Fatti:
A. Nel 2004 il Procuratore pubblico (PP) ha promosso un procedimento penale a carico, tra altri, di C._, B._ e A._, responsabili della D._SA, ora in liquidazione, per titolo di amministrazione infedele, appropriazione indebita, truffa, falsità in documenti, soppressione di documenti, cattiva gestione e bancarotta fraudolenta.
B. Con decisione del 4 aprile 2012, il PP ha disgiunto il procedimento penale nei confronti di C._, latitante e mai interrogato, nei cui riguardi era stato spiccato un ordine di arresto. Il medesimo giorno ha pure disposto la chiusura dell'istruzione penale a carico di parte dei responsabili della citata società. Il 24 maggio 2012 è stata promossa l'accusa davanti alla Corte delle assise criminali di Lugano nei confronti tra l'altro di A._ e B._. Mediante sentenza del 28 agosto 2012, la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) ha accolto un reclamo degli accusati, ritenendo che il mancato interrogatorio di C._ non implicava la disgiunzione del procedimento, bensì la sospensione dello stesso.
C. Il 6 settembre 2012, il PP ha emanato una richiesta di ricerca internazionale del luogo di dimora di C._: il medesimo giorno ha anche disposto la sospensione del procedimento a suo carico. Adita dagli accusati, con giudizio dell'11 novembre 2012, la CRP ne ha respinto i reclami.
D. Avverso questa sentenza il 14 dicembre 2012 A._ ha presentato un ricorso al Tribunale federale. Chiede di annullare la decisione del PP e il giudizio di primo grado pronunciato il 14 dicembre 2012 dalla Corte delle assise criminali di Lugano, nonché di rinviare l'incarto al PP, affinché spicchi un mandato di arresto nei confronti di C._. Postula inoltre la concessione del gratuito patrocinio.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 Le decisioni litigiose sono state pronunciate in materia penale. Il "ricorso" dev'essere pertanto trattato come ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF). Il gravame è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e la legittimazione del ricorrente pacifica.
1.3 Nelle conclusioni, il ricorrente, patrocinato da un legale, chiede l'annullamento della decisione di sospensione del PP e di quella di primo grado della Corte delle assise criminali di Lugano. Queste conclusioni sono manifestamente inammissibili. In effetti, la decisione del PP impugnata dal ricorrente dinanzi alla CRP non costituisce chiaramente una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza ai sensi dell'art. 80 cpv. 1 LTF: tale è solo la sentenza della CRP, che sostituisce quella del PP per l'effetto devolutivo riconosciuto al ricorso. Un'impugnazione indipendente della stessa è quindi inammissibile (DTF 136 II 101 consid. 1.2; 134 II 142 consid. 1.4; 129 II 438 consid. 1). Il ricorrente non chiede l'annullamento della decisione della CRP: ora, secondo l'art. 107 cpv. 1 LTF, il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti, per cui il petito che circoscrive la materia del contendere di per sé dovrebbe essere formulato in modo tale da poter erigersi a dispositivo della sentenza (LAURENT MERZ, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2a ed., 2011, n. 15 ad art. 42).
1.4 Il ricorrente postula anche l'annullamento del giudizio di primo grado della Corte delle assise criminali di Lugano. Questa conclusione è manifestamente inammissibile poiché anche in questo caso non si è in presenza di una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza, la citata sentenza potendo essere appellata dinanzi alla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino (CARP; art. 398 CPP). Per questo motivo, pure il richiesto rinvio dell'incarto al PP per spiccare un mandato di ricerca sulla base dell'art. 329 cpv. 2 CPP, norma relativa alla procedura dibattimentale di primo grado, è inammissibile.
2. 2.1 Il ricorso è inammissibile anche per un ulteriore motivo. Il ricorrente insiste sul fatto che, successivamente alla decisione della CRP, dal 20 al 23 novembre 2012 è stato celebrato il processo davanti alla Corte delle assise criminali di Lugano, che con la sentenza di merito del 14 dicembre successivo lo ha condannato a una pena di tre anni e sei mesi da espiare. Sottolinea ch'egli, già nelle prime fasi del dibattimento, ha sollevato, giusta l'art. 339 CPP, l'eccezione preliminare dell'asserito impedimento a procedere, chiedendo invano il rinvio del dibattimento. Adduce che il ricorso in esame non sarebbe in ogni modo divenuto privo di oggetto, poiché detta sentenza non potrebbe sanare il pregiudizio giuridico causato dalla criticata decisione di sospensione, visto ch'egli ha perso, per lo meno in prima istanza, la possibilità di confrontarsi con l'altro imputato.
2.2 Il ricorrente aggiunge che nella fattispecie sussisterebbe un interesse attuale e pubblico sufficiente per esaminare il ricorso volto a chiarire la portata dell'art. 314 CPP. Il Tribunale federale, seppure per motivi di economia processuale vaglia solo questioni concrete e non meramente teoriche, dovrebbe pertanto pronunciarsi al riguardo, la questione potendo ripresentarsi in circostanze analoghe (al proposito vedi DTF 136 II 101 consid. 1.1; 136 I 274 consid. 1.3; 137 IV 13 consid. 1.2 inedito).
2.3 L'assunto non regge, ritenuto che il quesito può essere oggetto di appello dinanzi alla CARP (art. 398 CPP).
Il ricorrente disattende infatti che allo scopo di evitare decisioni contraddittorie, allo stadio attuale della procedura l'esame della portata dell'art. 314 CPP non spetta più al PP e alla CRP; il quesito può se del caso essere sottoposto alla CARP e semmai, in seguito, a determinate condizioni al Tribunale federale. In effetti, di massima, dopo che l'accusa è promossa dinanzi al giudice competente, i poteri concernenti il procedimento passano a quest'ultimo (art. 324 in relazione con l'art. 328 CPP; cfr. sentenza 1B_525/2012 del 22 ottobre 2012 consid. 2 destinata a pubblicazione). Ne segue che la criticata applicazione dell'art. 314 CPP, che come appena visto non comporta un pregiudizio irreparabile, non può essere esaminata in questa sede.
3. Discende dalle suesposte motivazioni che il ricorso è inammissibile. Poiché le conclusioni ricorsuali erano manifestamente prive di possibilità di successo, la domanda di gratuito patrocinio non può essere accolta (art. 64 cpv. 1 e 2 LTF). Non occorre quindi esaminare l'asserita indigenza del ricorrente, al quale al suo dire sarebbero stati sequestrati tutti i beni pignorabili, rilevato che nella sede cantonale gli è stata nondimeno accollata la tassa di giustizia.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. La domanda di gratuito patrocino è respinta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e, per conoscenza, alla Corte delle assise criminali di Lugano.