Faits:
A. Dans le cadre d'une instruction pénale dirigée notamment contre B._ (associé de la fiduciaire A._) pour blanchiment d'argent, faux dans les titres et dans les certificats, abus de confiance et gestion déloyale, un certificat d'actions de la société C._ a été saisi en 2009 auprès de A._. Le 26 août 2011, le Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC) a refusé de restituer à A._ le certificat d'actions C._, considérant que ce document avait déjà été rendu le 8 décembre 2010 à son ayant droit, D._. Le 9 novembre 2011, le MPC a à nouveau rejeté une demande tendant à la restitution du certificat d'action. A._ prétendait que le véritable ayant droit était E._, mais elle n'avait pas donné les coordonnées de ce dernier ni prouvé ses allégations.
B. A._ a saisi la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral d'un recours portant également sur la saisie d'autres actions au sujet desquelles elle réclamait une décision formelle. Elle demandait par ailleurs la nomination d'un procureur indépendant et la désignation d'un autre juge de la Cour des plaintes à la place de son président.
Par arrêt du 14 mars 2012, la Cour des plaintes - statuant en français et dans sa composition ordinaire - a déclaré irrecevable la demande tendant à la nomination d'un autre procureur. En réplique, la recourante avait déclaré qu'elle n'avait pas l'intention de recourir contre les décisions des 26 août et 9 novembre 2011 concernant le certificat d'actions C._; la recourante semblait toujours se plaindre de ce que la restitution du titre n'ait eu lieu qu'après une année, mais cela ne lui permettait pas de remettre en cause ladite décision. Cet aspect du recours était dès lors sans objet. Pour le surplus, le recours a été déclaré irrecevable.
C. Par acte du 16 mars 2012, A._ forme un recours avec demande d'effet suspensif contre l'arrêt de la Cour des plaintes. Elle conclut à l'annulation partielle de cet arrêt et à la restitution du certificat d'actions C._. Subsidiairement elle demande un million de francs d'indemnité pour le compte du légitime propriétaire du titre.
L'effet suspensif a été refusé par ordonnance du 22 mars 2012.
La Cour des plaintes se réfère à sa décision. Le MPC conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. La recourante a déposé des écritures complémentaires les 20 mars et 14 mai 2012.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contrainte.
1.1 En tant qu'elle prétend à la restitution d'un titre saisi en ses mains et qu'elle a participé à la procédure devant la Cour des plaintes, la recourante a qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF).
1.2 L'arrêt attaqué a un caractère incident, puisqu'il ne met pas fin à la procédure pénale. La question de savoir s'il cause à la recourante un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF peut demeurer indécise, compte tenu des considérations qui suivent.
1.3 L'art. 98 LTF, selon lequel seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels, ne s'applique pas aux mesures de contrainte prévues aux art. 196 ss CPP (ATF 137 IV 340 consid. 2.4 p. 346). Toutefois, selon l'exigence de motivation posée à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le recourant doit exposer succinctement en quoi l'arrêt attaqué viole le droit. En outre, lorsqu'il choisi d'alléguer des griefs d'ordre constitutionnel, le recourant doit respecter le principe d'allégation et indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle a été violée en démontrant par une argumentation précise en quoi consiste la violation (art. 106 al. 2 LTF; ATF 136 II 304 consid. 2.4 et 2.5).
1.4 En l'occurrence, s'agissant du certificat d'actions C._, la Cour des plaintes a considéré que la recourante avait retiré son recours contre l'ordonnance du 9 novembre 2011. La recourante soutient que le certificat d'actions aurait été indûment saisi car il serait établi que le véritable ayant droit en serait E._, fondateur, directeur et propriétaire de la société. La restitution du titre à un avocat zurichois pour le compte d'un tiers, sans en informer la recourante, constituerait un acte de recel (Hehlerei). Cette argumentation apparaît sans aucun rapport avec le motif retenu par la Cour des plaintes; elle est dès lors irrecevable. Il en va de même pour les arguments soulevés dans les écritures des 20 mars et 14 mai 2012.
La recourante prétend avoir manifesté, dans son mémoire du 18 novembre 2011 et dans ses écritures subséquentes, son intention de recourir et d'obtenir la restitution du certificat d'actions. Elle en déduit que la partie concernée de l'arrêt attaqué violerait la Constitution, sans toutefois préciser, comme l'exige l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi constituerait l'inconstitutionnalité alléguée. Il est vrai que le recours à la Cour des plaintes était dirigé contre la décision du MPC du 9 novembre 2011. Toutefois, dans sa réplique du 21 décembre 2011, la recourante a clairement indiqué qu'elle n'entendait pas recourir contre les décisions des 26 août et 9 novembre 2011, tout en se plaignant de l'attitude du MPC. On ne voit dès lors pas en quoi la Cour des plaintes aurait violé le droit constitutionnel en interprétant comme elle l'a fait la déclaration de la recourante.
2. Faute d'une argumentation satisfaisant aux exigences des art. 42 al. 2, respectivement 106 al. 2 LTF, le recours doit être déclaré irrecevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais de la procédure sont mis à la charge de la recourante, qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Cour des plaintes.
Lausanne, le 30 mai 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz