Fatti:
A. B._ è proprietaria della particella n. 570 RFD di X._. A._ è proprietaria della vicina particella n. 575 sulla quale sorge una casa di abitazione, in parte contigua alla casa unifamiliare di B._.
I lavori di ristrutturazione dell'abitazione di A._ sono stati autorizzati con licenza edilizia 13 aprile 2000. La presenza, segnatamente, di due comignoli di camini a legno - non indicati nei progetti presentati con la domanda di costruzione - ha richiesto l'avvio di una procedura d'autorizzazione in sanatoria, sfociata nella licenza edilizia 14 luglio 2004. Un ricorso di B._ al Consiglio di Stato del Cantone Ticino contro tale licenza edilizia è stato respinto. Con sentenza 12 maggio 2005 il Tribunale cantonale amministrativo del Cantone Ticino ha però annullato entrambe le decisioni, constatando in modo particolare la difformità strutturale dei comignoli per rapporto all'art. 6 cpv. 2 dell'ordinanza del 16 dicembre 1985 contro l'inquinamento atmosferico (OIAt; RS 814.318.142.1) e alle raccomandazioni concernenti l'altezza minima dei camini sui tetti del 15 dicembre 1989 emanate dall'(allora) Ufficio federale dell'ambiente, delle foreste e del paesaggio.
Con decisione 22 agosto 2006 il Pretore del Distretto di Lugano ha, in parziale accoglimento di una petizione "di cessazione della turbativa ex art. 679 e 684 CC" nel frattempo introdotta da B._ nei confronti di A._, ordinato a quest'ultima di procedere ad una serie di modifiche della sua casa di abitazione, e segnatamente di innalzare i comignoli in modo da superare di almeno 50 cm il colmo del tetto, come prescritto dalla cifra 32 delle già menzionate raccomandazioni dell'Ufficio federale dell'ambiente, delle foreste e del paesaggio.
B. Con sentenza 3 agosto 2012 la I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha, tra l'altro, confermato l'ordine di innalzamento dei comignoli emanato dal Pretore.
C. Con ricorso in materia civile e ricorso sussidiario in materia costituzionale 13 settembre 2012, A._ è insorta al Tribunale federale chiedendo, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, l'annullamento del menzionato ordine di innalzamento dei comignoli, con protesta di spese e ripetibili di tutte le istanze.
L'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso è stata accolta con decreto presidenziale 5 ottobre 2012. Non sono state chieste determinazioni nel merito.
Diritto:
1. 1.1 Nelle cause di carattere pecuniario la via del ricorso in materia civile è - in linea di principio - unicamente aperta se viene raggiunto un valore litigioso di fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. b LTF). Contrariamente a quanto prescritto dall'art. 112 cpv. 1 lett. d LTF, la decisione impugnata non indica il valore di lite. Esso viene determinato nei casi come quello all'esame dalle conclusioni rimaste controverse dinanzi all'autorità inferiore (art. 51 cpv. 1 lett. a LTF) e se non è stato chiesto il pagamento di una somma di denaro determinata, il Tribunale federale stabilisce il valore litigioso secondo il suo apprezzamento (art. 51 cpv. 2 LTF). Tale controllo non supplisce però all'assenza di un'indicazione del valore litigioso; non spetta infatti al Tribunale federale di procedere ad indagini per determinare esso stesso tale valore se questo non risulta dagli accertamenti di fatto della decisione impugnata o da altri elementi dell'incarto. In una tale evenienza tocca alla parte ricorrente indicare, conformemente all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, elementi sufficienti per permettere a questo Tribunale di agevolmente stimare il valore di lite, pena l'inammissibilità del rimedio (DTF 136 III 60 consid. 1.1.1). In concreto l'insorgente afferma che il costo dell'innalzamento dei comignoli ed il deprezzamento della proprietà "superano di gran lunga i fr. 30'000.--". Tali congetture non consentono tuttavia al Tribunale federale di accertare di primo acchito e con sicurezza che il valore litigioso minimo previsto dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF sia in concreto raggiunto.
La ricorrente ritiene che nella fattispecie il ricorso in materia civile sarebbe in ogni modo ricevibile. A suo dire, infatti, l'eccezione prevista dall'art. 74 cpv. 2 lett. a LTF che permette di derogare al requisito del valore di lite sarebbe in concreto realizzata, atteso che si sarebbe "in presenza di un accertamento dei fatti inesistente e di conseguenza di una limitazione inaccettabile e assurda dei diritti di proprietà della ricorrente" e che sarebbe inoltre "opportuno e urgente che il Tribunale federale stabilisca delle regole chiare e precise in merito all'art. 684 CC e al modo di stabilire se vi sia eccesso o meno". L'insorgente non si premura però di spiegare in modo preciso come la controversia possa concernere una questione di diritto di importanza fondamentale ai sensi dell'art. 74 cpv. 2 lett. a LTF, ovvero una questione di diritto che dà luogo ad un'incertezza che richiede in maniera impellente un chiarimento da parte del Tribunale federale quale autorità giudiziaria suprema incaricata di assicurare un'interpretazione uniforme del diritto federale (DTF 137 III 580 consid. 1.1 con rinvio). La sua argomentazione, confusa e vaga, non rispetta le esigenze legali di motivazione (art. 42 cpv. 2 LTF; DTF 137 III 580 consid. 1.1 con rinvio).
Ne segue che il ricorso in materia civile si rivela inammissibile.
1.2 Può per contro essere esaminato nel merito il ricorso sussidiario in materia costituzionale, la cui ricevibilità non pone per il resto problemi, siccome interposto tempestivamente (art. 117 LTF combinato con gli art. 46 cpv. 1 lett. b e 100 cpv. 1 LTF) dalla parte (parzialmente) soccombente in sede cantonale (art. 115 LTF) contro una decisione finale (art. 117 LTF combinato con l'art. 90 LTF) pronunciata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 114 LTF con rinvio all'art. 75 cpv. 1 e 2 LTF).
Giusta l'art. 116 LTF con un ricorso sussidiario in materia costituzionale può unicamente essere censurata la violazione di diritti costituzionali. Il Tribunale federale esamina la violazione di questi diritti soltanto se la parte ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 117 LTF combinato con l'art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che essa deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che misura sarebbero stati violati diritti costituzionali (DTF 135 III 232 consid. 1.2).
Dato che la parte del gravame all'esame denominata "ricorso in materia civile" non contiene alcuna censura di violazione di diritti costituzionali, di seguito verranno unicamente esaminate le critiche ricorsuali inserite nel capitolo "ricorso sussidiario in materia costituzionale".
1.3 In questa sede la ricorrente produce per la prima volta una "decisione di deroga all'innalzamento dei camini" emanata il 2 aprile 2009 dalla Sezione per la protezione dell'aria, dell'acqua e del suolo del Cantone Ticino, una licenza edilizia 7 luglio 2009 del Municipio di X._ "per il mantenimento dei due comignoli relativi ai due caminetti a legna risalenti alla prima edificazione dell'edificio situato sulla particella n. 575" e una lettera (contenente vari allegati) 25 agosto 2005 del suo rappresentante legale indirizzata al Municipio di X._. Tali mezzi di prova sono inammissibili. Infatti, secondo l'art. 99 cpv. 1 LTF, dinanzi al Tribunale federale possono essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Tale condizione non è adempiuta nella fattispecie e la stessa ricorrente non pretende il contrario (DTF 133 III 393 consid. 3).
2. In concreto è rimasta litigiosa la questione relativa a due comignoli di camini a legna, presenti sul tetto della casa di proprietà della ricorrente, che causerebbero immissioni pregiudizievoli a danno della proprietà dell'opponente.
2.1 Nel giudizio querelato la Corte cantonale ha rilevato che la protezione da immissioni prevista dal diritto pubblico affianca quella del diritto privato e può essere rilevante nella determinazione delle immissioni tollerabili ai sensi dell'art. 684 CC. Ha osservato che la fissazione di un'altezza minima dei camini nelle raccomandazioni del 15 dicembre 1989 dell'Ufficio federale dell'ambiente, delle foreste e del paesaggio - cui si era riferito il Pretore per ordinare alla qui insorgente di innalzare i comignoli posti sulla sua casa in modo da superare di almeno 50 cm il colmo del tetto - assicura una corretta dispersione dei fumi con conseguente tutela della sicurezza del vicino da eventuali esiti dannosi delle emissioni, e ciò indipendentemente dall'intensità dell'uso dei camini. Ha aggiunto che, malgrado non abbiano forza di legge, "le predette raccomandazioni esprimono principi che riflettono l'opinione di esperti del ramo sull'interpretazione del testo legale e fungono quindi da criteri obiettivi e pertinenti per le autorità preposte all'applicazione del diritto". Il Tribunale d'appello ha pertanto confermato l'ordine di innalzamento dei due comignoli.
2.2 Nel suo ricorso sussidiario in materia costituzionale la ricorrente considera che la Corte cantonale sia incorsa nell'arbitrio (art. 9 Cost.) ed abbia violato il principio dell'uguaglianza di trattamento (art. 8 Cost.) e la garanzia della proprietà privata (art. 26 Cost.) per avere ordinato l'innalzamento dei comignoli sulla semplice base di raccomandazioni, che non hanno forza di legge, e senza la reale prova dell'esistenza di immissioni eccessive.
2.2.1 Qualora, come nel caso in rassegna, sia lamentata la violazione del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.) non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata opponendovi semplicemente la propria opinione, come in una procedura d'appello, ma occorre dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che essa è manifestamente insostenibile (DTF 134 II 349 consid. 3). Secondo costante giurisprudenza, l'arbitrio non si realizza infatti già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire plausibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata. Il Tribunale federale annulla la sentenza impugnata per violazione dell'art. 9 Cost. unicamente se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - sia a livello di motivazione che di risultato - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia e d'equità (DTF 137 I 1 consid. 2.4 con rinvii). Quando la censura d'arbitrio non è motivata conformemente a questi criteri, essa risulta inammissibile (DTF 133 III 589 consid. 2).
Così è anche in concreto. La ricorrente, infatti, si limita a riproporre gli stessi argomenti già esaminati in seconda istanza - ribadendo l'assenza di prova concreta di immissioni eccessive provenienti dai comignoli in questione e contestando l'applicazione delle già menzionate raccomandazioni alla fattispecie - senza confrontarsi minimamente con l'argomentazione dei Giudici cantonali (supra consid. 2.1). Ella dimentica in tal modo di sostanziare l'insostenibilità della sentenza querelata nel senso sopra descritto. La censura d'arbitrio non è sufficientemente motivata, e va quindi dichiarata inammissibile.
2.2.2 Per quel che attiene invece alle censure di violazione del principio dell'uguaglianza di trattamento (art. 8 Cost.) e della garanzia della proprietà (art. 26 Cost.), la ricorrente nemmeno sembra volere conferire loro portata propria. Le evoca infatti solo brevemente, senza accompagnarle da una reale motivazione e senza distinguerle in modo chiaro dalla censura di violazione del divieto d'arbitrio. Anche tali critiche ricorsuali vanno pertanto dichiarate inammissibili.
3. Da quanto precede discende che sia il ricorso in materia civile sia quello sussidiario in materia costituzionale si rivelano inammissibili. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili all'opponente che non si è espressa sull'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo e non è stata invitata a determinarsi nel merito.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile è inammissibile.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
3. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.