Sachverhalt:
X._ erwarb am 4. Februar 2005 in der Gemeinde Y._ die Parzelle Nr. B._ mit Wohnhaus zum Kaufpreis von Fr. 880'000.--. Am 1. Oktober 2010 veräusserte er diese an seine Tochter A._ zum Preis von Fr. 1,3 Mio. weiter. Da X._ - trotz zweimaliger Mahnung, einer Bussenverfügung und Androhung einer Ermessensveranlagung - die Steuererklärung für Grundstückgewinnsteuern nicht eingereicht hatte, veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden ihn am 12. Dezember 2011 zu einem steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 409'880.-- und einer Grundstückgewinnsteuer von je Fr. 61'482.-- für Kanton und Gemeinde. Auf die Einsprache, mit welcher der Steuerpflichtige die Begründung und die Urkunden nachzureichen versprach, trat die Steuerverwaltung nicht ein. Eine Beschwerde von X._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden ab.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 17. April 2012 sei aufzuheben und die Sache zur materiellen Behandlung der Einsprache an die Einsprachebehörde zurückzuweisen. Überdies sei festzustellen, dass die Veranlagungs- und Einsprachebehörde in seiner Sache krass pflichtwidrig gehandelt hätten.
Es wurden die kantonalen Akten eingefordert. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen den Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1 BGG). Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen an sich mit freier Kognition. In den Bereichen, in welchen das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; SR 642.14) den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen auf Willkür (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen).
1.2 Angefochten war bei der Vorinstanz ein Nichteintretensentscheid (Einspracheentscheid). Das Verwaltungsgericht konnte daher nur prüfen, ob die Einsprachebehörde auf die bei ihr erhobene Einsprache zu Recht nicht eingetreten war. Nicht zu prüfen waren dagegen materielle Fragen der Veranlagung (vgl. BGE 132 V 74 E. 1.1 S. 76 mit Hinweis). Damit ist auch der Streitgegenstand für das bundesgerichtliche Verfahren verbindlich festgelegt. Das heisst, die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts kann nicht weiter sein, als sie der Vorinstanz zustand. Zu überprüfen ist nur, ob die Bestätigung des Nichteintretensentscheids (Einspracheentscheids) durch die Vorinstanz eine Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 und 96 BGG bewirkt hat.
2. Das Steuergesetz für den Kanton Graubünden vom 8. Juni 1986 (StG) regelt die Grundstückgewinnsteuer im Anschluss an die Steuer vom Einkommen in den Artikeln 41 ff. Es gelten für die Grundstückgewinnsteuer grundsätzlich die gleichen Verfahrensvorschriften wie für die Einkommenssteuer. Der Steuerpflichtige wird durch Zustellung des Formulars zur Abgabe der Steuererklärung aufgefordert (Art. 127 Abs. 1 StG). Er hat diese wahrheitsgemäss und vollständig auszufüllen, rechtsgültig zu unterzeichnen und mit den verlangten Unterlagen fristgerecht einzureichen (Art. 127 Abs. 2 StG). Die Veranlagungsbehörde prüft die Steuererklärung, erlässt die nötigen Auflagen, verlangt Beweismittel ein, nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor und stellt die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen Verhältnisse fest (Art. 130a StG). Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor (Art. 131 Abs. 1 lit. a und b StG). Eine solche kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen. Genügt die Einsprache diesen Erfordernissen nicht, wird auf sie nicht eingetreten (Art. 137 Abs. 4 StG).
Diese Vorschriften sind mit den entsprechenden Bestimmungen des Steuerharmonsierungsgesetzes weitgehend harmonisiert (vgl. Art. 42 Abs. 1 und 2, Art. 46 Abs. 1 und 3 und Art. 48 Abs. 2 StHG).
3. Gemäss diesen Vorschriften waren die Voraussetzungen für die Vornahme einer Ermessensveranlagung durch die Kantonale Steuerverwaltung, Abteilung Spezialsteuern, offensichtlich gegeben:
Der Beschwerdeführer wurde mit Schreiben der Steuerverwaltung des Graubünden, Abteilung Spezialsteuern, am 16. Mai 2011 ein erstes Mal gemahnt, die Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer auf der Handänderung vom 1. Oktober 2010 innert zwanzig Tagen einzureichen. Der Beschwerdeführer reagierte darauf nicht. Am 14. Juli 2011 erfolgte eine zweite Mahnung zur Einreichung der Steuererklärung innert zehn Tagen mit dem Hinweis, dass nach unbenutztem Ablauf der Frist eine Ordnungsbusse verfügt und die Veranlagung gemäss Art. 131 StG nach Ermessen vorgenommen werde. Nachdem der Beschwerdeführer die Steuererklärung noch immer nicht eingereicht hatte, auferlegte ihm die Steuerverwaltung mit Verfügung vom 16. November 2011 eine Busse und setzte ihm nochmals eine Frist von acht Tagen zur Einreichung der vollständigen Steuererklärung an. Sie wies ihn zudem darauf hin, nach unbenutztem Ablauf dieser Frist werde eine Veranlagung nach Ermessen gemäss Art. 131 StG vorgenommen, die nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden könne; zudem könnte in einem späteren Zeitpunkt ein Nach- und Strafsteuerverfahren eingeleitet werden, sofern sich ergeben sollte, dass die Veranlagung wegen der Versäumnisse des Steuerpflichtigen zu tief ausgefallen sei.
Nachdem der Beschwerdeführer auch dieser Aufforderung nicht nachgekommen war, veranlagte die kantonale Steuerverwaltung am 12. Dezember 2011 die Grundstückgewinnsteuer. Die Veranlagung erfolgte nach Ermessen mit entsprechender Rechtsmittelbelehrung. Der steuerbare Grundstückgewinn belief sich auf Fr. 409'880.--, wobei die Steuerverwaltung vom Verkaufserlös (Fr. 1,3 Mio.) den Erwerbspreis (Fr. 880'000.--) sowie Gebühren und Abgaben (in der Höhe von Fr. 10'120.--) als Anlagekosten in Abzug brachte. Weitere Anlagekosten (insbesondere die Investitionen aus dem Umbau des Jahres 2006) fanden keine Berücksichtigung.
4. 4.1 Da eine Ermessensveranlagung vorlag, worauf in der Verfügung und Rechtsmittelbelehrung hingewiesen worden war, oblag dem Beschwerdeführer der Unrichtigkeitsnachweis, das heisst, er hatte zu begründen, inwiefern die Veranlagung offensichtlich unrichtig ist, und die allfälligen Beweismittel zu nennen. Auf eine Einsprache, die diesen Erfordernissen nicht genügt, ist nicht einzutreten (Art. 137 Abs. 4 StG). Eine entsprechende Bestimmung enthält auch das Steuerharmonisierungsgesetz (Art. 48 Abs. 2 StHG). Dabei handelt es sich nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung um ein Gültigkeitserfordernis, bei dessen Fehlen auf die Einsprache ohne Ansetzung einer weiteren Nachfrist nicht eingetreten wird (BGE 123 II 552 E. 4c-e; 2A.39/2004 vom 29. März 2005 E. 5.2, in: ASA 75 S. 329; vgl. Martin Zweifel, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2b, 2. Aufl. 2008, N. 34 zu Art. 132 DBG).
4.2 Mit Eingabe vom 6. Januar 2012 teilte der Beschwerdeführer der Einsprachebehörde mit:
"Ich erhebe hiermit formell Einsprache gegen obgenannte Verfügung. Begründung und Beweismittel werden nachgereicht."
Damit hat der Beschwerdeführer die Prozessvoraussetzung nicht erfüllt. Die Begründung der Einsprache innert der Einsprachefrist ist wie erwähnt Voraussetzung für die erfolgreiche Anfechtung einer Ermessensveranlagung nach Art. 131 StG (Art. 137 Abs. 4, Art. 48 Abs. 2 StHG). Die Mitteilung, Begründung und Beweismittel würden nachgereicht, genügt dafür nicht. Auf die Einsprache war aus diesem Grund nicht einzutreten.
4.3 Wenn daher die Vorinstanz den Einspracheentscheid (Nichteintretensentscheid) der kantonalen Steuerverwaltung bestätigt und die Beschwerde abgewiesen hat, verletzt dies Bundesrecht nicht. Nicht weiter eingehen musste die Vorinstanz auf die Bauabrechnungen der Firma C._ AG resp. D._ AG vom 21. Februar 2012 (Gesamtabrechnung der Projektkosten für den Zeitraum 2005-2008). Um diese prüfen zu können, hätte zuerst der Nichteintretensentscheid (Einspracheentscheid) beseitigt werden müssen, damit Einspracheinstanz und Beschwerdeinstanz sich mit der materiellen Seite der Veranlagung, das heisst mit der Bauabrechnung, hätten befassen können (vgl. E. 1.2).
5. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Beschwerdeführer erstmals vortragen, dass bereits aus der im Jahr 2007 erfolgten Grundstückschatzung ersichtlich gewesen sei, dass Investitionen von Fr. 739'929.-- vorgenommen worden seien. Die Mitarbeiter der kantonalen Steuerverwaltung hätten über das Datennetz online ohne Weiteres Zugriff auf die durch das Amt für Schätzungswesen erhobenen Daten, wie eine telefonische Nachfrage ergeben habe. Indem der Veranlagungsbeamte diese für die Ermessenstaxation massgebliche und ihm bekannte Tatsache nicht berücksichtigt habe, sei er pflichtwidrig, willkürlich und rechtsmissbräuchlich vorgegangen. Das rechtsmissbräuchliche und willkürliche Verhalten der Steuerverwaltung wiege im Vergleich zur Nachlässigkeit des Beschwerdeführers derart schwer, dass der Nichteintretensentscheid unter den gegebenen Umständen nicht mehr gerechtfertigt werden könne.
Diese Vorbringen sind neu und daher unzulässig (Art. 99 BGG). Im Zeitpunkt der Ermessensveranlagung war die Grundstückschatzung des Jahres 2007 längstens bekannt. Es kann daher nicht gesagt werden, dass erst der angefochtene Entscheid Anlass zur telefonischen Anfrage beim Schätzungsamt gegeben hätte (BGE 136 III 123 E. 4.4.3 S. 128 f.; 133 III 393 E. 3 S. 395). In Frage stehen im Übrigen auch im bundesgerichtlichen Verfahren nur der Nichteintretensentscheid der Einsprachebehörde und keine materiellen Fragen (vorn E. 1.2). Im Übrigen ist die Steuerbehörde in solchen Fällen nicht verpflichtet, aktiv nach Sachverhaltselementen zu fahnden, die sich günstig für die Steuerpflichtigen auswirken könnten. Zur Behebung solcher Mängel von Veranlagungsentscheiden dient eben die Einsprache und für den Beschwerdeführer wäre es ein Leichtes gewesen, in der Einsprache auf den in den Jahren 2005 und 2006 erfolgten Umbau der Liegenschaft hinzuweisen und die Beweise zu offerieren. Bei dieser Sachlage ist es nicht möglich, auf den Einspracheentscheid (Nichteintretensentscheid) zurückzukommen.
6. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang ist der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Entschädigungspflichtige Parteikosten sind nicht entstanden.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gemeinde Y._, der Kantonalen Steuerverwaltung Graubünden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 4. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Juli 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann