Sachverhalt:
A. Y._ und ihr ehemaliger Ehemann sind mit je 50 % die einzigen Aktionäre der X._ AG (Beschwerdeführerin). Am 13. Januar 2004 fand eine Generalversammlung statt. Als sechster Verhandlungsgegenstand waren die "Wahlen in den Verwaltungsrat" traktandiert. Gemäss Protokoll wurden weder die Beschwerdegegnerin noch ihr ehemaliger Ehemann als Verwaltungsratspräsident/in gewählt. Dem Protokoll zufolge konnte keine Einigung erzielt werden, weshalb es beim Status quo bleibe. Mit Schreiben vom 27. Januar 2004 wies die Beschwerdegegnerin darauf hin, dass das Generalversammlungsprotokoll offensichtlich falsch sei, weil zufolge Stimmengleichheit überhaupt kein Verwaltungsrat gewählt worden sei. Am 14. Mai 2004 gelangte sie an das Handelsgericht des Kantons Aargau und verlangte, der Beschluss der Generalversammlung vom 13. Januar 2004 (Wahlen in den Verwaltungsrat) sei aufzuheben. Mit Urteil vom 18. November 2009 hiess das Handelsgericht die Klage gut und hob den Beschluss betreffend die Wahlen in den Verwaltungsrat auf.
B. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und auch das Handelsgericht stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat den Streitwert auf Fr. 20'000.-- festgesetzt, womit der für eine Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich erforderliche Streitwert nicht erreicht wird (Art. 74 BGG). Das Bundesgericht ist an diese Einschätzung nicht gebunden. Sie wird indessen von keiner Partei beanstandet, so dass sich diesbezüglich Weiterungen erübrigen und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gegeben ist (Art. 113 BGG). Mit dieser kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 116 BGG). Der Beschwerdeführer muss angeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde, und substantiiert darlegen, worin die Verletzung besteht (BGE 134 V 138 E. 2.1 S. 143; 133 III 439 E. 3.2 S. 444 mit Hinweis). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechtes nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG).
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Diskussion darüber, wer Verwaltungsratspräsident sein solle, setze logisch voraus, dass die in Frage kommenden Personen zunächst überhaupt zu Verwaltungsräten gewählt worden seien. Sie wirft der Vorinstanz vor, unzulässige Mutmassungen darüber angestellt zu haben, wie die Beschwerdegegnerin wohl abgestimmt haben würde, wenn ihr die Frage unterbreitet worden wäre, ob sie ihren ehemaligen Ehemann in den Verwaltungsrat wählen wolle. Es sei aber um die Wiederwahl von beiden Verwaltungsräten gegangen. Die Beschwerdegegnerin selbst habe anlässlich einer Befragung zu Protokoll erklärt: "an der Beklagten bin ich als Aktionärin mit 50 % der Aktien beteiligt und bin im Verwaltungsrat" und an anderer Stelle: "aber grundsätzlich nehme ich schon an, dass ich Verwaltungsrätin bin". Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz zudem vor, die Aussagen eines Zeugen, welcher der strittigen Generalversammlung beiwohnte, ignoriert zu haben. Dieser habe die Frage, ob an der Generalversammlung vom 13. Januar 2004 über das Traktandum sechs effektiv abgestimmt worden sei, bejaht. Aus diesen Gründen erachtet die Beschwerdeführerin den angefochtenen Entscheid als willkürlich und rügt eine Verletzung von Art. 9 BV.
2.1 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (BGE 134 II 124 E. 4.1 S. 133; 132 III 209 E. 2.1 S. 211; je mit Hinweisen).
2.2 Die Beschwerdeführerin bringt selbst vor, die Wahl des Verwaltungsratspräsidenten sei an sich nicht Sache der Generalversammlung gewesen, sondern hätte Gegenstand einer Verwaltungsratssitzung bilden sollen. Selbst wenn man mit der Beschwerdeführerin davon ausgehen wollte, ein Disput über die Besetzung des Verwaltungsratspräsidiums setze rein logisch die Wahl der zur Diskussion stehenden Personen zu Mitgliedern des Verwaltungsrates voraus, bleibt durchaus möglich, dass sich die Parteien nicht an die logische Reihenfolge hielten, sondern sich vielmehr, weil keine Einigung über das Präsidium erzielt werden konnte, auch bezüglich der Wahl in den Verwaltungsrat nicht einigten oder gar nicht darüber abstimmten. Wie die Beschwerdegegnerin abgestimmt hätte, wenn ihr die Frage nach der Wiederwahl vorgelegt worden wäre, ist damit nicht von massgeblicher Bedeutung, unabhängig davon, wie die Frage nach der Wiederwahl formuliert wird. Da im Protokoll keine Wahl in den Verwaltungsrat festgehalten wurde, ist der Schluss, es sei keine gültige Wahl erfolgt, jedenfalls nicht offensichtlich unhaltbar. An diesem Ergebnis vermag die Aussage der Beschwerdegegnerin im Zuge der persönlichen Befragung, sie sei (vermutlich) Verwaltungsrätin, schon deshalb nichts zu ändern, weil die Ungültigkeit der Wahl im Zeitpunkt der Befragung noch nicht feststand. Auch angesichts des speziellen Charakters der Zweipersonengesellschaft verfällt die Vorinstanz nicht in Willkür, wenn sie aus dieser Aussage nicht ableitet, an der Generalversammlung habe eine gültige Wahl in den Verwaltungsrat stattgefunden. Nur dies hat das Bundesgericht zu prüfen (Art. 106 Abs. 2 BGG).
2.3 Unbegründet ist schliesslich der Vorwurf, die Vorinstanz habe den in der Beschwerdeschrift genannten Zeugen ignoriert. Sie hielt vielmehr mit Aktenhinweis fest, dieser habe sich nicht mehr erinnern können, ob eine Wahl des Verwaltungsrates stattgefunden habe. Mit diesen Ausführungen setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander und genügt insoweit den strengen Begründungsanforderungen an eine subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht, weshalb sich Weiterungen erübrigen.
3. Insgesamt gelingt es der Beschwerdeführerin nicht, die Auffassung der Vorinstanz, die mit dem Protokoll, das keine Wahl in den Verwaltungsrat festhält, übereinstimmt, im Ergebnis als offensichtlich unhaltbar auszuweisen. Ihre Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, ohne dass der angefochtene Entscheid in weiteren Punkten zu überprüfen wäre (Art. 106 Abs. 2 BGG). Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak