Fatti:
A. La società X._ SA, costituita nel 1972 e attiva in particolare nell'esecuzione di mandati fiduciari di ogni genere, nella gestione di patrimoni mobiliari e immobiliari, è stata sciolta in seguito a fallimento pronunciato con decisione dalla Commissione federale delle banche (in seguito: CFB). Liquidatrice del fallimento è stata nominata la società Y._ SA (in seguito la società Y._). La società è stata affiliata alla Cassa cantonale di compensazione AVS/AI/IPG/AD e AF (in seguito: Cassa) dal 1. novembre 1972 al 30 aprile 2005. S._ ha ricoperto la carica di amministratore unico della società, con diritto di firma individuale dal 27 ottobre 1998 fino alla dichiarazione di decozione della società.
Constatato di aver subito un danno di fr. 122'033.75 a causa del mancato pagamento dei contributi sociali da parte della fallita per gli anni dal 2002 al 2005, la Cassa con decisione 27 aprile 2007 - sostanzialmente confermata il 13 settembre 2007 anche a seguito dell'opposizione interposta dall'amministratore unico - ne ha postulato il risarcimento dall'interessato.
B. Adito su ricorso dell'interessato, con pronuncia 13 ottobre 2008 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha respinto il gravame e condannato il ricorrente al risarcimento del danno, addebitandogli negligenza grave nell'osservanza dei propri doveri di amministratore unico.
C. S._, patrocinato dall'avvocato Emanuele Verda, insorge al Tribunale federale, al quale chiede, in via preliminare, la sospensione della procedura in attesa delle risultanze penali e, in via principale, in accoglimento del ricorso, l'annullamento del giudizio impugnato e della decisione amministrativa. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 La seconda Corte di diritto sociale è competente per giudicare in materia di risarcimento del danno ai sensi dell'art. 52 LAVS, nella versione vigente sino al 31 dicembre 2002 e applicabile in concreto (art. 82 lett. a LTF e art. 35 lett. a del Regolamento del Tribunale federale del 20 novembre 2006 [RTF]). Questo vale pure per quanto riguarda la pretesa per mancato versamento di contributi alla Cassa cantonale di compensazione per assegni familiari cantonali. Secondo l'art. 34 lett. e RTF, è competente la prima Corte di diritto sociale per trattare i ricorsi nel campo dell'assicurazione sociale cantonale (in particolare assegni familiari e per i figli). È tuttavia opportuno, per motivi di economia processuale, che la seconda Corte tratti pure i casi di risarcimento del danno qualora la lite riguardi contributi non soluti delle assicurazioni sociali giusta il diritto cantonale.
1.2 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF).
1.3 Nell'ambito dell'accertamento dei fatti e della valutazione delle prove, il giudice di merito dispone di un ampio potere di apprezzamento. Per censurare un asserito accertamento arbitrario dei fatti o un'asserita valutazione arbitraria delle prove non è sufficiente che il ricorrente critichi semplicemente la decisione impugnata o che contrapponga a quest'ultima un proprio accertamento o una propria valutazione, per quanto essi siano sostenibili o addirittura preferibili. Egli deve bensì dimostrare per quale motivo l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove da lui criticati sarebbero manifestamente insostenibili o in chiaro contrasto con la situazione di fatto, si fonderebbero su una svista manifesta o contraddirebbero in modo urtante il sentimento di giustizia e di equità (DTF 125 I 166 consid. 2a pag. 168; 125 II 10 consid. 3a pag. 15; 124 I 310 consid. 5a pag. 316; 124 V 137 consid. 2b pag. 139 e riferimenti).
2. Oggetto del contendere è il tema a sapere se il ricorrente, che in qualità di amministratore unico della società rivestiva una posizione di organo formale ai sensi dell'art. 52 LAVS, sia tenuto a risarcire la Cassa per il mancato pagamento dei contributi sociali per gli anni dal 2002 al 2005.
L'istanza giudiziaria cantonale ha già correttamente esposto le norme legali e i principi di giurisprudenza disciplinanti la responsabilità del datore di lavoro (art. 52 LAVS) e ricordato il principio della responsabilità sussidiaria degli organi di una persona giuridica nel caso di inadempienza degli obblighi contributivi da parte della stessa (DTF 123 V 12 consid. 5b pag. 15; cfr. pure DTF 132 III 523 consid. 4.5 pag. 528, nonché DTF 129 V 11 consid. 3). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
3. 3.1 Il ricorrente non contesta né l'importo del danno subito dalla Cassa né il fatto che la società sia venuta meno a prescrizioni della LAVS. Egli censura, per contro, l'operato della Corte cantonale nella misura in cui gli si è imputata negligenza grave nell'osservanza dei propri doveri di amministratore, asserendo che vi è stata violazione del diritto di essere sentito perché i primi giudici non hanno correttamente valutato i fatti non avendo richiesto l'incarto completo presso la società Y._ relativo alla X._ SA e nemmeno hanno ammesso l'audizione dei testi richiesti, i quali gli avrebbero consentito di dimostrare "le innumerevoli richieste da parte sua e del suo legale in merito all'utilizzo del capitale versato dal ricorrente".
L'interessato evidenzia pure come la società Y._ fosse "amministratrice di fatto e di diritto della fallita a datare dal 24 novembre 2004 e già attiva nella società con altre mansioni dal 27 febbraio 2004", atteso che dal novembre 2004 all'aprile 2005 la società Y._ ha avuto a disposizione ca. fr. 1'900'000.-- per far fronte a fr. 122'033.75 di oneri sociali".
Il ricorrente rileva infine un grave errore in cui sarebbe incorso il Tribunale cantonale quando asserisce che "con decisione 24 novembre 2004, la CFB, constatato che la X._ SA esercitava senza autorizzazione l'attività di commerciante di valori mobiliari ha risolto di scioglierla e di porla in liquidazione", ritenuto però che "solo in data 27 aprile 2005 giunge la dichiarazione di fallimento della società e fino a tale data, dal 24 novembre 2004, il datore di lavoro imposto da CFB era ed è la società Y._ che disponeva dei fondi".
3.2 Dalla documentazione agli atti risulta che dal 2002 la Cassa ha dovuto precettare la fallita in modo sistematico e sempre reiterato per poter ottenere il pagamento dei contributi sociali, che i contributi riferiti al 2002 sono stati in parte pagati tra l'11 febbraio 2003 e il 29 settembre 2004 lasciando uno scoperto di fr. 10'019.10, che i contributi 2003 sono stati in parte versati tra il 10 dicembre 2003 e il 15 giugno 2004 lasciando pure uno scoperto di fr. 48'762.70, che i contributi per l'anno 2004 in sostanza non sono stati versati ad eccezione di un unico versamento avvenuto nel maggio 2005 lasciando uno scoperto di fr. 51'765.40, mentre che i contributi da gennaio ad aprile 2005 sono stati integralmente versati in data 29 aprile 2005.
3.3 Orbene, anche se si volesse accreditare l'argomentazione del ricorrente secondo cui la società aveva una situazione finanziaria delicata a partire "dall'inizio del 2002, in conseguenza dei noti avvenimenti a livello internazionale (11.09.2001, crisi dei mercati, ecc.), ha iniziato ad avere difficoltà di liquidità, che inizialmente non lasciavano intravvedere rischi superiori, segnatamente un riposizionamento della società avrebbe permesso di ristabilire le finanze", la stessa non può essere considerata quale motivo di giustificazione o di discolpa per il mancato pagamento dei contributi rimasti insoluti, perché l'inadempimento si è protratto per un lungo periodo, ossia per ben oltre tre anni (cfr. la sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 282/01 del 27 febbraio 2002, consid. 5b). Infatti, la società fallita, di cui il ricorrente è stato amministratore unico dall'ottobre 1998, era in mora nei confronti della Cassa dal gennaio 2002, ben prima che con decisione 24 novembre 2004 la CFB incaricasse la società Y._ di gestire gli affari della società. Il ricorrente era o doveva essere al corrente del ritardo nel pagamento degli oneri sociali e avrebbe potuto e dovuto intervenire - in quegli anni la società Y._ non era ancora stata incaricata di gestire la società e dunque egli non aveva alcuna limitazione nel disporre dei capitali - facendo affluire sufficienti mezzi liquidi per coprire lo scoperto, come ha per altro dimostrato di essere stato in grado di fare, atteso che tra settembre 2004 (riscatto dei propri averi previdenziali) e aprile 2005 (accordo di finanziamento con Z._ SA) il ricorrente asserisce di aver messo a disposizione della società un importo di oltre fr. 1'900'000.--.
In estrema sintesi, avendo lasciato parte dei contributi sociali insoluti per ben oltre tre anni - quando il ricorrente, essendo l'amministratore unico della società, era del tutto libero di agire e di far procedere al pagamento regolare dei contributi alle assicurazioni sociali -, l'interessato non può ora validamente invocare i motivi di giustificazione e di discolpa che la Corte cantonale a ragione gli ha negato.
3.4 Infine, la richiesta dell'audizione testimoniale nonché il richiamo dell'incarto della società Y._ sono ininfluenti ai fini della presente procedura.
Per quanto concerne la documentazione presso la società Y._ - rilevante secondo il ricorrente per dimostrare che egli e il suo legale hanno più volte richiesto alla società Y._ di versare i contributi sociali in sospeso - va ricordato all'interessato che avrebbe agevolmente potuto trasmettere ai giudici cantonali una copia degli scritti che sostiene di avere inviato alla CFB, alla società Y._ e ad altri, semplicemente inviando una copia della corrispondenza intercorsa, atteso che un imprenditore come pure il suo legale dispongono di certo nel loro incarto di copia di tutta la corrispondenza intercorsa tra le diverse parti.
Per quanto riguarda l'audizione testimoniale si rileva che a nulla serve sentire i dipendenti della società Y._ e l'avvocato M._, ritenuto come dalla documentazione agli atti (cfr. consid. 3.2) risulti in tutta evidenza come la fallita fosse in mora nel pagamento dei contributi ben più dei termini temporali tollerabili dal profilo dell'art. 52 LAVS e indicati dalla giurisprudenza (cfr. ad esempio la sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 141/01 dell'8 luglio 2003, consid. 3.3 con riferimenti; cfr. inoltre ULRICH MEYER, Die Rechtsprechung des Eidgenössische Versicherungsgerichts zur Arbeitgeberhaftung, in: Temi scelti di diritto delle assicurazioni sociali, Basilea 2006, pag. 36).
4. Stante quanto precede, la pronuncia cantonale deve essere confermata e il ricorrente dovrà pertanto risarcire il danno alla Cassa, così come stabilito dal giudizio impugnato.
5. Con l'emanazione della presente sentenza, infine, la domanda di concessione dell'effetto sospensivo diviene priva d'oggetto.
6. La procedura è onerosa. Le spese processuali, che seguono la soccombenza, devono pertanto essere poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.