Fatti:
A. In seguito ad eventi meteorologici verificatisi nel luglio e nel settembre 2008, dei canali sul Piano di Magadino sono straripati causando, tra l'altro, a detta dell'Associazione A._ (di seguito: Associazione), dei danni alle coltivazioni di diversi orticoltori. Undici di questi hanno sottoscritto a favore dell'Associazione altrettanti "atti di cessione" concernenti le loro pretese risarcitorie nei confronti dello Stato della Repubblica e Cantone del Ticino e del Consorzio B._ (di seguito: Consorzio). Con petizione del 27 marzo 2009 l'Associazione ha quindi convenuto la Repubblica e Cantone del Ticino e il Consorzio dinanzi alla Pretura del Distretto di Bellinzona, chiedendo che venissero condannati a versare in solido la somma di fr. 1'970'641.-- oltre interessi, ridotta successivamente a fr. 1'852'105.--. Pronunciandosi il 27 giugno 2011 sull'eccezione di carenza di legittimazione attiva sollevata dai convenuti, il Pretore l'ha ammessa e ha quindi respinto la petizione.
B. Adita con appello dall'Associazione il 27 luglio 2011, la Seconda Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino l'ha accolto il 15 novembre 2012. La Corte cantonale ha di conseguenza riformato il giudizio pretorile nel senso che l'eccezione di carenza di legittimazione attiva sollevata dai convenuti andava respinta, ha proceduto ad un nuovo riparto delle spese e delle ripetibili di prima istanza ed ha rinviato gli atti al Pretore affinché proseguisse nei propri incombenti.
C. Il 31 dicembre 2012 lo Stato della Repubblica e Cantone Ticino ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia civile nel quale lamenta la violazione degli art. 164 segg. CO.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti, chiedendo solo la trasmissione degli atti cantonali.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43).
2. 2.1 La sentenza impugnata riconosce la legittimazione attiva (negata in prima istanza) della parte attrice e rinvia la causa al giudice di primo grado per le proprie incombenze. Poiché non pone fine al procedimento (art. 90 LTF) - pronunciandosi unicamente su di una questione pregiudiziale di diritto materiale (DTF 123 III 60 consid. 3a pag. 63) - essa costituisce una decisione incidentale, notificata separatamente. Avverso la stessa, il ricorso è ammissibile soltanto se sono adempiute le condizioni cumulative dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF (il ricorrente stesso ammettendo che non vi è pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF), ossia se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa. La prima esigenza è senz'altro soddisfatta: se il ricorso venisse accolto, e quindi negata la legittimazione ad agire dell'Associazione, la decisione del Tribunale federale porrebbe immediatamente fine alla procedura. E anche la seconda condizione è in casu data: oggetto di disamina è una causa in materia di responsabilità dello Stato - e quindi una causa che non ha nulla di un procedimento ordinario - la cui istruttoria, come dimostrato dal ricorrente (cfr. gravame pag. 6 segg.), si appalesa sia dal profilo del fatto che del diritto ampia e complessa: tutte le parti hanno infatti richiesto dei sopralluoghi e diverse perizie che riguardano un territorio molto vasto, così come degli accertamenti peritali concernenti le cause e l'entità degli allagamenti, rispettivamente gli aspetti contabili e amministrativi che risalgono in alcuni casi al 1945 ed interessano inoltre una moltitudine di proprietari. Altrimenti detto trattasi di misure probatorie che indubbiamente aumenteranno i costi nonché prorogheranno la procedura probatoria, ciò che giustifica un ricorso immediato al Tribunale federale.
2.2 La via d'impugnazione di decisioni incidentali segue essenzialmente quella della vertenza di fondo (DTF 137 III 261 consid. 1.4). Come accennato in precedenza, il merito della controversia riguarda delle pretese di risarcimento fondate sulla responsabilità dello Stato. In tale ambito, per consolidata prassi, è aperta la via del ricorso in materia di diritto pubblico - salvo per quanto attiene alla responsabilità dello Stato per attività medica da fare valere mediante ricorso in materia civile (cfr. art. 72 cpv. 2 lett. b LTF; art. 31 cpv. 1 lett. d RTF [RS 173.110.131]; DTF 135 III 329 consid. 1.1; sentenza 4A_580/2008 del 17 marzo 2009 pubblicata in RtiD 2009 II pag. 615 consid. 1.1) - se il valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 85 lett. a LTF), ciò che è il caso in concreto, le pretese della parte attrice in sede cantonale eccedendo il milione di franchi. Occorre poi aggiungere che il tipo di procedimento (civile o amministrativo) adottato in sede cantonale e il diritto (privato o pubblico) applicato dall'istanza precedente non sono determinanti (causa 2C_443/2012 del 27 novembre 2012 consid. 1.2 e riferimenti), essendo unicamente di rilievo la natura giuridica dell'oggetto del litigio.
2.3 La circostanza che il ricorrente abbia fatto affidamento alla via di diritto indicata nella sentenza cantonale ed abbia esperito un ricorso in materia civile non gli nuoce se il suo allegato adempie le esigenze formali del tipo di ricorso effettivamente esperibile (DTF 133 II 396 consid. 3.1 pag. 399; 133 I 300 consid. 1.2 pag. 302 con rispettivi rinvii).
2.4 Come già giudicato da questa Corte, nelle cause in materia di responsabilità dello Stato, al Cantone ricorrente va riconosciuta la legittimazione ad agire ai sensi dell'art. 89 cpv. 1 LTF (causa 2C_111/2011 del 7 luglio 2011 consid. 1.3, pubblicata in RDAF 2011 I pag. 594 segg. e SJ 2012 I pag. 97 segg.).
3. 3.1 Nel Cantone Ticino la responsabilità dello Stato è retta dalla legge sulla responsabilità civile degli enti pubblici e degli agenti pubblici del 24 ottobre 1988 (LResp: RL/TI 2.6.1.1), la quale prevede, tra l'altro, che per le azioni contro l'ente pubblico è competente il giudice civile ordinario, il quale applica il Codice di procedura civile (art. 22 cpv. 1 prima frase LResp), nonché il diritto privato federale a titolo suppletivo (art. 29 LResp).
3.2 Nel caso concreto il giudizio impugnato è stato emanato in una causa civile, riferita all'applicazione del diritto federale (art. 164 segg. CO). Sennonché le norme del Codice delle obbligazioni di cui si prevale il ricorrente integrano, come accennato in precedenza (cfr. consid. 3.1), la legge ticinese sulla responsabilità civile degli enti pubblici e degli agenti pubblici ed assumono la valenza di diritto pubblico cantonale suppletivo (art. 29 LResp; DTF 138 I 232 consid. 2.4 pag. 236 seg. e riferimenti). Sebbene con il ricorso in materia di diritto pubblico (e fatte salve le riserve enumerate all'art. 95 LT) non può essere fatta valere la violazione del diritto cantonale, il Tribunale federale può tuttavia esaminare se l'applicazione errata del diritto cantonale - compreso il diritto privato federale quale diritto cantonale suppletivo (sentenza 2P.31/2007 del 14 giugno 2007 consid. 7.2) - violi il diritto federale, in particolare il divieto dell'arbitrio di cui all'art. 9 Cost. (DTF 138 I 232 consid. 2.4 pag. 236 seg. e riferimenti).
3.3 In questo caso le esigenze poste alla motivazione del ricorso sono particolarmente rigorose (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 133 II 396 consid. 3.1 pag. 399; 130 I 26 consid. 2.1 pag. 31). Sennonché nella presente fattispecie, il ricorrente non spiega in modo chiaro e circostanziato (DTF 134 I 83 consid. 3.2 pag. 88; 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246) in che l'argomentazione dei giudici cantonali - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - risulterebbe manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 134 II 124 consid. 4.1 p. 133; 133 II 257 consid. 5.1 pag. 260 seg.; 133 III 393 consid. 6 pag. 397). In mancanza di una motivazione che soddisfa le esigenze dell'art. 106 cpv. 2 LTF il ricorso sfugge pertanto ad un esame di merito.
Per quanto precede, il gravame va dichiarato inammissibile secondo la procedura semplificata dell'art. 108 cpv. 1 lett. a LTF.
4. Le spese seguono la soccombenza (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF) e vanno poste a carico dello Stato della Repubblica e Cantone Ticino il quale aveva un interesse pecuniario nella causa (art. 66 cpv. 4 LTF). Non si accordano invece ripetibili alla controparte, la quale non è stata chiamata ad esprimersi (art. 68 LTF).
Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Seconda Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.