Fatti:
A. A.a L._ - cittadino italiano residente in Italia, nato nel 1963 -, dopo avere lavorato per diversi anni in Svizzera in qualità di operaio in vari settori, dall'aprile 2000 è entrato alle dipendenze della ditta X._ SA quale addetto all'imballaggio. Dopo un periodo di totale inabilità lavorativa (dal novembre 2001), riconducibile a "infezione sintomatica da HIV, epatite cronica attiva da virus C in trattamento con interferone e esiti da intervento per ernia lombare nel 1999", nel maggio 2002 e fino a febbraio 2005 ha ripreso il lavoro nella misura del 50%.
Il 19 luglio 2002 l'assicurato ha presentato all'Ufficio assicurazione per l'invalidità del Cantone Ticino (UAI) una domanda volta all'ottenimento di prestazioni dell'assicurazione invalidità (AI) svizzera. Con decisione 12 maggio 2003 l'Ufficio AI per gli assicurati residenti all'estero (UAIE), competente per notificare la decisione agli assicurati non residenti in Svizzera, ha erogato una mezza rendita d'invalidità a L._, con rendite completive per la moglie e i due figli, con effetto dal 1° novembre 2002.
A.b L'assicurato, per il tramite dell'INPS, il 19 luglio 2004 ha inoltrato una prima domanda di revisione della rendita che però è stata respinta non essendo stato riscontrato un cambiamento idoneo a modificare il diritto alla mezza rendita d'invalidità (comunicazione dell'8 aprile 2005). In data 2 giugno 2005 l'interessato ha inoltrato una seconda domanda di revisione annunciando un peggioramento del suo status valetudinario e una incapacità lavorativa totale dal maggio 2005. Esperiti gli accertamenti di rito, l'UAIE ha riconosciuto all'interessato il diritto a una rendita intera dal 1° giugno 2005, con le completive per i familiari (decisione del 12 dicembre 2005).
A.c Avviata una revisione d'ufficio nel luglio 2006, l'amministrazione ha fatto esperire una perizia medica pluridisciplinare al Servizio accertamento medico dell'AI (SAM) che ha attestato, dal mese di agosto 2006, un grado di capacità lavorativa dell'interessato del 30% nell'attività abituale di operaio non qualificato addetto all'imballaggio di bobine e del 50% in attività adeguate (leggere) confacenti al suo stato di salute. Con decisione 10 dicembre 2008, l'UAIE ha sostituito la rendita intera d'invalidità con una mezza rendita con effetto dal 1° febbraio 2009. L'amministrazione ha infatti accertato un grado d'invalidità del 55% sulla base di un reddito senza invalidità di fr. 53'974.-- (anno di riferimento: 2008) e di un reddito da invalido di fr. 24'058.-- calcolato secondo i valori dell'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari (ISS) edita dall'Ufficio federale di statistica (Tabella TA1; reddito base di fr. 60'144) e dopo avere applicato una riduzione del 20% per tener conto delle circostanze specifiche del caso e del 50% per l'incapacità lavorativa residua.
B. Adito dall'interessato che chiedeva il mantenimento della prestazione intera, il Tribunale amministrativo federale ne ha parzialmente accolto il ricorso, riconoscendogli tre quarti di rendita d'invalidità dal 1° febbraio 2009 (pronuncia del 1° novembre 2010). Accertata una differenza del 15.2% tra il salario percepito dall'assicurato e il salario medio nazionale ottenibile da un operaio nel settore della produzione secondo l'ISS (TA1), i primi giudici hanno infatti proceduto a un parallelismo dei redditi di riferimento e hanno ulteriormente dedotto dal reddito base da invalido la quota percentuale del 10.2% (pari alla parte eccedente la soglia del 5% riconosciuta in questi casi dalla giurisprudenza in materia) ottenendo così un reddito da invalido complessivo di fr. 21'604.--. Contrapposto questo importo al reddito senza invalidità di fr. 53'974.--, il Tribunale amministrativo federale ha accertato un grado d'invalidità arrotondato del 60% ([53'974 - 21'604] : 53'974 x 100). Donde il diritto a tre quarti di rendita.
C. L'UAIE è insorto al Tribunale federale, al quale, in via principale, chiede di annullare il giudizio di prima istanza e di rinviare l'incarto all'amministrazione per complemento istruttorio, mentre in via subordinata domanda di annullare il giudizio e di confermare la propria decisione del 10 dicembre 2008.
L._ propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali non si è determinato.
D. Con decreto del 31 gennaio 2011 è stata accolta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame.
Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per contro, in linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF; DTF 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62). Occorre però dimostrare che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
2. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, l'autorità giudiziaria di primo grado ha esposto le norme (nel loro tenore applicabile prima e dopo l'entrata in vigore, il 1° gennaio 2008, della 5a revisione AI) e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti che secondo il diritto svizzero - per principio applicabile al caso di specie anche in virtù dell'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Confederazione Svizzera, da una parte, e la Comunità europea ed i suoi Stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (ALC; RS 0.142.112.681), che ha lasciato immutata la competenza degli Stati contraenti a definire i propri sistemi di sicurezza sociale (art. 8 ALC in relazione con l'art. 1 cpv. 1 Allegato II ALC e la sua sezione A) - devono essere adempiuti per conferire a una persona assicurata il diritto a una rendita dell'assicurazione per l'invalidità (art. 28 LAI), il metodo ordinario di confronto dei redditi per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (art. 16 LPGA), i compiti del medico ai fini di tale valutazione, il valore probatorio generalmente riconosciuto ai referti medici fatti allestire da un tribunale o dall'amministrazione conformemente alle regole di procedura applicabili (DTF 125 V 256 consid. 4 pag. 261, 351 consid. 3b/ee pag. 353; 115 V 133 consid. 2; 114 V 310 consid. 3c pag. 314; 105 V 156 consid. 1 pag. 158) nonché i presupposti e gli effetti della revisione di una rendita in seguito a una modifica del diritto (art. 17 LPGA; art. 88a e 88bis cpv. 2 lett. b OAI).
A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione non senza tuttavia ricordare che se una persona assicurata, per motivi estranei all'invalidità, ha realizzato un reddito considerevolmente inferiore alla media (tale limite essendo fissato al 5%: DTF 135 V 297) dello specifico settore economico (RtiD II-2009 pag. 194 [9C_83/2008]) senza che vi si sia spontaneamente accontentata, si procede a un parallelismo dei due redditi di paragone (ma soltanto per la parte percentuale eccedente la soglia del 5%: DTF 135 V 297), che può avvenire a livello di reddito da valido aumentando in maniera adeguata il reddito effettivamente conseguito oppure facendo capo ai valori statistici oppure ancora a livello di reddito da invalido mediante una riduzione adeguata del valore statistico (DTF 134 V 322).
3. 3.1 Oggetto del contendere è l'assegnazione all'opponente di tre quarti di rendita d'invalidità in luogo della mezza prestazione che gli aveva riconosciuto - in sostituzione della rendita intera - l'UAIE in via di revisione il 10 dicembre 2008. Contestate sono le modalità di calcolo dell'invalidità e in particolare il parallelismo dei redditi operato dai primi giudici per tenere conto del divario esistente tra il salario percepito dall'assicurato e il salario usuale in Svizzera. Pacifici e conformi agli atti sono per contro l'intervenuto miglioramento della situazione valetudinaria (con un grado di capacità lavorativa residua del 50% in attività sostitutive leggere), il tasso di riduzione del 20% per circostanze professionali e personali (DTF 126 V 75; in concreto: per attività leggera, per il lungo periodo di inattività e per le possibili difficoltà di adattamento a un nuovo impiego) nonché il reddito da valido di fr. 53'974.-- ritenuto per il 2008.
3.2 Per ragioni di economia processuale conviene esaminare dapprima la richiesta (subordinata) di annullamento del giudizio cantonale e di conferma della decisione amministrativa del 10 dicembre 2008. In effetti, un eventuale suo accoglimento renderebbe superflua la domanda principale di rinvio per ulteriore istruzione.
4. 4.1 Secondo giurisprudenza, le regole legali e giurisprudenziali relative al modo di effettuare il confronto dei redditi sono questioni di diritto (DTF 130 V 343 consid. 3.4 pag. 348; 128 V 29 consid. 1 pag. 30). In quest'ottica, la determinazione del reddito da invalido rappresenta un accertamento di fatto nella misura in cui si fonda su un apprezzamento concreto delle prove; costituisce per contro una questione di diritto, liberamente esaminabile, se si fonda sull'esperienza generale della vita. Quest'ultima ipotesi si realizza segnatamente in relazione alla domanda se debbano applicarsi i salari statistici dell'ISS e, in tal caso, quale tabella utilizzare all'interno dell'ISS (DTF 132 V 393 consid. 3.3 pag. 399). Lo stesso dicasi in merito alla scelta del livello di esigenze (1, 2, 3 o 4) applicabile al caso di specie (SVR 2008 IV n. 4 pag. 9 [I 732/06 consid. 4.2.2]) come pure del settore economico o del valore totale da prendere in considerazione (sentenze 9C_290/2009 del 25 settembre 2009 consid. 3.3.1 e 9C_678/2008 del 29 gennaio 2009 consid. 3.2). Per contro, l'applicazione delle singole cifre riportate nelle tabelle determinanti dell'ISS è un accertamento di fatto, che come tale è solo limitatamente riesaminabile.
4.2 Ciò premesso, la decisione dell'istanza precedente di raffrontare, ai fini dell'ipotetico parallelismo dei redditi, il reddito effettivamente percepito dall'assicurato con il valore statistico applicato ad attività semplici e ripetitive (livello di esigenze 4, uomini) nel settore produzione è liberamente esaminabile dal Tribunale federale.
4.3 Ora, per stabilire se il reddito effettivamente realizzato prima del sopraggiungere del danno alla salute fosse inferiore alla media ci si deve riferire alla media dei salari nazionali conseguibili nello stesso settore economico, nel caso di specie in quello privato dell'industria tessile (cfr. ISS 2008, TA1, categoria 17); questo confronto non va per contro - fatte salve circostanze particolari che però non ricorrono in concreto - operato con il valore totale mediano dell'intero settore privato (cfr. RtiD II-2009 pag. 194 consid. 4.3 nonché SVR 2009 IV n. 7 pag. 13 [9C_488/2008] consid. 6.2-6.5) e neppure - come ha ritenuto il Tribunale amministrativo federale nel caso di specie - a un settore in generale, come può essere quello della produzione. La tesi dell'Ufficio ricorrente va pertanto seguita anche perché, oltre a meglio conciliarsi con la giurisprudenza in materia (cfr. pure, fra le tante, le sentenze 8C_562/2009 dell'11 dicembre 2009 consid. 2.2, e 8C_285/2009 del 7 agosto 2009 consid. 3.4.2), tiene conto del periodo non irrilevante (quasi cinque anni) di esercizio (parziale), da parte dell'assicurato, dell'ultima attività lavorativa presso la X._ SA - il cui scopo sociale desumibile dal registro di commercio, giova ricordarlo, è la fabbricazione e la trasformazione di fibre sintetiche ed artificiali e di tessili in genere - come pure del fatto che ancora in questa sede l'opponente ha espressamente riconosciuto l'inidoneità del riferimento operato dai primi giudici.
4.4 Resta a questo punto da decidere se confrontare, sempre ai fini del parallelismo dei redditi, il reddito concretamente conseguito con quello realizzabile in Svizzera (nello specifico settore privato dell'industria tessile) svolgendo un'attività semplice e ripetitiva (livello di esigenze 4), come ha ritenuto il Tribunale amministrativo federale e come chiede anche l'UAIE, oppure con quello realizzabile svolgendo un'attività con conoscenze specializzate (livello di esigenze 3), come pretende invece l'opponente.
4.4.1 Per rispondere a questo quesito, è possibile rinviare, per analogia, a quanto statuito da questa Corte nella recente sentenza 9C_837/2009, pubblicata in RtiD I-2011 pag. 245, in cui si era trattato di determinare, sempre ai fini di un ipotetico parallelismo dei redditi, il livello di qualifiche (3 o 4) di un assicurato attivo da diversi anni nel settore dell'ortofloricoltura, ma con scarsa scolarità (due anni di scuola media) e sprovvisto di un attestato di capacità quale giardiniere. Pur dando atto che un'esperienza pluriennale non va trascurata, il Tribunale federale ha rilevato in quella occasione che oggigiorno praticamente in ogni settore professionale vengono richiesti un diploma o comunque delle formazioni e dei perfezionamenti (cfr. sentenza I 734/06 dell'8 ottobre 2007 consid. 5.2). Esso ha inoltre osservato che di questo aspetto sembra tenere conto anche il testo tedesco dell'ISS che, per il livello di esigenze 3, non si limita a richiedere conoscenze professionali, bensì parla di "Berufs- und Fachkenntnisse" (in francese: "connaissances professionnelles spécialisées"), lasciando così intendere di attribuire una certa importanza anche alla componente formativa. E in questo senso si era del resto già pronunciato il Tribunale federale delle assicurazioni, il quale in una sentenza I 19/05 del 29 giugno 2005, dovendo stabilire il livello di esigenze applicabile a un assicurato che per anni aveva lavorato in qualità di falegname, rispettivamente di aiuto falegname, precisò che l'esperienza lavorativa non poteva compensare la mancanza di una formazione professionale riconosciuta (sentenza citata consid. 2.4).
4.4.2 La medesima conclusione - nonostante l'interessato faccia appello ad un'esperienza maturata e a una formazione empirica acquisita negli anni (invocata ma non dimostrata) - si giustifica nel caso di specie per determinare il livello di qualifica dell'opponente per l'attività svolta nel settore dell'industria tessile. Risulta infatti dagli atti, e più precisamente dal rapporto 18 dicembre 2007 del consulente in integrazione professionale, che l'interessato, dopo le scuole dell'obbligo, ha intrapreso un apprendistato come fabbro-ferraiolo ottenendo il diploma di saldatore e che inoltre dal 1986, e per circa quattro anni, egli è stato aiuto magazziniere presso un salumificio prima di svolgere, dal 1990 al 1994, di nuovo l'attività di operaio saldatore, dal 1994 al 1996 quella di operaio non qualificato nella produzione di pezzi di ricambio, in seguito ancora quella di saldatore presso la ditta Y._ e infine, dall'aprile 2000, quella di operaio addetto all'imballaggio di bobine. In tali condizioni, il reddito di riferimento per determinare di quanto il guadagno effettivamente conseguito dall'assicurato fosse considerevolmente inferiore alla media usuale nel settore specifico (DTF 135 V 297; 134 V 322 consid. 4 pag. 325) e potesse giustificare - soddisfatte le ulteriori condizioni - un parallelismo dei redditi di paragone, doveva (giustamente) essere quello di un operaio con livello di esigenze 4 e non 3.
4.5 Potendo per il resto utilizzare - poiché maggiormente favorevoli all'assicurato dal momento che l'UAIE ha adattato il salario statistico mensile a una durata settimanale di 42 ore - i dati indicati dall'Ufficio ricorrente per quantificare il reddito annuo conseguibile nel 2008 in un'attività dell'industria tessile in Svizzera con un livello di esigenze 4 (fr. 61'188.--), si ottiene un gap salariale dell'11.8%, sicché la parte percentuale eccedente la soglia del 5% corrisponde al 6.8%. Occorre a questo punto ricordare al patrocinatore dell'assicurato che il rapporto finale 18 luglio 2008 del consulente in integrazione professionale ha "omesso" di valutare e dedurre il gap salariale per il semplice motivo che la giurisprudenza federale precisante i limiti e la misura di una tale deuzione non era ancora, a quella data, stata resa.
4.6 Riducendo in questa misura (6.8%) il reddito base da invalido quantificato dall'UAIE - conformemente alla giurisprudenza in materia (cfr. ad esempio la sentenza 8C_989/2009 del 31 maggio 2010 consid. 6.2) - in fr. 59'979.-- e applicando inoltre le deduzioni (incontestate) del 50% per tenere conto della capacità lavorativa residua in attività sostitutive e del 20% per le circostanze personali e professionali del caso, si ottiene un guadagno da invalido di fr. 22'360.--, che contrapposto a quello senza invalidità di fr. 53'974.-- porta a un grado d'invalidità, arrotondato, del 59% giustificante la riduzione della rendita da intera a mezza (cfr. art. 28 cpv. 2 LAI).
5. Ne segue che, in accoglimento del ricorso, la pronuncia impugnata dev'essere annullata. Di conseguenza è ripristinata - nel suo risultato - la decisione amministrativa del 10 dicembre 2008. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dell'opponente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e il giudizio del Tribunale amministrativo federale, Corte III, del 1° novembre 2010 è annullato.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'opponente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale amministrativo federale,
Corte III, e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.