Erwägungen:
1. Die X._ AG betreibt den Handel mit Occasionsfahrzeugen. Das von ihr zum Ausstellen und zum Verkauf der Fahrzeuge benutzte Terrain wurde im Rahmen der Ortsplanung einer kommunalen Landwirtschaftszone zugewiesen, sodass die Gesellschaft längerfristig die Pflicht zu einer Standortverlegung auf sich zukommen sah. Ihre Hauptaktionäre erwarben 1994 ein baureifes Grundstück im Industriegebiet V._; 2005 erwarben sie zudem ein weiteres Grundstück im Gebiet W._, wohin die Gesellschaft im Jahr 2007 ihren Standort verlegte.
In der Erfolgsrechnung 2005 verbuchte die Gesellschaft als ausserordentlichen Aufwand einen Betrag von Fr. 738'500.-- als den Hauptaktionären (je in der Höhe von Fr. 369'250.--) geschuldeten Mietzins für das Grundstück V._ für den Zeitraum vom 1. Januar 1995 bis Ende 2004. Für das Jahr 2005 selber wurde eine ordentliche Miete von Fr. 73'850.-- verbucht. In den Veranlagungen 2005 vom 3. November 2009 (Staats- und Gemeindesteuern) bzw. vom 4. Dezember 2009 (direkte Bundessteuer) rechnete das Steueramt des Kantons Zürich die geltend gemachte ausserordentliche und ordentliche Miete als geschäftsmässig nicht begründeten Aufwand auf. Die gegen diese Veranlagungen erhobenen Einsprachen wurden am 28. Juni 2010 abgewiesen. Am 1. November 2010 hiess die Steuerrekurskommission II (heute Steuergericht) des Kantons Zürich die gegen die Einspracheentscheide erhobenen Rechtsmittel (Rekurs und Beschwerde) teilweise gut; sie hob diese auf und wies die Angelegenheit zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an das kantonale Steueramt zurück. Der nachträglich für den Zeitraum 1995 bis 2004 verbuchte Mietaufwand wurde als geschäftsmässig nicht begründet betrachtet und somit als verdeckte Gewinnausschüttung an die beiden Aktionäre gewertet; hingegen wollte die Steuerrekurskommission einem Teil des pro 2005 verbuchten Aufwands für das Land V._ die geschäftsmässige Begründetheit nicht absprechen, weshalb zwecks Wahrung des gesetzlichen Instanzenzugs die quantitative Prüfung von der Vorinstanz vorzunehmen sei. Mit zwei separaten Urteilen vom 6. Juli 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die gegen die Entscheide der Rekurskommission erhobenen Beschwerden ab.
Mit zwei separaten Rechtsschriften (Staats- und Gemeindesteuern, Verfahren 2C_870/2011; direkte Bundessteuer Verfahren 2C_871/2011) beantragt die X._ AG dem Bundesgericht je, auf die Aufrechnung des unter dem Titel "Miete Land V._ 1.1.1995-31.1.2004" bezahlten Betrages von Fr. 738'500.-- sei zu verzichten und die Angelegenheit sei zum Neuentscheid an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen; eventuell sei die Beschwerdeführerin, unter Verzicht auf die fragliche Aufrechnung, durch das Bundesgericht selber für beide Steuern per 2005 mit einem steuerbaren Reingewinn von null Franken einzuschätzen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin ersucht um Vereinigung der beiden Verfahren. Die Verfahrensbeteiligten beider Verfahren sind identisch; sodann betreffen die angefochtenen Urteile je dieselben tatsächlichen Vorgänge, und sowohl für die kantonalen Steuern wie auch für die direkte Bundessteuer sind die weitgehend gleichen Kriterien entscheidwesentlich. Dem Gesuch ist ohne Weiteres zu entsprechen.
2.2 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist gegen End- und Teilentscheide zulässig (Art. 90 und 91 BGG), gegen Zwischenentscheide hingegen nur unter bestimmten Voraussetzungen (Art. 92 und 93 BGG). Der Endentscheid schliesst ein Verfahren endgültig und vollständig ab. Der Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren abschliessend befunden; es handelt sich dabei nicht um verschiedene materielle Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um selbstständige in sich geschlossene, vom sonstigen Streitgegenstand abgrenzbare Rechtsbegehren (vgl. BGE 133 V 477 E. 4.1.2 S. 480 f. mit erläuternden Hinweisen).
2.2.1 Bei den beiden angefochtenen Urteilen handelt es sich um Entscheide, welche Rückweisungsentscheide der Steuerrekurskommission bestätigen. Rückweisungsentscheide gelten grundsätzlich als Zwischenentscheide, weil sie das Verfahren nicht abschliessen (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; 133 V 477 E. 4 S. 480-482). Anders verhält es sich bloss, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr bleibt und die Rückweisung bloss der (rein rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient; diesfalls liegt ein Endentscheid vor (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.3). Ebenso kann im Falle einer teilweisen Rückweisung unter bestimmten Umständen hinsichtlich der nicht von der Rückweisung erfassten Fragen ein Teilentscheid vorliegen.
2.2.2 Der Umstand, dass die Beschwerdeführerin die vorinstanzlichen Urteile insofern nicht anficht, als damit die Rückweisung an das kantonale Steueramt bestätigt wird (Abzug eines Mietzinses per 2005), lässt die Urteile in Bezug auf die für den Zeitraum 1995 bis 2004 streitigen Mietabzüge nicht als Teilentscheide erscheinen. Streitgegenstand sind die von der Beschwerdeführerin für 2005 geschuldeten Gewinnsteuern; die Höhe der zulässigen Abzüge stellt nur einen von vielen Aspekten bei der Gewinnermittlung dar, und selbst über diesen Teilaspekt (und auch die diesbezüglichen Begehren) hat das Verwaltungsgericht nur zu einem Teil abschliessend entschieden (vgl. zur Abgrenzung Teilentscheid/Zwischenentscheid im Zusammenhang mit abgaberechtlichen Streitigkeiten Urteil 2C_561/2009 vom 25. März 2011 E. 1.2 und 2.3.). Es liegt mithin ein Zwischenentscheid vor, sofern nicht darum von einem Endentscheid auszugehen ist, weil der Instanz, an die die Sache zurückgewiesen worden ist, bezüglich des noch zu prüfenden Teilaspekts kein Entscheidungsspielraum mehr bleibt.
2.2.3 Das kantonale Steueramt wird im zweiten Umgang die Frage zu beantworten haben, in welchem Ausmass die Beschwerdeführerin in geschäftsmässig begründeter Weise einen Abzug für auf das Jahr 2005 selber fallende, an ihre Aktionäre zu entrichtende Mietzinsen vornehmen kann. Dabei hat das Steueramt offensichtlich nicht bloss Vorgaben der Steuerrekurskommission rein rechnerisch umzusetzen. Angefochten sind vorliegend mithin Zwischenentscheide.
2.2.4 Da diese Zwischenentscheide ihrem Inhalt nach nicht unter Art. 92 BGG fallen, sind die dagegen gerichteten Beschwerden gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur dann zulässig, wenn die Entscheide einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Erscheinen diese Eintretensvoraussetzungen nicht ohne Weiteres gegeben, obliegt es der Beschwerde führenden Partei, deren Vorhandensein darzulegen: Die Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG besteht, ungeachtet von Art. 29 Abs. 1 BGG, auch hinsichtlich von nicht evidenten Eintretensvoraussetzungen (vgl. BGE 134 II 45 E. 2.2.3 S. 48; 133 II 249 E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356, 400 E. 2 S. 404).
2.2.5 Die Beschwerdeführerin äussert sich zu den Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG überhaupt nicht. Offenbar geht sie - wie gesehen zu Unrecht - davon aus, bei den angefochtenen Urteilen handle es sich um Endentscheide.
Inwiefern die angefochtenen Zwischenentscheide für die Beschwerdeführerin einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnten, ist unerfindlich. Ebenso wenig lässt sich erkennen, dass die Rückweisungsentscheide ein weitläufiges Beweisverfahren mit bedeutendem Aufwand an Zeit oder Kosten erforderlich machten, den zu ersparen ein die vorliegenden Beschwerden gutheissender bundesgerichtlicher Entscheid erlaubte; dass dies dennoch der Fall wäre, hätte daher die Beschwerdeführerin konkret darlegen müssen.
2.3 Stellen die angefochtenen Urteile weder End- noch Teilentscheide, sondern Zwischenentscheide dar, ohne dass die Anfechtungsvoraussetzungen von Art. 92/93 BGG erfüllt sind, erweisen sich die dagegen erhobenen Beschwerden als offensichtlich unzulässig (Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG), und es ist darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2.4 Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Die Verfahren 2C_870/2011 und 2C_871/2011 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von für beide Verfahren insgesamt Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Oktober 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller