Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Nachdem der Beschwerdeführer, welchem die postalische Vorladung nicht zugestellt werden konnte, im Appellationsverfahren vor der Vorinstanz trotz im Kantonsblatt publizierter Vorladung gemäss § 40 StPO/LU unentschuldigt nicht zur Gerichtsverhandlung vom 7. April 2009 erschien, wurde das kantonale Verfahren im angefochtenen Entscheid gestützt auf § 242 StPO/LU als erledigt abgeschrieben. Dagegen wendet sich der Beschwerdeführer an das Bundesgericht. Soweit er in seiner Beschwerde das im erstinstanzlichen Urteil ausgefällte Strafmass kritisiert, ist darauf von vornherein nicht einzutreten, weil diese Frage nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids bildet. Im Übrigen ergibt sich aus seinen Ausführungen nicht, dass und inwiefern die Vorinstanz die massgeblichen Bestimmungen der Strafprozessordnung des Kantons Luzern bzw. schweizerisches Recht im Sinne von Art. 95 BGG willkürlich angewendet haben könnte. Seine Einwände, keine Vorladung erhalten zu haben, das Kantonsblatt nicht zu lesen und zur Zeit des Gerichtstermins im Ausland gewesen zu sein, genügen hierfür nicht. Damit fehlt es der Beschwerde an einer hinreichenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG. Auf die Beschwerde ist daher im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Im Übrigen kann festgehalten werden, dass der Beschwerdeführer ab Einreichung des Rechtsmittels bei der Vorinstanz hätte sicherstellen müssen, dass ihm oder einem Stellvertreter gerichtliche Sendungen zugestellt werden können, dass die Vorladung mit der Publikation im Kantonsblatt als zugestellt gilt und dass es keine Rolle spielt, ob er dieses liest oder nicht.
2. Das Gesuch um amtliche Verteidigung wird als Ersuchen um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege entgegengenommen. Da das Rechtsmittel von vornherein aussichtslos war, kann dem Gesuch nicht entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 BGG). Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill