Faits:
A. B._ est au bénéfice d'un CFC d'électronicien en audio et vidéo et d'un diplôme d'ingénieur HES en électricité. Il a travaillé dès le 1er juillet 2004 au service de l'Institut X._ en qualité d'ingénieur de système. Selon un questionnaire pour l'employeur du 29 mars 2006, son salaire annuel brut était de 55'000 fr.
Souffrant d'une décompensation maniaque dans le cadre d'un trouble bipolaire de type I et de syndrome de dépendance à l'alcool et au THC, B._ a été hospitalisé auprès du Centre hospitalier Y._, Institution Z._, du 23 février au 5 avril, du 12 au 25 avril et du 8 au 12 mai 2005. Il a été mis en arrêt de travail à 100 % jusqu'au 22 mai 2005. L'intéressé a pu reprendre son travail au sein de X._ du 23 mai au 24 juillet 2005. Dès le 25 juillet 2005, il a été durablement mis en incapacité de travail totale.
Le 17 novembre 2005, X._ a résilié le contrat de travail de B._, avec effet au 31 janvier 2006 en raison de longue absence. Le 16 février 2006, B._ a déposé une demande de prestations auprès de l'Office cantonal de l'assurance-invalidité du Valais (ci-après: l'OCAI).
Plusieurs rapports médicaux ont été versés au dossier, dont un rapport final du Service médical régional de l'assurance-invalidité (SMR), du 20 septembre 2007. Il ressort de ce dernier que l'assuré souffrait de psychose maniaco-dépressive en rémission partielle (ou, selon une nouvelle terminologie, de trouble affectif bipolaire, épisode actuel de dépression légère [sous traitement]). Sa capacité de travail était nulle dans son activité habituelle dès le 25 juillet 2005 et de 50 % dans une activité adaptée, sans stress et sans responsabilité. Dans son appréciation du cas, le SMR a indiqué que l'assuré souffrait d'une maladie mentale cyclique, ce qui lui permettait, dans les périodes d'amélioration, de travailler dans des postes sans responsabilité, n'exigeant pas de continuité, soit des travaux occasionnels. Dès lors que la maladie de l'assuré était insuffisamment sous contrôle, il ne pouvait travailler dans un emploi où la présence continue pendant toute l'année était exigée, parce qu'il devait s'attendre à au moins deux rechutes par année. Pour la même raison, des mesures professionnelles avec apprentissage dans une nouvelle profession n'étaient pas envisageables.
Par décision du 14 janvier 2008, l'OCAI a octroyé à l'assuré une demi-rente d'invalidité à partir du 1er juillet 2006. Se fondant sur les données statistiques, telles qu'elles résultent de l'Enquête suisse sur la structure des salaires, l'OCAI a fixé le revenu annuel d'invalide (adapté à l'évolution des salaires) à 26'336 fr. 15, compte tenu d'une capacité résiduelle de travail de 50 % et d'une déduction de 10 %. En comparant ce gain avec le revenu sans invalidité de 55'466 fr. 90 réalisable par l'assuré dans son ancienne activité d'ingénieur, l'OCAI a fixé le taux d'invalidité à 52 %.
B. L'assuré a recouru contre cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances du Valais, contestant les montants retenus par l'OCAI au titre des revenus sans invalidité et d'invalide. Il n'a en revanche pas contesté le taux d'incapacité de travail de 50 % lui ayant été reconnu dans une activité adaptée, ni le recours aux données statistiques pour calculer le revenu d'invalide.
Par jugement du 24 octobre 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant à l'octroi d'un trois-quarts de rente, le tout sous suite de frais et dépens.
L'OCAI conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'examine en principe que les griefs invoqués (art. 42 al. 2 LTF) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (art. 105 al. 2 LTF).
2. Le recourant ne conteste pas sa capacité résiduelle de travail de 50 % dans une activité adaptée. En revanche, il conteste le degré d'invalidité fixé sur cette base par l'intimé et confirmé par les premiers juges. En particulier, il critique le taux d'abattement de 10 % opéré sur le salaire statistique ayant servi à déterminer le revenu d'invalide. D'autre part, il estime que son revenu sans invalidité aurait dû être adapté à l'indice des salaires nominaux jusqu'en 2007 et augmenté de 5 % pour tenir compte de la progression du salaire qu'il aurait obtenu s'il avait pu conserver son poste d'ingénieur chez X._.
3. 3.1 La mesure dans laquelle les salaires ressortant des statistiques doivent être réduits dépend de l'ensemble des circonstances personnelles et professionnelles du cas particulier (limitations liées au handicap, âge, années de service, nationalité/catégorie d'autorisation de séjour et taux d'occupation). Une déduction globale maximale de 25 % sur le salaire statistique permet de tenir compte des différents éléments qui peuvent influencer le revenu d'une activité lucrative (ATF 126 V 75 consid. 5b/aa-cc p. 79). L'étendue de l'abattement (justifié dans un cas concret) constitue une question typique relevant du pouvoir d'appréciation, qui est soumise à l'examen du juge de dernière instance uniquement si la juridiction cantonale a exercé son pouvoir d'appréciation de manière contraire au droit, soit a commis un excès positif ou négatif de son pouvoir d'appréciation ou a abusé de celui-ci (ATF 132 V 393 consid. 3.3 p. 399), notamment en retenant des critères inappropriés, en ne tenant pas compte de circonstances pertinentes, en ne procédant pas à un examen complet des circonstances pertinentes ou en n'usant pas de critères objectifs (ATF 130 III 176 consid. 1.2 p. 180).
3.2 Le tribunal cantonal a constaté qu'un abattement supérieur aux 10 % opérés par l'OCAI ne se justifiait pas en l'espèce car le caractère cyclique de la maladie psychique avait déjà été pris en considération dans l'appréciation de la capacité de travail de 50 %, qui devait être comprise comme une moyenne annuelle pouvant être librement répartie sur l'année.
3.3 Le recourant relève que sa maladie provoque, selon le psychiatre du SMR, au moins deux fois par année des interruptions totales de travail. Or, il serait quasi impossible de trouver, voir de conserver un emploi dans ces circonstances. Preuve en est le fait que son contrat de travail a été résilié au 31 janvier 2006 en raison de ses absences fréquentes liées à la maladie.
3.4 Il ressort des constatations médicales retenues par la juridiction cantonale qu'après ses trois hospitalisations successives entre février et mai 2005, le recourant avait pu reprendre son activité habituelle au sein de X._ à 100 % du 23 mai au 24 juillet 2005, avant d'être à nouveau totalement incapable de travailler. Dans un rapport du 18 mai 2007, le SMR avait envisagé la reprise, à terme, d'une activité sans responsabilité et sans stress à 100 %. Néanmoins, il avait préconisé un maintien de la capacité de travail à 50 % tant que la situation n'était pas stabilisée, au vu de la gravité de la maladie et du risque de rechutes. Dans les présentes circonstances, l'office intimé et la juridiction cantonale sont restés dans les limites de leur pouvoir d'appréciation en retenant un abattement de 10 % sur le salaire statistique. Celui-ci tient compte de manière appropriée des circonstances dans lesquelles le recourant devra exercer sa profession (cf. l'arrêt 8C_778/2007 du 29 mai 2008 consid. 5. 2. 3), d'autant plus que les effets contraignants de la maladie psychique du recourant (gravité, risque de rechutes) ont déjà été prises en compte lors de l'appréciation de sa capacité résiduelle de travail de 50 % dans une activité moins exigeante que son activité habituelle.
4. 4.1 Au titre du revenu sans invalidité, le Tribunal cantonal des assurances a retenu que le recourant aurait obtenu en 2006 un salaire annuel de 55'000 fr.
4.2 Le recourant estime que la juridiction cantonale devait adapter ce revenu aux variations de l'indice des salaires nominaux de l'Office fédéral de la statistique, ce qui donnait un revenu de 57'169 fr. 81 en 2007. D'autre part, il prétend que c'est à tort que la juridiction cantonale a refusé de prendre en considération la déclaration de son ancien employeur, du 11 avril 2008, dans laquelle celui-ci explique procéder à une révision annuelle des salaires de ses employés et, pour autant que cela soit possible, à une augmentation en fonction des performances annuelles constatées et discutées oralement avec chaque employé. Selon le recourant, compte tenu à la fois de l'adaptation du salaire perçu en 2004 à l'indice des salaires nominaux jusqu'en 2007 (soit un montant de fr. 59'170 fr.) et d'une augmentation de 5 %, il aurait pu prétendre, à la date de la décision litigieuse, à un un revenu sans invalidité de 62'128 fr. 50.
4.3 Pour fixer le revenu sans invalidité, il faut établir ce que l'assuré aurait, au degré de la vraisemblance prépondérante, réellement pu obtenir au moment déterminant s'il n'était pas invalide. Le revenu sans invalidité doit être évalué de la manière la plus concrète possible; c'est pourquoi il se déduit en principe du salaire réalisé en dernier lieu par l'assuré avant l'atteinte à la santé, en tenant compte de l'évolution des salaires jusqu'au moment de la naissance du droit à la rente (ATF 129 V 222 consid. 4.3.1 p. 224 et la référence).
4.4 S'agissant tout d'abord de l'adaptation du salaire à l'indice des salaires nominaux, il y a lieu de constater que le revenu sans invalidité de 55'466 fr. 90 retenu par l'intimé tient correctement compte de l'adaptation à l'évolution nominale des salaires jusqu'en 2006, année de la naissance du droit à la rente. En ce qui concerne l'augmentation de 5 % du salaire que le recourant aurait pu obtenir s'il n'était pas devenu invalide, la juridiction cantonale a considéré qu'à teneur des déclarations de X._ du 11 avril 2008, il n'était pas établi au degré de la vraisemblance prépondérante que l'employeur aurait augmenté le salaire du recourant ni dans quelle mesure. Elle indiquait en outre ignorer les moyens financiers de X._ à fin 2005, ainsi que sa satisfaction quant à la quantité et la qualité du travail fourni par le recourant, de sorte que l'on se trouvait dans le contexte de simples possibilités théoriques d'avancement, lesquelles n'avaient pas à être prises en considération.
4.5 La question de savoir s'il y avait lieu de prendre en considération les chances d'avancement du recourant en augmentant son revenu sans invalidité de 5 % peut rester ouverte en l'espèce dès lors que même si tel eût été le cas, le degré d'invalidité du recourant ainsi obtenu [55'466.90 + (55'466.90 x 5 %)] - 26'336.15 x 100 / 55'466.90 (soit 57,5 %) ne lui ouvrirait pas droit à plus qu'une demi-rente.
Il s'ensuit que le recours est mal fondé.
5. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge du recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais, à la Caisse de compensation du canton du Valais et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 5 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz