Fatti:
A. Il 28 novembre 2005 le Ferrovie Federali Svizzere (FFS) hanno presentato all'Ufficio federale dei trasporti (UFT) una domanda di approvazione dei piani per l'ampliamento del piazzale di carico presso la stazione di Cadenazzo. Il progetto prevede, nei Comuni di Contone e Cadenazzo, la posa di nuovi binari, la formazione di due piazzali per la circolazione e la sosta dei mezzi pesanti, la costruzione di un edificio di servizio e la delimitazione di un'area di deposito non asfaltata di 500 m2. Per la realizzazione dell'impianto è in particolare prevista l'espropriazione di un binario di raccordo di proprietà del Consorzio D._, composto da C._ AG, E.E._, F.E._ e B._
A._, proprietario di fondi situati nelle vicinanze, B._, C._ AG e il Consorzio D._ si sono opposti al progetto e alla prevista espropriazione.
B. Con decisione del 14 settembre 2009 l'UFT ha approvato i piani, respingendo nel contempo le opposizioni. Contro la decisione di approvazione dei piani gli opponenti hanno allora adito il Tribunale amministrativo federale (TAF) con un ricorso del 19 ottobre 2009. Entro il termine assegnato dal TAF per presentare una risposta al gravame, le FFS hanno chiesto il 4 dicembre 2009 di revocare l'effetto sospensivo al ricorso.
C. Dopo avere sentito l'UFT, che ha appoggiato la richiesta delle FFS, e gli opponenti, che l'hanno contestata, con decisione incidentale del 20 gennaio 2010, il TAF ha accolto la domanda cautelare. Ha ritenuto che allo stadio attuale non poteva essere formulata una prognosi sull'esito probabile della lite ed ha considerato l'interesse pubblico invocato dalle FFS alla sistemazione anticipata della zona di carico prevalente rispetto alle possibili difficoltà di circolazione dei mezzi pesanti prospettate dagli opponenti.
D. Gli stessi impugnano questa decisione incidentale con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di confermare l'effetto sospensivo del ricorso presentato al TAF. Postulano inoltre il conferimento dell'effetto sospensivo al presente gravame. I ricorrenti fanno essenzialmente valere la violazione del diritto di essere sentito, del divieto dell'arbitrio e del principio della proporzionalità.
E. Il TAF e l'UFT comunicano di non avere osservazioni da formulare al ricorso, mentre le FFS chiedono di respingerlo, ribadendo i motivi che giustificherebbero il provvedimento litigioso.
Diritto:
1. 1.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi dell'art. 82 lett. a LTF, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 45 LTF) e diretto contro una decisione resa dal Tribunale amministrativo federale (art. 86 cpv. 1 lett. a LTF) in una materia che non rientra nell'ambito delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF, è, sotto i citati aspetti, ammissibile (cfr. DTF 134 II 192 consid. 1.1).
1.2 Il TAF ha riconosciuto la legittimazione a ricorrere del Consorzio D._, della B._ e della C._ AG. Non si è per contro pronunciato sulla facoltà ricorsuale di A._. La questione non deve essere approfondita in questa sede, dal momento che, in quanto destinatari di una decisione che ha negato l'effetto sospensivo al loro ricorso, i ricorrenti sono legittimati a insorgere in questa sede contro tale diniego, indipendentemente dalla loro legittimazione nel merito (DTF 129 II 286 consid. 1.3).
1.3 La decisione impugnata, con la quale l'autorità ha accolto la domanda delle FFS di revocare l'effetto sospensivo al ricorso, non pone fine alla vertenza e costituisce una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF. Eccettuati i casi disciplinati dall'art. 92 LTF, il ricorso contro siffatte decisioni, notificate separatamente, è ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF; cfr. DTF 135 II 30 consid. 1.3.4 e rinvii). L'adempimento di questo requisito deve essere di principio dimostrato dai ricorrenti, a meno che non sia manifesto (cfr. DTF 133 III 629 consid. 2.3.1). La fattispecie dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF manifestamente non entra per contro qui in considerazione (cfr. DTF 134 I 83 consid. 3.1 pag. 87).
Riguardo all'esistenza di un pregiudizio irreparabile, i ricorrenti si limitano ad addurre che la revoca dell'effetto sospensivo comporterebbe per le FFS la possibilità di iniziare i lavori di costruzione, pregiudicando l'attività delle loro imprese. Secondo i ricorrenti, l'installazione del cantiere causerebbe infatti inconvenienti logistici e di ordine pratico alle proprietà vicine e, in considerazione della rete viaria inadeguata, ostacolerebbe l'esercizio normale delle loro attività economiche. La questione, visto l'esito del gravame, non dev'essere ulteriormente approfondita. D'altra parte, nel campo del diritto amministrativo, può talvolta giustificarsi di esaminare una decisione incidentale nel merito anche se il pregiudizio non è di natura giuridica, qualora sia inesigibile sotto il profilo dello stato di diritto rinviare le parti all'impugnazione della decisione finale (DTF 1C_286/2009 del 13 gennaio 2010 consid. 1.2.1; 135 II 30 consid. 1.3.2 e 1.3.4).
1.4 Contro le decisioni in materia di misure cautelari si può fare valere soltanto la violazione di diritti costituzionali (art. 98 LTF). Il Tribunale federale esamina la violazione di siffatti diritti solo se la censura è stata sollevata e sufficientemente motivata (art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che i ricorrenti devono dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione impugnata leda i loro diritti costituzionali (DTF 134 I 83 consid. 3.2 e rinvii).
2. 2.1 I ricorrenti lamentano una violazione del diritto di essere sentiti perché il TAF non si sarebbe pronunciato su tutte le questioni da loro sollevate. Gli rimproverano in particolare di non essersi confrontato con la portata di una sentenza dell'8 aprile 2005 del Tribunale della pianificazione del territorio, che accertava l'esclusione dalla zona edificabile dei fondi interessati dal progetto ferroviario, e di non avere statuito sulle censure concernenti il mancato rispetto della LPT e l'esigenza di eseguire un esame di impatto ambientale.
2.2 Dal diritto di essere sentito, sancito dall'art. 29 cpv. 2 Cost., la giurisprudenza ha dedotto, tra l'altro, il diritto dell'interessato di ottenere una decisione motivata. Questa norma non pone tuttavia esigenze troppo severe all'obbligo di motivazione e l'autorità giudicante è tenuta ad esprimersi unicamente sulle circostanze significative, atte a influire in qualche maniera sul giudizio di merito, e non su ogni singola asserzione delle parti: essa ha essenzialmente lo scopo di permettere, da un lato, agli interessati di afferrare le ragioni che stanno alla base della decisione e di impugnarla con cognizione di causa e, dall'altro, all'autorità di ricorso di esaminare la fondatezza della decisione medesima. Queste esigenze di motivazione sono applicabili anche alle decisioni con cui vengono adottate misure cautelari (DTF 134 I 83 consid. 4.1 e rinvii; cfr. inoltre DTF 135 III 513 consid. 3.6.5).
2.3 La decisione impugnata adempie tali esigenze. Il TAF ha in effetti eseguito una ponderazione tra gli interessi invocati dalle FFS per togliere l'effetto sospensivo e quelli addotti dagli opponenti per mantenerlo, spiegando le ragioni per cui riteneva prevalenti i primi rispetto ai secondi. La precedente istanza si è quindi pronunciata sui punti rilevanti ai fini del giudizio sulla revoca dell'effetto sospensivo, unico oggetto del litigio in questa fase della procedura. La portata di tale decisione è peraltro stata compresa dai ricorrenti, avendola diffusamente contestata in questa sede.
Le censure di cui i ricorrenti lamentano la mancata trattazione riguardano essenzialmente la decisione di merito. Il TAF non ha tuttavia tenuto conto del probabile esito della lite, siccome una prognosi non era possibile allo stadio attuale. In tali circostanze, al fine di non pregiudicare il merito della vertenza, non era quindi tenuto a statuire su questo genere di censure già nell'ambito della decisione cautelare.
3. 3.1 I ricorrenti sostengono che la precedente istanza avrebbe fondato il suo giudizio sugli argomenti addotti dalla FFS, ammettendone sbrigativamente la verosimiglianza e rimproverando ai ricorrenti di non avere portato elementi atti a metterli in dubbio. Ritengono che non vi sarebbero agli atti accertamenti che renderebbero verosimile un sovraccarico degli impianti ferroviari esistenti, tale da giustificare l'avvio immediato dei lavori di costruzione. Secondo i ricorrenti, le attuali infrastrutture sarebbero in grado di soddisfare la domanda del traffico merci, mentre il traffico passeggeri sulla tratta Bellinzona-Luino/Locarno non subirebbe ritardi percepibili dall'utenza riconducibili all'esercizio dell'attività sul piazzale di carico esistente, la cui capacità massima non sarebbe ancora raggiunta. Adducono inoltre che il TAF non avrebbe tenuto conto della portata della citata sentenza del Tribunale della pianificazione del territorio, omettendo di considerare gli interessi generali invocati e di verificare il rispetto del principio della proporzionalità.
3.2 Secondo l'art. 55 PA, il ricorso ha effetto sospensivo (cpv. 1). Se la decisione non ha per oggetto una prestazione pecuniaria, l'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione possono togliere l'effetto sospensivo (cpv. 2). La questione di sapere se nel singolo caso l'effetto sospensivo debba essere mantenuto o revocato deve fondarsi su motivi chiari e convincenti e risultare da una ponderazione degli interessi pubblici e privati in discussione. Occorre al riguardo esaminare se i motivi che giustificano l'esecuzione immediata della decisione prevalgono su quelli a favore della soluzione contraria. L'autorità chiamata a pronunciarsi fonda la sua decisione sui documenti agli atti, che esamina in un giudizio "prima facie", senza ordinare l'assunzione di nuove prove. Nella propria valutazione può tenere conto del presumibile esito della lite solo se quest'ultimo appare manifesto (DTF 117 V 185 consid. 2b; 110 V 40 consid. 5b; 106 Ib 115 consid. 2a). Il giudice competente beneficia in quest'ambito di un ampio potere di apprezzamento e il Tribunale federale interviene unicamente se l'istanza inferiore ha commesso un eccesso o un abuso del potere di apprezzamento: annulla la decisione impugnata solo se non sono stati presi in considerazione interessi essenziali o se essi sono stati valutati in modo manifestamente errato, oppure ancora se la soluzione adottata pregiudica in modo inammissibile l'esito della causa, ciò che impedirebbe una corretta applicazione del diritto federale (DTF 129 II 286 consid. 3).
3.3 I ricorrenti non sostanziano l'esistenza di motivi atti a giustificare l'annullamento da parte del Tribunale federale della decisione impugnata. Sostengono invero di avere invocato dinanzi alla precedente istanza non soltanto interessi privati di natura pratica, ma anche interessi generali, legati all'azzonamento dei fondi dedotti in edificazione, all'inadeguatezza dell'assetto viario attuale e alla necessità di eseguire un esame dell'impatto ambientale conforme all'art. 10a segg. LPAmb. Come visto, questi aspetti riguardano tuttavia il merito della causa e la precedente istanza non li ha esplicitamente considerati, siccome ha ritenuto che il presumibile esito della lite non appariva sufficientemente chiaro. I ricorrenti condividono in sostanza questa conclusione e comunque non sostengono, con una motivazione conforme alle citate esigenze, ch'essa sarebbe manifestamente insostenibile poiché l'esito della vertenza sarebbe già ora chiaramente in loro favore. Nella misura in cui si limitano a ribadire gli argomenti di merito sollevati contro la decisione di approvazione dei piani, il gravame in esame è pertanto inammissibile.
Richiamando il principio della proporzionalità, i ricorrenti adducono che l'avvio dei lavori di costruzione per un progetto di simile portata non consentirebbe di ripristinare la situazione preesistente qualora il ricorso contro la decisione di approvazione dei piani fosse accolto. Contro la decisione di revoca dell'effetto sospensivo, come visto, può tuttavia essere fatta valere solo la violazione di diritti costituzionali (cfr. art. 98 LTF): il principio della proporzionalità non è tale e non può quindi essere invocato a titolo indipendente, se un provvedimento non è manifestamente sproporzionato e lede simultaneamente il divieto dell'arbitrio (cfr. DTF 134 I 153 consid. 4). Certo, nel caso di accoglimento del ricorso pendente dinanzi al TAF e nell'ipotesi in cui tale decisione dovesse essere pronunciata dopo la realizzazione dell'impianto, un eventuale ripristino della situazione precedente costituirebbe un'operazione onerosa. Cionondimeno, la critica di carattere generale sollevata dai ricorrenti non permette di ritenere che uno spostamento o una rimozione dell'impianto sia tecnicamente impossibile e sia tale da pregiudicare in modo manifestamente insostenibile la corretta applicazione del diritto ferroviario e di protezione dell'ambiente.
Il richiamo dei ricorrenti della sentenza pubblicata in DTF 115 Ib 424 non è pertinente, siccome concerneva il diritto previgente, ove la decisione di approvazione dei piani emanata dall'UFT poteva ancora essere impugnata dinanzi all'allora Dipartimento federale dei trasporti, delle comunicazioni e delle energie, che costituiva l'autorità superiore di vigilanza e di ricorso gerarchico. In quel caso, il Tribunale federale aveva quindi ritenuto che i lavori di costruzione per l'impianto ferroviario non potessero iniziare prima della decisione dell'autorità amministrativa gerarchicamente superiore (cfr. DTF 115 Ib 424 consid. 6). Nell'attuale procedura ordinaria di approvazione dei piani giusta gli art. 18 segg. Lferr, l'UFT statuisce per contro quale unica autorità amministrativa (cfr. DTF 133 II 130 consid. consid. 3.3).
Il richiamo dei ricorrenti della sentenza pubblicata in DTF 115 Ib 424 non è pertinente, siccome concerneva il diritto previgente, ove la decisione di approvazione dei piani emanata dall'UFT poteva ancora essere impugnata dinanzi all'allora Dipartimento federale dei trasporti, delle comunicazioni e delle energie, che costituiva l'autorità superiore di vigilanza e di ricorso gerarchico. In quel caso, il Tribunale federale aveva quindi ritenuto che i lavori di costruzione per l'impianto ferroviario non potessero iniziare prima della decisione dell'autorità amministrativa gerarchicamente superiore (cfr. DTF 115 Ib 424 consid. 6). Nell'attuale procedura ordinaria di approvazione dei piani giusta gli art. 18 segg. Lferr, l'UFT statuisce per contro quale unica autorità amministrativa (cfr. DTF 133 II 130 consid. consid. 3.3).
3.4 3.4.1 Quanto ai motivi alla base della richiesta di revoca dell'effetto sospensivo, dinanzi alla precedente istanza l'impresa ferroviaria ha addotto che l'attuazione del progetto "fokus", sviluppato da FFS Cargo a partire dal 2006, prevede una concentrazione dell'attività del traffico merci. L'importanza dell'impianto di Cadenazzo sarebbe così accresciuta e ciò anche a seguito della chiusura al traffico merci di alcune stazioni del Sopraceneri: in particolare il 1° aprile 2009, a dipendenza della realizzazione di un nodo d'interscambio nell'ambito del traffico regionale Ticino-Lombardia (TILO), è stato definitivamente chiuso il piazzale merci di Castione. Inoltre, gli interventi previsti presso il comparto di Camorino per allacciare la linea ferroviaria esistente alla nuova galleria di base del Monte Ceneri, nel contesto del progetto AlpTransit, si ripercuotono sul traffico ferroviario e comportano la necessità di liberare i binari all'altezza di Giubiasco e Cadenazzo. Le FFS hanno altresì rilevato che il materiale di costruzione per la galleria di base verrà fornito a partire dalla stazione di Cadenazzo, il cui attuale piazzale di carico starebbe raggiungendo i limiti di capacità massima. In questa situazione, le manovre necessarie per il traffico merci comportano oggi frequenti attraversamenti dei binari principali, interferendo pure sull'esercizio della linea Bellinzona-Luino/Locarno.
La precedente istanza, richiamando il parere favorevole dell'UFT, ha ritenuto che la soluzione di queste problematiche da parte delle FFS implicava la necessità di pianificare e gestire tempestivamente gli interventi e imponeva quindi di sistemare per tempo la zona di carico di Cadenazzo. Ha pertanto ammesso l'interesse pubblico invocato dall'impresa ferroviaria, considerando in particolare che il progetto in discussione consentiva di evitare l'attraversamento della linea ferroviaria sulla quale si svolge anche il traffico viaggiatori tra Bellinzona e Locarno/Luino. Ha poi considerato che questi interessi erano prevalenti rispetto a quelli addotti dai ricorrenti, riferiti essenzialmente a possibili difficoltà di transito dei mezzi pesanti che operano nel comparto. Ciò a maggior ragione poiché i paventati disagi legati all'attuale rete viaria non erano incombenti, ma si sarebbero semmai verificati soltanto al termine dei lavori di costruzione. I ricorrenti stessi menzionavano del resto uno studio elaborato dal Comune di Cadenazzo per un eventuale adeguamento della rete stradale.
3.4.2 I ricorrenti non si confrontano con l'esposta ponderazione degli interessi, spiegando con una motivazione puntuale perché la precedente istanza avrebbe commesso un eccesso o un abuso del potere di apprezzamento. Mettono piuttosto in dubbio gli argomenti avanzati dalle FFS, adducendo ch'esse non avrebbero sufficientemente reso verosimile né l'esistenza di un sovraccarico dell'attuale piazzale di carico né un peggioramento del traffico viaggiatori sulla linea esistente né un aumento della circolazione dei treni legata alla realizzazione della galleria di base del Monte Ceneri. Tuttavia, trattandosi di un provvedimento di urgenza, che deve quindi essere emanato rapidamente, il TAF poteva di principio fondarsi sui soli atti di causa e non era tenuto ad effettuare ulteriori ed impegnativi accertamenti (cfr. sentenza 1A.39/2003 del 12 marzo 2003 consid. 2.1 e riferimenti, non pubblicato in DTF 129 II 286). Ora, la giustificazione e le caratteristiche del progetto in esame, come pure i rischi connessi al caso di una sua mancata realizzazione, risultano chiaramente dagli atti di pubblicazione, segnatamente dal rapporto tecnico del 25 novembre 2005. Le ragioni addotte dalle FFS nella richiesta di revoca dell'effetto sospensivo trovano sostanzialmente riscontro in tali atti e risultano confortate dal tempo trascorso dall'inoltro della domanda di approvazione dei piani: non vi sono fondati motivi per metterle seriamente in dubbio. D'altra parte, il progetto della galleria di base del Monte Ceneri, cui si ricollega perlomeno parzialmente il provvedimento cautelare, è stato oggetto di precedenti decisioni di approvazione dei piani e si trova attualmente in fase di realizzazione. La sua portata, in particolare per quanto concerne gli allacciamenti alla linea esistente, è nota all'UFT, che costituisce l'autorità di vigilanza in materia ferroviaria (cfr. art. 10 Lferr) e che svolge compiti specifici nell'ambito della costruzione della nuova trasversale ferroviaria alpina (cfr. art. 11 dell'ordinanza sulla costruzione di una ferrovia transalpina, del 28 febbraio 2001 [OTrAl; RS 742.104.1]). In tali circostanze, ragionevolmente, non può essere rimproverato alla precedente istanza di avere abusato del proprio potere di apprezzamento per non avere eseguito ulteriori approfondimenti, segnatamente per non avere preteso dalle FFS accertamenti precisi per quanto concerne gli attuali quantitativi di merce trasportata e gli sviluppi futuri, nonché la frequenza e i ritardi riscontrati attualmente nel traffico passeggeri.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dei ricorrenti (art. 66 cpv. 1 LTF). Le FFS fanno parte delle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico e non hanno fatto capo al patrocinio di un avvocato: non possono quindi essere assegnate loro ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 3 LTF).
L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo contenuta nel gravame.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, alle FFS, al Tribunale amministrativo federale, Corte I, e all'Ufficio federale dei trasporti.