Sachverhalt:
A. Am 29. Mai 2005 fuhr X._ auf der Autobahn A14 bei Inwil Richtung Luzern mit einer rechtlich massgebenden Geschwindigkeit von 159 km/h. Die zulässige Höchstgeschwindigkeit betrug 120 km/h. Mit Verfügung vom 25. Juli 2006 entzog ihm die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich (Strassenverkehrsamt, Abteilung Administrativmassnahmen) den Führerausweis für drei Monate. Den dagegen gerichteten Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. November 2007 ab. X._ erhob daraufhin Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Entscheid vom 9. April 2008 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 16. Juli 2008 beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich sei anzuweisen, eine den Umständen angemessene Verfügung zu erlassen. Insbesondere sei die Dauer des Führerausweisentzugs auf einen Monat zu beschränken. Er macht im Wesentlichen sinngemäss eine Verletzung von Art. 16 Abs. 3 und Art. 16c Abs. 1 lit. a SVG geltend.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Strassen beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich liess sich nicht vernehmen.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. BGG offen; eine Ausnahme nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er die allgemeine Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen um 39 km/h überschritten hat. Er macht jedoch insbesondere geltend, zu jenem Zeitpunkt hätten optimale äussere Verhältnisse (trockene Fahrbahn, optimale Witterung und Sicht) und nur ein schwaches Verkehrsaufkommen geherrscht. Die betreffende Strecke verlaufe weitgehend geradeaus. Er sei mit dem Fahrzeug eines Bekannten unterwegs gewesen, das auf eine hohe Geschwindigkeit ausgelegt sei und eine absolut sichere Handhabung auch bei höherem Tempo gewährleiste. Auch wenn er mit seinem Verhalten ordnungswidrig gehandelt habe, so könne er doch jede wirkliche Gefahr ausschliessen.
2.2 Gemäss Art. 16 Abs. 2 SVG wird nach Widerhandlungen gegen die Strassenverkehrsvorschriften, bei denen das Verfahren nach dem Ordnungsbussengesetz vom 24. Juni 1970 (OBG; SR 741.03) ausgeschlossen ist, der Lernfahr- oder Führerausweis entzogen oder eine Verwarnung ausgesprochen. Art. 16c Abs. 2 lit. a SVG sieht vor, dass der Lernfahr- oder Führerausweis nach einer schweren Widerhandlung für mindestens drei Monate entzogen wird. Eine schwere Widerhandlung begeht laut Art. 16c Abs. 1 lit. a SVG, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt. Gemäss Art. 16 Abs. 3 SVG sind bei der Festsetzung der Dauer des Lernfahr- oder Führerausweisentzugs die Umstände des Einzelfalls zu berücksichtigen, namentlich die Gefährdung der Verkehrssicherheit, das Verschulden, der Leumund als Motorfahrzeugfahrer sowie die berufliche Notwendigkeit, ein Motorfahrzeug zu führen. Die Mindestentzugsdauer darf jedoch nicht unterschritten werden.
2.3 Im Bereich der Geschwindigkeitsüberschreitungen hat die Rechtsprechung im Interesse der Rechtssicherheit genaue Limiten festgelegt, um leichte, mittelschwere und schwere Widerhandlungen voneinander abzugrenzen (vgl. Art. 16a, 16b und 16c SVG). Danach liegt ungeachtet der konkreten Umstände objektiv eine schwere Widerhandlung vor, wenn die Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen um 35 km/h überschritten wird (BGE 132 II 234 E. 3.1 S. 237 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat diese Limiten mehrfach bestätigt, zuletzt mit ausführlicher Begründung im Urteil 1C_83/2008 vom 16. Oktober 2008. Insbesondere hat es darauf hingewiesen, dass angesichts der Häufigkeit von Geschwindigkeitsüberschreitungen ein gewisser Schematismus unabdingbar sei. Der Gesetzgeber habe anlässlich der Revision des Strassenverkehrsgesetzes vom 14. Dezember 2001 (in Kraft seit 1. Januar 2005) darauf verzichtet, diese Rechtsprechung gesetzlich zu verankern. Indessen habe er sie nicht in Frage gestellt, sondern vielmehr im Gesetzgebungsverfahren mehrfach darauf Bezug genommen (erwähntes Urteil E. 2.6 mit Hinweisen). Auf diese Rechtsprechung zurückzukommen, besteht vorliegend kein Anlass.
2.4 Eine schwere Widerhandlung nach Art. 16c Abs. 1 lit. a SVG setzt eine konkrete oder jedenfalls erhöhte abstrakte Gefährdung anderer Personen voraus, wobei eine erhöhte abstrakte Gefährdung bei der naheliegenden Möglichkeit einer konkreten Gefährdung oder Verletzung anzunehmen ist (BGE 132 II 234 E. 3 S. 237 ff.; 131 IV 133 E. 3.2 S. 136; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer behauptet, auf Grund der konkreten Umstände könne nicht von einer naheliegenden Möglichkeit einer konkreten Gefährdung oder Verletzung gesprochen werden. Er verkennt, dass die Überschreitung der Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen um 35 km/h eine erhöhte abstrakte Gefährdung ohne weiteres mit sich bringt, d.h. unabhängig von weiteren, die Gefährlichkeit dieses Verhaltens erhöhenden Umständen.
2.5 Die in Erwägung 2.3 dargelegte Rechtsprechung dispensiert die rechtsanwendenden Behörden indessen nicht von jeglicher Berücksichtigung der konkreten Umstände des Einzelfalls. So sind, wie bereits erwähnt, bei der Festsetzung der Dauer des Ausweisentzugs namentlich die Gefährdung der Verkehrssicherheit, das Verschulden, der Leumund als Motorfahrzeugführer sowie die berufliche Notwendigkeit, ein Motorfahrzeug zu führen, zu berücksichtigen (Art. 16 Abs. 3 SVG). Denkbar ist weiter, dass es am subjektiven Tatbestand der groben Verkehrsregelverletzung mangelt, so etwa, wenn der Lenker sich aus nachvollziehbaren Gründen nicht mehr im Bereich einer bestimmten Geschwindigkeitsbeschränkung wähnte (BGE 126 II 196 E. 2a S. 199 mit Hinweis). Auch eine analoge Anwendung von Art. 13 ff. oder Art. 54 StGB ist unter Umständen in Betracht zu ziehen (BGE 128 II 86 E. 2c S. 89 f.; 126 II 196 E. 2c S. 200 mit Hinweisen; Urteil 1C_4/2007 vom 4. September 2007 E. 2.2 mit Hinweisen).
2.6 Vorliegend ist keine derartige Ausnahme gegeben. Der Beschwerdeführer hat die allgemeine Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen nach einem Toleranzabzug von 7 km/h um 39 km/h überschritten und damit eine schwere Widerhandlung im Sinne von Art. 16c SVG begangen. Die verfügende Behörde hat die konkreten Umstände des Einzelfalls insofern berücksichtigt, als sie den Führerausweisentzug für die gesetzliche Mindestdauer von drei Monaten entzog. Für eine weitergehende Berücksichtigung, wie sie der Beschwerdeführer fordert, besteht kein Raum.
3. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold