Sachverhalt:
A. Der damalige Bezirksamtmann-Stellvertreter des Bezirksamts Muri, Y._, führte 2004/2005 eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen sexueller Handlungen mit Kindern. Dieser wurde verdächtigt, am 15. Oktober 2004 über den Computer seiner Eltern auf der Gemeindehomepage der Stadt A._ einen Text platziert zu haben, mit welchem er "zwecks Abbau sexueller Spannungen weibliche Minderjährige" suchte. Anlässlich einer Akteneinsichtnahme äusserte sich Bezirksamtmann-Stellvertreter Y._ nach seinen eigenen Angaben gegenüber X._ wie folgt: "Wenn ich ihr Vater wäre und Sie meinen PC für solche Veröffentlichungen verwendet hätten, damit zuerst der Verdacht auf den Vater fällt, hätten Sie von mir links und rechts eins an die Ohren bekommen." Nach Darstellung von X._ lautete die Aussage Y._s: "Das sind also Sie gewesen! Ihnen hätte man links und rechts an den Grind geben sollen!" Das Strafverfahren wurde in der Folge eingestellt.
B. Am 17. Juni 2012 war X._ am Steuer eines Traktors in einen Verkehrsunfall verwickelt. Staatsanwalt Y._ erliess wegen dieses Vorfalls am 6. September 2012 einen Strafbefehl, mit dem er X._ wegen verschiedener Verkehrsregelverletzungen zu einer Busse von Fr. 300.-- verurteilte.
X._ erhob Einsprache gegen den Strafbefehl und machte dabei auch geltend, Staatsanwalt Y._ sei parteiisch und mit ihm im Sinn von Art. 56 lit. f StPO verfeindet.
Das Obergericht wies das Ausstandsgesuch am 8. November 2012 ab.
C. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, den Entscheid des Obergerichts kostenfällig aufzuheben, ihm eventualiter ein "letztstaatliches" Urteil zu geben oder subeventualiter den Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache an dieses zur Durchführung einer öffentlichen Verhandlung zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er sinngemäss um unentgeltliche Rechtspflege.
D. Das Obergericht und Staatsanwalt Y._ für die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten verzichten auf Vernehmlassung.
X._ hält mit mehreren Eingaben an der Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid schliesst das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab, er ermöglicht vielmehr dessen Weiterführung. Es handelt sich um einen selbständig eröffneten, kantonal letztinstanzlichen Zwischenentscheid über ein Ausstandsbegehren, gegen den die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 92 Abs. 1 BGG zulässig ist. Als Beschuldigter ist der Beschwerdeführer zur Beschwerde berechtigt (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Der Beschwerdeführer verlangte im bundesgerichtlichen Verfahren Einsicht in die Akten, worauf ihm diese für fünf Tage beim Obergericht zur Einsicht bereitgelegt wurden. Er hat von seinem Einsichtsrecht keinen Gebrauch gemacht, worauf das Verfahren weitergeführt wurde. Der Beschwerdeführer hat keinen Anspruch darauf, dass ihm die Akten privat zugestellt oder bei einer Gemeindebehörde - dem Steueramt, der Ackerbaustelle oder der Feuerwehrkommission - zur Einsicht aufgelegt werden. Die Einsichtnahme am Obergericht war zumutbar, ist doch Aarau von seinem Wohnort B._ in gut einer Dreiviertelstunde mit öffentlichen Verkehrsmitteln erreichbar.
3. Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht eine Verletzung seines konventionsrechtlichen Anspruchs auf eine "öffentliche Parteiverhandlung" vor. Zu Unrecht. Das Verfahren der Beschwerdeinstanz ist nach der ausdrücklichen Vorschrift von Art. 69 Abs. 3 lit. c StPO nicht öffentlich, was mit Art. 6 Ziff. 1 EMRK vereinbar ist, da sie nicht über eine Anklage im Sinne dieser Bestimmung entscheidet.
4. Das Obergericht hat festgestellt, dass die beanstandete Bemerkung von Y._ im Strafverfahren wegen sexueller Handlungen mit Kindern ungeschickt und für einen Bezirksamtmann-Stellvertreter unziemlich war. Diese Beurteilung trifft zu, und zwar unabhängig vom genauen Wortlaut. Bezirksamtmann-Stellvertreter Y._ hat offensichtlich für einen Moment die gebotene professionelle Distanz zur Sache verloren und mit seinem Ausbruch jedenfalls den Anschein erweckt, er stehe dem Beschuldigten nicht unbefangen gegenüber. Damit hätte ihn der Beschwerdeführer mit guten Erfolgsaussichten wegen des Anscheins von Befangenheit - nach heute anwendbarem Recht im Sinn von Art. 56 lit. f StPO - ablehnen können. Er hat dies indessen nicht getan, das Verfahren wurde - notabene auf Antrag von Bezirksamtmann-Stellvertreter Y._ - eingestellt. 2009/2010 führte Staatsanwalt Y._ sodann auf Strafanzeige des Beschwerdeführers hin ein Verfahren gegen den Gemeinderat B._ bzw. nach der Darstellung des Beschwerdeführers nur gegen den "Steueramtschef", ohne dass ihn der Beschwerdeführer abgelehnt hätte. Ausstandsgründe sind sowohl nach Art. 58 Abs. 1 StPO als auch gemäss langjähriger konstanter Rechtsprechung des Bundesgerichts nach Treu und Glauben ohne Verzug geltend zu machen (BGE 136 I 207 E. 3.4; 134 I 20 E. 4.3.1; 132 II 485 E. 4.3; 124 I 121 E. 2). Es erweist sich daher als rechtsmissbräuchlich, Staatsanwalt Y._ im aktuellen Strafverfahren wegen dessen Jahre zurückliegenden, einmaligen Ausrutschers abzulehnen, nachdem der Beschwerdeführer dies sowohl im damaligen als auch im späteren Verfahren von 2009/2010 unterliess. Das Obergericht hat im Ergebnis kein Bundesrecht verletzt, indem es das Ausstandsgesuch ablehnte, die Beschwerde ist unbegründet.
5. Soweit der Beschwerdeführer Stil und Grammatik der von den Gerichten in diesem Verfahren erstellten Dokumente sowie die mangelhafte Leserlichkeit von Unterschriften und die angeblich fehlende Unterschriftsberechtigung ihrer Verfasser bemängelt, so ist diese Kritik teils unzutreffend und teils irrelevant und jedenfalls für den Ausgang des Verfahrens ohne Belang. Darauf ist nicht einzutreten.
6. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG); den bescheidenen finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Staatsanwalt Y._, der Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi