Faits:
A. K._, couturière de formation, a travaillé à temps partiel comme vendeuse auprès de X._ entre avril 2002 et novembre 2006. Elle a ensuite renoncé à l'exercice de toute activité professionnelle pour des raisons familiales. Le 1er mai 2009, elle a été engagée à mi-temps en qualité de collaboratrice de vente par Y._ qui l'ont licenciée pour le 13 juin suivant. K._ s'est annoncée le 21 juillet 2009 auprès de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Fribourg (l'office AI), invoquant une dépression, des migraines et une fatigue chronique. L'administration lui a octroyé un stage d'entraînement au travail (qui s'est déroulé du 31 mai au 29 août 2010 auprès du Centre d'intégration Z._) et lui a alloué pendant la durée de celui-ci une indemnité journalière de 28 fr. 80 (communication du 31 mai 2010 ; décision du 6 août suivant).
B. L'assurée a déféré cette décision devant le Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Cour des assurances sociales, en concluant à l'octroi d'une indemnité journalière de 40 fr. Par jugement du 5 septembre 2012, le tribunal cantonal a partiellement admis le recours et renvoyé la cause à l'office AI pour nouveau calcul de l'indemnité journalière sur la base d'un revenu mensuel de 1'124 fr. 15.
C. K._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut à l'octroi d'indemnités journalières d'un montant plus élevé, éventuellement au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouveau jugement.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'examine en principe que les griefs invoqués (art. 42 al. 2 LTF) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (art. 105 al. 2 LTF).
2. Le litige porte sur le revenu à prendre en considération pour calculer le montant des indemnités journalières de base dues à la recourante pendant la durée de son stage d'entraînement au travail.
3. Selon l'art. 23 al. 1 et 3 LAI en lien avec l'art. 24 al. 1 LAI, l'indemnité journalière de base s'élève à 80 % du revenu moyen (sur lequel sont prélevées les cotisations prévues par la LAVS) que l'assuré percevait pour la dernière activité lucrative exercée sans restriction due à des raisons de santé mais ne peut pas dépasser le montant maximum du gain assuré journalier fixé dans la LAA. L'art. 21 al. 3 RAI précise que lorsque la dernière activité lucrative exercée par l'assuré sans restriction due à des raisons de santé remonte à plus de deux ans, il y a lieu de se fonder sur le revenu que l'assuré aurait tiré de la même activité, immédiatement avant la réadaptation, s'il n'était pas devenu invalide.
4. 4.1 Les premiers juges ont considéré que la recourante avait été atteinte dans sa santé à partir de mars 2008 et que si tel n'avait pas été le cas, elle aurait selon toute vraisemblance obtenu en mai 2010 (moment du début de son stage d'entraînement au travail) un salaire équivalent à celui que lui versait X._ en 2006 pour son activité à temps partiel adapté au renchérissement, soit 1'124 fr. 15 par mois. Le montant des indemnités journalières devait dès lors être établi sur la base de ce montant.
4.2 Selon la recourante, le salaire qu'elle percevait auprès de X._ en 2006 - 1'054 fr. par mois pour une activité à 33 % - est si bas qu'il ne peut pas être pris en compte pour la détermination du montant des indemnités litigieuses. Le fait qu'elle a touché en 2009 une rémunération mensuelle de 1'950 fr. auprès de Y._ pour effectuer à mi-temps une activité ne nécessitant aucune formation montrerait bien que n'importe quel emploi dans le domaine de la vente lui aurait procuré en mai 2010 une rémunération supérieure à celle retenue par l'instance cantonale. Afin d'établir le montant du salaire qu'elle aurait reçu en étant en bonne santé au moment déterminant, il conviendrait compte tenu des connaissances spécifiques dont elle dispose en tant que couturière de se référer à la rémunération des personnes qui effectuent, dans le secteur du commerce de détail, des activités requérant des connaissances professionnelles spécialisées. Selon les données statistiques résultant de l'ESS, celles-ci auraient obtenu en moyenne 4'459 fr. par mois en 2008; l'indexation de ce chiffre à 2010 donnerait (en tenant compte d'un taux d'activité de 33 %) un revenu mensuel de 1'534 fr. 25, lequel conduirait à une indemnité journalière de 40 fr. 90.
5. La recourante n'affirme à raison pas qu'elle aurait pratiqué une activité lucrative entre la fin de ses rapports de travail avec X._ en novembre 2006 et le début de son atteinte à la santé - laquelle est survenue, selon les constatations de la juridiction cantonale que l'intéressée ne conteste pas, en mars 2008. L'activité de la recourante auprès de cette entreprise est donc la dernière qu'elle a exercée sans restriction due à des raisons de santé. Etant donné que l'intéressée a cessé de travailler pour X._ plus de deux ans avant le prononcé de la décision litigieuse, est déterminant le revenu qu'elle aurait tiré de la même activité immédiatement avant le début de son stage d'entraînement au travail en mai 2010. En adaptant à cette année le salaire que la recourante touchait en 2006 auprès de cette société, la juridiction cantonale a donc correctement appliqué les art. 23 al. 1 et 3 LAI et 21 al. 3 RAI. On ajoutera que l'intéressée n'avance aucun élément susceptible de démontrer au degré de la vraisemblance prépondérante qu'elle aurait réalisé en mai 2010, si elle avait alors été en bonne santé, un revenu supérieur à celui retenu par la juridiction cantonale. Elle ne soutient en effet pas qu'elle aurait travaillé dans une plus large mesure qu'en 2006 et n'établit ni que les personnes au bénéfice d'une formation de couturière oeuvrant dans la vente y obtiendraient un revenu plus élevé que les personnes sans qualification particulière ni que ces dernières pourraient généralement prétendre, dans le domaine en question, à la rémunération qu'elle a touché lorsqu'elle a été employée par Y._, au demeurant pendant moins de deux mois. L'argumentation de la recourante ne permet donc pas de démontrer en quoi les premiers juges auraient violé le droit fédéral ou établi les faits pertinents de manière manifestement inexacte voire arbitraire.
6. Compte tenu de ce qui précède, le recours est mal fondé. Vu l'issue de la procédure, la recourante, qui succombe, doit en supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 5 avril 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Bouverat