Sachverhalt:
A. Am 17. März 1983 verstarb V X._ in Bévilard im Berner Jura. Er hinterliess neben seiner Ehefrau R X._ die Kinder Q Y._, A X._ und T._. Sein weiterer Sohn J X._ war vorverstorben und hatte fünf Kinder.
Der Nachlass von V X._ bestand aus versteuertem und unversteuertem Vermögen. Die Erbteilung des deklarierten Teils von rund 6 Mio. Franken erfolgte im Jahre 1986. Der nicht deklarierte Teil war lediglich seiner Ehefrau sowie den beiden Kindern Q Y._ und A X._ bekannt, hingegen nicht der erheblich jüngeren Tochter T._ und den Nachkommen von J X._. A X._ zog im Jahr 1997 vom Kanton Bern in den Kanton Basel-Landschaft; er verstarb im Jahr 2001 in Aesch/BL. Bei der Testamentseröffnung erfuhren T._ und die Nachkommen von J X._ erstmals vom unversteuerten Vermögen von V X._. Der ihnen zustehende Anteil, der zunächst von der Mutter, Q Y._, sowie A X._ und ab dem Jahr 1993 vom zuletzt genannten allein treuhänderisch verwaltet wurde, betrug im Jahr 2001 rund 27,5 Mio. Franken.
B. Die Steuerverwaltungen Basel-Landschaft und Bern eröffneten in der Folge gegen die Erben von A X._ sowie gegen Q Y._ und deren Mutter R X._ ein Nachsteuer- sowie gegen die beiden Letzteren auch ein Strafsteuerverfahren. Nach dem Tod von R X._ wurde das gegen sie eingeleitete Strafsteuerverfahren eingestellt, das Nachsteuerverfahren jedoch gegen ihre Erben fortgeführt.
Die Steuerverwaltung des Kantons Bern veranlagte im Einspracheentscheid vom 2. September 2005 die Nachsteuern gegenüber den Erben von A X._ auf Fr. 3'002'252.60 für die Kantonssteuer in den Jahren 1993-2000 und auf Fr. 617'614.60 für die direkte Bundessteuer der Jahre 1995-1998. Gegenüber Q und P Y._ setzte sie am 31. August 2005 Nachsteuerbeträge von Fr. 4'677'461.65 für die Kantonssteuer in den Jahren 1991-2000 und von Fr. 730'877.60 für die direkte Bundessteuer in den Jahren 1995-2000 fest; ausserdem auferlegte sie ihnen Strafsteuern von Fr. 2'529'083.25 (Kantonssteuer) und Fr. 463'048.80 (direkte Bundessteuer). Schliesslich auferlegte die bernische Steuerverwaltung den Erben von R X._ am 5. Januar 2006 Nachsteuern von Fr. 2'547'337.40 (Kantonssteuer in den Jahren 1991-1998) und Fr. 265'047.30 (direkte Bundessteuer in den Jahren 1995-1998). Eine dagegen erhobene Einsprache wies sie am 13. April 2006 ab.
C. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern hiess am 11. Dezember 2007 die Rechtsmittel, welche die Erben von A X._, Q und P Y._ sowie Q Y._ als Erbin von R X._ gegen die Nach- und Strafsteuerveranlagungen erhoben hatten, teilweise gut. Sie hob die zuvor genannten Einspracheverfügungen insoweit auf, als den Rekurrenten bzw. Beschwerdeführern ein Drittel des nicht deklarierten Vermögens und der Vermögenserträge - im Nach- und Strafsteuerverfahren zugerechnet und - bei der Kantonssteuer - ein Nach- und Strafsteuerverfahren bereits für die Jahre 1991/92 eröffnet worden war (im Rechtsmittelverfahren der Erben von R X._ sowie von Q und P Y._) bzw. - im Nachsteuerverfahren zugerechnet worden war (im Rechtsmittelverfahren der Erben von A X._).
D. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, die drei genannten Entscheide der Steuerrekurskommission vom 11. Dezember 2007 aufzuheben, soweit sie die direkte Bundessteuer betreffen, und die Einspracheverfügungen vom 2. September 2005, 31. August 2005 und 13. April 2006 zu bestätigen (Verfahren 2C_46-48/2008). Eventualiter sei der gegenüber Q und P Y._ ergangene Entscheid der Steuerrekurskommission vom 11. Dezember 2007 teilweise aufzuheben und die Busse wegen Steuerhinterziehung entsprechend einem Bussenfaktor von 1,5 festzusetzen.
Die Erben von A X._ beantragen, es sei auf die sie betreffende Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen (Verfahren 2C_46/2008).
P und Q Y._ stellen Antrag auf Abweisung der sie betreffenden Beschwerde; mit Bezug auf die Busse verlangen sie eine Aufhebung des Entscheids der Steuerrekurskommission und eine angemessene Reduktion des angewandten Bussenfaktors von 0,8 (Verfahren 2C_47/2008).
Von den Erben von R X._ verlangt T._ die Aufhebung des die genannte Erbengemeinschaft betreffenden Entscheids, während Q Y._ und B X._ Antrag auf Abweisung der betreffenden Beschwerde stellen; die übrigen Erben haben sich nicht vernehmen lassen (Verfahren 2C_48/2008).
Die Steuerrekurskommission ersucht um Abweisung aller drei Beschwerden, die Eidgenössische Steuerverwaltung dagegen um deren Gutheissung.
E. T._ erhebt gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission vom 11. Dezember 2007, soweit er die Erbengemeinschaft von R X._ betrifft, ebenfalls Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hat die bei ihm eingereichte Eingabe an das Bundesgericht weitergeleitet, soweit sie die direkte Bundessteuer betrifft, und das Verfahren betreffend die Staatssteuer bis zum Vorliegen des bundesgerichtlichen Urteils sistiert. T._ beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache an die Steuerverwaltung zur Neuverteilung der Steuerlast.
B X._ und die Steuerrekurskommission stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde.
Q Y._ hat sich zur Beschwerde geäussert, ohne einen Antrag zu stellen.
Die übrigen Miterben und die kantonale Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung ersucht um Gutheissung des Antrags auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids, hingegen um Abweisung der weitergehenden Begehren.
F. Die Steuerverwaltung hat die drei Entscheide der Steuerrekurskommission vom 11. Dezember 2007 ebenfalls beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern angefochten, soweit sie die Staatssteuer betreffen. Dieses hat die Verfahren am 21. Januar 2008 bis zum Vorliegen des Urteils des Bundesgerichts sistiert.
Erwägungen:
1. 1.1 Die drei Beschwerden der Steuerverwaltung richten sich gegen drei weitgehend gleich lautende Entscheide. T._ ficht einen davon auch im eigenen Namen an. Da die erhobenen Rechtsmittel zum grossen Teil die gleichen Fragen aufwerfen und eng miteinander zusammenhängen, rechtfertigt es sich, sie im gleichen Entscheid zu beurteilen.
1.2 T._ hat entsprechend der Rechtsmittelbelehrung gegen den Entscheid, der die Nachsteuern der Erben von R X._ betrifft, eine Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern eingereicht. Soweit sich der Entscheid der Steuerrekurskommission auf die direkte Bundessteuer bezieht, kann er jedoch, weil frühere Steuerperioden (vor 2001) betreffend, im Kanton nicht angefochten werden (vgl. Art. 72 StHG; Urteil des Bundesgerichts 2A.664/2005 vom 13. Dezember 2005 E. 2). Die vom Verwaltungsgericht an das Bundesgericht weitergeleitete Eingabe ist daher - soweit die direkte Bundessteuer betreffend - als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen.
1.3 Der angefochtene Entscheid auferlegt der Erbengemeinschaft von R X._ Nachsteuern. Die Erben bilden eine notwendige Streitgenossenschaft und sind daher in zivilrechtlichen Angelegenheiten nur gemeinsam zur Prozessführung befugt. In verwaltungsrechtlichen Streitigkeiten wird allerdings jedem Mitglied einer Gesamthandschaft ein individuelles Beschwerderecht zuerkannt, soweit belastende oder pflichtbegründende Anordnungen in Frage stehen (Urteile des Bundesgerichts vom 23. Juni 1997, ZBl 99/1998 386 E. 3 S. 387 f., und vom 8. Juli 1987, ZBl 89/1988 553 E. 1d S. 556). Im Lichte dieser Praxis ist die Legitimation von T._ zur Beschwerdeführung in der vorliegenden Angelegenheit zu bejahen.
1.4 Nicht zu beanstanden ist es deshalb auch, dass die Vorinstanz Q Y._ zur Erhebung eines Rechtsmittels gegen den Einspracheentscheid der Steuerverwaltung vom 13. April 2006 befugt ansah. Soweit T._ dies in ihrer Beschwerde kritisiert, erscheinen ihre Ausführungen unbegründet.
1.5 Im Beschwerdeverfahren gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission, der die von P und Q Y._ zu bezahlenden Nach- und Strafsteuern betrifft, stellen diese - neben einem Abweisungsantrag hinsichtlich der Nachsteuern - das Begehren, es sei der bei der Berechnung der Strafsteuer von der Vorinstanz angewandte Faktor von 0,8 zu reduzieren. Darauf ist nicht einzutreten, da das Bundesgerichtsgesetz keine Anschlussbeschwerde kennt (vgl. BGE 134 III 332 E. 2.5 S. 335) und der Beschwerdegegner deshalb den Streitgegenstand nicht durch neue Anträge erweitern kann.
2. 2.1 Hauptsächlicher Streitgegenstand bildet in den drei von der Steuerverwaltung angestrengten Verfahren die Frage, wer bei der direkten Bundessteuer die Nachsteuern auf den Vermögenserträgen jenes bisher nicht deklarierten Nachlassteils zu tragen habe, der T._ und den Nachkommen von J X._ zustand und diesen bis zur Eröffnung des Testaments von A X._ nicht bekannt war. Nach Auffassung der Steuerverwaltung sind die fraglichen Nachsteuern zu je einem Drittel den Erben von R X._, den Erben von A X._ sowie P und Q Y._ aufzuerlegen. Die Vorinstanz sieht in dieser Zurechnung dagegen einen Verstoss gegen Art. 10 DBG.
2.2 Die Höhe des nicht versteuerten Nachlassteils von T._ und der Nachkommen von J X._ ist unbestritten, ebenso die Vermögenserträge, die in der fraglichen Zeitperiode anfielen und für die Nachsteuern zu erheben sind. Die Vorinstanz stellt überdies fest, dass im Jahr 1993 eine Vierteilung des nicht deklarierten Nachlasses von V X._ stattfand und A X._ in der Folge die Vermögenswerte der nicht informierten Erbenstämme getrennt von seinem eigenen Vermögen verwaltete.
Die Steuerverwaltung rügt diese Feststellung als aktenwidrig und willkürlich. Sie legt jedoch nicht dar, aus welchen Unterlagen sich die Aktenwidrigkeit und die offensichtliche Unrichtigkeit der Beweiswürdigung ergeben sollte. Das bei den Akten liegende Inventar der Bezirksschreiberei Arlesheim vom 8. Oktober 2001 spricht vielmehr für die Richtigkeit der vorinstanzlichen Feststellung, weist es doch die von A X._ für die nicht informierten Erbenstämme verwalteten Vermögenswerte separat aus. Die weitere von der Steuerverwaltung in diesem Zusammenhang vorgebrachte Kritik betrifft nicht entscheiderhebliche Punkte oder die rechtliche Würdigung, worauf nachstehend einzugehen ist. Die Beschwerden der Steuerverwaltung sind in diesem Punkt unbegründet, soweit angesichts der wenig substantiierten Begründung überhaupt darauf einzutreten ist.
Die Steuerverwaltung rügt diese Feststellung als aktenwidrig und willkürlich. Sie legt jedoch nicht dar, aus welchen Unterlagen sich die Aktenwidrigkeit und die offensichtliche Unrichtigkeit der Beweiswürdigung ergeben sollte. Das bei den Akten liegende Inventar der Bezirksschreiberei Arlesheim vom 8. Oktober 2001 spricht vielmehr für die Richtigkeit der vorinstanzlichen Feststellung, weist es doch die von A X._ für die nicht informierten Erbenstämme verwalteten Vermögenswerte separat aus. Die weitere von der Steuerverwaltung in diesem Zusammenhang vorgebrachte Kritik betrifft nicht entscheiderhebliche Punkte oder die rechtliche Würdigung, worauf nachstehend einzugehen ist. Die Beschwerden der Steuerverwaltung sind in diesem Punkt unbegründet, soweit angesichts der wenig substantiierten Begründung überhaupt darauf einzutreten ist.
2.3 2.3.1 Nach Art. 10 Abs. 1 DBG wird das Einkommen von Erbengemeinschaften den einzelnen Erben zugerechnet. Die Anteile bestimmen sich nach den gesetzlichen oder testamentarischen Quoten (vgl. Bernhard J. Greminger/Bettina Bärtschi, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, 2. Aufl. 2008, Art. 10 N. 2). Die Steuerpflicht des einzelnen Erben gemäss seiner Erbquote - und nicht bezüglich einzelner Erbschaftsgegenstände - beruht auf der Überlegung, dass die Erben den Nachlass beim Tode der Erblassers von Gesetzes wegen als Ganzes erwerben (Art. 560 Abs. 1 ZGB; vgl. BGE 118 Ia 41 E. 3 S. 43).
2.3.2 Es ist unbestritten, dass hinsichtlich des unversteuerten Teils des Nachlasses von V X._ die Erbengemeinschaft der vier Stämme fortbestand, bis nach dem Tod von A X._ im Jahr 2001 auch für diesen Teil die Erbteilung erfolgte. Die Vermögenserträge, für welche die fraglichen Nachsteuern erhoben werden, standen somit während des ganzen Zeitraums der Erbengemeinschaft zu. R X._, Q Y._ und A X._, die den fraglichen Nachlassteil verwalteten, hatten kein Eigentum an den gemeinsamen Gütern. Ebenso steht fest, dass die vier Kinder bzw. deren Nachkommen allein am unversteuerten Nachlassteil erbberechtigt sind. Bei Anwendung von Art. 10 Abs. 1 DBG haben sie daher die Nachsteuern zu je einem Viertel zu tragen.
2.3.3 Die Steuerverwaltung macht jedoch geltend, wegen des deliktischen Handelns von R X._, Q Y._ und A X._ könne die Erbberechtigung für die Zurechnung der Nachsteuern nicht massgebend sein. Sie bringt verschiedene Gründe vor, warum die Nachsteuern für die zwei Viertel von T._ und den Nachkommen von J X._ zu je einem Drittel von den Erben von R X._, Q und P Y._ sowie von den Erben von A X._ zu tragen seien.
Die erwähnte Zurechnung gebietet nach Auffassung der Steuerverwaltung zunächst der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV). Da T._ und die Nachkommen von J X._ bis ins Jahr 2001 vom unversteuerten Nachlassteil nichts gewusst hätten, sei ihnen mit Blick auf den ihnen zustehenden Anteil daran die Leistungsfähigkeit abgegangen. Mangels Kenntnis hätten sie nicht darüber verfügen können, weshalb das Steuersubstrat im fraglichen Zeitraum nicht ihnen zugerechnet werden könne.
Diese Argumentation übersieht, dass erbrechtliche Ansprüche nicht von der Kenntnis der Berechtigten abhängen. T._ sowie die Nachkommen von J X._ müssen überdies für den ihnen gemäss Art. 10 Abs. 1 DBG zurechenbaren Anteil an den Nachsteuern erst in einem Zeitpunkt aufkommen, in dem sie ihre Quote am unversteuerten Nachlass erhalten haben. Es trifft deshalb gerade nicht zu, dass ihrer Nachsteuerpflicht die fehlende Leistungsfähigkeit entgegensteht. Sie sind durch die nachträgliche Besteuerung finanziell nicht schlechter gestellt, als wenn sie ihren Erbteil bereits früher erhalten hätten und in der Folge auf den Erträgen des ihnen zugewiesenen Vermögens die direkte Bundessteuer hätten entrichten müssen.
2.3.4 Auch die weiteren von der Steuerverwaltung vorgebrachten Gründe für eine von Art. 10 Abs. 1 DBG abweichende Zurechnung sind nicht stichhaltig. So trifft es nicht zu, dass T._ und die Nachkommen von J X._ vor dem Jahr 2001 lediglich eine Anwartschaft auf einen Anteil am unversteuerten Nachlass von V X._ gehabt hätten. Alle Erben von V X._ waren vielmehr bezüglich der unversteuerten Vermögenswerte Gesamteigentümer (Art. 602 Abs. 2 ZGB). Schliesslich ist auch die Behauptung der Steuerverwaltung unrichtig, dass der vorinstanzliche Entscheid zu einem Verlust an Steuersubstrat führe. Vielmehr können die zuständigen Behörden auch von T._ und den Nachkommen von J X._ für die ihnen zugekommenen Anteile am nicht deklarierten Nachlass Nachsteuern erheben.
2.4 Die vorinstanzliche Auffassung, dass bei der direkten Bundessteuer die Nachsteuern für die Anteile von T._ und den Nachkommen von J X._ am unversteuerten Nachlass von V X._ nicht den Erben von R X._ und von A X._ sowie P und Q Y._ auferlegt werden können, erweist sich demnach als zutreffend. Im Hauptpunkt sind die Beschwerden der Steuerverwaltung somit unbegründet.
3. 3.1 Für diesen Fall stellt die Steuerverwaltung den Eventualantrag, den Bussenfaktor zur Bestimmung der Strafsteuer, die Q Y._ aufzuerlegen ist, auf 1,5 festzusetzen. Sie macht geltend, die Vorinstanz hätte als Folge der Änderung der Zurechnung bei den Nachsteuern die ausgefällte Busse erhöhen müssen, wozu sie nach den kantonalen Verfahrensvorschriften berechtigt sei.
3.2 Nach Art. 175 Abs. 2 DBG beträgt die Busse bei Steuerhinterziehung in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. Die Vorinstanz legt näher dar, wieso der von der Steuerverwaltung festgesetzte Bussenfaktor von 0,8 dem Verschulden von Q Y._ entspricht. Diese Erwägungen stellt die Steuerverwaltung auch jetzt nicht in Frage. Sie ist jedoch der Auffassung, der Faktor müsse angemessen erhöht werden, weil sich der Nachsteuerbetrag aufgrund der unterschiedlichen Zurechnung der Vorinstanz reduziere. Mit dieser Argumentation unterstellt die Steuerverwaltung, dass Q Y._ ebenfalls für die Verheimlichung des Nachlassteils zu bestrafen sei, der T._ und den Nachkommen von J X._ zustand. Das trifft jedoch nicht zu. Nach Art. 175 Abs. 1 DBG kann eine Steuerhinterziehung nur vom Steuerpflichtigen selber begangen werden; deshalb wird denn auch die Busse entsprechend der hinterzogenen Steuer bemessen. Da Q Y._ jedoch für den ihr nicht zustehenden Anteil am unversteuerten Nachlass nicht steuerpflichtig ist, hat dieser bei der Bussenbemessung ausser Acht zu bleiben. Der angefochtene Entscheid ist daher nicht zu beanstanden und die gegen P und Q Y._ erhobene Beschwerde auch in diesem Punkt unbegründet.
4. 4.1 T._ wendet sich in ihrer Beschwerde gegen die bloss teilweise Aufhebung des Einspracheentscheids vom 13. April 2006. Nach ihrer Auffassung hätte die Vorinstanz den genannten Entscheid vollständig aufheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Steuerverwaltung zurückweisen müssen. Andernfalls sei T._ nicht in der Lage, ihre Interessen - namentlich mit Blick auf eine allfällige Strafsteuer, die Verzugszinsen und den Beginn der Verjährung - geltend zu machen.
4.2 Die vorgebrachte Rüge beruht auf einer Verkennung der Tragweite des vorinstanzlichen Entscheids. Dieser bezieht sich allein auf die Nachsteuern, welche den Erben von R X._ auferlegt werden. Die Beschwerdeführerin räumt indessen selber ein, dass insoweit der Sachverhalt geklärt ist und sich eine Rückweisung an die Vorinstanz zur Neuveranlagung erübrigt. Der vorinstanzliche Entscheid regelt dagegen die Nachsteuerpflicht von T._ als Erbin von J X._ nicht, und erst recht ergibt sich für sie daraus keine Pflicht zur Bezahlung einer Strafsteuer. Wenn die zuständigen Steuerbehörden gegen sie entsprechende Verfahren einleiten, hat sie die Möglichkeit, in diesem Rahmen die genannten Einwendungen vollumfänglich vorzubringen. Ihre Beschwerde ist daher unbegründet.
5. Aus diesen Erwägungen sind die Beschwerden der Steuerverwaltung abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerde von T._ ist abzuweisen.
Die bundesgerichtlichen Kosten sind bei diesem Verfahrensausgang und den auf dem Spiel stehenden finanziellen Interessen dem Kanton Bern sowie - angesichts der untergeordneten vorgebrachten Rügen allerdings lediglich zu einem geringen Teil - T._ aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 3 BGG). Der Kanton Bern hat die Beschwerdegegner in den von ihm angestrengten Verfahren angemessen zu entschädigen, soweit ihnen dadurch Kosten erwachsen sind und sie obsiegen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Q Y._ hat im Verfahren 2C_55/2008 keinen Antrag gestellt und deshalb keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_46-48/2008 und 2C_55/2008 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden der Steuerverwaltung des Kantons Bern werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
Die Beschwerde von T._ wird abgewiesen.
3. Dem Kanton Bern werden Gerichtskosten von insgesamt Fr. 10'000.-- und T._ Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- auferlegt.
4. Der Kanton Bern hat die Erben von A X._ im Verfahren 2C_46/ 2008 mit Fr. 7'000.-- sowie P und Q Y._ bzw. Q Y._ in den Verfahren 2C_47/2008 und 2C_48/2008 mit insgesamt Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng