Erwägungen:
1. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern aberkannte X._ mit Verfügung vom 11. März 2009 vorsorglich das Recht, von ihrem ausländischen Führerschein in der Schweiz Gebrauch zu machen. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Gegen diese Verfügung erhob X._ am 9. April 2009 Beschwerde. Die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern hiess mit Verfügung vom 21. April 2009 die Beschwerde gut, hob die angefochtene Verfügung vom 11. März 2009 auf und sprach der Beschwerdeführerin zu Lasten des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt eine Parteikostenentschädigung von Fr. 2'000.-- zu. Weiter ordnete die Rekurskommission an, dass der Beschwerdeführerin der Führerausweis umgehend wieder zu erteilen sei. Zur Begründung führte die Rekurskommission zusammenfassend aus, dass die Anordnung des vorsorglichen Führerausweisentzugs unverhältnismässig und nicht gerechtfertigt erscheine. Der am 11. März 2009 verfügte vorsorgliche Führerausweisentzug sei deshalb umgehend aufzuheben und auf weitere Massnahmen sei zu verzichten. Zu Lasten der Vorinstanz rechtfertigte sich eine Parteikostenentschädigung (Art 104 Abs. 1 und 2 des bernischen Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege; VRPG).
2. X._ führt mit Eingabe vom 17. Mai 2009 (Postaufgabe 19. Mai 2009) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die Verfügung der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern vom 21. April 2009.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Nachdem die Rekurskommission die Beschwerde gutgeheissen, die angefochtene Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern vom 11. März 2009 aufgehoben und angeordnet hat, dass der Beschwerdeführerin der Führerausweis umgehend wieder zu erteilen sei, kann sich die vorliegende Beschwerde einzig noch gegen die Bemessung der Parteikostenentschädigung richten. Die Beschwerdeführerin legt jedoch nicht dar, inwiefern die Bemessung der Parteikostenentschädigung in verfassungswidriger Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts erfolgt sein sollte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern und der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli