Faits:
A. A._, ressortissant péruvien, est en détention préventive depuis le 16 août 2005, date à laquelle le Juge d'instruction du canton de Genève (ci-après: le Juge d'instruction) l'a inculpé de lésions corporelles graves (art. 122 CP), de lésions corporelles simples (art. 123 CP), de menaces (art. 180 CP), d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187 CP) et de viols (art. 190 CP). Il lui est notamment reproché d'avoir abusé sexuellement de B._, née en 1989 et alors âgée de 13 ans. Ces atteintes à l'intégrité sexuelle ont été commises pendant de nombreuses années et ont conduit à des grossesses, une fille étant par ailleurs née de ces relations en mai 2004.
Les inculpations complémentaires de séquestration et d'enlèvement (art. 183 et 184 CP), puis de contrainte sexuelle (art. 189 CP), de viol (art. 190 CP), de séquestration et d'enlèvement aggravé (art. 183 et 184 CP) furent prononcées à l'encontre de A._, respectivement le 27 septembre 2007 et le 8 février 2008.
Le 8 octobre 2008, A._ fut inculpé d'assassinat (art. 112 CP), subsidiairement de meurtre (art. 111 CP). Le samedi 6 février 1999 entre 16 heures et 18 heures, il aurait tué C._, portée disparue depuis ce jour. La prénommée était son amie intime avec laquelle il a eu une fille née en 1998.
La détention préventive de A._ a été régulièrement prolongée et ses différentes demandes de mise en liberté provisoire rejetées.
B. Le 8 octobre 2009, A._ a formé une nouvelle demande de mise en liberté provisoire en proposant une caution de 30'000 francs, le dépôt du passeport et la présentation régulière à un poste de police, voire toutes autres mesures que la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre d'accusation) jugerait utiles. Par ordonnance du 9 octobre 2009, la Chambre d'accusation a rejeté cette demande. Elle a considéré en substance que les présomptions de culpabilité étaient suffisantes, qu'il existait des risques de collusion et de fuite, et que la prolongation de la détention provisoire pour une durée de trois mois, nécessaire pour mener à terme une quatrième expertise psychiatrique, était encore compatible avec le principe de la proportionnalité.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'ordonnance du 9 octobre 2009 et d'ordonner sa mise en liberté moyennant une caution de 30'000 francs, le dépôt de son passeport et toute autre mesure apte à garantir sa représentation aux actes judiciaires. Il requiert en outre l'assistance judiciaire.
Dans ses observations, le Procureur général du canton de Genève conclut au rejet du recours et fait référence à un courrier du Juge d'instruction du 12 novembre 2009, dans lequel il est mentionné que celui-ci entend clôturer la procédure "si possible avant la fin de l'année". La Chambre d'accusation se réfère aux considérants de sa décision. Dans ses déterminations complémentaires, le recourant persiste dans ses conclusions.
Considérant en droit:
1. Les décisions relatives au maintien en détention préventive sont des décisions en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF (cf. ATF 133 I 270 consid. 1.1 p. 273).
Faute de se rapporter à l'objet de la contestation, lequel consiste en l'espèce dans le refus de la mise en liberté provisoire du recourant, le grief relatif à la violation de la loi fédérale du 20 juin 2003 sur l'investigation secrète (LFIS; RS 312.8) est irrecevable.
Pour le surplus, formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours en matière pénale est recevable.
2. Une mesure de détention préventive n'est compatible avec la liberté personnelle, garantie par les art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH, que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'art. 34 du code de procédure pénale du canton de Genève du 29 septembre 1977 (CPP/GE; RSG E 4 20). Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.; ATF 123 I 268 consid. 2c p. 270). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, un risque de fuite ou un danger de collusion et de réitération (cf. art. 34 let. a à c CPP/GE). La gravité de l'infraction et l'importance de la peine encourue ne sont, à elles seules, pas suffisantes (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62; 117 Ia 69 consid. 4a p. 70). Préalablement à ces conditions, il doit exister à l'égard de l'intéressé des charges suffisantes (art. 5 par. 1 let. c CEDH; ATF 116 Ia 144 consid. 3; art. 34 in initio CPP/GE). S'agissant d'une restriction grave à la liberté personnelle, le Tribunal fédéral examine librement ces questions, sous réserve toutefois de l'appréciation des preuves, revue sous l'angle de l'arbitraire (ATF 123 I 268 consid. 2d p. 271).
3. En l'espèce, le recourant conteste l'existence d'indices concrets de sa culpabilité, s'agissant de la disparition de C._.
3.1 Pour qu'une personne soit placée en détention préventive, il doit exister à son égard des charges suffisantes ou des indices sérieux de culpabilité, c'est-à-dire des raisons plausibles de la soupçonner d'avoir commis une infraction. L'intensité des charges propres à motiver un maintien en détention préventive n'est pas la même aux divers stades de l'instruction pénale; si des soupçons, même encore peu précis, peuvent être suffisants dans les premiers temps de l'enquête, la perspective d'une condamnation doit apparaître vraisemblable après l'accomplissement des actes d'instruction envisageables (ATF 116 Ia 143 consid. 3c p. 146; Gérard Piquerez, Traité de procédure pénale suisse, 2e éd., 2006, p. 540 et les références).
Appelé à se prononcer sur la constitutionnalité d'une décision de maintien en détention, le Tribunal fédéral n'a pas à procéder à une pesée complète des éléments à charge et à décharge, ni à apprécier la crédibilité des éléments de preuve mettant en cause le condamné. Il doit uniquement examiner s'il existe des indices sérieux de culpabilité justifiant une telle mesure, c'est-à-dire des raisons plausibles de soupçonner l'accusé d'avoir commis une infraction (ATF 116 Ia 143 consid. 3c p. 146; art. 34 in initio CPP/GE).
3.2 En l'occurrence, le recourant ne conteste pas l'existence d'indices de sa culpabilité quant aux infractions de lésions corporelles graves, de lésions corporelles simples, de menaces, d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, de viols, de contrainte sexuelle, de séquestration et d'enlèvement aggravé. Ces soupçons concrets de culpabilité, fondés notamment sur des expertises d'analyses ADN, suffisent pourtant à justifier le maintien en détention préventive du prénommé, étant rappelé que c'est au juge du fond et non à celui de la détention qu'il incombera d'apprécier sa culpabilité. Dans ces conditions, le fait que le recourant conteste l'infraction d'assassinat ne suffit pas à affaiblir les sérieux soupçons de culpabilité qui reposent sur lui. Ce grief tombe donc à faux.
4. Le recourant conteste également l'existence d'un risque de récidive. Or, dans la décision attaquée, la Chambre d'accusation n'a ni examiné ce risque, ni même énoncé les faits à la base de celui-ci. Dès lors, faute de se rapporter à l'objet de la contestation, ce grief paraît irrecevable. Peu importe cependant, car le recours est de toute façon mal fondé sur ce point:
4.1 Selon la jurisprudence, le maintien en détention se justifie s'il y a lieu de présumer, avec une certaine vraisemblance, qu'il existe un danger de récidive. Il convient de faire preuve de retenue dans l'appréciation d'un tel risque: le maintien en détention ne peut se justifier pour ce motif que si le pronostic est très défavorable et que les délits dont l'autorité redoute la réitération sont graves (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62, 361 consid. 5 p. 367; 124 I 208 consid. 5 p. 213; 123 I 268 consid. 2c p. 270 et les arrêts cités). La jurisprudence se montre toutefois moins stricte dans l'exigence de vraisemblance lorsqu'il s'agit de délits de violence graves ou de délits sexuels, car le risque à faire courir aux victimes potentielles est alors considéré comme trop important; en pareil cas, il convient de tenir compte de l'état psychique du prévenu, de son imprévisibilité ou de son agressivité (ATF 123 I 268 consid. 2e p. 271).
4.2 En l'occurrence, les actes reprochés au recourant sont particulièrement graves, s'agissant notamment d'abus sexuels, de viols commis sur une fille alors âgée de treize ans. Commises pendant de nombreuses années, ces atteintes à l'intégrité sexuelle ont conduit à des grossesses. De plus, les trois experts psychiatres ont tous retenu une responsabilité entière de l'inculpé. Ils ont tous conclu à un risque de réitération important et à un danger pour la sécurité publique, en raison du déni de l'inculpé par rapport aux actes qui lui sont reprochés, de son absence de remise en question et de sa propension à considérer les femmes comme des objets destinés uniquement à satisfaire ses désirs sexuels.
Dans ces circonstances et vu la gravité des actes reprochés au recourant, le fait que l'actuelle épouse du prévenu déclare qu'elle lui fait confiance et qu'elle est disposée à continuer la vie commune avec lui, n'est pas suffisant pour pallier le risque de récidive. C'est également en vain que le recourant se prévaut de l'absence d'antécédents relatifs aux infractions faisant l'objet du présent procès. De même, l'argument selon lequel "jusqu'au jour du jugement il aura une épée de Damoclès sur sa tête sachant que la moindre de ses incartades risquera de mettre à néant toute son argumentation le jour du jugement", tombe à faux, en raison du risque de fuite (cf. consid. 5 ci-dessous). Par conséquent, l'existence d'un risque de réitération est établie avec suffisamment de vraisemblance.
5. Le recourant soutient encore que son maintien en détention ne peut pas se fonder sur l'existence d'un risque de fuite. Il allègue de surcroît que ledit risque aurait pu être contenu par des mesures moins incisives que la détention, à savoir la saisie de son passeport, l'obligation de se présenter régulièrement à un poste de police ou une libération sous caution.
Dès lors que le maintien en détention du recourant est justifié par un danger de récidive, il n'est en principe pas nécessaire d'examiner s'il peut aussi être motivé par un risque de fuite. Quoi qu'il en soit, l'existence de ce risque ne saurait être niée, pour les motifs suivants.
5.1 Le risque de fuite doit s'analyser en fonction d'un ensemble de critères tels que le caractère de l'intéressé, sa moralité, ses ressources, ses liens avec l'Etat qui le poursuit ainsi que ses contacts à l'étranger, qui font apparaître le risque de fuite non seulement possible, mais également probable (ATF 117 Ia 69 consid. 4a p. 70 et la jurisprudence citée). La gravité de l'infraction ne peut pas, à elle seule, justifier la prolongation de la détention, même si elle permet souvent de présumer un danger de fuite en raison de l'importance de la peine dont le prévenu est menacé (ATF 125 I 60 consid. 3a p. 62; 117 Ia 69 consid. 4a p. 70, 108 Ia 64 consid. 3 p. 67).
Selon l'art. 155 CPP/GE, la mise en liberté du prévenu peut être accordée moyennant des sûretés ou obligations. Cette disposition correspond à l'art. 5 § 3 dernière phrase CEDH, selon lequel le prévenu a le droit d'être libéré s'il lui est possible de fournir des sûretés propres à garantir sa présence aux débats et, le cas échéant, sa soumission au jugement, lorsque l'incarcération n'a plus d'autre justification que le danger de fuite. La libération moyennant sûretés implique un examen approfondi, qui demande une certaine collaboration de la part du prévenu, dès lors que le caractère approprié de la garantie doit être apprécié notamment au regard des ressources du prévenu, de ses liens avec des personnes pouvant lui servir de caution, de la confiance qu'on peut avoir que la perspective de perdre le montant agira comme un frein suffisamment puissant pour écarter toute velléité de fuite (ATF 105 Ia 186 consid. 4a p. 187, citant l'arrêt Cour européenne des droits de l'homme Neumeister contre Autriche, du 27 juin 1968, série A, vol. 7, par. 14; cf. arrêt 1P.165/2006 du 19 avril 2006 consid. 3.2.1, in SJ 2006 I p. 395).
Le détenu à titre préventif n'a pas un droit inconditionnel fondé sur l'art. 5 § 3 CEDH à être libéré moyennant le versement de sûretés lorsque seul le risque de fuite motive le maintien en détention; le juge de la détention peut aussi, en pareil cas, renoncer à ordonner une telle mesure lorsqu'il a la conviction qu'elle ne suffira pas à garantir la présence de l'inculpé aux débats et, le cas échéant, sa soumission au jugement (cf. Sylva Fisnar, Ersatzanordnungen für Untersuchungshaft und Sicherheitshaft in zürcherischen Strafprozess, thèse Zurich 1997, p. 75 et les références citées). Pour apprécier la force dissuasive d'un dépôt de sûretés sur les velléités de fuite de la personne concernée, le juge de la détention jouit d'un certain pouvoir d'appréciation, eu égard à sa maîtrise complète du dossier (arrêt 1B_126/2008 du 2 juin 2008 consid. 3.1).
5.2 En l'espèce, il est vrai que le recourant peut se prévaloir de liens avec la Suisse: il réside dans ce pays depuis plus de vingt ans, il est titulaire d'un permis C, son épouse actuelle et ses dix enfants - dont sept habitent encore avec son ex-épouse - vivent à Genève. Cela étant, l'intéressé a également des liens avec l'étranger, puisqu'il est de nationalité péruvienne, que sa mère vit au Pérou et qu'il a voyagé à plusieurs reprises en Amérique latine, alors même qu'il était sans travail depuis 2003. De plus, il a envoyé au Honduras B._, alors âgée de quinze ans, pour l'y faire accoucher. Les liens du recourant avec la Suisse doivent en outre être mis en balance avec la gravité des actes reprochés et la peine privative de liberté importante qu'il encourt et qui pourrait l'inciter à faire certains sacrifices pour y échapper.
Au demeurant, la somme de 30'000 francs, offerte comme sûretés, est faible au regard de la gravité des infractions en cause et de la peine encourue en cas de condamnation. S'ajoute à cela le fait que les indications données par le recourant sur l'origine des fonds et sur la situation financière de ses soeurs - qui fourniraient le tiers de la caution - sont lacunaires et ne permettent pas d'admettre que la perspective de perdre cette somme d'argent agira comme un frein suffisamment puissant pour écarter toute velléité de fuite.
Quant aux autres mesures évoquées par l'intéressé, elles apparaissent clairement insuffisantes au regard de l'intensité du risque de fuite. En effet, la saisie des papiers d'identité et l'obligation de se présenter régulièrement à un poste de police n'empêchent pas une personne dans la situation du recourant de s'enfuir à l'étranger.
Ainsi, compte tenu de l'ensemble de ces éléments, la Chambre d'accusation peut être suivie lorsqu'elle considère que le maintien en détention est justifié par un risque de fuite qui demeure concret, l'offre d'une caution de 30'000 francs ainsi que le dépôt des documents d'identité n'étant manifestement pas propres à limiter ce risque de façon déterminante.
6. Le maintien de la détention préventive étant justifié par des risques de récidive et de fuite, il n'y a pas lieu d'examiner si cette mesure s'impose également en raison d'un risque de collusion, comme l'a retenu la Chambre d'accusation.
7. Le recourant se plaint ensuite d'une violation du principe de la proportionnalité, au motif que la durée de la détention serait excessive au regard de la peine qu'il encourt. Il prétend que seule sera retenue à sa charge l'infraction d'actes d'ordre sexuel avec les enfants (art. 187 CP), laquelle est sanctionnée par une peine privative de liberté de cinq ans au plus.
7.1 En vertu des art. 31 al. 3 Cst. et 5 par. 3 CEDH, toute personne qui est mise en détention préventive a le droit d'être jugée dans un délai raisonnable ou d'être libérée pendant la procédure pénale. Une durée excessive de la détention constitue une limitation disproportionnée de ce droit fondamental, qui est notamment violé lorsque la durée de la détention préventive dépasse la durée probable de la peine privative de liberté à laquelle il faut s'attendre.
Dans l'examen de la proportionnalité de la durée de la détention, il y a lieu de prendre en compte la gravité des infractions faisant l'objet de l'instruction. Le juge peut maintenir la détention préventive aussi longtemps qu'elle n'est pas très proche de la durée de la peine privative de liberté à laquelle il faut s'attendre concrètement en cas de condamnation (ATF 132 I 21 consid. 4.1 p. 27; 128 I 149 consid. 2.2 p. 151; 107 Ia 256 consid. 2 et 3 p. 257 ss et les références). Il convient d'accorder une attention particulière à cette limite, car le juge de l'action pénale pourrait être enclin à prendre en considération dans la fixation de la peine la durée de la détention préventive à imputer selon l'art. 51 CP (ATF 133 I 168 consid. 4.1 p. 170 et les arrêts cités). Selon la jurisprudence concordante du Tribunal fédéral et de la Cour européenne des droits de l'homme, la proportionnalité de la durée de la détention doit être examinée au regard de l'ensemble des circonstances concrètes du cas d'espèce (ATF 133 I 168 consid. 4.1 p. 170 s; 132 I 21 consid. 4.1 p. 28; 124 I 208 consid. 6 p. 215; 123 I 268 consid. 3a p. 273 et les références).
7.2 En l'espèce, le recourant a été inculpé de lésions corporelles graves, de lésions corporelles simples, de menaces, d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, de viols, de contraintes sexuelles, de séquestrations et d'enlèvements aggravés. Si le recourant est reconnu coupable de ces chefs d'accusation et dans la mesure où ces infractions peuvent entrer en concours, la peine privative de liberté pouvant lui être infligée peut atteindre au maximum la moitié en sus de la peine encourue pour l'infraction la plus grave, soit quinze ans. Le prénommé a de surcroît été inculpé d'assassinat, subsidiairement de meurtre. Il est détenu préventivement depuis un peu plus d'un an suite à cette inculpation complémentaire.
Dans ces conditions, la durée de la détention préventive déjà subie, de quatre ans et un peu plus de trois mois, est certes importante, mais elle reste encore compatible avec la peine privative de liberté à laquelle l'inculpé est exposé concrètement en cas de condamnation, de sorte que la Chambre d'accusation a, en l'état, correctement nié une violation du principe de la proportionnalité. Ce d'autant plus qu'il n'apparaît pas que cette détention préventive doive se prolonger au-delà de la durée admissible, dans la mesure où il ressort du courrier du Juge d'instruction du 12 novembre 2009 que l'enquête devrait être close, "si possible avant la fin de l'année".
8. Le recourant invoque également une violation du principe de la célérité. Il critique à cet égard le fait qu'il n'a pas été entendu par le Juge d'instruction depuis le 24 juillet 2009.
8.1 L'incarcération peut être disproportionnée en cas de retard injustifié dans le cours de la procédure pénale (ATF 128 I 149 consid. 2.2.1 p. 151; 123 I 268 consid. 3a p. 273 et les arrêts cités). Il doit toutefois s'agir d'un manquement particulièrement grave, faisant au surplus apparaître que l'autorité de poursuite n'est plus en mesure de conduire la procédure à chef dans un délai raisonnable (ATF 128 I 149 consid. 2.2.1 p. 151 s.). Le caractère raisonnable de la durée d'une procédure pénale s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard en particulier à la complexité de l'affaire, au comportement du requérant et à celui des autorités compétentes, ainsi qu'à l'enjeu du litige pour l'intéressé (ATF 133 I 270 consid. 3.4.2 p. 281 et les arrêts cités). La célérité particulière à laquelle un détenu a droit dans l'examen de son cas ne doit pas nuire aux efforts des magistrats pour accomplir leur tâche avec un soin voulu (arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme du 5 novembre 2009, Shabani contre Suisse, n° 29044 § 65; du 11 décembre 2007, Pêcheur contre Luxembourg, n° 16308/02 § 62).
8.2 En l'occurrence, comme le relève à juste titre la Chambre d'accusation, le recourant a lui-même requis l'instruction d'actes supplémentaires, notamment une nouvelle expertise psychiatrique. Il a en outre sollicité que les entretiens entre l'inculpé et le nouvel expert soient enregistrés, ce que celui-ci a refusé. Ces éléments ont pour conséquence de différer objectivement la communication du dossier au Ministère public. Cette situation ne saurait être constitutive d'un manquement à l'obligation de célérité, dès lors que c'est l'inculpé qui a ajouté une condition inusuelle à l'investigation qu'il a requise.
Pour le surplus, même si l'instruction n'a peut-être pas toujours suivi un rythme particulièrement soutenu, elle n'a pas non plus connu de période d'inactivité susceptible de contrevenir au principe de célérité. Le Juge d'instruction a régulièrement fait progresser le dossier en ordonnant notamment des expertises psychiatriques et des expertises d'analyse ADN, en procédant à des transports sur place et à de nombreuses audiences des témoins, des plaignantes, en particulier de B._. Par ailleurs, des faits nouveaux étant apparus en cours d'instruction en relation avec la disparition de C._, l'instruction a alors porté sur les nouveaux chefs d'accusation d'assassinat et subsidiairement de meurtre.
Enfin, comme relevé ci-dessus, dans un courrier du 12 novembre 2009, le Juge d'instruction mentionne que l'instruction se trouve dans sa phase finale et devrait être terminée "si possible avant la fin de l'année". A ce stade et dans ces conditions, il peut être admis que le principe de célérité est encore respecté. En l'état actuel du dossier, les autorités cantonales devront toutefois faire en sorte que le recourant soit jugé dans les meilleurs délais.
9. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Dès lors que le recourant est dans le besoin et que ses conclusions ne paraissaient pas d'emblée vouées à l'échec, l'assistance judiciaire doit lui être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant requiert la désignation de Me Josiane Stickel-Cicurel en qualité d'avocat d'office. Il y a lieu de faire droit à cette requête et de fixer d'office les honoraires de l'avocate, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (art. 64 al. 2 LTF). Le recourant est en outre dispensé des frais judiciaires (art. 64 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Josiane Stickel-Cicurel est désignée comme défenseur d'office du recourant et ses honoraires, supportés par la caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 1'500 francs.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant ainsi qu'au Procureur général et à la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 2 décembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Tornay Schaller