Fatti:
A. Mediante scritto del 3 giugno 2008, la B._ annunciava alla Mobiliare Svizzera Società d'assicurazioni, assicuratore LAINF, un episodio occorso al proprio dipendente C._, impiegato di vendita, nato nel 1975. L'annuncio precisava che in data 21 aprile 2008, sollevando delle scatole pesanti, l'interessato sentiva un crac ed un forte dolore alla spalla sinistra.
Esperiti i propri accertamenti, la Mobiliare, con decisione del 21 ottobre 2008, ha negato un proprio obbligo contributivo in relazione all'episodio in parola ritenendo carenti i presupposti per ammettere l'esistenza di un infortunio o comunque di una lesione corporale parificabile ai postumi d'infortunio.
Rilevando l'incompletezza del proprio incarto, l'assicurato ha tramite la DAS Protezione Giuridica SA presentato il 21 novembre 2008 un'opposizione cautelativa con cui chiedeva la visione degli atti nonché l'assegnazione di un termine per poter se del caso motivare l'opposizione oppure ritirarla. Il 15 dicembre 2008 l'interessato ha ribadito le sue richieste.
Con atto del 19 gennaio 2009, la Mobiliare ha deciso di non entrare nel merito dell'opposizione e di non assegnare un termine per motivarla, ritenendo che la DAS, autorizzata a rappresentare l'assicurato sulla base di una procura rilasciatale il 25 luglio 2008, disponesse di tutto il tempo necessario per chiedere di consultare gli atti e di poter esaminarli al fine di interporre un'opposizione debitamente motivata entro la scadenza del relativo termine.
B. Avverso questo provvedimento, C._, sempre patrocinato dalla DAS, si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, con pronuncia del 20 aprile 2009, nella misura in cui lo ha ritenuto ricevibile, ha respinto il gravame e confermato l'operato dell'assicuratore infortuni.
C. Ancora assistito dalla DAS, C._ interpone un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, in via principale chiede, in accoglimento del gravame, l'annullamento del giudizio cantonale e il rinvio degli atti all'autorità di prima istanza affinché, entrando nel merito dell'opposizione, statuisca che l'evento del 21 aprile 2008 sia da ritenersi un infortunio ai sensi di legge e faccia ordine alla Mobiliare di assumere tutte le prestazioni di cura nell'ambito dell'assicurazione obbligatoria contro gli infortuni. In via subordinata postula l'annullamento del giudizio impugnato e la retrocessione della causa all'assicuratore infortuni per la concessione di un termine per motivare l'opposizione, l'allestimento degli ulteriori accertamenti medici del caso e la resa di una nuova decisione su opposizione, sempre con protesta di spese e ripetibili.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. ll ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, come in concreto, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (art. 97 cpv. 2 LTF); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 3 LTF). Per il resto, di regola il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF; cfr. tuttavia l'eccezione di cui al cpv. 2) e non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore.
2. Oggetto del contendere è unicamente la questione di sapere se a ragione o a torto l'assicuratore opponente non sia entrato nel merito dell'opposizione cautelativa interposta dall'assicurato in data 21 novembre 2008, rifiutandogli l'assegnazione di un termine per visionare l'inserto e motivare l'opposizione. Ogni altra richiesta dell'interessato è improponibile.
3. Nei considerandi del querelato giudizio il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha già esattamente esposto il disciplinamento applicabile alla fattispecie. Come ricordato dal primo giudice, giusta l'art. 52 cpv. 1 prima frase LPGA, le decisioni possono essere impugnate entro trenta giorni facendo opposizione presso il servizio che le ha notificate. Facendo uso della delega concessagli dall'art. 81 LPGA, il Consiglio federale ha emanato agli art. 10-12 OPGA delle disposizioni di dettaglio riguardanti forma e contenuto della procedura di opposizione. Per l'art. 10 cpv. 1 OPGA l'opposizione deve contenere una conclusione e una motivazione. Se l'opposizione non soddisfa i requisiti di cui al capoverso 1, l'assicuratore assegna un congruo termine per rimediarvi, con la comminatoria che in caso contrario non si entrerà nel merito (art. 10 cpv. 5 OPGA).
L'istanza precedente ha quindi compiutamente esposto la giurisprudenza disciplinante la materia. Basta pertanto qui ribadire come soltanto l'esistenza di un abuso di diritto possa giustificare la rinuncia alla fissazione di un termine supplementare per sanare il vizio di un ricorso non o insufficientemente motivato. A questo proposito, la giurisprudenza ha precisato che la concessione di un termine supplementare non comporta un abuso di diritto qualora una motivazione sufficiente del ricorso non sia possibile senza conoscere gli atti, la parte priva di cognizioni giuridiche e non in possesso degli atti designi in buona fede un rappresentante legale poco prima della scadenza del termine di ricorso e non sia possibile una trasmissione degli atti a quest'ultimo ancora prima della scadenza di questo termine (DTF 134 V 162 consid. 5.2 pag. 168). Come giustamente rilevato dal primo giudice, questa giurisprudenza, resa dal Tribunale federale in relazione a ricorsi di prima istanza, si applica pure ai casi di opposizione (cfr. sentenza I 25/06 del 27 marzo 2007, consid. 4.2).
4. Alla luce di quanto precede, la Corte cantonale ha ritenuto che l'insorgente non avesse validi motivi per attendere il 21 novembre 2008, ossia l'ultimo giorno utile per contestare la decisione negativa del 21 ottobre 2008, prima di interporre un'opposizione cautelativa e richiedere la concessione di un termine per prendere visione degli atti, come pure per motivare l'opposizione. Secondo il primo giudice, la patrocinatrice dell'insorgente, cui la citata decisione è stata notificata il 22 ottobre 2008, avrebbe dovuto richiedere l'incarto completo all'assicuratore LAINF ben prima della scadenza del termine di trenta giorni di cui all'art. 52 cpv. 1 LPGA. Inoltre, sempre secondo il giudice cantonale, la patrocinatrice dell'interessato, visto che aveva assunto il mandato di rappresentanza già nel mese di luglio 2008 e che era al corrente della fattispecie controversa, come lo dimostra lo scritto indirizzato alla Mobiliare il 30 luglio 2008, avrebbe comunque potuto motivare in modo sufficiente l'opposizione avverso la decisione del 21 ottobre 2008 fondandosi sulla documentazione a sua disposizione. In un secondo tempo, la DAS avrebbe poi potuto inoltrare un atto complementare. Il giudice cantonale ha di conseguenza concluso che l'attesa dell'ultimo giorno utile per interporre opposizione cautelativa con richiesta di un termine per motivare la medesima dopo aver preso visione degli atti in possesso dell'assicuratore LAINF si rivelava, nel caso di specie, abusiva.
5. Il Tribunale federale non può che aderire alle conclusioni del primo giudice. Egli a giusta ragione ha tutelato la decisione di non entrata nel merito della Mobiliare, le censure formulate nel gravame dell'assicurato non permettendo di pervenire a diversa soluzione. Ne segue che il ricorso dev'essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono dunque poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.