Fatti:
A. A.a Con contratto 14 dicembre 2004, la Y._ SA (locatrice e opponente) ha concluso con la X._ SA (conduttrice e ricorrente) un contratto, in virtù del quale essa ha concesso in locazione a quest'ultima il ristorante ed il motel siti alla particella n. 1231 RFD di B._. La gestione del motel ha preso effetto al 1° gennaio 2005; quella del ristorante è stata affidata, con il consenso della locatrice, ad una società terza.
A.b Con precetto esecutivo 18/25 aprile 2007 dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Locarno, la locatrice ha escusso la conduttrice per il mancato pagamento di fr. 90'000.-- a titolo di deposito di garanzia per il contratto di locazione menzionato. La conduttrice ha formato opposizione.
A.c Il Pretore della giurisdizione di Locarno-Campagna, con sentenza 13 settembre 2007, ha accolto l'istanza di rigetto provvisorio dell'opposizione proposta dalla locatrice, giudicando che il contratto di locazione costituiva valido titolo di rigetto.
B. La Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale di appello del Cantone Ticino, adita in data 21 settembre 2007 dalla conduttrice, ha respinto il gravame con la sentenza qui impugnata, con conseguenza di tassa e spese a carico della conduttrice soccombente.
C. Con ricorso in materia civile e ricorso sussidiario in materia costituzionale datato 17 marzo 2008, la conduttrice chiede la riforma della sentenza cantonale e la reiezione dell'istanza di rigetto provvisorio dell'opposizione. Con decreto 19 marzo 2008 è stata respinta la sua istanza di conferimento dell'effetto sospensivo al presente ricorso.
Nel merito non sono state chieste determinazioni.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 462 consid. 2).
1.2 Pronunciata in materia di esecuzione e fallimento, la sentenza impugnata sottostà al ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 2 lit. a LTF). Decisioni in tema di rigetto dell'opposizione sono finali ai sensi dell'art. 90 LTF (DTF 134 III 141 consid. 2; 133 III 399 consid. 1.4 pag. 400). Il valore di causa supera abbondantemente il minimo richiesto all'art. 74 cpv. 1 lit. b LTF. Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF), il gravame appare - con riguardo alle menzionate esigenze formali - ammissibile.
Peraltro, considerato che decisioni in tema di rigetto dell'opposizione non sono misure cautelari ai sensi dell'art. 98 LTF (DTF 133 III 399 consid. 1.5 pag. 400), la ricorrente può avvalersi di tutte le censure previste agli artt. 95 e 96 LTF, inclusa la violazione dei diritti fondamentali (art. 95 lit. a LTF; DTF 133 III 446 consid. 3.1 pag. 447; 133 I 201 consid. 1 pag. 203).
2. 2.1 Il Tribunale federale fonda la propria sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). L'accertamento dei fatti può essere censurato unicamente se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF oppure in maniera manifestamente inesatta (art. 97 cpv. 1 LTF); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio vigente sotto l'egida dell'abrogata legge sull'organizzazione giudiziaria (art. 90 cpv. 1 lit. b OG; DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta una violazione del diritto (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39). Poiché il divieto d'arbitrio rientra fra i diritti fondamentali, la censura relativa ad una sua violazione va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (art. 106 cpv. 2 LTF; in proposito, v. consid. 2.3 infra). Inoltre, la censura di arbitrio nell'accertamento dei fatti è ammissibile unicamente qualora l'eliminazione del vizio possa essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 LTF), ciò che il ricorrente deve puntualmente allegare e dimostrare.
2.2 Con ricorso in materia civile il ricorrente può far valere la violazione del diritto svizzero rispettivamente estero ai sensi degli artt. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Non è limitato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dalla motivazione dell'istanza inferiore. Può pertanto accogliere il gravame per un motivo diverso da quelli invocati, ma pure respingerlo con una motivazione diversa da quella adottata nella decisione impugnata (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). In considerazione delle esigenze di motivazione esposte all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lit. b LTF), il Tribunale federale esamina tuttavia di principio unicamente le censure sollevate; non è tenuto, come lo è invece un'autorità di prima istanza, ad esaminare tutte le questioni giuridiche possibili, se queste non gli vengono (più) riproposte (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1).
2.3 In applicazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF, il Tribunale federale esamina la pretesa violazione di diritti fondamentali soltanto se tale censura è stata espressamente invocata e motivata dal ricorrente. Come già sotto l'egida dell'art. 90 cpv. 1 lit. b OG, le cui esigenze restano determinanti per le censure sottoposte al principio dell'allegazione secondo l'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 133 III 638 consid. 2 pag. 639; Messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 pag. 3764, n. 4.1.4.5 pag. 3900), il ricorrente che lamenta una violazione del divieto d'arbitrio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale (DTF 133 III 585 consid. 4.1 pag. 589; 130 I 258 consid. 1.3 pag. 262), bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione precisa, che la decisione impugnata si fonda su un'applicazione della legge od un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (DTF 133 IV 286 consid. 1.4). Non basta, in particolare, che il ricorrente affermi l'arbitrarietà della decisione impugnata adducendo considerazioni generiche (DTF 133 III 589 consid. 2 pag. 591 s.; 125 I 492 consid. 1b). Il mancato rispetto di queste esigenze di motivazione conduce all'inammissibilità della censura (DTF 133 III 589 consid. 2 pag. 591 s.).
3. I giudici cantonali hanno preliminarmente esposto le condizioni per il rigetto provvisorio dell'opposizione giusta l'art. 82 cpv. 1 LEF, precisando che un contratto di locazione firmato dal conduttore rappresenta valido titolo esecutivo per la somma fissata dalle parti a titolo di garanzia. Si può in proposito rinviare alla sentenza impugnata (art. 109 cpv. 3 LTF).
La Corte cantonale ha poi affrontato la censura della qui ricorrente, secondo la quale una società terza, Z._ SA, sarebbe subentrata al suo posto assumendosi, quale nuova ed unica conduttrice, diritti e obblighi del contratto originario. Distinte, in diritto, la fattispecie della sublocazione (art. 262 CO) da quella del trasferimento della locazione (art. 263 CO), ha interpretato l'accordo fra le parti relativo alla posizione giuridica della Z._ SA quale sublocazione, e respinto l'eccezione di carenza di legittimazione passiva sollevata dalla conduttrice escussa.
Da ultimo, la Corte cantonale ha respinto l'obiezione della conduttrice, secondo la quale non vi sarebbe stato titolo esecutivo per l'importo di fr. 60'000.-- quale garanzia: al momento della disdetta, la garanzia - di fr. 90'000.-- in totale - era infatti totalmente esigibile da almeno un anno.
4. 4.1 La ricorrente ripropone anche avanti al Tribunale federale la propria eccezione di carenza di legittimazione passiva. Ribadisce che l'accordo del 14 dicembre 2004 non può essere interpretato quale contratto di sublocazione poiché venne firmato dalle tre parti e non solo da essa medesima e da Z._ SA. A favore di tale conclusione parlerebbe anche il fatto che l'accordo in questione indicherebbe chiaramente "che i diritti e gli obblighi del ristorante e del motel competono ad entrambe le conduttrici, ovvero la Z._ SA e la ricorrente".
4.2 Per determinare la natura del contratto fra la ricorrente e l'opponente, il Tribunale di appello ha interpretato l'accordo del 14 dicembre 2004. Purtroppo, non è dato di sapere se abbia accertato la reale volontà comune delle parti oppure attuato un'interpretazione normativa del contratto, come s'impone quando non è possibile determinare la reale volontà dei contraenti (art. 18 cpv. 1 CO; DTF 131 III 606 consid. 4.1). La questione rimane di attualità anche sotto l'egida della LTF, poiché l'accertamento della reale volontà delle parti, quale questione di fatto (DTF 133 III 675 consid. 3.3 pag. 681), sottostà unicamente alla censura per arbitrio e deve essere criticata in modo particolarmente preciso (supra consid. 2.1 e 2.3), mentre l'interpretazione normativa, quale questione di diritto, è esaminata con libera cognizione (supra consid. 2.2; DTF 133 III 675 consid. 3.3 pag. 682).
Ma tant'è: la censura della ricorrente, così com'è formulata, non merita comunque tutela. Se si ammette che i giudici di appello hanno accertato la reale volontà delle parti all'accordo del 14 dicembre 2004, il mero rinvio della ricorrente alla firma dell'accordo da parte dell'opponente non basta per far apparire insostenibile la conclusione della Corte cantonale, anche perché la ricorrente non spiega perché la firma da parte dell'opponente debba condurre necessariamente ad un'altra conclusione. Se, invece, si propende per l'interpretazione normativa, allora il ragionamento della ricorrente è errato: è vero, da un lato, che il consenso scritto del locatore è irrinunciabile per il trasferimento della locazione ad un terzo secondo l'art. 263 cpv. 1 CO. Tuttavia, non si può dedurre da quanto precede che vi è sublocazione ai sensi dell'art. 262 cpv. 1 CO soltanto se non vi sia consenso scritto, come sembra voler argomentare la ricorrente. Anche per la mera sublocazione, infatti, la legge esige il consenso del locatore. Certo, qui esso non deve essere espresso in una forma ben determinata, e può addirittura essere conferito tacitamente (Roger Weber, Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4a ed., 2007, n. 3 ad art. 262 CO); ma ciò non esclude che venga espresso in forma scritta, né tanto meno quale clausola del contratto fra locatore e sublocatore.
5. 5.1 La ricorrente obietta poi che, avendo la locatrice disdetto il contratto di locazione già al 19 dicembre 2005 con effetto al 31 dicembre 2006, quest'ultima avrebbe "pacificamente rinunciato alla prestazione di garanzia richiesta".
5.2 Avanti al Tribunale di appello, la ricorrente aveva ancora argomentato che l'importo di fr. 60'000.--, pagabile entro il 31 dicembre 2005, non era più dovuto. I giudici cantonali hanno respinto l'obiezione, rammentando che la garanzia, al momento della disdetta della locazione, era esigibile nella sua totalità da almeno un anno. Ci si potrebbe chiedere se la ricorrente, contestando oggi non solo il saldo di fr. 60'000.-- come avanti all'autorità cantonale, bensì l'integralità della garanzia, non formuli una conclusione nuova, e come tale inammissibile (art. 99 cpv. 2 LTF). Comunque sia, essa si avvale di un fatto - la pretesa rinuncia tacita dell'opponente ad esigere il versamento della garanzia - non accertato in istanza cantonale (art. 105 cpv. 1 LTF), dunque nuovo e pertanto inammissibile (art. 99 cpv. 1 LTF).
6. 6.1 Da ultimo, sempre per giustificare il venir meno del suo obbligo di pagare la garanzia in questione, la ricorrente contesta che continui ad occupare ancora attualmente l'oggetto locativo; la sentenza impugnata sarebbe arbitraria nel ritenere il contrario.
6.2 La Corte cantonale ha ritenuto in fatto, sulla base degli atti a sua disposizione, che per quanto noto la ricorrente continuava ad occupare l'oggetto della locazione. Una censura di arbitrio rivolta contro un tale accertamento di fatto sottostà ad esigenze di motivazione severe (supra consid. 2.3), che la mera invocazione del divieto d'arbitrio manifestamente non soddisfa. La censura è inammissibile.
7. Nel titolo del gravame, la ricorrente indica voler inoltrare anche un ricorso sussidiario in materia costituzionale. Nel corpo dello stesso, tuttavia, non vi fa più cenno alcuno, sicché va ritenuto che essa vi abbia rinunciato. In ogni caso, esso sarebbe comunque inammissibile, considerato che anche le censure scaturenti dal diritto costituzionale possono essere sollevate nel ricorso in materia civile (art. 95 lit. a LTF; v. anche art. 106 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 446 consid. 3.1, 545 consid. 5 pag. 552; 133 I 201 consid. 1 pag. 203).
8. Il ricorso deve essere, in conclusione, respinto nella misura in cui è ammissibile. Tassa e spese di giustizia sono da porre a carico della ricorrente soccombente (art. 66 cpv. 1 LTF). All'opponente, non chiamata ad esprimersi avanti al Tribunale federale, non sono dovute ripetibili (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.