Fatti:
A. Il 21 febbraio 2008 l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI) ha recapitato alla X._ SA una fattura di fr. 1'076.90 con cui chiedeva il pagamento del premio per infortuni professionali e non professionali per il collaboratore L._ per il 2006. Con separati provvedimenti del 25 giugno 2008, l'INSAI ha respinto le opposizioni della X._ SA e di L._ confermando la fattura litigiosa.
B. La X._ SA, patrocinata dall'avv. Stefano Zanetti, e L._ si sono aggravati al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, statuendo per giudice unico, dopo avere congiunto le cause, ha respinto i ricorsi (pronuncia del 9 febbraio 2009).
C. Sempre rappresentata dall'avv. Zanetti, la X._ SA ha interposto ricorso al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, chiede di annullare il giudizio impugnato. Come già in sede cantonale, la ricorrente contesta essenzialmente l'esistenza di un rapporto di dipendenza tra L._ e la X._ SA, facendo valere una violazione del suo diritto di essere sentita da parte dell'autorità precedente.
L'INSAI propone la reiezione del gravame, mentre L._, interpellato in qualità di cointeressato, e l'Ufficio federale della sanità pubblica hanno rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF), fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF) e vi si può scostare solo qualora questo accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF).
2. L'insorgente solleva in primo luogo censure d'ordine formale e lamenta una violazione del suo diritto di essere sentita per non avere potuto consultare gli atti della procedura cantonale e per avere la precedente istanza omesso di assumere le prove da lei offerte (sopralluogo, ispezione, audizione di L._). Detta contestazione dev'essere disattesa.
Ai sensi dell'art. 29 cpv. 2 Cost. le parti hanno diritto d'essere sentite. Per costante giurisprudenza, dal diritto di essere sentito deve in particolare essere dedotto il diritto per l'interessato di esprimersi prima della resa di una decisione sfavorevole nei suoi confronti, quello di fornire prove circa i fatti suscettibili di influire sul provvedimento, quello di poter prendere visione dell'incarto, quello di partecipare all'assunzione delle prove, di prenderne conoscenza e di determinarsi al riguardo (DTF 132 V 368 consid. 3.1 pag. 370 e sentenze ivi citate).
Nel caso concreto, la ricorrente non fa valere di essere stata impedita di consultare l'incarto. Non risulta d'altro canto che abbia ribadito la sua domanda di consultazione degli atti, pur avendone avuto a più riprese la possibilità, per ultimo al momento in cui è stata informata dal giudice cantonale della facoltà di presentare eventuali altri mezzi di prova dopo lo scambio degli allegati. Qualora l'avesse reputato necessario, avrebbe potuto prendere visione dell'incarto presso la sede dell'autorità giudiziaria cantonale. Invocare tardivamente un vizio di forma, ad esempio la violazione del diritto di essere sentito, alla luce del probabile esito sfavorevole della vertenza, costituisce un comportamento abusivo, poiché contrario alle regole della buona fede processuale.
Prevalendosi di un ammissibile apprezzamento anticipato delle prove, il primo giudice poteva d'altra parte lecitamente prescindere dal disporre ulteriori misure istruttorie e rifiutarsi di dare seguito alla richiesta di assunzione di nuove prove proposte dalla ricorrente (v. più in generale sul rapporto tra diritto di essere sentito e diritto di offerta di prove, da un lato, e apprezzamento anticipato delle prove, dall'altro: DTF 131 I 153 consid. 3 pag. 157; 124 I 208 consid. 4a pag. 211; 122 II 464 consid. 4a pag. 469; cfr. pure SVR 2001 IV no. 10 pag. 28 consid. 4b [I 362/99]).
3. Nel merito, la ricorrente contesta l'accertato rapporto di dipendenza tra L._ e la X._ SA, con conseguente obbligo di pagare per l'interessato il premio per infortuni professionali e non professionali per il 2006. Anche questa censura è infondata.
Come già rilevato dal primo giudice, per quanto concerne la qualifica dell'attività esercitata da un assicurato, la giurisprudenza ha precisato che gli accordi, le dichiarazioni delle parti, la natura dal profilo del diritto civile del contratto vincolante un assicurato a un datore di lavoro non costituiscono elementi decisivi per stabilire se una persona eserciti un'attività lucrativa a titolo dipendente o indipendente. Di principio si deve ammettere un'attività dipendente quando una delle parti, rispetto all'altra, è subordinata per quanto concerne l'impiego del tempo o l'organizzazione del lavoro e non sopporta il rischio economico a carico del datore di lavoro.
Questi principi non comportano comunque, da soli, soluzioni uniformi. Le manifestazioni della vita economica infatti possono assumere forme diverse e impreviste, così che è necessario lasciare alla prassi delle autorità amministrative e alla prudenza dei giudici il compito di stabilire in ogni caso particolare se ci si trovi di fronte ad attività indipendente o dipendente. La decisione sarà determinata generalmente dalla priorità di certi elementi, quali il rapporto di subordinazione o il rischio sopportato rispetto ad altri che militano in favore di soluzioni diverse (DTF 123 V 161 consid. 1 pag. 163; 122 V 169 consid. 3a pag. 171, 281 consid. 2a; 119 V 161 consid. 2 e la giurisprudenza ivi citata).
In concreto, la conclusione del primo giudice, che - per quanto concerne il lavoro svolto da L._ per la società insorgente nel 2006 - ha ritenuto prevalenti gli aspetti di un'attività dipendente rispetto a quelli di natura indipendente, può essere confermata. Gli scarsi argomenti che la ricorrente oppone a questa conclusione non portano ad un risultato diverso. Nel gravame essa non fa valere elementi suscettibili di dimostrare che la valutazione della Corte cantonale sarebbe contraria al diritto o comunque manifestamente inesatta. Privo di pertinenza è in particolare il richiamo della ditta all'art. 327 cpv. 2 CO. Il giudice di prime cure ha infatti rilevato che a norma di tale disposto gli utensili e il materiale per l'esecuzione del lavoro possono essere messi a disposizione appunto anche dal lavoratore. Ne consegue pertanto che, visti gli art. 1a cpv. 1 LAINF e 1 OAINF, a ragione l'INSAI ha chiesto il pagamento dei premi assicurativi in oggetto all'insorgente.
4. Visto quanto precede, la pronuncia impugnata dev'essere confermata e il ricorso respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, all'Ufficio federale della sanità pubblica nonché a L._.