Sachverhalt:
A. X._ wird vorgeworfen, von November 1997 bis April 2000 zusammen mit mehreren Mittätern in Griechenland ein hochtechnologisiertes Labor zur Herstellung von Amphetamintabletten in grossen Mengen betrieben zu haben. Dieses Labor befand sich auf dem Firmenareal der von ihm präsidierten B._ AG und der von ihm mitbeherrschten A._ GmbH in Kazarma/Korinth.
Weil X._ als griechisch-schweizerischer Doppelbürger nicht an Griechenland ausgeliefert werden konnte, ersuchte das griechische Justizministerium die Schweiz um Übernahme des dort gegen diesen geführten Strafverfahrens. Am 13. Juli 2005 erhob die Schweizerische Bundesanwaltschaft beim Bundesstrafgericht Anklage gegen X._ wegen qualifizierter Widerhandlungen gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung sowie wegen Anstiftung zu falschem Zeugnis. Mit Entscheid vom 22. September/25. Oktober 2005 trat das Bundesstrafgericht auf die Anklage wegen fehlender Bundesgerichtsbarkeit nicht ein. Dieser Entscheid wurde vom Bundesgericht kassiert (BGE 132 IV 89).
B. Am 5. Juli 2006 befand das Bundesstrafgericht X._ der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 2 und 6 in Verbindung mit Art. 19 Ziff. 2 lit. a BetmG schuldig, sprach ihn indes vom Vorwurf des Verkaufs von Betäubungsmitteln (Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 BetmG) frei. Auf die Anklage betreffend Anstiftung zu falschem Zeugnis (Art. 307 StGB), respektive Versuchs dazu, trat es nicht ein. Es verurteilte X._ zu 6 1⁄2 Jahren Zuchthaus und zu einer Busse von Fr. 600'000.--.
C. Gegen diesen Entscheid erhoben sowohl die Schweizerische Bundesanwaltschaft als auch X._ eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde. Mit Urteil 6S.479/2006 bzw. 6S.482/2006 vom 4. Juli 2007, teilweise publiziert in BGE 133 IV 324, hiess der Kassationshof des Bundesgerichts die Nichtigkeitsbeschwerde der Bundesanwaltschaft teilweise gut, hob den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 5. Juli 2006 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an das Bundesstrafgericht zurück. Im Übrigen wies das Bundesgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Das Bundesgericht erwog, das Bundesstrafgericht habe der Bundesanwaltschaft mit Bezug auf den Anklagevorwurf der Anstiftung zu falschem Zeugnis Gelegenheit zur Verbesserung der Anklage zu geben. Sodann hielt es fest, das Bundesstrafgericht hätte aufgrund der Feststellung, wonach aus der illegalen Betäubungsmittelproduktion ein Vermögensvorteil realisiert worden sei, auf eine Einziehung jener Vermögenswerte oder auf eine Ersatzforderung erkennen müssen. Die Nichtigkeitsbeschwerde von X._ wies das Bundesgericht hingegen mit gleichem Datum ab, soweit es darauf eintrat.
D. Nach Ergänzung der Anklageschrift durch die Bundesanwaltschaft betreffend den Anklagepunkt "Anstiftung zu falschem Zeugnis" sprach das Bundesstrafgericht X._ mit Entscheid vom 16. September 2008 von den Vorwürfen des Verkaufs von Betäubungsmitteln (Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 BetmG) und der Anstiftung zu falschem Zeugnis (Art. 307 StGB), respektive des Versuchs dazu, frei (Entscheid-Dispositiv Ziff. 1). Hingegen befand es ihn der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 2 und 6 in Verbindung mit Art. 19 Ziff. 2 lit. a BetmG schuldig (Entscheid-Dispositiv Ziff. 2) und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 5 1⁄2 Jahren sowie zu einer Geldstrafe von 360 Tagessätzen zu je Fr. 350.-- (Entscheid-Dispositiv Ziff. 3). Des Weiteren begründete es zulasten von X._ und zugunsten der Eidgenossenschaft eine Ersatzforderung von Fr. 500'000.-- (Entscheid-Dispositiv Ziff. 4). Es hob die Sperre verschiedener Konti und eines Depots bei der Bank F._ soweit auf, als es zur Begleichung der Ersatzforderung notwendig sei. Überdies befand es, die Sperre der Konti und des Depots werde nach Begleichung der Ersatzforderung aufgehoben (Entscheid-Dispositiv Ziff. 7). Schliesslich entschied das Bundesstrafgericht, die in Entscheid-Dispositiv Ziff. 7 nicht genannten, bei der Bank F._ gesperrten Konti sowie das gesperrte Unterdepot würden sofort zugunsten des Berechtigten freigegeben, und die richterlich verfügte Sperre im Grundbuch Bremgarten/AG (Gemeinde Uezwil) werde sofort aufgehoben (Entscheid-Dispositiv Ziff. 8).
E. Mit Eingabe vom 18. August 2009 ersuchte die Bank F._ beim Bundesstrafgericht um Zustellung eines Aktenverzeichnisses. Das Bundesstrafgericht nahm das Gesuch als Begehren um Akteneinsicht entgegen, wies dieses jedoch mit Entscheid vom 20. August 2009 ohne Auferlegung von Kosten ab.
F. Die Bank F._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, Dispositiv Ziff. 7 des Entscheids des Bundesstrafgerichts vom 16. September 2008 sei aufzuheben. Weiter beantragt sie, es sei ihr Vorrang der Berechtigung an den dort aufgeführten Guthaben und Werten im Umfang von Fr. 1,5 Mio. festzustellen, und diese seien ihr zwecks Ausübung ihrer Rechte gegenüber X._ sofort freizugeben.
Überdies stellt die Bank F._ den Antrag auf Aufhebung des Entscheids des Bundesstrafgerichts vom 20. August 2009 und um Zustellung des Aktenverzeichnis des Verfahrens beim Bundesstrafgericht im Umfang der sie betreffenden Akten.
G. Das Bundesstrafgericht verzichtet auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Die Bundesanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. X._ reicht eine Vernehmlassung zur Beschwerde ein, verzichtet darin jedoch ausdrücklich auf das Stellen von Anträgen bezüglich der Beschwerde der Bank F._ (vgl. Verfahren 6B_694/2009 act. 18, S. 3).
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe ihr keine adäquaten Teilnahmerechte im Hinblick auf den Entscheid vom 16. September 2008 eingeräumt. Ihr sei keine Gelegenheit gegeben worden, sich zum Entscheid über die definitive Beschlagnahme zur Durchsetzung der Ersatzforderung zu äussern, so dass sie ihr besseres Recht an den fraglichen Vermögenswerten im Strafverfahren nicht habe verteidigen können. Stattdessen habe sie erst mit dem angefochtenen Entscheid erfahren, dass die in Entscheid-Dispositiv Ziff. 7 aufgeführten Werte primär der strafrechtlichen Gewinnabschöpfung dienen sollten (Beschwerde S. 4 und S. 12). In materieller Hinsicht präzisiert die Beschwerdeführerin, sie habe dem Beschwerdegegner einen Lombardkredit gewährt, für den ihr nicht nur die im beschlagnahmten Depot liegenden Wertschriften, sondern ebenso alle beschlagnahmten Konti als Faustpfänder hafteten. Die Vorinstanz habe in Verletzung von Art. 59 Ziff. 2 Abs. 3 aStGB keine Rücksicht auf diese vorbestehenden Pfandrechte genommen. Der Beschwerdegegner schulde ihr einen Restbetrag an Festvorschüssen von Fr. 1,5 Mio., und diese pfandgesicherte Forderung geniesse gegenüber der provisorischen strafprozessualen Beschlagnahme den Vorrang. Die Vorinstanz hätte daher zu ihren Gunsten die vorgehende Pfandhaftung in der Höhe von Fr. 1,5 Mio. feststellen und ihr die Vermögenswerte in diesem Umfang zwecks Ausübung ihrer Rechte gegenüber dem Beschwerdegegner sofort freigeben müssen. Stattdessen statuiere die Vorinstanz im Ergebnis ein eigentliches Vorabbefriedigungsrecht des Staates. Mit der Begleichung der Ersatzforderung werde ihre Pfandsicherheit des Wertes entleert. Die Vorinstanz hätte zur Durchsetzung der Ersatzforderung keinesfalls, das heisst auch nicht im Verhältnis zu einem "üblichen" Faustpfandgläubiger, mehr als eine Freigabe zur Durchführung der Zwangsvollstreckung bewilligen dürfen. Andernfalls werde, wie hier geschehen, die vollstreckungsrechtlich korrekte Rangordnung unter den Gläubigern von Vornherein ausgehebelt und zu ihrem Nachteil ins Gegenteil verkehrt (vgl. zum Ganzen Beschwerde S. 11 f. und S. 14-19).
Des Weiteren habe sie bei der Vorinstanz mit Eingabe vom 18. August 2009 um Zustellung eines Aktenverzeichnisses ersucht, "damit die beim Bundesstrafgericht befindlichen Akten in der Beschwerdeschrift an das Bundesgericht richtig zitiert werden könnten" (Beschwerde S. 11). Dieses Akteneinsichtsgesuch sei in Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV von der Vorinstanz zu Unrecht abgelehnt worden (Beschwerde S. 13 f.).
1.2 Die Vorinstanz erwägt in dem zusammen mit dem Hauptentscheid vom 16. September 2008 angefochtenen Entscheid vom 20. August 2009 betreffend Akteneinsicht, die Beschwerdeführerin sei nicht Konto- oder Depotinhaberin und verwalte folglich fremde Vermögenswerte im Interesse Dritter, weshalb sie durch die Beschlagnahme bzw. durch die Begründung einer Ersatzforderung in ihrer Rechtsstellung nicht betroffen sei (vgl. Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 20. August 2009 S. 5 f.).
1.3 Der Beschwerdeführerin sind, wie diese zutreffend darlegt, im vorinstanzlichen Verfahren keine adäquaten Teilnahmerechte eingeräumt worden. Legitimiert zur Ergreifung von Rechtsmitteln ist die durch die Anordnung einer Ersatzforderung beschwerte natürliche oder juristische Person. Die Beschwerdeführerin macht glaubhaft geltend, die beschlagnahmten Konti respektive das beschlagnahmte Depot diene ihr als Sicherheit für eine ausstehende Forderung gegenüber dem Beschwerdegegner im Umfang von Fr. 1,5 Mio. aus einem gewährten Lombardkredit. Durch den von der Vorinstanz angeordneten Vollzug der Ersatzforderung würde das Haftungssubstrat der Beschwerdeführerin verringert. Sie hat daher ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung bzw. Änderung des angefochtenen Entscheids (vgl. auch Niklaus Schmid [Hrsg.], Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Band I, 2. Aufl. 2007, Art. 70-72 StGB N. 155 ff.).
1.3 Der Beschwerdeführerin sind, wie diese zutreffend darlegt, im vorinstanzlichen Verfahren keine adäquaten Teilnahmerechte eingeräumt worden. Legitimiert zur Ergreifung von Rechtsmitteln ist die durch die Anordnung einer Ersatzforderung beschwerte natürliche oder juristische Person. Die Beschwerdeführerin macht glaubhaft geltend, die beschlagnahmten Konti respektive das beschlagnahmte Depot diene ihr als Sicherheit für eine ausstehende Forderung gegenüber dem Beschwerdegegner im Umfang von Fr. 1,5 Mio. aus einem gewährten Lombardkredit. Durch den von der Vorinstanz angeordneten Vollzug der Ersatzforderung würde das Haftungssubstrat der Beschwerdeführerin verringert. Sie hat daher ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung bzw. Änderung des angefochtenen Entscheids (vgl. auch Niklaus Schmid [Hrsg.], Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Band I, 2. Aufl. 2007, Art. 70-72 StGB N. 155 ff.).
1.4 1.4.1 Die Vorinstanz hat zutreffend das zur Tatzeit geltende Recht als anwendbar erachtet, da die seit 1. Januar 2007 geltenden Bestimmungen von Art. 70 f. StGB nicht milder sind (vgl. Art. 2 Abs. 2 StGB; angefochtenes Urteil S. 42).
Das Gericht verfügt die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine Straftat erlangt worden sind oder dazu bestimmt waren, eine Straftat zu veranlassen oder zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden (Art. 59 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB). Die Einziehung ist ausgeschlossen, wenn ein Dritter die Vermögenswerte in Unkenntnis der Einziehungsgründe erworben und soweit er für sie eine gleichwertige Gegenleistung erbracht hat oder die Einziehung ihm gegenüber sonst eine unverhältnismässige Härte darstellen würde (Art. 59 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, so erkennt das Gericht auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe (Art. 59 Ziff. 2 Abs. 1 aStGB). Das Gericht kann von einer Ersatzforderung ganz oder teilweise absehen, wenn diese voraussichtlich uneinbringlich wäre oder die Wiedereingliederung des Betroffenen ernstlich behindern würde (Art. 59 Ziff. 2 Abs. 2 aStGB). Die Untersuchungsbehörde kann im Hinblick auf die Durchsetzung der Ersatzforderung Vermögenswerte des Betroffenen mit Beschlag belegen. Die Beschlagnahme begründet bei der Zwangsvollstreckung der Ersatzforderung kein Vorzugsrecht zugunsten des Staates (Art. 59 Ziff. 2 Abs. 3 aStGB).
1.4.2 Der Sicherungsbeschlagnahme nach Art. 59 Ziff. 2 Abs. 3 aStGB unterliegen alle Vermögenswerte der betroffenen Person, nicht nur jene, bei denen ein Zusammenhang mit der Anlasstat ersichtlich oder zumindest vermutet wird. Unerheblich ist, ob der Vermögenswert bei Dritten liegt bzw. in einem Guthaben des Betroffenen gegenüber einem Dritten besteht. Beschlagnahmt werden können insbesondere auch Bankguthaben.
Die Beschlagnahme nach Art. 59 Ziff. 2 Abs. 3 aStGB als Sicherungsinstrument zur späteren Durchsetzung der Ersatzforderung stellt eine vorsorgliche Massnahme dar, die sich ihrer Natur und Tragweite nach von der herkömmlichen strafprozessualen Beschlagnahme unterscheidet, indem ihre Wirkung über die Rechtskraft des Urteils hinaus bis zu dem Zeitpunkt andauert, in welchem sie durch eine Massnahme nach dem Schuldbetreibungs- und Konkursrecht abgelöst wird. Dem blossen Sicherungszweck entsprechend werden daher die fraglichen Vermögenswerte mit dem Strafurteil nicht eingezogen. Vielmehr bleibt die Beschlagnahme bis zur Einleitung der Zwangsvollstreckung zur Durchsetzung der Ersatzforderung bestehen (vgl. Schmid [Hrsg.], a.a.O., N. 170 ff.). Die Gläubigerinteressen werden dadurch gewahrt, dass die Durchsetzung der Ersatzforderung, die Verwertung beschlagnahmter Vermögenswerte und die Verteilung entsprechender Erlöse nach den Vorschriften des SchKG durch die gemäss diesem Gesetz zuständigen Behörden erfolgt (vgl. Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes [Revision des Einziehungsrechts, Strafbarkeit der kriminellen Organisation, Melderecht des Financiers] vom 30. Juni 1993, BBl 1993 III 277 ff., 314). Was beim Betroffenen im Hinblick auf die Durchsetzung der Ersatzforderung beschlagnahmt wird, ist bei der Zwangsvollstreckung vorerst mit allen übrigen Gläubigern des Täters, auch denjenigen, welche ausserhalb des Strafverfahrens stehen, nach den Regeln des SchKG zu teilen. Ein Aussonderungsrecht zugunsten des strafrechtlich Geschädigten besteht in diesem Zusammenhang nicht, und auch der Staat wird mit seinen Ansprüchen nicht vorab befriedigt, sondern tritt gegebenenfalls als gleichgestellter Konkurrent auf. Das SchKG-Verfahren auszulassen, etwa mit der Begründung, anderweitige Gläubigerinteressen seien nicht ersichtlich, geht nicht an, weil erst das Betreibungsverfahren diesbezüglich überhaupt auf verlässliche Art Klarheit zu schaffen vermag (vgl. zum Ganzen Georges Greiner, Wie kommen durch eine Straftat Geschädigte zu ihrem Geld? In: ZStrR 125/2007 S. 57-71, S. 61 ff.; siehe auch Schmid, a.a.O., N. 187). Mit dieser Regelung wird verhindert, dass auf dem Umweg über eine solche Werteinziehung die Vorschriften des Schuld-, Betreibungs- und Konkursrechts zum Nachteil der Gläubiger des Betroffenen umgangen werden (vgl. Botschaft, a.a.O., 313).
Die Beschlagnahme nach Art. 59 Ziff. 2 Abs. 3 aStGB als Sicherungsinstrument zur späteren Durchsetzung der Ersatzforderung stellt eine vorsorgliche Massnahme dar, die sich ihrer Natur und Tragweite nach von der herkömmlichen strafprozessualen Beschlagnahme unterscheidet, indem ihre Wirkung über die Rechtskraft des Urteils hinaus bis zu dem Zeitpunkt andauert, in welchem sie durch eine Massnahme nach dem Schuldbetreibungs- und Konkursrecht abgelöst wird. Dem blossen Sicherungszweck entsprechend werden daher die fraglichen Vermögenswerte mit dem Strafurteil nicht eingezogen. Vielmehr bleibt die Beschlagnahme bis zur Einleitung der Zwangsvollstreckung zur Durchsetzung der Ersatzforderung bestehen (vgl. Schmid [Hrsg.], a.a.O., N. 170 ff.). Die Gläubigerinteressen werden dadurch gewahrt, dass die Durchsetzung der Ersatzforderung, die Verwertung beschlagnahmter Vermögenswerte und die Verteilung entsprechender Erlöse nach den Vorschriften des SchKG durch die gemäss diesem Gesetz zuständigen Behörden erfolgt (vgl. Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes [Revision des Einziehungsrechts, Strafbarkeit der kriminellen Organisation, Melderecht des Financiers] vom 30. Juni 1993, BBl 1993 III 277 ff., 314). Was beim Betroffenen im Hinblick auf die Durchsetzung der Ersatzforderung beschlagnahmt wird, ist bei der Zwangsvollstreckung vorerst mit allen übrigen Gläubigern des Täters, auch denjenigen, welche ausserhalb des Strafverfahrens stehen, nach den Regeln des SchKG zu teilen. Ein Aussonderungsrecht zugunsten des strafrechtlich Geschädigten besteht in diesem Zusammenhang nicht, und auch der Staat wird mit seinen Ansprüchen nicht vorab befriedigt, sondern tritt gegebenenfalls als gleichgestellter Konkurrent auf. Das SchKG-Verfahren auszulassen, etwa mit der Begründung, anderweitige Gläubigerinteressen seien nicht ersichtlich, geht nicht an, weil erst das Betreibungsverfahren diesbezüglich überhaupt auf verlässliche Art Klarheit zu schaffen vermag (vgl. zum Ganzen Georges Greiner, Wie kommen durch eine Straftat Geschädigte zu ihrem Geld? In: ZStrR 125/2007 S. 57-71, S. 61 ff.; siehe auch Schmid, a.a.O., N. 187). Mit dieser Regelung wird verhindert, dass auf dem Umweg über eine solche Werteinziehung die Vorschriften des Schuld-, Betreibungs- und Konkursrechts zum Nachteil der Gläubiger des Betroffenen umgangen werden (vgl. Botschaft, a.a.O., 313).
1.5 1.5.1 Die Vorinstanz ordnet unter Umgehung des Verfahrens nach SchKG in Entscheid-Dispositiv Ziff. 7 den Vollzug der Ersatzforderung (bereits) im Strafverfahren an. Dieses Vorgehen widerspricht demnach der Bestimmung von Art. 59 Ziff. 2 Abs. 3 aStGB, würde hierdurch doch im Ergebnis ein Vorzugsrecht des Staates begründet und das Haftungssubstrat der Beschwerdeführerin als mutmassliche Pfandgläubigerin in unzulässiger Weise verringert.
Die Beschwerde ist daher im Hauptpunkt gutzuheissen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 16. September 2008 aufzuheben und die Sache insoweit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesgericht hiess in gleicher Sache die Beschwerde der Bundesanwaltschaft (ebenfalls) teilweise gut, soweit diese sich gegen die Höhe der festgesetzten Ersatzforderung richtete. Das Bundesgericht erwog, der durch eine Straftat erlangte Betrag von Fr. 2'307'000.-- bilde sowohl die Obergrenze als auch den Ausgangspunkt für die staatliche Ersatzforderung, und wies die Sache insoweit zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_692/2009 vom 22. April 2010 E. 6.4.1). Diese wird mithin die Höhe der Ersatzforderung neu festzusetzen, jedoch - nach dem Gesagten - von deren Vollstreckung im Rahmen des Strafverfahrens abzusehen haben. Vielmehr wird die nach dem SchKG für die Vollstreckung zuständige Behörde auf dem Betreibungsweg die Zwangsvollstreckung einzuleiten und der Beschwerdeführerin dabei die Möglichkeit einzuräumen haben, ihr angeblich vorgehendes Pfandrecht geltend zu machen.
1.5.2 Da die Vollstreckung somit im Verfahren nach SchKG erfolgen wird, ist auf die weitergehenden Anträge der Beschwerdeführerin auf Feststellung ihres Vorrangs der Berechtigung an den beschlagnahmten Guthaben und Werten im Umfang von Fr. 1,5 Mio. sowie auf Freigabe dieser Vermögenswerte nicht einzutreten.
1.5.3 Soweit sich die Beschwerdeführerin gegen den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 20. August 2009 wendet, mangelt es ihr an einem aktuellen Rechtsschutzinteresse. In ihrer Beschwerdebegründung führt sie, wie dargelegt, aus, sie habe um Zustellung des Aktenverzeichnisses ersucht, um die vorinstanzlichen Akten in der vorliegend zu beurteilenden Beschwerdeschrift richtig zitieren zu können. Nachdem sie mit ihrer Beschwerde ans Bundesgericht in der Hauptsache obsiegt und der angefochtene Entscheid vom 16. September 2008 aufgehoben wird, wird ihre Beschwerde in diesem Punkt gegenstandslos.
2. Die Beschwerdeführerin wird im Umfang ihres Unterliegens kostenpflichtig und hat deshalb Fr. 2'000.-- der auf Fr. 7'000.-- festzusetzenden Gerichtskosten zu bezahlen. Der Beschwerdegegner, welcher keine Anträge stellt und daher nicht als unterliegende Partei gilt, hat keine Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und wird nicht entschädigungspflichtig (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Der Beschwerdegegnerin können keine Gerichtskosten auferlegt werden (Art. 66 Abs. 4 BGG). Sie hat jedoch die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren entsprechend deren Obsiegen angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 16. September 2008 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit sie nicht gegenstandslos geworden ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner