Faits:
A. Victime d'un accident survenu le 10 novembre 1995, P._, né en 1951, perçoit une rente d'invalidité allouée par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) de respectivement 40 % depuis le 1er janvier 1999 et de 55 % depuis le 1er juin 2002. Se fondant sur les prononcés de la CNA, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Neuchâtel a mis le prénommé au bénéfice d'un quart de rente d'invalidité à compter du 1er novembre 1996, puis d'une demi-rente à compter du 1er avril 2002.
P._ a également bénéficié depuis le 1er mars 2000 de prestations d'invalidité versées par la Caisse de pensions CFF. A la suite de la modification des dispositions réglementaires en matière de surindemnisation, la Caisse de pensions CFF a mis un terme avec effet au 1er juin 2007 au versement de ses prestations.
B. Le 14 février 2008, P._ a ouvert action contre la Caisse de pensions CFF devant la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel. Il a conclu, d'une part, à ce que l'institution de prévoyance soit condamnée à lui verser, dès et y compris le 1er juin 2007, le montant de 1'490 fr. 45 par mois et, d'autre part, à ce que le tribunal fixe le montant de la rente dû à partir du 1er janvier 2008, compte tenu de la suppression par l'office AI de la rente complémentaire versée pour son épouse. Par jugement du 30 mars 2009, la juridiction cantonale a rejeté la demande, considérant que le calcul de surindemnisation effectué par la Caisse de pensions CFF n'était pas critiquable.
C. P._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
La Caisse de pensions CFF conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. La procédure devant le Tribunal fédéral a pour objet la suppression à compter du 1er juin 2007 des prestations versées par l'intimée au recourant pour cause de surindemnisation. Dans ce cadre, seule est litigieuse la question de la prise en compte dans le calcul de surindemnisation d'un montant de 40'140 fr. au titre de revenu de remplacement raisonnablement exigible.
2. A l'art. 25 de son règlement révisé, applicable à partir du 1er janvier 2007 (règlement 2007), l'intimée a fixé la limite de surindemnisation des prestations d'invalidité et de survivants à 90 % du salaire annuel brut que réaliserait l'intéressé s'il était resté en activité, augmenté des éventuelles allocations familiales. L'art. 25 al. 2 let. h du règlement 2007 reprend en substance la règle de l'art. 24 al. 2 in fine OPP 2, en prévoyant la prise en compte des « revenus qu'un invalide partiel retire ou qu'il pourrait encore raisonnablement retirer de l'exercice d'une activité lucrative ». Toutes les pensions d'invalidité en cours ont été adaptées au nouveau cadre réglementaire le 1er juillet 2007 au plus tard (art. 66 du règlement 2007; sur l'applicabilité de nouvelles dispositions légales ou réglementaires en matière de surindemnisation, cf. ATF 134 V 64 consid. 2.3.1 p. 67; 122 V 316 consid. 3c p. 319).
3. 3.1 Entre le premier pilier (assurance-invalidité) et le deuxième pilier (prévoyance professionnelle), il existe un lien fonctionnel qui permet, d'une part, d'assurer une coordination matérielle étendue entre le premier et le deuxième pilier et, d'autre part, de libérer autant que possible les organes de la prévoyance professionnelle obligatoire d'importantes et coûteuses démarches portant sur les conditions, l'étendue et le début du droit aux prestations d'invalidité du deuxième pilier. Comme pour le revenu sans invalidité et le gain annuel dont on peut présumer que l'intéressé est privé, il y a lieu de partir du principe de la congruence entre le revenu d'invalide et le revenu que l'intéressé pourrait encore raisonnablement réaliser au sens de l'art. 24 al. 2 in fine OPP 2. Ce principe de congruence implique la présomption que le revenu d'invalide déterminé par l'organe de l'assurance-invalidité correspond au revenu que l'assuré invalide pourrait encore raisonnablement réaliser (ATF 134 V 64 consid. 4.1.2 et 4.1.3 p. 70).
3.2 Ce faisant, le revenu d'invalide fixé par les organes de l'assurance-invalidité est déterminé en fonction d'un marché du travail équilibré (art. 16 LPGA); il n'y a pas lieu d'examiner la question de savoir si un invalide peut être placé au regard de la situation conjoncturelle, mais uniquement de se demander s'il pourrait encore exploiter économiquement sa capacité résiduelle de travail dans l'hypothèse où les places de travail disponibles correspondent à l'offre de la main d'oeuvre (arrêt I 198/97 du 7 juillet 1998 consid. 3b, in VSI 1998 p. 293). Le revenu que l'assuré invalide pourrait encore raisonnablement réaliser au sens de l'art. 24 al. 2 in fine OPP 2 est ainsi fondé sur le principe de l'exigibilité, qui requiert que soit pris en considération l'ensemble des circonstances objectives et subjectives du cas particulier, y compris au niveau du marché du travail. Le terme « subjectif » ne signifie toutefois pas que c'est l'appréciation subjective de l'intéressé sur ce qui peut encore être raisonnablement exigé de lui qui est déterminante. Il y a lieu, au contraire, d'évaluer les circonstances subjectives et les possibilités qui sont effectivement données à l'assuré en cause sur le marché du travail d'un point de vue objectif. En conséquence, l'institution de prévoyance qui veut réduire les prestations d'invalidité du régime obligatoire doit au préalable entendre l'assuré sur les circonstances personnelles et sa position concrète sur le marché du travail qui l'empêcheraient ou le limiteraient dans la réalisation d'un revenu résiduel aussi élevé que le revenu d'invalide fixé par l'assurance-invalidité. Ces circonstances subjectives qui doivent être prises en considération sous l'angle de l'exigibilité sont toutes les particularités qui, lors d'un examen objectif, ont une importance déterminante quant aux chances effectives de l'assuré concerné de trouver un poste de travail adapté et exigible sur le marché du travail concret correspondant. Par ailleurs, sur le plan de la procédure, le droit d'être entendu accordé à l'assuré suppose, en contrepartie, un devoir de collaboration de sa part. Il lui incombe, dans la procédure de surindemnisation, d'alléguer, de motiver et d'offrir, dans la mesure du possible, des preuves - notamment quant aux recherches de travail infructueuses - relatives aux circonstances personnelles et aux possibilités effectives sur le marché du travail qui l'empêcheraient de réaliser un revenu résiduel équivalant à celui du revenu d'invalide (ATF 134 V 64 consid. 4.2.1 et 4.2.2 p. 71).
4. 4.1 Le recourant considère que la juridiction cantonale a retenu à tort le montant de 40'140 fr. au titre de revenu raisonnablement exigible à prendre en compte dans le calcul de surindemnisation. En tant que ce montant correspond au revenu d'invalide déterminé par l'assurance-accidents, il estime que les premiers juges ont violé le droit fédéral, puisqu'ils auraient dû se fonder, conformément à la jurisprudence, sur le montant retenu par l'office AI. Il s'avère cependant que l'office AI n'a jamais procédé à une évaluation circonstanciée du revenu raisonnablement exigible - reposant sur des données statistiques issues de l'enquête suisse sur la structure des salaires et tenant compte de sa situation personnelle -, de sorte qu'il convient de renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle procède conformément au droit.
4.2 Il découle de la jurisprudence exposée précédemment que l'institution de prévoyance - ou, en cas de litige, le juge - appelés à examiner si, et le cas échéant dans quelle mesure, la prestation d'invalidité de la prévoyance professionnelle obligatoire pour une invalidité partielle entraîne une surindemnisation peut partir de la présomption que le revenu que l'intéressé pourrait encore raisonnablement réaliser correspond au revenu d'invalide fixé par l'organe de l'assurance-invalidité. Le cas d'espèce a néanmoins ceci de particulier que l'office AI s'est fondé, dans sa décision du 16 janvier 2003, sur l'évaluation contenue dans la décision de la CNA du 3 septembre 2002, sans procéder lui-même à une appréciation indépendante de l'invalidité (cf. ATF 133 V 549 consid. 6.1 p. 553 et 126 V 288 consid. 3d p. 293). La question de savoir s'il est conforme au droit de fonder le revenu que l'intéressé pourrait encore raisonnablement réaliser sur le revenu d'invalide fixé par l'assureur-accidents peut toutefois demeurer indécise dans le cas particulier.
4.3 Le recourant estime qu'il convient de déterminer le revenu raisonnablement réalisable en se fondant sur les données statistiques telles qu'elles résultent des enquêtes sur la structure des salaires de l'Office fédéral de la statistique.
4.3.1 Le revenu d'invalide doit être évalué avant tout en fonction de la situation professionnelle concrète de l'assuré. Il correspond au revenu effectivement réalisé par l'intéressé pour autant que les rapports de travail apparaissent particulièrement stables, qu'en exerçant l'activité en question celui-ci mette pleinement en valeur sa capacité résiduelle de travail raisonnablement exigible et encore que le gain ainsi obtenu corresponde à son rendement effectif, sans comporter d'éléments de salaire social. En l'absence d'un revenu effectivement réalisé, la jurisprudence considère que le revenu d'invalide peut être évalué sur la base des statistiques salariales (ATF 129 V 472 consid. 4.2.1 p. 475; 126 V 75 consid. 3b/aa et bb p. 76).
4.3.2 En l'espèce, le recourant n'exerce pas d'activité professionnelle malgré l'existence d'une capacité résiduelle de travail. Compte tenu de l'activité de substitution que pourrait exercer l'assuré dans une activité légère et adaptée (alternance des positions, pas de port de charges lourdes), le salaire de référence est celui auquel peuvent prétendre les hommes effectuant des activités simples et répétitives (niveau de qualification 4) dans le secteur privé, soit en 2006, 4'732 fr. par mois (Enquête suisse sur la structure des salaires 2006, p. 25, TA1). Comme les salaires bruts standardisés tiennent compte d'un horaire de travail de quarante heures, soit une durée hebdomadaire inférieure à la moyenne usuelle dans les entreprises en 2006 (41,7 heures; La Vie économique, 10/2009, p. 90, B 9.2), ce montant doit être porté à 4'933 fr. Après adaptation de ce chiffre à l'évolution des salaires selon l'indice des salaires nominaux pour les hommes de l'année 2007 (+ 1,7 %; La Vie économique, 10/2009, p. 91, B 10.3), on obtient un revenu mensuel de 5'017 fr. Eu égard à la capacité résiduelle de travail du recourant de 45 % et d'un facteur de réduction de 10 % sur le salaire statistique, afin de tenir compte des autres circonstances personnelles du recourant, en particulier de son âge (cf. ATF 126 V 75 consid. 5 p. 78), on obtient un revenu d'invalide respectivement de 2'032 fr. par mois et de 24'384 fr. par an. En revanche, il n'y a pas lieu de procéder à une déduction supplémentaire pour tenir compte d'une diminution de rendement, comme le requiert le recourant, celle-ci étant incluse, au vu des pièces médicales versées au dossier, dans le taux d'incapacité de travail de 55 %.
4.3.3 Si l'on se réfère à la feuille de calcul établie par l'intimée, dont le contenu n'est - hormis le montant du revenu d'invalide raisonnablement exigible - pas contesté, la limite de surindemnisation pour le calcul relatif à la période courant du 1er juin au 31 décembre 2007 a été fixé à 78'608 fr. 70 (soit 90 % du gain annuel présumé perdu de 87'343 fr.). Ce montant est inférieur à celui (de 83'061 fr. 60) composé de la somme des rentes d'invalidité allouées au recourant par l'assurance-invalidité (16'272 fr. au total) et par l'assurance-accidents (42'405 fr. 60), et du revenu hypothétique d'invalide (24'384 fr.). Le cas de surindemnisation étant réalisé pour la période déterminante, le recourant ne peut prétendre à des prestations de la prévoyance professionnelle.
4.3.4 Comme le relève à juste titre le recourant, la suppression des rentes complémentaires de conjoint de l'assurance-invalidité à la suite de l'entrée en vigueur le 1er janvier 2008 de la 5e révision de l'AI a pour effet de modifier le calcul de surindemnisation. Cela étant, le montant de la rente complémentaire touchée antérieurement par le recourant (3'756 fr.) n'est pas suffisant pour entraîner l'ouverture d'un droit à des prestations de la prévoyance professionnelle, la somme des revenus à prendre en compte (79'305 fr. 60) demeurant en effet supérieure à la limite de surindemnisation (78'608 fr. 70).
5. Mal fondé, le recours doit être rejeté. Vu l'issue du litige, les frais de la présente procédure sont mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). En sa qualité d'institution chargée d'une tâche de droit public, la caisse n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 3 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Piguet