Faits:
A. A.a Le divorce des époux X._, né en 1946, et Y._, née en 1961, a été prononcé le 24 janvier 2002 par le Tribunal de première instance de Genève. Ce jugement a, entre autres points, ordonné au chiffre 11 de son dispositif à l'institution de prévoyance professionnelle de X._ de transférer la somme de 315'197 fr. 20 sur le compte de libre passage de Y._.
A.b Statuant sur appel de X._, la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 13 septembre 2002, annulé le chiffre 11 de ce jugement, ordonné le partage par moitié des avoirs de prévoyance accumulés par les parties depuis leur mariage jusqu'au 1er mars 2002, date d'entrée en force du divorce dont le prononcé n'était pas remis en cause, et transmis la cause au Tribunal administratif pour arrêter les montants déterminants et exécuter le partage. Par arrêt du 31 mars 2003, le Tribunal fédéral a rejeté le recours déposé par X._ contre cette décision (5C.240/2002).
A.c Dans l'intervalle, par décisions des 16 juillet et 24 octobre 2002, l'assurance-invalidité fédérale a reconnu Y._ invalide à 40% du 1er avril au 30 novembre 2001, puis à 80% dès le 1er décembre 2001, et lui a rétroactivement octroyé une rente avec effet au 1er avril 2001.
B. B.a Par arrêt du 28 octobre 2003, le Tribunal administratif du canton de Genève a constaté que la question de la liquidation des prétentions des époux en matière de prévoyance professionnelle avait été définitivement tranchée le 31 mars 2003, date de l'arrêt du Tribunal fédéral. Cela étant, même à considérer que le prononcé du divorce était déjà définitif le 1er mars 2002, il était néanmoins devenu impossible d'exécuter le partage de la prévoyance des parties selon la clé de répartition fixée par le juge du divorce, compte tenu du cas de prévoyance survenu pour Y._ en 2001. Le Tribunal administratif a ainsi renvoyé les parties à agir devant le juge civil pour fixer l'indemnité équitable prévue par l'art. 124 CC.
B.b Le 5 septembre 2008, Y._ a saisi le Tribunal de première instance de Genève d'une demande de révision du jugement de divorce du 24 janvier 2002, concluant à la rétractation du chiffre 11 de son dispositif et à ce qu'il soit statué à nouveau sur ce point, en fixant, en sa faveur, une indemnité équitable au sens de l'art. 124 CC d'au moins 315'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 2 mars 2002. Par arrêt du 26 février 2009, ce tribunal a, sur incident d'irrecevabilité, déclaré recevable la demande de révision, au titre d'action en complètement du jugement de divorce.
B.c Statuant sur appel de X._, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé cette décision par arrêt du 18 septembre 2009. Le 24 novembre 2009, le Tribunal fédéral n'est pas entré en matière sur le recours formé contre cet arrêt par X._ (5A_719/2009).
B.d Par jugement du 27 mai 2010, le Tribunal de première instance du canton de Genève, à qui la cause a été renvoyée, a condamné X._ à verser à Y._ une indemnité équitable au sens de l'art. 124 CC de 315'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 13 septembre 2002.
B.e Sur appel de X._, la Cour de justice du canton de Genève a modifié ce jugement, par arrêt du 21 janvier 2011, en ce sens que les intérêts compensatoires à 5% courent dès le jour suivant le prononcé de son arrêt.
C. Le 25 février 2011, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa réforme en ce sens que la demande du 5 septembre 2008 est irrecevable et que Y._ est déboutée de toutes ses conclusions; subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Par écritures du 28 février 2011, Y._ interjette également un recours en matière civile contre cet arrêt au Tribunal fédéral. Elle conclut à ce qu'il soit réformé en ce sens que l'intérêt de 5% l'an sur l'indemnité fixée court dès le 1er mars 2002; subsidiairement, que cet intérêt court dès le 5 septembre 2008.
Aucune observation n'a été requise.
Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre la même décision, reposent sur les mêmes faits et opposent les mêmes parties dont les droits dérivent de la même cause juridique; dans ces conditions, il y a lieu, par économie de procédure, de les joindre et de statuer à leur sujet par un seul arrêt (art. 24 PCF, applicable par analogie en raison du renvoi de l'art. 71 LTF).
2. Interjetés en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) ainsi que dans les formes légales (art. 42 al. 1 et 2 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF), par des parties qui ont succombé en dernière instance cantonale (art. 76 al. 1 LTF et art. 75 al. 1 LTF), dans une affaire matrimoniale (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), les recours en matière civile sont recevables.
Conformément à l'art. 93 al. 3 LTF, X._ s'en prend aussi à l'arrêt incident du 18 septembre 2009 qui a manifestement influé sur le contenu de l'arrêt du 21 janvier 2011 dès lors qu'il tranche la question de la recevabilité de l'action en complément du jugement de divorce. En outre, le Tribunal fédéral n'a pas statué sur ce point puisqu'il n'est pas entré en matière sur le recours formé alors par X._.
3. 3.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2). Il ne connaît cependant de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé (art. 106 al. 2 LTF ; ATF 134 I 83 consid. 3.2 ; 133 II 249 consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit ainsi satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 ; 133 II 249 consid. 1.4.2).
3.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (consid. 3.1).
I. Sur le recours de X._ (5A_147/2011)
4. Le recourant s'en prend tout d'abord à l'arrêt incident du 18 septembre 2009 en tant que la Cour de justice du canton de Genève a déclaré recevable la demande d'indemnité équitable au sens de l'art. 124 CC formée par Y._.
4.1 La cour cantonale a constaté, dans son arrêt incident du 18 septembre 2009, qu'un cas de prévoyance était survenu avant que le jugement de divorce ordonnant le partage conformément à l'art. 122 CC n'entre en force de chose jugée. Elle a, en outre, considéré que l'on ne saurait reprocher à Y._ de ne pas avoir interpellé la justice au sujet de la décision du 16 juillet 2002 la mettant au bénéfice de prestations de l'assurance-invalidité puisque la cause avait été gardée à juger avant cette date en instance cantonale et qu'aucune réponse n'avait été exigée d'elle à la suite du recours de X._ au Tribunal fédéral. Relevant le comportement particulier de l'intimée qui n'a pas saisi la justice avant le 5 septembre 2008 alors que le Tribunal des assurances a constaté l'impossibilité du partage le 28 novembre 2003, la cour cantonale a cependant jugé que celle-ci ne commettait pas d'abus de droit en faisant valoir sa créance de prévoyance. Elle en a déduit que, même si la voie de la révision - désormais irrecevable eu égard aux délais auxquels elle est soumise - aurait été plus appropriée, il convenait d'offrir aux parties une possibilité de faire valoir une créance non prescrite découlant du droit fédéral impératif et d'entrer en matière sur la demande au titre d'action en complètement du jugement de divorce.
4.2 Le recourant conteste cette appréciation et invoque une application arbitraire des règles du droit de la procédure cantonale en matière de révision ainsi qu'une violation de l'art. 138 al. 1 aCC. Il estime que, dans la mesure où les conditions d'une révision de l'arrêt n'étaient pas réunies, il ne saurait être entré en matière sur la demande sans tomber dans l'arbitraire. Il fait également valoir que l'art. 138 al. 1 aCC ainsi que le droit de procédure cantonal imposait à l'intimée d'alléguer la survenance du cas de prévoyance devant la Cour de justice, laquelle n'avait pas encore statué sur le divorce. Celle-ci s'étant abstenue de toute invocation à ce moment-là, elle ne serait plus habilitée à le faire par la voie de la révision, seule voie cantonale envisageable - à l'exclusion de l'action en complètement du jugement de divorce - en cas d'admission d'un cas prévoyance entre le prononcé du divorce et la décision du Tribunal des assurances.
4.3 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, le juge des assurances sociales a l'obligation de renvoyer d'office la cause à la juridiction civile, comme objet de sa compétence, lorsqu'il constate l'impossibilité d'exécuter le partage des prestations de sortie ordonné par le juge du divorce. Dans ce contexte, on ne saurait exiger des conjoints divorcés un acte matériel, tel que le dépôt d'un acte introductif d'instance, dès lors qu'une question que le législateur exige de régler impérativement dans le contexte d'un divorce, à savoir le sort de la prévoyance professionnelle constituée pour la durée du mariage, demeure sans réponse (ATF 136 V 225 consid. 5.3.3).
4.4 En l'espèce, la cause aurait dû, à l'aune de la jurisprudence susmentionnée, être transmise d'office à la juridiction civile pour qu'elle statue sur la question de l'équitable indemnité au sens de l'art. 124 CC. Dès lors que cela n'a pas été fait, il ne peut en résulter aucun préjudice pour l'intimée, qui a introduit une demande plusieurs années après la décision du Tribunal des assurances. Il s'ensuit que les tribunaux civils genevois se sont, à juste titre, saisis de la cause.
4.5 Le recourant invoque également une violation de l'art. 138 al. 1 aCC et du droit de procédure cantonal en tant que l'intimée n'a pas immédiatement informé la Cour de justice - alors que la cause était pendante devant elle - de la décision des autorités de l'assurance-invalidité.
4.5.1 La cour cantonale a considéré que l'on ne saurait reprocher à Y._ de ne pas avoir interpellé la justice au sujet des décisions la mettant au bénéfice de prestations de l'assurance-invalidité puis-qu'elles sont postérieures à la clôture des débats, respectivement au prononcé de l'arrêt, et qu'aucune réponse n'avait été exigée d'elle à la suite du recours de X._ au Tribunal fédéral.
4.5.2 En tant que le recourant invoque une violation de l'art. 138 al. 1 aCC, il méconnaît que, si cette disposition imposait aux cantons d'autoriser les parties à invoquer des faits nouveaux devant les instances cantonales supérieures, elle ne déterminait nullement jusqu'à quel moment de tels faits devaient être allégués ni les conséquences d'une invocation tardive (ATF 131 III 189 consid. 2.4 et 2.6; arrêt 5A_673/2007 du 24 avril 2008 consid. 3.1 publié in FamPra.ch 2008, p. 918). Le recourant ne saurait ainsi en déduire une quelconque interdiction empêchant l'intimée de faire valoir sa créance en prévoyance professionnelle. Seules les règles de procédure cantonale pourraient éventuellement avoir une telle conséquence. Or, sur ce point, le recourant ne démontre pas en quoi il est arbitraire, selon le droit genevois, de considérer que l'intimée ne pouvait plus alléguer ce fait nouveau après la clôture des débats. Sa critique ne satisfait donc pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 3.1) et se révèle ainsi irrecevable.
5. Le recourant reproche ensuite à la cour cantonale d'avoir tenu compte, dans son arrêt du 21 janvier 2011, de sa prestation de sortie au moment du divorce au lieu de se référer au moment de la survenance du cas de prévoyance et de solliciter de nouvelles attestations en ce sens.
5.1 Pour arrêter le montant de l'indemnité due, la cour cantonale s'est fondée sur les attestations des institutions de prévoyance indiquant les prestations de sortie des époux au 31 juillet 2001. Elle a pour le surplus considéré que dans la mesure où le recourant avait renoncé à la production de toute nouvelle pièce sur le sujet lors de la comparution personnelle du 1er février 2010, il ne pouvait plus réclamer le renvoi du dossier pour instruction complémentaire mais aurait dû indiquer clairement quelles attestations il souhaitait voir prises en compte et calculer lui-même le montant à prendre en considération. Le bien-fondé de cette motivation peut être laissé indécis, la question étant réglée par le droit fédéral.
5.2 D'après la jurisprudence, lors de la fixation de l'indemnité équitable, il faut garder à l'esprit l'option de base du législateur à l'art. 122 CC, à savoir que les avoirs de prévoyance qui ont été accumulés pendant le mariage doivent, en principe, être partagés par moitié entre les époux; il ne saurait cependant être question d'arrêter schématiquement, sans égard à la situation économique concrète des parties, une indemnité correspondant dans son résultat à un partage par moitié des avoirs de prévoyance; il faut, au contraire, tenir compte de façon adéquate de la situation patrimoniale après la liquidation du régime matrimonial, ainsi que des autres éléments de la situation financière des conjoints après le divorce. On peut procéder en deux étapes, en ce sens que le juge calcule tout d'abord le montant de la prestation de sortie au moment du divorce - respectivement au moment de la survenance du cas de prévoyance - et adapte ensuite ce montant aux besoins concrets des parties en matière de prévoyance (ATF 131 III 1 consid. 4.2; 129 III 481 consid. 3.4.1). Si le cas de prévoyance survient peu de temps avant le prononcé du divorce, les besoins concrets en prévoyance perdent en importance; il faut alors se référer au partage par moitié de sorte que l'indemnité équitable au sens de l'art. 124 CC doit correspondre grosso modo à la moitié des prestations de sortie selon l'art. 122 CC (ATF 133 III 401 consid. 3.3 et les références citées).
5.3 La jurisprudence susmentionnée préconise de calculer le montant de la prestation de sortie conformément à l'art. 122 CC. Or, pour ce faire, il faut se placer au moment du prononcé du divorce et considérer l'ensemble de la durée du mariage (ATF 133 III 401 consid. 3.2). La référence au moment de la survenance du cas de prévoyance ne concerne ainsi que le conjoint pour lequel un cas de prévoyance s'est réalisé; il faut en revanche tenir compte de la prestation de sortie au moment du divorce s'agissant du conjoint pour lequel un cas de prévoyance n'est pas survenu (cf. SCHNEIDER/BRUCHEZ, La prévoyance professionnelle et le divorce, in Le nouveau droit du divorce, 2000, p. 242; VOUILLOZ, Le partage des prestations de sortie et l'allocation de l'indemnité équitable, in SJ 2010 II p. 67 ss, spéc. p. 86 s.). Dans la même ligne, le Tribunal fédéral a jugé que l'art. 122 CC était applicable lorsque l'un des conjoints percevait des prestations de l'assurance-vieillesse ou de l'assurance-invalidité mais n'avait jamais disposé d'une prévoyance professionnelle et qu'aucun cas de prévoyance n'était survenu pour l'autre époux (ATF 136 III 449 consid. 3). Il suit de là qu'il aurait fallu prendre en compte la prestation de sortie du recourant à la date du prononcé du divorce, à savoir au 1er mars 2002, et non au 31 juillet 2001. Celui-ci ne saurait dès lors se plaindre de la solution retenue par la cour cantonale, qui lui est plus favorable puisqu'elle ne tient pas compte des avoirs accumulés entre le 31 juillet 2001 et le 1er mars 2002. Ce grief du recourant doit ainsi être rejeté.
6. Le recourant invoque encore que la cour cantonale n'a pas pris en considération, lors de la fixation de l'indemnité, le fait que l'intimée n'a pas informé la justice de la survenance d'un cas de prévoyance et a attendu cinq ans avant de saisir la justice. À cet égard, il allègue que cette attitude a permis à celle-ci d'éviter une modification du jugement de divorce qui aurait conduit, selon lui, à la suppression de toute pension en faveur de l'ex-conjoint ainsi qu'à la réduction de près de 800 fr. de celle due à chacun des enfants. Il conteste en outre avoir pu agir en révision de l'arrêt cantonal sur ce point dès lors qu'il n'a connu le montant des rentes d'invalidité perçues qu'en février 2010. Il estime ainsi que les contributions d'entretien versées en trop de ce fait, à savoir 292'500 fr., doivent à tous le moins être déduites du montant arrêté. Il considère en effet que l'attitude de l'intimée se révèle de manière générale abusive, de sorte qu'aucune indemnité ne doit lui être allouée.
6. Le recourant invoque encore que la cour cantonale n'a pas pris en considération, lors de la fixation de l'indemnité, le fait que l'intimée n'a pas informé la justice de la survenance d'un cas de prévoyance et a attendu cinq ans avant de saisir la justice. À cet égard, il allègue que cette attitude a permis à celle-ci d'éviter une modification du jugement de divorce qui aurait conduit, selon lui, à la suppression de toute pension en faveur de l'ex-conjoint ainsi qu'à la réduction de près de 800 fr. de celle due à chacun des enfants. Il conteste en outre avoir pu agir en révision de l'arrêt cantonal sur ce point dès lors qu'il n'a connu le montant des rentes d'invalidité perçues qu'en février 2010. Il estime ainsi que les contributions d'entretien versées en trop de ce fait, à savoir 292'500 fr., doivent à tous le moins être déduites du montant arrêté. Il considère en effet que l'attitude de l'intimée se révèle de manière générale abusive, de sorte qu'aucune indemnité ne doit lui être allouée.
6.1 6.1.1 Lorsqu'un cas de prévoyance est déjà survenu pour l'un des conjoints ou pour les deux, l'art. 124 al. 1 CC prévoit le versement d'une indemnité équitable. Si la faculté de renoncer au droit et la possibilité de refuser le partage au sens de l'art. 123 CC ne sont pas expressément prévues dans le cadre de l'art. 124 CC, le juge doit néanmoins en tenir compte sous l'angle de l'équité (ATF 129 III 481 consid. 3.3; Message concernant la révision du code civil suisse [état civil, conclusion du mariage, divorce, droit de la filiation, dette alimentaire, asiles de famille, tutelle et courtage matrimonial] du 15 novembre 1995, FF 1996 I 1, p. 108; SUTTER/FREIBURGHAUS, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, 1999, n. 15 ad art. 124 CC; PICHONNAZ, Commentaire romand, n. 72 ad art. 124 CC; WALSER, Basler Kommentar, 2010, n. 13 ad art. 124 CC).
6.1.2 Selon l'art. 123 al. 2 CC, le juge peut refuser le partage, en tout ou en partie, lorsque celui-ci se révèle manifestement inéquitable pour des motifs tenant à la liquidation du régime matrimonial ou à la situation économique des époux après le divorce. Cette disposition doit être appliquée de manière restrictive, afin d'éviter que le principe du partage par moitié des avoirs de prévoyance ne soit vidé de son contenu (ATF 135 III 153 consid. 6.1). Outre les motifs énoncés par l'art. 123 al. 2 CC, le juge peut également refuser le partage si celui-ci contrevient à l'interdiction de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC; ATF 133 III 497 consid. 4.3; arrêt 5A_648/2009 du 8 février 2010 consid. 4.1 publié in FamPra.ch 2010 p. 439). Cette dernière circonstance ne doit être appliquée qu'avec une grande réserve (ATF 133 III 497 consid. 4.4 et les références citées; GEISER, Übersicht über die Rechtsprechung zum Vorsorgeausgleich, in FamPra.ch 2008 p. 309 ss, spéc. 314). Seules des circonstances économiques postérieures au divorce peuvent justifier le refus total ou partiel du partage, circonstances que le juge doit apprécier selon les règles du droit et de l'équité (art. 4 CC; ATF 129 III 577 consid 4.2.2; arrêt 5A_214/2009 du 27 juillet 2009 consid. 2.2 publié in FamPra.ch 2009 p. 1051).
6.2 La cour cantonale a constaté qu'aucun motif de refus ne pouvait être déduit de la situation économique des parties, celle du recourant étant largement plus favorable que celle de l'intimée. À ce sujet, elle a relevé que les parties avaient choisi durant la vie commune une répartition traditionnelle des tâches, l'épouse se chargeant du ménage et de l'éducation des enfants, de sorte que la prévoyance accumulée par le mari était destinée aux deux époux. En outre, la juridiction a ajouté que l'intimée avait renoncé aux droits qu'elle aurait pu faire valoir sur les acquêts du recourant dans le cadre de la liquidation du régime matrimonial. Quant aux motifs de refus invoqués par celui-ci, elle a constaté que les décisions octroyant une rente d'invalidité à l'intimée étaient postérieures à la clôture des débats devant la cour cantonale de sorte que ce fait ne pouvait de toute façon plus être pris en considération lors de sa survenance. De plus, elle a jugé que l'intimée n'avait pas volontairement tardé à agir, ce retard ayant pour origine l'attitude de son mandataire. Enfin, la cour cantonale a considéré que le recourant, qui connaissait la survenance du cas de prévoyance, aurait dû agir en révision ou en modification du jugement de divorce s'il estimait que cet événement devait conduire à une modification des contributions d'entretien. Elle en a déduit que, ne l'ayant pas fait alors, il ne saurait exiger, sous couvert de compensation, une modification rétroactive du jugement.
6.3 En l'espèce, le recourant ne prétend pas que la situation économique des parties ou la liquidation du régime justifierait de refuser l'allocation d'une indemnité équitable. Il fait en revanche valoir que l'attitude procédurale de l'intimée en relation avec la survenance de son invalidité et la demande en versement d'une indemnité équitable consacre un abus de droit au sens de l'art. 2 al. 2 CC. Concernant la prétendue tardiveté de la demande, il perd de vue qu'il ne peut résulter aucun préjudice pour l'intimée de ce que le Tribunal des assurances n'a pas transmis la cause au juge du divorce pour qu'il statue sur la question de l'équitable indemnité au sens de l'art. 124 CC, alors qu'il avait l'obligation de le faire d'office (cf. consid. 4.4 supra). Quant à la survenance du cas de prévoyance, le recourant ne démontre pas, de manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi la cour cantonale violerait le droit de procédure en considérant que l'intimée ne pouvait plus alléguer ce fait nouveau après la clôture des débats (cf. supra consid. 4.5.2). En tant qu'il se prévaut de contributions d'entretien versées soi-disant indûment - en raison de l'augmentation des revenus de l'intimée à la suite de la survenance du cas de prévoyance -, qu'il entend imputer sur la somme due au titre de l'art. 124 CC, il n'y a pas lieu d'entrer en matière. L'entrée en force de chose jugée partielle interdit en effet de revenir sur les questions qui ont acquis force de chose jugée, à savoir les aliments dus en faveur des enfants et de l'ex-épouse; on ne peut donc procéder à une quelconque compensation, ce d'autant plus que l'indemnité équitable a pour but d'assurer l'entretien du conjoint après sa retraite alors que les obligations des art. 125 et 133 al. 1 CC tendent à assurer un entretien convenable à leurs créanciers et en principe avant la retraite pour le conjoint. La question de savoir, si le recourant aurait éventuellement pu agir en modification ou en révision, respectivement du jugement de divorce et des mesures provisionnelles - lors du dépôt de la demande de l'intimée en versement d'une équitable indemnité au sens de l'art. 124 CC -, peut rester indécise puisque ses écritures en instances cantonales ne contiennent aucune conclusion sur ce point; il ne peut en effet se contenter de faire un calcul approximatif et demander qu'un montant soit déduit de l'indemnité due au titre de l'art. 124 CC. Il y a lieu de relever, pour le surplus, que, bien qu'il ait su au plus tard lors de la notification de l'arrêt du Tribunal des assurances du 28 octobre 2003 que l'intimée percevait des prestations d'assurance en raison de son invalidité, le recourant n'a jamais agi ni en modification ni en révision des contributions d'entretien. Dans ces conditions, on ne saurait déduire un quelconque abus de droit de la part de l'intimée à réclamer une pleine indemnité de l'art. 124 CC. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
7. Dans un dernier grief, le recourant invoque qu'il ne dispose pas des fonds nécessaires pour s'acquitter de l'indemnité en capital de sorte que celle-ci doit être versée par mensualités.
7.1 Selon la jurisprudence, lorsque la situation patrimoniale du débiteur le permet, la préférence est accordée au versement d'une prestation pécuniaire en capital, ce qui permet de diminuer le risque de défaillance. Le paiement de la prestation en capital peut aussi être effectué, conventionnellement, par acomptes; l'engagement de verser un capital a pour conséquence que l'obligation ne s'éteint pas au décès de l'époux débiteur, mais qu'elle constitue une dette de la succession, soit un passif transmissible héréditairement. L'attribution d'une prestation sous forme de capital, que le paiement soit ou non effectué par acomptes, présuppose en principe l'existence d'un tel capital, car les héritiers n'ont pas le devoir de pourvoir à la prévoyance vieillesse du conjoint survivant. En revanche, on optera pour un paiement sous forme de rente lorsqu'il n'y a pas de liquidités suffisantes pour assurer un versement en capital et que le débiteur reçoit des versements réguliers du fait de sa propre rente vieillesse (ATF 131 III 1 consid. 4.3.1 et les références citées).
7.2 La cour cantonale a constaté que le recourant disposait d'un immeuble d'une valeur fiscale de 1,7 millions de francs - dont elle estime la valeur vénale à un montant sensiblement plus élevé - et grevé de 860'000 fr. d'hypothèques, pour lesquelles il n'avait pas été démontré qu'il était impossible de les augmenter. En outre, elle a considéré que le recourant ayant atteint l'âge de la retraite, il lui était vraisemblablement possible de prélever tout ou partie de l'indemnité sur ses avoirs de prévoyance. Celui-ci se contente d'affirmer péremptoirement qu'aucun établissement bancaire ou d'assurance ne peut financer un emprunt supplémentaire sur son immeuble en raison des dettes hypothécaires et chirographaires dont il doit répondre. Une telle argumentation ne satisfait manifestement pas aux exigences de motivation en la matière (cf. consid. 3.2 supra); en effet, elle se fonde sur des faits non retenus, partant irrecevables (art. 99 al. 1 LTF), au sujet desquels le recourant ne tente pas de démontrer qu'ils auraient été écartés alors qu'il les avait dûment allégués et avait offert de les prouver. Ce dernier s'abstient en outre de toute démonstration quant à un éventuel prélèvement sur ses avoirs de prévoyance. Le grief se révèle dès lors irrecevable.
Il s'ensuit que, mal fondé pour autant que recevable, le recours formé par X._ doit être rejeté, aux frais de son auteur.
II. Sur le recours de Y._ (5A_154/2011)
8. La recourante s'en prend à l'arrêt attaqué en tant qu'il a fait courir les intérêts compensatoires sur l'indemnité arrêtée dès le jour suivant le prononcé de l'arrêt, soit dès le 21 janvier 2011. À cet égard, elle fait valoir qu'elle a été privée durant plus de huit ans d'un capital dont elle aurait dû avoir la disposition dès le prononcé du divorce, à savoir dès le 1er mars 2002, précisant que l'intimé était depuis lors informé et conscient qu'il était redevable d'un montant avoisinant l'indemnité finalement arrêtée. Subsidiairement, elle requiert que les intérêts courent dès le dépôt de la demande en révision le 5 septembre 2008.
8.1 Tant l'intérêt moratoire que l'intérêt compensatoire visent à réparer le préjudice qui résulte de la privation d'un capital (ATF 122 III 53 consid. 4a). Malgré leur origine différente, ces deux types d'intérêts ont une nature identique et remplissent la même fonction; leur cumul serait donc source d'enrichissement, raison pour laquelle la jurisprudence l'a en général exclu (ATF 130 III 591 consid. 4; 122 III 53 consid. 4a et la doctrine mentionnée). Le taux de l'intérêt compensatoire - en matière contractuelle en tout cas - est fixé à 5%, car il assume la même fonction que l'intérêt moratoire, à savoir compenser de manière forfaitaire la perte subie par le créancier parce qu'il n'obtient pas immédiatement le montant qui lui est dû (ATF 122 III 53 consid. 4b). En matière de responsabilités contractuelle et extracontractuelle, l'intérêt compensatoire est dû au titre d'élément du dommage (ATF 131 III 12 consid. 9.1; 130 III 591 consid. 4).
Dans le domaine du droit matrimonial, l'art. 218 al. 2 CC prescrit le versement d'intérêts sur la créance de participation et la part à la plus-value dès la clôture de la liquidation du régime de la participation aux acquêts puisqu'ils sont estimés à leur valeur à ce moment-là (HAUSHEER/AEBI-MÜLLER, Basler Kommentar, 2010, n. 14 ad art. 218 CC; HAUSHEER/REUSSER/GEISER, Berner Kommentar, 1992, n. 28 ad art. 218 CC). Le législateur a estimé que la communauté d'intérêts entre les époux doit se prolonger jusqu'à la liquidation effective du régime matrimonial (DESCHENAUX/STEINAUER/BADDELEY, Les effets du mariage, 2009, n. 1305). En cas de liquidation judiciaire, les intérêts commencent dès lors à courir au moment de l'entrée en force du jugement (ATF 121 III 152 consid. 3a; arrêt 5A_599/2007 du 2 octobre 2008 consid. 10.1 publié in FamPra.ch 2009, p. 749; STECK, in FamKommentar, 2011, n. 6 ad art. 214 CC et n 9 ad art. 215 CC). Il en va de même pour l'équitable indemnité due pour la collaboration extraordinaire d'un époux à la profession ou à l'entreprise de son conjoint de l'art. 165 CC, des intérêts étant dus dès la fixation de l'indemnité (arrêt 5C.270/2004 du 14 juillet 2005 consid. 6).
8.2 Vu la nature similaire de la créance matrimoniale de l'art. 124 CC, il y a lieu d'admettre que le débiteur doit également s'acquitter d'un intérêt sur l'indemnité équitable à compter de la fixation de celle-ci. Lorsque cette dernière est arrêtée judiciairement, les intérêts courent ainsi dès l'entrée en force du jugement. La question de savoir comment il y a lieu de prendre en compte le temps écoulé depuis le prononcé du divorce lors de la fixation de l'indemnité peut demeurer indécise, faute de grief et de conclusion sur ce point.
Il suit de là que, mal fondé, le recours de Y._ doit également être rejeté aux frais de son auteur.
9. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, le recours de X._ ainsi que celui de Y._ doivent être rejetés. Les frais judiciaires relatifs à chaque recours doivent être mis à la charge de leur auteur (art. 66 al. 1 LTF); ils sont arrêtés à un montant de 4'000 fr. pour le recours de X._ et à 3'000 pour le recours de Y._. Les parties n'ont pas droit à des dépens dès lors qu'aucune d'elles n'a été invitée à se déterminer sur le recours de l'autre (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 5A_147/2011 et 5A_154/2011 sont jointes.
2. Le recours formé par X._ est rejeté.
3. Le recours formé par Y._ est rejeté.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr. pour la cause 5A_147/2011, sont mis à la charge de X._.
5. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr. pour la cause 5A_154/2011, sont mis à la charge de Y._.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 24 août 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Richard