Sachverhalt:
A. X._ (Ehemann), geb. xxxx 1965, und Z._ (Ehefrau), geb. xxxx, heirateten am xxxx 1990 in Bern. Sie haben die gemeinsamen Kinder S._, geb. xxxx 1996, und T._, geb. xxxx 1999. Ab dem 1. September 2005 lebten die Parteien getrennt. Das Getrenntleben wurde mit Eheschutzentscheid des Bezirksgerichts Meilen vom 12. Oktober 2006 geregelt. Am 23. Juli 2009 reichte X._ die Scheidungsklage ein.
B. Im Rahmen des Scheidungsverfahrens erliess das Bezirksgericht Uster am 24. Juni 2010 einen vorsorglichen Massnahmeentscheid, mit welchem die Tochter S._ unter die Obhut des Vaters gestellt wurde, während der Sohn T._ unter der Obhut der Mutter belassen wurde; sodann wurden das Besuchsrecht und die Unterhaltszahlungen geregelt.
Mit Bezug auf die an die Ehefrau zu leistenden Unterhaltsbeiträge erhoben die Parteien Rekurs bzw. Anschlussrekurs. Mit Entscheid vom 8. September 2011 erliess das Obergericht des Kantons Zürich folgende Unterhaltsregelung:
Fr. 6'370.-- (Fr. 2'370.-- für die Ehefrau und Fr. 2'000.-- zzgl. allfällige Familienzulagen für jedes Kind) für August 2009 bis Februar 2010;
Fr. 6'370.-- (Fr. 4'370.-- für die Ehefrau und Fr. 2'000.-- zzgl. allfällige Familienzulagen für T._) für März 2010 bis Oktober 2011;
Fr. 6'213.-- (Fr. 4'213.-- für die Ehefrau und Fr. 2'000.-- zzgl. allfällige Familienzulagen für T._) ab November 2011;
zusätzliche Verpflichtung des Ehemannes, der Ehefrau jeweils die Hälfte eines allfälligen Bonus unmittelbar nach dessen Überweisung auszuzahlen und jährlich die entsprechende Abrechnung zukommen zu lassen.
Am 31. Oktober 2011 erliess das Obergericht mit Bezug auf die dritte Phase (Zeit ab November 2011) gestützt auf § 166 GVG/ZH eine Berichtigung, mit welcher die geschuldete Zahlung um Fr. 570.-- auf total Fr. 6'783.-- erhöht wurde. Es erwog, dass die in den Erwägungen des Entscheides vom 8. September 2011 erwähnte Steuerlast aufgrund eines offenkundigen Versehens im Dispositiv nicht berücksichtigt worden sei.
C. Gegen den Entscheid vom 8. September 2011 hat der Ehemann am 14. Oktober 2011 die Beschwerde Nr. 5A_725/2011 erhoben, im Wesentlichen mit den Begehren, der Betrag von Fr. 6'370.-- (zweite Phase) sei für den Monat März 2011 und ab April 2011 (dritte Phase) ein solcher von Fr. 2'681.95 (Fr. 681.95 für die Ehefrau und Fr. 2'000.-- zzgl. allfällige Familienzulagen für T._) festzusetzen und er sei zusätzlich zu verpflichten, 40% eines allfälligen Nettobonus bis zu einem maximalen Bonusanteil für die Ehefrau von jährlich Fr. 81'816.60 zu überweisen; eventualiter sei nur der Bonus entsprechend anzupassen und subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Mit Präsidialverfügung vom 11. November 2011 wurde hinsichtlich der Beiträge für April bis September 2011 und hinsichtlich der Bonusanteile die aufschiebende Wirkung erteilt.
Gegen die Berichtigung vom 31. Oktober 2011 hat der Ehemann am 1.Dezember 2011 die Beschwerde Nr. 5A_837/2011 erhoben, im Wesentlichen mit den Begehren, die Unterhaltsbeiträge für die dritte Phase (ab November 2011) seien auf Fr. 2'791.95 (Fr. 791.95 für die Ehefrau und Fr. 2'000.-- zzgl. allfällige Familienzulagen für T._) festzusetzen und er sei zusätzlich zu verpflichten, 40% eines allfälligen Nettobonus bis zu einem maximalen Bonusanteil für die Ehefrau von jährlich Fr. 80'496.60 zu überweisen, eventualiter sei nur der Bonus entsprechend anzupassen, subeventualiter die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; im Übrigen wird die Vereinigung mit dem Verfahren Nr. 5A_725/2011 verlangt. Mit Präsidialverfügung vom 19. Dezember 2011 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Im Anschluss an mehrere Fristerstreckungen für die Einreichung einer Vernehmlassung wurden die Verfahren auf Antrag der Parteien mit Instruktionsverfügung vom 24. Mai 2012 bis zur Genehmigung der zwischenzeitlich abgeschlossenen umfassenden Scheidungskonvention durch das Bezirksgericht Uster sistiert.
Mit Scheidungsurteil vom 29. Juni 2012 genehmigte das Bezirksgericht Uster die zwischen den Parteien abgeschlossene Scheidungskonvention vom 15. Mai 2012.
In der Folge ersuchte der Beschwerdeführer mit Schreiben vom 30. August 2012 um Abschreibung der beiden Verfahren, unter konventionsgemässer Kostenregelung.
Erwägungen:
1. Aufgrund der Identität von Parteien und Streitsache sind die beiden Verfahren antragsgemäss zu vereinigen.
2. In Ziff. F.3 der Konvention vom 15. Mai 2012 ersuchen die Parteien das Bundesgericht, die Beschwerdeverfahren 5A_725/2011 und 5A_837/2011 zufolge Vergleichs abzuschreiben, unter Übernahme der Gerichtskosten durch den Beschwerdeführer und unter gegenseitigem Verzicht auf Prozessentschädigungen.
3. Der Instruktionsrichter entscheidet als Einzelrichter über die Abschreibung von Verfahren zufolge Vergleichs (Art. 32 Abs. 2 BGG).
4. Die Kostenliquidation erfolgt gemäss der zwischen den Parteien geschlossenen Konvention, wobei die Gerichtskosten infolge Gegenstandslosigkeit der Verfahren zu reduzieren sind.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren Nrn. 5A_725/2011 und 5A_837/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden als gegenstandslos vom Protokoll abgeschrieben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Es werden keine Entschädigungen gesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. September 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Instruktionsrichter: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli