Faits:
A. A.a Dame A._, née en 1968, et A._, né en 1944, se sont mariés le 21 février 1992 à Cologny (Genève). Le couple a trois enfants: B._ et C._, nés en 1997, et D._, né en 2001.
A.b Les parties sont divorcées selon jugement rendu le 19 novembre 2003 par le Président du Tribunal d'arrondissement civil de La Côte (ci-après le Président du Tribunal d'arrondissement). Depuis lors, un conflit intense les oppose s'agissant de la garde des enfants.
Par prononcé de mesures pré-provisionnelles du 14 novembre 2007, confirmé par ordonnance de mesures provisionnelles du 7 janvier 2008, le Juge de Paix du district de Nyon a retiré la garde des enfants à leur mère et l'a confiée au Service de Protection de la Jeunesse (ci-après SPJ).
Dès le début de l'année 2008, les trois enfants ont été placés par le SPJ chez leur père, qui en détient ainsi la garde de fait.
B. B.a Le 7 décembre 2007, A._ a déposé une demande en modification de jugement de divorce, concluant notamment à l'attribution de l'autorité parentale et de la garde des enfants, un droit de visite en faveur de leur mère devant être fixé à dire de justice.
B.b Le 16 juin 2009, suite à différentes requêtes de mesures provisionnelles déposées par dame A._, le Président du Tribunal d'arrondissement a rendu une première ordonnance de mesures provisionnelles par laquelle il attribuait la garde des enfants à leur père et aménageait le droit de visite de leur mère.
B.c Saisi d'une nouvelle requête de mesures provisionnelles formée par dame A._, le Président du Tribunal d'arrondissement a rendu une seconde ordonnance le 3 février 2010, aux termes de laquelle il rejetait ladite requête, confirmait l'attribution de la garde des enfants à leur père et fixait le droit de visite de leur mère selon un planning précisément établi par le SPJ jusqu'au 23 août 2010, puis à raison d'un week-end sur deux, du jeudi dès la sortie de l'école au lundi matin à la reprise de l'école, la moitié des vacances scolaires et des jours fériés.
Par jugement rendu par défaut le 12 novembre 2010, le Tribunal civil d'arrondissement de La Côte (ci-après Tribunal d'arrondissement) a rejeté l'appel exercé par dame A._.
C. Contre ce jugement, dame A._ a interjeté, le 25 novembre 2010, un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois (ci-après la Chambre des recours), et, par acte du 15 décembre 2010, un recours en matière civile au Tribunal fédéral (5A_891/2010).
Par ordonnance du 21 décembre 2010, la Présidente de la Cour de céans a suspendu l'instruction du recours en matière civile jusqu'à droit connu sur le recours en nullité cantonal.
La Chambre des recours a rejeté le recours déposé devant elle par arrêt du 9 mars 2011.
D. Par acte du 9 juin 2011, dame A._ forme un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire (recte: un recours en matière civile) contre cette dernière décision. Elle conclut principalement à ce que la garde des enfants lui soit attribuée, un droit de visite étant réservé à leur père un week-end sur deux, du jeudi à la sortie de l'école au lundi à la reprise de l'école ainsi que la moitié des vacances et jours fériés. Subsidiairement, elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à l'autorité précédente.
Des observations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 426 consid. 1 et les arrêts cités).
1.1 Le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF; ATF 134 III 426 consid. 2.2 et la jurisprudence citée) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF). Le litige soumis au Tribunal fédéral portant sur la garde des enfants, il n'est donc pas de nature pécuniaire, de sorte que le recours est ouvert sans restriction tenant à la valeur litigieuse (art. 74 al. 1 LTF a contrario). La décision a en outre été entreprise par la partie qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et dispose d'un intérêt digne de protection à la modification de la décision attaquée (art. 76 al. 1 LTF).
1.2 Selon l'art. 75 al. 1 LTF, le recours n'est recevable qu'à l'encontre des décisions prises en dernière instance cantonale, ce qui signifie que les griefs soulevés devant le Tribunal fédéral ne doivent plus pouvoir faire l'objet d'un recours ordinaire ou extraordinaire de droit cantonal (ATF 134 III 524 consid. 1.3).
Dans le canton de Vaud, avant l'entrée en vigueur du Code de procédure civile fédéral le 1er janvier 2011 (CPC; RS 272), l'arrêt sur appel en matière de mesures provisionnelles pouvait faire l'objet d'un recours en nullité pour tous les motifs prévus par l'art. 444 al. 1 ch. 3 aCPC/VD, soit pour violation des règles essentielles de la procédure, y compris pour arbitraire dans l'appréciation des preuves (ATF 126 I 257 consid. 1b).
Il en résulte, sous l'angle de l'art. 75 al. 1 LTF, que l'arrêt sur appel rendu par le Tribunal d'arrondissement le 12 novembre 2010 pouvait directement faire l'objet d'un recours en matière civile pour application arbitraire du droit de fond, tandis que le grief d'appréciation arbitraire des preuves devait être soulevé par la voie du recours en nullité au Tribunal cantonal, dont l'arrêt pouvait ensuite faire l'objet d'un recours en matière civile au Tribunal fédéral.
2. En tant que le pouvoir d'examen de la Chambre des recours était limité à l'arbitraire concernant les griefs visant l'appréciation des preuves et la constatation des faits, le Tribunal fédéral examinera librement la manière dont cette dernière juridiction a fait usage de sa cognition restreinte, en recherchant, dans le cadre des critiques formulées par la recourante, si c'est à tort que l'autorité cantonale a nié le caractère insoutenable de l'appréciation critiquée devant elle (interdiction de l'arbitraire au carré; arrêts 5A_257/2008 du 15 avril 2009, consid. 4; 4A_495/2007 du 12 janvier 2009 consid. 2.1). L'examen du Tribunal de céans porte ainsi concrètement sur l'arbitraire du jugement de l'autorité inférieure, au regard des griefs soulevés dans l'acte de recours. Pour satisfaire cependant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (principe d'allégation), la recourante doit se plaindre non seulement de ce que les juges cantonaux ont refusé, à tort, de qualifier d'arbitraire l'appréciation des preuves de l'autorité inférieure, mais également s'en prendre aux considérations de celle-ci (ATF 125 I 492 consid. 1a/cc; 116 III 70 consid. 2 b; arrêts 5A_132/2011 du 13 juillet 2011 consid. 3.1; 5D_83/2008 du 24 octobre 2008 consid. 2).
3. Sous couvert du grief de l'application arbitraire de l'art. 11 Cst. (protection des enfants et des jeunes), la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir confirmé l'appréciation anticipée des preuves effectuée par le Tribunal d'arrondissement - à savoir le refus de procéder à une nouvelle audition des enfants -, sans toutefois en expliquer les raisons ni rapporter ces éléments au cas d'espèce.
3.1 Le Tribunal d'arrondissement a jugé que les enfants avaient déjà été entendus par le premier juge le 3 février 2010 et qu'une nouvelle audition dans le cadre de l'appel n'apporterait aucun élément nouveau. Les enfants étaient en outre suffisamment perturbés par le conflit opposant leurs parents, de sorte que leur imposer une nouvelle audition serait contraire non seulement à leur intérêt, mais également au principe de proportionnalité.
La Chambre des recours a repris cette motivation, précisant que le Président du Tribunal d'arrondissement avait valablement procédé à l'audition des enfants lors de l'audience du 3 février 2010. Le grief d'appréciation arbitraire des preuves était par conséquent mal fondé.
3.2 La recourante ne s'en prend pas à ce raisonnement: elle ne prétend pas en effet que des éléments de faits nouveaux justifieraient que les enfants fussent entendus une seconde fois, ni ne conteste qu'une nouvelle audition pourrait nuire à leur état psychique. En ce sens, elle n'expose nullement en quoi la cour cantonale aurait refusé à tort de qualifier d'arbitraire l'appréciation des preuves de l'autorité inférieure.
Par ailleurs, la recourante se méprend en affirmant que, contrairement à ce qu'il résultait de l'arrêt attaqué, ni l'ordonnance de mesures provisionnelles du 3 février 2010, ni le Tribunal d'arrondissement n'exposeraient les motifs pour lesquels l'attribution de la garde des enfants au père avait été préférée à une garde alternée, pourtant privilégiée par ceux-ci. Le premier juge a en effet souligné qu'une telle solution était exclue pour l'instant face à des parents qui peinaient à s'entendre sur le choix même de l'école ou du pédiatre des enfants et qui manquaient à l'évidence d'un minimum de concertation constructive. Le Tribunal d'arrondissement a également exprimé les raisons pour lesquelles le maintien de la garde en faveur du père demeurait la solution la plus conforme aux intérêts des enfants et au principe de la proportionnalité, refusant ainsi implicitement l'établissement d'une garde alternée.
4. La recourante invoque ensuite la prétendue "partialité" des différentes décisions cantonales attribuant la garde des enfants à leur père. Cette critique est irrecevable en tant que non seulement elle vise des décisions qui ne sont pas toutes l'objet du présent recours, mais qu'elle s'en prend en outre, sous l'angle de l'arbitraire, à l'application du droit de fond. Ce grief devait être soulevé - et l'a d'ailleurs été - dans le recours en matière civile (5A_891/2010) dirigé contre l'arrêt du Tribunal d'arrondissement (cf. consid. 2 supra).
5. De sa critique, qui mélange arguments de fait et de droit, l'on retient que la recourante reproche aux juges cantonaux d'avoir considéré que l'appréciation des preuves effectuée par le Tribunal d'arrondissement quant à la prise en charge des enfants par leur père et ses propres compétences maternelles n'était pas critiquable.
5.1 La Chambre des recours a relevé que la recourante se contentait d'opposer sa propre appréciation des preuves à celle retenue par le Tribunal d'arrondissement, de sorte que ses critiques étaient insuffisantes à en démontrer l'arbitraire.
Rapportant les différents éléments retenus par le premier tribunal, la Chambre des recours a par ailleurs souligné que l'appréciation des premiers juges ne prêtait pas le flanc à la critique. En effet, selon le Tribunal d'arrondissement, depuis que le père avait la garde de ses enfants, ces derniers bénéficiaient d'une prise en charge adéquate, d'un cadre rassurant et d'une excellente éducation. La juridiction d'arrondissement avait certes attesté des capacités éducatives de la recourante et de son affection pour les enfants; elle avait aussi retenu ses critiques au sujet de l'hospitalisation de sa fille et des mauvais résultats scolaires des enfants. Le Tribunal d'arrondissement avait néanmoins constaté que la recourante se montrait moins collaborante avec le SPJ et persistait à adopter un comportement possessif vis-à-vis de C._. Il avait enfin souligné que les rapports du Groupe hospitalier de l'ouest lémanique (GHOL) et du Service de psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent de Lausanne (SUPEA) indiquaient que l'intérêt des enfants commandait que les décisions judiciaires fussent appliquées de manière continue.
5.2 A cette motivation, la recourante se contente à nouveau d'opposer ses propres affirmations, de manière appellatoire, sans exposer en quoi la Chambre des recours aurait nié à tort l'arbitraire de l'appréciation effectuée par le Tribunal d'arrondissement. Il en est ainsi lorsqu'elle affirme que la prise en charge des enfants par leur père serait inadéquate ou encore qu'elle a été "blanchie" à l'issue des procédures pénales initiées par son mari, de sorte que les motifs ayant conduit à lui retirer la garde des enfants n'existeraient plus. Partant, sa critique doit être déclarée irrecevable.
6. En définitive, le recours doit être rejeté, dans la très faible mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Aucune indemnité de dépens n'est accordée à l'intimé qui n'a pas été amené à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud et au Tribunal d'arrondissement de La Côte.
Lausanne, le 19 août 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso