Sachverhalt:
A. Die X._ SA (Beklagte, Beschwerdeführerin) und die Y._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) sind beide im Bereich der industriellen Abfallentsorgung tätig. Sie vermitteln inländischen Abfallproduzenten oder Abfallabnehmern ausländische Entsorger und beschaffen die notwendigen Bewilligungen.
A.a Am 19. Mai 2003 schlossen die Parteien einen Vertrag über die Entsorgung von Abfällen aus der Automobilindustrie, welche in dieser Branche als "Resh" bezeichnet werden. Sie vereinbarten, zwecks "Sicherstellung von langfristigen und konkurrenzfähigen Dienstleistungen" für die Entsorgung von Resh aus den Schweizer Schredderbetrieben in Form eines Konsortiums zusammenzuarbeiten. Danach wolle das Konsortium mit dem Vertrag die Marktführerschaft in der Entsorgung von Resh ausbauen. Zu diesem Zweck werde die Klägerin die Ausführung ihrer Geschäfte an die Beklagte übertragen. Unter Ziffer 5 des Vertrages bestimmten die Parteien, dass die Klägerin von der Beklagten für die den Kunden in Rechnung gestellten Resh-Abfälle Fr. 20.-- pro Tonne exklusive Mehrwertsteuer erhalten werde. Die Auszahlung der Entschädigung sollte monatlich per Ende jedes Folgemonats erfolgen.
A.b Am 1. September 2004 befasste die Klägerin das Zivilgericht des Kantons Basel-Stadt insbesondere mit dem Begehren, die Beklagte sei zur Rechnungslegung über die von ihr in der Zeit vom 1. Juni 2003 bis zum 31. Juli 2004 den Kunden in Rechnung gestellten Resh-Abfälle sowie zur Bezahlung von Fr. 20.-- pro Tonne zu verpflichten. Die Beklagte verlangte die Abweisung der Begehren mit der Begründung, bei richtiger Auslegung des Konsortialvertrages habe sie die Klägerin nur für die Menge Resh-Abfälle zu entschädigen, welche die Klägerin neu in das Konsortium eingebracht habe. Ausserdem stellte sie sich auf den Standpunkt, der Konsortialvertrag sei als unzulässige Wettbewerbsabrede im Sinne des Kartellgesetzes (KG; SR 251) zu qualifizieren und aus diesem Grunde nichtig.
A.c Nachdem das Zivilgericht dem Begehren auf Rechnungslegung stattgegeben und entsprechende Unterlagen und Auskünfte eingeholt hatte, beantragte die Klägerin mit modifiziertem Rechtsbegehren, die Beklagte sei für die Zeit vom 1. Juni 2003 bis 31. Juli 2004 zur Zahlung von Fr. 310'562.25 Entschädigung zuzüglich 5 % Zins seit Klageeinreichung zu verurteilen.
A.d Mit Urteil vom 15. September 2006 verpflichtete das Zivilgericht Basel-Stadt die Beklagte, der Klägerin Fr. 310'562.25 plus 5 % Zins seit 1. September 2004 zu bezahlen. Das Gericht kam in Auslegung des Konsortialvertrages vom 19. Mai 2003 zum Schluss, dass danach die umstrittene Entschädigung entgegen der Ansicht der Beklagten für sämtliche in Rechnung gestellten Resh-Abfälle geschuldet sei. Es verweigerte sodann der Beklagten die Berufung auf Willensmangel und erwog schliesslich, kartellrechtliche Aspekte seien für den Ausgang des Verfahrens unerheblich, weshalb kein Bericht der Wettbewerbskommission im Sinne von Art. 15 KG eingeholt werden müsse.
B. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt bestätigte mit Urteil vom 9. November 2007 das erstinstanzliche Urteil. Mit dem Zivilgericht legte das Appellationsgericht den Konsortialvertrag im Sinne der Klägerin aus und verneinte die einseitige Unverbindlichkeit wegen Willensmangels der Beklagten. Den Haupteinwand der Beklagten, dass die Klage aus kartellrechtlichen Gründen abgewiesen werden müsse, verwarf das Appellationsgericht ebenfalls. Es liess die Frage offen, ob der Konsortialvertrag eine verbotene wettbewerbsbehindernde Abrede darstelle, da die Beklagte das umstrittene Entgelt selbst dann leisten müsste, wenn die Wettbewerbskommission den Vertrag als kartellrechtswidrig erachten sollte. Das Gericht hielt zwar dafür, dass der Vertrag in diesem Fall von Anfang an nichtig wäre, schloss jedoch, der umstrittene Entgeltsanspruch sei für den erfüllten oder teilerfüllten Vertrag geschuldet.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Beschwerdeführerin die Anträge, das Urteil des Appellationsgerichts Basel-Stadt vom 9. November 2007 sei aufzuheben und die Klage sei abzuweisen, eventualiter sei die Sache zur erneuten Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie verlangt zunächst die Ergänzung des Sachverhalts mit der Begründung, die Höhe des von der Beschwerdegegnerin beanspruchten Entgelts betrage für 27'556 Tonnen Resh à Fr. 20.-- insgesamt Fr. 593'026.--, wovon die Beschwerdegegnerin bereits Fr. 282'464.-- direkt bei Kunden der Beschwerdeführerin eingezogen habe; ausserdem will sie den Sachverhalt durch eine Feststellung ergänzt haben, wonach sie schon im Mai 2004 gegenüber der Beschwerdegegnerin auch die Kartellrechtswidrigkeit des Konsortialvertrags geltend gemacht habe. Sie hält sodann daran fest, der Vertrag verstosse gegen das Kartellgesetz und sei nichtig.
D. Die Beschwerdegegnerin beantragt in der Antwort, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
E. Mit Verfügung vom 6. Februar 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen. Ein Wiedererwägungsgesuch der Beschwerdeführerin vom 21. Februar 2008, zu dem sich die Beschwerdegegnerin am 10. März 2008 vernehmen liess, blieb unbehandelt. Es wird mit dem Entscheid über die Beschwerde gegenstandslos.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde hat eine Zivilsache zum Gegenstand (Art. 72 BGG). Sie richtet sich gegen einen Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 BGG), mit dem die Forderung der Beschwerdegegnerin über Fr. 310'562.25 (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) zugesprochen wird (Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin, die mit ihren Anträgen auf Abweisung der Klage vor der Vorinstanz unterlegen ist (Art. 76 BGG), hat die Beschwerde rechtzeitig eingereicht (Art. 100 und Art. 44 BGG).
1.1 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in Art. 106 Abs. 2 BGG genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Ausserdem kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.).
1.2 Die Beschwerdeführerin will den im angefochtenen Entscheid festgestellten Sachverhalt durch zwei Elemente ergänzen und insbesondere beifügen, dass es sich bei der umstrittenen Forderung um einen Restbetrag handelt, während die Beschwerdegegnerin einen Teil des vertraglich vereinbarten Entgelts direkt bei Kunden der Beschwerdeführerin einkassiert habe; ausserdem legt sie Wert auf die Feststellung, dass sie schon von Anfang an nicht nur die Auslegung des Konsortialvertrags bestritten und sich auf Willensmängel berufen, sondern auch die Nichtigkeit wegen Verstosses gegen Kartellrecht behauptet habe. Inwiefern diese zusätzlichen Feststellungen für die Entscheidung erheblich sein könnten, ist weder erkennbar noch lässt sich dazu der Beschwerde etwas entnehmen. Nach Art. 97 Abs. 1 BGG kann die unrichtige Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Diese Voraussetzung fehlt hier. Der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt ist dem vorliegenden Beschwerdeverfahren als verbindlich zugrunde zu legen.
2. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid offen gelassen, ob der Konsortialvertrag vom 19. Mai 2003 gegen das Kartellgesetz verstösst; sie hat mit der ersten Instanz insbesondere darauf verzichtet, gemäss Art. 15 KG einen Bericht der Wettbewerbskommission einzuholen. Sie hat angenommen, die Forderung auf die Gegenleistung für den von der Beschwerdegegnerin während der Zeit vom 1. Juni 2003 bis zum 31. Juli 2004 erfüllten Vertrag sei auch für den Fall zuzusprechen, dass der Vertrag gegen das Kartellgesetz verstossen sollte. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Beschwerde daran fest, dass sie aus dem widerrechtlichen Vertrag nicht zur Zahlung verpflichtet werden könne.
2.1 Die zivilrechtlichen Folgen eines Verstosses gegen das Kartellgesetz sind zunächst in Art. 12 f. KG geregelt. Danach kann das Gericht insbesondere zur Durchsetzung des Beseitigungs- oder Unterlassungsanspruchs anordnen, dass Verträge ganz oder teilweise ungültig sind (Art. 13 lit. a KG). Aus dieser Bestimmung wird von einem Teil der Lehre abgeleitet, dass ein Verstoss gegen die Art. 5 ff. KG nicht ohne weiteres zur Nichtigkeit des Rechtsgeschäfts führt, sondern dass es der gerichtlichen Anordnung dieser Rechtsfolge bedarf (vgl. Regula Walter, in: Homburger et al. [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Kartellgesetz, Zürich 1997, N. 12 zu Art. 13 KG; Franz Hoffet, Kommentar zum schweizerischen Kartellgesetz, a.a.O., N. 144 zu Art. 5 KG; Brechbühl/Djalali, Die zivilrechtliche Folge einer unzulässigen Wettbewerbsabrede, in: SZW 1997 S. 107), wobei teilweise angenommen wird, die Gestaltungsklage beziehe sich allein auf das kartellwidrige Zustandekommen des Vertrages (Hubert Stöckli, Ansprüche aus Wettbewerbsbehinderung, Diss. Freiburg 1999, Rz. 793). Für den Fall, dass ein Vertrag inhaltlich als unzulässige Wettbewerbsabrede im Sinne von Art. 5 KG zu qualifizieren ist, vertritt die herrschende Lehre dagegen die Ansicht, dass Art. 20 OR Anwendung findet (vgl. Tercier, Les voies de droit, in: Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht [SIWR], Bd. V/2, Basel/Genf/München 2000, S. 359 f.; Stoffel, Wettbewerbsabreden, in: SIWR, Bd. V/2, a.a.O., S. 82 f.; Jürg Borer, Kommentar zum Kartellgesetz, Zürich 2005, N. 2 zu Art. 13 KG sowie N. 4 ff. der Vorbemerkungen zum zivilrechtlichen Verfahren [Art. 12 - 17 KG]; STÖCKLI, a.a.O., Rz. 793; Sven Nagel, Schweizerisches Kartellprivatrecht im internationalen Vergleich, Diss. Zürich 2007, Rz. 401; Anne-Catherine Hahn, in: Baker & McKenzie [Hrsg.], Handkommentar zum Kartellgesetz, Bern 2007, N. 24 f. zu Art. 12 KG).
2.2 Widerrechtlich im Sinne von Art. 20 OR ist ein Vertrag nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts, wenn sein Gegenstand, sein Abschluss mit dem vereinbarten Inhalt oder sein mittelbarer Zweck gegen objektives schweizerisches Recht verstösst. Voraussetzung der Nichtigkeit ist dabei stets, dass diese Rechtsfolge ausdrücklich im betreffenden Gesetz vorgesehen ist oder sich aus Sinn und Zweck der verletzten Norm ergibt (BGE 134 III 52 E. 1.1 S. 54; 129 III 209 E. 2.2 S. 213; 123 III 60 E. 3b S. 62). Das Kartellrecht bezweckt, den Wettbewerb im Interesse einer freiheitlichen marktwirtschaftlichen Ordnung zu fördern (Art. 1 KG); Vertragsabreden, die den Wettbewerb unzulässig beschränken, sollen nicht durchgesetzt werden können (Zäch, Schweizerisches Kartellrecht, 2. Aufl., Bern 2005, Rz. 854 ff.). Es ergibt sich aus diesem Zweck, dass rechtswidrige vertragliche Abreden insoweit nichtig sind, als das vertragsgemässe Verhalten den wirksamen Wettbewerb unzulässig beschränkt (ZÄCH, a.a.O., Rz. 862 f.; REYMOND, Commentaire Romand, N. 45 ff. der Vorbemerkungen zu Art. 12 - 17 KG sowie N. 24 zu Art 13 KG). Wenn die Verpflichtungen nach dem Konsortialvertrag vom 19. Mai 2003 als unzulässige Wettbewerbsabreden im Sinne von Art. 5 KG zu qualifizieren sein sollten, wären sie widerrechtlich und damit gemäss Art. 20 OR nichtig.
2.3 Der nichtige Vertrag entfaltet keine rechtsgeschäftlichen Wirkungen, d.h. er vermag keine vertragliche Rechtsgrundlage für die eingeklagten Ansprüche abzugeben (Kramer, Berner Kommentar, N. 309 zu Art. 19 - 20 OR; Huguenin, Basler Kommentar, N. 53 f. zu Art. 19/20 OR; Guillod/Steffen, Commentaire Romand, N. 90 ff. zu Art. 19 und 20 OR). Diese Rechtsfolge setzt immerhin voraus, dass der Schutzzweck der Norm die Ungültigkeit des gesamten Rechtsgeschäfts verlangt. Denn nach dem allgemeinen Grundsatz der geltungserhaltenden Reduktion soll die Nichtigkeit nur so weit reichen, als es der Schutzzweck der verletzten Norm verlangt (BGE 131 III 467 E. 1.3 S. 470; 123 III 292 E. 2e/aa S. 298 f.). Die Nichtigkeit unzulässiger Wettbewerbsabreden hat vornehmlich die Nicht-Durchsetzbarkeit wettbewerbswidriger Abreden als solche zum Ziel und soll einen Ausstieg aus einem unzulässigen Kartellvertrag jederzeit ermöglichen (Zäch, a.a.O., Rz. 859 ff. und 865); die Rückabwicklung bereits erbrachter Leistungen wird damit nicht geregelt (Stoffel, a.a.O., S. 83 f.).
2.4 Leidet ein Vertrag an einem Mangel der Entstehung, sind bereits erbrachte Leistungen grundsätzlich nach den Regeln der Vindikation und der ungerechtfertigten Bereicherung zurückzuerstatten (BGE 129 III 320 E. 7.1.1 S. 327 mit Hinweisen; 132 III 242 E. 4 S. 244 f.; vgl. auch STEPHAN HARTMANN, Die Rückabwicklung von Schuldverträgen, Habil. Luzern 2005, Rz. 12 und 26). Die Rückabwicklung stösst jedoch an Grenzen, wenn in vollständiger oder teilweiser Erfüllung des Vertrages Dienste erbracht oder Unterlassungen beachtet worden sind, die in natura nicht zurückerstattet werden können (BGE 129 III 320 E. 7.1.2 S. 328). Denkbar wäre hier zwar, den entsprechenden Wert der Bereicherung (objektiv) zu schätzen, die in einer Vermehrung der Aktiven, einer Abnahme der Passiven oder einer Ersparnis bestehen kann (BGE 133 V 205 E. 4.7 S. 212 f.; vgl. HARTMANN, a.a.O., Rz. 86 sowie 243 ff., vgl. auch Rz. 342 ff.). Nach der Rechtsprechung werden ganz oder teilweise erfüllte Dauerschuldverhältnisse jedoch insbesondere bei Anfechtung wegen Willensmängeln jedenfalls dann nach der privatautonomen Vereinbarung abgewickelt, wenn der Mangel das Synallagma nicht betrifft (vgl. BGE 129 III 320 E. 7.1.2 ff. S. 328 ff.; vgl. auch HUBERT STÖCKLI, Das Synallagma im Vertragsrecht, Habil. Freiburg 2008, Rz. 563 ff.). Unter dieser Voraussetzung rechtfertigt es sich auch im Fall der inhaltlichen Vertragsnichtigkeit gemäss Art. 20 OR, die Rückabwicklung nach der subjektiven Bewertung der Parteien vorzunehmen. Denn wenn der Mangel das wechselseitige Vergütungsinteresse der Parteien nicht berührt, erscheint es gerechtfertigt, die privatautonome Bewertung auch für die Rückleistung von Dienstleistungen und Unterlassungen zu anerkennen, die regelmässig keinen oder jedenfalls keinen einfach zu bestimmenden Marktwert haben. Die Parteien haben vorliegend die von der Beschwerdegegnerin unbestritten tatsächlich erbrachten Leistungen vertraglich so bewertet, dass die Beschwerdeführerin diese bei Gültigkeit des Vertrages mit Fr. 310'562.25 zu entschädigen verpflichtet wäre. Diese privatautonom vorgenommene Bewertung der Leistungen der Beschwerdegegnerin zugunsten der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz ihrem Entscheid zugrunde gelegt und es besteht kein Anlass, davon abzuweichen.
3. Die Beschwerdeführerin beruft sich freilich auf Art. 66 OR. Nach dieser Bestimmung kann nicht zurückgefordert werden, was in der Absicht gegeben worden ist, einen rechtswidrigen oder unsittlichen Erfolg herbeizuführen.
3.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts schliesst Art. 66 OR die Rückforderung nicht bloss dessen aus, was zur Anstiftung oder Belohnung eines rechts- oder sittenwidrigen Handelns des Gegners gegeben wurde (Tatbestände des "Gaunerlohnes"), sondern die Rückforderung aller Leistungen, die auf Grund eines rechts- oder sittenwidrigen Vertrages erbracht wurden (BGE 102 II 401 E. 4 S.409). Dieser Rechtsprechung ist in der Literatur verbreitet Kritik erwachsen (Urteil 4C.163/2002 vom 9. Juli 2003 E. 2; vgl. schon BGE 117 IV 139 E. 3d/dd S. 149). Die herrschende Lehre befürwortet die Rückforderung nicht unter der Voraussetzung, dass der Bereicherte bei der Begründung oder Abwicklung des rechts- oder sittenwidrigen Geschäfts die Hauptverantwortung trug oder ein besonderes Eigeninteresse daran hatte, sondern beschränkt Art. 66 OR auf die Fälle eigentlichen Gaunerlohnes (vgl. PETITPIERRE, Commentaire Romand, N. 4 zu Art. 66 OR; SCHULIN, Basler Kommentar, N. 4 f. zu Art. 66 OR; BUCHER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 2. Aufl., Zürich 1988, S. 678 ff.; ders., Hundert Jahre schweizerisches Obligationenrecht: Wo stehen wir heute im Vertragsrecht?, in: ZSR 102/1983 II S. 297 f.; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID/REY, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band I, 8. Aufl., Zürich 2003, Rz. 1548 ff.; SCHWENZER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 4. Aufl., Bern 2006, S. 393 f.; GUHL/KOLLER/SCHNYDER/DRUEY, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl., Zürich 2000, S. 222; der Rechtsprechung eher zustimmend ENGEL, Traité des obligations en droit suisse, 2. Aufl., Bern 1997, S. 593 ff.).
3.2 Die Einwände der nahezu einhelligen Lehre gegen die bisherige Rechtsprechung überzeugen. Es ist in der Tat bei einem synallagmatischen Vertrag nicht einzusehen, weshalb gleichermassen an einem objektiv widerrechtlichen Rechtsgeschäft beteiligte Parteien ungleich behandelt werden sollen. Der Umstand, dass eine dieser Parteien ihre vertragliche Verpflichtung schon erfüllt hat, erscheint angesichts des Mangels in der Entstehung des Vertrages zufällig. Der eigentliche Zweck von Art. 66 OR, die Anstiftung oder Belohnung eines rechts- oder sittenwidrigen Handelns durch den Ausschluss der Rückforderung auch privatrechtlich zu sanktionieren, kommt im Wortlaut von Art. 66 OR insofern zum Ausdruck, als für die erfolgte Leistung die "Absicht" verlangt wird, damit einen rechtswidrigen oder unsittlichen Erfolg herbeizuführen ("...donné en vue d'atteindre un but illicite ou contraire aux moeurs", "...dato intenzionalmente per uno scopo contrario alla legge od ai buoni costumi"). Die in der Lehre vertretene einschränkende Auslegung auf die Fälle des eigentlichen Gaunerlohnes entspricht diesem Wortlaut und verhindert die unbefriedigende Wirkung der bisherigen ausdehnenden Interpretation, dass nämlich die unbilligen Rechtsfolgen verhältnismässig häufig aufgrund des allgemeinen Verbots offenbaren Rechtsmissbrauchs gemäss Art. 2 ZGB dennoch nicht durchgesetzt werden (vgl. BGE 76 II 346 E. 5 S. 370 f.; 75 II 293 E. 2 S. 295). Mit der herrschenden Lehre ist daher die Rückforderung nach Art. 66 OR nur ausgeschlossen, wenn die Leistungen zur Anstiftung oder Belohnung eines rechts- oder sittenwidrigen Verhaltens erfolgten (Gaunerlohn). Sofern der Zweck der verletzten Norm nicht eindeutig den Ausschluss der Rückerstattung bereits erbrachter Leistungen erfordert (PETITPIERRE, a.a.O., N. 4 zu Art. 66 OR), sind diese daher im Falle der Vertragsnichtigkeit zurückzuerstatten. Dass sich aus dem Schutzzweck kartellrechtlicher Verbote eindeutig der Ausschluss der Rückforderung von Leistungen ergibt, ist nicht anzunehmen. Zwar wird teilweise die Ansicht vertreten, die Wirksamkeit entsprechender Verbote liesse sich durch den Ausschluss der Rückerstattung verstärken (vgl. ZÄCH, Die Rückabwicklung verbotener Kartellleistungen, Bern 1977, S. 103 f. und S. 150). Diese Rechtsfolge ist jedoch weder ausdrücklich angeordnet noch ergibt sie sich mit der erforderlichen Eindeutigkeit aus dem Normzweck. Aufgrund der entsprechenden nichtigen Verträge erbrachte Leistungen sind vielmehr nach den allgemeinen Grundsätzen zurückzuerstatten; für die Rückleistung bleibt der privatautonom bestimmte Wert für die erbrachten Leistungen massgebend (vgl. TERCIER, a.a.O., S. 362; vgl. auch STOFFEL, a.a.O., S. 84; HAHN, a.a.O., N. 25 zu Art. 12 KG).
3.3 Die Vorinstanz hat keine Bundesrechtsnormen verletzt mit dem Schluss, dass die Beschwerdeführerin zur Bezahlung der von der Beschwerdegegnerin in der Zeit vom 1. Juni 2003 bis 31. Juli 2004 erbrachten Leistungen verpflichtet ist unbesehen darum, ob der Konsortialvertrag vom 19. Mai 2003 gegen Art. 5 KG verstösst. Sie hat daher zutreffend die Klage geschützt, ohne einen Bericht der Wettbewerbskommission im Sinne von Art. 15 KG einzuholen und abschliessend über die Gültigkeit des Vertrages zu entscheiden.
4. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin deren Parteikosten für das vorliegende Verfahren zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juni 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Feldmann