Sachverhalt:
A. X._ ist selbständig erwerbender Landwirt und Geflügelzüchter mit Wohnsitz in O._/AR. In P._/SG gehört ihm u.a. ein von seinem Vater am 1. Juli 2004 schenkungshalber erworbenes Grundstück. Darauf befinden sich namentlich Hühnerställe und eine Brüterei. Diese Liegenschaft vermietet X._ seit Juli 2004 samt Zugehör der von ihm beherrschten A._ AG mit Sitz in O._.
B. Mit Entscheid vom 4. Februar 2008 erwog das Kantonale Steueramt St. Gallen für die Kantons- und Gemeindesteuern 2004 von X._, dass von den Bruttoeinnahmen von Fr. 30'000.-- für die Vermietung der Liegenschaft und des beweglichen Zugehörs/Inventars während der zweiten Jahreshälfte 2004 eine Abnutzungskomponente im Umfang von 20 %, d.h. Fr. 6'000.--, zum Abzug zugelassen werden konnte. Dagegen gelangte der Betroffene erfolglos an die Verwaltungsrekurskommission und danach an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen.
C. Am 27. März 2009 hat X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Er beantragt die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 19. Februar 2009 und die Rückweisung an die Vorinstanz "im Sinne der Erwägungen".
D. Das Kantonale Steueramt St. Gallen und das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (vgl. Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Der Beschwerdeführer ist gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG an sich zur Beschwerde legitimiert.
1.2 Dennoch ist zumindest zweifelhaft, ob bzw. inwiefern auf das Rechtsmittel überhaupt eingetreten werden kann:
Die Beachtung der Vorgaben der Steuerharmonisierung prüft das Bundesgericht mit voller Kognition. Die Anwendung von nicht harmonisierungsbedürftigem kantonalem Recht wird nur auf Willkür hin überprüft (vgl. BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158). Damit steht im Einklang, dass der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. Art. 106 Abs. 1 BGG) nicht gilt, soweit eine Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht geltend gemacht wird (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG). In diesem Fall muss der Beschwerdeführer - über die allgemeine Begründungspflicht von Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG hinaus - in seiner Eingabe präzise und in Auseinandersetzung mit den Ausführungen der Vorinstanz im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid widerrechtlich sein soll (sog. qualifizierte Rügepflicht; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; 133 IV 286 E. 1.4 S. 287).
Hier stammt die Beschwerdeschrift von einem zugelassenen Rechtsvertreter. Trotzdem vermag sie den Begründungserfordernissen bestenfalls in begrenztem Ausmass zu genügen. Mehrmals und in beträchtlichem Umfang setzt sie sich mit den unterinstanzlichen Entscheiden auseinander, was unzulässig ist, sind diese doch vom einzig anfechtbaren Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (sog. Devolutiveffekt; vgl. BGE 134 II 142 E. 1.4; 133 II 292 E. 1.5; 129 II 438 E. 1). Gerügt werden eine Verletzung des Grundsatzes der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (S. 7), eine Rechtsverweigerung (S. 9), ein Verstoss gegen "grundlegende steuerrechtliche Prinzipien" (S. 10) und Willkür (S. 11); darüber hinaus werden aber keinerlei Verfassungs- oder Gesetzesbestimmungen genannt, die rechtswidrig angewendet worden wären; insbesondere deutet nichts darauf hin, dass ein Verstoss gegen das Harmonisierungsrecht geltend gemacht würde. Im Wesentlichen beschränkt sich die Beschwerdeschrift darauf, die schon vor den kantonalen Instanzen vorgebrachten Argumente (wenig substantiiert und weitgehend appellatorisch) so zu wiederholen, dass dem Urteil des Verwaltungsgerichts bloss ein weiteres Mal die eigene Sichtweise entgegengehalten wird. Inwiefern dieses Urteil an einem offensichtlichen Mangel leiden soll (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen), wird nicht erkennbar. Der qualifizierten Rügepflicht ist wohl nicht Genüge getan. Für die Geltendmachung einer Verletzung des Harmonisierungsgesetzes würden zwar nur die allgemeinen Begründungsanforderungen gelten; doch selbst sie sind kaum erfüllt, wenn nicht einmal ansatzweise ausgeführt wird, dass (und inwiefern) das Harmonisierungsrecht verletzt sein soll. Wie es sich dabei verhält, muss indessen mit Blick auf den Verfahrensausgang nicht endgültig entschieden werden.
2. 2.1 Gemäss Art. 33 Abs. 1 lit. d des St. Galler Steuergesetzes vom 9. April 1998 (StG/SG) sind als Erträge aus beweglichem Vermögen steuerbar die Einkünfte aus Vermietung, Verpachtung, Nutzniessung oder sonstiger Nutzung beweglicher Sachen oder nutzbarer Rechte. Auf diese Bestimmung hat die Vorinstanz sich gestützt, um die im zweiten Halbjahr 2004 für die Vermietung der Liegenschaft inkl. Inventar erzielten Einnahmen von Fr. 30'000.-- zu beurteilen; praxisgemäss hat sie diesen Betrag nur soweit als steuerbar eingestuft, als er nicht eine Entschädigung für die Sachabnutzung darstellt; eine solche Abnutzung hat das Verwaltungsgericht im Umfang von Fr. 6'000.-- angenommen und demgemäss in Abzug gebracht.
2.2 Was der Beschwerdeführer dagegen einwendet und zugunsten eines Abzugs im Umfang von Fr. 15'000.-- vorbringt, vermag - soweit es sich überhaupt als zulässig erweisen sollte (vgl. oben E. 1.2) - eine willkürliche oder sonst rechtswidrige Anwendung kantonalen Rechts nicht darzutun. Eine Verletzung von Harmonisierungs- oder anderem Bundesgesetzesrecht ist nicht einmal ansatzweise gerügt und wäre auch nicht ersichtlich. Das Gleiche trifft hinsichtlich der unsubstantiiert angerufenen Besteuerungsgrundsätze zu. Die Abnutzungskomponente wäre als steuermindernd durch den Pflichtigen zu beweisen, was ihm aber nicht gelingt, zumal er nicht einmal die Anschaffungskosten und den Zeitpunkt der Anschaffung belegen kann. Das gilt umso mehr, als die Werte des vom Beschwerdeführer hinzugezogenen Experten wesentlich von unzutreffenden Berechnungsgrundlagen ausgehen. Im Übrigen genügt das angefochtene Urteil auch der Begründungspflicht.
3. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Es besteht auch kein Anlass, die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kantonalen Steueramt St. Gallen, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter