Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 20. Februar 2010 rapportierte die Kantonspolizei Zürich gegen den Beschwerdeführer wegen Rechtsüberholens auf der Autobahn. Am 13. April 2010 stellte die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland das Verfahren wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln ein und überwies die Sache an das Statthalteramt Bülach zur Prüfung, ob mit dem fraglichen Manöver eine Übertretung begangen worden sei.
Das Statthalteramt büsste den Beschwerdeführer am 22. Juni 2010 in Anwendung von Art. 90 Ziff. 1 in Verbindung mit Art. 27 Abs. 1 SVG, Art. 13 Abs. 3 VRV und Art. 73 Abs. 6 lit. a SSV mit Fr. 300.--. Nachdem der Beschwerdeführer ein Gesuch um gerichtliche Beurteilung gestellt hatte und eine nachträgliche Untersuchung durchgeführt worden war, büsste das Statthalteramt den Beschwerdeführer mit Wiedererwägungsverfügung vom 14. September 2010 in Anwendung von Art. 90 Ziff. 1 in Verbindung mit Art. 35 Abs. 1 SVG, Art. 8 Abs. 3 und Art. 36 Abs. 5 VRV mit Fr. 300.--. Auch in Bezug auf diese Verfügung verlangte der Beschwerdeführer eine gerichtliche Beurteilung. Darauf überwies das Statthalteramt die Akten dem Einzelrichter in Strafsachen des Bezirkes Bülach mit dem Antrag, die Wiedererwägungsverfügung zu bestätigen.
Am 20. Dezember 2010 wurden die Anklage am Gericht zugelassen und die Parteien zur Hauptverhandlung vom 24. Februar 2011 vorgeladen. Am 22. März 2011 trat der Einzelrichter auf das Begehren um gerichtliche Beurteilung der Wiedererwägungsverfügung mangels funktioneller Zuständigkeit nicht ein. Er stellte zusammengefasst fest, dass der Statthalter richtigerweise von einem Rechtsüberholen auf der Autobahn ausgegangen sei. Die begangene strafbare Handlung stelle jedoch objektiv eine Verletzung von Art. 90 Ziff. 2 SVG dar, und eine solche grobe Verletzung der Verkehrsregeln sei keine Übertretung, sondern ein Vergehen, für deren Untersuchung die Staatsanwaltschaft zuständig sei. Die Sache sei an das Statthalteramt zurückzuweisen, damit es das Verfahren zur Prüfung der Wiederaufnahme an die Staatsanwaltschaft überweise. Für die Umtriebe im Gerichtsverfahren entschädigte der Einzelrichter den Beschwerdeführer mit Fr. 100.-- .
Der Beschwerdeführer wandte sich mit kantonaler Beschwerde ans Obergericht des Kantons Zürich und beantragte, die Verfügung des Einzelrichters vom 22. März 2011 sei aufzuheben, und es sei ein neuer Entscheid zu fällen. Zudem sei ihm eine Entschädigung in Höhe von Fr. 3'000.-- und eine angemessene Genugtuung zuzusprechen.
Das Obergericht trat am 19. September 2011 im Hauptpunkt auf die Beschwerde nicht ein, betreffend Kosten und Entschädigung wurde sie abgewiesen. Die Gerichtsgebühr wurde auf Fr. 500.-- festgesetzt und dem Beschwerdeführer auferlegt.
Der Beschwerdeführer wendet sich ans Bundesgericht und beantragt, der Beschluss des Obergerichts vom 19. September 2011 sei in Bezug auf die Kosten- und Entschädigungsregelung aufzuheben, und ihm sei eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zuzusprechen.
2. Die Beschwerde richtet sich nur gegen die Entschädigungsregelung. Mit dem Hauptpunkt des angefochtenen Entscheids muss sich das Bundesgericht nicht befassen.
3. In Anwendung von Art. 109 Abs. 3 BGG kann auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (vgl. angefochtenen Entscheid S. 6/7 E. 4).
Was der Beschwerdeführer vorbringt, dringt nicht durch. Soweit er einleitend darauf hinweist, dass die Behörden seiner Ansicht nach z.B. in Bezug auf ihre Kompetenzen Verfahrensfehler begangen haben (vgl. Beschwerde S. 2/3), ist darauf nicht einzutreten, denn solche Fehler haben auf die Entschädigungsregelung keinen Einfluss.
Der Beschwerdeführer hält vor Bundesgericht an seiner Forderung nach einer Entschädigung in Höhe von Fr. 3'000.-- fest. Er macht geltend, er habe nicht nur geringfügige Umtriebe gehabt (vgl. Beschwerde S. 3 - 5).
In Bezug auf die Befragung vom 1. Februar 2010 ist anzumerken, dass sie im Rahmen der Untersuchung des Vorfalls durch die Polizei durchgeführt wurde. Dass die zeitliche Beanspruchung des Beschwerdeführers mehrere Stunden gedauert habe (Beschwerde S. 4), lässt sich dem Polizeirapport vom 20. Februar 2010 nicht entnehmen, wonach er zunächst wegen seines Fahrgastes weiterfahren konnte und anschliessend nur noch zu der kurzen Befragung bei der Polizei erscheinen musste (Rapport S. 3).
Die Einvernahme vor dem Statthalter am 14. Juli 2010 und die Teilnahme an der Befragung eines Polizisten am 30. August 2010 dürften für den Beschwerdeführer mit gewissen Umtrieben verbunden gewesen sein. Indessen fanden sie an Werktagen kurz nach acht Uhr in Bülach statt, weshalb nicht ersichtlich ist, dass der Beschwerdeführer, der am Flughafen Kloten als Taxifahrer arbeitet (Protokoll Bezirksgericht S. 4), von seinem Wohnort her hätte anreisen müssen (Beschwerde S. 4). Dazu kommt, dass vom Bürger die Bereitschaft erwartet wird, ein- oder zweimal kurz vor Gericht zu erscheinen, ohne dass er dafür entschädigt wird (WEHRENBERG/BERNHARD, in: Niggli/Heer/ Wiprächtiger (Hrsg.), Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, Art. 430 N 18, mit Hinweis). Dass die Vorinstanz ihn für die beiden kurzen Termine nicht entschädigte, ist unter dem Gesichtswinkel des schweizerischen Rechts gemäss Art. 95 BGG nicht zu beanstanden.
Das erste Begehren um gerichtliche Beurteilung vom 1. Juli 2010 umfasst zwei Seiten, das zweite vom 17. September 2010 zwei Zeilen. Inwieweit der Beschwerdeführer für diese kurzen Eingaben "mehrere halbe Tage aufgewendet" haben könnte (Beschwerde S. 4), ist nicht ersichtlich.
Für die Hauptverhandlung, die rund drei Stunden dauerte, wurde der Beschwerdeführer mit Fr. 100.-- entschädigt. Dies entspricht in etwa dem von ihm vor Bezirksgericht angegebenen Einkommen von Fr. 4'500.-- netto (Protokoll S. 6). Wie er demgegenüber auf eine wirtschaftliche Einbusse von Fr. 400.-- kommt (Beschwerde S. 4), ist unerfindlich.
Schliesslich ist anzumerken, dass der Beschwerdeführer vor Bundesgericht zu Recht keine Genugtuung mehr verlangt.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. November 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: C. Monn