Faits:
A. C.X._, ressortissant italien domicilié à Rome, est décédé à Miami le 14 novembre 1984, en laissant pour héritiers légaux sa veuve D._ et ses enfants A._ et B.X._.
Le patrimoine de C.X._ était détenu et géré en partie par des sociétés « de domicile ».
B. Plusieurs années après ce décès, les hoirs X._ ont commencé à soupçonner le détournement des fonds successoraux qui avaient transité après le décès de leur père par les comptes de différentes sociétés, dont V._, S._ et G._, ouverts auprès de plusieurs établissements bancaires, dont Y._ SA. Ils ont ainsi ouvert plusieurs procédures en reddition de comptes.
C. En particulier, le 24 novembre 2006, A._ et B.X._ ont ouvert contre Y._ SA d'une part, et L._ d'autre part, une action en reddition de comptes concernant les avoirs provenant de la succession devant le Tribunal de première instance du canton de Genève. Leurs conclusions tendaient à obtenir les éléments suivants :
"a) l'ensemble des documents et informations concernant les sociétés S._, G._, V._ (spécialement le compte n° xxx), ou toute autre entité, notamment les trusts, ainsi que les comptes dont tant feu C.X._ que A.X._ et/ou B.X._ étaient ou sont titulaires ou ayants droit ou bénéficiaires économiques,
b) l'état de leurs biens au jour du décès de feu C.X._,
c) les mouvements enregistrés sur l'ensemble de ces comptes, y compris les documents d'ouverture et de clôture éventuels,
d) la destination des fonds concernés, ainsi que l'identité des personnes physiques ou morales ayant bénéficié de transferts en provenance des comptes et sociétés précités durant dite période,
e) tous documents relatifs à la vente des actions familiales avec Z._ et autres institutions bancaires au Luxembourg, de même que tous documents relatifs au paiement des taxes de succession à Rome pour le compte des trois héritiers et/ou encore tous documents relatifs au remboursement de l'héritier testamentaire."
Les défendeurs ont conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 28 février 2008, le Tribunal a débouté A._ et B.X._ de toutes leurs conclusions.
La Cour de justice du canton de Genève a rejeté, le 19 juin 2009, l'appel formé par A._ et B.X._.
D. Contre ce jugement, A._ et B.X._ ont, le 24 août 2009, formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt cantonal et à l'admission de leur action en reddition de comptes, en reprenant les conclusions formulées en première instance.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF). Celle-ci porte en outre sur un droit de nature pécuniaire, les renseignements demandés étant susceptibles de fournir le fondement d'une contestation civile de nature pécuniaire (ATF 126 III 445 consid. 3b et les références citées; arrêt 4A_413/2007 du 10 décembre 2007 consid. 1.2). Conformément à la jurisprudence, les recourants sont dispensés de chiffrer exactement la valeur litigieuse d'une demande de renseignements (ATF 127 III 396 consid. 1b/cc p. 398 et les références; arrêt 5C.157/2003 du 22 janvier 2004 consid. 3.2 publié in : SJ 2004 I 477 p. 479). En l'espèce, il ressort du dossier que les montants recherchés représentent des valeurs très importantes, de sorte qu'il y a lieu d'admettre que la valeur de 30'000 fr. est largement atteinte (art. 51 al. 2 et 74 al. 1 let. b LTF). Le présent recours a par ailleurs été formé dans le délai prévu par l'art. 100 al. 1 LTF, contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF).
2. Les recourants contestent les faits retenus par l'autorité cantonale.
2.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de l'autorité cantonale ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 III 397 consid. 1.5; 134 V 53 consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4). Il ne peut de toute manière demander une correction de l'état de fait que si celle-ci est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF), ce qu'il appartient au recourant de démontrer (ATF 134 V 53 consid. 3.4). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2.2 En l'espèce, les recourants commencent par soutenir (p. 4 du recours) que l'autorité cantonale a omis des faits essentiels sur trois points (contenu des contrats de mandat du 12 mai 1986; envoi à E._ SA d'un double de la correspondance bancaire concernant le compte n° xxx de la société V._; déclarations de L._ lors de son audition du 19 décembre 2005), sans plus ample explication. Sous le titre de "violation du droit fédéral" (p. 14 ss du recours), ils se plaignent ensuite d'appréciations arbitraires des preuves [par ex. intention des recourants de rechercher des informations sur des comptes ouverts post-mortem, engagement de Y._ SA lors de la séance du 7 décembre 2004]. Ils n'exposent toutefois pas de façon circonstanciée en quoi ces points de fait auraient été retenus ou écartés de manière insoutenable par la cour cantonale. Dans leur grief le plus détaillé, ils soutiennent que l'omission, par l'autorité précédente, de considérer les déclarations tenues par L._ le 19 décembre 2005 est arbitraire, car elles permettent de démontrer l'absence de bonne foi de l'intéressé. Une telle explication ne satisfait nullement aux exigences de motivation exposées ci-dessus. Il n'y a donc pas lieu de s'écarter sur ces points de l'arrêt cantonal (art. 105 al. 1 LTF).
3. La cour cantonale a considéré en premier lieu que les recourants ne pouvaient pas succéder dans un éventuel droit contractuel du défunt aux renseignements vis-à-vis des intimés, faute précisément de relation de mandat entre les intimés et le défunt. Examinant ensuite si les recourants pouvaient se prévaloir d'un droit à l'information de nature successorale, l'autorité précédente a constaté que les renseignements demandés avaient pour but de faire la lumière sur des prétendus détournements de fonds qui auraient eu lieu après le décès de leur père, alors que les recourants étaient entrés en possession des biens et les avaient confiés à différents mandataires. Dans ces conditions, elle a jugé que leur action ne relevait pas du droit des successions, mais de la responsabilité contractuelle de leurs propres mandataires. Il leur appartenait ainsi d'agir directement en reddition de comptes contre ces mandataires (qui ne sont pas les défendeurs dans la présente procédure) en exigeant la production des pièces en mains de tiers (art. 963 CO). A titre subsidiaire, les juges cantonaux ont relevé que, à supposer que le litige relève du droit successoral, le droit aux renseignements, qui serait déterminé en l'occurrence par le droit successoral italien, ne pourrait de toute façon pas concerner des faits postérieurs au décès et initiés au moins en partie par les recourants, respectivement par leurs mandataires.
L'arrêt déféré repose ainsi sur une double motivation. Les recourants devaient donc non seulement attaquer valablement la motivation relative à la qualification du litige comme relevant de la responsabilité contractuelle des mandataires, mais aussi la motivation subsidiaire relative à la portée du droit aux renseignements des héritiers concernant les faits postérieurs au décès (sur les exigences de motivation du recours : ATF 133 IV 119 consid. 6.3). Or, comme l'a relevé la cour cantonale, la portée du droit aux renseignements des héritiers se détermine en l'occurrence selon le droit italien. En effet, le défunt était un citoyen italien et avait son dernier domicile à Rome. Sa succession est ainsi régie par le droit italien (art. 91 al. 1 LDIP) qui détermine aussi les mesures qui peuvent être ordonnées et à quelles conditions (art. 92 al. 1 LDIP), ce qui comprend notamment le droit aux renseignements des héritiers (ATF 133 III 664 consid. 3 non publié et la réf. citée). Les recourants ne soulèvent toutefois aucun grief d'application arbitraire du droit étranger (sur le pouvoir d'examen du TF à l'égard du droit étranger dans les affaires pécuniaires : ATF 133 III 446 consid. 3.1). Leurs reproches de violation du droit fédéral (recours p. 17-18) laissent donc intacte la motivation subsidiaire, qui permet à elle seule de maintenir l'arrêt attaqué (ATF 133 III 221 consid. 7; 132 I 13 consid. 6 et les arrêts cités). Dans ces circonstances, il est superflu d'entrer en matière sur les griefs relatifs à la première motivation, soit de rechercher si la cour cantonale a qualifié à tort le litige comme relevant de la responsabilité contractuelle des mandataires.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de ses auteurs (art. 66 al. 1 LTF). Les intimés n'ayant pas été invités à répondre au recours, il n'y a pas lieu de leur allouer des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 26 février 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet