Sachverhalt:
A. X._ erlitt am 29. September 2005 einen Arbeitsunfall. Auf einer Baustelle in Risch verschob er ein Stromkabel, das ihn behinderte. Darauf setzte sich die von A._ daran angeschlossene Wandsäge in Gang, bewegte sich durch das rotierende Sägeblatt auf X._ zu und verletzte ihn am linken Oberschenkel und am linken Zeigefinger schwer.
Im Zuge der polizeilichen Ermittlungen wurden A._ als Beschuldigter, X._ und der Vorgesetzte von A._, B._, als Auskunftspersonen einvernommen. In der Folge konstituierte sich X._ als Privatkläger und stellte gegen A._ Strafantrag wegen Körperverletzung.
Am 30. Mai 2006 übermittelte das Untersuchungsrichteramt des Kantons Zug die Ermittlungsakten des Strafverfahrens gegen X._, A._ und B._ zwecks Beurteilung durch Strafbefehl an das Einzelrichteramt des Kantons Zug. Dieses sandte die Akten zurück mit der Begründung, der Sachverhalt sei nicht hinreichend abgeklärt, bzw. es sei eine Einstellung des Verfahrens gegen alle Beteiligten zu prüfen; im Fall von X._ erscheine dies gestützt auf Art. 66bis StGB unter jedem Titel angezeigt.
Am 25. Juni 2007 stellte das Untersuchungsrichteramt die Strafuntersuchung gegen X._ wegen Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunde sowie jene gegen A._ und B._ wegen desselben Vorwurfs sowie fahrlässiger Körperverletzung ein. Die Kosten nahm es auf die Staatskasse. Die Einstellung des Verfahrens gegen X._ begründete es mit dem Hinweis auf Art. 54 StGB (welcher dem altrechtlichen, bis Ende 2006 in Kraft stehenden Art. 66bis StGB entspricht), wonach von der Strafverfolgung abzusehen ist, wenn der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen ist, dass eine Strafe unangemessen wäre. Das Verfahren gegen A._ und B._ wurde eingestellt mit der Begründung, ihnen könne kein pflichtwidriges Verhalten vorgeworfen werden, und es würde zudem an einem Kausalzusammenhang zwischen einer allfälligen Sorgfaltspflichtverletzung und dem tatbestandsmässigen Erfolg fehlen.
Die Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug hiess die Beschwerde von X._ gegen diesen Entscheid am 5. Dezember 2007 teilweise gut und wies das Untersuchungsrichteramt an, die Strafuntersuchung gegen A._ und B._ fortzusetzen. In Bezug auf die Einstellung des Verfahrens gegen ihn selber trat sie auf die Beschwerde mit der Begründung nicht ein, mit der Verfahrenseinstellung liege ein für ihn günstiger Entscheid vor, weshalb er kein aktuelles Rechtsschutzinteresse an seiner Anfechtung habe. Massgebend für die Beurteilung der Frage, ob ein günstiger Entscheid vorliege, sei allein das Dispositiv. Im Übrigen sei zwar die Formulierung des Untersuchungsrichteramts missverständlich und voreilig, wonach X._ beim unbestrittenen Verschieben des Stromkabels auch den Handschalter der Säge betätigt haben müsse. Es werde indessen auch festgehalten, dass die Gründe für die Ingangsetzung der Säge letztlich ungeklärt seien, und mit dem Hinweis auf Art. 54 StGB werde keineswegs zum Ausdruck gebracht, er sei strafrechtlich verantwortlich, sondern nur, eine Bestrafung falle ausser Betracht, gleichgültig darum, ob ihn ein strafrechtliches Verschulden treffe.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, den Entscheid des Untersuchungsrichteramts aufzuheben, soweit damit das Strafverfahren gegen ihn eingestellt wird, und denjenigen der Justizkommission, soweit auf seine Beschwerde dagegen nicht eingetreten wird. Die Angelegenheit sei ans Untersuchungsrichteramt zurückzuweisen mit der Anordnung, ihn selber und weitere Beteiligte einzuvernehmen und nach Abschluss der Untersuchung erneut über deren Einstellung bzw. Überweisung zu entscheiden.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Anwendung von Art. 54 StGB setze voraus, dass kein ernsthafter Zweifel an seiner strafrechtlichen Schuld bestehe. Mit der Einstellung des Verfahrens in Anwendung dieser Bestimmung stelle die Strafverfolgungsbehörde fest, dass er eine Straftat begangen habe, welche aber nicht weiter verfolgt werde, da er sich dadurch selbst schwer beeinträchtigt habe. Er habe ein rechtlich geschütztes Interesse, sich gegen die der Verfahrenseinstellung nach Art. 54 StGB zu Grunde liegende Feststellung, er habe den Tatbestand von Art. 229 StGB in objektiver und subjektiver Hinsicht erfüllt, zur Wehr zu setzen. Die Justizkommission sei daher auf seine Beschwerde zu Unrecht nicht eingetreten.
1.2 Der Beschwerde in Strafsachen unterliegt entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers allein das Urteil der Justizkommission (Art. 80 Abs. 1 BGG). Es ist daher zu prüfen, ob diese mit ihrem Nichteintretensentscheid Bundesrecht verletzt hat.
Nach dem klaren Wortlaut von Art. 54 StGB ist nicht der Strafrichter allein befugt, im Fall einer Verurteilung von einer Bestrafung Umgang zu nehmen. Vielmehr kann bereits die Untersuchungsbehörde in Anwendung dieser Bestimmung von weiterer Strafverfolgung oder einer Überweisung ans Gericht absehen, in einem Zeitpunkt also, indem die strafrechtliche Schuld des Angeschuldigten keineswegs feststeht. Wie die Justizkommission im angefochtenen Entscheid zu Recht darlegt, hat das Untersuchungsamt das Verfahren entgegen einzelner zweifelhafter Formulierungen mit der Begründung eingestellt, der Beschwerdeführer sei durch die erlittenen Verletzungen so schwer betroffen, dass eine weitere Strafverfolgung in jedem Fall unangemessen sei. Darin liegt entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers offensichtlich kein Schulderkenntnis, das Untersuchungsamt hat die Frage der strafrechtlichen Verantwortlichkeit des Beschwerdeführers vielmehr explizit offen gelassen. Mangels entsprechender tatsächlicher Feststellungen präjudiziert der Einstellungsentscheid des Untersuchungsrichteramts weder die weiter laufenden Strafverfahren gegen A._ und B._ noch allfällige zivil- oder opferhilferechtliche Ansprüche des Beschwerdeführers gegen diese beiden. Die Justizkommission konnte damit dem Beschwerdeführer ohne Bundesrechtsverletzung ein rechtlich geschütztes Anfechtungsinteresse absprechen und auf die Beschwerde nicht eintreten. Die Rüge ist unbegründet.
2. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Justizkommission, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi