Faits:
A. Le 31 janvier 2008, X._ SA a fait notifier à Y._ SNC un commandement de payer la somme de 26'747 fr. 60, plus intérêt à 5% dès le 31 octobre 2007. Le 11 juin 2008, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition formée par la poursuivie.
La société poursuivie a été radiée du registre du commerce le 6 octobre 2008, à la suite de sa dissolution et de sa liquidation.
B. A la requête de la société poursuivante, l'Office des poursuites de Genève a notifié le 3 novembre 2008 une commination de faillite à la poursuivie.
Statuant sur plainte formée le 5 novembre 2008 par celle-ci, la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève a, par décision du 11 décembre 2008, constaté la nullité de la commination de faillite.
C. La poursuivante interjette le 22 décembre 2008 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation et "au rétablissement dans tous ses droits et toutes ses contraintes de la commination de faillite découlant de la poursuite No xxxx".
La poursuivie et l'Office des poursuites de Genève ne se sont pas déterminés dans le délai qui leur a été imparti à cet effet. L'autorité cantonale se réfère aux considérants de sa décision.
Considérant en droit:
1. 1.1 La décision attaquée est une décision en matière de poursuite pour dettes et de faillite rendue par une autorité cantonale de surveillance, sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF), indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). Prise par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), elle est aussi finale au sens de l'art. 90 LTF (ATF 133 III 350 consid. 1.2 p. 351). La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, a un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (art. 76 al. 1 LTF). Interjeté en temps utile (art. 100 al. 2 let. a LTF), le présent recours est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2 p. 550). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 133 IV 150 consid. 1.2 p. 152).
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2. 2.1 L'autorité cantonale a estimé que l'intimée n'est plus sujette à la poursuite par voie de faillite, dès lors qu'elle a été radiée du registre du commerce - radiation dont il ne lui appartenait pas de contrôler si elle était justifiée -, à la suite de sa dissolution et de sa liquidation. S'agissant des personnes morales ou quasi-morales, l'art. 40 LP ne trouve application que si la radiation n'a pas entraîné la perte de la personnalité juridique et/ou la capacité d'être sujet d'une poursuite. En ce qui concerne la société en nom collectif, les juges précédents ont considéré qu'elle ne peut plus faire l'objet de poursuites à l'issue de sa liquidation et de sa radiation, celle-ci supposant que celle-là soit terminée (art. 589 CO). La radiation de la raison sociale de la société en nom collectif n'ayant pas pour effet de mettre fin à son existence, elle ne cesse d'exister que lorsque sa liquidation est terminée et il n'en est pas ainsi tant qu'elle possède des actifs encore non partagés. Si les personnes ayant qualité pour faire radier la société ont déclaré au préposé que la liquidation était terminée, qu'en vertu de cette déclaration la société a été radiée (cf. art. 42 al. 4 et 5 ORC) et qu'il se révèle plus tard qu'en réalité tel n'était pas le cas, la radiation a été opérée à tort; tout intéressé peut alors demander la réinscription de la société (cf. art. 164 al. 2 ORC).
2.2 La recourante soutient que l'autorité cantonale a considéré à tort que l'intimée n'est plus sujette à la poursuite par voie de faillite, car sa radiation était intervenue nonobstant la reconnaissance de l'existence de sa créance par le Tribunal de première instance de Genève, qui avait prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition; l'intimée n'a pas recouru contre cette décision, elle admettait donc de facto l'existence de cette dette. En outre, la recourante fait grief à l'autorité précédente d'avoir traité le courrier de l'intimée du 5 novembre 2008 comme une plainte au sens de l'art. 17 LP. Elle se bornait dans sa lettre à contester sa qualité de débitrice; or, celle-ci avait été constatée par le prononcé de mainlevée rendu par le Tribunal de première instance. Partant, la commission de surveillance aurait dû refuser d'entrer en matière.
3. Aux termes de l'art. 40 LP, les personnes qui étaient inscrites au registre du commerce et qui en ont été rayées demeurent sujettes à la poursuite par voie de faillite durant les six mois qui suivent la publication de leur radiation dans la Feuille officielle suisse du commerce (al. 1); la poursuite se continue par voie de faillite lorsque, avant l'expiration de ce délai, le créancier a requis la continuation de la poursuite ou l'établissement du commandement de payer dans le cas d'une poursuite pour effets de change (al. 2).
3.1 Selon la jurisprudence, l'art. 40 LP ne s'applique pas aux personnes morales pour lesquelles l'inscription au registre du commerce est constitutive et qui perdent leur personnalité juridique par leur radiation. La société commerciale ne doit toutefois pas être radiée avant la fin de sa liquidation et celle-ci n'est pas terminée tant que des tiers ont des prétentions contre la société; les créanciers peuvent donc obtenir la réinscription d'une société radiée s'ils rendent leur créance vraisemblable et établissent qu'ils ont un intérêt à la réinscription (ATF 87 I 301 p. 303; 64 II 150 consid. 1 p. 151).
3.2 L'art. 40 LP s'applique-t-il à la société en nom collectif, qui n'a pas la personnalité juridique (ATF 134 III 643 consid. 5.1 p. 647; VULLIÉTY, in Commentaire romand, Code des obligations II, 2008, n° 3 ad art. 552 CO)?
3.2.1 L'inscription de la société en nom collectif au registre du commerce est obligatoire si celle-ci exerce une activité commerciale, mais elle n'est que déclarative (art. 552 al. 1 et 2 et 553 CO; ATF 134 III 643 consid. 5 p. 647 et les références).
La radiation de la société en nom collectif du registre du commerce suppose qu'elle soit dissoute (art. 574 s. CO) et que sa liquidation soit terminée (art. 589 in initio CO). La radiation de la société ne doit donc être requise qu'après la fin de la liquidation, à savoir lorsque toutes les dettes ont été payées ou reprises et que tous les actifs sont partagés (ATF 81 II 358 consid. 1 p. 361; STAEHELIN, in Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 3e éd. 2008, n° 1 ad art. 589 CO). Selon la jurisprudence, la radiation n'a toutefois qu'un effet déclaratif; malgré sa radiation, la société en nom collectif continue d'exister aussi longtemps que, dans les faits, la liquidation n'est pas terminée, à savoir tant qu'il subsiste un actif ou un passif social non partagé. Elle continue d'être partie en justice, nonobstant sa radiation, et de nouveaux procès peuvent être engagés pour ou contre elle (ATF 81 II 358 consid. 1 p.361; 59 II 53 consid. 1 p. 58, VULLIÉTY, op. cit., n° 5-6 ad art. 589 CO).
3.2.2 Les auteurs admettent tous que la radiation de la société en nom collectif est déclarative et que celle-ci continue d'exister tant que sa liquidation n'est effectivement pas terminée. Ils ne semblent en revanche pas unanimes en ce qui concerne sa capacité à être poursuivie lorsqu'elle a été radiée. Certains semblent d'avis que l'art. 40 LP ne s'applique pas à la société en nom collectif radiée si celle-ci n'a plus de patrimoine social (RIGOT, in Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, n° 3 ad art. 40 LP et les références; STAEHELIN, op. cit., n° 4 ad art. 589 CO; JENT-SORENSEN, in Kurzkommentar zum Schuldbetreibungs- und Konkursgesetz, 2009, n° 3 ad art. 40 LP; cf. aussi l'arrêt de l'autorité de surveillance du canton de Bâle-Campagne, BlSchKG 2000 p. 175). D'autres semblent admettre, au contraire, que la société en nom collectif radiée demeure toujours sujette à la poursuite par voie de faillite pendant six mois à compter de sa radiation, conformément à l'art. 40 al. 1 LP (VULLIÉTY, op. cit., n° 6 et 8 ad art. 589 CO; ACOCELLA, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, Bd I, 1998, n° 7 ad art. 40 LP; JAEGER, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. 1, 1920, n° 1 ad art. 40 LP; JAEGER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. I, 4 éd. 1997, n° 3 ad art. 40 LP). En outre, dans la mesure où certains auteurs se réfèrent, expressément ou implicitement, à d'anciennes dispositions légales abrogées ou à d'anciens arrêts rendus en application de celles-ci, il existe une certaine confusion quant au point de départ du délai de six mois; pour certains, il s'agit du moment de la publication de la radiation de la société (art. 40 al. 1 LP), alors que, pour d'autres, il s'agit du moment de l'inscription de l'achèvement de la liquidation (JAEGER, op. cit., n° 1 ad art. 40 LP; JAEGER/KULL/KOTTMANN, op. cit., n° 3 ad art. 40 LP). Sous l'empire des dispositions actuelles du code des obligations et de l'ordonnance sur le registre du commerce, le délai ne peut toutefois courir que dès la publication de la radiation.
3.2.3 En vertu de l'art. 589 CO, seule la société liquidée doit être radiée: toutes les dettes doivent avoir été payées ou reprises et tous les actifs doivent avoir été partagés avant qu'il ne soit procédé à la radiation. Comme le relèvent JAEGER et ACOCELLA, la radiation de la société par suite de liquidation dépend toutefois de la volonté des liquidateurs et, contrairement à la liquidation opérée dans le cadre d'une procédure d'exécution forcée, les créanciers n'ont aucune garantie que la liquidation et par suite la radiation correspondent bien à la réalité (JAEGER, op. cit., n° 1 ad art. 40 LP; ACOCELLA, op. cit., n° 7 ad art. 40 LP). La possibilité pour les créanciers de requérir la continuation de la poursuite par voie de faillite pendant six mois à compter de la publication de la radiation, conformément à l'art. 40 LP, a pour but de leur permettre de se défendre efficacement contre une répartition frauduleuse du patrimoine social. Dès lors, si des tiers ont encore des prétentions contre la société radiée, celle-ci doit pouvoir être poursuivie pendant six mois encore. Le fait que le créancier ait le droit de poursuivre chaque associé personnellement pour une dette sociale dès que la société est dissoute (art. 568 al. 3 CO) ne saurait l'empêcher de continuer la poursuite contre la société elle-même en vertu de l'art. 40 LP (JAEGER, op. cit, n° 1 ad art. 40 LP).
Le préposé à l'office des poursuites n'a donc pas à examiner si la radiation est justifiée ou non (ATF 120 III 4 consid. 4 p. 6); il vérifie seulement si la société en nom collectif a été radiée il y a moins de six mois.
3.3 En l'espèce, la réquisition formée le 27 octobre 2008 par la recourante tendant à la continuation de la poursuite par voie de faillite est admissible puisqu'elle intervient dans les six mois dès la publication de la radiation, celle-ci datant du 6 octobre précédent.
4. Vu ce qui précède, le recours doit être admis et la décision de l'autorité cantonale réformée en ce sens que la commination de faillite a été valablement notifiée à l'intimée. L'intimée, qui succombe, supportera les frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à la recourante, qui n'est pas assistée d'un mandataire professionnel (art. 68 al. 1 et 2 LTF; ATF 133 III 439 consid. 4 p. 446).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision attaquée est réformée en ce sens que la commination de faillite notifiée le 3 novembre 2008 à l'intimée, dans la poursuite n° xxxx, est valable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office des poursuites de Genève et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 23 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet