Faits:
A. Le 22 novembre 2006, le Conseil d'Etat genevois a adopté le plan localisé de quartier (PLQ) n° 29'468, couvrant un secteur situé à l'angle des rues Maurice-Braillard et Moillebeau, traversé par le chemin du Point-du-Jour, dans le quartier du Petit-Saconnex. Ce plan concerne les parcelles n° 1775, 2247, 2248, 3056 et - partiellement - la parcelle DP 4795. Il prévoit la construction de deux immeubles de cinq étages sur rez plus attique le long de la rue de Moillebeau, et d'un immeuble de deux étages sur rez plus attique le long de la rue Braillard. L'indice d'utilisation du sol (IUS) est de 2,15, soit un total de 6740 m2 de surface brute de plancher pour 3135 m2 de terrains.
Les opposants au PLQ, soit l'association X._, A._ et B._ ainsi qu'une quarantaine de consorts, tous habitants du quartier, ont saisi le Tribunal administratif genevois. Ils critiquaient l'ajout, après l'enquête publique, d'un niveau en attique sur l'immeuble de la rue Braillard; ils invoquaient les règles relatives aux distances et remettaient en cause les accès et le trafic induit par le projet; ils relevaient l'existence de servitudes relatives notamment à la hauteur des bâtiments. Selon eux, l'IUS de 2,15 violait le plan directeur cantonal car le quartier du Point-du-Jour faisait partie des sites sensibles pour lesquels la densification était de 0,5 à 1.
B. Par arrêt du 15 avril 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours. La modification du plan, mineure, n'avait pas à faire l'objet d'une nouvelle enquête publique; les griefs relatifs aux distances et aux servitudes pourraient être réexaminés au stade de l'autorisation de construire; la question des accès et du trafic induit avait été minutieusement examinée, et le Tribunal administratif ne pouvait statuer en opportunité. S'agissant de l'IUS, la fiche 2.01 annexée au plan directeur cantonal prévoyait, pour la zone de développement 3, une densification selon l'indice de 1,2, voire plus; dans certains sites sensibles, une densification intermédiaire de 0,5 à 1 était préconisée. Selon la carte annexée à la fiche 2.01, les parcelles situées dans le périmètre du PLQ ne figuraient pas dans la partie sensible du quartier du Point-du-Jour. En l'absence d'impératifs de protection du patrimoine ou du site, d'arborisation ou de contraintes parcellaires, un IUS de 2,15 était admissible.
C. A._ et B._, l'association X._ ainsi que 29 consorts forment un recours en matière de droit public assorti d'une demande d'effet suspensif. Ils demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif et l'arrêté du Conseil d'Etat rejetant les oppositions et adoptant le PLQ 29'468; subsidiairement, ils concluent au renvoi de la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. Les intimés C._ et D._, appelés en cause dans la procédure cantonale, concluent au rejet du recours.
La demande d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance du 29 mai 2008.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public est ouverte, la décision attaquée ayant été rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF). Les recourants, propriétaires ou habitants d'immeubles directement voisins du périmètre du plan, ont qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.3.1 p. 252, 409 consid. 1.3 p. 413 et la jurisprudence citée). Il en va de même de l'association qui, selon l'arrêt attaqué, est constituée des mêmes personnes que celles qui recourent à titre individuel, et a pour but la défense de leurs intérêts (ATF 121 II 39 consid. 2d/aa, 120 Ib 59 consid. 1a et les arrêts cités). Les recourants ont agi en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF).
2. Les recourants reprochent au Tribunal administratif d'avoir arbitrairement apprécié les preuves en retenant que l'IUS admissible était de 1,2 et plus. En instance cantonale, les recourants avaient produit l'annexe à la fiche 2.01 du plan directeur cantonal, selon laquelle le secteur du Point-du-Jour, ou en tout cas la parcelle n° 1775 qui représente près des deux tiers du périmètre du PLQ, serait répertorié comme site sensible − zone de densification intermédiaire − où l'IUS maximum est de 1. Les recourants estimaient infondée la position du Conseil d'Etat selon laquelle le périmètre du PLQ était limitrophe à la zone de densification intermédiaire, mais n'y était pas inclus. Dans leurs observations complémentaires du 27 avril 2007, les recourants ont maintenu leur point de vue, en produisant une copie agrandie de la carte annexée à la fiche 2.01. Pour sa part, la cour cantonale s'est fondée sur la version de la fiche 2.01 produite par le Conseil d'Etat, selon laquelle la zone de densification intermédiaire contourne le périmètre du PLQ. Pour les recourants, l'arrêt attaqué serait insuffisamment motivé, faute d'expliquer les raisons pour lesquelles les deux cartes diffèrent, et les motifs pour lesquels le Tribunal administratif s'est exclusivement fondé sur la carte produite par le Conseil d'Etat. Par ailleurs, lors de l'élaboration, en 2001, du PLQ n° 29'154 qui concerne en partie le même périmètre, et lors du rejet des oppositions en mai 2002, le Conseil d'Etat avait confirmé que le site du Point-du-Jour était voué à une densification intermédiaire. Le Tribunal administratif s'est contenté d'affirmer que les deux plans concernent des périmètre différents, alors qu'ils se recoupent pour partie sur la parcelle n° 1775.
Invoquant aussi leur droit d'être entendus, les recourants reprochent au Tribunal administratif d'avoir refusé de se rendre sur place, alors que cela aurait permis de recueillir les explications du représentant du Conseil d'Etat à propos de la contradiction entre les cartes produites par les parties.
2.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Cette disposition lui donne la faculté de rectifier ou compléter d'office l'état de fait de l'arrêt attaqué dans la mesure où des lacunes ou erreurs dans l'établissement de celui-ci lui apparaîtraient d'emblée comme manifestes. Quant aux recourants, ils ne peuvent critiquer la constatation de faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire arbitraire, ce qu'il leur appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF. En outre, l'existence de faits constatés de manière inexacte ou en violation du droit n'est pas une condition suffisante pour conduire à l'annulation ou la modification de la décision attaquée. Il faut encore qu'elle soit susceptible d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure (art. 97 al. 1 in fine LTF).
2.2 Le Tribunal administratif n'a certes pas expliqué pour quelle raison il s'est fondé sur les documents du plan directeur tels que produits par le Conseil d'Etat, et a écarté ceux des recourants. Implicitement, la cour cantonale a considéré qu'il y avait lieu de se fonder sur les plans produits par l'autorité cantonale compétente, supposée en détenir la version officielle. Contrairement à ce que soutiennent les recourants, ce choix − qu'ils sont à même de contester valablement, conformément au droit d'être entendu − n'a rien d'arbitraire.
Dans sa réponse au recours, le Conseil d'Etat explique en effet que la version de 2001 du plan directeur, approuvée le 14 mars 2003 par le Conseil fédéral, comporte une annexe à la fiche 2.01, intitulée "densification différenciée de la couronne suburbaine", sur laquelle le quartier du Point-du-Jour est mentionné comme zone de densification de type intermédiaire, avec un IUS de 0,5 à 1. Toutefois, il apparaît clairement sur ce plan que la partie du quartier située le long de la rue Moillebeau, soit précisément celle qui fait l'objet du PLQ litigieux, n'est pas comprise dans ce périmètre, de sorte que l'indice de densité est celui applicable de manière générale à la zone de développement 3. La version produite par les recourants est celle du plan directeur actualisé en 2006, adopté le 28 mars 2007 par le Conseil d'Etat et approuvé par l'autorité fédérale le 28 juin 2007; il s'agit donc d'une version postérieure au PLQ adopté le 22 novembre 2006. Le Conseil d'Etat explique en outre que si cette dernière version place l'intégralité du quartier en zone de densification intermédiaire, cela proviendrait d'une erreur dans la retranscription du plan de 2003. Quoiqu'il en soit, le PLQ apparaît conforme au plan directeur cantonal dans sa version en vigueur au moment de son adoption. Les recourants ne sauraient tirer argument des considérations émises lors de l'adoption du PLQ 291'54, puisque celui-ci, au contraire du PLQ litigieux, concernait - à l'exception de la parcelle n° 1775 - des terrains expressément situés dans la partie dite "sensible" du quartier du Point-du-Jour.
L'établissement des faits par le Tribunal administratif n'a par conséquent rien d'arbitraire.
2.3 Il n'y a pas non plus de violation du droit à l'administration des preuves. En effet, si les recourants entendaient remettre en cause la pertinence des pièces produites par le Conseil d'Etat, il leur appartenait d'interpeller ce dernier, sans qu'il soit nécessaire de le faire dans le cadre d'une inspection locale. L'arrêt attaqué n'expose certes pas expressément pour quelle raison les pièces produites par les recourants n'ont pas été retenues; s'agissant d'extraits d'un plan directeur entré en vigueur après l'adoption du PLQ litigieux, ce choix s'imposait avec suffisamment d'évidence pour n'avoir pas à être spécifiquement motivé.
3. Le recours doit par conséquent être rejeté. Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants, de même qu'une indemnité de dépens allouée aux intimés C._ et D._.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Une indemnité de dépens de 2000 fr. est allouée aux intimés C._ et D._, à la charge solidaire des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Conseil d'Etat et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 25 septembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz