Faits:
A. A.a Les époux X._ se sont séparés au mois de mars 2005; l'épouse a continué d'occuper l'appartement conjugal, dont le loyer mensuel s'élevait à 1'225 fr., charges comprises.
A.b Statuant le 17 novembre 2005 sur la requête de mesures protectrices de l'union conjugale déposée le 2 mai 2005 par l'époux, le Tribunal de première instance de Genève a attribué à celui-ci l'usage du logement conjugal et l'a condamné à verser à son épouse une pension de 1'500 fr. par mois. Sur appel de l'époux, ce montant a été réduit par la Cour de justice du canton de Genève, par arrêt du 16 juin 2006, à 1'100 fr. par mois, avec effet rétroactif au 1er mai 2005; elle a estimé que l'épouse devait augmenter son temps de travail pour gagner quelque 455 fr. de plus par mois.
Pour calculer la pension due à l'épouse, la Cour de justice a pris en compte, dans les charges de l'époux, le montant du loyer de l'appartement conjugal et inclus dans les dépenses de l'épouse un loyer théorique de 900 fr.; elle n'a ainsi pas tenu compte du fait que l'intimée avait continué à tort d'occuper l'appartement conjugal malgré qu'il avait été attribué à son époux par le prononcé de mesures protectrices, non contesté sur ce point. La contribution d'entretien arrêtée à 1'100 fr. par mois devait permettre à l'intimée de couvrir son strict minimum vital. Cet arrêt est définitif, les époux n'ayant pas recouru.
A.c L'époux n'a pas versé la pension due, tandis que l'épouse a quitté l'appartement conjugal le 31 juillet 2006 seulement.
B. B.a Le 12 janvier 2008, l'épouse a fait notifier à l'époux un commandement de payer portant notamment sur la somme de 23'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 15 mars 2007, correspondant aux contributions d'entretien dues du mois de mai 2005 au mois d'avril 2007. Le poursuivi a fait opposition totale.
B.b Lors de l'audience de mainlevée, la poursuivante a conclu à ce que la mainlevée ne soit prononcée qu'à hauteur de 19'800 fr., montant correspondant aux contributions d'entretien dues pour les mois de mai 2005 à octobre 2006, dès lors qu'elle avait cédé sa créance au Service cantonal d'avance et de recouvrement des pensions alimentaires pour la période ultérieure. Le poursuivi a opposé en compensation une créance de 18'375 fr., représentant les indemnités pour occupation illicite du logement conjugal dont son épouse avait gardé l'usage du 1er mai 2005 au 31 juillet 2006.
B.c Par jugement du 11 juillet 2008, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de 19'800 fr. avec intérêts à 5% dès le 15 mars 2007.
Statuant sur appel du poursuivi, la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 6 novembre 2008, annulé cette décision et prononcé la mainlevée définitive de l'opposition à hauteur de 13'500 fr. avec intérêts à 5% dès le 15 mars 2007.
C. Le poursuivi interjette un recours constitutionnel au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa réforme en ce sens que la mainlevée est prononcée à concurrence de 6'300 fr. avec intérêt à 5% dès le 15 mars 2007. Il se plaint d'une violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire.
Des observations n'ont pas été sollicitées.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé à l'encontre d'une décision prise en matière de poursuite pour dettes et de faillite, laquelle est en principe sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF; cf. ATF 133 III 399 consid. 1.2). Cependant, la valeur litigieuse n'atteint pas le minimum légal de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF) et aucune des exceptions prévues par la loi (art. 74 al. 2 LTF) n'est réalisée en l'espèce. Partant, seule la voie du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 ss LTF) est ouverte.
1.2 Aux termes de l'art. 99 al. 2 LTF (art. 117 LTF), toute conclusion nouvelle est irrecevable. Le recourant demande que la mainlevée ne soit prononcée qu'à hauteur de 6'300 fr. plus intérêt. Ce chef de conclusions ne vise cependant pas autre chose, mais seulement moins que celui en refus de la mainlevée. Les conclusions du recours ne sont donc pas nouvelles; elles sont seulement réduites (ATF 111 II 305 consid. 5c p. 306).
1.3 Le recours est interjeté contre un arrêt rendu sur recours par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF, auquel renvoie l'art. 114 LTF), qui met fin à la procédure de mainlevée, c'est-à-dire contre une décision finale (art. 90 LTF, auquel renvoie l'art. 117 LTF; ATF 133 III 399 consid. 1.4 p. 400). Le recourant a pris part à la procédure devant la juridiction précédente et a un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (art. 115 LTF). Enfin, le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF par renvoi de l'art. 117 LTF). Ainsi, il est en principe recevable.
1.4 Le recours constitutionnel peut être formé uniquement pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (art. 106 al. 2 et 117 LTF), c'est-à-dire expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (principe d'allégation; ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287), les exigences de motivation correspondant à celles de l'art. 90 al. 1 let. b aOJ (ATF 133 III 439 consid. 3.2 p. 444). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 II 396 consid. 3. p. 399/400). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision est manifestement insoutenable (ATF 134 II 349 consid. 3 p. 352).
L'arbitraire prohibé par l'art. 9 Cst. ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait concevable, voire préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de cette décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153; 133 II 257 consid. 5.1 p. 260; 133 III 462 consid. 4.4.1 p. 470).
2. 2.1 La cour cantonale a constaté que le recourant détient à l'encontre de l'intimée une créance établie par titre de 18'375 fr. - correspondant au loyer du logement conjugal du 1er mai 2005 au 31 juillet 2006 -, laquelle, en application de l'art. 125 ch. 2 CO, n'est en principe pas opposable en compensation à une créance en aliments. Elle a jugé que, en l'espèce, les conditions d'une compensation n'étaient pas réunies, car la pension que devait verser le recourant était de toute évidence indispensable à l'entretien de l'intimée, dont le budget se soldait par un déficit mensuel de 1'100 fr. pour assurer son minimum vital; l'intimée n'avait, en outre, pas accepté cette compensation. Enfin, il n'appartient pas au débiteur de l'entretien de choisir pour le créancier celle des dépenses nécessaires qu'il convient d'acquitter. Se fondant sur la doctrine (AEPLI, in Zürcher Kommentar, 3e éd. 1991, n° 90 ad art. 125 CO), la cour cantonale a néanmoins admis que l'invocation de l'art. 125 ch. 2 CO par le créancier pouvait s'avérer abusive lorsqu'il a, par son comportement astucieux, fait naître la créance que son débiteur prétend compenser. En l'espèce, les juges précédents ont estimé que l'intimée avait commis un abus de droit en refusant que le recourant déduise de la pension le montant de 900 fr. dès le moment où le prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale rendu le 17 novembre 2005 est devenu exécutoire sur la question de l'attribution de l'appartement conjugal, à savoir à la fin de l'année 2005; dès cette date, l'intimée ne disposait plus d'aucun titre l'autorisant à se maintenir dans le logement et elle aurait dû souffrir que le recourant déduise de la pension la part qu'elle aurait dû consacrer à son loyer si elle avait quitté l'appartement conjugal à cette date. L'objection de compensation du recourant devait ainsi être admise à concurrence de 6'300 fr. (sept mois à 900 fr.).
2.2 Avec la cour cantonale, le recourant admet que l'intimée a abusé de son droit découlant de l'art. 125 ch. 2 CO. En revanche, il soutient que les juges précédents seraient tombés dans l'arbitraire en considérant que cet abus de droit se limite à la période allant du 1er janvier au 31 juillet 2006; il affirme qu'ils ont retenu que sa créance en indemnité pour occupation illicite s'élève à 18'375 fr. et correspond aux quinze mois de loyer payé par ses soins durant lesquels il n'a pas eu la jouissance de l'appartement conjugal. L'autorité cantonale se serait "égarée", dans la mesure où elle a admis qu'il ne pouvait être reproché à l'intimée d'être demeurée dans l'appartement conjugal tant qu'aucun jugement exécutoire n'en attribuait l'usage à son mari, alors que cette question serait sans pertinence pour déterminer si elle a commis un abus de droit en refusant la compensation. Enfin, l'arrêt cantonal serait arbitraire dans son résultat, en ce sens qu'il permet à l'intimée de s'enrichir "injustement" et de conserver, sur une période de huit mois, l'intégralité d'une contribution d'entretien qui lui a été allouée afin de permettre de s'acquitter d'un loyer, "qu'elle refuse de payer à son débiteur". La compensation aurait ainsi dû être admise à hauteur de 13'500 fr. (quinze mois à 900 fr.).
2.3 L'arrêt sur mesures protectrices du 16 juin 2006 a condamné le recourant à payer une contribution d'entretien de 1'100 fr. par mois, alors même que l'épouse a continué d'occuper l'appartement conjugal; cette pension a été fixée avec effet rétroactif au 1er mai 2005, tandis qu'il était imposé à l'épouse d'augmenter désormais son temps de travail. Cet arrêt est définitif et le juge de la mainlevée n'a pas à examiner le bien-fondé matériel de la créance, ni de l'arrêt qui la fixe (arrêt 5D_164/2008 du 10 février 2009 consid. 2.3 destiné à la publication). La cour cantonale a néanmoins admis, dans le cadre de l'art. 81 al. 1 LP, que l'intimée abusait de son droit en s'opposant à la compensation pour la période du 1er janvier au 31 juillet 2006, à savoir après que son obligation de quitter le domicile conjugal est entrée en force. Par sa critique, le recourant ne démontre pas que la limitation de l'abus de droit à cette seule période serait arbitraire. Il se borne, en effet, à affirmer que l'autorité précédente se serait "égarée" et aurait retenu un critère "sans pertinence", sans indiquer pour quelle raison la distinction qu'elle a opérée entre la période précédant l'entrée en force du prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale sur la question de l'attribution du logement conjugal et celle postérieure serait insoutenable pour apprécier le caractère abusif de l'opposition de l'intimée à la compensation. De nature appellatoire, son grief est insuffisamment motivé (cf. supra, consid. 1.4); partant, il est irrecevable.
3. Vu ce qui précède, le recours est irrecevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 24 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet