Sachverhalt:
A. Am 16. September 2010 erstattete Y._ Strafanzeige gegen die Bauleitung der Durchmesserlinie der SBB wegen mehrfacher Übertretung der Lärmvorschriften der Stadt Zürich. Er fühlte sich als Anwohner des Installationsplatzes der Baustelle insbesondere durch das akustische Warnsignal rückwärts fahrender Lastwagen während der Nacht in der Zeit vom 30. Mai bis zum 4. Juni, vom 6. bis zum 11. Juni, vom 20. bis zum 25. Juni sowie vom 27. Juni bis zum 2. Juli 2010 in seiner Nachtruhe gestört.
Mit Rapport vom 26. September 2010 verzeigte die Stadtpolizei Zürich den Gesamtprojektleiter der Durchmesserlinie, X._, wegen Übertretung der städtischen Lärmschutzverordnung beim Zürcher Stadtrichteramt.
Am 2. Dezember 2010 stellte das Stadtrichteramt das Strafverfahren gegen X._ ein.
Am 10. Juni 2011 hiess das Bezirksgericht Zürich den Rekurs von Y._ gegen die Einstellung des Strafverfahrens gut, hob die Verfügung des Stadtrichteramtes vom 2. Dezember 2010 auf und wies die Sache zur weiteren Untersuchung bzw. zur Neubeurteilung ans Stadtrichteramt zurück.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diese bezirksgerichtliche Verfügung aufzuheben und das Verfahren in Bestätigung der Verfügung des Stadtrichteramtes vom 2. Dezember 2010 einzustellen oder die Sache eventuell ans Bezirksgericht zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Die angefochtene, kantonal letztinstanzliche Verfügung des Bezirksgerichts erging im Rahmen eines Strafverfahrens, womit sie der Beschwerde in Strafsachen unterliegt (Art. 78 Abs. 1 BGG). Sie schliesst das Verfahren nicht ab. Es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (BGE 133 IV 139 E. 4) bewirken (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen kann (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Der Beschwerdeführer hält beide Voraussetzungen für erfüllt.
1.1 Die Durchführung eines Strafverfahrens begründet keinen Nachteil rechtlicher Natur, der mit einem für den Angeschuldigten günstigen Entscheid nicht behoben werden könnte. Das Bundesgericht hat in BGE 133 IV 139 E. 4 seine jahrzehntealte, konstante Rechtsprechung (BGE 115 Ia 311 E. 2c; 98 Ia 239; 63 I 313 E. 2; Pra 2009 Nr. 115 E. 1.3) ausdrücklich ins neue Recht überführt. Der Beschwerdeführer macht zwar geltend, die weitere Anwendung der kommunalen Lärmschutzverordnung während des laufenden Strafverfahrens könne dazu führen, dass die städtische Behörde gestützt auf diese und unter Aushebelung der Aufsichtskompetenz des Bundesamtes für Verkehr die sofortige Einstellung der betreffenden Bauarbeiten verlange und durchsetze, was die Verwirklichung von Bundesrecht - etwa Art. 87 BV - vereitle. Dieser Einwand des Beschwerdeführers geht indessen schon deswegen an der Sache vorbei, weil der behauptete Nachteil nicht ihn, sondern die SBB treffen würde, die nicht Partei des Strafverfahrens sind. Im Umstand, dass das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer weitergeführt wird, liegt somit offensichtlich kein Nachteil rechtlicher Natur, und schon gar keiner, der ihn persönlich belasten könnte. Er kann damit aus Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nichts zu seinen Gunsten ableiten.
1.2 Die Anwendung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG fällt in der vorliegenden Konstellation nach der Praxis des Bundesgerichts kaum je in Betracht. Als Angeschuldigter ist der Beschwerdeführer zudem ohnehin nicht befugt, die Einstellung des Verfahrens zur Vermeidung von Kosten zu verlangen, da die Kosten eines ungerechtfertigten Strafverfahrens nicht er zu tragen hätte (Pra 2009 Nr. 115 E. 1.4; Urteil 1B_155/2011 vom 14. Juni 2011 E. 1.4). Im Übrigen ist der strafrechtliche Vorwurf - dass auf der unter der Verantwortung des Beschwerdeführers stehenden Baustelle Baulastwagen mit störenden Warntönen rückwärts fuhren und die Nachtruhe der Anwohner beeinträchtigten - in tatsächlicher Hinsicht weitgehend erstellt. Umstritten sind im Wesentlichen Rechtsfragen, etwa nach dem anwendbaren Recht, der Garantenstellung des Beschwerdeführers etc. Es liegt unter diesen Umständen keineswegs nahe, dass mit der Fortführung des Strafverfahrens ein "weitläufiges Beweisverfahren" im Sinn Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG verbunden wäre.
2. Die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sind damit nicht erfüllt, womit auf die Beschwerde nicht einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine geschuldet.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Stadtrichteramt und dem Bezirksgericht Zürich, 10. Abteilung-Einzelgericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi