Sachverhalt:
A. Die 1958 geborene S._, ausgebildete Juristin, arbeitete zuletzt in der Firma A._ AG als Mitarbeiterin in der Musterabteilung. Am 5. März 2008 meldete sie sich zum Bezug von Leistungen bei der Invalidenversicherung an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht, insbesondere der Einholung eines polydisziplinären Gutachtens des Instituts X._ vom 1. Juli 2008, eines Abklärungsberichts Haushalt vom 15. April 2009 sowie einer Anfrage bei der früheren Arbeitgeberin vom 29. April 2009 stellte ihr die IV-Stelle des Kantons St. Gallen mit Vorbescheid vom 1. Juli 2009 die Ausrichtung einer halben Rente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 50% ab 1. September 2007 in Aussicht. Nach Eingang des Einwandes und einer erneuten Stellungnahme des Zentrums Y._, hielt die IV-Stelle mit Verfügung vom 12. Februar 2010 an der Ausrichtung einer halben Rente ab 1. September 2007 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde mit dem Antrag auf eine ganze Rente wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 5. Juni 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt S._ beantragen, es sei ihr eine ganze Rente zuzusprechen.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Invalidenrente.
Invalidität ist nach Art. 8 Abs. 1 ATSG die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit. Diese kann gemäss Art. 4 IVG Folge von Geburtsgebrechen, Krankheit oder Unfall sein (Abs. 1). Sie gilt als eingetreten, sobald sie die für die Begründung des Anspruchs auf die jeweilige Leistung erforderliche Art und Schwere erreicht hat (Abs. 2). Die Erwerbsunfähigkeit definiert Art. 7 Abs. 1 ATSG als den durch Beeinträchtigung der körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheit verursachten und nach zumutbarer Behandlung und Eingliederung verbleibenden ganzen oder teilweisen Verlust der Erwerbsmöglichkeiten auf dem in Betracht kommenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt.
Anspruch auf eine Rente haben gemäss Art. 28 Abs. 1 IVG Versicherte, die (lit. a) ihre Erwerbsfähigkeit oder die Fähigkeit, sich im Aufgabenbereich zu betätigen, nicht durch zumutbare Eingliederungsmassnahmen wieder herstellen, erhalten oder verbessern können; (lit. b) während eines Jahres ohne wesentlichen Unterbruch durchschnittlich mindestens 40 Prozent arbeitsunfähig (Art. 6 ATSG) gewesen sind; und (lit. c) nach Ablauf dieses Jahres zu mindestens 40 Prozent invalid (Art. 8 ATSG) sind. Gemäss Abs. 2 wird die Rente nach dem Grad der Invalidität wie folgt abgestuft: bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 40 % eine Viertelsrente, bei mindestens 50 % eine halbe Rente, bei mindestens 60 % eine Dreiviertelsrente und bei mindestens 70 % eine ganze Rente. Für die Bemessung der Invalidität von erwerbstätigen Versicherten ist nach Art. 28a IVG Art. 16 ATSG anwendbar. Der Bundesrat umschreibt das zur Bemessung der Invalidität massgebende Erwerbseinkommen (Abs. 1). Bei nicht erwerbstätigen Versicherten, die im Aufgabenbereich tätig sind und denen die Aufnahme einer Erwerbstätigkeit nicht zugemutet werden kann, wird für die Bemessung der Invalidität in Abweichung von Artikel 16 ATSG darauf abgestellt, in welchem Masse sie unfähig sind, sich im Aufgabenbereich zu betätigen (Abs. 2). Bei Versicherten, die nur zum Teil erwerbstätig sind oder die unentgeltlich im Betrieb des Ehegatten oder der Ehegattin mitarbeiten, wird für diesen Teil die Invalidität nach Artikel 16 ATSG festgelegt. Waren sie daneben auch im Aufgabenbereich tätig, so wird die Invalidität für diese Tätigkeit nach Absatz 2 festgelegt. In diesem Fall sind der Anteil der Erwerbstätigkeit oder der unentgeltlichen Mitarbeit im Betrieb des Ehegatten oder der Ehegattin und der Anteil der Tätigkeit im Aufgabenbereich festzulegen und der Invaliditätsgrad in beiden Bereichen zu bemessen (Abs. 3).
Nach Art. 16 ATSG wird für die Bestimmung des Invaliditätsgrades das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der Invalidität und nach Durchführung der medizinischen Behandlung und allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine ihr zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte, in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre.
3. 3.1 Was zunächst die Höhe der zumutbaren Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin betrifft, stützte sich das kantonale Gericht auf das Gutachten des Instituts X._ vom 1. Juli 2008. Dort wurde als Diagnose mit Krankheitswert und wesentlicher Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit eine Neurasthenie sowie eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung mit polytopen Schmerzen am Bewegungsapparat und Spannungskopfschmerzen auf dem Hintergrund lang anhaltender Konflikte und Belastungen genannt. Ausserdem bestehe eine Hochbegabung, welche in der Vergangenheit jedoch nicht genügend anerkannt und nicht angemessen gefördert worden sei. Die von der Rechtsprechung geforderten Bedingungen einer psychiatrischen Komorbidität, eines mehrjährigen Krankheitsverlaufs, eines sozialen Rückzugs, einer missglückten, jedoch entlastenden Konfliktbewältigung sowie unbefriedigende ambulante und stationäre Behandlungsergebnisse seien gegeben. Durch die Symptome der Neurasthenie und der somatoformen Schmerzstörung seien die Fähigkeiten der Versicherten zu Konzentration, Kreativität, Flexibilität und Ausdauer eingeschränkt, weshalb die Arbeitsfähigkeit in ihrer früheren Tätigkeit als Mitarbeiterin in der Musterabteilung und Konfektion bezogen auf ein Vollpensum noch zu 50 % vorhanden sei. Zumutbar wäre eine sechsstündige Präsenz pro Tag mit einer Leistungsminderung von 30 % auf Grund vermehrter Pausen. Vorausgesetzt sei, dass die Beschwerdeführerin nicht chronischen Konflikten ausgesetzt sei, mit denen sie nicht umgehen könne und wegen ihres Perfektionismus unter extremen inneren Druck gerate. Ideal sei ein ruhiger Arbeitsplatz ohne konfliktträchtige Strukturen, den Talenten und der Intelligenz der Versicherten möglichst angepasst, ohne Tätigkeiten, welche die Schmerzen und dadurch die latente depressive Symptomatik verstärkten oder eine kognitive Unterforderung darstellten.
3.2 Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag nicht zu überzeugen:
Wie das kantonale Gericht zutreffend festgestellt hat, genügt das Gutachten des Instituts X._ vom 1. Juli 2008 den bundesrechtlichen Anforderungen an die Beweiskraft (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis): Es beruht auf eigener Untersuchung der Beschwerdeführerin, und die Experten berücksichtigten die geklagten Beschwerden sowie die im Zeitpunkt ihrer Einschätzung bei der Verwaltung vorhandenen medizinischen Unterlagen. Die diesbezüglichen Vorbringen der Beschwerdeführerin erschöpfen sich in weiten Teilen in appellatorischer Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung und Sachverhaltsfeststellung (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.3 S. 246), was im Rahmen von Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG nicht ausreicht (vgl. Urteile 9C_706/2011 vom 26. September 2011 und 9C_366/2011 vom 31. Mai 2011). Das kantonale Gericht hat überzeugend dargetan, weshalb die Berichte des Dr. med. P._ das Gutachten des Instituts X._ nicht in Zweifel zu ziehen vermögen. Bei den diesbezüglichen Einwänden übersieht die Beschwerdeführerin zudem die im Rahmen der Beweiswürdigung relevante Verschiedenheit von Behandlungsauftrag einerseits und Begutachtungsauftrag andererseits (vgl. BGE 124 I 170 E. 4 S. 175; Urteil 9C_801/2007 vom 7. Februar 2008 E. 3.2.2; Urteil 8C_286/2007 vom 3. Januar 2008 E. 4).
Die Beschwerdeführerin bringt auch weiter nichts vor, was die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig oder die von ihr daraus gezogenen Schlussfolgerungen als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Insbesondere trifft es entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht zu, dass es einen wie vom Institut X._ beschriebenen Arbeitsplatz nicht gibt: Vielmehr ist gerade in einer teilzeitlichen, kreativen Tätigkeit durchaus denkbar, dass die Präsenz (hier sechs Stunden pro Tag) zugunsten von ausgedehnteren Pausen verlängert wird; die von den Gutachtern angegebenen sechs Stunden mit Pausen im Rahmen von 30 % ergeben sich denn auch aus der Berechnung, dass die Versicherte für ein Pensum von grundsätzlich 50 %, mithin 4.2 Stunden pro Tag (bei einer 42 Stundenwoche) wegen ihrer verminderten Leistung (von nur 70 %) die Tätigkeit auf sechs Stunden verteilen muss. Von einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) kann nicht gesprochen werden, hat sich doch das kantonale Gericht mit der Restarbeitsfähigkeit befasst. Das Gericht muss sich indes nicht mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen; vielmehr kann es sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken, solange kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich das Gericht hat leiten lassen, was hier der Fall ist (BGE 136 I 229 E. 5.2 S. 236; 134 I 83 E. 4.1 S. 88; 133 I 270 E. 3.1 S. 277; je mit Hinweisen).
4. 4.1 Sodann rügt die Beschwerdeführerin in erwerblicher Hinsicht, einerseits gehe die Vorinstanz bei der Festsetzung des Valideneinkommens fälschlicherweise von Anforderungsniveau 3 der Lohnstrukturerhebung (LSE) aus, andererseits sei der leidensbedingte Abzug nicht nur mit 15 %, sondern mit 25 % zu veranschlagen.
4.2 Während die IV-Stelle beim Einkommensvergleich bei beiden Vergleichseinkommen vom vormals erzielten Verdienst gemäss Angaben der Arbeitgeberin ausging und damit direkt von der Arbeitsunfähigkeit von 50 % auf den Invaliditätsgrad von 50 % schloss, zog die Vorinstanz als Invalideneinkommen den Durchschnittslohn der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Lohnstrukturerhebung (LSE), Anforderungsniveau 3, heran, gewährte ihr aber einen leidensbedingten Abzug von 15 %, woraus ein Invaliditätsgrad von 52 % und somit ebenfalls ein Anspruch auf eine halbe Rente resultierte.
4.3 Die Vorinstanz hat festgestellt, die Beschwerdeführerin habe zwar als Hilfsarbeiterin gearbeitet, auf Grund ihrer überdurchschnittlichen Begabung aber über deutlich mehr Fähigkeiten verfügt als eine "gewöhnliche" Hilfsarbeiterin. Zudem legten gewisse Ausführungen im Arbeitszeugnis vom 3. März 2008 den Schluss nahe, dass sie - gemessen an den Erwartungen an eine Hilfsarbeiterin - überdurchschnittliche Leistungen erbrachte; gelobt wurden unter anderem "sehr gute Kenntnisse" im Tätigkeitsbereich, Initiative, Selbstständigkeit und Einbringen guter Ideen, was in Bezug auf Hilfsarbeiter eher als ungewöhnlich zu qualifizieren sei. Gestützt darauf ist die vorinstanzliche Schlussfolgerung, wonach die Beschwerdeführerin qualifizierte Arbeit verrichtet habe und weiter verrichten könne, im Rahmen der gesetzlichen Kognition (E. 1 hievor) jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig. Insbesondere trifft es entgegen den Ausführungen in der Beschwerde nicht zu, dass die Beschwerdeführerin nicht mehr über die Qualitäten verfügt, welche sie an ihrem letzten Arbeitsplatz zur qualifizierten Mitarbeiterin machten. Sie ist dabei lediglich eingeschränkt, was denn auch von den Gutachtern als einziger Grund für die verminderte Arbeitsfähigkeit angegeben wird.
4.4 Daran ändert im Übrigen auch nichts, dass der Ausgangswert für das Invalideneinkommen von der Vorinstanz mit Fr. 67'592.- höher veranschlagt wurde als das Valideneinkommen von Fr. 60'320.-. Hat die Versicherte vor Eintritt des Gesundheitsschadens (unfreiwillig) weniger und damit unterdurchschnittlich zum statistischen Tabellenlohn verdient, ist diesem Umstand im Rahmen der Parallelisierung der Einkommen Rechnung zu tragen. Rechtsprechungsgemäss ist eine solche nur insoweit zulässig, als die Abweichung des tatsächlich erzielten Verdienstes vom branchenüblichen Tabellenlohn den Erheblichkeitsgrenzwert von 5 % übersteigt (BGE 135 V 297; 134 V 322). Dies ist hier mit 10.76 % (Differenz zwischen Fr. 67'592.- und Fr. 60'320.-) zwar der Fall. Doch selbst wenn eine Parallelisierung der Einkommen, mithin eine Reduktion des Invalideneinkommens um 10.76 % vorgenommen wird, ergibt sich aus dem Einkommensvergleich mit rund 57 % ein Invaliditätsgrad, der ebenfalls nur eine halbe Rente begründet.
4.5 Schliesslich ist entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin der vorinstanzlich bestätigte, bei der Festsetzung des Invalideneinkommens gewährte leidensbedingte Abzug (siehe dazu BGE 134 V 322 E. 5.2 S. 327 f., 129 V 472 E. 4.2.1 S. 475 f.) von 15 % ebenfalls nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführerin bringt keine beachtlichen Gründe vor und es sind solche auch nicht ersichtlich, die den leidensbedingten Abzug als ermessensmissbräuchlich oder sonst rechtsfehlerhaft erscheinen lassen (E. 1 hievor; vgl. auch BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399) und eine Korrektur nach oben rechtfertigen würden. Dem anbegehrten maximalen Abzug von 25 % kann deshalb nicht entsprochen werden. Zusammenfassend hat die Vorinstanz einen Anspruch auf eine höhere als die halbe Invalidenrente zu Recht abgelehnt.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Oktober 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Helfenstein