Erwägungen:
1. X._ gelangte am 7. Januar 2011 an die Steuerverwaltung des Kantons Glarus mit dem Begehren um Wiederherstellung der Frist zur Ergreifung eines Rechtsmittels betreffend die Veranlagung 2008. Noch gleichentags bestätigte ihm die Steuerrekurskommission des Kantons Glarus den Eingang des ihr von der kantonalen Steuerverwaltung überwiesenen "Steuerrekurses vom 7. Januar 2011", unter Ansetzung einer Frist von 20 Tagen zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 350.--. Am 22. März 2011 setzte die Steuerrekurskommission eine Nachfrist von 15 Tagen zur Vorschussleistung an, unter Androhung des Nichteintretens im Unterlassungsfall. Da auch innert der Nachfrist keine Zahlung einging, trat die Steuerrekurskommission mit Verfügung vom 4. Juli 2011 auf den Rekurs nicht ein. Die Verfügung enthielt den Hinweis, dass dagegen innert 30 Tagen beim Verwaltungsgericht des Kantons Glarus Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht werden könne.
Am 23. September 2011 reichte X._ unter Bezugnahme auf die Nichteintretensverfügung der Steuerrekurskommission vom 4. Juli 2011 beim Bundesverwaltungsgericht eine als "Verwaltungsrechtliche Klage" bezeichnete Rechtsschrift ein. Das Bundesverwaltungsgericht hat die Eingabe am 26. September 2011 an das Bundesgericht weitergeleitet.
2. Auf dem Gebiet der direkten Steuern ist jegliche Zuständigkeit des Bundesverwaltungsgerichts ausgeschlossen. Für entsprechende Rechtsstreitigkeiten ist auf Bundesebene allein das Bundesgericht zuständig, wobei es abgesehen von wenigen Anwendungsfällen - ein solcher liegt hier nicht vor (vgl. Art. 120 BGG) - nicht mit Klage, sondern mit Beschwerde angerufen werden kann. Es behandelt dabei Beschwerden gegen Entscheide der in Art. 86 Abs. 1 BGG genannten Behörden. Richtet sich die Beschwerde gegen eine kantonale Entscheidung im Bereich des Abgaberechts, ist die Beschwerde ans Bundesgericht nur zulässig, wenn sie von einem oberen Gericht ausgeht, das kantonal letztinstanzlich entscheidet (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Steuerrekurskommission des Kantons Glarus ist kein solches Gericht, sind doch seine Entscheide grundsätzlich ans kantonale Verwaltungsgericht weiterziehbar (Art. 105 Abs. 1 lit e des Glarner Gesetzes vom 4. Mai 1986 über die Verwaltungsrechtspflege bzw. Art. 166 Abs. 1 des Glarner Steuergesetzes vom 7. Mai 2000). Es fehlt mithin offensichtlich an einem vor Bundesgericht anfechtbaren Akt, sodass mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG auf den Rechtsschrift vom 23. September 2011 nicht einzutreten ist. Die Sache ist, ungeachtet des Inhalts der gestellten Anträge und erhobenen Rügen, an das für die Behandlung von Beschwerden gegen Entscheide der kantonalen Steuerrekurskommission zuständige Verwaltungsgericht des Kantons Glarus zu überweisen.
Auf die Erhebung von Kosten wird unter den gegebenen Umständen verzichtet (Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG)
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Rechtsschrift vom 23. September 2011 wird nicht eingetreten.
2. Die Sache wird zuständigkeitshalber an das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus überwiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Steuerrekurskommission des Kantons Glarus, der Eidgenössischen Steuerverwaltung sowie, zur Kenntnisnahme, dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller