Faits:
A. X._, né en 1968, originaire du Cambodge, est arrivé en Suisse le 22 janvier 2006 au bénéfice d'un visa de touriste. Le 14 mars 2006, il a épousé une compatriote disposant d'une autorisation d'établissement en Suisse et a obtenu pour ce motif une autorisation de séjour. Le 4 avril 2006, le couple s'est séparé et n'a jamais repris la vie commune. Les modalités de la séparation ont été réglées par une convention conclue le 24 août 2006 en procédure de mesures protectrices de l'union conjugale.
Le 28 août 2007, le Service des migrations du canton de Berne a refusé de prolonger l'autorisation de séjour de l'intéressé et lui a imparti un délai de départ de la Suisse. Cette décision a été confirmée par décision du 7 octobre 2008 de la Direction de la police et des affaires militaires du canton de Berne sur recours de l'intéressé.
Par mémoire du 6 novembre 2008, l'intéressé a recouru contre la décision du 7 octobre 2008 auprès du Tribunal administratif du canton de Berne. Il concluait à la délivrance d'une autorisation de séjour. Par mémoire du même jour, il a recouru contre la décision du 7 octobre 2008 auprès du Conseil-exécutif du canton de Berne. Il concluait à la délivrance d'une autorisation fondée sur la libre appréciation.
B. Par arrêt du 12 janvier 2009, le Juge unique du Tribunal administratif du canton de Berne a déclaré le recours de droit administratif irrecevable, l'intéressé ne pouvant se prévaloir d'aucun droit à la délivrance d'une autorisation.
C. Par mémoire du 11 février 2009, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler le jugement du 12 janvier 2009 et partant de faire droit à sa demande de prolongation de l'autorisation de séjour, subsidiairement de l'autoriser à demeurer en Suisse en lui accordant une admission provisoire.
Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations. La Direction de la police et des affaires militaires, l'Office cantonal de la population et des migrations ainsi que l'Office fédéral des migrations concluent au rejet du recours sous suite de frais.
D. Par ordonnance du 19 février 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif formulée par l'intéressé.
Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2008 (RO 2007 5487). En vertu de l'art. 126 al. 1 LEtr, les demandes déposées avant l'entrée en vigueur de la loi sont régies par l'ancien droit. La procédure de non-renouvellement ayant été initiée avant le 1er janvier 2008, la présente affaire doit être examinée à la lumière de l'ancienne loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE).
2. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 1 consid. 1.1 p. 3). L'intéressé n'a pas indiqué expressément par quelle voie de recours il voulait procéder au Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait lui nuire si son mémoire peut être considéré comme recours remplissant les conditions de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. ATF 133 I 300 consid. 1.2 p. 302 s.). Le présent recours est formé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale dans une cause de droit public; il convient donc d'examiner en premier lieu s'il est recevable comme recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF.
3. Selon l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit. Selon l'art. 4 LSEE, les autorités compétentes statuent librement, dans le cadre des prescriptions légales et des traités avec l'étranger, sur l'octroi ou le refus d'autorisations de séjour ou d'établissement. En principe, l'étranger n'a pas droit à l'autorisation de séjour. Ainsi, le recours en matière de droit public est irrecevable, à moins que ne puisse être invoquée une disposition particulière du droit fédéral ou d'un traité accordant le droit à la délivrance d'une telle autorisation (cf. ATF 131 II 339 consid. 1 p. 342; 130 II 388 consid. 1.1 p. 389, 281 consid. 2.1 p. 284 et les arrêts cités). La restriction de l'art. 83 LTF vaut également pour les décisions de nature procédurale, notamment une décision d'irrecevabilité telle celle attaquée en l'espèce (arrêt 2C_197/2009 du 28 mai 2009, consid. 6).
En vertu de l'art. 17 al. 2 LSEE, le conjoint d'un étranger titulaire d'une autorisation d'établissement a droit à une autorisation de séjour aussi longtemps que les époux vivent ensemble, ce dont le recourant ne peut se prévaloir, puisque la vie commune a pris fin le 4 avril 2006, soit trois semaines après le mariage qui a eu lieu le 14 mars 2006. Pour le surplus, l'art. 50 al. 2 LEtr cité par le recourant n'est pas applicable en l'espèce (cf. consid. 1 ci-dessus).
Le recours en matière de droit public est par conséquent irrecevable. Seule la voie du recours constitutionnel subsidiaire peut encore être envisagée.
4. Le recours constitutionnel subsidiaire n'est ouvert que pour se plaindre de la violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF), qu'il appartient au recourant d'invoquer et de motiver sous peine d'irrecevabilité (cf. art. 106 al. 2 LTF applicable par renvoi de l'art. 117 LTF). Le recourant doit en outre avoir un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (art. 115 let. b LTF).
En l'espèce, le recourant ne précise nullement quels droits constitutionnels le cas échéant, le Tribunal cantonal aurait mal interprété ou mal appliqué. Il n'évoque nullement l'interdiction de l'arbitraire ni d'autres droits constitutionnels qui auraient éventuellement été violés. Il n'expose par conséquent pas non plus en quoi un tel droit aurait peut-être été violé.
5. Les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours qu'il soit considéré comme recours en matière de droit public ou comme recours constitutionnel subsidiaire. Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Direction de la police et des affaires militaires, à l'Office de la population et des migrations et à la Cour des affaires de langue française du Tribunal administratif du canton de Berne, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 11 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey