Sachverhalt:
A. Der 1953 geborene D._ ist seit 1991 als Pflegehilfe im Spital X._ tätig. Am 5. März 2007 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Basel-Landschaft klärte den medizinischen und erwerblichen Sachverhalt ab. Sie veranlasste eine medizinische Beurteilung durch das Zentrum Y._. Gestützt auf das interdisziplinäre Gutachten vom 10. Dezember 2007 verneinte sie nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 5. September 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 19 % den Anspruch auf eine Invalidenrente.
B. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 4. März 2009 ab.
C. D._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten; er beantragt Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie Zusprechung mindestens einer halben Invalidenrente; zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Mit Verfügung vom 10. Juni 2009 weist das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht, wozu auch die unvollständige Tatsachenermittlung zählt.
2. Streitig ist der Anspruch auf eine Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat die für die Beurteilung einschlägigen rechtlichen Grundlagen zutreffend dargelegt. Über die in der IV-Anmeldung noch beantragten beruflichen Massnahmen ist weder verfügt noch sind diese im Verwaltungs- und Beschwerdeverfahren thematisiert worden.
3. Die Rüge, der medizinische Sachverhalt sei unrichtig und unvollständig festgestellt, ist unbegründet: Die Vorinstanz hat ihn korrekt zusammengefasst und sich in den Erwägungen ihres Entscheides in rechtlich einwandfreier Art umfassend und ausführlich damit auseinandergesetzt (s. dort E. 5 und 6). Der Beschwerdeführer lässt dagegen im Wesentlichen vorbringen, er sei nicht durch einen auf Folterfolgen spezialisierten Psychiater beurteilt worden; der Sachverhalt sei offenkundig ungenügend abgeklärt; so sei nicht geprüft worden, wie häufig und intensiv die Rückerinnerungen an das in der ersten Hälfte der 1980er-Jahre in türkischen Gefängnissen Erlittene auftauchten. Der in diesem Zusammenhang gemachte Hinweis auf das Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts I 45/05 vom 21. September 2005 zielt daneben, weil anders als im angegebenen Falle im hier erstatteten BEGAZ-Gutachten die Folterproblematik nicht ausgeklammert ist, sondern untersucht worden ist, ob und wie stark sich diese Erfahrungen und die körperlichen Folgen auf das tägliche Leben des Beschwerdeführers auswirken. Es wird dazu auf die ausführliche Anamnese (S 1- 5) dieser Frage im psychiatrischen Teilgutachten des Zentrums Y._ (Dr. med. A._ vom 10. November 2007) sowie die Beurteilung (S. 11 ff.) verwiesen. Was den geforderten Beizug eines Facharztes mit spezieller Erfahrung im Umgang mit Folterpatienten betrifft, ist zu unterscheiden zwischen Therapie einerseits und gutachterlicher Beurteilung anderseits: So sprach auch der vom Beschwerdeführer zitierte Psychiater Dr. med. P._ im Konsiliarbericht vom 18. Mai 2006 ausdrücklich von einer dringend notwendigen Behandlung durch einen in dieser Sache erfahrenen Therapeuten.
4. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a), ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den vorinstanzlichen Entscheid erledigt wird.
5. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Borella Schmutz