Sachverhalt:
A. 1991 erwarb A.X._, geb. 1928, den Landwirtschaftsbetrieb R._ in der Gemeinde S._/AG mit einer Gesamtfläche von rund 25 ha dank dem Verkauf einer Baulandparzelle in der Gemeinde T._/AG. Dieser Vorgang wurde als Ersatzbeschaffung steuerneutral behandelt. Daneben blieb A.X._ Eigentümer von Grundstücken in den Gemeinden T._ mit der Hofparzelle Nr. * (1'563 m2 Umschwung), der Parzelle ** (6'160 m2 Bauland) und der Parzelle *** (3'236 m2 Weideland) sowie in der Nachbargemeinde U._/AG (Parzelle **** von 27'450 m2 ehemaliges Kiesabbauland, das wieder aufgefüllt und erst kürzlich rekultiviert wurde). Anfangs 1992 gab A.X._ seine Erwerbstätigkeit aus gesundheitlichen Gründen auf und verpachtete den Landwirtschaftsbetrieb R._ in S._ wie auch die Parzellen in T._ und U._ seinem Sohn B._.
Mit Vertrag vom 20. April 1996 verkaufte A.X._ seinem Sohn den Landwirtschaftsbetrieb R._ in S._ für Fr. 340'000.--, wobei dieser Kaufpreis als Erbvorbezug erlassen wurde. Die - verpachteten - Parzellen in T._ und U._ behielt er hingegen zu Eigentum. Gleichentags schloss das Ehepaar X._ mit seinen Kindern einen Erbvertrag ab, in welchem insbesondere festgehalten wurde, dass B._ mit der Hofübergabe als künftiger Erbe seiner Eltern abgefunden sei und auf jeden weiteren Erbanteil verzichte. 1997 schenkte A.X._ seiner Tochter D._ einen Teil der Parzelle **.
Nach dem Tode von A.X._ im März 2001 schlossen seine Erben am 3. März 2002 einen Erbvertrag ab und teilten den Grundbesitz wie folgt auf: Die überlebende Ehefrau B.X._ erhielt die Hofparzelle *, zudem sollte ihr der Erlös der zum Verkauf vorgesehenen Parzelle *** zufallen. Die Restparzelle ** wurde zu gleichen Teilen (unter Anrechnung des "Vorbezugs" von D._) auf die drei Töchter aufgeteilt. An der Parzelle **** in U._ wurde Miteigentum begründet mit Quoten von 1⁄2 für B.X._ und je 1/6 für die Töchter.
B. Im Verkauf des Landwirtschaftsbetriebes R._ erblickte die Steuerkommission T._ einen Liquidationstatbestand und veranlagte mit Verfügung vom 18. September 2003 unter Berücksichtigung der Haltezeit einen steuerbaren Liquidationsgewinn im Jahr 1996 von Fr. 2'374'900.-- aus der Veräusserung des R._es sowie der Privatentnahme aller vier Parzellen in T._ bzw. U._. Eine dagegen erhobene Einsprache blieb ohne Erfolg, und das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau wies den Rekurs gegen den Einspracheentscheid am 23. Oktober 2004 ab. Auf Beschwerde hin erliess das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau am 23. Oktober 2007 einen "Vor- bzw. Teilentscheid" und stellte fest, A.X._ habe im Jahr 1996 seinen Landwirtschaftsbetrieb liquidiert und der dabei erzielte Gewinn unterliege der Liquidationsgewinnsteuer.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. Dezember 2007 beantragen die Erben des A.X._ und der B.X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 23. Oktober 2007 (versandt am 6. November 2007) aufzuheben und festzustellen, dass der Landwirtschaftsbetrieb 1996 nicht liquidiert wurde. Sie rügen eine Verletzung von Bundesrecht (Willkürverbot, Gebot des Handelns nach Treu und Glauben sowie Gleichbehandlungsprinzip), Völkerrecht, kantonalen verfassungsmässigen Rechten und interkantonalem Recht.
D. Das Steueramt des Kantons Aargau beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von Art. 83 BGG ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher grundsätzlich zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG), und die Beschwerdeführer sind hierzu legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2 Mit dem angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz "im Sinne eines Vor- bzw. Teilentscheides" festgestellt, dass der Rechtsvorgänger der Beschwerdeführer im Jahre 1996 seinen Landwirtschaftsbetrieb liquidiert habe und dass der dabei erzielte Gewinn der Liquidationsgewinnsteuer unterliege. Ein solcher Entscheid stellt nach der Umschreibung von Art. 91 BGG und der bundesgerichtlichen Praxis dazu einen Zwischenentscheid dar, der nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG angefochten werden kann (BGE 133 V 477 E. 4 S. 480 f.). Danach ist die Beschwerde zulässig, wenn der selbständig eröffnete Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Das Bundesgericht prüft zwar von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwiefern auf eine Beschwerde einzutreten ist (BGE 133 II 400 E. 2 S. 403); allerdings muss die Eingabe auch hinsichtlich der Prozessvoraussetzungen minimal begründet werden (Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG). Entsprechende Vorbringen der Beschwerdeführer fehlen hier gänzlich. Im Übrigen liegt es keineswegs auf der Hand, dass die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG zur Anfechtung des Zwischenentscheides vorliegend gegeben sind. Einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt der angefochtene Entscheid offensichtlich nicht. Die Gutheissung der Beschwerde würde zwar sofort einen Endentscheid herbeiführen, hingegen ist fraglich, ob damit ein bedeutender Aufwand für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart würde. In Zweifelsfällen ist es aber nicht Aufgabe des Bundesgerichts, anhand der Akten oder weiterer, noch beizuziehender Unterlagen nachzuforschen, ob und inwiefern die beschwerdeführende Partei an das Bundesgericht gelangen kann (vgl. BGE 133 II 400 E. 2 S. 404).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Beschwerdeschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird (Urteil 2C_416/2007 vom 29. August 2007 E. 3.2 mit Hinweisen). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem sowie interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 BGG). Die Beschwerdeführer legen indessen überhaupt nicht dar, inwiefern Völkerrecht, kantonale verfassungsmässige Rechte oder interkantonales Recht verletzt worden sein sollen, weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann. Aber auch bezüglich der geltend gemachten Verletzung von Bundesrecht (Willkürverbot, Gebot des Handelns nach Treu und Glauben sowie Gleichbehandlungsprinzip) ist eine den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG genügende Begründung nur am Rande zu erkennen.
1.4 Es bestehen somit erhebliche Zweifel an der Zulässigkeit der Beschwerde. Im Hinblick darauf, dass im vorliegenden Beschwerdeverfahren praktisch nur die Willkürrüge in Betracht kommt und - wie nachfolgend dargelegt wird - von Willkür ohnehin nicht die Rede sein könnte, kann die Eintretensfrage jedoch offengelassen werden.
2. Die Vorinstanz stützt ihr Urteil auf das (alte) Steuergesetz des Kantons Aargau vom 13. Dezember 1983 (aStG/AG), weil das neue Steuergesetz vom 15. Dezember 1998 nach dessen §§ 261 und 263 Abs. 1 erst für die Steuerjahre ab 2001 zur Anwendung kommt.
2.1 Gemäss § 22 Abs. 1 lit. b aStG/AG war das gesamte Einkommen (Roheinkommen) jeder Art steuerbar, insbesondere:
"b) Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit, wie Bewirtschaftung von Grund und Boden, Betrieb eines Geschäftes oder Gewerbes oder Ausübung eines freien Berufes, einschliesslich der Gewinne bei Veräusserung von Geschäftsvermögen; der Veräusserung gleichgestellt sind die Gewinne bei buchmässiger Höherbewertung von Geschäftsvermögen und bei endgültiger Überführung in das Privatvermögen;"
§ 21 aStG/AG sah zudem einen Steueraufschub bei Generationenwechsel vor und bestimmte:
"1 Führt der Eigentümer sein Unternehmen nicht mehr weiter und erklärt er schriftlich, dass dieses in seinem Geschäftsvermögen zu Eigentum verbleibt, so ist
a) die Ertragswertbesteuerung landwirtschaftlich genutzter Grundstücke gemäss § 39 Abs. 2 bis zu seinem Ableben zu verlängern;
b) die Besteuerung der Gewinne bei endgültiger Überführung ins Privatvermögen gemäss den §§ 22 Abs. 1 lit. b und 29 bis zu seinem Ableben hinauszuschieben.
2 Nach dem Ableben können diese Massnahmen um fünf Jahre verlängert werden, in jedem Fall aber bis zum Ende des Kalenderjahres, in dem der zur Betriebsführung geeignete und vorgesehene Nachfolger das 30. Altersjahr vollendet.
3 Diese Massnahmen sind aufzuheben, wenn die Voraussetzungen nicht mehr gegeben sind, der Steuerpflichtige eine Überführung ins Privatvermögen wünscht oder die Steuerpflicht im Aargau endet."
2.2 Liquidationsgewinne sind Kapitalgewinne, die bei der Aufgabe eines Unternehmens oder Geschäftsbetriebes oder bei der Veräusserung von Anteilsrechten an einer Personengesellschaft erzielt werden. Sie werden nach Massgabe der Dauer, während der die Vermögenswerte zum Geschäftsvermögen gehört haben, herabgesetzt, nämlich nach mindestens fünfjähriger Zugehörigkeit um 10 %, für jedes weitere Jahr um weitere 2 %, höchstens jedoch um 50 % (§ 29 Abs. 1 lit. a und Abs. 2 aStG). Liquidationsgewinne werden mit einer getrennt vom übrigen Einkommen berechneten Jahressteuer erfasst (§ 34 Abs. 1 lit. c aStG).
3. Im Folgenden ist nur zu prüfen, ob hier überhaupt ein Liquidationsgewinn erzielt wurde. Die Frage seiner Bemessung hat die Vorinstanz zur Vornahme weiterer Abklärungen an die Steuerverwaltung zurückgewiesen und bildet nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
Die Beschwerdeführer bestreiten eine Überführung ins Privatvermögen, weshalb auch kein steuerbarer Liquidationsgewinn erzielt worden sei. Sie rügen damit sinngemäss eine willkürliche Anwendung des massgeblichen kantonalen Rechts.
3.1 Gemäss Art. 9 BV hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen materieller Rechtsverweigerung (Willkür) nur auf, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung des angefochtenen Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (BGE 132 I 175 E. 1.2 S. 177; 131 I 467 E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
3.2 Vorliegend steht fest, dass der Vater der Beschwerdeführer anfangs 1992 seine Erwerbstätigkeit aus gesundheitlichen Gründen aufgab und den R._ sowie das Land in T._ und U._ an den Sohn B._ verpachtete. Eine vorübergehende Verpachtung eines Betriebes wird in der Regel noch nicht als Aufgabe des Betriebes betrachtet (Jürg Baur/Marianne Klöti-Weber/Walter Koch/Bernhard Meier/Urs Ursprung, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, Muri-Bern 1991, N 233 zu § 22 aStG; Jürg Altorfer/Julia von Ah, in: Marianne Klöti-Weber/Dave Sigrist/Dieter Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 2. Aufl. 2004, N 87 zu § 27 StG). Mit dem Verkauf des Landwirtschaftsbetriebes R._ an den Sohn und Pächter im Jahre 1996, dessen Erbverzicht im gleichen Jahr und den Plänen um Aufteilung der weiteren Parzellen in T._ und U._ unter den - nicht selbst bewirtschaftenden - Erben stand jedoch fest, dass sich die Fiktion von Geschäftsvermögen nicht mehr länger aufrechterhalten liess. Mithin war über den Liquidationsgewinn rückwirkend auf das Jahr 1996 abzurechnen (vgl. auch Urteil 2P.57/2007 vom 5. Juni 2007 E. 5).
3.3 Was die Beschwerdeführer dagegen einwenden, überzeugt nicht. Einerseits anerkennen sie, dass kein gültiger (schriftlicher) Revers vorliegt, andererseits behaupten sie doch die Existenz eines solchen. Allerdings vermögen sie kein entsprechendes Beweismittel beizubringen. In diesem Fall gelten die allgemeinen Realisationskriterien von § 22 lit. b in fine aStG/AG, wonach die Gewinne bei endgültiger Überführung in das Privatvermögen zu erfassen sind. Mit der Übernahme des Landwirtschaftsbetriebes R._ durch B._, dessen Erbverzicht und dem Erbteilungsvertrag vom 3. März 2002 war erstellt, dass der einzige Selbstbewirtschafter vom verbleibenden Grundeigentum des Vaters nichts mehr erhalten werde. Damit war auch die endgültige Überführung ins Privatvermögen vorgenommen worden. Daran hätte selbst ein Revers nichts geändert (vgl. § 21 Abs. 3 aStG/AG).
Die Beschwerdeführer weisen zwar darauf hin, dass die fraglichen Grundstücke nach wie vor landwirtschaftlich genutzt wurden. Damit scheinen sie davon auszugehen, was landwirtschaftlich genutzt werde, gehöre automatisch zum Geschäftsvermögen. Diese Auffassung trifft aber nur dann zu, wenn der Nutzer zugleich auch Eigentümer des fraglichen Landes ist. Verhält es sich nicht so, bildet das verpachtete Land grundsätzlich Privatvermögen des Eigentümers, und die vereinnahmten Pachtzinsen stellen Einkünfte aus Liegenschaften gemäss § 22 Abs. 1 lit. e aStG/AG dar. Abgesehen von der Unterzeichnung eines Reverses im Sinne von § 21 aStG/AG ist es nur - wie hier - zur Überbrückung eines Schwebezustandes möglich, vorübergehend nach wie vor von Geschäftsvermögen auszugehen. Aus solchem Entgegenkommen auf Zusehen hin lassen sich jedoch keine Vertrauenspositionen für längere Dauer ableiten.
Soweit die Beschwerdeführer einwenden, das bäuerliche Bodenrecht könne nicht auf vertraglichem Wege wegbedungen werden und B._ stehe als Selbstbewirtschafter ein Zuweisungsrecht der Parzelle 1455 zum doppelten Ertragswert zu, übersehen sie nicht nur dessen Erbverzicht, sondern auch, dass es dabei um einen Aspekt der Steuerbemessung und nicht um einen solchen des Steuerobjekts (Privatentnahme) geht, welches hier allein Streitgegenstand bildet. Dasselbe gilt für den Einwand, die Parzelle ** in T._ sei noch nicht überbaubar. Über die Bewertung dieser offenbar erst teilweise erschlossenen Parzelle ist nicht hier zu befinden.
Wenn die Beschwerdeführer geltend machen, mit der Abtretung des Landwirtschaftsbetriebes R._ sei noch keine Totalliquidation eingeleitet worden und der Betrieb in T._ sei auch nach der Abtretung des R._ in gleichem Umfang vom Sohn als Pächter bewirtschaftet worden, übersehen sie, dass der R._ nur dank dem Verkauf von Bauland des Stammbetriebes in T._ erworben werden konnte und dieser Abtausch als Ersatzbeschaffung behandelt wurde. Nach dem Verkauf des R._ an B._ verblieben A.X._ nur noch die Hofparzelle und das Wiesland von zusammen weniger als 5'000 m2 sowie die 6'160 m2 Bauland in T._. Die Kiesabbauparzelle in U._ war und blieb damals der landwirtschaftlichen Nutzung noch über Jahre entzogen. Dieser "Rumpfbetrieb" bildete offensichtlich keine selbständige Existenzgrundlage mehr, womit die Liquidation offenkundig war. Der vorliegende Fall ist durchaus mit dem im Urteil 2P.57/2007 vom 5. Juni 2007 beurteilten Sachverhalt vergleichbar, wobei dort das Bundesgericht entgegen der Behauptung der Beschwerdeführer die Liquidation ebenfalls bejahte, jedoch nicht bei dem ins Recht gefassten Subjekt. Die vergleichbaren Fälle werden bezüglich der Liquidation aber durchaus auch gleich behandelt.
4. Zusammenfassend erscheint die Annahme einer endgültigen Überführung in das Privatvermögen im Sinn von Art. 22 Abs. 1 lit. b in fine aStG/AG als Konsequenz des Vertrages vom 20. April 1996 als durchaus haltbar. Von Willkür kann keine Rede sein. Ebenso wenig liegt ein Verstoss gegen Treu und Glauben vor.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich demnach als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (unter solidarischer Haftbarkeit) den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht (2. Kammer) des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. April 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Merkli Dubs