Fatti:
A. Il 5 marzo 2005 la B._Sagl ha locato dagli allora proprietari il ristorante C._ in via X._ a Y._. Dopo aver acquistato il relativo fondo, A._ è subentrato nel contratto di locazione il 29 maggio 2009.
B. B.a Con istanza del 13 settembre 2010 la B._Sagl ha contestato innanzi all'Ufficio di conciliazione in materia di locazione di Minusio la disdetta straordinaria inviatale da A._ e della quale è venuta a conoscenza quello stesso giorno dal legale di quest'ultimo.
B.b Il 20 settembre 2010 A._ ha chiesto alla Pretura della giurisdizione di Locarno-Città lo sfratto della B._Sagl, indicando di aver notificato alla conduttrice il 13 luglio 2010 "una disdetta straordinaria per motivi gravi ex art. 266g CO per il giorno 30 agosto".
B.c Dopo aver congiunto la trattazione dell'istanza di sfratto con la procedura di contestazione della disdetta trasmessagli per attrazione di competenza giusta l'art. 274g cpv. 1 CO, il Pretore ha accolto con sentenza 19 ottobre 2010 l'istanza di contestazione della disdetta e ha respinto l'istanza di sfratto.
C. Il 20 dicembre 2010 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto un appello presentato da A._ contro la pronunzia pretorile. La Corte cantonale ha ritenuto che la disdetta straordinaria del 10 luglio 2010 (spedita il 13 luglio 2010) fosse inefficace, atteso che è incontestato che la busta in cui era contenuta è stata restituita al mittente dalla Posta con la scritta "il destinatario è irreperibile all'indirizzo indicato". I Giudici cantonali hanno ritenuto che il locatore sapeva che la Posta aveva difficoltà a recapitare le lettere recanti l'indirizzo da lui utilizzato, poiché era pure pacifico che in precedenza tre dei quattro invii spediti da A._ al medesimo indirizzo, risultante dall'iscrizione a registro di commercio (e cioè B._Sagl, via X._, Y._), gli sono stati restituiti con la medesima dicitura. In queste circostanze, secondo la Corte cantonale, il locatore avrebbe dovuto indirizzare la disdetta presso l'ente locato (B._Sagl, presso il ristorante C._, via X._, Y._) o spedire direttamente la busta a D._, socia gerente della conduttrice di cui pure conosceva il recapito.
D. Con ricorso in materia civile del 31 gennaio 2011 A._ chiede in via principale al Tribunale federale di riformare la sentenza di appello nel senso di dichiarare valida la disdetta e irricevibile l'istanza di contestazione, di pronunciare lo sfratto entro 30 giorni dalla sentenza federale con la comminatoria di cui all'art. 292 CP e l'ammonimento che in caso di mancata esecuzione può essere chiesto il risarcimento dei danni. In via subordinata domanda l'annullamento della sentenza impugnata e il rinvio della causa al Pretore per nuovo giudizio. Narrati e completati i fatti, il ricorrente ritiene che in concreto debba essere applicata la giurisprudenza secondo cui un atto giudiziario è considerato notificato alla fine del termine di giacenza di 7 giorni, tenuto conto che lo scritto in questione è stato indirizzato alla sede della conduttrice risultante dall'iscrizione a registro di commercio ed indicato sul contratto di locazione. Afferma inoltre che la Corte cantonale non solo misconosce che la conduttrice si era resa irreperibile, ma gli rimprovera a torto di non essere in buona fede per aver indirizzato i propri scritti al domicilio legale dell'inquilina.
Con risposta 28 marzo 2011 la B._Sagl propone la reiezione del ricorso, mentre la Corte cantonale ha rinunciato a formulare osservazioni.
Diritto:
1. Per costante giurisprudenza, quando - come nella fattispecie - la vertenza concerne la validità di una disdetta di un contratto di locazione di durata indeterminata espressa dal locatore, il valore litigioso non è inferiore alla pigione dovuta per il periodo di tre anni di cui all'art. 271 cpv. 1 lett. e CO. Ne segue che contrariamente a quanto afferma l'opponente nelle sue osservazioni, la soglia di fr. 15'000.-- prevista dall'art. 74 cpv. 1 lett. a LTF in controversie in materia di diritto di locazione per l'ammissibilità di un ricorso in materia civile è in concreto superata (DTF 136 III 196 consid. 1.1, con rinvii; sentenza 4A_594/2010 del 12 gennaio 2011 consid. 1.1). Il gravame, introdotto tempestivamente dalla parte soccombente in sede cantonale e diretto contro una decisione finale emanata dal Tribunale di ultima istanza del Cantone Ticino è quindi in linea di principio ricevibile.
2. Il ricorrente fonda il suo rimedio sull'assunto che la conduttrice fosse irreperibile. Ora, come indicato dalla Corte cantonale e non contestato nella fattispecie, l'opponente non dispone di una buca delle lettere alla sua sede. Per questo motivo sussistono difficoltà per il recapito di invii postali che le sono direttamente indirizzati. Ciò non basta però per considerare che in concreto l'opponente fosse introvabile per il ricorrente: la Corte cantonale ha infatti accertato - senza che ciò sia contestato nell'impugnativa - non solo che il ristorante gestito dalla conduttrice si trovava al medesimo indirizzo della sua sede, ma che il locatore conosceva pure il recapito della socia gerente di questa.
3. A giusta ragione il ricorrente non contesta che la disdetta è una dichiarazione di volontà unilaterale soggetta a ricezione e che essa è considerata ricevuta dal destinatario quando entra nella sua sfera di influenza (sentenza 4A_656/2010 del 14 febbraio 2011 consid. 3.1.1 destinato a pubblicazione; DTF 118 II 42 consid. 3b). Egli ritiene però, richiamando la giurisprudenza sviluppata in materia di finzione della notifica di atti giudiziari, che in concreto tale presupposto sia adempiuto, poiché l'invio dev'essere considerato notificato dopo il settimo giorno di giacenza presso l'ufficio postale.
Giova innanzi tutto rilevare che la prassi invocata nel ricorso non è pertinente, atteso che la disdetta in discussione non costituisce un atto giudiziario e che la giurisprudenza giustifica la finzione di cui il ricorrente desidera prevalersi con un obbligo procedurale, fondato sul diritto processuale, di permettere la notifica degli atti emananti da un Tribunale (sentenza 2F_11/2010 del 23 febbraio 2011 consid. 2.1). Inoltre, contrariamente a quanto accennato nell'impugnativa, la presente fattispecie non è nemmeno assimilabile al caso in cui una raccomandata non viene ritirata dopo il deposito del relativo invito. Per il resto, occorre ribadire che la conduttrice non si è resa irreperibile al locatore, ma quest'ultimo ha scelto di inviarle la disdetta in un modo che sapeva - in ragione della restituzione dei predetti invii - essere inaffidabile e questo sebbene conoscesse l'indirizzo dell'ente locato e quello della socia gerente della conduttrice. Atteso che non contesta che la disdetta avrebbe potuto validamente essere inviata a uno di questi due recapiti, non soccorre il ricorrente nemmeno l'affermazione di essersi basato sulle indicazioni risultanti dal registro di commercio. L'affidamento che può essere posto nelle informazioni risultanti da quest'ultimo è infatti in ogni caso limitato dalla buona fede del terzo (DTF 111 II 480 consid. 2a pag. 484).
4. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela infondato e come tale va respinto. Le spese processuali e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.