Sachverhalt:
A. Das Gemeindeamt des Kantons Zürich sicherte der Gemeinde Buchs/ZH mit Verfügung vom 8. August 2008 für das Jahr 2008 einen Steuerkraftzuschuss in der Höhe von Fr. 1'050'747.-- zu. Die Zusicherung des Zuschusses erfolgte unter dem Vorbehalt einer Kürzung nach § 12 des (bis zum 31. Dezember 2011 in Kraft gestandenen) Gesetzes [des Kantons Zürich] vom 11. September 1966 über die Staatsbeiträge an die Gemeinden und über den Finanzausgleich (Finanzausgleichsgesetz; LS 132.1; im Folgenden: FAG/ZH) im Zusammenhang mit der Rechnungsprüfung durch den Bezirksrat. In der Folge wurde der Beitrag an die politische Gemeinde ausbezahlt.
Am 7. Januar 2010 informierte das Gemeindeamt den Gemeinderat Buchs/ZH, eine Prüfung der Jahresrechnungen 2008 habe ergeben, dass sich die Anteile der politischen Gemeinde und der Primarschulgemeinde Buchs/ZH am Steuerkraftausgleich nicht mehr in vollem Umfang als notwendig erwiesen und eine Kürzung (gemäss den Kriterien im Orientierungsschreiben der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich vom 20. Juni 2000) unumgänglich sei. Nachdem die Gemeinde Buchs/ZH dazu Stellung genommen hatte, verfügte das Gemeindeamt am 29. März 2010 eine Kürzung des Steuerkraftausgleichs um Fr. 483'613.-- auf neu Fr. 567'134.-- und entsprechend eine Überweisung des zuviel ausbezahlten Beitrags an die Staatskasse.
B. Hiergegen gelangte die Gemeinde Buchs/ZH erfolglos mit Rekurs an die Direktion der Justiz und des Innern bzw. mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. September 2011 beantragt die Gemeinde Buchs/ZH beim Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 24. August 2011 sowie die vorausgegangenen Verfügungen der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich vom 25. Februar 2011 bzw. des Gemeindeamtes vom 29. März 2010 seien aufzuheben. Eventualiter wird beantragt, die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht bzw. das Gemeindeamt des Kantons Zürich zurückzuweisen.
D. Das Gemeindeamt und die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich beantragen sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichten auf eine Stellungnahme. Die Gemeinde Buchs/ZH hält in ihrer Antwort an den gestellten Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG); eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor.
1.2 Der angefochtene Entscheid führt zu einer Kürzung des der Beschwerdeführerin durch das Gemeindeamt zugesicherten Steuerkraftzuschusses und verpflichtet sie zur Überweisung des zuviel ausbezahlten Beitrags in der Höhe von Fr. 483'613.-- an die Staatskasse. Die Beschwerdeführerin ist dadurch in qualifizierter Weise in schutzwürdigen eigenen hoheitlichen Interessen berührt und aufgrund von Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert (BGE 135 I 43 E. 1.3 S. 47; Urteile 2C_366/2009 vom 3. März 2010 E. 2.4; 2C_379/2011 vom 16. November 2011 E. 1.2).
Auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist somit - unter Vorbehalt der nachfolgenden Einschränkungen - grundsätzlich einzutreten.
1.3 Unzulässig ist das Rechtsmittel, soweit es sich gegen die kantonal vorinstanzlichen Entscheide richtet, da diese durch das verwaltungsgerichtliche Urteil ersetzt worden sind und als mit angefochten gelten (sog. Devolutiveffekt; vgl. BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144; 129 II 438 E. 1 S. 441).
1.4 Der angefochtene Entscheid stützt sich auf kantonales öffentliches Recht. Vor Bundesgericht kann die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte sowie kantonaler Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung gerügt werden (Art. 95 lit. c und d BGG), die Verletzung übrigen kantonalen Rechts jedoch nur insoweit, als sie zugleich eine Verletzung von Bundesrecht (mit Einschluss der Verletzung der Bundesverfassung), von Völkerrecht oder interkantonalem Recht darstellt (Art. 95 lit. a, b und e BGG, vgl. Urteil 2C_572/2010 vom 23. März 2011 E. 2.1). Das Bundesgericht prüft dabei die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.5 Letztgenannte Anforderung gilt insbesondere auch für die Rüge, das kantonale Recht sei willkürlich angewendet worden. Wer das Willkürverbot anruft, muss dartun, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 135 IV 43 E. 4.2 S. 48; 133 III 393 E. 6 S. 397).
2. 2.1 Gemäss § 10 FAG/ZH erhalten Gemeinden mit einer relativen Steuerkraft unter dem Kantonsmittel Beiträge aus dem Ausgleichsfonds, welche ihre Leistungsfähigkeit dem Durchschnitt annähern sollen; dabei muss in Gemeinden, die Beiträge beziehen, der Steuerfuss mindestens dem Kantonsmittel entsprechen. Die Beiträge sind so zu bemessen, dass die relative Steuerkraft jeder Gemeinde mindestens 70% des Kantonsmittels beträgt (§ 11 Abs. 1 FAG/ZH). Nach § 12 Abs. 1 FAG/ZH werden die Beiträge gekürzt, wenn feststeht, dass die Gemeinde sie bei ordnungs- und plangemässer Haushaltführung nicht verwenden kann. Die Kürzung erfolgt gemäss Abs. 2 durch die Direktion des Innern nachträglich im Zusammenhang mit der Rechnungsprüfung durch die Bezirksräte.
2.2 Die Kürzungsvoraussetzungen gemäss § 12 FAG/ZH hat die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich mit Orientierungsschreiben vom 20. Juni 2000 konkretisiert: Demnach sind die Voraussetzungen erfüllt, wenn die Gemeinde entweder gegen die Regeln der ordnungs- und plangemässen Haushalt- und Rechnungsführung verstösst oder wenn sich nachträglich herausstellt, dass die Gemeinde zur Erfüllung ihrer Aufgaben über genügend eigene Mittel verfügt und die gesamte Finanzlage der Gemeinde als gut bezeichnet werden muss. Resultiert in den (konsolidierten) Ergebnissen der Gemeinden (politische Gemeinde und Schulgemeinde) ein Ertragsüberschuss, so erfolgt eine Kürzung. Beurteilungskriterium für die Höhe der Kürzung bildet dabei das konsolidierte Nettovermögen (inklusive Anteile an Kreisgemeinden, ohne Gemeindebetriebe mit Spezialfinanzierungen) im Verhältnis zum Mittel der berichtigten absoluten Steuerkraft der letztbekannten drei Jahre. Bei einem Verhältnis Nettovermögen/Steuerkraft bis 200% erfolgt noch keine Kürzung, bei 201 - 250% erfolgt eine Kürzung im Umfang von 50% der Ertragsüberschüsse, bei 251 - 300% im Umfang von deren 75% und bei über 300% im Umfang von 100%.
In Anwendung dieser Kriterien verfügte das Gemeindeamt am 29. März 2010, dass der mit Verfügung vom 8. August 2008 auf Fr. 1'050'747.-- festgesetzte Steuerkraftausgleich 2008 auf Fr. 567'134.-- herabgesetzt wird und sich dadurch um Fr. 483'613.-- reduziert. In der Begründung führte das Gemeindeamt aus, die Jahresrechnungen 2008 der politischen Gemeinde und der Schulgemeinde wiesen zusammen einen konsolidierten Ertragsüberschuss von Fr. 967'226.-- aus und die Finanzlage präsentiere sich als gut. Zudem entspreche das konsolidierte Nettovermögen der Gemeinde von Fr. 23'354'531.-- gut dem Zweifachen des Mittels der berichtigten absoluten Steuerkraft 2006/2008 von Fr. 11'544'021.--, weshalb sich die Anteile der Gemeinde am Steuerkraftausgleich gemäss FAG/ZH nicht mehr in vollem Umfang als notwendig erwiesen.
2.3 Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Frage, ab wann eine Gemeinde die Beiträge bei ordnungs- und plangemässer Haushaltführung im Sinne von § 12 Abs. 1 FAG/ZH nicht mehr verwenden kann, bedürfe der Konkretisierung, da es sich um einen unbestimmten Rechtsbegriff handle (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.3). Die Vorinstanz hat weiter erwogen, es erscheine nicht rechtswidrig, schematisch eine Grenze zu bestimmen, anstatt die einzelnen Nachweise des Bedarfs zu verlangen, zumal dies der Objektivität der Vergleichsmassstäbe diene und verhindere, dass auf Begehren der betroffenen Gemeinden ungewisse künftige Verwendungsmöglichkeiten berücksichtigt würden (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.5.2). Zudem könne die Beschwerdeführerin nichts aus dem Umstand ableiten, dass im neuen Finanzausgleich eine Kürzung von Beiträgen des Steuerkraftausgleichs nicht mehr vorgesehen sei, da im neuen Finanzausgleichssystem auch das Instrument des Steuerkraftausgleichs nicht mehr vorgesehen sei (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.5.6). Weiter hat die Vorinstanz ausgeführt, dass die Gründe eines guten Rechnungsergebnisses nicht massgeblich sein können, auch wenn das - zum damaligen Zeitpunkt - geltende Finanzausgleichssystem dadurch teilweise Unzulänglichkeiten aufweise (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.2). Auch die Nichtberücksichtigung von Eigenleistungen bei der Bestimmung des massgeblichen Ertragsüberschusses erachtete die Vorinstanz als nicht rechtsverletzend (vgl. angefochtener Entscheid E. 5.2).
2.4 Die Beschwerdeführerin bringt dagegen vor, die Vorinstanz habe alleine aufgrund von abstrakten Umständen abgeleitet, dass sie die Beiträge aus dem Steuerkraftausgleich nicht verwenden könne. Dieser Schluss sei falsch. Sie rügt eine willkürliche Auslegung bzw. Anwendung von § 12 FAG/ZH sowie eine willkürliche Ermessensunterschreitung, weil die Vorinstanz darauf verzichtet habe, konkret zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin die Beiträge aus dem Steuerkraftausgleich hätte verwenden können. Weiter habe die Vorinstanz zu Unrecht die im Jahr 2008 ausserordentlich angefallenen Erträge nicht vom Rechnungsergebnis in Abzug gebracht bzw. vom konsolidierten Nettovermögen der Beschwerdeführerin deren Eigenleistung nicht berücksichtigt.
3. Im Folgenden ist somit einzig zu prüfen, ob sich der angefochtene Entscheid, wie von der Beschwerdeführerin vorgebracht (vgl. E. 2.4 hiervor), als willkürlich erweist.
3.1 Wie bereits erwähnt (vgl. E. 1.5 hiervor), liegt nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen). Insbesondere genügt es nicht, bloss die eigene Auffassung darzulegen und zu behaupten, die entgegengesetzte Auffassung sei willkürlich, ohne darzulegen, worin die offensichtliche Unhaltbarkeit der angefochtenen Entscheidung liegen soll (BGE 133 II 396 E. 3.2 S. 400).
3.2 Die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Umstände vermögen den angefochtenen Entscheid nicht als willkürlich erscheinen zu lassen:
3.2.1 Der Schluss der Vorinstanz, es sei nicht rechtswidrig, schematisch eine Grenze zu bestimmen, anstatt die einzelnen Nachweise des Bedarfs zu verlangen, zumal dies der Objektivität der Vergleichsmassstäbe diene und verhindere, dass auf Begehren der betroffenen Gemeinden ungewisse künftige Verwendungsmöglichkeiten berücksichtigt würden, ist zumindest im Ergebnis nicht unhaltbar. Entgegen dem Vorwurf der Beschwerdeführerin trifft es auch nicht zu, dass die Vorinstanz auf eine umfassende Überprüfung des Wortlautes von § 12 FAG/ZH verzichtet habe; vielmehr hat diese im angefochtenen Entscheid (E. 3.5) ausführlich - und ohne dabei in Willkür zu verfallen - dargelegt, dass die Vorgehensweise des Gemeindeamtes nicht im Widerspruch zu § 12 FAG/ZH steht. Inwiefern sich dem Verwaltungsgericht in dieser Hinsicht eine willkürliche Ermessensunterschreitung vorwerfen liesse, ist ebenso wenig ersichtlich, hat es doch eine Überprüfung vorgenommen und seine Kognition dabei nicht eingeschränkt.
3.2.2 Es kann weiter auch nicht als willkürlich betrachtet werden, dass die Vorinstanz für die Auslegung von § 12 FAG/ZH auf das departementale Orientierungsschreiben vom 20. Juni 2000 abgestellt hat (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.4); inwiefern dieses "nicht rechtsverbindlich" sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht näher dar.
Auch wenn ein erheblicher Spielraum in der Beurteilung der Frage besteht, was unter "bei ordnungs- und plangemässer Haushaltführung nicht verwenden kann" zu verstehen ist, so steht immerhin fest, dass eine Kürzung zwingend erfolgen muss, wenn die Voraussetzungen von § 12 FAG/ZH gegeben sind (Urteil 2P.314/1995 vom 27. Dezember 1995 E. 2c/cc).
3.2.3 Die Vorinstanz hat mit ausführlicher Begründung dargelegt, weshalb die Praxis des Gemeindeamtes, die Beurteilung der Verwendungsmöglichkeit in jährlicher Kadenz vorzunehmen, rechtmässig sei. Diese Auffassung verletzt jedenfalls nicht in krasser Weise § 12 FAG/ZH: Wie die Beschwerdeführerin selbst vorbringt, ist diese Bestimmung auslegungsbedürftig. Sie legt nicht klar fest, für welchen Zeithorizont die ordnungs- und plangemässe Haushaltführung zu beurteilen ist. Die Argumentation der Vorinstanz, mit der Berücksichtigung des konsolidierten Nettovermögens erfolge bereits eine gewisse pauschale Berücksichtigung der künftigen Verwendungsmöglichkeiten, ist haltbar, ebenso die Überlegung, dass eine Berücksichtigung der konkreten künftigen Verwendungsmöglichkeiten zu einem immensen Verwaltungsaufwand führen würde und weitere Schwierigkeiten zur Folge hätte. Würde man mit der Beschwerdeführerin auch künftige und erst unverbindlich geplante Verwendungsmöglichkeiten berücksichtigen, wäre - auch abgesehen vom damit verbundenen Verwaltungsaufwand - kaum mehr eine Gemeinde denkbar, welche keine Verwendungsmöglichkeiten hätte, so dass § 12 FAG/ZH weitgehend toter Buchstabe bliebe, was kaum der vernünftige Sinn des Gesetzes sein kann. Selbst wenn ein anderes Auslegungsergebnis allenfalls auch denkbar gewesen wäre, ist die Betrachtungsweise der Vorinstanz jedenfalls nicht unhaltbar. Auch kann das Steuerkraftausgleichssystem in der Auslegung gemäss Vorinstanz nicht per se als stossend betrachtet werden, auch wenn es im Einzelfall teilweise zu "Unzulänglichkeiten" (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.2) führen kann. Eine gewisse Pauschalierung und Schematisierung ist bei Finanzausgleichssystemen aber praktisch unvermeidlich und verfassungsrechtlich zulässig (vgl. Urteile 2C_572/2010 vom 23. März 2011 E. 5.5.4; 2C_366/2009 vom 3. März 2010 E. 7.2). Nichts zu ihren Gunsten für das Jahr 2008 ableiten kann schliesslich die Beschwerdeführerin aus dem Umstand, dass der für das Jahr 2009 zugesicherte Steuerkraftausgleich nachträglich nicht gekürzt worden ist.
3.2.4 Weiter ist unter dem Aspekt der Willkürprüfung auch nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die ausserordentlichen Erträge (Grundstückgewinnsteuern, Buchgewinn aus Grundstückverkäufen) bei der Feststellung des für die Beitragskürzung massgebenden Ertrags nicht in Abzug gebracht hat (vgl. angefochtener Entscheid E. 4), zumal die Abgrenzung von ordentlichen und ausserordentlichen Erträgen auch mit Schwierigkeiten verbunden wäre. Die Vorinstanz durfte - ohne in Willkür zu verfallen - schliessen, dass den Gründen eines guten Rechnungsabschlusses im bis Ende 2011 in Kraft stehenden Finanzausgleichssystem keine entscheidende Bedeutung zukam.
3.2.5 Soweit die Beschwerdeführerin schliesslich vorbringt, es sei bei der Feststellung des massgebenden konsolidierten Nettovermögens die Eigenleistung (drei Steuerprozente über dem kantonalen Mittel) in Abzug zu bringen, kann auf den angefochtenen Entscheid (E. 5) verwiesen werden: Es ist nicht offensichtlich unhaltbar, wenn die Vorinstanz ausführt, dass der Aufwand unverhältnismässig werde, wenn zu bestimmen sei, ob und in welchem Ausmass Eigenleistungen zur Bildung des heutigen Nettovermögens beigetragen hätten. Auch der Schluss, es könne nicht massgeblich sein, ob die Eigenmittel nicht mit dem Zweck der Ausgabenbestreitung, sondern einzig zu Äufnung des Nettovermögens erhoben worden sein sollten, hält einer Willkürprüfung ohne Weiteres stand. Es ist hier weder eine krasse Verletzung einer Norm oder eines unumstrittenen Rechtsgrundsatzes noch ein stossender Widerspruch zum Gerechtigkeitsgedanken ersichtlich.
3.2.6 Daraus ergibt sich insgesamt, dass der angefochtene Entscheid auf einer vertretbaren und zulässigen Auslegung des kantonalen Rechts beruht. Er ist nicht offensichtlich unhaltbar und verstösst damit im Ergebnis nicht gegen das Willkürverbot.
4. Die Beschwerde ist somit als unbegründet abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ergebnis besteht auch kein Anlass, dem Eventualantrag (Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung) stattzugeben.
Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang und mit Blick auf die betroffenen Vermögensinteressen (Art. 66 Abs. 4 BGG) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen. Der Kanton Zürich erhält keine Parteientschädigung zugesprochen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeindeamt, der Direktion der Justiz und des Innern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger