Faits:
A. A.a A._, né en 1966, et dame A._, née en 1968, se sont mariés le 17 juin 2005. Le couple a un enfant, encore mineur.
A.b Par acte du 18 février 2010, A._ a introduit une procédure de mesures protectrices de l'union conjugale devant le Président du Tribunal civil de la Sarine. Ce dernier a statué le 26 août 2010.
Saisi d'un recours déposé par A._ le 1er octobre 2010, le Tribunal civil de la Sarine l'a rejeté par jugement du 12 mai 2011.
Ce jugement mentionne qu'un appel au Tribunal cantonal est possible dans un délai de 10 jours dès sa réception.
Statuant sur appel de A._, le Tribunal cantonal l'a déclaré irrecevable le 6 juin 2011, jugeant que la décision querellée était une décision de seconde instance et que le Code de procédure civile fédéral n'avait pas pour vocation d'ouvrir une troisième instance cantonale.
B. Le 16 juin 2011, A._ (ci-après le recourant) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt cantonal, à la recevabilité de son appel cantonal et au renvoi de la décision au Tribunal cantonal pour instruction et nouvelle décision. A l'appui de ses conclusions, le recourant invoque la violation de l'art. 75 al. 2 LTF. Il requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Appelés à se déterminer, le Tribunal cantonal ne formule aucune observation tandis que l'intimée s'en remet à justice.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
2. En vertu de l'art. 75 al. 2 1ère phrase LTF, les cantons instituent des tribunaux supérieurs comme autorités cantonales de dernière instance.
2.1 En droit cantonal fribourgeois, jusqu'au 31 décembre 2010, en vertu de l'art. 130 al. 2 LTF, les recours en matière de mesures protectrices de l'union conjugale étaient réglés comme suit: le Tribunal civil d'arrondissement statuait sur recours contre la décision du Président du Tribunal civil d'arrondissement (art. 54a al. 2 de la loi d'application du code civil suisse pour le canton de Fribourg [LACC/FR], disposition abrogée suite à l'entrée en vigueur du Code de procédure civile fédéral du 19 décembre 2008 [ci-après CPC]); son jugement pouvait ensuite faire l'objet d'un appel restreint au Tribunal cantonal (art. 54a al. 3 aLACC/FR; art. 299a al. 2 let. b de l'ancien code de procédure civile fribourgeois [aCPC/FR]; arrêt 5P.512/2006 du 24 mai 2007 consid. 3; Revue fribourgeoise de jurisprudence [RFJ] 2008 p. 376, 377).
L'arrêt rendu sur appel pouvait être attaqué devant le Tribunal fédéral par un recours en matière civile au sens de l'art. 98 LTF.
2.2 D'ici à l'entrée en vigueur du CPC, le 1er janvier 2011, les cantons devaient avoir édicté des dispositions d'exécution conformes notamment à l'art. 75 al. 2 LTF; ils devaient en particulier avoir institué comme autorités de recours - de dernière instance - des tribunaux supérieurs (art. 75 al. 2 1ère phrase LTF). Le délai transitoire qui leur avait été accordé pour adapter leur législation est échu à cette date (arrêt 5A_162/2011 du 19 avril 2011 consid. 2.2 destiné à la publication).
Sauf à violer le principe de la primauté du droit fédéral (art. 49 Cst.), les cantons doivent donc désormais soumettre au tribunal supérieur, c'est-à-dire au tribunal cantonal (ou à l'un ou plusieurs de ses membres), les recours pendants au 1er janvier 2011 qui seront jugés après cette date (arrêt 5A_162/2011 précité consid. 2.2 destiné à la publication).
En effet, à dater du 1er janvier 2011, le recours en matière civile au Tribunal fédéral, comme d'ailleurs le recours constitutionnel subsidiaire (art. 114 LTF), ne sont recevables que contre une décision cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), prise par un tribunal supérieur (art. 75 al. 2 1ère phrase LTF) et, sauf exceptions expresses, rendue sur recours (art. 75 al. 2 2e phrase LTF; arrêt 5A_162/2011 précité consid. 2.2 destiné à la publication).
2.3 Au vu de ce qui précède, la décision par laquelle le Tribunal cantonal fribourgeois a déclaré irrecevable l'appel interjeté par le recourant viole l'art. 75 al. 2 1ère phrase LTF. Dans le cas particulier, le seul moyen dont disposait l'intéressé était en effet l'appel au Tribunal cantonal, la décision objet de l'appel, rendue sur mesures protectrices de l'union conjugale par le Tribunal d'arrondissement de la Sarine, ne pouvant être immédiatement déférée au Tribunal fédéral (arrêt 5A_162/2011 précité consid. 2.3 destiné à la publication).
3. Le présent recours doit par conséquent être admis, ce qui entraîne l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour qu'elle examine les moyens soulevés par le recourant. En tant que l'intimée s'en est remise à justice et que des frais ne peuvent être imposés aux cantons, le présent arrêt sera rendu sans frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF). L'État de Fribourg doit en revanche verser des dépens au recourant qui obtient gain de cause (arrêt 5A_183/2009 du 18 mai 2009 consid. 3; 4A_252/2007 du 15 novembre 2007 consid. 3.2; ATF 129 V 335 consid. 4 p. 342). La requête d'assistance judiciaire de ce dernier est sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour instruction et nouvelle décision.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant est sans objet.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Une indemnité de 1'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Fribourg.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 5 août 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso