Faits:
A. Le 7 mars 2007, le Conseil d'Etat genevois a adopté un plan localisé de quartier n° 29237 (PLQa) couvrant un secteur situé entre l'avenue de l'Amandolier et le chemin de la Petite-Boissière, dans le quartier des Eaux-Vives, sur les parcelles privées n° 1751 à 1755, 1958 et 1960. Ce plan prévoit la construction d'un immeuble de six étages sur rez plus attique, situé parallèlement à l'avenue de l'Amandolier. Un tableau de répartition des droits à bâtir, par parcelle, indique un total de 7271 m2 de surface brute de plancher pour une superficie de terrains de 6026 m2, soit un indice d'utilisation du sol (IUS) de 1,2. Le plan prévoit également, la cession gratuite au domaine communal de deux bandes de terrain de cinq mètres de large afin de permettre le réaménagement de l'avenue de l'Amandolier (création d'une voie de bus en site propre et d'une piste cyclable) et de créer une voie communale rectifiant la liaison du chemin de la Petite-Boissière avec l'avenue précitée.
Le 10 octobre 2007, le Conseil d'Etat a adopté un second plan localisé de quartier n° 29504 (PLQb), situé plus au sud le long de l'avenue de l'Amandolier, sur les parcelles n° 1088, 1153 à 1156, 2194, 2475, 2666 et 2667. Il prévoit la construction de cinq bâtiments de quatre étages sur rez plus attique, disposés perpendiculairement à l'avenue. Selon le tableau de répartition, la surface brute de plancher serait de 16700 m2, pour une superficie de 13595 m2, soit un IUS de 1,23 au maximum. Ce plan prévoit lui aussi la cession à titre gratuit d'une emprise du même type que le PLQa, le long de l'avenue de l'Amandolier.
B. Par un seul arrêt rendu le 29 avril 2008, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours formés contre le PLQa notamment par l'Association C._, ses membres agissant à titre individuel et l'Association B._, ainsi que le recours formé contre le PLQb par l'Association C._ et ses membres, à l'exception de l'un d'entre eux. Le Tribunal administratif a notamment retenu que le plan directeur cantonal prévoyait une densification différenciée permettant d'adopter un IUS plus élevée que la fourchette prévue (de 0,5 à 1) dans les secteurs qui, comme les périmètres concernés par les PLQ, ne présentaient pas de contraintes particulières. Le gabarit de l'immeuble prévu dans le PLQa respectait les normes de la zone de développement 3; il permettait une densification intermédiaire sur l'ensemble du site, y compris la zone sensible de la Boissière. Les cessions de terrains au domaine public avaient pour but la création d'une voie de bus et d'une piste cyclable ainsi que l'élargissement de la rue au profit principalement des piétons et des cycles, soit des aménagements suffisamment en lien avec les logements projetés par les PLQ. Les recourants ne contestaient pas que les droits à bâtir étaient répartis de manière équitable entre les différents propriétaires.
C. A._ et 21 consorts, de même que l'Association B._ et l'Association C._ forment un recours en matière de droit public. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif, à l'annulation des décisions du Conseil d'Etat adoptant les PLQ et rejetant les oppositions, ainsi qu'à l'annulation des PLQ eux-mêmes.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. D._ et consorts, propriétaires et promoteurs immobiliers (PLQa), qui sont intervenus dans la procédure cantonale, concluent à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. E._ et F._, propriétaires et promoteurs immobiliers (PLQb) appelés en cause, concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public est ouverte, la décision attaquée ayant été rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF).
1.1 Selon l'arrêt attaqué, les recourants agissant à titre individuels sont propriétaires ou habitants d'immeubles directement voisins du périmètre des plans; ils ont en principe qualité − sous réserve de griefs particuliers − pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.3.1 p. 252, 409 consid. 1.3 p. 413 et la jurisprudence citée). Il en va de même de l'Association C._ qui, selon l'arrêt attaqué, est constituée pour une part importante de propriétaires et d'habitants domiciliés dans le périmètre des PLQ, ou à leurs aux abords immédiats; l'association a par ailleurs pour but la défense des intérêts de ses membres en rapport avec la préservation du site (ATF 121 II 39 consid. 2d/aa, 120 Ib 59 consid. 1a et les arrêts cités). La qualité pour agir de l'Association B._, qui semble avoir été admise par le Tribunal administratif sans autre examen, est incontestable dans la mesure notamment où l'association conteste une cession gratuite d'une parcelle dont elle est propriétaire.
1.2 Les recourants ont agi en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il y a lieu d'entrer en matière.
2. Les recourants reprochent au Tribunal administratif de n'avoir pas tenu compte de leurs dernières observations du 14 mars 2008, dans lesquelles ils se plaignaient, à l'égard du PLQb, d'une répartition inéquitable des droits à bâtir entre les promoteurs (3225 m2 de SBP pour 1618 m2 de terrains) et les propriétaires recourants (13'475 m2 de SBP pour 11'914 m2 de terrains). Méconnaissant cette argumentation, la cour cantonale a affirmé que "les recourants ne contestent pas que les droits à bâtir ont été répartis également entre les différents propriétaires".
2.1 Les recourants se plaignent à tort, sur ce point, d'une constatation incomplète ou arbitraire des faits (art. 97 al. 1 LTF). Si la cour cantonale avait omis de prendre en compte un grief valablement soulevé, il s'agirait bien plutôt d'un déni de justice formel, soit d'une violation de l'obligation de statuer, prohibée par l'art. 29 al. 2 Cst. Quoi qu'il en soit, le grief apparaît infondé.
2.2 Conformément au droit d'être entendu, l'autorité doit indiquer dans son prononcé les motifs qui la conduisent à sa décision (ATF 123 I 31 consid 2c p. 34; 112 Ia 107 consid. 2b p. 109). Elle n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties, ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540; 126 I 97 consid. 2b, et les arrêts cités).
2.3 Le 12 février 2008, le Tribunal administratif a transmis aux recourants l'écriture déposée le 4 février précédent par les appelés en cause, informant que la cause était gardée à juger. Le lendemain, l'avocat des recourants a demandé à pouvoir se déterminer à ce sujet, ce qui fut accepté par lettre du 18 février 2008. Les recourants ont produit leurs observations le 14 mars 2008; celles-ci portent notamment sur la conformité du PLQb au plan directeur cantonal, sur la licéité des cessions gratuites et sur la possibilité des promoteurs de réaliser l'un des immeubles sur leurs propres parcelles. A propos de ce dernier point (p. 6-8 des déterminations), les recourants contestaient que les droits à bâtir accordés aux promoteurs soient suffisants, relevaient la nécessité de réaliser un parking empiétant sur d'autres parcelles et invoquaient les règles sur les distances aux limites. Dans ce contexte, les remarques sur la répartition des droits à bâtir entre l'ensemble des propriétaires étaient manifestement sans pertinence et n'avaient dès lors pas à être traitées comme un grief distinct. Au demeurant, l'objet de ces observations était uniquement de permettre aux recourants de répondre aux arguments des appelés en cause (l'instruction avait été rouverte dans ce seul but), mais non de soulever des griefs qui ne figuraient pas dans leur recours initial. Les recourants s'interrogent sur l'obligation de la cour cantonale d'examiner d'office la question, mais ils ne précisent pas, comme l'exige l'art. 106 al. 2 LTF, quelle disposition de la procédure cantonale imposerait un tel examen.
On ne saurait par conséquent reprocher à la cour cantonale d'avoir méconnu un argument pertinent qui lui aurait été valablement soumis par les recourants.
3. Ceux-ci se plaignent ensuite d'une application arbitraire de l'art. 3 al. 2 let. b de la loi générale sur les zones de développement (LGZD). Selon cette disposition, les plans localisés de quartier doivent prévoir les éléments de base du programme d'équipement, soit en particulier les emprises qui doivent être cédées gratuitement au domaine public. Les recourants estiment avoir qualité pour soulever un tel grief concernant le PLQa, même s'ils ne sont pas propriétaires des deux parcelles concernées par les cessions gratuites litigieuses; les deux plans seraient en étroite connexité et la réalisation du premier aurait une influence sur les parcelles situées dans le prolongement de l'avenue de l'Amandolier, dans le PLQb. Les cessions auraient essentiellement pour but d'élargir la chaussée de 7,5 à 12 m afin de permettre la création d'une voie de bus en site propre, soit un but d'assainissement du trafic général; le secteur serait d'ailleurs déjà suffisamment desservi par les transports publics; l'amélioration de la fluidité du trafic sur l'avenue de l'Amandolier profiterait d'abord à l'ensemble des usagers des transports publics. Les recourants se réfèrent à un arrêt précédent du Tribunal administratif concernant un PLQ qui prévoyait des aménagements spécialement destinés aux habitants du quartier, contrairement au cas d'espèce. Dans un rapport d'analyse de novembre 2000, le Département cantonal de l'aménagement avait estimé que les cessions au domaine public n'étaient pas directement destinées à la dévestiture des terrains à urbaniser. Les recourants estiment aussi que la condition de la répartition équitable des droits à bâtir ne serait pas remplie s'agissant en tout cas du PLQb. Pour l'ensemble de ces raisons, les recourants se plaignent également d'une violation de la garantie de la propriété, en relevant au surplus que la parcelle n° 1754, propriété de l'Association B._, serait entièrement cédée au domaine communal, sans compensation possible.
3.1 Le Tribunal administratif a estimé que la qualité pour agir des recourants était douteuse s'agissant des griefs concernant le PLQa, puisque les propriétaires de parcelles concernées par ce dernier avaient renoncé à recourir. La question a toutefois été laissée indécise, compte tenu de l'issue du grief sur le fond.
3.2 Selon la jurisprudence, des déductions ou cessions de terrains sont compatibles avec la garantie de la propriété, dans le cadre de remaniements parcellaires ou de mesures de planification, lorsqu'il s'agit de réaliser des installations destinées à servir l'ensemble du périmètre (ATF 110 Ia 223 consid. 3c p. 229); il ne s'agit pas d'une mesure d'expropriation, mais d'une compensation de la plus-value résultant de la mesure d'aménagement, telle que les cantons peuvent le prévoir en vertu de l'art. 5 al. 1 LAT. Ainsi, la législation cantonale (en l'espèce, l'art. 3 al. 2 let. b LGZD) qui permet à la collectivité publique d'obtenir des particuliers concernés par un plan localisé de quartier la cession gratuite d'une partie de leurs terrains, est conforme à la constitution dans la mesure où cette cession permet la réalisation des installations nécessaires à la réalisation du plan; cela n'autorise pas la collectivité publique à se procurer gratuitement, par le biais d'un plan localisé de quartier, des terrains dont elle a besoin à d'autres fins, notamment pour la réalisation de ses tâches ordinaires telle que l'amélioration générale du trafic (ATF 100 Ia 223 consid. 3c p. 230).
3.3 S'agissant d'une disposition de droit cantonal, le Tribunal fédéral en examine l'application sous l'angle restreint de l'arbitraire. Il y a arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsque la décision attaquée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indiscuté ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Par ailleurs, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 131 I 57 consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée), ce qu'il appartient au recourant de démontrer en vertu de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et la jurisprudence citée).
3.4 Les cessions gratuites concernent, s'agissant du PLQb, une bande de terrain large de 4,5 m, le long de l'avenue de l'Amandolier, afin de permettre son élargissement au profit des piétons et des cycles. Cette mesure est certes destinée à améliorer le trafic général. Cette nécessité est toutefois étroitement liée à la transformation du secteur de la Boissière, telle que concrétisée par les PLQ litigieux: jusqu'ici zone de villas, le secteur est appelé à devenir un quartier d'immeubles, avec la création de nombreux logements ainsi que des surfaces commerciales. Il s'agit ainsi, aux dires du Conseil d'Etat, d'assurer la sécurité des piétons et des cycles qui traversent le secteur ou qui s'y rendent, y compris les habitants ou les visiteurs des commerces. Les immeubles projetés se trouvant en bordure immédiate de l'avenue de l'Amandolier, il apparaît que l'amélioration des conditions de trafic sur cet axe est en lien direct avec la densification du quartier et profitera en premier lieu aux habitants du périmètre. Le lien entre les cessions de terrains et les PLQ apparaît dès lors suffisant. Quant aux opinions émises par l'administration dans le rapport d'analyse du mois de novembre 2000, elles ne sont pas pertinentes puisqu'elles concernaient non pas un élargissement, mais une correction du tracé de l'avenue de l'Amandolier, en relation avec la traversée de la Rade. Le Tribunal administratif n'a commis aucun arbitraire en en faisant abstraction.
3.5 Dans la mesure où les conditions à l'application de l'art. 3 al. 2 let. b LGZD sont remplies, il n'y a en principe pas place pour une invocation de la garantie de la propriété. A ce sujet, le Conseil d'Etat relève que les cessions prévues ne sont pas immédiatement exigibles; elles constituent simplement des conditions à l'octroi des autorisations de construire, au même titre que la taxe d'équipement. Pour l'heure, les recourants peuvent donc continuer à utiliser librement leurs biens-fonds. Compte tenu de la faible emprise devant être cédée au domaine public et de l'augmentation considérable de la densité autorisée (soit un IUS de 0,2 applicable jusque-là contre 1,2 résultant des plans), les recourants ne prétendent pas, à juste titre, que les compensations accordées sous la forme de droits à bâtir seraient insuffisantes.
L'association B._, propriétaire de la parcelle n° 1754, relève que c'est l'intégralité de cette dernière qui devrait être cédée afin de procéder à la correction du tracé du chemin de la Petite-Boissière (PLQa), de sorte qu'elle ne disposerait d'aucune possibilité résiduelle de construire, ce qui équivaudrait à une expropriation matérielle. Comme cela est relevé ci-dessus, l'adoption des PLQ litigieux n'a pas d'incidence sur l'utilisation actuelle des parcelles. En cas de réalisation, le PLQa prévoit, dans le tableau de répartition des droits à bâtir, l'allocation de 82 m2 de surface brute de plancher, pour les 68 mque compte la parcelle n° 1754, ce qui correspond à l'IUS prévu de 1,2. La recourante ne saurait ainsi prétendre que la cession gratuite aurait lieu sans aucune contrepartie.
4. Les recourants invoquent enfin l'art. 9 LAT. Ils relèvent que l'immeuble prévu dans le PLQa aurait 8 niveaux (respectivement 9 du côté Petite- Boissière) et que les bâtiments prévus dans le PLQb compteraient 6 niveaux, alors que le quartier est répertorié, selon le plan directeur cantonal, comme site sensible où sont autorisés une densité de 0,5 à 1 et des bas gabarits.
4.1 Selon le plan directeur cantonal du 21 décembre 2001, approuvé par l'autorité fédérale le 14 mars 2003, le quartier de la Boissière fait partie de la couronne suburbaine, soit les zones de développement 3 et 4a situées sur le pourtour de l'agglomération genevoise, pour laquelle a été prévue une densification différenciée (carte 2.01 et annexe). Dans la zone 3 de développement, l'objectif est d'appliquer une densification de 1,2 voire plus dans les sites qui s'y prêtent; dans les sites sensibles, il s'agit d'appliquer des densités intermédiaires (densification de 0,5 à 1) permettant des formes d'urbanisation de bas gabarits et une réalisation par étapes. Le quartier de la Boissière, soit un secteur situé entre la route de Malagnou, l'avenue de l'Amandolier, la route de Chêne et les chemins Boisserette/Petite-Boissière, constitue un tel site.
4.2 Le Tribunal administratif a considéré que dans un site défini comme sensible, l'indice d'utilisation pouvaient être réparti de façon différenciée en utilisant au maximum le potentiel constructif le long des voies de communication et en préservant ainsi l'intérieur du quartier. En l'occurrence, les éléments à protéger se situaient essentiellement le long de la Boisserette et de Malagnou et sur le Plateau du Cénacle, au centre du secteur, séparé du périmètre des PLQ par la Promenade Charles-Martin. Compte tenu de l'ensemble de ces contraintes limitant la densification dans les autres sous-secteurs, il paraissait ainsi justifié d'autoriser un indice plus élevé le long de l'avenue de l'Amandolier, dans un secteur ne comportant aucun bâtiment ou élément naturel à protéger.
4.3 Ces considérations ne sont pas contestées par les recourants, qui ne remettent en cause, à ce stade, que la hauteur des bâtiments. Il apparaît toutefois que la hauteur maximale de 21 m prévue pour la zone de développement 3 (sous réserve d'exception dans les plans localisés de quartier; art. 27 al. 3 LCI) n'est pas dépassée. Certes, le plan directeur préconise des bas gabarits, mais le raisonnement tenu à propos de l'IUS peut valoir également pour la hauteur des constructions; il apparaît conforme aux principes de la densification différenciée de permettre la construction de plus hauts immeubles le long de l'axe principal, soit l'avenue de l'Amandolier qui relie la route de Chêne et la route de Malagnou. L'arrêt attaqué ne souffre, sur ce point également, d'aucun arbitraire.
5. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants, de même qu'une indemnité de dépens allouée aux intimés D._ et consorts d'une part, et E._ et consort d'autre part.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Une indemnité de dépens de 2000 fr. est allouée, d'une part à D._ et consorts, d'autre part à E._ et F._, intimés, à la charge solidaire des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Conseil d'Etat et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 25 septembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz