Sachverhalt:
Gegen die Veranlagung eines Liquidationsgewinns im Jahre 2000 für die direkte Bundessteuer vom 11. August 2004 erhoben X._ und die Erben von Y._ Einsprache und sodann Beschwerde. Mit Entscheid vom 22. November 2007 wies das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau die Beschwerde ab und auferlegte den Beschwerdeführern die Verfahrenskosten in Höhe von Fr. 1'725.--. Der Entscheid des Steuerrekursgerichts wurde dem Vertreter der Steuerpflichtigen am 29. November 2007 zugestellt.
Am 21. Januar 2008 erhoben die Steuerpflichtigen durch ihren Vertreter Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Mit Urteil vom 10. März 2008 trat das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau auf die Beschwerde nicht ein. Es erwog, im Bereich der direkten Bundessteuer seien die Rechtsmittelfristen durch das Bundesrecht abschliessend geregelt; dieses sehe keine Gerichtsferien vor. Die Beschwerde erweise sich als verspätet. Ein Fristwiederherstellungsgrund liege nicht vor.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen X._ und die Erben des Verstorbenen Y._ dem Bundesgericht sinngemäss, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau sei aufzuheben; dieses sei anzuweisen, die Beschwerde materiell zu behandeln.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.
Erwägungen:
1. Es ist unbestritten, dass die Beschwerde an das Verwaltungsgericht als obere verwaltungsunabhängige Instanz für die direkte Bundessteuer im Sinne von Art. 145 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG, SR 642.11) nicht innert der Beschwerdefrist von 30 Tagen, gerechnet ab Zustellung des Entscheides des aargauischen Steuerrekursgerichts, erfolgte (vgl. Art. 140 Abs. 1 DBG). Der Vertreter der Beschwerdeführer vertraute auf die kantonalen Gerichtsferien. Diese gelten jedoch für die direkte Bundessteuer nicht. Für das Verfahren vor dem kantonalen Verwaltungsgericht als der zweiten verwaltungsunabhängigen Instanz gelten die Vorschriften für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren (Art. 140-144 DBG) sinngemäss (Art. 145 DBG). Die Beschwerdefrist beträgt 30 Tage (Art. 140 Abs. 1 DBG). Art. 140 Abs. 2 DBG verweist für den Fristenlauf ergänzend auf den für das Einspracheverfahren geltenden Art. 133 DBG. Dessen Absatz 1 bestimmt im Einzelnen, wann die Frist zu laufen beginnt, welche Handlungen als fristwahrend zu betrachten sind und was gilt, wenn das Ende der Frist auf einen Samstag, Sonntag oder auf einen staatlich anerkannten Feiertag fällt. Der Absatz 2 von Art. 133 DBG enthält Bestimmungen für die bei einer unzuständigen Amtsstelle eingereichten Eingabe, und der Absatz 3 enthält Fristwiederherstellungsgründe und zeigt auf, wie diese geltend zu machen sind. Einen Friststillstand für Gerichtsferien sieht Art. 133 DBG hingegen nicht vor.
Nach ständiger Praxis des Bundesgerichts haben angesichts dieser abschliessenden Regelung über den Fristenlauf Gerichtsferien, die das kantonale Verfahrensrecht vorsieht, im Bereich der direkten Bundessteuer keine Geltung. Bereits der Bundesratsbeschluss über die direkte Bundessteuer vom 9. Dezember 1940 (BdBSt) enthielt eine fast gleichlautende Regelung für den Fristenlauf (Art. 99 in Verbindung mit 106 Abs. 2 und 3 BdBSt), die von Rechtsprechung und Lehre als abschliessend betrachtet wurde und für die Anwendung kantonaler Friststillstandsregeln keinen Raum liess (vgl. Urteil 2A.474/2003 vom 18. Dezember 2003 E. 2.2 in StR 59/2004 S. 140 mit Hinweisen zum DBG und BdBSt. Für das DBG: vgl. Urteil 2A.281/1999 vom 27. September 1999 E. 4 in RDAT 2000 I 665; Martin Zweifel, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/2b: Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Basel 2000, N 12 zu Art. 133; Peter Agner / Beat Jung / Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zürich 1995, N 1 zu Art. 133; Felix Richner / Walter Frei / Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 6 zu Art. 133. Für den BdBSt: vgl. ASA 56 S. 643 E. 2b; Ernst Känzig / Urs R. Behnisch, Die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2. Auflage 1992, N 17 zu Art. 99 BdBSt; Heinz Masshardt, Kommentar zur direkten Bundessteuer, 2. Auflage, Zürich 1985, N 16 zu Art. 106 BdBSt).
2. Fraglich ist, ob ein Fristwiederherstellungsgrund vorliegt. Nach Art. 133 Abs. 3 DBG kann die Frist wieder hergestellt werden, wenn der Steuerpflichtige durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe verhindert war, rechtzeitig zu handeln. Voraussetzung ist, dass weder der Steuerpflichtige noch sein Vertreter das Versäumnis zu verantworten haben (ASA 60 630 E. 2c; Richner / Frei / Kaufmann, a.a.O., N 27 zu Art. 133 DBG mit weiteren Hinweisen). Vorliegend war der Vertreter der Beschwerdeführer der Meinung, dass die kantonalen Gerichtsferien auch für die direkte Bundessteuer Geltung hätten. Er rügt, dass das Steuerrekursgericht in seiner Rechtsmittelbelehrung nicht darauf hingewiesen habe, dass die kantonalen Gerichtsferien für die direkte Bundessteuer nicht gelten. In der Rechtsmittelbelehrung, die das Steuerrekursgericht seinem Entscheid anfügte, ist enthalten, dass gegen seinen Entscheid innert 30 Tagen beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau Beschwerde erhoben werden kann. Diese Rechtsmittelbelehrung ist korrekt und gibt zu keinen Missverständnissen Anlass. Wer sich wie der Vertreter der Beschwerdeführer seit Jahren berufsmässig mit der Vertretung in Steuerangelegenheiten vor Gericht befasst, von dem darf erwartet werden, dass er die einschlägigen Verfahrensvorschriften kennt. Wenn das Bundesrecht eine detaillierte, umfassend erscheinende Regelung betreffend die Einhaltung der Beschwerdefrist enthält, muss der gewissenhafte Prozessvertreter ernsthaft damit rechnen, dass kein Raum für kantonale Friststillstandsregeln besteht. Wenn er dennoch der Meinung ist, es gälten die kantonalen Gerichtsferien auch bei der direkten Bundessteuer, hätte er sich absichern und die Standardliteratur konsultieren müssen. Daraus hätte er sofort ersehen können, dass im Bereich der direkten Bundessteuer die kantonalen Gerichtsferien nicht zur Anwendung kommen (s. vorn E. 1).
Da der Vertreter der Beschwerdeführer die Frist somit durch eigene Unterlassung versäumt hat, kann nicht von einem unverschuldeten Versäumnis ausgegangen werden. Wiederherstellung der Beschwerdefrist kann nicht gewährt werden.
3. Die Beschwerde ist im Verfahren gemäss Art. 109 BGG abzuweisen. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen; diese haften hierfür solidarisch (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann