Faits:
A. Par arrêt du 17 mars 2006, la Cour criminelle du Tribunal cantonal du canton du Jura a condamné X._ à une peine de dix ans de réclusion, sous déduction de quatorze jours de détention préventive, pour viols, contraintes sexuelles, contraintes sexuelles avec cruauté et lésions corporelles graves sur la personne de Y._. Sur le plan civil, elle a condamné X._ à payer à la partie civile une indemnité pour tort moral de 100'000 francs, avec intérêts à 5 % dès le 1er avril 1996. Elle a adjugé l'action civile dans son principe et renvoyé la partie civile devant le juge civil pour la fixation du dommage.
B. En résumé, la condamnation de X._ repose sur les faits suivants:
B.a Y._, née le 15 novembre 1973, a quitté prématurément le lycée cantonal de Porrentruy, pour des raisons de santé, et a débuté un apprentissage d'employée de commerce auprès de l'administration communale de Courgenay, qu'elle a terminé en été 1995 par l'obtention d'un certificat fédéral de capacité. X._ était le receveur communal à Courgenay et le chef hiérarchique de Y._ pendant son apprentissage.
B.b X._ a débuté ses agressions sexuelles sur la jeune fille par des attouchements sur les seins le 28 octobre 1993 (harcèlement sexuel au sens de l'art. 198 CP, infraction prescrite), dans le bureau, pendant les heures de présence, mais en l'absence des autres employés. C'est le 15 novembre 1993, le jour de l'anniversaire des vingt ans de la jeune fille, que X._ l'a violée pour la première fois. Alors que Y._ était venue faire des photocopies au bureau communal pour ses examens, X._ est arrivé inopinément et lui a fait subir, entre 12h et 13h, des actes d'ordre sexuel et l'acte sexuel proprement dit. Glacée d'effroi et de paralysie, la jeune fille, qui avait été abusée dans son enfance par son cousin, a été incapable d'opposer de la résistance à son agresseur. Quand X._ a eu fini de violer sa victime, il lui a dit: "Si tu en parles, je me suicide et je partirai pas tout seul".
Le 16 mars, le 9 mai et le 10 mai 1994, X._ a profité de l'absence de son épouse pour emmener la jeune fille à son domicile et lui faire subir l'acte sexuel proprement dit. Comme lors de tous les abus sexuels perpétrés par X._, la jeune fille était totalement soumise à son agresseur, pétrifiée d'effroi et dans l'incapacité complète de parvenir à s'opposer à sa volonté. A chaque fois, X._ exprimait à la jeune fille son intention de se suicider et de la tuer si elle révélait à quiconque ses agissements, ajoutant qu'il possédait une arme à feu, dont il n'hésiterait pas à se servir.
B.c Après la fin de son apprentissage (à savoir du 31 juillet 1995 au 6 novembre 1998), Y._ s'est rendue à plusieurs reprises au bureau communal, au minimum deux fois par an, pour régler diverses questions administratives, en rapport notamment avec des problèmes liés à son assurance invalidité. A ces occasions, elle a été l'objet d'actes d'ordre sexuel, à tout le moins.
Le 6 novembre 1998, face à un refus d'un rapport sexuel de la part de Y._, X._ a introduit une baguette métallique dans l'anus de celle-ci, ce qui a provoqué une déchirure et des saignements.
C. C.a Les Drs A._, B._ et C._ ont été chargés d'effectuer une expertise de crédibilité de Y._. Dans leur rapport du 17 septembre 2002, ils ont posé le diagnostic d'état de stress post-traumatique chronique, trouble dépressif récurrent, épisode actuel moyen avec syndrome somatique; personnalité dépendante, avec traits de personnalité paranoïaque; absence de désir sexuel et dysfonctionnement orgasmique. Selon les experts, l'état mental actuel de l'expertisée constitue un tableau clinique extrêmement complexe de différentes pathologies psychiques, dont certaines sont vraisemblablement dues aux abus sexuels chroniques que l'expertisée a subis dans l'enfance, l'adolescence et l'âge adulte et ce durant de nombreuses années. Si les déclarations de l'expertisée sont fortement crédibles en ce qui concerne les actes sexuels eux-mêmes, la psychopathie dont souffre cette dernière ne lui permet pas de faire une distinction claire entre une contrainte physique réelle et son idée de ce que représente une contrainte, ni d'élaborer les moyens qu'une personne adulte pourrait mettre en place pour être libérée de ces contraintes. De ce fait, les experts ont conclu à une crédibilité moyenne quand la plaignante dit que les actes ont toujours été effectués sous la contrainte.
Dans leur rapport complémentaire du 30 mai 2005, les experts ont précisé que si l'expertisée n'a pas fait l'objet de contrainte physique, elle subissait cependant une contrainte psychique forte. L'incapacité de l'expertisée à s'affirmer et à réagir de manière appropriée lui donnait l'impression d'être figée et incapable de quitter les lieux. La présence du trouble de personnalité chez Y._ la rendait vulnérable et susceptible à des abus sexuels. En se référant à la notion de "sidération", les experts ont déclaré que "La présence simultanée d'une personnalité dépendante et la forte pression psychique d'un homme en position d'autorité peuvent induire une forme de paralysie psychologique."
C.b Dans son rapport du 20 février 2006, l'experte D._, psychologue, a constaté que les témoignages de Y._ offraient une qualité permettant de retenir l'hypothèse du vécu réel, tant pour l'ensemble des actes sexuels que pour son incapacité à repousser les assauts de son agresseur. Elle a précisé qu'elle n'avait trouvé aucun élément appuyant une motivation de fausses allégations.
D. Contre l'arrêt cantonal, X._ dépose un recours de droit public et un pourvoi en nullité devant le Tribunal fédéral. Dans le recours de droit public, il se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits, en relation avec l'existence des actes sexuels et des actes d'ordre sexuel eux-mêmes, la contrainte et l'intention. Dans le pourvoi, il soutient, sur le plan pénal, que les actes sexuels et les actes d'ordre sexuel n'ont pas été commis sous la contrainte, que l'intromission de la baguette dans l'anus de la jeune fille n'a pas causé de lésions corporelles graves selon l'art. 122 CP et que la peine qui lui a été infligée est exagérément sévère; sur le plan civil, il conteste l'adjudication de l'action civile dans son principe ainsi que le montant de l'indemnité pour tort moral, demandant que la partie civile soit déboutée de toutes ses conclusions, à défaut de lien de causalité existant entre les actes sexuels et l'invalidité de la victime.
Le procureur général jurassien et la Cour criminelle du Tribunal cantonal jurassien concluent au rejet des recours, dans la mesure de leur recevabilité.
Invitée à se déterminer sur le pourvoi, l'intimée conclut à son rejet. En outre, elle sollicite l'assistance judiciaire.
Le Président de la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral a refusé d'accorder l'effet suspensif par ordonnance du 23 mai 2006.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
I. Recours de droit public
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité d'un recours de droit public (ATF 128 I 177 consid. 1 p. 179).
1.1 Sous réserve de certaines exceptions sans pertinence en l'espèce, le recours de droit public n'est recevable qu'à l'encontre des décisions prises en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 OJ). En d'autres termes, le recourant doit avoir épuisé les voies de droit cantonales avant de saisir le Tribunal fédéral.
Selon la procédure pénale jurassienne, l'arrêt attaqué n'est pas susceptible d'appel, dès lors que cette voie de recours n'est ouverte que pour réformer le jugement d'une juridiction inférieure à la cour pénale du Tribunal cantonal (art. 323 CPP/JU). Par ailleurs, le recourant, qui se plaint essentiellement d'une fausse appréciation des preuves, ne pouvait déposer, pour ce motif, un pourvoi en cassation selon l'art. 347 CPP/JU. En particulier, il ne pouvait pas se fonder sur le chiffre 2 de cette disposition qui prévoit que l'arrêt de la cour criminelle peut être attaqué en cassation "lorsque les débats ont été viciés d'une autre manière par la violation de prescriptions légales et que cette violation a pu influer sur l'arrêt". En effet, la doctrine et la jurisprudence cantonales ont jugé que ce chiffre concernait la violation des règles régissant les débats et ont précisé qu'une fausse appréciation des preuves n'était pas une cause de nullité alors même qu'elle était arbitraire (GÉRARD PIQUEREZ, Procédure pénale jurassienne, 2002, p. 427; RJB 110 (1974), p. 230).
L'arrêt attaqué ne pouvant faire l'objet ni d'un appel, ni, pour les griefs invoqués, d'un pourvoi en cassation, il y a épuisement des voies cantonales. L'arrêt attaqué est ainsi une décision de dernière instance cantonale selon l'art. 86 al. 1 OJ, qui peut faire l'objet d'un recours de droit public.
1.2 Le recours de droit public au Tribunal fédéral est ouvert contre une décision cantonale pour violation des droits constitutionnels des citoyens (art. 84 al. 1 let. a OJ). Il n'est en revanche pas ouvert pour se plaindre d'une violation du droit fédéral, qui peut donner lieu à un pourvoi en nullité (art. 269 al. 1 PPF); un tel grief ne peut donc pas être invoqué dans le cadre d'un recours de droit public, qui est subsidiaire (art. 84 al. 2 OJ; art. 269 al. 2 PPF).
1.3 En vertu de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si la décision attaquée est en tous points conforme au droit ou à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 129 I 185 consid. 1.6 p. 189, 113 consid. 2.1 p. 120; 125 I 71 consid. 1c p. 76). Le Tribunal fédéral n'entre pas non plus en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 125 I 492 consid. 1b p. 495).
2. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.). En outre, il dénonce une violation de la présomption d'innocence (art. 32 al. 1 Cst.).
2.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 131 I 57 consid. 2 p. 61; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9, 173 consid. 3.1 p. 178). A cet égard, il ne suffit pas non plus qu'une solution différente de celle retenue par l'autorité cantonale apparaisse également concevable ou même préférable (ATF 128 II 259 consid. 5 p. 280).
Lorsque le recourant - comme c'est le cas en l'espèce - s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est entachée d'arbitraire que si le juge ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un moyen de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'il se trompe manifestement sur le sens et la portée d'un tel élément, ou encore lorsqu'il tire des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 127 I 38 consid. 2a p. 41; 124 I 208 consid. 4a p. 211). Lorsque l'autorité cantonale a forgé sa conviction quant aux faits sur la base d'un ensemble d'éléments ou d'indices convergents, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant. L'appréciation des preuves doit être examinée dans son ensemble. Il n'y a pas d'arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments ou indices. De même, il n'y a pas d'arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs soient fragiles, si la solution retenue peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction.
2.2 La présomption d'innocence, garantie par l'art. 32 al. 1 Cst., l'art. 6 par. 2 CEDH et l'art. 14 al. 2 Pacte ONU II, porte à la fois sur la répartition du fardeau de la preuve dans le procès pénal, d'une part, et sur la constatation des faits et l'appréciation des preuves, d'autre part. En ce qui concerne le fardeau de la preuve, il incombe entièrement et exclusivement à l'accusation d'établir la culpabilité du prévenu, et non à celui-ci de démontrer qu'il n'est pas coupable. La présomption d'innocence est violée lorsque le juge rend un verdict de culpabilité au seul motif que l'accusé n'a pas prouvé son innocence. Lorsque le recourant se plaint d'une telle violation, la Cour de cassation examine librement s'il ressort du jugement, considéré objectivement, que le juge a condamné l'accusé uniquement parce qu'il n'avait pas prouvé son innocence.
Quant à la constatation des faits, la présomption d'innocence interdit au juge de prononcer une condamnation alors qu'il éprouve des doutes sur la culpabilité de l'accusé. Des doutes abstraits ou théoriques, qui sont toujours possibles, ne suffisent certes pas à exclure une condamnation. De ce point de vue, dans la procédure devant la Cour de cassation qui n'est pas juge du fait, la présomption d'innocence n'offre pas de protection plus étendue que l'interdiction d'une appréciation arbitraire des preuves, garantie par l'art. 9 Cst. La présomption d'innocence n'est invoquée avec succès que si le recourant démontre qu'à l'issue d'une appréciation exempte d'arbitraire de l'ensemble des preuves, le juge aurait dû éprouver des doutes sérieux et irréductibles sur sa culpabilité (ATF 120 Ia 31 consid. 2 p. 33 ss; 124 IV 86 cconsid. 2a p. 87 s.).
En l'espèce, il n'apparaît pas que la cour cantonale aurait renversé le fardeau de la preuve, ni qu'elle aurait éprouvé un doute qu'elle aurait interprété en défaveur de l'accusé. La seule question est donc de savoir si la cour cantonale aurait dû éprouver un doute, question qui relève de l'appréciation des preuves et ne peut être examinée que sous l'angle de l'arbitraire, de sorte que ce grief se confond avec celui d'appréciation arbitraire des preuves.
3. Dans une argumentation largement appellatoire, le recourant invoque divers éléments, qui permettraient d'émettre un doute sérieux sur l'existence même des actes sexuels et des actes d'ordre sexuel qu'il aurait fait subir à l'intimée. Selon lui, ces éléments rendraient arbitraire la constatation, selon laquelle il aurait fait subir à l'intimée de tels actes (art. 9 Cst.).
3.1 Le recourant soutient que sa condamnation se fonde, de manière arbitraire, sur les seules déclarations de l'intimée, qui n'est pas soumise, selon le droit cantonal jurassien, à l'obligation de sincérité et n'encourt en conséquence aucune sanction disciplinaire ou pénale en cas de déposition mensongère.
Il est vrai qu'en l'absence de témoins directs des faits, la condamnation du recourant repose essentiellement sur les déclarations de l'intimée. Celles-ci ont cependant été étayées par les témoignages indirects de tiers (médecins et connaissances) à qui l'intimée s'est confiée. En outre, deux expertises de crédibilité, l'une portant sur l'intimée, l'autre sur ses déclarations, ont confirmé la crédibilité de ses dires. Enfin, deux experts ont constaté scientifiquement des lésions sur le corps de l'intimée qui sont compatibles avec les allégations de celle-ci. Au vu de ces éléments, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire en considérant que les déclarations de l'intimée étaient crédibles. Mal fondé, le grief du recourant doit être rejeté.
3.2 Le recourant invoque l'expertise psychiatrique, dont il a été l'objet. Celle-ci constaterait qu'il ne serait pas "un homme foncièrement perverti et maléfique et qu'il serait certainement authentique dans son désir de bien faire, dans son souci d'honnêteté et de correction". Selon le recourant, la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en ne tenant pas compte de cette expertise et en écartant sa version des faits.
L'expert, qui a examiné le recourant, a certes déclaré qu'il avait de la peine à expliquer le comportement qui était reproché au recourant. Il a cependant ajouté qu'il ne pouvait pas exclure que le recourant ait eu un tel comportement. Dans ces circonstances, la cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire en retenant la version de l'intimée plutôt que celle du recourant. Infondé, le grief soulevé doit être rejeté.
3.3 Le recourant fait valoir que la victime a demandé, par lettre du 15 février 1994, au Conseil communal de prolonger son contrat d'apprentissage. Selon lui, ce courrier montrerait qu'elle n'aurait pas été victime d'un viol le 15 novembre 1993.
Dans leur rapport, les experts ont expliqué que le trouble de la personnalité dont souffrait l'intimée l'a rendait incapable de s'affirmer et de réagir de manière appropriée. Selon les experts, "La présence simultanée d'une personnalité dépendante et la forte pression psychique d'un homme en position d'autorité peuvent, en effet, induire une forme de paralysie psychologique". Le trouble de la personnalité dont souffrait l'intimée explique donc son comportement apparemment contradictoire. Le grief d'arbitraire doit être rejeté.
3.4 Le recourant fait valoir que les déclarations de l'intimée n'ont pas été confirmées par les employés communaux. Les collègues de l'intimée, qui partageaient le même bureau ouvert, n'auraient pas remarqué des gestes déplacés du recourant à l'égard de l'intimée. Le concierge, qui nettoyait les bureaux et qui habitait l'immeuble n'aurait jamais constaté la présence de l'intimée au bureau communal en dehors des heures.
En règle générale, les abus sexuels sont commis à l'insu de tous. Les attouchements, que deux autres apprenties ont déclaré avoir subis (arrêt p. 39), n'ont d'ailleurs pas non plus été remarqués par le reste du personnel, ce qui montre que le recourant pouvait agir à l'insu des autres employés dans un milieu qu'il connaissait bien. Au demeurant, la plupart des agressions dénoncées par l'intimée l'ont été en dehors des heures de travail. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
3.5 Le recourant fait observer que l'intimée a accusé le recourant de l'avoir menacée ou harcelée au téléphone dans les mois qui ont précédé son inculpation. Malgré la mise sous écoute de son téléphone par le juge d'instruction et de celui de son ami, aucun élément n'a pu accréditer sa version. Le recourant en déduit implicitement que la cour cantonale a fait preuve d'arbitraire en accordant de la crédibilité aux déclarations de l'intimée.
La cour cantonale admet que ce fait est avéré, mais constate, à juste titre, que celui-ci est sans rapport avec les actes sexuels et les actes d'ordre sexuel, dénoncés par l'intimée. Infondé, le grief soulevé par le recourant doit être rejeté.
3.6 Le recourant relève que les tests de présence de sperme sur les habits (non lavés) remis par l'intimée et sur lesquels étaient visibles des traces suspectes se sont révélés négatifs, alors même (quel que soit l'âge des traces) que des traces de sperme résistent normalement bien à quelques années de conservation.
La cour cantonale admet ce fait. L'absence de preuve matérielle ne permet cependant pas à elle seule de disculper le recourant, ce d'autant moins que l'intimée n'a jamais prétendu que les habits de travail analysés comportaient des traces de sperme, mais qu'elle s'est contentée de remettre des objets susceptibles de contenir des traces sans préciser qu'il s'agissait de traces laissées par le recourant. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
3.7 Le recourant constate que certains aspects de la personnalité de l'intimée ressortant de l'expertise C._ auraient dû mettre sérieusement en cause la réalité des accusations portées par l'intimée.
La cour cantonale ne conteste pas que l'intimée souffre de troubles psychiques. Au contraire, elle considère que le recourant a instrumentalisé cette déficience psychique pour l'amener à subir des actes sexuels et des actes d'ordre sexuel. Les éléments relevés par le recourant n'infirment en rien le raisonnement de la cour cantonale. Infondé, le grief soulevé doit être rejeté.
3.8 En relation avec les infractions de contrainte sexuelle avec cruauté et de lésions corporelles graves, commises le 6 novembre 1998, le recourant relève, en premier lieu, que l'ami de l'intimée a déclaré que l'intimée lui avait affirmé qu'elle ne voyait plus le recourant depuis la fin 1997 et, en second lieu, que l'expert n'aurait pas exclu un comportement d'automutilation.
La cour cantonale considère que le premier argument du recourant n'est pas valable si l'on se réfère à l'ensemble des déclarations de l'ami de l'intimée, puisque celui-ci a déclaré que l'intimée l'avait informé quelques mois plus tard qu'elle était encore en contact avec le recourant. S'agissant du second argument, la cour cantonale relève que l'expert C._ n'a certes pas exclu un acte d'automutilation, mais qu'il a considéré que les diagnostics retenus à l'égard de l'intimée n'étaient en général pas associés à de tels actes. Dans ces conditions, la cour cantonale n'a pas fait preuve d'arbitraire, en retenant qu'un comportement d'automutilation de l'intimée apparaissait inconcevable. Mal fondé, les griefs soulevés doivent être rejetés.
3.9 Le recourant s'en prend à l'expertise de crédibilité de l'experte D._, qui n'aurait pas pris en compte les aspects cliniques et psychopathologiques relatifs aux effets d'une atteinte à l'intégrité physique et sexuelle subie par l'intimée dans son jeune âge, de la part de son oncle et de son cousin.
Ce reproche est inexact, dans la mesure où l'experte mentionne les antécédents d'abus sexuel dans son expertise (p. 8). Mal fondé, le grief doit être rejeté.
3.10 En définitive, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en considérant comme avérée la version de l'intimée, selon laquelle le recourant lui aurait fait subir des actes sexuels et des actes d'ordre sexuel. En effet, l'intimée, qui a noté les faits marquants dans son agenda, a décrit de manière exacte la maison du recourant, ainsi que son anatomie et sa pilosité. Les experts ont en outre accordé une complète crédibilité concernant la véracité des accusations de l'intimée portées à l'encontre du recourant. Différents témoignages de tiers, auxquels elle s'est confiée, corroborent également les dires de l'intimée. Enfin, un médecin spécialiste en gastro-entérologie et un gynécologue ont constaté des lésions anales récentes compatibles avec les accusations de l'intimée. Les griefs d'arbitraire et de violation de présomption d'innocence soulevés par le recourant sont donc infondés.
4. Le recourant fait grief à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire en retenant qu'il avait agi par contrainte.
4.1 En particulier, il fait observer que l'intimée s'est rendue de manière occasionnelle au bureau communal après la fin de son apprentissage, alors qu'elle n'avait aucune obligation de s'y rendre. Il relève que chaque fois qu'elle parlait au recourant des abus qu'elle avait subis dans son enfance, elle se serait rendu compte que le recourant avait des érections, de sorte qu'elle aurait dû prendre des mesures d'auto-protection. Il mentionne qu'elle aurait déclaré avoir noté en novembre 1993 les faits principaux dans un agenda pour s'en rappeler au cas où elle porterait plainte pénale. Il souligne que rien n'aurait obligé l'intimée à se rendre à son domicile. Enfin, il relève que l'intimée aurait déclaré que "Le pire est que s'il me sifflait encore aujourd'hui, je ne pourrais pas lui dire non, j'y retournerais", de sorte que son ami prêtre aurait émis l'hypothèse d'une relation amoureuse.
La cour cantonale a retenu les faits relevés par le recourant comme avérés. Ainsi, elle a retenu que l'intimée avait noté les faits dans son agenda au cas où elle porterait plainte (arrêt, p. 9, 14, 33). Elle a mentionné que l'intimée avait confié au recourant son passé perturbé par les actes d'ordre sexuel que lui avait fait subir son cousin, remarquant à cette occasion que le recourant était en érection (arrêt p. 56). Elle a relevé que lorsque le recourant s'approchait de l'intimée, celle-ci était à chaque fois pétrifiée et que c'était robotique; elle pensait toujours à ce pistolet (arrêt p. 11). Elle a également mentionné que l'intimée avait déclaré que si le recourant la sifflait, elle y allait. (arrêt p. 16, 22). Dans ces circonstances, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir établi les faits de manière arbitraire, respectivement d'avoir omis de retenir des faits essentiels. Mal fondés, les griefs soulevés doivent être rejetés.
Par son argumentation, le recourant s'en prend en définitive à l'application du droit fédéral. Au vu des faits mentionnés ci-dessus, la cour cantonale admet, suivant sur ce point l'avis du recourant, qu'il n'y a pas eu de contrainte physique. Elle a en revanche retenu une contrainte sous la forme de pressions psychiques. Savoir si cette qualification est pertinente est une question de droit fédéral, qui sera traitée dans le pourvoi.
4.2 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu que l'intimée se trouvait dans un état de sidération. A l'appui de ce grief, il invoque l'avis de l'expert C._, qui exclurait, dans un rapport du 11 décembre 2002, qu'un état de sidération puisse s'étaler sur une période de plusieurs mois ou années.
Le médecin qui a suivi l'intimée a parlé d'état de sidération, qu'il a défini comme un "état qui est connu dans les syndromes post-traumatiques surtout lorsque des abus ont été commis pendant l'enfance à multiples reprises". Il a expliqué que l'intimée était paralysée, tétanisée dès que son agresseur la touchait et qu'elle faisait tout ce qu'il lui demandait; elle était incapable de réagir (arrêt p. 17). Quant à l'expert C._, il a déclaré dans son rapport d'expertise complémentaire du 30 mai 2005 que l'intimée subissait une contrainte psychique forte et s'est référé à la notion de sidération (arrêt p. 37). Au vu de ces deux avis, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en parlant d'état de sidération, pour expliquer l'incapacité de réaction de l'intimée. Infondé, le grief soulevé doit être rejeté.
4.3 Le recourant fait valoir que, lorsque l'apprentie E._ a manifesté sa volonté de ne pas poursuivre les attouchements, il n'a pas continué, ce qui prouverait que l'intimée avait la possibilité de dire non quand elle le voulait.
Comme vu ci-dessus, la cour cantonale n'a pas nié qu'il n'y avait pas eu de contrainte physique, mais a considéré qu'il y avait eu une contrainte sous la forme de pressions psychiques. Dans ces circonstances, ce qui s'est passé avec l'apprentie E._ est sans pertinence. Le grief est donc infondé.
5. Le recourant conteste l'élément subjectif. Selon le recourant, il est arbitraire, au vu du comportement de l'intimée, d'avoir retenu qu'il avait une pleine conscience du défaut de consentement de l'intimée.
La cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en retenant que le recourant a agi avec conscience et volonté, dans la mesure où il est établi qu'il a menacé l'intimée de se suicider et de la tuer en même temps. Infondé, le grief soulevé doit être rejeté.
6. Enfin, en relation avec l'indemnité pour tort moral, le recourant s'en prend au lien de causalité existant entre les abus sexuels qu'il aurait commis et l'invalidité de l'intimée. Selon lui, la cour cantonale aurait admis arbitrairement un tel lien; les faits à l'origine de la demande d'assurance invalidité seraient sans rapport avec les abus qui lui sont reprochés.
La cour cantonale n'a pas constaté - contrairement à ce que semble croire le recourant - que les agissements du recourant étaient la seule et unique cause de l'invalidité de l'intimée. Elle a admis que l'intimée souffrait d'atteintes psychiques et physiques déjà avant les agissements du recourant, mais a retenu que le recourant avait aggravé ces atteintes, ajoutant qu'elle ne pouvait, sans un rapport d'expertise, déterminer dans quelle proportion. En se bornant à relever que l'intimée souffrait d'anorexie nerveuse et de névrose, le recourant ne démontre pas en quoi la constatation de la cour cantonale, selon laquelle il aurait aggravé les troubles psychiques et physiques de l'intimée, serait arbitraire. Le grief soulevé ne satisfait donc pas aux exigences de précision et de clarté posées à l'art. 90 al. 1 let. b OJ, de sorte qu'il est irrecevable.
7. Au vu de ce qui précède, le recours de droit public doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais (art. 156 al. OJ).
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimée qui n'a pas déposé de mémoire dans la procédure devant le Tribunal fédéral.
II. Pourvoi en nullité
8. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 129 IV 216 consid. 1 p. 217).
8.1 Selon la procédure pénale jurassienne, l'arrêt attaqué ne peut donner lieu à aucun recours cantonal pour violation du droit fédéral (art. 323 CPP/JU a contrario et 347 CPP/JU; cf. consid. 1.1). Il s'agit donc d'un jugement au sens de l'art. 268 ch. 1 PPF, qui peut faire l'objet d'un pourvoi.
Il convient de souligner que l'arrêt attaqué est, aussi sur la question civile, un jugement de dernière instance. L'art. 347 CPP/JU prévoit, au chiffre 3, qu'un arrêt de la Cour criminelle jurassienne peut être attaqué en cassation lorsque le jugement est basé sur une fausse application du droit civil. Il précise toutefois que ce recours est exclu lorsque, comme en l'espèce (cf. 12.1.2), la cause peut faire l'objet d'un pourvoi en nullité indépendant au Tribunal fédéral quant à la question civile selon l'art. 271 al. 1 PPF.
8.2 Saisi d'un pourvoi en nullité, le Tribunal fédéral contrôle l'application du droit fédéral (art. 269 PPF) sur la base exclusive de l'état de fait définitivement arrêté par la cour cantonale (cf. art. 277bis et 273 al. 1 let. b PPF). Le raisonnement juridique doit se fonder sur les faits retenus dans la décision attaquée, dont le recourant ne peut s'écarter.
Le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs invoqués, mais il ne peut aller au-delà des conclusions du recourant (art. 277bis PPF). Celles-ci, qui doivent être interprétées à la lumière de leur motivation, circonscrivent les points litigieux (ATF 126 IV 65 consid. 1 p. 66).
9. Condamné pour contraintes sexuelles et viols, le recourant conteste avoir usé de contrainte.
9.1 Selon l'art. 189 al. 1 CP, qui réprime la contrainte sexuelle, sera puni de la réclusion pour dix ans au plus ou de l'emprisonnement "celui qui, notamment en usant de menace ou de violence sur une personne, en exerçant sur elle des pressions d'ordre psychique ou en la mettant hors d'état de résister, l'aura contrainte à subir un acte analogue à l'acte sexuel ou un autre acte d'ordre sexuel". En cas de viol, prévu à l'art. 190 CP, l'auteur contraint une personne de sexe féminin à subir l'acte sexuel proprement dit; les moyens de contrainte sont les mêmes que pour la contrainte sexuelle.
La contrainte sexuelle et le viol sont des délits de violence, qui supposent en règle générale une agression physique. En introduisant la notion de "pressions psychiques", le législateur a cependant aussi voulu viser les cas où la victime se trouve dans une situation sans espoir, sans pour autant que l'auteur ait recouru à la force physique ou à la violence. Ainsi, l'infériorité cognitive et la dépendance émotionnelle et sociale peuvent - en particulier chez les enfants et les adolescents - induire une pression psychique extraordinaire et, partant, une soumission comparable à la contrainte physique, les rendant incapables de s'opposer à des atteintes sexuelles. La jurisprudence parle de "violence structurelle", pour désigner cette forme de contrainte d'ordre psychique commise par l'instrumentalisation de liens sociaux. Pour que l'infraction soit réalisée, il faut cependant que la situation soit telle qu'on ne saurait attendre de l'enfant victime qu'il oppose une résistance; sa soumission doit, en d'autres termes, être compréhensible. L'exploitation de rapports généraux de dépendance ou d'amitié ou même la subordination comme telle de l'enfant à l'adulte ne suffisent en règle générale pas pour admettre une pression psychologique au sens des art. 189 al. 1 ou 190 al. 1 CP (ATF 131 IV 107 consid. 2.2 p. 109).
Dans l'ATF 122 IV 97, le Tribunal fédéral a considéré que l'auteur qui avait, pendant cinq ans, commis des actes sexuels sur la fille de sa concubine, âgée initialement de dix ans, avait exercé sur la fillette une pression psychique, compte tenu du jeune âge de la victime et du fait qu'elle était légèrement débile. Dans l'ATF 124 IV 154, les juges fédéraux ont retenu que l'auteur, qui avait abusé d'une enfant de dix ans, avait exploité sa supériorité générale qu'il tirait de son statut d'adulte, son autorité quasi-paternelle, ainsi que les sentiments amicaux et l'attachement que lui témoignait la fillette, et qu'il l'avait placée face à un conflit de conscience qui la paralysait et la mettait hors d'état de résister. Dans l'ATF 128 IV 97, il a été admis qu'un enseignant de sport avait usé, pour abuser de ses élèves mineures, de sa supériorité générale d'adulte et de l'affection que lui portaient les jeunes filles; du fait de la confiance que lui témoignait les familles des victimes, il avait plongé celles-ci dans un conflit de conscience qui les avait mises hors d'état de résister.
Développée pour les abus sexuels commis sur des enfants, cette jurisprudence vaut aussi pour les victimes adultes (ATF 126 IV 124 consid. 3d p. 130). De manière générale, cependant, on peut attendre d'un adulte en pleine possession de ses facultés de discernement une résistance à de telles pressions supérieure à celle que peut offrir un enfant (ATF 122 IV 97 consid. 2b p. 101). Le Tribunal fédéral a considéré qu'un climat de psycho-terreur entre époux pouvait, même sans violence, exercer une telle influence sur la volonté que la victime considère, de manière compréhensible, qu'elle n'a pas de possibilité réelle de résister (ATF 126 IV 124).
Dans l'ATF 131 IV 107, le Tribunal fédéral a précisé la notion de "violence structurelle instrumentalisée" dans le sens où l'auteur doit utiliser les relations sociales comme moyen de pression pour obtenir les faveurs sexuelles de la part de la victime. Ainsi, la considération, selon laquelle la subordination cognitive et la dépendance émotionnelle et sociale peuvent produire une pression psychique, doit être vue sous l'angle du délinquant sexuel, qui transforme cette pression en un moyen de contrainte pour parvenir à ses fins. Il ne suffit pas que l'auteur exploite une relation de pouvoir, privée ou sociale, préexistante, mais il doit encore créer concrètement une situation de contrainte ("tatsituative Zwangssituation"). Cela ne signifie cependant pas que l'auteur doive faire renaître cette situation de la même manière lors de chacun des actes subséquents. Il suffit, lorsque la victime résiste dans la mesure de ses possibilités, que l'auteur actualise alors sa pression pour qu'il puisse être admis que chacun des actes sexuels n'a pu être commis qu'en raison de cette violence structurelle réactualisée (ATF 131 IV 107 consid. 2.4 p. 111 s.).
La délimitation entre les pressions psychiques au sens des art. 189 et 190 CP et la dépendance selon l'art. 193 CP (abus de la détresse) est parfois délicate. Lorsque l'auteur profite d'une situation de contrainte préexistante entraînant une dépendance de la victime envers l'auteur, c'est l'infraction définie à l'art. 193 CP qui entre en considération (MAIER, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, art. 193, p. 1031 ss). En revanche, le juge appliquera les art. 189 ou 190 CP si l'auteur contribue à ce que la victime se trouve (subjectivement) dans une situation sans issue en usant de moyens d'action supplémentaires (à la seule exploitation de la situation de dépendance) (ATF 128 IV 106 consid. 3b p. 113). Il appartiendra de déterminer dans chaque cas à partir de quand le rapport de dépendance de l'art. 193 CP se transforme en pressions psychiques selon les art. 189 et 190 CP.
9.2 En l'espèce, l'intimée considérait le recourant comme une référence au niveau professionnel, un maître d'apprentissage hors pair. Elle avait une grande confiance en lui, de sorte qu'elle lui avait confié qu'elle avait subi des abus sexuels de la part de son cousin pendant son enfance. Ces actes avaient fragilisé l'intimée au point qu'elle se trouvait dans l'incapacité de réagir de manière appropriée aux agressions sexuelles. Le recourant s'en est rendu compte lors des premiers attouchements. En novembre 1993, alors que l'intimée a tenté de le repousser, il a continué et l'a notamment embrassée, en lui disant que si elle parlait, il se suiciderait, mais qu'il ne partirait pas tout seul. Le recourant a réitéré cette menace après les actes sexuels qui ont suivi; par la suite, il a parlé d'un pistolet avant de le lui montrer.
Ces menaces, associées à la position d'autorité du recourant et à l'état psychique fragilisé de l'intimée, ont créé chez cette dernière un état de peur, la rendant incapable de prendre des mesures d'auto-protection contre le recourant ou, au moins, d'en parler à ses parents. L'intimée était comme tétanisée, pétrifiée. Les experts parlent d'état de sidération, qui se définit comme une paralysie psychologique induite par la présence simultanée d'une personnalité dépendante et la forte pression psychique d'un homme en position d'autorité. Le recourant ne s'est pas contenté d'exploiter sa position d'autorité et l'état de dépendance de l'intimée, mais a fait de celle-ci son instrument sexuel, par ses menaces répétées et croissantes dans leur gravité. Le climat de pressions psychiques ainsi créé par le recourant permet de comprendre les raisons pour lesquelles l'intimée n'a pas eu d'autre possibilité que de se soumettre aux actes du recourant, y compris de le suivre à son domicile pour y subir l'acte sexuel.
Cette relation de dépendance, empreinte de peur, s'est poursuivie après la fin des rapports d'apprentissage. Il suffisait au recourant de réactualiser la situation de contrainte qu'il avait créée, en répétant ses menaces, pour que l'intimée soit à sa disposition, sans que celle-ci puisse prendre les mesures d'auto-protection nécessaires. Dans ces circonstances, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant l'existence d'une contrainte sous la forme de pressions psychiques tant pendant l'apprentissage qu'après la fin de celui-ci. Mal fondés, les griefs soulevés par le recourant doivent être écartés.
9.3 Le recourant soutient qu'il ne s'est pas rendu compte que l'intimée n'était pas consentante et qu'il n'a donc pas agi intentionnellement. Savoir ce que l'auteur voulait, savait ou ce dont il s'accommodait relève du contenu de la pensée, donc de l'établissement des faits, lesquels ne peuvent être revus dans le cadre d'un pourvoi en nullité (art. 273 al. 1 let. b, art. 277bis PPF; ATF 125 IV 242 consid. 3c p. 252; 119 IV 1 consid. 5a p. 3). En l'occurrence, la cour cantonale a constaté, de manière non arbitraire, que le recourant avait agi intentionnellement. La cour de céans ne peut donc s'écarter de cette constatation de fait. Le grief soulevé est irrecevable.
9.4 Au vu de ce qui précède, les délits de contraintes sexuelles et de viols sont réalisés. Le recourant a bien contraint l'intimée à subir des abus sexuels en usant de pressions psychiques. Il a agi, en outre, intentionnellement.
10. La cour cantonale a condamné le recourant pour contrainte sexuelle avec cruauté et pour lésions corporelles graves pour avoir introduit une baguette métallique dans l'anus de l'intimée et provoqué ainsi une déchirure et des saignements. Le recourant conteste sa condamnation pour lésions corporelles graves. Il soutient que l'intimée s'est automutilée et qu'au demeurant il ne s'agit pas d'une lésion corporelle grave. Le premier grief est irrecevable, dans la mesure où le recourant s'écarte de l'état de fait cantonal. Il convient en revanche d'entrer en matière sur le second argument.
La cour cantonale a appliqué en l'espèce l'art. 122 al. 1 CP. Selon cette disposition, sera puni de la réclusion pour dix ans au plus ou de l'emprisonnement pour six mois à cinq ans "celui qui, intentionnellement, aura blessé une personne de façon à mettre sa vie en danger". Pour déterminer si cette condition est réalisée, il faut analyser la nature de la blessure, et non le comportement adopté par l'auteur; il faut une blessure, et celle-ci doit créer un danger de mort (ATF 124 IV 53 consid. 2 p. 56). En l'occurrence, l'arrêt attaqué ne permet pas de se prononcer sur ce point, puisqu'il mentionne seulement que "la vie de la plaignante a été mise en danger" (arrêt p. 59). On ignore si c'est le comportement qui était dangereux ou si la lésion a réellement mis en danger la vie de l'intimée. La lecture du certificat médical, auquel renvoie la cour cantonale, ne permet pas de répondre à cette question. Dans ces circonstances, le pourvoi doit être admis sur ce point, en application de l'art. 277 PPF.
11. Le recourant soulève des griefs relatifs à la fixation de la peine.
L'admission partielle du pourvoi sur la question des lésions corporelles rend superflu l'examen de ces griefs, puisque la cour cantonale devra se prononcer à nouveau sur la peine.
12. Enfin, le recourant forme un pourvoi en matière civile.
12.1 S'agissant des dommages-intérêts, il reproche à la cour cantonale d'avoir adjugé l'action civile introduite par l'intimée dans son principe. Selon lui, il ne serait pas établi que les agissements qui lui sont reprochés seraient à l'origine de l'invalidité de l'intimée.
12.1.1 Selon l'art. 271 al. 1 PPF, le pourvoi en nullité est ouvert, à l'exclusion du recours en réforme, pour se plaindre de la décision civile rendue dans le cadre de la procédure pénale, lorsque les conclusions civiles ont été jugées en même temps que l'action pénale.
Le pourvoi indépendant ou autonome, prévu à l'art. 271 al. 1 PPF, suppose ainsi que la cause civile a une valeur litigieuse ouvrant d'ordinaire la voie du recours en réforme, à savoir supérieure à 8'000 francs.
Le pourvoi selon l'art. 271 al. 1 PPF est en l'espèce ouvert, puisque les conclusions civiles portent sur un montant de plus de 2,5 millions. En outre, il est admis que les conclusions civiles sont jugées "en même temps" que l'action pénale lorsque - comme en l'espèce - le juge pénal se limite à adjuger l'action civile dans son principe et renvoie la partie civile devant le juge civil pour la fixation du dommage (cf. ATF 125 IV 153 consid. 2b/aa p. 157; KOLLY, Le pourvoi en nullité à la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral, Berne 2004, p. 65).
Enfin, dans un pourvoi en nullité en matière civile, le recourant doit prendre des conclusions concrètes; une conclusion tendant simplement à l'annulation de la décision attaquée est en règle générale insuffisante et entraîne l'irrecevabilité du pourvoi. Cela signifie notamment que, si le pourvoi est dirigé en même temps contre l'action pénale, le recourant doit formuler, en plus de la conclusion tendant, sur le plan pénal, à l'annulation de la décision attaquée, des conclusions séparées et concrètes sur le plan civil (ATF 127 IV 141 consid. 1d p. 143). Si le recourant ne prend pas de conclusions chiffrées, le pourvoi en nullité est irrecevable, à moins que la motivation du pourvoi, en relation avec l'arrêt attaqué, ne permette de discerner de manière certaine quels sont les montants contestés par le recourant (ATF 127 IV 141 consid. 1c p. 143; 125 III 412 consid. 1b p. 414). En l'espèce, les conclusions du recourant sont suffisamment précises. On ne peut lui reprocher de ne pas les avoir chiffrées, puisque la cour cantonale ne s'est pas prononcée sur le montant du dommage mais a renvoyé cette question au juge civil. En contestant que ses agissements soient à l'origine des atteintes psychiques de l'intimée, le recourant nie devoir verser un montant quelconque en réparation du dommage.
12.1.2 Conformément à l'art. 9 al. 3 LAVI, la cour cantonale s'est bornée à adjuger l'action civile dans son principe et à se prononcer sur la responsabilité du recourant. En revanche, elle a renoncé à se prononcer sur la quotité du dommage. En effet, s'il est établi que le recourant a causé une atteinte physique et psychologique à l'intimée, il est aussi admis que l'intimée était déjà gravement atteinte dans sa santé psychique avant les agissements du prévenu. Dans ces conditions, la cour cantonale a considéré ne pas pouvoir estimer, sans l'aide d'un expert, l'aggravation des troubles due aux agissements du recourant et, partant, se prononcer sur le montant des prétentions civiles.
Le recourant conteste le lien de causalité entre ses agissements et les atteintes physiques et psychiques de l'intimée. En l'occurrence, la cour cantonale a cependant retenu - de manière à lier la cour de céans - que les agressions sexuelles du recourant avaient porté une atteinte physique et psychique à l'intimée. De la sorte, la cour cantonale a admis l'existence d'un lien de causalité naturelle, lequel relève de l'établissement des faits et ne peut pas être revu par la cour de céans (ATF 122 IV 17 consid. 2c/aa p. 23). Au demeurant, le lien de causalité ne peut être qualifié que d'adéquat, dans la mesure où les agressions du recourant étaient propres, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit. Les griefs soulevés doivent donc être rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
12.2 Le recourant critique également l'indemnité pour tort moral de 100'000 francs.
12.2.1 Il conteste devoir payer toute indemnité pour tort moral, faute de rapport de causalité entre les troubles psychiques et ses agissements. Bien que non chiffrées, les conclusions formulées sont suffisamment concrètes, de sorte qu'il convient d'entrer en matière sur celles-ci.
12.2.2 Selon l'art. 49 al. 1 CO, "celui qui subit une atteinte illicite à sa personnalité a droit à une somme d'argent à titre de réparation morale, pour autant que la gravité de l'atteinte le justifie et que l'auteur ne lui ait pas donné satisfaction autrement".
L'ampleur de la réparation morale dépend avant tout de la gravité des souffrances physiques ou psychiques consécutives à l'atteinte subie par la victime et de la possibilité d'adoucir sensiblement, par le versement d'une somme d'argent, la douleur morale qui en résulte. Sa détermination relève du pouvoir d'appréciation du juge. En raison de sa nature, l'indemnité pour tort moral, qui est destinée à réparer un dommage qui ne peut que difficilement être réduit à une simple somme d'argent, échappe à toute fixation selon des critères mathématiques, de sorte que son évaluation en chiffres ne saurait excéder certaines limites; l'indemnité allouée doit toutefois être équitable. Le juge en proportionnera donc le montant à la gravité de l'atteinte subie et il évitera que la somme accordée n'apparaisse dérisoire à la victime. S'il s'inspire de certains précédents, il veillera à les adapter aux circonstances actuelles pour tenir compte de la dépréciation de la monnaie (ATF 129 IV 22 consid. 7.2 p. 36 s.; 125 III 269 consid. 2a p. 273; 118 II 410 consid. 2a p. 413 et les arrêts cités).
La fixation de l'indemnité pour tort moral est une question d'application du droit fédéral, que le Tribunal fédéral examine donc librement. Dans la mesure où cette question relève pour une part importante de l'appréciation des circonstances, le Tribunal fédéral intervient certes avec retenue, notamment si l'autorité cantonale a mésusé de son pouvoir d'appréciation en se fondant sur des considérations étrangères à la disposition applicable, en omettant de tenir compte d'éléments pertinents ou encore en fixant une indemnité inéquitable parce que manifestement trop faible ou trop élevée; toutefois, comme il s'agit d'une question d'équité - et non pas d'une question d'appréciation au sens strict, qui limiterait son pouvoir d'examen à l'abus ou à l'excès du pouvoir d'appréciation -, il examine librement si la somme allouée tient suffisamment compte de la gravité de l'atteinte ou si elle est disproportionnée par rapport à l'intensité des souffrances morales causées à la victime (ATF 129 IV 22 consid. 7.2 p. 37; 125 III 269 consid. 2a p. 273; 123 III 10 consid. 4c/aa p. 12 s; 118 II 410 consid. 2a p. 413 et les arrêts cités).
12.2.3 S'agissant du montant alloué en réparation du tort moral, toute comparaison avec d'autres affaires doit intervenir avec prudence, puisque le tort moral touche aux sentiments d'une personne déterminée dans une situation donnée et que chacun réagit différemment face au malheur qui le frappe. Cela étant, une comparaison n'est pas dépourvue d'intérêt et peut être, suivant les circonstances, un élément utile d'information (cf. ATF 125 III 269 consid. 2a p. 274).
L'examen de décisions cantonales, rendues entre 2003 et 2005, montre que des montants de 15'000 à 30'000 francs, voire plus élevés, ont été alloués en cas de viols et d'actes d'ordre sexuel commis de manière répétée sur des enfants ou des personnes se trouvant dans un lien de dépendance par rapport à l'auteur (KLAUS HÜTTE/PETRA DUCKSCH, Die Genugtuung, Eine tabellarische Übersicht über Gerichtsentscheide, 3e éd., affaires jugées entre 2003 et 2005, X 18 n° 49; X 19 n° 53; X 20 n° 57; X 21 n° 58, 59; X 23 n° 64; X 26 n° 67, 68).
Dans l'ATF 125 III 269, auquel se réfère la cour cantonale, le Tribunal fédéral a certes alloué une indemnité pour tort moral de 100'000 francs. Il s'agissait cependant d'une jeune fille, qui, de l'âge de 8 ans à l'âge de 18 ans, soit pendant dix ans, avait subi, à d'innombrables reprises, des atteintes particulièrement graves à son intégrité sexuelle, commises sur elle par son père, lesquelles lui avaient causé un préjudice très important et très probablement irréversible. Le Tribunal fédéral avait alors souligné que l'indemnité ainsi accordée était exceptionnellement élevée et représentait sans doute le maximum qui puisse être alloué pour ce genre de cas.
12.2.4 Les souffrances, physiques et psychiques, subies par l'intimée sont certes importantes. L'importance de ces souffrances, si elle ne saurait être minimisée, n'est cependant pas comparable à celles subies par la jeune fille de l'arrêt précité. Les sévices infligés à l'intimée par le recourant sont moins graves, notamment par la nature des actes, la fréquences de ceux-ci, la durée de la relation ainsi que du fait qu'ils n'ont pas été commis par le père de la jeune fille. Une indemnité de 100'000 francs, considérée par le Tribunal fédéral comme le maximum pour ce genre de cas dans l'ATF 125 III 269, est donc exagérée.
Cela étant, la cour de céans n'est pas en mesure de déterminer, au vu des faits retenus dans l'arrêt attaqué, l'effet concret que les abus sexuels ont eu sur la personnalité de l'intimée et, partant, les souffrances de cette dernière. Premièrement, elle ignore la gravité de la lésion que le recourant a infligée à l'intimée par l'intromission d'une baguette dans son anus. En second lieu, sur le plan des effets psychiques, l'arrêt attaqué a retenu que l'intimée était déjà gravement atteinte avant les agissements du recourant, notamment du fait des abus subis par son cousin; dans ces circonstances, il paraît difficile d'évaluer les souffrances engendrées par les abus sexuels commis par le recourant.
Vu que les éléments sont insuffisants pour se prononcer sur le montant de l'indemnité pour le tort moral et qu'au demeurant la cause doit de toute façon être retournée à la cour cantonale, la cour de céans renonce à statuer elle-même sur les conclusions civiles comme le lui autorise l'art. 277quater al. 1 PPF, et renvoie la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision sur ce point.
13. Au vu de ce qui précède, le pourvoi sur l'action pénale doit être partiellement admis en application de l'art. 277 PPF sur la question des lésions corporelles graves. L'arrêt attaqué est en conséquence annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur ce point ainsi que sur la question de la peine. Pour le surplus, le pourvoi sur l'action pénale doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le pourvoi sur l'action civile doit être partiellement admis. Conformément à l'art. 277quater in fine PPF, l'arrêt attaqué doit être annulé et renvoyé à la cour cantonale pour qu'elle se prononce à nouveau sur le montant de l'indemnité pour tort moral. Pour le surplus, le pourvoi en matière civile doit être rejeté.
14. Le recourant obtient partiellement gain de cause, de sorte qu'il y a lieu de considérer que la part des frais qui devrait être mise à sa charge pour la partie où il succombe (art. 278 al. 1 PPF) est compensée par l'indemnité qui devrait lui être allouée pour celle où il obtient gain de cause (art. 278 al. 3 PPF). Il n'y a donc pas lieu de percevoir de frais ni d'allouer d'indemnité au recourant.
L'arrêt attaqué a mis l'intimée en situation de devoir se défendre. Comme celle-ci a suffisamment démontré qu'elle était dans le besoin, l'assistance judiciaire doit lui être accordée (art. 152 al. 1 OJ). En conséquence, une indemnité sera versée à son mandataire.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
I. Concernant le recours de droit public
1. Le recours de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 francs est mis à la charge du recourant.
II. Concernant le pourvoi en nullité
3. Le pourvoi sur l'action pénale est partiellement admis conformément à l'art. 277 PPF, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision; pour le surplus, le pourvoi est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Le pourvoi sur l'action civile est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision; pour le surplus, le pourvoi sur l'action civile est rejeté.
5. Il n'est pas perçu de frais ni alloué d'indemnité au recourant.
6. La requête d'assistance judiciaire de l'intimée est admise.
7. La caisse du Tribunal fédéral versera au mandataire de l'intimée une indemnité de 1'500 francs à titre de dépens.
8. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Procureur général jurassien et au Tribunal cantonal du canton du Jura, Cour criminelle.
Lausanne, le 10 août 2006
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président:
La greffière: