Fatti:
A. B._, nato nel 1964, impiegato presso le Ferrovie federali svizzere (FFS) in qualità di artigiano specialista e, in quanto tale, assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), in data 30 aprile 1998, mentre eseguiva una manovra con il trattore, ha battuto violentemente la testa contro la parte posteriore della cabina del veicolo, riportando un trauma cranico con cefalea cronica, sordità totale a sinistra, grave tinnito e disturbi vestibolari di media fino a grave entità. In occasione della visita medica di chiusura del 4 marzo 2005 il medico di circondario supplente ha attestato una capacità lavorativa del 100% in attività (medio) leggere con diverse limitazioni supplementari.
Esperiti gli accertamenti del caso, con decisione del 16 gennaio 2006, confermata in data 3 ottobre 2006 in seguito all'opposizione presentata dall'assicurato, rappresentato dall'avvocato Marco Cereghetti, l'INSAI gli ha negato il diritto ad una rendita di invalidità dopo aver posto a confronto il reddito che avrebbe percepito presso le FFS (fr. 62'626.75) nel 2005, con quello attualmente conseguito presso la ditta C._, pari a fr. 57'250.-.
B. Sempre patrocinato dall'avvocato Cereghetti, B._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino chiedendo l'accoglimento del gravame con relativo annullamento della decisione su opposizione impugnata, così come l'assegnazione di una rendita di invalidità in base ad un grado minimo del 15%.
Per pronuncia del 30 aprile 2007 il Presidente del Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto il gravame.
C. Ancora assistito dall'avv. Cereghetti, l'assicurato interpone ricorso al Tribunale federale delle assicurazioni (recte, dal 1° gennaio 2007, Tribunale federale), chiedendone, in via principale, l'accoglimento, con annullamento della pronuncia cantonale e conseguente riconoscimento di una rendita di invalidità pari ad un grado minimo del 15% e massimo del 50%; in via subordinata postula l'accoglimento del ricorso con rinvio dell'incarto al Tribunale di prima istanza per completare l'istruttoria e per nuovo giudizio. Delle motivazioni si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto.
L'INSAI propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. 1.1 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (art. 97 cpv. 2 LTF); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 3 LTF).
1.2 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso né è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte ricorrente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella ritenuta nel giudizio impugnato. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1 pag. 254; sentenza 1B_222/2007 del 29 novembre 2007, consid. 1.3).
2. Oggetto del contendere è il diritto dell'insorgente ad una rendita di invalidità pari almeno ad un grado del 15% e al massimo del 50%.
3. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, cui si rinvia, l'autorità giudiziaria cantonale ha già compiutamente esposto le norme legali e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti che reggono il diritto a una rendita d'invalidità dell'assicurazione contro gli infortuni (art. 18 cpv. 1 LAINF), la nozione stessa d'invalidità (art. 8 LPGA) come pure il metodo generale di confronto dei redditi per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (art. 16 LPGA). Il grado d'invalidità è in particolare determinato paragonando il reddito da lavoro che l'assicurato potrebbe conseguire dopo l'insorgenza dell'invalidità, e dopo l'esecuzione di eventuali provvedimenti d'integrazione, nell'esercizio di un'attività esigibile da lui in condizioni equilibrate del mercato del lavoro (reddito da invalido), con quello che avrebbe potuto conseguire se non fosse diventato invalido (reddito da valido). Giova infine ricordare che quale momento determinante per il raffronto dei redditi dev'essere considerato quello dell'inizio dell'eventuale diritto alla rendita (DTF 129 V 222).
4. 4.1 Conformemente ad un principio generale applicabile anche nel diritto delle assicurazioni sociali, all'assicurato incombe l'obbligo di ridurre il danno (DTF 123 V 230 consid. 3c pag. 233; 117 V 275 consid. 2b pag. 278, 394 consid. 4b pag. 400 e i riferimenti ivi citati; Riemer-Kafka, Die Pflicht zur Selbstverantwortung, Friborgo 1999, pagg. 57, 551 e 572). In virtù di tale obbligo, l'assicurato deve intraprendere tutto quanto è ragionevolmente esigibile per ovviare nel miglior modo possibile alle conseguenze della sua "invalidità", segnatamente mettendo a profitto la sua residua capacità lavorativa, se necessario, in una nuova professione (DTF 113 V 22 consid. 4a pag. 28 e sentenze ivi citate; Landolt, Das Zumutbarkeitsprinzip im schweizerischen Sozialversicherungsrecht, tesi Zurigo 1995, pag. 296 segg.). Non è quindi dato alcun diritto ad una rendita se la persona interessata è in grado di percepire un reddito tale da escluderne l'erogazione (DTF 113 V 22 consid. 4a pag. 28; RCC 1968 pag. 434).
Dalla persona assicurata possono tuttavia essere pretesi unicamente provvedimenti esigibili che tengano conto delle circostanze oggettive e soggettive del caso concreto, quali la sua capacità lavorativa residua, le ulteriori circostanze personali, l'età, la situazione professionale, i legami presso il luogo di domicilio, il mercato del lavoro equilibrato e la presumibile durata dell'attività lavorativa (DTF 113 V 22 consid. 4a pag. 28; cfr. pure VSI 2001 pag. 279 consid. 5a/aa e 5a/bb).
4.2 Occorre anche ricordare che il concetto d'invalidità è riferito ad un mercato del lavoro equilibrato, nozione quest'ultima teorica ed astratta implicante da una parte un certo equilibrio tra offerta e domanda di manodopera e, dall'altra, un mercato del lavoro strutturato in modo tale da offrire una gamma di posti di lavoro diversificati. Secondo questi criteri si dovrà di caso in caso stabilire se l'invalido possa mettere a profitto le sue residue capacità di guadagno e conseguire un reddito tale da escludere il diritto a rendita. In particolare, l'esistenza di una simile opportunità dovrà essere negata qualora le attività esigibili dall'interessato lo siano in una forma talmente ristretta da non rientrare più nell'offerta lavorativa generale o siano reperibili solo in misura molto ridotta cosicché le possibilità occupazionali appaiono sin dall'inizio escluse o perlomeno non realistiche (DTF 110 V 273 consid. 4b pag. 276; RCC 1991 pag. 332 consid. 3b e 1989 pag. 331 consid. 4a; Plädoyer 1995 no. 1 pag. 67 consid. 5c).
5. 5.1 Per determinare il reddito ipotetico conseguibile dalla persona assicurata senza il danno alla salute (reddito da valido), occorre stabilire quanto la stessa, nel momento determinante (corrispondente all'inizio dell'eventuale diritto alla rendita), guadagnerebbe, secondo il grado di verosimiglianza preponderante, quale persona sana (DTF 129 V 222 consid. 4.3.1 pag. 224 con riferimento). Tale reddito dev'essere determinato il più concretamente possibile. Di regola ci si fonderà sull'ultimo reddito che la persona assicurata ha conseguito prima del danno alla salute, se del caso adeguato al rincaro e all'evoluzione reale dei salari (cfr. ancora DTF 129 V 222 consid. 4.3.1 pag. 224), o comunque sul salario che potrebbe essere conseguito in un posto di lavoro identico nella stessa azienda o in un'azienda simile. Nel caso in cui non fosse possibile quantificare in maniera attendibile il reddito ipotetico che l'assicurato avrebbe potuto conseguire senza l'invalidità, si farà riferimento a valori empirici o statistici (VSI 1999 pag. 248 consid. 3b). Per il resto, occorre tenere conto del principio secondo cui - in assenza di indizi concreti che impongano una diversa valutazione - la persona assicurata avrebbe di regola, e conformemente all'esperienza generale, continuato l'attività precedentemente svolta senza invalidità (RAMI 2000 no. U 400 pag. 381 consid. 2a). In tale contesto la normale evoluzione professionale va senz'altro considerata. Tuttavia gli indizi che l'assicurato avrebbe intrapreso una carriera e percepito un salario più elevato devono essere concreti (DTF 96 V 29 pag. 30; RAMI 1993 no. U 168 pag. 100 consid. 3b). La mera dichiarazione d'intenti non è pertanto sufficiente; necessario è infatti che tale intenzione sia suffragata da passi concreti, quale ad esempio la partecipazione a corsi ecc. (VSI 2002 pag. 161 consid. 3b [I 357/01] e dottrina citata).
5.2 Per determinare il reddito da invalido fa stato in primo luogo la situazione salariale concreta dell'assicurato, a condizione che cumulativamente il rapporto di lavoro sia particolarmente stabile, egli sfrutti in maniera completa e ragionevole la capacità lavorativa residua, il reddito derivante dall'attività effettivamente svolta sia adeguato e non costituisca un salario sociale (DTF 126 V 75 consid. 3b/aa pag. 76 e giurisprudenza citata).
A quest'ultimo proposito va infatti rilevato che per determinare il reddito da invalido decisivo è il valore in denaro della prestazione fornita. Se quindi l'assicurato riceve un salario più elevato (il cosiddetto salario sociale), è determinante solo la parte che rappresenta la retribuzione del suo effettivo rendimento (DTF 104 V 90; si veda in proposito il tenore dell'art. 25 cpv. 1 lett. b OAI secondo cui sono considerati redditi del lavoro secondo l'articolo 16 LPGA i redditi annui presumibili sui quali sarebbero riscossi i contributi disposti dalla LAVS, esclusi tuttavia i componenti del salario per i quali il lavoratore non può fornire, come esperito, nessuna controprestazione a causa della limitata capacità al lavoro).
Le attestazioni in tal senso fornite dal datore di lavoro non sono da considerare come semplici affermazioni, la cui esattezza sarebbe ancora da dimostrare (RCC 1970 pag. 338 consid. 2). La prova dell'esistenza di un salario sociale è tuttavia sottoposta a requisiti severi, dovendo partire dal presupposto che i salari pagati equivalgono ad una prestazione lavorativa effettiva (DTF 117 V 8 consid. 2c/aa pag. 18 e sentenze ivi citate; RCC 1980 pag. 321 consid. 2b; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 154/95 del 15 febbraio 1996).
Nell'ambito dell'apprezzamento delle citate dichiarazioni si deve pure considerare che i datori di lavoro potrebbero essere interessati a dichiarare il versamento di un salario sociale. Rapporti di parentela tra datore di lavoro e assicurato oppure una lunga durata del rapporto di lavoro possono essere ritenuti degli indizi di una prestazione sociale volontaria (RCC 1980 pag. 322 consid. 2b; RCC 1970 pag. 336).
5.3 Qualora difettino indicazioni economiche effettive, possono essere ritenuti i dati forniti dalle statistiche salariali, come risultano dall'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari (ISS; DTF 126 V 75 consid. 3b pag. 76 con riferimenti) oppure quelli deducibili dalla documentazione dell'INSAI relativa ai posti di lavoro (DPL; RAMI 1999 no. U 343 pag. 412). Nel caso di un invalido che, dopo l'insorgenza del danno alla salute, può compiere soltanto lavori leggeri e non impegnativi dal punto di vista intellettuale, il relativo reddito è di principio determinato in base alla media del salario lordo (valore totale) conseguibile per attività semplici e ripetitive (livello di esigenza 4 sul posto di lavoro) nel settore privato in conformità alle tabelle A dell'ISS (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 240/99 del 7 agosto 2001, consid. 3c/cc, parzialmente pubblicata in RAMI 2001 pag. 347; cfr. pure DTF 129 V 472 consid. 4.2.1 pag. 476 con riferimento). A questo riguardo giova rilevare che la più recente giurisprudenza non ammette più la possibilità di fare capo ai dati statistici regionali desumibili dalla tabella TA13, il reddito ipotetico da invalido dovendo invece essere stabilito sulla base della tabella TA1 dell'ISS (cfr. SVR 2007 UV no. 17 pag. 56 [U 75/03]).
6. 6.1 A titolo di reddito da valido la Corte cantonale, ritenuta sufficiente la documentazione prodotta, ha considerato il salario che l'assicurato avrebbe realizzato presso le FFS nel 2005, quale artigiano specialista, pari a fr. 62'626.75 annui. Dalle attestazioni del datore di lavoro emerge che il reddito considera, oltre al salario mensile e alla tredicesima, indennità di residenza (fr. 2214.-) e di turno (fr. 720.-).
A titolo di reddito da invalido è stato invece computato il reddito giornaliero effettivo (fr. 250.-) conseguito presso la C._, pari ad un reddito annuo di fr. 57'500.-, non essendovi motivo, secondo il Presidente della Corte, di applicare i dati statistici.
6.2 Il ricorrente sostiene dal canto suo che il reddito da valido avrebbe dovuto essere quantificato almeno in fr. 70'000.-, in quanto egli, in seguito all'intervenuta riorganizzazione, avrebbe senz'altro avuto diritto ad una promozione oppure si sarebbero presentate opportunità di carriera, fatti che la Corte cantonale ha omesso di approfondire.
Il reddito da invalido, per contro, il cui ammontare non è contestato, non corrisponderebbe completamente al suo rendimento e sarebbe conseguibile solo grazie alla comprensione di questo particolare datore di lavoro, non tuttavia se dovesse perdere il posto di lavoro, motivo per cui va tenuto conto dei dati salariali statistici, da cui risulta un reddito inferiore.
7. 7.1 Per quanto riguarda in primo luogo l'ammontare del reddito da valido, dagli atti risulta che al momento dell'infortunio l'assicurato svolgeva presso le FFS, in seguito ad una formazione interna e ad esami attitudinali, l'attività di artigiano specialista. Dall'indagine economica svolta dall'INSAI è inoltre emerso che nel 1999 egli percepiva uno stipendio di fr. 57'271.-, importo già corrispondente al livello massimo raggiungibile per le funzioni svolte (funzione 3, sesta classe di stipendio, a cui andava aggiunto un importo mensile di fr. 300.- per lavoro notturno, durante i giorni festivi e domenicali). In seguito, e meglio all'incirca tra il 2000 e il 2001, è intervenuta una riorganizzazione interna per cui alla stessa attività corrispondeva un livello di funzione 1, classe di stipendio 4 (fr. 53'852.-). La retribuzione lorda dell'assicurato nel 2000 e 2001 è stata quantificata in fr. 60'992.- (comprensiva di fr. 3600.- a titolo di indennità varie). Successivamente è stato precisato che i supplementi per i turni si erano ridotti da fr. 100.- a fr. 60.- mensili, in quanto questi compiti nel 2001 erano stati trasferiti ad un altro servizio. Negli attestati delle FFS, l'ultimo dei quali ottenuto direttamente dal ricorrente e prodotto con il gravame inoltrato in sede cantonale, non risulta alcunché in relazione ad eventuali possibilità di carriera o di promozione.
7.2 Alla luce di quanto suesposto emerge che, con la riorganizzazione avvenuta presumibilmente a partire dal 2000, la classificazione dell'attività svolta dall'assicurato, il quale si trovava già al livello massimo raggiungibile nella propria categoria, non sarebbe migliorata, bensì nella migliore delle ipotesi sarebbe rimasta invariata, considerate le nuove classificazioni. In simili condizioni la riorganizzazione avrebbe ben difficilmente condotto ad una promozione dell'assicurato o a possibilità di carriera. In effetti in occasione della discussione circa la reintegrazione dell'interessato il funzionario responsabile aveva dichiarato che nell'ambito della riorganizzazione, con limitazione degli effettivi, venivano chiesti nuovi livelli di qualifica.
In simili condizioni, non essendovi alcun indizio concreto in favore di un'eventuale carriera conseguente alla riorganizzazione interna (secondo la generale esperienza della vita tali avvenimenti comportando di regola degli svantaggi per i dipendenti), correttamente la Corte cantonale non ha proceduto ad ulteriori approfondimenti in tal senso.
Ne consegue che il reddito da valido computato dalla Corte cantonale va confermato, in quanto corretto.
8. In ordine all'ammontare del reddito da invalido, a mente di questa Corte non vi è agli atti alcun indizio circa il versamento, da parte del datore di lavoro, di un cosiddetto salario sociale e meglio che non corrisponderebbe ad un'effettiva controprestazione dell'assicurato. In effetti dalle attestazioni del datore di lavoro circa il salario conseguito, prodotte con il gravame inoltrato in sede cantonale, non emerge alcunché in tal senso. Se così fosse stato il datore di lavoro, interpellato appositamente dal patrocinatore dell'assicurato prima della presentazione del gravame in sede cantonale, avrebbe perlomeno accennato alla questione. Dalle osservazioni esposte dal patrocinatore dell'assicurato all'INSAI il 9 febbraio 2006 emerge poi, a comprova della tesi del giudice cantonale, che l'assicurato è pienamente in grado di svolgere l'attività per cui è stato assunto, malgrado le limitazioni, anche gravi, di cui soffre. In effetti, per sua stessa ammissione durante il 2005 non ha usufruito delle vacanze. In simili condizioni è senz'altro verosimile che il salario corrisponde a quanto da egli effettivamente prestato.
Dagli atti emerge inoltre che in un primo tempo (nel 2001 e ancora nel 2002) l'assicurato percepiva franchi 200.- al giorno, che non sempre riusciva a rispettare un orario di lavoro costante e che lasciava il lavoro improvvisamente in seguito alle cefalee. Tuttavia nel corso del 2002 l'insorgente ha ottenuto un aumento cospicuo pari a fr. 50.- al giorno, indizio di una migliore produttività e di una piena soddisfazione del datore di lavoro; né del resto risultano dagli atti dopo il 2002 difficoltà nell'esecuzione del proprio lavoro. Ne discende che non vi alcun indizio concreto secondo cui l'assicurato non svolgerebbe appieno la sua attività. Al contrario l'evoluzione della situazione permette di ritenere verosimile la tesi contraria.
Trattandosi altresì di una situazione lavorativa particolarmente stabile, correttamente il Presidente del Tribunale cantonale ha computato a titolo di reddito da invalido il salario effettivamente percepito dall'assicurato nel suo attuale posto di lavoro.
9. 9.1 Stante quanto precede, il ricorso dev'essere respinto in quanto infondato, mentre deve essere confermata la pronuncia impugnata.
9.2 Visto l'esito della procedura le spese giudiziarie vanno poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF). L'INSAI, vittorioso in causa, non ha diritto all'assegnazione di spese ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.