Faits:
A. Médecin spécialiste FMH en radiologie, Y._ a travaillé au service de X._ SA (ci-après: X._) depuis le 1er février 2001. Selon le chiffre 3 § 2 du contrat de travail signé le 20 juillet 2000, une participation aux bénéfices, non garantie, devait être versée à la collaboratrice en fonction, d'une part, des résultats de la société déterminés lors de la clôture de l'exercice comptable et, d'autre part, de la qualité de la contribution de l'employée à la bonne marche de l'entreprise.
Par lettre du 23 janvier 2008, Y._ a été licenciée avec effet au 31 juillet 2008.
B. Le 4 mars 2009, Y._ a ouvert action devant la Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, concluant à ce que l'employeur soit condamné à lui payer 310'000 fr. à titre de participation aux bénéfices des années 2006, 2007 et 2008.
A la suite d'une audience tenue le 23 mars 2010, la juge instructeur de la 1e Cour civile a rendu une ordonnance de preuves invitant X._ à produire les comptes de pertes et profits, les bilans et le décompte des participations au bénéfice accordées aux divers salariés de 2001 à 2008, avec les dates de chaque paiement desdites indemnités (réquisition n° 2).
C. X._ interjette un recours en matière civile contre l'ordonnance du 23 mars 2010. La société conclut à ce que l'ordonnance de preuves soit modifiée, principalement dans le sens que la réquisition n° 2 n'est pas admise et, subsidiairement, dans le sens que les pièces produites ne seront pas accessibles à l'intimée; à titre encore plus subsidiaire, la recourante demande l'annulation de l'ordonnance et le renvoi de la cause à l'autorité précédente.
Par ordonnance présidentielle du 5 mai 2010, l'effet suspensif réclamé par la recourante a été accordé au recours.
Y._ conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 1 consid. 1.1 p. 3, 329 consid. 1 p. 331).
1.1 L'ordonnance sur preuves attaquée est une décision incidente qui ne porte ni sur la compétence ni sur une demande de récusation (cf. art. 92 LTF). Une telle décision notifiée séparément ne peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou, hypothèse sans pertinence en l'espèce, si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF) (ATF 133 III 629 consid. 2.1 p. 630 s.).
1.1.1 Selon la jurisprudence, un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable que s'il cause un inconvénient de nature juridique; tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable à la partie recourante ne le ferait pas disparaître entièrement, en particulier lorsque la décision incidente contestée ne peut plus être attaquée avec la décision finale, rendant ainsi impossible le contrôle par le Tribunal fédéral; en revanche, un dommage de pur fait, tel que la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme un dommage irréparable de ce point de vue (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36; 134 III 188 consid. 2.1 p. 190 et consid. 2.2).
Les décisions relatives à l'administration des preuves ne sont, en principe, pas de nature à causer aux intéressés un dommage irréparable, tel qu'il vient d'être défini. En effet, la partie qui conteste une décision rendue en ce domaine dans un procès qui la concerne pourra attaquer, le cas échéant, la décision incidente en même temps que la décision finale (ATF 99 Ia 437 consid. 1 p. 438). La règle comporte des exceptions. Il en va ainsi, notamment, lorsque la sauvegarde de secrets est en jeu; par exemple, la divulgation forcée de secrets d'affaires est propre à léser irrémédiablement les intérêts juridiques de la partie concernée, en tant qu'elle implique une atteinte définitive à sa sphère privée (arrêt 4A_315/2008 du 27 avril 2009 consid. 1.5 et l'arrêt cité).
Il appartient à la partie recourante d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision préjudicielle ou incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 134 III 426 consid. 1.2 p. 429; 133 III 629 consid. 2.3.1).
1.1.2 En l'espèce, il est manifeste que les informations contenues dans les pièces dont la production a été ordonnée, une fois portées à la connaissance de l'intimée, seront définitivement divulguées. Par la nature des choses, il ne sera pas possible de revenir en arrière et de réduire à néant la connaissance ainsi acquise par l'intimée. En ce sens, le préjudice invoqué est irréparable et, partant, le recours immédiat est ouvert. Autre est la question de savoir si le préjudice allégué est un motif suffisant pour refuser à l'intimée de prendre connaissance des pièces litigieuses; ce point concerne le bien-fondé du recours, et non sa recevabilité.
1.2 Au surplus, la valeur litigieuse s'élève à plus de 15'000 fr. (cf. art. 51 al. 1 let. c et art. 74 al. 1 let. a LTF). L'ordonnance attaquée ne peut pas faire l'objet d'un recours cantonal (cf. art. 75 al. 1 LTF). La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité cantonale et a un intérêt juridique à l'annulation de la décision attaquée (art. 76 al. 1 LTF). Déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, le recours est en principe recevable.
1.3 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur la violation d'un droit de rang constitutionnel ou sur une question afférente au droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF). Pour le reste, il applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue dans la décision déférée; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés, ou à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Cependant, compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 105).
2. 2.1 La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 221 du code de procédure civile de la république et canton de Neuchâtel du 30 septembre 1991 (CPCN; RSN 251.1) (cf. ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Plus précisément, elle reproche à la cour cantonale de n'avoir pas appliqué, dans le cas présent, l'alinéa 2 de cette disposition, lequel stipule qu'il peut être dérogé au droit des parties à assister à l'administration des preuves afin de sauvegarder les secrets d'affaires d'une partie ou d'un tiers ou d'autres intérêts jugés prépondérants. A lire le recours, il était insoutenable de la part de la cour cantonale d'ordonner purement et simplement la production de pièces de nature confidentielle, sans procéder à une pesée des intérêts en jeu. La recourante souligne en particulier que le milieu de la radiologie est très fermé et qu'elle a intérêt à garder les informations litigieuses secrètes, celles-ci pouvant par exemple être utilisées par des concurrents qui souhaiteraient débaucher des employés, ce qui serait très dommageable pour elle en raison de la difficulté à trouver des professionnels compétents et formés. La recourante fait valoir également l'intérêt de ses employés à ce que leur salaire, information sensible relevant de la sphère privée, ne soit pas divulgué à l'extérieur.
2.2 Selon l'art. 221 al. 1 CPCN, les parties au procès ont le droit de prendre connaissance des pièces produites. Il peut toutefois être dérogé à ce droit pour sauvegarder des secrets d'affaires, singulièrement de la partie adverse, ou d'autres intérêts jugés prépondérants (art. 221 al. 2 CPCN); dans ce cas, le juge prend connaissance de la preuve hors de la présence de la partie adverse ou des deux parties, soit directement, soit par l'intermédiaire d'un expert (art. 221 al. 3 CPCN).
La recourante ne précise pas la portée des notions de secret d'affaires et d'intérêts prépondérants qui relèvent du droit cantonal. En règle générale, on admet que le secret d'affaires couvre les données techniques, organisationnelles, commerciales et financières qui sont spécifiques à l'entreprise, qui peuvent avoir une incidence sur le résultat commercial et que l'entrepreneur veut garder secrètes (cf. ATF 109 Ib 47 consid. 5c p. 56; 103 IV 283 consid. 2b p. 284). Les secrets ne sont protégés que s'il existe un intérêt prépondérant à leur maintien, ce qui n'est admis qu'avec réserve (cf. Fabienne Hohl, Procédure civile, tome I, 2001, n° 906 p. 174).
L'intimée fait valoir une participation aux bénéfices de la recourante, prévue dans le contrat de travail liant les parties. Dans une telle situation, l'art. 322a al. 2 CO fait obligation à l'employeur de fournir les renseignements nécessaires au travailleur ou, condition non réalisée en l'espèce, à un expert désigné en commun par les parties ou par le juge; il fait également obligation à l'employeur d'autoriser le travailleur à consulter les livres de comptabilité dans la mesure nécessaire. Si une participation aux bénéfices de l'entreprise est convenue, l'art. 322 al. 3 CO oblige l'employeur à remettre une copie du compte de profits et pertes de l'exercice annuel au travailleur qui le demande.
L'obligation de l'employeur de protéger et de respecter la personnalité des travailleurs ne fait pas obstacle à la divulgation des revenus de ces derniers (cf. art. 328 CO; Rehbinder/Stöckli, Berner Kommentar, 3e éd. 2010, n° 4 ad art. 328 CO). Dans le cadre d'une procédure judiciaire entre employeur et travailleur dans laquelle le revenu des autres travailleurs au service de l'employeur est pertinent pour le jugement à rendre, l'employeur ne peut pas refuser de fournir ces données. La consultation de la comptabilité, garantie par l'art. 322a CO au travailleur partie à la procédure, implique d'ailleurs la divulgation de ces informations.
2.3 En l'espèce, les documents à produire sont nécessaires pour fixer le montant dû à l'intimée à titre de participation, peu importe si la qualité du travail de la collaboratrice doit également être prise en compte dans ce calcul. Cette nécessité découle du mode de fixation de la participation prévue dans le contrat de travail, mode que la recourante a accepté et dont elle doit en conséquence accepter les implications en cas de litige sur le montant de la participation. Le seul intérêt que l'employeur invoque pour s'opposer à la production est le risque que la connaissance des revenus des collaborateurs faciliterait un éventuel débauchage par des tiers. Ce risque est assez théorique dès lors qu'on ne voit pas ce qui empêcherait des collaborateurs abordés par des employeurs potentiels de divulguer eux-mêmes leur revenu. Quoi qu'il en soit, l'incidence sur la marche de l'entreprise - un institut de radiologie - apparaît limitée et ne saurait contrebalancer l'intérêt de l'intimée à obtenir la rémunération que la recourante s'est engagée à lui verser.
Dans ces circonstances, il ne saurait être question d'une application arbitraire de l'art. 221 CPCN. Le grief est mal fondé.
3. La recourante évoque, sans autre motivation, la violation des art. 13 et 27 Cst., des art. 11 et 26 Cst./NE (RSN 101), de l'art. 28 CC, des art. 328 et 328b CO ainsi que de l'art. 3 LPD (RS 235.1). Il n'y a pas à entrer en matière sur ces moyens, faute de motivation conforme aux exigences légales (art. 106 al. 2 et art. 42 al. 2 LTF; cf. consid. 1.3 supra).
4. La recourante, qui succombe, prendra à sa charge les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF) et versera des dépens à l'intimée (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 3'500 fr., à payer à titre de dépens à l'intimée, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la juge instructeur de la 1e Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 8 juin 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Godat Zimmermann