Sachverhalt:
A. Am 8. Oktober 2001 räumte A._ der X._ (Beschwerdegegnerin) in einem Lizenzvertrag eine exklusive Lizenz an zwei Patenten im Zusammenhang mit Zahnimplantaten ein, die im Schweizerischen Patentregister auf seinen Namen registriert sind. Der Vertrag sieht für den Fall schwerer Vertragsverletzungen ("significant contract violations") ein beidseitiges Kündigungsrecht vor. Als Beispiel einer schweren Vertragsverletzung nennt er unter anderem das Nichteinhalten der Zahlungsfristen für die vierteljährlich zu entrichtenden Lizenzgebühren. Mit Schreiben vom 8. Mai 2008 trat A._ vom Lizenzvertrag zurück und kündigte diesen zugleich mangels pünktlicher Bezahlung der Lizenzgebühr. In der weiteren Diskussion zwischen den Vertragsparteien bestritt die Beschwerdegegnerin eine gültige Auflösung des Vertrags und hielt am Bestand ihrer Exklusivlizenz fest.
Am 28. Januar 2009 beantragte die Beschwerdegegnerin dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) unter Vorlage des Lizenzvertrags aus dem Jahre 2001, ihre exklusive Lizenz für die europäischen Patente Nr. 1._ und 2._ im Patentregister einzutragen. Mit Schreiben vom 29. Januar 2009 teilte das IGE der Beschwerdegegnerin die beantragte Änderung im Register mit.
Am 6. Februar 2009 ersuchte A._ das IGE um Wiedererwägung und Widerruf, eventuell Löschung der Lizenzeintragungen. Zur Begründung führte er aus, dass die Lizenz mit der Auflösung des Lizenzvertrags untergegangen sei.
Mit Verfügung vom 13. Februar 2009 hiess das IGE das Wiedererwägungsgesuch gut und widerrief den Registereintrag vom 29. Januar 2009, den es gleichentags löschte.
B. Die Beschwerdegegnerin erhob dagegen Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht und beantragte (im Wesentlichen), die Eintragungen seien zu bestätigen und die Lizenz - falls gelöscht - wieder einzutragen.
Mit Zwischenverfügung vom 24. März 2009 ordnete das Bundesverwaltungsgericht die vorläufige Wiedereintragung der beiden ausschliesslichen Lizenzen bis zum rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens an. Das IGE trug daraufhin die Lizenzen am 1. April 2009 wieder ein.
Mit Urteil vom 7. Juli 2009 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde gut und hob die Verfügung des IGE vom 13. Februar 2009 auf. Das Eventualbegehren des Patentinhabers um Anordnung einer Sicherheitsleistung wies es ab.
C. Das IGE beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 7. Juli 2009 sei aufzuheben. Das IGE sei anzuweisen, die vom Bundesverwaltungsgericht mit Zwischenverfügung vom 24. März 2009 angeordnete und mit Urteil vom 7. Juli 2009 bestätigte Eintragung der ausschliesslichen Lizenz für die europäischen Patente Nr. 1._ und 2._ zu löschen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Eintragung der exklusiven Lizenz zugunsten von X._ bei den EP Patenten Nr. 1._ und 2._ sei zu bestätigen. Das Bundesverwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde unter Verzicht auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. In der vorliegenden Registersache ist nach Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG die Beschwerde in Zivilsachen das zulässige Rechtsmittel. Als Vorinstanz hat das Bundesverwaltungsgericht entschieden (Art. 75 Abs. 1 BGG). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren betreffend die Eintragung der exklusiven Lizenz zugunsten der Beschwerdegegnerin für die EP Patente Nr. 1._ und 2._ ab und ist demnach als Endentscheid zu qualifizieren (Art. 90 BGG). Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist - schätzungsweise (Art. 51 Abs. 2 BGG) - erreicht (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Nach Art. 76 Abs. 2 BGG steht das Beschwerderecht namentlich in Patentregistersachen (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG) auch den Departementen des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, den ihnen unterstellten Dienststellen zu, wenn der angefochtene Entscheid die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann. Art. 29 Abs. 3 der Organisationsverordnung vom 17. November 1999 für das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement (OV-EJPD; SR 172.213.1) sieht vor, dass das IGE in seinem Zuständigkeitsbereich zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt ist. Der Vollzug der Erlasse auf dem Gebiet der Erfindungspatente gehört zum Zuständigkeitsbereich des IGE, weshalb das IGE zur Beschwerde legitimiert ist. Das Beschwerderecht der Bundesbehörden soll die richtige und rechtsgleiche Anwendung des Bundesverwaltungsrechts sicherstellen. Ein spezifisches öffentliches Interesse ist nicht erforderlich (BGE 131 II 121 E. 1; 129 II 1 E. 1.1 S. 3 f.). Vorliegend wirft das IGE der Vorinstanz mehrere Bundesrechtsverletzungen im Zusammenhang mit der Eintragung der Exklusivlizenz der Beschwerdegegnerin vor. Vor diesem Hintergrund kann nicht gesagt werden, das IGE benutze das Beschwerderecht, um private Interessen des Patentinhabers (A._) durchzusetzen, wie die Beschwerdegegnerin andeutet. Die Beschwerdefrist von 30 Tagen (Art. 100 Abs. 1 BGG) wurde eingehalten. Auf die Beschwerde ist demnach einzutreten.
2. Das IGE traf die Verfügung vom 29. Januar 2009 betreffend Eintragung der Lizenz ohne Anhörung des Patentinhabers und ohne Eröffnung der Verfügung an ihn. Noch während der laufenden Beschwerdefrist von dreissig Tagen nahm es die mithin noch nicht rechtskräftige Verfügung vom 29. Januar 2009 zurück und erliess am 13. Februar 2009 eine neue Verfügung, mit der es die Eintragung der Lizenz widerrief.
2.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann eine materiell unrichtige Verfügung nach Ablauf der Rechtsmittelfrist unter bestimmten Voraussetzungen zurückgenommen werden. Danach sind das Interesse an der richtigen Durchführung des objektiven Rechts und dasjenige an der Wahrung der Rechtssicherheit gegeneinander abzuwägen. In der Regel geht das Postulat der Rechtssicherheit dem Interesse an der Durchsetzung des objektiven Rechts vor und ist ein Widerruf nicht zulässig, wenn durch die Verwaltungsverfügung ein subjektives Recht begründet worden oder die Verfügung in einem Verfahren ergangen ist, in dem die sich gegenüberstehenden Interessen allseitig zu prüfen und gegeneinander abzuwägen waren, oder wenn der Private von einer ihm durch die Verfügung eingeräumten Befugnis bereits Gebrauch gemacht hat. Diese Regel gilt allerdings nicht absolut; auch in diesen drei Fällen kann ein Widerruf in Frage kommen, wenn er durch ein besonders gewichtiges öffentliches Interesse geboten ist (BGE 121 II 273 E. 1a/aa S. 276). Einzubeziehen sind alle Aspekte des Einzelfalls. Für den Ausgang der Güterabwägung kann insbesondere eine Rolle spielen, wie lange ein gesetzwidriger Zustand schon dauert oder noch andauern würde (Urteil des Bundesgerichts 1C_43/2007 vom 9. April 2008 E. 5.3 nicht publ. in: BGE 134 II 142, aber in: URP 2008 S. 576 ff., 587).
Interventionen vor Ablauf der Rechtsmittelfrist sind hingegen nicht denselben (strengen) Voraussetzungen unterworfen, wie sie für den Widerruf formell rechtskräftiger Verfügungen gelten. Massgebend hierfür ist die Überlegung, dass das Gebot der Rechtssicherheit und der Vertrauensgrundsatz bis zum Eintritt der formellen Rechtskraft der Verfügung nicht die gleiche Bedeutung haben können wie nach diesem Zeitpunkt. In der Regel darf die Behörde daher, ohne dass besondere Voraussetzungen erfüllt sein müssen, auf eine unangefochtene Verfügung zurückkommen, solange die Rechtsmittelfrist nicht abgelaufen ist (BGE 134 V 257 E. 2.2 S. 261; 121 II 273 E. 1a/aa S. 276 f. mit Hinweisen; vgl. auch BGE 129 V 110 E. 1.2.1; ANNETTE GUCKELBERGER, Der Widerruf von Verfügungen im schweizerischen Verwaltungsrecht, ZBl 6/2007 S. 293 ff., S. 309 f.; KÖLZ/HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., 1998, Rz. 423; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., 2006, Rz. 995; IMBODEN/RHINOW/KRÄHENMANN, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband 1990, Nr. 41, S. 121; vgl. auch Art. 58 Abs. 1 VwVG [SR 172.021], wonach die Behörde ihre angefochtene, formell noch nicht rechtskräftige Verfügung während eines hängigen Beschwerdeverfahrens zurücknehmen und durch eine neue ersetzen kann).
Von diesen Grundsätzen lässt sich die Rechtsprechung auch beim Widerruf von Eintragungen in den Registern des gewerblichen Rechtsschutzes leiten (Urteil 4A.3/1994 vom 11. Juli 1994 E. 4).
2.2 Vorliegend war die zurückgenommene Verfügung vom 29. Januar 2009 betreffend Eintragung der Lizenz noch nicht rechtskräftig. Der Widerruf war demnach an keine besonderen Voraussetzungen gebunden. Daran ändert - entgegen der Meinung der Vorinstanz - nichts, dass die Verfügung bereits vollzogen war, indem die Eintragung vorgenommen worden war. Solange eine Verfügung nicht formell rechtskräftig ist, kann der daraus Berechtigte keine Vertrauensstellung in dem Sinn ableiten, dass die Verfügung nicht mehr widerrufen werden könnte. Die Vertrauenslage ist nicht anders, als wenn im Zuge der Gutheissung eines ausserordentlichen Rechtsmittels ohne aufschiebende Wirkung ein angefochtener, aber mangels Suspensiveffekts des Rechtsmittels bereits vollzogener Entscheid aufgehoben wird. Auch in diesem Fall kann sich der vom Entscheid Begünstigte der Aufhebung nicht widersetzen mit der Begründung, der Entscheid sei schon vollzogen worden. Freilich dürfte eine durch Beschwerde mit aufschiebender Wirkung (Art. 55 VwVG) anfechtbare Verfügung nicht schon vollzogen werden (Art. 39 lit. b VwVG; REGINA KIENER, in: Auer/Müller/ Schindler, Kommentar zum VwVG, 2008, N. 2 zu Art. 55 VwVG). Der vorliegend dennoch bereits erfolgte Vollzug bewirkte aber nicht den Eintritt der formellen Rechtskraft und beseitigte die Anfechtbarkeit der Verfügung vom 29. Januar 2009 nicht. Die Beschwerdegegnerin kann sich daher nicht auf den Schutz ihres Vertrauens in den Bestand der Verfügung berufen. Das IGE war mithin berechtigt, die Verfügung vom 29. Januar 2009 vor Eintritt der formellen Rechtskraft zurückzunehmen und durch eine neue zu ersetzen. Einer Abwägung des Interesses an der richtigen Durchführung des objektiven Rechts und desjenigen an der Wahrung der Rechtssicherheit, wie sie für den Widerruf formell rechtskräftiger Verfügungen vorzunehmen ist, bedurfte es nicht. Dies hat die Vorinstanz verkannt, indem sie eine Interessenabwägung verlangte, wobei sie erst noch auf eine Abwägung der Interessen der beiden involvierten privaten Parteien abstellte und nicht das Interesse an der richtigen Durchführung des objektiven Rechts demjenigen an der Wahrung der Rechtssicherheit gegenüberstellte.
Selbst wenn der Beschwerdegegnerin - wegen des bereits erfolgten Vollzugs der Verfügung - eine gewisse Rechtssicherheitsposition zuzugestehen und für einen Widerruf eine Interessenabwägung vorauszusetzen wäre, müsste in casu die Zulässigkeit des Widerrufs bejaht werden. Zum einen bestand die Eintragung erst wenige Tage und hätte somit noch keine gefestigte Vertrauensgrundlage bilden können. Vor allem aber erwirkte die Beschwerdegegnerin die Eintragung gestützt auf unvollständige Angaben, indem sie den Lizenzvertrag aus dem Jahre 2001 einreichte und dabei verschwieg, dass dieser vom Lizenzgeber widerrufen bzw. gekündigt worden war. Die Einwirkung auf die Verfügung durch unvollständige oder unrichtige Angaben stellt eine Konstellation dar, in der typischerweise die Gesetzmässigkeitsinteressen überwiegen (TSCHANNEN/ZIMMERLI/MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., 2009, S. 297).
2.3 Zusammenfassend folgt, dass das IGE berechtigt war, die Verfügung vom 29. Januar 2009 zurückzunehmen und durch die neue vom 13. Februar 2009 zu ersetzen.
3. Damit stellt sich die weitere Frage, ob die neu getroffene Verfügung vom 13. Februar 2009, mithin die Verweigerung der beantragten Eintragung der Lizenz, rechtens war.
Das IGE begründet die Verweigerung damit, dass die vom Patentinhaber vorgebrachten Tatsachen darauf schliessen liessen, dass der Lizenzvertrag zur Zeit der Einreichung beim IGE am 28. Januar 2009 aufgrund des Rücktritts des Patentinhabers vom Vertrag nicht mehr rechtswirksam gewesen sei. Daher könne gestützt darauf die Lizenz nicht eingetragen werden. Die Eintragung einer Lizenz setze das Einverständnis des Patentinhabers voraus. Der Lizenznehmer habe kein Recht auf Eintragung, sondern lediglich einen selbständig einklagbaren Anspruch gegen den Lizenzgeber.
Die Vorinstanz vertritt demgegenüber die Ansicht, dass die Vorlage des Lizenzvertrags als Voraussetzung für die Eintragung ausreiche. Die ausdrückliche Zustimmung des Lizenzgebers sei nicht verlangt. Der Lizenzvertrag diene als Beleg für das Bestehen der Lizenz, die als solche den Anspruch des Lizenznehmers auf Vormerkung begründe. Die Vormerkung einer Lizenz sei bereits dann vorzunehmen, wenn die Lizenz unstrittig zustande gekommen sei und an ihrer vom Lizenzgeber eingewendeten seitherigen Aufhebung erhebliche Zweifel bestünden.
3.1 Die Eintragung von Lizenzen an Patenten im Patentregister ist in der Gesetzgebung nur rudimentär geregelt. Art. 34 Abs. 3 PatG [SR 232.14] bestimmt: "Gegenüber einem gutgläubigen Erwerber von Rechten am Patent sind entgegenstehende Lizenzen unwirksam, die im Patentregister nicht eingetragen sind." Das Gesetz beschränkt sich mithin darauf, die grundsätzliche Möglichkeit zur Eintragung von Lizenzen an Patenten vorzusehen und die Wirkung der Eintragung zu regeln.
Zum Eintragungsverfahren bestimmt Art. 105 Abs. 2 PatV [SR 232.141], dass die Lizenz durch eine schriftliche Erklärung des (bisherigen) Patentinhabers oder Anmelders oder durch eine andere genügende Beweisurkunde nachgewiesen werden muss. Art. 106 PatV verlangt zur Löschung einer eingetragenen Lizenz auf Antrag des Patentinhabers eine ausdrückliche Verzichtserklärung des Lizenznehmers.
Nicht geregelt ist namentlich, wer die Vormerkung einer Lizenz beantragen kann, ob die Vorlage des Lizenzvertrags ausreicht oder ob die ausdrückliche Zustimmung des Patentinhabers erforderlich ist und insbesondere, wie der Registerführer vorzugehen hat, wenn umstritten ist, ob ein eingereichter Lizenzvertrag (noch) rechtsgültig ist.
3.2 Die Eintragung der Lizenz wirkt im Innenverhältnis zwischen Patentinhaber und Lizenznehmer bloss deklaratorisch, das heisst das Entstehen der Lizenz ist nicht von der Eintragung abhängig (BLUM/ PEDRAZZINI, Das schweizerische Patentrecht, Band II, 2. Aufl., 1975, Anm. 109b zu Art. 34 PatG; ROLAND VON BÜREN, Der Lizenzvertrag, in: SIWR, Band I/1, 2002, S. 334; RETO M. HILTY, Lizenzvertragsrecht, 2001, S. 323; MATTHIAS REY, Der Gutglaubenserwerb im Immaterialgüterrecht, 2009, S. 238). Im Aussenverhältnis jedoch verstärkt die Eintragung die Rechtsstellung des Lizenznehmers, indem der Erwerber des Patents dem eingetragenen Lizenznehmer die Nutzung des Patents nach Massgabe des Lizenzvertrags gestatten muss (BLUM/ PEDRAZZINI, a.a.O., Anm. 109c zu Art. 34 PatG; VON BÜREN, a.a.O., S. 334 f.; HILTY, a.a.O., S. 325; K. SPOENDLIN, Unklare Rechtswirkungen des Patentregisters, SMI 1978 I S. 166 ff., S. 173; hier kann offen bleiben, ob die Eintragung den Lizenznehmer auch gegenüber späteren Lizenznehmern schützt [vgl. dazu etwa BLUM/PEDRAZZINI, a.a.O., Anm. 109d zu Art. 34 PatG]). Daraus erhellt, dass der Patentinhaber durch die Eintragung der Lizenz im Aussenverhältnis insofern eine Belastung erfährt, als die Veräusserbarkeit seines Patentes mit Blick auf die vorgemerkte Lizenz erschwert wird (HILTY, a.a.O., S. 323 ff.). In casu ist denn auch aktenkundig, dass ein Kaufinteressent die Verhandlungen abbrach, nachdem er von der eingetragenen exklusiven Lizenz zugunsten der Beschwerdegegnerin Kenntnis erhalten hatte. Aus der Belastung des Patentinhabers durch die Eintragung folgt, dass seine Zustimmung zum Registereintrag vorliegen muss. Wenn die Vorinstanz aus dem Sicherungszweck der Eintragung einer Lizenz nach Art. 34 Abs. 3 PatG einen Anspruch des Lizenznehmers auf Vormerkung ohne Einverständnis des Patentinhabers ableiten will, so kann dem nicht gefolgt werden. Diese Meinung lässt die Auswirkung der Lizenzeintragung im Aussenverhältnis, namentlich die damit verbundene Belastung des Patentinhabers durch eine erschwerte Verfügbarkeit seines Patents, ausser Acht und kann sich nicht auf Art. 34 Abs. 3 PatG stützen.
Anders als die Regelung zur Eintragung einer Markenlizenz, die auf Antrag "eines Beteiligten" (Art. 18 Abs. 2 MSchG [SR 232.11]; dazu LUCAS DAVID, Kommentar zum MSchG, N. 11 zu Art. 18 MSchG) bzw. des Markeninhabers oder des Lizenznehmers (Art. 29 Abs. 1 MSchV [SR 232.111]) erfolgen kann, schweigt sich die Regelung betreffend Eintragung einer Lizenz an einem Patent über die Antragsberechtigung aus. Art. 105 Abs. 2 PatV verleiht dem Lizenznehmer kein selbständiges Antragsrecht. Andererseits wird nicht ausgeschlossen, dass das IGE ein vom Lizenznehmer gestelltes Gesuch auf Eintragung der Lizenz entgegennimmt. Tritt jedoch der Lizenznehmer als Antragsteller auf, muss er sich nach dem vorstehend Ausgeführten auf das Einverständnis des Lizenzgebers stützen können (in diesem Sinn BLUM/ PEDRAZZINI, a.a.O., Anm. 110 zu Art. 34 PatG und wohl auch VON BÜREN, a.a.O., S. 337). Er muss daher zweifelsfrei nachweisen, dass der Patentinhaber mit dem Eintrag einverstanden ist. Hierzu genügt entgegen der Vorinstanz die Vorlage des Lizenzvertrags allein nicht (ohne Begründung a.A. REY, a.a.O., S. 238), da dessen gültiges Zustandekommen oder dessen Fortbestand streitig sein kann und überdies mit dem Nachweis des Fortbestands der Lizenz noch nicht dargetan ist, dass der Patentinhaber mit deren Eintrag im Register einverstanden ist. Der Lizenzvertrag reicht daher grundsätzlich nicht als "andere genügende Beweisurkunde" im Sinne von Art. 105 Abs. 2 PatV aus. Nichts anderes folgt aus der von der Vorinstanz angeführten Literaturstelle (LUKAS BÜHLER/SONIA BLIND BURI, Entstehung des Patents, in: SIWR, Band IV, 2006, S. 263). Die genannten Autoren führen in Übereinstimmung mit Art. 105 Abs. 2 PatV aus, es könne anstelle der schriftlichen Erklärung des Patentinhabers auch eine andere Beweisurkunde eingereicht werden, aus der die Einräumung von Nutzungsrechten hervorgehe. Es ist klar, dass eine Lizenz nur eingetragen werden kann, wenn sie effektiv besteht. Der Lizenzvertrag genügt aber für sich allein nicht zum Beweis des Bestehens der Lizenz, da - wie ausgeführt - dessen Zustandekommen oder Fortbestand streitig sein kann. Wird vom antragstellenden Lizenznehmer bloss ein Exemplar eines Lizenzvertrags vorgelegt, bedarf es darüber hinaus der Zustimmung des Patentinhabers zur Eintragung. Diese darf namentlich als konkludent erteilt betrachtet werden, wenn dem Patentinhaber vom IGE Gelegenheit eingeräumt worden ist, zum Eintragungsgesuch Stellung zu nehmen und er sich diesem nicht widersetzt. Ob und gegebenenfalls unter welchen Voraussetzungen die Zustimmung auch ohne Anhörung des Patentinhabers als erteilt betrachtet werden darf, wenn die Eintragung im vorgelegten Lizenzvertrag selbst vereinbart wurde (hierzu: HILTY, a.a.O., S. 306) oder eine separate Urkunde vorgelegt wird, in der der Patentinhaber sein Einverständnis zur Eintragung erklärt, ist hier nicht zu entscheiden.
Bietet der Lizenzgeber nicht Hand zur Eintragung auf Antrag des Lizenznehmers, bleibt diesem nur der Weg über eine Klage (HILTY, a.a.O., S. 307). Entgegen der Ansicht der Vorinstanz besitzt der Lizenznehmer kein eigenständiges Recht auf Eintragung, sondern lediglich einen selbständig einklagbaren Anspruch gegen den Lizenzgeber (BLUM/PEDRAZZINI, a.a.O., Anm. 109c zu Art. 34 PatG; VON BÜREN, a.a.O., S. 335; WERNER STIEGER, Zur Beendigung des Lizenzvertrages nach schweizerischem Recht, sic! 1/1999 S. 3 ff., S. 7 Fn. 34). Er kann sein Sicherungsinteresse hinreichend wahrnehmen, indem er die Möglichkeit hat, beim zur Durchsetzung dieses Anspruchs angerufenen Zivilgericht die Anordnung vorsorglicher Massnahmen zu beantragen.
3.3 Aus dem oben Gesagten folgt, dass der Patentinhaber in das Eintragungsverfahren auf Antrag des Lizenznehmers grundsätzlich einzubeziehen ist, damit er seinen Standpunkt einbringen kann, und ihm jedenfalls die Verfügung über den Eintrag der Lizenz zu eröffnen ist. Bei Streitigkeiten über Bestand oder Fortbestand der Lizenz muss eine Eintragung unterbleiben, da es nicht Aufgabe des Registerführers sein kann, den Bestand bzw. Fortbestand des Lizenzvertrags zu prüfen. Solche Vertragsstreitigkeiten sind vom Zivilrichter zu entscheiden.
3.4 Die Verfügung des IGE vom 29. Januar 2009 war mithin in doppelter Hinsicht ursprünglich fehlerhaft. Einerseits wurde das rechtliche Gehör des Patentinhabers (A._) verletzt, indem dieser gar nicht in das Verfahren einbezogen wurde und ihm die Verfügung nicht eröffnet wurde. Die Beschwerdegegnerin unterliess es, das IGE darüber zu unterrichten, dass der Fortbestand des eingereichten Lizenzvertrags aus dem Jahre 2001 streitig war. Als Folge davon erging die Verfügung gestützt auf einen unvollständig abgeklärten Sachverhalt, indem einzig auf den (angeblich bestehenden) Lizenzvertrag abgestellt wurde und Zweifel an dessen Fortbestand unberücksichtigt blieben. Andererseits lag die Zustimmung des Patentinhabers zur Eintragung nicht vor.
Bei dieser Sachlage hätte die Lizenz nicht eingetragen werden dürfen und der Widerruf der Lizenzeintragung durch die Verfügung vom 13. Februar 2009 erfolgte auch materiell zu Recht, nachdem sich herausgestellt hatte, dass der Patentinhaber sich dem Eintrag widersetzt. Der gegenteilig lautende Entscheid der Vorinstanz erweist sich als bundesrechtswidrig. Die von der Vorinstanz mit Zwischenverfügung vom 24. März 2009 angeordnete und mit dem angefochtenen Urteil bestätigte Eintragung der ausschliesslichen Lizenz für die europäischen Patente Nr. 1._ und 2._ ist zu löschen.
4. Die Beschwerde ist begründet und demnach gutzuheissen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem IGE ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 7. Juli 2009 wird aufgehoben.
Das IGE wird angewiesen, die Eintragung der ausschliesslichen Lizenz für die europäischen Patente Nr. 1._ und 2._ zu löschen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, A._ und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. November 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer