Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht in Bellinzona sprach T._ und die weiteren Mitangeklagten, R._, S._, X._, Y._, Z._ und U._, am 8. Juli 2009 von den Vorwürfen der Beteiligung an bzw. der Unterstützung einer kriminellen Organisation und der (qualifizierten bzw. der Gehilfenschaft zur) Geldwäscherei vollumfänglich frei. Zwei weitere Angeklagte, V._ und W._, verurteilte es wegen Unterstützung einer kriminellen Organisation. Hingegen sprach es beide vom Vorwurf der qualifizierten Geldwäscherei frei.
Es auferlegte T._ Verfahrenskosten im Umfang von Fr. 57'787.85. Seinem Rechtsvertreter RAf._ sprach es Fr. 311'000.-- (inkl. MWST) für die Bemühungen als amtlicher Verteidiger zu. Es verpflichtete T._, der Kasse des Bundesstrafgerichts für diese Kosten Ersatz zu leisten und verweigerte ihm eine Entschädigung.
B. T._ und RAf._ erheben gegen dieses Urteil Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragen, Ziffern VII.4, VII.5 und VII.6 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben. Die auf T._ entfallenden Verfahrenskosten seien vollumfänglich der Schweizerischen Eidgenossenschaft aufzuerlegen. RAf._ sei für die amtliche Verteidigung eine Entschädigung von Fr. 488'750.-- nebst Zins zu 5% seit 9. Juli 2009 auf Fr. 177'750.-- zuzusprechen. T._ sei von einer entsprechenden Ersatzforderung für diese Kosten zu befreien. Es sei ihm für die ausgestandene Untersuchungshaft eine Entschädigung von Fr. 39'900.-- (Fr. 300.-- pro Tag) sowie eine Genugtuung in richterlich zu bestimmender Höhe zuzusprechen. T._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Das Bundesstrafgericht beantragt in der Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft stellt den Antrag, das Verfahren 6B_609/2009 sowie das vorliegende Verfahren zu vereinigen. Die Beschwerden von T._ und RAf._ seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft führte gegen das Urteil des Bundesstrafgerichts ebenfalls Beschwerde in Strafsachen (vgl. Urteil 6B_609/2009), über welche das Bundesgericht am 22. Februar 2011 entschieden hat.
Erwägungen:
1. Eine Vereinigung des vorliegenden Verfahrens mit dem Verfahren 6B_609/2009 drängt sich nicht auf. Zwar besteht ein Zusammenhang zwischen beiden Verfahren. Sie behandeln aber unterschiedliche Themen und Problemstellungen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer 1 rügt, die Vorinstanz lege ihm trotz Freispruchs ein strafrechtliches Verschulden zur Last. Sie begründe diese Vorwürfe nicht näher, sondern mache ihm pauschale Unterstellungen, ohne sein Verhalten unter eine konkrete Norm zu subsumieren. Er habe auch nie Gelegenheit erhalten, zu diesen Vorwürfen Stellung zu nehmen. Die Verlegung der Gerichts- und Parteikosten verstosse gegen die Unschuldsvermutung nach Art. 32 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 14 Ziff. 2 UNO-Pakt II. Die Vorinstanz verletze zudem den Anspruch auf rechtliches Gehör und die Begründungspflicht nach Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK sowie Art. 38 Abs. 2, Art. 122, Art. 169 Abs. 1, Art. 173 Abs. 2 und Art. 176 des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Bundesgesetzes vom 15. Juni 1934 über die Bundesstrafrechtspflege (BStP; BS 3 303). Sie stelle den der Kostenregelung zugrundeliegenden Sachverhalt in willkürlicher und unrichtiger Weise fest (Art. 97 BGG, Art. 9 BV). Weiter fehle es an der Kausalität seines Verhaltens für die ihm auferlegten Verfahrenskosten.
2.2 Das angefochtene Urteil, darunter der Freispruch des Beschwerdeführers 1, wurde im parallelen Verfahren auf Beschwerde der Schweizerischen Bundesanwaltschaft hin aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen (Urteil 6B_609/2009 vom 22. Februar 2011). Damit wird die Vorinstanz auch die Regelung der Verfahrenskosten und der Parteientschädigungen, deren Rückforderung, die Entschädigung für die Haft und Genugtuungsansprüche neu beurteilen müssen. Die Rügen des Beschwerdeführers 1 sind deshalb gegenstandslos geworden.
3.1 3.1.1 Der Beschwerdeführer 2 rügt, die Vorinstanz verletze bei der Kürzung des amtlichen Honorars seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Sie nehme zu seinen Ausführungen, wonach er als einziger amtlicher Verteidiger keine italienischsprachigen Berufskollegen im Hintergrund hatte, keine Stellung. So seien insbesondere für die Angeklagten W._, S._, R._, V._ und U._ nebst dem amtlichen Verteidiger auch andere Anwälte tätig gewesen. Die Vorinstanz lege zudem, mit Ausnahme der von Rechtsanwalt RAk._ an der Hauptverhandlung geleisteten 70 Arbeitsstunden, nicht nachvollziehbar dar, welche Positionen sie kürze. Für 273 gekürzte Anwaltsstunden fehle eine Begründung. Sein Aufwand sei in ein angemessenes Verhältnis zu den von den anderen amtlichen Verteidigern geltend gemachten Arbeitsstunden zu setzen. Im Vergleich zu den Rechtsanwälten RAh._, RAg._ und denjenigen des Mitangeklagten U._ sei sein Aufwand ähnlich hoch und somit angemessen. Die Vorinstanz habe seinen Aufwand in unzulässiger Weise geschätzt. Die Anzahl der von ihr zugestandenen Arbeitsstunden sei qualifiziert falsch und willkürlich im Sinne von Art. 97 BGG.
3.1.2 Die Vorinstanz führt aus, der Straffall habe in mehreren Punkten Probleme in tatsächlicher Hinsicht gestellt. Die Anklageschrift umfasse 233 Seiten, die Einvernahmen, Akten und Verhandlungen hätten erhöhte Sprachkompetenzen erfordert. In rechtlicher Hinsicht seien die Schwierigkeiten auf ein Rechtsgebiet begrenzt gewesen, in welchem noch keine umfassende und eindeutige Rechtsprechung bestehe. Es seien jedoch nur ein Sachverhalt und zwei Anklagevorwürfe zu beurteilen gewesen. Der immense Aktenumfang schlage sich weniger im Stundenansatz als in der Anzahl Stunden nieder und sei bei der Festlegung des Stundenansatzes nur am Rande zu beachten. Der Stundenansatz sei unter Berücksichtigung dieser Punkte auf Fr. 260.-- festzusetzen, jener für die Reisezeit auf Fr. 200.--. Für die von Rechtspraktikanten geleistete Arbeit werde 100.-- pro Stunde vergütet. Der Beschwerdeführer 2 sei am 1. September 2009 zum amtlichen Verteidiger des Beschwerdeführers 1 ernannt worden. Er mache einen Zeitaufwand von 1'634.58 Stunden zu Fr. 300.-- bzw. von 290.75 Stunden zu Fr. 200.--- geltend, die durch ihn und einen Bürokollegen bzw. Praktikanten erbracht worden seien. Der Aufwand sei überhöht und stehe in keinem nachvollziehbaren Verhältnis zu dem von den anderen amtlichen Verteidigern erbrachten Aufwand. Es sei Rechtsanwalt RAk._ zwar gestattet worden, dem Beschwerdeführer 2 in Teilen an der Hauptverhandlung zu assistieren. Der Sinn davon sei jedoch nicht gewesen, dass dieser als zweiter Verteidiger zugelassen werde. Art. 35 Abs. 2 aBStP gelte ohnehin nur für erbetene Verteidiger. Deshalb könne die Anwesenheit von Rechtsanwalt RAk._ an der Hauptverhandlung nicht zusätzlich in Rechnung gestellt werden. Angemessen sei ein Zeitaufwand von 1'000 Stunden zu Fr. 260.-- für anwaltliche Leistungen und von 200 Stunden zu Fr. 100.-- für die Tätigkeit von Praktikanten. Für die zu hoch berechnete Reisezeit sei ein moderater Pauschalabzug von Fr. 2'000.-- vorzunehmen. Zusammen mit den Auslagen von Fr. 11'079.40 ergebe sich eine Entschädigung von Fr. 311'000.-- (inkl. MWST).
3.1.3 Nach Art. 38 Abs. 1 aBStP setzt das Bundesstrafgericht die Entschädigung des amtlichen Verteidigers fest. Diese umfasst das Honorar für den notwendigen und ausgewiesenen Zeitaufwand von 200 bis 300 Franken pro Stunde und die notwendigen Auslagen (Art. 2 Abs. 1 und Art. 3 des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements vom 26. September 2006 über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht; AS 2006 4467). Für Reisen werden die Kosten eines Bahnbilletts erster Klasse vergütet (Art. 4 Abs. 2 lit. a des Reglements). Anstelle der Bahnkosten kann ausnahmsweise, insbesondere bei erheblicher Zeitersparnis, die Benutzung eines privaten Motorfahrzeugs vergütet werden (vgl. Art. 4 Abs. 3 des Reglements).
Auch wenn die Entschädigung des Beschwerdeführers 2 vom Bundesrecht geregelt wird, überprüft das Bundesgericht deren Bemessung nur mit Zurückhaltung. Als erstinstanzliches Sachgericht ist das Bundesstrafgericht am besten in der Lage, die Angemessenheit der anwaltlichen Bemühungen zu beurteilen, weshalb ihm ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (vgl. 133 IV 187 E. 6.1 S. 196 mit Hinweis). In Fällen, in denen es den vom Anwalt in Rechnung gestellten Arbeitsaufwand als übersetzt bezeichnet und entsprechend kürzt, schreitet das Bundesgericht nur ein, wenn es Bemühungen nicht honoriert hat, die zu den Obliegenheiten eines amtlichen Verteidigers gehören und die Entschädigung nicht in einem vernünftigen Verhältnis zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 mit Hinweis auf BGE 122 I 1 E. 3a S. 2 f. zur Entschädigung des amtlichen Verteidigers im kantonalen Verfahren). Bei der Beurteilung der konkreten Honorarfestsetzung ist auf die Umstände des Einzelfalles abzustellen. Obwohl die Entschädigung des amtlichen Anwalts gesamthaft gesehen angemessen sein muss, darf sie tiefer angesetzt werden als bei einem privaten Rechtsanwalt (BGE 132 I 201 E. 7.3.4 S. 209 mit Hinweisen). Sie ist allerdings so zu bemessen, dass es den Rechtsanwälten möglich ist, einen bescheidenen - nicht bloss symbolischen - Verdienst zu erzielen (a.a.O. E. 8.5 S. 216 f.).
Art. 29 Abs. 2 BV verpflichtet das Bundesstrafgericht, seinen Entscheid wenigstens summarisch zu begründen. Hat der amtliche Verteidiger eine detaillierte Kostennote eingereicht, so ergibt sich aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs, dass das Bundesstrafgericht, wenn es diese nicht unbesehen übernimmt, wenigstens kurz in nachvollziehbarer Weise zu begründen hat, weshalb es welche der in Rechnung gestellten Aufwandspositionen für übersetzt hält (Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 2.3 mit Hinweisen).
3.1.4 Die Vorinstanz setzt sich mit der Honorarrechnung des Beschwerdeführers 2 nicht hinreichend auseinander, sondern erachtet den Zeitaufwand bloss im Verhältnis zum Aufwand der im selben Prozess tätigen amtlichen Verteidigern hinsichtlich der Anzahl Stunden, der Reisezeit und der in Rechnung gestellten Fahrtkosten zu hoch. Ein solcher Quervergleich kann zwar für die Beurteilung einer Honorarrechnung durchaus nützlich sein, z.B. bei einer ermessensweisen Festsetzung des Verteidigerhonorars (Art. 3 Abs. 2 des zwischenzeitlich aufgehobenen Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht; a.a.O.). Indessen bestehen bei jedem Mandat Unterschiede, welche zu einem anderen Zeitaufwand führen können (z.B. unterschiedliche Anreiserouten, Initiative/Fragen des Klienten, Geständigkeit, Verteidigerwechsel mit entsprechender Einarbeitungszeit etc.). Der Beschwerdeführer 2 hat seinen Aufwand für die Mandatsführung in allen Einzelheiten ausgewiesen, weshalb das Bundesstrafgericht unter dem Gesichtspunkt von Art. 29 Abs. 2 BV verpflichtet gewesen wäre, sich damit auseinanderzusetzen und in Bezug auf die konkreten, geltend gemachten Aufwendungen des Beschwerdeführers 2 nachvollziehbar darzulegen, aus welchem Grund es diese als sachfremden oder übertriebenen Aufwand nicht entschädigt. Die vorinstanzliche Begründung erweist sich damit als unzureichend (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 3 mit Hinweisen).
3.1.5 Die Gutheissung einer Beschwerde wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör führt in der Regel ohne weiteres zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids, der Verfahrensmangel kann im Rechtsmittelverfahren nur ausnahmsweise geheilt werden (zu den Voraussetzungen: BGE 129 I 129 E. 2.2.3 S. 135; 126 I 68 E. 2 S. 71 f.; je mit Hinweisen). Ob eine Heilung vorliegend möglich wäre, kann offen bleiben. Eine reformatorische Beurteilung der Beschwerde fällt ausser Betracht, da das Bundesgericht nicht in der Lage ist, die Angemessenheit der Forderung des Beschwerdeführers 2 zu überprüfen (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 5).
3.1.5 Die Gutheissung einer Beschwerde wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör führt in der Regel ohne weiteres zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids, der Verfahrensmangel kann im Rechtsmittelverfahren nur ausnahmsweise geheilt werden (zu den Voraussetzungen: BGE 129 I 129 E. 2.2.3 S. 135; 126 I 68 E. 2 S. 71 f.; je mit Hinweisen). Ob eine Heilung vorliegend möglich wäre, kann offen bleiben. Eine reformatorische Beurteilung der Beschwerde fällt ausser Betracht, da das Bundesgericht nicht in der Lage ist, die Angemessenheit der Forderung des Beschwerdeführers 2 zu überprüfen (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 5).
3.2 3.2.1 Der Beschwerdeführer 2 beruft sich in Bezug auf die Kürzung der für die Hauptverhandlung aufgewendeten 70 Arbeitsstunden von Rechtsanwalt RAk._ auf den Grundsatz des Vertrauensschutzes nach Art. 5 Abs. 3 BV und das Willkürverbot nach Art. 9 BV. Die Vorinstanz habe ihm zugesichert, dass er in der internen Arbeitsorganisation frei sei. Sie habe ihm die Erlaubnis erteilt, dass Rechtsanwalt RAk._ während der Hauptverhandlung hinten im Gerichtssaal Platz nehmen könne. Während der Verhandlung sei mündlich bewilligt worden, dass Rechtsanwalt RAk._ direkt neben dem Beschwerdeführer 2 sitze, damit Letzterer die notwendigen Rechts- und Sachverhaltsabklärungen umgehend an Rechtsanwalt RAk._ delegieren könne. Aufgrund des dichten Verhandlungsplanes und der langen Verhandlungstage habe Rechtsanwalt RAk._ das Plädoyer verfasst, was Kenntnisse der Hauptverhandlung vorausgesetzt habe. Weil dem Mitangeklagten U._ ein zweiter amtlicher Verteidiger beigeordnet wurde, sei er davon ausgegangen, die Teilnahme von Rechtsanwalt RAk._ an der Hauptverhandlung werde entschädigt.
3.2.2 Der verfassungsrechtliche Vertrauensschutz nach Art. 9 BV verleiht einen Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Er setzt weiter voraus, dass gestützt auf berechtigtes Vertrauen nicht mehr rückgängig zu machende nachteilige Dispositionen getroffen wurden und dass nicht überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (BGE 129 I 161 E. 4.1).
3.2.3 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 2 fehlt es an einer vorinstanzlichen Zusicherung, in welcher ihm die Entschädigung des Arbeitsaufwandes von Rechtsanwalt RAk._ in Aussicht gestellt wird. Die Vorinstanz hatte vielmehr mit Präsidialverfügung vom 21. November 2008 die Substitution des amtlichen Mandats abgewiesen (Beschwerdebeilage 9) und mit Schreiben vom 17. April 2009 noch einmal darauf hingewiesen, dass für eine allfällige Stellvertretung durch Rechtsanwalt RAk._ ein Gesuch zu stellen wäre (Beschwerdebeilage 10). Aus der Einsetzung mehrerer amtlicher Verteidiger für den Mitangeklagten U._ lässt sich nichts ableiten. Die Kürzung des doppelt verrechneten Aufwandes für die Teilnahme zweier Rechtsanwälte an der Hauptverhandlung ist nicht zu beanstanden.
3.2.3 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 2 fehlt es an einer vorinstanzlichen Zusicherung, in welcher ihm die Entschädigung des Arbeitsaufwandes von Rechtsanwalt RAk._ in Aussicht gestellt wird. Die Vorinstanz hatte vielmehr mit Präsidialverfügung vom 21. November 2008 die Substitution des amtlichen Mandats abgewiesen (Beschwerdebeilage 9) und mit Schreiben vom 17. April 2009 noch einmal darauf hingewiesen, dass für eine allfällige Stellvertretung durch Rechtsanwalt RAk._ ein Gesuch zu stellen wäre (Beschwerdebeilage 10). Aus der Einsetzung mehrerer amtlicher Verteidiger für den Mitangeklagten U._ lässt sich nichts ableiten. Die Kürzung des doppelt verrechneten Aufwandes für die Teilnahme zweier Rechtsanwälte an der Hauptverhandlung ist nicht zu beanstanden.
3.3 3.3.1 Der Beschwerdeführer 2 macht geltend, die Vorinstanz habe den Stundenansatz mit Fr. 260.-- willkürlich tief festgelegt. Angesichts des grossen Umfangs des Falls (Akten, Anklageschrift), der teilweise italienischsprachigen Akten, der Rechtshilfeersuchen, des internationalen Bezugs und der zu beurteilenden komplexen Straftatbestände sei die Arbeitsstunde mit Fr. 300.-- zu vergüten. Der Fall habe zudem Sprachkompetenzen erfordert. Er habe für seinen Klienten gewisse Dinge übersetzt. In den Monaten April bis Juli 2009 sei er infolge der Hauptverhandlung teilweise für mehrere Tage kanzleiabwesend gewesen und habe den normalen Geschäftsbetrieb nur mit zusätzlichem Personal aufrecht erhalten können. Zudem hätten Mitarbeiter in Bern während der Hauptverhandlung parallel Abklärungen vorgenommen. Auch in der prozessfreien Zeit sei er durch das Verfahren vereinnahmt gewesen. Infolge des Prozesses habe er bereits vor der Verhandlung gewisse Mandate abgelehnt. Zudem sei die Bedeutung des Falls für seinen Mandanten zu würdigen. Die Vorinstanz habe diese Umstände nicht berücksichtigt. Der Stundenansatz sei im maximal möglichen Betrag festzusetzen. Dies ergebe sich auch aus dem Vergleich mit der Gerichtsgebühr. Diese sei mit Fr. 150'000.-- auf den maximalen Betrag für eine Besetzung des Gerichts mit drei Richtern angesetzt worden. Im Weiteren sei fraglich, auf welche Praxis sich die Vorinstanz bei der Festsetzung des Stundenansatzes für die Leistungen von Praktikanten stütze. In weniger komplexen Fällen habe sie den Stundenansatz auch auf Fr. 150.-- festgesetzt (vgl. Entscheide BK.2009.9, vom 2. Dezember 2009 E. 3.4 sowie BK 2008.2 vom 20. Oktober 2008 E. 2). Die Entschädigung für die Praktikanten sei auf Fr. 200.-- pro Stunde zu fixieren.
3.3.2 Wie der Beschwerdeführer 2 zutreffend ausführt, ist zahlreiches Aktenmaterial vorhanden, es sind mehrere Angeklagte beteiligt und der Fall ist nicht einfach zu beurteilen. Die Komplexität des Falls schlägt sich aber in erster Linie nicht in der Höhe des Stundenansatzes, sondern in dem zu entschädigenden zeitlichen Aufwand nieder. Je schwieriger ein Fall ist, desto mehr Stunden sind dem amtlichen Verteidiger zur Erarbeitung einer sachgemässen Verteidigungsstrategie (z.B. Aktenstudium, Besprechungen mit dem Klienten, Rechtsabklärungen) zuzugestehen. Hingegen ist bei der Bemessung des Stundenansatzes zu berücksichtigen, dass die im Verfahren verwendeten verschiedenen Fremdsprachen die Verteidigung zusätzlich erschwerten. Trotz der allfälligen Ablehnung neuer Mandate durch den Beschwerdeführer 2 im Vorfeld bzw. während der Beschäftigung mit dem amtlichen Mandat ist eine Erhöhung des Stundenansatzes nicht angezeigt. Ob er andere Klienten betreuen kann, ist eine Frage seiner zeitlichen Auslastung (welche mit amtlichen Mandat abgegolten wird) und der internen Büroorganisation (z.B. telefonische Erreichbarkeit des Sekretariats, Terminkoordination, allfällige Stellvertretung). Die Vorinstanz hat mit Fr. 260.-- einen über dem Durchschnitt liegenden Stundenansatz gewählt. Auch die Gerichtsgebühr von Fr. 150'000.-- hat sie in vergleichbarem Rahmen festgesetzt. Die ordentliche Gerichtsgebühr beträgt bei Dreierbesetzung zwischen Fr. 3'000.-- und Fr. 60'000.-- (Art. 2 Abs. 1 lit. b des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements über die Gerichtsgebühren vor dem Bundesstrafgericht vom 11. Februar 2004; AS 2004 1585). Sie kann, wenn besondere Gründe es rechtfertigen, insbesondere bei umfangreichen Verfahren und mehreren Angeklagten, bis auf Fr. 200'000.-- erhöht werden (vgl. Art. 4 lit. b des Reglements). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 2 liegt die maximale Gerichtsgebühr nicht bei Fr. 150'000.-- für ein in Dreierbesetzung amtendes Gericht. Zu beachten ist, dass die von der Vorinstanz festgesetzte Gerichtsgebühr, im Gegensatz zum Stundentarif für die anwaltlichen Leistungen, auch den grossen Zeitaufwand abdeckt. Im vorliegenden Fall liegt die Höhe des Stundenansatzes von Fr. 260.-- für die Leistungen des amtlichen Verteidigers gerade noch innerhalb des vorinstanzlichen Ermessens. Auch die Kürzung des Stundenansatzes für die Leistungen der Rechtspraktikanten verletzt kein Bundesrecht. Selbstredend kann bei Praktikanten nicht der vom Beschwerdeführer 2 geltend gemachte Betrag von Fr. 200.-- pro Stunde verrechnet werden, zumal dies der minimale Tarif für rechtsanwaltliche Leistungen wäre. Die Rügen erweisen sich als unbegründet.
4.1 4.1.1 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 ist infolge Gegenstandslosigkeit vom Geschäftsverzeichnis abzuschreiben. Erklärt das Bundesgericht einen Rechtsstreit als erledigt, entscheidet es mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds. Dabei ist in erster Linie auf den mutmasslichen Verfahrensausgang abzustellen, ohne unter Verursachung weiterer Umtriebe die Prozessaussichten im Einzelnen zu prüfen (BGE 129 V 113 E. 3.1 S. 115 f. mit Hinweisen). Es muss bei einer knappen Beurteilung der Aktenlage sein Bewenden haben. Auf dem Weg über den Kostenentscheid soll nicht ein materielles Urteil gefällt und unter Umständen der Entscheid in einer heiklen Rechtsfrage präjudiziert werden. Lässt sich der mutmassliche Ausgang des Verfahrens nicht ohne weiteres feststellen, ist auf allgemeine prozessuale Kriterien zurückzugreifen. Danach wird in erster Linie jene Partei kosten- und entschädigungspflichtig, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit des Verfahrens geführt haben (vgl. Urteil 2C_237/2009 vom 28. September 2009 E. 3.1 mit Hinweis).
4.1.2 Die Prozessaussichten der Beschwerde des Beschwerdeführers 1 sind davon abhängig, ob zusammen mit der Vorinstanz ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten zu bejahen ist, welches eine Kostenauflage trotz Freispruchs nach Art. 173 aBStP rechtfertigt. Vorliegend lässt sich der mutmassliche Prozessausgang nicht ohne weiteres ermitteln. Das angefochtene Urteil wurde im parallelen Verfahren aufgehoben, weil die Vorinstanz den massgeblichen Sachverhalt nicht vollständig und für jeden Angeklagten einzeln festgestellt hat. Mangels hinreichender Sachverhaltsfeststellungen kann nicht geprüft werden, ob dem Beschwerdeführer 1 ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten anzulasten ist. Deshalb rechtfertigt es sich, für seine Beschwerde keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG) und ihm bzw. seinem Rechtsvertreter eine angemessene Parteientschädigung zu Lasten der Schweizerischen Eidgenossenschaft zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 BGG). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.
4.2 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 ist teilweise gutzuheissen. Er hat den auf ihn entfallenden reduzierten Kostenanteil zu bezahlen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat ihm eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde in Strafsachen des Beschwerdeführers 1 wird als gegenstandslos vom Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
1.2 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 8. Juli 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch des Beschwerdeführers 1 um unentgeltliche Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. 3.1 Für die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.2 Dem Beschwerdeführer 2 werden Gerichtskosten von Fr. 500.-- auferlegt.
4. 4.1 Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers 1, Rechtsanwalt RAf._, Bern, für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.2 Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat den Beschwerdeführer 2 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch