Sachverhalt:
A. B._, geboren 1950, erlitt am 27. August 2004 einen Unfall, bei welchem er sich am rechten Knie verletzte. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) sprach ihm eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 17 % zu. Am 6. Juni 2005 meldete sich B._ bei der IV-Stelle des Kantons Luzern zum Leistungsbezug an, welche ihm mit Vorbescheid vom 29. August 2008 mitteilte, das Rentenbegehren werde gestützt auf die Akten der SUVA abgelehnt. B._ liess bei der IV-Stelle des Kantons Zürich eine Stellungnahme einreichen. Diese leitete die Eingabe am 9. Oktober 2008 an die IV-Stelle des Kantons Luzern weiter, die mangels Eingang einer Stellungnahme innert Frist bereits am 6. Oktober 2008 im Sinne des Vorbescheids verfügt hatte.
B. B._ liess dagegen Beschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich einreichen. Darauf trat dieses am 24. November 2008 mangels Zuständigkeit nicht ein und überwies die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, welches die Beschwerde am 24. November 2009 abwies, soweit es darauf eintrat.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm eine ganze Invalidenrente zu gewähren. Eventualiter sei die Sache im Sinne seiner Ausführungen zurückzuweisen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch BGE 132 V 393).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über das zeitlich massgebende Recht (BGE 130 V 445), die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG; BGE 129 V 472 E. 4.2 S. 475, 126 V 75) und die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat mit einlässlicher und überzeugender Begründung gestützt auf die Berichte der Klinik X._ vom 8. Juni 2005, des Dr. med. U._, Facharzt für Allgemeine Medizin, vom 28. Februar 2005 und 9. Januar 2008 sowie des Dr. med. I._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, vom 24. Januar 2006 zutreffend festgestellt, dass keine Anhaltspunkte für ein psychisches Leiden mit Krankheitswert bestehen und über die als ungenügend beanstandeten Eingliederungsmassnahmen mangels Verfügung nicht befunden werden kann. Darauf wird verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
Was der Versicherte dagegen vorbringt, vermag nicht durchzudringen. Namentlich hat die Vorinstanz zu Recht die Äusserung des Dr. med. I._ in seinem Bericht vom 24. Januar 2006, ein Teil der subjektiven Beschwerden sei wohl psychogen erklärbar, nicht als Beleg für eine relevante psychische Erkrankung gewertet, da weder Dr. med. I._ noch ein anderer der involvierten Ärzte eine psychiatrische Abklärung oder gar Behandlung empfohlen hat. So ergeben sich aus den Akten, einschliesslich der von der Vorinstanz nicht explizit erwähnten Berichte des Dr. med. I._ vom 30. August 2007 und der Chirurgischen Klinik, Spital Y._, vom 3. September und 18. Oktober 2004 sowie vom 15. März und 7. Oktober 2005, keine Hinweise auf ein psychisches Leiden mit Krankheitswert. Weiter stellt der Umstand, dass die fälschlicherweise der IV-Stelle des Kantons Zürich zugestellte Stellungnahme zum Vorbescheid der zuständigen IV-Stelle des Kantons Luzern erst nach Erlass der Verfügung vom 6. Oktober 2008 zukam, keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör dar. Einerseits kam die IV-Stelle des Kantons Zürich ihrer Weiterleitungspflicht nach Art. 30 ATSG nach, indem sie die Eingabe innert drei Tagen nach Eingang der zuständigen Behörde zustellte. Andererseits hat die Vorinstanz im Rahmen ihrer vollen Kognition sämtliche in dieser Stellungnahme vorgebrachten Einwände in ihrem Entscheid mitberücksichtigt.
4. Da die Beschwerde offensichtlich unbegründet ist, wird sie im Verfahren nach Art. 109 BGG, d.h. ohne Durchführung eines Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung, erledigt.
5. 5.1 Die Beschwerde ist als aussichtslos zu bezeichnen, da die erhobenen Rügen nur äusserst rudimentär begründet und die vorgebrachten Einwände bereits von der Vorinstanz ausführlich und überzeugend widerlegt wurden, so dass sie den kantonalen Entscheid nicht ernsthaft in Frage zu stellen vermögen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist demzufolge abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG).
5.2 Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold