Faits:
A. X._ a été admis pour le semestre d'hiver 1999 à l'Université de Genève (ci-après : l'Université). Après avoir obtenu un diplôme universitaire en architecture le 12 octobre 2005 et un diplôme d'études approfondies en architecture et paysage le 26 juin 2007, et avoir réussi les six modules du cursus du baccalauréat universitaire en arabe, X._ a demandé à quitter le baccalauréat universitaire en arabe et en espagnol en novembre 2007 pour être admis directement à la maîtrise universitaire ès lettres en langue, littérature et civilisation arabes. Sa candidature pour cette maîtrise a été acceptée à partir du semestre d'automne 2007-2008 pour une durée maximale de huit semestres, au terme desquels, sauf dérogation du doyen, l'étudiant est éliminé. En 2008 et 2009, X._ a réussi divers modules.
Au semestre d'automne 2009-2010, il s'est inscrit parallèlement pour le master en sciences de l'environnement à la faculté des sciences. A la session de septembre 2009, ayant acquis les six modules de la maîtrise en arabe, X._ n'était plus astreint à suivre les enseignements. Il devait rédiger et soutenir son mémoire de maîtrise, jusqu'au 16 septembre 2011 au plus tard.
Le 5 octobre 2009, l'intéressé a envoyé un projet sommaire de mémoire. Le Professeur Y._ lui a fait remarquer que l'épître sur les vertus des habitants de l'Andalus avait déjà été étudiée à plusieurs reprises et qu'un mémoire de licence de l'Université de Genève lui avait été consacré en 1996. Il lui a suggéré d'examiner si un autre texte d'Ibn Hazm ne pouvait pas faire l'objet de sa recherche. Le 21 octobre 2010, X._ a adressé au professeur une autre esquisse. Le 26 octobre 2010, ce dernier lui a répondu que ce projet n'était pas satisfaisant. Par courrier électronique du 27 octobre 2010, l'intéressé a répondu sommairement aux critiques émises par le professeur déclarant persister dans le choix de ce sujet, souhaitant passer le voir le jour même pour terminer le plus rapidement possible son mémoire. Le 12 novembre 2010, X._ a réécrit à Y._, lui reprochant de ne pas lui avoir répondu. Ce dernier lui a alors précisé que sa réponse avait été expédiée le 26 octobre 2010. Le 22 novembre 2010, Y._ a reçu X._ pendant une heure. Y._ a demandé à l'intéressé de préciser le champ de son mémoire, puisqu'il lui avait dit vouloir travailler de manière toute générale sur l'Andalus du Xème siècle. Y._, à cette occasion, a renvoyé l'intéressé aux règles méthodologiques figurant sur le site de l'unité d'arabe, afin de citer un ouvrage dans la bibliographie et de translittérer les mots et noms arabes conformément à ces règles. X._ a ensuite cherché à plusieurs reprises à être reçu par le professeur.
Le 4 février 2011, X._ s'est inscrit pour la session d'examens de mai-juin 2011 afin de soutenir son mémoire.
Le 19 juillet 2011, Y._ a répondu à X._ qu'il n'entendait pas le recevoir puisque l'intéressé n'avait pas donné suite à la requête qu'il lui avait adressée le 26 octobre 2010 et à leur entretien du 23 novembre 2010, aux termes duquel l'étudiant devait présenter le plan de son mémoire, ce qu'il n'avait jamais fait depuis.
La session d'août-septembre 2011 a débuté le 29 août pour s'achever le 16 septembre. X._ a adressé son mémoire à Y._, qui l'a reçu le 12 septembre 2011. Ce dernier l'a refusé le jour même, faute d'accord sur le thème et le plan, le mémoire étant par ailleurs rendu hors délai puisqu'il devait être déposé en trois exemplaires au moins un mois avant la soutenance. Le 12 septembre 2011, X._ a informé le doyen de ce refus. Le vice-doyen l'a alors retiré de la session d'examens d'août-septembre 2011.
Par lettre recommandée du 28 septembre 2011, le doyen a prononcé l'élimination de X._ de la faculté des lettres, celui-ci n'ayant pas présenté ni soutenu son mémoire de maîtrise avant le 16 septembre 2011. Quant aux certificats médicaux produits, ils n'avaient pas permis l'octroi d'un délai supplémentaire. L'attention de l'étudiant avait été attirée à plusieurs reprises sur le délai impératif qui lui était fixé pour réussir sa maîtrise et les risques d'élimination qu'il encourait si cette condition n'était pas satisfaite.
Le 26 octobre 2011, X._ a fait opposition à cette décision.
Par décision du 29 novembre 2011, le doyen de la faculté des lettres a signifié à X._ que son opposition était rejetée.
Le 17 janvier 2012, X._, agissant par l'intermédiaire d'un avocat, a recouru contre cette décision auprès de la chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève.
B. Par arrêt du 30 juillet 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours déposé par X._ contre la décision du 29 novembre 2011. Le délai de huit semestres, expirant le 16 septembre 2011, était passé sans que l'intéressé n'ait présenté ni soutenu avec succès son mémoire de maîtrise, de sorte que le doyen de la faculté pouvait prononcer son élimination. Les problèmes qui avaient amené à la décision de Y._ de refuser le travail de l'étudiant ne constituaient pas une situation exceptionnelle qui justifiait, selon la jurisprudence cantonale, l'octroi par le doyen d'une dérogation à la durée maximale des études. Le droit cantonal ne prévoyait pas de médiation pour remédier aux carences d'un étudiant qui n'entendait pas se plier aux exigences de son professeur répondant.
C. Par courrier du 14 septembre 2012, X._ demande en substance au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 30 juillet 2012 par la Cour de justice du canton de Genève et de constater qu'il a le droit de présenter son mémoire de master ès lettres en langue, littérature et civilisation arabes. Il se plaint de la constatation inexacte et incomplète des faits, d'abus de pouvoir d'appréciation et de la violation du principe de proportionnalité. Il sollicite l'octroi de l'effet suspensif.
Il n'a pas été ordonné d'échange des écritures.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions sur les résultats d'examens ou d'autres évaluations des capacités en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession (art. 83 let. t LTF).
En l'espèce, le recourant se plaint de la violation du principe de proportionnalité dans l'application de l'art. 6.4 du règlement d'études 2005 de la faculté des lettres de l'Université de Genève selon lequel la durée maximale des études est fixé à huit semestres, au terme desquels, sauf dérogation du doyen, l'étudiant est éliminé. L'examen des circonstances exceptionnelles n'équivaut en l'espèce pas à une évaluation de la capacité du recourant au sens de l'art. 83 let. t LTF. La voie du recours en matière de droit public est par conséquent ouverte.
1.2 Pour le surplus, l'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF, le recours en matière de droit public est en principe recevable sous cet angle.
1.3 Aux termes de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant. L'acte de recours doit donc, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 136 I 229 consid. 4.1 p. 235; 135 III 670 consid. 1.5 p. 674, 232 consid. 1.2 p. 234).
2. Invoquant l'art. 97 LTF, le recourant soutient que l'instance précédente a établi de manière inexacte et incomplète les faits de la cause.
2.1 Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit motiver conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF du moment que la notion de manifestement inexact équivaut celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
2.2 En l'espèce, le recourant se borne à formuler des remarques générales sur l'arrêt attaqué. Il n'invoque pas la violation de l'interdiction de l'arbitraire, ne mentionne pas l'art. 9 Cst., n'expose pas concrètement quels faits auraient été constatés de manière inexacte ou incomplète ni quelle influence sur le sort de la cause l'éventuelle correction des vices allégués pourrait avoir. Le grief est par conséquent irrecevable.
3. 3.1 Sauf dans les cas cités expressément par l'art. 95 LTF, le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit constitutionnel, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 III 513 consid. 4.3 p. 521s.). Il appartient toutefois à la partie recourante d'invoquer ce grief et de le motiver d'une manière suffisante (cf. art. 106 al. 2 LTF, ATF 136 I 65 consid. 1.3.1 p. 68). Elle doit donc préciser en quoi l'acte attaqué serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 400).
3.2 En l'espèce, la cause a été jugée par l'instance précédente en application du droit cantonal régissant l'Université de Genève, ses facultés et les cursus qui y sont proposés. Le grief d'abus de pouvoir d'appréciation dans ce contexte ne répond pas aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF en ce qu'il n'énonce pas concrètement en quoi le droit cantonal aurait été, le cas échéant, appliqué de manière arbitraire. Les allégations liées au refus d'accorder un semestre de prolongation n'y répondent pas non plus. Ces griefs sont irrecevables.
4. Le recourant se plaint de la violation du principe de proportionnalité.
4.1 Le principe de proportionnalité est certes formulé par l'art. 5 al. 2 Cst.. Il ne constitue néanmoins pas un droit constitutionnel mais uniquement un principe dont la violation peut être invoquée par la voie du recours en matière de droit public au titre de droit (fédéral) constitutionnel (art. 95 let. a LTF). La jurisprudence a précisé le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral à cet égard en ce sens que, hormis les restrictions des droits fondamentaux (art. 36 al. 3 Cst.), ce dernier n'intervient en cas de violation du principe de proportionnalité que si la mesure de droit cantonal est manifestement disproportionnée et qu'elle viole simultanément l'interdiction de l'arbitraire (ATF 134 I 153 consid. 4 p. 156 s.).
4.2 En l'espèce, l'instance précédente a exposé en détail les motifs pour lesquels la situation du recourant ne constituait pas une situation exceptionnelle qui aurait justifié une prolongation de la durée des études plutôt que son élimination. Ces considérations sont convaincantes et dépourvues d'arbitraire. Il peut par conséquent y être renvoyé en l'espèce en application de l'art. 109 al. 3 LTF. Le grief est rejeté.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. La demande d'effet suspensif est devenue sans objet. Succombant, le recourant doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section.
Lausanne, le 24 septembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey