Sachverhalt:
A. F._ und G._ heirateten am 16. Dezember 1994. F._ war vom 3. Oktober 1977 bis 30. Juni 1990 bei der Stiftung D._ AG und anschliessend bei der Winterthur-Columna Stiftung für die berufliche Vorsorge, Winterthur (im Folgenden: Winterthur-Columna), berufsvorsorgsversichert. Mit Urteil des Bezirksgerichtes vom 15. Dezember 2006 wurde die Ehe des F._ und der G._ geschieden (Dispositiv-Ziffer 1) und u.a. die hälftige Aufteilung der von F._ während der Ehedauer erworbenen Austrittsleistung aus beruflicher Vorsorge angeordnet (Dispositiv-Ziffer 5 lit. c; G._ hatte kein Guthaben aus beruflicher Vorsorge erworben). Nach Eintritt der Rechtskraft des Erkenntnisses am 19. Januar 2007 überwies das Bezirksgericht die Sache mit Verfügung vom 29. Januar 2007 dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zur Aufteilung der Guthaben aus der beruflichen Vorsorge.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich klärte die berufsvorsorgerechtlichen Verhältnisse der geschiedenen Eheleute ab, indem es bei der Winterthur-Columna eine per Datum der Rechtskraft des Scheidungsurteils aktualisierte Abrechnung über die zu teilende Austrittsleistung des F._ sowie eine Bestätigung der Durchführbarkeit der Teilung einholte (Schreiben vom 28. Januar 2008). Am 7. Mai 2008 verfügte das kantonale Gericht, die Winterthur-Columna habe zusätzliche Fragen zu beantworten; die Vorsorgeeinrichtung legte die verlangten Angaben am 2. Juli 2008 ins Recht. Mit Entscheid vom 24. November 2008 verpflichtete die Vorinstanz die Winterthur-Columna, den Betrag von Fr. 128'398.70 zuzüglich Zinsen zu Lasten von F._ auf ein von G._ zu bezeichnendes Freizügigkeitskonto zu überweisen.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, die Festsetzung des zu teilenden Kapitals auf Fr. 179'912.20, oder nach Ermessen des Gerichts tiefer, die Sistierung des Verfahrens und eventualiter die Rückweisung der Sache "im Sinne der Erwägungen" beantragen. In prozessualer Hinsicht ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.
Mit Verfügung vom 6. Februar 2009 weist das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege sowie um Sistierung des Verfahrens ab und verpflichtet den Beschwerdeführer zur Leistung eines Kostenvorschusses, welchen dieser fristgerecht bezahlt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Streitig ist die Höhe der zu teilenden Austrittsleistung aus beruflicher Vorsorge. Die entsprechenden Rechtsgrundlagen (Art. 122 Abs. 1 und Art. 142 ZGB; Art. 22a Abs. 1 FZG) hat die Vorinstanz zutreffend dargelegt, es wird darauf verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
3. 3.1 Das vorinstanzlich auf Fr. 359'040.20 festgesetzte Freizügigkeitsguthaben per 19. Januar 2007 (Rechtskraft des Scheidungsurteils) hat der Beschwerdeführer zu Recht nicht gerügt. Hingegen bringt er vor, das Vorgehen des kantonalen Gerichts sei insoweit "offensichtlich haltlos", als es das bei der Eheschliessung vorhanden gewesene Guthaben gemäss den Auskünften festgesetzt habe, welche die frühere Vorsorgeeinrichtung der Beschwerdegegnerin erteilt habe, obwohl blossen Informationen zuhanden einer "interessengetriebenen Partei" kein Beweischarakter zukomme.
Soweit der Beschwerdeführer damit unterstellt, der angefochtene Entscheid sei bundesrechtswidrig, dringt er nicht durch. Zunächst hat das kantonale Gericht mit in allen Teilen überzeugender Begründung, auf die verwiesen wird, zu Recht erwogen, das (aufgezinste) Kapital bei Eheschliessung sei nicht mittels Hilfsberechnung nach Art. 22a Abs. 1 FZG, sondern gestützt auf die verfügbaren konkreten Zahlen festzusetzen. Nicht stichhaltig sind auch die Argumente gegen die Beweistauglichkeit der Bescheinigung über das zum Zeitpunkt der Heirat vorhanden gewesene Vorsorgeguthaben. Davon abgesehen, dass nicht die Beschwerdegegnerin, sondern der Beschwerdeführer selbst telefonisch bei der Pensionskasse X._ um Auskunft über die Freizügigkeitsleistung bei Eheschliessung ersucht hatte, wie aus dem Schreiben der Pensionskasse X._ vom 9. November 2004 zweifelsfrei hervorgeht, ist in keiner Weise zu beanstanden, dass die Vorinstanz das bei der Heirat vorhanden gewesene Freizügigkeitsguthaben bzw. dessen Aufzinsung bis zur Ehescheidung gestützt auf die Berechnung der Winterthur-Columna (Schreiben vom 28. Januar 2008) festgesetzt hat. Die darin enthaltenen Angaben sind nachvollziehbar, zumal die Vorsorgeeinrichtung die massgeblichen (technischen) Zinssätze sowie deren jeweilige Gültigkeitsdauer im Einzelnen auflistet. Demgegenüber hat der Beschwerdeführer seine Behauptung - trotz entsprechender Aufforderung durch das kantonale Gericht - nicht belegen können, sein Guthaben bei Eheschliessung sei wesentlich höher gewesen. Das im angefochtenen Entscheid auf Fr. 256'797.40 festgesetzte zu teilende Kapital (Fr. 359'040.20 [bei der Winterthur-Columna Stiftung per 19. Januar 2007 vorhandenes Kapital] ./. Fr. 102'242.80 [aufgezinster Betrag des bei Eheschliessung vorhandenen Kapitals von Fr. 67'161]) ist somit bundesrechtskonform ermittelt worden.
3.2 Unbegründet ist der bereits vorinstanzlich erhobene und im bundesgerichtlichen Verfahren wiederholte Einwand, die Invalidität sei schon vor der Ehescheidung eingetreten. Zum einen hat das Bundesgericht mit Urteil 9C_229/2007 vom 28. August 2007 erkannt, dass bis zum Erlass des Einspracheentscheides vom 29. Mai 2006 keine anspruchsbegründende Invalidität vorgelegen hatte. Zum anderen belegt der Versicherte eine gesundheitliche Verschlechterung bis zum Eintritt der Rechtskraft des Scheidungsurteiles (19. Januar 2007) in keiner Weise und auch den Akten lässt sich nichts entnehmen, was seine Behauptung stützen würde. Fehl geht schliesslich der Einwand, es liege keine gültige Durchführbarkeitserklärung vor, nachdem die Winterthur-Columna am 28. Januar 2008 eine solche zuhanden der Vorinstanz abgegeben hatte mit dem einzigen - nach dem Gesagten hinfälligen - Vorbehalt, dass der Vorsorgefall ohne ihr Wissen bereits eingetreten sei oder bis zur Rechtskraft des Scheidungsurteils eintreten würde.
4. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a) ohne Durchführung des Schriftenwechsels und unter Auferlegung der Gerichtskosten auf den unterlegenen Beschwerdeführer (Art. 66 Abs. 1 BGG) erledigt wird.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle