Erwägungen:
1. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen als Aufsichtsbehörde im Schuldbetreibungs- und Konkurswesen wies am 30. April 2009 eine Beschwerde gegen die Ankündigung der Schätzung der Liegenschaft der Beschwerdeführerin im Rahmen der Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes Z._ ab. Die Beschwerdeführerin hat dagegen am 15. Mai 2009 Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Die Beschwerdeführerin ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und um aufschiebende Wirkung.
2. Das Obergericht hat erwogen, nach Eingang des Verwertungsbegehrens ordne das Betreibungsamt die Schätzung des grundpfandbelasteten Grundstücks an. Eine Sistierung des Verfahrens wiederspreche grundsätzlich dem Beschleunigungsgebot. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung könne sie sich aber rechtfertigen, wenn ein anderes Verfahren hängig sei, dessen Ausgang von präjudizieller Bedeutung sei (BGE 123 II 3 E. 2b). Das treffe im vorliegenden Fall nicht zu; der Ausgang des von der Beschwerdeführerin eingeleiteten Klageverfahrens nach Art. 85 oder 85a SchKG habe auf die streitige Grundstückschätzung keinen Einfluss. Diese könne nur überflüssig werden, wenn die Klage gutgeheissen würde. Es gehe also vorliegend um die Frage, ob die Möglichkeit, dass eine Amtshandlung allenfalls überflüssig werden könnte, eine Verzögerung im Betreibungsverfahren rechtfertige. Das sei in einem Fall wie dem vorliegenden zu verneinen. Zum einen habe das Interesse der Gläubigerin am Fortgang des Verfahrens einiges Gewicht. Zum andern sei ein entgegenstehendes erhebliches Interesse der Beschwerdeführerin weder zu sehen noch ernsthaft glaubhaft gemacht. Damit bestehe die Gefahr, dass die beantragte Sistierung im Fall einer Abweisung der Klage nur zu einer Verzögerung führen würde. Das aber widerspräche nicht nur nicht dem Zweck dieses Instruments der Verfahrensleitung, sondern wäre auch mit Art. 29 Abs. 1 BV nicht vereinbar. Die mit der Beschwerde verlangte Sistierung rechtfertige sich nicht und die Beschwerde sei daher unbegründet.
3. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Argumenten nicht rechtsgenügend auseinander und zeigt insbesondere nicht anhand der Erwägungen des angefochtenen Urteils auf, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht, insbesondere auch Verfassungsrecht verletzt hat. Insbesondere sagt die Beschwerdeführerin nichts zu den Interessen der Gläubiger, welche von der Vorinstanz als erheblich eingestuft worden sind und die eine weitere Verzögerung des Verfahrens nicht rechtfertigen. Die Begründung der Beschwerde entspricht den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG bzw. von Art. 106 Abs. 2 BGG (BGE 134 I 83 E. 3.2. S. 88 mit Hinweisen) nicht.
4. Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde ist somit im vereinfachten Verfahren (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG) durch die Präsidentin der Abteilung unter Kostenfolge für die Beschwerdeführerin (Art. 66 Abs. 1 BGG) nicht einzutreten.
5. Da sich die Beschwerde als von Anfang an aussichtslos erwiesen hat, kann dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 BGG).
6. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt die Präsidentin:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen, Aufsichtsbehörde über das Schuldbetreibungs- und Konkurswesen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden