Sachverhalt:
A. Der 1977 geborene K._ meldete sich am 23. Juni 2006 unter Hinweis auf bipolare Störungen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Wiedereinschulung in die bisherige Tätigkeit, Rente) an. Die IV-Stelle Luzern gewährte dem Versicherten mit Verfügung vom 7. November 2006 Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten. Nach Einholung eines Berichts der Beruflichen Abklärungsstelle (BEFAS) Stiftung B._ vom 23. Mai 2007 sowie diverser Arztberichte verneinte die IV-Stelle am 18. September 2007 den Anspruch auf berufliche Massnahmen, da solche aufgrund des Gesundheitszustandes von K._ zur Zeit nicht möglich seien. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren sprach die IV-Stelle dem Versicherten mit Verfügung vom 13. November 2007 eine ganze Rente, basierend auf einem Invaliditätsgrad von 100 %, ab 1. Mai 2007 zu.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde, mit welcher K._ die Aufhebung der Verfügung vom 13. November 2007 und die Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zur Neubeurteilung beantragen liess, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 11. September 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei ihm eine Invalidenrente ab Mai 2004 zuzusprechen, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Gemäss Art. 105 Abs. 1 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG; Ausnahme: Beschwerden gemäss Art. 97 Abs. 2 BGG [Art. 105 Abs. 3 BGG]). Zu den Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 lit. a BGG gehören namentlich auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (BGE 135 V 23 E. 2 S. 25 mit Hinweisen; Ulrich Meyer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008 [nachfolgend: BSK BGG] N 25, 36 und 58-61 zu Art. 105; Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 24 zu Art. 97), die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (statt vieler 9C_850/2008 vom 6. Februar 2009, E. 2.2 mit Hinweis; Ulrich Meyer, in BSK BGG, N 60 zu Art. 105; Markus Schott, in BSK BGG, N 17 ff. zu Art. 97) sowie die Pflicht zu inhaltsbezogener, umfassender, sorgfältiger und objektiver Beweiswürdigung (Art. 61 lit. c ATSG; BGE 132 V 393 E. 4.1 S. 400).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung, namentlich dessen Beginn.
2.1 Die angefochtene Verfügung datiert vom 13. November 2007, weshalb die am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen des IVG vom 6. Oktober 2006 und der IVV vom 28. September 2007 (5. IV-Revision) nicht anwendbar sind (BGE 129 V 354 E. 1 S. 356).
Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (Art. 8 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen und hier anwendbaren Fassung), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16 ATSG) und zum Zeitpunkt des Rentenbeginns (Art. 29 Abs. 1 IVG in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen und hier anwendbaren Fassung) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Richtig sind auch die Ausführungen zur Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (BGE 125 V 256 E. 4 S. 261) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352).
2.2 In beweisrechtlicher Hinsicht zu ergänzen ist, dass das Administrativverfahren vor der IV-Stelle wie auch der kantonale Sozialversicherungsprozess vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht sind (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG). Danach haben IV-Stelle und Sozialversicherungsgericht den rechtserheblichen Sachverhalt - wozu auch der Zeitpunkt des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit gehört (Urteil 8C_434/2007 vom 27. März 2008, E. 4.1) - von Amtes wegen festzustellen. Diese Untersuchungspflicht dauert so lange, bis über die für die Beurteilung des streitigen Anspruchs erforderlichen Tatsachen hinreichende Klarheit besteht. Der Untersuchungsgrundsatz weist enge Bezüge zum - auf Verwaltungs- und Gerichtsstufe geltenden - Grundsatz der freien Beweiswürdigung auf. Führen die im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes von Amtes wegen vorzunehmenden Abklärungen den Versicherungsträger oder das Gericht bei umfassender, sorgfältiger, objektiver und inhaltsbezogener Beweiswürdigung (BGE 132 V 393 E. 4.1 S. 400) zur Überzeugung, ein bestimmter Sachverhalt sei als überwiegend wahrscheinlich (BGE 126 V 353 E. 5b S. 360, 125 V 193 E. 2 S. 195, je mit Hinweisen) zu betrachten und es könnten weitere Beweismassnahmen an diesem feststehenden Ergebnis nichts mehr ändern, so liegt im Verzicht auf die Abnahme weiterer Beweise keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (antizipierte Beweiswürdigung; vgl. SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4 S. 28; zu Art. 4 Abs. 1 aBV ergangene, weiterhin geltende Rechtsprechung: BGE 124 V 90 E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162, je mit Hinweisen). Bleiben jedoch erhebliche Zweifel an Vollständigkeit und/oder Richtigkeit der bisher getroffenen Tatsachenfeststellung bestehen, ist weiter zu ermitteln, soweit von zusätzlichen Abklärungsmassnahmen noch neue wesentliche Erkenntnisse zu erwarten sind (Urteil 8C_434/2007 vom 27. März 2008, E. 4.2).
2.3 Die Beweiswürdigung im Allgemeinen - wie auch die antizipierte Beweiswürdigung als Teil derselben - betreffen Tatfragen (Urteil 8C_90/2007 vom 12. März 2008 E. 2.3; Ulrich Meyer, in BSK BGG, N 34 zu Art. 105 und Markus Schott , in BSK BGG , N 29 zu Art. 95, je mit Hinweisen), die das Bundesgericht lediglich auf offensichtliche Unrichtigkeit und Rechtsfehlerhaftigkeit hin zu überprüfen befugt ist (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. E. 1 hievor). Unter diesem Blickwinkel hält ein Verzicht der Vorinstanz auf weitere Beweisvorkehren aufgrund antizipierter Beweiswürdigung etwa dann nicht stand, wenn die Sachverhaltsfeststellung unauflösbare Widersprüche enthält (vgl. etwa BGE 124 II 103 E. 1a S. 105; in BGE 126 III 431 nicht publizierte E. 4c/bb des Urteils 5P.119/2000 vom 24. Juli 2000) oder wenn eine entscheidwesentliche Tatsache auf unvollständiger Beweisgrundlage beantwortet wird (vgl. etwa BGE 132 III 83 E. 3.5 S. 88; vgl. auch Urteil I 1051/06 vom 4. Mai 2007, E. 3.3 und 3.4 [publ. in: SVR 2007 IV Nr. 39 S. 132]). Demgegenüber ändern blosse Zweifel an der Richtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung an deren Verbindlichkeitswirkung gemäss Art. 105 Abs. 1 BGG nichts (vgl. die Hinweise in Urteil 9C_539/2007 vom 31. Januar 2008 E. 2.2.2).
3. Der Beschwerdeführer leidet - wie aus den verschiedenen medizinischen Berichten übereinstimmend hervorgeht - an einer paranoiden Schizophrenie. Streitig ist, seit wann sich das psychische Leiden in rentenrelevantem Ausmass auf die Arbeitsfähigkeit auswirkt.
3.1 Die Vorinstanz ging aufgrund fehlender medizinischer Angaben bezüglich Umfang der Arbeitsfähigkeit vor Mai 2006, welche über den Zeitraum der drei Hospitalisationen in der Klinik S._ (2. bis 5. Mai 2004, 7. bis 18. Mai 2004 und 20. Mai bis 16. Juni 2006) hinausgehen würde, in Übereinstimmung mit der IV-Stelle davon aus, dass der Beschwerdeführer nicht schon vor Mai 2006 über längere Zeit in rentenbegründendem Ausmass arbeitsunfähig war. Zudem sei es dem Versicherten - so das kantonale Gericht - in der Zeit zwischen dem zweiten und dem dritten Klinikaufenthalt gemäss IK-Auszug und Angaben der Arbeitgeberin trotz seiner Krankheit auch gelungen, aus eigener Leistung einen Erwerb zu erzielen. Für die Zeit nach 20. Mai 2006 ging die Vorinstanz in Anbetracht des schubweisen Verlaufs der Krankheit mit der IV-Stelle von einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers aus, obschon ihm in den Arztberichten eine teil- und phasenweise Arbeitsfähigkeit attestiert worden sei.
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei aktenkundig, dass die Krankheit seit 2001 bestehe und sich mindestens seit Mai 2004 in rentenbegründendem Ausmass auf die Arbeitsfähigkeit ausgewirkt habe. Er habe seither nie mehr länger als 10 Tage aneinander arbeiten können. Indem das kantonale Gericht das beantragte psychiatrische Gutachten ohne Begründung nicht eingeholt, den Beginn der rentenrelevanten Arbeitsunfähigkeit mangels Nachweises eines früheren Zeitpunktes auf Mai 2006 festgesetzt und eine Rente erst ab 1. Mai 2007 zugesprochen hat, habe es im Wesentlichen Art. 4 Abs. 2 IVG und Art. 29 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 28 Abs. 1 IVG verletzt, nicht nachvollziehbar und willkürlich entschieden sowie den Anspruch auf rechtliches Gehör missachtet.
4. Die Aktenlage ergibt folgendes:
4.1 Der Beschwerdeführer war in der Zeit vom 30. Juli 2002 bis 24. Februar 2003 bei den Ambulanten Psychiatrischen Diensten in einer medikamentösen und psychotherapeutischen Behandlung.
4.2 Im Abklärungsbericht vom 7. Mai 2004 diagnostizierten die untersuchenden Ärzte des Ambulanten Psychiatrischen Dienstes, Psychiatriezentrum X._, Dr. med. G._ und Dr. med. T._ eine paranoide Schizophrenie und hielten fest, der Patient sei momentan in einem maniform angetriebenen Zustand, wobei weder eine Krankheitseinsicht noch Kritikfähigkeit bestehe. Durch seine Verhaltensweisen sei er selbstgefährdet und zum Teil auch, mindestens verbal, fremdgefährdend.
4.3 Die Ärzte der Klinik S._ stellten in ihrem Bericht vom 11. September/5. Oktober 2006 die Diagnose einer paranoiden Schizophrenie und schizoaffektiven Störung mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit bestehend seit Mai 2004. Während der drei Hospitalisationen vom 2. bis 5. Mai 2004, vom 7. bis 18. Mai 2004 und vom 20. Mai bis 16. Juni 2006 habe jeweils eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % bestanden. Die erste Hospitalisation sei aufgrund einer akut polymorphen psychotischen Störung erfolgt. Nachdem der Versicherte die Klinik gegen ärztlichen Rat verlassen hatte, sei er zwei Tage später per fürsorgerischem Freiheitsentzug wieder eingewiesen worden. Zur dritten Hospitalisation sei es dann ebenfalls per fürsorgerischem Freiheitsentzug bei akuter Psychose mit Selbst- und Fremdgefährdung gekommen. Unter Medikation sowie bei psychiatrisch integrierter Therapie sei es zu einer deutlichen Besserung des Zustandsbildes gekommen. Die vorhandene Störung wirke sich sehr stark vor allem auf die Qualität der Arbeit aus aufgrund von Konzentrationsstörungen und der ausgeprägten Antriebsstörung. Die bisherige Tätigkeit sei mit sukzessiver Erhöhung noch bis zu 5 Stunden pro Tag zumutbar, wobei eine um 50 % verminderte Leistungsfähigkeit bestehe. Bei weiterer konstanter Medikation, flexibler Arbeitsplatzgestaltung, regelmässigen Pausenzeiten, klaren Strukturen am Arbeitsplatz sowie Rückzugsmöglichkeiten könne die Arbeitsfähigkeit verbessert werden.
4.4 Dr. med. T._, Ambulante Psychiatrische Dienste, diagnostizierte in seinem Bericht vom 28. November 2006 eine paranoide Schizophrenie mit Verdacht auf Residualzustand sowie eine schizoaffektive Störung mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit seit 2001. Der Patient habe - so der Facharzt - seit 2001 nur kurze Episoden, wovon keine länger als drei Monate gedauert habe, versucht zu arbeiten. Seit der letzten Hospitalisation versuche er sich wieder im Arbeitsbereich zu etablieren. Er zeige aber eine schlechte Compliance bezüglich der Medikamente, sodass anzunehmen sei, dass die zeitweise sogar 100 % betragende Arbeitsfähigkeit nicht von Dauer sein werde.
4.5 In der Kurzbeurteilung des BEFAS-Berichts vom 23. Mai 2007 wird festgehalten, beim Verhalten des Versicherten sei es schwierig zu entscheiden, wieviel der einschränkenden Krankheit und wieviel bewusstem Verweigern zuzuschreiben sei. Der Klient halte sich momentan nicht an äussere Normen. Sofern das Verhalten als krankheitsbedingt beurteilt werde, sei der Versicherte auch in geschütztem Rahmen nicht arbeitsfähig. Andernfalls sei ihm die ursprüngliche Berufstätigkeit als Maurer in vollem Umfang zumutbar.
4.6 Im Bericht vom 13. Juni 2007 diagnostizierte Dr. med. H._ eine paranoide Schizophrenie mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit seit 2001. Er attestierte dem Versicherten eine Arbeitsunfähigkeit von 50 - 80 % ab 23. Januar 2007 bis auf weiteres. Der Versicherte habe keine Krankheitseinsicht. Er höre Stimmen, fühle sich depressiv, sei motorisch unruhig, habe sehr viel Zweifel, Misstrauen und Mühe, auf Leute zuzugehen. Er benötige Raum um sich auszutoben. Der Gesundheitszustand sei stationär. Problematisch sei, dass der Patient gerne arbeiten möchte, dies aber zu Bedingungen, die er auf der Basis seiner Erkrankung stelle, die jedoch in der freien Wirtschaft kaum tolerabel seien. Auch ein geschützter Arbeitsplatz werde für ihn schwierig sein. Der Beschwerdeführer könne phasenweise schon voll einsetzbar sein. Das Problem werde in der grossen Wahrscheinlichkeit des baldigen Abbruchs oder Leistungseinbruchs liegen.
4.7 Der regionalärztliche Dienst (RAD) hält im Protokolleintrag vom 4. Juli 2007 fest, die Diagnose einer paranoiden Schizophrenie sei im Mai 2004 in der Klinik S._ gestellt worden. In der Folge habe der Versicherte Phasen mit voller Arbeitsfähigkeit als Akkordmaurer gehabt. Nach der Hospitalisation vom 20. Mai bis 16. Juni 2006 habe er in gebessertem Zustand entlassen werden können, sei jedoch in der Folge nicht mehr berufstätig gewesen. Aufgrund des weiteren Verlaufs könne sicher von einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit ab 20. Mai 2006 ausgegangen werden. Es bestehe aktuell keine prinzipielle Arbeitsfähigkeit in der freien Wirtschaft. Aus möglicherweise eintretenden kurzfristigen guten Phasen könne nicht auf eine generelle Arbeitsfähigkeit in der freien Wirtschaft geschlossen werden.
4.8 Aus dem IK-Auszug vom 11. Juli 2007 zeigen sich abwechselnd Phasen mit Erwerb aus Arbeitstätigkeit und solchen mit Bezug von Arbeitslosenentschädigung. Der Beschwerdeführer macht diesbezüglich geltend, er habe seit Mai 2004 nicht mehr arbeiten können und keinen Lohn mehr bezogen. Der im Jahr 2004 gemäss IK-Auszug vermeintlich ausbezahlte Lohn stelle eine Gewinnausschüttung dar. Das kantonale Gericht habe die diesbezüglichen Beweisanträge nicht beachtet. Nachdem der Beschwerdeführer ab 2. Mai 2005 Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung erhoben hatte, verneinte das Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Luzern mit Verfügung vom 17. August 2005 die Vermittlungsfähigkeit zufolge ungenügenden Arbeitsbemühungen und mangelndem Interesse an der Beendigung der Arbeitslosigkeit.
4.9 Eine Würdigung der geschilderten Aktenlage zeigt, dass Dr. med. T._ und Dr. med. H._ in ihren Berichten eine paranoide Schizophrenie mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit seit 2001, die Ärzte der Klinik S._ dieselbe Krankheit mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit seit Mai 2004 diagnostiziert hatten. Der Versicherte war denn in den Jahren 2002 und 2003 auch bereits in Behandlung bei den Ambulanten Psychiatrischen Diensten. Das Ausmass der Arbeitsunfähigkeit wurde - mit Ausnahme der drei Klinikaufenthalte - jedoch erst ab 2006 festgelegt, wobei Dr. med. T._ in seinem Bericht ausgeführt hatte, der Versicherte habe seit 2001 nur kurze Episoden, wovon keine länger als drei Monate gedauert habe, versucht zu arbeiten, und der Beschwerdeführer selber geltend macht, er habe seit Mai 2004 nicht mehr arbeiten können. Soweit das kantonale Gericht für die Zeit vor Mai 2006 darauf hinweist, dass der Versicherte aus eigener Leistung einen Erwerb erzielt habe, gilt dies auch für die Zeit nach Mai 2006, für die jedoch unter Hinweis auf den schubweisen Verlauf der Krankheit von einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit ausgegangen wurde. Ob nicht bereits vorher - mit derselben Begründung - wenn auch nicht eine 100%ige, so doch eine rentenbegründende Arbeitsunfähigkeit vorgelegen hat, verneint die Vorinstanz aufgrund fehlender medizinischer Angaben bezüglich Umfang der Arbeitsfähigkeit, dies ohne näher zu begründen, weshalb dem vom Beschwerdeführer gestellten Rückweisungsantrag zu weiteren diesbezüglichen Abklärungen nicht stattgegeben werde. Dieser Entscheid beruht auf einer den Untersuchungsgrundsatz sowie die Grundsätze über die antizipierte Beweiswürdigung verletzenden, mithin rechtsfehlerhaften Sachverhaltsfeststellung. Bei der vorliegenden Aktenlage hätten weitere Abklärungen zum Beginn und Ausmass der Arbeitsunfähigkeit getroffen werden können und müssen. Die Verwaltung wird dies nachzuholen und über den Rentenanspruch neu zu verfügen haben. Dabei können in erster Linie die behandelnden Psychiater um Ergänzungen zu ihren bereits vorliegenden Berichten angefragt werden, wobei jedoch zu beachten sein wird, dass Berichte der behandelnden (Spezial-) Ärztinnen und Ärzte im Hinblick auf die Verschiedenheit von Behandlungs-/ Therapieauftrag einerseits und Begutachtungsauftrag andererseits nicht als medizinische Administrativgutachten gelten können. Dies heisst nicht, dass die IV-Stelle in jedem Fall ein internes versicherungsärztliches oder ein externes Administrativgutachten einzuholen hätte. Der Verzicht auf solche Beweisweiterungen und das alleinige Abstellen auf die Berichte der behandelnden Ärztinnen und Ärzte sind jedoch nur zulässig, wenn diese ein stimmiges und vollständiges Bild des Gesundheitszustandes abgeben (Urteil 8C_434/2007 vom 27. März 2008, E. 4.3). Allenfalls werden weitere Abklärungen in erwerblicher Hinsicht erforderlich sein, um die Unstimmigkeiten bezüglich effektiver Arbeitstätigkeit zu klären, wobei sich sowohl aus dem BEFAS-Bericht wie auch aus den Akten der Arbeitslosenversicherung Hinweise auf krankheitsbedingte Einschränkungen ergeben.
4.10 Der Vollständigkeit halber ist darauf hinzuweisen, dass bei einem mehr als zwölf Monate vor der Anmeldung entstandenen Rentenanspruch in Anbetracht der ärztlicherseits erwähnten fehlenden Krankheitseinsicht des Beschwerdeführers eine Nachzahlung von Leistungen im Sinne von Art. 48 Abs. 2 IVG in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen und hier anwendbaren Fassung zu prüfen wäre.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Dem Prozessausgang entsprechend gehen die Gerichtskosten zu Lasten der Beschwerdegegnerin (Art. 66 Abs. 1 BGG) und ist diese gegenüber dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer entschädigungspflichtig (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist damit gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 11. September 2008 und die Verfügung der IV-Stelle Luzern vom 13. November 2007 werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle Luzern zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse Luzern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Mai 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Leuzinger Kopp Käch