Erwägungen:
1. Das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau wies mit Verfügung vom 10. Juli 2007 ein Ablehnungsbegehren von X._ gegen den Bezirksamtsmann von Zofingen sowie den I. Staatsanwalt des Kantons Aargau ab. Dagegen gelangte X._ an das Bundesgericht, welches die Beschwerde in Strafsachen mit Urteil vom 29. Februar 2008 abwies, soweit es darauf eintrat (Verfahren 1B_189/2007).
2. Mit Eingabe vom 7. April 2008 ersucht X._ um Revision des bundesgerichtlichen Urteils vom 29. Februar 2008. Er beruft sich auf Art. 121 lit. d BGG und rügt, das Bundesgericht sei fälschlicherweise davon ausgegangen, Oberrichter Richli habe als Vizepräsident der Beschwerdekammer in Strafsachen entschieden. Im Zeitpunkt der umstrittenen Verfügung sei Oberrichter Richli bloss ein Mitglied der Beschwerdekammer und nicht deren Vizepräsident gewesen.
2.1 Wegen Verletzung von Verfahrensvorschriften kann die Revision nach Art. 121 lit. d BGG verlangt werden, wenn das Gericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat. Dieser Revisionsgrund setzt voraus, dass "erhebliche Tatsachen" unberücksichtigt geblieben sind, das heisst solche, die zugunsten des Gesuchstellers zu einer anderen Entscheidung geführt hätten, wenn sie berücksichtigt worden wären (BGE 122 II 17 E. 3 S. 18 f.). Es besteht kein Grund, Art. 121 lit. d BGG nicht in gleicher Weise wie den entsprechenden Art. 136 lit. d des früheren Bundesrechtspflegegesetzes (OG) auszulegen.
2.2 Mit dem nicht näher belegten Willkürvorwurf vermag der Gesuchsteller nicht darzulegen, inwiefern er die von ihm behauptete Tatsache für wesentlich hält und weshalb er annimmt, der bundesgerichtliche Entscheid wäre zu seinen Gunsten anders ausgefallen, wenn das Bundesgericht davon ausgegangen wäre, dass Oberrichter Richli als blosses Mitglied der Beschwerdekammer über das Ablehnungsbegehren befunden hätte. Dem Revisionsgesuch fehlt somit die rechtsgenügliche Begründung.
2.3 Selbst wenn es zuträfe, dass Oberrichter Richli bloss als Mitglied der Beschwerdekammer und nicht als deren Vizepräsident über das Ablehnungsbegehren befand, wäre dies im Übrigen nicht geeignet, das angefochtene Urteil zu ändern. Oberrichter Richli war einer von den vier Oberrichtern der Beschwerdekammer. Für das Ablehnungsbegehren des Gesuchstellers wurde er als Instruktionsrichter eingesetzt. Entscheidet er in dieser Stellung über ein gemäss § 43 Abs. 3 Ziff. 1 StPO in die Zuständigkeit des Präsidenten der Beschwerdekammer fallendes Verfahren, ist dies unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden, zumal § 59 Abs. 1 des kantonalen Gerichtsorganisationsgesetzes eine Vertretung zulässt.
3. Es ergibt sich, dass das Revisionsbegehren abzuweisen ist, soweit darauf einzutreten ist. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsgesuch wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Gesuchsteller, der Staatsanwaltschaft und dem Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli