Fatti:
A. In data 9 marzo 2005 E._, nata nel 1980, impiegata di commercio, è rimasta vittima di un incidente della circolazione in territorio di B._: il suo veicolo è entrato in collisione con un'autovettura che, uscendo da un parcheggio, non ha rispettato la precedenza.
I medici dell'ospedale distrettuale del comune interessato, presso cui l'interessata è stata trasportata d'urgenza, hanno diagnosticato un trauma da accelerazione della colonna cervicale con dolori al capo di origine postraumatica e contusioni al ginocchio sinistro.
La Generali Assicurazioni (in seguito Generali), presso cui E._ era assicurata per il tramite del suo datore di lavoro, la Banca X._, ha assunto il caso, accordando, tra l'altro, due soggiorni riabilitativi presso la Clinica Z._ e Clinica C._. Dopo aver fatto allestire una perizia medica presso il Centro Y._, con decisione del 28 luglio 2008, confermata in data 15 gennaio 2009 in seguito all'opposizione presentata dall'assicurata, la Generali ha decretato la chiusura del caso, il nesso di causalità essendosi estinto sei settimane dopo l'infortunio e quindi a partire dal 20 aprile 2005.
B. Patrocinata dall'avv. Husmann, E._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo l'annullamento della decisione su opposizione con conseguente assegnazione delle prestazioni di legge anche dopo il mese di aprile 2005, così come l'allestimento di una nuova perizia specialistica.
Per pronuncia del 22 aprile 2009 il Presidente del tribunale adito ha respinto il gravame.
C. Assistita nuovamente dall'avv. Husmann l'assicurata ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento del giudizio impugnato e l'assegnazione delle prestazioni di legge anche dopo il 20 aprile 2005, in particolare di una rendita, di un'indennità per menomazione dell'integrità e delle spese di cura. L'interessata ha pure postulato l'allestimento di una perizia medica pluridisciplinare ed eventualmente di un referto analitico-infortunistico.
Con sentenza del 26 gennaio 2010 il Tribunale federale ha accolto il ricorso, annullato il giudizio cantonale e rinviato l'incarto all'istanza precedente per l'allestimento di una perizia giudiziaria e per pronunciarsi nuovamente sul diritto di E._ a prestazioni dell'assicurazione infortuni dopo il 20 aprile 2005.
D. Ai fini dell'esecuzione della sentenza federale la Corte cantonale ha ordinato una perizia medica a cura del dott. F._, direttore del dipartimento di neurologia dell'Institution L._, nonché medico aggiunto presso il Servizio di neurologia dell'Ospedale universitario O._.
Alla luce delle risultanze peritali, con giudizio del 23 maggio 2012 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha accolto il ricorso ai sensi dei considerandi. I primi giudici hanno annullato la decisione su opposizione del 15 gennaio 2009 nella misura in cui la Generali aveva posto termine alle prestazioni di corta durata a partire dal 20 aprile 2005, condannato quest'ultima a riconoscere all'assicurata prestazioni sino al 31 dicembre 2006 e accertato l'assenza di un nesso di causalità adeguato tra i disturbi e l'infortunio dopo il 31 dicembre 2006 e, quindi, l'estinzione del diritto a prestazioni.
E. Contro la pronunzia cantonale E._, sempre rappresentata dall'avv. Husmann, è insorta con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento nonché la condanna della Generali a versare prestazioni dell'assicurazione infortuni anche dopo il 31 dicembre 2006, segnatamente indennità giornaliere pari al minimo al 65%, rispettivamente una rendita, un'indennità per menomazione dell'integrità, così come l'assunzione dei costi di cura. In caso di applicazione della cosiddetta "Schmerzpraxis" ha postulato l'erezione di un'ulteriore perizia che si esprima sulle questioni specifiche riguardanti i criteri "Förster". Dei motivi si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto.
Chiamati ad esprimersi sul ricorso, la Generali ne ha proposto la reiezione, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.
In data 19 settembre 2012 E._ ha presentato ulteriori osservazioni, notificate alla Generali.
Diritto:
1. Il procedimento si svolge in una delle lingue ufficiali (tedesco, francese, italiano, rumantsch grischun), di regola nella lingua della decisione impugnata. Se le parti utilizzano un'altra lingua ufficiale, il procedimento può svolgersi in tale lingua (art. 54 cpv. 1 LTF). Nel caso concreto il ricorso è stato scritto in tedesco. Tenuto conto del fatto che la lingua della pronuncia impugnata è quella italiana e che la ricorrente risiede da anni in Ticino, si giustifica senz'altro di rendere la presente sentenza in italiano.
2. Oggetto del contendere è la questione se E._ può avvalersi del diritto a prestazioni dell'assicurazione infortuni anche dopo il 31 dicembre 2006. Il diritto a prestazioni di corta durata dal 20 aprile 2005 fino a tale data non è invece più contestato.
2.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è presentato contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (art. 97 cpv. 2 LTF); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 3 LTF).
2.2 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso non è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte ricorrente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella ritenuta nel giudizio impugnato. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1 pag. 254; sentenza 1B_222/2007 del 29 novembre 2007 consid. 1.3).
3. 3.1 Alla luce degli accertamenti medici supplementari esperiti in seguito alle considerazioni esposte dal Tribunale federale nella sentenza di rinvio del 26 gennaio 2010 la Corte cantonale ha concluso che lo stato di salute di E._ andava considerato stabilizzato al più tardi alla conclusione del soggiorno presso la Clinica C._ e meglio nel dicembre 2006. Di conseguenza, la Generali era autorizzata a interrompere l'erogazione delle prestazioni di corta durata soltanto a partire dal 31 dicembre 2006. I primi giudici hanno per contro ritenuto infondata la richiesta di prestazioni di lunga durata, in quanto il nesso di causalità adeguato non era dato.
3.2 L'assicurata contesta in primo luogo sia l'istante dell'esame dell'adeguatezza sia l'assenza di un nesso di causalità adeguato. Ella considera inoltre iniqui e praticamente inadempibili i criteri sviluppati dalla giurisprudenza per accertare l'esistenza dell'adeguatezza, ritenendone tuttavia in concreto adempiuti cinque. A suo dire, la giurisprudenza sul colpo di frusta violerebbe anche il principio della legalità di cui all'art. 6 CEDU, e pertanto le prestazioni andrebbero erogate in virtù del solo nesso di causalità naturale. Pure il divieto di discriminare di cui all'art. 14 CEDU sarebbe leso poiché l'assicuratore infortuni applica una prassi più restrittiva che non poggia su motivi seri e fondati, malgrado il concetto di adeguatezza in ambito civile e amministrativo siano identici. Viene infine addotta una violazione del patto II dell'ONU, art. 26.
4. 4.1 Nei considerandi del querelato giudizio, cui si rinvia, i primi giudici hanno già elencato correttamente le disposizioni applicabili per stabilire il diritto a prestazioni dell'assicurazione contro gli infortuni, il quale presuppone in primo luogo l'esistenza di un nesso di causalità naturale fra l'evento infortunistico e il danno alla salute. Questa condizione è da considerarsi adempiuta qualora sia lecito ammettere che senza l'evento infortunistico il danno alla salute non si sarebbe potuto verificare del tutto o comunque non nel modo in cui si è prodotto. Non occorre, viceversa, che l'infortunio sia stato la sola o immediata causa del danno alla salute; è sufficiente che l'evento, se del caso unitamente ad altri fattori, abbia comunque provocato un danno all'integrità corporale o psichica dell'assicurato, vale a dire che appaia come una condizione sine qua non del danno.
È questione di fatto stabilire se tra evento infortunistico e danno alla salute esista un nesso di causalità naturale; su detta questione ammi-nistrazione e giudice, fondandosi essenzialmente su indicazioni di natura medica, si determinano secondo il principio della probabilità preponderante applicabile generalmente nell'ambito dell'apprezzamento delle prove in materia di assicurazioni sociali. Ne discende che ove l'esistenza di un nesso di causalità tra infortunio e danno sembri possibile, ma essa non possa essere reputata probabile, il diritto a prestazioni derivato dall'infortunio assicurato dev'essere negato (DTF 129 V 177 consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1; 119 V 335 consid. 1 pag. 337; 118 V 286 consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
4.2 L'esistenza di un nesso di causalità naturale tra l'infortunio e i disturbi di cui soffre E._, accertata in sede cantonale tramite i referti redatti dal dott. F._, non è contestata.
5. Censurato è per contro l'istante della chiusura del caso (e quindi dell'esame dei presupposti del nesso di causalità adeguata), poiché al momento della dimissione dalla Clinica C._ lo stato di salute della ricorrente era ancora suscettibile di miglioramento, come attestato nel rapporto d'uscita, circostanza che sarebbe stata ammessa anche dal perito. Rilevante per la chiusura del caso sarebbe quindi l'istante dell'esecuzione della perizia da parte del dott. F._. L'interessata ritiene poi inammissibile la valutazione eseguita, in quanto retrospettiva.
5.1 Per l'art. 10 cpv. 1 LAINF l'assicurato ha diritto alla cura appropriata dei postumi d'infortunio. In virtù dell'art. 16 cpv. 2 LAINF, il diritto all'indennità giornaliera nasce il terzo giorno successivo a quello dell'infortunio. Esso si estingue con il ripristino della piena capacità lavorativa, con l'assegnazione di una rendita o con la morte dell'assicurato. Secondo l'art. 19 cpv. 1 LAINF, il diritto alla rendita nasce qualora dalla continuazione della cura medica non sia da attendersi un sensibile miglioramento della salute dell'assicurato e siano conclusi eventuali provvedimenti d'integrazione dell'AI. Il diritto alla cura medica e alle indennità giornaliere cessa con la nascita del diritto alla rendita.
Una cura medica è in particolare appropriata ai sensi dell'art. 10 cpv.1 LAINF solo se è in grado di migliorare lo stato di salute, e meglio se si può ammettere che il trattamento non rappresenta unicamente una remota possibilità di miglioramento (sentenza 8C_211/2009 del 10 luglio 2009 consid. 4). Poiché l'assicurazione sociale contro gli infortuni si riferisce a persone che svolgono attività lavorativa (si confronti l'art. 1a e l'art. 4 LAINF), per interpretare il concetto di "sensibile miglioramento" ("namhafte Besserung" e "sensible amélioration" nella versione tedesca e francese dell'art. 19 cpv. 1 LAINF) si farà riferimento ad un incremento rispettivamente ad un recupero dell'abilità lavorativa, nella misura in cui si è deteriorata in seguito all'infortunio. L'aggettivo "sensibile" illustra inoltre che il miglioramento dev'essere importante. Progressi trascurabili non bastano, così come neppure la mera possibilità di un risultato positivo (DTF 134 V 109 consid. 4.3 pag. 115; v. pure sentenza citata 8C_211/2009 consid. 4 con riferimenti). Lo stesso vale per provvedimenti terapeutici che contribuiscono a lenire i sintomi di un danno alla salute stazionario per un periodo limitato nel tempo.
5.2 Nel giudizio impugnato il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha accertato che, dopo il soggiorno alla Clinica C._, all'assicurata erano stati consigliati solo provvedimenti conservativi, consistenti in bagni termali, massaggi e fitness e che quest'ultima, che assumeva regolarmente medicamenti antalgici, si era sottoposta a fisioterapia. La Corte quindi ha concluso che il caso andava chiuso al più tardi alla dimissione dalla clinica.
5.2.1 Dal rapporto d'uscita redatto dal dott. A._ emerge in particolare che durante il soggiorno alla Clinica C._ E._ è stata sottoposta a diverse cure, alcune delle quali hanno sortito effetti benefici per un breve periodo, pari a circa tre o quattro ore. Il soggiorno non ha inoltre contribuito a migliorare la capacità lavorativa della paziente, pari all'inizio e alla fine della degenza al 30%. Secondo il medico, lo scopo principale perseguito dal ricovero, che era consistito nello stabilizzare l'assicurata da un punto di vista psichico e fisico, andava considerato raggiunto. Egli ha altresì precisato che il reinserimento nell'attività professionale avrebbe richiesto un periodo transitorio, privo di forzature, in cui il grado di occupazione avrebbe dovuto essere aumentato per gradi e probabilmente sarebbe rimasto pari al 50% per un certo periodo (dagli atti emerge che l'incremento previsto non si è mai realizzato concretamente). Il dott. A._ ha quindi concluso consigliando all'assicurata di sottoporsi a massaggi dolci e all'applicazione di pietre calde presso le terme di S._.
Come indicato anche dal Tribunale di prime cure, il dott. F._ ha dal canto suo attestato la probabilità di un miglioramento tramite le cure mediche attuali o altre adeguate, indicando un trattamento di base e per le crisi, a cui l'assicurata già si sottoponeva, su prescrizione di un neurologo. Il perito non ha però proposto alcuna cura concreta, adducendo l'impossibilità di fare un pronostico in tal senso e di non poter escludere che lo stato di salute dell'assicurata restasse quello attuale. Nel complemento peritale egli ha altresì attestato un peggioramento dello stato di salute da un punto di vista neuropsicologico (perizia del 22 novembre 2010 e complemento del 28 novembre 2011).
5.2.2 Alla luce di quanto attestato sia dal dott. A._ che dal perito giudiziario non si può che concordare con il Tribunale di prime cure, secondo cui il caso andava chiuso al più tardi alla conclusione del soggiorno presso la Clinica C._. In effetti, alla luce degli atti medici è del tutto verosimile che il miglioramento graduale della capacità lavorativa prospettato dal dott. A._ nel rapporto d'uscita configurava in realtà una mera possibilità. In proposito egli ha del resto precisato "falls dies möglich ist".
Pure il soggiorno alla Clinica C._ si era del resto evoluto nella medesima direzione: lo stato di salute e la capacità lavorativa dell'assicurata si erano stabilizzati, ma non vi era stato nessun miglioramento sensibile nella misura in cui da un lato i disturbi si ripresentavano sistematicamente trascorse tre, quattro ore dai trattamenti e dall'altro la capacità lavorativa era rimasta invariata rispetto all'entrata in clinica.
Le cure consigliate, così come il trattamento medicamentoso antalgico necessario per prevenire un peggioramento dell'emicrania possono quindi essere senz'altro sussunte quali cure conservative, come indicato dal Tribunale cantonale. Tale conclusione non viene ribaltata neppure dalle affermazioni del perito. Come correttamente attestato dal Tribunale di prime cure, se da un lato egli ritiene un miglioramento a lungo termine prevedibile, dall'altro afferma esattamente il contrario nella misura in cui dichiara che è praticamente impossibile fare un pronostico in tal senso e altresì che non può escludere che lo stato di salute dell'assicurata resti quello attuale.
Alla luce di quanto appena esposto non si può ritenere verosimile che da un eventuale nuovo trattamento dell'emicrania, peraltro solo ventilato, ma non concretizzato dal perito, ci si debba attendere un miglioramento importante della capacità lavorativa, bensì è ammissibile concludere che la cura, a cui l'assicurata tra l'altro già si sottopone regolarmente tramite il proprio neurologo, potrebbe rappresentare eventualmente una remota possibilità di miglioramento, che ai sensi della giurisprudenza non è sufficiente per rinunciare a chiudere il caso.
Quo infine all'esame retrospettivo dell'istante della chiusura del caso, va rilevato che in caso di ricorso un esame di questo tipo è inevitabile.
Correttamente quindi il caso è stato chiuso alla data indicata dal Tribunale di prime cure ed è stato contestualmente verificato il diritto a prestazioni di lunga durata.
6. 6.1 Il diritto a prestazioni assicurative presuppone pure l'esistenza di un nesso di causalità adeguata tra l'infortunio e il danno che ne deriva. Un evento è da ritenere causa adeguata di un determinato effetto quando secondo il corso ordinario delle cose e l'esperienza della vita il fatto assicurato è idoneo a provocare un effetto come quello che si è prodotto, sicché il suo verificarsi appaia in linea generale propiziato dall'evento in questione. In presenza di un danno alla salute fisica la questione della causalità adeguata praticamente non si pone, in quanto l'assicuratore risponde anche in caso di complicazioni particolarmente singolari e gravi che, secondo l'esperienza medica, non si producono abitualmente (DTF 118 V 286 consid. 3a pag. 291). È quindi essenzialmente in presenza di un'affezione psichica che la causalità adeguata riveste un ruolo importante.
6.2 Per accertare l'esistenza di un nesso di causalità adeguato in caso di infortunio con "colpo di frusta", lesione equivalente della colonna cervicale o traumatismo cranio-cerebrale senza prova di deficit funzionale, (DTF 117 V 359; cfr. pure le precisazioni in DTF 134 V 109), la giurisprudenza ha sviluppato dei criteri obbiettivi classificando gli infortuni, a seconda della dinamica, nella categoria degli eventi insignificanti o leggeri, in quella degli eventi gravi e in quella degli eventi di grado medio (cfr. anche RDAT 2003 II no. 67 pag. 279 consid. 4.2).
Nei casi di infortunio insignificante (l'assicurato per esempio ha leggermente battuto la testa o si è slogato il piede) o leggero (egli è caduto o scivolato in modo banale) l'esistenza di un nesso di causalità adeguata tra evento ed eventuali disturbi psichici può di regola essere a priori negata. Secondo l'esperienza della vita e ritenute le cognizioni acquisite in materia di medicina degli infortuni, può in effetti essere ammesso, senza dover procedere ad accertamenti particolari, che un infortunio insignificante o leggero non sia di natura tale da provocare un'incapacità lavorativa e di guadagno di origine psichica.
Se l'assicurato è rimasto vittima di un infortunio grave, l'esistenza del nesso di causalità adeguata tra evento e successiva incapacità lucrativa dovuta a disturbi psichici deve di regola essere riconosciuta. Secondo il corso ordinario delle cose e l'esperienza della vita, gli infortuni gravi sono infatti idonei a provocare danni invalidanti alla salute psichica.
Sono considerati infortuni di grado medio tutti gli eventi che non possono essere classificati nelle due predette categorie. La questione circa l'esistenza di un rapporto di causalità adeguata non può essere risolta riferendosi unicamente all'evento stesso. Occorre piuttosto tener conto, da un profilo oggettivo, di tutte le circostanze che sono strettamente connesse con l'infortunio o che risultano essere un effetto diretto o indiretto dell'evento assicurato. Esse possono servire da criterio di apprezzamento nella misura in cui secondo il corso ordinario delle cose e l'esperienza della vita sono tali da provocare o aggravare, assieme all'infortunio, un'incapacità lavorativa e di guadagno.
6.3 Precisando la sua precedente giurisprudenza (DTF 117 V 359), nella sentenza pubblicata in DTF 134 V 109 il Tribunale federale ha parzialmente modificato i criteri rilevanti per l'esame dell'adeguatezza nell'ambito della prassi riguardante i "colpi di frusta" e i traumi equivalenti. Tali criteri comprendono le circostanze concomitanti particolarmente drammatiche o la particolare spettacolarità dell'infortunio, la gravità o particolare caratteristica delle lesioni lamentate, la specifica cura medica protratta e gravosa, i notevoli disturbi, la cura medica errata che aggrava notevolmente gli esiti dell'infortunio, il decorso sfavorevole della cura e le complicazioni rilevanti intervenute, nonché la rilevante incapacità lavorativa malgrado la dimostrazione degli sforzi compiuti (cfr. DTF 134 V 109 consid. 10.3 pag. 130; sentenza 8C_424/2009 del 22 febbraio 2010 consid. 4.2).
6.4 La giurisprudenza considera di regola il tamponamento di un veicolo fermo (ad un semaforo, davanti alle strisce pedonali) quale infortunio di grado medio al limite di quelli leggeri (RAMI 2005 n. U 549 pag. 236, U 380/04, consid. 5.1.2; sentenze 8C_655/2008 del 9 ottobre 2008 consid. 3.1 e 8C_542/2008 del 20 novembre 2008 consid. 5.1). In tal caso il cambiamento di velocità provocato dall'incidente (fattore delta-v) è inferiore a 10-15 km/h (sentenze 8C_262/2008 dell'11 febbraio 2009 consid. 5 e la giurisprudenza ivi citata, 8C_542/2008 del 20 novembre 2008 consid. 5.1 e U 138/06 del 16 luglio 2007 consid. 10.1), mentre negli infortuni di grado medio all'interno della categoria media esso è superiore a tale valore (sentenza 8C_875/2008 del 6 marzo 2009 consid. 5.1).
7. Secondo l'assicurata, la sussunzione dell'evento quale infortunio di grado medio al limite della categoria degli eventi leggeri sarebbe errata e violerebbe il diritto all'uguaglianza di trattamento, l'incidente non potendo essere paragonato a un usuale tamponamento di fronte a un semaforo.
La questione se in concreto ci si trova confrontati con un infortunio di grado medio, può restare indecisa, in quanto in ogni caso i criteri necessari per riconoscere il nesso di causalità adeguata non sono in concreto adempiuti.
8. 8.1 In via preliminare va posto in evidenza che pur ritenendo inadempibili e iniqui i criteri applicabili e quindi lesivi dell'art. 8 Cost. (divieto di discriminazione) e degli art. 8 e 14 CEDU, così come del principio dell'assicurazione e dell'equivalenza, la ricorrente, contraddicendo se stessa, ne considera adempiuti cinque nel caso concreto.
Al riguardo va rilevato che nella sentenza pubblicata in DTF 134 V 109 (consid. 7-9 pag. 118 segg.) questa Corte ha già avuto modo di esprimersi ampiamente sulle critiche ripetutamente espresse dalla dottrina circa la legalità della giurisprudenza in materia di colpo di frusta, in particolare per quanto concerne i presupposti per riconoscere un nesso di causalità adeguato, concludendo di non avere motivi per modificarla. La stessa conclusione deve valere evidentemente nel caso concreto in cui l'assicurata solleva le medesime critiche già esaminate e respinte.
8.2 Per la ricorrente sarebbero dati segnatamente i criteri della particolare spettacolarità dell'infortunio, della cura medica specifica protratta e gravosa, dei notevoli disturbi, del decorso sfavorevole della cura nonché dell'incapacità lavorativa rilevante, malgrado la dimostrazione degli sforzi compiuti (vedi sopra consid. 6.3).
8.2.1 Come indicato dal Tribunale di prime cure non si può certo affermare che un tamponamento, seppur laterale, di un piccolo veicolo in movimento (presumibilmente alla velocità di 50km/h) e con fuoriuscita dell'airbag possa essere considerato un infortunio particolarmente spettacolare. La giurisprudenza indicata dalla Corte cantonale in tal senso è del tutto significativa (si confronti in proposito RAMI 2003 n. U 481 pag. 203, U 161/01, consid. 3.3.2 e la giurisprudenza ivi citata).
8.2.2 Neppure il presupposto della cura medica specifica protratta e gravosa è adempiuto. In effetti, se da un lato la cura medica potrebbe essere eventualmente considerata protratta (si confronti sentenza 8C_327/2008 del 16 febbraio 2009 consid. 4.2), nella misura in cui l'assicurata si sottopone regolarmente a cura medicamentosa (consistente in antidolorifici e antiepilettici) per tenere a bada l'emicrania, dall'altro essa non può essere definita particolarmente gravosa per quanto concerne la qualità di vita (cfr. in proposito sentenza 8C_174/2011 del 1° giugno 2011 consid. 2.4). Al riguardo va evidenziato che l'assicurata si è limitata a indicare che gli antiepilettici produrrebbero effetti collaterali, senza però specificare quali né la loro entità. Di conseguenza non è dato di sapere se essi gravano in maniera rilevante sulla sua qualità di vita (cfr. in particolare il caso descritto in SVR 2009 UV n. 22 pag. 80, 8C_209/2008, consid. 5.4, in cui il presupposto è stato negato; v. anche sentenze citate 8C_174/2011 consid. 2.4 e 8C 327/2008 consid. 4.2 nonché sentenze 8C_387/2011 del 20 settembre 2011 consid. 3.3.3 e 8C_401/2009 del 10 settembre 2009 consid. 3.4.3).
8.2.3 Nemmeno il presupposto del decorso sfavorevole della cura può essere ammesso. Dalla durata del trattamento medico e dall'intensità dei disturbi non può infatti essere automaticamente dedotto un decorso sfavorevole. Come indicato dal Tribunale cantonale, devono esistere delle circostanze particolari - che la ricorrente non ha indicato, limitandosi ad affermare di non essere guarita malgrado le cure - atte a ostacolare la guarigione (SVR 2009 UV n. 22 pag. 80 consid. 5.6). Secondo la giurisprudenza il criterio non va ammesso, inoltre, neppure nell'ipotesi in cui un assicurato soffre ancora di disturbi e non ha raggiunto una capacità lavorativa piena, malgrado terapie regolari e degenze riabilitative (sentenza U 503/06 del 7 novembre 2007 consid. 7.6 con riferimenti).
8.2.4 Se infine non si può negare che l'assicurata soffre di disturbi a far tempo dall'infortunio, la questione se essi vadano considerati notevoli non va esaminata in quanto irrilevante. Per gli stessi motivi non va neppure esaminato se il presupposto dell'incapacità lavorativa rilevante, malgrado gli sforzi compiuti, sia adempiuto. Anche nell'ipotesi in cui infatti si ammettesse la qualifica di infortunio di grado medio all'interno della categoria media, due criteri non sarebbero sufficienti per riconoscere il nesso di causalità adeguato. La giurisprudenza pretende che in tal caso tre di essi siano dati (SVR 2010 UV n. 25 pag. 100, 8C_897/2009, consid. 4.5; sentenza 8C_211/2011 del 22 agosto 2011 consid 5).
8.3 Ne consegue che non essendo dato il nesso di causalità adeguato, la ricorrente non ha diritto a prestazioni di lunga durata, come sentenziato in sede cantonale.
9. Pure respinte devono essere infine le censure circa la violazione della Costituzione federale, della CEDU e del patto II dell'ONU elencate al consid. 3.2 della presente sentenza. Come già accennato nella sentenza pubblicata in DTF 134 V 109 consid. 7-9 pag. 118 segg., questa Corte ha già avuto modo di esprimersi ampiamente sulla legalità della giurisprudenza in materia di colpo di frusta, in particolare per quanto concerne i presupposti per riconoscere un nesso di causalità adeguato, concludendo di non avere motivi per modificarla. La stessa conclusione deve valere evidentemente nel caso concreto in cui l'assicurata solleva le medesime critiche (vedi sopra consid. 8.1).
10.
10.1 Alla luce delle summenzionate considerazioni, il ricorso in materia di diritto pubblico va integralmente respinto, in quanto infondato, mentre il giudizio impugnato va confermato.
10.2 Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Per contro l'assicuratore opponente non ha diritto a ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.