Fatti:
A. Nella dichiarazione fiscale 2009 A._, di professione pilota di linea, ha indicato l'importo di fr. 20'000.-- a titolo di spese di perfezionamento professionale, corrispondenti al costo di due corsi frequentati per conseguire la licenza di istruttore di volo. Con decisione di tassazione del 22 dicembre 2010 l'Ufficio di tassazione di Mendrisio ha negato la deduzione richiesta, considerando che i costi in questione non andavano trattati come spese di perfezionamento professionale, ma quali spese legate ad una nuova formazione. Il rifiuto è stato confermato con decisione su reclamo del 23 febbraio 2011.
B. Adita dal contribuente, la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ne ha accolto il gravame con sentenza del 28 settembre 2011. In primo luogo ha osservato che l'opinione dell'autorità di prime cure, secondo cui i due corsi andavano qualificati come nuova formazione, era conforme alla legge e senz'altro condivisibile. Richiamata tuttavia la prassi contraria adottata da diversi cantoni, tollerata, perlomeno implicitamente, dall'Amministrazione federale delle contribuzioni nella sua veste di autorità di vigilanza, la Corte cantonale ne ha dedotto che il contribuente poteva invocare il diritto alla parità di trattamento nell'illegalità, il quale in concreto prevaleva sul principio della legalità. Ha quindi annullato la decisione su reclamo e rinviato la causa all'autorità di tassazione affinché, ottenuti i necessari giustificativi, determinasse l'entità delle spese deducibili.
C. Il 3 novembre 2011 l'Amministrazione federale delle contribuzioni ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata e la decisione su reclamo confermata, in via subordinata che la causa sia rinviata all'autorità inferiore per nuovo giudizio. Censura la violazione del diritto federale determinante.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. 1.1 Il giudizio contestato è stato pronunciato in una causa di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) dall'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF), la cui decisione può essere impugnata dinanzi a questa Corte per quanto concerne l'imposta federale diretta (cfr. art. 146 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta [LIFD; RS 642.11]).
1.2 In concreto non sono dati motivi di esclusione (art. 83 LTF) e il ricorso è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF). Inoltre è stato presentato da un'autorità legittimata ad agire (art. 89 cpv. 2 lett. a LTF in relazione con gli art. 4 cpv. 1 e 12 dell'ordinanza del 17 febbraio 2010 sull'organizzazione del Dipartimento federale delle finanze [Org-DFF; RS 172.215.1]: il giudizio impugnato può infatti disattendere la legislazione federale che fa parte della sua sfera di competenza ed è sufficiente l'interesse ad un'applicazione uniforme e corretta del diritto federale tributario (cfr. DTF 125 II 326 consid. 2c pag. 329). Ne discende che il ricorso in materia di diritto pubblico è, di principio, ammissibile.
2. 2.1 La sentenza impugnata non conclude la procedura, ma rinvia gli atti per nuova tassazione all'autorità di prima istanza. Le decisioni di rinvio ad un'autorità inferiore non costituiscono di regola decisioni finali poiché non pongono fine al procedimento (art. 90 LTF). Fanno eccezione i giudizi che, pur essendo formalmente di rinvio, in realtà rappresentano già decisioni finali impugnabili in quanto non lasciano alcun margine di apprezzamento all'istanza precedente, ma le impongono semplicemente di tradurre in concreto, cioè in pratica solo di calcolare, ciò che è stato ordinato dall'autorità di ricorso (DTF 134 II 124 consid. 1.3 pag. 127). Sennonché la decisione contestata non rientra tra queste eccezioni. Essa esige infatti ulteriori accertamenti al fine di verificare se le spese litigiose sono state effettivamente sopportate dal contribuente e, in caso affermativo, in quale misura. Il rinvio non serve quindi ad una semplice trasposizione contabile, ma riserva un'ampia latitudine di giudizio all'autorità di prime cure. La pronuncia contestata non rappresenta perciò una decisione di natura finale.
2.2 I giudizi di rinvio sono di principio decisioni incidentali e sono quindi impugnabili soltanto se risultano adempiuti i presupposti dell'art. 93 LTF, segnatamente se possono causare un pregiudizio irreparabile (cpv. 1 lett. a; su questa nozione cfr. DTF 134 III 188 consid. 2.1 pag. 190 e riferimenti) o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cpv. 1 lett. b). L'adempimento delle condizioni poste dall'art. 93 cpv. 1 LTF, se non è evidente, dev'essere allegato e dimostrato (DTF 134 III 426 consid. 1.2 in fine pag. 429 e rinvii).
2.3 Come già giudicato dal Tribunale federale, si è in presenza di un pregiudizio irreparabile quando una decisione di rinvio obbliga un'autorità legittimata a ricorrere ad emanare una nuova decisione contro la propria concezione giuridica. Siccome l'autorità non può impugnare la propria decisione, vi è il rischio che la stessa cresca in giudicato senza che venga sottoposta al vaglio del Tribunale federale. Al fine di evitare questa situazione, l'autorità può quindi, invocando l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, impugnare direttamente la decisione di rinvio oppure una decisione che la conferma dinanzi al Tribunale federale. Al riguardo è irrilevante che l'autorità precedente si sia pronunciata su tutti gli elementi determinanti ai fini del giudizio o che vengano ancora esatti degli accertamenti (sentenza 2C_420/2008 del 3 febbraio 2009 consid. 4.5.1 e numerosi riferimenti).
Queste considerazioni si applicano anche quando un'autorità oppure un'unità amministrativa a lei sottoposta è legittimata a ricorrere al Tribunale federale, ma non può invece agire dinanzi a tutte le istanze che lo precedono: in tal caso, anche se non le spetta emanare una nuova decisione in seguito alla decisione di rinvio, può appellarsi all'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF per adire il Tribunale federale (sentenza 2C_420/2008 citata, consid. 4.5.2).
2.4 Nel caso concreto le situazioni appena descritte non sono tuttavia date. Giusta l'art. 111 cpv. 2 LTF le autorità federali che hanno diritto di ricorrere al Tribunale federale possono avvalersi dei rimedi giuridici previsti dal diritto cantonale e, in quanto ne facciano richiesta, partecipare ai procedimenti dinanzi alle autorità cantonali inferiori. Altrimenti detto l'Amministrazione federale delle contribuzioni qui ricorrente, la quale nella procedura dinanzi al Tribunale federale può agire per quanto concerne l'imposta federale diretta (art. 146 LIFD), potrà impugnare la nuova decisione che verrà resa dall'autorità fiscale in seguito alla decisione di rinvio, utilizzando le vie di ricorso cantonali. Vista la preminenza del diritto federale (art. 49 cpv. 1 Cost.), non importa che il diritto cantonale preveda che essa possa ricorrere oppure lo escluda espressamente. Come illustrato, siccome la sentenza cantonale finale può essere impugnata dinanzi a questa Corte, la qui ricorrente può avvalersi, giusta l'art. 111 cpv. 2 LTF, di tutti i rimedi previsti dal diritto cantonale che precedono il Tribunale federale. Nelle descritte circostanze la decisione di rinvio qui contestata non le causa alcun pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF.
2.5 Va poi osservato che non si è nemmeno in presenza del caso in cui il Tribunale federale aveva ammesso il ricorso esperito da un'autorità federale contro una decisione di rinvio, allorché avrebbe potuto impugnare la decisione finale. In tale evenienza l'autorità, nella sua veste di autorità di vigilanza, aveva partecipato al procedimento di prima istanza nonché fatto uso dei rimedi di diritto esistenti. In quel caso sarebbe stato puro e inutile formalismo esigere da lei che adisse nuovamente tutte le istanze precedenti il Tribunale federale. Inoltre nessuna delle parti in causa aveva un interesse a che si procedesse in tal modo (cfr. consid. 1 non pubblicato in DTF 134 II 287 segg.). L'attuale situazione è diversa in quanto la ricorrente non ha preso parte alla procedura cantonale, motivo per cui si può esigere ora da lei che lo faccia e che vi esponga le sue censure.
2.6 Da quel che precede discende che il giudizio querelato non appare suscettibile di cagionare un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF. Quanto ai presupposti dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF, essi non sono stati addotti, perlomeno non conformemente a quanto esatto dall'art. 42 LTF, né sono ravvisabili nel caso di specie. Il ricorso, manifestamente inammissibile, può essere evaso secondo la procedura dell'art. 108 cpv. 1 LTF.
3. Visto l'esito del giudizio le spese vanno poste a carico dell'Amministrazione federale delle contribuzioni, che ha un chiaro interesse finanziario in causa (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF). Alla controparte, che non è patrocinata da un avvocato e che non è stata invitata ad esprimersi, non si assegnano ripetibili (art. 68 cpv. 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico dell'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro rappresentante, alla Divisione delle contribuzioni e alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.