Sachverhalt:
X._ und Y._ wurden mit Verfügung vom 28. April 1999 für die direkte Bundessteuer 1995/96 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 67'200.-- veranlagt. Da nicht nachgewiesen werden konnte, dass der Einspracheentscheid vom 21. Juni 2000 den Steuerpflichtigen zugestellt worden war, wurde ihnen am 8. Mai 2007 ein neuer Einspracheentscheid betreffend die direkte Bundessteuer 1995/96 eröffnet. Mit Rekurs (richtig: Beschwerde) an das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau vom 8. Juni 2007 machten die Steuerpflichtigen geltend, es sei festzustellen, dass für die Steuerjahre 1995 und 1996 kein steuerpflichtiges Einkommen bestehe, und es sei Verjährung anzunehmen. Das Steuerrekursgericht wies die Beschwerde kostenfällig ab. Es legte dar, dass die Verjährung nicht eingetreten sei und die Beschwerdeführer aus der Veranlagung für die Staats- und Gemeindesteuern 1995/96 nichts für die Veranlagung der direkten Bundessteuer ableiten könnten. Im Übrigen sei mit Rekursgerichtsentscheid vom 29. März 2001 das steuerbare Einkommen für die Staats- und Gemeindesteuern 1995/96 nicht auf Fr. 0.-- festgesetzt worden, wie die Beschwerdeführer behaupteten, sondern auf Fr. 58'763.-- (Urteil vom 21. Februar 2008).
Mit der Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau änderten die Beschwerdeführer ihre Argumentation und machten geltend, dass für die Steuerperiode 1995/96 keine direkte Bundessteuer geschuldet sei. Sie hätten die Bundessteuerbeträge für diese Jahre erwiesenermassen bezahlt, doch habe das Steueramt sie auf andere Steuerjahre umgebucht. Mit Urteil vom 6. Mai 2008 trat das Verwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Steuerpflichtigen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau und die Vorentscheide seien aufzuheben.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.
Erwägungen:
1. Auf die Beschwerde kann grundsätzlich eingetreten werden, da sie unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG) eingereicht wurde und sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) gefällten Endentscheid (Art. 90 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG) richtet. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG).
Angefochten ist hier freilich ein Nichteintretensentscheid, ein sogenanntes Prozessurteil. Das Verwaltungsgericht trat auf die Beschwerde nicht ein, weil die Prozessvoraussetzungen nicht erfüllt waren. Die Beschwerdeführer können daher mit der vorliegenden Beschwerde nur geltend machen, das Nichteintreten auf ihre Beschwerde bedeute eine Rechtsverletzung im Sinne der Art. 95 und 96 BGG (was in der Beschwerde zu begründen ist, Art. 42 Abs. 2 BGG). Erweist sich die Beschwerde als begründet, wäre der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache durch die kantonalen Instanzen neu an Hand zu nehmen. Hingegen können die Beschwerdeführer gegen den hier angefochtenen Entscheid keine Rügen materieller Natur vorbringen. Der Streitgegenstand, wie er durch den angefochtenen Entscheid festgelegt worden ist, kann nicht ausgeweitet, sondern nur allenfalls eingeschränkt werden. Nicht zu hören sind daher die Rügen, mit denen die Beschwerdeführer erneut die Veranlagung in Frage stellen. Auf die Beschwerde ist insoweit nicht einzutreten.
2. 2.1 Mit der Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau machten die Beschwerdeführer geltend, dass für die Steuerperiode 1995/96 keine direkte Bundessteuer geschuldet sei, da diese getilgt sei. Sie hätten die Bundessteuerbeträge für diese Jahre erwiesenermassen bezahlt, doch habe das Steueramt sie auf andere Steuerjahre umgebucht. Das Verwaltungsgericht behandelte im angefochtenen Entscheid diese Frage - zu Recht - als eine solche des Steuerbezugs, über die im Veranlagungsverfahren nicht zu entscheiden sei. Das Verwaltungsgericht wies auch zutreffend darauf hin, dass es vorab eines rechtskräftigen Entscheids über die Steuerveranlagung für die direkte Bundessteuer 1995/96 bedürfe, bevor darüber befunden werden könne, ob die Steuer dieser Periode (vollständig) bezahlt sei oder nicht. Auf die Beschwerde, die ausschliesslich Bezugsfragen betraf, war daher nicht einzutreten.
2.2 Die Beschwerdeführer wenden vergeblich ein, es stünden beim Steuerbezug die gleichen Rechtsmittel offen wie bei der Steuerveranlagung. Richtig ist, dass zuviel erhobene Steuern zurückzuerstatten sind und dem Steuerpflichtigen ein entsprechender Rückerstattungsanspruch zusteht. Gegen den Entscheid über einen solchen Anspruch stehen dem Steuerpflichtigen die gleichen Rechtsmittel zu wie gegen die Veranlagungsverfügung (vgl. Art. 168 Abs. 1 und 3 DBG). Das ändert jedoch nichts daran, dass beim Verwaltungsgericht ein Entscheid über die Steuerveranlagung und nicht über den Steuerbezug angefochten war und das Verwaltungsgericht keine Fragen des Steuerbezugs zu entscheiden hatte. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts ist nicht zu beanstanden. Darin, dass das Verwaltungsgericht verfahrensrechtlich korrekt argumentierte, kann auch keine Verletzung von Menschenrechten oder Verfahrensgrundsätzen erblickt werden, wie die Beschwerdeführer vortragen lassen. Die Beschwerde ist insoweit abzuweisen.
3. Die Beschwerdeführer beantragen, es sei ihnen die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege setzt ausser der Bedürftigkeit der Prozesspartei voraus, dass deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (Art. 64 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerde von vornherein als aussichtslos erscheint, kann die unentgeltliche Rechtspflege nicht bewilligt werden. Das Gesuch ist abzuweisen.
4. Als unterliegende Partei haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen; sie haften hierfür solidarisch (Art. 65, 66 Abs. 1 und 5 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. September 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann