Fatti:
A. Il 14 settembre 2009 B._ ha presentato al Ministero pubblico del Cantone Ticino un esposto penale, in particolare per i titoli di truffa e di amministrazione infedele, in relazione all'acquisto da parte di B._ del pacchetto azionario della C._AG. Il contratto di compravendita delle azioni era stato sottoscritto il 13 dicembre 2008 da D._, quale venditore, e per l'acquirente B._, dall'allora suo direttore E._ nonché da A._, allora responsabile della consulenza giuridica.
B. Con decisione del 20 marzo 2012, il Procuratore generale ha decretato nei confronti di A._ l'abbandono del procedimento per il reato di corruzione passiva. Ha negato l'esistenza di elementi sufficienti a sostanziare un possibile comportamento costitutivo di reato.
C. A._ ha presentato il 16 marzo 2012 al Ministero pubblico un'istanza di indennizzo giusta l'art. 429 CPP di complessivi fr. 330'929.25, oltre interessi, composta di fr. 54'729.25 per le spese di patrocinio, di fr. 271'200.-- per il risarcimento del danno economico e di fr. 5'000.-- per la riparazione del torto morale.
D. Con decisione del 22 marzo 2012, il Procuratore generale ha riconosciuto all'istante un'indennità di fr. 39'639.20 per le spese legali. Ha per contro respinto le ulteriori pretese formulate nell'istanza.
E. A._ ha quindi adito la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello, che con sentenza del 21 giugno 2012 ha respinto il reclamo nella misura della sua ricevibilità. La Corte cantonale ha in particolare ritenuto il gravame insufficientemente motivato riguardo alla pretesa di risarcimento del danno economico derivante dalla perdita dell'impiego, rilevando altresì che le dimissioni da B._ erano precedenti l'avvio del procedimento penale. Ha abbondanzialmente ritenuto dati i motivi per mettere fine al rapporto di lavoro, avendo l'interessato violato i propri doveri nei confronti della datrice di lavoro e gli ha quindi negato anche una riparazione del torto morale.
F. A._ impugna questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di riconoscergli le indennità richieste per il risarcimento del danno economico e per la riparazione del torto morale.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. In questa sede, il ricorrente non contesta più l'importo riconosciutogli a titolo di rimborso delle spese di patrocinio, ma critica il mancato riconoscimento di un'indennità per il risarcimento del danno economico e del torto morale. Non occorre approfondire se le censure siano proponibili mediante l'esperito ricorso in materia di diritto pubblico giusta gli art. 82 segg. LTF o mediante quello in materia penale ai sensi degli art. 78 segg. LTF (cfr. DTF 135 IV 43 consid. 1): in concreto sono adempiuti i requisiti di entrambi i rimedi. Il gravame, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. b LTF), è infatti rivolto contro una sentenza finale (art. 90 LTF), emanata da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 e 86 cpv. 1 lett. d LTF). Il requisito del valore litigioso minimo per l'ammissibilità del ricorso in materia di diritto pubblico nel campo della responsabilità dello Stato è soddisfatto (art. 85 cpv. 1 lett. a LTF). Il ricorrente, che ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, è inoltre legittimato a ricorrere sia sotto il profilo dell'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF (DTF 135 IV 43 consid. 1.1.1) sia sotto quello dell'art. 89 cpv. 1 LTF. La competenza di questa Corte è data dall'art. 29 cpv. 3 del regolamento del Tribunale federale, del 20 novembre 2006 (RTF; RS 173.110.131).
2. 2.1 Il ricorrente sostiene che le autorità cantonali gli avrebbero negato il risarcimento soltanto perché ha firmato il contratto di acquisto delle azioni della C._AG. Adduce che l'apposizione della firma gli era stata chiesta dal direttore di B._, quando il contratto era già stato redatto e poteva in buona fede ritenere che non ci fossero problemi essendo altresì prevista la condizione dell'approvazione del contratto da parte del Consiglio di amministrazione di B._. Secondo il ricorrente, la CRP avrebbe violato l'art. 430 cpv. 1 lett. a CPP estendendone il campo di applicazione, in particolare poiché non si sarebbe limitata a valutare il suo comportamento processuale, ma si sarebbe spinta in un giudizio sommario di carattere civilistico.
2.2 Riguardo alla pretesa di risarcimento per il danno economico, la Corte cantonale ha innanzitutto ritenuto irricevibile il gravame, siccome insufficientemente motivato: il ricorrente si limitava infatti a criticare il mancato risarcimento richiamando l'art. 430 CPP, sulla cui base era invero stata esclusa solo la riparazione del torto morale. Ha comunque rilevato che il ricorrente ha rassegnato le dimissioni alla fine di agosto 2009, prima quindi dell'avvio del procedimento penale. Il 19 ottobre 2009, la datrice di lavoro gli ha invero comunicato il licenziamento immediato per cause gravi, anticipando pertanto la fine del rapporto di lavoro: in tale circostanza, un eventuale indennizzo avrebbe semmai potuto concernere soltanto il periodo tra il licenziamento immediato e il termine della disdetta ordinaria. A titolo abbondanziale, la CRP ha poi addotto che il risarcimento andava in ogni caso escluso in applicazione dell'art. 430 CPP, essendo dati sufficienti motivi per la risoluzione del rapporto di lavoro.
2.3 In questa sede, il ricorrente non si confronta con la decisione di irricevibilità addotta in primo luogo dalla Corte cantonale, spiegando conformemente all'art. 42 cpv. 2 LTF per quali ragioni, contrariamente a quanto ritenuto dalla CRP, il suo reclamo avrebbe adempiuto le esigenze di motivazione dedotte dall'art. 396 cpv. 1 in relazione con l'art. 385 cpv. 1 CPP. La lett. b di quest'ultima disposizione, prevede infatti che il gravame indichi con precisione i motivi a sostegno di una diversa decisione, ciò che deve essere sostanziato sotto il profilo dei fatti e del diritto (cfr. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, n. 3 all'art. 385).
Anche nell'ambito del ricorso in esame, il ricorrente fa sostanzialmente valere la violazione dell'art. 430 cpv. 1 lett. a CPP, secondo cui l'autorità può ridurre o non accordare l'indennizzo o la riparazione del torto morale se l'imputato ha provocato in modo illecito e colpevole l'apertura del procedimento penale e ne ha ostacolato lo svolgimento. Disattende tuttavia che in concreto la CRP ha negato un'indennità per il danno economico già sulla base dell'art. 429 cpv. 1 lett. b CPP, siccome non ha ritenuto tale danno riconducibile al procedimento penale. Questa norma prevede infatti, che l'imputato prosciolto ha diritto unicamente a un'indennità per il danno economico risultante dalla sua partecipazione necessaria al procedimento penale. Occorre quindi, che la perdita di guadagno prospettata dal ricorrente stia in un rapporto di causalità con il procedimento penale (cfr. STEFAN WEHRENBERG/IRENE BERNHARD, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 24 all'art. 429). Nella fattispecie, la Corte cantonale ha accertato che il ricorrente ha rassegnato le dimissioni alla fine del mese di agosto 2009, prima dell'apertura del procedimento penale. Ha pertanto ritenuto che la risoluzione del contratto di lavoro da parte di B._, il 19 ottobre 2009, avrebbe semmai comportato un indennizzo limitato al periodo rimanente fino al termine della disdetta ordinaria. Il ricorrente contesta genericamente le modalità del licenziamento e ripropone il danno economico di fr. 271'200.-- addotto in sede cantonale. Non considera tuttavia gli accertamenti, conformi agli atti e vincolanti per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF), relativi alla data d'inoltro della disdetta da parte del ricorrente e all'apertura, soltanto successiva, del procedimento penale. Sulla scorta di questi elementi temporali, la Corte cantonale ha quindi ritenuto, a ragione, che il danno economico addotto dal ricorrente non risultava dalla sua "partecipazione necessaria al procedimento penale" giusta l'art. 429 cpv. 1 lett. b CPP.
3. 3.1 La Corte cantonale ha inoltre negato una riparazione del torto morale, in applicazione dell'art. 430 cpv. 1 lett. a CPP, siccome il ricorrente con il suo comportamento negligente, lesivo dell'art. 321a cpv. 1 CO, ha concorso alla realizzazione dei fatti che hanno condotto all'apertura del procedimento penale.
3.2 Giusta l'art. 429 cpv. 1 lett. c CPP, l'imputato prosciolto ha diritto a una riparazione del torto morale per lesioni particolarmente gravi dei suoi interessi personali, segnatamente in caso di privazione della libertà. Il versamento di un'indennità a questo titolo presuppone di massima una lesione particolarmente grave della personalità ai sensi dell'art. 28 cpv. 2 CC o dell'art. 49 CO (cfr. WEHRENBERG/BERNHARD, op. cit., n. 27 all'art. 429). La fissazione della riparazione morale costituisce una decisione secondo l'equità, fondata di principio sull'apprezzamento e sulla ponderazione delle concrete circostanze del caso. Essa deve essere fissata in funzione della gravità della lesione della personalità, tenendo conto di tutte le circostanze di fatto, segnatamente del pregiudizio all'integrità fisica e psichica, della reputazione di colui che si pretende leso, nonché della sua situazione familiare e professionale (DTF 137 III 303 consid. 2.2.2; 130 III 699 consid. 5.1; sentenza 1P.147/2006 del 13 aprile 2007 consid. 5.2 e riferimenti).
3.3 Secondo il ricorrente, che non è stato sottoposto alla carcerazione preventiva, un'indennità per il torto morale gli spetterebbe a causa dell'enorme eco mediatica data al procedimento penale, che sarebbe stato seguito con particolare attenzione dalla stampa fino al marzo del 2012, essendo in discussione un'azienda statale quale B._. Con questa argomentazione, il ricorrente espone semplicemente una sua opinione, dipartendosi da fatti non accertati dalla Corte cantonale. La circostanza secondo cui egli sarebbe stato oggetto di un'ampia esposizione nei mass media per tutta la durata del procedimento, fino all'emanazione del decreto di abbandono nel marzo del 2012, non risulta da specifici accertamenti, né emerge chiaramente dagli atti. Gli articoli di giornale prodotti dal ricorrente sono circoscritti all'ottobre del 2009 e toccano principalmente il direttore di B._, che era peraltro stato arrestato e posto in detenzione preventiva. Non bastano quindi a sostanziare una lesione particolarmente grave della personalità del ricorrente medesimo. Limitandosi per il resto a sminuire genericamente le sue responsabilità nei confronti del datore di lavoro, egli non si esprime poi con una motivazione conforme alle esigenze dell'art. 42 cpv. 2 LTF sulle considerazioni contenute nel giudizio impugnato. Contesta in effetti il fatto che la CRP abbia ravvisato una violazione dei suoi obblighi contrattuali, adducendo di non avere avuto ragioni oggettive per opporsi alla sottoscrizione del citato contratto di compravendita. La Corte cantonale ha tuttavia accertato che il ricorrente era responsabile della consulenza giuridica di B._ ed ha firmato il contratto senza nemmeno leggerlo e senza capirne la portata e il contenuto. Questo accertamento, non censurato d'arbitrio conformemente all'art. 106 cpv. 2 LTF, è vincolante per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF). Nell'ambito di una valutazione complessiva delle esposte circostanze, non si può quindi ritenere che il diniego di un'indennità a titolo di riparazione del torto morale violi il diritto federale.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.