Erwägungen:
1. 1.1 Die Eheleute A.X._ und B.X._ fechten mit Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zwei einzelrichterliche Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Oktober 2012 betreffend die Staatssteuer (Verfahren 2C_1184/2012) und die direkte Bundessteuer (2C_1185/2012) an. Darin hat das Verwaltungsgericht die Steuerhoheit der Schweiz bzw. des Kantons Zürich gegenüber den Eheleuten X._ für die Zeitspanne zwischen dem 12. Juli 2005 und dem 31. Dezember 2007 aufgrund folgender Feststellungen geschützt: Einerseits hat es gestützt auf verschiedene übereinstimmende Indizien erwogen, dass ein Wohnsitz des Ehepaars in Zürich während der genannten Zeitspanne rechtsgenüglich bewiesen sei; andererseits hat es geurteilt, die von den Betroffenen vorgebrachten vermeintlichen Wohn- bzw. Geschäftsverhältnisse in Kairo seien nicht genügend spezifiziert und auf jeden Fall nicht (hinreichend) belegt, soweit diese Vorbringen nicht schon gegen das Novenverbot verstossen würden.
1.2 Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
2. 2.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen dieselben Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Urteile und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; siehe u.a. BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
2.2 Rechtsschriften haben gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Die Beschwerde führende Partei hat sich gezielt mit den das Ergebnis des angefochtenen Entscheids rechtfertigenden Erwägungen der Vorinstanz auseinanderzusetzen. Besonderes gilt hinsichtlich der Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanzen des Bundesgerichts. An diese ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, sie seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. 97 Abs. 1 BGG). Dabei fallen letztlich bloss die Rügen in Betracht, die Sachverhaltsfeststellung sei willkürlich oder sie beruhe auf der Verletzung von Verfahrensrechten (willkürliche Anwendung kantonaler Verfahrensvorschriften, Verletzung des rechtlichen Gehörs); entsprechende Rügen müssen den strengen Begründungsanforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG genügen (BGE 137 I 58 E. 4.1.2 S. 62; 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.).
2.3 Diesen Anforderungen vermögen die beiden Beschwerdeschriften klarerweise nicht zu genügen. Sie enthalten nur (sehr) allgemeine Ausführungen, ohne sich mit den Erwägungen der Vorinstanz gezielt auseinanderzusetzen. Inwiefern die Beweiswürdigung der Vorinstanz willkürlich wäre oder sich deren Sachverhaltsfeststellungen als geradezu offensichtlich unrichtig erweisen würden, ist nicht einmal ansatzweise dargetan.
2.4 Gemäss Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG ist somit auf die Beschwerden im vereinfachten Verfahren durch Entscheid des Einzelrichters nicht einzutreten, mit den entsprechenden Kostenfolgen (vgl. Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Die Verfahren 2C_1184/2012 und 2C_1185/2012 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter