Faits:
A. T._, né en 1952, est assuré pour l'assurance obligatoire des soins auprès d'Assura, assurance maladie et accident (ci-après: la caisse).
Consulté par l'assuré, le docteur C._, spécialiste FMH en ophtalmologie, a constaté qu'il souffrait d'hypoxémie nocturne et l'a adressé au Centre d'investigation et de recherche sur le sommeil de l'Hôpital X._ pour déterminer la cause de cette affection. Un syndrome d'apnée du sommeil ayant été mis en évidence, le docteur H._, spécialiste FMH en pneumologie et en médecine interne, a suggéré, après avoir considéré différentes options thérapeutiques, la confection d'un appareil buccal d'avancement mandibulaire (rapport du 17 janvier 2011). Le docteur P._, spécialiste FMH en oto-rhino-laryngologie auprès de l'Hôpital X._, a estimé qu'il n'y avait pas de contre-indications, si bien que ce dispositif a été réalisé, pour un montant de 1'497 fr.
T._ a demandé à la caisse la prise en charge de ces frais, ce qu'elle a refusé par décision du 3 mars 2011, confirmée sur opposition le 14 juin suivant.
B. L'assuré a déféré cette décision auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, qui a rejeté le recours par jugement du 14 décembre 2011.
C. T._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut essentiellement à la prise en charge par la caisse des frais relatifs à la confection d'une prothèse d'avancement mandibulaire, éventuellement au renvoi de la cause au Tribunal cantonal.
Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Il n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF.
2. Le litige porte sur la prise en charge par l'intimée, au titre de l'assurance obligatoire des soins, des frais relatifs à la confection d'un appareil buccal d'avancement mandibulaire destiné à prévenir et combattre l'apnée du sommeil.
3. 3.1 Selon l'instance cantonale, l'appareil litigieux ne figurait pas sur la liste - positive et exhaustive - des appareils et moyens devant être pris en charge par les assureurs-maladie (LiMA) et ne correspondait pas à la description d'un groupe de produits qui y était cité. Aussi ne pouvait-il pas se substituer au dispositif de type nCPAP, mentionné dans cette liste comme appareil destiné à lutter contre l'apnée du sommeil. Dès lors, l'intimée n'avait aucune obligation de le prendre en charge quand bien même il serait efficace, approprié et économique au sens de l'art. 32 al.1 LAMal. Par ailleurs, l'absence de mention de l'appareil préconisé par les médecins de l'Hôpital X._ dans la LiMA ne permettait pas de remettre en cause le contenu de ce texte, compte tenu d'une part de la grande retenue qui s'imposait dans le contrôle de la légalité et de la constitutionnalité de celui-ci et d'autre part de la jurisprudence rendue dans des situations analogues.
3.2 Le recourant se plaint d'une violation du droit fédéral. Il prétend que l'appareil buccal d'avancement mandibulaire en question est tout aussi efficace et moins coûteux que le dispositif nCPAP. Dans ces conditions, le fait qu'il ne figure pas sur la LiMA serait contraire aux principes d'économie et d'efficacité institués par l'art. 32 LAMal, si bien que l'intimée devrait néanmoins le prendre en charge. Les arrêts cités par l'instance cantonale seraient dénués de pertinence étant donné qu'ils concerneraient des situations différentes du cas d'espèce et que l'état des connaissances médicales dans le domaine considéré aurait évolué depuis qu'ils ont été rendus.
4. 4.1 L'assurance obligatoire des soins prend en charge les coûts des prestations qui servent à diagnostiquer ou à traiter une maladie et ses séquelles (art. 25 al. 1 LAMal). Ces prestations comprennent notamment les analyses, médicaments, moyens et appareils diagnostiques ou thérapeutiques prescrits par un médecin ou, dans les limites fixées par le Conseil fédéral, par un chiropraticien (art. 25 al. 2 let. b LAMal). Selon l'art. 52 al. 1 let. a LAMal, le département édicte des dispositions sur l'obligation de prise en charge et l'étendue de la rémunération des moyens et d'appareils diagnostiques ou thérapeutiques (ch. 3). Faisant usage de cette compétence, le département a édicté la liste des moyens et appareils à la charge des caisses-maladie (LiMA, annexe 2 à l'OPAS). Celle-ci est exhaustive et contraignante; en particulier, un nouveau moyen ou nouvel appareil doit y être inclus pour constituer une prestation à charge de l'assurance-maladie obligatoire (ATF 134 V 83 consid. 4.1 p. 86 s. et les références citées).
4.2 La prestation ici en cause consiste en un appareil thérapeutique, correspondant ainsi à la catégorie de prestations visée par l'art. 25 al. 2 let. b LAMal, mais ne figure pas sur la LiMA - ce qui n'est du reste pas contesté. C'est dès lors à bon droit que l'instance cantonale a nié l'obligation de l'intimée de la prendre en charge. Le fait que la LiMA prévoit le remboursement du dispositif nCPAP n'est pas déterminant car on ne saurait admettre, contrairement à ce que voudrait le recourant, que les assureurs maladie ont l'obligation de prendre en charge tout appareil thérapeutique non mentionné dans la LiMA mais aussi efficace et moins coûteux qu'un autre qui y figurerait. Adopter un tel raisonnement reviendrait en effet à contourner le système de la liste exhaustive et contraignante prévue par le législateur pour de telles prestations. Il est vrai qu'un certain nombre d'appareils thérapeutiques hors liste sont susceptibles de traiter de manière tout aussi efficace, appropriée et économique, les mêmes affections qu'un appareil thérapeutique enregistré. Les procédures d'admission peuvent également s'avérer relativement longues et néanmoins s'achever par une décision négative, ce qui peut paraître insatisfaisant lorsque le motif de refus repose sur un critère de nature exclusivement économique. Ce nonobstant, de tels inconvénients sont une conséquence inhérente au système légal (arrêts 9C_912/2010 du 31 octobre 2011 consid. 5.3; K 83/03 du 10 octobre 2003 consid. 4 et K 63/02 du 1er septembre 2003 consid. 3.2). Dès lors, le jugement entrepris est conforme au droit.
4.3 Il suit de ce qui précède que le recours est mal fondé.
5. Vu l'issue du litige, le recourant, qui succombe, supporte les frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 12 avril 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Bouverat