Faits:
A. Dans le cadre d'une instruction pénale ouverte pour escroquerie et blanchiment d'argent, le Ministère public du canton de Genève a ordonné, le 10 novembre 2011, la saisie des avoirs bancaires de A._, l'une des personnes mises en cause résidant à l'étranger. Le 1er décembre 2011, l'avocat de celui-ci demanda à pouvoir consulter le dossier, ce qui lui fut refusé le lendemain, faute de mise en prévention. Le 14 décembre 2011, l'avocat de A._ indiqua que son client était disposé à venir déposer en Suisse, mais sous la garantie d'un sauf-conduit. Le 19 septembre 2012 (après que le Ministère public ait encore ordonné la saisie d'un appartement et de deux véhicules), l'avocat demanda à nouveau une audition par sauf-conduit ainsi que la consultation du dossier. Le 20 septembre 2012, le Ministère public persista dans son refus, expliquant qu'il désirait entendre l'intéressé en tant que prévenu, sans sauf-conduit.
B. Par arrêt du 21 novembre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a admis le recours de A._. Compte tenu des décisions rendues durant l'instruction, ce dernier avait la qualité de prévenu et pouvait faire valoir les droits reconnus notamment à l'art. 107 CPP. Le Procureur était invité à accorder un sauf-conduit limité dans le temps afin de permettre une audition et, immédiatement après, la consultation du dossier selon des modalités à fixer.
C. Par acte du 28 novembre 2012, le Ministère public du canton de Genève forme un recours en matière pénale. Il demande l'annulation de l'arrêt cantonal, subsidiairement le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Il n'a pas été demandé de réponse.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF), et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 I 43 consid. 1 p. 43; 135 II 94 consid. 1 p. 96).
1.1 L'arrêt attaqué se rapporte à la délivrance d'un sauf-conduit et au droit de consulter le dossier dans le cadre d'une procédure pénale. Il peut en principe faire l'objet d'un recours en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF.
1.2 Selon l'art. 81 LTF, a qualité pour recourir quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de la faire et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (art. 81 al. 1 LTF). Le Ministère public figure expressément dans la liste exemplative de l'art. 81 al. 1 let. b LTF. En tant qu'autorité responsable de l'action publique (art. 16 CPP), il a participé à la procédure cantonale. Sa qualité pour agir est indiscutable.
1.3 La décision attaquée est de nature incidente puisqu'elle ne met pas fin à la procédure pénale. Le recours en matière pénale n'est recevable contre une telle décision que si elle est de nature à causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
1.3.1 Dans la procédure de recours en matière pénale, la notion de préjudice irréparable se rapporte à un dommage de nature juridique, qui ne puisse pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (ATF 137 IV 172 consid. 2.1 p. 173); un dommage de pur fait, comme la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme irréparable (ATF 136 IV 92 consid. 4 p. 95). En principe, les décisions concernant la conduite de la procédure et l'administration des preuves n'occasionnent pas de dommage irréparable (ATF 134 III 188 consid. 2.3 p. 191).
1.3.2 Le Ministère public relève qu'il a délivré un mandat d'amener le 24 août 2012 à l'encontre de l'intéressé, avec une demande de recherche pour l'Europe (mandat d'arrêt européen). La délivrance d'un sauf-conduit aboutirait à la levée de facto de ces mandats et le prévenu se trouverait ainsi immunisé contre toute arrestation alors que les conditions d'une mise en détention provisoire seraient réunies. Il ressort toutefois clairement que les effets du sauf-conduit imposé par la cour cantonale sont strictement limités durant le temps nécessaire à l'audition et à la consultation du dossier. L'exécution des mandats d'amener et d'arrêt est certes suspendue durant ce temps (art. 204 al. 2 CPP), mais la validité de ces actes n'est pas affectée et l'autorité pourra toujours en obtenir l'exécution ultérieurement.
1.3.3 Pour le surplus, le Ministère public n'invoque aucun préjudice irréparable en rapport avec le droit de consulter le dossier reconnu à l'intéressé. La cour cantonale a nié l'existence de risques d'entrave aux investigations en cours. Le Ministère public a d'ailleurs, selon l'arrêt attaqué, la possibilité d'assortir le sauf-conduit de conditions afin de prévenir tout risque à cet égard.
2. Faute de démonstration de l'existence d'un préjudice irréparable, le recours est irrecevable. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 3 décembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz