Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich (im Folgenden: Staatsanwaltschaft) führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts der Veruntreuung. Sie wirft ihm vor, als Rechnungssekretär des Jugendsekretariats Y._ knapp 1 Million Franken unrechtmässig bezogen zu haben. Er ist im Wesentlichen geständig.
Der Angeschuldigte kaufte im Jahr 2002 zusammen mit seinen Eltern A._ und B._ sowie seiner Schwester C._ die landwirtschaftliche Liegenschaft "D._" in Z._. Die Familienmitglieder bilden eine einfache Gesellschaft und sind gesamthänderisch Eigentümer der Liegenschaft "D._" und den dazugehörigen Parzellen. Die Familienmitglieder finanzierten den Kauf der Liegenschaft durch eine Hypothek bei der Bank E._ und ein Verkäuferdarlehen, welche sie gemeinsam über ein Konto bei der Bank E._ amortisierten.
Der Angeschuldigte gibt zu, im Jahr 2003 insgesamt Fr. 201'761.-- an unrechtmässig bezogenen Geldern auf das genannte Konto bei der Bank E._ für die Verwaltung und den Umbau der Liegenschaft überwiesen zu haben.
Mit Verfügung vom 27. August 2008 ordnete die Staatsanwaltschaft definitiv die zuvor vorsorglich verfügte Grundbuchsperre betreffend die Liegenschaft "D._" und die dazugehörigen Parzellen an.
Den von A._ und B._ sowie von C._ dagegen erhobenen Rekurs wies die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich am 13. November 2008 ab.
B. Die Gesellschaft "D._" sowie A._, B._ und C._ führen Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, die Grundbuchsperre sei aufzuheben und dies dem Grundbuchamt F._ anzuzeigen; eventualiter sei das Grundbuchamt F._ anzuweisen, die im Grundbuch eingetragene Bemerkung "Grundbuchsperre" zu löschen.
C. Die Staatsanwaltschaft hat Gegenbemerkungen eingereicht mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen.
Die Oberstaatsanwaltschaft hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführer haben eine Replik eingereicht.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in Strafsachen ist hier nach Art. 78 Abs. 1 BGG gegeben.
1.2 Gegen den angefochtenen Entscheid steht kein kantonales Rechtsmittel zur Verfügung. Die Beschwerde ist insoweit gemäss Art. 80 i.V.m. Art. 130 Abs. 1 BGG zulässig.
1.3 Im Rubrum der Beschwerde (S. 1) wird nicht gesagt, wer diese führt. Der Begründung der Beschwerde (S. 2 Ziff. 1 f.) lässt sich entnehmen, dass als Beschwerdeführer auftreten einerseits A._, B._ sowie C._ und anderseits die Gesellschaft "D._", bei der es sich unstreitig um eine einfache Gesellschaft gemäss Art. 530 ff. OR handelt.
Die einfache Gesellschaft ist eine Personengemeinschaft ohne eigene Rechtspersönlichkeit. Sie ist nach herrschender Auffassung keine juristische Person und kein Träger eigener Rechte und Pflichten. Berechtigt und verpflichtet sind immer nur die einzelnen Gesellschafter. Die einfache Gesellschaft kann insbesondere nicht vor Gericht klagen (LUKAS HANDSCHIN, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 3. Aufl. 2008, N. 6 zu Art. 530 OR). Sie kann auch keine Beschwerde führen. Soweit die Beschwerde im Namen der Gesellschaft "D._" erhoben wird, kann darauf somit von vornherein nicht eingetreten werden. Beschwerde führen können nur A._, B._ und C._.
1.4 Der angefochtene Entscheid stellt einen gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG grundsätzlich anfechtbaren Zwischenentscheid dar (Urteil 1B_54/2007 vom 17. Juli 2007 E. 1; vgl. auch BGE 128 I 129 E. 1 S. 131).
1.5 Gemäss Art. 98 BGG können die Beschwerdeführer nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügen (Urteil 1B_54/2007 vom 17. Juli 2007 E. 1).
Nach Art. 106 Abs. 2 BGG prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen wie früher gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG bei der staatsrechtlichen Beschwerde. Die Begründungsanforderungen sind strenger als bei Art. 42 Abs. 2 BGG. Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des Willkürverbots geltend, muss er anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen darlegen, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 134 II 349 E. 3, 244 E. 2.2, je mit Hinweisen).
2. 2.1 Die Beschwerdeführer - denen die Beschränkung der Beschwerdegründe nach Art. 98 BGG offensichtlich nicht bewusst war - vermischen Verfassungs- und andere Rügen.
Nicht eingetreten werden kann auf ihre Vorbringen von vornherein, soweit sie geltend machen, der angefochtene Entscheid beruhe auf einem "falschen Rechtsverständnis" und verletze "das Gesetz", Bestimmungen des Obligationenrechts, des Zivilgesetzbuchs und der Verordnung über die Zwangsverwertung von Grundstücken sowie das Konkordat über die Rechtshilfe und die interkantonale Zusammenarbeit in Strafsachen. Insoweit rügen sie keine Verletzung verfassungsmässiger Rechte.
2.2 Soweit die Beschwerdeführer solche Rechte zumindest ansprechen, handelt es sich um das Willkürverbot (Art. 9 BV) und die Eigentumsgarantie (Art. 26 BV).
2.2.1 Gemäss Art. 9 BV hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 134 I 140 E. 5.4 S. 148; 133 I 149 E. 3.1 S. 153; 132 I 13 E. 5.1, mit Hinweisen).
Willkür machen die Beschwerdeführer an verschiedenen Stellen in der Beschwerde im Zusammenhang mit weiteren Rügen jeweils knapp geltend. Ihre Vorbringen beschränken sich auf appellatorische Kritik. Die Vorinstanz hat die Grundbuchsperre in Bezug auf sämtliche Parzellen der Liegenschaft "D._" angeordnet. Sie führt (S. 6 E. 2.2) insbesondere aus, es bestehe kein Miteigentum, bei dem der sachenrechtliche Anteil eines Miteigentümers beschlagnahmt werden könne, sondern unstreitig Gesamteigentum. Bei diesem gehe gemäss Art. 652 ZGB das (dingliche) Recht eines jeden auf die ganze Sache. Die Beschwerdeführer legen nicht in einer den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG genügenden Weise klar und detailliert dar, weshalb der angefochtene Entscheid im Lichte dieser Begründung qualifiziert falsch und deshalb geradezu willkürlich sein soll. Ihren in der Art einer Berufungsschrift gemachten Vorbringen kann höchstens entnommen werden, weshalb eine von der Vorinstanz abweichende Lösung ebenfalls in Betracht käme. Damit wird keine Willkür dargetan.
Soweit die Beschwerdeführer Willkür rügen, kann auf die Beschwerde deshalb nicht eingetreten werden.
2.2.2 Die Beschwerdeführer bringen vor, für den Eingriff in die Eigentumsgarantie bestehe keine hinreichende gesetzliche Grundlage. § 83 der Strafprozessordnung vom 4. Mai 1919 des Kantons Zürich (StPO; LS 321) genüge insoweit nicht.
Die Grundbuchsperre hindert die Beschwerdeführer nicht daran, die Liegenschaft "D._" zu bewohnen und zu bewirtschaften. Die Grundbuchsperre stellt daher keinen schweren Eingriff in die Eigentumsgarantie dar (vgl. Urteil 1P.429/1999 vom 21. September 1999 E. 3a; Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2004, S. 281 Fn. 232). Das Bundesgericht prüft deshalb nur, ob sich der angefochtene Entscheid ohne Willkür auf eine hinreichende gesetzliche Grundlage stützen lässt (BGE 116 Ia 181 E. 3c S. 185).
Die Vorinstanz hat nicht nur eine Vermögensbeschlagnahme angeordnet, sondern ebenso eine Einziehungsbeschlagnahme (angefochtener Entscheid S. 4 f. E. 2 und 3.2). Die Voraussetzungen der Vermögensbeschlagnahme umschreibt § 83 StPO, jene der Einziehungsbeschlagnahme § 96 StPO (angefochtener Entscheid S. 4 E. 2; SCHMID, a.a.O., S. 279 f. N. 752 und S. 281 f. N. 756). Die Beschwerdeführer machen lediglich geltend, § 83 StPO stelle keine genügende gesetzliche Grundlage dar. Es kann offen bleiben, ob sie insoweit hinreichend substantiiert Willkür darlegen. Zu § 96 StPO äussern sie sich nicht. Dies hätten sie aber, um den Begründungsanforderungen zu genügen, tun müssen (vgl. BGE 133 IV 119). Es ist nicht Sache des Bundesgerichts, von Amtes wegen zu prüfen, inwiefern die Grundbuchsperre gestützt auf § 96 StPO gegebenenfalls willkürlich sein könnte.
Auf die Beschwerde kann deshalb auch im vorliegenden Punkt nicht eingetreten werden.
2.2.3 Die Beschwerdeführer machen geltend, der Eingriff in die Eigentumsgarantie sei unverhältnismässig.
Die Vorinstanz bejaht (S. 7 f. E. 3.2.2) die Verhältnismässigkeit. Mit ihren Erwägungen setzen sich die Beschwerdeführer nicht in einer den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG genügenden Weise auseinander. Sie wiederholen im Wesentlichen nur das, was sie bereits vor Vorinstanz vorgebracht haben. Sie sind daher auch insoweit nicht zu hören.
3. Auf die Beschwerde kann danach nicht eingetreten werden.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Staatsanwaltschaft I und der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri