Faits:
A. La société X._ SA a été fondée par B._ et inscrite au Registre du commerce le 21 août 1990. Elle était active dans le domaine de l'informatique. Dès l'origine, A._ en a été l'administrateur et B._ le directeur, tous deux avec signature individuelle. A partir de décembre 1999, C._ a exercé auprès de la société la fonction de sous-directeur. Celui-ci a été licencié pour le 31 juillet 2000.
En tant qu'employeur, X._ SA était affiliée à la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes (FER CIAM 106.1; ci-après: la caisse). Par lettre du 24 octobre 2000 faisant suite à un commandement de payer relatif aux cotisations AVS de juillet 2000, elle a informé la caisse qu'elle traversait des difficultés de trésorerie qui avaient occasionné des retards dans le paiement des cotisations. Un premier arrangement a fait l'objet d'une décision d'octroi d'un sursis au paiement du 7 novembre 2000, selon laquelle les cotisations paritaires de juillet à septembre 2000 d'un montant total de 61'163 fr. 60, moins un premier versement de 15'290 fr., devaient être amorties par le versement d'acomptes mensuels de 3'830 fr. dès le 15 décembre 2000. Sur requête de la société X._ SA du 8 mars 2001, un nouvel arrangement a fait l'objet d'une décision d'octroi d'un sursis au paiement du 6 avril 2001, selon un plan prévoyant que les cotisations paritaires (août à septembre 2000 et janvier et février 2001) d'un montant total de 67'581 fr. 70, moins un premier versement de 12'395 fr., devaient être amorties par le versement d'acomptes mensuels de 4'635 fr. dès le 30 avril 2001. La société X._ SA n'a pas respecté l'arrangement du 6 avril 2001, lequel a fait l'objet de rappels de la part de la caisse les 13 juin et 13 juillet 2001.
X._ SA a été dissoute par suite de faillite prononcée par jugement du Tribunal de première instance de la République et canton de Genève du 2 octobre 2001. Déposé le 30 juin 2004, l'état de collocation a été modifié les 8 juillet et 8 décembre 2004. La clôture de la faillite a été prononcée le 25 août 2005.
Par deux décisions en réparation du dommage du 15 novembre 2005, la caisse a réclamé le versement de 82'960 fr. 35 à A._ et à B._, solidairement, somme correspondant à l'arriéré des cotisations paritaires AVS/AI/APG/AC pour les périodes d'août et septembre 2000, janvier, février, mai et août 2001 et à des compléments pour les années 1996 à 1999 et 2000 à 2001 suite à des contrôles d'employeur, aux cotisations dues au régime des allocations familiales des périodes d'août 2001 et à la reprise de cotisations suite à un contrôle d'employeur sur les années 2000 à 2001, ainsi qu'aux cotisations dues au régime de l'assurance-maternité des périodes de juillet et août 2001 et aux compléments suite à un contrôle d'employeur sur les années 2000 à 2001.
Les 17 et 28 novembre 2005, A._ a formé opposition contre la décision du 15 novembre 2005 le concernant, opposition qu'il a complétée le 6 juillet 2006. Par décision du 26 novembre 2007, la caisse a rejeté l'opposition.
B._ n'a pas formé opposition contre la décision du 15 novembre 2005 le concernant.
B. Le 14 janvier 2008, A._ a formé recours contre la décision sur opposition du 26 novembre 2007 devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, en concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation, la juridiction cantonale étant invitée à constater et dire qu'il n'était pas responsable du dommage ascendant à 82'960 fr. 35 causé à la caisse par la société X._ SA.
Le 15 avril 2008, la juridiction cantonale a entendu les parties en audience de comparution personnelle, à la suite de laquelle A._ a produit le 21 juillet 2008 les documents que lui avait remis l'Office des faillites.
Dans une ordonnance du 21 avril 2008, le Tribunal cantonal des assurances sociales, statuant préparatoirement, a appelé en cause B._ et l'a invité à se déterminer. Par lettre du 30 avril 2008 (timbre postal), celui-ci a déposé ses observations.
Le 2 septembre 2008, la juridiction cantonale a procédé en présence de A._, de B._ et de la caisse à l'audition de D._.
Dans une ordonnance du 24 septembre 2008, la juridiction cantonale a interpellé B._ sur différents points. Par lettre datée du 15 octobre 2008, B._ a répondu aux questions qui lui étaient posées. Dans ses déterminations du 19 novembre 2008, la caisse, relevant que B._ était engagé dans l'implantation du groupe Y._ depuis 1996 déjà et qu'il n'était plus entièrement disponible pour la société X._ SA, a maintenu sa demande en réparation du dommage à l'égard de A._. Par lettre du 24 novembre 2008, A._ a déclaré qu'il n'avait pas d'observations à formuler.
Par arrêt du 7 avril 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales, statuant en la cause A._, recourant, contre la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes, intimée, et B._, appelé en cause, a rejeté le recours.
C. A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation, le Tribunal fédéral étant invité à débouter "les intimés" de toutes leurs conclusions, voire de toute autre conclusion. A titre subsidiaire, il demande que la cause soit renvoyée à la juridiction cantonale pour nouvelle décision et que "les intimés" soient déboutés de toute autre conclusion.
La Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes conclut au rejet du recours. B._ n'a pas répondu au recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. 1.1 La IIe Cour de droit social du Tribunal fédéral connaît des décisions en réparation du dommage selon l'art. 52 LAVS (art. 82 let. a LTF et 35 let. a RTF). Cela vaut également lorsque le litige a trait à la réparation du dommage causé aux caisses d'allocations familiales et d'assurance-maternité régies par le droit cantonal (lois genevoises du 1er mars 1996 sur les allocations familiales [LAF; RSG J 5 10] et du 14 décembre 2000 sur l'assurance-maternité [remplacée le 1er juillet 2005 par la loi du 21 avril 2005 instituant une assurance en cas de maternité et d'adoption; LAMat; RSG J 5 07]). Bien que l'assurance sociale cantonale et les allocations familiales entrent formellement dans la compétence de la Ire Cour de droit social (art. 34 let. d et e RTF), des raisons d'économie de procédure justifient toutefois que la IIe Cour de droit social traite de ces questions (par exemple, arrêt 9C_248/2009 du 27 novembre 2009, consid. 1).
1.2 La juridiction cantonale a appelé en cause B._, en tant que coresponsable solidaire potentiel (ATF 134 V 306 consid. 3 p. 308 s.). Devant la Cour de céans, celui-ci n'a pas qualité de partie, seule la caisse étant intimée dans la présente cause. C'est en tant que personne concernée que B._ a eu la possibilité de répondre au recours (à propos du tiers intéressé, cf. ATF 134 V 306 consid. 4 p. 312 s.).
1.3 Le recours peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), que le Tribunal fédéral applique d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'étant ainsi limité ni par les arguments du recourant, ni par la motivation de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p.140). Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF). Il examine sur la base des griefs soulevés dans le recours si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (art. 95 let. a LTF) y compris une éventuelle constatation des faits manifestement inexacte ou en violation du droit (art. 97 al. 1, art. 105 al. 2 LTF).
1.4 Devant la Cour de céans, le recourant produit un relevé de compte bancaire du 31 mars 2000 indiquant un versement en faveur de la société X._ SA de 15'000 US$ le 17 mars 2000 et un avis de crédit du 26 juin 2000 en faveur de cette société de la somme de 50'000 US$.
Toutefois, le jugement attaqué du 7 avril 2009 ne justifie pas pour la première fois de soulever ces moyens et le recourant ne montre pas en quoi les conditions d'une exception à l'interdiction des faits ou moyens de preuve nouveaux selon l'art. 99 al. 1 LTF sont remplies (Ulrich Meyer, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Basler Kommentar zum BGG, Basel 2008, N. 44 à 47 ad Art. 99 BGG; Bernard Corboz, in: Commentaire de la LTF, Berne 2009, N. 19 ad Art. 99 LTF). Ces moyens ne sont dès lors pas admissibles.
2. 2.1 La loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales du 6 octobre 2000 (LPGA) est entrée en vigueur le 1er janvier 2003, entraînant la modification de l'art. 52 LAVS et l'abrogation des art. 81 et 82 RAVS, relatifs à la procédure à suivre pour faire valoir le droit à la réparation du dommage ainsi qu'à la prescription de ce droit.
Dans le cas particulier, la procédure régie par le nouveau droit était applicable (ATF 130 V 1). Sur le plan matériel, le cas d'espèce est régi par l'ancien droit jusqu'au 31 décembre 2002 et par le nouveau droit dès le 1er janvier 2003, eu égard au principe selon lequel les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits (ATF 132 III 523 consid. 4.3 p. 527 et les références).
2.2 Selon l'art. 52 aLAVS (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002), l'employeur qui, intentionnellement ou par négligence grave, n'observe pas des prescriptions et cause ainsi un dommage à la caisse de compensation est tenu à réparation.
Cette disposition légale a été modifiée, le 1er janvier 2003, dans le cadre de la mise en oeuvre de la LPGA. Le nouveau droit n'a fait que reprendre textuellement, à l'art. 52 al. 1 LAVS, le principe de la responsabilité de l'employeur figurant à l'art. 52 aLAVS, la seule différence portant sur la désignation de la caisse de compensation, désormais appelée assurance (ATF 132 III 523 consid. 4.3 p. 528). Le jugement entrepris expose correctement les règles légales sur la responsabilité de l'employeur (à propos de la négligence grave, voir ATF 108 V 199 consid. 3a p. 202; RCC 1985 p. 51 consid. 2a et p. 648 consid. 3b; cf. aussi ATF 132 III 523 consid. 4.6 p. 529) et les principes jurisprudentiels applicables dans le cas d'une société anonyme, responsabilité qui peut s'étendre, à titre subsidiaire, aux organes qui ont agi en son nom, de sorte que l'on peut y renvoyer. Il y a lieu de préciser que les faits reprochés à une entreprise ne sont pas nécessairement imputables à chacun des organes de celle-ci. Il convient bien plutôt d'examiner si et dans quelle mesure ces faits peuvent être attribués à un organe déterminé, compte tenu de la situation juridique et de fait de ce dernier au sein de l'entreprise. Savoir si un organe a commis une faute dépend des responsabilités et des compétences qui lui ont été confiées par l'entreprise (ATF 108 V 199 consid. 3a p. 202; RCC 1985 p. 647 consid. 3b; cf. ATF 132 III 523 consid. 4.5 p. 528).
La jurisprudence se montre d'autant plus sévère que l'administration d'une petite société anonyme se compose, comme en l'espèce, d'un seul membre, car on peut en règle ordinaire exiger de ce dernier - dans la mesure où il assume à lui seul l'administration de la société en sa qualité d'organe - qu'il contrôle toutes les activités importantes de l'entreprise et cela quand bien même il a confié l'essentiel de la gestion à un tiers: par cette délégation de compétence, il ne peut en même temps se décharger de ses responsabilités d'administrateur unique (ATF 108 V 199 consid. 3b p. 203). Dans les entreprises de petite taille et de grandeur moyenne, le devoir de surveillance concernant l'accomplissement de l'obligation légale de payer des cotisations ne saurait être abandonné à des tiers (ATF 114 V 219 consid. 4 p. 223).
3. Du jugement cantonal, il ressort que le recourant était administrateur unique de la société X._ SA depuis sa création, qu'il intervenait en cette qualité à raison d'environ trente heures par semaine, examinait les comptes et participait aux décisions importantes, et que B._ était l'animateur de cette société, dont il assumait plus particulièrement la gestion et engageait le personnel, et que c'est ce dernier qui donnait les instructions nécessaires à la personne chargée de la comptabilité s'agissant notamment du paiement des charges sociales. Les premiers juges, relevant que le fait d'accepter et de conserver un mandat d'administrateur sans exercer les pouvoirs et les devoirs qui sont attachés à cette charge, ou sans pouvoir la remplir consciencieusement, constitue une faute grave, ont retenu que le recourant, dont les tâches n'avaient pas été modifiées par l'engagement de C._ comme sous-directeur à partir de décembre 1999 et comprenaient précisément l'examen des comptes et la participation aux décisions importantes, ne pouvait ignorer que les cotisations (paritaires) dues à la caisse n'étaient qu'irrégulièrement, voire pas payées, depuis juillet 2000 et qu'en sa qualité d'administrateur unique de la société X._, il était responsable de la conduite de X._ SA et du dommage causé à l'intimée du fait de la non-observation des prescriptions en ce qui concerne la perception des cotisations. Examinant les motifs d'exculpation invoqués par le recourant, ils ont considéré que la société X._ SA, malgré l'exercice 1999, était surendettée vraisemblablement depuis 1997 déjà et que le recourant, qui avait manifestement tardé à déposer le bilan puisqu'il ne l'avait fait que le 9 août 2001, n'avait aucune raison sérieuse et objective de penser qu'en se contentant de verser la part des employés et en retardant le paiement de la part employeur, il pourrait s'acquitter des cotisations dues dans un délai raisonnable.
3.1 Dans la mesure où le recourant se borne à reprendre les faits allégués de première instance, selon lesquels la société X._ SA ne pouvait trouver son salut que par sa cession, et à en faire une appréciation différente de celle des premiers juges, son argumentation est manifestement insuffisante au regard des exigences légales de motivation (art. 42 al. 2 LTF).
3.2 Le recourant reprend pour l'essentiel les motifs d'exculpation dont il a fait état devant la juridiction de première instance.
Il ne pouvait, toutefois, se décharger sur B._ de son rôle d'administrateur unique de X._ SA. En effet, le devoir de surveillance concernant l'accomplissement de l'obligation légale de payer des cotisations ne pouvait être abandonné à un tiers, fût-il directeur de la société, (supra, consid. 2.2). Le recourant ne prétend pas qu'il se soit trouvé, en raison de l'attitude de B._, dans l'incapacité de prendre les mesures qui s'imposaient ou même d'exercer son devoir de surveillance.
Les premiers juges, se fondant sur la perte reportée de 203'441 fr. qui subsistait au 31 décembre 1999 malgré le bénéfice de 126'968 fr. réalisé par la société X._ lors de l'exercice 1999 et sur la perte reportée de 688'444 fr. au 31 décembre 2000, ont retenu que le recourant n'avait aucune raison de penser qu'en se contentant de verser la part (pénale) des employés et en retardant le paiement de la part employeur des cotisations, il pourrait s'acquitter finalement de cette dette dans un délai raisonnable. Cette analyse n'est pas critiquable. Contrairement à ce que laisse entendre le recourant, la juridiction cantonale n'a pas ignoré les perspectives concernant X._ SA, indiquées par B._ en procédure cantonale et qui figurent sous ch. 18 de l'état de fait du jugement attaqué. A cet égard, elle a relevé (consid. 8c) que le bénéfice de l'exercice 1999 de 126'968 fr. ne saurait être déterminant pour considérer que la société disposait encore d'un potentiel intéressant, puisque figurait cette année-là une perte reportée de 203'441 fr. et que X._ SA avait subi à nouveau une perte importante en 2000 de 485'002 fr. Les affirmations du recourant relatives aux perspectives d'avenir de X._ SA ne permettent pas de considérer que les premiers juges aient établi les faits de façon manifestement inexacte ou en violation du droit. Celui-ci ne discute pas les chiffres ci-dessus pris en compte par la juridiction cantonale, mais fait valoir que la société X._ SA ne se trouvait alors pas encore en situation de surendettement au sens de l'art. 725 al. 2 CO, puisque le capital social de 100'000 fr. "recouvrait largement les pertes de la société qui s'élevaient à CHF 76'473 fr.". Cet argument, qui n'est étayé par aucune pièce au dossier, ne saurait être décisif. Peu importe de savoir s'il y avait endettement ou surendettement, dès lors que la société X._ SA, comme cela ressort des bilans au 31 décembre 1998 et au 31 décembre 1999, rencontrait depuis longtemps des problèmes de solvabilité.
Il convient de retenir que le recourant, en sa qualité d'administrateur unique de X._ SA, devait déployer toute la diligence nécessaire à la surveillance de la gestion de la société par son directeur B._, en veillant au versement des cotisations courantes et à l'acquittement des cotisations arriérés (ATF 132 III 523 consid. 4.6 p. 529 s. et l'arrêt cité), et qu'il a commis une négligence grave quant à l'omission de payer des cotisations dues par la société X._ SA. Même si X._ SA a pu effectuer des versements de cotisations à la suite des relevés de compte du 25 juillet 2001, il n'en demeure pas moins qu'elle ne s'est pas acquittée de la somme totale due au 25 juillet 2001 de 92'212 fr. 75, à laquelle s'ajoutaient les intérêts moratoires. La perte reportée au 31 décembre 1999 n'ayant fait que s'accroître à la suite de la perte importante subie par la société X._ SA lors de l'exercice 2000, rien ne permet d'admettre que l'employeur, à partir du moment où il n'avait pas pu tenir le premier arrangement du 7 novembre 2000, avait des raisons sérieuses et objectives de penser qu'en se contentant de verser la part des employés et en retardant le paiement de la part employeur (lettre à la caisse du 11 avril 2001), il pourrait s'acquitter des cotisations dues dans un délai raisonnable (ATF 108 V 183 p. 188; RCC 1992 p. 261 consid. 4b; cf. ATF 132 III 523 p. 530).
3.3 Le jugement attaqué, qui retient que le recourant répond solidairement de tout le dommage, est conforme au droit fédéral (ATF 132 III 523 consid. 4.6 p. 530). Celui-ci ne démontre pas que les conclusions des premiers juges en ce qui concerne sa responsabilité au sens de l'art. 52 LAVS violent le droit fédéral. Le recours est mal fondé.
4. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il ne saurait prétendre une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 16 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner