Faits:
A.
Le 24 juillet 2006, A._, à laquelle a succédé en suite de fusion X._ SA (ci-après: X._), a accordé à Y._ SA (ci-après: Y._), et d'autres tiers, un prêt d'au maximum xxxx fr., qui devait être garanti notamment par la remise d'une cédule hypothécaire au porteur en 1 er rang du même montant grevant collectivement neuf parts de propriété par étages de la parcelle de base n° 1 de la commune de B._.
Par acte de transfert de propriété à fin de garantie, sur formule préimprimée, signé le 25 juillet 2006, Y._ a remis à la banque des cédules en garantie de ce prêt de xxxx fr. Par lettre du 26 juillet 2006, le notaire a demandé à la banque de lui verser pour le compte de sa cliente le même montant en échange de onze cédules hypothécaires au porteur qu'il a listées et grevant différentes parts d'étages de la parcelle de base n° 1 et des parts de copropriété (places de parc) des parcelles de base n° 2 et 3; le montant en question a été versé le 4 août 2006.
Par lettre du 12 mai 2011, X._ a dénoncé au remboursement pour le 31 décembre 2011 le prêt, le montant dû au 31 mars 2011 s'élevant en capital et intérêts à xxxx fr., ainsi que les 11 cédules hypothécaires.
B.
Le 5 avril 2012, X._ a formé contre Y._ une seule réquisition de poursuite en réalisation de gage immobilier pour le montant total de xxxx fr. avec intérêts à 10% dès le 1er janvier 2012, correspondant au montant total des créances abstraites incorporées dans les 11 cédules hypothécaires, indiquant sous la rubrique "Titre et date de la créance" les 11 montants correspondant aux 11 cédules, avec intérêts à 10%.
Le commandement de payer a été notifié à Y._ le 17 avril 2012 (poursuite n° xxxx de l'Office des poursuites d'Aigle). La poursuivie a fait opposition.
Le 24 avril 2012, X._ a déposé une requête de mainlevée d'opposition devant le Juge de paix du district d'Aigle.
Par prononcé du 29 juin 2012, notifié le 5 juillet 2012, le Juge de paix a rejeté la requête de mainlevée, au motif que tant les cédules hypothécaires, que l'acte de transfert et le contrat de prêt initial ne mentionnent pas les onze cédules hypothécaires qui sont objet de la poursuite, de sorte que la poursuivie ne peut être considérée comme étant la débitrice des montants indiqués sur les cédules, les contrats de vente établissant une reprise de dette interne, mais non externe avec la poursuivante.
Statuant le 15 janvier 2013, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours de X._ et confirmé le prononcé attaqué, pour un motif différent de celui retenu par le Juge de paix et qui sera repris dans la mesure utile dans les considérants en droit.
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été envoyé pour lui être notifié le 15 janvier 2013, X._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 18 février 2013, concluant à sa réforme en ce sens que la mainlevée provisoire de l'opposition est accordée, subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Invités à se déterminer, Y._ s'en est remise à justice et la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
Y._, dont la faillite avait été prononcée par le Président du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois le 12 décembre 2012, puis par la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois le 2 mai 2013, a été finalement déclarée en faillite le 6 août 2013 à 14 heures par arrêt du Tribunal fédéral du 6 août 2013, qui a déclaré son recours irrecevable (arrêt 5A_417/2013).
Invitée à se déterminer sur la suite de la procédure et le sort des frais et dépens, la recourante s'en est remise à justice quant au sort du recours, concluant à ce que le Tribunal fédéral renonce à percevoir des frais et produisant en annexe un état de ses frais d'avocat, d'un montant total de 9'814 fr. 50. L'Office des faillites ne s'est pas déterminé.
Considérant en droit:
1.
Lorsque, postérieurement au dépôt d'un recours en matière civile au Tribunal fédéral, la société intimée est déclarée en faillite, elle est remplacée de plein droit par sa masse en faillite (art. 17 al. 3 PCF en relation avec l'art. 71 LTF), laquelle est représentée par l'administration de la faillite (art. 240 LP; Max Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3e éd. Zurich 1979, p. 145).
En l'occurrence, la société Y._, en faillite depuis le 6 août 2013, est représentée depuis lors par l'Office des faillites.
2.
Aux termes de l'art. 206 al. 1 LP, les poursuites dirigées contre le failli s'éteignent et aucune poursuite ne peut être faite durant la liquidation de la faillite pour des créances nées avant l'ouverture de la faillite; font exception les poursuites tendant à la réalisation de gages appartenant à un tiers.
La cour cantonale ayant refusé la mainlevée de l'opposition au commandement de payer dans la poursuite en réalisation de gage immobilier formée par la banque contre la société débitrice, la faillite de celle-ci, intervenue durant la procédure pendante devant le Tribunal fédéral, a pour conséquence l'extinction de la poursuite de la banque. Les immeubles de la faillie qui sont grevés de gage tombent dans la masse (art. 198 LP) et doivent être réalisés dans le cadre de la faillite (art. 247 al. 2 LP et art. 85 OAOF).
Du fait de l'extinction de la poursuite, le présent recours en matière civile, interjeté en temps utile et selon les formes prévues, par la banque créancière est sans objet.
3.
Selon l'art. 72 PCF, en relation avec l'art. 71 LTF, lorsqu'un procès devient sans objet, le tribunal, après avoir entendu les parties, mais sans autres débats, déclare l'affaire terminée et statue sur les frais du procès par une décision sommairement motivée, en tenant compte de l'état de choses existant avant le fait qui met fin au litige (cf. ATF 123 II 285 consid. 5).
3.1. En l'espèce, il s'avère que le recours aurait probablement été admis.
3.1.1. La cour cantonale a constaté que les onze cédules hypothécaires au porteur ont été remises à la banque à titre fiduciaire pour garantir le prêt hypothécaire du montant maximum de xxxx fr., mais que le montant de la créance causale (xxxx fr. au 31 décembre 2011) est inférieur au montant total des créances abstraites, de sorte que la poursuivante ne peut obtenir davantage que le montant de sa créance causale, la poursuivie ayant opposé l'exception du pactum de non petendo. Toujours selon la cour cantonale, les onze cédules n'ont pas été remises à titre de gage collectif; il s'agit de la mise en gage de plusieurs immeubles avec répartition de la garantie au sens de l'art. 798 al. 2 CC, répartition qui a lieu en principe au moment de la réalisation. Comme ce sont les créances abstraites qui doivent être poursuivies, la cour cantonale a considéré que la poursuite doit porter sur les onze créances abstraites incorporées dans les onze cédules. Selon elle, le problème n'est donc pas de savoir si plusieurs immeubles ont été mis en gage pour garantir une seule créance, mais de savoir s'il est possible de réclamer la réalisation de plusieurs créances par un seul acte de poursuite. Elle a jugé que réclamer le recouvrement de onze créances au moyen d'une seule poursuite est contraire au principe de la spécialité du gage immobilier - qui vaut tant pour la créance garantie (art. 794 et 795 CC) que pour l'immeuble grevé (art. 796 à 798 CC) -, car le gage immobilier ne peut être affecté à la garantie et donc au désintéressement que d'une seule créance, qui doit faire l'objet d'une poursuite distincte. Selon elle, il importe peu que la créance causale que garantissent les cédules hypothécaires soit unique puisque ce n'est pas cette créance qui est en poursuite.
3.1.2. Cette argumentation n'aurait pas pu être suivie, à supposer encore que le juge de la mainlevée ait la compétence d'examiner la régularité de la réquisition de poursuite et du commandement de payer.
Lorsque plusieurs immeubles sont mis en gage pour garantir une seule créance, sans que soit constitué un gage collectif au sens de l'art. 798 al. 1 CC, la garantie doit être répartie sur les différents immeubles conformément à l'art. 798 al. 2 CC, en principe proportionnellement à la valeur des divers immeubles (art. 798 al. 3 CC), et cela lors de la réalisation de ceux-ci (art. 133 ss et art. 156 al. 1 LP). Selon la jurisprudence, il en va de même lorsque plusieurs cédules hypothécaires au porteur sont remises à titre de garantie fiduciaire pour une même créance causale conformément à l'art. 798 al. 2 CC: en effet, lorsque le créancier se fait remettre plusieurs cédules hypothécaires pour garantir son prêt (créance causale), il obtient le droit, incorporé dans les cédules, de faire réaliser tous les immeubles mis en gage, à concurrence du montant total garanti par les cédules, et la répartition de la garantie entre les différents immeubles s'effectue au moment de la réalisation (ATF 138 III 182 consid. 4.2) dans le cadre de l'épuration de l'état des charges (art. 140 LP; ATF 136 III 288 consid. 3.2; 138 III 182 consid. 4.2 in fine ).
Lorsqu'une créance est garantie par plusieurs immeubles, la poursuite en réalisation de gage doit porter sur tous les immeubles simultanément (art. 816 al. 3 1ère phr. CC; ATF 100 III 48 consid. 1 et 2). Selon la jurisprudence, la même règle s'applique lorsqu'une créance causale est garantie par plusieurs cédules hypothécaires: la poursuite en réalisation de gage doit impérativement porter sur tous les immeubles simultanément (ATF 138 III 182 consid. 4.1). Il en découle qu'il se justifie d'admettre que toutes les créances abstraites fassent l'objet d'une seule et même réquisition de poursuite et, par conséquent, d'un seul et même commandement de payer (dans le même sens, à propos de la créance garantie par plusieurs immeubles, cf. Pierre-Robert Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2000, n° 15 ad art. 151 LP; Eduard Brand, Die betreibungsrechtliche Zwangsverwertung von Grundstücken im Pfandverwertungsverfahren, 2008, p. 3).
Lorsqu'elle se réfère au principe de spécialité pour l'exclure, la cour cantonale confond l'étape de la constitution du gage - qui doit respecter ce principe - et celle de la procédure de réalisation. Il est certes vrai, comme relève la cour cantonale, que la créance en poursuite est la créance abstraite et qu'en tant que telle, elle n'est pas garantie par plusieurs immeubles; mais, puisqu'il est admis que l'art. 816 al. 3 CC s'applique et que tous les immeubles grevés des cédules doivent être réalisés simultanément, il n'y a aucun sens à exiger du créancier plusieurs réquisitions de poursuite. Quant à l'ATF 138 III 182, la cour cantonale se méprend sur sa portée: si, dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a procédé à une répartition de la garantie entre les différents immeubles au stade de la mainlevée, c'est, comme il l'a précisé, parce qu'il a été contraint de le faire, puisque le créancier avait adressé une poursuite en réalisation de gage pour chaque immeuble grevé d'une cédule et que la décision attaquée avait procédé à une fausse répartition de la garantie entre les différentes poursuites; il a toutefois indiqué que cette répartition qu'il opérait n'avait de valeur que sur le principe et devrait être revue au moment de la réalisation. Il n'est donc même pas souhaitable, ni efficient que le créancier dépose plusieurs réquisitions de poursuite - la répartition de la garantie à ce stade n'ayant que pour but de fixer le montant pour lequel la poursuite peut être continuée (créance dont le montant pourra être encore modifié au moment de la production à l'état de charges selon l'art. 138 al. 2 ch. 3 LP; cf. arrêt 5C.266/2005 du 2 février 2006 consid. 3) -, tout en imposant au juge des calculs fastidieux et n'ayant qu'une portée limitée. L'Office ne réalisera évidemment que les immeubles nécessaires pour couvrir la créance causale (art. 107 al. 1 ORFI).
En conclusion, si une créance causale est garantie par plusieurs cédules hypothécaires selon l'art. 798 al. 2 CC, les immeubles doivent être réalisés simultanément (art. 816 al. 3 1ère phr. CC) et les créances abstraites peuvent faire l'objet d'une seule et même réquisition de poursuite et, par suite, d'un seul et même commandement de payer.
4.
4.1. Dans ces circonstances, les frais de la procédure devant le Tribunal fédéral du montant de 15'000 fr. doivent être mis à la charge de l'intimée (art. 66 al. 1 LTF). Cette dernière s'en étant rapportée à justice, elle est par conséquent réputée succomber et l'Office des faillites ne s'étant pas déterminé sur les frais et dépens, il y a lieu d'allouer des dépens à la recourante (art. 68 al. 1 LTF), dont le montant sera limité à celui de ses conclusions.
4.2. En ce qui concerne les frais et dépens de la procédure cantonale, le Tribunal fédéral ne peut modifier leur répartition selon les art. 67 et 68 al. 5 LTF que s'il entre en matière sur le fond (cf. à propos des dispositions correspondantes de l' a OJ: ATF 91 II 146 consid. 3; arrêt 5C.265/2006 du 19 mars 2008 consid. 4.3).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est sans objet et la cause est rayée du rôle.
2.
Les frais de la procédure, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de dépens de 9'814 fr. 50.
4.
La cause est renvoyée à la Cour des poursuites et faillites pour nouvelle décision sur les frais et dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 16 décembre 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Hildbrand