Faits:
A. Le 17 mars 2004, le Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance du canton de Genève (ci-après: l'Autorité de surveillance) a dissous la Fondation X._ (ci-après: la Fondation), dont le but était notamment la prévoyance professionnelle en faveur du personnel de X._, succursale Y._.
Nommé liquidateur de la Fondation, Me Jacques-André Schneider a, par courrier du 26 avril 2006, transmis à l'"Association des anciens membres de X._(ci-après: l'Association)" les comptes de liquidation de la Fondation au 31 décembre 2005 faisant apparaître que celle-ci ne disposait pas de fonds libres. Le 24 mai suivant, l'Association a adressé une plainte à l'Autorité de surveillance, par laquelle elle "renouvelait" une première plainte datée du 2 juin 2004. Elle demandait à l'Autorité de surveillance d'exiger de l'(ancien) employeur "qu'il corrige[ât] les erreurs commises dans les années qui ont suivi le 1er janvier 1999, en payant la différence entre les contributions effectivement payées durant ces années et les contributions qui auraient dû être payées selon le règlement". Le 11 août 2006, l'Autorité de surveillance a rendu une décision par laquelle elle a constaté l'absence de fonds libres à répartir dans le cadre de la liquidation totale de la Fondation en liquidation.
B. L'Association a déféré cette décision à la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (depuis le 1er janvier 2007, Tribunal administratif fédéral). Par arrêt du 2 novembre 2007, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours et retourné le dossier à l'Autorité de surveillance afin qu'elle instruise les plaintes des 2 juin 2004 et 24 mai 2006 et rende à l'issue de leur instruction une nouvelle décision.
C. La Fondation, en liquidation, interjette un recours en matière de droit public contre cet arrêt dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à la confirmation de la décision de l'Autorité de surveillance du 11 août 2006.
Le Tribunal fédéral a renoncé à un échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. En tant qu'il "retourne le dossier" à l'Autorité de surveillance pour qu'elle instruise les plaintes des 2 juin 2004 et 24 mai 2006 et rende une nouvelle décision au terme de l'instruction, l'arrêt entrepris constitue une décision (de renvoi) incidente au sens de l'art. 93 LTF (ATF 133 V 477 consid. 4.2 p. 481). Le recours contre une telle décision n'est recevable que si elle peut causer un préjudice irréparable (al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (al. 1 let. b). Si le recours n'est pas recevable au regard de ces conditions ou s'il n'a pas été utilisé, la décision incidente peut être attaquée par un recours contre la décision finale dans la mesure où elle influe sur le contenu de celle-ci (al. 3).
1.1 Un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF est un dommage de nature juridique qui ne peut pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141, 288 consid. 3.1 p. 291). En revanche, un dommage de pur fait, comme la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme irréparable (ATF 131 I 57 consid. 1 p. 59 et les arrêts cités p. 59). Les décisions relatives à l'administration des preuves ne sont en principe pas de nature à causer aux intéressés un dommage juridique irréparable (ATF 133 V 477 consid. 5.2.2 p. 483), qu'il s'agisse de décisions refusant ou ordonnant la mise en oeuvre d'un moyen de preuve déterminé. En particulier, le fait que la décision de renvoi procéderait d'une constatation manifestement inexacte ou incomplète des faits pertinents - question que le Tribunal fédéral n'examine qu'avec retenue - ne saurait être constitutif d'un dommage qui ne pourrait plus être réparé en cours de procédure (arrêt 9C_446/2007 du 5 décembre 2007, consid. 2).
1.2 L'ouverture du recours, prévue pour des motifs d'économie de procédure (art. 93 al. 1 let. b LTF), contre une décision incidente constitue une exception et doit être interprétée de manière restrictive, d'autant plus que les parties ne subissent aucun préjudice lorsqu'elles n'attaquent pas immédiatement de telles décisions, qu'elles peuvent contester en même temps que la décision finale (art. 93 al. 3 LTF). Le Tribunal fédéral examine librement le point de savoir si l'admission du recours permettrait d'éviter une procédure d'administration des preuves longue et coûteuse. Il appartient cependant au recourant d'établir que cette condition est réalisée, si celle-ci n'est pas manifeste; il doit en particulier indiquer de manière détaillée quelles questions de fait sont encore litigieuses, quelles preuves - déjà offertes ou requises - devraient encore être administrées et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (ATF 133 IV 288 consid. 3.2 p. 392).
2. 2.1 La recourante n'établit pas en l'espèce que l'arrêt entrepris lui causerait un dommage irréparable ou qu'une décision finale immédiate permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. En particulier, en faisant valoir que l'autorité fédérale de recours de première instance a retenu de manière erronée que la cotisation annuelle de l'employeur avait été baissée sans notification préalable aux représentants des employés du Conseil de la Fondation, la recourante s'en prend à la constatation des faits des premiers juges et à l'appréciation des preuves à laquelle ils ont procédé. Même si la décision de renvoi attaquée procédait d'une constatation manifestement inexacte ou incomplète des faits pertinents, cela ne constituerait pas un dommage qui ne pourrait plus être réparé en procédure au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (supra consid. 1.1).
Par ailleurs, on ne voit pas que la mesure consistant à instruire les deux plaintes en cause entraînerait une procédure longue et coûteuse. La recourante, dont les arguments concernent pour l'essentiel le litige sur le fond, ne soutient au demeurant pas que tel serait le cas.
2.2 Dès lors qu'aucune des deux éventualités prévues à l'art. 93 LTF n'est réalisée, le recours doit être déclaré irrecevable.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, 3ème Cour, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 11 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Moser-Szeless