Sachverhalt:
A. Die X._ AG Generalunternehmung widmet sich der Planung und Ausführung von Bauten als Generalunternehmerin sowie damit zusammenhängenden Arbeiten. Bis im Februar 2007 lautete ihre Firma X._ AG Malergeschäft. Der Vorsteher des Tiefbau- und Entsorgungsdepartements der Stadt Zürich verpflichtete sie am 13. April 2006, den noch nicht bezahlten Teil des Infrastrukturpreises für ihren Betrieb an der A._strasse für das Jahr 2005 im Betrag von Fr. 1'564.-- (Abfall) und Fr. 1'700.-- (Abwasser) zu bezahlen. Die dagegen erhobenen kantonalen Rechtsmittel blieben ohne Erfolg.
B. Die X._ AG Generalunternehmung beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, die in dieser Sache ergangenen Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich und des Bezirksrats Zürich aufzuheben, die Abwasserreinigungs- und Abwassergebühr gemessen an sechs Vollzeitsäquivalenten festzulegen und die gegen sie erhobenen Betreibungen zurückzuziehen.
Die Stadt Zürich ersucht um Abweisung der Beschwerde.
Das Verwaltungsgericht stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Auf das Rechtsmittel der Beschwerdeführerin ist daher nicht einzutreten, soweit es sich gegen die zwei in dieser Sache gefällten Entscheide des Bezirksrats richtet.
1.2 Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht verschiedene Unterlagen eingereicht, die teilweise neu sind. Es kann offen bleiben, ob und in welchem Umfang diese Beweismittel zuzulassen sind, weil erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass geboten hat (vgl. Art. 99 BGG); denn die fraglichen Aktenstücke beeinflussen den Ausgang des Verfahrens nicht.
2. Art. 6 EMRK findet nach der Rechtsprechung bei gebührenrechtlichen Streitigkeiten keine Anwendung (BGE 132 I 140 E. 2.1 S. 146). Soweit sich die Beschwerdeführerin auf diese Norm beruft, erweist sich die Beschwerde daher als von vornherein unbegründet.
3. 3.1 Die Grundgebühr für die Abfallentsorgung und Abwasserreinigung - der sog. Infrastrukturpreis - richtet sich für die in der Stadt Zürich gelegenen Betriebe nach der Summe aller Voll- und Teilzeitstellen (Vollzeitäquivalente [VZÄ]; vgl. Art. 20 Abs. 1 der Verordnung vom 15. September 2004 über die Abfallbewirtschaftung in der Stadt Zürich [VAZ] bzw. Art. 3 Abs. 2 lit. b der Verordnung vom 29. September 2004 über die Preise zur Abwasserbewirtschaftung [VPA]). Die Unternehmen sind verpflichtet, der Stadt Zürich die Summe aller Voll- und Teilzeitstellen zu melden (Art. 16 Abs. 1 lit. b VAZ und Art. 2 Abs. 9 lit. a VPA).
3.2 Die Beschwerdeführerin hat für das Jahr 2005 mit dem dafür vorgesehenen Formular sechs Vollzeitstellen gemeldet. Die Stadt Zürich stellte bei der Festsetzung des Infrastrukturpreises jedoch nicht auf diese Meldung ab, sondern ging von 40 VZÄ aus. Sie bezog sich dabei auf die von der Firma "deltavista" ins Internet gestellten Angaben, wonach die Beschwerdeführerin über 45 Angestellte verfügt.
Die Vorinstanz erklärt, die Stadt Zürich habe angesichts der festgestellten Diskrepanz zu Recht eine Einschätzung von Amtes wegen vorgenommen. Die von der Beschwerdeführerin eingereichte Aufstellung für die SUVA, in der nur sechs Mitarbeiter verzeichnet seien, vermöge die städtische Auffassung nicht zu widerlegen, zumal die bei den Akten liegenden Dokumente allesamt auf eine höhere Zahl von Angestellten hindeuteten. Die Beschwerdeführerin sei angehalten worden, ihre Behauptung, lediglich sechs Beschäftigte zu haben, näher zu belegen, sei dieser Aufforderung aber nicht nachgekommen. Schliesslich weist die Vorinstanz darauf hin, dass nach ihren eigenen Erhebungen im Internet unter der Adresse "swissguide.ch" weiterhin 41 Mitarbeiter angegeben würden.
3.3 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz eine mehrfache Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) vor. Soweit sie beanstandet, sie habe sich zu den vorinstanzlichen Internetabfragen nicht äussern können, verkennt sie, dass die fraglichen Informationen nicht neu waren. Es befand sich vielmehr bereits ein Ausdruck der fraglichen Internetseite bei den Akten, so dass die Beschwerdeführerin dazu hätte Stellung nehmen können. Verfehlt ist auch die Rüge, die Vorinstanz habe von ihr die Einreichung von Dokumenten verlangt, die es in der Praxis gar nicht gebe, und auf diese Weise ihren Gehörsanspruch verletzt. Wenn die Beschwerdeführerin nicht über eine unterzeichnete Abrechnung der SUVA verfügte, in der die von ihr beschäftigen Mitarbeiter verzeichnet waren, hätte sie von dieser Stelle mit Blick auf das vorliegende Verfahren eine solche verlangen können. Ausserdem hat sie auch sonst nichts unternommen, um den Nachweis, dass sie im Jahr 2005 lediglich sechs Angestellte hatte, auf andere Weise zu erbringen. Die Beschwerdeführerin hat den kantonalen Instanzen nicht einmal die Aktenstücke vorgelegt, die sie nun dem Bundesgericht neu eingereicht hat.
Im Übrigen bringt die Beschwerdeführerin nichts vor, was die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung als offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG erscheinen liesse. Auch die neu eingereichten Aktenstücke vermögen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung nicht zu erschüttern. Die Beschwerdeführerin hat im ganzen Verfahren nie schlüssig dargelegt, wieso die im Internet angegebene Mitarbeiterzahl von 45 bzw. 41 im Jahre 2005 unzutreffend war. Es kann in dieser Hinsicht auf die zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG).
Unter diesen Umständen verletzt der angefochtene Entscheid kein Bundesrecht.
4. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Februar 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng