Sachverhalt:
A. Im Jahr 1985 begründete die Y._ AG (nachfolgend: Beschwerdegegnerin) an der Gewerbeliegenschaft B._strasse Stockwerkeigentum. Derzeit halten die Beschwerdegegnerin 644/1000 der Wertquoten und X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) die restlichen 356/1000. A._ von der A._ AG ist Verwalter der Stockwerkeigentümergemeinschaft.
B. B.a Auf Begehren von A._ verpflichtete das Bezirksgerichtspräsidium Arbon den Beschwerdeführer am 18. Februar 1999, seinen Beitragsforderungen gegenüber der Stockwerkeigentümergemeinschaft nachzukommen. Am 13. September 1999 lud A._ per 27. September 1999 zur Stockwerkeigentümerversammlung ein und verschob sie in der Folge auf den 28. September 1999. Am 22. September 1999 teilte der Beschwerdeführer mit, infolge Auslandabwesenheit ersuche er um einen neuen Terminvorschlag, worauf A._ die Versammlung auf den 13. Oktober 1999 ansetzte. Am 12. Oktober 1999 erklärte der Beschwerdeführer, dieser Termin sei ihm nicht möglich; er ersuche um einen neuen Vorschlag in der zweiten Hälfte des Monats November. An der neu angesetzten Versammlung vom 17. November 1999 nahm der Beschwerdeführer nicht teil. Unentschuldigt fehlte er auch an der auf den 4. September 2000 angesetzten und auf seinen Wunsch auf den 25. Oktober 2000 verschobenen Versammlung.
B.b Mit Verfügung vom 1. November 2001 wies das Bezirkgerichtspräsidium Arbon ein Gesuch der Stockwerkeigentümergemeinschaft betreffend Vormerkung eines Pfandrechts auf dem Stockwerkeigentumsanteil des Beschwerdeführers in der Höhe von Fr. 3'668.45 nebst 5 % Zins seit 6. Februar 2001 ab. Das Gerichtspräsidium erwog, die Versammlung vom 25. Oktober 2000, an der der Beschwerdeführer nicht teilgenommen habe, sei gestützt auf Art. 712p ZGB nicht beschlussfähig gewesen. Der Beschluss, mit dem die vom Beschwerdeführer zu tragenden Kosten festgesetzt worden seien, sei somit nichtig, weshalb für diese Forderung kein Pfandrecht eingetragen werden könne.
Mit Beschluss vom 28. Januar / 14. März 2002 wies das Obergericht des Kantons Thurgau den von der Stockwerkeigentümergemeinschaft erhobenen Rekurs ab.
B.c Der Beschwerdeführer blieb auch den Versammlungen vom 26. November und 19. Dezember 2001, 3. Februar und 19. März 2003, 26. Mai, 23. Juli und 1. Dezember 2004 sowie 12. Januar 2005 fern. Unter Hinweis auf mangelnde Beschlussfähigkeit nach Art. 712p Abs. 3 ZGB focht er die Beschlüsse der Versammlung vom 19. März 2003 beim Bezirksgericht Arbon an. Mit Urteil vom 19. Dezember 2003/9. März 2004 wies dieses die Klage mit der Begründung ab, der Gesetzgeber habe bei der Regelung der Beschlussfähigkeit nicht an den Fall gedacht, dass die Gemeinschaft aus nur zwei Stockwerkeigentümern bestehe. Kraft seines faktischen Vetorechts könne jeder Stockwerkeigentümer die Gemeinschaft funktionsunfähig machen. Dies möge für die erste Versammlung (anfangs 2003) noch angehen, nicht aber für die zweite Versammlung vom 19. März 2003.
Mit Entscheid vom 18. November 2004 schützte das Obergericht die Klage des Beschwerdeführers und hob die Beschlüsse der zweiten Stockwerkeigentümerversammlung vom 19. März 2003 mit der Begründung auf, Art. 712p ZGB enthalte keine rechtssystematische Lücke. Das Bundesgericht trat auf die Berufung der Stockwerkeigentümergemeinschaft nicht ein, weil nicht dargelegt war, dass der damalige Streitwert von Fr. 8'000.-- erreicht war (Urteil 5C.23/2005 vom 5. April 2005 E. 1).
B.d Bereits am 8. Februar 2005 hatte der Rechtsvertreter der Stockwerkeigentümergemeinschaft den Beschwerdeführer erneut darauf hingewiesen, zufolge seit geraumer Zeit nicht mehr geleisteter Beitragszahlungen, insbesondere auch von Akontozahlungen, könnten die laufenden Rechnungen nicht mehr bezahlt werden. Eine Akontozahlung von Fr. 10'000.-- sei erforderlich, damit die notwendigen Verwaltungshandlungen vorgenommen werden könnten. Notfalls könne auch die Heizung im Bereich des Stockwerkeigentums des Beschwerdeführers abgestellt werden, um mit dem noch vorhandenen Öl zumindest diejenigen Stockwerkeigentumseinheiten zu heizen, die auch Beiträge entrichteten. Im Übrigen sei das Verhalten des Beschwerdeführers als krasse Pflichtverletzung gegenüber der Stockwerkeigentümergemeinschaft zu qualifizieren. Es müsste ein Ausschluss vorgenommen werden. Dieses Schreiben blieb unbeantwortet. Am 20. Juli 2005 gelangte die Stockwerkeigentümergemeinschaft erneut an den Beschwerdeführer.
Mit Weisung des Friedensrichteramts Arbon vom 23. August 2005 verlangte sie vom Beschwerdeführer Fr. 22'629.15 nebst 5 % Zins ab 16. Mai 2004 sowie die Eintragung eines definitiven Pfandrechts nach Art. 712i ZGB in diesem Umfang. Mit Urteil vom 13. Februar / 10. Mai 2006 schützte die Bezirksgerichtliche Kommission Arbon die Klage teilweise und verpflichtete den Beschwerdeführer, der Stockwerkeigentümergemeinschaft Fr. 6'383.15 nebst 5 % Zins seit 16. Mai 2004 zu bezahlen; in diesem Umfang trug sie ein definitives Pfandrecht nach Art. 712i ZGB ein.
Auf Berufung des Beschwerdeführers hin bestätigte das Obergericht mit Entscheid vom 13. September 2007 / 23. April 2008 seine Praxis zu Art. 712p Abs. 3 ZGB, ging jedoch bezüglich der Beschlüsse vom 23. Juli 2005 lediglich von Anfechtbarkeit und nicht von Nichtigkeit aus. Weil der Beschwerdeführer die Anfechtungsfrist habe verstreichen lassen, blieben diese Beschlüsse gültig. Das Obergericht hob die definitive Eintragung eines Gemeinschaftspfandrechts indes auf, weil die von der Vorinstanz berechnete Restforderung von Fr. 6'383.15 zufolge Verrechnung untergegangen sei: Die Stockwerkeigentümergemeinschaft habe in ihrer Abrechnung von ihr zu tragende Anwalts- und Prozesskosten dem Beschwerdeführer überbunden, was angesichts der speziellen Umstände als nichtig zu betrachten sei.
C. Eine Gesamterledigung der Streitigkeit an einer gemeinsamen Besprechung der Parteien und ihrer Vertreter Ende September 2005 war gescheitert. Der Beschwerdeführer leistete weiterhin keine Akontozahlungen und legte gemäss Korrespondenz der Beschwerdegegnerin auch nicht offen, weshalb er alle Beschlüsse der Stockwerkeigentümergemeinschaft anfocht. Deshalb beantragte die Beschwerdegegnerin mit Weisung des Friedensrichteramts Arbon vom 2. November 2005, der Beschwerdeführer sei aus der Stockwerkeigentümergemeinschaft Ausstellungscenter, B._strasse auszuschliessen (Ziff. 1). Es sei dem Beschwerdeführer eine Frist von 30 Tagen anzusetzen, um seine Anteile STWE-Nr. 001 und 002 unter Berücksichtigung des Vorkaufsrechts der Beschwerdegegnerin (Art. 43 des Reglements der Stockwerkeigentümergemeinschaft) zu veräussern (Ziff. 2). Es sei für den Fall, dass der Anteil nicht binnen der angesetzten Frist veräussert werde, dessen öffentliche Versteigerung nach den Vorschriften über die Zwangsverwertung von Grundstücken anzuordnen (Ziff. 3). Am 24. Februar 2006 teilte der Beschwerdeführer dem Gerichtspräsidium Arbon mit, die Parteien wollten Vergleichsgespräche führen. Am 13. April 2006 informierte die Beschwerdegegnerin das Gerichtspräsidium, trotz mehrfachen Versuchen habe kein Termin für eine Besprechung gefunden werden können.
Mit Urteil vom 20. November 2006 / 13. Juli 2007 schützte das Bezirksgericht Arbon die Klage teilweise und schloss den Beschwerdeführer aus der Stockwerkeigentümergemeinschaft B._strasse aus (Ziff. 1). Dem Beschwerdeführer wurde eine Frist von sechs Monaten angesetzt, um seine Anteile STWE-Nr. 001 und 002 unter Berücksichtigung des Vorkaufsrechts der Beschwerdegegnerin zu veräussern (Ziff. 2a). Für den Fall, dass er seine Anteile nicht binnen der angesetzten Frist veräussere, wurde die öffentliche Versteigerung der beiden Anteile nach den Vorschriften über die Zwangsverwertung von Grundstücken angeordnet (Ziff. 2b).
D. Der Beschwerdeführer erhob beim Obergericht Berufung und beantragte mit Eingabe vom 19. Oktober 2007, das angefochtene Urteil sei aufzuheben.
Mit Urteil vom 20. Mai 2008 bestätigte das Obergericht das Urteil des Bezirksgerichts.
E. Mit Beschwerde vom 30. August 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils, eventualiter dessen Aufhebung und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz mit der Auflage, die Veräusserungsfrist auf mindestens 3 Jahre anzusetzen.
Eine Vernehmlassung wurde nur in Bezug auf das Begehren um aufschiebende Wirkung eingeholt. Mit Verfügung vom 17. September 2008 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in Zivilsachen, welcher einen Endentscheid darstellt (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Der Streitwert ist höher als Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
2. Die Beschwerde in Zivilsachen ist ein reformatorisches Rechtsmittel (Art. 107 Abs. 2 BGG), sodass sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken darf, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern einen Antrag in der Sache stellen muss, ansonsten die Beschwerde unzulässig ist (BGE 133 III 489 E. 3.1 S. 489 f. mit Hinweisen).
Der Antrag des Beschwerdeführers, das Urteil des Obergerichts sei vollumfänglich aufzuheben, stellt kein reformatorisches Begehren dar. Der Begründung der Beschwerde lässt sich jedoch entnehmen, dass der Beschwerdeführer vor Bundesgericht wie vor den kantonalen Instanzen die vollumfängliche Abweisung der Klage beantragt, sodass die Beschwerdeschrift insofern den Anforderungen an das Rechtsbegehren gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG genügt.
2.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung von Art. 649b ZGB geltend. Weiter rügt er eine Verletzung von Art. 5 Abs. 2 BV, des Willkürverbots (Art. 9 BV) und macht das Vorliegen eines Rechtsmissbrauchs geltend. Da letztere Rügen im Zusammenhang mit der Anwendung von Art. 649b ZGB durch die Vorinstanz erhoben werden, gehen sie in der Rüge der Verletzung dieser Gesetzesbestimmung auf.
2.2 Art. 649b ZGB regelt den Ausschluss aus der Gemeinschaft der Miteigentümer. Demnach kann ein Miteigentümer durch gerichtliches Urteil aus der Gemeinschaft ausgeschlossen werden, wenn durch sein Verhalten oder das Verhalten von Personen, denen er den Gebrauch der Sache überlassen oder für die er einzustehen hat, Verpflichtungen gegenüber allen oder einzelnen Mitberechtigten so schwer verletzt werden, dass diesen die Fortsetzung der Gemeinschaft nicht zugemutet werden kann (Art. 649b Abs. 1 ZGB). Umfasst die Gemeinschaft nur zwei Miteigentümer, so steht jedem das Klagerecht zu; im Übrigen bedarf es zur Klage, wenn nichts anderes vereinbart ist, der Ermächtigung durch einen Mehrheitsbeschluss aller Miteigentümer mit Ausnahme des Beklagten (Art. 649b Abs. 2 ZGB). Erkennt das Gericht auf Ausschluss des Beklagten, so verurteilt es ihn zur Veräusserung seines Anteils und ordnet für den Fall, dass der Anteil nicht binnen der angesetzten Frist veräussert wird, dessen öffentliche Versteigerung nach den Vorschriften über die Zwangsverwertung von Grundstücken an unter Ausschluss der Bestimmungen über die Auflösung des Miteigentumsverhältnisses (Art. 649b Abs. 3 ZGB). Art. 649b ZGB ist auch auf die Stockwerkeigentümergemeinschaft anwendbar (BGE 113 II 15 E. 2 S. 17).
2.3 Das Obergericht erwog, indem der Beschwerdeführer sich auf sein Recht zur Nichtteilnahme an den Stockwerkeigentümerversammlungen und zur Anfechtung der in seiner Abwesenheit gefassten Beschlüsse berufe, zeige er, dass ihm jeglicher Wille fehle, eine Stockwerkeigentümergemeinschaft zu bilden und zu leben. Zu Recht habe die erste Instanz eine Pflichtverletzung seitens des Beschwerdeführers in der steten Lahmlegung der Entscheidungsfähigkeit der Gemeinschaft an sich, aber auch in der massiven Bedrohung der Existenz der Stockwerkeigentümergemeinschaft gesehen, weil der "Renovationsfonds" in Anspruch habe genommen werden müssen, da der Beschwerdeführer seiner finanziellen Beitragspflicht seit Jahren überhaupt nicht mehr nachgekommen sei, und dieser Fonds möglicherweise nur noch für drei Jahre reiche. Es seien auch keine nachvollziehbaren Gründe für das jahrelange obstruktive Verhalten des Beschwerdeführers ersichtlich.
Der Ausschluss des Beschwerdeführers verletze den Grundsatz der Subsidiarität nicht, da die jahrelange Boykottierung der Stockwerkeigentümerversammlungen weit mehr als das blosse Nichtbezahlen von Vorschüssen und Beiträgen beinhalte und ausserdem auch ein böswilliger Zahlungsverweigerer, der immer wieder betrieben werden müsse, als für die Gemeinschaft unzumutbar ausgeschlossen werden könne. Da bei einer Stockwerkeigentümergemeinschaft etwa auch Entscheide über Reparaturen oder Erneuerungen anfielen, habe die Gemeinschaft teils zentrale, für ihre Existenz unerlässliche Entscheide nicht mehr fällen können. Im Rahmen der erstinstanzlichen Verhandlung habe der Beschwerdeführer als einzige Alternative zum Ausschluss die Eintragung eines Pfandrechts erwähnt, obwohl er sich dagegen selbst zur Wehr gesetzt habe; der Beschwerdeführer habe im Weiteren selbst ausdrücklich die Auffassung vertreten, eine einvernehmliche Lösung sei nicht möglich.
2.4 Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, der angefochtene Entscheid stehe im Widerspruch zu einem früheren Entscheid des Obergerichts vom 18. November 2004, wonach jeder Stockwerkeigentümer sowie der Verwalter die erforderlichen Massnahmen selber treffen oder durch den Richter anordnen lassen dürfe, wonach eine Pflicht zur Teilnahme an den Stockwerkeigentümerversammlungen nicht bestehe und wonach sich jemand, der von diesem Recht Gebrauch mache, nicht rechtsmissbräuchlich verhalte. Weiter habe das Obergericht in diesem Entscheid festgehalten, es sei aufgrund der Mehrheitsverhältnisse in der Stockwerkeigentümergemeinschaft und der damit verbundenen eingeschränkten Möglichkeit zur Einflussnahme bei Abstimmungen nachvollziehbar, weshalb der Beschwerdeführer die Versammlungen boykottiere.
Was der Beschwerdeführer aus diesen Ausführungen für den vorliegenden Fall in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht zu seinen Gunsten ableitet, ist jedoch nicht ersichtlich. Ausserdem hat das Obergericht in diesem Entscheid ausdrücklich festgehalten, Art. 649b ZGB stelle gleichsam als Ventil den Ausschluss aus der Gemeinschaft zur Verfügung, den Art. 47 des Reglements regle, worauf es auch im vorliegend angefochtenen Entscheid hinweist. Insoweit setzt sich der Beschwerdeführer mit dem angefochtenen Entscheid nicht auseinander.
2.5 Sodann macht der Beschwerdeführer geltend, die Nichtbezahlung von Beiträgen und Vorschüssen stelle keinen Ausschlussgrund dar, da zu deren Sicherung der Gemeinschaft besondere Rechtsbehelfe zur Verfügung stünden.
Dabei verkennt der Beschwerdeführer, dass das Obergericht seinen Entscheid hauptsächlich damit begründet hat, dass er während Jahren nicht an den Stockwerkeigentümerversammlungen teilgenommen, die in seiner Abwesenheit gefassten Beschlüssen angefochten und auf diese Weise die Entscheidungsfähigkeit der Gemeinschaft lahmgelegt und diese damit in ihrer Existenz bedroht hat. Der Beschwerdeführer setzt sich mit diesen Erwägungen nicht auseinander und tut auch nicht dar, ob diesbezüglich eine Änderung seines Verhaltens zu erwarten gewesen wäre.
Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, gegen die Nichtbezahlung von Beiträgen bestehe die Möglichkeit der Eintragung eines Pfandrechts nach Art. 712i ZGB räumt er selbst ein, dass er sich dagegen bereits in einem früheren Verfahren erfolgreich gewehrt hat, sodass sein Verweis auf diese Möglichkeit ins Leere stösst. Damit kann offen bleiben, ob die Voraussetzungen für ein Pfandrecht überhaupt gegeben sind und ob dies dem Ausschluss des Beschwerdeführers entgegen stünde.
Soweit sich der Beschwerdeführer darauf beruft, es wäre der Gemeinschaft offen gestanden, ein Retentionsrecht nach Art. 712k ZGB geltend zu machen, beruft er sich auf tatsächliche Voraussetzungen und somit auf einen Sachverhalt, den er vor Obergericht nicht vorgebracht hat, obwohl er dazu durchaus veranlasst gewesen wäre. Damit hätte die Vorinstanz die betreffenden Vorbringen in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht würdigen können. Da es der Beschwerdeführer jedoch unterlassen hat, die diesbezüglichen Vorbringen vorinstanzlich geltend zu machen, im Rahmen der erstinstanzlichen Verhandlung vielmehr als einzige Alternative zum Ausschluss die Eintragung eines Pfandrechts erwähnt hat (s. oben, E. 2.3), handelt es sich um neue und somit unzulässige Tatsachen (Art. 99 Abs. 1 BGG). Damit kann ebenfalls offen bleiben, ob die Voraussetzungen für ein Retentionsrecht überhaupt gegeben sind und ob dies dem Ausschluss des Beschwerdeführers entgegenstünde.
2.6 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, die Beschwerdegegnerin habe in den Jahren, in denen er nicht mehr an den Stockwerkeigentümerversammlungen teilgenommen habe, nie den Versuch einer neutralen Vermittlung oder eines Schlichtungsverfahrens gemacht.
2.7 Auch dieser Einwand stösst ins Leere, da der Beschwerdeführer im Rahmen der erstinstanzlichen Verhandlung als einzige Alternative zum Ausschluss die Eintragung eines Pfandrechts erwähnt hat (s. oben, E. 2.3). Ausserdem setzt er sich nicht mit dem vorinstanzlichen Einwand auseinander, er habe im Rahmen der erstinstanzlichen Verhandlung selbst ausdrücklich die Auffassung vertreten, eine einvernehmliche Lösung sei nicht möglich. Somit durfte die Vorinstanz davon ausgehen, dass dem Beschwerdeführer jeglicher Wille fehle, eine Stockwerkeigentümergemeinschaft zu bilden und zu leben, und durfte sie den Ausschluss als mit dem Grundsatz der Subsidiarität vereinbar betrachten.
3. Soweit der Beschwerdeführer im eventualiter gestellten Rückweisungsantrag die Einräumung einer dreijährigen Veräusserungsfrist beantragt, macht er geltend, die Frist sei unangemessen, da die Beschwerdegegnerin mit der Ausschlussklage rund sechs Jahre zugewartet habe, er in seinen Räumen sein Geschäft betreibe, innert dieser Frist keine geeignete Alternative finde und die Räume ausserdem nur schwer veräusserbar seien. Insofern beruft er sich auf einen Sachverhalt, den er vor Obergericht nicht vorgebracht hat, obwohl er dazu durchaus veranlasst gewesen wäre, da ihm bereits das Bezirksgericht eine Frist von sechs Monaten zur Veräusserung seiner Stockwerkeigentumsanteile angesetzt hat (s. oben, Bst. C). Damit hätte das Obergericht auch diese Vorbringen in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht würdigen können. Da es der Beschwerdeführer jedoch unterlassen hat, diese Vorbringen vorinstanzlich geltend zu machen, handelt es sich ebenfalls um neue und somit unzulässige Tatsachen (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Ausserdem setzt sich der Beschwerdeführer mit den vorinstanzlichen Erwägungen nicht auseinander, die Einräumung einer sechsmonatigen Frist zur Veräusserung der Stockwerkeigentümeranteile sei deshalb angemessen, weil er seit Juli 2007, der Zustellung des erstinstanzlichen Entscheids, ernsthaft habe damit rechnen müssen, seine Stockwerkeigentümeranteile verkaufen zu müssen. Dies gilt auch für die obergerichtlichen Ausführungen, dass aufgrund seines Verhaltens der "Renovationsfonds" habe in Anspruch genommen werden müssen, welcher jedoch möglicherweise nur noch für drei Jahre reiche (s. oben, E. 2.3).
Insofern kann somit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
4. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer, der vorinstanzliche Entscheid verletze die Eigentumsgarantie (Art. 26 BV) und in diesem Zusammenhang das Verhältnismässigkeitsprinzip (Art. 36 Abs. 3 BV).
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Wo das Recht nicht von Amtes wegen angewandt wird, sondern das Rügeprinzip gilt, verbietet der Grundsatz von Treu und Glauben, der Vorinstanz bekannte rechtserhebliche Einwände vorzuenthalten und diese erst nach dem Ergehen eines ungünstigen Entscheides im anschliessenden Rechtsmittelverfahren zu erheben (BGE 133 III 638 E. 2 S. 640 mit Hinweis).
Die Rüge einer Verletzung von Art. 26 BV und von Art. 36 Abs. 3 BV wird erstmals vor Bundesgericht erhoben; sie stellt folglich ein rechtliches Novum dar. Der Beschwerdeführer hätte diesen angeblichen Verstoss gegen verfassungsmässige Rechte nach Treu und Glauben bereits im kantonalen Verfahren vorbringen müssen, zumal er anwaltlich vertreten ist. Insbesondere lässt sich nicht sagen, erst der angefochtene Entscheid habe zu den nunmehr vorgetragenen Rügen Anlass gegeben, und ebenso wenig handelt es sich um Fragen, die sich aufdrängten und deshalb im kantonalen Verfahren von Amtes wegen hätten aufgegriffen werden müssen. Vor diesem Hintergrund verstösst es gegen Treu und Glauben, wenn der Beschwerdeführer mit diesen Vorbringen zugewartet und diese erst im Anschluss an den zu seinen Ungunsten ausgefallenen Entscheid erhoben hat. Auf die Beschwerde ist somit auch insofern nicht einzutreten.
5. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Da keine Vernehmlassung zur Sache erfolgt ist, ist der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren keine Parteientschädigung zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Oktober 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Rapp