Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) war vom September 1988 bis zum 4. Juni 2002 Verwaltungsratspräsident und Delegierter des Verwaltungsrats der X._ Holding AG sowie verschiedener 100 %-iger Tochtergesellschaften derselben, so der XZ._ AG, XQ._ AG (vormals XM._), XR._ AG (Beschwerdegegnerin 2) und der S._ Bauunternehmung AG. Mit Ausnahme der Beschwerdegegnerin 2 wurde im September 2002 über die genannten X._-Gesellschaften sowie eine weitere 100-ige Tochtergesellschaft der X._ Holding, die X._ Immobilien AG, der Konkurs eröffnet.
Die Y._ AG (Beschwerdegegnerin 1) und die Beschwerdegegnerin 2 liessen sich im Konkurs der X._ Holding allfällige Ansprüche gegen den Beschwerdeführer aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit (Art. 754 OR) im Sinne von Art. 260 SchKG abtreten.
B. Mit beim Bezirksgericht Zofingen eingereichter und von diesem an das Handelsgericht des Kantons Aargau weitergeleiteter Klage vom 15. Februar 2007 beantragten die Beschwerdegegnerinnen als Abtretungsgläubigerinnen, es sei der Beschwerdeführer zu verpflichten, ihnen Fr. 1 Mio. zuzüglich Zins von 5 % seit Klageerhebung zu bezahlen. Das Handelsgericht hiess die Klage mit Urteil vom 6. Dezember 2011 gut.
C. Der Beschwerdeführer verlangt mit Beschwerde in Zivilsachen, dieses Urteil sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Die Vorinstanz und die Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerde. In verfahrensmässiger Hinsicht beantragen sie, es seien verschiedene vom Beschwerdeführer angerufene (neue bzw. von der Vorinstanz aus dem Recht gewiesene) Eingaben und Beweismittel aus dem Recht zu weisen. Eventuell, d.h. im Fall von deren Zulassung, sei das Verfahren, so die Beschwerdegegnerinnen, zur Beurteilung derselben an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit Präsidialverfügung vom 6. März 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung gewährt.
Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.
Erwägungen:
1. Die vorliegende Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) in einer Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 BGG), der von einem oberen kantonalen Gericht im Sinne von Art. 75 Abs. 2 lit. b BGG erging. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG; vgl. dazu BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerde ist dabei hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 42 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 65 E. 1.3.1; 133 III 439 E. 3.2).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen und der blosse Verweis auf Ausführungen in andern Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 400).
Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (Art. 42 Abs. 1 BGG). Eine Beschwerdeergänzung kommt einzig für Beschwerden auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen in Betracht (Art. 43 BGG). Eine Nachfrist zur Verbesserung einer ungenügenden Begründung wird nicht angesetzt (BGE 134 II 244 E. 2.4). Kommt es zu einem zweiten Schriftenwechsel, darf der Beschwerdeführer die Replik nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. BGE 132 I 42 E. 3.3.4). Soweit der Beschwerdeführer dies missachtet, können seine Ausführungen in der Replik nicht berücksichtigt werden.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 135 III 397 E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (vgl. BGE 136 II 508 E. 1.2; 133 II 249 E. 1.4.3; 133 III 350 E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 135 I 19 E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE 133 II 249 E. 1.4.3).
Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 134 III 570; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Dazu reicht es nicht aus, wenn der Beschwerdeführer zu neu vorgebrachten Tatsachen und Behauptungen, wie vorliegend vielfach der Fall, bloss auf Aktenstücke des kantonalen Verfahrens verweist, ohne detailliert darzulegen, dass er in seinen Vorträgen vor der Vorinstanz prozessrechtskonform entsprechende Behauptungen aufgestellt und sich auf die Aktenstücke berufen hätte.
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 134 II 124 E. 4.1; 132 III 209 E. 2.1; 131 I 57 E. 2, 467 E. 3.1). Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn vom Sachrichter gezogene Schlüsse nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmen, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (BGE 135 II 356 E. 4.2.1; 129 I 8 E. 2.1 S. 9; 116 Ia 85 E. 2b).
2.3 Der Beschwerdeführer hält sich in der vorliegenden Beschwerdeschrift zu grossen Teilen nicht an die vorstehend dargestellten Grundsätze, wie in den nachfolgenden Erwägungen aufgezeigt wird. So legt der Beschwerdeführer in seinen Ausführungen, vielfach unter freier Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil und ohne rechtsgenüglich aufzuzeigen, inwiefern der vorinstanzliche Entscheid Bundesrecht verletzen soll, bloss seine Sicht der Dinge dar. Zu neuen tatsächlichen Vorbringen begnügt er sich grösstenteils damit, dazu im kantonalen Verfahren eingereichte (und teilweise neue; vgl. dazu Erwägungen 2.4/2.5) Akten als Beweismittel anzurufen, ohne aber hinreichend substanziierte Sachverhaltsrügen vorzubringen, die dem Bundesgericht allenfalls eine Berichtigung oder Ergänzung der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen erlauben könnten. Mit entsprechenden Vorbringen ist der Beschwerdeführer nicht zu hören.
2.4 Der grundsätzlichen Bindung des Bundesgerichts an den vom kantonalen Tatsachenrichter festgestellten Sachverhalt entspricht es, dass neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden dürfen, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Inwiefern dies der Fall sein soll, ist in der Beschwerde ebenfalls näher darzulegen (BGE 134 V 223 E. 2.2.1; 133 III 393 E. 3).
Zu den Tatsachen, die vorzubringen und für die Beweis anzubieten erst der angefochtene Entscheid Anlass gibt, zählen insbesondere alle Umstände, die für die Anfechtung des Entscheids von Bedeutung sind (Eröffnung, Zustellung, Fristwahrung etc.), ferner Tatsachen zur Begründung gewisser formellrechtlicher Mängel (Verletzung des rechtlichen Gehörs, unrichtige Besetzung der Richterbank), mit denen nicht zu rechnen war, und schliesslich tatsächliche Vorbringen, die erst aufgrund einer neuen überraschenden rechtlichen Argumentation der Vorinstanz Rechtserheblichkeit erlangt haben. Nicht zu den Tatsachen und Beweismitteln, die vorzubringen bzw. anzurufen erst der angefochtene Entscheid Anlass gibt, sind solche zu zählen, auf die sich der Beschwerdeführer bei der Behandlung des Prozessthemas im kantonalen Verfahren zu berufen unterlassen hat, und die deshalb von der Vorinstanz auch nicht berücksichtigt werden konnten. Der Beschwerdeführer kann nicht mit neuen tatsächlichen Vorbringen und Beweismitteln, die er schon vor der Vorinstanz hätte vorbringen bzw. anbieten können, nachzuweisen versuchen, dass die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig oder die Beweiswürdigung willkürlich sei (vgl. die Urteile 4A_36/2008 vom 18. Februar 2008 E. 4.1 und 4A_15/2008 vom 5. Mai 2008 E. 3.3). Soweit der Beschwerdeführer solche neuen Tatsachenbehauptungen vorträgt oder sich auf solche neuen Beweismittel beruft, ist er demnach nicht zu hören.
Konkret bietet der Beschwerdeführer zum Beweis verschiedener Ausführungen in seiner Beschwerde eine Reihe von als Beschwerdebeilagen 4-11 eingereichte Unterlagen an, von denen er nicht geltend macht, sie bereits prozesskonform ins vorinstanzliche Verfahren eingebracht zu haben, und die damit als neu zu gelten haben (Erwägung 2.2). Teilweise legt er in der Beschwerdeschrift auch nicht dar, weshalb die Einreichung der entsprechenden Unterlagen erst im vorliegenden Verfahren zulässig sein soll. Insoweit haben diese von vornherein ausser Acht zu bleiben. Soweit der Beschwerdeführer die Zulässigkeit der Noven begründet, ist darauf, soweit für den vorliegenden Entscheid erforderlich, im jeweiligen Sachzusammenhang einzugehen.
2.5 Der Beschwerdeführer beruft sich zu seinen Vorbringen im Weiteren auf verschiedene Beilagen zu seinen Eingaben bei der Vorinstanz vom 19. Januar 2011 und vom 26. August 2011. Die Vorinstanz wies die entsprechenden Eingaben mit den darin enthaltenen Ausführungen und Unterlagen (mit Ausnahme eines Urteils des Richteramts Solothurn-Lebern, bei dem es sich um ein echtes Novum handle) aus dem Recht, da sie dem Beschwerdeführer schon seit längerem zur Verfügung gestanden hätten oder von ihm bereits in den Prozess eingeführt worden seien; sie stützte sich dabei auf die aargauische Zivilprozessordnung, die auf das vorinstanzliche Verfahren unbestrittenermassen noch anwendbar war (Art. 404 ZPO).
Die entsprechenden Vorbringen und Unterlagen könnten im vorliegenden Verfahren nur berücksichtigt werden, wenn der Beschwerdeführer in einer substanziierten Willkürrüge darlegte, dass die Vorinstanz mit der Nichtzulassung derselben das kantonale Verfahrensrecht qualifiziert unrichtig angewandt hätte. Eine entsprechende Rüge lässt sich aber der Beschwerde nicht entnehmen. Wenn der Beschwerdeführer der Vorinstanz an vereinzelten Stellen seiner Beschwerde lediglich ohne nähere Begründung und Auseinandersetzung mit der vorinstanzlichen Begründung vorwirft, den Gehörsanspruch verletzt oder seine Vorbringen in der Eingabe vom 19. Januar 2011 "aus unerklärlichen Gründen nicht in Erwägung gezogen" zu haben, genügt er damit den vorstehend dargestellten Begründungsanforderungen an eine Verfassungsrüge nicht. Die entsprechenden Ausführungen und Aktenstücke und darauf gestützte Vorbringen haben demnach vorliegend ausser Acht zu bleiben. Lediglich der Vollständigkeit halber sei darauf hingewiesen, dass der Beschwerdeführer dieselben grösstenteils ohnehin bloss zu Vorbringen anruft, in denen er den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt in appellatorischer Weise in Frage stellt, ohne indessen substanziierte Sachverhaltsrügen zu erheben. Damit kann er von vornherein nicht gehört werden (Erwägung 2.2).
3. Die Haftung des Verwaltungsrats nach Art. 754 OR setzt eine schuldhafte Pflichtverletzung, einen Schaden und einen adäquaten Kausalzusammenhang zwischen der Pflichtverletzung und dem Schaden voraus (BGE 132 III 342 E. 4.1, 564 E. 4.2).
Die Vorinstanz bejahte eine Haftung des Beschwerdeführers u.a. im Umfang von maximal Fr. 1'165'500.-- im Zusammenhang mit einer Darlehensgewährung der X._ Holding, deren Verwaltungsratspräsident er war, an die XQ._ im Jahre 2000. Sie stellte fest, die XQ._ sei spätestens ab Mitte 2000 überschuldet gewesen. Konkrete Sanierungsmassnahmen bezüglich der XQ._ habe der Beschwerdeführer nicht eingeleitet. Durch die Gewährung des Darlehens in der Höhe von Fr. 1'500'000.-- im Wissen um die eigentliche Verpflichtung der XQ._ zur Deponierung der Bilanz (Art. 725 Abs. 2 OR) oder der in jedem Fall bestehenden und nicht erfüllten Verpflichtung, Sanierungsmassnahmen zu ergreifen, habe der Beschwerdeführer seine Sorgfaltspflicht gegenüber der X._ Holding verletzt. Die pflichtwidrige Darlehensgewährung habe für die X._ Holding im Konkurs der XQ._ adäquat-kausal zu einem Ausfallschaden in der per 31. Dezember 2001 bilanzierten Höhe des Darlehens von Fr. 1'165'000.-- geführt. Die Pflichtverletzung gereiche dem Beschwerdeführer zum Verschulden, da er (im massgeblichen Zeitpunkt) aufgrund seiner Stellung als Verwaltungsratspräsident und Delegierter des Verwaltungsrats der XQ._ hätte wissen müssen, dass diese Gesellschaft überschuldet war und eigentlich hätte die Bilanz deponieren müssen, und trotzdem und ohne dass ein spezifisches Sanierungskonzept vorgelegen hätte, Vermögenswerte der X._ Holding an die XQ._ weitergegeben habe.
4. Der Beschwerdeführer bestreitet, dass die Zulassung der Darlehensgewährung der X._ Holding an die XQ._ eine Verletzung seiner Pflichten als Verwaltungsrat der X._ Holding darstelle.
4.1 Er wendet sich zunächst gegen die vorinstanzliche Feststellung, dass die XQ._ Mitte 2000 überschuldet gewesen sei.
4.1.1 Die Vorinstanz stellte dazu fest, in der Bilanz der XQ._ des Jahres 2000 (per 31. Dezember 2000) hätten korrekterweise Verbindlichkeiten für Ferien- und Überzeitguthaben in der Höhe von Fr. 421'557.50 bzw. von Fr. 162'178.75, d.h. von Fr. 583'736.25 passiviert werden müssen. Dies hätte zur Folge gehabt, dass bei einem Aktienkapital von Fr. 710'000.-- nur noch ein Eigenkapital von Fr. 140'890.82 anstelle der ausgewiesenen Fr. 724'627.07 vorhanden gewesen wäre. Daraus resultiere zwar noch keine Überschuldung, doch hätte gestützt auf diese Bilanz nach Art. 725 Abs. 1 OR eine Generalversammlung einberufen und Sanierungsmassnahmen beantragt werden müssen. Hinzu komme, dass bei realistischer Beurteilung der Werthaltigkeit einer strittigen Forderung der XQ._ gegen die T._ AG aus geleisteten Arbeiten im Zusammenhang mit dem Neubau der Frauenklinik des Spitals U._ eine Rückstellung bzw. Wertberichtigung über Fr. 2.1 Mio. hätte gemacht werden müssen, tatsächlich aber nur eine solche über Fr. 1 Mio. erfolgt sei. Gesamthaft wären damit die Passiven Mitte 2000 um ca. Fr. 1.68 Mio. höher ausgefallen als bilanziert. Ausgehend von der Bilanz per 31. Dezember 2000 habe damit eine Überschuldung in der Höhe von Fr. 955'372.93 bestanden.
Der Beschwerdeführer bestritt die Überschuldung im vorinstanzlichen Verfahren mit dem Einwand, es seien in der Bilanz stille Reserven bzw. Aufwertungsreserven von insgesamt rund Fr. 5.5 Mio. auf Immobilien und auf von der S._ übernommenem Inventar nicht berücksichtigt worden. Dazu erwog die Vorinstanz, dem Beschwerdeführer, der hierfür die Beweislast trage, sei der Beweis der behaupteten stillen Reserven misslungen, da er dafür keine tauglichen Beweismittel angeboten habe, welche die stillen Reserven zu belegen vermöchten. Zusätzlich führte sie im Sinne einer Eventualerwägung aus, es wäre auch wenig plausibel, dass der Verwaltungsrat allenfalls vorhandene stille Reserven weder durch Veräusserung oder durch Wiederaufwertung abgeschriebener Aktiven bis zum Anschaffungswert aufgelöst hätte noch von der Möglichkeit, Aufwertungsreserven i.S.v. Art. 670 OR auszuweisen, Gebrauch gemacht hätte, wenn tatsächlich so viele stille Reserven bestanden haben sollten, zumal die XQ._ gemäss Erläuterungsbericht vom 31. Dezember 2001 buchmässig überschuldet gewesen sei. Die Bewertungsreserven seien gemäss Erläuterungsbericht per 31. Dezember 2000 nicht mehr wie im Vorjahr in der Bilanz ausgewiesen worden. Ein weiteres Indiz gegen das Vorliegen der behaupteten stillen Reserven sei, dass die Banken beim Bestand derselben auf Stufe Konzern kaum den Verzicht auf Forderungen in der Höhe von Fr. 12 Mio. erklärt hätten. Es hätten damit keine stillen Reserven der XQ._ im behaupteten Umfang vorgelegen und es sei von der Überschuldung der Gesellschaft per Mitte 2000 auszugehen. Selbst wenn dem Beschwerdeführer der Beweis stiller Reserven gelungen wäre, könnte dies zudem nicht zu einer Beseitigung der Unterbilanz oder gar Überschuldung führen, da weder eine Auflösung von stillen Reserven durch Veräusserung oder Wiederaufwertung auf den Anschaffungswert noch eine Aufwertung zur Beseitigung einer Unterbilanz im Sinne von Art. 670 OR erfolgt sei.
Dem Beschwerdeführer gelingt es nicht, die Feststellung der Überschuldung mittels hinreichend begründeter Sachverhaltsrügen als offensichtlich unrichtig auszuweisen:
4.1.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe eine unnötige Beweisstrenge an den Tag gelegt, indem sie das Gelingen des Beweises dafür verneint habe, dass die X._ Gruppe per 31. Dezember 2002 (sic! recte wohl: die XQ._ per 31. Dezember 2000) nicht überschuldet gewesen sei. Die Anforderung, die Positionen einer Bilanz seien durch zusätzliche Belege noch zu erhärten, sei überspitzt formalistisch und willkürlich; die Vorinstanz lege eine unnötige Beweisstrenge an den Tag und verletze damit "allgemeine Beweisregeln".
Der Beschwerdeführer macht zu Recht nicht geltend, die Vorinstanz habe Beweismittel als untauglich zurückgewiesen. Sie würdigte dieselben denn auch eingehend. Ob der Beweis aufgrund bestimmter Beweismittel erbracht ist oder nicht, beschlägt die Beweiswürdigung, die der Beschwerdeführer nur mit hinreichend substanziierten Willkürrügen anfechten kann. Die allgemein gehaltene Rüge, die Vorinstanz sei in Willkür verfallen und habe überspitzt formalistisch entschieden, indem sie den Beweis aufgrund der angebotenen Beweismittel, konkret von geprüften Jahresrechnungen und einem professionellen Schätzungsbericht, als nicht erbracht erachtet habe, ohne sich mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz rechtsgenüglich auseinanderzusetzen, ist unbehelflich. Darauf ist nicht weiter einzugehen.
4.1.3 Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang, die Vorinstanz habe irrtümlich festgestellt, dass gemäss Erläuterungsbericht per 31. Dezember 2000 die Bewertungsreserven nicht mehr wie im Vorjahr per 31. Dezember 1999 in der Bilanz ausgewiesen worden seien. Die Vorinstanz habe übersehen, dass die Revisionsstelle die Bewertungsreserven im Erläuterungsbericht per 31. Dezember 2000 vom 8. Mai 2001, S. 5, wie im Vorjahr ausgewiesen habe. Aus der Zeugenaussage B._ sei zudem zu entnehmen, dass die Liegenschaften seit 1996 keinem Wertzerfall mehr unterlegen seien und die Schatzungswerte aus diesem Jahr durchaus auch für die Folgejahre repräsentativ gewesen seien; in der im Jahre 2000 erworbenen Liegenschaft V._ hätten sich von Anfang an erhebliche Bewertungsreserven befunden und die Liegenschaft habe in den Folgejahren sogar eine markante Wertsteigerung erfahren.
Damit vermag der Beschwerdeführer die vorinstanzliche Feststellung der Überschuldung der XQ._ per Mitte 2000 im Ergebnis nicht in Frage zu stellen. Es trifft zwar zu, dass die Revisionsstelle an der angegebenen Aktenstelle (KB 24) unter dem Titel "Kennzahlen" Bewertungsreserven von Fr. 4'311'000.-- aufführte (S. 5). Sie erläuterte indessen auf Seite 1 f. des Dokuments, was die Vorinstanz ebenfalls berücksichtigte, dass die aktuelle Marktlage einen Verkauf der Liegenschaften zu Schätzungswerten erschwere; aus diesem Grunde werde im Gegensatz zum Vorjahr auf den Einbezug der Bewertungsreserven zur Beurteilung der Finanzstruktur verzichtet. In der Bilanz per 31. Dezember 2000 (KB 24 S. 7 f.) wurden sodann Aktiven von Fr. 31'001'806.26 bei einem Eigenkapital von Fr. 724'627.07 ausgewiesen. Dass darin Bewertungsreserven enthalten wären, macht der Beschwerdeführer nicht geltend und ist nicht ersichtlich. Die Vorinstanz hat denn auch bei der Feststellung der Überschuldung diesen Aktivenbetrag den Passiven gegenübergestellt und nicht einen um Bewertungsreserven erhöhten Betrag von Aktiven. Es ist demnach von vornherein nicht dargetan, dass die Vorinstanz in Willkür verfallen wäre, wenn sie den Erläuterungsbericht der XQ._ per 31. Dezember 2000 nicht als hinreichenden Beweis der nicht gegebenen Überschuldung wertete und verlangte, es hätten zum Beleg stiller Reserven weitere, konkrete Dokumente beigebracht werden müssen, insbesondere aktuellere Liegenschaftenschätzungen. Dies gilt umso mehr, als der Beschwerdeführer nicht rechtsgenügend auf die damit im Einklang stehenden zusätzlichen Begründungselemente der Vorinstanz eingeht, dass trotz Vorliegen eines Desinvestitionsplans keine Auflösung von stillen Reserven durch Veräusserung von Liegenschaften erfolgt sei und ebenso wenig eine Aufwertung von stillen Reserven im Sinne von Art. 670 OR, wozu es überdies eines Berichts der Revisionsstelle bedurft hätte, die bestätigt hätte, dass eine Aufwertung im konkreten Fall zulässig sei. Der Beschwerdeführer widerlegt auch das Argument nicht, dass die Banken auf Stufe Konzern kaum (unter der Bedingung, dass die ungedeckten Kontokorrentkredite bis zum Jahresende 2002 zurückgeführt würden) auf Forderungen im Umfang von Fr. 12 Mio. verzichtet hätten, wenn tatsächlich stille Reserven im behaupteten Umfang vorhanden gewesen wären. Wenn sich der Beschwerdeführer schliesslich, ohne auf die entsprechenden Ausführungen der Vorinstanz einzugehen, auf die Zeugenaussage B._ beruft, welche die behaupteten stillen Reserven bestätigen soll, argumentiert er rein appellatorisch und ist er nicht zu hören.
4.1.4 Der Beschwerdeführer wendet sich sodann gegen die vorinstanzliche Feststellung, es hätten für die gefährdete, per 31. Dezember 2000 mit Fr. 4.2 Mio. bilanzierte und um Fr. 1 Mio. wertberichtigte Forderung aus dem Bau der Frauenklinik am Spital U._ zusätzliche Rückstellungen gebildet werden müssen bzw. es seien ungenügende Rückstellungen gebildet worden. Er rügt, der Vorinstanz sei insoweit ein offensichtlicher und gravierender Irrtum unterlaufen. Soweit er sich dabei auf seine von der Vorinstanz aus dem Recht gewiesene Eingabe vom 19. Januar 2011 stützt, kann er mit den entsprechenden Vorbringen nicht gehört werden (Erwägung 2.5 vorne).
Der Beschwerdeführer hält in diesem Zusammenhang dafür, er habe (später [als zum Zeitpunkt der Darlehensgewährung]) mit Fürsprecher C._ einen Baurechtsspezialisten eingeschaltet und auf dessen Einschätzung (Schreiben vom 9. April 2002) vertraut, dass die Forderung erfolgreich erstritten werden könne. Diese Einschätzung habe auch der Anwalt der Beschwerdegegnerinnen geteilt. Wenn nun der Beschwerdeführer aufgrund eigener Überlegung bereits früher zum gleichen Schluss gekommen sei wie die Baurechtsspezialisten, könne die Folgerung der Vorinstanz, die Rückstellung (recte: Wertberichtigung) sei im massgeblichen Zeitraum um Fr. 1.1 Mio. zu tief gewesen, nicht richtig sein. Diese Ausführungen scheitern schon daran, dass den vorinstanzlichen Feststellungen nicht zu entnehmen ist, Fürsprecher C._ habe sich dahingehend geäussert, die per 31. Dezember 2000 mit Fr. 4.2 Mio. bilanzierte Forderung könne erfolgreich erstritten werden. Vielmehr stellte die Vorinstanz fest, Rechtsanwalt C._ habe lediglich ausgeführt, es bestünden intakte Prozesschancen für einen Teilerfolg, ohne sich dabei betragsmässig zu äussern. In einem Kaufvertragsentwurf des Anwalts der Beschwerdegegnerinnen vom 3. Mai 2002 sei sodann ein Verkauf der Forderung für Fr. 1.5 Mio. plus 50 % des Inkassoerfolgs vorgeschlagen worden. Eine eingehende Prüfung der Forderung durch D._ im Sommer 2003 und durch die Kanzlei W._ habe einen Wert der Forderung von Fr. 2.1 - 2.9 Mio. ergeben, so dass die Forderung dem Vorsichtsprinzip entsprechend nicht mit mehr als Fr. 2.1 Mio. hätte bilanziert werden dürfen, mithin ein Wertberichtigungsbedarf von Fr. 2.1 Mio. vorgelegen habe. Der Schluss der Vorinstanz, die Rückstellung bzw. Wertberichtigung sei im Jahre 2000 um Fr. 1.1 Mio. zu tief ausgefallen ist insoweit nicht zu beanstanden und der Beschwerdeführer hält ihm nichts Substanzielles entgegen. Auf die Frage, ob den Beschwerdeführer ein Verschulden an der unterbliebenen Wertberichtigung bzw. am fehlenden Wissen um die Notwendigkeit einer solchen trifft, wird im Rahmen der Verschuldensprüfung zurückzukommen sein (Erwägung 5 unten).
4.2 Die Vorinstanz prüfte, unter welchen Voraussetzungen eine Darlehensgewährung bzw. Verschiebung von Vermögenswerten von der Mutter- an die Tochtergesellschaft als Pflichtverletzung der Organe der Muttergesellschaft zu qualifizieren sei. Sie erwog dazu, die Gewährung eines Darlehens an eine Tochtergesellschaft bringe grundsätzlich lediglich eine Verschiebung von Vermögenswerten auf der Aktivseite der Bilanz der Muttergesellschaft mit sich. In jedem Fall sei damit aber ein Mittelabfluss bei der Muttergesellschaft und ein Mittelzufluss bei der Tochtergesellschaft verbunden. Der entsprechende Mittelabfluss bei der Muttergesellschaft erfolgte dann in pflichtwidriger Weise, wenn keine Aussichten auf Rückzahlung mehr gegeben seien. Eine sanierungsbedürftige Tochter dürfe somit nur unter der Voraussetzung, dass ernsthafte und erfolgversprechende Sanierungsbemühungen in Angriff genommen würden, mit weiteren Mitteln der Muttergesellschaft alimentiert werden. Es stelle eine Pflichtverletzung dar, Gelder in nicht tragfähige Unternehmungen zu investieren, seien diese nun in den Konzern integriert oder nicht; eine Darlehensgewährung dürfe nach dem "arm's length principle" nur dann erfolgen, wenn eine solche auch zwischen unabhängigen Parteien gewährt würde. Mit der Darlehensgewährung an die XQ._, die spätestens ab Mitte 2000 überschuldet gewesen sei und für die keine konkreten Sanierungsbemühungen eingeleitet worden seien, habe der Beschwerdeführer seine Organpflichten verletzt.
Mit diesen Erwägungen vertritt die Vorinstanz nicht die Ansicht, die Darlehensgewährung an eine Tochtergesellschaft habe immer und in jeder Hinsicht nach dem arm's length principle zu erfolgen. Die entsprechende Kritik des Beschwerdeführers stösst daher ins Leere. Dass kein Darlehen an eine Tochtergesellschaft gewährt werden darf, wenn keine Aussichten auf Rückzahlung mehr gegeben sind, bestreitet der Beschwerdeführer nicht, sondern räumt ein, dass eine Darlehensgewährung nicht konzeptlos erfolgen dürfe, namentlich wenn vernünftigerweise nicht erwartet werden könne, dass der wirtschaftliche Gegenwert der Investition je realisiert werden könne. Er hält dafür, dies sei vorliegend nicht der Fall gewesen. Die unbesicherte Darlehensgewährung sei (hinsichtlich der XM._ bzw. XQ._) im Zusammenhang mit der Übernahme der S._ Holding AG erfolgt. Die Entscheidung dazu habe zum einen auf einem Businessplan und zum anderen auf dem guten Verlauf des Geschäftsjahres der XM._ basiert, der sich im Revisionsbericht der XM._ vom 31. März 2000 wiederspiegle, und letztendlich auf der Zustimmung des Steuerungsausschusses sowie der Banken. Diese Entscheidungsgrundlagen belegten, dass Aussicht auf Erfolg bestanden habe. Diese Behauptungen finden indessen in den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz keine Stütze und der Beschwerdeführer erhebt dazu keine hinreichend substanziierte Sachverhaltsrüge, so dass er damit nicht zu hören ist, zumal er als Beweismittel u.a. die von der Vorinstanz zurückgewiesene Eingabe vom 19. Januar 2011 anbietet (Erwägung 2 vorne). Ohnehin stellt er damit die entscheidwesentliche Feststellung der Vorinstanz, die XQ._ sei Mitte 2000 überschuldet gewesen und konkrete Sanierungsmassnahmen seien nicht eingeleitet gewesen, nicht rechtsgenügend in Frage.
4.3 Der Beschwerdeführer machte im vorinstanzlichen Verfahren zur Rechtfertigung bzw. als Grund, der eine Sorgfaltspflichtverletzung ausschliesse, geltend, die X._ Holding sei aufgrund stiller Reserven in der Höhe von Fr. 25 Mio. genügend risikofähig gewesen. Die Vorinstanz verneinte indessen, dass dies etwas an der Pflichtwidrigkeit der Darlehensgewährung ändern würde; denn die fortlaufende Alimentierung einer überschuldeten Konzerntochter auf Kosten der Muttergesellschaft ohne gleichzeitige Aufnahme von Sanierungsbemühungen sei unabhängig vom Vorliegen entsprechender Reserven pflichtwidrig. Auch eine Gesellschaft, die eine solide Bilanz aufweise, mithin nicht überschuldet sei, könne durch pflichtwidriges Verhalten geschädigt werden. Massgeblich sei die negative Veränderung des Gesellschaftsvermögens.
Der Beschwerdeführer hält dafür, das Vorliegen von stillen Reserven sei entgegen der vorinstanzlichen Auffassung wesentlich. Es stelle sich die Frage, ob die X._ Holding aufgrund ihres Eigenkapitals und ihrer wirtschaftlichen Solidität die Risikofähigkeit habe, Mittel in die Tochtergesellschaft zu stecken, was eine Sorgfaltspflichtverletzung ausschliesse. Mit diesen Vorbringen stellt der Beschwerdeführer indessen bloss seine Meinung der Auffassung der Vorinstanz gegenüber, ohne sich in rechtsgenügender Weise mit der vorinstanzlichen Begründung auseinanderzusetzen und aufzuzeigen, weshalb darin eine Rechtsverletzung liegen soll, was nicht ohne weiteres erkennbar ist. Das Bundesgericht hat denn auch schon entschieden, dass eine finanziell gesunde Basis einem Unternehmen in einem klar beschränkten Rahmen eher Risiken einzugehen erlaubt als wenn eine solche fehlt; Voraussetzung bleibt aber auch dann, dass das Risiko bewusst eingeschätzt und eingegrenzt wird (Urteil 4C.201/2001 vom 19. Juni 2002 E. 2.1.2). Eine Bundesrechtsverletzung ist insoweit nicht dargetan.
Bei dieser Sachlage braucht auf die weiteren Erwägungen der Vorinstanz, wonach es dem Beschwerdeführer nicht gelungen sei, die behaupteten stillen Reserven der X._ Holding zu beweisen, nicht eingegangen zu werden. Das Gleiche gilt für die vom Beschwerdeführer dagegen erhobene Rüge, die Beweislast für das Vorliegen von stillen Reserven sei ihm zu Unrecht auferlegt worden, und die weiter aufgestellten Behauptungen, es habe zur Zeit der Darlehensgewährung im Frühjahr 2000 unter Berücksichtigung der stillen Reserven ein Eigenkapital der Holding von rund Fr. 18 Mio. und damit ein adäquates Risikopotential bestanden. Ohnehin erhebt der Beschwerdeführer zur genannten Behauptung keine substanziierte Sachverhaltsrüge, die es dem Bundesgericht erlauben könnte, den im angefochtenen Urteil festgestellten Sachverhalt zu berichtigen oder zu ergänzen; seine Rüge, die Vorinstanz habe insoweit die Beweise willkürlich gewürdigt, begründet der Beschwerdeführer nicht rechtsgenügend. Überdies versucht er seine Behauptungen mit der konsolidierten Bilanz und Erfolgsrechnung der X._ Holding per 31. Dezember 1999 vom 31. März 2000 zu beweisen, bei der es sich um ein neues, unzulässiges Beweismittel handelt. - Wenn er dazu vorbringt, er sehe sich dazu veranlasst, dieses Aktenstück als neues Beweismittel einzureichen, weil die Vorinstanz in diesem Punkt eine ex-post Betrachtung vornehme, indem sie auf Erläuterungsberichte vom 8. Mai 2001 abgestellt habe, ist dies unbehelflich. Nachdem die Frage des Vorliegens von stillen Reserven im vom Beschwerdeführer behaupteten massgeblichen Zeitpunkt bereits im vorinstanzlichen Verfahren Prozessthema war, vermag er damit nicht darzutun, dass erst der angefochtene Entscheid zur Einreichung des neuen Beweismittels Anlass gab (Erwägung 2.4).
5. Der Beschwerdeführer bestreitet, dass ihn hinsichtlich der vorgeworfenen Pflichtverletzungen ein Verschulden treffe.
Der Verwaltungsrat haftet im Rahmen seiner Amtsführung für jedes Verschulden, also auch für leichte Fahrlässigkeit. Dabei gilt nach allgemein anerkannter Auffassung ein objektivierter Verschuldensmassstab. Ein Verschulden ist grundsätzlich immer gegeben, wenn der in Anspruch Genommene nicht so gehandelt hat, wie es von einem sachkundigen Organ in der konkreten Stellung objektiv verlangt werden darf (Urteil 4C.358/2005 vom 12. Februar 2007 E. 5.6, nicht publiziert in: BGE 133 III 116; vgl. auch BGE 113 II 52 E. 3a S. 56).
5.1 Zunächst rügt der Beschwerdeführer sinngemäss, die Vorinstanz habe einen unrichtigen Sorgfaltsmassstab angewendet, indem sie die sogenannte "Business Judgement Rule" bei Transaktionen unter Konzerngesellschaften nicht gelten lasse, nach der ein Gericht gutgläubig getroffene unternehmerische Entscheidungen nicht zu überprüfen habe. Die Rüge ist unbegründet, soweit sie nicht ohnehin ins Leere stösst.
Die Vorinstanz erwog, die Business Judgement Rule verlange eine grundsätzliche Zurückhaltung in der Überprüfung von Geschäftsentscheiden mit Ermessenscharakter. Sie schütze den Verwaltungsrat in weitem Umfang davor, beim Eingehen vertretbarer unternehmerischer Risiken bei externen Transaktionen, die sich aus Bewertungsfragen und der nicht vollständigen Kontrolle über die extern investierten Mitteln ergäben, eine Haftung zu gewärtigen. Bei Transaktionen unter Konzerngesellschaften könne dies jedoch nur beschränkt gelten und müsse ein strengerer Massstab gelten. Die Konzernmutter könne über die Geschicke ihrer 100 %-igen Konzerntöchter bestimmen und die Konzernleitung habe über die Belange der Töchter informiert zu sein.
Entgegen dem Beschwerdeführer schloss die Vorinstanz mit diesen Erwägungen eine gewisse Zurückhaltung bei der Prüfung von unternehmerischen Entscheiden bei Transaktionen unter Konzerngesellschaften nicht aus, sondern vertrat lediglich die Ansicht, es müsse ein strengerer Massstab gelten als bei externen Transaktionen. Dies ist nicht zu beanstanden. Das Bundesgericht anerkennt mit der herrschenden Lehre, dass die Gerichte sich bei der nachträglichen Beurteilung von Geschäftsentscheiden Zurückhaltung aufzuerlegen haben, die in einem einwandfreien, auf einer angemessenen Informationsbasis beruhenden und von Interessenkonflikten freien Entscheidprozess zustande gekommen sind (vgl. Urteil 4A_306/2009 vom 8. Februar 2010 E. 7.2.4; GERICKE/WALLER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. II, 4. Aufl. 2012, N. 31 f. zu Art. 754 OR; WATTER/ PELLENDA, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. II, 4. Aufl. 2012, N. 6 zu Art. 717 OR; PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 18 Rz. 401 f.; FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 28 Rz. 24). Das schliesst nicht aus, in Bezug auf Geschäfte, bei denen ein besonderer Wissensstand über die Faktoren zur Einschätzung des Risikos vorhanden ist oder erwartet werden darf, wie namentlich bei solchen unter Konzerngesellschaften, einen strengeren Massstab anzulegen, wie dies die Vorinstanz tat. Bei der Beurteilung von Sorgfaltspflichtverletzungen ist auf die Informationen abzustellen, über die das Verwaltungsratsmitglied im Zeitpunkt der Pflichtverletzung verfügte oder verfügen konnte (vgl. Urteil 4A_467/2010 vom 5. Januar 2011 E. 3.3; GERICKE/WALLER, a.a.O., N. 31c zu Art. 754 OR; WATTER/PELENDA, a.a.O., N. 5 f. zu Art. 717 OR).
5.2 Die Vorinstanz beurteilte die in der Darlehensgewährung an die XQ._ liegende Pflichtverletzung als schuldhaft, weil der Beschwerdeführer aufgrund seiner Organstellung von der prekären finanziellen Situation der XQ._ wusste oder hätte wissen müssen und trotzdem die Darlehensgewährung bzw. die Vermögensverschiebung innerhalb des Konzerns an diese Gesellschaft zugelassen habe, ohne gleichzeitig für eine Sanierung derselben zu sorgen.
Der Beschwerdeführer bestreitet zu Recht nicht grundsätzlich, und die Vorinstanz hat zutreffend erwogen, dass der Beschwerdeführer aufgrund seiner Stellung als Doppelorgan in der X._ Holding und der XQ._ die prekäre finanzielle Situation der letzteren Gesellschaft im Jahre 2000 zu jedem Zeitpunkt hätte kennen müssen; der Verwaltungsrat muss eine prekäre finanzielle Situation nicht nur dann erkennen, wenn eine Bilanz darüber Aufschluss gibt, sondern auch soweit andere Alarmzeichen im Zusammenhang mit der Geschäftsentwicklung bestehen (BGE 132 III 564 E. 5.1 S. 572 f.). Grundsätzlich ist daher im Zusammenhang mit der Darlehensgewährung an die XQ._ trotz Überschuldung derselben von einer schuldhaften Pflichtwidrigkeit auszugehen.
5.3 Der Beschwerdeführer wendet ein, dass er im vorliegenden Fall die (bestrittene) finanzielle Situation der XQ._ im massgeblichen Zeitraum bzw. Zeitpunkt nicht habe kennen können oder müssen. Er macht geltend, er habe sich bei der Gewährung des Darlehens im Frühling 2000 auf die Zahlen der Jahresrechnung 1999 verlassen dürfen, die bei weitem keine Überschuldung und daher auch keine Pflicht zur Einleitung von Sanierungsmassnahmen aufgezeigt habe. Selbst wenn zu diesem Zeitpunkt eine Überschuldung vorgelegen haben sollte (bestritten), sei dies für ihn nicht erkennbar gewesen. Die Vorinstanz habe mit ihrer Analyse bezüglich der Rückstellung betreffend Ferien- und Überzeitguthaben sowie der Forderung betreffend Frauenklinik sowie ihrer Korrektur bei den stillen Reserven eine unzulässige ex post-Betrachtungsweise angewandt und diese unzulässigerweise dem Beschwerdeführer zugerechnet, obwohl er diese bei der Darlehensgewährung ex ante nicht haben konnte.
Dazu ist zunächst festzuhalten, dass dem vorinstanzlichen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht nicht zu entnehmen ist, dass die Darlehensgewährung durch den Beschwerdeführer im Frühling 2000 erfolgte. Der Beschwerdeführer bestritt im vorinstanzlichen Verfahren überhaupt, dass eine formelle Darlehensgewährung erfolgt sei. Die Vorinstanz stellte bloss fest, unbestritten sei die in der Bilanz vom 31. Dezember 2000 aufgeführte Verbindlichkeit von Fr. 1.5 Mio., die im Vorjahr noch nicht bestanden habe. In anderem Zusammenhang bringt der Beschwerdeführer vor, die Darlehensgewährung sei am 28. März 2000 erfolgt; seine entsprechenden Ausführungen sind indessen neu und nicht von einer substanziierten Sachverhaltsrüge begleitet, sodass sie nicht gehört werden können. Es ist damit bloss festgestellt, dass die Vermögensverschiebung an die XQ._ im Laufe des Jahres 2000 erfolgte und vom Beschwerdeführer geduldet wurde. Auch wenn vorliegend davon ausgegangen wird, die Darlehensgewährung sei, wie vom Beschwerdeführer behauptet, am 28. März 2000 erfolgt, ändert dies nichts am vorliegenden Entscheid, wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt.
Nach dem vorstehend Ausgeführten kann sich der Beschwerdeführer nicht ohne weiteres damit entlasten, dass die Jahresrechnung 1999 keine Überschuldung bzw. Unterbilanz aufgezeigt habe. Es ist vielmehr zu prüfen, ob der Beschwerdeführer aufgrund ihm bis zum Zeitpunkt der Darlehensgewährung zugekommener Informationen bei pflichtgemässer Sorgfalt die tatsächliche finanzielle Situation der XQ._ hätte erkennen müssen.
5.3.1 Der Beschwerdeführer bestreitet, dass er um die Verletzung von Rechnungslegungsvorschriften im Zusammenhang mit der nicht erfolgten Passivierung von Ferien- und Überzeitguthaben in der Bilanz der XQ._ des Jahres 2000 in der Höhe von Fr. 583'736.25 und damit um das Bestehen von um diesen Betrag erhöhten Passiven hätte wissen müssen. Er habe sich als Bauunternehmer auf die Beratung durch die fachkompetente und sogar auf Bauunternehmungen spezialisierte Revisionsstelle verlassen dürfen, so dass ihm insoweit kein Verschulden vorgeworfen werden könne.
In der Lehre wird die Auffassung vertreten, durch einen Beizug von Fachleuten und Befolgung ihres Rats werde das Verschulden des Verwaltungsrats gemildert, wenn er die sachverständige Person sorgfältig ausgewählt, instruiert und deren Auskünfte sorgfältig ausgewertet und umgesetzt habe (GERICKE/WALLER, a.a.O., N. 32 zu Art. 754 OR; BÖCKLI, a.a.O., N. 403b und 449, je mit Hinweisen; vgl. auch BGE 99 II 176 E. 2a S. 181). Es kann allerdings vorliegend mangels Entscheiderheblichkeit offen bleiben, ob sich der Beschwerdeführer damit entlasten kann, er habe sich auf die Beurteilung der fachkundigen Revisionsstelle verlassen, da den Beschwerdeführer jedenfalls mit Bezug auf die zu hohe Bewertung der Forderung gegen die T._ AG betreffend Neubau der Frauenklinik ein Verschulden trifft und er schon bei richtiger Bewertung dieser Forderung eine Überschuldung der XQ._ hätte erkennen müssen:
5.3.2 Der Beschwerdeführer rügt insoweit, aufgrund der im Zeitpunkt der Darlehensgewährung (am 28. März 2000; vgl. dazu die vorstehende Erwägung 5.3) vorliegenden Erkenntnisse könne ihm, auch wenn die Rückstellung (recte: Wertberichtigung) auf der Forderung betreffend Frauenklinik ungenügend gewesen sei, keine Fahrlässigkeit vorgeworfen werden. Indem die Vorinstanz festhalte, dass "aus heutiger Sicht" mehr Rückstellungen hätten gebildet werden müssen, nehme sie eine unzulässige ex post-Betrachtung vor. Die Vorinstanz begründe ein Verschulden des Beschwerdeführers nicht einmal im Ansatz. Diese Rügen verfangen nicht.
Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer insbesondere vor, er hätte bei pflichtgemässer Bewertung der Forderung betreffend Frauenklinik im Jahr 2000 die Überschuldung der XQ._ erkennen müssen. Die ersten sorgfältigen Abklärungen über den Bestand der Forderung durch D._ und die W._ seien erst ab Sommer 2003 erfolgt, obwohl dazu bereits im Jahr 2000 Anlass bestanden hätte. So sei die Forderung von Anfang an mit Schreiben vom 9. Februar, 16. Juni und 25. August 2000 bestritten gewesen. Sodann sei sie bereits an der Sitzung des Steuerungsausschusses vom 1. Februar 2000 oder auch in der Sitzung vom 13. September 2000 ein Diskussionspunkt gewesen und auch das Protokoll der Generalversammlung vom 30. Juni 2000 zeige, dass erkannt wurde, dass sich bei der Kalkulation gravierende Probleme eingeschlichen hätten. Schliesslich habe der Beschwerdeführer im August 2000 mit Sicherheit gewusst, dass ein Rechtsstreit mit der T._ AG unausweichlich sein würde. Das Projekt Frauenklinik sei ein klassischer Fall eines Klumpenrisikos gewesen, dem nicht genügend Rechnung getragen und von oberster Stelle nicht genügend Aufmerksamkeit geschenkt worden sei.
Dass nach diesen Feststellungen Anlass zu näheren Abklärungen über den Wert der Forderung bestand, bestreitet der Beschwerdeführer nicht, jedenfalls nicht rechtsgenüglich. Wenn er gegen den Vorwurf, entsprechende Abklärungen unterlassen zu haben, vorbringt, die Ansicht der Vorinstanz, es hätten bereits aufgrund der ersten (d.h. am 9. Februar 2000 erfolgten) Rückweisung der Forderung durch die T._ AG höhere Rückstellungen gebildet werden müssen, sei weltfremd, kann ihm nicht gefolgt werden. Nach den Vorbringen der Beschwerdegegnerinnen im vorinstanzlichen Verfahren, die der Beschwerdeführer nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil nicht substanziiert bestritt, habe die X._ Gruppe mit der T._ Holding AG einen Werkvertrag über den Neubau der Frauenklinik für einen Pauschalpreis von Fr. 14'170'000.-- geschlossen. In der Folge hätten sich erhebliche Mehrkosten ergeben und es seien Fr. 15'299'410.-- in Rechnung gestellt worden. Danach habe die XQ._ noch weitere Fr. 3'112'233.-- als Nachforderung in Rechnung gestellt, was die T._ AG als von der Pauschalvergütung abgedeckt zurückgewiesen habe. Die XQ._ habe sodann unter dem Titel "Nachträge" weitere Forderungen im Gesamtbetrag von Fr. 2'668'730.85 geltend gemacht, wovon die T._ AG mit Schreiben vom 9. Februar und 16. Juni 2000 lediglich Fr. 308'797.40 anerkannt und die Restforderung als unbegründet zurückgewiesen habe. Bei dieser Sachlage (Rechnungsstellung über einen offerierten Pauschalpreis hinaus und Rückweisung der entsprechenden Mehrforderungen) hätte für den Beschwerdeführer als pflichtgemäss handelnder Verwaltungsrat schon im Zeitpunkt der ersten festgestellten Rückweisung am 9. Februar 2000 Anlass zu eingehenden Abklärungen über die Werthaltigkeit der Forderung bestanden. Dies umso mehr, als diese nach den vorinstanzlichen Feststellungen bereits anlässlich der Sitzung des Steuerungsausschusses vom 1. Februar 2000 ein Diskussionspunkt gewesen sei und von der Vorinstanz zu Recht als Klumpenrisiko eingestuft wurde.
Besteht der Vorwurf darin, dass der Beschwerdeführer im (behaupteten) Zeitpunkt der Vermögensverschiebung keine sorgfältige Abklärung der Werthaltigkeit der Forderung vornahm, obschon dazu Anlass bestanden hätte, und dies zu einer um Fr. 1.1 Mio. zu hohen Bewertung der Forderung mit der Folge des Nichterkennens einer Überschuldung der XQ._ führte (vgl. dazu die vorstehenden Erwägungen 3 und 4.1.4), kann nicht davon gesprochen werden, die Vorinstanz habe die Verschuldensbeurteilung unzulässigerweise aus retrospektiver Sicht vorgenommen. Die Rüge ist unbegründet.
5.3.3 Der Beschwerdeführer macht allerdings geltend, selbst wenn von einem zusätzlichen Rückstellungsbedarf für die Forderung Frauenklinik von Fr. 1.1 Mio. ausgegangen werde, sei es für ihn nicht möglich gewesen, eine Überschuldung zu erkennen. Die Zulassung der Darlehensgewährung sei in Kenntnis der Bilanz der XQ._ per 31. Dezember 1999 erfolgt, die nach den vorinstanzlichen Feststellungen noch Fr. 4.3 Mio. an Bewertungsreserven ausgewiesen habe. In Anbetracht dessen könne dem Beschwerdeführer kein Verschuldensvorwurf gemacht werden, wenn er nicht von einer Überschuldung der XQ._ ausgegangen sei.
Dem kann nicht gefolgt werden. Bei pflichtgemäss-realistischer Beurteilung der Forderung betreffend Frauenklinik wäre für den Beschwerdeführer die bilanzmässige Überschuldung der XQ._ im massgeblichen Zeitpunkt erkennbar gewesen. Dies wäre für ihn auch der Moment gewesen, sich über das tatsächliche Vorliegen von Bewertungsreserven bzw. von stillen Reserven Klarheit zu verschaffen, von deren Vorliegen nach dem vorstehend (Erwägung 4.1.3) Ausgeführten nicht auszugehen ist. Die Vorinstanz hielt nun, wie der Beschwerdeführer geltend macht, fest, gemäss Erläuterungsbericht per 31. Dezember 2000 (KB 24) seien die Bewertungsreserven nicht mehr wie im Vorjahr per 31. Dezember 1999 in der Bilanz ausgewiesen. Die Beschwerdegegnerinnen weisen diese Feststellung allerdings als aktenwidrig aus, indem sie zutreffend darauf hinweisen, dass die Bewertungsreserven schon im Jahre 1999 nur in den Erläuterungen zur Bilanz erwähnt worden seien; das Eigenkapital gemäss Bilanz habe lediglich Fr. 1'965'186.19 betragen und keine Bewertungsreserven enthalten (KB 24 S. 8). Dies entspricht denn auch dem Wesen von stillen Reserven. Im übrigen erachtete die Vorinstanz die vom Beschwerdeführer für das Vorhandensein stiller Reserven angeführten Beweismittel als nicht beweiskräftig, namentlich die Liegenschaftenschätzungen aus dem Jahre 1996, die im Zeichen der allgemeinen Entwicklung der Immobilienpreise im betroffenen Zeitraum als veraltet zu gelten hätten. Diese beweismässige Bewertung der Liegenschaftenschätzungen vermag der Beschwerdeführer nicht als willkürlich auszuweisen, indem er ihr bloss die Zeugenaussage B._ gegenüberstellt, nach der die Liegenschaften nach 1996 keinem Wertzerfall mehr unterlegen seien und die Schätzungen aus diesem Jahr durchaus auch für die Folgejahre repräsentativ gewesen seien. Der Beschwerdeführer hätte sich bei pflichtgemässer Sorgfalt nicht auf die Schätzungen aus dem Jahr 1996 und eine sich darauf abstützende Erwähnung von Bewertungsreserven in den Erläuterungen zur Bilanz verlassen dürfen, sondern die aktuellen Werte im Rahmen einer Auflösung oder Aufwertung der stillen Reserven abklären müssen, zumal von ihm als im Bausektor tätiger Unternehmer eine gewisse Kenntnis des Immobilienmarktes erwartet werden darf. Der Vorinstanz ist damit keine fehlerhafte Rechtsanwendung vorzuwerfen, wenn sie schloss, der Beschwerdeführer hätte im massgebenden Zeitraum bei pflichtgemässer Sorgfalt nicht von genügend Aufwertungsreserven ausgehen dürfen, um eine Überschuldung wettzumachen, und er hätte von der prekären finanziellen Situation der XQ._ Kenntnis haben müssen.
5.4 Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, selbst wenn von einer Überschuldung der X._ Holding auszugehen wäre und er darum hätte wissen sollen, sei festzustellen, dass die Gewährung des Darlehens an die XQ._ durch Gestattung der Benutzung der Kreditlimiten innerhalb der X._ Gesellschaften keinesfalls als fahrlässig zu werten sei. Vielmehr sei es als Vergabe von Sanierungsdarlehen aufgrund des Businessplanes "Übernahme von Teilen der S._ Holding AG", dem die Finanzgläubiger zugestimmt hätten, sinnvoll gewesen.
Diese Vorbringen finden indessen in den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz keine Stütze und der Beschwerdeführer versäumt es, in der Beschwerde dazu eine taugliche Sachverhaltsrüge zu erheben, die dem Bundesgericht allenfalls eine Ergänzung des Sachverhalts erlauben könnte. Der Beschwerdeführer kann damit nicht gehört werden.
5.5 Nach dem in vorstehender Erwägung 4.3 Ausgeführten ist es schliesslich auch unbehelflich, wenn der Beschwerdeführer sein Verschulden für die pflichtwidrige Schädigung der X._ Holding mit der Risikofähigkeit der X._ Holding aufgrund behaupteter stiller Reserven bestreiten will.
6. Der Beschwerdeführer macht eine Unterbrechung des adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen einer allfälligen Pflichtverletzung und der Konkurseröffnung über die X._ Gesellschaften bzw. dem aus der Pflichtverletzung resultierenden Schaden geltend. Der neue Verwaltungsrat habe nach der am 30. Mai 2002 erfolgten Übernahme der X._ Gruppe durch die Y._ Holding AG den Konkurs willentlich herbeigeführt, obwohl die Gruppe nach der Übernahme saniert gewesen wäre. Die Vorinstanz habe dies unter falscher Feststellung des Sachverhalts nicht in ihre Beurteilung einbezogen. Der Beschwerdeführer habe zusammen mit den Banken und sogar mit eigenen privaten Mitteln ein umfassendes Sanierungskonzept geschnürt, um für die neue Eigentümerin optimale Voraussetzungen für die Weiterführung zu schaffen. Zudem hätten die Banken für den Fall eines Aktionärswechsels Forderungsverzichte in der Höhe von Fr. 11.9 Mio. zugesichert und diese Forderungsverzichte seien mit dem Aktionärswechsel Tatsache geworden, was die Vorinstanz willkürlich nicht berücksichtigt habe. Überdies habe die Vorinstanz in willkürlicher Beweiswürdigung verneint, dass in Bezug auf die XR._ stille Reserven in der Höhe von Fr. 25 Mio. vorgelegen hätten. Wäre das Konzept zur Fortführung wie vorgesehen umgesetzt worden, wäre kein Schaden entstanden. Der Schaden sei bloss durch mutwillige Abkehr des neuen Verwaltungsrats vom Fortführungswillen entstanden, womit der adäquate Kausalzusammenhang unterbrochen sei. Auch mit diesen Vorbringen dringt der Beschwerdeführer nicht durch.
6.1 In tatsächlicher Hinsicht findet zunächst seine Behauptung, es seien nach der Übernahme der X._ Holding Forderungsverzichte durch die Banken Tatsache geworden, in den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil keine Stütze und der Beschwerdeführer erhebt dazu keine substanziierte Sachverhaltsrüge, die eine diesbezügliche Ergänzung des Sachverhalts erlauben könnte. Die Vorinstanz hielt vielmehr hinsichtlich der XR._ fest, die Forderungsverzichte seien an die Bedingung geknüpft gewesen, dass die ungedeckten Kontokorrentkredite bis zum Jahresende zurückgeführt würden. Dass dies erfolgt wäre, lässt sich dem angefochtenen Urteil nicht entnehmen. Die Vorinstanz hielt im Übrigen fest, dass der Beschwerdeführer eine Sanierungsverpflichtung der Y._ Holding AG gegenüber der X._ Holding zwar behauptet, aber nicht bewiesen habe. Aus diesem Grund könne das Nichtsanieren bzw. die Weigerung der angesprochenen Personen, weiteres Geld in die X._ Holding einzuschiessen, den Kausalzusammenhang nicht unterbrechen. Auf diese Ausführungen geht der Beschwerdeführer nicht, jedenfalls nicht rechtsgenügend ein. Abgesehen vom Fehlen hinreichend substanziierter Sachverhaltsrügen ruft er zum Beleg seiner Behauptung Beweismittel an, die von der Vorinstanz aus dem Recht gewiesen wurden, die nicht berücksichtigt werden können bzw. neue Beweismittel (Erwägungen 2.4/2.5). Von den neuen Beweismitteln versucht er einzig die Zulässigkeit des neuen Einbringens einer Klageantwort der Y._ Holding AG vom 19. Januar 2004 in einem abgeschlossenen Verfahren vor dem Amtsgericht Luzern-Stadt bzw. seinen Antrag um Edition der Akten des entsprechenden Prozesses zu begründen, indem er geltend macht, die Erwägungen der Vorinstanz, wonach aus dem Verkauf der X._ Holding an die Y._ Holding AG keine Sanierung erwachsen sei, veranlasse ihn dazu, weitere Beweismittel anzurufen. Diese Begründung taugt indessen nicht für die Zulassung derselben. Dass die mit dem neuen Beweismittel zu beantwortende Frage sich nicht bereits vor der Vorinstanz gestellt und deshalb kein Anlass bestanden hätte, das Beweismittel bereits im vorinstanzlichen Verfahren einzubringen, macht er damit nicht geltend. Allein der Umstand, dass die Vorinstanz dem Standpunkt des Beschwerdeführers nicht gefolgt ist, vermag die Zulässigkeit von neuen Beweismitteln nicht zu begründen.
6.2 Was sodann die Behauptung betrifft, es hätten in der XR._ und damit in der X._ Holding stille Reserven von Fr. 25 Mio. bestanden, verneinte die Vorinstanz schon, dass insoweit hinreichend substanziierte Behauptungen aufgestellt worden seien, aufgrund derer Beweis über die Frage abgenommen werden könnte. Jedenfalls lege der Beschwerdeführer keine tauglichen Beweismittel vor, aus denen auf das Vorliegen der behaupteten Reserven geschlossen werden könnte. Das Vorliegen von stillen Reserven in behaupteter Höhe werde zusätzlich auch durch die Zeugenaussage von E._ in Frage gestellt, der die Behauptung des Vorliegens von stillen Reserven von Fr. 25 Mio. als überrissen bezeichnet habe.
Der Beschwerdeführer mag dagegen nicht aufzukommen, indem er bloss vorbringt, die vorinstanzliche Würdigung sei willkürlich, weil wegen der Parteistellung von E._ nicht auf dessen Aussage abgestellt werden dürfe und überdies dessen Aussage nicht den massgeblichen Zeitpunkt betreffe, ohne rechtsgenügend aufzuzeigen, dass die Vorinstanz in ihrer Hauptbegründung zu Unrecht eine ungenügende Substanziierung verneint und in willkürlicher Weise das Vorliegen tauglicher Beweismittel verneint hätte.
6.3 Unabhängig davon, dass nach dem Gesagten weder vom Vorliegen der behaupteten stillen Reserven noch vom behaupteten Forderungsverzicht der Banken und der Sanierung der X._ Gruppe nach dem Aktionärswechsel auszugehen ist, verneinte die Vorinstanz, dass die entsprechenden Umstände bzw. die Nichtsanierung der X._ Holding durch die neuen Eigentümer zu einer Unterbrechung des Kausalzusammenhangs zwischen den vorgeworfenen Pflichtverletzungen und der Schädigung der X._ Holding führen könnten. Auch auf diese Erwägungen geht der Beschwerdeführer nicht, jedenfalls nicht rechtsgenügend ein, indem er bloss behauptet, die rechtliche Beurteilung der Vorinstanz sei nicht nachvollziehbar und der adäquate Kausalzusammenhang zwischen der angeblichen Sorgfaltspflichtverletzung und der Konkurseröffnung sei durchbrochen worden. Auch darauf ist von vornherein nicht weiter einzugehen.
7. Nach dem Ausgeführten ist nicht dargetan, dass die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie die Klage gegen den Beschwerdeführer im Umfang von Fr. 1 Mio. guthiess, weil sie im Zusammenhang mit der Darlehensgewährung an die XQ._ eine schuldhafte Pflichtverletzung bejahte, die adäquat-kausal zu einer Schädigung der X._ Holding in entsprechendem Umfang führte. Bei dieser Sachlage ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, ohne dass auf die von der Vorinstanz im Weiteren bejahte pflichtwidrige Schädigung der X._ Holding durch Gewährung eines Darlehens an die S._ und die vom Beschwerdeführer dagegen erhobenen Rügen eingegangen zu werden braucht.
Diesem Verfahrensausgang entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer