Faits:
A. La Banque W._ SA, devenue par la suite X._ SA (ci-après: la banque), a acquis une participation dans le groupe français A._ SA, pour le compte d'un client désirant garder l'anonymat. Elle a ensuite fait reprendre cet investissement par un fonds de placement sis aux Bahamas (V._ Ltd), qu'elle a constitué avec l'assistance de sa filiale bahamienne (Banque R._ Ltd). Ce fonds, doté de la personnalité juridique, était capitalisé en deux types d'actions, les unes étant dotées du droit de vote (management shares), les autres en étant dépourvues (investment shares). Comme son client anonyme souhaitait se dessaisir de sa participation dans A._ SA, la banque a proposé à Z._ et Y._ Ltd d'acquérir des parts du fonds de placement. Entre décembre 2000 et juillet 2003, les investisseurs précités ont acquis 50,11 % des investment shares, qu'ils détenaient en dernier lieu à raison de 19,41 % pour Z._ et de 30,7 % pour Y._ Ltd. La banque possédait quant à elle la totalité des management shares. Elle exerçait la fonction de banque dépositaire et s'était engagée par contrat à gérer les avoirs du fonds de placement; en contrepartie, elle avait droit à des commissions de gestion. Trois membres de sa direction siégeaient comme administrateurs du fonds, aux côtés du directeur de la filiale bahamienne de la banque.
Le fonds de placement détenait indirectement, soit par diverses sociétés interposées, et en dernier lieu par la société française B._ SA, une participation de 32,4 % dans A._ SA. Le document de présentation du fonds de placement indiquait que les frais afférents à la gestion de B._ SA s'étaient élevés à 10'000 EUR pour l'année 2000. En 2002 et 2003, cette société a encouru selon ses livres de comptes des charges pour "services extérieurs" de respectivement 17'530 EUR et 122'033 EUR.
A._ SA a ensuite été l'objet d'une cession en novembre 2004. Les deux investisseurs ont obtenu le remboursement de leurs parts dans le fonds de placement. Ils ont réalisé un rendement de l'ordre de 104 %.
Un litige a surgi entre les parties après que la banque eut adressé aux investisseurs en mars 2005 les comptes révisés concernant le fonds de placement (années 2003 et 2004) et B._ SA (années 2002 et 2003). Les deux investisseurs se sont notamment plaints du prix d'acquisition de leurs parts dans le fonds de placement, du montant exagéré des frais de gestion facturés à la société B._ SA et d'une surévaluation des actifs du fonds de placement, qui devaient servir de base de calcul pour les honoraires de la banque.
B. B.a Le 9 mai 2007, les investisseurs ont ouvert action contre la banque devant le Tribunal de première instance du canton de Genève; ils concluaient au paiement du montant total de 600'317,60 EUR plus intérêts. L'action a été rejetée par jugement du 27 mai 2010. Statuant sur appel des investisseurs, la Cour de justice a confirmé cette décision par arrêt du 18 mars 2011.
B.b Les investisseurs ont saisi le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile, qui a été partiellement admis par arrêt du 3 novembre 2011.
Ledit arrêt faisait en substance les considérations suivantes: l'analyse de la Cour de justice pouvait être confirmée en tant qu'elle excluait toute responsabilité de la banque à raison du contrat de conseil en placement contracté avec les deux investisseurs. Concernant la gestion du fonds de placement, une responsabilité de la banque était envisageable en sa qualité d'organe de fait, ou en application du principe de la transparence (Durchgriff), lequel pouvait conduire à assimiler la banque à sa filiale des Bahamas, voire au fonds de placement lui-même. Ces questions relevaient du droit bahamien. Contrairement à ce que soutenait la Cour de justice, les conditions pour une application supplétive du droit suisse (art. 16 al. 2 LDIP) n'étaient pas réalisées. La cause devait dès lors être renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle détermine, au regard du droit des Bahamas, si la banque pouvait être recherchée en responsabilité pour la gestion du fonds, en qualité d'organe de fait de sa filiale ou du fonds de placement, respectivement par assimilation (Durchgriff) à sa filiale ou au fonds de placement. La Cour de justice était en outre invitée à se prononcer sur le grief soulevé en appel à propos des charges pour services extérieurs facturées à B._ SA en 2002 et 2003. Elle devait enfin rechercher si les actifs du fonds de placement avaient été surévalués de façon contraire aux principes régissant l'établissement de la comptabilité et, dans l'affirmative, déterminer si la responsabilité de la banque pouvait être engagée selon le droit bahamien.
B.c Statuant derechef par arrêt du 31 août 2012, en faisant application de l'ancienne procédure genevoise, la Cour de justice a finalement condamné la banque à payer aux investisseurs la somme totale de 59'913,05 EUR, intérêts en sus. Elle a en outre mis à la charge de la banque un cinquième des dépens de première instance et d'appel des deux investisseurs, en déclarant que les dépens étaient compensés pour le surplus.
Les considérants de cet arrêt peuvent se résumer succinctement comme il suit: le droit des Bahamas ne connaît pas le concept d'organe de fait. A l'instar du droit suisse, il reconnaît en principe l'indépendance de la personne morale, y compris lorsqu'une seule personne en détient le contrôle. Des circonstances particulières justifient exceptionnellement de "percer le voile corporatif" et de faire abstraction de la personnalité morale.
Les honoraires pour "services extérieurs" facturés par la banque à B._ SA en 2002 (17'530 EUR) ne sont pas justifiés, tandis que ceux facturés en 2003 (122'033 EUR) sont admissibles à concurrence de 20'000 EUR uniquement. La banque a ainsi obtenu sans droit un avantage pécuniaire de 119'563 EUR, couvert par les dividendes de 336'795 EUR que A._ SA a versés à B._ SA au cours de ces deux années. Il se justifie à titre exceptionnel de déroger à l'indépendance de la personne morale, dont la structure a été utilisée pour commettre une irrégularité. En conséquence, Z._ a le droit à 23'207,20 EUR (119'563 x 19,41 %) et Y._ Ltd à 36'705,85 EUR (119'563 x 30,7 %). Ceux-ci n'ont en revanche aucune prétention du chef de la prétendue surévaluation des actifs du fonds de placement.
C. Par-devant le Tribunal fédéral, la banque (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile, dans lequel elle conclut principalement au rejet de l'action. A titre subsidiaire, elle requiert que les neuf dixièmes (subsidiairement, les quatre cinquièmes) des dépens de première instance et d'appel soient mis à la charge des deux investisseurs (ci-après: les intimés).
Les intimés concluent au rejet du recours. L'autorité précédente se réfère à son arrêt.
Le recours bénéficie de l'effet suspensif en vertu de l'ordonnance rendue le 5 novembre 2012 par la Présidente de la Cour de céans.
Considérant en droit:
1. Lorsque la cause est retournée à l'autorité cantonale en vertu de l'art. 107 al. 2 LTF, celle-ci voit sa cognition limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi, définissant le cadre juridique dans lequel des modifications en fait et en droit peuvent ou doivent être apportées par rapport à la première décision frappée d'annulation. La juridiction cantonale est ainsi liée sur tous les points qui ont été définitivement tranchés par le Tribunal fédéral. Les parties ne peuvent pas faire valoir des moyens qui auraient dû être invoqués dans le cadre du premier recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 III 334 consid. 2; 131 III 91 consid. 5.2; 116 II 220 consid. 4a; 111 II 94 consid. 2; art. 66 aOJ; JEAN-FRANÇOIS POUDRET, in Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. II, 1990, n° 1.2 ad art. 66 OJ). L'arrêt de renvoi lie l'autorité cantonale, les parties et le Tribunal fédéral lui-même (ATF 133 III 201 consid. 4.2).
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le grief de violation du droit cantonal ne peut pas être soulevé en tant que tel; toutefois, le recourant peut plaider que l'application de ce droit contrevient au droit fédéral en ce sens qu'elle est arbitraire (art. 9 Cst.) ou contraire à d'autres droits constitutionnels (ATF 134 III 379 consid. 1.2). Quant à l'application du droit étranger, elle peut être contrôlée uniquement sous l'angle du grief d'arbitraire, s'agissant d'affaires pécuniaires (cf. art. 96 let. b LTF a contrario; ATF 133 III 446 consid. 3.1).
L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou qu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (ATF 137 I 1 consid. 2.4).
Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits constitutionnels que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF); l'acte de recours doit contenir un exposé succinct des droits ou principes constitutionnels violés et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste leur violation (ATF 135 III 232 consid. 1.2; 134 II 244 consid. 2.2).
3. 3.1 La recourante reproche à la Cour de justice de s'être écartée des instructions de l'arrêt de renvoi concernant la question des frais facturés à B._ SA: l'autorité cantonale aurait omis de faire la lumière sur une éventuelle modification des conditions du fonds de placement et sur la compatibilité de cette opération avec le droit bahamien. Elle aurait en outre apprécié arbitrairement les preuves en retenant que les frais facturés étaient justifiés à concurrence de 20'000 EUR seulement.
3. 3.1 La recourante reproche à la Cour de justice de s'être écartée des instructions de l'arrêt de renvoi concernant la question des frais facturés à B._ SA: l'autorité cantonale aurait omis de faire la lumière sur une éventuelle modification des conditions du fonds de placement et sur la compatibilité de cette opération avec le droit bahamien. Elle aurait en outre apprécié arbitrairement les preuves en retenant que les frais facturés étaient justifiés à concurrence de 20'000 EUR seulement.
3.2 3.2.1 Dans son premier arrêt du 18 mars 2011, la Cour de justice considérait que les charges pour "services extérieurs" payées par B._ SA en 2002 (17'530 EUR) et 2003 (122'033 EUR) étaient légitimes; elle se référait aux déclarations faites par le directeur de B._ SA (F._) et par le directeur général de la banque, également administrateur de B._ SA (G._).
Dans leur appel, les investisseurs avaient pourtant relevé des divergences dans les versions de ces deux témoins; chacun prétendait en effet que les honoraires rémunéraient le travail accompli par l'autre. Les appelants se référaient à des pièces corroborant la version de F._. Ils évoquaient d'autres déclarations minimisant le rôle joué par le directeur de la banque.
3.2.2 Saisie d'un premier recours, la cour de céans a constaté que l'arrêt cantonal passait sous silence les éléments mis en évidence dans l'appel et qu'il n'était pas possible d'exercer un contrôle de l'appréciation des preuves. Elle a dès lors invité l'autorité d'appel à examiner ces griefs, en ajoutant ce qui suit: "Si la cour cantonale (...) devait maintenir son point de vue selon lequel l'augmentation de la charge de travail des deux administrateurs précités est avérée, elle devra encore préciser si la rémunération concernait le travail de F._ ou celui de G._ en tant que collaborateur de l'intimée [réd.: la banque]. Dans ce dernier cas, il faudrait se demander s'il n'y a pas eu une modification des conditions du fonds de placement relatives aux honoraires de l'intimée et si celle-ci a été introduite de façon conforme au droit des Bahamas. Selon l'issue donnée à ces questions, il conviendra de rechercher si, au regard du droit des Bahamas, la responsabilité de l'intimée, comme organe de fait ou par identification avec sa filiale ou avec le fonds de placement (...), est engagée (...)".
3.2.3 Suite à l'arrêt de renvoi, la Cour de justice a fait en substance les constatations suivantes:
La comptabilité de B._ SA relative aux années 2002 et 2003 mentionne une charge pour "services extérieurs" de respectivement 17'530 EUR et 122'033 EUR, inexistante durant les exercices antérieurs et couverte par les dividendes de respectivement 168'398 EUR et 168'397 EUR versés par A._ SA au cours de ces deux années. Dans des rapports spéciaux annexés à cette documentation, le commissaire aux comptes de B._ SA évoque une convention conclue entre cette société et la banque le 23 décembre 2002, conférant à cette dernière le droit à une rémunération en fonction du temps consacré au projet de cession des actions A._ SA, dans la limite toutefois de la trésorerie disponible. F._ a confirmé l'existence de cette convention. Celle-ci n'a pas été produite, pas plus que les éventuelles notes d'honoraires adressées par la banque à B._ SA. Seuls les comptes de cette société et leurs annexes, ainsi que les déclarations recueillies permettent en définitive d'apprécier la situation.
D'après le rapport du commissaire aux comptes, la convention devait prendre effet le 1er janvier 2003. Il s'ensuit que la somme de 17'530 EUR facturée en 2002 a été acquittée sans cause valable apparente.
Subsistent les frais facturés en 2003. Plusieurs représentants de la banque, ainsi que le directeur de B._ SA, ont relevé le temps considérable que le directeur général de la banque avait consacré à la participation dans A._ SA. Toutefois, la convention du 23 décembre 2002 évoque de manière plus spécifique une intervention de la banque en vue de la vente du groupe A._. Or, les preuves recueillies ne permettent guère de discerner quelles prestations précises ont été fournies dans ce but. Un témoin a affirmé s'être occupé de la cession de A._ SA avec le seul concours de Z._. Le représentant de l'acquéreur de A._ SA affirme n'avoir rencontré qu'une seule fois le directeur général de la banque. Enfin, aux dires de Z._, les services rendus par ce même directeur ont été inexistants ou quasi nuls. Sur la base de cette dernière déclaration, la valeur des prestations légitimement fournies par la banque en 2003 doit être estimée à 20'000 euros [réd.: l'arrêt attaqué indiquant par inadvertance manifeste 20'000 fr. en page 14, consid. 5.1 i.f.]. En bref, seuls des "frais extérieurs" de 20'000 EUR peuvent être reconnus sur un total de 139'563 EUR (17'530 EUR + 122'033 EUR). La banque a ainsi indûment obtenu un avantage pécuniaire de 119'563 EUR (139'563 EUR - 20'000 EUR).
3.3 Le grief du prétendu irrespect des instructions données dans l'arrêt de renvoi n'est pas fondé. La cour cantonale était invitée à dire si elle maintenait ou modifiait son appréciation après examen des moyens soulevés dans le cadre de l'appel. Elle a opté pour la seconde solution et constaté que les honoraires n'étaient pour l'essentiel pas justifiés, admettant en définitive un montant très inférieur à celui facturé par la banque. L'arrêt attaqué relève certes que les charges pour "services extérieurs" ont été facturées pour la première fois en 2002 et 2003. Aucune charge de ce type n'a été comptabilisée en 2001. Toutefois, il est acquis qu'en 2000, des frais de 10'000 EUR ont été prélevés pour la gestion de B._ SA, respectivement des frais de 30'000 EUR pour la gestion de la société C._ et de 35'000 EUR pour la gestion de D._. Il apparaît ainsi que le montant de 20'000 EUR se trouve dans la fourchette des frais de gestion facturés en 2000, dont les montants avaient été communiqués aux investisseurs. Les investisseurs intimés avaient soulevé la question d'une éventuelle modification des conditions du fonds de placement en raison de l'augmentation extraordinaire des frais de gestion, qui n'ont finalement pour l'essentiel pas été validés par la cour de céans (cf. consid. 3.4 infra). Dans son recours, la banque ne dit pas quelle autre modification des conditions de placement pourrait entrer en considération. Le grief ne peut dès lors qu'être rejeté.
3.4 Il reste à examiner si le montant des honoraires considérés comme justifiés résulte d'une appréciation arbitraire des preuves. S'agissant du montant retenu pour l'année 2003 (20'000 EUR), la recourante reproche en substance à la Cour de justice d'avoir retenu les seules déclarations de Z._, en faisant fi des nombreux témoignages soulignant l'importance des services rendus par le directeur de la banque.
En réalité, les juges cantonaux n'ont pas ignoré les témoignages attestant du travail considérable effectué par le directeur de la banque en rapport avec la participation dans A._ SA. Ils ont toutefois relevé que d'après la convention du 23 décembre 2002, les honoraires étaient plus spécifiquement destinés à rémunérer le travail effectué pour la cession de A._ SA - ce que la recourante ne conteste pas. A cet égard, les juges ont constaté que les probatoires ne permettaient guère de discerner quelles prestations précises avaient été accomplies dans ce but spécifique; or, la recourante ne s'attache pas à démontrer en quoi cette affirmation serait arbitraire. Ainsi, il est tout au plus établi que le directeur de la banque a rencontré à une reprise le représentant de l'acquéreur final; Z._ n'a reconnu qu'un travail minime, en déclarant que les services fournis étaient "quasi nuls". Dans ces circonstances, il n'était pas arbitraire de retenir, par estimation, des honoraires de 20'000 EUR, sachant par ailleurs que des frais de 10'000 EUR avaient été prélevés en 2000 pour la gestion de B._ SA.
Quant aux honoraires de 17'530 EUR facturés en 2002, tenus pour entièrement injustifiés, la recourante objecte que tout au long de la procédure, les intimés ont contesté uniquement la part excédant le montant de 10'000 EUR, lequel avait été facturé en 2000 et porté à leur connaissance dans la documentation relative au fonds de placement. Les juges cantonaux auraient statué ultra petita.
En résumant la procédure, la Cour de justice a indiqué que les deux investisseurs émettaient une prétention sur les frais facturés à B._ SA en tant qu'ils dépassaient la somme annuelle de 10'000 EUR indiquée dans le fascicule de présentation du fonds (cf. arrêt du 18 mars 2011, p. 8 § 2). Quoi qu'il en soit, avant l'entrée en vigueur du Code fédéral de procédure civile, il incombait au droit cantonal de dire si et dans quelle mesure le juge est lié par les conclusions des parties ou peut statuer ultra petita (cf. ATF 111 II 358 consid. 1; POUDRET, op. cit., p. 118 n° 1.3.2.7 ad art. 43 OJ). En l'occurrence, la recourante ne dit pas quelle règle cantonale aurait empêché les juges de retenir, pour l'un des postes de l'action en paiement, une prétention d'un montant supérieur à celui revendiqué, mais se situant dans les limites des conclusions globales, voire même dans la limite des seules conclusions liées à la facturation de frais excessifs. Pour le surplus, la recourante ne prétend pas qu'en retenant dans l'état de fait des honoraires injustifiés à concurrence de 17'530 EUR, la cour cantonale aurait appliqué arbitrairement des règles cantonales relatives aux allégations et aux aveux.
Le grief est ainsi dénué de fondement.
4. 4.1 La recourante se plaint d'arbitraire dans l'application du droit étranger. L'autorité d'appel aurait retenu à tort que le droit bahamien permettait dans le cas concret de faire abstraction de la personnalité juridique du fonds de placement et de rechercher la banque pour la facturation de frais injustifiés à B._ SA.
4.2 La Cour de justice a fait les constatations suivantes: les tribunaux des Bahamas reconnaissent l'indépendance de la personne morale, se ralliant au principe général consacré en 1896 par la jurisprudence anglaise, de façon "probablement plus absolu[e]" qu'en droit suisse. Seules des circonstances particulières permettent exceptionnellement de "percer le voile corporatif". Le seul fait qu'une personne détienne le contrôle d'une société ne constitue pas un justificatif suffisant. Il faut encore que soient commises des irrégularités liées à l'utilisation de la structure sociale, elle-même mise à profit pour dissimuler leur existence et/ou l'identité de leurs auteurs. Point n'est besoin que la société ait été constituée déjà avec cet objectif. Cette exception n'est admise que de façon restrictive.
La cour cantonale a ensuite évoqué divers développements jurisprudentiels autorisant à faire abstraction de la personnalité juridique. Elle est finalement arrivée à la conclusion que l'exception telle qu'évoquée ci-dessus était réalisée dans le cas concret, pour les motifs suivants:
La banque possédait la totalité des management shares du fonds de placement. Au conseil d'administration du fonds siégeaient trois directeurs de la banque, ainsi que le directeur de sa filiale bahamienne. La banque assumait contractuellement la gestion des avoirs du fonds. Elle avait tiré profit du contrôle qu'elle exerçait sur B._ SA pour obtenir une rémunération couverte par les dividendes que cette société touchait de A._ SA. Elle avait ainsi recouru à une sous-filiale dans le schéma mis en place pour contrôler la participation dans A._ SA, de sorte que les deux investisseurs n'avaient eu connaissance qu'au printemps 2005, après réception de la comptabilité pertinente, de l'avantage pécuniaire indu que la banque s'était procuré. Il se justifiait dès lors de déroger exceptionnellement au principe d'indépendance de la personne morale pour rectifier une irrégularité liée à l'utilisation de la structure sociale, comme le reconnaissait parfois la jurisprudence anglaise et bahamienne.
4.3 La recourante objecte que les liens qu'elle entretenait avec le fonds de placement ne suffisaient pas à autoriser une levée du voile corporatif. Toutefois, la Cour de justice n'a pas ignoré le fait que le contrôle exercé sur la personne morale est un élément nécessaire, mais non suffisant pour lever le voile corporatif; elle a considéré qu'une irrégularité avait été commise à l'aide de la structure sociale. La recourante ne discute pas cette analyse; elle ne s'attache pas à démontrer en quoi il était arbitraire d'appliquer dans le cas d'espèce l'exception reconnue par la jurisprudence étrangère. Le sort du grief est ainsi scellé. La recourante croit pouvoir déduire l'arbitraire d'un autre élément, soit une prétendue contradiction des juges genevois. Ceux-ci ont en substance indiqué en préambule que la jurisprudence anglaise, à laquelle se ralliaient les tribunaux bahamiens, était probablement encore plus absolue que le droit suisse dans la reconnaissance de l'indépendance de la personne morale. Or, dans leur premier arrêt du 18 mars 2011, les juges concluaient qu'au regard du droit suisse, il n'avait été commis aucun abus de droit justifiant de faire abstraction de la personnalité juridique du fonds de placement. Ce point n'a pas été examiné dans le précédent recours au Tribunal fédéral, étant donné que les conditions pour une application supplétive du droit suisse n'étaient pas réalisées.
L'on relève que dans sa première décision, la cour cantonale n'avait pas retenu l'existence d'honoraires injustifiés. Quoi qu'il en soit, l'on ne saurait apporter d'importance particulière à une affirmation très générale, émise sans certitude absolue avant d'énoncer des exceptions dont l'une a été jugée applicable, sans que la recourante, encore une fois, ne démontre le caractère arbitraire de la subsomption effectuée. Pour le surplus, la recourante répète qu'elle n'a pas touché d'honoraires injustifiés, grief qui a déjà été rejeté. Elle se réfère enfin à un avis de droit rendu par l'étude E._, qui considère que les faits de la cause ne justifient pas d'assimiler la banque au fonds de placement. L'arbitraire ne résulte toutefois pas du seul fait qu'une autre solution serait envisageable, voire même préférable.
Il s'ensuit que le grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.4 Pour le surplus, la recourante ne conteste pas les autres aspects du raisonnement de la cour cantonale l'ayant conduite à allouer aux deux investisseurs le montant total de 59'913,05 EUR plus intérêts. L'arrêt attaqué doit donc être confirmé sur ce point.
5. 5.1 Dans un ultime moyen, la recourante se plaint d'arbitraire dans l'application des règles de droit cantonal sur la fixation des dépens.
5.2 La Cour de justice a fait application de l'art. 176 de l'ancienne loi genevoise de procédure civile (aLPC/GE), dont la teneur était la suivante:
Art. 176 Charges
1 Tout jugement, même sur incident, doit condamner aux dépens la partie qui succombe.
2 Cependant, la partie qui a obtenu gain de cause peut être condamnée à une partie des dépens, sans préjudice des peines prévues contre les parties, si elle a provoqué des frais inutiles ou si ses conclusions sont exagérées.
3 Le juge peut toujours compenser les dépens entre époux, partenaires enregistrés, ascendants et descendants, frères et s?urs, alliés aux mêmes degrés et associés, ainsi que lorsque l'équité le commande.
Selon l'art. 181 aLPC/GE, les dépens comprennent les frais de la cause et une indemnité de procédure, fixée en équité par le juge, destinée essentiellement à couvrir les honoraires d'avocat engagés par la partie victorieuse.
La cour cantonale a relevé que dans leur demande initiale, les deux investisseurs avaient conclu au paiement de 600'317,60 EUR, pour obtenir en définitive 59'913,05 EUR. La banque devait dès lors leur payer un cinquième de leurs dépens de première et deuxième instance, qui comprenaient dans leur totalité une indemnité de 74'000 fr. à titre de participation aux frais d'avocat. Pour le surplus, les dépens étaient compensés.
5.3 A l'instar de la LTF (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2), et selon un principe fondamental de la procédure civile, l'ancien droit genevois prévoyait que les frais et dépens sont répartis d'après le sort des conclusions (Erfolgsprinzip; ATF 119 Ia 1 consid. 6b; arrêt 4A_175/2008 du 19 juin 2008 consid. 2.4). Il s'agit ainsi de déterminer dans quelle proportion chaque partie obtient gain de cause, respectivement succombe, et de répartir les dépens en conséquence, les créances de chaque partie pouvant au final se compenser entièrement ou partiellement (arrêt 4A_175/2008 précité consid. 2.5).
Dans les affaires pécuniaires, l'on peut examiner les sommes en litige et déterminer par une opération mathématique dans quelle mesure chaque partie a succombé. Il est toutefois possible de s'écarter du strict rapport "conclusions réclamées/conclusions allouées" pour tenir compte du travail exigé par les griefs respectifs, ou encore pour marquer le fait qu'une partie obtient gain de cause sur le principe de la responsabilité de la partie adverse (cf. arrêt 4A_175/2008 précité consid. 2.6, à propos du droit genevois; cf. aussi BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 36 ad art. 66 LTF).
5.4 En l'occurrence, les deux investisseurs ont obtenu mathématiquement environ un dixième de la somme réclamée en justice; la banque, qui avait conclu à libération, obtient gain de cause sur les neuf dixièmes de ses conclusions.
La Cour de justice a retenu une fraction de 1/5ème en faveur des deux investisseurs. Sans le dire expressément, elle a manifestement tenu compte du fait que ceux-ci avaient obtenu gain de cause sur le principe d'une responsabilité de la banque. Cette dernière reproche à l'autorité cantonale de s'être écartée du strict rapport mathématique entre les conclusions revendiquées et les montants obtenus, mais n'explique pas en quoi le rapport retenu serait arbitraire, ce qui scelle le sort du grief. Par ailleurs, la banque ne conteste pas la manière dont a été fixée l'indemnité de procédure, chiffrée à 74'000 fr. pour de pleins dépens. Il est dès lors acquis que les deux investisseurs intimés ont droit à une indemnité de dépens de 14'800 fr. (1/5ème de 74'000 fr.). Cela étant, si l'on admet que les investisseurs sont victorieux à raison d'un cinquième et ont droit, solidairement entre eux, à une indemnité de dépens dans cette même proportion, il s'ensuit nécessairement, sauf à appliquer de façon arbitraire les principes régissant la répartition des dépens, que la banque obtient gain de cause à concurrence de quatre cinquièmes et a le droit d'être indemnisée à concurrence des quatre cinquièmes de ses propres dépens (dans le même sens arrêt 4A_175/2008 précité consid. 2.6; dans la même cause, arrêt 4A_158/2009 du 1er juillet 2009 consid. 3.3.2). Le grief soulevé à cet égard est donc bien fondé. En condamnant la banque à payer un cinquième des dépens de la partie adverse et en déclarant que les dépens étaient compensés pour le surplus, la Cour de justice a fait une application arbitraire du droit cantonal. Dite autorité devait en réalité fixer le montant correspondant aux pleins dépens de la banque, arrêter ensuite la créance de celle-ci aux 4/5èmes de ce montant, puis procéder à une compensation avec la créance de dépens des deux investisseurs, s'élevant à 14'800 fr.
Il s'ensuit que l'arrêt attaqué doit être annulé sur ce point et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle fixe les dépens de première et deuxième instance.
6. En définitive, le recours est partiellement admis sur la question des dépens de la procédure cantonale. La banque supportera les frais de la présente procédure, arrêtés à 4'000 fr., à concurrence de deux tiers, le tiers restant étant mis à la charge des intimés, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). La même clé de répartition sera appliquée aux dépens, fixés à 5'000 fr., qui seront compensés dans cette mesure (cf. art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il statue sur les dépens de la procédure cantonale. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante à concurrence de 2'667 fr., le solde de 1'333 fr. étant supporté par les intimés, solidairement entre eux.
3. La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 1'667 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties ainsi qu'à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 14 janvier 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
La Greffière: Monti