Faits:
A. X._ a été condamné le 18 mai 2012 par le Tribunal correctionnel du canton de Genève à 30 mois de peine privative de liberté, sous déduction de 395 jours de détention avant jugement, pour vol, vol par métier, recel et infraction à la loi fédérale sur les étrangers.
Les deux tiers de la peine précitée arrivant à échéance le 18 décembre 2012, une audience relative à la libération conditionnelle s'est tenue devant le Tribunal d'application des peines et mesures du canton de Genève (ci-après: TAPEM) le 15 novembre 2012. Lors de l'audience, l'avocat de X._ a requis d'être nommé d'office, ce que le TAPEM a refusé, autorisant ledit avocat à défendre son client à titre privé. Par jugement du 15 novembre 2012, le TAPEM a refusé la libération conditionnelle.
Le 28 novembre 2012, l'avocat de X._ a sollicité du TAPEM qu'il reconsidère sa position quant à sa désignation comme avocat d'office. Par décision du 30 novembre 2012, le TAPEM a refusé d'ordonner une défense d'office.
B. Par arrêt du 8 janvier 2013, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours formé par X._ contre la décision du TAPEM du 30 novembre 2012.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce que la défense d'office soit ordonnée et Me Robert Assael désigné comme défenseur. A titre subsidiaire, il requiert le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.
Considérant en droit:
1. Le recours ne porte pas sur le refus de la libération conditionnelle. Il a uniquement trait au refus de désigner un défenseur d'office au recourant, qui a été assisté d'un défenseur privé lors de la procédure cantonale. Autrement dit, l'objet du litige revient à se demander si l'Etat va en définitive devoir assumer l'indemnisation de l'avocat. La problématique s'inscrivant dans le cadre de la libération conditionnelle, le recours en matière pénale est en principe ouvert (cf. art. 78 al. 2 let. b LTF). Vu le sort du recours, de toute façon irrecevable pour les motifs qui suivent, il est superflu de se demander si le recours est recevable au regard des art. 90 ss LTF.
2. Le recourant invoque une violation des art. 132 al. 1 let. b CPP et 29 al. 3 Cst.
2.1 La procédure cantonale apparaît singulière dès lors que le refus de désigner un défenseur d'office a fait l'objet d'une procédure de reconsidération postérieure au refus de la libération conditionnelle. Quoi qu'il en soit, contrairement à ce que supposent l'autorité cantonale et le recourant, la procédure de libération conditionnelle n'est pas directement régie par le CPP. En effet, le CPP règle la poursuite et le jugement, par les autorités pénales de la Confédération et des cantons, des infractions prévues par le droit fédéral (art. 1 CPP). Il ne régit en revanche pas la procédure d'exécution des jugements rendus, qui demeure de la compétence des cantons, sauf dispositions spéciales du CPP ou du CP (cf. art. 123 al. 2 Cst. et 439 CPP; cf. aussi dans une autre affaire genevoise, arrêt 6B_621/2011 du 19 décembre 2011 consid. 2.1). La libération conditionnelle (art. 86 CP) ne fait pas partie des décisions judiciaires ultérieures régies par les art. 363 ss CPP (cf. MICHEL PERRIN, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 10 à 12 ad art. 363 CPP; CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, in DONATSCH/HANSJAKOB/LIEBER [éd.], Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, n° 2 ad art. 363 CPP). Il incombe ainsi aux cantons de régler la procédure en matière de libération conditionnelle.
Il résulte de ce qui précède que l'art. 132 CPP ne s'applique pas directement à une procédure de libération conditionnelle. Tout au plus, peut-il s'appliquer à titre de droit cantonal supplétif si la législation cantonale le prévoit. Le Tribunal fédéral ne revoit alors son application que sous l'angle de l'arbitraire (ATF 138 V 67 consid. 2.2 p. 69). L'invocation d'un tel grief déduit du droit constitutionnel (art. 106 al. 2 LTF) suppose une argumentation claire et détaillée (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 5).
En l'espèce, le recourant se contente d'invoquer l'art. 132 CPP sans dire en quoi l'autorité cantonale en aurait fait une application arbitraire. Son argumentation est insuffisante au regard de l'art. 106 al. 2 LTF et est par conséquent irrecevable.
2.2 Le recourant invoque par ailleurs l'art. 29 al. 3 Cst.
Cette disposition prévoit que toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
En l'espèce, l'autorité précédente a refusé l'assistance d'un défenseur notamment en niant les chances de succès que le recourant puisse obtenir une libération conditionnelle, relevant à cet égard qu'il avait déjà été condamné à sept reprises, qu'il avait bénéficié par deux fois de libérations conditionnelles en 2007 et 2008, ce qui ne l'avait pas empêché de récidiver en 2011, que sa situation personnelle, ses regrets, sa volonté de travailler et de s'occuper de sa famille ne l'avaient pas non plus détourné de commettre de nouvelles infractions.
Il incombait au recourant, conformément aux exigences accrues de motivation posées par l'art. 106 al. 2 LTF, de dire en quoi l'approche de l'autorité précédente déniant l'existence de chance de succès, soit une condition posée par l'art. 29 al. 3 Cst., n'était pas légitime. Il se contente toutefois d'affirmer que sa demande de libération n'était pas dépourvue de chance de succès, sans démontrer en quoi l'autorité précédente aurait procédé à une appréciation erronée des différents éléments pris en compte, en particulier la récidive malgré de précédentes libérations conditionnelles. Insuffisante au regard de l'art. 106 al. 2 LTF, l'argumentation du recourant est irrecevable.
3. Faute de tout grief recevable, le recours est irrecevable. Dès lors qu'il était voué à l'échec, l'assistance judiciaire est refusée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant devra donc supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 25 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod