Sachverhalt:
A. Das Kantonsgericht St. Gallen sprach X._ am 16. Juni 2009 zweitinstanzlich des mehrfachen Raubes und mehrfachen Hausfriedensbruchs schuldig. Von den je wegen mehrfacher Tatbegehung angeklagten Delikten der Freiheitsberaubung, des Diebstahls, der Sachbeschädigung sowie des Missbrauchs von Ausweisen und Schildern sprach es ihn frei. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 4 Jahren.
B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Verteidigungskosten für das vorinstanzliche Verfahren seien in angemessener Weise zu erhöhen. Er stellt einen Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Das Kantonsgericht St. Gallen und die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen verzichten mit Schreiben vom 24. Dezember 2009 bzw. 4. Januar 2010 auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer macht zusammenfassend geltend, er sei weder am Raubüberfall auf die Poststelle Jona-Kempraten am 2. Juni 2004 noch auf die Poststelle Kappel am Albis am 12. September 2006 beteiligt gewesen.
1.1.1 Die Vorinstanz habe auf eine Gegenüberstellung mit den Tatzeugen A._ (Jona-Kempraten), B._ (Kappel am Albis), C._, D._ und E._ (Jona-Kempraten) zu Unrecht verzichtet. Dadurch verletze sie seine Verteidigungsrechte und den Anspruch auf rechtliches Gehör. Es sei nicht ausgeschlossen, dass die Zeugen entlastende Angaben machen könnten.
1.1.2 Die Vorinstanz erwägt, die beim Raubüberfall in Jona-Kempraten anwesende Postangestellte A._ habe unmittelbar danach die Statur und Kleidung der Täter detailliert beschrieben. Sie habe die Kleidung der Täter auf den ihr vorgelegten polizeilichen Fotos wiedererkannt. Die Tat liege fünf Jahre zurück, die Täter hätten während der Tat kaum gesprochen und seien maskiert gewesen. Es seien keine Erkenntnisse aus einer Konfrontationseinvernahme zu erwarten. Deshalb sei auf eine erneute Befragung der Zeugin zu verzichten. Ebenso sei von einer Konfrontationseinvernahme mit den Tatzeugen und der Postangestellten B._ betreffend den Raubüberfall auf die Poststelle Kappel am Albis abzusehen. Die Tat liege drei Jahre zurück, die maskierten Täter hätten auch dort wenig gesprochen.
1.1.3 Aussagen von Zeugen und Auskunftspersonen dürfen in der Regel nur nach erfolgter Konfrontation zum Nachteil eines Angeschuldigten verwertet werden. Dem Anspruch, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, kommt grundsätzlich absoluter Charakter zu (BGE 131 I 476 E. 2.2 S. 481; 129 I 151 E. 3.1 S. 153 f. mit Hinweisen). Unter besonderen Umständen kann auf eine Konfrontationseinvernahme verzichtet werden (ausführlich BGE 124 I 274 E. 5b S. 285 mit Hinweisen), z.B. wenn der Zeuge das Zeugnis berechtigterweise verweigert, trotz angemessener Nachforschung unauffindbar bleibt oder verstorben ist (BGE 131 I 476 E. 2.2 S. 481 f. mit Hinweisen; 124 I 274 E. 5b S. 285 f.).
1.1.4 Konfrontationseinvernahmen mit den vom Beschwerdeführer genannten Personen (vgl. E. 1.1.1) wurden keine durchgeführt. Der Beschwerdeführer wendet zu Recht ein, es sei nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 29 Abs. 1 BV zumindest eine Konfrontation mit den Belastungszeugen zu gewähren. Entscheidend ist, dass die Zeugen mit ihren Aussagen den Angeklagten belasten, indem sie Angaben zur Statur, der Sprache, den Kleidern und dem Tatfahrzeug machen. Diese Aussagen verwendet die Vorinstanz für die Urteilsbegründung. Weder der Zeitablauf noch der mutmassliche Inhalt sind für den Anspruch auf eine Konfrontationseinvernahme von Bedeutung. Jedes Indiz kann sich, einzeln oder zusammen mit anderen, zuungunsten eines Angeklagten auswirken und gegebenenfalls für den Schuldspruch ausschlaggebend sein (vgl. Urteil 6B_708/2007 vom 23. April 2008 E. 4.4.2 und 4.4.3 mit Hinweisen). Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zur Durchführung der Konfrontationseinvernahmen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
1.1.4 Konfrontationseinvernahmen mit den vom Beschwerdeführer genannten Personen (vgl. E. 1.1.1) wurden keine durchgeführt. Der Beschwerdeführer wendet zu Recht ein, es sei nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 29 Abs. 1 BV zumindest eine Konfrontation mit den Belastungszeugen zu gewähren. Entscheidend ist, dass die Zeugen mit ihren Aussagen den Angeklagten belasten, indem sie Angaben zur Statur, der Sprache, den Kleidern und dem Tatfahrzeug machen. Diese Aussagen verwendet die Vorinstanz für die Urteilsbegründung. Weder der Zeitablauf noch der mutmassliche Inhalt sind für den Anspruch auf eine Konfrontationseinvernahme von Bedeutung. Jedes Indiz kann sich, einzeln oder zusammen mit anderen, zuungunsten eines Angeklagten auswirken und gegebenenfalls für den Schuldspruch ausschlaggebend sein (vgl. Urteil 6B_708/2007 vom 23. April 2008 E. 4.4.2 und 4.4.3 mit Hinweisen). Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zur Durchführung der Konfrontationseinvernahmen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
1.2 1.2.1 Der Beschwerdeführer beanstandet im Weiteren, die Vorinstanz habe es unterlassen, ihn mit den Zeugen zu konfrontieren, auf welche sie im Zusammenhang mit der angeblichen Überlassung seiner Wohnung an einen gewissen "Goran" abgestellt habe (angefochtenes Urteil S. 7 unten). Diese Aussagen seien nicht verwertbar. Vor Vorinstanz macht er geltend, möglicherweise habe "Goran", welchem er seine Wohnung überlassen habe, die Tatkleider getragen.
1.2.2 Die Vorinstanz erwägt unter Hinweis auf die Aussagen des Vermieters, des Vaters, des Stiefbruders, der geschiedenen Ehefrau, des Cousins und des Onkels des Beschwerdeführers, es gebe keinen Anhaltspunkt, dass sich ein gewisser "Goran" in dessen Wohnung aufgehalten habe. Der Antrag des Beschwerdeführers auf eine erneute Befragung der genannten Zeugen sei abzulehnen.
1.2.3 Den Akten der Berufungsverhandlung ist bezüglich des Stiefbruders, des Onkels und des Cousins des Beschwerdeführers entgegen den vorinstanzlichen Erwägungen kein Antrag auf eine Zeugeneinvernahme zu entnehmen. Gestützt auf die Ausführungen der Vorinstanz ist davon auszugehen, dass er entsprechende Anträge zumindest mündlich gestellt hat. Die Vorinstanz verwendet diese Zeugenaussagen zu Lasten des Beschwerdeführers, indem sie damit die Behauptung, eine Drittperson habe die ihm zugeordneten Tatkleider getragen bzw. ausgeliehen, als unglaubhaft wertet. Deshalb ist es erforderlich, dass der Beschwerdeführer mit den Belastungszeugen konfrontiert wird (vgl. E. 1.1.3 und 1.1.4). Das angefochtene Urteil erweist sich auch in diesem Punkt als bundesrechtswidrig.
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze bei ihrer Beweiswürdigung den Grundsatz "in dubio pro reo" (im Fall Jona-Kempraten) sowie die Verteidigungsrechte nach Art. 32 Abs. 2 BV (im Fall Kappel am Albis). Sie habe zu Unrecht entlastende Beweismittel nicht zugelassen.
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze bei ihrer Beweiswürdigung den Grundsatz "in dubio pro reo" (im Fall Jona-Kempraten) sowie die Verteidigungsrechte nach Art. 32 Abs. 2 BV (im Fall Kappel am Albis). Sie habe zu Unrecht entlastende Beweismittel nicht zugelassen.
2.1 2.1.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe seinen Beweisantrag auf Einholung eines wissenschaftlichen Gutachtens zu den DNA-Analysen abgewiesen. Er habe ein solches beantragt zu den Fragen, ob andere DNA-Spuren auffindbar seien, was der Grund für das Fehlen anderweitiger Spuren sei, und ob aus den Spuren auf den Zeitpunkt der Berührung mit dem Gegenstand geschlossen werden könne.
2.1.2 Die Vorinstanz stützt sich zu den DNA-Spuren des Raubüberfalls Jona-Kempraten auf die Berechnungen des kriminaltechnischen Diensts St. Gallen und das Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin des Kantonsspitals St. Gallen ab. Sie erwägt, der Beschwerdeführer bestreite nicht, mit den Spurenträgern in Berührung gekommen zu sein. Er behaupte lediglich, dass der Kontakt nicht im Tatzeitpunkt stattgefunden habe. Ob die Handschuhe von einer weiteren Person hätten getragen werden können, ohne Spuren zu hinterlassen, wäre reine Mutmassung. Deshalb sei der Antrag auf eine weitere Expertise abzulehnen (angefochtenes Urteil S. 5 f.). Zum Raubüberfall auf die Poststelle Kappel am Albis stellt die Vorinstanz auf die Beweiswertberechnung des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich ab (angefochtenes Urteil S. 11).
2.1.3 Ein Verzicht auf die Abnahme von Beweisen ist zulässig, wenn sich das Gericht auf Grund der erhobenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass die abgelehnten Beweisanträge nichts an seiner Überzeugung zu ändern vermögen. Die Verfassungsgarantie steht einer antizipierten Beweiswürdigung nicht entgegen (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148 mit Hinweisen).
2.1.4 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers verletzt die Vorinstanz den Grundsatz "in dubio pro reo" nicht. Sie stützt sich bei ihren Ausführungen auf das Gutachten des IRM St. Gallen und die Beweiswertberechnung des IRM Zürich, welche diverse Spuren mit teilweise sehr hoher Wahrscheinlichkeit dem Beschwerdeführer zuordnen. Einzig in Bezug auf einen Handschuh verweist sie auf den Bericht des kriminaltechnischen Diensts St. Gallen. Die Berechnungen der IRM St. Gallen und Zürich sind hinsichtlich der Fachkompetenz nicht zu beanstanden. Soweit der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe für die Spur am beigen Handschuh auf die Erstellung eines Gutachtens verzichtet, vermag dies die weiteren Tatspuren nicht in Frage zu stellen. Im Übrigen substantiiert der Beschwerdeführer nicht näher, welche Asservate er auf weitere Spuren untersucht haben will. Aus den Akten ergibt sich, dass insbesondere zum Raubüberfall auf die Poststelle Jona-Kempraten die DNA-Spuren bezüglich weiterer allfälliger Täter untersucht wurden (Vorakten act. S. 1/29; S. 1/30; S1/31; S. 1/38). Zudem geht seine Argumentation an der Sache vorbei. Denn weitere Untersuchungen ändern nichts an der Berechnung der Wahrscheinlichkeit, mit welcher die IRM St. Gallen und Zürich den Beschwerdeführer als Spurengeber bezeichnet haben.
Nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz den Beweisantrag ablehnte, soweit verlangt wird, das Gutachten habe sich zum Fehlen weiterer DNA-Spuren zu äussern. Damit werden die vorhandenen Indizien nicht entkräftet und vom Gutachter, wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, nicht beweiskräftige Mutmassungen verlangt. Ebenso unbegründet ist die Rüge, der Gutachter habe sich nicht zum Berührungszeitpunkt geäussert. Diesbezüglich substantiiert der Beschwerdeführer nicht näher, dass solche Umstände überhaupt mittels DNA-Analyse feststellbar wären, was sich jedenfalls nicht ohne Weiteres aus den vorhandenen Akten ergibt und auch nicht gerichtsnotorisch ist.
Nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz den Beweisantrag ablehnte, soweit verlangt wird, das Gutachten habe sich zum Fehlen weiterer DNA-Spuren zu äussern. Damit werden die vorhandenen Indizien nicht entkräftet und vom Gutachter, wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, nicht beweiskräftige Mutmassungen verlangt. Ebenso unbegründet ist die Rüge, der Gutachter habe sich nicht zum Berührungszeitpunkt geäussert. Diesbezüglich substantiiert der Beschwerdeführer nicht näher, dass solche Umstände überhaupt mittels DNA-Analyse feststellbar wären, was sich jedenfalls nicht ohne Weiteres aus den vorhandenen Akten ergibt und auch nicht gerichtsnotorisch ist.
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht den Antrag auf weitere Ermittlungen zur Eruierung des "Goran" im Lokal "L._" abgelehnt. Insbesondere habe sie von der Befragung des Betreibers und Inhabers des Lokals abgesehen. "Goran", welchem er die Wohnung überlassen habe, habe sich im Sommer 2004 dort aufgehalten.
2.2.2 Die Vorinstanz erwägt, die bisherigen Ermittlungen der Untersuchungsbehörden betreffend Zeugen aus dem Lokal "L._" zu "Goran" seien erfolglos verlaufen, weshalb der Antrag auf weitere Ermittlungen zur Existenz von "Goran" abzuweisen sei. Sie verweist auf die Plädoyernotizen der Staatsanwaltschaft (Vorakten act. B/60).
2.2.3 Ob die Vorinstanz den Beweisantrag zu Recht abgewiesen hat, kann offen bleiben. Diese Frage hängt vom Ergebnis der durchzuführenden Konfrontationseinvernahmen (E. 1.2.3) ab. Dennoch ist darauf hinzuweisen, dass die von der Vorinstanz zitierte Aktenstelle (B/60 Plädoyer der Staatsanwaltschaft) nach zutreffender Auffassung des Beschwerdeführers nichts zu den bisherigen Ermittlungen betreffend "Goran" enthält.
2.2.3 Ob die Vorinstanz den Beweisantrag zu Recht abgewiesen hat, kann offen bleiben. Diese Frage hängt vom Ergebnis der durchzuführenden Konfrontationseinvernahmen (E. 1.2.3) ab. Dennoch ist darauf hinzuweisen, dass die von der Vorinstanz zitierte Aktenstelle (B/60 Plädoyer der Staatsanwaltschaft) nach zutreffender Auffassung des Beschwerdeführers nichts zu den bisherigen Ermittlungen betreffend "Goran" enthält.
2.3 2.3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe die Zeugen F._ und G._ unter Verletzung von Art. 9, Art. 29 Abs. 1 und Art. 32 Abs. 2 BV nicht befragt. F._ sei aufgrund einer DNA-Spur als Dieb des Fahrzeugs Audi S6 zu betrachten, welches 14 Tage vor dem Überfall auf die Poststelle Kappel am Albis gestohlen worden und dort aufgefunden worden sei. Diese Tat weise einen Zusammenhang zum Überfall auf die Poststelle auf.
2.3.2 Die Vorinstanz erwägt, F._ werde nach dem erstinstanzlichen Urteil nur wegen Diebstahls, Sachentziehung und Missbrauchs von Ausweisen und Schildern belastet, hingegen nicht in Bezug auf den Raubüberfall. Der Beweisantrag sei mangels Relevanz abzuweisen. Die erste Instanz sprach den Beschwerdeführer mangels Beweisen vom Vorwurf des Diebstahls am Audi S6 frei.
2.3.3 Der Beschwerdeführer legt nicht dar und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Aussagen von F._ die ihn belastenden Indizien (DNA-Analyse, widersprüchliche Aussagen) relativieren sollten. Zudem handelt es sich beim Audi S6 nicht um das beim Raubüberfall verwendete Fluchtfahrzeug. In Bezug auf die beantragte Befragung von G._ substantiiert der Beschwerdeführer sein Begehren nicht hinreichend. Insbesondere ist nicht klar, welche tatrelevanten Beobachtungen diese Zeugin gemacht haben soll. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Der Beschwerdeführer macht sinngemäss geltend, die Vorinstanz würdige die Beweise in mehrfacher Hinsicht willkürlich und verletze Art. 9 BV.
3.1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Diesbezüglich sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt, welche mit den in Art. 106 Abs. 2 BGG genannten Rügen vergleichbar sind. Es genügt nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten, sondern es ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfassungsrechtlichen Vorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können die Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 mit Hinweis).
3.2 Der Beschwerdeführer legt in Bezug auf die vorinstanzliche Würdigung seiner eigenen Aussagen nicht ausreichend dar, inwiefern diese willkürlich sein soll. Insbesondere genügt er den Begründungsanforderungen nicht, soweit er seine Aussagen ohne nähere Begründung anders würdigt, als die Vorinstanz (z.B. Widersprüche bezüglich des Besitzes einer Maske/Kappe; Erklärungen betreffend Ausleihen/Liegenlassen von Kleidungsstücken; Wohnungsüberlassung an Dritte, ohne deren Personalien zu kennen), bzw. das Gegenteil behauptet (H._ habe aus Angst vor F._ den Mittäter nicht genannt). Seine Ausführungen erschöpfen sich in appellatorischer Kritik, auf welche nicht einzutreten ist.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, das Beschleunigungsgebot sei verletzt. Dies müsse sich auf die Sanktion auswirken. Im Untersuchungsverfahren seien keine Konfrontationseinvernahmen und auch keine rechtshilfeweisen Befragungen von Zeugen durchgeführt worden. Zudem habe er zum Erlass der Einschreibegebühr und zur Gewährung der amtlichen Verteidigung zweimal erfolgreich das Bundesgericht angerufen. Vom erstinstanzlichen Urteil bis zum Urteil der Vorinstanz sei rund ein Jahr vergangen, ohne dass Untersuchungshandlungen durchgeführt worden wären.
4.2 Die Vorinstanz erwägt, es liege keine Verletzung des Beschleunigungsgebots vor, welche sich auf die Strafzumessung auswirke. Der Beschwerdeführer habe trotz intensiver Ermittlungen erst im Mai 2007 durch eine DNA-Spur mit den beiden Raubüberfällen in Verbindung gebracht werden können. Er sei unbekannten Aufenthalts gewesen und habe von Österreich Mitte September 2007 ausgeliefert werden müssen. Das Untersuchungsverfahren sei umfangreich gewesen. Es seien Straftaten aus verschiedenen Kantonen in einem Verfahren zusammengefasst worden. Zudem hätten sich die Behörden um die rechtshilfeweise Einvernahme von Zeugen bemüht. Die Anklageerhebung sei noch vor dem Ergebnis dieser Einvernahmen im Einverständnis des Beschwerdeführers im Juni 2008 erfolgt. Das Berufungsverfahren habe sich verlängert, weil der Beschwerdeführer in zwei Nebenpunkten das Bundesgericht angerufen habe. Die Verzögerung des Verfahrens sei aber nie wegen Untätigkeit der Strafbehörden eingetreten.
4.3 Das in Art. 29 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 14 Ziff. 3 lit. c UNO-Pakt II geregelte Beschleunigungsgebot verpflichtet die Behörde, das Strafverfahren zügig voranzutreiben, um die beschuldigte Person nicht unnötig über die gegen sie erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen. Es gilt für das ganze Verfahren. Welche Verfahrensdauer angemessen ist, hängt von den konkreten Umständen ab, die in ihrer Gesamtheit zu würdigen sind. Kriterien hierfür bilden etwa die Schwere des Tatvorwurfs, die Komplexität des Sachverhaltes, die dadurch gebotenen Untersuchungshandlungen, das Verhalten des Beschuldigten und dasjenige der Behörden sowie die Zumutbarkeit für den Beschuldigten (BGE 130 IV 54 E. 3.3.1 S. 54 f.; 130 I 269 E. 3.1 S. 273; je mit Hinweisen).
4.3 Das in Art. 29 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 14 Ziff. 3 lit. c UNO-Pakt II geregelte Beschleunigungsgebot verpflichtet die Behörde, das Strafverfahren zügig voranzutreiben, um die beschuldigte Person nicht unnötig über die gegen sie erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen. Es gilt für das ganze Verfahren. Welche Verfahrensdauer angemessen ist, hängt von den konkreten Umständen ab, die in ihrer Gesamtheit zu würdigen sind. Kriterien hierfür bilden etwa die Schwere des Tatvorwurfs, die Komplexität des Sachverhaltes, die dadurch gebotenen Untersuchungshandlungen, das Verhalten des Beschuldigten und dasjenige der Behörden sowie die Zumutbarkeit für den Beschuldigten (BGE 130 IV 54 E. 3.3.1 S. 54 f.; 130 I 269 E. 3.1 S. 273; je mit Hinweisen).
4.4 4.4.1 Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung des Beschleunigungsgebots in Bezug auf das Untersuchungsverfahren rügt, substanziiert er dies nicht näher. Auf seine Rüge ist nicht einzutreten.
4.4.2 Das Berufungsverfahren verlängerte sich infolge des Weiterzugs zweier prozessleitender Verfügungen an das Bundesgericht vom 1. September 2008 bis zum zweiten bundesgerichtlichen Urteil am 15. Januar 2009, d.h. um rund 4 1⁄2 Monate. Das gesamte Verfahren dauerte ab Einleitung der Ermittlungen (2. Juni 2004) bis zur Zustellung des angefochtenen zweitinstanzlichen Entscheids am 28. Juli 2009 rund fünf Jahre. Die durch das Rechtsmittelverfahren gegen die prozessleitenden Verfügungen entstandene Verzögerung ist in Anbetracht der Schwere der Tatvorwürfe, des komplexen Verfahrens und der umfangreichen Akten noch nicht als Verletzung des Beschleunigungsgebots zu bezeichnen. Die Rüge erweist sich als unbegründet.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe die amtlichen Verteidigungskosten unangemessen niedrig auf Fr. 9'645.60 festgesetzt.
5.2 Die Parteientschädigung im kantonalen Berufungsverfahren richtet sich nach der Honorarordnung für Rechtsanwälte und Rechtsagenten vom 22. April 1994 (HonO/SG; sGS 963.75), d.h. nach kantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft die Verletzung kantonalen Rechts nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
5.3 Der Beschwerdeführer legt nicht dar, welche Bestimmung des kantonalen Rechts durch die zugesprochene Parteientschädigung verletzt ist, noch begründet er seine Rüge näher. Darauf ist nicht einzutreten.
6. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist gegenstandslos, soweit die Beschwerde gutzuheissen ist. Soweit die Beschwerde abzuweisen ist, war sie von vornherein aussichtslos (Art. 64 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist insoweit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 16. Juni 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Kanton St. Gallen hat den Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Eric Stern, mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Koch