Sachverhalt:
A. Die Y._ AG (hienach: die Steuerpflichtige) wurde 1981 gegründet und konnte bis 2004 das Holdingprivileg gemäss Steuerrecht des Kantons Zürich beanspruchen. Nachdem sie nie über Grundeigentum verfügte, hatte sie keine Gewinnsteuer, sondern lediglich die ermässigte Kapitalsteuer für Holdinggesellschaften zu entrichten. Ab der Steuerperiode 2005 erfüllte sie die Voraussetzungen für die Gewährung des Holdingprivilegs nicht mehr.
B. Für die Steuerperiode 2007 deklarierte die Steuerpflichtige einen Reingewinn von Fr. 559'098.-- sowie noch nicht verrechnete Vorjahresverluste in Höhe von Fr. 586'286.--. Dementsprechend wies sie in der Steuererklärung einen steuerbaren Reingewinn von null aus. Mit Einschätzungsentscheid vom 2. Dezember 2009 setzte das kantonale Steueramt Zürich den steuerbaren Reingewinn für die Staats- und Gemeindesteuern indessen auf Fr. 559'000.-- fest und liess mithin den geltend gemachten Verlustvortrag unberücksichtigt, anders als im Fall der direkten Bundessteuern, wo das Steueramt den steuerbaren Reingewinn unter Anrechnung des Verlustvortrages auf null festlegte. Das kantonale Steueramt Zürich hielt dafür, dass Vorjahresverluste, die unter dem Regime des Holdingstatus entstanden waren, nicht mit (steuerbarem) Gewinn, der nach Übergang zur ordentlichen Besteuerung angefallen ist, verrechenbar seien.
C. Die hiegegen erhobene Einsprache wies das kantonale Steueramt am 30. Juni 2010 ab, worauf sich die Steuerpflichtige an die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich wandte, die deren Rekurs am 28. Oktober 2010 ebenso abwies. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die hiegegen erklärte Beschwerde mit Entscheid vom 29. Juni 2011, versandt am 22. Juli 2011, teilweise gut, hob den angefochtenen Entscheid auf und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an das kantonale Steueramt zurück.
D. Gegen dieses Urteil erhebt das kantonale Steueramt mit Eingabe vom 25. August 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 30. Juni 2010 sei zu bestätigen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Steuerpflichtige schliessen auf Abweisung, während die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) die Gutheissung der Beschwerde beantragt.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (BGE 137 III 417 E. 1).
1.2 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die direkten Steuern des Kantons Zürich. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 83, 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde des gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG legitimierten Beschwerdeführers ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die direkten Steuern des Kantons Zürich. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 83, 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde des gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG legitimierten Beschwerdeführers ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 1.3.1 Nach Art. 90 BGG steht die Beschwerde an das Bundesgericht offen gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Endentscheide). Rückweisungsentscheide, ebenso wie Rechtsmittelentscheide gegenüber solchen, fallen an sich unter die Zwischenentscheide (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteile 2C_475/2011, 2C_476/2011 vom 13. Dezember 2011 E. 2.1, mit Hinweisen). Verbleibt der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, indessen kein eigener Entscheidungsspielraum und dient die Rückweisung einzig der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten, handelt es sich um einen Endentscheid (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteile 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.1, in: StE 2009 B 96.21 Nr. 14; 2C_596/2007 vom 24. Juni 2008 E. 1.2, in: RDAF 2008 II S. 390).
Der angefochtene Entscheid beendet das Verfahren zwar nicht, sondern die Sache geht zu neuem Entscheid an das kantonale Steueramt zurück. Dabei hat das Steueramt ergänzende Sachverhaltsabklärungen vorzunehmen und die Möglichkeit des Verlustvortrags näher abzuklären. Damit stellt der Rückweisungsentscheid keinen (Quasi)-Endentscheid, sondern einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar (vgl. Urteil 2C_905/2011 vom 8. November 2011 E. 2.1).
1.3.2 Selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide können beim Bundesgericht, selbst wenn mit ihnen über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden wird, lediglich unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG angefochten werden (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG, der hier im Vordergrund steht, ist die Beschwerde zulässig, soweit die selbständig eröffneten Vor- und Zwischenentscheide einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können. Dieser Nachteil muss rechtlicher Natur sein (BGE 134 III 188 E. 2.1 S. 190; 133 IV 139 E. 4 S. 141).
Die selbständige Anfechtbarkeit des Zwischenentscheids ergibt sich im vorliegenden Fall daraus ab, dass der Rückweisungsentscheid die Vorinstanz - je nach Ergebnis der vorzunehmenden Abklärungen - zu einer aus ihrer Optik unrichtigen Veranlagung verpflichten kann. Dies kommt praxisgemäss einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur gleich (so u.a. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 128, 133 II 409 E. 1.2 S. 412, 133 V 477 E. 5.2 S. 483 ff.). Entscheidend hiefür ist, dass die Verwaltung, die gemäss Rückweisungsentscheid einen ihr nicht genehmen Entscheid zu erlassen hat, zu dessen späterer Anfechtung mangels formeller Beschwerde nicht befugt wäre, sodass im Ergebnis der allenfalls rechtswidrige Entscheid keiner bundesgerichtlichen Überprüfung unterzogen werden könnte (BGE 133 V 477 E. 5.2.4 S. 484). Damit sind die Voraussetzungen gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG erfüllt und ist das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2011, das einen Zwischenentscheid darstellt, selbständig anfechtbar.
1.4 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2). Dies ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden ist (Art. 9 BV) oder dessen Feststellung unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze zustande gekommen ist (BGE 135 II 145 E. 8.1 S. 153; Urteil 2C_747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 1.2). Zudem muss aufgezeigt werden, dass die Behebung des Mangels für das Verfahren entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.5 Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen an sich mit freier Kognition, ebenso, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen auf Willkür (zum Ganzen BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; Urteile 2C_519/2011 vom 24. Februar 2012 E. 1.3.1; 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 1.3; 2C_188/2008 vom 19. August 2008 E. 4.2, in: RDAF 2008 II S. 216).
Dies ist hier der Fall, nachdem Art. 28 StHG den Kantonen einen recht weiten Gestaltungsspielraum belässt (ERNST HÖHN, Holding- und Domizilgesellschaften gemäss StHG, in: Höhn/Athanas [Hrsg.], Das neue Bundesrecht über die direkten Steuern, 1993, S. 253; ROBERT WALDBURGER, Holding- und Domizilprivileg im Steuerharmonisierungsgesetz, 1996, S. 19 ff.). Nach Auffassung des Bundesrats ist es Sache des kantonalen Gesetzgebers, die steuerlichen Konsequenzen festzulegen im Falle, dass eine Kapitalgesellschaft ihr bisheriges Holdingprivileg endgültig verliert (Botschaft vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer, BBI 1983 III 1 ff., insb. 117; vgl. auch Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, Kommission Steuerharmonisierung, Harmonisierung des Unternehmenssteuerrechts, 1995, S. 111; FRANK LAMPERT, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, S. 57; MARKUS REICH, in: Reich/Duss, Unternehmensumstrukturierungen im Steuerrecht, 1996, S. 53; MARCO DUSS/JULIA VON AH/FRANK RUTISHAUSER, in: Zweifel/Athanas, Kommentar StHG, 2. Aufl., 2002, N. 123 zu Art. 28 StHG). Das Bundesgericht kann daher die hier anstehenden Konsequenzen eines Verlusts des Holdingprivilegs durch die Behörden des Kantons Zürich nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel der Willkür überprüfen.
1.6 Soweit die Anwendung kantonalen Rechts gerügt wird, kann im Wesentlichen geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundesrecht (Art. 95 lit. a BGG), hier namentlich gegen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze (BGE 137 V 143 E. 1.2 S. 145; 134 II 349 E. 3 S. 351). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht freilich nur unter Rüge- und Begründungsvorbehalt (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; zum Ganzen Urteile 2C_519/2011 vom 24. Februar 2012 E. 1.3.2; 2C_468/2011, 2C_469/2011 vom 22. Dezember 2011 E. 1.2.3). Der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen im Sinne von Art. 106 Abs. 1 BGG gilt insofern nicht (Urteil 2C_119/2009 vom 29. Mai 2009 E. 1.2.1). Die bundesgerichtliche Praxis verlangt, dass die Verfassungsverletzung "klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids" dargelegt wird (Urteile 2C_812/2010 vom 23. März 2011 E. 1.2 und 1C_155/2007 vom 13. September 2007 E. 1.2; BGE 133 III 393 E. 6 S. 397 mit Hinweisen). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 136 II 489 E. 2.8 S. 494 mit Hinweisen).
Diesen Begründungsanforderungen vermag die Beschwerdeschrift nicht in allen Teilen zu genügen, zeigt sie doch nicht in hinreichender Weise auf, inwiefern die von der Vorinstanz gewählte Lösung geradezu willkürlich sein soll. Die Frage kann jedoch letztlich offen bleiben, da die Beschwerde ohnehin abgewiesen werden muss.
2. 2.1 Entgegen ihren Vorinstanzen bejaht das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich im angefochtenen Urteil die Frage danach, ob die Steuerpflichtige ihre noch unter dem Holdingstatus erzielten Vorjahresverluste mit Gewinnen, die nach dem Übergang zur ordentlichen Steuerpflicht entstanden sind, zur Verrechnung bringen könne. Zu diesem Ergebnis kommt es hauptsächlich aufgrund der gesetzessystematischen Überlegung, wonach das Holdingprivileg im Sinne von § 73 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1), das einer davon betroffenen Gesellschaft Gewinnsteuerfreiheit ("entrichten keine Gewinnsteuer") garantiert, sich erst bei der Steuerberechnung auswirke. Die Möglichkeit der Verlustverrechnung beschlage aber die Bemessung des steuerbaren Reingewinns und setze deshalb vor der Steuerberechnung ein, weshalb der Wechsel von der Holdingbesteuerung zur ordentlichen Besteuerung keinen Einfluss auf den steuerbaren Reingewinn habe.
2.2 Es ist dem Beschwerdeführer beizupflichten, dass die vorinstanzliche Begründung zu kurz greift. Obschon Art. 28 StHG im 2. Abschnitt des 2. Kapitels (Gewinnsteuer) mit dem Titel "Steuerberechnung" ("Calcul de l'impôt"; "Calcolo dell'imposta") steht, geht es insbesondere in Art. 28 Abs. 2-5 StHG um Fragen der Steuerbemessung bzw. des Steuerobjekts. Art. 28 Abs. 2 StHG bzw. § 73 Abs. 1 StG/ZH nimmt nämlich nicht nur Beteiligungserträge, wo bei einer Holdinggesellschaft in der Tat eine Mehrfachbelastung resultiert, von der Gewinnsteuer aus, sondern befreit ebenso nicht vorbelastete andere Erträge. Dadurch steckt ein "systemwidriges Element" in diesem Besteuerungskonzept (ZUPPINGER/BÖCKLI/LOCHER/REICH, Steuerharmonisierung, 1983, S. 259) bzw. führt es insoweit zu einer problematischen "Privilegierung" (daher auch die Bezeichnung "Holdingprivileg" für Art. 28 Abs. 2 StHG). Die Auffassung der Vorinstanz, die Verlustverrechnung sei unabhängig von Art. 28 StHG immer gleich vorzunehmen, lässt sich damit jedenfalls nicht aus der Gesetzessystematik ableiten. Fraglich ist jedoch, ob sich dieses Ergebnis nicht aus anderen Überlegungen herleiten lässt. Weil das StHG ein Rahmen- oder Grundsatzgesetz ist, dessen Regelungsdichte je nach Gegenstand variiert, ist auslegungsweise zu ermitteln, welcher Gestaltungsspielraum dem kantonalen Gesetzgeber verbleibt (DANIELLE YERSIN, Harmonisation fiscale: procédure, interprétation et droit transitoire, in: RDAF 59/2003 II 1 ff., insbesondere S. 8 f.).
2.3 Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut der Bestimmung. Vom klaren, d.h. eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, u.a. dann, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn der Norm wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit andern Vorschriften ergeben. Eine historisch orientierte Auslegung ist für sich allein nicht entscheidend. Anderseits vermag aber nur sie die Regelungsabsicht des Gesetzgebers (die sich insbesondere aus den Materialien ergibt) aufzuzeigen, welche wiederum zusammen mit den zu ihrer Verfolgung getroffenen Wertentscheidungen verbindliche Richtschnur des Gerichts bleibt, auch wenn es das Gesetz mittels teleologischer Auslegung oder Rechtsfortbildung veränderten, vom Gesetzgeber nicht vorausgesehenen Umständen anpasst oder es ergänzt (zur Publikation bestimmtes Urteil 9C_727/2010 vom 27. Januar 2012 E. 3.4.1; Urteil 2C_712/2011 vom 19. Januar 2012 E. 3.5; BGE 137 V 13 E. 5.1 S. 17 mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen. Sind mehrere Lösungen denkbar, ist jene zu wählen, die der Verfassung entspricht (Urteil 2C_761/2007 vom 23. Juni 2008 E. 3.1, in: StE 2008 B 72.19 Nr. 9, mit Hinweisen).
3. 3.1 Nach dem Beschwerdeführer spricht bereits der Wortlaut von Art. 25 Abs. 2 StHG (bzw. § 70 Abs. 1 StG/ZH und Art. 68 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]) dafür, dass nur Verluste, welche im ordentlichen Regime angefallen sind, zur Verrechnung gebracht werden dürfen. Der erwähnte Art. 25 Abs. 2 StHG lautet:
Vom Reingewinn der Steuerperiode werden nur Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 31 Abs. 2) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).
Dall'utile netto del periodo fiscale sono dedotte le perdite dei sette esercizi commerciali che precedono il periodo fiscale (art. 31 cpv. 2), sempreché non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'untile netto imponibile di tali anni.
Der Beschwerdeführer hält also dafür, dass nur Verluste absetzbar seien, die bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns der Vorjahre nicht berücksichtigt werden konnten. Bei Holdinggesellschaften sei aber gar kein steuerbarer Reingewinn zu ermitteln, weshalb auch keine Verluste berücksichtigt werden könnten. Dabei übersieht er, dass die Begriffe (gesamter) "Reingewinn" und "steuerbarer Reingewinn" rein technische Ausdrücke sind, um zu klären, ob die Vorjahresverluste von einem Ergebnis abgezogen sind oder nicht (vgl. Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, a.a.O., S. 99 f.). Der Begriff "steuerbarer Reingewinn" bringt mithin nur eine Grössenordnung zum Ausdruck und vermag darüber, ob dieser Reingewinn tatsächlich auch steuerlich erfasst wurde, nichts auszusagen. Dass dem so ist, erhellt auch aus den Steuererklärungsformularen der Beschwerdegegnerin. Die Steuerdeklaration von Holdinggesellschaften erfolgt nämlich mit dem allgemeinen Steuererklärungsformular, das auch von den Kapitalgesellschaften und Genossenschaften verwendet wird, die der ordentlichen Steuerpflicht unterliegen (vgl. Urteil SB.2002.00012 des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. September 2002 E. 4d). In jedem Fall hat die steuerpflichtige Gesellschaft den "Reingewinn" und die Grösse "steuerbarer Reingewinn" anzugeben, d.h. selbst dort, wo dieser Reingewinn aufgrund des Holdingprivilegs gar nicht steuerlich erfasst wird. Die Möglichkeit der Verlustverrechnung bereits aufgrund dieser "grammatikalischen Überlegungen" auszuschliessen, greift zu kurz.
3.2 Ebenso wenig kann daraus, auf welche Weise dieser Statuswechsel unter dem vorharmonisierten Recht behandelt wurde, etwas für den vorliegenden Fall abgeleitet werden. Damals war bei Verlust des Holdingprivilegs und Übergang zur ordentlichen Besteuerung eine Zwischeneinschätzung vorzunehmen, was zur Gegenwartsbemessung führte. Damit fiel eine Verlustanrechnung gleichsam "automatisch" weg (vgl. REINMANN/ZUPPINGER/SCHÄRRER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, Band III, 1969, N. 208 zu § 45 aStG/ZH). Unter dem harmonisierten Recht bewirkt der Statuswechsel gerade keine Zäsur mehr bezüglich der zeitlichen Bemessung, sondern es besteht insoweit Kontinuität. Allerdings dürften diese Erfahrungen aus der Vergangenheit einige Kantone zum Schluss verleitet haben, unter dem neuen Recht ändere bezüglich Verlustverrechnung beim Statuswechsel nichts (vgl. die bei CHRISTOPH NIEDERER/ANDREA SCHERRER, Vortrag von Verlusten beim Systemwechsel von der privilegierten zur ordentlichen Besteuerung, in: ST 85/2011, S. 296 ff., insb. Fn. 2 und 3, wiedergegebenen Resultate einer Umfrage bei den Kantonen; siehe auch ETIENNE JUNOD, Die steuersystematische Realisation: Ein Überblick mit Gegenüberstellungen bei den direkten Steuern, in: StR 61/2006 S. 110 ff., insb. 120; WEIDMANN/GROSSMANN/ZIGERLIG, Wegweiser durch das st. gallische Steuerrecht, 6. Aufl., 1999, S. 333). Ein solcher Schluss ist nicht überzeugend, zumal schon der Bundesrat in der Botschaft über die Steuerharmonisierung zu Recht darauf hinwies, es sei Sache der kantonalen Gesetzgebung, "die Folgerungen aus dem endgültigen Verlust des Holdingprivilegs" zu ziehen (BBI 1983 III 1 ff., insb. 117; vgl. auch Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, a.a.O., S. 111; LAMPERT, a.a.O., S. 57; REICH, a.a.O., S. 53). Nur zwei Kantone befolgten aber diesen Rat und schufen Gesetzesnormen zur Regelung der Verlustanrechnung nach einem Statuswechsel (§ 65 Abs. 4 des Steuergesetzes des Kantons Zug vom 25. Mai 2000 [BGS 632.1], Art. 84b Abs. 2 Satz 2 der Loi d'impôt des Kantons Jura vom 26. Mai 1988 [RS/JU 641.11]).
3.3 Einige Kantone lassen es ausdrücklich zu, stille Reserven, die unter dem Holdingstatus entstanden sind, vor dem Übergang zur ordentlichen Besteuerung in der Steuerbilanz erfolgsneutral offen zu legen (DUSS/VON AH/RUTISHAUSER, a.a.O., N. 125a zu Art. 28 StHG; gemäss NIEDERER/SCHERRER, a.a.O., S. 298 Fn. 3 ist der Kreis jener Kantone sogar noch weiter). So hält die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden in ihrer Dienstanleitung zum Steuergesetz, Weisung Nr. 8/2006 vom 1. Januar 2008 (Art. 88-99/Art. 30 VV), zum Thema Statuswechsel bei Holdinggesellschaften in Ziff. 3.3.4 fest: "Die während der Zeit als Holdinggesellschaft entstandenen stillen Reserven können vor dem Übergang zur ordentlichen Besteuerung in der Steuerbilanz offengelegt werden. (...) Verluste aus Geschäftsjahren, für welche das Holdingprivileg beansprucht wurde, können nach dem Übergang zur ordentlichen Besteuerung nicht zur Verrechnung gebracht werden". Eine nahezu gleichlautende Praxisfestlegung hat die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden erlassen. Danach können die offen gelegten stillen Reserven später steuerfrei realisiert werden. Unter dieser Voraussetzung erscheint es als vertretbar, ebenso wenig Verlustvorträge, die unter dem Holdingstatus entstanden sind, nach dem Übergang zur ordentlichen Besteuerung noch zu berücksichtigen. Diese Lösung behandelt damit Gewinne und Verluste, die unter dem Holdingstatus entstanden sind, richtigerweise gleich (d.h. sie bleiben unberücksichtigt). Es ist dies auch die Lösung, welche der Kanton Jura in Art. 84b Abs. 2 seines Steuergesetzes vorsieht. Solange aber eine solche Gleichbehandlung von Gewinnen und Verlusten nicht gewährleistet ist, erscheint es sachlich haltbar, auch frühere Verlustvorträge noch zu berücksichtigen. Dies ist im Kanton Zürich der Fall, weil stille Reserven nur im handelsrechtlich erlaubten Umfang, d.h. lediglich bis zur Höhe der Anschaffungskosten, offengelegt werden dürfen (RICHNER/FREI/KAUFMANN/ MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., 2006, N. 24 zu § 73 StG/ZH). Damit können im Kanton Zürich im Falle der Realisierung von Kapitalgewinnen auf Beteiligungen durchaus stille Reserven steuerlich erfasst werden, die an sich bereits unter dem Holdingstatus entstanden sind. Dies trifft auch vorliegend zu, werden doch die Beteiligungen der Steuerpflichtigen zu Anschaffungspreisen, allenfalls unter Bildung von Wertberichtigungen, aktiviert. In diesem Fall erscheint es aber auch als vertretbar, entsprechende Verlustvorträge noch steuerlich zu berücksichtigen (THOMAS KUNZ, Das Holdingprivileg: Auseinandersetzung mit steuerlichen Sonderfragen, in: StR 59/2004 S. 650 ff. bzw. S. 724 ff., insb. S. 738 f.; LAMPERT, a.a.O., S. 57 f.; NIEDERER/SCHERRER, a.a.O., S. 296 ff.).
3.4 Schliesslich führt der Beschwerdeführer "verfahrensrechtliche und praktische Gründe" an, die gegen eine Berücksichtigung des Verlustvortrags sprechen sollen. Aufgrund von Art. 28 Abs. 2 StHG müsse keine Verrechnung von Gewinnen mit Vorjahresverlusten vorgenommen werden. Nach der Auffassung des Verwaltungsgerichts müssten Gewinne und Verluste, welche unter dem Holdingregime angefallen sind, nachträglich rekonstruiert werden. Dem stehe die Rechtskraft der "Nullveranlagungen" bezüglich der Gewinne während Dauer des Holdingstatuts entgegen. Diese Bedenken vermögen mit der Steuerpflichtigen nicht zu überzeugen, zumal die vortragbaren Verluste ohnehin für die Zwecke der direkten Bundessteuer laufend nachzuführen und zu dokumentieren sind. Auch bei Betriebsgesellschaften wird die Höhe der Verluste erst geprüft, wenn sie mit Gewinnen verrechnet werden sollen, d.h. auch für zurückliegende Steuerperioden (vgl. Urteile 2C_375/2010 vom 22. März 2011 E. 2, in: StE 2011 A 24.43.1 Nr. 21; 2C_220/2009 vom 10. August 2009 E. 8.1, in: StR 64/2009 S. 886, insb. 890 f., je mit Hinweisen). Praxisgemäss fehlt es nämlich an einem Feststellungsinteresse, wenn eine Steuerperiode klarerweise mit Verlust abschliesst und von der steuerpflichtigen Gesellschaft nur verlangt wird, es sei die Höhe der auf das Folgejahr vortragbaren Verluste festzustellen (Urteil 2C_292/2009 vom 26. März 2010 E. 1.3, in: StR 65/2010 S. 683 f.). Genau gleich verhält es sich aber hier, und irgendeine "rechtskräftige Verfügung" steht dem nicht entgegen. lm Übrigen ist es Sache der Steuerpflichtigen, die Höhe der früheren Verluste als steuermindernde Tatsache darzutun. Entsprechend verlangt die Vorinstanz in E. 2.4 zu Recht, das kantonale Steueramt habe diese Verluste noch zu überprüfen und abzuklären, ob sie nicht mit - wenn auch nicht zur Besteuerung herangezogenen - Gewinnen unter dem Holdingstatus zu verrechnen seien.
4. Zusammenfassend vermag der Beschwerdeführer nicht aufzuzeigen, dass die Lösung der Vorinstanz geradezu unhaltbar ist und sich damit als willkürlich erweist. Vielmehr lassen sich - wenn auch aus anderen Gründen, als nach der Vorinstanz - durchaus sachliche Gründe für dieses Vorgehen anführen. Allerdings sind diese Verlustvorträge mit der Vorinstanz zunächst noch vom kantonalen Steueramt zu verifizieren. Die Rückweisung an dieses ist damit durchaus gerechtfertigt.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Kanton Zürich, der Vermögensinteressen verfolgt, kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG). Er hat der Steuerpflichtige für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. März 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher