Erwägungen:
1. Y._ wurde am 4. August 2009 für das Jahr 2007 ermessensweise mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 189'100.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 354'000.-- (kantonale Steuern) bzw. mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 215'900.-- (direkte Bundessteuer) veranlagt. Y._ erhob hiergegen bei der Kantonalen Steuerkommission/Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons Schwyz Einsprache. Er legte dieser die handschriftlich ausgefüllten vier Seiten des (Haupt-)Formulars der Steuererklärung 2007 bei, welches er am 10. September 2009 unterschrieben hatte. Y._ wurde in der Folge zu einem Gespräch eingeladen, dem er unentschuldigt fernblieb. Die von ihm in der Folge einverlangten Unterlagen reichte er trotz wiederholter Fristverlängerungen nicht ein, worauf die Steuerkommission/Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer auf seine Einsprache am 9. März 2012 nicht eintrat. Mit Urteil vom 24. Oktober 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz die von Y._ hiergegen gerichtete Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Mit zwei Beschwerden beantragt Y._ vor Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts sowohl bezüglich der kantonalen Steuern als auch der direkten Bundessteuer aufzuheben.
2. 2.1 Die Rechtsschriften an das Bundesgericht haben die Begehren und deren Begründung zu enthalten, wobei in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG). Mit der Beschwerde vor Bundesgericht kann keine Verletzung von einfachem kantonalen Recht geltend gemacht werden (vgl. Art. 95 BGG; MARKUS SCHOTT, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], BSK Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 55 zu Art. 95 BGG; BERNARD CORBOZ, in: Corboz et al. [Hrsg.], Commentaire de la LTF, Bern 2009, N. 21 zu Art. 95 BGG). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht im Übrigen nur insofern, als eine entsprechende Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, insbesondere des Willkürverbots, gilt eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 136 I 229 E. 4.1 S. 235 mit Hinweisen). Diese setzt voraus, dass die beschwerdeführende Person in ihrer Eingabe dartut, welche verfassungsmässigen Rechte durch den angefochtenen Akt inwiefern verletzt worden sein sollen. Das Bundesgericht untersucht nicht von Amtes wegen, ob der angefochtene kantonale Entscheid verfassungsmässig ist, sondern prüft diesbezüglich nur rechtsgenügend vorgebrachte, klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt es nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 55; 133 IV 286 E. 1.4).
2.2 Der Beschwerdeführer wiederholt lediglich appellatorisch, was er bereits vor der Vorinstanz vorgebracht hat; mit deren Überlegungen zu seinen Ausführungen setzt er sich nicht sachbezogen auseinander. Seine Eingabe erschöpft sich darin, seine von der Auffassung der Vorinstanz abweichende Sicht der Dinge zu wiederholen, den angefochtenen Entscheid als willkürlich bzw. nichtig zu bezeichnen, ohne darzulegen, inwiefern die beanstandeten Ausführungen offensichtlich unhaltbar wären. Ergänzend verweist er auf seine Rechtsschriften an das Verwaltungsgericht; nach der Praxis genügt es jedoch nicht, dem Bundesgericht im Wesentlichen einfach die gleiche Beschwerdeschrift wie im vorinstanzlichen Verfahren zu unterbreiten (LAURENT MERZ, in: Niggli/ Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], a.a.O., 2. Aufl. 2011, N. 56 f. zu Art. 42 BGG).
2.3 Aufgrund des angefochtenen Entscheids und der vorliegenden Eingaben, die in einem gemeinsamen Urteil behandelt werden können, ist nicht ersichtlich, inwiefern das kantonale Verwaltungsgericht Bundes(verfassungs)recht verletzt hätte: Der Beschwerdeführer ist der Besprechung mit der kantonalen Steuerverwaltung ferngeblieben; im Beschwerdeverfahren hatte er - wie die Vorinstanz zutreffend festgestellt hat - keinen Anspruch auf eine mündliche Anhörung bzw. öffentliche Verhandlung (E. 2.1 des angefochtenen Entscheids). Zwar hat der Beschwerdeführer den Ausstand verschiedener Mitglieder der Steuerverwaltung beantragt, doch hat er es unterlassen, dies rechtzeitig und hinreichend begründet zu tun. Auch insofern kann dem vorinstanzlichen Entscheid zugestimmt werden (dort E. 2.3). Verfahrensgegenstand vor dem Verwaltungsgericht bildete die Zulässigkeit des Nichteintretensentscheids durch die Steuerkommission/Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer; wenn die Vorinstanz diesen geschützt hat, ist das nicht zu beanstanden: Der Beschwerdeführer ist seinen steuerrechtlichen Mitwirkungspflichten nicht nachgekommen, weshalb er ermessensweise veranlagt werden durfte. Es ist ihm anschliessend nicht gelungen, darzutun, dass die entsprechende Veranlagung offensichtlich unrichtig wäre, hat er doch die hierzu erforderlichen Unterlagen auch im Beschwerdeverfahren nicht bzw. bloss unvollständig beigebracht (E. 3 des angefochtenen Entscheids).
3. 3.1 Da die Eingaben den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht genügen bzw. sie sich als offensichtlich unbegründet erweisen, können sie ohne Weiterungen im Verfahren nach Art. 109 BGG erledigt werden. Zur Begründung wird ergänzend auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG). Das Gesuch um aufschiebende Wirkung und die verschiedenen verfahrensrechtlichen Anträge werden mit dem vorliegenden Entscheid gegenstandslos.
3.2 Der unterliegende Beschwerdeführer wird für das bundesgerichtliche Verfahren kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Die Verfahren 2C_1286/2012 und 2C_1287/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Februar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar