Sachverhalt:
A. Am 9. Juni 2009 erstattete der Verein X._ gegen Y._ Strafanzeige wegen Tierquälerei im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. a des Tierschutzgesetzes vom 16. Dezember 2005 (TSchG; SR 455). Mit Schreiben vom 27. Juni 2009 an das Bezirksamt Zofingen beantragte der Verein X._, sein Präsident, Z._, sei rechtshilfeweise als Zeuge einzuvernehmen. Das Bezirksamt Zofingen lehnte dieses Begehren ab. Daraufhin ersuchte der Verein X._ mit Eingabe vom 11. Juli 2009 das Obergericht des Kantons Aargau, als Aufsichtsbehörde das Bezirksamt Zofingen anzuweisen, den Präsidenten des Vereins X._ rechtshilfeweise einvernehmen zu lassen.
Mit einem Antwortschreiben vom 13. Juli 2009 teilte das Obergericht dem Beschwerdeführer mit, nicht es sei Aufsichtsbehörde über das Bezirksamt als Strafverfolgungsbehörde, sondern das Departement Volkswirtschaft und Inneres, Abteilung Strafrecht, weshalb die Unterlagen zur Entlastung zurückgeschickt würden. Mit Schreiben vom 16. Juli 2009 an den Präsidenten der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts erklärte der Verein X._ indessen, seine Eingabe vom 11. Juli 2009 sei irrtümlich retourniert worden. Es gehe nicht um einen administrativen, sondern um einen juristisch-prozessualen Aufsichtsfall betreffend die Beweiserhebung in einer konkreten Strafuntersuchung. Dafür sei das Obergericht zuständig.
Mit Entscheid vom 4. September 2009 erwog das Obergericht, die Eingabe vom 11. Juli 2009 sei als Beschwerde gemäss § 213 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Aargau vom 11. November 1958 über die Strafrechtspflege (StPO/AG; SAR 251.100) entgegen zu nehmen. Gemäss § 206 Abs. 1 StPO/AG sei indessen die Person, welche Strafanzeige erstattet habe und nicht privatrechtliche Ansprüche aus der strafbaren Handlung geltend mache, nicht zur Beschwerde legitimiert, weshalb auf das Rechtsmittel nicht einzutreten sei. Ergänzend wies es darauf hin, dass gestützt auf § 141 Abs. 1 StPO/AG der private Anzeiger im Falle der Einstellung des Verfahrens Beschwerde führen und eine ungenügende Beweiserhebung geltend machen könne. Im Übrigen stehe ihm kein Rechtsmittel zur Verfügung.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 5. Oktober 2009 beantragt der Verein X._, der Entscheid des Obergerichts vom 4. September 2009 sei aufzuheben.
Das Obergericht des Kantons Aargau verzichtete auf eine Stellungnahme. Das Bezirksamt Zofingen liess sich nicht vernehmen.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegenstand der Beschwerde bildet ein Rechtsmittelentscheid über eine prozessleitende Zwischenverfügung (betreffend die Ablehnung einer Zeugeneinvernahme) im Rahmen eines hängigen Strafverfahrens. Die Verfügung betrifft den Beschwerdeführer, der in diesem Strafverfahren jedoch nicht die Stellung einer Partei besitzt. Daraus folgt, dass der angefochtene Entscheid für ihn die Bedeutung eines Endentscheids hat (Art. 90 BGG; Urteil 1B_205/2009 vom 30. September 2009 E. 1.1 mit Hinweis). Der Beschwerdeführer hat vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen. Er macht geltend, das Obergericht habe seine Aufsichtsanzeige zu Unrecht als Beschwerde im Sinne der §§ 213 ff. StPO/AG entgegengenommen und einen Nichteintretensentscheid mit ihn belastenden Kostenfolgen getroffen. In dieser Hinsicht greift der angefochtene Entscheid in seine rechtlich geschützten Interessen ein, weshalb er zur Beschwerde befugt ist (Art. 81 Abs. 1 BGG; BGE 129 II 297 E. 2.2 S. 300; Urteil 2C_700/2008 vom 18. Juni 2009 E. 1.5; je mit Hinweisen; NIKLAUS SCHMID, Die Strafrechtsbeschwerde nach dem Bundesgesetz über das Bundesgericht - eine erste Auslegeordnung, ZStrR 124/2006 S. 187). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt der nachfolgenden Erwägungen einzutreten.
1.2 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 135 III 127 E. 1.6 S. 130; 134 II 244 E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 10 EMRK und Art. 33 BV, ohne darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen diese Bestimmungen verstösst. Darauf ist nicht einzutreten.
2. 2.1 Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz habe seine Aufsichtsanzeige in willkürlicher Weise (Art. 9 BV) als Beschwerde nach §§ 213 ff. StPO/AG interpretiert und ihn mit einem kostenpflichtigen Entscheid abgestraft. Er habe jedoch mit seiner Wortwahl deutlich zum Ausdruck gebracht, dass es sich nicht um ein Rechtsmittel handle.
2.2 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 134 II 124 E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
Mit Schreiben vom 11. Juli 2009 ersuchte der Beschwerdeführer das Obergericht "als Aufsichtsbehörde für die Bezirksämter", das Bezirksamt Zofingen anzuweisen, den Präsidenten des Vereins X._ rechtshilfeweise einvernehmen zu lassen. Mit Schreiben vom 13. Juli 2009 teilte das Obergericht dem Beschwerdeführer mit, nicht es sei Aufsichtsbehörde über das Bezirksamt als Strafverfolgungsbehörde, sondern das Departement Volkswirtschaft und Inneres, Abteilung Strafrecht. Damit hatte es dem Beschwerdeführer ohne Kostenfolgen mitgeteilt, dass es nicht Aufsichtsbehörde und zur Behandlung einer Aufsichtsanzeige nicht zuständig sei. Indessen beharrte der Beschwerdeführer mit Schreiben vom 16. Juli 2009 auf der Zuständigkeit des Obergerichts, da es sich "nicht um einen administrativen, sondern um einen juristisch-prozessualen Aufsichtsfall" handle. Das Obergericht handelte keineswegs willkürlich, wenn es hierauf die Eingabe des Beschwerdeführers im Rahmen seiner gesetzlichen Zuständigkeit (§ 10 i.V.m. § 213 StPO/AG) als Beschwerde entgegennahm und erledigte. Die Rüge der Verletzung des Willkürverbots ist unbegründet.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Zofingen und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold