Faits:
A. X._ a fait l'objet d'une taxation d'office à concurrence d'un montant de 6'006 fr. 05 pour la période fiscale du 1er janvier au 31 décembre 2005. Le bordereau, daté du 24 octobre 2006, a été expédié au débiteur le 30 octobre 2006.
Le 28 février 2007, l'Etat de Genève, par l'Administration fiscale cantonale (ci-après : l'AFC), a sommé X._ Sàrl de payer le montant de 6'484 fr. 50, comprenant l'impôt de 6'006 fr. 05, augmenté d'une surtaxe de 300 fr. 30, de frais par 15 fr. et des intérêts par 163 fr. 15.
B. L'AFC a fait notifier à X._ Sàrl un commandement de payer (poursuite n° xxxx) portant sur les montants de 6'321 fr. 35 avec intérêts à 3,2 % l'an dès le 21 février 2008 et de 328 fr. 95 d'intérêts moratoires calculés au 21 février 2008, sous imputation de 700 fr. de dépens alloués au contribuable selon jugement du Tribunal de première instance du 31 août 2007.
La poursuivie a formé opposition. Par jugement du 8 août 2008, le Tribunal de première instance a prononcé la mainlevée définitive de cette opposition.
Statuant le 16 octobre 2008 sur appel de la débitrice poursuivie, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé ce jugement.
C. X._ Sàrl forme un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant au rejet de la requête de mainlevée définitive.
L'intimé n'a pas été invité à répondre.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé à l'encontre d'une décision prise en matière de poursuite pour dettes et de faillite, laquelle est en principe sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF; cf. ATF 133 III 399 consid. 1.2). Cependant, la valeur litigieuse n'atteint pas le minimum légal de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF) et aucune des exceptions prévues par la loi (art. 74 al. 2 LTF) n'est réalisée en l'espèce. Partant, seule la voie du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 ss LTF) est ouverte à la recourante.
2. Le recours constitutionnel peut être formé pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). D'après l'art. 106 al. 2 LTF, applicable par analogie à ce recours (art. 117 LTF), le Tribunal fédéral n'examine la violation d'un droit de rang constitutionnel que si un grief s'y rapportant a été invoqué et motivé par la partie recourante.
3. Le recourant présente une version des faits largement complétée par rapport à celle retenue par la Cour de justice.
3.1 Le Tribunal fédéral fonde son arrêt sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF), à moins qu'ils aient été établis en violation de droits constitutionnels (art. 118 al. 2 en relation avec l'art. 116 LTF), ce que le recourant doit exposer de manière circonstanciée (art. 106 al. 2 par renvoi de l'art. 117 LTF; ATF 133 III 439 consid. 3.2).
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 par renvoi de l'art. 117 LTF).
3.2 En l'espèce, à défaut d'un quelconque exposé sur les motifs pour lesquels il conviendrait de s'écarter des faits de l'arrêt attaqué, le Tribunal fédéral s'en tiendra aux faits retenus par la cour cantonale; pour le surplus, tous les faits nouveaux (par ex. pertes accumulées par la recourante, situation économique réelle, activité de la recourante, problèmes de gestion, etc.) ne seront pas pris en considération.
4. La cour cantonale a relevé que la décision de taxation du 24 octobre 2006 avait été expédiée à l'administrée par pli simple et que celle-ci contestait l'avoir reçue. Constatant qu'à réception de la sommation de payer, le 2 mars 2007, la recourante n'a nullement prétendu que la taxation préalable ne lui était pas parvenue mais a attendu le mois de juin 2007 pour faire valoir cet argument, l'autorité cantonale a déduit de ce comportement que la société avait bel et bien reçu la décision de taxation. Par conséquent, elle a considéré que la sommation postérieure était assimilable à un jugement exécutoire qui valait titre de mainlevée définitive (art. 80 al. 1 et al. 2 ch. 3 LP; art. 365 LCP/GE).
5. Il était arbitraire, selon la recourante, d'accorder la mainlevée définitive sur la base de la seule sommation de payer, en l'absence d'une décision valablement notifiée et donc, entrée en force. Elle prétend en effet n'avoir jamais reçu la décision de taxation.
5.1 Aux termes de l'art. 80 al. 1 LP, le créancier qui est au bénéfice d'un jugement exécutoire peut requérir du juge la mainlevée définitive de l'opposition. Sont notamment assimilés à des jugements, dans les limites du territoire cantonal, les décisions des autorités administratives cantonales relatives aux obligations de droit public (impôts, etc.), en tant que le droit cantonal prévoit cette assimilation (art. 80 al. 2 ch. 3 LP). Dans le canton de Genève, l'art. 365 al. 4 de la loi cantonale sur les contributions publiques (RSG D 3 05; ci-après : LCP/GE) prévoit que la sommation adressée au contribuable à défaut de paiement des impôts dus selon décision entrée en force dans le délai de paiement imparti (cf. art. 365 al. 1 LCP/GE), est assimilée à un jugement exécutoire au sens de l'art. 80 LP. La mainlevée définitive de l'opposition suppose en tous les cas une décision entrée en force, ce qui constitue une condition de son caractère exécutoire (cf. aussi art. 365 al. 1 LCP/GE; arrêt 5P.350/2006 du 16 novembre 2006 consid. 3.2); en particulier, il faut que la notification ait eu lieu, ce qu'il appartient à l'administration fiscale de prouver (ATF 105 III 43 consid. 2a). En l'absence d'envoi recommandé, la preuve de la notification d'un acte peut résulter de l'ensemble des circonstances, en particulier de la correspondance échangée ou de l'absence de protestation de la part d'une personne qui reçoit des rappels (ATF 105 III 43 consid. 3).
5.2 En l'espèce, la décision de taxation du 24 octobre 2006 a été expédiée par pli simple. A réception de la sommation de payer, le 2 mars 2007, la recourante n'a pas réagi. Elle a attendu le mois de juin 2007 pour faire valoir que la taxation d'office était irrégulière car elle n'avait jamais reçu la décision d'octobre 2006. A ce moment, elle a demandé à l'administration fiscale de procéder à une taxation en fonction de ses résultats réels, sur la base d'une déclaration fiscale qui avait été établie entre-temps. Or, on peut partir du principe qu'un contribuable qui reçoit un rappel d'impôt va chercher à se défendre et n'attend pas d'être poursuivi (cf. ATF 105 III 43 consid. 3). Le fait d'avoir attendu quatre mois après avoir reçu une sommation pour faire valoir qu'elle n'avait pas reçu la décision de taxation préalable rend les affirmations de la recourante peu crédibles. Lorsqu'elle prétend qu'elle a « toujours tiré argument de l'absence de notification régulière des taxations d'office », elle s'écarte des constatations de fait de la Cour de justice, qui a retenu que l'absence de notification valable n'avait été soulevée pour la première fois qu'en juin 2007. Ce procédé n'est pas admissible, le Tribunal fédéral étant lié par les faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). En définitive, il n'y avait rien d'arbitraire à déduire de l'absence de réaction de la recourante entre la réception de la sommation de payer et le mois de juin 2007, qu'elle avait préalablement reçu la décision de taxation expédiée en octobre 2006.
Dès lors que la décision de taxation d'office avait été valablement notifiée, la cour cantonale n'a pas non plus versé dans l'arbitraire en considérant que, conformément aux art. 80 al. 2 ch. 3 LP et 365 al. 4 LCP/GE, la sommation de payer pouvait être assimilée à un jugement exécutoire au sens de l'art. 80 LP qui, partant, valait titre de mainlevée définitive.
6. La recourante est d'avis que l'arrêt attaqué est arbitraire dans son résultat car il accorde la mainlevée pour une créance fiscale qui a été arrêtée en violation du principe de la proportionnalité de l'impôt. Elle explique à ce sujet que la société a accumulé des pertes entre 2003 et 2006, dont la taxation d'office ne tient pas compte arrêtant ainsi une créance fiscale exorbitante et sans rapport avec la situation économique de la société.
6.1 Lorsque la poursuite est fondée sur un jugement exécutoire rendu par une autorité de la Confédération ou du canton dans lequel la poursuite a lieu, le juge ordonne la mainlevée définitive de l'opposition, à moins que l'opposant ne prouve par titre que la dette a été éteinte ou qu'il a obtenu un sursis, postérieurement au jugement, ou qu'il ne se prévale de la prescription (art. 81 al. 1 LP). Dans la procédure de mainlevée définitive, le juge ne revoit ni n'interprète le titre de mainlevée qui lui est produit. Il ne peut admettre que les moyens de défense prévus par l'art. 81 al. 1 LP (ATF 124 III 501 consid. 3a).
6.2 En l'espèce, la recourante ne se prévaut d'aucun de ces moyens; elle conteste la décision sur laquelle se fonde la créance en poursuite, ce qui n'est pas admissible dans le cadre de la mainlevée définitive, cet examen ne relevant pas du juge de la poursuite. Il n'y avait donc pas d'arbitraire à accorder la mainlevée définitive en se fondant sur la créance fiscale.
7. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais sont mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à déposer une réponse (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, 1ère Section.
Lausanne, le 20 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet