Sachverhalt:
A. Das Strafgericht Basel-Landschaft verurteilte X._ am 30. Januar 2009 wegen mehrfacher qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung, Betrugs, mehrfacher Urkundenfälschung sowie Unterdrückung von Urkunden zu einer Freiheitsstrafe von 24 Monaten, bedingt vollziehbar, bei einer Probezeit von zwei Jahren. Gleichzeitig sprach ihn das Gericht von der Anklage der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung und der mehrfachen Urkundenfälschung frei. Der Anklage wegen verschiedener vor dem 31. Januar 1994 bzw. 1. Januar 1995 angeblich verübter Delikte gab das Gericht infolge Eintritt der Verjährung keine Folge.
B. Gegen dieses Urteil erklärte der stellvertretende Besondere Untersuchungsrichter des Besonderen Untersuchungsrichteramts des Kantons Basel-Landschaft (nachfolgend: BUR) Appellation beim Kantonsgericht Basel-Landschaft. Dieses hiess die Appellation teilweise gut und verurteilte X._ wegen mehrfacher qualifizierter Veruntreuung, Betrugs, mehrfacher Urkundenfälschung sowie Unterdrückung von Urkunden zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren, wovon zwei Jahre bedingt aufgeschoben, bei einer Probezeit von zwei Jahren. Im Übrigen bestätigte es die Freisprüche infolge Verjährungseintritts hinsichtlich der vor dem 5. Januar 1995 in Frage stehenden Delikte.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er verlangt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils. Zudem sei er vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei das Urteil zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei er wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung zu einer bedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 18 Monaten zu verurteilen.
X._ beantragt ausserdem, die aufschiebende Wirkung der Beschwerde sei zu bestätigen, es seien keine Kosten zu erheben, und es sei ihm eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen.
D. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
Der Beschwerdeführer amtete von 1980 bis im August 2001 als Präsident des Stiftungsrats, ab Mitte 1990 auch als einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer, der Sammelstiftung "A._", einer Personalvorsorgestiftung mit Sitz in B._. Ab Februar 1995 bestand nur noch eine Zeichnungsberechtigung zu zweit, de facto blieb der Beschwerdeführer jedoch bis Ende Juli 2001 alleiniger Geschäftsführer der A._.
Der Zweck der Stiftung bestand in der Durchführung des BVG-Obligatoriums für die Arbeitgeber und Arbeitnehmer der ihr angeschlossenen Firmen in der Schweiz. Ende 1999 waren dies etwa 100 kleinere Unternehmen mit insgesamt 870 Mitarbeitern. Die Bilanzsumme der Stiftung betrug rund 43 Mio. Franken. Das Stiftungsvermögen war dem Beschwerdeführer als Geschäftsführer zur Verwaltung bzw. Anlage anvertraut.
Der Beschwerdeführer gewährte zum Nachteil der A._ und in Verletzung seiner gesetzlichen und reglementarischen Pflichten als Stiftungsrat und Geschäftsführer verschiedenen bonitätsmässig nicht einwandfreien Schuldnern in teilweise erheblichen finanziellen Schwierigkeiten zahlreiche nicht oder ungenügend gesicherte Darlehen. Darlehensnehmer waren der Beschwerdeführer selbst, von ihm beherrschte Gesellschaften sowie Freunde und Geschäftskunden seiner Treuhandfirma. Die von vornherein erheblich gefährdeten Darlehen führten zu hohen finanziellen Ausfällen und schliesslich Ende Juli 2001 zur Liquidation der A._. Die Zeichnungsberechtigung wurde dem Beschwerdeführer sowie den übrigen A._-Stiftungsräten hierauf durch das Amt für Stiftungen und Berufliche Vorsorge des Kantons Basel-Landschaft entzogen. Die Liquidation förderte eine Überschuldung von 23 Mio. Franken zutage. Durch die gerichtlich beurteilten Darlehen und Geldwechselgeschäfte verursachte der Beschwerdeführer einen Schaden von über 13 Mio. Franken.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des Anspruchs auf ein faires Verfahren (Art. 30 BV, Art. 6 EMRK) sowie von § 33 des Gesetzes vom 22. Februar 2001 über die Organisation der Gerichte und der Strafverfolgungsbehörden (Gerichtsorganisationsgesetz, GOG, GS 34.0161) des Kantons Basel-Landschaft geltend. Gemäss § 33 Abs. 2 lit. d benötigten Staatsanwälte eine abgeschlossene rechtswissenschaftliche Ausbildung. Der im vorliegenden Verfahren Anklage erhebende Besondere Untersuchungsrichter lic. rer. pol. C._ (Revisor) erfülle diese Voraussetzungen nicht.
Als vor einigen Jahren das BUR geschaffen worden sei, habe man vorgesehen, dass auch der Besondere Untersuchungsrichter Anklage erheben könne und diesfalls gemäss Staatsanwaltschaftsmodell zum Staatsanwalt mutiere. Die Vorinstanz handle überspitzt formalistisch und willkürlich, wenn sie erwähne, dass die Behördenträger des BUR keine juristische Ausbildung benötigten. Die Wirtschaftskriminalität stelle zweifellos ein interdisziplinäres Problem dar. Die Vorinstanz übersehe aber, dass das BUR einerseits Ermittlungshandlungen vorzunehmen, andererseits nach Abschluss der Voruntersuchung Anklage zu erheben und den Fall vor Gericht zu vertreten habe. Es sei unbestritten, dass der Gesetzgeber für die Ermittlungen der Voruntersuchung nicht nur Juristen betrauen wollte. Ganz anders verhalte es sich jedoch bei der Anklageerhebung und Vertretung vor Gericht. Für diese staatsanwaltschaftlichen Funktionen verlange der Gesetzgeber klarerweise eine juristische Ausbildung. Eine gesetzliche Ausnahmeregelung sei auch nach Schaffung des BUR nicht vorgesehen (Beschwerde, S. 2 ff.).
Die vorinstanzliche Argumentation, er habe zu spät auf den Organmangel hingewiesen, sei nicht zu hören. Er habe in guten Treuen sofort den Mangel bei der Vorinstanz geltend gemacht. Während des Ermittlungsverfahrens bestehe keine Pflicht für eine juristische Ausbildung. Zudem sei nicht zu erwarten, dass sich ein Staatsanwalt nicht an die Vorschrift gemäss § 33 GOG halte. Schliesslich wäre die Einhaltung dieser Bestimmung von Amtes wegen zu überprüfen gewesen (Beschwerde, S. 4).
2.2 Die Vorinstanz kommt nach Auslegung der einschlägigen Bestimmungen des GOG zum Schluss, dass der Besondere Untersuchungsrichter und dessen Stellvertreter keine rechtswissenschaftliche Ausbildung benötigten. Dies ergebe sich zunächst aus dem Gesetzeswortlaut von § 33 Abs. 2 GOG, wonach diese bei den Behördenträgern, die über einen juristischen Abschluss verfügen müssen, nicht erwähnt seien. Mit Blick auf die Gesetzessystematik verweist die Vorinstanz weiter auf § 26 Abs. 1 GOG, der das BUR und die Staatsanwaltschaft als eigenständige Behörden, die für die Untersuchung strafbarer Handlungen zuständig sind, erwähne. Das GOG sehe in § 32 für die Mitarbeiter des BUR und der Staatsanwaltschaft zudem unterschiedliche Anstellungsorgane vor. Es könne daher nicht angenommen werden, dass für beide Behörden stets dieselben Regeln gälten. Zum gleichen Ergebnis führe auch die teleologische Auslegung, da für die Untersuchung und Verfolgung von Wirtschaftsdelikten primär ökonomische und nicht ausschliesslich juristische Fähigkeiten und Kenntnisse benötigt würden. Schliesslich habe auch der Gesetzgeber, auf dessen Beratungen die Vorinstanz verweist, bewusst keinen rechtswissenschaftlichen Abschluss verlangen wollen (angefochtenes Urteil, S. 4 ff.).
Selbst wenn der juristische Abschluss Voraussetzung für die Anklageerhebung wäre, könnte dem Antrag des Beschwerdeführers nicht stattgegeben werden. Ein Organmangel müsse nach Treu und Glauben und unter Beachtung des Rechtsmissbrauchsverbots unmittelbar bei Kenntnisnahme geltend gemacht werden, was der Beschwerdeführer unterlassen habe (angefochtenes Urteil, S. 7 f.).
2.3 Der vom Beschwerdeführer angerufene Grundsatz des fairen Verfahrens ist in Art. 30 BV und Art. 6 EMRK verankert. Daraus kann allerdings nicht abgeleitet werden, dass das Bundesgericht die angerufenen Normen des basellandschaftlichen Gerichtsorganisationsgesetzes mit freier Kognition überprüfen müsste. Denn die Verletzung des einfachen kantonalen Gesetzesrechts stellt, von hier nicht in Betracht kommenden Ausnahmen abgesehen, keinen zulässigen Beschwerdegrund dar (Art. 95 BGG; Urteil 6B_385/2008 vom 21. Juli 2008 E. 3.1 mit Hinweis). Das Bundesgericht prüft daher im vorliegenden Fall die Verletzung der geltend gemachten Verfassungsgrundsätze bloss auf Willkür hin.
Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nur vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 136 IV 1 E. 1.7.1 mit Hinweis).
2.4 Die Vorinstanz hat auf dem Weg der Gesetzesauslegung, unter Berücksichtigung der massgeblichen Auslegungselemente ermittelt, ob der Besondere Untersuchungsrichter sowie dessen Stellvertreter eine juristische Ausbildung benötigen und diese Frage verneint. Dies ist nicht zu beanstanden. Auch wenn das Führen eines Strafprozesses und die Appellation gegen ein erstinstanzliches Urteil klassische staatsanwaltschaftliche Aufgaben darstellten, wie der Beschwerdeführer einwendet, vermag er mit seinen Vorbringen keine Willkür der Vorinstanz darzutun. Der Gesetzgeber des Kantons Basel-Landschaft hat entschieden, dem BUR innerhalb seines Zuständigkeitsbereichs dieselben Rechte und Pflichten wie den Statthalterämtern sowie der Staatsanwaltschaft zukommen zu lassen (§ 8 Abs. 4 StPO/BL). Gleichzeitig verlangt er nicht, wie die Vorinstanz willkürfrei durch Gesetzesauslegung nachweist, dass die Behördenträger des BUR eine juristische Ausbildung benötigen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, er habe als Organ einer Stiftung gehandelt. Nach gefestigter Bundesgerichtspraxis und der Literatur seien einem Organ keine Vermögenswerte im Sinne des Veruntreuungstatbestandes anvertraut. Organe seien keine Dritte, sondern Teil der jeweiligen Gesellschaft selbst. Gerade auch Personalvorsorgestiftungen müssten teilweise wirtschaftlich einen viel grösseren Aktivismus betreiben als Handelsgesellschaften und Genossenschaften. Zwischen diesen Gesellschaftsformen sei daher nicht zu differenzieren, zumal das Strafgesetzbuch eine solche Unterscheidung beim Veruntreuungstatbestand ebenfalls nicht vornehme. Seine Investitionen hätten sich zwar nachträglich als falsch erwiesen, sie hätten aber nichts mit einem "Wirtschaften in die eigene Tasche" zu tun. Es sei daher von einer ungetreuen Geschäftsbesorgung auszugehen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, er habe als Organ einer Stiftung gehandelt. Nach gefestigter Bundesgerichtspraxis und der Literatur seien einem Organ keine Vermögenswerte im Sinne des Veruntreuungstatbestandes anvertraut. Organe seien keine Dritte, sondern Teil der jeweiligen Gesellschaft selbst. Gerade auch Personalvorsorgestiftungen müssten teilweise wirtschaftlich einen viel grösseren Aktivismus betreiben als Handelsgesellschaften und Genossenschaften. Zwischen diesen Gesellschaftsformen sei daher nicht zu differenzieren, zumal das Strafgesetzbuch eine solche Unterscheidung beim Veruntreuungstatbestand ebenfalls nicht vornehme. Seine Investitionen hätten sich zwar nachträglich als falsch erwiesen, sie hätten aber nichts mit einem "Wirtschaften in die eigene Tasche" zu tun. Es sei daher von einer ungetreuen Geschäftsbesorgung auszugehen.
3.2 3.2.1 Die Vorinstanz erwägt, dass den Organen einer juristischen Person das Gesellschaftsvermögen und insbesondere dem jeweiligen Stiftungsratspräsidenten das Stiftungsvermögen als anvertraut gelte. Das Bundesgericht habe dies in verschiedenen früheren Entscheidungen bejaht (angefochtenes Urteil, S. 11).
Die Anwendung des Tatbestandes der Veruntreuung bei geschäftsführenden Organen entspreche auch der eigenen Praxis. Andernfalls bestünde zudem eine fragwürdige Ungleichbehandlung der Gesellschaftsorgane gegenüber den übrigen (gewöhnlichen) Angestellten (angefochtenes Urteil, S. 12).
Bei einer Personalvorsorgestiftung stünden die Vornahme einer sicheren Vermögensanlage sowie die Verwaltung der Vermögenswerte im Vordergrund. Zwar würden auch Vermögensanlagen mit dem Ziel der Wertvermehrung getätigt, doch gehe es nicht um eine wirtschaftliche Tätigkeit, sondern darum, möglichst viele finanzielle Mittel zugunsten der Destinatäre zur Verfügung zu halten. Da die Stiftungsorgane die spezifische Pflicht hätten, das Stiftungsvermögen in ihrem Bestand zu erhalten, sei deren Aufgabe mit derjenigen eines Treuhänders im Sinne von Art. 138 StGB grundsätzlich gleich. Die Literatur gehe daher zu Recht ebenfalls nicht davon aus, dass das Vermögen einer Personalvorsorgestiftung deren Organen nicht anvertraut sei (angefochtenes Urteil, S. 13 f.).
3.2.2 Als registrierte Vorsorgeeinrichtung gemäss BVG habe die Stiftung "A._" die im BVG und der Verordnung vom 18. April 1984 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVV 2) festgehaltenen Grundsätze der Vermögensverwaltung zu beachten, wobei die Sicherheit der Anlage erste Priorität geniesse (Art. 71 Abs. 1 BVG). Umgesetzt werde dieser Grundsatz in den Stiftungsreglementen der A._, wonach die Kapitalanlagen nach den Gesichtspunkten der Sicherheit, Risikoverteilung, Rentabilität, Wertbeständigkeit und Liquidität zu erfolgen hätten (Art. 23 des Basisreglements, act. 20.04.017 der Vorakten). Gemäss Art. 51 Ziff. 1 des Vorsorgereglements der A._ habe der Stiftungsrat das Stiftungsvermögen nach den Grundsätzen der Sicherheit, marktgerechter Erträge, angemessener Risikoverteilung und Liquidität gemäss einem besonderen Anlagereglement anzulegen (act. 20.04.042 der Vorakten). Nach Ziff. 2 dieses Anlagereglements sei das Vermögen so anzulegen, dass der Sicherheit, Risikoverteilung, Rendite, Realwerterhaltung und Zahlungsbereitschaft Rechnung getragen werde. Zudem habe die Sicherheit der Rendite klar vorzugehen, die Kreditwürdigkeit der Schuldner sei zu berücksichtigen, und Spekulationen hätten zu unterbleiben (act. 20.04.002 der Vorakten). Der Beschwerdeführer habe diese Vermögenswerte mit der Verpflichtung empfangen, sie gemäss den angeführten Vorschriften zu verwalten und habe mittels alleiniger Verfügungsmacht über die Konti der A._ verfügt, weshalb ihm das fragliche Stiftungsvermögen anvertraut gewesen sei (angefochtenes Urteil, S. 15 f.).
3.3 Gemäss Art. 138 Ziff. 1 Abs. 2 StGB wird wegen Veruntreuung mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder mit Geldstrafe bestraft, wer ihm anvertraute Vermögenswerte unrechtmässig in seinem oder eines anderen Nutzen verwendet. Die tatbestandsmässige Handlung besteht bei der Veruntreuung von Vermögenswerten in einem Verhalten, durch das der Täter eindeutig seinen Willen bekundet, den obligatorischen Anspruch des Treugebers zu vereiteln (BGE 133 IV 21 E. 6.1.1; 121 IV 23 E. 1c mit Hinweisen). Die Gefährdung der Verwirklichung des obligatorischen Anspruchs des Treugebers bedeutet für diesen einen Vermögensschaden. Die Tatbestandsvariante von Art. 138 Ziff. 1 Abs. 2 StGB soll diejenigen Fälle erfassen, die Abs. 1 strukturell gleichwertig sind, bei denen jedoch aus zivilrechtlichen Gründen die Fremdheit der Sache nicht gegeben oder zweifelhaft ist.
Als anvertraut gilt, was jemand mit der Verpflichtung empfängt, es in bestimmter Weise im Interesse des Treugebers zu verwenden, insbesondere es zu verwahren, zu verwalten oder einem anderen abzuliefern. Eine solche Verpflichtung kann auf ausdrücklicher oder stillschweigender Abmachung beruhen. Das Anvertrautsein von Vermögenswerten setzt dabei voraus, dass der Treuhänder ohne Mitwirkung des Treugebers über diese verfügen kann, ihm mithin Zugriff auf das fremde Vermögen eingeräumt worden ist. Daneben ist erforderlich, dass das Empfangene dem Treuhänder wirtschaftlich fremd ist. Dies ist der Fall, wenn der Treuhänder verpflichtet ist, dem Treugeber dessen Wert ständig zu erhalten (vgl. zum Ganzen BGE 133 IV 21 E. 6.2 mit Hinweisen).
Der subjektive Tatbestand erfordert für beide Tatvarianten der Veruntreuung Vorsatz und ein Handeln in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht. Nach der Rechtsprechung bereichert sich bei der Veruntreuung von Vermögenswerten unrechtmässig, wer die Vermögenswerte, die er dem Berechtigten jederzeit zur Verfügung zu halten hat, in seinem Nutzen verwendet, ohne fähig und gewillt zu sein, sie jederzeit sofort zu ersetzen (BGE 133 IV 21 E. 6.1.2 mit Hinweis).
Der subjektive Tatbestand erfordert für beide Tatvarianten der Veruntreuung Vorsatz und ein Handeln in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht. Nach der Rechtsprechung bereichert sich bei der Veruntreuung von Vermögenswerten unrechtmässig, wer die Vermögenswerte, die er dem Berechtigten jederzeit zur Verfügung zu halten hat, in seinem Nutzen verwendet, ohne fähig und gewillt zu sein, sie jederzeit sofort zu ersetzen (BGE 133 IV 21 E. 6.1.2 mit Hinweis).
3.4 3.4.1 Die Vorinstanz weist zu Recht darauf hin, dass sich eine Personalvorsorgestiftung grundlegend von einer Handelsgesellschaft bzw. Genossenschaft unterscheidet. Stiftungen besitzen als verselbständigte Zweckvermögen zwar Gemeinsamkeiten mit den privatrechtlichen Körperschaften (wie die Aktiengesellschaft, GmbH oder Genossenschaft), indem sie zur Verfolgung eines bestimmten Zwecks gegründet werden und als eigenes Rechtssubjekt konstituiert sind. Grundlegende Unterschiede bestehen jedoch in der grundsätzlichen Unabänderlichkeit des Stiftungszwecks sowie darin, dass eine Stiftung keine Mitglieder, sondern einzig dienende Verwaltungsorgane besitzt, die den vorgegebenen Willen des Stifters mit den vorhandenen Vermögensmitteln auszuführen haben (ARTHUR MEIER-HAYOZ/PETER FORSTMOSER, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 10. Aufl. 2007, § 2 N 57).
Bei einer Personalvorsorgestiftung stehen ferner sichere Vermögensanlagen und die Verwaltung der Vermögenswerte im Vordergrund, wie die Vorinstanz ebenfalls zutreffend ausführt. Die angestrebte Rendite erfolgt zwecks Wertvermehrung der finanziellen Mittel zugunsten der Destinatäre, und nicht aus Gründen einer eigentlichen wirtschaftlichen Tätigkeit, wie dies bei einer Aktiengesellschaft der Fall ist. Es geht mit anderen Worten darum, das gestiftete Vermögen zu verwalten und anzulegen, nicht aber, eine unternehmerische Tätigkeit damit auszuüben (MEIER-HAYOZ/FORSTMOSER, a.a.O., § 23 N 10).
3.4.2 Der Beschwerdeführer empfing die Vermögenswerte der A._ nach den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen mit der Verpflichtung, sie im Interesse der Stiftung, d.h. gemäss den Stiftungsreglementen sowie den Vorschriften des BVG, zu verwalten. Zudem besass er die alleinige Verfügungsmacht über die Konti der A._, womit er ohne deren Mitwirkung über diese verfügen konnte. Die Voraussetzung der wirtschaftlichen Fremdheit ist ebenfalls erfüllt, da der Beschwerdeführer gegenüber der A._ den Wert der verwalteten Vermögenswerte ständig zu erhalten hatte. Dass die Zahlungen an den Beschwerdeführer dabei, wie von ihm behauptet, nicht Entschädigungen zu seinen Gunsten darstellten, ist unerheblich. Massgebend bleibt die zweckwidrige Verwendung im eigenen Nutzen oder in demjenigen eines Dritten. Die Vorinstanz verletzt daher kein Bundesrecht, wenn sie das Tatbestandselement des Anvertrautseins als gegeben erachtet. Die übrigen objektiven Tatbestandsmerkmale der Veruntreuung sind ebenfalls erfüllt und im Übrigen nicht bestritten. Inwiefern der subjektive Tatbestand der einzelnen Veruntreuungshandlungen nicht erfüllt sein sollte, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Er begnügt sich mit der pauschalen Feststellung, es könne nicht davon ausgegangen werden, dass er anvertrautes Gut unrechtmässig habe verwenden wollen. Hierauf ist nicht weiter einzugehen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht den qualifizierten Tatbestand der Veruntreuung als erfüllt betrachtet. Diese sei von einer Organstellung in der Stiftung ausgegangen. Von einer berufsmässigen Erfüllung des Veruntreuungstatbestandes könne daher keine Rede sein (Beschwerde, S. 6).
4.2 Nach Auffassung der Vorinstanz bezweckte die A._ die Vermögensverwaltung. Der Beschwerdeführer habe zunächst als deren einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer, später als de facto alleiniger Geschäftsführer über deren Geldanlagen bestimmt und diese auch selbständig verwaltet. Somit sei er mit Blick auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung klarerweise als berufsmässiger Vermögensverwalter zu qualifizieren (angefochtenes Urteil, S. 72 f.).
4.2 Nach Auffassung der Vorinstanz bezweckte die A._ die Vermögensverwaltung. Der Beschwerdeführer habe zunächst als deren einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer, später als de facto alleiniger Geschäftsführer über deren Geldanlagen bestimmt und diese auch selbständig verwaltet. Somit sei er mit Blick auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung klarerweise als berufsmässiger Vermögensverwalter zu qualifizieren (angefochtenes Urteil, S. 72 f.).
4.3 4.3.1 Art. 138 Ziff. 2 StGB droht demjenigen Täter eine höhere Maximalstrafe an, der die Tat unter anderem als berufsmässiger Vermögensverwalter begeht. Berufsmässige Vermögensverwaltung ist nicht leichthin anzunehmen. Der qualifizierte Tatbestand soll nur Tätergruppen erfassen, die ein erhöhtes Vertrauen geniessen. Nicht jede Person, die in Ausübung ihres Berufs Vermögen anvertraut erhält, kann somit als berufsmässiger Vermögensverwalter angesehen werden. Ein solcher ist nur, wer Vermögenswerte von Drittpersonen in deren Interesse und im Rahmen allfälliger Anweisungen selbstständig und berufsmässig verwaltet. Berufsmässig ist diese Tätigkeit, wenn sie einen bedeutenden Teil der Erwerbstätigkeit des Verwalters darstellt und einen erheblichen Umfang aufweist (BGE 117 IV 20 E. 1b zum gleichlautenden qualifizierten Tatbestand der Veruntreuung gemäss Art. 140 Ziff. 2 aStGB). Der Beruf muss somit gerade in der Verwaltung von Vermögen bestehen, wobei diese nicht die Haupttätigkeit sein muss. Auch wer sich zudem in wesentlichem Umfang anders betätigt, kann ein berufsmässiger Vermögensverwalter sein (BGE 100 IV 30; so auch GÜNTHER STRATENWERTH/GUIDO JENNY/FELIX BOMMER, Schweizerisches Strafrecht, Bes. Teil I, 7. Aufl. 2010, § 13 N. 64).
4.3.2 Der Beschwerdeführer als alleiniger Vermögensverwalter einer Personalvorsorgestiftung fällt unter den Anwendungsbereich von Art. 138 Ziff. 2 StGB. Seine Tätigkeiten bestanden zu einem grossen Teil in der selbstständigen Verwaltung von erheblichen Vermögenswerten. Es ist ferner nicht ersichtlich, wie vom Beschwerdeführer ohne weitere Begründung behauptet, weshalb aufgrund seiner Organstellung in der A._ nicht von einem berufsmässig handelnden Vermögensverwalter ausgegangen werden kann. Die Qualifikation des Beschwerdeführers als berufsmässiger Vermögensverwalter verletzt kein Bundesrecht.
5.1 5.1.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Strafzumessung der Vorinstanz. Die Annahme, er habe sich mit der höchsten und gefährlichsten Spitze der organisierten Kriminalität Europas getroffen, sei willkürlich. Die Vorinstanz habe diesen Aspekt bei den Tatkomponenten zu Unrecht sehr stark gewichtet. Ausserdem habe sie den Täter-Opfer-Ausgleich nicht genügend gewürdigt. Er habe nach seiner Haftentlassung Zahlungen von 1,107 Mio. Franken an die Gläubiger geleistet. Zudem sei es unredlich, wenn ihm die Vorinstanz die Nichteinigung mit dem BVG-Sicherheitsfonds vorwerfe, obwohl dieser gar keine Forderung gegenüber ihm erhoben habe. Willkürlich sei ferner die vorinstanzliche Behauptung, seiner beruflichen Integration sei kein allzu grosses Gewicht beizumessen (Beschwerde, S. 7 f.).
5.1.2 Willkür erblickt der Beschwerdeführer zudem in der vorinstanzlichen Begründung der deutlichen Straferhöhung gegenüber dem erstinstanzlichen Urteil, weil die Spezialprävention dies nach Ansicht der Vorinstanz erfordere. Er sei nicht vorbestraft, sei seit bald zehn Jahren nicht mehr straffällig geworden und habe sämtliche Schulden zurückbezahlt bzw. sich mit den Gläubigern geeinigt (Beschwerde, S. 8).
5.1.3 Die Vorinstanz habe weiter Art. 48 lit. d StGB nicht angewendet, wonach bei aufrichtiger Reue, namentlich bei Ersetzung des Schadens, eine Strafmilderung durchzuführen sei (Beschwerde, S. 8).
5.1.4 Überspitzter Formalismus sei ferner in Bezug auf die Verjährungsfristen betrieben worden. Die Vorinstanz spreche unter Verletzung der lex mitior von einer neurechtlichen Verjährungsfrist von 15 Jahren und einem fehlenden Wohlverhalten während zwei Dritteln dieser Frist. Auszugehen sei jedoch vom Gesetz im Zeitpunkt der angeklagten Sachverhalte, und damit einer Frist von zehn Jahren, weshalb er sich genügend lange wohlverhalten habe. Dies müsse zu einer Strafreduktion führen (Beschwerde, S. 8).
5.1.5 Der Beschwerdeführer rügt schliesslich eine Verletzung des Beschleunigungsgebots. Eine Verfahrensdauer von acht Jahren sowie das Liegenlassen des Falles während eines ganzen Jahres stellten eine sehr grobe Verletzung des Beschleunigungsgebots dar. Dies sollte sich nicht nur geringfügig strafmindernd auswirken (Beschwerde, S. 8).
5.1.5 Der Beschwerdeführer rügt schliesslich eine Verletzung des Beschleunigungsgebots. Eine Verfahrensdauer von acht Jahren sowie das Liegenlassen des Falles während eines ganzen Jahres stellten eine sehr grobe Verletzung des Beschleunigungsgebots dar. Dies sollte sich nicht nur geringfügig strafmindernd auswirken (Beschwerde, S. 8).
5.2 5.2.1 Die Vorinstanz wertet das Ausmass des verschuldeten Erfolgs mit einer Deliktssumme von 13,5 Mio. Franken als äusserst gravierend und klar zulasten des Beschwerdeführers. Zudem habe er über einen langen Zeitraum von fast sieben Jahren delinquiert und seine Vertrauensstellung in krasser Weise missbraucht. Negativ ins Gewicht fielen auch die leichtfertige Vernichtung der Vorsorgegelder, ferner der Umstand, dass er die Veruntreuungen zusätzlich durch Fälschung und Unterdrückung von Urkunden vertuscht habe sowie sein selbstherrliches, eigenmächtiges und überhebliches Vorgehen gegenüber den übrigen Stiftungsratsmitgliedern, die er kalt berechnend ausgeschaltet habe (angefochtenes Urteil, S. 75 f.).
Die grosse kriminelle Energie des Beschwerdeführers zeige sich bei den äusserst dubiosen Geldwechselgeschäften sowie seinen zweimaligen Treffen mit Mafia-Chefs. Zudem habe er noch delinquiert, als er bereits in Sachen A._ polizeilich einvernommen worden sei (angefochtenes Urteil, S. 76 f.). Er habe sich ohne materielle Not in die Kriminalität begeben und seine Geschäfte letztlich freiwillig getätigt. Er habe mit den ihm anvertrauten Stiftungsgeldern ein raffiniertes, spekulatives und hochriskantes fremdfinanziertes Firmengeflecht in seinem eigenen Interesse, aus reiner Geldgier und zur Befriedigung seiner persönlichen Geltungssucht errichtet. Die Vorinstanz leitet hieraus ein schweres Verschulden ab (angefochtenes Urteil, S. 77 f.).
5.2.2 Hinsichtlich seiner persönlichen Verhältnisse seien die geordneten Familienverhältnisse und sein Wohlverhalten seit Ende 2001 positiv zu werten. Die Vorinstanz verweist weiter auf die erstinstanzlichen Ausführungen, wonach er im ganzen Strafverfahren kooperiert, Einsicht sowie echte Reue gezeigt und sich auch ernsthaft um eine Wiedergutmachung bemüht habe, was strafmindernd zu berücksichtigen sei. Die Wiedergutmachungszahlungen von 1,107 Mio. Franken seien beachtlich, deckten aber dennoch nur einen kleinen Teil des verursachten Schadens (angefochtenes Urteil, S. 79).
5.2.3 Die Vorinstanz verneint eine besondere Strafempfindlichkeit des Beschwerdeführers aufgrund seiner beruflichen Situation als Geschäftsführer einer Treuhandgesellschaft mit 16 Angestellten, da diesbezüglich Zurückhaltung geboten sei. Die geltend gemachte Diabeteserkrankung erhöhe seine Strafempfindlichkeit ebenfalls nicht derart, dass dieser Umstand als strafmindernd zu berücksichtigen sei (angefochtenes Urteil, S. 80).
5.2.4 Ein vermindertes Strafbedürfnis aufgrund der verhältnismässig langen Zeit seit der Tat bei gleichzeitigem Wohlverhalten verneint die Vorinstanz ebenfalls. Nach dem bis zum 30. September 2002 geltenden Verjährungsrecht sei diese Zeit nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bei Ablauf von 9/10 der ordentlichen Verjährung erreicht gewesen. Nach dem geltenden Verjährungsrecht sei der Strafmilderungsgrund gemäss Art. 48 lit. e StGB in jedem Fall zu beachten, wenn 2/3 der Verjährungsfrist verstrichen seien. Gleichzeitig sei die Verjährungsfrist von zehn auf 15 Jahre verlängert worden. Nach beiden Rechten sei vorliegend eine verhältnismässig lange Zeit seit der Tat verstrichen. Das Erfordernis des Wohlverhaltens in dieser Zeit sei allerdings nicht gegeben, da der Beschwerdeführer bis Ende 2001 weiter delinquiert habe, weshalb er sich nicht bis zum Ablauf von 9/10 bzw. 2/3 der jeweiligen Verjährungsfrist wohlverhalten habe (angefochtenes Urteil, S. 80 f.).
5.2.5 Betreffend die geltend gemachte Verletzung des Beschleunigungsgebots hält die Vorinstanz fest, dass die Strafuntersuchung bis zu ihrem Entscheid rund acht Jahre gedauert habe. Angesichts des enormen Aktenumfangs von 45 Bundesordnern sei dem BUR grundsätzlich kein Vorwurf zu machen. Die Ausarbeitung der Anklageschrift nach Verfahrensabschluss habe ein Jahr zu lange gedauert und lasse sich mit Arbeitsüberlastung nicht entschuldigen. Dies sei aber aufgrund der umfangreichen Akten nicht gravierend. Das Beschleunigungsgebot sei nicht in schwerwiegender Weise verletzt, weshalb lediglich eine geringfügige Strafminderung erfolgen könne (angefochtenes Urteil, S. 81 f.).
5.3 Gemäss Art. 47 Abs. 1 StGB misst das Gericht die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben, die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Nach Art. 50 StGB hat das Gericht die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festzuhalten. Es liegt im Ermessen des Sachgerichts, in welchem Umfang es die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn das Gericht den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn es von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (vgl. BGE 134 IV 17 E. 2.1 mit Hinweisen).
5.4 Der Beschwerdeführer wendet sich zu Unrecht gegen die Strafzumessung der Vorinstanz. Er legt nicht dar, weshalb diese seine (bestrittenen) Geschäfte mit zwei Mafia-Grössen nicht hätte stark gewichten sollen, zumal er in einer polizeilichen Einvernahme selbst davon gesprochen hat, sich mit zwei Mafia-Chefs getroffen zu haben ("Je m souviens m'être déplacé (...) afin de recontrer deux chefs de la mafia"; act. 50.04.005 der Vorakten).
5.5 Ebenfalls nicht erkennbar ist, inwiefern die Vorinstanz die Schadenswiedergutmachung zu wenig berücksichtigt hätte, zumal sie die Wiedergutmachungszahlungen von 1,107 Mio. Franken als "beachtlich" einstuft. Nicht zu beanstanden ist die Feststellung, dass dennoch nur ein kleiner Teil des verursachten Schadens von 13 Mio. Franken abgedeckt worden sei. Die - unbelegte - Behauptung, der BVG-Sicherheitsfonds habe keine Forderung an ihn gestellt, kann hieran nichts ändern. Entgegen seinem Vorbringen ist auch die Straferhöhung gegenüber dem erstinstanzlichen Urteil nicht willkürlich, zumal die Vorinstanz (nicht aber die erste Instanz) den gewerbsmässigen Veruntreuungstatbestand bejaht.
5.6 Zu Unrecht rügt der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe Art. 48 lit. d StGB nicht angewendet. Die Vorinstanz bewertet die aufrichtige Reue sowie die teilweise Wiedergutmachung des Schadens explizit als strafmindernd (angefochtenes Urteil, S. 79).
5.7 Der Vorwurf des überspitzten Formalismus bezüglich des Strafmilderungsgrundes von Art. 48 lit. e StGB geht ebenfalls fehl. Nach dieser Bestimmung mildert das Gericht die Strafe, wenn das Strafbedürfnis in Anbetracht der seit der Tat verstrichenen Zeit deutlich vermindert ist und der Täter sich während dieser Zeit wohlverhalten hat. Dieser Strafmilderungsgrund stellt einen Konnex zwischen Zeitablauf und fehlendem Strafbedürfnis her. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum geltenden Verjährungsrecht hat eine Strafmilderung zu erfolgen, wenn zwei Drittel der Verjährungsfrist verstrichen sind. Gemäss altem Verjährungsrecht war dies nach 9/10 der abgelaufenen Verjährungsfrist der Fall (vgl. BGE 132 IV 1 E. 6.2.1 sowie das Urteil 6S.282/2005 vom 31. Januar 2007 E. 3.5 mit Hinweisen). Die Vorinstanz hält zu Recht fest, dass sich der Beschwerdeführer sowohl nach altem wie nach neuem Verjährungsrecht nicht während genügend langer Zeit wohlverhalten hat, weshalb sich die Frage der Anwendung von neuem oder altem Verjährungsrecht nicht stellt.
5.8 Hinsichtlich der vom Beschwerdeführer sinngemäss geltend gemachten Strafempfindlichkeit hat sich das Bundesgericht in seiner jüngeren Rechtsprechung in verschiedenen nicht publizierten Entscheiden geäussert (vgl. die Übersicht im Urteil 6B_470/2009 vom 23. November 2009 E. 2.5). Dabei hielt es fest, dass die Verbüssung einer Freiheitsstrafe für jeden in ein familiäres Umfeld eingebetteten Beschuldigten mit einer gewissen Härte verbunden ist. Als unmittelbare gesetzmässige Folge jeder Sanktion dürfe diese Konsequenz daher nur bei Vorliegen aussergewöhnlicher Umstände erheblich strafmindernd wirken.
Solche aussergewöhnliche Umstände sind, wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, nicht erkennbar. Es ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz keine besondere Strafempfindlichkeit aufgrund der beruflichen Integration des Beschwerdeführers sowie seiner Diabeteserkrankung berücksichtigt.
5.9 Das in Art. 29 Abs. 1 BV festgeschriebene Beschleunigungsgebot verpflichtet die Behörden, das Strafverfahren zügig voranzutreiben, um den Beschuldigten nicht unnötig über die gegen ihn erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen. Das Bundesgericht bejahte verschiedentlich Verletzungen des Beschleunigungsgebots (vgl. die Übersicht im Urteil 6B_440/2008 vom 11. November 2008 E. 6.1). Eine solche Verletzung wurde etwa bejaht bei einer Verfahrensdauer von sieben Jahren oder mehr (vgl. Urteile 6S.98/2003 vom 22. April 2004; 6S.335/2004 vom 23. März 2005; 6S.400/2006 vom 17. März 2007). Die hier zu beurteilende Gesamtdauer des Verfahrens von rund acht Jahren ist mit Blick auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung als überlang zu betrachten. Die Vorinstanz wertet insbesondere die einjährige Verzögerung nach Abschluss der Untersuchung und der Ausarbeitung der Anklageschrift als Verletzung des Beschleunigungsgebots, allerdings nicht als schwerwiegende, und nimmt eine geringfügige Strafminderung vor. Dies ist im Ergebnis nicht zu beanstanden, zumal der Vorinstanz im Rahmen der Strafzumessung ein weiter Ermessensspielraum zusteht und sie die bloss geringfügige Strafminderung mit den umfangreichen Akten, der Arbeitsüberlastung im BUR sowie dem vielschichtigen und komplexen Sachverhalt nachvollziehbar begründet.
5.10 Insgesamt wendet die Vorinstanz die relevanten Tat- und Täterkomponenten im Rahmen der Strafzumessung korrekt an. Der Beschwerdeführer zeigt nicht rechtsgenügend auf, inwiefern sie von rechtlich nicht massgebenden Gesichtspunkten ausgegangen wäre oder wesentliche Komponenten ausser Acht gelassen bzw. falsch gewichtet hätte. Es ist zudem nicht ersichtlich, inwiefern die Strafe in einem Masse unverhältnismässig streng wäre, dass die Vorinstanz das ihr zustehende Ermessen überschreiten oder missbrauchen würde.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. September 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller