Faits:
A. La société Y._ SA est propriétaire de la parcelle n° 1 du Registre foncier de .... Les hoirs de Z._ (décédé le 14 janvier 2009), soit A.Z_, B.Z_ et C.Z_, sont propriétaires des parcelles n° 2 et 3 du Registre foncier de .... C.Z_ est propriétaire de la parcelle n° 4 du Registre foncier de .... Ces quatre parcelles sont contiguës.
En novembre 2004, X._ GmbH est entrée en contact avec les propriétaires des quatre parcelles citées, parce qu'elle cherchait un site pour implanter un magasin de produits alimentaires à l'enseigne "X._".
Le 24 janvier 2006, les propriétaires des parcelles et X._ GmbH ont signé par-devant notaire un contrat prévoyant l'achat par ladite société des quatre parcelles en question pour un prix global de 7'961'400 fr. La vente était soumise à des conditions suspensives (art. II) portant notamment sur l'obtention d'un permis de construire (art. 2.1) et l'absence de pollution (art. 2.2). Les vendeurs accordaient à l'acquéreur un droit d'emption, inscrit au registre foncier, arrivant à échéance le 24 septembre 2007. La réquisition de transfert de propriété ne devait intervenir qu'après la réalisation des conditions suspensives, sauf si l'acquéreur renonçait à exiger leur réalisation. Par ailleurs, la garantie des défauts était exclue.
S'agissant plus précisément de l'absence de pollution, le contrat stipulait que l'acquéreur devait obtenir, dans un délai déterminé, une expertise réalisée à ses frais indiquant que les parcelles vendues n'étaient pas des sites pollués et ne nécessitaient ni assainissement ni surveillance et qu'il n'y avait été détecté ni formation de gaz, ni PCB, ni amiante, ni aucune autre substance qualifiée de nocive (art. 2.2.1). L'art. 2.2.2 ajoutait ceci :
"Si l'expertise ci-dessus faisait apparaître une pollution de tout ou partie des parcelles objet du présent acte, les frais de décontamination seraient supportés par l'acquéreur jusqu'à concurrence de fr. 100'000 (cent mille francs); au-delà de ce montant et jusqu'à un coût maximum de fr. 250'000 (deux cent cinquante mille francs), les frais de décontamination seraient supportés pour une demie par l'acquéreur et pour l'autre demie par les vendeurs, entre eux proportionnellement à la surface de leur(s) parcelle(s) respective(s). Si les frais de décontamination s'avéraient supérieurs à fr. 250'000 (deux cent cinquante mille francs), les parties s'obligent à tout entreprendre en vue de trouver une solution permettant la bonne exécution du présent contrat. A défaut de solution jugée acceptable par les comparants, chacun d'entre eux sera en droit de résilier unilatéralement le présent contrat, sans indemnité de part ou d'autre, les frais du présent acte étant à la charge de l'acquéreur".
Pour ce qui est des pourparlers qui ont précédé l'adoption de cette clause 2.2.2, la cour cantonale a adopté l'état de fait contenu dans le jugement de première instance. Il en ressort que les parties savaient que le site avait été occupé par une fonderie et qu'il fallait s'attendre à y trouver de la pollution; la clause 2.2.2, introduite à la demande des vendeurs, avait été libellée spécialement pour le cas d'espèce et signifiait, selon X._ GmbH, qu'elle pouvait tout de même acheter les terrains en cas de pollution légère.
Conformément à la clause 2.2.1 du contrat, X._ GmbH a chargé un bureau allemand d'examiner la pollution du terrain. Dans son rapport du 21 mars 2006, ce bureau a constaté la présence d'une charge massive d'hydrocarbures d'huile minérale, une légère charge de HAP, ainsi que des taux légèrement élevés de différents métaux lourds.
Le 12 avril 2006, X._ GmbH a transmis ce rapport aux propriétaires des parcelles. Dans sa lettre d'accompagnement, elle a déclaré, en substance, qu'elle n'était plus liée par le contrat, ce qui a provoqué un conflit entre les parties.
Par lettre du 4 septembre 2006, X._ GmbH a informé les propriétaires qu'elle avait fait radier du registre foncier le droit d'emption inscrit en sa faveur.
Les propriétaires, de leur côté, ont fait examiner l'état du terrain par un autre bureau.
Ensuite, ils ont sommé X._ GmbH de signer la réquisition de transfert de propriété. La société n'a pas donné suite à la convocation qui lui a été adressée pour signer cet acte devant notaire.
Le bureau allemand mandaté par X._ GmbH a évalué à 1'635'200 fr. le coût d'une éventuelle décontamination du site.
En février 2007, les parties ont entrepris des pourparlers transactionnels au cours desquels X._ GmbH a proposé un prix nettement inférieur, soit 5'307'600 fr. Ces négociations n'ont pas abouti.
Par lettre du 21 septembre 2007, les propriétaires ont informé leur partie adverse qu'ils entendaient demander des dommages-intérêts pour inexécution.
B. Par demande du 24 septembre 2007, les propriétaires des quatre parcelles citées ont saisi le Tribunal civil de l'arrondissement de la Côte, demandant que X._ GmbH soit condamnée à leur verser la somme de 1'217'600 fr. avec intérêts à 5% dès le 19 décembre 2006, ainsi que la somme de 125'446 fr.20 avec intérêts à 5% dès la date d'ouverture de l'action.
X._ GmbH a conclu au rejet de la demande.
En cours de procédure, il a été procédé à une expertise judiciaire afin de déterminer les mesures qui pouvaient être prises pour dépolluer le site.
Par jugement du 16 décembre 2010, le Tribunal civil de l'arrondissement de la Côte a rejeté la demande. En substance, le tribunal a retenu que les "frais de décontamination" au sens de la clause 2.2.2 dépassaient à un tel point le seuil de 250'000 fr. qu'il était vain de renégocier le contrat et que X._ GmbH était libérée de toute obligation envers les vendeurs.
Les propriétaires ont appelé de ce jugement, reprenant leurs conclusions initiales. X._ GmbH a conclu au rejet de l'appel.
Statuant par arrêt du 25 juin 2012, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a annulé le jugement attaqué et renvoyé la cause au juge de première instance pour nouveau jugement dans le sens des considérants, répartissant par moitié les frais de la procédure et compensant les dépens. En substance, la cour cantonale a considéré que les clauses 2.2.1 et 2.2.2 devaient être liées dans l'interprétation. Elle en a déduit que la présence d'une pollution (au sens de la clause 2.2.1) n'entraîne pas à elle seule la caducité du contrat, mais bien plutôt l'application de la clause 2.2.2. La notion de "pollution" contenue à la clause 2.2.1 est plus large que la notion de "contamination". En liant les deux clauses, elle a conclu que les "frais de décontamination" mentionnés à la clause 2.2.2 visaient le coût de l'élimination sur le site de la pollution au sens de la clause 2.2.1. Adoptant les conclusions de l'expert judiciaire, elle a retenu que les frais de décontamination s'élèveraient à 1'164'000 fr. Comme ce montant est nettement supérieur au seuil de 250'000 fr. fixé à la clause 2.2.2, il résulte de cette même clause que la défenderesse devait renégocier le contrat, et non pas déclarer d'emblée qu'elle ne l'exécuterait pas. Ayant admis sur ce point l'existence d'une violation d'une obligation contractuelle, la cour cantonale a renvoyé la cause au premier juge en observant qu'il ne s'était pas prononcé sur l'argument de la défenderesse selon lequel l'obtention d'un permis de construire était de toute manière exclue et qu'il ne s'était pas prononcé non plus sur la question des dommages-intérêts réclamés par les demandeurs. La cause a donc été renvoyée au Tribunal civil de l'arrondissement de la Côte pour qu'il examine ces questions.
C. X._ GmbH exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Soutenant qu'une décision contraire mettrait fin au litige et éviterait une procédure probatoire longue et coûteuse, la recourante, invoquant une violation des art. 18, 107, 108 CO, ainsi qu'un établissement arbitraire des faits, conclut à l'annulation de la décision attaquée et au rejet de la demande.
Les intimés proposent l'irrecevabilité du recours, subsidiairement son rejet.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué ne prend aucune décision sur les conclusions des parties, mais renvoie la cause au juge de première instance pour qu'il statue sur des questions qui sont laissées ouvertes. On se trouve donc en présence d'un arrêt de renvoi qui constitue, typiquement, une décision incidente (ATF 137 V 314 c. 1 p.315; 135 V 141 c. 1.1 p. 143). En effet, la décision attaquée ne met pas fin à la procédure (art. 90 LTF); elle ne statue pas non plus sur une partie de ce qui est demandé, ni ne met hors de cause un éventuel consort (art. 91 LTF). Comme cette décision incidente ne porte pas sur la compétence ou une demande de récusation (art. 92 LTF), il s'agit d'une "autre décision préjudicielle et incidente" au sens de l'art. 93 LTF.
Une telle décision ne peut faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral qu'aux conditions fixées par l'art. 93 al. 1 LTF.
A juste titre, la recourante ne soutient pas que la décision attaquée pourrait lui causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF). En effet, le préjudice dont parle l'art. 93 al. 1 let. a LTF ne peut être que d'ordre juridique et il ne suffit pas que la décision attaquée ait pour effet de prolonger ou de renchérir la procédure (ATF 138 III 190 consid. 6 p. 192; 137 III 380 consid. 1.2.1 p. 382, 522 consid. 1.3 p. 525). Ce préjudice n'est irréparable que lorsqu'une décision finale favorable au recourant ne le ferait pas disparaître entièrement (ATF 138 III 46 consid. 1.2 p. 47, 190 consid. 6 p. 192, 333 consid. 1.3.1 p. 335).
En l'espèce, la cour cantonale constate elle-même que l'issue du litige est incertaine (consid. 5 de l'arrêt déféré), de sorte qu'il n'est nullement exclu que la demande soit en définitive rejetée. La recourante n'est donc pas exposée à un préjudice juridique irréparable.
Le recours immédiat au Tribunal fédéral est néanmoins ouvert si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
L'hypothèse de l'art. 93 al. 1 let. b LTF suppose la réunion de deux conditions cumulatives (ATF 132 III 785 consid. 4.1 p. 791 et l'arrêt cité). Il faut tout d'abord examiner si le Tribunal fédéral mettrait fin définitivement à la procédure dans l'hypothèse où il parviendrait à une solution inverse de celle retenue par l'autorité précédente (ATF 133 III 629 consid. 2.4.1 p. 633; 122 III 254 consid. 2a p. 255 s.). Il est évident que si le Tribunal fédéral arrivait en l'espèce à la conclusion que l'appel doit être rejeté, la demande serait définitivement écartée et la procédure prendrait fin. La discussion porte cependant sur la deuxième condition cumulative, à savoir la possibilité d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
Lorsqu'il n'est pas évident que cette condition soit remplie, il appartient au recourant de démontrer qu'elle est réalisée, en indiquant de manière détaillée quelles questions de fait sont encore litigieuses, quelles preuves - déjà offertes ou requises - devraient encore être admises et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (ATF 133 III 629 consid. 2.4.2 p. 633; 118 II 91 consid. 1a p. 92). Il faut ensuite porter une appréciation sur l'ampleur prévisible de la procédure probatoire et dire si le principe d'économie de la procédure justifie d'écarter la règle générale selon laquelle une cause ne peut être soumise au Tribunal fédéral qu'une seule fois. La jurisprudence estime qu'il faut se montrer restrictif (ATF 133 IV 288 consid. 3.2 p. 292).
1.2 La recourante soutient que pour trancher les questions laissées ouvertes, le juge de première instance devra procéder à pas moins de cinq expertises. Si cette hypothèse devait être tenue pour vraisemblable, il serait évident que la condition serait remplie.
Les intimés s'opposent absolument à cette manière de voir et soutiennent, en se référant à la procédure cantonale encore applicable en première instance (art. 404 al. 1 CPC), qu'il est exclu à ce stade d'ordonner de nouvelles mesures probatoires et que le juge de première instance doit seulement se prononcer sur la base des allégués et des preuves fournies en temps utile.
1.3 La cour cantonale a renvoyé la cause au juge de première instance pour qu'il se prononce sur l'argument de la recourante selon lequel une autre condition suspensive (l'obtention du permis de construire) ne pouvait de toute manière pas être remplie avant l'expiration du droit d'emption, compte tenu des recours usuels (arrêt attaqué p. 37). D'une part, la recourante ne prétend pas avoir sollicité une expertise sur ce point. D'autre part, l'argument ne porte pas sur un problème technique, mais sur une donnée d'expérience. On ne voit pas pourquoi l'état de fait invoqué par la recourante ne pourrait pas être établi, de manière usuelle, par la production de pièces ou l'audition de deux ou trois témoins. On ne discerne donc pas la nécessité d'une procédure probatoire longue et coûteuse.
Surtout, la cour cantonale a renvoyé la cause au juge de première instance pour qu'il examine la question des dommages-intérêts (arrêt attaqué p. 37). Pour apprécier l'ampleur prévisible des mesures probatoires, il faut cerner plus précisément les questions laissées ouvertes sous l'angle des dommages-intérêts.
La cour cantonale a retenu que les frais de décontamination - selon le sens qu'elle a donné par interprétation à cette expression contenue à la clause 2.2.2 - s'élevaient, en se fondant sur l'expertise judiciaire, à 1'164'000 fr., soit une somme nettement supérieure au maximum de 250'000 fr. prévu dans la clause citée. En présence d'un tel cas de figure (des frais de décontamination dépassant 250'000 fr.), la clause 2.2.2 prévoit que les parties doivent renégocier. Il faut en inférer que cette hypothèse sort du cadre de ce que les parties ont envisagé et réglementé. Dans une telle situation, les conditions convenues (l'achat des quatre parcelles pour 7'961'400 fr.) ne valent plus. Les parties se sont engagées, dans cette hypothèse, à négocier un nouveau contrat et la clause 2.2.2 prévoit, en cas d'échec des négociations, que les parties seront libérées sans indemnité de part et d'autre. Renégocier implique la recherche d'un nouvel accord, mais non pas exécuter l'accord conclu initialement. L'ampleur des frais de décontamination (telle qu'elle a été constatée) entraîne, par application de la clause contractuelle, la caducité du contrat synallagmatique d'origine, à savoir l'échange de la propriété des quatre parcelles contre le paiement de 7'961'400 fr. On se trouve donc - ce qui semble avoir échappé aux parties - en dehors de l'hypothèse des art. 107 à 109 CO.
Comme la clause 2.2.2 obligeait les parties, en pareille situation, à renégocier, la cour cantonale s'est demandée si la recourante s'était conformée à cette obligation. Elle a constaté que la recourante, en déclarant d'emblée, par lettre du 12 avril 2006, qu'elle n'était plus liée, a transgressé cette obligation de renégocier. Lorsque la cour cantonale a écrit, au considérant 4c de l'arrêt attaqué, que "rien ne permet de retenir qu'aucune solution jugée acceptable par les comparants n'aurait pu être trouvée" et qu'"il n'est pas du tout exclu que les appelants auraient accepté de prendre à leur seule charge même l'entier du surplus", la cour cantonale a seulement répondu à l'argument selon lequel le principe de la bonne foi (on songe ici aux règles dégagées au sujet des art. 102 et 108 CO) aurait libéré la recourante de l'obligation de renégocier pour le motif que cette démarche serait d'emblée vaine. La cour cantonale a certes admis une violation de l'obligation de renégocier, mais elle n'a nullement affirmé qu'il serait d'ores et déjà établi que les nouvelles négociations auraient abouti et qu'elles pouvaient en déterminer l'issue. Ces questions sont manifestement restées ouvertes.
La Cour d'appel a ainsi constaté la violation d'une obligation contractuelle, à savoir l'obligation de renégocier. Selon l'art. 97 al. 1 CO, lorsque le créancier ne peut obtenir l'exécution de l'obligation ou ne peut l'obtenir qu'imparfaitement, le débiteur est tenu de réparer le dommage en résultant. Pour statuer sur les dommages-intérêts, il faut donc déterminer quel est le dommage causé par la violation de l'obligation de renégocier. La responsabilité fondée sur l'art. 97 CO suppose qu'il y ait un dommage et que celui-ci soit en relation de causalité naturelle et adéquate avec l'inexécution ou la mauvaise exécution de l'obligation (arrêt 4A_266/2011 du 19 août 2011 consid. 2.1.3; LUC THÉVENOZ, in Commentaire romand, Code des obligations, vol. I, 2012, n° 30 ad art. 97 CO). Déterminer s'il y a causalité naturelle (ATF 136 III 513 consid. 2.6 p. 517 s.; 130 III 591 consid. 5.3 p. 601, 699 consid. 4.1 p. 402) et dire s'il y a eu un dommage et quelle en est la quotité (ATF 132 III 564 consid. 6.2 p. 576; 129 III 18 consid. 2.4 p. 23) sont des questions de fait. En vertu de l'art. 8 CC, il incombe à la partie demanderesse - soit en l'espèce aux intimés - de prouver les faits sur lesquels ils fondent leur action.
Si on analyse correctement la portée de l'arrêt attaqué, on ne voit pas pourquoi les questions laissées ouvertes (la détermination du dommage et de la causalité naturelle en relation avec la violation de l'obligation de renégocier) ne pourraient pas être tranchées en appliquant les règles sur le fardeau de l'allégation et le fardeau de la preuve et en analysant les preuves déjà apportées. On ne peut en tout cas pas exclure que le juge, sur la base du dossier, retienne qu'il n'a pas été prouvé que les négociations auraient abouti ou modifié la situation patrimoniale des intimés. Il est tout à fait possible qu'une décision intervienne rapidement, sans qu'il soit nécessaire de procéder à des mesures probatoires longues et coûteuses. Il faut en déduire que la recourante n'est pas parvenue à rendre vraisemblable qu'une entrée en matière immédiate par le Tribunal fédéral permettrait d'éviter une procédure probatoire de longue durée et dispendieuse. Il convient, sur ce point de procédure, de se montrer strict (cf. ATF 134 III 426 consid. 1.3.2 p. 430), parce que le principe demeure que le Tribunal fédéral ne devrait normalement être saisi qu'une seule fois d'une contestation lors de la décision finale et qu'on ne peut pas la lui soumettre par tranches, à chaque fois qu'il y a décision sur une question litigieuse. Cette rigueur est d'autant plus justifiée que la recourante ne subit aucun préjudice juridique, puisqu'elle pourra toujours, s'il subsiste un intérêt, s'en prendre à la décision présentement querellée à l'occasion de la décision finale (art. 93 al. 3 LTF; ATF 133 IV 288 consid. 3.2 p. 292).
2. Les frais judiciaires et les dépens doivent être mis à la charge de la recourante qui a déposé un recours irrecevable (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 14'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 2 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Ramelet