Sachverhalt:
A. Am 10. August 2009 erhob X._ gegen einen am 9. Juli 2009 ergangenen Entscheid der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern betreffend eine baupolizeiliche Verfügung Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern.
Am 12. August 2009 verfügte der Abteilungspräsident, dass X._ bis zum 26. August 2009 einen Gerichtskostenvorschuss von CHF 3'000.-- zu leisten habe.
Am 26. August 2009 ersuchte X._ um Fristverlängerung für die Bezahlung des Gerichtskostenvorschusses, da er "diverse sonstige Zahlungen gehabt" habe.
Am 27. August 2009 verlängerte der stellvertretende Abteilungspräsident die Zahlungsfrist bis zum 16. September 2009 unter Hinweis darauf, dass im Falle nicht fristgerechter Bezahlung des Vorschusses auf die Beschwerde nicht eingetreten werde.
Am 15. September 2009 ersuchte X._ darum, das Verfahren sei mit Blick auf das von ihm bei der Gemeinde eingereichte Baugesuch zu sistieren. Falls der Sistierungsantrag abgewiesen werde, sei die Frist zur Bezahlung des Gerichtskostenvorschusses um weitere 21 Tage zu erstrecken.
Mit Urteil vom 22. September 2009 trat der Einzelrichter der Verwaltungsgerichtlichen Abteilung des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde von X._ nicht ein. Er begründete seinen Entscheid damit, dass der Sistierungsantrag auf die Pflicht zur Leistung des Gerichtskostenvorschusses keinen Einfluss habe. Der Beschwerdeführer habe davon ausgehen müssen, dass bei Nichtleisten des Kostenvorschusses androhungsgemäss auf die Beschwerde nicht eingetreten werde. Damit bestehe kein Grund, die Frist zur Leistung des Kostenvorschusses ein weiteres Mal zu erstrecken, zumal dem Beschwerdeführer die Rechtsfolgen bei Nichtleisten des Kostenvorschusses bekannt seien.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, das Urteil des Einzelrichters des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, dem Beschwerdeführer sei Fristerstreckung zur Leistung des Kostenvorschusses zu gewähren. Ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren.
C. Der Abteilungspräsident der Verwaltungsrechtlichen Abteilung des Verwaltungsgerichts schliesst auf Beschwerdeabweisung. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und die Einwohnergemeinde Roggwil verzichten auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde betrifft einen Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz im Rahmen eines baupolizeilichen Verfahrens, somit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 ff. BGG. Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen besonderen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist eintreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, des Verbots formeller Rechtsverweigerung und des Willkürverbots. Eine Gehörsverletzung bzw. eine formelle Rechtsverweigerung erblickt der Beschwerdeführer im Umstand, dass der Einzelrichter mangels Leistung des Gerichtskostenvorschusses auf die Beschwerde nicht eingetreten und das Sistierungsgesuch nicht behandelt habe. Seiner Auffassung nach hätte der Einzelrichter zuerst über das Sistierungsgesuch befinden und im Falle dessen Abweisung die Frist zur Leistung des Kostenvorschusses verlängern müssen. Willkür erblickt der Beschwerdeführer im Umstand, dass das Fristverlängerungsgesuch für die Leistung des Kostenvorschusses mit der Begründung abgelehnt wurde, dass er (fälschlicherweise) von einer Konnexität zwischen Fristverlängerungsgesuch und Sistierungsgesuch ausgehe.
3. Das Verbot der formellen Rechtsverweigerung gewährleistet den Anspruch auf einen behördlichen Entscheid. Dieser Anspruch ist verletzt, wenn eine Verwaltungs- oder eine Gerichtsbehörde auf ein Begehren nicht eintritt, obwohl die Eintretensvoraussetzungen erfüllt sind und die Behörde zum Entscheid verpflichtet wäre. Der Anspruch auf Begründung des Entscheids wird regelmässig nicht dem Verbot der Rechtsverweigerung, sondern dem Anspruch auf rechtliches Gehör zugeordnet (vgl. BGE 134 I 83 E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen; zum engen Zusammenhang zwischen den Ansprüchen auf ein Verfahren und auf rechtliches Gehör vgl. MICHELE ALBERTINI, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Diss. Bern 2000, S. 87 ff., insbes. S. 105 f.).
4. Art. 38 des Gesetzes des Kantons Bern vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG) sieht die Verfahrenseinstellung ausdrücklich vor. Ein Verfahren einzustellen bedeutet, es ruhen zu lassen und somit keine Verfahrenshandlungen vorzunehmen (THOMAS MERKLI/ARTHUR AESCHLIMANN/RUTH HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, 1997, N. 1 zu Art. 38 VRPG). Konsequenterweise bedeutet dies hinsichtlich laufender behördlicher Fristen - vorbehältlich anderslautender Anordnung - deren Stillstand (CHRISTOPH AUER/MARKUS MÜLLER/BENJAMIN SCHINDLER, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2008, N. 27 zu Art. 20 VwVG). Werden ein Sistierungs- und ein Fristerstreckungsgesuch gleichzeitig gestellt, ist folglich das Sistierungsgesuch vorweg zu beurteilen. Wird das Sistierungsgesuch abgewiesen, ist das Fristerstreckungsgesuch zu behandeln. Wird hingegen das Sistierungsgesuch gutgeheissen, bleibt das Fristerstreckungsgesuch bis zur Aufhebung der Sistierung unbehandelt und wird vorläufig zu den Akten genommen, es sei denn, es werde von der Sistierung ausgenommen und das Verfahren diesbezüglich fortgesetzt. Letzteres kommt im angefochtenen Entscheid zum Ausdruck, wenn es dort heisst, die Verpflichtung zur Leistung des Kostenvorschusses komme unabhängig vom Sistierungsantrag bzw. Sistierungsgrund zum Tragen. Dies ist aufgrund des Gesagten nicht willkürlich.
Wird dergestalt die Kostenvorschusspflicht bzw. der entsprechende Fristenlauf von der Sistierung ausgenommen, ist das Fristerstreckungsgesuch zu behandeln. Weder wurde über dieses Gesuch im angefochtenen Entscheid förmlich entschieden, noch wurde in den Erwägungen darauf eingegangen bzw. erklärt, warum ihm nicht stattgegeben werden könne. Darin liegt eine formelle Rechtsverweigerung.
5. Demnach ist die Beschwerde gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Damit wird das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das angefochtene Urteil vom 22. September 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde Roggwil, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. März 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder