Faits :
A.
X._ exploite une agence de location immobilière à A._. Les 28 avril 2004 et 3 mai 2005, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a procédé à un contrôle de l'activité de l'intéressée pour les années 1997 à 2003 et constaté que, par rapport aux montants déclarés, les comptes déposés en avril 2005 seulement révélaient un surplus en moyenne annuelle de 43'282 fr. pour la période de taxation 1999/2000 et de 42'634 fr. pour la période taxation 2001/2002. Le Service cantonal des contributions a repris les montants en cause et procédé à la taxation d'impôts fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002.
Le 11 janvier 2007, le Service cantonal des contributions a notifié à l'intéressée un avis d'ouverture de procédure pour tentative de soustraction fiscale en matière d'impôts fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002.
B.
Par décisions du 23 juillet 2008, X._ a été condamnée à payer une amende de 14'889 fr. pour tentatives de soustraction de l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002, de 15'838 fr. et de 16'930 fr. pour tentatives de soustraction de l'impôt cantonal respectivement communal pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002. Le montant des amendes a été réduit à 4'963 fr. pour l'impôt fédéral direct, à 5'279 fr. et à 5'643 pour l'impôt cantonal respectivement l'impôt communal par décisions sur réclamation du 18 août 2011. Le 6 septembre 2011, l'intéressée a interjeté recours contre les décisions sur réclamation du 18 août 2011 auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais.
Par arrêt du 20 novembre 2013, notifié le 23 décembre 2013, la Commission de recours a rejeté le recours. Elle a confirmé l'existence de tentatives de soustraction et le montant des amendes prononcées tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 20 novembre 2013 par la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais. Elle invoque la prescription de l'action pénale tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002.
Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, le Tribunal fédéral a enregistré le recours sous les numéros d'ordre 2C_101/2014 pour l'impôt cantonal et communal et 2C_102/2014 pour l'impôt fédéral direct.
La Commission de recours en matière fiscale conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours. X._ a déposé des contre-observations.
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (cf. art. 90 LTF), rendu dans une cause de droit public ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). La décision attaquée concerne à la fois l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002 et l'impôt cantonal harmonisé de la période fiscale 2001/2002, ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Les questions qui se posent en relation avec la décision d'impôt cantonal et communal de la période fiscale 1999/2000 feront l'objet d'un examen différencié du moment que la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) n'est pas applicable à cette période fiscale (art. 72 al. 1 LHID). Interjeté en temps utile et dans la forme prescrite (art. 42 LTF) par la contribuable qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF en relation avec l'art. 73 al. 2 LHID et 146 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]), le recours est en principe recevable.
Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les causes sont jointes et font l'objet d'un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 al. 1 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2). Il vérifie les questions de droit en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
I. Impôt fédéral direct
3.
Invoquant l'art. 184 LIFD, la recourante fait valoir que l'action pénale est prescrite. L'Administration intimée y oppose le régime légal de l'art. 333 al. 6 let. d du Code pénal (CP, entré en vigueur le 1er octobre 2002), selon lequel la prescription de l'action pénale ne court plus si avant son échéance un jugement de première instance a été rendu.
3.1. Selon l'art. 184 al. 1 let. a LIFD, la poursuite pénale se prescrit en cas de tentative de soustraction d'impôt par quatre ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise. La prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable ou de l'une des personnes visées à l'art. 177. L'interruption est opposable tant au contribuable qu'à ces autres personnes. Un nouveau délai commence à courir à chaque interruption; la prescription ne peut toutefois être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale (art. 184 al. 3 LIFD).
Selon la jurisprudence, le point de départ de la prescription de la poursuite pénale pour tentative de soustraction commence à courir au moment de la clôture définitive des procédures de taxation des périodes en cause, celles-ci étant pour leur part soumises à la prescription du droit de taxer (art. 120 LIFD), le point de départ de la prescription de la poursuite de la tentative de soustraction pouvant ainsi être plus ou moins retardé selon la durée des procédures précitées (arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 7.2 in RDAF 2014 II 40; 2A.719/2004 du 11 mai 2005 consid. 4 in Archives 75 483).
3.2. Le 1er octobre 2002, les règles sur la prescription figurant à l'art. 333 du Code pénal ont été modifiées, ce qui a une incidence directe sur les délais de prescription de la LIFD. Lorsque, comme en l'espèce, les actes délictueux ont été commis avant le 1er octobre 2002, les nouvelles règles ne s'appliquent que si elles sont plus favorables en vertu du principe de la lex mitior. Selon le nouvel art. 333 al. 6 let. d CP, jusqu'à l'adaptation des lois fédérales topiques, la prescription de l'action pénale ne court plus si avant son échéance un jugement de première instance a été rendu. Cette nouvelle disposition supprime le risque pour les autorités fiscales que l'action pénale se prescrive durant la procédure devant le Tribunal fédéral et se révèle donc moins favorable que l'ancien droit. Quant aux délais eux-mêmes, l'art. 184 LIFD s'avère en principe plus favorable et demeure applicable. Ainsi, jusqu'à la modification du 1er octobre 2002, le délai de prescription absolue était de six ans en matière de tentative de soustraction fiscale (cf. art. 184 al. 1 let. a LIFD combiné avec l'art. 184 al. 2 in fine LIFD). Désormais, il est de huit ans sur la base de l'art. 333 al. 6 let. a CP, qui trouve application jusqu'à l'adaptation de la loi sur l'impôt fédéral direct. La lex mitior commande donc d'appliquer l'art. 184 LIFD, sans tenir compte du nouvel art. 333 CP (arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.2.1 in RDAF 2014 II 40; 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 6.3.1, in RDAF 2012 II 37 et les références citées).
3.3. En l'espèce, l'instance précédente n'a pas examiné l'éventuelle survenance de la prescription de la poursuite pénale pour tentative de soustraction, en violation de l'obligation d'appliquer le droit fédéral d'office (art. 110 LTF). Dans ces conditions, elle n'a pas établi les faits qui permettent l'application de l'art. 184 LIFD. Les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF étant réunies, le Tribunal fédéral peut compléter d'office les faits sur ce point.
Il ressort du dossier fiscal produit par l'instance précédente que les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002 ont fait l'objet d'un contrôle par les autorités fiscales qui ont constaté que, par rapport aux montants déclarés, les comptes déposés en avril 2005 seulement révélaient un surplus en moyenne annuelle de 43'282 fr. pour la période de taxation 1999/2000 et de 42'634 fr. pour la période taxation 2001/ 2002. Les décisions de taxation comprenant les reprises de revenus ont été rendues le 9 juin 2006. Elles ont fait l'objet d'une réclamation du 22 juillet 2006 et d'une décision sur réclamation du 3 octobre 2006 qui n'a pas donné lieu à recours, ce que corrobore l'avis d'ouverture de procédure pour tentatives de soustraction fiscale du 11 janvier 2007. Il s'ensuit que la clôture définitive de la procédure de taxation de l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/ 2002 est intervenue lors de l'entrée en force de la décision sur réclamation du 3 octobre 2006. La prescription de la poursuite pénale pour tentative de soustraction était ainsi acquise 6 ans après cette entrée en force, ce que l'arrêt attaqué n'a pas pris en considération.
Le recours est par conséquent admis sur ce point.
II. Droit cantonal et communal
4.
4.1. En matière de prescription de la poursuite pénale pour tentative de soustraction d'impôt cantonal et communal, l'art. 58 LHID, applicable à la période fiscale 2001/2002, contient des règles de droit fédéral, que le Tribunal fédéral appliquent d'office (cf. consid. 3.1 ci-dessus), identiques à celles de l'art. 184 LIFD. Dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2001, l'art. 210 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LF/VS; RSVS 642.1) prévoit que la poursuite pénale se prescrit en cas de tentative de soustraction d'impôt par quatre ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise. Il ne comprend en revanche aucune disposition adaptant en droit cantonal l'art. 58 al. 3 LHID, de sorte que cette dernière disposition est directement applicable en vertu de l'art. 72 al. 2 LHID.
4.2. Les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale étant identiques à celles de la loi sur l'impôt fédéral direct, le recours doit être admis pour les mêmes motifs que ceux qui ont été exposés au considérant 3 ci-dessus, du moment qu'il ressort du dossier de l'instance précédente que la taxation d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2001/2002 a été rendue le 9 juin 2006, qu'elle a fait l'objet d'une réclamation du 22 juillet 2006 et d'une décision sur réclamation du 3 octobre 2006, qui n'a pas fait l'objet d'un recours, ce que corrobore l'avis d'ouverture de procédure pour soustraction fiscale du 11 janvier 2007. Il s'ensuit que la prescription de la poursuite pénale pour tentative de soustraction était ainsi acquise 6 ans après l'entrée en force de la décision sur réclamation du 3 octobre 2006, ce que l'arrêt attaqué n'a pas pris en considération.
5.
S'agissant de la période fiscale 1999/2000, la recourante fait valoir que la prescription de la poursuite pénale était aussi acquise en application de l'ancien art. 210 al. 3 LF/VS dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000.
5.1. Lorsque la disposition réglant la prescription résulte du droit cantonal autonome exclusivement, comme c'est le cas de l'ancien art. 210 al. 3 LF/VS, la survenance de la prescription ne peut être examinée que lorsqu'est formulé un grief répondant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (arrêt 2C_790/2008 du 18 novembre 2009 consid. 7).
5.2. L'ancien art. 210 al. 3 LF/VS prévoyait qu'en cas de tentative de soustraction d'impôts, la procédure se prescrit cinq ans après la fin de l'année civile au cours de laquelle elle a été introduite; la prescription est interrompue par tout acte tendant à poursuivre la contravention; un nouveau délai commence à courir lors de chaque interruption, toutefois, la prescription ne peut être prolongée à plus du double de sa durée initiale, soit dix ans. Il s'agit de droit cantonal autonome, dont la violation en tant que telle ne peut, sauf dans les cas cités expressément par l'art. 95 LTF, faire l'objet d'un recours en matière de droit public. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à un droit fondamental (ATF 135 III 513 consid. 4.3 p. 521 s.; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il appartient toutefois à la partie recourante d'invoquer de tels griefs et de les motiver d'une manière suffisante (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). S'agissant de l'application arbitraire du droit cantonal, celle-ci doit donc préciser en quoi l'acte attaqué serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 400; 128 I 295 consid. 7a p. 312).
5.3. En l'espèce, la recourante reproche à l'instance précédente de n'avoir pas retenu, de manière arbitraire, que la prescription de la poursuite pénale était acquise le 31 décembre 2010 au plus tard. Elle n'expose pas en quoi l'instance précédente était tenue, sous peine de violer le droit fédéral, d'examiner d'office la prescription de la poursuite pour tentative de soustraction ni en quoi l'application de l'ancien art. 210 al. 3 LF/VS aurait conduit à constater la survenance de dite prescription, ce qui, du reste, est douteux, ne serait-ce que parce que l'ouverture de la procédure de tentative de soustraction a eu lieu le 11 janvier 2007. Le grief est irrecevable.
5.4. Pour le surplus, sur le fond, la recourante ne formule aucun grief à l'encontre de l'application du droit cantonal fiscal par l'instance précédente qui soit motivé d'une manière conforme aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002 et à l'admission du recours en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2001/2002 et à son irrecevabilité en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 1999/2000. L'arrêt rendu le 20 novembre 2013 est partiellement annulé dans le sens des considérants.
Les frais judiciaires de la procédure fédérale sont, pour partie, mis à la charge du canton du Valais, qui succombe partiellement et qui défend un intérêt patrimonial et, pour partie, à la charge de la recourante qui succombe partiellement (art. 66 al. 1 et 4 in fine LTF; cf. ATF 136 I 39 consid. 8.1.3 p. 40 s.). Le canton du Valais versera en outre une indemnité réduite de dépens à la recourante, qui obtient partiellement gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_101/2014 et 2C_102/2014 sont jointes.
2.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002.
3.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2001/2002.
4.
Le recours est irrecevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 1999/2000.
5.
L'arrêt rendu le 20 novembre 2013 par la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais est annulé dans le sens des considérants.
6.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du canton du Valais à raison de 1'500 fr. et à charge de la recourante à raison de 500 fr.
7.
Le canton du Valais versera à X._ une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
8.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, Service juridique, au Président de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 juillet 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Le Greffier :
Zünd Dubey