Sachverhalt:
A. Die Eheleute X._ führten bis 2001 einen Bäckereibetrieb in der eigenen Liegenschaft an der W._strasse in V._/NW. Im Erdgeschoss der Liegenschaft befand sich der Bäckereibetrieb mit Backstube, VerkaufsIaden und Nebenräumen. Die Obergeschosse umfassen drei Wohnungen: eine 7 1/2-Zimmer-Maisonette-Wohnung, die vom Eigentümer selbst bewohnt wird, sowie eine 2 1/2-Zimmer- und eine 3-Zimmerwohnung, die an Dritte vermietet sind. Im Jahr 2001 stellten die Eheleute X._ den Bäckereibetrieb ein und vermieteten auch die Geschäftslokalitäten.
Das Kantonale Steueramt Nidwalden veranlagte in der Folge die Eheleute X._ für die direkte Bundessteuer 2001 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 481'100.--. Darin enthalten ist ein Kapitalgewinn von Fr. 411'000.-- aus der Überführung der Liegenschaft W._strasse in V._ vom Geschäfts- in das Privatvermögen im Zuge der Betriebsaufgabe (Veranlagungsverfügung vom 31. Mai 2004; Einspracheentscheid vom 31. Oktober 2004).
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden bestätigte die grundsätzliche Steuerbarkeit des Überführungsgewinns, erkannte aber, dass dieser um 10 % für AHV-Beiträge zu kürzen sei. Dem entsprechend hiess es die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde teilweise gut und wies die Sache an das Kantonale Steueramt Nidwalden zurück (Urteil vom 17. Oktober 2005).
C. Die Eheleute X._ haben am 6. Dezember 2005 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 17. Oktober 2005 sei aufzuheben, und das steuerbare Einkommen bei der direkten Bundessteuer 2001 sei um Fr. 411'000.-- zu reduzieren. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Steuerbehörden und das Verwaltungsgericht hätten die betreffende Liegenschaft zu Unrecht dem Geschäftsvermögen zugeordnet; richtigerweise liege Privatvermögen vor, weshalb die Besteuerung eines Überführungsgewinns unzulässig sei. Sie rügen damit sinngemäss eine Verletzung von Bundesrecht (vgl. Art. 104 lit. a OG).
D. Das Kantonale Steueramt Nidwalden beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden datiert vom 17. Oktober 2005. Auf das vorliegende Verfahren findet somit noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht, BGG; SR 173.110).
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, welches Rechtsmittel zulässig und in welchem Umfang darauf einzutreten ist (BGE 132 I 140 E. 1.1 S. 142; 131 II 58 E. 1 S. 60, je mit Hinweisen).
2.1 Das kantonal letztinstanzliche Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 17. Oktober 2005 unterliegt der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer, DBG; SR 642.11; Art. 97 ff. OG). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 103 lit. a OG legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten.
2.2 Das angefochtene Urteil schliesst das Verfahren nicht ab, vielmehr wird die Sache "zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen" an die Vorinstanz zurückgewiesen. Trotzdem handelt es sich nicht um einen Zwischenentscheid, denn nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung gilt im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ein Rückweisungsentscheid, der eine Grundsatz- oder Teilfrage abschliessend und für die Vorinstanz verbindlich beantwortet, als (Teil-)Endentscheid (BGE 124 II 409 E. 1f S. 420, mit Hinweisen).
Das hier angefochtene Urteil beantwortet die Grundsatzfrage des steuerbaren Überführungsgewinns definitiv. Es ist deshalb prozessual einem Endentscheid gleichzustellen und kann selbständig mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (vgl. BGE 130 II 321 E. 1 S. 324; 129 II 286 E. 4.2 S. 291, je mit Hinweisen). Auf die Beschwerde ist aber nur hinsichtlich derjenigen Fragen einzutreten, worüber im angefochtenen Urteil abschliessend entschieden wurde (vgl. auch Urteil 2A.468/2005 vom 7. April 2006, E. 1.2).
2.3 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde können die Beschwerdeführer die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts rügen (Art. 104 lit. a und lit. b OG). Hat - wie hier - als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden, ist das Bundesgericht allerdings an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, wenn der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt wurde (Art. 105 Abs. 2 OG).
Das Bundesgericht wendet im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren das Bundesrecht von Amtes wegen an, ohne an die von den Parteien vorgebrachten Begründungen gebunden zu sein (Art. 114 Abs. 1 zweiter Halbsatz OG). Es kann die Beschwerde auch aus anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (BGE 132 II 47 E. 1.3 S. 50).
3. 3.1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte mit Ausnahme der Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen (Art. 16 Abs. 1 und Abs. 3 DBG). Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit (Art. 18 Abs. 1 DBG). Dazu zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist unter anderem die Überführung von Geschäfts- in Privatvermögen (Art. 18 Abs. 2 DBG).
3.2 Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (Art. 18 Abs. 2 Satz 3 erster Teil DBG). Ob ein Wertgegenstand dem Privat- oder dem Geschäftsvermögen zuzuordnen ist, entscheidet sich aufgrund einer Würdigung aller in Betracht kommenden tatsächlichen Umstände. Ausschlaggebendes Zuteilungskriterium ist dabei, wie sich aus der zitierten gesetzlichen Begriffsumschreibung ergibt, die aktuelle technisch-wirtschaftliche Funktion des fraglichen Vermögensgegenstands; massgebend ist also in erster Linie, ob der Gegenstand tatsächlich dem Geschäft dient (vgl. Martin Arnold, Geschäfts- und Privatvermögen im schweizerischen Einkommenssteuerrecht, in: ASA 75, 265 ff., insbesondere S. 274 und S. 281, mit Hinweisen auf die Rechtsprechung).
Die buchmässige Behandlung eines Gegenstands insbesondere ist im Rahmen der Gesamtwürdigung als Indiz zu werten. Vermag auf der einen Seite die Aufnahme in die Buchhaltung für sich allein die Zuteilung eines Vermögensobjekts zum Geschäftsvermögen nicht zu bewirken, so kann auf der anderen Seite ein Gegenstand - aufgrund seiner technisch-wirtschaftlichen Funktion - auch dann Geschäftsvermögen darstellen, wenn er nicht in die Buchhaltung aufgenommen worden ist. Zu berücksichtigen ist also nicht nur die formelle Aufnahme (oder Nichtaufnahme) des Gegenstands in die Bilanz, sondern die konkrete buchhalterische Behandlung insgesamt (also etwa auch: die Vornahme von Abschreibungen oder die Verbuchungsweise von einschlägigen Aufwands- und Ertragspositionen usw.). Von Bedeutung kann ebenfalls die Qualität der Buchführung des Steuerpflichtigen sein (vgl. dazu Arnold, a.a.O., S. 280 f., mit Hinweis).
3.3 Auch bei Liegenschaften (oder Teilen davon), die sich grundsätzlich sowohl für geschäftliche als auch für rein private Nutzung eignen, entscheidet in erster Linie deren konkrete technisch-wirtschaftliche Funktion darüber, ob sie zum Geschäfts- oder zum Privatvermögen des Steuerpflichtigen gehören. Das ergibt sich nunmehr, wie gesagt, aus der Legaldefinition des "Geschäftsvermögens" in Art. 18 Abs. 2 DBG, galt aber schon nach altem Recht (Bundesratsbeschluss vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer; BdBSt). Die massgebenden Zuteilungskriterien haben sich mit dem Übergang zum neuen Recht (DBG) nicht grundlegend geändert (vgl. Arnold, a.a.O., S. 269 f., mit Hinweisen auf die Praxis zum BdBSt; Urteil 2A.700/2004 vom 26. Mai 2005, E. 4.4.2, mit Hinweisen).
Eine wesentliche Neuerung brachte hingegen der in Art. 18 Abs. 2 DBG begründete Wechsel (von der Wertzerlegungs-) zur Präponderanzmethode. Nach dieser werden ab dem 1. Januar 1995 diejenigen gemischt, d.h. teils geschäftlich, teils privat genutzten Objekte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen, in ihrer Gesamtheit dem Geschäftsvermögen zugewiesen. Die nicht vorwiegend geschäftlich genutzten Objekte gehören demgegenüber gesamthaft zum Privatvermögen, auch wenn sie teilweise geschäftlich genutzt werden.
Nach den Richtlinien der Eidgenössischen Steuerverwaltung sind alle den geschäftlich genutzten Liegenschaftsteil betreffenden Erträge ins Verhältnis zum Gesamtertrag aus der Liegenschaft zu setzen. Dieser umfasst sämtliche auf die Liegenschaft entfallenden Einkünfte gemäss Art. 21 DBG, unter Einbezug des zum Marktwert festgesetzten Eigenmietwerts für den geschäftlich genutzten Teil. Beträgt der so ermittelte Anteil der geschäftlichen Nutzung mehr als 50 %, liegt eine vorwiegend geschäftliche Nutzung vor und gilt die Liegenschaft insgesamt als Geschäftsvermögen (vgl. Ziff. 2.1 des Merkblatts "Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit nach Artikel 18 DBG. Ausdehnung der Kapitalgewinnsteuerpflicht, Übergang zur Präponderanzmethode und deren Anwendung", Anhang zum gleichnamigen Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 12. November 1992, in: ASA 61, 507 ff.; vgl. auch Peter Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, Rz. 146 ff. zu Art. 18; Markus Reich, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Basel/Genf/München 2000, N 54 ff. zu Art. 18; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 81 f. zu Art. 18; vgl. auch Urteil 2A.700/2004 vom 26. Mai 2005, E. 3.3 und 3.4, mit Hinweisen).
4. Im vorliegenden Fall wurde die Liegenschaft der Beschwerdeführer an der W._strasse in V._ anerkanntermassen sowohl geschäftlich (Bäckereibetrieb) als auch privat (Mietwohnungen) genutzt. Allerdings gehen die Auffassungen bezüglich des Ausmasses der geschäftlichen und der privaten Nutzung auseinander. Dies deshalb, weil die Beschwerdeführer Marktwerte zu Grunde legen und dabei die von ihnen selbst bewohnte 7 1/2-Zimmer-Maisonette-Wohnung zum Privatvermögen rechnen, wogegen die Steuerbehörden die Ausscheidung anhand der verbuchten Mietwerte und Mietzinseinnahmen vornehmen und dabei die Privatwohnung als Geschäftsvermögen qualifizieren.
4.1 Nach der Berechnung der Beschwerdeführer beträgt der privat genutzte Anteil im Zeitpunkt der Geschäftsaufgabe 66 %, womit die Liegenschaft in Anwendung der Präponderanzmethode gesamthaft dem Privatvermögen zuzuordnen wäre. Für die Vorinstanzen überwiegt demgegenüber der geschäftlich genutzte Anteil (72 %), mit der Konsequenz, dass die gesamte Liegenschaft als Geschäftsvermögen zu gelten hätte. Ob das eine oder das andere zutrifft, hängt nach beiden Ausscheidungsmethoden letztlich davon ab, ob die von den Beschwerdeführern selbst bewohnte 7 1/2-Zimmer-Maisonette-Wohnung Geschäfts- oder Privatvermögen darstellt.
4.2 Die Vorinstanz rechnet die fragliche Wohnung zum einen deshalb zum Geschäftsvermögen, weil die Beschwerdeführer aus geschäftlichen Gründen in besonderem Mass daran interessiert seien, im gleichen Haus zu wohnen, wo sie das Geschäft betreiben; sie verweist dabei auf die einschlägige Praxis des Bundesgerichts zum BdBSt. Zum anderen wertet die Vorinstanz die ganze Liegenschaft W._strasse als Geschäftsvermögen, weil diese "seit 1992 und bis zur Geschäftsaufgabe per 31. Juli 2001 zu 100 % in der Geschäftsbuchhaltung als Aktivum (Anlagevermögen) enthalten war".
4.3 Unter der Geltung des BdBSt hatte sich das Bundesgericht wiederholt mit der Frage zu befassen, ob die vom Betriebsinhaber im eigenen Haus selbst genutzte Wohnung zum Geschäfts- oder zum Privatvermögen gehöre:
Im Fall eines Bäckerei- und Gastwirtschaftsbetriebs beurteilte das Bundesgericht die zwei vom damaligen Betriebsinhaber und seiner Familie im Haus belegten Wohnungen als zum Geschäftsbetrieb gehörend, weil diese Verwendung offensichtlich den Geschäftsinteressen entsprochen habe; denn die Bäckerei/Konditorei und die Wirtschaft wären weniger leicht zu führen gewesen, wenn der Inhaber und seine Angehörigen nicht in unmittelbarer Nähe gewohnt hätten (BGE 85 I 243 E. 3 S. 250 f.).
In einem Urteil aus dem Jahr 1986, wo ebenfalls die Zuordnung der Privatwohnung eines Bäckers umstritten war, erkannte das Bundesgericht, eine Zuteilung der privat genutzten Wohnung zum Geschäftsvermögen könne "in den Fällen ausnahmsweise sachgerecht sein, wo der Steuerpflichtige aus geschäftlichen Gründen in besonderem Masse daran interessiert ist, im gleichen Haus zu wohnen, wo er beispielsweise sein Ladengeschäft betreibt". Auf den Einwand des damaligen Betriebsinhabers hin, er habe die Broterzeugnisse schon seit mehreren Jahren von einer Gemeinschaftsbäckerei bezogen und nicht mehr selbst hergestellt, räumte das Bundesgericht ein, mit dem Wegfall der selbständigen Brotherstellung sei in der Tat ein gewichtiger Grund für die Zuweisung der Privatwohnung zum Geschäftsvermögen beim Bäckermeister weggefallen. Es liess aber die "Frage der sachlich richtigen Zuordnung" in jenem Fall ausdrücklich offen, weil die gesamte Liegenschaft bis zur Geschäftsaufgabe zu 100 % in der Geschäftsbuchhaltung als Aktivum enthalten war und der betreffende Beschwerdeführer selber die Qualifikation der Privatwohnung als Geschäftsvermögen bis zur Aufgabe der eigenen Brotherstellung als begründet anerkannt hatte (ASA 57, 271 E. 3 S. 274 f.).
In einem Urteil aus dem Jahr 1998 bestätigte das Bundesgericht den Grundsatz, dass die Zuweisung des zu privaten Wohnzwecken genutzten Teils einer Liegenschaft zum Geschäftsvermögen "nur ausnahmsweise" erfolge, wenn "das Wohnen im Geschäftsgebäude eine rationelle Geschäftsführung erst ermöglicht oder wesentlich fördert". Diese restriktiven Voraussetzungen erachtete das Bundesgericht für die in jenem Fall von einem Gastwirt selbst genutzte Wohnung (2-Zimmerwohnung mit Kochnische) als erfüllt (Urteil 2A.391/1995 vom 2. September 1998, E. 3a, mit Hinweisen, in: StE 1999 B 23.2 Nr. 21).
4.4 Diese Kasuistik aus der Rechtsprechung zum alten Recht (BdBSt) belegt, dass die Zuteilung einer vom Betriebsinhaber selbst genutzten Wohnung zum Geschäftsvermögen nur ausnahmsweise als sachgerecht erachtet wurde. Dabei wurden die Voraussetzungen für eine solche Zuweisung mit der Zeit tendenziell verschärft: Genügte es anfänglich, dass das "private" Wohnen in der Betriebsliegenschaft offensichtlich den Geschäftsinteressen entsprach, so wurde in der Folge verlangt, dass der Betriebsinhaber in besonderem Mass daran interessiert sein musste, und schliesslich, dass eine rationelle Geschäftsführung dadurch erst ermöglicht oder wesentlich gefördert werde. So wurde etwa für Gastronomiebetriebe angenommen, das Wohnen in der Betriebsliegenschaft erleichtere dem Wirt eine den jeweiligen Bedürfnissen angepasste, flexible Handhabung seiner Präsenzzeiten (Urteil 2A.391/1995, a.a.O., E. 3b/aa).
Im Vergleich dazu umschreibt das neue Recht (Art. 18 Abs. 2 DBG) die Voraussetzungen nunmehr noch enger, indem Betriebswohnungen nur dann Geschäftsvermögen darstellen, wenn sie "ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen". Zudem hat die Zuweisung zur einen oder anderen Vermögensmasse steuerlich eine grössere Tragweite erhalten, weil nach der nach neuem Recht geltenden Präponderanzmethode der Kapital- oder Überführungsgewinn auf der ganzen Liegenschaft entweder steuerbar oder steuerfrei ist (vgl. oben E. 3.3).
Der vorliegende Fall gibt Anlass, die aufgeworfene Frage unter Berücksichtigung der erwähnten rechtlichen Neuerungen sowie der geänderten tatsächlichen Verhältnisse neu zu überdenken und zu beantworten.
4.5 Als Grundsatz kann weiterhin gelten, dass eine vom Inhaber selbst genutzte Wohnung in einer Betriebsliegenschaft nur ausnahmsweise zu seinem Geschäftsvermögen gehört. Das ist von Gesetzes wegen der Fall, wenn die Wohnung ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit des Betriebsinhabers dient. Ob dies im Einzelfall zutrifft, ist aufgrund der konkreten Umstände zu entscheiden, in erster Linie aufgrund der technisch-wirtschaftlichen Funktion des betreffenden Objekts. Der Ansatzpunkt ist damit unter dem neuen Recht, wie gesagt, grundsätzlich zwar der gleiche geblieben (vgl. oben E. 3.3); entscheidend gewandelt haben sich im Vergleich zu den unter der Geltung des BdBSt beurteilten Fällen jedoch die tatsächlichen Verhältnisse.
Es ist eine Erfahrungstatsache, dass etwa traditionelle Bäckereien oder vergleichbare Herstellungsbetriebe mehr und mehr die eigene Produktion eingestellt haben und die Verkaufsware nach Bedarf von Grosslieferanten beziehen (vgl. das erwähnte Urteil in ASA 57, 271 E. 3b S. 275, wo dieser Vorgang bereits unter der Geltung des BdBSt als gewichtiges Indiz für die Zuteilung der Betriebsleiterwohnung gewertet worden ist). Ebenso lässt sich feststellen, dass die Bedeutung kleinerer Betriebe verschiedener Branchen mit dem Aufkommen von Einkaufszentren zurückgegangen ist. Diese Entwicklungen haben sich auf die Art der Betriebsführung und damit auch, was hier interessiert, auf die Funktion der Wohnung des Betriebsinhabers ausgewirkt.
Generell kann bei den heutigen gesellschaftlichen Gegebenheiten (Organisationsstrukturen, Mobilität etc.) nicht mehr behauptet werden, dass eine rationelle Betriebsführung erst ermöglicht oder wenigstens wesentlich gefördert werde, wenn der Inhaber in der Betriebsliegenschaft wohne. Das gilt grundsätzlich für jede Art von Betrieben (Bäckereien, Gastwirtschaften, Metzgereien, Hotels, Garagen, Läden etc.) und Praxen (Ärzte, Apotheken etc.). In diesem Sinn hat sich aus steuerlicher Sicht mit dem Wegfall der betrieblichen Notwendigkeit gleichzeitig die technisch-wirtschaftliche Funktion der vom Inhaber (und seiner Familie) selbst genutzten Wohnung geändert. Wohl mag es unter Umständen nach wie vor von Vorteil sein, in der Betriebsliegenschaft oder in der Nähe zu wohnen (z.B. für einen Hotelier oder einen Wirt), doch dürfte dies selbst dort eher privaten Kommoditätsgründen als wirklichen betrieblichen Bedürfnissen entsprechen; solche Gründe waren im Übrigen schon nach der Rechtsprechung zum BdBSt nicht ausreichend für eine Zuordnung zum Geschäftsvermögen (vgl. Fabian Amschwand, Geschäftsvermögen oder Privatvermögen? Eine Übersicht, in: StR 55 [2000], 480 ff., insbesondere S. 488 f.).
Die aufgezeigte gewandelte Funktion der Wohnung des Betriebsinhabers bringt es mit sich, dass diese unter der Geltung des Art. 18 Abs. 2 DBG in aller Regel dem Privatvermögen zuzuordnen ist. Die bisherige Praxis ist in diesem Sinn den veränderten Verhältnissen anzupassen. Vorbehalten bleibt der (von den Steuerbehörden zu erbringende) Nachweis, dass das betreffende Objekt im konkreten (Ausnahme-)Fall vorwiegend tatsächlich der Erwerbstätigkeit des Betriebsinhabers dient. Weiter schliesst das Gesagte nicht aus, dass eine Wohnung in gewissen Fällen aufgrund der konkreten Umstände und ihrer technisch-wirtschaftlichen Funktion Geschäftsvermögen darstellen kann (z.B. Angestelltenwohnungen im Haus für Abwart, Sicherheitsdienst, Lehrlinge etc.).
5. Im vorliegenden Fall bewohnen die Beschwerdeführer in der Liegenschaft W._strasse eine 7 1/2-Zimmer-Maisonette-Wohnung. Das Kantonale Steueramt Nidwalden schliesst in seiner Vernehmlassung unter Hinweis auf die Rechtsprechung (zu BdBSt-Fällen) auf Geschäftsvermögen, weil ein "betriebliches Präsenzinteresse" offensichtlich gegeben und der Bäckereibetrieb leichter zu führen gewesen sei. Zudem geht die Vorinstanz davon aus, dass die Beschwerdeführer manchmal gewisse administrative Arbeiten in einem Raum der Privatwohnung erledigen. Das alles mag zutreffen, genügt aber nach der oben dargelegten Präzisierung, die den geänderten rechtlichen und tatsächlichen Verhältnissen Rechnung trägt, nicht für eine Qualifikation als Geschäftsvermögen. Dass eine sinnvolle Führung des Bäckereibetriebs ohne jene Wohnung nicht möglich gewesen oder wesentlich erschwert worden wäre, wird zu Recht nicht behauptet.
Ist somit der Nachweis nicht erbracht, dass die Wohnung tatsächlich vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit der Beschwerdeführer gedient hat, so gehört sie zwingend zu ihrem Privatvermögen (Art. 18 Abs. 2 Satz 3 erster Teil DBG e contrario).
6. Wo eine vom Betriebsinhaber selbst genutzte Wohnung nicht oder nicht vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dient (im Sinn von Art. 18 Abs. 2 DBG), bleibt sie auch dann Privatvermögen, wenn die gesamte Liegenschaft als Anlagevermögen in der Geschäftsbuchhaltung aufgeführt wird. Wenn also vorliegend die Liegenschaft W._strasse bis zur Geschäftsaufgabe unbestrittenermassen als Geschäftsvermögen bilanziert war, so vermag das an der Qualifikation der Privatwohnung nichts zu ändern; die buchmässige Behandlung ist bloss ein Hilfskriterium (vgl. oben E. 3.2 zweiter Absatz).
Zum gleichen Ergebnis käme man im Übrigen, wenn das buchhalterische Vorgehen insgesamt steuerlich gewürdigt würde: Die Beschwerdeführer haben sich für eine Aufnahme der Liegenschaft in die Bilanz entschieden. Wollte man allein daraus auf die Geschäftsvermögensqualität der Privatwohnung schliessen, so müsste das auch für die beiden an Dritte vermieteten Wohnungen gelten. Das hat die Steuerverwaltung richtigerweise nicht getan, obwohl die Mietzinseinnahmen in der Erfolgsrechnung der Geschäftsbuchhaltung erfasst sind. Es kommt hinzu, dass auf jener "Geschäftsliegenschaft" nie Abschreibungen vorgenommen wurden, weder auf dem geschäftlich noch auf dem privat genutzten Teil. Daraus ist ersichtlich, dass die Beschwerdeführer selber die Liegenschaft - trotz deren Bilanzierung - insgesamt, und damit insbesondere auch die selbst genutzte Maisonette-Wohnung, materiell nie als Geschäftsvermögen betrachtet haben.
7. Wie bereits erwähnt, ist mit der Zuordnung der fraglichen 7 1/2-Zimmer-Maisonette-Wohnung zur einen oder anderen Vermögensmasse zugleich die zentrale Frage beantwortet, ob die Liegenschaft an der W._strasse überwiegend geschäftlichen oder privaten Zwecken gedient hat. Dies unabhängig von der Ausscheidungsmethode: Die Beschwerdeführer, die nach Marktwerten ausscheiden, berechnen den privat genutzten Anteil auf 66 %; die Steuerbehörden gehen von den verbuchten Mietwerten und Mietzinseinnahmen aus. Werden ihre Zahlen zugrunde gelegt und wird gleichzeitig die umstrittene Wohnung sachlich richtig dem Privatvermögen zugeordnet, so resultiert rechnerisch ein privat genutzter Anteil von (gerundet) 54 %.
Überwiegt beide Male die private Nutzung, so braucht die Frage der zutreffenden Ausscheidungswerte nicht weiter geprüft zu werden. Die Liegenschaft W._strasse ist in Anwendung der Präponderanzmethode insgesamt dem Privatvermögen der Beschwerdeführer zuzuweisen. Eine Überführung vom Geschäfts- in das Privatvermögen konnte insofern gar nicht stattfinden, und es gab folglich auch keinen Überführungsgewinn.
Damit erübrigt sich der von der Vorinstanz angeordnete Abzug von AHV-Beiträgen auf dem vermeintlichen Überführungsgewinn.
8. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist demnach gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben. Antragsgemäss ist das für die direkte Bundessteuer 2001 massgebende Einkommen der Beschwerdeführer um Fr. 411'000.-- herabzusetzen. Die Sache ist an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden zurückzuweisen zum Entscheid über die kantonalen Verfahrenskosten.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Nidwalden, der Vermögensinteressen wahrnimmt, aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 2 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Der Kanton Nidwalden hat den Beschwerdeführern zudem eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 17. Oktober 2005 wird aufgehoben. Das bei der direkten Bundessteuer steuerbare Einkommen der Beschwerdeführer für die Steuerperiode 2001 wird auf Fr. 70'100.-- festgesetzt. Die Sache wird zu neuem Entscheid über die kantonalen Kosten an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'500.-- wird dem Kanton Nidwalden auferlegt.
3. Der Kanton Nidwalden hat den Beschwerdeführern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Nidwalden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Oktober 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: