Faits:
A. Par ordonnance du 12 septembre 2012, le Procureur Y._ du Ministère public du canton de Berne, Région Jura bernois-Seeland, a condamné X._ pour voies de fait et injures à 5 jours-amende assortis du sursis et à une amende de 300 francs, à la suite d'une plainte déposée par Z._. Le 17 septembre 2012, X._ a requis la récusation du procureur, au motif que celui-ci était lié d'amitié de longue date avec A._, beau-fils de la plaignante, et aurait vraisemblablement conseillé cette dernière. Au cours du deuxième échange d'écritures ordonné dans le cadre de la procédure de récusation, le procureur, qui concluait au rejet de la demande de récusation, a qualifié les allégations de X._ de "fallacieuses et dénuées de tout fondement".
Par décision du 7 novembre 2012, la Chambre de recours pénale de la Cour suprême du canton de Berne a rejeté la demande de récusation déposée par X._. La juridiction cantonale a considéré que le lien entre le procureur et le beau-fils de la plaignante ne dépassait pas la camaraderie sportive et que les rapports entre les deux familles n'étaient pas suffisamment étroits pour justifier une récusation. Quant au reproche fait au procureur de n'avoir pas remarqué la tardiveté de la plainte contre X._, cet élément n'était pas déterminant, une erreur d'appréciation de ce type ne démontrant pas un manque d'objectivité constitutif de prévention. En outre, la condamnation, dans la même affaire, de Z._ sur plainte de X._ constituait au contraire un indice d'impartialité du procureur.
B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et d'ordonner la récusation du Procureur Y._, subsidiairement de renvoyer le dossier à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Procureur Y._ se réfère à ses prises de position ressortant du dossier cantonal. Il précise n'avoir jamais traité la recourante de menteuse et s'être limité à se prononcer sur la nature des allégations contenues dans les différentes écritures qu'elle avait déposées. La Cour suprême se réfère à la motivation de sa décision tout en expliquant les motifs pour lesquels elle n'a pas pris position sur la portée de l'utilisation, par le procureur, du terme "fallacieux" à l'égard des allégations de la recourante. Celle-ci n'a pas pris position sur ces déterminations. La plaignante Z._ n'a pas procédé.
Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un magistrat pénal peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale. La recourante, auteure de la demande de récusation rejetée, a qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF). Pour le surplus, interjeté en temps utile contre une décision prise par un tribunal institué par le code de procédure pénale comme instance cantonale unique (art. 59 al. 2 CPP et 80 al. 2 3ème phrase LTF) et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours en matière pénale est recevable.
2. La recourante se plaint d'une violation des art. 30 al. 1 Cst., 6 par. 1 CEDH et 56 CPP. Elle admet désormais la conception de la cour cantonale selon laquelle ni le fait que le procureur et son père soient impliqués dans le même club de football que le beau-fils de la plaignante, ni le fait que le procureur ait traité par erreur la plainte déposée tardivement ne constitue un motif de récusation. Elle se plaint en revanche d'avoir été traitée de menteuse par celui-ci dans sa duplique du 11 octobre 2012, élément sur lequel la cour cantonale ne se serait pas penchée. Cette accusation attentatoire à l'honneur constituerait un motif de récusation.
2.1 Selon l'art. 56 let. f CPP, un magistrat est tenu de se récuser "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention". Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes. Elle correspond à la garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 Cst. et 6 CEDH. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du magistrat est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération. Les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (ATF 138 IV 142 consid. 2.1 p. 144 et les arrêt cités).
2.2 La cour cantonale, qui ne s'était pas directement prononcée sur la duplique du procureur, en particulier l'utilisation du terme "fallacieux", expose devant le Tribunal fédéral que cet élément ne lui a pas paru décisif pour la décision à rendre. Elle considère par ailleurs que, si le procureur s'est exprimé en ces termes, "c'est qu'il a pu en toute bonne foi estimer que l'appréciation des faits à laquelle avait procédé la recourante pouvait donner une vue déformée de la réalité et par là tromper et induire en erreur".
2.3 Le procureur n'a jamais contesté qu'il jouait au football dans la même équipe que le beau-fils de la plaignante. Il a en revanche d'emblée précisé qu'il ignorait ce lien de parenté et qu'il ne côtoyait pas celui-ci en dehors des terrains de football. Or, la requête de récusation faisait apparaître - à tort - le procureur comme un intime de la famille Z._ et comme son conseiller juridique. Il est donc légitime que le magistrat ait énergiquement dénié ces allégations. La recourante, sans directement y revenir, a du reste tempéré ces propos au fil des écritures, et n'a ainsi à aucun moment été en mesure - ni même n'a tenté - de démontrer en quoi le procureur aurait conseillé la plaignante. La demande de récusation contenait ainsi des allégations infondées, de nature à ternir l'image du procureur accusé d'avoir délibérément caché un motif de récusation alors qu'il aurait été tenu d'en faire état (art. 57 CPP).
C'est en référence à la réplique de la recourante que le procureur a utilisé le terme "fallacieux". Si cette réplique était certes moins accusatoire que la requête initiale, elle persistait à affirmer certains faits qui n'étaient pas avérés: ainsi l'existence de liens étroits entre le magistrat et le beau-fils de la plaignante, ou l'important soutien du père du Procureur Y._ à l'égard du jeune A._. Dans ces circonstances, le procureur était fondé à s'en défendre, ce qu'il a fait en se référant à sa première prise de position et en ajoutant que les allégations de la réplique étaient "à nouveau fallacieuses et dénuées de tout fondement". De cette seule et unique phrase, la recourante infère que le procureur lui a reproché d'avoir menti et de s'être comportée de façon malhonnête dans le cadre d'une procédure judiciaire. Or, celui-ci n'a jamais tenu de tels propos. Avec la cour cantonale, il y a lieu de constater que la réponse du procureur tendait à contester les allégations de fait de la recourante, voire les spéculations qu'elle entendait tirer de ces faits, qui pouvaient donner une vue déformée de la réalité et induire en erreur. En d'autres termes, le procureur n'a fait que réfuter des accusations injustifiées portées contre lui dans le cadre de la prise de position exigée par l'art. 58 al. 2 CPP. Ce faisant, il a usé d'une expression commune en procédure. A aucun moment il n'a émis de jugement à l'égard de la recourante, ni, comme elle tente de le faire valoir, n'a attenté à son honneur.
En définitive, le comportement du procureur au cours de la procédure de récusation engagée contre lui est exempt de reproches et, même cumulé avec la relation dénoncée initialement, ne constitue pas un motif de récusation.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens, ni au procureur (art. 68 al. 3 LTF), ni à la plaignante qui n'a pas procédé.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, Section pénale, Chambre de recours pénale.
Lausanne, le 6 mars 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Merkli
La Greffière: Sidi-Ali