Faits:
A. Par arrêt du 12 juin 2007, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a déclaré X._ coupable de service de renseignements économiques et concurrence déloyale, en relation avec l'obtention de deux fichiers électroniques dits « ROD » et « MBE » et l'a condamné à 100 jours-amende à 50 fr. l'un avec deux ans de sursis. Saisi d'un recours en matière pénale par l'intéressé, le Tribunal fédéral l'a admis partiellement au motif que ce dernier avait été condamné à deux reprises pour des faits identiques, ce qui avait influencé le jugement en sa défaveur. La condamnation relative au fichier MBE a été annulée et la cause renvoyée au Tribunal pénal fédéral afin qu'il rende une nouvelle décision (arrêt 6B_495/2007 du 9 avril 2008).
Statuant derechef le 5 février 2009, cette autorité a déclaré X._ coupable des mêmes infractions en relation avec le fichier « ROD » et l'a acquitté en ce qui concerne l'autre. Une peine pécuniaire de 70 jours-amende à 50 fr. l'un, avec sursis pendant deux ans, a été prononcée. Par arrêt du 27 août 2009 (arrêt 6B_200/2009), le Tribunal fédéral a admis partiellement le recours en matière pénale de X._ et a renvoyé la cause à l'autorité précédente afin qu'elle complète l'instruction et qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants. En bref, la Cour de droit pénal a jugé que le Tribunal pénal fédéral n'avait établi précisément ni le revenu brut ni le revenu net du recourant et qu'elle avait, de la sorte, méconnu les principes régissant la fixation de la peine pécuniaire.
Par arrêt du 21 avril 2010, le Tribunal pénal fédéral a déclaré X._ coupable de service de renseignements économiques et de concurrence déloyale en ce qui concerne l'obtention du fichier « ROD », l'a acquitté des chefs d'inculpation liés à l'obtention du fichier « MBE » et l'a condamné à 70 jours-amende à 10 fr. l'un avec sursis pendant deux ans.
B. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens des deux instances, à sa réforme en ce sens qu'il soit constaté que l'action pénale est prescrite. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert, par ailleurs, la restitution de l'effet suspensif et le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été demandé d'observations.
Considérant en droit:
1. Le recourant, qui invoque les anciennes règles relatives à la prescription à titre de droit plus favorable (art. 389 CP), soutient que l'action pénale aurait été prescrite au moment où le Tribunal pénal fédéral a rendu sa décision du 21 avril 2010.
1.1 Conformément à la jurisprudence rendue sous l'empire de l'ancienne loi d'organisation judiciaire, l'action pénale ne pouvait plus se prescrire après que le jugement de dernière instance cantonale était entré matériellement en force en ce qui concerne certaines infractions déterminées. Il en allait ainsi, en particulier, même si, ensuite de l'admission partielle d'un pourvoi en nullité, la décision de l'autorité précédente était formellement annulée dans sa totalité et que l'autorité précédente doive, en raison de l'acquittement du prévenu de certains chefs d'accusation, fixer la peine à nouveau en relation avec les infractions restantes. Dans cette hypothèse, en effet, ni l'autorité précédente, ni le Tribunal fédéral dans un nouveau pourvoi en nullité, ne pouvaient revenir sur les points du jugement qui n'avaient pas été ou pas valablement été remis en cause dans le premier recours au Tribunal fédéral (ATF 129 IV 305 consid. 6.2.1 et 6.2.2, p. 313 s.). Il en allait ainsi tant en ce qui concerne les règles relatives à la prescription en vigueur avant le premier octobre 2002 qu'après (anciens art. 70 et 71 CP), ces dernières ayant été reprises sans modification lors de l'entrée en vigueur de la nouvelle partie générale du Code pénal (art. 97 et 98 CP). Contrairement à l'opinion du recourant, l'entrée en vigueur de la LTF et le fait que le recours en matière pénale n'est plus de nature essentiellement cassatoire ne remet pas en cause ces principes (arrêts 6B_94/2010 du 23 avril 2010 consid. 2.5 et 6B_12/2010 du 17 juin 2010 consid. 2.2).
1.2 Le recourant objecte encore que l'art. 168 al. 2 PPF imposerait à la Cour des affaires pénales de se prononcer dans une seule décision tant sur la culpabilité que sur la peine. Il en déduit que cette règle interdirait de dissocier jugement de culpabilité et jugement de condamnation, de sorte que la prescription suivrait son cours tant que le Tribunal pénal fédéral ne se serait pas prononcé sur ces deux points simultanément.
Cette norme de procédure, aux termes de laquelle la Cour prononce soit l'acquittement, soit la condamnation de l'accusé ou si, pour des motifs de procédure, l'accusé ne peut pas être jugé, la suspension de la poursuite, ne détermine cependant pas les effets du recours en matière pénale. Elle ne s'oppose donc pas à ce que les points du jugement qui ne sont pas litigieux ou qui n'ont pas été valablement remis en cause devant le Tribunal fédéral ne puissent plus, après renvoi à l'autorité précédente pour d'autres motifs, être à nouveau remis en question par un recours en matière pénale. Du reste la solution proposée par le recourant consacrerait une inégalité de traitement injustifiable entre les auteurs poursuivis devant les autorités cantonales et ceux jugés par le Tribunal pénal fédéral.
1.3 En l'espèce, il a été reproché au recourant d'avoir obtenu le fichier ROD le 28 avril 2001 (arrêt du 12 juin 2007, consid. 3.1). Il a été condamné en application des art. 273 CP et 23 LCD par jugement du 12 juin 2007. A cette date, ni le délai de prescription absolu de l'ancien droit (7 ans et demi: anciens art. 70 et 72 ch. 2 al. 2 CP en vigueur jusqu'au 30 septembre 2002) ni le nouveau délai de prescription de sept ans (ancien art. 70 al. 1 let. c et al. 3 CP en vigueur du 1er octobre 2002 au 31 décembre 2006; art. 97 et 98 CP) n'étaient échus. Par son arrêt du 9 avril 2008, le Tribunal fédéral n'a annulé la condamnation du recourant qu'en relation avec l'obtention du fichier dit « MBE » (arrêt 6B_495/2007, consid. 8). En conséquence, dans la suite de la procédure, le prononcé de la condamnation du recourant pour avoir obtenu le fichier « ROD » n'était plus litigieux. En vertu des principes rappelés ci-dessus, la prescription a cessé de courir, sur ce point, le 12 juin 2007.
2. Le recourant reproche encore à l'autorité précédente d'avoir violé son droit d'être entendu en ne se prononçant pas expressément sur le moyen déduit de la prescription, soulevé dans un mémoire complémentaire du 31 mars 2010.
Au considérant 1 de son arrêt du 21 avril 2010, la Cour des affaires pénales a indiqué clairement qu'en raison de la portée de l'arrêt du Tribunal fédéral du 27 août 2009 (annulation partielle en ce qui concerne le montant du jour-amende et éventuellement des frais de procédure), la nouvelle décision serait limitée à l'examen de ces deux points. Elle a encore précisé, au consid. 2.1 de son arrêt, que « par jugements du 9 avril 2008 puis 27 août 2009, le TF a[vait] définitivement arrêté les infractions retenues contre X._ ainsi que le nombre de jours-amende qui lui était infligé ». Cela indiquait sans ambiguïté que le Tribunal pénal fédéral se considérait, à juste titre, lié par la décision de renvoi. Certes elliptiques, ces considérants n'en répondaient ainsi pas moins de manière suffisante à l'argumentation relative à la prescription soulevée par le recourant, qui était assisté d'un avocat. En effet, les exigences du droit d'être entendu sont respectées dès que l'autorité mentionne, même brièvement, les raisons qui l'ont guidée et sur lesquelles elle a fondé sa décision, de façon que l'intéressé puisse en apprécier la portée et, éventuellement, l'attaquer en connaissance de cause (ATF 122 IV 8 consid. 2c p. 14; 121 I 54 consid. 2c p. 57). Il n'est donc pas nécessaire que les motifs portent sur tous les moyens des parties. Ils peuvent être limités aux questions décisives (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 et les références).
3. Le recourant succombe. Ses conclusions étaient d'emblée dénuées de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Les frais qu'il supporte seront fixés en tenant compte de sa situation économique (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF), qui n'apparaît pas favorable. Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. L'assistance judiciaire est refusée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 27 août 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat