Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Der angefochtene Entscheid wurde der Beschwerdeführerin am 12. August 2009 zugestellt. Die Beschwerde musste dem Bundesgericht daher bis zum 14. September 2009 eingereicht werden (Art. 100 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG). Die Ergänzung und Erweiterung vom 28. September 2009 (act. 6) ist verspätet. Darauf ist nicht einzutreten.
2. Die Beschwerde richtet sich dagegen, dass auf zwei Strafanzeigen wegen ungetreuer Amtsführung, Urkundenfälschung und Amtsgeheimnisverletzung nicht eingetreten und im angefochtenen Entscheid eine dagegen gerichtete Beschwerde abgewiesen wurden, soweit darauf einzutreten war. Da die Staatsanwaltschaft am kantonalen Verfahren beteiligt war, ist die Beschwerdeführerin indessen nicht Privatstrafklägerin im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 BGG. Da sie durch die angezeigten Straftaten nicht in ihrer körperlichen, psychischen oder sexuellen Integrität unmittelbar beeinträchtigt wurde, ist sie auch nicht Opfer im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG in Verbindung mit Art. 1 Abs. 1 OHG). Als Geschädigte, die nicht Opfer ist, ist sie zur vorliegenden Beschwerde nicht legitimiert (BGE 133 IV 228). Darauf ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
3. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Monn