Faits:
A. A.a Par contrat du 6 février 2001, la Fondation de prévoyance professionnelle X._ (ci-après: la bailleresse) a remis à bail à A.Z._ et B.Z._ (ci-après: les locataires) un appartement de quatre pièces, situé dans un immeuble à Genève, pour un loyer initial de 540 fr. par mois (soit 6'480 fr. par année), charges non comprises.
Le bail, qui a débuté le 1er mars 2001, a été conclu pour une durée de cinq ans. Depuis le 28 février 2006, il s'est ensuite renouvelé d'année en année.
L'avis de fixation du loyer lors de la conclusion d'un nouveau bail du 6 février 2001 mentionne le loyer annuel payé par le précédent locataire, soit 6'480 fr. depuis le 1er janvier 1994, et le loyer initial fixé à 6'480 fr. par an, charges non comprises. Sous la rubrique "Clause d'indexation (art. 269b CO)", l'avis mentionne: "voir art. 57; Selon indice en vigueur: 107.1". Aucune indication ne figure sous la rubrique "Clause d'échelonnement".
L'art. 57 des "Clauses particulières" du bail prévoit ce qui suit:
"Conformément à la LDTR, le loyer mensuel, sans les charges, est fixé de la manière suivante:
Fr. 540 dès le début du bail jusqu'à la fin des travaux.
Fr. 713 premier échelon, soit une année après la fin des travaux.
Fr. 886 deuxième échelon, soit 2 années après la fin des travaux.
Fr. 1'059 troisième échelon, soit 3 années après la fin des travaux.
Fr. 1'200 dès la quatrième année après la fin des travaux."
A.b Par avis de majoration du 8 novembre 2002, la bailleresse a déclaré porter le loyer annuel de l'appartement à 8'556 fr. (soit 713 fr. par mois), sans les charges, dès le 1er mars 2003, à 10'632 fr. (soit 886 fr. par mois) dès le 1er mars 2004, à 12'708 fr. (soit 1'059 fr. par mois) dès le 1er mars 2005, et à 14'400 fr. (soit 1'200 fr. par mois) dès le 1er mars 2006. L'avis mentionne: "Hausse appliquée selon l'article no 57 des Conditions particulières de votre bail signé le 06.02.2001".
Les majorations effectives au 1er mars 2004 et au 1er mars 2006 ont été confirmées par des avis officiels de confirmation d'échelon des 8 décembre 2003 et 11 janvier 2006.
A.c Par avis de majoration du 25 septembre 2008, la bailleresse a déclaré porter le loyer annuel de l'appartement à 15'708 fr., sans les charges, dès le 1er mars 2009. Cette hausse de loyer a été contestée en temps utile par les locataires. Non conciliée, la cause a été portée par la bailleresse devant le Tribunal des baux et loyers le 5 juin 2009; elle a été radiée du rôle suite au retrait de la demande en validation de hausse de loyer par la bailleresse.
B. Par requête du 3 mars 2009, déclarée non conciliée à l'audience de la Commission de conciliation et portée devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, les locataires ont agi en constatation de la nullité de la clause d'échelonnement du loyer prévue dans leur bail, de l'avis de fixation du loyer initial du 6 février 2001 et de l'avis de majoration du 8 novembre 2002; elles ont conclu à ce qu'il soit constaté que le loyer de l'appartement demeure fixé à 6'480 fr. par an, charges non comprises, depuis le 1er mars 2001, et à ce que la bailleresse soit condamnée à leur rembourser le trop-perçu de loyer.
Par jugement du 22 juin 2010, le Tribunal des baux et loyers a constaté la validité de la clause d'échelonnement prévue dans le contrat de bail, de l'avis de fixation du loyer initial du 6 février 2001 et de l'avis de majoration de loyer du 8 novembre 2002.
Sur appel des locataires, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève, par arrêt du 19 septembre 2011, a annulé le jugement entrepris, constaté la nullité de la clause d'échelonnement prévue dans le contrat de bail et dans l'avis du 6 février 2001, ainsi que celle de l'avis de majoration du 8 novembre 2002; elle a condamné la bailleresse à rembourser aux locataires la somme de 52'056 fr., ainsi que 660 fr. par mois depuis le 1er mars 2011. En lien avec la clause d'échelonnement, la cour cantonale a considéré que l'avis de fixation du loyer initial était nul puisque le renvoi fait à l'art. 57 des "Clauses particulières" du bail ne permettait pas aux locataires de saisir la portée et la justification des quatre échelons auxquels les locataires étaient soumises; la référence à la LDTR leur laissait en effet faussement croire que ces échelons avaient été fixés en application de la LDTR, soit sous contrôle de l'autorité, alors même que les augmentations de loyer par paliers reposaient en réalité sur des travaux d'entretien et/ou à plus-value entrepris par la bailleresse, sans rapport avec la LDTR. L'avis de majoration du 8 novembre 2002 renvoyant également à l'art. 57 des "Clauses particulières" du bail, l'autorité cantonale a jugé qu'il ne comportait pas une motivation suffisamment précise au regard de la loi et de la jurisprudence, ce qui emportait sa nullité. La cour précédente a nié tout abus de droit des locataires, celles-ci n'ayant pas eu connaissance des informalités liées aux formules officielles avant d'avoir pris contact avec un avocat (fin 2008/début 2009).
C. La bailleresse exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 19 septembre 2011. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce que les locataires soient déboutées de toutes leurs conclusions. La recourante invoque une violation des art. 269 ss CO, des art. 19 al. 1 et 1bis OBLF (RS 221.213.11), ainsi qu'une transgression de l'art. 2 al. 2 CC.
Les intimées concluent, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Lorsque, comme c'est le cas en l'espèce, le litige porte sur le montant du loyer en présence d'un contrat de bail congéable, il faut, pour déterminer la valeur litigieuse, prendre en compte la part contestée du loyer annuel et la multiplier par vingt (art. 51 al. 4 LTF; ATF 121 III 397 consid. 1 p. 399; 118 II 422 consid. 1 p. 424). En l'espèce, la différence entre le loyer annuel de 6'480 fr. (loyer initial), pris en compte sur une période de vingt ans, et le loyer annuel tenant compte de l'échelonnement prévu dans le contrat de bail, considéré sur la même période, dépasse largement la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. requise en matière de droit du bail par l'art. 74 al. 1 let. a LTF.
Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (art. 75 LTF), le recours en matière civile est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 314; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). En l'occurrence, la recourante se fonde exclusivement sur l'état de fait retenu par la cour cantonale, sans le contester.
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. La recourante soutient que la cour cantonale a violé l'art. 269d al. 2 let. a CO et l'art. 19 al. 1 et 1bis OBLF en considérant que l'avis de fixation du loyer initial, en ce qui concerne la clause d'échelonnement, n'était pas valable.
Elle insiste sur le fait que, depuis l'entrée en vigueur de l'art. 19 al. 1bis OBLF, les motifs d'une hausse de loyer (par analogie, la motivation relative aux loyers échelonnés) ne doivent pas impérativement figurer dans la formule officielle, mais qu'ils peuvent être mentionnés dans une lettre annexe (cf. notamment arrêt 4C.245/1999 du 3 janvier 2000 consid. 3a); elle soutient avoir fourni cette motivation à l'art. 57 des "Clauses particulières" du bail.
2.1 D'emblée, il faut observer que la recourante se méprend sur la portée de l'art. 19 al. 1bis OBLF. Cette disposition, qui est entrée en vigueur le 1er août 1996, a octroyé la possibilité au bailleur de faire figurer le motif de la hausse de loyer dans une lettre d'accompagnement, à condition que la formule officielle s'y réfère expressément (cf. ATF 137 III 362 consid. 3.2.1 p. 364 s.; arrêt 4C.59/2003 du 26 mai 2003 consid. 6.4). Elle ne vise toutefois pas l'indication de la hausse elle-même, qui doit toujours figurer expressément dans la formule officielle (art. 19 al. 1 let. a OBLF); à défaut, la hausse n'est pas valable et il n'importe à cet égard que l'on puisse déduire l'indication manquante de la motivation contenue dans la lettre d'accompagnement (cf. Commentaire SVIT, Le droit suisse du bail à loyer, 2011, no 25 ad art. 269d CO).
Les exigences posées en cas de hausse de loyer par l'art. 269d CO et l'art. 19 OBLF s'appliquent, par analogie, au contenu de la formule officielle qui doit être notifiée en vertu de l'art. 270 al. 2 CO (conclusion d'un nouveau bail) (cf. art. 19 al. 3 OBLF; ATF 121 III 364 consid. 4b p. 366). Le loyer initial doit ainsi impérativement figurer expressément dans la formule officielle (cf. art 19 al. 1 let. a ch. 2 OBLF).
Les parties au contrat de bail qui conviennent que le loyer sera échelonné font le choix d'un mode déterminé de fixation du loyer (cf. PATRICIA DIETSCHY, in Droit du bail à loyer, 2010, no 3 ad art. 269c CO). Elles prévoient de fixer la variation du loyer à l'avance, pour toute la durée du bail, en fonction de paliers et de périodes (ATF 121 III 397 consid. 2b/aa p. 400). Ainsi, si les parties ont prévu un système d'échelonnement, comme c'est le cas en l'espèce, ce système doit figurer expressément dans la formule officielle relative à la fixation du loyer initial. L'indication de la clause d'échelonnement dans cette formule est dans la logique du système prévu par le législateur (art. 269c, 270 al. 2 et 270d CO). Cette clause est en effet indissociable du loyer initial puisqu'elle en fixe la variation ultérieure qui ne pourra plus être contestée. En effet, même s'il reçoit ensuite, en cours de bail, pour chaque hausse de loyer, un avis de confirmation d'échelon, le locataire ne peut plus contester le loyer (cf. art. 270d CO).
Dans l'avis de fixation du loyer initial, le locataire doit être informé de la clause d'échelonnement et de son droit de contester son principe et les divers échelons prévus (cf. DAVID LACHAT, Le bail à loyer, nouvelle éd. 2008, p. 518 n. 3.2.4; DIETSCHY, op. cit., no 3 ad art. 270d CO; SÉBASTIEN FETTER, La contestation du loyer initial, thèse Berne 2005, op. cit., p. 145 ss n. 310 ss). C'est ainsi qu'il peut décider, en toute connaissance de cause, de contester le loyer prévu initialement (y compris les échelons qui entreront en vigueur ultérieurement) ou de s'en accommoder (cf. ATF 121 III 56 consid. 2c p. 58 s.).
2.2 En l'espèce, la recourante ne conteste pas que l'avis de fixation du loyer initial du 6 février 2001 contenait une rubrique "Clause d'échelonnement" (arrêt entrepris p. 3) qui permettait de désigner les échelons prévus (cf. pièce défenderesse no 21; complètement d'office de l'état de fait en application de l'art. 105 al. 2 LTF). Or, selon les constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) -, la rubrique "Clause d'échelonnement" de cet avis, qui aurait dû être utilisée par la bailleresse, ne comporte aucune mention et celle portant sur la "Clause d'indexation", remplie de manière incorrecte par la recourante, se limite à renvoyer à l'art. 57 des "Clauses particulières" du bail. La formule officielle ne contient donc aucune indication expresse de l'échelonnement dont se prévaut la bailleresse, en violation des art. 269d al. 2 CO et 19 al. 1 OBLF.
C'est donc à bon droit que la cour cantonale a prononcé la nullité de la clause d'échelonnement, causée par la notification d'une formule officielle incomplète.
La constatation selon laquelle l'échelonnement ne figure pas expressément dans la formule officielle du 6 février 2001 suffit à écarter les premiers griefs soulevés par la recourante. C'est donc en vain que celle-ci tente de démontrer que la motivation de l'échelonnement, contenue à l'art. 57 des "Clauses particulières" du contrat de bail, serait suffisante. Il en va de même des autres points sur lesquels elle revient (réalisation des conditions de l'échelonnement d'un loyer selon l'art. 269c CO, mention de la date d'entrée en vigueur de la hausse de loyer) qui se révèlent sans pertinence sur l'issue du litige.
Enfin, il n'est pas non plus nécessaire de se demander, comme le suggèrent les intimées, si les "Clauses particulières" du bail du 6 février 2001 peuvent véritablement être considérées comme une "lettre d'accompagnement" au sens de l'art. 19 al. 1bis OBLF.
Les moyens invoqués par la recourante sont infondés.
3. La recourante est d'avis que la cour précédente a transgressé l'art. 269d CO et l'art. 19 al. 1 et 1bis OBLF en considérant que l'avis de majoration notifié le 8 novembre 2002 n'était pas valable.
3.1 Il est ici incontestable que les hausses de loyer, conformément à l'art. 19 al. 1 let. a OBLF, sont mentionnées dans l'avis de majoration du 8 novembre 2002.
La cour cantonale a toutefois jugé que le motif invoqué par la bailleresse pour justifier les hausses (contenu à l'art. 57 des "Clauses particulières" du bail) ne permettait pas aux locataires de saisir la portée des modifications voulues par celle-ci.
3.2 En vertu de l'art. 269d CO, l'avis de majoration du loyer, qui doit être effectué au moyen d'une formule agréée par le canton, doit indiquer les motifs de la hausse de loyer.
Les motifs précis de la hausse, le cas échéant les montants correspondant à chaque motif invoqué, doivent figurer sur la formule officielle (art. 19 al. 1 let. a ch. 4 OBLF), ou sur une lettre annexe à la condition que la formule officielle s'y réfère expressément (art. 19 al. 1bis OBLF).
Une augmentation de loyer est nulle lorsque le contenu de l'avis de majoration (ou de la lettre d'accompagnement) ne contient aucune motivation ou une motivation insuffisamment précise (ATF 137 III 362 consid. 3.2.1 p. 365 s.; 121 III 6 consid. 3b p. 8, 460 consid. 4a/cc p. 466; cf. également art. 19 al. 1 let. a ch. 4 OBLF).
La motivation indiquée sur la formule officielle (ou la lettre d'accompagnement) constitue une manifestation de volonté du bailleur. Les principes généraux en matière d'interprétation des manifestations de volonté sont applicables pour déterminer le sens et la portée de la motivation invoquée, en particulier pour juger si celle-ci répond à l'exigence de clarté. Si, comme en l'espèce, les parties ne sont pas d'accord sur le sens à donner aux motifs figurant dans l'avis de majoration, il y a lieu d'interpréter ceux-ci selon le principe de la confiance. On examinera, d'après les facultés de compréhension du locataire et sur le vu de toutes les circonstances du cas particulier, si les motifs donnés sont suffisamment clairs et précis pour permettre au destinataire de décider en toute connaissance de cause s'il veut s'opposer ou non aux nouvelles clauses contractuelles (ATF 121 III 6 consid. 3c p. 10, 460 consid. 4a/cc p. 466; arrêt 4C.245/1999 déjà cité consid. 3a; sous l'ancien droit: ATF 118 II 130 consid. 2b p. 132; 117 II 458 consid. 2a p. 460; 106 II 166 consid. 4a p. 168, 356 consid. 3c p. 360).
3.3 En l'espèce, s'il ressort de l'art. 57 des "Clauses particulières" du bail que les différentes hausses sont fixées en rapport avec "des travaux", il résulte également de cette même disposition contractuelle que ces loyers ont été fixés "conformément à la LDTR", soit la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (mesures de soutien en faveur des locataires et de l'emploi) (RS/GE L 5 20). Selon les constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF), les augmentations de loyer par paliers n'ont toutefois rien à voir avec la LDTR, mais elles reposent sur de "simples" travaux d'entretien et/ou de plus-value entrepris par la bailleresse.
La recourante conteste que les locataires, qui ne sont pas dotées de connaissances spécifiques en droit du bail, aient pu être trompées; selon elle, elles ne pouvaient comprendre, à la lumière de la motivation fournie, que le département chargé de faire appliquer la LDTR aurait lui-même vérifié et accepté les loyers fixés dans les quatre échelons, au cours de la période du contrôle étatique.
Il importe toutefois peu en l'occurrence de savoir si les locataires ont pu saisir précisément le fonctionnement de la LDTR (et si elles avaient ou non connaissance de l'art. 12 de cette loi cantonale fixant la durée du contrôle par l'autorité compétente). Il n'en demeure pas moins que la bailleresse a indiqué en toutes lettres qu'elle avait fixé le loyer mensuel en se conformant à la LDTR. Selon le principe de la confiance, les locataires, même sans disposer de connaissances spécifiques en droit du bail, pouvaient comprendre que les hausses de loyer avaient été fixées afin de se conformer aux prescriptions contenues dans une loi déterminée, ce qui sous-entend, pour des destinataires de bonne foi, que la bailleresse ne pouvait fixer librement ces hausses; elles n'étaient donc pas en mesure de saisir que l'augmentation du loyer avait été fixée par la bailleresse indépendamment de toute réglementation publique, uniquement pour tenir compte, selon les constatations cantonales, de travaux d'entretien et/ou à plus-value.
La recourante tente d'expliquer la raison pour laquelle elle a fait mention de la LDTR en laissant entendre qu'elle avait ainsi l'intention d'indiquer que les majorations du loyer intervenaient à l'issue de la période de contrôle étatique des loyers (soit hors du champ d'application temporel de la LDTR) et qu'elle "annonçait ainsi que sa hausse de loyer restait dans le cadre légal du droit du bail" (acte de recours p. 9 s.). Il s'agit là d'un raisonnement pour le moins alambiqué que l'on ne saurait opposer aux locataires en vertu du principe de la confiance. Selon la formulation employée dans le contrat de bail, il apparaît clairement que les majorations de loyer successives ont été fixées afin de se conformer à la LDTR et non, selon la thèse défendue par la recourante, que celles-ci seraient conformes à la LDTR car intervenant en dehors de son champ d'application.
En conclusion, il ressort des constatations cantonales que le motif tiré de la LDTR - invoqué par la bailleresse - ne constitue pas la justification des hausses de loyer par paliers notifiées dans l'avis officiel du 8 novembre 2002. Les locataires ne pouvaient, selon le principe de la confiance, comprendre que la bailleresse leur faisait supporter des majorations graduelles, par des hausses librement fixées, en raison de travaux d'entretien et/ou de plus-value qu'elle avait entrepris, indépendamment du contrôle de l'autorité publique. Les intimées n'étaient donc pas en mesure de connaître précisément la raison des hausses successives et donc de juger en toute connaissance de cause de l'opportunité de contester les augmentations de loyer.
Les moyens invoqués se révèlent dès lors infondés.
4. Dans un dernier moyen, la recourante considère que les intimées ont adopté un comportement constitutif d'un abus de droit en ne contestant la clause d'échelonnement qu'après la majoration intervenue le 25 septembre 2008 (soit près de trois ans après l'entrée en vigueur du dernier échelon), alors même qu'elles s'étaient acquittées des loyers échelonnés pendant plus de sept ans après la signature du contrat de bail.
4.1 A teneur de l'art. 2 al. 2 CC, l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi. Ce principe permet de corriger les effets de la loi dans certains cas où l'exercice d'un droit allégué créerait une injustice manifeste. Le juge apprécie la question au regard des circonstances concrètes, qui sont déterminantes. L'emploi dans le texte légal du qualificatif "manifeste" démontre que l'abus de droit doit être admis restrictivement. Les cas typiques en sont l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique de façon contraire à son but, la disproportion manifeste des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement ou l'attitude contradictoire (ATF 135 III 162 consid. 3.3.1 p. 169 et les arrêts cités).
S'agissant de la nullité du loyer initial ou de celle d'une hausse de loyer, l'abus de droit peut entrer en considération lorsque la partie a eu conscience d'emblée du vice de forme et qu'elle s'est abstenue intentionnellement de le faire valoir sur-le-champ afin d'en tirer avantage par la suite (cf. ATF 123 III 70 consid. 3c p. 75; 113 II 187 consid. 1a p. 189; arrêt 4A_185/2008 du 24 septembre 2008 consid. 2.2; récemment: arrêts 4A_490/2011 du 10 janvier 2012 consid. 3.2; 4A_129/2011 du 28 avril 2011 consid. 2.3). Eu égard à la finalité protectrice des règles de forme relatives à la fixation du loyer initial (ou à la majoration de loyer), le juge doit toutefois se montrer restrictif dans son appréciation et n'admettre qu'exceptionnellement l'abus de droit (cf. arrêt 4C.59/2003 déjà cité consid. 7.1).
4.2 En l'espèce, la cour cantonale constate qu'aucun élément du dossier ne permet de retenir que les intimées, dès la conclusion du bail en 2001, ont eu connaissance du vice de forme lié à l'utilisation de la formule officielle du 6 février 2001, et de celui lié à l'emploi de l'avis du 8 novembre 2002; rien n'indique non plus qu'elles auraient sciemment tu la connaissance du vice dans le but d'en tirer profit ultérieurement. L'autorité cantonale a au contraire établi que les intimées n'ont eu connaissance des informalités qu'au moment où elles se sont attachées les services d'un avocat (entre fin 2008 et début 2009); elles n'ont alors pas attendu mais ont réagi en introduisant une requête, le 3 mars 2009, ayant donné lieu à la présente procédure.
L'absence de toute constatation selon laquelle les intimées se seraient rendues compte du vice de forme et se seraient abstenues de protester dans le dessein d'en tirer, le cas échéant, ultérieurement profit, est, à cet égard, déterminante (arrêt 4C.134/2001 du 18 octobre 2001 consid. 3b). Le fait de payer sans discuter pendant environ six ans (soit la période s'étant écoulée entre le paiement du premier échelon et l'action en justice) un loyer tenant compte de la hausse prévue dans la clause d'échelonnement et de s'inquiéter de cette situation peu après que la bailleresse ait adressé une nouvelle hausse de loyer aux locataires (par avis de majoration du 25 septembre 2008) ne saurait, à lui seul, faire admettre que les locataires commettent un abus de droit en arguant de la nullité de la clause d'échelonnement (cf. arrêts 4A_490/2012 déjà cité consid. 3.2; 4A_129/2011 déjà cité consid. 2.3; 4C.134/2001 du 18 octobre 2001 consid. 3 qui traite du paiement d'un loyer majoré pendant environ dix ans).
La recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir entrepris un raisonnement plus approfondi qui permettrait, selon elle, de comprendre que les locataires ont adopté un comportement abusif. Son argumentation revient essentiellement à reprocher aux intimées de ne pas avoir émis la moindre réserve quant aux échelons mentionnés à l'art. 57 des "Clauses particulières" du contrat de bail. Elle est donc impropre à démontrer que les locataires se seraient rendues compte du vice de forme et, a fortiori, qu'elles se seraient abstenues de protester dans le dessein d'en tirer ultérieurement profit. La critique tombe, dès lors, à faux.
La recourante tente enfin de tirer argument de l'opinion d'un auteur de doctrine selon laquelle "lorsque le locataire paie malgré tout le nouvel échelon, il ne peut plus prétendre à la restitution du trop-versé, même s'il ne connaissait pas le vice formel, sous peine de se voir opposer un abus de droit" (DIETSCHY, op. cit., no 17 ad art. 270d CO). Il paraît difficilement concevable de poser, à l'instar de l'auteur cité, une règle aussi absolue, l'existence d'un abus de droit dépendant de l'examen de toutes les circonstances concrètes. Quoi qu'il en soit, même à tenir compte de cette opinion doctrinale, celle-ci ne serait d'aucune aide pour la recourante. L'extrait auquel cette dernière renvoie se situe dans un chapitre traitant de l'impossibilité de contester le loyer en cours de bail (cf. art. 270d CO). C'est dans ce contexte que l'auteur affirme que, lorsque la hausse de loyer (soit l'entrée en vigueur du nouvel échelon) a été mal notifiée au locataire (cf. art. 19 al. 2 OBLF) - autrement dit en cas de vice formel de la formule officielle confirmant la hausse (ou l'échelon) -, le locataire peut, s'il s'acquitte du nouvel échelon, se voir opposer l'abus de droit s'il prétend ensuite à la restitution du trop-versé lorsqu'il prend connaissance du vice de forme. La situation d'espèce n'est pas comparable à ce cas de figure puisque, contrairement à celui-ci, elle a trait à l'application du mécanisme correcteur de l'abus de droit (cf. art. 2 al. 2 CC) en cas de vice formel de l'avis de fixation du loyer initial (art. 270 al. 2 CO; cf. supra consid. 2.1) et non à son application en cas de vice de forme de l'avis de confirmation d'échelon.
C'est donc à juste titre que les juges précédents ont nié tout abus de droit de la part des intimées et reconnu leur droit à s'acquitter du loyer initial fixé dans le contrat de bail à 6'480 fr. par année, dès le 1er mars 2001.
5. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1, art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimées, créancières solidaires, une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 26 janvier 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget