Faits:
A. Par contrat de travail du 15 mars 2001, Y._ SA a engagé X._ en qualité de consultant à compter du 1er avril 2001.
Le même jour, les parties ont signé un premier avenant au contrat, intitulé « fixation de la rémunération et des objectifs pour 2001 », fixant le salaire visé (« target salary ») pour 2001 à 185'000 fr., composé d'une part fixe de 148'000 fr. et d'une part variable de 37'000 fr., qui dépendait de la réalisation d'objectifs. L'évaluation des objectifs et le calcul de la part variable étaient définis par des dispositions spécifiques du contrat. Celles-ci prévoyaient d'une part un quotient « d'efficacité » appelé « ... », qui représentait le rapport entre les heures de travail consacrées par l'employé à un projet et pouvant être facturées à un tiers et le temps de travail net, soit les heures de travail totales moins les heures de vacation payées, et d'autre part des objectifs qualitatifs (« qualitative targets »). 70 % du salaire variable, soit 25'900 fr., étaient attribués au quotient « ... » et 30 %, soit 11'100 fr., aux objectifs qualitatifs.
Les objectifs qualitatifs (non supérieurs à 5) devaient être discutés et convenus entre le collaborateur et son supérieur et pondérés sur un total de cent points. Ce n'était qu'à partir de septante-et-un points qu'un employé avait droit, pro rata, au paiement d'une somme à ce titre, selon un tableau graphique reproduit dans l'avenant. Le quotient « ... » et le détail des objectifs ne figuraient pas dans l'avenant. Il avait été convenu que les buts et objectifs à atteindre par X._ seraient discutés pendant le temps d'essai. Conformément aux dispositions contractuelles, la partie variable du salaire annuel devait être calculée en mars ou avril de l'année suivante selon la disponibilité des résultats de la société, étant précisé qu'un acompte de 30 % du salaire variable devait être versé mensuellement sous réserve d'un décompte final.
Après deux mois de service auprès de Y._ SA, X._ a été informé des buts qu'il devait atteindre, ainsi que des éléments qui seraient pris en compte dans le calcul de sa part variable. Selon un deuxième avenant non daté mais signé par les parties, la totalité du salaire variable a été attribuée à cinq objectifs (rétablir la confiance du marché pour devenir un acteur-clé dans le domaine « A._ » en Suisse romande, développer des affaires, réaliser un revenu attribuable au groupe de consultants de 1,4 millions d'avril à décembre 2001, rétablir de bonnes relations de travail entre Y._ et A._, augmenter le taux moyen d'utilisation du groupe « Suisse romande » à 75 % d'ici décembre 2001), chaque but atteint correspondant à 20 % de la part variable. Aucun quotient « ... » n'a été fixé à X._ en raison de l'activité qu'il occupait.
Y._ SA a conclu une assurance collective perte de gain maladie pour tout son personnel. Il en découle en particulier que l'assurance s'engage à rembourser le 80 % du salaire assuré pendant sept cent trente jours dès la survenance de l'événement, sous déduction d'un délai d'attente de nonante jours. L'assurance réserve à l'employé dont le contrat de travail prend fin un droit de passage sans examen de l'état de santé.
Le 24 février 2002, X._ a annulé l'entretien d'évaluation de ses performances fixé le 27 février 2002, qui a dès lors été avancé au 26 février 2002. Ce jour-là, X._ a derechef annulé l'entrevue, déclarant avoir un problème de dos et devoir rester allongé. A partir de cette date, il ne s'est plus présenté à son poste de travail en raison de sa maladie. Y._ SA n'a pu joindre que difficilement son collaborateur.
Par lettre datée de « mars 2002 », Y._ SA a informé X._ que la part variable de son salaire pour l'année 2001 s'élevait à 2'775 fr. L'employé s'est plaint de cette évaluation qui lui paraissait incorrecte. Y._ SA a refusé de revenir sur le calcul du salaire variable et X._ a dit que dans ces conditions, il ferait valoir ses droits.
Le 28 mars 2002, Y._ SA a licencié X._ par téléphone, en lui lisant la lettre qui allait lui être adressée. Par courrier du même jour, reçue le 2 avril 2002, l'employeuse a confirmé sa décision de licencier son collaborateur avec effet au 30 avril 2002. Sur ce point, qui n'est plus litigieux devant le Tribunal fédéral, la cour cantonale a considéré que le congé, intervenu durant la deuxième année de service et pendant une période de protection, était nul. N'ayant pas été renouvelé, il n'avait pris effet qu'au 26 février 2003, date à laquelle X._ avait obtenu une rente AI. X._ a fait opposition à son congé, qui lui paraissait abusif.
Y._ SA a rémunéré X._ jusqu'à fin avril 2002. Celui-ci a touché en février 2002 le 100 % de son salaire fixe durant vingt-cinq jours puis le 80 % pour les cinq derniers jours. Il a perçu 80 % de son salaire pour les mois de mars et avril 2002. Plus aucun salaire ni indemnité ne lui ont été versés à partir du 1er mai 2002.
Le 22 avril 2002, X._ a fait notifier à Y._ SA un commandement de payer pour un montant de 32'490 fr. 15 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er avril 2002, auquel celle-ci a fait opposition totale.
Le même 22 avril 2002, Y._ SA a établi un nouveau décompte selon lequel X._ n'avait pas le droit à un salaire variable pour l'année 2001, comme il n'avait réalisé que le 65 % de ses objectifs personnels. X._ ayant touché en 2001 un montant de 8'325 fr. à titre d'acompte sur sa part variable, il devait rembourser ce montant à son employeuse. Une déduction de 5'500 fr. a été opérée sur son salaire de mars 2002 et le solde de 2'775 fr. a été soustraite de son salaire d'avril 2002.
Le 23 mai 2002, Y._ SA a établi un décompte selon lequel X._ n'avait pas droit à un salaire variable pour l'année 2002. Ce décompte reprend le pourcentage (65 %) des objectifs réalisés en 2001.
Le 20 juin 2002, X._ a conclu une assurance perte de gain individuelle valable dès le 1er mai 2002. Le salaire annuel assuré a été fixé à 128'240 fr., avec un délai d'attente de nonante jours. X._ a touché de l'assurance perte de gain un montant de 76'945 fr. 50 nets entre le 27 mai et le 31 décembre 2002, sur la base d'une indemnité journalière de 351 fr. 34.
Le 9 octobre 2003, X._ a déposé une demande de prestations AI, qui lui a été accordée le 30 mars 2005 avec effet rétroactif au 26 février 2003.
B. Le 23 octobre 2003, X._ a saisi la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois d'une demande tendant à ce que Y._ SA soit reconnue sa débitrice des sommes de 87'875 fr., 20'812 fr. 50, 4'933 fr. 35 et 8'941 fr. 65 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 avril 2002, ainsi que 18'253 fr. 50 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 octobre 2002. Le 3 avril 2006, il a modifié, respectivement amplifié les conclusions de sa demande en ce sens qu'il prétendait au paiement des sommes de 136'576 fr. 30 (solde de salaire et indemnité pour licenciement abusif) avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 avril 2002, 44'167 fr. 35 (montant supplémentaire à titre de complément d'indemnités journalières maladie, soit dommages-intérêts pour sous-assurance) avec intérêt à 5 % l'an dès le 15 janvier 2003 ainsi que 6'220 fr. (remboursement des primes d'assurance libre passage) avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er janvier 2003.
Par jugement du 11 mai 2007, la Cour civile a prononcé que Y._ SA devait payer à X._ les sommes de 17'470 fr. 40 brut (soit 5'344 fr. 30 à titre de solde de salaire de base pour la période du 26 février au 30 avril 2002 et 10'688 fr. 60 pour la période du 1er au 26 mai 2002, ainsi que 924 fr. 10 à titre de salaire variable pour 2001 et 513 fr. 40 pour 2002) avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 avril 2002 sur le montant de 924 fr. 10 et dès le 6 novembre 2002 sur le solde de 16'546 fr. 30, ainsi que 5'557 fr. 50 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er avril 2003 (remboursement des primes d'assurance perte de gain individuelle).
C. X._ (le recourant) interjette le présent recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à la réforme du jugement attaqué en ce sens que Y._ SA doit lui payer la somme de 185'262 fr. 40 (soit 25'220 fr. 80 à titre de solde de salaire jusqu'au 26 mai 2002, 34'662 fr. 40 à titre de dommages-intérêts pour la période du 27 mai 2002 au 25 février 2004, 31'946 fr. 70 à titre de salaire variable en 2001 et 2002, 5'557 fr. 50 à titre de remboursement des primes d'assurance libre passage et 87'875 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif et/ou réparation morale) avec intérêt à 5 % l'an dès le 3 avril 2002, subsidiairement à l'annulation de la décision entreprise, avec suite de dépens pour toutes les instances.
Y._ SA (l'intimée) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. Interjeté par le recourant qui a partiellement succombé dans ses conclusions condamnatoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. déterminant en matière de droit du travail (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (ATF 133 III 446 consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4000 ss, p. 4135) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). L'art. 97 LTF ne permet donc pas au recourant de se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il implique aussi que soit indiqué de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires, à défaut de quoi la critique est irrecevable (cf. ATF 133 III 462 consid. 2.4 p. 466 s.).
3. Le recourant conteste l'interprétation faite par la cour cantonale des accords passés entre les parties en relation avec la part variable de son salaire.
3.1 En présence d'un litige sur l'interprétation d'un contrat, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir (art. 18 al. 1 CO); il s'agit d'une question de fait (ATF 131 III 606 consid. 4.1 p. 611). Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si elle est divergente, le juge doit interpréter la clause contractuelle litigieuse selon la théorie de la confiance; il doit donc rechercher comment cette clause pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances. L'application du principe de la confiance est une question de droit; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquels relèvent du fait (ATF 133 III 61 consid. 2.2.1).
Le sens d'un texte, apparemment clair, n'est pas forcément déterminant, de sorte que l'interprétation purement littérale est prohibée. Même si la teneur d'une clause contractuelle paraît limpide à première vue, il peut résulter d'autres conditions du contrat, du but poursuivi par les parties ou d'autres circonstances que le texte de ladite clause ne restitue pas exactement le sens de l'accord conclu. Il n'y a cependant pas lieu de s'écarter du sens littéral du texte adopté par les cocontractants lorsqu'il n'existe aucune raison sérieuse de penser qu'il ne correspond pas à leur volonté (ATF 133 III 61 consid. 2.2.1).
3.2 Appliquant le principe de la confiance, la cour cantonale a en l'espèce considéré ce qui suit:
- le premier avenant au contrat de travail prévoyait que le salaire variable serait défini à 70 % par le coefficient « ... » - critère quantitatif consistant en un rapport entre les heures de travail pouvant être facturées et les heures de travail totales - et à 30 % par des critères qualitatifs, auxquels s'appliquaient des méthodes de calcul différentes. S'agissant des objectifs qualitatifs, il était prévu que l'employé n'avait droit, pro rata, au paiement du salaire variable qu'à partir de septante-et-un points;
- un deuxième avenant avait abandonné toute référence au quotient « ... », la totalité du salaire variable étant attribuée à cinq objectifs dont chacun correspondait à 20 % de la part variable. Il fallait inférer que les parties avaient soumis la fixation de la totalité du salaire variable à la seconde méthode de calcul, consistant à apprécier les cinq objectifs sur un total de cent points et à n'octroyer un bonus que lorsque l'employé avait atteint plus de septante points, comme cela résultait du graphique reproduit sur l'avenant. Dans la mesure où la méthode de calcul visée était claire, il importait peu que les critères fixés comprennent néanmoins des éléments d'ordre quantitatif. Selon le tableau reproduit sur chacun des deux avenants, il n'existait un droit à la part variable que si le collaborateur dépassait le 70 % des objectifs fixés. A 70 % d'objectif atteint, la part variable était de zéro; il résultait ensuite du tableau une augmentation linéaire de 3,33 % de la part variable à chaque pour cent d'objectif supplémentaire atteint, de sorte qu'à 71 %, la part variable était de 3,33 %, à 85 %, elle était de 50 % et à 100 %, elle était de 100 %;
- le salaire variable était dû pro rata temporis. En effet, l'avenant au contrat de travail précisait que le salaire variable était de 37'000 fr. par an, tournure qui impliquait, comme pour le salaire de base, qu'en cas de travail sur une plus courte période, le salaire serait réduit d'autant. Contrairement à ce que plaidait le recourant, cette interprétation n'était nullement contredite par la clause de l'avenant selon laquelle en cas de départ en cours d'année, le salaire variable serait calculé sur la base des résultats atteints au dernier jour du contrat de travail. Ladite clause ne se référait pas au salaire variable annuel; elle précisait simplement qu'étaient déterminants les résultats effectifs, lesquels devraient être appréciés en fonction du temps de travail effectif - et non pas les résultats hypothétiques que l'employé aurait pu obtenir s'il avait travaillé l'année complète, qui servait de référence pour la fixation des objectifs;
- il y avait donc lieu d'admettre que le salaire variable maximal pour 2001 était de 27'750 fr. (37'000 fr. x 9/12, comme l'admettait d'ailleurs le recourant à son allégué 92). Selon l'expertise complémentaire, dont il n'y avait aucun motif de s'écarter, le pourcentage des objectifs atteints par le recourant s'élevait à 71 %. Celui-ci avait en définitive droit pour l'année 2001 au montant de 924 fr. 10 (37'000 fr. x 3,33 % x 9/12) à titre de salaire variable;
- pour l'année 2002, les éléments manquaient pour effectuer le calcul du salaire variable. Le recourant n'avait travaillé que jusqu'à la fin février et aucun objectif ne lui avait été fixé. Il y avait lieu de se référer aux données réalisées en 2001, soit 71 % des objectifs atteints. En l'occurrence, le calcul du salaire variable ne devait se faire que jusqu'au 26 mai 2002, puisqu'au-delà de cette date, le recourant ne pouvait plus former de prétention contre l'employeuse, le cas étant pris en charge par l'assurance perte de gain. En définitive, l'intimée était débitrice d'un montant de 513 fr. 40 (37'000 fr. x 3,33 % x 5/12) à titre de salaire variable pour 2002.
3.3 L'interprétation faite par la cour cantonale est convaincante. En effet, l'examen des avenants permet de constater que, dans le premier, les parties ont fait référence, sous une rubrique « fixation des objectifs » (« target setting »), tant au coefficient « ... » qu'à des objectifs qualitatifs. Au contraire, dans le second, elles n'ont convenu que de cinq objectifs, à l'exclusion de tout recours au quotient « ... ». Cela étant, tant le premier que le second avenant comprennent une page 2 sur laquelle est reproduit le tableau litigieux. Celui-ci figure sous la rubrique « qualitative targets », en dessous d'une explication dont il résulte que les objectifs qualitatifs (non supérieurs à 5) doivent être discutés entre le collaborateur et son supérieur et pondérés sur un total de cent points. Le tableau fait apparaître que ce n'est qu'à partir de septante-et-un points que l'employé a droit au paiement d'une somme à titre de salaire variable fondé sur les critères qualitatifs. Il convient d'en déduire que même si les cinq objectifs prévus dans le second avenant comportaient des éléments d'ordre non exclusivement qualitatifs, mais également quantitatif, les parties ont entendu soumettre la calculation du salaire variable aux principes découlant de l'application du tableau litigieux, faute de quoi elles l'auraient purement et simplement supprimé. Le recourant ne peut donc être suivi lorsqu'il soutient que les tableaux reproduits dans les avenants ne pouvaient être dissociés du quotient « ... », dont l'application avait précisément été écartée par les parties.
L'interprétation des avenants litigieux en application du principe de la confiance ayant ainsi permis d'en dégager le sens, le recourant se prévaut en vain du principe in dubio contra stipulatorem, qui revêt un caractère subsidiaire par rapport à ce moyen d'interprétation (AT 133 III 61 consid. 2.2.2.3 p. 69).
Pour le surplus, le raisonnement des juges cantonaux concernant le calcul de la part du salaire variable du recourant pour 2002 ne prête pas davantage le flanc à la critique. C'est en particulier à tort que le recourant soutient que dans la mesure où l'intimée avait refusé de lui fixer des objectifs, le privant ainsi de toute possibilité de réaliser, même partiellement, une partie de son salaire variable, il aurait droit à l'intégralité de ce salaire pro rata temporis jusqu'à ce qu'il soit en incapacité de travail. La cour cantonale a en effet retenu en fait que dès lors qu'il s'était trouvé en incapacité de travail à compter de la fin du mois de février 2002 et que l'intimée lui avait signifié son congé en mars 2002, il était superflu de fixer de nouveaux objectifs pour 2002 et normal de se référer à la moyenne obtenue l'année précédente, considération que le recourant ne remet pas en cause.
4. Le recourant estime que la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en considérant « que la sous-assurance dont il a été victime n'a entraîné aucun dommage ».
4.1 Selon la jurisprudence, le dommage réside dans la diminution involontaire de la fortune nette; il correspond à la différence entre le montant actuel du patrimoine du lésé et le montant que ce même patrimoine aurait si l'événement dommageable ne s'était pas produit. Il peut se présenter sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif (ATF 133 III 462 consid. 4.4.2 p. 471). Dire s'il y a eu dommage et quelle en est la quotité est une question de fait, que le Tribunal fédéral peut revoir sous l'angle de l'arbitraire. C'est en revanche une question de droit que d'examiner si la notion juridique du dommage a été méconnue par l'autorité précédente (ATF 130 III 145 consid. 6.2).
4.2 En l'occurrence, la cour cantonale a retenu ce qui suit:
- l'art. 9.3 des conditions générales disposait que le « target salary » était assuré, expression qui visait le salaire maximal de 185'000 fr., part variable comprise, selon les deux avenants au contrat de travail. Cela ne signifiait pas encore que les indemnités d'assurance devaient nécessairement être versées sur la base de ce « target salary ». Il fallait lire l'art. 9.3 en combinaison avec l'art. 9.2 des mêmes conditions. Or le but de la réglementation, selon le principe de la bonne foi, était que le travailleur continue à percevoir le même salaire que s'il travaillait (l'expression « salary continuation » était d'ailleurs utilisée), respectivement touche le 80 % de ce salaire dès le nonante-et-unième jour. Certes, ce salaire englobait également la part variable, mais pour autant qu'existe effectivement un droit à une part variable. La solution contraire pourrait aboutir à violer le principe général que le travailleur malade ne doit pas être enrichi et toucher plus que l'équivalent de son salaire pour chaque période considérée;
- en l'espèce, le recourant n'avait droit, annuellement, qu'à un salaire variable de 1'232 fr. 10 (37'000 fr. x 3,33 %). Or en tenant compte de 80 % du salaire annuel fixe et du 80 % de la part de salaire annuel variable à laquelle le recourant avait droit, on arrivait au montant de 119'385 fr. 70 ([148'000 fr. + 1'232 fr. 10] x 80 %), qui se révélait inférieur à la somme annuelle couverte par l'assurance collective (128'240 fr.); même si l'intimée n'avait effectivement pas assuré le 80 % du salaire total (« target salary ») de 185'000 fr. (soit 148'000 fr.), il n'était pas établi que le recourant subissait un dommage pour sous-assurance.
4.3 Quoi qu'en dise le recourant, c'est à juste titre que les juges cantonaux ont pris en compte le montant du salaire variable auquel il aurait effectivement eu droit dès lors qu'il n'avait que partiellement atteint ses objectifs, tel que calculé sur la base des principes relatés supra (cf. consid. 3.2), pour examiner s'il avait subi un dommage du fait de la violation par l'intimée de son obligation d'assurer le salaire à hauteur de 185'000 fr. L'argumentation du recourant, qui soutient qu'il aurait eu un droit inconditionnel à la totalité du salaire variable mentionné dans les dispositions contractuelles liant les parties, se fonde ainsi sur une prémisse erronée. Cela étant, l'on ne voit pas que la cour cantonale ait méconnu la notion juridique de dommage. Pour le surplus, le raisonnement qu'elle a tenu et le calcul auquel elle a procédé pour aboutir à la conclusion qu'il n'existait pas de dommage, ce qui relève du fait, n'apparaissent pas arbitraires.
5. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir nié l'existence d'un licenciement abusif, plus particulièrement d'un congé de représailles.
5.1 Selon l'art. 336 al. 1 let. d CO, la résiliation d'un contrat de travail est abusive lorsque le congé est donné par une partie parce que l'autre fait valoir de bonne foi des prétentions résultant du contrat. Cette disposition vise les congés-représailles. Le travailleur n'est protégé contre le congé abusif que s'il peut supposer de bonne foi que les droits dont il prétend être le titulaire lui sont acquis. Il n'est pas nécessaire que ses prétentions soient fondées; il suffit qu'il soit légitimé, de bonne foi, à penser qu'elles le sont (arrêt 4C.171/1993 du 13 octobre 1993, consid. 2, reproduit in SJ 1995 I p. 797). S'il n'est pas nécessaire que les prétentions émises par le travailleur aient été seules à l'origine de la résiliation, il doit s'agir néanmoins du motif déterminant. En d'autres termes, ce motif doit avoir essentiellement influencé la décision de l'employeur de licencier; il faut ainsi qu'il y ait un rapport de causalité entre les prétentions émises et le congé signifié au travailleur (cf. arrêt 4C.27/1992 du 30 juin 1992, consid. 3a, reproduit in SJ 1993 I 360).
Les motifs de la résiliation relèvent du fait. De même, l'incidence respective des divers motifs de résiliation en concours est une question qui relève de la causalité naturelle et, par conséquent, du fait (ATF 130 III 699 consid. 4.1 p. 702 s.). Ainsi, les constatations de la cour cantonale y relatives lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), qui ne peut s'en écarter que si elles ont été établies de façon manifestement inexacte ou en violation du droit (cf. consid. 2).
En application de l'art. 8 CC, c'est en principe à la partie qui a reçu son congé de démontrer que celui-ci est abusif. En ce domaine, la jurisprudence a cependant tenu compte des difficultés qu'il pouvait y avoir à apporter la preuve d'un élément subjectif, à savoir le motif réel de celui qui a donné le congé. Selon le Tribunal fédéral, le juge peut présumer en fait l'existence d'un congé abusif lorsque l'employé parvient à présenter des indices suffisants pour faire apparaître comme non réel le motif avancé par l'employeur. Si elle facilite la preuve, cette présomption de fait n'a pas pour résultat d'en renverser le fardeau. Elle constitue, en définitive, une forme de « preuve par indices ». De son côté, l'employeur ne peut rester inactif; il n'a pas d'autre issue que de fournir des preuves à l'appui de ses propres allégations quant au motif du congé (ATF 130 III 699 consid. 4.1 p. 703).
5.2 Au terme de développements complets et convaincants auxquels il convient de renvoyer dans leur intégralité (art. 109 al. 3 LTF), les juges cantonaux ont en l'espèce considéré que le motif de licenciement allégué par l'intimée, à savoir la rupture des liens de confiance consécutive à l'attitude de fuite du collaborateur, était réel et ne constituait pas un pur prétexte, tandis que même pris ensemble, les indices invoqués par le recourant ne suffisaient pas à présumer l'existence d'un congé-représailles. Devant le Tribunal fédéral, le recourant se limite à présenter une nouvelle fois sa propre appréciation des faits, sans démontrer en quoi les constatations de la cour cantonale seraient manifestement inexactes ou violeraient le droit. Dans cette mesure, son grief est irrecevable.
6. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
7. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (ATF 115 II 30 consid. 5b p. 41), dépasse le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif ordinaire (art. 65 al. 3 let. b LTF) et non réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi que 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'500 fr., sont mis à la charge du recou-rant.
3. Une indemnité de 6'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 17 janvier 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz