Erwägungen:
1. Mit Verfügung vom 12. Februar 2009 ordnete die Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, an, dass die X._ AG, Zug, für fällige und künftige Mehrwertsteuerforderungen Fr. 640'000.-- sicherzustellen habe. Letztere reichte am 4. April 2009 beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde gegen diese Sicherstellungsverfügung ein. Die Instruktionsrichterin des Bundesverwaltungsgerichts erliess am 7. April 2009 eine gleichentags versandte Zwischenverfügung. Sie gab, unter Hinweis auf die Modalitäten eines allfälligen Ausstandsbegehrens, den Spruchkörper bekannt (Ziff. 1 und 2) und forderte, unter Hinweis auf die Säumnisfolgen (Nichteintretensentscheid), zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 6'500.-- bis zum 11. Mai 2009 auf (Ziff. 3 und 4).
Die X._ AG gelangte am 7. Mai 2009 mit den Beschwerdebegehren ans Bundesgericht, die Zwischenverfügung vom 7. April 2009 sei bezüglich des Kostenvorschusses "vollumfänglich abzuweisen, oder zurück zu weisen".
Mit Schreiben vom 8. Mai 2009 wurde die Beschwerdeführerin auf die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG hingewiesen, und es wurde ihr mitgeteilt, dass sie innert der angesichts des Friststillstandes gemäss Art. 46 Abs. 1 lit. a BGG noch laufenden Beschwerdefrist eine allfällige Beschwerdeergänzung nachreichen könne. Dieses Schreiben wurde mit Gerichtsurkunde verschickt, gelangte jedoch am 12. Mai 2009, versehen mit dem Vermerk: "Annahme verweigert", ans Bundesgericht zurück. Gleichentags wurde es mit A-Post nochmals versandt. Innert der mittlerweile abgelaufenen Beschwerdefrist ist keine Beschwerdeergänzung beim Bundesgericht eingetroffen.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben die Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten, wobei in der Begründung in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Dabei muss die Begründung sachbezogen sein; die Partei hat sich mit dem Inhalt bzw. zumindest rudimentär mit den das Resultat des angefochtenen Entscheids rechtfertigenden Erwägungen der Vorinstanz zu befassen.
Vorliegend verlangt die Beschwerdeführerin die Aufhebung der ihr mit der Zwischenverfügung vom 7. April 2009 auferlegten Kostenvorschusspflicht. In ihrer Rechtsschrift vom 7. Mai 2009 befasst sie sich ausschliesslich mit der dem Beschwerdeverfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht zugrundeliegenden materiellrechtlichen Frage (Sicherstellung der Mehrwertsteuer); mit keinem Wort geht sie auf die Frage der Kostenvorschusspflicht im vorinstanzlichen Verfahren ein.
Damit fehlt es offensichtlich an einer hinreichenden Beschwerdebegründung, und es ist gestützt auf Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG im vereinfachten Verfahren (Art. 108 BGG) auf die Beschwerde nicht einzutreten. Mit diesem Urteil wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller