Faits:
A.
Le 25 janvier 2010, Y._ AG a déposé une demande de permis de construire en vue d'édifier un bâtiment commercial de 15'000 m 2environ et d'aménager 335 places de parc en surface dans la commune de Z._. Ce projet et la modification du plan d'aménagement de détail (ci-après: PAD) visant le secteur concerné ont fait l'objet, le 29 janvier 2010, d'une mise à l'enquête publique au cours de laquelle quatre oppositions ont été déposées. Après conciliation par la commune de Z._, ces oppositions - qui n'émanaient pas de la Société X._ (ci-après: X._) - ont été retirées et la modification du PAD a été adoptée par le Conseil communal de Z._, puis transmise à la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions du canton de Fribourg (ci-après: DAEC) pour approbation.
Le 21 juillet 2011, Y._ AG a déposé une nouvelle demande de permis de construire comprenant deux modifications. La première concerne le parking: les deux tiers des places - soit 215 sur 335 - sont désormais situées dans un parking souterrain. La seconde modification vise l'implantation du bâtiment: celui-ci est déplacé 5 mètres plus à l'est, de manière à améliorer la circulation à ses abords. Ces modifications ont été mises à l'enquête publique par publication dans la Feuille officielle du canton de Fribourg du ... avec la mention que " seules les modifications peuvent faire l'objet de remarque ou d'opposition ".
Par courrier du 11 août 2011, X._ a formé opposition faisant valoir qu'il s'agissait en réalité d'un nouveau projet et que la seconde mise à l'enquête aurait dû porter sur l'ensemble de celui-ci. Par décision du 1 er juin 2012, le Préfet de la Sarine a délivré le permis de construire et rejeté cette opposition, dans la mesure où elle était recevable.
B.
Par arrêt du 8 février 2013, la II e Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal ou la cour cantonale) a rejeté le recours formé par X._ contre la décision du 1er juin 2012, qu'elle a confirmée. Elle a en outre mis à la charge de la recourante les frais de la procédure et l'a condamnée à verser des dépens à son adverse partie.
En substance, la cour cantonale a retenu que l'opposition de X._ ne pouvait porter que sur le coulissement de 5 mètres du bâtiment et sur la création d'un parking souterrain, ces deux points devant être considérés comme des modifications secondaires du projet d'origine; il n'y avait donc pas lieu de traiter les griefs qui ne portaient pas sur ces modifications. Elle a également exclu que des autorisations spéciales fussent nécessaires aux modifications du projet, ce qui ne rendait - de ce fait - pas obligatoire une nouvelle mise à l'enquête de l'ensemble du projet. Enfin, l'instance précédente a retenu que la réalisation du parking souterrain ne permettrait pas au constructeur de créer un nombre de places de stationnement supérieur à celui mentionné dans le permis de construire, à savoir 335.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 8 février 2013 et de rejeter la demande de permis de construire de Y._ AG. Elle conclut subsidiairement au renvoi de l'affaire à l'autorité compétente pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle soutient que les modifications apportées au projet sont importantes, de sorte que le nouveau projet aurait dû être mis à l'enquête dans son ensemble.
Le constructeur, le Préfet de la Sarine et la commune de Z._ ont conclu au rejet du recours, avec suite de frais et dépens à la charge de la recourante. La cour cantonale s'est référée aux considérants de la décision entreprise. La recourante a répliqué par courrier du 6 mai 2013.
Par ordonnance du 22 avril 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif formée par la recourante.
Considérant en droit:
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale au sens de l'art. 90 LTF. Celle-ci a été prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF) : le recours est ainsi recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal (art. 89 al. 1 let. a LTF). Elle doit en outre être particulièrement atteinte par la décision (art. 89 al. 1 let. b LTF) et avoir un intérêt digne de protection à son annulation art. 89 al. 1 let. c LTF). Selon la jurisprudence, le recourant doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation. Le voisin direct de la construction ou de l'installation litigieuse a en principe la qualité pour recourir (ATF 121 II 171 consid. 2b p. 174). Le critère de la distance n'est pas le seul déterminant; s'il est certain ou très vraisemblable que l'installation ou la construction litigieuse sera à l'origine d'immissions - bruit, poussières, vibrations, lumière, fumée - atteignant spécialement les voisins, même situés à une certaine distance, ces derniers peuvent avoir qualité pour recourir (ATF 136 II 281 consid. 2.3.1 p. 285). La recourante invoque en l'espèce l'accroissement du trafic induit par la construction d'un bâtiment commercial de taille importante avec création d'un parking de plus de 300 places. Ces éléments suffisent à admettre un intérêt pratique découlant d'une relation spéciale avec l'objet du litige. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité sont par ailleurs réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
La recourante s'en prend d'abord à la constatation de certains éléments de fait par la cour cantonale. Il y a lieu de rappeler le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral en cette matière.
2.1. Le Tribunal fédéral fonde son arrêt sur les faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 304 consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 135 II 313 consid 5.2.2 p. 322 s.). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
2.2. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir indiqué que la nouvelle demande de permis de construire avait été déposée le 21 juillet 2011 " suite à l'entrée en vigueur de nouvelles normes relatives au stationnement des véhicules " afin que le projet soit en conformité avec " la nouvelle réglementation des places de stationnement entrée en vigueur le 1er janvier 2011 ". Or, le règlement fribourgeois d'exécution de la loi sur l'aménagement du territoire et les constructions du 1er décembre 2009 (ReLATeC; RSF 710.11) - comprenant un art. 62 al. 3 visant les places de stationnement liées aux centres commerciaux - est entré en vigueur le 1er janvier 2010 (art. 116 ReLATeC). Dans la mesure cependant où la recourante ne prétend pas que la nouvelle autorisation, qui est seule objet du présent litige, contreviendrait de manière arbitraire à ces dispositions, on ne discerne pas en quoi la rectification de cet élément de fait serait susceptible d'avoir une influence sur le sort de la cause.
La recourante critique ensuite la cour cantonale pour avoir retenu, à tort, que le projet litigieux ne comportait que deux modifications par rapport au projet initial. A la suivre, ces modifications comportaient également la modification de la façade avec une entrée de parking aux dimensions importantes, le réaménagement ainsi que l'amélioration des routes d'accès et des zones de chargement des camions, la création de 50 places pour vélos et de 10 places pour motos, l'aménagement d'une bordure couverte de gazon avec des arbres et l'agrandissement de la surface de la jardinerie, passant de 1'767 m2 à 1'867 m2. Ces assertions ne sont cependant soutenues par aucune référence à des pièces ou documents de la procédure; la recourante ne soutient pas non plus que la cour cantonale aurait omis de prendre en compte des éléments déterminants du dossier ou arbitrairement apprécié les preuves à disposition. Une telle critique est ainsi sans portée. Quant au nombre de places de stationnement pour voitures sollicité dans la nouvelle autorisation de construire (368), il ressort de la décision attaquée de sorte que le grief de constatation manifestement inexacte des faits sur ce point n'est pas non plus fondé.
Enfin, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir retenu que le projet de construction initial impliquait également des travaux de terrassement. Selon elle, cette appréciation serait contredite par la comparaison entre les plans d'origine et les plans modifiés, de sorte que " le projet modifié devait juridiquement être qualifié de projet nouveau ou, à tout le moins, comme ayant été notablement modifié ". Comme l'admet la recourante elle-même, la critique relève ainsi essentiellement de l'appréciation juridique portant sur l'ampleur des modifications intervenues par rapport au projet initial, grief qui sera traité pour lui-même (cf. consid. 3.2.2).
2.3. Dans ces circonstances, les critiques de la recourante soit sont sans influence sur l'issue de la cause, soit restent purement appellatoires. Dès lors, elles ne permettent pas au Tribunal fédéral de s'écarter des faits souverainement établis par la cour cantonale.
3.
Sur le fond, la recourante soutient en substance que le projet modifié aurait dû faire l'objet d'une nouvelle mise à l'enquête complète. Elle dénonce ainsi une violation par l'instance inférieure de différentes dispositions du droit cantonal ainsi que du principe de coordination prévu à l'art. 25a LAT.
3.1. Le Tribunal fédéral applique le droit, tel que défini à l'art. 95 LTF, d'office (art. 106 al. 1 LTF). En revanche, il ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient au recourant de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 134 II 349 consid. 3 p. 351 s. et les références). Le recourant doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. En outre, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (ATF 138 I 305 consid. 4.3 p. 319).
3.2. Dans son arrêt, la cour cantonale a estimé que le projet litigieux avait subi deux modifications, secondaires, qui n'altéraient pas de manière significative le projet initial: en effet, la forme, l'apparence, la volumétrie et le développement architectural du bâtiment étaient restés identiques. En application de l'art. 97 al. 2 ReLATeC, la procédure ne nécessitait pas de nouvelle mise à l'enquête complète. Dès lors, les nouvelles oppositions ne pouvaient porter que sur le coulissement de 5 mètres du bâtiment et sur la création du parking souterrain. Quant aux autres griefs, ils étaient irrecevables.
3.2.1. La recourante soutient d'abord que le projet initial - pour ne pas avoir prévu un parking souterrain - n'était pas en accord avec l'art. 62 al. 3 ReLATeC. L'autorité administrative aurait ainsi dû refuser de délivrer l'autorisation objet de la mise à l'enquête publique du ... . La recourante qualifie dès lors la première version du projet comme étant " illégale (...) inautorisable "et " incompatible ab initio avec le droit des constructions ". A suivre la recourante, on ne saurait admettre que le projet d'origine pourrait être simplement modifié au sens de l'art. 97 al. 2 ReLATeC; il aurait donc dû faire l'objet d'une nouvelle mise à l'enquête complète. La recourante dénonce ainsi une violation arbitraire des art. 62 al. 2 et 90 al. 3 ReLATeC.
Par une telle argumentation, la recourante cherche à revenir sur le contenu du projet mis à l'enquête le ... . Or, la recourante n'a pas fait opposition au projet mis à l'enquête à cette date, bien qu'elle en avait la possibilité. Partant, elle n'a pas pris part à la procédure et ne satisfait pas à l'exigence d'une lésion formelle ("formelle Beschwer"). Cette condition de nature procédurale tire sa justification du principe de la bonne foi: la partie intéressée doit faire valoir ses moyens le plus tôt possible, au lieu d'attendre d'agir devant l'instance de recours pour lui soumettre pour la première fois des moyens qui n'avaient pas été examinés; la règle sert à assurer l'immutabilité du litige et reste cohérente avec le principe de l'épuisement des voies de recours préalables (arrêt 1C_41/2013 du 24 avril 2013 consid. 2.3; cf. Moor/Poltier, Droit administratif, volume II: Les actes administratifs et leur contrôle, 3ème édition 2011, p. 752; Isabelle Häner, in Auer/Müller/Schindler, Kommentar zum VwVG, 2008, n. 7 ad art. 48 PA).
Il est vrai que l'art. 90 al. 3 ReLATeC prévoit que la commune doit aviser le requérant lorsqu'un projet contrevient manifestement aux prescriptions de droit public sur les constructions. Quant à l'art. 62 al. 2 ReLATeC, il dispose certes que les places liées aux centres commerciaux doivent en principe être aménagées en sous-sol ou intégrées dans les constructions principales, des exceptions n'étant possibles que si la solution prévue, dûment justifiée, répond à un aménagement de qualité et permet de mettre les places de stationnement à la disposition du public. Ces dispositions de droit cantonal ne sauraient cependant faire échec à la portée de l'exigence d'une lésion formelle. En outre, la recourante ne soutient pas que le projet définitif contreviendrait au principe ancré à l'art. 62 al. 2 ReLATeC, de sorte que, en tout état, la décision à laquelle est parvenue l'autorité précédente n'est pas insoutenable dans son résultat.
Par conséquent, ce premier grief doit être écarté.
3.2.2. La recourante reproche ensuite à la cour cantonale d'avoir arbitrairement considéré que les modifications apportées au projet initial étaient secondaires. Selon elle, la loi pose comme principe que la mise à l'enquête complète de l'ensemble du projet s'impose en cas de modification (art. 97 al. 1 ReLATeC), l'absence d'une telle mise à l'enquête étant réservée aux situations exceptionnelles où les modifications ne sont que secondaires (art. 97 al. 2 ReLATeC). Toujours à suivre la recourante, il conviendrait d'interpréter l'art. 97 al. 2 ReLATeC de manière restrictive. Or, la cour cantonale n'avait pas procédé de cette manière, sombrant ainsi dans l'arbitraire.
Déterminer si un projet de construction modifié pendant la procédure ou après la décision de l'autorité compétente fait l'objet de " modifications secondaires " au sens de l'art. 97 al. 2 ReLATeC constitue une question d'appréciation. Cette question doit nécessairement se fonder sur les circonstances locales, domaine dans lequel le Tribunal fédéral s'impose une certaine retenue (ATF 132 II 408 consid. 4.3 p. 415 et les références). En outre, s'agissant de l'application d'une notion de droit cantonal, son interprétation par les instances cantonales n'est sanctionnée que dans la mesure où elle s'avère manifestement contraire au sens et au but de la législation en cause. Or, la cour cantonale a exposé que l'art. 97 al. 2 ReLATeC répond à un souci d'économie de procédure devant éviter de soumettre à nouveau toute la procédure d'autorisation à l'occasion de modifications du projet de moindre importance; elle a ensuite considéré que les deux modifications visées, à savoir la création d'un parking souterrain et le déplacement du bâtiment sur une distance de cinq mètres, n'avaient pas d'incidence sur la forme, l'apparence, la volumétrie et le développement architectural du bâtiment, de sorte que le projet initial n'était pas altéré de manière significative. Contrairement à ce que soutient la recourante, une telle appréciation de la situation juridique n'est pas "excessivement large ". Vu les faits qui lient le Tribunal fédéral, il n'est pas arbitraire de considérer que les deux modifications précitées conservent au projet ses grandes lignes et gardent ses éléments fondamentaux. De surcroît, l'interprétation donnée au droit cantonal en préserve le but, à savoir d'assurer une procédure efficiente lorsque des modifications de moindre importance sont apportées à un projet ayant déjà subi une procédure d'autorisation complète. Enfin, une interprétation, même large, du droit cantonal ne conduit pas nécessairement à une application arbitraire du droit. Tel pourrait éventuellement être le cas si l'autorité cantonale s'était écartée sans aucun motif objectif d'une jurisprudence établie de longue date. Or, la recourante ne prétend pas que tel serait le cas ici.
Par conséquent, ce deuxième grief doit également être écarté.
3.2.3. La recourante fait encore valoir une violation arbitraire de l'art. 92 al. 2 ReLATeC en ce sens que la publication du projet d'origine et celle des modifications litigieuses n'auraient pas désigné correctement l'objet et la nature des travaux. Elle relève essentiellement que la désignation " volontairement trompeuse et incomplète " d'un " magasin de bricolage et de matériaux "en lieu et place d'un " centre commercial ", d'un " hypermarché ", d'un " mégastore " ou d'un " supermarché " était de nature à induire en erreur le citoyen, ce qui expliquerait - selon elle - le nombre réduit d'oppositions.
En tant qu'elle est dirigée contre la publication du projet d'origine, la critique se heurte au principe de l'autorité de la chose décidée (cf. consid. 3.2.1 supra). La recourante ne soutient au demeurant pas que la désignation prétendument inexacte ou l'éventuelle absence de mention d'une étude d'impact aurait entraîné la nullité de cette autorisation-là, laquelle pourrait alors exceptionnellement être revue en tout temps (cf. ATF 132 II 21 consid. 3.2 p. 27 et les références). S'agissant de la seconde publication, la cour cantonale a retenu que les adaptations du projet ressortaient très clairement de la lettre du bureau d'architectes et de ses annexes, de sorte que les voisins étaient en mesure de se rendre compte des modifications à la lecture du dossier. Une telle appréciation est exempte d'arbitraire. Quant à la mention dans l'arrêt attaqué d'un article de presse locale relatant les modifications apportées au projet, elle démontrait uniquement que l'information déjà contenue dans la publication officielle était aussi disponible dans d'autres médias; contrairement à ce que soutient la recourante, la cour cantonale n'a pas retenu que cet article de presse remplaçait la publication officielle. La recourante poursuit ses critiques en faisant état d'une prétendue violation de l'art. 92 al. 3 ReLATeC relatif à la mention, dans l'avis de mise à l'enquête publique, d'une éventuelle demande de dérogation et d'un éventuel rapport d'impact. Cette argumentation, qui s'écarte en partie des faits arrêtés par l'autorité cantonale, ne cherche pas à démontrer en quoi le résultat auquel est parvenue la cour cantonale serait arbitraire; elle est dès lors irrecevable.
Ce troisième grief doit ainsi être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
3.3. La recourante voit une violation du droit fédéral dans le fait que le nouveau projet de construction n'a pas fait l'objet d'une nouvelle mise à l'enquête complète, incluant le préavis de tous les services concernés, en particulier celui de l'Office fédéral des routes (OFROU) et celui de l'Inspection cantonale des installations électriques (ICIE). Elle dénonce ainsi une violation du principe de coordination ancré à l'art. 25a LAT.
3.3.1. Le principe de la coordination des procédures vise en premier lieu à assurer, d'un point de vue matériel, une application cohérente des normes sur la base desquelles des décisions administratives doivent être prises (cf. ATF 120 Ib 400 consid. 5 p. 409 s.). Le moyen d'y parvenir, lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités, relève de la coordination formelle. A ce titre, l'art. 25a LAT prévoit qu'une autorité chargée de la coordination doit en particulier veiller à ce que toutes les pièces du dossier de demande d'autorisations soient mises simultanément à l'enquête publique (art. 25a al. 2 let. b LAT) et à ce qu'il y ait une concordance matérielle des décisions ainsi que, en règle générale, une notification commune ou simultanée (art. 25a al. al. 2 let. d LAT) (arrêt 1C_145/2011 consid. 3.1 publié in SJ 2012 I 451). La loi ne tend pas à une coordination maximale, mais doit assurer une coordination suffisante, ce que précisent les textes allemand et italien de l'art. 25 al. 1 LAT ("ausreichende Koordination"; "coordinazione sufficiente"; Arnold Marti, in Commentaire LAT, n. 23 ad art. 25a LAT).
3.3.2. Dans l'arrêt attaqué, la cour cantonale a retenu que tous les services concernés avaient émis un préavis - favorable ou favorable avec conditions - lors de la première enquête publique. Constatant ensuite que le projet ne nécessitait pas d'autorisation spéciale, elle a considéré qu'une nouvelle mise à l'enquête complète du projet modifié n'était pas nécessaire. Enfin, les juges cantonaux ont estimé que les préavis rendus en 2010 demeuraient parfaitement valables après la modification du projet.
La cour cantonale s'est plus particulièrement arrêtée à la question de l'impact de la construction du parking souterrain sur les sites pollués. Elle a relevé à cet égard que, même dans le projet d'origine, les fondations du bâtiment - à plus de cinq mètres en-dessous du niveau naturel du terrain - étaient susceptibles d'avoir la même influence sur l'environnement, de sorte que le préavis délivré par le Service de l'environnement en 2010 demeurait valable. La cour a encore ajouté que l'impact de l'ouvrage sur le sol et sur l'environnement serait diminué en raison du déplacement du bâtiment et de l'enterrement du parking. Pour ces motifs, il n'était pas nécessaire de consulter une deuxième fois les services spécialisés de l'Etat.
3.3.3. Devant le Tribunal fédéral, la recourante relève l'absence de nouvelles prises de position de l'OFROU et de l'ICIE, lesquelles seraient à son sens indispensables. On ne discerne cependant pas en quoi le déplacement de cinq mètres de l'implantation du bâtiment ainsi que la réalisation - en sous-sol plutôt qu'en surface - d'un parking doté du même nombre de places de stationnement auraient une influence matérielle sur un nouveau préavis de l'OFROU; contrairement à ce que soutient la recourante, ces modifications du projet ne sont pas de nature à justifier de nouveaux aménagements des sorties et entrées d'autoroute. Quant à une nouvelle prise de position de l'ICIE, l'intimée démontre - en référence au droit cantonal et sans que cela soit contesté par la recourante - que ce service n'a aucune compétence particulière pour l'installation de parkings souterrains. L'autorité cantonale pouvait ainsi considérer que les conditions contenues dans le préavis concernant le projet d'origine s'appliquaient de la même manière aux modifications litigieuses.
Par conséquent, les modifications du projet ne nécessitaient pas de nouvelles prises de position des services précités. Le refus de soumettre le nouveau projet à une enquête publique complète ne contrevient donc pas à une coordination suffisante au sens de l'art. 25a LAT. Le grief de violation du droit fédéral doit ainsi être rejeté.
4.
Dans un dernier moyen, la recourante soutient que son droit d'être entendue a été violé, dans la mesure où la cour cantonale n'a pas examiné tous les griefs qu'elle dirigeait contre le projet dans son ensemble. Comme l'autorité inférieure pouvait considérer, sans arbitraire, que les modifications n'altéraient pas le projet d'origine, elle n'avait pas à traiter des arguments dirigés contre la première mise à l'enquête. La cour cantonale n'a donc pas violé le droit d'être entendue de la recourante.
5.
Vu ce qui précède, le recours doit être entièrement rejeté.
La recourante, qui succombe, doit supporter les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF) et s'acquitter de dépens en faveur du constructeur. Il n'y a en revanche pas lieu de prévoir de dépens au bénéfice de l'autorité communale, celle-ci ayant agi dans l'exercice de ses attributions officielles (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée la somme de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la commune de Matran, au Préfet du district de la Sarine et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, II e Cour administrative.
Lausanne, le 4 juillet 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller