Faits:
A. A._ est propriétaire de deux parcelles à Cuagnenaux sises en zone industrielle I et occupées par des cuves destinées à la raffinerie. Selon le règlement sur les constructions voté en assemblée primaire de la commune de Collombey-Muraz le 23 septembre 1990 et approuvé par le Conseil d'Etat du canton du Valais (ci-après: le Conseil d'Etat) le 25 septembre 1991, cette zone est destinée "aux établissements industriels, aux fabriques, entrepôts et garages".
Les parcelles au nord-est, aux lieux-dits L'Enclos et La Charbonnière, sont soumises à la même affectation. Ce périmètre est assujetti à l'obligation d'élaborer un plan de quartier. Cette réglementation n'ayant pas abouti à la concrétisation de projets, la municipalité de Collombey-Muraz a engagé une étude de l'ensemble du périmètre de La Charbonnière et L'Enclos en vue de simplifier la procédure et de définir les contraintes applicables à tous les projets. Le 15 mai 2006, le conseil communal a ainsi adopté un avenant au règlement de 1990 selon lequel cette zone industrielle était désormais destinée "aux constructions et aux installations industrielles de pointe à haute valeur ajoutée qui n'engendrent que peu de nuisances pour le voisinage (fumées toxiques, odeurs, bruits, trafic, etc.). Des affectations mixtes en rapport avec la ou les entreprise(s) industrielle(s) de pointe sont autorisées pour des centres de recherches et d'études, des espaces d'accueil, de logistique et de logement de service".
B. Mis à l'enquête publique le 16 mai 2006, cet avenant a suscité trois oppositions dont celle de A._ et de B._, sur les parcelles de laquelle A._ exploite une raffinerie. Elles estiment que la définition de la zone est trop imprécise et qu'elle entrave leur développement industriel.
Dans le cadre de la révision du règlement communal sur les constructions et du plan de zones, trois des parcelles de B._ ont été transférées de la zone industrielle I, respectivement à la zone industrielle II, à la zone de forêt de plaine et à la zone agricole. La validité de cette modification a définitivement été confirmée par le Tribunal fédéral par arrêt du 1er septembre 2006.
C. Suite à l'échec d'une séance de conciliation, le Conseil communal a rejeté l'opposition de A._ et de B._. Le 19 juin 2006, l'assemblée primaire a voté la modification partielle du règlement qui lui était soumise.
A._ et B._ ont recouru auprès du Conseil d'Etat contre les décisions du Conseil communal et de l'Assemblée primaire. Après avoir obtenu le rapport d'étude communal relatif à la modification partielle du plan d'affectation ainsi qu'un préavis du Service cantonal de l'aménagement du territoire (ci-après: SAT), le Conseil d'Etat a, par décision du 20 juin 2007, approuvé la modification de la réglementation relative à La Charbonnière/L'Enclos votée le 19 juin 2006. Le même jour, il a rejeté le recours de A._ et de B._.
Par arrêt du 9 novembre 2007, le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours interjeté par A._ et B._ contre la décision du Conseil d'Etat du 20 juin 2007.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 9 novembre 2007 par le Tribunal cantonal ainsi que la décision de l'assemblée primaire du 19 juin 2006. Elles se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendues, des art. 33 al. 3, 15 et 21 al. 2 LAT, 11 et 21 ss LcAT et 24 LPE.
Tant le Conseil d'Etat que le Tribunal cantonal ont renoncé à se déterminer sur le recours.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions. Il est dès lors recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF et 34 al. 1 LAT dans sa teneur actuelle selon le ch. 64 de l'annexe à la loi sur le Tribunal administratif fédéral. Aucun des motifs d'exclusion prévu à l'art. 83 LTF n'est réalisé.
2. Selon l'art. 89 al. 1 LTF, a notamment qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (let. c). Cette disposition reprend les exigences qui prévalaient sous l'empire de l'art. 103 let. a OJ pour le recours de droit administratif (cf. Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4126). Le recourant doit ainsi se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation. La proximité avec l'objet du litige ne suffit cependant pas à elle seule à conférer au voisin la qualité pour recourir contre un plan d'affectation. Celui-ci doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée de manière à exclure l'action populaire (Message précité, FF 2001 p. 4127; ATF 133 II 249 consid. 1.3.1 p. 252 s.; cf. pour l'ancien droit, ATF 120 Ib 431 consid. 1 p. 433). Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis. Le recourant n'est cependant pas dispensé pour autant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour agir lorsqu'ils ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (ATF 133 II 249 consid. 1.1 p. 251; cf. pour l'ancien droit, ATF 133 V 239 consid. 9.2 p. 246).
3. En l'espèce, les recourantes se prévalent de leur qualité de voisines. Elles ne se plaignent toutefois pas d'éventuelles nuisances dont elles pourraient souffrir du fait de la nouvelle affectation des parcelles litigieuses mais uniquement de la possible entrave dans le développement futur de leurs activités commerciales et industrielles.
La Cour cantonale, qui a néanmoins admis la qualité pour recourir des recourantes, a estimé que ces dernières ne citaient aucun projet qui ne pourrait être réalisé dans le périmètre de la raffinerie ou dans d'autres zones industrielles sur Collombey-Muraz. Les recourantes ne contestent pas cette appréciation auprès de la Cour de céans. Elles se bornent à préciser que B._ est sur le point de se porter acquéreur d'une partie de la zone de La Charbonnière faisant l'objet de la présente procédure. Une affirmation formulée en des termes aussi généraux ne saurait suffire pour asseoir la qualité pour recourir des recourantes. Leurs propos ne sont par ailleurs étayés par aucune pièce. Il apparaît dès lors que l'achat d'une partie des parcelles en cause ne relève que de la simple intention, ce qui est insuffisant. La qualité pour recourir doit par conséquent être déniée aux recourantes.
4. Il s'ensuit que le recours est irrecevable. Les recourantes, qui succombent, doivent supporter l'émolument judiciaire (art. 66 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF; arrêt 1C_122/2007 du 24 juillet 2007).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge solidaire des recourantes.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, à la Commune de Collombez-Muraz, au Conseil d'Etat et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 10 mars 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Truttmann