Faits:
A. J._ est entré au service de «Y._» (autrefois T._ SA puis Z._) en 1974. Son licenciement pour la fin 1992 a donné lieu à l'arrêt 4C.289/1998 du 27 octobre 1999 portant condamnation de l'employeur à lui verser la somme de 71'530 fr. 95.
Les risques de vieillesse, invalidité et décès des employés de la société étaient garantis par le «Fonds de prévoyance en faveur du personnel de X._ qui, dans le cadre de la réalisation de son but, avait conclu un contrat de réassurance avec la «Rentenanstalt, société suisse d'assurance générale sur la vie humaine» (ci-après: la Rentenanstalt). Suite à l'entrée en vigueur de la LPP, le Fonds s'est limité à un plan de prévoyance complémentaire, «W._, fondation paritaire de prévoyance de l'artisanat, du commerce, de l'industrie et des métiers» s'étant engagée à satisfaire aux exigences légales minimales. L'ensemble des assurés a été transféré au «Fonds de prévoyance du groupe Y._ et des sociétés affiliées», institution dite enveloppante, au 1er janvier 1995 et le contrat avec la Rentenanstalt a été résilié pour cette date. Le Fonds s'est alors contenté de gérer sa fortune libre.
Sur la base de renseignements communiqués par le conseil de fondation, le Département vaudois de l'intérieur et de la santé publique, autorité de surveillance des institutions de prévoyance (ci-après: l'autorité de surveillance), a pris acte de la volonté du conseil de liquider le Fonds et approuvé les principes régissant le projet de répartition de la fortune libre (décision du 25 septembre 1997 publiée dans la Feuille des avis officiels le 3 octobre suivant). Directement informé du montant de sa part de liquidation, l'assuré a déféré la décision à la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (ci-après: la commission de recours).
En parallèle, l'intéressé a saisi l'autorité de surveillance d'une plainte. Il reprochait essentiellement au Fonds d'avoir accordé illicitement une rente de vieillesse à A._, ancien administrateur de Z._ SA, et, au décès de celui-ci, une rente de veuve à son épouse. L'autorité de surveillance n'est pas entrée en matière, mais a tout de même considéré, à titre subsidiaire, que les prestations servies étaient licites (décision du 16 juin 1999). J._ a également recouru contre cette décision.
Par jugement du 4 septembre 2000, la commission de recours a joint les causes et débouté l'assuré de ses conclusions dans la mesure de leur recevabilité. Le jugement n'ayant pas été attaqué, le Fonds a été autorisé à procéder à un versement provisoire correspondant à 85 % de la part à la fortune libre calculée pour chaque bénéficiaire.
B. Par acte adressé le 20 novembre 2002 au Tribunal des assurances du canton de Vaud, l'intéressé a ouvert action contre le Fonds, B._, C._, D._ en qualité de membres ou d'anciens membres du conseil de fondation et Z._ en qualité de fondatrice. Il concluait à la constatation de la responsabilité des personnes morales ou physiques mentionnées pour les sommes versées à A._ et son épouse et pour la différence entre le montant qui lui était dû et celui qui lui serait effectivement versé, ainsi qu'à la condamnation des mêmes au paiement de sa part de liquidation corrigée par la juridiction cantonale selon ses indications.
Dans sa réplique, il a précisé ses conclusions relativement à une nouvelle distribution partielle à laquelle il n'avait pas participé. Il a exigé le versement immédiat de la part qui lui revenait, ainsi que la correction du salaire retenu, selon les considérants de l'arrêt 4C.289/1998 du 27 octobre 1999, et du nombre d'années de service accomplies auprès de son ancien employeur.
Le jugement rendu le 16 août 2004 par le tribunal cantonal, rejetant la demande à titre préjudiciel aux motifs que J._ n'avait pas saisi la commission de recours au sujet du plan de répartition et que seule l'institution de prévoyance pouvait être actionnée en responsabilité, a fait l'objet de l'arrêt B 6/05 du 25 juillet 2005 confirmant l'incompétence des premiers juges pour connaître des prétentions en responsabilité émises et renvoyant la cause à ces derniers pour qu'ils se prononcent sur les griefs relatifs à l'exécution du plan de répartition des fonds libres.
Après avoir obtenu les pièces permettant de déterminer le salaire assuré et donné la possibilité aux parties de s'exprimer sur leur contenu, la juridiction cantonale a très partiellement admis les conclusions formulées par l'assuré dans sa demande initiale (jugement du 7 février 2007). Seule l'inexécution ou la mauvaise exécution du plan de répartition pouvant être invoquées, elle a considéré que le grief concernant les versements accordés à A._ devait être rejeté puisqu'il sortait du champ de compétence défini, qu'il n'y avait pas lieu de retenir les années d'apprentissage comme années de service dans le calcul de la part à la fortune libre, que la participation aux bénéfices et l'indemnité pour vacances non prises ne devaient pas être intégrées dans le calcul du salaire assuré, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de modifier la répartition de la fortune libre à l'égard de l'intéressé (ch. II du dispositif), que le Fonds devait verser à l'assuré la part lui revenant dans la distribution partielle du 15 mai 2003 répartition majorée d'un intérêt moratoire de 5 % l'an à compter du 6 février 2004 (ch. III du dispositif) et que le capital de dotation de 9'000 fr. devrait être intégralement réparti lors de la liquidation définitive (ch. IV du dispositif).
C. J._ a interjeté un recours en matière de droit public à l'encontre de ce jugement dont il a principalement requis la réforme. Il a conclu, sous suite de frais et dépens, au versement immédiat par le Fonds de 47'224 fr. 65, avec intérêts dès le 31 décembre 2003 et intérêts moratoires supplémentaires de 5 % sur 9'497 fr. 05 depuis le 15 mars (recte: mai) 2003, et de 9'812 fr. 95 («montant sur le solde des rentes A._»), avec intérêts à 5 % l'an dès le 31 mars 1997. A titre subsidiaire, il a requis singulièrement l'annulation des chiffres II et IV du dispositif de l'acte attaqué et la réforme du chiffre III concluant au renvoi du dossier aux premiers juges pour nouveau calcul de son droit à la fortune libre compte tenu des critiques émises et à la modification de la date d'exigibilité des intérêts moratoires relatifs au montant lui revenant dans le cadre de la distribution partielle du 15 mars (recte: mai) 2003.
L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. Il a toutefois relevé que l'assuré ne pouvait plus contester le plan de répartition des fonds libres, par le biais d'un recours fondé sur l'art. 73 LPP, en maintenant sa conclusion relative au versement indu d'une rente à A._. Ledit plan avait effectivement acquis autorité de chose jugée puisque le jugement de la commission de recours n'avait fait l'objet d'aucune procédure selon l'art. 74 LPP.
L'intimé a conclu au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) et n'est donc pas limité par les arguments du recourant, ni par la motivation de l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux allégués et en rejeter en adoptant une autre argumentation que celle de l'autorité précédente (ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140). Eu égard à l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, il n'examine toutefois que les griefs invoqués, pour autant que les vices ne soient pas évidents. Il n'est pas tenu de traiter toutes les questions juridiques qui se posent, comme le ferait une autorité de première instance, lorsque celles-ci ne sont pas ou plus abordées devant lui. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF et à la pratique qui prévalait en matière de recours de droit public, ce principe d'allégation vaut plus particulièrement pour la violation des droits constitutionnels qui doivent être expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée dans le mémoire de recours (cf. ATF 130 I 26 consid. 2.1 p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261 s., 129 I 113 consid. 2.1 p. 120; Message, FF 2001 p. 4142). Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'en écarter doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. Il n'y a pas lieu de revenir sur le droit applicable, du point de vue intertemporel, ni sur la compétence respective des autorités désignées aux art. 73 et 74 LPP en matière de répartition des fonds libres d'une institution de prévoyance en liquidation totale ou partielle, dès lors que le Tribunal fédéral des assurances (depuis le 1er janvier 2007: Ie et IIe Cours de droit social du Tribunal fédéral) a déjà tranché ces questions dans l'arrêt B 6/05 du 25 juillet 2005. Il suffit donc d'y renvoyer.
On relèvera qu'avec l'entrée en vigueur au 1er janvier 2007 de la LTF et de la LTAF, les voies de recours ouvertes par les art. 73 et 74 LPP (dans leur teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006) ont été modifiées. Les compétences de la commission de recours par rapport aux décisions de l'autorité de surveillance ont été reprises par le Tribunal administratif fédéral (art. 74 LPP dans sa nouvelle teneur selon le ch. I 14 de l'ordonnance de l'Assemblée fédérale du 20 décembre 2006 relative à l'adaptation d'actes législatifs aux dispositions de la LTF et de la LTAF) et les décisions des tribunaux cantonaux ne sont plus sujettes à recours de droit administratif, mais à recours en matière de droit public (art. 86 al. 1 let. d LTF, en relation avec l'art. 74 LPP dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007). Ces modifications n'ont cependant pas eu d'incidence en l'espèce.
3. Le recourant soutient d'abord que l'attribution indue d'une rente à A._ puis à son épouse a violé son droit à obtenir une part des fonds libres. Il reproche à la juridiction cantonale de ne pas avoir examiné ce grief dans le cadre de la procédure ouverte selon l'art. 73 LPP dès lors qu'il détenait désormais un véritable droit sur ces fonds et pas simplement une expectative comme auparavant.
Les critères du plan de répartition de la fortune libre soumis à l'autorité de surveillance sont l'âge du bénéficiaire, le salaire assuré au moment de la répartition ou de la fin des rapports de service et les années de service accomplies auprès de la fondatrice. Ils correspondent à ceux généralement retenus en cas de liquidation de caisses de pensions (ATF 128 II 394 consid. 4.2 p. 398). Le montant des fonds à distribuer, équivalant à celui figurant au bilan des années concernées, n'est clairement pas un critère prévu par le plan. Compte tenu des compétences respectives de l'autorité de surveillance et du tribunal cantonal en la matière, ainsi que des voies de droit qui en découlent, déjà décrites par le Tribunal fédéral des assurances (arrêt B 6/05 du 25 juillet 2005, consid. 5.2), les critiques envers le montant à répartir ne peuvent donc faire l'objet d'une procédure selon l'art. 73 LPP, comme en l'espèce, mais seulement d'une plainte au sens de l'art. 74 LPP. Le grief de l'intéressé n'est ainsi pas recevable. Si celui-ci estimait que la commission de recours lui avait dénié à tort la qualité pour agir dans son jugement du 4 septembre 2000, il aurait dû interjeter alors un recours de droit administratif au Tribunal fédéral des assurances ou agir en responsabilité contre les organes du Fonds conformément au considérant 6 de l'arrêt B 6/05 cité.
4. Le recourant reproche encore aux premiers juges leur mauvaise interprétation des dispositions réglementaires relatives aux années de service et soutient que les années d'apprentissage doivent être comptabilisées dans ces dernières.
Un employé assuré est lié à une institution de prévoyance par un contrat innommé (sui generis) de prévoyance. Le règlement de prévoyance en est le contenu préformulé, c'est-à-dire les conditions générales auxquelles l'assuré se soumet expressément ou par actes concluants. Il doit ainsi être interprété selon les règles générales sur l'interprétation des contrats. Il y a lieu de rechercher, tout d'abord, la réelle et commune intention des parties (art. 18 al. 1 CO), ce qui en matière de prévoyance professionnelle vaut avant tout pour les conventions contractuelles particulières (ATF 129 V 145 consid. 3.1 p. 147 sv.). Lorsque cette intention ne peut être établie, il faut tenter de découvrir la volonté présumée des parties en interprétant leurs déclarations selon le sens que le destinataire de celles-ci pouvait et devait raisonnablement leur donner selon les règles de la bonne foi (principe de la confiance). L'interprétation en application de ce principe, dite objective ou normative, consiste à établir le sens que chacune des parties pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Pour ce faire, il convient de partir du texte du contrat (ou du règlement) avant de l'examiner dans son contexte; dans ce dernier cas, toutes les circonstances ayant précédé ou accompagné sa conclusion doivent être prises en considération (ATF 132 V 286 consid. 3.2.1 p. 292 sv. et les références, 129 III 118 consid. 2.5 p. 122 sv.).
L'art. 4 al. 3 du règlement de prévoyance est constitué de trois phrases indépendantes. La première définit les années de service comme étant celles, entières, passées au service de l'entreprise de façon ininterrompue. La deuxième précise que les années passées précédemment au service de l'entreprise seront prises en considération dans le calcul du délai d'attente prévu à l'art. 5 concernant les conditions d'admission à l'assurance. La troisième exclut la prise en compte des années d'apprentissage. Conformément aux principe de la confiance et contrairement à l'avis de l'intéressé, qui soutient que la troisième phrase n'a de sens qu'en relation avec la deuxième, on relèvera que si les auteurs du règlement avaient voulu adopter une telle solution, ils n'auraient pas manqué de le préciser en utilisant, par exemple, un connecteur comme l'a fait le recourant (les années passées précédemment au service de l'entreprise sont prises en considération pour le calcul du délai d'attente selon l'art. 5 à l'exception des années d'apprentissage) ou, mieux encore, en intégrant cette exception directement à l'article concerné. De plus, étant donné que dans la quasi-totalité des cas les apprentis ne remplissent pas les conditions d'âge et de salaire minima pour cotiser à la prévoyance professionnelle, il est plus conforme au principe d'égalité de traitement d'exclure cette période de formation des années de service proprement dites. Il n'y a en outre aucune raison de penser que ce critère ait été appliqué de manière différenciée parmi les bénéficiaires. L'argumentation de l'intéressé n'apporte pas d'éléments permettant de suspecter le contraire. Le recours est donc mal fondé sur ce point.
5. Le recourant reproche aussi à la juridiction cantonale d'avoir retenu un salaire assuré erroné. Il soutient que les montants de 24'000 fr., correspondant à une gratification, et de 6'624 fr. 55, correspondant à une indemnité pour les vacances non prises, ne sont pas des éléments de salaire de nature occasionnelle et font partie intégrante du salaire assuré. Il réclame leur prise en compte.
Un des critères de répartition de la fortune libre est le salaire assuré à la date de la répartition ou au moment de la fin des rapports de service (cf. consid. 3). Selon le principe de la confiance (cf. consid. 4) et contrairement à ce que soutient l'intéressé, il ne s'agit pas du salaire au 31 décembre 1992, jour de la répartition partielle qui coïncide avec son dernier jour de travail, mais du salaire assuré l'année où intervient la répartition ou la fin des rapports de travail. Le plan de répartition ne déroge donc pas au règlement de prévoyance. La juridiction cantonale a expliqué de manière détaillée comment était obtenu le salaire assuré et cela n'a pas été contesté, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'y revenir. De surcroît, il n'existe pas de motif de faire application de l'art. 3 al. 1 let. a OPP2 permettant à l'institution de prévoyance de s'écarter du salaire déterminant de l'AVS en faisant abstraction d'éléments de salaire de nature occasionnelle dans la mesure où il n'existe aucune disposition réglementaire prévoyant de manière concrète quels sont les éléments à ne pas prendre en considération (cf. arrêt B 58/00 du 30 avril 2002).
S'agissant du montant de 24'000 fr., on relèvera qu'il a été qualifié de gratification ou d'élément de salaire et non de participation aux bénéfices ou aux résultats de l'entreprise par la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois pour plusieurs motifs (montant ne variant pas selon le résultat de l'entreprise, impossibilité pour l'expert d'établir une relation entre ces deux éléments, qualification de gratification par ce dernier, principe du versement et, montant minimum garanti, versements régulièrement effectués en fin d'année, etc.). Cette qualification a été confirmée par le Tribunal fédéral dans l'arrêt 4C.289/1998 cité, de sorte qu'il n'y a pas lieu de revoir cette interprétation. On ajoutera que le Tribunal fédéral a condamné l'employeur à verser les 24'000 fr. en question sous déduction des charges légales et conventionnelles et que l'art. 7 let. c RAVS inclut les gratifications dans les éléments composant le salaire déterminant. Il convient donc d'ajouter ce dernier montant au salaire assuré.
S'agissant du montant de 6'624 fr. 55, on mentionnera qu'un salarié injustement licencié avec effet immédiat a droit, en application de l'art. 337c al. 1 CO, à ce qu'il aurait gagné si les rapports de travail avaient pris fin à l'échéance du délai de congé. Dès lors que le contrat n'existe plus, le montant versé à ce titre ne peut être qualifié de salaire, mais d'indemnité ou de dommages-intérêts; le droit au paiement des vacances en espèce est en principe compris dans la prétention du travailleur fondée sur l'art. 337c al. 1 CO (cf. arrêt 4C. 2/2003 du 25 mars 2003, consid. 7 et 8, v. aussi RSAS 2003 p. 56). Il n'y a donc aucune raison d'intégrer l'indemnité pour vacances non prises au calcul du salaire assuré. On ajoutera que le Tribunal fédéral a additionné cette indemnité de 6'624 fr. 55 aux dommages-intérêts octroyés en application de l'art. 337c al. 1 CO et qu'aucune charge légale n'a été déduite de ce montant.
6. Le recourant reproche également aux premiers juges d'avoir fixé de manière erronée la date à compter de laquelle les intérêts moratoires relatifs à la part de la distribution partielle du 15 mai 2003, qu'il n'a pas perçue, étaient exigibles. Il soutient que le Fonds était en demeure depuis le jour de la distribution alors que la juridiction cantonale a retenu le 6 février 2004, date à laquelle l'interpellation de l'intéressé est parvenue au plus tard au Fonds.
En matière de prévoyance professionnelle, il est généralement admis que le débiteur en demeure doit des intérêts moratoires, à la différence de ce qui prévalait avant l'entrée en vigueur de la LPGA dans les autres domaines de l'assurance sociale (ATF 130 V 414 consid. 5.1 p. 421). Les employés assurés étant liés à l'institution de prévoyance par un contrat innommé (cf. consid. 4), il est également admis que ce contrat est soumis à la partie générale du code des obligations (ATF 112 II 244, 101 Ib 231 consid. 3c p. 238; Riemer, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, p. 101 note 12), en particulier aux art. 102 ss CO (ATF 115 V 27 consid. 8c p. 37 et les références).
En l'espèce, le droit de l'intéressé à une part de la répartition partielle du 15 mai 2003, ainsi que le taux d'intérêt ne sont pas contestés. Seule la date à partir de laquelle le Fonds se trouvait en demeure est litigieuse. A cet égard, on ne saurait fixer le moment où l'institution aurait dû s'exécuter en fonction de l'art. 102 al. 1 CO, comme l'ont fait les premiers juges, dès lors que le choix de la date de la distribution en question n'appartenait qu'aux membres du conseil de fondation et que le recourant ne disposait d'aucun moyen de la connaître (v. aussi ATF 131 II 533 consid. 9.2 p. 543). Pour les motifs invoqués, il convient donc de fixer l'exigibilité des intérêts moratoires au 15 mai 2003, en se référant à l'art. 102 al. 2 CO, et d'admettre le recours sur ce point.
7. Le recourant reproche enfin aux premiers juges d'avoir requis la répartition intégrale du capital de dotation de 9'000 fr. lors de la liquidation définitive. Il soutient que ce capital aurait dû être pris en considération au moment de chaque répartition successive.
Le conseil de fondation d'une institution de prévoyance en liquidation jouit d'une grande liberté dans l'organisation du plan de répartition des fonds libres sous réserve du respect de certains principes qui n'ont pas à être examinés dans le cadre de cette procédure. S'il est vrai que la répartition du montant mentionné aurait dû se faire au cours des diverses distributions successives, le versement en une fois, au moment de la liquidation définitive ne change rien au montant que l'intéressé recevra dans la mesure où il remplissait les conditions pour participer à toutes les répartitions. Son grief est donc irrecevable faute d'intérêt digne de protection au sens de l'art. 89 al. 1 let. c LTF (sur cette notion, cf. notamment ATF 133 II 468 consid. 1 p. 469 sv., 249 consid. 1.3.1 p. 253, 131 II 649 consid. 3.1 p. 651 et les références).
8. La procédure est onéreuse (art. 62 LTF). Au regard de ce qui précède, il convient de mettre les frais à la charge du recourant dans une proportion de 4/5. Le recourant, non représenté par un avocat, n'a pas droit à des dépens (ATF 133 II 439 consid. 4 p. 446). L'intimé, agissant comme institution de droit public, n'a pas d'avantage droit à des dépens (cf. arrêt 2C_212/2007 du 18 avril 2008).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en ce sens que le ch. II du dispositif du jugement du Tribunal cantonal des assurances du canton de Vaud est annulé, la cause lui étant renvoyée pour que le montant de 24'000 fr., sous déduction des charges légales et conventionnelles sur cette somme, au sens des considérants, soit pris en considération dans le calcul du salaire assuré, et le ch. III du dispositif dudit jugement est réformé en ce sens que l'intérêt moratoire de 5 % l'an est dû à compter du 15 mai 2003. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant par 3'200 fr. et à celle de l'intimé par 800 francs.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 25 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Cretton