Faits:
A. X._ est propriétaire d'une villa, construite en 2003, qu'elle occupe depuis le 1er août 2003. Dans sa déclaration fiscale 2003, la contribuable a déclaré, pour le calcul de l'impôt cantonal et communal, une valeur locative de 17'449 fr. Après différents litiges relatifs à la première décision de taxation du 12 décembre 2005 pour l'impôt cantonal et communal 2003, qui fixait le rendement d'immeuble à 21'424 fr., X._ a porté l'affaire devant la Commission cantonale de recours en matière d'impôts (remplacée, depuis le 1er janvier 2009, par la Commission cantonale de recours en matière administrative du canton de Genève; ci-après: la Commission cantonale de recours). Le recours portait sur la prise en compte de surfaces du sous-sol de la villa pour fixer la valeur locative de cette dernière.
Par décision du 9 mars 2009, la Commission cantonale de recours a partiellement admis le recours de X._ et a renvoyé le dossier à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) pour nouvelle taxation dans le sens des considérants. A cette occasion, elle a retenu que la surface de 42 m2, intitulée "dégagement" sur le plan du sous-sol de la maison, qui était "constitué de passages et d'un large corridor, ne correspondait qu'à un lieu de passage non habitable". Ainsi, sa fonction principale était de conduire aux divers locaux de services ainsi qu'à un atelier et à une salle de gymnastique, au contraire des couloirs du rez-de-chaussée qui faisaient partie intégrante de l'espace habitable, lequel était chauffé et meublé en conséquence. De ce fait, ce dégagement ne constituait pas un espace fermé susceptible d'apporter véritablement une plus-value à la maison sur le marché immobilier.
B. Le 31 mars 2009, l'Administration fiscale cantonale a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre la décision précitée. Par arrêt du 9 mars 2010, ledit Tribunal a admis le recours, annulé la décision de la Commission cantonale de recours et rétabli la décision de l'Administration fiscale cantonale du 13 (recte: 12) décembre 2005.
C. X._ a formé un "recours" auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal administratif du 9 mars 2010. Elle conclut à l'annulation de cet arrêt et à la confirmation de la décision de la Commission cantonale de recours du 9 mars 2009, le tout sous suite de frais et dépens.
Appelés à se déterminer, la Commission cantonale de recours a déclaré ne pas avoir d'observations à formuler, le Tribunal administratif a persisté dans les considérants et le dispositif de son arrêt, alors que l'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont conclu au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou la loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) est entrée en vigueur le 1er janvier 1993. Les cantons devaient adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de la loi sur l'harmonisation dans les huit ans qui suivaient l'entrée en vigueur de cette loi (art. 72 LHID). En l'espèce, l'arrêt attaqué concerne la détermination, pour la période fiscale 2003, de la valeur locative de l'immeuble de la recourante (cf. art. 7 al. 1 LHID), soit une matière réglée au titre 2 de la loi sur l'harmonisation fiscale, de sorte que cette loi est applicable.
2. Déposé en temps utile et dans les formes prévues par la loi (art. 100 al. 1 et 42 LTF), contre une décision finale prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) - qui ne peut pas être attaquée devant le Tribunal administratif fédéral (art. 33 let. i LTAF) -, par son destinataire (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours, non qualifié par la recourante, est en principe recevable comme recours en matière de droit public pour violation du droit fédéral qui comprend les droits constitutionnels (cf. art. 95 let. a LTF).
3. 3.1 Le Tribunal fédéral examine librement si le droit cantonal et son interprétation par les autorités cantonales respectent les exigences de la loi sur l'harmonisation fiscale. Toutefois, dans la mesure où le droit fédéral laisse une marge de manoeuvre au législateur cantonal, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral se limite à l'interdiction de l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 ss; 131 II 710 consid. 1.2 p. 713; 130 II 202 consid. 3.1 p. 205 et les arrêts cités).
A la différence de ce qui prévalait dans l'affaire 2C_469/2007 du 8 janvier 2008 à laquelle se réfère la recourante, la présente cause n'a pas trait à l'application de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), de sorte que le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral n'est pas le même. En effet, si l'art. 7 al. 1 LHID prescrit d'imposer la valeur locative, il ne pose pas d'exigences allant au-delà des limites fixées par les normes constitutionnelles, en particulier par le principe d'égalité de traitement entre les propriétaires et les locataires, s'agissant de la détermination de celle-ci. Selon la jurisprudence, les cantons disposent ainsi d'une certaine marge de manoeuvre dans la fixation de la valeur locative (ATF 132 I 157 consid. 3.3 p. 162; 131 I 377 consid. 2.2 p. 381 et les arrêts cités). Partant, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est, à cet égard, limité à l'interdiction de l'arbitraire.
3.2 Le présent litige, qui concerne l'impôt cantonal et communal 2003, est régi par l'ancienne loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques, Impôt sur le revenu (revenu imposable), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009, (ci-après: aLIPP-IV; cf. art. 72 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [ci-après: LIPP; RS/GE D 3 08], en vigueur depuis le 1er janvier 2010) et ses dispositions d'exécution. Or, sous réserve de cas non réalisés en l'espèce (cf. art. 95 let. c et d LTF), le Tribunal fédéral ne revoit pas le droit cantonal en tant que tel, à moins que son application se révèle contraire au droit fédéral, qui comprend le droit constitutionnel (art. 95 let. a LTF). Par conséquent, une application arbitraire du droit cantonal, contraire à l'art. 9 Cst., constitue un motif de recours pouvant être invoqué (cf. ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466; 133 II 249 consid. 1.2.1 p. 251/252). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas cette question d'office, mais uniquement si le grief est soulevé et dûment motivé par le recourant (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF). Lorsqu'il s'en prend à une décision fondée sur le droit cantonal, le recourant ne peut donc se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 134 II 244 consid. 2.1-2.3 p. 246 s.; 133 II 396 consid. 3.1 p. 399 s. et les arrêts cités).
4. La recourante conteste que la surface de 42 m2, située au sous-sol de sa villa, constituée d'un dégagement, de l'escalier et de corridors, puisse être prise en compte dans la détermination de la valeur locative de son bien immobilier.
4.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211). A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (ATF 134 I 263 consid. 1 p. 265; 134 II 124 consid. 4.1 p. 133 et les arrêts cités).
4.2 Dans le canton de Genève, pour l'impôt cantonal et communal 2003, la fixation de la valeur locative était régie par l'art. 7 al. 2 aLIPP-IV, qui a la teneur suivante:
"La valeur locative est déterminée en tenant compte des conditions locales. Le loyer théorique des villas et des appartements en copropriété par étage occupés par leur propriétaire est fixé en fonction notamment de la surface habitable, du nombre de pièces, de l'aménagement, de la vétusté, de l'ancienneté, des nuisances éventuelles et de la situation du logement. Le loyer théorique sera pondéré par la durée d'occupation continue de l'immeuble conformément au barème applicable en matière d'évaluation des immeubles situés dans le canton; il ne saurait excéder un taux d'effort de 20 pour cent des revenus bruts totaux. Ce taux d'effort est calculé sur les revenus bruts totaux mais au minimum sur le montant déterminant pour le calcul du rabais d'impôt. La valeur locative limitée à ce taux d'effort n'est toutefois prise en compte qu'à la condition que les intérêts sur le financement de l'immeuble ne soient pas supérieurs à son montant."
Intitulé "Valeur locative du logement", l'art. 2 du règlement du 14 novembre 2001 d'application de la loi sur l'imposition des personnes physiques (aLIPP-IV), Impôt sur le revenu (revenu imposable) disposait ce qui suit:
"La valeur locative du logement du contribuable dans sa propre maison doit être déterminée en fonction des loyers usuels pratiqués dans la localité pour des logements semblables. Lorsque certains locaux sont utilisés aussi bien à des fins commerciales que privées, par exemple dans l'hôtellerie, il est tenu compte d'une part appropriée à ces locaux communs (pièces d'habitation, cuisine, bain, WC)."
Selon le "questionnaire destiné aux propriétaires d'appartements et de villas", édité par l'Administration fiscale, la valeur locative brute est déterminée - tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal - d'abord d'après une valeur locative de base qui est fonction de la surface habitable et du nombre de pièces. La valeur locative de base est ensuite multipliée par des coefficients pour tenir compte du type d'habitation, de l'aménagement, de la vétusté, des nuisances et de la situation. Le résultat obtenu est finalement adapté à l'indice genevois des loyers pour donner la valeur locative brute. La surface habitable est définie comme suit:
"C'est la surface exacte des pièces habitables, cuisine, salles de bains et cabinets de toilette, hall, vestibules, vérandas fermées, escaliers intérieurs, combles habitables et mansardes (surface où la distance du sol au toit est supérieure à 1,5 mètre), pièces vides ou locaux annexes, tels que réduits à concurrence de 50%, à l'exception des galetas non habitables, balcons, terrasses et galeries, caves et autres locaux de service (buanderie, étendage), garages et remises. Elle correspond au minimum au nombre de pièces multiplié par 20 m2".
4.3 En l'espèce, il est douteux que le recours soit recevable et ce pour plusieurs motifs.
Tout d'abord, le mémoire est rédigé sous une forme exclusivement appellatoire et il ne correspond pas aux exigences de motivation stricte de l'art. 106 al. 2 LTF, spécialement s'agissant d'invoquer l'application arbitraire de normes cantonales (cf. consid. 3.2). A cet égard, il faut relever que le mémoire ne mentionne pas la notion d'arbitraire, ni l'art. 9 Cst. En outre, il n'expose aucunement en quoi le fait de prendre en compte la surface d'un corridor qui conduit notamment à deux pièces dont la surface participe à la détermination de la valeur locative serait arbitraire au regard du droit cantonal pertinent, respectivement contraire à la LHID. Il se borne à substituer sa propre appréciation de ce que devrait être la juste portée du droit cantonal à celle des autorités, ce qui est insuffisant. Nulle part la recourante n'intègre dans son raisonnement le fait que le dégagement en question ne conduit pas exclusivement à des surfaces non déterminantes pour le calcul de la valeur locative, de sorte que son recours se révèle théorique puisqu'il ne se rattache que peu à l'état de fait retenu par le Tribunal administratif et qui lie le Tribunal fédéral (art. 97 al. 1 LTF).
Ensuite, la recourante se prévaut d'une mauvaise application de l'art. 21 al. 1 let. b LIFD, alors qu'est seul en cause l'impôt cantonal et communal, à l'exclusion de l'impôt fédéral direct. Elle fait également référence à l'art. 24 al. 1 let. b LIPP. Or, le litige concernant l'impôt cantonal et communal 2003, c'est l'aLIPP-IV, en vigueur en 2003, et non la LIPP (cf. consid. 3.2), qui est applicable. N'exposant nullement en quoi la mise en oeuvre de l'art. 7 aLIPP-IV et de son règlement d'application à la place des normes invoquées serait arbitraire, le recours devrait également être déclaré irrecevable de ce chef.
Le grief aurait, de toute façon, également dû être rejeté sur le fond. En effet, depuis le 1er janvier 2001, le système objectif de détermination de la valeur locative du droit fédéral a été repris en droit genevois (Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3e éd., p. 130). Dès lors, les juges cantonaux pouvaient, sans arbitraire, se référer à la jurisprudence en matière d'impôt fédéral direct et l'appliquer en droit cantonal. Selon celle-ci, la valeur locative correspond au loyer objectif du marché (ATF 132 I 157 consid. 3.3 p. 162; 131 I 377 consid. 2.2 p. 381; 123 II 9 consid. 4b p. 14 s.): est déterminant le montant que le propriétaire, en louant l'objet en question selon les conditions usuelles du lieu, pourrait en obtenir, ou le montant qu'il devrait payer pour louer un objet similaire (RDAF 1997 II p. 706 = Pra 1997 no 121 p. 645, 2A.298/1994 consid. 4a). Ainsi, comme le mentionne le Tribunal administratif dans l'arrêt attaqué, les locaux doivent être pris en considération dans la mesure où ils ont une valeur locative pour eux-mêmes ou qu'ils augmentent celle de l'ensemble de l'immeuble. Le fait que leur usage est limité par leur configuration (il s'agit p. ex. de locaux en sous-sol, d'accès difficile, etc.) influe sur leur valeur locative, mais ne justifie pas de la supprimer s'ils ont une valeur sur le marché immobilier (arrêt 2C_469/2007 du 8 janvier 2008 consid. 3.1). En outre, selon l'art. 7 al. 2 aLIPP-IV, la surface habitable représente l'un des critères de fixation de la valeur locative. Or, selon le questionnaire précité (consid. 4.2), la surface habitable ne comprend pas seulement la surface des "pièces habitables" à proprement parler, mais également - notamment - celle des halls, vestibules et escaliers intérieurs. Dans cette perspective, la solution retenue dans l'arrêt attaqué qui consiste à inclure, dans la surface déterminante pour le calcul de la valeur locative, le hall en cause de 42 m2 n'est pas insoutenable. En effet, d'une part, cet espace comprend un escalier intérieur. D'autre part, comme le relève le Tribunal administratif, cet escalier et les corridors permettent d'accéder au sous-sol et, entre autres pièces, à la salle de gym et à l'atelier dont il n'est pas contesté qu'elles doivent être inclues dans la surface déterminante pour la valeur locative. De plus, ces 42 m2 sont constitués, outre de l'escalier et des corridors, d'un dégagement relativement important - pouvant être utilisé - et qui influe sur la valeur du bien en cause. Dès lors, comme retenu par les premiers juges, il importe peu que cet espace ne soit pas chauffé, ni meublé. Il découle de ce qui précède que le fait de tenir compte de ce hall de 42 m2, à raison de 50%, pour le calcul de la valeur locative de la villa en cause selon l'art. 7 al. 2 aLIPP-IV, n'est pas arbitraire.
5. La recourante mentionne, dans son mémoire, l'art. 8 Cst. et la "différence de traitement entre un locataire (loi sur les baux et loyers) et un propriétaire (lois fiscales en la matière LIPP et LIFD)". Son argumentation est, à cet égard, pour le moins confuse et elle ne précise pas en quoi consisterait la violation du principe d'égalité (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 670 consid. 1.5 p. 674, 232 consid. 1.2 p. 234). Partant, dans la mesure où elle entendait faire valoir une telle violation, son grief est irrecevable.
6. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
La recourante voit ses conclusions rejetées, de sorte qu'elle supportera les frais de procédure (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 66 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 4 octobre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Zünd Kurtoglu-Jolidon