Sachverhalt:
A. Mit Zahlungsbefehl vom 2. November 2005 betrieb X._ (Beschwerdeführerin) die Y._ GmbH (Beschwerdegegnerin) für Fr. 40'000.-- nebst Zins. Die Beschwerdegegnerin erhob Rechtsvorschlag. Der Beschwerdeführerin wurde mit Verfügung des Bezirksgerichts Zürich, Audienzrichteramt, vom 14. Dezember 2005 provisorische Rechtsöffnung erteilt. Dies gestützt auf einen schriftlichen Vertrag vom 16. September 2005, wonach die Beschwerdegegnerin von der Beschwerdeführerin diverse "gebrauchte Sachen wie gesehen" kaufte.
B. Die Beschwerdegegnerin erhob Aberkennungsklage, welche das Bezirksgericht Zürich mit Urteil vom 27. September 2006 abwies.
Auf Berufung der Beschwerdegegnerin hin stellte das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 11. Dezember 2007 fest, dass die der Betreibung Nr. 25620 des Betreibungsamtes Uitikon (Zahlungsbefehl vom 2. November 2005) zugrunde liegende Forderung von Fr. 40'000.-- nebst Zins nicht besteht. Die Beschwerdegegnerin schulde der Beschwerdeführerin keinen Ersatz der Kosten aus dieser Betreibung, insbesondere auch nicht Kosten und Entschädigung gemäss der Rechtsöffnungsverfügung vom 14. Dezember 2005.
C. Die Beschwerdeführerin erhob mit Eingabe vom 28. Januar 2008 und innert der Beschwerdefrist eingereichter Ergänzung vom 31. Januar 2008 Beschwerde in Zivilsachen und "subsidiär Verfassungsbeschwerde" mit den Anträgen, es sei das angefochtene Urteil aufzuheben und der Beschwerdeführerin definitive Rechtsöffnung in der Betreibung Nr. 25620, Betreibungsamt Uitikon, Zahlungsbefehl vom 2. November 2005 für Fr. 40'000.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 23. September 2005 nebst Fr. 109.-- Betreibungskosten zu erteilen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und das Verfahren zur Neubeurteilung unter Beachtung der bundesgerichtlichen Anweisungen - allenfalls unter Durchführung eines Beweisverfahrens - an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde in Zivilsachen und auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht einzutreten. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Präsidialverfügung vom 3. April 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung bezüglich der Vollstreckung der zugesprochenen Prozessentschädigung abgewiesen.
Erwägungen:
1. Nachdem vorliegend der erforderliche Streitwert von 30'000 Franken (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) erreicht ist, ist die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich zulässig. Damit fällt eine subsidiäre Verfassungsbeschwerde ausser Betracht (Art. 113 BGG). Auf die von der Beschwerdeführerin ebenfalls erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist daher nicht einzutreten.
2. 2.1 Damit ein kantonaler Entscheid mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden kann, muss der Instanzenzug im Kanton erschöpft sein (Art. 75 Abs. 1 BGG). Für Rügen, die mit der Beschwerde in Zivilsachen erhoben werden können, darf kein kantonales Rechtsmittel mehr offen stehen (Klett, Basler Kommentar, N. 2 zu Art. 75 BGG). Wurde keine kantonale Nichtigkeitsbeschwerde erhoben, so ist daher auf Rügen, die mit diesem Rechtsmittel einer weiteren kantonalen Instanz hätten vorgetragen werden können, mangels Letztinstanzlichkeit nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführerin hat gegen das Urteil des Obergerichts vom 11. Dezember 2007 keine Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich erhoben. Dennoch macht sie betreffend die Begründung des angefochtenen Urteils sinngemäss eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend und beruft sich im Zusammenhang mit dem kantonalen Verfahren verschiedentlich auf das Willkürverbot von Art 9 BV. Diese Rügen hätten dem Kassationsgericht nach § 281 ZPO/ZH mit Nichtigkeitsbeschwerde vorgetragen werden können (vgl. BGE 133 III 585 E. 3.4 S. 587 f.). Im vorliegenden Beschwerdeverfahren kann darauf mangels Letztinstanzlichkeit nicht eingetreten werden.
2.2 Soweit die Beschwerdeführerin dagegen die Verletzung von Bundeszivilrecht, insbesondere von Art. 8 ZGB, rügt, ist das Obergerichtsurteil ein letztinstanzlicher Entscheid. Indessen kann auch insoweit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden, da die Beschwerdeführerin ihre Rügen nicht rechtsgenüglich begründet.
Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdeschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dabei ist es entsprechend den altrechtlichen Begründungsanforderungen des Art. 55 Abs. 1 lit. c OG (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001, S. 4207 ff., S. 4294; Merz, Basler Kommentar, N. 45 zu Art. 42 BGG) unerlässlich, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen zeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE 121 III 397 E. 2a S. 400; 116 II 745 E. 3 S. 749; Urteile 4A_22/2008 vom 10. April 2008 E. 1, 5A_56/2007 vom 6. Juni 2007 E. 2.1 und 5A_129/ 2007 vom 28. Juni 2007 E. 1.4).
Diesen Begründungsanforderungen genügt die Beschwerdeführerin nicht. Sie macht unnötige Ausführungen zu den Fragen einer Übervorteilung und eines Koppelungsgeschäftes, obwohl sich diese Problematik vor der Vorinstanz als obsolet herausgestellt hat. Die Vorinstanz erachtete als entscheidend, dass die Beschwerdeführerin im obergerichtlichen Verfahren ausgesagt hatte, es sei zwischen den Parteien gar nicht um einen Kaufvertrag gegangen, vielmehr habe sie mit dem Vertrag ausschliesslich die Zahlung einer Provision verdecken wollen, die sie von der Beschwerdegegnerin habe erhältlich machen aber nicht als Einkommen deklarieren wollen. Die Beschwerdeführerin habe ausdrücklich einen Kaufpreis in Betreibung gesetzt und unter Bezugnahme auf den schriftlichen Kaufvertrag für einen Kaufpreis Rechtsöffnung verlangt. Nachdem sie vor Obergericht eingeräumt habe, dass der angebliche Kaufvertrag nicht ernst gemeint und einzig zum Zweck der Steuerumgehung fabriziert worden war, sei der Kaufvertrag nach ihrer eigenen Darstellung nichtig und die Beschwerdegegnerin schulde den angeblichen Kaufpreis nicht. Nur dieser, nicht aber ein Provisionsanspruch sei aber Gegenstand der Betreibung und des Aberkennungsprozesses. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin nichts Stichhaltiges vor, sondern unterbreitet dem Bundesgericht in unübersichtlicher Weise einfach ihre eigene Meinung, ohne aber klar darzulegen, inwiefern das angefochtene Urteil Recht verletzt. Mangels hinreichender Begründung kann daher auch insoweit nicht auf die Beschwerde eingetreten werden.
3. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Mai 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Widmer