Sachverhalt:
A. X._, geboren 1975, Staatsangehörige von Kroatien, reiste am 29. November 2004 zur Vorbereitung der Heirat mit dem Schweizer Bürger Y._ in die Schweiz ein; der Eheschluss erfolgte am 28. Dezember 2004, und am 18. Januar 2005 wurde X._ vom Migrationsamt des Kantons Zürich die Aufenthaltsbewilligung im Rahmen des Familienachzugs erteilt. Am 17. Januar 2006 verstarb der Ehemann von X._. Am 31. Juli 2007 lehnte es das Migrationsamt ab, die zuletzt bis Januar 2007 verlängerte Aufenthaltsbewilligung von X._ zu erneuern, und setzte ihr Frist bis zum 31. Oktober 2007, um die Erwerbstätigkeit aufzugeben und den Kanton Zürich zu verlassen. Der Regierungsrat des Kantons Zürich bestätigte diesen Entscheid. Die dagegen erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil 2D_18/2008 vom 31. Januar 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Wiedererwägungsgesuch vom 4. Februar 2008 ersuchte X._ das Migrationsamt um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung; sie machte dabei geltend, "im Lichte des neuen Ausländergesetzes" sei ihr der Aufenthalt zu bewilligen. Das Migrationsamt wies das Gesuch am 12. März 2008 ab und setzte eine neue Ausreisefrist bis 30. Mai 2008. Den gegen diesen Entscheid erhobenen Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich am 9. Juli 2008 ab. Dagegen beschwerte sich X._ erfolglos beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches mit Urteil vom 17. Dezember 2008 die Beschwerde abwies.
C. Mit Eingabe vom 16. Februar 2009 erhebt X._ gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Verlängerung resp. Erteilung der Aufenthaltsbewilligung für die Beschwerdeführerin. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht. Insbesondere wird geltend gemacht, die Beschwerdeführerin habe gestützt auf Art. 50 Abs. 1 lit. b des neuen Ausländergesetzes "einen Rechtsanspruch auf Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung und damit einen Anspruch auf Wiedererwägung der seinerzeitigen Verfügung".
D. Das Verwaltungsgericht und der Regierungsrat des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Migration beantragt die Abweisung der Beschwerde.
E. Mit Verfügung vom 20. Februar 2009 erteilte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid über die Wiedererwägung einer gestützt auf Art. 4, 7 und 16 des Bundesgesetzes über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; BS 1 121) erlassenen rechtskräftigen Verfügung, aufgrund welcher der Beschwerdeführerin - mit der Begründung, der Anspruch auf Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung sei gestützt auf Art. 7 Abs. 1 ANAG mit dem Ableben des Ehemannes erloschen - der weitere Aufenthalt verweigert wurde.
1.2 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. Art und Zulässigkeit von Rechtsmitteln von Amtes wegen und mit freier Kognition (vgl. Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 133 I 185 E. 2 S. 188, 300 E. 1.2 S. 302; je mit Hinweisen). Vorweg ist die Zulässigkeit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 82 ff. BGG zu prüfen, welche gegenüber der subsidiären Verfassungsbeschwerde das prinzipale Rechtsmittel darstellt (vgl. Art. 113 BGG: "soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72-89 zulässig ist").
2. 2.1 Gemäss Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet des Ausländerrechts unzulässig gegen Entscheide betreffend Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt.
2.2 Zunächst ist festzuhalten, dass Gegenstand des vorliegenden Verfahrens nicht (mehr) der in Rechtskraft erwachsene Entscheid des kantonalen Migrationsamts vom 31. Juli 2007 bildet, sondern die Frage, ob das Migrationsamt auf seine Verfügung hätte zurückkommen und diese allenfalls hätte in Wiedererwägung ziehen müssen, weil das neue Ausländergesetz der Beschwerdeführerin einen Anspruch auf Erteilung resp. Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung verschafft haben soll.
Dabei ist zu beachten, dass die Wiedererwägung von Verwaltungsentscheiden, die in Rechtskraft erwachsen sind, nicht beliebig zulässig sein kann. Sie darf namentlich nicht dazu dienen, rechtskräftige Verwaltungsentscheide immer wieder in Frage zu stellen oder die Fristen für die Ergreifung von Rechtsmitteln zu umgehen. Auch bei negativen Verfügungen scheidet eine Wiedererwägung aus, wenn den Behörden kurze Zeit nach einem abgelehnten Gesuch erneut ein identisches Gesuch unterbreitet wird (BGE 120 Ib 42 E. 2b S. 47 mit Hinweisen).
2.3 Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin (und der Vorinstanzen) finden auf das vorliegende Verfahren noch die materiellen Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; BS 1 121) Anwendung (Art. 126 Abs. 1 AuG), da das Gesuch um Verlängerung der in Frage stehenden Aufenthaltsbewilligung am 7. Dezember 2006 und somit vor dem 1. Januar 2008, d.h. vor dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20) eingereicht (und auch vor diesem Zeitpunkt von allen kantonalen Instanzen beurteilt) worden ist.
Es war nach altem Recht (Art. 4, 7 und 16 ANAG) und nicht - wie von der Beschwerdeführerin ausführlich dargelegt - nach neuem Recht (Art. 50 AuG) abschliessend zu entscheiden, ob der Beschwerdeführerin nach dem Tod ihres Ehegatten weiterhin ein Anspruch auf Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung zustand. Sämtliche gegen die negativen Entscheide erhobenen Beschwerden blieben erfolglos, so dass der Entscheid in Rechtskraft erwuchs. Es würde nun aber der Übergangsregelung von Art. 126 Abs. 1 AuG widersprechen, wenn mit einem "Wiedererwägungsgesuch" die Anwendung des neuen Rechts, hier von Art. 50 AuG, auf den 2007 rechtskräftig beurteilten Sachverhalt erwirkt werden könnte (vgl. Urteil 2C_492/2008 vom 26. Januar 2009 E. 3.4.2) Dies würde einer grundsätzlich verbotenen echten Rückwirkung gleichkommen, welche auch bei begünstigenden Erlassen nur zulässig wäre, wenn die Rückwirkung vom Gesetzgeber vorgesehen worden wäre (BGE 105 Ia 36 E. 3 S. 40).
Daraus folgt, dass Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG hier für die Frage, ob das Migrationsamt seine Verfügung hätte in Wiedererwägung ziehen müssen, nicht zur Anwendung kommen und somit der Beschwerdeführerin keinen Anspruch im Sinne von Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG verschaffen kann. Da die Beschwerdeführerin zudem keinen verfassungsrechtlichen Anspruch auf eine Wiedererwägung geltend macht und ein solcher auch nicht ersichtlich ist, erweist sich die Beschwerde als unzulässig; auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann somit nicht eingetreten werden.
3. Damit bleibt noch zu prüfen, ob die Eingabe allenfalls als subsidiäre Verfassungsbeschwerde an die Hand genommen werden muss. Gemäss Art. 115 lit. b BGG ist zur Verfassungsbeschwerde berechtigt, wer ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Da der Beschwerdeführerin kein Rechtsanspruch auf die nicht verlängerte Bewilligung zusteht, ist sie durch deren Verweigerung nicht in rechtlich geschützten Interessen betroffen und ist sie grundsätzlich nicht legitimiert, den Bewilligungsentscheid in materieller Hinsicht mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde anzufechten (BGE 133 I 185 E. 6 S. 197 ff.). Trotz fehlender Legitimation in der Sache selbst wäre die Beschwerdeführerin berechtigt, die Verletzung von Parteirechten zu rügen, deren Verletzung auf eine formelle Rechtsverweigerung hinausläuft (BGE 133 I 185 E. 6.2. S. 198 f.; sogenannte "Star-Praxis", s. BGE 114 Ia 307 E. 3c S. 312 ff.). Solche Verletzungen werden aber nicht rechtsgenüglich gerügt, so dass auf die Beschwerde auch aus diesem Blickwinkel nicht eingetreten werden kann.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Sicherheitsdirektion, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger