Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. 206 in der Erhaltungszone Cresta in der Gemeinde Ferrera. Auf dem Grundstück befindet sich eine ehemalige Scheune, deren Umnutzung in ein Wohnhaus von der Gemeinde Ferrera am 10. Juni 2009 bewilligt worden war.
Mit Schreiben vom 23. November 2011 teilte die Gemeinde X._ mit, dass auf seiner Parzelle voraussichtlich baurechtswidrige Bauten und Anlagen erstellt worden seien. Dabei handle es sich um den Kiesplatz vor der Westfassade links und rechts der Treppe, um die Bank rechts der Treppe, um die in eine grüne Plane verpackten Gegenstände links der Treppe, um die Werkzeugkisten an der südlichen Parzellengrenze und an der Ostfassade sowie um den Grill auf der Wiese. In seiner Stellungnahme vom 12. Januar 2012 vertrat X._ die Meinung, dass weder Bauten noch Anlagen im Sinne des Planungs- und Baurechtes zur Diskussion stünden. Der Kies sei nicht landschaftsverändernd. Der Wetterschutz in Form einer Blache sei erlaubt; die Werkzeugkiste und den Grill gebe es auch vor anderen Häusern.
Mit Verfügung vom 16. Februar 2012 stellte die Gemeinde Ferrera fest, dass der Kiesplatz links und rechts der Treppe materiell baurechtswidrig und zu begrünen sei (Ziff. 1a). Das Bänkli rechts der Treppe werde bewilligt, an dieser Stelle dürfe jedoch kein (zweiter) Sitzplatz realisiert werden (Ziffer 1b). Der Holzstoss links der Treppe werde bewilligt. Er sei jedoch ästhetisch gemäss Art. 9 der Gestaltungsrichtlinien auszugestalten (kein Einpacken in auffällige grüne Blache; Ziffer 1c). Es werde festgestellt, dass die Werkzeugkisten an der südlichen Parzellengrenze und an der Ostfassade materiell baurechtswidrig und ersatzlos zu entfernen seien (Ziff. 2). Es werde festgestellt, dass das dauerhafte Belassen des Grills in der Wiese materiell baurechtswidrig sei. Der Grill sei mithin entweder (aa) ersatzlos zu entfernen oder (bb) jeweils nach Gebrauch wegzuräumen (Ziff. 3a). Die Arbeiten gemäss Ziff. 1a (Begrünung) seien bis 30. Juli 2012, jene gemäss Ziff. 2 (Entfernung Werkzeugkisten) und Ziff. 3a (Entfernung Grill) seien bis 30. Mai 2012 fertigzustellen. Falls die Arbeiten bis zu den erwähnten Terminen nicht ausgeführt seien, werde die Gemeinde gestützt auf Art. 94 Abs. 3 des Raumplanungsgesetzes für den Kanton Graubünden vom 6. Dezember 2004 (KRG) eine entsprechende Ersatzvornahme anordnen. Über eine allfällige Baubusse werde in einem separaten Verfahren entschieden. Die Gemeinde erwog im Wesentlichen, dass die Umgebung gemäss Art. 31 Abs. 1 KRG im landschaftstypischen Zustand zu belassen sei. Die Erstellung von Sitzplätzen bis 6 m2 sei zulässig, allerdings werde pro Haus nur einer bewilligt. An der Westfassade der Liegenschaft existiere vorliegend bereits ein Sitzplatz, der aber nicht bekiest hätte werden dürfen, sondern mit Natursteinen hätte ausgeführt werden müssen. Gemäss Art. 19 Abs. 15 des Baugesetzes der Gemeinde Ferrera vom 17. Februar 2011/5. Juli 2011 (BG) dürfe Holz entlang von einer bis zwei Fassaden gestapelt werden, was in traditioneller Weise zu geschehen habe. Das vollständige Einpacken in eine unansehnliche grüne Blache sei nicht traditionell. Gemäss Art. 19 Abs. 15 Satz 2 BG sei die Erstellung von Holzschöpfen, Unterständen und dergleichen nicht statthaft. Die Werkzeugkisten fielen unter den Begriff "dergleichen", und es bestehe kein Anspruch auf einen Anbau. Der dauernd in der Wiese belassene Grill sei aus ästhetischen Gründen baurechtswidrig. Werde er jedoch nach jedem Gebrauch wieder versorgt, sei dagegen nichts einzuwenden.
B. Eine gegen die Verfügung vom 16. Februar 2012 erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden am 21. August 2012 ab und setzte eine Frist von 30 Tagen ab Rechtskraft des verwaltungsgerichtlichen Urteils zur Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands für sämtliche Arbeiten.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 20. September 2012 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 21. August 2012 sei aufzuheben und die beanstandeten Objekte seien zuzulassen bzw. von der Wiederherstellung sei abzusehen. Eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht zwecks Durchführung eines Augenscheins und Neubeurteilung zurückzuweisen. Er beantragt ferner die Durchführung eines Augenscheins. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV), des Rechtsgleichheitsgebots (Art. 8 BV), des Willkürverbots (Art. 9 BV) sowie des Verhältnismässigkeitsprinzips (Art. 5 Abs. 2 BV).
Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden und die Gemeinde Ferrera beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Im weiteren Schriftenwechsel hält der Beschwerdeführer an seinem Antrag fest.
D. Mit Verfügung vom 10. Oktober 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung beigelegt.
Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist als Adressat des angefochtenen Entscheids und als direkt Betroffener zur Beschwerde legitimiert (vgl. Art. 89 Abs. 1 BGG). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde vorbehältlich rechtsgenügender Rügen (E. 1.2 hiernach) einzutreten.
1.2 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung; dazu BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt falsch und damit unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG festgestellt.
Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Von der beschwerdeführenden Person kann die Feststellung des Sachverhalts wiederum nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich (Art. 9 BV) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Behauptungen können nur so weit vorgebracht werden, als der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz gehe willkürlich davon aus, die vergleichbaren Streitobjekte in Cresta seien "nachweisbar" vor dem Jahr 2010 erstellt worden. Diese Darstellung des Sachverhaltes erfolge willkürlich, entbehre sie doch des Beweises. Den Fotos lasse sich das Baujahr nicht entnehmen. Zudem habe der Beschwerdeführer Bilder einer neuen Anlage ins Recht gelegt. Darauf sei ein neuer Sitzplatz mit Grill zu erkennen. Das Gericht habe ferner willkürlich subsumiert, sämtliche beanstandeten Objekte seien vom Beschwerdeführer nach dem 1. November 2010 hingestellt worden. Die Kiste sei am 1. November 2010 bereits vorhanden gewesen. Dies ergebe sich aus dem neu ins Recht gelegten Foto vom 9. Mai 2010. Am 30. August 2012 habe der Beschwerdeführer zudem festgestellt, dass die Gemeinde bei einer anderen Liegenschaft in Cresta nicht nur Kies, sondern einen Verbindungsweg zwischen zwei Häusern in Form von Platten sowie eine Aufschüttung erlaubt habe. Auf die Anfrage vom 3. September 2012 sei er bis anhin ohne Antwort geblieben.
2.3 Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid erwogen, die rechtlichen Grundlagen für die Durchsetzung einer Ordnung in der Erhaltungszone seien seit dem 1. November 2010 verschärft worden. Die dokumentierten bestehenden vergleichbaren Tatbestände in der Erhaltungszone Cresta seien unbestrittenermassen vor Inkrafttreten der jetzigen gesetzlichen Regelung geschaffen worden.
2.4 Inwiefern die Vorinstanz in dieser Hinsicht entscheidwesentliche Tatsachen offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG festgestellt haben soll, wird vom Beschwerdeführer vor Bundesgericht nicht substanziiert vorgebracht und ist nicht ersichtlich. Mit der rein appellatorischen Bestreitung, wird nicht genügend dargelegt, inwiefern die Annahme der Vorinstanz, die vergleichbaren Tatbestände seien vor dem 1. Oktober 2010 geschaffen worden, offensichtlich falsch oder unhaltbar sein soll.
Der Beschwerdeführer macht vor Bundesgericht erstmals geltend, dass eine Werkzeugkiste bereits vor dem 1. November 2010 vorhanden gewesen sei, was sich aus dem neu eingereichten Foto vom 9. Mai 2010 ergebe. Weiter beruft er sich auf eine Anfrage an die Gemeinde wegen eines Verbindungsweges in der Erhaltungszone Cresta vom 3. September 2012, d.h. nach Fällung des vorinstanzlichen Urteils.
Der Einwand ist mit Blick auf Art. 99 Abs. 1 BGG unbeachtlich. Im Übrigen belegen die neuen Angaben lediglich, dass in der Erhaltungszone Cresta Liegenschaften existieren, die mit einem Steinplattenweg verbunden sind bzw. dass eine Kiste früher neben dem Eingang zur Liegenschaft des Beschwerdeführers positioniert war. Dagegen lässt sich dem Foto der Liegenschaft des Beschwerdeführers nicht entnehmen, dass dieses Bild am 9. Mai 2010 entstanden sei. Unter diesen Umständen ist nicht einzusehen, inwiefern die Sachverhaltsdarstellung des Verwaltungsgerichts offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG sein sollte.
3. Der Beschwerdeführer rügt in verschiedener Hinsicht eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV).
3.1 Er erblickt eine Missachtung des rechtlichen Gehörs zunächst darin, dass das Verwaltungsgericht auf die Durchführung eines Augenscheins verzichtete. Der Augenschein sei zentral, um sich ein genaues Bild der Örtlichkeiten und der Auswirkungen der fraglichen Objekte auf die Umgebung zu machen.
In den Akten befinden sich verschiedene Pläne und diverse Fotos der umstrittenen Objekte auf der Parzelle des Beschwerdeführers sowie weiterer Grundstücke in der Erhaltungszone Cresta. Sie vermitteln ein klares Bild über die Lage, das Ausmass und die Art der fraglichen Objekte sowie deren Wirkung auf die Umgebung. Daneben hatte das Verwaltungsgericht (in gleicher Besetzung) in einer ebenfalls die Parzelle des Beschwerdeführers betreffenden verwaltungsrechtlichen Streitsache (R 10/27; Urteil vom 19. Oktober 2010) am 14. Oktober 2010 einen Augenschein an Ort und Stelle durchgeführt. Eine weitere Begehung vor Ort drängte sich damit nicht auf, zumal sich die Vorinstanz aufgrund der am früheren Augenschein gewonnenen Erkenntnisse und insbesondere gestützt auf die Fotodokumentation in den Akten ein aussagekräftiges Bild der tatsächlichen Situation machen konnte. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist daher zu verneinen.
Nach dem Gesagten erübrigt sich auch ein bundesgerichtlicher Augenschein. Dem diesbezüglichen Antrag des Beschwerdeführers ist nicht zu entsprechen.
3.2 Der Beschwerdeführer beanstandet weiter eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil die Vorinstanz die von ihm beantragten Zeugeneinvernahmen abgelehnt hat. Diese hätten bestätigen sollen, dass der Gemeindepräsident den Kiesplatz ohne Beanstandung abgenommen habe.
Das Verwaltungsgericht erwog, die beiden Zeugen müssten nicht einvernommen werden, weil es für die Beurteilung der vorliegenden Angelegenheit keine Rolle spiele, ob die Umgebung von der Gemeinde abgenommen worden sei oder nicht. Eine Abnahme sei nicht mit einer Bewilligung gleichzusetzen. Zudem sei der Gemeindepräsident diesbezüglich gar nicht alleine entscheidungsbefugt.
Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern diese Ausführungen des Verwaltungsgerichts fehlerhaft sein sollen, sondern beschränkt sich darauf zu behaupten, es würde überspitzten Formalismus und eine Verletzung von Art. 9 BV darstellen, wenn die Abnahme die allenfalls erforderliche Bewilligung nicht ersetzen würde. Die Beschwerde genügt insoweit den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Auf die Rüge ist in diesem Punkt daher nicht einzutreten.
3.3 Ausserdem wirft der Beschwerdeführer der Vorinstanz vor, sie begründe nicht, inwiefern die fraglichen Objekte materiell rechtswidrig seien. Sie setze sich mit Art. 19 BG überhaupt nicht auseinander.
Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) folgt unter anderem die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (BGE 133 III 439 E. 3.3 S. 445 mit Hinweisen).
Diesen Anforderungen wird der vorinstanzliche Entscheid gerecht. Das Verwaltungsgericht legt im angefochtenen Entscheid (E. 3a bis 3h) ausführlich dar, inwiefern die beanstandeten Objekte, die sich in der Erhaltungszone Cresta befinden, dem kommunalen Baugesetz und insbesondere Art. 19 BG zu genügen hätten. Weiter hält es fest, dass die Gemeinde innerhalb ihres vorliegend sehr weiten Ermessensspielraums allein gestützt auf Art. 31 KRG und auch die in Art. 19 BG enthaltenen Konkretisierungen sehr wohl vorschreiben könne, dass Kiesvorplätze zu begrünen seien, Holzbeigen in ortsüblicher Weise errichtet und abgedeckt werden müssten und das dauernde Abstellen von Werkzeugkisten zu unterbleiben habe. Die Feststellung der Gemeinde, es handle sich bei diesen Objekten um materiell baurechtswidrige Massnahmen, sei gerechtfertigt, weil sie Art. 31 KRG und Art. 19 BG widersprechen würden.
Aufgrund der dargelegten Sach- und Rechtslage war es dem Beschwerdeführer möglich, den Entscheid der Vorinstanz sachgerecht anzufechten. Seine Rüge der Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV erweist sich damit als unbegründet, soweit sie überhaupt rechtsgenüglich vorgebracht worden ist.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt schliesslich, er werde rechtsungleich behandelt. Die Argumentation des Verwaltungsgerichts, wonach der Gemeindevorstand gewillt sei, die jetzt gewählte Praxis weiterzuführen, sei willkürlich. Diese Aussage sei weder bewiesen noch treffe sie zu, wie der neue Umbau des Hauses B._ und die Umgebungsgestaltung zeigten. Die Ungleichbehandlung sei frappant und benachteilige den Beschwerdeführer.
4.2 Das Verwaltungsgericht verneinte einen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht. Die rechtlichen Grundlagen für die Durchsetzung einer Ordnung in der Erhaltungszone seien seit dem 1. November 2010 verschärft worden. Die dokumentierten bestehenden vergleichbaren Tatbestände in der Erhaltungszone Cresta seien unbestritten vor Inkrafttreten der jetzigen Regelung geschaffen worden.
4.3 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung wird der Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht ausnahmsweise anerkannt, wenn eine ständige gesetzwidrige Praxis einer rechtsanwendenden Behörde vorliegt und die Behörde zu erkennen gibt, dass sie auch in Zukunft nicht von dieser Praxis abzuweichen gedenke (BGE 136 I 65 E. 5.6 S. 78; Urteil des Bundesgerichts 1C_398/2011 vom 7. März 2012 E. 3.6; je mit Hinweisen).
Eine vermeintlich gesetzeswidrige Praxis ist vorliegend nicht belegt. Bei dem vom Beschwerdeführer erstmals vor Bundesgericht als Beleg für eine rechtswidrige Praxis herangezogenen Umbau der Liegenschaft B._ handelt es sich nicht um einen vergleichbaren Fall, zumal es dort nicht um einen Kiesplatz, sondern einen Steinplattenweg geht. Zudem hat die Gemeinde Ferrera in ihrer Vernehmlassung aufgezeigt, dass es hierbei um die Erneuerung einer besitzstandsgeschützten Anlage ging. Die seit Jahrzehnten bestehende Plattenverbindung sei - unter massiver Reduktion der vorbestehenden Fläche - gestützt auf die Besitzstandsregelung von Art. 81 Abs. 1 KRG erneuert worden. Insofern vermag der Beschwerdeführer aus dem angerufenen Bauprojekt nichts zu seinen Gunsten ableiten, selbst wenn man noch gewisse Parallelen zu seinem Fall annehmen würde. Es besteht damit kein Anlass zur Vermutung, die zuständige Behörde wolle auch in Zukunft an einer unzulässigen Praxis festhalten. Auch in dieser Hinsicht ist dem Verwaltungsgericht in seiner Argumentation zuzustimmen.
5. 5.1 Das Verwaltungsgericht prüfte sodann die Verhältnismässigkeit der angeordneten Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Dazu hielt es fest, da generell ein gewichtiges öffentliches Interesse an der Einhaltung der baurechtlichen Ordnung vorliege und der Beschwerdeführer keine besonderen Umstände geltend machen könne, sei dieses vorliegend gegeben. Im Sinne des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes sei vorliegend von der Gemeinde das mildeste Mittel angewendet worden. Das private Interesse am Schutz der getätigten Investitionen und des damit verbundenen Festhaltens am gesetzeswidrigen Zustand überwiege das öffentliche Interesse an der Durchsetzung der Zwangsmassnahme nicht.
5.2 Auf den Grundsatz der Verhältnismässigkeit kann sich auch ein Betroffener berufen, der nicht gutgläubig gehandelt hat. Er muss aber in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, so zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beimessen und die dem Betroffenen allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen (BGE 132 II 21 E. 6.4 S. 39 f. mit Hinweis).
Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, er sei gutgläubig gewesen, lässt er es bei einer appellatorischen Kritik am vorinstanzlichen Urteil bewenden und bringt nichts vor, was geeignet wäre, die verwaltungsgerichtlichen Erwägungen verfassungswidrig erscheinen zu lassen. Darauf ist nicht einzutreten (oben E. 1.2).
Der Beschwerdeführer erachtet die Wiederherstellung zudem wegen der damit verbundenen Umtriebe als unverhältnismässig. Er macht geltend, dass hygienische Gründe sowie finanzielle und praktische Notwendigkeiten entgegenstehen würden. Er legt allerdings nicht dar, inwiefern die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands grössere Kosten verursachen sollte. Darüber hinaus ist nicht ersichtlich, dass die Entfernung der Werkzeugkisten, des Grills, der Abdeckung sowie die Begrünung der Kiesfläche einen unverhältnismässigen Aufwand oder unhaltbare Zustände verursachen würden. Somit hält die umstrittene Anordnung zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands vor der Verfassung stand. Die Beschwerde erweist sich daher auch in diesem Punkte als unbegründet.
5.3 Wenn das Verwaltungsgericht und seine Vorinstanz in Anbetracht der erheblichen Abweichung von den gesetzlichen Vorschriften auf der Begrünung der Kiesfläche, der Entfernung der Werkzeugkisten und des Grills sowie der Errichtung und Abdeckung der Holzbeige in ortsüblicher Weise bestehen, liegt darin auch keine Willkür. Die diesbezügliche Rüge des Beschwerdeführers erweist sich, soweit mangels rechtsgenügender Substanziierung überhaupt auf sie einzutreten ist (vgl. E. 1.2), als unbegründet.
6. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer für die bundesgerichtlichen Kosten aufzukommen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegenden Gemeinde ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG sowie BGE 134 II 117 E. 7 S. 118 f.).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gemeinde Ferrera und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Haag