Sachverhalt:
A.
A.a. A._, geboren 1962, arbeitet seit 1. Juli 1988 in Betrieben des Eidg. Departementes für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS), gemäss öffentlich-rechtlichem Arbeitsvertrag vom 8./20. Februar 2006 (nachfolgend: Arbeitsvertrag) seit 1. Februar 2006 in der Funktion als Chef Mittlere und Kleinobjekte der Logistikbasis der Armee (Arbeitgeberin). Es handelt sich dabei um eine Funktion mit besonderer Sicherheitsempfindlichkeit, für welche die periodische Durchführung einer Personensicherheitsprüfung vorgesehen ist. Die dafür zuständige Fachstelle für Personensicherheitsprüfungen im Bereich Informations- und Objektsicherheit (Fachstelle IOS) des VBS erliess am 3. November 2011 unter anderem aufgrund der zwischenzeitlich erlangten Kenntnis von einer rechtskräftigen Verurteilung wegen Pornografie eine negative Risikoverfügung, wonach A._ als Sicherheitsrisiko erachtet und unter anderem empfohlen wurde, von seiner Weiterverwendung in der Funktion als Chef Mittlere und Kleinobjekte bei der Logistikbasis der Armee sei abzusehen; zudem dürfe ihm kein Zugang mehr zu vertraulich und geheim klassifizierten Informationen, Materialien und militärischen Anlagen mit Schutzzonen 2 und 3 gewährt werden. Das Bundesgericht bestätigte den diese Verfügung vom 3. November 2011 schützenden Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts mit Urteil 8C_683/2012 vom 4. März 2013.
A.b. Nachdem die Fachstelle IOS der Arbeitgeberin mit Zwischenverfügung vom 14. Juli 2011 empfohlen hatte, A._ bis zum Abschluss der Personensicherheitsprüfung keinen Zugang mehr zu vertraulich oder geheim klassifizierten Informationen, Materialien und militärischen Anlagen mit Schutzzonen 2 und 3 zu gewähren, stellte die Arbeitgeberin ihn bis auf Weiteres vom Dienst frei, untersagte ihm den Zutritt zum Arbeitsplatz und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung (Verfügung vom 31. August 2011). Auf Beschwerde hin schützten diese Verfügung zunächst das VBS und sodann mit rechtskräftigem Entscheid A-372/2012 vom 25. Mai 2012 auch das Bundesverwaltungsgericht.
A.c. Am 1. Dezember 2011 verfügte die Arbeitgeberin die fristlose Auflösung des Arbeitsverhältnisses. Auf Beschwerde hin hob das VBS diese Verfügung auf und stellte fest, das Arbeitsverhältnis werde per 31. August 2012 aufgelöst und bis zu diesem Zeitpunkt der Lohn ausgerichtet; einer allfälligen Beschwerde gegen diesen Entscheid entzog das VBS die aufschiebende Wirkung (Entscheid vom 23. August 2012).
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde des A._ hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid A-4973/2012 vom 5. Juni 2013 im Sinne der Erwägungen gut, hob den angefochtenen Entscheid des VBS vom 23. August 2012 auf und stellte die Nichtigkeit der Kündigung fest.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt das VBS die Aufhebung des angefochtenen Gerichtsentscheids.
Während A._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1.
Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) des Bundesverwaltungsgerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG), betrifft ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis, d.h. eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG), und ist infolge der Auswirkungen auf Lohnansprüche vermögensrechtlicher Natur (Art. 83 lit. g BGG; Urteil 8C_229/2011 vom 10. August 2011 E. 2.1). Der Streitwert bestimmt sich bei Beschwerden gegen Endentscheide nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben sind (Art. 51 Abs. 1 lit. a BGG). Lautet ein Begehren nicht auf Bezahlung einer bestimmten Geldsumme, setzt das Bundesgericht gemäss Art. 51 Abs. 2 BGG den Streitwert nach Ermessen fest. Vom Ausgang des vorliegenden Verfahrens hängen Lohnfortzahlungen ab, welche die Streitwertgrenze von Fr. 15'000.- klar übersteigen, womit eine genauere Bestimmung des Streitwertes nicht erforderlich ist. Das Streitwerterfordernis von Fr. 15'000.- (Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG) ist somit erfüllt (Urteil 8C_417/2011 vom 3. September 2012 E. 1.1 mit Hinweis). Gleiches gilt für die übrigen Eintretensvoraussetzungen, weshalb die Beschwerde grundsätzlich zulässig ist.
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG).
3.
3.1. Laut Art. 37 VGG richtet sich das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht nach dem VwVG, sofern das VGG nichts anderes bestimmt.
3.1.1. Das Bundesverwaltungsgericht ist nach dem Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. Art. 62 Abs. 4 VwVG; Thomas Häberli, in: VwVG, Praxiskommentar, Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], 2009, N. 37 ff. zu Art. 62 VwVG; Madeleine Camprubi, in: Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], 2008, N. 15 zu Art. 62 VwVG; vgl. auch BVGE 2011/1 E. 2) verpflichtet, auf den festgestellten Sachverhalt jenen Rechtssatz anzuwenden, den es als den zutreffenden erachtet, und ihm jene Auslegung zu geben, von der es überzeugt ist (BVGE 2007/41 E. 2 mit Hinweis auf BGE 119 V 347 E. 1a S. 349). Dazu gehört auch der Verhältnismässigkeitsgrundsatz im Sinne von Art. 5 Abs. 2 BV, welchen das Bundesverwaltungsgericht bei der Rechtsanwendung von Amtes wegen umso mehr mitzuberücksichtigen hat, als auch das Bundesgericht im Rahmen einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Verhältnismässigkeit des angefochtenen Akts grundsätzlich mit freier Kognition prüft (BGE 134 I 153 E. 4.2 S. 157; Urteil 8C_788/2011 vom 2. Mai 2012 E. 5.1.1).
3.1.2. Als richterliche Instanz kann das Bundesverwaltungsgericht zwar die vom VBS in dessen Funktion als interne Beschwerdeinstanz nach Art. 35 Abs. 1 aBPG (in der bis zum 30. Juni 2013 gültig gewesenen Fassung [nachfolgend ist mit "aBPG" stets diese Fassung gemeint]) in Verbindung mit Art. 110 lit. a aBPV (in der bis zum 30. Juni 2013 gültig gewesenen Fassung [nachfolgend ist mit "aBPV" stets diese Fassung gemeint]) erlassenen Verfügungen im Rahmen der vollen Kognition mit Sachverhalts-, Rechts- und Angemessenheitskontrolle ( RHINOW/KOLLER/KISS/THURNHERR/BRÜHL-MOSER, Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl. 2010, Rz. 720; vgl. auch KÖLZ/HÄNER/BERTSCHI, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3. Aufl. 2013, Rz. 1031) ebenfalls auf Unangemessenheit hin überprüfen (Art. 37 VGG in Verbindung mit Art. 49 lit. c VwVG; Urteil 8C_283/2013 vom 8. November 2013 E. 6.1.2). Bei der Unangemessenheit geht es um die Frage, ob der zu überprüfende Entscheid, den die Verwaltungsbehörde nach dem ihr zustehenden Ermessen im Einklang mit den allgemeinen Rechtsprinzipien in einem konkreten Fall getroffen hat, nicht zweckmässigerweise anders hätte ausfallen sollen. Dies heisst aber nicht, dass sie ohne hinreichenden Grund ihr eigenes Gutdünken an die Stelle des Ermessens und des technischen Wissens der fachkundigen Verwaltungsbehörde setzen darf (vgl. BGE 129 II 331 E. 3.2 S. 342; 123 V 150 E. 2). Nach der Praxis des Bundesverwaltungsgerichts hat die rechtsanwendende Behörde das ihr eingeräumte Ermessen pflichtgemäss, d.h. verfassungs- und gesetzeskonform auszuüben und insbesondere das Verhältnismässigkeitsprinzip zu beachten (BVGE 2008/43 E. 5.1). Das Bundesverwaltungsgericht greift in das Entschliessungsermessen der Behörde ein, soweit sich diese von nicht sachgerechten Überlegungen leiten liess (BVGE 2008/43 E. 6.4 mit Hinweisen). Es überprüft also nicht nur, ob die Verwaltung bei ihrem Entscheid im Rahmen ihres Ermessens geblieben ist, sondern grundsätzlich auch, ob sie eine dem Sachverhalt angemessene Lösung getroffen, d.h. nicht bloss rechtlich, sondern ebenfalls sachlich richtig entschieden hat (Peter Helbling, in: Portmann/ Uhlmann [Hrsg.], Handkommentar zum Bundespersonalgesetz, Bern 2013, N. 30 zu Art. 36 BPG).
3.1.3. Liegt der Grundsatz der Verhältnismässigkeit (Art. 5 Abs. 2 und Art. 36 Abs. 3 BV) im Streit, erweist sich die Unterscheidung zwischen überprüfbaren Rechtsfragen einerseits und nicht überprüfbarer Ermessensausübung andererseits in der Praxis oftmals als schwierig, da Angemessenheit (Ermessensausübung) und Zumutbarkeit bzw. Verhältnismässigkeit im engeren Sinne (Auslegung eines unbestimmten Rechtsbegriffs) in einem sehr nahen Verhältnis zueinander stehen (Urteil 2C_240/2012 vom 15. März 2013 E. 1.2 mit Hinweisen, nicht publ. in: BGE 139 I 145).
3.1.4. Trotz der in der Lehre teils als gesetzeswidrig oder fragwürdig kritisierten sog. "Ohne-Not-Praxis" (vgl. Kölz/Häner/Bertschi, a.a.O., Rz. 1050 mit Hinweis auf Benjamin Schindler, in: Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], 2008, N. 3 zu Art. 49 VwVG mit Hinweisen), kann sich eine Rechtsmittelbehörde, welcher volle Kognition zusteht, nach der konstanten Rechtsprechung des Bundesgerichts bei der Angemessenheitskontrolle (Art. 49 VwVG) und der Auslegung unbestimmter Rechtsbegriffe eine gewisse Zurückhaltung auferlegen, wenn spezielle, namentlich technische Gegebenheiten zu berücksichtigen sind und sich die Vorinstanz als Fachbehörde durch besonderen Sachverstand auszeichnet (BGE 133 II 35 E. 3 S. 39 mit Hinweisen).
3.2. Demgegenüber ist dem Bundesgericht eine Angemessenheitskontrolle verwehrt; es hat nur zu prüfen, ob die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft (Art. 95 lit. a BGG) ausgeübt, mithin überschritten, unterschritten oder missbraucht hat (BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399; Urteil 8C_644/2008 vom 19. August 2009 E. 6.1, nicht publ. in: BGE 135 V 353, aber in: SVR 2010 IV Nr. 6 S. 13; vgl. auch BGE 134 V 322 E. 5.3 S. 328), was Willkür einschliesst (Urteil 8C_797/2010 vom 11. Januar 2011 E. 3 mit Hinweisen). Die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts ist insoweit beschränkt. Es hat nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen der zuständigen Behörde zu setzen (Urteil 8C_283/2013 vom 8. November 2013 E. 6.1.1).
4.
Verwaltung und Vorinstanz haben die abschliessende (Art. 14 Abs. 1 lit. b aBPG) Aufzählung der aus Arbeitgebersicht in Frage kommenden ordentlichen Kündigungsgründe (Art. 12 Abs. 6 lit. a-f aBPG; Urteil 8C_417/2011 vom 3. September 2012 E. 4.1 mit Hinweis) in der hier anwendbaren, im Zeitpunkt der Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes gültig gewesenen Fassung (BGE 131 V 9 E. 1 S. 11 mit Hinweis; Urteil 8C_451/2013 vom 20. November 2013 E. 5.1) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt in Bezug auf die Hinweise zu dem im Bundespersonalrecht allgemein gültigen Primat der Weiterbeschäftigung (Art. 14 Abs. 1-3 und Art. 19 Abs. 1 aBPG; Urteil 8C_417/2011 vom 3. September 2012 E. 5.1 mit Hinweisen). Richtig sind auch die Ausführungen zur Rechtsprechung, wonach die Kündigungsgründe von Art. 12 Abs. 6 lit. a und b aBPG praxisgemäss vorgängig eine Mahnung voraussetzen (Urteil 1C_245/2008 vom 2. März 2009 E. 5.4 mit Hinweis). Darauf wird verwiesen.
5.
Unbestritten ist, dass die von der Arbeitgeberin am 1. Dezember 2011 fristlos verfügte Auflösung des Arbeitsverhältnisses auch nach Auffassung der internen Beschwerdeinstanz (Art. 35 Abs. 1 aBPG in Verbindung mit Art. 110 lit. a aBPV) des VBS ohne zureichenden Rechtsgrund im Sinne von Art. 12 Abs. 7 aBPG ausgesprochen wurde. Weiter erhebt der Beschwerdeführer grundsätzlich keine Einwände gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung. Unbestritten ist sodann, dass der Beschwerdegegner aufgrund der letztinstanzlich mit Urteil 8C_683/2012 vom 4. März 2013 bestätigten negativen Risikoverfügung der Fachstelle IOS inskünftig keine sicherheitsempfindliche Tätigkeiten mehr ausüben sollte, welche eine periodische Personensicherheitsprüfung erfordern, weshalb er insofern eine vertragliche Voraussetzung der Weiterausübung der angestammten Funktion nicht mehr erfüllt.
6.
Strittig ist demgegenüber, ob das Arbeitsverhältnis laut Feststellung gemäss Entscheid des VBS vom 23. August 2012 kraft Umwandlung der fristlosen in eine ordentliche Kündigung als per 31. August 2012 aufgelöst gilt, oder ob im Gegenteil das Bundesverwaltungsgericht mit Blick auf die vom VBS geltend gemachte ordentliche Kündigung zu Recht deren Nichtigkeit im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. b aBPG festgestellt hat. Während das VBS in seinem internen Beschwerdeentscheid vom 23. August 2012 - nur, aber immerhin - die ordentlichen Kündigungsgründe von Art. 12 Abs. 6 lit. a-c aBPG als erfüllt qualifizierte, verneinte die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid alle diese Kündigungsgründe und zusätzlich - im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Harry Nötzli, in: Portmann/Uhlmann [Hrsg.], Handkommentar zum Bundespersonalgesetz, Bern 2013, N. 43 zu Art. 12 BPG) - ausdrücklich auch den Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. f aBPG. Die übrigen Kündigungsgründe aus der abschliessenden Liste von Art. 12 Abs. 6 aBPG im Sinne der lit. d und e dieser Bestimmung gelangen hier unbestritten offensichtlich nicht zur Anwendung.
7.
7.1. Das Bundesverwaltungsgericht erkannte im angefochtenen Entscheid, dass es mit Blick auf die beiden ordentlichen Kündigungsgründe gemäss Art. 12 Abs. 6 lit. a und b aPBG an der diesbezüglich praxisgemäss erforderlichen Mahnung fehlt. Hiegegen behauptet der Beschwerdeführer, die bei den Kündigungsgründen gemäss Art. 12 Abs. 6 lit. a und b aBPG vorausgesetzte Mahnung sei bereits im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses durch Aufnahme der Bedingung gemäss Ziffer 7 des Arbeitsvertrages ausgesprochen worden.
7.2. Nach Ziffer 7 des Arbeitsvertrages "kann dies einen Grund zu [recte: zur] Kündigung des vorliegenden Vertrages darstellen", wenn bei der Personensicherheitsprüfung die Sicherheitserklärung nicht oder nur mit Vorbehalt erteilt wird. Es handelt sich somit - wie von der Vorinstanz zutreffend dargelegt - um eine "Kann-Vorschrift", welche der Arbeitgeberin ein Entschliessungsermessen einräumt, von welchem sie nach Massgabe des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes Gebrauch machen kann. Diese Arbeitsvertragsklausel erfüllt die nach dem Grundsatz von Treu und Glauben und dem Willkürverbot (Art. 9 BV) vorausgesetzte Rüge- und Warnfunktion der Mahnung (Verwarnung) nicht, weil sie nicht als solche erkennbar ist und der Arbeitnehmer daraus nicht klar ersehen kann, welche konkreten Verhaltensweisen nicht mehr toleriert werden und wie er sich inskünftig zu verhalten hat (Urteil 1C_245/2008 vom 2. März 2009 E. 5.3, in: Pra 2009 Nr. 74 S. 500).
7.3. Bereits im Urteil 1C_277/2007 vom 30. Juni 2008 E. 5.3 hat sich das Bundesgericht in grundsätzlicher Weise zu den ordentlichen Kündigungsgründen von Art. 12 Abs. 6 aBPG und zum Verhältnismässigkeitsgrundsatz geäussert:
"Sinn und Zweck der Festlegung ordentlicher Kündigungsgründe in Art. 12 Abs. 6 BPG ist die Verstärkung des Kündigungsschutzes des Bundespersonals und damit die Kompensation der Aufhebung des Beamtenstatus (Voten Thanei, AB 1999 N 2067, Fritschi, AB 1999 N 2068, Vollmer, AB 1999 N 2069, Bundesrat Villiger, AB 1999 N 2070). Gemäss Botschaft soll mit dem Kündigungsschutz erreicht werden, dass der Bund ein verlässlicher Arbeitgeber bleibt. Ein Schutz vor willkürlicher Kündigung soll für die notwendige Beschäftigungssicherheit sorgen (BBl 1999 1605). Aus dieser vom Gesetzgeber angestrebten Zielsetzung von Art. 12 Abs. 6 BPG lässt sich nicht ableiten, dass die Kündigungsvorschriften des Bundespersonalgesetzes nicht nach dem Prinzip der Verhältnismässigkeit angewendet werden müssten. [...] Das verfassungsmässige Prinzip der Verhältnismässigkeit (Art. 5 Abs. 2 BV) verlangt, dass staatliches Tun geeignet und erforderlich sein muss und dass die angestrebte Wirkung nicht in einem Missverhältnis zu anderen zu beachtenden Interessen stehen darf (BGE 133 II 97 E. 2.2 S. 100)."
Aus den Debatten im Parlament ergibt sich unzweideutig, dass die beiden Kündigungsgründe von Art. 12 Abs. 6 lit. a und b aBPG nicht deshalb getrennt wurden, um das Erfordernis der Mahnung auf Art. 12 Abs. 6 lit. b aBPG zu beschränken (Urteil 1C_277/2007 vom 30. Juni 2008 E. 5.3). Das Bundesgericht schloss nach dem Gesagten im zitierten Urteil (bestätigt mit Urteil 1C_245/2008 vom 2. März 2009 E. 5.4, in: Pra 2009 Nr. 74 S. 501) darauf, dass der Arbeitgeber nicht nur bei einer Kündigung gestützt auf Art. 12 Abs. 6 lit. b aBPG, sondern auch im Falle von Art. 12 Abs. 6 lit. a aBPG verpflichtet ist, den Arbeitnehmer vor dem Aussprechen einer Kündigung zu verwarnen.
7.4. Es besteht keine Veranlassung, von dieser Rechtsprechung abzuweichen, zumal der Beschwerdeführer hiefür keine entsprechenden Gründe darlegt. Insbesondere trifft es nicht zu, dass die Arbeitgeberin in Ziffer 7 des Arbeitsvertrages als zwingende Rechtsfolge einer allfälligen negativen Risikoverfügung der Fachstelle IOS die Kündigung des Arbeitsverhältnisses bereits mit Arbeitsvertragsabschluss angedroht hat. Ein entsprechendes Vorgehen wäre schon deshalb bundesrechtswidrig, weil die hinsichtlich einer Arbeitsvertragsauflösung auf Arbeitgeberseite entscheidende Instanz von Bundesrechts wegen nicht an die Sicherheitsrisikobeurteilung der Fachstelle IOS gebunden ist (Urteil 8C_683/2012 vom 4. März 2013 E. 6.3). Zudem argumentiert das VBS widersprüchlich. Einerseits vertritt es die Auffassung, dass das bestrafte Verhalten des Beschwerdegegners in dessen Privatbereich falle und daher "den Arbeitgeber generell nichts angehe", weshalb es Letzterem auch nicht zustehe, "eine Änderung der Verhaltensweise zu verlangen". Relevant sei nicht die Straftat des Beschwerdegegners an sich, sondern das daraus resultierende Sicherheitsrisiko für den Arbeitgeber. Andererseits stellte nicht nur die Arbeitgeberin bei Erlass der am 1. Oktober 2011 fristlos verfügten Auflösung des Arbeitsverhältnisses, sondern auch das VBS bei Umwandlung dieser Verfügung in eine ordentliche Kündigung gemäss internem Beschwerdeentscheid vom 23. August 2012 grundsätzlich auf die strafrechtliche Verurteilung ab, indem weder die Arbeitgeberin noch das VBS den - für die entscheidende Instanz ohnehin nicht bindenden - Ausgang der Personensicherheitsprüfung mit Abschluss des Rechtsmittelverfahrens gegen die negative Risikoverfügung gemäss Urteil 8C_683/2012 vom 4. März 2013 abgewartet haben.
7.5. Verlangt das Prinzip der Verhältnismässigkeit (vgl. dazu hievor E. 3.1.2-3.1.4) in Bezug auf die Anwendung der ordentlichen Kündigungsgründe von Art. 12 Abs. 6 lit. a und b aBPG praxisgemäss, dass die Arbeitgeberin vor dem Aussprechen einer Kündigung den Arbeitnehmer verwarnt (E. 7.3 hievor), so kann dieser erforderlichen Mahnung neben der Rügefunktion der Beanstandung einer bereits begangenen Pflichtverletzung nur dann auch die zusätzlich vorausgesetzte Warnfunktion (vgl. Urteil 1C_245/2008 vom 2. März 2009 E. 5.3 mit Hinweisen, in: Pra 2009 Nr. 74 S. 500; vgl. auch E. 6.2 hievor) zukommen, wenn damit die Androhung einer Sanktion für den Fall einer zukünftigen Nichterfüllung des konkret anzustrebenden pflichtgemässen Verhaltens verknüpft wird.
7.6. Demgegenüber handelt es sich bei Ziffer 7 des Arbeitsvertrages um eine generell abstrakte Anstellungsbedingung. Wird diese nicht mehr erfüllt, ist die Auflösung des Arbeitsverhältnisses nach Art. 12 Abs. 6 lit. f zu prüfen. Mit der Vorinstanz ist nach dem Gesagten in Ziffer 7 des Arbeitsvertrages keine den praxisgemässen Anforderungen genügende Mahnung (E. 7.5 hievor) zu erblicken, weshalb diese Voraussetzung der Kündigungsgründe von Art. 12 Abs. 6 lit. a und b aBPG hier nicht erfüllt ist.
8.
8.1. Gemäss angefochtenem Entscheid entfällt auch der zusätzlich vom VBS angerufene Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. c aBPG, weil die direkten Vorgesetzten des Beschwerdegegners offensichtlich nicht an dessen Eignung, Tauglichkeit oder Bereitschaft zweifelten. Mangelnde Bereitschaft seitens des Beschwerdegegners, die im Arbeitsvertrag vereinbarte Arbeit zu verrichten, steht hier nicht zur Diskussion. Das VBS bestreitet lediglich die Eignung und Tauglichkeit des Beschwerdegegners. Dessen "strafbares Verhalten" stelle entgegen dem angefochtenen Entscheid ein objektives Merkmal dar. Objektiv gesehen bedeute der Beschwerdegegner für die Arbeitgeberin ein Sicherheitsrisiko, welches er "selbstverschuldet kausal verursacht" habe. Der ordentliche Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. c aBPG sei demnach erfüllt.
8.2. Ein Angestellter ist dann nicht geeignet oder untauglich im Sinne von Art. 12 Abs. 6 lit. c aBPG, wenn er aus objektiven Gründen, die mit seiner Person in Zusammenhang stehen und einen Bezug zur Arbeit haben müssen, nicht oder nur ungenügend in der Lage ist, die im Arbeitsvertrag vereinbarte Arbeit zu leisten. Dabei sind etwa gesundheitliche Probleme, ungenügende Fachkompetenz, fehlende Integration und Dynamik sowie mangelnde Intelligenz deutliche Indizien einer bestehenden Untauglichkeit oder Ungeeignetheit (BVGE 2007/34 E. 7.2 mit Hinweis auf Harry Nötzli, Die Beendigung von Arbeitsverhältnissen im Bundespersonalrecht, Bern 2005 [nachfolgend: a.a.O.], Rz. 202). Im Gegensatz zur subjektiv motivierten fehlenden Bereitschaft sind mangelnde Eignung und Tauglichkeit objektive, nicht vom Angestellten verschuldete Gründe (Harry Nötzli, a.a.O., Rz. 201). Solche sind nicht leichthin anzunehmen, ist doch der Arbeitgeber gemäss Art. 19 Abs. 1 aBPG gehalten, alle sinnvollen Möglichkeiten einer zumutbaren Weiterbeschäftigung auszuschöpfen, bevor er Angestellten ohne deren Verschulden kündigt (BVGE 2007/34 E. 7.2.1). Er ist unter dem Aspekt des Verhältnismässigkeitsprinzips verpflichtet, den erst nach der Probezeit festgestellten Mangel durch entsprechende Weiterbildung des Angestellten zu beheben oder das Arbeitsverhältnis so umzugestalten, dass der Angestellte den Anforderungen zu genügen vermag (Harry Nötzli, in: Portmann/Uhlmann [Hrsg.], Handkommentar zum Bundespersonalgesetz, Bern 2013, N. 36 zu Art. 12 BPG; Botschaft zum Bundespersonalgesetz [BPG] vom 14. Dezember 1998, BBl 1999 1597 ff., 1614; vgl. auch BVGE 2007/34 E. 7.2.1 S. 426).
8.3. Das Bundesverwaltungsgericht hat mit angefochtenem Entscheid entgegen dem VBS "das zur Diskussion stehende strafbare Verhalten des Beschwerdegegners" - ohne Bundesrecht zu verletzen - nicht als objektives Merkmal qualifiziert, welches dem subjektiven Einflussbereich des Beschwerdegegners entzogen wäre und seine Eignung und Tauglichkeit in Frage stellen würde. Die Vorinstanz hat zutreffend festgehalten, dass der Beschwerdegegner noch am 31. Oktober 2011 von Arbeitgeberseite anlässlich der lohnrelevanten Beurteilung des Jahres 2011 in der zweitbesten Stufe der vollständigen Zielerreichung qualifiziert und für seine Erfahrung, Zuverlässigkeit, Kompetenz, Initiative und Pflichtbewusstsein ausdrücklich gelobt wurde, nachdem er von der Arbeitgeberin bereits am 31. August 2011 von der Arbeit freigestellt worden war. Angesichts des in den Jahren 2001 bis 2007 gezeigten deliktischen Verhaltens, welches mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 8. Januar 2008 bestraft wurde, ist auch mit Blick auf die - nach unbestrittener vorinstanzlicher Sachverhaltsfeststellung - im Wesentlichen guten Qualifikationen während der über 24-jährigen Tätigkeit in Betrieben des VBS nicht an der Eignung und Tauglichkeit des Beschwerdegegners zu zweifeln. Zudem fehlt es an erkennbaren ernsthaften Bemühungen seitens des Beschwerdeführers in Bezug auf die Prüfung einer für den Beschwerdegegner zumutbaren Weiterbeschäftigung in einer nicht sicherheitsempfindlichen Funktion. Die Vorinstanz hat demnach auch den Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. c zu Recht verneint.
9.
9.1. Das Beschwerde führende VBS bestreitet nicht, dass gemäss angefochtenem Entscheid der Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. f aBPG - soweit den "Wegfall einer gesetzlichen [...] Anstellungsbedingung" betreffend - ausscheidet, weil nach Art. 21 Abs. 4 des Bundesgesetzes vom 21. März 1997 über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit [BWIS; SR 120]; vgl. auch Urteil 8C_683/2012 vom 4. März 2013 E. 3 und 6.3) das Ergebnis der Personensicherheitsprüfung für die entscheidende Instanz nicht bindend ist (vgl. E. 7.4 hievor). Zu prüfen ist im Folgenden, ob das Bundesverwaltungsgericht den Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. f aBPG auch in dem Sinne zu Recht ausschloss, als dieser an den "Wegfall einer vertraglichen Anstellungsbedingung" anknüpft.
9.2. Die Vorinstanz verneinte auch diesen Kündigungsgrund, weil Ziffer 7 des Arbeitsvertrages der Arbeitgeberin im Rahmen der "Kann-Vorschrift" ein Entschliessungsermessen eröffne (vgl. E. 7.2 hievor), welches nach den verfassungsmässigen Grundsätzen und damit auch dem Verhältnismässigkeitsprinzip zu handhaben sei. Eine Pflicht zur Kündigung bestehe nicht. Trotz des Wegfalls der vertraglichen Anstellungsbedingung hinsichtlich der Weiterausübung der angestammten sicherheitsempfindlichen Funktion sei bei pflichtgemässer Würdigung aller Umstände und angemessener Gewichtung der in Betracht zu ziehenden Faktoren im Rahmen einer Interessenabwägung eine Weiterbeschäftigung in einer nicht sicherheitsempfindlichen Funktion zumutbar. Hiegegen wendet das VBS ein, der Wegfall der vertraglichen Anstellungsbedingung nach Ziffer 7 des Arbeitsvertrages sei mit Urteil 8C_683/2012 vom 4. März 2013 endgültig bestätigt worden. Die Vertrauensbasis für eine Weiterbeschäftigung in der angestammten Funktion sei nicht mehr vorhanden. Die gute Mitarbeiterbeurteilung eines Direktvorgesetzten des Beschwerdegegners vermöge an der Beurteilung gemäss negativer Risikoverfügung nichts zu ändern.
9.3. Es trifft zu, dass der Beschwerdegegner laut Empfehlung der Fachstelle IOS nach der mit Urteil 8C_683/2012 vom 4. März 2013 bestätigten negativen Risikoverfügung grundsätzlich nicht mehr in der Funktion als Chef Mittlere und Kleinobjekte bei der Logistikbasis der Armee mit Zugang zu vertraulich und geheim klassifizierten Informationen, Materialien und militärischen Anlagen der Schutzzonen 2 und 3 weiterbeschäftigt werden sollte. Es steht jedoch auch fest, dass die entscheidende Instanz von Bundesrechts wegen nicht an diese Empfehlung der Fachstelle IOS gebunden ist (E. 9.1 hievor). Mit dem Bundesverwaltungsgericht hat die Arbeitgeberin bei Ausübung des ihr nach Ziffer 7 des Arbeitsvertrages offenstehenden Entschliessungsermessen die dargelegten Grundsätze (E. 7.2 f.) insbesondere das Rechtsgleichheitsgebot und Verhältnismässigkeitsprinzip zu befolgen. Zu Recht weist die Vorinstanz darauf hin, nicht jede Straftat müsse sich nach objektiver Wertung derart negativ auf die Arbeitsqualität, auf das Arbeitsklima, oder auf das Ansehen des öffentlichen Arbeitgebers auswirken, dass ihm die Fortsetzung des Dienstverhältnisses nicht mehr zugemutet werden kann (Peter Hänni, Öffentliches Dienstrecht und Strafrecht, in: Droit pénal et diversités culturelles, mélanges en l'honneur de José Hurtado Pozo, Queloz/Niggli/Riedo [Hrsg.], Genf/ Zürich/Basel 2012, S. 249 mit Hinweisen). Das Bundesverwaltungsgericht hat nach umfassender und sorgfältiger Würdigung der massgebenden Umstände die sich gegenüberstehenden Interessen ermittelt und gegeneinander abgewogen. Es gelangte mit überzeugender Begründung zur Auffassung, die begangene Straftat sei objektiv als schwer einzustufen. Das damit verbundene Sicherheitsrisiko, der möglicherweise drohende Reputationsschaden und Vertrauensverlust seien aus Arbeitgebersicht mit Blick auf die zuletzt ausgeübte sicherheitsempfindliche Führungsfunktion als hoch zu gewichten. Die berechtigten Sicherheitsbedenken der Arbeitgeberin würden mangels der dafür erforderlichen Vertrauensbasis gegen eine mögliche Weiterbeschäftigung des Beschwerdegegners im Rahmen des angestammten Pflichtenheftes sprechen. Auf der anderen Seite seien das langandauernde Arbeitsverhältnis und die guten Qualifikationen durch die Vorgesetzten nicht nur vor, sondern auch nach der strafrechtlichen Verurteilung mitzuberücksichtigen. Auch sei zu beachten, dass die strafbaren Handlungen im Privatbereich erfolgten, schon mehrere Jahre in der Vergangenheit zurückliegen und in keinem Zusammenhang mit dem Arbeitsverhältnis stehen. Aufgrund seiner langjährigen Tätigkeit in Betrieben des VBS sei bei einer Entlassung möglicherweise mit erheblichen negativen sozialen Folgen zu rechnen, weil es ihm nur schwer gelingen dürfte, eine andere Anstellung zu finden. Der Verzicht auf eine Weiterbeschäftigung würde beim Beschwerdegegner eine besondere Härte zur Folge haben. Inwieweit diese Interessenabwägung gegen Bundesrecht verstossen soll, ist nicht zu erkennen.
9.4. Zutreffend schloss die Vorinstanz nach dem Gesagten darauf, dass die Arbeitgeberin im Rahmen des ihr zustehenden Ermessens jedenfalls nicht pflichtwidrig der Empfehlung der Fachstelle IOS gefolgt sei und eine Weiterbeschäftigung des Beschwerdegegners in seiner angestammten sicherheitsempfindlichen Tätigkeit abgelehnt habe. Dem Bundesverwaltungsgericht ist beizupflichten, soweit es diesbezüglich dem Schutzinteresse des Staates Vorrang einräumte. Der angefochtene Entscheid ist jedoch unter dem Blickwinkel der beschränkten Kognition (vgl. hievor E. 3.2) auch insoweit nicht als rechtsfehlerhaft zu beanstanden, als die Vorinstanz im Rahmen der vorgenommenen Interessenabwägung unter anderem der Langjährigkeit des Arbeitsverhältnisses und der guten Qualifikationen des Beschwerdegegners einerseits und der erhöhten Fürsorgepflicht der Arbeitgeberin andererseits Rechnung trug und in der Folge die Tragbarkeit bejahte, dass das VBS den Beschwerdegegner in einer nicht sicherheitsempfindlichen Funktion mit einer zumutbaren anderen Arbeit, auf welche Ziffer 7 des Arbeitsvertrages nicht zur Anwendung gelange, weiterzubeschäftigen habe. Der Beschwerdeführer wird dem Beschwerdegegner demnach eine neue Stelle anzubieten haben, wobei Letzterer - nach der nicht bestandenen Personensicherheitsprüfung - nicht damit rechnen kann, dass ihm eine Arbeit mit gleicher Verantwortung und Entlöhnung wie in der angestammten Funktion zugewiesen wird.
10.
Das Bundesverwaltungsgericht hat nach dem Gesagten zu Recht die Erfüllung eines ordentlichen Kündigungsgrundes nach Art. 12 Abs. 6 aBPG verneint und die vom VBS per 31. August 2012 ausgesprochene Kündigung im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. b aBPG als nichtig qualifiziert. Was der Beschwerdeführerin hiegegen im Übrigen vorbringt, ist unbegründet.
11.
11.1. Soweit das Beschwerde führende VBS bestreitet, dass die Arbeitgeberin dem Beschwerdegegner eine zumutbare Weiterbeschäftigung anzubieten habe, macht es geltend, die ordentlichen Kündigungsgründe von Art. 12 Abs. 6 lit. a-c und f aBPG seien allesamt erfüllt und der Beschwerdegegner habe den Kündigungsgrund - Eintritt des Sicherheitsrisikos durch Begehung der Straftat - selber verschuldet, weshalb eine Weiterbeschäftigung nach Art. 19 Abs. 1 aBPG nicht in Frage komme.
11.2. Der Beschwerdeführer übersieht, dass das Bundesverwaltungsgericht die Weiterbeschäftigung nicht gestützt auf die eben genannte Bestimmung, sondern in Anwendung des Verhältnismässigkeitsprinzips (vgl. dazu E. 7.3 hievor) anlässlich der Feststellung eines Nichtigkeitsgrundes im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. b aBPG hinsichtlich der strittigen Kündigung angeordnet hat. Zudem hängt die Rechtmässigkeit eines ordentlichen Kündigungsgrundes von Art. 12 Abs. 6 aBPG nicht grundsätzlich vom Verschulden des Angestellten ab (Harry Nötzli, a.a.O., Rz. 137). Von einer im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. b aBPG begründeten Kündigung ist überdies nur dann auszugehen, wenn ein Kündigungsgrund nach Art. 12 Abs. 6 oder 7 aBPG vorliegt und sich die Arbeitgeberin an die Grundsätze verfassungsmässigen Handelns gehalten hat (Harry Nötzli, a.a.O., Rz. 301). Insbesondere ist nach dem Verhältnismässigkeitsprinzip immer zu prüfen, ob nicht weniger einschneidende Massnahmen als eine Kündigung zielführend sein können und eine Abwägung der gegenseitigen Interessen die Kündigung als gerechtfertigt erscheinen lässt (Harry Nötzli, a.a.O., Rz. 300).
11.3. Stellt jedoch - wie in casu (E. 10) - eine Beschwerdeinstanz insbesondere in Anwendung des Verhältnismässigkeitsprinzips die Nichtigkeit der Kündigung im Sinne von Art. 14 Abs. 1 und 2 aBPG fest, kommt das Ausrichten einer Entschädigung anstelle der Weiterbeschäftigung grundsätzlich nur subsidiär in Frage, wobei nicht leichthin von der Unmöglichkeit der Weiterbeschäftigung auszugehen ist (BVGE 2009/58 E. 6.2 und 9.2 mit Hinweisen). Hat die Vorinstanz nach dem Gesagten unter Berücksichtigung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes zu Recht einen ordentlichen Kündigungsgrund nach Art. 12 Abs. 6 aBPG verneint und auf die Nichtigkeit der vom VBS per 31. August 2012 ausgesprochenen Kündigung geschlossen (E. 10), gelangt entgegen dem Beschwerdeführer auch Art. 31 aBPV nicht zur Anwendung.
11.4. Folglich bleibt es dabei, dass das VBS gemäss angefochtenem Entscheid dem Beschwerdegegner - wie am Ende von E. 9.4 ausgeführt - eine ihm zumutbare, nicht sicherheitsempfindliche Funktion zuzuweisen hat.
12.
Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Januar 2014
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Hochuli