Sachverhalt:
A. A._ war ab ... bei den Schweizerischen Bundesbahnen (im Folgenden: SBB), angestellt. Vom ... bis ... arbeitete er als Stellwerkangestellter/ Rangierarbeiter; ab ... war er zu 50 % im Hausdienst Rangierbahnhof beschäftigt. Am 29. Juni 2005 meldete er sich unter Hinweis auf "Knieschmerzen, Meniskus und Arthrose", bestehend seit ungefähr Mitte 2003, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Rente) an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau führte erwerbliche Abklärungen durch und holte Berichte ein des Dr. med. W._, Innere Medizin FMH, vom 22. Juli 2005 (mit Ergänzung vom 28. November 2005), und des früheren Hausarztes Dr. med. H._, Allgemeine Medizin FMH, vom 16. November 2005 (denen je weitere medizinische Akten beilagen). Die SBB lösten das Arbeitsverhältnis auf Ende ... auf. Nach mündlicher Anfrage bei ihrem Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD; Dr. med. U._) vom 3. April 2006 und Stellungnahme des RAD-Arztes Dr. med. G._ vom 30. August 2006 zog die IV-Stelle die Akten bei des Medical Service der SBB holte ergänzende Unterlagen ein bei Dr. med. T._, FMH für Physikalische Medizin und Rehabilitation, und veranlasste ein interdisziplinäres versicherungsmedizinisches Gutachten beim Institut X._ vom 6. Februar 2008. Nach weiteren Stellungnahmen ihres RAD und durchgeführtem Vorbescheidverfahren verfügte die IV-Stelle am 10. Juli 2008 die Abweisung des Leistungsbegehrens (bei einem Invaliditätsgrad von 30 %).
B. Die hiegegen erhobenen Beschwerde des A._ wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 31. März 2009 ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung einer ganzen Rente beantragen. Eventualiter sei der Fall an die IV-Stelle zur weiteren Abklärung zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid, auf welchen verwiesen wird, die Bestimmungen und Grundsätze über die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG; Art. 4 Abs. 1 IVG), den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Form), die Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (BGE 125 V 256 E. 4 S. 261) sowie den Beweiswert und die Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352) zutreffend wiedergegeben.
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog in pflichtgemässer Würdigung der medizinischen Akten (Art. 61 lit. c in fine ATSG), gestützt auf das Gutachten des Instituts X._, dem voller Beweiswert zukomme, sei der Beschwerdeführer in einer leidensangepassten Tätigkeit (leichte, wechselbelastende Arbeitshaltung, vorwiegend sitzend, Vermeiden von Überkopfarbeiten und Arbeiten in Zwangshaltungen, Vermeiden von Heben und Tragen grösserer Lasten über 10 kg) uneingeschränkt arbeitsfähig. Dabei legte das kantonale Gericht insbesondere nachvollziehbar und begründet dar, weshalb die hinsichtlich der verbleibenden Restarbeitsfähigkeit vom Gutachten des Instituts X._ abweichenden Einschätzungen der Dres. med. T._ und W._ zu keinem anderen Schluss zu führen vermöchten.
3.2 3.2.1 Soweit der Beschwerdeführer rügt, das kantonale Gericht habe den rechtserheblichen Sachverhalt unvollständig abgeklärt und sein Ermessen überschritten, indem es nur den Gutachtern des Instituts X._ "geglaubt" habe, vermag er nicht durchzudringen.
3.2.2 Aktenkundig leidet der Versicherte unter objektivierbaren Beschwerden an den Knien, besonders im linken Kniegelenk, welche zweimal arthroskopisch angegangen wurden. Zusätzlich wurde im Jahre 2005 ein chronisches Lumbovertebralsyndrom links diagnostiziert (Bericht des Dr. med. W._ vom 22. Juli 2005) und in einem im Spital B._ am 1. November 2005 durchgeführten MRI leichte degenerative Veränderungen der LWS (insbesondere L3/4 und L4/5) mit leicht aktivierter Osteochondrose festgestellt. Nach überwiegender Meinung der Ärzte ist die - sehr kniebelastende - Tätigkeit im Rangierdienst der SBB wegen dieser Leiden nicht mehr zumutbar (Berichte des Dr. med. S._, Medical Service der SBB, vom 30. Juni 2005 sowie des Dr. med. T._ vom 18. November 2005 und 22. Mai 2006; Gutachten des Instituts X._ vom 6. Februar 2008). Hinsichtlich der verbleibenden Restarbeitsfähigkeit in einer leichten, angepassten Tätigkeit ergeben die ärztlichen Einschätzungen indes kein einheitliches Bild. Es fällt aber auf, dass namentlich die behandelnden Dres. med. W._ und T._, insbesondere auch mit Blick auf die im Jahre 2005 diagnostizierte "somatoforme vegetative Erkrankung" (Berichte vom 18. November 2005 und 28. Mai 2006), eine nurmehr hälftige Arbeitsfähigkeit in einer leichten Tätigkeit attestierten (wobei Dr. med. W._ weitestgehend die Einschätzungen des Dr. med. T._ übernahm), während sowohl die Ärzte an den Spitälern B._ (am 27. Oktober 2004) und R._ (am 13. Mai 2005) als auch die Gutachter des Instituts X._ von einer höheren bzw. uneingeschränkten Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit ausgingen. Dass die Arbeitsfähigkeit nicht wesentlich eingeschränkt sei, entsprach im Übrigen auch der Beurteilung des früheren Hausarztes Dr. med. H._, der sogar davon ausging, es fehle dem "liebenswürdigen Mazedonier" am Arbeitswillen (Bericht vom 16. November 2005) bzw. es liege "überhaupt kein Zustand für eine IV-Anmeldung" vor (Bericht vom 10. November 2004). Wenn das kantonale Gericht unter Hinweis auf die beweisrechtlich bedeutsame Unterscheidung zwischen Behandlungs-/Therapieauftrag einerseits und Gutachtensauftrag anderseits dem Gutachten des Instituts X._ im Rahmen der freien Beweiswürdigung ausschlaggebendes Gewicht beimass und gestützt darauf von einer uneingeschränkten Arbeitsfähigkeit in einer leichten, angepassten Tätigkeit ausging, verstiess es nicht gegen Bundesrecht. Dies gilt umso mehr, als der Beschwerdeführer aus der mit Blick auf nicht näher spezifizierte "Zeitungsberichte" und einen Entscheid des Verwaltungsgerichtes des Kantons Z._ vorgetragenen, unspezifischen Kritik am Institut X._ nichts zu seinen Gunsten abzuleiten vermag, zumal ein konkreter Anhaltspunkt gegen die Glaubwürdigkeit des Dr. med. I._ weder ersichtlich ist noch vom Beschwerdeführer konkret gerügt wird und sich die Einschätzung der Gutachter des Instituts X._, wie soeben dargelegt, weitestgehend deckt insbesondere mit der Beurteilung der Ärzte an den Spitälern B._ und A._ und des SBB-Arztes Dr. med. S._.
3.2.3 Nicht gegen Bundesrecht verstösst auch die vorinstanzliche Würdigung der im Vorbescheidverfahren aufgelegten Beurteilung des Dr. med. K._, FMH für Neurologie, welcher im Anschluss an die Erstkonsultation vom 9. Juni 2008 im Wesentlichen angab, die Arbeitsunfähigkeit - die er nicht näher konkretisierte - sei "multifaktoriell" bedingt und müsse hauptsächlich rheumatologisch-orthopädisch beurteilt werden (was nach den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid im Rahmen der Expertise des Instituts X._ rechtsgenüglich erfolgt ist). Ohne dass weiter geprüft werden müsste, ob und allenfalls inwiefern die im vorinstanzlichen Beschwerdeverfahren aufgelegten Berichte des Dr. med. O._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 31. Januar 2008, des Dr. med. E._, FMH für Chirurgie, vom 13. Januar 2009, sowie des Dr. med. C._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 18. Januar 2009, für den hier massgeblichen Zeitpunkt überhaupt relevant wären, ist jedenfalls nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz diesen Einschätzungen keine Beweiskraft zugestanden hat, zumal es darin bereits an einer nachvollziehbar begründeten relevanten Arbeitsunfähigkeit weitestgehend fehlt.
4. Was schliesslich die Höhe des Abzuges vom Tabellenlohn betrifft, handelt es sich dabei um eine typische Ermessensfrage, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nurmehr dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch -unterschreitung vorliegt (BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399). Dass die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt habe, vermag der Beschwerdeführer nicht zu begründen.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle