Sachverhalt:
A. Die Winterthur Versicherungen (heute: AXA Versicherungen AG; nachfolgend: AXA) erbrachten S._, geboren 1966, für die Folgen des Unfalles vom 2. August 2002 Leistungen. Mit in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 15. November 2004 verneinte die AXA ihre weitere Leistungspflicht. Am 1. Juli 2006 ersuchte S._ auf Grund erneuter ärztlicher Behandlung um Wiederaufnahme des Falles. Die AXA teilte ihm am 4. August 2006 mit, sie halte an der Verfügung vom 15. November 2004 fest. Mit Einspracheentscheid vom 6. November 2006 trat sie auf seine Einsprache nicht ein.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 15. Mai 2008 in dem Sinne gut, als es den Einspracheentscheid vom 6. November 2006 aufhob und die Sache an die AXA zurückwies, damit diese eine anfechtbare materielle Verfügung über die beantragten Leistungen erlasse.
C. Die AXA führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien die Dispositivziffern 1 und 2 des Entscheids vom 15. Mai 2008 aufzuheben. Zudem ersucht sie um aufschiebende Wirkung ihrer Beschwerde. Das kantonale Gericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. S._ lässt Nichteintreten, eventualiter die Abweisung der Beschwerde beantragen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG ist eine Beschwerde gegen selbstständig eröffnete Vor- oder Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Nach der Rechtsprechung schliesst ein Rückweisungsentscheid das Verfahren nicht ab und ist somit kein Endentscheid im Sinne des BGG; Rückweisungsentscheide, welche eine materielle Grundsatzfrage entscheiden, sind keine Teilentscheide im Sinne von Art. 91 lit. a BGG, da es sich dabei nicht um Entscheide über Begehren handelt, die unabhängig von den anderen Fragen beurteilt werden können, sondern sie stellen ebenfalls Zwischenentscheid dar, welche unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG selbstständig angefochten werden können (BGE 133 V 477 E. 4.2 S. 481 mit Hinweisen).
Ein Nachteil ist im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht wieder gutzumachend, wenn er rechtlicher Natur und auch mit einem für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar ist. Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zur ergänzenden Abklärung und neuen Entscheidung bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, es sei denn, die Verwaltung werde durch einen kantonalen Rückweisungsentscheid gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen (BGE 133 V 645 E. 2.1 S. 647; 133 V 477 E. 5.2 S. 483).
2. Die AXA macht geltend, die Verpflichtung, eine materielle Verfügung zu erlassen, stelle einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG dar. Dieser Ansicht kann nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz hat lediglich angeordnet, dass die AXA mittels einer materiellen und anfechtbaren Verfügung über die geltend gemachten Leistungen zu entscheiden habe. Damit ist aber noch nichts über den Inhalt dieser Verfügung gesagt. Die Vorinstanz macht denn auch keine materiellen Vorgaben bezüglich der Leistungen, sondern verpflichtet die AXA nur zur Einhaltung des formellen Verfahrens. Die AXA ist somit materiell durch den vorinstanzlichen Entscheid nicht gebunden. Sie hat zwar den Leistungsanspruch abzuklären und gestützt auf das Abklärungsergebnis Leistungen zuzusprechen oder abzulehnen. Ihr Beurteilungsspielraum ist aber nicht eingeschränkt. Der Umstand, dass die AXA angehalten wird, eine anfechtbare Verfügung zu erlassen, stellt demnach keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne des Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG dar und es ist auf die Beschwerde der AXA nicht einzutreten.
3. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird mit dem Entscheid in der Hauptsache gegenstandslos (vgl. etwa Urteil 8C_479/2007 vom 4. Januar 2008, E. 4 mit Hinweis).
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die AXA hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Versicherte hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um aufschiebende Beschwerdewirkung wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold