Faits:
A. A._ est propriétaire de trois parcelles bâties sur le territoire de la commune de Vernier, sises en 5e zone de construction, soit une zone résidentielle destinée aux villas, à proximité de la piste de l'aéroport international de Genève. Un projet de modification des limites de zones mis à l'enquête publique du 25 septembre au 26 octobre 2009 prévoit de les affecter dans une zone de développement industriel et artisanal avec un degré de sensibilité IV au bruit.
Le 30 mai 2006, A._ a adressé à l'Aéroport International de Genève et au Département des constructions et des technologies de l'information de la République et canton de Genève une demande d'indemnité d'expropriation de 1'400'000 fr. en raison des nuisances causées par l'exploitation de l'aéroport à ses immeubles. Il concluait en outre à ce qu'ils procèdent à leurs frais aux travaux d'isolation et d'insonorisation de ses bâtiments. Il a adressé un original de cette demande à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement en précisant qu'il valait saisine de la commission.
Le 15 juin 2006, la Commission fédérale d'estimation a enregistré la cause comme objet de sa compétence et imparti à l'Etat de Genève ainsi qu'à l'Aéroport International de Genève un délai au 18 août 2006 pour déposer leurs observations. Cette invitation est restée sans suite.
Le 18 septembre 2006, la Commission fédérale d'estimation a donné suite à une requête des avocats mandatés par les expropriants présentée le 12 septembre 2006 et fixé un nouveau délai au 31 octobre 2006 pour le dépôt de leurs observations. A._ s'est opposé à cette ordonnance au motif que les conditions posées à une prolongation, respectivement à une restitution de délai n'étaient pas remplies. Le 28 septembre 2006, la Commission fédérale d'estimation a annulé son ordonnance et imparti aux expropriants un délai au 20 octobre 2006 pour se déterminer sur l'incident. L'Aéroport International de Genève et l'Etat de Genève se sont déterminés le dernier jour du délai. Par décision du 29 novembre 2006, la Commission fédérale d'estimation a refusé la restitution du délai fixé au 18 août 2006 aux expropriants pour leurs observations sur la demande en indemnité et écarté de la procédure leurs écritures du 20 octobre 2006, en tant qu'elles exposent leurs positions sur le fond du litige. Elle a annoncé la fixation ultérieure d'une audience de conciliation et de transport sur place, se réservant la possibilité d'ordonner un échange d'écritures après cette mesure d'instruction.
Le 25 avril 2007, la Commission fédérale d'estimation a tenu une audience de conciliation et procédé à un transport sur place. A cette occasion, l'Aéroport International de Genève et l'Etat de Genève ont contesté la compétence de la commission pour statuer sur l'octroi d'une indemnité pour expropriation matérielle et fait valoir que le droit à une éventuelle indemnité pour expropriation formelle était prescrit. A l'issue de l'audience, la Commission fédérale d'estimation a accordé aux parties un délai au 15 juin 2007 pour formuler leurs conclusions. A._ s'est opposé, le dernier jour du délai, à la faculté donnée aux expropriants de développer par écrit leur argumentation au motif qu'ils étaient forclos pour faire valoir leurs moyens de droit et a persisté dans ses conclusions initiales. Le même jour, l'Aéroport International de Genève et l'Etat de Genève ont conclu principalement au rejet des conclusions prises par A._, au motif que les prétentions requises au titre d'expropriation formelle étaient prescrites, et subsidiairement à la mise en oeuvre d'une expertise en vue de déterminer la valeur des parcelles litigieuses.
Statuant le 5 novembre 2007, la Commission fédérale d'estimation a constaté la prescription de la demande en indemnité pour expropriation formelle des droits de voisinage dont l'avait saisie A._. Elle s'est déclarée incompétente pour statuer sur la demande en indemnité pour expropriation matérielle et sur les travaux d'insonorisation.
Le Tribunal administratif fédéral a rejeté, pour autant que recevable, le recours interjeté contre cette décision par A._ au terme d'un arrêt rendu le 3 novembre 2009.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de retourner la cause à la Commission fédérale d'estimation en lui ordonnant d'écarter de la procédure les conclusions de l'Etat de Genève et de l'Aéroport International de Genève du 15 juin 2007, de procéder à l'estimation de l'indemnité due au titre de l'expropriation formelle et matérielle, de déterminer les travaux d'insonorisation à effectuer par l'Aéroport International de Genève sur les parcelles concernées en raison du dépassement des valeurs limites d'immission fixées par l'ordonnance fédérale sur la protection contre le bruit et de condamner l'Etat de Genève et l'Aéroport International de Genève à procéder à leurs frais aux travaux d'assainissement des bâtiments sis sur ces parcelles. A titre subsidiaire, il demande au Tribunal fédéral d'écarter de la procédure les conclusions des expropriants du 15 juin 2007, de constater que ses droits ne sont pas prescrits et de condamner l'Etat de Genève et l'Aéroport International de Genève à procéder à leurs frais aux travaux d'assainissement de ses bâtiments et à lui allouer la somme de 1'400'000 fr. à titre d'indemnisation pour les nuisances causées par l'exploitation de l'aéroport.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position sur le recours. L'Aéroport International de Genève et l'Etat de Genève concluent à son rejet, au terme d'un mémoire commun.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF est ouverte contre une décision du Tribunal administratif fédéral en matière d'expropriation en vertu de l'art. 87 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx; RS 711). A._ a pris part à la procédure devant l'autorité intimée. Il est particulièrement touché par la décision attaquée qui écarte sa demande d'indemnité pour expropriation formelle pour cause de prescription et qui confirme l'incompétence de la Commission fédérale d'estimation pour se prononcer sur ses demandes d'indemnité pour expropriation matérielle et de prise en charge par les expropriants des travaux d'insonorisation de ses bâtiments exposés au bruit des avions. Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies.
2. Le recourant prétend que le refus de lui allouer toute indemnité pour expropriation formelle en raison de la prescription de ses prétentions serait contraire au droit fédéral. Il soutient que les intimés étaient forclos pour soulever l'exception de prescription faute de l'avoir fait dans le délai au 18 août 2006 qui leur avait été imparti pour déposer leurs observations sur sa requête d'indemnisation.
2.1 Le Tribunal administratif fédéral a considéré que la Commission fédérale d'estimation avait écarté à tort les observations au fond des intimés développées dans leur écriture du 20 octobre 2006, car l'avis du 15 juin 2006 qui leur accordait un délai de deux mois pour se déterminer sur la demande d'indemnité ne comportait pas l'indication des conséquences d'une inobservation du délai, comme l'exigeait l'art. 23 de la loi fédérale sur la procédure administrative (PA; RS 172.021) applicable en vertu du renvoi de l'art. 110 LEx. La Commission fédérale d'estimation n'aurait de toute manière pas pu, au regard des principes qui gouvernent la procédure devant elle, attacher comme conséquence au défaut de production d'observations écrites la déchéance du droit de prendre des conclusions au fond et d'invoquer dans ce cadre la prescription. La vision locale du 25 avril 2007 et l'échange d'écritures du 15 juin 2007 ont été les premières occasions offertes aux intimés de faire valoir valablement leurs observations sur la demande d'indemnité, de sorte que les conclusions prises lors de l'audience de transport sur place et les observations déposées le 15 juin 2007 étaient parfaitement recevables au regard des art. 68 et 73 LEx.
Le recourant conteste cette argumentation. Les conséquences du non-respect du délai de réponse ressortaient du texte clair de l'art. 68 al. 1 LEx et il n'était pas nécessaire de les indiquer, ce d'autant moins que les intimés ont été saisis de nombreuses demandes analogues et connaissent les règles de la procédure d'expropriation. L'audience tenue le 25 avril 2007 par la Commission fédérale d'estimation était une audience d'estimation et les expropriants n'étaient pas autorisés à soulever l'exception de prescription à cette occasion. La possibilité offerte aux parties de se prononcer par écrit sur le fond du litige après l'audience contreviendrait à l'art. 68 al. 1 LEx, qui prévoit un unique échange d'écritures. Elle ne pouvait être admise qu'aux conditions, non réalisées, de l'art. 68 al. 2 LEx, de sorte que les observations des intimés déposées le 15 juin 2007 devaient être écartées du dossier. L'invocation de la prescription serait en tout état de cause tardive et contraire au principe de la bonne foi.
2.2 Comme indiqué dans l'arrêt attaqué, la procédure devant les Commissions fédérales d'estimation est principalement régie par la loi fédérale sur l'expropriation et l'ordonnance du 24 avril 1972 concernant les commissions fédérales d'estimation (OCFE; RS 711.1). Les règles générales de la procédure administrative fédérale, dominée par la maxime d'office, s'appliquent à titre subsidiaire en vertu du renvoi de l'art. 3 OCFE au chapitre II de la PA (cf. ATF 128 II 231 consid. 2.4.2.3 p. 238), respectivement de plein droit s'agissant des art. 20 à 24 PA relatifs aux délais conformément aux art. 110 LEx et 2 al. 3 PA (cf. HEINZ HESS/HEINRICH WEIBEL, Das Enteignungsrecht des Bundes, vol. I, 1986, p. 471 et 713; pour un cas d'application de l'art. 21 al. 2 PA, ATF 113 Ib 34 consid. 3 p. 39). Il en va donc en principe aussi de l'art. 23 PA, à teneur duquel l'autorité qui impartit un délai signale en même temps les conséquences de l'inobservation du délai, seules ces conséquences entrant en ligne de compte en cas d'inobservation. Cette règle est l'expression du principe de la bonne foi entre administration et administré ancré à l'art. 5 al. 3 Cst. qui invite l'une et l'autre à se comporter de manière loyale. En particulier, l'administration doit s'abstenir de tout comportement propre à tromper l'administré et elle ne saurait tirer aucun avantage des conséquences d'une incorrection ou insuffisance de sa part (ATF 121 I 181 consid. 2a p. 183).
En l'occurrence, il est constant que l'avis adressé le 15 juin 2006 aux expropriants les invitant à se déterminer dans les deux mois sur la demande d'indemnité du recourant ne contenait aucune indication sur les conséquences de l'inobservation du délai. Celles-ci ne consistent pas dans la reconnaissance implicite du bien-fondé des prétentions soulevées et dans la forclusion des objections qui pourraient leur être opposées. Si la partie ne donne pas suite à l'invitation qui lui est faite de déposer une détermination en vertu de l'art. 68 al. 1 LEx, la Commission fédérale d'estimation statue sur la base des actes existants et des conclusions prises lors de l'audition des parties et de l'inspection locale, sous réserve d'un nouvel échange d'écritures ordonné en application de l'art. 68 al. 2 LEx (HEINZ HESS/HEINRICH WEIBEL, op. cit., n. 6 ad art. 68, p. 566). Pareille conséquence ne se déduit pas du texte de l'art. 68 al. 1 LEx, cette disposition se bornant à prévoir que le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve. Quoi qu'il en soit, le point de savoir si l'art. 23 PA s'appliquait et si, pour se conformer à cette disposition, la Commission fédérale d'estimation devait impérativement rendre les expropriants attentifs au fait que la demande d'indemnité serait examinée au regard des actes versés au dossier et des conclusions prises lors de l'audition des parties et de l'inspection locale en cas de non-réponse à son invitation à présenter des observations peut demeurer indécis. A supposer que les observations formulées sur le fond de la demande le 20 octobre 2006 n'étaient effectivement pas recevables et ont été écartées à juste titre par la Commission fédérale d'estimation, les expropriants n'en étaient pas pour autant déchus de faire valoir la prescription lors de l'audience du 25 avril 2007.
Le fait que les expropriants n'ont pas déposé d'observations écrites sur la demande d'indemnité du recourant dans le délai fixé au 18 août 2006 ne dispensait en effet pas la Commission fédérale d'estimation de tenter la conciliation et de citer les parties à une audience dans ce but. On ne saurait ainsi suivre le recourant lorsqu'il prétend que seule une audience d'estimation pouvait être ordonnée en pareil cas et que l'audience du 25 avril 2007 devait être considérée comme telle. La convocation adressée aux parties était d'ailleurs claire à ce sujet et A._ n'a ni contesté sa tenue, ni émis d'objection ou formulé de remarques quant à son intitulé ou quant à son objet. Le fait que la procédure d'expropriation ait été ouverte à l'initiative non pas des expropriants mais de l'exproprié n'excluait pas davantage la tenue d'une audience de conciliation, comme le soutient le recourant sans autre motivation. Les références faites à l'art. 67 LEx sont ainsi dénuées de pertinence. Le recourant ne saurait par ailleurs être suivi lorsqu'il prétend que seules les déclarations et conclusions des parties qui iraient dans le sens des prétentions de l'exproprié pouvaient être prises en compte et protocolées à l'audience de conciliation. Pareille interprétation ne peut se fonder sur l'art. 49 LEx, qui se borne à définir les éléments qui doivent impérativement être reportés dans le procès-verbal sans pour autant les délimiter de manière exhaustive (cf. art. 12 al. 2 OCFE; HEINZ HESS, Probleme des enteignungsrechtlichen Einspracheverfahrens aus der Sicht des Eidgenössischen Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartementes, ZBl 74/1973 p. 392). L'unique sanction à l'égard de la partie qui ne donne pas suite à l'invitation qui lui est faite de déposer des observations dans le cadre de l'échange d'écritures ordonné en vertu de l'art. 68 al. 1 LEx consiste, on l'a vu, dans le fait que la Commission fédérale d'estimation statue sur la base des actes existants et des conclusions prises lors de l'audition des parties et de l'inspection locale, sous réserve d'un nouvel échange d'écritures au sens de l'art. 68 al. 2 LEx. Les intimés étaient donc en droit de prendre des conclusions oralement, à l'audience de conciliation, de comparution personnelle et de transport sur place tenue le 25 juin 2007, tendant à ce qu'il soit constaté que les prétentions de A._ au versement d'une indemnité pour expropriation formelle étaient prescrites. Enfin, l'invocation de la prescription à ce stade de la procédure ne saurait être qualifiée de tardive, d'abusive voire de contraire à la bonne foi (ATF 131 II 65 consid. 1.3 p. 69). On ne se trouve pas dans un cas où l'expropriant aurait dissuadé, par des actes concrets, le propriétaire d'interrompre la prescription en annonçant ses prétentions ou en demandant l'ouverture d'une procédure d'expropriation, voire en acceptant de suspendre la procédure, privant ainsi l'exproprié de la possibilité de prouver l'observation du délai de prescription (cf. arrêt 1E.13/2002 du 2 décembre 2002 consid. 5.3; ATF 124 II 543 consid. 7 p. 558).
Cela étant, la question de savoir si la Commission fédérale d'estimation a violé l'art. 68 al. 2 LEx en donnant l'occasion aux parties de se déterminer par écrit après l'audience ou si cette possibilité découle de la maxime officielle ou du droit d'être entendu consacrés aux art. 12, 29 et 30 PA, applicables par renvoi de l'art. 3 OCFE, peut demeurer indécise.
2.3 Pour le surplus, le recourant ne conteste pas que ses prétentions en indemnité pour expropriation formelle en raison des nuisances excessives provenant du bruit des avions et de leur survol au-dessus de ses parcelles seraient prescrites, au regard de la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, faute de l'avoir formulée dans le délai de cinq ans suivant l'entrée en vigueur, le 2 septembre 1987, du plan des zones de bruit de l'aéroport de Genève (ATF 129 II 72 consid. 2.9 p. 80; 124 II 543 consid. 5c/cc p. 555).
En tant qu'il porte sur le refus de toute indemnité pour expropriation formelle, le recours est mal fondé.
3. Le recourant reproche en outre au Tribunal administratif fédéral d'avoir confirmé à tort l'incompétence de la Commission fédérale d'estimation pour statuer sur sa demande d'indemnité pour expropriation matérielle et sur ses conclusions tendant à ce que l'Aéroport International de Genève soit astreint à exécuter à ses frais les travaux d'insonorisation des immeubles litigieux. Il ne conteste pas le fait que la compétence de la commission doive ressortir d'une base légale expresse en vertu de la jurisprudence (cf. ATF 132 II 475 consid. 2.7 p. 482 et les arrêts cités). Il voit une telle base dans l'art. 44 al. 1 et 4 de la loi fédérale sur l'aviation (LA; RS 748.0).
3.1 Conformément à l'art. 42 al. 1 let. a et b LA, le Conseil fédéral peut prescrire par voie d'ordonnance que des bâtiments ou autres obstacles ne peuvent être élevés dans un rayon déterminé autour d'aérodromes publics ou d'installations de navigation aérienne ou à une distance déterminée de routes aériennes que s'ils ne compromettent pas la sécurité de l'aviation (zone de sécurité), respectivement que des bâtiments ne peuvent plus être utilisés ou élevés dans un rayon déterminé autour d'aérodromes publics que si leur genre de construction et leur destination sont compatibles avec les inconvénients causés par le bruit des aéronefs (zones de bruit). En vertu de l'art. 42 al. 3 LA, l'étendue territoriale et la nature des restrictions apportées à la propriété en faveur d'un aérodrome public sis en Suisse doivent être fixées dans des plans de zone par l'exploitant de l'aérodrome. Les gouvernements des cantons intéressés, l'office et l'Office fédéral de l'environnement seront entendus. Les prescriptions de la législation fédérale sur la protection de l'environnement relatives au bruit, sont réservées (art. 42 al. 5 LA). L'art. 43 LA règle la procédure d'approbation des plans de zone. Aux termes de l'art. 44 LA, la restriction de la propriété foncière par le plan de zone donne droit à une indemnité si elle équivaut dans ses effets à une expropriation (al. 1). La naissance du droit et le calcul de l'indemnité sont déterminés par les conditions existant lors de la publication du plan de zone dans la feuille officielle cantonale (al. 2). L'intéressé doit faire valoir ses prétentions dans les cinq années qui suivent la publication du plan de zone auprès de l'exploitant de l'aérodrome, lorsque le plan de zone est établi en faveur d'un aérodrome sis en Suisse (al. 3 let. a). Lorsque l'existence ou l'étendue des prétentions sont contestées, la procédure d'estimation prévue dans la législation fédérale sur l'expropriation est applicable par analogie (al. 4).
3.2 Le recourant ne fonde pas ses prétentions en indemnité sur des restrictions au droit de bâtir qui découleraient d'un plan des zones de bruit établi selon les art. 42 ss LA. Les prétentions qu'il serait en droit de déduire de l'adoption de ces zones seraient d'ailleurs prescrites faute d'avoir été émises dans le délai de cinq ans prévu à l'art. 44 al. 3 PA, qui est parvenu à échéance le 2 septembre 2002 (ATF 124 II 543 consid. 5c/cc p. 556). Il ne fonde pas davantage ses prétentions sur un plan de zone de sécurité adopté dans les cinq ans qui précèdent le dépôt de sa requête ou sur une modification du régime des zones intervenue depuis lors. Il soutient qu'il serait en droit d'émettre une prétention en indemnité pour expropriation matérielle fondée sur l'art. 44 LA en raison des restrictions imposées par les dispositions de la législation fédérale sur la protection contre le bruit qui ont remplacé les anciens plans de zones de bruit. Dans la cause ayant donné lieu à l'arrêt paru aux ATF 132 II 475, la Commission fédérale d'estimation avait retenu que l'entrée en vigueur, le 1er juin 2001, de l'annexe 5 de l'ordonnance sur la protection contre le bruit (OPB; RS 814.41) avait eu pour conséquence de supprimer la vocation à bâtir des deux parcelles litigieuses; elle a assimilé cette nouvelle norme du droit fédéral à un changement d'affectation du sol et considéré que, par rapport à l'inclusion de ces terrains dans la 5e zone de construction, il s'agissait d'un déclassement constitutif d'expropriation matérielle qu'elle était compétente pour trancher en vertu de l'art. 44 LA. Le Tribunal fédéral a refusé de souscrire à cette argumentation. Il a au contraire admis qu'une indemnité d'expropriation matérielle fondée sur une inconstructibilité résultant de l'application de l'art. 22 LPE relevait de la compétence des autorités cantonales (cf. consid. 2.6). Les arguments développés par le recourant à l'appui de sa thèse ne sont pas de nature à remettre en cause cette jurisprudence. On ne saurait admettre la compétence de la Commission fédérale d'estimation sur la base des art. 44 al. 1 et 4 LA du seul fait que les dispositions topiques de la loi fédérale sur l'aviation n'ont pas été modifiées à la suite de l'entrée en vigueur de l'annexe 5 de l'OPB et font toujours référence aux zones de bruit.
Dans ces conditions, le recourant ne saurait se fonder sur l'art. 44 LA pour amener la Commission fédérale d'estimation à se saisir de sa demande d'indemnité pour expropriation matérielle. Il n'y a pas lieu d'examiner le sort qui pourrait être réservé à une demande d'indemnité pour expropriation matérielle en raison du classement des parcelles litigieuses dans une zone de développement industriel et artisanal, comme le prévoit un projet de modification des limites de zones mis à l'enquête publique du 25 septembre au 26 octobre 2009. Il appartiendra aux juridictions cantonales compétentes de statuer le cas échéant à ce propos (ATF 132 II 475 consid. 2.7 p. 482).
3.3 Enfin, c'est à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a refusé de donner suite aux conclusions du recourant tendant à ce que l'Aéroport International de Genève soit condamné à exécuter à ses frais les travaux d'isolation et d'insonorisation des immeubles concernés que ce soit au titre de l'expropriation formelle ou au titre de l'expropriation matérielle parce que les prétentions étaient prescrites respectivement parce que la Commission fédérale d'estimation était incompétente (cf. ATF 130 II 394 consid. 9.2 p. 411). Au demeurant, la question des mesures de protection passives contre le bruit au sens des art. 20 et 25 al. 3 LPE ne fait pas l'objet de la présente procédure.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté aux frais du recourant qui succombe (art. 65 al. 2 et 3 LTF, en relation avec le ch. 1 du Tarif des émoluments judiciaires du Tribunal fédéral [RS 173.110.210.1], et 66 al. 1 LTF, applicables en vertu de l'art. 116 al. 3 LEx). Les intimés ne sauraient prétendre à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 2 juin 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Parmelin