Sachverhalt:
A. Der Eigentümer der in der Wohnzone 2A liegenden Parzellen Nrn. 5042 und 5043 in Guntershausen (Politische Gemeinde Aadorf), Y._, beabsichtigt, die beiden Grundstücke mit je einem Einfamilienhaus inklusive Garage zu überbauen. Die Parzellen liegen an einem sich gegen Süden neigenden Hang. Der Grundstückseigentümer wohnt selber auf der östlich angrenzenden Parzelle. Westlich der beiden Baugrundstücke liegt die Parzelle Nr. 5044, die mittlerweile ebenfalls überbaut ist; das realisierte Bauprojekt ist aufgrund der dort vorgenommenen Aufschüttungen Gegenstand eines nachträglichen Baubewilligungsverfahrens.
B. Die Gemeinde bewilligte das Baugesuch von Y._ am 15. März 2007 und wies gleichzeitig die Einsprache der X._ GmbH ab. Letztere ist Eigentümerin der südlich gelegenen, aber nicht direkt ans Bauvorhaben anstossenden Parzellen Nrn. 5023 und 4062.
C. Gegen den abweisenden Entscheid gelangte die X._ GmbH an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU), welches den erstinstanzlichen Entscheid am 30. Juli 2007 bestätigte. Daraufhin erhob die unterlegene Rekurrentin Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Dieses trat mit Urteil vom 19. Dezember 2007 mangels Legitimation der Beschwerdeführerin nicht auf die Beschwerde ein.
D. Die gegen den Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts erhobene Beschwerde der X._ GmbH in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 6. Juni 2008 gut (Verfahren 1C_133/2008). Gleichzeitig wies es die Vorinstanz an, die Sache materiell zu behandeln.
E. Das Verwaltungsgericht hiess hierauf die Beschwerde am 12. November 2008 in dem Sinne teilweise gut, als die Parzellen Nrn. 5042 und 5043 im Süden das Niveau der rechtskräftig bewilligten Terraingestaltung der westlich gelegenen Parzelle Nr. 5044 (Liegenschaft Töngi) zu übernehmen hätten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
F. Die X._ GmbH beantragt am 19. Januar 2009 mit einer als "staatsrechtliche Beschwerde" bezeichneten Eingabe die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils vom 12. November 2008. Die Baubewilligung für den Neubau der zwei Einfamilienhäuser mit Garagen auf den Parzellen Nrn. 5042 und 5043 sei zu verweigern.
Y._ als Bauherr und privater Beschwerdegegner hat nicht von der Möglichkeit zur Stellungnahme Gebrauch gemacht. Der Gemeinderat und die Planungs- und Baukommission Aadorf verzichten auf materielle Ausführungen zur Angelegenheit; namens der Politischen Gemeinde beantragen sie die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sieht unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid ebenfalls von einer Vernehmlassung ab und schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 90 BGG). Gestützt auf Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251).
1.2 Wie bereits im Urteil 1C_133/2008 vom 6. Juni 2008 festgestellt, ist die Beschwerdeführerin zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG siehe BGE 133 II 249 E. 1.3.3 S. 253 f.). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (dazu E. 1.3 und 1.4 hiernach) einzutreten ist.
1.3 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt.
1.4 Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde aufgestellt worden sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführerin wendet sich in erster Linie gegen die bewilligten Terrainveränderungen. Die markante Aufschüttung von durchschnittlich 1.35 m entlang der talseitigen Südfassade sei nicht mehr als gering zu bezeichnen. Die Beschwerdeführerin stimmt dem Verwaltungsgericht in der Aussage zu, wonach das Bauprojekt keine neue präjudizierende Ausgangssituation schaffe, sondern sich viel mehr an den bereits geschaffenen Terrainveränderungen orientiere. Damit werde aber der Schutz der Nachbarn ignoriert. Die Beschwerdeführerin erachtet dieses Vorgehen als willkürlich und Verstoss gegen Treu und Glauben. Die geplanten Terrainveränderungen von über 1.5 m verletzten § 36 des kommunalen Baureglements und stellten keinen Ausnahmetatbestand nach § 79 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 16. August 1995 (PBG/TG; RB 700) dar.
2.1 2.1.1 Das Verwaltungsgericht ruft zunächst unter Verweis auf § 69 PBG/TG in Erinnerung, dass es Sache der Gemeinden sei, die Gestaltung des Terrains auf Bau- und Umbauplätzen zu regeln. Dann zitiert es seine Praxis zu den sehr unterschiedlich gehandhabten Terrainvorschriften und hält zusammenfassend fest, dass eine mehr als geringfügige Anpassung an das Gelände nur bewilligt werden könne, wenn sie einer guten Umgebungsgestaltung diene und sich dem Geländeverlauf der Umgebung anpasse.
2.1.2 Weiter hält das Verwaltungsgericht dem Bauvorhaben entgegen, dass die massiven geplanten Aufschüttungen und Terrainveränderungen ordentlich kaum so bewilligt werden könnten. Aufschüttungen von 1.3 beziehungsweise 1.5 m würden grundsätzlich nicht mehr unter den Begriff "geringfügige Terrainveränderung" fallen. Es gelte jedoch, die ganz spezielle Lage, in der sich die Bauparzellen befänden, zu berücksichtigen. Bereits die Zufahrtsstrasse auf der nördlichen Seite der Parzellen sei offensichtlich angehoben worden. Ebenso würden die Nachbarparzellen auf der nördlichen Seite massive Aufschüttungen aufweisen. Dasselbe gelte für das Grundstück Töngi (GB Nr. 5044) im Westen, wo ebenfalls bereits ein Einfamilienhaus bestehe. Auch auf der Wohnparzelle des Eigentümers der Baugrundstücke, die im Osten an den Bauplatz angrenze, seien Aufschüttungen zur Terrassierung angelegt. Vom Konzept her übernehme daher das geplante Bauvorhaben die bisherige Gestaltung der Umgebung. Der Bau fülle zudem eine Baulücke, da die beiden Bauparzellen westlich und östlich davon schon überbaut seien. Zwar wären demnach die geplanten Aufschüttungen wegen ihrer Mächtigkeit grundsätzlich nicht zulässig; sie könnten aber aufgrund der Tatsache, dass sie nur den Geländeverlauf der bereits gestalteten Umgebung übernähmen, gestützt auf § 79 Ziff. 1 PBG/TG bewilligt werden.
2.1.3 Zusätzlich gibt das Verwaltungsgericht zu bedenken, dass für die Beschwerdeführerin letztlich nicht viel gewonnen wäre, wenn die Bauherrschaft auf die geplanten Aufschüttungen verzichten müsste: Selbst in diesem Fall wäre die maximal zulässige Gebäudehöhe von 6.5 m ab gewachsenem Terrain nicht überschritten. Nach Auffassung des Verwaltungsgerichts wäre es unter diesen Umständen "absolut unverhältnismässig", dem Bauherrn die Aufschüttungen im Grundsatz zu verweigern. Dies würde nach Meinung der Vorinstanz zu einem gestalterisch unhaltbaren Ergebnis führen, weil die beiden geplanten Einfamilienhäuser gegenüber der Umgebung quasi versinken würden. Massgeblich müsse aber die Einpassung in die Umgebung sein. Hinsichtlich des Geländeverlaufs habe sich das umstrittene Projekt im Süden der Terraingestaltung insbesondere des westlichen Nachbarn (Nr. 5044) anzupassen. Dort sei jedoch noch ein Rechtsmittelverfahren hängig. Für die Terraingestaltung des hier interessierenden Vorhabens werde hinsichtlich des Niveaus im Süden der Parzelle eine Anpassung erfolgen müssen, sollte das nachträglich durchgeführte Baubewilligungsverfahren auf der Nachbarparzelle dazu führen, dass erhebliche Niveauunterschiede zwischen den beiden Grundstücken resultieren würden.
2.2 Art. 36 Abs. 1 des kommunalen Baureglements vom 27. Mai 2003 (BauR) sieht vor, dass das gewachsene Terrain in der Regel nicht oder nur geringfügig verändert werden darf. Abgrabungen und Auffüllungen haben sich dem Geländeverlauf anzupassen (Abs. 2).
Unbestritten ist, dass die vorgenommenen Aufschüttungen das zulässige Mass von Art. 36 Abs. 1 BauR überschreiten. Es fragt sich indes, ob - wie das Verwaltungsgericht argumentiert - ein Anwendungsfall von § 79 PBG/TG vorliegt. Laut dieser Bestimmung kann die Gemeindebehörde, sofern keine öffentlichen Interessen verletzt werden, nach Abwägung der beteiligten privaten Interessen, Ausnahmen von kommunalen Vorschriften oder Plänen bewilligen. Gemäss Ziff. 1 der genannten Norm darf die Behörde dies bei ausserordentlichen Verhältnissen, insbesondere wenn eine unzumutbare Härte, eine unverhältnismässige Erschwernis oder ein sinnwidriges Ergebnis entstünde oder wenn durch die Abweichung eine bessere Lösung im Sinn der Raumplanung erreicht werden kann.
2.3 Die Vorinstanz legt in nachvollziehbarer und eingehender Begründung dar, weshalb sie die Voraussetzungen von § 79 Ziff. 1 PBG/TG als erfüllt erachtet. Sie trägt dabei dem Umstand Rechnung, dass in offenbar reglementswidriger Praxis in der gesamten angrenzenden Umgebung des Bauvorhabens bereits beträchtliche Aufschüttungen vorgenommen resp. bewilligt worden sind. Es ist darum nicht zu beanstanden, wenn das Verwaltungsgericht der Eingliederung in die Landschaft und der Wahrung des Geländeverlaufs ausnahmsweise mehr Gewicht beimisst als der reglementskonformen Bauweise. Zudem zeigt das Verwaltungsgericht schlüssig auf, dass ein Festhalten an Art. 36 Abs. 1 BauR zu einem gestalterisch sinnwidrigen Ergebnis führen würde, indem die beiden neuen Einfamilienhäuser zwischen den angrenzenden Parzellen "versinken" würden. Von der Beschwerdeführerin wird denn auch nicht bestritten, dass in der gesamten Umgebung diverse Terrainanhebungen und Terrassierungen vorgenommen worden sind. Auch sind weder die Geschossigkeit noch die Gebäudehöhe mehr Gegenstand des Rechtsstreits. Zwar hat die Bauherrschaft keinen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht. Weicht die Behörde jedoch nicht nur in einem oder in einigen Fällen, sondern in ständiger Praxis vom Gesetz ab, und gibt sie zu erkennen, dass sie auch in Zukunft nicht gesetzeskonform entscheiden werde, so kann der Bürger verlangen, gleich behandelt, d.h. ebenfalls gesetzwidrig begünstigt zu werden (BGE 122 II 446 E. 4a S. 451 f. mit Hinweisen). In seinem Einspracheentscheid vom 15. März 2007 hält der Gemeinderat fest, die Terraingestaltung sei in diesem Quartier ortsüblich. Sie werde nicht als übermässig und mit der vorgesehenen terrassenartigen Geländeabstufung als gute Lösung betrachtet, die sich gut ins Landschaftsbild einfüge. Durch die terrassenartigen Abstufungen würden keine übermässig hohen Böschungen und keine grossflächige hochliegende Gartenanlage entstehen. Daraus lässt sich kein Wille zu einer neuen, reglementskonformen Handhabung der Bauvorschriften im fraglichen Gebiet erkennen, zumal das Verwaltungsgericht die Gemeinde auch nicht dazu verhalten hat. Indes weist es willkürfrei nach, dass ihm im vorliegenden Fall das öffentliche Interesse an einem angepassten Geländeverlauf grösser erscheint als die Einhaltung der massgeblichen Normen, welche zu einer Versenkung der beiden Einfamilienhäuser in einer Baulücke führen und der Beschwerdeführerin nicht wesentlich dienen würde. Diese Überlegungen lassen eine Subsumtion unter den Ausnahmetatbestand von § 79 Ziff. 1 PBG/TG zu.
2.4 Im Fall der westlich gelegenen Nachbarparzelle Nr. 5044 hat das Verwaltungsgericht offenbar am 12. November 2008 entschieden, für die vorgenommenen Aufschüttungen von bis zu 1.6 m gebe es selbst unter Berücksichtigung der leichten Hanglage keine Rechtfertigung. Deshalb sei zur Beurteilung dieser Sachlage ein nachträgliches Baubewilligungsverfahren durchzuführen. Diesem Umstand trägt es im Zusammenhang mit dem hier zu beurteilenden Bauvorhaben Rechnung, indem es vorschreibt, dass die Terrains der Parzellen Nrn. 5044 und 5042 im Ergebnis aneinander angepasst werden müssen. Auch damit soll zu einer raumplanerisch befriedigenden Lösung im Sinne von § 79 Ziff. 1 PBG/TG beigetragen werden. Insgesamt ist im Vorgehen des Verwaltungsgerichts keine willkürliche Anwendung der kantonalen Normen zu erkennen.
3. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend, hat die Beschwerdeführerin die Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen, da sich der private Beschwerdegegner nicht zur Angelegenheit hat vernehmen lassen und die Gemeinde aufgrund von Art. 68 Abs. 3 BGG keinen Anspruch auf eine Entschädigung hat.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Aadorf, dem Departement für Bau und Umwelt sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer