Erwägungen:
1. Die Untersuchungsrichterin 1 des Untersuchungsrichteramtes IV Berner Oberland führte im Zusammenhang mit einem Riverraftingunfall, der sich am 8. Juli 2007 auf der Saane ereignet hatte, vorerst ein polizeiliches Ermittlungsverfahren. Am 22. April 2008 eröffnete sie sodann die Strafverfolgung gegen verschiedene Personen durch Einleitung einer Voruntersuchung wegen fahrlässiger Tötung, begangen am 8. Juli 2007 in Saanen/Rougemont zum Nachteil der damals verunglückten und am 11. Juli 2007 verstorbenen Schülerin M.X._.
Im Rahmen dieses Verfahrens beschloss die Untersuchungsrichterin, ein fachtechnisches Gutachten einzuholen. Mit Verfügung vom 2. Dezember 2008 gab sie die Einsetzung der vorgesehenen Experten bekannt, verbunden mit der Aufforderung an die Verfahrensbeteiligten, allfällige Ablehnungsgründe innert zehn Tagen geltend zu machen. Mit Schreiben vom 29. Dezember 2008 teilte Rechtsanwalt Husmann, der die Familie X._ als Privatklägerschaft vertritt, mit, dass er die beiden vorgesehenen Gutachter nicht kenne und seinerseits daher an sich keine Ausstands- bzw. Ablehnungsgründe nennen könne. Die Experten seien indes beide schriftlich zu befragen, ob ihnen die Angeschuldigten persönlich bekannt seien. Wenn dies der Fall sei, so würden die Gutachter als befangen abgelehnt. Aufgrund der Antworten, die einer der beiden vorgesehenen Experten der Untersuchungsrichterin am 6. Januar 2009 per Mail sandte, teilte Rechtsanwalt Husmann dieser am 30. Januar 2009 mit, dass seine Mandantschaft diesen Experten ablehne.
Mit Verfügung vom 2. Februar 2009 wies die Untersuchungsrichterin das Ablehnungsbegehren ab. Hiergegen wandten sie die Privatkläger an das Obergericht des Kantons Bern. Mit Beschluss vom 6. April 2009 wies dessen Anklagekammer die Beschwerde ab.
2. Gegen diesen Beschluss führen A.X._, B.X._ und C.X._ Beschwerde in Strafsachen (Art. 78 ff. BGG) ans Bundesgericht.
Unter den gegebenen Umständen hat das Bundesgericht davon abgesehen, Vernehmlassungen zur Beschwerde einzuholen.
3. Nach Art. 100 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen. Diese gesetzliche Frist ist nicht erstreckbar (Art. 47 Abs. 1 BGG).
Die Beschwerdefrist steht indes gemäss Art. 46 Abs. 1 lit. a BGG vom siebten Tag vor Ostern bis und mit dem siebten Tag nach Ostern still (also vom 5. bis und mit 19. April 2009). Gemäss Art. 44 BGG beginnen Fristen, die durch eine Mitteilung oder den Eintritt eines Ereignisses ausgelöst werden, am folgenden Tag zu laufen. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerdefrist bei einer Zustellung eines Entscheids während des Fristenstillstands mit dem ersten Tag nach dem Ende des Stillstands zu laufen beginnt (anders als noch unter der Herrschaft der Regelung von Art. 32 Abs. 1 OG; vgl. BGE 132 II 153 E. 4.2 S. 158, ebenso Urteil 1B_30/2008 vom 12. Februar 2008, mit weiteren Hinweisen, in Bezug auf Art. 100 Abs. 1 BGG in Verbindung mit Art. 44 Abs. 1 und Art 46 Abs. 1 BGG).
Der angefochtene Beschluss ist den Beschwerdeführern nach ihren eigenen (auf dem Beschluss angebrachten) Angaben am 14. April 2009 zugestellt worden, also während der Ostergerichtsferien. Die Beschwerdefrist begann somit am Montag, 20. April 2009 zu laufen. In Berücksichtigung des soeben Gesagten fiel der letzte Tag der Frist auf den 19. Mai 2009 (Dienstag vor Auffahrt).
Der Briefumschlag, mit dem die Beschwerde der Post übergeben worden ist, ist am 22. Mai 2009 gestempelt worden (Freitag nach dem Auffahrtstag), zwischen 19 und 21 Uhr. Auf seiner Rückseite findet sich der blosse Hinweis einer angeblichen Nachbarin des Rechtsbeistands der Beschwerdeführer, dass dieser den Brief "um 23.30 Uhr" in den Briefkasten an der Breitensteinstrasse in Zürich eingeworfen habe. Indes fehlt ein Hinweis darauf, an welchem Tag der Einwurf erfolgt sein soll. Auch wenn zu Gunsten der Beschwerdeführer angenommen würde, der Einwurf wäre am Abend des Auffahrtstages oder sogar am vorherigen Abend (Mittwoch 20. Mai 2009) erfolgt, so wäre dies dennoch zu spät gewesen, nachdem eben die Frist - wie ausgeführt - bereits am Dienstag 19. Mai 2009 abgelaufen war. Dafür, dass die Postaufgabe bereits an diesem letzten Tag der Frist erfolgte, fehlen jegliche Anhaltspunkte der insoweit beweispflichtigen Beschwerdeführer.
Die Beschwerde ist somit als verspätet eingereicht zu erachten (vgl. Art. 48 BGG), weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Mangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG entschieden werden kann.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 66 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Untersuchungsrichterin 1 des Untersuchungsrichteramtes IV Berner Oberland und dem Obergericht des Kantons Bern, Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Bopp