Sachverhalt:
A. Das Kriminalgericht des Kantons Luzern sprach X._ mit Kontumazialurteil vom 13. Februar 1998 unter anderem des vollendeten Mordversuchs und der mehrfachen Gefährdung des Lebens schuldig. Es verurteilte ihn zu 15 Jahren Zuchthaus.
B. Auf Gesuch von X._ hob das Kriminalgericht des Kantons Luzern das Urteil vom 13. Februar 1998 am 18. Oktober 2007 auf und beurteilte die damaligen Straftaten sowie weitere in der Zwischenzeit begangene Taten neu. Es verurteilte X._ wegen vollendeten Mordversuchs, mehrfacher Gefährdung des Leben, mehrfachen Diebstahls, mehrfachen versuchten Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung, mehrfachen Hausfriedensbruchs, mehrfacher Geldwäscherei, Gebrauchs eines gefälschten Ausweises, illegaler Einreise und illegalen Aufenthalts in der Schweiz, mehrfacher Widerhandlung gegen die ehemalige Verordnung über den Erwerb und das Tragen von Schusswaffen durch jugoslawische Staatsangehörige, Verletzung der Verkehrsregeln durch Überschreiten der signalisierten Höchstgeschwindigkeit und mehrfacher Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, begangen als schwerer Fall, zu einer Freiheitsstrafe von 14 Jahren, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Bezirksgerichts Prizren/Republik Serbien vom 30. August 2004.
C. Das Obergericht des Kantons Luzern hob den Schuldspruch betreffend den Vorwurf der mehrfachen Geldwäscherei mit Urteil vom 28. August 2008 auf Appellation von X._ hin auf und stellte das Verfahren wegen Verletzung von Verkehrsregeln durch Überschreiten der signalisierten Höchstgeschwindigkeit zufolge Eintritts der Verjährung ein. Im Übrigen bestätigte es die erstinstanzlichen Schuldsprüche und verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von 13 Jahren und 8 Monaten, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Bezirksgerichts Prizren/Republik Serbien vom 30. August 2004.
D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, er sei anstelle des vollendet versuchten Mordes wegen versuchter vorsätzlicher Tötung nach Art. 111 i.V.m. Art. 22 Abs. 1 aStGB zu verurteilen und vom Vorwurf der mehrfachen Gefährdung des Lebens freizusprechen. Das Verfahren wegen mehrfacher Sachbeschädigung, mehrfachen Hausfriedensbruchs und mehrfacher Widerhandlung gegen die ehemalige Verordnung über den Erwerb und das Tragen von Schusswaffen durch jugoslawische Staatsangehörige sei infolge Eintritts der Verfolgungsverjährung einzustellen. Für seine Taten sei er mit einer Freiheitsstrafe von maximal 4 1⁄2 Jahren zu bestrafen, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Bezirksgerichts Prizren vom 30. August 2004. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig stellt er den Antrag um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Erwägungen
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verneine zu Unrecht eine Notwehrlage im Zusammenhang mit der Schussabgabe auf Y._. Dadurch verletze sie Bundesrecht. Am Vorabend der Tat sei seine sechzehnjährige Schwester Z._ nicht von der Arbeit nach Hause gekommen. Er habe befürchtet, sie sei entführt worden. Gegen 23 Uhr hätten ihm zwei Personen im Auftrag Y._ mitgeteilt, seine Schwester halte sich bei ihrem Freund bzw. dessen Bruder A._ auf. Sie hätten ein Treffen am kommenden Tag um 12 Uhr am Bahnhof Sursee vereinbart. Am Tattag um ca. 11.30 Uhr habe er dort nicht seine Schwester, sondern Y._ angetroffen. Aufgrund des Gesichtsausdrucks, der Körperhaltung und einer Bewegung der rechten Hand zur Hüfte sei er überzeugt gewesen, Y._ sei bewaffnet und werde schiessen. Er habe im Schock seine Waffe ergriffen, geladen und dreimal auf sein Opfer geschossen. Dieses sei hingefallen, habe jedoch Bewegungen gemacht, welche er dahingehend interpretiert habe, dass es zur Waffe greife. Aus diesem Grund habe er weitere sechs Mal in die Beine des am Boden liegenden Opfers geschossen. Selbst wenn man davon ausgehe, dass keine Notwehrlage bestanden habe, sei er von einer solchen ausgegangen. Er sei überzeugt gewesen, sein Opfer sei bewaffnet und es komme zu einer Auseinandersetzung.
1.2 Die Vorinstanz stellt zum Sachverhalt fest, die im Elternhaus wohnhafte 17-jährige Z._ habe im August 1995 eine Beziehung zu A._ begonnen, welche ihr Vater missbilligt habe. Am 14. Mai 1996 sei sie abends nicht wie gewohnt ins Elternhaus zurückgekehrt. An diesem Abend hätten zwei Personen den im selben Haus wohnhaften Beschwerdeführer um ca. 23 Uhr im Auftrag von Y._, dem älteren Bruder von A._, informiert, dass Z._ nun mit A._ zusammen sei und er sich Z._ "genommen" habe. Der Beschwerdeführer habe darauf ausrichten lassen, er wolle A._ und seine Schwester Z._ am folgenden Tag während seiner Mittagspause am Bahnhof Sursee treffen, um ihnen zu gratulieren.
A._ und Z._ hätten am 15. Mai 1996 im Restaurant des Bahnhofs Sursee auf den Beschwerdeführer gewartet, während Y._ um 11.30 Uhr nach dem Beschwerdeführer Ausschau gehalten habe. Dieser sei per Auto eingetroffen und Y._ sei auf ihn zugegangen. Der Beschwerdeführer sei aus dem Auto ausgestiegen, habe seine Pistole gezogen und aus einer Distanz von ungefähr vier bis fünf Metern mehrmals auf Y._ geschossen. Nach einer kurzen Pause habe der Beschwerdeführer weitere Schüsse auf das inzwischen am Boden liegende Opfer abgegeben. Insgesamt habe er mindestens zehnmal geschossen, wobei er das Opfer neunmal getroffen und dabei lebensgefährlich verletzt habe. Das Opfer habe ebenfalls eine Waffe mitgeführt. Der Beschwerdeführer habe diese jedoch nicht gesehen, weil es sie nicht hervorgeholt habe. Der Beschwerdeführer hingegen sei schussbereit gewesen und habe umgehend nach der Begegnung wortlos auf sein Opfer geschossen. Insbesondere bei der zweiten Serie von Schüssen, als das von drei Schüssen in den Oberkörper bzw. Bauch getroffene Opfer wehrlos am Boden lag, habe er nicht mehr befürchten müssen, dass es noch eine Waffe ziehe und auf ihn schiesse. Aus den tatsächlichen Feststellungen schliesst die Vorinstanz, es habe keine Bedrohungs- bzw. Notwehrsituation vorgelegen.
1.3 Wird jemand ohne Recht angegriffen oder unmittelbar mit einem Angriff bedroht, so ist der Angegriffene und jeder andere berechtigt, den Angriff in einer den Umständen angemessenen Weise abzuwehren (Art. 15 StGB).
Die Feststellungen der Vorinstanz zum Sachverhalt prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (Art. 97 Abs. 1 BGG). Hingegen stellt die Schlussfolgerung, ob gestützt auf die festgestellten Tatsachen ein Angriff im Sinne von Art. 15 StGB vorliegt, eine Rechtsfrage dar, welche das Bundesgericht frei überprüft. Die Rügen in der Beschwerdeschrift müssen klar und detailliert erhoben und belegt werden. Die Verletzung des Willkürverbots prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer muss sich dazu mit den Entscheidgründen der Vorinstanz auseinandersetzen und präzise angeben, worin er die Rechtsverletzung erblickt bzw. inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 134 V 53 E. 3.3. S. 60 mit Hinweisen; 134 II 244 E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; 130 I 258 E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid wird nicht eingetreten
1.4 Der Beschwerdeführer legt in der Rechtsschrift weitgehend seine eigene Sicht des Sachverhalts und der Beweiswürdigung dar, ohne sich mit der Begründung der Vorinstanz auseinanderzusetzen. Er erhebt weder den Vorwurf der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung noch begründet er diese Rügen. Soweit seine Darstellung von jener der Vorinstanz abweicht (z.B. zum gesamten Tatablauf, zu seinem Wissen und Willen bei der Tatausführung bzw. zur Situation der Schwester Z._ und zum Grund ihres Fernbleibens, zur Beweiswürdigung der Aussagen und zu den Traditionen seiner Familie), genügt er seiner Rügepflicht nicht und vermag er keine Willkür darzutun. Auf seine diesbezüglichen Vorbringen ist nicht einzutreten.
1.5 Gestützt auf die Feststellungen der Vorinstanz hat der Beschwerdeführer ohne Vorwarnung unmittelbar nach der Begegnung wortlos das Feuer auf sein Opfer eröffnet, welches seine Waffe nicht gezogen hat. Selbst wenn man die Möglichkeit berücksichtigt, das Opfer habe eine Handbewegung zur Hüfte gemacht, so begründet dies keinen unmittelbar drohenden Angriff auf die Rechtsgüter des Beschwerdeführers, weil er die Waffe nicht gesehen und das Opfer die mitgeführte Waffe nicht gegen ihn eingesetzt hat - z.B. durch Anfassen, Zeigen, Hervorholen oder Zielen. Alleine die Präsenz des Opfers sowie die fehlende Anwesenheit seiner Schwester und ihres Freundes eine halbe Stunde vor dem vom Beschwerdeführer genannten Zeitpunkt begründen keine Bedrohungssituation im Sinne von Art. 15 StGB bzw. aArt. 33 Abs. 1 StGB. Er musste als Initiant des Treffens mit seiner Schwester und A._ auch mit der Anwesenheit weiterer Mitglieder der Familie B._ rechnen. Er durfte nicht davon ausgehen, dass ihm dadurch eine Gefahr droht, zumal er weder behauptet, es seien im Vorfeld des Treffens Drohungen von Seiten der Familie B._ gefallen noch die Vorinstanz dahingehende Feststellungen gemacht hat. Die vom Beschwerdeführer angeführte Körperhaltung und der Gesichtsausdruck des Opfers lassen ebensowenig auf eine Notwehrsituation schliessen, weil der Beschwerdeführer unmittelbar nach dem Aussteigen aus seinem Fahrzeug wortlos das Feuer auf sein Opfer eröffnete, ohne sich durch ein vorgängiges Gespräch einen Überblick über die Situation zu verschaffen. Auch in subjektiver Hinsicht konnte der Beschwerdeführer nicht von einer Notwehrlage ausgehen, sah er doch die Waffe seines Opfers nicht und vermutete er nach den Feststellungen der Vorinstanz bereits vor dem Tattag eine Beziehung von Z._ zu A._. Darüber sowie über die Tatsache, das Z._ nicht entführt worden war, hatte er am Vorabend der Tat Gewissheit. Gestützt auf die festgestellten tatsächlichen Umstände hat die Vorinstanz zu Recht eine Notwehrsituation in objektiver und subjektiver Hinsicht nach Art. 15 StGB bzw. aArt. 33 Abs. 1 StGB verneint.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt die rechtliche Qualifikation der Tat durch die Vorinstanz. Es fehle ihm am direkten Vorsatz bezüglich der versuchten Tötung, was sich aus der Lage der Treffer ergebe. Er hätte auf den Kopf, in das Herz oder in Richtung Oberkörper geschossen bzw. das Magazin leergeschossen, wenn er sein Opfer mit direktem Vorsatz hätte töten wollen. Es liege lediglich Eventualvorsatz vor, da er den Tod des Opfers aufgrund der Schussabgabe in Richtung Bauch in Kauf genommen habe.
Nicht zutreffend sei auch die rechtliche Würdigung der Tat als Mordversuch im Sinne von Art. 112 StGB i.V.m. aArt. 22 Abs. 1 StGB. Er habe weder einen Tat- noch Fluchtplan gehabt. Hätte er die Sache geplant, so hätte er nicht auf Y._, sondern auf A._, den Freund der Schwester, schiessen müssen. Das Bargeld von Fr. 700.-- habe er für den Familieneinkauf mit sich geführt. Es sei auch nicht unüblich, den Pass auf sich zu tragen. Er sei von einer Entführung seiner Schwester ausgegangen und für ihn habe eine Bedrohungssituation vorgelegen. Die Drohungen in der Vergangenheit (wonach er seine Schwester töte, wenn sie einen der Familie nicht genehmen Mann heirate) habe er nicht ernst gemeint. Solche harten Worte würden in seinem Kulturkreis viel schneller fallen und hätten nicht den drastischen Inhalt, wie sie in der Schweiz landläufig verstanden würden. Daraus lasse sich nicht auf eine spätere Ausführung schliessen. Es fehle auch die für die Qualifikation als Mord notwendige Kaltblütigkeit. Er habe ausschliesslich auf die Beine geschossen, was gegen die Annahme eines Mordversuchs spreche.
2.2 Die Vorinstanz erwägt zum Tatbestand des Mordes, es sei zwar im Zweifel davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer erst am Tattag von der Beziehung seiner Schwester zu A._ erfahren habe, was den Schluss zulasse, dass die Tat nicht von langer Hand geplant gewesen sei. Das Tatvorgehen des Beschwerdeführers, welcher mindestens zehn Schüsse auf sein Opfer abgegeben habe, wovon neun getroffen hätten, zeuge aber von grosser Kaltblütigkeit. Er habe am Tattag sowohl die Waffe als auch seinen Pass und genügend Geld für die Reise nach Albanien mit sich geführt, weshalb davon auszugehen sei, dass er bereits am Morgen geplant habe, sich nach der Tat ins Ausland abzusetzen. Zwischen dem Tötungsversuch und der Beziehung seiner Schwester zu A._ bestehe ein Zusammenhang.
Der Grund für die Schussabgabe sei gestützt auf die Aussagen von Z._ und A._ darin zu sehen, dass der Beschwerdeführer als (temporäres) Familienoberhaupt seiner Schwester Z._ verboten habe, einen Freund zu haben. Sie habe sich darüber hinweggesetzt. Der Beschwerdeführer habe aus Wut einen Vergeltungsakt ausgeführt, weil ihn die Familie B._ vor vollendete Tatsachen bezüglich der Beziehung seiner Schwester gestellt habe. Der Wahl des Opfers hafte eine gewisse Zufälligkeit an, indem er Y._ als ersten für ihn greifbaren Angehörigen der Familie B._ dafür habe büssen lassen. Der Beweggrund des Beschwerdeführers sei als verwerflich und krass egoistisch zu qualifizieren, da er seine eigene Wertvorstellung höher gewichtet habe als den Respekt vor dem Leben anderer. Er habe kein Mitgefühl mit seinem Opfer gezeigt, sondern auch noch mehrere Male geschossen, als es wehrlos und schwer verletzt am Boden gelegen habe. Nach der Tat habe seine Schwester derart grosse Angst vor dem Beschwerdeführer gehabt und um ihr Leben gefürchtet, dass sie und ihr Freund sich versteckten.
Die Tatsache, dass der Beschwerdeführer umgehend nach der Begegnung mehrmals wortlos auf sein Opfer geschossen habe, ohne dass dieses eine Angriffshandlung ausübte, lasse darauf schliessen, dass es ihm von Anfang an darum gegangen sei, sein Opfer niederzustrecken. Darüber bestünden kein Zweifel angesichts der zweiten Serie von sechs Schüssen, welche er auf das wehrlos am Boden liegende Opfer abgegeben habe.
2.3 Wer vorsätzlich einen Menschen tötet, ohne dass eine der besonderen Voraussetzungen nach Art. 112 bis Art. 116 StGB erfüllt ist, macht sich der vorsätzlichen Tötung strafbar (Art. 111 StGB). Handelt der Täter besonders skrupellos, sind namentlich sein Beweggrund, der Zweck der Tat oder die Art der Ausführung besonders verwerflich so ist der Tatbestand des Mordes nach Art. 112 StGB gegeben.
Mord zeichnet sich nach der Rechtsprechung durch eine aussergewöhnlich krasse Missachtung fremden Lebens bei der Durchsetzung eigener Absichten aus. Die für die Mordqualifikation konstitutiven Elemente sind jene der Tat selber, während Vorleben und Verhalten nach der Tat nur heranzuziehen sind, soweit sie tatbezogen sind und ein Bild der Täterpersönlichkeit vermitteln (BGE 127 IV 10 E. 1a S. 13 f. mit Hinweisen). Das Gesetz will den skrupellosen, gemütskalten, krass und primitiv egoistischen Täter ohne soziale Regungen erfassen, der sich zur Verfolgung eigener Interessen rücksichtslos über das Leben anderer hinwegsetzt. Der Richter hat somit eine ethische Wertung vorzunehmen. Entscheidend ist eine Gesamtwürdigung der äusseren und inneren Umstände der Tat. Für Mord typische Fälle sind die Tötung eines Menschen zum Zwecke des Raubes, Tötungen aus religiösem oder politischem Fanatismus oder aus Geringschätzung (vgl. BGE 127 IV 10 E. 1a S. 13 f. mit zahlreichen Hinweisen).
Was der Täter bei der Tatausführung weiss, will und in Kauf nimmt, betrifft eine innere Tatsache und ist Tatfrage. Rechtsfrage ist hingegen, gestützt auf welche tatsächlichen Voraussetzungen bewusste Fahrlässigkeit, Eventualvorsatz oder direkter Vorsatz gegeben ist (vgl. BGE 133 IV 9 E. 4.1. S. 17; 130 IV 58 E. 8.5 S. 62).
2.4 Die Vorbringen des Beschwerdeführers beschlagen zur Hauptsache die durch die Vorinstanz festgestellten Tatsachen zu seinem Wissen und Willen bei der Tatausführung sowie die Beweiswürdigung. Der Beschwerdeführer erhebt diesbezüglich nicht den Vorwurf der Willkür, sondern setzt lediglich seine eigene Beweiswürdigung an die Stelle derjenigen der Vorinstanz. Seine Rügen stellen insoweit unzulässige appellatorische Kritik dar, auf welche nicht einzutreten ist (vgl. E. 1.3).
2.5 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Beschwerdeführer seinen Tatwillen am Morgen der Tat gefasst hat. Er hat aus Wut über die durch ihn nicht "bewilligte" Liebesbeziehung der Schwester zu A._ wahllos, wortlos und unmittelbar, nachdem er Y._ erblickt hat, zehnmal auf ihn geschossen, obwohl keine Bedrohungssituation vorgelegen hat. Er hat weitergeschossen, als das Opfer wehrlos am Boden lag. Gestützt auf diese Tatsachen verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie die objektiven und subjektiven Tatbestandsmerkmale des Mordes im Sinne von Art. 112 StGB bejaht. Daran ändert nichts, dass der Beschwerdeführer in der zweiten Serie seiner Schüsse lediglich die Beine des Opfers getroffen hat. Es erhellt ohne weiteres, dass eine Schussabgabe aus nächster Nähe tödlich verletzen kann.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht den Tatbestand der Gefährdung des Lebens nach Art. 129 StGB als erfüllt betrachtet. Unbestritten sei zwar in objektiver Hinsicht, dass unbeteiligte Drittpersonen 20 bis 25 Meter entfernt vom Tatort an der Bushaltestelle gewartet hätten und insbesondere durch die Abgabe der ersten drei Schüsse für die Personen eine unmittelbare Lebensgefahr bestanden habe. Der subjektive Tatbestand sei hingegen nicht erfüllt, da ihm im Zeitpunkt der Schussabgabe nicht bekannt und bewusst gewesen sei, dass er Leute gefährdete. Er sei vollkommen auf sein Opfer fixiert gewesen und habe keine anderen Personen gesehen. Seine Aussage, wonach er in der Umgebung der Bushaltestelle ein paar Personen gesehen habe, beziehe sich auf die Situation vor und nach der Tat. Hingegen habe er verneint, im Zeitpunkt der Schussabgabe in Schussrichtung jemanden gesehen zu haben. Diesen Widerspruch in seinen Aussagen hätte die Vorinstanz klären müssen. Dass sie dies nicht getan habe, dürfe nicht zu seinen Ungunsten gewertet werden.
3.2 Die Vorinstanz stellt gestützt auf die Aussagen des Beschwerdeführers fest, er habe gewusst, dass sich in der Umgebung des Tatortes andere Leute aufhielten. In der polizeilichen Befragung habe er auf die Frage, ob er bei Abgeben der Schüsse noch Leute gesehen habe, geantwortet, in der Seitengasse, wo er geschossen habe, sei niemand gewesen. Hingegen habe es beim Bahnhof schon Leute gehabt. Diese Aussage habe er in derselben Befragung wiederholt. Das nachträgliche Bestreiten des Bewusstseins um die Anwesenheit weiterer Leute bei der Bushaltestelle anlässlich der Befragung vor Amtsstatthalteramt sei eine unglaubwürdige Schutzbehauptung. In diesem Zusammenhang erachtet die Vorinstanz die Argumentation der Verteidigung als nicht stichhaltig, wonach der Beschwerdeführer bei der Schussabgabe keine Passanten gesehen habe bzw. sich die Aussage vor dem Untersuchungsrichter auf die Phase beziehe, als er mit dem Auto den Geleisen entlang gefahren sei.
3.3 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz zur Tatfrage, ob er gewusst hat, dass sich im Zeitpunkt der Schussabgabe Drittpersonen in der Nähe befunden hätten. Er wiederholt seine bereits im kantonalen Verfahren vorgetragenen Argumente, ohne auf die Begründung im vorinstanzlichen Urteil einzugehen. Er erhebt weder den Vorwurf der willkürlichen Beweiswürdigung, noch begründet er, weshalb die Beweiswürdigung der Vorinstanz schlechterdings unhaltbar sein soll, sondern trägt erneut seine eigene Sicht der Dinge vor. Auf die rein appellatorischen Vorbringen ist nicht einzutreten.
3.4 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe nicht mit der Skrupellosigkeit gehandelt, welche zur Erfüllung des Tatbestandes von Art. 129 StGB erforderlich sei. Er habe sich aufgrund der befürchteten Entführung seiner Schwester in einem emotionalen Ausnahmezustand unter einer Bedrohungslage befunden.
3.5 Wie bereits ausgeführt, wusste der Beschwerdeführer, dass seine Schwester nicht entführt worden war. Die Vorinstanz hat eine Notwehrsituation zu Recht verneint (E. 1.5). Sie hat die Skrupellosigkeit bejaht, da der Beschwerdeführer im Wissen um die Anwesenheit mehrerer Personen im unmittelbaren Gefahrenbereich wiederholt Schüsse abgegeben hat. Die Ausführungen des Beschwerdeführers zu seinem Wissen um die Situation und den Verbleib seiner Schwester im Tatzeitpunkt beschlagen den Sachverhalt, welchen die Vorinstanz festgestellt hat. Der Beschwerdeführer setzt sich nicht mit der Argumentation der Vorinstanz auseinander. Auf seine Rüge, welche sich in unzulässiger appellatorischer Kritik erschöpft, ist nicht einzutreten.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe die Verjährungsfrist falsch berechnet. Aufgrund der Aufhebung des Kontumazialurteils vom 13. Februar 1998 sei die Frist für die Verfolgungsverjährung so zu berechnen, wie wenn es das Abwesenheitsurteil nie gegeben hätte. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz ruhe die Verjährungsfrist zwischen dem Kontumazialurteil und seiner Aufhebung nicht, sondern laufe weiter. Ein Ruhen der Verjährungsfrist sei im Strafgesetzbuch seit der Revision der Verjährungsfristen nicht mehr vorgesehen. Dafür fehle eine entsprechende rechtliche Grundlage.
4.2 Die Vorinstanz führt zur Verjährung aus, in Beachtung des Grundsatzes des milderen Rechts nach Art. 2 Abs. 2 StGB komme das zum Tatzeitpunkt geltende Verjährungsrecht zur Anwendung. Mit dem Kontumazialurteil vom 13. Februar 1998 habe die Verfolgungsverjährung geendet und die Vollstreckungsverjährung zu laufen begonnen. Nach der zu bevorzugenden Ruhetheorie falle mit der Aufhebung des Kontumazialurteils die Vollstreckungsverjährung dahin und laufe die Verfolgungsverjährung weiter, wie wenn sie in der Zwischenzeit für die Dauer der Gültigkeit des Kontumazialurteils geruht hätte. Eine Flucht vor dem Strafverfahren solle sich nicht lohnen, soweit ein Kontumazialurteil bestehe. In diesem Punkt unterscheide sich der Flüchtige vom unbekannten Täter.
Bei den Vergehen betrage die absolute Frist für die Verfolgungsverjährung 7 1⁄2 Jahre gemäss aArt 70 Abs. 3 i.V.m. aArt. 72 Ziff. 2 Abs. 1 und 2 StGB in der bis zum 30. September 2002 geltenden Fassung. Sie sei noch nicht abgelaufen.
Bei den Vergehen betrage die absolute Frist für die Verfolgungsverjährung 7 1⁄2 Jahre gemäss aArt 70 Abs. 3 i.V.m. aArt. 72 Ziff. 2 Abs. 1 und 2 StGB in der bis zum 30. September 2002 geltenden Fassung. Sie sei noch nicht abgelaufen.
4.3 4.3.1 Die Frage, wie es sich mit dem Fristenlauf der Verfolgungsverjährung verhält, wenn ein Kontumazialurteil auf Verlangen des Angeschuldigten nach seiner Rechtskraft aufgehoben und nachträglich ein Verfahren in seiner Anwesenheit durchgeführt wird, ist gesetzlich nicht geregelt und hatte das Bundesgericht bisher nicht zu beurteilen (vgl. BGE 122 IV 344 E. 5b/aa S. 352). Sie ist von Bedeutung für Taten, welche vor dem Inkrafttreten des neuen Verjährungsrechts am 1. Oktober 2002 begangen worden sind, zur Prüfung, welches Recht als milderes Recht nach Art. 2 Abs. 2 StGB anwendbar ist. Hingegen gilt gestützt auf das am 1. Oktober 2002 in Kraft getretene Verjährungsrecht die Regel, dass die Verfolgungsverjährung nicht mehr eintreten kann, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist, weshalb die Frage für die nach diesem Zeitpunkt begangenen Taten nicht mehr von Bedeutung ist (Art. 97 Abs. 3 StGB bzw. aArt. 70 Abs. 3 StGB).
4.3.2 Ein Teil der Lehre spricht sich dafür aus, dass die Frist für die Verfolgungsverjährung mit der Aufhebung des Kontumazialurteils ex nunc wieder auflebt und so behandelt wird, als ob sie für den Zeitraum des rechtskräftigen Kontumazialurteils geruht hätte (Stefan TrechseL, Schweizerisches Strafgesetzbuch Praxiskommentar, 2008, N. 9 zu vor Art. 97 StGB; ROBERT HAUSER/ ERHARD SCHWERI/ KARL HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2005, N. 29 zu § 91). Zur Begründung wird angeführt, das Kontumazialverfahren mache nur einen Sinn, wenn mit der Rechtskraft des Urteils auch die entsprechenden Rechtsfolgen eintreten und die Vollstreckungsverjährung ab diesem Zeitraum laufe. Es könnten, rückwirkend betrachtet, während der Geltungsdauer des Kontumazialurteils nicht zwei Fristen - d.h. die Verfolgungs- und die Vollstreckungsverjährung - gleichzeitig laufen. Zudem dürfe sich eine Flucht für den Täter nicht lohnen.
4.3.3 Ein anderer Teil der Lehre befürwortet, dass mit der Aufhebung des Kontumazialurteils die Frist für die Verfolgungsverjährung so berechnet wird, als hätte es dieses aufgehobene Urteil nie gegeben. Die Autoren berechnen die Frist der Verfolgungsverjährung so, als ob sie seit der Tatbegehung ununterbrochen weitergelaufen wäre, also auch während der Dauer der Gültigkeit des Kontumazialurteils (PETER MÜLLER, in: Basler Kommentar Strafrecht I, 2. Aufl. 2007, N. 67 zu vor Art. 97 StGB; FRANZ RIKLIN, zur Frage der Verjährung im Abwesenheitsverfahren, in: ZStrR 1995 Band 113, S. 161 ff. S. 167; CHRISTIAN DENYS, prescription de l'action pénale, les nouveaux Art. 70, 71, 109 et 333 al. 5 CP, in: la semaine judiciaire, 2003, Vol. II, S. 49 ff., S. 58 f.; CHRISTOF RIEDO / OLIVER M. KUNZ, Jetlag oder Grundprobleme des neuen Verjährungsrechts, in: AJP/PJA 8/2004 S. 904 ff., S. 907). Nach dieser Ansicht fehlt eine gesetzliche Grundlage für ein Ruhen der Frist. Ebenso soll die Verjährungsfrist nicht übermässig ausgedehnt und der flüchtige Täter nicht schlechter gestellt werden als der unbekannte Täter.
4.3.4 Andere Autoren gehen davon aus, dass mit Eintritt der Rechtskraft des Kontumazialurteils die Verfolgungsverjährung endgültig beendet ist. Sie wollen jedoch bei einem Urteil zuungunsten des Angeklagten die im Zusammenhang mit der Revision entwickelte Praxis anwenden, wonach der Eintritt der ab Deliktsbegehung ununterbrochen laufenden Verfolgungsverjährung beachtet wird (Elisabeth Trachsel, Die Verjährung gemäss den Art. 70 - 75 bis des Strafgesetzbuches, Diss. 1990, S. 130 ff.; H. F. Pfenninger, Die Verjährung im Kontumazialverfahren, in: ZStrR 1955, S. 53 ff., S. 57).
4.3.5 Die Botschaft vom 21. September 1998 zur Änderung des Strafgesetzbuches führt zu den Anpassungen im Verjährungsrecht aus, dass die Strafverfolgung ende, sobald ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist. Als ein solches gelte auch ein Urteil im Abwesenheitsverfahren. Zweck der Norm sei, dass der Täter durch das Ergreifen von Rechtsmitteln das Verfahren nicht derart verzögern könne, dass die absolute Verjährung noch im Rechtsmittelverfahren eintrete (BBl 1999 1979 ff., 2134).
4.3.6 Hintergrund der Verjährungsregeln ist, dass der Strafanspruch mit der Zeit abnimmt. Die Rechtssicherheit gebietet, dass die Strafverfolgung in einem vom Gesetz bestimmten Zeitpunkt abgeschlossen werden soll. Zudem kann sich der Täter verändern und der Anlass für seine Resozialisierung an Bedeutung verlieren. Grund für die Verfolgungsverjährung ist auch, dass es mit der Zeit immer schwieriger wird, Beweismittel beizubringen (vgl. Stefan Trechsel, a.a.O., N. 1 zu vor Art. 97 StGB). Hingegen entspricht es gestützt auf die Botschaft (a.a.O.) nicht dem Gesetzeszweck, dass es der Täter durch rechtsmissbräuchliches Verhalten in der Hand hat, die Verjährung eintreten zu lassen. Dies ergibt sich auch daraus, dass der Gesetzgeber die Verjährungsregeln mit der per 1. Oktober 2002 in Kraft getretenen Gesetzesänderung zu Lasten des Straftäters verschärft hat, indem die Verfolgungsverjährung nach einem erstinstanzlichen Urteil nicht mehr eintreten kann und die Verjährungsfristen verlängert wurden. Gestützt auf dies neue Regelung erscheint es sachgerecht, wenn die Frist der Verfolgungsverjährung während der Gültigkeitsdauer eines Abwesenheitsurteils ruht.
4.3.7 Die Anwendbarkeit der Vorschrift über das Ruhen nach aArt. 72 Ziff. 2 Abs. 1 und 2 StGB entspricht überdies auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Frage der lex mitior. Danach ist in Bezug auf ein und dieselbe Tat entweder das alte oder das neue Recht anwendbar. Eine kombinierte Anwendung der beiden Rechte ist ausgeschlossen, weil ein Gesetz, das nicht gilt und zu keiner Zeit gegolten hat, nicht anwendbar sein kann (BGE 134 IV 82 E. 6.2.3 S. 88 mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz die Frage der Verjährung nach dem alten, vor dem 1. Oktober 2002 geltenden und für den Beschwerdeführer milderen Recht beurteilt. Dieser wendet sich nicht gegen die Anwendung des alten Verjährungsrechts, sondern lediglich gegen das Ruhen der Verjährung nach aArt. 72 StGB. Seine Argumentation geht fehl, weil die alten Regeln über die Verjährung gestützt auf die zitierte bundesgerichtliche Rechtsprechung integral und als Einheit, zusammen mit der darin enthaltenen Bestimmung von aArt. 72 StGB, angewendet werden müssen.
4.3.8 Im vorliegenden Verfahren hat es sich der Beschwerdeführer im Übrigen selbst zuzuschreiben, dass aufgrund seiner annähernd zehn Jahre dauernden Flucht ein Urteil im Abwesenheitsverfahren ergangen ist und erst viele Jahre später ein Verfahren in seiner Anwesenheit durchgeführt werden konnte.
5. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch