Sachverhalt:
A. A._ führte nach dem Ableben ihres Ehemannes, G._ (gest. 30. November 1974), den bisher gemeinsam bewirtschafteten Landwirtschaftsbetrieb auf eigene Rechnung weiter. Dabei wurde keine Buchhaltung geführt. Mit öffentlich beurkundetem (partiellem) Erbteilungsvertrag der Erbengemeinschaft des G._ vom 8. April 2006 wurde die Liegenschaft Y._ mit Wohnhaus, Scheune, Schopfanbauten und Wagenschopf rückwirkend per 1. Januar 2006 zum Anrechnungswert von 1 Mio. Franken in das Alleineigentum von D._ übergeführt.
B. Im Rahmen der Veranlagung für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 vom 26. November 2007 unterbreitete die Steuerkommission Y._ zugleich die am 26. September 2007 ermittelten Bilanzwerte per 1. Januar 2001. Diese Feststellung blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft.
C. Am 24. August 2009 veranlagte die Steuerkommission Y._ A._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 71'700.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 155'000.--. Im steuerbaren Einkommen waren Fr. 46'850.-- Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit gemäss folgender Berechnung enthalten:
kumulierte Abschreibungen gemäss Berechnung vom 26.9.2007
Kumulierte Abschreibungen
Fr. 50'850.--
Abzüglich AHV
Fr. 4'000.--
Total
Fr. 46'850.--
Anlagekosten per 31. Dezember 2006
Fr. 310'350.--
Eine gegen die Erfassung von Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit gerichtete Einsprache wies die Steuerkommission Y._ ab, und dagegen erhobene Rechtsmittel wiesen das Steuergericht bzw. das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau ab.
D. Vor Bundesgericht beantragen die Erben der A._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 30. März 2011 aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen zur "Vornahme der Besteuerung nach Gesetz, insbesondere nach Erbrecht und Güterrecht".
E. Das Kantonale Steueramt des Kantons Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Vernehmlassung verzichten.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von Art. 83 BGG ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Zum Bundesrecht gehören auch die Regeln und Grundsätze, die sich insbesondere aus Art. 8 bzw. Art. 12 StHG (SR 642.14) ergeben. Soweit sich - wie hier - die Besteuerung nach dem kantonalen Recht richtet, prüft das Bundesgericht dessen Auslegung und Anwendung nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (Art. 9 BV). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist hier nur bedingt zu erkennen, beschränkt sich doch die Beschwerdeschrift im Wesentlichen darauf, in früheren Verfahren Vorgebrachtes zu rekapitulieren, ohne sich mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid auseinander zu setzen. Inwiefern das angefochtene Urteil an einem offensichtlichen Mangel leiden soll (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen), ist nicht zu erkennen. Insoweit kann auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Das frühere, bis Ende 2000 in Kraft stehende Steuergesetz des Kantons Aargau vom 13. Dezember 1983 (aStG) war rein dualistisch konzipiert, indem die volle Differenz zwischen Erlös und Buchwert selbst bei land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken einkommenssteuerrechtlich erfasst wurde, und der Grundstückgewinnsteuer nur Gewinne auf Liegenschaften des Privatvermögens unterlagen. Das seit dem 1. Januar 2001 in Kraft stehende aargauische Steuergesetz vom 15. Januar 1998 (StG; SAR 651.100) folgt grundsätzlich weiterhin dem dualistischen System der Grundstückgewinnbesteuerung. Gemäss § 27 Abs. 4 StG werden aber - wie in Art. 8 Abs. 1 StHG vorgesehen - die Gewinne auf land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken nur bis zur Höhe der Anlagekosten den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit zugerechnet. Soweit der Erlös die Anlagekosten übersteigt, unterliegt der Gewinn der Grundstückgewinnsteuer (Art. 12 Abs. 1 StHG und § 106 StG). Um den Übergang vom alten zum neuen Recht sicherzustellen und um Beweisschwierigkeiten zu vermeiden, setzten die aargauischen Steuerbehörden die massgebenden Werte (kumulierte Abschreibungen und Anlagekosten per 1. Januar 2001) mittels Feststellungsverfügung auf diesen Zeitpunkt hin verbindlich fest. Eine solche im Interesse der steuerpflichtigen Personen wie auch der Steuerbehörde liegende Bereinigung befand das Bundesgericht als sachgerecht und rechtlich zulässig (Urteil 2A.116/ 2007 vom 13. Juni 2008 E. 1.3; vgl. auch CONRAD WALTHER, in: Marianne Klöti-Weber/Dave Siegrist/Dieter Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. Muri/Bern 2009, Rz. 8 zu § 164 StG). Diese Feststellungsverfügung vom 26. September 2007 hatte hier die Steuerkommission Y._ der Veranlagung vom 26. November 2007 beigelegt. Sie blieb unangefochten und erwuchs damit in Rechtskraft.
2.2 Die Beschwerdeführer bestreiten zunächst, dass eine solche Feststellungsverfügung zulässig sei. Hierzu kann auf das bereits Ausgeführte verwiesen werden (vgl. 2.1 in fine). Dazu behaupten sie, die Details der Feststellungsverfügung vom 26. September 2007 nie erhalten zu haben. Deshalb seien diese Werte für sie auch nicht verbindlich. Die Vorinstanz hat aber eingehend untersucht, ob sich dieser Einwand der Beschwerdeführer als glaubhaft erweist oder eine blosse Schutzbehauptung darstellt. Die Beschwerdeführer setzten sich indes mit diesen vorinstanzlichen Erwägungen überhaupt nicht auseinander und lassen es bei der Feststellung bewenden, es liege "kein Beweis über die Zustellung des Berichtes Z._" vor. Allerdings behaupten die Beschwerdeführer nicht, die Veranlagung für die Steuerperiode 2001 vom 26. November 2007 sei ihnen (bzw. der Erblasserin bzw. ihrem Steuervertreter) nie zugestellt worden. Darin wird ausdrücklich auf die "Festlegung der Bilanzwerte per 1.1.2001 des Departements Finanzen und Ressourcen, Kant. Steueramt, vom 26. September 2007" verwiesen. Wenn dieser Bericht des Landwirtschaftsexperten Z._ vom 26. September 2007 der Veranlagung effektiv nicht beigelegt gewesen wäre, hätten die Beschwerdeführer (bzw. die Erblasserin bzw. ihr Steuervertreter) bereits damals unbedingt intervenieren müssen. Diesen angeblichen Mangel erst jetzt zu rügen, verstösst gegen Treu und Glauben. Damit sind die am 26. November 2007 eröffneten kumulierten Abschreibungen in Rechtskraft erwachsen und können mit der Vorinstanz im vorliegenden Verfahren nicht erneut zur Diskussion gestellt werden.
Aber selbst dann, wenn darauf zurückgekommen werden könnte, bliebe es bei der Zurechnung sämtlicher kumulierter Abschreibungen an die Beschwerdeführer (bzw. deren Erblasserin). Wohl stand ihr als überlebender Ehegattin nur die Nutzniessung an der Hälfte des Nachlasses zu. Faktisch wurde sie aber als Nutzniesserin am gesamten landwirtschaftlichen Heimwesen behandelt, betrieb sie doch den Landwirtschaftsbetrieb auf eigene Rechnung und Gefahr weiter. Auch wenn sie zivilrechtlich nicht Eigentümerin (sondern Nutzniesserin) dieses Betriebes war, schmälerte sie ihr Einkommen aus selbständiger Tätigkeit über all die Jahre der Bewirtschaftung mit den im Punktierverfahren enthaltenen durchschnittlichen Gebäudeabschreibungen. In diesem Fall ist es nur sachgerecht, wenn die kumulierten Abschreibungen auch ihr allein zugerechnet werden.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass