Fatti:
A. Il 5 aprile 2008 B.A._, A.A._ e C.A._ hanno denunciato D._ per titolo di truffa, rimozione dei termini, soppressione di segnali trigonometrici e limnimetrici, violazione dell'art. 18 della legge cantonale sulle misurazioni ufficiali e, sussidiariamente, per falsità in documenti e per falsità in certificati.
In assenza di sufficienti indizi e prove in capo alla commissione dei reati sopraccitati, il 9 luglio 2008 il Procuratore pubblico ha decretato il non luogo a procedere.
B. Con decisione del 12 dicembre 2008, la Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) ha dichiarato irricevibile l'istanza di promozione dell'accusa presentata da B.A._, A.A._ e C.A._ contro suddetto decreto.
C. B.A._, A.A._ e C.A._ insorgono contro la sentenza della CRP mediante ricorso in materia penale al Tribunale federale. Postulano l'annullamento della decisione impugnata e il rinvio dell'incarto, in via principale, alla CRP per nuovo giudizio e, in via subordinata, al Procuratore pubblico per ulteriore istruzione.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere di cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 134 IV 36 consid. 1; 134 III 520 consid. 1).
1.1 Giusta l'art. 81 cpv. 1 LTF, può interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b). La giurisprudenza ha già avuto modo di specificare che la legittimazione a proporre ricorso in materia penale disciplinata dall'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 4-6 LTF corrisponde a quanto prevedeva il previgente diritto all'art. 270 lett. e-g vPP (DTF 133 IV 228). In generale, quindi, la via del ricorso in materia penale è preclusa al semplice danneggiato, ossia a colui che non è né accusatore privato, né vittima LAV, né querelante giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 4-6 LTF. Il danneggiato, così come il denunciante, la parte lesa o la parte civile, non sono legittimati a impugnare nel merito decisioni con cui è stato pronunciato l'abbandono di un procedimento penale o è stata respinta la loro istanza di promozione dell'accusa. La pretesa punitiva spetta infatti unicamente allo Stato ed essi non possono quindi prevalersi di un interesse giuridico ai sensi dell'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF. Le citate persone non possono pertanto rimproverare all'autorità cantonale di aver violato la Costituzione, segnatamente il divieto dell'arbitrio nell'applicare la legge, nell'accertare i fatti, nel valutare le prove o nell'apprezzarne la rilevanza (sentenza 6B_686/2007 del 21 febbraio 2008, in RtiD II-2008 n. 42 pag. 165 segg.).
1.2 Malgrado l'assenza di una legittimazione ricorsuale nel merito, esse possono presentare ricorso per diniego di giustizia formale, ossia per violazione di norme di procedura che accordano loro determinati diritti di parte. Il leso o il denunciante può pertanto far valere, ad esempio, che il ricorso non sarebbe stato esaminato a torto nel merito, ch'egli non sarebbe stato sentito, che gli sarebbe stata negata la possibilità di consultare gli atti o che non gli sarebbe stata riconosciuta, a torto, la qualità di danneggiato (v. DTF 128 I 218 consid. 1.1, 122 I 267 consid. 1b, 121 IV 317 consid. 3b, 120 Ia 220 consid. 2a). In tal caso, un interesse giuridicamente protetto secondo l'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF non si fonda su aspetti di merito, bensì sul diritto di essere parte nella procedura conformemente alle norme processuali cantonali o a quelle sgorganti dalla Costituzione federale. Il denunciante, la parte lesa o la parte civile possono allora insorgere contro la violazione di tali diritti di parte (v. DTF 131 I 455 consid. 1.2.1; 128 I 218 consid. 1.1; 127 II 161 consid. 3b). Il diritto di invocare le garanzie procedurali non permette tuttavia al ricorrente di rimettere in discussione, nemmeno indirettamente, il giudizio di merito; il ricorso in materia penale non può quindi riguardare questioni strettamente connesse con il merito della vertenza, quali in particolare il rifiuto di assumere una prova in base alla sua irrilevanza o al suo apprezzamento anticipato o l'obbligo dell'autorità di motivare sufficientemente la decisione (v. DTF 120 Ia 227 consid. 1, 119 Ib 305 consid. 3, 117 Ia 90 consid. 4a). Il giudizio su tali quesiti non può infatti essere distinto da quello sul merito che tuttavia il leso o denunciante non è legittimato a impugnare (v. DTF 120 Ia 157 consid. 2a/bb e rinvii).
2. Nella fattispecie, i ricorrenti chiedono la promozione dell'accusa per reati di falsità in atti (art. 251, 252, 256 e 257 CP), contro il patrimonio (art. 146 CP) e per violazione della legge cantonale sulle misurazioni ufficiali. Si tratta manifestamente di infrazioni che non fondano la qualità di vittima ai sensi della LAV. Essi sostengono tuttavia di essere legittimati a ricorrere in virtù della loro veste di querelanti e di accusatori privati. A torto. I reati lamentati non sono perseguibili a querela di parte, bensì d'ufficio. Inoltre, secondo l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 6 LTF, il querelante può ricorrere in materia penale per quanto trattasi del diritto di querela come tale. Orbene, i ricorrenti contestano nel merito la decisione della CRP e non eventuali irregolarità relative al diritto di querela e alle sue condizioni (v. DTF 128 IV 37). Essi non possono nemmeno definirsi accusatori privati ai sensi dell'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 4 LTF, posto come il codice di procedura penale ticinese del 19 dicembre 1994 non preveda questa istituzione (v. sentenza 6S.125/2005 del 18 maggio 2005, in RtiD II-2005 n. 35 pag. 181 segg.). I ricorrenti sono quindi dei semplici denuncianti e, in questa veste, le uniche censure che possono formulare davanti al Tribunale federale attengono alla violazione dei loro diritti di parte.
3. Nell'impugnativa in esame i ricorrenti lamentano la violazione del diritto federale (in relazione segnatamente agli art. 146 e 256 CP e all'art. 18 della legge cantonale sulle misurazioni ufficiali), un accertamento inesatto e arbitrario dei fatti e la violazione del diritto di essere sentito.
Per quanto attiene alle prime due censure, il gravame si palesa d'acchito inammissibile, difettando la legittimazione degli insorgenti a formulare critiche volte a rimettere in discussione il giudizio di merito.
In merito all'invocata violazione degli art. 6 CEDU e 29 cpv. 2 Cost, i ricorrenti sostengono che il loro diritto di essere sentiti sarebbe stato disatteso perché la CRP ha negato la sussistenza di seri indizi di colpevolezza senza esperire le necessarie indagini, il dovuto complemento istruttorio e interrogare gli attori principali della vicenda. La conclusione a cui è giunta l'autorità cantonale sarebbe dunque insufficientemente sostenuta da debiti riscontri probatori. Essa inoltre non si è debitamente pronunciata sul proprio rifiuto di amministrare le prove richieste. Infine, a mente dei ricorrenti, la decisione impugnata sarebbe pure insufficientemente motivata. Sennonché anche questa doglianza risulta inammissibile in questa sede perché, in quanto denuncianti, i ricorrenti non sono legittimati a censurare l'apprezzamento (anticipato) delle prove né un'eventuale motivazione insufficiente dell'avversato giudizio cantonale, trattandosi di questioni il cui esame non può essere distinto da quello sul merito della decisione (v. supra consid. 1.2).
4. Da quanto precede risulta che il ricorso dev'essere dichiarato inammissibile.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dei ricorrenti, in solido (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF).
Non vi è ragione di assegnare ripetibili all'opponente, che non è stato invitato a formulare osservazioni sul ricorso e non è dunque incorso in spese necessarie (art. 68 cpv. 2 LTF) per la sede federale. Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, con vincolo di solidarietà.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.