Faits:
A. En 1983, X._, domicilié à A._, a constitué avec d'autres partenaires la société en nom collectif "B._", dont le siège social est à A._ (ci-après: la SNC), société ayant pour but la promotion, la construction et l'exploitation de l'ensemble du complexe de B._. La société a réalisé ce complexe comprenant un hôtel, des appartements et des bains thermaux, et l'a dans un premier temps exploité elle-même.
En 1994, suite notamment au décès de l'un des partenaires et dans le but de clarifier les engagements bancaires, les associés ont envisagé de restructurer la SNC et de procéder à une scission des activités de cette dernière. Plus exactement, il était envisagé le transfert à une société anonyme à créer, des actifs et des passifs concernant les bains thermaux ainsi que le transfert de l'exploitation de ces bains à dite société, la SNC conservant l'activité hôtelière et immobilière.
Dans le cadre de ce projet, la SNC, par son mandataire la Fiduciaire C._ SA à D._, a pris contact avec le Service cantonal des contributions (ci-après: le Service cantonal) pour discuter des aspects fiscaux de cette restructuration. Par lettre du 19 décembre 1994, la Commission d'impôt du district de A._ a confirmé à la SNC sa position en ce qui concernait le traitement fiscal du projet.
Par acte du 22 mars 1996, la SNC et ses divers associés ont constitué une nouvelle société anonyme sous la raison sociale "B._ SA" (ci-après: la SA) de siège social à A._, société ayant pour but la promotion, la construction, l'exploitation de l'ensemble du complexe de B._, la mise en valeur des terrains de la société pour la création de logements et d'hôtels, etc. Le capital-action de la nouvelle société anonyme s'élevait à Fr. 2'500'000.-. Il était libéré intégralement par un apport en nature des actifs et passifs se rapportant aux bains thermaux ainsi que par un versement en espèce de Fr. 1'000'000.-. Les actions étaient souscrites pour la quasi-totalité par la SNC, les associés de celle-ci n'en souscrivant qu'une seule chacun. Elles ont par la suite été cédées aux divers associés de celle-ci, X._ détenant depuis cette cession une participation de 25%.
Suite à cette restructuration, la SNC avait convenu avec la SA le versement en faveur de cette dernière d'une contribution par m2 de plancher vendu sur les promotions effectuées, ceci en raison de l'attrait présenté par la proximité des bains thermaux.
Par convention des 2 et 3 décembre 2004, avec entrée en vigueur au plus tard le 31 janvier 2005, X._ a cédé cette participation de 25% à ses partenaires pour le prix de Fr. 4'000'000.-. Par deuxième convention des mêmes jours, il a également cédé à ses partenaires sa participation à la SNC pour un montant de Fr. 2'200'000.-, auquel s'ajoutait un montant supplémentaire de Fr. 62'750.- comprenant les honoraires d'administration 2004 ainsi que la participation à des ventes conclues en 2004 mais non encore inscrites au Registre foncier.
B. Dans la première partie de l'année 2008, le Service cantonal a fait procéder à un contrôle des comptes de X._ pour les années 2004 à 2006.
Le rapport de contrôle proposait notamment d'opérer les reprises suivantes:
Sur l'exercice 2004, reprise de Fr. 106'270.- concernant la part de X._ aux résultats de la SNC;
Sur l'exercice 2005, reprise de Fr. 3'020'553.- sur le bénéfice de sortie de la SNC et le bénéfice de vente des actions de la SA, étant relevé notamment que le recourant n'avait pas comptabilisé le bénéfice provenant de la vente des actions de la SA, bénéfice s'élevant à Fr. 3'375'000.- avant déduction des cotisations sociales.
Par décisions des 3, 8 et 9 juillet 2008, la Commission d'impôt de district a suivi les propositions de l'expert. Pour la période 2004, le revenu net imposable était fixé, compte tenu des autres revenus et des déductions ordinaires, à Fr. 387'459.- en matière d'impôts cantonal et communal, et à Fr. 4'679'177.- en matière d'impôt fédéral direct. De plus, les bénéfices de sortie de la SNC et de la vente des actions de la SA, arrêtés à un montant total de Fr. 4'437'900.-, étaient soumis à une imposition annuelle séparée en matière d'impôts cantonal et communal, au sens de l'art. 63 de la loi fiscale cantonale du 10 mars 1976 (LF; RS/VS 642.1).
Sur réclamation de X._ du 31 juillet 2008, la Commission d'impôt de district modifia la taxation pour l'année 2005 en matière d'impôts cantonal et communal, en intégrant à la taxation ordinaire le bénéfice de la vente des actions de la SA. Le revenu net imposable en matière d'impôts cantonal et communal pour l'année 2005 était ainsi fixé à Fr. 4'686'876.- par nouveau bordereau du 14 avril 2009 confirmé par décision sur réclamation du 27 avril 2009.
Le 27 mai 2009, X._ a interjeté recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale (ci-après: la Commission cantonale), concluant à l'annulation de la reprise de Fr. 106'270.- effectuée sur l'année 2004, à l'exonération de tout impôt sur le bénéfice provenant de la vente des actions de la SA, et à l'application de l'art. 63 al. 3 LF en ce qui concerne l'imposition du bénéfice de sortie de la SNC en matière d'impôts cantonal et communal pour 2005.
Par décision du 20 avril 2011, notifiée le 9 novembre 2011, la Commission cantonale a partiellement admis le recours. Elle a fixé le revenu net imposable pour l'année 2004 à Fr. 273'402.- en matière d'impôt fédéral direct et à Fr. 281'189.- en matière d'impôts cantonal et communal. Pour l'année 2005, elle a fixé le revenu net imposable à Fr. 4'752'483.- en matière d'impôt fédéral direct et à Fr. 4'760'182.- en matière d'impôts cantonal et communal.
C. Par acte du 9 décembre 2011, X._ a formé recours devant le Tribunal fédéral, concluant principalement à l'annulation de la décision du 20 avril 2011. Le recourant conteste l'attribution à la fortune commerciale de ses parts dans la société B._ SA. Il soutient que les actions de la SA appartiennent à sa fortune privée, et que par conséquent, le gain réalisé par leur aliénation est exonéré d'impôt. A l'appui de son recours, il invoque les garanties constitutionnelles de protection de la bonne foi et du droit d'être entendu. Il se plaint également de l'application arbitraire du droit cantonal.
Invités à se prononcer sur le recours, la Commission cantonale a produit des observations en date du 1er février 2012, tandis que le Service cantonal des contributions a renoncé à répondre.
L'administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. La Commission de recours a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct (IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher aux recourants d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans leur recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Comme il ressort des griefs que l'affaire devrait être renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision, l'acte est conforme aux exigences posées par la jurisprudence et la doctrine (cf. ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511 s., précisé par l'ATF 135 II 260 consid. 1.3 p. 262 ss; Laurent Merz, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2e éd. 2008, n° 16 ad art. 42). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_1024/2011), l'autre l'ICC (2C_1023/2011). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF).
2. Dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF), le recours a été rendu dans une cause de droit public ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 LF). Le recours a, en outre, été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF). L'arrêt querellé concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé pour lesquels la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'IFD. L'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) fait de même pour l'ICC, l'imposition du revenu étant une matière harmonisée au Titre 2, art. 7 ss LHID.
3. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a ainsi que 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Sauf dans les cas cités expressément par l'art. 95 LTF, le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 V 143 consid. 1.2 p. 145; 137 V 57 consid. 1.3 p. 60; 135 III 513 consid. 4.3 p. 521/522; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il appartient toutefois au recourant d'invoquer ce grief et de le motiver d'une manière suffisante (art. 106 al. 2 LTF; ATF 137 V 57 consid. 1.3 p. 60; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254).
4. Le recourant reproche à l'instance précédente d'avoir conclu au caractère commercial de la participation dans la SA sans s'être déterminé sur chacun de ses arguments.
4.1 Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle ancrée à l'art. 29 al. 2 Cst., dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 p. 285), de sorte qu'il convient de commencer par son examen.
Le droit d'être entendu comprend notamment l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Celle-ci n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.2 p. 236).
4.2 La Commission cantonale a conclu au caractère commercial des actions de la SA en se basant sur les faits suivants:
- les participations du recourant à des sociétés dans le domaine de l'immobilier se rattachent à son activité lucrative indépendante dans le même domaine;
- la SA est issue des activités de la SNC, son capital-action a été libéré à concurrence de Fr. 1'500'000 par un apport en nature provenant de la SNC et ses actions étaient à l'origine détenues en quasi-totalité par la SNC elle-même;
- les participations du recourant se rattachent de manière générale à l'exercice d'une activité immobilière.
Motivée par les faits retenus, la décision est suffisamment claire pour que le recourant puisse la comprendre et l'attaquer, ce qu'il a fait en contestant l'appartenance des actions à la fortune commerciale, de sorte que le grief de violation de l'art. 29 al. 2 Cst. est rejeté.
5. Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636; 130 I 26 consid. 8.1 p. 60). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (1) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (2) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (3) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore (4) qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et (5) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637 et les références, en particulier ATF 99 Ib 94 consid. 4 p. 101 s.).
Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables; le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité, de sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée en ce domaine, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; arrêt 2C_99/2010 du 6 septembre 2010 consid. 4.1; Danielle Yersin, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, Remarques préliminaires n° 77; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 6ème éd. 2002, p. 28 et les références).
Comme l'indique le recourant, les associés de la SNC se sont adressés au Service cantonal avant de procéder à la scission de la SNC avec la création d'une nouvelle SA afin de s'assurer de la neutralité fiscale de l'opération. Le recourant prétend que la réponse dudit service lui garantissait l'appartenance des actions à sa fortune privée.
Si l'autorité s'est bel et bien prononcée dans une situation concrète, celle-ci concernait un état de fait différent que celui dont est recours en l'espèce. En effet, il s'agissait alors pour les associés d'obtenir confirmation de l'absence d'imposition en bénéfice de liquidation sur les apports faits à la SA en constitution, et de l'admissibilité d'une convention en vue du versement d'une contribution à la SA en constitution afin de défalquer les bénéfices immobiliers de la SNC. Comme l'admet lui-même le recourant, cette situation vise une restructuration codifiée désormais par l'art. 19 LIFD, visant un rappel d'impôt sur les réserves latentes transférées, dans la mesure où les droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré. Le contribuable est la société à l'origine du transfert.
En revanche, le présent recours a pour objet la contestation de l'appartenance à la fortune commerciale des participations du recourant, une personne physique, au sens de l'art. 18 LIFD. Il s'agit de la vente des participations du contribuable. Ni la personne du contribuable, ni les faits à l'origine du transfert d'actions ne sont identiques à ceux sur lesquels reposait la détermination de l'autorité. Le recourant ne peut se prévaloir du principe de la bonne foi de l'administration dès lors que la première des conditions cumulatives à son application fait défaut.
I. Impôt fédéral direct
6. Le recourant conteste le caractère commercial de sa participation aliénée dans la SA.
6.1 En principe, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 al. 1 LIFD). Sont exonérés d'impôt, selon l'art. 16 al. 3 LIFD, les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée. L'art. 18 al. 1 LIFD prévoit que tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante sont imposables. Font partie des revenus provenant de l'activité lucrative indépendante, selon l'art. 18 al. 2 LIFD, tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale.
Selon la jurisprudence, la distinction entre un gain privé en capital (non imposable sur le revenu) ou un bénéfice commercial en capital provenant de l'exercice d'une activité lucrative indépendante (imposable sur le revenu), dépend des circonstances concrètes du cas (cf. arrêts 2C_349/2009 du 16 novembre 2009 consid. 4.1.2; 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). La notion d'activité lucrative indépendante s'interprète toutefois largement, de telle sorte que sont seuls considérés comme des gains privés en capital exonérés d'impôt ceux qui sont obtenus par un particulier de manière fortuite ou dans le cadre de la simple administration de sa fortune privée. En revanche, si l'activité du contribuable excède ce cadre relativement étroit et est orientée dans son ensemble vers l'obtention d'un revenu, l'intéressé est réputé exercer une activité lucrative indépendante dont les bénéfices en capital sont imposables. Une telle qualification peut se justifier, selon les cas, même en l'absence d'une activité reconnaissable pour les tiers et/ou organisée sur le modèle d'une entreprise commerciale, et même si l'activité n'est exercée que de manière accessoire ou temporaire, voire même ponctuelle (arrêts 2C_455/2011 et 2C_456/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les références citées). Les éléments patrimoniaux utilisés pour l'accomplissement d'une activité lucrative indépendante sont pour leur part considérés comme des actifs commerciaux (cf. ATF 125 II 113 consid. 6c/bb p. 126 s.).
C'est avant tout en lien avec les transactions effectuées par les particuliers sur des immeubles ou sur des titres que la jurisprudence a été amenée à dégager des critères permettant de tracer la limite entre les gains (privés) en capital et les bénéfices (commerciaux) en capital (arrêt 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). Elle a notamment considéré que valent comme indices d'une activité lucrative indépendante dépassant la simple administration de la fortune privée les éléments suivants: le caractère systématique et/ou planifié des opérations, la fréquence élevée des transactions, la courte durée de possession des biens avant leur (re)vente, la relation étroite entre l'activité indépendante (accessoire) supposée et la formation et/ou la profession (principale) du contribuable, l'utilisation de connaissances spécialisées, l'engagement de fonds étrangers d'une certaine importance pour financer les opérations, le réinvestissement du bénéfice réalisé ou encore la constitution d'une société de personnes. On peut aussi mentionner l'utilisation effective du bien et le motif de son aliénation. Chacun de ces indices peut conduire, en concours avec les autres voire même - exceptionnellement - isolément s'il revêt une intensité particulière, à la reconnaissance d'une activité lucrative indépendante (arrêts 2C_455/2011 et 2C_456/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les références citées). En outre, l'absence d'éléments typiques d'une telle activité dans un cas concret peut être relativisée par d'autres circonstances revêtant une intensité particulière (cf. ATF 125 II 113 consid. 3c p. 118 et 6a p. 124; arrêt 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). En tout état, les circonstances concrètes du cas sont déterminantes, telles qu'elles se présentent au moment de l'aliénation (arrêts 2C_455/2011 et 2C_456/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les références citées).
6.2 En ce qui concerne les droits de participation, ceux-ci ressortissent à la fortune commerciale lorsqu'il existe un rapport économique étroit entre la participation à la société anonyme et les autres affaires menées par le contribuable. Ce rapport doit en particulier être admis si la participation a été acquise dans un but commercial ou si l'acquéreur exerce une influence prépondérante sur la société en cause, qui correspond à ses propres activités commerciales ou les complète judicieusement, lui permettant ainsi d'étendre ses propres activités commerciales (arrêt 2A.431/2000 du 9 avril 2001 consid. 4, in ASA 71, 288). Le Tribunal fédéral a jugé en particulier que des droits de participation qu'un architecte exerçant une activité accessoire de commerçant d'immeubles détenait dans une société anonyme qui devait réaliser un important projet immobilier appartenait à sa fortune commerciale. L'aliénation de ces participations constituait par conséquent un bénéfice en capital imposable (arrêt 2A.547/2004 du 22 avril 2005 in StE 2006 B 23.2 n° 31). Une participation majoritaire n'est cependant pas requise pour l'attribution des participations à la fortune commerciale (cf. arrêt 2A.168/1998 du 3 septembre 1999).
6.3 En l'espèce, la SA est issue de la scission des activités de la SNC, qui lui a transféré les actifs et passifs concernant les bains thermaux ainsi que l'exploitation de ces bains. Son but social est la promotion, la construction, l'exploitation de l'ensemble du complexe des B._, la mise en valeur des terrains de la société pour la création de logements et d'hôtels, etc. Le capital action de la nouvelle société anonyme a ainsi été intégralement libéré par un apport en nature des actifs et passifs provenant de la SNC se rapportant aux bains thermaux, ainsi que par un versement en espèces de Fr. 1'000'000. Les actions étaient souscrites pour la quasi totalité (2496 sur 2500) par la SNC, les associés n'en souscrivant qu'une seule chacun. L'existence d'un contrat de fiducie n'a pas été établie. Il était de plus convenu que la SA recevrait de la SNC une contribution par m2 de plancher vendu sur les promotions effectuées par cette dernière. Les actions ont par la suite été cédées par la SNC aux associés de celle-ci, le recourant détenant depuis cette cession une participation de 25%. Il est en outre admis que le recourant exerçait parallèlement une activité indépendante de courtier immobilier.
Au vu de ces circonstances objectives, c'est à bon droit que l'instance précédente a conclu à l'attribution des actions au patrimoine commercial du recourant. Contrairement à la jurisprudence citée par celui-ci, la SA est directement issue de la scission de la SNC, dont les buts sont similaires. Les opportunités d'hébergement liées au thermalisme sont à tel point liées au développement des bains qu'il faisait sens, à l'origine, de les regrouper au sein d'une même entité. La convention prévoyant le versement à la SA d'une contribution par m2 de surfaces de promotions immobilières réalisées par la SNC atteste également de l'intérêt du développement de la SNC pour la SA, le tout constituant un même complexe immobilier. Réciproquement, la SNC bénéficiait de prix de vente élevés en raison de la proximité immédiate des bains. Il n'est d'ailleurs ni contesté ni contestable que la participation du recourant à la SNC relève de sa fortune commerciale. Le choix de la SNC de réduire son bénéfice par le biais de cette convention dont on perçoit l'intérêt fiscal est sans incidence, dans le cas d'espèce, sur l'appréciation qui précède.
II. Impôt cantonal et communal
7. Dans le cadre du droit fiscal harmonisé qui régit l'imposition directe aux niveaux fédéral, cantonal et communal (cf. consid. 1 ci-dessus), la notion d'activité lucrative indépendante correspond aux concepts employés par la LIFD. Les art. 8 al. 2 LHID et 14 al. 2 LF prévoient ainsi que la fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition. Par conséquent, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonal et communal relatifs aux périodes fiscales sous examen. Il s'ensuit que le recours doit également être rejeté sur ce point pour les mêmes raisons.
8. Le recourant soutient que la Commission cantonale a agi de manière arbitraire en lui refusant un abattement pour la cessation de son activité dans la SNC, respectivement en cédant ses actions de la SA, en application de l'art. 63 al. 3 LF.
8.1 L'art. 63 al. 3 LF dispose notamment qu'en cas de cessation complète ou partielle de l'assujettissement ou lorsque le contribuable renonce à l'exercice de son activité lucrative indépendante, toutes les réserves latentes touchées par cet état de fait, qui n'ont pas été soumises à l'impôt jusque-là, font l'objet d'un impôt annuel entier perçu au taux correspondant au montant total de ces seuls revenus. Un abattement de 50 % est accordé sur l'impôt frappant ces bénéfices.
Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 III 552 consid. 4 p. 560).
8.2 La Commission cantonale considère que la lettre claire de la loi correspond aux intentions du législateur cantonal, et qu'il convient de distinguer entre la cessation, complète ou partielle, de l'assujettissement et la renonciation à l'exercice de l'activité indépendante. En l'espèce, le contribuable reste assujetti et poursuit son activité lucrative indépendante, dans le cadre de l'exploitation d'un bureau immobilier, de sorte qu'il ne remplit aucune des conditions alternatives de l'art. 63 al. 3 LF.
L'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause. Elle est de plus conforme à la LHID. Elle doit par conséquent être confirmée.
9. Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être rejeté.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_1023/2011 et 2C_1024/2011 sont jointes.
2. Le recours en matière d'impôts cantonal et communal (2C_1023/2011) est rejeté.
3. Le recours en matière d'impôt fédéral direct (2C_1024/2011) est rejeté.
4. Des frais judiciaires de 15'000 fr. sont mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 10 mai 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Cavaleri Rudaz