Sachverhalt:
A. X._, geb. 1957, bewohnt allein ein im Mai 2006 von seinem Vater erworbenes 5-1/2-Zimmer-Einfamilienhaus in A._. In seiner Steuererklärung für die direkte Bundessteuer 2006 machte er einen Unternutzungsabzug vom Eigenmietwert geltend, der ihm von der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau und - auf entsprechende Rechtsmittel hin - von allen kantonalen Instanzen verweigert wurde.
B. Am 31. Januar 2009 hat X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Er beantragt, das kantonal letztinstanzliche Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 17. Dezember 2008 aufzuheben und den Unternutzungsabzug zu gewähren.
C. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen.
1.2 Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf sein frist- und formgerecht eingereichtes Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten. Es ist jedoch fraglich, inwiefern seine Beschwerdeschrift den gesetzlichen Begründungsanforderungen (vgl. Art. 42 u. 106 BGG) zu genügen vermag. Bei der gegenüber Laienbeschwerden üblichen wohlwollenden Betrachtungsweise kann das insofern angenommen werden, als die Eingabe den Rechtsstandpunkt bzw. die Argumente des Beschwerdeführers hinreichend deutlich werden lässt und diese Argumente sich in sachlicher sowie gebührender Form auf das vorliegende Verfahren beziehen. Mit Blick auf den Verfahrensausgang kann die Frage ohnehin offen bleiben.
1.3 Nach der neueren Rechtsprechung (vgl. BGE 133 I 98 E. 2.2 f. S. 99 f., 100 E. 4.6 S. 104) beinhaltet der Anspruch auf rechtliches Gehör insbesondere das Recht, von jeder dem Gericht eingereichten Stellungnahme Kenntnis zu nehmen und sich dazu äussern zu können. Die Eingabe des Beschwerdeführers vom 26. Juni 2009, die sich auf die Vernehmlassungen der Behörden bezieht, ist daher (mit den in E. 1.2 genannten Einschränkungen) zulässig, auch wenn kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet worden ist. Auf die ebenfalls unaufgefordert eingereichte Beschwerdeergänzung vom 16. März 2009 ist hingegen nicht einzutreten, da sie keine Gegenäusserung zu einer behördlichen Vernehmlassung darstellt und nach Ablauf der Beschwerdefrist eingereicht worden ist.
2. 2.1 Der direkten Bundessteuer als Einkommenssteuer natürlicher Personen unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte mit Ausnahme der Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen (vgl. Art. 16 bis 23 DBG). Gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG ist auch der Mietwert von Liegenschaften steuerbar, die der steuerpflichtigen Person u.a. aufgrund von Eigentum zur Verfügung stehen. Art. 21 Abs. 2 DBG lautet: "Die Festsetzung des Eigenmietwertes erfolgt unter Berücksichtigung der ortsüblichen Verhältnisse und der tatsächlichen Nutzung der am Wohnsitz selbstbewohnten Liegenschaft."
Der Beschwerdeführer argumentiert, der klare Wortlaut dieser Bestimmung mache einen Abzug vom steuerbaren Eigenmietwert einzig von einer tatsächlichen Unternutzung abhängig; eine solche sei in seinem Fall eindeutig gegeben, so dass der Abzug zu gewähren sei. Das Verwaltungsgericht hat den Abzug jedoch (wie alle kantonalen Vorinstanzen) abgelehnt. Es hebt hervor, der Wortlaut der Bestimmung gebe den Regelungszweck und den Willen des Gesetzgebers nicht vollumfänglich wieder; unter Berücksichtigung dieser beiden Aspekte dränge sich eine restriktive Auslegung auf; bei rein wörtlicher Auslegung könnte sogar ein Eigentümer den Unternutzungsabzug beanspruchen, der über eine Zweitwohnung verfügt und ein paar Wochen im Jahr an diesem Ort verbringt; in einem Fall wie dem vorliegenden, wo ein für die Wohnbedürfnisse einer Einzelperson überdimensioniertes Einfamilienhaus bewohnt werde, ohne dass ein Härtefall bestehe, könne der Abstrich vom Eigenmietwert nicht gewährt werden.
2.2 Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut der Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Auslegungen möglich, so muss nach der wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente. Abzustellen ist namentlich auf die Entstehungsgeschichte der Norm und ihren Zweck sowie auf die Bedeutung, die der Norm im Kontext mit anderen Bestimmungen zukommt. Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und hat nur dann allein auf den Wortlaut abgestellt, wenn sich daraus zweifelsfrei die sachlich richtige Lösung ergibt. Sind mehrere Interpretationen denkbar, soll jene gewählt werden, welche die verfassungsrechtlichen Vorgaben am besten berücksichtigt (vgl. u.a. BGE 131 II 562 E. 3.5, 697 E. 4.1, 710 E. 4.1; 130 II 65 E. 4.2; 125 II 192 E. 3a S. 196; ASA 76 800 E. 4.1; StE 2008 B 72.19 Nr. 9 E. 3.1).
2.3 Art. 21 Abs. 2 DBG wurde erst bei den parlamentarischen Beratungen ins Gesetz eingefügt. Das geschah auf Initiative des Ständerats, der einen Einschlag von 30 Prozent (höchstens 5000 Franken) vom marktgerechten Eigenmietwert einführen wollte (vgl. AB S 1986 S. 175 ff.). Der Nationalrat war damit nicht einverstanden und entschied sich für die Fassung: "Die Festsetzung des Eigenmietwertes erfolgt unter Berücksichtigung der ortsüblichen Verhältnisse und der tatsächlichen Nutzung" (vgl. AB N 1987 S. 1744 ff.). Im Sinne einer "sozialen Massnahme" wolle man nicht "alternde Ehepaare und alleinstehende ältere Leute aufgrund einer hohen Steuereinschätzung aus ihren Eigenheimen vertreiben" (vgl. insb. die Kommissionsberichterstatter in deutscher und französischer Sprache: AB N 1987 S. 1746 u. 1747). Allerdings wurde kritisiert, dass es sich um eine "offene Formulierung" handle und man nicht zweifelsfrei wisse, was diese genau bedeute (vgl. AB N 1987 S. 1747). Der Ständerat übernahm grundsätzlich die Fassung des Nationalrats, fügte jedoch die Präzisierung hinzu, dass das Kriterium der tatsächlichen Nutzung nur für die durch die steuerpflichtige Person an ihrem Wohnsitz selbstbewohnte Wohnung gelten solle (vgl. AB S 1988 S. 816). Dieser Lösung stimmte der Nationalrat nach einer leichten redaktionellen Änderung zu (vgl. AB N 1989 S. 731 ff.).
2.4 Die parlamentarischen Beratungen bezogen sich im Wesentlichen auf den Modellfall älterer Wohneigentümer, nach dem Wegzug der Kinder oder dem Tod eines der Ehegatten (vgl. GOTTHARD STEINMANN, Die Besteuerung des Eigenmietwertes in der Schweiz, in: Solothurner Festgabe zum Schweizerischen Juristentag 1988, S. 481; Agner/Jung/Steinmann/Digeronimo, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zürich 1995, Rz 7 zu Art. 21). Dieser Modellfall wurde in einem bestimmten Zusammenhang diskutiert, nämlich der Befürchtung, dass solche Hauseigentümer ohne Gewährung eines Abzugs vom Eigenmietwert gezwungen sein könnten, ihr Haus oder ihre Wohnung zu verkaufen, was dem Verfassungsziel der Eigentumsförderung zuwiderlaufen würde (vgl. zum Thema allgemein: Heinz Weidmann, Besteuerung des Eigenmietwertes und Förderung des Wohneigentums, StR 35/1980 342 ff.; siehe auch schon BGE 112 Ia 240 Sachverhalt/A.: Begehren 3 der Initiative u. Pkt. 5 des Gutachtens Zuppinger). Somit zeigt die Entstehungsgeschichte von Art. 21 Abs. 2 DBG eine starke Ausrichtung des Regelungszwecks auf Sachlagen, bei denen der Modell- zu einem Härtefall Anlass gibt bzw. geben könnte.
Dieses Zusammentreffen von Modell- und Härtefall ist auch bei gewissen kantonalrechtlichen Regelungen des Unternutzungsabzugs massgeblich, namentlich im Kanton Zürich (vgl. PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, Rz 71 zu Art. 21 DBG; siehe auch CAROLINE RUSCONI, L'imposition de la valeur locative, Thèse Lausanne 1988, S. 62 f.). Die Zürcher Regelung sah den Abzug schon in früheren Entwicklungsphasen grundsätzlich für zwei Fälle vor: einerseits gegenüber Eigentümern, die wegen Verminderung der Wohnbedürfnisse ihrer Familie (Wegzug der Kinder, Tod des Ehegatten) nur noch einen Teil ihres Eigentums nutzten (vgl. ZUPPINGER/SCHÄRRER/FESSLER/REICH, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, Ergänzungsband, Bern 1983, Rz 21 zu § 20); andererseits wenn das verfügbare Eigentum das Wohnbedürfnis unter Berücksichtigung der Einkommens- und Vermögensverhältnisse offensichtlich überstieg (wobei ausdrücklich an die Rentner gedacht wurde, im Sinne einer im sozialpolitischen Bereich begründeten Spezialvorschrift, mit der Härtefälle zu vermeiden waren); ein offensichtliches Missverhältnis wurde grundsätzlich dann angenommen, wenn der Eigenmietwert mehr als ein Drittel der zur Deckung der Lebenshaltungskosten tatsächlich zur Verfügung stehenden Einkünfte ausmachte (vgl. ZUPPINGER/SCHÄRRER/FESSLER/REICH, a.a.O., Rz 21e; MEN RAUCH, Die Besteuerung des Eigenmietwerts, Diss. Zürich 1986, S. 170; siehe auch RUSCONI, a.a.O., S. 63 ff. betreffend andere kantonale Modelle zur Vermeidung von Härtefällen; zu einer späteren Phase: vgl. u.a. RICHNER/FREI/WEBER/BRÜTSCH, Kurzkommentar zum Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., Zürich 1997, Rz 21a zu § 20). § 21 Abs. 2 lit. c des heute gültigen harmonisierten Zürcher Steuergesetzes stimmt inhaltlich mit Art. 21 Abs. 2 DBG überein (vgl. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., Zürich 2006, Rz 88 zu § 21).
2.5 Mit Blick auf die Entstehungsgeschichte, den Regelungszweck und die Gesetzessystematik der hier massgeblichen Bestimmung hat die Eidgenössische Steuerverwaltung am 7. Juli 1994 u.a. vor dem Hintergrund des Zürcher Modells (vgl. STEINMANN, a.a.O., S. 481; Agner/Jung/Steinmann/Digeronimo, a.a.O., Rz 7; Bernhard Zwahlen, Privatvermögen, Vermögensertrag, Vermögensgewinn, in: Höhn/Athanas (Hrsg.), Das neue Bundesrecht über die direkten Steuern, Bern usw. 1983, S. 82 f.) ein Rundschreiben verfasst (zitiert in LOCHER, a.a.O., Rz 73), das im Einklang mit der Lehre wesentliche Richtlinien für die verfassungs- und gesetzesgerechte Auslegung von Art. 21 Abs. 2 DBG enthält:
2.5.1 Schon aus dem Wortlaut der Bestimmung geht hervor, dass der Abzug nur für das am Wohnsitz selbstgenutzte Eigentum in Frage kommt, nicht aber für Zweit- bzw. Ferienwohnungen. Gemeint ist also nicht die zeitliche, sondern die raummässige Unternutzung (vgl. LOCHER, a.a.O., Rz 72; STEINMANN, a.a.O., S. 481; Agner/Jung/Steinmann/Digeronimo, a.a.O., Rz 7; NICOLAS MERLINO, in: Yersin/Noël (Hrsg.), Commentaire romand de la LIFD; Basel 2008, Rz 114 zu Art. 2; RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Rz 94 zu Art. 21).
2.5.2 Weiter geht es um eine Unternutzung, wie sie modellhaft dann eintritt, wenn die Kinder aus dem Eigenheim der alternden Eltern ausgezogen sind (vgl. Locher, a.a.O., Rz 71; Steinmann, a.a.O., S. 481; Agner/Jung/Steinmann/Digeronimo, a.a.O., Rz 7). Die Raumreserve beruht somit auf Gründen, auf welche die steuerpflichtige Person nicht direkt Einfluss hat. Das kann gegebenenfalls auch die tatsächliche Trennung oder der Tod des Ehepartners sein (vgl. Merlino, a.a.O., Rz 112). Das Problem des im Alter überdimensionierten Wohnraums stellt sich insbesondere bei voll eigenfinanzierten Häusern, wenn der Eigenmietwert marktbedingt steigt, während die verfügbaren Geldmittel gleich bleiben oder sogar abnehmen (unveränderte Rente oder Übergang von Berufslohn zu Rente; vgl. Peter Gurtner/Peter Locher, Theoretische Aspekte der Eigenmietwertbesteuerung, ASA 69, 613).
2.5.3 Der Unternutzungsabzug setzt weiter voraus, dass einzelne Räume tatsächlich und dauernd nicht benützt werden: Das Erfordernis einer effektiven Unternutzung steht im Einklang mit dem Prinzip, dass nur eine solche Nutzung zu Einkommen führen kann, welche auch in Wirklichkeit besteht (vgl. BERNHARD ZWAHLEN, in: Zweifel/Athanas (Hrsg.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2. Aufl. Basel 2008, Rz 27 zu Art. 21; RAUCH, a.a.O., S. 169). Es ist aber am Steuerpflichtigen nachzuweisen, dass eine Unternutzung vorliegt (vgl. Zwahlen, a.a.O., Rz 28; Merlino, a.a.O., Rz 118; Steinmann, a.a.O., S. 481; Agner/Jung/Steinmann/Digeronimo, a.a.O., Rz 7, Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., Rz 97; Locher, a.a.O., Rz 73). Ein nur weniger intensiver Gebrauch berechtigt nicht zum Einschlag, z.B. wenn Räume - selbst nur gelegentlich - als Gäste- oder Arbeitszimmer bzw. Bastelraum verwendet werden; wie bei einem wenig benützten Ferienhaus oder einer Zeitwohnung ist in solchen Fällen der ungekürzte Mietwert steuerbar (vgl. Locher, a.a.O., Rz 73; Merlino, a.a.O., Rz 115, Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., Rz 95). Es wird aber nicht verlangt, dass die Räume leer wären (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., Rz 95; Merlino, a.a.O., Rz 115). Als Erfahrungstatsache ist zu berücksichtigen, dass gutsituierte Pflichtige - u.a. aus Standes- oder Repräsentationsgründen - in der Regel höhere Erwartungen an den Wohnkomfort haben und deshalb mehr Raum beanspruchen als Personen in engen finanziellen Verhältnissen (vgl. Agner/Jung/Steinmann/Digeronimo, a.a.O., Rz 7; siehe auch ASA 76 748 E. 2.2). Weiter ist zu beachten, dass sich der Wohnbedarf nach einer Verkleinerung des Haushaltes oft ausdehnt; erfahrungsgemäss wird so viel Platz gebraucht, wie vorhanden ist (vgl. dazu schon das Urteil 2P.302/2004 vom 1. Juli 2005 E. 3.2). Nicht in den hier wesentlichen Zusammenhang fällt es, wenn ein Teil der Räume für die geschäftliche Tätigkeit des selbständig erwerbstätigen Eigentümers gebraucht wird (vgl. u.a. Urteil 2A.542/2000 vom 18. Oktober 2001 E. 2a u. 2f; Urteil 2P.302/2004 E. 3.3).
Im Übrigen kann nur eine langfristige Unternutzung massgebend sein, nicht aber eine vorübergehende (z.B. wegen eines zeitlich befristeten Auslandaufenthaltes eines Kindes: vgl. LOCHER, a.a.O., Rz 71; RAUCH, a.a.O., S. 169). Der Abzug wird ebenfalls dort abgelehnt, wo jemand von Anfang an eine zu grosse Wohnung erwirbt (vgl. MERLINO, a.a.O., Rz 113; RICHNER/FREI/KAUFMANN, a.a.O., Rz 94). Das gilt für Neuerwerber sogar dann, wenn ein Kinderwunsch sich nicht verwirklicht (vgl. Merlino, a.a.O., Rz 113; Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., Rz 94). Insbesondere einem in guten finanziellen Verhältnissen lebenden Pflichtigen dürfte es kaum gelingen, glaubhaft darzutun, dass er ein erst kürzlich erworbenes Eigenheim mit Raumreserve in Zukunft dauerhaft nicht als Abstellraum, Gästezimmer usw. verwenden wird.
2.6 Gegen den Unternutzungsabzug wird indessen aus bodenpolitischer Sicht grundsätzlich eingewendet, dass er nicht den haushälterischen Umgang mit Wohnraum fördert (vgl. Locher, a.a.O., Rz 74). In die gleiche Richtung wirkt sich der Umstand aus, dass das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) keine dem Art. 21 Abs. 2 DBG entsprechende Regelung enthält und nur wenige Kantone einen Unternutzungsabzug für die kantonalen Steuern kennen (vgl. Steuerinformationen der Schweiz. Steuerkonferenz, Band I, Besteuerung der Eigenmietwerte, Juni 1999, S. 17). Vorbehalte gelten je nachdem sogar für den bei den parlamentarischen Beratungen diskutierten Modellfall älterer Eigentümer: Haben sie ihr Eigenheim schon in jungen Jahren unter hoher Verschuldung gekauft und bis ins Alter amortisiert, so stehen sie oft nicht schlechter da als Pflichtige, die ihre Ersparnisse angelegt, die Zinserträge laufend versteuert und über all die Jahre einen - steuerlich nicht absetzbaren - Mietzins bezahlt haben (vgl. GURTNER/LOCHER, a.a.O., S. 613; siehe dazu auch schon das Urteil 2P.209/1996 vom 25. November 1996 E. 2b u. 3b). Aus all diesen Gründen würdigt die Lehre Art. 21 Abs. 2 DBG kritisch und empfiehlt sie eine (sehr) restriktive Handhabung (vgl. Locher, a.a.O., Rz. 74; Merlino, a.a.O., Rz 112 ff.; Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., Rz 94 f.; Zwahlen, a.a.O., Rz 27 f.; Agner/Digeronimo/Neuhaus/Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Ergänzungsband, Zürich 2000, Rz 7a zu Art. 21).
2.7 Gesamthaft ist festzuhalten, dass sich ein Unternutzungsabzug selbst unter Berücksichtigung der eben hervorgehobenen restriktiven Gesichtspunkte zumindest dann rechtfertigt, wenn der Modell- zu einem Härtefall Anlass gibt (vgl. LOCHER, a.a.O., Rz 74; GURTNER/LOCHER, a.a.O., S. 613; siehe auch oben E. 2.4). In einem solchen Fall müssen die in E. 2.5 angeführten Voraussetzungen angesichts des Normzwecks nicht unbedingt (alle) im gleichen Ausmass gegeben sein. Diese Frage ist hier aber genauso wenig endgültig zu beantworten wie diejenige, inwiefern bzw. auf welche Weise die genannten Voraussetzungen streng(er) anzuwenden sind, wenn nur entweder der Modell- oder ein Härtefall vorliegt, oder dann, wenn weder der eine noch der andere Fall zur Diskussion steht.
3. 3.1 Aus den allgemeinen Grundsätzen ergibt sich für den vorliegenden Fall, dass das Verwaltungsgericht (wie die kantonalen Vorinstanzen) den Abzug zu Recht verweigert hat. Das gilt schon deshalb, weil hier nicht von einer dauerhaften Unternutzung gesprochen werden kann: Die für die zu beurteilende Steuerperiode 2006 massgebliche Sachlage wurde erst im Mai 2006 neu geschaffen, als der Beschwerdeführer das Einfamilienhaus von seinem Vater erwarb.
Dagegen kann nicht eingewendet werden, dass der Beschwerdeführer das Haus schon viel länger bewohnte, zuerst zusammen mit seinen Eltern und Geschwistern, dann mit seinen betagten (und von ihm betreuten) Eltern, zuletzt (nach dem Tod seiner Mutter) mit seinem Vater, bis zu dessen Auszug in ein Altersheim. Wesentlich ist die durch den Auszug des Vaters neu entstandene Lage, weshalb der Beschwerdeführer den Unternutzungsabzug überhaupt erst geltend macht. Diese Lage kann nicht als dauerhaft bezeichnet werden.
3.2 Weiter kann es im Hinblick auf die Entstehungsgeschichte, den Regelungszweck und die Gesetzessystematik von Art. 21 Abs. 2 DBG nicht gleichbedeutend sein, ob nun die Kinder aus dem Eigenheim der Familie wegziehen oder aber die Eltern. Grundsätzlich bezweckt diese Bestimmung nicht die Förderung von Wohneigentum im Allgemeinen, sondern die Bewahrung von schon bestehendem Eigentum, und ausserdem nicht generell innerhalb derselben Familie, sondern spezifisch zugunsten der bisherigen älteren Eigentümer. Wenn der Beschwerdeführer nach dem Tod seiner Mutter noch zusammen mit seinem Vater das Haus bewohnte, so war das nicht ohne weiteres dem üblichen Modellfall gleichzusetzen, dass nach dem Wegzug der Kinder noch die betagten Eltern im Familienheim verbleiben. Genauso wenig kann die jetzige Lage des Beschwerdeführers uneingeschränkt mit derjenigen verglichen werden, wo nach dem Hinschied des einen Ehepartners der andere im Haus zurückbleibt. Es geht hier also nicht darum, ob einem marktbedingt steigenden Eigenmietwert bestenfalls gleichbleibende oder sogar verminderte Geldmittel (Rente statt Lohn) gegenüberstehen (vgl. oben E. 2.5.2). Dazu kommt, dass der Beschwerdeführer nicht dargetan hat, dass er ohne den Unternutzungsabzug Gefahr laufen würde, das Haus verkaufen zu müssen oder sonst in finanzielle Schwierigkeiten zu geraten. Seine Lage ist also der vierten, grundsätzlich am wenigsten schützenswerten Kategorie zuzuordnen, bei der weder der Modell- noch ein Härtefall vorliegt (vgl. oben E. 2.4). Wie die in E. 2.5 genannten Voraussetzungen bei dieser vierten Kategorie angesichts der restriktiven Verfassungs- und Gesetzesvorgaben allgemein anzuwenden sind, muss hier indessen nicht weiter geprüft werden, weil schon keine dauerhafte Unternutzung besteht.
3.3 Hingegen ist noch auf einen grundlegenden Vorwurf des Beschwerdeführers einzugehen. Er meint, der "klare Wortlaut" von Art. 21 Abs. 2 DBG sichere ihm einen festen Rechtsanspruch auf den Unternutzungsabzug zu. Dass die Behörden nun versuchten, diesen Anspruch durch zusätzliche, "über die Hintertür" eingeführte, aber in Wirklichkeit gesetzeswidrige Voraussetzungen zunichte zu machen, sei schockierend und mit einem demokratischen Rechtsstaat unvereinbar.
Dieser Auffassung kann indessen nicht gefolgt werden. Die beiden Kammern der Bundesversammlung haben das hier massgebliche Problem - unter Berücksichtigung der bestehenden kantonalen Lösungsmodelle - eingehend diskutiert. Sie haben den gesetzesanwendenden Behörden eine bestimmte Linie vorgeben wollen und ihnen gleichzeitig den notwendigen Konkretisierungsspielraum belassen, um verschiedene Fallgestaltungen differenziert zu beurteilen. Diesen gesetzlichen Rahmen haben die Anwendungsbehörden unter Einbezug von Entstehungsgeschichte, Regelungszweck und Systematik eingehalten.
3.4 Was der Beschwerdeführer sonst noch gegen das angefochtene Urteil einwendet, vermag ebenfalls nicht zu einem anderen Ergebnis zu führen:
Der Beschwerdeführer rügt eine Missachtung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV): Das Verwaltungsgericht habe den Kostenspruch der Steuerrekurskommission infolge "vollumfänglichen Unterliegens" geschützt und dabei nicht gewürdigt, dass es gleichzeitig die Begründung des Einspracheentscheids als mangelhaft beurteilt habe. Für die Frage des Obsiegens oder Unterliegens in einem Verfahren ist indessen die Urteilsformel (das sog. Dispositiv) massgebend und nicht ein Teil der Begründung. Aus dieser Sicht unterlag der Beschwerdeführer vor sämtlichen Instanzen. Zudem wurde dem Begründungsaspekt bei der Festsetzung der Gebühr angemessen Rechnung getragen.
Genauso wenig liegt eine Verletzung von Datenschutzbestimmungen darin, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung die Anfrage des Beschwerdeführers mitsamt der Antwort an die kantonale Steuerverwaltung weitergeleitet hat. Wie die Steuerrekurskommission richtig ausgeführt hat, ist ein solcher Informationsaustausch unter Abgabebehörden in Art. 111 DBG ausdrücklich vorgesehen. Im Übrigen gehören Daten über Einkommens- und Vermögensverhältnisse nicht zu den besonders schützenswerten Daten im Sinne von Art. 3 lit. c des Bundesgesetzes vom 19. Juni 1992 über den Datenschutz (DSG, SR 235.1).
4. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter