Sachverhalt:
A. Der 1967 geborene H._ meldete sich am 5. August 2005 bei der IV-Stelle des Kantons Graubünden zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung. Die IV-Stelle liess zur Abklärung der medizinischen Verhältnisse unter anderem durch Dr. med. G._, Facharzt für Kinder- und Jugendpsychiatrie, ein Gutachten erstellen (Expertise vom 4. Mai 2006). Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren sprach die Verwaltung rückwirkend ab dem 1. August 2004 eine Viertelsrente und ab 1. September 2004 eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu (Verfügungen vom 17. Januar 2008).
B. Die von H._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Entscheid vom 8. April 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. H._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, das Wartejahr sei nicht ab 22. Juni 2003, sondern ab 10. November 2003 zu eröffnen; sodann sei der Invaliditätsgrad von 50% auf 100% anzuheben.
Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Beschwerde und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Das kantonale Gericht ist auf das Rechtsmittel mit Bezug auf die beantragte Neufestsetzung des Beginns der Wartezeit gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG auf den 10. November 2003 statt 22. Juni 2003 nicht eingetreten, da der Versicherte im Urteilszeitpunkt durch die angefochtenen Verfügungen insoweit nicht beschwert sei. Der Beschwerdeführer ficht diesen teilweisen Nichteintretensentscheid an.
2.1 Die Legitimation zur Anfechtung einer Verfügung oder eines Einspracheentscheids durch Beschwerde an das kantonale Gericht richtet sich nach Art. 59 ATSG. Gemäss dieser Bestimmung ist zur Beschwerde berechtigt, wer durch die angefochtene Verfügung oder den Einspracheentscheid berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat (Urteil 8C_606/2007 vom 27. August 2008 E. 5.1). Nach der zu Art. 103 lit. a OG ergangenen - im Anwendungsbereich von Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG weiterhin gültigen (BGE 134 I 204 E. 2.3 S. 206 f.) - und auch für die Auslegung von Art. 59 ATSG massgebenden Rechtsprechung gilt als schutzwürdiges Interesse im legitimationsrechtlichen Sinne jedes praktische oder rechtliche Interesse, welches eine von einer Verfügung betroffene Person an deren Änderung oder Aufhebung geltend machen kann (BGE 133 V 188 E. 4.1 und E. 4.3.1 S. 190 ff.).
2.2 Der Beschwerdeführer leitet sein schutzwürdiges Interesse in der Beschwerde daraus ab, dass die Pensionskasse die Leistungen verweigern könnte, falls diese mit der Invalidenversicherung von einer seit jeher bestehenden Arbeitsunfähigkeit von 20% ausgehe. Folglich habe er ein zentrales Interesse an einer Änderung der angefochtenen Verfügung. Die Auswirkungen eines Entscheides der Invalidenversicherung auf die berufsvorsorgerechtliche Beurteilung können durchaus ein schutzwürdiges Interesse im Sinne von Art. 59 ATSG begründen (vgl. BGE 134 V 20 E. 3.1.2 S. 21 mit Hinweisen), dies selbst dann, wenn zur Wahrung allfälliger Ansprüche im Bereich der beruflichen Vorsorge mit der im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren beantragten Abänderung eine Verschlechterung des dort Verfügten angestrebt wird, um damit insgesamt eine Verbesserung der Rechtsposition der versicherten Person herbeizuführen. Indessen ist bei der hier zu beurteilenden Sachlage eine Auswirkung der beanstandeten Aussage einer seit je gegebenen Arbeitsunfähigkeit von 20% auf die Belange der beruflichen Vorsorge nicht erkennbar: Zwar hat die Invalidenversicherung ihren Rentenentscheid damit begründet, das Wartejahr gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG habe am 22. Juni 2003 zu laufen begonnen, wobei sie von einer ab 10. November 2003 bestehenden vollen Arbeitsunfähigkeit und einer solchen von 50% ab 23. November 2003 ausging und sodann eine bereits vor dem 10. November 2003 gegebene Arbeitsunfähigkeit von 20% in die Berechnung einbezog. Hingegen hat die Begründung einer Verfügung nicht Anteil an der Rechtskraft des Entscheides, sondern nur das Dispositiv. Die Bindungswirkung erstreckt sich auf die Urteilsformel und beschlägt weder die tatsächlichen Feststellungen noch die rechtlichen Erwägungen (BGE 121 III 474 E. 4a S. 478). Aus dem Dispositiv der Verfügungen vom 17. Januar 2008 ergibt sich einzig, dass der Beschwerdeführer ab 1. August 2004 Anspruch auf eine Viertelsrente und ab dem 1. September 2004 auf eine halbe Rente der Invalidenversicherung hat. Damit ist in keiner Weise rechtsverbindlich eine seit jeher bestehende Arbeitsunfähigkeit von 20% festgehalten und ein schutzwürdiges Interesse an der Festsetzung eines späteren Zeitpunktes für den Rentenbeginn besteht nicht. Das kantonale Gericht hat die Eintretensvoraussetzungen zu Recht verneint.
3. 3.1 Streitig und zu prüfen ist im Weiteren die Höhe des Invaliditätsgrades.
3.2 Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen über die Begriffe der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG) und Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG) sowie den Umfang des Rentenanspruches (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis zum 31. Dezember 2007 gültigen Fassung) und die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherte nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 28 Abs. 2 IVG in Verbindung mit Art. 16 ATSG) richtig wiedergegeben. Zutreffend dargelegt hat sie zudem die Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352; 122 V 157 E. 1c S. 160). Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.), was auch mit Bezug auf die konkrete Beweiswürdigung gilt. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 4.1 S. 399 f.; Urteil 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 2.2; vgl. E. 1 hievor).
4.2 Das kantonale Gericht befand das spezialärztliche Gutachten des Dr. med. G._ vom 4. Mai 2006 als ausführlich und für die strittigen Belange umfassend sowie in Kenntnis der Vorakten ergangen, weshalb ihm voller Beweiswert zukomme. Vorallem wegen der seit dem Jahr 2003 erfolglos gebliebenen Suche nach einer Arbeitsstelle bestreitet der Beschwerdeführer die Beweistauglichkeit der Expertise. Als Folge der Persönlichkeitsstörung könne er nachgewiesenermassen auf dem freien Arbeitsmarkt keine Stelle finden, weshalb die Annahme einer Restarbeitsfähigkeit von 50% willkürlich sei. Er erachtet die vorinstanzliche Beweiswürdigung somit sinngemäss als rechtsfehlerhaft (Art. 105 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 95 BGG). Indes wird der Beweiswert des Gutachtens nicht dadurch beeinträchtigt, dass darin die konkreten Erfahrungen des Versicherten bei der Stellensuche für die Einschätzung der verbliebenen Leistungsfähigkeit lediglich neben anderen Aspekten Berücksichtigung fanden. Dem Beschwerdeführer ist zwar darin zu folgen, dass die von Dr. med. G._ diskutierten und aus dem beruflichen Werdegang ersichtlichen Schwierigkeiten bei der Arbeitssuche als Auswirkungen der schizoiden Persönlichkeitsstörung in die Beweiswürdigung mit einzubeziehen sind. Er lässt aber die in der Expertise erfolgte gesamtheitliche - auch die genannten Gegebenheiten einschliessende - Würdigung ausser Acht, die aufzeigt, unter welchen Umständen er trotzdem nutzbringend arbeiten könnte, was insbesondere der Fall ist, wenn ihm genügend Freiraum belassen und die Möglichkeit selbständigen Arbeitens eingeräumt wird (so auch die Beurteilung vom 23. Oktober 2005 von Prof. Dr. phil. R._, Fachpsychologe). Ferner hat Dr. med. G._ überzeugend aufgezeigt, dass zur Verwertung der Arbeitsfähigkeit vorbereitend und begleitend eine therapeutische Hilfestellung indiziert ist. Darin ist nicht eine widersprüchliche oder gar willkürliche Einschätzung zu sehen, sondern ein Abwägen der konkreten medizinischen und beruflichen Verhältnisse. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung der Expertise vom 4. Mai 2006 im gesamten Kontext ist bundesrechtskonform (Art. 105 Abs. 2 und Art. 95 BGG). In für das Bundesgericht verbindlicher Weise hat das kantonale Gericht auf der Grundlage der gutachterlichen Einschätzung des Dr. med. G._ eine 50%ige Leistungsfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit des HWV-Ökonomen festgestellt, und es hat davon ausgehend das massgebliche Validen- sowie Invalideneinkommen festgelegt. Diese Invaliditätsbemessung ist rechtlich korrekt. Gegenteilige Rügen bringt der Beschwerdeführer denn auch nicht vor (Urteil 9C_719/2008 vom 31. Oktober 2008 E. 4.1). Die vorinstanzlich bestätigte Invalidität von 50% verletzt Bundesrecht nicht.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 Abs. 4 lit. a und Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, Kammer 2 als Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. November 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin