Faits:
A. A.a Mme B.X._, née le 10 avril 1988 à Gjakovë (Kosovo), de nationalité suisse, et M. A.X._, né le 27 avril 1986 à Gjakovë (Kosovo), de nationalité kosovare, se sont mariés le 24 octobre 2008 à Carouge (GE).
Un enfant, C._, né le 27 mars 2011 à Carouge, est issu de cette union.
Le 10 août 2011, à la suite d'une altercation, Mme B.X._ a quitté le domicile conjugal avec son fils pour s'installer provisoirement chez ses parents.
A.b M. A.X._ n'a achevé aucune formation et ne dispose a fortiori d'aucune formation reconnue en Suisse. Il a travaillé durant un an et demi en qualité d'aide de cuisine pour un salaire net d'environ 3'000 fr. par mois. Il a cessé cette activité au mois de juillet 2010 et est à la recherche d'un emploi depuis lors. Il bénéficie de prestations de chômage de 2'300 fr. nets par mois depuis le mois de septembre 2010 et perçoit en outre des indemnités complémentaires de l'Hospice général d'environ 270 fr. par mois. Du 16 au 20 avril 2012, il a bénéficié d'un contrat de courte durée avec la société D._ SA en tant qu'agent de propreté. Il espère pouvoir obtenir un contrat de plus longue durée avec cette société. Le salaire horaire brut est de 19 fr. 35 et l'horaire de travail de 40 heures par semaine.
Les charges mensuelles incompressibles de M. A.X._ ont été arrêtées à 2'846 fr.
A.c Mme B.X._ est employée de pharmacie à plein temps et réalise à ce titre un revenu mensuel net de 3'400 fr. Ses charges mensuelles incompressibles ont été arrêtées à 2'781 fr. 35.
Les ressources de C._ se composent des allocations familiales de 300 fr. par mois que sa mère perçoit pour lui depuis le 1er janvier 2012 et ses charges mensuelles s'élèvent à 686 fr. 90.
B.a B.a.a Par requête du 28 septembre 2011, Mme B.X._ a sollicité du Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après Tribunal de première instance) des mesures protectrices de l'union conjugale assorties d'une requête de mesures provisionnelles d'éloignement au sens de l'art. 28b al. 1 CC et de mesures superprovisionnelles afin d'être autorisée à vivre séparée de son époux et de se voir attribuer immédiatement la jouissance du domicile conjugal.
B.a.b Les mesures superprovisionnelles ont été rejetées par ordonnance du 29 septembre 2011, l'urgence n'ayant pas été démontrée. Mme B.X._ n'ayant pas persisté dans sa requête en mesures provisionnelles d'éloignement, il n'a pas été statué sur celle-ci.
B.a.c Statuant le 27 avril 2012 sur mesures protectrices de l'union conjugale, le Tribunal de première instance a notamment autorisé les époux à vivre séparés (ch. 1), attribué la jouissance exclusive du domicile conjugal à Mme B.X._ et condamné par conséquent M. A.X._ à quitter ce domicile le 31 mai 2012 au plus tard sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP (ch. 2 et 3), attribué la garde de C._ à Mme B.X._ (ch. 4), réservé à M. A.X._ un droit de visite sur l'enfant devant s'exercer, sauf accord contraire des époux, à raison de deux heures tous les quinze jours au Point Rencontre Liotard (ch. 5), instauré une curatelle d'organisation et de surveillance du droit de visite (ch. 6) et donné au curateur la mission d'élargir le droit de visite progressivement, afin que celui-ci puisse s'exercer un jour par semaine en-dehors du Point Rencontre Liotard (ch. 7). Le Tribunal de première instance a en outre condamné M. A.X._ à verser à son épouse, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 650 fr. à titre de contribution à l'entretien de sa famille, à compter du 1er juin 2012 (ch. 8).
B.a.c Statuant le 27 avril 2012 sur mesures protectrices de l'union conjugale, le Tribunal de première instance a notamment autorisé les époux à vivre séparés (ch. 1), attribué la jouissance exclusive du domicile conjugal à Mme B.X._ et condamné par conséquent M. A.X._ à quitter ce domicile le 31 mai 2012 au plus tard sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP (ch. 2 et 3), attribué la garde de C._ à Mme B.X._ (ch. 4), réservé à M. A.X._ un droit de visite sur l'enfant devant s'exercer, sauf accord contraire des époux, à raison de deux heures tous les quinze jours au Point Rencontre Liotard (ch. 5), instauré une curatelle d'organisation et de surveillance du droit de visite (ch. 6) et donné au curateur la mission d'élargir le droit de visite progressivement, afin que celui-ci puisse s'exercer un jour par semaine en-dehors du Point Rencontre Liotard (ch. 7). Le Tribunal de première instance a en outre condamné M. A.X._ à verser à son épouse, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 650 fr. à titre de contribution à l'entretien de sa famille, à compter du 1er juin 2012 (ch. 8).
B.b B.b.a M. A.X._ a fait appel de ce jugement par-devant la Cour de justice du canton de Genève (ci-après Cour de justice) en date du 23 mai 2012, remettant en cause les chiffres 3, 5, 7 et 8 du dispositif et concluant à ce que la Cour le condamne à quitter le domicile conjugal le 1er septembre 2012 au plus tard, et non le 1er mai 2012, lui réserve un droit de visite sur C._ d'un jour par semaine, le samedi ou le dimanche, et constate qu'il ne doit, en l'état aucune contribution d'entretien à sa famille.
B.b.b Dans sa réponse du 4 juin 2012, Mme B.X._ a conclu au rejet de l'appel, sous suite de frais et dépens, à l'annulation du chiffre 8 du dispositif du jugement entrepris et à ce que M. A.X._ soit condamné à lui verser une contribution d'entretien pour la famille de 1'500 fr. par mois et d'avance à partir du 1er juin 2012. Subsidiairement, elle a conclu à la confirmation du jugement entrepris.
B.b.c Les parties ont déposé spontanément une réplique et une duplique, respectivement le 14 et le 22 juin 2012, chaque partie invoquant notamment que l'autre alléguait des faits nouveaux irrecevables et M. A.X._ modifiant en outre l'une de ses conclusions en ce sens qu'il concluait désormais à ce que la Cour prenne acte de son engagement de quitter le domicile conjugal le 1er septembre 2012 "au plus tôt" et non "au plus tard" comme mentionné dans ses précédentes écritures. Mme B.X._ s'est opposée à cette conclusion nouvelle.
B.b.d Par arrêt du 11 juillet 2012, la Cour de justice a annulé les chiffres 3 et 8 du jugement entrepris et, statuant à nouveau, a condamné M. A.X._ à quitter le domicile conjugal le 15 août 2012 au plus tard, sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP (ch. 3) et à verser à Mme B.X._, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 150 fr. à titre de contribution à l'entretien de sa famille, à compter du 16 août 2012 (ch. 8). Elle a confirmé le jugement entrepris pour le surplus.
C. Le 16 août 2012, M. A.X._ forme un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre cette décision. Il conclut principalement à l'annulation des chiffres 5 à 7 du dispositif de l'arrêt entrepris et à sa réforme en ce sens qu'un droit de visite sur l'enfant C._ à raison d'un jour par semaine, le samedi ou le dimanche, lui soit réservé et qu'aucune contribution à l'entretien de sa famille ne soit due en l'état. Bien qu'une partie de ces dispositions soient inapplicables en l'espèce, compte tenu de la nature de la décision (cf. infra consid. 2.1), le recourant invoque, à l'appui de ses conclusions, l'établissement manifestement inexact des faits au sens de l'art. 97 al. 1 LTF, la violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, la violation de normes constitutionnelles au sens des art. 95 let. a et 98 LTF, à savoir en l'espèce la violation des art. 12, 13 et 14 Cst., ainsi que la violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. en lien avec l'art. 273 CC. A titre préalable, il a par ailleurs conclu, à titre de mesures provisionnelles au sens de l'art. 104 LTF, qu'un droit de visite sur l'enfant C._ à raison d'un jour par semaine, le samedi ou le dimanche, lui soit réservé. Il a au demeurant sollicité l'assistance judiciaire.
L'intimée n'a pas été invitée à répondre.
D. Par ordonnance du 6 septembre 2012, la Présidente de la cour de céans a rejeté la requête de mesures provisionnelles.
Considérant en droit:
1. La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (art. 172 ss CC) est une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 393 consid. 4 p. 395) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF). Dès lors que le litige soumis au Tribunal fédéral porte sur les modalités d'exercice du droit de visite et sur le montant de la contribution d'entretien due par l'époux à sa famille, soit sur des contestations de nature à la fois pécuniaire et non pécuniaire, le recours en matière civile est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (arrêts 5A_108/2007 du 11 mai 2007 consid. 1.2; 5A_25/2008 du 14 novembre 2008 consid. 2; 5A_220/2009 du 30 juin 2009 consid. 1). Le recours a par ailleurs été déposé par une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et ayant un intérêt à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris (art. 76 al. 1 LTF), dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, contre une décision prise sur recours par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
2. 2.1 L'acte attaqué portant sur des mesures provisionnelles (ATF 133 III 393 consid. 5, 585 consid. 3.3 et la jurisprudence citée), seule peut être invoquée la violation de droits constitutionnels (art. 98 LTF).
2.2 Le Tribunal fédéral ne sanctionne la violation de droits fondamentaux - notion qui englobe les droits constitutionnels en général (ATF 133 III 638 consid. 2) - que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF; ATF 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2; 133 II 249 consid. 1.4.2).
Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi manifestement insoutenable. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4.1; 130 I 258 consid. 1.3 et les arrêts cités). Il ne suffit pas qu'une solution différente apparaisse concevable, voire préférable; la décision attaquée n'est, de surcroît, annulée que si elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 133 I 149 consid. 3.1; 132 III 209 consid. 2.1 et les arrêts cités).
2.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'art. 98 LTF, le recourant ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels par l'autorité cantonale. Les art. 95 et 97, ainsi que l'art. 105 al. 2 LTF ne s'appliquent donc pas directement puisqu'ils ne sont pas des droits constitutionnels (ATF 133 III 393 consid. 7.1; 133 III 585 consid. 4.1). Toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision.
3. En substance, l'autorité cantonale a relevé qu'il ressortait du rapport du SPMi du 22 février 2012 qu'il convenait d'instaurer un droit de visite surveillé étant donné que la relation entre le père et le fils n'était pas très importante durant la vie commune, le père n'ayant jamais pris en charge seul son fils. Depuis la séparation, le père n'avait vu son fils que tous les dix ou quinze jours durant au maximum une heure et toujours accompagné de son épouse ou des parents de cette dernière. Le SPMi avait par conséquent préconisé de renforcer dans un premier temps la relation entre le père et son fils dans un lieu protégé et en présence de professionnels pour ensuite élargir progressivement le droit de visite jusqu'à ce qu'il puisse s'exercer un jour par semaine hors d'un point de rencontre, comme le souhaitait le père. Etant donné que le SPMi s'était fondé sur des éléments concrets pour arriver à une telle conclusion et avait pris en considération autant l'intérêt de l'enfant à entretenir des relations personnelles avec son père que celui du père à exercer son droit de visite hors d'un point de rencontre, l'autorité cantonale a estimé que le préavis du SPMi avait été suivi à juste titre par l'autorité de première instance, ce d'autant qu'il était conforme à l'intérêt de l'enfant et à la jurisprudence pertinente.
La Cour de justice a en outre estimé que c'était à juste titre que le premier juge avait imputé un revenu hypothétique au recourant mais que le loyer mensuel hypothétique de 500 fr. retenu était toutefois arbitraire compte tenu du prix moyen du loyer mensuel pour un appartement de trois pièces à Genève. Elle a par conséquent augmenté la charge de loyer hypothétique à 1'000 fr. par mois. Compte tenu notamment de ce qui précède, elle a arrêté les charges mensuelles du recourant à 2'846 fr. et considéré, au vu de son revenu hypothétique de 3'000 fr. par mois, que la contribution de 650 fr. due à l'entretien de sa famille arrêtée par le premier juge entamait son minimum vital. Elle a de ce fait réformé le jugement entrepris sur ce point, arrêtant en définitive la contribution d'entretien due par le recourant à 150 fr. par mois.
4. Le recourant conteste en premier lieu l'instauration d'un droit de visite surveillé.
4.1 Le recourant soutient que l'autorité cantonale aurait établi les faits de manière manifestement inexacte et partant, arbitraire, en se fondant sur les seules conclusions du rapport du SPMi pour instaurer un droit de visite surveillé sans tenir compte des autres preuves, en particulier des nombreuses lettres qu'il a adressées à son épouse et les réponses de cette dernière lesquelles démontreraient, selon lui, qu'il aurait tenté à plusieurs reprises de revoir son fils mais que la mère de l'enfant s'y était opposée. Pour peu qu'on le comprenne, il semble au surplus alléguer que le droit de visite surveillé d'une durée de deux heures par semaine serait disproportionné dès lors qu'une telle mesure serait préconisée lorsque le droit de visite présente une mise en danger du bien de l'enfant, inexistante en l'espèce, et qu'elle conduirait à une décision arbitraire dans son résultat, dans la mesure où il se verrait assimilé à tort à un père qui n'a pratiquement pas vu son enfant pendant plusieurs années ou encore à un père violent ou exerçant une emprise néfaste sur son enfant, ce qui ne serait aucunement le cas. Il relève en outre que cette mesure serait d'autant plus incisive que le point de rencontre serait saturé, rendant l'exercice du droit de visite surveillé instauré impossible.
4.2 En vertu de l'art. 176 al. 3 CC, relatif à l'organisation de la vie séparée, lorsque les époux ont des enfants mineurs, le juge ordonne les mesures nécessaires d'après les dispositions sur les effets de la filiation (art. 273 ss CC); il peut, notamment, attribuer la garde des enfants à un seul des parents. La règle fondamentale en ce domaine est l'intérêt de l'enfant, celui des parents étant relégué à l'arrière-plan. Au nombre des critères essentiels entrent en ligne de compte les relations personnelles entre parents et enfants, les capacités éducatives respectives des parents, leur aptitude à prendre soin de l'enfant personnellement et à s'en occuper, ainsi qu'à favoriser les contacts avec l'autre parent; il faut choisir la solution qui, au regard des données de l'espèce, est la mieux à même d'assurer à l'enfant la stabilité des relations nécessaires à un développement harmonieux des points de vue affectif, psychique, moral et intellectuel (ATF 136 I 178 consid. 5.3).
Aux termes de l'art. 273 al. 1 CC, le père ou la mère qui ne détient pas l'autorité parentale ou la garde ainsi que l'enfant mineur ont réciproquement le droit d'entretenir les relations personnelles indiquées par les circonstances. Autrefois considéré comme un droit naturel des parents, le droit aux relations personnelles est désormais conçu à la fois comme un droit et un devoir de ceux-ci (cf. art. 273 al. 2 CC), mais aussi comme un droit de la personnalité de l'enfant; il doit servir en premier lieu l'intérêt de celui-ci (ATF 127 III 295 consid. 4a; 123 III 445 consid. 3b). Le rapport de l'enfant avec ses deux parents est essentiel et peut jouer un rôle décisif dans le processus de sa recherche d'identité (ATF 127 III 295 consid. 4a; 123 III 445 consid. 3c; 122 III 404 consid. 3a et les réf. citées). Toutefois, si cette relation personnelle compromet le développement de l'enfant, si les parents qui l'entretiennent violent leurs obligations, s'ils ne se soucient pas sérieusement de l'enfant ou s'il existe d'autres raisons importantes, le droit à des relations personnelles peut leur être refusé ou retiré (art. 274 al. 2 CC). Il importe en outre que cette menace ne puisse être écartée par d'autres mesures appropriées. Cette règle découle du principe de la proportionnalité auquel sont soumis le refus ou le retrait de relations personnelles avec l'enfant en tant que mesures de protection. Le retrait de tout droit à des relations personnelles constitue l'ultima ratio et ne peut être ordonné, dans l'intérêt de l'enfant, que si les effets négatifs des relations personnelles ne peuvent être maintenus dans des limites supportables pour l'enfant (ATF 120 II 229 consid. 3 b/aa). Si, par contre, le préjudice engendré pour l'enfant par les relations personnelles peut être limité grâce à la présence d'un tiers (droit de visite surveillé), le droit de la personnalité du parent non détenteur du droit de garde, le principe de la proportionnalité, mais également le sens et le but des relations personnelles, interdisent la suppression complète de ce droit (ATF 122 III 404 consid. 3c; arrêt 5A_92/2009 du 22 avril 2009 consid. 2, in FamPra.ch 2009 786).
La curatelle de surveillance prévue à l'art. 308 al. 2 CC fait partie des modalités auxquelles peut être soumis le droit de visite. Le rôle du curateur est, dans ce cas, proche de celui d'un intermédiaire et d'un négociateur. Ce dernier n'a pas le pouvoir de décider lui-même de la réglementation du droit de visite, mais le juge peut lui confier le soin d'organiser les modalités pratiques de ce droit dans le cadre qu'il aura préalablement déterminé (arrêt 5A_101/2011 du 7 juin 2011 consid. 3.1.4).
4.3 Le recourant se méprend lorsqu'il soutient qu'un droit de visite surveillé serait disproportionné dans son cas, dès lors qu'une telle mesure ne serait préconisée que lorsque le droit de visite présente une mise en danger du bien de l'enfant, inexistante en l'espèce. Le rapport du SPMi, auquel le premier juge, puis la Cour de justice ont adhéré, préconisait l'instauration d'un droit de visite surveillé en raison principalement, d'une part, de l'inexpérience du recourant dans la prise en charge d'un enfant de l'âge de son fils et, d'autre part, de la nécessité de renforcer progressivement la relation père-fils avant d'étendre le droit de visite étant donné que l'enfant ne s'était quasiment jamais retrouvé seul avec son père. Le recourant a lui-même admis, lors de son entretien avec l'assistant social du SPMi, n'avoir gardé son fils que de courts moments pendant la vie commune, puis, depuis la séparation, ne l'avoir vu que rarement, durant des visites d'une durée de dix minutes à une heure maximum mais toujours en présence d'un tiers. Il apparaît ainsi que le recourant n'a jamais assumé seul la garde de son enfant. Comme l'a souligné le SPMi, il est par conséquent dans un premier temps nécessaire que le recourant soit encadré par des professionnels lorsqu'il prend l'enfant en charge, faute de quoi son manque d'expérience pourrait effectivement prétériter le bien-être de son fils et le mettre en danger. Il apparaît ainsi clairement que le bien de l'enfant a été le principal motif de l'instauration du droit de visite surveillé. L'intérêt du père, qui est secondaire en l'espèce, a toutefois été pris en compte dans la mesure où le curateur nommé a été chargé par le premier juge de saisir le Tribunal tutélaire afin de faire élargir le droit de visite progressivement pour que celui-ci puisse s'exercer un jour par semaine hors d'un point de rencontre comme souhaité par le recourant. La mesure n'apparaît par conséquent pas excessive étant donné qu'elle a été instituée de manière transitoire dans l'attente que l'enfant s'habitue à la présence de son père, vu que, compte tenu de son jeune âge, il pourrait être effrayé de se retrouver subitement seul avec une personne qu'il ne connaît encore que peu. Lorsque le recourant soutient qu'il s'agirait d'une mesure excessive également du fait que le point de rencontre désigné serait saturé et qu'il ne pourrait par conséquent de fait pas exercer le droit de visite surveillé instauré, il s'agit d'un fait nouveau irrecevable devant le Tribunal de céans (art. 99 al. 1 LTF) et qui n'est de surcroît étayé par aucune preuve. On ne perçoit en outre pas en quoi une telle mesure serait arbitraire dès lors qu'elle a été mise en place en vue d'instaurer progressivement un droit de visite dont l'étendue correspond précisément à celle souhaitée par le recourant. Cette mesure est en définitive conforme à l'intérêt et aux besoins actuels de l'enfant, de sorte que le grief du recourant doit être rejeté.
Le recourant semble au demeurant soutenir que la Cour de justice lui imposerait un droit de visite surveillé principalement du fait qu'il aurait été très peu présent auprès de son fils durant la vie commune et depuis la séparation. Il reproche de ce fait à la Cour de s'être fondée sur le seul rapport du SPMi et de ne pas avoir tenu compte d'un échange de lettres produit qui démontrerait qu'il aurait été empêché par son épouse de voir son fils plus souvent. Le recourant semble à cet égard - sans pour autant le dire explicitement - reprocher à l'autorité cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire dans l'appréciation des preuves. Le SPMi a certes motivé son préavis préconisant l'instauration d'un droit de visite surveillé principalement par le fait que les rencontres entre le père et le fils étaient quasiment inexistantes, respectivement qu'elles avaient toujours eu lieu en présence de tiers; toutefois comme exposé ci-dessus, cet élément met seulement en évidence la nécessité de renforcer progressivement la relation père-fils avec l'aide de professionnels avant d'envisager l'exercice du droit de visite hors d'un point de rencontre. Les pièces produites par le recourant tendaient, selon lui, à démontrer qu'il avait été empêché de voir son fils plus souvent. Dans la mesure où l'autorité cantonale ne lui a jamais fait grief de ne pas avoir rencontré son fils plus souvent, mais a seulement mis en évidence le fait qu'il n'avait quasiment jamais gardé son fils seul, ces pièces n'étaient de toute évidence pas de nature à influer sur ce résultat. Vu ce qui précède, la cour cantonale pouvait admettre, sans arbitraire, que la conviction qu'elle avait acquise sur la base du rapport du SPMi ne serait pas ébranlée par les autres preuves produites par le recourant, de sorte que ce grief doit également être rejeté.
5. Le recourant s'en prend également à la contribution due à l'entretien de sa famille qu'il souhaiterait voir supprimée. Il soutient à cet égard que la contribution d'entretien qui lui est imposée violerait l'art. 12 Cst. qui prône le droit à des conditions minimales d'existence et le droit à une existence conforme à la dignité humaine.
5.1 L'autorité cantonale a corrigé certains postes des charges retenues pour le recourant par le premier juge estimant qu'ils avaient été arrêtés de façon à violer l'interdiction de l'arbitraire. Elle a ainsi notamment augmenté la charge de loyer de 500 fr. à 1'000 fr. par mois, tout comme sa charge fiscale qu'elle a portée à 300 fr. par mois en lieu et place de 100 fr. Considérant que la contribution d'entretien fixée par le premier juge entamait le minimum vital du recourant, elle a réformé le jugement entrepris sur ce point. Eu égard au fait que l'intimée avait la garde de l'enfant et qu'un droit de visite très limité était dans un premier temps réservé au père, elle a estimé qu'on pouvait exiger du recourant qu'il verse l'intégralité de son solde disponible à sa famille. Compte tenu du revenu hypothétique du recourant arrêté à 3'000 fr. et de ses charges mensuelles incompressibles qui s'élèvent à 2'846 fr., elle a en définitive arrêté la contribution d'entretien due par le recourant à 150 fr. par mois en chiffres ronds (3'000 fr. - 2'846 fr.).
5.2 Le recourant s'en prend à la méthode utilisée par la Cour de justice pour calculer la contribution qu'il doit à l'entretien de sa famille qu'il juge arbitraire. Il soutient qu'elle aurait dû appliquer la méthode dite du minimum vital élargi avec répartition de l'excédent entre les époux pour tenir compte des restrictions qui peuvent être imposées au conjoint créancier et aux enfants. Il estime par conséquent, au vu du résultat auquel conduit l'application de cette méthode, qu'aucune contribution d'entretien ne pouvait être mise à sa charge sans porter atteinte à son minimum vital et violer par conséquent l'art. 12 Cst. Il conclut à la réforme de l'arrêt entrepris sur ce point et à ce qu'il soit constaté qu'il ne doit aucune contribution à l'entretien de sa famille.
5.3 S'agissant d'un recours portant sur une décision de mesures provisoires (art. 98 LTF), il n'y a en principe pas lieu de trancher la question de la possibilité d'octroyer une contribution d'entretien globale pour l'épouse et les enfants, en l'absence de grief invoqué et motivé par les parties sur ce point (art. 106 al. 2 LTF).
Toutefois, compte tenu de la situation des époux dans le cas d'espèce et en particulier de leur situation financière respective, il apparaît d'emblée que malgré le terme prêtant à confusion de "contribution à l'entretien de la famille" utilisé par les autorités cantonales, c'est bien davantage de "la contribution à l'entretien de l'enfant" dont il s'agit, de sorte que seules les conditions à l'octroi de cette dernière seront examinées.
5.4 En tant que des enfants mineurs sont concernés, le juge ordonne les mesures nécessaires d'après les dispositions sur les effets de la filiation (art. 176 al. 3 CC). Selon l'art. 285 al. 1 CC, la contribution d'entretien doit correspondre aux besoins de l'enfant ainsi qu'à la situation et aux ressources des père et mère, compte tenu de la fortune et des revenus de l'enfant ainsi que de la participation de celui des parents qui n'a pas la garde de l'enfant à la prise en charge de ce dernier.
L'obligation d'entretien trouve sa limite dans la capacité contributive du débirentier, en ce sens que son minimum vital selon le droit des poursuites doit en principe être préservé (ATF 127 III 68 consid. 2c p. 70; 126 III 353 consid. 1a/aa p. 356; 123 III 1 consid. 3b/bb p. 5 et consid. 5 p. 9; 121 I 367 consid. 2 p. 370 ss).
5.5 En l'espèce, l'autorité cantonale a retenu que le recourant bénéficiait chaque mois d'un disponible de 150 fr. en déduisant ses charges de son revenu hypothétique (3'000 fr. - 2'846 fr.). Compte tenu du fait que la mère a le droit de garde et que le droit de visite du recourant sur son fils est très limité, elle a estimé qu'il se justifiait que le recourant verse l'intégralité de son disponible pour l'entretien de "sa famille", étant encore une fois précisé que c'est bien de l'entretien de l'enfant dont il est question en l'espèce. Dans la mesure où le recourant ne conteste aucun des montants retenus par l'autorité cantonale à titre de charges ou de revenus et que la contribution d'entretien arrêtée par l'autorité cantonale correspond précisément au disponible du recourant obtenu en déduisant ses charges incontestées de son revenu, les charges du recourant sont à l'évidence entièrement couvertes par son revenu faute de quoi il ne pourrait y avoir de disponible. Puisque le recourant dispose chaque mois d'un disponible de 150 fr., son minimum vital n'est à l'évidence pas entamé contrairement à ce qu'il soutient. Les ressources de la mère de l'enfant sont certes plus élevées que celles du recourant et il faut également tenir compte de cet élément dans le cadre du calcul de la contribution d'entretien due par le recourant à son fils. Il apparaît toutefois que les ressources de la recourante ont indirectement été prises en compte. En effet, compte tenu du faible disponible mensuel dont dispose le recourant, les besoins de l'enfant ne seront de toute évidence pas couverts par la pension alimentaire versée par ce dernier; l'intimée sera ainsi a fortiori amenée à contribuer financièrement à l'entretien de l'enfant, indépendamment du fait qu'elle assume déjà l'intégralité de la prise en charge en nature de ce dernier. Contrairement à ce que soutient le recourant, il n'y a au demeurant pas lieu d'appliquer la méthode dite du minimum vital avec répartition de l'excédent pour calculer la contribution d'entretien due à l'entretien de son fils, dans la mesure où cette méthode est préconisée par la doctrine pour le calcul de la contribution d'entretien due en vertu de l'art. 176 al. 1 ch. 1 CC en relation avec l'art. 163 al. 1 CC en cas de situations financières modeste ou moyenne et tant que dure le mariage, de sorte qu'elle ne trouve pas application dans le cadre du calcul de la contribution due à l'entretien d'un enfant, mais seulement lorsque c'est la pension alimentaire due au conjoint dont il est question. Le recourant se contente ainsi d'opposer le résultat auquel conduit la méthode de calcul qu'il préconise - et qui n'est de surcroît pas applicable en l'espèce - au résultat obtenu par l'autorité cantonale, sans pour autant démontrer l'arbitraire du calcul effectué par cette dernière, de sorte que son grief doit être rejeté.
6. En conclusion, le recours doit être rejeté. Les conclusions de l'intéressé étant dépourvues de toutes chances de succès, sa requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF) et les frais judiciaires mis à sa charge (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer, n'a droit à aucune indemnité de dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 12 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Hildbrand