Faits:
A. Par jugement du 21 mai 2010, le Tribunal de police du canton de Genève a reconnu X._ et Y._ coupables d'escroquerie (art. 146 CP) et de faux dans les titres (art. 251 CP) et les a condamnés à une peine-pécuniaire de 360 jours-amende à 185 fr. le jour pour X._ et à 500 fr. le jour pour Y._, avec sursis et délai d'épreuve de 3 ans. Les droits de la partie civile Z._ SA ont été réservés.
B. Par arrêt du 16 juin 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté les appels des prénommés et confirmé le jugement.
Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants:
B.a Le 21 juin 2005, la société B._ SA et le dénommé C._ ont signé une convention par laquelle ils s'associaient dans le but de vendre les parts de copropriété sur trois immeubles dont B._ SA était propriétaire, le principe étant le partage par moitié du bénéfice réalisé. C._ se voyait en outre accorder la moitié des revenus locatifs nets, avec effet rétroactif à la date d'acquisition des parts de copropriété par B._ SA, respectivement en juillet 2001 et février 2002, tant et aussi longtemps que les parts n'auraient pas été réalisées. Cette convention se référait à des déclarations signées par B._ SA les 27 mars et 24 avril 2001, par lesquelles elle reconnaissait devoir à C._ les sommes de 500'000 fr. et 180'000 fr., dont il fallait déduire 150'000 fr. versés le 16 avril 2003.
B.b Le 21 juillet 2005, D._, fils de Y._ et détenteur de 7'354 actions de B._ SA, E._, détenteur de 72 actions de cette société, et X._, détenteur de 1'974 actions et représentant les prénommés, ont vendu à Z._ SA l'intégralité du capital-actions de B._ SA, pour un montant de 11'000'000 francs. Le prix était payable à raison de 7'000'000 fr. à la vente, de 2'000'000 fr. au 31 décembre 2005 et de 2'000'000 fr. lors de l'établissement des comptes arrêtés au 31 décembre 2005, mais au plus tard le 30 juin 2006. Les vendeurs ont garanti à Z._ SA que B._ SA n'avait souscrit aucun engagement envers des tiers autres que ceux ressortant de ses comptes au 31 décembre 2004. Ils ont aussi garanti à l'acheteuse le paiement de toutes charges résultant de faits antérieurs à l'entrée en jouissance et qui n'apparaissaient pas dans les comptes et se sont obligés, au cas où B._ SA se verrait réclamer une dette non comptabilisée, à s'acquitter de cette dette, à l'entière décharge de B._ SA. Les comptes de B._ SA au 31 décembre 2004 et les comptes intermédiaires au 30 juin 2005, établis par la fiduciaire de X._, étaient annexés à la convention de vente d'actions du 21 juillet 2005.
B.c X._ a participé aux négociations ayant trait à la vente des actions à Z._ SA. Il connaissait l'existence du contrat du 21 juin 2005 avec C._. Y._ est intervenu dans la gestion de B._ SA et a participé aux négociations en vue de la vente des actions, pour venir en aide à son fils. Il connaissait l'existence de la convention du 21 juin 2005. Z._ SA n'a pas été informée de cette convention. Les comptes de B._ SA au 31 décembre 2004 et ceux intermédiaires au 30 juin 2005 ne mentionnent aucune dette à l'égard de C._. Les comptes intermédiaires ne font pas non plus état de la convention du 21 juin 2005 et ses implications pour B._ SA.
B.d Le 7 juillet 2006, B._ SA (dont Z._ SA était alors l'actionnaire) et C._ ont résilié le contrat du 21 juin 2005, celui-ci y renonçant moyennant une indemnité en sa faveur de 1'500'000 francs. Une procédure civile a opposé Z._ SA et les vendeurs. En raison de la compensation opposée à ces derniers, cette société n'a pas subi de préjudice définitif.
C. X._ et Y._ forment chacun un recours en matière pénale contre cet arrêt et concluent, sous suite de dépens, à leur acquittement.
Considérant en droit:
1. Les deux recours ont un contenu identique et sont dirigés contre la même décision. Il se justifie de les joindre et de statuer par un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF).
2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La partie recourante ne peut ainsi critiquer ces faits que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (sur cette notion, cf. ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 58 consid. 4.1.2 p. 62), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 5).
Le Tribunal fédéral n'examine, en général, que les questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; ATF 135 I 91 consid. 2.1 p. 93). De plus, il n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 136 I 65 consid. 1.3.1 p. 68 et arrêts cités).
3. Les recourants invoquent une violation de leur droit d'être entendus.
3.1 Ils relèvent avoir produit devant la cour cantonale un avis établi par F._ SA et daté du 11 avril 2011. Il en ressort que selon l'appréciation de cette fiduciaire, l'engagement pris par B._ SA dans la convention du 21 juin 2005 avec C._ de partager par moitié le bénéfice de la vente des parts de copropriété n'avait pas à figurer au bilan de B._ SA. En outre, le dommage encouru par Z._ SA n'a été que potentiel et ne s'est jamais concrétisé, en particulier compte tenu de la garantie des vendeurs prévue dans la convention de vente des actions du 21 juillet 2005. Les recourants se plaignent de ce que le contenu de cet avis n'ait pas été mentionné dans l'arrêt attaqué ni discuté par la cour cantonale.
3.2 Le droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., impose au juge de motiver ses décisions afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Pour satisfaire cette exigence, il suffit que le juge mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (ATF 136 I 229 consid. 5.1 p. 236; 134 I 140 consid. 5.3 p. 148).
3.3 En ce qui concerne les éléments devant figurer dans les comptes de B._ SA, l'avis de la fiduciaire s'exprime uniquement sur l'engagement pris par cette société dans la convention du 21 juin 2005 de partager par moitié avec C._ le bénéfice des parts de copropriété en cas de vente de celles-ci. Cet aspect n'est cependant pas à lui seul déterminant pour trancher la question du faux dans les titres. En effet, dans cette convention du 21 juin 2005, PAR-mmo SA s'est aussi engagée à verser à C._ la moitié des revenus locatifs nets, avec effet rétroactif à la date d'acquisition des parts de copropriété par B._ SA, respectivement en juillet 2001 et février 2002. Or, une telle dette aurait dû figurer dans les comptes au 30 juin 2005 (cf. infra consid. 4.4). En outre, la cour cantonale a aussi admis l'existence d'un faux dans les titres pour les comptes à fin décembre 2004 dès lors qu'ils ne mentionnaient pas les engagements pris par B._ SA à l'égard de C._ sous la forme de reconnaissances de dette. Il apparaît ainsi que l'avis émis par la fiduciaire dont se prévalent les recourants n'était pas décisif pour apprécier la qualification de faux dans les titres et que la cour cantonale pouvait s'abstenir de l'évoquer sans violer le droit d'être entendus de ceux-ci.
Il n'en va pas différemment de la question du dommage sur laquelle la fiduciaire s'est exprimée. La cour cantonale a exposé que l'infraction d'escroquerie impliquait l'existence d'un dommage, un dommage temporaire étant toutefois suffisant. Dans le raisonnement qu'elle a suivi, on comprend qu'elle s'est fondée sur cette notion de dommage temporaire ("transitoire" selon le terme utilisé), ayant admis qu'il n'y avait pas de dommage définitif (arrêt attaqué, p. 19/20). La fiduciaire ne s'étant pas exprimée sur cette notion de dommage provisoire, la cour cantonale n'a pas violé le droit d'être entendus des recourants en ne relayant pas son avis.
4. Les recourants invoquent une violation de l'art. 251 CP.
4.1 L'art. 251 CP réprime celui qui, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui, ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, aura créé un titre faux, falsifié un titre, abusé de la signature ou de la marque à la main réelles d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou constaté ou fait constater faussement, dans un titre, un fait ayant une portée juridique, ou aura pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre.
4.2 Les recourants ont été condamnés pour avoir contribué à la vente du capital-actions de B._ SA en utilisant les comptes à fin 2004 ainsi que des comptes intermédiaires à fin juin 2005, lesquels n'indiquaient pas certaines dettes. On ne se trouve pas dans l'hypothèse d'un document dont l'auteur apparent ne coïncide pas avec l'auteur réel (faux matériel), mais dans celle d'un document qui est simplement mensonger dans son contenu (faux intellectuel). Selon la jurisprudence, pour qu'un mensonge écrit soit propre à servir de preuve, il faut qu'il inspire une confiance particulière en raison de la personne dont il émane ou de la valeur que lui attribue la loi. La comptabilité constitue un titre, doté d'une garantie objective de véracité. La comptabilité commerciale et ses éléments (pièces justificatives, livres, extraits de comptes, bilans ou comptes de résultat) sont des titres au sens des art. 110 ch. 4 et 251 CP, dès lors qu'ils sont, en tout cas en vertu de l'art. 957 CO, destinés et propres à prouver des faits ayant une portée juridique (ATF 132 IV 12 consid. 8.1 p. 15; 129 IV 130 consid. 2.2 p. 135; 125 IV 17 consid. 2a/aa p. 23). Cela vaut même si la comptabilité n'a pas encore été soumise à l'organe de révision et à l'assemblée générale (ATF 114 IV 32 consid. 2a p. 33). Une comptabilité facultative constitue également un titre, bien que son auteur ne soit pas soumis à l'obligation légale de régularité découlant de l'art. 957 CO, si elle est tenue dans le même but que celui en vue duquel l'art. 957 CO oblige les personnes assujetties à l'inscription au registre du commerce à tenir des livres (ATF 129 IV 130 consid. 2.2 p. 135; 125 IV 17 consid. 2b/aa p. 26 s.). Le critère est fonctionnel: si, quoique n'émanant pas d'une personne astreinte à tenir des livres, elle comprend des justificatifs et des livres prétendant à l'exhaustivité et donne une image qui se veut complète de la situation financière de l'entreprise, de l'état des dettes et des créances se rattachant à l'exploitation ainsi que du résultat des exercices annuels, la comptabilité vaut titre (ATF 125 IV 17 consid. 2b/aa p. 26 s.). Les tiers qui voudraient connaître la situation financière de l'entreprise doivent pouvoir s'y fier (ATF 125 IV 17 consid. 2b/dd p. 29).
4.3 Les recourants procèdent à une libre discussion des faits quant aux circonstances dans lesquelles les comptes ont été établis. Ce faisant, ils ne démontrent pas que certains faits auraient été omis de manière arbitraire ni que d'autres auraient été arbitrairement retenus. Purement appellatoire, leur argumentation est irrecevable.
4.4 Contrairement à ce que supposent par ailleurs les recourants, il n'y a pas lieu d'envisager différemment les comptes intermédiaires par rapport à des comptes annuels. Conformément au critère fonctionnel mentionné ci-dessus (cf. supra consid. 4.2), de tels comptes sont aussi censés apporter une image complète de la situation financière de l'entreprise à une date donnée et les tiers doivent pouvoir s'y fier. De tels comptes sont fréquemment utilisés en cas de vente d'un capital-actions et il y lieu de leur reconnaître une valeur probante accrue (cf. arrêt 6B_827/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.3.4 et 2.3.5).
Il ressort des constatations cantonales que B._ SA a reconnu devoir à C._ des montants de 500'000 fr. et 180'000 fr. dont à déduire un acompte de 150'000 fr. versé le 16 avril 2003. Le solde n'a pas été acquitté. Nonobstant la contestation de la créance de C._ par les recourants (cf. arrêt attaqué, let. m.d p. 13), celle-ci aurait dû, serait-ce déjà en vertu du principe de la prudence (cf. art. 662a al. 2 ch. 3 CO), figurer dans les comptes. Cela vaut tant pour les comptes à fin 2004 que les comptes intermédiaires à fin juin 2005, les reconnaissances de dette signées par B._ SA remontant à 2001. La comptabilité a ainsi été faussée en donnant une image plus favorable de la société. En outre, il ressort de la convention passée le 21 juin 2005 entre B._ SA et C._ que celle-là s'est engagée à verser à celui-ci la moitié des revenus locatifs nets, avec effet rétroactif à la date d'acquisition des parts de copropriété par B._ SA, respectivement en juillet 2001 et février 2002. Il s'agit là aussi d'une dette qui aurait dû figurer dans les comptes intermédiaires au 30 juin 2005. Au vu de ce qui précède, les éléments objectifs de l'art. 251 CP sont réunis.
4.5 Les recourants contestent aussi l'élément subjectif de l'infraction.
Le faux dans les titres est une infraction intentionnelle. Le dol éventuel suffit. L'art. 251 CP exige de surcroît un dessein spécial, qui peut se présenter sous deux formes alternatives, soit le dessein de nuire ou le dessein d'obtenir un avantage illicite. Le dol éventuel suffit aussi également pour ce dessin (CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3e éd. 2010, n. 171 ss ad art. 251 CP; MARKUS BOOG, Basler Kommentar, Strafrecht II, 2e éd. 2007, n. 86 ss ad art. 251 CP).
La cour cantonale a retenu que les recourants avaient omis en toute connaissance de cause de faire part à Z._ SA des engagements de B._ SA à l'égard de C._. Elle a admis que le dessein spécial était réalisé sur les deux plans, soit tant le dessein de nuire que d'obtenir un avantage illicite. Elle a relevé à ce propos que les recourants avaient expressément fourni à Z._ SA des comptes incomplets afin de faire apparaître une meilleure situation et d'obtenir un prix de vente supérieur, au détriment des intérêts de cette société. La cour a exclu que la garantie des vendeurs incluse dans la convention de vente fût de nature à nier un tel dessein.
Savoir ce que l'auteur voulait, savait ou ce dont il s'accommodait relève du contenu de la pensée, donc de l'établissement des faits, lesquels ne peuvent être revus par le Tribunal fédéral que sous l'angle de l'arbitraire (ATF 135 IV 152 consid. 2.3.2 p. 156).
En l'espèce, les recourants se bornent à discuter de ce qu'était selon eux leur intention. Purement appellatoire, leur argumentation est irrecevable. Au demeurant, il ressort des éléments mentionnés par la cour cantonale que le prix de vente a pu être fixé à un niveau supérieur que celui qui aurait été retenu si les recourants avaient exposé la situation réelle de la société, qu'ils connaissaient. Cela a nui à l'acheteuse et favorisé les vendeurs. De tels éléments suffisent pour admettre la réalisation du dessein tant de nuire que d'obtenir un avantage illicite, étant rappelé que la notion d'avantage est très large et qu'il suffit que l'auteur veuille améliorer sa situation personnelle (ATF 129 IV 53 consid. 3.5 p. 60), ce qui est le cas ici. La clause de garantie en faveur de Z._ SA figurant dans le contrat de vente est sans incidence à cet égard. Elle ne supprime pas le risque encouru par l'acheteuse, qui s'exposait à devoir le cas échéant agir elle-même auprès des vendeurs en réparation du dommage. Elle n'enlève pas non plus l'avantage obtenu par les vendeurs, qui ont pu bénéficier d'un prix de vente trop haut par rapport à la situation véritable de la société.
4.6 Il s'ensuit que les conditions tant objectives que subjectives sont réunies. La cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en appliquant l'art. 251 CP aux recourants.
5. Ces derniers contestent également leur condamnation pour escroquerie (art. 146 CP).
5.1 Aux termes de l'art. 146 CP, se rend coupable d'escroquerie celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais, ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers.
L'escroquerie présuppose donc que l'erreur ait déterminé la victime à disposer de son patrimoine ou du patrimoine d'un tiers. Il faut ainsi un acte de disposition effectué par la dupe et un lien de motivation entre cet acte et l'erreur (ATF 128 IV 255 consid. 2e/aa p. 256 s.). L'escroquerie ne sera en outre consommée que si l'acte de disposition de la victime cause à cette dernière ou à un tiers un dommage. Celui-ci est réalisé lorsque l'on se trouve en présence d'une lésion du patrimoine sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif. Un dommage temporaire ou provisoire est suffisant, de même qu'une mise en danger entraînant une diminution de valeur d'un point de vue économique (ATF 122 IV 279 consid. 2a p. 281; arrêt 6B_1054/2010 du 16 juin 2011 consid. 2.2.1). L'enrichissement de l'auteur ou d'un tiers n'est en revanche pas une condition objective de punissabilité (cf. ATF 119 IV 210 consid. 4b p. 214; CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, 3e éd. 2010, n. 43 ad art. 146 CP; STRATENWERTH ET AL., Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I: Straftaten gegen Individualinteressen, 7e éd. 2010, n. 66 ad § 15).
5.2 Contrairement à ce que soutiennent les recourants, il ne fait pas de doute qu'ils ont astucieusement trompé l'acheteuse. Ils ont en effet délibérément omis de l'informer des engagements pris par B._ SA et lui ont soumis une comptabilité qui ne reflétait pas la réalité. La dupe n'avait aucune possibilité de se rendre compte de cette situation. La tromperie commise à son détriment est astucieuse.
5.3 Les recourants contestent l'existence d'un dommage. Dans une large mesure, ils invoquent des faits ne résultant pas de l'arrêt entrepris ou s'écartent de ceux retenus. Or, il leur incombait de présenter une critique conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF en établissant en quoi l'autorité précédente avait versé dans l'arbitraire en ne retenant pas certains faits ou en en omettant d'autres. Appellatoire, leur argumentation est pour l'essentiel irrecevable.
Z._ SA a acheté les actions de B._ SA en étant trompée sur l'état réel de cette société. La tromperie a ainsi eu une incidence sur le prix de vente, qui a été surévalué. Z._ SA a de ce chef subi un dommage. La survenance du dommage s'est concrétisée au moment de la signature de la vente. Elle est indépendante de ce que subséquemment Z._ SA est parvenue à supprimer tout dommage en opposant la compensation aux vendeurs (cf. arrêt entrepris, p. 20 in initio). Un dommage temporaire suffit (cf. supra consid. 5.1). Que le contrat de vente ait prévu une clause de garantie n'y change rien. Nonobstant la garantie, la situation de l'acheteuse a été prétéritée par la tromperie. La doctrine relève que pour que le dommage soit réalisé, il suffit d'avoir conclu un contrat préjudiciable, même si celui-ci est annulable pour cause de dol. L'action en réparation peut supprimer par la suite le dommage mais n'empêche pas sa survenance (cf. CORBOZ, op. cit., vol. I, n. 36 ad art. 146 CP). En l'espèce, le droit à la réparation du dommage découlant de la garantie contractuelle n'a pas empêché la survenance du dommage. Il résulte de ce qui précède qu'il y a lieu d'admettre un dommage temporaire. La solution de la cour cantonale échappe à la critique.
5.4 Les recourants nient la réalisation de l'élément subjectif, plus particulièrement le dessein d'enrichissement illégitime. En substance, ils remettent en cause la dette de B._ SA à l'égard de C._, se prévalent des circonstances dans lesquelles a été passée la convention avec ce dernier le 21 juin 2005, soulignent que les vendeurs restaient responsables de cette dette selon la convention du 21 juillet 2005 et que ceux-ci sont intervenus auprès de C._ avant l'échéance des acomptes dus par Z._ SA. De la sorte, les recourants se livrent à une libre discussion des faits, purement appellatoire, partant irrecevable.
La cour cantonale a relevé que le fait que les recourants aient pensé pouvoir régler le contentieux avec C._ à leur manière et au moindre coût n'était pas de nature à exclure l'élément subjectif, bien au contraire. Elle a admis le dessein d'enrichissement illégitime dès lors que les recourants, conscients de l'ampleur des engagements pris avec C._ le 21 juin 2005, n'avaient pas informé Z._ SA de cet accord dans l'espoir de pouvoir liquider les prétentions de C._ à un coût nettement inférieur que la réduction du prix de vente du capital-actions qu'ils auraient sinon dû consentir à Z._ SA s'ils l'avaient informée de la situation (cf. arrêt attaqué, p. 21).
L'approche suivie par la cour cantonale ne prête pas le flanc à la critique. Les recourants ont agi intentionnellement, dans un dessein d'enrichissement illégitime.
5.5 Il résulte de ce qui précède que la condamnation des recourants en vertu de l'art. 146 CP ne viole pas le droit fédéral.
6. Les recourants succombent et doivent supporter les frais de la cause, qui sont répartis par moitié entre eux (art. 65 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours 6B_541/2011 et 6B_542/2011 sont joints.
2. Les recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge, à parts égales, des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 18 octobre 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod