Sachverhalt:
A.a Am 16. August 2011 eröffnete das Amtsgericht Nürnberg/ Deutschland über das Vermögen der Z._ AG, mit statutarischem Sitz in Herisau/AR, das Insolvenzverfahren. Die Eröffnung erfolgte als Hauptinsolvenzverfahren gemäss Art. 3 der Verordnung (EG) Nr. 1346/2000 vom 29. Mai 2000 über Insolvenzverfahren (EuInsVO; ABl. EG 2000 L 160/1), welcher die Zuständigkeit mitgliedstaatlicher Gerichte am Mittelpunkt der hauptsächlichen Interessen des Schuldners vorsieht. Als Insolvenzverwalter wurde X._, Rechtsanwalt in Deutschland, ernannt.
A.b Bereits am 21. Juni 2011 wurde vom Einzelrichter des Kantonsgerichts des Kantons Appenzell Ausserrhoden über die Z._ AG infolge Mängel in der Organisation die Liquidation in Anwendung von Art. 731b OR nach den Vorschriften über den Konkurs angeordnet. Am 19. April 2012 stellte der Einzelrichter das Konkursverfahren mangels Aktiven ein. Am 5. Juli 2011 löste zudem die Einzelrichterin des Kantonsgerichts Appenzell Ausserrhoden die Z._ AG durch Konkurs auf; bereits am 18. August 2011 stellte sie das Konkursverfahren mangels Aktiven ebenfalls ein. Die Z._ AG ist im Handelsregister ungelöscht bzw. mit dem Zusatz "in Liquidation" eingetragen.
A.c Im Zuge des Strafverfahrens gegen Organe der Z._ AG sperrte die Staatsanwaltschaft Nürnberg-Fürth bzw. rechtshilfeweise die Staatsanwaltsschaft des Kantons St. Gallen bei der Bank Y._ liegende Vermögenswerte bzw. Kontoguthaben, mutmasslich Fr. 9 Mio. an Geldern geschädigter Kunden.
A.d Am 8. Februar 2012 gelangte Insolvenzverwalter X._ an das Konkursamt St. Gallen und verlangte rechtshilfeweise im Wesentlichen die Sicherung und Weiterleitung von Vermögen bzw. Guthaben der Z._ AG bei der Bank Y._ an die Insolvenzmasse, insbesondere für den Fall der strafrechtlichen Deblockierung. Er stützte sein Vorgehen auf die Konkursübereinkunft zwischen schweizerischen Kantonen und dem Königreich Bayern aus dem Jahre 1834.
B. Mit Verfügung vom 18. Mai 2012 wies das Konkursamt das Rechtshilfeersuchen ab. Es verneinte eine staatsvertragliche oder gesetzliche Grundlage zur Einforderung der Bankguthaben auf dem Rechtshilfeweg. Gegen die Verfügung erhob Insolvenzverwalter X._ betreibungsrechtliche Beschwerde. Am 3. Juli 2012 wies das Kantonsgericht St. Gallen als kantonale Aufsichtsbehörde für Konkurs die Beschwerde ab.
C. Mit Eingabe vom 14. September 2012 hat Insolvenzverwalter X._ Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Der Beschwerdeführer beantragt im Wesentlichen, der Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde vom 3. Juli 2012 sei aufzuheben und das Konkursamt St. Gallen anzuweisen, dem Amts- und Rechtshilfeersuchen vom 8. Februar 2012 zu entsprechen; insbesondere seien u.a. Sicherungsvorkehren, Publikationen und die von Weiterleitung von Auszahlung der Bankguthaben der Z._ AG bei der Bank an die Insolvenzmasse anzuordnen. Weiter ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Mit Verfügung vom 26. September 2012 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung im Sinne der Erwägungen zuerkannt.
In der Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde, welche die Beschwerde gegen eine Verfügung des Konkursamtes (Art. 17 Abs. 1 SchKG) zum Gegenstand hat. Entscheide kantonaler Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 19 SchKG). Sie ist unabhängig von einer gesetzlichen Streitwertgrenze gegeben (Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Die Beschwerde gegen den letztinstanzlichen Rechtsmittelentscheid ist fristgemäss erhoben worden (Art. 75 Abs. 1, Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG). Der Beschwerdeführer ist zur Beschwerde in Zivilsachen legitimiert (Art. 76 Abs. 1 lit. a und b BGG).
1.2 Mit vorliegender Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundes- sowie Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Die Anwendung von kantonalem Gesetzesrecht kann nicht überprüft bzw. nur wegen Verletzung des Willkürverbotes (Art. 9 BV) gerügt werden (vgl. Art. 95 BGG). Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinw.).
1.3 In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG), wobei das Rügeprinzip gilt (BGE 133 III 589 E. 2 S. 591). Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung des Anspruchs auf eine Entscheidbegründung rügt, genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht.
1.4 Das Bundesgericht ist an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Zulässig ist einzig die Rüge, dass eine Tatsachenfeststellung auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhe oder eine Tatsache offensichtlich unrichtig festgestellt worden sei (Art. 97 Abs. 1 BGG), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (BGE 133 III 393 E. 7.1 S. 398 mit Hinw.). Unbehelflich sind Vorbringen des Beschwerdeführers, welche im angefochtenen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht keine Stütze finden (wie betreffend Kenntnisnahme der Entscheide des Einzelgerichts Appenzell Ausserrhoden durch die Organe der Z._ AG oder "fehlende Publikationen"). Im Übrigen wendet er sich vergeblich gegen die Eröffnung der Konkursliquidation durch das Kantonsgericht Appenzell Ausserrhoden, zumal diese nicht Verfahrensgegenstand ist.
2. 2.1 Die Aufsichtsbehörde hat angenommen, dass im konkursrechtlichen Verhältnis zu Nürnberg die Konkursübereinkunft mit Bayern aus dem Jahre 1834 grundsätzlich anwendbar sei. Sie hat festgestellt, dass die Hauptinsolvenz in Deutschland am Mittelpunkt der hauptsächlichen Interessen des Schuldners (Art. 3 EuInsVO) eröffnet wurde. Die Aufsichtsbehörde ist zum Ergebnis gelangt, dass die Übereinkunft nicht anwendbar sei, wenn der statutarische Sitz im schweizerischen Kanton liege. Weiter hat sie erwogen, dass die Insolvenz in Nürnberg eröffnet worden sei, als das Konkursverfahren über die Z._ AG in der Schweiz bereits im Gange war. Der später ergangene Insolvenzbeschluss des Amtsgerichts Nürnberg könne wegen dieser Sperrwirkung keine Rechtswirkung erlangen. Dem in Nürnberg eröffneten Insolvenzverfahren sei - unabhängig von der Anwendbarkeit der Übereinkunft mit Bayern - eine unmittelbare Anerkennung in der Schweiz zu verweigern. Ob eine Konkurseröffnung in der Schweiz nach Art. 166 IPRG möglich sei, hat die Aufsichtsbehörde mangels (sachlicher) Zuständigkeit nicht beurteilt. Die anbegehrte Amts- bzw. Rechtshilfe könne nicht gewährt werden.
2.2 Der Beschwerdeführer wirft der Aufsichtsbehörde im Wesentlichen eine Verletzung von Bundes- und Völkerrecht vor. Er macht im Wesentlichen geltend, die Aufsichtsbehörde habe die Übereinkunft mit Bayern willkürlich ausgelegt, wenn die Anwendbarkeit verneint werde. Die Übereinkunft regle keine Konkursgerichtsstände als Voraussetzung zur Anerkennung des Konkursdekretes. Das bayrische Konkursdekret entfalte unmittelbare Wirkung, ohne dass die Zuständigkeit zu prüfen sei, und es sei keinesfalls ohne Wirkung. Die Aufsichtsbehörde verstosse u.a. gegen den in der Übereinkunft festgelegten Grundsatz der Universalität und Attraktivität des Konkurses, wenn sie die automatische Anerkennung des bayrischen Insolvenzbeschlusses verweigere. Die Konkursübereinkunft bewirke, dass sich der ausländische (bayrische) Insolvenzverwalter direkt an das Konkursamt am Lageort des beweglichen Vermögens im schweizerischen Kanton wenden könne. Nach der Übereinkunft sei nicht zu prüfen, ob ein zeitlich prioritär eröffneter Konkurs im Vertragsgebiet entgegenstehe. Eine solche Regel - Ausschliesslichkeit des prioritär eröffneten Konkurses - fehle in der Übereinkunft. Aufgrund der Einstellung des Konkursverfahrens sei die Frage einer Sperrwirkung bzw. Unverbindlichkeit des ausländischen Verfahrens nicht weiter erheblich. Die Verneinung der Pflicht zur Amts- und Rechtshilfe sei mit schweizerischen Rechtsgrundsätzen nicht vereinbar.
3. Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt das Gesuch des Insolvenzverwalters des in Nürnberg eröffneten Hauptinsolvenzverfahrens über die Z._ AG, welche ihren statutarischen Sitz in A._ hat. Im Zeitpunkt der Insolvenzeröffnung war in der Schweiz über die AG das Konkursverfahren bereits im Gange. Umstritten ist, ob der Insolvenzverwalter an das Konkursamt St. Gallen gelangen und auf dem Weg der Rechtshilfe im Kanton St. Gallen u.a. Publikationen durchsetzen und auf dort gelegene Vermögenswerte greifen kann.
3.1 Die Betreibungs- und die Konkursämter nehmen auf Verlangen von Ämtern, ausseramtlichen Konkursverwaltungen, Sachwaltern und Liquidatoren eines anderen - schweizerischen - Kreises Amtshandlungen vor (Art. 4 Abs. 1 SchKG). Zu Recht ist unbestritten, dass die völkerrechtlichen Verträge und die Bestimmungen des IPRG vorbehalten sind (Art. 30a SchKG). Der Beschwerdeführer beruft sich im Wesentlichen auf die Konkursübereinkunft mit Bayern und auf die Ausdehnung der in Nürnberg eröffneten Insolvenz über die Z._ AG, weshalb es keine Vollstreckbarerklärung des ausländischen Insolvenzbeschlusses im Kanton St. Gallen brauche und das Konkursamt am Ort der gelegenen Vermögenswerte zur Rechtshilfe verpflichtet sei.
3.2 Mehrere schweizerische Kantone und das Königreich Bayern schlossen am 11. Mai/27. Juni 1834 die Übereinkunft über gleichmässige Behandlung der gegenseitigen Staatsangehörigen in Konkursfällen (abgedruckt in: HJ. PETER, Edition annotée de la LP, 2010, S. 1809 ff.). St. Gallen und Appenzell Ausserrhoden gehören zu den vertragsschliessenden Parteien, ebenso der Freistaat Bayern, in welchem Nürnberg liegt (BÜRGI, Konkursrechtliche Verträge mit der Schweiz [...], BlSchK 1989 S. 92). Die Übereinkunft stellt kantonales Recht dar; ob sie noch in Kraft sei und ob die Voraussetzungen im konkreten Fall erfüllt seien, beurteilt sich daher nicht nach Bundesrecht (BGE 109 III 83 E. 2 und 4 S. 85 f.).
3.2.1 Die Übereinkunft mit Bayern bestimmt,
"dass in Insolvenzerklärungs- und Konkursfällen den [gegenseitigen] Staatsangehörigen gleiche Konkurrenz- und gleiche Klassifikationsrechte zustehen, und dass von dem Augenblicke der in einem kontrahierenden Staaten erfolgten Insolvenzerklärung an, weder durch Arrest, noch durch sonstige Verfügungen das bewegliche Vermögen des Zahlungsunfähigen zum Nachteil der Masse beschränkt werden soll".
Damit wird - nach dem Wortlaut beschränkt auf bewegliches Vermögen - die Anerkennung der Universalität und Attraktivkraft des Konkurses im Staatsgebiet der Vertragsparteien verankert (BÜRGI, a.a.O., S. 91; DALLÈVES, Les accords bilatéraux en matière de faillite [...], in: Le droit de la faillite internationale, 1986, S. 85). Dies bedeutet, dass der in einem Staat eröffnete Konkurs im Staatsgebiet beider Vertragsparteien Wirkung haben soll, was die Konkurseröffnung über denselben Schuldner im anderen Staat ausschliesst (vgl. DALLÈVES, Universalité et territorialité de la faillite [...], BlSchK 1973 S. 162; D. STAEHELIN, Die Anerkennung ausländischer Konkurse und Nachlassverträge in der Schweiz, 1989, S. 2, 4). Nach der Rechtsprechung ist die Übereinkunft hinsichtlich der Frage der Anerkennung und Vollstreckbarkeit des ausländischen Konkurserkenntnisses anwendbar (BGE 109 III 83 E. 3 und 6 S. 85 ff., betreffend Übereinkunft mit der Krone Württemberg aus dem Jahre 1825/1826).
3.2.2 Die Konkursübereinkunft mit Bayern wird in der Lehre mehrheitlich als noch gültig angesehen (BRACONI, in: Commentaire romand, LDIP/CL, 2011, N. 21 zu Art. 166-175 IPRG, mit Hinw.; MÄSCH, in: Rauscher, Europäisches Zivilprozess- und Kollisionsrecht, 2010, N. 8 und 9 zu Art. 44 EG-InsVO). Nach einem Teil der Lehre wird die Konkursübereinkunft vom IPRG überlagert (SANDOZ-MONOD, in: Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. II, 1990, S. 781, Bd. V, 1992, S. 254 ff., Ziff. 2.3.2.3 zu Art. 81 OG; DALLÈVES, Poursuite pour dettes et faillites: faillites internationales, SJK Nr. 987, 1991, Ziff. III.A.3; BERTI/INFANGER, Praktische Gedanken zur Frage der Kontrolle von Rechtswirkungen ausländischer Konkursdekrete in der Schweiz, in: Festschrift Spühler, 2005, S. 37 ff., 43 Fn. 12; vgl. GOTTWALD/KOLMANN, in: Insolvenzrechts-Handbuch, 4. Aufl. 2010, N. 24 zu § 134) oder zumindest in Zweifel gezogen, ob die Übereinkunft nach Inkrafttreten des IPRG noch als Staatsvertrag im Sinne von Art. 30a SchKG angesehen werden kann (LIERSCH/WALTHER, Geltung und Grenzen der deutsch-schweizerischen Staatsverträge auf dem Gebiet des Insolvenzrechts, ZInsO 2007 S. 584).
3.2.3 Das Bundesgericht hat in BGE 109 III 83 (E. 3 S. 85) mit Bezug auf das Konkursübereinkommen mit Württemberg festgehalten, dass dieses nur solange massgebend sein kann, als bundesrechtliche Bestimmungen oder ein eidgenössischer Staatsvertrag fehlen (Urteil 5A_134/2009 vom 7. Juli 2009 E. 3.1). Auf die gegensätzlichen Stellungnahmen zum Urteil (zustimmend SANDOZ-MONOD, a.a.O.; kritisch GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Bd. I, 1999, N. 56 zu Art. 30a SchKG) und allgemein zur Geltung der alten Konkursverträge ist - wie sich aus dem Folgenden ergibt - nicht weiter einzugehen.
3.3 Vorliegend steht fest, dass die Insolvenzeröffnung durch das Amtsgericht Nürnberg am 16. August 2011 in einem Zeitpunkt erfolgte, als über die Z._ AG an ihrem statutarischem Sitz in A._ mit gerichtlichem Entscheid vom 21. Juni 2011 infolge Mängel in der Organisation in Anwendung von Art. 731b OR die Liquidation nach den Vorschriften über den Konkurs bereits angeordnet und im Gange war.
3.3.1 Die richterliche Anordnung der Liquidation gemäss Art. 731b OR ist - auch in internationaler insolvenzrechtlicher Hinsicht - einem Konkursdekret gleichgestellt, denn es wird ein ganz normales Konkursverfahren mit gewöhnlichen Wirkungen abgewickelt (LORANDI, Konkursverfahren über Handelsgesellschaften ohne Konkurseröffnung [...], AJP 2008 S. 1395). Nichts anderes kann aus der nachfolgenden Konkurseröffnung vom 5. Juli 2011 abgeleitet werden (sofern diese überhaupt weitere Wirkung entfalten kann). Wenn in der Folge am 16. August 2011 in Nürnberg über die Z._ AG die Hauptinsolvenz eröffnet wurde, während sich die AG in Appenzell Ausserrhoden in konkursrechtlicher Liquidation befand, hat das Insolvenzgericht dem Konkurs in Appenzell Ausserrhoden keine Universalität zugemessen. Es hat der EuInsVO - mit Eröffnung eines Hauptinsolvenzverfahrens gemäss Art. 3 EuInsVO - den Vorrang vor der alten Konkursübereinkunft mit den schweizerischen Kantonen gegeben, indem es den statutarischen Sitz der Schuldnerin in der Schweiz - bei Mittelpunkt der hauptsächlichen Interessen in Deutschland - als nicht relevante Beziehung zu einem Drittstaat erachtet hat (vgl. SCHWANDER, Entwicklungen im internationalen Konkurs- und Sanierungsrecht, jusletter 25. Oktober 2004, Rz. 27).
3.3.2 Die Vorinstanz hat im Ergebnis geschlossen, die Voraussetzungen zur Anwendung der Konkursübereinkunft seien nicht gegeben. Es ist haltbar, wenn die Aufsichtsbehörde dem Beschwerdeführer das Recht abspricht, sich auf die Durchsetzung des universalen Geltungsanspruchs einer in Bayern eröffneten Insolvenz im schweizerischen Kanton zu berufen, wenn das ihn einsetzende Insolvenzgericht die Konkursübereinkunft gar nicht angewendet hat. Die Nichtanwendung der Konkursübereinkunft bzw. des kantonalen Rechts durch die Aufsichtsbehörde ist nicht willkürlich. Die Rüge einer Verletzung von Art. 30a SchKG wegen eines vorgehenden Staatsvertrages und des IPRG ist nicht begründet.
3.4 Die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers vermögen (sofern sie den Begründungsanforderungen genügen) am Ergebnis nichts zu ändern.
3.4.1 Der Beschwerdeführer weist auf ein Schreiben vom 11. August 2011 des Amtsgerichts Nürnberg hin, wonach dem Konkursamt Appenzell Ausserrhoden ausdrücklich zugesichert werde, "dass die Eröffnung des Hauptinsolvenzverfahrens [in Bayern] die Befugnisse [des Konkursamtes] nicht in Frage stellen soll". Daraus lässt sich keinen Anhaltspunkt entnehmen, dass die Konkursübereinkunft Anwendung fand. Er beruft sich sodann vergeblich auf den Entscheid des Konkursrichters in Zürich aus dem Jahre 1997 (ZR 1997 Nr. 104 S. 219 ff., S. 221). Darin wurde gerade bestätigt, dass in Anwendung der Konkursübereinkunft die Anerkennung der Universalität des eröffneten Konkurses im Staatsgebiet der Vertragsparteien gilt; nichts anderes lässt sich aus dem Entscheid der Aufsichtsbehörde des Kantons Tessin aus dem Jahre 1989 ableiten (Rep. 1989 S. 559 f.).
3.4.2 Unbehelflich ist weiter, wenn der Beschwerdeführer ausführt, die Insolvenzeröffnung am Mittelpunkt der hauptsächlichen Interessen sei sachgerecht(er) und führe zu einer "höheren Resonanz". Die Insolvenzeröffnung nach Art. 3 EuInsVO hat zwar universelle Wirkung in allen Mitgliedstaaten (vgl. Art. 16 EuInsVO); dies ändert allerdings nichts daran, dass über die Schuldnerin mit statutarischem Sitz in der Schweiz der Konkurs bereits wirksam eröffnet war (vgl. allgemein zur Konfliktkonstellation SCHWANDER, a.a.O., Rz. 27 ff.). Der Beschwerdeführer wirft der kantonalen Aufsichtsbehörde vergeblich vor, die Grundsätze zur Auslegung von völkerrechtlichen Verträgen zu missachten. Er setzt nicht auseinander, wie die Vorinstanz die betreffenden Grundprinzipien (vgl. ZIEGLER, Einführung in das Völkerrecht, 2006, S. 107 ff., Rz. 254 ff.) willkürlich angewendet habe, wenn die Konkursübereinkunft (Universalität der Konkurseröffnung) in Bayern nicht angewendet wurde.
3.4.3 Der Beschwerdeführer meint schliesslich, die strafrechtliche Freigabe der Vermögenswerte der Z._ AG ändere nichts an der Einstellung des im Kanton Appenzell Ausserrhoden eröffneten Konkurses, und bei Wegfall der strafrechtlichen Beschlagnahme könnten die Organe erneut auf die Vermögenswerte zugreifen, weshalb - bei Anwendung innerstaatlichen Rechts - ein "rechtliches Vakuum" drohe. Diese Befürchtung ist unbegründet. Richtig ist, dass nach Einstellung des Konkurses die Befugnisse der Konkursverwaltung grundsätzlich dahinfallen (vgl. BGE 102 III 80 E. 3a S. 82). Soweit jedoch Vermögenswerte (wie Bankguthaben) angezeigt werden, hat das zuständige Konkursamt später gefundene oder noch zur Konkursmasse zu ziehende Vermögenswerte in das Konkursinventar aufzunehmen (LUSTENBERGER, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 6 zu Art. 221 SchKG). Bis zur Einstellung durch das Konkursamt kann der Konkursrichter seine Entscheidung in Wiedererwägung ziehen; nach der Einstellung kann das Konkursverfahren durch den Konkursrichter wiedereröffnet werden (VOUILLOZ, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 7 zu Art. 230 SchKG). Dies hat die kantonale Aufsichtsbehörde grundsätzlich zu Recht für den Wegfall des strafrechtlichen Beschlags bzw. die Einbringlichkeit der Aktiven für die Konkursmasse in der Schweiz festgehalten.
3.5 Nach dem Dargelegten hat die kantonale Aufsichtsbehörde kein Recht verletzt, wenn sie zum Ergebnis gelangt ist, das Konkursamt St. Gallen sei zur Rechtshilfe wie u.a. zur Publikation an den im Ausland eingesetzten Insolvenzverwalter und zur Herausgabe von Vermögenswerten nicht verpflichtet.
4. Der Beschwerde in Zivilsachen ist kein Erfolg beschieden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung entfällt.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Kantonsgericht St. Gallen als kantonaler Aufsichtsbehörde für Konkurs schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante