Fatti:
A. A._ è azionista unico, amministratore unico e direttore della X._ SA. Anche la moglie I._ è alle dipendenze della società.
Con quattro decisioni del 13 e del 17 dicembre 2004, l'Ufficio di tassazione delle persone giuridiche di B._, qualificando come distribuzione dissimulata di utili parte dei bonus - ritenuti eccessivi - versati dalla SA all'amministratore unico e alla moglie negli anni 1999 - 2002 e non ammettendoli di conseguenza per intero come spesa generale, ha proceduto a diverse riprese e rivalutato l'utile imponibile della società, portandolo da fr. 43'899.- (1999), 65'626.- (2000), 88'704.- (2001) e 101'152.- (2002), a fr. 215'000.- (1999), 260'000.- (2000), 375'000.- (2001) e 305'000.- (2002).
Con pronuncia del 16 aprile 2007, cresciuta in giudicato, la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha confermato l'operato dell'Ufficio di tassazione, facendo stato di una situazione che può essere riassunta nel seguente modo:
1999
2000
2001
2002
Stipendio marito
91'000
107'800
98'000
94'250
Stipendio moglie
65'000
65'000
70'000
73'250
Bonus coniugi
336'000
396'000
654'000
650'000
Ripresa marito
49'661
89'845
107'778
156'709
Ripresa moglie
20'000
25'000
40'000
40'000
Alla luce di questo accertamento, il 12 luglio 2007 la società ha chiesto alla Cassa di compensazione del Cantone Ticino, presso la quale era affiliata in qualità di datrice di lavoro, la restituzione dei contributi sociali che aveva pagato sugli importi oggetto di ripresa. Mediante decisione del 10 agosto 2007, sostanzialmente confermata il 29 ottobre seguente anche in seguito all'opposizione della SA, la Cassa ha respinto la richiesta di restituzione osservando che i bonus versati ai coniugi S._ erano stati concessi in virtù dell'attività lavorativa da loro svolta in seno alla società, rispettivamente, come amministratore unico (il marito) e come dirigente (la moglie), e non perché azionisti della SA. L'amministrazione ha così qualificato la parte dell'utile versata sotto forma di bonus come tantièmes dissimulati e, di conseguenza, come salario determinante sul quale a ragione erano stati prelevati i contributi sociali.
B. Patrocinata dalla Cortesi & Associati SA, la X._ SA si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, per pronuncia del 15 maggio 2008, ha confermato l'operato della Cassa.
C. Sempre rappresentata dalla Cortesi & Associati SA, la società ha interposto ricorso al Tribunale federale, al quale chiede di annullare il giudizio cantonale e la decisione amministrativa, nonché di riconoscerle la restituzione di fr. 66'376.- (oltre a interessi compensativi), per i contributi sociali a suo avviso indebitamente pagati sulle somme riprese dall'autorità fiscale. La ricorrente rimprovera ai primi giudici di essersi scostati, senza valida ragione e senza confrontarsi adeguatamente con il giudizio della Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello, dalla valutazione dell'autorità fiscale. Rileva che la parte di bonus da essa ripresa non trova(va) fondamento nei rapporti di lavoro che legano gli interessati alla società, bensì nella condizione di azionista (unico) di A._ e di persona a lui vicina della moglie. Contesta di conseguenza la qualifica di distribuzione dissimulata di tantièmes stabilita dalla Cassa.
La Cassa propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. La II Corte di diritto sociale del Tribunale federale è competente a statuire sulla materia (art. 82 lett. a LTF e 35 lett. a RTF). Ciò vale, per ragioni di economia processuale, anche se, come in concreto, la controversia concerne (marginalmente) anche il pagamento (o meglio: la restituzione) di contributi per gli assegni familiari retti dal diritto cantonale (cfr. sentenza 9C_365/2007 del 1° luglio 2008, consid. 2 con riferimento).
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso non è pertanto vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può accogliere un ricorso per un motivo diverso da quello invocato dal ricorrente così come può respingerlo con un'argomentazione differente da quella utilizzata dall'istanza precedente (DTF 130 III 136 consid. 1.4 pag. 140). Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF).
3. Come già precisato in sede cantonale, l'oggetto del contendere verte sulla domanda di restituzione dei contributi sociali che la società ricorrente, legittimata ad agire in giudizio (art. 89 cpv. 1 LTF; cfr. inoltre ad esempio sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 93/06 del 19 ottobre 2006, in SVR 2007 AHV n. 1 pag. 1), ha versato alla Cassa sulla parte di bonus che l'autorità fiscale non ha considerato come spesa, bensì come distribuzione dissimulata dell'utile aziendale, e che la stessa autorità ha provveduto ad aggiungere all'utile societario a titolo di reddito da capitale.
4. 4.1 Se una società anonima versa delle prestazioni in favore di dipendenti che nel contempo sono pure titolari di quote di partecipazione o comunque sono loro vicini, diventa decisivo per l'accertamento sia dell'imposta federale diretta sia dei contributi alle assicurazioni sociali sapere se e in quale misura si abbia a che fare con un reddito da lavoro (salario determinante) oppure con una distribuzione dissimulata di utili (reddito da capitale). Sono definite distribuzioni dissimulate di utili quelle prestazioni che vengono dispensate ai titolari di quote di partecipazione oppure a persone vicine, senza che alle stesse (dal punto di vista della società) corrisponda, in maniera riconoscibile, una (adeguata) controprestazione e senza che la società, nelle medesime circostanze, concederebbe tali prestazioni a terzi estranei, non partecipanti all'azienda (DTF 103 V 1 consid. 2b pag. 3; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 187/88 del 22 febbraio 1989, in RCC 1989 pag. 313 consid. 3b; Peter Brülisauer/Stephan Kuhn, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, pag. 674, n. 104 all'art. 58 LIFD). Queste prestazioni fanno parte dell'utile netto imponibile ai sensi dell'art. 58 cpv. 1 lett. b LIFD. I loro destinatari sono pertanto imponibili all'imposta federale diretta ai sensi dell'art. 20 cpv. 1 lett. c LIFD in quanto la distribuzione dell'utile trova il suo fondamento nella qualità di azionista del destinatario. In questo modo si intende evitare che utili societari vengano sottratti all'imposizione dell'utile netto. In ambito AVS si tratta invece di impedire che il salario determinante venga a torto dichiarato reddito da capitale e venga così sottratto all'obbligo contributivo.
I versamenti o le remunerazioni che rappresentano un puro reddito da capitale non fanno parte del salario determinante. Per distinguere reddito da capitale da salario determinante, occorre fondarsi sulla natura e la funzione del vantaggio concesso. La qualifica giuridica o economica indicata dalle parti non è decisiva e ha tutt'al più valore indiziario. Talvolta, anche le somme prelevate sull'utile netto di una società anonima possono essere considerate come un salario determinante ai sensi dell'art. 5 cpv. 2 LAVS, ad esempio se sono distribuite agli amministratori sotto forma di tantièmes (art. 7 lett. h OAVS). Trattasi in questi casi di remunerazioni che trovano la loro (sufficiente) giustificazione nell'attività svolta dagli amministratori e nell'accresciuta responsabilità assunta, e questo anche se le indennità sono proporzionate allo stato degli affari (DTF 122 V 178 consid. 3b pag. 179 seg. con riferimenti). Per contro, distribuzioni degli utili nel vero senso del termine non fanno parte del salario determinante (sentenza citata H 93/06, consid. 3.1 con riferimenti).
4.2 Alla luce della decisione del legislatore, che ha sottoposto all'obbligo contributivo solo il reddito da lavoro, ma non il reddito della sostanza, occorre, in caso di prestazioni versate da una società anonima in favore di persone, che sono al tempo stesso dipendenti e azioniste, stabilire la misura di una adeguata indennità per il lavoro svolto, da un lato, e la misura di un adeguato reddito della sostanza, dall'altro.
Mentre le autorità fiscali possono qualificare come distribuzione dissimulata di utile una prestazione - dichiarata come salario - che non sarebbe stata dispensata a un dipendente non azionista, per converso le autorità AVS possono qualificare quale salario determinante una prestazione dichiarata come distribuzione di utile. Per decidere se una prestazione abbia carattere di salario determinante o di reddito da capitale, le casse di compensazione non sono vincolate alla qualifica dell'autorità fiscale. Tuttavia, dall'ordinamento risultante dall'art. 23 OAVS si evince che le casse di compensazione si attengono in linea di massima alla valutazione dell'amministrazione fiscale. In considerazione del principio di unità e coerenza dell'ordinamento giuridico vanno possibilmente evitate divergenti valutazioni dell'autorità fiscale e dell'amministrazione AVS. Quest'ultima eviterà pertanto di distanziarsi, nella misura del possibile, dalle decisioni adottate dall'autorità fiscale se esse appaiono sostenibili. Al parallelismo tra qualifica fiscale e assicurativa sociale non va possibilmente rinunciato. È quanto stabilisce del resto la prassi giudiziaria che subordina all'esistenza di motivi decisivi la possibilità di qualificare come salario determinante prestazioni che sono state assoggettate all'imposizione dell'utile netto con decisione cresciuta in giudicato. Il mancato rispetto del principio unitario dell'ordinamento giuridico rischia altrimenti di mettere a repentaglio l'accettazione dello stesso ordinamento da parte dei contribuenti. Chi, come la società qui ricorrente, deve accettare dal profilo fiscale che determinate remunerazioni versate a suoi collaboratori-azionisti (o comunque a collaboratori ad essi vicini) non siano riconosciute come pagamenti commercialmente giustificati, solo difficilmente comprenderà le ragioni di dover versare i contributi sociali su questi elementi di reddito netto. La definizione di salario determinante è sì molto estesa, ma esige comunque un nesso, ragionevole e praticabile, con il rapporto di lavoro. Versamenti che trovano la propria giustificazione sufficiente nel rapporto di lavoro, dovrebbero, dal profilo fiscale, essere deducibili. Se ciò non avviene - come nel caso di specie -, la circostanza assume un importante valore indiziario a sfavore della tesi del salario determinante (sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni H 49/02 del 19 novembre 2002, consid. 4.2 e 5, e H 259/95 del 30 giugno 1997, consid. 3b).
Un motivo che può giustificare una differente valutazione da parte delle autorità fiscali e assicurative risiede segnatamente nel fatto che i tantièmes costituiscono, dal profilo del diritto delle obbligazioni e del diritto tributario, un utile, mentre dal profilo dell'AVS sono, come detto, salario determinante (DTF 134 V 297 consid. 2.3 pag. 301 seg. con riferimenti).
5. 5.1 La Corte cantonale ha ritenuto che i bonus ricevuti da A._ e I._ sono stati versati dalla SA in funzione dell'attività lavorativa svolta in seno alla stessa negli anni 1999 - 2002: dal marito come amministratore unico, direttore e quindi dipendente della ricorrente; dalla moglie come responsabile della parte amministrativa e commerciale della società, e pertanto come suo dirigente e organo di fatto. Per i primi giudici, la qualità di lavoratori dipendenti dell'insorgente (recte: di A._ e I._) prevarrebbe sia sulla qualifica di azionista unico del marito sia su quella di persona vicina alla società della moglie.
5.2 Il giudizio impugnato non si confronta però adeguatamente con la pronuncia 16 aprile 2007 della Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello. In particolare, da esso non si evincono i motivi che giustificherebbero la divergenza rispetto alla valutazione, sostenibile e cresciuta in giudicato, dell'autorità fiscale, e che imporrebbero di qualificare i versamenti ripresi come distribuzioni dissimulate di tantièmes.
Nella pronuncia del 16 aprile 2007 la Camera di diritto tributario ha dettagliatamente esposto i motivi che l'hanno indotta a considerare la parte dei bonus ripresi come distribuzione dissimulata di utili. Dopo avere esaminato l'evoluzione della politica salariale della ricorrente, avere effettuato un confronto con la remunerazione complessiva di alcuni dirigenti di società attive nello stesso settore e con un'importanza commerciale simile (per i quali lo stipendio massimo rilevato si sarebbe aggirato intorno ai fr. 220'000.-), avere sottolineato la sproporzione delle gratifiche in questione con quelle versate ad altri dipendenti della società ricorrente, avere accertato che l'evoluzione delle gratifiche versate ai coniugi S._ non seguiva l'andamento della cifra d'affari e che la crescita delle remunerazioni salariali era accompagnata dalla rinuncia al versamento di dividendi, l'autorità giudiziaria in materia tributaria ha confermato l'affermazione dell'amministrazione fiscale, secondo cui l'aumento delle gratifiche sarebbe derivato dalla preoccupazione di prelevare degli utili riportati sempre più importanti, senza sottostare alla doppia imposizione economica prevista dall'ordinamento in materia fiscale. Detta autorità ha inequivocabilmente evidenziato che la misura dei compensi versati all'azionista e alla moglie nel periodo in esame non era giustificata da criteri commerciali e che, secondo invalsa giurisprudenza (cfr. sentenza 2A.71/2004 del 4 febbraio 2005, consid. 3.3.2, in StE 2005 2005 B 72.13.22 no. 44), sarebbe stato impensabile che gli azionisti e i finanziatori di una società attribuissero a un direttore che non fosse anche azionista un aumento di stipendio di straordinaria importanza, senza a loro volta prelevare dalla società per diversi anni consecutivi una remunerazione per il loro investimento e per i rischi assunti.
5.3 Se la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello ha in questo modo accertato che i compensi oggetto di ripresa non erano giustificati da criteri commerciali e non sarebbero stati versati a una terza persona non partecipante alla società (o comunque a una persona non vicina), ciò depone per una prestazione a favore dell'azionista (o di una persona a lui vicina), soprattutto se, come ha sottolineato la stessa Camera di diritto tributario per il caso di specie, la società non ha proceduto alla distribuzione di dividendi. Questa circostanza non poteva essere ignorata, senza particolare discussione, dalle autorità deputate all'applicazione dell'AVS.
5.4 A prescindere da queste considerazioni, la decisione di qualificare, come hanno fatto il Tribunale cantonale delle assicurazioni e la Cassa di compensazione, le prestazioni riprese quali distribuzioni dissimulate di tantièmes appare comunque una ingiustificata forzatura.
5.4.1 Secondo l'art. 677 CO, che reca il titolo marginale "Partecipazione agli utili (tantièmes)", quote di utili possono essere attribuite agli amministratori solo se prelevate sull'utile risultante dal bilancio, dopo l'assegnazione alla riserva legale e la ripartizione, tra gli azionisti, di un dividendo del 5 per cento o della percentuale superiore che fosse prevista nello statuto.
Già solo per questo motivo, la Corte cantonale non avrebbe potuto considerare l'integralità dell'importo ripreso dall'autorità fiscale quale distribuzione dissimulata di tantièmes. Avrebbe infatti tutt'al più prima dovuto scorporare da questo importo una quota di dividendo (non soggetta al pagamento degli oneri sociali) di almeno il 5% per tenere conto dell'obbligo legale o eventualmente (qualora superiore) statutario. Ma vi è di più.
5.4.2 Con l'assegnazione di tantièmes si intende fare partecipare i membri del consiglio di amministrazione di una società al risultato dell'impresa e promuoverne l'impegno per lo sviluppo di quest'ultima. Questo sistema consente di fare convergere gli interessi di amministratori e azionisti (Peter Kurer, in Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 3a ed., n. 1 seg. all'art. 677 CO; Jean-Luc Chenaux, in Commentaire romand, Code des obligations II, n. 1 all'art. 677 CO). Tuttavia - come rettamente evidenziato dalla ricorrente -, nel caso di specie, in cui l'amministratore unico rivestiva al tempo stesso anche la funzione di azionista unico e di dirigente, il versamento di una tale prestazione non si giustificava minimamente poiché la partecipazione di A._ all'utile societario era già garantita dalla sua posizione di azionista unico. Mentre per quanto concerne la moglie, il semplice fatto che la precedente patrocinatrice della ricorrente avesse dichiarato a margine della procedura fiscale, e quindi precipuamente a fini tributari, che I._ era la responsabile amministrativa e commerciale della società, non bastava a farla ritenere, senza ulteriori accertamenti, come organo di fatto e a giustificare di conseguenza una differente valutazione - della medesima fattispecie - rispetto a quella data dall'autorità fiscale (cfr. per analogia sentenza citata H 49/02, consid. 5; cfr. inoltre pure Chenaux, op. cit., n. 7 all'art. 677 CO, secondo il quale, addirittura, i tantièmes sembrerebbero poter essere unicamente versati ai membri formalmente eletti del consiglio di amministrazione, ad esclusione quindi degli altri).
5.5 Non occorre infine nemmeno esaminare ulteriormente se i compensi ripresi dall'autorità fiscale potessero, se del caso, essere qualificati dalle autorità AVS come indennità fisse (dissimulate) ai membri dell'amministrazione ai sensi dell'art. 7 lett. h OAVS ed essere quindi altrimenti considerati salario determinante. Tale ipotesi, peraltro nemmeno approfondita dalla Corte cantonale, può essere scartata, non da ultimo alla luce del fatto che la Camera di diritto tributario ha espressamente dichiarato prudenziale la ripresa operata dall'Ufficio di tassazione, e più precisamente osservando che le remunerazioni riconosciute a titolo salariale (per un importo variante dai fr. 329'339.- del 1999 ai fr. 572'22.- del 2001) tenevano ampiamente conto dell'impegno eccezionale profuso da A._ nella direzione della società e dei rischi assuntisi. In tali condizioni, ricordati anche il particolare assetto societario, il fatto che la ricorrente aveva sempre contabilizzato i compensi versati a titolo di stipendi come pure la circostanza che la gestione degli affari societari era già condotta da A._ in qualità di dipendente con funzione dirigenziale, l'eventualità di una remunerazione distinta e aggiuntiva per la funzione di amministratore unico non avrebbe potuto seriamente entrare in linea di considerazione.
6. Dal momento che i compensi ripresi dall'autorità fiscale, qualificabili quale distribuzione dissimulata di utile e trovanti la loro giustificazione nel rapporto di partecipazione azionaria, non potevano essere considerati salario determinante dalla Cassa opponente e dal Tribunale cantonale delle assicurazioni, che sono così incorsi in una violazione del diritto federale, la ricorrente poteva a ragione richiedere la restituzione dei contributi sociali su di essi versati. Essendo per il resto anche adempiute le condizioni formali di restituzione (cfr. in particolare le Direttive edite dall'Ufficio federale delle assicurazioni sociali sulla riscossione dei contributi [DRC] nell'AVS/AI e nelle IPG, n. 3082 segg.) ed essendo la domanda (del 12 luglio 2007) stata introdotta tempestivamente (ossia entro l'anno dalla crescita in giudicato [30 giorni dopo l'intimazione, avvenuta il 17 aprile 2007, del giudizio della Camera di diritto tributario] della tassazione relativa all'imposta federale diretta sul reddito netto delle persone giuridiche [art. 16 cpv. 3, seconda frase. LAVS]), il ricorso merita di essere accolto. Gli atti vengono tuttavia rinviati alla Cassa opponente affinché proceda al calcolo esatto dei contributi da restituire e renda una nuova decisione.
7. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono poste a carico della Cassa opponente (art. 66 cpv. 1 LTF), la quale rifonderà alla ricorrente, assistita da una patrocinatrice qualificata, un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto nel senso che, annullati il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 15 maggio 2008 e la decisione su opposizione della Cassa di compensazione del Cantone Ticino del 29 ottobre 2007, alla ricorrente è riconosciuto il diritto alla restituzione degli oneri sociali versati sui compensi che l'autorità fiscale ha ripreso a titolo di distribuzione dissimulata di utili per il periodo 1999 - 2002.
2. Gli atti sono rinviati alla Cassa affinché stabilisca l'entità esatta dell'importo da restituire.
3. Le spese giudiziarie di fr. 4000.- sono poste a carico dell'opponente.
4. L'opponente verserà alla ricorrente la somma di fr. 2800.- a titolo di indennità di parte per la procedura d'ultima istanza federale.
5. La causa viene rinviata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino per nuova ripartizione della indennità di parte nella procedura precedente.
6. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.