Erwägungen:
1. Mit Eingabe vom 20. Februar 2009 (Postaufgabe) führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 17. Dezember 2008 betreffend die kantonalen Steuern und die direkte Bundessteuer 2005 und 2006 (Ordnungsbusse). Er macht geltend, dass "die Gerichte des Kantons Schwyz wieder einmal ... mit ihrem Urteil am eigentlichen Problem vorbei entschieden" hätten. In der Sache geht es darum, dass dem Beschwerdeführer zwei Ordnungsbussen von je Fr. 100.-- auferlegt wurden, weil er die Steuererklärung 2005/06 trotz Mahnung nicht eingereicht hatte. Das Verwaltungsgericht bestätigte die Ordnungsbusse hinsichtlich der kantonalen Steuern. Bezüglich der direkten Bundessteuer trat es mangels funktioneller Zuständigkeit auf die Sache nicht ein.
2. Rechtsschriften haben nach Art. 42 Abs. 1 BGG unter anderem die Begehren und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Damit obliegt dem Beschwerdeführer, die behaupteten Rechtsverletzungen zu nennen und die diesbezüglichen Rügen zu begründen. Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft die Verletzung solcher Rechte nur insofern, als eine Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Diesen Anforderungen an die Begründung genügt eine Beschwerdeschrift von vornherein nur, wenn sie sachbezogen ist, d.h. sich auf die Motive im angefochtenen Entscheid bezieht. Nur dann ist aus der Beschwerde ersichtlich, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird, und kann sich das Bundesgericht mit der Eingabe materiell befassen (BGE 134 II 244 E. 2.1 f.; 134 V 53 E. 3.3 f.; zu Art. 108 OG, vgl. 118 Ib 134; 131 II 449 E. 1.3 S. 452).
3. Eine sachbezogene Begründung enthält die Eingabe des Beschwerdeführers offensichtlich nicht. Das Verwaltungsgericht hat im Einzelnen und ausführlich dargelegt, weshalb die Ordnungsbusse betreffend die kantonalen Steuern zulässig und angemessen sei. Der Beschwerdeführer habe die Steuererklärung 2005/2006 innert Frist nicht eingereicht und die versäumte Mitwirkungshandlung auch nach Mahnung nicht erfüllt. Sein Einwand, er sei bevormundet gewesen und er habe in seinem Leben nie eine Steuererklärung ausgefüllt, könne nicht akzeptiert werden, nachdem ihm die Vormundschaftsbehörde mehrmals angeboten habe, beim Ausfüllen der Steuererklärung behilflich zu sein. Die Bussenhöhe bewege sich am unteren Rahmen und sei nicht zu beanstanden.
Mit dieser Begründung setzt sich der Beschwerdeführer mit keinem Wort auseinander. Der Beschwerdeführer erhebt Vorwürfe gegenüber der Vormundschaftsbehörde und weiteren Personen und beklagt sich über die zunehmende Überfremdung in der Schweiz. Er legt dar, dass er mit seiner behinderten Lebenspartnerin in bescheidensten Verhältnissen leben müsse, während Sozialhilfeempfänger, zumal ausländische, von der Gemeinde grosszügig Wohnraum zur Verfügung gestellt bekämen. Alle diese Ausführungen haben mit dem Prozessgegenstand indessen nichts zu tun. Der Beschwerdeführer hat wie jeder andere mündige Bürger unbestrittenermassen die Pflicht, seinen steuerlichen Obliegenheiten nachzukommen und insbesondere die Steuererklärung einzureichen. Weil er dieser Pflicht nicht nachkam, wurde er gebüsst, was vom Verwaltungsgericht hinsichtlich der kantonalen Steuern im angefochtenen Urteil bestätigt wurde. Damit müsste sich der Beschwerdeführer auseinandersetzen und darlegen, weshalb dies nach seiner Ansicht Bundesrecht verletzen soll, was er unterlassen hat.
4. Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung und ist im vereinfachten Verfahren mit Nichteintreten zu erledigen (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Auf die Erhebung von Kosten ist angesichts der besonderen Umstände zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung des Kantons Schwyz, der Steuerverwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons Schwyz sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann