Fatti:
A. Il 14 dicembre 2004 B._SA, in qualità di locatrice, e A._SA, in qualità di conduttrice, hanno concluso un contratto di locazione avente per oggetto un motel e un ristorante, con effetto a partire dal 1° gennaio 2005.
Il contratto, di durata indeterminata e disdicibile con un preavviso di 6 mesi per la scadenza del 31 dicembre di ogni anno, la prima volta per il 31 dicembre 2005, prevedeva una pigione annuale di fr. 360'000.--, pagabile in rate mensili anticipate di fr. 30'000.--.
B. L'attuale controversia trae origine dalla disdetta del contratto di locazione notificata dalla locatrice il 19 dicembre 2005 per il 31 dicembre 2006.
B.a Adito dalla conduttrice, il 13 giugno 2006 il competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione ha confermato la validità della disdetta e concesso una protrazione del contratto fino al 31 dicembre 2007.
B.b Ambedue le parti si sono quindi rivolte alla Pretura della giurisdizione di Locarno-Campagna: la conduttrice onde ottenere l'annullamento della disdetta e, se del caso, la concessione di una protrazione unica di quattro anni, rispettivamente di una prima protrazione di tre anni; la locatrice auspicando che non fosse ammessa nessuna protrazione.
Congiunte per l'istruttoria, le due procedure sono sfociate in un unico giudizio, del 12 luglio 2007, con il quale il Pretore ha respinto la domanda di annullamento della disdetta e confermato la decisione dell'Ufficio di conciliazione di concedere una protrazione del contratto fino al 31 dicembre 2007. La tassa di giustizia di fr. 20'000.-- e le spese di fr. 195.-- sono state poste a carico di A._SA, con l'obbligo di rifondere alla B._SA fr. 28'500.-- per ripetibili.
B.c L'impugnativa presentata dalla conduttrice contro questo giudizio è stata parzialmente accolta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.
Con sentenza del 3 marzo 2008 la massima istanza ticinese ha riformato la pronunzia di primo grado concedendo a A._SA "una prima protrazione del contratto di locazione di 2 anni, fino al 31 dicembre 2008"; le conclusioni pretorili in merito alla validità della disdetta e all'ammontare della tassa di giustizia, contestate dalla conduttrice, sono state invece condivise.
C. Il 17 marzo 2008 A._SA (conduttrice) è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile e ricorso sussidiario in materia costituzionale (4A_143/2008) volto a ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza impugnata nel senso dell'accoglimento dell'appello e, di conseguenza dell'annullamento della disdetta notificata il 19 dicembre 2005, rispettivamente dell'accoglimento della domanda subordinata tendente alla concessione di una protrazione unica di quattro anni o di una prima protrazione di tre anni, con riduzione della tassa di giustizia a "fr. 5'400.-- o a un massimo di fr. 7'000.-- o secondo giudizio del tribunale".
La domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è stata respinta il 21 aprile 2008.
Questo stesso giorno B._SA (locatrice), che non ha presentato una risposta al ricorso di controparte, è anch'essa insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile (4A_189/2008) teso alla modifica della sentenza impugnata nel senso della reiezione integrale dell'appello e, di conseguenza, della conferma della decisione di prima istanza.
Con osservazioni del 9 luglio 2008 A._SA ha proposto di respingere il ricorso di parte avversa.
L'autorità cantonale non si è determinata su nessuno dei due gravami.
Diritto:
1. Dato che i ricorsi presentati dalle parti sono rivolti contro la medesima sentenza, poggiano sul medesimo complesso di fatti e sollevano in sostanza le medesime questioni giuridiche, appare opportuno, per ragioni di economia procedurale, congiungere i due procedimenti ed evaderli con un'unica decisione.
2. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 462 consid. 2, 629 consid. 2).
2.1 In quanto emanata in una causa civile la sentenza cantonale può essere impugnata mediante il rimedio ordinario del ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 1 LTF).
Interposti tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalle parti della procedura cantonale, ambedue parzialmente soccombenti (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF), contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa concernente una controversia in materia di diritto di locazione il cui valore litigioso supera manifestamente fr. 15'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. a LTF), i ricorsi risultano ricevibili.
2.2 Dato che il 31 dicembre 2008 la prima proroga di due anni concessa dal Tribunale d'appello è giunta a scadenza, ci si deve invero chiedere se la locatrice - la quale nel suo ricorso in materia civile ha proposto di confermare la decisione pretorile di concedere una proroga di un anno, fino al 31 dicembre 2007 - possa tuttora vantare un interesse giuridicamente protetto all'annullamento della decisione cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. b LTF).
La risposta è affermativa. La Corte cantonale ha lasciato aperta la questione di sapere se la protrazione concessa dal Pretore fosse unica e definitiva o solo prima, mentre la locatrice ha manifestamente dato per scontato che si trattasse di una protrazione unica e definitiva. Poiché la portata attribuita dalla locatrice alla decisione di primo grado non può essere esclusa, si deve ammettere l'esistenza di un suo interesse giuridicamente protetto a vederla confermata e, di conseguenza, ad ottenere un giudizio sul suo ricorso.
2.3 Dalla proponibilità del ricorso in materia civile, nell'ambito del quale può essere fatta valere anche la violazione dei diritti costituzionali, trattandosi di diritto federale (art. 95 lett. a LTF; DTF 133 III 446 consid. 3.1, 462 consid. 2.3), discende l'inammissibilità, d'acchito, del ricorso sussidiario in materia costituzionale presentato da A._SA. Giusta l'art. 113 LTF il Tribunale federale giudica infatti i ricorsi in materia costituzionale interposti contro le decisioni cantonali di ultima istanza solo qualora non sia aperta la via del ricorso ordinario di cui agli artt. 72-89 LTF.
3. La sentenza impugnata, che, come detto, ha parzialmente accolto l'appello della conduttrice, si divide in tre parti.
Nella prima parte il Tribunale d'appello ha esaminato gli argomenti addotti dalla conduttrice per contestare la validità della disdetta, a suo modo di vedere contraria alle regole della buona fede (art. 271 CO), respingendoli. In quanto motivata dal mancato versamento del deposito di garanzia da parte della conduttrice, dalla volontà della locatrice di riprendere lei stessa la gestione e l'amministrazione dell'ente locato e dalle difficoltà della locatrice a capire chi si celasse dietro la società, la disdetta è stata infatti ritenuta legittima.
Nella seconda parte della pronunzia impugnata sono stati quindi vagliati gli argomenti concernenti la protrazione della locazione (art. 272 segg. CO), con la conclusione che, tenuto conto degli effetti gravosi cagionati alla conduttrice dalla disdetta notificata dopo un solo anno dalla conclusione del contratto, è opportuno optare per la concessione di una prima protrazione - anziché di una proroga unica - per un periodo di due anni, fino al 31 dicembre 2008.
Da ultimo, è stata trattata la richiesta della conduttrice di ridurre da fr. 20'000.-- a fr. 6'000.-- l'importo della tassa di giustizia posta a suo carico nel giudizio di prima istanza. Anche su questo punto l'appello è stato disatteso. Rammentati i criteri di calcolo posti dall'art. 17 della Legge cantonale sulla Tariffa Giudiziaria (LTG) e l'ampio potere di apprezzamento di cui gode il giudice nella fissazione della tassa di giustizia, la massima istanza ticinese ha ritenuto che a fronte di un valore di causa di fr. 1'080'000.-- la decisione del giudice non può esser censurata.
4. Nell'allegato sottoposto all'esame del Tribunale federale la conduttrice contesta la sentenza cantonale nella sua integralità: essa si duole di un accertamento dei fatti inesatto da parte dell'autorità cantonale quo ai motivi all'origine della disdetta e le rimprovera di aver violato l'art. 271 CO negando il carattere abusivo della stessa; critica la decisione di limitare la durata della prima protezione a due anni; e, infine, invoca la violazione del divieto dell'arbitrio nell'applicazione del diritto cantonale, segnatamente dell'art. 17 LTG.
Dal canto suo, nella propria impugnativa la locatrice sostiene che la decisione dei giudici ticinesi di concedere una prima proroga di due anni viola l'art. 272 CO.
5. Il tenore degli argomenti sollevati nei due gravami impone di rammentare i principi che reggono il ricorso in materia civile, prima di confrontarsi con le singole censure.
5.1 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto così come determinato dall'art. 95 lett. a - lett. e LTF (diritto svizzero) e dall'art. 96 LTF (diritto estero).
Le norme di diritto cantonale sulla tariffa giudiziaria e la procedura civile non rientrano fra i motivi di ricorso elencati dall'art. 95 LTF. Dato che il diritto federale, esplicitamente menzionato dall'art. 95 lett. a LTF, include anche i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 446 consid. 3.1), è tuttavia possibile far valere la violazione del divieto dell'arbitrio - garantito dall'art. 9 Cost. - nell'interpretazione rispettivamente nell'applicazione del diritto cantonale, come già sotto l'egida dell'OG (DTF 133 III 462 consid. 2.3 pag. 466).
5.2 Giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF nell'allegato ricorsuale occorre spiegare in modo conciso i motivi per i quali l'atto impugnato viola il diritto. Se questa condizione è soddisfatta, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF; DTF 134 II 244 consid. 2.1).
Le esigenze di motivazione quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali sono più rigorose. Il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se il ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.2). Il campo di applicazione di questa norma corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali e valgono pertanto le regole di motivazione poste dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (DTF 133 III 638 consid. 2). Ne discende che l'allegato ricorsuale deve indicare chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati, precisando altresì in che consista tale violazione (DTF 134 II 244 consid. 2.2; 133 III 393 consid. 6).
5.3 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); giusta l'art. 105 cpv. 2 LTF può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere impugnato alle stesse condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF); occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). La parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata è tenuta a esporre in maniera circostanziata i motivi per i quali ritiene adempiute queste condizioni. Qualora venga fatto valere che nel quadro dell'accertamento dei fatti l'autorità cantonale ha violato il divieto dell'arbitrio, sancito dall'art. 9 Cost., la relativa censura deve ottemperare i requisiti di motivazione posti dall'art. 106 cpv. 2 LTF.
5.4 Occorre infine rammentare che dinanzi al Tribunale federale possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 393 consid. 3).
6. Come preannunciato, nella propria impugnativa la conduttrice ribadisce la richiesta tendente all'annullamento della disdetta significatale il 19 dicembre 2005, siccome contraria alle regole della buona fede (art. 271 CO).
6.1 Secondo la giurisprudenza, la disdetta è contraria alle regole della buona fede se non poggia su di un interesse degno di protezione e risulta essere una mera manovra vessatoria, se si fonda su motivi pretestuosi o costituisce una misura sproporzionata, considerati i legittimi interessi in gioco (DTF 132 III 737 consid. 3.4.2 pag. 744 con rinvii).
La legge non esige che la disdetta, per essere valida, debba essere motivata; se così richiesta, la parte che dà la disdetta è però tenuta a farlo (art. 271 cpv. 2 CO), in modo da permettere al destinatario della disdetta di valutare con cognizione di causa la situazione (DTF citato). Qualora vengano addotti più motivi, la disdetta è di principio valida se uno di questi non è abusivo (sentenza 4C.365/2006 del 16 gennaio 2007 consid. 3.2); al conduttore rimane tuttavia riservata la possibilità di dimostrare che il motivo non abusivo è solo secondario e mira a mascherare i veri motivi all'origine della disdetta, che sono invece abusivi (DTF 132 III 737 consid. 3.4.3 pag. 745; 120 II 31 consid. 4a pag. 33; David Lachat, Le bail à loyer, 2008, nota a piè di pagina n. 51 pag. 733; Raymond Bisang et al., Das schweizerische Mietrecht, 3a ed. 2008, n. 54 ad art. 271 CO e n. 80 ad art. 271a CO).
La determinazione dei motivi della disdetta attiene ai fatti (DTF 130 III 699 consid. 4.1 pag. 702 con rinvii).
6.2 Nella sentenza impugnata, la Corte cantonale ha passato in rassegna le ragioni in concreto addotte dalla locatrice a sostegno della disdetta, che la conduttrice ha contestato.
6.2.1 In primo luogo ha disatteso l'affermazione della conduttrice secondo cui non sarebbe stato adeguatamente provato il mancato versamento del deposito di garanzia, evocato dalla locatrice a sostegno della disdetta. A prescindere dal fatto che il mancato pagamento non è stato contestato in prima sede - ha osservato il Tribunale d'appello - il primo giudice ha ritenuto questa circostanza provata perché gli era nota, siccome già oggetto di una procedura esecutiva. La conduttrice non ha negato questo fatto nell'atto d'appello.
6.2.2 Contrariamente a quanto preteso dalla conduttrice - hanno proseguito i giudici ticinesi - una disdetta notificata allo scopo di riprendere la gestione e l'amministrazione dell'ente locato non è di per sé annullabile. Che tale provvedimento sia stato adottato per approfittare delle migliorie apportate dalla conduttrice e della clientela da lei acquisita non è stato provato.
6.2.3 Non si può nemmeno sostenere che la disdetta sia stata significata per puro malumore dell'amministratore unico della locatrice. In sede di interrogatorio formale egli ha infatti spiegato che non riusciva più a capire chi fosse la persona che prendeva le decisioni per la parte istante e il fatto di non sapere chi si celi dietro la società conduttrice in qualità di azionista, di non sapere dunque con chi si ha a che fare - fatto che ha trovato conferma nel corso dell'istruttoria - è oggettivamente suscettibile di problemi nel rapporto locativo. Del tutto infondato si è infine rivelato l'assunto della conduttrice secondo cui la disdetta sarebbe stata notificata per paura di rivalsa a seguito della mancata sistemazione dei numerosi difetti presenti nell'ente locato, la problematica dei difetti essendo divenuta d'attualità solamente dopo l'invio della disdetta.
6.2.4 In tali circostanze - hanno terminato i giudici - non si può ritenere che i motivi legittimi alla base della disdetta fossero meno rilevanti rispetto a quelli eventualmente abusivi. Donde la conferma della validità della disdetta.
6.3 Dinanzi al Tribunale federale la conduttrice contesta integralmente queste considerazioni.
6.3.1 Innanzitutto la Corte cantonale avrebbe accertato in maniera inesatta i fatti tenendo conto del mancato versamento del deposito di locazione quale motivo di disdetta, allorquando negli allegati introduttivi di causa la locatrice non si è mai richiamata a tale circostanza per giustificare la rescissione del contratto di locazione. È per questa ragione, spiega la conduttrice, che in prima sede essa non si era pronunciata su tale questione. Nelle osservazioni al ricorso di controparte essa aggiunge che, in ogni caso, diversamente da quanto asseverato nel giudizio querelato, il deposito di garanzia è stato versato, indi per cui chiede al Tribunale federale di integrare questo nuovo fatto e la ricevuta di pagamento che lo attesta.
6.3.1.1 Più che l'accertamento dei fatti, la critica riguarda l'applicazione del diritto processuale, la cui violazione non è però stata esplicitamente invocata. In sostanza, la conduttrice rimprovera infatti al Pretore - e al Tribunale d'appello che ne ha confermato la decisione - di aver superato i limiti del proprio giudizio e di aver violato il principio del contraddittorio tenendo conto di un motivo di disdetta del quale la locatrice non si era prevalsa negli allegati introduttivi di causa e sul quale la conduttrice non ha di conseguenza potuto esprimersi. Quest'affermazione non trova tuttavia nessun riscontro nella sentenza impugnata né la conduttrice pretende di aver già formulato identica critica dinanzi alle autorità cantonali. Dalla lettura della pronunzia cantonale si evince piuttosto che nell'atto d'appello essa si era limitata a sostenere che il mancato versamento del deposito di garanzia non era stato provato, senza pretendere che questa circostanza fosse estranea alla disdetta.
Si tratta quindi di un argomento che, oltre a non essere adeguatamente motivato nella misura in cui verte sull'applicazione del diritto processuale cantonale (cfr. quanto esposto al consid. 5.1 e 5.2), poggia su fatti nuovi, siccome proposti per la prima volta dinanzi al Tribunale federale, e pertanto inammissibili, non essendo ottemperati i requisiti posti dall'art. 99 cpv. 1 LTF per l'adduzione di nuovi fatti in questa sede (cfr. quanto esposto al consid. 5.4).
6.3.1.2 Contrariamente a quanto sembra voler far credere la conduttrice, l'indicazione del mancato versamento della garanzia quale motivo di disdetta non è comunque una trovata del giudice di primo grado. Nella pronunzia pretorile si legge infatti che "Con scritto dell'8 febbraio 2006, la locatrice [che non aveva motivato la disdetta notificata il 19 dicembre 2005] ha motivato la disdetta con il mancato rispetto da parte dell'inquilina del contratto di locazione, in particolare per il fatto che non è stato versato il deposito di garanzia". D'altro canto, come già detto, non risulta che prima di adire il Tribunale federale la conduttrice abbia mai preteso che la disdetta non fosse da ricondursi al mancato versamento del deposito di garanzia.
6.3.1.3 In queste circostanze non si può dare alcun seguito nemmeno alla sua richiesta di accludere agli atti la ricevuta comprovante l'avvenuto versamento del deposito di garanzia (art. 99 cpv. 1 LTF). La richiesta appare invero temeraria se si considera che la garanzia è stata pagata il 27 maggio 2008, ovvero dopo l'emanazione del giudizio impugnato.
6.3.1.4 Ne discende che le critiche mosse contro la decisione dei giudici ticinesi di tenere conto del mancato versamento della pigione quale motivo della disdetta del contratto di locazione sono inammissibili.
Si può comunque aggiungere che, come ritenuto dalla Corte cantonale, in quanto fondata sul mancato versamento del deposito della garanzia, la disdetta non può essere definita abusiva (Lachat, op. cit., n. 2.2.4 pag. 357; Bisang et al., op. cit., n. 21 ad art. 257 e CO).
6.3.2 In secondo luogo la conduttrice ribadisce che la disdetta dovrebbe venir annullata perché data allo scopo di riprendere la gestione e l'amministrazione dell'ente locato, approfittando delle migliorie e della clientela da lei acquisita. Contrariamente a quanto ritenuto dai giudici ticinesi nella sentenza impugnata, che hanno reputato non dimostrata quest'ultima circostanza, l'obiettivo (abusivo) della locatrice sarebbe palese: "appropriarsi bellamente della fiorente attività messa in piedi dalla conduttrice, a discapito di quest'ultima e a totale beneficio della locatrice, che non deve far altro che riprendere in proprio tutti i contratti stipulati con i dipendenti e fornitori".
6.3.2.1 La conduttrice intende qui censurare l'apprezzamento delle prove operato in sede cantonale, che ha indotto a negare il carattere speculativo della disdetta significata dalla locatrice. Così come formulata la censura risulta però d'acchito inammissibile per carente motivazione. A prescindere dal fatto che la conduttrice nemmeno si prevale esplicitamente di un accertamento dei fatti manifestamente inesatto o della violazione del divieto dell'arbitrio sancito dall'art. 9 Cost., in contrasto con quanto prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF (cfr. quanto esposto al consid. 5.2), essa dimentica che, qualora venga fatta valere la violazione del divieto dell'arbitrio nell'apprezzamento delle prove non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì si deve dimostrare, mediante un'argomentazione chiara e dettagliata, che la valutazione delle prove contenuta nella pronunzia criticata è manifestamente insostenibile (DTF 133 III 585 consid. 4.1 pag. 589; 130 I 258 consid. 1.3 pag. 262). Anche su questo punto gli argomenti ricorsuali si avverano dunque inammissibili.
6.3.2.2 Per il resto, si può osservare che l'autorità cantonale ha ragione quando afferma che una disdetta notificata per bisogno proprio non è abusiva, anche se il bisogno non è urgente sotto il profilo temporale. Questa circostanza gioca piuttosto un ruolo nel quadro del giudizio sulla protrazione (DTF 132 III 737 consid. 3.4.3 pag. 745).
6.3.3 Infine, la conduttrice ribadisce che, contrariamente a quanto stabilito nella sentenza impugnata, la disdetta sarebbe stata notificata per motivi non degni di protezione, segnatamente "malumori, incomprensioni o rappresaglie della locatrice" e non per il fatto che non si capiva chi si celasse dietro la società conduttrice, circostanza questa addotta dall'amministratore della controparte per la prima volta in occasione dell'interrogatorio formale.
La decisione di tenere conto di un motivo di disdetta espresso per la prima volta in sede di interrogatorio formale suscita effettivamente delle perplessità. La questione non necessita tuttavia di essere approfondita. Quand'anche la conduttrice avesse ottenuto ragione su quest'ultimo punto, infatti, la decisione cantonale non sarebbe comunque stata annullata giacché la disdetta della locatrice poggia in ogni caso su due motivi che non possono essere definiti abusivi.
6.4 In conclusione, confermando la decisione pretorile di respingere la richiesta tendente all'annullamento della disdetta, il Tribunale d'appello non ha violato il diritto federale.
Su questo punto il ricorso deve pertanto venire respinto nella misura in cui è ammissibile.
7. La seconda parte del ricorso della conduttrice verte sulla decisione della Corte cantonale di concedere una prima protrazione della locazione di due anni "al posto di una di tre o di un'unica e definitiva di quattro".
Anche la locatrice critica la decisione cantonale sulla protrazione. A suo modo di vedere, infatti, i giudici del Tribunale d'appello avrebbero dovuto semplicemente confermare la decisione del Pretore di concedere un'unica protrazione di un anno, fino al 31 dicembre 2007.
7.1 Giusta gli artt. 272 cpv. 1 e 272b cpv. 1 CO, se la fine della locazione produce per lui o la sua famiglia effetti gravosi, che non si giustificano nemmeno considerando gli interessi del locatore, il conduttore può esigere la protrazione della locazione di locali commerciali per una durata massima di sei anni; entro questi limiti possono essere accordate una o due protrazioni.
7.1.1 Sono considerati "effetti gravosi" le condizioni particolari che rendono impossibile o difficile trovare locali sostitutivi entro il termine fissato nella disdetta. Non sono tali, invece, i disagi inevitabilmente legati alla disdetta, che mediante una protrazione non vengono attenuati bensì solamente procrastinati (Lachat, op. cit., n. 3.2 pag. 771; Bisang et al., op. cit., n. 11 e 14 ad art. 272 CO).
7.1.2 Ai fini della decisione sulla protrazione il giudice pondera gli interessi delle parti tenendo conto, in particolare, dei fattori elencati all'art. 272 cpv. 2 CO - circostanze che hanno determinato la conclusione del contratto e contenuto del contratto (lett. a); durata della locazione (lett. b); situazione personale, familiare ed economica delle parti e loro comportamento (lett. c); eventuale fabbisogno del locatore o dei suoi stretti parenti od affini, come pure dell'urgenza di siffatto fabbisogno (lett. d); situazione sul mercato locale degli alloggi e dei locali commerciali (lett. e) - e dello scopo della protrazione, che mira appunto a concedere al conduttore del tempo per trovare un'adeguata soluzione alternativa o, perlomeno, ad attenuare i disagi che la disdetta gli cagiona (sentenza 4A_318/2008 dell'11 novembre 2008 consid. 2, destinata a pubblicazione; DTF 125 III 226 consid. 4b pag. 230).
7.1.3 Nella formazione del proprio giudizio il giudice gode di un ampio margine d'apprezzamento; egli decide secondo il diritto e l'equità (art. 4 CC).
Per giurisprudenza invalsa il Tribunale federale esamina con riserva l'esercizio del potere d'apprezzamento da parte dell'ultima istanza cantonale. Esso interviene, segnatamente, quando la decisione si scosta senza motivo dai principi stabiliti da dottrina e giurisprudenza in materia di libero apprezzamento e si fonda su fatti che nel caso particolare non avevano importanza alcuna, oppure, al contrario, quando non si è tenuto conto di elementi che avrebbero dovuto essere presi in considerazione. Il Tribunale federale sanziona inoltre le decisioni rese in virtù di un tale potere d'apprezzamento quando esse sfociano in un risultato manifestamente ingiusto o in un'iniquità scioccante (sentenze citate; cfr. anche DTF 133 III 201 consid. 5.4 pag. 211).
7.2 Venendo alla ponderazione degli interessi delle parti nel caso concreto, la Corte cantonale ha considerato, a favore della concessione della protrazione, che l'obbligo di lasciare l'ente locato dopo un solo anno dalla conclusione del contratto è indubbiamente tale da creare alla conduttrice effetti gravosi, che la disdetta significata sei mesi prima del termine annuale di preavviso previsto dal contratto non può dirsi notificata con largo anticipo e che la conduttrice risulta essersi adoperata per trovare locali alternativi, senza successo. La Corte ticinese ha invece negato ch'essa potesse in buona fede ritenere che la locazione sarebbe stata di lunga durata, considerato come il contratto prevedesse la possibilità di disdire l'accordo alla fine di ogni anno, e questo già dopo il primo anno. La conduttrice non può essere seguita - hanno proseguito i giudici cantonali - nemmeno laddove fa rientrare negli effetti gravosi l'eventualità che i suoi dipendenti o i suoi fornitori possano perdere il proprio posto di lavoro e l'eventuale perdita della clientela legata alla partenza dall'ente locato; lo stesso vale per gli abituali inconvenienti e contrattempi che sorgono alla fine di ogni relazione contrattuale, quali i costi del trasloco.
Per quanto riguarda gli interessi della locatrice, i giudici ticinesi hanno osservato ch'essa, pur avendo espresso l'intenzione di riprendere in proprio la gestione e l'amministrazione dell'ente locato, non ha addotto un bisogno urgente e che, in ogni caso, continua a percepire una pigione rilevante.
In queste circostanze la Corte cantonale ha reputato opportuno optare per la concessione di una prima protrazione - anziché di una proroga unica - per un periodo di due anni, fino al 31 dicembre 2008.
7.3 Prima di vagliare le critiche rivolte contro la decisione di protrazione, è ancora necessario rammentare che la ponderazione degli interessi in gioco giusta l'art. 272 CO non dev'essere confusa con l'apprezzamento delle prove, mediante il quale vengono accertati i fatti da tenere in considerazione nel quadro della ponderazione. La ponderazione degli interessi avviene infatti sulla base delle circostanze regolarmente accertate (Peter Higi in: Zürcher Kommentar, n. 136 ad art. 272 CO).
In altre parole, la critica della ponderazione dei rispettivi interessi effettuata dai giudici cantonali in applicazione dell'art. 272 CO non offre alle parti uno spazio per addurre nuovi elementi o criticare l'apprezzamento delle prove. Questa precisazione si impone perché nel caso in esame, nonostante il richiamo ai disposti del codice delle obbligazioni, ambedue le parti propongono una ponderazione degli interessi delle parti pressoché interamente basata su circostanze prive di riscontro nella sentenza impugnata o in contrasto con quelle in essa accertate.
7.4 La locatrice censura, ad esempio, l'affermazione secondo cui continua a percepire una pigione rilevante e non ha dimostrato un bisogno urgente di rientrare in possesso dell'ente locato. Essa precisa che la conduttrice non paga mai il canone d'affitto nei termini pattuiti, così come non paga le fatture della fornitura dell'acqua, costringendola a inviare diffide e ad avviare procedure esecutive per potere incassare quanto dovuto. La conduttrice non ritira nemmeno la corrispondenza, di modo che a più riprese, vista l'impossibilità di raggiungere la debitrice effettiva, i fornitori si sono rivolti direttamente alla locatrice. A mente della locatrice, queste circostanze bastano per giustificare l'esistenza di un suo interesse urgente alla rapida riconsegna dell'ente locato.
Sennonché, come anticipato, tali asserzioni non trovano nessun riscontro nella fattispecie accertata nel giudizio impugnato. Nella misura in cui la locatrice non contesta adeguatamente l'accertamento dei fatti eseguito in sede cantonale, né pretende che siano realizzate le condizioni poste dall'art. 99 LTF per poter addurre eccezionalmente nuovi fatti dinanzi al Tribunale federale (cfr. quanto esposto al consid. 5.4), questi suoi argomenti non possono essere tenuti in alcuna considerazione. Si osserva che, in ogni caso, l'accertamento secondo il quale essa percepisce la pigione, non è di per sé contestato.
7.5 Dal canto suo, la conduttrice rimprovera all'autorità giudiziaria cantonale di aver omesso di tenere debitamente conto - nella sua ponderazione degli interessi delle parti - delle risultanze probatorie da cui emerge che lasciare l'ente locato significa riorganizzare interamente un'attività che conta 300-500 avventori giornalieri (comprendente un hotel di 38 camere e un ristorante che accoglie 200 persone), assumere nuovo personale (sedici dipendenti), trovare altri fornitori e acquistare altro mobilio visto che attualmente usufruisce di quello messo a disposizione da controparte. Immaginare ch'essa possa fare tutto ciò entro il 31 dicembre 2008 è arbitrario, iniquo e manifestamente ingiusto così come è arbitrario affermare che il trasferimento di un simile grande commercio nell'ambito alberghiero e ristoratore sarebbe un abituale inconveniente e contrattempo che sorge alla fine di ogni relazione contrattuale.
7.5.1 Innanzitutto si osserva che l'argomentazione ricorsuale sembra misconoscere che alla conduttrice è stata concessa una prima protrazione di due anni, con possibilità di chiederne una seconda, e non una protrazione unica.
7.5.2 Per il resto, la sentenza cantonale non contiene effettivamente nessun accertamento in merito alle circostanze appena esposte. Va detto però che, stando a quanto emerge dalla lettura dell'atto impugnato - che a questo riguardo non viene criticato - in sede di appello la conduttrice aveva formulato la sua argomentazione in maniera diversa; al consid. 5 si legge infatti che a sostegno della richiesta di proroga essa aveva addotto gli effetti gravosi per i sedici dipendenti, i clienti e i fornitori, non invece per sé stessa.
A questo argomento l'autorità cantonale ha obiettato, a ragione, che l'eventualità che i dipendenti o i fornitori perdano il lavoro non costituisce un effetto gravoso per la conduttrice o la sua famiglia (Lachat, op. cit., n. 3.3. pag. 772; Higi, op. cit., n. 98 ad art. 272 CO). Può invero accadere che gli interessi dei terzi coincidano con quelli del conduttore, ad esempio qualora il conduttore non possa trovare nuovi dipendenti, rispettivamente fornitori, altrettanto qualificati di quelli attuali, i quali non sono disposti a seguirlo in un'altra località (Lachat, op. cit., n. 3.3. pag. 772; Bisang et al., op. cit., n. 40 ad art. 272 CO; Higi, op. cit., n. 99 ad art. 272 CO). Ma in concreto non risulta che la conduttrice abbia mai formulato affermazioni in tal senso, né essa lo pretende dinanzi al Tribunale federale, indi per cui non v'è motivo di rinviare la causa all'autorità ticinese per completare l'accertamento dei fatti su questo punto.
7.5.3 Tenuto conto di tutto quanto esposto non è davvero possibile sostenere che nella sua decisione la Corte ticinese abbia dato importanza a circostanze che manifestamente non ne avevano o che abbia pronunciato un giudizio scioccante.
Considerato che la disdetta è stata notificata il 19 dicembre 2005, i giudici del Tribunale d'appello hanno permesso alla conduttrice di beneficiare di un periodo di tre anni per pianificare il proprio trasferimento, lasciandole anche la possibilità di chiedere, se necessario, una seconda protrazione. Dal canto suo, la locatrice, che non ha fatto valere un bisogno personale urgente, continua a percepire la pigione.
7.6 Anche su questo punto la sentenza cantonale può quindi venire confermata, con conseguente reiezione dei due gravami, nella misura in cui ammissibili.
8. Resta da esaminare la censura della conduttrice in merito all'applicazione dell'art. 17 della Legge [del Cantone Ticino] sulla Tariffa Giudiziaria (LTG; RL 3.1.1.5).
8.1 Chiamata a rivedere la decisione del pretore in merito all'ammontare della tassa di giustizia di prima istanza, la massima istanza ticinese ha rammentato i limiti del proprio potere d'esame. Nell'ambito della fissazione della tassa di giustizia il giudice di primo grado gode in effetti di un ampio potere di apprezzamento che può essere censurato in appello solo in caso di eccesso o di abuso, ritenuto che qualora la stessa rientri fra i minimi e i massimi della tariffa non è data all'autorità di seconda istanza facoltà di modifica. Alla luce di questa prassi i giudici ticinesi hanno concluso di non poter intervenire in alcun modo nella fattispecie in rassegna, nella quale la tassa di giustizia è stata fissata in fr. 20'000.--, poiché il valore di lite ammonta a fr. 1'080'000.-- e l'art. 17 LTG prevede, in presenza di un valore litigioso da fr. 1'000'001.-- a fr. 2'000'000.--, una tassa di giustizia variabile tra fr. 5'000.-- e fr. 30'000.--.
8.2 La conduttrice, pur dando atto della prassi descritta nel giudizio impugnato, ritiene che la Corte cantonale avrebbe comunque dovuto procedere alla modifica della tassa di giustizia stabilita dal giudice nel caso concreto. Egli avrebbe infatti manifestamente abusato del proprio potere di apprezzamento ponendo a suo carico una tassa di giustizia di fr. 20'000.-- allorquando, adeguando la tassa di giustizia al valore di causa in maniera proporzionale, s'imponeva un importo vicino al minimo della categoria, compreso tra fr. 5'400.--e fr. 7'000.--.
8.3 Gli argomenti della conduttrice possono anche apparire sostenibili, ma non possono condurre all'accoglimento del gravame su questo punto.
Come esposto al consid. 5.1, l'applicazione delle norme di diritto cantonale sulla tariffa giudiziaria e sulla procedura civile non rientra fra i motivi di ricorso elencati dall'art. 95 LTF e può essere rivista solo sotto il ristretto profilo dell'arbitrio (art. 9 Cost). Giovi allora rammentare che, per giurisprudenza invalsa, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'art. 9 Cost. solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 132 III 209 consid. 2.1 con rinvii).
In concreto, la decisione della Corte cantonale di attenersi alla prassi secondo cui il giudice non commette abuso qualora la tassa di giustizia da lui fissata rientri tra i minimi e i massimi della tariffa, è del tutto sostenibile.
8.4 Anche su questo punto il ricorso della conduttrice si rivela dunque infondato.
9. In conclusione, ambedue i ricorsi devono essere respinti nella misura in cui sono ammissibili.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 e 2 LTF). Gli importi versati dalle parti a titolo di anticipo spese nei rispettivi ricorsi vengono pertanto posti a loro carico. Alla locatrice, che non ha presentato nessuna risposta al ricorso di controparte (4A_143/2008), non viene assegnata alcuna indennità per ripetibili della sede federale. Soccombente nella procedura ricorsuale da lei promossa (4A_189/2008), essa è per contro tenuta a rifondere alla conduttrice un'adeguata indennità per ripetibili della sede federale, avendo questa presentato un allegato di risposta con l'ausilio di un legale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Le cause 4A_143/2008 e 4A_189/2008 vengono congiunte.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale presentato da A._SA (4A_143/2008) è inammissibile.
3. Nella misura in cui sono ammissibili, i ricorsi in materia civile sono respinti.
4. Le spese giudiziarie sono poste a carico di A._SA in ragione di fr. 8'000.-- (4A_143/2008) e, per fr. 6'500.--, a carico di B._SA, con l'obbligo di rifondere a A._SA fr. 7'500.-- per ripetibili della sede federale (4A_189/2008).
5. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.