Faits:
A. A._ a acquis en 2001 la parcelle 26 de la commune de Versoix classée en zone agricole et de bois et forêts et située à proximité de la rivière "La Versoix". Le bien-fonds a fait l'objet d'une décision de non-assujettissement à la loi fédérale sur le droit foncier rural (LDFR). Deux habitations (n°s 2954 et 498), respectivement de 48 et de 41 m2, ainsi qu'une dépendance (n° 2955) de 39 m2 étaient érigées sur ce terrain de 8'561 m2. Ce dernier a été morcelé en deux parcelles de 4'330 m2 et de 4'231 m2: la première (n. 6083) comprenant l'immeuble n° 2954 et la seconde (n. 6084), les bâtiments nos 2955 et 498.
B. Au cours de l'année 2002, A._ a agrandi le bâtiment n° 2955. Le 29 juin 2006, il a déposé une demande d'autorisation auprès du Département des constructions et des technologies de l'information de la République et canton de Genève (ci-après: DCTI) pour régulariser ces travaux.
Le 7 novembre 2006, un inspecteur du DCTI a constaté que la transformation du bâtiment n° 2955 avait été réalisée sans autorisation. Au surplus, elle était contraire à l'affection de la zone (art. 24c LAT, 42 OAT, 27C LaLAT) et ne respectait pas la distance de 30 mètres par rapport à la Versoix et à la lisière de la forêt, de sorte qu'elle violait les lois cantonales sur les eaux et les forêts (art. 15 LEaux et 11 LFo).
C. Par décision du 23 novembre 2006, le DCTI a rejeté la requête. Une autorisation ordinaire n'était pas envisageable car le requérant n'exerçait pas la profession d'agriculteur et la transformation en cause n'était pas destinée à une activité agricole. En outre, la modification réalisée excédait les possibilités d'agrandissement admises par l'art. 42 OAT. Enfin, le DCTI faisait siens les préavis défavorables de la direction de l'aménagement du territoire, de la commune de Versoix, de la commission des monuments, de la nature et des sites (CMNS) ainsi que de la commission consultative de la diversité biologique.
A._ n'a pas recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions (CCRC), de sorte qu'elle est devenue définitive et exécutoire.
D. Par décision du 5 avril 2007, le DCTI a ordonné à A._ de remettre le bâtiment n° 2955 en son état d'origine dans un délai de 90 jours. La mesure était assortie d'une amende administrative de 10'000 francs.
A._ s'est pourvu contre ce prononcé auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: Tribunal administratif). Il faisait valoir que les transformations effectuées respectaient les art. 24c LAT, 42 OAT et 27C LaLAT. On ne pouvait pas non plus lui reprocher une violation des art. 11 LFo et 15 LEaux, puisque les travaux n'avaient pas affecté les parties du bâtiment protégées par ces dispositions.
Se fondant sur les explications reçues oralement par l'administration et la pratique observée dans son voisinage, il avait procédé aux travaux avant de déposer une demande d'autorisation. Le fait qu'il avait spontanément souhaité régulariser la situation auprès du DCTI devait plaider en faveur de sa bonne foi.
L'ordre de remise en état violait le principe de la proportionnalité. Le raccordement des égouts au réseau de canalisation et la suppression du toit en amiante correspondaient à un intérêt public de santé et de salubrité. L'identité du bâtiment n'avait pas non plus été affectée par les travaux litigieux car la maison avait, depuis toujours, été conçue pour être habitée. Aucune activité agricole n'avait en effet été exercée par l'ancien propriétaire, ni par le voisinage dans les dernières années. Le déclassement en zone résidentielle était par ailleurs envisagé par les autorités dans un proche avenir et une révision de la LAT tendant à faciliter les transformations des constructions en zone agricole, qui n'étaient plus destinées à l'agriculture, était actuellement en cours. La mesure infligée ne répondait par conséquent à aucun intérêt public.
L'ordre de démolition avait pour conséquence de priver sa femme de son logement. Celle-ci y accueillait également sa mère et son petit-fils en cas de besoin.
La violation de la loi commise devait être qualifiée de mineure. Les transformations avaient en effet permis la création d'une surface habitable de 41 m2 seulement.
Quant à l'amende, elle ne tenait pas compte de la gravité tant objective que subjective des faits.
E. Dans sa réponse, le DCTI a notamment précisé qu'il n'était pas question de classer la parcelle litigieuse en zone résidentielle. Au contraire, la protection de la zone où se trouvait la parcelle 6084 avait été renforcée en 2003 par l'adoption de la loi sur la protection générale et l'aménagement des rives de la Versoix. De surcroît, se situant également en zone de bois et forêts, le terrain ne saurait être classé en zone résidentielle en contradiction avec les objectifs de la LFo.
F. Le 5 juillet 2007, le juge délégué a procédé à un transport sur place en présence des parties.
Par arrêt du 5 février 2008, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours. Il a jugé que le refus d'autorisation prononcé par le DCTI le 23 novembre 2006 était devenu définitif et exécutoire, de sorte que le caractère illicite des aménagements effectués ne pouvait plus être remis en cause. Il a pour le surplus estimé que l'intérêt public au respect de la zone agricole l'emportait sur l'intérêt privé de A._ de continuer à profiter des aménagements qu'il avait effectués illicitement. Contrairement à ce que laissait entendre ce dernier, aucun élément probant ne permettait de conclure à une pratique illégale de l'autorité dans le secteur, de sorte le principe de l'égalité de traitement n'avait pas été violé. Enfin, relevant que le DCTI avait omis de prendre en compte le dépôt spontané d'une demande de régularisation de même que l'absence d'antécédents, il a ramené l'amende à 5'000 francs.
G. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision prise par le DCTI le 5 avril 2007, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se prévaut d'une constatation manifestement inexacte des faits. Il se plaint également d'un défaut de motivation de l'arrêt attaqué et invoque l'interdiction de l'arbitraire ainsi qu'un déni de justice formel. Il sollicite en outre l'octroi de l'effet suspensif.
Par ordonnance du 30 avril 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif formée par A._ au motif que l'autorité compétente en matière de construction ne s'y opposait pas et ne prétendait dès lors pas que l'intérêt public commanderait une exécution immédiate de la décision attaquée.
Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DCTI s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et conclut au rejet de ce dernier. L'Office fédéral du développement territorial ARE a indiqué que l'affaire ne soulevait pas, au regard du droit fédéral de l'aménagement du territoire et de la planification, des questions de principe nécessitant des observations de sa part.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss de la loi sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110) et 34 al. 1 LAT dans sa teneur actuelle selon le ch. 64 de l'annexe à la loi sur le Tribunal administratif fédéral (ATF 133 II 353 consid. 2 p. 356, 249 consid. 1.2 p. 251). Aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée. Le recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal administratif et est particulièrement touché par l'arrêt attaqué, qui confirme l'ordre de remise en état de son bâtiment ainsi que le prononcé d'une amende. Il a donc la qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public étant remplies, il convient d'entrer en matière.
2. Dans un premier grief, le recourant se plaint d'une constatation manifestement inexacte des faits (art. 105 al. 2 LTF). Il reproche au Tribunal administratif d'avoir retenu que la parcelle 6084 se trouvait complètement en zone de bois et forêts.
Comme le relève le DCTI, une telle constatation ne ressort nullement de la décision attaquée. Le Tribunal administratif indique en effet uniquement que la parcelle du recourant se trouve en partie en zone de bois et forêts. Le grief doit donc clairement être rejeté.
3. Le recourant poursuit en soutenant que le Tribunal administratif aurait commis un déni de justice formel en n'examinant pas si les travaux entrepris auraient pu être autorisés. Le fait que le refus d'autorisation de construire du 23 novembre 2006 n'ait pas été déféré auprès de l'autorité de recours n'y changerait rien, puisque les principes applicables tant à la détermination de l'admissibilité de l'ordre de remise en état qu'à la délimitation du montant de l'amende posaient comme condition que les travaux ne puissent pas être autorisés.
Il est manifeste que cette argumentation n'est pas fondée. En l'absence de recours, la décision rendue par le DCTI le 23 novembre 2006 est devenue définitive et exécutoire. Il ne saurait être question de la remettre en cause à ce stade. S'il est vrai que l'ordre de remise en état et le prononcé de l'amende supposent que les travaux ne puissent pas être autorisés, le recourant doit néanmoins se laisser opposer la réalisation de cette condition. S'il estimait qu'une autorisation devait lui être délivrée, il lui appartenait de recourir en temps utile auprès de la CCRC. Dans ces circonstances, le grief ne peut qu'être rejeté.
4. Le recourant considère également que la Cour cantonale n'a pas procédé à une pesée des intérêts complète, ou du moins qu'elle ne l'a pas motivée conformément aux exigences de l'art. 29 al. 2 Cst. Il estime que cette dernière a complètement occulté certains éléments qui ressortaient du dossier: le toit du bâtiment avant travaux était en amiante; plutôt que d'être raccordés vers le cours d'eau, les égouts étaient désormais reliés aux canalisations; les voisins avaient salué l'esthétique retrouvée du bâtiment; la remise en état impliquait des frais conséquents; la parcelle n'était pas assujettie à la LDFR, ce qui confirmait qu'elle était inadaptée à l'agriculture; les travaux avaient simplement consisté à étendre le bâtiment jusqu'à l'emprise qu'avait la pergola de l'ancienne construction, de sorte que l'atteinte au paysage était nulle; sa bonne foi; son intérêt privé à pouvoir avoir sa famille à proximité ainsi que celui de son épouse à pouvoir accueillir sa mère malade et son petit-fils.
Le recourant fait également grief au Tribunal administratif de ne pas avoir examiné s'il était possible d'atteindre le but visé au moyen d'une mesure moins incisive.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., confère à toute personne le droit d'exiger, en principe, qu'un jugement ou une décision défavorable à sa cause soit motivé. Cette garantie tend à donner à la personne touchée les moyens d'apprécier la portée du prononcé et de le contester efficacement, s'il y a lieu, devant une instance supérieure. Elle tend aussi à éviter que l'autorité ne se laisse guider par des considérations subjectives ou dépourvues de pertinence; elle contribue, par là, à prévenir une décision arbitraire. L'objet et la précision des indications à fournir dépend de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du cas; néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée (ATF 112 Ia 107 consid. 2b p. 109; voir aussi ATF 126 I 97 consid. 2b p. 102; 125 II 369 consid. 2c p. 372; 124 II 146 consid. 2a p. 149). L'autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties; elle n'est pas davantage astreinte à statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 126 I 15 consid. 2a/aa p. 17; 124 V 180 consid. 1a p. 181 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral examine librement si les exigences posées par l'art. 29 al. 2 Cst. ont été respectées (ATF 124 I 49 consid. 3a p. 51, 122 I 153 consid. 3 p. 158 et les arrêts cités).
4.2 Si la motivation de l'arrêt attaqué est certes sommaire, elle permettait sans autres au recourant d'en saisir la portée et de l'attaquer utilement. Contrairement à ce que prétend ce dernier, tous les éléments concernant les travaux entrepris figurent expressément dans l'état de fait. Par ailleurs, la problématique de la bonne foi a fait l'objet d'une appréciation détaillée sous l'angle du principe de l'égalité de traitement, qui n'est d'ailleurs pas critiquée dans le présent recours. Enfin, dans les écritures adressées au Tribunal administratif, le recourant n'a pas même évoqué la problématique de l'esthétique de la construction, de l'atteinte au paysage, des frais de la démolition, de même que de l'absence d'assujettissement à la LDFR. Enfin, vu la prépondérance des intérêts publics retenue, une mesure moins incisive était difficilement envisageable − d'autant plus que le recourant n'en n'indiquait aucune − de sorte qu'on ne peut reprocher à la Cour cantonale de ne pas s'être exprimée à cet égard. On ne saurait par conséquent retenir une quelconque violation du droit d'être entendu.
5. Le recourant estime dans un dernier grief que, aussi bien individuellement que dans leur ensemble, les éléments que le Tribunal administratif aurait omis de prendre en considération, mis en balance avec les travaux effectués et la prétendue lésion de la loi, primeraient objectivement et manifestement le seul intérêt public au respect de la loi. Il invoque à cet égard le principe de l'interdiction de l'arbitraire.
5.1 Selon la jurisprudence, l'ordre de démolir une construction ou un ouvrage édifié sans permis et pour lequel une autorisation ne pouvait être accordée n'est en principe pas contraire au principe de la proportionnalité. Celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce qu'elle se préoccupe davantage de rétablir une situation conforme au droit que des inconvénients qui en découlent pour le constructeur (ATF 108 la 216 consid. 4b p. 218). L'autorité doit renoncer à une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit qui aurait changé dans l'intervalle (ATF 123 II 248 consid. 4a p. 255).
5.2 Il y a arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsque la décision attaquée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indiscuté ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Par ailleurs, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et la jurisprudence citée).
5.3 Le recourant ne semble pas réellement faire de son grief tiré de l'arbitraire une critique séparée de celle liée à la violation de son droit d'être entendu. Par ailleurs, l'argument n'est pas motivé conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, de sorte que sa recevabilité paraît douteuse. Cette question peut toutefois demeurer indécise, le reproche s'avérant de toute façon infondé.
5.4 Contrairement à ce que soutient le recourant, l'état de fait de l'arrêt attaqué mentionne très clairement qu'une villa individuelle a été édifiée à partir d'un atelier/bûcher de 41 m2. Il résulte également de la décision entreprise que la construction litigieuse ne respectait pas la distance de 30 mètres par rapport au cours d'eau de la Versoix et à la lisière de la forêt. Il y est pour le surplus indiqué que la protection de la zone où se trouve la parcelle concernée a été renforcée en 2003 par l'adoption de la loi sur la protection générale et l'aménagement des rives de la Versoix.
Le Tribunal administratif a fait référence à l'intérêt public au respect de la loi ainsi qu'à l'importance du maintien de la zone agricole dans le canton de Genève. Par décision du 23 novembre 2006 (cf. consid. 3), le DCTI a refusé l'autorisation de construire notamment en raison de la situation de la parcelle en zone agricole et dans le périmètre de protection des rives de la Versoix. L'importance de l'intérêt public à la préservation de ce secteur apparaît donc comme considérable, ce que le recourant ne nie d'ailleurs pas. En outre, au vu du dossier, il apparaît que la transformation ne peut pas être qualifiée de mineure. Sur ce point, le recourant fait d'ailleurs uniquement valoir, qui plus est sous le seul angle de l'atteinte au paysage, que les travaux ont seulement consisté à étendre le bâtiment jusqu'à l'emprise qu'avait la pergola de l'ancienne construction. Que cela soit correct ou non, il n'en demeure pas moins qu'il existe une différence non négligeable entre une pergola et un bâtiment construit.
Le recourant avance en outre, pour la première fois devant la Cour de céans, que les transformations effectuées ne porteraient pas atteinte au paysage et qu'elles auraient amélioré l'esthétique de la dépendance. Outre le fait que cette affirmation est sujette à appréciation, il n'est pas insoutenable d'estimer qu'elle n'est pas de nature à contrebalancer le sérieux intérêt public dont il vient d'être question.
Pour le surplus, le recourant n'explique pas en quoi le non assujettissement à la LDFR de la parcelle concernée pourrait avoir une quelconque incidence en l'espèce. Cette circonstance n'a du reste pas été jugée par le DCTI comme permettant l'autorisation des travaux, ce qui ne peut plus être remis en cause (cf. consid. 3).
Le recourant indique certes encore qu'il aurait oeuvré dans un but de santé et de salubrité publiques en procédant au remplacement du toit en amiante ainsi qu'au raccordement des égouts aux canalisations. Il perd cependant de vue que l'atelier/bûcher n'était pas destiné à l'habitation, de sorte que le poids de ces intérêts doit être relativisé. Par ailleurs, rien n'empêchait le recourant de procéder au remplacement du toit sans excéder les possibilités d'agrandissement.
S'agissant de la problématique de la bonne foi, il a déjà été relevé qu'elle avait fait l'objet d'un examen détaillé qui n'est pas critiqué par le recourant (cf. consid. 4.2), de sorte que l'argument est irrelevant. Ce dernier méconnaît au demeurant que le dépôt spontané de sa demande de régularisation des travaux a été prise en compte pour réduire de moitié le montant de l'amende, qu'il ne remet du reste plus en question.
Enfin, on ne saurait reprocher à la Cour cantonale d'avoir considéré que l'intérêt privé du recourant relevait du pur agrément en ce sens que la mesure prononcée empêchait uniquement l'épouse de ce dernier d'accueillir sa mère et son petit-fils en cas de besoin. Le recourant ne développe en effet pas son argumentation, pas plus qu'il ne prétend que la charge financière liée à la remise en état pourrait le mettre en difficulté.
Dans ces conditions, il apparaît que le Tribunal administratif n'a pas fait preuve d'arbitraire en considérant que l'intérêt privé du recourant devait céder devant l'intérêt public au respect de la loi et à la préservation de la zone concernée.
6. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève, ainsi qu' à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 12 août 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Truttmann