Faits:
A. A.a Le 7 octobre 2003, la société anonyme X._, de siège à A._, a engagé W._, en qualité d'agent de sécurité auxiliaire, puis, à partir du 1er janvier 2007, en qualité d'agent de sécurité fixe. L'employé était affecté au service de sécurité du site genevois de Z._, pour un salaire mensuel de 4'943 fr.10, auquel s'ajoutait une prime professionnelle de 100 fr. bruts; il n'est pas contesté que le salaire mensuel perçu était majoré d'une indemnité-vacances de 8,33%.
A.b X._ était liée à Z._ par un contrat, qui représentait le tiers du chiffre d'affaires de la première nommée; le contrat a pris fin le 31 décembre 2007 faute d'avoir été renouvelé en octobre 2007.
Le 30 octobre 2007, X._ a procédé à vingt-neuf licenciements, dont celui de W._, sans avoir préalablement informé la représentation des travailleurs dans l'entreprise, constituée par une commission de quatre personnes, ni les travailleurs eux-mêmes. De même, aucune notification des licenciements projetés n'a été faite auprès de l'Office cantonal de l'emploi. Une amende administrative de 2'000 fr. a été infligée à X._ pour non-respect de la procédure en matière de licenciement collectif.
A partir du 3 décembre 2007, W._ a été en incapacité totale de travailler pour une durée de deux semaines; il a repris normalement son travail dès le 15 décembre 2007. Durant les fêtes de fin d'année, il a bénéficié de quelques jours de vacances.
Le 21 décembre 2007, W._ a fait opposition à son licenciement, qu'il a qualifié d'abusif, et a réclamé une indemnité pour licenciement abusif.
A.c Après avoir été interpellé par le Syndicat interprofessionnel de travailleuses et travailleurs (SIT) au sujet de la procédure à suivre en cas de licenciement collectif, l'employeuse a, le 21 janvier 2008, communiqué à l'Office cantonal de l'emploi l'annonce complète des vingt-neuf licenciements. Jusqu'à la fin du mois de janvier, W._ a régulièrement effectué ses services, sans disposer d'aucun temps libre pour la recherche d'emploi, et a perçu son salaire. Dès février 2008, il a bénéficié des indemnités de l'assurance-chômage.
B. B.a Le 13 mars 2008, W._ a ouvert action contre X._ devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. La défenderesse devait être condamnée à payer 4'956 fr.50 à titre de salaire brut pour le mois de février 2008, 412 fr.90 à titre d'indemnité nette pour les vacances du mois de février 2008, et 9'913 fr. à titre d'indemnité nette pour licenciement abusif. Ces sommes devaient porter intérêts au taux de 5% par an dès le 1er mars 2008. La défenderesse s'est opposée à la demande.
La Caisse de chômage du SIT est intervenue à la procédure.
Le Tribunal a statué le 28 octobre 2008. Estimant que l'employeuse n'avait pas respecté la procédure spécifique des art. 335d et ss CO en matière de licenciement collectif, le Tribunal a fait application de l'art. 335g al. 4 CO et jugé que les rapports de travail avaient pris fin trente jours après l'annonce du 21 janvier 2008, soit le 20 février 2008. Ainsi, il a alloué au demandeur le salaire et l'indemnité pour les vacances non prises en nature pour la période correspondant aux vingt premiers jours du mois de février 2008 (3'504 fr.60), a admis la subrogation de la Caisse intervenante à concurrence de 1'434 fr.05 et a fixé l'indemnité pour licenciement abusif à deux mois de salaire (10'051 fr.85) en raison de la durée des rapports de travail. Le Tribunal a enfin condamné la défenderesse à remettre au demandeur un certificat de travail conforme aux exigences légales.
B.b La Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a été saisie d'un appel de l'employeuse et d'un appel incident de l'employé.
Statuant le 7 avril 2009, l'autorité cantonale a confirmé le premier jugement en tant qu'il condamne l'employeuse à remettre à l'employé un certificat de travail. Pour le surplus, la juridiction genevoise a annulé le jugement et statué à nouveau. Contrairement aux premiers juges, les magistrats d'appel ont considéré qu'un salaire mensuel complet était dû pour le mois de février et ont ainsi condamné la défenderesse à 4'956 fr.50 bruts, majorés de 412 fr.90 bruts au titre d'indemnité-vacances. La créance de la Caisse de chômage a de même été admise en totalité (2'549 fr.45 nets). Enfin, les magistrats ont alloué la somme de 9'913 fr. nette à titre d'indemnité pour licenciement abusif, afin de ne pas statuer ultra petita par rapport aux conclusions formulées par le travailleur.
C. C.a L'employeuse exerce un recours en matière civile. Invoquant une violation de l'art. 8 CC et des art. 335g al. 4, 336 al. 2 let. c et 336a al. 3 CO, elle demande la confirmation du jugement en ce qui concerne la délivrance du certificat de travail et, pour le surplus, son annulation et le déboutement de l'employé de toutes ses conclusions, sous suite de dépens.
Dans sa réponse, l'employé s'oppose aux griefs soulevés à l'appui du recours. La Caisse de chômage intervenante n'a, quant à elle, pas de remarques supplémentaires à formuler et maintient ses prétentions, à concurrence de 2'549 fr.45 nets, avec intérêts moratoires à 5% dès le 3 avril 2008, qui représentent la somme versée à titre d'indemnités de chômage pour le mois de février 2008.
La Cour d'appel n'a pas d'observations particulières à présenter et se réfère à son arrêt, dans les termes duquel elle persiste.
C.b Par ordonnance présidentielle du 12 juin 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF), rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) et en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF). Son auteur a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF). La valeur litigieuse excède le minimum légal de 15'000 fr. prévu en matière de droit du travail (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. a LTF). Introduit en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours est en principe recevable.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Par exception au principe selon lequel il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). La partie recourante ne peut critiquer ceux-ci que s'ils ont été constatés de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 135 III 127 consid. 1.5 p. 130) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 LTF), ce qu'il lui appartient d'expliquer et de démontrer de manière claire et circonstanciée. La correction du vice doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 8 CC. Elle considère qu'il appartenait à la partie adverse, qui a allégué que le pli contenant le congé a été reçu au début du mois de novembre 2007, d'apporter la preuve de cette date de réception.
2.1 Conformément à la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, le fardeau de la preuve de la notification d'un acte et de la date à laquelle celle-ci a été effectuée incombe en principe à celui qui entend en tirer une conséquence juridique (ATF 122 I 97 consid. 3b p. 100; 114 III 51 consid. 3c et 4 p. 53 ss; arrêt 4A_250/2008 du 18 juin 2008 consid. 3.2.1).
La résiliation du contrat de travail est une manifestation de volonté unilatérale, qui ne déploie ses effets que lorsqu'elle parvient à son destinataire (ATF 113 II 259 consid. 2a p. 261). Autrement dit, c'est la partie qui résilie le contrat, soit dans le cas présent l'employeuse, qui supporte les conséquences de l'absence de preuve, ce qui signifie que si la notification même, ou sa date, sont contestées et qu'il existe effectivement un doute à ce sujet, il convient de se fonder sur les déclarations du destinataire de l'envoi (ATF 103 V 63 consid. 2a p. 65; ULLIN STREIFF/ADRIAN VON KAENEL, in Arbeitsvertrag, 6e éd. 2006, no 6 ad art. 335 CO; CHRISTIANE BRUNNER ET AL., Commentaire du contrat de travail, 3e éd. 2004, no 9 ad art. 335 CO).
2.2 En l'occurrence, il a été retenu que l'allégation - contestée - de l'employeuse, selon laquelle le congé a été notifié en mains propres du travailleur le 30 octobre 2007, n'a pas été établie, de même que la date de réception du pli recommandé adressé le même jour à l'employé. Les juges cantonaux en ont déduit que le licenciement, en tant qu'acte sujet à réception, n'a été valablement notifié que début novembre 2007 seulement et que, partant, le délai normal de congé - de deux mois pour la fin d'un mois - serait venu à expiration au 31 janvier 2008, s'il n'avait pas été suspendu durant les jours d'incapacité de travail résultant de la maladie de l'employé.
La recourante ne prétend pas que l'autorité cantonale aurait violé le droit de procédure cantonal en considérant que l'allégation selon laquelle le congé a été notifié à la fin du mois d'octobre 2007 a été valablement contestée. Elle ne remet pas plus en cause, sous l'angle de l'arbitraire, que la preuve de la notification du congé en mains propres de l'employé, ou par pli recommandé, à la fin du mois d'octobre n'a pas été apportée à satisfaction - ce qui relève de l'appréciation des preuves.
Dès lors, la cour cantonale pouvait admettre, comme prétendu par l'employé, que la notification est intervenue au début du mois de novembre 2007, sans aucunement violer les règles sur le fardeau de la preuve.
Le grief est infondé.
3. Dans un autre grief, la recourante dénonce une violation de l'art. 335g al. 4 CO. L'autorité cantonale aurait enfreint cette disposition en ayant arrêté la fin des rapports de travail au 29 février 2008, en lieu et place du 31 janvier 2008.
3.1 Au terme de l'art. 335g al. 4 CO, si le contrat de travail est résilié dans le cadre d'un licenciement collectif, les rapports de travail prennent fin 30 jours après la notification du projet de licenciement collectif à l'office cantonal du travail, à moins que, selon les dispositions contractuelles ou légales, le congé ne produise effet à un terme ultérieur. L'annonce à l'office cantonal du travail doit permettre à ce dernier de chercher des solutions, d'organiser le cas échéant des séances de médiation entre les parties et de soumettre des propositions, notamment s'agissant des indemnités et des mesures d'accompagnement. Pour ce faire, un délai de trente jours doit être mis à la disposition de l'autorité (ATF 132 III 406 consid. 2.2 p. 409).
3.2 La recourante affirme tout d'abord que le licenciement a été notifié à la fin octobre 2007 et que le point de départ du délai de congé doit par conséquent être fixé à cette date. Ensuite, elle prétend que la motivation avancée par la cour cantonale pour soutenir que le délai de congé devait être prorogé au 29 février 2008 ne tient pas compte des circonstances du cas d'espèce, qu'elle énumère dans le détail. Ainsi, elle expose que l'employeuse n'a pas attendu l'annonce à l'Office cantonal de l'emploi pour entamer des démarches visant à replacer ses employés à la suite de la rupture du contrat avec Z._, que l'employé était en mesure de retrouver une activité professionnelle sans l'intervention de l'Office cantonal de l'emploi, qu'il ne pouvait être exigé de l'employeuse d'aller au-delà de ce qui a été entrepris et, enfin, que l'employé n'a pas été lésé, puisque si l'annonce à l'Office cantonal de l'emploi avait eu lieu simultanément au prononcé du congé, le 30 octobre 2007, l'employé aurait également bénéficié d'un délai de congé jusqu'au 31 janvier 2008. En conclusion, la recourante affirme que la résiliation du contrat « dans le délai légal » permettait à l'employé de retrouver un emploi et qu'il n'y avait donc pas lieu de proroger la durée des rapports de travail au 29 février 2008. Dès lors, en arrêtant la fin des rapports de travail à cette date, la Cour d'appel aurait violé l'art. 335g al. 4 CO.
D'emblée, il convient de relever que la recourante erre lorsqu'elle prétend que le calcul du délai de congé doit se faire à partir du mois d'octobre 2007, puisqu'il a été définitivement tranché que la notification du congé à cette période n'a pas été établie à satisfaction. Il s'ensuit que les développements de la recourante qui prennent appui sur le 30 octobre 2007 comme date de notification du congé tombent à faux. Tel est singulièrement le cas de l'argumentation qui se fonde sur la fiction d'une annonce simultanée du congé tant à l'Office cantonal de l'emploi qu'aux employés licenciés en date du 30 octobre 2007.
De même, la recourante s'écarte des constatations souveraines de la cour cantonale, lorsqu'elle évoque les circonstances que cette autorité n'aurait pas prises en compte. Dès lors que la recourante ne se livre à aucune critique des constatations de fait retenues par l'autorité cantonale au sens de l'art. 97 al. 1 LTF, sa démonstration ne saurait être suivie.
En tout état de cause, on ne voit pas en quoi l'autorité cantonale aurait fait une application erronée de l'art. 335g al. 4 CO. Il est en effet admis que le délai de congé était de deux mois pour la fin d'un mois et que l'employé a subi une incapacité de travail du 3 au 14 décembre 2007, ce qui a eu pour conséquence de suspendre le délai de congé. Il s'ensuit que le congé donné au début du mois de novembre 2007 ne pouvait produire effet qu'au 29 février 2008, soit ultérieurement au délai de trente jours suivant la notification de l'annonce complète du licenciement collectif à l'Office cantonal de l'emploi, qui a eu lieu le 21 janvier 2008.
Le moyen est donc infondé, pour autant qu'il soit recevable.
4. La recourante dénonce enfin une violation des art. 336 al. 2 let. c et 336a al. 3 CO.
4.1 Un contrat de travail de durée indéterminée peut être résilié conformément à l'art. 335 al. 1 CO. La résiliation est cependant abusive lorsqu'elle intervient dans l'une des situations énumérées à l'art. 336 al. 1 ou 2 CO, soit notamment, selon l'art. 336 al. 2 let. c CO, lorsque l'employeur procède à un licenciement collectif sans avoir consulté la représentation des travailleurs.
Selon l'art. 336a al. 1 et 2 CO, la partie qui a résilié abusivement doit à l'autre une indemnité à fixer par le juge, qui correspond, en règle générale, à six mois de salaire au plus. L'art. 336a al. 3 CO limite à deux mois de salaire, au plus, l'indemnité due en cas de licenciement collectif sans consultation préalable de la représentation des travailleurs.
4.2 L'autorité cantonale a jugé que le licenciement de l'employé était abusif au sens de l'art. 336 al. 1 let. c (recte: al. 2 let. c) CO et qu'une indemnité correspondant à deux mois de salaire était justifiée. Elle a motivé son appréciation en indiquant que l'employé, engagé en 2003, avait donné satisfaction jusque-là, que l'employeuse ne l'a ni aidé, ni soutenu d'une quelconque manière pour retrouver un emploi, qu'elle ne lui a octroyé aucun congé pour procéder à ses recherches d'emploi, qu'elle a même entravé cette démarche en tardant à lui remettre un certificat de travail et enfin qu'elle l'a privé tant de son droit de consultation que de l'aide que l'employé aurait été en droit de recevoir par le biais de l'intervention de l'Office cantonal du travail. L'autorité cantonale a toutefois réduit la quotité de l'indemnité allouée par les premiers juges (de 10'051 fr.85 à 9'913 fr.), afin de ne pas statuer ultra petita.
4.3 Il sied tout d'abord d'observer que la recourante n'avance pas le début d'une motivation s'agissant d'une éventuelle violation de l'art. 336 al. 2 let. c CO. Il en découle nécessairement que, sur ce point, le grief est insuffisamment motivé et donc irrecevable. A supposer même qu'il ait été recevable, il n'aurait pu être qu'écarté, dès lors que la recourante reconnaît, dans son écriture de recours, ne pas avoir respecté scrupuleusement la procédure en matière de licenciement collectif.
Quant au moyen se rapportant à un éventuel abus du pouvoir d'appréciation des critères découlant de l'art. 336a CO par les juges cantonaux, il est infondé.
L'autorité cantonale n'a pas omis de prendre en considération certains faits à même de modifier, voire de supprimer, l'indemnité allouée. La cour cantonale n'avait en particulier pas à tenir compte de l'ignorance de la recourante de la procédure en cas de licenciement collectif et de la sanction administrative en découlant, dès lors que le caractère abusif du licenciement résulte précisément du non-respect de cette procédure. Il s'ensuit que les juges cantonaux n'avaient pas à considérer la situation qui aurait prévalu si la procédure de licenciement collectif avait été respectée. Enfin, la recourante invoque à tort la crainte avérée quant à sa survie financière conséquemment à la perte d'un important partenaire contractuel, ainsi que les démarches entreprises en faveur de l'employé et la conviction qu'elle aurait pu avoir sur les perspectives de celui-ci de retrouver un emploi, puisque ces circonstances ne ressortent pas des faits de la cause.
De surcroît, l'appréciation faite par la cour des circonstances d'espèce n'aboutit pas à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante, ce qui n'est du reste en aucun cas démontré. Cela étant, la cour cantonale n'a pas abusé du large pouvoir d'appréciation dont elle jouit, en ayant jugé que la quotité de l'indemnité allouée par les premiers juges, qui correspond à deux mois de salaire, était justifiée - avant de la réduire pour ne pas statuer ultra petita, ce qui n'est pas remis en cause.
5. Le recours se révèle privé de fondement, dans la mesure où il est recevable. A titre de partie qui succombe, son auteur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral. Comme l'intimé n'est pas représenté par un mandataire autorisé à agir devant le Tribunal fédéral (art. 40 LTF) et qu'il n'a pas justifié avoir supporté des dépenses particulières (ATF 129 II 297 consid. 5 p. 304; 125 II 518 consid. 5b p. 519 s.), il ne lui est pas alloué de dépens.
L'intervenante, qui n'est également pas assistée d'un avocat, n'est pas prise en considération dans la répartition des frais et dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 600 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 3 septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin