Sachverhalt:
A. A.a Am 24. September 2009 wurde W._, Einzelunternehmer "U._" in A._, für die Dauer von sechs Monaten die definitive Nachlassstundung nach Art. 295 SchKG bewilligt und als Sachwalter V._, Sachwalterbüro V._ AG, eingesetzt. Am 31. März 2010 wurde die Nachlassstundung um weitere sechs Monate verlängert.
A.b Der Sachwalter unterbreitete dem Einzelrichter Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden am 15. September 2010 seinen Bericht gemäss Art. 304 SchKG. Er empfahl dem Nachlassrichter die Bestätigung des Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung.
A.c Mit Eingabe vom 27. September/13. Oktober 2010 erhob die Kollektivgesellschaft X._, Nachfolger Y._ und Z._ (nachfolgend: S._), Einwendungen gegen den Nachlassvertrag. Sie verlangte u.a. die Einräumung des Stimmrechts.
B. Mit Entscheid vom 18. Oktober 2010 bestätigte der Nachlassrichter den Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung mit Ergänzungen.
C. Die Kollektivgesellschaft S._ führt mit Eingabe vom 1. November 2010 Beschwerde in Zivilsachen. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht, den Entscheid des Einzelrichters Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden vom 18. Oktober 2010 aufzuheben und die Bestätigung des Nachlassvertrages zu verweigern (Rechtsbegehren Ziff. 1). Es sei ihr ein Stimmrecht einzuräumen (Rechtsbegehren Ziff. 2). Eventuell sei die Ziff. 2.6 des angefochtenen Entscheides, womit "der Liquidator ermächtigt wird, mit Zustimmung des Gläubigerausschusses sämtliche Aktiven gemäss Art. 322 SchKG zu verwerten" (Rechtsbegehren Ziff. 3a) aufzuheben. Eventuell sei die "Zustimmung zum Freihandverkauf des Grundstücks in B._ GB 565 zu verweigern" (Rechtsbegehren Ziff. 3b). Weiter ersucht die Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung.
Mit Präsidialverfügung vom 16. November 2010 wurden das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung sowie dasjenige des Sachwalters um Sicherstellung abgewiesen.
Es sind keine Vernehmlassungen in der Sache eingeholt worden.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist der Entscheid des kantonalen Einzelrichters Schuldbetreibung und Konkurs über die Bestätigung des Nachlassvertrages gemäss Art. 306 SchKG. Der Entscheid des Nachlassrichters fällt unter die Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, welche ohne Streitwerterfordernis der Beschwerde in Zivilsachen unterliegen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. d BGG). Die fristgemäss erhobene Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist grundsätzlich zulässig.
1.2 Der Entscheid des Nachlassrichters über die Bestätigung des Nachlassvertrages (Art. 306 SchKG) ist in einem eigenen Verfahren ergangen und schliesst dieses ab (Art. 90 BGG). Das Gesetz schreibt den Kantonen für den Entscheid des Nachlassrichters kein Weiterziehungsverfahren vor (Art. 307 SchKG); das BGG hat daran nichts geändert. Die Beschwerde in Zivilsachen gegen den Entscheid des - im Kanton Nidwalden (§ 17 Ziff. 13 EV SchKG/NW) einzigen - kantonalen Nachlassrichters ist daher zulässig, auch wenn er nicht vom oberen Gericht erlassen wurde (Art. 75 Abs. 2 lit. a BGG; vgl. Urteil 5A_623/2008 vom 29. Oktober 2008 E. 1.3).
1.3 Die Beschwerdeführerin als Gläubigerin ist zur Beschwerde in Zivilsachen insoweit berechtigt, als sie ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung bzw. Änderung des angefochtenen Entscheides hat (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG). Die Legitimation zur Beschwerde in Zivilsachen fehlt, soweit ein Gläubiger nicht berechtigt ist, den Bestätigungsentscheid nach Art. 307 SchKG bzw. an ein allfälliges kantonales Nachlassgericht weiterzuziehen.
1.4 In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Mit vorliegender Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). In seinem Urteil legt das Bundesgericht den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG).
1.5 Die Eingaben von Y._ (Gesellschafterin der beschwerdeführenden Kollektivgesellschaft) vom 18. und 25. November 2010 können nicht berücksichtigt werden, zumal diese nach Ablauf der Beschwerdefrist erfolgt sind und die betreffende Gesellschafterin (laut Angaben im Handelsregister des Kantons Nidwalden) keine Vertretungsbefugnis hat.
2. Der Nachlassrichter hat im Wesentlichen festgehalten, dass von den rechtzeitig angemeldeten und anerkannten 37 Forderungen im Totalbetrag von Fr. 914'526.38 die Zahl von 31 Gläubigern mit der Forderungssumme von Fr. 908'467.68 dem vorgeschlagenen Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung zugestimmt haben. Er hat sämtliche Einwendungen der Beschwerdeführerin verworfen und u.a. festgehalten, dass sie nicht stimmberechtigt ist; sodann hat er die Voraussetzungen zur gerichtlichen Bestätigung des Nachlassvertrages als erfüllt erachtet.
3. Der vom Nachlassrichter bestätigte Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung wird von der Beschwerdeführerin als einer Gläubigerin in Frage gestellt, deren Forderung für die Ermittlung der Mehrheit (Art. 305 Abs. 1 SchKG nicht mitgezählt wurde. Die Beschwerdeführerin ist ohne weiteres legitimiert, den Bestätigungsentscheid insoweit anzufechten, als ihr das Stimmrecht vom Nachlassrichter verweigert wurde (Rechtsbegehren Ziff. 2), und sie kann geltend machen, die Zustimmung der Gläubigermehrheit als allgemeine Voraussetzung sei nicht korrekt ermittelt worden (MARCHAND, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 3 zu Art. 307 SchKG; vgl. Amonn/Walther, a.a.O., § 54 Rz 73).
3.1 Der Nachlassrichter hat die Forderung Pos. 44 der Beschwerdeführerin nicht mitgezählt, weil diese versäumt habe, innerhalb der Frist von 20 Tagen nach Publikation des Schuldenrufs im SHAB eine frankenmässig bezifferte Forderung einzugeben. Er hat gefolgert, dass die Beschwerdeführerin daher nach Art. 300 Abs. 1 SchKG nicht stimmberechtigt sei. Auf diese Erwägung geht die Beschwerdeführerin nicht ein. Sie führt in der Beschwerdeschrift aus, dass es sich dabei um einen nicht bezifferten (dinglichen) "Anspruch auf Übertragung der Landeanlage in B._" handle. Dazu hat der Nachlassrichter jedoch erwogen, dass eine Eigentumsansprache der Beschwerdeführerin gegenüber dem Liquidator (nach Art. 319 Abs. 4 i.V.m. 242 SchKG) geltend zu machen sei. Dies stellt die Beschwerdeführerin nicht in Frage. Mit Bezug auf die Forderung Pos. 44 legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern der Nachlassrichter zu Unrecht einen Verlust des Stimmrechts wegen verspäteter Forderungsanmeldung (Art. 300 Abs. 1 SchKG) angenommen habe.
3.2 Sodann hat der Nachlassrichter der von Y._ eingereichten Forderung von Fr. 13'327'356.45, welche vom Nachlassschuldner bestritten und Gegenstand eines Prozesses sei, kein Stimmrecht zuerkannt. Zur Begründung hat er festgehalten, dass die Wahrscheinlichkeit der Begründetheit der Forderung gering sei, zumal die Klage erstinstanzlich mit noch nicht rechtskräftigem Urteil abgewiesen wurde, weshalb die Forderung nach Art. 305 Abs. 3 SchKG nicht mitzuzählen sei. Damit setzt sich die Beschwerdeführerin überhaupt nicht auseinander. Sie geht auch nicht darauf ein, dass die Forderung (nach der Feststellung im angefochtenen Urteil) von Y._ der Beschwerdeführerin - und nicht von der Beschwerdeführerin (bzw. Kollektivgesellschaft) als Gläubigerin eingegeben wurde. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern der Nachlassrichter Art. 305 Abs. 3 SchKG (dazu BGE 135 III 321) verletzt habe, wenn er die betreffende bestrittene Forderung nicht mitgezählt hat.
3.3 Nach dem Dargelegten kann auf die Beschwerde - mangels hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG) - insoweit nicht eingetreten werden, als die Beschwerdeführerin die Einräumung des Stimmrechts für Forderungen verlangt. Es bleibt dabei, dass der Nachlassrichter die Stimme der Beschwerdeführerin beim Mehrheitsentscheid zur Annahme durch die Gläubiger (Art. 305 SchKG) nicht mitrechnen musste.
4. Zu prüfen bleibt, ob die Beschwerdeführerin unter den dargelegten Umständen - d.h. bei fehlendem Stimmrecht - im Weiteren zur Beschwerde gegen die gerichtliche Bestätigung des Nachlassvertrages legitimiert ist.
4.1 Zur Weiterziehung des Entscheides (Art. 307 SchKG) über die gerichtliche Bestätigung des Nachlassvertrages sind die Gläubiger legitimiert, sofern sie diesem nicht zugestimmt haben (Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2008, § 54 Rz 80). Dies setzt voraus, dass sie überhaupt berechtigt waren, an den Verhandlungen über Nachlassvertrag teilzunehmen (Art. 300 Abs. 1 SchKG) und somit ihre Stimme beim Mehrheitsentscheid zur Annahme durch die Gläubiger (Art. 305 SchKG) mitgerechnet wurde (GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Bd. III, 2003, N. 12 zu Art. 307 SchKG). Im Weiteren müssen sie an den Verhandlungen vor dem Nachlassrichter teilgenommen und Einwendungen gegen Nachlassvertrag vorgebracht haben (BGE 122 III 398 E. 2 S. 399; GILLIÉRON, a.a.O.).
4.2 Vorliegend hat die Beschwerdeführerin - wie erwähnt (E. 3) - nicht hinreichend dargelegt, dass der Nachlassrichter ihre Forderung beim Mehrheitsentscheid zur Annahme durch die Gläubiger (Art. 305 SchKG) zu Unrecht nicht mitgezählt habe. Bei diesem Ergebnis fehlt es der Beschwerdeführerin an der Legitimation, den Bestätigungsentscheid des Nachlassrichters im Weiteren mit Beschwerde in Zivilsachen anzufechten (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG).
4.3 Ohnehin legt die Beschwerdeführerin (wie betreffend Rechtsbegehren Ziff. 3a) nicht dar, inwiefern sie durch den angefochtenen Bestätigungsentscheid beschwert sein soll, soweit darin der Nachlassrichter (wie mit dem Hinweis auf Art. 322 SchKG in Ziff. 2.6 des Urteilsdispositivs) lediglich die allgemeinen gesetzlichen Folgen eines Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung wiedergegeben hat. Was die Beschwerdeführerin zur "Sicherstellung bestrittener Forderungen nach Art. 315 Abs. 2 SchKG" ausführt, ist neu, unzulässig und geht zudem an der Sache vorbei. Hier geht es nicht um einen ordentlichen Nachlassvertrag, sondern um einen Liquidationsvergleich (dazu Amonn/Walther, a.a.O., § 54 Rz 77); die bestrittenen Nachlassforderungen werden im Kollokationsplan behandelt (Amonn/Walther, a.a.O., § 55 Rz 15). Auf die Beschwerde kann insgesamt nicht eingetreten werden.
5. Der Beschwerde ist kein Erfolg beschieden. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung an den Sachwalter - als Organ des Zwangsvollstreckung (BGE 94 III 55 E. 2 S. 58/59; Amonn/Walther, a.a.O., § 54 Rz 21) - ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG). Zudem wurde er nicht zur Vernehmlassung in der Sache aufgefordert.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Betreibungs- und Konkursamt Nidwalden, dem Grundbuchamt des Kantons Nidwalden, dem Handelsregisteramt des Kantons Nidwalden und dem Einzelrichter Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Dezember 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Levante