Faits:
A. Par jugement du 5 avril 2006, le Juge II du district de Monthey a notamment confisqué et dévolu à l'Etat le quadricycle à moteur Polaris Sportsman 700, immatriculé au nom de X._ et au moyen duquel le fils de celui-ci, A._, avait commis diverses infractions. Cette décision n'a pas été notifiée à X._.
B. Le 4 juillet 2008, la Juge de la IIème Cour pénale du Tribunal cantonal valaisan a décidé que le quadricycle en question était confisqué et que le produit de sa réalisation serait, sous déduction des frais y relatifs, alloué à X._.
C. Par arrêt du 13 janvier 2009, le Tribunal fédéral a admis, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par X._ contre ce jugement, qu'il a annulé, renvoyant la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
D. Le 31 août 2009, la Juge de la IIème Cour pénale du Tribunal cantonal valaisan a statué à nouveau, ordonnant que le quadricycle litigieux soit confisqué et que le produit de sa réalisation soit, sous déduction des frais y relatifs, alloué à X._.
E. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau, subsidiairement à l'annulation de la confiscation du quadricycle et à la restitution du véhicule à son propriétaire, le dossier étant renvoyé à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens.
F. Invité à présenter des observations, le ministère public a renoncé à se déterminer.
Pour sa part, l'autorité cantonale a fourni une précision relative à un jugement invoqué par le recourant et s'est référée pour le surplus aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit:
1. Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé son droit d'être entendu et de lui avoir refusé le bénéfice de la double instance.
Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de produire des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur leur résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 II 286 consid. 5.1 p. 293 et les arrêts cités). Dans son arrêt du 13 janvier 2009, le Tribunal fédéral a considéré que les autorités cantonales avaient violé l'art. 29 al. 2 Cst. en prononçant la confiscation du véhicule sans avoir au préalable entendu son propriétaire. Saisie à nouveau de la cause suite au renvoi de celle-ci par le Tribunal fédéral, la Juge de la IIème Cour pénale valaisanne a considéré que compte tenu de la séance du 29 avril 2009, à laquelle avait comparu l'avocat du recourant, la violation du droit d'être entendu de ce dernier avait été réparée, le pouvoir d'examen du Tribunal cantonal sur la question litigieuse étant aussi étendu que celui du juge de district.
Le recourant reproche à l'autorité cantonale de lui avoir arbitrairement refusé le bénéfice de la double instance, le Tribunal cantonal ayant statué en unique instance cantonale. Or, le point contesté par le recourant a bien fait l'objet d'une décision de première instance puisque le jugement du Juge II du district de Monthey du 5 avril 2006 prononce la confiscation du quadricycle litigieux. Certes, ce jugement a été rendu en violation du droit d'être entendu du recourant. La question qui se pose est donc de savoir si l'audience du 29 avril 2009, à laquelle a participé le mandataire du recourant, a guéri ce vice.
Le recourant ne conteste pas l'affirmation de l'autorité cantonale selon laquelle son pouvoir d'examen était sur la question litigieuse aussi étendu -en fait et en droit- que celui du juge de première instance.
Sur le fond, l'autorité cantonale affirme qu'il apparaît hautement vraisemblable que si le quadricycle devait être restitué au recourant, il serait derechef utilisé par son fils à des fins illicites. Elle reprend sur ce point pratiquement mot pour mot la motivation du jugement du 4 juillet 2008, qui a été annulé parce qu'il avait été rendu en violation du droit d'être entendu du recourant. Elle ne mentionne aucun élément apporté à l'audience du 29 avril 2009 par le mandataire du recourant. A fortiori, elle ne se prononce sur aucun de ses arguments et n'aborde pas la question de la proportionnalité de la mesure, alors qu'il s'agit d'un principe qui doit être respecté dans le cadre de l'application de l'art. 69 al. 1 CP. Dans ces circonstances, la tenue de l'audience du 29 avril 2009 en présence du mandataire du recourant apparaît comme purement formelle et on ne saurait considérer qu'elle a permis de réparer la violation du droit d'être entendu sanctionnée par l'arrêt du Tribunal fédéral du 13 janvier 2009. Il y a par conséquent lieu d'annuler l'arrêt attaqué sans examiner la question, également soulevée par le recourant, d'une prétendue violation de l'art. 69 CP sur laquelle l'autorité de céans ne pourrait de toute manière pas se déterminer faute de disposer des constatations de fait nécessaires.
2. Vu l'issue de la procédure, il ne sera pas perçu de frais (art. 66 al. 4 LTF) et le canton du Valais versera au recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais.
3. Le canton du Valais versera au recourant une indemnité de dépens de 3000 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Juge de la IIème Cour pénale du Tribunal cantonal valaisan.
Lausanne, le 19 mars 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay