Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. X._ wurde vom Obergericht des Kantons Zürich am 3. September 2009 unter anderem wegen Freiheitsberaubung zu vier Jahren Freiheitsstrafe und einer Busse von Fr. 500.-- verurteilt. Zudem wurde die Verwahrung nach Art. 64 Abs. 1 lit. b StGB angeordnet. X._ befindet sich vor dem Verwahrungsvollzug zurzeit im ordentlichen Strafvollzug.
Die Gesuche X._s vom 22. Dezember 2010 und 26. Februar 2011 um Überstellung in sein Herkunftsland Kroatien und Versetzung in ein anderes Gefängnis wies das Amt für Justizvollzug am 4. Februar bzw. 29. März 2011 ab. Überdies ordnete es am 11. März 2011 den zusätzlichen Vollzug einer fünftägigen Ersatzfreiheitsstrafe gemäss Verfügung des Obergerichts des Kantons Zürich vom 11. Juli 2010 an. Die dagegen erhobenen Rekurse X._s vom 6. April (Überstellung nach Kroatien), 14. April (Versetzung in ein anderes Gefängnis) und vom 16. April 2011 (Vollzug Ersatzfreiheitsstrafe) wies die Justizdirektion des Kantons Zürich mit Verfügung vom 16. Juni 2011 ab, soweit sie den Rekurs vom 14. April 2011 nicht als gegenstandslos geworden abschrieb. X._ gelangte an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches seine Beschwerde mit Urteil vom 9. August 2011 abwies, soweit es darauf eintrat.
X._ wendet sich an das Bundesgericht.
2. Eine Beschwerde ans Bundesgericht ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen (Art. 100 Abs. 1 BGG). Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts wurde dem Beschwerdeführer am 15. August 2011 zugestellt. Die Beschwerdefrist lief somit am 14. September 2011 (Mittwoch) ab. Der Beschwerdeführer gelangt mit zahlreichen Eingaben an das Bundesgericht. Die letzte Eingabe vom 25. September 2011 (act. 15) erweist sich als verspätet. Darauf ist nicht einzutreten.
3. Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden gegen Entscheide, die das BGG der Beschwerde ans Bundesgericht unterstellt. Zur Entgegennahme und Behandlung von Strafanzeigen oder aufsichtsrechtlichen Rügen (vgl. act. 4 S. 9; act. 11 S. 1) ist es nicht zuständig.
4. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des "Subsidiarität Immutabilitätsprinzip", welches in Art. 6 Ziff. 3 lit. a EMRK verbürgt sei. Sodann macht er "Verstösse gegen das UNO Recht" (act. 11 S. 5) geltend sowie Verletzungen der persönlichen Freiheit, der Gewissensfreiheit, der Vereinsfreiheit und der Rechtsgleichheit (vgl. act. 1 S. 2; act. 10 S. 1; act. 11 S. 1). Die seitenweisen, teilweise nur schwer verständlichen Ausführungen des Beschwerdeführers beziehen sich über weite Strecken nicht auf das vorliegende Verfahren, sondern beschränken sich auf zum Teil ungebührliche Kritik am Justiz- und Vollzugsapparat des Kantons Zürich, an der Verurteilung wegen Freiheitsberaubung, dem psychiatrischen Gutachten vom 29. Mai 2008, der Beurteilung seines Gesundheitszustands und der Anordnung der Verwahrung gemäss rechtskräftigem Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich. Darauf ist nicht einzutreten.
Sachbezogen äussert sich der Beschwerdeführer nur zu der von ihm beantragten Überstellung nach Kroatien. Er führt in diesem Zusammenhang sinngemäss aus, eine solche käme den Zürcher Behörden im Grunde gelegen, weil sie dann keine Fehler zugeben müssten (act. 4 S. 4 und 9). Wenn ein Ausländer in das Heimatland überstellt werden wolle, so sei das sein Wille, und das Heimatland würde die Verantwortung übernehmen (act. 11 S. 2). Aus diesen Ausführungen des Beschwerdeführers, welche sich mit den Erwägungen der Vorinstanz zum Übereinkommen über die Überstellung verurteilter Personen vom 21. März 1983 und zur Ablehnung seines diesbezüglichen Gesuchs nicht befassen (vgl. angefochtenen Entscheid S. 6 f.), ergibt sich nicht, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid gegen das schweizerische Recht im Sinne von Art. 95 BGG verstossen könnte. Die Beschwerdeeingaben genügen in diesem Punkt den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist nicht einzutreten.
5. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seiner finanziellen Lage ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill