Sachverhalt:
A. Am 13. September 2011 hob das Bundesgericht in Anwendung von Art. 112 Abs. 3 BGG den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 16. August 2011 auf und wies die Sache zum neuen Entscheid an das Obergericht zurück (Urteil 1B_435/2011). Der Beschwerdeführer A._ wurde von Rechtsanwalt X._ vertreten und hatte um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Das Bundesgericht erhob keine Gerichtskosten und verpflichtete den Kanton Zürich, den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen. Es ging davon aus, dass das Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung damit gegenstandslos geworden sei.
B. Mit Schreiben vom 22. November 2011 teilte das Obergericht des Kantons Zürich, Zentrale Inkassostelle der Gerichte, Rechtsanwalt X._ mit, die Forderung von A._ werde gestützt auf Art. 120 OR mit geschuldeten Gerichtskosten verrechnet.
C. Mit Eingabe vom 15. März 2012 stellt Rechtsanwalt X._ ein Gesuch um nachträglichen Entscheid über die unentgeltliche Verbeiständung im Verfahren 1B_435/2011. Er beantragt, er sei mit Fr. 1'500.-- für das Verfahren 1B_435/2011 und mit einem angemessenen Betrag für das nachträgliche Gesuchsverfahren zu entschädigen.
Erwägungen:
1. Nach der bundesgerichtlichen Praxis besteht die Möglichkeit, auf Gesuch nachträglich über die unentgeltliche Verbeiständung zu entscheiden und die aus der Bundesgerichtskasse zu entrichtende Entschädigung festzusetzen, sofern sich die Parteientschädigung als uneinbringlich erweist und daher nicht zur Bezahlung des amtlichen Anwalts verwendet werden kann (Urteil 1F_32/2011 vom 18. November 2011 E. 1 mit Hinweisen; vgl. auch THOMAS GEISER, Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl., 2011, Art. 64 N. 38).
A._ hatte bereits im Hauptverfahren ein Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gestellt. Die Voraussetzungen für die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG lagen schon damals vor. Das Bundesgericht ging allerdings davon aus, dass der Anwalt der unentgeltlich verbeiständeten Partei aus der zugesprochenen Parteientschädigung entschädigt werden würde.
Gemäss Art. 64 Abs. 2 Satz 2 BGG steht dem Anwalt ein Anspruch auf eine angemessene Entschädigung aus der Gerichtskasse zu, soweit der Aufwand für die Vertretung nicht aus der zugesprochenen Parteientschädigung gedeckt werden kann. Dieser Fall tritt nicht nur ein, wenn sich die Parteientschädigung als uneinbringlich erweist, sondern auch, wenn die Gegenpartei die von ihr geschuldete Parteientschädigung mit eigenen Forderungen gegen die unentgeltlich verbeiständete Partei verrechnet. In beiden Fällen hat der Anwalt der bedürftigen Partei kein Honorar erhalten, weshalb sein Anspruch gegenüber der Gerichtskasse bestehen bleibt. Wurde die Entschädigung wie im zu beurteilenden Fall bereits im Hauptverfahren festgesetzt, kann der Anwalt deren Auszahlung verlangen (Urteil 1F_32/2011 vom 18. November 2011 E. 1).
2. Nach dem Gesagten ist das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gutzuheissen. Der Gesuchsteller ist antragsgemäss für das Hauptverfahren mit Fr. 1'500.-- und für das nachträgliche Verfahren mit Fr. 300.-- aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen. Gerichtskosten sind keine zu erheben.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das erneuerte Gesuch von Rechtsanwalt X._ um unentgeltlichen Rechtsbeistand im Verfahren 1B_435/2011 wird gutgeheissen.
2. Rechtsanwalt X._ wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers A._ im Verfahren 1B_435/2011 bestellt, und es wird ihm hierfür aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Für das nachträgliche Gesuchsverfahren werden keine Kosten erhoben.
4. Für das nachträgliche Gesuchsverfahren wird Rechtsanwalt X._ eine Entschädigung von Fr. 300.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird dem Gesuchsteller, der Staatsanwaltschaft Zürich - Limmat, dem Bezirksgericht Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. April 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli