Faits:
A. La société X._ SA à ... (Valais), dirigée alors par Z._ qui était président du conseil d'administration et engageait la société par sa signature individuelle, a pris à ferme de Y._ à ... (Valais) une vigne d'environ 10'000 m2 au lieu-dit ... sur la commune de Sion, moyennant un fermage de 10'000 fr. par année.
La vigne était plantée de gamay et de pinot noir et il a été retenu qu'elle n'était ni épuisée, ni malade.
En cours de fermage, X._ SA a décidé de planter du cornalin et du cabernet, parce que ces cépages permettent de réaliser un vin plus apprécié des consommateurs et qui peut donc être vendu pour un prix plus élevé. Il n'est pas établi que Y._ y ait consenti et encore moins qu'elle ait accepté de participer aux frais, sa volonté étant de recevoir chaque année 10'000 fr. pour l'affermage de sa vigne.
Le remplacement des cépages s'est fait en deux étapes, de 2001 à 2003, par simple repiquage, sans défoncement complet de la parcelle. Il a été retenu que des vendanges provenant de cette vigne ont été encavées chaque année. X._ SA n'a pas fourni de moyens de preuve qui auraient permis d'observer les variations quantitatives.
X._ SA a exploité la vigne en cause jusqu'à la fin de l'année 2003. Dès 2004, Y._ a affermé sa vigne à la société A._ Sàrl fondée le 11 août 2003.
Au début de l'année 2004, B._ a acquis la totalité du capital-actions de X._ SA: le 9 février 2004, il a acheté les actions d'un actionnaire minoritaire, D._, et, le 18 février 2004, il a acquis les actions de Z._ lors de la vente aux enchères intervenue à la suite de la faillite de ce dernier. Le lendemain, le 19 février 2004, l'assemblée générale de X._ SA a désigné C._ en qualité d'administrateur délégué avec signature individuelle et E._ en qualité de président du conseil d'administration. Le 27 février 2004, ces deux administrateurs ont communiqué à Z._ la décision prise la veille de mettre fin, avec effet immédiat, aux rapports de travail. Entendu comme témoin, E._ a déclaré que les motifs de la résiliation du contrat avait été expliqués à Z._ dans un courrier du 16 mars 2004 et que l'un des motifs concernait les faits à la base du présent litige.
B. Le 5 avril 2005, X._ SA a cité en conciliation Y._ devant le juge de commune. Elle a ensuite ouvert action contre Y._, lui réclamant la somme de 114'359 fr.60 avec intérêts. En raison du changement de cépage intervenu, la société réclamait à la propriétaire le remboursement des frais qu'elle avait engagés ainsi que la restitution des fermages versés entre 2001 et 2003.
Y._ s'est opposée à la demande en totalité. Elle a dénoncé l'instance à son frère Z._.
Par jugement du 1er avril 2011, le juge des districts d'Hérens et Conthey a condamné Y._ à payer à X._ SA 89'482 fr. (pour les travaux de repiquage) avec intérêts à 5% dès le 3 juin 2005, statuant par ailleurs sur les frais et dépens.
Un appel et un appel joint ont été formés contre cette décision. Devant la cour cantonale, Z._ n'avait plus que le statut d'une partie accessoire.
Par jugement du 17 octobre 2012, la Cour civile I du Tribunal cantonal valaisan a annulé la décision attaquée et rejeté la demande formée par X._ SA, statuant par ailleurs sur les frais et dépens. Après avoir relevé qu'une restitution des fermages ne se justifiait pas puisque l'exploitation n'avait pas été interrompue, la cour cantonale a estimé que la demanderesse n'avait pas droit au remboursement de ses frais parce que le remplacement des cépages, dans l'intérêt du fermier, ne constituait pas des travaux nécessaires. Il n'y avait pas lieu non plus d'allouer à la société une indemnité à fin de bail, parce que les travaux avaient été exécutés sans l'accord de la bailleresse. Quant à une prétention fondée sur la gestion d'affaires, l'art. 672 al. 1 CC ou l'enrichissement illégitime, elle doit être considérée comme prescrite, le délai d'un an prévu par l'art. 67 al. 1 CO n'ayant pas été respecté.
C. La société X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.), une violation des art. 22 ss LBFA, ainsi qu'une transgression de l'art. 67 CO, elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement attaqué et à la condamnation de Y._ à lui payer la somme de 89'482 fr. avec intérêts à 5% dès le 3 juin 2005.
Y._ a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens, de même que Z._.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi .
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc aussi être formé pour violation d'un droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 138 II 331 consid. 1.3 p. 336; 137 II 313 consid. 4 p. 317 s.). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 137 III 580 consid. 1.3 p. 584; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 I 184 consid. 1.2 p. 187). La partie recourante qui se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits doit motiver son grief d'une manière répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 La recourante se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'intervient pour cause d'arbitraire que si la décision attaquée est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51, 305 consid. 4.4 p. 319; 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.; 138 IV 13 consid. 5.1 p. 22).
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves, la décision attaquée n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait une déduction insoutenable (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
La partie recourante qui invoque l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits doit démontrer par une argumentation précise, en se référant si possible à des pièces indiscutables du dossier, que la cour cantonale a retenu ou omis un fait pertinent d'une manière insoutenable (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 134 II 244 consid. 2.2 p. 246).
En l'espèce, la recourante fait valoir que la cour cantonale aurait établi les faits de manière arbitraire en constatant que B._ avait acquis l'intégralité du capital-actions de la société recourante en achetant les actions d'un actionnaire minoritaire. En réalité, si on lit la phrase entièrement, la cour cantonale a constaté que B._ avait acquis l'intégralité du capital-actions d'une part en achetant les actions de cet actionnaire minoritaire et, d'autre part, en acquérant les actions du deuxième intimé dans le cadre de la faillite de celui-ci. On ne voit aucune trace d'arbitraire dans cette constatation.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement omis de constater que le contrat conclu entre l'intimée et la société créée par son frère était antidaté. En tant que partie demanderesse, il incombait à la recourante, en vertu de l'art. 8 CC, de prouver les faits permettant de constater l'existence de son droit à remboursement. On ne voit pas en quoi la date du contrat passé entre l'intimée et la société de son frère pourrait influer sur cette question. Il n'y a donc pas lieu d'entrer en matière, la question soulevée étant impropre à remettre en cause la décision attaquée (art. 97 al. 1 LTF).
La recourante reproche à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire en ne constatant pas que le délai de résiliation de son bail à ferme n'avait pas été respecté. Hormis qu'elle semble plutôt soulever une question de droit, il faut observer qu'elle ne conteste pas avoir cessé d'exploiter la vigne à fin 2003. Elle ne prétend pas qu'elle croyait qu'elle pourrait continuer de l'exploiter en 2004, de sorte que la réponse à cette question ne peut influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La recourante soutient que la cour cantonale a commis l'arbitraire en ne constatant pas que l'intimée était représentée par son frère (le deuxième intimé). La cour cantonale a constaté - sans que l'arbitraire ne soit invoqué à ce sujet - que le frère de l'intimée, à l'époque, représentait seul la société recourante. Il intervenait donc à l'égard de l'intimée en tant que représentant de la recourante. Cette dernière voudrait faire admettre qu'il était plutôt le représentant de sa soeur, mais cette conception est insoutenable, puisque l'on ne voit pas qui, alors, dans les relations contractuelles, aurait représenté la recourante. L'argumentation présentée est donc impropre à démontrer l'arbitraire.
Dans la mesure où la recourante critique l'appréciation des preuves comme si elle plaidait devant une cour d'appel, il n'y a pas lieu d'entrer en matière, puisqu'elle devait démontrer l'arbitraire par une argumentation précise (cf. supra consid. 1.3). Lorsqu'elle introduit des faits qui ne sont pas constatés dans la décision attaquée ou substitue purement et simplement sa propre version des faits sans se prévaloir avec précision d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF, il n'y a pas lieu d'en tenir compte.
Le raisonnement juridique doit donc être conduit sur la base de l'état de fait contenu dans la décision attaquée, dont on ne voit pas qu'il ait été établi arbitrairement (art. 105 al. 1 et 2 LTF).
2.2 Des constatations cantonales, il résulte, en procédant à une qualification juridique, que la recourante a conclu oralement avec l'intimée un contrat de bail à ferme agricole régi par la loi fédérale sur le bail à ferme agricole (LBFA; RS 221.213.2).
2.3 Selon l'art. 22 al. 1 LBFA, le bailleur est tenu d'exécuter à ses frais les grosses réparations nécessaires pendant la durée du bail, dès que le fermier lui en a signalé la nécessité. Il résulte clairement de cette formulation que les travaux doivent être nécessaires pour maintenir la chose affermée dans un état conforme au contrat. L'art. 22 al. 2 LBFA ajoute que le fermier a le droit d'exécuter lui-même les grosses réparations nécessaires, lorsque le bailleur, dûment avisé, ne les a pas entreprises dans un délai convenable et qu'il n'a pas contesté son obligation à cet égard; le fermier peut alors en demander l'indemnisation au plus tard à la fin du bail. Cette réglementation, comme le montre son texte clair, ne concerne à nouveau que les réparations nécessaires.
En l'espèce, il a été établi - sans que l'arbitraire ne soit démontré - que la recourante a décidé de changer les cépages, alors que les vignes n'étaient ni épuisées ni malades, dans son propre intérêt, le montant du fermage, pour ce qui est de l'intérêt de la propriétaire, ne changeant pas. Dans ces circonstances - dont la constatation lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) -, on ne voit pas que les travaux entrepris par la recourante puissent être qualifiés de travaux nécessaires pour maintenir la vigne dans un état conforme au contrat conclu. En rejetant la prétention de la recourante fondée sur l'art. 22 LBFA, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral.
2.4 Quant à une indemnité fondée sur l'idée que la recourante a apporté une plus-value, l'art. 23 al. 2 LBFA prévoit que, sauf convention contraire, le fermier peut demander, à la fin du bail, une indemnité équitable pour les améliorations qu'il a apportées à la chose affermée avec l'accord du bailleur. Une telle indemnité suppose donc que le bailleur ait donné son accord aux améliorations apportées par le fermier.
En l'espèce, la cour cantonale a constaté que la demanderesse - qui a le fardeau de la preuve (art. 8 CC) - n'est pas parvenue à prouver que la propriétaire ait donné son accord. La recourante n'a pas démontré devant le Tribunal fédéral qu'elle aurait apporté cette preuve durant la procédure cantonale. En conséquence, l'appréciation des preuves ne saurait être qualifiée d'arbitraire. Dès lors qu'un accord n'a pas été établi, une indemnité fondée sur l'art. 23 al. 2 LBFA est d'emblée exclue.
2.5 La cour cantonale s'est demandée si la recourante pouvait fonder sa prétention sur la gestion d'affaires (art. 419 ss CO).
Il ressort des faits constatés - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que la recourante, considérée en tant que gérant d'affaires, n'a pas agi dans un esprit altruiste, de manière désintéressée, mais bien aussi dans son propre intérêt (cf. ANNE HÉRITIER LACHAT, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2e éd. 2012, n°s 4 et 5 de l'introduction aux art. 419 à 424 CO). Il faut donc appliquer l'art. 423 al. 2 CO qui prévoit que le maître n'est tenu d'indemniser le gérant que jusqu'à concurrence de son enrichissement. La jurisprudence a admis que cette action en indemnisation se prescrivait de la même manière que l'action pour enrichissement illégitime, c'est-à-dire selon l'art. 67 CO (ATF 86 II 18 consid. 7 p. 26).
La cour cantonale a aussi envisagé que la recourante puisse fonder sa prétention sur un enrichissement lié à une construction sur fonds d'autrui en vertu de l'art. 672 al. 1 CC. Il a cependant également été jugé qu'une telle action se prescrit en appliquant par analogie le délai prévu pour un acte illicite ou un enrichissement illégitime, c'est-à-dire le délai d'un an (ATF 81 II 431 consid. 3 p. 437).
Toute action fondée sur l'enrichissement illégitime (art. 62 CO), en particulier l'action en répétition de l'indu pour les fermages versés (cf. art. 63 CO) - qui ne semble plus en cause - ou l'action fondée sur une gestion d'affaires altruiste irrégulière (cf. HÉRITIER LACHAT, op. cit., n° 22 ad art. 423 CO) se heurte également à la prescription prévue par l'art. 67 al. 1 CO.
2.6 Quel que soit le fondement juridique envisagé, il faut donc déterminer si l'action formée par la recourante respecte ou non le délai de prescription annal prévu par l'art. 67 al. 1 CO.
Il doit être rappelé que la recourante est une personne morale qui subsiste même si ses membres ou ses organes dirigeants changent. L'art. 55 CC dispose que la volonté de la personne morale s'exprime par ses organes et que ceux-ci l'obligent par leurs actes juridiques et par tous autres faits, ce qui revient à dire que la volonté exprimée par le ou les organes compétents de la personne morale, agissant en cette qualité, est opposable à la personne morale elle-même; or, s'il en est ainsi de la manifestation de volonté, on ne voit pas de raison pour qu'il n'en soit pas de même de la connaissance que l'organe pourrait avoir de tel ou tel fait; la connaissance de l'organe est opposable à la personne morale elle-même (ATF 56 II 183 consid. 2 p. 187 s.).
Il résulte des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que le frère de l'intimée, au moment du remplacement de cépages, avait qualité pour représenter seul la société recourante. Il a décidé le changement de cépage; il connaissait nécessairement, de façon immédiate, le résultat des vendanges, l'importance des travaux entrepris et pouvait aisément en déterminer le coût. Dès lors qu'il était organe de la société anonyme, sa connaissance des faits est opposable à celle-ci. La recourante ne prétend pas qu'elle aurait ignoré, à fin 2003, que l'intimée entendait mettre fin au fermage. En conséquence, elle disposait, dès le début de l'année 2004, de toutes les informations nécessaires pour l'introduction d'une action en justice. Que la société ait changé de mains et nommé un nouveau conseil d'administration n'y change rien. A l'égard des tiers comme l'intimée, il faut s'en tenir à la constatation que la société connaissait les faits plus d'une année avant la citation en conciliation, de sorte que toute action soumise au délai de l'art. 67 al. 1 CO est prescrite.
La cour cantonale n'a dès lors pas transgressé le droit fédéral.
3. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Le deuxième intimé est un participant accessoire. L'art. 68 LTF ne prévoit pas l'octroi de dépens à un participant accessoire. En vertu du renvoi de l'art. 71 LTF, il faut donc appliquer l'art. 69 al. 2 PCF, dont il résulte que la question est laissée à la libre appréciation du Tribunal fédéral. Selon la jurisprudence, il n'est en principe pas alloué de dépens à un participant accessoire qui - comme c'est le cas en l'espèce - a été introduit dans la procédure par la partie victorieuse et dans le seul but qu'il soutienne ses conclusions (ATF 109 II 144 consid. 4 p. 152). Il n'y a pas lieu de s'écarter de cette pratique.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée Y._ une indemnité de 5'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour civile I.
Lausanne, le 1er mai 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget