Faits:
A. X._ est propriétaire d'une maison à ... (GE). En 2007, alors qu'elle faisait encore ménage commun avec son ex-époux A._, architecte et administrateur de la société V._ SA, le couple a décidé d'effectuer des rénovations. A._ a notamment établi un projet et confié à Y._ SA l'exécution des travaux de maçonnerie et de béton armé ainsi que les aménagements extérieurs. Au début 2008, les relations entre les époux se sont dégradées.
Le 14 avril 2008, X._ s'est plainte auprès de Y._ SA de problèmes d'infiltrations d'eau dans le sous-sol de la maison; ladite société a immédiatement procédé à l'injection de résine dans la zone critique.
Les travaux principaux ont pris fin le 25 juillet 2008 avec le dallage extérieur. Divers travaux de finition ont été réalisés au mois d'août 2008. Le 29 août 2008, Y._ SA a envoyé à X._ sa facture finale d'un montant de 242'304 fr.; après déduction des acomptes versés, le solde encore dû s'élevait à 96'304 fr. X._ a refusé de payer; Y._ SA a obtenu l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs.
B. Le 5 janvier 2009, Y._ SA a ouvert action contre X._ en paiement de 96'304 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 29 septembre 2008 et en inscription définitive de l'hypothèque légale. X._ a conclu au rejet; elle contestait sa légitimation passive et invoquait l'inachèvement des travaux et la persistance des défauts. Le Tribunal de première instance du canton de Genève a admis l'action par jugement du 15 avril 2010.
Statuant sur appel de X._, la Chambre civile de la Cour de justice a confirmé le jugement de première instance.
C. Par mémoire de son mandataire du 1er février 2011, X._ (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à ce qu'il soit constaté qu'elle n'est pas débitrice de Y._ SA (ci-après: l'intimée) pour la somme de 242'304 fr., à ce qu'il soit dit que les débiteurs de l'intimée sont A._ et V._ SA pris conjointement et solidairement, et à ce que l'inscription de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs soit radiée. Le 17 mai, le conseil de la recourante a informé la Cour de céans de la fin de son mandat. Dans sa réponse du 6 juin 2011, l'intimée a conclu au rejet du recours. Les 3 mai et 9 juin 2011, la recourante, agissant sans l'assistance d'un avocat, a déposé divers documents en complément de son recours, dont notamment une plainte pénale introduite contre son ex-mari et des tiers en relation avec la rénovation de sa maison.
L'autorité précédente se réfère à son arrêt.
Considérant en droit:
1. Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF). Dans la mesure où la recourante, qui n'a pas déposé de demande reconventionnelle en instance cantonale, entend faire constater qu'elle n'est pas débitrice envers l'intimée d'un montant supérieur aux 96'304 fr. faisant l'objet de la demande de l'intimée, sa conclusion est irrecevable. Il en va de même pour la conclusion en constatation de ce que les débiteurs de l'intimée sont A._ et V._ SA, au demeurant des tiers qui ne sont même pas parties à la procédure.
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Cette exception permet uniquement d'alléguer des faits qui ne sont devenus pertinents qu'en raison de l'argumentation inattendue de l'autorité précédente (arrêt 4A_269/2010 du 23 août 2010 consid. 1.3, in SJ 2011 I 58); elle n'est pas réalisée en l'espèce. La production de nouvelles pièces les 3 mai et 9 juin 2011, de surcroît après l'échéance du délai de recours, n'est pas admissible.
2. La recourante se plaint d'abord d'une violation de l'art. 363 CO. Elle soutient que A._ a agi en qualité d'entrepreneur général et non pas comme son représentant. Comme en instance cantonale, elle conteste être partie au contrat d'entreprise et partant débitrice de la créance de l'intimée en paiement du prix de l'ouvrage.
La recourante se contente d'affirmer qu'on ne saurait retenir sa légitimation passive vu le rôle central indéniable joué par A._ et la société qu'il administrait. On ne voit pas en quoi cela exclurait que A._ ait conclu le contrat d'entreprise au nom de la recourante. Quoi qu'il en soit, la Chambre civile a précisément indiqué les motifs pour lesquels elle retenait que la recourante devait être considérée comme partie au contrat. La recourante ne discute pas ces motifs dont elle ne souffle mot; une telle critique ne satisfait pas aux exigences de motivation d'un recours au Tribunal fédéral (art. 42 al. 2 LTF; ATF 134 II 244 consid. 2.1). Le grief est irrecevable.
3. La recourante se plaint ensuite d'une violation des art. 368 et 370 CO. La Chambre civile n'aurait à tort pas retenu qu'elle avait avisé à temps l'intimée de l'existence de défauts.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF); en tant que cour suprême, il est instance de révision du droit (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4135 ch. 4.1.4.2 ad art. 92). Il peut certes rectifier ou compléter les faits s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte, notion qui correspond à l'arbitraire, ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, ce pour autant que la correction soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 et art. 105 al. 2 LTF). Cette exception à la règle selon laquelle le Tribunal fédéral ne revoit pas les faits ne permet toutefois pas aux parties de rediscuter dans leurs mémoires les faits de la cause comme si elles plaidaient devant un juge d'appel. Dans la mesure où il est question d'arbitraire dans l'établissement des faits ou d'application anticonstitutionnelle du droit procédural cantonal, les exigences de motivation sont celles, plus strictes, de l'art. 106 al. 2 LTF; la partie recourante doit alors expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions pour rectifier ou compléter l'état de fait seraient réalisées (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3).
En l'espèce, la Chambre civile a retenu qu'il n'était pas établi que les infiltrations d'eau aient persisté après l'intervention de l'intimée en juin 2008. La recourante se limite à affirmer sans autre précision que sa maison subit toujours des infiltrations d'eau. Cela ne suffit pas pour que la Cour de céans puisse s'écarter de l'état de fait constaté par l'autorité cantonale.
Pour ce qui concerne d'autres défauts, la Chambre civile a constaté que l'allégation, intervenue au stade de l'appel seulement, était tardive en vertu de la procédure cantonale encore applicable à l'époque et qu'au surplus, ni ces défauts ni l'avis en temps utile n'étaient établis. La recourante ne tente pas de démontrer ni a fortiori ne démontre que c'est en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire que la Chambre civile a considéré les nouvelles allégations comme inadmissibles (cf. ATF 133 III 462 consid. 2.3 et 4.4.1); il est partant d'emblée exclu de tenir compte de ces prétendus défauts. De plus, la recourante n'en démontre pas l'existence, si ce n'est qu'elle invoque à cet effet des devis des 31 janvier et 1er février 2011, à savoir des documents établis postérieurement à l'arrêt attaqué et partant irrecevables parce que nouveaux (art. 99 al. 1 LTF).
La Chambre civile enfin a retenu qu'un prétendu défaut des escaliers n'était pas non plus établi. La recourante n'en dit mot.
Il s'ensuit que les moyens de droit soulevés doivent être examinés sur la base des faits retenus dans l'arrêt attaqué. La preuve de défauts n'étant pas rapportée, les griefs sont sans autre infondés.
4. La recourante se plaint enfin d'une violation de l'art. 373 al. 1 CO, qui traite du prix fixé à forfait. Elle relève que les deux devis de l'intimée portaient en tout sur 40'000 fr. et que la facture totale est de 242'304 fr.; elle estime ne pas devoir payer plus que le montant des devis majoré de 10%.
Il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que les parties auraient fixé un prix forfaitaire; aucune preuve dans ce sens n'est d'ailleurs évoquée. L'arrêt entrepris ne constate pas non plus que l'intimée aurait présenté un devis de 40'000 fr. Par contre, il retient qu'il avait été convenu avec l'intimée que les travaux seraient rémunérés à l'heure et au prix coûtant, que les travaux facturés ont été effectivement exécutés et que la recourante ou son représentant ont acquitté sans réserve six acomptes pour un total de 146'000 fr. Dans ces circonstances, la critique de la recourante n'est pas compréhensible.
5. Dans la faible mesure où il est recevable, le recours est infondé. La recourante supporte les frais et dépens de la procédure (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF); au vu de la brièveté de la réponse, les dépens de l'intimée seront réduits.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué à la recourante et au mandataire de l'intimée ainsi qu'à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 20 juin 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Monti