Fatti:
A. Con sentenza 1C_352/2011 del 18 ottobre 2011 il Tribunale federale, ritenuto che l'anticipo richiesto non fosse stato versato tempestivamente, ha dichiarato inammissibile un ricorso per denegata/ritardata giustizia in materia pianificatoria, inoltrato da A._ e da B._.
B. Il 9 novembre 2011 le ricorrenti presentano al Tribunale federale una domanda di revisione di detta sentenza adducendo che l'importo sarebbe stato addebitato sul conto bancario del loro legale entro il termine suppletorio.
Il Tribunale federale, assunte le necessarie informazioni relative al citato pagamento presso Posfinance, ha concesso alle ricorrenti la facoltà di esprimersi in merito.
Diritto:
1. 1.1 L'istanza di revisione è tempestiva (art. 124 cpv. 1 lett. b LTF) e la legittimazione delle istanti è pacifica.
1.2 Secondo l'art. 121 LTF, la revisione di una sentenza del Tribunale federale può in particolare essere domandata se il Tribunale, per svista, non ha tenuto conto di fatti rilevanti che risultano dagli atti (lett. d). Le istanti si prevalgono di questo motivo poiché Postfinance, ausiliaria del Tribunale federale, non avrebbe certificato/comunicato la data corretta dell'addebito dell'anticipo richiesto.
2. 2.1 Nella contestata sentenza, il Tribunale federale aveva ricordato che con decreto presidenziale del 26 agosto 2011 le ricorrenti erano state invitate a fornire, entro il 12 settembre successivo, un anticipo delle spese giudiziarie presunte di fr. 2'000.-- (art. 62 cpv. 1 LTF). Scaduto infruttuoso detto termine, con ulteriore decreto presidenziale del 30 settembre 2011, alle ricorrenti era stato fissato un termine suppletorio, scadente l'11 ottobre 2011, per versare l'anticipo richiesto. Sulla base delle informazioni della Cassa del Tribunale federale è stato ritenuto che lo stesso era stato versato soltanto il 12 ottobre successivo e quindi tardivamente: il ricorso è quindi stato dichiarato inammissibile (art. 62 cpv. 3 LTF).
2.2 Le istanti sostengono che secondo l'art. 48 cpv. 4 LTF determinante è la data in cui la banca del loro legale ha addebitato l'importo sul suo conto, decisivo essendo quindi l'addebito e non l'accredito.
Fanno valere d'aver proceduto per il tramite del loro legale e della sua banca al versamento richiesto in data 10 ottobre 2011, alle ore 10.45, tramite e-banking, ossia un giorno prima della scadenza del termine: la somma è poi stata addebitata la mattina seguente, alle ore 6.00, sul conto del loro patrocinatore. Con scritto del 4 novembre 2011, prodotto dal legale, la sua banca conferma che il pagamento e il relativo addebito sul suo conto sono stati eseguiti l'11 ottobre 2011. Precisa che, trattandosi di un versamento tramite Postfinance, anziché direttamente via banca, l'accredito al beneficiario è avvenuto il giorno seguente. Aggiunge che questa procedura è scelta dal destinatario: in caso di operazione diretta banca su banca, l'accredito sarebbe avvenuto con valuta dello stesso giorno.
2.3 Secondo l'art. 62 cpv. 3 LTF, il giudice dell'istruzione stabilisce un congruo termine per il versamento dell'anticipo. Se questo termine scade infruttuoso, egli impartisce un termine suppletorio; se l'anticipo non è versato neppure nel termine suppletorio, il Tribunale federale non entra nel merito dell'istanza. L'art. 48 cpv. 4 LTF dispone che il termine per il versamento dell'anticipo è osservato se, prima della sua scadenza, l'importo dovuto è versato alla posta svizzera, o addebitato a un conto postale o bancario in Svizzera, in favore del Tribunale federale.
2.3.1 Dall'estratto PostFinance risulta che il versamento litigioso le è stato consegnato l'11 ottobre 2011, alle ore 16.43, con valuta ed accredito sul conto della Cassa del Tribunale federale del giorno successivo.
2.3.2 Nel messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001 si precisa che il capoverso 4 dell'art. 44 del progetto (identico all'art. 48 LTF) introduce un'innovazione, disciplinando specificamente l'osservanza dei termini in occasione di versamenti di anticipi. È ricordato che, all'epoca, la giurisprudenza differenziava secondo il tipo di versamento: se il versamento era effettuato da un conto bancario e la banca si avvaleva del servizio di ordini cumulativi della Posta, il termine era reputato rispettato se la data di scadenza fissata nel supporto di dati corrispondeva, al più tardi, all'ultimo giorno del termine fissato dal Tribunale federale e se il supporto era stato consegnato entro tale termine alla Posta (DTF 117 Ib 220). Nei casi in cui i titolari di conti bancari non potevano decidere del momento in cui la Posta entrava in possesso del supporto informatico, gli ordini di pagamento dovevano essere eseguiti con oltre una settimana d'anticipo affinché vi fosse una certa garanzia che il termine fosse rispettato, per cui tale categoria era svantaggiata rispetto ai titolari di conti postali. Quale criterio è stato scelto, oltre al versamento allo sportello di un ufficio postale, il momento in cui l'ordine di pagamento è stato addebitato al conto postale o bancario del ricorrente o del suo patrocinatore. Nel messaggio si precisa che, qualora la somma non venga accreditata per tempo sul conto del Tribunale federale, quest'ultimo può chiedere al ricorrente di fornire la prova del giorno in cui l'ordine di pagamento è stato addebitato al suo conto o a quello del patrocinatore. È poi rilevato che per i titolari di un conto postale la nuova situazione sarà meno favorevole che in passato, poiché, se intendono inviare l'ordine di pagamento a Postfinance o alla banca, dovranno premurarsi d'agire con un giorno d'anticipo per consentire che l'ordine sia eseguito per tempo (FF 2001 3856 seg.).
Nuovo è quindi che per l'osservanza del termine fa stato l'addebito in favore del Tribunale federale sul conto del ricorrente o del suo patrocinatore. Non è tuttavia sufficiente inserire l'ultimo giorno del termine quale data di valuta, ossia quale giorno nel quale il conto della parte debba essere addebitato. È infatti necessario che l'elaborazione dell'ordine e il relativo addebito avvengano effettivamente l'ultimo giorno del termine (AMSTUTZ/ARNOLD, Bundesgerichtsgesetz, 2a ed. 2011, n. 28 pag. 568 ad art. 48).
2.4 La circostanza che in concreto l'importo non è stato accreditato sul conto della Cassa del Tribunale federale prima della scadenza del termine non è quindi decisiva, nella misura in cui il diritto federale non impone più questa condizione (sentenza 9C_94/2008 del 30 settembre 2008 consid. 5).
3. 3.1 Discende da queste considerazioni che l'istanza di revisione è fondata, per cui la sentenza 1C_352/2011 del 18 ottobre 2011 dev'essere annullata e l'istruzione della causa dev'essere ripresa.
3.2 Non si prelevano spese giudiziarie e la Cassa del Tribunale federale rifonderà alle ricorrenti un'indennità di fr. 1500.-- per ripetibili della sede federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. La domanda di revisione è accolta e la sentenza del Tribunale federale 1C_352/2011 del 18 ottobre 2011 è annullata.
2. L'istruzione della causa 1C_352/2011 è ripresa.
3. Non si prelevano spese giudiziarie. La Cassa del Tribunale federale rifonderà alle ricorrenti un'indennità di fr. 1'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.