Faits:
A. Dans la nuit du 2 au 3 septembre 2007, dans le cadre des élections fédérales, des membres de la section valaisanne de l'UDC ont placardé des affiches, montrant des musulmans en train de prier face contre terre devant le Palais fédéral, à Berne, accompagnées du slogan suivant: « Utilisez vos têtes! Votez UDC. Suisse, toujours libre! ».
B. Aucun musulman n'a dénoncé une atteinte à la liberté de croyance ou une discrimination religieuse, ni ne s'est plaint d'une éventuelle infraction contre l'honneur. Toutefois, le 4 septembre 2007, le ministère public du Bas-Valais a dénoncé les concepteurs et poseurs d'affiches pour discrimination raciale.
Par décision du 28 avril 2008, le juge d'instruction cantonal a refusé de donner suite à cette dénonciation. Par prononcé du 25 juillet 2005, le juge de l'autorité de plainte du Tribunal cantonal valaisan a rejeté la plainte déposée par le ministère public du Bas-Valais contre la décision précitée.
C. Invoquant l'arbitraire et une violation de l'art. 261bis al. 4 CP, le ministère public du Bas-Valais et le Procureur général du canton du Valais déposent un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Ils concluent au renvoi de la cause au premier juge pour instruction.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 81 al. 1 LTF a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b), soit en particulier l'accusateur public (chif. 3).
1.1 L'accusateur public au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 3 LTF est la personne ou l'autorité qui, en vertu du droit cantonal, est chargée, en qualité de partie, de défendre l'intérêt public devant le juge pénal cantonal de dernière instance. Lorsque le droit cantonal institue un procureur général ou un ministère public compétent pour la poursuite de toutes les infractions commises sur l'ensemble du territoire cantonal, il est considéré comme seul accusateur public du canton habilité à interjeter un recours au Tribunal fédéral. Cela vaut aussi lorsque le droit cantonal charge en plus d'autres autorités de défendre l'intérêt public devant le juge pénal cantonal de dernière instance, que ce soit dans des causes relatives à des matières particulières ou à une partie du territoire cantonal. Même dans les cas où ces autorités ont agi seules en dernière instance cantonale, elles ne peuvent pas recourir auprès du Tribunal fédéral. Cette restriction découle du droit fédéral et les cantons ne peuvent pas y déroger (cf. ATF 131 IV 142 consid. 1; 128 IV 237; 115 IV 152 consid. 4).
Dans l'ATF 131 IV 142, le Tribunal fédéral a constaté que le Procureur général valaisan était compétent pour l'entier du territoire cantonal, qu'il pouvait se saisir de toutes les causes, qu'il devait veiller à une politique criminelle uniforme dans le canton et qu'il pouvait donner des directives aux autres procureurs. Il a par conséquent dénié la qualité pour se pourvoir en nullité aux procureurs régionaux et admis que seul le Procureur général pouvait user de cette voie de droit en tant qu'accusateur public du canton.
1.2 La question de savoir si, au regard de la modification du 9 novembre 2006 apportée à la loi d'organisation judiciaire valaisanne du 27 juin 2000 (LOJ/VS), les procureurs régionaux sont désormais habilités à recourir en matière pénale au Tribunal fédéral peut rester ouverte, le mémoire de recours ayant été contresigné par le Procureur général auquel cette qualité ne saurait être déniée (cf. ATF 134 IV 36 consid. 1.3).
2. Le recourant soutient que la lecture de l'affiche selon laquelle celle-ci s'adresserait aux musulmans est arbitraire.
Cette critique est irrecevable. En effet, le Procureur général s'en prend ainsi au sens qu'un destinataire non prévenu confère aux expressions et images utilisées, ce qui constitue une question de droit et non pas de fait, qui peut, elle, être contestée sous l'angle de l'art. 9 Cst. (ATF 131 IV 23 consid. 2.1). L'interprétation de l'affiche est d'ailleurs examinée ci-dessous dans le cadre de la violation alléguée de l'art. 261bis al. 4 CP (cf. infra consid. 3.2 et 3.3).
3. Le recourant estime que les affiches de la section valaisanne de l'UDC consacrent une violation de l'art. 261bis al. 4 CP.
3.1 Selon cette disposition, se rend coupable de discrimination raciale celui qui aura publiquement, par la parole, l'écriture, l'image, le geste, par des voies de fait ou de toute autre manière, abaissé ou discriminé d'une façon qui porte atteinte à la dignité humaine une personne ou un groupe de personnes en raison de leur race, de leur appartenance ethnique ou de leur religion.
3.1.1 Cette norme vise notamment à protéger la dignité que tout homme acquiert dès la naissance et l'égalité entre les êtres humains. A la lumière de cet objectif, constituent un abaissement ou une discrimination au sens de l'art. 261bis al. 4 CP tous les comportements qui dénient à des membres de groupes humains, en raison de leur race, de leur ethnie ou de leur religion, une valeur égale en tant qu'êtres humains ou des droits de l'homme identiques, ou du moins qui remettent en question cette égalité (ATF 131 IV 23 consid. 3). Ainsi, sera un dénigrement punissable le fait d'assimiler les Noirs à des bêtes (ATF 124 IV 121 consid. 2b p. 125) ou encore de faire apparaître les Juifs comme foncièrement avides d'argent (ATF 126 IV 20 consid. 1f p. 28).
En revanche, les déclarations qui expriment certaines inégalités spécifiques et qui ne comportent pas, de façon explicite ou implicite, d'affirmation d'inégalité de droit à jouir des droits de l'homme, ne sont pas rabaissantes ou discriminatoires. Cela reste valable lorsque l'affirmation semble être xénophobe, de mauvais goût, amorale ou choquante sur le plan moral ou encore inconvenante ou non civilisée (M. A. NIGGLI, Rassendiskriminierung, Ein Kommentar zu Art. 261bis StGB une Art. 171c MStG, 2ème éd., n° 1299). De même, le message qui se réfère à un comportement ou à certaines caractéristiques d'un groupe ou qui porte sur les règles et coutumes de celui-ci reste licite. Ainsi, le journaliste qui stigmatise le comportement des Turcs vis-à-vis des Kurdes ou les idées sexistes de l'Islam ne se rendra pas coupable de discrimination raciale (arrêt 6S.148/2003 du 16 septembre 2003 consid. 2.6.1).
Pour apprécier si la déclaration porte atteinte à la dignité humaine et si elle est discriminatoire, il faut se fonder sur le sens qu'un destinataire moyen lui attribuerait en fonction de toutes les circonstances (ATF 131 IV 23 consid. 2.1 p. 28).
3.1.2 Au moment d'interpréter l'art. 261bis al. 4 CP, il faut tenir compte de la liberté d'opinion (art. 16 Cst., 10 CEDH et 19 Pacte ONU II). Les messages concernant des questions politiques et des problèmes de la vie publique revêtent une importance particulière. Dans une démocratie, il est primordial de pouvoir défendre des points de vue qui déplaisent à une majorité et qui sont choquants pour de nombreuses personnes. La critique doit être admise dans une certaine mesure et parfois aussi sous une forme outrancière. Certes, il ne faut pas donner à la liberté d'expression une signification si étendue que le souci de lutte contre la discrimination raciale est vidé de sa substance. A l'inverse, il doit être possible, dans une démocratie, de critiquer aussi le comportement de groupes humains déterminés. Dès lors, dans le cadre d'un débat politique, il ne faut pas admettre facilement un abaissement ou une discrimination au sens de l'art. 261bis al. 4 CP. L'infraction n'est pas déjà réalisée chaque fois que quelqu'un tient un propos négatif à l'égard d'un groupe protégé par cette norme pour autant que la critique reste globalement objective et se fonde sur des motifs du même ordre. Il ne faut donc pas interpréter trop restrictivement des propos tenus dans le cadre d'un débat politique, mais toujours les juger globalement (ATF 131 IV 23 consid. 3.1 p. 28 s.).
3.2 En l'espèce, les affiches litigieuses, placardées lors des élections fédérales de 2007, montrent des musulmans en prière lors d'une manifestation devant le Palais fédéral, à Berne, accompagnées du slogan « Utilisez vos têtes! Votez UDC. Suisse, toujours libre! ».
Contrairement à l'appréciation de l'autorité précédente, on ne peut admettre que, selon le destinataire moyen non prévenu, cette affiche s'adresse aux musulmans en leur demandant de relever la tête et d'être critiques à l'égard de leur religion. En effet, une affiche électorale s'adresse par définition aux futurs votants, lesquels ne sont pas majoritairement musulmans.
Compte tenu du contexte électoral régnant à cette époque, le lecteur moyen pouvait comprendre ces affiches dans le sens où il devait voter UDC pour éviter une invasion, voire une contamination musulmane en Suisse. Ce message joue évidemment sur les peurs et croyances populaires, puisqu'il laisse craindre une présence accrue de l'islam dans notre société, alors que des gens en prière ne sont pourtant pas censés constituer une menace. Il dénote également un manque d'ouverture d'esprit et de tolérance. Cependant, il ne fait pas apparaître les musulmans comme étant de rang inférieur et ne comporte pas d'affirmation d'inégalité de droit à jouir des droits de l'homme, même si un climat de peur ou d'hostilité peut être créé ou entretenu de cette manière. Dans ces conditions, on ne saurait parler de discrimination au sens de l'art. 261bis al. 4 CP.
3.3 L'affiche comporte également un jeu de mot provocateur, dans la mesure où elle associe l'image des postérieurs avec le mot « tête ». Cette allusion ne constitue pas le message principal des affiches litigieuses et ne suffit pas pour faire paraître les musulmans comme inégaux en droit du simple fait de leur croyance. De plus, la liberté d'expression commande de ne pas admettre facilement, dans le débat politique, notamment dans le contexte d'élections, l'existence d'un abaissement ou d'une discrimination.
3.4 La critique d'une forme cultuelle particulière, comme l'agenouillement - qui n'est d'ailleurs pas exclusivement caractéristique de l'islam - peut heurter le sentiment religieux.
En l'espèce, il n'y a toutefois pas lieu d'examiner si l'atteinte est suffisante pour tomber sous le coup de l'art. 261 CP, cette question ne faisant pas l'objet du recours.
4. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Il n'y a pas lieu de prélever des frais (art. 66 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Il est statué sans frais.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Juge de l'autorité de plainte.
Lausanne, le 27 avril 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani