Faits:
A.
La société A._ SA (ci-après: la société) était imposée depuis 1997 comme société holding dans le canton de Genève. L'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration fiscale) a renouvelé ce statut dans un courrier du 20 juillet 2004, qui en détaille le régime fiscal. En 2006, la société a sollicité de l'Administration fiscale d'être imposée selon le régime applicable aux sociétés de services à compter de la période fiscale 2007.
L'autorité a accepté ce changement de statut par courrier 23 novembre 2006, précisant que les pertes fiscales de la société ne seraient pas reportables dans le cadre de l'activité de services pour l'impôt cantonal et communal.
Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2007, la société a reporté la plus-value réalisée en 2007 sur la vente de titres (ci-après: les titres) acquis alors qu'elle bénéficiait du régime holding. Elle a également fait valoir le report des pertes qu'elle avait encourues au cours des exercices 2002 et 2006, représentant plusieurs millions de francs. Il en découlait une absence de bénéfice imposable.
B.
Dans le bordereau d'impôt notifié à la société le 20 avril 2009 en matière d'impôt cantonal et communal 2007, l'Administration fiscale a refusé de prendre en compte les pertes reportées des exercices 2002 et 2006.
Le 19 mai 2009, la société a élevé réclamation contre ce bordereau, alléguant que les pertes encourues en 2002 et 2006 devaient être déduites de son bénéfice 2007. Relevant par ailleurs que la plus-value latente sur les titres s'élevait à 2'480'144 fr. à la fin de l'exercice 2006, elle a fait valoir que le bénéfice - légèrement inférieur au montant précité - réalisé lors de leur vente en 2007 se rapportait à son activité de société holding et qu'il devait en conséquence être exonéré de l'impôt.
L'Administration fiscale a rejeté la réclamation par décision sur réclamation du 11 novembre 2010. Une société passant du régime fiscal privilégié de holding à une imposition ordinaire ne pouvait se prévaloir du report des pertes en matière d'impôt cantonal et communal. En outre, seule une réévaluation des titres dans les comptes de l'exercice 2006 aurait pu neutraliser la plus-value latente engendrée par leur réalisation en 2007.
Le 15 décembre 2010, la société a recouru contre la décision sur réclamation du 11 novembre 2010 auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative (devenue depuis lors le Tribunal administratif de première instance, ci-après : le TAPI), qui a admis son recours par jugement du 10 octobre 2011.
Le 16 novembre 2011, l'Administration fiscale a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la Cour de justice) en concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision sur réclamation du 11 novembre 2010.
Par arrêt du 30 juillet 2013, la Cour de justice a admis le recours de l'Administration fiscale, annulé le jugement du TAPI du 10 octobre 2011 et confirmé la décision sur réclamation de l'Administration fiscale du 11 novembre 2010 ainsi que le bordereau d'impôt du 20 avril 2009.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 30 juillet 2013 de la Cour de justice, subsidiairement d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à la Cour de justice pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale conclut au rejet du recours, de même que l'Administration fédérale des contributions.
Le 6 janvier 2014, la société a adressé au Tribunal fédéral des observations finales.
Considérant en droit:
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. également l'art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi par la contribuable ayant qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). La recourante a pris à titre principal une conclusion purement cassatoire et, à titre subsidiaire, une conclusion en renvoi, alors qu'elle aurait aussi pu conclure sur le fond, dès lors que l'art. 107 al. 2 LTF l'emporte sur l'art. 73 al. 3 LHID (ATF 134 II 186 consid. 1.5.3 p. 191 s., confirmé in ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263). De telles conclusions restent toutefois admissibles dans le cadre d'un recours en matière de droit public (cf. ATF 133 II 409 consid. 1.4.1 p. 414; arrêt 2C_583/2013 du 23 décembre 2013 consid. 1). Au surplus, déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Par ailleurs, il a été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral se limite à l'arbitraire, dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.; arrêts 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 3; 2C_77/2013 du 6 mai 2013 consid. 1.4 et les références citées). Le litige porte en l'espèce sur les conséquences de la fin du régime du privilège holding, domaine dans lequel les cantons jouissent d'une marge d'appréciation (arrêt 2C_645/2011 du 12 mars 2012 consid. 1.5, in RF 67/2012, p. 436; StE 2012 B 72.19 Nr. 15; RDAF 2012 II 266). Par conséquent, le Tribunal fédéral ne peut examiner que sous l'angle de l'arbitraire les conséquences de la fin de ce régime tranchées par la Cour de justice.
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus par l'art. 105 al. 2 LTF. Il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). En outre, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). En application de ces règles, le Tribunal fédéral ne prendra pas en considération la pièce nouvelle produite par la recourante ni les faits qu'elle allègue et qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué.
3.
La Cour de justice a jugé que la plus-value réalisée par la vente des titres en 2007 était imposable en 2007 en vertu des règles sur la réalisation fiscale, ce que la recourante ne conteste plus directement. Le litige concerne uniquement la possibilité du report des pertes encourues par la recourante alors qu'elle bénéficiait du régime holding.
En droit fiscal genevois, la question du report des pertes est réglée à l'art. 19 al. 1 de la loi du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RSG D 3 15). Cette disposition, qui reprend la teneur de l'art. 25 al. 2 LHID, prévoit que les pertes des sept exercices précédant la période fiscale peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années. Comme la plupart des cantons suisses (sauf les cantons de Jura et de Zoug; cf. arrêt 2C_645/2011 du 12 mars 2012 consid. 3.2 in fine et 3.3, in RF 67/2012 p. 436; StE 2012 B 72.19 Nr. 15; RDAF 2012 II 266, commenté par FELIX RICHNER/WALTER FREI/HANS ULRICH MEUTER, in ZStP 2012, p. 161; NATASSIA MARTINEZ, Report des pertes après la perte du statut holding, Push-Service Entscheide, 3 juillet 2012, WALDO STÄHLIN/ANNA KREBS, in Der Schweizer Treuhänder, 86/2012, p. 777; THIERRY OBRIST ET LINO HÄNNI, Report de pertes, continuité économique et rattachement des facteurs fiscaux. Evolution de la jurisprudence du Tribunal fédéral en matière de report de pertes, in RDAF 2012 II 387, p. 396; ROBERT WALDBURGER, Verlustverrechnung nach dem Übergang von der Holding- zur ordentlichen Besteuerung, in IFF Forum für Steuerrecht 2012, p. 289; STEFAN OESTERHELT, Steuerrechtliche Entwicklungen (insbesondere im Jahr 2012), in SZW, 2013, p. 87), le canton de Genève n'a pas expressément réglé dans la loi les conséquences de la fin du régime holding en matière de report de pertes.
4.
En l'espèce, la Cour de justice a constaté que la pratique de l'Administration fiscale consistait à refuser le report des pertes tout en autorisant la société holding à porter les réserves latentes au bilan fiscal de la période précédant le passage à l'imposition ordinaire sans conséquence sur le résultat. Elle a approuvé cette solution, non seulement car elle aboutit à un traitement parallèle des gains et des pertes holding sous la forme d'une absence de prise en considération des uns et des autres, mais également car elle permet d'éviter une baisse artificielle du bénéfice réalisé par la société sous le régime ordinaire, ce qui serait le résultat d'une admission du report des pertes. La Cour de justice en a conclu que la recourante n'avait pas droit au report des pertes engendrées sous le régime holding et que cette solution était conforme aux art. 19 al. 1 LIPM et 25 al. 2 LHID, les pertes alléguées devant être présumées avoir été " prises en considération " au sens de ces dispositions.
5.
La recourante allègue que la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en lui refusant le report des pertes encourues sous le régime holding tout en admettant l'imposition d'une plus-value trouvant son origine sous ce même régime. Ce refus aurait comme résultat choquant que cette plus-value serait imposée du simple fait qu'elle a été réalisée quelques semaines après la fin de ce régime holding, alors qu'elle présenterait un lien économique évident avec celui-ci. Elle allègue par ailleurs que, dans son cas, un tel report n'aboutirait pas à une baisse artificielle de son bénéfice imposable en 2007, puisqu'elle ne demande une compensation de ses pertes qu'avec la plus-value générée par la vente des titres.
5.1. Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. S'agissant de l'application du droit cantonal, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité de dernière instance cantonale que si la décision attaquée apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain (ATF 139 I 57 consid. 5.2 p. 61). Ainsi, pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51 et les arrêts cités).
5.2. Le Tribunal fédéral a reconnu que les cantons avaient un pouvoir d'appréciation concernant la portée à donner au droit au report des pertes dans le contexte du passage d'un régime privilégié de société holding à un régime d'imposition ordinaire (cf. arrêt 2C_645/2011 précité consid. 1.5). Il a considéré que la pratique cantonale consistant à admettre le report des pertes était admissible sous l'angle de l'arbitraire si la société holding n'avait pas - ou pas entièrement - la possibilité de porter au bilan fiscal précédant le passage à l'imposition ordinaire les réserves latentes accumulées sous le régime holding sans incidence sur le résultat; à l'inverse, il a estimé qu'il était également admissible, toujours sous l'angle de l'arbitraire, de refuser le report des pertes si la pratique cantonale autorisait une telle opération comptable sur les réserves latentes, les deux cas de figure aboutissant à un traitement parallèle des gains et des pertes engendrés sous le régime holding (arrêt précité 2C_645/2011 consid.3.3).
5.3. La recourante avait la possibilité, conformément à la pratique genevoise telle que décrite dans l'arrêt attaqué (cf. supra consid. 4), de porter à son bilan fiscal 2006 les réserves latentes afférentes aux titres, de sorte que le refus de lui accorder le report des pertes encourues sous le régime holding n'est pas arbitraire sur le principe.
Il est vrai qu'en l'espèce, la recourante n'a pas bénéficié d'un traitement parallèle des gains et des pertes encourues sous le régime holding. Cela ne signifie pas qu'elle puisse s'en plaindre sous l'angle de l'arbitraire.
Il incombait en effet à la recourante, qui a volontairement décidé de changer de statut fiscal, de procéder à la constitution de réserves latentes à son bilan fiscal 2006 (ou, comme le mentionne également l'Administration fiscale dans sa réponse au recours, à une réévaluation comptable des titres audit bilan sans incidence sur le résultat), comme l'admet la pratique cantonale. Dûment représentée par un mandataire fiscal professionnel à l'époque déjà, elle devait d'autant plus s'inquiéter des conséquences de la fin du régime holding sur le sort de ses réserves latentes que l'Administration fiscale lui avait expressément précisé, dans son courrier du 23 novembre 2006, que le report des pertes ne serait pas accepté. Une telle planification s'imposait également étant donné le montant relativement élevé de ces réserves latentes. En pareilles circonstances, il n'est pas arbitraire d'avoir refusé à la recourante le report des pertes, puisque celle-ci avait la possibilité de neutraliser les conséquences fiscales afférentes à la réalisation des titres. Ne pas avoir fait usage de cette possibilité ne justifie pas de lui ouvrir le droit au report des pertes en dérogation à la pratique cantonale.
Ce refus n'est pas non plus choquant dans son résultat. Accorder à la recourante le droit de reporter ses pertes reviendrait à la favoriser de manière injustifiée par rapport aux sociétés holding qui, avant leur passage sous le régime d'imposition ordinaire, ont procédé à la comptabilisation des réserves latentes dans leur bilan fiscal conformément à la pratique genevoise. La recourante pourrait en effet reporter ses pertes durant plusieurs années, dans les limites temporelles de l'art. 19 al. 1 LIPM, et être ainsi traitée de manière plus favorable que les sociétés holding genevoises qui ont respecté la pratique de l'Administration fiscale et qui n'ont pas cette possibilité. La recourante fait valoir en vain qu'elle ne requiert la compensation des pertes qu'avec la plus-value engendrée par la vente des titres, le report des pertes ne visant pas à compenser un certain type de bénéfice, mais le " bénéfice net " (art. 19 al. 1 LIPM) réalisé par une société dans son ensemble au cours de la période fiscale considérée (cf. MADELEINE SIMONEK, Ausgewählte Probleme der steuerliche Behandlung von Verlusten, in Archives 67, p. 516).
La Cour de justice n'a pas non plus " dérogé " arbitrairement à l'art. 19 al. 1 LIPM au détriment de la recourante, contrairement à ce qu'elle soutient, étant donné l'existence d'un pouvoir d'appréciation des cantons concernant les conséquences de la fin du régime holding (cf. ci-dessus consid. 4). Au surplus, la recourante relève également à tort que la réévaluation comptable des titres n'aurait pas suffi à absorber la totalité de ses pertes reportables. Elle perd ici de vue que le but d'une telle réévaluation, admise par la pratique cantonale genevoise et par le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 5.2), ne consiste pas à absorber la totalité des pertes, mais à assurer un traitement parallèle des bénéfices et des pertes encourues sous le régime holding par une absence de prise en considération des uns et des autres.
Finalement, l'imposition de la plus-value des titres découle de l'application des règles impératives sur la réalisation fiscale. Un tel résultat ne saurait donc être qualifié d'arbitraire du simple fait que cette réalisation n'est intervenue que quelques semaines après la fin du régime holding.
Il découle de ce qui précède que le grief d'arbitraire, infondé, doit être rejeté.
6.
La recourante soutient également que le refus du report de ses pertes consacrerait une inégalité de traitement des sociétés holding, qui seraient pénalisées à la fin de ce régime fiscal par rapport aux sociétés imposées ordinairement. La recourante ne motive pas en quoi les conditions de la violation de l'égalité de traitement seraient remplies, de sorte que la recevabilité de son grief est douteuse au regard des exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. Ce point peut toutefois rester incertain, car le grief est de toute manière infondé. En effet, la recourante perd de vue que les sociétés holding genevoises ont, parallèlement au refus du report de pertes, la possibilité de porter leurs réserves latentes au bilan fiscal ou de procéder à une réévaluation comptable sans incidence sur leur résultat, possibilité qui n'est pas ouverte aux sociétés imposées selon le régime ordinaire. En outre, étant soumises à un autre régime, les sociétés holding qui reviennent à un système ordinaire se trouvent dans une autre situation que les sociétés soumises de façon permanente au système ordinaire. Le grief de violation de l'égalité de traitement (sur cette notion, cf. ATF 137 V 334 consid. 6.2.1 p. 348; arrêt 2C_330/2013 du 10 septembre 2013 consid. 4.1) doit en conséquence être rejeté.
7.
La recourante reproche finalement à la Cour de justice d'avoir méconnu le principe de la bonne foi au motif que l'information que lui a fournie l'Administration fiscale aurait été insuffisante et trompeuse s'agissant des conséquences de la fin du régime holding. Elle soutient que l'Administration fiscale aurait dû l'avertir en 1997 et en 2004 que les pertes encourues sous le régime holding ne seraient pas reportables à la fin dudit régime. Elle allègue également que lorsque l'Administration fiscale l'a informée par courrier du 23 novembre 2006 que ses pertes ne seraient pas déductibles dans le cadre de ses activités de services, elle aurait dû ajouter que la recourante pouvait procéder à une réévaluation comptable de ses titres sans incidence sur son résultat; l'information contenue dans ce courrier serait en outre trompeuse, car la recourante pouvait légitimement en retirer que seuls les bénéfices découlant de son activité de services étaient concernés par la limitation du report de pertes, et non pas les éventuels bénéfices liés à sa précédente activité de société holding.
7.1. Les informations que la recourante a obtenues de l'Administration fiscale en 1997 puis en 2006 sont contenues dans ce que la pratique appelle des " statuts fiscaux " ou des " rulings ", que l'on peut définir, en reprenant la proposition de GANI, comme une approbation anticipée par l'autorité fiscale compétente d'un traitement proposé par le contribuable en référence à une opération envisagée à l'avenir ( RAPHAËL GANI, Ruling fiscal: un contrat de confiance?, in PHILIPPE MEIER/ALAIN PAPAUX (éd.), Risque (s) et droit, 2010, p. 125). Lorsqu'elle accorde un ruling, l'autorité fiscale ne joue toutefois pas un rôle de conseiller juridique (cf. ATF 126 II 514 consid. 3e p. 520). Il ne lui appartient donc pas de rendre attentif un contribuable sur les conséquences possibles de l'opération envisagée qui ne sont pas objet de la demande de ruling.
7.2. Les rulings ne constituent pas des décisions; ils ont néanmoins des conséquences juridiques pour l'autorité fiscale en vertu du principe de la bonne foi et de la protection de la confiance (ATF 126 II 514 consid. 3e p. 520).
Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Le principe de la bonne foi protège ainsi les administrés en cas de renseignement erroné fourni par l'autorité (sur les conditions de la bonne foi, cf. notamment ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193 et les références citées; arrêt 2C_603/2012 du 10 décembre 2012 consid. 4).
7.3. En l'espèce, la recourante se limite à reprocher à l'autorité fiscale de lui avoir fourni une information insuffisante et trompeuse, sans faire valoir ni a fortiori démontrer qu'elle aurait reçu un renseignement erroné de sa part.
Au demeurant, on ne discerne aucune violation du principe de la bonne foi. En effet, l'Administration fiscale n'avait pas l'obligation de fournir spontanément des renseignements sur les conséquences de la fin du régime holding. Dans son courrier du 23 novembre 2006, elle a toutefois expressément attiré l'attention de la recourante qu'elle n'accepterait pas le report des pertes encourues sous le régime holding dans le cadre de ses activités de services. Il ne s'agit à l'évidence pas là d'un renseignement erroné.
Finalement, la recourante ne saurait faire valoir que cette information était trompeuse et qu'elle pouvait être comprise comme une admission du report de pertes en relation avec la plus-value générée pas la vente des titres, une telle interprétation étant contraire aux règles sur le report de pertes qui visent à compenser le bénéfice net (cf. ci-dessus consid. 5.3), ce que la recourante, dûment représentée par un mandataire professionnel, devait savoir.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Le canton n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 18 février 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Vuadens