Fatti:
A. I fatti all'origine della presente controversia risalgono all'inizio del 2003. A quell'epoca A._SA si occupava della coltivazione di canapa su di un terreno a X._ e su di un altro a Y._, di proprietà di C._. L'attività è cessata nel maggio 2003, in seguito all'avvio dell'inchiesta "Indoor" del Ministero pubblico ticinese.
B. Con petizione 9 settembre 2003 B._, titolare di una ditta di impianti sanitari, ha convenuto A._SA dinanzi alla Pretura di Bellinzona onde ottenere il pagamento di fr. 45'483.75, oltre interessi, pari alla mercede dovutagli per vari lavori da idraulico effettuati tra il 20 febbraio e il 26 aprile 2003 sui due fondi citati. Con il medesimo atto egli ha pure convenuto in giudizio C._, chiedendo l'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale già iscritta in via provvisoria per il medesimo importo a carico del suo fondo di Y._.
Non essendo possibile procedere all'audizione del dipendente di A._SA che aveva - a dire dell'attore - sorvegliato l'esecuzione dei lavori né all'interrogatorio formale del direttore della società, la Segretaria assessora della Pretura adita, considerato anche il fatto che l'intervento della magistratura penale ha comportato lo smantellamento di buona parte delle infrastrutture presenti sui terreni, ha dato seguito alla richiesta tendente all'allestimento di una perizia giudiziaria. Sulla scorta delle conclusioni del perito, la giudice ha quindi stabilito che i lavori di cui agli scritti 20 e 22 febbraio così come 14 e 24 aprile 2003 (doc. A, B, C, E), relativi al fondo di Y._, sono stati eseguiti con il consenso della convenuta, mentre sono rimaste senza il necessario riscontro probatorio le opere asseritamente effettuate a X._, indicate nella fattura 18 aprile 2003 (doc. D).
Con sentenza 20 marzo 2006 A._SA è stata dunque condannata al pagamento di fr. 34'033.05, oltre interessi. Per questo medesimo importo è stata inoltre ordinata l'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale a carico del fondo di Y._, di proprietà di C._.
C. L'impugnativa interposta da A._SA contro questo giudizio è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 31 maggio 2007.
Nel suo giudizio la Corte ticinese ha fra l'altro osservato come in corso di causa la proprietà del fondo di Y._ sia passata da C._ ad D._SA.
D. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato perlopiù sulla violazione degli art. 368 e 373 CO nonché degli art. 8 e 839 cpv. 2 CC, A._SA postula, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza dell'ultima istanza cantonale nel senso di accogliere il suo appello e, di conseguenza, respingere integralmente la petizione 9 settembre 2003, sia in punto all'azione creditoria sia in punto all'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale. In via subordinata ha invece chiesto il rinvio della causa all'autorità ticinese per nuovo giudizio.
La domanda tendente alla concessione dell'effetto sospensivo è stata accolta in via supercautelare il 17 luglio 2007.
Nelle osservazioni 20 agosto 2007 B._ ha proposto la reiezione del gravame, mentre la massima istanza ticinese ha rinunciato a pronunciarsi.
Diritto:
1. Il 1° gennaio 2007 è entrata in vigore la Legge sul Tribunale federale (LTF, RS 173.110; RU 2006 1205, 1241). Poiché la decisione in concreto impugnata è stata pronunciata dopo questa data, la procedura ricorsuale è disciplinata dalla nuova normativa (art. 132 cpv. 1 LTF).
2. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 462 consid. 2).
2.1 Nel caso in esame è necessario soffermarsi sulla legittimazione ricorsuale di A._SA.
Giusta l'art. 76 cpv. 1 LTF ha diritto di interporre ricorso in materia civile chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a), così come chi ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b).
2.1.1 Ora, il diritto di ricorrere di A._SA contro il giudizio cantonale sull'azione creditoria, che l'ha condannata a versare fr. 34'033.05, oltre interessi, a B._, è pacifico.
2.1.2 Non si può per contro riconoscerle il diritto d'impugnare la decisione sull'ipoteca legale degli artigiani.
Va detto che la ricorrente, pur criticando diffusamente la decisione dei giudici ticinesi di confermare l'iscrizione dell'ipoteca legale degli artigiani, non spende una parola per spiegare cosa la legittimerebbe ad agire in tale modo. Di certo non basta il fatto che in sede cantonale essa sia stata convenuta in causa parallelamente al proprietario del fondo. Giovi ricordare che la decisione dell'appaltatore di convenire in giudizio parallelamente il committente - per il pagamento della mercede - e il proprietario del fondo - per l'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale - risponde ad esigenze di economia processuale, ma non crea una relazione d'interdipendenza fra le due cause né tantomeno un litisconsorzio necessario fra le due parti convenute. Si tratta di due procedure diverse, che l'appaltatore/creditore può anche decidere di avviare separatamente (DTF 126 III 467 consid. 3 pag. 469-473; sentenza del 21 gennaio 2003 nella causa 4P.226/2002 consid. 2.2, pubblicata in SJ 2003 I pag. 299 segg.).
Il solo fatto che in concreto l'appaltatore abbia avviato le due cause mediante un unico allegato e che la giudice di primo grado le abbia di conseguenza decise nella medesima sentenza - l'azione creditoria al n. 1.1 del dispositivo e l'azione concernente l'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale al n. 1.2 del dispositivo - non legittima dunque A._SA a censurare l'ordine d'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale. Contro questo giudizio avrebbe semmai potuto e dovuto aggravarsi la nuova proprietaria del fondo, D._SA.
2.2 Ne discende che il ricorso risulta inammissibile in quanto rivolto contro la decisione sull'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale degli artigiani sul fondo di Y._, di proprietà di D._SA.
2.3 Il gravame risulta per contro ammissibile in quanto rivolto contro la decisione dei giudici ticinesi di condannare la ricorrente al parziale pagamento della mercede pretesa dall'opponente, siccome interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario, con un valore litigioso superiore a fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF).
3. Come già accaduto in sede cantonale, anche dinanzi al Tribunale federale la ricorrente nega di aver commissionato all'opponente i lavori oggetto della presente causa. A sostegno di quest'affermazione essa descrive ancora una volta le modalità di collaborazione vigenti abitualmente fra le parti: l'opponente sottoponeva le offerte al direttore, il quale, dopo verifica, comunicava l'accettazione e sottoscriveva il bollettino di ordinazione. Per i lavori oggetto della presente causa ciò non è mai avvenuto, prova ne sia il fatto che l'opponente non è stato in grado di produrre gli usuali bollettini.
3.1 L'esistenza di questa prassi, così come l'assenza di un incarico per i lavori contestati - prosegue la ricorrente - avrebbe potuto venire dimostrata mediante il richiamo della documentazione contabile della ricorrente, sequestrata dal Ministero pubblico nell'ambito dell'operazione "indoor". Sennonché le autorità giudiziarie cantonali hanno rifiutato l'assunzione di tale prova, violando così il diritto alla controprova della ricorrente, garantito dall'art. 8 CC, di modo che il giudizio impugnato si fonda su di un accertamento incompleto dei fatti ai sensi dell'art. 105 LTF.
La censura è manifestamente destinata all'insuccesso.
L'art. 8 CC non è infatti violato quando l'autorità cantonale rifiuta di assumere prove su circostanze prive di rilevanza ai fini del giudizio (DTF 129 III 18 consid. 2.6 pag. 24 seg. con rinvii). In concreto, i giudici della massima istanza ticinese hanno stabilito che, anche qualora la prassi descritta dalla ricorrente avesse trovato confronto nella documentazione da lei menzionata, ciò non avrebbe significato che il contratto d'appalto in esame fosse sottoposto a una forma speciale, poiché - hanno spiegato i giudici cantonali - le parti possono convenire in ogni momento di abbandonare l'esigenza di una forma scritta, senza dover rispettare la forma pattuita per la conclusione del contratto. Il fatto che per i lavori contestati non siano stato sottoscritti i bollettini non significa dunque ancora che non vi fosse accordo tra le parti sulla loro esecuzione.
3.2 La ricorrente contesta queste considerazioni. Richiamandosi all'art. 16 CO afferma che, avendo le parti convenuto di utilizzare la forma scritta, essa non sarebbe obbligata a pagare per lavori da lei non commissionati in tale forma. Ma anche volendo seguire la tesi del Tribunale d'appello, secondo cui ci si può in ogni caso discostare dall'esigenza della forma scritta - precisa la ricorrente -, spettava all'opponente dimostrare l'esistenza di un accordo in tal senso. Ora, egli non ha "né invocato né tantomeno provato la volontà di A._SA di discostarsi dalla prassi in vigore tra le parti, che prevedeva la forma scritta".
Anche questa critica, come la precedente, non è di nessun soccorso per la ricorrente.
3.2.1 L'art. 16 cpv. 1 CO stabilisce che, se per un contratto non vincolato per legge a forma alcuna - com'è il contratto d'appalto - i contraenti hanno convenuto una data forma, in difetto di essa si presumono non obbligati. La presunzione sancita dall'art. 16 cpv. 1 CO viene tuttavia a cadere qualora le prestazioni contrattuali vengano fornite e accettate senza riserve, nonostante non sia stata ossequiata la forma originariamente pattuita; in questo caso si ammette infatti una concorde rinuncia delle parti all'esigenza di forma (DTF 131 III 640 consid. 2 non pubblicato; 125 III 263 consid. 4c pag. 268; 105 II 75 consid. 1 pag. 78; Gauch/Schluep/Schmid/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht - Allgemeiner Teil, vol. I, 8a ed. Zurigo/Basilea/Ginevra 2003, n. 593 seg. a pag. 112 seg.).
3.2.2 Questo è quanto accaduto nel caso concreto. Come la giudice di primo grado, anche la massima istanza cantonale ha infatti accertato che i lavori menzionati nei documenti A, B, C ed E sono stati eseguiti senza contestazione alcuna da parte della ricorrente, la quale non ha confutato efficacemente questa circostanza, essendosi limitata ad affermare che l'opponente si trovava già sul posto per l'esecuzione di lavori regolarmente commissionati, indi per cui aveva la possibilità di procedere anche ad ulteriori opere, non commissionate, senza che la ricorrente o i suoi rappresentanti potessero accorgersene. Tale argomentazione non ha convinto la Corte ticinese. Posto che la ricorrente riconosce l'avvenuta esecuzione di lavori per circa fr. 200'000.--/250'000.--, che ha provveduto a pagare, e che la perizia ha confermato l'esistenza di gran parte dei lavori rivendicati dall'opponente, la Corte ha escluso che quest'ultimo abbia potuto recarsi sul posto dopo la conclusione dei lavori commissionatigli ed eseguire ulteriori opere all'insaputa della ricorrente.
3.3 Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente non adduce alcun argomento suscettibile di inficiare le considerazioni dei giudici cantonali.
Essa si prevale della violazione dell'art. 8 CC "non essendo provata la volontà di cambiare la prassi precedentemente in vigore tra le parti che prevedeva di utilizzare la forma scritta", ma dimentica che la pronunzia cantonale non si fonda sull'art. 8 CC, che regola la ripartizione dell'onere probatorio, bensì sull'apprezzamento complessivo delle prove, che avrebbe eventualmente potuto essere censurato in quanto arbitrario.
In tal caso la ricorrente avrebbe dovuto lamentarsi di un accertamento dei fatti "manifestamente inesatto", ai sensi dell'art. 97 cpv. 1 LTF, siccome frutto di un apprezzamento arbitrario delle prove da parte dell'autorità cantonale. In particolare avrebbe dovuto, allegando adeguatamente la violazione dell'art. 9 Cost., dimostrare che il giudice - il quale in questo ambito dispone di un ampio margine di apprezzamento - ha manifestamente misconosciuto il senso e la portata di un mezzo di prova, che ha omesso senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure che ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (DTF 129 I 8 consid. 2.1). Nell'allegato sottoposto all'esame del Tribunale federale essa si è invece limitata a riproporre genericamente la tesi secondo cui l'opponente avrebbe potuto svolgere i contestati lavori a sua insaputa.
4. Da questo esposto discende la reiezione del ricorso, nella misura in cui ammissibile, siccome infondato.
Con l'evasione del presente gravame la domanda tendente alla concessione dell'effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile
del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.