Faits:
A. La société A.X._ SA, sise à Genève, a pour but le commerce, l'importation, l'exportation et la représentation en gros de fournitures et appareils électriques. En 2001, soit la période ici en cause, le capital-actions se montait à 500'000 fr. B.X._ était l'administrateur-président de ladite société et C.X._ en était l'administrateur-secrétaire.
B. La déclaration pour l'impôt cantonal et l'impôt fédéral direct 2001 mentionnait un bénéfice imposable de 79'629 fr. et un capital propre imposable dans le canton de 1'189'443 fr. Figurait dans les charges du compte de profits et pertes de l'exercice 2001 un poste "salaires et charges sociales" d'un montant de 4'752'330 fr. Selon deux attestations du 20 août 2002, signées par B.X._, les membres du conseil d'administration, soit B.X._ et C.X._, avaient reçu chacun des "indemnités fixes (traitements, honoraires, etc.)" pour un montant annuel de 378'000 fr.
Le 17 décembre 2002, l'Administration fiscale cantonale du canton du Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a notifié à A.X._ SA un bordereau provisoire pour les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2001. Le bénéfice imposable était de 79'629 fr. et le capital imposable de 994'018 fr. entraînant un impôt total de 26'403 fr. 75.
Par courrier du 6 février 2003, l'Administration fiscale cantonale a requis diverses informations de A.X._ SA, dont la base de calcul ayant permis de fixer les deux salaires en cause. Après plusieurs demandes de renseignements de l'autorité de taxation à ladite société restées sans réponse, un bordereau rectificatif du 11 décembre 2003 pour les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2001 a été notifié à celle-ci. L'autorité de taxation avait procédé à différentes reprises dont une de 356'000 fr. sur les salaires perçus par B.X._ et C.X._, salaires qu'elle avait jugés excessifs. Le bénéfice imposable était dès lors de 658'428 fr. et le capital imposable de 1'013'310 fr. L'impôt total dû s'élevait à 162'441 fr. 55.
C. A.X._ SA a élevé réclamation à l'encontre de ce bordereau. La société relevait qu'elle avait 48 employés et disposait de deux magasins de vente. B.X._ et C.X._ étaient tant administrateurs qu'actionnaires majoritaires. Ils s'occupaient de l'administration générale de l'entreprise, de sa politique commerciale, du marketing, des relations avec les fournisseurs, de celles avec la clientèle, de la direction du personnel, de l'étude et du choix de l'assortiment des appareils destinés à la vente, du budget et des plans financiers, de l'organisation et de la surveillance des chantiers, de même que du suivi des foires commerciales. Ils travaillaient environ soixante heures par semaine. Leur salaire n'avait pas varié depuis plusieurs années.
L'Administration fiscale cantonale a partiellement admis la réclamation. Elle a notamment admis un salaire annuel de 305'315 fr. pour chacun des deux administrateurs, soit un total de 610'631 fr. La reprise était donc de 145'369 fr. Le nouveau bordereau du 8 novembre 2004 mentionnait un bénéfice imposable de 197'281 fr. et un capital imposable de 1'013'310 fr. pour un montant d'impôt total de 54'118 fr.
D. Par décision du 26 février 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) a admis le recours de A.X._ SA et a renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour une nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle a considéré que les salaires annuels de 378'000 fr. de B.X._ et C.X._ n'étaient pas anormalement élevés.
E. L'Administration fiscale cantonale a saisi le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) à l'encontre de la décision du 26 février 2007 de la Commission cantonale de recours. Par arrêt du 18 décembre 2007, ledit Tribunal a accepté le recours de l'Administration fiscale cantonale, annulé la décision du 26 février 2007 de la Commission cantonale de recours et rétabli la décision de taxation du 8 novembre 2004 de ladite Administration. Il a "fait sienne" la méthode appliquée par l'Administration fiscale cantonale pour déterminer le montant de la rémunération versée aux administrateurs-directeurs d'une personne morale qui est admissible fiscalement et, par conséquent, qui est déductible du bénéfice imposable de la société. Cette méthode consiste à déterminer un salaire de base moyen selon le type d'activité. Ce salaire est ensuite augmenté en fonction du chiffre d'affaires de la société et d'une part du bénéfice. Le Tribunal administratif a ensuite récapitulé dans le détail le calcul effectué par ladite Administration dans sa décision du 8 novembre 2004, soit:
Salaire de base:
fr.
salaire mensuel par personne 10'000.--
salaire annuel admis en tenant compte des 60 h. hebdomadaires (10'000 fr. x 12 x 60 h. : 40 h.)180'000.--
F. Supplément en fonction du chiffre d'affaires:
fr. fr.
jusqu'à 2 millions 1% 2'000'000.-- 20'000.--
entre 2 et 12 millions 0.9% 10'000'000.-- 90'000.--
entre 12 et 24 millions 0.8% 8'204'011.-- 65'632.--
total 20'204'011.-- 175'632.--
soit par personne 87'816.--
F. Part au bénéfice:
fr.
Bénéfice avant déduction des salaires 299'997.--
pour une société de plus de 20 personnes:
3⁄4 représentent le bénéfice minimum de la société 224'998.--
1⁄4 peut être considéré comme salaire 74'999.--
soit par personne 37'499.--
F. Salaire brut total admis par personne:305'315 fr.
Le Tribunal administratif est arrivé à la conclusion que ce calcul pouvait être repris intégralement. Ainsi, les salaires de B.X._ et C.X._ étaient excessifs et la différence entre les salaires versés et les salaires admis fiscalement devait être reprise dans le bénéfice imposable. La reprise était de 145'369 fr. ce qui portait le bénéfice imposable à 197'281 fr.
G. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'admettre le recours, d'annuler l'arrêt du 18 décembre 2007 du Tribunal administratif et de dire que les salaires contestés ne constituent pas une prestation dissimulée de la société à ses actionnaires et doivent être considérés comme des frais généraux déductibles.
L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours sous suite de frais. Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours sous suite de frais.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué porte sur la distribution dissimulée de bénéfice et donc sur la détermination du bénéfice imposable. L'art. 24 al.1 lettre a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi fédérale sur l'harmonisation; RS 642.14) traite du bénéfice net soumis à l'impôt sur le bénéfice qui comprend les distributions dissimulées de bénéfice. Cette disposition figure dans les titres 2 à 5 et 6 chapitre I LHID, mentionnés à l'art. 73 al. 1 de cette loi. En outre, l'arrêt attaqué concerne la période fiscale 2001, soit une période postérieure à l'échéance du délai de l'art. 72 al. 1 LHID, et a été prise en dernière instance cantonale, de sorte que la voie de recours de l'art. 73 LHID est ouverte. Cette disposition ne fait du reste que confirmer la voie de droit prévue par les règles ordinaires de procédure, à savoir les art. 82 ss LTF (cf. ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 189).
2. Dans ses conclusions, la recourante demande notamment au Tribunal fédéral de "dire que les salaires contestés ne constituent pas une prestation dissimulée de la société à ses actionnaires et doivent être considérés comme des frais généraux déductibles". En réalité, il ne s'agit pas d'une conclusion constatatoire, mais d'un grief qui pourrait constituer un motif d'annulation de l'arrêt entrepris (cf. consid. 5 ci-après).
3. Selon la recourante, l'arrêt du Tribunal administratif "viole le droit cantonal et fédéral en tant qu'il repose manifestement sur la constatation inexacte ou incomplète de faits pertinents". Toutefois, le recours ne mentionne aucun fait qui aurait été constaté de façon inexacte. La recourante estime que le salaire de base, utilisé dans la méthode appliquée par le Tribunal administratif pour déterminer le montant du salaire de B.X._ et C.X._ admissible fiscalement, est trop bas. Elle expose le calcul qui, selon elle, serait correct. En outre, dans une argumentation appellatoire et partant irrecevable, elle invoque les critères qui devraient être pris en compte pour déterminer le montant des salaires qu'une société peut verser à des personnes proches sans que cela soit considéré comme une prestation appréciable en argent. Dans ce cadre-là, la recourante énumère les fonctions qui incombent aux deux personnes en cause. Or, ces différentes tâches correspondent à celles retenues par le Tribunal administratif et la recourante ne prétend même pas qu'elles auraient été mal déterminées par ledit Tribunal. En réalité, la recourante ne s'en prend pas tant à la constatation des faits qu'à leur qualification juridique. Or, il s'agit là d'une question de droit que le Tribunal fédéral examine sur la base des faits ressortant de l'arrêt attaqué.
4. 4.1 La recourante conteste la reprise des salaires versés à B.X._ et C.X._ en 2001, et donc le montant de son bénéfice imposable déterminé par le Tribunal administratif. Est ainsi en cause l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice de la période fiscale 2001. La détermination de ce bénéfice, qui relève du droit harmonisé (cf. art. 24 al. 1 lettre a LHID et consid. 4.2), se fait en application des dispositions de droit cantonal, soit en l'espèce de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (ci-après: LIPM). Partant, la recourante met en cause l'application du droit cantonal. Or, la mauvaise application du droit cantonal n'est pas en soi un motif de recours. L'intéressée ne peut normalement, à ce titre, faire valoir uniquement l'arbitraire. Dans un recours fondé sur une application arbitraire du droit cantonal, le recourant ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée, comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit, mais il doit préciser en quoi cette décision serait insoutenable, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, ou encore heurterait gravement le sens de la justice (ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254).
En l'espèce, la recourante ne fait qu'expliquer pourquoi, selon elle, le salaire des deux personnes en cause devrait être accepté fiscalement et donc être considéré comme une charge justifiée par l'usage commercial. Elle ne cite aucune disposition de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales. Elle ne dit pas non plus en quoi l'application du droit cantonal et de la méthode choisie par le Tribunal administratif pour déterminer le salaire de base moyen serait arbitraire. Elle ne fait qu'opposer son point de vue à celui du Tribunal administratif.
Au vu de ce qui précède, dans la mesure où il entendait invoquer une mauvaise application du droit cantonal, le recours ne répond pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF et est, sous cet angle, irrecevable.
4.2 La détermination du bénéfice imposable fait toutefois partie du droit harmonisé (art. 24 LHID). Le Tribunal fédéral examinant librement si les lois cantonales harmonisées ont été appliquées conformément au droit fédéral (ATF 128 II 56 consid. 1a)bb) p. 58), il entrera dès lors en matière.
5. 5.1 Selon l'art. 24 al. 1 lettre a LHID, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial portées au débit du compte de résultat.
L'art. 12 lettres a et h LIPM prévoit que sont considérés comme bénéfice net imposable le bénéfice net tel qu'il résulte du compte de profits et pertes, ainsi que les allocations volontaires à des tiers et les prestations de toute nature fournies gratuitement à des tiers ou à des actionnaires de la société.
Bien qu'elles ne le mentionnent pas expressément, les deux dispositions susmentionnées visent notamment les distributions dissimulées de bénéfice (Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/1, Bundesgesetz über dis Harmonisierung des direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2e éd., no 74 ad art. 24 p. 406), soit des prélèvements qui ne sont pas conformes au droit commercial et qui doivent donc être réintégrés au bénéfice imposable. Bien que rédigé différemment de l'art. 24 al. 1 lettre a LHID, l'art. 12 lettre h LIPM est conforme à ladite disposition.
5.2 Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 131 II 593 consid. 5 p. 607 ss; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 115 Ib 238; cf. par rapport à l'art. 24 LHID Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, op. cit., no 74 ad art. 24 p. 406).
5.3 La recourante ne s'oppose pas à la méthode appliquée par le Tribunal administratif pour fixer les salaires fiscalement déductibles et conteste uniquement le salaire de base retenu dans le cadre de cette méthode. Le Tribunal administratif a repris le salaire déterminé par l'Administration fiscale cantonale, laquelle s'est fondée sur les données en matière de salaire publiées par l'Office cantonal de la statistique nommées "Salaire mensuel brut médian dans le secteur privé, selon le sexe, le niveau des qualifications et la branche économique, en 2002". Cette statistique distingue différents domaines d'activité dont le "commerce de gros et intermédiaires du commerce". Elle donne aussi le salaire mensuel brut médian par secteur d'activité pour, d'une part, l'"ensemble des salariés (niveaux 1 à 4)", soit 8'225 fr., et pour, d'autre part, "les travaux les plus difficiles - travail indépendant et très qualifié (niveaux 1 à 2)", soit 12'502 fr. Le salaire moyen, dans le secteur concerné, est ainsi de 10'363 fr. (8'225 fr. + 12'502 fr. : 2). L'Administration fiscale cantonale a ainsi retenu un salaire mensuel de base moyen de 10'000 fr., ce qui donnait un salaire annuel de 120'000 fr. Elle a ensuite, afin de tenir compte des quelque 60 heures de travail hebdomadaire des intéressés, adapté ce salaire pour arriver à un salaire annuel admissible de 180'000 fr. (120'000 fr. x 60 heures : 40 heures).
La recourante demande que soit prise en compte comme salaire de base pour déterminer le salaire admissible, la moyenne entre un salaire moyen de 12'776 fr. et de 17'267 fr., soit 15'020 fr. Le premier montant représente le "salaire médian mensuel standardisé qui tient compte de l'ensemble des éléments, tant objectifs que subjectifs, de la fonction des directeurs de la société". Le deuxième montant "correspond à une partie des activités de la recourante dans le commerce de gros, en fonction du chiffre d'affaires réalisés dans ce domaine, respectivement dans celui du commerce de détail".
L'Administration fiscale cantonale, en retenant dans la statistique susmentionnée les salaires valables pour le "commerce de gros et intermédiaires du commerce", a tenu compte de l'activité des intéressés telle que ressortant de son but inscrit au registre du commerce. La recourante se réfère, semble-t-il, à une autre statistique que celle prise en compte par l'Administration fiscale cantonale mais ne précise pas de quelle statistique il s'agit, ni de l'année pour laquelle elle a été établie. Elle prétend que celle-ci prendrait en considération l'ensemble des éléments, tant objectifs que subjectifs, de la fonction des directeurs de la société. Toutefois, dans son arrêt, le Tribunal administratif récapitule les tâches incombant à B.X._ et C.X._ (p. 3 de l'arrêt) et en a donc tenu compte. D'ailleurs, le salaire médian de 10'000 fr. a été déterminé en tenant compte du salaire moyen relatif aux "travaux les plus difficiles - travail indépendant et très qualifié". En outre, ce salaire médian a été augmenté de 50% pour tenir compte des 60 heures de travail hebdomadaire des personnes concernées. L'activité prépondérante des intéressés dans la société a donc été reconnue.
En se basant sur des statistiques pour déterminer un salaire de base moyen, lorsque les données servant de base à la détermination de la rémunération des cadres dans une société font défaut ou sont inexploitables, l'accent a été mis sur la praticabilité de la détermination de ce salaire, ce qui induit un certain schématisme. Ce schématisme a l'avantage d'assurer l'égalité de traitement entre les personnes travaillant dans la même branche. La simplification de cette détermination doit toutefois rester dans certaines limites et ne pas tomber dans l'arbitraire. En l'occurrence, comme le cahier des charges relatif au poste en cause ainsi que la fonction des personnes concernées ont été pris en considération, et que le salaire de base sélectionné correspond aux responsabilités des personnes concernées, ce schématisme est acceptable et n'aboutit pas à un résultat arbitraire.
La recourante, chiffres à l'appui, montre que les salaires versés aux intéressés de 1998 à 2002 sont restés constants et qu'il n'a pas pu y avoir de distribution dissimulée de bénéfice en 2001, alors que les salaires octroyés les années antérieures, qui étaient d'un montant plus ou moins équivalent, n'avaient pas été l'objet de reprise par l'autorité de taxation. Ce n'est toutefois pas parce que, les années précédentes, les salaires versés avaient été acceptés, qu'il n'y avait pas distribution dissimulée de bénéfice. L'autorité de taxation ne contrôle pas chaque année en détail toutes les déclarations d'impôt. Elle peut en outre demander des renseignements complémentaires, en l'espèce sur la rémunération de B.X._ et C.X._ une année, alors qu'elle ne l'avait pas fait les années précédentes, et découvrir ainsi des éléments, ici les salaires jugés excessifs, qui doivent être repris.
5.4 Au vu de ce qui précède, un salaire de base de 10'000 fr. est fondé. Le salaire annuel brut admis fiscalement, et donc déductible du bénéfice imposable de la recourante, est ainsi de 305'315 fr. La rémunération acceptée pour les deux intéressés est de 610'631 fr. (cf. partie "Faits" lettre E). Or, les salaires portés comme charge dans les comptes 2001 étaient de 756'000 fr. La disproportion entre les salaires versés et ceux qui l'auraient été à un tiers ne peut s'expliquer que par la qualité d'actionnaires de B.X._ et C.X._. L'importance de cette prestation, soit 145'369 fr. (756'000 fr. ./. 610'631 fr.), pour une société qui a réalisé un bénéfice net de 79'629fr. en 2001, accordée sans contre-prestation, n'a pas pu échapper à la recourante.
Ainsi, en retenant que la recourante a procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en octroyant des salaires excessifs aux deux personnes concernées et qu'il convient d'ajouter au bénéfice net imposable de la période fiscale 2001 la différence entre les salaires versés et ceux admissibles fiscalement, le Tribunal administratif n'a pas violé le droit cantonal harmonisé.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 3'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 19 août 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
T. Merkli E. Kurtoglu-Jolidon