Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer reicht beim Bundesgericht "Rekurs" gegen den angefochtenen Entscheid ein und behält sich eine Beschwerde vor. Wie er der Rechtsmittelbelehrung entnehmen kann, ist gegen den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 13. November 2012 nur die Beschwerde möglich. Der "Rekurs" ist deshalb als Beschwerde zu behandeln.
2. Der Beschwerdeführer rügt, dass ihm ein Rechtsbeistand hätte beigegeben werden müssen, wie es in einem solchen Fall üblich sei. Ein Verteidiger ist indessen nur notwendig, wenn der Fall in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht Schwierigkeiten bietet, denen der Betroffene nicht gewachsen ist. Inwieweit dies im vorliegenden Fall so gewesen sein könnte, ist nicht ersichtlich.
3. Die Beschwerde richtet sich dagegen, dass auf eine Berufung nicht eingetreten wurde, weil der Beschwerdeführer weder dieses Rechtsmittel rechtzeitig angemeldet noch rechtzeitig eine Berufungserklärung eingereicht hatte. Soweit er sich nicht mit der Frage der Rechtzeitigkeit von Anmeldung und Erklärung befasst, sind seine Ausführungen unzulässig.
Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe nicht rechtzeitig reagiert, weil ihm der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 13. November 2012 ohne Begründung zugestellt worden sei. Im unbegründet zugesandten Dispositiv stand indessen ausdrücklich, dagegen könne innert zehn Tagen beim Bezirksgericht mündlich oder schriftlich Berufung angemeldet werden. Warum der Beschwerdeführer dieser eindeutigen Belehrung nicht nachkam, ist nicht ersichtlich.
Zum Zweiten macht der Beschwerdeführer geltend, als die Begründung dann bei ihm eingetroffen sei, habe er sich im Ausland befunden. Damit ist er ebenfalls nicht zu hören. Da er bereits die Anmeldung unterlassen hat, ist es unerheblich, dass er auch noch die Frist zur Berufungserklärung verpasst hat.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
4. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von Art. 64 BGG abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Der Gerichtsschreiber: Monn