Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Con scritto del 23 dicembre 2009, completato il 5 gennaio 2010, A._ ha denunciato, rispettivamente querelato, un'impiegata comunale, il segretario e l'ex segretario comunali per vari titoli di reato (danneggiamento, calunnia, tentate soppressioni di documento e abuso di autorità), ribadendo le proprie accuse in un ulteriore esposto del 23 aprile 2012. In breve, egli rimproverava il segretario comunale per aver accartocciato e stracciato, alla presenza impassibile dell'impiegata comunale e dell'ex segretario comunale, un precetto esecutivo destinato al denunciante e, singolarmente, l'impiegata comunale per aver riferito a terzi che l'autore del danneggiamento del documento fosse lo stesso A._.
Non ritenendo realizzati gli estremi dei reati ipotizzati, il Procuratore pubblico ha decretato il non luogo a procedere. A._ è allora insorto alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), che con sentenza del 26 novembre 2012 ne ha respinto, in quanto ricevibile, il reclamo.
2. Avverso questa decisione, con un unico scritto datato 4 gennaio 2013, A._ presenta un ricorso in materia penale e un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, postulandone l'annullamento e il rinvio della causa per istruzione a un nuovo Procuratore pubblico. Il 20 marzo 2013 A._ ha trasmesso, a titolo di "documento e riflessioni a complemento e integrazione" del suo ricorso, anche una copia della sentenza emanata il 5 marzo 2013 dalla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino che respinge, in quanto ricevibile, l'istanza di ricusa del Presidente della CRP.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.
3. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità del rimedio esperito (DTF 138 III 46 consid. 1).
3.1 L'avversata decisione della CRP, che conferma un decreto di non luogo a procedere, è stata pronunciata in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) e può dunque essere impugnata con ricorso in materia penale ai sensi degli art. 78 segg. LTF, nel cui ambito è possibile far valere la violazione del diritto internazionale (art. 95 lett. b LTF) e quella del diritto federale, ivi compresi i diritti costituzionali (art. 95 lett. a LTF; DTF 133 III 446 consid. 3.1 pag. 447). Non v'è dunque spazio per un ricorso in materia di diritto pubblico.
3.2 D'acchito inammissibile risulta lo scritto del 20 marzo 2013 con il relativo allegato in quanto spedito oltre il termine ricorsuale di 30 giorni dalla notificazione della decisione della CRP (art. 100 cpv. 1 LTF).
3.3 Giusta l'art. 81 cpv. 1 LTF, è legittimato a proporre un ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità precedente o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e dispone di un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b), segnatamente il querelante, per quanto trattasi del diritto di querela come tale (n. 6), e l'accusatore privato, se la decisione impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili (n. 5), ovvero pretese fondate sul diritto civile (DTF 138 IV 86 consid. 3 pag. 87).
L'insorgente fonda il suo diritto di ricorrere sulla sua posizione di querelante e accusatore privato.
3.3.1 Benché alcuni dei reati prospettati dall'insorgente siano perseguibili a querela di parte (danneggiamento, diffamazione, calunnia e ingiuria), egli non si duole della violazione del suo diritto di querela come tale (v. art. 81 cpv. 1 lett. b n. 6 LTF) e non può dunque basare la sua legittimazione ricorsuale sulla sua veste di querelante.
3.3.2 Per quanto concerne la posizione di accusatore privato del ricorrente, occorre fare un distinguo.
Nei confronti dell'ex segretario comunale, l'insorgente né indica quali conclusioni civili intenderebbe fare valere né in che misura la decisione impugnata potrebbe avere un'incidenza negativa sul giudizio delle stesse. Va rammentato che spetta alla parte ricorrente dimostrare, conformemente alle esigenze dell'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'adempimento delle condizioni poste alla legittimazione ricorsuale, ove non sia d'acchito deducibile senza ambiguità (DTF 138 IV 86 consid. 3 pag. 88). Nella fattispecie non si ravvede, né è spiegato nel gravame, quali pretese civili il ricorrente potrebbe sollevare nei confronti dell'ex segretario comunale, denunciato per titolo di danneggiamento e tentate soppressioni di documento, essendo questi rimasto impassibile quando il segretario comunale, secondo quanto esposto dal ricorrente, avrebbe accartocciato e stracciato il precetto esecutivo.
Nei confronti dell'impiegata comunale e del segretario comunale, invece, l'insorgente non dispone di alcuna pretesa civile. Infatti nel Cantone Ticino la legge del 24 ottobre 1988 sulla responsabilità civile degli enti pubblici e degli agenti pubblici (LResp/TI; RL 2.6.1.1), applicabile anche ai funzionari comunali (art. 1 cpv. 1 lett. b LResp/TI), regola la responsabilità degli enti pubblici per il danno cagionato a terzi con atti od omissioni commessi dai loro agenti (art. 3 lett. a LResp/TI): l'ente pubblico risponde di principio del danno cagionato illecitamente a terzi da un agente pubblico nell'esercizio delle sue funzioni, senza riguardo alla colpa dell'agente (art. 4 cpv. 1 LResp/TI). Il danneggiato non ha invece alcuna azione contro l'agente pubblico (art. 4 cpv. 3 LResp/TI). Atteso che il ricorrente rimprovera al segretario comunale e all'impiegata comunale manchevolezze commesse nell'esercizio delle loro funzioni, eventuali pretese di risarcimento del danno sono disciplinate dal diritto pubblico cantonale che, come visto, esclude un'azione diretta del danneggiato nei confronti dell'agente pubblico.
3.3.3 In determinati casi, la giurisprudenza riconosce all'accusatore privato, che non dispone di pretese civili, il diritto di ricorrere qualora gli atti denunciati siano suscettibili di ricadere nel campo d'applicazione delle norme che vietano gli atti di tortura e altre pene o trattamenti inumani o degradanti (art. 10 cpv. 3 Cost., art. 3 CEDU, art. 7 Patto ONU II; v. sentenza 1B_355/2012 del 12 ottobre 2012 consid. 1.2.2). I comportamenti denunciati dal ricorrente (v. supra consid. 1) non raggiungono manifestamente un livello di gravità sufficiente a questo riguardo (v. pure sentenza 1B_559/2012 del 4 dicembre 2012 consid. 1.2.3).
3.3.4 Ne segue che l'insorgente difetta della legittimazione per contestare nel merito la decisione impugnata. Le sue censure di violazione degli art. 144, 173, 174, 176, 177, 254 e 312 CP, dell'art. 13 Cost., come pure dell'art. 8 CEDU, quelle di violazione del diritto di essere sentito, per la mancata assunzione di determinate prove, nonché di arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione (anche anticipata) delle prove sono pertanto d'acchito inammissibili.
3.4 Secondo la giurisprudenza, l'accusatore privato, che non è legittimato a ricorrere nel merito, può censurare la violazione di garanzie procedurali che la legge di procedura applicabile, il diritto costituzionale o internazionale gli conferiscono, quale parte, nella misura in cui tale inosservanza equivalga a un diniego di giustizia formale (DTF 136 IV 29 consid. 1.7.2 e 1.9). In tal caso, l'interesse giuridicamente protetto all'annullamento della decisione impugnata richiesto dall'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF non si fonda su aspetti di merito, bensì sul diritto di partecipare alla procedura. Il diritto di invocare le garanzie procedurali non permette tuttavia al ricorrente di rimettere in discussione, nemmeno indirettamente, il giudizio di merito; il gravame non può quindi riguardare questioni strettamente connesse, non disgiungibili dal merito della vertenza (DTF 136 IV 41 consid. 1.4).
4. Il ricorrente lamenta la violazione del diritto di essere sentito, in quanto non avrebbe potuto consultare gli atti del procedimento personalmente e autonomamente.
Il diritto di essere sentito, che comprende il diritto per l'interessato di consultare l'incarto, è garantito dall'art. 29 cpv. 2 Cost. L'art. 107 CPP concretizza questo diritto per le parti della procedura penale e gli art. 101 seg. CPP disciplinano il diritto di esaminare gli atti. Dall'incarto cantonale risulta che l'insorgente ha potuto esercitare il suo diritto di consultare gli atti di causa a due riprese nelle more della procedura di reclamo, ciò che egli non contesta. Obietta però di non aver potuto visionare personalmente e in modo autonomo i documenti, in quanto sarebbe stato il Presidente della CRP a scorrere, in sua presenza, i vari atti. Ciò non toglie che ha potuto consultare l'incarto e ottenere le copie degli atti a lui mancanti. In simili circostanze, non si scorge nessuna violazione del diritto di essere sentito del ricorrente.
5. L'insorgente censura la violazione del diritto di essere sentito anche in relazione al decreto di non luogo a procedere interno emesso dal Procuratore pubblico. La mancata notifica di quest'atto, peraltro non previsto dalla legge, avrebbe frustrato i suoi diritti di parte, privandolo della possibilità di sottoporlo all'esame dell'autorità superiore mediante reclamo.
Atteso che oggetto di ricorso in questa sede è unicamente la decisione della CRP quale autorità cantonale di ultima istanza (v. art. 80 LTF), le critiche del ricorrente su altre decisioni del Procuratore pubblico risultano inammissibili. Egli disattende viepiù che nulla gli impediva di contestare questo atto innanzi alle competenti autorità cantonali, in quanto, se un atto procedurale contestato non è stato comunicato per scritto, il termine di ricorso decorre dal giorno in cui se ne è venuti a conoscenza (v. art. 384 lett. c CPP).
6. Ne segue che, nell'assai limitata misura in cui è ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Essendo le conclusioni ricorsuali d'acchito prive di possibilità di successo, l'implicita domanda di assistenza giudiziaria non può essere accolta (art. 64 cpv. 1 LTF). Le spese giudiziarie sono pertanto poste a carico del ricorrente, soccombente (art. 66 cpv. 1 LTF), il loro importo viene comunque ridotto, tenuto conto della sua situazione finanziaria (art. 65 cpv. 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 800.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.