Faits:
A. X._ (1972), né à La Chaux-de-Fonds, de nationalité bosniaque au bénéfice d'un permis d'établissement, titulaire d'un CFC d'employé de banque, a fait l'objet des condamnations suivantes prononcées par le Tribunal de police, respectivement correctionnel, de La Chaux-de-Fonds:
- 16 mars 1993: 30 jours d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans pour infraction à la LStup;
- 2 juillet 1993: 20 jours d'arrêts avec sursis pendant un an pour infraction à la LStup (par défaut);
- 5 mai 1994: 14 mois d'emprisonnement avec sursis pendant 3 ans pour vol, abus de confiance, faux dans les titres, tentative de vol d'usage et infractions à la LStup; l'octroi du sursis était subordonné à un traitement ambulatoire;
- 27 août 1996: 75 jours d'emprisonnement pour infraction à la LStup, abus de confiance et escroquerie (défaut, infractions commises pendant le délai d'épreuve);
- 30 avril 1997: 2 mois d'emprisonnement pour abus de confiance (défaut);
- 10 mars 1998: 30 jours d'arrêts pour infraction à la LStup; la peine a été suspendue au profit d'un traitement ambulatoire;
- 17 novembre 1999: 4 mois d'emprisonnement pour infraction à la LStup y compris revente (défaut);
- 29 juin 2000: 45 jours d'arrêts pour infraction à la LStup (défaut);
- 18 mars 2004: 27 mois de réclusion pour infraction à la LStup (trafic d'héroïne et consommation);
- 4 septembre 2006: 10 jours d'arrêts pour infraction à la LStup;
- 23 mars 2007: 14 mois d'emprisonnement pour infraction à la LStup.
B. Le 6 juin 1994, le Service de la police des étrangers l'a rendu attentif au risque d'une expulsion et, sans réaction de sa part, lui a adressé le 18 juin 1994 un sévère avertissement, réservant la révocation de son autorisation d'établissement et son renvoi définitif de Suisse en cas de nouvelles infractions. Le 5 août 1997, l'office des étrangers l'a informé qu'il envisageait son expulsion, mais renoncé à la prononcer par décision du 2 septembre 1997 compte tenu de la durée de son séjour en Suisse et de la gravité relative des fautes commises. Il a formulé une menace d'expulsion. Les 22 et 31 mai 2007, la direction juridique du Service des migrations du Département neuchâtelois de l'Economie (ci-après: le Service des migrations) a informé X._ qu'il envisageait son expulsion du territoire suisse. Le 26 septembre 2007, il s'est vu refuser la libération conditionnelle suite à un contrôle positif à la cocaïne et pour avoir été trouvé, au retour d'une permission, en possession d'une importante somme d'argent cachée dans ses chaussettes. Sa formation était reportée d'une année.
C. Le 1er novembre 2007, le Service des migrations a prononcé l'expulsion de X._ du territoire suisse avec délai de départ au jour de sa libération, en application de l'article 10 al. 1 let. a, b et c LSEE. Il s'est fondé sur les nombreuses condamnations prononcées à son encontre et l'exécution de peine en cours (let. a), l'inscription reportée à l'école d'ingénieurs du Locle, le manque d'effet d'un sévère avertissement sur sa conduite et d'une menace d'expulsion, la constance de son activité délictueuse et la récidive (let. b) et le fait qu'il émargeait aux services sociaux envers lesquels il avait accumulé une dette de 72'701.40 francs pour des secours versés en 1993/94, 1999/2000 et du 1er juin 2002 au 30 mars 2007 (let. d).
D. X._ a recouru le 22 novembre 2007 devant le Département de l'économie du canton de Neuchâtel (ci-après: le Département cantonal de l'Économie) à l'encontre de la décision du 1er novembre 2007, invoquant sa dépendance, l'insuffisance du suivi médical qui l'avait laissé substituer l'héroïne par la cocaïne avant que la question d'un traitement soit abordée dans le jugement du 27 mars 2007, le préavis d'expulsion signifié le 12 juillet 2007 avant même qu'il puisse mener à bien ses efforts de réinsertion et le fait que l'intégralité de ce qui lui était reproché était consécutif à sa dépendance. Il a admis avoir pensé quitter la Suisse pour la Croatie, mais avec l'idée de tout préparer à l'avance et de pouvoir y revenir quand il le voulait.
Laissé en suspens depuis fin 2007, le dossier a été repris fin 2009 par le service juridique du Département de la justice, de la sécurité et des finances qui a derechef requis une actualisation auprès du mandataire de X._ et des services sociaux de la ville de La Chaux-de-Fonds. L'office d'aide sociale a répondu qu'il avait aidé X._ durant les mois de mars, avril, mai, juillet, août, octobre, novembre et décembre, et qu'il avait apparemment trouvé du travail pour le courant du mois de janvier. Sa dette d'aide sociale s'élevait à 92'093.40 francs. Par lettre du 26 février 2010, le mandataire de X._ a répondu qu'il avait suivi à titre volontaire une thérapie et qu'il faisait des contrôles régulièrement. Il travaillait pour l'entreprise Centre de A._ pour des missions en qualité de technicien analyste auprès d'une entreprise du Locle et ne dépendait pas actuellement des services sociaux. Dans un rapport du 23 mars 2010, le Centre de prévention et de traitement des toxicomanies a indiqué que les contrôles s'étaient révélés deux fois négatifs et trois fois positifs aux opiacés et trois fois négatifs et trois fois positifs à la cocaïne entre février et fin avril 2009. Ils avaient été suspendus, selon ce dernier, en raison des horaires de travail de X._ (qui avait indiqué travailler à 100 % depuis fin avril 2009). Le pronostic quant à la récidive était qualifié de difficile.
Par décision du 3 juin 2010, le Département cantonal de l'Économie a partiellement admis le recours et limité à 5 ans la durée de l'expulsion, renvoyant le dossier au Service des migrations pour fixer un nouveau délai de départ. Il a retenu que les conditions de l'article 10 LSEE étaient remplies du fait des condamnations subies par X._, de sa conduite et de son recours aux services sociaux. Il était tombé dans la délinquance alors qu'il était majeur, avait procédé à un trafic de drogue dure portant sur des quantités astronomiques en mettant gravement en danger la santé d'un nombre indéterminé de personnes. Ses nombreuses et régulières récidives, son manque de volonté pour entrer dans une démarche thérapeutique, mise en place en 1998 et levée en 2004, le peu d'investissement dans un suivi thérapeutique, les contrôles positifs à la cocaïne qui avaient entraîné le refus de sa libération conditionnelle, faisaient douter de sa volonté d'abstinence. Il affirmait ne plus consommer alors qu'il avouait le contraire lors d'un interrogatoire devant la gendarmerie.
E. X._ a recouru contre la décision du Département cantonal de l'Économie devant le Tribunal administratif, devenu depuis lors la Cour de droit public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal), lequel l'a débouté par jugement du 21 février 2012.
F. X._ forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal cantonal. Outre à l'octroi de l'effet suspensif et du bénéfice de l'assistance judiciaire, il conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris sous suite de frais et dépens. Le Département cantonal de l'Économie et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 83 let. c ch. 4 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent l'expulsion fondée sur l'art. 121 al. 2 Cst. Le présent recours, qui est dirigé contre une expulsion prononcée en application de l'art. 10 LSEE, ne tombe par conséquent pas sous cette exception (cf. arrêt 2C_903/2010 du 6 juin 2011 consid. 1 non publié aux ATF 137 II 233). La décision d'expulsion attaquée revient par ailleurs à révoquer l'autorisation d'établissement du recourant. Elle peut donc faire l'objet d'un recours en matière de droit public, le motif d'irrecevabilité de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF étant inapplicable dès lors qu'il existe en principe un droit au maintien d'une telle autorisation (cf. ATF 135 II 1 consid. 1.2.1 p. 4; arrêt 2C_222/2010 du 29 juillet 2010 consid. 2.1). Pour le surplus, l'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF, le recours est par conséquent recevable.
2. La loi fédérale sur les étrangers (LEtr) et l'ordonnance du 24 octobre 2007 relative à l'admission, au séjour et à l'exercice d'une activité lucrative (OASA), en vigueur dès le 1er janvier 2008, ont remplacé la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE) et l'ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers (OLE). A teneur de la disposition transitoire contenue à l'article 126 al. 1 LEtr, les demandes déposées avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont régies par l'ancien droit. Le Tribunal fédéral a précisé que malgré les termes restrictifs de l'article 126 LEtr, l'ancien droit est applicable aux procédures qui sont engagées d'office avant le 1er janvier 2008, ce qui est notamment le cas lorsque le service cantonal compétent informe l'intéressé de son intention de révoquer son autorisation de séjour en 2007 et rend sa décision en 2008 (arrêt 2C_989/2011 du 2 avril 2012 consid. 1; arrêt 2C_745/2008 du 24 février 2009 consid. 1.2). En l'espèce, la procédure a été engagée les 22 et 31 mai 2007 par la communication du Service des migrations selon laquelle la révocation de l'autorisation de séjour était envisagée, puis la décision d'expulsion prononcée le 26 septembre 2007. L'ancien droit (LSEE et OLE) est donc applicable au fond du litige, la procédure étant régie par le nouveau droit.
3. 3.1 Le recourant se prévaut du bénéfice de l'art. 8 CEDH: majeur, célibataire et sans enfant, il ne peut tirer de droit de ses relations familiales pour demeurer en Suisse en application de la LSEE (cf. art. 17 al. 2 LSEE a contrario) et le seul fait de vivre avec ses parents ne lui permet pas davantage de tirer de droit de l'art. 8 § 1 CEDH sous l'angle de la protection de la vie familiale, dès lors que cette disposition ne protège en principe que les relations entre époux ainsi qu'entre parents et enfants mineurs vivant ensemble (cf. ATF 135 I 143 consid. 1.3.2 p. 146); un étranger majeur ne peut se prévaloir d'une telle protection que s'il se trouve dans un état de dépendance particulier par rapport à un parent établi en Suisse en raison par exemple d'un handicap (physique ou mental) ou d'une maladie grave (ATF 129 II 11 consid. 2 p. 13 s.), ce qui n'est pas le cas en l'espèce.
Reste le droit au respect de la vie privée, également garanti par l'art. 8 § 1 CEDH, dont se prévaut le recourant. Le présent litige suppose donc préalablement de déterminer si, comme il le soutient, le recourant est en droit de se prévaloir du bénéfice de l'art. 8 § 1 CEDH, en raison du respect de sa vie privée, étant rappelé que le recourant, majeur, célibataire et sans enfants ne peut se prévaloir du respect de sa vie familiale. Selon la jurisprudence, pour que l'on puisse déduire un droit à une autorisation de séjour fondé sur le respect de la vie privée prévu à l'art. 8 CEDH, des conditions strictes doivent être remplies, le requérant devant entretenir avec la Suisse des liens sociaux ou professionnels d'une intensité particulière, allant au-delà d'une intégration normale. Le Tribunal fédéral n'adopte pas une approche schématique qui consisterait à présumer, à partir d'une certaine durée de séjour en Suisse, que l'intéressé y est enraciné et dispose de ce fait d'un droit de présence dans notre pays. Il a ainsi récemment considéré qu'un étranger ayant vécu pendant 15 ans (cf. arrêt 2D_81/2009 du 12 avril 2010), 17 ans (cf. arrêt 2C_426/2010 du 16 décembre 2010) ou même 25 ans en Suisse (cf. arrêt 2C_190/2008 du 23 juin 2008) ne pouvait en déduire un droit à une autorisation de séjour découlant du droit au respect de la vie privée garanti par l'art. 8 CEDH. Il a cependant admis qu'un étranger établi depuis plus de 11 ans en Suisse et qui y avait développé des liens particulièrement intenses dans le domaine professionnel ainsi que dans le domaine social pouvait prétendre à une autorisation de séjour fondée sur le respect de sa vie privée (cf. arrêt 2C_266/2009 du 2 février 2010). L'autorité doit prendre en considération l'ensemble des circonstances du cas (cf. ATF 130 II 281 consid. 3.2.1 p. 286 s.; arrêt 2C_641/2011 du 24 janvier 2012, consid. 3).
3.2 En l'espèce, il faut relever que le recourant est né en Suisse et y a toujours vécu depuis lors, au bénéfice d'une autorisation d'établissement. Il n'est en revanche pas intégré dans la société suisse. En particulier, au plan professionnel, il n'a pas été capable d'occuper durablement une place de travail lui permettant de subvenir à ses besoins. Le recourant a commis plusieurs infractions d'une gravité variable, notamment de multiples condamnations pour consommation et trafic de stupéfiants, divers abus de confiance, escroqueries et vols, des faux dans les titres, etc. On retiendra spécialement que ses condamnations sont intervenues alors qu'il était majeur et que son comportement délictuel, loin d'être occasionnel, s'est étendu sur une quinzaine d'années. Par ailleurs, l'intégration personnelle et sociale du recourant n'est pas bonne non plus. Certes, sa famille vit en Suisse, ce qui constitue un élément important. Il ne se prévaut par contre d'aucune relation personnelle étroite avec d'autres personnes vivant en Suisse et il ne fait nullement état d'une vie sociale ou culturelle indissociablement liée à sa présence en Suisse. On se trouve ainsi fort éloigné des circonstances très particulières confirmant une intégration exceptionnelle d'un recourant dans le monde économique, professionnel et social suisse (cf. arrêt 2C_266/2009 du 2 février 2010 consid. 3 et 4). L'arrêt de la CourEDH (Emre Emrah c. Suisse du 22 mai 2008, requête no 42034/04) dont se prévaut le recourant ne permet pas d'aboutir à une autre conclusion. En effet, en ce qui concerne la gravité des infractions, les peines cumulées prononcées dans cette affaire atteignaient dix-huit mois et demi (§ 73) alors que, dans la présente affaire, la peine la plus grave que le recourant s'est vu infliger est de 27 mois attestant de la gravité des infractions commises. Les peines cumulées dépassent les cinq ans de privation de liberté. En outre, alors que Emre Emrah avait commis la majorité des infractions pendant sa minorité (§ 74), le recourant a été condamné exclusivement pour des infractions commises alors qu'il était déjà majeur. Enfin, Emre Emrah avait tissé des liens avec son pays d'accueil qui montraient une certaine intégration (§ 79) alors que tel n'est pas le cas du recourant qui, mise à part sa famille, ne se prévaut d'aucune relation personnelle étroite avec d'autres personnes vivant en Suisse, n'a pas été capable d'occuper durablement une place de travail et a cumulé une dette d'aide sociale de plus de 90'000 fr. Dans ces conditions, force est d'admettre que le recourant ne peut se fonder sur la garantie du respect de la vie privée découlant de l'art. 8 CEDH pour obtenir le maintien de son autorisation d'établissement ou s'opposer à son expulsion (cf. ég. arrêt 2C_641/2011 du 24 janvier 2012, consid. 3). L'absence de droit au sens de l'art. 8 § 1 CEDH aurait en soi dispensé la Cour cantonale de procéder à la pesée des intérêts prévue par l'art. 8 § 2 CEDH. Dans la mesure où celle-ci est fondamentalement la même que celle imposée par l'art. 11 al. 3 LSEE (et par l'art. 96 LEtr actuellement en vigueur; cf. ATF 135 II 377 consid. 4.3 p. 381), elle aurait de toute manière dû conduire au rejet du recours, comme l'a justement jugé la Cour cantonale (voir consid. 4.3 ci-dessous).
4. 4.1 L ́art. 10 al. 1 LSEE prévoit qu'un étranger peut être expulsé de Suisse ou d'un canton, en particulier, s'il a été condamné par une autorité judiciaire pour crime ou délit (let. a), si sa conduite, dans son ensemble, et ses actes permettent de conclure qu'il ne veut pas s'adapter à l'ordre établi dans le pays qui lui offre l'hospitalité ou qu'il n'en est pas capable (let. b), ou s'il tombe d'une manière continue et dans une large mesure à la charge de l'assistance publique (let. d).
4.2 Le Tribunal cantonal a fait une juste application de la loi en retenant tout d'abord que les motifs d'expulsion de l'article 10 al. 1 let. a et d LSEE sont manifestement donnés dans la mesure où le recourant a commis des infractions pour lesquelles il a été condamné, si l'on cumule les sanctions, à plus de cinq ans de privation de liberté au cours des quinze à vingt dernières années. Quoi qu'il en dise dans ses recours, le trafic de drogue est une infraction grave même lorsqu'il est lié à la consommation, et le recourant l'a pratiqué à réitérées reprises, sur de grandes quantités et sur une longue période. Quoique disposant d'une formation de base et de capacités dans le domaine informatique, le recourant a accumulé une dette d'aide sociale de plus de 92'000 francs au 31 décembre 2009. Les conditions de l'art. 10 al. 1 let. b LSEE le sont également, dans la mesure où sa conduite, qu'il n'a apparemment jamais sérieusement remise en question, l'a amené à être de plus en plus dépendant de la drogue, à se distancer de tout travail suivi et à pratiquer le trafic sur une échelle toujours plus grande pour pouvoir notamment financer sa propre consommation. Condamné pour la première fois alors qu'il venait de terminer sa formation, le recourant n'a pas cherché ni voulu s'adapter à l'ordre établi en Suisse.
4.3 Les conditions légales de l'expulsion étant remplies, il faut examiner si, confirmée sur le principe mais limitée à cinq ans, l'expulsion tient correctement compte des intérêts en présence et si elle respecte le principe de la proportionnalité, selon la pesée d'intérêts exigée par les articles 11 al. 3 LSEE et 8 § 2 CEDH (ATF 135 II 110, consid. 2.1, 130 II 176 consid. 3.3.4). L'art. 5 al. 2 Cst. invoqué par le recourant n'a pas, dans ce contexte, une portée autonome ou supplémentaire par rapport aux normes ci-dessus mentionnées.
4.3.1 Pour apprécier ce qui est équitable, l'autorité tiendra notamment compte de la gravité de la faute commise par l'étranger, de la durée de son séjour en Suisse et du préjudice qu'il aurait à subir avec sa famille du fait de l'expulsion (art. 16 al. 3 RSEE; [RO 1949 I 232]; ATF 135 II 110 consid. 2.1, 130 II 176 consid. 3.3.4). Lorsque le motif de l'expulsion est la commission d'un crime ou d'un délit, la peine infligée par le juge pénal est le premier critère servant à évaluer la gravité de la faute et à peser les intérêts (ATF 134 II 10 consid. 4.2). On considère que, lorsque l'étranger a gravement violé l'ordre juridique en vigueur et qu'il a ainsi été condamné à une peine d'au moins deux ans de détention, l'intérêt public à son éloignement l'emporte normalement sur son intérêt privé à pouvoir rester en Suisse. La référence à une quotité de peine de détention de deux ans n'a cependant qu'un caractère indicatif (ATF 134 II 10 consid. 4.3, 130 I 1176 consid. 4.1). La durée de la présence en Suisse d'un étranger constitue un autre critère important: plus cette durée est longue, plus les conditions pour prononcer l'expulsion administrative doivent être appréciées restrictivement (cf. arrêt 2C_903/2010 du 6 juin 2011 consid. 3.1 non publié aux ATF 137 II 233). Toutefois, une expulsion est envisageable même lorsque l'étranger est né et a passé toute sa vie en Suisse (ATF 130 II 176 consid. 4.4.2 p. 190). C'est la proportionnalité de la mesure dans le cas particulier qui est déterminante. Elle s'apprécie en prenant en considération l'ensemble des circonstances pertinentes (cf. ATF 135 II 110 consid. 2.1 p. 112). De plus, on tiendra particulièrement compte, pour estimer la proportionnalité de la mesure, de l'intensité des liens de l'étranger avec la Suisse et des difficultés de réintégration dans son pays d'origine (cf. ATF 130 II 176 consid. 4.4.2, 125 II 521 consid. 2b, 122 II 433 consid. 2c).
La protection de la société contre le trafic de drogue est un objectif de politique de santé publique important et il s'agit d'un domaine où la jurisprudence se montre particulièrement rigoureuse. La protection de la collectivité publique face au développement du marché de la drogue constitue incontestablement un intérêt public prépondérant justifiant l'éloignement d'un étranger qui s'est rendu coupable d'infraction grave à la loi sur les stupéfiants. Les étrangers qui sont mêlés au commerce des stupéfiants doivent donc s'attendre à faire l'objet de mesures d'éloignement (jurisprudence constante: arrêts 2C_418/2009 du 30 novembre 2009 consid. 4.1; 2C_464/2009 du 21 octobre 2009 consid. 6.1; 2C_277/2009 du 20 août 2009 consid. 4.2 et les références citées).
4.3.2 Le Tribunal cantonal a correctement procédé à la pesée des intérêts. Il a notamment relevé que le recourant a été condamné à onze reprises pour des infractions liées à la consommation et au trafic de produits stupéfiants et que, depuis sa dernière condamnation, il n'a pas amendé sa conduite. Sa libération conditionnelle a été refusée au motif qu'il avait été contrôlé positif à son retour de permission, et en possession d'une importante somme d'argent cachée dans ses chaussettes. Une fois sorti de prison, le recourant s'était engagé à reprendre une formation, ce qu'il n'a pas fait, et à suivre un traitement médical, ce qu'il a fait de manière trop superficielle, selon le rapport du Centre de prévention et de traitement des toxicomanies du 23 mars 2010. Il a demandé à ne plus être contrôlé et interrompu ainsi le suivi mis en place lors de sa libération. Il a pour cela allégué des horaires de travail pour une activité qu'il n'avait exercée que très peu de temps, alors qu'il avait à nouveau été contrôlé positif à l'héroïne et à la cocaïne, et était à nouveau dépendant des services sociaux. Il a ainsi rompu lui-même et en se justifiant par des mensonges le seul lien qui le maintenait encore en contact avec les résolutions prises en détention. Cette décision n'était pas liée à une évolution positive, mais bien au contraire à sa rechute dans la toxicomanie. Il ressort des rapports de police au dossier du Service des migrations qu'il a à nouveau été impliqué en 2009 et 2010 dans des affaires de drogue liées au milieu de La Chaux-de-Fonds, dans lequel il a vécu depuis de nombreuses années, mais également à des connaissances nouvelles faites dans son lieu de détention. Le fait de se savoir sous le coup d'une décision d'expulsion depuis le 1er novembre 2007, et dans l'attente d'une décision du Département cantonal de l'Économie, qui allait intervenir le 3 juin 2010, ne l'a pas empêché de retomber dans sa toxicomanie.
Le recourant n'a pas non plus su s'intégrer en Suisse de manière à assurer son existence de manière indépendante, et le bénéfice de sa formation professionnelle de base s'est perdu avec les années de toxicomanie. La formation complémentaire qu'il voulait entamer est demeurée un projet sans suite. Le travail très sporadique qu'il a effectué n'a jamais pu lui assurer une indépendance financière. Son ancrage professionnel est donc inexistant.
La Cour cantonale a aussi pris en compte le fait qu'il a grandi en Suisse et qu'il y a sa famille, notamment ses parents et ses frères et soeurs, avec lesquels les liens peuvent être considérés comme forts, comme le fait que ses liens avec son pays d'origine sont faibles, quand bien même il admet avoir envisagé de s'y installer dans l'une des deux maisons qu'y possèdent ses parents, tout en se réservant de revenir en tout temps en Suisse. Selon la Cour cantonale, son intégration dans son pays d'origine, dont il parle la langue, ne saurait être considérée comme particulièrement difficile, dès lors qu'il y disposera d'un toit et, probablement, du soutien de parents ou de personnes liées à l'un ou l'autre de ses géniteurs, qu'il est âgé de 40 ans, autonome, et ne réclame pas de soins particuliers.
C'est donc de manière conforme à la loi que le Tribunal cantonal, au terme de son analyse circonstanciée, a abouti à retenir la proportionnalité de la mesure.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Le recours étant dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires adaptés à sa situation économique (art. 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. L'assistance judiciaire est refusée. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, au Service des migrations, au Département de l'économie et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 23 octobre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Cavaleri Rudaz