Sachverhalt:
A. A.a Der 1962 geborene K._ war als Angestellter der D._ AG bei der SWICA Versicherungen AG (nachstehend: SWICA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als am 3. September 2005 das Fahrzeug, in dem sich der Versicherte als Beifahrer befand, auf ein voraus fahrendes Fahrzeug auffuhr. Der Versicherte wurde noch am Unfalltag in das Krankenhaus X._ verbracht; dort wurde eine Prellung des linken Thorax und eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SWICA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Per 1. Februar 2007 kürzte sie die Taggeldleistungen um 50 % und stellte mit Verfügung vom 27. Juni 2007 per Ende Juni 2007 sämtliche Leistungen ein, da K._ seinen Mitwirkungs- und Schadenminderungspflichten nicht genügend nachgekommen sei. Nachdem der Versicherte gegen diese Verfügung Einsprache erhoben hatte, gab die Versicherung ihm mit Schreiben vom 30. Oktober 2007 Gelegenheit, sich auch zur adäquaten Kausalität zwischen dem Ereignis und den geklagten Beschwerden zu äussern. Mit Einspracheentscheid vom 8. Januar 2008 stellte die SWICA daraufhin ihre Leistungen per 12. Dezember 2006 ein, da die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zu verneinen sei.
A.b Bereits am 12. Dezember 2007 erhob K._ Rechtsverzögerungsbeschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich betreffend der Kürzung der Taggeldleistungen. Das kantonale Gericht wies die SWICA mit Entscheid vom 26. Februar 2008 an, über diese unverzüglich eine anfechtbare Verfügung zu erlassen. Mit Verfügung vom 18. März 2008 und Einspracheentscheid vom 24. Juni 2008 hielt die SWICA fest, ein Entscheid über die Kürzung der Taggeldleistungen sei obsolet geworden, da die Adäquanz des Kausalzusammenhanges bereits per 12. Dezember 2006 zu verneinen sei.
B. Die von der Helsana Versicherungen AG (nachstehend: die Helsana) gegen den Einspracheentscheid vom 8. Januar 2008 erhobenen Beschwerden wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Oktober 2009 ab. Mit gleichem Entscheid hiess das kantonale Gericht die Beschwerden des K._ gegen die Einspracheentscheide vom 8. Januar 2008 und vom 24. Juni 2008 in dem Sinne teilweise gut, als die Sache unter teilweiser Aufhebung der Einspracheentscheide zur Prüfung des Anspruches auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung an die SWICA zurückgewiesen wurde.
C. Mit Beschwerde beantragt die SWICA sinngemäss, es sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihre Leistungseinstellung per 12. Dezember 2006 zu bestätigten. K._ erhebt seinerseits Beschwerde und beantragt, die SWICA sei unter Abänderung der Ziffer 1 des Dispositivs des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ab 1. September 2007 Taggeld-Leistungen zu erbringen.
Während K._ die Abweisung der Beschwerde der SWICA, soweit auf diese einzutreten ist, beantragt, schliesst die SWICA ihrerseits auf Abweisung der Beschwerde des K._.
K._ stellt in beiden Verfahren ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Helsana und das Bundesamt für Gesundheit verzichten in beiden Verfahren auf eine Vernehmlassung.
D. Auf Aufforderung des Intruktionsrichters hin bestätigte K._ mit Schreiben vom 28. April 2010, für die bundesgerichtlichen Verfahren nicht rechtsschutzversichert zu sein.
Erwägungen:
1. Da den beiden Beschwerden derselbe Sachverhalt zugrunde liegt, sich teilweise die gleichen Rechtsfragen stellen und die Rechtsmittel den nämlichen vorinstanzlichen Entscheid betreffen, rechtfertigt es sich, die beiden Verfahren zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (BGE 128 V 124 E. 1 S. 126 mit Hinweisen).
2. 2.1 Das BGG unterscheidet in Art. 90 bis 93 zwischen End-, Teil- sowie Vor- und Zwischenentscheiden und schafft damit eine für alle Verfahren einheitliche Terminologie. Ein Endentscheid ist ein Entscheid, der das Verfahren prozessual abschliesst (Art. 90 BGG), sei dies mit einem materiellen Entscheid oder Nichteintreten, z.B. mangels Zuständigkeit. Der Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren (objektive und subjektive Klagehäufung) abschliessend befunden. Es handelt sich dabei nicht um verschiedene materiellrechtliche Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um verschiedene Rechtsbegehren. Vor- und Zwischenentscheide sind alle Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen und daher weder End- noch Teilentscheid sind; sie können formell- und materiellrechtlicher Natur sein. Voraussetzung für die selbstständige Anfechtbarkeit materiellrechtlicher Zwischenentscheide ist gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zunächst, dass sie selbstständig eröffnet worden sind. Erforderlich ist sodann alternativ, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gut zu machenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
2.2 Beschlägt ein Rechtsstreit verschiedene Aspekte, und wird - etwa aus prozessökonomischen Gründen - über einen dieser Aspekte vorab entschieden, so handelt es sich beim Entscheid der letzten kantonalen Instanz je nach Ausgang des Verfahrens um einen End- oder um einen Vorentscheid: Wird etwa bei mehreren kumulativ zu erfüllenden Anspruchsvoraussetzungen eine dieser Voraussetzungen vorab geprüft und verneint, so wird es sich beim kantonalen Entscheid in der Regel um einen Endentscheid handeln, der gemäss Art. 90 BGG ohne weiteres anfechtbar ist. Wird demgegenüber von mehreren Anspruchsvoraussetzungen eine vorab bejaht, so handelt es sich beim kantonalen Entscheid um einen Vorentscheid (weitere Beispiele bei FELIX UHLMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N 4 zu Art. 92 BGG), welcher vor Bundesgericht nur dann anfechtbar ist, wenn die Voraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind.
2.3 Gelangt in einem Verwaltungsverfahren die Verwaltung zum Schluss, eine von mehreren kumulativ zu erfüllenden Anspruchsvoraussetzungen sei nicht erfüllt, so ist es zulässig, dass sie ihre Leistungspflicht verneint, ohne die anderen Anspruchsvoraussetzungen zu prüfen. Auch im daran sich allenfalls anschliessenden kantonalen Verwaltungsgerichtsverfahren wird in der Regel lediglich das Vorliegen dieser einen Anspruchsvoraussetzung geprüft (vgl. BGE 125 V 413 E. 1a S. 414). Könnte die Verwaltung einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid, wonach diese eine Voraussetzung erfüllt ist, nicht vor Bundesgericht anfechten, so hätte dies zur Folge, dass sie zur Prüfung der weiteren Anspruchsvoraussetzungen schreiten müsste und - sollten diese zu bejahen sein - gezwungen wäre, eine ihres Erachtens rechtswidrige, leistungszusprechende Verfügung zu erlassen. Diese könnte sie in der Folge nicht selber anfechten; da die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, den allenfalls zu ihren Gunsten rechtswidrigen Endentscheid anzufechten, könnte der kantonale Vorentscheid nicht mehr korrigiert werden und würde zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Verwaltung führen (vgl. BGE 133 V 477 E. 5.2 S. 483 ff.).
2.4 Das kantonale Gericht hat in seinem Entscheid vom 20. Oktober 2009 zunächst die Einstellung der Taggeldleistungen durch die SWICA per 12. Dezember 2006 bestätigt und die Beschwerde des Versicherten diesbezüglich abgewiesen. Der vorinstanzliche Entscheid über die Taggeldleistungen stellt einen Teilentscheid dar; auf die sich darauf beziehende Beschwerde des Versicherten ist somit einzutreten.
2.5 Bezüglich eines Anspruches auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung fällte die Vorinstanz mit ihrem Entscheid vom 20. Oktober 2009 einen (Teil-)Zwischenentscheid: Sie hob den Einspracheentscheid der SWICA diesbezüglich auf, bejahte für die Versicherung verbindlich die Adäquanz des Kausalzusammenhanges zwischen dem versicherten Ereignis und den geklagten Beschwerden und wies die Sache zur Prüfung der übrigen Anspruchsvoraussetzungen an die Versicherung zurück. Hätte der vorinstanzliche Entscheid Bestand, so wäre die Versicherung unter Umständen gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen, womit sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil erlitte (vgl. Urteil 8C_686/2008 vom 23. Januar 2009 E. 1.4). Auch auf ihre Beschwerde ist demnach einzutreten.
3. 3.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
3.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
4. 4.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (Art. 6 Abs. 1 UVG). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (BGE 129 V 177 E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (BGE 134 V 109 E. 2 S. 111 f.; 127 V 102 E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar sind und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (BGE 134 V 109 E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch BGE 134 V 109 E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (BGE 115 V 133 E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (BGE 134 V 109 E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2.2).
4.2 Bei Anwendung der Rechtsprechung gemäss BGE 115 V 133 ist für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs im Einzelfall erforderlich, dass dem Unfall eine massgebende Bedeutung für die Entstehung der Arbeits- bzw. Erwerbsunfähigkeit zukommt. Dies trifft dann zu, wenn er eine gewisse Schwere aufweist oder mit anderen Worten ernsthaft ins Gewicht fällt. Für die Beurteilung dieser Frage ist an das Unfallereignis anzuknüpfen, wobei - ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf - zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen anderseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten, und es sind weitere objektiv erfassbare Umstände in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen.
4.3 Der Katalog dieser Kriterien lautet wie folgt:
besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls;
die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen, insbesondere ihre erfahrungsgemässe Eignung, psychische Fehlentwicklungen auszulösen;
ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung;
körperliche Dauerschmerzen;
ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert;
schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
Grad und Dauer der physisch bedingten Arbeitsunfähigkeit.
4.4 Dabei ist nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs.
5. Streitig und zu prüfen ist zunächst die grundsätzliche Leistungspflicht der SWICA für die über den 12. Dezember 2006 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden des Versicherten.
6. 6.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass der Versicherte am 3. September 2005 einen Verkehrsunfall mit HWS-Distorsion und Thorax-Kontusion erlitten hat. Die Wirbelsäule des Versicherten weist im Weiteren im Bereich der Wirbelkörper BWK 6 und BWK 7 eine Anomalie auf. Gemäss dem Gutachten des Instituts Y._ vom 11. August 2008 handelt es sich hiebei um einen bereits vor dem Ereignis vom 3. September 2005 bestehenden Keilwirbel; demgegenüber bestreitet Dr. med. N._ in seinem Bericht vom 5. Oktober 2008, dass diese Anomalie bereits auf den Röntgenbilder vom 3. August 2002 erkennbar gewesen ist und äussert einen dringenden Verdacht auf eine Impressionsfraktur des BWK 7. Eine solche stünde indessen im Widerspruch zu den Befunden des Krankenhauses X._, welches eine Fraktur in seinem Bericht vom Unfalltag ausdrücklich ausgeschlossen hat. Wie es sich damit verhält, kann jedoch offenbleiben, da diese Wirbelsäulenanomalien gemäss dem Gutachten des Instituts Y._ sich nicht namhaft auf den Gesundheitszustand des Versicherten auswirken und die über den 12. Dezember 2006 anhaltend geklagten Beschwerden sich nicht mit diesen erklären lassen.
6.2 Lassen sich die geklagten Beschwerden nicht auf einen durch apperative/bildgebende Verfahren nachweisbaren und damit im Sinne der Rechtsprechung organisch hinreichend nachgewiesenen Gesundheitsschaden erklären, so ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis und diesen Beschwerden speziell zu prüfen. Aufgrund des erwähnten Gutachten des Instituts Y._ ist davon auszugehen, dass die geklagten Beschwerden nicht mehr auf den Unfall vom 3. August 2002, sondern nur noch auf das Ereignis vom 3. September 2005 zurückzuführen sind. Dem Gutachten kann weiter entnommen werden, dass von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung bereits seit Ende 2006 keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten war. Wie die Vorinstanz in Würdigung der medizinischen Akten festgestellt hat und letztinstanzlich unbestritten geblieben ist, fehlt beim Versicherten das nach Schleudertraumata oftmals beobachtete und daher als typisch bezeichnete vielschichtige Beschwerdebild. Somit rechtfertigt sich die Anwendung der Kriterien der sog. "Schleudertrauma-Rechtsprechung" (BGE 134 V 109) nicht, die Prüfung hat vielmehr nach jenen Kriterien zu erfolgen, welche von der Rechtsprechung für psychische Unfallfolgen entwickelt wurden (BGE 115 V 133; vgl. Urteil 8C_981/2009 vom 18. Dezember 2009 E. 4.2 mit weiteren Hinweisen).
7. 7.1 Die Schwere des Unfalles ist auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Entgegen den Ausführungen des Versicherten in seiner Beschwerde an das kantonale Gericht kann das Unfallereignis vom 3. September 2005 höchstens als im engeren Sinne mittelschwer qualifiziert werden; insbesondere ist darauf hinzuweisen, dass Frontalkollisionen zu einer geringeren Belastung des Körpers führen als Heckkollisionen (Urteil 8C_1012/2009 vom 5. März 2010 E. 5.1 mit weiteren Hinweisen). Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären.
7.2 Das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalles ist objektiv zu beurteilen und nicht auf Grund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls der versicherten Person (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207, U 287/97 E. 3b/cc; Urteil U 56/07 vom 25. Januar 2008 E. 6.1). Zu beachten ist, dass jedem mindestens mittelschweren Unfall eine gewisse Eindrücklichkeit eigen ist, welche somit noch nicht für eine Bejahung des Kriteriums ausreichen kann (vgl. Urteil 8C_39/2008 vom 20. November 2008 E. 5.2). Gemäss den Vorbringen der Helsana im vorinstanzlichen Verfahren wurde der Versicherte durch das Ereignis aus dem Schlaf gerissen; dies reicht indessen noch nicht, um den Unfall als besonders eindrücklich zu qualifizieren. Das Kriterium ist somit zu verneinen.
7.3 Selbst wenn man, entgegen dem Gutachten des Instituts Y._, aber im Einklang mit den Berichten des Dr. med. N._ vom 16. Dezember 2005 und vom 5. Oktober 2008 davon ausgehen würde, der Versicherte habe beim Ereignis vom 3. September 2005 neben der Thoraxkontusion auch eine Fraktur des BWK 7 mit keilförmiger Deformierung erlitten (vgl. E. 6.1 hievor), so wären die erlitten Verletzungen nicht als von solcher Schwere oder von solch besonderer Art zu werten, dass sich die Bejahung dieses Kriterium rechtfertigen würde.
7.4 Auch die übrigen Kriterien sind zu verneinen: Eine ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung liegt nicht vor; eine ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hätte, wurde von keiner Seite geltend gemacht. Zur Bejahung des Kriteriums des schwierigen Heilungsverlaufes und der erheblichen Komplikationen bedürfte es des Nachweises besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (vgl. Urteil 8C_349/2009 vom 17. August 2009 E. 5.3). Solche sind vorliegend nicht ersichtlich. Gemäss dem Gutachten des Instituts Y._ sind die vom Versicherten geltend gemachten Schmerzen nicht auf eine organisch nachweisbare Gesundheitsschädigung zurückzuführen, so dass sie im Rahmen der Adäquanzprüfung nach BGE 115 V 33 unbeachtet bleiben müssen. Gleiches gilt von der geltend gemachten Arbeitsunfähigkeit.
7.5 Liegt somit keines der massgeblichen Kriterien vor, so ist der Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 3. September 2005 und den über den 12. Dezember 2006 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden zu verneinen; somit war die Leistungseinstellung der SWICA auf dieses Datum hin rechtens. Die Beschwerde des Versicherungsträgers ist demnach gutzuheissen und Dispositivziffer 1 Absatz 1 und Dispositivziffer 3 des vorinstanzlichen Entscheides sind aufzuheben.
8. War die Leistungseinstellung auf den 12. Dezember 2006 hin rechtens, so ist die Beschwerde des Versicherten, soweit mit dieser Taggeldleistungen ab 1. September 2007 verlangt, ohne Weiteres abzuweisen.
9. Bezüglich der unentgeltlichen Rechtspflege in den Einspracheverfahren verlangte die SWICA mit Schreiben vom 30. Oktober 2007 vom Versicherten weitere Unterlagen. Wie sich aus der Rechtsverzögerungsbeschwerde an das kantonale Gericht vom 18. Dezember 2007 ergibt, hat der Versicherte dieses Schreiben tatsächlich erhalten; er unterliess es jedoch, der Versicherung weitere Unterlagen einzureichen. Somit ist nicht zu beanstanden, dass diese die Gesuche des Versicherten nicht guthiess (BGE 120 Ia 179 E. 3a S. 181, vgl. auch Urteil 9C_951/2008 vom 20. März 2009 E. 5.4.2.1); daran ändert auch der Umstand nichts, dass die SWICA die notwendigen Informationen allenfalls durch Amts- oder Rechtshilfe hätte erhältlich machen können. Die Beschwerde des Versicherten ist somit auch in diesem Punkt abzuweisen.
10.
10.1 Da der Beschwerdeführer materiell unterliegt, wird sein Begehren um Zusprechung einer höheren Parteientschädigung für das vorinstanzliche Verfahren gegenstandslos. Die Sache ist jedoch zur Festsetzung der Entschädigung des unentgelichen Anwalts in den kantonalen Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen.
10.2 Dem Ausgang der Verfahren entsprechend sind die Gerichtskosten dem Versicherten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seinen Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde der SWICA wird gutgeheissen und Dispositivziffer 1 Absatz 1 und Dispositivziffer 3 des Entscheides des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 20. Oktober 2009 werden aufgehoben.
2. Die Beschwerde des Versicherten wird abgewiesen.
3. Dem Versicherten wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.- werden dem Versicherten auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
5. Rechtsanwalt Peter Hübner wird als unentgeltlicher Anwalt des Versicherten bestellt, und es wird ihm für die bundesgerichtlichen Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 4'000.- ausgerichtet.
6. Die Sache wird zur Neuverlegung der Entschädigungsfolgen der vorangegangenen Verfahren an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, der Helsana Versicherungen AG, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Mai 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer