Faits:
A. M._, alias N._, ressortissante étrangère, est entrée en Suisse le 11 novembre 2007 et y a déposé une demande d'asile. Par décision du 14 décembre 2007, l'Office fédéral des migrations a rejeté cette demande et lui a ordonné de quitter la Suisse dans un délai expirant le 8 février 2008. Le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours de l'intéressée contre cette décision, par jugement du 11 mars 2008.
Par décision du 18 février 2008, le Service de la population de l'Etat de Vaud (ci-après : SPOP) a alloué à M._ des prestations d'aide sociale sous la forme d'une aide d'urgence. Cette aide se limite à un hébergement dans un centre d'accueil géré par l'Etablissement vaudois d'accueil des migrants (ci-après : EVAM), à des prestations en nature ou en espèces et à des soins médicaux.
B. M._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal cantonal vaudois. Ce dernier a rejeté le recours par jugement du 11 mars 2009.
C. M._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation, sous suite de dépens. Elle demande également l'octroi de l'assistance judiciaire partielle pour la procédure devant le Tribunal fédéral, sous la forme d'une dispense de l'obligation d'avancer les frais de justice.
Considérant en droit:
1. 1.1 Aux termes de l'art. 42 al. 1 LTF, les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. S'il s'agit d'un recours, les conclusions doivent indiquer sur quels points le jugement entrepris est attaqué et quelles sont les modifications demandées. Elles doivent permettre au Tribunal fédéral de comprendre clairement ce que veut obtenir le recourant. A défaut, le recours est d'emblée irrecevable, sans qu'il y ait lieu d'impartir un délai pour le compléter (FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire de la LTF, 2009, nos 14, 18 et 20 ad art. 42; LAURENT MERZ, in Commentaire bâlois, Bundesgerichtsgesetz, 2008, nos 20 et 22 ad art. 42). Afin d'éviter tout formalisme excessif, le Tribunal fédéral doit cependant replacer les conclusions dans leur contexte et les interpréter à la lumière du mémoire de recours dans son ensemble, en particulier en tenant compte de sa motivation (cf. ATF 118 Ib 134 consid. 2 p. 135; AUBRY GIRARDIN, loc. cit.; MERZ, op. cit., no 18 ad art. 42).
Des conclusions uniquement constatatoires sont en principe irrecevables, faute d'intérêt digne de protection au recours, lorsque le recourant peut obtenir en sa faveur un jugement condamnatoire ou formateur; en ce sens, le droit d'obtenir un jugement en constatation de droit est subsidiaire (cf. ATF 132 V 18 consid. 2.1 p. 19; 129 V 289 consid. 2.1 p. 290; 125 V 21 consid. 1b p. 24). Dans le contexte de l'aide d'urgence, cependant, une constatation d'une violation de droits fondamentaux en raison des conditions de vie concrètes dans un centre d'hébergement peut en principe être obtenue conformément à la procédure prévue, dans le canton de Vaud, par les art. 72 ss de la loi sur l'aide aux requérants d'asile et à certaines catégories d'étrangers, du 7 mars 2006 (LARA, RSV 142.21; cf. ATF 133 I 49 consid. 3.2 p. 55 ss; 128 II 156 consid. 4a p. 154; ATF 8C_681/2008 du 20 mars 2009 consid. 8.2).
2. La recourante conclut formellement à l'annulation du jugement entrepris, ce qui ne permet pas de déterminer ce qu'elle entend obtenir en lieu et place de ce jugement. A première vue, le mémoire de recours donne l'impression que la recourante recherche uniquement la constatation, par le Tribunal fédéral, d'une violation de l'art. 5 CEDH par les instances précédentes. Il est douteux qu'une telle conclusion soit recevable, compte tenu du caractère en principe subsidiaire du droit d'obtenir un jugement en constatation de droit. La question doit toutefois demeurer indécise. En effet, on peut tout de même déduire de l'ensemble du mémoire de recours, interprété relativement largement et replacé dans le contexte de la procédure menée devant les premiers juges, que la recourante entend, en réalité, obtenir que l'intimé soit condamné à lui allouer des prestations d'assistance plus étendues que celles qui lui ont été reconnues; plus exactement, elle souhaite que ces prestations soient fixées d'après les mêmes normes que celles applicables aux personnes dont la demande d'asile n'a pas fait l'objet d'une décision de refus ou de non-entrée en matière. Il convient d'interpréter dans ce sens les conclusions de la recourante et d'entrer en matière sur son recours.
3. La recourante invoque une violation de l'art. 5 CEDH. En substance, elle soutient qu'en limitant à une aide d'urgence en nature les prestations d'assistance qui lui sont allouées, l'intimé lui applique en réalité une mesure de contrainte équivalant à une privation de liberté, en vue de l'inciter à quitter la Suisse. La disposition invoquée admet qu'une personne peut être privée de liberté, mais à des conditions qui, toujours d'après la recourante, ne sont pas remplies en l'espèce. En particulier, aucune procédure d'expulsion ou d'extradition n'est en cours au sens de l'art. 5 § 1 let. f CEDH; en outre, le droit de la recourante à ce qu'un tribunal statue à bref délai sur la mesure privative de liberté (cf. art. 5 § 4 CEDH), ainsi que son droit à un recours effectif pour se plaindre d'une violation de l'art. 5 CEDH, garanti par l'art. 13 CEDH, ont été violés.
4. L'art. 5 § 1 CEDH prévoit que
« toute personne a droit à la liberté et à la sûreté. Nul ne peut être privé de sa liberté, sauf dans les cas suivants et selon les voies légales :
[...]
f. s'il s'agit de l'arrestation ou de la détention régulière d'une personne pour l'empêcher de pénétrer irrégulièrement dans le territoire, ou contre laquelle une procédure d'expulsion ou d'extradition est en cours. »
L'art. 5 § 4 CEDH prévoit, par ailleurs, que
« toute personne privée de sa liberté par arrestation ou détention a le droit d'introduire un recours devant un tribunal afin qu'il statue à bref délai sur la légalité de sa détention et ordonne sa libération si la détention est illégale. »
Enfin, l'art. 13 CEDH prévoit le droit à un recours effectif devant une instance nationale pour toute personne dont les droits et libertés reconnus dans la Convention ont été violés.
5. 5.1 En instance cantonale, la recourante a soutenu, pour la première fois, qu'elle était victime d'une atteinte à la liberté pouvant tomber dans le champ d'application de l'art. 5 CEDH, dans une détermination adressée le 24 février 2009 au Tribunal cantonal, soit un peu moins de 11 mois après le dépôt de son recours. Les premiers juges ont statué le 11 mars 2009. Il est douteux, dans ces circonstances, que le délai qu'ils ont mis à statuer puisse constituer une violation de l'art. 5 § 4 CEDH, à supposer que cette disposition soit applicable en l'espèce. Quoi qu'il en soit, celle-ci n'est, précisément, pas applicable aux mesures contestées par la recourante, comme on le verra ci-après (consid. 5.3.3); la question du respect du délai pour statuer au sens de l'art. 5 § 4 CEDH ne se pose donc pas en l'espèce, pas plus d'ailleurs que celle d'une violation de l'art. 13 CEDH, en relation avec l'art. 5 CEDH.
5.2 En ce qui concerne les conditions dans lesquelles l'aide d'urgence est allouée à la recourante - et dont elle déduit une violation de l'art. 5 CEDH -, le jugement entrepris contient pour seules constatations de fait : « hébergement au centre de l'Etablissement vaudois d'accueil des migrants [...]; prestations en nature ou en espèce, conformément au Guide d'assistance de l'EVAM; soins médicaux dans le cadre de l'aide d'urgence ». Force est de reconnaître que de telles constatations sont insuffisantes, quand bien même la recourante ne soulève pas expressément le grief de constatations manifestement inexactes ou effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 LTF). La correction du vice n'est toutefois pas nécessaire, dès lors qu'elle ne serait pas de nature à influer sur le sort de la cause. En effet, même si les allégations de la recourante étaient tenues pour établies, le grief de violation de l'art. 5 CEDH serait mal fondé, pour les motifs exposés ci-après.
5.2 En ce qui concerne les conditions dans lesquelles l'aide d'urgence est allouée à la recourante - et dont elle déduit une violation de l'art. 5 CEDH -, le jugement entrepris contient pour seules constatations de fait : « hébergement au centre de l'Etablissement vaudois d'accueil des migrants [...]; prestations en nature ou en espèce, conformément au Guide d'assistance de l'EVAM; soins médicaux dans le cadre de l'aide d'urgence ». Force est de reconnaître que de telles constatations sont insuffisantes, quand bien même la recourante ne soulève pas expressément le grief de constatations manifestement inexactes ou effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 LTF). La correction du vice n'est toutefois pas nécessaire, dès lors qu'elle ne serait pas de nature à influer sur le sort de la cause. En effet, même si les allégations de la recourante étaient tenues pour établies, le grief de violation de l'art. 5 CEDH serait mal fondé, pour les motifs exposés ci-après.
5.3 5.3.1 D'après ses allégations, la recourante est « assignée » à un centre d'hébergement collectif, dans lequel elle dispose d'un dortoir commun, avec deux autres femmes. Celui-ci est sommairement meublé, avec une douche et des toilettes dans une petite pièce, dans la chambre même. Les repas sont servis en nature aux heures fixées par l'autorité. Avant le repas, il faut prendre un badge auprès d'un agent de sécurité qui contrôle le droit aux prestations. Le centre est surveillé nuit et jour par des agents de sécurité en uniforme qui exercent une fonction de police. Ils contrôlent les entrées et les sorties, et procèdent à une fouille à chaque entrée. Les visites sont interdites dans le centre. Pour le surplus, l'aide d'urgence comprend uniquement quelques articles d'hygiène, des bons pour des vêtements d'occasion et un bon de 10 francs pour des achats à Y._, chaque quinzaine. Le centre est bruyant, peu accueillant, et les personnes hébergées y sont tolérées à dormir et à prendre les repas, mais ne sont pas censées y installer un « chez soi ».
5.3.2 Une privation de liberté, au sens de l'art. 5 § 1 CEDH, implique que la personne concernée soit retenue contre sa volonté dans un espace limité pendant un minimum de temps. Elle se distingue d'une simple restriction de la liberté de circuler - qui n'entre pas dans le champ d'application de l'art. 5 § 1 CEDH - par l'intensité de l'atteinte. Pour opérer cette distinction, il faut partir de la situation concrète et prendre en considération un ensemble de critères tels que le genre, la durée, les effets et les modalités d'exécution de la mesure contestée (ATF 134 I 140 consid. 3.2 p. 143; 123 II 193 consid. 3b p. 197; arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme Engel et autres contre Pays-Bas du 8 juin 1976, Série A no 22 § 58, Guzzardi contre Italie du 6 novembre 1980, Série A no 39 § 92, Amuur contre France du 25 juin 1996, Recueil CourEDH1996-III p. 846 § 42). Constituent typiquement une privation de liberté relevant du champ d'application de l'art. 5 CEDH une peine d'emprisonnement dans un établissement pénitencier, une détention provisoire pendant une procédure d'instruction pénale, ou encore une détention administrative en vue du refoulement d'un étranger en situation irrégulière. Constitue également une telle mesure le confinement dans une zone de transit d'un aéroport, quand bien même l'intéressé demeure libre de quitter cette zone s'il décide de repartir de son propre chef vers son pays d'origine (cf. ATF 123 II 193 précité, consid. 3c et consid. 4 p. 197 ss; arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme Amuur contre France précité § 49). Ne constitue pas, en revanche, une privation de liberté au sens de l'art. 5 CEDH une interdiction de périmètre et de communiquer avec une personne déterminée, à titre de mesure de protection d'un tiers contre des violences domestiques (ATF 134 I 140 précité, consid. 3.3 p. 144).
5.3.3 Les allégations de la recourante, en admettant qu'elle soient établies, ne démontrent pas que sa liberté de circulation serait entravée au point que la situation relèverait de l'art. 5 CEDH. Il est vrai que la recourante est dépendante dans une large mesure de l'aide d'urgence que lui fournissent les autorités, de sorte qu'elle n'a guère le choix de se présenter régulièrement ou non pour obtenir le renouvellement de cette aide, ni de se conformer ou non au règlement du centre d'hébergement collectif dans lequel une place lui a été attribuée. Comme déjà exposé dans l'ATF 8C_681/2008 (consid. 8.2) précité, la recourante se trouve, par rapport à l'autorité, dans un rapport particulier de dépendance en raison de l'illégalité de son séjour en Suisse. Ce rapport de dépendance lui confère le droit d'obtenir de l'aide, conformément à l'art. 12 Cst., mais implique également qu'elle se soumette à certaines contraintes pouvant limiter sa liberté, à tout le moins tant que celles-ci restent dans des limites acceptables et ne constituent pas une atteinte grave à ses droits fondamentaux. En l'occurrence, les contraintes auxquelles la recourante est soumise n'entravent sa liberté de circulation que dans une mesure limitée; en particulier, l'« assignation » à un centre d'hébergement ne signifie pas que la recourante ne serait pas libre de se déplacer dans et hors de ce centre lorsqu'elle le souhaite. A défaut d'intensité suffisante, l'entrave alléguée à la liberté de circulation de la recourante ne correspond donc pas à une privation de liberté au sens de l'art. 5 CEDH. Par ailleurs, en instance fédérale, la recourante ne soutient plus, ou en tout cas pas de manière suffisamment motivée, que les autorités précédentes auraient violé d'autres droits fondamentaux, de sorte qu'il n'y pas lieu de se prononcer sur ce point (art. 106 al. 2 LTF).
6. La recourante voit ses conclusions rejetées, de sorte qu'elle ne peut pas prétendre de dépens à la charge de l'intimé (art. 68 al. 1 LTF). Il convient par ailleurs de renoncer à la perception de frais judiciaires (art. 66 al. 1, 2ème phrase, LTF), ce qui rend sans objet la demande d'assistance judiciaire déposée par la recourante.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal vaudois.
Lucerne, le 28 juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Ursprung Métral