Fatti:
A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili, ricorrendo in particolare a conti bancari non dichiarati intestati a società di tipo "off-shore". Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito.
B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti cartacei e informatici, posti sotto suggello. Con sentenza dell'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata il 6 febbraio 2006 dal Tribunale federale nella DTF 132 IV 63. Questa procedura prevede dapprima la separazione dei documenti utili all'inchiesta da quelli che non lo sono, la distinzione in seguito di quelli coperti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli che non lo sono e, infine, per i documenti restanti e utili all'inchiesta, a protezione dei clienti, la depennazione o la codificazione, se del caso, dei loro nomi, facendo capo, se necessario, alla collaborazione di un esperto.
C. L'8 giugno 2006 il giudice delegato, considerata la voluminosa documentazione sequestrata (126 cartoni) e le insormontabili divergenze sull'utilità o no della documentazione, ha comunicato alle parti che il tribunale avrebbe statuito autonomamente su tutti gli incarti sequestrati. Le parti hanno dichiarato il loro accordo, rinunciando alla procedura in contraddittorio. Durante il 2006 la Corte ha statuito sulla maggior parte della documentazione dissuggellata, decidendo quali incarti erano necessari ai fini dell'inchiesta e quali dovevano essere restituiti, poiché inutili, ai proprietari.
D. Con decisione del 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, ha accolto la richiesta di versare agli atti, poiché l'anonimizzazione sarebbe troppo dispendiosa, tutti i documenti ancora in sospeso concernenti la contabilità dello studio legale. Mediante sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione, rilevando che l'istanza inferiore doveva procedere, in applicazione della procedura in tre fasi da essa proposta, alla necessaria cernita. La Corte ha poi invitato l'AFC a esprimersi sui documenti contenuti negli incarti ancora in sospeso: i legali hanno prodotto listati con i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale.
E. Il 12 novembre 2007 la I Corte dei reclami penali ha statuito su tutti gli incarti bancari restanti. Essa, ritenuti poco precisi i listati prodotti dai legali, ha sostenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e l'anonimizzazione dei relativi documenti implicherebbe un considerevole investimento di tempo, che non potrebbe esserle imposto, mentre il ricorso a un esperto esterno, trattandosi peraltro di una questione di diritto, comporterebbe onorari sproporzionati. Rilevato che l'anonimizzazione non poteva quindi essere pretesa, essa ha suddiviso gli incarti in due categorie: quelli inerenti ai conti propri degli indagati (conti privati o dello studio legale) sono stati versati agli atti, ma limitatamente agli estratti bancari trimestrali o semestrali, e anonimizzati sulla base dei citati listati, senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere; gli altri atti e quelli antecedenti al 1993 sono stati restituiti agli inquisiti. Gli incarti concernenti i conti clienti sono stati versati agli atti in forma non anonimizzata, poiché il contrario avrebbe costituito una misura troppo dispendiosa e sproporzionata: è stato nondimeno vietato all'AFC di utilizzarli o di trasmetterli a terzi per altre procedure senza il consenso della Corte. L'incarto S344, concernente operazioni immobiliari, è stato versato agli atti.
Il dispositivo del giudizio impugnato ha il seguente tenore:
"1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S337, S352, S329, S396 (parziale), S317 (parziale), S319, S384, S368, S373 (parziale), S406, S407, S327, S28 (parziale), S21 (parziale), S308, S312 (parziale), S19 (parziale), S417 (parziale).
2. I seguenti incarti unitamente agli estratti bancari riassuntivi relativi agli incarti di cui al punto 1 del dispositivo, devono essere versati agli atti, ai sensi dei considerandi: S336, S19 (parziale), S14, S331, S330, S335, S396 (parziale), S400, S388, S373 (parziale), S404, S362, S354 S355, S323, S326, S324, S389, S28 (parziale), S26, S415 S416, S314, S313, S312 (parziale), S363, S344.
3. L'utilizzo o la trasmissione a terzi, per altre procedure, di documenti o informazioni concernenti clienti degli indagati provenienti dagli atti di cui al punto 2 del presente dispositivo è proibito in assenza di nuove decisioni da parte della I Corte dei reclami penali.
4. (spese)".
F. A.A._ e B.A._ impugnano questa decisione con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiedono di concedere l'effetto sospensivo al gravame e, nel merito, di riformare il dispositivo n. 2 della criticata decisione nel modo seguente: "L'incarto S344, unitamente agli estratti bancari riassuntivi relativi agli incarti di cui al punto 1 del dispositivo, viene versato agli atti." Postulano altresì di ordinare alla I CRP di procedere alla cernita degli incarti indicati nel dispositivo n. 2 e all'anonimizzazione dei relativi documenti.
La I CRP chiede la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso, l'AFC di respingerlo. Con scritto del 13 febbraio 2008, i ricorrenti adducono che nella risposta l'AFC avrebbe addotto fatti e documenti nuovi e ne chiedono l'estromissione dall'incarto.
Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.
La citata decisione è stata impugnata anche dall'AFC (causa 1B_288/2007, decisa in data odierna).
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 IV 36 consid. 1).
1.2 Presentato contro una decisione resa dalla I CRP in materia di provvedimenti coattivi (art. 79 LTF; DTF 132 IV 65 consid. 4; 131 I 52 consid. 1.2.2; 130 II 302 consid. 3.1), il ricorso in materia penale, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile.
1.3 Riguardo alla loro legittimazione i ricorrenti rilevano di aver partecipato alla procedura dinanzi all'autorità precedente. Ora, già nella sentenza del 28 giugno 2007 il Tribunale federale aveva accertato che detto rilievo era esatto riguardo ai requisiti posti dall'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 1 LTF: diversa era tuttavia la questione della loro facoltà di prevalersi del segreto professionale, quesito sul quale è incentrato il ricorso in esame, non opponibile riguardo a informazioni connesse ad attività dove prevale il carattere commerciale o quando l'avvocato stesso sia imputato (consid. 2.3). Nel gravame in esame essi fondano la loro legittimazione adducendo la loro "qualità di imputati". In siffatte circostanze la tutela dell'invocato segreto professionale non può più essere, di massima, invocata.
1.4 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (cpv. 2; DTF 133 II 249 consid. 1.4.1; 133 IV 286 consid. 1.4). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 134 IV 36). L'atto in esame adempie solo in parte queste esigenze di motivazione: in larga misura esso si limita in effetti a criticare in maniera appellatoria e generica la decisione impugnata, riprendendo censure già formulate nei gravami precedenti, critiche che esulano dall'oggetto della presente vertenza.
2. 2.1 Riguardo ai conti clienti, oggetto del ricorso in esame, l'istanza precedente ha ritenuto che secondo l'AFC l'edizione dei relativi documenti sarebbe necessaria per verificare l'esistenza di operazioni bancarie effettuate per conto del titolare dello studio legale: i legali hanno chiesto una proroga per poter esaminare, e se del caso rintracciare, siffatte operazioni. La Corte ha ritenuto che l'individuazione degli incarti sarebbe irrealizzabile in tempi ragionevoli e, per di più, l'anonimizzazione dei nomi dei clienti che potrebbero legittimamente prevalersi del segreto professionale dell'avvocato necessiterebbe di migliaia di ore lavorative: essa costituirebbe quindi una misura troppo dispendiosa e sproporzionata. La I CRP ha d'altra parte ritenuto convincente l'argomentazione dell'AFC, poiché l'esame a caso di singoli incarti ha permesso di evidenziare la natura sospetta di alcune operazioni avvenute su questi conti: una verifica implica tuttavia la necessità di poter disporre dei giustificativi delle sospettate operazioni e dei nomi delle persone interessate. Essa ha pertanto ordinato di versare agli atti i documenti in forma non anonimizzata, con il menzionato divieto di utilizzazione.
2.2 I ricorrenti censurano parzialmente l'accertamento dei fatti operato dall'istanza precedente. Al riguardo essi si limitano tuttavia ad accennare alla circostanza che gli incarti litigiosi non sarebbero costituiti soltanto da estratti conto, ma anche da avvisi bancari e giustificativi di vario genere. Con questo accenno, che disattende peraltro il loro obbligo d'allegazione e di motivazione, i ricorrenti non dimostrano del tutto che si sarebbe in presenza di un accertamento arbitrario dei fatti (art. 105 e 95 LTF; DTF 133 IV 286 consid. 6.2; 133 II 249 consid. 1.4.3). L'assunto è inoltre manifestamente infondato, rilevato che l'istanza precedente ha ritenuto troppo dispendiosa proprio l'anonimizzazione dei singoli giustificativi.
2.3 Nella decisione impugnata, come visto, l'istanza precedente ha ritenuto che l'argomentazione dell'AFC è convincente, poiché l'esame di singoli incarti ha permesso di evidenziare la natura sospetta di alcune operazioni avvenute su conti in esame. Secondo i ricorrenti, anche questa affermazione costituirebbe un accertamento arbitrario dei fatti. Certo, a ragione essi rilevano che questa asserzione è carente di una precisa motivazione: essa non è infatti sorretta da riscontri oggettivi riferibili a determinati incarti o documenti. Essa si riferisce nondimeno ai sospetti indicati dall'AFC. Nella risposta al ricorso l'AFC precisa la necessità di ottenere la documentazione litigiosa per verificare se i prelevamenti dai conti litigiosi abbiano carattere di reddito per i titolari dello studio legale e se le operazioni effettuate su istruzione dei clienti abbiano generato redditi da loro incassati. Essa ha poi descritto alcune di queste operazioni sospette, dalle quali risultererebbe che determinate operazioni compiute su conti litigiosi a nome di clienti potrebbero comunque essere decisive per accertare i redditi non contabilizzati degli imputati. Quale esempio indica un deposito di titoli di fr. 2'418'814.--, neppure rubricato "clienti", o la messa a disposizione di un conto "cliente" intestato a società fuori sede, di cui l'avvocato stesso è l'avente diritto economico, o ancora frequenti trasferimenti di fondi tra i conti "clienti" e i conti non dichiarati dell'indagato A.A._. Aggiunge che i legali avrebbero abusato della struttura del loro studio mettendola a disposizione di terzi, in particolare di C._, per commettere gravi infrazioni fiscali. Poiché i ricorrenti dispongono di tutti gli incarti clienti, essi potrebbero dimostrare facilmente l'esistenza del segreto professionale per ogni singolo patrocinato. L'AFC indica poi alcuni esempi che dimostrerebbero la necessità di non anonimizzare i documenti litigiosi, inerenti a sospettate fatture fittizie e prestiti effettuati per il tramite di conti clienti in relazione a società panamensi riconducibili a C._, all'asserita messa a disposizione di conti bancari a nome di società fuori sede riconducibili all'indagato A._ e ai sospettati flussi finanziari da questi percepiti, ma non dichiarati, o a un conto aperto con l'intenzione di farne un "conto clienti", ma che costituirebbe in realtà un conto privato del legale sul quale nel 1996 erano depositati circa 26 milioni di franchi. L'inchiesta fiscale speciale aperta nei confronti di C._ avrebbe poi permesso di dimostrare che la struttura dello studio legale, come pure i "conti clienti", sarebbero stati utilizzati per scopi che nulla hanno a che vedere con il segreto professionale dell'avvocato.
Ricordato che in concreto il segreto professionale non è di massima opponibile, nonché per i motivi che ancora verranno esposti, non occorre esaminare quali di queste asserzioni costituirebbero fatti nuovi e nemmeno pronunciarsi sulla loro eventuale ammissibilità (art. 99 LTF).
2.4 In effetti, gli accenni ricorsuali sull'asserita inutilità dei documenti litigiosi per l'inchiesta in corso è ininfluente, ritenuto che la relativa cernita ha già avuto luogo di massima nell'ambito della prima fase della procedura adottata dall'istanza precedente, mentre ora ci si trova nella terza fase. L'assunto ricorsuale, secondo cui l'AFC non avrebbe addotto l'utilità per l'inchiesta degli incarti litigiosi, non è quindi decisivo ed è comunque infondato.
2.5 I ricorrenti rilevano poi che non sarebbe stato possibile determinarsi in modo circostanziato su tutti gli incarti per poter individuare, ove esistessero, operazioni bancarie effettuate per conto del titolare dello studio legale: a tale scopo avevano chiesto la citata proroga. In seguito essi si sono pronunciati sulle ulteriori osservazioni 1° ottobre 2007 dell'AFC, delle quali avevano rinunciato ad eccepire l'asserita tardività. Adducono nondimeno che quest'ultimo quesito avrebbe dovuto semmai essere esaminato d'ufficio da parte della I CRP, senza tuttavia criticare l'asserito mancato esame.
Ora, in relazione all'invocata mancata proroga, essi non fanno valere che si sarebbe in presenza di un diniego di giustizia o di una violazione del loro diritto di essere sentiti: l'accenno ricorsuale non dev'essere quindi vagliato oltre. Del resto, essi hanno avuto a disposizione anni per indicare chiaramente alla Corte, conformemente al loro obbligo di collaborazione (cfr. sentenza 1B_104/2008 del 16 settembre 2008 consid. 2.2 e 4.5), quali atti sarebbero effettivamente tutelati dal segreto professionale. Per di più, come loro noto, nell'ambito della seduta dell'8 giugno 2006 essi avevano espressamente rinunciato alla procedura in contraddittorio. In siffatte circostanze, l'accenno ricorsuale, secondo cui la I CRP non ha chiesto loro maggiori indicazioni, non è decisivo.
3. 3.1 I ricorrenti accennano poi all'art. 12 lett. h della legge federale del 23 giugno 2000 sulla libera circolazione degli avvocati (RS 935.61), per il quale l'avvocato custodisce separatamente dal proprio patrimonio gli averi che gli sono affidati. Ne deducono che, pertanto, i conti clienti litigiosi non avrebbero nulla a che vedere con la gestione del patrimonio di terzi.
3.2 Certo, di per sé l'assunto dei ricorrenti è corretto: essi misconoscono tuttavia che nel caso di specie viene proprio rimproverato loro di aver disatteso quest'obbligo. D'altra parte, nell'ipotesi in cui l'avessero rispettato scrupolosamente, non sussisterebbe alcuna difficoltà a dimostrarne l'effettivo adempimento, anche perché sono tenuti a fornire rendiconti contabili periodici (Walter Fellmann/Gaudenz G. Zindel, Kommentar zum Anwaltsgesetz, Zurigo 2005, n. 150, 152 e 154 all'art. 12).
3.3 Spettava infatti ai ricorrenti, che intendono prevalersi del segreto professionale, evitare la confusione, riconducibile al loro modo di agire, tra l'attività commerciale e quella tipica dell'avvocato: la produzione, dopo anni d'inchiesta, dei citati listati, a ragione ritenuti insufficienti, esclude che in caso di dubbio si possa ritenere la sussistenza del segreto professionale. Il Tribunale federale ha in effetti già rilevato che quando l'unione nella medesima persona delle funzioni di amministratore e di avvocato non permette più di distinguere chiaramente quanto rientra in ciascun tipo di attività, ciò implica la decadenza della tutela del segreto professionale, ritenuto che le stesse, come nella fattispecie, non possono più essere dissociate (sentenza 8G.9/2004 del 23 marzo 2004 consid. 9.6.3-9.6.5; cfr. DTF 115 Ia 197 consid. 3d/bb; Patrick Stoudmann, Le secret professionnel de l'avocat: jurisprudence récente et perspectives, in: RPS 2008 pag. 144 e segg., pag. 153). In concreto, come si è visto, le due attività non possono essere chiaramente distinte, neppure sulla base dei predetti listati. Nella fattispecie vi sono inoltre elementi concreti che non permettono di escludere un utilizzo abusivo dell'infrastruttura dello studio legale (DTF 132 IV 63 consid. 2.4 inedito).
3.4 I ricorrenti sostengono poi che la I CRP, non procedendo neppure a una cernita sommaria, avrebbe disatteso le indicazioni contenute nella sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 (consid. 4.1-4.4): chiedono quindi di ordinare all'istanza inferiore di effettuarla. La conclusione, di natura meramente dilatoria e pretestuosa, non può essere accolta. In effetti, dopo anni di procedura e dopo aver prodotto listati rettamente ritenuti insufficienti per stabilire l'esistenza nei documenti litigiosi di un segreto professionale tutelabile, dinanzi all'istanza precedente essi si sono semplicemente limitati a chiedere un'ulteriore proroga del termine per rintracciare, se del caso, come richiesto dall'AFC, eventuali operazioni bancarie effettuate per conto di B.A._.
3.5 I ricorrenti definiscono come incomprensibile il diverso trattamento dei conti clienti rispetto a quelli propri dello studio legale, per i quali l'istanza precedente ha disposto unicamente l'acquisizione degli estratti conti trimestrali o semestrali, anonimizzati. Al loro dire non sarebbe giustificato trattare diversamente i conti litigiosi, che contengono molti nomi di clienti. Ora, con sentenza di data odierna, il Tribunale federale ha annullato la decisione in questione anche per quanto concerne il dispositivo n. 1 (causa 1B_288/2007): questo rilievo ricorsuale è quindi divenuto privo di oggetto.
3.6 I ricorrenti criticano infine la circostanza che i documenti litigiosi sono stati versati agli atti in maniera non anonimizzata, poichè la I CRP, aderendo all'opinione dell'AFC, ha ritenuto che la loro anonimizzazione ne renderebbe inutile l'acquisizione. Poiché nella decisione dell'8 agosto 2005 l'istanza precedente aveva respinto quest'argomentazione dell'autorità fiscale, la "virata" compiuta nella decisione impugnata sarebbe incomprensibile e quindi inaccettabile. Con questo assunto i ricorrenti parrebbero scordare quanto indicato dal Tribunale federale nella decisione del 28 giugno 2007 e, ciò che è decisivo, che nella fattispecie il segreto professionale, decaduto, non osta alla consegna degli atti in forma non anonimizzata. Per le altre censure si può rinviare alle considerazioni esposte nella parallela causa 1B_288/2007, decisa in data odierna.
4. 4.1 Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
4.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione ai patrocinatori dei ricorrenti, all'Amministrazione federale delle contribuzioni e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.