Sachverhalt:
A. X._ befindet sich seit dem 28. Januar 2008 in Untersuchungshaft. Es wird ihm vorgeworfen, am 26. Januar 2008 in Zürich eine Person mit Messerstichen verletzt zu haben. X._ ist geständig, den Geschädigten verletzt zu haben, macht aber geltend, er habe in Notwehr gehandelt.
B. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2008 verlängerte der Haftrichter die Untersuchungshaft bis zum 28. Januar 2009.
C. Am 8. Dezember 2008 wies der Haftrichter ein Haftentlassungsgesuch des amtlichen Verteidigers von X._ ab. Die dagegen gerichtete Beschwerde X._s wies das Bundesgericht am 7. Januar 2009 ab (1B_331/2008).
D. Am 8. Januar 2009 ging ein weiteres Schreiben von X._ beim Bundesgericht ein, datiert vom 31. Dezember 2008 (Postaufgabe durch die Staatsanwaltschaft Zürich am 7. Januar 2009). Darin erhebt dieser zusätzlich Beschwerde gegen die Haftverlängerungsverfügung vom 29. Oktober 2008. Er macht geltend, der Haftrichter habe die Aussage des Zeugen Baumberger falsch gewürdigt. Er habe jedoch zunächst nichts dagegen unternommen, weil er gehofft habe, nach Erstellung des psychiatrischen Gutachtens aus der Haft entlassen zu werden, und weil sein amtlicher Verteidiger eine Beschwerde für aussichtslos erachtet habe.
Erwägungen:
Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach dessen Eröffnung beim Bundesgericht einzureichen, ansonsten kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (Art. 100 Abs. 1 BGG). Diese Frist wurde im vorliegenden Fall offensichtlich nicht eingehalten, unabhängig davon, ob auf die Postaufgabe durch die Staatsanwaltschaft oder die Datierung des Schreibens abgestellt wird. Auf die Beschwerde ist daher im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG nicht einzutreten.
Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident im Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber