Faits:
A. A.a Le 14 septembre 2005, B._ AG a obtenu du Tribunal de première instance de Genève le séquestre, à concurrence de 5'788'209 fr. 32, des avoirs de D._ en mains de C._; ce séquestre (n° aaa) a été exécuté le jour même par l'Office des poursuites de Genève (ci-après: l'Office).
Le 14 juillet 2006, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté l'opposition au séquestre formée par la société A._ Ltd; ce jugement a été confirmé le 19 octobre 2006 par la Cour de justice du canton de Genève.
A.b Le 4 juillet 2006, B._ AG a obtenu du Tribunal de première instance de Genève un séquestre, à concurrence de 2'442'000 fr. - sous déduction de 1'044'991 fr. 80 déjà séquestrés - , des avoirs de D._ en mains de C._; ce séquestre (n° bbb) a été exécuté le jour même par l'Office.
Le 22 août 2006, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté l'opposition au séquestre formée par la société A._ Ltd; ce jugement a été confirmé le 30 novembre 2006 par la Cour de justice du canton de Genève.
A.c Le 2 octobre 2006, B._ AG a obtenu du Tribunal de première instance de Genève un séquestre, à concurrence de 5'788'209 fr. 33 - sous déduction de 2'493'017 fr. 50 déjà séquestrés -, des avoirs de D._ en mains de C._; ce séquestre (n° ccc) a été exécuté le jour même par l'Office.
Le 8 janvier 2007, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté l'opposition au séquestre formée par la société A._ Ltd; ce jugement a été confirmé le 19 avril 2007 par la Cour de justice du canton de Genève.
B. Le 13 décembre 2006, A._ Ltd a revendiqué la propriété des actifs séquestrés (i.e. séquestres n° aaa, bbb et ccc) auprès de C._.
B.a Par avis du 13 juin 2007 relatif au séquestre n° aaa, l'Office a informé B._ AG de cette revendication et lui a imparti un délai de dix jours pour déclarer si et dans quelle mesure elle la contestait.
Le 22 juin 2007, l'intéressée a répondu qu'elle contestait cette revendication, précisant que, vu la teneur de la déclaration de revendication, elle contestait d'ores et déjà les revendications formulées dans le cadre des séquestres n° bbb et ccc.
Par avis du 28 novembre 2007, l'Office a fixé à A._ Ltd un délai de vingt jours pour ouvrir action en constatation de son droit; celle-ci n'ayant pas introduit action dans le délai prescrit, l'Office a, le 7 février 2008, versé à B._ AG la somme séquestrée.
B.b Par avis du 12 juin 2008 relatif au séquestre n° bbb, l'Office a imparti à B._ AG un délai de vingt jours pour ouvrir action en contestation de la prétention du tiers revendiquant. Le même jour, il a communiqué aux parties un procès-verbal de séquestre n° ccc, dans lequel il a fixé à B._ AG et à D._ un délai de vingt jours pour ouvrir action en contestation de revendication.
C. C.a Par acte du 23 juin 2008, B._ AG a porté plainte contre l'avis du 12 juin 2008 relatif au séquestre n° bbb; elle a conclu à son annulation et à ce que l'Office soit invité à fixer un nouveau délai au tiers revendiquant pour agir et produire ses moyens de preuve.
C.b Par acte du 27 juin 2008, B._ AG a porté plainte à l'encontre du procès-verbal de séquestre n° ccc en tant que l'Office lui a fixé un délai pour agir en contestation de revendication; elle a conclu à l'annulation de cet avis et à ce que l'Office fixe un nouveau délai au tiers revendiquant.
C.c Par acte du 7 juillet 2008, A._ Ltd a porté plainte contre l'avis de fixation du délai pour ouvrir action en revendication, du 28 novembre 2007 (séquestre n° aaa); elle a conclu à ce que cet avis - qui ne lui aurait jamais été communiqué - soit déclaré nul et à ce que l'Office soit invité à fixer un nouveau délai au créancier pour ouvrir action en contestation de sa revendication.
D. Statuant le 2 octobre 2008, la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève a, notamment, admis les plaintes formées par B._ AG, annulé les décisions prises par l'Office le 12 juin 2008 et invité celui-ci à fixer à A._ Ltd un délai pour introduire action en constatation de sa prétention dans le cadre des séquestres n° bbb et ccc.
E. Contre cette décision, A._ Ltd interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral; sur le fond, elle conclut à ce qu'il soit ordonné à l'Office de fixer à B._ AG un délai au sens de l'art. 108 LP pour ouvrir action en contestation de revendication dans le cadre des séquestres aaa, bbb et ccc.
L'autorité cantonale a renoncé à répondre; B._ AG propose l'irrecevabilité du recours en tant qu'il porte sur le séquestre n° aaa et, pour le surplus, son rejet dans la mesure où il est recevable; D._ appuie les conclusions du recours.
F. Par ordonnance présidentielle du 3 novembre 2008, l'effet suspensif a été attribué au recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Déposé en temps utile (art. 100 al. 2 let. a LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 350 consid. 1.2 p. 351) rendue par une autorité de surveillance en matière de poursuite pour dettes statuant en dernière (unique) instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF), le recours en matière civile est recevable, indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). La recourante a en outre qualité pour critiquer la répartition du rôle des parties au procès (art. 76 al. 1 LTF; cf. parmi plusieurs: arrêt 5A_638/2008 du 5 décembre 2008 consid. 1).
1.2 Par arrêt du 17 avril 2009, la Cour de céans a admis le recours en matière civile de B._ AG et réformé la décision attaquée, en ce sens que la plainte formée par A._ Ltd est irrecevable et que l'invitation faite à l'Office de lui fixer un délai pour introduire action en revendication est annulée (5A_696/2008; cf. supra, let. B.a et C.c).
Il s'ensuit que les conclusions de la recourante, comme de B._ AG, relatives au séquestre n° aaa n'ont plus d'objet.
2. 2.1 Lorsqu'un tiers revendique un droit de propriété ou de gage, ou un autre droit, sur l'objet saisi ou séquestré (cf. art. 275 LP), et que sa prétention est contestée par le débiteur et/ou le créancier, l'office impartit un délai de 20 jours, soit au tiers pour ouvrir action en constatation de son droit, si le bien est en possession exclusive du débiteur (art. 107 LP), soit au créancier/débiteur pour ouvrir action en contestation de la prétention du tiers, si le bien est en possession ou en copossession de celui-ci (art. 108 LP). Si le bien revendiqué ne se trouve en possession ni du débiteur, ni du tiers, mais en celle d'une quatrième personne - le quart détenteur -, le rôle des parties au procès dépend de la question de savoir pour le compte de qui le détenteur possède: si c'est pour le compte exclusif du débiteur, il incombe au tiers d'ouvrir action; si c'est pour son propre compte, ou conjointement avec le débiteur, ou encore pour le compte du tiers et du débiteur, il appartient au créancier d'agir (ATF 123 III 367 consid. 3b p. 370 et les citations).
2.2 Lors de la procédure préalable de tierce opposition, les autorités de poursuite doivent uniquement résoudre la question du meilleur droit apparent, c'est-à-dire déterminer qui peut disposer matériellement de la chose; elles n'ont pas à se demander si cet état de fait est conforme ou non au droit (ATF 123 III 367 consid. 3b p. 370). S'agissant d'une créance ordinaire (non incorporée dans un papier-valeur), le possesseur est celui qui - du débiteur ou du tiers revendiquant - a, selon la plus grande vraisemblance, la qualité de créancier ou est le mieux à même de disposer de la créance ou de l'exercer (ATF 120 III 83 consid. 3a in fine p. 85; GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4e éd., n° 1152, avec d'autres citations).
2.3 Conformément à l'art. 272 al. 1 ch. 3 LP, le créancier doit rendre vraisemblable qu'il existe des biens appartenant au débiteur; par cette disposition le législateur a codifié la jurisprudence d'après laquelle le créancier doit rendre plausible la propriété du débiteur sur les biens à mettre sous main de justice (ATF 126 III 95 consid. 4a p. 97). La question de la titularité du bien séquestré peut être débattue dans le cadre de l'opposition au séquestre (art. 278 LP), mais la décision définitive à ce sujet relève exclusivement de la procédure de revendication prévue par les art. 106 ss LP (REISER, in: Basler Kommentar, SchKG III, n° 11 ad art. 278 LP; STOFFEL/CHABLOZ, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, n° 13 in fine ad art. 278 LP; REEB, Les mesures provisoires dans la procédure de poursuite, in: RDS 116/1997 II p. 425 ss, 489/490 et la doctrine citée).
3. En l'espèce, l'autorité précédente a constaté que les fonds séquestrés ne sont détenus ni par le débiteur (i.e. D._), ni par le tiers revendiquant (i.e. A._ Ltd), mais par un quart détenteur (i.e. C._), lequel ne possède pas pour son propre compte ou conjointement avec le débiteur. A la suite des avis de séquestre, C._ a fait part à l'Office qu'elle détenait les avoirs séquestrés pour le compte de la société A._ Ltd, qui était une entité juridique séparée de D._, avec lequel elle n'avait plus de communication depuis le 9 novembre 1999, date à laquelle ladite société avait pris sa place dans le contrat signé initialement avec cet Etat. D._ a affirmé que A._ Ltd constitue une entité de droit privé distincte, avec ses propres actifs, dettes et créances, et que, dès lors, elle est l'unique titulaire des fonds séquestrés en mains de C._.
Il ressort de l'arrêt que la Cour de justice a rendu le 19 avril 2007 sur l'opposition au séquestre formée par A._ Ltd (cf. supra, let. A.c) que les redevances perçues par C._ permettent à D._ de rembourser un prêt contracté en 1998 et de percevoir des dividendes, en sorte qu'il "n'est [...] pas déraisonnable d'admettre que D._ est bel et bien propriétaire des avoirs séquestrés"; la Cour de justice a en outre retenu que, par accord du 28 février 1994, à savoir avant la création de A._ Ltd, D._ avait délégué à C._ les opérations de facturation et d'encaissement des taxes, le contrat indiquant expressément que ce système avait été mis en place pour le compte de D._. De plus, s'agissant du contrat prétendument conclu le 15 novembre 2005 avec C._, la Cour de justice a relevé qu'il semblait avoir été signé le 7 février 2006 par les représentants de C._, c'est-à-dire alors que deux séquestres avaient été ordonnés, et qu'un "effet rétroactif" au 15 novembre 2005 avait été prévu; de surcroît, A._ Ltd n'a pas démontré que la convention conclue en février 1994 avait été résiliée ou cédée, ce qui laisse à penser qu'elle est toujours en vigueur. Enfin, les redevances perçues par C._ sont affectées au remboursement d'un prêt souscrit en 1998; or, cet emprunt paraît avoir été contracté par D._, puisque, à cette époque, A._ Ltd n'avait pas encore été constituée sous forme de société à responsabilité limitée et inscrite au registre du commerce.
S'appuyant sur ces constatations, l'autorité cantonale a considéré que l'Office ne pouvait faire abstraction des décisions prises par le juge du séquestre et se contenter de la déclaration du quart détenteur d'après laquelle il détenait les fonds pour le compte du tiers revendiquant, et non pour celui du débiteur. Au contraire, il faut admettre - à l'instar du juge de l'opposition - que C._ détient lesdits avoirs pour le compte exclusif de D._, qui en est, au stade de la vraisemblance, seul titulaire. Partant, il incombe à A._ Ltd d'ouvrir action en constatation de son droit conformément à l'art. 107 al. 5 LP.
3.1 Dans un premier grief, la recourante reproche à la Commission de surveillance d'avoir constaté inexactement les faits.
En vertu de l'art. 97 al. 1 LTF, le recourant ne peut s'en prendre aux constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252, 384 consid. 4.2.2 p. 391) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. Sur ce dernier point, le recourant doit donc rendre vraisemblable que la décision entreprise eût été différente si les faits avaient été établis de manière conforme au droit (ATF 134 V 53 consid. 3.4 p. 61).
Il n'y a toutefois pas lieu d'examiner ce moyen plus avant. En effet, le présent recours doit être admis même sur la base des faits constatés dans la décision attaquée, en sorte que la critique apparaît dépourvue d'incidence sur l'issue de la procédure (cf., par analogie avec l'art. 57 al. 5 OJ: ATF 117 II 630 consid. 1a p. 631 et les arrêts cités).
3.2 C'est avec raison que la recourante se plaint de la "violation des art. 106 ss LP".
De jurisprudence constante, pour répartir le rôle des parties au procès, l'office des poursuites doit s'en tenir "aux déclarations du débiteur ou du tiers revendiquant", sans se faire juge du bien-fondé de la prétention alléguée (ATF 123 III 367 consid. 3b p. 370; 120 III 83 consid. 3b p. 85 et les références citées). A ce sujet, les déclarations qu'il a recueillies de la part du débiteur, du tiers revendiquant et du quart détenteur sont concordantes: ce dernier détient les redevances séquestrées pour le compte exclusif de A._ Ltd. Dans ses observations en instance cantonale, D._ n'a pas contesté la prétention de cette société sur les avoirs placés sous main de justice, en sorte qu'on ne saurait affirmer que C._ posséderait ces biens pour le compte de cet Etat exclusivement. Dès lors, en conformité de l'art. 108 LP, c'est bien à la créancière qu'un délai devait être imparti pour intenter action en contestation de revendication.
A cela s'ajoute que, pour prendre sa décision, l'office des poursuites doit se fonder sur les circonstances existant au moment de l'exécution du séquestre (art. 275 LP), même si la revendication n'a été annoncée que lors de l'exécution subséquente de la saisie (GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. IV, n° 129 ad art. 275 LP; FRITZSCHE/WALDER, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht, vol. II, 3e éd., § 58 n° 23 et les citations en n. 29). En l'occurrence, l'arrêt sur opposition au séquestre auquel la juridiction précédente s'est référée a été rendu le 19 avril 2007, tandis que les séquestres en discussion ont été exécutés les 4 juillet 2006 et 2 octobre 2006 (resp. n° bbb et n° ccc). Partant, l'on ne saurait reprocher à l'Office d'avoir fait abstraction de ce jugement à l'appui de ses décisions du 12 juin 2008.
4. Vu ce qui précède, le recours doit être accueilli en ce qui concerne les séquestres n° bbb et n° ccc, les décisions de l'Office du 12 juin 2008 étant confirmées. Il convient de mettre les frais de justice pour 1/3 à la charge de la recourante et de D._, avec solidarité entre elles (art. 66 al. 1 et 5 LTF), et pour 2/3 à la charge de l'intimée (art. 66 al. 1 LTF). Ces parties ont réciproquement droit à des dépens réduits dans la même proportion et compensés à concurrence du montant le plus faible (art. 68 al. 1 et 2 LTF). En revanche, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à C._, qui a explicitement renoncé à se déterminer et donc à formuler des conclusions.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis; la décision attaquée est réformée comme suit aux chiffres 1 à 3 de son dispositif sur le fond:
1.1 Les plaintes formées par B._ AG dans le cadre des séquestres n° bbb et n° ccc sont rejetées.
1.2 Les décisions de l'Office des poursuites de Genève du 12 juin 2008 dans le cadre des séquestres n° bbb et n° ccc sont confirmées.
1.3 L'Office des poursuites de Genève est invité à fixer à B._ AG un délai de 20 jours pour ouvrir action en contestation de la prétention de A._ Ltd dans le cadre des séquestres n° bbb et n° ccc.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour 2/3 à la charge de B._ AG et pour 1/3 solidairement à la charge de la recourante et de D._.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de B._ AG.
4. Une indemnité de 300 fr., à payer à D._ à titre de dépens, est mise à la charge de B._ AG.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 6 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Braconi