Faits:
A. Dans le cadre d'une instruction pénale pour blanchiment d'argent, le Procureur général du canton de Genève a ordonné, le 7 mai 2010, la saisie de deux comptes détenus notamment par E._ (l'un conjointement avec son épouse, l'autre par le biais de la société F._.) auprès de la banque X._. Selon la plainte pénale déposée par les sociétés saoudiennes A._ et B._ (ci-après: les plaignantes), E._ et d'autres anciens employés auraient obtenu des commissions occultes, pour 1 à 11,5 millions d'USD, et auraient blanchi ces montants en Suisse par le biais de la société G._.
Le 3 février 2012, après avoir donné aux parties l'occasion de s'exprimer, le Procureur général a levé le séquestre frappant les deux comptes. Hormis un versement de 55'000 USD, il n'y avait aucun lien entre l'activité de G._ et ces deux comptes: ceux-ci avaient servi à percevoir les revenus réguliers du prévenu.
B. Par arrêt du 27 avril 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par les plaignantes. La corruption privée (art. 4a LCD) étant passible d'une peine maximum de trois ans de privation de liberté, le blanchiment du produit de cette infraction n'était pas punissable en Suisse. Rien ne permettait de penser que les prévenus occupaient au sein des sociétés une position de gérant, et les agissements décrits ne paraissaient pas constituer des crimes selon le droit saoudien.
C. A._ et B._ forment un recours en matière pénale. Elles concluent à l'annulation de l'arrêt cantonal et de la décision du Procureur général, et au maintien des séquestres, subsidiairement au maintien du séquestre sur le compte de E._ et son épouse à concurrence de 55'000 fr., et plus subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Elles demandent l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance du 25 juin 2012.
La Chambre pénale de recours se réfère à son arrêt. Le Procureur général conclut au rejet du recours. Les intimés E._ et F._. concluent au rejet du recours. Les autres prévenus ont renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, ainsi que la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 29 al. 1 LTF; ATF 137 III 417 consid. 1).
1.1 Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision relative à un séquestre pénal, confirmée en dernière instance cantonale (art. 80 LTF).
1.2 La décision relative au maintien ou à la levée d'un séquestre pénal constitue une décision incidente puisque, dans les deux cas, elle ne met pas fin à la procédure pénale (ATF 128 I 129 consid. 1 p.131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Le recours n'est dès lors recevable, selon l'art. 93 al. 1 let. a LTF, que si l'acte attaqué est susceptible de causer un préjudice irréparable. Il appartient au recourant d'indiquer en quoi la décision incidente est susceptible de lui causer un tel préjudice, à tout le moins lorsque cela n'est pas évident (ATF 136 IV 92 consid. 4 p. 95). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable, en raison de l'atteinte directe au droit de propriété. En revanche, la levée d'un séquestre n'est susceptible de causer un tel préjudice à la partie plaignante que pour autant que ses prétentions en restitution s'en trouvent ainsi compromises (ATF 126 I 97 consid. 1b. p. 101).
En l'occurrence, les recourantes ne prétendent pas que les autres séquestres frappant les avoirs des prévenus ne suffiraient pas à couvrir l'entier de leur dommage. Point n'est toutefois besoin d'examiner plus avant cette question, compte tenu de ce qui suit.
1.3 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir (cf. ATF 133 Il 353 consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251). Cette disposition s'applique également aux recours dirigés contre des décisions incidentes (ATF 1B_ 432/2011 consid. 2.1).
1.3.1 Lorsque, comme en l'espèce, le recours est formé alors que l'instruction n'est pas achevée, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles sont ces prétentions et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement, à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté (ATF 137 IV 219 consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
1.3.2 En l'occurrence, les recourantes n'expliquent nullement en quoi pourraient consister leurs prétentions civiles à l'égard des prévenus. Elles allèguent certes que le montant total des rétrocessions perçues via G._ s'élèverait à quelque 6,3 millions d'USD, sans toutefois prétendre ni démontrer qu'il en résulterait pour elles un dommage d'un montant correspondant. Par ailleurs, selon la décision du Procureur général, il serait établi que les fonds bloqués ne seraient pas d'origine criminelle. Les recourantes estiment que les montants séquestrés, indépendamment de leur provenance, pourraient faire l'objet d'une créance compensatrice. Elles ne prétendent toutefois pas à une allocation en leur faveur, et ne précisent pas, à cet égard non plus, quelle serait la nature et le montant de leur dommage. On ne voit dès lors pas en quoi la décision de levée des séquestres pourrait avoir une influence sur les prétentions civiles des recourantes.
1.3.3 Indépendamment de leur qualité pour agir sur le fond, les parties plaignantes seraient recevables à invoquer une violation de leurs droits de partie, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (ATF 136 I V 41 consid. 1.4 p. 44, 29 consid. 1.9 p. 40; 133 IV 228 consid. 2.3.2 p. 232 s. et les références citées). La levée d'un séquestre ne porte toutefois pas atteinte à de tels droits.
2. Sur le vu de ce qui précède, le recours est irrecevable. Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourantes qui succombent, de même qu'une indemnité de dépens allouées aux deux intimés qui ont chacun procédé par l'entremise d'un avocat.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourantes.
3. Les indemnités de dépens suivantes sont mises à la charge solidaire des recourantes:
- 2'000 fr. en faveur de E._;
- 2'000 fr. en faveur de F._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 13 novembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz