Sachverhalt:
A. B._, geboren 1974, war vom 15. April 2002 bis 31. Januar 2003 als Personalassistentin in der Firma V._ angestellt. Gestützt auf dieses Arbeitsverhältnis war sie bei der Vorsorgestiftung X._ (nachfolgend: Stiftung) berufsvorsorgeversichert. Am 22. November 2002 meldete sie sich unter Hinweis auf schwere Depressionen, einen ausgeprägten Reiz-Magen-Darm und eine Schulterverletzung zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Nach Vornahme beruflicher und medizinischer Abklärungen sprach ihr die IV-Stelle Basel-Stadt mit Wirkung ab 1. Oktober 2003 bei einem Invaliditätsgrad von 50 % eine halbe Rente zu (Verfügungen vom 29. April und 12. Mai 2005).
Die Stiftung erhob dagegen Einsprache und rügte, der Beginn der eingeschränkten Arbeitsfähigkeit sei nicht auf den 4. Oktober 2002 festzulegen, sondern entweder auf den Zeitpunkt des Maturaabschlusses (1994) oder auf den 23. Mai 2003, wie er von den Fachärzten FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, Dres. med. W._, behandelnder Arzt, und H._ attestiert worden war (Arztbericht vom 24. April 2004 sowie Expertise und Ergänzung vom 17. Januar/ 8. März 2005). Da B._ an beiden Stichdaten nicht bei der Stiftung versichert gewesen sei, könne eine berufsvorsorgerechtliche Leistungspflicht nicht gegeben sein; es bestehe darum ein schutzwürdiges Interesse der Stiftung an der Änderung der Verfügungen. Mit Einspracheentscheid vom 27. Oktober 2005 befand die IV-Stelle, zur Festlegung des Beginns der Arbeitsunfähigkeit seien weitere Abklärungen notwendig.
Nach Einholung eines Gutachtens der MEDAS (vom 2. August 2007) und Durchführung des Vorbescheidverfahrens legte die IV-Stelle den Zeitpunkt des Eintritts der anspruchserheblichen Arbeitsunfähigkeit neu auf den 1. November 2002 fest, und entsprechend den Leistungsbeginn auf den 1. November 2003 (Verfügung vom 22. November 2007).
B. Nach Beiladung der Versicherten und Durchführung einer Verhandlung mit mündlicher Beweisabnahme und Urteilsberatung hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt die hiegegen von der Stiftung eingereichte Beschwerde gut; es hob die Verfügung vom 22. November 2007 auf und wies die Sache zur Ausrichtung einer halben Rente ab 1. Mai 2004 an die IV-Stelle zurück (Entscheid vom 22. Oktober 2008).
C. B._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des kantonalen Entscheides und Feststellung der Richtigkeit der Verfügung vom 22. September 2007.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat im Dispositiv ihres Entscheides die Sache im Sinne der Erwägungen an die Verwaltung zurückgewiesen. In den Erwägungen hat sie festgelegt, dass die halbe Rente ab 1. Mai 2004 auszurichten sei. Die Rückweisung dient damit nur noch der mechanischen Umsetzung. Somit liegt in der Sache ein Endentscheid (Art. 90 BGG) vor und nicht ein Zwischenentscheid (Art. 93 BGG; vgl. BGE 134 II 124 E. 1.3; Urteil 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 [SVR 2008 IV Nr. 39], E. 1.1). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
3. Streitig ist, wann das Wartejahr bis zum Aufleben des Anspruchs auf die halbe Rente der Invalidenversicherung zu laufen begann; die Beschwerdeführerin macht geltend, durch den angefochtenen Entscheid sei der Beginn zu ihrem Nachteil verschoben worden; dies habe auch zur Folge, dass die Stiftung keine BVG-Rente auszurichten hätte.
4. Die Vorinstanz hat korrekt festgestellt, dass der behandelnde Psychiater Dr. med. W._ im Bericht vom 24. April 2004 den Eintritt einer 50-prozentigen Arbeitsunfähigkeit aus psychischen Gründen auf den 23. Mai 2003 festgelegt hatte und in seiner Stellungnahme vom 17. März 2008 dabei blieb; für die Zeit davor bescheinigte er keine längere Arbeitsunfähigkeit. Der Gutachter Dr. med. H._ hat den Beginn auch auf das erwähnte Datum festgelegt. Zum MEDAS-Gutachten hat die Vorinstanz zutreffend festgestellt, dass darin der 1. November 2002 deshalb als Zeitpunkt des mutmasslichen Beginns der zu 50 % reduzierten Arbeitsfähigkeit angegeben worden sei, weil im November 2002 laut Auskunft im Arbeitgeberfragebogen eine Arbeitsunfähigkeit bestanden habe. Dabei habe der Gutachter verkannt, dass die Beschwerdeführerin im Oktober 2002 bereits krankheitsbedingt am Arbeitsplatz gefehlt habe, ihr hingegen von Dezember 2002 bis Mai 2003 keine Arbeitsunfähigkeit bescheinigt worden sei, und sie vom 2. Dezember 2002 bis 31. Januar 2003 ohne krankheitsbedingte Absenzen ein Vollzeitpensum bewältigt habe. Die Vorinstanz hat daraus korrekt geschlossen, dass die im Oktober/November 2002 bestandene Arbeitsunfähigkeit dadurch wesentlich unterbrochen wurde (Art. 29ter IVV), und erst am 23. Mai 2003 die ein Jahr später zum Rentenanspruch führende Arbeitsunfähigkeit eintrat.
5. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG erledigt wird.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Februar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz