Erwägungen:
1. Mit Eingabe vom 17. Juni 2009 führt die X._ AG Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 28. April 2009 (eröffnet am 18. Mai 2009) betreffend die Kantonssteuern und die direkte Bundessteuer der Jahre 2003 bis 2005. Die Beschwerdeführerin beantragt, "die Steuerveranlagungen der Jahre 2003, 2004 und 2005 (seien) aufgrund der eingereichten drei Steuerveranlagungen (richtig wohl: Steuererklärungen) und der beiligenden Begründungen für die einzelnen Jahre vorzunehmen, sei es durch das Bundesgericht selbst oder durch Rückweisung an die Steuerverwaltung des Kantons Zug zur entsprechenden Vornahme der drei vorerwähnten Veranlagungen". Zur Begründung führt sie aus:
"Wir sind mit der nur teilweisen Gutheissung unserer Anträge durch das Verwaltungsgericht des Kantons Zug nicht einverstanden. Aufgrund der grösstenteils abschlägigen Begründung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug erhalten Sie nebst unseren bisherigen Begründungen, an denen wir festhalten, noch zusätzlich diejenigen Belege und Unterlagen in der vom Verwaltungsgericht erwähnten beweiskräftigen Form. Damit sind die vom Verwaltungsgericht festgestellten Mängel betreffend 'fehlender' oder 'ungenügender' Belege zu den einzelnen Aufrechnungen bzw. den Nichtanerkennungen einzelner Positionen als geschäftsmässig begründeter Aufwand beseitigt. Dadurch können die Steuerveranlagungen im Sinne der eingereichten Steuererklärungen vorgenommen werden."
Akten und Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Beschwerde u.a. die Begehren und deren Begründung zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Auf Beschwerden, die nicht hinreichend begründet sind, wird nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
Die vorliegende Beschwerde enthält wohl einen Antrag, wie zu entscheiden sei, jedoch keine Begründung, inwiefern der Entscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts das Recht verletzt. Die Beschwerdeführerin weist zwar darauf hin, dass die strittigen Aufwendungen geschäftsmässig begründet seien. Inwiefern das der Fall ist und weshalb der angefochtene Entscheid falsch sein soll, legt sie jedoch nicht dar. Sie verweist auf "unsere bisherigen Begründungen" bzw. die "Begründung und Belege" zu den einzelnen Steuerjahren. Ein Verweis auf Eingaben an die Vorinstanz kann zwar zulässig sein. Es muss indessen auch in diesem Fall aus der Beschwerdebegründung selbst zumindest ersichtlich sein, was die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht verlangt und auf welche Tatsachen sie sich beruft. Eine entsprechende Praxis bestand bereits zum Bundesgerichtsgesetz (OG) vom 16. Dezember 1943 (BGE 101 V 127 mit Hinweisen, ferner 113 Ib 287; 126 III 198 E. 1d; 123 V 335). Sie gilt nunmehr auch für das BGG (BGE 134 I 303 E. 1.3; vgl. Laurent Merz, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz 2008, N. 56 zu Art. 42 BGG mit weiteren Hinweisen). Eine bloss globale Verweisung wie im vorliegenden Fall wird diesen Anforderungen daher nicht gerecht. Es lässt sich daraus nicht entnehmen, in welchem Umfang und inwiefern die Beschwerdeführerin die Erwägungen im angefochtenen Entscheid, in deren Rahmen die Vorinstanz zu ihren Argumenten Stellung genommen hat, als unrichtig erachtet. Daran vermögen auch die von der Beschwerdeführerin in Aussicht gestellten "Begründung(en) und Belege" zu den einzelnen Steuerjahren, die sie noch nachreichen will, nichts zu ändern, weil Antrag und Begründung als Prozessvoraussetzungen innerhalb der Beschwerdefrist vorliegen müssen. Abgesehen davon können neue Beweismittel im bundesgerichtlichen Verfahren ohnehin nicht vorgebracht werden (Art. 99 Abs. 1 BGG).
3. Die Beschwerde erlaubt es mithin nicht, den angefochtenen Entscheid angemessen auf Rechtsverletzungen hin zu prüfen. Die Beschwerde ist offensichtlich unzulässig und im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 BGG mit kurzer Angabe des Nichteintretensgrundes zu erledigen.
Da auf das Rechtsmittel nicht eingetreten werden kann, sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Zug, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann