Sachverhalt:
A. In einer gegen A._ (Beschwerdeführer) eingeleiteten Betreibung wurde der V._ Genossenschaft vom Bezirksgerichtspräsidium Plessur am 6. Februar 2008 für den Betrag von Fr. 2'123'666.75 nebst Zins zu 10 % provisorische Rechtsöffnung erteilt. Der Beschwerdeführer erhob beim Zivilgericht Basel-Stadt Aberkennungsklage. Dieses verpflichtete ihn zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 36'000.-- und lehnte sein Begehren, den Vorschuss in 9 Raten zu begleichen, wegen ungenügender Glaubhaftmachung der behaupteten Zahlungsschwierigkeiten ab. Mit Verfügung vom 12. September 2008 wies der Instruktionsrichter des Zivilgerichts auch das hierauf gestellte Gesuch um Kostenerlass ab. Die hiergegen eingereichte Beschwerde wies der Ausschuss des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt am 23. April 2009 ab, und zwar mangels hinreichender Substanziierung seiner und seiner Familie Einkommens- und Unterhaltssituation.
B. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, es sei ihm der Kostenerlass gemäss kantonalem Recht und Art. 29 Abs. 3 BV zu bewilligen, und der unterzeichnende Rechtsvertreter sei zum Armenanwalt zu bestellen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die erste oder an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner verlangt er auch für das Verfahren vor Bundesgericht die unentgeltliche Rechtspflege. Seinem Begehren um Gewährung der aufschiebenden Wirkung entsprach das Bundesgericht am 9. Oktober 2009.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid ist ein letztinstanzlicher kantonaler Zwischenentscheid, der den Hauptprozess nicht abschliesst. Gegen diesen Zwischenentscheid ist nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG die Beschwerde zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Zwischenentscheide, mit denen die unentgeltliche Rechtspflege verweigert wird, haben in der Regel einen solchen Nachteil zur Folge (BGE 129 I 129 E. 1.1 S. 131; 126 I 207 E. 2a S. 210 mit Hinweisen). Dies trifft auch im vorliegenden Fall zu.
2. Der Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird in erster Linie durch das kantonale Prozessrecht geregelt. Unabhängig davon besteht ein solcher Anspruch unmittelbar aufgrund von Art. 29 Abs. 3 BV. Dass § 173 der Zivilprozessordnung vom 8. Februar 1875 (ZPO/BS; SG 221.100) einen über den verfassungsrechtlichen hinausreichenden Anspruch gewähren würde, macht der Beschwerdeführer nicht geltend und ist nicht ersichtlich. Die Beschwerde ist demnach im Lichte von Art. 29 Abs. 3 BV zu beurteilen.
2.1 Art. 29 Abs. 3 BV verschafft einer bedürftigen Partei in einem für sie nicht aussichtslosen Verfahren Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege und auf Ernennung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes, sofern sie eines solchen zur gehörigen Wahrung ihrer Interessen bedarf (BGE 135 I 91 E. 2.4.2.2 S. 96; 133 III 614 E. 5 S. 616). Da die Vorinstanz die Aussichtslosigkeit verneint hat, ist einzig zu prüfen ob sie bei der Beurteilung der Bedürftigkeit Bundesrecht verletzt hat.
2.2 Nach ständiger Rechtsprechung ist eine Person bedürftig, wenn sie nicht in der Lage ist, für die Prozesskosten aufzukommen, ohne dass sie Mittel beanspruchen müsste, die zur Deckung des Grundbedarfs für sie und ihre Familie notwendig sind (BGE 128 I 225 E. 2.5.1 S. 232; 127 I 202 E. 3b S. 205 mit Hinweisen). Dafür ist neben dem Einkommen auch allfälliges Vermögen zu berücksichtigen (BGE 124 I 1 E. 2a S. 2, 97 E. 3b S. 98; 120 Ia 179 E. 3a S. 181 mit Hinweisen).
2.3 Die unentgeltliche Rechtspflege ist nicht nur ein Problem des Rechtsstaates, sondern auch der Finanzen. Auch in diesem Gebiet staatlichen Wirkens müssen unnütze Ausgaben vermieden werden. Im öffentlichen Interesse hat das Gericht deshalb den Sachverhalt von Amtes wegen abzuklären. Der Untersuchungsgrundsatz entbindet den Gesuchsteller freilich nicht davon, seine finanzielle Situation vollumfänglich offen zu legen. Nur bei vollständiger Kenntnis der gesamten finanziellen Verhältnisse des Gesuchstellers kann namentlich beurteilt werden, ob und allenfalls in welchem Umfang ihm die Beanspruchung des Vermögens, etwa durch entsprechende Kreditaufnahme, nicht nur möglich, sondern auch zumutbar ist, um die Mittel aufzubringen, welche zur Führung nicht aussichtsloser Prozesse erforderlich sind. Grundsätzlich obliegt dem Gesuchsteller, seine Einkommens- und Vermögensverhältnisse umfassend darzustellen und soweit möglich auch zu belegen. Dabei dürfen um so höhere Anforderungen an eine umfassende und klare Darstellung der finanziellen Situation durch den Gesuchsteller selbst gestellt werden, je komplexer diese Verhältnisse sind. Verweigert ein Gesuchsteller die zur Beurteilung seiner aktuellen Gesamtsituation erforderlichen Angaben oder Belege, so kann die Bedürftigkeit ohne Verletzung des verfassungsmässigen Anspruchs verneint werden (BGE 120 Ia 179 E. 3a S. 181 f.; Urteil des Bundesgerichts 5P.426/2002 vom 17. Januar 2003 E. 4.2 mit Hinweisen, in: Pra 92/2003 Nr. 170 S. 927 ff., S. 930 f.).
3. Der Beschwerdeführer rügt zunächst als Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehörs, dass ihm die Stellungnahme der V._ zu seinem Gesuch um Kostenerlass erst zusammen mit dem Entscheid des erstinstanzlichen Gerichts zugestellt worden ist.
3.1 Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV steht den Parteien das rechtliche Gehör zu. Dieser Anspruch ist formeller Natur, womit seine Verletzung ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheides führt. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Klärung des Sachverhaltes, anderseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheides dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines ihn belastenden Entscheides zur Sache zu äussern und an der Erhebung wesentlicher Beweise mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis äussern zu können, wenn dieses geeignet ist, den Ausgang des Verfahrens zu beeinflussen (BGE 135 I 187 E. 2.2. S. 190 mit Hinweisen).
3.2 Nach der Rechtsprechung kann eine - nicht besonders schwerwiegende - Verletzung des rechtlichen Gehörs ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann. Von einer Rückweisung der Sache ist indes selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des rechtlichen Gehörs abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (BGE 133 I 201 E. 2.2 S. 204 f.; 132 V 387 E. 5.1 S. 390; je mit Hinweisen).
3.3 Die Vorinstanz führte zur entsprechenden, ihr unterbreiteten Rüge aus, der Beschwerdeführer habe sich vor Appellationsgericht zur Stellungnahme der V._ äussern können, und das Appellationsgericht prüfe die angefochtene Verfügung mit freier Kognition. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, inwiefern sein Äusserungsrecht im kantonalen Verfahren tatsächlich verkürzt worden ist. Vielmehr weist er selbst auf die oben wiedergegebene ständige Praxis des Bundesgerichts hin, wonach ausnahmsweise im Rechtsmittelverfahren die Gewährung des rechtlichen Gehörs nachgeholt werden kann. Die Schwere der Verletzung hängt zudem entgegen seiner Meinung nicht von dem auf dem Spiele stehenden Streitwert, sondern unmittelbar vom Gewicht des Eingriffs in den Gehörsanspruch ab. Konnte der Beschwerdeführer seine Mitwirkungsrechte vor einer oberen Instanz vollumfänglich ausüben, ist nicht ersichtlich, welches Rechtsschutzinteresse er an einer Rückweisung noch haben kann, zumal es dabei entgegen seiner Auffassung nicht darum geht, die unteren Instanzen zu disziplinieren. Eine Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV ist nicht dargetan.
4. 4.1 Die Vorinstanz kam zum Ergebnis, der Beschwerdeführer, ein selbständiger Architekt, habe seine Einkommenssituation nicht hinreichend belegt. Es fehlten Belege zur behaupteten Inaktivität der W._ GmbH, deren einziger Gesellschafter und Geschäftsführer der Beschwerdeführer sei. Zwar treffe zu, dass die drei Gesellschaften, X._ GmbH, Y._ GmbH und Z._ GmbH, als deren Geschäftsführer und/oder Gesellschafter der Beschwerdeführer eingetragen sei, sich in Liquidation befänden. Der Beschwerdeführer habe aber weder Buchhaltungsunterlagen (Gewinn- und Verlustrechnungen, Bilanzen) noch Bankbelege dieser Gesellschaften eingereicht, aus welchen sich allfällige Bezüge des Beschwerdeführers bzw. deren Versiegen ergeben hätten. Ebenso fehlten Unterlagen, aus denen auf die frühere Zusammensetzung des Einkommens und damit auf die Auswirkungen der Liquidation der drei Gesellschaften geschlossen werden könnte. Schliesslich falle auf, dass der Beschwerdeführer vorbringe, er sei daran, die zum Teil nicht fertig gestellten Überbauungen, welche die V._ finanziert hatte, durch Verkauf oder anderweitig finanzierte Fertigstellung zu retten. Dass der Beschwerdeführer an diesen Grundstücken nicht berechtigt sei, trage er nicht vor. Auch das Darlehen des Schwiegervaters, mit dem nach Angaben des Beschwerdeführers der Bedarf der Familie gedeckt werde, sei durch nichts belegt. Der Beschwerdeführer habe somit seine und seiner Familie Einkommens- und Unterhaltssituation ungenügend substanziiert und die Bedürftigkeit nicht glaubhaft gemacht.
4.2 Mit diesen Erwägungen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Seine Ausführungen, wonach er die Steuererklärungen, soweit sie vorlägen, eingereicht habe, gehen an der Sache vorbei, da die Vorinstanz nicht auf diese, sondern auf die anderen, von ihr angeführten Belege hätte abstellen wollen, um daraus die Einkommens- und Vermögenslage des Beschwerdeführers zuverlässig abzulesen. Inwiefern sie damit Recht verletzte, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Ebenso wenig geht aus dem angefochtenen Urteil hervor, dass der Beschwerdeführer seinen Schwiegervater, der ihn angeblich unterstützt, als Zeugen angerufen hat, und der Beschwerdeführer zeigt nicht unter Aktenhinweis auf, dass er diesen Zeugen im kantonalen Verfahren prozesskonform angeboten hat, damit aber nicht gehört wurde. Indem der Beschwerdeführer schliesslich geltend macht, mit der nachgewiesenen vollzogenen Pfändung über Fr. 11'050.-- sei seine Hablosigkeit hinreichend glaubhaft gemacht, unterbreitet er dem Bundesgericht lediglich seine eigene Sicht der Dinge, ohne auf die Argumentation der Vorinstanz einzugehen, die angesichts seiner diversen Beteiligungen an Liegenschaften nähere Auskünfte darüber und über deren Wertentwicklung für unerlässlich hielt. Insoweit verfehlt der Beschwerdeführer die Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.1 ff.).
5. Insgesamt erweist sich die Beschwerde als offensichtlich unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann. Unter diesen Umständen kommt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht nicht in Frage. Vielmehr wird der Beschwerdeführer entsprechend dem Verfahrensausgang kostenpflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Oktober 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak