Faits:
A.
A._ SA est une société anonyme de droit suisse dont le siège se trouve à Genève. Son but social consiste en des opérations commerciales internationales, en particulier dans le domaine agro-industriel, notamment le commerce et le négoce de tous produits, principalement agricoles et toutes prestations de service s'y rattachant ; le transport de marchandises et l'affrètement de navires ; les activités de conseil en faveur de tiers ; la prise et l'administration de participations dans toutes sociétés et entreprises à l'étranger.
La société B._, dont le siège est en Russie, est actionnaire de A._ SA.
Le 11 novembre 2008, A._ SA et B._ ont conclu un contrat aux termes duquel la première s'engageait à acheter à la seconde 20'000 tonnes métriques d'huile de tournesol non raffinée contre paiement d'une somme de USD 14'000'000.-. Il était convenu que la période d'expédition de la marchandise allait jusqu'au 31 décembre 2008. La convention était valable jusqu'au 1er mars 2009, « dernière date de paiement ». Elle prévoyait une clause de pénalités en cas d'inexécution, renvoyant à cet égard à la clause de défaut 53/54 de la Federation of oils, seeds and fats association.
Le même jour, A._ SA a souscrit un contrat avec la société C._ pour assurer la marchandise précitée à hauteur de USD 14'000'000.-. Cet accord était valable pour la période du 11 novembre au 31 décembre 2008. Le bénéficiaire en était la Banque D._ à Genève).
Dans une « lettre de cession » du 13 novembre 2008, B._ a reconnu céder irrévocablement à la Banque D._ tous ses droits de propriétaire sur la marchandise en question.
Par télécopie du 14 novembre 2008, A._ SA a demandé à la banque une ligne de crédit pour effectuer le paiement de USD 14'000'000.-.
Selon un rapport d'expertise du 14 novembre 2008 de l'entreprise E._, la marchandise, soit les 20'000 tonnes métriques d'huile de tournesol non raffinée, était bien stockée dans les réservoirs côtiers de B._.
Le 17 novembre 2008, A._ SA a payé la prime d'assurance de USD 15'680.- à C._.
Le 18 novembre 2008, A._ SA a versé la somme de USD 14'000'000.- à B._. A la même date, la Banque D._ lui a débité une commission de USD 14'000.-.
D'après un rapport d'inspection du 28 novembre 2008 de la société F._ Limited, la marchandise convenue se trouvait effectivement dans les silos et le propriétaire indiqué était A._ SA.
De novembre à décembre 2008, A._ SA a fait plusieurs achats d'huile de tournesol non raffinée par l'intermédiaire de la société G._ SAS, à savoir :
le 6 novembre 2008, 1'336,384 tonnes métriques pour un montant total de USD 1'103'853,18, soit USD 826.- par tonne métrique ;
le 13 novembre 2008, 4'826,60 tonnes métriques pour un montant total de USD 3'402'753.-, soit USD 705.- par tonne métrique ;
le 14 novembre 2008, 3'405,804 tonnes métriques pour un montant total de USD 2'486'236,92, soit USD 730.- par tonne métrique ;
le 25 novembre 2008, 1'313,247 tonnes métriques pour un montant total de USD 923'212,64, soit USD 703.- par tonne métrique ;
le 3 décembre 2008, 4'972,967 tonnes métriques pour un montant total de USD 3'635'238,88, soit USD 731.- par tonne métrique ;
le 15 décembre 2008, 3'400,404 tonnes métriques pour un montant total de USD 2'404'085,63, soit USD 707.- par tonne métrique ;
le 15 décembre 2008, 1'340,332 tonnes métriques pour un montant total de USD 922'148,42, soit USD 688.- par tonne métrique ;
le 22 décembre 2008, 4'864,712 tonnes métriques pour un montant total de USD 3'317'733,58, soit USD 682.- par tonne métrique ;
le 22 décembre 2008, 4'840,912 tonnes métriques pour un montant total de USD 3'296'661,07, soit USD 681.- par tonne métrique ;
le 30 décembre 2008, 15'768,724 tonnes métriques pour un montant total de USD 10'691'194,87, soit USD 678.- par tonne métrique ;
le 30 décembre 2008, 4'912,364 tonnes métriques pour un montant total de USD 2'898'294,76, soit USD 590.- par tonne métrique.
Le 21 novembre 2008, A._ SA a également acheté 3'800 tonnes métriques d'huile de tournesol non raffinée à l'entreprise H._ SA pour un prix de USD 691,53 par tonne métrique.
Le 29 décembre 2008, A._ SA et B._ ont résilié le contrat du 11 novembre 2008 d'un commun accord, avec un délai au 31 décembre 2008 pour solder leurs comptes.
Le 30 décembre 2008, B._ a remboursé à A._ SA la somme de USD 14'000'000.-, en deux versements, soit un de USD 7'999'994,00 et un de USD 6'000'000.-.
Le 27 août 2009, A._ SA a envoyé à l'Administration fiscale du canton de Genève sa déclaration fiscale 2008. Les comptes de la contribuable au 30 novembre 2008 étaient joints. Un montant de CHF 17'010'000.- était indiqué au titre de « trade prepayments » en 2008.
Les 15 septembre et 21 octobre 2009, l'Administration fiscale a demandé à la contribuable un exemplaire en langue française de ses comptes bouclés au 30 novembre 2008 et le 9 décembre 2009, elle l'a informée d'un contrôle fiscal dans ses locaux les 17 et 18 février 2010. En complément, elle a sollicité ultérieurement les justificatifs démontrant l'évolution des prix du marché par tonne métrique d'huile de tournesol non raffinée.
B.
Le 29 avril 2010, l'Administration fiscale a adressé à la contribuable un bordereau de taxation pour l'impôt cantonal et communal 2008 d'un montant de 35'946 fr. 75, ainsi qu'un bordereau de taxation relatif à l'impôt fédéral direct 2008 d'un montant de 42'449 fr.-. Un montant de 34'417 fr. était indiqué au titre d'intérêts sur avance à un proche. La somme de 17'010'000 fr. était également prise en considération à titre de valeur pour l'impôt sur le bénéfice des actifs.
Le 27 mai 2010, A._ SA a déposé une réclamation contre les bordereaux du 29 avril 2010, qui a été partiellement admise par deux décisions du 25 août 2010 s'agissant d'un poste de provision pour risque qui n'est plus litigieux, mais rejetée s'agissant de la reprise des intérêts sur avance à un proche de 34'417 fr.
Par jugement du 14 novembre 2011, notifié le 21 novembre 2011, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a rejeté le recours interjeté par A._ SA contre les décisions sur réclamation du 25 août 2010. Par mémoire du 21 décembre 2011, A._ SA a recouru contre le jugement du 14 novembre 2011.
C.
Par arrêt du 28 août 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2008. Elle a jugé en substance que B._, actionnaire de A._ SA, n'avait versé à cette dernière aucun intérêt sur la somme de USD 14'000'000.-, qui avait été mise à sa disposition du 18 novembre au 30 décembre 2008, soit pendant quarante-deux jours et que A._ SA avait elle-même supporté tous les frais relatifs à la conclusion du contrat, soit la commission de USD 14'000.- prélevée par la banque et la prime d'assurance de USD 15'680.-. Le préfinancement de USD 14'000'000.- avait en outre été versé en totalité, quelques jours seulement après la conclusion du contrat, alors que ledit document prévoyait comme dernière date de paiement le 1er mars 2009. A._ SA n'avait donc pas l'obligation de mettre à disposition aussi rapidement une telle somme. En outre, les différents achats d'huile de tournesol non raffinée effectués de novembre à décembre 2008 par A._ SA démontraient que celle-ci n'avait pas hésité à se fournir ailleurs à un prix plus élevé, alors qu'elle disposait de marchandise stockée et payée. L'inexécution du contrat du 11 novembre 2008 avait par conséquent manifestement enrichi la société actionnaire, tandis qu'elle avait appauvri A._ SA sans contre-prestation. Le taux d'intérêt 2008 admis fiscalement sur les avances ou les prêts en monnaies étrangères ressortant de la lettre-circulaire du 3 avril 2008 avait été correctement calculé et dûment appliqué.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 28 août 2012 par la Cour de justice du canton de Genève et de renoncer à ajouter 34'417 fr. au bénéfice imposable de la période fiscale 2008. Elle se plaint de la violation du droit fédéral.
Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, le Tribunal fédéral a enregistré le recours sous les numéros d'ordre 2C_985/2012 pour l'impôt cantonal et communal et 2C_986/2012 pour l'impôt fédéral direct.
La Cour de justice renonce à déposer des observations. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1.
1.1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (cf. art. 90 LTF), rendu dans une cause de droit public ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). La décision attaquée concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Interjeté en temps utile et dans la forme prescrite (art. 42 LTF) par la société contribuable qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF en relation avec l'art. 73 al. 2 LHID et 146 LIFD), le recours est en principe recevable.
1.2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2).
I. Impôt fédéral direct
2.
La recourante soutient que l'instance précédente a violé l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD en confirmant la reprise de 34'417 fr. dans le bénéfice imposable de la période fiscale 2008.
2.1. L'art. 57 LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net, qui comprend, selon l'art. 58 al. 1 let. a LIFD, le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. L'art. 58 al. 1 let. b et c LIFD instaure des règles correctrices. L'art. 58 al. 1 let. b LIFD précise que le bénéfice net imposable comprend aussi tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial. Il s'agit d'une règle générale de réintégration de charges. Cette règle est explicitée par une énumération non exhaustive de cinq tirets exposant des exemples " tels que " les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par ledit usage ( PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Therwil/Bâle 2004, II partie, n° 86 ad art. 58 LIFD). Lorsqu'une société accorde des avances sans intérêt ou contre un intérêt insuffisant à ses porteurs de parts ou à des tiers qui leur sont proches, elle leur concède une prestation appréciable en argent au sens de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD (Lettre-circulaire du 3 avril 2008 de l'Administration fédérale des contributions: Taux d'intérêt 2008 admis fiscalement sur les avances ou les prêts en monnaies étrangères, pour la période fiscale 2008; voir également arrêt 2C_291/2013 du 26 novembre 2013 consid. 3 destiné à la publication).
2.2. Selon la jurisprudence, la justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial (arrêt 2A.473/2005 et 2P.195/2005 du 16 février 2006 consid. 3.2; 2P.153/2002 du 29 novembre 2002 in StE 2003 B 72.14.2 n° 31 consid. 3.2; arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Archives 63 p. 208 consid. 2a p. 212 s.).
2.3. Pour décider du caractère commercialement justifié d'une opération, il faut adopter le point de vue de la société en cause, celui du groupe de sociétés auquel elle appartient n'étant pas admissible ( E. KÄNZIG, Die direkte Bundessteuer (Wehrsteuer), 2e éd. Bâle 1992, n° 76 ad art. 49 al. 1 let. b AIFD; HANSJÖG GRAF, Verträge zwischen Konzerngesellschaften, unter besonderer Berücksichtigung der Sanierungsleistungen und Sicherungsgeschäfte, Thèse Berne 1988, p. 166). En effet, le droit suisse ne connaît pas - à l'exception de quelques dispositions - de véritable droit des sociétés de groupe et traite chaque société comme une entité juridiquement indépendante disposant de ses propres organes, lesquels doivent effectuer des opérations dans l'intérêt de la société concernée (art. 717 al. 1 CO) et non pas dans celui du groupe, d'autres sociétés ou de son détenteur majoritaire de parts (ATF 110 Ib 593). Dans ces limites, la société anonyme peut en principe conclure librement tous contrats civils ou commerciaux avec ses actionnaires, peu importe qu'il en résulte un bénéfice ou une perte (ATF 107 Ib 325 consid. 3c p. 331 s.).
Dans un groupe toutefois, les opérations entre sociétés doivent intervenir comme si elles avaient lieu avec des tiers dans un environnement de libre concurrence (principe du " dealing at arm's length " ou du " Drittvergleich " ). Cette règle trouve son point d'ancrage dans celle de la " justification commerciale " de l'art. 58 al. 1 LIFD qui veut qu'une société se comporte vis-à-vis de ses actionnaires ou de toute personne la ou les touchant de près, comme le ferait un commerçant prudent qui, dans ses relations d'affaires avec des tiers, adopte une position adéquate dans l'intérêt de la société. En d'autres termes, la société qui passe des actes juridiques avec ses actionnaires ou toute personne la ou les touchant de près doit le faire dans les mêmes conditions que celles auxquelles elle aurait accepté de traiter avec des tiers dans les mêmes circonstances, faute de quoi l'opération est contraire au principe du " dealing at arm's length " et ne s'explique que par les relations privilégiées entre les parties (cf. sur ce point: arrêt 2C_291/2013 du 26 novembre 2013 consid. 4 destiné à la publication). Elle n'est dans ce cas pas reconnue par le droit fiscal et les dépenses consenties, dépourvues de justification commerciale, seront réintégrées au bénéfice net imposable conformément à l'art. 58 al. 1 let. b LIFD (cf. M. ZWEIFEL/S. HUNZIKER, Steuerverfahrensrecht, Beweislast, Drittvergleich, " dealing at arm's length ", Art. 29 Abs, 2 BV, Art. 58 DBG - Beweis und Beweislast im Steuerverfahren bei der Prüfung von Leistung und Gegenleistung unter dem Gesichtswinkel des Drittvergleichs (" dealing at arm's length "), Archives, 77 657 ss, p. 659 s.). Cela vaut tant pour le choix des formes juridiques que revêtent ces actes que pour la fixation des montants objets des transactions (arrêts 2C_724/2010 du 27 juillet 2011, consid. 7.1 in RDAF 2012 II 37; ATF 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 2A.346/1992, Archives 65 p. 51/57, StE 1995 B 72.11 no 3 consid. 3b).
3. C'est à juste titre que les autorités précédentes se sont penchées sur les modalités du contrat de vente et en particulier sur le paiement du prix le 18 novembre 2008 soit 7 jours après la conclusion du contrat, le 11 novembre. En effet, le paiement a eu lieu de manière anticipée sans que la recourante n'y soit obligée, comme cela résulte du contrat de vente qui exigeait le versement du prix de vente jusqu'à 60 jours après l'achèvement des opérations de dédouanement mais au plus tard jusqu'au 1er mars 2009. Sur entente entre les parties, il pouvait être effectué plus tôt. Il convient d'examiner les conséquences du paiement anticipé du prix à la lumière de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD.
3.1. Dans un domaine tel que celui de la vente internationale de marchandises, comme le montre le besoin d'uniformiser les règles par le biais de conventions internationales combinant différentes garanties au profit de chacune des parties, il y a lieu de tenir compte de la mutuelle méfiance qu'éprouvent naturellement des parties qui, souvent ne se connaissent pas, et qui, dans l'ignorance où chacune se trouve généralement des garanties que l'ordre juridique de l'Etat où l'autre se trouve établie peut leur accorder en cas inexécution du contrat, ne peuvent qu'hésiter dans une situation où la sauvegarde de leurs droits devra passer par un recours à une procédure judiciaire (sur ce point: V. HEUZÉ, La vente internationale de marchandises - Droit uniforme, LGDJ 2000, p. 319 n° 365). En pratique, par conséquent on utilise souvent la clause " marchandise contre documents " selon laquelle, sauf stipulation contraire, l'acheteur doit payer le prix lorsque le vendeur met à sa disposition soit les marchandises soit les documents représentatifs des marchandises ( F. OTT/P. MATTHEY, Le commerce international des marchandises, Genève/Zurich/Bâle 2010, p.41).
3.2. En l'espèce, la recourante et B._ se connaissent en raison des relations d'actionnariat qui existent entre elles, de sorte que la première pouvait procéder au paiement anticipé du prix de vente en main de la seconde sans garantie et, par conséquent s'écarter de la pratique " marchandise contre documents " généralement adoptée en matière de vente internationale de marchandises par des parties qui ne se connaissent pas.
En revanche, comme l'a constaté à bon droit l'instance précédente, le versement anticipé - le 18 novembre 2008, soit 7 jours après la conclusion du contrat de vente alors que la dernière date de paiement était fixée par le contrat au 1er mars 2009 - du prix de vente complet n'est pas conforme au principe du dealing at arm's length. En effet, il est d'usage de n'accorder de paiement anticipé qu'en échange d'un escompte commercial. L'absence d'escompte sur le prix de vente ne peut s'expliquer en la présente cause que par les relations privilégiées qui existent entre les parties. D'un point de vue économique, l'absence d'escompte sur le prix de vente est comparable en l'espèce au cas dans lequel une société accorde une avance sans intérêt ou contre un intérêt insuffisant à ses porteurs de parts ou à des tiers qui leur sont proches. Par le paiement anticipé de l'intégralité du prix sans escompte, la recourante a donc concédé à B._ une prestation appréciable en argent au sens de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD qui doit être réintégrée dans le bénéfice net imposable, comme l'a jugé à bon droit l'instance précédente.
3.3. La recourante objecte en vain que l'instance précédente ne pouvait pas qualifier le contrat du 11 novembre 2008 de contrat de prêt. En effet, l'instance précédente s'est bornée à qualifier le versement anticipé de la totalité du prix de vente d'avance sans intérêt à un porteur de parts (arrêt attaqué, consid. 7 in fine p. 10). Elle n'a de ce fait nullement qualifié l'ensemble du contrat de vente de contrat de prêt, ce qui n'aurait au demeurant pas été possible puisque que la recourante a assuré la marchandise achetée, payé la prime d'assurance et demandé à une société de contrôler l'existence de l'huile de tournesol, ce qu'elle n'aurait assurément pas fait s'il s'était agi d'un contrat de prêt simulé.
3.4. La recourante fait encore valoir qu'en annulant la vente dans un marché en pleine chute des prix, elle a pu éviter une perte et ne s'est nullement appauvrie. Cette objection doit être écartée pour les raisons suivantes. La justification commerciale de la date du paiement du prix de vente et celle du montant versé doivent être examinées à la date à laquelle le versement a lieu. La recourante a décidé de payer l'intégralité du prix de vente le 18 novembre 2008 sans y être tenue contractuellement, alors que, si elle avait agi de manière prudente, elle aurait renoncé au paiement anticipé avant livraison de la marchandise ou négocié un tel paiement contre un escompte. Le paiement anticipé du prix, réduit d'un escompte, l'aurait placée dans une situation plus favorable au moment de négocier l'annulation de la vente que celle dans laquelle elle s'est trouvée en payant l'intégralité du prix de manière anticipée: elle n'aurait payé des intérêts bancaires à la Banque D._ que sur un prix de vente réduit en lieu et place d'intérêts sur le montant intégral du prix de vente. Dans les deux hypothèses, il était en revanche acquis en décembre 2008 que l'annulation de la vente lui évitait de subir une perte commerciale d'importance. Il est par conséquent exclu de " compenser ", comme le voudrait la recourante, la prestation appréciable en argent à laquelle elle a consenti en faveur de B._ le 18 novembre 2008 par l'absence d'une perte commerciale ultérieure, intervenue en décembre 2008.
3.5. Pour le surplus, la recourante ne formule aucun grief à l'encontre du taux appliqué pour calculer le montant de la prestation appréciable en argent et le Tribunal fédéral ne voit pas que l'instance précédente ait fait une application erronée de la lettre-circulaire du 3 avril 2008. Par conséquent, en confirmant la reprise de 34'417 fr. dans le bénéfice net imposable de la recourante pour la période fiscale 2008, l'instance précédente n'a pas violé droit fédéral.
II. Droit cantonal et communal
4.
Selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. Les art. 11 et 12, en particulier 12 let. a et h de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RSGE D 3 15), qui correspondent sur ce point à l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, sont conformes à la loi sur l'harmonisation fiscale. Les motifs exposés en matière d'impôt fédéral direct valent par conséquent également en matière d'impôt cantonal et communal.
Par conséquent en tant qu'il est dirigé contre l'impôt cantonal et communal 2008, le recours est rejeté.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct ainsi qu'au rejet du recours en matière d'impôt direct cantonal et communal.
Succombant, la recourante est condamnée à payer un émolument de justice (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2C_985/2012 et 2C_986/2012 sont jointes.
2.
Le recours en matière d'impôt fédéral direct est rejeté.
3.
Le recours en matière d'impôt cantonal et communal est rejeté.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 4 avril 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey