Faits:
A. A.a C._ travaille dans le domaine de la construction, en qualité de poseur de revêtements de sols. En 2005, il a demandé à la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) d'être reconnu comme une personne de condition indépendante. Après que l'intéressé lui eut transmis un certain nombre de documents relatifs à son activité (inventaire d'outillage, factures pour travaux effectués, confirmation de mandat pour le compte de la société X._ SA), la CNA a informé celui-ci, le 17 janvier 2006, qu'elle le considérait comme une personne exerçant une activité lucrative indépendante à compter du 4 décembre 2005 pour les travaux effectués en son nom et à son compte (mandats directs) et comme une personne exerçant une activité lucrative dépendante pour les travaux effectués pour le compte d'entreprises tierces (travaux de sous-traitance).
C._ a contesté ce point de vue en faisant valoir qu'il avait effectué d'autres travaux en sous-traitance pour deux autres sociétés. En outre, il avait préparé des papillons publicitaires qu'il comptait distribuer ainsi qu'un site internet pas encore en fonction. Il a par ailleurs demandé à la CNA une attestation de son statut mixte, laquelle lui a été délivrée le 7 avril 2006.
A.b A la suite d'une révision de la société X._ SA portant sur les années 2006 à 2008, la CNA a constaté que celle-ci avait, au cours de cette période, rémunéré C._ à hauteur respectivement de 36'718 fr. (2006), 97'347 fr. (2007) et 63'580 fr. (2008).
Le 8 septembre 2009, la CNA a notifié à la société une facture de primes (d'un montant total de 5'330 fr. 40) pour les accidents professionnels et non professionnels calculées sur les rémunérations versées à C._ de 2006 à 2008, sous réserve d'une déduction forfaitaire pour frais généraux de 10 %. Après que la société eut formé opposition contre cette décision de primes, la CNA a également informé C._, par décision du 6 novembre 2009, qu'elle le considérait comme une personne de condition salariée pour l'activité exercée au service de la société X._ SA. C._ a formé opposition contre la facture de primes ainsi que contre la décision du 6 novembre 2009. La CNA a écarté cette opposition dans une nouvelle décision du 2 juin 2010. Elle a cependant admis, en ce qui concerne le gain assuré, que la déduction pour frais généraux soit portée à 20 %.
B. Saisie d'un recours de C._, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a admis et annulé la décision sur opposition du 2 juin 2010, par jugement du 10 février 2011.
C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation en tant qu'il reconnaît à C._ le statut d'indépendant pour les activités réalisées pour l'entreprise X._ SA et conclut à la confirmation de sa décision sur opposition du 2 juin 2010.
L'intimé conclut au rejet du recours.
L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le litige porte sur la qualification - salariée ou indépendante - de l'activité lucrative exercée par l'intimé pour le compte de la société X._ SA entre 2006 et 2008.
2. 2.1 Selon l'art. 1a LAA, les travailleurs occupés en Suisse sont assurés à titre obligatoire contre le risque d'accident. Est réputé travailleur au sens de cette disposition quiconque exerce une activité lucrative dépendante au sens de la législation sur l'AVS (art. 1 OLAA). Chez une personne qui exerce une activité lucrative, l'obligation de payer des cotisations dépend, notamment, de la qualification du revenu touché dans un certain laps de temps; il faut se demander si cette rétribution est due pour une activité indépendante ou pour une activité salariée (cf. art. 5 et 9 LAVS, art. 6 ss RAVS). Selon l'art. 5 al. 2 LAVS, on considère comme salaire déterminant toute rétribution pour un travail dépendant effectué dans un temps déterminé ou indéterminé; quant au revenu provenant d'une activité indépendante, il comprend tout revenu du travail autre que la rémunération pour un travail accompli dans une situation dépendante (art. 9 al. 1 LAVS).
2.2 Les premiers juges ont correctement exposé les principes posés par la jurisprudence au sujet de la délimitation entre activité indépendante et salariée (voir ATF 123 V 161 consid. 1 p. 162; 122 V 169 consid. 3a p. 171, 281 consid. 2a p. 283; 119 V 161 consid. 2 et les références). Il suffit d'y renvoyer.
2.3 Les tâcherons et sous-traitants sont réputés exercer une activité dépendante. Leur activité ne peut être qualifiée d'indépendante que lorsque les caractéristiques de la libre entreprise dominent manifestement et que l'on peut admettre, d'après les circonstances, que l'intéressé traite sur un pied d'égalité avec l'entrepreneur qui lui a confié le travail (ATF 101 V 87 consid. 2 p. 89; arrêt du Tribunal fédéral des assurances [TFA] H 169/04 du 21 avril 2005 consid. 4.4; GUSTAVO SCARTAZZINI, in: GREBER/DUC/SCARTAZZINI, Commentaire des art. 1 à 16 de la Loi fédérale sur l'assurance-vieillesse et survivants [LAVS], 1996, n. 134 ss ad art. 5; HANS-PETER KÄSER, Unterstellung und Beitragswesen in der obligatorischen AHV, 2ème éd., ch. 4.51).
3. 3.1 La juridiction cantonale a constaté que l'activité déployée par C._ pour le compte de la société X._ SA durant les années 2006 à 2008 relevait de la sous-traitance, soit du contrat d'entreprise. L'intimé disposait d'une organisation d'entreprise puisqu'il louait des locaux et disposait du matériel en usage dans sa branche; il était assujetti au paiement des cotisations AVS en qualité d'employeur et était inscrit au registre des personnes assujetties à la TVA. En outre, il établissait lui-même ses factures sur un papier à en-tête spécifique et avait contracté une assurance-responsabilité civile professionnelle. Enfin, C._ assumait lui-même le risque économique lié aux malfaçons ou à l'impossibilité d'assumer un chantier dans les délais prescrits. Tous ces éléments dénotaient qu'une activité indépendante prédominait dans le cas particulier. En outre, le premier juge a considéré qu'il n'était pas déterminant que l'inventaire du matériel de C._ ne démontrât pas un important investissement dès lors qu'en sa qualité de poseur de revêtements de sols, il n'était pas contraint d'utiliser un matériel ou des machines requérant un lourd investissement financier, à la différence d'un maçon qui devait disposer d'une bétonneuse, de pelles mécaniques, de compresseurs, etc. En outre, le fait que l'intéressé a travaillé de façon très régulière pour l'entreprise X._ SA durant les années 2006 à 2008 s'expliquait par la circonstance que celle-ci avait eu recours à ses services pour plusieurs gros chantiers. Au vu de tous ces éléments, la juridiction cantonale a reconnu à C._ le statut d'indépendant pour son activité déployée pour le compte de la société X._ SA depuis 2006.
3.2 La recourante conteste le point de vue de la juridiction cantonale en faisant valoir que l'intimé ne supportait pas le risque économique d'un employeur. Durant la période considérée, il avait travaillé uniquement pour l'entreprise X._ SA en qualité de sous-traitant, encaissant des montants non négligeables, de sorte qu'en cas d'interruption de l'activité, l'intimé se serait retrouvé dans la situation d'un salarié qui perd son emploi. Pour la recourante, l'intimé n'assumait par ailleurs aucun risque d'encaissement ni de ducroire à l'égard des clients de la société X._ SA et ne disposait pas d'une véritable structure d'entreprise. Ce n'était qu'en mars 2007 qu'il avait loué pour la première fois un local professionnel. Même s'il assumait la responsabilité des malfaçons, il ne disposait de rien d'autre que de sa force de travail dans le cadre de l'exécution de son activité de sous-traitant, de sorte que son seul risque résidait dans le non-paiement de ses factures par l'entreprise précitée.
3.3 En l'occurrence, il est établi que C._ a été rémunéré par X._ SA à hauteur de 36'718 fr. en 2006, de 97'347 fr. en 2007 et de 63'580 fr. en 2008. Durant ces années, son activité lucrative a consisté uniquement, ou du moins principalement en travaux de sous-traitance pour le compte de la société X._ SA. Par conséquent, et au vu de la jurisprudence citée par la recourante (cf. arrêt 8C_484/2010 du 12 mai 2011), il ne fait aucun doute que durant les années en question, l'intimé s'est retrouvé dans la situation dans laquelle le risque encouru s'apparente à celui d'un salarié dont l'employeur ne s'acquitte pas du salaire pour un travail accompli plutôt qu'à celui d'un indépendant qui traite avec la recourante sur un pied d'égalité comme le feraient deux entreprises qui entretiendraient des liens commerciaux.
3.4 Il découle de ce qui précède que l'activité lucrative exercée par l'intimé durant les années 2006 à 2008 pour le compte de la société X._ SA doit être qualifiée de salariée.
4. En tant que l'intimé invoque une violation de sa liberté personnelle (art. 10 Cst.), de la protection de sa sphère privée ainsi que de sa liberté économique (art. 27 Cst.), ses griefs sont infondés. En particulier, l'arrêt attaqué n'empêche pas l'intimé d'exercer sa profession de poseur de sols comme il l'entend - par exemple sans se cantonner pour l'essentiel à la sous-traitance - et de retirer un gain de son activité lucrative.
5. Bien fondé, le recours de la CNA doit être admis et le jugement attaqué annulé. L'intimé, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud, du 10 février 2011 est annulé.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 10 mai 2012
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Ursprung
La Greffière: Fretz Perrin