Fatti:
A. Il 24 ottobre 2002 A._, quale amministratore unico della C._SA, e B._ hanno sottoscritto due atti notarili concernenti due compra-vendite immobiliari. Per quanto qui interessa, la C._SA ha poi notificato a B._ un precetto esecutivo per il saldo del prezzo. Nell'ambito del rigetto provvisorio dell'opposizione, quest'ultimo ha affermato che il prezzo di un terreno realmente pattuito tra le parti era di un milione di franchi e non di fr. 500'000.-- come risulta dal rogito: il pretore ha segnalato al Ministero pubblico del Cantone Ticino il sospetto dell'ipotesi di reato di conseguimento fraudolento di una falsa attestazione.
B. Il 22 novembre 2005 B._ ha segnalato al MP che nella decisione di promozione dell'accusa nei confronti di A._ non era stato indicato il reato di truffa processuale menzionato nei verbali d'interrogatorio. Il 28 agosto 2008 il Procuratore pubblico (PP) ha decretato l'abbandono nei confronti di B._ e A._ per titolo di conseguimento fraudolento di una falsa attestazione: ha pure decretato il non luogo a procedere, non ritenendo adempiuto il presupposto oggettivo dell'inganno, relativamente alla segnalazione fatta da B._ per il titolo di truffa processuale.
C. Con istanza dell'8 settembre 2008, B._ ha chiesto alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) di promuovere l'accusa per titolo di truffa nei confronti di A._. Mediante giudizio del 18 dicembre 2008, la CRP ha accolto l'istanza, decidendo che nei confronti di A._ è promossa l'accusa per titolo di truffa processuale, affidando l'istruzione del processo a un altro PP. Considerato questo esito, la Corte cantonale ha altresì deciso di sospendere il procedimento relativo alla proposta di accusa presentata da B._ contro il decreto di abbandono per titolo di conseguimento fraudolento di una falsa attestazione fino a quando l'altro procedimento non sarà sfociato in una decisione da parte del nuovo PP.
D. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di confermare il decreto di non luogo a procedere.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 IV 36 consid. 1).
1.2 La decisione impugnata non pone fine al procedimento penale e costituisce pertanto una decisione incidentale. I ricorsi in materia penale (al riguardo vedi DTF 133 IV 335 consid. 2) contro decisioni incidentali sono ammissibili soltanto a determinate condizioni (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'art. 93 cpv. 1 LTF). La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. a e lett. b n. 1 LTF) e il ricorso tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF).
1.3 Con scritto del 15 febbraio 2009 il ricorrente ha chiesto di poter completare l'argomentazione in merito all'ammissibilità del ricorso riguardo all'art. 93 cpv. 2 (recte: 1) lett. b LTF. L'istanza, introdotta dopo la scadenza del termine di ricorso, tardiva, è manifestamente irricevibile.
2. 2.1 Secondo l'art. 93 cpv. 1 LTF, contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente, che non rientrano nella fattispecie dell'art. 92 LTF, il ricorso è ammissibile soltanto se esse possono causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del gravame comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b).
2.2 Il ricorrente si limita a richiamare quest'ultima condizione, che riprende la disciplina prevista dal previgente art. 50 cpv. 1 OG: il Tribunale federale esamina liberamente l'adempimento di questi presupposti (messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 3890 in alto n. 4.1.4.1; DTF 134 II 142 consid. 1.2.3; 133 II 409 consid. 1.2). Ora, se dalla decisione impugnata o dalla natura della causa è manifesto che il proseguimento della procedura esigerà un lasso di tempo considerevole e implicherà spese significative, si può rinunciare a una lunga dimostrazione dell'assolvimento della citata condizione d'ammissibilità. Per contro, se, come nella fattispecie, ciò non è il caso, la parte ricorrente deve indicare in maniera dettagliata quali questioni di fatto sono ancora litigiose e quali sarebbero le prove dispendiose e costose che dovrebbero ancora essere assunte (DTF 133 III 629 consid. 2.4.2). Il Tribunale federale ha sottolineato che in ambito penale l'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF dev'essere interpretato in maniera ancora più restrittiva, poiché altrimenti occorrerebbe riconoscere l'ammissibilità di ricorsi diretti contro le differenti decisioni prese nel corso della procedura, in particolare la promozione d'accusa o il rinvio a giudizio, decisioni che secondo la prassi non possono essere impugnate immediatamente (DTF 133 IV 288 consid. 3.2, 139 consid. 4 pag. 141). Ciò si giustifica, a maggior ragione, ritenuto che le parti non subiscono alcun pregiudizio quando non impugnano immediatamente decisioni pregiudiziali e incidentali, potendole contestare con un ricorso contro la decisione finale (art. 93 cpv. 3 LTF).
2.3 Il ricorrente non si esprime del tutto su questa giurisprudenza, limitandosi a richiamare il testo dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF, senza tuttavia minimamente indicare in che cosa consisterebbe in concreto la procedura probatoria defatigante o dispendiosa. Dalla decisione impugnata risulta del resto ch'essa potrebbe limitarsi a due interrogatori di confronto.
Anche nel merito egli sostiene unicamente che l'ipotesi accusatoria di truffa processuale presupporrebbe l'accertamento di seri indizi di un inganno astuto e di un danno patrimoniale, requisiti al suo dire non adempiuti nel caso di specie. Aggiunge che la criticata decisione, fondata su un'asserita valutazione arbitraria delle prove e segnatamente dei prezzi accertati, violerebbe quindi l'art. 146 CP. Egli non tenta tuttavia di rendere per lo meno verosimile quali eventuali costosi mezzi di prova dovrebbero ancora essere assunti o perché il nuovo PP, dopo l'esame dell'incarto e l'eventuale interrogatorio delle parti o di testimoni, non potrebbe concludere rapidamente l'istruzione della causa. Il ricorso è quindi inammissibile (DTF 133 IV 288 consid. 3.3; 133 III 629 consid. 2.4.2 pag. 634 in alto.
2.4 Si può rilevare infine, per completezza, che nella fattispecie neppure è adempiuta la condizione, da interpretare restrittivamente in materia penale, dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, che riprende in questo campo la regola dell'art. 87 cpv. 2 OG (DTF 134 IV 43 consid. 2.1; 133 IV 288 consid. 3.1-3.3), fondata su motivi di economia processuale e tendente a evitare che il Tribunale federale debba occuparsi più volte della medesima procedura (DTF 133 IV 139 consid. 4). Secondo la citata giurisprudenza, un pregiudizio è irreparabile quando è suscettibile di provocare un danno di natura giuridica che nemmeno una decisione favorevole nel merito permetterebbe di eliminare completamente, segnatamente con il giudizio finale: semplici pregiudizi di fatto, come il prolungamento della procedura o un suo conseguente maggior costo, nocumenti peraltro non invocati dal ricorrente, non rappresentano un siffatto danno (DTF 131 I 57 consid. 1 pag. 59). La promozione dell'accusa e un'eventuale decisione di rinvio a giudizio, come in generale il fatto di dover subire un procedimento penale, non possono quindi essere impugnate immediatamente, poiché i danni che ne derivano non rappresentano di massima pregiudizi irreparabili di natura giuridica (DTF 133 IV 288 consid. 3.2 e rinvii).
3. 3.1 Il ricorrente accenna inoltre al fatto che la decisione di sospendere il procedimento relativo alla proposta di accusa presentata da B._, contro il decreto di abbandono per titolo di ottenimento fraudolento di una falsa attestazione, sarebbe incomprensibile, visto che il reato previsto dall'art. 253 CP è perseguito d'ufficio: al suo dire, gli stessi indizi a suo carico dovrebbero pesare anche sulla posizione processuale di B._.
3.2 La critica, che non adempie manifestamente le esigenze di motivazione dell'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1; 133 IV 286 consid. 1.4) è inammissibile. Del resto, quando un ricorso è diretto contro un decreto di sospensione della procedura e il ricorrente non invochi, come nella fattispecie, una violazione del principio della celerità (diniego di giustizia formale o rifiuto di decidere), ma la violazione di altre garanzie costituzionali in relazione con l'applicazione del diritto di procedura penale, dev'essere adempiuta la condizione di ammissibilità dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, vale a dire la possibilità di causare un pregiudizio irreparabile (DTF 134 IV 43 consid. 2), requisito, come si è visto, che non è adempiuto in concreto.
4. Ne segue che il ricorso è inammissibile. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.