Sachverhalt:
A. Am 16. September 2008 wies die Regierungsstatthalterin von Y._ X._ (geb. 1953) wegen paranoider Schizophrenie in das Wohnheim Z._ ein.
B. Am 30. November 2009 beantragte X._ beim Regierungsstatthalteramt Y._ die Entlassung aus dem Heim, welchem Begehren der ausserordentliche Stellvertreter IIc der Regierungsstatthalterin von Y._ am 8. Dezember 2009 nicht entsprach. Den gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs wies das Obergericht des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, mit Urteil vom 21. Dezember 2009 ab.
C. Gegen dieses ihr am 23. Dezember 2009 zugestellte Urteil der Rekurskommission hat X._ mit einer am 17. Januar 2010 der Post übergebenen Eingabe beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen geführt. Sie beantragt sinngemäss ihre Entlassung aus dem Heim.
Die Rekurskommission verweist in ihrer Vernehmlassung auf die Ausführungen des Urteils und auf das Urteil des Bundesgerichts 5A_864/2009. Der Regierungsstatthalter Y._ hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die 30-tägige Beschwerdefrist (Art. 100 Abs. 1 BGG) gegen das der Beschwerdeführerin am 23. Dezember 2009 zugestellte Urteil begann infolge der vom 18. Dezember 2009 bis und mit 2. Januar 2010 dauernden Gerichtsferien (Art. 46 Abs. 1 lit. c BGG) am Sonntag, 3. Januar 2010, zu laufen und endete folglich am Montag, 1. Februar 2010. Die am 17. Januar 2010 eingereichte Beschwerde ist damit rechtzeitig. Die übrigen Eintretensvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
1.2 Die Beschwerde ist zu begründen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, welche Vorschriften und warum sie vom Obergericht verletzt worden sein sollen. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen vorgebracht werden, genügen nicht (BGE 116 II 745 E. 3 S. 749; 5A_92/2008 vom 25. Juni 2008 E. 2.3). Verfassungsverletzungen werden nur geprüft, wenn sie gerügt und gehörig begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 IV 286 E. 1.4 S. 287; BGE 134 I 83 E. 3.2. S. 88 mit Hinweisen). Aufgrund des für behauptete Verfassungsverletzungen geltenden Rügeprinzips sind neue rechtliche Vorbringen unzulässig (BGE 133 III 638 E. 2 S. 640). Wird eine Sachverhaltsfeststellung beanstandet, muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern diese Feststellung willkürlich oder durch eine andere Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG (z.B. Art. 29 Abs. 2 BV oder Art. 8 ZGB) zustande gekommen ist (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2.2 und 1.4.3 S. 255) und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in fine BGG; BGE 135 I 19 E. 2.2.2 S. 22). In der Beschwerde in Zivilsachen dürfen überdies keine neuen Tatsachen und Beweismittel vorgebracht werden, es sei denn, erst der Entscheid der Vorinstanz habe dazu Anlass gegeben (Art. 99 Abs. 1 BGG). In der Beschwerde ist darzutun, inwiefern die Voraussetzung für eine nachträgliche Einreichung von Tatsachen und Beweismitteln erfüllt sein soll (BGE 133 III 393 E. 3 S. 395).
2. 2.1 Wie bereits vor der Rekurskommission macht die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht geltend, der die Zurückbehaltung anordnende ausserordentliche Stellvertreter der Regierungsstatthalterin von Bern sei in Belangen der fürsorgerischen Freiheitsentziehung nicht zuständig und folglich nicht befugt gewesen, sie einzuvernehmen und die Verfügung vom 8. Dezember 2009 zu erlassen. Überdies habe die Einvernahme auch nicht im Wohnheim Z._ stattfinden dürfen.
2.2 Nach Art. 9 Abs. 1 des Gesetzes vom 22. November 1989 über die fürsorgerische Freiheitsentziehung und andere Massnahmen der persönlichen Fürsorge (FFEG; BSG 213.316) ist die Regierungsstatthalterin oder der Regierungsstatthalter zur Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung zuständig. Bis zum 31. Dezember 2009, also auch zum Zeitpunkt der Ernennung des ausserordentlichen Stellvertreters IIc der Regierungsstatthalterin durch den Regierungsrat (1. September 2009), war die Stellvertretung der für die Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung zuständigen Behörde im Gesetz vom 16. März 1995 über die Regierungsstatthalterinnen und Regierungsstatthalter geregelt (RstG; BSG 152.321; vgl. Art. 19 des Gesetzes vom 28. März 2006 über die Regierungsstatthalterinnen und Regierungsstatthalter). Die diesbezügliche Ordnung fiel gemäss Art. 4 Abs. 1 dieses Gesetzes in den Zuständigkeitsbereich des Regierungsrats, wobei im Fall der Verhinderung der ordentlichen Stellvertretung die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion eine ausserordentliche Stellvertretung zu bestimmen hatte (Art. 4 Abs. 3). Damit beruhte die Einsetzung von A._ als ausserordentliche Stellvertretung der Regierungstatthalterin von Y._ auf einer klaren Regelung in einem formellen Gesetz. Sodann hat der zuständige Regierungsrat in seiner Verfügung vom 1. September 2009 die Person als ausserordentlichen Stellvertreter der Regierungsstatthalterin bezeichnet, welche schliesslich die Verfügung vom 8. Dezember 2009 unterzeichnet hat (vgl. Urteil 5A_864/2009 vom 11. Januar 2010 E. 1.4).
Wie die Rekurskommission zu Recht erkannt hat, liegt kein formeller Mangel vor, welcher die Verfügung des ausserordentlichen Stellvertreters als nichtig erscheinen liesse (zu den Voraussetzungen der Nichtigkeit von Verfügungen: BGE 133 II 366 E. 3.2 S. 367 mit Hinweis). Nicht zu beanstanden ist schliesslich, dass die Beschwerdeführerin im Wohnheim Z._ angehört worden ist. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet.
3. Eine mündige oder entmündigte Person darf wegen Geisteskrankheit, Geistesschwäche, Trunksucht, anderen Suchterkrankungen oder schwerer Verwahrlosung in einer geeigneten Anstalt untergebracht oder zurückbehalten werden, wenn ihr die nötige persönliche Fürsorge nicht anders erwiesen werden kann (Art. 397a Abs. 1 ZGB). Wie bei der Einweisung in eine Anstalt ist auch bei der Zurückbehaltung des Betroffenen das Prinzip der Verhältnismässigkeit zu beachten. Erforderlich ist, dass der Betroffene infolge der im Gesetz umschriebenen Schwächezustände persönlicher Fürsorge bedarf, die ihm nur in einer Anstalt gewährt werden kann (BGE 114 II 213 E. 5). Ferner ist die Belastung zu berücksichtigen, welche die Person für ihre Umgebung bedeutet (Art. 397a Abs. 2 ZGB). Sobald es sein Zustand erlaubt, muss der von der fürsorgerischen Freiheitsentziehung Betroffene entlassen werden (Art. 397a Abs. 3 ZGB; zum Ganzen: BGE 134 III 289 E. 4).
3.1 Die Beschwerdeführerin leidet gemäss Gutachten an einer paranoiden Schizophrenie mit zunehmendem Residuum (ICD-10 F.20.1), wobei zusätzlich ein insulinpflichtiger Diabetes mellitus mit multiplen Organfolgeschäden diagnostiziert worden ist. Um die erforderliche Medikamentenabgabe und -einnahme sicherzustellen, empfahl das Gutachten vom 21. November 2006 eine betreute Wohnform. In einer weiteren psychiatrischen Stellungnahme vom 21. Dezember 2009 wird die Beschwerdeführerin als krankheitsuneinsichtig beschrieben. Die Rekurskommission verweist sodann auf ihr früheres Urteil vom 1. Oktober 2009, wonach die Beschwerdeführerin in der Vergangenheit nicht in der Lage war, für sich persönlich zu sorgen, und die nötige persönliche Fürsorge auch mit einem engmaschigen ambulanten Netz nicht gewährleistet werden konnte. Die Rekurskommission hat im Weiteren erwogen, seit dem 1. Oktober 2009 habe sich keine Besserung des Zustandes eingestellt. Die Beschwerdeführerin habe im November 2009 eine Lungenentzündung erlitten; zudem scheine sich bei ihr kein Sättigungsgefühl einzustellen, da sie, wie aus dem Bericht des Wohnheims Z._ vom 7. Dezember 2009 hervorgehe, ohne Kontrolle masslos esse. Infolge des Diabetes mellitus weise die Beschwerdeführerin bereits gravierende Folgeschäden an den Füssen, Nieren, am Herz, an den Gefässen und der Netzhaut auf. Im Fall der Entlassung sei mit einer massiven Selbstgefährdung zu rechnen, da die Einnahme der verordneten Medikamente angesichts der beschriebenen Krankheitsuneinsichtigkeit nicht sichergestellt sei und auch nicht davon ausgegangen werden könne, dass die Beschwerdeführerin die erforderliche Beinschiene trage. Ferner sei die Beschwerdeführerin auch nachts auf Betreuung angewiesen.
3.2 Aufgrund der tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Urteils leidet die Beschwerdeführerin an einer Geisteskrankheit im Sinn von Art. 397a Abs. 1 ZGB und an weiteren physischen Gebrechen, wobei sie keine Einsicht in ihre Krankheit zeigt. Sie bedarf deshalb der persönlichen Fürsorge in Form der Behandlung ihrer Krankheiten, wobei eine adäquate Behandlung nur in einem Heim für betreutes Wohnen gewährt werden kann, zumal eine ambulante Betreuung angesichts der fehlenden Krankheitseinsicht nicht sichergestellt ist und folglich im Fall einer Entlassung mit einer konkreten massiven Selbstgefährdung der Beschwerdeführerin gerechnet werden muss. Die Voraussetzungen für eine weitere Aufrechterhaltung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung sind damit erfüllt. Die Massnahme erweist sich als verhältnismässig und ist damit von Bundesrechts wegen nicht zu beanstanden.
4. Mit ihren Vorbringen vermag die Beschwerdeführerin keine Bundesrechtsverletzung aufzuzeigen:
4.1 Soweit die Beschwerdeführerin einfach behauptet, sie habe die Medikamente und die Schiene nicht nötig, oder die Diagnose Diabetes infrage stellt, übergeht sie an sich die Erwägung der Vorinstanz. Soweit sie ihre Krankheit bestreitet, richtet sie sich gegen anderslautende tatsächliche Feststellungen der Vorinstanz über den Gesundheitszustand (BGE 81 II 263), ohne aber aufzuzeigen, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen willkürlich sein oder sonstwie gegen Bundesrecht verstossen sollen.
4.2 Die Beschwerdeführerin beanstandet die Stellungnahme des Beistandes vom 7. Dezember 2009, wonach sie auf die Pflege und Betreuung in einer Institution angewiesen sei; sie richtet sich vor allem dagegen, weil sie den Beistand schon lange nicht mehr gesehen habe. Aufgrund der Gutachten und der übrigen Feststellungen der Rekurskommission kann auf eine Betreuungsbedürftigkeit in einer Anstalt geschlossen werden, weshalb es diesbezüglich nicht entscheidend auf die Aussagen des Beistandes ankommt. Damit bleibt unbeachtlich, ob die Beschwerdeführerin den Beistand über längere Zeit nicht gesehen hat, und es kann auch offenbleiben, ob die entsprechende Tatsachenbehauptung nicht als Novum unberücksichtigt zu bleiben hätte (Art. 99 BGG).
4.3 In unzulässiger Weise gegen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz richtet sich ferner der Einwand der Beschwerdeführerin, die beschriebenen Krankheiten seien nicht bewiesen und seien Phantasien der Ärzte. Die bestrittenen Feststellungen beruhen auf ärztlichen Berichten (Gutachten vom 21. November 2006, psychiatrischer Bericht vom 21. Dezember 2009); die Vorinstanz hat diese als glaubwürdig erachtet und darauf abgestellt. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein oder sonstwie gegen Bundesrecht verstossen soll.
4.4 Schliesslich trifft auch nicht zu, dass Krankheiten wie Schizophrenie nicht Gegenstand einer gerichtlichen Beurteilung sein dürfen. Geisteskrankheit stellt nach Art. 397a Abs.1 ZGB eine der Voraussetzungen für die Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung dar und diese darf angeordnet werden, wenn - wie hier - die durch die Krankheit begründete persönliche Fürsorge nur in einer Anstalt gewährt werden kann (siehe E. 3).
5. Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Im vorliegenden Fall rechtfertigt es sich, keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem verfahrensbeteiligten Amt und dem Obergericht des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Februar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden