Sachverhalt:
A. A._ (Beklagte und Beschwerdegegnerin) und ihr Ehemann, B._, beauftragten im Jahre 1997 die X._ AG (Klägerin und Beschwerdeführerin) mit dem Umbau ihres Hauses. B._ war zu jener Zeit und noch bis Juni 2003 Verwaltungsratspräsident der Klägerin. Ein schriftlicher Vertrag wurde nicht ausgearbeitet. Von August 1997 bis Mai 1999 wurden Projektierungsarbeiten durchgeführt. Nachdem das Projekt am 31. Januar 2000 die Baufreigabe erhalten hatte, wurde mit den Bauarbeiten begonnen. Ab März 2002 begann die Klägerin, Handwerker- und Unternehmerrechnungen für das Bauprojekt selbst zu bezahlen. Am 3. Juli 2003 erfolgte die Bezugsbewilligung. Zu diesem Zeitpunkt hatte sich die Beklagte bereits von ihrem Ehemann getrennt.
B. Mit bezüglich der Zinsbeträge im Laufe des Verfahrens abgeänderten Rechtsbegehren verlangte die Klägerin von der Beklagten vor dem Bezirksgericht Meilen Fr. 1'320'910.05, d.h. die Erstattung der von April 2002 bis Ende Juni 2004 geleisteten Zahlungen von Fr. 1'056'291.35 nebst Fr. 264'618.70 Zins. Ferner forderte sie für die Projektentwicklung inklusive Modellbau Fr. 216'642.05 nebst Fr. 80'536.10 Zins, insgesamt Fr. 297'178.15. Auf den so berechneten Totalbeträgen beanspruchte sie sodann Verzugszins. Soweit die Beklagte nicht zur beantragten Zinszahlung verpflichtet werde, verlangte die Klägerin die Zusprechung des Honorars für die Projektentwicklung ohne den gewährten Rabatt. Das Bezirksgericht wies die Klage ab, soweit sie nicht als durch Rückzug erledigt abzuschreiben sei. Dieses Urteil bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich am 27. August 2012.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage im Sinne ihres Rechtsbegehrens vor erster Instanz (unter Berücksichtigung der Reduktion des Zinsbegehrens) gutzuheissen, und eventuell, die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens an die kantonalen Instanzen zurückzuweisen. Ihr Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 23. Oktober 2012 ab. Die Beklagte schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben unaufgefordert eine Replik und eine Duplik eingereicht.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdegegnerin ist der Auffassung, mangels bezifferten Antrags sei auf die Beschwerde nicht einzutreten. Die kantonalen Instanzen haben die Klage indessen mangels hinreichender Substanziierung abgewiesen, was die Beschwerdeführerin beanstandet. Sollte das Bundesgericht der Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin folgen, wäre es nicht in der Lage, die Sache selbst zu entscheiden, da die dazu notwendigen tatsächlichen Feststellungen fehlen. Unter dieser Voraussetzung genügt bereits der blosse Rückweisungsantrag (BGE 133 III 489 E. 3.1 mit Hinweisen). In Übrigen werden im angefochtenen Entscheid, dessen Feststellungen das Bundesgericht seinem Urteil zugrunde legt (Art. 105 Abs. 1 BGG), sowohl das ursprüngliche als auch das bezüglich der Zinse modifizierte Rechtsbegehren wiedergegeben. Damit steht ohnehin unzweideutig fest, in welchem Sinn der angefochtene Entscheid betragsmässig abgeändert werden soll.
2. Streitig ist zunächst, ob eine vertragliche Pflicht zur Zahlung der für Handwerker- und Unternehmerrechnungen geleisteten Beträge besteht. Die Beschwerdeführerin berief sich im kantonalen Verfahren auf einen Darlehensvertrag, während die Beschwerdegegnerin behauptete, die Beschwerdeführerin habe die Rechnungen nicht im Rahmen eines Darlehens beglichen, sondern im gegenseitigen Einvernehmen als Schadensregulierung mit Blick auf Kostenüberschreitungen. Die kantonalen Instanzen wiesen die Klage mangels hinreichender Substanziierung ohne Beweisverfahren ab.
2.1 Da das Verfahren vor Inkrafttreten der ZPO anhängig gemacht wurde, bleibt für die Anforderungen an die Klage das kantonale Prozessrecht massgebend. Wie weit die anspruchsbegründenden Tatsachen inhaltlich zu substanziieren sind, damit sie unter die massgeblichen Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden können, bestimmt aber das materielle Bundesrecht. Das kantonale Prozessrecht darf von den Parteien keine darüber hinausgehende Substanziierung verlangen (BGE 108 II 337 E. 2 und 3; 133 III 153 E. 3.3 S. 162; 127 III 365 E. 2b S. 368 mit Hinweisen). Eine Tatsachenbehauptung braucht nicht alle Einzelheiten zu enthalten; es genügt, wenn die Tatsache in einer den Gewohnheiten des Lebens entsprechenden Weise in ihren wesentlichen Zügen oder Umrissen behauptet worden ist (GULDENER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl., Zürich 1979, S. 163). Die jeweiligen Anforderungen ergeben sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und anderseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei. Tatsachenbehauptungen müssen dabei so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann. Bestreitet der Prozessgegner den schlüssigen Tatsachenvortrag der behauptungsbelasteten Partei, greift eine über die Behauptungslast hinausgehende Substanziierungslast. Die Vorbringen sind diesfalls nicht nur in den Grundzügen, sondern in Einzeltatsachen zergliedert so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen oder dagegen der Gegenbeweis angetreten werden kann (BGE 127 III 365 E. 2b S. 368; Urteile des Bundesgerichts 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 3.2; 4A_7/2012 vom 3. April 2012 E. 2.3.1).
2.2 Die Beschwerdeführerin zeigt mit Hinweis auf den erstinstanzlichen Entscheid auf, dass sie im kantonalen Verfahren prozesskonform behauptet hat, sie hätte während der Zeit von April 2002 bis Ende Juni 2004 für die Beschwerdegegnerin und deren Ehemann Rechnungen von insgesamt Fr. 1'056'291.35 bezahlt. Der Ehemann der Beschwerdegegnerin habe im März 2002 erklärt, er und die Beschwerdegegnerin seien im Moment nicht zahlungsfähig. Darum habe er die Bevorschussung der Rechnungen durch die Beschwerdeführerin beantragt. Diese habe nach längerer Beratung zugestimmt. Er habe sich im Gegenzug verpflichtet, eine Rechtsschrift für die Beschwerdeführerin bis spätestens Ende 2003 fertig zu stellen, und deren Verwaltungsräten versichert, die bevorschussten Gelder so rasch als möglich und mit der üblichen Verzinsung zurückzuzahlen. Die bevorschusste Summe habe einem Darlehen gleich zurückbezahlt und verzinst werden sollen, wobei allen Beteiligten klar gewesen sei, dass der Ehemann der Beschwerdegegnerin für die Bauherren als einfache Gesellschaft aufgetreten sei und daher sowohl sich selbst als auch die Beschwerdegegnerin verpflichte habe.
2.3 Die Vorinstanz kam zum Schluss, es sei nicht ersichtlich, wann nach Ansicht der Beschwerdeführerin ein Konsens der Parteien über einen bestimmten oder bestimmbaren Darlehensbetrag zustande gekommen sein sollte. Ohne Kenntnis der Beschwerdegegnerin von einer konkreten oder zumindest bestimmbaren Darlehenssumme, was zu den essentialia negotii gehöre, sei ein diesbezüglicher Konsens nicht möglich. Mithin fehle es mit Blick auf die Bestimmtheit oder die Bestimmbarkeit an der substanziierten Behauptung von Tatsachen. Da sich die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin nur einlässlich dazu geäussert habe, weshalb das Bezirksgericht aufgrund des vorgebrachten Tatsachenmaterials das Vorliegen eines Darlehensvertrags als hinreichend substanziiert hätte betrachten müssen, und nicht verlangt habe, es hätte ein Anspruch der Klägerin auf der Basis der vorgebrachten Tatsachen etwa unter dem Blickwinkel eines anderen als des geltend gemachten Darlehensvertragsverhältnisses geprüft werden müssen, sei von einer entsprechenden Prüfung abzusehen. Im Rahmen einer Zusatzbegründung verneinte die Vorinstanz aber auch einen auftragsrechtlichen Anspruch auf Verwendungsersatz, da die Beschwerdeführerin nicht substanziiert behauptet habe, dass die Auslagen notwendig gewesen seien oder den Anweisungen der Bauherrschaft entsprochen hätten. Weiter äussert sich die Vorinstanz dazu, ob auf die Existenz eines Darlehensvertrages geschlossen werden könne und müsse, wenn der Nachweis gelinge, dass kein anderer Rechtsgrund als ein Darlehen für die Zahlungen der Beschwerdeführerin in Frage komme.
2.4 Die Beschwerdeführerin hat behauptet, der Ehemann der Beschwerdegegnerin habe im Zusammenhang mit dem Bauprojekt an einer Besprechung im März 2002 mit Wirkung für die Beschwerdegegnerin um die Bevorschussung von in der Höhe noch nicht feststehenden Rechnungen nachgesucht und dafür die Fertigstellung einer Rechtsschrift sowie die Rückzahlung nebst Zins gleich einem Darlehen versprochen. Gestützt darauf habe sie in der Folge Rechnungen beglichen. Sie verlangt nunmehr die Rückzahlung der entsprechenden Beträge nebst Zins. Dass die Beschwerdeführerin eine separate Einigung betreffend die Höhe der einzelnen Beträge hinreichend substanziiert behauptet hätte, zeigt sie in ihrer Beschwerde nicht rechtsgenüglich auf. Ob eine derartige Einigung notwendig wäre, um eine vertragliche Rückzahlungsverpflichtung zu begründen, ist eine Rechtsfrage. Inwiefern eine weitere Substanziierung der Behauptung zur Subsumption unter die rechtlichen Bestimmungen oder zur beweismässigen Abklärung des Sachverhalts notwendig sein sollte, ist nicht ersichtlich.
2.5 Durch den Darlehensvertrag verpflichtet sich der Darleiher zur Übertragung des Eigentums an einer Summe Geldes oder an andern vertretbaren Sachen, der Borger dagegen zur Rückerstattung von Sachen der nämlichen Art in gleicher Menge und Güte (Art. 312 OR). Neben dem Darlehensvertrag bestehen für die Aufnahme von Kredit eine Reihe von Innominatverträgen, wie der Kontoeröffnungsvertrag, der Krediteröffnungsvertrag, der Baukreditvertrag usw., auf die neben anderen auch die Bestimmungen über das Darlehen zur Anwendung gelangen (vgl. HIGI, Zürcher Kommentar, 2003, N. 85 ff. Vorbemerkungen zu Art. 312-318 OR). Dass es sich im zu beurteilenden Fall nicht um einen klassischen Darlehensvertrag handelt, ergibt sich schon aus der behaupteten Abrede, eine Rechtsschrift sei bis zu einem bestimmten Zeitpunkt fertigzustellen. Da die Vorinstanz im Berufungsverfahren das Recht vom Amtes wegen anzuwenden hatte (so ausdrücklich Art. 57 ZPO), schadet der Beschwerdeführerin eine allfällige unzutreffende Qualifikation des Rechtsgeschäftes nichts. Zu prüfen ist, ob, wie die Beschwerdeführerin argumentiert, aufgrund der behaupteten Vereinbarung die Leistungen hinreichend bestimmt sind und eine Pflicht zur Rückzahlung besteht, oder ob dazu, wie die Vorinstanz anzunehmen scheint, eine weitere Einigung betreffend die Höhe der einzelnen Beträge notwendig wäre.
2.5.1 Nach Lehre und Rechtsprechung setzt ein gültiger Vertragsschluss voraus, dass alle geschuldeten und wesentlichen Leistungen der Parteien bestimmt oder bestimmbar sind; denn wenn das nicht zutrifft, fehlt es an den zum Abschluss des Vertrages nötigen übereinstimmenden gegenseitigen Willensäusserungen über die wesentlichen Punkte (Art. 1 und Art. 2 Abs. 1 OR). Um dem Begriff der Bestimmbarkeit zu entsprechen, ist nicht notwendig, dass die Leistungen schon im Zeitpunkt des Vertragsschlusses bestimmt werden können. Vielmehr genügt, wenn im Zeitpunkt der Erfüllung eindeutig feststeht, was zu leisten ist (BGE 84 II 266 E. 2 S. 272 f.; Urteil des Bundesgerichts 4C.494/1997 vom 8. Mai 1998 E. 2.a). Dies kann auch durch einen Verweis auf Geschehnisse erreicht werden, die sich erst in der Zukunft ereignen werden und von Dritten abhängen (VON TUHR/PETER, Allgemeiner Teil des schweizerischen Obligationenrechts, 3. Aufl. 1979, Bd. I S. 191 inkl. Fn. 73; KRAMER, Berner Kommentar, 1986, N. 170 zu Art. 1 OR mit Hinweisen).
2.5.2 Die getroffene Vereinbarung unterscheidet sich von einem gewöhnlichen Darlehensvertrag dadurch, dass die zu leistenden Beträge direkt an Dritte zu bezahlen waren, erst durch deren Rechnungsstellung bestimmt wurden und daher bei Vertragsschluss betragsmässig noch nicht feststanden. Bezüglich Letzterem besteht eine gewisse Nähe zum Kreditvertrag. Während es beim Kreditvertrag aber in der Regel im Belieben des daraus Berechtigten steht, ob und (bis zur Kreditlimite) in welchem Umfang er den Kredit in Anspruch nehmen will, so dass die tatsächliche Kreditgewährung erst aufgrund einer Erklärung des Kreditnehmers als Gestaltungsrecht oder aufgrund eines separaten weiteren Vertrages erfolgt (HIGI, a.a.O., N. 90 Vorbemerkungen zu Art. 312-318 OR), haben sich die Parteien gemäss der von der Beschwerdeführerin behaupteten Vereinbarung bereits über die Voraussetzungen und den Gebrauch des Kredits geeinigt. Wurde die Bevorschussung der Rechnungen im Zusammenhang mit dem Bauprojekt vereinbart, werden durch die Rechnungsstellung die von der Beschwerdeführerin zu leistenden Beträge bis zum Zeitpunkt, in dem die Leistung erbracht werden soll, bestimmbar. Dies genügt für einen gültigen Konsens. Eine weitere Einigung über die Höhe des Kredits ist nicht notwendig. Weshalb strengere Anforderungen zu stellen sein sollten, ist nicht ersichtlich, zumal sich für die Bauherrschaft im Wesentlichen nicht die finanzielle Belastung, sondern nur die Person des Gläubigers ändert.
2.5.3 Dass die getroffene Vereinbarung allenfalls über einen Darlehensvertrag hinausgeht und auftragsrechtliche Komponenten aufweist, ist für die Frage, ob die Beschwerdeführerin die Beträge zurückfordern kann, nicht massgebend. Der Kreditnehmer verhält sich unabhängig von der rechtlichen Qualifikation der Vereinbarung vertragswidrig, wenn er einerseits den Kreditgeber aufgrund der getroffenen Vereinbarung seine Rechnungen bezahlen lässt und die Vereinbarung andererseits mit Blick auf die Rückzahlung nicht gegen sich gelten lässt. Die Pflicht zur Rückzahlung wäre auch unter auftragsrechtlichen Gesichtspunkten gegeben. Soll die Beschwerdeführerin gemäss der Vereinbarung die für das Bauprojekt in Zukunft gestellten Rechnungen begleichen, entsprechen die Zahlungen im Umfang der Rechnungen dem Willen der Auftraggeber und sind zur korrekten Erfüllung des Auftrags notwendig (ansonsten wird die Bauherrschaft gegenüber dem Rechnungssteller nicht befreit). Es wäre Sache der Beschwerdegegnerin, allfällige Gegenansprüche aus einer Kostenüberschreitung zur Verrechnung zu stellen oder einzuwenden, die Beschwerdeführerin hätte Rechnungen getilgt, die nicht von der Bauherrschaft zu begleichen waren oder die bei korrekter Vertragserfüllung als unberechtigt hätten zurückgewiesen werden müssen. Diese Einwände kann die Beschwerdegegnerin unabhängig von der Qualifikation der von der Beschwerdeführerin behaupteten Vereinbarung erheben. Denn vom mit dieser Vereinbarung behaupteten Konsens über den "Darlehensbetrag" werden nur die in korrekter Erfüllung der Vereinbarung geleisteten Zahlungen erfasst.
2.6 Sollte der Nachweis der behaupteten Vereinbarung gelingen, besteht für die vereinbarungsgemäss geleisteten Zahlungen analog zu einem Darlehensvertrag ein vertraglicher Rückforderungsanspruch gegenüber der Beschwerdegegnerin. Ob dieser Nachweis gelingt, ist eine Frage der Beweiswürdigung. Da die Beschwerdeführerin die Beweislast für die von ihr behauptete Vereinbarung trägt, ist für die Abweisung der Forderung nicht der Nachweis nötig, dass die Zahlung, wie von der Beschwerdegegnerin behauptet, im gegenseitigen Einvernehmen als Schadensregulierung erfolgte. Es genügt, wenn nach dem Beweisverfahren gestützt auf die Vorbringen beider Parteien und das Beweisergebnis der von der Beschwerdegegnerin behauptete Grund für die Zahlung ernsthaft in Betracht kommt. Der von der Beschwerdeführerin verlangte Beweis der Vereinbarung gilt dagegen als erbracht, wenn das Gericht am Vorliegen der behaupteten Tatsache keine ernsthaften Zweifel mehr hat oder allenfalls verbleibende Zweifel als leicht erscheinen (BGE 130 III 321 E. 3.2 S. 324 mit Hinweisen).
3. Auch die geltend gemachte Honorarforderung erachtete die Vorinstanz als nicht hinreichend substanziiert. Sie bemängelte die Substanziierung bereits mit Blick auf die Passivlegitimation, liess aber offen, ob insoweit vor der Klageabweisung ein Substanziierungshinweis hätte erfolgen müssen. Sie erachtete die Forderung davon unabhängig für ungenügend substanziiert.
3.1 Die Beschwerdegegnerin habe in der Klageantwort bestritten, dass die Beschwerdeführerin den geltend gemachten Stundenaufwand tatsächlich geleistet habe, dass dieser dem Auftrag entsprochen habe und angemessen gewesen sei. Die Beschwerdeführerin habe offenbar diverse Modelle und immer wieder geänderte Modelle erstellt, die niemand bestellt habe. Die aufgeführten 2'745.75 Stunden für Projektentwicklung würden keiner sorgfältigen und sachgerechten Auftragserfüllung entsprechen, die auch erfordere, nur einen angemessenen Aufwand mit zu verrechnenden Stunden und Auslagen zu treiben.
Nach Auffassung der Vorinstanz hätte die Beschwerdeführerin im Einzelnen angeben müssen, welcher Stundenaufwand für welche Arbeiten geleistet wurde. Die pauschale Behauptung der Beschwerdeführerin zu ihrem Stundenaufwand, aufgelistet nach Jahren und unterteilt lediglich in Arbeiten für Projektentwicklung und Modellbau, erlaube der Beschwerdegegnerin kein substanziiertes Bestreiten der Notwendigkeit beziehungsweise der Angemessenheit der einzelnen Aufwendungen. Dazu wäre im Minimum erforderlich, die einzelnen Stundenaufwendungen konkreten Leistungen im Sinne von konkreten Projektvarianten zuzuordnen. Es sei nicht Sache des Gerichts, die notwendige Sachverhaltsdarstellung aus Ordnern füllenden Beilagen herauszusuchen, um den Aufwand, soweit möglich, den einzelnen Projektvarianten zuzuordnen.
3.2 Die Anforderungen an die Substanziierung ergeben sich nicht allein aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Normen, sondern auch aus dem Verhalten der Gegenpartei. Die klagende Partei kann nicht im Voraus wissen, unter welchem Gesichtspunkt die beklagte Partei ihre Vorbringen zu bestreiten gedenkt. Um von der klagenden Partei detailliertere Angaben zur Ermöglichung einer substanziierten Bestreitung verlangen zu können, muss aus der Klageantwort ersichtlich werden, dass die entsprechenden Punkte umstritten sind und die beklagte Partei für ein substanziiertes Bestreiten auf weitere Informationen angewiesen ist. Die Behauptungs- und Substanziierungslast zwingt die damit belastete Partei nicht, sämtliche möglichen Einwände der Gegenpartei vorweg zu entkräften (vgl. BGE 127 III 365 E. 2b S. 368; zit. Urteile 4A_210/2009 E. 3.2; 4A_7/2012 E. 2.3.1).
3.2.1 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz bestritt die Beschwerdegegnerin, dass der behauptete Aufwand überhaupt geleistet wurde. Dass sie substanziiert den Aufwand nur für gewisse Modelle oder Projekte bestreiten wollte, ergibt sich aus dem angefochtenen Entscheid nicht. Sodann behauptete die Beschwerdegegnerin, es seien unbestellte Modelle erstellt und unangemessener Aufwand getrieben worden. Hier stellt sich die Frage, ob sie zur Substanziierung ihrer Bestreitung nicht hätte angeben müssen, welche Projekte unbestellt waren. Reichen die in der Klage enthaltenen Vorbringen dazu nicht aus, wäre die Beschwerdeführerin allenfalls gehalten, durch weitere Ausführungen zu den einzelnen Projekten ein substanziiertes Bestreiten zu ermöglichen. Die Aufteilung des Aufwandes auf die einzelnen Modelle ist dazu aber nicht nötig, zumal dieser ja generell bestritten wird. Der Vorwurf, es sei ein unangemessener Aufwand betrieben worden, beschlägt die Frage, ob die von der Beschwerdeführerin behaupteten Arbeiten bei sorgfältiger Auftragserfüllung überhaupt hätten ausgeführt werden dürfen, wenn sie mit dem behaupteten Aufwand verbunden waren. Auch daraus ergibt sich keine Notwendigkeit der Zuordnung des Aufwandes zu einzelnen Projekten. Streitig ist die Vertretbarkeit des Gesamtaufwands.
3.2.2 Damit stellt die Vorinstanz auch insoweit Substanziierungsanforderungen, die sich mit Blick auf die von ihr wiedergegebene Bestreitung der Beschwerdegegnerin nicht rechtfertigen lassen. Dass diese etwas ausgeführt hätte, woraus die Beschwerdeführerin hätte schliessen müssen, eine substanziiertere Bestreitung sei mangels Zuordnung des Aufwandes zu einzelnen Projekten unmöglich, ist nicht festgestellt. Die Beschwerdeführerin rügt zu Recht, der Vorwurf der mangelnden Substanziierung sei unbegründet.
3.3 Mit Bezug auf die Passivlegitimation macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe ihre Vorbringen nicht vollständig wiedergegeben.
3.3.1 Gemäss dem angefochtenen Entscheid hat die Beschwerdegegnerin ihre Passivlegitimation mit Blick auf ein Schreiben der Beschwerdeführerin vom 23. August 2007 an sie und ihren Ehemann bestritten. Darin hält die Beschwerdeführerin fest, die Rechnung für alle Vorstudien werde direkt an B._ gestellt, weil diese Erweiterungsstudien ohne Wissen und Zutun der Beschwerdegegnerin erfolgt seien. Dem habe die Beschwerdeführerin in der Replik entgegnet, sie halte an den Ausführungen in der Klageantwort fest. Es habe sich nachträglich herausgestellt, dass die Beschwerdegegnerin über alles Bescheid gewusst habe und bei den Bestellungen insbesondere von Erweiterungsstudien genau so aktiv mitgewirkt habe, wie B._. Sie sei genau so mit einbezogen gewesen wie er. Die Vorinstanz erkannte, die Beschwerdeführerin stelle nicht in Abrede, dass sie im Jahre 2007 und damit 8 Jahre nach Erstellung der Studien annahm, die Beschwerdegegnerin habe davon keine Kenntnis gehabt. Danach genüge es nicht, pauschal zu erklären, nachträglich habe sich herausgestellt, dass die Beklagte doch von allem Kenntnis gehabt habe.
3.3.2 Die Beschwerdeführerin zeigt zwar mit Aktenhinweisen auf, dass sie in der Klagebegründung substanziierte Ausführungen zur Passivlegitimation gemacht hat. Die Vorinstanz bemängelte die Substanziierung aber konkret mit Blick auf die im Schreiben vom 23. August 2007 geäusserte Auffassung, die Beschwerdegegnerin habe von den Studien keine Kenntnis gehabt. Diesbezüglich verlangt sie eine genauere Substanziierung statt der pauschalen Behauptung, es habe sich nachträglich herausgestellt, dass die Beschwerdegegnerin doch von allem Kenntnis gehabt habe. Es wäre darzustellen, wann und aus welchen Gründen die Beschwerdeführerin konkret von der im Schreiben geäusserten Auffassung abgekommen ist. Die Wiedergabe der Vorbringen in der Klagebegründung samt Aktenhinweis genügt weder, um bezüglich des Meinungsumschwungs betreffend den Einbezug der Beschwerdegegnerin eine hinreichende Substanziierung auszuweisen, noch um aufzuzeigen, dass die Vorinstanz überhöhte Substanziierungsanforderungen gestellt hätte. Offen ist aber weiterhin, ob ein Substanziierungshinweis hätte erfolgen müssen.
4. Nach dem Gesagten ist bezüglich der Darlehensrückzahlung ein Beweisverfahren durchzuführen. Bezüglich der Honorarforderung wird die Vorinstanz zu entscheiden haben, ob ein Substanziierungshinweis hätte erfolgen müssen. Sofern die Klage hier nicht an der Passivlegitimation scheitert, ist beweismässig abzuklären, ob der behauptete Aufwand tatsächlich geleistet wurde und zur korrekten Vertragserfüllung gehörte. Die Beschwerde erweist sich in wesentlichen Punkten als begründet. Die Sache ist zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Februar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak