Fatti:
A. A.a A._ e B._ sono proprietari in comune della particella xxx di Z._, che confina a monte con la particella yyy di proprietà di C._. Sui fondi sorgono due case contigue. Quella di C._ consta di un piano cantina, di un piano terreno e di un piano superiore. Fino al 1974 tale piano superiore era accessibile solo passando da una scala in granito posta nello stabile di A._ e B._; da allora esso è raggiungibile anche per mezzo di una scala in legno creata all'interno dell'edificio di C._.
A.b Nell'ambito della procedura volta all'introduzione del registro fondiario definitivo a Z._, C._ ha notificato un diritto di passo pedonale tra il piano terreno e il piano superiore della sua casa lungo la scala in granito posta nello stabile di A._ e B._. Questi ultimi si sono opposti all'iscrizione della servitù. Con decisione 8 maggio 2002 la Sezione del registro fondiario e di commercio del Cantone Ticino ha accolto la notifica "ai sensi dei considerandi", ordinando l'iscrizione di un diritto di passo pedonale "limitato" - come risulta dai motivi della decisione - "a determinati bisogni particolari del fondo dominante a titolo integrativo del ricordato accesso interno, segnatamente trasporti, traslochi e passaggio di persone con difficoltà motorie".
A.c Tale decisione è stata impugnata davanti al Pretore del Distretto di Lugano da C._, la quale ha postulato l'iscrizione di un diritto di passo pedonale senza limitazioni, e da A._ e B._, i quali hanno chiesto la reiezione della notifica di servitù. Statuendo con sentenze 22 dicembre 2003, emesse in luogo e vece del Pretore, il Segretario assessore ha accolto l'istanza di C._ e respinto quella di A._ e B._.
Con decisione 11 aprile 2006 la I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha annullato le sentenze 22 dicembre 2003 e rinviato gli atti al primo giudice affinché verificasse l'esistenza di un interesse oggettivo da parte di C._ all'esercizio della servitù.
Statuendo nuovamente (su rinvio) il 28 aprile 2008 il Pretore del Distretto di Lugano ha confermato la decisione 8 maggio 2002 della Sezione del registro fondiario e di commercio.
B. In riforma della decisione pretorile 28 aprile 2008, con sentenza 29 febbraio 2012 la I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha ordinato l'iscrizione di una servitù di passo pedonale - senza limitazioni - sulla particella xxx in favore della particella yyy di Z._ "da esercitare tra il primo e il secondo piano sulla scala in pietra interna al fondo serviente".
C. Con ricorso in materia civile 4 aprile 2012 A._ e B._ sono insorti al Tribunale federale contro la sentenza 29 febbraio 2012, chiedendo in sostanza di riformarla nel senso di non iscrivere a registro fondiario definitivo la predetta servitù di passo pedonale. In via subordinata essi hanno postulato il rinvio della causa all'autorità inferiore affinché pronunci una nuova decisione ai sensi dei considerandi.
Con decreto presidenziale 1° maggio 2012 al ricorso è stato concesso l'effetto sospensivo. Con risposta 9 novembre 2012 C._ ha postulato la reiezione del ricorso sia in via principale sia in via subordinata. La Corte cantonale ha invece rinunciato a presentare osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 La tempestiva (combinati art. 46 cpv. 1 lett. a e 100 cpv. 1 LTF) impugnativa è stata proposta dalle parti soccombenti in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata su ricorso dall'autorità di ultima istanza del Cantone Ticino (art. 75 cpv. 1 e 2 LTF) in una causa civile (art. 72 cpv. 1 LTF) di natura pecuniaria, il cui valore litigioso supera la soglia di fr. 30'000.-- prevista dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF. Il ricorso in materia civile è pertanto in linea di principio ammissibile.
1.2 Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Nondimeno, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame, il Tribunale federale esamina solo le censure sollevate (DTF 137 III 580 consid. 1.3; 134 III 102 consid. 1.1). Nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto.
Le esigenze di motivazione sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali. II Tribunale federale esamina queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF. Ciò significa che il ricorrente deve indicare in modo chiaro e dettagliato con riferimento ai motivi della decisione impugnata in che modo sarebbero stati violati i suoi diritti costituzionali (DTF 134 II 244 consid. 2.2).
1.3 In linea di massima il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene o completarlo soltanto se è stato effettuato in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Se rimprovera all'autorità cantonale un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - ossia arbitrario (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2) - il ricorrente deve motivare la censura conformemente alle esigenze poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 136 II 304 consid. 2.5).
2. 2.1 La Corte cantonale ha precisato che la servitù di passo pedonale all'esame è stata acquisita per usucapione prima dell'entrata in vigore, il 1° gennaio 1912, del CC. Questo aspetto non è più contestato in questa sede.
Il Tribunale d'appello ha poi considerato che nella procedura volta all'impianto del registro fondiario definitivo, oltre ad accertare se una determinata servitù sia stata validamente acquisita, occorre pure determinare se tale servitù conservi un interesse per il proprietario del fondo dominante, ciò che "dipende, per analogia, dai criteri che presiedono all'art. 736 cpv. 1 CC in materia di cancellazione di servitù". Tale modo di procedere non è contestato dalle parti, ed è pure condiviso da PETER LIVER, giusta il quale nel registro fondiario non vanno iscritte servitù oramai senza interesse per il fondo dominante (PETER LIVER, Zürcher Kommentar, 1980, n. 89 ad art. 730 CC e n. 95 ad art. 736 CC).
2.2 In forza dell'art. 736 cpv. 1 CC - applicabile anche alle servitù costituite prima dell'entrata in vigore del CC (DTF 91 II 190 consid. 2 con rinvii) - quando una servitù abbia perduto ogni interesse per il fondo dominante, il proprietario del fondo serviente ne può chiedere la cancellazione. Secondo la giurisprudenza, tale interesse corrisponde all'interesse del proprietario del fondo dominante all'esercizio della servitù conformemente al suo oggetto ed al suo contenuto. A questo proposito fa stato il principio dell'identità della servitù, il quale impedisce di mantenere servitù per scopi diversi da quelli per cui tali servitù sono state costituite. Occorre pertanto esaminare se per il proprietario del fondo dominante sussista ancora un interesse ad esercitare la servitù conformemente al suo scopo originario. L'interesse del proprietario del fondo dominante va apprezzato sulla base di criteri oggettivi (DTF 130 III 554 consid. 2 con rinvii).
In concreto il Tribunale d'appello ha rilevato che lo scopo originario della servitù di passo all'esame era quello di raggiungere a piedi il piano superiore dello stabile posto sul fondo dominante (piano che fino al 1974 non beneficiava di altro accesso) e che la servitù è stata acquisita senza particolari limitazioni d'uso (ossia essa comprendeva anche il passaggio con oggetti voluminosi e di persone con difficoltà motorie). La costruzione della scala in legno interna nel 1974 non ha reso senza interesse tale scopo originario: se già la scala in granito posta sul fondo serviente adempie solo in parte i requisiti dell'Ufficio svizzero per la prevenzione degli infortuni, la scala in legno interna è completamente fuori norma e risulta insidiosa anche per normali utenti. Per la proprietaria del fondo dominante sussiste pertanto ancora un interesse oggettivo all'esercizio della servitù così com'è stata usucapita. La Corte cantonale ha quindi concluso che la servitù di passo pedonale va iscritta nel registro fondiario definitivo, e ciò senza essere soggetta ai limiti d'esercizio imposti dal Giudice di prime cure con giudizio 28 aprile 2008 con il quale ha confermato la decisione presa dalla Sezione del registro fondiario e di commercio.
3. 3.1 I ricorrenti considerano che la Corte cantonale, nel determinare se la servitù litigiosa abbia ancora un interesse per il fondo dominante, avrebbe violato i criteri dell'art. 736 cpv. 1 CC (applicati per analogia) ed avrebbe quindi concesso a torto l'iscrizione nel registro fondiario definitivo.
3.1.1 Essi sostengono, a più riprese, che la servitù all'esame costituirebbe un "diritto di passo (un tempo) necessario" nel senso dell'art. 694 CC e che si applicherebbe pertanto la giurisprudenza secondo la quale la servitù deve essere cancellata "nel momento in cui cessa la situazione di necessità, ovvero quando il proprietario del fondo dominante dispone di un accesso alla strada pubblica" (v. DTF 130 III 554 consid. 3.3), ciò che avverrebbe in concreto dal 1974 mediante la scala in legno creata all'interno dell'edificio dell'opponente.
La Corte cantonale ha stabilito che la servitù di passo pedonale litigiosa, acquisita per usucapione, permette il passaggio tra il primo ed il secondo piano dello stabile sito sulla particella di proprietà dell'opponente. Il fatto che tale servitù abbia la natura di un diritto di passo necessario nel senso dell'art. 694 CC, come fatto valere dai ricorrenti, non emerge invece dal giudizio impugnato. Già per questo motivo la censura si rivela inammissibile, perché è fondata su un fatto che non è stato accertato dall'autorità inferiore, senza che i ricorrenti tentino di dimostrare che siano date le condizioni che permettono al Tribunale federale di tenere conto di una fattispecie diversa da quella esposta nella sentenza impugnata (supra consid. 1.3).
3.1.2 I ricorrenti affermano poi che nessun elemento oggettivo porterebbe a credere che lo scopo originario della servitù di passo pedonale comprendesse anche la possibilità di eseguire traslochi e spostamenti di mobili ingombranti (atteso che si sarebbe sempre potuto far capo a mezzi meccanici, quali montacarichi mobili, o procedere allo smontaggio dei mobili) o di permettere l'accesso a persone con difficoltà motorie (dato che la configurazione della scala in granito non lo consentirebbe). A loro dire, scopo originario della servitù usucapita era unicamente quello di permettere l'accesso a piedi al piano superiore a normali utenti, funzione che sarebbe stata sufficientemente soddisfatta con la costruzione della scala interna in legno nel 1974. La servitù avrebbe, in altre parole, perduto ogni interesse per il fondo dominante.
La critica ricorsuale è fondata su semplici congetture: il fatto che lo scopo originario della servitù litigiosa non comprendesse la possibilità di eseguire traslochi e spostamenti di mobili o di permettere l'accesso a persone con difficoltà motorie ed il fatto che la scala interna in legno costruita nel 1974 copra in modo sufficiente la funzione esercitata dalla scala in granito non risultano infatti dagli accertamenti della sentenza impugnata, ma anzi li contraddicono. I ricorrenti però, ancora una volta, non si premurano di spiegare in maniera circostanziata il motivo che li induce a ritenere adempiuti i presupposti che permettono al Tribunale federale di non porre a fondamento della sua sentenza i fatti così come sono stati accertati dall'autorità inferiore (supra consid. 1.3). Anche questa censura si appalesa pertanto inammissibile.
3.2 Nell'eventualità in cui la servitù di passo pedonale debba essere iscritta a registro fondiario definitivo, i ricorrenti sostengono che il suo esercizio dovrebbe essere limitato ad una serie di possibilità d'uso.
Atteso che in concreto secondo la conclusione della Corte cantonale (che i ricorrenti non hanno saputo invalidare) per la proprietaria del fondo dominante sussiste ancora un interesse ad esercitare la servitù di passo pedonale all'esame conformemente al suo scopo originario - che non prevede particolari restrizioni nell'esercizio - non si giustifica seguire tale tesi ricorsuale. Essa non merita quindi maggior disamina e va respinta.
4. I ricorrenti si dolgono pure della violazione dell'art. 2 cpv. 2 CC. Ritengono che il Tribunale d'appello avrebbe protetto un abuso di diritto, perché il proprietario del fondo dominante, realizzando la scala interna in legno, "avrebbe potuto senz'altro procedere alla realizzazione di una scala di caratteristiche identiche (se non migliori)" rispetto a quella situata sul fondo serviente, sgravando così questo fondo ancora maggiormente.
Il manifesto abuso di un proprio diritto non è protetto dalla legge (art. 2 cpv. 2 CC). Questa regola permette al giudice di correggere gli effetti della legge in determinati casi in cui l'esercizio di un diritto causerebbe una manifesta ingiustizia. Sono le circostanze concrete del caso di specie a determinare se si sia in presenza di un abuso di diritto, traendo ispirazione dalle diverse categorie evidenziate dalla giurisprudenza e dalla dottrina. L'aggettivo "manifesto" utilizzato nel testo di legge evidenzia tuttavia che l'abuso di diritto va ammesso restrittivamente. Casi tipici sono l'assenza di un qualsiasi interesse all'esercizio di un proprio diritto, l'utilizzo di un istituto giuridico in modo contrario al proprio scopo, una manifesta sproporzione degli interessi in gioco e un atteggiamento contraddittorio (DTF 135 III 162 consid. 3.3.1 con rinvii).
La censura è invocata per la prima volta innanzi al Tribunale federale. L'art. 99 LTF esclude l'adduzione di nuovi fatti, mezzi di prova e conclusioni. Per contro, possono essere presentate nuove argomentazioni di diritto - quali l'abuso di diritto - se queste sono ancorate allo stato di fatto accertato dall'istanza inferiore (DTF 136 V 362 consid. 4.1 con rinvii). Nella fattispecie i fatti sui quali i ricorrenti fondano la tesi dell'abuso di diritto non sono deducibili dal giudizio impugnato. In particolare, non risulta affatto dalla sentenza cantonale che il proprietario del fondo dominante avesse la possibilità di realizzare sul suo fondo una scala di caratteristiche identiche o persino migliori rispetto a quella posta sul fondo dei ricorrenti. La censura di violazione dell'art. 2 cpv. 2 CC si appalesa pertanto inammissibile.
5. Da quanto precede discende che il ricorso, nella ridotta misura in cui risulta ammissibile, si rivela infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. I ricorrenti verseranno all'opponente la somma di fr. 3'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.