Sachverhalt:
A. Ab dem 1. Juli 1989 erhielt X._ für sein Grundstück in Zweisimmen Grundverbilligungsvorschüsse nach dem Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetz vom 4. Oktober 1974 (WEG; SR 843). Zur Sicherung ihrer Ansprüche liess sich die Schweizerische Eidgenossenschaft ein Zweckentfremdungsverbot, eine Veräusserungsbeschränkung sowie ein Kaufs- und Vorkaufsrecht einräumen, welche als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen im Grundbuch angemerkt wurden. Der Grundeigentümer verpflichtete sich seinerseits zur Einhaltung eines bestimmten Mietzins- und Finanzierungsplanes. Schliesslich wurde die Grundverbilligungsbevorschussung durch einen Schuldbrief über Fr. 604'000.-- im 6. Rang sichergestellt.
1994 wurde über X._ der Konkurs eröffnet. Am 17. August 1995 ersteigerte die Bank B._ die Liegenschaft für Fr. 1'850'000.--. Weil sich die Erwerberin betreffend die Übernahme des Mietzins- und Finanzierungsplanes mit dem Bundesamt für Wohnungswesen nicht einigen konnte, verkaufte sie das Grundstück (inkl. Anteil an einem weiteren Grundstück in Zweisimmen) am 28. Oktober 1999 für Fr. 1'670'000.-- der A._ AG. Im Kaufvertrag wurde bestimmt: "Die von der Verkäuferin nicht übernommene Schuld wird nunmehr von der Käuferin im Verhältnis zum Bund neu begründet. Die Käuferin schliesst hierzu mit dem Bundesamt für Wohnungswesen neu einen öffentlich-rechtlichen Vertrag ab, in welchem sie sich gegenüber dem Bund verpflichtet, den Mietzins- und Finanzierungsplan einzuhalten".
Am 29. Oktober 2002 leistete die neue Eigentümerin dem Bundesamt für Wohnungswesen eine Zahlung von Fr. 540'797.--, mit welcher sie die vom Bund an den ehemaligen Eigentümer geleisteten Grundverbilligungsvorschüsse samt Zins zurückzahlte. Mit Grundbucheintrag vom 28. Januar 2003 parzellierte die A._ AG eine Parzelle vom Grundstück ab und begründete auf letzterem Stockwerkeigentum (10 Einheiten). Im Laufe des Jahres 2003 verkaufte sie sechs der zehn Stockwerkeinheiten.
B. Mit Verfügung vom 5. August 2004 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Bern (nachfolgend Steuerverwaltung) die A._ AG auf einen pro 2003 steuerbaren Grundstückgewinn von insgesamt Fr. 576'900.--. Auf eine hiergegen erhobene Einsprache setzte die Steuerverwaltung den steuerbaren Grundstückgewinn neu auf insgesamt Fr. 606'500.-- fest. Den dagegen gerichteten Rekurs hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern am 13. Dezember 2005 insofern teilweise gut, als sie auf den Spekulationszuschlag verzichtete; hingegen lehnte sie es ab, die Rückzahlung von Grundverbilligungsvorschüssen als Anlagekosten zu berücksichtigen. Eine Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies dieses - soweit hier von Interesse - mit Urteil vom 27. November 2007 ebenfalls ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. Januar 2008 beantragt die A._ AG dem Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 27. November 2007 aufzuheben und die fünf streitigen Grundstückgewinne unter Abzug der geleisteten Rückzahlung neu festzusetzen.
Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf einen Antrag verzichtet.
Erwägungen:
1. Der angefochtene letztinstanzliche Entscheid kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14], in der Fassung gemäss Anhang Nr. 58 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht [VGG, SR 173.32]). Die Beschwerdeführerin ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf ihre frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 100 BGG).
2. 2.1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen von Bundesrechts wegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt (Art. 12 Abs. 1 StHG). Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen (Art. 12 Abs. 4 StHG). Dies hat der Kanton Bern getan (Art. 85 Abs. 3 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000, StG/BE; vgl. Markus Langenegger, Handbuch zur bernischen Grundstückgewinnsteuer 2001, Muri/Bern 2002, Rz. 8 zu Art. 128 StG/BE).
Die entsprechenden Begriffe werden im Steuerharmonisierungsgesetz nicht näher definiert. Nach der in der Literatur vertretenen Auffassung zwingt die bundessteuerrechtlich vorgeschriebene Anrechnung der Anlagekosten den kantonalen Steuergesetzgeber zum Abzug von Aufwendungen, die zu einer Vermehrung der Grundstücksubstanz geführt haben. Entsprechend gehören zu den Anlagekosten auch Aufwendungen des Grundeigentümers für rechtliche Verbesserungen des Grundstückes (Ferdinand Zuppinger, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, ASA 61 [1992/93], S. 309 ff., insbesondere S. 322; Bernhard Zwahlen, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. Basel/Genf/München 2002, N 58 zu Art. 12 StHG).
2.2 Der bernischen Grundstückgewinnsteuer unterliegen u.a. Gewinne aus der Veräusserung eines im Kanton Bern gelegenen Grundstücks (Art. 128 StG/BE). Grundstückgewinn ist der Unterschied zwischen dem Erlös und den Anlagekosten (Erwerbspreis zuzüglich Aufwendungen; Art. 137 Abs. 1 StG/BE). Als Erwerbspreis gilt grundsätzlich der im Grundbuch eingetragene Preis (Art. 139 Abs. 1 StG/BE). Aufwendungen sind die Ausgaben, die mit dem Erwerb oder der Veräusserung untrennbar verbunden sind oder die zur Verbesserung oder Wertvermehrung des veräusserten Vermögensbestandteils beigetragen haben (Art. 142 Abs. 1 StG/BE, Absatz 2 enthält eine Aufzählung von Beispielen). Die Wertvermehrung kann nicht nur körperlicher, sondern auch rechtlicher Natur sein (Markus Langenegger, a.a.O., N 1 zu Art. 142 StG/BE; Peter Locher, Das Objekt der bernischen Grundstückgewinnsteuer, Diss. Bern 1976, S. 66 ff.), indem insbesondere ein beschränktes dingliches Recht zugunsten des Grundstücks begründet oder eine solche Belastung abgelöst wird (vgl. auch Peter Locher, Das Kongruenzprinzip bei Dienstbarkeiten nach bernischem Grundstückgewinnsteuerrecht, BN 1985 S. 79 ff.). Sogar der Wegfall obligatorischer Rechte kann eine Wertvermehrung des Grundstücks bewirken, so z.B. die Entschädigung für den Verzicht auf die Ausübung eines Kaufrechts (Markus Langenegger, a.a.O., N 1 und 39 zu Art. 142 StG/BE; zur Praxis in anderen Kantonen: Marianne Klöti-Weber/Jürg Baur, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, Band 1, 2. Aufl. Muri/Bern 2004, N 8 zu § 104 StG/AG; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum harmonisierten Züricher Steuergesetz, 2. Aufl. Zürich 2006, Rz. 63 ff. zu § 221 StG/ZH; Alessandro Soldini/Andrea Pedroli, L'imposizione degli utili immobiliari, Lugano 1996, S. 264; Heinz Weidmann/Benno Grossmann/Rainer Zigerlig, Wegweiser durch das St. Gallische Steuerrecht, 6. Aufl., Muri/Bern 1999, S. 242).
2.3 Vorliegend ist die grundstückgewinnsteuerliche Behandlung der Rückzahlung des Grundverbilligungsvorschusses samt Zins von Fr. 540'797.-- nach dem Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetz umstritten. Es stellt sich die Frage, ob diese Kosten mit dem Erwerb des Grundstücks untrennbar verbunden sind oder ob sie zur Verbesserung oder Wertvermehrung des veräusserten Grundstücks beigetragen haben.
3. 3.1 Das Instrument der Grundverbilligung (vgl. dazu BGE 129 II 125 E. 2.4 S. 129) wird in der Botschaft des Bundesrates vom 17. September 1973 zum Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetz erläutert (BBl 1973 II 679). In zeitlicher Hinsicht ist zu beachten, dass in der sogenannten Auszahlungsphase von acht bis zehn Jahren Grundverbilligungsvorschüsse gewährt werden, die dann in der nachfolgenden Rückzahlungsphase von gegen 15 Jahren (insgesamt normalerweise 25 Jahre) mit Zins zurückzuzahlen sind (Botschaft des Bundesrates vom 24. Februar 1999 zur Änderung des Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetzes [BBl 1999 3337]).
Die zur Verwirklichung der Kreditzusicherung vom Bund mit den Gesuchstellern einzugehenden Rechtsverhältnisse werden durch öffentlich-rechtlichen Vertrag begründet, welcher der schriftlichen Form bedarf (Art. 56 Abs. 2 WEG). Dasselbe gilt für Beitragszusicherungen (Art. 57 Abs. 3 WEG). Diese vertragliche Rechtsbeziehung bindet die Vertragsparteien (Bundesamt für Wohnungswesen und Gesuchsteller) und ist damit relativer bzw. obligatorischer Natur. Allerdings kommt der öffentlich-rechtliche Vertrag stets nur mit "Wohnungsanbietern" (BBl 1973 II 713) zustande, weshalb auch die Rede von "Objekthilfe" ist (BBl 1973 II 713 f.). Selbst wenn es sich damit nicht um eine echte Realobligation handelt (vgl. hierzu Peter Tuor/Bernhard Schnyder/Jörg Schmid, Das Schweizerische Zivilgesetzbuch, 12. Auflage Zürich 2002, S. 919 f.), kommt die Konzeption des Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetzes im Ergebnis einer solchen doch nahe. Die Obligation ist grundpfändlich sicherzustellen; ein gesetzliches Grundpfand ist hingegen nicht vorgesehen (Art. 37 Abs. 1 WEG). Darüber hinaus gilt ein Zweckentfremdungsverbot, indem die mit Bundeshilfe finanzierten Wohnungen bis zur vollständigen Tilgung der Bundesvorschüsse und Zinsbetreffnisse nur für Wohnzwecke verwendet werden dürfen (Art. 46 Abs. 1 WEG). Zur Sicherung des Zweckentfremdungsverbotes steht dem Bund während der gleichen Dauer ein gesetzliches Kauf- und Vorkaufrecht zu (Art. 46 Abs. 2 WEG). Verbot und Recht sind für die Dauer ihrer Geltung als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung im Grundbuch anzumerken (Art. 46 Abs. 3 WEG). Bei einer Handänderung ist der Erwerber verpflichtet, den bestehenden Finanzierungsplan und die Mietzinsliste zu übernehmen. Dies ergibt sich zwar nicht explizit aus dem Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetz, aber aus Art. 18 und Art. 18a der Verordnung vom 30. November 1981 zum Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetz (VWEG, SR 843.1; vgl. auch BGE 125 III 295 E. 3b S. 298; 129 II 125 E. 2.6.1 S. 131).
3.2 Die Vorinstanz hat die Rückzahlung des Grundverbilligungsvorschusses als eine nicht untrennbar mit dem Erwerb der Liegenschaft verbundene Ausgabe beurteilt.
Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Auch wenn die rechtlichen Grundlagen nicht unbestritten sind (vgl. Alexander Dubach, Wohneigentum-Finanzierung nach WEG und Zwangsverwertung, ST 72 [1998], S. 821 ff.; Derselbe, Duplik [auf E. Hauri, Wohneigentumsförderung nach WEG, ST 1998/11, S. 12], ST 73 [1999], S. 105 ff.; Urs Bürgi, Überbindung von Pflichten aus dem WEG in der Zwangsvollstreckung - eine Verletzung des Pfandstellenprinzips, BlSchK 1999 S. 161 ff.; Thomas Koller, Die von der Wohnbau- und Eigentumsförderung des Bundes grundverbilligte Liegenschaft in der Betreibung auf Grundpfandverwertung und im Konkurs, AJP 8 [1999], S. 1249 ff.), ist festzuhalten, dass der Konkurs 1994 nur fünf Jahre nach Begründung des öffentlich-rechtlichen Vertrags (1. Juli 1989) eröffnet, und die Liegenschaft rund sechs Jahre später versteigert wurde (17. August 1995). Damit befand sich das Grundverbilligungsmodell klarerweise noch in der Auszahlungs- und noch nicht in der Rückzahlungsphase. Die Forderung auf Rückzahlung der ausbezahlten Grundverbilligungsvorschüsse, die im Konkurs eingegeben wurde, war damit noch gar nicht entstanden, geschweige denn fällig; damit konnte es sich auch nicht um eine Forderung handeln, die mangels Deckung unterging; daran vermag nichts zu ändern, dass in Ziffer 4.2 des Kaufvertrags vom 28. Oktober 1999 ausgeführt wird, die Beschwerdeführerin übernehme alle Grundpfandrechte mit zudienenden Schuldbriefen unbelastet und unverpfändet. Da es sich bei den im Lastenverzeichnis aufgenommenen Auflagen um öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen handelt, die von Gesetzes wegen gelten und deren Anmerkung nur deklaratorisch wirkt, haben sie auch im Rahmen einer Zwangsverwertung Bestand und gehen auf den neuen Eigentümer über (BGE 121 III 242 E. 1 S. 243 f.).
Massgebend ist im vorliegenden Fall indessen die Tatsache, dass es bereits der Ersteigerin der Liegenschaft im Jahre 1995, der damaligen Bank B._, nicht gelang, die Zustimmung des Bundesamtes für Wohnungswesen zur Handänderung zu erhalten; das Bundesamt verweigerte die Genehmigung, weil sich die Erwerberin mit ihm nicht über die Übernahme des Mietzins- und Finanzierungsplanes einigen konnte. Schon die Bank B._ ging somit davon aus, sie müsse - trotz Erwerb durch Steigerung - die sich aus diesem Plan ergebenden Verpflichtungen zusätzlich übernehmen, weshalb sie denn auch die Liegenschaft im Jahre 1999 (unter Verlust) an die Beschwerdeführerin weiterverkaufte. Auch diese Erwerberin ging davon aus, sie habe sämtliche, sich aufgrund des ursprünglichen Finanzierungsplanes ergebenden Rückzahlungsverpflichtungen gegenüber dem Bund zu übernehmen und einigte sich mit dem Bundesamt über den Betrag, worauf sie die Zustimmung zur Handänderung erhielt.
Daraus ist ersichtlich, dass beide Erwerberinnen die vom Bund beanspruchte öffentlich-rechtliche Schuldverpflichtung im Grundsatz anerkannten, auf die Zustimmung des Bundesamtes angewiesen waren und sich entsprechend verhielten. Damit hat der Bund seine in der Bundesgesetzgebung verankerten Ansprüche faktisch durchgesetzt. Somit war aber auch für die Beschwerdeführerin als Zweiterwerberin die Schuldpflicht gegenüber dem Bund eine Ausgabe, die "mit dem Erwerb untrennbar verbunden" war und bei der Berechnung des Grundstücksgewinns als Teil der Aufwendungen zum Abzug zuzulassen ist. Es würde zu weit führen, bei vom Gemeinwesen (hier dem Bundesamt) gestützt auf eine bestehende rechtliche Grundlage erzwungenen Schuldübernahmeverpflichtungen im Rahmen einer Veranlagung für Grundstückgewinn zu prüfen, ob diese Verpflichtungen tatsächlich unabdingbar waren oder mit ausgeklügelter Argumentation und aufwendiger Anfechtung nicht hätten umgangen werden können. Was der Bund gestützt auf die entsprechenden Rechtsgrundlagen an Schuldübernahmeverpflichtungen verlangt und durchsetzt, muss auch der Kanton anerkennen. Es kann nicht Aufgabe der kantonalen Steuerbehörden sein, solche Pflichten - denen der Steuerpflichtige nachgekommen ist - zu hinterfragen und den Pflichtigen im Rahmen einer Steuerveranlagung finanzielle Nachteile dafür tragen zu lassen, dass er sie nicht auf dem Rechtsweg - mit zweifelhaften Aussichten - bestritten hat (vgl. dazu das Urteil 2C_42/2008 und 2C_43/2008 vom 14. Mai 2008 E. 3.3 und E. 4, mit ähnlichen Überlegungen).
Zusammenfassend erscheint es verfehlt, der Rückzahlung der Grundverbilligung samt Zins von Fr. 540'797.-- den unmittelbaren Zusammenhang mit dem Erwerb der fraglichen Liegenschaft im Sinne von Art. 142 StG/BE abzusprechen.
3.3 Selbst wenn hier der unmittelbare Zusammenhang mit dem Erwerb der Liegenschaft zu verneinen wäre, müsste die Rückzahlung der Grundverbilligung jedenfalls als Aufwendung qualifiziert werden, die zur Verbesserung oder Wertvermehrung des veräusserten Vermögensgegenstandes im Sinne von Art. 142 Abs. 1 bzw. 2 StG BE beigetragen hat. Denn es ist unbestritten, dass zumindest das Zweckentfremdungsverbot, die Veräusserungsbeschränkung sowie das Kauf- und Vorkaufrecht als - angemerkte - öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen trotz zweimaligem Eigentumswechsel (Versteigerung 1995 und Freihandverkauf 1999) auf der Liegenschaft lasteten, und so deren Wert schmälerten (vgl. auch Thomas Koller, a.a.O., S. 1256). Mit der Zahlung der Beschwerdeführerin vom 29. Oktober 2002, mit welcher sie die vom Bund an den ehemaligen Eigentümer geleisteten Grundverbilligungsvorschüsse samt Zins zurückzahlte, fiel diese öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung dahin, womit das Grundstück eine Wertsteigerung erfuhr.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zur Neuveranlagung der steuerbaren Gewinne an die kantonale Steuerverwaltung und zur Neuregelung der Kostenfolgen im kantonalen Verfahren an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Entsprechend diesem Ausgang sind die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht dem Kanton Bern (kantonale Steuerverwaltung) aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Dieser hat der Beschwerdeführerin zudem eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 27. November 2007 wird aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur Neuveranlagung an die Steuerverwaltung des Kantons Bern und zur Neuverlegung der Kosten vor den kantonalen Behörden an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Kanton Bern (kantonale Steuerverwaltung) auferlegt.
3. Der Kanton Bern (kantonale Steuerverwaltung) hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juli 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng