Fatti:
A. Con decisione del 7 dicembre 2007, l'Ufficio giuridico della Sezione della circolazione del Cantone Ticino ha riconosciuto A._ colpevole di infrazione alle norme della circolazione stradale e gli ha inflitto una multa di fr. 200.--, per aver autorizzato, il 30 agosto 2007 in territorio di Lugano, un proprio dipendente a eseguire il trasporto professionale di persone con il veicolo VW Bus non immatricolato a tale scopo e, conseguentemente, sprovvisto dell'odocronografo. Il conducente non era inoltre in possesso della richiesta licenza di condurre.
B. Adito da A._, il Presidente della Pretura penale ha respinto il ricorso e confermato la risoluzione dell'autorità di prima istanza con decisione del 5 giugno 2009.
C. Con sentenza del 22 dicembre 2009 (6B_576/2009) il Tribunale federale ha parzialmente accolto, in quanto ammissibile, un ricorso di A._ contro la sentenza del Presidente della Pretura penale, annullandola e rinviando a quest'ultimo la causa per un nuovo giudizio, dopo un completamento degli accertamenti di fatto. Questa Corte ha in sostanza rilevato che, sulla base dei soli fatti accertati in sede cantonale, non era possibile stabilire se il trasporto dei passeggeri con il citato veicolo veniva effettuato allo scopo di conseguire un profitto economico ai sensi dell'art. 3 cpv. 1bis dell'ordinanza del 6 maggio 1981 sulla durata del lavoro e del riposo dei conducenti professionali di veicoli leggeri per il trasporto di persone e di automobili pesanti (OLR 2; RS 822.222). Questa condizione è infatti necessaria, cumulativamente con quella della regolarità delle corse, per ammettere un trasporto professionale di persone.
D. Dopo avere eseguito ulteriori accertamenti, chiedendo a A._ di produrre determinati documenti, il Presidente della Pretura ha nuovamente statuito sulla causa con giudizio del 2 luglio 2010, respingendo il ricorso e confermando la decisione dell'autorità di prima istanza. Il giudice cantonale ha ammesso un profitto economico, ritenuto che nella fattispecie i trasporti di persone comportavano un guadagno accessorio per l'interessato.
E. A._ impugna con un ricorso in materia penale al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo di annullarlo e di proscioglierlo dalle imputazioni contestategli. Il ricorrente fa sostanzialmente valere la violazione del diritto di essere sentito, del divieto dell'arbitrio e dell'art. 3 cpv. 1bis OLR 2.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame.
Diritto:
1. Nella situazione di organizzazione giudiziaria attuale (cfr. art. 80 cpv. 2 e 130 cpv. 1 LTF), la sentenza del Presidente della Pretura penale in materia contravvenzionale è definitiva (cfr. art. 14 cpv. 2 della legge cantonale di procedura per le contravvenzioni, del 19 dicembre 1994 [LPContr]) ed è quindi di ultima istanza cantonale (art. 80 cpv. 1 LTF). Il ricorrente, condannato al pagamento di una multa, è legittimato a ricorrere (art. 81 cpv. 1 lett. a e b LTF). Interposto tempestivamente contro una decisione finale resa in materia penale, il ricorso è ammissibile anche sotto il profilo degli art. 78 cpv. 1, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
2. 2.1 Il ricorrente rimprovera al giudice cantonale una violazione del diritto di essere sentito per non avergli concesso la possibilità di esprimersi sul contenuto dei documenti da lui prodotti. Sostiene che non gli sarebbe stata comunicata la chiusura dell'istruttoria della causa, non potendosi peraltro attendere che la documentazione prodotta sarebbe stato l'unico accertamento supplementare effettuato allo scopo di dare seguito alla sentenza 22 dicembre 2009 di questa Corte.
2.2 Il diritto di essere sentito, sancito dall'art. 29 cpv. 2 Cost., assicura al cittadino la facoltà di esprimersi prima che sia presa una decisione che lo tocca nella sua situazione giuridica e comprende il diritto per l'interessato di consultare l'incarto, di offrire mezzi di prova su punti rilevanti e di partecipare alla loro assunzione o perlomeno di potersi esprimere sui risultati, in quanto possano influire sul giudizio che dovrà essere preso (DTF 132 V 387 consid. 3.1; 129 V 73 consid. 4.1; 127 III 576 consid. 2c e rinvii). Questa garanzia impone quindi, di massima, all'autorità che inserisce nell'incarto nuovi atti, di cui intende prevalersi ai fini del giudizio, di avvisare le parti e di concedere loro la possibilità di esprimersi al proposito (DTF 124 II 132 consid. 2b e rinvii; sentenza 1E.8/2004 del 31 gennaio 2005 consid. 2.2, in: RtiD II-2005, pag. 168).
2.3 Al fine di completare gli accertamenti nel senso dei considerandi della sentenza 22 dicembre 2009 del Tribunale federale, con lettera del 12 febbraio 2010 il Presidente della Pretura penale ha assegnato al ricorrente un termine fino al 15 marzo 2010 per produrre la documentazione specificata e per rispondere alle relative questioni. Il patrocinatore del ricorrente ha dato seguito alla richiesta entro il termine assegnato, inviando al giudice la documentazione disponibile.
Premesso che la procedura in materia contravvenzionale dinanzi alla Pretura penale è di principio scritta (art. 12 cpv. 2 LPContr) e che il ricorrente non fa valere la violazione di specifiche disposizioni procedurali che avrebbero imposto di comunicargli formalmente la conclusione dell'istruttoria o che prevederebbero garanzie più estese rispetto a quelle minime previste dal diritto costituzionale, statuendo sulla causa senza sentire nuovamente il ricorrente, il giudice non ha disatteso l'art. 29 Cost. Il quesito ancora da risolvere dopo il precedente giudizio di questa Corte era infatti circoscritto all'eventuale esistenza di un profitto economico e per il ricorrente doveva essere chiaro che il giudice cantonale si sarebbe fondato sui documenti prodotti al riguardo. Nulla impediva al ricorrente, se lo riteneva necessario, di esprimersi sulla portata degli stessi contestualmente al loro invio. Il diritto di essere sentito non imponeva al giudice cantonale di assegnare al ricorrente un ulteriore termine per addurre eventuali argomentazioni in merito alla documentazione da lui stesso prodotta. Né la garanzia costituzionale impediva al giudice di rinunciare ad assumere ulteriori prove se le riteneva irrilevanti per la soluzione della causa (cfr. DTF 131 I 153 consid. 3 e rinvii).
3. 3.1 Il ricorrente critica il fatto che nella sentenza impugnata il giudice cantonale gli ha rimproverato di non avere fornito tutti i dettagli richiesti. Rileva che dopo la produzione dei documenti non gli era stata segnalata alcuna mancanza e che eventuali lacune, del resto contestate, avrebbero ancora potuto essere sanate, assumendo ulteriori prove prima dell'emanazione del giudizio. La questione non deve tuttavia essere qui approfondita dal momento che, per finire, il giudice cantonale ha comunque ritenuto sufficiente la documentazione prodotta dal ricorrente e per il suo giudizio si è essenzialmente fondato sulla stessa.
3.2 Il ricorrente ritiene in particolare ingiustificato il rimprovero di non avere prodotto i contratti di lavoro del dipendente B._ relativi agli anni 2006 e 2007, precisando che non esisterebbe un contratto in forma scritta, siccome questo dipendente sostituiva temporaneamente un altro collaboratore. Anche in questo caso, la questione non deve essere approfondita, poiché il giudice cantonale in sostanza ha ritenuto trascurabile la questione, considerando che i contratti di lavoro prodotti per gli altri impiegati erano comunque sufficienti per statuire sulla causa.
3.3 La circostanza, addotta dal ricorrente, secondo cui il quadro documentale attuale non sarebbe sostanzialmente diverso da quello esistente al momento dell'emanazione del giudizio del 22 dicembre 2009 del Tribunale federale, non consente di per sé di ritenere incompleti gli atti della procedura attualmente in esame. Nella precedente sentenza, questa Corte aveva in effetti ritenuto inammissibili i nuovi fatti e i nuovi mezzi di prova prodotti in quella sede, pronunciandosi unicamente sotto il profilo della corretta applicazione del diritto e rinviando in conclusione la causa al giudice cantonale per un nuovo giudizio. Che la documentazione su cui si è ora fondato il giudice cantonale corrisponda parzialmente a quella allora prodotta dinanzi al Tribunale federale, non è quindi determinante. Al primo giudice spettava d'altra parte di pronunciarsi nuovamente sulla fattispecie anche in considerazione del limitato potere cognitivo di cui dispone questa Corte in materia di accertamenti di fatto.
4. 4.1 Il ricorrente sostiene che il giudice cantonale ha dedotto che il trasporto a pagamento delle persone comportava un profitto economico fondandosi su un accertamento incompleto ed arbitrario dei fatti.
4.2 Secondo l'art. 3 cpv. 1bis OLR 2 sono considerate professionali le corse effettuate regolarmente da un conducente o con un veicolo allo scopo di conseguire un profitto economico. Le corse sono regolari se effettuate almeno due volte a intervalli di tempo inferiori ai 16 giorni. Il profitto economico è dato qualora sia richiesto un prezzo del trasporto che superi le spese del veicolo nonché il rimborso delle spese del conducente.
4.3 Il giudice cantonale ha accertato che il furgone VW all'origine della contravvenzione era utilizzato a turno dai portieri dell'albergo del ricorrente per il trasporto delle merci dai fornitori che non assicurano il servizio a domicilio regolare e per trasportare bagagli e clienti da e alla stazione di Lugano, all'aeroporto di Lugano-Agno ed in città. Il conducente controllato al momento dell'infrazione, dipendente dell'albergo come portiere ai piani, ha riferito di eseguire due o tre corse al giorno per trasportare i clienti alla stazione, all'aeroporto e in altri luoghi della città. Il giudice cantonale ha inoltre constatato che dalle schede contabili Omnibus riguardanti il furgone in questione risultavano per l'anno 2006 spese complessive di fr. 5'409.65 e ricavi totali di fr. 12'655.65. Ha rilevato che nei ricavi vi erano solo le tariffe pagate per il trasporto dei bagagli e dei passeggeri che usufruivano di questa prestazione dell'albergo, mentre l'altro scopo per cui veniva utilizzato il furgone (corse per l'acquisto di merce nei supermercati) non fruttava introiti. Ha inoltre osservato che nelle spese figuravano anche quelle (più ingenti) relative ai rifornimenti in carburante, alle tasse di circolazione, all'assicurazione e al garage, che non potevano però essere messe tutte a carico del servizio trasporto passeggeri. Ha quindi rilevato che i conti Omnibus facevano registrare degli utili negli anni 2006 e 2007, a prescindere dal costo dell'autista.
Il Presidente della Pretura penale ha poi accertato che le persone che hanno guidato il furgone in quegli anni erano tutti impiegati stagionali assunti come portieri ai piani e, tranne in un caso, avevano come mansione particolare ed accessoria anche il trasporto dei clienti con il VW Bus. Inoltre, dai contratti non si evinceva un salario supplementare per il dipendente nel caso in cui operasse quale autista per il trasporto passeggeri. Quest'ultima funzione rientrava nei suoi compiti ed era compresa nello stipendio, di modo che non esisteva un guadagno accessorio per il portiere ai piani. In effetti, a questo specifico proposito ha rilevato che per il 2007 il dipendente C._, il cui contratto non contemplava quale mansione particolare l'aggiunta del trasporto dei clienti con il VW Bus, guadagnava fr. 3'280.-- lordi mensili, ossia lo stesso importo di altri due portieri ai piani che svolgevano invece anche questo compito.
4.4 Nella misura in cui il ricorrente espone un proprio calcolo, asserendo che dalla contabilità dell'albergo risulterebbero mediamente ricavi da trasferte per complessivi fr. 11'670.--, mentre i costi per il veicolo ammonterebbero in media a fr. 7'905.--, ai quali andrebbero aggiunti i costi dell'autista (pari a fr. 25.87 orari per un totale di fr. 12'587.-- all'anno), di pulizia (fr. 1'813.-- annui) e di parcheggio (fr. 3'360.-- all'anno), giungendo alla conclusione che risulterebbe una perdita annua di fr. 13'995.--, il gravame non sostanzia arbitrio alcuno ed è pertanto inammissibile. Il ricorrente espone infatti una propria versione, opponendola a quella del giudice cantonale, ma non si confronta con gli accertamenti contenuti nella decisione impugnata, spiegando con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF per quali motivi essi sarebbero manifestamente in contrasto con gli atti (cfr., sulle esigenze di motivazione, DTF 136 I 49 consid. 1.4.1; 134 II 244 consid. 2). L'accertamento del giudice cantonale secondo cui dalle schede contabili per l'anno 2006 risultano per il furgone spese complessive per fr. 5'409.65 e ricavi totali per fr. 12'655.65, è peraltro fondato sui documenti prodotti dal ricorrente medesimo ed è conforme agli stessi. Il ricorrente disattende inoltre che in queste spese figurano anche i costi riconducibili all'utilizzo del furgone per le esigenze proprie dell'albergo, in particolare per l'acquisto di merce.
4.5 Il ricorrente sostiene che il giudice cantonale avrebbe ritenuto in modo arbitrario che per il datore di lavoro non vi erano costi supplementari di personale dovuti al trasporto dei passeggeri. Ritiene determinante il fatto che il trasporto dei clienti con il VW Bus rientrava nelle mansioni del personale impiegato e comportava comunque un costo, dal momento che quest'attività occupava il dipendente per almeno due ore al giorno, precludendo la possibilità di affidargli altri incarichi e rendendo quindi necessario l'impiego di personale aggiuntivo per svolgere altri compiti nell'albergo.
Il precedente giudice ha tuttavia accertato conformemente agli atti, e pertanto senza arbitrio, che i dipendenti in questione erano assunti come portieri ai piani e svolgevano il trasporto dei clienti con il VW Bus come mansione particolare, per la quale il contratto non prevedeva un salario supplementare. Rettamente ha quindi rilevato che questo compito rientrava nel lavoro degli impiegati e non comportava per gli stessi un guadagno accessorio, ma era compreso nello stipendio.
Il giudice cantonale ha ritenuto la circostanza avvalorata dal fatto che il contratto per il 2007 del dipendente C._, pur non contenendo l'aggiunta della mansione del trasporto dei clienti, prevedeva uno stipendio uguale a quello di altri due portieri nei cui contratti tale mansione era specificata. Il ricorrente reputa arbitrario questo accertamento sostenendo che C._ avrebbe comunque svolto il servizio di trasporto l'anno prima (2006) sulla base del relativo contratto (che pure specificava la mansione), mentre nel 2007 il compito sarebbe stato eseguito sulla base di un altro punto del contratto, secondo cui in via eccezionale al collaboratore si potevano affidare anche altri lavori nell'azienda che fossero ragionevolmente esigibili da lui. A torto. L'accertamento secondo cui, diversamente da quelli di altri due collaboratori, il contratto di C._ per il 2007 non contemplava specificatamente il servizio di trasporto dei clienti passeggeri è conforme agli atti, mentre la clausola generale evocata dal ricorrente è comunque contenuta anche in tutti gli altri contratti.
Il ricorrente ribadisce in sostanza che occorrerebbe considerare in generale il costo del personale, tenendo conto del fatto che il tempo dedicato ai trasporti verrebbe sottratto ad altri lavori. Sulla base degli esposti accertamenti risulta tuttavia che la mansione era compresa nel lavoro di portiere ai piani e nella rimunerazione prevista complessivamente per tale funzione. Non risulta, né il ricorrente lo dimostra, che il servizio di trasporto dei clienti era prevalente rispetto agli altri compiti svolti dai portieri o ch'esso era di ampiezza tale da rendere indispensabile l'impiego di personale supplementare. Alla luce di queste circostanze, è quindi senza incorrere nell'arbitrio che il giudice cantonale ha accertato che i conducenti non percepivano un'indennità per il trasporto dei passeggeri e che tale attività non comportava costi supplementari di personale. Ammettendo di conseguenza l'esistenza di un profitto economico, poiché gli incassi superavano le spese del veicolo (comunque utilizzato anche per altri scopi) e ritenuto che il conducente non aveva diritto a un rimborso delle spese, il giudizio impugnato regge quindi anche di fronte all'art. 3 cpv. 1bis OLR 2.
5. 5.1 Il ricorrente ritiene inoltre arbitraria, siccome mera congettura, la conclusione del giudice cantonale secondo cui l'esistenza di un profitto economico sarebbe confermata dal fatto che il ricorrente continuerebbe ad offrire il servizio di trasporto a pagamento, pur senza indicare i prezzi nel dettaglio: una persona privata accorta non riproporrebbe infatti un simile servizio se fosse deficitario.
5.2 Si può effettivamente concordare con il ricorrente che l'argomentazione è quantomeno discutibile. Non può infatti essere escluso che l'offerta di una determinata prestazione che non produce direttamente un utile se presa in considerazione singolarmente possa comunque giustificarsi nel contesto del servizio alberghiero complessivo. La questione non deve tuttavia essere esaminata oltre, poiché si tratta di un argomento addotto a titolo abbondanziale e la sentenza impugnata regge ugualmente alla luce dei considerandi che precedono. Analoga conclusione vale per l'ulteriore argomentazione svolta a stesso titolo dal giudice cantonale, ove tiene conto del costo al chilometro del veicolo e di quello del dipendente.
6. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, all'Ufficio giuridico della Sezione della circolazione e al Presidente della Pretura penale del Cantone Ticino.