Faits:
A. Dans le cadre d'une procédure pénale ouverte contre A._ pour infraction grave à la LStup, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Genève (Tmc) a ordonné le 30 janvier 2012, après le dépôt de l'acte d'accusation, la détention pour des motifs de sûreté pour quatre mois, soit jusqu'au 30 mai 2012.
Sur recours du prévenu, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a réduit à trois mois la durée de la détention, considérant qu'il n'existait pas de circonstances exceptionnelles permettant de s'écarter de la durée ordinaire et que le délai fixé était suffisant pour organiser les débats. Dispensé des frais de procédure de recours, le recourant n'a en revanche pas obtenu l'indemnité qu'il réclamait pour ses frais d'avocat car il était au bénéfice de l'assistance judiciaire, de sorte que son défenseur serait indemnisé à l'issue de la procédure.
B. Par acte du 7 mars 2012, A._ forme un recours en matière pénale par lequel il demande la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'une indemnité de dépens de 1'500 fr. lui est allouée pour la procédure de recours cantonale. Il demande l'assistance judiciaire.
La Chambre pénale persiste dans sa position. Le Ministère public s'en rapporte à justice.
Considérant en droit:
1. Le recours porte sur l'indemnité de procédure relative à une décision en matière de détention provisoire, soit une décision en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF. Le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 80 al. 1 LTF).
1.1 Selon les art. 90 ss LTF, le recours est recevable contre les décisions finales ou partielles, contre les décisions incidentes relatives à la compétence et aux demandes de récusation ou contre les autres décisions préjudicielles et incidentes, aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF.
1.2 Selon la jurisprudence, les décisions rendues en matière de détention provisoire sont de nature incidente, et sont susceptibles de causer un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (cf. en dernier lieu arrêt 1B_150/2012 du 30 mars 2012). Le prononcé sur les dépens relatifs à une telle décision est donc lui aussi incident, et ne peut en principe être attaqué qu'aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF (ATF 135 III 329 consid. 1.2 p. 331).
1.3 Selon la jurisprudence, le prononcé sur les frais et indemnités relatifs à une décision incidente peut être attaqué dans le cadre d'un recours contre le point principal de ladite décision (en l'occurrence, la question de la détention provisoire), aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF. En revanche, pris pour lui-même, le prononcé sur les frais et dépens ne cause pas de préjudice irréparable car l'intéressé peut toujours revenir sur cette question à l'occasion d'un recours dirigé contre la décision finale (ATF 135 III 329 consid. 1.2 p. 331).
Tel est le cas en l'occurrence. Le recourant a été mis au bénéfice de l'assistance judiciaire. L'indemnité de son défenseur d'office sera donc fixée à la fin de la procédure, conformément à l'art. 135 al. 2 CPP. A cette occasion, le recourant pourra reprendre l'argumentation soulevée dans le présent recours s'il estime que le poste litigieux doit donner lieu à une indemnité de procédure plutôt qu'à une indemnisation au tarif de l'assistance judiciaire. Il n'y a donc pas de préjudice irréparable.
1.4 Exceptionnellement, le Tribunal fédéral entre en matière sur des recours tendant à l'octroi d'une indemnité en rapport avec la procédure de détention provisoire (arrêt 1B_656/2011 du 19 décembre 2011). Il s'agit des cas où une irrégularité - constitutive d'une violation d'une garantie constitutionnelle - a entaché la procédure et doit être réparée par une décision de constatation assortie d'une dispense de frais (ATF 137 IV 92 consid. 3 p. 96; 136 I 274 consid. 2.3 p. 278). Dans ces cas, l'octroi d'une indemnité pour les frais de défense participe de cette réparation et impose une décision à brève échéance ainsi qu'un recours immédiat (arrêt 1B_134/2012 du 8 mai 2012). Tel n'est toutefois pas le cas en l'occurrence.
2. Le recours est dès lors irrecevable. Le recourant a demandé l'assistance judiciaire, et les conditions en paraissent réunies. Me Romain Jordan est désigné comme avocat d'office, rétribué par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise; Me Romain Jordan est désigné comme avocat d'office du recourant et une indemnité de 1'500 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à verser par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 8 mai 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz