Sachverhalt:
A. Die A._SA erstattete am 27. Mai 2011 gegen B._ Strafanzeige. Diese betraf die Zusammenarbeit der A._SA mit B._ bzw. seiner Gesellschaft H._AG beim Verkauf und der Finanzierung von Luxusfahrzeugen. Die in der Folge eröffnete Strafuntersuchung richtete sich auf Betrug, Veruntreuung und Urkundenfälschung. Mit Verfügungen vom 1. und 10. Juni 2011 ordnete die aargauische Staatsanwaltschaft die Sperre folgender Konti an:
- Konto Nr. V._ der F._GmbH bei der Aargauischen Kantonalbank;
- Konti Nr. W._, Nr. X._ und Nr. Y._ der E._AG bei der Aargauischen Kantonalbank;
- Konto Nr. Z._ der C._AG bei der D._AG.
Mit zwei separaten Verfügungen vom 26. Juli 2011 hob die Staatsanwaltschaft die Sperre der Konti bei der Aargauischen Kantonalbank und bei der D._AG wieder auf. Gegen beide Verfügungen erhob die A._SA Beschwerde bei der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau. Mit ebenfalls zwei separaten Entscheiden vom 18. Oktober 2011 wies das Obergericht das Rechtsmittel ab.
B. Mit zwei weitgehend gleichlautenden Eingaben vom 24. November 2011 erhebt die A._SA Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht (Verfahren 1B_672/2011 und 1B_674/2011). Sie beantragt, die beiden Entscheide des Obergerichts seien aufzuheben und die Sache sei zur neuen Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht stellt sie ein Gesuch um aufschiebende Wirkung.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben auf eine Stellungnahme verzichtet. Der Beschuldigte beantragt die Abweisung der Beschwerden. Die G._ hat in ihrer Eingabe keinen Antrag in der Sache gestellt. Die weiteren Verfahrensbeteiligten haben sich nicht vernehmen lassen. Mit Eingabe vom 5. Januar 2012 hat die Beschwerdeführerin zur Eingabe des Beschuldigten Stellung genommen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die vorliegenden Beschwerden betreffen im Wesentlichen den gleichen Sachverhalt und werfen die gleichen Rechtsfragen auf. Die Verfahren 1B_672/2011 und 1B_674/2011 sind deshalb zu vereinigen.
1.2 Die Aufhebung der Kontensperren erfolgte am 26. Juli 2011. Ihre Zulässigkeit beurteilt sich nach der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO; SR. 312.0; siehe Art. 453 f. StPO).
1.3 Gemäss Art. 78 Abs. 1 BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Die angefochtenen Entscheide sind kantonal letztinstanzlich (Art. 80 BGG). Die Aufhebung der Kontensperren kann dazu führen, dass die auf den Konti liegenden Geldbeträge abgezogen werden und dann nicht mehr zugunsten der Beschwerdeführerin verwendet werden können. Die Massnahme kann deshalb für die Beschwerdeführerin einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zur Folge haben (Urteil 1B_168/2009 vom 14. Oktober 2009 E. 1.4 mit Hinweisen). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerden ist einzutreten.
1.4 Strafprozessuale Zwangsmassnahmen sind Verfahrenshandlungen der Strafbehörden, die in die Grundrechte der Betroffenen eingreifen und dazu dienen, Beweise zu sichern, die Anwesenheit von Personen im Verfahren sicherzustellen oder die Vollstreckung des Endentscheids zu gewährleisten (Art. 196 lit. a-c StPO). Die Auslegung und die Anwendung der im Bundesrecht geregelten Voraussetzungen für die Grundrechtsbeschränkungen prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; vgl. BGE 128 II 259 E. 3.3 S. 269). Mit dem Entscheid über strafprozessuale Zwangsmassnahmen wird über die Grundrechtsbeschränkung definitiv entschieden. Somit stellen diese Zwangsmassnahmen keine vorsorglichen Massnahmen im Sinne von Art. 98 BGG dar. Die nach dieser Bestimmung vorgeschriebene Beschränkung der Rügegründe und das über die Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG hinausgehende Rügeprinzip im Sinne von Art. 106 Abs. 2 BGG sind demnach nicht anwendbar. Das gilt auch bei der Beschlagnahme von Gegenständen und Vermögenswerten (Art. 263 ff. StPO; vgl. BGE 129 I 103 E. 2 S. 105 ff.). Soweit über die Verwendung beschlagnahmter Güter erst mit dem Abschluss des Strafverfahrens definitiv entschieden wird, prüft das Bundesgericht in Bezug auf entsprechende Zwischenentscheide, die unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG angefochten werden können, die Rechtmässigkeit der Zwangsmassnahme trotz ihres vorsorglichen Charakters wegen der Schwere des Grundrechtseingriffs und zur Gewährleistung der Garantien der EMRK frei (Art. 36 und 190 BV; vgl. BGE 131 I 333 E. 4 S. 339, 425 E. 6.1 S. 434; je mit Hinweisen). Bei der Anwendung unbestimmter Rechtsbegriffe respektiert das Bundesgericht den Beurteilungsspielraum der zuständigen Behörden (vgl. BGE 136 IV 97 E. 4 S. 100 f. mit Hinweisen; zum Ganzen: Urteil 1B_277/2011 vom 28. Juni 2011 E. 1.2 mit Hinweisen).
2. 2.1 Gemäss Art. 197 StPO können Zwangsmassnahmen nur ergriffen werden, wenn sie gesetzlich vorgesehen sind, ein hinreichender Tatverdacht vorliegt, die damit angestrebten Ziele nicht durch mildere Massnahmen erreicht werden können und die Bedeutung der Straftat die Zwangsmassnahme rechtfertigt (Abs. 1). Zwangsmassnahmen, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreifen, sind besonders zurückhaltend einzusetzen (Abs. 2).
Die Zwangsmassnahme der Beschlagnahme ist in Art. 263-268 StPO und Art. 71 Abs. 3 StGB geregelt. Gemäss Art. 263 Abs. 1 StPO können Gegenstände und Vermögenswerte einer beschuldigten Person oder einer Drittperson beschlagnahmt werden, wenn die Gegenstände und Vermögenswerte voraussichtlich als Beweismittel gebraucht werden (lit. a), zur Sicherstellung von Verfahrenskosten, Geldstrafen, Bussen und Entschädigungen gebraucht werden (lit. b), den Geschädigten zurückzugeben sind (lit. c) oder einzuziehen sind (lit. d). Ferner können gemäss Art. 71 Abs. 3 StGB im Hinblick auf die Durchsetzung einer Ersatzforderung (auf die gemäss Art. 71 Abs. 1 StGB erkannt werden kann, wenn die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden sind) Vermögenswerte des Betroffenen mit Beschlag belegt werden. Die Beschlagnahme ist gemäss Art. 267 Abs. 1 StPO aufzuheben, wenn der Grund dafür weggefallen ist.
2.2 Das Obergericht verneinte das Vorliegen der Voraussetzungen für eine Beschlagnahme nach sämtlichen der genannten Bestimmungen. Die Beschwerdeführerin rügt ausdrücklich lediglich eine Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV) und von Art. 267 StPO. Aus ihrer Beschwerdeschrift geht jedoch mit hinreichender Klarheit hervor, dass sich ihre Kritik gegen die vorinstanzlichen Erwägungen zu den in Art. 263 Abs. 1 lit. c und d StPO aufgeführten Gründen der Beschlagnahme richtet. In dieser Hinsicht erwog das Obergericht, sowohl die Restitutionsbeschlagnahme (Art. 263 Abs. 1 lit. c StPO) wie auch die Einziehungsbeschlagnahme (Art. 263 Abs. 1 lit. d StPO) setzten voraus, dass die mit Beschlag belegten Werte mit der Straftat verknüpft erscheinen. An einem solchen Zusammenhang fehle es. Der Beschuldigte sei zwar Präsident des Verwaltungsrats der E._AG und der C._AG. Dies begründe jedoch noch keinen hinreichenden Verdacht, dass er deliktisch erlangte Gelder auf die Konti dieser Unternehmen transferiert habe. Aus den Akten und den Ausführungen der Staatsanwaltschaft gehe hervor, dass sich der Verdacht nicht erhärtet habe, dass zwischen den gesperrten Konti und möglichen Straftaten des Beschuldigten ein Zusammenhang bestehe. Die Beschwerdeführerin bringe lediglich vor, es könne sein, dass der Beschuldigte deliktisch aus dem Vermögen der Beschwerdeführerin erlangte Gelder in diese Unternehmen transferiert habe. Derartige unbelegte Vermutungen vermöchten jedoch keinen hinreichenden Verdacht auf eine Tatverstricktheit der gesperrten Konti zu begründen.
2.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, es bestehe sehr wohl ein Zusammenhang zwischen den gesperrten Konti und möglichen Straftaten des Beschuldigten. Dieser habe am 7. April 2011 Fr. 100'000.-- an die C._AG überwiesen. Weiter ergebe sich aus den Akten, dass die H._AG am 3. März 2011 Fr. 30'000.-- an die E._AG überwiesen habe. Schliesslich sei am 24. Februar 2011 auf dem Konto der I._ eine Zahlung über Fr. 25'065'95 von der H._AG eingegangen.
2.4 Der Beschuldigte hält dem entgegen, bei der Überweisung von Fr. 30'000.-- am 3. März 2011 habe es sich um eine simple Fehlbuchung gehandelt, die noch am gleichen Tag wieder rückgängig gemacht worden sei. Die Überweisung von Fr. 25'065.95 sei ebenfalls Bestandteil eines insgesamt neutralen Vorgangs. Am 27. Januar 2011 habe nämlich die F._GmbH der H._AG ein Darlehen in der Höhe von Fr. 30'000.-- gewährt. Als Teilamortisation dieses Darlehens habe die H._AG am 9. und 14. Februar 2011 Rechnungen für die F._GmbH bezahlt. Den Restbetrag von Fr. 25'065.95 habe sie am 24. Februar 2011 direkt zurückbezahlt. Ähnliches gelte für die Zahlung über Fr. 100'000.--. Die C._AG habe am 29. April 2011 Fr. 70'000.-- an die H._AG überwiesen und am 5. Mai 2011 habe sie eine Rechnung der H._AG von Fr. 28'000.-- bezahlt. Berücksichtige man schliesslich noch die Bankgebühr von Fr. 200.-- für die ursprüngliche Transaktion von Fr. 100'000.--, so bleibe von dieser lediglich ein Betrag von Fr. 1'800.-- übrig.
2.5 Die Beschwerdeführerin kritisiert zwar in ihrer Stellungnahme, dass sie die Beilagen, mit welchen der Beschuldigte die genannten Transaktionen erklärt hat, neu seien und dass es ihr aufgrund der Verfahrensakten nicht möglich gewesen sei, irgendwelche Transaktionen im Detail nachzuvollziehen. Sie bestreitet indessen nicht, dass sich die erwähnten Zahlungen auch aus den Akten ergeben, auch wenn zutrifft, dass diese Zahlungen insofern schwierig nachzuvollziehen sind, als dafür teilweise lediglich Referenznummern angegeben sind. Dies ändert jedoch nichts daran, dass sich die beanstandeten Zahlungen zwischen dem Beschuldigten und den Inhaberinnen der gesperrten Konti als Bestandteile von insgesamt neutralen Transaktionen erklären lassen. Dabei lässt auch der Umstand, dass offenbar im Zeitpunkt der Sperrung des Kontos der C._AG auf diesem noch ein Restbetrag von Fr. 1'800.-- einer Zahlung von ursprünglich Fr. 100'000.-- lag, eine Kontensperre nicht zu; eine solche wäre schon aus Gründen der Verhältnismässigkeit unzulässig, zumal es vorliegend um eine Zwangsmassnahme geht, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreift (Art. 197 Abs. 2 StPO). Die Kritik der Beschwerdeführerin vermag somit den vorinstanzlichen Entscheid nicht in Frage zu stellen. Ihre Rügen erweisen sich als unbegründet.
3. Die Beschwerden sind abzuweisen. Damit wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie hat dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdegegner Nr. 1 eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_672/2011 und 1B_674/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner Nr. 1 eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- auszurichten.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold