Faits:
A. Par décision du 15 août 2006, le Juge d'instruction du canton de Vaud a ordonné la confiscation pénale des valeurs déposées sur un compte au nom de B._ Ldt et sur deux comptes au nom de (C._) Ltd, auprès de la banque X._ à Lausanne. Le magistrat a considéré que les fonds provenaient de comportements relevant de la soustraction de données, de la concurrence déloyale et de la violation du droit d'auteur, voire de l'escroquerie. Les éventuels lésés ou tiers devraient faire valoir leurs prétentions dans les cinq ans dès la publication officielle de la décision.
Le 12 janvier 2009, l'ayant droit des sociétés, A._, a formé une opposition (avec demande de restitution de délai) contre cette décision. Par arrêt du 12 mars 2009, le Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois a écarté l'opposition et maintenu l'ordonnance de confiscation. Les deux sociétés avaient été mises en liquidation le 10 mai 2005 par un tribunal australien, puis liquidées au 14 août 2007 et radiées du registre du commerce. Un liquidateur officiel avait été désigné et s'était manifesté dans la procédure de confiscation. Une procédure de réinscription était prévue en droit australien, en cas d'actifs ou de dettes découverts après la liquidation. A._, déclaré en faillite en octobre 2005, ne prétendait pas avoir racheté les actions des sociétés; il ne disposait pas des pouvoirs pour agir en leur nom. Cet arrêt a fait l'objet d'un premier recours en matière pénale (cause 1B_110/2009).
B. B._ a formé à son tour, le 8 mai 2009, une opposition assortie d'une demande de restitution de délai. Celle-ci a été écartée par arrêt du 16 juillet 2009 du Tribunal d'accusation. La société prétendait avoir été réinscrite au registre du commerce le 4 mai 2009, mais n'apportait aucune preuve à ce sujet. Les pouvoirs de représentation de son avocat n'étaient pas non plus démontrés.
Par acte du 14 septembre 2009, B._ forme un recours en matière pénale. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 16 juillet 2009, à la recevabilité et à l'admission de son opposition, et à l'annulation de l'ordonnance de confiscation. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle statue sur l'opposition.
Le Tribunal d'accusation et le Ministère public du canton de Vaud se réfèrent à l'arrêt attaqué.
C. Par arrêt du 1er septembre (1B_110/2009), le Tribunal fédéral a rejeté le premier recours formé par A._ contre l'arrêt du Tribunal d'accusation du 12 mars 2009.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale selon l'art. 78 LTF et ouvert contre une décision finale rendue en dernière instance (art. 80 LTF) en matière de confiscation. Sous réserve de sa capacité pour agir, la recourante a, en tant que détentrice des avoirs confisqués, qualité pour recourir au sens de l'art. 81 al. 1 let. a LTF.
2. La cour cantonale a retenu que la recourante n'avait pas produit de pièces propres à démontrer sa réinscription au registre du commerce. La recourante tient cette appréciation pour arbitraire, car elle avait adressé au Procureur général et au Juge d'instruction tous les documents attestant sa réinscription. Ces documents n'avaient pas été transmis au Tribunal d'accusation. Par ailleurs, ce dernier avait fait preuve de formalisme excessif en affirmant que la procuration en faveur de son avocat était insuffisante, sans ordonner la production d'une nouvelle procuration.
2.1 La recourante admet que les pièces attestant sa réinscription au registre du commerce ont été produites à l'appui de l'opposition adressée au Juge d'instruction, ainsi qu'au Procureur général. Elles n'ont pas été remises au Tribunal d'accusation, saisi de la demande de restitution de délai. La recourante ne soutient pas que la cour cantonale aurait violé le droit en statuant directement sur l'opposition, sur la base de son dossier. Elle n'indique pas non plus en vertu de quel principe les pièces remises au Juge d'instruction et au Procureur général auraient dû être transmises d'office à la cour cantonale. On ne saurait dès lors reprocher à cette dernière d'avoir statué sur la base des pièces qui se trouvaient en sa possession. Le grief d'arbitraire doit par conséquent être rejeté.
2.2 Comme l'a constaté le Tribunal fédéral dans son arrêt du 1er septembre 2009 1B_110/2009, le liquidateur officiel des deux sociétés s'est manifesté auprès du Juge d'instruction au mois de juillet 2005; il a été considéré comme le représentant de ces sociétés par le Juge d'instruction qui l'a invité à mandater un avocat ou à élire domicile dans le canton de Vaud. Au mois de janvier 2006, le liquidateur a été informé d'une probable confiscation. La décision de confiscation a été publiée au mois de septembre 2006. Invité à intervenir en Suisse le liquidateur avait donc manifestement renoncé à s'opposer à une confiscation. Dans ces circonstances, l'intervention de la société, après une réinscription au registre du commerce, apparaissait tardive. Le rejet de l'opposition n'apparaît donc pas arbitraire dans son résultat non plus, de sorte qu'il n'y a pas à examiner le grief de formalisme excessif soulevé par la recourante.
3. Le recours doit par conséquent être rejeté, en tant qu'il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté en tant qu'il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 7 janvier 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz