Sachverhalt:
A.
A.a. Das Ehepaar A. und B.A._ wohnt in V._/SG. A.A_ arbeitete bis Ende Juli 2009 bei der X._ AG in U._/FL, wo er bei der Stiftung "Z._" vorsorgeversichert war. Nach Auflösung des Arbeitsverhältnisses mit der X._ AG arbeitete A.A_ in der von ihm am 2. März 2009 gegründeten Y._ GmbH mit Sitz in V._. Am 1. August 2009 liess er sich die bei der Stiftung Z._ geäufnete Freizügigkeitsleistung von Fr. 201'606.45 ausbezahlen und brachte diesen Betrag in die Y._ GmbH ein. In der Steuererklärung 2009 deklarierten A. und B.A._ ein steuerbares Einkommen von Fr. 97'312.-- und wiesen unter der Rubrik "Kapitalleistungen aus Vorsorge" auf die Freizügigkeitsleistung hin. Am 9. Dezember 2010 erliess das kantonale Steueramt St. Gallen eine separate Veranlagungsverfügung für Kapitalleistungen und legte die Jahressteuer für die direkte Bundessteuer auf Fr. 2'914.20 fest. Diese Verfügung erwuchs in Rechtskraft.
A.b. Mit Verfügung vom 30. August 2011 veranlagte das Steueramt A. und B.A._ für die direkte Bundessteuer 2009 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 286'000.--. Zur Begründung führte es aus, beim Betrag von Fr. 201'606.45 handle es sich um eine Kapitalleistung ohne Vorsorgecharakter und ein Barauszahlungsgrund habe nicht vorgelegen; die Kapitalleistung sei mit dem übrigen Einkommen zum ordentlichen Satz zu versteuern; nach Rechtskraft dieser Veranlagung werde die im Dezember 2010 erlassene Veranlagungsverfügung über die separate Jahressteuer von Amtes wegen revisionsweise aufgehoben. Daran hielt das Steueramt mit Einspracheentscheid vom 18. Juni 2012 fest.
B.
Die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen hiess mit Entscheid vom 11. Dezember 2012 die dagegen erhobene Beschwerde von A. und B.A._ gut und veranlagte die Steuerpflichtigen für das Jahr 2009 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 84'400.--.
C.
Das kantonale Steueramt erhob dagegen Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Am Verfahren beteiligte sich auch die Eidgenössische Steuerverwaltung. Das Verwaltungsgericht wies mit Urteil vom 17. Januar 2014 die Beschwerde ab (Ziff. 1); die Kosten (Ziff. 2) und die Parteientschädigung an die Steuerpflichtigen (Ziff. 3) auferlegte es der Eidgenossenschaft.
D.
Mit Eingabe vom 21. Februar 2013 (recte: 2014) erhebt die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, in Aufhebung des angefochtenen Urteils sei die Freizügigkeitsleistung von Fr. 201'606.-- zusammen mit dem übrigen Einkommen ordentlich zu besteuern. Ferner seien ihr für das vorinstanzliche Verfahren keine Verfahrenskosten und Parteientschädigungen aufzuerlegen.
Das Steueramt des Kantons St. Gallen verzichtet auf eine Vernehmlassung. A. und B.A._ sowie das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen beantragen Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG) und die ESTV ist dazu legitimiert (Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 und Art. 12 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 17. Februar 2010 [OV-EFD; SR 172.215.1]). Auf das Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten (vgl. auch E. 3.1 hiernach).
2.
Streitig ist, ob die Kapitalleistung mit einer besonderen Jahressteuer oder zusammen mit dem übrigen Einkommen zu versteuern ist.
2.1. Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte (Art. 16 Abs. 1 DBG [SR 642.11]), insbesondere alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlich-rechtlichem Arbeitsverhältnis (Art. 17 Abs. 1 DBG). Steuerbar sind sodann alle Einkünfte aus der Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung, aus Einrichtungen der beruflichen Vorsorge und aus anerkannten Formen der gebundenen Selbstvorsorge, mit Einschluss der Kapitalabfindungen und Rückzahlungen von Einlagen, Prämien und Beiträgen (Art. 22 Abs. 1 DBG). Solche Kapitalleistungen sowie gleichartige Kapitalabfindungen des Arbeitgebers werden nach Artikel 38 gesondert besteuert (Art. 17 Abs. 2 DBG), d.h. mit einer vollen Jahressteuer zu einem reduzierten Satz.
2.2. Die Vorinstanz hat erwogen, die Revision einer rechtskräftigen Veranlagung sei ausnahmsweise auch zu Ungunsten des Steuerpflichtigen möglich, wenn ein offensichtliches Versehen der Steuerbehörde bei der ursprünglichen Veranlagung vorliege, so dass die Berufung auf die Rechtsbeständigkeit der Verfügung als rechtsmissbräuchlich erscheine. Vorliegend wäre die Barauszahlung nach schweizerischem Recht (Art. 5 Abs. 1 FZG [SR 831.42]) nicht zulässig gewesen, da der Steuerpflichtige keine selbständige Erwerbstätigkeit aufgenommen habe. Sie sei jedoch im Einklang mit dem liechtensteinischen Recht erfolgt. Auf die Auszahlung als solche sei liechtensteinisches Recht anwendbar. Die Frage, ob nach schweizerischem Recht ein Barauszahlungsgrund vorgelegen hätte, stelle sich nicht. In Frage stehen könne einzig noch, ob das rechtskonform ausbezahlte Kapital weiterhin einen Vorsorgezweck erfülle, da eine steuerliche Privilegierung ausscheide, wenn eine Barauszahlung nicht einem vorsorgerechtlich zulässigen Zweck zugeführt werde. Der Steuerpflichtige habe die Kapitalauszahlung in seine Einmann-GmbH eingebracht, nachdem ihm sein Arbeitgeber gekündigt habe und er aufgrund seines Alters kaum mehr eine neue Stelle gefunden hätte. Das wirtschaftliche Interesse der GmbH sei mit seinen persönlichen identisch. Das eingebrachte Kapital diene weiterhin einem Vorsorgezweck. Die Barauszahlung sei nicht rechtsmissbräuchlich oder zweckwidrig verwendet worden. Es fehle an einem Anlass für eine Nachsteuer und eine Revision nach Art. 147 DBG scheide schon deshalb aus, weil ein offensichtliches Versehen der Steuerbehörde bei der ursprünglichen Veranlagung nicht vorliege.
2.3. Die ESTV bringt dagegen vor, es sei nicht Sache der schweizerischen Behörden, liechtensteinisches Recht anzuwenden. Die Besteuerung der Kapitalleistung richte sich nach schweizerischem Recht, auch wenn sie aus einer ausländischen Vorsorgeeinrichtung stamme. Die Privilegierung nach Art. 38 DBG komme nur für Kapitalleistungen nach Art. 22 DBG zur Anwendung, was voraussetze, dass sie den gleichen Zweck wie eine Kapitalleistung aus einer schweizerischen Vorsorgeeinrichtung erfülle. Die Investition einer Kapitalleistung aus beruflicher Vorsorge in eine GmbH sei jedoch kein Barauszahlungsgrund nach Art. 5 FZG. Es sei kein Vorsorgefall eingetreten und die Kapitalleistung diene auch nicht mehr einem Vorsorgezweck.
2.4. Mit ihrer Argumentation verkennt die Beschwerdeführerin indes den entscheidenden Punkt: Wie die Vorinstanz verbindlich (Art. 105 BGG) festgestellt hat und auch die Beschwerdeführerin anerkennt, wurde die streitige Kapitalleistung mit einer Jahressteuer veranlagt und ist diese Veranlagungsverfügung rechtskräftig geworden. Es stellt sich somit nicht mehr die Frage, ob diese Veranlagung bei freier Sach- und Rechtskontrolle richtig war, sondern nur noch, ob ein Anlass besteht, auf diese rechtskräftige Veranlagung zurückzukommen und die Kapitalleistung stattdessen mit der ordentlichen Steuer zu erfassen.
2.4.1. Eine in Rechtskraft erwachsene Verfügung ist nicht schon deswegen nachträglich abzuändern, weil sich ergibt, dass sie an einem ursprünglichen Rechtsfehler leidet. Vielmehr kann darauf nur noch unter besonderen Voraussetzungen zurückgekommen werden. Das Steuerrecht kennt einen Numerus clausus von Rechtsgründen, die es erlauben, auf eine rechtskräftige Verfügung oder einen solchen Entscheid zurückzukommen; bei diesen Gründen handelt es sich um die Revision (Art. 147 ff. DBG), die Berichtigung (Art. 150 DBG) und die Nachsteuer (Art. 151 ff. DBG). Weitere Aufhebungs- oder Abänderungsgründe sind ausgeschlossen und können weder von der steuerpflichtigen Person noch der öffentlichen Hand angerufen werden (Urteile 2C_519/2011 vom 24. Februar 2012 E. 3.3, in: StR 67/2012 S. 367; 2C_596/2012 vom 19. März 2013 E. 2.3, in: StR 68/2013 S. 474).
2.4.2. Die Voraussetzungen für eine Berichtigung liegen offensichtlich nicht vor.
2.4.3. Eine Nachsteuer setzt voraus, dass aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen ist (Art. 151 Abs. 1 DBG). Abgesehen davon, dass vorliegend gar kein Nachsteuerverfahren (Art. 153 DBG) eröffnet wurde, ist nicht ersichtlich, welche Tatsachen oder Beweismittel der Steuerbehörde im Zeitpunkt der Veranlagung der Jahressteuer nicht bekannt gewesen wären, und erst recht liegt kein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde vor: In der Steuererklärung für das Jahr 2009 hatten die Steuerpflichtigen korrekt angegeben, dass sie unselbständig erwerbstätig sind und dass sie eine Kapitalleistung aus beruflicher Vorsorge, welcher der Vorsorgenehmer als Arbeitnehmer angehörte, erhalten hatten. Damit war der Steuerbehörde bekannt, dass kein Barauszahlungsfall nach Art. 5 Abs. 1 lit. b FZG vorlag. Wenn sie dennoch eine Jahressteuer veranlagte, so erfolgte dies aufgrund einer möglicherweise unzutreffenden rechtlichen Beurteilung, was kein Grund für eine Nachsteuer sein kann.
2.4.4. Nach Art. 147 DBG kann eine rechtskräftige Verfügung zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden, wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden (lit. a), wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat (lit. b) oder wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat (lit. c).
2.4.4.1. In einer mit der vorliegenden (weitgehend) vergleichbaren Konstellation hat das Bundesgericht erkannt, dass die Aufhebung einer rechtskräftigen Jahressteuerveranlagung eine Revision zu Gunsten des Steuerpflichtigen darstellt, auch wenn zugleich die Kapitalleistung im Rahmen der bisher noch nicht rechtskräftigen ordentlichen Veranlagung besteuert wird. Ob sich die Interventionen der Veranlagungsbehörde - gesamtheitlich betrachtet - zum Vorteil oder zum Nachteil der Steuerpflichtigen auswirkten, könne verfahrensrechtlich keine Rolle spielen, da es sich beim Revisionsverfahren und bei der ordentlichen Veranlagung um unabhängige Verfahren mit je eigenen Regeln handelt (Urteil 2C_156/2010 vom 7. Juni 2011 E. 3.2, in: StR 66/2011 S. 856 [zum gleichlautenden Art. 51 StHG]). Ob an dieser Betrachtungsweise und damit an einer Fokussierung auf rein verfahrensrechtliche Gesichtspunkte festzuhalten ist, kann hier aus folgenden Gründen offen gelassen werden.
2.4.4.2. Im Gegensatz zur Konstellation im zitierten Urteil 2C_156/2010 scheinen hier die Revisionsgründe von Art. 147 Abs. 1 lit. a und c DBG, die mit den Nachsteuergründen (vgl. E. 2.4.3 hiervor) im Wesentlichen übereinstimmen, offensichtlich nicht erfüllt; insbesondere unterscheidet sich die vorliegende Konstellation dadurch von derjenigen im zitierten Urteil 2C_156/2010, dass dort der Steuerpflichtige zunächst gegenüber der Steuerbehörde angegeben hatte, er nehme eine selbständige Tätigkeit auf, jedoch in der Folge gar nie selbständig erwerbstätig war. Weiter liegt der Revisionsgrund von 147 Abs. 1 lit. b DBG nicht schon bei einer unzutreffenden Rechtsanwendung bzw. einem Subsumtionsirrtum der Steuerverwaltung vor (Urteile 2A.710/2006 vom 23. Mai 2007 E. 3.2, in: StE 2007 B 97.11 Nr. 23; 2P.273/2006 und 2A.617/2006 vom 17. April 2007 E. 3.3; 2P.198/2003 vom 12. Dezember 2003 E. 3.3, in: StR 60/2005 S. 45; VALLENDER/LOOSER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2b, 2. Aufl. 2008, Art. 147 DBG Rz. 14 f. und 18). Die Revision ist zudem ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können (Art. 147 Abs. 2 DBG). Dabei sind hohe Anforderungen an das Mass der Sorgfalt zu stellen. Die Revision bezweckt nicht, vermeidbare Unterlassungen während des ordentlichen Verfahrens nachholen zu können (statt vieler: Urteil 2C_581/2011 vom 27. März 2012 E. 3.1, in: StR 67/2012 S. 454). Vorliegend war allen Beteiligten bekannt, dass der Steuerpflichtige eine Kapitalauszahlung aus beruflicher Vorsorge erhalten und in der Folge eine unselbständige Tätigkeit aufgenommen hatte. Die Jahressteuerveranlagung beruht allenfalls auf einem Subsumtionsirrtum, der nicht Anlass für eine Revision geben kann.
2.4.5. Selbst wenn man die Frage offen lässt, ob hier überhaupt eine Konstellation einer Revision zugunsten der Steuerpflichtigen (gemäss zit. Urteil 2C_156/2010) vorliegt, ist der angefochtene Entscheid im Ergebnis nicht zu beanstanden:
2.4.5.1. Die Vorinstanz hat im Vorgehen der Steuerbehörden eine Revision zu Ungunsten des Steuerpflichtigenerblickt. In der Rechtsprechung zum Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt) hatte das Bundesgericht erkannt, dass auch ohne ausdrückliche gesetzliche Grundlage eine Revision zu Ungunsten des Steuerpflichtigen mit grosser Zurückhaltung möglich sei. Grundsätzlich müsse der Steuerpflichtige auf die Beständigkeit der rechtskräftigen Veranlagung zählen können; eine Revision sei aber möglich, wenn das Beharren auf der Rechtskraft zu einem Rechtsmissbrauch führen würde, nämlich wenn der Fehler der Steuerbehörde offensichtlich war und vom Steuerpflichtigen ohne weiteres erkennbar gewesen wäre (Urteil 2A.508/2002 vom 4. April 2003 E. 2.2, in: StR 58/2003 S. 513).
2.4.5.2. Art. 147 DBG und Art. 51 StHG sehen die Revision ausdrücklich nur noch zugunsten des Steuerpflichtigen vor, während das Gegenstück zu Gunsten des Fiskus die Nachsteuer ist (Botschaft vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer, BBl 1983 III 136 f., 214 f.). Das Bundesgericht hat denn auch unter der Geltung des neuen Rechts die altrechtliche Praxis der Revision zu Ungunsten des Steuerpflichtigen nicht mehr angewendet (offen gelassen im Urteil 2P.198/2003 vom 12. Dezember 2003 E. 3.3, StR 60/2005 S. 45).
2.4.5.3. Selbst wenn die alte Praxis noch anwendbar wäre, wären die entsprechenden Voraussetzungen hier nicht erfüllt. So wenig wie bei der Revision zugunsten des Steuerpflichtigen könnte ein blosser rechtlicher Irrtum der Steuerbehörde bei Vornahme der Veranlagung ein Revisionsgrund sein.
2.5. Insgesamt bestand somit kein Anlass, auf die rechtskräftige Veranlagung der Jahressteuer zurückzukommen. Die Kapitalleistung kann nicht zusammen mit dem übrigen Einkommen ordentlich besteuert werden.
3.
Streitig ist weiter, ob die Vorinstanz mit Recht die Eidgenossenschaft zur Bezahlung von Gerichtskosten und Parteientschädigung verpflichtet hat.
3.1. Das Verwaltungsgericht macht vernehmlassungsweise geltend, es habe in seinem Urteil die Kosten nicht der ESTV, sondern der Eidgenossenschaft auferlegt; auf den Antrag der ESTV, die Kosten seien nicht ihr aufzuerlegen, sei deshalb nicht einzutreten.
Das Beschwerderecht der Bundesbehörden nach Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG dient dazu, die richtige Anwendung der Bundesgesetzgebung sicherzustellen. Die ESTV kann daher mit ihrer Beschwerde auch zum Gegenstand machen, ob die kantonale Vorinstanz die bundesrechtlichen Bestimmungen über die Kostenregelung richtig angewendet hat, auch wenn sie allenfalls zu Unrecht der Eidgenossenschaft Kosten auferlegt hat. Dass die ESTV vor Bundesgericht beantragt, es dürften ihr - der ESTV - die Kosten nicht auferlegt werden, kann nicht schaden, da die ESTV Teil der Eidgenossenschaft ist und im Rahmen ihrer Beschwerdezuständigkeit deren Interessen wahrnimmt. Auf den Antrag ist daher einzutreten.
3.2. Nach Art. 141 Abs. 1 DBG können die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die Eidgenössische Steuerverwaltung gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben. Soweit die Eidgenössische Steuerverwaltung nicht selber Beschwerde erhebt, gibt die Steuerrekurskommission ihr Gelegenheit zur Stellungnahme (Art. 142 Abs. 1 DBG). Die Kosten des Verfahrens vor der Rekurskommission werden der unterliegenden Partei auferlegt (Art. 144 Abs. 1 DBG). Für die Zusprechung von Parteikosten gilt Art. 64 Abs. 1-3 VwVG (SR 172.021) sinngemäss (Art. 144 Abs. 4 DBG). Demgemäss wird die Parteientschädigung der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, sofern sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann (Art. 64 Abs. 2 VwVG). Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat (Art. 64 Abs. 3 VwVG). Diese Bestimmungen gelten sinngemäss für das Verfahren vor einer weiteren verwaltungsunabhängigen kantonalen Instanz (Art. 145 Abs. 2 DBG), mithin hier vor dem kantonalen Verwaltungsgericht.
3.3. Das Bundesgericht hat sich zur hier interessierenden Frage bereits im Urteil 2P.55/2002, 2A.88/2002 und 2A.89/2002 vom 20. Juni 2002 E. 4.1, in: StE 2002 B 26.27 Nr. 5, geäussert. Es hat ausgeführt:
"Das Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG) bestimmt nicht näher, wer im Verfahren vor der kantonalen Steuerrekurskommission als Partei zu betrachten ist. Zumal Art. 144 Abs. 3 DBG betreffend den Ersatz von Parteikosten auf die entsprechende Regelung des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren (VwVG) verweist, rechtfertigt es sich, sinngemäss den Parteibegriff dieses Gesetzes heranzuziehen. Laut Art. 6 VwVG gelten als Parteien Personen, deren Rechte oder Pflichten die Verfügung berühren soll, sowie andere Personen, Organisationen oder Behörden, denen ein Rechtsmittel gegen die Verfügung zusteht. Gemäss Art. 141 Abs. 1 DBG ist die Eidgenössische Steuerverwaltung befugt, gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission zu erheben. Sie ist somit zur Ausübung von Parteirechten legitimiert. Diese Befugnis steht freilich in einem weiteren Zusammenhang. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auch den Auftrag, für die einheitliche Anwendung des Bundesrechts zu sorgen und die erforderlichen Vorschriften zu erlassen (Art. 102 Abs. 2 DBG). Zu diesem Zweck verfügt sie über weitreichende Aufsichtskompetenzen (Art. 103 DBG), insbesondere auch über ein Antragsrecht in Verhandlungen (Art. 103 Abs. 1 lit. b DBG). Im Verfahren vor der kantonalen Steuerrekurskommission ist sie anzuhören (Art. 142 Abs. 1 DBG). Damit sollen in erster Linie ihre Fachkompetenz und ihre breiten Kenntnisse für eine umstrittene Veranlagung dienstbar gemacht werden. Die Eidgenössische Steuerverwaltung kann ihre Stellungnahme auch mit Anträgen verbinden, wie dies in Rechtsstreiten üblich ist. Aus solcher weitgehend unterstützender Teilnahme an einem Verfahren ableiten zu wollen, sie greife als Partei in das Verfahren ein und übernehme damit Kostenrisiken, ginge jedoch zu weit. Dies hiesse insbesondere den umfassenden Auftrag der Eidgenössischen Steuerverwaltung zur Sicherstellung eines einheitlichen Vollzugs verkennen. Vor diesem speziellen Hintergrund darf es keinen Unterschied machen, ob die Eidgenössische Steuerverwaltung ihre Stellungnahme mit einer Würdigung abgibt, die einen bestimmten Verfahrensausgang nahe legt, oder ob sie das Ergebnis ihrer Würdigung mit einem präzisen Antrag verbindet. Ausserdem widerspräche es auch dem Sinn und Zweck der erwähnten Möglichkeit zur Stellungnahme, wenn sie sich zur Vermeidung des Kostenrisikos derart zurückhalten müsste, dass sich ihrer Vernehmlassung nicht klar entnehmen liesse, wie ihrer Ansicht nach der Rechtsstreit zu entscheiden ist. Anders verhält es sich dann, wenn die Eidgenössische Steuerverwaltung selber Beschwerde führt. Diesfalls nimmt sie den Instanzenzug selber in Anspruch, was mit entsprechenden Kostenrisiken verbunden ist."
3.4. Vorliegend hat das Steueramt des Kantons St. Gallen Beschwerde an das Verwaltungsgericht erhoben. Die ESTV hat nicht selber Beschwerde erhoben, sondern sich mit einer Vernehmlassung im Sinne von Art. 142 Abs. 1 DBG beteiligt und Antrag auf Gutheissung der Beschwerde gestellt. Nach der oben dargelegten Rechtsprechung konnten ihr daher keine Kosten auferlegt werden. Das Verwaltungsgericht hat in Kenntnis dieser Rechtsprechung erwogen, dem kantonalen Steueramt komme ausschliesslich die Aufgabe zu, für die ESTV als Rechtsvertretung zu fungieren, zumal es in Bezug auf die kantonalen Steuern auf eine Anfechtung des Entscheids der Verwaltungsrekurskommission in gleicher Sache verzichtet habe. Es gehe somit ausschliesslich um finanzielle Interessen der Eidgenossenschaft.
3.5. Die direkte Bundessteuer wird vom Bund erhoben (Art. 1 DBG). Sie wird von den Kantonen unter Aufsicht des Bundes veranlagt und bezogen (Art. 2 DBG). Die Kantone liefern 83 % der bei ihnen eingegangenen Steuerbeträge, Bussen und Zinsen dem Bund ab (Art. 196 Abs. 1 DBG). Es trifft somit zu, dass es bei Streitigkeiten um die direkte Bundessteuer primär um finanzielle Interessen der Eidgenossenschaft geht. Das ändert allerdings nichts daran, dass Parteien im Verwaltungsjustizverfahren primär die Verfügungsadressaten sowie die verfügenden bzw. beschwerdeführenden Behörden sind. Die ESTV ist im Rahmen der direkten Bundessteuer deshalb nicht Partei, solange sie nicht selber Beschwerde erhebt, sondern nur eine Vernehmlassung einreicht; anders wäre die Lage bei denjenigen eidgenössischen Steuern, welche die ESTV selber veranlagt. Wer als übriger Beteiligter an einem Verfahren mitwirkt, gilt auch im Rahmen des BGG grundsätzlich nicht als kostenpflichtige Partei. Allerdings kann eine kantonale Steuerverwaltung, die sich am Verfahren beteiligt hat, mit Kosten belegt werden, wenn sie sich wie eine Partei verhalten hat, indem sie Anträge gestellt hat und auf diese Weise für ihr Steuersubstrat eingetreten ist (Urteil 2C_64/2013 vom 26. September 2014 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 866). Diese Überlegung könnte an sich auch in der vorliegenden Konstellation zu einer Kostenpflicht der ESTV bzw. der Eidgenossenschaft führen. Damit würde allerdings der Doppelnatur der Rolle der ESTV nicht genügend Rechnung getragen, welche einerseits zwar die finanziellen Interessen der Eidgenossenschaft vertritt, andererseits aber auch als Aufsichtsbehörde fungiert (Art. 102 und 103 DBG). Deshalb auferlegt auch das Bundesgericht in Verfahren um die direkte Bundessteuer der ESTV nur Kosten, wenn diese selber Beschwerde erhebt und unterliegt (vgl. etwa Urteile 2A.42/2007 vom 11. Juni 2008 E. 4.2; 2A.542/2002 vom 6. Januar 2004 E. 4.2), nicht aber, wenn sie sich an einem Verfahren vor Bundesgericht bloss vernehmlassungsweise beteiligt und mit ihren Anträgen unterliegt (vgl. etwa Urteil 2C_416/2013 vom 5. November 2013 E. 13, nicht publ. in: BGE 140 I 68; Urteile 2C_678/2013 vom 28. April 2014 E. 4; 2C_368/2013 vom 2. Februar 2014 E. 8; 2C_515/2013 vom 27. November 2013 E. 3; 2C_766/2010 vom 29. Juli 2011 E. 5). Insgesamt bestehen keine hinreichenden Gründe, um von der Rechtsprechung gemäss dem zitierten Urteil vom 20. Juni 2002 abzuweichen. Der ESTV konnten daher im Verfahren vor Verwaltungsgericht keine Kosten auferlegt werden.
3.6. Die Beschwerde ist deshalb in Bezug auf die vorinstanzliche Kostenregelung gutzuheissen und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4.
Bei diesem Ausgang unterliegt die Beschwerdeführerin im Hauptpunkt und obsiegt in einem Nebenpunkt. Die Beschwerdegegner können nicht als unterliegend betrachtet werden, da ihr Anspruch auf Parteientschädigung vor der Vorinstanz nicht in Frage steht, sondern es nur darum geht, wer diese bezahlen muss. Damit trägt die Beschwerdeführerin, um deren Vermögensinteresse es geht, drei Viertel der Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG; vgl. E. 3.5 hiervor), während im Übrigen keine Kosten erhoben werden. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Ziff. 2 und 3 des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 17. Januar 2014 werden aufgehoben und die Sache wird zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten werden im Umfang von Fr. 1'500.-- der Eidgenössischen Steuerverwaltung auferlegt.
3.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Juni 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger