Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Schwyz führt gegen Y._ ein Strafverfahren wegen sexueller Handlungen mit Kindern im Sinn von Art. 187 StGB. Sie verdächtigt ihn, zwischen Januar 2010 und März 2011 die 1997 geborene, geistig behinderte A.X._ mehrfach sexuell missbraucht zu haben (Geschlechtsverkehr, Oralverkehr, Zungenküsse, etc.).
A.a Y._ wurde am 11. März 2011 vorläufig festgenommen und am 15. März 2011 vom Zwangsmassnahmengericht für die Dauer von 12 Wochen in Untersuchungshaft versetzt.
Das Kantonsgericht hiess die Beschwerde von Y._ gegen diese Haftanordnung am 5. April 2011 gut und beschränkte die Untersuchungshaft bis zum 10. April 2011. Zur Begründung führte es im Wesentlichen an, die bestehende Kollusionsgefahr rechtfertige die Untersuchungshaft nur bis zu diesem Datum. Die ebenfalls bestehende Wiederholungsgefahr könne mit einem Kontaktverbot als milderer Ersatzmassnahme gebannt werden, wobei dessen Einhaltung auch den Eltern des Opfers obliege. Wiederholungsgefahr könne daher derzeit die Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft über den 10. April 2011 hinaus nicht rechtfertigen.
A.b Am 6. April 2011 ersuchte die Staatsanwaltschaft das Zwangsmassnahmengericht, die Untersuchungshaft gegen Y._ wegen Kollusionsgefahr und Wiederholungsgefahr bis zum 6. Juli 2011 zu verlängern bzw. anzuordnen, sie eventuell wegen Wiederholungsgefahr bis zu diesem Datum zu verlängern oder subeventuell Ersatzmassnahmen anzuordnen.
Das Zwangsmassnahmengericht verlängerte am 11. April 2011 die Untersuchungshaft gegen Y._ bis zum 15. April 2011 und ordnete in Bezug auf A.X._ ein Kontaktverbot an. Es erwog, in Bezug auf die Wiederholungsgefahr hätte sich seit dem Entscheid des Kantonsgerichts vom 5. April 2011, mit welchem es entschieden habe, sie könne durch ein Kontaktverbot gebannt werden, nichts geändert, weshalb ein solches anzuordnen sei.
Am 13. April 2011 focht die Staatsanwaltschaft diesen Haftentscheid (vorab per Fax und anschliessend mit Einschreiben) beim Kantonsgericht an mit dem Antrag, gegen Y._ bis zum 6. Juli 2011 Untersuchungshaft zu verhängen. Ausserdem ersuchte sie, gegen Y._ bis zum kantonsgerichtlichen Entscheid provisorisch Untersuchungshaft anzuordnen.
Am 14. April 2011 trat der Kantonsgerichtspräsident auf die Beschwerde nicht ein. Er erwog, die Faxeingabe sei unzulässig, und am Tag der Faxeingabe sei keine Beschwerde in Papierform eingegangen. Angesichts der auf den 15. April 2011 angeordneten Haftentlassung sei der Nichteintretensentscheid im Dispositiv sofort zu eröffnen. Die erst vier Tage nach der Entscheidfällung in Papierform zur Post gebrachte Beschwerde bleibe damit unbeachtlich, zumal die Nachreichung nicht angekündigt worden sei. Ihre Behandlung würde zudem am Ergebnis nichts ändern, da die Zustimmung der Oberstaatsanwaltschaft zur Beschwerdeeinreichung nicht vorliege.
A.c Am 14. April 2011 beantragte A.X._ durch ihre Prozessbeiständin, Rechtsanwältin Isabelle Schwander, die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 11. April 2011 aufzuheben und gegen Y._ Untersuchungshaft zu verhängen, unter provisorischer Aufrechterhaltung der Haft bis zum angefochtenen Entscheid. Ausserdem ersuchte sie um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung.
Mit Verfügung vom 26. April 2011 trat der Kantonsgerichtspräsident auf die Beschwerde nicht ein, soweit sie nicht als durch Gegenstandslosigkeit erledigt abzuschreiben sei. Er erwog, dass die Privatklägerin zur Beschwerde nicht befugt sei und zufolge der bereits erfolgten Haftentlassung kein aktuelles Rechtsschutzinteresse mehr an einer Beschwerdebehandlung bestünde.
A.d Am 11. Juli 2011 beantragte die Staatsanwaltschaft dem Zwangsmassnahmengericht, gegen Y._ wiedererwägungsweise bis zum 10. Oktober 2011 Untersuchungshaft anzuordnen. Sie begründete dies im Wesentlichen damit, dass einerseits Y._ die Familie X._ schriftlich kontaktiert und ein Ausgehverbot für A.X._ während der Schulferien, dem Mittwoch-Nachmittag und dem Samstag für die Umgebung seines (und des Opfers) Wohnorts gefordert habe. Anderseits lasse sich nach dem psychiatrischen Gutachten die Rückfallgefahr nicht ausschliessen, wenn Täter und Opfer in unmittelbarer Nähe wohnten.
Am 20. Juli 2011 wies das Zwangsmassnahmengericht das Gesuch ab.
Die Staatsanwaltschaft focht diese Verfügung beim Kantonsgericht an mit dem Antrag, sie aufzuheben und die am 11. Juli 2011 beantragten Ersatzmassnahmen (Auflage an den Beschwerdeführer, einen Wohnort ausserhalb der Gemeinden Arth, Brunnen und Schwyz anzunehmen und Verbot, sich in ihnen aufzuhalten; Verbot, die Hauswartstätigkeit im Quartier Q._ in Goldau weiterzuführen; Kontaktverbot zum Opfer und seinen Eltern, Meldepflicht für den Fall, dass er mit einem Mitglied der Opferfamilie in Kontakt kommt) anzuordnen.
Am 9. September 2011 wies das Kantonsgericht die Beschwerde der Staatsanwaltschaft ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt A.X._, es sei festzustellen, dass der Beschwerdeentscheid des Kantonsgerichts vom 9. September 2011 betreffend Ersatzmassnahmen in Bezug auf ihre Rechte nichtig sei (Antrag 1). Eventuell sei der Entscheid betreffend Ersatzmassnahmen in Bezug auf ihre Rechte aufzuheben (Antrag 2). Subeventuell sei das Kantonsgericht anzuweisen, ihr diesen Entscheid ordentlich zuzustellen (Antrag 3). Ihrer Beschwerde sei insoweit aufschiebende Wirkung zuzuerkennen, als der angefochtene Entscheid ihre Rechte einschränke (Antrag 4). Sie ersucht ausserdem um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung (Antrag 5).
C. Die Oberstaatsanwaltschaft beantragt in ihrer Vernehmlassung, das Begehren von A.X._ um Aufhebung der angefochtenen Verfügung gutzuheissen, soweit durch Weisung des Kantonsgerichts der Verfahrensleitung verboten werde, Akteneinsicht ohne Zustimmung des zuständigen Gerichts an Parteien und Dritte zu gewähren. Das Kantonsgericht beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten und das Gesuch um aufschiebende Wirkung abzuweisen. Über das Gesuch um Einsicht in die Akten des Haftprüfungsverfahrens werde später zu entscheiden sein.
D. In ihrer Replik hält A.X._ an der Beschwerde vollumfänglich fest.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid erging im Rahmen eines Strafverfahrens und unterliegt der Beschwerde in Strafsachen im Sinne von Art. 78 ff. StPO.
1.1 Im Beschwerdeverfahren vor dem Kantonsgericht Schwyz, welches zum angefochtenen Beschluss des Kantonsgerichts vom 9. September 2011 führte, verlangte die Staatsanwaltschaft, es seien die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 20. Juli 2011 aufzuheben und anstelle der angeordneten Ersatzmassnahmen die am 11. Juli 2011 beantragten Ersatzmassnahmen anzuordnen. Das Kantonsgericht lehnte dies im angefochtenen Beschluss ab und führte in E. 6 desselben namentlich aus, die Staatsanwaltschaft dürfe weder das Opfer noch seine Rechtsbeiständin über das Verfahren vor dem Zwangsmassnahmengericht informieren. Im Interesse der Untersuchung sowie der Betroffenen und angesichts des teilweise unbotmässigen bisherigen Aktenumgangs in der vorliegenden Sache gelte daher bis zum Abschluss der Untersuchung nach Art. 318 StPO weiterhin, dass gerichtliche Akten nicht ohne Zustimmung des zuständigen Gerichts an Parteien oder Dritte herausgegeben werden dürfen.
1.2 Nach Art. 81 Abs. 1 BGG ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, sofern er ein aktuelles rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Bei der Privatklägerschaft wird in Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG zusätzlich verlangt, dass der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann.
1.3 Die Beschwerdeführerin hatte im vorliegenden Fall keine Möglichkeit, am vorinstanzlichen Verfahren teilzunehmen. Sie beruft sich auf das Akteneinsichtsrecht und damit auf ein Verfahrensrecht, das sie als Privatklägerin beansprucht (Art. 104 Abs. 1 lit. b und Art. 118 ff. i.V.m. Art. 101 f. StPO). Sie wendet sich mit ihrem Subeventualantrag 3 gegen die in E. 1.1 hiervor wiedergegebenen Ausführungen des Kantonsgerichts (E. 6 des angefochtenen Beschlusses). Die Verweigerung der Akteneinsicht kommt auch im Dispositiv des angefochtenen Beschlusses des Kantonsgerichts zum Ausdruck. In diesem Punkt wird die Beschwerdeführerin vom angefochtenen Entscheid in den ihr zustehenden Verfahrensrechten betroffen. Sie kann den Beschluss des Kantonsgerichts vom 9. September 2011 deshalb in diesem Punkt beim Bundesgericht mit Beschwerde in Strafsachen anfechten. Da es dabei um die Wahrung von Verfahrensrechten geht, kann insoweit ungeprüft bleiben, ob sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung der Zivilansprüche der Beschwerdeführerin auswirken kann. Das nach Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich in diesem Fall nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. (sog. "Star-Praxis"; BGE 136 IV 29 E. 1.9; Urteile 1B_74/2011 vom 27. April 2011 E. 2.2; 6B_511/2010 vom 13. August 2010 E. 2; 6B_671/2009 vom 20. Januar 2010 E. 2.2.4; je mit Hinweisen).
Soweit die Beschwerdeführerin darüber hinaus Parteirechte beanspruchen sollte, erfüllt die Beschwerde die Voraussetzungen der Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG nicht.
2. Die Geschädigte verlangt in erster Linie, den angefochtenen Beschluss als nichtig zu erklären (Antrag 1). Die Voraussetzungen der Nichtigkeit sind offensichtlich nicht erfüllt (vgl. BGE 132 II 342 E. 2.1 S. 346). Die Beschwerde ist deshalb in diesem Punkt abzuweisen.
3. Als Geschädigte und Privatklägerin (Art. 115 und Art. 118 StPO) hat die Beschwerdeführerin im Strafverfahren Parteistellung (Art. 104 Abs. 1 lit. b StPO). Als Partei hat sie grundsätzlich Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 3 Abs. 2 lit. c, Art. 101 Abs. 1 und Art. 107 Abs. 1 lit. a StPO). Spätestens nach der ersten Einvernahme der beschuldigten Person und der Erhebung der übrigen wichtigsten Beweise haben die Parteien unter Vorbehalt von Art. 108 StPO Anspruch auf Akteneinsicht (Art. 101 Abs. 1 StPO). Gründe für Einschränkungen des rechtlichen Gehörs im Sinne von Art. 108 StPO sind nicht ersichtlich. Das Haftprüfungsverfahren gemäss Art. 220 ff. StPO ist ein Teilverfahren innerhalb des Strafverfahrens. Die Akten dieses Zwangsmassnahmenverfahrens gehören somit zu den Strafakten. Die Parteien haben deshalb im Rahmen des beschriebenen Akteneinsichtsrechts auch das Recht, die Akten dieses Teilverfahrens einzusehen. Die in E. 6 des angefochtenen Entscheids begründete Verweigerung der Zustellung des kantonsgerichtlichen Beschlusses vom 9. September 2011 an die Beschwerdeführerin ist mit dem Anspruch auf Akteneinsicht im Strafverfahren nicht vereinbar.
Gemäss Art. 214 Abs. 4 StPO wird das Opfer grundsätzlich unter anderem über die Anordnung und die Aufhebung der Untersuchungs- oder Sicherheitshaft orientiert. Anordnung und Anfechtung von Ersatzmassnahmen richten sich sinngemäss nach den Vorschriften über die Untersuchungs- und Sicherheitshaft (Art. 237 Abs. 4 StPO). Das Kantonsgericht hätte den angefochtenen Beschluss vom 9. September 2009 dem Opfer, d.h. der Beschwerdeführerin auch im Lichte dieser Vorschriften von Amtes wegen mitteilen müssen.
4. Die Beschwerde ist somit teilweise gutzuheissen, soweit der Beschwerdeführerin im angefochtenen Beschluss des Kantonsgerichts vom 9. September 2011 die Einsicht in die Akten des Strafverfahrens verweigert und ihr dieser Beschluss nicht zugestellt wurde. Insoweit ist der angefochtene Beschluss des Kantonsgerichts aufzuheben. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Gestützt auf Art. 107 Abs. 2 BGG kann das Bundesgericht im Falle der Gutheissung der Beschwerde reformatorisch entscheiden. Es rechtfertigt sich, dass es den Beschluss des Kantonsgerichts vom 9. September 2009 in Anwendung dieser Vorschrift der Beschwerdeführerin zusammen mit dem vorliegenden Urteil zustellt. Mit dem vorliegenden Entscheid wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
5. Unter den vorliegenden Umständen rechtfertigt es sich, keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG) und den Kanton Schwyz zu verpflichten, der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 BGG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit der Beschwerdeführerin im angefochtenen Beschluss des Kantonsgerichts Schwyz vom 9. September 2011 die Einsicht in die Akten des Strafverfahrens verweigert und ihr dieser Beschluss nicht zugestellt wurde. Insoweit wird der angefochtene Beschluss des Kantonsgerichts vom 9. September 2011 aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Der Beschluss des Kantonsgerichts vom 9. September 2011 wird der Beschwerdeführerin zugestellt.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Kanton Schwyz hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Schwyz und dem Kantonsgericht Schwyz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi