Fatti:
A. In seguito a un incidente della circolazione stradale, il 9 maggio 2003 B._ è stata ricoverata presso il reparto di chirurgia dell'Ospedale X._, dove le è stata riscontrata una frattura scomposta esposta del piatto tibiale destro. Lo stesso giorno è stata sottoposta a una revisione della ferita e alla posa di una trazione transcalcaneare, operazione effettuata dal dott. med. A._, capoclinica di chirurgia, con l'aiuto di un medico assistente. Il giorno seguente, data la persistenza di dolori non controllabili, con deficit di sensibilità al quarto e al quinto dito, il medico, sospettando una sindrome delle loggia, ha effettuato un intervento di fasciotomia, alfine di evitare che il rigonfiamento dei muscoli bloccasse la circolazione. Dall'intervento è emerso che i tessuti muscolari erano ancora vitali. La paziente lamentava nondimeno forti dolori. I parametri della temperatura e del colore risultavano, ciò nonostante, normali.
Il 14 maggio 2003 la paziente è stata trasferita in ambulanza, su sua richiesta, all'ospedale universitario di Zurigo, dove le è stata immediatamente riscontrata una grave ischemia dell'arto inferiore destro e, una volta sottoposta ad angiografia e all'esame doppler, accertata l'occlusione dell'arteria poplitea. La paziente è stata sottoposta ad altri interventi. Il 19 maggio 2003 ha dovuto esserle amputata la gamba all'altezza dell'articolazione del ginocchio destro.
B. Il Ministero pubblico del Cantone Ticino ha aperto d'ufficio un procedimento nei confronti del dott. med. A._, del dott. med. C._, primario di chirurgia presso detto ospedale di Lugano e di altri medici, per titolo di lesioni colpose gravi. La paziente si è costituita parte civile. Ai fini dell'indagine è stato nominato un collegio peritale, che ha elaborato e consegnato il parere richiesto. Per quanto qui interessa, la paziente ha poi a sua volta prodotto una perizia di parte. Il 27 febbraio 2008, il Procuratore pubblico (PP) ha emanato un decreto di non luogo a procedere. Il 20 luglio 2008, la Camera dei ricorsi penali del Tribunale di appello del Cantone Ticino (CRP) ha parzialmente accolto un'istanza di promozione dell'accusa della vittima, invitando quindi il PP a completare le informazioni preliminari. Con decisione del 9 luglio 2009, il PP ha emanato un ulteriore decreto di non luogo a procedere. Con decisione del 13 ottobre 2009, in accoglimento di un'ulteriore istanza di promozione dell'accusa, la CRP l'ha annullato e invitato il PP a completare le informazioni preliminari e a pronunciarsi sul seguito dell'azione penale.
C. Avverso questo giudizio il dott. med. C._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo e di confermare il decreto di non luogo a procedere.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 IV 36 consid. 1).
1.2 Come rettamente rilevato dal ricorrente, la decisione impugnata non pone fine al procedimento penale e costituisce pertanto una decisione incidentale. I ricorsi in materia penale (al riguardo vedi DTF 133 IV 335 consid. 2) contro decisioni incidentali sono ammissibili soltanto a determinate condizioni (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'art. 93 cpv. 1 LTF). La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. a e lett. b n. 1 LTF) e il ricorso tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF).
2. 2.1 Secondo l'art. 93 cpv. 1 LTF, contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente, che non rientrano nella fattispecie dell'art. 92 LTF, il ricorso è ammissibile soltanto se possono causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del gravame comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b).
2.2 L'adempimento della condizione dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF in materia penale dev'essere interpretato restrittivamente. In questo campo, detta norma riprende la regola dell'art. 87 cpv. 2 OG (DTF 134 IV 43 consid. 2.1; 133 IV 288 consid. 3.1-3.3), fondata su motivi di economia processuale e tendente a evitare che il Tribunale federale debba occuparsi più volte della medesima procedura (DTF 133 IV 139 consid. 4). Secondo la citata giurisprudenza, un pregiudizio è irreparabile quando è suscettibile di provocare un danno di natura giuridica, che nemmeno una decisione favorevole nel merito permetterebbe di eliminare completamente, segnatamente con il giudizio finale: semplici pregiudizi di fatto, come il prolungamento della procedura o un suo conseguente maggior costo, nocumenti peraltro non invocati dal ricorrente, non rappresentano un siffatto danno (DTF 131 I 57 consid. 1 pag. 59). La promozione dell'accusa e un'eventuale decisione di rinvio a giudizio, come in generale il fatto di dover subire un procedimento penale, non possono quindi essere impugnate immediatamente, poiché i danni che ne derivano non rappresentano di massima pregiudizi irreparabili di natura giuridica (DTF 133 IV 288 consid. 3.2 e rinvii; cfr anche DTF 134 IV 43 consid. 2).
2.3 Il ricorrente sostiene che nella fattispecie queste considerazioni sarebbero corrette solo in teoria. A suo dire, si sarebbe in presenza di un pregiudizio irreparabile, poiché il termine di prescrizione di sette anni dell'ipotizzato reato, concernente fatti avvenuti dal 9 al 14 maggio 2003, scadrebbe il 14 maggio 2010. Ne deduce, che nei suoi confronti non vi sarebbe il tempo necessario per procedere agli atti istruttori richiesti dalla CRP, per ottenere in seguito un nuovo decreto di non luogo a procedere e, in presenza di una nuova verosimile istanza di promozione dell'accusa della parte civile, per farlo semmai confermare dalla CRP. Per il ricorrente l'esecuzione dell'impugnata decisione comporterebbe quindi l'emanazione di un decreto di non luogo a procedere non per motivi di fondo, perché riconosciuto estraneo a ogni ipotesi di reato, ma per intervenuta prescrizione: in quest'ultima ipotesi, egli non avrebbe alcuna possibilità di far riconoscere la sua estraneità al prospettato reato. Una sentenza finale di assoluzione per intervenuta prescrizione costituirebbe, a suo dire, un pregiudizio irreparabile, rispetto a una di proscioglimento nel merito.
2.4 L'assunto non regge. Le completazioni delle informazioni preliminari richieste con la sentenza impugnata, si limitano alla valutazione di affermazioni del perito giudiziario in merito alla durata del viaggio in ambulanza e al tempo intercorso tra il momento dell'occlusione e il danno irreversibile dell'arto, nonché sul quesito di sapere se il dott. med. A._ abbia violato un suo dovere di prudenza, non dando specifiche indicazioni al personale paramedico preposto al trasporto della paziente, uno dei periti giudiziari non avendo infatti mai indicato se e con quale frequenza sarebbe stato opportuno verificare il polso pedidio della paziente. Queste informazioni possono essere assunte celermente, anche in forma scritta, come precisato nella criticata decisione, e il PP potrà decidere poi con cognizione di causa il seguito dell'azione penale. In siffatte circostanze, un eventuale nuovo decreto di abbandono può senz'altro essere emanato in tempi brevi, come, se del caso, una nuova decisione della CRP. La tesi ricorsuale misconosce poi che all'asserito pregiudizio si contrappone l'evidente interesse della paziente al chiarimento delle eventuali responsabilità penali. È d'altra parte manifesto che non spetta al Tribunale federale, procedendo all'esame di merito del criticato giudizio, pronunciarsi quale prima e ultima istanza su un'eventuale (contestata) responsabilità del ricorrente, quale garante per l'agire dell'altro medico, suo subalterno. Contrariamente all'assunto ricorsuale, le ulteriori informazioni da assumere non appaiono del resto inidonee a chiarire la fattispecie.
2.5 Il ricorrente accenna pure all'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF, che riprende la disciplina prevista dal previgente art. 50 cpv. 1 OG: il Tribunale federale esamina liberamente l'adempimento di questi presupposti (DTF 134 II 142 consid. 1.2.3; 133 II 409 consid. 1.2; sui requisiti di motivazione in tale ambito vedi DTF 133 III 629 consid. 2.4.2). Come si è visto, in concreto non si è più in presenza di una procedura probatoria defatigante o dispendiosa, né il ricorrente dimostra che il PP, dopo aver completato le richieste informazioni preliminari, non potrebbe concludere rapidamente il procedimento. Il ricorso è quindi inammissibile anche sotto questo aspetto (DTF 133 IV 288 consid. 3.3; 133 III 629 consid. 2.4.2 pag. 634 in alto).
Per di più, il Tribunale federale ha precisato che in ambito penale l'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF dev'essere interpretato in maniera ancora più restrittiva, poiché altrimenti occorrerebbe riconoscere l'ammissibilità di ricorsi diretti, come in concreto, contro le differenti decisioni prese nel corso della procedura, in particolare contro la promozione dell'accusa o il rinvio a giudizio, decisioni che secondo la prassi non possono essere impugnate immediatamente (DTF 133 IV 288 consid. 3.2).
3. Ne segue, che il ricorso è inammissibile. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico, al Giudice dell'istruzione e dell'arresto e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.