Sachverhalt:
A. Die Eheleute X._ und Y._ erwarben im Dezember 2002 eine unter Denkmalschutz stehende, aus dem 19. Jahrhundert stammende Liegenschaft in R._ zum Preis von Fr. 863'400.--. Sie liessen das Gebäude in den Jahren 2003 (für Fr. 726'939.--) und 2004 (für Fr. 142'051.--) umfassend sanieren.
B. Nach Überprüfung durch das Kantonale Steueramt Aargau wurden den Eheleuten X._-Y._ für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 Fr. 172'785.-- als abziehbare Liegenschaftsunterhaltskosten anerkannt, im Einspracheverfahren aber - aufgrund einer neuen Praxis des kantonalen Verwaltungsgerichts - nur noch Fr. 36'240.--. Dagegen gelangten die Betroffenen erfolglos an das Steuerrekursgericht und danach an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau.
C. X._ und Y._ haben am 10. September 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie beantragen sinngemäss, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 15. Juli 2009 aufzuheben und Unterhaltskosten von Fr. 172'785.-- zum Abzug zuzulassen.
D. Das Kantonale Steueramt Aargau schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Grundsätzlich ist auf ihr Rechtsmittel somit einzutreten.
1.2 Es ist jedoch zumindest zweifelhaft, ob die Beschwerde den gesetzlichen Begründungserfordernissen gerecht zu werden vermag: Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Das setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das ist aber erst dann möglich, wenn wenigstens den minimalen Begründungsanforderungen Genüge getan wird und somit auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann (vgl. u.a. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Vorliegend sind selbst diese Minimalanforderungen soweit ersichtlich nicht erfüllt. Die Beschwerdeschrift setzt sich (abgesehen von zwei unbedeutenden Ausnahmen, S. 4 u. 6) nicht mit dem angefochtenen Urteil auseinander, sondern wendet sich ganz allgemein gegen die Rechtsauffassung "der Vorinstanzen", welcher sie einmal mehr die gleiche, schon in früheren Verfahrensstadien geltend gemachte Argumentation entgegensetzt. Eine solche Eingabe erscheint gesamthaft unzulässig. Die Frage kann jedoch mit Blick auf den Verfahrensausgang offen bleiben.
2. 2.1 Gemäss § 39 Abs. 2 des aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG, SAR 651.100) können bei Liegenschaften im Privatvermögen die Unterhaltskosten, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden. Den Unterhaltskosten sind Investitionen gleichgestellt, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, soweit sie bei der direkten Bundessteuer abziehbar sind. Nach Abs. 3 können Unterhaltskosten vollumfänglich auch von der neuen Eigentümerin oder vom neuen Eigentümer geltend gemacht werden, sofern die Liegenschaft nicht in vernachlässigtem Zustand erworben wurde. Diese Regelung stimmt mit jener von Art. 9 Abs. 1 StHG überein sowie mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, der sog. "Dumont-Praxis": Handelt es sich um eine vom bisherigen Eigentümer vernachlässigte Liegenschaft, so sind die Kosten, die der Erwerber in den ersten fünf Jahren zur Instandstellung aufwenden muss, steuerlich grundsätzlich nicht abziehbar. Von einer vernachlässigten Liegenschaft geht die Praxis dann aus, wenn die ausgeführten Renovationen nicht zum normalen periodischen Unterhalt zählen, sondern als Nachholen unterbliebenen Unterhalts anzusehen sind (vgl. u.a. BGE 99 Ib 362; 123 II 218 E. 1c S. 222 f.; ASA 75 488 E. 2.1; StE 2009 B 25.6 Nr. 57 E. 2.2, mit Hinweisen).
2.2 Von einem solchen vernachlässigten Zustand bzw. Nachholen zuvor unterlassenen Unterhalts ist das Verwaltungsgericht hier ausgegangen und hat sich dafür namentlich auf das Ausmass der vorgenommenen Arbeiten gestützt: Die gesamten Sanierungskosten betrugen sogar noch mehr als der Erwerbspreis der Liegenschaft selbst, nämlich Fr. 868'990.-- gegenüber Fr. 863'400.-- und entsprachen im Umfang von Fr. 765'012.-- (d.h. 88,6% des Kaufpreises) Unterhalts- und Instandstellungsarbeiten, was offensichtlich auf aufgeschobenen Unterhalt hinweist (vgl. E. 3.2 des angefochtenen Urteils).
Neben dem Ausmass hat die Vorinstanz aber auch die Art der vorgenommenen Arbeiten berücksichtigt, wurden doch die gesamten Elektroinstallationen und Wärmeverteilungen ausgetauscht, die Böden saniert, Küche bzw. Bad mit allen Sanitäranlagen und auch die Fenster ersetzt sowie Wärmedämmungen angebracht. Diese Kosten stellten nicht mehr normalen, periodischen Werterhalt der Liegenschaft im bisherigen Rahmen dar. Sie führten zu einer nachhaltigen Werterhöhung und waren nur insoweit absetzbar, als es sich um Kosten für Energiesparmassnahmen oder um jährlich wiederkehrende Auslagen handelte (vgl. E. 3.3 des verwaltungsgerichtlichen Urteils).
2.3 Inwiefern diese Beurteilung rechtswidrig sein sollte, ist nicht ersichtlich und auch nicht dargetan. Soweit auf die Argumente der Beschwerdeführer entgegen dem zuvor Gesagten überhaupt eingetreten werden kann (vgl. oben E. 1.2), vermögen sie nicht zu überzeugen:
Grundlegend vermengen die pauschal in allen Verfahrensstadien vorgebrachten Einwendungen den Fall des aufgestauten Unterhaltsbedarfs mit jenem, wo es um die substantielle Verbesserung der Liegenschaft geht. Wenn die Beschwerdeführer zudem von einem durchschnittlichen bis überdurchschnittlichen Unterhaltszustand ausgehen, so wird dies u.a. durch Art und Umfang der tatsächlich vorgenommenen, umfassenden Unterhaltsarbeiten widerlegt. Im Übrigen beruhte die amtliche Schätzung, die noch abzugsfähige Unterhaltskosten von Fr. 172'785.-- vorsah, auf einer überholten, von einem Grundsatzurteil des aargauischen Verwaltungsgerichts (vgl. StE 2007 B 25.6 Nr. 55) geänderten Praxis und war für die Veranlagungsbehörde ohnehin nicht bindend.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Dementsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Dezember 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter