Faits:
A.
La société A._ SA (ci-après: la société), sise dans le canton de Genève, a été fondée en 1976 et a pour but "toutes opérations et transactions commerciales, financières et de placements; achat et vente de biens et valeurs mobiliers et immobiliers; prise de participation; représentation de sociétés ou de personnes à quelque titre que ce soit". Son capital-actions a été porté à 250'000 fr. en 1984.
B._ est né en France le 26 octobre 1925. Il a été domicilié à Madagascar de 1946 à 1984. Il était actif dans la commercialisation, notamment, de produits électroniques et informatiques. A cette fin, il a créé plusieurs sociétés en Suisse, au Panama et à la Réunion. Il a obtenu une autorisation de séjour en Suisse en 1984 mais résidait en fait à Monaco. Il a été soumis à l'impôt à forfait dans le canton du Valais sur une dépense annuelle de 250'000 fr. ramenée à 100'000 fr. en 1988 à la suite d'une invalidité due à un accident de voiture. B._ était l'actionnaire majoritaire de A._ SA. Il a été administrateur de cette société de sa fondation en 1976 à 1980 et à nouveau à partir de 1996.
B.
Les bordereaux de l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992 et 1993-1994 ont été notifiés à A._ SA respectivement le 14 août 1990, le 2 mars 1992 et le 1er mars 1994. Le bénéfice imposable étant nul - à la suite de pertes lors des années en cause, ou d'un report de pertes les années où il y avait un bénéfice -, seul l'impôt sur le capital a été prélevé pour les périodes en cause. Il se montait à 206.25 fr. par année. Ces bordereaux n'ont pas été contestés.
Sur le plan cantonal, A._ SA a également été soumise uniquement à l'impôt sur le capital pour les périodes fiscales 1991 et 1992. Les bordereaux définitifs de ces périodes, d'un montant de 1'116 fr., relatifs à un capital imposable de 250'000 fr., ont été notifiés respectivement le 7 novembre 1991 et le 25 novembre 1992. En ce qui concerne la période fiscale 1993, le bénéfice imposable était de 28'374 fr. et le capital de 250'000 fr., ce qui correspondait à un impôt total de 7'335 fr. Le bordereau a été notifié le 17 décembre 1993. Pour la période fiscale 1994, le bordereau de l'impôt sur le capital d'un montant de 1'112 fr., (le capital imposable étant toujours de 250'000 fr.) a été notifié à A._ SA le 24 janvier 1995. Les bordereaux susmentionnés n'ayant pas été contestés, ils sont entrés en force. Pour la période fiscale 1995, l'impôt s'élevait aussi à 1'112 fr., le capital imposable étant arrêté à 250'000 fr. Le bordereau provisoire date du 28 décembre 1995.
C.
Par lettre du 4 décembre 1995, à la suite d'une dénonciation, le Département fédéral des finances (ci-après: le Département fédéral) a ordonné à l'Administration fédérale des contributions d'ouvrir une enquête à l'encontre de plusieurs personnes physiques et morales, dont A._ SA et B._, en raison de soupçons de graves infractions fiscales.
L'Administration fédérale des contributions en collaboration avec l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé à plusieurs perquisitions en date du 14 décembre 1995, notamment dans les locaux de A._ SA. A la même date, l'Administration fiscale cantonale a informé la société de l'ouverture d'une procédure en soustraction pour l'impôt fédéral direct portant sur les périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992 et 1993-1994. Elle a fait de même le 23 août 1996 au niveau cantonal en annonçant à la société une procédure en vérification des déclarations de l'impôt cantonal 1991 à 1994.
Par courrier du 11 septembre 1996, bien que l'enquête n'ait pas été terminée, l'autorité de taxation a notifié des bordereaux à A._ SA en raison de la faillite imminente de celle-ci. Le supplément d'impôt fédéral direct, pour les périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992 et 1993-1994, était d'un montant total de 802'770.90 fr., avec des amendes s'élevant en tout à 1'605'541.80 fr., soit:
Rendement Capital et Supplément Amende
imposable réserves d'impôts
imposables
1989-1990 1'721'100 5'928'000 346'704.30 693'408.60
1991-1992 1'659'000 7'301'000 336'798.20 673'596.40
1993-1994 768'700 7'533'000 119'268.40 238'536.80
Total 802'770.90 1'605'541.80
========= ==========
L'Administration fiscale cantonale a fixé l'impôt fédéral direct 1995 à 4'528 fr. sur la base d'un capital imposable de 5'660'430 fr., le bénéfice imposable étant nul.
En ce qui concerne l'impôt cantonal, les bordereaux de suppléments d'impôts, pour les périodes fiscales 1991 à 1994, notifiés à A._ SA le 11 septembre 1996, se montaient au total à 753'108 fr., soit:
Bénéfice Capital Supplément imposable imposable d'impôts
1991 1'198'374 7'301'871 376'940.50
1992 921'800 7'495'037 231'576.54
1993 615'732 7'533'987 115'300.15
1994 0 6'832'217 29'290.90
Total 753'108.-
=========
L'amende s'élevait à deux fois le montant d'impôt soustrait pour les années en cause, c'est-à-dire à 1'506'216 fr.
Le bordereau définitif de l'impôt cantonal 1995 était fondé sur un capital imposable de 5'660'430 fr. donnant lieu à un supplément d'impôt de 24'076.35 fr.
D.
Le 16 octobre 1996, la faillite de A._ SA a été prononcée par le Tribunal de première instance du canton de Genève.
Par décision du 9 juillet 1997, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation de la société relative à la décision du 11 septembre 1996 concernant les suppléments d'impôt fédéral direct et les amendes des périodes 1989-1990 à 1993-1994. Elle a fait de même, dans une décision datée également du 9 juillet 1997, pour 1995. Ladite Administration a aussi rejeté, toujours à la même date, les réclamations à l'encontre des suppléments de l'impôt cantonal 1991 à 1994 et de l'amende afférente à ces périodes ainsi que de l'impôt cantonal 1995.
A._ SA a fait recours contre ces décisions sur réclamation. La Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct et la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève, en accord avec l'Administration fiscale cantonale, ont informé les parties, par lettre du 5 décembre 1997, de la suspension de la procédure jusqu'à la remise du rapport final de l'enquête fiscale.
E.
Le 8 juillet 1998, la Division d'enquêtes fiscales spéciales (ci-après: la Division d'enquêtes) a rendu son rapport. Au cours de ses investigations, elle a entendu différentes personnes, dont B._ et les employés de A._ SA. Elle a proposé les reprises fiscales suivantes:
- C._ Inc.
Cette société a son siège au Panama et B._ en est l'actionnaire majoritaire et administrateur. Au vu des éléments découverts, la Division d'enquêtes a estimé que A._ SA et C._ Inc. ne formaient, en pratique, qu'une seule et même société économique et qu'il y avait donc lieu de consolider leurs comptabilités et de reprendre le bénéfice réalisé par C._ Inc. chez A._ SA.
- D._
Cette société avait son siège à l'Ile de la Réunion et était active dans la distribution de biens (motos, bateaux, produits électroniques, etc.). Elle vendait, notamment, des produits du manufacturier japonais Yamaha. B._ en était l'actionnaire majoritaire jusqu'à la vente de la société en 1993. Les marchandises achetées par D._ au Japon et livrées à celle-ci n'étaient toutefois pas facturées à cette société mais à C._ Inc. (de 1985 à juillet 1988) ou à A._ SA (d'août 1988 à 1995) qui émettait des lettres de crédit garanties par la Banque E._. A._ SA refacturait ensuite les marchandises à D._ à un prix nettement inférieur, selon la Division d'enquêtes, que si elles avaient été facturées à un tiers indépendant. Ladite Division a alors déterminé la marge qu'aurait prise A._ SA en vendant la marchandise à un tiers, et a ainsi fixé les montants à reprendre auprès de cette société.
- F._ Ltd (ci-après: F._)
Cette société a été constituée en Angleterre en 1987, son but étant d'acquérir un immeuble à Monaco. B._ en a été l'actionnaire majoritaire jusqu'à ce qu'il cède 99% de ses actions à son épouse en 1988. Le financement des immobilisations de cette société s'est fait grâce à un prêt de 1'031'000 fr. accordé par C._ Inc. sans contrat ni garantie. Dans une convention du 27 février 1993, relative à la dissolution anticipée de F._, les époux B._ reconnaissaient que F._ devait céder à "A._ SA" (sic) la somme de FF 2'382'318.- ayant permis l'achat du bien immobilier. Se substituant aux engagements de F._, les époux B._ s'engageaient à rembourser ce montant à "A._ SA" (sic) au cas où l'immeuble serait vendu. A la vente de l'immeuble, les époux B._ n'ont toutefois pas remboursé C._ Inc., bien qu'ils aient récupéré la totalité de l'investissement initial. La Division d'enquêtes a donc considéré que le compte-courant de B._ devait être débité du montant de la créance au moment de la dissolution de F._ en 1993 et que le prêt accordé à cette société devait être amorti dans les comptes de C._ Inc. Elle a, en outre, repris les intérêts créditeurs relatifs au prêt que C._ Inc. aurait dû comptabiliser et déduit les montants comptabilisés par C._ Inc. sur un compte "Loyer F._". C._ Inc. et A._ SA ne formant en réalité qu'une seule entité économique, les reprises effectuées chez la première influencent de la même manière les comptes de la seconde.
- Compte courant actionnaire
Etant actionnaire majoritaire de A._ SA et de C._ Inc., B._ disposait dans chacune de ces sociétés d'un compte courant, lequel était utilisé, notamment, pour des virements indirects de trésorerie entre les deux sociétés. Les intérêts, tant débiteurs que créditeurs, des comptes courants n'ont jamais été comptabilisés. Après consolidation des comptes de A._ SA et de C._ Inc., il est apparu que le résultat global était débiteur, de sorte que la Division d'enquêtes a calculé les intérêts débiteurs, aux taux annuels officiels, dus par B._, pour les années 1987 à 1994, aux sociétés en cause pour les réintégrer dans leurs bénéfices.
- G._ et H._
Ces deux sociétés sont sises respectivement à Singapour et à Hongkong. Dès 1987, C._ Inc. a perçu des commissions de ces sociétés, lesquelles n'ont toutefois pas été comptabilisées dans le compte de pertes et profits de C._ Inc. La Division d'enquêtes a ainsi réintégré ces commissions dans lesdits comptes. Elle a fait de même avec les commissions versées, non pas à C._ Inc., mais directement à des tiers, personnes physiques ou morales, dont B._ refusait de révéler l'identité et avec les montants dont il n'a pas été possible de déterminer clairement l'ayant-droit.
- L._ Ltd
Cette société sise à Londres a facturé à A._ SA des commissions sur des ventes en francs français. Les paiements de A._ SA ont été effectués directement sur les comptes bancaires de personnes physiques. Vu l'absence d'explications relatives aux prestations effectuées par la société anglaise ou par les personnes bénéficiaires, la Division d'enquêtes n'a pas admis ces charges et les a réintégrées dans le bénéfice de l'exercice commercial 1987.
- Factures débiteurs
La Division d'enquêtes a constaté que certaines factures, correspondant à des prestations effectives de A._ SA, n'avaient pas été comptabilisées par cette société en 1993 et 1994. Elle les a donc portées en augmentation du résultat des années concernées.
- Frais
La Division d'enquêtes a remarqué que des paiements effectués en 1987 mais concernant l'exercice commercial 1986, avaient été comptabilisés comme charges en 1987. Elle a repris ces factures en augmentation du résultat 1987.
A part les reprises susmentionnées, la Division d'enquêtes a encore procédé à des reprises sur un amortissement de stock et une augmentation de la provision pour perte sur débiteurs douteux.
Le rapport de la Division d'enquêtes confirmait le montant des suppléments d'impôts fixés dans les bordereaux du 11 septembre 1996.
F.
Le 19 août 1998, A._ SA a eu accès au dossier de la Division d'enquêtes dans les locaux de l'Administration. Ses demandes à pouvoir consulter la dénonciation à l'origine de l'enquête, la demande d'autorisation d'ouverture d'enquête et les procès-verbaux d'audition de trois autres inculpés ayant été refusées, la société a déposé une plainte devant le directeur de l'Administration fédérale des contributions puis devant la Chambre d'accusation du Tribunal fédéral. Cette dernière a été rejetée par arrêt du 11 novembre 1998 (8G.67/1998).
Par courrier du 21 décembre 1998, l'Administration fédérale des contributions a également rejeté la demande de complément d'enquête consistant en l'audition, principalement, d'anciens employés de A._ SA.
G.
Statuant le 4 décembre 2002, la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct a partiellement admis le recours relatif aux périodes fiscales 1989-1990 à 1993-1994 en tant qu'elle a annulé, s'agissant de l'exercice commercial 1987, la reprise d'un amortissement extraordinaire du stock et celle d'une provision pour perte sur débiteurs. En ce qui concerne l'impôt fédéral direct 1995, elle a confirmé le montant du capital imposable, sous réserve des reprises annulées mentionnées ci-dessus. Elle a rejeté le recours pour le surplus et renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour des "nouvelles décisions conformes aux considérants".
La décision du 12 juin 2003 de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève reprend, pour les impôts cantonaux 1991 à 1994 et 1995, les mêmes modifications que celles opérées pour l'impôt fédéral direct. Elle a donc très partiellement admis les recours.
H.
Par arrêt du 18 janvier 2005, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté les recours de A._ SA. Il a jugé en substance que la prescription absolue n'était acquise ni pour l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992, 1993-1994 et 1995, ni pour les impôts cantonaux des périodes fiscales 1991 à 1995. Il a estimé que les reprises effectuées étaient justifiées, notamment car C._ Inc. n'était qu'une société écran dont le but était de dissimuler les bénéfices de A._ SA et qu'ainsi les conditions d'une soustraction fiscale était réalisées.
I.
Agissant par la voie du recours de droit administratif (2A.145/2005), A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 18 janvier 2005 du Tribunal administratif, de dire qu'il ne se justifie ni d'opérer un quelconque redressement fiscal à son encontre, ni de lui infliger une quelconque amende, et de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il soit statué dans le sens des considérants. Elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et de celle du droit fédéral en tant que le principe de la transparence a été appliqué pour déterminer son revenu imposable et que l'autorité intimée a retenu l'existence de distributions dissimulées de bénéfices.
Agissant également par la voie du recours de droit public (2P.92/2005), A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 18 janvier 2005 du Tribunal administratif. Elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et soutient que l'arrêt entrepris est entaché d'arbitraire (art. 9 Cst.).
L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet des deux recours, sous suite de frais. Sans déposer d'observations, le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours de droit administratif, sous suite de frais.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.
Dirigés contre le même arrêt, les deux recours reposent sur le même état de fait et soulèvent des griefs en grande partie similaires. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure.
I. Impôt fédéral direct (2A.145/2005)
2.
Le recours contient une motivation qui porte uniquement sur les rappels d'impôts. Il ne présente aucune argumentation sur les amendes qui ne sont contestées ni sur le principe, ni sur la quotité, ni quant à leur prescription.
De même, la partie "en fait" du recours évoque un grief relatif à la bonne foi qui n'est toutefois ni repris dans la partie "en droit" ni motivé. Dès lors, le mémoire - qui conclut à l'annulation entière de l'arrêt attaqué - ne satisfait pas aux conditions de l'art. 108 al. 2 OJ sur ces points.
3.
3.1. La loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), en vigueur depuis le 1er janvier 1995, a abrogé l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (ci-après: AIFD ou l'arrêté sur l'impôt fédéral direct; RO 56 2021) en vigueur jusqu'au 31 décembre 1994. Les prescriptions de droit matériel de cette loi sont donc applicables à partir de la période fiscale 1995. En tant que le présent litige concerne les périodes fiscales 1989-1990 à 1993-1994, le calcul des éléments imposables et la fixation des rappels d'impôts - qui n'ont pas de caractère pénal (ATF 121 II 257 consid. 4b p. 265, 273 consid. 3b p. 283) - s'effectuent selon le droit en vigueur à cette époque, soit selon l'arrêté sur l'impôt fédéral direct.
3.2. Selon l'art. 129 al. 1 AIFD, celui qui se soustrait totalement ou partiellement à l'impôt en éludant les obligations qui lui incombent, conformément aux art. 82 à 87, 89, 91 et 97 AIFD, dans la procédure de taxation, de réclamation, de recours et d'inventaire (lettre a) ou en celant des éléments essentiels à la détermination de l'existence ou de l'étendue de l'obligation fiscale ou en donnant, intentionnellement ou par négligence, des indications inexactes (lettre b), est passible d'une amende allant jusqu'à quatre fois le montant soustrait; ce montant doit être payé en sus de l'amende.
Un rappel d'impôt - soit la reprise des montants non imposés - au sens de cette disposition ne peut dès lors être effectué que si l'existence d'une soustraction fiscale est établie (cf. Archives 52 p. 454 consid. 2 p. 458). Une condition objective, soit la soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable, ainsi qu'une condition subjective, soit la faute du contribuable, doivent être réunies pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée (Revue Fiscale 2000 p. 122 consid. 5b) cc) p. 125, 2P.241/1998; JEAN-MARC RIVIER, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., p. 263). Le régime prévu par l'arrêté sur l'impôt fédéral direct diffère donc de celui de la loi sur l'impôt fédéral direct qui distingue le rappel d'impôt (art. 151 ss LIFD) de la soustraction (art. 175 ss LIFD), le premier étant indépendant de la seconde.
Pour la période fiscale 1995, est en cause une taxation par appréciation. L'art. 130 al. 2 LIFD prévoit que l'autorité de taxation effectue la taxation sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes.
4.
La prescription des créances d'impôts des périodes fiscales 1989-1990 à 1993-1994 est régie par l'arrêté sur l'impôt fédéral direct car - bien qu'elle figure à la cinquième partie, relative à la procédure, de la loi sur l'impôt fédéral direct - il s'agit d'une institution de droit matériel qui concerne directement l'existence de la créance fiscale (ATF 126 II 1 consid. 2a p. 2/3 et les arrêts cités). Les dispositions relatives à la prescription de la loi sur l'impôt fédéral direct sont applicables aux créances de la période fiscale 1995.
4.1. L'art. 135 AIFD qui règle la perception des montants soustraits et des amendes renvoie à l'art. 128 AIFD. Celui-ci prévoit que les créances se prescrivent par cinq ans. La prescription court dès l'échéance de la créance. Elle est interrompue par tout acte tendant au recouvrement de celle-ci. Elle est suspendue tant que le contribuable ne peut être poursuivi en Suisse.
L'arrêté sur l'impôt fédéral direct prévoit uniquement une prescription relative du droit de recouvrer l'impôt (art. 128 AIFD; Ernst Känzig/Urs Behnisch, Die direkte Bundessteuer, vol. III, 2ème éd., Bâle 1992, no 2 ad art. 128) qui englobe aussi bien le droit de taxer que celui de percevoir l'impôt. Ce délai commence à courir en principe dès l'échéance générale de l'impôt annuel fixée par le Département fédéral des finances conformément à l'art. 114 al. 1 AIFD; il est à cet égard sans importance qu'une taxation (définitive ou provisoire; "eine definitive Einschätzung oder wenigstens eine provisorische Veranlagung") ait ou non été notifiée au contribuable avant cette date (ATF 112 Ib 88 consid. 2a p. 92). Si cette prescription est interrompue, un nouveau délai de cinq ans commence à courir (Ernst Känzig/Urs Behnisch, op.cit., no 12 ad art. 128). En outre, aucun délai au terme duquel la procédure de soustraction introduite à temps (art. 134 AIFD) devrait être achevée n'est prévu.
Dans la présente affaire, de nombreux actes interruptifs de prescription ont été notifiés interrompant valablement la prescription des créances en cause et faisant à chaque fois courir un nouveau délai sans que jamais le délai de cinq ans n'arrive à échéance. La prescription relative des créances des périodes 1989-1990 à 1993-1994 n'a pas été acquise, ce qui n'est pas contesté.
4.2. L'arrêté sur l'impôt fédéral direct ne prévoit pas de prescription absolue des créances fiscales. Dans une jurisprudence constante, le Tribunal fédéral a jugé que l'absence de disposition concernant la prescription absolue dans cet arrêté ne constituait pas une lacune mais un silence qualifié qu'il n'y avait pas lieu de combler. Pour autant que la prescription relative soit interrompue régulièrement, les créances d'impôts ne se prescrivaient donc pas (ATF 126 II 1 consid. 3 p. 5). Que la loi sur l'impôt fédéral direct prévoie désormais une prescription absolue (art. 120 al. 4 et 121 al. 3 LIFD) ne saurait rien y changer. Toutefois, dans l'ATF 126 II 1, le Tribunal fédéral a admis qu'en l'absence de disposition transitoire dans le nouveau droit, il serait difficilement compatible avec le principe de l'égalité que la prescription de créances nées sous l'ancien droit puisse continuer à courir alors que des créances fiscales nées sous l'empire du nouveau droit, et par conséquent plus récentes, seraient déjà prescrites. Sans trancher définitivement la question, il a suggéré de combler cette lacune en mettant les créances nées sous l'arrêté sur l'impôt fédéral direct au bénéfice de la prescription absolue du nouveau droit, laquelle ne peut commencer à courir qu'à partir de son entrée en vigueur, celui-ci ne pouvant avoir un effet rétroactif (ATF 111 II 186 consid. 7 p. 192, RDAF 1998 II 179 consid. 7 p. 189). Il n'y a pas lieu de s'écarter de cette jurisprudence.
Selon le nouveau droit, le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (152 al. 3 LIFD, cf. aussi art. 120 LIFD). Au vu de la jurisprudence susmentionnée, le droit de procéder au rappel des impôts des périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992, 1993-1994 aurait commencé à courir le 1er janvier 1995. Le délai de quinze ans de la prescription absolue prévue à l'art. 152 LIFD dans lequel la procédure de rappel d'impôt doit être conclue par une décision entrée en force ne serait donc pas atteint avant 2010, de sorte que les créances des périodes 1989-1990 à 1993-1994 ne sont pas non plus prescrites de ce point de vue. Dès lors, les remarques de l'Administration fédérale des contributions contenues dans les observations du 16 août 2005 ne sont pas fondées.
4.3. En ce qui concerne la période fiscale 1995, est litigieuse non pas une procédure de rappel d'impôt mais une procédure de taxation par estimation (art. 130 al. 2 LIFD). En effet, aucune taxation n'est encore entrée en force pour la période fiscale 1995 ( KLAUS A. VALLENDER in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung des direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2è éd., ad. art. 53 p. 831 et ss, chiffres 1-4).
Le droit de taxer est soumis à un délai de prescription relative de cinq ans et à un délai de prescription absolue de quinze ans après la fin de la période fiscale (art. 120 al. 1 et 4 LIFD). En l'espèce, le délai de prescription relative a été interrompu valablement de sorte que cette prescription n'a pas été acquise. Au surplus, celle de quinze ans qui court dès fin 1995 ne l'est pas non plus.
4.4. Selon la recourante, le Tribunal administratif a constaté que "les périodes fiscales 1989-1990 (base de calcul 1987 et 1988) à 1993-1994 (AIFD), ainsi que l'année 1995 n'étaient pas prescrites". Elle en déduit que "les résultats des exercices 1986 et antérieurs ne pouvaient plus être pris en considération en raison de la prescription". Or, "selon le bilan de C._ Inc. au 31 décembre 1986, les bénéfices reportés atteints par la prescription et qui ne peuvent plus être imposés se montent à CHF 8'011'282.-." Elle demande ainsi que soit établi un bilan fiscal au 1er janvier 1987, afin que ces bénéfices reportés ne figurent plus dans les bilans des années suivantes et ne soient ainsi plus pris en compte dans le capital imposable.
La recourante se méprend sur la portée de la prescription. L'arrêté sur l'impôt fédéral direct règle la prescription des créances. Il ne mentionne nulle part que des bénéfices, le cas échéant rectifiés, reportés d'années échappant à la reprise d'impôts soustraits en raison de la prescription ne devraient pas être pris en compte dans le capital imposable des années soumises aux rappels d'impôts. En l'occurrence, l'autorité de taxation a procédé à des reprises depuis la période fiscale 1989-1990 en se fondant sur la comptabilité de la recourante et de C._ Inc. des exercices 1987-1988. Si elle ne pouvait pas procéder à des reprises pour les années fiscales antérieures, cela ne signifie pas qu'elle devait faire abstraction d'un report d'éventuels bénéfices de ces années-là sur la période de calcul 1987-1988. Ainsi, si le bilan 1987 de C._ Inc. tenait compte d'un bénéfice reporté corrigé de l'exercice précédent, l'autorité de taxation devait en tenir compte pour déterminer le capital imposable des périodes fiscales 1989-1990 et suivantes.
Le grief de la recourante est mal fondé.
5.
La recourante invoque la violation de son droit d'être entendue sur plusieurs points.
5.1. La recourante estime que c'est à tort que le Tribunal administratif a refusé d'ordonner des enquêtes, soit, en l'occurrence, l'audition de témoins, dans le cadre de la détermination du montant des reprises. Les personnes dont elle proposait l'audition, dont B._, auraient pu apporter des éléments déterminants, notamment, sur la facturation entre les sociétés du groupe, l'activité de C._ Inc. et les marges appliquées lors de la refacturation à D._.
Le droit de faire administrer des preuves suppose que le fait à prouver soit pertinent, que le moyen de preuve proposé soit nécessaire pour constater ce fait et que la demande soit présentée selon les formes et délais prescrits par le droit cantonal (ATF 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505). Par ailleurs, cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 130 II 425 consid. 2.1 p. 428/429; 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505/ 506).
Le Tribunal administratif a retenu que B._ était le témoin-clé de la procédure, puisque la recourante a relevé dans ses écritures qu'il assumait tant la direction que la haute surveillance de A._ SA, qu'il était le seul propriétaire du capital-actions de C._ Inc. et "le seul maître des décisions de cette entité". En outre, il était également l'actionnaire principal de F._ et de D._ avec sa famille. Dès lors, étant donné qu'il avait été entendu à plusieurs reprises et que trois procès-verbaux de ces auditions figuraient au dossier, l'entendre une nouvelle fois aurait été inutile. Le Tribunal administratif a estimé qu'il n'était pas plus utile d'entendre les autres témoins suggérés: le premier devait s'exprimer au sujet du domicile de B._; or, en l'occurrence, ce problème n'était pas pertinent; deux autres témoins n'avaient jamais eu de fonction auprès de la recourante ou d'une société en cause ici et les trois derniers "apparaissent dans ce dossier comme les comparses de B._".
La recourante n'explique aucunement ce que ces témoins auraient apporté comme éclaircissements et n'avance aucun chiffre en relation avec les reprises. Elle se contente de dire, en termes généraux, que leur audition aurait été nécessaire. De toute façon, le rapport de la Division d'enquêtes, qui comporte nonante-trois pages (sans les annexes), est basé, notamment, sur les pièces comptables de la recourante et des autres sociétés apparaissant dans ce dossier, ainsi que sur les nombreuses auditions opérées lors de l'enquête, dont celles de B._. Ce rapport suffit à déterminer les faits relevants. En outre, au vu du peu d'explications que B._ a pu donner sur certaines transactions et autres points soulevés par les enquêteurs en raison de ses prétendues faibles connaissances comptables, une audition supplémentaire pouvait paraître superflue. Le Tribunal administratif pouvait à juste titre en juger de même s'agissant des autres témoins pour les motifs donnés ci-dessus. Dès lors, ledit Tribunal a procédé à une appréciation anticipée correcte des preuves en considérant que les auditions qui lui étaient encore proposées ne l'amèneraient pas à modifier son opinion.
5.2. Le Tribunal administratif a demandé à l'Administration fédérale des contributions de lui transmettre certains documents, dont les procès-verbaux d'audition des employés de la recourante. Il ne s'est toutefois pas basé sur ces procès-verbaux pour rendre son arrêt et ne les a, dès lors, pas transmis aux parties (arrêt du Tribunal administratif p. 20 no 43-44). Celle-ci voit une violation de son droit d'être entendue dans cette façon de procéder.
En tant que garantie générale de procédure, le droit d'être entendu, consacré à l'art. 29 al. 2 Cst. (art. 4 aCst.), permet au justiciable de consulter le dossier avant le prononcé d'une décision. En effet, la possibilité de faire valoir ses arguments dans une procédure suppose la connaissance préalable des éléments dont l'autorité dispose (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10).
En l'occurrence, la recourante a eu connaissance de tous les éléments sur lesquels le Tribunal administratif a fondé sa décision, puisqu'il a écarté les procès-verbaux en cause de la procédure, ceux-ci n'étant pas pertinents pour le cas litigieux. L'autorité intimée a fondé son arrêt uniquement sur des faits connus de l'intéressée et sur des pièces auxquelles elle a eu accès. Elle a ainsi pu faire valoir ses arguments en fonction du dossier. Au demeurant, l'art. 114 al. 2 LIFD pose des limites à la consultation des pièces du dossier et prévoit la sauvegarde d'intérêts publics et privés.
5.3. Finalement, la recourante estime que le Tribunal administratif n'a pas tenu compte d'un de ses arguments: elle invoquait le fait que C._ Inc. avait un établissement stable à Genève et qu'il fallait, le cas échéant, le taxer en tant que tel et non reprendre les bénéfices de cette entité chez A._ SA.
Selon la jurisprudence, la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (ATF 130 II 530 consid. 4.3 p. 540, 473 consid. 4.1 p. 477 et les arrêts cités).
Le grief de la recourante tombe à faux. En effet, l'autorité intimée se prononce expressément sur la question de l'établissement stable sur une page de son arrêt (p. 30/31) dans la partie consacrée à C._ Inc. En outre, la motivation concernant la reprise des bénéfices de cette société chez A._ SA, notamment les considérations sur l'évasion fiscale, contribuent également à expliquer pourquoi le Tribunal administratif n'a pas suivi l'argument de la recourante concernant l'établissement stable. L'arrêt entrepris est donc largement motivé sur ce point.
5.4. Au regard de ce qui précède, les différents griefs relatifs à la violation du droit d'être entendu sont mal fondés.
6.
Il appartient à l'autorité de taxation d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt (ATF 105 Ib 382) ou qui l'augmentent, alors que le contribuable doit alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent cette créance (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257). Dans le cadre d'une procédure de rappel d'impôt, cette autorité doit prouver que l'imposition est incomplète (RDAF 1993 32 consid. 2b p. 35, 2A.299/1989). Le fisc et le contribuable sont tenus de collaborer dans l'administration des preuves. L'omission ou l'échec des preuves destinées à détruire des allégations de l'autre partie peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités; Jean-Marc Rivier, op. cit., p. 142; voir aussi Walter Ryser / Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4e éd., p. 462). Le Tribunal administratif apprécie les preuves apportées par les parties. Il a un large pouvoir d'appréciation dans ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).
6.1. La Division d'enquêtes a repris des factures acquittées par les débiteurs mais non comptabilisées comme recettes par la recourante. Celle-ci estime que l'Administration fiscale cantonale n'a pas prouvé qu'il s'agissait de factures intéressant cette société.
Le Tribunal administratif a admis la réalité des faits tels que déterminés par la Division d'enquêtes. Les factures en cause étaient adressées à des clients de A._ SA et correspondaient à des prestations effectives fournies dans les années 1992 à 1994. Les montants en question n'avaient pas été enregistrés comme produits. Il incombait ainsi à la recourante d'infirmer ces éléments du moment que les faits établis étaient hautement vraisemblables (Archives 39 284 consid. 3c p. 288, RDAF 1993 32 consid. 2b p. 35, 2A.299/1989). La recourante n'a pas été en mesure de fournir de preuves établissant que les factures ne la concernaient pas ou permettant une autre interprétation. Quant au fait que le Tribunal administratif n'a pas ordonné d'enquête à ce sujet, on renvoie à ce qui a été dit sous le consid. 5.1. Ainsi, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés par le Tribunal administratif qui ne sont pas manifestement inexacts ou incomplets et ne violent pas des règles essentielles de procédure (cf. art. 105 al. 2 OJ).
6.2. D'après la recourante, le Tribunal administratif a considéré à tort que les commissions facturées en 1987 par L._ Ltd à A._ SA ne correspondaient pas à des prestations effectives.
A nouveau, le Tribunal administratif a admis la réalité des faits tels que déterminés par la Division d'enquêtes et a donc conclu que, bien que les factures aient été acquittées par A._ SA, aucune contrepartie n'avait été fournie à cette société par L._ Ltd. De plus, les versements de A._ SA ont été crédités directement sur les comptes bancaires de différentes personnes physiques. Interrogé à ce sujet, B._ n'a fourni aucune explication si ce n'est qu'il reconnaissait que "vraisemblablement aucune" prestation n'avait été fournie par une des personnes physiques bénéficiaires des commissions. Il a en outre prétendu ne pas connaître L._ Ltd et ne pas en détenir de participations.
La recourante n'a pas été en mesure de fournir de preuves renversant ces éléments ou les expliquant différemment. Même dans son recours, l'intéressée ne dit pas quelles prestations L._ Ltd lui fournissait. Elle se contente de préciser que la Division d'enquêtes connaissait le nom des personnes ayant bénéficié des versements et qu'il lui appartenait de les interroger à ce sujet. Or, il incombait à la recourante d'expliquer à quelles prestations correspondaient les montants qu'elle versait. Une société qui s'acquitte de montants qu'elle comptabilise comme charges dans son compte de résultat doit savoir de quoi il retourne. B._ n'a pas pu donner d'explications à ce sujet lorsque la Division d'enquêtes l'a entendu. Comme il y a eu plusieurs auditions, en cas d'oubli momentané, il aurait pu se procurer les renseignements demandés par la Division d'enquêtes et les lui fournir ultérieurement. Le Tribunal fédéral est donc lié sur ce point aussi par les faits constatés par le Tribunal administratif qui ne sont pas manifestement inexacts ou incomplets.
7.
7.1. Selon l'art. 49 al. 1 AIFD, le rendement net imposable d'une société anonyme se détermine d'après le solde du compte de pertes et profits, y compris le solde reporté de l'année précédente (lettre a) et, notamment, tous les prélèvements opérés avant le calcul de ce solde qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l'usage commercial. Comptent au nombre des prélèvements qui entrent dans le calcul du solde du compte de pertes et profits les « libéralités en faveur de tiers » (lettre b).
De même, l'art. 58 LIFD dispose que le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (lettre a) et tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que, notamment, les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (lettre b).
D'après la jurisprudence, la notion de « libéralités en faveur de tiers » comprend notamment les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires, aux membres de l'administration ou à d'autres organes, ou encore à toute personne la ou les touchant de près et qu'elle n'aurait pas faites dans les mêmes circonstances à des tiers non participants. Le caractère insolite de cette prestation doit en outre être reconnaissable par les organes de la société. De telles prestations ne sont pas justifiées par l'usage commercial et doivent être ajoutées au rendement de la société car elles n'ont pas le caractère de frais généraux (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 115 Ib 111 consid. 5a p. 116 et les références citées).
Font partie de ces prestations, selon la pratique fiscale, non seulement les distributions apparentes mais également les distributions de bénéfices dissimulées, c'est-à-dire les répartitions de bénéfices d'une société de capitaux qui ne figurent pas ouvertement dans la comptabilité commerciale mais qui sont au contraire dissimulées par des écritures comptables, de telle sorte qu'elles apparaissent sous un faux jour ou n'apparaissent pas du tout (Archives 63 p. 145 consid. 4a p. 151 et les références citées).
7.2. Selon une jurisprudence constante (ATF 131 II 627 consid. 5.2 p. 635; 109 Ib 110 consid. 3 p. 112/113; 103 Ia 20 consid. 4 p. 22/23), la forme juridique des relations d'où provient le revenu imposable n'est pas nécessairement décisive du point de vue fiscal. Sous certaines conditions, l'autorité peut s'en tenir à la réalité économique et considérer en particulier qu'une personne morale est transparente et attribuer son revenu au propriétaire économique (voir opinions critiques: René Matteotti, Der Durchgriff bei von Inländern beherrschten Auslandsgesellschaften im Gewinnsteuerrecht, 2003, p. 139 ss; Sarah Dahinden, Die Abschirmwirkung ausländischer Gesellschaften im schweizerischen Gewinnsteuerrecht, 2003, p. 138 ss). Elle ne peut considérer les choses sous cet angle que lorsque des raisons pertinentes et objectives le justifient.
Lorsque le Tribunal fédéral dispose d'un libre pouvoir d'examen, soit en matière de contributions de droit fédéral et de double imposition, il est plus restrictif et n'admet ce mode de faire que si la forme juridique à laquelle a recouru le contribuable est insolite, inadéquate ou anormale, qu'elle n'a été choisie qu'aux fins d'éluder l'impôt et qu'elle conduirait effectivement à une économie d'impôt. En d'autres termes, il faut que l'on se trouve en présence d'un cas d'évasion fiscale (ATF 102 Ib 151 consid. 3a p. 154/155).
8.
8.1. C._ Inc. a été valablement constituée selon le droit panaméen. Son but initial consistait à rapatrier les capitaux bloqués à Madagascar de la société B._ & Cie, dont B._ était l'actionnaire majoritaire, à la suite, selon celui-ci, de la nationalisation des sociétés autochtones. Pour admettre que C._ Inc. n'avait pas d'existence économique réelle, le Tribunal administratif s'est fondé sur les éléments suivants:
- C._ Inc. a été constituée depuis la Suisse par trois personnes physiques dont B._.
- Depuis la création de A._ SA en 1977, l'administration effective de C._ Inc. s'est tenue dans les bureaux de A._ SA.
- Dans les bureaux de A._ SA, les documents propres à A._ SA et ceux concernant C._ Inc. n'étaient pas séparés les uns des autres.
- La Division d'enquêtes a découvert un rapport de la Société Fiduciaire Suisse recommandant de séparer clairement les dossiers de A._ SA et ceux de C._ Inc.
- Le personnel était engagé par A._ SA mais s'occupait indifféremment des deux sociétés.
- La comptabilité de C._ Inc. était tenue sur le même système informatique que celui de la recourante.
- Elle l'était en francs suisses.
- Les opérations comptabilisées dans les comptes de C._ Inc. correspondent également au but ressortant de l'inscription au registre du commerce de A._ SA.
- A._ SA et C._ Inc. disposent chacune d'un compte bancaire auprès de la Banque E._. Ces comptes font l'objet d'actes de nantissement croisés. Par conséquent, les avoirs bancaires de A._ SA garantissent ceux de C._ Inc. et les avoirs bancaires de C._ Inc. garantissent ceux de A._ SA.
- Les factures du fournisseur Yamaha étaient émises contre A._ SA mais les crédits documentaires étaient établis et débités sur le compte bancaire de C._ Inc. auprès de la Banque E._.
- Les factures adressées à D._ étaient établies par A._ SA. Les paiements étaient par contre crédités sur le compte bancaire de C._ Inc.
La recourante ne conteste aucun de ces points. Il en ressort un faisceau d'indices duquel il résulte avec une suffisante vraisemblance que C._ Inc. n'avait aucune indépendance.
En outre, le Tribunal fédéral a jugé (Archives 63 661 consid. 6b p. 671, 2A.306/1993; RDAF 1987 255, A.36/1984) que la plus grande circonspection s'imposait, d'un point de vue fiscal, chaque fois qu'apparaissaient des établissements situés dans des Etats dont les règles juridiques favorisent la domiciliation fictive, comme c'est le cas du Liechtenstein et du Panama. En effet, de tels établissements n'étant pas tenus d'exercer une activité dans l'Etat de leur siège, ils peuvent fixer ce dernier sans rapport avec la réalité et, en raison de l'anonymat dont ils bénéficient, sont à même de permettre à leurs ayants droit d'assurer l'indépendance juridique de certains éléments de leurs patrimoines et de certaines affaires.
Dans le cas particulier, aucune raison économique justifiant une telle domiciliation n'a été donnée par le recourant. Au vu de tous les éléments retenus par le Tribunal administratif qui ne sont pas manifestement inexacts ou incomplets (art. 105 al. 2 OJ), on ne peut que conclure que C._ Inc. n'a pas d'existence propre et qu'il est insolite que cette société relève du droit panaméen. Cette localisation a permis à la recourante une économie d'impôt puisque les bénéfices qui auraient dû être réalisés chez la recourante l'ont été chez C._ Inc. au Panama, économie indue puisque seule l'existence de C._ Inc. off-shore la provoquait.
8.2. La recourante conteste l'assimilation de C._ Inc. à A._ SA et estime que, le cas échéant, c'est auprès de B._, actionnaire de C._ Inc., que devraient être repris les bénéfices de cette société. Ce raisonnement ne résiste pas à l'examen car l'existence de C._ Inc. a permis à A._ SA de réaliser une économie d'impôt puisque ce sont des montants qui auraient dû être comptabilisés auprès d'elle qui ont été détournés chez C._ Inc. De même, l'argument de la recourante selon lequel les organes de A._ SA n'avait aucune fonction au sein de C._ Inc. et aucun pouvoir sur ses activités n'est pas pertinent étant donné que B._ est l'actionnaire majoritaire des deux sociétés.
Quant à la jurisprudence invoquée par la recourante (RF 59/2004 p. 524, 2A.321/2003) qui, selon elle, aboutirait à imposer C._ Inc. en Suisse comme établissement stable indépendant et distinct de A._ SA, elle ne lui est d'aucun secours. Tout d'abord, si, le cas échéant, C._ Inc. devait être imposée en tant que telle en Suisse, cela ne serait pas comme établissement stable car l'administration effective de cette société en Suisse implique un assujettissement illimité. Dans l'arrêt en question, la société sise en Suisse était une société de services et imposée comme telle. Or, A._ SA est une société commerciale et elle n'a d'ailleurs jamais été soumise au régime fiscal des sociétés de services. Ainsi, toute l'argumentation de la recourante sur la pratique des autorités fiscales relative à ce type de sociétés tombe à faux. De plus, représenter une société - même si, d'après la recourante, cela fait partie de son but social et constitue une activité typique de sociétés de services - n'implique pas une confusion et une perméabilité entre deux entités, telles qu'elles se trouvent dans la présente affaire.
8.3. Les conditions d'une évasion fiscale étant réunies, l'autorité intimée pouvait faire abstraction de la forme juridique de C._ Inc. et attribuer à A._ SA les éléments imposables de C._ Inc.
9.
La recourante conteste les différentes reprises mentionnées dans la partie en fait (cf. partie en faits point E). Elles sont examinées séparément ci-après:
9.1. F._
La recourante insiste sur le fait que A._ SA ne serait en rien concernée par l'achat d'un immeuble à Monaco par F._, moyennant un prêt octroyé par C._ Inc. et encore comptabilisé chez celle-ci au moment de la dissolution de F._. On ne peut que lui donner raison, et c'est pourquoi il n'est pas compréhensible que, dans la convention (cf. partie en faits point E) établissant les modalités de la dissolution anticipée de F._, signée par les époux B._, ceux-ci se réfèrent au prêt accordé par "A._ SA" et s'engagent à rembourser cette société, ce qui confirme l'absence de réalité de C._ Inc. (cf. consid. 7.2 et 8).
Le financement des immeubles de F._ a été rendu possible grâce à un prêt de 1'031'000 fr. de C._ Inc. Aucun intérêt n'a été facturé à F._ relativement à ce prêt. Ainsi, C._ Inc. a octroyé un prêt sans contre-prestation à F._ qui était une personne touchant de près son actionnaire, puisque l'épouse de B._ est actionnaire de F._. Il est en outre indéniable que C._ Inc. n'aurait pas consenti un prêt à un tiers sans lui réclamer des intérêts. Dès lors, cette opération doit être qualifiée de prestation appréciable en argent et les intérêts que C._ Inc. aurait dû exiger de F._ doivent être ajoutés à son bénéfice. C'est à bon droit que les intérêts en cause ont été intégrés au bénéfice de C._ Inc., partant de A._ SA, l'importance de ces prestations sans contre-prestations ne pouvant pas échapper aux organes de C._ Inc.
9.2. G._ et H._
La recourante ne conteste pas que les commissions versées par G._ et H._ à C._ Inc. ont été comptabilisées à tort directement au bilan au lieu du compte de pertes et profits et donc justement reprises dans ledit compte. Elle soutient toutefois qu'elles devraient être imputées à B._, un des bénéficiaires des commissions versées directement à des tiers, et non à A._ SA. Cet argument ne tient pas compte du fait que, les conditions d'une évasion fiscale étant réunies, les éléments imposables de C._ Inc. sont attribués à A._ SA. Ainsi, la reprise chez A._ SA a été effectuée à bon droit.
9.3. Comptes courants
Il en va de même en ce qui concerne les comptes courants que possédait B._ auprès de C._ Inc. et de A._ SA. Un solde débiteur étant apparu en consolidant ces comptes, des intérêts créanciers sur le prêt des sociétés à leur actionnaire devaient être comptabilisés auprès de A._ SA, car un tel prêt à l'actionnaire sans intérêt constitue une prestation appréciable en argent.
9.4. Factures non comptabilisées
C'est également à juste titre que les factures de débiteurs qui n'avaient pas été comptabilisées chez A._ SA (cf. supra consid. 6.1), en violation des règles comptables, ont été portées en augmentation du résultat de la recourante des années concernées.
9.5. D._
La recourante conteste le bien-fondé de la reprise relative à la faiblesse des marges prises par A._ SA lors de la facturation des biens en provenance, notamment, du Japon et revendus à D._. Selon elle, le prix de vente entre les sociétés était conforme à celui du marché.
La recourante ne fournit aucun document étayant son affirmation. Elle ne démontre pas que les transactions entre les sociétés soeurs en cause étaient faites "at arm's length", soit telles des opérations entre tiers. Elle n'indique pas quelles sont les marges prises usuellement sur le marché pour les différents produits vendus par D._ et démontre encore moins que celles pratiquées dans la présente affaire y étaient conformes. Or, la Division d'enquêtes a déterminé avec précision la marge qui aurait dû être refacturée à une société tierce indépendante (commerce de motos 35%, télévision 35-40%, etc.) et, par conséquent, le prix de transfert dans un marché de libre concurrence.
La recourante insiste sur le fait que, si elle avait vraiment voulu frauder le fisc, les bénéfices auraient été reportés sur C._ Inc., société off-shore, et non sur D._ qui était fortement imposée à l'Ile de la Réunion. Premièrement, aucun document ne prouve que D._ était effectivement imposée dans ledit pays. Deuxièmement, le fait qu'une évasion plus efficace aurait pu être organisée pour payer moins d'impôts ne change rien à la sous-facturation effectuée en l'espèce. En outre, selon le rapport de la Division d'enquêtes, l'avantage consistait à réduire le montant assujetti aux impôts indirects français, notamment la TVA, ainsi qu'à un impôt spécial "l'octroi de mer".
Avec une argumentation différente, la société intéressée prétend que la reprise sur les marges des produits revendus à D._ violerait l'interdiction de la double imposition, sans développer son grief. A supposer qu'elle invoque la double imposition internationale, ce grief tombe à faux puisque les contribuables sont différentes - A._ SA en Suisse, D._ à l'Ile de la Réunion. Il en va de même de la double imposition économique, car il n'a pas été établi que D._ était effectivement imposée à l'Ile de la Réunion sur une marge trop élevée.
Ainsi, les marges ont été correctement recalculées aux taux pratiqués entre tiers dont il n'y a pas lieu de s'écarter et la différence ajoutée à bon droit au bénéfice de A._ SA.
9.6. L._ Ltd
Comme il l'a été établi (consid. 6.2), les montants versés par A._ SA à L._ Ltd ne correspondaient pas à des prestations effectivement fournies par celle-ci. Dès lors, ces charges devaient être reprises dans le résultat de A._ SA des années concernées.
9.7. En conséquence, le Tribunal administratif a confirmé à bon droit les rappels d'impôts des périodes 1989-1990, 1991-1992, 1993-1994 et la taxation de 1995.
10.
En déviant sur une société off-shore une partie importante de son bénéfice, en omettant de déclarer certaines recettes et en comptabilisant à tort des charges inexistantes, la recourante a diminué indûment son bénéfice imposable. Elle a été taxée sur des montants trop bas et a violé l'obligation de déclarer la totalité de ses revenus (art. 86 et 87 AIFD). La condition objective de la soustraction est ainsi réalisée.
Quant à la condition subjective de la soustraction fiscale, soit la faute, la recourante ne la conteste pas, le recours ne contenant aucune motivation sur ce point (consid. 2). Au demeurant, le dol éventuel est pour le moins établi. En effet, un rapport de 1983 établi par une fiduciaire attirait clairement l'attention de la recourante sur les risques fiscaux liés à C._ Inc. et soulignait que "la philosophie même qui préside aux opérations de C._ Inc., Panama est de nature hasardeuse". La recourante n'a rien fait pour pallier les risques découlant de cette façon de procéder.
Au vu de ce qui précède, le Tribunal administratif a considéré à bon droit que les conditions d'application de l'art. 129 AIFD étaient remplies. Partant, les reprises d'impôts soustraits et les amendes des périodes fiscale 1989-1990, 1991-1992 et 1993-1994 sont justifiées. Il en va de même de la taxation par appréciation de la période fiscale 1995 et de l'amende qui l'accompagne.
II. Impôts cantonal et communal (2P.92/2005)
11.
La recourante demande l'annulation de l'arrêt du 18 janvier 2005 du Tribunal administratif en tant qu'il confirme les rappels d'impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 1991 à 1994. Elle ne conteste pas la taxation par estimation de la période fiscale 1995 et ne contient aucun grief à l'encontre des amendes prononcées. De même, aucune motivation ne porte sur une éventuelle prescription des créances cantonales et communales des années concernées - si ce n'est pour demander l'établissement d'un bilan au 1er janvier 1987 -. Faute de motivation conforme aux exigences tirées de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261; 128 I 295 consid. 7a p. 312 et les arrêts cités), le recours n'est pas recevable sur ces points.
12.
12.1. La recourante prétend, dans une argumentation similaire à celle de son recours de droit administratif, que l'autorité intimée a violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et que l'arrêt attaqué est entaché d'arbitraire (art. 9 Cst.).
12.2. S'agissant du droit d'être entendu, l'intéressée n'invoque aucune disposition cantonale qui lui conférerait des droits plus étendus que l'art. 29 Cst. Les griefs soulevés doivent dès lors être écartés pour les mêmes motifs que ceux mentionnés ci-dessus (consid. 5).
Au surplus, la recourante n'indique pas que le droit cantonal contiendrait une réglementation différente de l'arrêté sur l'impôt fédéral direct et de la loi sur l'impôt fédéral direct pour la détermination du bénéfice imposable de sociétés.
L'arrêt du Tribunal administratif constate donc sans arbitraire que les rappels d'impôt cantonal et communal et les amendes qui s'y rapportent des périodes fiscales 1991 à 1994 étaient justifiés.
13.
Vu ce qui précède, mal fondé, le recours de droit administratif doit être rejeté. Il en va de même du recours de droit public dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1 OJ). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2A.145/2005 et 2P.92/2005 sont jointes.
2.
Le recours de droit administratif (2A.145/2005) est rejeté.
3.
Le recours de droit public (2P.92/2005) est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.
Un émolument judiciaire de 15'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 30 janvier 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président:
La greffière: