Faits:
A. La société anonyme Y._ SA (ci-après: la société), sise à A._, a été inscrite au registre du commerce en 1995, avec pour but l'achat, la construction, la location, la vente, l'échange, la promotion, la gestion, l'administration et l'exploitation d'installations hôtelières, de commerces et de parahôtelleries, ainsi que la construction et l'exploitation d'installations sportives et touristiques. Son capital-actions de 100'000 fr. a été détenu entièrement par Y._ jusqu'au mois de juin 2006, date à laquelle ce dernier a vendu ses actions à Z._ pour un montant de *** fr. A la suite de cette vente, la raison sociale est devenue Z._ SA, puis, en janvier 2011, X._ SA.
B. Du 27 mai au 4 juin 2008, le Service des contributions du canton du Valais a procédé à un contrôle des comptes des exercices 2001 à 2006 de la société. Le rapport d'expertise du 26 juin 2008 établi à la suite de ce contrôle préconisait d'effectuer des reprises pour un montant total de 4'008'957 fr., lesquelles portaient sur les objets et les périodes fiscales suivantes:
- Commissions de vente de 650'000 fr. versées à la société B._ SA (période 2004);
- bénéfice non comptabilisé sur la construction de la villa de Y._ (126'889 fr. à reprendre pour la période 2003);
- pertes extraordinaires en lien avec la société C._ SA (230'000 fr. à reprendre pour la période 2003, 2'300'656 fr. pour 2004 et 170'000 fr. pour 2005);
- ventes immobilières à des proches à des prix de faveur (101'000 fr. à reprendre pour la période 2001);
- pertes dans l'affaire "D._" en Italie (97'000 fr. à reprendre pour la période 2006);
- indemnités forfaitaires pour frais de représentation excessives versées à Y._ (18'000 fr. à reprendre pour chacune des périodes 2001, 2002 et 2003);
- acquisition de véhicules à des prix excessifs (103'532 fr. à reprendre pour la période 2001, 38'330 fr. pour 2002, 140'274 fr. pour 2004; 61'824 fr. à déduire au contraire du bénéfice net de la période 2006);
- parts privées de l'usage de véhicules de luxe (7'200 fr. à reprendre pour la période 2001 et 9'600 fr. pour chacune des périodes 2002 à 2006).
Dans ses bordereaux d'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et d'impôts cantonal et communal (ICC) des périodes 2001 à 2006, la Commission cantonale d'impôt des personnes morales du canton du Valais a suivi les conclusions du rapport d'expertise. Les chiffres d'affaires déclarés et les bénéfices nets respectivement déclarés et taxés étaient les suivants:
2001
2002
2003
2004
2005
2006
Chiffre d'affaires déclaré
2'382'689
2'207'288
2'593'482
8'768'944
2'185'887
3'288'796
Bénéf. net déclaré
405'182
84'209
171'086
1'039'498
307'488
354'423
Bénéf. net taxé
634'914
111'809
593'905
4'143'028
487'088
400'099
Saisie, par acte du 4 août 2008, d'une réclamation de la société contre les bordereaux en question, la Commission cantonale d'impôt des personnes morales l'a rejetée, par décision du 2 octobre 2008, et a procédé pour la période 2004 à une reprise supplémentaire de 73'800 fr. en relation avec les commissions versées à la société B._ SA.
La société a déféré ce prononcé à la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours ou l'autorité précédente), laquelle a partiellement admis le recours par décision du 26 octobre 2011 (notifiée le 1er juin 2012). Cette autorité a notamment annulé les reprises relatives aux pertes extraordinaires liées à la société C._ SA. Le bénéfice net imposable au titre de l'IFD et des ICC a été fixé aux montants suivants:
2001
2002
2003
2004
2005
2006
572'480
116'809
359'311
1'846'199
326'878
482'603
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, en substance, d'annuler la décision du 26 octobre 2011 en tant que celle-ci prévoit des reprises par rapport aux bénéfices nets déclarés.
L'autorité précédente, le Service cantonal des contributions et l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. L'autorité précédente a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (IFD et ICC), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir, dans son recours au Tribunal fédéral, formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_646/2012) et l'autre les ICC (2C_645/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2. 2.1 La décision attaquée concerne le bénéfice imposable des périodes fiscales 2001 à 2006. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant des ICC, l'imposition du bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
2.2 Au surplus, déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 et art. 219bis al. 1 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF; RS/VS 642.1]). Par ailleurs, il a été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc en principe d'entrer en matière.
I. Impôt fédéral direct
3. 3.1 Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b), ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats (let. c). Au nombre des prélèvements au sens de la let. b figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5e tiret).
En définissant le bénéfice imposable par renvoi au solde du compte de résultats, l'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance ("Massgeblichkeitsprinzip"), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut en revanche s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; 132 I 175 consid. 2.2 p. 177 s.; arrêts 2C_895/2008 du 9 juin 2009 consid. 2.1, in RDAF 2009 II p. 522, RF 64/2009 p. 810; 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 4.4).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la société aient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêt 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 3.1 et la jurisprudence citée).
3.2 Selon la jurisprudence, il y a évasion fiscale lorsque les conditions suivantes sont réunies:
a) la forme juridique choisie par le contribuable paraît insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi;
b) ce choix a été opéré abusivement, dans le seul but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit avaient été aménagés de façon appropriée;
c) le procédé conduirait effectivement à une notable économie d'impôt s'il était admis par l'autorité fiscale.
Lorsque ces conditions sont remplies, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme juridique choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait été appropriée au but économique poursuivi par celui-ci (ATF 131 II 627 consid. 5.2 p. 635 s.; arrêt 2A.123/2006 du 10 juillet 2006, RDAF 2007 II p. 127, StE 2006 A 12 no 15, consid. 2.2; arrêt 2A.461/2005 du 14 mars 2006, RDAF 2007 II p. 230, consid. 5.1).
4. 4.1 Sont litigieuses les reprises portant sur des commissions de vente de 73'800 et 650'000 fr. versées à la société B._ SA, sise à Sion et comptabilisées comme charges dans les comptes de la recourante pour l'exercice 2004. L'autorité précédente a retenu à cet égard que l'actionnaire unique de la recourante, Y._, avait acquis le 24 septembre 2003 au prix de *** fr. la totalité du capital-actions de la société précitée. Au moment de son acquisition, B._ SA n'avait plus d'activités, présentait des pertes importantes et était surendettée. Son unique actif consistait en les immeubles sur lesquels se trouvait le centre commercial des "E._", à A._. Par acte du 6 avril 2004, B._ SA avait vendu ces immeubles pour *** fr. à la recourante, qui les avait revendus à un tiers pour *** fr. le 24 août 2004.
Le 20 décembre 2004, la recourante avait versé à B._ SA un montant de 73'800 fr. à titre d'honoraires de vente de trois appartements à G._. Le 21 février 2005, 650'000 fr. avaient été versés à la même société à titre de commission de vente. Cette somme avait été enregistrée dans les comptes de la recourante pour l'exercice 2004, en augmentation du prix de revient du centre commercial "F._", à A._, vendu en 2004.
Parallèlement, la recourante avait facturé à B._ SA, le 30 décembre 2004, un montant de 40'000 fr. pour "mise à disposition du personnel du bureau de M._ pour élaboration de prospectus, divers travaux de prospection et de vente, etc.". Le 31 décembre 2005, une facture de 20'000 fr. avait été adressée à B._ SA pour un motif identique.
L'autorité précédente a estimé, à la suite de la Commission cantonale d'impôt des personnes morales, que le versement des commissions de 73'800 et 650'000 fr. constituait une distribution dissimulée de bénéfice et présentait les caractéristiques d'une évasion fiscale. Comme, en présence d'une évasion fiscale, le contribuable est imposé non pas d'après la construction juridique effectivement mise en place, mais d'après celle qui aurait été appropriée au but économiquement poursuivi, il convenait, non seulement de réintégrer dans le bénéfice imposable les commissions de vente précitées, mais aussi, parallèlement, de déduire dudit bénéfice les montants de 40'000 et 20'000 fr. facturés à B._ SA.
4.2 La recourante conteste la reprise des commissions de 650'000 et 73'800 fr. Elle fait valoir que celles-ci constituent des charges justifiées par l'usage commercial: la société B._ SA a selon elle établi des dossiers de vente conformes aux standards de la branche - et non de simples "papillons publicitaires" comme l'a admis l'autorité précédente -, qui ont permis de réaliser les opérations et le montant des rémunérations est lui aussi conforme au marché. La recourante conteste en outre l'existence d'une évasion fiscale. L'opération ne saurait en effet être qualifiée d'insolite, l'autorité fiscale devant faire preuve de retenue à cet égard et "ne pas s'immiscer" dans la façon dont le contribuable aménage son activité économique. La recourante poursuit en considérant, si on la comprend bien, que le fisc ne peut ainsi imposer à l'actionnaire de plusieurs sociétés de capitaux de faire réaliser une opération (en l'occurrence la vente des appartements de G._ et du centre commercial "F._") par l'une d'elles plutôt que par une autre.
4.3 Il faut convenir avec l'autorité précédente qu'on ne voit pas la justification commerciale pour la recourante de confier la réalisation des dossiers de vente à la société B._ SA en lui louant le personnel nécessaire pour ce faire, plutôt que de les établir elle-même. En procédant de la sorte, la recourante ne pouvait bénéficier, dans l'optique des ventes à réaliser, du savoir-faire, de l'expérience en matière de courtage immobilier, de la réputation etc. d'un tiers qualifié en la matière. Cela lui permettait tout au plus de mettre en vente les immeubles par l'intermédiaire de la société B._ SA, mais la recourante - à qui il incombe d'établir que la prestation constitue une charge justifiée par l'usage commercial (cf. arrêt 2C_386 + 387/2012 du 16 novembre 2012 consid. 5 et références) - n'indique nullement en quoi cela représentait commercialement un avantage et encore moins en quoi un tel avantage aurait justifié le versement de montants aussi importants. Le procédé adopté apparaît ainsi insolite et l'on ne discerne pas quel était son but, sinon de transférer des bénéfices de la recourante à la société B._ SA, de manière à les compenser avec les pertes de cette dernière. C'est donc à bon droit que l'autorité précédente a considéré que les caractéristiques de l'évasion fiscale étaient réunies. La Commission cantonale de recours pouvait de même considérer que les versements litigieux constituaient des distributions dissimulées de bénéfice: même à supposer que les "plaquettes" présentant les immeubles aient été conformes aux standards de la branche, il n'est nullement établi, au vu de ce qui précède, que leur confection ait justifié le versement des montants litigieux; ceux-ci ont en outre été versés à une personne proche, à savoir à une société appartenant au même actionnaire que celle qui a effectué la prestation appréciable en argent; le caractère insolite de cette dernière ne pouvait échapper à l'administrateur unique de la recourante, qui n'était autre que l'actionnaire propriétaire des deux sociétés. Partant, le recours est mal fondé sur ce point.
5. 5.1 Le litige porte sur la reprise de 126'889 fr. à titre de bénéfice non comptabilisé sur la construction de la villa de Y._. L'autorité précédente a retenu qu'en 2000 le prénommé avait acquis en copropriété avec sa compagne une parcelle sise sur le territoire de la commune de H._. Le 20 août 2000, les deux copropriétaires avaient conclu avec la recourante un contrat d'entreprise générale en vue de la construction sur cette parcelle d'une villa individuelle au prix forfaitaire de 2'600'000 fr. Aux termes de l'art. 4 du contrat, ce prix comprenait "le payement de tous les corps de métiers, ainsi que toutes les taxes, autorisation, eau, électricité, etc.". Selon l'art. 5, le prix de l'ouvrage devait être payé de la manière suivante: 800'000 fr. pour le 31 décembre 2001, à condition toutefois que la villa soit habitable, 600'000 fr. au 30 juin 2002 et le solde de 1'200'000 fr. au 31 décembre 2004.
Lors de l'achèvement de la construction, en 2003, aucune facture ni décompte de plus- ou de moins-value n'avait été établi. Au 31 décembre 2003, le compte de construction auprès de la recourante indiquait un coût total de 2'473'111 fr. Y._ avait effectué des versements à hauteur de 1'414'000 fr. A la même date, le solde de 1'059'111 fr. (= 2'473'111 ./. 1'414'000) avait été débité du compte-courant actionnaire. Aucun bénéfice n'avait ainsi été comptabilisé pour la réalisation de la villa (rapport de contrôle du 26 juin 2008, p. 2 s.).
La Commission cantonale d'impôt des personnes morales a estimé que la différence entre le prix convenu de 2'600'000 fr. et le coût total de construction de 2'473'111 fr., soit 126'889 fr., constituait une distribution dissimulée de bénéfice et a réintégré ce montant dans le bénéfice imposable de la période 2003.
Devant l'autorité précédente, la recourante a contesté cette reprise en exposant qu'elle avait reçu de la société I._ SA une facture de 430'000 fr. pour les aménagements extérieurs. Jugeant ce montant excessif, elle avait mandaté un expert, qui avait fixé la valeur des travaux effectués à 391'328 fr. En fin de compte, la facture avait été supportée par Y._ et sa compagne, alors que, en vertu du contrat, elle était à la charge de l'entreprise générale. En contrepartie, la recourante avait renoncé à exiger des prénommés le paiement du solde de 126'889 fr. Il n'y avait donc pas de distribution dissimulée de bénéfice, puisque, si la facture en cause avait été supportée par la recourante, comme le prévoyait le contrat, il en serait résulté pour elle une perte de 303'111 fr. sur la construction de la villa (= 2'473'111 + 430'000 ./. 2'600'000).
L'autorité précédente a confirmé la reprise, en considérant que la recourante n'avait pas établi que les aménagements extérieurs étaient compris dans le forfait de 2'600'000 fr. Par conséquent, la renonciation à exiger le paiement du solde de 126'889 fr. - laquelle n'était d'ailleurs nullement documentée - constituait bien une distribution dissimulée de bénéfice.
La recourante conteste cette reprise, en faisant valoir notamment qu'au vu de l'importance du prix convenu, il allait de soi que celui-ci comprenait les aménagements extérieurs.
5.2 Dans sa réclamation du 4 août 2008, la recourante a présenté la situation de manière en partie différente. Elle a affirmé qu'au vu de l'importance des travaux exécutés pour les aménagements extérieurs, elle avait refusé de payer la facture de 430'000 fr. de la société I._ SA. Elle avait déjà supporté les frais de terrassement à hauteur de 125'000 fr. (sous la forme d'acomptes versés à la société précitée, si l'on en juge par les pièces jointes à la réclamation). Elle avait estimé que les aménagements extérieurs "doivent être payés directement par le propriétaire" et en contrepartie elle avait renoncé à encaisser le solde de 126'889 fr. représentant une moins-value par rapport au contrat d'entreprise générale (réclamation, p. 4).
Quoi qu'il en soit, le prix de 2'600'000 fr. fixé dans le contrat d'entreprise générale est explicitement qualifié de forfaitaire (art. 3). En vertu de l'art. 373 CO, un prix forfaitaire est un prix ferme et définitif en ce sens qu'il ne sera en principe plus modifié, ni à la hausse (à l'avantage de l'entrepreneur, art. 373 al. 1 CO), ni à la baisse (à l'avantage du maître de l'ouvrage, art. 373 al. 3 CO). Or, les écritures comptables que la recourante a passées au 31 décembre 2003 reviennent à renoncer à exiger des maîtres de l'ouvrage le solde de 126'889 fr. du prix forfaitaire de 2'600'000 fr. Certes, la recourante fait valoir qu'"afin de ne pas lui faire supporter une perte sur l'opération", les maîtres de l'ouvrage ont pris à leur charge le coût des aménagements extérieurs, lequel était compris dans le prix forfaitaire de 2'600'000 fr. La renonciation au solde de 126'889 fr. représenterait la contrepartie de ce "geste". Pourtant, à supposer que la recourante invoque par là la compensation, cette argumentation est inopérante: d'un point de vue comptable, une telle compensation aurait supposé que la contre-créance (des maîtres de l'ouvrage à l'égard de la recourante) compensée avec celle de 126'889 fr. fût comptabilisée. Or, la recourante ne fait pas valoir qu'une telle dette aurait été dûment enregistrée dans ses comptes; elle n'indique d'ailleurs même pas à quel titre (prêt, apport, donation...) les maîtres de l'ouvrage auraient consenti à payer tout ou partie des frais des aménagements extérieurs, si tant est que ceux-ci étaient compris dans le prix forfaitaire de 2'600'000 fr. et donc à la charge de la recourante.
Au vu de ce qui précède, force est d'admettre que la recourante n'a pas apporté la preuve lui incombant - dès le moment où l'administration fiscale a établi l'absence de contre-prestation équivalente (cf. arrêt 2C_30/2010 du 19 mai 2010 consid. 2.3 et les références, in RDAF 2011 II p. 53) - de ce que la renonciation à exiger le paiement du solde de 126'889 fr. était justifiée commercialement. Les autres caractéristiques d'une distribution dissimulée de bénéfice étant également réalisées, l'autorité précédente était donc fondée à reprendre le montant en question. Partant, le recours est mal fondé à cet égard.
6. Est litigieuse la reprise pour la période 2001 d'un montant de 86'000 fr. en relation avec la vente par la recourante, à un prix de faveur, de deux appartements en propriété par étage. L'autorité précédente a retenu que la recourante avait assuré la promotion d'un immeuble de 24 appartements - tous de même grandeur - sur six étages, bâtiment construit sur le territoire de la commune de G._. En 2001, l'un de ces appartements (PPE no ***, correspondant à 33/1000 de l'ensemble) avait été vendu à la compagne de Y._ au prix de 250'000 fr. et un autre (PPE no ***, correspondant également à 33/1000) pour le même prix à la fille de cette dernière. Lors du contrôle fiscal, l'expert avait relevé que ces deux ventes s'étaient faites au prix de 7'576 fr./millième, alors que le prix moyen des autres transactions était de 8'889 fr./millième (différence de 1'313 fr./millième, soit 14%). Par ailleurs, la compagne de Y._ avait revendu son appartement en 2005 au prix de 315'000 fr., soit 9'545 fr./millième.
A la suite de la Commission cantonale d'impôt des personnes morales, l'autorité précédente a repris, à titre de distribution dissimulée de bénéfice à des personnes proches, la différence de 1'313 fr./millième sur les deux transactions, ce qui donnait un montant de 86'658 fr. (= 1'313 fr. 66 millièmes), arrondi à 86'000 fr. La recourante contestait cette reprise, en faisant valoir que l'approche consistant à établir un prix moyen par millième était trop schématique, le prix de chaque appartement devant être déterminé en fonction de ses caractéristiques propres (not. étage, vue et aménagement). En l'occurrence, les appartements en cause se trouvaient au centre de l'immeuble - l'un au 4ème et l'autre au 5ème étage - et bénéficiaient ainsi de moins de lumière et d'ouverture sur l'extérieur. Leur situation centrale, avec deux appartements mitoyens, les exposait en outre à davantage de bruit. L'autorité précédente a toutefois constaté que d'autres appartements situés au centre de l'immeuble avaient été vendus à des prix supérieurs ou égaux à la moyenne de 8'889 fr./millième (PPE no *** au 5ème étage: 9'656 fr./millième; PPE no *** au 6ème étage: 9'818 fr./millième; PPE no *** au 4ème étage: 9'188 fr./millième).
Devant le Tribunal de céans, la recourante conteste la reprise de 86'000 fr., en se limitant à reprendre son argumentation selon laquelle l'approche des autorités précédentes serait trop schématique. A supposer que le recours soit suffisamment motivé à cet égard, ce qui est douteux, il doit être rejeté, puisque la recourante n'est à l'évidence pas parvenue à établir la justification commerciale du "rabais" consenti sur les deux appartements vendus à des proches de son actionnaire unique (et que les autres caractéristiques d'une distribution dissimulée de bénéfice sont aussi réalisées).
7. 7.1 La recourante conteste la reprise d'un montant de 97'000 fr. comptabilisé dans les "charges et produits extraordinaires" de l'exercice 2006. L'autorité précédente a retenu à cet égard qu'au mois de juin 2000, la recourante avait "avancé" une somme de 297'900 fr. destinée à un "placement financier" à D._, en association à parts égales avec deux personnes physiques (J._ et K._). L'affaire s'était avérée être une escroquerie et le montant investi avait été totalement perdu. Une plainte avait été déposée auprès de la police italienne le 21 juin 2000. Le montant de 97'000 fr. correspondait approximativement à la part de la recourante dans l'affaire en question.
Selon l'autorité précédente, la recourante n'a pas établi que c'était bien elle, et non son actionnaire unique, qui était impliquée dans l'affaire milanaise. En effet, la pièce bancaire du 19 juin 2000 faisant état d'un retrait de 297'900 fr. sur le compte de la recourante auprès de la banque L._ portait la mention "Prêt J._". Le procès-verbal daté du 21 juin 2000, par lequel la police de la région de carabiniers Piémont et Val d'Aoste, poste d'Arona, avait enregistré la plainte de J._, mentionnait notamment K._ et Y._, mais pas la recourante. En outre, investir dans des opérations douteuses et risquées n'entrait manifestement pas dans le cadre des activités commerciales de cette dernière. Enfin, il n'y avait aucune corrélation temporelle entre l'opération effectuée en 2000 et la comptabilisation six ans plus tard d'une charge extraordinaire.
Au plan de la procédure, l'autorité précédente a rejeté l'offre de preuve tendant à l'audition de J._ et K._. Selon elle, l'on ne voyait pas ce que le témoignage des prénommés pouvait apporter de plus.
7.2 La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue, en faisant valoir que "l'audition des autres investisseurs dans le cadre du volet italien aurait permis d'étayer" son argumentation.
Il est très douteux que cette argumentation des plus sommaires soit conforme aux exigences de motivation accrues dont l'art. 106 al. 2 LTF fait dépendre la recevabilité des griefs de nature constitutionnelle. Quoi qu'il en soit, le droit de faire administrer des preuves découlant du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction, lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 136 I 229 consid. 5.3 p. 236). Tel est bien ce qu'a fait l'autorité précédente en l'occurrence et la recourante ne démontre nullement que l'appréciation à laquelle celle-ci s'est livrée serait arbitraire. Le grief est donc mal fondé et doit être rejeté.
7.3 Sur le fond, la justification commerciale de la charge litigieuse suppose en premier lieu que la recourante ait été associée à l'opération effectuée en 2000 et qu'elle ait subi une perte du fait que celle-ci s'est avérée n'être qu'une escroquerie. Au terme de son appréciation des preuves, l'autorité précédente est parvenue à la conclusion que tel n'était pas le cas: c'était son actionnaire unique qui avait participé à cette affaire, la recourante n'ayant fait qu'"avancer" les fonds aux trois personnes physiques associées pour la circonstance. Or, ces constatations lient le Tribunal de céans (cf. art. 105 al. 1 LTF), lequel ne peut s'en écarter que s'il s'avère que l'autorité précédente a établi les faits de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Il appartient au recourant de démontrer que tel est le cas, à l'aide d'une argumentation répondant aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. Celui-ci doit ainsi exposer en quoi l'autorité précédente a apprécié les preuves de manière arbitraire, soit en ne tenant pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, en se trompant sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en en tirant des constatations insoutenables (ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234). En l'espèce, la recourante - qui se limite à reprendre les arguments invoqués devant l'autorité précédente - n'entreprend nullement une telle démonstration, de sorte que le Tribunal de céans ne peut se départir de la constatation selon laquelle ce n'est pas elle qui a été associée à l'opération en cause, mais bien son actionnaire unique. Dans ces conditions, le recours ne peut qu'être rejeté pour ce motif déjà, sans qu'il soit besoin d'examiner la question de la corrélation temporelle des écritures comptables.
8. La recourante conteste la reprise portant sur les indemnités forfaitaires pour frais de représentation versées à Y._ lors des périodes 2001 à 2003, indemnités qui se montaient à 36'000 fr. par année. L'autorité précédente n'a en effet admis que la moitié de ces montants et a réintégré 18'000 fr. dans le bénéfice imposable de chacune de ces périodes.
Reprenant l'argumentation présentée devant l'autorité précédente, la recourante fait valoir que, compte tenu de ce que son actionnaire percevait un salaire "modéré" en comparaison avec les conditions du marché, l'indemnité forfaitaire pour frais de représentation plus généreuse constituait un salaire déguisé et non une distribution dissimulée de bénéfice. Les indemnités en question ne devraient dès lors pas donner lieu à une reprise dans son chef.
Cette argumentation méconnaît le fait qu'en vertu du principe de l'autorité du bilan commercial (cf. consid. 3.1 ci-dessus), la recourante doit se laisser opposer la façon dont elle a comptabilisé ses charges, de sorte que, si des indemnités pour frais de représentation ne s'avèrent pas justifiées commercialement, elles ne peuvent être ultérieurement requalifiées de salaires (jurisprudence constante: arrêts A.266/1984 du 28 février 1986 consid. 6, in Archives 55 p. 624, RDAF 1988 p. 400, RF 41/1986 p. 474, StE 1986 B 72.14.2 no 5; 2A.324/1991 du 22 octobre 1992 consid. 2c, in Archives 63 p. 208, StE 1993 B 101.21 no 12; 2A.45/2003 du 29 juillet 2004 consid. 5.4, in Archives 74 p. 749, RF 60/2005 p. 32). En outre, en vertu du principe de l'évaluation individuelle, la justification commerciale des indemnités pour frais de représentation doit être établie pour elle-même, indépendamment des montants versés à titre de salaire (Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, nos 115 s. ad art. 57-58 LIFD et les références, not. aux arrêts précités A.266/1984 et 2A.324/1991; voir aussi la critique de cet auteur, no 145 ad art. 57-58 LIFD). Dans ces conditions - et outre que la recourante se contente d'affirmer que son actionnaire n'a perçu qu'un salaire "modéré", sans autres indications -, le recours ne peut qu'être rejeté sur ce point.
9. 9.1 Le litige porte sur la reprise effectuée en relation avec l'usage par Y._ à des fins privées des véhicules de haut standing acquis par la recourante.
L'autorité précédente a considéré que la recourante avait acquis des véhicules de luxe et qu'il fallait partir de l'idée que son actionnaire unique en faisait aussi un usage privé. Pour calculer la valeur de cet usage privé - à réintégrer dans le bénéfice imposable de la recourante, qui n'avait rien comptabilisé à ce titre -, elle s'est référée à une notice de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: AFC) en matière de taxe sur la valeur ajoutée (TVA), à savoir la notice no 03 intitulée "Simplification de l'imposition des parts privées, des prélèvements en nature et de la subsistance du personnel", dans sa teneur applicable du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2009 (disponible à l'adresse http://www.estv.admin.ch/mwst/dokumentation/ 00130/00222/index.html?lang=fr). Conformément à ce texte (ch. 2.3.4), l'autorité précédente a considéré que la part privée mensuelle de l'utilisation de voitures de luxe - soit de véhicules dont les frais d'acquisition dépassent la valeur-seuil de 100'000 fr. - équivaut, si le véhicule a donné droit à la déduction de l'impôt préalable lors de son acquisition, à 0,8% de sa valeur jusqu'à concurrence de 100'000 fr. et à 0,4% de sa valeur au-delà de cette limite. Elle a ainsi repris les montants annuels suivants:
20011
2002
2003
2004
2005
2006
Valeur véhic.
203'532
203'532
198'540
250'564
303'900
197'423
Part privée jusqu'à 100'000 fr. (0,8%)
7'200
9'600
9'600
9'600
9'600
9'600
Part privée dès 100'000 fr. (0,4%)
3'750
5'000
4'730
7'230
9'790
4'680
Total
10'950
14'600
14'330
16'830
19'390
14'280
1 9 mois
La recourante conteste les reprises effectuées, en faisant valoir que les périodes fiscales en cause sont antérieures à l'entrée en vigueur des règles sur le nouveau certificat de salaire. Jusqu'alors, la pratique en matière de part privée de l'usage de véhicules appartenant à l'entreprise aurait été "beaucoup plus souple"; en particulier, la règle "schématique et simplificatrice" selon laquelle la valeur mensuelle de la part privée équivaut à 0,8% de la valeur d'acquisition du véhicule n'aurait pas encore été applicable.
9.2 Il est vrai que l'introduction du nouveau certificat de salaire, avec effet au 1er janvier 2007, a consacré la méthode de calcul ci-dessus: selon la circulaire 25 de la Conférence suisse des impôts (ci-après: CSI), du 18 janvier 2008, intitulée "Modèle de règlement des remboursements de frais pour les entreprises et les organisations à but non lucratif" (disponible à l'adresse www.csi-ssk.ch/fr/index.php?Certificat_de_salaire) et selon le guide d'établissement du certificat de salaire et de l'attestation de rentes, édité par la CSI et l'AFC (formulaire 11; disponible sur le site Internet de l'AFC), la part privée d'utilisation d'une voiture de fonction doit être évaluée et déclarée dans le certificat de salaire des employés concernés à concurrence de 0,8% du prix d'achat (hors taxe à la valeur ajoutée), mais au moins de 150 fr. par mois (resp. ch. 2.5 et ch. 2.2).
Pour autant, cette méthode était déjà connue auparavant, non seulement en matière de TVA, mais aussi pour la taxation des impôts directs (cf. arrêt 2P.195/2005 + 2A.473/2005 du 16 février 2006 consid. 7.2, s'agissant des ICC des périodes 1997 à 2001 dans une affaire valaisanne, où le Tribunal de céans s'est référé à la notice 03 précitée, dans sa version en vigueur du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2007, qui évaluait la part privée à 1% du prix d'acquisition [hors TVA] d'un véhicule ayant donné droit à la déduction de l'impôt préalable, mais au moins à 150 fr. par mois [ch. 2]). Du reste, il est toujours loisible à l'employé comme à l'employeur de contester, preuves à l'appui, l'évaluation faite par l'administration fiscale des avantages appréciables en argent fournis à l'employé, tels que la mise à disposition d'une voiture de service que celui-ci peut utiliser à titre privé (cf. Jean-Blaise Eckert, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, op. cit., no 15 ad art. 17 LIFD; Danon, op. cit., no 114 ad art. 57-58 LIFD). Or, en l'occurrence, la recourante se borne à alléguer "l'utilisation quasi exclusivement professionnelle des véhicules par l'actionnaire de la société", sans autres indications. Cela ne saurait à l'évidence suffire à remettre en cause le bien-fondé des montants repris à titre de part privée par l'autorité précédente. Partant, le recours doit être rejeté sur ce point.
II. Impôts cantonal et communal
10. Conformément à l'art. 24 al. 1 let. a et b LHID, l'art. 81 al. 1 LF dispose que le bénéfice net imposable comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b), ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultat (let. c). Au nombre des prélèvements au sens de la let. b figurent notamment les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial. De manière générale, les pratiques cantonales relatives à la notion de distribution dissimulée de bénéfice correspondent largement à la jurisprudence fédérale (Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, no 76 ad art. 24 LHID). Tel est le cas en l'espèce, où l'autorité précédente a appliqué les mêmes règles qu'en matière d'IFD.
Il peut ainsi être renvoyé s'agissant des ICC à la motivation développée en matière d'IFD.
11. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_645/2012 et 2C_646/2012 sont jointes.
2. Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct (cause 2C_646/2012).
3. Le recours est rejeté en ce qui concerne les impôts cantonal et communal (cause 2C_645/2012).
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 13 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Vianin