Erwägungen:
1. Mit Eingabe vom 4. Mai 2008 (recte: 2009) führten X._ und Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. März 2009 betreffend Staats- und Gemeindesteuern 2003 (SB.2008.00078). Das Kantonale Steueramt Zürich, die Eidgenössische Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich verzichteten auf Vernehmlassung. Mit Eingabe vom 18. August 2009 erklärten die Beschwerdeführer den Rückzug der Beschwerde, nachdem das Bundesgericht in einem ähnlichen Fall die Beschwerde abgewiesen hatte. Das bundesgerichtliche Verfahren ist somit vom Instruktionsrichter als durch Rückzug der Beschwerde erledigt abzuschreiben (Art. 32 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Da keine nennenswerten oder unnötigen Auslagen entstanden sind, kann auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach verfügt der Instruktionsrichter:
1. Das bundesgerichtliche Verfahren wird als durch Rückzug der Beschwerde erledigt abgeschrieben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Diese Verfügung wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Instruktionsrichter: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann