Erwägungen:
1. Die Gemeinde Niederrohrdorf wies am 16. Juli 2007 ein von X._ nachträglich eingereichtes Baugesuch für den Umbau einer Remise ab und verfügte deren Entfernung. Dagegen erhob X._ erfolglos Beschwerde beim Regierungsrat und beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie zuletzt beim Bundesgericht (Urteil 1C_191/2009 vom 7. Oktober 2009).
In der Folge forderte der Gemeinderat Niederrohrdorf X._ am 28. Februar 2011 unter Androhung der Ersatzvornahme und Bestrafung nach Art. 292 StGB auf, der rechtskräftigen Verfügung des Gemeinderats vom 16. Juli 2007 umgehend nachzukommen und die Remise zurück zu bauen. Dagegen erhob X._ wiederum Beschwerde, welche das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 20. Mai 2011 abwies.
Mit Verfügung vom 12. Dezember 2011 ordnete der Gemeinderat Niederrohrdorf die Ersatzvornahme an und reichte gegen X._ Strafanzeige bei der Staatsanwaltschaft Baden ein. Eine von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 4. April 2012 ab, soweit es darauf eintrat. Zur Begründung führte das Verwaltungsgericht zusammenfassend aus, dass über die Voraussetzungen und die Zulässigkeit der Vollstreckung bereits rechtskräftig entschieden worden sei. Im vorliegenden Beschwerdeverfahren gegen die Durchführung der Ersatzvornahme könnten nur noch die fehlende vorgängige Zwangsandrohung, die Überschreitung der angedrohten Zwangsmittel sowie die Unverhältnismässigkeit der angeordneten Ersatzvornahme beanstandet werden. Die angeordnete Ersatzvornahme sei verhältnismässig und erfolge gemäss der Androhung in der Verfügung vom 28. Februar 2011. Auf die materiell-rechtlichen Einwände des Beschwerdeführers sei im vorliegenden Verfahren nicht mehr einzutreten.
2. X._ führt mit Eingabe vom 16. Mai 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 4. April 2012. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit der Begründung des verwaltungsgerichtlichen Urteils nicht auseinander und legt mit seiner appellatorischen Kritik nicht dar, inwiefern das Verwaltungsgericht die Beschwerde in rechts- bzw. verfassungswidriger Weise behandelt haben sollte. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Niederrohrdorf und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli