Fatti:
A. Con decreto di accusa del 4 luglio 2011 il Procuratore pubblico (PP) ha posto il dr. med. A._ in stato di accusa davanti alla Pretura penale, siccome ritenuto autore colpevole di omicidio colposo, per avere nella sua qualità di medico presso una determinata clinica, per imprevidenza colpevole e violando le regole dell'arte medica, causato la morte di F.B._, dimettendolo senza aver proceduto ai necessari controlli allo scopo di escludere la presenza di un'occlusione intestinale che, associata ad altre cause, ha comportato un arresto cardiocircolatorio. Il PP ne ha proposto la condanna a una pena pecuniaria di 60 aliquote giornaliere di fr. 750.-- corrispondenti a fr. 45'000.--, pena sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni, a una multa di fr. 9'000.--, a una tassa di giustizia di fr. 1'000.-- e al pagamento delle spese giudiziarie di fr. 28'000.--.
In seguito all'opposizione al decreto da parte degli accusatori privati e dell'accusato, il PP l'ho ha confermato e ha trasmessso gli atti, che comprendono anche due perizie, alla Pretura penale.
B. In vista del dibattimento, il giudice della Pretura penale ha ordinato l'allestimento in un'ulteriore perizia giudiziaria, incaricandone il prof. dr. med. E._. Invitate le parti a pronunciarsi sul nominativo del perito, queste non si sono espresse. Il 15 dicembre 2011 il perito ha trasmesso il referto, inviato alle parti per osservazioni: il PP e gli accusatori privati ne hanno contestato le modalità di esecuzione e le conclusioni.
Il 27 dicembre 2011 il PP ha comunicato al giudice d'essere venuto a conoscenza, per puro caso, che il perito in passato era stato patrocinato dal legale dell'imputato, parente stretto di quest'ultimo, in un procedimento che concerneva l'esperto, fatto non riferito al momento della nomina né dal perito né dal legale. Sia gli accusatori privati sia il PP hanno presentato istanze di ricusa del perito, chiedendo l'annullamento del suo referto. Le domande sono state trasmesse per competenza alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), che con decisione del 22 marzo 2012 le ha accolte, estromettendo dagli atti la citata perizia.
C. Avverso questo giudizio A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo, in via principale, l'annullamento della sentenza impugnata, in via subordinata, che i referti allestiti da due medici e allegati alla perizia non siano estromessi dagli atti e, in via ancor più subordinata, che la perizia litigiosa non sia stralciata dagli atti.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 Diretto contro una decisione incidentale notificata separatamente riguardante una domanda di ricusazione, il ricorso concernente una causa in materia penale è, di massima, ammissibile (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'art. 92 cpv. 1 LTF). Esso è tempestivo e la legittimazione dell'imputato è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 1 LTF). La CRP, quale autorità di ricorso, è competente per statuire su una domanda di ricusazione nei confronti di un esperto e il gravame è diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (sentenze 1B_488/2011 del 2 dicembre 2011 consid. 1.1 e 1B_97/2012 del 30 marzo 2012).
1.3 Il ricorrente sostiene che la decisione impugnata è finale ai sensi dell'art. 90 LTF. A torto. Si tratta in effetti chiaramente di una decisione incidentale concernente una domanda di ricusazione notificata separatamente, contro la quale, sulla base dell'art. 92 LTF, il ricorso è di massima immediatamente ammissibile, poiché tali decisioni non possono più essere impugnate ulteriormente (cpv. 1 e 2). Questa norma si applica anche alla ricusazione di un perito giudiziario (sentenza 1B_22/2007 del 29 maggio 2007 consid. 2.2), sia che la domanda venga accolta sia ch'essa venga respinta (sentenza 9C_149/2007 del 4 giugno 2007 consid. 1).
1.4 Il Tribunale federale esamina soltanto le censure sollevate e motivate. In effetti, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute, laddove il ricorrente lamenta la violazione di diritti fondamentali (art. 106 cpv. 2 LTF), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 136 II 304 consid. 2.4 e 2.5; 136 I 229 consid. 4.1).
2. 2.1 L'art. 56 CPP, applicabile ai periti giusta il rinvio dell'art. 183 cpv. 3 CPP, enumera diversi motivi di ricusazione alle lettere a-e, mentre la lettera f la impone a chi per altri motivi, segnatamente a causa di rapporti di amicizia o di inimicizia con una parte o con il suo patrocinatore, potrebbe avere una prevenzione nella causa. Si tratta di una clausola generale, nella quale rientrano tutti i motivi di ricusazione non espressamente previsti nelle lettere precedenti (sentenza 1B_131/2011 del 2 maggio 2011 consid. 3.1).
L'art. 56 CPP concreta le garanzie derivanti dall'art. 30 cpv. 1 Cost. Poiché il perito non è membro del tribunale, la sua ricusazione non viene esaminata sotto il profilo di questa norma, bensì sotto quello dell'art. 29 cpv. 1 Cost., che garantisce un processo equo (DTF 125 II 541 consid. 4a). Questa disposizione garantisce tuttavia all'interessato una tutela equivalente a quella dell'art. 30 cpv. 1 Cost., trattandosi delle esigenze d'imparzialità e di indipendenza poste a un esperto (DTF 127 I 196 consid. 2b; sentenza 6B_258/2011 del 22 agosto 2011 consid. 1.3.1). Le parti a una procedura hanno quindi il diritto di esigere la ricusazione di un perito la cui situazione o il cui comportamento siano di natura tali da far sorgere dubbi sulla sua imparzialità. Questa garanzia vieta l'influsso sulla decisione di circostanze estranee al processo, che potrebbero privarlo della necessaria oggettività a favore o a pregiudizio di una parte (DTF 136 I 207 consid. 3.1 e rinvii). Sebbene la semplice affermazione della parzialità, basata su sentimenti soggettivi di una parte, non sia sufficiente per fondare un dubbio legittimo, non occorre che il giudice sia effettivamente prevenuto: per giustificare la sua ricusazione bastano circostanze concrete idonee a suscitare l'apparenza di una prevenzione e a far sorgere un rischio di parzialità (DTF 136 I 207 consid. 3.1; 136 III 605 consid. 3.2.1).
La ricusa riveste un carattere eccezionale (DTF 131 I 24 consid. 1.1; 116 Ia 14 consid. 4). Sotto il profilo oggettivo, occorre ricercare se la persona ricusata offra le necessarie garanzie per escludere ogni legittimo dubbio di parzialità; sono considerati in tale ambito anche aspetti di carattere funzionale e organizzativo e viene posto l'accento sull'importanza che possono rivestire le apparenze stesse. Decisivo è sapere se le apprensioni soggettive dell'interessato possano considerarsi oggettivamente giustificate (DTF 134 I 238 consid. 2.1, 20 consid. 4.2).
2.2 La CRP, rilevato che la perizia può avere una portata straordinaria, secondo le circostanze addirittura risolutiva per il giudizio e dopo aver rettamente illustrato la prassi vigente in materia, ha applicato l'art. 56 lett. f CPP. Ha ricordato che un rapporto di mandato tra un giudice e un patrocinatore di una parte non fonda di per sé un motivo di ricusazione, poiché il legale non rappresenta i suoi propri interessi, ma quelli del mandante (sentenza 1P.99/2000 del 20 marzo 2000 consid. 3b in, Pra 2000 n. 142 pag. 837). Fondandosi sulla giurisprudenza del Tribunale federale, ha stabilito che un avvocato che funge da giudice appare prevenuto quando sia ancora vincolato a una parte sulla base di un mandato in corso o quando sia intervenuto più volte come legale a favore di una parte (DTF 116 Ia 485 consid. 3), mentre non appare unicamente parziale se rappresenta o ha rappresentato poco tempo prima in un'altra procedura una delle parti, ma anche quando sussiste o sussisteva un tale rapporto di rappresentanza nei confronti di una loro controparte in un'altra procedura (DTF 135 I 14 consid. 4.1-4.3; 133 I 1 consid. 6.4.2).
2.3 Nella fattispecie è stato accertato, ciò che non è contestato dal ricorrente, che il perito stesso era indagato dal Ministero pubblico nel periodo in cui l'inchiesta a carico del medico imputato era già pendente. All'epoca il perito era patrocinato dal medesimo avvocato dell'imputato. L'esperto, contattato dalla Pretura, ha accettato il mandato, perché conosceva l'imputato solo di nome. A suo tempo il legale in questione era stato incaricato dall'ente Ospedaliero Cantonale di patrocinare il perito in una causa che lo aveva interessato quando lavorava come medico primario in Ticino: dopo la fine della procedura, terminata con un decreto di non luogo a procedere del 13 giugno 2006, non hanno più avuto contatti. La CRP ha ritenuto che anche quel procedimento concerneva il contesto medico e che l'ipotesi accusatoria nei confronti del perito riguardasse quindi la presunta violazione di regole dell'arte medica. Il giudizio nei confronti del perito è stato emanato il 13 giugno 2006, quindi precedentemente all'assunzione del mandato di patrocinio a favore dell'indagato il 3 maggio 2007. Secondo la CRP, il perito si è pertanto espresso su una possibile violazione delle regole dell'arte medica da parte di una persona patrocinata dal legale che lo aveva assistito nel quadro di un procedimento per imputazioni analoghe.
La Corte cantonale, sebbene la relazione tra il perito e il legale riferita peraltro a un unico patrocinio fosse ormai conclusa e lontana nel tempo, ha ritenuto che nelle circostanze concrete è sufficiente a fondare l'apparenza di parzialità: l'assunto del perito di aver redatto il referto in tutta indipendenza, circostanza sulla quale non vi sarebbe motivo di dubitare, non è decisiva, ricordato che non è richiesta un'effettiva prevenzione. Il terminato rapporto di patrocinio costituisce infatti una circostanza oggettiva idonea a suscitare l'apparenza di prevenzione, ritenuto da una parte il conflitto di interessi tra il ruolo di perito e dall'altra di già imputato difeso dal medesimo legale che dal 3 maggio 2007 patrocina una persona contro ipotesi accusatorie simili in ambito medico, con una manifesta connessione materiale tra la difesa di allora e quella in esame.
2.4 Il fatto che sia il perito sia il legale abbiano sottaciuto al giudice il loro passato legame professionale, non fonderebbe di per sé un motivo di ricusazione ai sensi dell'art. 56 lett. f CPP. Secondo la CRP, sebbene l'applicazione dell'art. 57 CPP, che statuisce l'obbligo di chi si trova in stato di ricusazione d'informarne tempestivamente la direzione del procedimento, non sia compresa nel rinvio di cui all'art. 183 cpv. 3 CPP e sia controversa (DONATSCH/HANSJAKOB/LIEBER (ed.), Kommentar zur StPO, 2010, n. 21 ad art. 183), un siffatto obbligo deriverebbe per lo meno dall'art. 3 cpv. 2 lett. a CPP, secondo cui le autorità penali si attengono al principio della buona fede, principio applicabile a tutti i partecipanti al procedimento (PAOLO BERNASCONI in, Commentario CPP, n. 3 ad art. 11). Il silenzio del perito, venuto a conoscenza che il suo ex legale patrocinava l'imputato al più tardi al momento di esaminare l'incarto, contribuirebbe pertanto a sostanziare la conclusione secondo cui sussista una situazione oggettiva che realizza la condizione di una sua apparente parzialità. Sarebbe difficile rimproverare per contro al legale di aver taciuto detta circostanza, ritenuto che secondo l'art. 128 CPP il difensore è di massima vincolato unicamente dagli interessi dell'imputato, che non tendevano necessariamente alla ricusazione dell'esperto.
2.5 Il ricorrente critica in maniera generica e del tutto appellatoria la tesi della CRP. Senza confrontarsi del tutto con la dottrina addotta dalla CRP a sostegno della sua tesi, rileva che al perito non potrebbero essere imposti obblighi di comunicazione a cui non sarebbe assoggettato sulla base delle riferite norme, per ritenerli quale ulteriore motivo di una sua apparente parzialità. Queste semplici asserzioni disattendono chiaramente le esigenze di motivazione richieste dall'art. 42 LTF e sono pertanto inammissibili.
2.5.1 Il ricorrente nemmeno impugna l'ulteriore motivazione addotta dai giudici cantonali, per la quale la conclusione, secondo cui di massima un rapporto di mandato tra un giudice (o un perito nel caso in esame) e un patrocinatore non fonda di per sé un motivo di ricusazione, poiché il legale non rappresenta i propri interessi ma quelli del mandante, non si riferisce al caso in esame. Nella richiamata sentenza (1P.99/2000 del 20 marzo 2000 consid. 3b), contrariamente al caso di specie, si trattava in effetti di due procedimenti del tutto differenti e non simili. Inoltre, nella fattispecie, il legale non difende semplicemente gli interessi di un cliente, ma di un suo parente stretto, ciò che potrebbe implicare un suo coinvolgimento personale (cfr. DTF 117 Ia 170; sentenza 6P.93/2002 del 17 dicembre 2002 consid. 1.4). La CRP poteva pertanto ritenere che anche questo ulteriore aspetto, non censurato dal ricorrente, comporti per gli accusatori privati e per il Ministero pubblico obiettivamente la parvenza di una situazione di parzialità. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (DTF 133 IV 119 consid. 6.3).
2.5.2 D'altra parte, limitandosi a rilevare che l'unico mandato del suo legale con il perito era terminato da tempo, ragione per cui non potrebbe costituire un motivo di ricusa, il ricorrente non dimostra che la Corte cantonale, viste le particolarità del caso in esame, sulla base delle differenti citate motivazioni, non poteva ritenere, obiettivamente, un'apparenza di parzialità.
2.5.3 Non si vede poi motivo di accogliere la generica richiesta ricorsuale di non estromettere dagli atti di causa i referti allestiti da altri medici e raccolti nella perizia litigiosa (art. 60 cpv. 1 CPP; cfr. DTF 119 Ia 13 consid. 3a).
3. 3.1 Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
3.2 L'emanazione della presente sentenza rende priva d'oggetto l'istanza d'effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, a E._, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.