Fatti:
A. Entrata in Svizzera il 5 ottobre 2009 la cittadina marocchina A._ (1970) vi si è sposata il 16 ottobre successivo con il cittadino italiano B._ (1964), ivi domiciliato. In seguito al matrimonio le è stato rilasciato un permesso di dimora CE/AELS valido fino al 4 ottobre 2014.
Il 12 aprile 2011 la Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino le ha revocato il permesso di dimora CE/AELS. A sostegno della propria decisione ha osservato che lo scopo per cui il citato permesso le era stato concesso era venuto a mancare in seguito alla cessazione della vita comune dei coniugi: dal 16 aprile 2010 erano legalmente separati, tre giorni dopo la moglie aveva lasciato l'appartamento coniugale e il 28 maggio 2010 avevano presentato una domanda comune di divorzio.
Questa decisione è stata confermata su ricorso dapprima dal Consiglio di Stato, il 5 luglio 2011, e poi dal Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo, con sentenza del 16 novembre 2011.
B. Il 20 dicembre 2011 A._ ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata e che le venga confermato il permesso di dimora.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43).
2. 2.1 Giusta l'art. 83 lett. c n. 2 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto.
2.2 Considerato che il procedimento riguarda la revoca di un permesso di dimora che altrimenti avrebbe ancora effetti giuridici, il gravame sarebbe di principio ricevibile anche in assenza di un diritto all'ottenimento dell'autorizzazione di soggiorno (sentenza 2C_424/2009 del 4 gennaio 2010 consid. 2). Non occorre pertanto appurare se la ricevibilità sia data anche in virtù di altre norme. L'impugnativa, tempestiva (art. 46 cpv. 1 lett. c e 100 cpv. 1 LTF) e presentata da una persona legittimata ad agire (art. 89 cpv. 1 LTF) è, quindi, in linea di massima, ammissibile.
3. 3.1 La ricorrente non rimette in discussione la sentenza impugnata riguardo al fatto che nulla può dedurre dall'art. 3 cpv. 1 e 2 Allegato I dell'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Comunità europea e i suoi Stati membri, da una parte, e la Confederazione Svizzera, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (ALC; RS 0.142.112.681), dagli art. 43 cpv. 1, 49 e 50 cpv. 1 lett. a della legge federale sugli stranieri del 16 dicembre 2005 (LStr; RS 142.20), dall'art. 8 CEDU oppure sulla questione della proporzionalità del provvedimento impugnato. In merito a questi aspetti, che non occorre più di conseguenza riesaminare in questa sede, ci si limita a rinviare ai pertinenti considerandi del giudizio contestato (cfr. sentenza cantonale pag. 6 segg. consid. 3.2, 3.3, 4 e 5).
3.2 Ella fonda la sua argomentazione sul fatto che, in caso di rientro in Marocco, quale musulmana ex moglie di un cristiano verrebbe disprezzata da tutti, poiché ritenuta apostata, e si troverebbe di riflesso in una situazione insostenibile. In proposito, si può considerare che la ricorrente si richiama all'art. 50 cpv. 1 lett. b LStr, secondo cui, dopo lo scioglimento del matrimonio o della comunità familiare, il diritto del coniuge al rilascio e alla proroga del permesso di dimora in virtù, tra l'altro, dell'art. 43 LStr, risulta preservato a condizione che gravi motivi personali rendono necessario il prosieguo del soggiorno in Svizzera, ovvero quando le condizioni previste dall'art. 50 cpv. 1 lett. a LStr non risultano adempiute ma, valutati gli interessi in gioco, la partenza dalla Svizzera costituisca comunque un rigore eccessivo (cfr. DTF 137 II 1 consid. 4.1 pag. 7 seg.; sentenza 2C_236/2011 del 2 settembre 2011 consid. 2). Sennonché su quest'ultimo punto la ricorrente si limita a vaghe dichiarazioni, non fornisce cioè alcun elemento concreto né presenta alcuna prova riguardo alle asserite discriminazioni alle quali sarebbe confrontata in caso di rientro nel paese natio. La censura, insufficientemente motivata (art. 42 LTF), è quindi irricevibile.
4. Da quel che precede discende che l'impugnativa, in quanto ammissibile, risulta manifestamente infondata e può essere evasa secondo la procedura semplificata prevista dall'art. 109 LTF.
5. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. In quanto ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al rappresentante della ricorrente, alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Giudice delegato del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, nonché all'Ufficio federale della migrazione.