Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. A._ e B._ abitano in una casa unifamiliare a X._, che tra il 1998 e il 1999 è stata sottoposta a importanti lavori di ristrutturazione.
1.1 Nel settembre 2000 si sono manifestate infiltrazioni d'acqua dalle due terrazze del primo piano. Il perito incaricato dai committenti di ricercare l'origine delle infiltrazioni e provvedere alla loro eliminazione, l'arch. G._, ha coinvolto nell'operazione tutte le parti che avevano partecipato ai lavori, unitamente alle loro assicurazioni, e segnatamente: C._, che aveva progettato i lavori di ristrutturazione e si era occupato della direzione lavori; l'impresa D._SA, alla quale erano stati affidati i lavori di capomastro; la ditta F._SA, che aveva svolto lavori da carpentiere, copritetto, lattoniere e isolazione termica; la società E._SA, che aveva effettuato le opere da elettricista, e, infine, H._, incaricato delle opere da sanitario.
Le infiltrazioni nella terrazza sud sono state eliminate nell'autunno 2001.
L'eliminazione di quelle nella terrazza nord è stata invece possibile solo all'inizio del 2005, con il completo rifacimento dei lavori secondo le regole dell'arte. Dopo vari tentativi di riparazione risultati infruttuosi - in occasione dei quali sono emersi fori nel manto impermeabile, nella tubatura di scarico della terrazza e in un tubo elettrico Simalen - tra l'agosto e l'ottobre 2004 si è infatti optato per la demolizione integrale del pavimento della terrazza.
1.2 Il 12 marzo 2005 l'arch. G._ ha formulato all'indirizzo di tutte le parti coinvolte - eccezion fatta per H._, ritenuto non responsabile per i difetti riscontrati - una proposta di liquidazione, che non ha però trovato il consenso generale. Non essendo stato possibile risolvere bonalmente la questione della ripartizione delle rispettive responsabilità fra le ditte interessate si è giunti alla presente causa.
2. Il 26 ottobre 2005 A._ e B._ hanno convenuto in giudizio le imprese a loro modo di vedere responsabili per i danni riscontrati nella terrazza nord, unitamente alle loro assicurazioni, onde ottenere il rimborso dei costi di riparazione, di complessivi fr. 111'954.10.
Nella petizione è stata postulata la condanna individuale di ciascuna di queste imprese nella misura di una percentuale da definirsi nel prosieguo di causa. Secondo gli attori, infatti, alla ditta F._SA andavano imputati i fori nel manto impermeabile e il primo foro nel tubo di scarico, all'impresa D._SA i fori nel manto impermeabile e il danno al tubo Simalen, alla E._SA il secondo foro nel tubo di scarico; lo studio d'architettura C._ era invece ritenuto responsabile nella sua veste di progettista e direzione lavori.
Tutte le convenute hanno avversato la petizione. Esse hanno eccepito la prescrizione delle pretese attoree così come la tardiva notifica dei difetti, contestando in ogni caso la loro responsabilità, l'esistenza del nesso causale e l'ammontare delle posizioni di danno rivendicate. Le assicurazioni e lo Studio d'architettura C._SA hanno eccepito anche la carente legittimazione passiva. Quest'ultima parte, insieme alla sua assicurazione, ha inoltre rilevato di aver già pagato "a saldo" la quota a suo carico.
Con tre separate domande riconvenzionali D._SA, E._SA e F._SA hanno infine, a loro volta, chiesto la condanna degli attori, in solido, al versamento di fr. 29'497.30, di fr. 2'555.15 nonché di fr. 26'104.50, oltre interessi.
2.1 In pendenza di causa le assicurazioni sono state dimesse dalla lite e la denominazione della convenuta Studio d'architettura C._SA è stata rettificata in arch. C._.
2.2 Statuendo l'11 giugno 2008 la Pretora della Giurisdizione di Mendrisio-Nord ha respinto sia l'azione principale sia le tre domande riconvenzionali.
2.2.1 L'azione principale è stata disattesa per più ragioni.
2.2.1.1 In primo luogo la giudice ha rilevato l'irritualità del modo di procedere degli attori, che solo nelle conclusioni hanno accennato a una ripartizione fra i convenuti dell'importo indicato nella proposta di liquidazione in ragione di un quarto ciascuno, mentre in precedenza si erano limitati a osservare che "l'istruzione di causa permetterà di stabilire in quale misura ogni convenuto ..., sarà chiamato a pagare individualmente".
2.2.1.2 Ma anche volendo da ciò prescindere, ha proseguito la giudice, l'istruttoria di causa non ha confermato l'asserito accordo di tutte le parti all'allestimento della perizia privata ad opera dell'arch. G._ né tantomeno alla liquidazione da lui proposta nel doc. MM. In assenza del consenso circa la fondatezza e l'ammontare delle singole posizioni contenute in tale documento, ha rilevato la giudice, esse sono risultate non comprovate. Nonostante la presenza agli atti di due prove a futura a memoria e di una perizia di parte, manca infatti una perizia giudiziale volta all'accertamento della responsabilità imputabile ai singoli convenuti e del relativo grado di addebito. In queste circostanze, la Pretora ha ritenuto di non disporre di accertamenti sufficienti per accogliere le pretese attoree.
2.2.1.3 La giudice ha comunque dipoi esaminato nel dettaglio le posizioni dei singoli convenuti, giungendo in ciascun caso alla conclusione che le pretese avanzate dagli attori non potevano essere accolte.
2.2.2 Come già addotto, anche le tre domande riconvenzionali sono state respinte.
3. Contro questo giudizio si sono aggravati sia gli attori sia la società D._SA.
Con sentenza del 2 novembre 2009 la II Camera civile del Tribunale d'appello ha respinto l'appello di A._ e B._ nella misura in cui ricevibile, mentre ha parzialmente accolto quello di D._SA. La pronunzia pretorile è stata pertanto riformata nel senso che gli attori sono stati condannati a versare a questa impresa, in solido, fr. 14'257.85, oltre interessi.
3.1 Il Tribunale d'appello ha ravvisato vari motivi per respingere l'appello degli attori. "Oltre a non aver censurato o non aver censurato con successo [conformemente alle esigenze poste dall'art. 309 cpv. 2 lett. f e cpv. 5 CPC/TI e dalla relativa giurisprudenza] tutte le motivazioni indipendenti che, a giudizio del Pretore, avrebbero giustificato, già in generale, la reiezione della petizione" - hanno innanzitutto osservato i giudici dell'alta Corte ticinese - in sede di appello "gli attori nemmeno hanno censurato o comunque censurato con successo le altre motivazioni indipendenti che, per il Pretore, avrebbero giustificato, in particolare, la reiezione della petizione nei confronti di ogni singolo convenuto".
Pur potendo respingere il ricorso già a causa della mancata contestazione di tutte le motivazioni indipendenti contenute nel giudizio pretorile, i giudici cantonali si sono chinati sulle censure sollevate nell'impugnativa e hanno esposto le ragioni per le quali esse sarebbero comunque state disattese.
A titolo abbondanziale, è stato da ultimo osservato come gli stessi attori abbiano in definitiva ammesso - nell'atto d'appello - che una ripartizione della responsabilità fra i vari convenuti appariva impossibile. In simili circostanze, la prima giudice non avrebbe pertanto in nessun caso potuto ragionevolmente suddividere tra loro un'eventuale responsabilità, fermo restando che la richiesta di condannare i convenuti in solido è stata formulata per la prima volta - e quindi inammissibilmente - in sede di appello.
3.2 Con riferimento all'appello della convenuta D._SA, volto a ottenere il riconoscimento della mercede esposta per la riparazione della terrazza sud, di fr. 29'497.30, la Corte cantonale ha in sostanza stabilito, sulla scorta degli atti di causa, che, se da un lato gli attori non avevano contestato la fattura della ditta, dall'altro quest'ultima non aveva adeguatamente contestato la pretesa compensatoria di fr. 15'239.45 da loro avanzata, che non si è prescritta, donde l'accoglimento della domanda riconvenzionale limitatamente a fr. 14'257.85 oltre interessi al 5 % dal 18 marzo 2003.
4. Il 10 dicembre 2009 A._ e B._ sono insorti dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere la modifica della predetta sentenza nel senso di accogliere il loro appello, e quindi la loro petizione, e di respingere l'appello di D._SA.
Nelle rispettive risposte inoltrate l'8, il 12 e il 15 febbraio 2010 le opponenti hanno proposto di respingere il ricorso.
L'autorità cantonale non ha invece presentato osservazioni, riconfermandosi nelle motivazioni e conclusioni della propria sentenza.
5. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3).
In concreto, il ricorso in materia civile - di per sé proponibile in quanto rivolto contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. b LTF) - risulta inammissibile a causa della sua motivazione, non conforme alle esigenze poste dalla legge e dalla giurisprudenza.
6. Come esposto al consid. 3, il Tribunale d'appello ha respinto l'appello dei qui ricorrenti per varie ragioni, di ordine procedurale e materiale.
Dinanzi al Tribunale federale soltanto una di esse viene rimessa in discussione, segnatamente quella di far sopportare ai ricorrenti l'impossibilità di determinare la responsabilità individuale delle varie ditte che si sono occupate della realizzazione della terrazza. L'allegato ricorsuale è per contro silente sulle altre considerazioni che hanno indotto i giudici cantonali a respingere l'appello. Questo modo di argomentare lo rende d'acchito inammissibile.
Per consolidata giurisprudenza, infatti, quando una sentenza si fonda su più motivazioni alternative e indipendenti, la parte ricorrente deve impugnarle tutte (DTF 132 III 555 consid. 3.2 pag. 560). Altrimenti il rimedio esperito diviene un semplice litigio sui motivi della sentenza cantonale privo d'influsso sul suo dispositivo poiché, anche se le critiche formulate contro una delle motivazioni dovessero apparire giustificate, la decisione rimarrebbe comunque valida nel suo risultato, sulla base delle argomentazioni non censurate (DTF 132 I 13 consid. 6; 121 IV 94 consid. 1b; 111 II 397 consid. 2b).
7. Nemmeno la censura contro la decisione di accogliere parzialmente l'appello di D._SA è motivata adeguatamente.
I ricorrenti si limitano infatti a negare l'esistenza di un loro debito nei confronti di questa impresa, adducendo ch'essa sarebbe intervenuta per riparare un difetto da lei stessa cagionato, senza minimamente confrontarsi con le ragioni che hanno invece portato i giudici ticinesi ad ammetterlo.
7.1 È vero che il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF).
Nondimeno, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF), nell'allegato ricorsuale è necessario spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto federale; la motivazione deve essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1; 133 IV 286 consid. 1.4). Ciò significa che la parte ricorrente non può limitarsi a riproporre gli argomenti giuridici già esposti dinanzi alle autorità cantonali, bensì deve confrontarsi criticamente con i considerandi della decisione impugnata che reputa lesivi del diritto (cfr. DTF 121 III 397 consid. 2a pag. 400; sentenza 4A_22/2008 del 10 aprile 2008 consid. 1).
Le esigenze di motivazione sono ancora più rigorose quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali (inclusa la violazione del divieto dell'arbitrio nell'applicazione del diritto cantonale rispettivamente nella valutazione delle prove e dell'accertamento dei fatti). Il Tribunale federale tratta infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha adeguatamente sollevate e motivate (art. 106 cpv. 2 LTF): nell'atto di ricorso è pertanto necessario menzionare i fatti essenziali ed esporre in modo conciso le ragioni per le quali si ritiene che la decisione impugnata abbia leso dei diritti fondamentali, indicando precisamente quali. Solo le censure sollevate in maniera chiara e dettagliata vengono esaminate; censure di carattere appellatorio sono inammissibili (DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246).
7.2 In concreto, come detto, i ricorrenti non si confrontano con la motivazione della decisione impugnata né tantomeno indicano quali sarebbero le norme di diritto violate dalla Corte cantonale, non bastando a tal scopo evidentemente - visto quanto appena esposto - il generico richiamo, in coda all'allegato ricorsuale, a varie norme del diritto federale e cantonale così come a "ogni altra norma in concreto applicabile".
8. Il ricorso risulta pertanto interamente inammissibile per carente motivazione.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF, art. 68 cpv. 1, 2 e 4 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido, i quali rifonderanno, sempre con vincolo di solidarietà, per spese ripetibili della sede federale, fr. 2'000.-- a C._, fr. 2'000.-- a F._SA, fr. 1'000.-- a D._SA e fr. 1'000.-- a E._SA.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.