Faits:
A. X._ (ci-après: l'intéressé) exerce la profession de peintre en bâtiment à titre indépendant. Le 27 août 2004, il a été sommé de déposer sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2003. Le 12 novembre 2004, hors délai, l'intéressé a déposé sa déclaration d'impôt, comportant pour unique annotation un revenu de 14'652 fr. Le 6 janvier 2005, l'Office d'impôt du district d'Echallens l'a invité à compléter sa déclaration. Le 13 juillet 2005, un ultime délai au 26 juillet 2005 lui a été imparti à cet effet sans quoi il serait taxé d'office. Ce courrier précisait qu'une réclamation pourrait être déposée contre la taxation d'office uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte.
Par décision de taxation d'office et de prononcé d'amende du 17 août 2005, l'Office d'impôt a arrêté le revenu imposable de X._ à 85'700 fr. pour l'impôt fédéral, à 86'100 fr. au taux de 86'100 fr. pour l'impôt cantonal et communal et la fortune à 250'000 fr. et lui a infligé une amende de 100 fr. de droit fédéral et une autre de 200 fr. de droit cantonal. Le 19 août 2005, l'intéressé a déposé une réclamation, expliquant qu'il ne pouvait renseigner le fisc en raison d'une panne d'ordinateur.
Par décision du 19 avril 2007, l'Administration cantonale des impôts a déclaré irrecevable la réclamation du 19 août 2005. Le 2 mai 2007, l'intéressé a interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud.
B. Par arrêt du 29 novembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Comme l'intéressé n'avait fourni aucun renseignement sur sa situation fiscale, l'Administration cantonale des impôts devait déclarer irrecevable la réclamation déposée le 19 août 2005. Comme il n'avait en outre pas respecté l'injonction de déposer sa déclaration dans les délais impartis, l'Administration cantonale des impôts pouvait également prononcer des amendes de droit fédéral et cantonal, dont la quotité était au demeurant très modérée.
C. Par courrier du 11 décembre 2007, X._ demande au Tribunal fédéral, au moins implicitement, d'annuler l'arrêt rendu le 29 novembre 2007 par le Tribunal administratif. A l'appui de son recours, il expose avoir perdu ses comptes lors d'une panne d'ordinateur et être handicapé, ce qui démontrerait qu'il ne pouvait avoir obtenu un revenu imposable aussi élevé que celui sur lequel il était taxé.
Le Tribunal administratif a déposé le dossier de la cause.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF).
1.1 Le Tribunal administratif a rendu un seul arrêt pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal sans distinguer ni dans le dispositif ni dans la motivation les deux impôts, en contradiction avec la jurisprudence qui impose à la dernière instance cantonale cette distinction (ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511), quand bien même les deux impôts sont traités dans le même arrêt. Il y a lieu d'en tenir compte pour juger de la recevabilité du recours, qui ne distingue pas non plus les deux impôts.
1.2 Le recourant s'oppose à l'arrêt rendu le 29 novembre 2007 par le Tribunal administratif parce que l'Office d'impôt du district d'Echallens n'a effectué aucune recherche sur sa situation et a ainsi méconnu son handicap. Il est douteux que son acte satisfasse encore les exigences en matière de conclusion et de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF. La question peut demeurer ouverte car le recours est de toute manière mal fondé.
1.3 Déposé en temps utile par le destinataire de la décision attaquée (art. 89 al. 1 LTF) contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut pas être attaquée devant le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre d LTF; art. 33 lettre i LTAF), le présent recours est en principe recevable pour violation du droit fédéral (cf. art. 95 lettre a LTF) en matière tant d'impôt fédéral direct que d'impôt cantonal et communal (art. 73 de la loi fédéral du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation fiscale des cantons et des communes [LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14]).
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 En vertu de l'art. 130 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires. Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l'évolution de fortune et le train de vie du contribuable (art. 130 al. 2 LIFD).
A teneur de l'art. 132 al. 3 LIFD, le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve. L'obligation de motiver la réclamation contre une taxation d'office est une exigence formelle dont la violation entraîne l'irrecevabilité de la réclamation (ATF 123 II 552 consid. 4c p. 557). Par la voie de la réclamation, le contribuable taxé d'office peut contester la réalisation des conditions d'une taxation d'office ainsi que le montant des éléments imposables, pour autant qu'il prouve le caractère manifestement inexact de la taxation. Cela signifie que le contribuable doit se prêter d'entrée de cause à la collaboration qu'il a négligée jusqu'ici, notamment remettre sa déclaration d'impôt et d'autres documents, ainsi que communiquer tous les renseignements utiles à sa taxation (FF 1983 III 1 ss, 221; RDAF 2000 2 41 consid. 2b p. 43; ATF 123 II 552 consid. 4c p. 557; Archives 67 p. 409 consid. 3a p. 413). Il ne peut se borner à contester certains postes seulement, car cela ne suffit pas à établir que la taxation dans son ensemble serait manifestement inexacte.
Lorsque l'autorité de taxation n'est pas entrée en matière sur la réclamation, le Tribunal administratif - qui a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD) - doit d'abord examiner si les conditions formelles de recevabilité de la réclamation (forme écrite, délai, motivation, moyen de preuve, etc.) étaient, ou non, remplies. A cet égard, il doit uniquement examiner si l'autorité de réclamation a admis à bon droit que le réclamant n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la taxation. Si tel est le cas, il doit rejeter le recours déposé devant elle sans examiner lui-même le détail de la taxation. Si l'autorité de taxation n'est pas entrée en matière à tort sur la réclamation, l'autorité de recours peut alors, soit lui renvoyer la cause pour nouvelle décision, le cas échéant avec des instructions, soit procéder elle-même à une nouvelle taxation (art. 143 LIFD).
2.2 En l'espèce, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a confirmé l'irrecevabilité de la réclamation du recourant, qui ne contenait ni déclaration d'impôt complète ni autres renseignements utiles à sa taxation. Pour le surplus, c'est en vain que le recourant expose que son ordinateur est tombé en panne, puisque la procédure de la taxation d'office est précisément ouverte lorsque, comme en l'espèce, les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue.
3. 3.1 D'après l'art. 174 al. 1 LIFD, sera puni d'une amende celui qui, malgré sommation, enfreint intentionnellement ou par négligence une obligation qui lui incombe en vertu de la présente loi ou d'une mesure prise en application de celle-ci, notamment en ne déposant pas une déclaration d'impôt ou les annexes qui doivent l'accompagner. L'amende est de 1000 francs au plus; elle est de 10'000 francs au plus dans les cas graves ou en cas de récidive (art. 174 al. 2 LIFD).
3.2 En l'espèce, le recourant a été dûment sommé de déposer sa déclaration d'impôt et de fournir des renseignements supplémentaires, ce qu'il n'a pas fait. L'amende de 100 fr. est par conséquent justifiée.
II. Impôt cantonal et communal
4. Conformément à l'art. 46 al. 3 LHID et dans les mêmes termes que l'art. 130 al. 2 LIFD, l'art. 180 al. 2 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSVD 642.11) prévoit que l'autorité de taxation effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l'évolution de fortune et le train de vie du contribuable.
Dans les mêmes termes que les art. 48 al. 2 et 3 LHID et 132 al. 3 LIFD, l'art. 186 al. 2 LI/VD prévoit que le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre la taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer les moyens de preuve.
Enfin les art. 55 LHID et 241 LI/VD, comme l'art. 174 LIFD, punit la violation des obligations de procédure d'une amende de 1'000 fr. au plus.
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonal et communal de la période fiscale 2003.
Par conséquent en confirmant l'irrecevabilité de la réclamation déposée par le recourant ainsi que le prononcé d'amende de 200 fr. de droit cantonal, le Tribunal administratif n'a pas violé le droit cantonal harmonisé.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. Il l'est également en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). II n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
3. Un émolument judiciaire de 1'500 fr. est mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 20 février 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey