Faits:
A. Le 13 janvier 2005, le Ministère public genevois a ouvert une enquête pénale pour blanchiment d'argent contre le ressortissant allemand A._. Un compte détenu par ce dernier auprès du Crédit Agricole Indosuez de Genève a été bloqué. Le 31 janvier 2005, le Juge d'instruction chargé de la cause a confirmé la saisie. Ces mesures faisaient suite à la présentation, par le Liechtenstein, d'une demande d'entraide judiciaire exposant notamment que A._ était ayant droit d'un compte ouvert au nom de X._, clôturé en août 2000. Directeur d'une filiale de Y._ (ci-après: l'entreprise), A._ serait intervenu auprès du clan Abacha, arrivé au pouvoir au Nigeria, pour favoriser la continuation d'un contrat de construction d'une usine d'aluminium et obtenir le paiement d'arriérés de factures. Il aurait accepté le versement de nouvelles commissions en faveur de membres de la famille Abacha, sous la forme de rémunération de travaux de surveillance. Les fonds parvenus sur le compte de X._ constitueraient sa rémunération.
B. Le 30 mai 2008, le Juge d'instruction a refusé de lever le séquestre. A._ n'avait pu être entendu ni à Genève, ni en Allemagne où il résidait; ses explications ne répondaient pas aux soupçons évoqués par les autorités du Liechtenstein; les faits pouvaient être qualifiés d'escroquerie puisque Y._ avait émis des fausses factures.
Par ordonnance du 1er octobre 2008, la Chambre d'accusation du canton de Genève a rejeté le recours formé par A._. Le compte de celui-ci avait été alimenté à partir du compte X._; la clôture de ce dernier, et les transferts sur le compte personnel du recourant via un compte au nom de sa fille constituaient des indices de blanchiment. Le versement de commissions justifiées par de fausses factures était constitutif d'escroquerie au préjudice de l'Etat nigérian; le recourant ne pouvait exciper de sa bonne foi, de sorte qu'une confiscation des fonds apparaissait possible. L'art. 72 CP (confiscation de valeurs à disposition d'une organisation criminelle) n'était en revanche pas applicable. Le droit de confisquer n'était pas prescrit. La durée du séquestre, soit plus de trois ans et demi, n'était pas disproportionnée. Les actes d'instruction n'étaient pas particulièrement complexes, mais le recourant avait compliqué l'instruction en refusant de comparaître, ce qui avait forcé le Juge d'instruction à procéder en sollicitant l'entraide du Liechtenstein.
C. Par acte du 7 novembre 2008, A._ forme un recours en matière pénale. Il demande l'annulation de l'ordonnance de la Chambre d'accusation et de la décision du Juge d'instruction du 30 mai 2008, et la levée du blocage de son compte, subsidiairement le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision.
Le Chambre d'accusation se réfère à son ordonnance. Le Ministère public conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué, qui confirme une mesure de séquestre provisoire, est une décision rendue en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF. Il émane d'une autorité cantonale de dernière instance (art. 80 al. 1 LTF). Le recours est formé, dans le délai prévu à l'art. 100 al. 1 LTF, par le tiers saisi qui dispose d'un intérêt juridique (art. 81 al. 1 let. a et b LTF). Selon la jurisprudence, le séquestre probatoire ou conservatoire de valeurs patrimoniales cause un dommage irréparable, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 89 I 185 consid. 4 p. 187; cf. aussi ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; 118 II 369 consid. 1 p. 371; 108 II 69 consid. 1 p. 71, et les arrêts cités). Le recours est par conséquent recevable sous l'angle de l'art. 93 let. a LTF (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141).
2. Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (art. 98 LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, les griefs soulevés à cet égard doivent être suffisamment motivés (ATF 133 III 393 consid. 6 p. 397). S'agissant de l'établissement des faits et de l'application du droit cantonal, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité, pratiquement, à l'arbitraire (art. 97 al. 1 LTF; même arrêt, consid. 7.1). L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17; 131 I 217 consid. 2.1 p. 219, 57 consid. 2 p. 61; 129 I 173 consid. 3.1 p. 178).
2.1 Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits, s'agissant des raisons de son refus de comparaître devant le Juge d'instruction. La cour cantonale aurait méconnu l'incapacité médicale dans laquelle il se trouvait.
La Chambre d'accusation a tenu compte des motifs médicaux, attestés par des certificats; elle a toutefois ajouté que le recourant avait aussi tenté de dépêcher son avocat à sa place, et avait refusé de comparaître par crainte d'une confrontation. Même si le recourant n'a été informé qu'au dernier moment de cette confrontation, les faits retenus sur ce point n'ont rien d'arbitraire. Le recourant ne remet pas en cause l'appréciation, essentielle du point de vue de la proportionnalité, selon laquelle le recourant ne s'était pas déclaré "en état, et désireux, de déposer désormais pour les besoins de la procédure suisse".
2.2 Le recourant tient aussi pour arbitraire le fait d'avoir ignoré qu'il est un citoyen allemand, domicilié en Allemagne. Le domicile du recourant en Allemagne est mentionné explicitement en première page de l'ordonnance attaquée, ainsi que dans la partie en fait (consid. B/b); quant à sa nationalité allemande, elle n'est certes pas mentionnée expressément, mais n'est pas non plus remise en cause. On ne saurait dès lors reprocher à la cour cantonale de s'être fondée sur des faits manifestement inexacts sur ces points.
2.3 Le recourant reproche également à la cour cantonale d'avoir passé sous silence le fait que le projet de construction de l'usine d'aluminium était antérieur à l'accession du clan Abacha au pouvoir, et qu'il n'existerait aucun indice de la réception de commissions par le recourant. L'ordonnance attaquée expose que les soupçons dirigés contre le recourant se fondent notamment sur la demande d'entraide présentée par le Liechtenstein, laquelle expose dans le détail les agissements reprochés, en particulier l'intervention du recourant auprès du clan Abacha, afin de permettre à l'entreprise ? moyennant le versement de commissions ? de poursuivre ses relations contractuelles et de continuer à être payée. La date de l'arrivée au pouvoir du clan Abacha est sans pertinence dans ce contexte. Il n'y a dès lors aucun arbitraire sur ce point également.
3. Le recourant se plaint ensuite d'une application arbitraire de l'art. 181 CPP/GE; d'une part, il n'existerait pas de compétence répressive en Suisse au sens des art. 3 à 7 CP, puisque l'entreprise et le recourant sont allemands et que les faits se seraient déroulés au Nigeria; il n'y aurait pas d'acte de blanchiment commis en Suisse puisque la trace documentaire des fonds n'a pas été interrompue. D'autre part, il n'y aurait aucun lien vraisemblable entre la rémunération perçue par le recourant et les infractions retenues.
3.1 Le séquestre pénal est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, l'arrêt cantonal est fondé sur l'art. 181 al. 1 CPP/GE, disposition selon laquelle le juge saisit les objets ou valeurs susceptibles notamment d'être confisqués. En l'occurrence, il s'agit de la saisie conservatoire du produit présumé de l'infraction (producta sceleris). Comme cela ressort du texte de l'art. 181 CPP/ GE, une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral. Une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines; en outre, le juge doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire, ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99; 103 Ia 8 consid. III/1c p. 13; 101 Ia 325 consid. 2c p. 327). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
3.2 En l'occurrence, les fonds parvenus sur le compte du recourant pourraient représenter la rétribution de celui-ci pour ses activités en faveur de l'entreprise, consistant à intervenir auprès de Sani Abacha et son entourage pour obtenir la continuation du contrat et le paiement d'arriérés de factures; de nouvelles commissions auraient été convenues en faveur d'Abacha et ses proches, sous couvert de paiement de travaux de supervision. L'entreprise avait gonflé le montant des travaux par de fausses factures afin de compenser ces dépenses, escroquant de la sorte l'Etat Nigérian. Le recourant aurait perçu ses revenus par le biais de la fondation; il aurait transféré des fonds sur un compte au nom de sa fille, puis ouvert le compte actuellement bloqué, approvisionné exclusivement par les avoirs de sa fille. Contrairement à ce que soutient le recourant, cet exposé fait clairement ressortir que le recourant aurait participé à une escroquerie au préjudice de l'Etat Nigérian, et que les fonds bloqués pourraient constituer la rétribution de ses activités d'intermédiaire dans ce cadre. La description des mouvements de fonds fait aussi ressortir que le recourant a pu tenter d'en faire disparaître l'origine. Sur le vu des accusations précises évoquées par les autorités pénales du Liechtenstein, la provenance délictueuse des fonds et la tentative de blanchiment commise en Suisse apparaissent suffisamment vraisemblables pour justifier une mesure de séquestre pénal.
4. Invoquant la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), le recourant considère la durée du séquestre comme disproportionnée. Il relève que la mesure dure depuis plus de trois ans et demi et que le Juge d'instruction aurait tardé à élucider des faits pourtant faciles à établir; il aurait fait échouer l'audition du recourant en faisant savoir au dernier moment qu'il s'agirait d'une confrontation. La cour cantonale aurait estimé que l'envoi d'une commission rogatoire au Liechtenstein ne laisserait pas présager la fin prochaine de l'instruction, toute en estimant, de manière contradictoire et arbitraire, que "les actes pertinents, envisagés par le Juge d'instruction, laissent entrevoir la perspective d'une clôture de l'enquête sitôt accomplis". Par sa durée excessive, le séquestre serait confiscatoire.
4.1 Pour qu'une mesure soit conforme au principe de la proportionnalité, il faut qu'elle soit apte à parvenir au but visé, que ce dernier ne puisse être atteint par une mesure moins incisive et qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de l'administré et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (ATF 132 I 229 consid. 11.3 p. 246; 125 I 474 consid. 3 p. 482 et les arrêts cités). S'agissant d'un séquestre provisoire, le respect du principe de la proportionnalité se limite pour l'essentiel à la garantie du minimum vital (arrêt 1P.21/2007 du 2 mai 2007; ATF 106 III 107). En effet, une mesure de séquestre est en principe proportionnée du simple fait qu'elle porte sur des valeurs dont on peut vraisemblablement admettre qu'elles pourront être confisquées en application du droit pénal.
4.2 En l'occurrence, le recourant ne prétend pas que le maintien du séquestre le priverait de moyens d'existence. Ses critiques portent sur la durée et la conduite de l'instruction.
Le recourant a été cité à comparaître comme témoin par le Juge d'instruction le 29 novembre 2005; son audition a été reportée, puis il a fait savoir que son avocat le représenterait, avant d'accepter de comparaître en personne à une audience du 6 juillet 2006; ayant appris qu'une confrontation aurait lieu, il a refusé de se rendre en Suisse, tout en déclarant qu'il était à disposition pour une audition en Allemagne. Le Juge d'instruction a envoyé une commission rogatoire à cet effet, le 28 novembre 2006. Le 27 janvier 2007, les autorités allemandes ont fait savoir que l'état de santé de l'intéressé ne lui permettait pas d'être interrogé. Le Juge d'instruction a encore demandé à l'avocat du recourant, les 9 mars et 15 mai 2007, si celui-ci pouvait être entendu. Le 30 novembre 2007, il a transmis le profil des comptes concernés et posé au recourant des questions sur les raisons de certains versements, afin de pouvoir se prononcer sur la levée du séquestre. Le recourant a répondu le 5 février 2008. Le Juge d'instruction a refusé de lever le séquestre par décision du 30 mai 2008.
Ne pouvant obtenir la déposition du recourant, en Suisse ou en Allemagne, le magistrat instructeur a décidé d'obtenir auprès des autorités du Liechtenstein les renseignements dont celles-ci disposent déjà, ce qui apparaît comme une mesure adéquate. Même si l'enquête paraît avoir connu quelques temps d'arrêt, on ne saurait reprocher de manière générale au Juge d'instruction, compte tenu des difficultés auxquelles il était confronté, d'avoir tardé sans motif dans l'élucidation des faits. Dans ces circonstances, la durée du séquestre n'apparaît pas disproportionnée.
5. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté, aux frais du recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Procureur général et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 22 décembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz