Sachverhalt:
A. X._ war nach seinen Angaben bis Mai 2009 in Zürich wohnhaft. Mit Verfügung vom 20. November 2008 legte das Steueramt des Kantons Neuenburg seinen steuerrechtlichen Wohnsitz mit Wirkung ab 1. Januar 2008 in A._/NE fest. Am 26. Januar 2009 wurde die Einsprache des Steuerpflichtigen gegen diesen Entscheid abgewiesen. Der Einspracheentscheid ist unangefochten geblieben und in Rechtskraft erwachsen. Mit Verfügungen vom 17. September 2009 veranlagte ihn die Neuenburger Steuerbehörde für die direkte Bundessteuer 2008 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 45'200.-- sowie für die Kantons- und Gemeindesteuern 2008 mit einem solchen von Fr. 44'300.-- und einem Vermögen von Fr. 9'000.--. Die Veranlagungen sind rechtskräftig.
Am 14./22. Mai 2009 reichte X._ im Kanton Zürich die Steuererklärung für die Steuerperiode 2008 ein. Am 5. März 2010 veranlagte das Kantonale Steueramt Zürich X._ für die Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 43'000.-- und einem Vermögen von Fr. 9'000.--. Auf die vom Steuerpflichtigen dagegen gerichtete Einsprache vom 16./20. April 2010 wurde am 8. Juli 2010 wegen Verspätung nicht eingetreten. Die von ihm in der Folge ergriffenen kantonalen Rechtsmittel blieben ohne Erfolg.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 20. April 2011 aufzuheben und die Veranlagung für nichtig zu erklären.
Das Verwaltungsgericht und das Steueramt des Kantons Zürich stellen den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
C. Mit Verfügung vom 9. August 2011 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 82 ff. BGG). Die Eintretensvoraussetzungen sind erfüllt; auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde kann eingetreten werden.
2. 2.1 Die gesetzlichen Fristen können nicht erstreckt werden; die Verordnung regelt, inwieweit eine abgelaufene Frist wiederhergestellt werden kann (§ 129 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 [StG/ZH]). Gemäss § 15 Abs. 1 der Zürcher Verordnung vom 1. April 1998 zum Steuergesetz (VO StG/ZH) ist die Fristwiederherstellung zu gewähren, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er oder sein Vertreter ohne Verschulden durch schwerwiegende Gründe an der Einhaltung der Frist gehindert worden ist; als schwerwiegende Gründe gelten z.B. Krankheit, Todesfall in der Familie, Landesabwesenheit oder Militärdienst. Diese Regelung ist, wie die vergleichbare Norm von Art. 24 VwVG streng dahin gehend auszulegen, dass die Wiederherstellung nur bei klarer Schuldlosigkeit des Gesuchstellers zu gewähren ist (Urteil 2A.175/2006 vom 11. Mai 2006 E. 2.2.2 mit Hinweis). Die Wiederherstellung ist darüber hinaus möglich, wenn das Fristversäumnis auf ein vertrauensbegründendes Verhalten der Behörden zurückzuführen ist (vgl. BGE 129 I 161 E. 4.1).
2.2 Der Beschwerdeführer hat in seiner Einsprache erklärt, die Verspätung sei "auf die verspätete Zustellung seitens des Services des Contributions von Neuenburg für die Bescheinigung der Besteuerung 2008 zurückzuführen". Die Vorinstanz durfte dies ohne Willkür als ungenügenden Hinderungsgrund für das Fristversäumnis bezeichnen, denn dieser Umstand stand einer Fristwahrung nicht entgegen; die in Frage stehende Bescheinigung hätte ohne weiteres als Beweismittel nachgereicht werden können, sofern dies überhaupt erforderlich gewesen wäre. Denn der Beschwerdeführer war bei Kenntnisnahme der Zürcher Einschätzung längst im Besitz des Einspracheentscheides der Neuenburger Steuerbehörden vom 26. Januar 2009 betreffend den Steuerwohnsitz; trotzdem reichte er - im Wissen um seine nunmehrige Steuerpflicht im Kanton Neuenburg - für die Steuerperiode 2008 im Mai 2009 im Kanton Zürich wiederum eine Steuererklärung ein. Schliesslich war ihm die Einschätzung für die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Neuenburg im September 2009 zugestellt worden, die er jedoch nicht angefochten hat, obwohl er offensichtlich weiterhin die Besteuerung im Kanton Zürich anstrebte. Die vom Beschwerdeführer angeführten Kontakte mit den Amtsstellen der beiden Kantone sind jedenfalls angesichts dieses widersprüchlichen eigenen Verhaltens nicht geeignet, darzutun, dass dadurch eine Vertrauensgrundlage geschaffen worden wäre, die ihn von der Fristwahrung abgehalten hätte. Für ein Zuwarten mit der Einsprache bestand angesichts der beim Beschwerdeführer vorhandenen Dokumente (Rechtskräftiger Einspracheentscheid betreffend Steuerwohnsitz und rechtskräftige definitive Veranlagung) kein Anlass.
2.3 Dass das Fristversäumnis eine tatsächliche Doppelbesteuerung (vgl. Art. 127 Abs. 3 BV) zur Folge hat, vermag Ersteres nicht zu entschuldigen. Inwieweit es auf ein allfälliges Verhalten der Zürcher Steuerbehörden zurückzuführen ist, kann hier offen gelassen werden. Auf jeden Fall vermag der Beschwerdeführer nicht aufzuzeigen, dass er dadurch von der Wahrung der Einsprachefrist abgehalten worden wäre. Denn es sind keine Anhaltspunkte dafür ersichtlich, dass ihm zugesichert worden wäre, er könne mit der Einsprache noch zuwarten; auch für entsprechendes konkludentes Verhalten fehlen jegliche Anhaltspunkte.
2.4 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist es auch nicht willkürlich, das von ihm erwähnte E-Mail vom 17. März 2010 mit Blick auf das von § 140 StG/ZH vorgeschriebene Erfordernis der Schriftlichkeit der Einsprache nicht als solche entgegenzunehmen; offenbar war auch der Beschwerdeführer nicht der Auffassung, dass das E-Mail als Einsprache gelten sollte, andernfalls er nicht später noch eine schriftliche Einsprache eingereicht hätte. Jedenfalls nennt der Beschwerdeführer keine Argumente, wonach die Zürcher Steuerbehörde das E-Mail - das im Übrigen vom Beschwerdeführer nicht eingereicht worden ist und auch nicht in den Akten liegt - als Einsprache hätte verstehen müssen und somit gehalten gewesen wäre, den Beschwerdeführer noch innert der Einsprachefrist auf den Mangel hinzuweisen (vgl. Urteil 1P.254/2005 vom 30. August 2005 E. 2). Es kommt hinzu, dass das Kantonale Steueramt Zürich (Rekursantwort vom 2. September 2010) erklärt hat, die beiden Verfügungen des Neuenburger Steueramtes vom 20. November 2008 und 26. Januar 2009 seien ihm erst mit E-Mail vom 11. August 2010 zugestellt worden.
2.5 Der Vorinstanz kann unter Berücksichtigung der erwähnten Umstände auch kein übertriebener Formalismus (Art. 29 Abs. 1 BV) vorgeworfen werden.
2.6 Inwieweit die Eingabe des Beschwerdeführers als Revisionsgesuch hätte entgegengenommen werden müssen, war nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens.
2.7 Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 9 BV bzw. eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (Art. 97 BGG) durch die Steuerrekurskommission rügt, ist darauf nicht einzutreten, da deren Entscheid nicht Anfechtungsgegenstand bildet (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG).
2.8 Die Vorinstanz durfte aus den dargelegten Gründen ohne Willkür und ohne Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben zum Schluss gelangen, dass im vorliegenden Fall die Voraussetzungen für eine Wiederherstellung der Einsprachefrist nicht erfüllt sind.
3. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend diesem Ausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Küng