Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. La B._AG procede nei confronti della A._S.A. per l'incasso di fr. 109'944,40, oltre interessi. Il precetto esecutivo è stato notificato l'8 febbraio 2006 all'amministratore unico dell'escussa.
2. Dopo aver ricevuto la domanda di proseguire l'esecuzione a cui la creditrice aveva allegato l'esemplare del precetto esecutivo a lei destinato, in cui risulta che l'escussa non aveva fatto opposizione, l'Ufficio di esecuzione di Lugano ha emesso il 23 marzo 2006 la comminatoria di fallimento.
3. Con sentenza 12 luglio 2006 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza, ha respinto un ricorso con il quale la A._S.A. aveva prodotto il proprio esemplare del precetto su cui era stata apposta e firmata dal suo amministratore unico la dichiarazione "faccio opposizione". L'autorità di vigilanza ha reputato che l'escussa, gravata dall'onere della prova, non ha provato di aver tempestivamente interposto opposizione. Infatti, l'impiegato postale che aveva notificato il precetto esecutivo non ricordava se l'amministratore unico avesse o no immediatamente interposto opposizione. Su entrambi gli esemplari del precetto manca inoltre la firma dell'agente notificatore che certifica la conformità dell'opposizione e che permette di prevenire contestazioni attinenti al momento in cui l'opposizione è stata fatta. A mente dell'autorità di vigilanza non è pertanto possibile escludere che l'opposizione sia stata scritta sull'esemplare del debitore dopo la notifica e non vi sarebbe inoltre spazio per il principio "in dubio pro debitore", che viene applicato quando si tratta invece di interpretare dichiarazioni fatte dall'escusso. L'autorità cantonale ha infine pure respinto l'istanza di restituzione del termine per interporre opposizione, ritenendo che la notifica del precetto sia avvenuta correttamente.
4. Con ricorso 28 luglio 2006 la A._S.A. chiede, previo conferimento dell'effetto sospensivo, l'annullamento della decisione dell'autorità di vigilanza, l'accertamento dell'avvenuta opposizione e l'annullamento della comminatoria di fallimento. In via subordinata domanda, invece dell'accertamento dell'avvenuta opposizione, l'assegnazione di un nuovo termine di 10 giorni ex art. 33 cpv. 4 LEF a partire dalla notifica della decisione del Tribunale federale per comunicare all'Ufficio se intende fare opposizione. Afferma che il suo amministratore unico ha immediatamente fatto opposizione ai due precetti che gli sono stati notificati l'8 febbraio 2006, motivo per cui non poteva essere comminato il fallimento, e ritiene che a torto l'autorità di vigilanza non avrebbe applicato il principio "in dubio pro debitore", ma avrebbe richiesto la prova piena dell'avvenuta opposizione. Secondo la ricorrente sarebbe infatti sufficiente che il debitore renda verosimile di aver interposto opposizione e sostiene che dagli atti tale verosimiglianza risulterebbe.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
5. Con un ricorso ai sensi dell'art. 19 LEF può solo essere fatta valere la violazione del diritto federale. Contro l'apprezzamento delle prove operato dall'autorità di vigilanza è invece unicamente aperta la via del ricorso di diritto pubblico per arbitrio (DTF 120 III 114 consid. 3a).
Ora, nella misura in cui la ricorrente afferma di aver provato o reso verosimile di aver fatto opposizione, il ricorso si rivela di primo acchito inammissibile perché diretto contro la valutazione delle prove agli atti. Per contro, sapere se l'autorità di vigilanza ha applicato il giusto grado di prova (verosimiglianza o prova piena) è una questione di diritto che avrebbe potuto essere esaminata in questa sede se l'autorità cantonale avesse lasciato intendere che la pretesa opposizione, pur non essendo stata provata, fosse stata resa verosimile. Tuttavia - a giusta ragione - nemmeno la ricorrente pretende che ciò sia il caso.
6. Non entra infine nemmeno in linea di conto la postulata restituzione del termine per presentare l'opposizione: già dal tenore dell'art. 33 cpv. 4 LEF invocato dalla ricorrente risulta infatti in modo palese che tale norma non concerne il Tribunale federale.
7. Da quanto precede discende che il ricorso risulta inammissibile. Con l'evasione del gravame, la domanda di effetto sospensivo è divenuta caduca. Non si preleva tassa di giustizia (art. 20a cpv. 1 LEF).
Per questi motivi, la Camera pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al creditore procedente (B._AG, Oberglatterstrasse 35, 8153 Rümlang), all'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Lugano e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.