Sachverhalt:
A. Das Bundesamt für Bauten und Logistik (BBL, Vergabestelle) schrieb am 8. April 2005 ein umfangreiches Informatikprojekt der Eidgenössischen Steuerverwaltung ("Beschaffung IT Gesamtsystem der ESTV-INSIEME") im offenen Verfahren öffentlich aus und erteilte am 20. März 2006 der X._ AG den Zuschlag. Nachdem längere Vertragsverhandlungen zu keinem Abschluss mit dieser Bewerberin geführt hatten, widerrief das BBL mit Verfügung vom 28. August 2007 den Zuschlag und publizierte einen Tag später, am 29. August 2007, den Abbruch des Vergabeverfahrens.
B. Gegen beide Anordnungen erhob die X._ AG am 14. September 2007 beim Bundesverwaltungsgericht je Beschwerde. Im Verfahren betreffend den Widerruf des Zuschlages stellte sie das Begehren, die Verfügung vom 28. August 2007 aufzuheben und die Rechtswidrigkeit dieser Verfügung, eventuell der Handlungen der Vergabestelle, festzustellen; zudem sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen und die Vergabestelle anzuweisen, alle Vollzugsvorkehrungen mit einem Dritten, namentlich den Vertragsschluss mit einem Dritten sowie die Einleitung eines neuen Vergabeverfahrens und/oder die Zuschlagserteilung an einen Dritten, bezüglich des streitigen Beschaffungsgegenstandes zu unterlassen. Analoge Begehren stellte die Beschwerdeführerin auch in Bezug auf den Abbruchentscheid.
C. Mit Zwischenverfügung vom 30. Januar 2008 vereinigte das Bundesverwaltungsgericht (Abteilung II in 3er-Besetzung) die beiden Verfahren (Ziff. 1) und wies die (superprovisorisch zunächst bewilligten) Gesuche der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab (Ziff. 2). Ferner erliess es eine Anweisung an die Vergabestelle bezüglich der Führung der Akten, welche nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet (Ziff. 3). Die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen verwies es in das Hauptverfahren (Ziff. 4).
D. Die X._ AG führt hiegegen mit Eingabe vom 3. März 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Begehren, Ziff. 2 der Zwischenverfügung vom 30. Januar 2008 aufzuheben und den vor dem Bundesverwaltungsgericht hängigen Beschwerden die aufschiebende Wirkung zu erteilen, eventuell die Sache mit einer dahingehenden Anweisung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Für das Verfahren vor Bundesgericht wird ebenfalls die Gewährung aufschiebender Wirkung beantragt.
E. Das Bundesverwaltungsgericht beantragt unter Hinweis auf die Erwägungen seiner Verfügung Abweisung der Beschwerde. Das (anwaltlich vertretene) Bundesamt für Bauten und Logistik stellt den Antrag, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein sich auf öffentliches Bundesrecht stützender Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts, der nur dann an das Bundesgericht weitergezogen werden kann, wenn die Voraussetzungen für das ordentliche Rechtsmittel der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 82 ff. BGG erfüllt sind; die subsidiäre Verfassungsbeschwerde steht gegen Entscheide von Bundesbehörden nicht zur Verfügung (Art. 113 BGG).
1.2 Die zu beurteilende Streitigkeit betrifft das Gebiet der öffentlichen Beschaffungen. Das Rechtsmittel der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher nur dann zulässig, wenn nicht der Ausschlussgrund gemäss Art. 83 lit. f BGG zum Zuge kommt, d.h. wenn sowohl die Voraussetzung gemäss Ziff. 1 als auch jene gemäss Ziff. 2 dieser Bestimmung erfüllt ist. Der Auftragswert muss den in Ziff. 1 erwähnten Schwellenwert erreichen und es muss sich zugleich, gemäss Ziff. 2, eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellen (BGE 133 II 396 E. 2.1 S. 398, mit Hinweisen).
1.3 Der angefochtene Entscheid schliesst das vorinstanzliche Verfahren nicht ab, sondern verweigert den vor dem Bundesverwaltungsgericht erhobenen Beschwerden die aufschiebende Wirkung. Es handelt sich damit um einen Zwischenentscheid. Nach dem Grundsatz der Einheit des Prozesses gilt der in Art. 83 BGG für bestimmte Sachgebiete statuierte Ausschluss der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht nur für Endentscheide, sondern auch für die im betreffenden Verfahren ergehenden Zwischenentscheide (BGE 133 III 645 E. 2.2 S. 647 f.; vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4202 ff., S. 4408). Das Erfordernis der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung bezieht sich nach Sinn und Zweck der Bestimmung von Art. 83 lit. f Ziff. 2 BGG auf den Inhalt der vom Bundesgericht zu beurteilenden Streitsache, d.h. es muss sich um eine Rechtsfrage aus dem Gebiet des öffentlichen Beschaffungsrechts handeln. Ob sich im bundesgerichtlichen Verfahren eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, ergibt sich an sich erst nach Vorliegen eines beschaffungsrechtlichen Sachentscheides sowie einer dagegen erhobenen Beschwerde. Der hier zu beurteilende Zwischenentscheid orientiert sich für die Frage der aufschiebenden Wirkung im Sinne einer prima-facie-Würdigung an der materiellen Rechtslage, weshalb die Zulassungsschranke von Art. 83 lit. f Ziff. 2 BGG insoweit direkt greifen kann. Im Übrigen ist bei der Anfechtung von Zwischenentscheiden, welche nicht bereits selber eine (beschaffungsrechtliche) Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung aufwerfen, für die Handhabung dieser Zulassungsschranke sinnvollerweise auf die Tragweite der im bevorstehenden Endentscheid der Vorinstanz zu beurteilenden Rechtsfragen abzustellen, mit denen sich das Bundesgericht im Falle eines Weiterzuges voraussichtlich ebenfalls zu befassen haben wird.
Die Zulassungsvoraussetzung gemäss Art. 83 lit. f Ziff. 1 BGG ist vorliegend offensichtlich erfüllt. Gemäss Feststellung in der angefochtenen Verfügung (E. 3, S. 18) liegt der zu schätzende Auftragswert zwischen 25,8 und 99,4 Mio. Franken und damit klarerweise über dem massgebenden Schwellenwert von Fr. 248'950.-- (Art. 1 lit. a der Verordnung des EVD vom 26. November 2007 über die Anpassung der Schwellenwerte im öffentlichen Beschaffungswesen für das Jahr 2008 [AS 2007 S. 6627; SR 172.056.12] in Verbindung mit Art. 6 des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen [BoeB; SR 172.056.1]). Wie es sich mit dem Erfordernis des Vorliegens einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung verhält, wird nachfolgend zu prüfen sein (E. 2.2 und 2.3).
1.4 Zum Zuge kommen zusätzlich die Schranken für die Anfechtung von Zwischenentscheiden. Der vorliegende Entscheid ist nur dann sofort gesondert anfechtbar, wenn der Beschwerdeführerin ein nicht wieder gutzumachender (rechtlicher) Nachteil droht (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG).
Der zugunsten der Beschwerdeführerin ergangene Zuschlag begründet zwar für die Vergabestelle keine Kontrahierungspflicht; diese wird dadurch lediglich zum Abschluss eines Vertrages mit dem betreffenden Bewerber ermächtigt (vgl. mit Bezug auf kantonales Vergaberecht: BGE 129 I 410 E. 3.4 S. 416 f.). Solange der Zuschlag besteht, darf die Vergabestelle aber mit keinem andern Partner für das gleiche Vorhaben einen Vertrag abschliessen oder für das gleiche Vorhaben ein neues Vergebungsverfahren einleiten. Durch die Verweigerung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerden gegen den Widerruf des Zuschlages und den Abbruch des Vergabeverfahrens wird die Vergabestelle schon vor einem entsprechenden rechtskräftigen Endentscheid in die Lage versetzt, eine Neuausschreibung des Vorhabens einzuleiten und gegebenenfalls den Auftrag einem Dritten zu erteilen. Auch wenn die Aussichten der Beschwerdeführerin auf Abschluss eines Vertrages mit der Vergabestelle wegen der fehlenden Kontrahierungspflicht heute gering sein mögen, droht ihr doch insoweit ein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil, als durch den angefochtenen Zwischenentscheid der Weg zu einer anderweitigen Durchführung des Beschaffungsvorhabens geöffnet wird und ihr, anstelle einer realen Auftragserfüllung, voraussichtlich nur noch die Geltendmachung von Schadenersatzansprüchen offensteht. Die Voraussetzung gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG für die gesonderte Anfechtbarkeit des Zwischenentscheides ist damit erfüllt.
1.5 Gemäss Art. 98 BGG kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden. Zwischenentscheide über die aufschiebende Wirkung fallen unter diese Regelung (vgl. Urteil 1C_155/2007 vom 13. September 2007, E. 1.2 mit Hinweisen). Für entsprechende Einwendungen gilt eine qualifizierte Rüge- und Begründungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 III 393 E. 6 S. 397).
2. 2.1 Gemäss Art. 28 Abs. 1 BoeB kommt der Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht gegen sich auf dieses Gesetz stützende Entscheide, in Abweichung von der Regelung von Art. 55 VwVG (vgl. Art. 26 Abs. 1 BoeB), keine aufschiebende Wirkung zu; das Gericht kann die aufschiebende Wirkung auf Gesuch hin erteilen (Art. 28 Abs. 2 BoeB).
Das Bundesverwaltungsgericht verweigerte den Beschwerden die aufschiebende Wirkung gestützt auf eine (einlässliche) prima-facie-Prüfung ihrer Begründetheit (E. 9-11, S. 32-43 des angefochtenen Entscheides). Es bejahte, unter Hinweis auf die Doktrin, die Befugnis der Vergabestelle, aus sachlichen Gründen, so etwa wegen einer wesentlichen Projektänderung, ein Vergabeverfahren abzubrechen und gegebenenfalls auch einen bereits erteilten Zuschlag zu widerrufen; aus dem Zuschlag ergebe sich keine Kontrahierungspflicht. Ob seitens der Vergabestelle ein Verschulden vorliege, könne für die Schadenersatzfrage von Bedeutung sein, nicht aber für die Zulässigkeit von Widerruf und Abbruch (E. 9). Vorliegend hätten die nach dem Zuschlag während längerer Zeit geführten Vertragsverhandlungen zu keinem positiven Ergebnis geführt, u.a. offenbar auch deshalb, weil gewisse Punkte in der Ausschreibung nicht oder ungenügend gewürdigt worden seien (E. 10.1.3). Ein fehlender Wille der Vergabestelle zu seriösen Vertragsverhandlungen sei nicht nachgewiesen (E. 10.1.5). Allfällige Ansprüche aus culpa in contrahendo bildeten nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens (E. 10.1.6). Ein weiterer zulässiger Grund für den Widerruf des Zuschlages und den Abbruch des Verfahrens könne, wenn nicht in der behaupteten (bestrittenen) Weigerung der Beschwerdeführerin, die Gültigkeit ihrer Offerte zu verlängern (E. 10.2), so jedenfalls im Rückzug einer für das Angebot der Beschwerdeführerin zentralen Subunternehmerin erblickt werden (E. 10.3). Sodann erscheine nach den Vorbringen der Vergabestelle glaubhaft, dass das ursprünglich ausgeschriebene Projekt überholt sei und aufgrund der raschen Änderungen der technischen und betrieblichen Anforderungen im Informatikbereich sowie infolge der diesbezüglichen organisatorischen Neuausrichtung des Bundes wesentliche Anpassungen des Leistungsgegenstandes sich aufdrängten (E. 10.4). Anhaltspunkte für ein rechtsmissbräuchliches Verhalten der Vergabestelle oder für die beabsichtigte Diskriminierung von Teilnehmern des ursprünglichen Vergabeverfahrens seien nicht ersichtlich. Damit ergebe sich für den Entscheid in der Sache eine negative Prognose, weshalb die anbegehrte aufschiebende Wirkung zu verweigern sei (E. 10.5). Auch bei einer Interessenabwägung würde das Bedürfnis nach sofortiger Vollziehbarkeit der angefochtenen Verfügungen bzw. an einer raschen, den geänderten Umständen angepassten Neuausschreibung das gegenläufige private Interesse der Beschwerdeführerin überwiegen, zumal die Vergabestelle die Kosten einer Verzögerung des neuen Vergabeverfahrens auf 150 bis 200 Mio. Franken pro Jahr beziffere (E. 10.6).
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Willkürverbotes sowie des rechtlichen Gehörs. Das Vorliegen einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung erblickt sie darin, dass es schon beim Entscheid über die aufschiebende Wirkung darum gehe, ob der Abbruch eines Vergabeverfahrens und der Widerruf eines Zuschlages, unter Ausklammerung des Verschuldens und der Treuwidrigkeit der Vergabestelle, aus jedem "letztlich geringfügigen sachlichen Grund" oder aber nur aus einem wichtigen Grund zulässig sei. Durch die dem angefochtenen Zwischenentscheid zugrunde liegende Rechtsauffassung, welche von der bisherigen Praxis der Rekurskommission abweiche, würden die Abbruchs- und Widerrufsvoraussetzungen massiv erleichtert (vgl. S. 8-13 der Beschwerdeschrift).
2.3 Ob und wieweit die Vorinstanz bei ihrer vorläufigen materiellrechtlichen Prüfung des Streitfalles von der Rechtsprechung der Eidgenössischen Rekurskommission für das öffentliche Beschaffungswesen bewusst abweichen wollte, ist unklar. Auch in drei Entscheiden der Rekurskommission, welche jeweils den Abbruch von Vergabeverfahren vor erfolgtem Zuschlag betrafen, wurde ein solches Vorgehen, sofern es nicht "grundlos" erfolgt und im öffentlichen Interesse liegt, als zulässig erachtet; weitergehende "wichtige Gründe" wurden nicht gefordert (VPB 67/2003 Nr. 67; 66/2002 Nr. 39; 65/2001 Nr. 77). Gewisse Schranken leitete die Rekurskommission allerdings aus dem Gebot von Treu und Glauben ab, indem es ein hinreichendes, den Interessen der Submittenten vorangehendes öffentliches Interesse verlangte und in einem Fall, wo das den Abbruch des Vergabeverfahrens rechtfertigende öffentliche Interesse bereits bei Einleitung des Vergabeverfahrens voraussehbar war, im Hinblick auf Schadenersatzforderungen nach Art. 34 BoeB die Rechtswidrigkeit des Verfahrensabbruches feststellte (VPB 66/2002 Nr. 39). Auf die haftungsrechtliche Problematik ist an dieser Stelle nicht weiter einzugehen; sie wird vom Bundesverwaltungsgericht allenfalls im noch zu fällenden Endentscheid zu prüfen sein. Für die Zulässigkeit des Widerrufes des Zuschlages und des Abbruches des Vergebungsverfahrens an sich, auf die es vorliegend für die Beurteilung der Aussichten auf Beseitigung dieser Anordnungen im Zusammenhang mit den Begehren um aufschiebende Wirkung allein ankommt, spielen die schadenersatzrechtlichen Folgen keine Rolle. Die Vergabestelle kann ein bundesrechtliches Vergabeverfahren definitiv oder zwecks Neuauflage eines geänderten Projektes abbrechen und einen allfällig bereits erfolgten Zuschlag widerrufen, wenn sachliche Gründe dieses Vorgehen rechtfertigen und damit nicht die gezielte Diskriminierung von Bewerbern beabsichtigt ist. Eine weitergehende Bedeutung kommt dem Vorbehalt in Art. XIII Abs. 4 lit. b des internationalen Übereinkommens vom 15. April 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen (GPA; SR 0.632.231.422), wonach die Vergabebehörde im "öffentlichen Interesse" auf die Vergebung des Auftrags verzichten darf, nicht zu. Es ist vorab Sache der Vergabestelle, darüber zu befinden, ob sachliche Gründe bestehen, das Vergabeverfahren im öffentlichen Interesse abzubrechen. Ob die den Abbruch rechtfertigenden sachlichen Gründe voraussehbar waren und ob die Vergabestelle hiefür eine Verantwortlichkeit trifft, kann für die Schadenersatzpflicht, nicht aber für die Zulässigkeit des Abbruches eine Rolle spielen (so MARTIN BEYELER, Überlegungen zum Abbruch von Vergabeverfahren, in AJP 2005, S. 784 ff., insbes. S. 790 f.; ders., Öffentliche Beschaffung, Vergaberecht und Schadenersatz, Diss. Freiburg 2004, S. 220 f., 285, 429; MARCO FETZ, Öffentliches Beschaffungsrecht des Bundes, in: Thomas Cottier/Matthias Oesch [Hrsg.], Allgemeines Aussenwirtschafts- und Binnenmarktrecht, 2. Aufl., Basel 2007, S. 549 ff., Rz. 148 ff.; abweichend PETER GALLI/ANDRÉ MOSER/ELISABETH LANG/EVELYNE CLERC, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 2. Aufl., 1. Bd., Zürich 2007, S. 207 ff., Rz. 489-492, welche zwar ihrerseits davon auszugehen scheinen, ein endgültiger Verfahrensabbruch könne nach dem Submissionsrecht des Bundes nicht verhindert und bei voraussehbaren Gründen lediglich durch Schadenersatzfolgen sanktioniert werden, aber bei einem [widerrechtlichen] Abbruch zwecks Neuauflage des Verfahrens die Möglichkeit einer zwangsweisen Fortführung desselben postulieren). Ohne dass hier auf die möglichen verschiedenen Konstellationen bereits näher eingegangen werden müsste, gibt der vorliegende Zwischenentscheid, in dem sich das Bundesverwaltungsgericht für die Frage der aufschiebenden Wirkung an der materiellen Rechtslage orientierte, doch Anlass, die für den Bereich des Bundes geltenden Voraussetzungen für den Abbruch eines Vergabeverfahrens und den Widerruf eines Zuschlages - als Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung - im obenerwähnten Sinne klarzustellen. Wieweit der erwähnte Grundsatz auch für die Rechtslage in den Kantonen (vgl. dazu GALLI/MOSER/LANG/CLERC, a.a.O., S. 214 ff., Rz. 501 ff.) Geltung beanspruchen kann, ist hier nicht zu untersuchen.
2.4 Die Vorinstanz hat sich für die Beurteilung der Erfolgsaussichten der Beschwerde an bundesrechtskonforme Kriterien gehalten. Sie durfte zulässigerweise davon ausgehen, dass sich die Vergabestelle für den Widerruf des Zuschlages und den Abbruch des Vergabeverfahrens auf hinreichende sachliche Gründe stützen konnte und mit einem diese Anordnungen aufhebenden Endentscheid (klarerweise) nicht zu rechnen war. Sowohl diese Rechtslage wie auch eine Abwägung der Interessen rechtfertigten es alsdann, die Erteilung der aufschiebenden Wirkung zu verweigern. Von einer Verletzung des Willkürverbotes kann nicht die Rede sein; die diesbezüglichen Vorbringen sind weitgehend appellatorisch, weshalb auf sie nicht weiter einzugehen ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Vorinstanz beging entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin auch keine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV), wenn sie die Parteien zu den aufgeworfenen, voraussehbaren Rechtsfragen nicht nochmals speziell anhörte.
3. Die Beschwerde ist damit als unbegründet abzuweisen. Eine förmliche Behandlung des für das bundesgerichtliche Verfahren gestellten Gesuches um aufschiebende Wirkung erübrigt sich damit; es wird mit dem heutigen Sachentscheid hinfällig.
Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG); für eine ganze oder teilweise Befreiung von Gerichtskosten besteht entgegen ihrer Auffassung (S. 35 f. der Beschwerde) kein Anlass. Das Bundesamt für Bauten und Logistik hat, wiewohl anwaltlich vertreten, keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Moser