Sachverhalt:
A. Am 3. August 2006 bzw. 9. Januar 2007 eröffnete der Ermittlungsrichter der Jugendstrafkammer des Kantons Freiburg je eine Strafuntersuchung gegen X._. Der am 22. November 1988 geborene Angeschuldigte war im Zeitpunkt der betreffenden untersuchten Delikte (Angriff, evtl. Raub, sowie Vergewaltigung) noch minderjährig. Am 22. November 2007 eröffnete das (ordentliche) kantonale Untersuchungsrichteramt gegen denselben Angeschuldigten ein weiteres Strafverfahren wegen neuen mutmasslichen Delikten (Erpressung, evtl. Raub), die dieser nach Vollendung des 18. Alterjahrs verübt habe.
B. Am 21. Dezember 2007 anerkannte der Jugendermittlungsrichter seine sachliche Zuständigkeit auch für die am 22. November 2007 eröffnete Strafuntersuchung. Auf dessen Anfrage hin teilte ihm der Präsident der Strafkammer des Kantonsgerichtes des Kantons Freiburg am 29. Januar 2008 mit, dass das Jugendstrafrecht anwendbar bleibe, wenn gegen eine Person, gegen die bereits ein Jugendstrafverfahren hängig ist, vom ordentlichen Untersuchungsrichter ein Strafverfahren eröffnet wird wegen mutmasslichen Delikten, die nach dem vollendeten 18. Lebensjahr verübt wurden. Auf eine von der kantonalen Staatsanwaltschaft gegen das Schreiben vom 29. Januar 2008 des Strafkammerpräsidenten gerichtete Beschwerde trat das Bundesgericht mit Entscheid vom 3. März 2008 nicht ein (Verfahren 1B_49/2008). Am 2. Mai 2008 wurde der Angeschuldigte ausländerrechtlich aus der Schweiz ausgeschafft.
C. Mit Verfügung vom 4. August 2008 trat der Jugendermittlungsrichter die Strafuntersuchungen an das kantonale Untersuchungsrichteramt ab. Dagegen erhob der Angeschuldigte am 12. August 2008 Beschwerde beim Kantonsgericht. Mit Urteil vom 11. November 2008 hob dessen Strafkammer die Verfügung des Jugendermittlungsrichters vom 4. August 2008 von Amtes wegen auf und überwies die Beschwerdesache zuständigkeitshalber dem Präsidenten der Strafkammer. Mit Urteil vom 13. November 2008 erklärte dieser den Jugendermittlungsrichter als zuständig für die Durchführung der fraglichen Strafuntersuchungen.
D. Gegen den Entscheid vom 13. November 2008 des Präsidenten der Strafkammer des Kantonsgerichtes gelangte die kantonale Staatsanwaltschaft mit Beschwerde vom 11. Dezember 2008 an das Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das kantonale Untersuchungsrichteramt sei für die Weiterführung der hängigen Verfahren als zuständig zu erklären.
Der Strafkammerpräsident, das kantonale Untersuchungsrichteramt und der kantonale Jugendermittlungsrichter verzichteten am 22. und 30. Dezember 2008 bzw. 7. Januar 2009 je auf Stellungnahmen. Der Angeschuldigte liess sich am 14. Januar 2009 vernehmen; er beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein selbständig eröffneter und letztinstanzlicher kantonaler Zwischenentscheid betreffend sachliche Zuständigkeit im Straf- bzw. Jugendstrafprozess. Der Entscheid ist (nach Art. 78 Abs. 1 i.V.m. Art. 80 und Art. 92 Abs. 1 BGG) mit Beschwerde in Strafsachen anfechtbar. Die kantonale Staatsanwaltschaft ist beschwerdeberechtigt (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 BGG).
2. Seit 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Jugendstrafrecht (JStG, SR 311.1) in Kraft. Bis zum Inkrafttreten der Schweizerischen Jugendstrafprozessordnung vom 20. März 2009 (JStPO) enthält das JStG auch jugendstrafprozessuale Rahmenbestimmungen bzw. Regeln zur Abgrenzung der Anwendungsbereiche des Jugend- und Erwachsenenstrafprozesses.
Das JStG gilt für Personen, die zwischen dem vollendeten 10. und dem vollendeten 18. Altersjahr eine mit Strafe bedrohte Tat begangen haben (Art. 3 Abs. 1 JStG). Sind gleichzeitig eine vor und eine nach Vollendung des 18. Altersjahres begangene Tat zu beurteilen, so ist hinsichtlich der Strafen nur das StGB anwendbar (Art. 3 Abs. 2 Satz 1 JStG). Dies gilt auch für die Zusatzstrafe (Art. 49 Abs. 2 StGB), die für eine Tat auszusprechen ist, welche vor Vollendung des 18. Altersjahres begangen wurde (Art. 3 Abs. 2 Satz 2 JStG). Bedarf der Täter einer Massnahme, so ist diejenige Massnahme nach dem StGB oder nach dem JStG anzuordnen, die nach den Umständen erforderlich ist (Art. 3 Abs. 2 Satz 3 JStG). Wurde ein Verfahren gegen Jugendliche eingeleitet, bevor die nach Vollendung des 18. Altersjahres begangene Tat bekannt wurde, so bleibt dieses Verfahren anwendbar (Art. 3 Abs. 2 Satz 4 JStG). Andernfalls ist das Verfahren gegen Erwachsene anwendbar (Art. 3 Abs. 2 Satz 5 JStG).
Im französischen Gesetzeswortlaut von Art. 3 Abs. 2 Satz 4 JStG heisst es analog: "Lorsqu'une procédure pénale des mineurs est introduite avant la connaissance d'un acte commis après l'âge de 18 ans, cette procédure reste applicable". Der italienischsprachige Gesetzestext lautet demgegenüber: "In questi casi rimane applicabile la procedura penale minorile avviata prima di essere venuti a conoscenza dell'atto commesso dopo il compimento del 18° anno di età".
3. Im angefochtenen Entscheid wird erwogen, dass hängige Jugendstrafverfahren bei Übergangstätern nicht nur bei deren Massnahmebedürftigkeit beizubehalten seien. Der deutsche und französische Gesetzeswortlaut sei diesbezüglich genügend klar, und weder die Entstehungsgeschichte noch der anders lautende italienische Gesetzestext sprächen für eine abweichende Lösung.
4. Die beschwerdeführende Staatsanwaltschaft macht geltend, gemäss dem italienischsprachigen Gesetzestext von Art. 3 Abs. 2 Satz 4 JStG ("in questi casi") bleibe das Jugendstrafverfahren nur in den Fällen anwendbar, in denen Massnahmen anzuordnen sind. Der deutsche und der französische Gesetzeswortlaut beruhten insofern auf einem redaktionellen Versehen. Dies ergebe sich insbesondere aus den Materialien. Im vorliegenden Fall habe das psychiatrische Gutachten vom 4. Juni 2008 zwar die Massnahmenbedürftigkeit des Angeschuldigten festgestellt. Es fehle jedoch an seiner Massnahmenfähigkeit, zumal er unterdessen ausgeschafft worden sei. Da dem Angeschuldigten im Falle einer Verurteilung eine Freiheitsstrafe drohe, sei das Erwachsenen-Strafprozessrecht anwendbar.
5. Wie sich aus den Akten ergibt, war gegen den Angeschuldigten bereits ein Jugendstrafverfahren hängig, bevor die nach Vollendung des 18. Altersjahres mutmasslich begangene Tat bekannt wurde.
5.1 Nach dem deutschen und französischen Wortlaut und dem Wortsinn von Art. 3 Abs. 2 Sätze 4-5 JStG bliebe hier somit das Jugendstrafverfahren anwendbar, und zwar unabhängig davon, ob eine Massnahme (nach StGB oder JStG) in Frage kommt.
Die Auslegung, welche die Beschwerdeführerin der italienischen Sprachfassung zuteil werden lässt, würde nicht nur zu einem Widerspruch gegenüber dem deutschen und französischen Gesetzestext führen. Die von ihr vertretene restriktive Interpretation erscheint (schon im Rahmen der grammatikalischen Auslegung) auch nicht zwingend: Art. 3 JStG regelt den persönlichen Geltungsbereich des Jugendstraf- und Strafprozessrechtes in den sogenannten "gemischten Fällen", bei denen gleichzeitig Straftaten zu verfolgen sind, die der Angeschuldigte vor und nach Vollendung seines 18. Altersjahrs verübt haben soll (vgl. Michel Dupuis et al. [Hrsg.], Code pénal 1, Petit commentaire, Basel 2008, Art. 3 N. 42; Hansueli Gürber/Christoph Hug/Patrizia Schläfli, in: Basler Kommentar StGB/JStG, 2. Aufl., Basel 2007, Art. 3 JStG N. 12 ff.; Dieter Hebeisen, Das neue materielle Jugendstrafrecht, in: Bänziger/ Hubschmid/Sollberger [Hrsg.], Zur Revision des Allgemeinen Teils des Schweizerischen Strafrechts und zum neuen materiellen Jugendstrafrecht, Bern 2006, S. 187 ff., 189; Marcel Riesen, Das neue Jugendstrafgesetz, ZStrR 123 [2005] 18 ff., 21). Der Ausdruck "in questi casi" kann sich sprachlogisch-syntaktisch auch auf die generelle Problematik der (in Art. 3 Abs. 2 Sätze 1-3 JStG genannten) "gemischten" Fälle beziehen, anstatt ausschliesslich auf die (in Art. 3 Abs. 2 Satz 3 JStG genannten) Massnahmenfälle. Bei dieser Auslegung ergäbe sich auch kein Widerspruch zum deutschen und französischen Gesetzestext.
5.2 Den Gesetzesmaterialien lässt sich Folgendes entnehmen:
Die neue verfahrensrechtliche Regelung der "gemischten Fälle" (Art. 3 Abs. 2 Sätze 4-5 JStG) wurde erst im Zuge der nationalrätlichen Beratungen in die Gesetzesvorlage aufgenommen (vgl. Botschaft und Entwurf zum JStG vom 21. September 1998, BBl 1999 II 1979 ff., 2216 ff., 2400 ff., S. 2401). Der Vorentwurf JStG (1993) und der Entwurf des Bundesrates (1998) hatten (für sogenannte "Übergangstäter") sanktionenrechtlich die ausschliessliche Anwendbarkeit des StGB vorgesehen (vgl. BBl 1999 II 2401). Diesen Entwürfen erwuchs breite Kritik in der jugendstrafrechtlichen Doktrin, weil sie den Anwendungsbereich des Jugendstrafrechtes erheblich eingeschränkt und in vielen Fällen aufwändige Bemühungen der Jugendstrafbehörden (etwa im Rahmen vorsorglicher stationärer Platzierungen) unterlaufen hätten (vgl. Gürber/Hug/Schläfli, a.a.O., Art. 3 JStG N. 13).
Während die ständerätliche vorberatende Kommission bei "gemischten Fällen" sowohl sanktions- als auch verfahrensrechtlich weiterhin auf das Erwachsenenstrafrecht hatte abstellen wollen, machte sich die nationalrätliche Kommission mit Erfolg für einen "Mittelweg" stark. In der Version der ersten Lesung im Nationalrat wurde Art. 3 Abs. 2 Satz 4 JStG noch mit der Formulierung "in diesen Fällen" ("dans ces cas"/ "in questi casi") eingeleitet. Die Kommissionssprecherin schlug daraufhin folgende Regelung vor: "Gelangt das Gericht zur Ansicht, es müsse für die Tat eine Strafe ausgefällt werden, kommt das Strafensystem des Erwachsenenstrafrechtes zur Anwendung. Entscheidet sich das Gericht für eine Massnahme, so stehen die Massnahmen sowohl dieses Gesetzes, als auch des Erwachsenenstrafrechts zur Verfügung. Ist bereits ein Verfahren pendent, dann bleiben die Jugendstrafrechtsbehörden zuständig" (Kommissionssprecherin Anita Thanei, AB N 2002 S. 128 f.). Diese vom Nationalrat verabschiedete Version wurde vom Ständerat diskussionslos genehmigt (AB S 2002 S. 303). Weshalb der italienischsprachige Gesetzestext der (nach der ersten Lesung des Nationalrates geänderten) deutschen und französischen Fassung nicht angepasst wurde, lässt sich den Materialien nicht entnehmen (insofern a.M. Gürber/Hug/Schläfli, a.a.O., Art. 3 JStG N. 18).
5.3 Sinn und Zweck des Gesetzes ist es, in "gemischten Fällen" eine sachfragenorientierte, differenzierte und verfahrenseffiziente Lösung anzustreben, anstatt pauschal und nach einem starren Kriterium entweder das Sanktionsrecht des StGB bzw. das Verfahrensrecht für Erwachsene oder das JStG bzw. das Jugendstrafprozessrecht für anwendbar zu erklären. Die aus dem deutsch- und französischsprachigen Gesetzestext (und aus den Materialien) sich ergebende Grundregel erscheint sachgerecht und dient auch der Verfahrenseffizienz. Ein Jugendstrafverfahren, das vor Bekanntwerden von Straftaten eingeleitet wurde, die nach Vollendung des 18. Altersjahr verübt wurden, bleibt zwar grundsätzlich anwendbar (Art. 3 Abs. 2 Satz 4 JStG). Für die Festlegung von Strafen (auch von Zusatzstrafen für Straftaten, die vor der Volljährigkeit verübt wurden) ist jedoch ausschliesslich das StGB massgeblich (Art. 3 Abs. 2 Sätze 1-2 JStG). Eine Ausnahme von der ausschliesslichen Anwendbarkeit des StGB greift Platz, wenn der Täter einer Massnahme bedarf; in diesem Fall ist diejenige Massnahme nach dem StGB oder nach dem JStG anzuordnen, die nach den Umständen erforderlich ist (Art. 3 Abs. 2 Satz 3 JStG).
Diese differenzierte Regelung in "gemischten Fällen" trägt dem Umstand, dass der bei der Verfolgung bzw. Beurteilung volljährige Täter bei den ersten Straftaten noch minderjährig war, in zweifacher Hinsicht Rechnung: Zum einen bleibt (trotz Anwendung des StGB bei der Festlegung von Strafen oder StGB-Massnahmen) das Jugendstrafprozessrecht anwendbar. Zum anderen können bei "Übergangstätern" auch noch Massnahmen nach JStG angeordnet werden, wenn diese sich sachlich aufdrängen. Im Interesse der Verfahrensökonomie verhindert diese Lösung auch unnötige Prozessleerläufe, indem von einem bereits pendenten Jugendstrafverfahren in den Erwachsenenstrafprozess gewechselt werden müsste, wodurch andere Behörden sich in den Fall einarbeiten müssten, auf die sich auch die Parteien neu einzustellen hätten. In diesem Zusammenhang könnte nicht zuletzt die Wiederholung von aufwändigen Untersuchungshandlungen drohen. Ein abrupter Wechsel vom Jugend- zum Erwachsenenstrafprozess erschiene bei "gemischten Fällen" in der Regel umso störender, als die hängigen Jugendstrafverfahren oft bereits weit vorangeschritten sind, wenn neue Straftaten bekannt werden, die erst nach Vollendung des 18. Altersjahres begangen wurden (vgl. Gürber/Hug/Schläfli, a.a.O., Art. 3 JStG N. 19).
Demgegenüber sind kaum überzeugende Gründe erkennbar, das Jugendstrafverfahren nur dann beizubehalten, wenn Massnahmen nach StGB oder JStG in Frage kommen.
Allerdings wird die gesetzliche Regelung von Art. 3 Abs. 2 JStG mit Recht als teilweise widersprüchlich bzw. lückenhaft kritisiert (vgl. Gürber/Hug/Schläfli, a.a.O., Art. 3 JStG N. 17-19). So sind besondere Fälle von Schwerstkriminalität denkbar, bei denen sich de lege lata stossende Konsequenzen ergeben könnten. Beispielsweise erschiene es kaum sinnvoll, wenn Jugendstrafbehörden, die einen Diebstahl verfolgen, auch ein Tötungsdelikt beurteilen müssten, welches der Täter nach Vollendung des 18. Altersjahres begangen hat. Solche Fälle, bei denen sich ausnahmsweise die Anwendung des Erwachsenen-Strafprozessrechts aufdrängen könnte, sind allerdings eher selten. Bis zum Erlass einer konsistenteren gesetzlichen Regelung ist die Gerichtspraxis gehalten, auslegungsweise (und nötigenfalls durch Lückenfüllung) für sachgerechte Lösungen zu sorgen. Im vorliegenden Fall erweist sich die Beibehaltung des eingeleiteten Jugendstrafprozesses als sinnvoll und gesetzeskonform.
5.4 Nach dem Gesagten hält der angefochtene Entscheid, der den vorliegenden "gemischten Fall" dem Jugendermittlungsrichter zur Weiterführung des Jugendstrafverfahrens zuweist, vor dem Bundesrecht stand. Es kann offenbleiben, ob dem Angeschuldigten im Falle einer Verurteilung eine Massnahme oder eine Freiheitsstrafe droht.
6. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen.
Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Dem anwaltlich vertretenen privaten Beschwerdegegner ist eine angemessene Parteientschädigung (pauschal inkl. MWSt) zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Freiburg (Kasse der Staatsanwaltschaft) hat dem privaten Beschwerdegegner eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu entrichten.
4. Dieses Urteil wird der Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg, dem privaten Beschwerdegegner sowie dem Ermittlungsrichter der Jugendstrafkammer, dem Untersuchungsrichteramt und dem Kantonsgericht des Kantons Freiburg, Präsident der Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster