Erwägungen:
1. X._ erhob am 24. April 2012 bei der Steuerverwaltung des Kantons Schaffhausen Einsprache gegen die Veranlagung zu den Kantons- und Gemeindesteuern 2011. Am 3. Juli 2012 beantragte er dem Obergericht des Kantons Schaffhausen die "verfassungskonforme und gesetzmässige Rechtsanwendung im Einspracheverfahren und damit die Heranziehung von Wortlaut und Sinn des Art. 39 Abs. 2 KV in Bezug auf die sofortige Herausgabe der Einsprache (Teilbereich) vom 24. April 2012 an das zuständige Gericht" sowie die Übermittlung der Einsprache an das Bundesgericht. Das Obergericht erachtete sich unter keinem Titel für zuständig, während der Hängigkeit des Einspracheverfahrens tätig zu werden, weder in Bezug auf die konkret streitige Veranlagung noch im Sinne der Vornahme einer abstrakten Normenkontrolle. Entsprechend trat es mit Verfügung vom 13. Juli 2012 auf den Rekurs nicht ein.
Mit Beschwerde (Normenkontrollbegehren) in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Juli 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht u.a. vorfrageweise Überprüfung der vorgelegten Rechtssätze Art. 149 Abs. 2 StG i.V. mit Art. 150 Abs. 1 des Schaffhauser Gesetzes vom 20. März 2000 über die direkten Steuern (StG) auf ihre Verfassungsmässigkeit im Anwendungsfall; Überprüfung der normwidrig angewandten Art. 23 Abs. 1 StG; Überprüfung der Reichweite von Art. 23 Abs. 1 StG; Aufhebung aufgrund der Unzulänglichkeit der gesetzlichen Regelung des gestützt auf eine normwidrige Bestimmung ergangenen konkreten Anwendungsaktes (Schlussrechnung vom 16. April 2012).
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden. Mit dem vorliegenden instanzabschliessenden Urteil wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
2. 2.1 Gemäss Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts (lit. a) und gegen kantonale Erlasse (lit. b). Dass das Bundesgericht selber nicht zur abstrakten Kontrolle der vom Beschwerdeführer erwähnten Gesetzesbestimmungen angerufen werden kann, ergibt sich aus Art. 101 BGG. Angefochten werden kann nur die Verfügung des Obergerichts vom 13. Juli 2012.
2.2 Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt (schweizerisches) Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein, d.h. der Beschwerdeführer muss auf die für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen konkret eingehen. Soll die Anwendung kantonalen Rechts (vgl. Art. 95 BGG, dazu BGE 135 III 513 E. 4.3 S. 521 f.; 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351 f.; 133 III 462 E. 2.3 S. 466) bemängelt werden, kann im Wesentlichen bloss die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden, was spezifischer Geltendmachung und Begründung bedarf (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG).
2.3 Das Obergericht hat einen Nichteintretensentscheid gefällt; von vornherein an der Sache vorbei gehen und nicht zu hören sind damit die Anträge und Ausführungen des Beschwerdeführers zur materiellrechtlichen Steuernorm des Art. 23 StG/SH.
Das Obergericht hat seinen Nichteintretensentscheid mit der für die Anfechtung von Veranlagungsentscheiden bzw. Steuerrechnungen geltenden Rechtsmittelordnung begründet. Der Beschwerdeführer macht geltend, diese sei verfassungswidrig. Namentlich beantragt er eine vorfrageweise Überprüfung von Art. 149 und 150 StG. Inwiefern die dazu angerufenen verfassungsmässigen Rechte durch diese Normen als solche bzw. durch ihre Anwendung im konkreten Einzelfall verletzt würden, lässt sich den Ausführungen in der Beschwerdeschrift auch nicht ansatzweise entnehmen. Der Beschwerdeführer prozessiert weitgehend gleich und erhebt mehr oder weniger dieselben untauglichen Rügen wie in den Verfahren 2C_717/2011 und 2C_718/2011, die durch das Nichteintretensurteil des Bundesgerichts vom 10. Oktober 2011 erledigt wurden. Es kann ergänzend auf E. 2.3 jenes ihm bekannten Urteils verwiesen werden.
2.4 Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), und es ist darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2.5 Die Gerichtskosten sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG). Bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr ist seiner Art der Prozessführung Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. August 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller