Faits:
A. Né en 1947, X._ a été, jusqu'en janvier 2007 en tout cas, directeur d'une banque A._. Il a été domicilié dans le canton de Vaud jusqu'à fin novembre 2003.
Le 1er décembre 2003, le prénommé a transféré son domicile à Y._, en Valais, commune dont il est originaire et sur laquelle il possède un immeuble. Il a justifié ce transfert par la préparation de son départ à la retraite à fin 2006.
Le 12 décembre 2003, X._ a retiré de la Fondation de libre passage de la Banque B._ (ci-après: la Fondation de libre passage) un montant de 392'235,25 fr. dans le cadre d'une mesure d'encouragement à la propriété du logement, justifiée par des travaux d'agrandissement et de rénovation de son immeuble situé à Y._.
Le 22 décembre 2003, X._ a opéré un rachat de 170'000 fr. auprès de l'institution de prévoyance de son employeur d'alors, soit la Caisse de retraite de l'Union suisse des banques A._ (ci-après: la Caisse de retraite).
B. Les 30 avril/4 mai 2005, la Commission d'impôt de district pour la commune de Y._ (ci-après: la Commission d'impôt de district) a procédé à la taxation pour 2003 de X._ en matière d'impôts cantonal et communal, ainsi que d'impôt fédéral direct. Elle a refusé la déduction du revenu imposable opérée par le contribuable du montant de 170'000 fr. affecté au rachat auprès de la Caisse de retraite. Parallèlement, elle a procédé à l'imposition de la prestation en capital retirée de la Fondation de libre passage, mais seulement à concurrence de 222'000 fr., soit en déduisant le montant de 170'000 fr. consacré au rachat précité. La taxation ordinaire pour l'année 2003 de X._ a été calculée sur un revenu de 300'064 fr. en matière d'impôts cantonal et communal et de 300'702 fr. en matière d'impôt fédéral direct.
X._ a élevé une réclamation contre cette taxation en contestant notamment la non-déduction du rachat de 170'000 fr. Cette réclamation a été rejetée par la Commission d'impôt de district le 3 juillet 2006.
C. Par décision du 24 janvier 2007 notifiée le 12 septembre 2007, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours), statuant sur les impôts cantonal et communal ainsi que sur l'impôt fédéral direct, a rejeté le recours formé par X._ contre la décision de la Commission d'impôt de district du 3 juillet 2006. Tout en admettant que les conditions posées par la législation fiscale à la déduction du rachat des années d'assurance en matière de prévoyance professionnelle étaient formellement réalisées, elle a considéré que X._ n'était pas en droit de déduire ce montant. Elle a estimé que, comme le rachat avait été effectué grâce à un montant retiré d'une fondation de libre passage dans le but initial de financer la rénovation de l'habitation de l'intéressé, la situation ne respectait pas les dispositions fédérales en matière de prévoyance professionnelle; sur le plan fiscal, le rachat d'années d'assurance dans une nouvelle institution de prévoyance professionnelle au moyen d'un compte de libre passage ne pouvait du reste pas faire l'objet d'une déduction. En tous les cas, l'on aboutissait au même résultat si l'on examinait l'affaire sous l'angle de l'évasion fiscale, car l'opération était insolite et entraînait pour X._ une très importante économie d'impôt, de sorte que son choix ne pouvait s'expliquer que par un but d'économie fiscale.
D. X._ interjette un recours au Tribunal fédéral contre la décision de la Commission cantonale de recours du 24 janvier 2007. Il conclut, sous suite de frais, à l'annulation de la décision attaquée et à la possibilité de déduire de son revenu imposable 2003 le montant de 170'000 fr. versé à titre de rachat dans la Caisse de retraite.
La Commission cantonale de recours et le Service cantonal des contributions du canton du Valais concluent au rejet du recours, sous suite de frais.
L'Administration fédérale des contributions propose de rejeter le recours, sous suite de frais.
Le 13 février 2008, le recourant a déposé spontanément une écriture accompagnée de deux annexes, faisant suite aux observations de la Commission cantonale de recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui sont déposés devant lui (ATF 133 I 185 consid. 2 p. 188 et la jurisprudence citée).
1.1 Le recourant n'a pas indiqué par quelle voie de recours il procède auprès du Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (arrêt 2C_264/2007 du 7 janvier 2008, consid. 1; cf., au sujet d'une voie erronée de recours, ATF 133 I 300 consid. 1.2 p. 302/303, 308 consid. 4.1 p. 314).
1.2 Le litige, qui porte sur le point de savoir si le recourant est en droit de déduire de son revenu imposable le montant de 170'000 fr. versé à titre de rachat de cotisations au 2ème pilier, concerne tant les impôts cantonal et communal que l'impôt fédéral direct. Dans les deux cas, le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF), par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d LTF) et il ne tombe pas sous le coup d'une des exceptions mentionnées à l'art. 83 LTF. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF), par le destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public contre ces deux catégories d'impôts (cf. art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; arrêt 2C_75 et 76/2007 du 9 novembre 2007, consid. 2). Au demeurant, en dépit du caractère cassatoire du recours en matière de droit public dans le cadre de l'harmonisation fiscale (art. 73 al. 3 LHID; ATF 131 II 710 consid. 1.1 p. 713), il n'y a pas lieu de considérer comme irrecevables les conclusions du recourant tendant à autre chose qu'à l'annulation de la décision attaquée, puisqu'elles concernent non seulement les impôts cantonal et communal, mais encore l'impôt fédéral direct (cf. arrêt 2A.705/2005 du 13 avril 2006, consid. 9).
2. Le recourant conteste les faits à la base de la décision entreprise.
2.1 Cette question doit être examinée en premier lieu, car elle a une incidence directe sur le raisonnement juridique adopté, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal.
2.2 Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254/255). La notion de "manifestement inexacte" figurant à l'art. 97 al. 1 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252, 384 consid. 4.2.2 p. 391). Pour qu'il y ait constatation manifestement inexacte, il faut que l'autorité n'ait pas pris en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, qu'elle se soit trompée manifestement sur le sens et la portée d'un moyen de preuve ou encore qu'en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des déductions insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
2.3 Le recourant reproche à la Commission cantonale de recours d'avoir constaté qu'il avait financé le rachat de ses années d'assurance auprès de la Caisse de retraite par le montant qu'il avait retiré de la Fondation de libre passage et qui était initialement destiné au financement de la rénovation de son habitation. Pour le démontrer, il produit trois pièces sur sa situation en décembre 2003, d'où il ressort que les 170'000 fr. versés le 22 décembre 2003 à la Caisse de retraite proviennent de son compte salaire et que le montant de 392'235,25 fr. (ou de 391'935,25 fr., selon la pièce 3 annexée au recours) émanant de la Fondation de libre passage a été viré, le 24 décembre 2003, sur un compte de construction exclusivement destiné à payer les différents coûts en relation avec sa maison de Y._ (ci-après: le compte de construction).
2.4 Le recourant produit pour la première fois devant l'Autorité de céans les trois documents précités - datant des 9 décembre 2003, 4 janvier 2004 et 19 juillet 2006 -, qu'il aurait pu déposer devant la Commission cantonale de recours. Il s'agit donc de pièces nouvelles qui sont, en principe, irrecevables au regard de l'art. 99 al. 1 LTF. Cependant, la question de leur recevabilité peut rester ouverte car, de toute manière, ces pièces ne permettent pas de démontrer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte.
Le compte d'où provient le montant de 170'000 fr. n'est pas un élément pertinent. En effet, l'argent fait partie des biens fongibles, c'est-à-dire des choses que l'on désigne habituellement dans les affaires par leur nombre, leur poids ou leur mesure (Paul-Henri Steinauer, Les droits réels, tome I, 4e éd., Berne 2007, n. 96). Or, une chose fongible d'un type donné peut être remplacée par une autre chose du même type (idem).
En quelques jours, le recourant a procédé à différentes opérations:
- il a retiré 170'000 fr. d'un compte salaire,
- il a retiré 392'235,25 fr. de la Fondation de libre passage,
- il a versé 170'000 fr. à la Caisse de retraite,
- il a versé 392'235,25 fr. sur le compte de construction.
Certes, si l'on s'en tient strictement au jeu des écritures passées pour matérialiser ces opérations, on peut conclure que les 170'000 fr. utilisés pour racheter des années d'assurance dans la Caisse de retraite provenaient du compte salaire de l'intéressé et que les 392'235,25 fr. déposés sur le compte de construction étaient issus de la Fondation de libre passage. En réalité, l'argent étant un bien fongible, on ne peut pas déterminer précisément quel argent a servi à effectuer un rachat auprès de la Caisse de retraite et quel argent a été affecté aux travaux de l'immeuble de Y._. Ce qui est dès lors important, c'est que le recourant a, en même temps, racheté des années d'assurance en matière de prévoyance professionnelle et retiré de la Fondation de libre passage le montant maximum que la loi permet d'affecter au financement de sa résidence principale. L'intéressé avait sur un compte salaire 170'000 fr. dont il pouvait disposer librement. Il prétend qu'il a projeté d'abord d'effectuer sur son immeuble de Y._ des travaux, qui ont été retardés pour des raisons indépendantes de sa volonté, et ensuite de racheter des années d'assurance. Par conséquent, le montant de 170'000 fr. déposé sur son compte salaire aurait dû être utilisé en priorité pour financer une partie des travaux précités. Si cette somme a pu servir matériellement à réaliser un rachat auprès de la Caisse de retraite, c'est parce que le recourant a pu obtenir la libération d'un montant de 392'235,25 fr. de la Fondation de libre passage qui a été payé le 12 décembre 2003, selon la déclaration de versements anticipés pour l'encouragement à la propriété du logement du 19 décembre 2003. Autrement dit, en affectant ces 392'235,25 fr. aux travaux de rénovation de son immeuble de Y._, l'intéressé a économisé les 170'000 fr. de son compte salaire, qu'il a ainsi pu utiliser pour racheter des années d'assurance.
2.5 Ainsi, il n'apparaît pas manifestement contraire à la vérité de retenir, à l'instar de la Commission cantonale de recours, qu'en réalité, le rachat d'années d'assurance à la Caisse de retraite a été rendu possible par la libération du montant maximum autorisé de la Fondation de libre passage, donc que le financement du rachat précité a été effectué par une partie du retrait opéré auprès de la Fondation de libre passage. C'est donc sur la base de l'état de fait retenu dans la décision attaquée que doit statuer l'Autorité de céans.
Reste à examiner le fond du litige, le recourant contestant avoir réalisé une évasion fiscale et, par conséquent, commis un abus de droit.
I. Impôt fédéral direct
3. La loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40) contient une section consacrée à l'encouragement à la propriété du logement (art. 30a à 30g LPP), qui est entrée en vigueur le 1er janvier 1995. Le Conseil fédéral en a réglé les modalités d'application dans l'ordonnance du 3 octobre 1994 sur l'encouragement à la propriété du logement au moyen de la prévoyance professionnelle (OEPL; RS 831.411). D'après l'art. 30c al. 1 LPP, l'assuré peut, au plus tard trois ans avant la naissance du droit aux prestations de vieillesse, faire valoir auprès de son institution de prévoyance le droit au versement d'un montant pour la propriété d'un logement pour ses propres besoins. Le versement anticipé, notamment, doit être assujetti à l'impôt direct fédéral, cantonal et communal en tant que prestation en capital provenant de la prévoyance (art. 83a al. 1 et 5 LPP). Il est dans tous les cas soumis à un impôt annuel entier calculé sur la base de taux représentant le cinquième des barèmes inscrits à l'art. 36 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) (art. 22 al. 1 et 2 ainsi que 38 al. 1 et 2 LIFD).
Par ailleurs, l'art. 33 al. 1 lettre d LIFD dispose que sont déduits du revenu les primes, cotisations et montants légaux, statutaires ou réglementaires versés à l'assurance-vieillesse et survivants, à l'assurance-invalidité et à des institutions de la prévoyance professionnelle. En outre, selon l'art. 205 LIFD, les contributions de l'assuré pour le rachat d'années d'assurance sont déductibles, pour autant que les prestations de vieillesse commencent à courir ou deviennent exigibles après le 31 décembre 2001.
4. 4.1 Selon la jurisprudence, il y a évasion fiscale: a) lorsque la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi, b) lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été arbitrairement exercé uniquement dans le but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée, c) lorsque le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d'impôt dans la mesure où il serait accepté par l'autorité fiscale. Si ces trois conditions sont remplies, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait dû être l'expression appropriée au but économique poursuivi par l'intéressé, comme le Tribunal fédéral l'a dit dans un arrêt du 9 août 2005 (ATF 131 II 627 consid. 5.2 p. 635/636 et la jurisprudence citée). Dans cet arrêt, l'Autorité de céans a précisément dû se prononcer sur le rachat d'années de cotisation pour la prévoyance professionnelle suivi, dans les cinq jours, du prélèvement d'un montant équivalent à celui du rachat pour l'acquisition d'un logement familial au sens de l'art. 30c LPP; elle a considéré que les conditions d'une évasion fiscale étaient réalisées.
4.2 Le rachat, pour 170'000 fr., d'années d'assurance en matière de prévoyance professionnelle grâce à une partie du versement anticipé de 392'235,25 fr. effectué dans le cadre de l'encouragement à la propriété du logement est insolite et il ne s'explique que par la volonté du recourant de réaliser une économie d'impôt notable.
Le recourant aurait pu et même dû utiliser de l'argent provenant de la Fondation de libre passage pour racheter des années d'assurance à la Caisse de retraite. En effet, lors du rachat dans une institution de prévoyance, on utilisera tout d'abord les prestations de sortie de la dernière institution de prévoyance ainsi que d'éventuels comptes ou polices de libre passage (cf. Circulaire N° 22 de l'Administration fédérale des contributions du 4 mai 1995, in Archives 64 p. 124, ch. 2.2 p. 126). Cette opération aurait été neutre du point de vue fiscal.
Ce qui pose problème, en l'espèce, c'est que les fonds consacrés au rachat précité ont été libérés dans un autre but, soit l'encouragement à la propriété du logement et que, dans ce cadre, ils devaient faire l'objet, de même que le reste des 392'235,25 fr. retirés de la Fondation de libre passage, d'une imposition à un taux réduit.
Par ailleurs, en utilisant pour le rachat d'années d'assurance non pas de l'argent provenant de la Fondation de libre passage - ce qui aurait débouché sur une opération neutre fiscalement - mais des fonds retirés d'un compte salaire, le recourant devait obtenir une déduction dans le cadre de la taxation ordinaire. L'intéressé devait réaliser ainsi une économie d'impôt.
Sur la base des faits retenus, la solution adoptée par la Commission cantonale de recours, qui voit un abus de droit dans la façon dont le recourant a procédé, est conforme au droit fédéral (cf. Gladys Laffely Maillard, Commentaire romand, Impôt fédéral direct, n. 55 et 59 ad art. 33 LIFD).
II. Impôts cantonal et communal
5. S'agissant des impôts cantonal et communal, le domaine est couvert par l'art. 9 LHID. Les conditions auxquelles est subordonnée la déduction des montants versés à titre de 2ème pilier sont réglées par le droit fédéral, l'art. 9 al. 2 lettre d LHID contenant quasiment le même texte que l'art. 33 al. 1 lettre d LIFD; il n'y a pas de marge de manoeuvre pour les cantons (Markus Reich, Commentaire bâlois, n. 44 ad art. 9 LHID). Il ressort des art. 18, 29 al. 1 lettre e et 33 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 que le droit cantonal prévoit à bon droit les mêmes règles que le droit fédéral.
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus à propos de l'impôt fédéral direct sont également valables pour les impôts cantonal et communal.
6. Au vu de ce qui précède, il y a lieu de rejeter le recours.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recou-rant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 3 mars 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Dupraz