Sachverhalt:
A. Am 17. August 2009 ereignete sich auf der Forchstrasse in Zollikerberg eine Kollision zwischen einem Personenwagen und einem Motorrad. X._, der Lenker des Motorrads, wurde dabei leicht verletzt. Ausserdem entstand an beiden Fahrzeugen ein Sachschaden. Am 7. September 2009 stellte X._ Strafantrag wegen fahrlässiger Körperverletzung gegen Y._, den Lenker des Personenwagens.
B. Die in der Folge angehobene Strafuntersuchung gegen Y._ betreffend fahrlässige Körperverletzung wurde von der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich mit Verfügung vom 6. Dezember 2010 eingestellt, weil Y._ nicht rechtsgenügend nachgewiesen werden könne, eine Sorgfaltspflicht missachtet zu haben und damit in strafrechtlicher Hinsicht für die Verletzungen von X._ verantwortlich zu sein. Ein von X._ gegen die Einstellungsverfügung erhobener Rekurs wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 21. April 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen den Beschluss des Obergerichts gelangt X._ mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Verfahren an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen, damit diese das Untersuchungsverfahren gegen Y._ weiterführe.
D. Der Beschwerdegegner, die Staatsanwaltschaft und die Vorinstanz verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Einstellung einer Strafuntersuchung. Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG offen. Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat, insbesondere die Privatklägerschaft, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (lit. b Ziff. 5). Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Aufgrund der Sachlage ergibt sich ohne Zweifel, welche Zivilforderungen er geltend machen könnte, und es ist klar ersichtlich, inwiefern sich der angefochtene Entscheid negativ auf diese Forderungen auswirken kann (vgl. BGE 131 IV 195 E. 1.1.1 S. 196 f. mit Hinweisen). Er ist damit beschwerdeberechtigt. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Der rechtlich relevante Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten, weshalb der Antrag des Beschwerdeführers auf die Durchführung eines Augenscheins abzuweisen ist.
3. Die Einstellungsverfügung datiert vom 6. Dezember 2010. Unter welchen Voraussetzungen ein Strafverfahren eingestellt werden darf und wann Anklage zu erheben ist, ergibt sich vorliegend demnach primär aus dem kantonalen Prozessrecht. Die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) gelangt (noch) nicht zur Anwendung (Art. 453 Abs. 1 StPO; vgl. Urteil 1B_412/2010 vom 4. April 2011 E. 1 mit Hinweisen).
3.1 Nach § 30 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; aufgehoben am 1. Januar 2011) hat die Staatsanwaltschaft den Sachverhalt in einer Weise abzuklären und auf dessen Strafbarkeit zu überprüfen, dass entweder Anklage erhoben oder die Untersuchung eingestellt werden kann. Sie erlässt eine begründete Einstellungsverfügung, wenn sie nach durchgeführter Untersuchung keine Anklage erheben will (§ 35 i.V.m. § 39 Satz 1 StPO/ZH). Eine Verfahrenseinstellung kann erfolgen, wenn es an einem hinreichenden Tatverdacht fehlt bzw. das Vorliegen eines Straftatbestands nicht genügend dargetan ist, sodass eine Verurteilung in der Hauptverhandlung nicht zu erwarten ist. Die Beurteilung der Prozessaussichten steht im pflichtgemässen Ermessen der Staatsanwaltschaft, wobei der Grundsatz "in dubio pro duriore" gilt, wonach im Zweifel Anklage zu erheben ist. Dies gründet auf der Überlegung, dass bei nicht eindeutiger Beweislage der Entscheid über einen Vorwurf nicht von den Untersuchungs- oder Anklagebehörden, sondern von den für die materielle Beurteilung zuständigen Gerichten getroffen werden soll (Urteil 1B_250/2011 vom 14. Juli 2011 E. 3.2 mit Hinweisen).
3.2 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von kantonalem Recht nur auf Willkür (Art. 95 lit. a BGG). Es legt seinem Urteil grundsätzlich den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die unrichtige Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Die Rüge von Grundrechtsverletzungen, namentlich des Willkürverbots, bedarf besonderer Begründung (Art. 106 Abs. 2 BGG). Es besteht eine qualifizierte Rügepflicht (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246).
4. Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, die Vorinstanz habe den Sachverhalt unrichtig festgestellt. Er macht geltend, die Annahme, wonach an der Kollisionsstelle ein regelkonformes Überholmanöver ausgeschlossen sei, sei unzutreffend. Besagte Stelle sei sehr übersichtlich, die Kurve beginne erst später und sei lang gezogen. Zudem sei die Strasse so breit, dass ein Motorrad andere Fahrzeuge überholen könnte, ohne die Gegenfahrbahn zu benutzen. Indem die Vorinstanz ihm keine Möglichkeit gegeben habe, zur Annahme Stellung zu nehmen, dass ein regelkonformes Überholmanöver an besagter Stelle ausgeschlossen sei, habe sie überdies seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verletzt.
4.1 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid festgehalten, aus den in den Akten liegenden Fotos gehe hervor, dass sich die Unfallstelle unmittelbar vor einer Linkskurve befinde. Ebenso sei erkennbar, dass die beiden Fahrspuren in der Kurve durch eine Sicherheitslinie getrennt seien. An der Unfallstelle selbst habe es für einige Meter eine Doppellinie, welche ein Abbiegen nach links oder theoretisch ein Überholen erlauben würde. Die Krümmung der Strasse und die Bebauung entlang der Strasse seien derart, dass die Sicht auf entgegenkommende Fahrzeuge versperrt sei. Die Situation präsentiere sich so, dass ein regelkonformes Überholen praktisch unmöglich sei.
4.2 Soweit die Kritik des Beschwerdeführers die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz betrifft, begründet er nicht in genügender Weise, inwiefern sie den rechtserheblichen Sachverhalt geradezu willkürlich festgestellt haben sollte, weshalb auf die entsprechenden Ausführungen nicht einzutreten ist. Immerhin ist anzufügen, dass die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz zur Strassensituation unter Berücksichtigung der in den Akten liegenden Fotografien schlüssig und nachvollziehbar sind. Daran ändert auch die vom Beschwerdeführer vor Bundesgericht eingereichte Fotografie nichts, wobei es sich dabei ohnehin um ein unzulässiges Novum im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG handelt.
4.3 Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, ihm sei die Einsicht in die in den Akten liegenden Fotografien verweigert worden, auf welche sich die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid gestützt hat. Die Vorinstanz durfte sich für die Feststellung des Sachverhalts auf diese Fotografien stützen, ohne damit den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör zu verletzten. Bei der Frage, ob an der Unfallstelle ein regelkonformes Überholmanöver grundsätzlich möglich wäre, handelt es sich um eine Rechtsfrage. Abgesehen von einer hier nicht anwendbaren Ausnahme besteht nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung kein verfassungsrechtlicher Anspruch der Parteien, zur rechtlichen Würdigung der durch sie in den Prozess eingeführten Tatsachen noch besonders angehört zu werden. Ebenso wenig folgt aus dem Gehörsanspruch, dass die Parteien vorgängig auf den für den Entscheid wesentlichen Sachverhalt hinzuweisen wären (BGE 130 III 35 E. 5 S. 37 ff.; 126 I 19 E. 2c/aa S. 22; 124 I 49 E. 3c S. 52). Die Vorinstanz hat den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör nicht verletzt, indem sie ihm keine Möglichkeit gegeben hat, vorgängig zur Frage Stellung zu nehmen, ob ein regelkonformes Überholmanöver an besagter Stelle grundsätzlich möglich wäre oder nicht.
5. Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, die Vorinstanz habe kantonales Recht (vgl. E. 3.1 hiervor) willkürlich angewandt, indem sie das Untersuchungsverfahren eingestellt habe.
5.1 Unbestritten ist, dass der vom Beschwerdegegner geführte Personenwagen mit dem Motorrad des Beschwerdeführers kollidierte, als der Beschwerdegegner von der Forchstrasse nach links in eine Einfahrt abbiegen wollte, wobei sich das Motorrad zunächst hinter und im Kollisionszeitpunkt links neben dem Personenwagen befand. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass an der Stelle, an welcher der Beschwerdegegner nach links abbiegen wollte, ein regelkonformes Überholmanöver im Hinblick auf Art. 35 Abs. 2 SVG praktisch unmöglich sei. Der Beschwerdegegner habe sich dergestalt verhalten, dass seine Absicht, nach links abzubiegen, offensichtlich gewesen sei. Ob der Beschwerdegegner den Blinker gestellt habe oder nicht, sei dabei nicht von Belang. Nach Ansicht der Vorinstanz musste der Beschwerdegegner unter diesen Umständen nicht damit rechnen, dass ihn ein Fahrzeug links überholen oder sich zum Abbiegen zur linken Seite auf die Höhe seines Fahrzeugs begeben würde. Der Beschwerdegegner habe den ihm auferlegten Sorgfaltspflichten genüge getan, indem er zu Beginn des Abbiegmanövers die Situation hinter sich prüfte, für problemlos befand und dann seine Aufmerksamkeit primär auf den Gegenverkehr richtete. Folglich könne dem Beschwerdegegner keine fahrlässige Körperverletzung im Sinne von Art. 125 StGB vorgeworfen werden. Der Beschwerdeführer macht geltend, der Beschwerdegegner hätte aufgrund der Verkehrssituation mit einem Überholmanöver rechnen müssen, zumal der Beschwerdegegner den Beschwerdeführer vor dem Abbiegen im Rückspiegel wahrgenommen habe. Im Hinblick auf Art. 34 Abs. 3 SVG hätte der Beschwerdegegner vor dem Abbiegen noch mal einen Blick in den Rückspiegel tätigen müssen. Weil er dies nicht getan habe, habe er sich der fahrlässigen Körperverletzung im Sinne von Art. 117 StGB (recte: Art. 125 StGB) schuldig gemacht.
5.2 Wer nach links abbiegen will, hat einzuspuren, d.h. sich gegen die Strassenmitte zu halten (Art. 36 Abs. 1 SVG). Das Einspuren sowie das Abbiegen ist mit dem Richtungsanzeiger rechtzeitig bekannt zu geben (Art. 39 Abs. 1 SVG). Der Führer, der seine Fahrrichtung ändern will, hat auf den Gegenverkehr und auf die ihm nachfolgenden Fahrzeuge Rücksicht zu nehmen (Art. 34 Abs. 3 SVG).
Überholen und Vorbeifahren an Hindernissen ist nur gestattet, wenn der nötige Raum übersichtlich und frei ist und der Gegenverkehr nicht behindert wird. Im Kolonnenverkehr darf nur überholen, wer die Gewissheit hat, rechtzeitig und ohne Behinderung anderer Fahrzeuge wieder einbiegen zu können (Art. 35 Abs. 2 SVG). Wer überholt, muss auf die übrigen Strassenbenützer, namentlich auf jene, die er überholen will, besonders Rücksicht nehmen (Art. 35 Abs. 3 SVG). Wenn der Führer eines Fahrzeugs die Absicht anzeigt, nach links abzubiegen, darf das Fahrzeug nicht links überholt werden (Art. 35 Abs. 5 SVG). Fahrzeuge, die zum Abbiegen nach links eingespurt haben, dürfen nur rechts überholt werden (Art. 35 Abs. 6 SVG).
5.3 Im Strassenverkehr gilt allgemein der aus Art. 26 Abs. 1 SVG abgeleitete Vertrauensgrundsatz. Danach darf jeder Strassenbenützer, sofern nicht besondere Umstände dagegen sprechen, darauf vertrauen, dass sich die anderen Verkehrsteilnehmer ebenfalls ordnungsgemäss verhalten und ihn nicht behindern oder gefährden (Urteil 6B_10/2011 vom 29. März 2011 E. 2.3.2). Das Bundesgericht hat entschieden, dass das Vertrauensprinzip grundsätzlich auch derjenige Fahrzeuglenker anrufen kann, der von einer Hauptstrasse nach links in eine Nebenstrasse einbiegt. Erlaubt die Verkehrslage dem Fahrzeuglenker das Abbiegen ohne Gefährdung des nachfolgenden Verkehrs, so ist ihm auch dann keine Verkehrsregelverletzung vorzuwerfen, wenn das Abbiegemanöver anschliessend aufgrund eines nicht voraussehbaren Verhaltens eines nachfolgenden Verkehrsteilnehmers dennoch zu einer Verkehrsgefährdung führt. Mangels gegenteiliger Anzeichen muss der Abbiegende insbesondere nicht damit rechnen, dass ein nachfolgendes Fahrzeug überraschend mit weit übersetzter Geschwindigkeit auftauchen könnte oder dass ein bereits sichtbarer Fahrzeugführer seine Geschwindigkeit plötzlich stark erhöhen werde, um verkehrsregelwidrig links zu überholen (BGE 125 IV 83 E. 2c S. 88).
5.4 Der fahrlässigen Körperverletzung im Sinne von Art. 125 StGB macht sich schuldig, wer fahrlässig einen Menschen am Körper oder an der Gesundheit schädigt. Fahrlässigkeit im Sinne von Art. 13 Abs. 3 StGB setzt eine pflichtwidrige Unvorsichtigkeit voraus. Die Beantwortung der Frage, ob der Beschwerdegegner vorliegend die ihm obliegenden Sorgfaltspflichten und insbesondere Art. 34 Abs. 3 SVG verletzt hat, hängt davon ab, ob er seine Absicht angezeigt hat, nach links abzubiegen. Sofern dies der Fall war, durfte der Beschwerdeführer den Beschwerdegegner nach Art. 35 Abs. 5 SVG nämlich nicht links überholen und musste der Beschwerdegegner nach der dargestellten bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht damit rechnen, dass der Beschwerdeführer das für ihn geltende Verbot des Linksüberholens missachten würde. Unerheblich wäre in diesem Fall, ob der Beschwerdeführer weiter geradeaus fahren oder - wie er vorbringt - ebenfalls links abbiegen wollte, weil es ihm auch untersagt gewesen wäre, während des Abbiegmanövers den gleichzeitig abbiegenden Beschwerdegegner links zu überholen bzw. sich nur schon an dessen linke Seite zu begeben. Sofern der Beschwerdegegner seine Absicht angezeigt hat, nach links abzubiegen, durfte er sich umso mehr darauf verlassen, vom Beschwerdeführer nicht links überholt zu werden, als ein regelkonformes Überholmanöver an der besagten Stelle im Hinblick auf Art. 35 Abs. 2 und 3 SVG ganz allgemein praktisch nicht möglich ist, wovon die Vorinstanz unter Berücksichtigung der Strassensituation zu Recht ausgegangen ist. Daran ändern auch die Einwände des Beschwerdeführers nichts, das Abbiegmanöver sei nicht im Bereich einer Strassenverzweigung erfolgt und die Sicherheitslinie sei am Ort der Kollision unterbrochen.
5.5 Der Beschwerdegegner hat gegenüber der Polizei und der Staatsanwaltschaft angegeben, das ganze Manöver habe ca. 50 bis 100 Meter vor der Abbiegestelle begonnen und er habe den linken Richtungsblinker betätigt, bevor er nach links abgebogen sei. Ob sich der Beschwerdegegner allenfalls einer fahrlässigen Körperverletzung schuldig gemacht haben könnte, falls er vor dem Einspuren bzw. Abbiegen den Blinker nicht betätigt hätte, kann offen bleiben, weil nichts dafür spricht, dass er den Blinker nicht betätigt hat und jedenfalls nicht ersichtlich ist, wie ein allfälliges Nichtbetätigen des Blinkers vor Gericht bewiesen werden könnte. Der Beschwerdeführer hat in der staatsanwaltschaftlichen Einvernahme nämlich angegeben, er könne nicht sagen, ob der Beschwerdegegner vor dem Abbiegen geblinkt habe, er habe diesen nicht gesehen. Ein Zeuge des Unfalls, der zum Unfallzeitpunkt auf der Gegenfahrbahn in einer Kolonne stand, gab sodann an, er habe gesehen, dass der Beschwerdegegner vor der Unfallstelle ein Abbiegemanöver eingeleitet habe. Ob der Beschwerdegegner geblinkt habe, könne er nicht mehr sagen. Auch ist nicht ersichtlich, inwiefern die Staatsanwaltschaft hinsichtlich der Frage, ob der Beschwerdegegner seine Absicht angezeigt hat, nach links abzubiegen, erfolgsversprechende Untersuchungsmassnahmen unterlassen haben sollte.
5.6 Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz im Ergebnis kantonales Recht nicht willkürlich angewandt, wenn sie zum Schluss gekommen ist, es fehle hinsichtlich des Beschwerdegegners an einem hinreichenden Tatverdacht bzw. das Vorliegen eines Straftatbestands sei nicht genügend dargetan, sodass eine Verurteilung in der Hauptverhandlung unwahrscheinlich sei.
6. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft IV sowie dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle