Faits:
A. X._ est titulaire d'une créance de 1'367'808 fr. plus intérêts contre Y._. Celui-ci est administrateur et actionnaire de plusieurs sociétés.
A la requête de X._, le Tribunal de première instance du canton de Genève a, le 1er octobre 2008, prononcé à concurrence du montant précité le séquestre en mains de quarante-six sociétés, des créances en paiement des dividendes et des rémunérations dues à Y._ au titre de son activité d'administrateur.
Le même jour, l'Office des poursuites de Genève a communiqué aux sociétés visées un avis concernant le séquestre. Il y était précisé que, conformément à l'art. 99 LP, lesdites sociétés ne pouvaient s'acquitter désormais qu'en mains de l'Office des sommes séquestrées. Quarante-et-une des sociétés ont répondu que le séquestre n'avait pas porté, indiquant que les honoraires payés pour leur administration étaient dus à A._ SA et non à Y._.
Par courrier du 12 décembre 2008, A._ SA, également visée par l'ordonnance de séquestre, a répondu à l'Office que le séquestre n'avait pas porté car Y._, administrateur président, n'avait pas perçu de salaire durant l'année 2008.
Le 6 juillet 2009, l'office a adressé aux parties un procès-verbal de séquestre faisant état d'un non-lieu de séquestre en mains des sociétés concernées, à l'exception de A._ SA, précisant que le séquestre sur le salaire exécuté le 1er octobre 2008 n'avait pas porté à ce jour et restait en vigueur jusqu'au 1er octobre 2009.
Par acte du 20 juillet 2009, la créancière a formé une plainte contre le procès-verbal de séquestre.
Par décision du 29 octobre 2009, la Commission de surveillance a admis partiellement la plainte, annulé le procès-verbal et invité l'office à établir un nouveau procès-verbal constatant que le séquestre avait porté notamment sur les créances prétendues de Y._ envers quarante des sociétés. Elle a en revanche rejeté les conclusions de la créancière tendant à ce qu'il soit ordonné à l'Office d'ouvrir la procédure de revendication (art. 106 ss LP).
B. Le 12 novembre 2009, la créancière a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à ce qu'il soit ordonné à l'office de fixer à A._ SA un délai pour ouvrir action en revendication au sens des art. 106 ss LP afin de faire constater en justice son droit préférable sur les créances en paiement de Y._ à l'encontre des sociétés.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Déposé en temps utile (art. 100 al. 2 let. a LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 350 consid. 1.2) rendue par une autorité de surveillance en matière de poursuite pour dettes statuant en dernière (unique) instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF), le recours en matière civile est recevable, indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2. La décision attaquée n'a pas trait au séquestre lui-même mais au refus par l'Office de fixer un délai pour ouvrir action en revendication au sens des art. 106 ss LP. La recourante peut donc faire valoir la violation du droit tel qu'il est défini aux art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4).
3. La Commission de surveillance a constaté que les sociétés visées par l'ordonnance de séquestre avaient nié leur qualité de tierces débitrices du débiteur poursuivi. Elle a estimé que, dans ces circonstances, l'office chargé d'exécuter l'ordonnance de séquestre devait, sans se préoccuper de ces déclarations, saisir les créances dont le créancier allègue l'existence. Il appartiendrait ensuite à la créancière d'agir afin d'établir que le débiteur est réellement titulaire des droits qu'elle lui attribue, après s'être fait céder la créance conformément à l'art. 131 LP ou se l'être fait adjuger aux enchères publiques. Selon la Commission de surveillance, l'Office n'avait en aucune façon l'obligation d'ouvrir une procédure de revendication.
4. La recourante conteste cette dernière opinion. Elle prétend que l'Office devait impartir un délai à A._ SA pour ouvrir une action en revendication.
4.1 La procédure de revendication prévue aux art. 106 ss LP a pour but de permettre aux tiers de faire reconnaître leur droit de propriété, leur droit de gage, ou tout autre droit ou prétention qui pourrait s'opposer au séquestre ou qui devrait être pris en considération lors de la réalisation des biens (art. 106 al. 1 LP). Elle n'est applicable que pour élucider des prétentions incertaines ou litigieuses découlant du droit matériel et déterminer si celles-ci doivent être incluses ou non dans la procédure d'exécution forcée (ATF 127 III 115 consid. 3; Jean-Luc Tschumy, La revendication de droits de nature à soustraire un bien à l'exécution forcée, thèse Lausanne 1987, p. 46 n. 66 s.; le même, in Commentaire romand de la LP, n. 2 ss ad art. 106 LP).
4.2 En l'espèce, les sociétés tierces débitrices ont fait valoir que les créances étaient dues à A._ SA et non au débiteur poursuivi. A._ SA n'a quant à elle élevé aucune revendication. Elle n'est d'ailleurs pas concernée par le séquestre qui porte sur "les créances dues à Y._". En l'absence de contestation de la part d'un tiers faisant valoir un droit sur les biens séquestrés, il n'y avait aucun intérêt à ouvrir une procédure de revendication. L'office n'a donc pas enfreint le droit fédéral en refusant de fixer un délai à A._ SA pour agir en revendication.
5. En conclusion, le recours doit être rejeté, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à se déterminer (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 21 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet