Fatti:
A. Il 15 gennaio 2008 la banca X._ SA ha sporto contro A._ una denuncia penale per una pretesa truffa commessa nei suoi confronti in relazione alla sottrazione di un importo di € 360'000.--. Con una decisione del giorno successivo, il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha pronunciato il non luogo a procedere, siccome i fatti esposti nella denuncia non costituivano reato. Il magistrato le ha inoltre accollato la tassa di giustizia di fr. 1'500.-- e le spese di fr. 100.-- per avere provocato il procedimento con notevole negligenza.
B. Contro il decreto di non luogo a procedere la banca ha presentato, il 28 gennaio 2008, un'istanza di promozione dell'accusa alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), che l'ha dichiarata irricevibile con sentenza del 26 febbraio 2008. Nei considerandi del giudizio la Corte cantonale ha comunque esaminato nel merito l'istanza, ritenendola infondata. Ha poi stabilito in fr. 7'000.-- la tassa di giustizia a carico dell'istante, in considerazione del carattere temerario dell'istanza.
C. La banca X._ SA impugna questo giudizio con un ricorso al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento. Fa valere l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nell'apprezzamento delle prove, la violazione delle garanzie procedurali generali, la lesione del diritto di procedura cantonale e di quello materiale federale.
Non sono state chieste osservazioni.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 134 II 120 consid. 1, 138 consid. 1).
1.2 La ricorrente presenta un allegato intitolato genericamente "ricorso", accennando nei considerandi del gravame al ricorso in materia penale (art. 78 segg. LTF), ma anche al ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 segg. LTF) ed a quello sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF). Tuttavia, essendo diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), solo il ricorso in materia penale è di principio ammissibile.
2. 2.1 Riguardo a questo rimedio, la ricorrente fonda la sua legittimazione ricorsuale sull'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF, accennando al pregiudizio patrimoniale subito e sostenendo che la decisione impugnata pregiudicherebbe il giudizio sulle sue pretese civili. Rileva inoltre di avere partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore e di avere un interesse all'annullamento della decisione impugnata.
2.2 Giusta l'art. 81 cpv. 1 LTF ha diritto di interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b), segnatamente la vittima, se tale decisione può influire sul giudizio delle sue pretese civili (n. 5). Il Tribunale federale ha già avuto modo di precisare che, analogamente alla giurisprudenza precedente l'entrata in vigore della LTF, il danneggiato privo della qualità di vittima ai sensi della legge federale concernente l'aiuto alle vittime di reati, del 4 ottobre 1991 (LAV; RS 312.5) non è di principio legittimato a interporre ricorso in materia penale (DTF 133 IV 228 consid. 2). La pretesa punitiva spetta infatti unicamente allo Stato, sicché la persona non direttamente lesa nella sua integrità fisica, sessuale o psichica da un reato (art. 2 cpv. 1 LAV) non può prevalersi di un interesse giuridicamente protetto giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF. Il danneggiato non è quindi in particolare legittimato a impugnare nel merito le decisioni con cui è stato pronunciato l'abbandono di un procedimento penale o è stata respinta la sua richiesta di apertura dell'istruzione formale (DTF 133 IV 228 consid. 2.3 e rinvii).
2.3 La ricorrente, quale persona giuridica che sarebbe stata indotta ad atti pregiudizievoli al proprio patrimonio, non riveste manifestamente la qualità di vittima ai sensi della LAV e non è quindi legittimata a ricorrere. Invero, pure la ricorrente richiama la giurisprudenza citata (DTF 133 IV 228) e sembrerebbe postularne un cambiamento. Sostiene infatti che si giustificherebbe di riconoscerle un interesse giuridicamente protetto basato su un'applicazione corretta ed uniforme del CP, nonché sul fatto che questa Corte aveva prospettato in DTF 133 IV 228 consid. 2.3.3 un'eventuale soluzione diversa a dipendenza di quanto avrebbe stabilito il legislatore nell'ambito dell'adozione del nuovo codice di procedura penale federale. Questa normativa e l'adeguamento della legislazione vigente, segnatamente dell'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF, non sono tuttavia ancora in vigore (cfr. FF 2007 6327, in particolare 6463), sicché non vi sono serie ragioni oggettive che giustifichino di scostarsi dalla recente giurisprudenza, peraltro pubblicata nella raccolta ufficiale delle decisioni del Tribunale federale. L'attuale prassi è del resto stata mantenuta da questa Corte anche dopo l'approvazione, il 5 ottobre 2007, da parte dell'Assemblea federale della nuova procedura penale federale (cfr. sentenze 6B_105/2008 del 17 giugno 2008, consid. 2 e 6B_380/2007 del 13 novembre 2007, consid. 2).
3. 3.1 Indipendente dalla carenza di legittimazione nel merito, il danneggiato può censurare la violazione delle garanzie procedurali che il diritto cantonale o gli art. 29 seg. Cost. e 6 CEDU gli conferiscono quale parte, sempreché tale inosservanza equivalga a un diniego di giustizia formale (DTF 133 I 185 consid. 6.2). In tal caso, analogamente alla giurisprudenza concernente il previgente art. 88 OG, l'interesse giuridicamente protetto ai sensi dell'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF non deriva infatti da un diritto del danneggiato nel merito, ma dal suo diritto di partecipare alla procedura (DTF 128 I 218 consid. 1.1). Egli può pertanto far valere, ad esempio, che il ricorso a torto non sarebbe stato esaminato nel merito, che non sarebbe stato sentito, che gli sarebbe stata negata la possibilità di offrire mezzi di prova o di consultare gli atti, o che non gli sarebbe stata riconosciuta, sempre a torto, la qualità di danneggiato. Per contro, egli non è legittimato a censurare la valutazione che l'autorità ha fatto delle prove da lui offerte, segnatamente la circostanza che l'assunzione di queste prove sia stata rifiutata in base alla loro irrilevanza o al loro apprezzamento anticipato. Il giudizio su tali questioni non può infatti essere distinto da quello sul merito, che tuttavia, come visto, il danneggiato non è legittimato a impugnare (DTF 120 Ia 157 consid. 2a/bb e rinvii; sentenza 6B_105/2008 citata, consid. 2.1).
3.2 La ricorrente lamenta una violazione del diritto di essere sentito per il fatto che il PP avrebbe immediatamente decretato il non luogo a procedere, senza darle la possibilità di produrre gli ulteriori mezzi di prova, poi presentati con l'istanza di promozione dell'accusa, con i quali nemmeno la CRP si sarebbe confrontata. Rilevando che la fattispecie oggetto della denuncia non costituiva reato, il magistrato inquirente non ha tuttavia assunto ulteriori prove poiché, perlomeno implicitamente, le ha ritenute irrilevanti. Questa conclusione è stata sostanzialmente confermata dalla Corte cantonale, che ha addirittura considerato temeraria l'istanza. Lamentando il mancato esame delle prove offerte, considerate superflue dalle precedenti istanze sulla base di un apprezzamento anticipato della loro irrilevanza, la ricorrente intende invero fare rivedere il merito della decisione impugnata, ciò a cui non ha però diritto, mancandole la legittimazione. Queste considerazioni si impongono analogamente laddove essa fa valere la violazione dell'art. 178 cpv. 1 CPP/TI, secondo cui quando il Procuratore pubblico conosce per denuncia, querela o altro modo esserci sospetto che sia stato commesso un reato, deve procedere subito alle occorrenti indagini di fatto per decidere se sia il caso di promuovere l'accusa.
3.3 D'altra parte, la CRP ha esaminato nel merito l'istanza di promozione dell'accusa soltanto abbondanzialmente (cfr. giudizio impugnato, consid. 3), rilevando innanzitutto che il gravame era irricevibile poiché non adempiva le esigenze di motivazione dell'art. 186 CPP/TI: la ricorrente si era infatti limitata ad esporre una sua parziale interpretazione dei fatti, senza addurre indizi di colpevolezza e senza in particolare confrontarsi compiutamente con i presupposti oggettivi e soggettivi del reato ipotizzato (cfr. giudizio impugnato, consid. 2). In questa sede, sarebbe quindi pure spettato alla ricorrente dimostrare per quali ragioni la decisione della CRP di dichiarare irricevibile l'istanza di promozione dell'accusa per carenze di motivazione violerebbe il diritto (DTF 133 IV 119 consid. 6). Nella misura in cui si esprime solo sulla motivazione abbondanziale di merito, il rimedio in esame è pertanto inammissibile.
3.3 D'altra parte, la CRP ha esaminato nel merito l'istanza di promozione dell'accusa soltanto abbondanzialmente (cfr. giudizio impugnato, consid. 3), rilevando innanzitutto che il gravame era irricevibile poiché non adempiva le esigenze di motivazione dell'art. 186 CPP/TI: la ricorrente si era infatti limitata ad esporre una sua parziale interpretazione dei fatti, senza addurre indizi di colpevolezza e senza in particolare confrontarsi compiutamente con i presupposti oggettivi e soggettivi del reato ipotizzato (cfr. giudizio impugnato, consid. 2). In questa sede, sarebbe quindi pure spettato alla ricorrente dimostrare per quali ragioni la decisione della CRP di dichiarare irricevibile l'istanza di promozione dell'accusa per carenze di motivazione violerebbe il diritto (DTF 133 IV 119 consid. 6). Nella misura in cui si esprime solo sulla motivazione abbondanziale di merito, il rimedio in esame è pertanto inammissibile.
3.4 3.4.1 La ricorrente critica infine la conferma da parte della CRP dell'accollamento delle spese processuali per complessivi fr. 1'600.--, stabilito dal Procuratore pubblico sulla base dell'art. 9 cpv. 5 CPP/TI in considerazione della "notevole negligenza" con cui era stata inoltrata la denuncia penale.
3.4.2 La ricorrente non contesta esplicitamente la tassa di giustizia fissata dalla CRP per il suo giudizio in fr. 7'000.-- tenendo conto della temerarietà dell'istanza di promozione dell'accusa, ma soltanto quella pronunciata dal PP in applicazione dell'art. 9 cpv. 5 CPP/TI. Secondo questa disposizione, le spese sono a carico del denunciante, del querelante o della parte civile, se ha provocato il procedimento con dolo o per negligenza grave. Il giudizio sulla negligenza della ricorrente non può tuttavia essere distinto da quello nel merito, riguardante in concreto l'eventuale reato di truffa (art. 146 CP), che, come si è visto, la ricorrente non è legittimata ad impugnare. In tal caso, la decisione sulle spese processuali può essere contestata solo per quanto concerne aspetti che non sono direttamente in relazione con la decisione di merito, ossia per esempio perché mancherebbe la base legale, perché il diritto cantonale prevederebbe la gratuità della procedura o perché il giudizio sulle spese contrasterebbe con l'esito della causa o le stesse sarebbero manifestamente eccessive (DTF 129 II 297 consid. 2.2 e rinvii). Al riguardo, la ricorrente non fa valere l'applicazione arbitraria dell'art. 9 cpv. 5 CPP/TI né adduce simili evenienze, sicché anche questa censura risulta inammissibile.
4. Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla controparte, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.