Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Bern befand A.X._ mit Urteil vom 16. Januar 2008 zweitinstanzlich schuldig, seine Ehefrau B.X._ mehrfach vergewaltigt (Art. 190 Abs. 1 und 3 StGB), mehrfach verletzt (Art. 123 Ziff. 1 Abs. 1 und Ziff. 2 StGB) und mehrfach bedroht (Art. 180 Abs. 1 und 2 lit. a StGB) zu haben. Es erklärte ihn ausserdem schuldig der mehrfachen Tätlichkeiten im Sinne von Art. 126 Abs. 1 und 2 lit. a StGB zum Nachteil seiner Kinder C.X._, geboren 8. Januar 2004, und D.X._, geboren 13. April 2005. Soweit A.X._ erstinstanzlich vom Vorwurf der Tätlichkeiten zum Nachteil seiner Kinder von circa Sommer 2003 bis Anfangs 2005 freigesprochen und dem Verfahren gegen ihn wegen Drohung und einfacher Körperverletzung zum Nachteil seiner Ehefrau von circa Sommer 2003 bis Ende März 2004 zufolge fehlenden Strafantrags keine weitere Folge gegeben wurde, stellte das Obergericht die Rechtskraft des Urteils des Kreisgerichts X Thun vom 7. Juni 2007 fest. Es verurteilte A.X._ zu 4 1/2 Jahren Freiheitsstrafe, unter Anrechnung der erstandenen Untersuchungshaft, und zu einer Busse von Fr. 1'000.--.
B. Dagegen führt A.X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils und eine vollumfängliche Freisprechung. Im Weiteren verlangt er die Ausrichtung einer Entschädigung für die erstandene Polizei- und Untersuchungshaft und die Zusprechung einer solchen unter Einschluss der Verteidigungskosten. Schliesslich ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
C. Vernehmlassungen wurde keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen seine Verurteilung wegen Vergewaltigung, Körperverletzung, Drohung und Tätlichkeiten. Nach seinem Dafürhalten verletzt die Beweiswürdigung der Vorinstanz, insbesondere was die Würdigung der Aussagen seiner Ehefrau anbelangt, das Willkürverbot (Art. 9 BV) und den Grundsatz "in dubio pro reo" (Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK). Überdies sei der Tatsache, dass er seit dem 15. Mai 2007 wieder mit seiner Ehefrau zusammenlebe, im angefochtenen Entscheid nur untergeordnete Bedeutung beigemessen worden, so dass nicht von einer willkürfreien Beweiswürdigung durch die Vorinstanz ausgegangen werden könne.
1.1 Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn das Gericht in seinem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (BGE 127 I 38 E. 2a S. 41; 125 I 166 E. 2a; 124 IV 86 E. 2a S. 88, je mit Hinweisen).
1.2 Aus der in Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Unschuldsvermutung wird die Rechtsregel "in dubio pro reo" abgeleitet. Als Beweiswürdigungsregel besagt sie, dass sich der Strafrichter nicht von einem für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalt überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat (vgl. BGE 127 I 38 E. 2a).
1.3 Die Vorinstanz geht im Rahmen ihrer sehr eingehenden und sorgfältigen Beweiswürdigung von der Glaubhaftigkeit der Aussagen der Ehefrau des Beschwerdeführers aus, welche anlässlich ihrer Befragungen durch die Polizei und die Untersuchungsrichterin Gewalttätigkeiten ihres Mannes gegenüber ihr und in geringerem Ausmass gegenüber den gemeinsamen Kindern, Drohungen und ungewollten Geschlechtsverkehr durch Körpergewalt und (in drei Fällen) unter Einsatz eines Küchenmessers schilderte. Für die Vorinstanz sind die Aussagen der Ehefrau des Beschwerdeführers detailliert, lebendig, originell, in sich stimmig und konstant, ohne stereotyp zu sein. Eine Aggravierungstendenz sei nicht auszumachen. Insgesamt lägen zahlreiche Realitätskriterien vor, weshalb davon auszugehen sei, dass den Schilderungen der Ehefrau tatsächlich Erlebtes zu Grunde liege (vgl. angefochtenes Urteil, S. 25 ff., insbesondere S. 28-35).
Was der Beschwerdeführer dagegen einwendet, ist nicht geeignet, die Verfassungsmässigkeit der vorinstanzlichen Beweiswürdigung in Frage zu stellen. So macht er etwa geltend, die Aussagen seiner Ehefrau zum Beginn der angeblichen Schläge seien widersprüchlich und ungenau. Gemäss Befragung vom 3. November 2006 habe sie zu Protokoll gegeben, er hätte sie circa sechs Monate nach der Heirat zu schlagen begonnen; gemäss Meldeformular "Häusliche Gewalt" vom 19. Oktober 2006 sollen die Schläge demgegenüber bereits vor circa 3 1/2 Jahren angefangen haben. Aus diesen unterschiedlichen Angaben resultiere eine zeitliche Abweichung von rund 5-6 Monaten. Mit dieser Kritik verliert sich der Beschwerdeführer in Nebensächlichkeiten, die das vorinstanzliche Beweisergebnis, selbst wenn sie zuträfen, nicht zu erschüttern vermöchten. Nicht anders verhält es sich, soweit der Beschwerdeführer einwendet, die Aussagen seiner Ehefrau zur Häufigkeit und Heftigkeit der körperlichen Übergriffe seien unglaubhaft. So sei doch erstaunlich, dass es in Anbetracht der von ihr geschilderten körperlichen Übergriffe, die auch während der Schwangerschaften stattgefunden hätten, nicht zu diesbezüglichen Komplikationen gekommen sei. Der Beschwerdeführer verkennt, dass sich aus dem offenbar unproblematischen Verlauf beider Schwangerschaften nicht ableiten lässt, er habe seine Ehefrau nicht wie von ihr geschildert geschlagen. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers begründet sodann auch das rechtsmedizinische Gutachten vom 10. November 2006 keine Zweifel am gewonnenen vorinstanzlichen Beweisergebnis. Im Gegenteil. Die gutachtlich erhobenen Befunde (mehrere Hautunterblutungen am Körper, Schwellungen am Hinterkopf rechts und am Kopf seitlich, Rötung und Schwellung am hinteren Scheideneingang verbunden mit starken Schmerzen) stimmen vielmehr mit den Schilderungen der Ehefrau überein und lassen sich auch nach Auffassung der Gutachter mit gewalttätigen Übergriffen und einem gewaltsam vollzogenen Geschlechtsverkehr ohne weiteres vereinbaren (kantonale Akten, S. 181 ff., 185). Diese Einwände des Beschwerdeführers und weitere, mit denen er anhand von Unwesentlichem (wie etwa inkohärente Erinnerung in Bezug auf den Auslöser der Streitereien, Verhalten im Rahmen der Verhütung und bei sexuellen Kontakten, Auswirkung ihrer Vergewaltigung im Kosovo etc.) die Glaubwürdigkeit der Ehefrau und die Glaubhaftigkeit ihrer Aussagen in Frage zu ziehen sucht, sind nicht geeignet, die vorinstanzliche Beweiswürdigung als willkürlich erscheinen zu lassen. Seine Vorbringen sind insgesamt vielmehr als rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid einzustufen. Dies gilt auch, soweit er geltend macht, dem erneuten Zusammenleben der Ehegatten sei im Rahmen der vorinstanzlichen Beweiswürdigung nur untergeordnete Bedeutung beigemessen worden. Die Willkürrügen sind somit nicht gehörig begründet (Art. 106 Abs. 2 BGG), weshalb darauf nicht einzutreten ist. Dasselbe gilt auch für den Vorwurf, die Vorinstanz habe den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt. Bei diesem Ergebnis ist auf die restlichen Rechtsbegehren ebenfalls nicht einzutreten.
Was der Beschwerdeführer dagegen einwendet, ist nicht geeignet, die Verfassungsmässigkeit der vorinstanzlichen Beweiswürdigung in Frage zu stellen. So macht er etwa geltend, die Aussagen seiner Ehefrau zum Beginn der angeblichen Schläge seien widersprüchlich und ungenau. Gemäss Befragung vom 3. November 2006 habe sie zu Protokoll gegeben, er hätte sie circa sechs Monate nach der Heirat zu schlagen begonnen; gemäss Meldeformular "Häusliche Gewalt" vom 19. Oktober 2006 sollen die Schläge demgegenüber bereits vor circa 3 1/2 Jahren angefangen haben. Aus diesen unterschiedlichen Angaben resultiere eine zeitliche Abweichung von rund 5-6 Monaten. Mit dieser Kritik verliert sich der Beschwerdeführer in Nebensächlichkeiten, die das vorinstanzliche Beweisergebnis, selbst wenn sie zuträfen, nicht zu erschüttern vermöchten. Nicht anders verhält es sich, soweit der Beschwerdeführer einwendet, die Aussagen seiner Ehefrau zur Häufigkeit und Heftigkeit der körperlichen Übergriffe seien unglaubhaft. So sei doch erstaunlich, dass es in Anbetracht der von ihr geschilderten körperlichen Übergriffe, die auch während der Schwangerschaften stattgefunden hätten, nicht zu diesbezüglichen Komplikationen gekommen sei. Der Beschwerdeführer verkennt, dass sich aus dem offenbar unproblematischen Verlauf beider Schwangerschaften nicht ableiten lässt, er habe seine Ehefrau nicht wie von ihr geschildert geschlagen. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers begründet sodann auch das rechtsmedizinische Gutachten vom 10. November 2006 keine Zweifel am gewonnenen vorinstanzlichen Beweisergebnis. Im Gegenteil. Die gutachtlich erhobenen Befunde (mehrere Hautunterblutungen am Körper, Schwellungen am Hinterkopf rechts und am Kopf seitlich, Rötung und Schwellung am hinteren Scheideneingang verbunden mit starken Schmerzen) stimmen vielmehr mit den Schilderungen der Ehefrau überein und lassen sich auch nach Auffassung der Gutachter mit gewalttätigen Übergriffen und einem gewaltsam vollzogenen Geschlechtsverkehr ohne weiteres vereinbaren (kantonale Akten, S. 181 ff., 185). Diese Einwände des Beschwerdeführers und weitere, mit denen er anhand von Unwesentlichem (wie etwa inkohärente Erinnerung in Bezug auf den Auslöser der Streitereien, Verhalten im Rahmen der Verhütung und bei sexuellen Kontakten, Auswirkung ihrer Vergewaltigung im Kosovo etc.) die Glaubwürdigkeit der Ehefrau und die Glaubhaftigkeit ihrer Aussagen in Frage zu ziehen sucht, sind nicht geeignet, die vorinstanzliche Beweiswürdigung als willkürlich erscheinen zu lassen. Seine Vorbringen sind insgesamt vielmehr als rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid einzustufen. Dies gilt auch, soweit er geltend macht, dem erneuten Zusammenleben der Ehegatten sei im Rahmen der vorinstanzlichen Beweiswürdigung nur untergeordnete Bedeutung beigemessen worden. Die Willkürrügen sind somit nicht gehörig begründet (Art. 106 Abs. 2 BGG), weshalb darauf nicht einzutreten ist. Dasselbe gilt auch für den Vorwurf, die Vorinstanz habe den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt. Bei diesem Ergebnis ist auf die restlichen Rechtsbegehren ebenfalls nicht einzutreten.
1.4 Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann infolge Aussichtslosigkeit der Begehren nicht stattgegeben werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos geworden.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 3. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill