Sachverhalt:
A. Der 1943 geborene M._ war 2004 und 2005 Gesellschafter der Kommanditgesellschaften H._ und C._ sowie der Kollektivgesellschaft (mit der damaligen Firma) K._. In dieser Eigenschaft war er der Ausgleichskasse Hotela als Selbständigerwerbender angeschlossen. Am 7. November 2007 meldete die zuständige kantonale Steuerbehörde aufgrund der Veranlagung für die direkte Bundessteuer für 2004 und 2005 Einkommen aus «Handel, Gewerbe, Industrie oder freie Berufe» von Fr. 1'376'553.- und Fr. 1'263'720.-, «Persönliche AHV/IV/EO-Beiträge» von Fr. 246'749.- und Fr. 104'308.- sowie ein «Im Betrieb arbeitendes Eigenkapital» von Fr. 1'635'882.- und Fr. 1'627'753.-. Gestützt auf diese Angaben ermittelte die Ausgleichskasse bei einem Zins auf dem Eigenkapital von 2,5 % resp. 2 % beitragspflichtige Einkommen von Fr. 1'582'402.- (2004) und Fr. 1'335'468.- (2005). Mit definitiven Rektifikationsverfügungen vom 15. November 2007 setzte sie die Beiträge auf Fr. 150'327.60 für 2004 und Fr. 126'862.80 für 2005 fest. Mit Einspracheentscheiden vom 20. Dezember 2007 bestätigte die Ausgleichskasse die Beitragsverfügungen, wobei sie den geltend gemachten Abzug der Einkaufssummen in die zweite Säule im Kalenderjahr 2005 vom beitragspflichtigen Einkommen verweigerte.
B. M._ liess beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern Beschwerde einreichen und beantragen, die Einspracheentscheide vom 20. Dezember 2007 seien aufzuheben und das beitragspflichtige Erwerbseinkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit (vor Zinsabzug) sei auf Fr. 1'375'553.- (2004) und Fr. 1'043'820.- (2005) festzusetzen.
Die Ausgleichskasse Hotela schloss in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. In ihrer Duplik anerkannte sie für das Jahr 2005 eine Differenz von Fr. 30'000.- zu Gunsten des Beitragspflichtigen, hielt im Übrigen aber an ihren Anträgen fest.
Mit Entscheid vom 15. September 2008 hiess die Sozialversicherungsrechtliche Abteilung des kantonalen Verwaltungsgerichts die Beschwerde insofern teilweise gut, als es den Einspracheentscheid vom 20. Dezember 2007 betreffend die Beiträge für 2005 aufhob und die Sache an die Ausgleichskasse zurückwies, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und die Beiträge für dieses Jahr neu festlege. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 15. September 2008 sei aufzuheben und die Sache an das kantonale Verwaltungsgericht zurückzuweisen, damit es im Sinne der Erwägungen verfahre (Ermittlung der durchschnittlichen Erwerbseinkommen für 2004 und 2005 ohne Aufrechnung der aus dem Privatvermögen bezahlten AHV/IV/EO-Beiträge).
Die Ausgleichskasse Hotela beantragt die Abweisung der Beschwerde. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
D. Der Instruktionsrichter hat bei der Steuerverwaltung des Kantons Bern eine Beweisauskunft zu den Steuermeldungen vom 7. November 2007 eingeholt.
Erwägungen:
1. Der vorinstanzliche Entscheid stellt einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar, soweit er die Sache an die Ausgleichskasse zurückweist, damit sie die Beiträge für 2005 im Sinne der Erwägungen neu festlege. Die Verwaltung hat dagegen nicht Beschwerde erhoben. Somit ist das Rechtsbegehren, das beitragspflichtige Erwerbseinkommen für 2005 sei ohne Aufrechnung der aus dem Privatvermögen bezahlten AHV/IV/EO-Beiträge zu ermitteln, unzulässig und darauf nicht einzutreten (BGE 133 V 477).
2. Materiell streitig ist, ob die in der Steuermeldung vom 7. November 2007 betreffend das Beitragsjahr 2004 angegebenen «Persönliche AHV/IV/EO-Beiträge» von Fr. 246'749.- zum Einkommen aus «Handel, Gewerbe, Industrie oder freie Berufe» von Fr. 1'376'553.- hinzuzurechnen sind. Diese Frage ist frei zu prüfen. Wie die Vorinstanz richtig erkannt hat, beschränkt sich die absolute Verbindlichkeit der Angaben der Steuerbehörden für die Ausgleichskassen und die daraus abgeleitete relative Bindung des Sozialversicherungsgerichts an die rechtskräftigen Steuerentscheide grundsätzlich auf die Bemessung des für die Belange der AHV massgebenden Einkommens und des betrieblichen Eigenkapitals. Sie betrifft somit weder die Qualifikation von Einkünften als beitragspflichtiges Erwerbseinkommen und gegebenenfalls solches aus selbständiger oder unselbständiger Tätigkeit noch die Frage, ob die betreffende Person überhaupt der Beitragspflicht untersteht (Art. 23 Abs. 1 und 4 AHVV; BGE 121 V 80 E. 2c S. 83; Urteile des Eidg. Versicherungsgerichts H 189/04 vom 15. Februar 2005 E. 2.3.2 und H 175/03 vom 8. Juni 2004 E. 2.3, je mit Hinweisen). Bei der Aufrechnung von Sozialversicherungsbeiträgen zum Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit geht es nicht um eine Frage der Bemessung des beitragspflichtigen Einkommens.
3. 3.1 Nach Art. 9 Abs. 2 Ingress und lit. d Satz 2 AHVG dürfen - im Gegensatz zur direkten Bundessteuer (Art. 33 Abs. 1 lit. d und f DBG) - bei der Ermittlung des Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit die AHV/IV/EO-Beiträge nicht vom hierdurch erzielten rohen Einkommen abgezogen werden. Die unterschiedliche Behandlung der persönlichen Beiträge im Bundessteuerrecht einerseits und im AHV-Recht anderseits hat zur Folge, dass das von der Steuerbehörde gemeldete Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit gemäss Veranlagung für die direkte Bundessteuer um die in der Steuererklärung deklarierten und zum Abzug zugelassenen Beiträge zu erhöhen ist (Art. 27 Abs. 1 AHVV). In diesem Sinne aufzurechnen sind die im entsprechenden Jahr tatsächlich bezahlten oder allenfalls verfügten resp. in Rechnung gestellten Beiträge. Diese Aufrechnung kann die Ausgleichskasse gestützt auf die bei ihr vorhandenen Unterlagen vornehmen, ohne dass es zusätzlicher Angaben der Steuerbehörden bedürfte (BGE 111 V 289 E. 4 S. 295 ff.; AHI 2004 S. 46, H 243/01 E. 4.3; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 316/98 vom 19. Oktober 1999 E. 2b).
3. 3.1 Nach Art. 9 Abs. 2 Ingress und lit. d Satz 2 AHVG dürfen - im Gegensatz zur direkten Bundessteuer (Art. 33 Abs. 1 lit. d und f DBG) - bei der Ermittlung des Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit die AHV/IV/EO-Beiträge nicht vom hierdurch erzielten rohen Einkommen abgezogen werden. Die unterschiedliche Behandlung der persönlichen Beiträge im Bundessteuerrecht einerseits und im AHV-Recht anderseits hat zur Folge, dass das von der Steuerbehörde gemeldete Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit gemäss Veranlagung für die direkte Bundessteuer um die in der Steuererklärung deklarierten und zum Abzug zugelassenen Beiträge zu erhöhen ist (Art. 27 Abs. 1 AHVV). In diesem Sinne aufzurechnen sind die im entsprechenden Jahr tatsächlich bezahlten oder allenfalls verfügten resp. in Rechnung gestellten Beiträge. Diese Aufrechnung kann die Ausgleichskasse gestützt auf die bei ihr vorhandenen Unterlagen vornehmen, ohne dass es zusätzlicher Angaben der Steuerbehörden bedürfte (BGE 111 V 289 E. 4 S. 295 ff.; AHI 2004 S. 46, H 243/01 E. 4.3; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 316/98 vom 19. Oktober 1999 E. 2b).
3.2 3.2.1 Bei der Veranlagung der direkten Bundessteuer für 2004 waren unbestrittenermassen (aus dem Privatvermögen bezahlte) Sozialversicherungsbeiträge in der Höhe von Fr. 246'749.- anerkannt und zum Abzug gebracht worden. Diese Summe war unter «Aufwendungen und allgemeine Abzüge, Mann: AHV/IV/EO als nicht Erwerbstätiger» deklariert worden. Dabei handelte es sich jedoch um Beiträge aus selbständiger Erwerbstätigkeit. Der Beschwerdeführer galt aufgrund seiner Stellung als Gesellschafter der Kommanditgesellschaften H._ und C._ sowie der Kollektivgesellschaft (mit der damaligen Firma) K._ als Selbständigerwerbender im steuer- und AHV-rechtlichen Sinne, worauf er selber ausdrücklich hinweist. Dies schliesst den Status als Nichterwerbstätiger und die Bezahlung entsprechender Beiträge aus. Die kantonale Steuerverwaltung hat in ihrer Beweisauskunft vom 29. April 2009 die - im Veranlagungsverfahren nicht korrigierte - Deklaration der fraglichen Beiträge als Nichterwerbstätigenbeiträge zwar als nicht üblich und grundsätzlich auch nicht korrekt bezeichnet. Sie weist indessen darauf hin, dass der Beschwerdeführer diese Beiträge nicht als geschäftsmässig begründeten Aufwand der Kollektivgesellschaft belastet und somit nur einmal vom steuerbaren (rohen) Einkommen in Abzug gebracht habe.
3.2.2 Die Bezahlung der Beiträge aus selbständiger Erwerbstätigkeit aus dem Privatvermögen und deren Deklaration als Beiträge als Nichterwerbstätiger führen steuerlich zum selben Ergebnis, wie wenn sie - korrekt - der Erfolgsrechnung des Geschäfts belastet und auf diesem Weg vom (rohen) Einkommen als Selbständigerwerbender abgezogen werden. Die direkte Bundessteuer kennt keine unterschiedlichen Steuersätze je nachdem, ob es sich um Einkommen aus unselbständiger oder selbständiger Erwerbstätigkeit oder um Wertschriftenertrag handelt. Daraus folgt nun aber sofort, dass eine Aufrechnung der - nicht als Betriebsaufwand in den Erfolgsrechnungen der drei Personengesellschaften verbuchten - AHV/IV/EO-Beiträge von Fr. 246'749.- beim Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit zu einer Erweiterung des Beitragssubstrats oder damit gleichbedeutend zu einem höheren als dem gesetzlich festgeschriebenen Beitragssatz von 10,4 % (9,5 % von 109,5 %) führt, wie in der Beschwerde zu Recht gerügt wird.
Dies hat die Vorinstanz bei ihrer - nicht unbedingt klaren - Begründung, weshalb die in der Steuermeldung vom 7. November 2007 betreffend das Beitragsjahr 2004 angegebenen «Persönliche AHV/IV/ EO-Beiträge» von Fr. 246'749.- zum Einkommen aus «Handel, Gewerbe, Industrie oder freie Berufe» von Fr. 1'376'553.- hinzuzurechnen seien, zu wenig bedacht. Beiträge aus selbständiger Erwerbstätigkeit stellen - systemimmanent - zwar immer Geschäftsaufwand dar, auch wenn sie in der Erfolgsrechnung nicht als solcher verbucht und aus dem Privatvermögen bezahlt werden. Umgekehrt ist die Aufrechnung von Beiträgen gleichbedeutend mit deren Qualifikation als persönliche Beiträge aus selbständiger Erwerbstätigkeit. Daraus folgt indessen nicht, dass im entsprechenden Jahr tatsächlich bezahlte, allenfalls verfügte oder in Rechnung gestellte Beiträge aus selbständiger Erwerbstätigkeit immer dann aufzurechnen sind, wenn sie im Rahmen der Veranlagung der direkten Bundessteuer bei der Ermittlung des (gesamten) steuerbaren Einkommens berücksichtigt wurden. Erfolgte der Abzug nicht in Form von in der Erfolgsrechnung verbuchtem Betriebsaufwand, dürfen die betreffenden Beiträge nicht zum Einkommen hinzugerechnet werden. Die gegenteilige Auffassung bedeutete, die privaten Mittel, mit welchen die Beiträge bezahlt wurden, gleichsam als zusätzlichen (ausserordentlichen) Geschäftsgewinn zu betrachten, was zumindest bei natürlichen Personen nicht angehen kann. Die Beschwerde ist insoweit begründet.
3.3 Nach Abzug des Zinses des im Betrieb investierten Eigenkapitals von Fr. 40'900.- gemäss Verfügung vom 15. November 2007 ergibt sich für 2004 ein beitragspflichtiges Einkommen von Fr. 1'335'653.-.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend haben die Parteien je die Hälfte der Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer hat nach Massgabe seine Obsiegens Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Ausgleichskasse hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG; Urteil 2P.270/2002 vom 31. März 2003 E. 3).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 15. September 2008 wird mit Bezug auf das Beitragsjahr 2004 aufgehoben und es wird festgestellt, dass das beitragspflichtige Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit Fr. 1'335'653.- beträgt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3500.- werden je zur Hälfte dem Beschwerdeführer (Fr. 1750.-) und der Beschwerdegegnerin (Fr. 1750.-) auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1400.- zu entschädigen.
4. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, hat die Parteientschädigung für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren neu festzusetzen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler