Sachverhalt:
A. X._ ist selbständiger Landwirt und IV-Rentner. Mit Verfügung vom 26. Juni 2006 veranlagte die Steuerkommission von E._/AG X._ für die direkte Bundessteuer 1997/1998 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. _. Das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit wurde nach Ermessen auf Fr. _ festgesetzt.
B. Mit Entscheid vom 14. November 2007 wies die Steuerkommission die Einsprache von X._ ab, welcher beantragt hatte, die Veranlagung sei infolge Verjährung aufzuheben resp. das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit sei auf Fr. _ herabzusetzen. Den dagegen erhobenen Rekurs wies das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 25. September 2008 ab. Die gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, mit Urteil vom 26. Januar 2009 ab.
C. Dagegen führt X._ mit Eingabe vom 5. März 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 26. Januar 2009 sei aufzuheben und "es sei die Verjährung anzunehmen". Eventualiter beantragt er, das Einkommen sei auf Fr. _ herabzusetzen. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht sowie eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung.
D. Das Steueramt des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau auf einen Antrag verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.3).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten. Im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist in der vorliegenden Beschwerde nur teilweise zu erkennen, insbesondere soweit der Beschwerdeführer der Vorinstanz in pauschaler Weise willkürliches Verhalten vorwirft. Soweit eine solche qualifizierte Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, für die direkte Bundessteuer 1997/1998 sei die Verjährung eingetreten. Er habe die Steuererklärung rechtzeitig mit den erforderlichen Belegen eingereicht. Die Staats- und Gemeindesteuern seien am 6. Dezember 2001, die direkte Bundessteuer aber erst am 26. Juni 2006 veranlagt worden. Betreffend die direkte Bundessteuer sei keine die Frist unterbrechende Handlung vorgenommen worden. Das Schreiben der kantonalen Steuerverwaltung vom 25. August 2003 sei eine rein deklaratorische Mitteilung und keine Unterbrechungshandlung.
2.2 Nach Art. 120 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) verjährt das Recht, eine Steuer zu veranlagen fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode (Veranlagungsverjährung). Diese fünfjährige Frist ist eine relative Frist, die stillstehen oder unterbrochen werden kann. Die Verjährung beginnt insbesondere neu mit jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen zur Kenntnis gebracht wird (Art. 120 Abs. 3 lit. a DBG). Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt (absolute Verjährung, Art. 120 Abs. 4 DBG).
2.3 Unbestritten ist, dass hier die fünfjährige Verjährungsfrist für die Veranlagung der direkten Bundessteuer 1997/1998 am 1. Januar 1999 zu laufen begann. Da die Veranlagung am 26. Juni 2006 erfolgte, muss daher zwischen dem 1. Januar 1999 und dem Veranlagungsdatum eine Unterbrechungshandlung vorgenommen worden sein, ansonsten die Veranlagungsverjährung am 1. Januar 2004 eingetreten wäre. Die Vorinstanz führte dazu aus, dass das Schreiben des Steueramts des Kantons Aargau an den Beschwerdeführer vom 25. August 2003 die fünfjährige Frist rechtzeitig unterbrochen habe. Dieses Schreiben hat folgenden Wortlaut:
"Für die Steuerperiode 1997/1998 konnte bisher noch keine definitive Veranlagung eröffnet werden; die Rechnungen sind erst provisorisch. Wir stellen hiermit ausdrücklich fest, dass wir an der Forderung weiterhin festhalten. Dieses Schreiben dient zur Unterbrechung der Verjährungsfrist und ist für Sie ein Hinweis, dass die Steuerjahre 1997/1998 noch nicht definitiv abgeschlossen sind. Sobald uns die zuständige Steuerkommission die massgebenden definitiven Zahlen meldet, werden wir Ihnen die Veranlagungsverfügung zustellen [...]."
2.4 Gemäss bundesgerichtlicher Praxis kommt einer amtlichen Mitteilung, die lediglich eine spätere Veranlagung in Aussicht stellt und deren Zweck sich in der Unterbrechung des Verjährungsablaufs erschöpft, verjährungsunterbrechende Wirkung zu (BGE 126 II 1 E. 2f S. 4 ff.; Urteil 2A.271/2002 vom 20. November 2002 E. 2.3.2; RICHNER/ FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, 2003, Art. 120 N. 20; LYDIA MASMEJAN-FEY, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 13 zu Art. 120 DBG). Da das kantonale Steueramt für den Bezug der direkten Bundessteuer zuständig ist (§§ 1 und 13 der kantonalen Verordnung vom 7. Dezember 1994 zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer; SAR 621.11), erhellt daher ohne Weiteres, dass das Schreiben des kantonalen Steueramts die Verjährungsfrist rechtzeitig unterbrochen hat. Die Veranlagungsverjährung für die direkte Bundessteuer 1997/1998 ist somit noch nicht eingetreten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer beantragt eventualiter, sein Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit sei auf Fr. _ (bestehend aus Invalidenrente, Taggeldentschädigung sowie Wertschriftenertrag) herabzusetzen. Er macht geltend, der Landwirtschaftsbetrieb habe einen Verlust erbracht, was er mit Vermögensvergleich ausgewiesen habe. Der Beschwerdeführer wirft den Vorinstanzen vor, sie hätten die Ermessensveranlagung "auf eine nicht definierbare Art und Weise, also rein willkürlich, ohne Anlehnung an jedwelche Erfahrungszahlen und ohne Anlehnung an Lebensaufwand und Vermögensentwicklung" vorgenommen.
3.2 Nach Art. 130 Abs. 1 DBG prüft die Veranlagungsbehörde die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor. Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor. Sie kann dabei Erfahrungszahlen, Vermögensentwicklung und Lebensaufwand des Steuerpflichtigen berücksichtigen (Art. 130 Abs. 2 DBG).
3.2.1 Bei der Ermessenseinschätzung hat die Steuerbehörde von Amtes wegen alle Unterlagen zu berücksichtigen, die ihr zur Verfügung stehen. Sie hat alle Umstände in Rechnung zu stellen, von denen sie Kenntnis hat, auch wenn sie möglicherweise nicht in den Akten vermerkt sind; denn die amtliche Veranlagung ist nach pflichtgemässem Ermessen vorzunehmen. Der Steuerpflichtige soll möglichst entsprechend seiner wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit eingeschätzt werden. Das setzt eine Würdigung der gesamten Verhältnisse voraus. Die Steuerbehörde hat dabei eine vorsichtige Schätzung vorzunehmen, ohne allerdings dazu verpflichtet zu sein, bei der durch das Verhalten des Steuerpflichtigen bedingten Ermessensbetätigung im Zweifelsfall die für diesen günstigste Annahme zu treffen: Es soll vermieden werden, dass derjenige Steuerpflichtige, der für die Möglichkeit der Nachprüfung der von ihm erklärten Verhältnisse Sorge getragen hat, höhere Steuern zu bezahlen hat als derjenige, bei dem eine solche Nachprüfung aus von ihm zu vertretenden Gründen unmöglich ist. Die Verletzung von Verfahrenspflichten darf sich nicht lohnen (Urteile 2A.53/2003 vom 13. August 2003 E. 4.1, in: RDAF II p. 581; A.74/1987 vom 30. Oktober 1987 E. 3b, in: ASA 58 S. 670 mit Hinweisen).
3.2.2 Der Steuerpflichtige kann eine Ermessensveranlagung nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen (Art. 132 Abs. 3 DBG). Offensichtlich unrichtig ist eine Schätzung, die einen wesentlichen Gesichtspunkt übergangen oder falsch gewürdigt hat. Das Bundesgericht ist an die Ermessenseinschätzung gebunden, wenn sie auf einer richtigen und vollständigen Sachverhaltsermittlung und auf einer sachgerechten Abwägung der Gesamtheit der für die Veranlagung massgebenden Verhältnisse beruht, wobei den zuständigen Behörden ein gewisser Spielraum für die zahlenmässige Auswertung der Untersuchungsergebnisse zusteht; so lange sich ihre Schätzung im Rahmen des so gegebenen Spielraums hält, kann das Bundesgericht nicht eingreifen (Urteil A.74/1987 vom 30. Oktober 1987 E. 1b, in: ASA 58 S. 670 mit Hinweisen).
3.2.3 Dieser Unrichtigkeitsnachweis ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung umfassend zu führen und kann nicht nur einzelne Positionen der Ermessensveranlagung betreffen. Der Steuerpflichtige muss die bisher versäumten Mitwirkungshandlungen nachholen und insbesondere eine nicht eingereichte Steuererklärung nachträglich vorlegen (vgl. für die direkte Bundessteuer: Urteil 2A.39/2004 vom 29. März 2005 E. 5.1, in: ASA 75 S. 329).
3.3 Die Vorinstanz nahm im angefochtenen Entscheid Bezug auf das bereits abgeschlossene Beschwerdeverfahren betreffend Staats- und Gemeindesteuern 1997/1998. Sie führte aus, die Vermögensvergleichsrechnung des Beschwerdeführers sei als Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit der Ermessensveranlagung "wertlos", da sein Sparkonto Barausgänge von Fr. 211'203.30 (1995) und Fr. 160'000.-- (1996) aufweise und nicht belegt werde, dass diese Bezüge vollumfänglich für geschäftlich bedingte Aufwendungen verwendet worden seien.
Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, vermag nicht zu überzeugen: Er beschränkt sich auf den Hinweis, das Verwaltungsgericht missachte "die klaren gesetzlichen Bestimmungen des Gesetzes über die Direkte Bundessteuer". Damit genügt seine Beschwerde den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG kaum (vgl. E. 1.3). Indem sich der Beschwerdeführer in der Folge nur auf Art. 115 und 130 Abs. 1 DBG bezieht, scheint er zu verkennen, dass vorliegend eine Ermessensveranlagung in Frage steht und der Steuerpflichtige die Unrichtigkeit der Veranlagung nachzuweisen hätte (Art. 132 Abs. 3 DBG; vgl. E. 3.2.2). Diesen Unrichtigkeitsnachweis vermag der Beschwerdeführer nicht einmal ansatzweise zu führen.
4. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich daher als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger