Erwägungen:
1. 1.1 Mit Verfügung vom 17. Juli 2009 auferlegte das Kantonale Steueramt Zürich der X._ AG, Zürich, für die Staatssteuer der Jahre 1994, 1997 und 1998 eine Nachsteuer (samt Zins) von Fr. 401'091.40 und eine Busse von Fr. 74'170.05. Für die direkte Bundessteuer der Perioden 1995 bis 1997 hielt es eine Nachsteuer von Fr. 50'338.-- und eine Busse von Fr. 4'302.90 fest.
Im Dispositiv seiner Verfügung erteilte das Steueramt der X._ AG folgende Rechtsmittelbelehrung: Einerseits stand ihr für die Nachsteuerverfügung bei der Staatssteuer (Ziffer I/A.3 der Verfügung) und die Nachsteuer- sowie Bussenverfügung bei der direkten Bundessteuer (Ziffer II.4) die Einsprache offen; andererseits hatte sie die Möglichkeit, für die bei der Staatssteuer verhängte Busse gerichtliche Beurteilung durch das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zu verlangen (Ziffer I/B.4).
1.2 Am 20. August 2009 liess der Rechtsvertreter der X._ AG dem Kantonalen Steueramt Zürich zwei getrennte Eingaben zukommen:
1.2.1 zum Einen eine Rechtsschrift mit dem Betreff: "Einsprache betr. Verfügung Direkte Bundessteuer datiert vom 17. Juli 2009 betreffend Nach- und Steuerstrafverfahren";
1.2.2 zum Anderen folgendes Schreiben:
X._ AG (Reg.Nr. A._):
Verfügung vom 17. Juli 2009: Antrag auf gerichtliche Beurteilung durch das Verwaltungsgericht
Sehr geehrte Damen und Herren
Wir beziehen uns auf die oben genannte Verfügung, die uns als Vertreter der Steuerpflichtigen am 27. Juli 2009 zugegangen ist (Poststempel vom Freitag 24. Juli 2009).
Die 30-tätige Rechtsmittelfrist gegen diese Verfügung ist damit gewahrt.
Namens und im Auftrag der Steuerpflichtigen verlangen wir gemäss Ziffer I. 4 (recte: I./B.4) der oben erwähnten Verfügung eine gerichtliche Beurteilung der Angelegenheit durch das Verwaltungsgericht.
Gemäss der erwähnten Rechtsmittelbelehrung ist kein Antrag und keine Begründung an dieser Stelle erforderlich.
Gerne setzten (sic) wir Sie auch darüber in Kenntnis, dass namens und im Auftrag der Steuerpflichtigen i.S. direkte Bundessteuer in derselben Angelegenheit Einsprache erhoben wurde.
Gerne erwarten wir Ihre gelegentliche Orientierung über den Verfahrensablauf betreffend die Staats- und Gemeindesteuern.
Freundliche Grüsse
(Unterschrift).
1.3 Das Kantonale Steueramt Zürich zog aus diesen beiden Eingaben den Schluss, dass die Nachsteuerverfügung bei den Kantons- und Gemeindesteuern unangefochten geblieben und somit nach verstrichener Einsprachefrist rechtskräftig geworden war. Am 31. Mai 2010 mahnte es die X._ AG für die noch nicht beglichene Forderung von Fr. 401'091.40.
1.4 Daraufhin ersuchte die Gesellschaft das Kantonale Steueramt um Wiedererwägung seines Standpunktes in Bezug auf die Rechtskraft der Nachsteuerverfügung bei den Kantons- und Gemeindesteuern, was das Amt mit Nichteintretensentscheid vom 2. September 2010 ablehnte. Dieser Entscheid wurde vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 24. August 2011 geschützt.
1.5 Am 3. Oktober 2011 hat die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben. Die Einsprache sei als fristgerecht erfolgt zu behandeln.
1.6 Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsericht des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten sei). Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf Antragstellung verzichtet.
2. Die vorliegende Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet und kann im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG erledigt werden.
2.1 Die Beschwerdeführerin macht einen Verstoss gegen das Willkürverbot und den Verfassungsgrundsatz von Treu und Glauben geltend. Sie argumentiert im Wesentlichen, aufgrund ihrer beiden Eingaben vom 20. August 2009 habe es für das Kantonale Steueramt unmissverständlich klar sein müssen, dass sie sowohl im Bereich der Staats- als auch in demjenigen der Bundessteuer Einsprache erheben wollte. Das belege folgender, im zweiten Schreiben (vgl. oben E. 1.2.2) enthaltener Satz: "Gerne erwarten wir Ihre gelegentliche Orientierung über den Verfahrensablauf betreffend die Staats- und Gemeindesteuern." Aus diesem Satz gehe ohne jeden möglichen Zweifel hervor, dass das Einschätzungsverfahren betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern aus der Sicht der pflichtigen Gesellschaft noch nicht abgeschlossen und vielmehr weiterzuführen sei.
2.2 Diese Argumentation wird dem Sinngehalt der beiden Eingaben jedoch keineswegs gerecht:
2.2.1 Die erste Rechtsschrift (vgl. oben E. 1.2.1) bezieht sich von ihrem Betreff und ihrem gesamten Inhalt her ausschliesslich auf die direkte Bundessteuer. Das wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten und durch folgenden Satz in ihrer zweiten Eingabe (vgl. oben E. 1.2.2) noch bestätigt: "Gerne setzten (sic) wir Sie auch darüber in Kenntnis, dass namens und im Auftrag der Steuerpflichtigen i.S. direkte Bundessteuer in derselben Angelegenheit Einsprache erhoben wurde."
2.2.2 Das zweite Schreiben befasst sich wohl mit den Kantons- und Gemeindesteuern, aber einzig in dem Sinne, dass die gerichtliche Überprüfung durch das Verwaltungsgericht verlangt wird. Nur auf diesen Punkt beziehen sich der Betreff des Schreibens, dessen wesentlicher Inhalt und auch der Verweis auf die Rechtsmittelbelehrung des kantonalen Steueramtes. Die Nachsteuerverfügung bei der Staatssteuer bzw. die diesbezügliche Rechtsmittelbelehrung war in einem anderen Punkt des Dispositivs enthalten (Ziffer I/A.3) und kann mit dem genannten Verweis nicht (ebenfalls) gemeint sein.
Aus den beiden letzten Sätzen des Schreibens lässt sich entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin gerade nicht der vielleicht implizit gebliebene, aber gleichwohl unmissverständliche Wille ableiten, sowohl bei der Staats- als auch für die Bundessteuer Einsprache zu erheben. Vielmehr unterscheiden diese Sätze in aller Deutlichkeit zwischen den beiden Bereichen, indem die Einsprache auf die direkte Bundessteuer beschränkt und für die Staatssteuer lediglich um "gelegentliche Orientierung über den Verfahrensablauf" gebeten wird. Eine derart unbestimmte Formulierung ist kaum aussagekräftig, kann mehrerlei bedeuten und hat weder für sich allein noch in ihrem Zusammenhang zwingend den Sinngehalt, den die Beschwerdeführerin ihr beimisst. Vielmehr konnte das Steueramt aufgrund mehrerer übereinstimmender Indizien in beiden Eingaben davon ausgehen, dass diese nur zweierlei bezweckten: in Bezug auf die Bundesssteuer Einsprache zu erheben und die gerichtliche Beurteilung der Busse bei der Staatssteuer zu verlangen.
2.3 Es trifft wohl zu, dass sich in den Bereichen der Staats- und der Bundessteuer die gleichen Sach- sowie Rechtsfragen stellten; auch hätte an sich kein triftiger Grund dafür bestanden, nur in einem der beiden Bereiche Einsprache zu erheben. Daraus lässt sich aber unter den gegebenen Umständen ebenfalls nichts Schlüssiges herleiten:
Für seine Auffassung und Vorgehensweise konnte sich das kantonale Steueramt - nebst den verschiedenen übereinstimmenden Indizien in den beiden Eingaben selber - zusätzlich auf zwei wesentliche äussere Umstände stützen: Zum Einen ist unbestritten, dass die in der Verfügung vom 24. Juli 2009 enthaltene Rechtsmittelbelehrung in allen Punkten zutreffend und unmissverständlich war. Zum Anderen stammten die Eingaben von einem rechtskundigen (lic. iur.) und sogar über fachspezifische Spezialkenntnisse verfügenden (dipl. Steuerexperte) Parteivertreter.
Wenn nun aber die rechtskundig vertretene und hinsichtlich der möglichen Rechtsmittel zutreffend sowie umfassend informierte Beschwerdeführerin nicht all diese Rechtsmittel ergriff, so stellt das kein offensichtliches Versehen oder eine "allenfalls unbeholfene Ausdrucksweise" dar, die vom Steueramt ohne weiteres zu berichtigen gewesen wäre. Denn aus den beiden Eingaben lässt sich - wie schon hervorgehoben (vgl. oben E. 2.2.2) - nicht ein vielleicht ungenügend klar geäusserter, aber implizit unbestreitbar vorhandener Einsprachewille herauslesen, sondern mit genügender Bestimmtheit der Wille, nur bei der direkten Bundessteuer Einsprache zu erheben. Im gegenteiligen Sinne liegt nicht mehr als ein kaum aussagekräftiger und vom deutlichen Gesamtgehalt beider Eingaben nicht klar abweichender Schlusssatz vor. So hatte das Steueramt hier keinen Anlass, von einem anderen Sinngehalt auszugehen oder auch nur nachzufragen, ob ein solcher allenfalls gemeint sein könnte. Ebenso wenig drängte sich eine Wiederherstellung der Einsprachefrist auf.
2.4 Die Beschwerdeführerin erhebt schwere Vorwürfe gegenüber den kantonalen Behörden. Vor Bundesgericht beklagt sie sich über Willkür, sogar über Parteilichkeit und Zynismus. Sämtliche Vorhaltungen stossen indessen ins Leere, kann doch den Behörden in keinem Zeitpunkt irgendein Fehlverhalten - und insbesondere keinen Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben - angelastet werden.
Daran ändert auch nichts, dass diese Sach- und Rechtslage für die Beschwerdeführerin schwerwiegende finanzielle Folgen haben könnte. Die Betroffene bringt vor, wenn sie die von ihr verlangten Nachsteuern (und Bussen) begleichen müsste, dann würde das für sie mit aller Wahrscheinlichkeit den unabwendbaren Konkurs bedeuten. Ob dem so ist, kann und muss hier nicht näher geprüft werden. Denn gerade unter den hier gegebenen Umständen könnte die Beschwerdeführerin solche allfällige Folgen in keiner Weise den Behörden anlasten, sondern hätte sie ausschliesslich auf Unzulänglichkeiten der eigenen Steuerberatung und Rechtsvertretung zurückzuführen. Letztere muss sich nicht nur entgegenhalten lassen, ein an sich offen stehendes und wesentliches Rechtsmittel nicht ergriffen zu haben. Darüber hinaus tat sie das so, dass die Behörden unter den gegebenen Umständen auf jeden Fall nicht verpflichtet waren, korrigierend einzugreifen, sei es nun bei Eingang der beiden hier massgeblichen Eingaben oder im nachmaligen Rechtsverfahren.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde - wie schon hervorgehoben (vgl. oben E. 2 einleitend) - als offensichtlich unbegründet abzuweisen und wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter