Faits:
A. A._ était titulaire du droit de superficie n° 14'700 grevant la parcelle n° 1, plan n° 100, sur la commune de V._, au lieu-dit «...». En 1995, il y a fait ériger une halle industrielle dont les surfaces ont été mises en location. A la suite de difficultés financières, il a cédé son droit de superficie à H.Y._et F.Y._ pour le prix de 600'000 fr.; le transfert a été inscrit au registre foncier le 25 août 2003. Avant de conclure la vente, les époux Y._ avaient visité les lieux en compagnie d'un architecte, qui n'avait décelé aucun défaut, en particulier aucun signe d'infiltrations d'eau. Dans le cadre de la détermination de la valeur incendie, un autre architecte a arrêté, le 15 mars 2004, la valeur de la halle à 990'000 fr., sans relever de défauts.
Les acquéreurs ont repris les baux conclus avec C._ SA, devenue par la suite D._, et avec E._ SA. Le gérant de D._ n'a jamais constaté d'infiltrations d'eau.
A une date indéterminée, les époux Y._ ont demandé à un ferblantier couvreur de constater l'état de la toiture; l'homme de métier n'a pas décelé de problèmes d'étanchéité.
Par l'intermédiaire d'un courtier, X._ AG est entrée en pourparlers avec les époux Y._ dans le but d'acheter leur droit de superficie, sur lequel elle avait l'intention d'exploiter un commerce de détail. Le 15 mars 2004, H.Y._ a déposé une demande d'autorisation de construire, portant sur la transformation partielle de la halle avec changement d'affectation; le coût des travaux était estimé à 450'000 fr.
Par acte notarié du 23 mars 2004, H.Y._et F.Y._ ont cédé à X._ AG le droit de superficie n° 14'700 pour le prix de 810'000 fr. Le point II du contrat, intitulé «Cession», débute ainsi:
«Mme et M. F.Y._ et H.Y._, prénommés, déclarent vouloir céder à titre onéreux et abandonner, sous toutes les garanties légales ordinaires, en pleine et entière propriété, avec les servitudes actives et passives, à (...).»
Plus loin, le point IX, intitulé «Divers», contient le paragraphe suivant:
«L'immeuble est vendu tel que vu et connu de l'acquéreuse, qui l'accepte par conséquent en son état actuel. Les vendeurs excluent toute garantie de fait et de droit sur l'immeuble présentement vendu ce qui signifie que les cédants ne peuvent en aucun cas être tenus à garantie pour quelque défaut que ce soit. Toutefois, selon l'art. 192 al. 3 et 199 CO, cette clause est caduque si les cédants ont de manière intentionnelle, respectivement insidieuse, dissimulé à l'acquéreuse les défauts de la chose.»
La validité de l'acte était conditionnée à l'octroi de l'autorisation de construire susmentionnée. Celle-ci a été délivrée par la commune de V._, selon décision du 1er avril 2004, notifiée le 8 juin 2004.
En avril 2004, X._ AG a fait réaliser les travaux de transformation prévus, à savoir notamment l'installation d'une ventilation, la rénovation et la modification de l'installation électrique et de la lustrerie, la peinture intérieure et la pose d'un revêtement de sol en parquet.
A la suite de pluies abondantes survenues le 4 mai 2004, X._ AG a constaté des infiltrations d'eau. Informé, H.Y._ est venu sur place le lendemain. Le plancher récemment posé avait gondolé et des articles de lingerie avaient été endommagés. De nouvelles infiltrations se sont produites après des précipitations en date du 5 juillet 2004. Les vendeurs ne sont pas entrés en matière sur la demande de l'acheteuse, qui entendait obtenir la réparation du défaut d'étanchéité de la toiture. X._ AG a alors chargé une entreprise de procéder aux réparations; celle-ci a observé le desserrement de certaines vis, ce qui laissait pénétrer l'eau, quelques perforations ainsi qu'un défaut de raccord entre le panneau de toiture et le chéneau. Une tôle froide a été posée sur la toiture existante; les chéneaux et descentes d'eau de pluie ont été refaits; les façades ont été habillées avec une tôle froide, le pied de la façade a été étanché et des caniveaux ont été posés pour drainer les eaux. Les frais de réfection se sont élevés à 239'828 fr.
B. Par mémoire-demande du 2 novembre 2005, X._ AG a ouvert action contre H.Y._et F.Y._ en paiement de 293'828 fr. avec intérêts; le capital réclamé correspondait au coût des travaux de réparation, aux pertes d'exploitation subies, aux frais d'expertises et aux honoraires d'avocat.
En cours de procès, une expertise de la halle a été confiée à B._, architecte.
Par la suite, la demanderesse a réduit sa prétention à 218'336 fr., montant se décomposant en 116'890 fr. (coût de la réparation selon l'expertise B._), 53'946 fr. (perte d'exploitation) et 47'500 fr. (perte de marge brute).
Les époux Y._ ont conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 9 avril 2009, la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais a rejeté la demande. Elle a nié tout d'abord l'existence d'un défaut, jugeant que l'étanchéité parfaite de la halle ne constituait ni une qualité promise, ni une qualité à laquelle l'acheteuse pouvait s'attendre en l'espèce selon les règles de la bonne foi. Dans un deuxième temps, la cour cantonale a considéré qu'un éventuel défaut d'étanchéité tombait de toute manière sous le coup de la clause d'exclusion de garantie convenue par les parties au contrat.
C. X._ AG interjette un recours en matière civile. Elle conclut à l'annulation du jugement cantonal, puis à la condamnation des défendeurs à lui payer la somme de 218'336 fr. avec intérêt à 5 % dès le 1er septembre 2005.
H.Y._et F.Y._ proposent que le recours soit rejeté dans la mesure où il est recevable.
Pour sa part, la cour cantonale se réfère aux considérants de son jugement.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le jugement attaqué est une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) dans une affaire dont la valeur litigieuse, déterminée par les conclusions encore contestées devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF), atteint le seuil de 30'000 fr. prévu à l'art. 74 al. 1 let. b LTF. Si elle s'est prononcée en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF), la Cour civile II n'a pas statué sur recours comme l'art. 75 al. 2 LTF l'exige; cette circonstance n'exclut pas le recours au Tribunal fédéral mais le canton du Valais devra adapter sa législation en conséquence (cf. art. 130 al. 2 LTF). Le recours est interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions condamnatoires (art. 76 al. 1 LTF). Par ailleurs, il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. a et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur la violation d'un droit de rang constitutionnel ou sur une question afférente au droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF). Pour le reste, il applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue dans la décision déférée; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés, ou à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 et l'arrêt cité). Cependant, compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 II 244 consid. 2.1; 134 III 102 consid. 1.1). Lorsque la décision attaquée est fondée sur plusieurs motivations indépendantes, dont chacune est suffisante pour sceller le sort de la cause, l'art. 42 al. 2 LTF impose également à l'auteur du recours de développer des griefs à l'égard de chacune de ces motivations (ATF 133 IV 119 consid. 6.3 p. 120/121 et les références).
La cour cantonale a motivé le rejet de l'action, d'une part, par l'inexistence du défaut allégué et, d'autre part, par la mise en oeuvre de la clause d'exclusion de garantie, qui couvre un éventuel défaut d'étanchéité. Se conformant à l'exigence de recevabilité rappelée ci-dessus, la recourante s'en prend tant à la motivation principale qu'à la motivation subsidiaire de la décision attaquée.
1.3 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de l'autorité cantonale ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 III 127 consid.1.5 p. 130; 134 V 53 consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
En l'espèce, la recourante commence par présenter sa propre version des faits, en se référant à des allégués ou à des moyens de preuve. Un tel mode de procéder n'est pas admissible dans un recours en matière civile. Si elle entendait s'en prendre à tel ou tel point de l'état de fait cantonal ou faire compléter ce dernier, la recourante devait indiquer, de manière précise, en quoi l'appréciation des preuves par la cour cantonale était arbitraire, ce qu'elle n'a pas fait dans la première partie de son mémoire. Dans cette mesure, le recours est irrecevable.
2. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir apprécié les preuves de manière arbitraire sur trois points. Premièrement, selon le jugement attaqué, il n'est pas établi que les intimés savaient, au moment de la vente, que le toit de la halle n'était pas étanche; or, fait valoir la recourante, cette constatation est insoutenable dès lors que, de l'avis de tous les professionnels de la construction entendus lors de la procédure, y compris l'expert judiciaire, le défaut d'étanchéité existait avant la prise de possession de la halle par l'acheteuse. Deuxièmement, les juges valaisans auraient admis arbitrairement que l'acquéreur d'une halle industrielle devait s'attendre à ne pas disposer d'un immeuble parfaitement étanche. Troisièmement, la recourante s'en prend à l'interprétation donnée par la cour cantonale de la clause d'exclusion de la garantie figurant dans la convention des parties.
2.1 Les deux derniers griefs soulevés ne portent pas sur la manière dont la cour cantonale a établi les faits déterminants pour la cause, mais bien sur des appréciations juridiques, que ce soit les qualités de la chose vendue sur lesquelles l'acheteuse pouvait compter dans les circonstances de l'espèce ou la portée d'une clause contractuelle selon le principe de la confiance. Sous l'angle de l'arbitraire, ces griefs sont irrecevables. La recourante élève du reste les mêmes critiques en invoquant les dispositions sur la garantie des défauts, dont la cour de céans examinera plus loin l'éventuelle violation dans la mesure nécessaire.
2.2 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif et en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4; 134 I 263 consid. 3.1 p. 265/266; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153; 132 III 209 consid. 2.1 p. 211; 131 I 57 consid. 2, 217 consid. 2.1).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, l'autorité verse dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 129 I 8 consid. 2.1; 118 Ia 28 consid. 1b).
2.3 La cour cantonale elle-même retient, sur la base des mêmes avis que ceux invoqués par la recourante, que le phénomène d'infiltration d'eau s'était vraisemblablement produit avant la prise de possession de la chose par l'acheteuse. Cela ne signifie pas encore que les vendeurs savaient, au moment de la vente, que la toiture n'était pas étanche. En effet, les locataires ne se sont jamais plaints d'infiltrations auprès des intimés. Par ailleurs, ceux-ci ont mandaté un architecte, avant d'acquérir le bien une année auparavant, et un ferblantier-couvreur, à une date indéterminée; ni l'un ni l'autre de ces professionnels n'ont averti les intimés d'un problème d'étanchéité. Sur la base de ces éléments, la cour cantonale pouvait retenir sans arbitraire qu'il n'était pas démontré que les vendeurs étaient conscients de l'étanchéité imparfaite de la halle industrielle lors de la conclusion du contrat avec la recourante. Le moyen tiré d'un établissement arbitraire des faits est mal fondé.
3. La recourante invoque également «la violation de la garantie pour les défauts». Tout d'abord, elle fait grief à la cour cantonale d'avoir méconnu la notion de défaut au sens des art. 197 ss CO en refusant de qualifier ainsi l'absence d'étanchéité de la halle industrielle.
Puis, la recourante s'en prend au raisonnement subsidiaire des juges précédents, lequel serait contraire à l'art. 199 CO. Elle fait valoir que la clause d'exclusion de garantie appliquée au défaut invoqué ne manifeste pas de manière suffisamment claire la volonté des parties à ce sujet et que, insérée au chapitre «Divers» du contrat, elle ne saurait avoir le pas sur la clause précisant que la cession a lieu sous toutes les garanties légales et figurant, elle, au début de l'acte notarié, sous le chapitre «Cession» qui définit clairement l'objet en cause et les droits transférés. Au demeurant, selon la recourante, la clause d'exclusion de garantie ne peut être opposée à un défaut important qui n'était pas reconnaissable pour l'acquéreur au moment de la prise de possession et qui est totalement étranger aux éventualités qu'un acheteur raisonnable doit prendre en compte.
En dernier lieu, la recourante invoque la culpa in contrahendo des intimés. Ceux-ci, conscients du changement d'affectation voulu par l'acheteuse, auraient sciemment passé sous silence le défaut d'étanchéité du toit lors des pourparlers contractuels. Ils seraient ainsi tenus, en vertu de leur responsabilité précontractuelle, de réparer le dommage subi par la recourante.
3.1 Il n'est pas nécessaire d'examiner la conformité au droit fédéral de la première motivation du jugement attaqué, en recherchant si l'étanchéité imparfaite de la halle industrielle constitue ou non un défaut au sens juridique dans les circonstances de l'espèce. En effet, voudrait-on y voir un défaut qu'il faudrait admettre que la clause contractuelle d'exclusion de la garantie s'applique en l'occurrence pour les motifs exposés ci-dessous.
3.1 Il n'est pas nécessaire d'examiner la conformité au droit fédéral de la première motivation du jugement attaqué, en recherchant si l'étanchéité imparfaite de la halle industrielle constitue ou non un défaut au sens juridique dans les circonstances de l'espèce. En effet, voudrait-on y voir un défaut qu'il faudrait admettre que la clause contractuelle d'exclusion de la garantie s'applique en l'occurrence pour les motifs exposés ci-dessous.
3.2 3.2.1 Selon le jugement attaqué, la formule insérée au point II du contrat, selon laquelle la cession intervient «sous toutes les garanties légales ordinaires», est une clause de style insérée par le notaire, dénuée d'effet car ne permettant pas de déterminer la réelle et commune volonté des parties. En revanche, la clause figurant sous le point IX du contrat exprime en termes dénués d'ambiguïté la volonté des vendeurs de s'exonérer de toute garantie pour les défauts de l'objet vendu; faisant l'objet d'un paragraphe distinct, elle ne pouvait échapper à l'attention des parties.
L'analyse de la cour cantonale sur la nature des deux clauses précitées ne peut être qu'approuvée. Selon la jurisprudence, la volonté des parties de supprimer la garantie légale pour les défauts doit être exprimée clairement; elle ne peut résulter d'une clause dite de style, soit d'une formule usuelle dans le type de contrat en cause et insérée dans l'acte sans que les parties aient voulu en adopter son contenu (ATF 83 II 401 consid. 2 p. 404 ss; cf. également ATF 107 II 161 consid. 6a p. 163). En l'espèce, la clause figurant sous le point IX du contrat indique expressément que toute garantie des vendeurs pour les défauts de la chose est exclue, sous réserve d'une dissimulation frauduleuse. Elle n'a rien d'une clause de style, au contraire de la formule figurant sous le point II du contrat, usuellement intégrée par les notaires valaisans dans les ventes immobilières selon les constatations cantonales. Quel que soit leur emplacement respectif dans l'acte, la clause excluant clairement et précisément la garantie pour les défauts l'emporte sur la formule indiquant de manière toute générale que la cession se fait sous les garanties légales.
3.2.2 La cour cantonale a recherché la portée de la clause d'exclusion de garantie en l'interprétant selon le principe de la confiance. Elle est arrivée à la conclusion qu'un éventuel défaut d'étanchéité ne sortait pas du champ d'application que l'acheteuse pouvait et devait légitimement attribuer à ladite clause et que la responsabilité des vendeurs ne pouvait dès lors être engagée.
La détermination de la portée d'une clause excluant ou limitant la responsabilité du vendeur ressortit à l'interprétation du contrat. Lorsque la volonté réelle et commune des parties ne peut être constatée (par interprétation subjective), la clause en question doit être interprétée selon le principe de la confiance (interprétation objective), ce qui suppose de rechercher le sens qui pouvait lui être attribué de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances. Selon la jurisprudence, un défaut ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exclusion de la garantie d'après une interprétation objective lorsqu'il est totalement étranger aux éventualités avec lesquelles un acheteur doit raisonnablement compter (ATF 130 III 686 consid. 4.3 et 4.3.1 p. 689; 126 III 59 consid. 4a et consid. 5a p. 67; 107 II 161 consid. 6c p. 164). Les circonstances du cas sont déterminantes à cet égard. Pour échapper à la clause d'exclusion de la garantie, le défaut inattendu doit compromettre le but économique du contrat dans une mesure importante. La question est donc de savoir si l'acheteur doit envisager le défaut d'une nature déterminée dans l'ampleur alléguée; par exemple, celui qui acquiert une maison d'habitation ancienne doit normalement s'attendre à des défauts dus à l'humidité, mais pas à un point tel que ceux-ci rendent le logis inhabitable. Pour répondre à cette question, il convient en principe de prendre en considération le rapport entre le prix de vente et le coût d'une éventuelle élimination des défauts rendant l'objet apte à l'usage prévu (ATF 130 III 686 consid. 4.3.1 p. 689 ss et les références, consid. 4.3.2 p. 693).
En l'espèce, le défaut allégué consiste en une étanchéité imparfaite de la toiture. A cet égard, il est important d'observer que la recourante a acquis une halle industrielle. Comme la cour cantonale le relève avec pertinence, l'immeuble n'était pas conçu à l'origine pour abriter un commerce de détail, isolé et chauffé; au moment de la cession à la recourante, il servait notamment à entreposer des pneus et cette affectation industrielle n'imposait pas une étanchéité parfaite. C'est la recourante qui, après la signature de l'acte, a entrepris des travaux pour plusieurs centaines de milliers de francs afin de rendre la halle propre à contenir un commerce de détail, affectation rendant alors indispensable une toiture parfaitement étanche. Or, même connu des vendeurs, ce changement d'affectation opéré par l'acheteuse n'est pas opposable aux intimés, qui ont cédé une halle industrielle, au prix d'un tel objet; il convient de relever à ce propos qu'en mars 2004, à l'époque de la vente, la valeur incendie de la halle a été fixée par un architecte à un montant plus élevé que le prix payé par la recourante. Sur le vu de ce qui précède, l'absence d'une étanchéité parfaite ne constitue pas une hypothèse totalement étrangère à ce qu'un acheteur d'une halle industrielle devait raisonnablement prendre en compte. Ainsi, la recourante ne peut avoir compris de bonne foi que la clause d'exclusion de la garantie ne s'appliquait pas au cas où la toiture ne se révélerait pas complètement étanche. Le moyen tiré d'une mauvaise interprétation de la clause litigieuse est mal fondé.
3.2.3 Aux termes de l'art. 199 CO, toute clause qui supprime ou restreint la garantie est nulle si le vendeur a frauduleusement dissimulé à l'acheteur les défauts de la chose. Il y a dissimulation frauduleuse lorsque le vendeur n'avise pas l'acheteur de l'absence d'une qualité prévue de la chose vendue malgré l'existence d'une obligation d'informer à ce sujet. En principe, un tel devoir d'information est reconnu lorsque le vendeur doit admettre que le défaut pourrait empêcher ou entraver considérablement l'usage prévu par l'acheteur. Ce devoir précontractuel d'information peut résulter du rapport de confiance existant entre les parties potentielles au contrat (arrêt 4C.16/2005 du 13 juillet 2005 consid. 2.1, in ZBGR 88/2007 p. 281). A ce sujet, on ne discerne pas en quoi la responsabilité précontractuelle invoquée par la recourante aurait une portée différente de celle résultant de l'application de l'art. 199 CO. Il convient encore de préciser que l'obligation d'informer présuppose la connaissance effective du défaut par le vendeur, l'ignorance due à une négligence même grave ne suffisant pas (ATF 81 II 138 consid. 3 p. 141; Franco Pedrazzini, La dissimulation des défauts dans les contrats de vente et d'entreprise, 1992, p. 101/102).
En l'espèce, la cour cantonale a retenu sans arbitraire (cf. consid. 2.3 supra) qu'il n'était pas établi que les vendeurs savaient, au moment de la conclusion de l'acte, que la toiture de la halle industrielle ne présentait pas une étanchéité parfaite. Conformément aux principes susrappelés, cette seule constatation suffit à sceller le sort du grief.
4. En conclusion, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
La recourante, qui succombe, prendra en charge les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 7'000 fr., à payer à titre de dépens aux intimés, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 20 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Godat Zimmermann