Fatti:
A. A._, nato nel 1967, ha conseguito la licenza di condurre nel novembre del 1990. Nel registro automatizzato delle misure amministrative non figurano iscrizioni a suo carico. La notte del 21 maggio 2009, verso le ore 3.50 (2.30 al suo dire), egli è stato fermato da una pattuglia della polizia comunale di X._ dopo aver posteggiato la propria autovettura nel garage di casa. Poiché il conducente presentava evidenti segni di ebrietà (alito puzzolente d'alcol, deambulazione incerta), gli agenti gli hanno ripetutamente intimato di sottoporsi agli accertamenti per stabilire il suo grado di alcolemia. Visto il netto rifiuto dell'interessato e la sua attitudine bellicosa, hanno fatto intervenire gli agenti della polizia cantonale, che a loro volta sono stati aggrediti dall'interessato, che ha rifiutato di sottoporsi a qualsiasi esame tendente ad accertare la sua idoneità alla guida, nonché di firmare i relativi formulari.
B. In seguito a tale accaduto, con decreto di accusa dell'11 agosto 2009, il Procuratore pubblico ha ritenuto A._ colpevole, tra l'altro, di guida in stato d'inattitudine e di elusione di provvedimenti per accertare l'incapacità alla guida, proponendone la condanna a una pena pecuniaria di fr. 4'500.--, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di tre anni, e a una multa di fr. 1'500.--. Il condannato ha rinunciato a impugnare questa decisione, cresciuta in giudicato.
Preso atto delle conclusioni penali, l'autorità amministrativa ha riattivato la relativa procedura. La Sezione della circolazione ha quindi revocato all'interessato la licenza di condurre per quattro mesi sulla base degli art. 16c cpv. 1 lett. b e d, 16c cpv. 2 lett. a e 55 cpv. 2, 3 e 7 della legge federale sulla circolazione stradale (LCStr.). Con decisione del 7 giugno 2011 il Consiglio di Stato ha confermato il provvedimento. Il 28 luglio 2011 il Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo del Cantone Ticino ha respinto un ricorso dell'insorgente.
C. A._ impugna questa decisione con un ricorso al Tribunale federale. Chiede segnatamente ch'essa venga stralciata dai ruoli e di essere messo al beneficio dell'assistenza giudiziaria.
Non sono state chieste osservazioni al gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 136 II 101 consid. 1).
1.2 La via del ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi degli art. 82 segg. LTF è di principio aperta contro le decisioni prese in ultima istanza cantonale riguardo ai provvedimenti amministrativi di revoca della licenza di condurre. La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 89 cpv. 1 LTF). Interposto tempestivamente contro una decisione di ultima istanza cantonale, non suscettibile d'impugnazione dinanzi al Tribunale amministrativo federale, il ricorso è ammissibile sotto il profilo degli art. 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.3 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per la violazione del diritto, in cui rientra l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento, ma non l'adeguatezza della decisione impugnata (cfr. MARKUS SCHOTT, in Basler Kommentar BGG, n. 34 all'art. 95).
1.4 Come noto al ricorrente (sentenza 6B_153/2011 del 17 marzo 2011 consid. 5 nei suoi confronti), secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto: critiche appellatorie, argomentazioni vaghe e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (DTF 134 II 244 consid. 2.1; 134 IV 36; 133 II 249 consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta, come in concreto, la violazione di diritti fondamentali (art. 106 cpv. 2 LTF), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 136 II 508 consid. 1.2, 304 consid. 2.4 e 2.5).
2. 2.1 Come rettamente rilevato dal ricorrente, il Tribunale federale fonda la propria sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore, unica questione litigiosa in concreto. Esso può rettificarli o completarli d'ufficio soltanto se il loro accertamento è stato svolto in modo manifestamente inesatto, ossia in maniera arbitraria (DTF 136 II 304 consid. 2.4) o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF, e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 in relazione con l'art. 105 cpv. 1 e 2 LTF).
2.2 Al riguardo, egli sostiene di essere stato in un primo momento alla guida della sua autovettura sul territorio del Comune di X._, e quando già era posteggiata, di essersi trovato, al momento del fermo, fuori dal suo box-auto, sulla sua proprietà privata. Adduce che sarebbe uscito di casa, alle ore 2.30 del mattino, per ricuperare le costine per il suo cane, dimenticate nell'autovettura al momento del rientro. Ripete che, quando è stato controllato dagli agenti, al suo dire intervenuti per l'abbaiare di un cane, non era alla guida dell'automobile.
3. 3.1 L'autorità amministrativa competente a ordinare la revoca della licenza di condurre deve di principio attenersi agli accertamenti di fatto contenuti in una decisione penale cresciuta in giudicato. Essa può scostarsene solo se può fondare la sua decisione su accertamenti di fatto sconosciuti al giudice penale o da lui non presi in considerazione, se assume nuove prove il cui apprezzamento conduce a un risultato diverso o se l'apprezzamento delle prove compiuto dal giudice penale è in netto contrasto con i fatti accertati o infine se il giudice penale non ha chiarito tutte le questioni di diritto, in particolare quelle che riguardano la violazione delle norme della circolazione (DTF 124 II 103 consid. 1c/aa; 123 II 97 consid. 3c/aa; sentenza 1C_29/2007 del 27 agosto 2007 consid. 3). L'autorità amministrativa e la Corte cantonale possono nondimeno procedere autonomamente a una valutazione giuridica diversa dei fatti e valutare diversamente le questioni giuridiche, segnatamente l'apprezzamento del pericolo e la colpa ai sensi degli art. 16 segg. LCStr (DTF 120 Ib 312 consid. 4b; sentenze 1C_105/2011 del 26 settembre 2011 consid. 2.3.2, 1C_224/2010 del 6 ottobre 2010 consid. 4.2).
3.2 Riguardo ai fatti posti a fondamento del decreto d'accusa dell'11 agosto 2009, il ricorrente si limita a rilevare, per di più in maniera confusa, d'aver fatto fiducia al suo legale e alle autorità giudiziarie e di non sapere per quali motivi la sua opposizione non sarebbe stata accolta. La tesi è manifestamente infondata. In effetti, come risulta dalla già citata sentenza 6B_153/2011 del 17 marzo 2011 che lo concerne, alla quale il ricorrente neppure accenna, il Giudice della pretura penale ha ritenuto un suo scritto quale ritiro dell'opposizione. Il relativo decreto di stralcio, che ha dichiarato esecutivo il decreto di accusa, è stato confermato dalla Corte di appello e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino. Il Tribunale federale ha poi dichiarato inammissibile un ricorso del ricorrente. Non vi è motivo pertanto per non ritenere vincolanti i fatti esposti nel decreto di accusa.
3.3 D'altra parte, questi fatti, contrariamente a quanto sostenuto dal ricorrente, non divergono dalla sua versione. In effetti, nella decisione impugnata è stato accertato ch'egli è stato fermato dopo che aveva parcheggiato la propria autovettura nel garage, quindi quando non ne era più alla guida. Questa circostanza, contrariamente all'assunto ricorsuale, non è tuttavia decisiva.
Determinante è infatti la conclusione cui è giunta la Corte cantonale, secondo cui il ricorrente aveva sicuramente guidato l'autoveicolo prima, per raggiungere la propria abitazione. Considerazione questa ch'egli del resto neppure contesta, come nemmeno tenta di dimostrare che essa sarebbe addirittura insostenibile e quindi arbitraria (DTF 137 I 1 consid. 2.4 pag. 5; 136 I 184 consid. 1.2; 136 II 304 consid. 2.4).
Con la sua argomentazione il ricorrente disattende infatti che, presentando evidenti segni di un tasso alcolemico eccessivo, sotto il profilo della LCStr decisiva non è la circostanza, sulla quale egli insiste, che al momento del fermo egli non stava guidando un veicolo, bensì che l'avesse guidato immediatamente prima, come ritenuto dal Tribunale cantonale amministrativo. Egli nemmeno contesta d'aver eluso i provvedimenti per accertare l'incapacità alla guida. La circostanza poi che la presenza di chiari sintomi di ebrietà sia stata accertata dapprima da agenti della polizia comunale, al dire del ricorrente al solo scopo di rovinargli "la serata di festa", e solo in seguito da agenti della polizia cantonale, è chiaramente ininfluente.
4. 4.1 Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto.
4.2 Invitato a dimostrare compiutamente la propria indigenza, il ricorrente precisa che qualora potesse disporre delle entrate di un affitto, a lui assegnate da un'ordinanza 14 settembre 2011 del Tribunal de grande Instance d'Aix En Provence relativa a misure provvisionali nel quadro della separazione e dell'attribuzione dei figli, egli non dovrebbe chiedere l'assistenza giudiziaria. Sia come sia, la domanda di assistenza giudiziaria dev'essere respinta, poiché le conclusioni ricorsuali erano d'acchito prive di possibilità di successo (art. 64 cpv. 1 LTF). Vista la sua situazione finanziaria attuale si possono nondimeno ridurre le spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 secondo periodo LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, alla Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, nonché all'Ufficio federale delle strade.