Faits:
A. BX._, ingénieur civil de formation, est depuis 1982 revendeur officiel d'explosifs. Il est inscrit depuis 1975 au registre du commerce en nom propre à son adresse privée, pour l'exploitation d'un bureau d'ingénieur civil et d'une entreprise générale de construction.
En 1976, BX._ a constitué C._ SA, dont le siège est à G._ et le but l'établissement de projets et travaux de minage, conseils et expertises se rapportant au minage et à la géophysique. Il en est l'actionnaire principal et l'administrateur, avec AX._, son épouse, et son fils. BX._ est salarié de C._ SA; il met à disposition de celle-ci la patente de revendeur d'explosifs et de moyens de mise à feu dont il est titulaire.
AX._ exploite en son nom à H._ un commerce de vêtements à l'enseigne "K._"; jusqu'en 2001, elle possédait deux magasins; elle n'a conservé depuis lors que le second. En outre, jusqu'en 1996, avec sa belle-fille LX._, elle exploitait, en société simple, un commerce de bijoux à la même enseigne, dont tous les bénéfices revenaient par convention à sa belle-fille.
B. Pour les périodes de taxation 1993/1994 à 1999/2000, BX._ et AX._ avaient déclaré un revenu imposable de 20'700 fr. pour 1993/1994, de 24'300 fr. pour une partie de 1995, de 36'500 fr. pour le solde de 1995 et 1996, de 37'800 fr. pour 1997/1998 et de 72'200 fr. pour 1999/2000, aucune fortune pour 1993/1994 et 1995/1996, une fortune de 253'000 fr. pour 1997/1998 et de 288'000 fr. pour 1999/2000.
Pour les périodes de taxation 1995 à 1998, C._ SA a déclaré un bénéfice imposable nul durant les années de calcul 1995 à 1998 et un capital de 322'000 fr. pour 1995, de 314'000 fr. pour 1996, de 292'000 fr. pour 1997 et de 250'000 fr. pour 1998.
Le 30 juin 1995, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'Administration cantonale) a imposé les époux X._ sur un revenu de 95'300 fr. pour la période fiscale 1993/1994, décision contre laquelle ces derniers ont interjeté une réclamation.
Le 4 juin 1999, l'Administration cantonale a notifié un avis de contrôle à C._ SA et aux époux X._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1999/2000 et ouvert, le 15 décembre 2000, une procédure en soustraction fiscale à leur encontre. Le 6 mars 2003, après avoir instruit la cause et demandé de nouvelles pièces aux intéressés, elle a rendu des décisions de taxation et d'amendes pour tentatives de soustraction fiscale pour les périodes de taxation 1995/1996 à 1999/2000, décisions qui ont fait l'objet de réclamations de la part des époux X._ et de C._ SA.
C. Par décisions du 2 avril 2004, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation des époux X._ portant sur la période fiscale 1993/1994 et aggravé les taxations. Elle a partiellement admis les réclamations de ces derniers ainsi que de C._ SA portant sur les périodes de taxation 1995/1996 à 1999/2000. S'agissant des époux X._, elle a procédé à des reprises totales sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 de 740'852 fr. et de 94'744 fr. sur la fortune imposable. Dans le chapitre de C._ SA, elle a procédé au total à des reprises sur les bénéfices imposables des années de calcul 1995 à 1998 de 299'998 fr. et de 95'000 fr. sur le capital imposable. Les montants des amendes pour tentative de soustraction fiscale ont été corrigés en conséquence.
Le 3 mai 2004, BX._ et AX._ ainsi que C._ SA ont interjeté recours contre les décisions sur réclamation du 2 avril 2004 auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud.
Par arrêt du 18 avril 2006, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours de BX._ et AX._ ainsi que celui de C._ SA s'agissant de l'impôt fédéral direct et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Il a également partiellement admis le recours de BX._ et AX._ ainsi que celui de C._ SA s'agissant de l'impôt cantonal et communal et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Dans son arrêt, au chapitre des époux X._, après avoir examiné tous les griefs et les pièces des intéressés, le Tribunal administratif a arrêté le total des reprises sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 à 337'897 fr. et à 86'744 fr. sur la fortune imposable. Dans le chapitre de C._ SA, il a arrêté les reprises sur les bénéfices imposables des années de calcul 1995 à 1998 à 43'918 fr. et à 5'000 fr. sur le capital imposable.
Par arrêt du 16 octobre 2006, le Tribunal fédéral a rejeté le recours interjeté par les époux X._ et C._ SA contre l'arrêt du 18 avril 2006 - considéré comme recours de droit administratif - en matière d'impôt fédéral direct, dans la mesure où il était recevable et n'était pas devenu sans objet, l'Administration cantonale ayant reconnu une erreur de calcul. Il a déclaré irrecevable le recours - considéré comme recours droit public - en matière d'impôts cantonal et communal.
D. Le 29 novembre 2006, l'Administration cantonale a rendu de nouvelles décisions sur réclamation concernant C._ SA et les époux X._. Dans le chapitre de C._ SA, elle a arrêté les reprises sur les bénéfices et sur le capital imposables des années de calcul 1995 à 1998 à 43'918 fr. respectivement à 5'000 fr., ce qui correspondait à des compléments totaux d'impôts de 12 fr. pour l'impôt fédéral direct, de 12 fr. 50 pour l'impôt cantonal et de 6 fr. 50 pour l'impôt communal. Les amendes infligées à C._ SA (par décision du 6 mars 2003) ont été annulées. Dans le chapitre des époux X._, elle a arrêté le total des reprises sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 à 337'126 fr. (tenant compte de l'erreur de calcul mentionnée ci-dessus) et à 86'744 fr. sur la fortune imposable, ce qui correspondait à des compléments totaux d'impôts de 17'605 fr. 05 fr. pour l'impôt fédéral direct, de 43'558 fr. 85 pour l'impôt cantonal, de 23'674 fr. 95 (commune de G._) respectivement 3'035 fr. 40 (commune de H._) pour l'impôt communal. Les amendes infligées aux époux X._ (par décision du 6 mars 2003) ont été corrigées en conséquence.
Le 29 décembre 2006, C._ SA et les époux X._ ont recouru séparément contre les décisions du 29 novembre 2006 auprès du Tribunal administratif, concluant à leur annulation.
E. Par requêtes des 19 janvier 2007 et 19 février 2007, C._ SA et les époux X._ ont en outre demandé la récusation du juge D._ et des greffiers E._ et F._. Ce dernier, qui avait occupé la fonction de greffier de septembre 2005 à fin avril 2006, avait auparavant participé à l'instruction de l'enquête pour soustraction fiscale dirigée contre eux alors qu'il était sous-directeur de l'Administration cantonale.
Le 20 février 2007, E._ a adressé au juge instructeur de la Cour plénière du Tribunal administratif sa détermination sur la requête de récusation. Cette dernière n'appelait de sa part aucune observation et le grief de partialité était contesté. Le 21 février 2007, le Juge D._ a également déposé ses observations, concluant au rejet de la requête.
Le 24 février 2007, C._ SA et les époux X._ ont confirmé leur requête de récusation et affirmé qu'il s'agissait d'un fait nouveau et important par rapport à l'arrêt du 18 avril 2006 qui devait être révisé. Par lettre du 5 avril 2007, ces derniers ont résumé leurs moyens.
Par arrêt du 28 août 2007, portant par inadvertance le titre de projet, selon courrier du 13 septembre 2007, la Cour plénière du Tribunal administratif a rejeté la demande de récusation de C._ SA et des époux X._ dirigée contre le Juge D._ et le greffier E._, dans la mesure où elle était recevable et n'était pas devenue sans objet. Elle a également rejeté la demande de révision formulée le 24 février 2007. En substance, la Cour plénière a retenu que F._ n'avait pas participé à l'arrêt rendu le 18 avril 2006 par le Tribunal administratif et qu'il n'était plus membre de ce dernier lors du dépôt des recours du 29 décembre 2006 contre les nouvelles décisions sur réclamation du 29 novembre 2006.
Quant au juge D._ le seul fait qu'il ait eu comme collaborateur personnel F._ - pour d'autres dossiers - ne suffisait pas à fonder la crainte qu'il manque d'impartialité. La demande de récusation dirigée contre E._ n'était pas motivée, sinon par des arguments ayant trait au greffier F._. Les demandes de récusation étant rejetées, il n'y avait aucun motif de réviser l'arrêt du 18 avril 2006.
F. Le 15 octobre 2007, les époux X._ et C._ SA ont interjeté un recours (2C_568/2007), intitulé recours en matière de droit public et recours constitutionnel subsidiaire, auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt rendu le 28 août 2007 par la Cour plénière du Tribunal administratif. Ils demandent au Tribunal fédéral d'annuler les arrêts du 18 avril 2006 et du 28 août 2007 sous suite de frais et dépens. Ils se plaignent de n'avoir pas bénéficié d'un tribunal indépendant et impartial.
F._, D._ et E._ ont renoncé à déposer des observations. Le Tribunal administratif se réfère aux considérants de l'arrêt du 28 août 2007 et conclut au rejet du recours.
G. Par arrêt partiel du 14 novembre 2007, limité aux reprises effectuées lors de la taxation du revenu et de la fortune imposables des époux X._, ainsi que du bénéfice et du capital imposables de C._ SA, le Tribunal administratif a rejeté les recours interjetés le 29 décembre 2006 contre les nouvelles décisions sur réclamation du 29 novembre 2006. Par appréciation anticipée des preuves, le magistrat instructeur a constaté que les éléments invoqués par les intéressés ne justifiaient pas la tenue d'une audience. Les intéressés avaient repris les griefs qu'ils avaient déjà formulés contre les décisions sur réclamation du 2 avril 2004. Ces derniers ayant été définitivement tranchés par le Tribunal administratif dans l'arrêt du 18 avril 2006, confirmé par celui du Tribunal fédéral du 16 octobre 2006, ils ne pouvaient être examinés une nouvelle fois. Pour le surplus, la décision notifiée à C._ SA ainsi que celle notifiée aux époux X._ se conformait à l'arrêt de renvoi du 18 avril 2006, en particulier aux tableaux des reprises concernant C._ SA et les époux X._. Enfin, la période de taxation 1993/1994 n'était pas frappée par la prescription, du moment que les éléments imposables avaient été déterminés définitivement avant le 31 décembre 2006.
H. Le 14 décembre 2007, les époux X._ et C._ SA ont interjeté un second recours (2C_734/2007), intitulé recours en matière de droit public et recours constitutionnel subsidiaire, auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt rendu le 14 novembre 2007 par le Tribunal administratif. Ils demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt. Ils réitèrent les griefs tirés du droit à un tribunal impartial et indépendant. Ils se plaignent de ce que l'Administration cantonale a eu accès au dossier judiciaire, de n'avoir pas reçu certaines pièces et annexes et de la violation de leur droit d'être entendus à maints égards. Ils formulent ensuite diverses critiques à l'encontre des considérants de l'arrêt attaqué qui violeraient selon eux l'art. 98a de la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts cantonaux, les art. 2 al. 3, 5 al. 3, 8 al. 1, 9, 10 al. 2 et 26 de la Constitution fédérale, les art. 1, 3 et 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (Convention européenne des droits de l'homme; CEDH; RS 0.101) et de l'art. 1 de son Protocole additionnel du 20 mars 1952.
Le Tribunal cantonal et le Tribunal administratif ayant fusionné au 1er janvier 2008, ce dernier est devenu la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal. Elle a renoncé à déposer une réponse. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des impôts concluent au rejet du recours en matière de droit public et à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire.
I. Par ordonnance du 4 février 2008 rendue dans la procédure 2C_734/2007, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif déposée par C._ SA et les époux X._.
Le 11 avril 2008, les époux X._ ont consulté les dossiers 2C_568/2007 et 2C_734/2007 dans les locaux du Tribunal fédéral.
Considérant en droit:
1. Les recours 2C_568/2007 et 2C_734/2007 ont été déposés par les mêmes personnes et concernent divers aspects de la même procédure fiscale et de juridiction administrative. Par économie de procédure, il convient de prononcer la jonction des causes et de statuer sur les mérites des deux recours dans un seul et même arrêt (art. 24 PCF et 71 LTF).
I. Recours 2C_568/2007
2. 2.1 Déposé en temps utile (art. 100 al. 1LTF) par ses destinataires (art. 89 al. 1 LTF) contre un arrêt incident en matière de récusation (art. 92 al. 1 LTF) pris en dernière instance cantonale, qui ne peut pas être attaqué devant le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre d LTF; art. 33 lettre i LTAF), le recours 2C_568/2007 en matière de droit public est en principe recevable pour violation du droit fédéral qui comprend les droits constitutionnels (cf. art. 95 lettres a et c LTF). Il s'ensuit que le recours constitutionnel subsidiaire, dont est simultanément saisi le Tribunal fédéral est irrecevable (cf. art. 113 LTF).
2.2 Aux termes de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Cette disposition reprend le principe du grief (Rügeprinzip) que la pratique relative au recours de droit public avait établi en relation avec l'art. 90 OJ (ATF 133 III 589 consid. 2 p. 591; 133 II 249 consid, 1.4.2 p. 254). Selon cette pratique, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s., 26 consid. 2.1 p. 31 et les références).
2.3 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF; son grief doit par conséquent être expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (arrêt 5A_55/2007 du 14.08.2007, consid. 2.2).
3. Les recourants se plaignent de la violation du droit à un tribunal indépendant et impartial.
3.1 La garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH - ce dernier n'étant toutefois pas applicable en matière d'impôt (ATF 132 I 140 consid. 2.1 p. 146) - permet, indépendamment du droit de procédure cantonal, de demander la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à susciter des doutes quant à son impartialité; elle vise à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective est établie, car une disposition interne de la part du juge ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence d'une prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat; cependant, seules les circonstances objectivement constatées doivent être prises en compte, les impressions purement individuelles n'étant pas décisives. Le fait qu'une partie s'en prenne violemment à un juge trahit certainement l'inimitié que celle-là nourrit à l'endroit de celui-ci, mais ne permet pas de présumer qu'un tel sentiment soit réciproque. Ces attaques n'ont pas, d'un point de vue objectif, pour effet de faire naître une apparence de prévention du magistrat en cause envers l'auteur de l'atteinte; en décider autrement reviendrait à ouvrir aux quérulents la possibilité d'influencer la composition du tribunal en tenant des propos insultants vis-à-vis du juge dont ils récusent la participation (ATF 134 I 20 consid. 4.2 et 4.3 p. 21 s. et les arrêts cités).
D'après l'art. 109 al. 1 LIFD, toute personne appelée à prendre une décision ou à participer de manière déterminante à l'élaboration d'une décision ou d'un prononcé, en application de la présente loi, est tenue de se récuser, en particulier si elle a un intérêt personnel dans l'affaire ou si, pour d'autres raisons, elle peut avoir une opinion préconçue dans l'affaire. La récusation peut être demandée par toute personne participant à la procédure (art. 109 al. 2 LIFD). Les litiges en matière de récusation sont tranchés par une autorité désignée par le droit cantonal s'il s'agit d'un fonctionnaire cantonal et par le Département fédéral des finances s'il s'agit d'un fonctionnaire fédéral. Le recours est réservé dans les deux cas (art. 109 al. 3 LIFD). Il s'agit d'une concrétisation des art. 29 al. 1 et 30 al. 1 Cst. (Andrea Pedroli, Commentaire romand, Yersin/Noël éd., Bâle 2008, n° 1 ad art. 109 LIFD).
L'art. 43 al. 1 de la loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la juridiction et la procédure administratives (LPJA; RSVD 1.5, dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2007) prévoit que les juges et les assesseurs peuvent être récusés ou se récuser spontanément lorsqu'il existe des circonstances importantes de nature à compromettre leur impartialité, telles que la participation antérieure au litige, un rapport de dépendance, de parenté ou d'alliance avec une partie ou un mandataire.
3.2 Dans son arrêt, la Cour plénière a constaté que F._ avait certes participé à l'enquête en soustraction fiscale ouverte contre les recourants lorsqu'il était sous-directeur de l'Administration cantonale, mais qu'il n'avait pas participé à la procédure de recours les concernant devant le Tribunal administratif. Dans ces circonstances, il n'importe pas que les recourants aient été, comme ils prétendent, menacés du dépôt d'une plainte pénale par F._ dans des courriers envoyés alors qu'il était sous-directeur, ni qu'ils aient déposé eux-même une plainte pénale contre ce dernier. C'est donc à bon droit que la Cour plénière a jugé qu'il n'y avait aucun motif d'annuler l'arrêt du 18 avril 2006 pour ce motif.
S'agissant du juge D._ et de son greffier E._, la Cour plénière pouvait juger, sans violer l'art. 30 al. 1 Cst., qu'il n'y avait aucun élément qui suffisait à fonder la crainte qu'ils aient manqué d'impartialité. En effet, il ne suffit pas que les recourants multiplient les griefs à l'encontre de ces deux personnes pour obtenir leur récusation. Pour le surplus, les soupçons dont font état les recourants à l'encontre du juge D._ et de son greffier E._ sont dénués de toute vraisemblance. En fait, les recourants opposent au jugement de la Cour plénière leur propre point de vue sans exposer en quoi l'arrêt attaqué viole leur droit à un tribunal impartial et indépendant. Ces allégations ne répondent pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ci-dessus consid. 2.3). Leurs griefs sont par conséquent rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3.3 Comme F._ n'a pas participé à la procédure de recours devant le Tribunal administratif concernant les recourants, la Cour plénière pouvait considérer, par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire, que l'audition de F._ et de E._ à ce sujet n'était pas utile. En particulier, contrairement à ce qu'affirment les recourants, dans ses observations à l'attention de la Cour plénière, le greffier E._ n'a pas formulé de remarques qui auraient pu laisser entendre que F._ était intervenu dans la procédure de recours devant le Tribunal administratif. Au contraire, il s'est borné à contester le grief de partialité formulé à son égard (cf. courriers des 20 février et 21 mars 2007 adressés à la Cour plénière).
3.4 Pour le surplus, les recourants se plaignent de la violation des art. 2 al. 3, 5 al. 3, 9, 10 et 26 al. 1 Cst. ainsi que des art. 1 et 3 CEDH. Leurs griefs, dépourvus de toute motivation (art. 106 al. 2 LTF), sont irrecevables.
II. Recours 2C_734/2007
4. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par ses destinataires (art. 89 al. 1 LTF) contre un arrêt partiel (limité aux rappels d'impôt; art. 91 lettre a LTF) pris en dernière instance cantonale, qui ne peut pas être attaqué devant le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre d LTF; art. 33 lettre i LTAF), le recours 2C_734/2007 en matière de droit public est en principe recevable pour violation du droit fédéral qui comprend les droits constitutionnels (cf. art. 95 lettres a et c LTF). Il s'ensuit que le recours constitutionnel subsidiaire, dont est simultanément saisi le Tribunal fédéral, est irrecevable (cf. art. 113 LTF).
5. 5.1 Les recourants répètent les griefs de la violation du droit à un tribunal indépendant et impartial concernant le juge D._ et le greffier E._ qu'ils ont fait valoir dans le recours 2C_568/2007: Ces griefs doivent être rejetés dans la mesure où ils sont recevables pour les mêmes motifs que ceux qui ont été exposés ci-dessus et auxquels il suffit de renvoyer (cf. consid. 3 et 4 ci-dessus).
5.2 Les recourants font aussi valoir que les art. 2 al. 3, 5 al. 3, 10 et 26 al. 1 Cst. ainsi que des art. 1 et 3 CEDH ont été violés par le Tribunal administratif. Ils se plaignent en particulier de ce que le Tribunal administratif n'ait jamais statué sur leur demande de dédommagement pour le préjudice résultant du "véritable terrorisme du Département des finances". Dépourvus de toute motivation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 2.2 et 2.3 ci-dessus), ces griefs sont irrecevables.
5.3 Les recourants se plaignent de n'avoir jamais reçu une communication du Tribunal administratif datée du 20 février 2007.
Il ressort du dossier qu'un courrier du 7 février 2007 a été adressé par le Tribunal administratif à la recourante C._ SA, lui impartissant un délai au 19 février 2007 pour le dépôt d'éventuelles déterminations sur les observations de l'Administration cantonale relatives au recours déposé par l'intéressée. Un courrier du 20 février 2007 a ensuite été adressé par le Tribunal administratif aux recourants. Ce courrier indiquait notamment que le dossier de la cause était à leur disposition pour consultation au greffe du tribunal et que le délai initialement imparti à la recourante pour procéder était prolongé au 6 mars 2007. Par courrier du 14 septembre 2007, ce dernier délai a été prolongé jusqu'au 24 septembre 2007. Dans ce délai, les recourants ont sollicité une nouvelle prolongation de délai qui leur a été accordée jusqu'au 8 octobre 2007. Dans ces circonstances, il n'est pas nécessaire d'examiner si les recourants ont ou n'ont pas reçu le courrier du 20 février 2007, puisqu'ils ont eux-mêmes requis et obtenu un délai au 8 octobre 2007 pour procéder à l'acte visé par le courrier du 20 février 2007 et n'ont subi aucun préjudice, le prétendu vice étant de toute manière guéri.
6. Le Tribunal administratif a rendu le 18 avril 2006 un arrêt de renvoi, confirmé par arrêt du Tribunal fédéral du 16 octobre 2006, ce qui influence la recevabilité des griefs des recourants dirigés contre l'arrêt du 14 novembre 2007.
6.1 Lorsqu'une autorité motive le renvoi d'une affaire, ses considérants de droit lient l'autorité inférieure ainsi que les parties, en ce sens que ces dernières ne peuvent plus faire valoir dans un recours contre la nouvelle décision de première instance des moyens qui ont été rejetés dans l'arrêt de renvoi. En raison de l'autorité de la chose jugée, de tels moyens sont irrecevables (ATF 133 III 201 consid. 4 p. 208; 120 V 233 consid. 1a p. 237; 117 V 237, consid. 2; 113 V 159 consid. 1c). En revanche la nouvelle décision de l'autorité inférieure peut faire l'objet d'un recours au motif qu'elle n'est pas conforme aux considérants de l'arrêt de renvoi.
Il s'agit d'un principe général du droit suisse - qui était expressément prévu par l'art. 66 OJ - mais qui est applicable même en l'absence de texte légal exposant cette conséquence. Ce principe vaut aussi dans la procédure administrative en général et la procédure de juridiction administrative (ATF 94 I 388; André Grisel, Traité de droit administratif, p. 869; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2ème éd., p. 232).
6.2 En l'espèce, par arrêt du 14 novembre 2007, le Tribunal administratif a considéré que les nouvelles décisions sur réclamation notifiées aux recourants étaient dûment fondées sur les reprises arrêtées par l'arrêt du 18 avril 2006. Il a également jugé que les griefs que les recourants avaient déjà formulés contre les décisions sur réclamations du 2 avril 2004 et qui étaient rejetés dans l'arrêt du 18 avril 2006, étaient irrecevables.
L'arrêt attaqué n'est pas critiquable sur ces points et l'affirmation - non motivée - des recourants selon laquelle l'Administration cantonale n'aurait pas respecté les injonctions contenues dans le dispositif de l'arrêt de renvoi du 18 avril 2006 n'est pas fondée.
Au surplus, les recourants réitèrent dans leur recours en matière de droit public nombre des griefs qu'ils avaient déjà formulés contre les décisions sur réclamations du 2 avril 2004. Comme ces griefs ont été définitivement tranchés par les arrêts du Tribunal administratif du 18 avril 2006 et du Tribunal fédéral du 16 octobre 2006, ils ne sont pas recevables dans le cadre de la présente procédure.
7. Les recourants soutiennent que le droit de taxer la période fiscale 1993/1994 est prescrit, sans distinguer, comme l'exige la jurisprudence (ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511), le droit fédéral du droit cantonal et communal.
7.1 En matière d'impôt fédéral direct, les recourants ne dénoncent ni ne motivent, conformément aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, une éventuelle violation des dispositions de l'arrêté du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD en vigueur jusqu'au 31 décembre 1994, applicable à la période fiscale 1993/1994) en matière de prescription, qui, contrairement à la loi sur l'impôt fédéral direct, ne connaît pas de prescription absolue du droit de taxer. Peu importe car de toute manière, le droit de percevoir l'impôt fédéral direct de la période fiscale 1993/1994 n'était pas prescrit.
7.2 En matière d'impôt cantonal et communal, l'art. 98a aLI prévoit que le droit de procéder à une taxation définitive se prescrit quatre ans après la fin de la période de taxation et que la prescription de ce droit est acquise dans tous les cas douze ans après la fin de la période de taxation. Cet article fixe aussi à quelles conditions la prescription est suspendue ou interrompue.
En l'espèce, le délai de prescription absolu pour la période fiscale 1993/1994 (période de calcul 1991/1992) est arrivé à échéance le 31 décembre 2006. A cette date, comme l'a constaté le Tribunal administratif, l'arrêt du 18 avril 2006 avait clos la procédure de taxation des recourants. Le recours déposé par ces derniers auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 18 avril 2006 concernant l'impôt cantonal et communal ayant été déclaré irrecevable, les éléments imposables en matière d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 1993/1994 qu'il a précisément définis sont par conséquent entrés en force de chose jugée le 18 avril 2006. Ils ont en outre fait l'objet d'une nouvelle décision de taxation le 29 novembre 2006, soit avant le 31 décembre de la même année. Les recours subséquents déposés par les recourants n'empêchaient par conséquent pas l'Administration cantonale de procéder à l'encaissement des arriérés d'impôts qui ne sont pas prescrits.
Par conséquent, en jugeant que le droit de taxer l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 1993/1994 n'était pas prescrit, le Tribunal administratif n'est pas tombé dans l'arbitraire.
8. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet des recours en matière de droit public 2C_568/2007 et 2C_734/2007, dans la mesure où ils sont recevables tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct qu'en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal. Les recours constitutionnels subsidiaires 2C_568/2007 et 2C_734/2007 sont irrecevables.
Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire solidairement entre eux (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_568/2007 et 2C_734/2007 sont jointes.
2. Le recours en matière de droit public 2C_568/2007 est rejeté, dans la mesure où il est recevable, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct qu'en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal.
3. Le recours en matière de droit public 2C_734/2007 est rejeté, dans la mesure où il est recevable, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct qu'en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal.
4. Les recours constitutionnels subsidiaires 2C_568/2007 et 2C_734/2007 sont irrecevables.
5. Un émolument de justice de 6'000 fr. est mis à la charge des recourants solidairement entre eux.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Vaud (pour adresse: Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal) et à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 2 mai 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey