Sachverhalt:
A. Die Anklage wirft X._ vor, verschiedene Versicherungen sowie Sozialversicherungsbehörden betrogen zu haben.
B. Das Kantonsgericht St. Gallen verurteilte X._ am 4. September 2012 zweitinstanzlich wegen mehrfachen, teilweise gewerbsmässigen Betrugs, Urkundenfälschung und der Entziehung der Beitragspflicht gegenüber einer beruflichen Vorsorgeeinrichtung zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 15 Monaten bei einer Probezeit von zwei Jahren. Von den Vorwürfen der Brandstiftung und der fahrlässigen Verursachung einer Feuersbrunst sowie des gewerbsmässigen Betrugs zum Nachteil verschiedener Versicherungen sprach es sie frei.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und sie sei vom Vorwurf des mehrfachen, teilweise gewerbsmässigen Betrugs und der Urkundenfälschung freizusprechen. Die Sache sei zur neuen Festsetzung des Strafmasses sowie der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Für die zu Unrecht verfügte Untersuchungshaft sei ihr eine angemessene Entschädigung und Genugtuung auszurichten. Eventualiter sei das Strafmass wegen Verletzung des Beschleunigungsgebots zu reduzieren.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und Art. 146 StGB falsch angewendet. Diese Bestimmung verlange, dass ein Mensch und nicht eine juristische Person oder öffentlich-rechtliche Institution irregeführt werde. Der irrende Mensch - vorliegend der jeweilige Schadenssachbearbeiter - werde durch den Irrtum zur verfügenden Person, indem er die Zahlung der Versicherungsleistung visiere bzw. akzeptiere. Die geschädigte Versicherung gelte bei Versicherungs- und Sozialversicherungsbetrug als Dritte. Weder dem angefochtenen Entscheid noch der Anklageschrift lasse sich entnehmen, welche Personen durch die inkriminierten Handlungen in einen Irrtum versetzt worden seien und dadurch eine Vermögensdisposition zulasten der jeweiligen Versicherung getroffen hätten. Der Betrugstatbestand sei daher nicht erfüllt (Beschwerde, S. 4 f.).
Die Beschwerdeführerin macht ferner eine Verletzung von Verfahrensrechten geltend. Sie habe das Recht, Fragen an Belastungszeugen zu stellen. Es hätten daher alle angeblich in einen Irrtum versetzten Versicherungssachbearbeiter von der Staatsanwaltschaft befragt werden müssen. Die Vorinstanz habe ausgeblendet, dass Zahlungen nicht nur aufgrund von Täuschungshandlungen, sondern aus anderen Gründen oder Kulanz erfolgt sein könnten. Nur eine entsprechende Befragung der Mitarbeiter hätte über die Zahlungsmotive Klarheit gebracht. Die Anklageschrift verletze ausserdem den Anklagegrundsatz. Sie genüge den qualitativen und quantitativen Anforderungen nicht und verstosse gegen das Recht auf ein faires Verfahren sowie auf Waffengleichheit. Sie sei mit 196 Seiten zu ausführlich, enthalte zahllose Belanglosigkeiten, Unterstellungen und Beleidigungen, sei jedoch in anderen Fragen unvollständig (Beschwerde, S. 6).
1.2 Die Vorinstanz erwägt, die Täuschung der SUVA ergebe sich bereits daraus, dass diese ihre Taggeldleistungen gestützt auf den wahrheitswidrig deklarierten Lohn berechnet und ausgerichtet habe. Wer einer Versicherung auf einem für sie bestimmten Schadenmeldeformular einen unrichtigen Lohn mitteile, könne nicht ernsthaft behaupten, es sei unklar, wer worüber getäuscht worden sei (Urteil, S. 42).
1.3 Wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt oder ihn in einem Irrtum arglistig bestärkt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt, wird mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft (Art. 146 Abs. 1 StGB).
1.4 Die inkriminierten Handlungen richteten sich gegen juristische Personen. Deren Organe sind berufen, dem Willen der juristischen Person Ausdruck zu geben (Art. 55 Abs. 1 ZGB). Sie verpflichten diese sowohl durch den Abschluss von Rechtsgeschäften als durch ihr sonstiges Verhalten (Abs. 2).
Die Vorbringen der Beschwerdeführerin gehen an der Sache vorbei. Welche natürlichen Personen für die jeweilige juristische Person handelten, ist unerheblich soweit feststeht, dass diese irregeführt oder in ihrem Irrtum arglistig bestärkt worden ist und sich dadurch am Vermögen geschädigt hat. Die Schädigung der in Frage stehenden juristischen Personen ist vorliegend unbestritten und manifestiert sich in den Vermögensdispositionen zugunsten der Beschwerdeführerin. Es bestehen keine Anzeichen, dass Zahlungen nicht allein wegen Täuschungshandlungen, sondern aus Kulanz erfolgt wären, was die Beschwerdeführerin lediglich behauptet, jedoch nicht begründet. Die Schuldsprüche der Vorinstanz verletzen kein Bundesrecht.
1.5 Die Vorinstanz verletzt auch die Verfahrensrechte der Beschwerdeführerin nicht, da sie ihren Schuldspruch nicht auf Aussagen der handelnden Organe oder Mitarbeitenden der Versicherungsgesellschaften, sondern auf die von der Beschwerdeführerin zum angeblichen Nachweis ihrer Forderungen eingereichten Unterlagen abstützt. Aus denselben Gründen verstösst die Anklageschrift nicht gegen den Anklagegrundsatz.
2. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz unterstelle ihrer Sachverhaltsfeststellung Tatsachen, welche die Anklage nicht behaupte (Beschwerde, S. 6 f.). Sie legt jedoch nicht dar, inwiefern dies für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist (Art. 97 Abs. 1 BGG). Darauf ist nicht einzutreten.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin kritisiert die Strafzumessung. Die Vorinstanz bejahe zwar eine Verletzung des Beschleunigungsgebots und erwähne, dieser sei mit einer erheblichen Reduktion des Strafmasses Rechnung zu tragen. Tatsächlich habe sie jedoch nur eine im Vergleich zur ersten Instanz um drei Monate reduzierte Sanktion von 15 Monaten ausgesprochen (Beschwerde, S. 7 f.).
3.2 Gemäss Art. 47 StGB misst der Richter die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Er beurteilt die Beweggründe, das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse des Schuldigen. Es liegt im Ermessen des Sachrichters, in welchem Umfang er die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen beziehungsweise in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (BGE 135 IV 130 E. 5.3.1; 134 IV 17 E. 2.1; je mit Hinweisen).
3.3 Die Strafzumessung der Vorinstanz ist nicht zu beanstanden. Sie enthält die wesentlichen Tat- und Täterkomponenten und die nachvollziehbaren Schlüsse. Die Vorinstanz geht von einer Einsatzstrafe von 22 Monaten aus und schärft diese aufgrund der zahlreichen schweren Delikte auf 30 Monate (Urteil, S. 50). Wegen der Verletzung des Beschleunigungsgebots und der teilweisen Geständnisbereitschaft der Beschwerdeführerin mildert sie die Strafe um die Hälfte auf 15 Monate (Urteil, S. 52 f.). Damit hat sie die Strafe erheblich reduziert. Dass die erste Instanz - bei leicht abweichenden Schuldsprüchen - eine Strafe von 21 Monaten (nicht 18 Monate) ausgefällt hat, lässt die vorinstanzliche Strafzumessung nicht als bundesrechtswidrig erscheinen.
4. Die Beschwerdeführerin beantragt eine Entschädigung und Genugtuung für die erstandene Untersuchungshaft. Mangels Begründung ist darauf nicht einzutreten.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. April 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Keller