Faits:
A. Par jugement du 14 avril 2010 devenu exécutoire le 27 mai suivant, la 4ème Chambre du Tribunal de première instance de la République et canton de Genève a prononcé le divorce des époux B._ et A._, mariés depuis le 7 septembre 1984. Elle a ordonné le partage par moitié des avoirs de prévoyance accumulés par les intéressés durant le mariage et transmis la cause au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève (aujourd'hui: la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales) pour qu'il établisse les avoirs en question et procède au partage.
B. Par jugement du 13 novembre 2012, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a invité - au besoin condamné - la Fondation de libre passage de la Banque cantonale de Genève (ci-après: la fondation de libre passage) à transférer du compte de libre passage de A._ la somme de 90'970 fr. à la Fondation collective LPP Swiss Life (ci-après: la fondation collective), en faveur du compte de libre passage de B._, et à verser des intérêts compensatoires sur ce montant pour la période courant entre le 27 mai 2010 et le moment du transfert.
C. A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle invite le Tribunal fédéral à dire et constater que la fondation de libre passage ne doit pas verser à la fondation collective la somme de 90'970 fr. mais un montant à déterminer par ce tribunal, éventuellement par l'instance cantonale après renvoi de la cause à celle-ci.
Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération.
2. Aux termes de l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni aucune preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Les différentes pièces produites par la recourante en instance fédérale concernant X._ SA (demande d'allocations d'initiation au travail en faveur de l'intimé du 28 août 1999, respectivement décision de l'Office du travail de Genève du 22 octobre suivant, contrat de travail du 30 août 1999, décomptes de salaire des mois d'octobre à décembre de l'année en question et certificat de salaire du 21 janvier 2000), qui ne figuraient pas au dossier, ne peuvent dès lors pas être prises en considération par le Tribunal fédéral.
3. Le litige porte sur le montant devant être attribué à chacun des ex-époux au titre du partage des avoirs de prévoyance professionnelle acquis par ceux-ci pendant la durée du mariage, plus particulièrement sur la somme des avoirs accumulés par l'intimé pendant cette période.
Le jugement entrepris expose correctement les règles applicables à la solution du litige, de sorte qu'on peut y renvoyer.
4. 4.1 Selon les premiers juges, les avoirs de prévoyance professionnelle accumulés pendant le mariage s'élevaient à 235'999 fr. 77 pour la recourante et à 54'059 fr. 79 pour l'intimé, si bien que la première devait au second 90'970 fr. (117'999 fr. 90 [235'999 fr. 77 : 2] - 27'029 fr. 90 [54'059 fr. 79 : 2]).
4.2 La recourante se plaint en substance d'une constatation manifestement inexacte et incomplète des faits ainsi que d'une violation du droit fédéral. Elle reproche à l'instance cantonale de ne pas avoir pris en considération les montants accumulés par l'intimé pendant différentes périodes - soit lorsqu'il travaillait pour Y._ SA, X._ SA et Z._ SA - et d'avoir ignoré les "nombreuses irrégularités" qu'aurait commises l'intéressé afin d'influencer le montant de ses avoirs de prévoyance professionnelle.
5. L'instance cantonale n'a pas établi à quelle institution de prévoyance l'intimé était affilié lorsqu'il a travaillé (entre février 1994 et juin 1997) pour Y._ SA. La Caisse cantonale genevoise de compensation AVS/AI n'a pas été en mesure de fournir cette information aux premiers juges et la Fondation collective LPP d'Allianz Suisse - institution évoquée par l'intimé - leur a indiqué qu'elle n'avait jamais détenu aucun avoir de prévoyance au nom de l'intéressé (jugement entrepris, consid. 5 p. 7). Y._ SA ayant été dissoute par suite de faillite puis radiée du registre du commerce le 29 juillet 1998 (cf. extrait informatique du registre du commerce du canton de Genève, disponible sur internet), on ne voit pas - et la recourante ne le précise pas non plus - quelles mesures probatoires auraient pu être mises en ?uvre par l'instance cantonale afin d'éclaircir ce point. Les premiers juges ont en revanche établi à quelles institutions l'intimé était affilié pendant le reste de la période déterminante et ont dûment pris en compte les montants accumulés auprès de celles-ci (jugement entrepris, "En fait", point 5, p. 4 ss, respectivement consid. 5 p. 7). On ne saurait enfin leur reprocher de ne pas avoir instruit la cause sur l'existence des irrégularités alléguées par la recourante: s'il incombe au juge des assurances de partager tous les avoirs de prévoyance qui ont effectivement été épargnés pendant la durée du mariage, celui-ci n'est en revanche pas compétent, dans le cadre du procès en partage des avoirs de prévoyance, pour élucider la question de savoir si l'un ou l'autre époux aurait dû accumuler plus d'avoirs de prévoyance (arrêt 9C_96/2007 du 16 octobre 2007 consid. 3.3).
L'argumentation de la recourante ne permet dès lors pas de démontrer en quoi l'instance cantonale aurait procédé à une constatation manifestement inexacte, voire arbitraire, des faits ou violé le droit fédéral.
6. Compte tenu de ce qui précède, le recours est mal fondé. Vu l'issue de la procédure, la recourante supportera les frais judiciaires y afférents (art. 66 al. 1 LTF), sans qu'elle puisse prétendre de dépens (art. 68 al. 1 LTF). Le présent arrêt rend sans objet la demande de restitution de l'effet suspensif déposée par la recourante.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Fondation de libre passage de la Banque cantonale de Genève, à la Fondation collective LPP Swiss Life, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 15 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Bouverat