Fatti:
A. Con atto del 15 ottobre 1986, lo Stato del Cantone Ticino ha concesso alla A._ SA la costruzione e l'esercizio delle stazioni di servizio autostradali di X._ - comprendenti ciascuna una stazione di servizio carburanti con i servizi accessori ed un complesso ristorante - per una durata di 30 anni (1° gennaio 1987-31 dicembre 2016).
A.a In aggiunta al pagamento della tassa annua, tale atto prevedeva, da parte della società concessionaria, il pagamento di abbuoni variabili sulla vendita (cumulata) di carburante (clausola 8.21); provvigioni sulla cifra d'affari annua lorda lubrificanti shop, chiosco alla stazione carburanti (clausola 8.22); provvigioni sulla cifra d'affari annua netta (cumulata), ristoranti, bar, chioschi (shop) e motels del complesso ristorante (clausola 8.23).
A.b Con atto del 27 gennaio 1993, la concessione è stata modificata, adeguando gli abbuoni variabili sulla vendita di carburante (clausola 8.21); nel contempo, le provvigioni sulla cifra d'affari lorda per lubrificanti shop, chiosco alla stazione carburanti (clausola 8.22) sono state raggruppate con quelle relative alla cifra d'affari del ristorante, bar, chioschi e motels (clausola 8.23) e quindi anch'esse adeguate. Il relativo accordo puntualizzava che si trattava della cifra d'affari lorda e cumulata in sostituzione delle clausole 8.22 e 8.23 dell'atto di concessione originario.
A.c Le provvigioni sulla cifra d'affari della stazione di servizio, del ristorante, di chioschi e motel relative agli anni 1993 e 1994, stabilite dalla convenzione, sono state pagate senza discussione alcuna.
B. B.a Alla fine del 1996, il nuovo mandatario della concessionaria ha contestato l'inclusione dell'imposta sul valore aggiunto (IVA), che a partire dal 1995 ha sostituito l'imposta sulla cifra d'affari (ICA), nella base del calcolo della provvigione dovuta sulla cifra d'affari annua lorda per ristorante, bar, chioschi (shop), motel, lubrificanti, shop e chiosco alla stazione carburanti. In proposito, ha sostenuto che la clausola 8.23 dell'atto di concessione originario prevedeva che le provvigioni andavano calcolate sulla cifra d'affari netta (cumulata) e che la base di calcolo non poteva di conseguenza includere imposte e tasse sul consumo.
B.b Durante un incontro tenutosi nel febbraio 1997, le autorità cantonali hanno ricordato ai rappresentanti della A._ SA che la modifica delle condizioni previste dalla concessione era stata concordata nel 1993, inglobando le provvigioni dovute per il ristorante ed annessi (calcolate sulla cifra d'affari netta) nelle provvigioni della stazione carburante (calcolate invece sulla cifra d'affari lorda). I servizi cantonali hanno in seguito continuato a calcolare le provvigioni dovute sulla base della cifra d'affari lorda comprensiva dell'IVA. La A._ SA ha versato da parte sua sostanziosi acconti annuali rifacendosi a conteggi allestiti, deducendo l'IVA dall'incasso realizzato.
B.c Il 10 gennaio 2000, lo Stato ha notificato alla A._ SA il conteggio relativo al periodo 1995/1998, domandando il pagamento di un importo a saldo pari a fr. xxx. In tale conteggio, il saldo a favore della A._ SA (fr. xxx) per il 1995 veniva compensato coi saldi a favore dello Stato (fr. xxx; xxx; xxx) per gli anni 1996-1998. In risposta, la concessionaria si limitava a chiedere una rettifica di fr. xxx, rilevando di aver versato per il 1998 maggiori acconti in quella misura.
Il conteggio relativo agli anni 1999-2000 è stato notificato in data 10 dicembre 2001, deducendo il saldo a favore della concessionaria (fr. xxx) dallo scoperto (fr. xxx), che risultava dal conteggio precedente.
La notifica dell'ultimo conteggio, relativo al periodo 2001-2005, risale infine al 30 maggio 2007. Esso comportava un saldo di fr. xxx a favore dello Stato. La concessionaria ne ha contestato i contenuti, riproponendo l'eccezione sollevata nel 1997, con riferimento all'inclusione dell'IVA nella cifra d'affari considerata per calcolare le provvigioni.
C. Con petizione del 14 febbraio 2008, lo Stato del Cantone Ticino ha convenuto in giudizio la A._ SA davanti al Tribunale cantonale amministrativo, domandandone la condanna al pagamento di arretrati sino al 31 dicembre 2005 pari ad un importo di fr. xxx oltre a interessi del 5 % a far tempo dal 19 luglio 2007.
C.a In petizione, la parte attrice osservava che la modifica della convenzione conclusa nel 1993 stabiliva che le provvigioni andavano calcolate sulla cifra d'affari lorda (cumulata), ristorante, bar, chioschi (shop), motel, lubrificanti, shop, chiosco alla stazione carburanti (cifra di affari lorda e cumulata in sostituzione delle clausole 8.22 e 8.23 dell'atto di concessione sin lì vigente). Essa rilevava che così era stato fatto dal 1986 al 1994 (in regime di ICA) e poi riconosciuto dalla A._ SA anche in regime di IVA, accettando le compensazioni a favore dello Stato che le erano state notificate nel 2000 e nel 2001.
C.b Con la risposta, la A._ SA contestava integralmente le tesi della parte attrice domandando che la petizione venisse respinta. A sostegno della sua domanda, la convenuta rilevava innanzitutto che la distinzione tra cifra d'affari lorda (clausola 8.22) e la cifra d'affari netta (clausola 8.23) non si riferiva all'IVA, ma a bonus, sconti, mance, vitto e simili, che non comparivano nei conteggi che allestiva per il calcolo delle provvigioni e che, con la modifica del 1993, si era voluto includere anche queste posizioni nell'importo determinante per il calcolo delle provvigioni. Considerava inoltre che la divergenza riguardava esclusivamente l'inclusione dell'IVA, che non poteva essere considerata parte integrante della cifra d'affari lorda. Sottolineava infine che i dati annui sulla cifra d'affari notificati allo Stato per calcolare la provvigione non comprendevano l'IVA, soggiungendo che la pretesa dello Stato era sempre stata contestata, e non era quindi mai stata riconosciuta né direttamente né indirettamente.
C.c Sentita l'Amministrazione federale delle contribuzioni, proceduto all'assunzione delle prove e preso atto delle conclusioni delle parti, la petizione dello Stato del Cantone del Ticino è stata accolta dal Tribunale cantonale amministrativo con sentenza del 13 gennaio 2012.
D. Con ricorso in materia di diritto pubblico del 22 febbraio successivo, la A._ SA (nel seguito: ricorrente) chiede l'annullamento del giudizio del Tribunale cantonale amministrativo, ritenendo che lo stesso sia il risultato di un accertamento manifestamente inesatto dei fatti, di una violazione del divieto d'arbitrio e della garanzia della proprietà. Fa inoltre valere il mancato esame dell'eventuale prescrizione del credito da parte della Corte cantonale.
Invitata a pronunciarsi, l'istanza precedente si è riconfermata nelle motivazioni e nelle conclusioni del proprio giudizio. Il rigetto del ricorso è stato chiesto anche dallo Stato del Cantone Ticino. Al 10 maggio 2012 risalgono infine le ultime osservazioni depositate dalla ricorrente. Delle specifiche argomentazioni sviluppate nei rispettivi scritti verrà detto, per quanto necessario, più oltre.
Diritto:
1. Diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF) di un'autorità cantonale di ultima istanza con carattere di tribunale superiore (art. 86 LTF), il ricorso riguarda la controprestazione per la concessione a privati da parte dello Stato della gestione di aree di servizio lungo la rete autostradale, quindi una causa di diritto pubblico che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF e che non è nemmeno impugnabile davanti al Tribunale amministrativo federale. Nella fattispecie, la specifica materia è infatti retta dal solo diritto cantonale (art. 7 cpv. 3 della legge federale dell'8 marzo 1960 sulle strade nazionali [LSN; RS 725.11]; Messaggio concernente la legislazione esecutiva della nuova impostazione della perequazione finanziaria e della ripartizione dei compiti tra Confederazione e Cantoni [NPC] del 7 settembre 2005, Foglio federale [FF] 2005, pag. 5349 segg., cifra. 2.7.2.3.1).
Presentata in tempo utile (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla destinataria della pronuncia contestata, con interesse al suo annullamento (art. 89 cpv. 1 LTF) l'impugnativa è pertanto di principio ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico.
2. 2.1 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può essere fatta valere la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), che include anche i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 446 consid. 3.1 pag. 447). Salvo che per i casi citati dall'art. 95 LTF, non può invece essere censurata la violazione del diritto cantonale. È però possibile fare valere che l'errata applicazione del diritto cantonale da parte dell'autorità precedente comporti una violazione del diritto federale, segnatamente del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.; DTF 133 III 462 consid. 2.3 pag. 466).
2.2 Il Tribunale federale è tenuto ad applicare d'ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF); non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso, né dai motivi addotti dall'autorità inferiore (DTF 134 II 235 consid. 4.3.4 pag. 241).
Esigenze più severe si applicano in relazione alla violazione di diritti fondamentali. Il Tribunale federale esamina infatti simili censure soltanto se l'insorgente le ha sollevate e motivate in modo preciso (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246; 133 II 249 consid. 1.4.2 pag. 254).
Anche in caso di asserita violazione del divieto d'arbitrio, è necessario che egli esponga le sue critiche in maniera chiara e circostanziata, accompagnandole da un'argomentazione esaustiva (DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246; 133 III 393 consid. 6 pag. 397). Secondo costante giurisprudenza, l'arbitrio non si realizza infatti già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire plausibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata. il Tribunale federale annulla la sentenza impugnata per violazione dell'art. 9 Cost. unicamente se l'istanza precedente ha emanato un giudizio che appare - sia a livello di motivazione che di risultato - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia e d'equità (DTF 138 I 49 consid. 7.1 pag. 51 e 132 III 209 consid. 2.1 pag. 211 con rinvii).
2.3 Per quanto riguarda i fatti, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento sull'accertamento svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Esso può scostarsene solo se è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto. Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (DTF 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta la violazione di un diritto fondamentale (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39), valgono anche in questo contesto le esigenze di motivazione poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF.
2.4 Nella fattispecie, l'impugnativa rispetta solo in parte i requisiti esposti. Nella misura in cui sono manifestamente disattesi, il gravame dev'essere pertanto considerato a priori inammissibile.
2.4.1 Ciò vale per il richiamo alla garanzia della proprietà contenuto nel ricorso, la cui violazione viene sostenuta in modo generico, con un semplice rinvio alla giurisprudenza e nessuna specifica sussunzione in merito all'effettiva applicabilità della giurisprudenza richiamata.
2.4.2 Stessa conclusione vale però anche per la censura con cui la ricorrente critica il mancato esame da parte della Corte cantonale dell'eventuale prescrizione dei crediti fatti valere con la petizione: segnatamente, a causa della decorrenza dei termini previsti dall'art. 22a cpv.1 della legge ticinese del 18 marzo 1986 sul demanio pubblico (RL/TI 9.4.1.1).
La mancata applicazione di detta norma da parte del Tribunale cantonale amministrativo può in effetti essere fatta valere solo se comporta una violazione del diritto federale, segnatamente del divieto d'arbitrio (precedente consid. 2.1). Una simile violazione non può però essere semplicemente affermata, senza alcun puntuale riferimento ai singoli crediti in discussione e per giunta in maniera solo eventuale; pena la sua inammissibilità, essa dev'essere sostanziata con una motivazione precisa e circostanziata che, come correttamente rilevato dalle autorità cantonali nella loro risposta, fa manifestamente difetto nel ricorso presentato (precedente consid. 2.2).
2.5 Sull'ammissibilità delle ulteriori censure formulate dalla ricorrente, per criticare l'accertamento dei fatti, la motivazione e l'esito arbitrario del giudizio impugnato, verrà per contro detto più oltre.
3. 3.1 Come esposto nei fatti, richiamandosi entrambe all'atto di concessione e alla convenzione sottoscritti, le parti non concordano in merito all'inclusione o meno dell'IVA nella cifra d'affari determinante per il calcolo delle provvigioni dovute sulle vendite di merci e per la fornitura di servizi. Dopo l'introduzione dell'IVA, la ricorrente ha in effetti sostenuto che la provvigione sulle vendite di merci presso la stazione di distribuzione del carburante, nei negozi annessi e per la fornitura di servizi di ristorazione andasse calcolata sulla cifra d'affari realizzata esclusa l'IVA, avviso che l'autorità cantonale non ha condiviso e che ha portato all'inoltro della petizione da cui trae origine la procedura.
3.2 Nel giudizio impugnato, constatata la divergenza di vedute delle parti e richiamato espressamente il principio della buona fede contrattuale rispettivamente dell'affidamento, il Tribunale amministrativo ha ritenuto infondata la versione sostenuta dalla qui ricorrente.
3.2.1 A suo avviso, l'istruttoria ha chiarito che la distinzione tra cifra d'affari lorda (clausola 8.22) e cifra d'affari netta (clausola 8.23), considerate dall'atto di concessione del 1986, vada ricondotta solo all'inclusione o meno nella cifra d'affari di bonus, sconti, mance, vitto e simili e che da essa non possa venire dedotto nulla di concreto: né a favore della tesi della ricorrente, né di quella dell'autorità cantonale.
3.2.2 Sempre sulla base degli atti, esso ha ciò nondimeno concluso che con il termine di "cifra d'affari" usato nell'atto di concessione occorra riferirsi al fatturato annuo, ovvero all'incasso globale annuo conseguito - senza distinzione tra le differenti componenti dei prezzi pagati e senza scorporo di eventuali imposte - e che stessa conclusione debba valere anche per il periodo successivo alla modifica dell'atto di concessione, così come sostenuto dal Cantone, poiché detta modifica non ha portato alcun sostanziale cambiamento al riguardo.
3.2.3 Proprio perché la tesi sostenuta era contraria alle modalità di calcolo previste dall'atto di concessione del 1986 e sostanzialmente confermate nel 1993, la Corte cantonale ha quindi accolto la petizione del Cantone Ticino dopo aver giudicato privi di rilievo una serie di ulteriori aspetti, e segnatamente:
la questione di sapere se, fino alla fine del 1994, parte del prezzo delle merci vendute al dettaglio fosse costituita dall'ICA: dovuta per le precedenti transazioni o considerata come fattore di costo per fissare il prezzo, che la convenuta avrebbe in seguito dovuto versare sulla base del ricavo;
il fatto che, a partire dal 1995, sia stata conteggiata nel pezzo, in modo esplicito, la parte pagata dal consumatore finale a titolo di IVA, poiché, determinante restava comunque il prezzo pagato dal cliente, ovvero l'incasso globale lordo, comprensivo dell'IVA, ricavato mediante la vendita di merci e la prestazione di servizi;
la diversa concezione dell'IVA rispetto all'ICA, poiché la cifra d'affari, determinante per calcolare la provvigione, faceva e fa tuttora astrazione dalla componente fiscale del prezzo pagato dal cliente.
4. 4.1 La concessione è un atto di carattere misto, composto di clausole unilaterali e di clausole di natura contrattuale, di diritto pubblico, come quelle che regolano la controprestazione qui concretamente in discussione (DTF 130 II 18 consid. 3.1 pag. 21; 126 II 171 consid. 4 c.bb pag. 182; 121 II 81 consid.4a pag. 85; BERNHARD WALDMANN, Die Konzession - Eine Einführung, in: Die Konzession, 2011, pag. 1 segg. e pag. 17 segg., 19).
4.1.1 Anche quando è confrontato con l'interpretazione di contratti di diritto pubblico, il giudice deve in primo luogo sforzarsi di determinare la vera e concorde volontà dei contraenti (art. 18 cpv. 1 CO; DTF 125 III 435 consid. 2a/aa pag. 436 seg.); nel caso egli vi giunga, quanto determinato costituisce una constatazione di fatto (art. 105 LTF).
Se la reale volontà delle parti non può essere stabilita o se le loro volontà divergono, il giudice deve invece interpretare le dichiarazioni rese e i comportamenti tenuti in base al principio dell'affidamento; deve pertanto ricercare come una dichiarazione o un comportamento potevano essere compresi in buona fede in funzione dell'insieme delle circostanze (sentenza 1C_450/2009 del 25 gennaio 2010 consid. 2.4.2); tale principio permette d'imputare a una parte il senso obiettivo della sua dichiarazione o del suo comportamento anche quando non corrisponda alla sua volontà (DTF 135 III 410 consid. 3.2. pag. 412 seg. con ulteriori rinvii; sentenza 1C_95/2011 del 6 aprile 2011 consid. 3.2).
4.1.2 L'applicazione del principio dell'affidamento è una questione di diritto, che il Tribunale federale esamina di norma liberamente (art. 106 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 410 consid. 3.2. pag. 412 seg. con ulteriori rinvii); nel caso il contratto da interpretare si basi sul diritto cantonale, come nella fattispecie, l'esame svolto dal Tribunale federale è tuttavia ristretto all'arbitrio (DTF 122 I 328 consid. 1a/bb pag. 331 seg. e consid. 3a pag. 333 seg. con rinvii; sentenze 1C_450/2009 del 25 gennaio 2010 consid. 2.4.2 e 1C_207/2008 del 20 febbraio 2009 consid. 4.2).
Occorre nel contempo precisare che, per procedere all'applicazione del principio dell'affidamento, il Tribunale federale deve fondarsi sul contenuto della manifestazione di volontà e sulle circostanze specifiche al caso concreto, la cui constatazione è anch'essa una questione di fatto e che può quindi essere rimessa in discussione solo alle condizioni previste dall'art. 97 cpv. 1 LTF, segnatamente quando è inficiata d'arbitrio (precedente consid. 2.3; DTF 135 III 410 consid. 3.2. pag. 412 seg. con ulteriori rinvii; sentenza 1C_95/2011 del 6 aprile 2011 consid. 3.2).
4.2 Oltre che per far valere le censure inammissibili di cui si è detto (precedente consid. 2.4), la ricorrente insorge davanti al Tribunale federale denunciando una violazione del divieto d'arbitrio: in relazione all'accertamento dei fatti e, inoltre, con riferimento al merito.
4.2.1 Per quanto davvero tesa a mettere in discussione gli accertamenti di fatto che emergono dal giudizio impugnato, la censura, che si esaurisce nell'esposizione di una propria versione dei fatti rispettivamente in una loro personale lettura, ha carattere appellatorio. Di conseguenza, detti accertamenti vincolano il Tribunale federale anche nel caso concreto (art. 105 cpv. 1 LTF; DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246; 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252).
4.2.2 Nella misura in cui, come rilevato dalla ricorrente medesima, sfoci nella critica dell'interpretazione oggettiva del contratto cui sono giunti i Giudici cantonali in base al principio dell'affidamento, la censura riguardante l'accertamento dei fatti si confonde invece con le critiche d'arbitrio mosse riguardo alla motivazione e all'esito del giudizio, che occorre esaminare nel seguito (successivo consid. 4.3).
4.3 Pure in relazione alla censura d'arbitrio sollevata riguardo al merito, il rispetto delle condizioni in materia di motivazione previste dall'art. 106 cpv. 2 LTF è per lo meno dubbio (precedente consid. 2.2). La questione può comunque essere lasciata aperta. Quand'anche ammissibile, la critica dev'essere infatti respinta.
4.3.1 L'affermazione contenuta nel ricorso secondo cui la motivazione fornita dalla Corte cantonale sarebbe "priva di qualsiasi fondamento e riscontro oggettivo", accompagnata in sostanza da una semplice ripetizione delle tesi sostenute in procedura dalle due parti non permette in effetti di dimostrare l'arbitrio, segnatamente un eventuale aperto contrasto tra il giudizio reso e la situazione reale (precedente consid. 2.2).
Per quanto poi, oltre a contestare l'accertamento dei fatti (precedenti consid. 4.2.1 seg.), affermando che il Tribunale cantonale amministrativo si sia "ben guardato dall'indicare quali siano, in concreto, le presunte «circostanze che emergono dagli atti e che l'istruttoria non ha smentito»", la ricorrente intenda lamentarsi di una carente motivazione del giudizio impugnato, essa presenta una critica che avrebbe semmai dovuto far valere quale violazione del diritto di essere sentito giusta l'art. 29 Cost. (DTF 134 I 83 consid. 4.1 pag. 88; 129 I 232 consid. 3.2 pag. 236 seg.; 126 I 97 consid. 2b pag. 102 seg.).
4.3.2 Adatte a sostanziare l'arbitrio non sono inoltre né l'asserzione secondo cui i giudici cantonali si sarebbero scostati, senza averne motivo, dal tenore letterale delle clausole controverse, che fanno riferimento al termine di "cifra d'affari", né l'affermazione con cui la ricorrente sostiene che, in base al principio dell'affidamento, entrambe le parti potevano e dovevano ragionevolmente attenersi al tenore letterale della disposizione contrattuale in questione, attribuendo al termine "cifra d'affari" il suo significato oggettivo.
Così formulata, la prima censura mossa si limita infatti a criticare il risultato cui sono giunti i Giudici cantonali, omettendo di confrontarsi con le motivazioni addotte nel giudizio impugnato (precedente consid. 3.2).
Contrariamente a quanto sostenuto dalla ricorrente, quand'anche il termine di "cifra d'affari" dovesse essere normalmente inteso nel senso da lei suggerito, con riferimento all'art. 4 dell'ordinanza federale del 17 giugno 1996 concernente il controllo delle concentrazioni di imprese (RS 251.4), ciò non costituirebbe inoltre comunque ancora un motivo per considerare arbitrarie le conclusioni cui è giunta la Corte cantonale. Proprio secondo la giurisprudenza menzionata nell'impugnativa (DTF 129 III 702 consid. 2.4.1 pag. 707 seg.; 125 III 305 consid. 2b pag. 308 seg.), il principio dell'affidamento non accorda in effetti necessariamente un'importanza decisiva al fatto che le parti abbiano usato espressioni che possono anche avere connotazioni giuridiche specifiche.
4.3.3 Le argomentazioni addotte nel ricorso non dimostrano in conclusione nemmeno che la Corte cantonale sia giunta ad un esito urtante, inconciliabile con il sentimento di giustizia.
Diversamente da quanto affermato dalla ricorrente, l'IVA continua a colpire i consumatori, che sono tenuti a pagarla.
Non avendo nessun effetto concreto sul prelievo dell'IVA, ma solo sul calcolo delle provvigioni dovute dalla ricorrente allo Stato, sulla base del rapporto specifico che li lega, le conclusioni tratte dalla Corte cantonale non possono nel contempo influire sulla neutralità dell'imposta stessa, che ha tutta un'altra portata (sentenze 2C_612/2007 del 7 aprile 2008 consid. 9; 2A.159/2004 dell'11 marzo 2005 consid. 4 e 2A.156/2003 del 1° settembre 2003 consid. 2; RIVIER/ROCHAT PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, 2000, pag. 18 segg.).
Nonostante sia vero che, con la soluzione di includere l'IVA nella cifra d'affari, un eventuale aumento dell'IVA stessa comporta anche un aumento della tassa di concessione e benché, segnatamente a causa di tali effetti indiretti, possa essere anche preferibile tenere conto delle differenti componenti del prezzo per procedere al calcolo delle provvigioni dovute e scorporare l'IVA dal prezzo, nemmeno tale discutibile aspetto è quindi sufficiente a rendere arbitraria la decisione impugnata.
Come ricordato (precedente consid. 2.2), il fatto che la soluzione proposta con un ricorso possa apparire plausibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata, non basta a sostanziare l'arbitrarietà di quest'ultima.
5. Per quanto precede, nella misura in cui risulta ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vengono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 8'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla Repubblica e Cantone Ticino, per il tramite del Dipartimento del territorio, Sezione amministrativa immobiliare, e al Tribunale cantonale amministrativo.