Fatti:
A. A._, B._ e C._ sono comproprietari della particella xxx del Comune di X._. Il fondo, di 12'564 m2, ubicato in zona agricola SAC, è stato affittato alla ditta individuale G._ di D._. Il 18 giugno 2010 l'ufficio tecnico comunale ha accertato la presenza sul fondo di un deposito abusivo di circa 40-45'000 m3 di materiale inerte proveniente dal settore edilizio. Per quanto qui interessa, dopo aver proposto senza successo a D._ e ai comproprietari di sottoscrivere una convenzione concernente lo sgombero del materiale, con decisione del 16 giugno 2011 il Municipio ha ordinato loro di ripristinare il fondo, con la comminatoria dell'esecuzione sostitutiva in caso di inottemperanza.
B. Adito da ambedue le parti, con decisione del 21 dicembre 2011 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha respinto le impugnative. Mediante giudizio del 29 novembre 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto parzialmente un ricorso dei comproprietari, riformando la decisione governativa nel senso che il loro precedente ricorso è accolto e annullata la tassa di giudizio accollata loro; ha pure annullato l'ordine municipale nella misura in cui impone ai comproprietari il ripristino del fondo, rinviando gli atti al Municipio affinché proceda a una nuova ripartizione degli oneri del ripristino.
C. Il Comune di X._ impugna questa decisione con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale chiedendo di annullarla e di confermare la decisione governativa e quella municipale.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione pronunciata in una causa di diritto pubblico da un'autorità di ultima istanza cantonale, il ricorso in materia di diritto pubblico è di principio ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 100 cpv. 1 LTF.
1.3 Il ricorrente adduce, in maniera incompleta come si vedrà, che la Corte cantonale avrebbe statuito in maniera definitiva sulla responsabilità per il deposito abusivo, che ricadrebbe in modo preponderante su D._, lasciando aperta solo la questione di sapere se ai comproprietari del fondo, quali perturbatori per situazione, debba essere semplicemente ingiunto di tollerare il ripristino della situazione legale oppure se si giustifichi di imporre loro l'obbligo di ripristino congiuntamente o in subordine con i perturbatori per comportamento. Ne deduce che riguardo alla situazione dei comproprietari, l'impugnato giudizio dovrebbe essere equiparato a una decisione finale ai sensi dell'art. 90 LTF, poiché non lascerebbe alcun margine di manovra al Municipio. Il contestato giudizio a suo dire ̧ potrebbe configurare anche una decisione parziale impugnabile separatamente. Il ricorso sarebbe inoltre ammissibile anche qualora la criticata pronuncia dovesse costituire una decisione pregiudiziale o incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF, essendone adempiuti i presupposti.
1.4 Le tesi non possono essere seguite. Certo, il ricorrente indica correttamente le premesse giurisprudenziali relative alle citate norme. I requisiti per applicarle nella fattispecie non sono tuttavia adempiuti.
1.4.1 La decisione impugnata, di rinvio, costituisce di massima una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF (DTF 138 I 143 consid. 1.2; 133 V 477 consid. 4.2). Secondo questa norma, il ricorso contro una tale decisione è ammissibile se può causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b).
Sono incidentali le decisioni che non pongono termine alla lite e riguardano soltanto una fase del procedimento, assumendo una funzione strumentale rispetto alla pronuncia destinata a concludere la vertenza; queste decisioni possono avere indifferentemente per oggetto una questione formale o materiale, giudicata anteriormente alla decisione finale (DTF 133 V 477 consid. 4.1.3). Un pregiudizio è poi irreparabile nel senso dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, quando è suscettibile di provocare un danno che una decisione favorevole nel merito non permetterebbe di eliminare completamente. Il semplice prolungamento della procedura o l'aumento dei costi collegati alla causa non bastano di massima a fondare un simile pregiudizio (DTF 136 II 165 consid. 1.2.1; 136 IV 92 consid. 4).
1.4.2 Le condizioni di ammissibilità poste dall'art. 93 cpv. 1 LTF, il cui adempimento deve di principio essere dimostrato dal ricorrente (DTF 134 III 426 consid. 1.2 in fine; 133 II 629 consid. 2.3.1), mirano a sgravare il Tribunale federale, che di massima deve potersi esprimere sull'oggetto del litigio con un'unica decisione, evitando di pronunciarsi parzialmente, senza un esaustivo accertamento della fattispecie, nell'ambito di una prima fase della procedura. Se eventuali pregiudizi possono essere eliminati in modo adeguato anche nel contesto di un esame successivo all'emanazione del giudizio finale, questo Tribunale non entra quindi nel merito di impugnative contro decisioni pregiudiziali e incidentali (DTF 135 II 30 consid. 1.3.2).
1.4.3 In concreto il Tribunale cantonale amministrativo ha ritenuto che la responsabilità dell'abuso ricade in misura preponderante su D._, perturbatore sia per situazione sia per comportamento, ma ciò che il ricorrente parrebbe disattendere, anche sulle imprese con le quali questi ha concluso accordi per il deposito sul fondo litigioso di materiali di scavo e di demolizione. L'ordine di ripristino avrebbe pertanto dovuto essere impartito anche a queste ditte, perturbatrici per comportamento. Non coinvolgendole, il Municipio avrebbe abusato del proprio potere di apprezzamento e l'ordine di ripristino sarebbe arbitrario nel risultato. Ha poi ritenuto che dagli atti non risulta che i comproprietari avrebbero avallato l'utilizzo del fondo quale discarica, né che fossero a conoscenza dei citati accordi o che ne avrebbero tratto un qualsiasi vantaggio. Ha quindi rinviato gli atti al Municipio, affinché esamini se ad essi, quali meri perturbatori per situazione, vada semplicemente ingiunto di tollerare il ripristino della situazione legale oppure se si giustifichi di imporre loro un obbligo di ripristino congiuntamente o in subordine ai perturbatori per comportamento. Ha ritenuto che spetterà al Municipio, nell'ambito di un nuovo giudizio e dopo un eventuale completamento degli atti, vagliare questi differenti aspetti.
1.4.4 Discende da queste conclusioni che, contrariamente all'assunto ricorsuale, il Municipio non subisce un danno irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, consistente nel dover dar seguito a un'istruzione che reputa errata, per poi impugnare la propria decisione per violazione dell'autonomia comunale (DTF 133 II 409 consid. 1.2 e rinvii; 128 I 3 consid. 1b). La Corte cantonale ha infatti ritenuto che spetta al Municipio, dopo aver effettuato i necessari accertamenti, chiarire la provenienza del materiale depositato abusivamente e accertare l'eventuale coinvolgimento di ulteriori ditte, peraltro già indicate dai comproprietari e, secondo i giudici cantonali, di facile individuazione, le stesse essendo in parte già note all'autorità comunale. In siffatte circostanze al ricorrente rimane chiaramente un'ampia latitudine di apprezzamento e di giudizio, ritenuto che la Corte cantonale non gli ha imposto ingiunzioni particolari e così precise da limitare in maniera inammissibile il suo margine decisionale (DTF 138 I 143 consid. 1.2 in fine; 134 II 124 consid. 1.3; 134 III 177 consid. 1.2 inedito).
1.4.5 D'altra parte, la Corte cantonale non ha escluso dal litigio una parte, segnatamente i comproprietari nei confronti dei quali il Municipio dovrà stabilire il grado di responsabilità, ma al contrario lo ha esteso ad altre, ossia alle ulteriori ditte coinvolte. Poiché non ha statuito in via definitiva sulle singole responsabilità delle parti interessate, non si è quindi nemmeno in presenza di una decisione parziale impugnabile separatamente (art. 91 LTF; cfr. al riguardo DTF 135 V 141 consid. 1.4; 135 III 212 consid. 1.2 e 1.2.1; 134 III 379 consid. 1.1; 133 V 477 consid. 4.1.2).
1.4.6 Come visto, il contestato rinvio neppure comporta una procedura probatoria defatigante o dispendiosa ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF (cfr. al riguardo DTF 134 II 142 consid. 1.2.3 e 1.2.4, 137 consid. 1.3.3; sentenza 1C_289/2012 del 20 giugno 2012 relativa anch'essa alla qualità di perturbatore per comportamento nel quadro di una procedura di risanamento di un fondo). Come in quest'ultima causa, anche in quella in esame è evidente che il Tribunale federale potrebbe essere chiamato a esprimersi non una, ma più volte sui contestati costi e sulla loro definitiva ripartizione fra le parti coinvolte, in particolare su ricorsi possibilmente proposti dai comproprietari e dalle altre imprese interessate. Un eventuale accoglimento del gravame non comporterebbe quindi immediatamente una decisione finale sulla lite, né il Tribunale federale deve esprimersi quale prima e unica istanza al riguardo (cfr. DTF 137 III 637 consid. 1.2; 136 II 165 consid. 1.2.1 pag. 171; 135 II 30 consid. 1.3.4 pag. 36). Del resto, incentrando il gravame sulla sentenza 1C_231/2012 del 29 novembre 2012 consid. 3 destinata a pubblicazione, secondo la quale possono essere accollati una parte dei costi anche al proprietario di un fondo di cui è chiesto il risanamento, il ricorrente parrebbe disattendere che, come si è visto, la Corte cantonale non ha escluso una siffatta partecipazione.
2. Il ricorso dev'essere pertanto dichiarato inammissibile. Non si prelevano spese (art. 66 cpv. 4 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.