Erwägungen:
1. Die X._ AG reichte am 2. Juni 2009 beim Bundesgericht eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen einen Beschluss des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 21. Januar 2009 ein. Mit Verfügung vom 5. Juni 2009 wurde sie aufgefordert, bis spätestens am 29. Juni 2009 einen Kostenvorschuss von Fr. 2'500.-- einzuzahlen.
Am 29. Juni 2009 teilte der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin dem Bundesgericht mit, dass er die Angelegenheit "aufgrund von Landesabwesenheiten und anderer Fristigkeiten ... noch nicht ausreichend mit meiner Mandantin (habe) besprechen" können, weshalb er darum ersuchte, die Frist für die Zahlung des Kostenvorschusses bis zum 13. Juli 2009 zu erstrecken. Mit Verfügung vom 30. Juni 2009 wurde dem Vertreter der Beschwerdeführerin mitgeteilt, dass die Frist zu Bezahlung des Kostenvorschusses bis zum 13. Juli 2009 erstreckt werde, wobei die Fristerstreckung als Nachfrist im Sinne von Art. 62 Abs. 3 BGG gelte und im Unterlassungsfall auf die Beschwerde nicht eingetreten würde.
Mit Schreiben vom 13. Juli 2009 teilte der Vertreter der Beschwerdeführerin mit, dass er "aufgrund erneuter Landesabwesenheit noch nicht in der Lage (gewesen sei), die Angelegenheit betreffend Kostenvorschuss mit meiner Mandantin zu besprechen", weshalb er um nochmalige Erstreckung der Frist für die Leistung des Kostenvorschusses bis zum 20. Juli 2009 ersuchte.
Innert der am 13. Juli 2009 ablaufenden Nachfrist ist der Kostenvorschuss nicht geleistet worden.
2. 2.1 Gemäss Art. 62 Abs. 1 BGG hat die Partei, die das Bundesgericht anruft, einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Gerichtskosten zu leisten. Der Instruktionsrichter bzw. der Abteilungspräsident (vgl. Art. 32 Abs. 1 BGG) setzt zur Leistung des Kostenvorschusses eine angemessene Frist. Läuft diese unbenutzt ab, so setzt er der Partei eine Nachfrist. Wird der Kostenvorschuss auch innert der Nachfrist nicht geleistet, so tritt das Bundesgericht auf die Eingabe nicht ein (Art. 62 Abs. 3 BGG).
2.2 Es entspricht dem Wesen einer Nachfrist, dass sie nicht erstreckt werden kann. Eine zweite Nachfrist ist - in der Regel - nicht zulässig. Mit einer weiteren Fristerstreckung kann der Betroffene nicht rechnen, es sei denn, es lägen ganz besondere, nicht voraussehbare Hinderungsgründe vor, die von ihm in seinem Gesuch um Einräumung einer zweiten Nachfrist spezifisch darzulegen sind (Urteile 6B_251/2001 vom 26. Juni 2009 E. 2; 2C_758/2008 vom 2. Dezember 2008 E. 2.2.2 und 2C_731/2008 vom 27. November 2008 E. 2).
2.3 Vorliegend machte der Vertreter der Beschwerdeführerin im ersten Fristerstreckungsgesuch geltend, er habe die Angelegenheit noch nicht "ausreichend" mit seiner Mandantin besprechen können; was es im Hinblick auf die für die rechtskundig vertretene Beschwerdeführerin schon zum Zeitpunkt der Beschwerdeeinreichung voraussehbare Aufforderung zur Leistung eines (nicht besonders hohen) Kostenvorschusses zu besprechen gab bzw. warum die entsprechend einfache Orientierung der Mandantin nicht möglich gewesen sein sollte, ist unerfindlich.
In der Folge wurde der Beschwerdeführerin die Zahlungsfrist erstreckt, wobei ausdrücklich darauf hingewiesen wurde, dass es sich dabei um eine Nachfrist im Sinne von Art. 62 Abs. 3 BGG handelt, deren Nichteinhaltung zum Nichteintreten auf die Beschwerde führt. Das Gesuch um weitere Fristerstreckung hätte deshalb einer stichhaltigen Begründung bedurft (vorstehend E. 2.2). Es wird allein geltend gemacht, die Angelegenheit betreffend Kostenvorschuss habe noch nicht besprochen werden können; dafür, wie es sich mit der Notwendigkeit einer solchen Besprechung bzw. den entsprechenden organisatorischen Vorkehrungen (wofür bis zum Ablauf der Nachfrist immerhin rund 40 Tage zur Verfügung standen) verhält, kann auf den vorstehenden Absatz verwiesen werden. Ein derart unsubstantiiertes Gesuch um Fristerstreckung kann jedenfalls bei einer Nachfrist nicht gutgeheissen werden.
Das Gesuch um weitere Erstreckung der Zahlungsfrist ist abzuweisen.
2.4 Auf die Beschwerde ist mangels rechtzeitiger Leistung des Kostenvorschusses im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Juli 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller