Sachverhalt:
A. Y._ war Alleinaktionär der Y._ AG und der Y._ Immobilien AG. Daneben handelte er als Einzelunternehmer mit Liegenschaften, weshalb er ab 1979 als selbständiger Liegenschaftenhändler veranlagt wurde. Nach seinem Tod im Februar 1995 übernahm seine Ehefrau, X._, die Aktien der Y._ Immobilien AG. Diese verkaufte sie am 17. Februar 2005 zum Preis von Fr. 14'500'000.--. Die Differenz zwischen dem Verkaufspreis und dem Nominalwert von Fr. 200'000.--, abzüglich der darauf geschuldeten AHV-Beiträge wurde ihr für die Steuerperiode 2005 der direkten Bundessteuer als Einkommen aufgerechnet, was ein steuerbares Einkommen von Fr. 14'418'000.-- ergab. Ihre dagegen gerichtete Einsprache wurde ebenso wie ihre Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission abgewiesen. Die von der Steuerpflichtigen gegen den Entscheid der kantonalen Steuerrekurskommission erhobene Beschwerde wurde am 30. September 2009 vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich teilweise gutgeheissen und die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an die untere Instanz zurückgewiesen.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht zur Hauptsache, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass die Beteiligung an der Y._ Immobilien AG ihrem Privatvermögen angehöre.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Das Kantonale Steueramt Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
C. Mit Verfügung vom 8. Januar 2010 wies der Präsident der Il. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab.
Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts, der beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 82 und 86 Abs. 1 lit. d BGG; Art. 146 DBG [SR 642.11]).
2. 2.1 Im Verfahren vor der Vorinstanz war streitig, ob die Beteiligung an der Y._ Immobilien AG dem Geschäfts- oder dem Privatvermögen von Y._ zuzuordnen ist. Die Vorinstanz hat zunächst erkannt, aufgrund der engen wirtschaftlichen Beziehung zwischen der selbständigen Erwerbstätigkeit von Y._ als Liegenschaftenhändler und der Y._ Immobilien AG sei die Beteiligung an dieser als Geschäftsvermögen von Y._ zu betrachten. Dem stehe auch ein Schreiben des kantonalen Steueramts nicht entgegen, worin nicht erwähnt worden sei, dass auch die Aktien der Y._ Immobilien AG Geschäftsvermögen darstellten. Hingegen könne der Gewinn eines Liegenschaftenhändlers, der durch den Wertzuwachs einer im Geschäftsvermögen gehaltenen Beteiligung erzielt wurde, nur insoweit mit der Einkommenssteuer erfasst werden, als dieser Wertzuwachs in den Zeitraum nach dem Zeitpunkt der Aufnahme der Erwerbstätigkeit bzw. des Liegenschaftenhandels falle. Die kantonale Steuerrekurskommission gehe indessen davon aus, dass nicht derjenige Zeitpunkt massgebend sei, in welchem Y._ steuerlich als selbständig Erwerbender qualifiziert worden sei, sondern dass die Aktien bereits im Gründungszeitpunkt der Gesellschaft (1972) dem Geschäftsvermögen zugeordnet werden müssten, was willkürlich sei. Die Rekurskommission müsse daher im zweiten Rechtsgang frühestens auf den Wert abstellen, den die Beteiligung im Jahr 1979 gehabt hätte und den seither eingetretenen Wertzuwachs besteuern. Die Beschwerdeführerin habe der Rekurskommission die hierfür notwendigen Unterlagen einzureichen; erst wenn sich der damals massgebende Überführungswert auch nicht anhand der von der Pflichtigen einzureichenden Unterlagen belegen bzw. schätzen lasse, dürfe die Vorinstanz mangels anderweitiger Anhaltspunkte subsidiär auf die Anlagekosten abstellen. Die Sache sei daher zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an die Rekurskommission zurückzuweisen.
2.2 Das Verwaltungsgericht hat in diesem Rückweisungsentscheid zwar für die Vorinstanzen abschliessend über einige materiellrechtliche Teilfragen, jedoch nicht über einzelne Rechtsbegehren entschieden. Damit schliesst der angefochtene Entscheid das Verfahren weder insgesamt noch über einzelne Rechtsbegehren ab, womit ein Zwischenentscheid vorliegt, mit welchem eine ergänzende Sachverhaltsabklärung verlangt wird. Diese erfordert eine Würdigung und Subsumtion des ergänzend festgestellten Sachverhalts (vgl. dazu Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3, publ. in: StE 2009 B 96.21 Nr. 14). Mithin fällt eine sofortige Anfechtung dieses Rückweisungsentscheides gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur in Betracht, wenn dieser einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
2.3 Das gemäss Rückweisungsentscheid vorzunehmende Beweisverfahren beschränkt sich darauf, von der Beschwerdeführerin die für die Feststellung des Wertes der Beteiligung im Jahr 1979 notwendigen Unterlagen einzuverlangen. Dies erfordert indessen kein weitläufiges Beweisverfahren, welches mit einem bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten verbunden wäre. Damit fehlt es an den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, auf welche Norm sich die Beschwerdeführerin beruft.
3. Auf die Beschwerde ist aus diesen Gründen nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Küng