Faits:
A. Par contrat du 18 août 1992, la société A._ SA a cédé à X._ SA, moyennant un loyer, l'usage de locaux commerciaux destinés à l'exploitation d'un "Café-Restaurant-Grill-Pizzeria", ainsi que d'une place de parc. Conclu pour durer initialement du 1er octobre 1992 au 1er octobre 2006, le contrat devait se renouveler par la suite tacitement de cinq ans en cinq ans, sauf avis de résiliation donné au moins une année à l'avance. En dernier lieu, le loyer annuel a été fixé à 98'467 fr. 20.
La Fondation Y._ (ci-après: l'école) exploite, à proximité des locaux loués à X._ SA, une école de cadres pour le secteur de .... Le 19 février 2001, lors d'une séance avec la Municipalité de V._, elle a manifesté la volonté de s'agrandir. A la suite d'une requête du 26 mars 2003, la municipalité a décidé, le 26 juin 2003, d'ouvrir une procédure administrative en vue de l'adoption d'un nouveau plan d'affectation pour la zone.
Le 15 juin 2003, A._ SA a résilié le bail la liant à X._ SA pour le 1er octobre 2006, en invoquant les travaux d'extension envisagés par l'école. Ce congé a été annulé par décision de la Commission de conciliation du district de Lausanne du 21 janvier 2004 pour le motif qu'il avait été donné moins de trois ans après un jugement du Tribunal des baux du 13 mai 2002 dans lequel la bailleresse avait succombé. Le bail se trouvait ainsi renouvelé pour cinq ans, soit jusqu'au 1er octobre 2011.
Sur formule officielle du 1er mars 2007, A._ SA a résilié le bail pour le 1er octobre 2011.
Par acte du 20 décembre 2007, l'école a acquis de la société A._ SA en liquidation la parcelle sur laquelle se trouvent les locaux loués à X._ SA.
B. X._ SA a contesté la résiliation du 1er mars 2007, concluant à ce qu'elle soit déclarée nulle, subsidiairement à ce qu'elle soit annulée, plus subsidiairement à ce qu'une prolongation du bail maximale soit accordée.
Lors de l'administration des preuves, il a été établi que le chantier d'extension de l'école avait commencé au mois de décembre 2006. Le projet comporte trois phases, les locaux loués à X._ SA étant concernés par la troisième phase dans l'ordre chronologique. Entendu en qualité de témoin, l'ingénieur représentant le maître de l'ouvrage a estimé, les autorisations nécessaires n'étant pas encore acquises, que la parcelle serait à disposition à la fin de l'année 2010. Quant au problème de trafic soulevé par X._ SA, le témoin a affirmé que celui-ci ne pouvait pas retarder la réalisation du projet, un autre accès étant disponible. Un autre témoin a déclaré que le financement de l'entier du projet était d'ores et déjà assuré. Il a été constaté que X._ SA n'avait entrepris aucune démarche en vue de trouver des locaux de remplacement.
Par jugement du 2 juillet 2008, le Tribunal des baux du canton de Vaud a admis la validité de la résiliation du bail et a accordé à X._ SA une première prolongation jusqu'au 1er octobre 2013.
Saisie d'un appel formé par l'école et d'un appel joint de X._ SA, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois, par arrêt du 26 août 2009, a réformé le jugement attaqué en ce sens que la prolongation du bail jusqu'au 1er octobre 2013 doit être considérée non pas comme une première prolongation, mais comme une unique prolongation du bail.
C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 26 août 2009. Invoquant les art. 97 al. 1 LTF et 8 CC, elle se plaint de l'établissement des faits, soutenant que l'école ne sera pas en mesure d'ouvrir le chantier sur la parcelle en cause dans les délais admis par la cour cantonale. Elle conclut à ce que le congé soit déclaré nul, respectivement annulé; subsidiairement, elle conclut à l'octroi d'une première prolongation de six ans.
L'intimée a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en nullité, en annulation et en prolongation du bail (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de droit du bail (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés par le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 et 6.2). Si la partie recourante invoque l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits, elle doit montrer, par une argumentation précise en se référant si possible aux pièces du dossier, que la décision cantonale est insoutenable (Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 19 ad art. 97 LTF p. 942). Encore faut-il que la correction demandée soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 Il résulte des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - qu'un contrat de bail à loyer a été conclu (art. 253 CO) et que celui-ci a passé à l'acquéreur du bien immobilier (art. 261 al. 1 CO). Les parties sont donc liées par un contrat de bail et le litige porte sur sa résiliation par la bailleresse.
2.2 La recourante conclut tout d'abord à ce que la résiliation soit déclarée nulle.
La cour cantonale a cependant constaté (art. 105 al. 1 LTF) que la résiliation avait été donnée sur une formule officielle (art. 266l al. 2 CO), ce que la recourante ne conteste d'ailleurs pas. On ne se trouve donc pas en présence d'un cas de nullité au sens de l'art. 266o CO.
S'agissant d'un congé ordinaire (art. 266d CO), donné en respectant le délai de préavis et le terme prévus dans le contrat, on ne voit pas que cette résiliation puisse être considérée comme inefficace (sur la notion de congé inefficace: ATF 121 III 156 consid. 1c/aa p. 161).
En ne déclarant pas le congé nul ou inefficace, la cour cantonale n'a par conséquent pas violé le droit fédéral. Au demeurant, ce point des conclusions est dépourvu de toute motivation dans le recours, de sorte qu'il peut aussi être considéré comme irrecevable (art. 42 al. 1 et 2 LTF).
2.3 La recourante conclut également à ce que le congé soit annulé (cf. art. 271 et 271a CO).
Elle n'invoque cependant aucune des circonstances prévues par l'art. 271a CO.
La seule question qui se pose dans ce contexte est donc de savoir si le congé pourrait être annulé sur la base de la clause générale de l'art. 271 al. 1 CO, c'est-à-dire si l'on peut considérer qu'il contrevient aux règles de la bonne foi.
Le congé est abusif au sens de l'art. 271 al. 1 CO lorsqu'il ne répond à aucun intérêt digne de protection, qu'il est purement chicanier ou qu'il conduit à une disproportion manifeste des intérêts en présence (ATF 132 III 737 consid. 3.4.2 p. 744; 120 II 31 consid. 4a p. 33).
En l'espèce, la cour cantonale a constaté (art. 105 al. 1 LTF) - ce qui n'est d'ailleurs pas contesté par la recourante - que l'intimée est une école à succès, qu'elle souhaite s'étendre depuis 2001, qu'elle a acquis la parcelle en cause notamment pour y réaliser des logements pour ses étudiants, que son projet est entièrement financé, que la procédure administrative est en cours, que l'on ne voit aucun obstacle dirimant à l'obtention des autorisations nécessaires et que la destruction des locaux loués à l'intimée est indispensable pour réaliser le projet. Le congé a donc été donné de bonne foi par l'acquéreur de la parcelle qui entend remplacer les locaux loués par un aménagement répondant aux besoins d'extension réalisable de son entreprise. On ne saurait parler dans ces circonstances d'un congé contrevenant aux règles de la bonne foi.
La cour cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral en refusant d'annuler la résiliation du bail.
2.4 Il ne reste donc que la question subsidiaire de la prolongation du bail.
2.4.1 Selon l'art. 272 al. 1 CO, le locataire peut demander la prolongation d'un bail de durée déterminée ou indéterminée lorsque la fin du contrat aurait pour lui ou sa famille des conséquences pénibles sans que les intérêts du bailleur le justifient.
Il n'est pas contesté en l'espèce que la résiliation a des conséquences pénibles pour la recourante, qui exploite dans les locaux loués un restaurant, et que la bailleresse n'est pas en mesure de réaliser dans l'immédiat son projet, faute de disposer des autorisations administratives nécessaires. Dans de telles circonstances, il se justifie d'accorder une prolongation du bail, en procédant à une pesée des intérêts et en tenant compte notamment des éléments mentionnés à l'art. 272 al. 2 CO.
S'agissant de locaux commerciaux, il est possible d'allouer, en une ou deux prolongations, un délai maximum de six ans (art. 272b al. 1 CO). Il est donc exclu d'accorder à la recourante - comme elle le demande - une première prolongation de six ans, puisque cette durée correspond au maximum possible, même si l'on procède par deux prolongations successives.
Pour déterminer la durée de la prolongation du bail, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation (ATF 135 III 123 consid. 2 p. 123 s.; 125 III 226 consid. 4b p. 230). Il doit donc se laisser guider par les règles de l'équité (art. 4 CC). Dans une telle situation, le juge du fait ne viole pas la règle de droit en faisant usage du pouvoir d'appréciation qu'elle lui accorde. Le Tribunal fédéral ne doit en principe pas substituer sa propre appréciation à celle du juge du fait. Il ne peut intervenir, en considérant la règle de droit comme violée, que si l'autorité a excédé les limites de son pouvoir d'appréciation (c'est-à-dire si elle a prononcé quelque chose que la norme ne permettait pas), si elle n'a pas respecté les critères prévus par la norme, si elle s'est laissé guider essentiellement par des considérations étrangères à la disposition applicable ou encore si elle est parvenue, en exerçant son pouvoir, à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (cf. ATF 133 III 201 consid. 5.4 p. 211; 132 III 758 consid. 3.3 p. 762).
En l'espèce, la cour cantonale a tenu compte du fait qu'il s'est écoulé un long délai entre le moment où la recourante a reçu la résiliation sur formule officielle du 1er mars 2007 et le moment où celle-ci devait prendre ses effets, à savoir le 1er octobre 2011. La prise en considération de cette circonstance est conforme à la jurisprudence (ATF 125 III 226 consid. 4c p. 230 s.). La recourante, qui n'avait aucune raison sérieuse d'espérer la nullité ou l'annulation du congé, a donc déjà disposé de plus de quatre ans pour essayer de trouver des locaux de remplacement. Qu'elle n'ait entrepris aucune démarche dans ce sens ne pouvait qu'inciter le juge à ne pas accorder une longue prolongation qui ne pourrait que pousser la recourante, dans l'immédiat, à persister dans son attitude passive, contrairement au but de la prolongation du bail. En accordant une prolongation de deux ans, la cour cantonale a tenu compte du fait que cela équivalait en pratique à la durée maximale de six ans. Que la recourante n'ait pas entièrement amorti ses investissements ne fait pas obstacle à cette décision, puisqu'elle ne pouvait espérer effectuer cet amortissement au-delà de l'échéance contractuelle. Il est d'autre part conforme à la loi (art. 272 al. 2 let. d CO) et à la jurisprudence (ATF 135 III 121 consid. 5 p. 125 s.) de tenir compte du besoin personnel de la bailleresse, propriétaire de l'immeuble, qui ne devrait pas être retardé dans la réalisation d'un projet de construction important, exigeant une planification stricte.
On ne saurait donc dire que la cour cantonale a abusé de son pouvoir d'appréciation en fixant la durée de la prolongation à deux ans. Sous cet angle également, il n'y a pas de violation du droit fédéral.
2.4.2 Il reste à se demander s'il doit s'agir d'une première prolongation (comme l'avait admis le Tribunal des baux) ou d'une unique prolongation (comme l'a retenu la cour cantonale).
Le juge du fait dispose également d'un large pouvoir d'appréciation pour déterminer s'il faut accorder une unique prolongation ou accorder une première prolongation qui réserve la possibilité, si le locataire a entrepris toutes les démarches que l'on pouvait attendre de lui (art. 272 al. 3 CO), d'octroyer une deuxième prolongation.
Procéder par deux prolongations successives - ce qui charge notablement l'appareil judiciaire - se justifie lorsqu'il existe une incertitude caractérisée sur la situation à la fin de la première période de prolongation (Peter Higi, Zürcher Kommentar, n°s 35 et 36 ad art. 272b CO; David Lachat, Le bail à loyer, 2008, chap. 10 n° 4.2). Le Tribunal fédéral a admis récemment la nécessité de procéder par cette voie dans un cas où un projet se heurtait à une vive résistance et qu'il y avait donc la plus grande incertitude sur le moment où l'autorisation d'ouvrir le chantier serait donnée (cf. ATF 135 III 121 consid. 5 p. 125 s.).
Dans le cas d'espèce, la cour cantonale a estimé qu'elle disposait d'éléments fiables pour savoir à partir de quel moment le chantier pourrait être ouvert, de sorte qu'il n'y a pas d'incertitude caractérisée et qu'une unique prolongation se justifie pour tenir compte de l'intérêt du bailleur à disposer d'une date certaine, afin de planifier l'exécution des travaux qu'il projette. Cette manière de raisonner n'est pas contraire au droit fédéral.
2.4.3 La recourante consacre l'entier de son recours à contester, dans les faits, la conviction de la cour cantonale quant au moment où le chantier pourra être ouvert.
C'est à tort qu'elle invoque dans ce contexte l'art. 8 CC, parce que cette disposition ne prescrit pas comment le juge doit apprécier les preuves (ATF 128 III 22 consid. 2d p. 25; 127 III 248 consid. 3a p. 253, 519 consid. 2a p. 522), ni quelles sont les mesures probatoires qui doivent être ordonnées (ATF 127 III 519 consid. 2a p. 522).
Elle se trompe également sur le rôle dévolu au Tribunal fédéral en sa qualité d'autorité judiciaire suprême de la Confédération (art. 188 al. 1 Cst.). En effet, le Tribunal fédéral est un juge du droit, et non du fait. Il ne lui appartient pas de procéder, comme le ferait une cour d'appel, à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits. L'art. 105 al. 1 LTF pose le principe qu'il statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. Son rôle est de contrôler l'application du droit fédéral sur la base d'un état de fait définitivement arrêté par l'autorité cantonale; le raisonnement juridique doit donc être mené sur la base des faits retenus dans la décision attaquée, dont ni le recourant ni le Tribunal fédéral ne peuvent s'écarter (ATF 129 IV 145 consid. 1b p. 148). La seule exception, en matière d'appréciation des preuves, est celle de l'arbitraire réservée par les art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF.
Il est possible que l'appréciation de la recourante soit juste quant à la durée prévisible de la procédure administrative, mais ce n'est pas la question qui peut être posée au Tribunal fédéral. Arrivé à ce stade, la seule question qui peut être examinée est de savoir si la conviction contraire de la cour cantonale peut être qualifiée d'arbitraire. Pour établir l'arbitraire dans l'appréciation des preuves, la partie recourante doit montrer, si possible en se référant de manière précise à des pièces du dossier, que le juge a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
En l'espèce, la cour cantonale a constaté que l'intimée est une école à succès et qu'elle a l'intention depuis de nombreuses années de réaliser ce projet d'extension; la recourante ne conteste pas ces faits et on doit donc admettre qu'il n'y a aucune raison de penser que l'intimée va renoncer à son projet. La cour cantonale a également retenu que l'entier du projet était déjà financé, ce que la recourante ne conteste pas; il n'y a donc aucune raison de penser que le projet sera paralysé par des difficultés économiques. L'autorité précédente a relevé que la procédure administrative avait été commencée en 2003 et qu'il n'y avait pas lieu de s'attendre à une résistance significative émanant de milieux politiques ou de voisins; il n'a pas été établi que le projet ne serait pas réalisable pour des raisons de droit administratif; la recourante ne conteste pas ces éléments et il peut donc être admis que les autorisations nécessaires seront acquises.
La divergence porte exclusivement sur la durée présumable de la procédure administrative.
La cour cantonale s'est fondée sur un témoignage, ce qui constitue en principe un moyen de preuve que l'autorité précédente pouvait librement apprécier. L'argumentation de la recourante est impropre à démontrer que ce témoin n'était pas crédible. Quoi qu'il en soit, la cour cantonale n'a pas suivi aveuglément ce témoin (qui parlait d'une mise à disposition des terrains à fin 2010), qui est assurément proche de l'intimée, puisqu'elle a accordé une prolongation du bail jusqu'au 1er octobre 2013, ajoutant ainsi, par prudence, environ deux ans à l'évaluation du témoin. La question pertinente est donc de savoir s'il est arbitraire de penser qu'une procédure entamée en 2003 devrait raisonnablement être achevée en octobre 2013.
La recourante décrit dans le détail la procédure administrative vaudoise, mais cette argumentation ne montre pas qu'il est impossible d'achever en 2013 une procédure entamée en 2003. Elle oppose sa propre évaluation de la durée probable à celle de la cour cantonale; cette manière de procéder est toutefois impropre à démontrer que l'opinion cantonale est insoutenable. La recourante soulève le problème de l'étude du trafic, mais la cour cantonale a retenu que cette question ne pouvait pas retarder la construction projetée en raison d'une autre voie d'accès; la recourante ne traite même pas de cet argument, de sorte qu'elle n'explique pas pourquoi l'opinion de la cour cantonale, selon laquelle cette question est sans pertinence, serait arbitraire.
En conclusion, on ne voit pas ce qui permettrait, dans l'argumentation de la recourante, de retenir que l'autorité cantonale a procédé de manière arbitraire à l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. Or, sur la base des faits constatés, il n'y a aucune violation du droit fédéral à accorder, compte tenu du temps déjà écoulé, une unique prolongation de deux ans, en procédant à une pesée des intérêts et en considérant comme primordial l'intérêt à ne pas retarder l'important projet de construction de la bailleresse, qui a acquis la parcelle afin de le réaliser.
Le recours doit donc être rejeté.
3. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 9'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 25 février 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget