Fatti:
A. B._s.r.o. ha fatto spiccare un precetto esecutivo nei confronti di A._SA per l'incasso di fr. 49'677.10 (oltre interessi e accessori) per fatture non pagate. Con sentenza 10 dicembre 2007 il Pretore del Distretto di Bellinzona ha rigettato in via provvisoria l'opposizione interposta da A._SA al precetto esecutivo. Tale sentenza è diventata definitiva dopo che la successiva azione di disconoscimento di debito introdotta da A._SA - contestualmente ad una richiesta di condanna di B._s.r.o. per risarcimento danni da atti illeciti - è stata stralciata dai ruoli per intervenuta perenzione processuale.
B. Con istanza 1° settembre 2010 A._SA ha chiesto al Pretore del Distretto di Bellinzona di porre sotto sequestro - in applicazione dell'art. 271 cpv. 1 n. 4 LEF nel tenore allora vigente - il credito di fr. 49'677.10 oltre interessi di cui alla sentenza 10 dicembre 2007. Tale provvedimento è stato chiesto a tutela di una pretesa di risarcimento danni da atti illeciti di fr. 68'599.-- che A._SA sostiene di avere nei confronti di B._s.r.o., per aver quest'ultima, in correità e tramite C._ (dipendente di B._s.r.o.) e D._ (dipendente di A._SA), agito a suo scapito incorrendo in gravi infrazioni penali fra cui concorrenza sleale, truffa ed amministrazione infedele. Tale pretesa è stata limitata ai fini della presente procedura a fr. 49'677.10 oltre interessi.
C. Il 3 settembre 2010 il Pretore del Distretto di Bellinzona ha decretato il sequestro.
D. Con decisione 7 dicembre 2010 il Pretore del Distretto di Bellinzona ha respinto l'opposizione formulata da B._s.r.o. contro il predetto decreto di sequestro.
E. Con sentenza 4 marzo 2011 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha accolto un gravame di B._s.r.o. e ha riformato la decisione 7 dicembre 2010 del Pretore del Distretto di Bellinzona nel senso che l'opposizione al decreto di sequestro 3 settembre 2010 è ammessa e che tale sequestro è dichiarato nullo per incompetenza territoriale.
F. F.a Con ricorso in materia civile del 5 aprile 2011 A._SA chiede al Tribunale federale che la sentenza cantonale sia annullata e che la decisione 7 dicembre 2010 del Pretore del Distretto di Bellinzona sia confermata. La ricorrente lamenta un'applicazione arbitraria della legge (art. 271 segg. LEF, art. 90 CPC/TI, art. 2 e art. 8 CC, art. 118 CO), nonché un accertamento dei fatti ed una valutazione delle prove manifestamente errati.
F.b Con scritto 26 aprile 2011 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino rinuncia a formulare osservazioni, mentre con risposta 20 maggio 2011 l'opponente propone in via principale di dichiarare inammissibile il ricorso e in via subordinata di respingerlo.
Diritto:
1. 1.1 Oggetto della presente impugnativa è una decisione in materia di esecuzione e fallimento (sequestro), contro la quale è aperta la via del ricorso in materia civile al Tribunale federale (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF) a condizione che il valore di lite superi i fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. b LTF) e che la decisione impugnata sia di ultima istanza cantonale (art. 75 cpv. 1 LTF), ciò che si verifica nel caso di specie. Inoltrato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) da una ricorrente che ha già partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF), uscendone soccombente (art. 76 cpv. 1 lett. b LTF), il presente gravame si rivela pertanto in linea di principio ammissibile.
1.2 La decisione dell'autorità cantonale di ricorso (art. 278 cpv. 3 LEF) sull'opposizione al decreto di sequestro (art. 278 cpv. 1 e 2 LEF) è una misura cautelare nel senso dell'art. 98 LTF (DTF 135 III 232 consid. 1.2), alla stregua del decreto di sequestro medesimo (DTF 133 III 589 consid. 1). Il ricorrente può quindi unicamente far valere la violazione di diritti costituzionali (art. 98 LTF). Il Tribunale federale esamina la violazione di questi diritti unicamente se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che occorre spiegare in modo chiaro e dettagliato - alla luce dei considerandi della sentenza impugnata - in che modo sono stati violati diritti costituzionali (DTF 135 III 232 consid. 1.2).
1.3 Per giurisprudenza invalsa, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'art. 9 Cost. solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 137 I 1 consid. 2.4 con rinvii).
2. 2.1 La Corte cantonale ha considerato inammissibili le richieste di richiamo di incarti dalla Pretura del Distretto di Bellinzona che la ricorrente ha proposto in sede di appello considerando che essa non si è confrontata con la motivazione del Giudice di prime cure che ha parimenti respinto tale richiesta, che il richiamo di svariati incarti mal si addice ad una procedura di opposizione al sequestro e che la ricorrente si è limitata ad indicare in modo generico tali incarti senza specificare quali fra i documenti in essi contenuti debbano essere posti in relazione alle circostanze che dovrebbero sostanziare. La Corte cantonale ha unicamente accolto il richiamo dell'incarto riferito all'istanza di sequestro.
2.2 La ricorrente lamenta un'applicazione arbitraria delle regole che disciplinano la valutazione delle prove (art. 8 CC e 90 CPC/TI). Afferma di aver specificato in modo mirato (nell'istanza di sequestro ed anche nelle osservazioni all'appello) i documenti che sostanziano i fatti che hanno generato il suo diritto a far valere nei confronti dell'opponente il risarcimento del danno da atti illeciti e che attestano l'ammontare di tale danno, e di aver in questo modo reso verosimile il suo credito.
2.3 Nella misura in cui la ricorrente ambisca, tramite questa censura, all'assunzione di altri mezzi di prova, va rilevato che i documenti che a suo giudizio sostanziano la verosimiglianza del suo credito nei confronti della debitrice sequestrata sono già agli atti (doc. 7 dell'incarto riferito all'istanza di sequestro, il cui richiamo è stato ammesso dalla Corte cantonale) e pertanto tale argomentazione ricorsuale non merita maggiore disamina. Nella misura in cui, invece, essa intenda lamentarsi del fatto che i Giudici cantonali abbiano negato la verosimiglianza del credito, la sua censura si rivela inammissibile in quanto la Corte cantonale, dichiarando nulla la sentenza del Giudice di prime cure per incompetenza territoriale, non ha nemmeno esaminato tale questione.
3. 3.1 Giusta l'art. 272 cpv. 1 LEF (nel suo tenore in vigore fino al 31 dicembre 2010) il sequestro viene concesso dal giudice del luogo in cui si trovano i beni, purché il creditore renda verosimile l'esistenza del credito, di una causa di sequestro e di beni appartenenti al debitore. Secondo la giurisprudenza del Tribunale federale, i crediti non incorporati in una cartavalore sono di principio sequestrati al domicilio del suo titolare. Qualora egli non fosse domiciliato in Svizzera, il credito è sequestrato al domicilio o alla sede del terzo debitore in Svizzera (DTF 128 III 473 consid. 3.1 con rinvio).
3.2 La Corte cantonale ha dichiarato nullo il decreto di sequestro per incompetenza territoriale del giudice adito dalla creditrice sequestrante a porre sotto sequestro il credito di fr. 49'677.10 detenuto dalla debitrice sequestrata con sede all'estero. A mente dei Giudici cantonali, la creditrice sequestrante, nel contempo debitrice del credito sequestrato, difetterebbe del ruolo di terza debitrice. Il luogo di situazione del credito sarebbe pertanto la sola sede della debitrice sequestrata.
3.3 La ricorrente sostiene che la sentenza querelata è arbitraria perché introduce senza ragione nell'applicazione dell'art. 272 cpv. 1 LEF un'esigenza - ossia che il terzo debitore non possa essere contemporaneamente il creditore sequestrante - non prevista dalla legge né dai principi giurisprudenziali e dottrinali in materia di sequestro.
3.4 Secondo la giurisprudenza del Tribunale federale, il "terzo debitore" è il debitore del debitore sequestrato (DTF 103 III 86 consid. 2b). L'eccezione che permette di sequestrare un credito al domicilio o alla sede del terzo debitore è stata introdotta per motivi di praticabilità (DTF 31 I 198 consid. 3; WALTER A. STOFFEL, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs II, 2010, n. 48 ad art. 272 LEF; WALTER A. STOFFEL, Das neue Arrestrecht, in AJP 1996 pagg. 1401-1415, in particolare pag. 1409; DANIEL STAEHELIN, Die internationale Zuständigkeit der Schweiz im Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, in AJP 1995 pagg. 259-284, in particolare pag. 265). Essa permette inoltre di evitare il conflitto di competenza negativo internazionale. La maggior parte degli ordinamenti giuridici esteri, a differenza di quello svizzero, localizzano infatti il credito al domicilio del terzo debitore e senza l'introduzione di tale eccezione si sarebbero create delle situazioni nelle quali un credito sarebbe - sia dal punto di vista dello stato di domicilio del debitore sequestrato sia dal punto di vista della Svizzera - da sequestrare all'estero (RICHARD GASSMANN, Arrest im internationalen Rechtsverkehr, 1998, pagg. 52-53; v. anche DANIEL STAEHELIN, op. cit., pag. 265). Se nell'applicazione dell'art. 272 cpv. 1 LEF si introducesse la condizione che il sequestrante non può essere nel contempo il terzo debitore si andrebbero pertanto a creare delle situazioni nelle quali un creditore (con domicilio o sede in Svizzera) non potrebbe chiedere di porre sotto sequestro un credito del quale è egli stesso debitore né in Svizzera né nello stato (estero) di domicilio del debitore sequestrato.
Giova inoltre rilevare che secondo la giurisprudenza sono sequestrabili i beni che possono essere realizzati a profitto del creditore chirografario nell'esecuzione forzata, che possono pertanto essere oggetto di un pignoramento o appartenere alla massa del fallimento (DTF 107 III 100). Attraverso il sequestro non si concede l'attribuzione automatica del bene sequestrato al creditore ma, al termine della procedura di convalida del sequestro, occorre dapprima procedere alla sua realizzazione. Ora, il Tribunale federale ha già avuto modo di stabilire che, nel quadro della realizzazione di un credito pignorato, è consentita l'aggiudicazione di tale credito al creditore procedente che è nel contempo debitore di tale credito (DTF 109 III 62 consid. 2 e 3). Non si giustifica pertanto impedire alla ricorrente di far sequestrare un credito che non solo è realizzabile ma che essa sarebbe persino autorizzata ad acquistare ai pubblici incanti.
Da quanto precede discende che nella fattispecie, contrariamente a quanto sostenuto dalla Corte cantonale e dall'opponente, vi è un terza debitrice che si trova (incontestabilmente) in Svizzera ed il credito sequestrato va pertanto localizzato presso la sua sede. Per questo motivo appare arbitrario affermare che il decreto di sequestro sia nullo per incompetenza territoriale del Pretore del Distretto di Bellinzona.
4. 4.1 A mente dei Giudici cantonali la garanzia perseguita dalla richiesta di sequestro risulta pari a zero e, in queste condizioni, ci si può chiedere se l'atteggiamento della creditrice sequestrante (anche alla luce delle vicissitudini giudiziarie fra le parti) costituisca un manifesto abuso di diritto. La Corte cantonale osserva che il sequestro è uno strumento concepito nell'interesse del creditore che può far sequestrare beni che andranno ad essere realizzati a suo beneficio. In concreto, tuttavia, la realizzazione della pretesa di fr. 49'677.10 a favore della debitrice sequestrata e a carico della sequestrante non avrebbe portata pratica per quest'ultima: essa non diventerebbe infatti altro che creditrice di una pretesa cui lei medesima deve adempiere mediante un pagamento, creando così un caso di confusione giusta l'art. 118 cpv. 1 CO.
4.2 La ricorrente sostiene che sia arbitrario applicare l'art. 118 cpv. 1 CO alla fattispecie in quanto il suo credito avverso l'opponente non è ancora liquido, per cui necessita, in attesa dell'esito della causa di accertamento, di una garanzia, e che soltanto al momento in cui essa disporrà di una sentenza cresciuta in giudicato per un importo almeno pari al credito sequestrato la garanzia risulterà pari a zero.
4.3 Il manifesto abuso di un proprio diritto non è protetto dalla legge (art. 2 cpv. 2 CC). Questa regola permette al giudice di correggere gli effetti della legge in determinati casi in cui l'esercizio di un diritto causerebbe una manifesta ingiustizia. Sono le circostanze concrete del caso di specie a determinare se si sia in presenza di un abuso di diritto, traendo ispirazione dalle diverse categorie evidenziate dalla giurisprudenza e dalla dottrina. L'aggettivo "manifesto" utilizzato nel testo di legge evidenzia tuttavia che l'abuso di diritto va ammesso restrittivamente. Casi tipici sono l'assenza di un qualsiasi interesse all'esercizio di un proprio diritto, l'utilizzo di un istituto giuridico in modo contrario al proprio scopo, una manifesta sproporzione degli interessi in gioco e un atteggiamento contraddittorio (DTF 135 III 162 consid. 3.3.1 con rinvii). In materia di sequestro, il Tribunale federale ha già avuto modo di giudicare che non abusa del suo diritto il creditore che adempie le proprie obbligazioni di venditore e fa poi sequestrare la merce fornita, allo scopo di conseguire una copertura di un suo credito risarcitorio nei confronti del compratore, sorto dopo l'ordinazione della merce sequestrata. Secondo la giurisprudenza, poi, il compratore che ha emesso un accreditivo e fa consegnare i documenti alla banca può fare sequestrare il credito del beneficiario contro la banca per garantire la riscossione di un credito risarcitorio risultante dal rapporto di base. Non si può inoltre vietare al debitore di sequestrare, allo scopo di garantire un'azione per la ripetizione dell'indebito, la somma oggetto dell'esecuzione che fu pagata all'ufficio (DTF 125 III 149 consid. 2b/bb con rinvii; 120 III 159 consid. 3b con rinvii).
Contrariamente a quanto sostenuto dalla Corte cantonale non si può affermare che in concreto la garanzia perseguita dalla domanda di sequestro sia pari a zero. Se alla sequestrante verrà infatti aggiudicato il credito sequestrato del quale è nel contempo debitrice essa riceverà sì un credito estinto per confusione, ma ciò non significa che non riceverà nulla in quanto otterrà l'estinzione di un'obbligazione che dovrebbe altrimenti adempiere (v. anche DTF 109 III 62 consid. 2). Se invece il credito sequestrato sarà aggiudicato ad un terzo, il creditore procedente riceverà il prodotto di questa aggiudicazione: in tal caso non si pone nemmeno la questione dell'estinzione per confusione ai sensi dell'art. 118 cpv. 1 CO. L'agire processuale della ricorrente non è quindi privo di interesse e non configura un manifesto abuso di diritto ai sensi dell'art. 2 cpv. 2 CC.
5. Da quanto precede discende che la sentenza impugnata va annullata. La richiesta della ricorrente di confermare la decisione 7 dicembre 2010 del Pretore del Distretto di Bellinzona (mediante la quale è stata respinta l'opposizione al decreto di sequestro) non può tuttavia essere accolta. Sapere se, in un caso concreto, il grado di verosimiglianza richiesto dal diritto federale è raggiunto rientra infatti nell'ambito dell'apprezzamento delle prove (DTF 130 III 321 consid. 5). Considerato l'ampio potere che il Tribunale federale riconosce alle autorità cantonali in tale ambito (DTF 120 Ia 31 consid. 4b con rinvii), si giustifica pertanto rinviare la causa all'autorità inferiore affinché verifichi se nel caso concreto per quanto concerne la condizione relativa all'esistenza del credito vantato (unica condizione del sequestro ancora litigiosa) sia raggiunto il grado di verosimiglianza necessario per il mantenimento del provvedimento conservativo e pronunci una nuova decisione (art. 107 cpv. 2 LTF).
A questo stadio della procedura l'esito della causa è ancora incerto, si giustifica pertanto ripartire a metà le spese giudiziarie fra le parti (art. 66 cpv. 1 LTF) e compensare le ripetibili (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto e la sentenza impugnata è annullata. La causa è rinviata all'autorità inferiore per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste per fr. 1'500.-- a carico della ricorrente e per fr. 1'500.-- a carico dell'opponente. Le ripetibili per la sede federale sono compensate.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.