Sachverhalt:
A. X._ befindet sich seit dem 31. August 2009 in Untersuchungshaft. Es wird ihm vorgeworfen, am Samstag, 29. August 2009, um circa 03.00 Uhr, vor der Z._-Bar am Limmatquai ... in 8001 Zürich, dem Geschädigten Y._ im Anschluss an einen verbalen Streit mit einem Messer eine insgesamt 20 cm lange und über eine Strecke von rund 4 cm eine circa 0,5 mm tiefe Schnittwunde am Hals zugefügt zu haben. Der Tatverdacht stützt sich insbesondere auf die Aussagen des Geschädigten sowie diverser Zeugen.
Mit Verfügung vom 27. November 2009 verlängerte der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich die Untersuchungshaft bis zum 27. Februar 2010 wegen Kollusionsgefahr.
B. X._ hat gegen die haftrichterliche Verfügung vom 27. November 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt die Aufhebung der angefochtenen Verfügung und seine sofortige Entlassung aus der Untersuchungshaft.
C. Der Haftrichter und der zuständige Staatsanwalt der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich haben auf Vernehmlassung verzichtet, letzterer unter Verweis auf den Haftverlängerungsantrag und die angefochtene Verfügung. Zu diesen Eingaben äusserte sich der Beschwerdeführer mit Schreiben vom 15. Dezember 2009.
Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen (Art. 78 ff. BGG) sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. Wegen der formellen Natur des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) ist die diesbezügliche Rüge vorab zu behandeln. Der Beschwerdeführer beanstandet, der Haftrichter habe seine gegen die Annahme von Kollusionsgefahr vorgebrachten Argumente nicht berücksichtigt und nicht ausreichend begründet, weshalb von Kollusionsgefahr auszugehen sei.
3. Das rechtliche Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (BGE 134 I 83 E. 4.1 S. 88 mit zahlreichen Hinweisen).
4. Der Haftrichter begründete das Vorliegen von Kollusionsgefahr damit, dass dem Beschwerdeführer die Wahl zwischen dem Ober- und dem Geschworenengericht zustehe und es somit zu einem Verfahren vor letzterem kommen könne. Im Verfahren vor dem Geschworenengericht gelte das Unmittelbarkeitsprinzip, weshalb gemäss Lehre und Rechtsprechung Kollusionsgefahr ausnahmsweise auch nach Beendigung der Untersuchung vorliegen könne.
In seiner Eingabe vom 26. November 2009 an das Bezirksgericht Zürich führte der Beschwerdeführer aus, er habe den Wahrheitsgehalt der Zeugenaussagen ausdrücklich bestätigt. Dies betreffe insbesondere auch jene Punkte, zu denen er keine eigene sichere Erinnerung habe. Da er die Zeugenaussagen anerkenne, sei unerklärlich, inwiefern er Zeugen beeinflussen sollte oder könnte. Er wehre sich lediglich gegen den Vorwurf, vorsätzlich gehandelt zu haben. Zum inneren Willen des Angeschuldigten könnten sich die Zeugen nicht äussern.
Diese Argumente wurden vom Haftrichter völlig ausgeblendet. Wie der Beschwerdeführer unter Bezugnahme auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu Recht hervorhebt, ist allein der Verweis auf die Möglichkeit, dass es zu einem Verfahren vor dem Geschworenengericht kommen könnte, nicht ausreichend, um Kollusionsgefahr zu bejahen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1B_322/2008 vom 9. Januar 2009 E. 4.3.1). Der Haftrichter muss begründen, aufgrund welcher weiteren Sachumstände er im konkreten Fall Kollusionsgefahr als gegeben erachtet. Da er im vorliegenden Verfahren die gegen die Bejahung von Kollusionsgefahr vorgetragenen Argumente des Beschwerdeführers ausser Acht liess und nicht darlegte, weshalb er trotz Abschluss der Zeugeneinvernahmen von Kollusionsgefahr ausgeht, sondern lediglich auf die abstrakte Möglichkeit der Beurteilung durch das Geschworenengericht hinwies, hat er die aus dem Gehörsanspruch fliessende Begründungspflicht verletzt.
5. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen, die angefochtene Verfügung aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Hingegen rechtfertigt es allein eine Gehörsverletzung nicht, den Beschwerdeführer aus der Haft zu entlassen. Das Gesuch um sofortige Haftentlassung ist demnach abzuweisen. Ausgangsgemäss werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, die Verfügung vom 27. November 2009 des Haftrichters des Bezirksgerichts Zürich aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid an den Haftrichter zurückgewiesen.
2. Das Haftentlassungsgesuch wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder