Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 14./19. Februar 2007 verneinte die IV-Stelle des Kantons Thurgau, insbesondere gestützt auf das rheumatologische Gutachten von Dr. med. S._, Ärztin für Innere Medizin FMH spez. Rheumaerkrankungen (vom 4. Juli 2006) und das psychiatrische Gutachten von Dr. med. G._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie (vom 17. Juli 2006), einen mit Neuanmeldung vom 27. November 2005 geltend gemachten Rentenanspruch der 1954 geborenen A._, da ihr aus ärztlicher Sicht die Ausübung aller altersentsprechenden Tätigkeiten vollumfänglich mit normaler Leistungsfähigkeit zu 100 % zumutbar sei.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau (seit 1. Januar 2008 Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau) mit Entscheid vom 18. Oktober 2007 ab.
C. Die Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die Sache zur Ergänzung der medizinischen Abklärungen durch eine MEDAS an die IV-Stelle zurückzuweisen. Zudem wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die für die Beurteilung des umstrittenen Rentenanspruchs massgebenden Rechtsgrundlagen, einschliesslich die Grundsätze über den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten und die Beweiswürdigung (BGE 125 V 351 E. 3 S. 352 ff., 122 V 157 E. 1c S. 160 f., je mit Hinweisen; vgl. auch BGE 132 V 393 E. 4.1 S. 400) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Hinsichtlich der vorinstanzlich ebenfalls richtig wiedergegebenen Rechtsprechung, wonach Fibromyalgien (gleich wie anhaltende somatoforme Schmerzstörungen) grundsätzlich keine Invalidität begründen (BGE 132 V 65 E. 4 S. 70 ff. mit Hinweisen), ist zu präzisieren, dass Abweichendes nur gilt, wenn Umstände vorliegen, welche die Schmerzbewältigung intensiv und konstant behindern und den Wiedereinstieg in den Arbeitsprozess unzumutbar machen, weil die versicherte Person alsdann nicht über die für den Umgang mit den Schmerzen notwendigen Ressourcen verfügt. Ob ein solcher Ausnahmefall vorliegt, entscheidet sich im Einzelfall anhand verschiedener Kriterien. Im Vordergrund steht die Feststellung einer psychischen Komorbidität von erheblicher Schwere, Ausprägung und Dauer. Massgebend sein können auch weitere Faktoren, so: chronische körperliche Begleiterkrankungen; ein mehrjähriger, chronifizierter Krankheitsverlauf mit unveränderter oder progredienter Symptomatik ohne länger dauernde Rückbildung; ein sozialer Rückzug in allen Belangen des Lebens; ein verfestigter, therapeutisch nicht mehr beeinflussbarer innerseelischer Verlauf einer an sich missglückten, psychisch aber entlastenden Konfliktbewältigung (primärer Krankheitsgewinn; "Flucht in die Krankheit"); das Scheitern einer konsequent durchgeführten ambulanten oder stationären Behandlung (auch mit unterschiedlichem therapeutischem Ansatz) trotz kooperativer Haltung der versicherten Person. Je mehr dieser Kriterien zutreffen und je ausgeprägter sich die entsprechenden Befunde darstellen, desto eher sind - ausnahmsweise - die Voraussetzungen für eine zumutbare Willensanstrengung zu verneinen (BGE 132 V 65 E. 4.2.2 S. 71, 131 V 49 E. 1.2 S. 50 f.).
3. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Invalidenrente und in diesem Zusammenhang die Frage der verbliebenen Arbeitsfähigkeit.
3.1 Nach Würdigung der medizinischen Akten ist die Vorinstanz insbesondere gestützt auf die rheumatologische und psychiatrische Begutachtung durch die Dres. med. S._ und G._ (Expertisen vom 4. und 17. Juli 2006) zum Schluss gelangt, dass die Versicherte trotz ihrer subjektiven Beeinträchtigung nicht in relevantem Umfang in ihrer Arbeitsfähigkeit eingeschränkt ist.
Die Beschwerdeführerin bemängelt im angefochtenen Entscheid eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts gestützt auf das rheumatologische Gutachten, da diese Expertise keine Ausführungen zur Thematik der Fibromyalgie und insbesondere keine Begründung enthalte, weshalb keine Fibromyalgie zu diagnostizieren sei, was angesichts der Diagnose des Hausarztes jedoch unumgänglich gewesen sei. Sie sieht die Aktenwidrigkeit darin, dass die Berichte des Hausarztes vom 27. Juni 2001 und vom 26. Dezember 2005 die Diagnose Fibromyalgie enthielten, das rheumatologische Gutachten diese Diagnose in der Anamnese zwar erwähne, aber keine Begründung enthalte, weshalb keine Fibromyalgie zu diagnostizieren sei und die Vorinstanz auf dieses Gutachten abstelle. Zudem werde nicht dargetan, weshalb kein Ausnahmefall im Sinne der Rechtsprechung (BGE 132 V 65 E. 4.2.2 S. 71 f.) vorliege.
3.2 Der Beschwerdeführerin ist zwar darin beizupflichten, dass im rheumatologischen Gutachten tatsächlich eine Auseinandersetzung mit dem Vorliegen der anderweitig diagnostizierten Fibromyalgie zu erwarten gewesen wäre. Indessen ist dies vorliegend nicht von Bedeutung. So hat die Vorinstanz das Vorliegen einer Fibromyalgie letztlich offengelassen und sich auf die Feststellung beschränkt, diese würde die Arbeitsfähigkeit nicht beeinträchtigen, da die weitern Faktoren nicht in ausreichendem Mass gegeben seien. Welche dies allerdings sachverhaltsmässig im Einzelnen sind, lässt sich dem angefochtenen Entscheid nicht konkret entnehmen, was es zu beanstanden gilt. Von einer Rückweisung zur Vervollständigung des Sachverhalts kann jedoch vorliegend abgesehen werden, da sich dieser aus den Akten, insbesondere dem rheumatologischen und dem psychiatrischen Gutachten ergibt (Art. 105 Abs. 2 BGG). Gestützt darauf ist zum einen offenkundig, dass es an einer psychischen Komorbidität von erheblicher Schwere fehlt. Zudem sind entgegen der Beschwerdeführerin auch weitere Kriterien, welche die Annahme einer fibromyalgiebedingten Arbeitsunfähigkeit ausnahmsweise rechtfertigen könnten, nicht erfüllt. Insbesondere sind weder chronische körperliche Begleiterkrankungen noch eine fehlende Funktion der psychischen Konfliktbewältigung erstellt. Ein relevanter sozialer Rückzug in allen Belangen des Lebens, d.h. ein schwerwiegender, nahezu umfassender sozialer Rückzug mit gleichsam apathischem Verharren in sozialer Isolierung (BGE 130 V 352 E. 3.3.2 S. 358), ist ebenfalls nicht ausgewiesen, so kann dieser nicht allein in der Aufgabe der selbständigen Erwerbstätigkeit als Wirtin gesehen werden, selbst wenn sich ihr soziales Leben vorwiegend in der Gastwirtschaft abgespielt hat, wie geltend gemacht wird. Auch das Scheitern einer konsequent durchgeführten ambulanten oder stationären Behandlung trotz kooperativer Haltung ist aufgrund der medizinischen Akten nicht erstellt. Überdies ist zu erwähnen, dass das Spital X._ die Fibromyalgie als derzeit (Februar 2007) wenig aktiv beschrieb. Von einer ergänzenden medizinischen Abklärung bei einer MEDAS, wie beantragt, sind in Bezug auf die weitern Kriterien keine neuen Erkenntnisse zu erwarten, weshalb darauf verzichtet wird (antizipierte Beweiswürdigung; BGE 124 V 90 E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162). Unter diesen Umständen lässt sich der von der Vorinstanz gezogene Schluss, dass die Arbeitsfähigkeit nicht relevant eingeschränkt ist, im Ergebnis nicht beanstanden. Die Einwendungen der Beschwerdeführerin vermögen daran nichts zu ändern. Sie sind nicht geeignet, die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen als mangelhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG oder den angefochtenen Entscheid als bundesrechtswidrig (Art. 95 BGG) erscheinen zu lassen. Hinsichtlich der vom Gericht vorgenommenen Invaliditätsbemessung schliesslich wird mangels entsprechender Parteivorbringen auf die tatsächlich wie rechtlich korrekten Ausführungen im kantonalen Entscheid verwiesen.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und 4 lit. a BGG). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Gesuch um unentgeltliche Prozessführung (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde angesichts der teilweise mangelhaften Begründung des angefochtenen Entscheides nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 125 V 201 E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu im Stande ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes einstweilen auf die Gerichtskasse genommen.
4. Fürsprecher Marc Brügger-Kuret, Weinfelden, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1000.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Oktober 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter