Sachverhalt:
A. A.a Mit Anklageschrift vom 9. Oktober 2008 wirft die Schweizerische Bundesanwaltschaft X._ vor, er habe in der Zeit zwischen dem 3. August 2004 und Oktober 2006 als verantwortlicher Direktor und als Alleinhandelnder seiner Firma Y._ AG mit Sitz in S._ und mittels seiner Einzelhandelsfirma X._ mit Sitz in S._ mehrfach Güter von der Schweiz direkt oder über Drittländer in den Iran geliefert, ohne die benötigte Bewilligung beim Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) eingeholt zu haben oder die geplante Ausfuhr von Gütern dem SECO zu melden, obschon er vom SECO mit Verfügung vom 3. August 2004 verpflichtet worden sei, alle geplanten Ausfuhren von Gütern in den Iran, die unter bestimmte Zollkapitel fallen, schriftlich, unter Vorlage der erforderlichen Begleitdokumente, dem SECO zu melden. Im Anklagepunkt I.A wird X._ zur Last gelegt, er habe vorsätzlich gegen Art. 14 Abs. 1 lit. a, eventualiter lit. d und f GKG in Verbindung mit Art. 3 GKV beziehungsweise Art. 4 GKV verstossen, indem er am 22. Februar 2005 bewilligungspflichtige Güter im Sinne von Art. 3 GKV ohne die notwendige Ausfuhrbewilligung des SECO und auch ohne Anmeldung im Sinne von Art. 4 GKV beim SECO von der Schweiz via ein Unternehmen in Kuala Lumpur/Malaysia an die Firma A._ Co., Teheran/Iran, exportiert habe. Im Anklagepunkt I.B wird X._ vorgeworfen, er habe in insgesamt zwölf Fällen vorsätzlich Güter, die unter bestimmte Zollkapitel fallen, an Firmen im Iran, die als Beschaffungsfirmen für Rüstungsgüter des Iran bekannt seien, geliefert, ohne die geplante Ausfuhr dem SECO im Sinne von Art. 4 GKV zu melden, obschon er vom SECO mit Verfügung vom 3. August 2004 dazu verpflichtet worden sei. Damit habe er in Verbindung mit Art. 4 GKV gegen Art. 14 Ziff. 1 lit. d und eventualiter lit. f GKG verstossen.
Mit Schreiben vom 19. Januar 2009 wies der Einzelrichter am Bundesstrafgericht die Bundesanwaltschaft darauf hin, es sei fraglich, ob die im Anklagepunkt I.B umschriebenen Verhaltensweisen entsprechend der Auffassung der Anklägerin unter die Straftatbestände von Art. 14 Abs. 1 lit. d und f GKG fallen. Hinsichtlich einer Strafbarkeit nach Art. 15a GKG wäre in der Mehrzahl der Fälle die Verjährung eingetreten. Insoweit fehle es auch an einer Zuweisung des Falles an den Richter nach Art. 21 VStrR in Verbindung mit Art. 18 Abs. 1bis GKG. Der Einzelrichter gab daher der Bundesanwaltschaft die Gelegenheit, die Anklageschrift zu ändern. Die Bundesanwaltschaft sah von einer Änderung ab.
A.b Der Einzelrichter der Strafkammer des Bundesstrafgerichts trat mit Urteil vom 26. März 2009 auf die Anklage im Punkt I.B nicht ein. Er sprach X._ im Anklagepunkt I.A der vorsätzlichen Widerhandlung gegen das Güterkontrollgesetz gemäss Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG schuldig. Er bestrafte ihn mit einer Geldstrafe von 70 Tagessätzen zu Fr. 100.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren, und mit einer Busse von 2000 Franken. Zudem ordnete der Einzelrichter die Einziehung eines Geldbetrags von Fr. 26'466.86 ab einem Bankkonto der Firma Y._ AG an.
A.c X._ erhob Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragte, das Urteil des Einzelrichters am Bundesstrafgericht vom 26. März 2009 sei - mit Ausnahme der Dispositiv-Ziffer 1 (betreffend das Nichteintreten auf die Anklage im Punkt I.B) - aufzuheben, und er sei vom Vorwurf der vorsätzlichen Widerhandlung gegen das Güterkontrollgesetz gemäss Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG freizusprechen. Eventuell sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
A.d Das Bundesgericht hiess mit Entscheid 6B_400/2009 vom 16. Oktober 2009 die Beschwerde gut, hob das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 26. März 2009 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück.
B. B.a Der Einzelrichter am Bundesstrafgericht trat mit Entscheid vom 18. Januar 2010 auf die Anklage nicht ein (Dispositiv-Ziffer 1) und übermittelte die Akten zur allfälligen weiteren Amtshandlung dem Staatssekretariat für Wirtschaft (Dispositiv-Ziffer 2).
B.b X._ erhob Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, Dispositiv-Ziffer 1 des Entscheids des Einzelrichters am Bundesstrafgericht vom 18. Januar 2010 sei aufzuheben, und er sei vom Vorwurf der Widerhandlung gegen Art. 14 GKG freizusprechen. Dispositiv-Ziffer 2 des Entscheids sei ersatzlos aufzuheben. Eventuell sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
B.c Das Bundesgericht hiess mit Entscheid 6B_174/2010 vom 21. Oktober 2010 die Beschwerde, soweit darauf einzutreten war, teilweise gut und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Es erwog, die Vorinstanz werde im neuen Verfahren prüfen, ob der Beschwerdeführer durch das ihm im Anklagepunkt I.A zur Last gelegte Verhalten den Tatbestand einer Ordnungswidrigkeit im Sinne von Art. 15a GKG erfüllt und ob er durch eine allfällige Ordnungswidrigkeit Vermögenswerte erlangt habe und ob diese gegebenenfalls einzuziehen seien.
C. Der Einzelrichter am Bundesstrafgericht stellte mit Urteil vom 13. Mai 2011 das Verfahren im Anklagepunkt I.A ein und trat auf die Anklage im Punkt I.B nicht ein. Er ordnete zudem an, dass ab einem bestimmten Bankkonto der Y._ AG der Betrag von Fr. 12'673.95 eingezogen wird.
D. Die Y._ AG führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Einzelrichters am Bundesstrafgericht vom 13. Mai 2011 sei in Bezug auf die Einziehung von Vermögenswerten aufzuheben, und es sei festzustellen, dass keine Vermögenswerte einzuziehen seien. Eventuell sei die Sache in diesem Punkt zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Die Bundesanwaltschaft beantragt unter Hinweis auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid die Abweisung der Beschwerde. Sie weist auf eine Bemerkung im angefochtenen Entscheid (E. 2.2.1 S. 6) hin, wonach im vorliegenden Fall das Recht zur Einziehung - bei einer Verjährungsfrist von sieben Jahren - frühestens am 22. Februar 2012 verjährt.
Das Bundesstrafgericht verzichtet darauf, einen Antrag zur Beschwerde zu stellen und zu den Ausführungen in der Beschwerdeschrift Stellung zu nehmen. Es ersucht darum, das Bundesgericht möge selber in der Sache entscheiden, falls es die Beschwerde für ganz oder teilweise begründet erachten sollte. Das gerichtliche Verfahren habe angesichts vieler neuer Rechtsfragen, die sich nach bereits zwei Rückweisungen durch das Bundesgericht jeweils gestellt hätten, schon weit über drei Jahre in Anspruch genommen.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgesetz über die Kontrolle zivil und militärisch verwendbarer Güter sowie besonderer militärischer Güter (Güterkontrollgesetz, GKG; SR 946.202) regelt in Art. 14 die Verbrechen und Vergehen, in Art. 15 die Übertretungen und in Art. 15a die Ordnungswidrigkeiten. Gemäss Art. 15a Abs. 1 lit. b GKG wird mit Busse bis zu 5000 Franken bestraft, wer vorsätzlich oder fahrlässig gegen eine Verfügung verstösst, in der auf die Strafandrohung dieses Artikels hingewiesen wird. Die Verfolgung und Beurteilung der Widerhandlungen nach den Artikeln 14 und 15 unterstehen der Bundesgerichtsbarkeit (Art. 18 Abs. 1 GKG). Demgegenüber werden Widerhandlungen gemäss Art. 15a GKG nach dem Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht verfolgt und beurteilt (Art. 18 Abs. 1bis GKG). Gleichwohl war gemäss dem Bundesgerichtsentscheid 6B_174/2010 vom 21. Oktober 2010 (E. 5.4) im vorliegenden Fall die Vorinstanz gestützt auf den Grundsatz der "perpetuatio fori" auch zuständig, darüber zu entscheiden, ob der verantwortliche Direktor der Beschwerdeführerin durch das ihm im Anklagepunkt I.A als Widerhandlung im Sinne von Art. 14 GKG zur Last gelegte Verhalten allenfalls den Tatbestand einer Ordnungswidrigkeit im Sinne von Art. 15a GKG erfüllte. Das Bundesgericht wies daher im zitierten Entscheid (E. 5.6) die Vorinstanz an zu prüfen, ob eine Verurteilung des Angeklagten wegen einer Ordnungswidrigkeit gemäss Art. 15a GKG in Betracht kommt, ob durch eine allfällige Ordnungswidrigkeit Vermögenswerte erlangt wurden und ob diese gegebenenfalls eingezogen werden können.
1.2 Die Vorinstanz erwägt in ihrem neuen Urteil, der verantwortliche Direktor der Beschwerdeführerin habe durch das ihm im Anklagepunkt I.A zur Last gelegte Verhalten vom 22. Februar 2005 den Tatbestand einer Ordnungswidrigkeit im Sinne von Art. 15a Abs. 1 lit. b GKG erfüllt. Diese Straftat sei allerdings bereits im Zeitpunkt der Ausfällung des ersten Urteils der Vorinstanz vom 26. März 2009 bei einer Verjährungsfrist von vier Jahren verjährt gewesen. Durch das tatbestandsmässige Verhalten sei in Form des Erlöses aus dem Verkauf der ohne die erforderliche Meldung an Unternehmen im Iran exportierten Güter ein Vermögenswert im Nettobetrag von Fr. 12'673.95 erlangt worden, welcher der Einziehung unterliege. Das Recht zur Einziehung sei vorliegend bei einer Verjährungsfrist von sieben Jahren noch nicht verjährt. Die Vorinstanz ordnete daher die Einziehung des Betrags von Fr. 12'673.95 ab einem Bankkonto der Beschwerdeführerin an.
Gegen diese Einziehung erhebt die Beschwerdeführerin zahlreiche Einwände.
2. 2.1 Widerhandlungen im Sinne von Art. 15a GKG werden gemäss Art. 18 Abs. 1bis GKG nach dem Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313.0) verfolgt und beurteilt. Gemäss Art. 82 VStrR gelten für das Verfahren vor dem Bundesstrafgericht die entsprechenden Vorschriften der StPO, soweit die Artikel 73-81 VStrR nichts anderes bestimmen.
Das Bundesgericht hob mit Entscheid 6B_174/2010 vom 21. Oktober 2010 das Urteil der Vorinstanz vom 18. Januar 2010 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Diese fällte ihr neues Urteil am 13. Mai 2011. Sie vertritt unter Hinweis auf Art. 453 Abs. 2 der Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) die Auffassung, dass neues Verfahrensrecht, mithin die StPO, anwendbar sei, und sie wendet zur Begründung ihres Einziehungsentscheids verschiedene Vorschriften der StPO an.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 453 Abs. 2 StPO falsch ausgelegt und daher im Rahmen der neuen Beurteilung zu Unrecht die Vorschriften der StPO angewendet. Die Vorinstanz hätte ihren neuen Entscheid auf der Grundlage des bis zum 31. Dezember 2010 geltenden Prozessrechts fällen müssen.
2.2 Ist ein Entscheid vor Inkrafttreten dieses Gesetzes gefällt worden, so werden Rechtsmittel dagegen nach bisherigem Recht, von den bisher zuständigen Behörden, beurteilt (Art. 453 Abs. 1 StPO). Wird ein Verfahren von der Rechtsmittelinstanz oder vom Bundesgericht zur neuen Beurteilung zurückgewiesen, so ist neues Recht anwendbar. Die neue Beurteilung erfolgt durch die Behörde, die nach diesem Gesetz für den aufgehobenen Entscheid zuständig gewesen wäre (Art. 453 Abs. 2 StPO).
2.2.1 Es stellt sich die Frage, ob bei der neuen Beurteilung durch die Vorinstanz das neue Recht, mithin die StPO, nur anwendbar ist, wenn der Rückweisungsentscheid nach dem Inkrafttreten der StPO am 1. Januar 2011 gefällt wurde, oder auch, wenn zwar der Rückweisungsentscheid noch vor dem 1. Januar 2011 gefällt wurde, die neue Beurteilung durch die Vorinstanz aber erst nach diesem Zeitpunkt erfolgte. Art. 453 Abs. 2 StPO regelt die Frage nicht ausdrücklich. Die Bestimmung entspricht wörtlich Art. 459 Abs. 2 des bundesrätlichen Entwurfs. Sie wird in der Botschaft (BBl 2006 1085 ff., 1353, 1529) nicht erläutert. Die Schweizerische Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008, in Kraft seit 1. Januar 2011, enthält in ihren Übergangsbestimmungen (Art. 404 ff. ZPO) keine Vorschrift betreffend das anwendbare Prozessrecht bei Rückweisungsentscheiden. Die Lehre geht - offenbar selbstverständlich - davon aus, dass im neuen Verfahren vor der Vorinstanz die StPO nur anwendbar ist, wenn der Rückweisungsentscheid nach deren Inkrafttreten gefällt wurde (siehe VIKTOR LIEBER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, Art. 453 N 6, 8; DERSELBE, Knifflige Fragen zum Übergangsrecht, Plädoyer 6/10 S. 36 ff., 40; NIKLAUS SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2009, N 1867; MAX HAURI, in: BRIGITTE TAG/MAX HAURI, Schweizerische Strafprozessordnung, Ausgewählte Aspekte aus Zürcher Sicht, 2010, S. 191 ff., 196).
2.2.2 Art. 453 StPO betrifft nach seinem Randtitel "vor Inkrafttreten dieses Gesetzes gefällte Entscheide". Die Bestimmung regelt die Konstellation, dass der angefochtene Entscheid vor und das Urteil der Rechtsmittelinstanz nach dem Inkrafttreten der StPO ausgefällt wird. In dieser Situation stellt sich übergangsrechtlich die Frage, welches Prozessrecht bei dessen Änderung während des Rechtsmittelverfahrens anzuwenden ist. Bei Ausfällung des Rechtsmittelentscheides vor dem Inkrafttreten des neuen Prozessrechts ist auf das Rechtsmittelverfahren selbstredend das alte Recht anwendbar und eine entsprechende ausdrückliche gesetzliche Regelung überflüssig. Art. 453 Abs. 1 StPO betrifft somit offenkundig den Fall, dass der Rechtsmittelentscheid nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts ausgefällt wird. Entsprechend betrifft auch Art. 453 Abs. 2 StPO eben diese Konstellation, dass der Rückweisungsentscheid der Rechtsmittelinstanz nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts ergeht. Aus Art. 453 StPO ergibt sich somit, dass erstens auf das Rechtsmittelverfahren bei Anfechtung eines vor dem 1. Januar 2011 ausgefällten Entscheids das alte Recht anwendbar ist, obschon der Rechtsmittelentscheid nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts ausgefällt wird (Abs. 1), dass zweitens aber auf das neue Verfahren vor der Vorinstanz das neue Recht Anwendung findet, wenn der Rückweisungsentscheid der Rechtsmittelinstanz nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts ergangen ist. Das neue Prozessrecht ist im neuen Verfahren vor der Vorinstanz somit nur anwendbar, wenn der Rückweisungsentscheid der Rechtsmittelinstanz beziehungsweise des Bundesgerichts nach dem Inkrafttreten der StPO am 1. Januar 2011 gefällt wurde. Wenn hingegen der Rückweisungsentscheid vor dem 1. Januar 2011 erging, dann ist auf das neue Verfahren vor der Vorinstanz das bis zum 31. Dezember 2010 geltende Prozessrecht anwendbar, auch wenn der neue vorinstanzliche Entscheid erst nach dem 1. Januar 2011 gefällt wird. Dies ergibt sich auch aus Art. 453 Abs. 2 Satz 2 StPO, wonach die neue Beurteilung durch die Behörde erfolgt, die nach diesem Gesetz für den aufgehobenen Entscheid zuständig gewesen wäre. Eine Beurteilung durch die nach dem neuen Recht zuständige Behörde ist aber erst nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts überhaupt möglich. Wurde die Sache vor dem Inkrafttreten der StPO an die Vorinstanz zurückgewiesen, so bestand in jenem Zeitpunkt noch keine zuständige Behörde im Sinne von Art. 453 Abs. 2 Satz 2 StPO und hat daher die neue Beurteilung nach dem alten Recht durch die gemäss diesem zuständige Behörde zu erfolgen. Für diese Auffassung spricht auch, dass im Zeitpunkt der Ausfällung des Rückweisungsentscheids und damit der Fortführung des vorinstanzlichen Verfahrens nicht feststeht, wie lange dieses dauern wird, und es daher, je nach den Umständen, ungewiss ist, ob das neue Urteil im neuen Verfahren noch vor oder erst nach dem Inkrafttreten der StPO ausgefällt werden kann. Unerheblich ist, dass der neue Entscheid im neuen vorinstanzlichen Verfahren, das mit der Ausfällung des Rückweisungsentscheids vor dem 1. Januar 2011 seinen Fortgang nimmt, erst nach diesem Zeitpunkt ausgefällt wird. Insoweit gilt Art. 450 StPO entsprechend, wonach die Hauptverhandlung, die bei Inkrafttreten der StPO bereits eröffnet war, nach bisherigem Recht und vom bisher zuständigen Gericht fortgeführt wird.
2.2.3 Der bundesgerichtliche Rückweisungsentscheid 6B_174/2010 wurde am 21. Oktober 2010 und somit vor dem Inkrafttreten der StPO gefällt. Daher ist auf das neue Verfahren vor der Vorinstanz nicht die StPO, sondern das bis zum 31. Dezember 2010 geltende Prozessrecht anwendbar. Indem die Vorinstanz die StPO als anwendbar erachtet, verletzt sie Art. 453 Abs. 2 StPO.
2.2.3 Der bundesgerichtliche Rückweisungsentscheid 6B_174/2010 wurde am 21. Oktober 2010 und somit vor dem Inkrafttreten der StPO gefällt. Daher ist auf das neue Verfahren vor der Vorinstanz nicht die StPO, sondern das bis zum 31. Dezember 2010 geltende Prozessrecht anwendbar. Indem die Vorinstanz die StPO als anwendbar erachtet, verletzt sie Art. 453 Abs. 2 StPO.
2.3 2.3.1 Die Vorinstanz verweist in der Begründung ihres Entscheids auf verschiedene Bestimmungen der StPO, unter anderen Art. 268, 329 Abs. 4, 344, 345 und 376. Diese Bestimmungen sind indessen nicht anwendbar, weil für die Neubeurteilung der Sache durch die Vorinstanz nach dem bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid 6B_174/2010 vom 21. Oktober 2010 das alte, bis zum 31. Dezember 2010 geltende Prozessrecht massgebend ist. Die Beschwerde ist insoweit gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese beziehungsweise die ihres Erachtens zuständige Behörde die Sache auf der Grundlage des bis zum 31. Dezember 2010 geltenden Prozessrechts neu beurteile.
2.3.2 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid das Verfahren gegen den verantwortlichen Direktor der Beschwerdeführerin im Anklagepunkt I.A eingestellt mit der Begründung, dass zwar der Straftatbestand von Art. 15a Abs. 1 lit. b GKG erfüllt, diese Straftat aber verjährt sei. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid die Einziehung eines Vermögenswerts von Fr. 12'673.95 angeordnet, welchen die Beschwerdeführerin durch die ihrem Direktor im Anklagepunkt I.A zur Last gelegte Straftat vom 22. Februar 2005 erlangt habe. Ob dieses Prozedere einer akzessorischen Einziehung im Rahmen einer Verfahrenseinstellung zufolge Verjährung der Strafverfolgung auch gemäss dem bis 31. Dezember 2010 geltenden Prozessrecht zulässig gewesen wäre oder ob bei Anwendung des alten Prozessrechts, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, ein selbständiges Einziehungsverfahren hätte durchgeführt werden müssen, ist hier nicht zu entscheiden. Die Vorinstanz wird sich im neuen Verfahren mit diesen prozessualen Fragen befassen und ihren Entscheid auf der Grundlage des bis zum 31. Dezember 2010 geltenden Prozessrechts fällen. Sie wird dabei auch klären, ob das Bankkonto der Beschwerdeführerin, ab welchem sie den Vermögenswert von Fr. 12'671.95 einzog, entsprechend einer Feststellung im angefochtenen Entscheid (S. 9) tatsächlich beschlagnahmt war, was in der Beschwerdeschrift als aktenwidrig kritisiert wird, und sie wird prüfen, welche Konsequenzen sich in prozessualer Hinsicht ergeben, falls das Bankkonto nicht beschlagnahmt gewesen sein sollte.
2.4 Obschon die Beschwerde aus den genannten Gründen gutzuheissen ist, ist im Folgenden zu prüfen, ob eine Einziehung des Vermögenswerts von Fr. 12'673.95 überhaupt in Betracht kommt.
3. 3.1 Die Verfügung des SECO vom 3. August 2004 bestimmt in Dispositiv-Ziff. 1 Folgendes: "Alle geplanten Ausfuhren Ihres Unternehmens von Gütern (Waren, Technologien und Software) in den Iran, die unter die Zollkapitel 28-29, 30 (nur die Tarifnummern 3002. 1000/9000), 34, 36-40, 54-56, 62, 65 (nur die Tarifnummer 6506.1000), 68-76, 79, 81-90 und 93 fallen, sind ab sofort dem SECO, Ressort Exportkontrollen/Industrieprodukte, 3003 Bern, unter Vorlage der erforderlichen Begleitdokumente (Verwendungserklärung des Exporteurs, Endverbleibserklärung, Firmenprofile des Endempfängers, Kundenfaktura/Auftragsbestätigung) schriftlich zu melden." Die Anklage warf dem Direktor der Beschwerdeführerin im Anklagepunkt I.A vor, er habe am 22. Februar 2005 drei Teile über die B._ mit Domizil in Kuala Lumpur in den Iran, nämlich an die A._ Co. in Teheran, ausgeführt, und zwar ohne Ausfuhrbewilligung des SECO und ohne Anmeldung der Ausfuhr an dieses. Die drei Teile würden unter das Zollkapitel 90 fallen. Damit habe der Direktor der Beschwerdeführerin die Meldepflicht nach Art. 4 GKV verletzt (siehe das erste Urteil der Vorinstanz vom 26. März 2009 E. 3.1 S. 10).
3.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die blosse Angabe der Zollkapitelnummern genüge nicht. Eine Zollkapitelnummer umfasse mehrere Seiten mit Dutzenden von Zolltarifnummern, welche wiederum Dutzende von Gütern umfassten. Mit der Nennung eines Zollkapitels sei der Anklagevorwurf nicht ausreichend umschrieben. Es sei nicht aktenmässig erstellt, dass die am 22. Februar 2005 ausgeführten Güter unter eines der in der Verfügung des SECO genannten Zollkapitel falle.
Der Einwand ist unbegründet. Aus dem Amtsbericht des SECO vom 13. März 2009 ergibt sich, dass die von der Beschwerdeführerin gemäss Anklagepunkt I.A am 22. Februar 2005 ausgeführten Güter unter das Zollkapitel 90 fallen. Ob sie innerhalb dieses Kapitels unter die Tarifnummer 9014 oder aber unter die Tarifnummer 9030 fallen, ist unerheblich. Soweit den Verantwortlichen der Beschwerdeführerin allenfalls unklar gewesen sein sollte, ob die Güter, die sie am 22. Februar 2005 ausführten, unter eines der in der Verfügung des SECO genannten Zollkapitel fallen, hätten sie sachdienliche Abklärungen treffen müssen.
Der Einwand ist unbegründet. Aus dem Amtsbericht des SECO vom 13. März 2009 ergibt sich, dass die von der Beschwerdeführerin gemäss Anklagepunkt I.A am 22. Februar 2005 ausgeführten Güter unter das Zollkapitel 90 fallen. Ob sie innerhalb dieses Kapitels unter die Tarifnummer 9014 oder aber unter die Tarifnummer 9030 fallen, ist unerheblich. Soweit den Verantwortlichen der Beschwerdeführerin allenfalls unklar gewesen sein sollte, ob die Güter, die sie am 22. Februar 2005 ausführten, unter eines der in der Verfügung des SECO genannten Zollkapitel fallen, hätten sie sachdienliche Abklärungen treffen müssen.
3.3 3.3.1 Das SECO hält in der Begründung seiner Verfügung vom 3. August 2004 unter anderem fest, es sei aufgrund gewisser Vorkommnisse angezeigt, der Beschwerdeführerin "für Ausfuhren von Gütern an sämtliche Firmen im Iran, die für die Herstellung, die Entwicklung oder die Verwendung von nuklearen, biologischen oder chemischen Waffen (ABC-Waffen) oder von Trägersystemen für den Einsatz von ABC-Waffen oder für den Bau von Anlagen für ABC-Waffen oder deren Trägersysteme bestimmt sind oder bestimmt sein könnten, eine generelle Meldepflicht gemäss Art. 4 GKV aufzuerlegen".
3.3.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, ihr Direktor habe die zitierten Ausführungen in dem Sinne verstanden, dass nur geplante Lieferungen an Firmen meldepflichtig seien, die in Verdacht standen, an der Entwicklung oder Herstellung von ABC-Waffen etc. beteiligt zu sein.
Der Einwand ist unbegründet. Das Dispositiv der Verfügung, das insoweit entscheidend ist, hält unmissverständlich fest, dass alle geplanten Ausfuhren der unter die genannten Zollkapital fallenden Güter "in den Iran" ab sofort schriftlich zu melden sind. Die Meldepflicht bestand somit offensichtlich nicht nur im Falle der Belieferung von Unternehmen, die im Verdacht standen, an der Entwicklung oder Herstellung von ABC-Waffen etc. beteiligt zu sein.
4. 4.1 Die Beschwerdegegnerin weist in ihrer Stellungnahme auf eine Bemerkung im angefochtenen Entscheid (S. 6 E. 2.2.1) hin, wonach im vorliegenden Fall das Recht zur Einziehung frühestens am 22. Februar 2012 verjährt. Die Vorinstanz geht von einer Verjährungsfrist von sieben Jahren aus und nimmt an, dass die Verjährung bis zum genannten Zeitpunkt weiterlief.
Das Bundesgericht hat die Frage, ob während der Hängigkeit des bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahrens die Verjährung eingetreten ist, von Amtes wegen zu prüfen.
4.2 Ob bei Ordnungswidrigkeiten im Sinne von Art. 15a GKG eine Einziehung überhaupt zulässig ist, kann hier dahingestellt bleiben. Ein allfälliges Recht zur Einziehung wäre jedenfalls entgegen den Andeutungen der Vorinstanz nicht am 22. Februar 2012 verjährt.
4.3 Das Güterkontrollgesetz enthält keine Bestimmungen betreffend die Verjährung im Allgemeinen und die Verjährung des Einziehungsrechts im Besonderen. Ordnungswidrigkeiten im Sinne von Art. 15a GKG werden gemäss Art. 18 Abs. 1bis GKG nach dem Verwaltungsstrafrechtsgesetz verfolgt und beurteilt. Dieses Gesetz enthält keine Bestimmungen betreffend die Verjährung des Einziehungsrechts. Daher gelten zufolge der Verweisung in Art. 2 VStrR die allgemeinen Bestimmungen des Strafgesetzbuches.
Gemäss Art. 70 Abs. 3 StGB verjährt das Recht zur Einziehung nach sieben Jahren, es sei denn, dass die Verjährung der Strafverfolgung einer längeren Verjährungsfrist unterworfen ist, in welchem Fall diese auch auf die Einziehung Anwendung findet. Auf den Beginn und das Ende der Verjährung des Einziehungsrechts sind die allgemeinen Bestimmungen betreffend die Verjährung der Strafverfolgung analog anwendbar (siehe die Botschaft des Bundesrates vom 30. Juni 1993 betreffend die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes [Revision des Einziehungsrechts, Strafbarkeit der kriminellen Organisation, Melderecht des Financiers], BBl 1993 III 277 ff., 316). Somit findet auch Art. 97 Abs. 3 StGB auf die Verjährung des Einziehungsrechts analog Anwendung, wonach die Verjährung nicht mehr eintritt, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist.
4.4 Die Ausfuhr, deren Meldung der Direktor der Beschwerdeführerin in Missachtung der Verfügung des SECO unterliess, erfolgte gemäss den Feststellungen der Vorinstanz am 22. Februar 2005. Die Vorinstanz hatte durch ihren ersten Entscheid vom 26. März 2009 im Anklagepunkt I.A den Direktor der Beschwerdeführerin wegen vorsätzlicher Widerhandlung gegen das Güterkontrollgesetz gemäss Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG verurteilt und die Einziehung eines Betrags von Fr. 26'466.86 angeordnet. Im Zeitpunkt der Ausfällung jenes Urteils waren noch nicht sieben Jahre seit der strafbaren Tätigkeit verstrichen. Mit der Ausfällung des ersten vorinstanzlichen Urteils vom 26. März 2009 hörte die Verjährung in Bezug auf ein allfälliges Recht zur Einziehung zu laufen auf. Daran ändert nichts, dass der Entscheid der Vorinstanz vom 26. März 2009 durch das Bundesgerichtsurteil 6B_400/2009 vom 16. Oktober 2009 aufgehoben wurde mit der Begründung, dass der Direktor der Beschwerdeführerin durch das im Anklagepunkt I.A umschriebene Verhalten höchstens allenfalls eine Ordnungswidrigkeit gemäss Art. 15 aGKG begangen habe, und dass die Vorinstanz im vorliegend angefochtenen Entscheid vom 13. Mai 2011 im Anklagepunkt I.A das Verfahren wegen Widerhandlung im Sinne von Art. 15a GKG zufolge Verjährung der Strafverfolgung bei einer diesbezüglichen Verjährungsfrist von vier Jahren (siehe Art. 2 VStrR in Verbindung mit Art. 333 Abs. 6 lit. b StGB respektive Art. 333 Abs. 5 lit. b aStGB in der Fassung gemäss Bundesgesetz vom 22. März 2002) einstellte. Massgebend ist, dass unstreitig der Tatbestand einer Ordnungswidrigkeit gemäss Art. 15a GKG erfüllt ist und dass der erste vorinstanzliche Entscheid betreffend die Einziehung vor Ablauf der für ein allfälliges Einziehungsrecht geltenden Verjährungsfrist von sieben Jahren ergangen ist.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, bei Ordnungswidrigkeiten im Sinne von Art. 15a GKG falle eine Einziehung ausser Betracht. Dies ergebe sich unter anderem daraus, dass bei Ordnungswidrigkeiten Zwangsmassnahmen und damit auch die Beschlagnahme unzulässig sind, wie aus Art. 45 Abs. 2 und Art. 46 VStrR hervorgehe. Die Beschwerdeführerin macht im Weiteren geltend, die Einziehung des Vermögenswerts von Fr. 12'673.95 sei auch deshalb unzulässig, weil dieser nicht durch eine strafbare Handlung erlangt worden sei. Es fehle am erforderlichen Zusammenhang zwischen der inkriminierten Straftat und dem erlangten Vermögenswert.
5.2 Ob bei Ordnungswidrigkeiten im Sinne von Art. 15a GKG eine Einziehung zulässig ist, kann hier dahingestellt bleiben. Eine Einziehung fällt vorliegend jedenfalls aus nachstehenden Gründen ausser Betracht.
5.3 Die Einziehung von durch strafbare Handlungen erlangten Vermögenswerten (sog. "Ausgleichseinziehung") beruht auf dem grundlegenden Gedanken, dass sich strafbares Verhalten nicht lohnen darf (BGE 137 IV 305 E. 3.1; 129 IV 107 E. 3.2, 305 E. 4.2.5, je mit Hinweisen). Die Einziehung setzt einen Zusammenhang zwischen der strafbaren Handlung und dem erlangten Vermögenswert voraus. Welche Anforderungen an diesen Zusammenhang zu stellen sind, ist in der Lehre umstritten. Ob der erforderliche Zusammenhang gegeben ist, kann im konkreten Einzelfall schwierig zu entscheiden sein (siehe die Übersicht bei NIKLAUS SCHMID, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Bd. I, 2. Aufl. 2007, Art. 70-72 StGB N 29 ff.). In BGE 125 IV 4 E. 2a/bb erwog das Bundesgericht, es sei unbeachtlich, ob der Vermögensvorteil rechtlich oder bloss tatsächlich, direkt oder indirekt durch strafbare Handlung erlangt worden sei. Auf die Unrechtmässigkeit des Vorteils dürfe aber nicht schon aufgrund der Tatbegehung selbst geschlossen werden. Der Vorteil müsse "in sich" unrechtmässig sein. Dies sei beispielsweise nicht der Fall, wenn die fragliche Handlung objektiv nicht verboten sei. Das Bundesgericht erkannte im zitierten Entscheid, dass der Erlös aus dem objektiv legalen Verkauf von Gegenständen mangels Unrechtmässigkeit des Vermögensvorteils nicht eingezogen werden kann, auch wenn der Verkäufer irrtümlich angenommen hatte, die Gegenstände seien durch eine strafbare Handlung erlangt worden, und er sich daher durch den Verkauf der Gegenstände des untauglichen Versuchs der Hehlerei schuldig gemacht hatte. Weil der Verkauf objektiv nicht rechtswidrig war und der Verkäufer einen zivilrechtlichen Anspruch auf den Kaufpreis hatte, durfte der Verkaufserlös trotz des Schuldspruchs des Verkäufers wegen untauglichen Versuchs der Hehlerei nicht eingezogen werden (BGE 125 IV 4 E. 2b/bb). In BGE 137 IV 305 entschied das Bundesgericht, dass der Lohn aus sog. "Schwarzarbeit" eines Ausländers trotz Strafbarkeit der Ausübung der nicht bewilligten Erwerbstätigkeit (siehe Art. 115 Abs. 1 lit. c AuG) nicht eingezogen werden darf, da der Lohnanspruch des ausländischen Arbeitnehmers ohne ausländerrechtliche Arbeitsbewilligung sowohl zivilrechtlich als auch öffentlichrechtlich geschützt und der Lohn daher nicht unrechtmässig erlangt ist. Unter Berufung auf diesen Entscheid erkannte das Bundesgericht, dass auch das Einkommen aus Prostitution durch eine Ausländerin, die nicht über die erforderlichen ausländerrechtlichen Bewilligungen verfügt, nicht eingezogen werden darf, da die Prostitution als solche nicht rechtswidrig ist (Urteil 6B_188/2011 vom 26. Oktober 2011). In mehreren Entscheiden erwog das Bundesgericht unter Hinweis auf Meinungsäusserungen in der Lehre, die Ausgleichseinziehung setze voraus, dass die Straftat die wesentliche respektive adäquate Ursache für die Erlangung des Vermögenswerts sei und dass der Vermögenswert typischerweise aus der Straftat herrühre. Es müsse ein Kausalzusammenhang in dem Sinne bestehen, dass die Erlangung des Vermögenswerts als direkte und unmittelbare Folge der Straftat erscheine. Diese Voraussetzung sei namentlich erfüllt, wenn die Erlangung des Vermögenswerts ein objektives oder subjektives Element des Tatbestands bilde oder wenn der Vermögenswert einen direkt aus der Straftat herrührenden Vorteil darstelle. Demgegenüber sei der Vermögenswert nicht durch die Straftat erlangt, wenn diese lediglich die spätere Erlangung des Vermögenswerts durch eine nachfolgende Handlung erleichtert habe, welche nicht in unmittelbarem Zusammenhang mit der Straftat stehe (BGE 137 IV 79 E. 3.2 = Pra 2011 Nr. 120; Urteile 6S.667/2000 vom 19. Februar 2001 E. 3a; 6S.819/1998 vom 4. Mai 1999 E. 2a).
5.4 Im Dispositiv der Verfügung des SECO vom 3. August 2004 wurde der Direktor der Beschwerdeführerin unter Hinweis auf die Strafandrohung gemäss Art. 15a Abs. 1 lit. b GKG verpflichtet, alle geplanten Ausfuhren seines Unternehmens von Gütern in den Iran, die unter die in der Verfügung im Einzelnen genannten Zollkapitel fallen, ab sofort dem SECO unter Vorlage der erforderlichen Begleitdokumente schriftlich zu melden. Der Direktor der Beschwerdeführerin unterliess diese Meldung. Dadurch verstiess er gegen die Verfügung des SECO und erfüllte er den Tatbestand von Art. 15a Abs. 1 lit. b GKG. Zwischen dieser strafbaren Handlung und dem von der Beschwerdeführerin erlangten Vermögenswert besteht indessen kein Kausalzusammenhang. Die Beschwerdeführerin erlangte den Vermögenswert nicht dadurch, dass ihr Direktor die gemäss Verfügung vorgeschriebene Meldung unterliess und somit den Tatbestand von Art. 15a Abs. 1 lit. b GKG erfüllte. Sie erlangte den Vermögenswert vielmehr dadurch, dass sie Güter an ein Unternehmen im Iran veräusserte, diese Güter in Erfüllung des Kaufvertrags an das Unternehmen im Iran liefern und somit in den Iran ausführen liess. Diese Lieferung von Gütern an ein Unternehmen im Iran wurde dem Direktor der Beschwerdeführerin aber im Dispositiv der Verfügung des SECO vom 3. August 2004 nicht ausdrücklich verboten. Durch die Lieferung verstiess dieser nicht gegen die Verfügung des SECO und erfüllte er den Tatbestand von Art. 15a Abs. 1 lit. b GKG nicht.
5.5 Die dem Direktor der Beschwerdeführerin durch die Verfügung des SECO auferlegte Meldepflicht stützt sich auf Art. 4 GKV. Dies wird aus der Begründung der Verfügung ersichtlich, wonach es dem SECO aufgrund gewisser Vorkommnisse als angezeigt erschien, dem Direktor der Beschwerdeführerin "eine generelle Meldepflicht gemäss Art. 4 GKV aufzuerlegen".
5.5.1 Art. 4 GKV ("Meldepflicht") bestimmt in Absatz 1 Folgendes: "Die geplante Ausfuhr von Gütern, die nicht der Bewilligungspflicht nach Artikel 3 unterstehen, ist dem SECO schriftlich zu melden, wenn (a.) der Exporteur weiss, dass diese Güter ganz oder teilweise für die Entwicklung, die Herstellung oder die Verwendung von nuklearen, biologischen oder chemischen (ABC-Waffen) oder von Trägersystemen für den Einsatz für ABC-Waffen oder für den Bau von Anlagen für ABC-Waffen oder deren Trägersysteme bestimmt sind oder bestimmt sein könnten; (b.) der Exporteur vom SECO davon unterrichtet worden ist, dass die Güter ganz oder teilweise für einen der in Buchstabe a genannten Zwecke bestimmt sein könnten". Art. 4 GKV regelt in Absatz 3 Folgendes: "In den 14 Tagen, die der Meldung folgen, dürfen die Güter nur mit Zustimmung des SECO ausgeführt werden. Das SECO überprüft, ob die Ausfuhr mit Artikel 7 des Kriegsmaterialgesetzes vom 13. Dezember 1996 vereinbar ist. Reicht die Frist von 14 Tagen nicht aus, kann es ein vorläufiges Ausfuhrverbot oder andere vorsorgliche Massnahmen anordnen".
Der Zweck der Meldung gemäss Art. 4 GKV, zu welcher der Direktor der Beschwerdeführerin durch die Verfügung des SECO vom 3. August 2004 verpflichtet wurde, ergibt sich aus Art. 4 Abs. 3 Satz 2 GKV. Das SECO überprüft, ob die Ausfuhr mit Art. 7 des Kriegsmaterialgesetzes (KMG; SR 514.51) vereinbar ist. Gemäss Art. 7 Abs. 1 KMG ist es verboten, (a.) Kernwaffen, biologische oder chemische Waffen (ABC-Waffen) zu entwickeln, herzustellen, zu vermitteln, zu erwerben, jemandem zu überlassen, ein-, aus-, durchzuführen, zu lagern oder anderweitig über sie zu verfügen; (b.) jemanden zu einer Handlung nach Buchstabe a zu verleiten; (c.) eine Handlung nach Buchstabe a zu fördern. Das Verbot gilt gemäss Art. 7 Abs. 3 KMG, unabhängig vom Recht des Tatorts, auch für Handlungen, die im Ausland begangen werden, wenn (a.) sie völkerrechtliche Vereinbarungen verletzen, an welche die Schweiz gebunden ist; und (b.) der Täter Schweizer ist oder Wohnsitz in der Schweiz hat. Indem der Direktor der Beschwerdeführerin die ihm durch die Verfügung des SECO vom 3. August 2004 auferlegte Meldepflicht gemäss Art. 4 GKV verletzte, unterlief er das in Art. 4 Abs. 3 GKV vorgesehene Prozedere.
Daraus folgt indessen nicht, dass der Erlös aus dem Verkauf der in den Iran exportierten Güter eingezogen werden kann. Selbst wenn man davon ausgehen wollte, dass dem Direktor der Beschwerdeführerin durch die strafbewehrte Verfügung des SECO vom 3. August 2004 nicht nur eine Meldepflicht auferlegt, sondern - durch den Hinweis auf Art. 4 GKV - auch verboten wurde, die Güter ohne Meldung in den Iran auszuführen, dass mithin nicht nur durch die Unterlassung der Meldung, sondern auch durch die Ausfuhr als solche der Tatbestand von Art. 15a Abs. 1 lit. b GKG erfüllt wurde, fällt eine Einziehung ausser Betracht. Die unstreitig nicht gemäss Art. 3 GKV bewilligungspflichtige Ausfuhr der Güter war zwar insoweit mit einem Makel behaftet, als sie nicht gemäss Art. 4 GKV vorgängig gemeldet und daher nicht auf ihre Vereinbarkeit mit Art. 7 KMG überprüft worden war. Daraus allein ergibt sich aber nicht, dass die Ausfuhr, durch welche der Vermögenswert erlangt wurde, ein objektiv illegales Geschäft war. Zwar wurde durch die Verletzung der Meldepflicht eine vorgängige Überprüfung der Vereinbarkeit der Ausfuhr mit Art. 7 KMG verunmöglicht und war daher im Zeitpunkt der Ausfuhr nicht durch die in Art. 4 Abs. 3 GKV vorgesehene Überprüfung geklärt, ob die Ausfuhr mit Art. 7 KMG vereinbar ist. Die Einziehung des durch die Ausfuhr erlangten Vermögenswerts ist aber nicht schon zulässig, wenn die Ausfuhr möglicherweise objektiv illegal ist und dies gerade infolge der Verletzung der Meldepflicht nicht vor der Ausfuhr geklärt werden kann. Objektiv illegal ist die Ausfuhr der Güter insoweit nur, wenn sie nicht mit Art. 7 KMG vereinbar und somit nach dieser Bestimmung verboten ist. Dies aber wird dem Direktor der Beschwerdeführerin nicht zur Last gelegt. Im Übrigen ist im vorliegenden Fall trotz Verletzung der Meldepflicht klar, welche Güter die Beschwerdeführerin am 22. Februar 2005 an welches Unternehmen geliefert hat.
5.5.2 Allerdings wäre die Ausfuhr im Falle ihrer Meldung an das SECO um eine gewisse Zeit verzögert worden. Im angefochtenen Entscheid wird jedoch nicht erwogen, dass der Zeitpunkt der Ausfuhr für das Zustandekommen des Geschäfts beziehungsweise die Höhe des Kaufpreises von Bedeutung war und der Direktor der Beschwerdeführerin die Meldung unterliess, um eine nachteilige Verzögerung der Ausfuhr zu vermeiden.
5.5.3 Der vorliegende Fall weist entgegen der nicht näher begründeten Auffassung der Vorinstanz keine strukturellen Ähnlichkeiten mit dem in BGE 129 II 338 (recte: BGE 129 IV 338) beurteilten Fall betreffend Einziehung bei Finanzgeschäften ohne sorgfältige Feststellung der Identität des wirtschaftlich Berechtigten auf. Die vom Beschuldigten in jenem Fall als Entschädigung für tatbestandsmässige Dienstleistungen gemäss Art. 305ter StGB bezogenen Provisionen waren als durch strafbare Handlungen erlangte Vermögenswerte einzuziehen. Die Dienstleistungen, unter anderen der Transport von Bargeld in grossen Mengen aus dem Ausland in die Schweiz, waren mangels sorgfältiger Abklärung der Identität des daran wirtschaftlich Berechtigten ein objektiv illegales Geschäft. Demgegenüber ist im vorliegenden Fall die Ausfuhr nicht schon deshalb ein objektiv illegales Geschäft, weil der Direktor der Beschwerdeführerin die ihm durch strafbewehrte Verfügung auferlegte Meldepflicht verletzte und daher die Vereinbarkeit der Ausfuhr mit Art. 7 KMG nicht vorgängig geprüft werden konnte.
5.6 Die von der Vorinstanz angeordnete Einziehung des Betrags von Fr. 12'673.95 verstösst somit gegen Bundesrecht, weil dieser Vermögenswert entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht im Sinne von Art. 70 Abs. 1 StGB durch eine strafbare Handlung erlangt worden ist.
5.7 Bei diesem Ergebnis erübrigt sich die Behandlung der von der Beschwerdeführerin erhobenen weiteren Einwände gegen die Einziehung.
6. 6.1 Die Vorinstanz ersucht in ihrer Vernehmlassung darum, das Bundesgericht möge im Falle einer (teilweisen) Gutheissung der Beschwerde selbst in der Sache entscheiden.
6.2 Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück (Art. 107 Abs. 2 Satz 1 BGG).
Die Vorinstanz hat in Dispositiv-Ziff. 3 des angefochtenen Urteils Folgendes entschieden: "Ab dem Konto Nr. ..., lautend auf die Y._ AG, wird der Betrag von Fr. 12'673.95 eingezogen. Die Beschlagnahme wird im weiteren Umfang aufgehoben." In ihren Urteilserwägungen hält die Vorinstanz fest (angefochtenes Urteil S. 9): "Vom beschlagnahmten Bankkonto der Y._ AG ist daher der Betrag von Fr. 12'673.95 einzuziehen." Die Beschwerdeführerin wendet ein, das genannte Konto sei nie beschlagnahmt worden. Sie habe immer darüber verfügen können und könne auch noch heute ohne jegliche Einschränkung darüber verfügen. Die Akten enthielten denn auch keine Beschlagnahmeverfügung (Beschwerde S. 20/21). In ihrem ersten Entscheid vom 26. März 2009 hatte die Vorinstanz den Direktor der Beschwerdeführerin im Anklagepunkt I.A wegen vorsätzlicher Widerhandlung gegen das Güterkontrollgesetz gemäss Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG verurteilt und angeordnet, dass "ab dem Konto Nr. ..., lautend auf die Y._ AG, ... ein Betrag von Fr. 26'466.86 eingezogen" wird. Weder im Dispositiv noch in der Begründung jenes Entscheids war von einer Beschlagnahme und deren Aufhebung die Rede. Zwischen dem ersten Entscheid der Vorinstanz vom 26. März 2009 und dem vorliegend angefochtenen Urteil scheint insoweit ein Widerspruch zu bestehen.
Es ist somit unklar, ob und gegebenenfalls was inwiefern beschlagnahmt wurde. Daher ist das Bundesgericht im vorliegenden Verfahren nicht in der Lage, diesbezügliche sachdienliche Entscheide zu treffen, die im Zusammenhang mit der Aufhebung der von der Vorinstanz angeordneten Einziehung erforderlich wären.
Zudem ist offen, ob das von der Vorinstanz gewählte Prozedere einer akzessorischen Einziehung im Rahmen der Verfahrenseinstellung zufolge Verjährung der Strafverfolgung auch bei Anwendung des bis zum 31. Dezember 2010 geltenden Prozessrechts zulässig gewesen wäre (siehe E. 2.3.2 hievor).
Aus diesen Gründen kann das Bundesgericht nicht selber in der Sache entscheiden. Vielmehr ist diese zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, das Urteil des Bundesstrafgerichts, Strafkammer, vom 13. Mai 2011 aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin einen Teil der Gerichtskosten zu tragen und hat die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) der Beschwerdeführerin eine reduzierte Entschädigung zu zahlen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und im Übrigen abgewiesen, das Urteil des Bundesstrafgerichts (Strafkammer) vom 13. Mai 2011 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) hat der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von Fr. 2'500.-- zu zahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. April 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Näf