Sachverhalt:
A. Y._ (geb. 1974) stammt aus Algerien. Er hielt sich vom 14. Februar 2000 bis 6. Februar 2003 im Rahmen eines Asylverfahrens in der Schweiz auf. Am 10. März 2004 wurde ihm im Kanton Schwyz eine bis zum 17. Juni 2004 gültige Kurzaufenthaltsbewilligung zur Vorbereitung der Heirat mit einer als Flüchtling anerkannten, hier aufenthaltsberechtigten türkischen Staatsangehörigen erteilt. Seit März 2005 verfügt Y._ über eine Aufenthaltsbewilligung. Am 20. Mai 2008 wurde den Eheleuten gestattet, getrennt zu leben. Mit Urteil vom 24. Januar 2011 schied das Bezirksgericht Pfäffikon die Ehe und stellte die gemeinsame Tochter A._ (geb. 2003) unter die Sorge der Mutter. Dem Vater sprach es ein Besuchsrecht im üblichen Umfang zu.
B. B.a Am 15. Juli 2011 heiratete Y._ seine Landsfrau X._ (geb. 1977), die sich mit einem für 90 Tage gültigen Besuchervisum ("Schengenvisum") ab dem 11. Juni 2011 in der Schweiz aufhielt. Am 18. Juli 2011 ersuchte X._ das Migrationsamt des Kantons Zürich darum, ihr eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei ihrem Gatten zu erteilen. Das Migrationsamt wies sie am 2. September 2011 aus dem Schengenraum weg: Entgegen dem ursprünglichen Aufenthaltszweck ("Visite familiale/amicale") strebe sie nunmehr eine dauerhafte Anwesenheit an, weshalb die Einreisevoraussetzungen nicht mehr erfüllt seien; sie habe das Land bzw. den Schengenraum zu verlassen und den Ausgang des Bewilligungsverfahrens im Ausland abzuwarten. Ihr Gesuch werde erst danach bearbeitet.
B.b Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich bestätigte diese Verfügung am 19. September 2011. X._ müsse den Bewilligungsentscheid im Ausland abwarten, da nicht gesagt werden könne, dass sie die Zulassungsvoraussetzungen offensichtlich erfülle (vgl. Art. 17 Abs. 2 AuG [SR 142.20]). Ihr Partner sei zwar nun erwerbstätig, zuvor habe er aber oft die Stelle gewechselt und sei längere Zeit arbeitslos gewesen. Überdies habe seine Familie früher von der Sozialhilfe unterstützt werden müssen.
B.c Y._ und X._ gelangten hiergegen an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Der Präsident von dessen 4. Abteilung wies am 4. Oktober 2011 das mit der Beschwerde verbundene Gesuch um aufschiebende Wirkung ab, da die Einreise unrechtmässig erfolgt sei (Bindung an den Visumszweck) und eine Anwesenheit während des Bewilligungsverfahrens nach der Praxis des Verwaltungsgerichts nur bei einer rechtmässigen Einreise infrage komme.
B.d Mit Urteil vom 9. Januar 2012 wies das Bundesgericht die von Y._ und X._ hiergegen eingereichte Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 2D_58/2011). Es behandelte die Eingabe als subsidiäre Verfassungsbeschwerde, da von den Betroffenen nicht dargetan worden war, dass und inwiefern ein Anspruch auf die beantragte Bewilligung bestand (Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG). Ob die Auslegung des Abteilungspräsidenten des Verwaltungsgerichts inhaltlich richtig sei, woran gezweifelt werden könne, werde durch die Vorinstanz in ihrem Sachentscheid zu beurteilen sein, ebenso die Problematik, ob das Bewilligungsverfahren gestützt auf Art. 17 Abs. 1 AuG habe gestoppt werden dürfen, bis die gesuchstellende Person das Land den visumsrechtlichen Vorgaben entsprechend tatsächlich verlassen habe.
B.e Am 25. Januar 2012 bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Auffassung seines Präsidenten: Da X._ die Behörden über den wahren Zweck ihres Aufenthalts getäuscht und mit falschen Angaben ein Visum erschlichen habe, sei ihre Einreise und ihr Aufenthalt rechtswidrig gewesen. Sie könne sich deshalb nicht darauf berufen, dass die zuständige Behörde bei offensichtlich erfüllten Zulassungsvoraussetzungen befugt sei, den Aufenthalt während des Bewilligungsverfahrens nach pflichtgemässem Ermessen provisorisch zu erlauben (Art. 17 Abs. 2 AuG). Im Übrigen erscheine der Entscheid der Sicherheitsdirektion auch bei einer Anwendung der entsprechenden Regelung nicht unhaltbar.
C. X._ und Y._ beantragen vor Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und das Migrationsamt anzuweisen, die Sistierung des Bewilligungsverfahrens aufzuheben, das Gesuch von X._ zu behandeln und dieser zu gestatten, den Ausgang des Verfahrens in der Schweiz abzuwarten. Eventuell sei die Sistierung aufzuheben und das Migrationsamt anzuweisen, innert zwei Monaten zu entscheiden und X._ zu bewilligen, noch 55 Tage (Restzeit ihres Schengenvisums) in der Schweiz zu verbleiben.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich und das Bundesamt für Migration beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Die Rechtsvertreterin von X._ und Y._ hat am 4. Juli 2012 die Geburtsurkunde von deren Sohn Z._ (geb. ... 2012) nachgereicht.
D. Der Abteilungspräsident legte der Eingabe am 1. März 2012 aufschiebende Wirkung bei.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gegen Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts unzulässig, die Bewilligungen betreffen, auf die weder das Bundes- noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumen (Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG), sowie gegen die Wegweisung (Art. 83 lit. c Ziff. 4 BGG). Gegen kantonale Urteile in diesem Zusammenhang steht - unter Vorbehalt eines rechtlich geschützten Interesses (Art. 115 lit. b BGG) - die subsidiäre Verfassungsbeschwerde offen (vgl. BGE 137 II 305 E. 3.3; Urteile 2D_67/2009 vom 4. Februar 2010 E. 2.1; 2D_98/2008 vom 12. Dezember 2008 E. 1). Gegen den Entscheid, den Ausgang eines allfälligen Bewilligungsverfahrens nicht in der Schweiz abwarten zu dürfen (Art. 17 Abs. 2 AuG), ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegeben, falls in vertretbarer Weise ein potenzieller Anspruch auf die beantragte Bewilligung geltend gemacht wird (vgl. die Urteile 2C_117/2012 vom 11. Juni 2012 E. 1.1; 2C_483/2009 vom 18. September 2009 E. 2; 2D_98/2008 vom 12. Dezember 2008 E. 1). Da es sich dabei lediglich um einen Zwischenentscheid über eine vorsorgliche Massnahme handelt, der bei einem Eingriff in das Familienleben einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge haben kann (vgl. Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG; Urteil 2C_483/2009 vom 18. September 2009 E. 2.2), prüft das Bundesgericht diesen nur daraufhin, ob er verfassungsmässige Rechte verletzt (vgl. Art. 98 BGG); deren angebliche Missachtung muss ausdrücklich und begründet dargelegt werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; "qualifizierte Rügepflicht"; vgl. BGE 137 II 305 E. 3.3 S. 311; 136 I 229 E. 4.1 mit Hinweisen).
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gegen Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts unzulässig, die Bewilligungen betreffen, auf die weder das Bundes- noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumen (Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG), sowie gegen die Wegweisung (Art. 83 lit. c Ziff. 4 BGG). Gegen kantonale Urteile in diesem Zusammenhang steht - unter Vorbehalt eines rechtlich geschützten Interesses (Art. 115 lit. b BGG) - die subsidiäre Verfassungsbeschwerde offen (vgl. BGE 137 II 305 E. 3.3; Urteile 2D_67/2009 vom 4. Februar 2010 E. 2.1; 2D_98/2008 vom 12. Dezember 2008 E. 1). Gegen den Entscheid, den Ausgang eines allfälligen Bewilligungsverfahrens nicht in der Schweiz abwarten zu dürfen (Art. 17 Abs. 2 AuG), ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegeben, falls in vertretbarer Weise ein potenzieller Anspruch auf die beantragte Bewilligung geltend gemacht wird (vgl. die Urteile 2C_117/2012 vom 11. Juni 2012 E. 1.1; 2C_483/2009 vom 18. September 2009 E. 2; 2D_98/2008 vom 12. Dezember 2008 E. 1). Da es sich dabei lediglich um einen Zwischenentscheid über eine vorsorgliche Massnahme handelt, der bei einem Eingriff in das Familienleben einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge haben kann (vgl. Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG; Urteil 2C_483/2009 vom 18. September 2009 E. 2.2), prüft das Bundesgericht diesen nur daraufhin, ob er verfassungsmässige Rechte verletzt (vgl. Art. 98 BGG); deren angebliche Missachtung muss ausdrücklich und begründet dargelegt werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; "qualifizierte Rügepflicht"; vgl. BGE 137 II 305 E. 3.3 S. 311; 136 I 229 E. 4.1 mit Hinweisen).
1.2 1.2.1 Das Migrationsamt des Kantons Zürich hat am 2. September 2011 festgestellt, dass die Einreisevoraussetzungen von X._ nicht bzw. nicht mehr erfüllt seien und diese das Land zu verlassen habe (Art. 5 Abs. 1 lit. a AuG [Einreisevoraussetzungen] i.V.m. Art. 12 Abs. 2 [Voraussetzungen für die Visumserteilung] und Art. 19 Abs. 1 lit. b [Widerruf des Visums] der Verordnung vom 22. Oktober 2008 über die Einreise und die Visumserteilung [VEV; SR 142.204]; jeweils in der bis zum 1. Oktober 2012 gültigen Fassung). Es hat ihren bewilligungslos möglichen Aufenthalt beendet und sie gestützt hierauf aus dem Schengenraum weggewiesen (vgl. Art. 64 Abs. 1 lit. b AuG). Zudem hat es das nach der Heirat am 18. Juli 2012 eingeleitete Bewilligungsverfahren bis zu ihrer Ausreise sistiert. Dabei handelt es sich - wie beim Entscheid über das Verbleiberecht im Rahmen von Art. 17 Abs. 2 AuG - um einen Zwischenentscheid im hängigen Bewilligungsverfahren, der zusammen mit der Wegweisung einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge haben kann, da die Sistierung des Bewilligungsverfahrens erst aufgehoben wird, wenn die Beschwerdeführerin mit dem Kind das Land und ihren Gatten verlässt. Zwar bildet der Umstand der zwischenzeitlichen Geburt des Sohnes im Vergleich zum vorinstanzlichen Verfahren (vgl. Art. 99 BGG) ein Novum, doch kann dieses bei der Prüfung des Eintretens auf das Rechtsmittel berücksichtigt werden, da diesbezüglich von Amtes wegen und mit freier Kognition zu entscheiden ist (vgl. BGE 136 II 101 E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472).
1.2.2 Soweit die Beschwerdeführer (implizit) den Wegweisungsentscheid als schengenrechtliche Folge des Dahinfallens der ursprünglichen Einreisevoraussetzungen (Art. 64 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 5 Abs. 1 lit. a AuG) (mit)anfechten, legen sie nicht dar, inwiefern dieser besondere verfassungsmässige Rechte verletzen würde, die ihnen unmittelbar ein rechtlich geschütztes Interesse im Sinne von Art. 115 lit. b BGG verschaffen würden (vgl. BGE 137 II 305 E. 3.3). Zwar kann sich bei gefestigtem Aufenthalt und intakten bzw. gelebten Beziehungen ein Bewilligungsanspruch für den Ehegatten aus Art. 8 EMRK (bzw. Art. 13 BV) ergeben (BGE 137 I 284 E. 2.1; 135 I 143 E. 1.3.1); daraus lässt sich indessen regelmässig kein Anspruch darauf ableiten, bereits bis zum Bewilligungsentscheid selber im Land verbleiben zu können, wenn nur ein potenzieller Anspruch nach Art. 8 EMRK besteht und eine erste Prüfung der Akten ergibt, dass die Bewilligungsvoraussetzungen im Rahmen der nach Art. 8 Ziff. 2 EMRK erforderlichen Interessenabwägung nicht offensichtlich gegeben sind (vgl. Art. 42 und 43 AuG; Urteile 2C_944/2010 vom 15. Dezember 2010 E. 2.3 mit Hinweisen und 2C_994/2012 vom 24. Oktober 2012 E. 3.2).
1.2.3 Y._ verfügt nur über eine Aufenthaltsbewilligung, womit seine Gattin, keinen gesetzlichen Anspruch auf die von ihr beantragte Bewilligung hat. Nach Art. 44 AuG "kann" die zuständige Behörde in diesem Fall eine Aufenthaltsbewilligung erteilen, falls die Gatten zusammenwohnen, sie nicht auf Sozialhilfe angewiesen sind und zudem über eine bedarfsgerechte Wohnung verfügen. Diese Bestimmung verschafft den Betroffenen - anders als die ursprünglich vom Bundesrat für den Familiennachzug von aufenthaltsberechtigten ausländischen Personen vorgeschlagene Regelung - jedoch keinen gesetzlichen Bewilligungsanspruch (vgl. BGE 137 II 393 E. 3.3; 137 I 284 E. 1.2 S. 287). Der Gesetzgeber wollte, dass die Kantone den Familiennachzug durch die sog. Jahresaufenthalter ermessensweise gestatten können (vgl. AB 2005 S 306 und AB 2005 N 1239; Art. 96 AuG). Anders verhält es sich bei Ausländern, die einen Anspruch auf Erneuerung ihrer Aufenthaltsbewilligung haben und sich deshalb für den Familiennachzug (zusätzlich) auf Art. 8 EMRK und Art. 13 BV berufen können. Bei ihnen müssen die Behörden nicht nur pflichtgemäss nach Art. 44 AuG über das Nachzugsbegehren entscheiden. Mit Blick auf Art. 8 EMRK und Art. 13 BV haben vielmehr gute Gründe vorzuliegen, um ihnen den Nachzug zu verweigern. Dies ist regelmässig dann nicht der Fall, wenn die Bewilligungsvoraussetzungen gemäss Art. 44 AuG erfüllt sind und keine Erlöschensgründe (Art. 51 Abs. 2 AuG) vorliegen (so BGE 137 I 284 E. 2.6 S. 293).
1.2.4 Der Beschwerdeführer verfügt grundsätzlich über kein gefestigtes Anwesenheitsrecht in der Schweiz, welches es ihm erlauben würde, gestützt auf Art. 8 EMRK einen Aufenthaltsanspruch zugunsten seiner Ehefrau geltend zu machen (BGE 137 I 284 E. 1.3 S. 287). Zwar könnte sein Aufenthalt insofern als gefestigt gelten, als er über ein Besuchsrecht zu seiner Tochter aus einer früheren Beziehung verfügt, doch legen die Beschwerdeführer entgegen ihrer Substanziierungspflicht bezüglich der Anwendbarkeit von Art. 8 EMRK nicht dar, welchen Bewilligungsstatus diese hat und ob sie ihrerseits wiederum ein gefestigtes Anwesenheitsrecht geltend machen kann, das ihrem Vater einen Anspruch auf Verbleib im Rahmen der Rechtsprechung zu Art. 8 EMRK bei einem Besuchsrecht verschaffen könnte (vgl. Urteil 2C_1031/2011 vom 22. März 2012 E. 4.1.4; BGE 120 Ib 1 ff., 22 E. 4). Wie es sich damit verhält, braucht im vorliegenden Zusammenhang nicht abschliessend entschieden zu werden, da das Bundesgericht den angefochtenen Zwischenentscheid - wie bereits dargelegt - sowohl im Verfahren der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als auch jenem der subsidiären Verfassungsbeschwerde nur auf eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte hin prüfen kann, sodass die Problematik im vorliegenden Zusammenhang ohne praktische Bedeutung bleibt.
2. 2.1 Nach Art. 17 Abs. 1 AuG haben ausländische Personen, die für einen vorübergehenden Aufenthalt rechtmässig eingereist sind und die nachträglich eine Bewilligung für einen dauerhaften Aufenthalt beantragen, den entsprechenden Entscheid im Ausland abzuwarten; dies gilt auch für illegal Anwesende, die ihren Aufenthalt nachträglich durch ein entsprechendes Bewilligungsgesuch zu legalisieren versuchen (MARC SPESCHA, in: Spescha/Thür/Zünd/Bolzli [Hrsg.], Migrationsrecht, 3. Aufl. 2012, N. 1 zu Art. 17 AuG; EGLI/MEYER, in: Caroni/Gächter/ Thurnherr [Hrsg.], SHK Ausländergesetz, 2010, Fn. 2 sowie N. 5, 9 und 11 zu Art. 17 AuG; PETER UEBERSAX, § 7 Einreise und Anwesenheit, in: Uebersax/Rudin/Hugi Yar/Geiser [Hrsg.], Ausländerrecht, 2. Aufl. 2009, N. 7.332; BBl 2002 3709 ff., 3778). Der Gesuchsteller soll sich - so die Botschaft des Bundesrats - nicht darauf berufen können, dass er das nachgesuchte Aufenthaltsrecht bereits während des Verfahrens ausüben darf, es sei denn, die Bewilligungsvoraussetzungen erschienen "mit grosser Wahrscheinlichkeit" als erfüllt (BBl 2002 3709 ff., 3778).
2.2 Ist dies der Fall, kann bzw. muss die zuständige kantonale Behörde im Rahmen ihres verfassungskonform (und damit auch verhältnismässig; vgl. Art. 5 Abs. 2 BV) zu handhabenden Ermessens (vgl. Art. 96 AuG; SPESCHA, a.a.O., N. 1 zu Art. 96 AuG) den Aufenthalt während des Verfahrens gestatten, falls die Voraussetzungen eines gesetzlichen, verfassungs- oder konventionsrechtlichen Anspruchs auf die Bewilligung mit grosser Wahrscheinlichkeit gegeben erscheinen (Art. 17 Abs. 2 AuG; sog. "prozeduraler Aufenthalt"; vgl. SPESCHA/KERLAND/BOLZLI, Handbuch zum Migrationsrecht, 2010, S. 85 f.). Es ist darüber in einer summarischen Würdigung der Erfolgsaussichten (sog. "Hauptsachenprognose") zu entscheiden, wie dies bei der Anordnung vorsorglicher Massnahmen regelmässig der Fall ist (BGE 130 II 149 E. 2.2). Die Anforderungen können insbesondere dann als "offensichtlich" erfüllt gelten, wenn die eingereichten Unterlagen einen gesetzlichen oder völkerrechtlichen Anspruch auf die Erteilung einer Kurzaufenthalts- oder Aufenthaltsbewilligung belegen, keine Widerrufsgründe vorliegen (Art. 62 AuG) und die betroffene Person ihren Mitwirkungspflichten nachkommt (Art. 6 Abs. 1 der Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit [VZAE; SR 142.201]; vgl. zu Art. 8 EMRK oben E. 1.2.4). Allein aus Vorkehren wie der Einleitung ehe- und familienrechtlicher Verfahren, der Einschulung von Kindern, dem Liegenschaftserwerb, der Wohnungsmiete, dem Abschluss eines Arbeitsvertrags oder der Geschäftsbegründung oder -beteiligung können grundsätzlich keine Ansprüche im Bewilligungsverfahren abgeleitet werden (Art. 6 Abs. 2 VZAE). Die Behörden müssen diese Aspekte allerdings in ihre summarische Würdigung mit einbeziehen; dies gilt insbesondere dann, wenn bereits ein schützenswertes Familienleben nach Art. 8 EMRK besteht, in das mit Art. 17 Abs. 1 AuG eingegriffen wird (vgl. SPESCHA, a.a.O., N. 3 zu Art. 17 AuG; EGLI/MEYER, a.a.O., N. 13 zu Art. 17 AuG). Die Anwendung des Grundsatzes, dass der Bewilligungsentscheid im Ausland abzuwarten ist, muss grundrechtskonform erfolgen; unverhältnismässige, schikanöse Ausreiseverpflichtungen und Verfahrensverzögerungen sind im Interesse aller Beteiligten unter Berücksichtigung des Beschleunigungsgebots (vgl. Art. 29 Abs. 1 BV) primär dadurch zu vermeiden, dass rasch erstinstanzlich in der Sache entschieden wird (vgl. SPESCHA, a.a.O., N. 2 zu Art. 17 AuG).
3. 3.1 Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, Art. 17 Abs. 2 AuG komme im vorliegenden Fall nicht zur Anwendung, da die Beschwerdeführerin bereits bei ihrem Visumsgesuch darum gewusst habe, dass sie sich hier verheiraten und in der Folge um einen Daueraufenthalt bemühen werde. Sie habe die Behörden hinsichtlich ihres tatsächlich beabsichtigten Aufenthaltszwecks getäuscht. Art. 17 Abs. 2 AuG sei nur auf rechtmässig eingereiste Ausländer anwendbar, wofür zutreffende Angaben über den Aufenthaltszweck im Visumsverfahren erforderlich seien, da andernfalls der Begriff der rechtmässigen Einreise in Art. 17 Abs. 1 AuG jegliche Bedeutung verliere. Es sei - so das Verwaltungsgericht - nicht "abwegig" anzunehmen, dass es sich nur bei diesem Personenkreis rechtfertige, den Aufenthalt während des Bewilligungsverfahrens im Rahmen von dessen Absatz 2 nach pflichtgemässem Ermessen provisorisch zu erlauben.
3. 3.1 Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, Art. 17 Abs. 2 AuG komme im vorliegenden Fall nicht zur Anwendung, da die Beschwerdeführerin bereits bei ihrem Visumsgesuch darum gewusst habe, dass sie sich hier verheiraten und in der Folge um einen Daueraufenthalt bemühen werde. Sie habe die Behörden hinsichtlich ihres tatsächlich beabsichtigten Aufenthaltszwecks getäuscht. Art. 17 Abs. 2 AuG sei nur auf rechtmässig eingereiste Ausländer anwendbar, wofür zutreffende Angaben über den Aufenthaltszweck im Visumsverfahren erforderlich seien, da andernfalls der Begriff der rechtmässigen Einreise in Art. 17 Abs. 1 AuG jegliche Bedeutung verliere. Es sei - so das Verwaltungsgericht - nicht "abwegig" anzunehmen, dass es sich nur bei diesem Personenkreis rechtfertige, den Aufenthalt während des Bewilligungsverfahrens im Rahmen von dessen Absatz 2 nach pflichtgemässem Ermessen provisorisch zu erlauben.
3.2 3.2.1 Die Einreise von Ausländerinnen und Ausländern gilt unter anderem dann als rechtmässig im Sinne von Art. 17 Abs. 1 AuG, wenn die Vorschriften über den Besitz von Ausweisschriften, das Visum und die Grenzkontrolle eingehalten wurden und kein Einreiseverbot besteht (vgl. Art. 5 Abs. 1 AuG i.V.m. Art. 2 VEV [Fassung vom 14. September 2012; in Kraft seit 1. Oktober 2012 [AS 2012 4891]) bzw. Art. 24 VEV [Fassung vom 22. Oktober 2008]). Die Beschwerdeführerin ist mit einem Schengenvisum für einen Aufenthalt von höchstens drei Monaten innerhalb einer Periode von 6 Monaten eingereist (Art. 4 Abs. 1 VEV [Fassung vom 14. September 2012] i.V.m. Art. 17 Abs. 3 VEV [Fassung vom 12. März 2010] bzw. aArt. 4 VEV). Nach Art. 18 des Schengener Durchführungsabkommens (SDÜ; ABl. L 239 vom 22. September 2000 S. 19 ff.) sind Visa für einen Aufenthalt von mehr als drei Monaten Dauer nationale Visa, "die von einem der Mitgliedstaaten gemäss seinen Rechtsvorschriften erteilt werden". Die allgemeinen Einreisevoraussetzungen für längerfristige Aufenthalte im Schengenraum werden weder in Art. 5 des Schengener Grenzkodexes (SGK; Verordnung Nr. 562/2006/EG vom 15. März 2006 über einen Gemeinschaftskodex für das Überschreiten der Grenzen durch Personen [ABl. L 105 vom 13. April 2006 S. 1 ff.]) noch im übrigen Schengenrecht geregelt. Sie richten sich weiterhin nach den innerstaatlichen Bestimmungen (vgl. EGLI/MEYER, a.a.O., N. 12 zu Art. 5 AuG). Das Schengenvisum wird für bestimmte Zwecke erteilt (Reise aus beruflichen Gründen, Reise zu Studien- oder sonstigen Ausbildungszwecken, Reisen zu touristischen oder privaten Zwecken usw.), wobei diese vom Betroffenen zu belegen sind (vgl. Art. 14 Abs. 1, 21, 32 der Verordnung [EG] Nr. 810/2009 des Europäischen Parlaments und des Rates vom 13. Juli 2009 über einen Visakodex der Gemeinschaft [ABl. L 243 vom 15. September 2009 S. 1 ff.; Visakodex]; Anhang I des Schengener Grenzkodexes; vgl. auch EGLI/MEYER, a.a.O., N. 11 ff. zu Art. 6 AuG). Entscheidend ist die Absicht des Drittstaatsangehörigen. Plant er vor der Einreise im Resultat einen Aufenthalt von mehr als drei Monaten im Schengenraum, gilt das nationale Recht (EGLI/MEYER, a.a.O., N. 19 ff. und Fn. 38 zu Art. 6 AuG mit zahlreichen Hinweisen). Das Schengenrecht schreibt den Vertragsstaaten nicht vor, dass der Aufenthaltszweck bei Schengenvisa explizit festgelegt werden muss, lässt aber entsprechende nationale Vorschriften zu. Die Zulässigkeit des "Zweckwechsels" richtet sich nach den nationalen Regeln, soweit der Wechsel als "erheblich" gelten muss, was etwa der Fall ist, wenn sich der neue Aufenthaltszweck als bewilligungspflichtig erweist. Der Gesuchsteller hat an sich sämtliche vorhersehbaren oder gar beabsichtigten Zweckwechsel im Visumsverfahren offenzulegen (EGLI/MEYER, a.a.O., N. 30 zu Art. 6 AuG).
3.2.2 Nach Art. 2 Abs. 3 VEV müssen Ausländer für einen Aufenthalt von mehr als drei Monaten neben den Voraussetzungen gemäss Art. 5 Abs. 1 lit. a (Reisedokument), d (keine SIS-Ausschreibung) und e (keine Gefahr für die öffentliche Ordnung) SGK, sofern erforderlich, über ein nationales Visum nach Art. 5 (Fassung vom 14. September 2012) bzw. aArt. 4 Ziff. 2 VEV verfügen (Art. 2 Abs. 3 lit. a VEV) sowie die ausländerrechtlichen Zulassungsvoraussetzungen für den beabsichtigten Aufenthaltszweck erfüllen (Art. 2 Abs. 3 lit. b VEV). Für Einreisen im Hinblick auf Aufenthalte von mehr als drei Monaten in der Schweiz wird generell ein nationales Visum benötigt (vgl. Art. 10 AuG; Art. 5 Abs. 1 VEV [Fassung vom 14. September 2012] bzw. aArt. 4 Abs. 3 VEV [Vorbehalten aArt. 5 und 6 VEV]). Der bis zum 1. Oktober 2012 gültige Art. 15 Abs. 1 VEV nannte die zulässigen Aufenthaltszwecke im Rahmen der Visumsausstellung; heute gelten diese gemäss den einschlägigen Weisungen des Bundesamts bzw. des Eidgenössischen Departements für Auswärtige Angelegenheiten (vgl. BFM, Kommentar zur Anpassung der Verordnung über die Einreise und die Visumserteilung [VEV], S. 7). Die Auslandsvertretung durfte bisher das Visum nur mit Ermächtigung der zuständigen, insbesondere auch kantonalen Behörden erteilen, wenn der Aufenthalt mehr als drei Monate dauern sollte oder unabhängig von der Aufenthaltsdauer ein nicht in Absatz 1 genannter Aufenthaltszweck angeführt wurde (aArt. 15 Abs. 3 lit. a und b i.V.m. Art. 27 Abs. 1 VEV). Im neuen Recht hat der Bundesrat die Kompetenz zur Visumserteilung nunmehr dem BFM, dem EDA und den Kantonen vorbehalten (BFM, a.a.O., S. 8 zu Art. 28 VEV). Die Ausländerin oder der Ausländer ist an den im Visum festgelegten Aufenthaltszweck gebunden (Art. 16 VEV). Das Visum kann widerrufen werden, wenn die Einreisevoraussetzungen nach Art. 2 VEV nicht mehr erfüllt sind bzw. sich nachträglich herausstellt, dass die Voraussetzungen für die Visumserteilung nicht erfüllt waren, insbesondere unwahre Angaben gemacht oder falsche oder verfälschte Belege eingereicht wurden, um das Visum zu erschleichen, bzw. begründete Zweifel an der Identität der Gesuchstellerin oder des Gesuchstellers oder am angegebenen Aufenthaltszweck bestehen (aArt. 19 Abs. 1 lit. a und b i.V.m. aArt. 12 Abs. 2 lit. b und c VEV; Weisungen des BFM als Ergänzung Visahandbuch I vom 3. September 2012, Teil VII, Ziff. 8, S. 109; vgl. auch Art. 34 Visakodex und Anhang V Teil A Ziff. 2 lit. b SGK: "Das Visum wird annulliert, wenn es ernsthafte Gründe zu der Annahme gibt, dass das Visum in betrügerischer Weise erlangt wurde"). Die entsprechende Regelung findet sich seit dem 1. Oktober 2012 in Art. 15 VEV (Fassung vom 14. September 2012): Danach wird ein Visum annulliert, wenn sich herausstellt, dass die Voraussetzungen für seine Erteilung zum Ausstellungszeitpunkt nicht erfüllt waren, insbesondere wenn es ernsthafte Gründe zur Annahme gibt, dass das Visum durch "arglistige Täuschung" erlangt worden ist, oder sich ergibt, dass die Voraussetzungen für die Erteilung nicht mehr erfüllt sind (BFM, a.a.O., S. 7 zu Art. 15 VEV).
3.2.2 Nach Art. 2 Abs. 3 VEV müssen Ausländer für einen Aufenthalt von mehr als drei Monaten neben den Voraussetzungen gemäss Art. 5 Abs. 1 lit. a (Reisedokument), d (keine SIS-Ausschreibung) und e (keine Gefahr für die öffentliche Ordnung) SGK, sofern erforderlich, über ein nationales Visum nach Art. 5 (Fassung vom 14. September 2012) bzw. aArt. 4 Ziff. 2 VEV verfügen (Art. 2 Abs. 3 lit. a VEV) sowie die ausländerrechtlichen Zulassungsvoraussetzungen für den beabsichtigten Aufenthaltszweck erfüllen (Art. 2 Abs. 3 lit. b VEV). Für Einreisen im Hinblick auf Aufenthalte von mehr als drei Monaten in der Schweiz wird generell ein nationales Visum benötigt (vgl. Art. 10 AuG; Art. 5 Abs. 1 VEV [Fassung vom 14. September 2012] bzw. aArt. 4 Abs. 3 VEV [Vorbehalten aArt. 5 und 6 VEV]). Der bis zum 1. Oktober 2012 gültige Art. 15 Abs. 1 VEV nannte die zulässigen Aufenthaltszwecke im Rahmen der Visumsausstellung; heute gelten diese gemäss den einschlägigen Weisungen des Bundesamts bzw. des Eidgenössischen Departements für Auswärtige Angelegenheiten (vgl. BFM, Kommentar zur Anpassung der Verordnung über die Einreise und die Visumserteilung [VEV], S. 7). Die Auslandsvertretung durfte bisher das Visum nur mit Ermächtigung der zuständigen, insbesondere auch kantonalen Behörden erteilen, wenn der Aufenthalt mehr als drei Monate dauern sollte oder unabhängig von der Aufenthaltsdauer ein nicht in Absatz 1 genannter Aufenthaltszweck angeführt wurde (aArt. 15 Abs. 3 lit. a und b i.V.m. Art. 27 Abs. 1 VEV). Im neuen Recht hat der Bundesrat die Kompetenz zur Visumserteilung nunmehr dem BFM, dem EDA und den Kantonen vorbehalten (BFM, a.a.O., S. 8 zu Art. 28 VEV). Die Ausländerin oder der Ausländer ist an den im Visum festgelegten Aufenthaltszweck gebunden (Art. 16 VEV). Das Visum kann widerrufen werden, wenn die Einreisevoraussetzungen nach Art. 2 VEV nicht mehr erfüllt sind bzw. sich nachträglich herausstellt, dass die Voraussetzungen für die Visumserteilung nicht erfüllt waren, insbesondere unwahre Angaben gemacht oder falsche oder verfälschte Belege eingereicht wurden, um das Visum zu erschleichen, bzw. begründete Zweifel an der Identität der Gesuchstellerin oder des Gesuchstellers oder am angegebenen Aufenthaltszweck bestehen (aArt. 19 Abs. 1 lit. a und b i.V.m. aArt. 12 Abs. 2 lit. b und c VEV; Weisungen des BFM als Ergänzung Visahandbuch I vom 3. September 2012, Teil VII, Ziff. 8, S. 109; vgl. auch Art. 34 Visakodex und Anhang V Teil A Ziff. 2 lit. b SGK: "Das Visum wird annulliert, wenn es ernsthafte Gründe zu der Annahme gibt, dass das Visum in betrügerischer Weise erlangt wurde"). Die entsprechende Regelung findet sich seit dem 1. Oktober 2012 in Art. 15 VEV (Fassung vom 14. September 2012): Danach wird ein Visum annulliert, wenn sich herausstellt, dass die Voraussetzungen für seine Erteilung zum Ausstellungszeitpunkt nicht erfüllt waren, insbesondere wenn es ernsthafte Gründe zur Annahme gibt, dass das Visum durch "arglistige Täuschung" erlangt worden ist, oder sich ergibt, dass die Voraussetzungen für die Erteilung nicht mehr erfüllt sind (BFM, a.a.O., S. 7 zu Art. 15 VEV).
3.3 3.3.1 Der Vorinstanz ist zuzustimmen, dass die Handhabung der schengenrechtlichen Visumsregeln nicht dazu dienen darf, die nationalen Vorgaben für einen im Moment des Visumsgesuchs eigentlich gewollten bewilligungspflichtigen Aufenthalt zu unterlaufen. Andernfalls besteht die Gefahr, dass das für die nationale Visumsausstellung zu Heiratszwecken in der Schweiz mit anschliessend vorgesehenem Aufenthaltsrecht vorgeschriebene Verfahren umgangen wird (vgl. aArt. 27 VEV; heute: Weisungen des BFM für die Ausstellung nationaler Visa vom 3. September 2012, S. 18, Teil II Ziff. 1.2). Das Visumsverfahren verlöre seinen Steuerungszweck und liefe dem Grundsatz zuwider, dass der Bewilligungsentscheid grundsätzlich im Ausland abzuwarten ist (vgl. Art. 17 Abs. 1 AuG). Benachteiligt würde, wer das für den gewollten Aufenthaltszweck (Heirat mit Aufenthaltsrecht) korrekte nationale Visumsverfahren einhält; es profitierte, wer das nationale Verfahren umgeht.
3.3.2 Das heisst jedoch nicht, dass mit einem Schengenvisum in der Schweiz überhaupt nicht geheiratet werden dürfte und eine entsprechende Einreise nach einer Heirat immer als unrechtmässig zu gelten hätte: Dies ist insbesondere etwa dann nicht der Fall, wenn die Eheleute zum Eheschluss in die Schweiz kommen (Touristenheirat mit Schengenvisum; vgl. die Weisungen Nr. 10.11.01.02 des Amtes für das Zivilstandswesen [EAZW] vom 1. Januar 2011, Ehen und eingetragene Partnerschaften ausländischer Staatsangehöriger: Nachweis des rechtmässigen Aufenthaltes und Meldung an die Ausländerbehörden, Rechtmässiger Aufenthalt, S. 5, Ziff. 2.2), ohne einen bewilligungspflichtigen Aufenthalt zu beabsichtigen. Die Einreise kann ebenfalls als rechtmässig gelten, wenn mit einem Schengenvisum eingereist wird (Besuch), und die Beziehung tatsächlich nachträglich innerhalb der drei Monate (innerhalb einer Periode von 6 Monaten) zu einer Heirat führt. Unrechtmässig ist die Einreise einzig allenfalls dann, wenn das schengenrechtliche Visumsverfahren missbraucht worden ist, weil das Visum in betrügerischer Weise, d.h. durch arglistige Täuschung, rechtsmissbräuchlich erlangt wurde (vgl. Anhang V Teil A Ziff. 2 lit. b SGK; vgl. auch: BGE 136 II 113 E. 3.2 S. 116; 133 II 6 E. 3.2).
3.3.2 Das heisst jedoch nicht, dass mit einem Schengenvisum in der Schweiz überhaupt nicht geheiratet werden dürfte und eine entsprechende Einreise nach einer Heirat immer als unrechtmässig zu gelten hätte: Dies ist insbesondere etwa dann nicht der Fall, wenn die Eheleute zum Eheschluss in die Schweiz kommen (Touristenheirat mit Schengenvisum; vgl. die Weisungen Nr. 10.11.01.02 des Amtes für das Zivilstandswesen [EAZW] vom 1. Januar 2011, Ehen und eingetragene Partnerschaften ausländischer Staatsangehöriger: Nachweis des rechtmässigen Aufenthaltes und Meldung an die Ausländerbehörden, Rechtmässiger Aufenthalt, S. 5, Ziff. 2.2), ohne einen bewilligungspflichtigen Aufenthalt zu beabsichtigen. Die Einreise kann ebenfalls als rechtmässig gelten, wenn mit einem Schengenvisum eingereist wird (Besuch), und die Beziehung tatsächlich nachträglich innerhalb der drei Monate (innerhalb einer Periode von 6 Monaten) zu einer Heirat führt. Unrechtmässig ist die Einreise einzig allenfalls dann, wenn das schengenrechtliche Visumsverfahren missbraucht worden ist, weil das Visum in betrügerischer Weise, d.h. durch arglistige Täuschung, rechtsmissbräuchlich erlangt wurde (vgl. Anhang V Teil A Ziff. 2 lit. b SGK; vgl. auch: BGE 136 II 113 E. 3.2 S. 116; 133 II 6 E. 3.2).
3.4 3.4.1 Das Verwaltungsgericht erachtet es gestützt auf den Umstand, dass sich die Beschwerdeführer nur rund einen Monat nach der Einreise bereits verheiratet haben, als erstellt, dass die Beschwerdeführerin nie beabsichtigte, bloss zum vorübergehenden Besuch in die Schweiz einzureisen. Ihr Aufenthaltszweck sei von Anfang an darauf ausgerichtet gewesen, hier ihren heutigen Gatten zu ehelichen und danach dauernd im Land zu verbleiben. Die vom Verwaltungsgericht genannten Indizien genügen für sich allein indessen nicht, um von einer klaren und offensichtlichen, arglistigen Täuschung bei der Einreise mit dem zeitlich beschränkten Schengenvisum ausgehen zu können: Die Beschwerdeführerin ist mit einem gültigen Visum eingereist, um ihren Freund zu besuchen; erst nach und wegen der Heirat gingen die kantonalen Behörden davon aus, dass ihre Einreise nicht rechtmässig gewesen sei, womit ihr Aufenthalt ebenfalls widerrechtlich geworden sei. Allenfalls mag das entsprechende Verhalten Anlass zum Widerruf des Visums geben, was das Bundesgericht nicht zu prüfen hat (vgl. Art. 83 lit. c Ziff. 1 BGG), doch berührt dies den mit der Heirat entstandenen Bewilligungsanspruch im Rahmen von Art. 42 und 43 AuG bzw. Art. 8 EMRK (Schutz des Privat- und Familienlebens) nicht.
3.4.2 Mit der Heirat hat sich zwar der Aufenthaltszweck geändert, sodass nunmehr eine Bewilligung für die weitere Anwesenheit erforderlich erscheint, doch haben die Beschwerdeführer einen Anspruch darauf, dass ihr entsprechendes Gesuch behandelt wird, nachdem die Einreise ursprünglich mit einem gültigen Visum erfolgt ist. Die Beschwerdeführerin hat in der Schweiz während des bewilligungslosen Aufenthalts heiraten und hernach um eine Bewilligung nachsuchen dürfen. Die Regelung von Art. 17 Abs. 2 AuG gilt deshalb auch in ihrem Fall. Zwar hat das Bundesgericht in BGE 131 IV 174 ff., worauf die Vorinstanz Bezug nimmt, entschieden, dass der bewilligungsfreie Aufenthalt in der Schweiz als Tourist mit der Aufnahme einer nicht gemeldeten bzw. bewilligten Erwerbstätigkeit rechtswidrig wird, sofern nicht die besonderen Bestimmungen des Freizügigkeitsabkommens zur Anwendung gelangen, doch fehlte bei dieser Problematik (Erwerbstätigkeit) im Gegensatz zur vorliegenden ein entsprechender grundrechtlicher Bezug (Art. 8 EMRK bzw. Art. 13 BV) und wurde dort gerade nicht - wie hier - nach einer rechtmässigen Einreise und während eines (zumindest) vorläufig rechtmässigen Aufenthalts ein Bewilligungsverfahren eingeleitet.
3.4.3 Nach Art. 10 AuG benötigen Ausländerinnen und Ausländer für einen Aufenthalt ohne Erwerbstätigkeit bis zu drei Monaten keine Bewilligung (Abs. 1). Wird ein längerer Aufenthalt ohne Erwerbstätigkeit beabsichtigt, ist dafür eine Bewilligung erforderlich, welche "vor der Einreise in die Schweiz" bei der am vorgesehenen Wohnort zuständigen Behörde zu beantragen ist (Abs. 2 Satz 1 und 2). Die Regelung will verhindern, dass im Bereich der Aufenthalte ohne Erwerbstätigkeit der Reise- und Aufenthaltszweck der bewilligungsfreien Einreise umgangen wird. Nach dem Willen des Gesetzgebers bleibt Art. 17 Abs. 2 AuG dabei jedoch ausdrücklich vorbehalten (Abs. 2 Satz 3), d.h. eine Prüfung der Zulässigkeit des prozessualen Aufenthalts kann auch dann erfolgen, wenn das Gesuch entgegen Art. 10 Abs. 2 Satz 2 AuG nicht vom Ausland aus gestellt wurde. Eine nachträgliche Einreichung des Gesuchs ist damit nicht ausgeschlossen. Der Betroffene muss den Ausgang des Verfahrens jedoch anschliessend im Ausland abwarten, es sei denn, das Gesuch werde bereits vor Ablauf des bewilligungsfreien Aufenthalts genehmigt oder die Voraussetzungen von Art. 17 Abs. 2 AuG seien erfüllt (vgl. EGLI/MEYER, a.a.O., N. 19 zu Art. 10 AuG; SPESCHA, a.a.O., N. 4 f. zu Art. 10 AuG).
3.4.4 Warum dies im vorliegenden Zusammenhang (Heirat während des bewilligungsfreien Aufenthalts) anders sein soll, ist nicht ersichtlich: Ziel von Art. 17 Abs. 2 AuG ist es, die grundsätzliche Ausreisepflicht nach Art. 17 Abs. 1 AuG zu mildern, wenn sie keinen Sinn macht, weil vermutlich die Bewilligung zu erteilen sein wird. Die Sistierung des Bewilligungsverfahrens ist unzulässig, da in diesem Fall gar nicht geprüft werden kann, ob die Voraussetzungen von Abs. 2 gegeben erscheinen. Es bildet - wie die Beschwerdeführer zu Recht geltend machen - eine formelle Rechtsverweigerung (vgl. hierzu BGE 103 V 190 E. 3; RHINOW ET AL., Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl. 2010, N. 277 und 282) bzw. eine sachlich ungerechtfertigte Rechtsverzögerung, Art. 17 Abs. 2 AuG in einer solchen Situation nicht anzuwenden bzw. das Bewilligungsverfahren bis zur Ausreise zu sistieren. Art. 10 AuG und Art. 11 VZAE sehen losgelöst von der visumsrechtlichen Problematik ausdrücklich vor, dass Ausländerinnen und Ausländer, deren Visum für einen Aufenthalt bis zu drei Monaten ausgestellt wurde, 14 Tage vor dem Ablauf des Visums bei der kantonalen Ausländerbehörde eine Verlängerung beantragen müssen, wenn die Ausreise nicht fristgerecht erfolgen kann oder "wenn ein anderer Aufenthaltszweck angestrebt wird". Die zuständige Migrationsbehörde ist somit verpflichtet, das Bewilligungsverfahren zu eröffnen und das Gesuch zu prüfen. Ergeht kein positiver erstinstanzlicher Entscheid während des bewilligungsfrei zulässigen Aufenthalts, worauf - eine Rechtsverzögerung vorbehalten - kein verfahrensrechtlicher Anspruch besteht, hat die betroffene Person das Land zu verlassen und den definitiven Bewilligungsentscheid im Ausland abzuwarten, es sei denn, die Zulassungs- bzw. Bewilligungsvoraussetzungen könnten im Sinne von Art. 17 Abs. 2 AuG als erfüllt gelten, womit die Verpflichtung, während des Bewilligungsverfahrens auszureisen, einen prozessualen Leerlauf bilden würde.
3.4.4 Warum dies im vorliegenden Zusammenhang (Heirat während des bewilligungsfreien Aufenthalts) anders sein soll, ist nicht ersichtlich: Ziel von Art. 17 Abs. 2 AuG ist es, die grundsätzliche Ausreisepflicht nach Art. 17 Abs. 1 AuG zu mildern, wenn sie keinen Sinn macht, weil vermutlich die Bewilligung zu erteilen sein wird. Die Sistierung des Bewilligungsverfahrens ist unzulässig, da in diesem Fall gar nicht geprüft werden kann, ob die Voraussetzungen von Abs. 2 gegeben erscheinen. Es bildet - wie die Beschwerdeführer zu Recht geltend machen - eine formelle Rechtsverweigerung (vgl. hierzu BGE 103 V 190 E. 3; RHINOW ET AL., Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl. 2010, N. 277 und 282) bzw. eine sachlich ungerechtfertigte Rechtsverzögerung, Art. 17 Abs. 2 AuG in einer solchen Situation nicht anzuwenden bzw. das Bewilligungsverfahren bis zur Ausreise zu sistieren. Art. 10 AuG und Art. 11 VZAE sehen losgelöst von der visumsrechtlichen Problematik ausdrücklich vor, dass Ausländerinnen und Ausländer, deren Visum für einen Aufenthalt bis zu drei Monaten ausgestellt wurde, 14 Tage vor dem Ablauf des Visums bei der kantonalen Ausländerbehörde eine Verlängerung beantragen müssen, wenn die Ausreise nicht fristgerecht erfolgen kann oder "wenn ein anderer Aufenthaltszweck angestrebt wird". Die zuständige Migrationsbehörde ist somit verpflichtet, das Bewilligungsverfahren zu eröffnen und das Gesuch zu prüfen. Ergeht kein positiver erstinstanzlicher Entscheid während des bewilligungsfrei zulässigen Aufenthalts, worauf - eine Rechtsverzögerung vorbehalten - kein verfahrensrechtlicher Anspruch besteht, hat die betroffene Person das Land zu verlassen und den definitiven Bewilligungsentscheid im Ausland abzuwarten, es sei denn, die Zulassungs- bzw. Bewilligungsvoraussetzungen könnten im Sinne von Art. 17 Abs. 2 AuG als erfüllt gelten, womit die Verpflichtung, während des Bewilligungsverfahrens auszureisen, einen prozessualen Leerlauf bilden würde.
3.5 3.5.1 Zwar ergibt sich aus Art. 8 Abs. 1 EMRK grundsätzlich kein verfahrensrechtliches Aufenthaltsrecht bis zum Bewilligungsentscheid; wurde die Ehe jedoch geschlossen, wird sie gelebt und ist - wie hier - (inzwischen) bereits ein Kind geboren, muss die Handhabung von Art. 17 AuG als Ganzes im Einzelfall im Rahmen der Interessenabwägung doch den Vorgaben von Art. 8 Ziff. 2 EMRK bzw. Art. 13 in Verbindung mit Art. 36 BV Rechnung tragen. Die Einwanderungskontrolle ist ein legitimes öffentliches Interesse, um den Anspruch auf Schutz des Familienlebens einzuschränken; aus Art. 8 EMRK bzw. Art. 13 BV ergibt sich weder ein Recht auf Einreise oder Aufenthalt in einem bestimmten Staat noch auf Wahl des für das Familienleben am geeignetsten erscheinenden Orts (vgl. BGE 130 II 281 E. 3.1 S. 285 mit Hinweisen; bezüglich der Rechtsprechung des EGMR: Nichtzulassungsentscheid Biraga gegen Schweden vom 3. April 2012 [Nr. 1722/10] § 49 ff. und die Urteile Geleri gegen Rumänien vom 15. Februar 2011 [Nr. 33118/05] § 25 ff.; Omoregie u. Mitb. gegen Norwegen vom 31. Juli 2008 [Nr. 265/07] § 54; O'Donoghue u. Mitb. gegen Vereinigtes Königreich vom 14. Dezember 2010 [Nr. 34848/07] § 87 bzw. Hode und Abdi gegen Vereinigtes Königreich vom 6. November 2012 [Nr. 22341/09] § 43). Das entsprechende öffentliche Interesse muss jedoch jeweils gegen das private abgewogen werden, die Beziehung auch bis zum möglichst rasch zu treffenden Bewilligungsentscheid leben zu können. Bestehen keine anderen öffentlichen Interessen an der Rückkehr (Indizien für Scheinehe, Straffälligkeit, bestehende Sozialhilfeabhängigkeit usw.) ist bei absehbarer bzw. wahrscheinlicher Bewilligungsmöglichkeit vorrangig das Bewilligungsverfahren durch die Migrationsbehörde abzuschliessen (grundsätzliche Priorität des Bewilligungsverfahrens bei nachträglicher Änderung des visumsrechtlichen Aufenthaltszwecks).
3.5.2 Dies ist letztlich auch Ausfluss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum Recht auf Eheschluss und zum Anspruch auf Einreise bzw. auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung zur Ehevorbereitung (vgl. BGE 138 I 41 ff.; 137 I 351 ff.): Danach sind die Migrationsbehörden in Konkretisierung des Gesetzeszwecks von Art. 98 Abs. 4 ZGB und in sachgerechter Beachtung von Art. 8 EMRK gehalten, zur Vermeidung einer Verletzung von Art. 12 EMRK bzw. vom analog ausgelegten Art. 14 BV eine vorübergehende (Kurz-)Aufenthaltsbewilligung zu erteilen, wenn keine Hinweise dafür bestehen, dass die ausländische Person rechtsmissbräuchlich handelt (Scheinehe, missbräuchliche Anrufung der Familiennachzugsbestimmungen usw.) und "klar" erscheint, dass sie nach der Heirat rechtmässig mit dem hier über ein gefestigtes Anwesenheitsrecht verfügenden Ehepartner wird leben dürfen (vgl. BGE 138 I 41 ff.; 137 I 351 ff.). Diese Praxis gilt auch für abgewiesene - und damit an sich illegal anwesende - Asylbewerber, die erst mittels Heirat den ausländerrechtlichen Bewilligungsanspruch erwerben, da ihnen bei einer ernstlich gewollten Ehe und offensichtlich erfüllten Bewilligungserfordernissen nicht zugemutet werden kann, in ihre Heimat zurückzukehren und von dort aus um eine Einreisebewilligung zwecks Heirat zu ersuchen (BGE 137 I 351 E. 3.7 S. 360). Unter den gleichen Voraussetzungen, unter denen ein Einreisevisum zum Zweck der Heiratsvorbereitung zu erteilen (vgl. das Urteil 2C_400/2011 vom 2. Dezember 2011) bzw. die Anwesenheit eines abgewiesenen Asylbewerbers zum Zweck der Heirat zu legalisieren ist, muss es auch möglich sein, bei einer Heirat im Rahmen eines Schengenvisums fristgerecht, d.h. noch während des bewilligungslosen Aufenthalts, ein Gesuch um Familiennachzug stellen zu können, ohne dass dessen Bearbeitung bis zur Ausreise sistiert werden dürfte (vgl. SPESCHA, a.a.O., N. 4 zu Art. 17 AuG). Der Umstand, dass Art. 17 Abs. 1 AuG nur von der rechtmässigen Einreise spricht, steht - entgegen der Ansicht der Vorinstanz - einer grundrechtskonformen Auslegung von dessen Absatz 2 nicht entgegen: Während nach dem früheren Recht (Art. 1 der Vollziehungsverordnung vom 1. März 1949 zum Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer [ANAV; AS 1949 228]) der rechtmässig eingereiste Ausländer in der Regel den Bewilligungsentscheid im Land abwarten durfte, ist er heute grundsätzlich gehalten, dies im Ausland zu tun. Die entsprechende Neuregelung sollte mit der Formulierung der "rechtmässigen" Einreise hervorgehoben, nicht die Anwendbarkeit von Absatz 2 für andere Fälle, insbesondere jenen des Wechsels des Aufenthaltszwecks, ausgeschlossen werden.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer hält sich mit Unterbrüchen seit dem 14. Februar 2000 in der Schweiz auf; seine Anwesenheit kann seit dem 10. März 2004 als ordentlich im Sinne der Ausländerrechtsgesetzgebung gelten (vgl. BGE 137 II 10 E. 4.3-4.7). Zwar wurde ihm die Niederlassungsbewilligung verweigert, doch ist er inzwischen seit rund acht Jahren im Land. Er ist hier nie straffällig geworden. Seine frühere Familie und er selber mussten zwar vorübergehend von der öffentlichen Hand unterstützt werden (von April 2005 bis Mai 2006: Fr. 3'515.70; von Oktober 2006 bis Februar 2008: rund Fr. 23'000.--; im Jahr 2009: Fr. 1'976.80), doch verfügt der Beschwerdeführer seit Oktober 2010 über eine feste Arbeitsstelle. Er erhält dort einen Bruttolohn von Fr. 5'600.--, welcher ihm erlaubt, für die Dauer des Bewilligungsverfahrens für seine neue Familie aufzukommen, selbst wenn zu berücksichtigen ist, dass er seiner ersten Tochter zusätzlich eine Unterhaltsleistung von Fr. 650.-- schuldet. Umstritten ist der prozessuale Aufenthalt seiner Gattin und seines Kindes während des Bewilligungsverfahrens, (noch) nicht der Bewilligungsentscheid als solcher. Gestützt auf Art. 8 EMRK i.V.m. Art. 44 AuG hat prima vista als wahrscheinlich zu gelten, dass der beantragte Familiennachzug zu bewilligen sein wird. Wenn Art. 17 Abs. 2 AuG verlangt, dass die Zulassungsvoraussetzungen offensichtlich erfüllt sein müssen, ist der gesuchstellenden Person der (weitere) Aufenthalt in der Schweiz bereits dann zu gestatten, wenn die Chancen, dass die Bewilligung zu erteilen sein wird, bedeutend höher einzustufen sind als jene ihrer Verweigerung.
4.2 Bei Bewilligungen, auf deren Erteilung ein Anspruch besteht, bedarf es hinreichender konkreter Indizien für das Vorliegen von Verweigerungsgründen, um das Erfüllen der Zulassungsvoraussetzungen im Sinne von Art. 17 Abs. 2 AuG verneinen zu können; potenzielle, nicht konkretisierte bzw. wie hier widerlegte Annahmen (mögliche Fürsorgeabhängigkeit) genügen hierzu nicht. Es ist vorliegend unverhältnismässig, mit der Ausreisepflicht in die von den Beschwerdeführern und dem gemeinsamen Kind gelebte familiäre Beziehung einzugreifen und die Behandlung des Bewilligungsgesuchs von der Trennung oder der Ausreise der (ganzen) Familie abhängig zu machen. Es bestehen keine überwiegenden öffentlichen Interessen hieran, nachdem der Beschwerdeführer über einen Arbeitsplatz verfügt, ihm sein Lohn erlaubt, für sich und seine Gattin bzw. das gemeinsame Kind aufzukommen, und keine anderen Widerrufsgründe nach Art. 62 AuG geltend gemacht werden. Müsste der Beschwerdeführer mit seiner Familie ausreisen, verlöre er seine Arbeit und könnte er die Beziehung zu seinem hier lebenden Kind aus der früheren Ehe nur mehr beschränkt leben; bliebe er hier und müssten seine Gattin und sein Kind den Bewilligungsentscheid ihrerseits im Ausland abwarten, würde das gemeinsame Familienleben - selbst bei deren späteren Rückkehr in die Schweiz - ohne überwiegendes öffentliches Interesse beeinträchtigt. Im Rahmen einer Gesamtwürdigung der materiellen Erfolgsaussichten sowie der auf dem Spiel stehenden privaten und öffentlichen Interessen erweist sich der Entscheid der Vorinstanz, der Beschwerdeführerin den weiteren Aufenthalt zu verweigern und die Bearbeitung ihres Gesuchs von der Ausreise abhängig zu machen, als unverhältnismässig und im Lichte von Art. 8 Ziff. 2 EMRK grundrechtswidrig.
5. 5.1 Die Beschwerde ist gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und das Migrationsamt des Kantons Zürich anzuhalten, das Bewilligungsverfahren ohne weitere Sistierung durchzuführen. X._ ist - eine Änderung des Sachverhalts vorbehalten - berechtigt, sich bis zu dessen Entscheid in der Schweiz aufzuhalten.
5.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind keine Gerichtsgebühren geschuldet (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung kann unter diesen Umständen als gegenstandslos abgeschrieben werden. Das Verwaltungsgericht wird über die kantonalen Kosten neu zu befinden haben.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. Januar 2012 wird aufgehoben. Das Amt für Migration des Kantons Zürich wird angehalten, das Nachzugsgesuch der Beschwerdeführer vom 18. Juli 2011 zu behandeln. X._ wird ermächtigt, sich bis zum entsprechenden Entscheid in der Schweiz aufzuhalten.
2. 2.1 Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2.2 Es sind keine Gerichtskosten geschuldet.
2.3 Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
2.4 Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat über die kantonale Kosten- und Entschädigungsfrage neu zu entscheiden.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Januar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar