Sachverhalt:
A. Die IV-Stelle Wallis sprach dem 1972 geborenen P._ mit Verfügung vom 3. September 2009 eine ganze Invalidenrente mit Wirkung ab dem 1. August 2005 zu, welche sie mit Verfügung vom 1. Oktober 2010 auf Grund einer Inhaftierung ab 31. März 2010 sistierte. Zudem forderte sie mit Verfügung vom 11. Oktober 2010 die zu Unrecht bezogenen Rentenleistungen ab 1. April 2010 zurück.
B. P._ erhob gegen beide Verfügungen Beschwerde. Während die IV-Stelle die Rückforderungsverfügung pendente lite aufhob, was zur Gegenstandslosigkeit des Verfahrens führte, wies das Kantonsgericht Wallis die Beschwerde gegen die Sistierungsverfügung vom 1. Oktober 2010 mit Entscheid vom 20. März 2012 ab.
C. P._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, dass die Rente rückwirkend und ab sofort wieder ausgerichtet werde. Mit Zwischenverfügung vom 25. Juni 2012 wies das Bundesgericht das Gesuch des P._ um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit ab.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz die von der IV-Stelle vorgenommene Rentensistierung ab 31. März 2010 zu Recht bestätigt hat.
2.1 Die Vorinstanz hat für das Bundesgericht verbindlich festgestellt (E. 1), mit Urteil vom 16. Februar 2012 habe die I. Strafrechtliche Abteilung des Kantonsgerichts Wallis die Rechtmässigkeit von Untersuchungshaft und stationärer therapeutischer Massnahme bestätigt; es sei einzig die Einschliessung aufgehoben und der Übertritt in eine Einrichtung gemäss Art. 59 Abs. 2 StGB angeordnet worden. In der Anstalt Y._ lasse die Tagesstruktur der Therapieabteilung keine Erwerbstätigkeit zu. Dass dies auch für den Versicherten zutreffe, werde durch dessen Angaben anlässlich der Verhandlung vom 7. Dezember 2011 sowie durch die anschliessend durchgeführte Beweiserhebung bestätigt. Gemäss BGE 137 V 154 verbiete es sich nur, den Rentenanspruch zu sistieren, wenn die Vollzugsart der verurteilten versicherten Person die Möglichkeit biete, eine Erwerbstätigkeit auszuüben und somit zumindest teilweise selber für die Lebensbedürfnisse aufzukommen. Davon könne auf Grund des Beweisergebnisses hier nicht ausgegangen werden, könne doch auch ein Nichtinvalider im stationären Massnahmenvollzug in Y._ keiner nennenswerten Erwerbstätigkeit nachgehen. Wie es sich nach dem erfolgten Wechsel in eine offenere Massnahmenvollzugsanstalt gemäss Art. 59 Abs. 2 StGB verhalte, werde die IV-Stelle zum gegebenen Zeitpunkt auf Grund der konkreten Verhältnisse prüfen müssen.
2.2 Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was die vorinstanzlichen Feststellungen und deren Schlussfolgerungen als offensichtlich unrichtig oder sonstwie bundesrechtswidrig erscheinen liesse (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356). Weder beanstandet er die vorinstanzliche Beweiswürdigung zum Ausmass seiner Erwerbstätigkeit in der Anstalt noch bestreitet er die Inhaftierung bis zum massgeblichen Zeitpunkt der Sistierungsverfügung. Soweit er vorbringt, die Inhaftierung sei zu Unrecht erfolgt, kann er daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten, da die Rechtmässigkeit des Strafurteils vom 16. Februar 2012 nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet; insbesondere ändert am vorinstanzlichen Ergebnis nichts, dass nach Ansicht des Beschwerdeführers bei Schuldfähigkeit richtigerweise eine Bewährungsstrafe anzusetzen gewesen wäre. Soweit er schliesslich geltend macht, er sei nur in einer geschlossenen Anstalt, bis eine offene Klinik oder Anstalt gefunden werde, hat bereits die Vorinstanz zutreffend dargetan, dass die IV-Stelle zum gegebenen Zeitpunkt auf Grund der konkreten Verhältnisse wird prüfen müssen, wie es sich nach dem erfolgten Wechsel in eine Massnahmenvollzugsanstalt gemäss Art. 59 Abs. 2 StGB verhält, wozu es bis zum 1. Oktober 2010 nicht gekommen ist, was hier allein Prüfungsgegenstand bildet.
3. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG ohne Durchführung des Schriftenwechsels erledigt wird.
4. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei - umständehalber in reduziertem Umfang - auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG), nachdem das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege mit Zwischenentscheid vom 22. Juni 2010 abgewiesen worden ist (Art. 64 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 200.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Wallis Sozialversicherungsrechtliche Abteilung und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. September 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Helfenstein