Sachverhalt:
A. Der Landwirt X._ ist Halter eines am 24. Februar 2005 geborenen Mischlingshundes. Als die Kantonspolizei Bern das streunende Tier im Oktober 2007 kontrollierte, stellte sie fest, dass dieses weder mit einem Mikrochip versehen noch registriert war. Der Anweisung, den Hund durch einen Tierarzt kennzeichnen und registrieren zu lassen, kam X._ nicht nach, worauf das Amt für Landwirtschaft und Natur des Kantons Bern eine entsprechende Verfügung erliess. Die von X._ dagegen gerichteten Rechtsmittel wurden von der Volkswirtschaftsdirektion und vom Verwaltungsgericht des Kantons Bern abgewiesen.
B. Mit Beschwerde vom 29. April 2009 beantragt X._ dem Bundesgericht sinngemäss, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 26. März 2009 aufzuheben.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 30 Abs. 1 des Tierseuchengesetzes vom 1. Juli 1966 (TSG; SR 916.40; in der bis 31. Mai 2008 gültigen Fassung vom 20. Juni 2003 [AS 2003 4237, 2004 3063]) müssen Hunde gekennzeichnet und in einer Datenbank registriert werden. Der Bundesrat regelt die Kennzeichnung; die Kantone sorgen für die Registrierung (Abs. 2).
1.2 Nach dem gestützt auf diese Ermächtigung erlassenen und am 15. August 2006 in Kraft getretenen Art. 16 der Tierseuchenverordnung vom 27. Juni 1995 (TSV; SR 916.401) müssen Hunde spätestens drei Monate nach der Geburt, in jedem Fall aber vor der Weitergabe durch den Tierhalter, bei dem der Hund geboren wurde, mit einem Mikrochip gekennzeichnet werden.
Die Übergangsbestimmung von Art. 315f Abs. 1 TSV erlaubte, dass vor dem 1. Januar 2006 geborene Hunde noch bis zum 31. Dezember 2006 nach den kantonalen Vorschriften gekennzeichnet oder registriert werden konnten; sie mussten mindestens mit einer amtlichen Kontrollmarke versehen oder auf andere Weise eindeutig gekennzeichnet sein. Solche Hunde müssen nur dann nicht neu gekennzeichnet werden, wenn sie mit einer deutlich lesbaren Tätowierung oder einem lesbaren Mikrochip, der die geltenden Anforderungen noch nicht erfüllt, versehen sind (Abs. 2).
1.3 Wie sich aus den Materialien ergibt, ist unter Kennzeichnung im Sinne des Tierseuchengesetzes nur eine dauerhaft angebrachte Kennzeichnung des Tieres zu verstehen. Diese Anforderung erfüllen beispielsweise der Mikrochip oder die Tätowierung, nicht aber eine bloss am Halsband befestigte Hundemarke. Nur eine dauerhafte Kennzeichnung erlaubt eine zuverlässige Identifizierung - namentlich verunfallter und ausgesetzter Tiere - oder die mit dem Gesetz bezweckte zuverlässige seuchenpolizeiliche Abklärung. Innerhalb der Übergangsfrist sind zudem alle noch nicht gekennzeichneten Hunde zu erfassen (BBl 2002 4968).
1.4 Indem die Vorinstanz zum Schluss gekommen ist, der Hund des Beschwerdeführers, welcher lediglich ein Halsband mit einer Hundemarke trägt und welcher ihm erst nach intensiven Abklärungen zurückgegeben werden konnte, komme nicht in den Genuss der Übergangsregelung gemäss Art. 315f TSV, hat sie daher kein Bundesrecht verletzt. Es kann auf ihre zutreffenden Ausführungen (angefochtenes Urteil E. 2) verwiesen werden, denen nichts beizufügen ist. Dass der Beschwerdeführer bei Geburt seines Hundes nicht der Halter war, führt zu keiner anderen Beurteilung.
2. Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung seiner Glaubens- und Gewissensfreiheit (Art. 14 der Kantonsverfassung bzw. Art. 15 BV) rügt, genügt seine Beschwerde nicht den erhöhten Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 BGG. Er hätte sich dazu mit der entsprechenden Begründung des angefochtenen Urteils befassen und darlegen müssen, inwiefern diese Recht bzw. verfassungsmässige Rechte verletzt (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2); er hat dies nicht getan, weshalb auf diese Rüge nicht eingetreten werden kann.
3. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend diesem Ausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Veterinärwesen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng