Faits:
A.a La société X._ SA a pour but des "activités dans le domaine du bâtiment et de la construction, plus particulièrement les travaux de maçonnerie, béton armé et génie civil". V._ en est l'administrateur muni de la signature individuelle.
Le 21 février 2007, lors d'une visite d'un chantier de construction à C._, un inspecteur de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) a constaté des manquements aux prescriptions sur la sécurité au travail. Par courrier recommandé du 23 février suivant, intitulé "troisième et dernier avertissement", la CNA a invité X._ SA à prendre les mesures nécessaires et à l'informer de leur mise en oeuvre jusqu'au 28 février 2007. Rappelant que des lacunes semblables avaient déjà été constatées auparavant, la CNA a indiqué qu'en cas de nouvelle infraction la société serait classée dans un degré plus élevé du tarif des primes.
Le 27 juin 2007, dans le cadre de la campagne "Echafaudages en sécurité", un inspecteur de la CNA a contrôlé deux chantiers de X._ SA à R._ et à M._ et il a constaté des défauts qui ont été mentionnés dans un rapport de contrôle adressé à la société le 9 juillet 2007, par lequel celle-ci était invitée à prendre les mesures adéquates jusqu'au 25 juillet 2007.
Le 2 août 2007, lors d'une visite d'un chantier à S._, un inspecteur de la CNA a constaté une nouvelle fois que certaines mesures requises en matière de protection des travailleurs n'avaient pas été prises. En particulier, les travaux n'avaient pas été planifiés et exécutés de manière à réduire au mieux le risque d'accident et d'atteinte à la santé. En outre, une partie des bords des talus de la fouille en pleine masse n'était pas protégée contre le risque de chute et les trois bâtiments avaient été construits à plus de 3 mètres de hauteur de chute possible sans échafaudages de protection.
Par décision du 31 août 2007, la CNA a ordonné l'augmentation des primes pour l'assurance contre les accidents professionnels pour une durée d'une année avec effet rétroactif au 1er janvier 2007, soit une augmentation du degré 113 (taux de prime 4,72 %) au degré 117 (taux de prime 5,74 %) du tarif de base. Elle se référait à son courrier du 23 février 2007 et précisait que cette augmentation ne déchargeait pas l'entreprise d'observer les prescriptions en matière de sécurité au travail et que si de nouvelles infractions étaient constatées, une nouvelle augmentation des primes serait prononcée avec dépôt d'une dénonciation. Un certificat de primes daté du même jour était annexé à la décision.
Le 1er septembre 2007, un entretien a eu lieu entre deux collaborateurs de la CNA et V._ en vue de respecter le droit d'être entendu de la société. Lors de cet entretien, il a été convenu que X._ SA se mettrait en conformité avec les normes en matière de sécurité au travail sur ses chantiers, en particulier en ce qui concerne le montage des échafaudages. Dans une lettre du 3 septembre 2007, la CNA a rappelé les engagements pris par la société et indiqué qu'en cas de nouveaux manquements, celle-ci serait classée sans préavis dans un degré plus élevé du tarif des primes.
Le 1er septembre 2007, un entretien a eu lieu entre deux collaborateurs de la CNA et V._ en vue de respecter le droit d'être entendu de la société. Lors de cet entretien, il a été convenu que X._ SA se mettrait en conformité avec les normes en matière de sécurité au travail sur ses chantiers, en particulier en ce qui concerne le montage des échafaudages. Dans une lettre du 3 septembre 2007, la CNA a rappelé les engagements pris par la société et indiqué qu'en cas de nouveaux manquements, celle-ci serait classée sans préavis dans un degré plus élevé du tarif des primes.
A.b Les 5 et 7 novembre 2007, deux inspecteurs de la CNA ont derechef contrôlé le chantier de S._ et ont constaté des nouveaux manquements.
Par lettre du 9 novembre suivant, la CNA a informé la société que la question du supplément de primes était actuellement étudiée par ses services et l'a invitée à ne pas s'acquitter d'un décompte de primes d'un montant de 62'000 fr. adressé le 3 octobre 2007.
Par décision du 12 novembre 2007, la CNA a confirmé l'augmentation des primes notifiée dans sa lettre du 31 août 2007, en se référant aux précédents manquements, ainsi qu'aux constatations effectuées les 5 et 7 septembre (recte : novembre) 2007 sur le chantier de S._.
X._ SA a fait opposition à cette décision, motif pris qu'elle était contraire au courrier adressé le 9 novembre 2007. Par ailleurs, elle indiquait l'évolution des mesures prises en vue corriger les manquements, en précisant notamment qu'une partie des défauts concernait des entreprises sous-traitantes qu'elle avait prévenues.
Par un nouveau courrier du 23 novembre 2007, annulant et remplaçant la lettre du 9 novembre 2007, la CNA a indiqué maintenir la prime provisoire supplémentaire relative à l'année 2007, établie le 3 octobre 2007.
La CNA a rejeté l'opposition dont elle était saisie par décision du 26 novembre 2007.
Le 30 novembre 2007, elle a informé la société qu'elle suspendait le règlement de la prime provisoire 2007 supplémentaire en raison de la procédure en cours.
B. Saisi d'un recours contre la décision sur opposition, le Tribunal administratif fédéral l'a rejeté par jugement du 13 juillet 2009.
C. X._ SA interjette un recours en matière de droit public en concluant à l'annulation du jugement attaqué et de la décision de classement dans un degré de primes plus élevé dès le 1er janvier 2007.
L'intimée conclut au rejet du recours, tandis que le Tribunal administratif fédéral et l'Office fédéral de la santé publique ont renoncé à présenter des déterminations.
Considérant en droit:
1. En dérogation à l'art. 58 al. 1 LPGA, le Tribunal administratif fédéral statue sur les recours contre les décisions prises sur opposition concernant le classement des entreprises et des assurés dans les classes et degrés des tarifs de primes (art. 109 let. b LAA). Les décisions rendues par le Tribunal administratif fédéral sont attaquables devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière de droit public (art. 86 al. 1 let. a LTF).
2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente, mais il n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal ou intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 LTF; sur les exigences quant à la motivation, cf. ATF 133 II 396 consid. 3.1 p. 399 et arrêt 9C_722/2007 du 11 avril 2008 consid. 1.2).
En outre, le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3. Le litige porte sur le point de savoir si la CNA était fondée, par sa décision sur opposition du 26 novembre 2007, à classer rétroactivement la recourante dans un degré de risques plus élevé en vue de la fixation des primes d'assurance pour une durée d'une année à partir du 1er janvier 2007.
4. Le jugement entrepris expose de manière exacte la réglementation concernant le classement dans un degré de risques plus élevé en cas d'infraction aux prescriptions relatives à la prévention des accidents (art. 92 al. 3 LAA, art. 113 al. 2 OLAA et art. 66 al. 1 et 2 OPA). Il suffit dès lors d'y renvoyer.
Il convient d'ajouter qu'aux termes de l'art. 3 al. 1 de l'ordonnance sur la sécurité et la protection de la santé des travailleurs dans les travaux de construction (OTConst; RS 832.311.141), les travaux de construction doivent être planifiés de façon que le risque d'accident professionnel, de maladie professionnelle ou d'atteinte à la santé soit aussi faible que possible et que les mesures de sécurité nécessaires puissent être respectées, en particulier lors de l'utilisation d'équipements de travail. Sont réputés travaux de construction la réalisation, la rénovation, la transformation, l'entretien, le contrôle, la déconstruction ou la démolition d'ouvrages, y compris les travaux préparatoires et finaux; sont également réputés travaux de construction les travaux dans les fouilles, les puits, les terrassements, les carrières et les gravières, les travaux dans et hors des conduites, les travaux souterrains et le travail de la pierre (art. 2 let. a OTConst). L'employeur qui, dans le cadre d'un contrat d'entreprise, veut s'engager en qualité d'entrepreneur à exécuter des travaux de construction, doit examiner avant la conclusion du contrat quelles mesures sont nécessaires pour assurer la sécurité au travail et la protection de la santé lors de l'exécution de ses travaux (art. 3 al. 2, première phrase, OTConst). Sont réputées mesures propres au chantier les mesures de sécurité utilisées par plusieurs entreprises telles qu'échafaudages, filets de sécurité, passerelles, mesures de sécurité dans les fouilles et les terrassements et mesures de consolidation de la roche dans les travaux en souterrain (art. 3 al. 3 OTConst). Si l'employeur délègue la mise en oeuvre d'un contrat d'entreprise à un autre employeur, il doit s'assurer que celui-ci observe les mesures de sécurité prévues dans le contrat pour garantir la sécurité au travail et la protection de la santé (art. 3 al. 4 OTConst). L'employeur qui exécute des travaux de construction doit veiller à ce que matériel, installations et appareils adéquats soient disponibles à temps et en qualité suffisante. Ils doivent être en parfait état de fonctionnement et satisfaire aux exigences de la sécurité au travail et de la protection de la santé (art. 3 al. 5 OTConst).
5. 5.1 Par un premier moyen, la recourante invoque une violation de son droit d'être entendue. Elle fait valoir que la CNA a rendu plusieurs décisions, les 31 août, 12 et 26 novembre 2007, fondées sur des motifs différents, sans accorder à l'employeur la possibilité de se déterminer sur les nouveaux motifs invoqués.
5.2 Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de caractère formel, dont la violation doit entraîner l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recourant sur le fond (ATF 135 I 187 consid. 2.2 p. 190; 127 V 431 consid. 3d/aa p. 437; 126 V 130 consid. 2b p. 132 et les arrêts cités).
En l'espèce, après l'entretien qui a eu lieu le 1er septembre 2007 entre deux de ses collaborateurs et V._, la CNA a renoncé implicitement à la sanction notifiée par sa décision du 31 août 2007, en raison de l'engagement de l'employeur de mettre "tout en oeuvre pour respecter les conformités en matière de sécurité au travail sur (ses) chantiers". En outre, elle a indiqué qu'en cas de nouveaux manquements, l'entreprise serait classée sans préavis dans un degré plus élevé du tarif des primes (lettre du 3 septembre 2007). Seule est donc litigieuse en l'occurrence la sanction notifiée par la décision du 12 novembre 2007, confirmée sur opposition le 26 novembre suivant.
Or, dans cette décision sur opposition, la CNA s'est référée explicitement aux manquements constatés sur le chantier Y._ à S._ et énumérés en détail dans une annexe à la décision du 12 novembre 2007. Certes, dans sa décision sur opposition, elle a également mentionné d'autres manquements déjà constatés auparavant mais rien ne permet de considérer que ceux-ci ont eu une incidence dans le rejet de l'opposition, dès lors que les manquements constatés sur le chantier de S._ étaient considérés comme suffisants par la CNA pour justifier le classement dans un degré de primes plus élevé. Il n'y a dès lors pas lieu d'admettre que l'administration s'est fondée sur des motifs nouveaux, sans accorder à l'employeur la possibilité de se déterminer sur ceux-ci. Au demeurant, dans son opposition du 15 novembre 2007, l'intéressé n'a pas contesté les manquements constatés par la CNA sur le chantier de S._. Le grief de violation du droit d'être entendu se révèle ainsi mal fondé.
6. Par un deuxième moyen, la recourante allègue qu'elle n'était pas du tout active sur le chantier pour lequel les manquements ont été constatés. Ce faisant, elle présente sa propre version des faits à l'appui de son recours.
Lorsque, comme en l'espèce, le Tribunal fédéral est lié par les faits établis par l'autorité précédente (cf. consid. 2), il appartient au recourant de démontrer le caractère arbitraire par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.).
En l'espèce, le recours ne contient toutefois aucune démonstration du caractère arbitraire de l'état de fait du jugement attaqué. Au demeurant, le moyen de preuve invoqué par la recourante à l'appui de sa version des faits indique bien plutôt que l'intéressée avait effectivement une activité sur le chantier de S._.
7. Par un troisième moyen, la recourante allègue une violation de l'art. 62 OPA. Aux termes de cette disposition, si une visite d'entreprise révèle qu'il y a infraction aux prescriptions sur la sécurité au travail, l'organe d'exécution compétent attire l'attention de l'employeur sur cette inobservation et lui fixe un délai convenable pour y remédier. Cet avertissement doit être confirmé par écrit à l'employeur (al. 1). La recourante reproche à la CNA une violation de son obligation d'avertir l'employeur par écrit et de lui impartir un délai convenable pour remédier aux manquements constatés. Elle allègue que dans son courrier du 3 septembre 2007, la CNA l'a informée de son intention de procéder à un classement dans un degré de primes plus élevé, à la condition toutefois qu'une nouvelle infraction soit constatée. Or, une telle sanction a finalement été prononcée sans qu'un nouveau manquement ait été commis, sur la base de contrôles effectués les 5 et 7 septembre (recte: novembre) 2007, soit dans un délai insuffisant pour remédier aux manquements constatés précédemment.
Ce moyen est mal fondé. Les contrôles en question ont eu lieu en réalité les 5 et 7 novembre 2007 et ils ont permis de constater non seulement que l'employeur n'avait pas remédié à une partie des manquements relevés à l'occasion de la visite de chantier du mois d'août 2007 - notamment les mesures concernant les échafaudages (art. 18 OTConst) - mais encore que d'autres infractions avaient été commises sur le chantier de S._. Quant à la lettre d'avertissement adressée à l'employeur le 3 septembre 2007, elle satisfait incontestablement aux exigences de l'art. 62 al. 1 OPA.
Cela étant, le moyen tiré de la violation de l'art. 62 OPA se révèle mal fondé.
8. Par un quatrième moyen, la recourante invoque une violation du principe de la bonne foi. Selon elle, la lettre de la CNA du 3 septembre 2007 laissait clairement entendre qu'elle allait annuler sa décision du 31 août précédent et qu'elle était prête à envisager une autre solution qu'une sanction sous la forme d'une hausse de primes. Aussi, l'intéressée est-elle d'avis que la CNA ne pouvait pas infliger une sanction sans rendre une nouvelle décision de classement dans le tarif de primes, de sorte que la CNA a violé le principe de la bonne foi en manquant à cette obligation.
Ce moyen est manifestement infondé. En indiquant explicitement dans sa lettre du 3 septembre 2007 qu'en cas de nouvelle infraction, l'entreprise serait classée dans un degré plus élevé du tarif des primes, la CNA n'a manifestement pas laissé entendre qu'elle renonçait définitivement à toute sanction. Au demeurant, elle a effectivement rendu une nouvelle décision, sujette à opposition, après avoir constaté des nouveaux manquements lors des visites du chantier des 5 et 7 novembre 2007.
9. Par un cinquième moyen, la recourante invoque un "abus" du pouvoir d'appréciation, dans la mesure où la juridiction cantonale a confirmé la sanction infligée par la CNA alors que l'art. 60 (recte: 66) al. 1 OPA ne donne à celle-ci que la faculté d'effectuer un classement dans un degré plus élevé du tarif des primes.
L'intéressée n'indique toutefois pas en quoi la solution choisie serait manifestement choquante (abus du pouvoir d'appréciation) ou sortirait des limites de la marge de manoeuvre accordée par l'art. 66 al. 1 OPA (excès du pouvoir d'appréciation), de sorte que sur ce point, le recours ne satisfait pas aux exigences de motivation posées à l'art. 42 al. 2 LTF.
10. Vu ce qui précède, le jugement entrepris n'est pas critiquable et le recours se révèle mal fondé. La cause étant jugée, la requête d'effet suspensif n'a plus d'objet.
11. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, d'un montant de 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 29 juin 2010
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
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