Sachverhalt:
A. Aufgrund einer öffentlichen Ausschreibung für die Grundbuchvermessung Los 1 der Gemeinde A._ (Beschwerdegegnerin), unterbreitete die X._ AG (Beschwerdeführerin), ein anerkanntes Ingenieur- und Geometerbüro, am 22. April 1998 eine drei Teile umfassende Eingabe mit Offertsummen von Fr. 87'595.-- für die Vermarkung (Teil A), bzw. Fr. 73'529.-- für die Ersterhebung (Teil B) und mit einer Kostenschätzung der Regiearbeiten auf netto Fr. 8'321.50 für die öffentliche Auflage und Einspracheerledigung nach der Grenzfeststellung (Teil C). Dass Teil C nach Aufwand entschädigt werden sollte, begründete die Beschwerdeführerin durch einen Vermerk auf den Submissionsunterlagen damit, dass die Kosten für die Arbeiten zur Erledigung der Einsprachen bei der öffentlichen Auflage der Grenzfeststellung und der Ersterhebung nur schwer abzuschätzen seien. Die Kostenschätzung diene der Ausarbeitung eines Kostenvoranschlages unter Abschätzung der Restkosten zu Lasten der Gemeinde.
B. Am 17. Dezember 1998 schloss die Beschwerdegegnerin einen Werkvertrag mit der Beschwerdeführerin über die ausgeschriebenen Arbeiten, gemäss welchem die Honorierung gemäss der Offerte vom 22. April 1998 erfolgen sollte. Vertragsbestandteil bildeten ferner die allgemeinen Vertragsbedingungen (AVB), nach deren Ziffer 7 insbesondere ausserordentliche Akkord- und Regiearbeiten der vorgängigen Zustimmungen des kantonalen Vermessungsamtes bedürfen und von der eidgenössischen Vermessungsdirektion genehmigt werden müssen. Gemäss Pflichtenheft, auf welches der Vertrag verweist, gehen die Regiearbeiten zu Lasten der Gemeinde und erfolgen nach schriftlicher Zustimmung der Dienststelle, welche vor Inangriffnahme der Arbeiten einzuholen ist.
C. Die Rechnung für Teil A und B ergab ein Guthaben von Fr. 14'058.50 zu Gunsten der Beschwerdegegnerin, das bei der Schlussabrechnung zu berücksichtigen ist, und blieb unumstritten, ebenso wie der für die Aufwendungen für die öffentliche Auflage und Vermarkung in Rechnung gestellte Betrag von Fr. 4'805.75. Für die Einspracheerledigungen gegen die Vermarkung stellte die Beschwerdeführerin für das Jahr 2000 Regiearbeiten im Betrage von Fr. 41'755.95 und für das Jahr 2001 Fr. 17'618.95 in Rechnung sowie Fr. 12'940.-- für Parzellenzusammenlegungen. Insgesamt ergab sich für die öffentliche Auflage und Vermarkung folgende Abrechnung:
Kosten der öffentlichen Auflage (Vermarkung) Fr. 4'805.75
Einspracheerledigung (Vermarkung) 2000 Fr. 41'755.95
Einspracheerledigung (Vermarkung) 2001 Fr. 17'618.95
Zwischentotal 1 Fr. 64'180.65
zuzüglich Kosten Parzellenzusammenlegung Fr. 12'940.00
Zwischentotal 2 Fr. 77'120.65
abzüglich Guthaben Gemeinde aus Akonto-
zahlungen Fr. 14'058.50
Total Fr. 63'062.15
Die Beschwerdegegnerin hat den zuletzt genannten Betrag von Fr. 63'062.15 der Beschwerdeführerin am 11. August 2004 überwiesen.
D. Mit Klage vom 11. Juni 2007 verlangte die Beschwerdegegnerin von der Beschwerdeführerin die Rückerstattung von Fr. 53'864.65 nebst Zins. Diesen Betrag bezifferte die Beschwerdegegnerin in ihrem Schlussbegehren auf Fr. 54'740.65 nebst 5 % Zins seit 11. August 2004. Mit Urteil vom 19. November 2010 verpflichtete das Kantonsgericht des Kantons Wallis die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin Fr. 37'501.25 nebst 5 % Zins seit dem 13. Juni 2007 zu bezahlen. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung dieses Entscheides und die vollumfängliche Abweisung der Klage. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des angefochtenen Urteils. Die Vorinstanz stellt in ihrer Vernehmlassung keinen expliziten Antrag. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Stellungnahme zu den Vernehmlassungen eingereicht. Das Bundesgericht hat die Angelegenheit an einer öffentlichen Sitzung beraten.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 135 III 397 E. 1.4 S. 400). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53). Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung ist die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b aOG (vgl. dazu BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 261 f.) weiterzuführen (BGE 133 III 393 E. 6 S. 397; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
1.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 135 III 127 E. 1.5 S. 130, 397 E. 1.5 S. 401; 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252).
1.2 Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 462 E. 2.4 S. 466 f.).
1.3 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 136 III 123 E. 4.4.3 S. 129 mit Hinweisen), was in der Beschwerde ebenfalls näher darzulegen ist (BGE 134 V 223 E. 2.2.1 S. 226; 133 III 393 E. 3 S. 395).
2. Nach dem angefochtenen Urteil erfolgte die Abrechnung über Teil A und B einvernehmlich. Daraus resultiert unstreitig ein Guthaben der Beschwerdegegnerin von Fr. 14'058.50. Hingegen ist die Beschwerdegegnerin der Ansicht, für Teil C des Werkvertrages nicht den von der Beschwerdeführerin dafür geforderten Betrag von insgesamt Fr. 64'180.60, sondern lediglich Fr. 8'321.50 gemäss Kostenschätzung zu schulden. Die Vorinstanz erblickte in der Angabe dieses Betrages in der Offerte mit Rücksicht auf den Wortlaut der Submissionsunterlagen und die Erklärungen der Parteien einen unverbindlichen Kostenvoranschlag des Unternehmers, welcher Auskunft gibt über den mutmasslichen Preis dieses Werks. Es handle sich um einen unverbindlichen Richtpreis im Sinne einer Preisschätzung, eine Prognose über den voraussichtlichen Preis. Der Werkpreis sei somit "gar nicht bestimmt" (Art. 374 Abs. 1 OR). Mit Rücksicht auf den Orientierungszweck dieser Preisschätzung, der auf die Willensbildung des Bestellers abziele, werde dieser "ungefähre Kostenansatz" aber zur Geschäftsgrundlage im Sinne von Art. 375 OR, wenn der Besteller den Vertrag in Kenntnis des Voranschlages abschliesse. Diesfalls schütze Art. 375 OR das Vertrauen des Bestellers in einen ungefähren Kostenansatz und gewähre ihm die in Art. 375 Abs. 1 und 2 OR erwähnten Rechtsbehelfe, wenn der Kostenansatz ohne sein Zutun unverhältnismässig überschritten werde.
2.1 Auf dieser Rechtsgrundlage erachtete die Vorinstanz den ungefähren Kostenansatz für die Regiearbeiten gemäss Teil C des Werkvertrages von Fr. 8'321.50 mit dem schliesslich dafür in Rechnung gestellten Betrag von Fr. 64'180.60 als unverhältnismässig überschritten und die Beschwerdegegnerin demgemäss für berechtigt, nach Art. 375 Abs. 2 OR eine angemessene Herabsetzung des Lohnes zu verlangen. Darüber hinaus stellte die Vorinstanz fest, die Beschwerdeführerin habe aus Unsorgfalt den Kostenansatz zu niedrig angesetzt und Arbeiten in den Teilgebieten A und B eher auf das strikte Minimum beschränkt, um dann wenigstens bei den Spezialarbeiten (Teil C) korrekt bezahlt zu werden. Darin erblickte die Vorinstanz ein besonderes Verschulden an der übermässigen Überschreitung.
2.2 Für die Ermittlung der geschuldeten Entschädigung sei grundsätzlich der Aufwand massgebend, welcher bei sorgfältigem Vorgehen des Unternehmers zur Werkausführung genügt hätte. Dafür sei die Beschwerdeführerin beweisbelastet. Sie habe jedoch weder vom Auftraggeber kontrollierte und unterzeichnete Regierapporte vorgelegt, noch nachgewiesen, dass eine vorgängige Zustimmung des kantonalen Vermessungsamtes für die ausserordentlichen Akkord- und Regiearbeiten vorgelegen habe noch dass diese durch die eidgenössische Vermessungsdirektion genehmigt worden wären. Dieses habe ausschliesslich den Stundenansatz, nicht aber den Aufwand kontrolliert. Da der Beschwerdegegnerin die Regierapporte nie vorgelegt worden seien, habe diese bis zur Rechnungstellung das Ausmass des Aufwandes nicht erkennen und diesen nicht kontrollieren und genehmigen können. Die entsprechenden Zusammenstellungen seien denn auch erst im Nachhinein erstellt worden.
2.3 In der Folge berechnete die Vorinstanz den angemessenen Aufwand wie folgt: Bei der Offertstellung sei die Beschwerdeführerin von höchstens 15 bis 20 Einsprachen ausgegangen. Schliesslich seien jedoch 46 Einsprachen eingegangen, welche die Beschwerdeführerin bearbeitet habe. Wenn sie für 15 bis 20 Einsprachen einen Betrag von Fr. 8'321.50 als angemessen betrachte, ergebe sich unter der Annahme eines Mittelwertes von 17.5 Einsprachen für 46 tatsächlich erhobene Einsprachen ein Betrag von Fr. 21'873.65. Zuzüglich schulde die Beschwerdegegnerin die unbestrittenen Kosten der Parzellenzusammenlegung von Fr. 12'940.-- und der öffentlichen Auflage von Fr. 4'805.75, insgesamt Fr. 39'619.40. Dies führte die Vorinstanz zu folgender Berechnung des Rückerstattungsanspruchs:
Zahlung Klägerin Fr. 63'062.15
Guthaben Akontozahlungen Fr. 14'058.50
Total: Fr. 77'120.65
abzüglich geschuldeter Betrag Fr. 39'619.40
Rückerstattungsanspruch Klägerin Fr. 37'501.25
3. Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, der Werklohn hätte nicht nach Art. 375 Abs. 2 OR, sondern gemäss Art. 374 OR nach dem Aufwand der Unternehmerin bestimmt werden müssen. Sie rügt eine falsche Anwendung von Art. 1 und Art. 18 OR und behauptet, die Vorinstanz habe den tatsächlich übereinstimmenden Willen der Parteien missachtet. Darüber hinaus wirft sie der Vorinstanz vor, in willkürlicher Beweiswürdigung zum Ergebnis gelangt zu sein, die Überschreitung der Kosten stamme aus dem Bereich der Unternehmerin und sei der Bestellerin nicht vorgängig angezeigt worden sowie dass die Unternehmerin den Kostenansatz aus Unsorgfalt zu tief festgelegt habe. In tatsächlicher Hinsicht beschränkt sich die Beschwerdeführerin indessen im Wesentlichen darauf, dem Bundesgericht ihre eigene Version des Sachverhalts zu unterbreiten, um gestützt darauf vom angefochtenen Entscheid abweichende rechtliche Schlüsse zu ziehen. Sie verweist zwar auf Akten, welche der Vorinstanz zur Verfügung gestanden haben. Sie zeigt aber nicht hinreichend auf, wo sie sich im kantonalen Verfahren prozesskonform auf diese Akten berufen hat, oder inwiefern die Vorinstanz gehalten war, die entsprechenden Akten von Amtes wegen zu berücksichtigen. Derartige appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil genügt den Begründungsanforderungen an eine Beschwerde in Zivilsachen offensichtlich nicht, so dass insoweit nicht auf die Beschwerde einzutreten ist (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 462 E. 2.4 S. 466 f.). Zu prüfen bleibt, ob die Vorinstanz das Bundesrecht korrekt auf den festgestellten Sachverhalt angewandt hat.
3.1 Wird ein ungefährer Kostenansatz, der subjektive Geschäftsgrundlage bildet, unverhältnismässig überschritten, so hat der Besteller bei Bauten, die auf seinem Grund errichtet werden, Anspruch auf angemessene Herabsetzung des nach Art. 374 OR bestimmten Werklohnes (Art. 375 Abs. 2 OR). Diese Regelung beruht auf dem Gedanken des Grundlagenirrtums (BGE 115 II 460 E. 3 S. 461 mit Hinweis). Durch die Ausübung des Gestaltungsrechts des Bestellers nach Art. 375 Abs. 2 OR kann der geschuldete Werkpreis angemessen herabgesetzt werden. Lehre und Rechtsprechung nehmen bei der Anwendung von Art. 375 Abs. 2 OR als Faustregel eine Toleranzgrenze von 10 % an, in welchem Umfange die Überschreitung eines ungefähren Kostenansatzes noch nicht als übermässig erscheine. Im Normalfall wird sodann der Werkpreis gemäss Art. 374 OR um die Hälfte der Summe, welche diese Toleranzgrenze übersteigt, herabgesetzt. Ein mathematisch starrer Schematismus ist allerdings abzulehnen, andernfalls dem Gebot von Art. 4 ZGB, nach Recht und Billigkeit zu entscheiden, nicht mehr entsprochen würde. Massgebend bleiben somit stets die Umstände des Einzelfalls (BGE 115 II 460 E. 3b S. 462 mit Hinweisen).
3.2 Die Beschwerdeführerin argumentiert, die Vorinstanz habe zu Recht festgestellt, der Werklohn sei mit Bezug auf Teil C der offerierten Arbeiten gar nicht bestimmt worden. Sie macht unter Hinweis auf die Literatur (BÜHLER, Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 1998 N. 9 f. zu Art. 374 OR) geltend, während der Kostenansatz in Art. 375 OR die Bedeutung eines für den Unternehmer verbindlichen Richtpreises habe, der grundsätzlich nicht unverhältnismässig überschritten werden dürfe, stelle die ungefähre Preisbestimmung in Art. 374 OR lediglich einen grundsätzlich unverbindlichen Kostenvoranschlag, eine unverbindliche Schätzung der voraussichtlichen Kosten dar.
3.2.1 Das Verhältnis zwischen Art. 374 und Art. 375 OR wird in der Literatur kontrovers beurteilt (CHAIX, in: Commentaire romand, Code des obligations, Bd. I, 2003, N. 6 zu Art. 374; ZINDEL/PULVER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. I, 4. Aufl. 2007, N. 3 ff. zu Art. 374 OR; BÜHLER, a.a.O., N. 9 f. zu Art. 374 OR). Zwar wird die Auffassung vertreten, der blossen ungefähren Schätzung komme ausser bezüglich einer vorvertraglichen Haftung keinerlei rechtliche Bedeutung zu, während es sich beim Kostenansatz nach Art. 375 OR im Vergleich dazu um eine weitere Stufe handle, welche die Parteien vereinbaren müssten (BÜHLER, a.a.O., N. 6 zu Art. 375 OR). An derselben Stelle lässt der Autor aber für die Annahme eines Richtpreises nach Art. 56 Abs. 1 SIA-Norm 118 die Angabe der voraussichtlichen Gesamtkosten im Sinne eines unverbindlichen Kostenvoranschlages als ungefähren Ansatz im Sinne von Art. 375 OR genügen (BÜHLER, a.a.O., N. 6 zu Art. 375 OR). Mit Blick auf den Grundgedanken der Irrtumsregelung ist für die Anwendung von Art. 375 OR vorauszusetzen und muss aber auch genügen, dass die Kostenschätzung für den Besteller Geschäftsgrundlage bildete und nach Treu und Glauben im Geschäftsverkehr bilden durfte (vgl. BGE 115 II 460 E. 3 S. 461). Die Anwendbarkeit von Art. 375 OR wird in der Lehre denn auch bei Vereinbarung einer Entlöhnung nach Art. 374 OR befürwortet, sofern ein unverbindlicher Kostenvoranschlag zur Information des Bestellers erfolgte (GAUCH, Der Werkvertrag, 4. Aufl. 1996, S. 264 Rz. 936 f.; ZINDEL/PULVER, a.a.O., N. 5 zu Art. 374 OR).
3.2.2 Die Beschwerdeführerin hat auch für die Arbeiten gemäss Teil C eine Preisschätzung abgegeben. Sie hat auf die Schwierigkeiten der Abschätzung der notwendigen Arbeiten hingewiesen. Gleichzeitig hielt sie aber fest, die Kostenschätzung diene der Ausarbeitung eines Kostenvoranschlages und der Abschätzung der Restkosten zu Lasten der Gemeinde. Sie musste daher damit rechnen, dass der Beschwerdegegnerin die Kostenschätzung als Entscheidgrundlage dienen würde. Insoweit sind die Voraussetzungen für die Anwendung von Art. 375 OR gegeben. Es geht bei der von der Beschwerdeführerin erbrachten Leistungen zwar nicht um eigentliche Bauten, die auf dem Grund der Beschwerdegegnerin errichtet werden (Art. 375 Abs. 2 OR). Die Arbeiten erfolgen aber im Zusammenhang mit der Vermarkung und Ersterhebung einer Landfläche beziehungsweise der danach zu behandelnden Einsprachen, womit eine analoge Anwendung von Art. 375 Abs. 2 OR gerechtfertigt erscheint. Es ist allerdings fraglich, inwieweit das gemäss Teil C geschuldete Behandeln von Einsprachen überhaupt den Bestimmungen zum Werkvertrag untersteht. Der von der Vorinstanz für die Qualifikation des gesamten Vertrages als Werkvertrag zitierte BGE 109 II 34 ist nur mit Bezug auf die Leistungen nach Teil A und B einschlägig. Den tatsächlichen Feststellungen ist nicht zu entnehmen, welche Arbeiten die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit den Einsprachen zu leisten hatte und ob diesen Werkcharakter zukam. Da die Qualifikation als Werkvertrag aber von keiner Partei substanziiert in Abrede gestellt wird, ist der angefochtene Entscheid in diesem Punkt nicht weiter zu überprüfen. In der Anwendung von Art. 375 Abs. 2 OR liegt mithin entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin keine Bundesrechtsverletzung.
3.3 Für die Herabsetzung beruft sich die Vorinstanz zwar auf Art. 375 Abs. 2 OR und zitiert die dazu ergangene Rechtsprechung. Sie hat die Herabsetzung aber nicht nach den zu Art. 375 Abs. 2 OR von Lehre und Rechtsprechung entwickelten Grundsätzen vorgenommen, sondern im Ergebnis gestützt auf den Kostenvoranschlag einen Pauschalpreis pro Einsprache errechnet. Diesbezüglich haben die Parteien indessen ausdrücklich die Entlöhnung nach dem Aufwand vereinbart. Selbst wenn die Kostenschätzung zu tief ausgefallen sein sollte, führt dies nicht dazu, dass statt der vereinbarten Entlöhnung nach Aufwand plötzlich eine Pauschale pro Einsprache geschuldet wäre (vgl. GAUCH, a.a.O., S. 272 Rz. 966 f.). Grundlage der Preisfestsetzung bleibt vielmehr der für die Erledigung der Einsprachen bei sorgfältigem Vorgehen objektiv notwendige Aufwand (vgl. BGE 96 II 58 E. 1 S. 61), für welchen die Beschwerdeführerin die Beweislast trägt (vgl. GAUCH, a.a.O., S. 286 Rz. 1019 ff.). Nur soweit der Beschwerdeführerin der Nachweis gelungen ist, dass der notwendige Aufwand den in der Kostenschätzung veranschlagten wesentlich überschreitet, stellt sich die Frage, inwieweit dies zu einer Kürzung des Werklohnes führt. Beim Nachweis des Aufwands ist zu beachten, dass entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin eine natürliche Vermutung dafür, dass die in einem Rapport enthaltenen Angaben über den Aufwand des Unternehmers richtig sind, lediglich für den durch den Besteller oder dessen Vertreter unterzeichneten Rapport gilt (GAUCH, a.a.O., S. 286 f. Rz. 1020 mit Hinweisen).
3.4 Mit Bezug auf den Umfang der Kostenüberschreitung ist zunächst abzuklären, ob für die Kostenüberschreitung ausserordentliche Umstände verantwortlich sind, die nicht vorausgesehen werden konnten oder nach den von beiden Parteien angenommenen Voraussetzungen ausgeschlossen waren. Falls nämlich gestützt auf diese Umstände selbst bei einem Festpreis nach Art. 373 Abs. 2 OR eine Anpassung des Werklohnes zulässig wäre, muss der Besteller analog eine entsprechende Überschreitung des Kostenvoranschlages dulden (BÜHLER, a.a.O., N. 27 zu Art. 375 OR; CHAIX, a.a.O., N. 15 zu Art. 375 OR). Im Übrigen ist zur Beurteilung der Frage, ab welchem Mass der Überschreitung eine Herabsetzung des Werklohnes verlangt werden kann, massgebend, inwieweit der Besteller auf die Kostenschätzung vertrauen durfte. Erkennt er die Ungenauigkeit der Schätzung, muss er sich höhere Abweichungen gefallen lassen (BGE 115 II 460 E. 3 b und c; GAUCH, a.a.O., S. 277 Rz. 985).
3.5 Der Gesamtaufwand, der in die Kostenschätzung aufzunehmen war, wird im Wesentlichen durch zwei Parameter bestimmt, nämlich den pro Einsprache mutmasslich erforderlichen Aufwand und die Anzahl der voraussichtlich eingehenden Einsprachen. Die objektive Kostenüberschreitung ist nach dem angefochtenen Entscheid einerseits darauf zurückzuführen, dass die Beschwerdeführerin einen zu niedrigen Aufwand pro Einsprache angenommen hat. Andererseits ging die Beschwerdeführerin von 15 - 20 Einsprachen aus, während in der Tat 46 zu behandeln waren.
3.5.1 Mit wie viel Aufwand die Bearbeitung einer Beschwerde durchschnittlich verbunden ist, kann der Unternehmer aus eigener Erfahrung abschätzen. Die Beschwerdegegnerin durfte davon ausgehen, die Beschwerdeführerin könne beurteilen, wie viel Aufwand die Behandlung der Einsprachen ungefähr verursacht.
3.5.2 Auch mit Bezug auf die Anzahl der zu erwartenden Einsprachen konnte die Beschwerdegegnerin davon ausgehen, der Kostenschätzung liege eine angesichts der konkreten Umstände vernünftige Prognose zugrunde. Die Beschwerdegegnerin musste sich aber bewusst sein, dass die Unternehmerin in der Regel weder Einfluss darauf hat, ob tatsächlich Einsprache erhoben wird, noch abschätzen kann, wie einsprachefreudig die vom Projekt betroffenen Personen sind. Sie konnte mithin nicht darauf vertrauen, dass tatsächlich nur eine dem Durchschnitt entsprechende Anzahl an Einsprachen erfolgen würde. Dies fällt nicht in den Risikobereich des Unternehmers. Sofern die Anzahl der Beschwerden unvorhergesehen den objektiv zu erwartenden Durchschnitt übersteigt, muss die Beschwerdegegnerin, falls nicht ohnehin Art. 373 Abs. 2 OR analog zur Anwendung kommt, eine dadurch bedingte Abweichung tolerieren. Sie musste um die Unsicherheit der Prognose wissen, da darauf in den Submissionsunterlagen noch ausdrücklich hingewiesen worden war.
3.6 Soweit die Parteien im kantonalen Verfahren prozesskonform entsprechende Behauptungen aufgestellt und Beweismittel beantragt haben, ist zunächst abzuklären, ob zur Behandlung der Einsprachen tatsächlich ein grösserer Aufwand erforderlich war als in der Kostenschätzung angenommen. Der nachgewiesene tatsächlich notwendige Aufwand bildet die Grundlage, auf der die Frage einer allfälligen Herabsetzung zu beantworten ist. Übersteigt dieser Aufwand den in der Kostenschätzung angegebenen Betrag, ist von Bedeutung, ob Umstände, die nicht vorausgesehen werden konnten oder nach den von beiden Parteien angenommenen Voraussetzungen ausgeschlossen waren, für die Kostenüberschreitung (mit-)verantwortlich waren und die höhere Werklohnforderung zum Teil rechtfertigen (Art. 373 Abs. 2 OR). Sodann ist zu prüfen, ob die verbleibende Überschreitung Punkte betrifft, in denen die Beschwerdegegnerin auf die Kostenschätzung vertrauen durfte, oder Bereiche, in denen sich die Beschwerdegegnerin der Unzuverlässigkeit der Schätzung bewusst sein musste. Unter Berücksichtigung dieser Umstände ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (BGE 115 II 460 E. 3 b und c S. 462 f.) festzusetzen, welches die Toleranzgrenze der Überschreitung ist, die sich die Beschwerdegegnerin gefallen zu lassen hat. Verbleibt auch nach Zuschlag der Toleranzgrenze eine Differenz zur Kostenschätzung, ist diese wiederum mit Blick auf die gesamten Umstände nach billigem Ermessen zwischen den Parteien aufzuteilen. Dabei fällt ins Gewicht, inwieweit die Überschreitung auf eine von Anfang an fehlerhafte Einschätzung der Beschwerdeführerin zurückzuführen ist, beispielsweise falls diese ohne zureichende Gründe von einem unterdurchschnittlichen Aufwand pro Einsprache ausging oder die für die Schätzung angenommene Anzahl der Einsprachen unter dem objektiv zu Erwartenden lag. Hat der Unternehmer die Überschreitung durch eine unsorgfältige Schätzung verschuldet, ist dies bei der Herabsetzung zu berücksichtigen (GAUCH, a.a.O., S. 284 Rz. 1009; CHAIX, a.a.O., N. 29 f. zu Art. 375; ZINDEL/PULVER, a.a.O., N. 29 zu Art. 375 OR). Die Lösung, den Werklohn um die Hälfte der verbleibenden Überschreitung herabzusetzen, darf nicht schematisch ohne Rücksicht auf den Einzelfall angewendet werden (BGE 115 II 460 E. 3b S. 462).
4. Die Beschwerde erweist sich mit Bezug auf die Berechnung der Herabsetzung des Werklohnes als begründet. Die Beschwerdeführerin dringt mit ihren Begehren nur teilweise durch. Ob sich die bundesrechtskonforme Berechnung des Werklohns zu ihren Gunsten auswirken wird, ist offen. Da die Beschwerdegegnerin selbst kein Rechtsmittel ergriffen hat, fällt allerdings auch nach der Rückweisung eine Abänderung des angefochtenen Entscheides zu Ungunsten der Beschwerdeführerin ausser Betracht (BGE 135 III 334 E. 2 und 2.1 S. 335 mit Hinweisen). Bei diesem Ausgang des Verfahrens erscheint es gerechtfertigt, die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts des Kantons Wallis vom 19. November 2010 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Wallis, I. zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Mai 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak