Faits:
A. Le 19 février 2007, la société H._, aux Pays-Bas, agissant en qualité d'actionnaire unique de G._ SA, à Genève, a déposé auprès du Procureur général une dénonciation pénale contre X._, Y._ et Z._ pour des faits qualifiés de gestion déloyale aggravée et d'abus de confiance. Le même jour, G._ SA a déclaré se constituer partie civile.
La dénonciatrice exposait que G._ SA avait été créée en 2000, aux fins de commercialiser à l'étranger les produits pétroliers du groupe russe H._. Lorsque ce dernier avait rencontré de grosses difficultés en Russie, en 2004, X._, Y._ et Z._, respectivement directeur général, directeur financier et responsable des produits de G._ SA, avaient été chargés de constituer une société à Singapour, régie selon le droit de cet Etat, et d'en détenir les actions pour le groupe, dans le but de permettre à ce dernier de continuer ses exportations de pétrole. Au lieu de cela, ils avaient constitué, en 2005, à Singapour, une société totalement indépendante de H._, dénommée S._ Ltd, et s'en étaient depuis lors indûment approprié les profits et dividendes, à travers des sociétés qu'ils détenaient.
La dénonciatrice reprochait en outre aux personnes mises en cause les indemnités de licenciement qu'elles avaient obtenues lorsqu'elles avaient cessé de travailler pour G._ SA ainsi que les conditions dans lesquelles X._ et Y._ avaient fait reprendre par S._ Ltd du matériel informatique et un stock d'hydrocarbures destiné à avitailler les navires ("bunkering") à Rotterdam, appartenant à G._ SA.
B. Par ordonnance du 18 février 2009, le Juge d'instruction a refusé d'inculper les personnes mises en cause.
Saisie de recours du Procureur général et de G._ SA, la Chambre d'accusation genevoise les a rejetés par ordonnance du 20 mai 2009. En résumé, elle a retenu que, selon deux documents ("letters of confirmation") dont se prévalait la partie civile, X._ et Y._ se reconnaissaient chacun souscripteur et détenteur pour le compte de celle-ci d'une action de S._ Ltd, au prix de 1 SG$ par action. Vu la faible valeur de ces actions, ils n'auraient pu se voir reprocher, du fait de ne pas les avoir transférées à la partie civile, qu'une gestion déloyale d'importance mineure, au sens de l'art. 158 CP en relation avec l'art. 172ter CP. Une plainte pénale eût donc été nécessaire, que la partie civile n'avait toutefois pas déposée dans le délai de 3 mois prévu à l'art. 31 CP. Ce raisonnement valait, mutatis mutandis, pour l'abus de confiance. Au surplus, les griefs faits aux mis en cause d'avoir, à trois égards, indûment favorisé S._ Ltd au préjudice de la partie civile étaient infondés et il en allait de même du reproche qui leur était adressé quant aux indemnités de licenciement qu'ils avaient perçues d'elle. Enfin, la Chambre d'accusation a estimé qu'il ne se justifiait pas de renvoyer la cause au magistrat instructeur aux fins d'investigations supplémentaires.
C. G._ SA forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Se plaignant de violations de son droit d'être entendue, elle conclut à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Par lettre du 14 août 2009, la recourante a informé le Tribunal fédéral que, suite à un accord transactionnel conclu entre elle et Z._, elle n'avait plus de prétention civile à faire valoir à l'encontre de ce dernier et retirait dans cette mesure sa constitution de partie civile.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Il y a lieu de prendre acte du contenu de la lettre de la recourante du 14 août 2009.
2. La recourante, qui, à raison des infractions dénoncées, ne pourrait subir que des atteintes à ses droits patrimoniaux, revêt la qualité de simple lésée.
2.1 Selon la jurisprudence, le simple lésé n'a en principe pas qualité pour former un recours en matière pénale. L'action pénale, soit le droit de poursuivre et de punir les infractions, appartient en effet exclusivement à l'Etat. Elle ne profite qu'indirectement au simple lésé, qui n'a en principe qu'un intérêt de fait à sa mise en oeuvre. Celui-ci n'a d'intérêt juridique à obtenir l'annulation d'une décision relative à la conduite de l'action pénale que si cette décision porte atteinte aux droits procéduraux, dont la violation équivaut à un déni de justice formel, qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou qui découlent directement du droit constitutionnel. Il n'est donc habilité à recourir que pour se plaindre de la violation de tels droits, notamment de n'avoir pas été entendu ou de s'être vu refuser la qualité de partie à la procédure. Il ne peut remettre en cause, même de façon indirecte, la décision sur le fond, par exemple contester l'application de la loi matérielle, se plaindre d'arbitraire dans l'appréciation des preuves ou arguer d'une motivation non convaincante (ATF 133 IV 228 consid. 2 p. 229 ss; 131 I 455 consid. 1.2.1 p. 458/459; 129 I 217 consid. 1.4 p. 222 et les arrêts cités; cf. aussi arrêts arrêts 6B_10/2007 consid. 1.1 et 6B_335/2007 consid. 2.3).
2.2 La recourante se plaint de trois violations de son droit d'être entendue. Elle reproche d'abord à l'autorité cantonale d'avoir refusé de renvoyer la cause à l'instruction en vue de l'audition, qu'elle avait sollicitée, du dénommé B._, domicilié à l'étranger. Elle lui fait en outre grief d'avoir, de manière imprévisible, tiré argument de l'art. 172ter CP en ce qui concerne la gestion déloyale, sans lui offrir préalablement la possibilité de se déterminer à ce sujet. Elle fait encore valoir que, sur plus d'un point, la décision attaquée viole son droit à une décision motivée.
2.3 S'agissant de l'audition du dénommé B._, l'autorité cantonale, après avoir relevé que le juge d'instruction avait, par deux fois, tenté en vain de le citer, a considéré qu'elle n'apporterait de toute façon rien d'utile quant aux faits pertinents. A l'appui, elle a observé que la recourante avait produit, en instance cantonale de recours, un affidavit de cette personne et n'avait au reste pas indiqué ce que l'audition de celle-ci apporterait de plus.
La mesure probatoire sollicitée a ainsi été refusée sur la base d'une appréciation anticipée des preuves, comme la recourante l'admet elle-même expressément. Le moyen revient donc à contester cette appréciation. Partant, il est irrecevable.
2.4 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comporte notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (ATF 135 I 187 consid. 2.2 p. 190; 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 129 II 497 consid. 2.2 p. 504/505). Ce droit porte avant tout sur les questions de fait, mais aussi sur les questions juridiques si l'autorité entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, si la situation juridique a changé ou s'il existe un pouvoir d'appréciation particulièrement large (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504/505; 126 I 19 consid. 2c p. 22; 116 Ia 455 consid. 3cc p. 458). Sa violation équivaut à un déni de justice formel, de sorte que le simple lésé est en principe habilité à l'invoquer, sous réserve toutefois que, par le biais de cette garantie de procédure, il ne remette pas en cause, même de façon indirecte, la décision sur le fond.
Dès le début de la procédure, la recourante a notamment étayé son accusation de gestion déloyale à l'encontre des intimés par le fait que ces derniers avaient failli à leur devoir de sauvegarder les actions qu'elle leur avait remises à titre fiduciaire. Elle a renouvelé cette accusation dans son recours cantonal, reprochant aux intimés de ne pas lui avoir transféré les deux actions de S._ Ltd et se prévalant de "letters of confirmation", dont elle déduisait qu'ils étaient tenus lui restituer ces actions. Elle devait donc s'attendre à ce que l'autorité cantonale examine cette question et était même en droit de l'attendre d'elle. Il était non moins prévisible que cet examen porterait non seulement sur le point de savoir si les intimés avaient conservé indûment les actions litigieuses, mais sur l'étendue du dommage que la recourante disait avoir subi à raison de ce comportement et, partant, que l'autorité cantonale s'emploierait à déterminer la valeur de ces actions. Vu la très faible valeur de ces dernières résultant des "letters of confirmation" invoquées, il ne pouvait raisonnablement échapper à la recourante que l'application de l'art. 172ter CP était susceptible de lui être opposée. A cela, la recourante objecte vainement que les actes qu'elle reprochait aux intimés ne portaient pas sur la valeur des deux actions de S._ Ltd, mais sur la substance et l'activité de cette société. Ce faisant, elle dénonce une fausse appréciation par l'autorité cantonale des actes des intimés à prendre en compte, respectivement de l'étendue du dommage qui en aurait résulté pour elle, de sorte que le grief, tel qu'il est soulevé, est indissociable de l'examen de la cause au fond. Le moyen doit dès lors être rejeté autant qu'il est recevable.
2.5 Le droit à une décision motivée découlant du droit d'être entendu implique l'obligation pour l'autorité d'exposer les motifs de sa décision de manière à ce que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu. Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige et expose les motifs qui fondent son prononcé, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient. Elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540; 129 I 232 consid. 3.2 p. 236). La question de savoir si une décision est suffisamment motivée est distincte de celle de savoir si la motivation adoptée est convaincante. Lorsque l'on peut discerner les motifs qui fondent une décision, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation retenue est erronée.
2.5.1 Autant que, dans le cadre du présent grief, la recourante reproche à nouveau à l'autorité cantonale de s'être fondée sur la valeur des actions souscrites par les intimés, sa critique revient à se plaindre d'une motivation erronée, non pas d'une absence de motivation ou d'une motivation insuffisante. Partant, elle est irrecevable.
2.5.2 La recourante relève que l'autorité cantonale n'a pas tenu compte de divers éléments, à savoir de la manière dont les intimés se sont accaparés de sa substance, de la mise en place par eux d'un réseau de sociétés destiné à dissimuler la propriété ultime des actions de S._ Ltd, de la participation de B._ et de la restitution par lui du montant dont il se serait indûment enrichi ainsi que de l'aval donné par son conseil d'administration et par le groupe H._ à la constitution de S._ Ltd en société totalement indépendante.
En l'absence d'explications de sa part à ce sujet, on en est réduit à penser que, selon la recourante, la prise en compte de ces éléments aurait conduit à retenir une gestion déloyale. Le reproche formulé revient dès lors à se plaindre, non pas d'une motivation déficiente, mais de l'omission de prendre en considération des éléments de fait, respectivement d'en tirer des conclusions juridiques, de sorte que le moyen est indissociable de l'examen de la cause au fond, ce qui entraîne son irrecevabilité.
2.5.3 La recourante fait encore valoir que l'autorité cantonale a omis d'examiner si, au vu de leur position dirigeante, les intimés avaient un devoir de gestion.
Cette critique est infondée. Autant que la question se posait, c'est-à-dire dans la mesure où la gestion déloyale n'était pas écartée pour un autre motif, tel que l'application de l'art. 172ter CP ou l'absence d'un dommage, du moins direct, l'autorité cantonale a examiné la question de savoir si les intimés avaient un devoir de gestion et l'a nié. Elle a donc, autant que nécessaire, motivé sa décision sur ce point.
En réalité, ce que la recourante semble reprocher à l'autorité cantonale, c'est de n'avoir pas déduit de la position qu'occupait les intimés en son sein une violation de leur devoir de gestion. Dans cette mesure, c'est d'une violation de la loi pénale dont elle se plaint, de sorte que le grief est irrecevable.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, autant qu'il est recevable.
La recourante, qui succombe, devra supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux intimés, qui n'ont pas été amenés à se déterminer sur le recours.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 29 septembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Angéloz