Fatti:
A. Nel contesto delle esecuzioni www e xxx promosse contro A._ da B._, in data 7 dicembre 2011 l'Ufficio esecuzione e fallimenti di Mendrisio ha proceduto al pignoramento dell'importo di fr. 277'036.22 depositato presso lo stesso e concernente "onorari a saldo vantati da A._ nei confronti della C._SA di Y._".
B. Con ricorso del 19 dicembre 2011, inoltrato alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello in qualità di autorità di vigilanza, A._ ha chiesto che la procedura di pignoramento fosse annullata.
Ritenute soddisfatte le condizioni per procedere al pignoramento degli onorari in discussione, l'impugnativa è stata respinta con decisione del 26 gennaio successivo.
C. In riforma della sentenza dell'Autorità di vigilanza, con ricorso in materia civile del 10 febbraio 2012, A._ chiede ora nuovamente che la procedura di pignoramento sia annullata.
Udite le parti, con decreto presidenziale del 2 marzo 2012, all'impugnativa è stato conferito l'effetto sospensivo nel senso che per la durata della procedura innanzi al Tribunale federale la somma pignorata non deve essere distribuita al creditore. Non è stato ordinato nessun ulteriore scambio di scritti.
Diritto:
1. Il ricorso è stato interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 2 lett. a LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2 pag. 351) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in materia di esecuzione e fallimento (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF). Trattandosi di una decisione dell'autorità cantonale di vigilanza in materia di esecuzione e fallimenti, il valore di causa è privo di rilievo (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF).
Nell'ottica dei requisiti menzionati, il gravame è pertanto in linea di principio ammissibile.
2. 2.1 Con il ricorso in materia civile può tra l'altro venir censurata la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), nozione che comprende i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 446 consid. 3.1 pag. 447 seg.). Rispettate le condizioni di cui all'art. 42 cpv. 2 LTF, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF) e può accogliere o respingere un ricorso anche per motivi diversi da quelli invocati o su cui si è fondata l'autorità precedente (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1 pag. 254). Esigenze più severe si applicano però in relazione alla violazione di diritti fondamentali. Il Tribunale federale esamina infatti simili censure soltanto se l'insorgente le ha sollevate e motivate in modo preciso (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 135 III 232 consid. 1.2 pag. 234 con rinvii).
2.2 Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Esso può scostarsene solo se è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (DTF 136 III 552 consid. 4.2 pag. 560). L'eliminazione del vizio indicato deve inoltre poter influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). A meno che non ne dia motivo la decisione impugnata, non possono neanche essere addotti nuovi fatti o nuovi mezzi di prova (art. 99 cpv. 1 LTF).
Ritenuto che il ricorrente non spiega perché essa sarebbe giustificata dal giudizio impugnato e nemmeno risulta dagli atti che così possa essere, la richiesta di assunzione di nuove prove formulata nel ricorso è pertanto inammissibile (art. 99 cpv. 1 LTF).
3. 3.1 In relazione al pignoramento in discussione, il ricorrente fa in sostanza valere la violazione dell'art. 93 cpv. 1 LEF, norma secondo cui soggetto a pignoramento è tra l'altro ogni provento del lavoro che non sia assolutamente necessario al sostentamento del debitore e della sua famiglia.
Con l'impugnativa, il ricorrente a ragione non contesta la conclusione secondo cui tra i proventi del lavoro limitatamente pignorabili giusta l'art. 93 cpv. 1 LEF ricadano anche gli onorari (DTF 86 III 15; 54 III 159).
Egli è ciò nondimeno dell'avviso che l'art. 93 LEF sia stato nella fattispecie violato, poiché ritiene che il pignoramento non sia stato preceduto dall'accertamento dei suoi redditi e del suo fabbisogno minimo. Sempre a tal proposito, sostiene quindi come il suo fabbisogno così come quello della moglie non sarebbe in realtà coperto dalle entrate mensili, motivo per cui gli onorari in questione avrebbero dovuto essere considerati impignorabili.
3.2 Contrariamente a quanto sostenuto nel ricorso, il giudizio impugnato non viola però il diritto federale nemmeno con riferimento all'aspetto del calcolo del fabbisogno minimo.
3.2.1 Denunciando l'omissione dell'accertamento delle sue entrate e del suo fabbisogno minimo da parte delle autorità esecutive, il ricorrente viene chiaramente smentito dagli atti. Questi ultimi contengono infatti un verbale, redatto dall'Ufficio esecuzione e fallimenti competente e sottoscritto dal ricorrente medesimo, in cui sono indicati sia i suoi redditi, sia il suo minimo vitale.
3.2.2 Nella misura in cui la critica del ricorrente possa essere in qualche modo letta come una contestazione del calcolo svolto dall'Ufficio esecuzione e fallimenti - per quanto ammissibile, poiché formulata omettendo qualsiasi confronto con detto calcolo -, essa è altrettanto votata all'insuccesso.
Così come davanti alla Corte cantonale, il ricorrente non sostiene in effetti di aver fatto valere un fabbisogno minimo maggiore al momento della stesura del verbale da parte dell'Ufficio esecuzione e fallimenti, nel rispetto del dovere di collaborazione che anche davanti a tale Ufficio gli incombeva (DTF 119 III 70 consid. 1 pag. 71 seg.). Al contrario, si limita a criticare ex post gli accertamenti svolti fornendo una propria versione dei fatti, che certo non basta a rimettere in discussione quanto accertato dalle autorità - cui in questo campo è riconosciuto ampio margine di apprezzamento (DTF 134 III 323 consid. 2 pag. 324 seg. con rinvii) - e che è per altro già stato confermato dal ricorrente medesimo con la sottoscrizione del verbale sottopostogli.
3.3 In considerazione del calcolo del fabbisogno minimo agli atti, che indicava redditi mensili di fr. 5'042.-- e costi di fr. 3'486.--, la Corte cantonale poteva quindi considerare gli onorari in discussione quale importo pignorabile e confermarne il pignoramento.
4. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si giustifica l'assegnazione di ripetibili per la sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, all'Ufficio esecuzione e fallimenti di Mendrisio e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.