Faits:
Faits:
A. Par décision du 30 janvier 2004, le département genevois de l'aménagement, de l'équipement et du logement, devenu depuis lors le département des constructions et des technologies (ci-après: le département) a octroyé à la société D._ Développement l'autorisation de construire un bâtiment industriel ainsi que des dépôts et parkings, sur la parcelle 155 de la commune de Lancy, alors propriété de D._ Entreprise Générale.
La parcelle est sise en zone 5, développement industriel et artisanal, et est régie par un plan localisé de quartier adopté le 5 mars 2003 par le Conseil d'Etat.
L'autorisation de construire, n'ayant pas été contestée, est entrée en force.
L'autorisation de construire, n'ayant pas été contestée, est entrée en force.
B. D._ Développement a par la suite renoncé à son projet d'affecter le bâtiment à des activités industrielles et artisanales pour son groupe, en faveur de la société E._ qui entendait y regrouper ses bureaux.
Par requête du 4 octobre 2005, D._ Développement a donc sollicité une autorisation de construire complémentaire portant sur la modification des entrées et des façades, la suppression des puits de lumière et l'adjonction d'un attique dans le bâtiment du projet déjà autorisé, dans le but de permettre l'installation de E._.
Par courrier du 23 novembre 2005, le Conseil d'Etat a confirmé au directeur de E._ qu'il estimait que l'implantation de la société dans l'immeuble était compatible avec les dispositions légales et réglementaires régissant la zone industrielle.
Le 30 janvier 2006, le département a délivré l'autorisation complémentaire requise.
Le 30 janvier 2006, le département a délivré l'autorisation complémentaire requise.
C. Le 6 mars 2006, la Fédération B._ (ci-après: la Fédération) a recouru auprès de la commission cantonale de recours en matière de construction (ci-après: la commission), contre l'autorisation complémentaire délivrée le 30 janvier 2006 et contre le courrier du Conseil d'Etat du 23 novembre 2005. Elle a conclu à leur annulation.
Les sociétés D._ se sont déterminées sur le recours. Elles ont à cette occasion précisé que la fondation de placement F._ était devenue propriétaire de la parcelle concernée le 16 décembre 2005.
Les sociétés D._ se sont déterminées sur le recours. Elles ont à cette occasion précisé que la fondation de placement F._ était devenue propriétaire de la parcelle concernée le 16 décembre 2005.
D. Le 5 mai 2006, la société C._ a demandé à intervenir dans la procédure. Elle a expliqué être propriétaire de bâtiments destinés aux activités du secteur tertiaire dans la commune de Vernier. Deux sociétés rachetées par E._ y louaient déjà des locaux et des pourparlers avaient eu lieu avec cette dernière en vue de l'implantation de son centre administratif à cet endroit. Suite au prononcé litigieux, elle perdait un locataire potentiel, et certainement aussi des locataires actuels. Elle a dès lors également conclu à l'annulation des décisions attaquées.
D. Le 5 mai 2006, la société C._ a demandé à intervenir dans la procédure. Elle a expliqué être propriétaire de bâtiments destinés aux activités du secteur tertiaire dans la commune de Vernier. Deux sociétés rachetées par E._ y louaient déjà des locaux et des pourparlers avaient eu lieu avec cette dernière en vue de l'implantation de son centre administratif à cet endroit. Suite au prononcé litigieux, elle perdait un locataire potentiel, et certainement aussi des locataires actuels. Elle a dès lors également conclu à l'annulation des décisions attaquées.
E. Le 22 juin 2006, D._ Entreprise Générale a transféré ses activités d'entreprise générale à A._ Entreprise Générale. Simultanément, cette dernière a pris X._ comme nouvelle raison sociale. Le 30 juin 2006, X._ a absorbé par fusion D._ Développement, laquelle a été radiée du registre du commerce.
E. Le 22 juin 2006, D._ Entreprise Générale a transféré ses activités d'entreprise générale à A._ Entreprise Générale. Simultanément, cette dernière a pris X._ comme nouvelle raison sociale. Le 30 juin 2006, X._ a absorbé par fusion D._ Développement, laquelle a été radiée du registre du commerce.
F. Par décision du 8 septembre 2006, la commission a déclaré irrecevables tant le recours formé par la Fédération que l'intervention de C._.
Elle a estimé qu'elle n'était pas compétente pour examiner la nature juridique de la lettre du Conseil d'Etat du 23 novembre 2005, puisque un tel recours aurait de toute façon été irrecevable en vertu de l'art. 145 al. 1 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI).
Elle a pour le surplus dénié à la Fédération la qualité pour recourir au sens de l'art. 145 al. 3 LCI. L'irrecevabilité du recours de la Fédération entraînait celle de l'intervention, rendant ainsi l'examen du bien-fondé de cette dernière superflu.
Elle a pour le surplus dénié à la Fédération la qualité pour recourir au sens de l'art. 145 al. 3 LCI. L'irrecevabilité du recours de la Fédération entraînait celle de l'intervention, rendant ainsi l'examen du bien-fondé de cette dernière superflu.
G. Le 23 octobre 2006, la Fédération a recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre la décision de la commission. Le 24 novembre 2006, C._ a appuyé les conclusions prises par la Fédération. X._ a également répondu au recours.
G. Le 23 octobre 2006, la Fédération a recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre la décision de la commission. Le 24 novembre 2006, C._ a appuyé les conclusions prises par la Fédération. X._ a également répondu au recours.
H. Le 15 février 2007, X._ a informé le Tribunal administratif qu'une nouvelle autorisation de construire complémentaire avait été délivrée le 8 décembre 2006, laquelle n'avait fait l'objet d'aucun recours.
H. Le 15 février 2007, X._ a informé le Tribunal administratif qu'une nouvelle autorisation de construire complémentaire avait été délivrée le 8 décembre 2006, laquelle n'avait fait l'objet d'aucun recours.
I. Par arrêt du 24 avril 2007, le Tribunal administratif, reconnaissant la qualité pour recourir de la Fédération, a admis le recours et a renvoyé le dossier à la commission pour décision sur le fond ainsi que sur la recevabilité de l'intervention de C._. Il a également jugé que la commission aurait dû examiner la qualification juridique de la lettre du Conseil d'Etat du 23 novembre 2005 et, le cas échéant, les conditions d'une éventuelle nullité, vu l'incompétence indéniable de cette autorité en la matière.
I. Par arrêt du 24 avril 2007, le Tribunal administratif, reconnaissant la qualité pour recourir de la Fédération, a admis le recours et a renvoyé le dossier à la commission pour décision sur le fond ainsi que sur la recevabilité de l'intervention de C._. Il a également jugé que la commission aurait dû examiner la qualification juridique de la lettre du Conseil d'Etat du 23 novembre 2005 et, le cas échéant, les conditions d'une éventuelle nullité, vu l'incompétence indéniable de cette autorité en la matière.
J. Selon les pièces déposées par la recourante, X._ a, le 9 février 2007, modifié sa raison sociale en A._.
J. Selon les pièces déposées par la recourante, X._ a, le 9 février 2007, modifié sa raison sociale en A._.
K. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 24 avril 2007 et de constater que la Fédération n'a pas la qualité pour recourir. Subsidiairement, elle demande que la procédure soit renvoyée au Tribunal administratif afin qu'il soit procédé à une instruction complète sur l'existence de la Fédération et sur son éventuelle qualité pour recourir. Elle se plaint d'une constatation incomplète des faits pertinents et invoque un déni de justice formel.
Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département conclut à l'admission du recours. La Fédération et C._ concluent à son rejet.
Considérant en droit:
Considérant en droit:
1. La décision attaquée ayant été rendue après le 1er janvier 2007, la loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF) est applicable à la présente procédure de recours (art. 132 al. 1 LTF).
1. La décision attaquée ayant été rendue après le 1er janvier 2007, la loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF) est applicable à la présente procédure de recours (art. 132 al. 1 LTF).
2. Le recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF dirigé contre une décision fondée sur des normes cantonales de droit public est ouvert, dès lors que la voie du recours devant le Tribunal administratif fédéral n'est pas disponible. Par ailleurs, aucune des exceptions à l'art. 83 LTF n'est réalisée.
2. Le recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF dirigé contre une décision fondée sur des normes cantonales de droit public est ouvert, dès lors que la voie du recours devant le Tribunal administratif fédéral n'est pas disponible. Par ailleurs, aucune des exceptions à l'art. 83 LTF n'est réalisée.
3. L'arrêt attaqué ne met pas fin à la procédure, puisqu'il tranche une question de légitimation active et renvoie la cause à l'autorité de première instance pour instruction et jugement de la cause sur le fond. S'agissant d'une décision incidente, la recevabilité du recours doit par conséquent être examinée au regard des art. 92 et 93 LTF.
Dès lors que la décision ne porte pas sur la compétence ou sur une demande de récusation (art. 92 LTF), elle ne peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si une des deux conditions suivantes est remplie: soit elle est susceptible de causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF), - ce qui n'est pas le cas en l'espèce -, soit l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF). Cette dernière condition est reprise de la règle de l'art. 50 al. 1 OJ (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4000 ss, not. p. 4131; arrêt 1C_86/2007 du 31 octobre 2007 consid. 1.2, destiné à la publication).
En l'espèce, cette dernière condition est remplie car si le Tribunal fédéral devait admettre que l'autorité cantonale avait arbitrairement reconnu à la Fédération la qualité pour recourir sur le plan cantonal, le litige prendrait immédiatement fin. Il convient dès lors d'entrer en matière.
En l'espèce, cette dernière condition est remplie car si le Tribunal fédéral devait admettre que l'autorité cantonale avait arbitrairement reconnu à la Fédération la qualité pour recourir sur le plan cantonal, le litige prendrait immédiatement fin. Il convient dès lors d'entrer en matière.
4. La recourante expose que dans l'arrêt ATA/251/2004 au terme duquel le Tribunal administratif avait reconnu la qualité pour recourir de la Fédération sur la base de l'art. 145 al. 3 LCI, l'autorité cantonale avait examiné la structure de l'association, notamment l'organisation et le rôle de l'assemblée générale, les compétences respectives de cette dernière et du comité ainsi que le déroulement de la vie associative.
Or, l'ATA/251/2004 n'aurait pas pris en compte la modification des statuts de la Fédération intervenue le 27 octobre 2004. L'organisation de la Fédération selon les statuts de 2004 et selon ceux de 2002 ne serait cependant pas comparable. Le Tribunal administratif ne pouvait dès lors se contenter de se référer à cet arrêt.
Or, l'ATA/251/2004 n'aurait pas pris en compte la modification des statuts de la Fédération intervenue le 27 octobre 2004. L'organisation de la Fédération selon les statuts de 2004 et selon ceux de 2002 ne serait cependant pas comparable. Le Tribunal administratif ne pouvait dès lors se contenter de se référer à cet arrêt.
5. Selon l'art. 33 al. 2 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700), le droit cantonal doit prévoir au moins une voie de recours contre les décisions et les plans d'affectation fondés sur la LAT et sur les dispositions cantonales et fédérales d'exécution. L'art. 33 al. 3 let. a LAT ajoute que le droit cantonal doit en outre reconnaître la qualité pour recourir au moins dans les mêmes limites que pour le recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral. L'art. 111 LTF prévoit du reste également que la qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral.
En l'espèce, seul est toutefois en cause le droit cantonal, puisque le droit fédéral (art. 89 al. 2 let. d LTF, art. 12 de la loi du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage [LPN; RS 451], art. 55 de la loi du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement [LPE; RS 814.01]) ne contraint pas les cantons à reconnaître la qualité pour recourir à une association telle que la Fédération.
En l'espèce, seul est toutefois en cause le droit cantonal, puisque le droit fédéral (art. 89 al. 2 let. d LTF, art. 12 de la loi du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage [LPN; RS 451], art. 55 de la loi du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement [LPE; RS 814.01]) ne contraint pas les cantons à reconnaître la qualité pour recourir à une association telle que la Fédération.
6. L'art. 145 al. 3 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI) reconnaît la qualité pour agir auprès de la Commission cantonale de recours aux associations d'importance cantonale ou actives depuis plus de trois ans qui, aux termes de leurs statuts, se vouent par pur idéal à l'étude de questions relatives à l'aménagement du territoire, à la protection de l'environnement ou à la protection des monuments, de la nature et des sites.
6. L'art. 145 al. 3 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI) reconnaît la qualité pour agir auprès de la Commission cantonale de recours aux associations d'importance cantonale ou actives depuis plus de trois ans qui, aux termes de leurs statuts, se vouent par pur idéal à l'étude de questions relatives à l'aménagement du territoire, à la protection de l'environnement ou à la protection des monuments, de la nature et des sites.
7. Le Tribunal fédéral revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal, respectivement du droit communal, sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
7. Le Tribunal fédéral revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal, respectivement du droit communal, sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
8. En l'espèce, le Tribunal administratif a jugé que l'association était active depuis plus de trois ans, de sorte qu'elle a estimé qu'il n'était pas nécessaire d'examiner si elle pouvait au surplus être considérée comme une association d'importance cantonale. Elle a également conclu que la Fédération se vouait, par pur idéal, à l'étude de questions relatives à l'aménagement du territoire et à la protection de l'environnement, les buts de l'association n'ayant pas été touchés par la modification statutaire de 2004. Enfin, elle a relevé que la décision de recourir avait été prise par l'organe compétent.
8. En l'espèce, le Tribunal administratif a jugé que l'association était active depuis plus de trois ans, de sorte qu'elle a estimé qu'il n'était pas nécessaire d'examiner si elle pouvait au surplus être considérée comme une association d'importance cantonale. Elle a également conclu que la Fédération se vouait, par pur idéal, à l'étude de questions relatives à l'aménagement du territoire et à la protection de l'environnement, les buts de l'association n'ayant pas été touchés par la modification statutaire de 2004. Enfin, elle a relevé que la décision de recourir avait été prise par l'organe compétent.
9. Dans le cas particulier, la recourante ne soutient pas que l'art. 145 al. 3 LCI aurait été interprété arbitrairement. Elle ne conteste pas la conclusion du Tribunal administratif selon laquelle la Fédération serait une association active depuis plus de trois ans et qu'au terme de ses statuts, elle se vouerait par pur idéal à l'étude de questions relatives à l'aménagement du territoire notamment.
Les seules critiques de la recourante se réfèrent vainement à l'état de fait prétendument lacunaire de l'arrêt attaqué. Les griefs formulés par la recourante en rapport avec le fonctionnement interne de l'association ne sont en effet pas pertinents, l'art. 145 al. 3 LCI ne postulant aucune exigence à cet égard. Certes, il apparaît que le Tribunal administratif a, par le passé, été plus strict à l'égard de la Fédération, mais la recourante ne démontre pas en quoi une pratique plus souple serait constitutive d'arbitraire, de sorte que le grief doit être rejeté.
Les seules critiques de la recourante se réfèrent vainement à l'état de fait prétendument lacunaire de l'arrêt attaqué. Les griefs formulés par la recourante en rapport avec le fonctionnement interne de l'association ne sont en effet pas pertinents, l'art. 145 al. 3 LCI ne postulant aucune exigence à cet égard. Certes, il apparaît que le Tribunal administratif a, par le passé, été plus strict à l'égard de la Fédération, mais la recourante ne démontre pas en quoi une pratique plus souple serait constitutive d'arbitraire, de sorte que le grief doit être rejeté.
10. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 LTF). Cette dernière versera également une indemnité de dépens aux intimées (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 1'000 fr., à payer à la Fédération B._ à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 1'000 fr., à payer à la Fédération B._ à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Une indemnité de 1'000 fr., à payer à C._ à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Une indemnité de 1'000 fr., à payer à C._ à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 28 novembre 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La greffière:
Féraud Truttmann