Sachverhalt:
A. Mit Mietvertrag vom 15. Oktober 1989 mietete A._ (Beschwerdeführerin) ab dem 1. Dezember 1989 von der Mutter und Rechtsvorgängerin von B._ (Beschwerdegegner) eine 41⁄2- Zimmerwohnung bzw. Büroräumlichkeiten im 2. Obergeschoss einer Liegenschaft in Zürich für einen Bruttomietzins von Fr. 2'700.-- monatlich. Der Beschwerdegegner kündigte das Mietverhältnis wegen einer Totalrenovation des Gebäudes unter Verwendung des amtlichen Formulars zunächst im Jahre 1995 auf den 31. März 2000, wobei er anführte, die frühzeitige Kündigung sollte den Mietern erlauben "etwas Passendes" zu finden. Eine weitere Kündigung erfolgte am 25. März 2002. Am 8. April 2002 schrieb die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner zur ersten Kündigung, diese sei faktisch nie vollzogen worden, weshalb von einem Weiterbestehen des ursprünglichen Mietverhältnisses auszugehen sei. Die zweite Kündigung sei nichtig, da sie nicht mit einem amtlichen Formular erfolgt sei. Vom Monat Mai 2000 an waren unter dem Titel Mietzins nur noch Fr. 1'800.-- überwiesen worden. Nachdem X._ im Juni 2007 die Verwaltung der Liegenschaft übernommen hatte, forderte er von der Beschwerdeführerin die Nachzahlung der Mietzinsdifferenz für die letzten 5 Jahre im Betrag von Fr. 54'000.--. Mit Urteil vom 16. Dezember 2008 erachtete das Mietgericht des Bezirks Zürich diese Forderung des Beschwerdegegners nebst Zins für ausgewiesen und hiess die entsprechende Klage gut. Die gegen dieses Urteil erhobene kantonale Berufung wies das Obergericht des Kantons Zürich am 25. Juni 2009 ab.
B. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Ihr Gesuch um aufschiebende Wirkung wies das Bundesgericht am 28. September 2009 ab. Der Beschwerdegegner schliesst auf Bestätigung des angefochtenen Entscheides unter Kostenfolge zu Lasten der Beschwerdeführerin, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz verweist integral auf das Urteil des Mietgerichts. Die darin enthaltenen Erwägungen und Feststellungen bilden damit Teil des angefochtenen Urteils.
1.1 Die Beschwerdeführerin macht vor Bundesgericht geltend, nach Abschluss des Mietvertrages sei C._, beziehungsweise das von ihm geleitete Unternehmen, bei ihr eingezogen. Mit der Kündigung auf den 31. März 2000 habe der Beschwerdegegner den bestehenden Mietvertrag aufgelöst, so dass per 1. April 2000 für das Mietobjekt ein vertragsloser Zustand eingetreten sei. Ab diesem Zeitpunkt habe C._ während 7 Jahren unbeanstandet für den Beschwerdegegner erkennbar Fr. 1'800.-- monatlich bezahlt. Damit sei durch konkludentes Verhalten ein entsprechender Mietvertrag zwischen C._ und dem Beschwerdegegner zustandegekommen, unabhängig davon, ob dieser ein Schreiben vom 1. April 2000, mit welchem ihm die Vertragsübernahme mit Anpassung des Mietzinses angeboten worden sei, erhalten habe (der Beschwerdegegner bestreitet den Erhalt dieses Schreibens; der Nachweis konnte nicht erbracht werden). Die Beschwerdeführerin sei nicht mehr Partei des Mietvertrages und damit nicht passivlegitimiert. Die Annahme, der Beschwerdegegner und die Beschwerdeführerin hätten das ursprüngliche Vertragsverhältnis zu den gleichen Konditionen weitergeführt, sei offensichtlich unzutreffend. Selbst wenn die Passivlegitimation der Beschwerdeführerin gegeben sei, habe der Beschwerdegegner aber den Mietzins von Fr. 1'800.-- konkludent akzeptiert. Die Forderung des Beschwerdegegners erweise sich angesichts der vorbehaltlosen Entgegennahme des Mietzinses während sieben Jahre als rechtsmissbräuchlich.
1.2 Das Mietgericht Zürich kam in Würdigung der Beweise, namentlich der von der Beschwerdeführerin verfassten Zusammenstellung über den "Verlauf der schriftlichen Kommunikationen zwischen Mieter und Vermieter", zum Schluss, die Parteien seien sich nach der Kündigung vom 21. April 1995 einig gewesen, dass der ursprüngliche Vertrag weiter gelte, womit nach der Kündigung im Jahre 1995 zwischen den Parteien ein neuer, dem bisherigen entsprechender Mietvertrag zustande gekommen sei. Auch aus dem nachträglichen Verhalten der Beteiligten, insbesondere dem Schreiben der Beschwerdeführerin vom 8. April 2002, schlossen die kantonalen Instanzen, dass kein Übergang des Mietverhältnisses stattgefunden hatte.
1.3 Diese tatsächlichen Feststellungen binden grundsätzlich das Bundesgericht im Beschwerdeverfahren (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin versucht zwar, die Auffassung der kantonalen Instanzen als offensichtlich unzutreffend auszugeben (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG), indem sie darauf hinweist, das Schreiben vom 8. April 2002 sei nach einer neuen Kündigung durch den Beschwerdegegner zwei Jahre nach Eintritt des behaupteten neuen Rechtsverhältnisses und der Bezahlung der Miete in Höhe von Fr. 1'800.-- von juristischen Laien verfasst worden. Auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme beruhende Feststellungen hätten indessen mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde gerügt werden können (§ 281 Ziff. 2 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976, ZPO/ZH, LS 271), so dass der angefochtene Entscheid insoweit nicht letztinstanzlich ist (Art. 75 Abs. 1 BGG) und mangels Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzuges vom Bundesgericht nicht überprüft werden kann (BGE 134 III 524 E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen). Davon abgesehen genügten die Vorbringen der Beschwerdeführerin den strengen Begründungsanforderungen für Rügen einer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung in keiner Weise, so dass ohnehin nicht darauf einzutreten wäre (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
1.4 Aus der blossen Tatsache, dass der Beschwerdegegner die reduzierte Mietzinszahlung während Jahren anstandslos entgegennahm, kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Der freiwillige Verzicht auf einen Teil der geschuldeten Leistung kann nicht leichthin angenommen werden (vgl. zum Schulderlass BGE 109 II 327 E. 2b S. 329 f. mit Hinweis). Ein bloss passives Verhalten des Beschwerdegegners genügt nicht, um bei der Beschwerdeführerin berechtigtes Vertrauen zu erwecken, er sei mit der Herabsetzung des Mietzinses einverstanden.
1.5 Umstände, die das Verhalten des Beschwerdegegners als rechtsmissbräuchlich erscheinen lassen, sind nicht ersichtlich. Dass dieser die zu geringen Mietzinszahlungen frühzeitig bemerkt oder das Angebot zur Vertragsübernahme erhalten hätte, ist nicht festgestellt. Demnach bestimmt sich nach den Vorschriften über die Verjährung, wann der Schuldner die Erfüllung von Ansprüchen, um die sich der Anspruchsberechtigte nicht kümmert, verweigern kann. Soweit die Verjährung eingetreten ist, wirkte sich das nachlässige Verhalten des Beschwerdegegners denn auch zu Gunsten der Beschwerdeführerin aus. Eines weiter gehenden Schutzes bedarf sie nicht.
2. Damit erweist sich die Beschwerde insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak