Fatti:
A. A._ è proprietaria del fondo yyy di X._, situato in pendio a valle di via Z._, nella zona residenziale semi-estensiva R3. Negli anni attorno al 1955, la parte alta del fondo è stata sistemata con due terrazzamenti sorretti da muri in pietra. Sul terrazzamento a monte è stata costruita una villa per la quale è stata rilasciata una licenza edilizia il 28 aprile 1955.
B. Il 20 giugno 2011 la proprietaria ha presentato una domanda di costruzione per demolire la villa e realizzare un nuovo complesso residenziale formato da due edifici disposti a gradoni, uniti da un corpo di collegamento. Il gradone superiore verrebbe costruito sul terrazzamento a monte, al posto della villa esistente. C._ e B._, proprietari di fondi confinanti verso ovest, rispettivamente est, della particella dedotta in edificazione, si sono opposti alla domanda. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 27 settembre 2011 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo contestualmente le opposizioni dei vicini.
C. Con decisione del 13 marzo 2012 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha parzialmente accolto i ricorsi presentati dagli opponenti contro la risoluzione municipale, confermando la licenza edilizia alla condizione che il corpo tra i due gradoni adibito a terrazza e piscina per il gradone a monte e il locale tecnico sottostante non fossero costruiti e che l'altezza massima dell'edificio superiore non superasse 13,23 m.
D. Contro la decisione governativa, sia la proprietaria sia gli opponenti hanno adito il Tribunale cantonale amministrativo, che, dopo avere esperito un sopralluogo, con sentenza del 13 novembre 2012 ha respinto il ricorso della prima e accolto i gravami dei secondi. La Corte cantonale ha annullato la licenza edilizia e la decisione governativa, ritenendo in particolare che il progetto non rispettava l'indice di occupazione massima e le norme sull'altezza massima con riferimento all'edificio a monte e ai muri di cinta.
E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla e di rilasciarle la licenza edilizia con le modifiche imposte dal Governo. In via subordinata, chiede l'annullamento del giudizio impugnato e la conferma delle decisioni rese dalle istanze inferiori riguardo alla nozione di terreno naturale, nel senso di riconoscere come tale il livello indicato dal geometra sui piani.
Non sono state chieste osservazioni sul ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha negato la licenza edilizia per la costruzione del complesso residenziale, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF (quest'ultimo in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF). La legittimazione della ricorrente giusta l'art. 89 cpv. 1 LTF è pacifica.
1.2 La ricorrente fa valere, oltre alla violazione del divieto dell'arbitrio, la lesione dell'autonomia comunale. Il Tribunale federale riconosce ai privati la facoltà di invocare l'autonomia comunale a titolo ausiliario, a sostegno di altre censure, quando il Comune non abbia espressamente o per atti concludenti rinunciato ad avvalersene (DTF 119 Ia 214 consid. 2c; 107 Ia 96 consid. 1c). In concreto, la ricorrente può essere ritenuta abilitata ad invocare la garanzia, giacché il Municipio di X._ le ha rilasciato la licenza edilizia richiesta e condivide la sua conclusione riguardo alla questione del livello del terreno naturale, oggetto del presente litigio.
2. 2.1 Nell'ambito di un ricorso al Tribunale federale non possono di principio essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi. Giusta l'art. 99 cpv. 1 LTF, un'eccezione a questa regola è possibile soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Il Tribunale federale non può tenere conto di fatti o mezzi di prova sopraggiunti dopo la pronuncia del giudizio impugnato, vale a dire veri nova (DTF 133 IV 342 consid. 2.1). Spetta alla ricorrente spiegare i motivi per cui si giustificherebbe l'inoltro di nuove prove (DTF 133 III 393 consid. 3).
2.2 La ricorrente produce in questa sede una lettera del 19 dicembre 2012 del Municipio di X._, che precisa i motivi per cui esso ha ritenuto che alla sistemazione del terreno esistente potesse oggi essere attribuita la qualifica di terreno naturale. Tale scritto è però successivo all'emanazione del giudizio impugnato ed è pertanto inammissibile. La questione del livello del terreno naturale, rispettivamente sistemato, non è d'altra parte emersa solo con il giudizio della Corte cantonale, ma era stata esplicitamente sollevata dagli opponenti e costituiva un aspetto centrale della procedura edilizia ai fini della determinazione dell'altezza degli edifici. La ricorrente poteva quindi addurre tutti gli argomenti rilevanti sotto questo profilo già in sede cantonale.
3. 3.1 La ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe violato il divieto dell'arbitrio e l'autonomia comunale, per avere negato alla sistemazione del fondo con i terrazzamenti esistenti il carattere di terreno naturale. Rimprovera ai giudici cantonali di avere valutato la questione del grado d'integrazione della sistemazione soltanto sulla base del nuovo progetto di costruzione, collegandola al tema dell'altezza degli edifici. Secondo la ricorrente, la Corte cantonale avrebbe poi accertato in modo manifestamente inesatto l'andamento del terreno naturale negli anni cinquanta del secolo scorso, fondandosi unicamente sui piani della licenza edilizia del 28 aprile 1955, che sarebbero approssimativi. Ritiene inoltre arbitrario l'accertamento relativo all'altezza del muro di sostegno verso ovest (circa 5 m), rimproverando altresì alla precedente istanza di non avere considerato le caratteristiche del manufatto e dei fondi contigui, di proprietà degli opponenti, che pure presenterebbero sistemazioni mediante terrapieni. La ricorrente sostiene che sarebbe occorso eseguire un'analisi completa di tutto il comparto, tenendo conto del fatto che sistemazioni simili sono riconducibili alla necessità di permettere l'accesso agli edifici da via Z._. Adduce infine che operando una propria valutazione del grado di integrazione dei terrazzamenti litigiosi nel contesto del territorio circostante, la Corte cantonale si sarebbe sostituita al Comune, violandone l'autonomia.
3.2 Secondo l'art. 40 cpv. 1 della legge edilizia cantonale, del 13 marzo 1991 (LE), l'altezza di un edificio è misurata dal terreno sistemato al punto più alto del filo superiore del cornicione di gronda o del parapetto. L'art. 41 LE prevede che la sistemazione di un terreno può essere ottenuta con la formazione di un terrapieno non superiore a 1,50 m dal terreno naturale (cpv. 1) e che, verso gli edifici, la lunghezza del terrapieno, misurata sul ciglio dello stesso, dovrà essere di almeno 3 m (cpv. 2). La Corte cantonale ha quindi rilevato che, in base a questa disposizione, l'altezza del terrapieno deve essere aggiunta a quella dell'edificio sovrastante nella misura in cui supera il limite di 1,50 m ad una distanza di 3 m dal filo della facciata. Ha inoltre richiamato l'art. 14 delle norme di attuazione del piano regolatore comunale, che riprendeva sostanzialmente i principi risultanti dagli art. 40 e 41 LE, pur consentendo un supplemento in altezza per le sistemazioni sui fondi in pendio. La precedente istanza ha poi rilevato che secondo la giurisprudenza cantonale un terreno sistemato, con il trascorrere del tempo, può perdere il carattere di sistemazione artificiale. In tal caso, benché modificato, l'assetto del suolo torna ad assumere le connotazioni del terreno naturale. Sempre secondo tale giurisprudenza, determinante ai fini della distinzione tra terreno naturale e terreno sistemato non è tanto lo scopo della modifica attuata, quanto piuttosto il suo grado d'integrazione nel contesto dei fondi circostanti. Sistemazioni che si scostano in modo abnorme dall'andamento del terreno adiacente sono da considerare come tali anche dopo molti anni, mentre alterazioni che rimodellano il suolo, inserendosi armoniosamente nelle altimetrie dei fondi limitrofi, possono essere assimilate al terreno naturale anche in un lasso di tempo relativamente breve (sentenza impugnata consid. 4.1 con riferimento in particolare a RDAT I-1996, n. 38, pag. 106 seg.; cfr. anche ADELIO SCOLARI, Commentario, 1996, pag. 566).
La ricorrente non contesta questa giurisprudenza, da lei esplicitamente richiamata nel suo gravame, ma ritiene che la Corte cantonale sarebbe incorsa nell'arbitrio rifiutandosi di considerare come terreno naturale i terrazzamenti esistenti sul fondo. Sostiene che nella valutazione del loro grado d'integrazione nel contesto dei fondi circostanti spettava all'autorità comunale un margine di apprezzamento che i giudici cantonali non avrebbero rispettato.
3.3 L'arbitrio, vietato dall'art. 9 Cost., è ravvisabile quando la decisione impugnata risulta manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesiva di una norma o di un chiaro principio giuridico, o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità. La decisione deve inoltre essere arbitraria nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (DTF 138 I 49 consid. 7.1; 137 I 1 consid. 2.4 e rinvii). Anche un abuso del potere di cognizione della Corte cantonale per non avere rispettato un margine di apprezzamento del Comune nel campo di applicazione dell'autonomia comunale realizza di massima gli estremi dell'arbitrio (DTF 136 I 395 consid. 2 e riferimenti).
3.4 La precedente istanza ha accertato che, nella fattispecie, per determinare l'altezza del gradone superiore, il progetto ha considerato quale terreno naturale il livello del terreno sistemato esistente, rilevato dal geometra. Detto livello coincide, nella parte alta del fondo, con i due terrazzamenti realizzati attorno al 1955. Ha ritenuto che il terrazzo su cui insiste la villa e quello sottostante, anche se realizzati oltre cinquant'anni fa alterando in modo rilevante l'andamento naturale del terreno, si distinguono ancora oggi nettamente dal terreno dei fondi adiacenti. Come si evince dalle fotografie annesse al verbale di udienza e dai profili del geometra, il carattere artificiale di queste opere di sistemazione risulta chiaramente percepibile. La Corte cantonale ha constatato che i terrazzi e i relativi muri di sostegno alterano in modo artificiale la morfologia del pendio e che, nonostante il tempo trascorso dalla loro realizzazione, continuano a distinguersi dai terreni circostanti, rispetto ai quali presentano un dislivello di rilievo (fino a circa 5 m). Essi rompono in modo innaturale la preesistente morfologia del pendio, il cui andamento è ancora attualmente deducibile da quello dei fondi vicini verso ovest, in particolare da quello dell'opponente C._. Quest'ultimo terreno, fatta astrazione dal muro che sostiene via Z._, si presenta a lato e a monte dell'edificio sostanzialmente come un piano inclinato, le cui uniche alterazioni sono costituite dalle piccole balze dei filari di un vigneto cui si affianca una scaletta. Sempre secondo quanto accertato dalla precedente istanza, il carattere artificiale dei terrazzi e dei relativi muri di sostegno è inoltre chiaramente percepibile rispetto al terreno a valle degli stessi, che, ad eccezione di qualche muretto, è rimasto sostanzialmente inalterato. La Corte cantonale ha ritenuto che, anche verso est, le opere controverse si distinguono chiaramente dai fondi vicini, giacché i terrazzi esistenti su questo versante sono sensibilmente arretrati rispetto a quello superiore presente sul fondo dedotto in edificazione, con il quale non costituiscono quindi un fronte unitario. Ha altresì considerato non raffrontabile alle importanti sistemazioni litigiose nemmeno il modesto terrapieno a scarpata su cui sorge il giardino a valle dell'edificio dell'opponente C._, che si esaurisce con il terreno naturale a confine. I giudici cantonali hanno concluso che i terrazzamenti in questione, sorretti da muri di contenimento su tre lati, sono riconducibili più ad edifici che a sistemazioni del terreno e che, in pratica, una loro integrazione del quadro del terreno circostante è manifestamente inesistente.
3.5 Contrariamente a quanto adduce la ricorrente, la precedente istanza non si è quindi fondata solo sul nuovo progetto di costruzione e sui piani della licenza edilizia del 1955, ma ha eseguito una valutazione esauriente ed articolata sulla base della situazione effettiva dei luoghi, le cui caratteristiche sono state accertate essenzialmente mediante un sopralluogo. Le considerazioni suesposte sono conformi agli atti e risultano confortate dalle fotografie scattate in occasione dell'ispezione locale. Come rettamente rilevato dalla Corte cantonale, il carattere artificiale dei terrazzamenti e dei relativi muri di sostegno sul fondo della ricorrente è evidente, segnatamente ove si considerino l'andamento naturale del terreno nella parte bassa della particella medesima e la conformazione del terreno delle proprietà vicine. In particolare, la particella dell'opponente C._ presenta un pendio parzialmente vignato che degrada verso valle senza sbalzi di rilievo. La Corte cantonale ha pure considerato l'esistenza di terrapieni anche sui fondi circostanti, ma ha spiegato in modo pertinente i motivi per cui questi ultimi differiscono da quelli in discussione, che presentano ingombri nettamente più importanti e sono situati in una posizione più avanzata verso valle. Le ragioni che hanno determinato simili caratteristiche, segnatamente la conformazione della retrostante via Z._ e le esigenze di accesso alla stessa, non sono di per sé decisive per valutare il grado di integrazione dei manufatti terrazzati litigiosi nel contesto del territorio circostante. È infatti determinante che tali sistemazioni sono di dimensioni rilevanti e si scostano significativamente dall'andamento del terreno limitrofo. Contrariamente all'opinione della ricorrente, l'accertamento secondo cui il muro di sostegno verso ovest presenta un'altezza fino a circa 5 m è peraltro conforme ai piani di costruzione. Dagli atti della domanda del 28 aprile 1955 risulta poi che, per realizzare i terrazzi, l'andamento naturale del pendio è effettivamente stato alterato in modo rilevante.
Poiché nelle esposte circostanze il carattere di sistemazione artificiale dei terrazzamenti esistenti permane evidente, la tesi della ricorrente di considerarli come terreno naturale manifestamente non regge. I giudici cantonali non hanno perciò violato il divieto dell'arbitrio annullando la licenza edilizia del 27 settembre 2011. Né essi hanno semplicemente sostituito il proprio apprezzamento a quello dell'autorità comunale violandone l'autonomia, ma rettamente non ne hanno convalidato una decisione chiaramente insostenibile.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili agli opponenti, non invitati a presentare una risposta al gravame.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.