Faits:
A. La Fondation X._ poursuit Y._ pour une créance de 200'456 fr. 90 plus intérêts au titre d'un contrat de prêt daté du 27 février 2004. Y._ a formé opposition totale au commandement de payer qui lui a été notifié le 6 novembre 2007.
Le 2 octobre 2008, au bénéfice d'un jugement de mainlevée provisoire, la Fondation X._ a requis de l'office des poursuites de Lausanne-Ouest la continuation de la poursuite en indiquant comme domicile du débiteur une adresse à Renens. Le 3 octobre suivant, l'office précité a informé la Fondation X._ qu'il ne pouvait pas donner suite à sa réquisition au motif que le débiteur ne se trouvait plus à Renens mais avait annoncé son départ pour Genève, au n° 20, rue du A._.
Le 16 octobre 2008, la Fondation X._ a sollicité de l'office des poursuites de Genève la continuation de la poursuite à cette nouvelle adresse. Le 15 décembre suivant, l'office a communiqué à la Fondation X._ un procès-verbal de non-lieu de saisie valant acte de défaut de biens.
Le 19 janvier 2009, cet office a adressé à la Fondation X._ un nouveau procès-verbal de non-lieu de saisie annulant et remplaçant celui du 15 décembre 2008. Il y indiquait qu'il ne pouvait procéder à une saisie au motif que le débiteur n'habitait pas aux deux adresses indiquées et que son nom ne figurait ni sur les portes ni sur les boîtes aux lettres. Il ressortait des informations obtenues auprès de l'office cantonal de la population qu'il avait quitté la Suisse pour la France le 1er février 2006.
B. La créancière a porté plainte auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève contre le procès-verbal du 19 janvier 2009. Elle concluait à son annulation et à ce que l'office procède à toutes mesures d'investigation nécessaires à établir tant le domicile du débiteur que la localisation de ses biens. A titre subsidiaire, elle demandait la notification de l'avis de saisie par voie édictale, respectivement par l'intermédiaire des autorités de la résidence du débiteur, et l'établissement d'un nouveau procès-verbal.
La plainte a été rejetée par décision du 25 juin 2009. La Commission de surveillance a estimé que l'office genevois n'était pas compétent ratione loci pour continuer la poursuite. Par conséquent, le procès-verbal du 15 décembre 2008 était nul et pouvait être révoqué, même si le délai légal pour porter plainte contre cet acte avait expiré.
C. Contre cette décision, la créancière dépose un recours en matière civile. A titre principal, elle demande l'annulation du procès-verbal de saisie du 19 janvier 2009, à ce qu'il soit ordonné à l'office de saisir tous les biens et revenus du débiteur et, en l'absence de biens et revenus saisissables, à ce que l'office délivre un acte de défaut de biens. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente.
La Commission de surveillance et l'office des poursuites de Genève n'ont pas déposé de réponse. Y._ ne l'a pas fait non plus, bien qu'une invitation ad hoc lui ait été notifiée par publication dans la Feuille fédérale du 8 septembre 2009 (FF 2009 p. 5359).
Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai de dix jours (art. 100 al. 2 let. a LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 350 consid. 1.2) rendue en dernière (unique) instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF) par la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève, le recours en matière civile est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). La recourante, qui a succombé en instance cantonale, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
2. La recourante fait grief à la Commission cantonale de surveillance d'avoir reconsidéré le procès-verbal de saisie du 15 décembre 2008, motif pris de la nullité de cet acte pour défaut de compétence ratione loci de l'office genevois. Elle estime que cette décision n'était pas nulle, mais seulement annulable. Partant, en l'absence de plainte déposée dans le délai légal, l'office ne pouvait revenir sur cette décision et rendre un nouveau procès-verbal de saisie.
2.1 Selon la jurisprudence constante, un office des poursuites ou des faillites peut reconsidérer une décision qu'il a prise tant que le délai de plainte n'est pas échu et, en cas de plainte, jusqu'à l'envoi de sa réponse (art. 17 al. 4 LP). Une fois le délai de plainte échu, une reconsidération ou une rectification n'est plus admissible, à moins que la décision en question ne soit frappée de nullité absolue au sens de l'art. 22 LP et n'ait pu, pour cette raison, acquérir force de chose jugée (ATF 97 III 3; 88 III 12 consid. 1; 78 III 49 consid. 1; cf. également avec d'autres citations : FRANCO LORANDI, Betreibungsrechtliche Beschwerde und Nichtigkeit, 2000, art. 17 n° 310 ss).
Selon la jurisprudence, l'avis de saisie qui n'émane pas de l'office des poursuites de l'arrondissement où se trouve le domicile du débiteur est en principe nul. La continuation de la poursuite par voie de saisie par un office incompétent risque de léser les intérêts de tierces personnes, à savoir d'autres créanciers qui voudraient participer à la saisie en vertu des art. 110 ou 111 LP (ATF 105 III 60 consid. 1; 96 III 31 consid. 2). Lorsqu'aucun bien n'est saisissable au moment de la saisie, les droits de participation des autres créanciers ne peuvent être compromis. Le Tribunal fédéral a jugé que, dans ces conditions, il n'y a aucune raison de considérer comme nuls la saisie et l'acte de défaut de biens se fondant sur son résultat (ATF 105 III 60 consid. 2; arrêt 7B.17/2007 du 6 juin 2007 consid. 6.3).
2.2 En l'espèce, aucune plainte n'a été formée contre le procès-verbal du 15 décembre 2008 valant acte de défaut de biens (art. 115 LP). Le 19 janvier 2009, l'office des poursuites a révoqué cette décision alors que le délai pour porter plainte avait expiré. Ce procédé n'étant admissible qu'en cas de nullité, il faut donc examiner si l'acte du 15 décembre 2008 était nul au sens de l'art. 22 LP.
En l'occurrence, la nullité de cet acte n'entrait pas en ligne de compte. En effet, un acte de défaut de biens ayant été émis, les intérêts de tiers ne risquaient pas d'être compromis. L'office des poursuites genevois ne pouvait ainsi d'office considérer que cette saisie et l'acte de défaut de biens étaient nuls et émettre un nouvel avis de saisie. Le recours doit ainsi être admis, la décision attaquée annulée et la décision prise par l'office le 15 décembre 2008 rétablie (ATF 97 III 3 consid. 2; arrêt 5A_65/2008 du 15 décembre 2008 consid. 3.2). Cette conclusion rend superflu l'examen des griefs relatifs au domicile du débiteur.
3. Les frais judiciaires ne peuvent pas être mis à la charge du débiteur poursuivi. En effet, dans la procédure en cours, il n'a pas la position de requérant ou de partie intimée à proprement parler (arrêt 5A_36/2008 du 5 août 2008 consid. 4; cf. ATF 128 II 90 et 123 V 156), mais celle d'autre partie ou participante à la procédure au sens de l'art. 102 al. 1 LTF, qui n'est pas une partie au sens formel, et il n'a pas répondu au recours en prenant ses propres conclusions (arrêt 5A_36/2008 du 5 août 2008 consid. 4 et la réf. citée). Les frais en question ne peuvent pas non plus être imposés à l'office ou au canton en vertu de l'art. 66 al. 4 LTF. Il y a donc lieu de statuer sans frais. En revanche, le canton de Genève doit verser des dépens à la recourante qui l'emporte (arrêt 5A_65/2008 du 15 décembre 2008 consid. 4).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, la décision attaquée est annulée et la décision de l'office des poursuites de Genève du 15 décembre 2008 est confirmée.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 20 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet