Sachverhalt:
A. Die 1961 geborene Z._, bis 31. Oktober 2005 (letzter effektiver Arbeitstag 5. Januar 2005) in der Firma X._ AG, als Produktionsmitarbeiterin tätig, meldete sich am 27. Oktober 2005 unter Hinweis auf "Rückenleiden, Nackenschmerzen, Kreuzschmerzen, Kopfschwindel, Schlafstörungen, Depressionen" bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse und der Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach die IV-Stelle des Kantons Aargau Z._ mit Verfügung vom 18. April 2008 basierend auf einem Invaliditätsgrad von 49 % ab Januar 2006 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zu.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 13. August 2008 ab.
C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen und diese zu verpflichten, ein neues Gutachten einzuholen. Eventualiter sei ihr eine halbe IV-Rente zuzusprechen.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann nach Art. 95 lit. a BGG die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Streitig ist, ob der Beschwerdeführerin eine höhere als die von der IV-Stelle zugesprochene Viertelsrente der Invalidenversicherung zusteht. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung dieses Anspruchs einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.1 Die Vorinstanz hat in inhaltsbezogener, umfassender, sorgfältiger und objektiver Würdigung der Akten (BGE 132 V 393 E. 4.1 S. 400), auf welche verwiesen wird, insbesondere gestützt auf das in seinen Schlussfolgerungen nachvollziehbare Gutachten der Klinik Y._ vom 19. September 2007 festgestellt, dass bei der Beschwerdeführerin in ihrer angestammten Tätigkeit als Produktionsmitarbeiterin bei der Firma X._ AG aus rheumatologischer Sicht keine Arbeitsfähigkeit mehr, jedoch für eine leichte, wechselbelastende Tätigkeit eine solche von 60 % besteht. Die Einwände der Beschwerdeführerin sind nicht geeignet, diese Tatsachenfeststellungen (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397) als offensichtlich unrichtig oder sonst wie als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen:
2.2 Konkrete Hinweise, die gegen die Zuverlässigkeit des Gutachtens der Klinik Y._ sprechen, sind nicht ersichtlich und können namentlich nicht in der abweichenden Arbeitsunfähigkeitsschätzung durch Frau Dr. med. R._ erblickt werden. Bereits die Vorinstanz hat überzeugend dargelegt, dass die Berichte der Frau Dr. med. R._ den Beweiswert des umfassenderen und aktuelleren Gutachtens nicht zu schmälern vermögen, namentlich nicht im Lichte der Rechtsprechung zur Verschiedenheit von Behandlungs- und Begutachtungsauftrag: statt vieler Urteil 8C_663/2 vom 4. August 2008 E. 4.2 mit Hinweisen). Offensichtlich unrichtig ist die vorinstanzliche Tatsachenfeststellung einer 60%igen Arbeitsfähigkeit in zumutbaren Verweisungstätigkeiten keinesfalls.
2.3 Entgegen den Vorbringen in der Beschwerde ist auch der vorinstanzliche Einkommensvergleich bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz hat entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin zu Recht keine Parallelisierung der Einkommen vorgenommen, nachdem die Abweichung des Valideneinkommens der Beschwerdeführerin vom branchenüblichen Lohn mit 5.11 % nicht als erheblich bezeichnet werden kann (BGE 134 V 322 E. 4.1 S. 325; Urteil 9C_488/2008 vom 5. September 2008).
2.4 Schliesslich ist darin, dass die Vorinstanz vom von der IV-Stelle ermittelten Invaliditätsgrad von 49 % abgewichen ist und auf Grund anderer Berechnungsgrundlagen selbst einen solchen von 44.7 % ermittelt hat, keine reformatio in peius zu erblicken, nachdem beide Invaliditätsgrade in der Bandbreite für eine Viertelsrente liegen, weshalb auch keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vorliegt.
3. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a), ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den vorinstanzlichen Entscheid, erledigt wird.
4. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, der Ausgleichskasse des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. November 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer i.V. Widmer