Faits:
A. Le 9 mai 2005, X._ a déposé une plainte pénale contre son ex-épouse, Y._, et l'avocat de cette dernière, Z._, pour diffamation, respectivement calomnie. X._ reproche à Y._ et Z._ de l'avoir désigné à tort dans un courrier adressé par l'avocat à la Présidente 7 du Tribunal de l'arrondissement judiciaire II Bienne - Nidau le 4 mai 2005, comme la personne ayant souillé la sonnette de Y._, glissé des préservatifs dans sa boîte aux lettres et sonné pendant plusieurs minutes à son appartement la nuit du 8 au 9 avril 2005.
B. Par jugement du 4 novembre 2008, la Présidente 12 e.o. du Tribunal de l'arrondissement judiciaire II Bienne - Nidau a acquitté Y._ et Z._ de la prévention de diffamation, éventuellement calomnie et rejeté les prétentions civiles de X._. Il a alloué, à titre de dépens, un montant de 6'100 francs à Z._, dont 4'757 francs à charge de X._, et condamné ce dernier aux frais de la procédure.
C. Par arrêt du 6 mai 2009, la Cour suprême du canton de Berne a confirmé, sur appel de X._, l'acquittement de Y._ et Z._ ainsi que l'indemnité de 6'100 francs allouée à Z._ pour la procédure de première instance, dont 4'575 francs à charge de X._. Elle a condamné X._ aux dépens de Z._ pour la procédure d'appel, fixés à 2'500 francs, ainsi qu'aux frais de procédure. L'action civile de X._ a été renvoyée en application de l'art. 310 al. 2 CPP/BE.
D. X._ saisit le Tribunal fédéral d'un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la condamnation de Y._ et Z._. Il demande que des dommages-intérêts et une indemnité pour tort moral lui soient versés et qu'il soit statué à nouveau sur le principe et le montant des dépens alloués à Z._.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant invoque une violation des art. 173 et 174 CP. Il fait grief à la Cour cantonale d'avoir retenu à tort que Y._ et Z._ avaient des raisons sérieuses de tenir leurs allégations de bonne foi pour vraies.
A qualité pour former un recours en matière pénale, la victime, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF). S'il ne se plaint pas d'une infraction qui l'a directement atteint dans son intégrité physique, psychique ou sexuelle, le lésé ne bénéficie pas du statut procédural de victime au sens des art. 1, 37 LAVI et 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF et il n'a dès lors pas qualité pour recourir au fond contre le refus des autorités de poursuite ou de jugement d'exercer ou d'admettre l'action pénale (ATF 133 IV 228 consid. 2.3 et les références citées). En présence d'infractions contre l'honneur, telles la diffamation ou la calomnie, il n'est envisageable d'admettre la qualité de victime que si l'allégation litigieuse ou sa propagation a porté une atteinte directe à l'intégrité psychique du lésé. La lésion doit être importante, d'un point de vue objectif et non en fonction de la sensibilité subjective de l'intéressé (cf. arrêts du Tribunal fédéral 6B_472/2009 du 22 juin 2009 consid. 3; 6S.351/2004 du 29 novembre 2004 consid. 2.3.2).
Le recourant n'allègue pas, ni ne tente de démontrer, que les accusations portées contre lui l'auraient affectées dans sa santé psychique ou mis dans un grand désarroi. Il n'est dès lors pas une victime au sens de la LAVI, de sorte qu'il n'a pas qualité pour recourir au Tribunal fédéral contre l'acquittement des intimés.
2. 2.1 Le recourant se plaint d'arbitraire dans la fixation du montant des dépens alloués à Z._. Il fait, en substance, valoir que Z._, avocat de profession, aurait pu se défendre sans l'aide d'un confrère, ce dont la Cour aurait dû tenir compte lors de l'allocation des dépens. Pour ce qui est de l'activité du stagiaire facturée par le mandataire de Z._, le recourant soutient qu'elle était disproportionnée et inutile.
2.2 Le recourant a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris en tant que ce dernier le condamne aux dépens alloués à Z._ (art. 81 al. 1 let. b LTF). Il a dès lors qualité pour former un recours en matière pénale sur ce point (cf. arrêt du Tribunal fédéral 6B_300/2007 du 13 novembre 2007 consid. 1.1).
2.3 La violation du droit cantonal de procédure ne peut être contestée que sous l'angle de sa conformité au droit constitutionnel, notamment à l'art. 9 Cst., qui consacre l'interdiction de l'arbitraire (cf. art. 95 LTF). La motivation d'un tel grief doit répondre aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Si le recourant entend se plaindre d'une application arbitraire du droit cantonal, il doit donc démontrer de manière substantiée que la décision attaquée est non seulement discutable ou critiquable, mais manifestement insoutenable, et cela tant dans sa motivation que dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3; 134 I 140 consid. 5.4).
2.4 Selon le Code de procédure pénale bernois du 15 mars 1995, en cas d'acquittement, l'autorité judiciaire compétente statue d'office sur le versement d'une indemnité à la personne inculpée et sur son montant (art. 399 al. 1 CPP/BE en relation avec l'art. 389 ch. 4 CPP/BE). L'indemnité comprend en règle générale le remboursement des frais et débours engendrés par l'exercice justifié des droits de partie, notamment une indemnisation équitable des frais de défense (art. 400 ch. 1 CPP/BE). Le montant du remboursement des dépens est déterminé, à l'intérieur du barème-cadre prévu par la législation cantonale, en fonction du temps requis pour le traitement de l'affaire ainsi que de l'importance et de la complexité du litige (art. 41 al. 3 de la Loi du canton de Berne du 28 mars 2006 sur les avocats, LA/BE). La personne acquittée a en principe droit au remboursement intégral de ses débours et à une indemnité s'apparentant aux honoraires perçus par son mandataire. L'indemnité s'étend aux frais de défense nécessaires, les frais inutiles, excessifs ou disproportionnés n'étant pas pris en considération (ATF 115 IV 156 consid. 2c et d; 110 Ia 156 consid. 1c; Thomas Maurer, Das bernische Strafverfahren, 2e éd. 2003, p. 608 et 610). L'indemnisation des frais de défense peut être refusée ou réduite lorsque l'importance de la cause ne justifiait pas le recours à un avocat (art. 401 al. 3 CPP/BE). L'art. 401 al. 3 CPP/BE ne saurait toutefois être interprété de manière extensive (Maurer, op. cit., p. 612). Le jugement peut condamner la partie plaignante ou civile au versement d'une partie ou de la totalité de l'indemnité si elle a fait preuve de mauvaise foi ou de négligence grave (art. 407 al. 2 CPP/BE).
L'autorité cantonale chargée de fixer l'indemnité de dépens jouit d'un large pouvoir d'appréciation. Saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'intervient que si cette autorité a excédé son pouvoir d'appréciation (ATF 118 Ia 133 consid. 2b; 114 V 83 consid. 4b). L'interdiction de l'arbitraire implique que la rémunération de l'avocat demeure dans un rapport raisonnable avec la prestation fournie et ne contredise pas d'une manière grossière le sentiment de la justice (arrêt du Tribunal fédéral 6B_319/2008 du 16 juin 2008 consid. 2.2).
2.5 En l'occurrence, le Tribunal d'arrondissement a considéré que Z._ avait été contraint de se faire assister d'un défenseur. Son avocat, Me Lemann, a facturé 20 heures à 230 francs de l'heure. Le Tribunal a jugé disproportionnées les 44 heures effectuées par le stagiaire de Me Lemann et retenu pour ce dernier une activité de 14 heures à 60 francs de l'heure. Après avoir ajouté les débours de 224.80 francs ainsi que la TVA de 430 francs, l'indemnité de dépens à allouer à Z._ a donc été fixée à 6'100 francs. Vu le comportement procédurier du recourant, le Tribunal a mis à la charge de celui-ci les trois quarts de ces frais en application de l'art. 407 al. 2 CPP/BE. La Cour cantonale a confirmé le jugement de première instance sur ce point et arrêté l'indemnité, à titre de dépens, de Z._ pour la procédure d'appel à 2'500 francs.
2.6 Le montant des dépens dus à Z._ a été fixé en application des dispositions légales susmentionnées, dont aucune violation n'est démontrée ni même invoquée dans le recours. Bien que la présente cause ne fût pas d'une grande complexité juridique et factuelle, Z._ avait, à l'instar de toute personne citée à comparaître devant une autorité de jugement pour un crime ou un délit, le droit de mandater un avocat et d'en faire supporter les frais à l'État, respectivement à la partie plaignante en cas d'acquittement. L'autorité cantonale a par ailleurs tenu compte de la difficulté et de l'ampleur de la procédure et réduit les honoraires disproportionnés facturés pour l'activité du stagiaire. Ces considérations échappent au grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal.
2.7 La possibilité de l'autorité d'instruction d'exiger du plaignant des sûretés convenables pour les frais de procédure et les indemnités dans le cas de plaintes pour atteintes à l'honneur est explicitement prévue par l'art. 226 al. 1 CPP/BE. Contrairement à ce que prétend le recourant, on ne voit pas en quoi l'autorité cantonale serait tombée dans l'arbitraire, en exigeant de lui le versement d'une telle sûreté.
3. Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais de la cause sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, 2ème Chambre pénale.
Lausanne, le 28 septembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Unseld