Sachverhalt:
A. Mit öffentlich beurkundetem Vertrag vom 12. Mai 2004 verkauften die Erben der Z._ das in der Gemeinde X._ liegende Grundstück Kat.-Nr. 6867 im Halte von 4'283 m2 zu einem Preis von Fr. 2'998'100.-- (Fr. 700.--/m2) an A._ und B._, C._ sowie D._ (nachfolgend: Käufer). Die Käufer verpflichteten sich, ein Baugesuch für die Überbauung des Kaufobjekts einzureichen und sie waren berechtigt, beliebige natürliche und/oder juristische Personen neben sich oder an ihrer Stelle in den Kaufvertrag eintreten zu lassen. Am 3. November 2005 erlangten die Käufer die Baubewilligung für die Erstellung von 15 Einfamilienhäusern auf dem Kaufobjekt, welches in der Zwischenzeit entsprechend parzelliert worden war. In der Folge liessen sie verschiedene Enderwerber in den Kaufvertrag eintreten. Zwölf dieser Enderwerber schlossen zusätzlich mit der von den Käufern beherrschten Y._ GmbH einen Werkvertrag ab, der die Erstellung eines Einfamilienhauses vorsah.
B. Der Gemeinderat X._ erblickte in der vorstehenden Konstellation zwei wirtschaftliche Handänderungen, nämlich von den Erben der Z._ an die Käufer einerseits und von den Käufern (bzw. Wiederverkäufern) an die Enderwerber andererseits.
Die aufgrund der ersten wirtschaftlichen Handänderung zwischen den Erben der Z._ und den Käufern anfallende Grundstückgewinnsteuer wurde mit Entscheid der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich vom 29. März 2007 rechtskräftig festgelegt.
Mit Verfügung vom 31. März 2008 veranlagte der Gemeinderat X._ die Grundstückgewinnsteuer für die zweite wirtschaftliche Handänderung. Er auferlegte den Käufern (bzw. Wiederverkäufern) Grundstückgewinnsteuern von insgesamt Fr. 59'243.75. Dabei ging er von einem Grundstückgewinn von Fr. 284'915.90 aus. Zu diesem Wert gelangte der Gemeinderat, indem er unter dem Titel "10% Umsatzrendite auf Land" einen Gewinnzuschlag von insgesamt Fr. 299'911.40 vornahm.
C. Hiergegen erhoben die Käufer (bzw. Wiederverkäufer) Einsprache. Aus prozessökonomischen Gründen wurde das Einspracheverfahren auf die Handänderung betreffend einen der Enderwerber beschränkt und im Übrigen sistiert. Am 16. September 2008 wies der Gemeinderat X._ die Einsprache in diesem Umfang ab.
Daraufhin rekurrierten die Käufer bei der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich. Diese hiess den Rekurs mit Entscheid vom 27. Februar 2009 gut und setzte die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 0.-- herab, indem sie den streitigen Gewinnzuschlag strich.
In der Folge beschwerte sich die Gemeinde X._ ohne Erfolg beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich: Dieses wies die Beschwerde am 23. September 2009 ab.
D. Mit Eingabe vom 23. November 2009 führt die Gemeinde X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Im Wesentlichen stellt sie den Antrag, es sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer im Sinne der Veranlagungsverfügung bzw. des Einspracheentscheids festzusetzen.
Während das Kantonale Steueramt auf eine Vernehmlassung verzichtet, schliesst das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darin eine Verfassungsverletzung gerügt wird, und verzichtet im Übrigen auf einen Antrag. Die Beschwerdegegner liessen sich nicht vernehmen.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 135 III 1 E. 1.1 S. 3).
1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]).
1.2 Zu prüfen ist indes, ob die Gemeinde X._ zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert ist:
Nach Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG sind Personen, Organisationen und Behörden zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten befugt, wenn ihnen ein Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
Gemäss Art. 73 Abs. 1 StHG unterliegen kantonal letztinstanzliche Entscheide, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 dieses Gesetzes geregelte Materie betreffen, nach Massgabe des BGG der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Die Beschwerdebefugnis steht gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG den Steuerpflichtigen, der nach kantonalem Recht zuständigen Behörde sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu. Die Regelung der Grundstückgewinnsteuer befindet sich im zweiten Titel des StHG und betrifft mithin einen harmonisierten Bereich. Die Beschwerde gemäss Art. 73 StHG steht daher offen und es sind die in Art. 73 Abs. 2 StHG genannten Personen und Behörden zur Beschwerdeführung legitimiert. Abzuklären bleibt, ob die Gemeinde X._ von dieser Bestimmung erfasst wird.
Das Bundesgericht hat bisher die Frage offen gelassen, ob eine Gemeinde zur Beschwerde nach Art. 73 Abs. 2 StHG befugt sein kann (vgl. für die Verwaltungsgerichtsbeschwerde BGE 123 II 588 E. 1a S. 590). Hierzu bedarf es zunächst einer ausdrücklichen materiellrechtlichen Ermächtigung (BGE 131 II 753 E. 4.2 S. 757; 127 II 32 E. 2c S. 37). Im Weiteren fällt die Legitimation der Gemeinde nur in Betracht, wenn dieser bei der Erhebung der betreffenden kantonalen Steuer besondere Kompetenzen bzw. ein eigener Anwendungsspielraum zukommt (Urteil 2P.204/2006 vom 21. Mai 2007 E. 5.3, 6 und 7). Beide der genannten Voraussetzungen sind im vorliegenden Fall gegeben: § 214 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) räumt nebst dem Steuerpflichtigen, dem kantonalen Steueramt und der Eidgenössischen Steuerverwaltung ausdrücklich auch der betroffenen Gemeinde das Recht ein, gegen einen Grundstückgewinnsteuerentscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht zu führen. Ebenso verfügt die Gemeinde X._ bei der Erhebung der Grundstückgewinnsteuer über einen gewissen Freiraum, zumal die Vorbereitung der Einschätzung dem Gemeindesteueramt obliegt (§ 209 Abs. 1 StG/ZH), die Einschätzung durch den Gemeinderat oder durch eine von ihm gewählte, unter dem Vorsitz eines seiner Mitglieder amtende Kommission erfolgt (§ 210 Abs. 1 StG/ZH) und die für die Einschätzung zuständige Behörde auch über Steuerbefreiungen, Nachsteuern, Bussen sowie über Bestand und Umfang des gesetzlichen Pfandrechts für Grundsteuern entscheidet (§ 210 Abs. 2 StG/ZH).
Gemäss den obenstehenden Ausführungen ist die Gemeinde im vorliegenden Fall zur Beschwerdeführung legitimiert. Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten (unter Vorbehalt von E. 1.3 hiernach).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich ein Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt u.a. hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Ob die genannten Eintretensvoraussetzungen im vorliegenden Fall vollumfänglich erfüllt sind, ist fraglich. Die Frage kann offen bleiben, zumal sich die Beschwerde als unbegründet erweist, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Mit einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur dann gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252; 133 III 393 E. 7.1 S. 398) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Die Behebung des Mangels muss zudem für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Verwaltungsgericht habe die Werkverträge zwischen der Y._ GmbH und den Enderwerbern sowie den Landverkauf der Erbengemeinschaft an die Enderwerber fälschlicherweise als unter "echten" Dritten abgeschlossene Verträge bezeichnet und sei deshalb zu Unrecht von der jeweiligen Marktkonformität des Werklohnes und des Landpreises ausgegangen: Als wirtschaftliche Eigentümerin des Landes und als Organe der Y._ GmbH hätten die Beschwerdegegner vielmehr einen tieferen Landpreis in Kauf nehmen und dafür einen höheren Werkpreis verlangen können. Für den Enderwerber sei lediglich massgeblich, dass die Summe von Landpreis und Werklohn marktkonform ist.
Ob sich die erhobene Rüge tatsächlich auf die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung bezieht oder nicht vielmehr die vom Verwaltungsgericht getroffenen Schlussfolgerungen und mithin Rechtsfragen betrifft, muss an dieser Stelle nicht geklärt werden. In jedem Fall sind die vorgebrachten Einwendungen für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend, zumal die Beschwerdeführerin weder betreffend den Landpreis noch hinsichtlich des Werklohns die Marktkonformität bestreitet (vgl. E. 4.3 hiernach).
3. Sodann behauptet die Beschwerdeführerin, das Verwaltungsgericht sei im angefochtenen Entscheid seiner Begründungspflicht nicht hinreichend nachgekommen: Es habe verschiedentlich auf Umstände abgestellt, welche überhaupt nicht von Bedeutung seien. Demgegenüber habe es sich mit dem von ihr, der Beschwerdeführerin, vorgebrachten Argument des Drittvergleichs "generell nur ansatzweise und daher in keiner Weise rechtsgenügend" auseinandergesetzt.
Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) folgt unter anderem die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (BGE 133 III 439 E. 3.3 S. 445; 126 I 97 E. 2b S. 102 f., mit Hinweisen).
Diesen Anforderungen wird das angefochtene Urteil gerecht, indem es nachvollziehbar darlegt, aus welchen Überlegungen die Vorinstanz zu ihrem Entscheid gelangte. Die Rüge der Gehörsverletzung vermag somit nicht durchzudringen. Ob die vorinstanzliche Begründung inhaltlich überzeugt, ist eine Frage der nachfolgenden materiellen Beurteilung.
4. 4.1 Gemäss Art. 12 Abs. 1 StHG unterliegen der Grundstückgewinnsteuer von Bundesrechts wegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie von Anteilen daran ergeben. Der steuerbare Grundstückgewinn besteht aus der Differenz zwischen Erlös und Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen). Der Kanton Zürich sieht in den §§ 216 Abs. 1 und 219 Abs. 1 StG/ZH eine identische Regelung vor.
Gemäss Art. 12 Abs. 2 lit. a StHG bzw. § 216 Abs. 2 lit. a StG/ZH sind den steuerbaren Veräusserungen u.a. Rechtsgeschäfte gleichgestellt, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken. Dies trifft insbesondere auf die sogenannten "Kettengeschäfte" zu (Bernhard Zwahlen, in: Zweifel/ Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. 2002, Rz. 34 zu Art. 12 StHG; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Züricher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, Rz. 78 zu § 216 StG/ZH). Nach den genannten Lehrmeinungen fallen unter diesen Begriff solche Konstellationen, bei denen - wie in der vorliegenden Angelegenheit - die Verfügungsgewalt über ein Grundstück vorerst ohne Grundbucheintrag vom zivilrechtlichen Eigentümer auf einen bloss wirtschaftlich Berechtigten (Ersterwerber oder Zwischenerwerber) übergeht. Dieser Ersterwerber überträgt daraufhin seine wirtschaftliche Verfügungsgewalt auf einen Dritten, wobei der letzte Erwerber innerhalb der Kette das Grundeigentum in den Formen des Zivilrechts vom weiterhin im Grundbuch eingetragenen ursprünglichen Eigentümer erhält.
Anders als etwa die Berner Praxis, welche auf einer Kombination von zivilrechtlicher und wirtschaftlicher Betrachtungsweise beruht, stellt die im Kanton Zürich entwickelte Regelung bei der Besteuerung ausschliesslich auf die wirtschaftlichen Handänderungen ab, wogegen die zivilrechtliche Handänderung bezüglich der Grundstückgewinnsteuer ausser Betracht fällt (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., Rz. 81 zu § 216 StG/ZH). Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist, wie bereits ausgeführt, nur noch die zweite wirtschaftliche Handänderung, nämlich diejenige von den Käufern (bzw. Wiederverkäufern) an die Enderwerber.
4.2 Es ist unbestritten, dass der Kaufpreis des Landes anlässlich der zweiten wirtschaftlichen Handänderung mit jenem anlässlich der ersten Handänderung identisch war. Demzufolge wurde im Rahmen der zweiten wirtschaftlichen Handänderung nominell kein Gewinn erzielt, sondern es resultierte - im Gegenteil - aufgrund der fälligen Handänderungssteuer gar ein geringfügiger Verlust. Die Beschwerdeführerin macht indes geltend, dass ein unabhängiger Landverkäufer den Enderwerbern das Land nicht zum Selbstkostenpreis weiterübertragen, sondern vielmehr auf eine Beteiligung an den Gewinnen der Y._ GmbH aus der lukrativen Erstellung der Einfamilienhäuser bestanden hätte. Im vorliegenden Fall hätten die Käufer (bzw. Wiederverkäufer) es der Bauunternehmung dagegen ermöglicht, den gesamten finanziellen Nutzen aus dem Geschäft zu ziehen. Aus diesem Grund verlange der Grundsatz des Drittvergleichs und damit das Gebot der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV), dass anlässlich der zweiten wirtschaftlichen Handänderung ein "Gewinnzuschlag" in Höhe von 10 % des Landerwerbspreis vorzunehmen sei; die Y._ GmbH habe einen prozentual etwa gleich hohen Gewinn mit der Gebäudeerstellung erzielt. Indem das Verwaltungsgericht die Vornahme eines solchen Zuschlags ablehnte, habe es gegen die von Art. 127 Abs. 2 BV statuierten Grundsätze verstossen.
4.3 Die Rüge der Beschwerdeführerin geht fehl:
Dem Grundsatz des Drittvergleichs kommt insbesondere bei verdeckten Gewinnausschüttungen im Unternehmenssteuerrecht Bedeutung zu: Dabei wird anstelle eines tatsächlichen Geschäfts ein hypothetisches mit einem unbeteiligten Dritten unterstellt, um den Wert einer fehlenden bzw. nicht angemessenen Gegenleistung zu ermitteln (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, Rz. 103 zu Art. 58 DBG). Inwiefern sich der Grundsatz des Drittvergleichs jedoch aus dem Gebot der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV) ergeben soll, wurde von der Beschwerdeführerin nicht dargelegt und es ist dies auch nicht ersichtlich.
Im vorliegenden Fall ist die Berufung auf das Leistungsfähigkeitsprinzip jedoch ohnehin verfehlt: Eine Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit bedeutet, dass sich jede Person entsprechend den ihr zur Verfügung stehenden Mitteln an den Finanzaufwendungen des Staates beteiligt. Hier behauptet die Beschwerdeführerin nicht, dass der Verkaufspreis des fraglichen Grundstückes anlässlich der ersten wirtschaftlichen Handänderung unter dem Marktwert gelegen habe, und sie anerkennt sogar ausdrücklich, dass bis zur zweiten wirtschaftlichen Handänderung keine signifikante Wertsteigerung des Landes eingetreten sei und mithin auch keine Anhaltspunkte für eine Wert- bzw. Gewinnverschiebung vom Bodenpreis in den Werklohn bestünden. Damit ist jedoch ohne weiteres davon auszugehen, dass der gesamte erzielbare Grundstückgewinn bereits von der Besteuerung der ersten wirtschaftlichen Handänderung erfasst wurde. Dem von der Beschwerdeführerin anbegehrten "Gewinnzuschlag" in Höhe von 10 % des Landpreises würde keine entsprechende wirtschaftliche Leistungsfähigkeit der Beschwerdegegner gegenüberstehen, weswegen Art. 127 Abs. 2 BV eine solche Besteuerung entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht gebietet sondern vielmehr untersagt.
Dass die Vorinstanz andere Bestimmungen des Bundesrechts falsch angewendet hätte oder betreffend der Anwendung des kantonalen Rechts in Willkür verfallen wäre, wird von der Beschwerdeführerin nicht behauptet.
5. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unbegründet und ist daher abzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin, die Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 4 BGG e contrario). Den Beschwerdegegnern, die der Aufforderung zur Vernehmlassung nicht nachkamen, ist keine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, den Beschwerdegegnern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler