Faits:
A. Par contrat du 27 janvier 1996, H.X._ et F.X._ (ci-après: les bailleurs) ont cédé à Y._ (ci-après: l'association), moyennant un loyer annuel indexé fixé initialement à 21'600 fr., l'usage d'un local d'environ 100 m2 dans l'immeuble sis en zone industrielle ... à Z._ dont ils sont propriétaires. Le local mis à disposition était destiné à recevoir des réunions de l'association, qui est un centre religieux et culturel hindou. Conclu initialement pour une durée de cinq ans, le contrat prenait effet le 1er avril 1996 pour se terminer le 31 mars 2001.
H.X._ s'est adressé à plusieurs reprises à l'association, à compter du mois de juillet 1996, pour lui reprocher divers manquements dans l'utilisation des locaux (cuisine commune laissée en désordre et sale, chaussures qui s'accumulent dans les couloirs, utilisation indue des parkings des autres locataires, saleté dans la montée d'escaliers et les WC). Les bailleurs ont résilié le contrat par deux fois, le 28 février 2000 et le 5 avril 2001. Les parties ont finalement décidé de poursuivre leurs relations contractuelles sur la base d'un nouveau contrat prenant effet le 1er avril 2001 et arrivant à échéance le 31 mars 2006, le loyer annuel étant fixé en définitive à 24'000 fr. Ce bail devait se renouveler ensuite tacitement d'année en année, sauf congé donné six mois avant l'échéance. L'art. 28 des clauses particulières dudit contrat prévoit qu'à "la lumière des événements passés, les membres du nouveau comité s'engagent solennellement à faire respecter l'ordre et la propreté dans l'immeuble et alentours".
A partir du mois de juillet 2007, H.X._ a reçu des plaintes de deux locataires de l'immeuble reprochant aux membres de l'association de laisser traîner des chaussures dans les corridors, de provoquer du bruit et de permettre l'émanation d'odeurs de cuisine insupportables, de propager de la fumée d'encens dans l'immeuble, de salir les parties communes du bâtiment, d'occuper les parkings loués aux autres locataires et de maintenir la porte d'entrée ouverte de jour comme de nuit, y compris le week-end.
Le 23 juillet 2007, le bailleur a invité l'association à ne plus faire usage des places de stationnement louées à des tiers.
Par lettre du 24 août 2007, le bailleur a informé l'association de nouvelles plaintes reçues, qui avaient trait à la présence de pétales de fleurs sur les parkings et devant l'entrée de l'immeuble et à l'utilisation des emplacements de parking par des personnes non autorisées; de même, la porte d'entrée de l'immeuble avait été maintenue ouverte pendant la nuit par divers cartons.
Par avis officiel du 24 septembre 2007, les bailleurs ont résilié le contrat avec effet au 31 mars 2008 en invoquant les motifs suivants:
"règlement de sécurité incendie (nombre de participants trop élevé);
- non-respect des règles élémentaires de cohabitation;
- cuisine non conforme;
- odeurs et musique insupportables".
B. L'association ayant contesté la résiliation en temps utile devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, celle-ci, par décision du 25 avril 2008, a déclaré le congé valable et a accordé à la locataire une unique prolongation du bail au 31 décembre 2008.
L'association a saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, lui demandant de constater l'inefficacité du congé, subsidiairement de l'annuler et plus subsidiairement encore de prolonger le bail pour une durée maximale. Parallèlement, les bailleurs ont introduit une demande en évacuation de la locataire, qui a été jointe à la procédure.
Par jugement du 25 janvier 2010, le Tribunal des baux et loyers a déclaré valable le congé et a octroyé à la locataire une unique prolongation de bail au 30 septembre 2009; constatant que cette échéance était dépassée, il a condamné la locataire à évacuer immédiatement les locaux.
Le tribunal a procédé à l'audition de témoins. Trois occupants de locaux voisins ont affirmé que la porte de l'immeuble, dotée d'une fermeture avec commandes électroniques, était régulièrement maintenue ouverte le soir après 19 h. au moyen d'un chiffon ou d'un bout de bois; des restes de nourriture souillent parfois les parties communes. Deux de ces témoins ont déclaré qu'une quinzaine de paires de chaussures traînent devant la porte de l'association, principalement des chaussures d'enfants; lors des grandes fêtes annuelles, qui peuvent durer dix jours, une centaine de paires se trouvent dans le couloir et des odeurs de cuisine sont perceptibles dans le bâtiment. Les trois voisins ont affirmé que de la fumée d'encens envahit régulièrement l'ensemble des locaux et qu'une cloche sonne constamment entre 18 h. et 22 h., voire 22 h.30 lors des grandes fêtes organisées par l'association. Deux de ces témoins ont déclaré qu'ils étaient dérangés dans leurs activités commerciales par le bruit des prières et des chants, qui débutaient vers 16 h.30; le troisième témoin, qui exploite un studio de danse, a déclaré qu'il était surtout incommodé par le bruit de la musique.
Il a été établi qu'une autre association religieuse, qui louait également des locaux au 2ème étage, a reçu son congé en 2008 du fait des désagréments qu'elle provoquait dans l'immeuble; les locaux qu'elle occupait ont été reloués à une entreprise de fabrication de bijoux. Une société active dans la production et la vente de contenus multimédias a quitté, en janvier 2009, les locaux pris à bail en raison des nuisances subies dans l'immeuble.
Saisie d'un appel formé par l'association, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers, par arrêt du 11 octobre 2010, statuant à l'inverse des autorités précédentes, a annulé le congé. Sans contester l'existence des désagréments résultant des odeurs de cuisine, de la fumée d'encens, ainsi que du bruit de la musique, des chants et des prières, la cour cantonale a estimé que l'association n'avait pas excédé les limites de la tolérance que se doivent les voisins en zone industrielle et qu'elle n'avait pas non plus utilisé les locaux d'une manière contraire aux clauses contractuelles; elle a considéré que le problème résultait d'une "certaine incompatibilité entre les activités tolérées dans l'immeuble par les bailleurs".
C. H.X._ et F.X._ exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits, la violation des règles sur le fardeau de la preuve et une méconnaissance de la notion de congé abusif, ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué, à ce que le congé soit déclaré valable et non abusif, à ce qu'il soit constaté que l'intimée occupe sans droit les locaux de Z._ et à ce que l'évacuation soit prononcée.
L'intimée propose le rejet du recours; subsidiairement, elle requiert l'octroi d'une prolongation du bail pour une durée de six ans, soit jusqu'au 31 mars 2014.
Considérant en droit:
1. 1.1 Lorsque - comme c'est le cas en l'espèce - le litige porte sur la validité d'un congé donné par le bailleur, la valeur litigieuse correspond au moins à trois ans de loyer, en raison du délai de protection, dans le cas où le locataire obtient gain de cause, qui est prévu par l'art. 271a al. 1 let. e CO (ATF 136 III 196 consid. 1.1 p. 197; 111 II 384 consid. 1 p. 386). Il n'est donc pas douteux, à considérer le montant du loyer annuel, que la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. requise en matière de bail à loyer par l'art. 74 al. 1 let. a LTF est ici atteinte.
Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions tendant à faire constater la validité du congé et à prononcer l'évacuation, de sorte qu'elle a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours ordinaire peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc également être formé pour violation d'un droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4). Par exception à la règle selon laquelle il examine le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (cf. ATF 136 II 304 consid. 2.4; 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 136 I 184 consid. 1.2 p. 187; 133 IV 286 consid. 1.4 et 6.2). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
En l'espèce, les recourants présentent leur propre état de fait, aux pages 4 à 17 de l'acte de recours, mais sans tenter de démontrer que les conditions posées par l'art. 97 al. 1 LTF seraient réalisées. Il n'y a donc pas lieu d'en tenir compte.
Dans une écriture prolixe, l'intimée discute essentiellement des faits en ajoutant de nombreux compléments aux constatations cantonales, souvent en se référant à des pièces du dossier. S'il est vrai que le Tribunal fédéral peut compléter même d'office les constatations cantonales (art. 105 al. 2 LTF), une partie ne peut demander un ajout qu'en démontrant que les conditions de l'art. 97 al. 1 LTF sont réunies. Elle doit tout d'abord établir qu'elle a allégué et offert en preuve régulièrement les faits à ajouter (arrêt 4A_470/2009 du 18 février 2010 consid. 1.2) et également expliquer en quoi ces faits sont susceptibles d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF); si elle soutient que les faits omis sont déjà établis, elle doit montrer de manière précise qu'ils ressortent de façon univoque du résultat de l'administration des preuves. Une partie ne peut pas compléter à son gré les constatations cantonales en ajoutant des passages extraits du dossier, sans que la cour cantonale n'ait dit si elle tenait ces faits pour prouvés ou sans que l'on puisse percevoir en quoi ils seraient décisifs. Le rôle du Tribunal fédéral est de contrôler la correcte application du droit sur la base d'un état de fait arrêté en principe définitivement par l'autorité précédente; il ne lui appartient pas d'établir son propre état de fait en se fondant lui-même sur les pièces du dossier. L'état de fait dressé par l'intimée ne peut donc pas être pris en considération.
En revanche, les recourants, sous le titre "De l'arbitraire dans la constatation des faits par la Cour", ont correctement formulé des demandes d'adjonctions. Si le recours doit être admis même sans effectuer ces adjonctions en faveur des bailleurs, il faut en déduire que la correction demandée n'est pas susceptible d'influer sur le sort de la cause au sens de l'art. 97 al. 1 LTF et qu'il n'y a ainsi pas lieu d'y procéder. Il se justifie donc d'examiner préalablement l'argument tiré d'une violation du droit matériel.
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF). S'il admet le recours, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond ou renvoyer l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision (art. 107 al. 2 LTF).
2. 2.1 Les recourants soutiennent que la cour cantonale n'a pas correctement interprété la notion de congé qui contrevient aux règles de la bonne foi contenue à l'art. 271 al. 1 CO.
2.2 Il a été constaté en fait - d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que le congé a été donné pour l'échéance du contrat, en respectant le délai de préavis convenu. L'avis de notification ne se réfère pas à l'art. 257f CO et ne parle pas d'un congé extraordinaire ou d'une résiliation avant terme.
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, il est indispensable que le destinataire, en cas de congé extraordinaire, puisse comprendre qu'il ne s'agit pas d'une résiliation ordinaire (ATF 92 II 184 consid. 4a p. 186; arrêt 4C.202/1994 du 3 octobre 1995 consid. 2b/aa); l'allégation ultérieure de circonstances particulières déjà connues au moment de la résiliation ne peut pas transformer une résiliation ordinaire en un congé extraordinaire (arrêt 4C.202/1994 déjà cité, consid. 2b/bb).
En l'espèce, il ressort clairement de l'avis de résiliation - tel qu'il est relaté dans l'arrêt cantonal - que l'on se trouve en présence d'une résiliation ordinaire d'un bail commercial (cf. art. 266a et 266d CO), ce que les parties ne contestent d'ailleurs pas devant le Tribunal fédéral.
La cour cantonale s'est manifestement fourvoyée en se demandant si l'intimée avait manqué aux égards dus aux voisins, si elle avait utilisé la chose louée d'une manière non conforme à l'usage convenu et si le maintien du bail était devenu insupportable pour le bailleur. En effet, ces questions n'étaient pertinentes que pour l'application de l'art. 257f CO. Cette disposition permet au bailleur, dans les circonstances décrites, de mettre un terme prématurément au contrat, soit, pour des habitations ou des locaux commerciaux, pour la fin d'un mois moyennant un délai de congé minimum de trente jours (art. 257f al. 3 CO). Lorsque - comme c'est le cas en l'espèce - on se trouve en présence d'un congé ordinaire, les règles juridiques applicables sont fondamentalement différentes.
2.3 Le propriétaire d'un immeuble peut en principe décider librement, dans les limites de la loi, de l'usage de son bien (art. 641 al. 1 CC). S'il choisit de conclure un contrat de bail (art. 253 CO), son droit n'est limité que par les engagements contractuels qu'il a pris. Il ne peut d'ailleurs se lier contractuellement pour l'éternité (art. 27 al. 2 CC; ATF 136 III 190 consid. 3 p. 193 et les arrêts cités).
En l'espèce, il a été convenu que le bail se renouvelait tacitement d'année en année sauf congé donné six mois avant l'échéance. Ainsi, chaque partie - le bailleur comme le locataire - était libre, par sa seule manifestation de volonté, d'empêcher la conclusion tacite d'un nouveau contrat pour la période subséquente. Chaque cocontractant n'est tenu que pour la période convenue et reste parfaitement libre de ne pas conclure un nouveau bail pour la période suivante. Cette faculté relève de la liberté contractuelle qui comporte notamment la liberté de mettre fin à une relation contractuelle après son échéance, celle de ne pas conclure un nouveau contrat et celle de choisir son cocontractant (Pierre Engel, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd., 1997, p. 97).
Un congé peut toutefois être nul; il faut cependant que la nullité soit prévue par une disposition légale (par exemple l'art. 266o CO) ou découle de son sens et de son but (David Lachat, Commentaire romand, Code des obligations I, n° 1 ad art. 266o CO; Peter Higi, Commentaire zurichois, n°s 6 à 17 ad art. 266o CO; Bernard Corboz, Les congés affectés d'un vice, in 9e Séminaire sur le bail à loyer, Neuchâtel 1996, p. 5s.). Un congé extraordinaire sera par ailleurs considéré comme inefficace si les conditions prévues par la loi ne sont pas réunies (ATF 121 III 156 consid. 1c/aa p. 160 ss). Il est admis que l'on ne se trouve pas en l'espèce dans l'un de ces cas de figure.
Pour les baux d'habitations et de locaux commerciaux, le congé est annulable aux conditions prévues par les art. 271 et 271a CO. Il n'est pas contesté non plus qu'aucune des situations envisagées par l'art. 271a al. 1 CO n'est réalisée.
La seule question litigieuse est de savoir si le congé est annulable en application de l'art. 271 al. 1 CO, c'est-à-dire s'il contrevient aux règles de la bonne foi.
2.4 Pour dire si un congé est ou non abusif, il faut connaître le motif réel de la résiliation, dont la constatation relève de l'établissement des faits (ATF 131 III 535 consid. 4.3 p. 540; 130 III 699 consid. 4.1 p. 702). La partie qui prétend que le congé est abusif doit en principe apporter la preuve des faits qui permettent de le constater (art. 8 CC), mais sa partie adverse doit contribuer loyalement à la manifestation de la vérité en fournissant les éléments qu'elle est seule à détenir (ATF 135 III 112 consid. 4.1 p. 119).
Doit être considéré comme abusif le congé qui ne répond à aucun intérêt objectif, sérieux et digne de protection, qui est purement chicanier ou encore qui est fondé sur un motif qui ne constitue manifestement qu'un prétexte (ATF 136 III 190 consid. 2 p. 192 et les arrêts cités).
Les cas typiques d'abus de droit (absence d'intérêt à l'existence d'un droit, utilisation d'une institution juridique contrairement à son but, disproportion grossière des intérêts en présence, exercice d'un droit sans ménagement, attitude contradictoire) permettent de dire si le congé contrevient ou non aux règles de la bonne foi au sens de l'art. 271 al. 1 CO (ATF 120 II 105 consid. 3 p. 108; sur les cas typiques d'abus de droit: ATF 135 III 162 consid. 3.3.1 p. 169).
Il faut donc, sur la base des constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF), rechercher si le congé d'espèce contrevient ou non aux règles de la bonne foi à la lumière des principes qui viennent d'être rappelés.
2.5 Comme on l'a vu, l'art. 271 CO laisse subsister la liberté de résilier, qui n'est bornée que par l'interdiction de l'abus de droit (sans qu'il soit exigé que cet abus soit manifeste: ATF 136 III 190 consid. 2 p. 192).
La cour cantonale semble considérer que le congé pour l'échéance ne pouvait être donné que si l'intimée avait violé le contrat, en utilisant les locaux loués d'une manière non conforme à l'usage convenu ou en provoquant des nuisances excédant la limite de la tolérance que se doivent les voisins. Une telle conception viole clairement le droit fédéral. Le congé ordinaire est en principe libre pour les deux parties, sous réserve du principe de la bonne foi. Il n'est donc pas nécessaire, afin que le bailleur puisse résilier le contrat pour l'échéance, que le locataire ait violé le bail, qu'il ait manqué d'égards pour les voisins, qu'il ait utilisé la chose d'une manière non conforme à l'usage convenu ou encore que le bailleur puisse se prévaloir d'un juste motif.
La cour cantonale devait bien plutôt se demander si le congé contrevenait aux règles de la bonne foi (art. 271 al. 1 CO) à la lumière des principes qui viennent d'être rappelés. En faisant une sorte de confusion avec l'art. 257f CO (qui ne trouve pas à s'appliquer in casu) et en se fondant sur des critères erronés, elle a transgressé l'art. 271 al. 1 CO.
2.6 Il ressort des constatations cantonales, sans que l'arbitraire soit invoqué à ce propos, que le congé a été donné en raison des plaintes des voisins. Il n'y a donc pas trace en l'espèce d'un faux prétexte.
Pour le bailleur, l'intérêt au contrat réside dans le loyer qu'il perçoit (art. 253 CO). Il a été constaté - sans que cela ait été contesté - qu'une entreprise locataire dans le même immeuble avait déjà quitté les lieux en raison des nuisances, même si celles-ci ne sont pas imputables exclusivement à l'intimée. Il ressort des témoignages que d'autres locataires du même immeuble se plaignent des désagréments causés par l'intimée et on peut raisonnablement craindre qu'ils ne quittent également les lieux. Les désagréments évoqués par les témoins sont de nature à rendre difficile la location des locaux qui deviendraient vacants. Le propriétaire d'un immeuble commercial a un intérêt économique sérieux et digne de protection à pouvoir louer ses locaux facilement et dans de bonnes conditions.
L'autorité cantonale a conclu que le problème était dû à une "incompatibilité entre les activités tolérées dans l'immeuble par les bailleurs" (p. 14). Il résulte cependant des constatations cantonales que les bailleurs ont résilié le contrat qui les liait à une autre association religieuse et qu'ils ont également résilié le contrat conclu avec l'intimée; leur but est donc bien de mettre fin à l'incompatibilité existant entre les diverses activités exercées actuellement dans cet immeuble, de sorte qu'il est erroné de leur reprocher de la tolérer. Dans ce contexte, il ne saurait être question d'une attitude incohérente de la part des bailleurs.
Il faut se demander ensuite si les bailleurs, en résiliant le contrat, ont adopté une attitude contradictoire. Cette question a été traitée récemment dans un arrêt de principe publié aux ATF 136 III 190. Dans ce cas précédent, des locaux commerciaux avaient été loués pour y exploiter un restaurant. A aucun moment, le locataire n'a utilisé la chose louée d'une manière non conforme à l'usage convenu; il n'a pas non plus produit pour le voisinage des désagréments qui excèdent ceux qui sont inhérents à l'exploitation d'un restaurant. Or, le Tribunal fédéral, ayant constaté que la situation aux alentours avait évolué, a jugé que le bailleur n'adoptait pas une attitude contradictoire en décidant, pour l'échéance, de changer la nature de son immeuble et de ne plus souhaiter les désagréments qui découlent inévitablement de l'exploitation d'un restaurant. La situation n'est pas différente en l'espèce. Le bail a pris effet le 1er avril 1996, soit plus de dix ans avant la résiliation intervenue par avis du 24 septembre 2007. L'intimée admet elle-même, à la page 7 de ses observations, que le bail a été conclu en 1996, à une époque où il était difficile de trouver des locataires pour les surfaces commerciales et surtout artisanales hors du centre ville. Elle ajoute, à la page 40, que les bailleurs ont loué leur immeuble à différents locataires exerçant en partie des activités apparemment moins compatibles entre elles que par le passé. Il n'est donc pas douteux que la situation a objectivement évolué. L'intimée explique elle-même, à la page 41 de ses observations, qu'elle souhaiterait acheter des locaux, parce qu'il lui est difficile d'en trouver à louer, en raison notamment de la musique qui y est jouée et du va-et-vient des fidèles. Il n'est donc pas douteux que l'activité de l'intimée, à l'instar de l'exploitation d'un restaurant, produit des désagréments objectifs pour les voisins. Dans une telle situation, il n'y a pas d'attitude contradictoire à vouloir mettre un terme, à l'échéance, à une location qui génère des inconvénients objectifs de nature à perturber les relations entre les voisins et la faculté de louer facilement l'ensemble des locaux.
On ne saurait dire non plus que la résiliation est utilisée contrairement à son but (les bailleurs souhaitent bien faire partir l'intimée), qu'il y a une disproportion grossière des intérêts en présence (les bailleurs ont un intérêt sérieux et légitime à éviter des conflits entre les voisins et à louer entièrement et facilement l'ensemble de ces locaux), que le droit est exercé sans ménagement (moult avertissements ont été donnés à la locataire avant l'envoi du congé) ou que le congé est purement chicanier (il n'y a aucune trace d'une revanche mesquine des bailleurs).
Il sied de relever, pour finir, que les désagréments causés au voisinage par l'activité de l'intimée - si on les compare notamment avec le cas de l'exploitation d'un restaurant (cf. ATF 136 III 190) - ne peuvent en aucun cas être qualifiés de futiles. Sans entrer dans le détail et discuter les points de fait litigieux, il est tout de même établi (et non contesté) que les voisins se plaignent et que l'une des entreprises voisines a déjà quitté les lieux. Le bruit des prières, des chants, de la musique religieuse et d'une cloche sont constatés sans arbitraire, de même que l'émanation de fumée d'encens et d'odeurs de cuisine. Il s'agit là, pour les voisins, de véritables incommodités. De plus, à une époque où la crainte des cambriolages est plus forte que par le passé en particulier dans le canton de Genève, le fait de bloquer la porte d'entrée et de permettre à quiconque d'y pénétrer, de jour comme de nuit, est un inconvénient, qui doit être qualifié de sérieux et objectif. Quant au fait que des fidèles utilisent des places de stationnement louées par d'autres voisins, on peut même y voir une violation du contrat. Peu importe que d'autres reproches soient exagérés, infondés ou non prouvés; les désagréments dûment constatés suffisent largement pour que le congé ordinaire ne puisse pas être considéré comme abusif.
2.7 Le recours devant ainsi être admis et le congé validé, il n'y a pas lieu de se pencher sur les griefs concernant l'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.) et la violation des règles sur le fardeau de la preuve (art. 8 CC), qui revêtent manifestement un caractère secondaire.
2.8 L'intimée a sollicité subsidiairement une prolongation du bail pour une durée de six ans (qui constitue le maximum pour un bail commercial: art. 272b al. 1 CO). Elle a fait valoir notamment qu'en raison des désagréments qui peuvent résulter de ses activités, il lui est difficile de trouver des locaux de remplacement. Vu la solution qu'elle a adoptée, la cour cantonale ne s'est pas penchée sur cette question et elle n'a fait aucune constatation qui permette au Tribunal fédéral de procéder à l'appréciation des intérêts en présence en vue de statuer sur la durée d'une prolongation du bail. Partant, il se justifie de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle se prononce sur la prolongation du bail et, s'il y a lieu, sur l'évacuation de la locataire.
3. Comme le litige devant le Tribunal fédéral portait sur la validité du congé, il faut constater que l'intimée succombe, de sorte que les frais judiciaires et les dépens seront mis à sa charge (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé.
2. Le congé donné par les recourants à l'intimée, sur formule officielle du 24 septembre 2007, pour le local que cette dernière occupe dans l'immeuble sis ... à Z._ est valable.
3. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour que celle-ci statue sur la demande en prolongation du bail, sur la requête en évacuation de la locataire, ainsi que sur les frais pour l'ensemble de la procédure cantonale.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
5. L'intimée versera aux recourants, créanciers solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 4 février 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Ramelet