Sachverhalt:
A. Der 1962 geborene M._ arbeitet seit 1999 als angelernter Mechaniker bei der Firma H._, Feinmechanik Maschinenbau. Nach Entfernung eines gutartigen Hirntumors im Dezember 2005 meldete er sich am 15. Februar 2006 bei der Invalidenversicherung an und beantragte Berufsberatung. Mit Verfügung vom 7. Juni 2006 gewährte die IV-Stelle Bern dem Versicherten berufliche Massnahmen in Form von Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten. Am 17. Juli 2006 ergänzte M._ die IV-Anmeldung mit dem Antrag auf eine Rente. Nach Abklärung der erwerblichen und medizinischen Verhältnisse verneinte die IV-Stelle mit Vorbescheid vom 10. März 2008 und Verfügung vom 11. August 2008 den Anspruch auf eine Invalidenrente mangels anspruchsrelevanter Invalidität.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 16. Januar 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ beantragen, die IV-Stelle sei - in Aufhebung des kantonalen Entscheids - anzuweisen, ergänzende medizinische Abklärungen zu seinem Gesundheitszustand vorzunehmen und anschliessend neu zu verfügen. Mit der Beschwerde lässt er eine Schlafanalyse des Zentrums X._ vom 10. Februar 2009 auflegen und am 2. April 2009 eine medizinische Stellungnahme des Prof. Dr. med. C._, Facharzt für Anästhesie FMH, vom 25. März 2009 nachreichen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsdarstellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 132 V 393 zur auch unter der Herrschaft des BGG gültigen Abgrenzung von Tat- und Rechtsfragen im Bereich der Invaliditätsbemessung [Art. 16 ATSG]). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene kantonale Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht, Völkerrecht oder kantonale verfassungsmässige Rechte verletzt (Art. 95 lit. a-c BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Hingegen hat unter der Herrschaft des BGG eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheids in tatsächlicher Hinsicht zu unterbleiben, ausser wenn sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung richtet (Art. 97 Abs. 2 BGG).
1.2 Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG sind Noven im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig. Die Voraussetzungen, unter denen die vom Beschwerdeführer neu eingereichten Unterlagen ausnahmsweise zulässig wären, sind vorliegend nicht erfüllt, so dass diese unbeachtet bleiben müssen.
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Invalidenrente.
Das kantonale Gericht hat die massgeblichen Rechtsgrundlagen, unter Berücksichtigung der intertemporalrechtlichen Fragen, die sich aufgrund der per 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen der 5. IV-Revision ergeben, zutreffend dargelegt. Es betrifft dies insbesondere die Bestimmungen über den Invaliditätsbegriff (Art. 4 Abs. 1 IVG in Verbindung mit Art. 8 ATSG), über den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung und Art. 28 Abs. 2 IVG in der seit 1. Januar 2008 in Kraft stehenden Fassung) und über die Bemessung des Invaliditätsgrades nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16 ATSG). Richtig sind auch die Ausführungen zur Aufgabe des Arztes oder der Ärztin bei der Invaliditätsbemessung (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99 f. mit Hinweisen) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung von medizinischen Berichten und Gutachten (BGE 125 V 351 E. 3 S. 352 ff.). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, das kantonale Gericht habe Bundesrecht verletzt, indem es gestützt auf das Gutachten des Zentrums Y._ vom 14. Februar 2008 und die ergänzende Stellungnahme des Zentrums Y._ vom 10. Juli 2008 festgestellt habe, er sei trotz diagnostizierter Gesundheitsschäden in seiner angestammten Tätigkeit als angelernter Mechaniker vollzeitlich arbeitsfähig mit einer Leistungseinbusse von 20 %.
3.2 Im Rahmen der Invaliditätsbemessung betrifft die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung und die gestützt darauf gestellte Diagnose, ebenso eine Tatfrage wie die auf Grund von medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeitsunfähigkeit (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 398). Die Rüge, wonach die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung unter dem Blickwinkel von Art. 105 Abs. 2 BGG nicht standhalte, ist offensichtlich unbegründet. Das kantonale Gericht hat mit angefochtenem Entscheid, worauf verwiesen wird (Art. 109 Abs. 3 BGG), die medizinische Aktenlage vollständig und korrekt dargelegt. Es hat schlüssig begründet, weshalb dem polydisziplinären Gutachten des Zentrums Y._ vom 14. Februar 2008 mit ergänzender Stellungnahme des Zentrums Y._ vom 10. Juli 2008 im Rahmen der freien Beweiswürdigung (Art. 61 lit. c ATSG) ausschlaggebendes Gewicht beizumessen und auf die dortige Einschätzung der Arbeitsfähigkeit abzustellen ist. Daran vermögen die grösstenteils bereits im vorinstanzlichen Verfahren erhobenen Einwendungen des Beschwerdeführers nichts zu ändern. Entgegen seinen Vorbringen hat das Zentrum Y._ in Gutachten und ergänzender Stellungnahme sowohl den Schlussbericht der IV-Stelle vom 18. September 2007 wie auch den RAD-Untersuchungsbericht des Dr. phil. A._, Fachpsychologe für Neuropsychologie FSP, vom 11. Juni 2008 mitberücksichtigt und Abweichungen bzw. Übereinstimmungen erläutert, was das kantonale Gericht pflichtgemäss gewürdigt hat. Aus dem Urteil 9C_833/2007 vom 4. Juli 2008, auf welches sich der Versicherte bezieht, lässt sich für den vorliegenden Fall nichts ableiten. Im dort zu beurteilenden Fall ergab eine nach der Begutachtung durchgeführte berufliche Abklärung, dass der Versicherte die medizinisch-theoretisch festgestellte funktionelle Leistungsfähigkeit bei weitem nicht realisieren konnte. Dessen ungeachtet wurde ohne weiteres auf das Gutachten abgestellt. Das Bundesgericht hielt fest, die berufliche Abklärung hätte ernsthafte Zweifel an den ärztlichen Annahmen zu begründen vermögen, weshalb das Einholen einer klärenden medizinischen Stellungnahme grundsätzlich unabdingbar gewesen wäre. Im vorliegenden Fall fand die berufliche Abklärung hingegen vor der Begutachtung statt und wurde in die medizinische Beurteilung und in die vorinstanzliche Beweiswürdigung miteinbezogen.
4. Die offensichtlich unbegründete Beschwerde wird im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 (Abs. 2 lit. a) BGG mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den vorinstanzlichen Entscheid (Abs. 3) erledigt.
5. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten vom Beschwerdeführer als unterliegender Partei zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. August 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch