Sachverhalt:
A. X._, geboren 1937, leidet seit vielen Jahren an einer chronisch paranoiden Schizophrenie und ist praktisch dauernd psychiatrisch hospitalisiert, seit dem 19. März 1997 im Psychiatriezentrum Y._. Sie ist bevormundet.
B. Am 14. Februar 2008 verlangte X._ die Aufhebung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung, welches Begehren von der ärztlichen Leitung des Psychiatriezentrums Y._ am 20. Februar 2008 abgelehnt wurde. Nach Erstattung des gerichtlichen Gutachtens durch Dr. med. A._ und Anhörung von X._ lehnte der Einzelrichter des Bezirksgerichts Z._ das Gesuch am 21. Februar 2008 ebenfalls ab. Das Obergericht des Kantons Zürich lehnte die dagegen von X._ erhobene Berufung mit Beschluss vom 12. März 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. X._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin) ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. April 2008 an das Bundesgericht gelangt. Sie verlangt die Aufhebung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung. Zudem stellt sie das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Das Psychiatriezentrum Y._ hat sich am 21. April 2008 vernehmen lassen. Die Beschwerdeführerin nahm dazu am 25. April 2008 unaufgefordert Stellung. Am 28. April 2008 teilte das Psychiatriezentrum Y._ die Aufhebung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung mit. Die Beschwerdeführerin verlangte am 8. Mai 2008, dass das Psychiatriezentrum Y._ angefragt werde, ob die fürsorgerische Freiheitsentziehung vorbehaltlos aufgehoben worden sei. Am 9. Mai 2008 bestätigte das Psychiatriezentrum Y._ die Aufhebung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung.
Erwägungen:
1. 1.1 Anlass zum vorliegenden Verfahren gibt die Aufrechterhaltung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung, mithin ein öffentlich-rechtlicher Entscheid in unmittelbarem Zusammenhang mit dem Zivilrecht. Die Beschwerde in Zivilsachen gegen den letztinstanzlich ergangenen Entscheid ist damit gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6, Art. 75 Abs. 1 BGG).
1.2 Die bevormundete Beschwerdeführerin ist zur selbständigen Beschwerdeerhebung und Bevollmächtigung eines Anwaltes berechtigt, zumal ihre Urteilsfähigkeit vermutet wird und sie sich für ein Recht wehrt, das ihr um ihrer Persönlichkeit willen zusteht (Art. 19 Abs. 2 ZGB; Eugen Bucher, Berner Kommentar, N. 125 zu Art. 16 ZGB und N. 199 zu Art. 19 ZGB; Eugen Spirig, Zürcher Kommentar, N. 12 zu Art. 397d ZGB).
2. 2.1 Zur Beschwerde ist nur berechtigt, wer unter anderm ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG). Das Rechtsschutzinteresse muss aktuell und im Zeitpunkt der Entscheidfindung noch gegeben sein, da sich das Bundesgericht nur zu konkret sich stellenden Fragen äussert. Es fehlt insbesondere, wenn der angefochtene Entscheid inzwischen vollstreckt oder gegenstandslos geworden ist (BGE 131 I 153 E. 1.2; 131 II 670 E. 1.2). Diese zur staatsrechtlichen Beschwerde entwickelten Grundsätze behalten ihre Gültigkeit auch unter neuem Recht (Urteil 5A_656/2007 E. 1.2 vom 13. März 2008). Ausnahmsweise sieht das Bundesgericht vom Erfordernis des aktuellen Interesses ab, wenn nämlich sich die mit der Beschwerde aufgeworfenen Fragen jeweils unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnten, ohne dass im Einzelfall rechtzeitig eine höchstrichterliche Prüfung stattfinden könnte (BGE 131 II 670 E. 1.2).
2.2 Das Psychiatriezentrum Y._ teilte dem Anwalt der Beschwerdeführerin bereits am 28. April 2008 - mit Kopie an das Bundesgericht - mit, dass die fürsorgerische Freiheitsentziehung gegenüber seiner Klientin aufhoben worden sei. Der sogenannte Freiwilligenschein, wonach diese die Klinik ermächtige, die Entlassung zu verweigern, und sie gegen ihren Willen zurückzubehalten, falls ihr Zustand einen Austritt noch nicht zulasse, sei der Beschwerdeführerin zurückgegeben worden. Zudem werde der Vormund gebeten, eine der Beschwerdeführerin angepasste - vorzugsweise psychiatrisch betreute - Wohnform zu finden. Dass die fürsorgerische Freiheitsentziehung per 21. April 2008 aufgehoben worden war, bestätigte das Psychiatriezentrum Y._ mit Schreiben vom 9. Mai 2008 dem Anwalt der Beschwerdeführerin erneut, von welchem Schreiben dem Bundesgericht wiederum eine Kopie zuging.
2.3 Durch die Aufhebung der strittigen fürsorgerischen Freiheitsentziehung nach Einreichen der Beschwerde ist das aktuelle Interesse an deren Behandlung weggefallen und sie ist als gegenstandslos geworden abzuschreiben. Mit der Beschwerde werden keine grundsätzlichen Fragen aufgeworfen, welche im Hinblick auf weitere Fälle bereits jetzt eine Beantwortung verlangen, ansonsten eine solche nie möglich sein wird. Es geht vielmehr darum, ob für den konkreten Fall nicht andere, insbesondere vormundschaftliche Massnahmen angemessen wären. Es bestehen auch keine Anhaltspunkte, dass über die Beschwerdeführerin in absehbarer Zeit wiederum eine fürsorgerische Freiheitsentziehung angeordnet wird. Das Psychiatriezentrum Y._ empfahl dem Vormund vielmehr, für sein Mündel eine geeignete Unterbringung zu suchen.
3. 3.1 Wird eine Beschwerde vor Bundesgericht gegenstandslos, so ist über die Kostenfolgen (Gerichtsgebühr und Parteientschädigung) mit summarischer Begründung aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes zu entscheiden (Art. 72 BZP in Verbindung mit Art. 71 BGG). Dem Bundesgericht steht dabei ein weites Ermessen zu, und es kann nach ständiger Praxis nicht darum gehen, bei der Beurteilung der Kostenfolgen über die materielle Begründetheit des Rechtsmittels zu befinden (BGE 118 Ia 488 E. 4; 111 Ib 182 E. 7).
3.2 In der Beschwerde gegen die Aufrechterhaltung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung wird vorweg geltend gemacht, die Vorinstanz habe den Anspruch der Betroffenen auf gehörige Vertretung und auf rechtliches Gehör verletzt. Ob der Beschwerdeführerin aufgrund der konkreten Umstände gestützt auf Art. 397f Abs. 2 ZGB im kantonalen Verfahren ein Rechtsbeistand hätte bestellt werden sollen, kann vorwiegend offen bleiben, da sie nach Einreichung der Berufung an das Obergericht am 11. März 2008 selber einen Anwalt mit ihrer Interessenwahrung beauftragt hat. Dieser setzte sich nach seinen eigenen Angaben umgehend mit der Vorinstanz in Verbindung und ersuchte um Akteneinsicht. Er sei auf den 13. März 2008 vertröstet worden, an welchem Tag ihm die Akten mitsamt dem vorinstanzlichen Beschluss zugestellt worden seien. Auf diese Weise habe er sich namens der Beschwerdeführerin in keiner Weise zur Sache äussern können. Der angefochtene Beschluss enthält keine Angaben zum nunmehr geschilderten Vorgang. Immerhin wird der Anwalt der Beschwerdeführerin daselbst im Rubrum aufgeführt, womit die Vorinstanz beim Entscheid über die Berufung am 12. März 2008 über das Vertretungsverhältnis bereits wusste. Die kantonalen Akten geben zur behaupteten Kontaktnahme mit der Vorinstanz keine Auskunft, da sie weder diesbezügliche Schreiben noch Telefonnotizen enthalten. Es findet sich einzig die am 11. März 2008 von der Beschwerdeführerin unterschriebene Anwaltsvollmacht, auf der allerdings ein Eingangsstempel fehlt, sowie der Empfangsschein vom 13. März 2008 für den tags zuvor ergangenen Beschluss sowie die Vorinstanzakten. Zumindest steht fest, dass der Anwalt der Beschwerdeführerin mit der Vorinstanz umgehend und vor Erlass des Beschlusses Kontakt aufgenommen hatte, ohne dass sich Einzelheiten hiezu feststellen lassen. Es liegt indes nahe, dass eine Stellungnahme zur Sache beabsichtigt war und es nicht nur um den Erhalt des angekündigten Beschlusses sowie der Akten ging. Das Obergericht hat sich im bundesgerichtlichen Verfahren nicht vernehmen lassen und damit den von der Beschwerdeführerin geschilderten Ablauf nicht in Frage gestellt, womit auf ihre Ausführungen abzustellen ist. Das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin wurde verletzt, da der von ihr bestellte Anwalt sich vor Erlass des sie betreffenden Beschlusses nicht zur Sache hat äussern können (BGE 127 I 54 E. 2b).
4. Nach dem Gesagten ist die Parteientschädigung dem Kanton Zürich aufzuerlegen, womit das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren gegenstandslos wird (Art. 68 Abs. 1 BGG). Gerichtskosten werden vom unterliegenden Gemeinwesen keine erhoben (Art. 66 Abs. 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Mai 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Schett