Sachverhalt:
A. X._ und Y._ entrichteten im Jahr 2009 für sich und ihre beiden noch nicht volljährigen Kinder Krankenversicherungsprämien von Fr. 9'995.-, wofür sie eine individuelle Prämienverbilligung von Fr. 5'728.-- erhielten.
B. In ihrer Steuererklärung 2009 für die Staats- und die direkte Bundessteuer machten die Eheleute X._-Y._ auch einen Prämienabzug für die volljährige Tochter geltend, was das Kantonale Steueramt Solothurn mit Veranlagungsverfügungen vom 25. Oktober 2010 und Einspracheentscheiden vom 19. September 2011 verweigerte. Dagegen gelangten die Pflichtigen an das Kantonale Steuergericht Solothurn. Vor diesem beanspruchten sie nicht mehr den Prämienabzug für die volljährige Tochter; vielmehr machten sie geltend, die Prämienverbilligung wirke sich steuererhöhend aus, weil der Versicherungsabzug nicht mehr voll ausgeschöpft werden könne: An sich hätten sie Anspruch auf einen Höchstabzug von Fr. 3'300.-- für Verheiratete und je Fr. 700.-- für jedes Kind, also insgesamt Fr. 5'400.--; da sie aber nach Abzug der ihnen gewährten Prämienverbilligung effektiv nur Prämien von Fr. 4'267.-- entrichten müssten, blieben sie Fr. 1'133.-- unter dem Höchstabzug, was auf eine unzulässige Teilbesteuerung der an sich steuerfreien individuellen Prämienverbilligung hinauslaufe. Das Steuergericht wies Rekurs und Beschwerde mit einem einzigen Urteil vom 19. September 2011 ab.
C. Am 25. November 2011 haben die Eheleute X._-Y._ Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen betreffend die Staatssteuer (Verfahren 2C_966/2011) und die direkte Bundessteuer (2C_967/2011) sinngemäss, das steuergerichtliche Urteil aufzuheben.
D. Das Kantonale Steueramt und das Kantonale Steuergericht Solothurn sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde(n), (soweit darauf einzutreten sei).
E. Mit Replik vom 11. April 2012 haben die Beschwerdeführer an ihrem Rechtsstandpunkt festgehalten.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Die Beschwerden sind grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG, SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254). Diesen Begründungsanforderungen genügen die Beschwerdeschriften bestenfalls in (sehr) beschränktem Umfang. Ob überhaupt formgültige Beschwerden vorliegen, kann indessen mit Blick auf den Verfahrensausgang offen bleiben.
Die beim Bundesgericht eingereichten Beschwerden setzen sich nur am Rande mit den Erwägungen des Steuergerichts auseinander und legen kaum dar, inwiefern diese Bundesrecht verletzen sollen. Daneben argumentieren die Beschwerdeführer mit Fallbeispielen ausserhalb des vorliegenden Verfahrens, die weder Anfechtungsobjekt noch Streitgegenstand bilden. Dieselben Mängel betreffen die Repliken, die sich ebenfalls nur begrenzt mit den behördlichen Vernehmlassungen befassen und stattdessen im Wesenlichen unzulässige Beschwerdeergänzungen darstellen.
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Gemäss Art. 24 lit. d DBG sind Unterstützungen aus öffentlichen oder privaten Mitteln steuerfrei. Das gilt auch für individuelle Prämienverbilligungen nach Art. 65 des Bundesgesetzes vom 18. März 1994 über die Krankenversicherung (KVG, SR 832.10). Aufgrund von Art. 212 Abs. 1 DBG können die Prämien für die Krankenversicherung sowie die Zinsen von Sparkapitalien nur im tatsächlich von der steuerpflichtigen Person getragenen Umfang abgezogen werden.
2.2 Auf diese Vorschriften hat sich das Steuergericht gegenüber den Beschwerdeführern gestützt und erwogen, dass sie für die Periode 2009 nicht Anspruch auf den maximal möglichen Abzug von Fr. 5'400.-- hatten, sondern nur auf einen solchen von Fr. 4'267.--, gemäss dem von ihnen im betreffenden Jahr effektiv geleisteten Prämienbetrag. Darin liegt entgegen deren Behauptung keine indirekte Besteuerung der an sich steuerfreien Prämienverbilligungsbeträge. Vielmehr kann sich ein auf der Einkommensseite gewährtes Privileg nicht zusätzlich noch auf der Ausgabenseite auswirken.
2.3 Das angefochtene Urteil vermag zu überzeugen. Es kann sich nicht nur auf eine klare Gesetzeslage stützen, sondern auch auf die höchstrichterliche Rechtsprechung (vgl. StR 64/2009 376 E. 8.2). Es stimmt zudem mit der in der Lehre - soweit ersichtlich - einhellig vertretenen Rechtsauffassung überein (vgl. u.a. PETER AGNER/ANGELO DIGERONIMO/HANS-JÜRG NEUHAUS/GOTTHARD STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkten Bundessteuer, Ergänzungsband, Zürich 2000, N 21a zu Art. 33; GLADYS LAFFELY MAILLARD, Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Basel 2008, N 84 zu Art. 33; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, Therwil/Basel 2001, Rz 75 zu Art. 33; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. Zürich 2009, N 6 zu Art. 33; RAINER ZIGERLIG/ GUIDO JUD, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. Basel 2008, N 3 zu Art. 33; MARKUS REICH, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. Basel 2002, N 23 zu Art. 9).
2.4 Was die Beschwerdeführer dagegen vorbringen, erweist sich in dem geringem Ausmass, in dem darauf überhaupt eingetreten werden kann (vgl. oben E. 1.3), als unzutreffend. Insbesondere ergeben sich keine gesetzes- oder verfassungswidrigen Ungleichbehandlungen. Das gilt auch im Verhältnis zwischen den verschiedenen Kantonen. Weiter mag es sein, dass das Steuer(tarif)recht und das Sozialhilferecht nicht in allen Punkten (vollumfänglich) übereinstimmen; die jeweiligen gesetzlichen Regelungen binden jedoch das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden (vgl. Art. 190 BV).
III. Staats- und Gemeindesteuern
3. Die diesbezüglich massgeblichen Bestimmungen (vgl. Art. 9 StHG, § 32 lit. d u. § 41 Abs. 2 des Steuergesetzes des Kantons Solothurn vom 1. Dezember 1985 [StG, BSG 614.11] stimmen mit denjenigen für die direkte Bundessteuer überein. Damit kann der nicht selbst getragene Teil der Krankenkassenprämien auch bei den Kantons- und Gemeindesteuern nicht vom steuerbaren Einkommen abgezogen werden. Das gilt, auch wenn der nicht ausgeschöpfte Anteil hier höher ist. Weiter ist Art. 9 Abs. 2 lit. g StHG zu beachten; nach dieser Bestimmung ist es Sache des kantonalen Rechts, den Höchstbetrag für den Versicherungsprämien- und Sparkapitalabzug festzulegen; dementsprechend sind diese Höchstabzüge zwischen den Kantonen recht unterschiedlich; das hängt mit der Steuertarifhoheit der Kantone zusammen (vgl. Art. 129 Abs. 2 Satz 2 BV bzw. Art. 1 Abs. 3 Satz 2 StHG) und führt zu keiner rechtlich relevanten Ungleichbehandlung (vgl. BGE 136 I 1 E. 4.4.4 S. 12, mit Hinweisen). Ein solche liegt auch nicht darin, dass der Kanton Solothurn die individuelle Prämienverbilligung in früheren Steuerperioden noch anders festlegte; er änderte aber seine Praxis und geht nunmehr bundesrechtskonform vor; darin liegt eine sachlich begründete Praxisänderung, die nicht zu beanstanden ist (vgl. BGE 135 II 78 E. 3.2 S. 85, mit Hinweisen).
IV. Kosten
4. Nach dem Gesagten sind die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden abzuweisen, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann. Diesem Verfahrensausgang entsprechend werden die Beschwerdeführer unter Solidarhaft kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_966/2011 und 2C_967/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2009 (2C_966/2011) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer 2009 (2C_967/2011) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt und dem Kantonalen Steuergericht Solothurn sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. September 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter