Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête dirigée contre B._, C._, D._, E._ et autres pour blanchiment d'argent, faux dans les titres et les certificats et corruption d'agents étrangers, le Ministère public de la Confédération (MPC) a ordonné, le 9 juin 2011, le séquestre d'un compte bancaire détenu par A._ AG auprès de la banque X._ à Genève, qui présentait un solde de plus de 44 millions d'USD. B._ (administrateur de la fiduciaire A._ AG) est soupçonné d'avoir prêté son concours notamment à D._ pour fournir de fausses identités à des bénéficiaires de comptes, et d'avoir dissimulé en Suisse des fonds provenant d'escroqueries commises aux Etats-Unis.
B. Par arrêt du 12 octobre 2011, la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) a partiellement admis le recours formé par A._ AG contre la décision de séquestre. Deux versements suspects, de 4 et 6 millions d'USD, étaient parvenus sur le compte en mai et juin 2007, en provenance du compte de A._ Ltd dans une banque australienne qui aurait été alimenté par les avoirs illicites de D._. 500'000 USD avaient été versés en septembre 2007 en faveur de celui-ci, et B._ avait effectué, en mai 2007, un retrait suspect de 2'005'000 USD. A._ AG affirmait que ses fonds provenaient d'une opération de prêt, mais les pièces produites ne démontraient ni la réalité, ni la justification d'une telle opération. Contrairement à ce que soutenait la recourante, certains versements de D._ sur le compte de A._ Ltd étaient antérieurs aux transferts litigieux. L'identité de l'ayant droit économique du compte séquestré demeurait douteuse. En l'état de l'enquête, les soupçons d'une infraction préalable d'escroquerie aux Etats-Unis paraissaient suffisants. Rien ne justifiait toutefois le maintien du séquestre pour un montant supérieur aux deux versements de 4 et 6 millions d'USD, avec intérêts aux dates correspondantes. Les avoirs dépassant ces montants ont été libérés.
C. Par acte du 9 novembre 2011, A._ AG forme un recours en matière pénale par lequel elle demande de compléter l'état de fait, d'annuler l'arrêt de la Cour des plaintes et de lever le séquestre de son compte.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Le MPC conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. La recourante a répliqué.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contrainte. Les décisions relatives au séquestre d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (ATF 136 IV 92 consid. 2.2 p. 94).
1.1 La décision ordonnant un séquestre pénal constitue une décision incidente (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, car le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131).
1.2 La société recourante, titulaire du compte séquestré, a qualité pour agir au sens de l'art. 81 al. 1 LTF.
1.3 Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation et l'application des conditions posées par le droit fédéral pour les atteintes aux droits fondamentaux (art. 95 let. a LTF; cf. ATF 128 II 259 consid. 3.3 p. 269). La décision relative aux mesures de contrainte ne constitue pas une décision sur mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF. La limitation des griefs prévue par cette disposition, de même que le principe d'allégation au sens de l'art. 106 al. 2 LTF (qui va au-delà de l'obligation de motiver posée à l'art. 42 al. 2 LTF), ne s'appliquent donc pas. Cela vaut également pour le séquestre d'objets ou de valeurs patrimoniales (ATF 129 I 103 consid. 2 p. 105 ss). Dès lors que le sort des biens saisis n'est décidé définitivement qu'à l'issue de la procédure pénale, et dans la mesure où les conditions de l'art. 93 al. 1 LTF sont réunies pour statuer à propos d'une décision incidente, le Tribunal fédéral examine librement l'admissibilité de la mesure malgré son caractère provisoire compte tenu de la gravité de l'atteinte et afin d'assurer le respect des garanties de la CEDH (art. 36 et 190 Cst.; cf. ATF 131 I 333 consid. 4 p. 339; 425 consid. 6.1 p. 434 et les références). S'agissant en revanche de l'application de notions juridiques indéterminées, le Tribunal fédéral respecte la marge d'appréciation qui appartient aux autorités compétentes (cf. ATF 136 IV 97 consid. 4 p. 100 et les références).
2. Le séquestre pénal ordonné par une autorité d'instruction est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, le séquestre est fondé sur l'art. 263 CPP, disposition selon laquelle les objets et les valeurs patrimoniales appartenant au prévenu ou à des tiers peuvent être séquestrés notamment lorsqu'il est probable qu'ils devront être confisqués (let. d).
Une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets ou valeurs dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral (ATF 126 I 97 consid. 3d/aa p. 107 et les références citées). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
2.1 Invoquant l'art. 97 LTF, la recourante énonce une série d'allégués, dont certains ont d'ailleurs été retenus dans l'arrêt attaqué. Elle ne précise pas s'il s'agit de faits nouveaux, ou si ceux-ci ont été ignorés par la Cour des plaintes, ni, pour chacun d'entre eux, en quoi ils seraient déterminants pour l'issue de la cause. La recourante entend en réalité faire valoir sa propre version des faits, sans satisfaire aux exigences d'allégation qui découlent de l'art. 97 LTF. Telle qu'elle est présentée, cette argumentation est irrecevable.
2.2 La recourante se plaint ensuite d'arbitraire. Elle estime qu'après plus de deux ans d'enquête, la preuve de la provenance criminelle des fonds saisis devrait pouvoir être rapportée. Or, jusqu'à ce jour, il n'aurait pas été démontré que les fonds versés sur le compte bloqué proviendraient de D._. En se contentant de suppositions à ce sujet et en exigeant de la recourante la preuve du contraire, le TPF aurait violé la présomption d'innocence. Il y aurait par ailleurs arbitraire dans l'appréciation des preuves car, compte tenu des taux de change de l'époque, les 6'400'000 EUR et 900'000 USD versés sur le compte de A._ Ltd ne correspondraient pas aux 10'000'000 USD parvenus sur le compte séquestré. Enfin, le TPF aurait arbitrairement méconnu les explications de la recourante quant à la provenance des fonds.
2.3 La recourante méconnaît que selon les principes rappelés ci-dessus, le séquestre doit être maintenu quel que soit le stade de la procédure pénale, tant qu'il subsiste une possibilité de confiscation. Sur ce point, la présomption d'innocence n'est d'aucune aide à la recourante puisqu'il ne s'agit pas de s'interroger définitivement sur sa culpabilité, mais seulement sur une vraisemblance quand à la provenance délictueuse des fonds saisis. Or, en dépit des arguments à décharge présentés par la recourante, une telle vraisemblance subsiste. Comme le relève le TPF, les activités illicites reprochées à D._ (activités que la recourante ne remet pas en doute) auraient commencé en 2005; des montants de 6,4 millions d'euros et de 900'000 USD ont été transférés sur le compte de A._ Ltd entre juin et septembre 2006, à partir des comptes de D._. La recourante relève qu'il n'y a pas de correspondance stricte entre ces montants et les 10 millions d'USD parvenus sur son propre compte. Cela n'est pas déterminant: le TPF a lui-même relevé que la correspondance n'était qu'approximative, ce qui pourrait aisément s'expliquer s'il devait s'agir d'opérations de blanchiment. L'arrêt attaqué relève par ailleurs qu'il subsiste des doutes sur la véracité des indications concernant l'identité de l'ayant droit du compte. Ces considérations, propres à renforcer les soupçons de l'autorité d'instruction, ne sont pas critiquées par la recourante.
Celle-ci affirme encore, en se fondant sur certaines pièces, qu'elle aurait rendu vraisemblable l'existence d'un prêt important - sans rapport avec D._ - destiné à l'achat d'obligations australiennes. Comme cela est relevé ci-dessus, une simple vraisemblance de licéité est insuffisante à l'encontre d'une décision provisoire de séquestre. Comme l'a relevé la Cour des plaintes, seule l'instruction menée sur le fond permettra de confirmer ou d'infirmer les soupçons de l'autorité d'instruction, non seulement quant à l'existence d'un crime préalable mais aussi s'agissant de l'origine des fonds encore séquestrés.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Ire Cour des plaintes.
Lausanne, le 9 février 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz