Fatti:
A. Con tre domande di esecuzione datate 7 settembre 2010, la banca B._ ha chiesto la realizzazione dei pegni - con l'estensione del diritto di pegno ai crediti per eventuali pigioni e fitti - gravanti 39 quote di proprietà per piani (PPP) di spettanza di C._AG.
B. Con scritto 16 settembre 2010 l'Ufficio di esecuzione e fallimenti del distretto di Leventina ha informato A._SA, amministratrice delle predette quote di PPP, di averne assunto l'amministrazione coatta e di averla delegata ad un'altra società, D._SA. La predetta autorità ha parimenti invitato A._SA a consegnare a D._SA tutti i documenti concernenti la gestione delle quote di PPP in questione nonché le chiavi dei locali vuoti.
C. Con sentenza 7 ottobre 2010 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza, ha respinto, in quanto ricevibile, un ricorso di A._SA contro tale provvedimento.
D. Con ricorso in materia civile del 21 ottobre 2010 A._SA chiede al Tribunale federale, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, che la sentenza cantonale sia annullata e che sia pertanto parimenti annullato il provvedimento dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti del distretto di Leventina di istituire un'amministrazione coatta delle predette quote di PPP, delegando tale amministrazione a D._SA.
Con decreto 16 novembre 2010, la Presidente della Corte adita ha accolto la richiesta dell'effetto sospensivo al rimedio.
Non sono state chieste risposte al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il ricorso è stato interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 2 lett. a LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in materia di esecuzione e fallimento (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF). Trattandosi di una decisione dell'autorità cantonale di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento, il valore di causa è privo di rilievo (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF; DTF 133 III 350 consid. 1.2).
1.2 Giusta l'art. 76 cpv. 1 lett. b LTF (nel suo tenore in vigore fino al 31 dicembre 2010, in quanto la decisione impugnata è stata pronunciata prima della modifica legislativa; v. art. 132 cpv. 1 LTF; sentenza del Tribunale federale 5A_524/2010 del 9 febbraio 2011 consid. 1.4) ha diritto di interporre ricorso in materia civile chi ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata. Se alle parti della procedura esecutiva - segnatamente al creditore ed al debitore (DTF 129 III 400 consid. 1.3) - va ampiamente conferita la legittimazione ricorsuale, è per contro più difficile riconoscere a terzi un interesse giuridicamente protetto (FRANCO LORANDI, Besonderheiten der Beschwerde in Zivilsachen gegen Entscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden in SchKG-Sachen, in AJP 2007 pagg. 433-450, in particolare pag. 439; v. anche ELISABETH ESCHER, Zum Rechtsschutz in Zwangsvollstreckungssachen nach dem Bundesgesetz über das Bundesgericht, in AJP 2006 pagg. 1247-1251, in particolare pag. 1250; HANS PETER WALTER, Neue Zivilrechtspflege, in Neue Bundesrechtspflege, Auswirkungen der Totalrevision auf den kantonalen und eidgenössischen Rechtsschutz, 2007, pagg. 113- 151, in particolare pag. 137). Nella misura in cui non sono immediatamente ravvisabili, il ricorrente deve dimostrare che i presupposti per riconoscere la sua legittimazione ricorsuale sono adempiuti (DTF 135 III 46 consid. 4 con rinvii). Ora, nella fattispecie, la ricorrente non fornisce elementi chiari e convincenti per giustificare la sua legittimazione ad impugnare, dinanzi al Tribunale federale, l'istituzione dell'amministrazione coatta con la scelta di delegare tale amministrazione ad una società terza, ed anzi nemmeno entra nel merito dei dubbi sollevati dalla Corte cantonale sulla sua legittimazione nella sede cantonale. In ogni modo, non parrebbe che, conformemente alla definizione di "interesse giuridicamente protetto", gli interessi all'annullamento della sentenza impugnata invocati dalla ricorrente quale amministratrice preesistente delle quote di PPP siano protetti da una norma di diritto federale o cantonale, o direttamente da un diritto fondamentale specifico (DTF 136 I 323 consid. 1.2 con rinvio; v. sentenza del Tribunale federale B.158/1996 del 31 luglio 1996 consid. 1). Nella misura in cui invoca gli interessi di terzi (ossia delle parti della procedura esecutiva, dei creditori e del complesso immobiliare) alla ricorrente non va comunque riconosciuta la legittimazione ricorsuale (BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 22 ad art. 76 LTF; KATHRIN KLETT, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, n. 1 ad art. 76 LTF). Atteso tuttavia - come si dirà in seguito - che il ricorso è destinato all'insuccesso, la questione della legittimazione ricorsuale non merita maggiore disamina.
2. 2.1 Se il fondo è dato in locazione o in affitto e il creditore pignoratizio procedente pretende che il diritto di pegno sia esteso ai crediti per pigioni e fitti (art. 806 CC), l'ufficio d'esecuzione ne dà comunicazione ai locatari e agli affittuari, ingiungendo loro che il pagamento delle pigioni e dei fitti che verranno a scadenza andrà fatto all'ufficio d'esecuzione (art. 152 cpv. 2 LEF; art. 91 cpv. 1 del regolamento del Tribunale federale del 23 aprile 1920 concernente la realizzazione forzata dei fondi [RFF; RS 281.42]). Dopo aver dato agli inquilini ed affittuari tale avviso, l'ufficio prenderà in luogo del debitore o del proprietario del pegno le misure necessarie onde garantire il pagamento delle pigioni ed affitti ed effettuarne l'incasso, eventualmente anche in via di esecuzione, eserciterà il diritto di ritenzione, disdirà i contratti, provvederà allo sfratto degli inquilini, stipulerà nuovi contratti di locazione o di affitto; avrà inoltre facoltà di ordinare le riparazioni urgenti e di pagare col ricavo degli affitti i contributi correnti (per il gas, l'acqua potabile, l'elettricità ecc.), le riparazioni ed i sussidi previsti dall'art. 103 cpv. 2 LEF (art. 94 cpv. 1 RFF). Si tratta di un'amministrazione coatta limitata a queste uniche misure conservatrici urgenti, che l'ufficio potrà sotto la sua responsabilità affidare ad un terzo in virtù dell'art. 94 cpv. 2 RFF (DTF 129 III 90 consid. 2.1 con rinvio).
2.2 A datare dalla domanda di vendita l'ufficio - o il terzo a lui sostituitosi (art. 16 cpv. 3 RFF) - provvederà all'amministrazione ed alla cultura del fondo nel modo previsto per l'esecuzione in via di pignoramento, a meno che il creditore istante avesse espressamente dichiarato di rinunciarvi (art. 102 cpv. 3 LEF, su rinvio dell'art. 155 cpv. 1 LEF; art. 16 segg. e art. 23c RFF, su rinvio dell'art. 101 cpv. 1 RFF). Questa amministrazione ha una portata più ampia di quella dell'art. 94 RFF (DTF 129 III 90 consid. 2.2). Comprende tutti i provvedimenti ordinari enumerati all'art. 17 RFF, necessari per conservare il fondo nella sua sostanza e nella sua rendita e per percepirne i frutti e gli altri redditi, ed i provvedimenti eccezionali dell'art. 18 RFF.
3. Dai motivi addotti nel gravame emerge un intento dilatorio della ricorrente, che si manifesta immediatamente nel rimprovero mosso alla Corte cantonale di aver emanato la decisione nel merito rapidamente e senza essersi preliminarmente pronunciata, mediante decreto separato, sulla domanda di concessione dell'effetto sospensivo. Tale censura è comunque priva di una qualsiasi motivazione ai sensi degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF e si appalesa pertanto manifestamente inammissibile.
4. 4.1 La ricorrente eccepisce l'istituzione dell'amministrazione coatta da parte dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti e la scelta di affidare tale amministrazione ad un terzo. La prima critica è tuttavia insufficientemente motivata atteso che la ricorrente non spende nemmeno una parola per invocare - o tantomeno dimostrare - la violazione delle norme che prevedono l'istituzione dell'amministrazione coatta (art. 42 cpv. 2 LTF) e si rivela quindi, già per questo motivo, inammissibile. Va pertanto analizzata unicamente la censura relativa alla decisione di delegare l'amministrazione coatta ad un terzo giusta l'art. 94 cpv. 2 RFF.
Relativamente a questo punto, la Corte cantonale, rammentato l'ampio potere di apprezzamento dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti, ha ritenuto le ragioni per la nomina della nuova amministratrice idonee, necessarie e fondate su motivi oggettivi: da un lato gli interessi economici dell'amministrazione esclusa non sono pertinenti e dall'altro le procedure esecutive pendenti contro la ricorrente sono atte a favorire un atteggiamento prudente dell'autorità esecutiva. A mente dei Giudici cantonali, inoltre, la scelta di affidare l'amministrazione coatta a D._SA appare adeguata soluzione atteso che essa già gestisce altre quote di PPP dello stesso complesso immobiliare spettanti ad altri debitori.
4.2 La ricorrente, contestando la scelta dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti di affidare l'amministrazione coatta ad un terzo e lamentando la violazione dei principi della proporzionalità, della buona fede e del divieto dell'arbitrio, eccepisce (implicitamente) un eccesso o un abuso del suo potere di apprezzamento. Considera che tale scelta sia parziale proprio perché D._SA già gestisce per conto dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti altre quote di PPP dello stesso complesso immobiliare. A suo dire, il provvedimento pone inoltre D._SA a beneficio di una maggioranza millesimale, conferendole la facoltà di attribuirsi l'amministrazione dell'intero complesso. La ricorrente sostiene altresì che l'Ufficio di esecuzione e fallimenti avrebbe dovuto affidare a lei stessa l'amministrazione coatta e che non avrebbe pertanto tenuto sufficientemente conto della qualità della sua gestione e degli investimenti da lei intrapresi in tale ambito nonché dei vantaggi di una gestione dell'intero complesso immobiliare affidata alla medesima amministratrice.
4.3 La scelta dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti di affidare, sotto la sua responsabilità, ad un terzo i compiti dell'amministrazione coatta è una questione di opportunità che il Tribunale federale esamina unicamente dal profilo dell'eccesso o dell'abuso del potere di apprezzamento (DTF 129 III 400 consid. 1.2 in fine). Commette un eccesso o un abuso l'autorità che si fonda su criteri inappropriati, che non tiene conto di circostanze pertinenti o che emana una decisione irragionevole, contraria al buon senso, arbitraria (DTF 129 III 400 consid. 3.1 con rinvii).
Come giustamente osservato dai Giudici cantonali, la scelta dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti di affidare l'amministrazione coatta a D._SA si fonda su motivi appropriati, seri ed oggettivi: da un lato, i precetti esecutivi a carico della ricorrente portano a decidere con prudenza a chi affidare l'amministrazione coatta e, dall'altro, D._SA già gestisce altre quote di PPP dello stesso complesso immobiliare. Ora, la ricorrente nemmeno si confronta con la prima motivazione e travisa invece il senso della seconda sostenendo che dimostra soltanto la parzialità della decisione impugnata.
Va inoltre rilevato che l'Ufficio di esecuzione e fallimenti poteva liberamente decidere se assumere esso stesso l'amministrazione coatta oppure se affidarla ad un terzo e, in tal caso, poteva anche liberamente scegliere a chi affidarla, senza dover dare la priorità all'amministratrice precedente (sentenza del Tribunale federale 7B.5/2006 del 10 marzo 2006 consid. 4.2.2; B.158/1996 del 31 luglio 1996 consid. 1; EDUARD BRAND, Die betreibungsrechtliche Zwangsverwertung von Grundstücken im Pfandverwertungsverfahren, 2008, pag. 28 n. 5; PHILIPP KÄNZIG/MARC BERNHEIM, in Basler Kommentar, Bundesgesetzt über Schuldbetreibung und Konkurs I, 2a ed. 2010, n. 22 ad art. 152 LEF). Esso non era pertanto tenuto a prendere in considerazione la qualità della gestione della ricorrente, gli investimenti da lei intrapresi in tale ambito ed il pericolo che D._SA, detentrice delle maggioranze millesimali, potesse estrometterla dall'amministrazione del complesso immobiliare. Tali circostanze di fatto non sono d'altronde state accertate dalla Corte cantonale (art. 105 cpv. 1 LTF) e si rivelano quindi inammissibili (DTF 135 III 127 consid. 1.5). La ricorrente, poi, a sostegno della sua tesi nemmeno concretizza quali siano i vantaggi di una gestione dell'intero complesso immobiliare affidata ad una sola amministratrice, ma si limita ad evocare il maggior dispendio e la difficoltà operativa.
L'obiezione ricorsuale non dimostra pertanto che l'Ufficio di esecuzione e fallimenti abbia fatto un uso insostenibile del suo potere di apprezzamento. La censura si appalesa pertanto infondata.
5. 5.1 La Corte cantonale ha considerato che la ricorrente, non essendo parte della procedura esecutiva, non aveva il diritto di essere sentita prima della decisione dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti né poteva pretendere una motivazione più estesa di quella fornita da tale autorità.
5.2 La ricorrente ripropone dinanzi al Tribunale federale la sua censura relativa alla violazione del diritto di essere sentita (art. 29 cpv. 2 Cost.) - nelle forme del diritto di esprimersi prima dell'emanazione di una decisione sfavorevole e del diritto di ottenere una decisione motivata - da parte dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti.
5.3 A prescindere dal fatto che la critica ricorsuale non si riferisce alla sentenza impugnata oggetto di ricorso, ma a quella dell'autorità di prime cure, e senza che occorra esprimersi in merito alla lesione denunciata, va rilevato che la lamentata violazione dei diritti dedotti dall'art. 29 cpv. 2 Cost. è stata in ogni modo sanata dal fatto che la ricorrente ha potuto esporre i suoi argomenti mediante ricorso alla Corte cantonale, che gode di piena cognizione in fatto ed in diritto e dispone pertanto dello stesso potere di esame dell'autorità cui viene imputata la lesione del diritto di essere sentito. La pretesa violazione non riveste inoltre un carattere grave e la concessione successiva del diritto di essere sentito non ha comunque comportato alcun pregiudizio per la ricorrente (DTF 135 I 279 consid. 2.6.1).
6. Da quanto precede discende che il ricorso, nella ridotta misura in cui si rivela ammissibile, si appalesa infondato. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per quanto riguarda le ripetibili occorre rilevare che le opponenti sono state invitate a pronunciarsi unicamente sulla domanda di conferimento dell'effetto sospensivo, risultando soccombenti. Non si giustifica pertanto assegnare loro ripetibili per la sede federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.