegenheit zur Weiterführung der Strafuntersuchung an die Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland zurück.
B. Mit Verfügung vom 27. Dezember 2012 lehnte die Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland den Antrag von X._ auf Durchführung einer Hausdurchsuchung am Wohnort von Z._ und in den Büroräumlichkeiten von dessen Vater ab. Dagegen erhob X._ am 28. Dezember 2012 Beschwerde, auf welche die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts mit Beschluss vom 4. Januar 2013 nicht eintrat.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 7. Februar 2013 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts vom 4. Januar 2013 sei aufzuheben, und die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, umgehend die beantragten Hausdurchsuchungen vorzunehmen.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
Erwägungen:
1. 1.1 Dem angefochtenen Entscheid liegt die Ablehnung eines Beweisantrags durch die Staatsanwaltschaft in einem Strafverfahren zugrunde. Er betrifft somit eine Strafsache im Sinne von Art. 78 Abs. 1 BGG, wurde von einer letzten kantonalen Instanz gefällt (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG) und schliesst das Strafverfahren nicht ab. Es handelt sich somit um einen Zwischenentscheid.
1.2 Unter dem Vorbehalt der hier nicht gegebenen Fälle von Art. 92 BGG ist die Beschwerde gegen einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid nur zulässig, wenn dieser einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder - was vorliegend ausser Betracht fällt - die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beschwerdeverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sollen das Bundesgericht entlasten; dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen müssen (BGE 135 II 30 E. 1.3.2 S. 34).
Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG wird gesprochen, wenn dieser auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (BGE 135 I 261 E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). In Verfahren der Beschwerde in Strafsachen muss der nicht wieder gutzumachende Nachteil nicht bloss tatsächlicher, sondern rechtlicher Natur sein (BGE 136 IV 92 E. 4 S. 95; 133 IV 139 E. 4 S. 141). Kein nicht wieder gutzumachender Nachteil gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG liegt nach der Praxis des Bundesgerichts vor, wenn es einer Partei bloss darum geht, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu vermeiden (BGE 135 II 30 E. 1.3.4 S. 36). Es obliegt dem Beschwerdeführer im Einzelnen darzulegen, inwiefern ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht, ansonsten auf die Beschwerde nicht einzutreten ist (BGE 137 III 324 E. 1.1 S. 329; 136 IV 92 E. 4 S. 95; je mit Hinweisen).
Nach Art. 394 lit. b StPO ist die Beschwerde an die Beschwerdeinstanz gemäss StPO nicht zulässig gegen die Ablehnung von Beweisanträgen durch die Staatsanwaltschaft, wenn der Antrag ohne Rechtsnachteil vor dem erstinstanzlichen Gericht wiederholt werden kann. Nach der Rechtsprechung ist der in Art. 394 lit. b StPO genannte Rechtsnachteil gleichbedeutend mit dem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG (Urteil des Bundesgerichts 1B_189/2012 vom 17. August 2012 E. 2.1).
1.3 Der Beschwerdeführer legt nicht im Einzelnen dar, inwiefern ihm durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil droht. Bereits unter diesem Gesichtspunkt erscheint fraglich, ob auf die Beschwerde einzutreten ist. Aus den Umständen des Verfahrens ergibt sich, dass der Beschwerdeführer den Verlust von Beweismitteln befürchtet, wenn seinen Beweisanträgen nicht entsprochen wird. Diesbezüglich wird im angefochtenen Entscheid mit haltbarer Begründung dargelegt, es sei kaum denkbar, dass sich auf den dem Beschuldigten zugänglichen Datenträgern Tatspuren von sexuellen Handlungen mit seinem Sohn befinden könnten. Allfällige solche Tatspuren wären im heutigen Zeitpunkt mit Sicherheit nicht mehr existent, nachdem der Beschwerdeführer den Antrag auf Beschlagnahme bereits früher gestellt hatte.
Der Beschwerdeführer hält der Argumentation der Vorinstanz entgegen, die Untersuchungsbehörden dürften sich nicht mit Vermutungen zufrieden geben, sondern müssten den allfälligen Verlust von Daten schlüssig nachweisen. Dieser Auffassung kann unter den vorliegenden Umständen nicht gefolgt werden. Vielmehr ist mit den Vorinstanzen davon auszugehen, dass allfällige Daten, die auf sexuelle Handlungen mit dem Sohn des privaten Beschwerdegegners schliessen liessen, heute nicht mehr vorhanden sind und auch nicht wieder erstellt werden könnten. Die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers führen zu keinem anderen Ergebnis. Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass sich die zu beurteilenden Beweisanträge auf massgebende Sachumstände und Delikte beziehen müssen, für die ein Anfangsverdacht besteht. Der Beschwerdeführer argumentierte im vorinstanzlichen Verfahren unter anderem mit dem Verdacht auf den Besitz von verbotenen pornografischen Darstellungen. Diesbezüglich besteht jedoch nach den Erkenntnissen der Staatsanwaltschaft kein Anfangsverdacht, so dass die beantragten Beweisanträge auch nicht unter diesem Gesichtspunkt zu prüfen waren.
2. Es ergibt sich, dass kein drohender Rechtsnachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG und Art. 394 lit. b StPO dargelegt wird und ein solcher auch nicht ersichtlich ist. Auf die Beschwerde kann somit nicht eingetreten werden.
Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens sind die Geichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem privaten Beschwerdegegner ist kein Aufwand entstanden, weshalb ihm keine Parteientschädigung zusteht (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Regionalen Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland sowie der Generalstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Haag