Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 11. August 2009 wies das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen des Kantons Zürich (nachfolgend: Aufsichtsbehörde) die Stiftung N._ der Firma S._ AG (kurz: Stiftung N._) im Wesentlichen an, bestimmte Arbeitgeberbeitrags-Zahlungen für die Jahre 2006-2008 von der Arbeitgeberfirma S._ AG zurückzufordern (Dispositiv Ziff. I lit. a), ein Anlage- und ein Teilliquidationsreglement zu erstellen (lit. b und c), die seit 1999 bejahten bzw. verneinten Teilliquidationstatbestände zu begründen (lit. d) sowie den Umgang mit allfälligen Retrozessionen offen zu legen (lit. e).
B. Am 22. Dezember 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde der Stiftung N._ teilweise gut, indem es Dispositiv Ziff. I lit. a, d und e der angefochtenen Verfügung aufhob. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C. Die Stiftung N._ reicht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein und beantragt in materieller Hinsicht, es seien das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 22. Dezember 2011, soweit die Beschwerde abgewiesen worden sei, sowie Dispositiv Ziff. I lit. b und c der Verfügung vom 11. August 2009 aufzuheben. In formeller Hinsicht stellt sie Antrag auf Erteilung der aufschiebenden Wirkung.
Die Aufsichtsbehörde beantragt in ihrer Stellungnahme, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesverwaltungsgericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Stellungnahme.
D. Mit Verfügung vom 19. März 2012 hat die Instruktionsrichterin der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), prüft indessen - unter Beachtung der Begründungspflicht in Beschwerdeverfahren (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) - grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Es ist unbestritten, dass es sich bei der Beschwerdeführerin um einen patronalen Wohlfahrtsfonds im Sinne des zur Publikation in BGE 138 V bestimmten Urteils 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 3.1.1 Abs. 1 handelt. Wie die Vorinstanz diesbezüglich für das Bundesgericht verbindlich festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), besteht keine reglementarische Personalvorsorge. Ebenso wenig wurde die Stiftung je mit Arbeitnehmerbeiträgen finanziert. Es besteht keine Veranlassung, von der allseits anerkannten Qualifizierung abzuweichen.
2. Mit Grundsatzurteil 9C_2/2012 vom 30. August 2012 hat das Bundesgericht entschieden, dass patronale Wohlfahrtsfonds vom Anwendungsbereich des Art. 89bis Abs. 6 ZGB (nachfolgend zitiert in der auch hier anwendbaren, bis Ende 2011 gültig gewesenen Fassung) nicht ausgenommen sind. Indes darf der darin stipulierte Kriterienkatalog nicht integral und strikt übertragen werden. Er ist auf patronale Wohlfahrtsfonds analog anzuwenden, wenn und soweit die BVG-Normen mit deren Charakter vereinbar sind (a.a.O. E. 4.5).
Einer solchen Analogie zugänglich sind grundsätzlich die BVG-Bestimmungen betreffend die Revisionsstelle (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 7 ZGB mit Verweis auf Art. 53 BVG), die Aufsicht (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 12 ZGB mit Verweis auf Art. 61, 62 und 64 BVG) sowie die Rechtspflege (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 19 ZGB mit Verweis auf Art. 73 und 74 BVG; Urteil 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 4.6). Ebenfalls analog anwendbar ist, wie im besagten Grundsatzurteil neu entschieden, Art. 53b BVG (vgl. Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 9 ZGB), welche Bestimmung das Verfassen eines Teilliquidationsreglements vorschreibt (a.a.O. E. 5.6). Insoweit sich die Beschwerde gegen die von der Aufsichtsbehörde verfügte Erstellung eines Teilliquidationsreglements - und dessen Einreichung zur Genehmigung - richtet, welche Anordnung das Bundesverwaltungsgericht geschützt hat, erweist sie sich somit als unbegründet und ist abzuweisen.
3. Zu prüfen ist die Frage, ob und inwieweit die Beschwerdeführerin verpflichtet ist, ein Anlagereglement zu erstellen.
3. Zu prüfen ist die Frage, ob und inwieweit die Beschwerdeführerin verpflichtet ist, ein Anlagereglement zu erstellen.
3.1 3.1.1 Art. 89bis Abs. 6 ZGB verweist in Ziff. 18 auf Art. 71 BVG, welche Bestimmung von der Vermögensverwaltung handelt. Danach verwalten die Vorsorgeeinrichtungen ihr Vermögen so, dass Sicherheit und genügender Ertrag der Anlagen, eine angemessene Verteilung der Risiken sowie die Deckung des voraussehbaren Bedarfes an flüssigen Mitteln gewährleistet sind (Abs. 1).
Gemäss Art. 49a Abs. 2 lit. a BVV2 (in der ab 1. Januar 2009 gültigen Fassung; AS 2008 4651), der vom Bundesrat als Durchführungsbestimmung zu unter anderem Art. 71 Abs. 1 BVG erlassen wurde (vgl. Art. 97 Abs. 1 BVG), hat das oberste Stiftungsorgan die Aufgabe, in einem Reglement die Ziele und Grundsätze, die Organisation und das Verfahren für die Vermögensanlage festzulegen. Im Weiteren hat der Verordnungsgeber in Art. 59 Abs. 1 lit. b BVV2 (in Kraft seit 1. Januar 2009; AS 2008 4655), der ebenfalls eine Durchführungsbestimmung zu Art. 71 BVG darstellt, ausgeführt, dass die Bestimmungen des dritten Abschnittes, d.h. Art. 49-58a BVV2, sinngemäss auch für patronale Wohlfahrtsfonds gelten.
3.1.2 In seiner Mitteilung Nr. 108 über die berufliche Vorsorge vom 27. Oktober 2008 hat das BSV Art. 49 ff. BVV2 erläutert (Rz. 665). In Bezug auf den hier interessierenden Art. 49a Abs. 2 lit. a BVV2 legte es dar, dass als "Ziele und Grundsätze" unter anderem folgende Punkte festgehalten werden sollten: Auf den Versicherungsbestand und das Leistungsreglement ausgerichtete Ertragsvorstellungen, Prinzipien zur Sicherstellung eines ausgeglichenen Verhältnisses von Vermögen und Verbindlichkeiten, Zulässigkeit von Anlagekategorien und -formen, Grundsätze zur Liquidität und Zahlungsfähigkeit, Grundsätze zur Risikofähigkeit und -bereitschaft des obersten Organs. Betreffend die "Organisation" hielt das BSV fest, dass im Anlagereglement die Verantwortlichkeiten der verschiedenen Organe der Vorsorgeeinrichtung umschrieben werden müssten. Das oberste Organ müsse festlegen, welche Entscheidungen es selbst treffe und wie es das dazu notwendige Know-how verfügbar mache. Unter dem Titel "Verfahren" erwähnte das BSV drei weitere Punkte, die es zu regeln gelte, nämlich die Verwaltungs- und Verfahrensgrundsätze, die Diversifikationsgrundsätze sowie die Grundsätze zu Reporting und Überwachung (Mitteilung Nr. 108 S. 14, Erläuterungen Ziff. 2.1).
3.2 Mit Art. 59 BVV2, der explizit vorsieht, dass die Anlagebestimmungen (Art. 49-58a BVV2) sinngemäss auf patronale Wohlfahrtsfonds anzuwenden sind, bestätigt der Verordnungsgeber, dass es lediglich um eine analoge Anwendung gehen kann (vgl. E. 2 vorne). Wenn auch Art. 59 BVV2 erst einige Zeit nach Inkrafttreten der 1. BVG-Revision (am 1. Januar 2005) Eingang in die Verordnung gefunden hat (vgl. E. 3.1.1 vorne), darf nicht übersehen werden, dass Art. 89bis Abs. 6 ZGB bereits davor auf Art. 71 BVG verwiesen hat. Seit jeher war das Führungsorgan einer reglementarischen Vorsorgeeinrichtung zur zweckkonformen Verwendung und sorgfältigen Verwaltung des Vorsorgevermögens angehalten sowie verpflichtet, die erforderliche Transparenz im Hinblick auf die Überprüfung der Einhaltung dieser Pflicht zu schaffen (Art. 49a Abs. 1 BVV2 in der bis 31. Dezember 2008 gültig gewesenen Fassung; BGE 132 II 144 E. 1.3 S. 147).
Die Forderung, auch patronale Wohlfahrtsfonds hätten ihre Anlagepolitik nachvollziehbar zu machen, ist im Grundsatz nicht zu beanstanden. Sie widerspricht nicht seinem Charakter (vgl. E. 2 vorne). Zum einen dienen die Vorschriften von Art. 49 ff. BVV2 selbst bei gewöhnlichen resp. klassischen Stiftungen im Sinne von Art. 80 ZGB als Orientierungshilfe (BGE 124 III 97 E. 2c S. 99). Ihre Überarbeitung per 1. Januar 2009 tut dem keinen Abbruch. Zum andern ist im Bewusstsein zu behalten, dass die Mittel eines patronalen Wohlfahrtsfonds, wenn auch einzig vom Arbeitgeber geäufnet, nicht diesem gehören und er über diese Gelder nicht frei verfügen kann (Urteil 9C_2/2012 vom 30. August 2012 E. 5.3 Abs. 2 und E. 6.5.2 Abs. 2). Es liegt somit - nicht anders als bei reglementarischen Vorsorgeeinrichtungen - sowohl im Interesse der Destinatäre als auch in demjenigen der Organe, die grundsätzlichen Ziele und Verhaltensrichtlinien der Vermögensanlage und -verwaltung in Form eines Anlagereglements festzuhalten. So steht die Richtschnur, an welcher sich die finanzielle Führung des Stiftungsrats auszurichten - und im Schadenfall messen zu lassen - hat, für alle Beteiligten von Anfang an fest (vgl. YVAR MENTHA, in: Schneider/Geiser/Gächter [Hrsg.], Handkommentar zum BVG und FZG, 2010, N. 45 in fine zu Art. 71 BVG). An diesem Formalisierungsbedürfnis ändern "einfache" Verhältnisse, wie sie bei der Beschwerdeführerin vorliegen - ihr Vermögen erschöpft sich im Wesentlichen in einem Wohnhaus mit Gewerbe - nichts.
3.3 Eine andere Frage ist, wie das Anlagereglement hinsichtlich patronaler Wohlfahrtsfonds zu substanziieren resp. die Vermögensbewirtschaftung inhaltlich auszugestalten ist (vgl. E. 3.1.2 vorne). Mangels eines konkreten Anfechtungsgegenstands lassen sich an dieser Stelle nur, aber immerhin, allgemeine Betrachtungen anführen.
3.3.1 Patronale Wohlfahrtsfonds weisen - anders als reglementarische Vorsorgeeinrichtungen - kaum feste zukünftige Verpflichtungen auf. Deshalb ist grundsätzlich eine grosszügige Auslegung von Art. 49 ff. BVV2 angesagt (vgl. auch Mitteilungen des BSV über die berufliche Vorsorge Nr. 108 vom 27. Oktober 2008 S. 21 Ziff. 2.10 Abs. 2). Insbesondere ist ein hinreichend enger sachlicher Zusammenhang zwischen den (analog) anwendbaren Bestimmungen und den konkreten Gegebenheiten des patronalen Wohlfahrtsfonds unabdingbar. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin und der in der Lehre befürchteten Annahme (HERMANN WALSER, Ein vorsorgerechtlicher Spezialfall: der patronale Wohlfahrtsfonds, in: Soziale Sicherheit - Soziale Unsicherheit, Festschrift für Erwin Murer zum 65. Geburtstag, 2010, S. 970 f.) bleibt somit die Möglichkeit bestehen, der Situation im Einzelfall Rechnung zu tragen und nicht alle Anlagebestimmungen tel quel zur Anwendung zu bringen (CHRISTINA RUGGLI-WÜEST, Wohlfahrtsfonds heute: Ein Auslaufmodell, oder ...?, in: BVG-Tagung 2009, Schaffhauser/Stauffer [Hrsg.], S. 171). Im Normalfall sollten auch die Erweiterungen gemäss Art. 50 Abs. 4 BVV2 in Anspruch genommen werden können (Mitteilungen des BSV über die berufliche Vorsorge Nr. 108 vom 27. Oktober 2008 S. 21 Ziff. 2.10 Abs. 2).
3.3.2 Im Übrigen ist vor allem nach der Grösse des patronalen Wohlfahrtsfonds und seinen Leistungsausschüttungen zu differenzieren. Je mehr Vermögen vorhanden ist und je mehr (langjährige) Ausschüttungen vorgenommen werden resp. je mehr (langjährige) Verpflichtungen bestehen, umso detaillierter sind die Vermögensanlage und -verwaltung zu konkretisieren und umso weniger verbleibt Raum für eine large(re) Handhabung (RUGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 171). Mit anderen Worten darf relativ bescheidenen Verhältnissen mit einer relativ elementaren Reglementsausgestaltung begegnet werden.
3.4 Die Sorge der Beschwerdeführerin, eine über Jahrzehnte bewährte Vermögensanlage ohne jegliche wirtschaftliche Notwendigkeit anpassen zu müssen, kann nach dem Gesagten nicht geteilt werden. Die Grundsätze der Sicherheit, Rentabilität, Liquidität, Risikoverteilung und Substanzerhaltung sind in Berücksichtigung der gesamten Umstände in einer Weise anzuwenden, dass dem Stiftungszweck dauernd Nachachtung verschafft werden kann, wobei auch der Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu beachten ist. Der "einseitigen" Vermögensanlage der Beschwerdeführerin (vgl. E. 3.2 vorne) sind daher unter anderem der Grad der Selbstfinanzierung, die Rendite und die Rückstellungen für den Liegenschaftsunterhalt gegenüberzustellen. Ausserdem weist die Beschwerdeführerin selber darauf hin, dass sie keine Verpflichtungen gegenüber Destinatären hat. Die Aufsichtsbehörde hat denn auch keine Auflagen zur Anlage selber erlassen. Vor allem hat sie die von der Beschwerdeführerin beanspruchte Erweiterung der Anlagebegrenzung (vgl. Anhänge zu den einzelnen Jahresrechnungen) nicht in Frage gestellt. Schliesslich trägt sich die Beschwerdeführerin selber mit dem Gedanken, die Liegenschaft mittelfristig zu verkaufen, wie sich dem Anhang zur Jahresrechnung 2008 entnehmen lässt.
3.5 Zusammengefasst ist die Beschwerdeführerin gehalten, ein Anlagereglement gemäss Art. 49a Abs. 2 lit. a BVV2 in Bezug auf die bei ihr herrschende Sachlage zu erstellen und es der Aufsichtsbehörde zur Genehmigung vorzulegen. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt abzuweisen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Oktober 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Keel Baumann