Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich erhob am 23. Januar 2007 gegen X._ Anklage wegen mehrfacher versuchter vorsätzlicher Tötung, weil er am 23. Mai 2005 vor einem Nachtclub im Zürcher Niederdorf mit drei von fünf abgefeuerten Schüssen aus einem kleinkalibrigen Revolver A._ und B._ getroffen hatte (Urteil des Geschworenengerichts S. 152). Zuvor waren das gegen die Geschädigten eröffnete Verfahren wegen Körperverletzung durch die Staatsanwaltschaft am 19. Mai 2006 eingestellt und der gegen diesen Einstellungsentscheid von X._ geführte Rekurs von der Einzelrichterin des Bezirks Zürich am 18. Oktober 2006 abgewiesen worden.
Das Geschworenengericht sprach am 5. Juli 2007 X._ schuldig der versuchten vorsätzlichen Tötung z.N. von A._, der mehrfachen einfachen Körperverletzung z.N. von A._ und B._, der mehrfachen einfachen Körperverletzung z.N. von C._ und D._, der Drohung sowie der Widerhandlung gegen das Waffengesetz, sprach ihn aber vom Vorwurf der versuchten vorsätzlichen Tötung z.N. von B._ frei. Es bestrafte ihn mit 7 Jahren Freiheitsstrafe sowie Fr. 250.-- Busse und ordnete eine ambulante Behandlung gemäss Art. 63 Abs. 1 StGB an.
Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hiess am 1. Dezember 2008 eine Nichtigkeitsbeschwerde von X._ gut, hob das Urteil des Geschworenengerichts auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an dieses zurück.
B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen vom 23. Juni 2008 (Verfahren 6B_516/2008) mit dem Antrag, das Urteil des Geschworenengerichts aufzuheben, die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen und ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Das Bundesgericht teilte X._ am 15. Dezember 2008 mit, nach der kassationsgerichtlichen Aufhebung des Urteils des Geschworenengerichts werde das bundesgerichtliche Verfahren 6B_516/2008 voraussichtlich als gegenstandslos geworden abgeschrieben. In seiner Stellungnahme vom 18. Dezember 2008 bringt X._ vor, er habe seine Beschwerde wegen des Verhaltens des Geschworenengerichts erheben müssen, weshalb dieses auch die Gegenstandslosigkeit zu verantworten habe. Der Kanton Zürich sei gemäss Art. 68 BGG zu einer Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu verpflichten. Ansonsten habe er gegen den vorgesehenen Entscheid nichts einzuwenden.
C. Die Oberstaatsanwaltschaft führt Beschwerde in Strafsachen vom 15. Januar 2009 (Verfahren 6B_28/2009) mit dem Antrag, den Beschluss des Kassationsgerichts wegen willkürlicher Anwendung der §§ 236, 244, 264 sowie 430 Abs. 1 Ziff. 4 StPO/ZH aufzuheben und die Sache zurückzuweisen, damit das Kassationsgericht auf die (weiteren) von X._ erhobenen Willkürrügen eingehe, die es im angefochtenen Urteil (noch) nicht beurteilt habe.
Erwägungen:
1. Nach den Feststellungen des Kassationsgerichts beantragte die Staatsanwaltschaft im Anschluss an die geschworenengerichtliche Zeugeneinvernahme und Befragung von X._, die Einstellungsverfügung vom 19. Mai 2006 sowie den Rekursentscheid vom 18. Oktober 2006 (oben E. A) zu den Akten zu nehmen. Das Geschworenengericht nahm die beiden Entscheide gegen den Willen von X._ zu den Akten, worauf dieser beantragte, die Geschworenen wegen Befangenheit in den Ausstand zu versetzen. Das Geschworenengericht wies diesen Antrag ab.
Vor dem Kassationsgericht machte X._ geltend, die Aktenproduktion verletze den Unmittelbarkeitsgrundsatz, und die Geschworenen hätten damit eine bereits vorgenommene richterliche Würdigung des Sachverhalts vor sich gehabt.
Das Kassationsgericht beurteilt die Aktenproduktion als formell und inhaltlich unzulässig. Die Ausstandsfrage werde das Geschworenengericht auf dieser Grundlage neu zu beurteilen haben, wobei die Richter nicht schon wegen der Rückweisung als befangen oder vorbefasst zu gelten hätten. Ebenso wenig müssten diese bereits wegen der unzulässigen Aktenproduktion den Anschein der Befangenheit erwecken. Weil das Geschworenengericht aber allenfalls in neuer Besetzung urteilen werde, sei auf jene die Begutachtung und den Sachverhalt betreffenden Willkürrügen nicht weiter einzugehen.
2. Beim angefochtenen Beschluss des Kassationsgerichts handelt es sich um einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG, so dass die Beschwerde nur unter den Voraussetzungen dieser Bestimmung zulässig ist.
2.1 Die Staatsanwaltschaft führt aus, mit der kassationsgerichtlichen Auslegung der §§ 236, 244, 264 und 430 Abs. 1 Ziff. 4 StPO/ZH würde für die Aktenproduktion vor Geschworenengericht eine krass unverhältnismässige, überspitzt formalistische und die materielle Rechtsanwendung unhaltbar erschwerende Formstrenge zur Anwendung gelangen. Diese Praxis zur Aktenproduktion könnte von ihr in Zukunft nicht mehr behoben werden. Darin liege ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG, weshalb die Beschwerde zulässig sei.
2.2 Die Bestimmung von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG wurde im Wortlaut aus Art. 87 Abs. 2 aOG übernommen. Das Bundesgericht bezieht die bisherige Praxis dazu mit ein. Nach dieser Praxis muss der nicht wieder gutzumachende Nachteil rechtlicher Natur und somit auch mit einem für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig zu beheben sein (BGE 134 III 188 E. 2.1; 133 IV 137 E. 2.3, 139 E. 4). Dies ist etwa der Fall, wenn der umstrittene Zwischenentscheid mit dem Endentscheid nicht mehr angefochten werden kann, so dass eine bundesgerichtliche Überprüfung nicht möglich ist (BGE 127 I 92 E. 1c). Hingegen genügt ein tatsächlicher Nachteil wie die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens nicht (BGE 133 IV 139 E. 4; 128 I 177 E. 1.1; 127 I 92 E. 1c). Wurden allerdings gegen einen Rückweisungsentscheid, in dem über eine Frage des Bundesrechts für die untere Instanz definitiv entschieden worden war, gleichzeitig staatsrechtliche Beschwerde und eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde (Art. 268 aBStP) erhoben, so trat das Bundesgericht auf die staatsrechtliche Beschwerde ein, vorausgesetzt die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde war zulässig (BGE 128 I 177 E. 1.2.3; für den Zivilprozess BGE 127 I 92 E. 1b). Ferner konnte unter Umständen auch nach der Praxis zu Art. 87 Abs. 2 aOG vom Erfordernis des nicht wieder gutzumachenden Nachteils aus prozessökonomischen Gründen abgesehen werden (BGE 132 I 13 E. 1.1; 127 I 92 E. 1d). Diese Praxis ist allerdings restriktiv. Ein Zwischenverfahren ist nur gerechtfertigt, wenn zwingende prozessökonomische Gründe eine frühere Befassung gebieten und der rechtliche Nachteil auch durch einen günstigen Entscheid in der Sache nicht mehr behoben werden kann (BGE 134 III 188 E. 2.2). Dabei ist es nicht nötig, dass sich der Nachteil schon im kantonalen Verfahren durch einen günstigen Endentscheid beheben lässt. Es reicht aus, wenn er in einem anschliessenden bundesgerichtlichen Verfahren beseitigt werden kann (BGE 134 III 188 E. 2.1).
2.3 Eine nicht verfahrensabschliessende Rückweisung eines Strafverfahrens begründet grundsätzlich keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG, auch wenn sie eine Verfahrensverzögerung nach sich zieht (BGE 133 IV 139 E. 4; Urteile 6B_1005/2008 vom 22. Dezember 2008 und 6B_633/2008 vom 4. September 2008). Nachteile im Zusammenhang mit Beweismassnahmen sind in der Regel rein tatsächlicher Natur und daher nur im Rahmen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, nicht aber im Rahmen von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG beachtlich (BGE 134 III 188 E. 2.3; 133 IV 139 E. 4). Vorliegend kommt die Variante von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG aufgrund der prozessualen Situation nicht in Betracht. Nach ständiger Praxis des Bundesgerichts zu Art. 87 Abs. 2 aOG, die im Rahmen von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG weiterhin gilt, liegt bei Zwischenentscheiden, welche die Beweisführung betreffen, grundsätzlich kein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur vor (Urteile 1B_121/2007 vom 25. Juni 2007, 1B_81/2007 vom 29. Mai 2007 sowie 4P.335/2006 vom 27. Februar 2007 E. 1.2.4).
2.4 Somit ist auf die Beschwerde der Staatsanwaltschaft nicht einzutreten. Mit ihr wird eine verfassungswidrige Auslegung und Anwendung des kantonalen Prozessrechts geltend gemacht, weil das Kassationsgericht beantragte Beweismittel nicht zugelassen hatte. Dabei handelt es sich um eine typische Beweismassnahme. Die gerügte Praxis des Kassationsgerichts kann mit dem Endentscheid (Art. 93 Abs. 3 BGG; vgl. Urteil 4P.335/2006 vom 27. Februar 2007 E. 1.2.4) sowie in künftigen Anwendungsfällen vor Bundesgericht angefochten werden. Die erwähnten Ausnahmekonstellationen (oben E. 2.2 sowie Urteil 4P.335/2006 vom 27. Februar 2007 E. 1.2.4 zu weiteren Ausnahmen) sind nicht gegeben. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil für die Staatsanwaltschaft ist nicht ersichtlich.
Der in ihrem amtlichen Wirkungskreis tätigen Staatsanwaltschaft sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 4 BGG).
3. Wie erwähnt, hob das Kassationsgericht das Urteil des Geschworenengerichts vom 5. Juli 2007 auf. Damit ist das Anfechtungsobjekt des Verfahrens 6B_516/2008 (oben E. B) dahingefallen und die Beschwerde als gegenstandslos geworden am Geschäftsverzeichnis abzuschreiben. Praxisgemäss sind für diesen Abschreibungsentscheid keine Kosten zu erheben. Über das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist indessen trotz der Gegenstandslosigkeit der Beschwerde zu befinden. Das Gesuch ist gutzuheissen, wenn die Vorbringen des Bedürftigen jedenfalls vertretbar sind (Verfügung 6B_287/2008 vom 19. Januar 2009).
Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe sich mit seiner Schussabgabe auf A._ nicht der versuchten vorsätzlichen Tötung (Art. 111 i.V.m. Art. 22 Abs. 1 aStGB) schuldig gemacht. Wer mit einer kleinkalibrigen Waffe auf einen Menschen schiesse, nehme dessen Tod nicht in Kauf. Nur bei ganz besonders unglücklichen Umständen sei mit tödlichen Verletzungen zu rechnen. Das Risiko sei bei Null gelegen. Sein Fall sei mit dem Urteil 6S.253/1999 vom 12. Januar 2000 nicht vergleichbar.
Der Beschwerdeführer richtet sich im Wesentlichen gegen die tatsächlichen Feststellungen des Geschworenengerichts (zusammenfassend Urteil S. 151 - 154, zur potentiell tödlichen Wirkung der Projektile und zum subjektiven Sachverhalt Urteil S. 114 - 122), indem er lediglich seinen Standpunkt vertritt. In tatsächlicher Hinsicht handelt es sich beim Urteil des Geschworenengerichts indessen nicht um ein letztinstanzliches Urteil (der Beschwerdeführer hat dieses Urteil denn auch beim Kassationsgericht angefochten), so dass insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten wäre. Daher wäre der bundesgerichtlichen Prüfung der Tatbestandsmässigkeit der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt zugrunde zu legen (Art. 105 Abs. 1 BGG), so dass die Beschwerde als aussichtslos erscheint. Entsprechend ist das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen und keine Parteientschädigung gemäss Art. 64 Abs. 2 BGG auszurichten. Auch eine Entschädigung gemäss Art. 68 BGG kommt bei diesem Verfahrensausgang nicht in Betracht.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde der Staatsanwaltschaft im Verfahren 6B_28/2009 wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde von X._ im Verfahren 6B_516/2008 wird als gegenstandslos geworden am Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
4. Es werden keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigungen ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kassationsgericht des Kantons Zürich und dem Geschworenengericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw