Faits:
A. A.a La société X._ SA dispose d'une créance d'un montant de 2'009'055 fr. 34 contre A._, en vertu d'une décision du Tribunal arbitral de la Grain and Feed Trade Association (GAFTA), rendue le 27 mai 2005.
A.b Par ordonnance du 4 septembre 2006, le Tribunal de première instance du canton de Genève a ordonné le séquestre, en mains de Z._, de tous les avoirs et biens (taxes de survol) appartenant à A._, sous son nom propre ou auprès de toutes entités, organes, services ou offices, tels Y._. Le séquestre a porté à concurrence du montant de USD 703'070,33.
Y._ a formé opposition au séquestre, opposition rejetée (à l'issue d'une longue procédure) par arrêt de la Cour de Justice du 13 décembre 2007. Le recours déposé par Y._ contre cette dernière décision a été rejeté par le Tribunal de céans pour cause de tardiveté (arrêt 5A_85/2008 du 18 février 2008), de sorte que le séquestre est actuellement en cours de validation.
A.c Le 27 février 2008, X._ a requis du Tribunal de première instance un second séquestre sur les redevances (taxes de survol) échues depuis le premier séquestre, ainsi que sur celles qui viendraient à échoir postérieurement, redevances toutes collectées par Z._ en faveur de Y._, mais pour le compte de A._. Le Tribunal de première instance a fait droit à cette requête et le séquestre a été exécuté par l'Office des poursuites (ci-après l'Office) le même jour.
Z._ a alors écrit à l'Office pour l'informer qu'il lui était impossible de communiquer les montants qui pourraient appartenir en réalité à A._: Y._ agissait en effet également pour le compte de deux autres Etats, B._ et C._. L'Office a refusé la requête de X._ visant à mettre Z._ en demeure de révéler la portée exacte du séquestre, sous menace de l'art. 324 ch. 5 CP (RS 311.0). Sa décision a été confirmée par la Commission de surveillance des Offices des poursuites et des faillites (ci-après la Commission de surveillance) le 4 juillet 2008.
Y._ a formé opposition à ce second séquestre. La procédure est encore pendante à ce jour. Parallèlement, Y._ a déposé une plainte contre la décision d'exécution du séquestre, plainte définitivement rejetée par le Tribunal de céans en date du 29 août 2008 (Arrêt 5A_483/2008).
B. Le 23 mai 2008, l'Office a notifié aux parties le procès-verbal de saisie n° xxx, dans lequel il impartissait à A._ et à X._ un délai de 20 jours pour ouvrir action en contestation de la revendication élevée par Y._.
X._ a déposé plainte devant la Commission de surveillance le 9 juin 2008, estimant que l'Office aurait dû appliquer l'art. 107 LP et non l'art. 108 LP. C'était en effet au tiers revendiquant - soit à Y._ - qu'il appartenait d'ouvrir action en constatation de son droit, conformément à l'art. 107 al. 5 LP. La plainte a été rejetée par décision du 4 septembre 2008.
C. Contre cette dernière décision, X._ dépose un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire. La recourante critique la répartition du rôle des parties dans le cadre de la procédure de revendication et estime que l'autorité cantonale de surveillance aurait violé les art. 107 et 108 LP, de même que l'art. 36 LP. Elle aurait également appliqué arbitrairement les deux premières dispositions susmentionnées. X._ en conclut que la décision de la Commission de surveillance doit être annulée; subsidiairement, elle demande que la décision, rendue par l'Office dans le cadre du procès-verbal de saisie, soit également annulée et, plus subsidiai-rement encore, que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
L'intimée n'a pas été invitée à répondre sur le fond.
La requête d'effet suspensif présentée par la recourante a été admise par ordonnance présidentielle du 1er octobre 2008.
Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai (art. 100 al. 2 let. a LTF) et la forme prévus par la loi, par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue en matière de poursuite pour dettes et faillite (at. 72 al. 2 let. a LTF), par une autorité cantonale de surveillance de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF). Le recours en matière civile est ainsi recevable, et ce, indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). Il s'ensuit que le recours constitutionnel subsidiaire doit être déclaré irrecevable.
2. La décision dont est recours confirme celle rendue en première instance par l'Office. Cette dernière décision a été prise après conversion du séquestre en saisie définitive, de sorte que la décision entreprise n'est pas une mesure provisionnelle au sens de l'art. 98 LTF. Les griefs ne sont ainsi pas limités à la violation des droits constitutionnels.
3. La Commission de surveillance a constaté que les biens séquestrés par X._ n'étaient détenus ni par la débitrice - A._ -, ni par le tiers revendiquant - Y._. Ils étaient au contraire détenus par une quatrième entité, Z._, laquelle ne possédait pas pour son propre compte ou conjointement avec la débitrice. Se fondant sur cette constatation, l'autorité cantonale en a déduit qu'il convenait de déterminer pour le compte de qui, de la débitrice exclusivement ou de celle-ci et du tiers revendiquant, le quart détenteur détenait ces fonds. Relevant que X._ avait certes rendu vraisemblable que Z._ détenait une somme en faveur de la débitrice, la Commission de surveillance a néanmoins observé que la somme détenue ne l'était pas seulement pour le compte de A._, mais également pour celui de C._ et de B._. Il s'ensuivait que Z._ ne détenait pas exclusivement pour la débitrice, de sorte que, conformément à l'art. 108 LP, il appartenait bien à la créancière d'ouvrir action dans les 20 jours.
4. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal. Il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale (cf. ATF 134 III 102 consid. 1.1); iI peut donc admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 134 III 102 consid. 1.1).
5. En vertu des art. 106 ss LP, lorsqu'un tiers revendique un droit de propriété, de gage ou un autre droit sur l'objet saisi, et que sa revendication est contestée par le créancier et/ou le débiteur, l'office doit impartir un délai de 20 jours ou bien au tiers pour ouvrir action en constatation de son droit (art. 107 LP), ou bien au créancier/débiteur pour ouvrir action en contestation de la prétention du tiers (art. 108 LP).
5.1 Si le bien ne se trouve en la possession ni du débiteur, ni du tiers revendiquant, mais en celle d'une quatrième personne - le quart détenteur -, le rôle des parties dépend de la question de savoir pour le compte de qui possède le quart détenteur. Si c'est pour le compte exclusif du débiteur, il appartient alors au tiers revendiquant d'ouvrir action; si le quart détenteur possède pour son propre compte, ou conjointement avec le débiteur, ou encore pour le compte du tiers revendiquant et du débiteur, il incombe alors au créancier d'agir (ATF 123 III 367 consid. 3b; 121 III 85 consid. 2a; 120 III 83 consid. 3a; arrêt 7B.105/2006 du 13 octobre 2006, consid. 2.1; JEAN-LUC TSCHUMY, in Commentaire romand LP, 2005, n. 6 ad art. 107 LP; Adrian STAEHELIN, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 1998, n. 9 ad art. 107 LP; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2000, n. 212 ad art. 106 LP).
5.2 Dans la procédure préalable de tierce opposition, les autorités de poursuite doivent uniquement trancher la question du meilleur droit apparent, soit de savoir qui, au moment où la saisie est exécutée, peut disposer matériellement de la chose; elles ne doivent pas se demander si l'état de fait est ou non conforme au droit (ATF 123 III 367 consid. 3b; 120 III 83 consid. 3b et les références citées).
6. La recourante soutient que, lorsque c'est une créance ou un autre droit qui est revendiqué, le délai pour intenter action en revendication doit être imparti au tiers revendiquant si la prétention du débiteur paraît mieux fondée que celle du tiers (art. 107 al. 1 ch. 2 et al. 5 LP). Il doit par contre être imparti au créancier, voire au débiteur, lorsqu'au contraire, la prétention du tiers revendiquant paraît mieux fondée que celle du débiteur (art. 108 al. 1 ch. 2 et al. 2 LP). La Commission de surveillance n'aurait pourtant pas tranché qui, du débiteur ou du tiers revendiquant, disposerait de la prétention la mieux fondée. Elle a rejeté la plainte de la recourante en jugeant que Z._ ne détenait pas les créances séquestrées pour le compte de A._ exclusivement, mais qu'elle les détenait également pour le compte de B._ et de C._, Etats non parties à la procédure. La recourante en déduit que l'autorité cantonale de surveillance aurait ainsi appliqué les art. 107 et 108 LP de manière erronée, voire arbitraire.
6.1 Le séquestre requis par X._ a été ordonné en tant qu'il ne portait que sur des créances appartenant à A._. L'autorité de surveillance ne peut donc aujourd'hui prétendre que les créances séquestrées en mains de Z._ ne sont pas détenues exclusivement pour A._, mais également pour C._ et B._. Ce raisonnement, qui conduit à nier la possibilité du séquestre déjà ordonné, a par ailleurs été écarté par la Cour de céans dans la même affaire (arrêt 5A_156/2007 du 29 août 2007, consid. 2.2).
6.2 On ne peut néanmoins retenir que Z._ posséderait exclusivement pour le compte de A._. Invitée par la Commission de surveillance à se déterminer sur la présente affaire, A._ n'a présenté aucune observation. Elle n'a ainsi pas contesté les droits de Y._ sur les avoirs séquestrés, de sorte qu'il est difficile d'admettre que Z._ posséderait ces biens pour le compte de cet Etat exclusivement. Dans les différents arrêts rendus par le Tribunal de céans dans le cadre du litige opposant X._ à Y._, il a été constaté que Z._ possédait pour le compte de Y._, mais qu'il n'était pas exclu que A._ se trouve derrière cette dernière entité. X._ a en outre toujours prétendu que les redevances étaient collectées par Z._ en faveur de Y._, mais pour le compte de A._ (arrêt 5A_483/2008 du 29 août 2008) ou que Z._ encaissait les taxes de survol pour le compte de A._, que ce soit au nom de celle-ci ou par l'entremise de Y._ (arrêt 5A_156/2007 du 29 août 2007).
Il faut par conséquent en déduire que le quart détenteur Z._ possède pour le tiers revendiquant Y._, de même que pour la débitrice A._, et non exclusivement pour celle-ci. C'est donc bien à X._ qu'un délai devait être imparti pour ouvrir action en contestation de la prétention invoquée par Y._, conformément à l'art. 108 LP. Le grief de la recourante doit par conséquent être rejeté.
7. La Cour de céans (tout comme l'autorité cantonale de surveillance) a accordé l'effet suspensif au recours en matière civile déposé par X._ contre la décision de la Commission de surveillance. Le délai pour ouvrir action en revendication (art. 108 LP) a par conséquent cessé de courir. Il convient dès lors d'impartir à la recourante un nouveau délai pour déposer son action (ATF 123 III 330 consid. 2).
8. La recourante demande que tout arrêt rendu par le Tribunal de céans dans la présente cause soit anonymisé préalablement à sa publication.
Dans la mesure où, selon l'art. 27 al. 2 LTF, les arrêts sont en principe publiés sous une forme anonyme et que les raisons invoquées par la recourante sont fondées, il sera fait droit à sa demande.
9. Il résulte de ce qui précède que le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable, tandis que le recours en matière civile est rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu de verser de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond, étant précisé qu'elle a conclu au rejet de l'effet suspensif alors que celui-ci a été accordé.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière civile est rejeté.
3. Un délai de vingt jours, dès notification du présent arrêt, est fixé à la recourante pour ouvrir action en contestation de la prétention du tiers revendiquant.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office des poursuites de Genève et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève
Lausanne, le 5 décembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli de Poret