Fatti:
A. Il 17 maggio 2005 l'Autorità di I.a Istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della legge federale del 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE) ha deciso il non assoggettamento dell'acquisto della particella www del Comune di X._. Il proprietario, il cittadino giapponese A._, aveva dichiarato di volervi realizzare posteggi e alloggi per il personale del complesso alberghiero che intendeva ristrutturare sui fondi confinanti xxx, yyy e zzz comprati già nel 2000. Su ricorso dell'interessato, gli oneri impostigli con tale decisione sono stati modificati il 12 dicembre 2005 dalla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE nel modo seguente:
- obbligo di presentare entro 6 mesi dalla crescita in giudicato della presente decisione i progetti di edificazione all'Autorità di I.a istanza per approvazione;
- obbligo d'inoltrare la domanda di costruzione entro 2 mesi dall'approvazione dei piani da parte dell'Autorità di I.a istanza;
- divieto di modificare i piani se ne deriva totalmente o parzialmente una modifica della destinazione;
- obbligo di terminare l'edificazione entro 2 anni e 6 mesi dalla crescita in giudicato della presente decisione.
B. Il 20 giugno 2006 A._ ha presentato un documento intitolato "Studio per un masterplan" (di seguito: masterplan). Il 4 luglio successivo l'Autorità di I.a istanza ha considerato che detto documento non adempiva il primo degli oneri imposti e ha diffidato il proprietario a rimediarvi entro fine agosto. Il 13 novembre 2006 la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE ha dichiarato irricevibile, poiché tardivo, il ricorso esperito il 24 luglio 2006 da A._ contro questa decisione.
Il 24 luglio 2006 A._ ha altresì presentato all'Autorità di I.a istanza una domanda di modifica della decisione di non assoggettamento, con la quale chiedeva di potere edificare il fondo www, insieme con i xxx, yyy e zzz, in conformità del masterplan e presentare la domanda di costruzione entro sei mesi dalla crescita in giudicato di tale modifica. La richiesta è stata rigettata il 16 febbraio 2007. Il successivo ricorso è stato respinto dalla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE in data 16 luglio 2007.
C. Il 26 luglio 2007 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la decisione di non assoggettamento del 17 maggio 2005 sia modificata nel senso che l'edificazione del fondo www possa avvenire conformemente al masterplan, con l'allestimento del quale è da considerarsi adempiuto l'onere di presentare i piani. Domanda poi che gli sia concesso di presentare i progetti di massima entro sei mesi dalla crescita in giudicato della sentenza del Tribunale federale, di presentare la domanda di costruzione entro sei mesi dall'approvazione dei piani da parte dell'Autorità di I.a istanza, ritenuto il divieto di modificarli se ne derivasse un cambiamento della destinazione, e di terminare la costruzione entro due anni e sei mesi dalla crescita in giudicato della licenza edilizia. In via cautelare insta affinché il termine assegnatogli dall'Autorità di I.a istanza con la diffida del 4 luglio 2006 venga sospeso retroattivamente.
Chiamate ad esprimersi l'Autorità di I.a istanza e la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE hanno chiesto la reiezione del gravame. Da parte sua l'Ufficio federale di giustizia si è limitato a approvare e completare le argomentazioni delle autorità ticinesi.
D. Con decreto presidenziale dell'11 settembre 2007 è stata respinta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo, rispettivamente di adozione di provvedimenti cautelari, contenuta nel ricorso.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 134 IV 36 consid. 1; 133 II 249 consid. 1.1; 133 I 185 consid. 2).
2. 2.1 La decisione impugnata è stata pronunciata in una causa di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) e emana dall'ultima istanza cantonale (art. 15 cpv. 1 lett. c LAFE combinato con gli art. 18 e 19 della legge cantonale di applicazione alla legge federale sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero, del 21 marzo 1988; art. 86 cpv. 1 lett. d LTF). Non essendovi motivi di esclusione (art. 83 LTF), il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF), tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e presentato da persona indubbiamente legittimata ad agire (art. 89 cpv. 1 LTF), è quindi di massima ammissibile.
2.2 Il ricorrente si prevale della violazione di diverse disposizioni del diritto federale (art. 95 lett. a LTF). Anche se il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF) ciononostante, tenuto conto dell'esigenza di motivazione posta dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, in linea di principio esso esamina solamente le censure adeguatamente sollevate. Questa Corte fonda invece il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti eseguito dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene solo se questo è stato svolto in modo manifestamente inesatto, ossia arbitrario, o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 (art. 105 cpv. 2 LTF; DTF 133 II 249 consid. 1.4.3) e se l'eliminazione del vizio in questione può influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Incombe alla parte che intende distanziarsi dai fatti contenuti nella sentenza contestata addurre, con un'argomentazione circostanziata (art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF), il motivo che la induce a ritenere adempiute le condizioni di una delle eccezioni previste dall'art. 105 cpv. 2 LTF; altrimenti non si può tener conto di una fattispecie diversa da quella esposta nella decisione impugnata (DTF 133 III 462 consid. 2.4).
3. 3.1 La Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE ha constatato che il masterplan presentato dal ricorrente proponeva un progetto di costruzione irrealizzabile secondo le norme comunali vigenti. Ha pertanto trattato la richiesta come una domanda di modifica dei piani che stavano alla base degli oneri. Al riguardo ha osservato che l'art. 11 cpv. 2 lett. b dell'ordinanza del 1° ottobre 1984 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (OAFE) ammette il cambiamento dei piani quando, tra l'altro, il proprietario intende adeguare la costruzione a un nuovo orientamento urbanistico, a condizione che sia mantenuta la destinazione commerciale. Per evitare abusi deve però trattarsi di un cambiamento effettivo dell'ordinamento pianificatorio. Il masterplan, invece, delinea unicamente le condizioni quadro per l'edificazione, senza costituire valido strumento pianificatorio.
3.2 Il ricorrente premette di avere deciso, su consiglio dei rappresentanti del Municipio di X._, di demolire le costruzioni esistenti sui fondi xxx, yyy e zzz per realizzarvi un complesso turistico nuovo comprendente ristorante, boutiques, centro fitness e un apparthotel e di avere comprato il fondo adiacente www per costruirvi dei posteggi, una sala multiuso e le camere per il personale. A suo dire questo "grande progetto", per opposizione al "piccolo progetto" originario che prevedeva la ristrutturazione degli stabili esistenti, non inciderà sulla destinazione commerciale ma comporterà, da un canto, una maggiore redditività di cui beneficerà l'intera regione e, dall'altro, un'utilizzazione più completa e armoniosa del territorio. Secondo il ricorrente sarebbero inficiati d'arbitrio i sospetti di manovre dilatorie avanzati dalle autorità cantonali, non fosse che per i capitali ingenti che sarebbe disposto a investire nell'operazione. Egli nega inoltre alle autorità incaricate dell'applicazione della LAFE la competenza per valutare la compatibilità di un progetto con le norme di piano regolatore. Al riguardo adduce che le divergenze ravvisate nel suo caso sarebbero superabili con una cosiddetta modifica di poco conto del piano regolatore e con la concessione di qualche deroga. Conclude affermando che il giudizio impugnato viola gli art. 2 e 4 cpv. 4 (forse 14 cpv. 4) LAFE, 4 cpv. 4 (forse 11 cpv. 4) OAFE e 26 Cost.
4. 4.1 Nei considerandi A e B di questa sentenza sono stati riassunti i fatti, con le diverse fasi della procedura che si sono accavallate dinanzi alle autorità ticinesi. Situata in questo contesto, e messa in relazione con le domande formulate con il presente ricorso, l'istanza del 24 luglio 2006, più che una domanda di modificazione dei piani nel senso dell'art. 11 cpv. 2 lett. b OAFE, equivale nella sostanza a una richiesta di approvazione del masterplan come progetto di edificazione del fondo www di X._. In quanto miri a detto risultato il ricorso è infondato, perché la decisione negativa emanata il 4 luglio 2006 dall'Autorità di I.a istanza su questo oggetto è cresciuta in giudicato.
4.2 Per il resto l'istanza del 24 luglio 2006 ha la valenza di una domanda di modificazione non di piani allestiti in esecuzione dell'onere imposto con la decisione di non assoggettamento - in effetti, mai presentati - ma del "piccolo progetto" primitivo illustrato alle autorità ticinesi, secondo il quale, a dire del ricorrente medesimo, sul fondo www sarebbero stati realizzati dei posteggi e degli alloggi per il personale dell'albergo in via di ristrutturazione sugli altri fondi. Appare pertanto necessario appurare se il non assoggettamento sarebbe stato accordato qualora il ricorrente lo avesse chiesto sin dall'inizio sulla base del "grande progetto" contenuto nel masterplan. La risposta è negativa, per i motivi esposti di seguito.
5. 5.1 La Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE ha rimproverato al ricorrente di avere presentato un semplice studio di fattibilità di una variante urbanistica del piano regolatore (PR) di X._, la cui realizzazione dipende dal nuovo piano delle zone di pericolo ancora in fase di elaborazione, richiede una procedura di modifica neppure avviata del piano regolatore vigente concernente l'altezza degli stabili ed è subordinata alla concessione di una deroga quanto alla destinazione alberghiera. Ha poi aggiunto che il masterplan stabiliva solo delle condizioni quadro per l'edificazione secondo gli intendimenti del ricorrente.
5.2 Riguardo a queste considerazioni sul masterplan e il suo inserimento nel contesto pianificatorio locale, il ricorrente si limita ad obiettare - senza però ossequiare le esigenze di motivazione poste dall'art. 42 LTF - che il suo progetto sarebbe facilmente realizzabile previa una modifica di poco conto del piano regolatore e la concessione di qualche deroga. Quand'anche si volesse da ciò prescindere va rilevato che le constatazioni dell'autorità cantonale ricorsuale vanno senz'altro condivise. Esse si fondano essenzialmente sulle spiegazioni contenute nel masterplan medesimo, nel quale si legge, oltre a quanto già correttamente riportato dall'autorità cantonale, che "L'intenzione del proprietario dei fondi è quella di costruire un apparthotel. Si segnala che in base all'art. 66 delle norme di attuazione del PR in vigore sul territorio comunale è vietata la costruzione di apparthotel. In un simile stato di fatto si intravedono due possibili soluzioni: stralciare dalle norme di PR l'art. 66 che vieta la costruzione di apparthotel oppure prevedere la costruzione di una struttura alberghiera di tipo tradizionale (come il progetto-sonda)". Ne discende che il masterplan costituisce essenzialmente uno studio di carattere pianificatorio avente per obiettivo l'edificazione di un complesso alberghiero con caratteristiche che, per destinazione di zona e parametri edificabili, non sono compatibili con le normative vigenti. Nemmeno l'edificazione concreta che esso abbozza soltanto - il cosiddetto progetto-sonda - è realizzabile attualmente.
5.3 È vero che non è, di per sé, compito delle autorità incaricate dell'applicazione della LAFE esaminare la compatibilità di un progetto con le norme comunali di piano regolatore. Esse devono però vigilare, anche nel regime di non assoggettamento, affinché sia mantenuta - durevolmente - la destinazione commerciale dichiarata dal proprietario. È in questo senso che va intesa, contrariamente a quanto addotto dal ricorrente, la DTF 129 II 361 consid. 5.3 riguardo agli art. 2 cpv. 2 lett. a LAFE e 11 cpv. 2 lett. a OAFE. Per tale esame le citate autorità devono necessariamente considerare anche l'attuabilità del progetto sotto il profilo edilizio. Qualora la realizzazione si rivelasse impossibile o, perlomeno, incerta, viene ovviamente a mancare la garanzia dell'uso commerciale. È ciò che si verifica nel caso specifico, ove è il masterplan presentato dal proprietario medesimo a palesare l'impossibilità di realizzare il "grande progetto" e, quindi, di adibire il fondo www allo scopo commerciale dichiarato.
In circostanze simili è a ragione che la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE ha respinto l'istanza del ricorrente, al pari di quanto avrebbe dovuto fare se il masterplan fosse stato presentato con la domanda iniziale di non assoggettamento. Questa conclusione s'impone per ragioni oggettive, a prescindere dalla fondatezza o meno dei rimproveri di abuso nel procrastinare l'adempimento degli oneri, mossi contro il ricorrente nella decisione impugnata e soprattutto nelle osservazioni al ricorso dell'Autorità di I.a istanza.
5.4 Il ricorrente chiede l'assunzione di diverse prove, già proposte in sede cantonale: l'audizione del sindaco e del capo-tecnico di X._, del capo-tecnico di Y._ e del pianificatore ed estensore del masterplan nonché un sopralluogo e il richiamo degli incartamenti delle istanze cantonali. Fatta eccezione del richiamo dei dossier delle istanze inferiori, eseguito in forza dell'art. 102 cpv. 2 LTF, la domanda va respinta. Nella procedura di ricorso dinanzi a questa Corte l'assunzione di prove potrebbe entrare in considerazione soltanto nella misura in cui fosse necessario rettificare o completare l'accertamento dei fatti secondo l'art. 105 cpv. 2 LTF (Philipp Gelzer in: Niggli/ Uebersax/Wiprächtiger [a cura di], Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, Basilea/Ginevra/Monaco 2008, n. 2 all'art. 55). Non essendo adempiuti i presupposti per l'applicazione di questa norma (cfr. consid. 2.2), la questione non si pone. Può aggiungersi, per completezza, che i pareri personali di membri dell'esecutivo o di tecnici non potrebbero comunque scalfire gli accertamenti effettuati dalle autorità cantonali.
5.5 Il ricorrente rimprovera alla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE di aver semplicemente respinto il masterplan, invece di ordinare che sia adeguato alle norme del piano regolatore vigente. La censura è vacua. Il ricorrente dimentica infatti che con la decisione del 4 luglio 2006 l'Autorità di I.a istanza, dopo aver constatato che il masterplan non adempiva l'onere imposto al momento dell'acquisto del fondo www, lo aveva diffidato espressamente a presentare un progetto che poggiasse sul piano regolatore in vigore. Come già ricordato al ricorrente nel decreto presidenziale dell'11 settembre 2007 concernente l'effetto sospensivo, tale decisione è cresciuta in giudicato. L'argomento non può di conseguenza più essere tema della presente procedura.
5.6 Anche su quest'ultimo punto, dunque, il giudizio impugnato resiste alla critica. Ciò significa che la decisione querelata è conforme al diritto federale, in particolare agli art. 2 cpv. 2 lett. a LAFE e 11 cpv. 2 lett. a e b OAFE, e non viola né gli art. 14 cpv. 4 LAFE e 11 cpv. 4 OAFE né l'art. 26 Cost. invocati dal ricorrente. Essa va pertanto confermata, mentre il gravame dev'essere respinto.
6. Secondo soccombenza, le spese giudiziarie vanno poste a carico del ricorrente (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti intervenute in causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, all'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE, alla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE del Cantone Ticino e al Dipartimento federale di giustizia e polizia.