Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 X._ war vom **. ** ** bis zum **. ** ** als juristischer Sekretär beim Handelsgericht des Kantons Zürich angestellt. Am 30. Oktober 2001 stellte ihm das Handelsgericht ein Arbeitszeugnis aus, das vom Präsidenten des Handelsgerichts unterzeichnet ist. In der Folge verlangte X._ die Aufnahme des Satzes "Herr X._ leistete sehr gute Arbeit" sowie des Zusatzes, er sei ein "sehr zuverlässiger Mitarbeiter" gewesen, in dieses Arbeitszeugnis. Das Handelsgericht gab dem Ersuchen jedoch nicht statt. Mit Entscheid vom 13. März 2002 trat das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich auf eine bei ihm dagegen eingereichte Personalbeschwerde nicht ein und überwies diese an die Verwaltungskommission des Obergerichts des Kantons Zürich. Dagegen erhobene Rechtsmittel an das Bundesgericht (Verfahren 2P.100/2002) sowie an den Europäischen Gerichtshof für Menschenrechte blieben erfolglos. Am 28. August 2002 wies die Verwaltungskommission des Obergerichts den bei ihr hängigen Rekurs ab. Daraufhin gelangte X._ mit als "Personalverwaltungsgerichtsbeschwerde und Aufsichtsbeschwerde" bezeichneter Eingabe erneut an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 1. September 2004 ab, soweit es darauf eintrat, und auferlegte X._ die Gerichtskosten im Betrag von Fr. 4'100.--.
1.2 Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 20. Oktober 2004 an das Bundesgericht beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 1. September 2004 und alle früheren Entscheide seien aufzuheben und die Sache sei im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
1.3 Mit verfahrensleitender Verfügung vom 18. November 2004 erteilte der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der staatsrechtlichen Beschwerde in Bezug auf die Kostenregelung des angefochtenen Entscheides die aufschiebende Wirkung.
1.3 Mit verfahrensleitender Verfügung vom 18. November 2004 erteilte der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der staatsrechtlichen Beschwerde in Bezug auf die Kostenregelung des angefochtenen Entscheides die aufschiebende Wirkung.
2. 2.1 Die staatsrechtliche Beschwerde ist, unter Vorbehalt hier nicht interessierender Ausnahmen, nur gegen letztinstanzliche kantonale Entscheide zulässig (vgl. Art. 86 OG). Soweit der Beschwerdeführer auch die unterinstanzlichen Entscheide anficht, kann daher auf die vorliegende Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.2 Weiter ist die staatsrechtliche Beschwerde, erneut von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen, rein kassatorischer Natur (BGE 129 I 173 E. 1.5 S. 176, mit Hinweis). Soweit der Beschwerdeführer mehr verlangt als die Aufhebung des angefochtenen Urteils, namentlich soweit er ausdrücklich die Rückweisung an das Verwaltungsgericht beantragt, ist darauf nicht einzutreten.
2.3 Im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde muss die Beschwerdeschrift die genauen Anträge enthalten (Art. 90 Abs. 1 lit. a OG) und den Begründungsanforderungen gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügen. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (grundlegend: BGE 110 Ia 1 E. 2a S. 3; vgl. auch BGE 125 I 71 E. 1c S. 76, mit Hinweisen). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (BGE 107 Ia 186).
In der vorliegenden Beschwerdeschrift findet sich das Rechtsbegehren, vergessen gegangene Anträge gälten als im Sinne der Begründung mit gestellt. Dabei handelt es sich nicht um einen inhaltlich bestimmten und damit zulässigen Antrag im Sinne von Art. 90 Abs. 1 lit. a OG. Zudem erhebt der Beschwerdeführer in weiten Teilen der - im Übrigen kompliziert formulierten und teilweise nur schwer verständlichen - Beschwerdeschrift keine eindeutig verfassungsrechtlichen und damit vorliegend einzig zulässigen Rügen (vgl. Art. 84 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 90 Abs. 1 lit. b OG) bzw. äussert rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid. Auch insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.4 Der Beschwerdeführer beantragt einen zweiten Schriftenwechsel. Nach Art. 93 Abs. 3 OG findet im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde ein weiterer Schriftenwechsel nur ausnahmsweise statt. Nachdem das Verwaltungsgericht in seiner Vernehmlassung lediglich Antrag stellt, ohne sich zur Sache zu äussern, besteht kein Anlass für einen zweiten Schriftenwechsel, weshalb das entsprechende Begehren abzuweisen ist.
2.4 Der Beschwerdeführer beantragt einen zweiten Schriftenwechsel. Nach Art. 93 Abs. 3 OG findet im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde ein weiterer Schriftenwechsel nur ausnahmsweise statt. Nachdem das Verwaltungsgericht in seiner Vernehmlassung lediglich Antrag stellt, ohne sich zur Sache zu äussern, besteht kein Anlass für einen zweiten Schriftenwechsel, weshalb das entsprechende Begehren abzuweisen ist.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Richter des Verwaltungsgerichts seien vorbefasst und befangen gewesen, und sieht darin eine Verletzung von Art. 29 Abs. 1 und Art. 30 BV sowie von Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Dass das Verwaltungsgericht in einem früheren Verfahrensstadium bereits einmal einen Entscheid in der vorliegenden Sache zu fällen hatte, bedeutet jedoch nicht eine unzulässige Vorbefassung. Genauso wenig lässt sich aus der Begründung des angefochtenen Entscheids eine Befangenheit der Richter ableiten, wie dies der Beschwerdeführer behauptet. Die von ihm beanstandeten Erwägungen sind nicht geeignet, den Anschein von Befangenheit zu erwecken.
3.2 Der Beschwerdeführer macht verschiedentlich eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV geltend. Er konnte seinen Standpunkt indessen jedenfalls vor dem Verwaltungsgericht uneingeschränkt vortragen. Die rechtlichen Erwägungen des Verwaltungsgerichts waren nicht derart aussergewöhnlich, dass dem Beschwerdeführer vorweg noch eine zusätzliche Gelegenheit hätte gegeben werden müssen, sich dazu zu äussern. Was die Sachverhaltsfeststellungen des Verwaltungsgerichts betrifft, so waren die für den angefochtenen Entscheid ausschlaggebenden Umstände nicht neu. Insbesondere befinden sich die Aussagen des Handelsgerichts zu den Arbeitsleistungen des Beschwerdeführers, zu denen er sich angeblich nicht habe äussern können, in der Rekursantwort des Handelsgerichts vom 17. Juni 2002 an die Verwaltungskommission des Obergerichts. Dazu konnte der Beschwerdeführer nicht nur in seiner Rekursreplik vom 27. Juni 2002 Stellung nehmen, sondern er konnte darauf auch in seiner Beschwerde an das Verwaltungsgericht nochmals umfassend eingehen. Dem Beschwerdeführer wurde demnach das rechtliche Gehör nicht verweigert.
3.3 Der Beschwerdeführer erachtet sodann die Begründung des angefochtenen Entscheids als ungenügend, worin er ebenfalls einen Verstoss gegen Art. 29 Abs. 2 BV sieht. Tatsächlich ist der Entscheid des Verwaltungsgerichts - ähnlich wie die Beschwerdeschrift des Beschwerdeführers - in weiten Teilen nicht leicht verständlich. Im Ergebnis ist die Begründung aber doch in einer Weise nachvollziehbar, dass die Verfahrensbeteiligten in die Lage versetzt wurden, die Tragweite und Herleitung des Entscheids zu verstehen. Der Beschwerdeführer vermochte diesen denn auch durchaus sachgerecht anzufechten. Damit verstösst der angefochtene Entscheid nicht gegen die Begründungspflicht nach Art. 29 Abs. 2 BV.
3.3 Der Beschwerdeführer erachtet sodann die Begründung des angefochtenen Entscheids als ungenügend, worin er ebenfalls einen Verstoss gegen Art. 29 Abs. 2 BV sieht. Tatsächlich ist der Entscheid des Verwaltungsgerichts - ähnlich wie die Beschwerdeschrift des Beschwerdeführers - in weiten Teilen nicht leicht verständlich. Im Ergebnis ist die Begründung aber doch in einer Weise nachvollziehbar, dass die Verfahrensbeteiligten in die Lage versetzt wurden, die Tragweite und Herleitung des Entscheids zu verstehen. Der Beschwerdeführer vermochte diesen denn auch durchaus sachgerecht anzufechten. Damit verstösst der angefochtene Entscheid nicht gegen die Begründungspflicht nach Art. 29 Abs. 2 BV.
4. 4.1 In der Sache macht der Beschwerdeführer eine unrichtige bzw. unvollständige Feststellung des massgeblichen Sachverhalts geltend. Im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde überprüft das Bundesgericht die Sachverhaltsfeststellungen der letzten kantonalen Instanz nur auf Willkür hin (vgl. BGE 128 I 184 E. 2.1 S. 186, mit Hinweisen). Die tatsächlichen Feststellungen des Verwaltungsgerichts, namentlich diejenigen zu den Arbeitsleistungen des Beschwerdeführers, werden jedoch durch die vorliegenden Akten, insbesondere durch die darin enthaltene Aktennotiz vom 9. November 2000 über eine Mitarbeiterbeurteilung vom 8. November 2000, genügend erhärtet. Die Sachverhaltsfeststellungen sind damit nicht zu beanstanden.
4.2 Der Beschwerdeführer erachtet als willkürlich gemäss Art. 9 BV und als Rechtsverweigerung im Sinne von Art. 29 Abs. 1 BV, dass das Verwaltungsgericht auf seine Rechtsverweigerungs- bzw. -verzögerungsbeschwerde nicht eingetreten ist und ihn insofern an die Aufsichtsbehörde verwiesen hat. Inwiefern er dadurch in den geltend gemachten verfassungsmässigen Rechten verletzt worden sein soll, geht aus der Beschwerdeschrift jedoch nicht in rechtsgenüglicher Weise hervor, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
4.3 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers erweist es sich sodann nicht als willkürlich, dass das Verwaltungsgericht das Obergericht und nicht das Verwaltungsgericht (als Rechtsmittelinstanz in personalrechtlichen Angelegenheiten) als Aufsichtsinstanz über das Personal des Obergerichts, namentlich über dasjenige des Handelsgerichts, bezeichnet. Eine andere Auslegung des einschlägigen kantonalen Rechts erschiene zwar unter Umständen ebenfalls nicht ausgeschlossen, doch ist die entsprechende Auffassung des Verwaltungsgerichts nicht unhaltbar. Überdies legt der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern er einen Anspruch auf Behandlung des aufsichtsrechtlichen Teils seiner Beschwerde gehabt hätte. Das Verwaltungsgericht durfte daher auf die Aufsichtsbeschwerde nicht eintreten, ohne verfassungsmässige Rechte des Beschwerdeführers zu verletzen.
4.4 Weiter beanstandet der Beschwerdeführer sinngemäss, das Verwaltungsgericht stehe auf dem widersprüchlichen und damit rechtswidrigen Standpunkt, das Arbeitszeugnis selbst weise keinen Verfügungscharakter auf, wohl aber ein Wiedererwägungsentscheid darüber. Überdies seien die Zuständigkeiten ungenügend geregelt. Das für den Beschwerdeführer ausgestellte Arbeitszeugnis sei daher nichtig.
Ob einem Arbeitszeugnis Verfügungscharakter zukommt, kann offen bleiben. Jedenfalls erlitt der Beschwerdeführer keine prozessualen Nachteile, konnte er doch im vorliegenden Wiedererwägungsverfahren den Rechtsmittelweg beschreiten. Im Ergebnis hat das Verwaltungsgericht die Auffassung des Beschwerdeführers verworfen, das fragliche Arbeitszeugnis sei nichtig. § 139 des zürcherischen Gesetzes vom 27. September 1998 über das Arbeitsverhältnis des Staatspersonals (Personalgesetz) regelt die Ausstellung von Arbeitszeugnissen, wobei vorgesehen ist, dass für das Personal der Rechtspflege die obersten kantonalen Gerichte die entsprechenden Zuständigkeiten bestimmen (§ 139 Abs. 4 Personalgesetz). Eine eindeutige rechtliche Regel gibt es dazu aber nicht. Die Zuständigkeiten wurden teilweise im ersten Verfahrensstadium geklärt; der entsprechende Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 13. März 2002 ist rechtskräftig, weshalb darauf grundsätzlich nicht zurückzukommen ist. Abgesehen davon erweist sich das hier angefochtene zweite Urteil des Verwaltungsgerichts vom 1. September 2004, wonach das vom Handelsgerichtspräsidenten ausgestellte Arbeitszeugnis jedenfalls nicht nichtig sei, mit Blick auf die offene gesetzliche Regelung nicht als unhaltbar. Der angefochtene Entscheid ist damit nicht willkürlich.
Im Übrigen ist nicht ersichtlich, inwiefern das Urteil des Verwaltungsgerichts in diesem Zusammenhang gegen den Grundsatz von Treu und Glauben nach Art. 9 BV verstossen sollte, wie der Beschwerdeführer auch noch geltend macht.
Im Übrigen ist nicht ersichtlich, inwiefern das Urteil des Verwaltungsgerichts in diesem Zusammenhang gegen den Grundsatz von Treu und Glauben nach Art. 9 BV verstossen sollte, wie der Beschwerdeführer auch noch geltend macht.
5. Schliesslich ist der Beschwerdeführer der Ansicht, er habe vor dem Verwaltungsgericht Anspruch auf einen kostenlosen Prozess gehabt, weshalb es willkürlich sei, ihm Verfahrenskosten aufzuerlegen. Der Beschwerdeführer setzt sich allerdings mit der Begründung des Verwaltungsgerichts, ausnahmsweise sei dies im vorliegenden Fall aufgrund der besonderen Umstände zulässig, nicht auseinander. Auf die Beschwerde kann insoweit demnach mangels genügender Begründung nicht eingetreten werden. Im Übrigen wäre die Kostenauflage gemessen an den konkreten Umständen auch nicht zu beanstanden.
5. Schliesslich ist der Beschwerdeführer der Ansicht, er habe vor dem Verwaltungsgericht Anspruch auf einen kostenlosen Prozess gehabt, weshalb es willkürlich sei, ihm Verfahrenskosten aufzuerlegen. Der Beschwerdeführer setzt sich allerdings mit der Begründung des Verwaltungsgerichts, ausnahmsweise sei dies im vorliegenden Fall aufgrund der besonderen Umstände zulässig, nicht auseinander. Auf die Beschwerde kann insoweit demnach mangels genügender Begründung nicht eingetreten werden. Im Übrigen wäre die Kostenauflage gemessen an den konkreten Umständen auch nicht zu beanstanden.
6. Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet und ist im vereinfachten Verfahren nach Art. 36a OG abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1, Art. 153 und 153a OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie dem Handelsgericht und dem Verwaltungsgericht, 4. Kammer, des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2005
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: