Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Nichteintretensentscheid des basellandschaftlichen Verfahrensgerichts in Strafsachen, in welchem festgestellt wird, dass der Beschwerdeführer im Sinne der Erwägungen prozessunfähig sei. Mit der Frage der Prozessfähigkeit bzw. Prozessunfähigkeit befasst sich der Beschwerdeführer vor Bundesgericht mit keinem Wort. Stattdessen macht er Ausführungen im Zusammenhang mit der "A._ AG in Liquidation" und dem "B._-Fall" und wirft allen gerichtlichen Instanzen, welche sich bis heute damit beschäftigt hätten, pflichtwidrige Unvorsichtigkeit bzw. ungetreue Amtsführung vor. Damit erfüllt die Beschwerde die Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill