Faits:
A. X._, domicilié dans le canton de Vaud, a acheté en janvier 2002 une part de copropriété de 2,5o/oo de l'immeuble "Y._" (ci-après: Y._), soit un immeuble commercial locatif situé dans le canton de Genève, pour le prix de 2'525'000 fr. Il est assujetti à l'impôt dans les cantons de Vaud, Berne et Genève.
Le 3 février 2004, l'Administration fiscale cantonale genevoise lui a notifié un bordereau d'impôt cantonal et communal 2002 de 28'986 fr. 25. Le rendement de l'immeuble genevois était celui annoncé par le contribuable, soit 131'717 fr. La valeur de cet immeuble était de 3'433'253 fr., soit la valeur brute des loyers encaissés, capitalisés avec un taux de 6,67 %. Une répartition intercantonale, impliquant les cantons de Genève, Berne et Vaud, était annexée.
Le 24 février 2004, X._ a déposé une réclamation contre la taxation du 3 février 2004, demandant à ce que la valeur fiscale soit arrêtée au prix d'acquisition de 2'525'000 fr. Le 2 février 2006, l'Administration fiscale cantonale genevoise a décidé de maintenir la taxation.
Le 3 mars 2006, X._ a recouru contre la décision du 2 février 2006 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue depuis le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission de recours).
Par décision du 19 mai 2008, la Commission de recours a rejeté le recours et procédé à une reformatio in pejus du rendement net de la part de copropriété en supprimant la déduction de la contre-prestation liée au droit de superficie.
Le 27 juin 2008, X._ a saisi le Tribunal administratif d'un recours contre la décision du 19 mai 2008. Il invoquait la violation de l'art. 127 al. 3 Cst. et de l'art. 14 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID; RS 642.14). Il soutenait aussi que les loyers encaissés n'étaient pas uniquement constitués de loyers au sens strict, mais intégraient aussi des services, tels que la sécurité, le service de parking, le nettoyage et d'autres prestations offertes dans un immeuble commercial, dont le détail ressortait de la page internet xxx. Enfin, les frais d'entretien dépassaient de loin la moyenne et devaient être pris en compte pour déterminer la fortune imposable.
Selon le Tribunal administratif du canton de Genève, il ressort de la consultation de la page internet xxx que la société gérante de Y._ propose à ses locataires la possibilité de se connecter à une plateforme de télécommunications commune et de bénéficier d'avantages substantiels. Les clients de cette plateforme versent un forfait mensuel qui couvre les coûts d'infrastructure et permet de bénéficier de la gratuité de tous les appels locaux. Enfin, la consultation en ligne du registre foncier genevois montre que, au cours de l'année 2002, dix-neuf parts de copropriété de Y._ variant entre 0,7 o/oo et 90 o/oo ont été vendues par la société Z._ Sàrl le 25 janvier 2002 (dont celle de X._), et deux parts de copropriété de 50,8 o/oo et 1,2 o/oo le 13 mai 2002 par deux autres sociétés. Le prix d'un millième de copropriété était à une reprise de 100'800 fr., à une autre reprise de 100'857 fr. et dans tous les autres cas de 101'000 fr. Aucune transaction n'a eu lieu en 2001 et en 2003.
B. Par arrêt du 9 mars 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours. Il a déclaré irrecevable les conclusions relatives à la répartition intercantonale de la fortune formulées pour la première fois devant lui. La valeur fiscale de la part de copropriété avait été fixée conformément aux dispositions cantonales en la matière, elles-mêmes conformes aux dispositions de l'art. 14 LHID. Pour le surplus, X._ n'avait pas démontré que des prestations de services inhabituelles étaient intégrées dans les loyers perçus: La référence internet démontrait l'inverse, les prestations de la plateforme téléphonique étaient facturées par un forfait mensuel qui n'était pas intégré dans le loyer. Les ventes effectuées dans l'immeuble Y._ en 2002 n'offraient pas de valeur de comparaison car elles étaient principalement le fait du même vendeur. Enfin, telle que définie, la "dette de capitalisation" ne pouvait exister puisque la valeur fiscale de la fortune résultant de l'application du droit cantonal était conforme à celle déterminée par les règles de la loi sur l'harmonisation fiscale.
C. Agissant en langue allemande par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 9 mars 2010 par le Tribunal administratif du canton de Genève et d'obliger l'Administration fiscale cantonale genevoise à établir une décision de taxation 2002 fondée sur une valeur fiscale de 2'525'000 fr. pour sa part de copropriété. Il se plaint de déni de justice, d'appréciation arbitraire des preuves et de l'établissement des faits contraire au droit fédéral.
Le Tribunal administratif et la Commission de recours renoncent à déposer des observations. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. La recourante étant destinataire de l'arrêt attaqué, elle a qualité pour recourir (art. 89 LTF).
1.2 L'art. 42 al. 1 LTF prévoit que les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. Rédigé en langue allemande, le mémoire du recourant est en principe recevable.
La procédure est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Si les parties utilisent une autre langue officielle, celle-ci peut être adoptée (art. 54 al. 1 LTF). La langue de la décision attaquée étant le français, la procédure est conduite en français et la requête du recourant demandant au Tribunal fédéral de procéder en langue allemande est rejetée.
2. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
D'après l'art. 106 al. 2 LTF en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'art. 106 al. 2 LTF exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).
3. Le litige porte sur l'estimation fiscale, au titre de l'impôt sur la fortune des personnes physiques de l'année 2002, d'un immeuble appartenant au recourant.
3.1 Réglé aux art. 13 et 14 LHID, l'impôt sur la fortune des personnes physiques a pour objet l'ensemble de la fortune nette (art. 13 al. 1 LHID) qui se détermine selon les règles d'évaluation prévues à l'art. 14 LHID. Selon l'art. 14 al. 1 LHID, la fortune est estimée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en considération de façon appropriée.
La loi sur l'harmonisation fiscale ne prescrit pas au législateur cantonal une méthode d'évaluation précise pour déterminer cette valeur. La jurisprudence a établi que les cantons disposent en la matière d'une marge de manoeuvre importante pour élaborer et appliquer leur réglementation, aussi bien dans le choix de la méthode de calcul applicable que pour déterminer dans quelle mesure le rendement doit être pris en considération dans l'estimation. Ils ne peuvent toutefois pas prévoir des règles d'évaluation tendant de manière générale à une sur- ou sous-estimation des immeubles, par exemple en instituant un abattement automatique de leur valeur vénale pour en déterminer la valeur fiscale, ou en fondant l'imposition sur un pour-cent de la valeur vénale (cf. ATF 134 II 207 consid. 3.6 p. 214; 131 I 291 consid. 3.2.2 p. 307 s.; 128 I 240 consid. 3.2.3 et 3.2.4 p. 249 s.; 124 I 145 consid. 6b et 6c p. 159 s.).
3.2 Le canton de Genève a concrétisé ces principes dans la loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune (LIPP-III; RSGE D 3 13). L'art. 4 LIPP-III précise que la fortune mobilière et immobilière, établie au 31 décembre de l'année pour laquelle l'impôt est dû (al. 1), est en règle générale estimée à sa valeur vénale (al. 2), sous réserve - outre les marchandises (al. 4) - des biens immatériels et de la fortune mobilière (al. 3). Les immeubles situés dans le canton sont estimés d'après l'art. 7 LIPP-III.
Dans deux arrêts récents, le Tribunal fédéral a jugé que l'évaluation des immeubles locatifs sis dans le canton de Genève par la capitalisation de l'état locatif annuel au taux fixé par une commission d'experts selon les dispositions de l'art. 3 al. 1 du règlement d'application du 19 décembre 2001 de la loi sur l'imposition des personnes physiques - impôt sur la fortune (RIPP-III; RSGE D 3 13.01) était conforme aux exigences posées par l'art. 14 LHID (arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009 in RF 64/2009 755; ATF 134 II 207 consid. 3.8 in fine p. 215 s.).
3.3 Il découle de ce qui précède qu'en principe la valeur fiscale des immeubles dans le canton de Genève peut être établie conformément aux règles que le législateur cantonal a édictées. Cette solution pratique et économique du point de vue procédural se justifie d'ailleurs pour les procédures de masse telles que les taxations fiscales annuelles. Elle ne saurait toutefois aller à l'encontre de la loi sur l'harmonisation fiscale et de la loi cantonale genevoise en vertu desquelles "la fortune est estimée à la valeur vénale" (art. 14 LHID et 4 al. 2 LIPP-III). Ces dispositions instituent le principe général d'évaluation de la fortune à la valeur vénale (cf. Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 2007, p. 170; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., 2002, p. 233), par quoi il faut entendre la valeur attribuée à un objet sur le marché des échanges économiques, lors d'un achat ou d'une vente dans des conditions normales (Rainer Zigerlig/Guido Jud, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, n° 5 art. 14 LHID).
En d'autres termes, lorsque la valeur vénale d'un élément de fortune est donnée par le résultat d'une transaction ayant eu lieu sur le marché libre, la lettre claire de l'art. 14 LHID la désigne comme valeur imposable. La fixation schématique (estimation) de la valeur vénale et les règles pour l'élaboration desquelles les cantons disposent d'une large marge de manoeuvre, notamment en ce qui concerne la prise en considération de la valeur de rendement, n'ont ainsi qu'une portée subsidiaire. Il va de soi qu'elles trouvent application pour fixer la valeur vénale d'un immeuble qui n'est pas mis en vente, mais également lorsque le prix obtenu dans une transaction n'est pas le résultat du marché libre, notamment parce que cette dernière a été influencée par les relations particulières entre les parties (M. Reich, Steuerrecht, 2009, p. 326, n° 18).
4. 4.1 En l'espèce, c'est en janvier 2002 que le recourant a acheté une part de copropriété dans l'immeuble Y._ pour le prix de 2'525'000 fr. et c'est au 31 décembre de cette même année que, conformément à l'art. 4 LIPP-III, la valeur de cette part de copropriété devait être établie aux fins de calculer l'impôt sur la fortune. Dans ces circonstances, c'est le prix obtenu lors de la transaction dans l'année qui devait être attribué à la part de copropriété du recourant, à moins que ce prix n'ait pas été le résultat du marché libre.
Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a jugé qu'il fallait écarter le prix stipulé dans le contrat de janvier 2002, parce que les nombreuses ventes de parts de copropriété de l'immeuble Y._ en 2002 avaient été principalement le fait du même vendeur et ne pouvaient pas démontrer la valeur vénale dans le cas d'espèce, ce que le recourant considère comme arbitraire (mémoire de recours, p. 3 in fine).
4.2 Lorsque la partie recourante s'en prend à l'appréciation des preuves, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
4.3 Le Tribunal administratif a dûment instruit la cause en rassemblant les données relatives aux ventes conclues en 2002. Il a ainsi établi que dix-neuf parts de copropriété de l'immeuble en cause variant entre 0,7 o/oo et 90 o/oo avaient été vendues par la société Z._ Sàrl le 25 janvier 2002 (dont celle de X._), et deux parts de copropriété de 50,8 o/oo et 1,2 o/oo le 13 mai 2002 par deux autres sociétés. Le prix d'un millième de copropriété était à une reprise de 100'800 fr., à une autre reprise de 100'857 fr. et dans tous les autres cas de 101'000 fr.
Il ressort de ces faits qu'il n'y pas eu une seule société venderesse, mais bien trois, contrairement à ce que le Tribunal administratif a retenu pour écarter les prix stipulés. Il ressort aussi de ces faits que le prix à l'unité d'une part de copropriété était sensiblement identique dans les vingt transactions effectuées par vingt acquéreurs différents. En revanche, il n'est pas établi que les parties entretenaient des relations particulières, entre acquéreurs, entre ces derniers et les venderesses ou celles-ci entre elles, qui auraient pu fausser le libre jeu du marché.
Par conséquent, en écartant le prix stipulé dans la transaction passée en 2002 par le recourant pour acquérir sa part de copropriété parce que les ventes auraient été le fait d'un seul et même vendeur et en n'accordant aucune valeur aux grands nombres de transactions indépendantes les unes des autres à tout le moins en ce qui concerne les acquéreurs, le Tribunal administratif a apprécié de manière arbitraire les faits de la cause.
Les éléments de faits qui figurent dans l'arrêt attaqué sont suffisants pour admettre que le prix de vente payé par le recourant reflète bien la valeur du marché et pour fixer la valeur fiscale de la part de copropriété du recourant à 2'525'000 fr. pour la période fiscale 2002 (cf. art. 107 al. 2 LTF).
5. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt rendu le 9 mars 2010 par le Tribunal administratif du canton de Genève. Il est dit que la valeur fiscale de la part de copropriété du recourant est arrêtée à 2'525'000 fr. pour la période fiscale 2002.
Les frais de justice sont mis à la charge du canton de Genève dont l'intérêt patrimonial était en cause. Ayant agi sans l'aide d'un mandataire professionnel, le recourant n'a pas droit à des dépens, quand bien même il a obtenu gain de cause.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Partant, l'arrêt rendu le 9 mars 2010 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé.
2. La valeur fiscale de la part de copropriété du recourant est arrêtée à 2'525'000 fr. pour la période fiscale 2002.
3. Les frais de justice, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Commission cantonale de recours en matière administrative du canton de Genève, au Tribunal administratif du canton de Genève, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 29 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey