Fatti:
A. E.E._ e F.E._ sono proprietari del fondo edificato part. n. 41 di Rovio, situato su un terreno in pendio e confinante a valle anche con la particella n. 45 di proprietà di A.A._, B.A._, C.A._ e D._.
L'8 marzo 2005 i proprietari E._ hanno presentato al Municipio di Rovio una domanda di costruzione per edificare lungo il confine a valle del loro fondo un muro di sostegno in cemento armato. Il progetto prevedeva che il manufatto fosse alto da 0,35 m all'estremità ovest a 2,64 m all'estremità est. I confinanti A._ si sono opposti alla domanda, contestando l'opera essenzialmente per quanto riguarda la sua altezza. Con decisione del 19 settembre 2005 il Municipio ha sostanzialmente accolto l'opposizione, rilasciando la licenza edilizia alla condizione che il muro non superasse l'altezza di 1,50 m.
B. Rilevato che l'opera realizzata non era conforme a quanto autorizzato, il Municipio ha impartito agli istanti un termine per presentare una domanda di costruzione a posteriori. La nuova domanda è stata introdotta il 30 maggio 2007 e dal relativo piano di costruzione risulta che il muro sarebbe alto 1,65 m alla sua estremità orientale. I vicini hanno presentato un'ulteriore opposizione, che il Municipio ha tuttavia respinto il 17 ottobre 2007, rilasciando contestualmente la licenza edilizia in sanatoria. L'Esecutivo comunale ha richiamato l'art. 10 cpv. 2 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), secondo cui, dove la situazione altimetrica del terreno lo richiedesse, i muri di sostegno possono essere alti fino a 3 m dal terreno sistemato.
C. Gli opponenti hanno allora adito il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, che con risoluzione del 12 febbraio 2008 ha accolto il ricorso e annullato la licenza edilizia. Il Governo ha rilevato che l'altezza del muro di sostegno raggiungeva 2,25 - 2,40 m e che la pendenza del fondo non era tale da imporre, per consentire l'edificazione del fondo, l'erezione di muri alti più di 1,50 m.
D. Con sentenza del 9 dicembre 2008 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso degli istanti in licenza, annullando la risoluzione governativa e confermando l'autorizzazione rilasciata dal Municipio. Secondo la Corte cantonale, il muro effettivamente realizzato superava di poco, soltanto in prossimità della sua estremità est, l'altezza di 1,50 m e poteva essere autorizzato sulla base dell'art. 10 cpv. 2 NAPR.
E. Con sentenza del 27 maggio 2009, il Tribunale federale ha accolto un ricorso in materia di diritto pubblico presentato da A.A._, B.A._, C.A._ e D._ contro la decisione del Tribunale cantonale amministrativo, annullandola. Questa Corte ha stabilito che la precedente istanza aveva disatteso il divieto dell'arbitrio sia nell'accertamento dell'altezza del muro sia nell'applicazione dell'art. 10 cpv. 2 NAPR. Ha quindi rinviato la causa alla Corte cantonale, perché si pronunciasse nuovamente dopo avere eseguito più precisi accertamenti sulle caratteristiche del muro, segnatamente sulla sua altezza (sentenza 1C_38/2009 del 27 maggio 2009, in: RtiD I-2010, n. 38, pag. 189 seg.).
F. Dopo avere esperito un sopralluogo, con giudizio del 3 marzo 2010, la Corte cantonale si è di nuovo pronunciata sulla fattispecie, accogliendo il ricorso degli istanti in licenza. Ha quindi annullato la risoluzione governativa e confermato l'autorizzazione rilasciata dal Municipio. La Corte cantonale ha accertato nella parte est un'altezza del muro di 157-160 cm, che si riduce progressivamente verso la parte opposta. Ha ritenuto che la decisione del Municipio di autorizzare giusta l'art. 10 cpv. 2 NAPR il superamento dell'altezza massima di 1,50 m era sostenibile in considerazione delle caratteristiche del pendio, che presentava una pendenza del 45 %.
G. A.A._, B.A._, C.A._ e D._ impugnano questa sentenza dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia di diritto pubblico, chiedendo di annullarla e di annullare contestualmente la licenza edilizia. I ricorrenti fanno valere l'accertamento inesatto dei fatti e la violazione dell'art. 9 Cost.
H. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Municipio di Rovio si rimettono al giudizio del Tribunale federale, mentre gli istanti in licenza postulano la reiezione del gravame.
Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha sostanzialmente confermato il rilascio di una licenza edilizia fondata sul diritto pubblico, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. a LTF.
1.2 I ricorrenti hanno partecipato al procedimento in sede cantonale. Quali proprietari di un fondo confinante con quello oggetto dell'intervento edilizio sono particolarmente toccati dalla decisione impugnata ed hanno un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica. La loro legittimazione a ricorrere giusta l'art. 89 cpv. 1 LTF è pertanto data (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.3).
2. 2.1 I ricorrenti sostengono che la Corte cantonale sarebbe incorsa nell'arbitrio per non avere computato nell'altezza del muro i preesistenti blocchi in cemento su cui poggia il manufatto. Rilevano che, eseguendo la misurazione a partire dalla base di tali blocchi, il muro raggiungerebbe nel suo punto più alto un'altezza di 2,40 m.
2.2 L'arbitrio, vietato dall'art. 9 Cost., è ravvisabile quando la decisione impugnata risulta manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesiva di una norma o di un chiaro principio giuridico, o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità. La decisione deve inoltre essere arbitraria nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (DTF 135 V 2 consid. 1.3; 134 II 124 consid. 4.1; 133 II 257 consid. 5.1; 132 I 175 consid. 1.2).
2.3 La Corte cantonale ha accertato che il muro litigioso è stato in pratica realizzato appoggiando il basamento sulla sommità dei blocchi di cemento preesistenti, appena affioranti dal terreno, nei quali erano infissi i supporti verticali della rete di cinta che sorgeva lungo il confine tra i fondi prima del 2005. Ha altresì riscontrato che la fascia di terreno compresa tra il confine e la parte piana del terreno di proprietà dei ricorrenti è stata in parte manomessa (verosimilmente per lo scavo delle fondazioni del muro) e non è stata ripristinata. Il basamento del muro non appoggia quindi sempre direttamente sul terreno, ma, tra i vari blocchi di cemento, risulta a tratti sospeso su delle cavità alte al massimo una decina di centimetri. I ricorrenti non dimostrano l'arbitrio di questi accertamenti. Sostenendo che l'altezza del muro dovrebbe essere misurata "dalla quota naturale del confine tra i fondi, vale a dire a contare dalla base inferiore dei blocchi in cemento preesistenti", essi espongono la loro diversa opinione, opponendola a quella ritenuta dai giudici cantonali. Adducendo in sostanza che il confine tra i fondi sarebbe situato più a valle, alla quota della base dei blocchi, gli stessi disattendono, come ha rettamente rilevato la Corte cantonale, che l'andamento del confine non è determinante per stabilire l'altezza del muro. L'art. 10 cpv. 2 NAPR non impone del resto che i muri di sostegno debbano necessariamente sorgere a confine. I ricorrenti ignorano inoltre che la Corte cantonale ha accertato che i citati blocchi di cemento affioravano appena dal terreno naturale preesistente e al riguardo si è fondata sulla situazione precedente l'edificazione del muro, caratterizzata da una recinzione posata in corrispondenza della sommità di tali blocchi, richiamando in particolare le fotografie prodotte dalle parti. I ricorrenti non si confrontano con questo accertamento, che appare peraltro conforme agli atti e consente, in modo sostenibile, di ammettere una sostanziale corrispondenza della sommità dei massi con la quota del terreno preesistente. In tali circostanze, è senza incorrere nell'arbitrio che la Corte cantonale ha ritenuto che i citati manufatti non comportavano una sistemazione di rilievo del terreno e non li ha quindi computati nell'altezza del muro.
3. 3.1 I ricorrenti rimproverano poi ai giudici cantonali di avere applicato in modo arbitrario l'art. 10 cpv. 2 NAPR. Adducono che, con una pendenza del 45 %, il terreno in questione non sarebbe scosceso e non imporrebbe forzatamente la realizzazione di un'opera di sostegno: pertanto, la concessione di supplementi di altezza non si giustificherebbe.
3.2 Secondo l'art. 10 cpv. 1 NAPR, mediante i lavori di sistemazione esterna non possono essere alterate le caratteristiche morfologiche naturali del terreno; in tal senso non possono, in alcun caso, essere realizzati terrapieni di altezza superiore a 1,50 m rispetto al profilo del terreno originario. Il secondo capoverso della norma prevede in particolare che i muri di sostegno o di controriva, dove la situazione del terreno lo richiedesse, possono avere un'altezza massima di 3 m dal terreno sistemato.
3.3 Laddove criticano le carenze di motivazione del Municipio riguardo all'applicazione dell'art. 10 cpv. 2 NAPR, i ricorrenti disattendono che oggetto dell'impugnativa in questa sede è unicamente la decisione dell'ultima istanza cantonale, che contiene ora una motivazione esaustiva sull'applicabilità della citata disposizione. La sentenza impugnata non è peraltro contestata dall'autorità comunale, che nella risposta al gravame non ha addotto una diversa interpretazione della norma. Le critiche concernenti precedenti fasi procedurali esulano quindi dall'oggetto del litigio e sono inammissibili.
3.4 La Corte cantonale ha, come visto, accertato un'altezza del muro nella sua parte est di al massimo 157-160 cm ed ha rilevato, a monte di quel settore, una pendenza del terreno preesistente pari al 45 % circa. Considerata la latitudine di giudizio che l'art. 10 cpv. 2 NAPR riserva all'autorità comunale, ha ritenuto che la decisione municipale di autorizzare la maggiore altezza per un massimo di 10 cm appariva tutto sommato sostenibile. Ciò anche in considerazione dell'art. 8 cpv. 2 NAPR, che permette di concedere nelle zone residenziali supplementi di altezza per edifici posti su terreni con pendenze superiori al 30 %.
I ricorrenti sostengono che il richiamo all'art. 8 cpv. 2 NAPR non sarebbe pertinente, trattandosi di fattispecie diverse e non paragonabili. A loro dire, occorrerebbe piuttosto fare riferimento all'art. 10 cpv. 3 NAPR, secondo cui, verso un fondo confinante, la sistemazione del terreno non può essere ottenuta mediante scarpate con pendenza superiore a 45 gradi. Ora, dal tenore dell'art. 10 cpv. 3 NAPR non può essere semplicemente dedotto che un supplemento di altezza per un muro di sostegno, disciplinato invero dall'art. 10 cpv. 2 NAPR, può essere concesso solo in presenza di pendenze superiori a 45 gradi (100 %). L'art. 10 cpv. 2 NAPR prevede infatti che, "dove la situazione altimetrica del terreno lo richiedesse", i muri di sostegno possono avere un'altezza massima di 3 m dal terreno sistemato. In concreto, il pendio presentava una pendenza del 45 %, inclinazione che i giudici cantonali hanno sostenibilmente considerato di un certo rilievo. Del resto, la maggiore altezza autorizzata è di 10 cm al massimo e risulta tutto sommato contenuta, segnatamente ove si consideri l'entità del supplemento di per sé consentito dalla norma (fino a 1,50 m). In tali circostanze, non può essere rimproverato alla Corte cantonale di essere incorsa nell'arbitrio confermando il rilascio della licenza edilizia. Ricordato che l'arbitrio non è ravvisabile nel semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in considerazione, non occorre di conseguenza esaminare se la conclusione dei giudici cantonali è confortata anche dal richiamo all'art. 8 cpv. 2 NAPR.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dei ricorrenti (art. 66 cpv. 1 LTF), che rifonderanno alle controparti private un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, che rifonderanno a F.E._ e E.E._ un'indennità complessiva di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.