Sachverhalt:
A. Am 1. April 2012 und am 9. Mai 2012 erstattete X._ Strafanzeigen gegen zwei Sozialarbeiter des Sozialzentrums Selnau einerseits sowie Stadtrat A._ anderseits wegen Nötigung, einfacher Körperverletzung, Betrugs, Amtsmissbrauchs etc.. Hintergrund der Strafanzeigen bildet die Abweisung eines von X._ beim Sozialzentrum Selnau gestellten Gesuchs um wirtschaftliche Sozialhilfe. Die Staatsanwaltschaft Sihl-Zürich beantragte dem Zürcher Obergericht, über die Erteilung bzw. Nichterteilung der Ermächtigung zur Eröffnung einer Strafuntersuchung zu entscheiden.
Mit zwei separaten Beschlüssen vom 9. Juli 2012 verweigerte das Obergericht die Ermächtigung zur Verfolgung der beiden Sozialarbeiter einerseits und Stadtrat A._ anderseits. X._ erhob dagegen Beschwerde ans Bundesgericht.
B. Am 25. August 2012 erstattete X._ Strafanzeige u.a. gegen Oberrichter Balmer und die Ersatzoberrichter Schärer und Erb.
Am 30. August 2012 überwies die Oberstaatsanwaltschaft die Anzeige an den Zürcher Kantonsrat mit dem Antrag, die Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung gegen die drei Oberrichter nicht zu erteilen.
C. Mit Urteil 1C_382/2012 vom 10. Oktober 2012 wies das Bundesgericht die von X._ gegen die Verweigerung der Ermächtigung zur Verfolgung von Stadtrat A._ gerichtete Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
D. Am 15. November 2012 wies die Geschäftsleitung des Kantonsrats das Ermächtigungsgesuch gegen die drei angezeigten Oberrichter von der Hand.
Mit Eingabe vom 10. Dezember 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht im Wesentlichen, diesen Entscheid des Kantonsrats aufzuheben und zu veranlassen, dass die Strafuntersuchung gegen die angezeigten Oberrichter eröffnet werde.
E. Die Oberstaatsanwaltschaft und der Kantonsrat verzichten auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Der kantonal letztinstanzliche Entscheid einer politischen Behörde über die Ermächtigung zur Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen Oberrichter unterliegt der subsidiären Verfassungsbeschwerde (BGE 135 I 113 E. 1). Sie zu erheben ist befugt, wer am kantonalen Verfahren als Partei teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (Art. 115 BGG). Für die Verfassungsbeschwerde gilt ein qualifiziertes Rügeprinzip; die Beschwerdeführerin muss sowohl dartun, dass die Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, als auch, welche verfassungsmässigen Rechte aus welchem Grund verletzt sein sollen (BGE 134 II 244 E. 2; 133 II 396 E. 3.2). Die Beschwerdeführerin führt zu ihrer Legitimation lediglich aus, sie sei als persönlich Geschädigte und in ihren Rechtsgütern verletzte Person nach Art. 113 BGG zur Beschwerde berechtigt. Aus diesem allgemein gehaltenen Satz ergibt sich nicht in nachvollziehbarer Weise, inwiefern sie zur Beschwerde gegen den Entscheid des Kantonsrats befugt sein soll, und das ist auch nicht ohne Weiteres ersichtlich. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Das schadet der Beschwerdeführerin insofern nicht, als die Beschwerde offensichtlich unbegründet ist. Von den beiden Beschlüssen vom 9. Juli 2012, mit denen sich die verzeigten Oberrichter ihrer Auffassung nach strafbar gemacht haben sollen, blieb einer unangefochten, der andere wurde vom Bundesgericht am 10. Oktober 2012 geschützt. Es besteht daher nicht die Spur eines Verdachts, dass sich die drei angezeigten Oberrichter durch ihre Mitwirkung an den beiden Beschlüssen in irgendeiner Weise strafbar gemacht haben könnten. Unter diesen Umständen konnte der Kantonsrat das Ermächtigungsgesuch ohne Verfassungsverletzung von der Hand weisen und das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abweisen, da das Ermächtigungsgesuch aussichtslos war.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Unter den vorliegenden Umständen rechtfertigt sich, von der Erhebung von Kosten abzusehen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und der Geschäftsleitung des Kantonsrates des Eidgenössischen Standes Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Störi