Sachverhalt:
A. A.a X._, geboren 1962, verbrachte seine Kindheit in Vietnam und gelangte nach eigenen Angaben Ende September 1980 als anerkannter Flüchtling in die Schweiz. Nach einem ersten Aufenthalt in der Kantonalen Psychiatrischen Klinik Y._ (KPK) im Jahre 1983 kam es zu acht weiteren Einweisungen zwischen 1984 und 1993. Alsdann wurde X._ mehrere Jahre ambulant betreut. Vom 26. Juli bis 25. August 2008 musste er erneut in die KPK verbracht werden, wo beim Patienten eine paranoide Schizophrenie mit episodischem Verlauf und zunehmendem Residuum diagnostiziert wurde.
A.b Am 15. September 2008 reichte eine Frau Strafanzeige gegen X._ wegen sexueller Belästigung und eventuell wegen Nötigung ein. Dr. med. A._, Amtsarzt des Kantons St. Gallen, ordnete am 18. September 2008 die Einweisung von X._ in die KPK an. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2008 wies die ärztliche Leitung der KPK das Entlassungsgesuch von X._ ab.
B. B.a Dagegen gelangte X._ an die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen. Er wurde am 16. Oktober 2008 von Dr. med. B._, ärztliche Fachrichterin, einvernommen, die gleichentags ihren gutachterlichen Bericht erstattete. Auf ein weiteres Entlassungsgesuch von X._ trat die KPK am 20. Oktober 2008 nicht ein.
B.b Die Verwaltungsrekurskommission führte am 23. Oktober 2008 die mündliche Anhörung von X._ in Anwesenheit seines Beistandes in der KPK durch und wies am gleichen Tag seine Klage ab. Am 19. November 2008 teilte die KPK X._ auf ein erneutes Gesuch hin mit, dass eine Entlassung im jetzigen Zeitpunkt nicht in Frage komme.
C. Am 24. November 2008 wandte sich X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) an die Verwaltungsrekurskommission und verlangte seine sofortige Entlassung. Die Eingabe wurde samt den kantonalen Akten an das Bundesgericht weitergeleitet. Der Beschwerdeführer reichte zudem am 27. November 2008 beim Bundesgericht ein Entlassungsgesuch ein. Die Verwaltungsrekurskommission beantragte am 3. Dezember 2008 die Abweisung der Beschwerde.
D. Die Beschwerde wurde an der Sitzung der II. zivilrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 18. Dezember 2008 öffentlich beraten und das Urteil anschliessend an die Beratung und Abstimmung mündlich eröffnet.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung, wogegen die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG, Art. 75 Abs. 1 BGG). Mit dieser kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich verfassungsmässiger Rechte sowie von Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 BGG).
1.2 Nicht eingetreten werden kann auf die Eingabe des Beschwerdeführers, soweit er sich damit gegen das Schreiben der KPK vom 19. November 2008 richten sollte, da dieses keinen letztinstanzlichen Endentscheid darstellt. Zudem ist das Bundesgericht für die Behandlung seines Entlassungsgesuchs nicht zuständig (Art. 397b Abs. 3 ZGB). Hingegen ist die Eingabe vom 24. November 2008 als Beschwerde entgegen zu nehmen, soweit sie sich gegen den ablehnenden Entscheid der Verwaltungsrekurskommission vom 23. Oktober 2008 richtet und damit die sofortige Entlassung verlangt wird. Sinngemäss wird darin die Verletzung von Bundesrecht gerügt. Nicht Gegenstand des Verfahrens bildet schliesslich das Schadenersatzbegehren des Beschwerdeführers. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2. 2.1 Eine mündige oder entmündigte Person darf wegen Geisteskrankheit, Geistesschwäche, Trunksucht, anderen Suchterkrankungen oder schwerer Verwahrlosung in einer geeigneten Anstalt untergebracht oder zurückbehalten werden, wenn ihr die nötige persönliche Fürsorge nicht anders erwiesen werden kann (Art. 397a Abs. 1 ZGB). Wie bei der Einweisung in eine Anstalt ist auch bei der Zurückbehaltung des Betroffenen das Prinzip der Verhältnismässigkeit zu beachten. Erforderlich ist, dass der Betroffene infolge der im Gesetz umschriebenen Schwächezustände persönlicher Fürsorge bedarf, die ihm nur in einer Anstalt gewährt werden kann (BGE 114 II 213 E. 5). Ferner ist die Belastung zu berücksichtigen, welche die Person für ihre Umgebung bedeutet (Art. 397a Abs. 2 ZGB). Sobald es sein Zustand erlaubt, muss der von der fürsorgerischen Freiheitsentziehung Betroffene entlassen werden (Art. 397a Abs. 3 ZGB; zum Ganzen: BGE 134 III 289 E. 4).
2.2 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz leidet der Beschwerdeführer an einer paranoiden Schizophrenie im Rahmen eines systematischen Wahns mit zunehmendem Residuum. Er glaube, der König der Schweiz zu sein und habe zurzeit keinen Realitätsbezug. Nach den weiteren Ausführungen des angefochtenen Entscheides wirken die vorhandenen Störungszeichen auch für einen besonnen Laien befremdend und erreichen den juristischen Schwellenwert der Uneinfühlbarkeit. Aufgrund dieser tatsächlichen Feststellungen hat die Vorinstanz zu Recht eine Geisteskrankheit im Sinn von Art. 397a Abs. 1 ZGB bejaht (zum Begriff: BGE 118 II 254 E. 4a S. 261). Der Beschwerdeführer ist zur Zeit nicht zugänglich und sein Gesundheitszustand hat sich noch verschlechtert. Die Vorinstanz erachtet den Beschwerdeführer weder als selbstgefährdet, noch ist sie der Ansicht, von ihm gehe eine Fremdgefährdung aus. In seinem die Entlassung verweigernden Entscheid geht der Chefarzt indes insofern von einer Gefährdung aus, dass sich der Beschwerdeführer dadurch persönlich gefährdet, indem er als Folge seines fehlenden Realitätsbezuges seinen Gedanken nachhängt und deshalb die Notwendigkeiten des Alltags vernachlässigt. Laut dem Bericht der ärztlichen Fachrichterin drohen dem Beschwerdeführer längerfristig eine Verwahrlosung und Aggressionen infolge der von ihm ausgehenden Belästigungen Dritter. Der angefochtene Entscheid geht aufgrund des bestehenden Krankheitsbildes von einer Behandlungsbedürftigkeit des Beschwerdeführers aus.
2.3 Ist somit davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer aufgrund der schweren und akuten psychischen Krankheit der persönlichen Fürsorge in Form einer Behandlung dieser Störung bedarf, stellt sich die Frage, ob diese Fürsorge ihm auf andere Weise als durch eine Zurückbehaltung in einer Anstalt gewährt werden kann. Diesbezüglich lässt sich dem angefochtenen Entscheid entnehmen, dass dem Beschwerdeführer jegliche Krankheitseinsicht fehlt und er insbesondere nicht gewillt ist, sich einer ambulanten Behandlung zu unterziehen. So hatte er anlässlich einer früheren Einweisung behauptet, die ihm verordneten Medikamente eingenommen zu haben, wobei sich herausstellte, dass er einen Teil dieser Arznei an Dritte verkauft hatte, um an Geld zu kommen. Zudem hat der Beschwerdeführer auch aufgehört, seinen Hausarzt zu konsultieren. Unter diesen Umständen ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass dem Beschwerdeführer die erforderliche Behandlung - zur Zeit wenigstens - nicht ambulant gewährt werden kann. Die Zurückbehaltung in der Anstalt erweist sich damit als allein taugliches Mittel, um dem Beschwerdeführer die nötige Fürsorge angedeihen zu lassen. Dabei steht ausser Frage, dass es sich bei der KPK um eine geeignete Anstalt im Sinn von Art. 397a Abs. 1 ZGB zur Behandlung der psychischen Störung des Beschwerdeführers handelt.
2.4 Der angefochtene Entscheid verletzt somit im Ergebnis kein Bundesrecht. Die Beschwerde ist folglich abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
3. Im vorliegenden Fall rechtfertigt es sich, keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen, Abteilung V, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Zbinden