Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Y._stiftung mit Sitz in Bern bezweckt gemäss Art. 2 der Stiftungsurkunde vom 1. Februar 1989 die Gründung und den Betrieb von Tagesheimen, Wohn- und Beschäftigungsheimen sowie sonstiger Einrichtungen als gemeinnützige Werke für geistig behinderte Jugendliche bzw. Erwachsene, insbesondere mit autistischen Zügen. Der X._verein der Y._stiftung mit Sitz in A._ hat zum Zweck, die Interessen der Bewohner der Y._stiftung gegenüber der Öffentlichkeit, den Behörden sowie der Institution zu vertreten (Ziff. 2.1 der Vereins-Statuten). Mit Verfügung vom 16. Dezember 2002 stellte das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern fest, dass der Stiftungsrat demissioniert habe und der bisherige Stiftungsrat nicht statutengetreu zusammengesetzt gewesen sei. Entsprechend wurde gestützt auf Art. 84 Abs. 2 ZGB die kommissarische Verwaltung der Stiftung angeordnet.
Die Y._stiftung führt im Rahmen des Stiftungszwecks ein Wohn- und Beschäftigungsheim in A._. Die dort erbrachte Leistung bildet Gegenstand eines Leistungsvertrags zwischen der Stiftung und der Gesundheits- und Fürsorgedirektion des Kantons Bern im Sinne von Art. 60 Abs. 2 des kantonalen Gesetzes vom 11. Juni 2001 über die öffentliche Sozialhilfe (Sozialhilfegesetz, SHG), in welchem einerseits die von der Stiftung zu erbringenden Leistungen (Betreuungsaufgaben, Infrastrukturleistungen), andererseits die hiefür vom Kanton der Stiftung geschuldete Abgeltung (Subvention) geregelt sind.
Mit Schreiben vom 30. Januar 2006 teilte die Gesundheits- und Fürsorgedirektion des Kantons Bern der kommissarischen Verwaltung der Y._stiftung mit, gestützt auf die Besprechung zwischen der Stiftung, der Geschäftsleitung der Heimstätte Z._ und dem Alters- und Behindertenamt des Kantons Bern werde die Subventionierung der Raffaelstiftung per 31. Juli 2007 eingestellt, wobei auf diesen Zeitpunkt das Angebot der Heimstätte Z._ für Menschen mit autistischen Zügen operativ sei; mit der Heimstätte Z._ werde ein Leistungsvertrag für das neue Angebot für Menschen mit Autismus abgeschlossen und hiefür die Finanzierung zugesichert; die entsprechende Mutation der Bedarfsplanung werde beim Bundesamt für Sozialversicherung beantragt, um die Finanzierung des Angebots durch dieses sicherzustellen.
Der X._verein gelangte am 6. März 2006 an den Regierungsrat des Kantons Bern und beantragte, die Verfügung vom 30. Januar 2006 (gemeint ist das erwähnte Schreiben der Gesundheits- und Fürsorgedirektion) aufzuheben. Die Beschwerde an den Regierungsrat betrifft die Ankündigung der Einstellung der Staatsbeiträge. Parallel erhob der X._verein auch Beschwerde beim Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern, soweit die Einstellung des Betriebs der Y._stiftung vorgesehen wird. Der Regierungsrat trat am 28. Juni 2006 auf die Beschwerde nicht ein.
Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 4. Juli 2006 beantragt der X._verein dem Bundesgericht, den Entscheid des Regierungsrats aufzuheben. Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden. Das Urteil, mit dessen Ausfällung das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos wird, ergeht im vereinfachten Verfahren (Art. 36a OG).
Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 4. Juli 2006 beantragt der X._verein dem Bundesgericht, den Entscheid des Regierungsrats aufzuheben. Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden. Das Urteil, mit dessen Ausfällung das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos wird, ergeht im vereinfachten Verfahren (Art. 36a OG).
2. 2.1 Beschwerdegegenstand vor dem Regierungsrat bildete das Schreiben der Gesundheits- und Fürsorgedirektion vom 30. Januar 2006, soweit es die Einstellung der Subventionen per 31. Juli 2007 ankündigte. Nachdem allerseits anerkannt wird, dass auf die Ausrichtung der fraglichen Staatsbeiträge kein Rechtsanspruch besteht, erleidet der Beschwerdeführer durch die Verweigerung weiterer Subventionen keine Rechtsverletzung, und er wäre zur Anfechtung eines diesbezüglichen Sachentscheids nicht zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert (Art. 88 OG; s. BGE 126 I 81 E. 3b S. 85 ff. mit Hinweisen). Trotz fehlender Legitimation in der Sache selbst ist er hingegen zur staatsrechtlichen Beschwerde berechtigt, soweit er - in einer den Anforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügenden Weise - die Verletzung von ihm im kantonalen Verfahren zustehenden Parteirechten rügt, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt (grundlegend BGE 114 Ia 307 E. 3c S. 312 f.; vgl. auch BGE 128 I 218 E. 1.1 S. 220; 127 II 161 E. 3b S. 167; 126 I 81 E. 3b S. 86 sowie E. 7b S. 94). Der Beschwerdeführer macht geltend, der Regierungsrat sei auf seine Beschwerde nicht eingetreten, weil er in willkürlicher Anwendung von kantonalem Verfahrensrecht zum Schluss gekommen sei, das Schreiben vom 30. Januar 2006 stelle keine Verfügung dar. Zu dieser Rüge ist er legitimiert.
2.2 Der Regierungsrat stellt fest, dass das bernische Gesetz vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG) den Begriff der Verfügung nicht umschreibe, wobei aber auch für das bernische Verwaltungsrecht weitgehend Art. 5 Abs. 1 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren (VwVG) massgebend sei. Danach ist die Verfügung eine auf öffentliches Recht gestützte behördliche Anordnung, mit welcher die Behörde im Einzelfall Rechte und Pflichten begründet, ändert oder aufhebt oder Feststellungen über das Bestehen oder Nichtbestehen oder den Umfang von Rechten und Pflichten trifft oder Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellen von Rechten oder Pflichten abweist. Nach Auffassung des Regierungsrats erweist sich das Schreiben vom 30. Januar 2006 nicht als Verfügung, weil es weder Rechte noch Pflichten begründe oder aufhebe und damit keine behördlichen Anordnungen getroffen würden; liege keine Verfügung vor, fehle es an einem Anfechtungsobjekt für eine Beschwerde (Art. 60 VwVG). Begründet wird dies damit, dass es um das Rechtsverhältnis zwischen der Y._stiftung und dem Kanton Bern gehe, welches durch einen Leistungsvertrag geregelt sei.
Die Tatsache, dass die Ausrichtung der Subvention aktuell im Rahmen eines Vertrags geregelt wird, erscheint entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers jedenfalls unter den vorliegenden Verhältnissen als entscheidend. Diese Vorgehensweise beruht auf einer zulässigen (vgl. Art. 49 Abs. 1 VRPG) gesetzlichen Sonderregelung (Art. 58 ff. SHG) und wird nicht zuletzt darum gewählt worden sein, weil keine gesetzliche Handhabe besteht, die Y._stiftung zu Leistungen zu verpflichten; es steht ihr frei, solche anzubieten und als Entgelt dafür staatliche Beiträge zu beantragen, wie sie dies bis anhin getan hat. Wie sich aus dem Schreiben vom 30. Januar 2006 ergibt, hat sie keine Anstalten getroffen, ihre Leistungen auch für den Zeitraum nach dem 31. Juli 2007 weiterhin zu offerieren; damit aber fehlt jegliche Grundlage für weitere Staatsbeiträge. Unerheblich ist, was der Beschwerdeführer zur Problematik der (Dauer der) kommissarischen Verwaltung ausführt; kein rechtsgültig eingesetztes Organ der Stiftung hat sich zur weiteren Leistungserbringung bereit erklärt. Unter diesen Umständen ist schwer ersichtlich, inwiefern das Schreiben vom 30. Januar 2006 rechtsgestaltend oder rechtsfeststellend sein könnte. Zumindest kann von Willkür keine Rede sein, wenn der Regierungsrat ihm nicht Verfügungseigenschaft zuerkennt. Die staatsrechtliche Beschwerde ist schon darum offensichtlich unbegründet und abzuweisen.
2.3 In E. 3 des angefochtenen Entscheids hat der Regierungsrat eine weitere Nichteintretensbegründung in Betracht gezogen, wonach der Beschwerdeführer kaum zur Beschwerde legitimiert gewesen wäre. Offenbar hat er diese Begründung nicht als für sich genügend betrachtet, weshalb dem Beschwerdeführer nicht vorgehalten werden kann, er hätte auch diese Eventualbegründung anfechten müssen. Unter den gegebenen Umständen ist immerhin nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführer ein eigenständiges schutzwürdiges Interesse im Sinne von Art. 65 lit. a VRPG haben konnte, zugunsten der Stiftung als unmittelbarer Adressatin des Schreibens Beschwerde zu erheben, nachdem diese als Hauptbetroffene nicht bloss auf eine Anfechtung verzichtet, sondern sogar einvernehmlich der im Schreiben vorgezeichneten Vorgehensweise zugestimmt hat. Auch in Berücksichtigung des in E. 3 enthaltenen Hinweises auf die Lehre hätte der Regierungsrat das Nichteintreten auf die Beschwerde willkürfrei ausschliesslich mit fehlender Legitimation des Beschwerdeführers begründen können, sodass die staatsrechtliche Beschwerde auch mit dieser substituierten Begründung abgewiesen werden kann (vgl. zur substituierten Begründung im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde BGE 130 I 241 E. 4.4 S. 248; 122 I 257 E. 5 S. 262; 112 Ia 129 E. 3c S. 135; 106 Ia 310 E. 1b s. 314 f.).
2.4 Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kanton Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juli 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: