Sachverhalt:
A. Mit öffentlich beurkundetem Kaufvertrag vom 21. April 1995 erwarben A._ (Beschwerdeführerin) und C._ von B._ (Beschwerdegegner) ein Grundstück und schlossen parallel dazu einen Werkvertrag mit der B.X._ AG. Bei Vertragsunterzeichnung leisteten die Käufer eine Anzahlung von Fr. 30'000.-- in bar und Fr. 40'000.-- in WIR an den Kaufpreis von Fr. 185'000.--. Wegen Problemen bei der Finanzierung des Bauprojekts unterzeichneten die Käufer einerseits und der Verkäufer andererseits am 2. April 1996 folgende als "Kaufvertrag und Werkvertrag" bezeichnete Vereinbarung (nachfolgend Vereinbarung II):
"Haus Nr. 8 wird direkt an einen dritten Käufer weiterverkauft. Die Anzahlung Bar Fr. 30'000.-- sowie WIR Fr. 40'000.-- werden Frau A._ zurückbezahlt bei Eigentumsübertragung der Liegenschaft auf den neuen Käufer."
B. Da kein dritter Käufer gefunden werden konnte, schlossen die gleichen Vertragsparteien am 3. November 1997 eine weitere Vereinbarung (nachfolgend Vereinbarung III) mit welcher der Beschwerdegegner die Übergangsfinanzierung sicherstellte. Für den Fall des Verkaufes bestimmten die Parteien in Ziff. 6 dieser Vereinbarung, der Beschwerdegegner habe aus einem allfälligen Gewinn (nach Abzug der Kosten) die Anzahlung von Fr. 30'000.-- in bar und Fr. 40'000.-- in WIR an die Beschwerdeführerin zurückzuerstatten. Bei einem Gewinn von weniger als Fr. 70'000.-- sollte eine entsprechend reduzierte Rückerstattung erfolgen.
C. Am 13. Januar 1998 verkaufte der Beschwerdegegner das Grundstück zusammen mit anderen Parzellen der von ihm mit Einzelunterschrift vertretenen B.Y._ AG. Der auf das Gegenstand des Kaufvertrags vom 21. April 1995 bildende Grundstück entfallende Anteil am Gesamtkaufpreis betrug Fr. 185'000.--. Am 13. Januar 2005 verlangte die Beschwerdeführerin unter Hinweis auf den unterbliebenen Vollzug des Kaufvertrages vom 21. April 1995 und die offenkundig erfolgte Eigentumsübertragung des Vertragsgrundstücks auf einen Dritten die Rückerstattung der geleisteten Anzahlung. Dabei bezog sie sich auf die Vereinbarung II vom 2. April 1996. Der Beschwerdegegner wandte mit Schreiben vom 31. Januar 2005 unter Hinweis auf Ziff. 6 der Vereinbarung III vom 3. November 1997 ein, er habe das mittlerweile auf der betreffenden Parzelle erstellte Einfamilienhaus ohne Gewinn weiterverkauft, weshalb der geltend gemachte Anspruch auf Rückerstattung entfalle.
D. Am 3. Februar 2005 trat C._ sämtliche Rechte aus den erwähnten Rechtsgeschäften gegenüber dem Beschwerdegegner an die Beschwerdeführerin ab. Am 11. April 2005 klagte diese gegen den Beschwerdegegner auf Zahlung von Fr. 30'000.-- in bar und Fr. 40'000.-- in WIR nebst Zins. Das Kreisgericht Alttoggenburg-Wil schützte die Klage am 21. Februar 2006, im Wesentlichen in der Erwägung, Ziff. 6 der Vereinbarung III sei mangels Einhaltung der Urkundsform ungültig. Auf Berufung des Beschwerdegegners hob jedoch das Kantonsgericht St. Gallen am 17. Oktober 2007 das angefochtene Urteil auf und wies die Klage ab.
E. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben und die Klage gutzuheissen, eventuell die Streitsache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. Die Parteien streiten über die Frage, ob Vereinbarung III eine nach Art. 12 OR formbedürftige Änderung des Grundstückkaufvertrags darstellt oder einen nach Art. 115 OR formfrei gültigen Aufhebungsvertrag, in welchem eine Regelung für den künftigen Verkauf an einen Dritten getroffen worden sei.
1.1 Die Beschwerdeführerin macht in diesem Zusammenhang geltend, die Vorinstanz habe die Vereinbarung III nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt, und dabei in verschiedener Hinsicht Bundesrecht verletzt. Entgegen der Behauptungen der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz indessen nirgends festgehalten, es liege kein übereinstimmender Parteiwille vor. Sie erkannte lediglich, aus dem Wortlaut der Vereinbarung könnten diesbezüglich keine eindeutigen Schlüsse gezogen werden. Den Inhalt der Vereinbarung ermittelte sie unter Berücksichtigung der gesamten Umstände, namentlich auch des nachträglichen Parteiverhaltens. Dieses ist bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht von Bedeutung, sondern kann höchstens im Rahmen der Beweiswürdigung auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (BGE 133 III 61 E. 2.2.1 S. 67; 132 III 626 E. 3.1 S. 632, je mit Hinweisen). Die Vorinstanz hat mithin keine Auslegung nach dem Vertrauensprinzip vorgenommen, sondern aus den gesamten Umständen auf den tatsächlichen Willen der Parteien geschlossen. Rügen betreffend derartige tatsächliche Feststellungen, welche mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde (Art. 237 ff. des Zivilprozessgesetzes vom 20. Dezember 1990, [sGS 961.2, ZPO/SG]) dem Kassationsgericht unterbreitet werden konnten, sind mangels Ausschöpfung des Instanzenzuges in einer gegen den kantonsgerichtlichen Entscheid erhobenen Beschwerde in Zivilsache nicht zu hören, da diese nach Art. 75 Abs. 1 BGG nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig ist. Daher ist auf die entsprechenden Ausführungen der Beschwerdeführerin nicht einzutreten.
1.2 Der Vorwurf, die Vorinstanz habe Art. 18 OR verletzt, indem sie die Vereinbarung nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt habe, obwohl der übereinstimmende wirkliche Wille nachgewiesen sei, beruht mithin auf einem Missverständnis des angefochtenen Entscheides. Da die Vorinstanz den tatsächlichen Willen der Parteien feststellen konnte, kommt den Ausführungen der Beschwerdeführerin dazu, wie die Vereinbarung nach dem Vertrauensprinzip zu deuten wäre, keine Bedeutung zu (Art. 18 OR). Die Vorbringen der Beschwerdeführerin gehen an der Sache vorbei und sind nicht zu hören.
2. Zu prüfen bleibt, ob die Vorinstanz bundesrechtskonform davon ausgehen durfte, die Vereinbarung III sei formfrei gültig. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, von einem formfrei gültigen Aufhebungsvertrag könnte im zu beurteilenden Fall nur die Rede sein, wenn die wesentlichen gegenseitigen Verpflichtungen aufgehoben würden, was unweigerlich dazu führe, dass die bereits geleistete Zahlung an den Kaufpreis zurückzuerstatten sei. Mit der abgeschlossenen Vereinbarung III erfolge im Vergleich zu einer blossen Aufhebung des Vertrages eine erhebliche Mehrbelastung der Beschwerdeführerin, weil die ursprüngliche Pflicht zur Leistung des Kaufpreises nicht vollständig aufgehoben würde. Daher sei Ziff. 6 der Vereinbarung III aufgrund von Art. 12 OR formbedürftig.
2.1 Nach Art. 115 OR kann eine Forderung durch Übereinkunft ganz oder zum Teil auch dann formlos aufgehoben werden, wenn zur Eingehung der Verbindlichkeit eine Form erforderlich oder von den Vertragsschliessenden gewählt war. Diese Bestimmung ist nach ständiger Rechtsprechung und Lehre nicht nur auf die Aufhebung einzelner Forderungen, sondern (analog) auch auf die Aufhebung ganzer Vertragsverhältnisse anwendbar (BGE 95 II 419 E. 2d S. 425, mit Hinweisen), es sei denn, die formlose Aufhebung bestimmter Verträge sei gesetzlich ausgeschlossen (z. B. Art. 513 Abs. 1 ZGB; vgl. Aepli, Zürcher Kommentar, N. 17 zu Art. 115 OR). Der Aufhebungsvertrag ist ein Verfügungsvertrag und hebt eine früher geschlossene Vereinbarung auf (Aepli, a.a.O., N 10 zu Art. 115 OR; Gauch/Schluep/Schmid/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band II, 8. Aufl., Rz. 3305 ff. S. 213; Bucher, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 2. Aufl., S. 390 und 403). Für sein Zustandekommen gelten die allgemeinen Regeln, und die Parteien bestimmen dessen Modalitäten frei. Demgegenüber ist nach Art. 12 OR für die Abänderung eines Vertrags, für den die schriftliche Form vorgeschrieben ist, ebenfalls Schriftlichkeit erforderlich, mit Ausnahme von ergänzenden Nebenbestimmungen, die mit der Urkunde nicht im Widerspruch stehen. Diese Regel ist nach Lehre und Rechtsprechung analog auch anzuwenden auf Rechtsgeschäfte, für die das Gesetz eine andere als die Schriftform, namentlich die öffentliche Beurkundung, vorschreibt (BGE 95 II 419 E. 2b S. 423 mit Hinweisen). Bei der Abgrenzung zwischen Art. 12 OR und Art. 115 OR ist entscheidend darauf abzustellen, ob der unter Einhaltung der Formerfordernisse abgeschlossene Vertrag immer noch, zumindest teilweise, in Kraft steht oder gemäss der betreffenden Vereinbarung der Parteien in seiner Gesamtheit dahingefallen ist. Eine derartige Vertragsaufhebung kann formfrei erfolgen (Schönenberger/Jäggi, Zürcher Kommentar, N. 2 und 9 zu Art. 12 OR).
2.2 Die Parteien sind nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz übereingekommen, von der ursprünglich vereinbarten Übertragung der Parzelle auf die Beschwerdeführerin abzusehen. Das hat zur Folge, dass hierfür kein Kaufpreis geschuldet ist. Aus dem ursprünglichen Kaufvertrag blieb danach keinerlei Verpflichtung bestehen. Die Vorinstanz hat daher bundesrechtskonform geschlossen, der Kaufvertrag sei mit der Vereinbarung III vollständig aufgehoben worden, was formfrei geschehen konnte. Die Abmachung, der Beschwerdegegner habe die geleistete Anzahlung nur in dem Umfang zurückzuerstatten, als er mit einem anderweitigen Verkauf der Parzelle einen Gewinn erziele, erfolgte demnach ausserhalb des kaufvertraglichen Synallagmas und steht in keinerlei Zusammenhang mit einer Verpflichtung aus dem ursprünglichen Kaufvertrag. Das in der Lehre diskutierte Problem der Abgrenzung von Art. 115 gegenüber Art. 12 OR, wenn die Aufhebung oder Beschränkung einer Forderung im synallagmatischen Vertrag das Verhältnis von Leistung und Gegenleistung beeinflusst (Schmidlin, Berner Kommentar, N. 10 ff. zu Art. 12 OR; Schwenzer, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 4. Auflage, Rz. 31.25 S. 226, je mit Hinweisen), stellt sich vorliegend nicht, denn der Kaufvertrag bildet nicht mehr den Rechtsgrund der (bedingten) Zahlungspflicht der Klägerin, welche im Aufhebungsvertrag in der Höhe der geleisteten Anzahlung festgesetzt wurde. Die Vorinstanz erkannte bundesrechtskonform, die Parteien hätten in der Aufhebungsvereinbarung (Vereinbarung III) die Bedingungen und Modalitäten der Rückabwicklung geregelt. Dass die Beschwerdeführerin dabei gegenüber einer blossen Aufhebung des Kaufvertrags eine Mehrbelastung erleidet, ist mit Blick auf die Formbedürftigkeit der Vereinbarung III irrelevant. Da diese Vereinbarung, wie gezeigt, keinem Formzwang unterliegt und auch keine materiellen Gründe ersichtlich sind, die gegen ihre Rechtsbeständigkeit sprechen, ist die Beschwerdeführerin daran gebunden.
3. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. April 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak