Erwägungen:
1. Die Genossenschaft X._ erhob am 6. Februar 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 6. Januar 2009 (A-6243/2007) in Sachen Mehrwertsteuer der Perioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000. Gleichzeitig ersuchte sie um Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens, solange das vor dem Bundesgericht hängige Parallelverfahren in Sachen Personalrabatte der Y._ S.C. (Verfahren 2C_778/2008) noch nicht rechtskräftig entschieden sei. Mit Präsidialverfügung vom 3. März 2009 wurde dem Ersuchen stattgegeben und das vorliegende Verfahren bis zum Abschluss des Verfahrens 2C_778/2008 sistiert.
2. Mit Urteil vom 6. Januar 2009 hat das Bundesgericht im Parallelverfahren 2C_778/2008 die Beschwerde abgewiesen. Das Urteil wurde der Beschwerdeführerin vorerst im Dispositiv zugestellt.
Mit Eingabe vom 21. April 2009 teilte die Beschwerdeführerin mit, dass sie aufgrund der Tatsache, dass die Beschwerde im Verfahren 2C_778/2008 vollständig abgewiesen worden sei, die Beschwerde zurückziehe. Sie stellt den Antrag, das Verfahren abzuschreiben und den geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 3'000.-- zurückzuerstatten.
3. Das Verfahren ist demnach als durch Rückzug der Beschwerde erledigt abzuschreiben. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen und mit dem gleisteten Kostenvorschuss zu verrechnen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).
Demnach verfügt der Instruktionsrichter:
1. Das Verfahren wird als durch Rückzug der Beschwerde erledigt abgeschrieben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Diese Verfügung wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Instruktionsrichter: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann