Sachverhalt:
A. A.a M._, geboren 1955, war vom 10. September 1993 bis 26. August 1996 (letzter effektiver Arbeitstag) bei der Firma P._ als Betriebsangestellter tätig und bei der Vorsorgestiftung O._ (im Folgenden: Vorsorgestiftung), berufsvorsorgeversichert. Am 17. April 1997 meldete sich M._ unter Hinweis auf eine Diskushernie C6/C7 links, Kribbelparästhesien L4 links sowie eine deutliche Fussheberparese links bei der Invalidenversicherung zur Arbeitsvermittlung an. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führte erwerbliche und medizinische Abklärungen durch. Mit Vorbescheid vom 5. November 1999 stellte sie die Abweisung des Rentengesuchs (bei einem Invaliditätsgrad von 14 %) in Aussicht. M._ liess hiegegen Einwände erheben und eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes geltend machen. Nach weiteren medizinischen Abklärungen ermittelte die IV-Stelle, aufgrund somatischer (chronisches zervikospondylogenes Syndrom links und chronisches lumbospondylogenes Syndrom links) und psychischer (mittelschweres depressives Zustandsbild; vgl. Gutachten der MEDAS vom 30. August 2000) Beeinträchtigungen, einen Invaliditätsgrad von 71 % und sprach M._ mit Verfügung vom 17. November 2000 eine ganze Invalidenrente ab 1. November 2000 zu. Eine hiegegen erhobene Beschwerde des M._ (betreffend früherem Rentenbeginn) wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 12. August 2003 ab.
A.b Die Vorsorgestiftung anerkannte in einem (sich nicht bei den Akten befindlichen) Vergleichsvorschlag den Leistungsanspruch des M._ bei einem Invaliditätsgrad von 50 % ab 17. August 1998. Damit erklärte sich M._ am 21. Juni 2004 einverstanden und akzeptierte, dass nur die somatischen Beschwerden berücksichtigt wurden, nicht aber die psychischen Beeinträchtigungen. Mit Schreiben vom 31. Mai 2005 legte die Stiftung X._ als Rückversicherer der Vorsorgestiftung, eine detaillierte Leistungsberechnung vor. Hiegegen liess M._, vertreten durch den Procap, Schweizerischer Invaliden-Verband am 27. September 2005 Einwände erheben und insbesondere geltend machen, die Überversicherungsberechnung sei insoweit nicht korrekt, als auch die wegen psychischer Beschwerden ausgerichtete Invalidenrente angerechnet werde, obwohl diese bei der Invalidenrente der zweiten Säule ausser Acht gelassen worden seien.
B. In der Folge liess M._ beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen Klage gegen die Vorsorgestiftung erheben und insbesondere die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 33 % ab August 1996 und von 71 % ab November 1999 "gemäss den gesetzlichen und reglementarischen Bestimmungen" beantragen. Das kantonale Gericht hiess die Klage mit Entscheid vom 7. November 2007 teilweise gut und wies die Vorsorgestiftung (unter anderem) an, bei der Überentschädigungsberechnung nur die hälftige IV-Rente der 1. Säule miteinzubeziehen (Ziffer 2 Dispositiv).
C. Die Vorsorgestiftung führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung von Ziffer 2 Dispositiv des angefochtenen Entscheides sowie die Feststellung, dass sie bei der Überentschädigungsberechnung die ganze IV-Rente der ersten Säule einzubeziehen habe. Eventualiter sei festzustellen, dass bei der Überentschädigungsberechnung zwar nur die hälftige IV-Rente der ersten Säule einbezogen werde, aber auch "das mutmasslich entgangene Arbeitseinkommen entsprechend dem psychisch bedingten IV-Grad zu reduzieren" sei.
M._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Streitig und zu prüfen ist nurmehr, inwieweit die ab 1. November 2000 von der Invalidenversicherung (erste Säule) zugesprochene (ganze) Invalidenrente ab Juli 2001 an die Invalidenrente der Beschwerdeführerin (zweite Säule) anzurechnen ist.
2. 2.1 Die Berechnung der Überentschädigung richtet sich, wie die Vorinstanz zutreffend erwog, nach den im jeweiligen Zeitraum gültigen gesetzlichen und reglementarischen Bestimmungen (BGE 126 V 468 E. 3 S. 470 mit Hinweisen). Sowohl nach den bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen als auch nach den am 1. Januar 2005 in Kraft getretenen Normen (1. BVG-Revision) besteht zwischen erster und zweiter Säule insoweit ein funktionaler Zusammenhang, als sich der Leistungsanspruch auf eine Invalidenrente der obligatorischen beruflichen Vorsorge an den sachbezüglichen Voraussetzungen des IVG orientiert (Art. 23 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Form sowie Art. 23 lit. a BVG, in Kraft getreten am 1. Januar 2005), die Höhe der berufsvorsorgerechtlichen Rente analog zu derjenigen nach IVG bestimmt wird (Art. 24 BVG ebenfalls in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen und in der am 1. Januar 2005 in Kraft getretenen Form) und für den Beginn des Anspruches auf eine BVG-Invalidenrente gemäss Art. 26 Abs. 1 BVG sinngemäss die entsprechenden invalidenversicherungsrechtlichen Bestimmungen gelten. Zweck dieser gesetzlichen Konzeption ist es, einerseits eine weitgehende - aber nicht uneingeschränkte (BGE 133 V 67 E. 4.3.2 S. 69; vgl. auch E. 2.2 hienach) - materiell-rechtliche Koordination zwischen erster und zweiter Säule zu erreichen. Anderseits sollen die Organe der beruflichen Vorsorge von eigenen, aufwändigen Abklärungen bezüglich Voraussetzungen und Umfang des Rentenanspruches möglichst freigestellt werden (vgl. BGE 134 V 64 E. 4.1.2 S. 70 mit Hinweisen).
2.2 Nach dem in Art. 24 Abs. 2 BVV2 verankerten Kongruenzgrundsatz (vgl. BGE 126 V 468 E. 6a S. 473 f.), auf welchen die Vorinstanz zutreffend hingewiesen hat, dürfen Leistungen verschiedener Sozialversicherungen (oder anderweitige Einkünfte) nur miteinander in Bezug gebracht werden, wenn sie "ereignisbezogen, personell, sachlich und zeitlich zusammenfallen" (Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zürich 2005, Rz. 810 S. 301 f. und Rz. 856 S. 319). Die erforderliche sachliche Kongruenz wird mit "Leistungen gleicher Art und Zweckbestimmung" ("les prestations d'un type et d'un but analogues", "le prestazioni di natura e scopo affine") umschrieben. Hat die Invalidenversicherung beispielsweise den Invaliditätsgrad nach der gemischten Methode festgesetzt, fehlt es an einer Leistung gleicher Art und Zweckbestimmung, da der Haushaltschaden nicht die in der beruflichen Vorsorge zu berücksichtigende Invalidität betrifft (BGE 120 V 106 E. 4b S. 110). Die Leistungspflicht einer Vorsorgeeinrichtung für eine erst nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses eingetretene oder verschlimmerte Invalidität setzt in jedem Fall voraus, dass zwischen relevanter Arbeitsunfähigkeit und nachfolgender Invalidität ein enger sachlicher und zeitlicher Zusammenhang besteht. Der sachliche Zusammenhang ist zu bejahen, wenn der der Invalidität zu Grunde liegende Gesundheitsschaden im Wesentlichen derselbe ist, der zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat (BGE 123 V 262 E. 1c S. 264). Hingegen wird die nach Art. 23 BVG leistungspflichtige Vorsorgeeinrichtung befreit, wenn zwischen Arbeitsunfähigkeit und Invalidität ein enger sachlicher Zusammenhang fehlt, weil die Invalidität Folge eines anderen Gesundheitsschadens ist als desjenigen, der zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat. Zu denken ist insbesondere an Fälle, wo das erste Leiden durch ein zweites, anderes überlagert oder abgelöst wird, wobei das letzte für die Invalidisierung den Ausschlag gibt (Hans-Michael Riemer/ Gabriela Riemer-Kafka, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. A., Bern 2006, § 7 Rz. 40 S. 114).
3. 3.1 Die Vorinstanz stellte letztinstanzlich verbindlich fest, dass die psychische Erkrankung des Beschwerdegegners nach Ende der Versicherungsdeckung bei der Beschwerdeführerin eingetreten war und es an einem engen sachlichen Zusammenhang zwischen dem während des Vorsorgeverhältnisses zur Arbeitsunfähigkeit führenden zerviko-lumbospondylogenen Syndrom und der ab November 2000 seitens der IV anerkannten Invalidität aus psychischen Gründen fehlt. Sie erwog, bei der Überentschädigungsberechnung sei die von der Invalidenversicherung ausgerichtete Rente nach dem Grundsatz der Kongruenz der Leistungen anzurechnen. Da die von der Invalidenversicherung anerkannte Invalidität des Beschwerdegegners lediglich teilweise mit derjenigen zusammenfalle, für welche die Beschwerdeführerin leistungspflichtig sei, dürfe bei der Berechnung der Überentschädigung nur die somatisch begründete halbe IV-Rente (bei einem durch die organischen Beeinträchtigungen bewirkten und unter Berücksichtigung eines leidensbedingten Abzuges von 10 % ermittelten Invaliditätsgrad von 55 %) der 1. Säule berücksichtigt werden.
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, zunächst sei die Rente der Invalidenversicherung nicht im Rahmen einer Überentschädigungsberechnung, sondern bei der Ermittlung der reglementarischen Invalidenrente entsprechend dem Basisplan, der keine Überentschädigungsregelung enthalte, angerechnet worden. Das kantonale Gericht habe daher das Begehren des Versicherten, bei der Überentschädigungsberechnung sei nur die hälftige IV-Rente der 1. Säule einzubeziehen, zu Unrecht gutgeheissen. Soweit im angefochtenen Entscheid die Anrechnung nur der halben IV-Rente zugelassen werde, liege darin eine Überstrapazierung des Grundsatzes der ereignisbezogenen Kongruenz. Dieser gehe nicht so weit, als dass für die Anrechnung von Sozialversicherungsleistungen bei der Berechnung der Überentschädigung danach zu differenzieren wäre, welchen Anteil der Gesamtbeeinträchtigung aus erwerblicher Sicht sie abdeckten. Eine solche Differenzierung hätte in jedem Fall zur Folge, dass auch bei der Ermittlung der Überentschädigungsgrenze nicht das gesamte mutmasslich entgangene Einkommen heranzuziehen, sondern zu ermitteln wäre, welches Einkommen der Versicherte erzielen könnte, wenn er nur aus psychischen Gründen invalid geworden wäre.
4. Soweit die Beschwerdeführerin argumentiert, der Basisplan - als Anhang ihres Reglementes (vom Januar 1996) - enthalte keine Überentschädigungsregelung, sondern nur eine Umschreibung der Höhe der Invalidenrente im Sinne eines Leistungsprimates, weshalb die Anrechnung der Invalidenrente der ersten Säule nicht im Rahmen einer Überentschädigungsberechnung erfolgt sei, ist ihre Argumentation nicht stichhaltig. In Ziff. 4.13 Reglement ist eine Überentschädigungsregelung explizit vorgesehen, so dass diese auch bei der Rentenberechnung gestützt auf den Basisplan ohne Weiteres Anwendung finden musste.
5. 5.1 Die weitgehende materiell-rechtliche Koordination zwischen erster und zweiter Säule wird nach dem Gesagten (unter anderem) durch den Kongruenzgrundsatz beschränkt. Zu prüfen ist, ob und allenfalls inwieweit die ereignisbezogene Kongruenz die grundsätzliche Bindung der Vorsorgeeinrichtungen an den durch die Invalidenversicherung ermittelten IV-Grad einschränkt. Weder die einschlägigen Gesetzes- und Verordnungsbestimmungen noch das Reglement der Beschwerdeführerin enthalten diesbezüglich eine Konkretisierung.
5.2 Im Urteil 4C.62/2005 vom 1. November 2005 hat sich das Bundesgericht mit der Anrechenbarkeit von Versicherungsleistungen bei der Haftpflicht aus Unfall auseinandergesetzt und erwogen, dass die Invalidenrente eines Versicherten, welcher allein wegen eines vorbestehenden Rückenleidens keinen Rentenanspruch gehabt hätte, indessen aufgrund der durch einen späteren Unfall bewirkten zusätzlichen Arbeitsunfähigkeit rentenberechtigt wurde, im Verhältnis der durch die verschiedenen Ereignisse bedingten Ursachen aufzuteilen sei. Es erwog, kongruent mit dem haftpflichtrechtlichen Erwerbsausfall sei nur derjenige Teil der Rente, der auf das für den Haftpflichtanspruch massgebliche Ereignis zurückzuführen sei, d.h. in jenem Fall auf den Unfall. Die IV-Leistungen seien im Rahmen der Schadensberechnung daher nur insoweit anzurechnen, als sie die unfallbedingte Invalidität abgelten. Soweit die Invalidenrente für die durch das vorbestehende Rückenleiden bewirkte Arbeitsunfähigkeit zugesprochen worden sei, dürfe sie nicht angerechnet werden (BGer., a.a.O., E. 4 u. 5).
5.3 Im Verhältnis zwischen mehreren leistungspflichtigen Sozialversicherern kann nichts anderes gelten. Es ist unbestritten, dass die Vorsorgeeinrichtung für nicht in engem sachlichen Zusammenhang mit dem bei ihr versicherten Gesundheitsschaden stehende Beeinträchtigungen keine Leistungspflicht trifft (E. 2.2 hievor). Im Gegenzug muss auch bei der Anrechenbarkeit von Leistungen im Rahmen der Überentschädigungsberechnung analog differenziert werden. Die Anrechenbarkeit der Leistungen findet somit - im Bereich der obligatorischen beruflichen Vorsorge - dort ihre Grenze, wo die Invalidenversicherung für eine (Teil-) Invalidität Leistungen erbringt, für welche die Vorsorgeeinrichtung nicht leistungspflichtig ist (vgl. Stauffer, a.a.O., Rz. 882 S. 329). Dementsprechend wird bei Versicherten, bei denen die Invalidenrente teilweise eine Erwerbstätigkeit, teilweise eine (in der beruflichen Vorsorge nicht versicherte) Tätigkeit im Aufgabenbereich ausgleicht, im Rahmen von Art. 24 Abs. 2 BVV2 nur derjenige Teil der Invalidenversicherungsrente angerechnet, der den (vorsorgerechtlich versicherten) Erwerbsausfall abdeckt (BGE 124 V 279 E. 2a S. 281). Dasselbe muss auch in anderen Fällen gelten, in denen - wie vorliegend - die Rente der beruflichen Vorsorge bloss einen Teil der in der Invalidenversicherung ausgeglichenen Erwerbseinbusse abdeckt. Es wäre stossend, wenn die für einen bestimmten Gesundheitsschaden nicht leistungspflichtige zweite Säule im Rahmen der Überentschädigung von den hiefür ausgerichteten Leistungen der ersten Säule profitieren könnte. Die Vorinstanz erwog somit zu Recht, dass nur die für die somatischen Beeinträchtigungen, für welche die Beschwerdeführerin leistungspflichtig ist, von der Invalidenversicherung zugesprochenen Leistungen (halbe IV-Rente) bei der Überentschädigungsberechnung angerechnet werden dürfen und insoweit eine differenzierte Beurteilung der ereignisbezogenen Kongruenz erforderlich ist.
6. Im Eventualstandpunkt beantragt die Beschwerdeführerin, dass bei der Überentschädigungsberechnung auch das mutmasslich entgangene Arbeitseinkommen entsprechend dem psychisch bedingten Invaliditätsgrad zu reduzieren sei. Dies entbehrt im Lichte des Grundsatzes der ereignisbezogenen Kongruenz nicht einer gewissen Logik. Das Bundesgericht hat indessen in ständiger Rechtsprechung erkannt, dass sich Art. 24 Abs. 1 BVV2, seinem wörtlichen Sinn entsprechend, auf das hypothetische Einkommen bezieht, welches die versicherte Person ohne Invalidität erzielen könnte (BGE 126 V 93 E. 3 S. 96, 123 V 193 E. 5a S. 197, 204 E. 5b S. 209). Dabei wird nicht danach differenziert, ob eine Voll- oder Teilinvalidität vorliegt. So wird auch bei Teilinvaliden, bei welchen die Invalidenrente der beruflichen Vorsorge nur dasjenige Erwerbseinkommen ersetzt, das zufolge der Teilinvalidität entfällt, im Rahmen der Überentschädigungsberechnung nicht etwa nur auf einen Teil des Valideneinkommens abgestellt. Vielmehr ist von dem bei völliger Erwerbsunfähigkeit mutmasslich entgangenen Verdienst auszugehen und hievon das bei teilweiser Arbeits- und Erwerbsfähigkeit noch erzielte bzw. erzielbare Einkommen in Abzug zu bringen (BGE 123 V 88 E. 3 S. 92 f. und nun BGE 134 V 64 betreffend Art. 24 Abs. 2 BVV2 in der seit 1. Januar 2005 geltenden Fassung). Auch wird nicht Rücksicht darauf genommen, ob die Invalidität vollumfänglich durch die betroffene Vorsorgeeinrichtung ausgeglichen wird oder nicht. So hat das Bundesgericht mit eingehender Begründung erkannt, dass bei Ausübung mehrerer Teilzeitbeschäftigungen im Rahmen der Überentschädigungsberechnung als mutmasslich entgangener Verdient nicht nur die (mutmasslich entgangenen) Einkommen aus der versicherten Tätigkeit, sondern diejenigen aus der Gesamtheit der Tätigkeiten, namentlich auch diejenigen aus einer nicht versicherten selbstständigen Erwerbstätigkeit, zu berücksichtigen sind (BGE 126 V 93 E. 4 S. 97; vgl. Urteil B 71/04 vom 19. November 2004, E. 2.2). Das Gericht hat sich dabei namentlich auf den Wortlaut von Art. 24 Abs. 1 BVV2 sowie auf die verfassungsrechtliche Zielsetzung der zweiten Säule, die gewohnte Lebenshaltung in angemessener Weise zu ermöglichen (Art. 1 Abs. 1 BVG in der seit 1. Januar 2006 gültigen Fassung bzw. Art. 1 Abs. 2 aBVG in der bis 31. Dezember 2005 in Kraft gestandenen Form), gestützt. Es sind keine überzeugenden Gründe ersichtlich, von dieser Rechtsprechung abzuweichen. Zwar könnte diese Berechnungsmethode bei mehreren berufsvorsorgerechtlich versicherten Teilzeitbeschäftigungen insgesamt zu einer Überschreitung der Überentschädigungsgrenze gemäss Art. 24 Abs. 1 BVV2 führen, wenn sie für jede Vorsorgeeinrichtung isoliert angewendet würde. In solchen Fällen dürfte es sich deshalb rechtfertigen, eine gesamthafte Betrachtung anzustellen und gegebenenfalls eine entsprechende Kürzung beider Renten vorzunehmen. Doch braucht darauf nicht näher eingegangen zu werden. Ein solcher Fall liegt hier nicht vor, da der Beschwerdegegner für die psychische Beeinträchtigung nicht berufsvorsorgeversichert ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. September 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle