Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Il 5 ottobre 2005 l'Ospedale B._ (in seguito Ospedale) ha comunicato a A._, assunto nel 2001 quale infermiere CRS, lo scioglimento immediato del rapporto di lavoro. Il 4 novembre 2005 il dipendente ha contestato il licenziamento innanzi alla Commissione Paritetica Cantonale degli istituti dell'Ente Ospedaliero Cantonale (EOC). Il 14 novembre 2005 A._ ha sottoscritto direttamente una convenzione con l'Ospedale in cui le parti hanno concordato che il licenziamento in tronco veniva tramutato in disdetta ordinaria e che il ricorso presso la Commissione Paritetica veniva ritirato.
2. Con atto consegnato alle Poste italiane il 5 ottobre 2010 A._ ha presentato alla menzionata Commissione paritetica un "ricorso per nullità e revisione" contro la predetta convenzione, con cui chiedeva la corresponsione di 20 annualità di stipendio. Il 18 ottobre 2010 il rimedio è stato dichiarato irricevibile.
3. Il 22 novembre 2010 A._ ha attaccato tale decisione innanzi alla Commissione speciale di ricorso in materia di controversie derivanti dall'applicazione del ROC/EOC (in seguito Commissione speciale). Questa ha respinto l'impugnativa con decisione 2 febbraio 2011, rilevando che contrariamente a quanto affermato da A._, la convenzione conclusa con l'Ospedale era valida anche senza essere stata ratificata dalla Commissione paritetica, non essendo quest'ultima un tribunale arbitrale, ma unicamente un organo interno all'EOC e avendo lo stesso insorgente ritirato il gravame. La Commissione speciale ha aggiunto che il ricorrente, "persona tutt'altro che sprovveduta, dal momento che fungeva nell'ospedale una funzione di responsabilità", avrebbe semmai dovuto contestare la convenzione, di grande semplicità e chiarezza, entro un anno prevalendosi di un errore essenziale.
4. A._ è insorto al Tribunale federale con "ricorso in materia di diritto del lavoro" del 4 aprile 2011, chiedendo l'annullamento delle decisioni delle predette Commissioni e la condanna dell'Ospedale a versargli "20 annualità di retribuzione, oltre a ciò che è dovuto per legge e per contratto". Il ricorrente racconta il suo rapporto di lavoro con l'Ospedale e pare denunciare una violazione dei suoi diritti con riferimento al licenziamento in tronco, sostenendo pure di non aver avuto la "capacità processuale". Lamenta che entrambe le predette Commissioni gli hanno notificato le loro decisioni direttamente per via postale in Italia. Invoca pure la violazione di una serie di norme del Concordato sull'arbitrato accettato dalla Conferenza dei direttori dei Dicasteri cantonali di giustizia il 27 marzo 1969 (CA), affermando che la predetta convenzione pone fine alla controversia, ma non è stata constatata in forma di lodo da un Tribunale arbitrale e da questo depositata presso la competente autorità. Asserisce inoltre, sempre riferendosi alle disposizioni del menzionato Concordato, che i termini per l'inoltro di un ricorso per nullità non sarebbero ancora trascorsi, perché il lodo riferito alla convenzione non gli è mai stato intimato.
Il 28 giugno 2011 e 1° luglio 2011 il Presidente della I Corte di diritto sociale ha invitato l'opponente e la Commissione speciale a determinarsi sul ricorso e in particolare sull'ammissibilità del gravame dal profilo dell'art. 86 LTF.
Con risposta 12 luglio rispettivamente 16 agosto 2011 sia l'opponente che la Commissione speciale propongono la reiezione del ricorso.
5. Con scritto 14 settembre 2011 il Presidente della I Corte di diritto sociale ha trasmesso l'incarto alla I Corte di diritto civile. La causa non verte infatti sul diritto della funzione pubblica, atteso che, come peraltro sottolineato dall'opponente, giusta l'art. 8 della legge sull'Ente ospedaliero cantonale del 19 dicembre 2000 (RL 6.3.1.1) i rapporti di lavoro dell'EOC con i medici e il personale sono retti dal diritto privato.
6. Giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Ciò significa che il ricorrente deve almeno confrontarsi brevemente con i considerandi della sentenza impugnata, pena l'inammissibilità del gravame (DTF 134 II 244 consid. 2.1).
Il ricorrente, pur dilungandosi su pretese violazioni del Concordato sull'arbitrato da parte della Commissione paritetica, non spende una parola per contestare la motivazione della decisione impugnata secondo cui tale Commissione non era tenuta ad applicare le norme del citato Concordato perché non è un Tribunale arbitrale, ma unicamente un organismo interno all'EOC. Non soddisfa nemmeno le suddette esigenze di motivazione con la - lunga - descrizione dei fatti (incluse le pretese violazioni dei suoi diritti) che hanno portato al licenziamento in tronco, atteso che con la convenzione del 14 novembre 2005 questo è stato revocato e tramutato in un licenziamento ordinario. Il ricorrente omette poi di confrontarsi con l'argomento della Commissione speciale secondo cui tale convenzione avrebbe unicamente potuto essere invalidata, qualora egli avesse fatto valere entro il termine di un anno un vizio di volontà. Si rivela infine del tutto pretestuosa e quindi pure inammissibile l'argomentazione con cui pretende di non aver avuto la "capacità processuale", perché il Pretore avrebbe ritenuto che egli necessitasse, nella causa di stato che lo opponeva alla moglie, di un patrocinatore. La conduzione di una tale causa non è infatti paragonabile alla sottoscrizione di una convenzione in cui le pattuizioni di immediata comprensione raggiungono a malapena 9 righe.
7. Giova poi osservare che la Convenzione dell'Aia del 15 novembre 1965 relativa alla notificazione e alla comunicazione all'estero degli atti giudiziari e extragiudiziari in materia civile o commerciale (0.274.131; CLA65) permette esplicitamente una notifica postale diretta agli interessati che si trovano all'estero (art. 10 lett. a CLA65). Ricordato che a differenza della Svizzera, l'Italia non ha formulato una riserva per quanto concerne l'applicazione dell'art. 10 lett. a CLA65 e che essa ha pure dichiarato di non invocare il principio di reciprocità nei confronti di Stati che hanno invece formulato riserve (Conférence de La Haye de droit international privé, Conclusions et Recommandations de la Commission spéciale sur le fonctionnement pratique des Conventions Apostille, Obtention des preuves, Notification, 2003, n. 79), una notifica postale diretta in Italia di decisioni in materia civile emanate in Svizzera è del tutto conforme alla citata Convenzione .
8. Da quanto precede discende che il ricorso non si rivela solo querulomane, ma pure manifestamente non motivato in modo sufficiente, ragione per cui va deciso dalla Presidente della Corte adita nella procedura semplificata (art. 108 cpv. 1 lett. b e c LTF). Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
per questi motivi, la Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico del ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale d'appello del Cantone Ticino e alla Commissione speciale di ricorso.