Faits:
A. Le 9 juin 2009, X._ a déposé une plainte pénale contre deux convoyeurs non identifiés, les accusant de l'avoir malmené dans l'ascenseur, lors de son transport à la prison, à l'issue d'une audience d'instruction qui avait eu lieu le 2 avril 2009.
A l'appui de ses allégations, il a produit un certificat médical établi le 29 mai 2009 par la Dresse Y._ de l'Unité médicale pénitentiaire. Ce médecin a notamment mis en évidence une omalgie (note: des douleurs dans l'épaule) droite post-traumatique.
B. Par décision du 4 février 2010, le Procureur général du canton de Genève a classé cette plainte pénale, en application de l'art. 116 al. 1 CPP/GE.
Par ordonnance du 7 avril 2010, la Chambre d'accusation genevoise a rejeté le recours interjeté par X._ contre la décision de classement.
C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'application du droit cantonal de procédure, il conclut à l'annulation de l'ordonnance précitée et au renvoi de la cause au Ministère public pour qu'il ordonne une instruction préparatoire.
Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'application des art. 116 et 198 CPP/GE.
1.1 Aux termes de l'art. 116 al. 1 CPP/GE, lorsqu'il estime que les faits ne sont pas constitutifs d'une infraction ou que les circonstances ne justifient pas l'exercice de l'action publique, le procureur général peut classer l'affaire sous réserve de faits nouveaux. Le classement fondé sur cette disposition intervient avant l'ouverture d'une instruction pénale, laquelle ressortit au juge d'instruction (art. 118 ss CPP/GE) qui, hormis les cas de flagrant délit, ne peut y procéder que s'il en a été requis par le procureur général (art. 117 CPP/GE). Il a donc pour effet d'empêcher la mise en oeuvre de l'action pénale dans l'intérêt de la personne mise en cause, dans les cas où, sur la base des premières investigations menées, il apparaît que les faits sont insuffisamment vraisemblables, qu'ils ne sont pas constitutifs d'une infraction ou que l'action publique ne se justifie pas pour des motifs d'opportunité (PIERRE DINICHERT/BERNARD BERTOSSA/LOUIS GAILLARD, Procédure pénale genevoise, in SJ 1986 p. 464 ss, notamment p. 469 ss).
Selon l'art. 198 al. 1 CPP/GE, si le procureur général estime que les circonstances ne justifient pas l'exercice de l'action publique, il peut, par décision sommairement motivée, classer la procédure, sauf circonstances nouvelles. Le classement prononcé sur la base de cette disposition intervient après que le juge d'instruction a, au terme de l'instruction préparatoire, transmis le dossier au procureur général (art. 185 al. 1 et 197 CPP/GE).
1.2 La Chambre d'accusation a tout d'abord relevé que les faits allégués n'étaient nullement corroborés par les déclarations des trois convoyeurs impliqués et que le certificat médical produit ne permettait pas de mettre les douleurs du recourant en relation avec les violences dénoncées. Elle a ensuite admis qu'en tout état, si les convoyeurs devaient avoir employé la force, ces agissements pouvaient résulter d'un emploi de la force proportionnée et autorisée par la loi, dès lors que le recourant avait lui-même admis qu'il était "hors de lui" à l'issue de l'audience en question, lors de laquelle il avait d'ailleurs copieusement insulté le Juge d'instruction.
Ainsi, la Cour cantonale a justifié le classement par une double motivation. En pareil cas, le recourant doit, sous peine d'irrecevabilité, indiquer en quoi chacune des motivations principale et subsidiaire viole le droit (ATF 133 IV 119 consid. 6.3. p. 121).
1.2.1 En l'espèce, le recourant invoque l'arbitraire dans l'application des art. 198 al. 2 et 116 al. 2 CPP/GE. Il relève que la Chambre d'accusation ne pouvait conclure que la lésion subie résultait d'un emploi proportionné de la force, sans procéder à une instruction préparatoire. Ce grief tombe à faux. En effet, l'art. 116 CPP/GE, dont ont fait usage les autorités genevoises, autorise le classement, pour défaut de prévention, avant l'ouverture d'une instruction pénale. Par conséquent, on ne discerne aucune application arbitraire de la disposition précitée, l'art. 198 al. 2 CPP/GE n'ayant quant à lui pas été appliqué.
1.2.2 Pour le reste, il n'y a pas lieu d'examiner le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves, celui-ci n'étant pas, sur le vu de ce qui précède, de nature à modifier le résultat de la décision attaquée.
2. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 1er juillet 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani