Erwägungen:
1. X._ gelangte mit Rekurs bzw. Beschwerde gegen Einspracheentscheide betreffend die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer für die Jahre 2005 bis 2010 an die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau. Diese eröffnete sechs Verfahren (pro Steuerjahr) mit je zwei Geschäftsnummern und forderte den Pflichtigen mit Präsidialverfügung vom 14. Juni 2012 unter Hinweis auf die Säumnisfolgen auf, innert Frist bis 16. Juli 2012 für jedes Verfahren einen Kostenvorschuss von Fr. 500.-- zu leisten. X._ beantragte der Rekurskommission, auf eine Aufteilung in sechs Einzelverfahren zu verzichten und für sämtliche Verfahren zusammen einen Kostenvorschuss von maximal Fr. 500.-- festzusetzen. Diese ihr am 23. Juli 2012, nach Ablauf der von ihr angesetzten Frist an sie versandte Eingabe leitete die Rekurskommission an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau weiter, welches seinerseits sechs Verfahren eröffnete (Prozessnummern VG.2012.119/E bis VG.2012.124/E) und am 8. August 2012 je zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 400.-- innert einer Frist von 14 Tagen aufforderte, unter Androhung eines kostenpflichtigen Nichteintretensentscheids im Falle einer nicht fristgerechten Bezahlung des Vorschusses. Diesen Zahlungsaufforderungen leistete X._ innert Frist keine Folge. Am 7. September 2012 beantragte er dem Verwaltungsgericht (mit vom 23. August 2012 datiertem Schreiben) den Verzicht auf eine Aufteilung auch der dortigen Beschwerdeverfahren bzw. die Festsetzung der gesamten Verfahrenskosten für alle sechs Verfahren betreffend die Steuerperioden 2005 bis 2010 auf maximal Fr. 400.-- und die Einforderung lediglich eines Kostenvorschusses von maximal Fr. 400.--. Mit sechs separaten Entscheiden vom 10. Oktober 2012 trat das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau auf die Beschwerde(n) nicht ein; auf die Erhebung von Verfahrenskosten verzichtete es.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und (da das ordentliche Rechtsmittel grundsätzlich offensteht [vgl. Art. 113 BGG], unzulässiger) subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 27. November (Postaufgabe 6. Dezember) 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht, die sechs Entscheide des Verwaltungsgerichts seien, wie auch die vor dem Verwaltungsgericht bestrittenen sechs Präsidialverfügungen der Steuerrekurskommission vom 14. Juni 2012 aufzuheben; die Steuerrekurskommission sei anzuweisen, seine Rekurse in einem einzigen Gesamt-Verfahren zu behandeln und ihm dafür einen Kostenvorschuss von maximal Fr. 500 zu berechnen; die von der Steuerrekurskommission vorgesehene Aufteilung in sechs einzelne Verfahren sei ihr zu untersagen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt (schweizerisches) Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein; die beschwerdeführende Partei hat in Auseinandersetzung mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen aufzuzeigen, inwiefern eine Rechtsverletzung vorliege. Wird ein Nichteintretensentscheid angefochten, sind allein Anträge und Rügen zu hören, die Bezug zu der Eintretensproblematik vor der Vorinstanz haben. Angefochten sind hier Nichteintretensentscheide des Verwaltungsgerichts; soweit der Beschwerdeführer Anträge zu den Präsidialverfügungen vom 14. Juni 2012 der Rekurskommission stellt und Rügen dazu erhebt, ist auf die Beschwerde von vornherein nicht einzutreten.
Das Verwaltungsgericht hält fest, dass der Beschwerdeführer den Zahlungsaufforderungen vom 8. August 2012 innert Frist nicht nachgekommen sei und auch nicht um unentgeltliche Rechtspflege ersucht habe; auch das Schreiben des Beschwerdeführers vom 23. August 2012 wurde nach unbestrittener tatsächlicher Feststellung in den angefochtenen Entscheiden erst am 7. September 2012, nach Ablauf der Zahlungsfrist, zur Post gegeben. Die gerichtliche Auflage blieb ohne jegliche fristgerechte Reaktion. Das Verwaltungsgericht stützt seinen Nichteintretensentscheid auf diesem tatsächlichen Hintergrund auf die §§ 78 und 79 des Thurgauer Gesetzes vom 23. Februar 1981 über die Verwaltungsrechtspflege (VRG). Weder zu diesen einschlägigen kantonalen Gesetzesbestimmungen noch zu deren Auslegung durch das Verwaltungsgericht lässt sich der Beschwerdeschrift etwas entnehmen (zur entsprechenden qualifizierten Begründungspflicht s. aber Art. 95 in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 BGG und dazu BGE 135 III 513 E. 4.3 S. 521 f.; 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351 f.; 133 III 462 E. 2.3 S. 466), ebenso wenig zur Erläuterung, dass es im abgaberechtlichen Rechtsmittelverfahren keinen Friststillstand gebe. Es fehlt damit an jeglicher Auseinandersetzung mit den den angefochtenen Entscheiden zugrunde liegenden Rechtsnormen. Insofern fehlt es an einer hinreichenden Beschwerdebegründung. Soweit der Beschwerdeführer Rechtsverweigerung durch überspitzten Formalismus rügt, beschränkt er sich darauf, die Aufspaltung in sechs Verfahren und eine angeblich damit verbundene Erhöhung der Kosten zu rügen, ohne zudem auf den Vorhalt des Verwaltungsgerichts einzugehen, er habe mit der nachträglichen Eingabe vom 7. September 2012 verspätet um eine Verfahrensvereinigung ersucht. Abgesehen davon, dass nicht ersichtlich ist, inwiefern die Eröffnung eines separaten Verfahrens pro Steuerjahr an sich sachwidrig oder gar willkürlich oder sonst wie rechtsverletzend wäre, bleibt unerfindlich, inwiefern die Erhebung von Vorschüssen in Gesamthöhe von Fr. 2'400.-- in einem sechs Steuerjahre beschlagenden Rechtsstreit rechtsverweigernd oder überspitzt formalistisch wäre.
Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), sodass darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind dem Beschwerdeführer als unterliegende Partei aufzuerlegen; ein Grund für einen Verzicht auf Kostenerhebung besteht nicht. (Art. 66 Abs. 1 BGG). Anspruch auf die beantragte Parteientschädigung hat er offensichtlich nicht (vgl. Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller