Sachverhalt:
A. Die X._ AG wurde 1989 ins Handelsregister eingetragen. Sie bezweckte den Betrieb eines Büros für Architektur, Ingenieurwesen, Planung und Generalplanung und konnte als Generalunternehmerin tätig sein. Mit Verfügungen vom 29. Oktober 1998, 24. Oktober 2001 und 3. Januar 2002 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Bern die X._ AG für die Steuerperioden 1997, 1998 und 1999 entsprechend den eingereichten Steuererklärungen und Jahresabschlüssen.
B. Am 23. Juli 2002 fanden bei der X._ AG, X._ und bei weiteren Personen Hausdurchsuchungen statt, die vom Untersuchungsrichter I in Biel wegen Verdachts auf Pfändungsbetrug, Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung, ungetreue Geschäftsbesorgung und Steuerbetrug angeordnet worden waren. Die dabei beschlagnahmten Akten wurden der Steuerverwaltung des Kantons Bern übergeben zur Prüfung, ob allenfalls Steuerdelikte begangen worden waren.
Mit Schreiben vom 15. November 2004 leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren u.a. gegen die X._ AG ein. Am 9. Januar 2009 erliess die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Erbschafts-, Schenkungs- und Nachsteuern, eine Nachsteuerverfügung, unter anderem auch für die direkte Bundessteuer der Jahre 1997 bis 1999 für die zuwenig erhobenen Steuern samt Verzugszinsen, und für eine Pauschalgebühr von Fr. 5'000.-- für das Nachsteuerverfahren. Sie hielt darin fest, die Buchhaltung der X._ AG sei nicht ordnungsgemäss geführt und sie gehe davon aus, die Gesellschaft habe im Geschäftsjahr 1999 nicht alle Umsätze aus dem Taxiflugbetrieb verbucht. Die nicht verbuchten Umsätze seien unter Zuhilfename von zusätzlichen Unterlagen schätzungsweise ermittelt worden. Zudem seien X._ geldwerte Leistungen zugekommen und der Gesellschaft private Aufwendungen belastet worden, was nachträglich habe korrigiert werden müssen.
Die von der Steuerpflichtigen erhobene Einsprache wurde vollumfänglich, und damit auch für die direkte Bundessteuer, mit Verfügung der Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Erbschafts-, Schenkungs- und Nachsteuern, vom 24. März 2009 abgewiesen.
Die Steuerpflichtige führte Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese erkannte mit Entscheid vom 14. Dezember 2010 für die hier fraglichen Steuerperioden der direkten Bundessteuer wie folgt:
"1. ...
2. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer pro 1997 wird abgewiesen.
3. ...
4. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer pro 1998 wird abgewiesen.
5. ...
6. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer pro 1999 wird abgewiesen.
7. Der Rekurs und die Beschwerde betreffend die Gebühr von Fr. 5'000.-- für das Nachsteuerverfahren werden abgewiesen.
8. Die Kosten des Verfahrens vor der Steuerrekurskommission, bestimmt auf eine Pauschalgebühr von Fr. 6'000.--, werden der Rekurrentin anteilmässig im Betrag von Fr. 5'610.-- zur Bezahlung auferlegt.
9. Der Rekurrentin wird eine Parteikostenentschädigung von Fr. 430.40 (inkl. MWST) zugesprochen."
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. Februar 2011 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht:
Die Ziffern 2, 4, 6 und 7 sowie - soweit der Beschwerdeführerin darin anteilmässige Verfahrenskosten im Betrag von Fr. 5'610.-- zur Bezahlung auferlegt wurden - die Ziffer 8 des Entscheids der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 14. Dezember 2010 seien aufzuheben und die Einspracheverfügung der Steuerverwaltung des Kantons Bern vom 24. März 2009 sei, soweit die direkte Bundessteuer für 1997, 1998 und 1999 betreffend, ersatzlos aufzuheben."
Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung äusserte sich nach Fristablauf.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist der Entscheid einer kantonalen Steuerrekurskommission in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a BGG; vgl. auch Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]).
1.2 Streitig ist die direkte Bundessteuer der Steuerperioden 1997, 1998 und 1999. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern beurteilt bis zum Steuerjahr 2000 Beschwerden nach Art. 140 ff. DBG als einzige kantonale Instanz (vgl. Art. 9 Abs. 2 der bernischen Verordnung vom 18. Oktober 2000 über den Vollzug der direkten Bundessteuer [BSG 668.11] in der Fassung vom 4. August 2004). Der angefochtene Entscheid ist mithin kantonal letztinstanzlich im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG.
Die sich nach der Rechtsprechung aus der Steuerharmonisierung ergebende Verpflichtung der Kantone, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen (vgl. Art. 145 DBG), wenn, wie im Kanton Bern, für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher kantonaler Instanzenzug besteht (BGE 130 II 65 ff.), kommt vorliegend noch nicht zur Anwendung. Die den Kantonen eingeräumte Frist zur Anpassung ihrer Gesetzgebungen an die harmonisierten Gesetze war in dieser Periode noch nicht abgelaufen (vgl. Art. 72 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Art. 146 DBG bildet die nach Art. 86 Abs. 2 BGG erforderliche spezialgesetzliche Grundlage, um während der Übergangsfrist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausnahmsweise gegen den Entscheid einer unteren richterlichen Behörde zuzulassen (Urteil 2C_686/2008 vom 5. August 2009 E. 1.1; 2C_685/2008 vom 27. Mai 2009 E. 1.1; s.a. Esther Tophinke, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 15 zu Art. 86 BGG mit Hinweis auf die Botschaft vom 28. Februar 2001 in: BBl 2001 S. 4326 f. ad Art. 80 Abs. 2).
Für die kantonalen Steuern führt der Rechtsweg über das kantonale Verwaltungsgericht.
1.3 Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das angefochtene Urteil der Steuerrekurskommission des Kantons Bern ist grundsätzlich einzutreten. Nicht einzutreten ist auf das Rechtsmittel, soweit damit auch die Aufhebung der Einspracheverfügung der kantonalen Steuerverwaltung verlangt wird, da die Beschwerde nur gegen letztinstanzliche kantonale Akte zulässig ist (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG).
1.4 Die Rechtsschriften an das Bundesgericht haben die Begehren und deren Begründung zu enthalten, wobei in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Die Begründung muss sachbezogen sein, d.h. den Gegenstand des angefochtenen Entscheids betreffen. Es ist in gezielter Form auf die für dessen Ergebnis massgeblichen Erwägungen der Vorinstanz einzugehen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 - 2.3). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung, soweit rechtserheblich, kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Hierzu muss der Betroffene wiederum rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt klar und eindeutig mangelhaft erscheint. Auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung oder der Beweiswürdigung tritt das Bundesgericht nicht ein (vgl. BGE 136 II 101 E. 3 S. 104 f.).
2. Die Beschwerdeführerin behauptet die Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör. Sie begründet dies damit, die Vorinstanz habe sich in ihrem Entscheid wiederholt auf Feststellungen ihres Büchersachverständigen abgestützt, ihr indessen vor der Entscheidfällung keine Kenntnis vom fraglichen Bericht gegeben und ihr keine Gelegenheit eingeräumt, zu den Schlussfolgerungen des Sachverständigen Stellung zu nehmen.
Diese Rüge ist unbegründet: die Steuerrekurskommission des Kantons Bern verfügt neben hauptamtlichen Richterinnen und Richtern, Fachrichterinnen und Fachrichtern, Gerichtsschreibern und Gerichtsschreiberinnen auch über einen Büchersachverständigen (vgl. Website der Steuerrekurskommission des Kantons Bern, http://www.justice.be. ch/justice/de/index/justiz/organisation/verwaltungsgericht/ueber_uns/ strk.html). Der Büchersachverständige führt gemäss Art. 17 des Gesetzes über die Steuerrekurskommission vom 23. November 1999 (BSG 661.611) nach Anordnung der Kammervorsitzenden Bücheruntersuchungen durch und bearbeitet die ihm übertragenen buchtechnischen Fragen. Daraus ergibt sich ohne Weiteres, dass ein Bericht des Büchersachverständigen, in gleicher Weise wie ein Urteilsentwurf eines referierenden Richters oder eines Gerichtsschreibers, als blosse interne Meinungsäusserung und Grundlage für einen Entscheid zu qualifizieren ist. Eine solche interne Äusserung bewirkt per se keinen Anspruch der Partei auf Stellungnahme (vgl. THOMAS MERKLI/ARTHUR AESCHLIMANN/RUTH HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, N 1, zu Art. 24). Die Beschwerdeführerin zeigt im Übrigen - abgesehen vom eben behandelten Vorbringen - nicht auf, inwiefern im Zusammenhang mit den mit Hilfe des Büchersachverständigen durch die Vorinstanz getroffenen Feststellungen ihr rechtliches Gehör verletzt worden sein soll.
3. 3.1 Nach Art. 151 DBG ist ein Nachsteuerverfahren u.a. dann durchzuführen, wenn sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, ergibt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist; die zu Unrecht nicht erhobene Steuer wird samt Zins als Nachsteuer eingefordert (Abs. 1).
Die Vorinstanz stellte fest, die Veranlagung der Beschwerdeführerin in den vorliegend massgebenden Jahren sei basierend auf den von dieser eingereichten Jahresabschlüssen erfolgt. Im Weiteren hielt sie fest, erst nach Durchsicht und Analyse der am 23. Juli 2002 untersuchungsrichterlich beschlagnahmten Akten sei festgestellt worden, dass die gesamte Buchhaltung der Beschwerdeführerin in den massgeblichen Geschäftsjahren den Anforderungen an eine ordnungsgemäss geführte kaufmännische Buchhaltung in keiner Weise zu genügen vermochte, und zwar weder in formeller noch in materieller Hinsicht. Die Überprüfbarkeit und Nachvollziehbarkeit der Buchungen sei nur ganz punktuell möglich, die Hauptbuchjournale mit chronologischen Aufzeichnungen der einzelnen Buchungstatbestände sowie Urbelege fehlten ganz. Wesentliche Geschäftsvorgänge seien handelsrechtswidrig nicht erfasst worden.
Die Beschwerdeführerin legt nicht in einer den Anforderungen des Gesetzes genügenden Weise (vorstehende E. 1.4) dar, dass diese Feststellungen unzutreffend wären. Der Schluss der Vorinstanz, dass die genannten Umstände für die Steuerverwaltung im Veranlagungszeitpunkt nicht erkennbar waren, so dass das Vorliegen von neuen Tatsachen bejaht werden könne, ist nicht zu beanstanden. Sie ist daher zu Recht davon ausgegangen, dass ein Nachsteuerverfahren durchzuführen war.
3.2 Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor. Sie kann dabei Erfahrungszahlen, Vermögensentwicklung und Lebensaufwand des Steuerpflichtigen berücksichtigen (Art. 130 Abs. 2 DBG). Gemäss Art. 153 Abs. 3 DBG sind im Nachsteuerverfahren die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und das Beschwerdeverfahren sinngemäss anwendbar. Da vorliegend feststeht, dass die Buchhaltung der Beschwerdeführerin, auf welcher die Steuerdeklarationen und die Veranlagungen basierten, formell und materiell ungenügend war, sind die Voraussetzungen für eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen gemäss Art. 130 Abs. 2 DBG erfüllt.
4. 4.1 Eine Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten (Art. 132 Abs. 3 DBG). Dies gilt in analoger Weise für eine ermessensweise vorgenommene Nachsteuerveranlagung (vgl. Art. 153 Abs. 3 DBG). Der Unrichtigkeitsnachweis kann auf zwei Arten erbracht werden: Einerseits kann durch das Beibringen von Beweismitteln die bisher vorhandene Ungewissheit bezüglich des Sachverhalts beseitigt und auf diese Weise die zuverlässige Ermittlung der Steuerfaktoren ermöglicht werden. Diesfalls ist die angefochtene ermessensweise Nachsteuerveranlagung durch eine ordentliche Nachsteuerveranlagung zu ersetzen und die Untersuchungspflicht lebt wieder auf (vgl. Urteile 2C_311/2010 vom 22. Dezember 2010 E. 3.2; 2C_485/2009 vom 8. April 2010 E. 3.1; 2C_579/2008 vom 29. April 2009 E. 2.1 in: StR 64/2009 S. 660 f.; 2A.39/2004 vom 29. März 2005 E. 5.1 in: ASA 75, 329 S. 333 f.). Andererseits ist aber auch möglich, anhand der beigebrachten Beweismittel darzutun, dass die angefochtene Veranlagung offensichtlich übersetzt ist (vgl. BEUSCH/BÄRTSCHI, Rechtsschutz bei den harmonisierten Staats- und Gemeindesteuern und der direkten Bundessteuer - dargestellt am Beispiel des Kantons Zürich, in: Beusch [Hrsg.], Steuerrecht 2007 - Best of zsis, S. 51 ff.; ROMAN BLÖCHLIGER, Die Einsprache gegen die Ermessenseinschätzung, StR 63 [2008], S. 86 ff., insb. S. 91 f.; ZWEIFEL/CASANOVA, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Steuern, S. 261 ff.; PHILIPP BETSCHART, 7 Eintretensvoraussetzungen bei Einsprachen gegen Veranlagungen nach pflichtgemässem Ermessen, zsis 2009, Best Case N. 7 S. 3 f.). Offensichtlich unrichtig ist eine Schätzung, die einen wesentlichen Gesichtspunkt übergangen oder falsch gewürdigt hat. Das Bundesgericht ist an die Ermessenseinschätzung gebunden, wenn sie auf einer richtigen und vollständigen Sachverhaltsermittlung und auf einer sachgerechten Abwägung der Gesamtheit der für die Veranlagung massgebenden Verhältnisse beruht, wobei den zuständigen Behörden ein gewisser Spielraum für die zahlenmässige Auswertung der Untersuchungsergebnisse zusteht; solange sich ihre Schätzung im Rahmen des so gegebenen Spielraums hält, kann das Bundesgericht nicht eingreifen (Urteil 2C_279/2011 vom 17. Oktober 2011 E. 3.1 mit Hinweisen, in: StR 67/2012 S. 59).
4.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die ermessensweise vorgenommene Nachsteuerveranlagung sei offensichtlich unrichtig, soweit angeblich nicht deklarierte Einnahmen aus Flugtaxidiensten - betreffend das Jahr 1999 - aufgerechnet worden seien.
4.2.1 Bei der Beurteilung dieser Vorbringen ist die besondere Natur der Ermessenseinschätzung zu beachten. Da die Steuerbehörde mangels genügender Unterlagen nicht alle Steuerfaktoren genau ermitteln kann, muss sie diese schätzen. Dabei hat sie notwendigerweise auf Annahmen und Vermutungen abzustellen. Weil eine Ermessenseinschätzung somit naturgemäss eine gewisse Unschärfe aufweist, ist die Möglichkeit, sie anzufechten, entsprechend eingeschränkt. Der Steuerpflichtige hat grundsätzlich nachzuweisen, dass die Ermessensveranlagung den tatsächlichen Verhältnissen nicht entspricht. Mittels umfassendem Unrichtigkeitsnachweis hat er die bisher vorhandene Ungewissheit bezüglich des Sachverhalts zu beseitigen; blosse Teilnachweise genügen nicht. In der Begründung der Einsprache ist daher der Sachverhalt in substanziierter Weise darzulegen, und es sind die Beweismittel für diese Sachverhaltsdarstellung zu nennen. Es reicht nicht aus, die Einschätzung bloss in pauschaler Weise zu bestreiten oder lediglich einzelne Positionen der Einschätzung als zu hoch zu bezeichnen. Vielmehr wird der Steuerpflichtige, der seine Mitwirkungspflichten im Veranlagungsverfahren nicht erfüllt und dadurch eine Ermessensveranlagung bewirkt hat, in der Regel die versäumten Mitwirkungshandlungen nachholen - also beispielsweise eine bisher nicht vorgelegte Steuererklärung nachträglich einreichen - müssen, um die Einsprache genügend begründen zu können (Urteile des Bundesgerichts 2C_279/2011 vom 17. Oktober 2011, E. 3.2, in: StR 67/2012 S. 59; 2A.72/2004 vom 4. Juli 2005 E. 5, in: StR 60/2005 973; 2C_620/2007 vom 2. Juli 2008 E. 2.1, in: StE 2009 B 95.1 13).
4.2.2 Die Vorinstanz hat mit Verweis auf die Feststellungen der Steuerbehörden ausführlich dargelegt, aus welchen Gründen die Behauptung der Beschwerdeführerin, wonach der Flugbetrieb - mit Ausnahme der aus Flugtaxibetrieb verbuchten Einnahmen - im Zusammenhang mit ihrer Geschäftstätigkeit stehe, nicht glaubhaft ist. Die Beschwerdeführerin vermag nicht rechtsgenügend aufzuzeigen (vgl. vorn E.1.4), inwiefern die Überlegungen der Vorinstanz konkret unzutreffend wären, sondern beruft sich wie bereits vor der Vorinstanz auf die Arbeitsweise ihres Geschäftsführers, welche zu vielen Flügen Anlass gegeben haben soll. Dies hat die Vorinstanz jedoch eingehend geprüft und begründet verworfen; es kann auf die verbindlichen Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Art. 105 Abs. 1 BGG).
4.2.3 In diesem Zusammenhang ist auch auf die Rüge der Beschwerdeführerin einzugehen, wonach die Vorinstanz angebotene Beweismittel nicht abgenommen, das heisst keinen Augenschein in ihrem Archiv vorgenommen habe; dort befänden sich Tausende von Plänen, welche ausländische Unterakkordanten für die Einzelfirma X._ bzw. die Beschwerdeführerin ausgefertigt hätten.
Der Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) gebietet insbesondere, rechtzeitig und formrichtig angebotene Beweismittel abzunehmen, es sei denn, diese beträfen eine nicht erhebliche Tatsache oder seien offensichtlich untauglich, über die streitige Tatsache Beweis zu erbringen. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass für das Jahr 1999 lediglich eine Rechnung für einen Unterakkordanten im Ausland verbucht worden sei. In den Unterlagen fänden sich keine Hinweise oder Belege, die bestätigen würden, dass die Rekurrentin im Jahr 1999 im Ausland Materiallieferanten besucht habe und/oder Materialeinkäufe für Projekte getätigt habe. Insbesondere würden sich keine Verträge finden, in denen sie sich zu solchen Leistungen verpflichtet hätte. Es lägen auch keine Verträge vor, wonach sie für im Jahr 1999 erbrachte Leistungen ein Generalplanerhonorar erhalten habe, das gleichzeitig Flugspesen mit abgegolten hätte. Es sei nicht nachgewiesen, dass Flüge für die Generalplanertätigkeit durchgeführt wurden oder ihr sogar Aufwendungen für Flüge über die Honorare mit abgegolten worden seien. Auch fehlten Unterlagen (Ausschreibungen, Aktennotizen, Memos, Sitzungsprotokolle etc.), die auf eine Akquisitionstätigkeit im Ausland hätten schliessen lassen.
Diese Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz werden von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Es ist daher nicht ersichtlich, inwiefern ein Augenschein im Archiv zu einem anderen Ergebnis hätte führen können. Es ist folglich auch nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz den angebotenen Augenschein als nicht beweistauglich für die effektive Auslandtätigkeit (und insbesondere die Auslandflüge der Beschwerdeführerin) erachtete und auf dessen Durchführung verzichtete.
4.2.4 Die Vorinstanz hat im weiteren die kalkulatorische Ermittlung der Flugeinnahmen durch die Steuerbehörde geprüft und bestätigt. Auch diesbezüglich bringt die Beschwerdeführerin nichts vor, was die Überlegungen der Vorinstanzen in substanziierter Weise als unrichtig erscheinen liesse (vorn E. 1.4). Die Beschwerdeführerin macht geltend, es sei unhaltbar, dass die Vorinstanz auch Flüge mit dem Flugzeug HB-_ ihr zugerechnet habe. Dabei übersieht sie, dass die Vorinstanz feststellte, selbst wenn die genannten Flüge der Beschwerdeführerin nicht zuzurechnen wären, sei diesem Umstand mit dem vorgenommenen Einschlag von 30% immer noch genügend Rechnung getragen worden. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, inwiefern dies unzutreffend wäre.
Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die vorgenommene Aufrechnung lasse die konkreten Flugdaten 1999 gänzlich ausser Acht, sie basiere lediglich auf kalkulatorischen Werten ohne jeglichen qualitativen oder quantitativen Bezug zu den effektiven Flugbewegungen, kann ihr ebenfalls nicht gefolgt werden, stützt sich doch die Vorinstanz auch auf die von ihrem Büchersachverständigen konkret ermittelten Flugbewegungen ab. Unberechtigt ist auch der Einwand, die bei der Schätzung der (nicht verbuchten) Erträge verwendeten Ansätze seien absurd. Es handelt sich bei diesem um eine ungenügende, bloss pauschale Bestreitung: Die Beschwerdeführerin legt nicht in nachzuvollziehender Weise und belegt dar, inwiefern die von den Vorinstanzen verwendeten Ansätze falsch wären.
4.2.5 Zusammenfassend ist festzustellen, dass die im Nachsteuerverfahren ermessensweise vorgenommene Aufrechnung nicht deklarierter Einnahmen aus Flugtaxidiensten - betreffend das Jahr 1999 - nicht zu beanstanden ist.
4.3 Die Beschwerdeführerin bestreitet weitere vorgenommene Aufrechnungen von geldwerten Leistungen in den Jahren 1997 bis 1999 und von übrigem Aufwand (Aktivierung) im Jahre 1999 einzig mit der Begründung, sie habe ihre Jahresabschlüsse ihren jeweiligen Steuererklärungen für die Jahre 1997 bis 1999 beigelegt und die Steuerbehörden hätten die Bewertungen anerkannt. Diese Begründung ist nicht stichhaltig angesichts des Umstandes, dass die Buchhaltung der Beschwerdeführerin in den massgeblichen Geschäftsjahren den Anforderungen an eine ordnungsgemäss geführte kaufmännische Buchhaltung weder in formeller noch in materieller Hinsicht zu genügen vermochte (vgl. E. 3.1). Die Vorinstanz hat denn auch die von der Steuerverwaltung vorgenommenen Aufrechnungen vor allem mit dem Hinweis darauf geschützt, dass die zugrunde liegenden Transaktionen erst aufgrund der Bücheruntersuchung erkannt werden konnten. Auch diese Aufrechnungen sind nicht zu beanstanden.
4.4 Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung der Kostenauferlegung im Nachsteuerverfahren sowie im Verfahren vor der Steuerrekurskommission. Sie begründet das ausschliesslich damit, dass die Voraussetzungen für die Erhebung einer Nachsteuer nicht gegeben seien. Da dies nicht zutrifft, ist dem Antrag nicht stattzugeben.
5. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, der Steuerrekurskommission des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann