Sachverhalt:
A. Am 4. Januar 2006 verfügte das Amt für Städtebau der Stadt Zürich die Beseitigung von mehreren an historischen Gebäuden in der Zürcher Altstadt angebrachten Reklameanlagen. Betroffen war nebst zwei weiteren historischen Gebäuden jenes an der Niederdorfstrasse 77 (Haus "Zum Brotkorb"). Bei den Anlagen handelte sich um in bestehenden Vitrinen angebrachte Flachbildschirme, die Reklamen für die in den Liegenschaften ansässigen Unternehmen als auch sogenannte Fremdreklamen zeigten. Die Reklamen hatten die Form von Standbildern, welche alle 10 Sekunden wechselten. Die X._ AG als Betreiberin der Anlagen beging gegen die Beseitigungsverfügung den Rechtsmittelweg. In letzter Instanz schützte das Bundesgericht die Beseitigungsverfügung und wies die Beschwerde der X._ AG ab (Urteil 1C_12/2007 vom 8. Januar 2008, in: URP 2008 S. 257).
In der Folge montierte die X._ AG in zwei Vitrinen am Gebäude Niederdorfstrasse 77 je zwei 30 Zoll-Farbmonitore, insgesamt also vier. Diese ersetzen die aufgrund der Beseitigungsverfügung entfernten 50 Zoll-Monitore, welche die Vitrinen völlig ausgefüllt hatten. Die vier neuen Monitore sind schräg in die Vitrinen gestellt, so dass für die Passanten aus beiden Richtungen der Strasse jeweils die Bilder von zwei Monitoren gut erkennbar sind. Die Bilder wechseln mit einer Frequenz von drei bis vier Bildern pro Minute. Die Werbung ist zu einem kleineren Teil Eigenwerbung (das heisst Werbung für im Gebäude ansässige Unternehmen) und zu einem grösseren Teil Fremdwerbung. Mit Verfügung vom 28. Oktober 2008 befahl das Amt für Städtebau der Y._ AG als Grundeigentümerin und der X._ AG als Betreiberin die Beseitigung der Monitore. Einen gegen diesen Beseitigungsbefehl erhobenen Rekurs der X._ AG wies die Baurekurskommission I des Kantons Zürich am 18. September 2009 ab. Daraufhin legte die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde ein. Nach Durchführung eines Augenscheins wies dieses das Rechtsmittel mit Entscheid vom 6. Oktober 2010 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 25. November 2010 beantragt die X._ AG im Wesentlichen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Amt für Städtebau schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über eine baurechtliche Wiederherstellungsverfügung. Dieser Entscheid unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG). Ausnahmegründe im Sinne von Art. 83 BGG sind nicht gegeben. Die Beschwerdeführerin ist Adressatin des angefochtenen Entscheids und von der Anordnung in schutzwürdigen Interessen betroffen. Sie ist somit nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf die Beschwerde ist im Grundsatz einzutreten.
1.2 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 135 III 127 E. 1.6 S. 130; 134 II 244 E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
1.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, ein generelles Verbot von Flachbildschirmen würde dem Gebot der rechtsgleichen Behandlung, der Wirtschaftsfreiheit und der Eigentumsgarantie widersprechen. Sie führt weiter aus, eine ungleiche Behandlung von Vitrinen und Schaufenstern, also ein generelles Verbot von Flachbildschirmen in Vitrinen, lasse sich nicht halten.
Es sind keine Anzeichen dafür ersichtlich, dass der angefochtene Entscheid auf ein generelles Verbot von Flachbildschirmen hinauslaufen oder dass er eine generelle Unterscheidung zwischen Vitrinen und Schaufenstern treffen würde. Die Beschwerdeführerin behauptet dies eigentlich auch gar nicht. Auf ihr Vorbringen kann nicht eingetreten werden, da sie insofern nicht konkret auf den angefochtenen Entscheid eingeht.
1.4 Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, Sony mache für seine Flachbildschirme am Rüdenplatz an prominenter Lage in der Altstadt von Zürich in einem Schaufenster Werbung. Diese Ungleichbehandlung verletze Art. 8 Abs. 1 BV.
Mit ihrer Kritik zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Verwaltungsgericht erwähnte das Geschäft von Sony in keiner Weise. Soweit ersichtlich hat die Beschwerdeführerin die Rüge im vorinstanzlichen Verfahren nicht vorgebracht und hatte das Verwaltungsgericht deshalb auch keinen Anlass, eine mögliche Ungleichbehandlung zwischen Sony und der Beschwerdeführerin in Betracht zu ziehen. Jedenfalls beruft sich letztere nicht darauf, dass ihr Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden wäre (Art. 29 Abs. 2 BV). Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
1.5 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt, was in der Beschwerde näher darzulegen ist (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 134 V 223 E. 2.2.1 S. 226 mit Hinweis). Die Beschwerdeführerin reichte im bundesgerichtlichen Verfahren eine CD mit einem Film zu den Flachbildschirmen in den Schaufenstern des Niederdorfs ein. Sie zeigt jedoch nicht auf, inwiefern erst der Entscheid der Vorinstanz zu dem neuen Beweismittel Anlass gegeben hat. Das Beweismittel erweist sich als unzulässig.
1.6 Der rechtserhebliche Sachverhalt geht aus den Akten hinreichend hervor. Auf die Durchführung eines Augenscheins kann daher verzichtet werden.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG (BGE 135 III 127 E. 1.5 S. 129 f.; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; Urteil des Bundesgerichts 1C_412/2008 vom 24. März 2009 E. 2.1, in: URP 2009 S. 188; je mit Hinweisen).
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt, die Feststellung, die Schaufenster des Niederdorfs wiesen ansonsten keine Monitore auf, sei aktenwidrig. Sie bezieht sich offensichtlich auf die Erwägung der Vorinstanz, wonach trotz der geringeren Frequenz der Bildwechsel die Monitore im betroffenen Strassenraum eine gewisse Irritation schaffen würden, die sie von Schaufensterauslagen oder Schaukästen mit stehenden Bildern und dergleichen abhebe. Mit dieser Erwägung vergleicht die Vorinstanz die umstrittenen Monitore mit Schaufenstern und Schaukästen, wo nur stehende Bilder und dergleichen sind. Dass die Schaufenster des Niederdorfs ansonsten keine Monitore aufweisen würden, behauptet sie jedoch nicht, auch wenn ein solcher Vergleich offenbar treffender gewesen wäre. An anderer Stelle geht die Vorinstanz denn auch auf die Rüge der Beschwerdeführerin ein, es bestehe eine Ungleichbehandlung mit andernorts aufgestellten Bildschirmen (diesbezüglich hält sie fest, jene Bildschirme bildeten Teil der Auslage der jeweiligen Ladengeschäfte und keine selbständigen Reklameanlagen; es lägen deshalb keine vergleichbaren Sachverhalte vor). Auch das Amt für Städtebau der Stadt Zürich ist der Ansicht, der angefochtene Entscheid lasse sich nicht so verstehen, wie dies die Beschwerdeführerin tut. Es betont indessen, dass es in der Altstadt nur einige wenige Monitore gebe.
Die Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet.
2.3 Unter dem Gesichtspunkt der ästhetischen Einordnung gibt die Beschwerdeführerin eine eigene Beschreibung des Niederdorfs als Ausgeh- und Vergnügungsviertel ab. Davon ausgehend rügt sie, die Vorinstanz habe den tatsächlichen Quartiercharakter vollständig übergangen und es bei einem abstrakten Hinweis auf die Festsetzung einer Kernzone belassen. Auch insofern sei der massgebliche Sachverhalt nicht oder jedenfalls nur ungenügend abgeklärt worden.
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern das Vorbringen, das Niederdorf sei ein "äusserst pulsierendes Laden- und Vergnügungsviertel und kein Stadtquartier mit vorab musealem Charakter", für die Frage der ästhetischen Einordnung bedeutsam ist. Dasselbe gilt für die weiteren in diesem Zusammenhang gemachten Ausführungen. Die Rüge erweist sich als unbegründet.
3. 3.1 In der Hauptsache rügt die Beschwerdeführerin eine willkürliche Anwendung von § 238 Abs. 2 des Gesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht (LS 700.1; im Folgenden: PBG) bzw. von Art. 43 Abs. 1 der Bau- und Zonenordnung der Stadt Zürich vom 23. Oktober 1991 (AS 700.100; im Folgenden: BZO).
Gemäss Abs. 1 von § 238 PBG sind Bauten, Anlagen und Umschwung für sich und in ihrem Zusammenhang mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung im Ganzen und in ihren einzelnen Teilen so zu gestalten, dass eine befriedigende Gesamtwirkung erreicht wird; diese Anforderung gilt auch für Materialien und Farben. Gemäss Abs. 2 ist auf Objekte des Natur- und Heimatschutzes besondere Rücksicht zu nehmen; sie dürfen auch durch Nutzungsänderungen und Unterhaltsarbeiten nicht beeinträchtigt werden, für die keine baurechtliche Bewilligung nötig ist. Art. 43 Abs. 1 BZO verlangt, dass Bauten, Anlagen und Umschwung im Ganzen und in ihren einzelnen Teilen so zu gestalten sind, dass der typische Gebietscharakter gewahrt bleibt und eine gute Gesamtwirkung erzielt wird.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, Flachbildschirme könnten nicht per se als gestalterisch unbefriedigend bezeichnet werden. Die gegenteilige Ansicht der Vorinstanz sei anachronistisch und weltfremd. Sowohl § 238 PBG wie auch Art. 43 Abs. 1 BZO würden einen konkreten Einordnungsmangel voraussetzen. Ein solcher sei nicht ersichtlich. Das Niederdorf sei das traditionelle Ausgeh- und Vergnügungsviertel der Stadt Zürich. Das Verwaltungsgericht störe sich offensichtlich an den Bildwechseln, doch habe es selber festgestellt, dass sich in den nahe gelegenen Schaufenstern der Geschäfte von Orange und von Waser ebenfalls Monitore befänden. Flachbildschirme gebe es auch noch in unzähligen weiteren Schaufenstern und Schaukästen des Niederdorfs. Dass Flachbildschirme in einem Schaufenster, worin noch andere Gegenstände stünden, ästhetisch befriedigender seien, könne nicht behauptet werden.
Von einer gestalterischen Irritation könne vor diesem Hintergrund nicht gesprochen werden. Das Verwaltungsgericht sei denn diesbezüglich auch seiner Begründungspflicht nicht nachgekommen. Es spreche lediglich von einer restriktiven und schematischen Bewilligungspraxis im Interesse des Ortsbildschutzes und der Vermeidung einer störenden Reklamedichte. Um was für eine Praxis es dabei gehe, werde auch nicht ansatzweise erklärt. Das Amt für Städtebau der Stadt Zürich habe zudem keinen einzigen weiteren Fall anführen können, in dem ein Flachbildschirm verboten worden wäre. Gewiss sei das Gebäude an der Niederdorfstrasse 77 inventarisiert. Das treffe aber einerseits ohnehin auf die überwiegende Mehrzahl der Gebäude im Niederdorf zu und andererseits sei kein konkreter Schutzentscheid getroffen worden.
3.2 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 136 I 316 E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen).
3.3 Im angefochtenen Entscheid wird bezüglich der für die Einordnung massgeblichen Rechtsgrundlagen auf die Erwägungen des Verwaltungsgerichts und des Bundesgerichts in den Entscheiden vom 17. Januar 2007 bzw. vom 8. Januar 2008 verwiesen (Verfahren 1C_12/2007). Die Prüfung könne sich im Wesentlichen auf die Frage beschränken, ob trotz der Verkleinerung der Formate, der anderen Anordnung der Bildschirme, der verringerten Lichtemissionen und der herabgesetzten Häufigkeit der Bildwechsel der Einordnungsentscheid der örtlichen Baubehörde noch als sachlich vertretbar erscheine.
Das Verwaltungsgericht fährt weiter, wie das Bundesgericht im seinem Entscheid vom 8. Januar 2008 festgehalten habe, verfüge das Amt für Städtebau für die Beurteilung von Werbeanlagen in der Kernzone Altstadt über eine hinreichend konkretisierte Gesamtbetrachtung. Diese vermöge im Interesse des Ortsbildschutzes und zur Vermeidung einer die kleinräumige Umgebung störenden Reklamedichte eine restriktive und schematische Bewilligungspraxis zu rechtfertigen.
Im Licht dieser schematischen und restriktiven Bewilligungspraxis fielen die von der Beschwerdeführerin gegenüber der früheren Anlage vorgenommenen Änderungen nicht entscheidend ins Gewicht. Wie der Augenschein bestätigt habe, liege zwar die Helligkeit der Bildschirme im Bereich anderer Lichtquellen wie Schaufenster und dergleichen. Trotz der geringeren Frequenz der Bildwechsel würden die Monitore jedoch im dortigen Strassenraum eine gewisse Irritation schaffen, die sie von Schaufensterauslagen oder Schaukästen mit stehenden Bildern und dergleichen abhebe. Auch die geänderten Reklameanlagen könnten deshalb mit vertretbaren Gründen in der geschützten Altstadt und am schutzwürdigen Gebäude "Zum Brotkorb" als fremdes und gestalterisch unpassendes Element gewürdigt werden. Die von der Beschwerdeführerin vorgeschlagene Beschränkung von Helligkeit und Frequenz des Bildwechsels vermöchte daran nichts zu ändern. Angesichts der erhöhten Anforderungen, die sowohl § 238 Abs. 2 PBG als auch Art. 43 BZO an die Einordnung von Bauten und Anlagen in den baulichen Kontext der Kernzone stellten, vermöge bereits ein solcher relativ geringfügiger Mangel die Bewilligungsverweigerung zu rechtfertigen; eine störende Wirkung werde nicht vorausgesetzt. Auch die verkleinerten Bildschirme leisteten keinen positiven Beitrag zur Gesamtwirkung des Schutzobjekts "Zum Brotkorb" und zum geschützten Ortsbild. In Bezug auf das Ortsbild sei es sodann sachgerecht, nicht bloss die einzelne Anlage ins Auge zu fassen, sondern die gestalterische Wirkung zu berücksichtigen, welche die aus Gründen der Gleichbehandlung hinzunehmende Ausbreitung solcher neuer Formen der Werbung in der Altstadt insgesamt zur Folge hätte.
Was die Frage der Ungleichbehandlung gegenüber den in Schaufenstern an der Ecke Niederdorfstrasse/Mühlegasse und an der Oberdorfstrasse aufgestellten Bildschirmen betreffe, so lägen keine vergleichbaren Sachverhalte vor. Jene Bildschirme bildeten Teil der Auslage der jeweiligen Ladengeschäfte und keine selbständigen Reklameanlagen.
3.4 Zunächst ist zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin zu Recht rügt, der pauschale Hinweis der Vorinstanz auf die restriktive und schematische Bewilligungspraxis genüge der Begründungspflicht nach Art. 29 Abs. 2 BV nicht. Es ist davon auszugehen, dass sich die Vorinstanz auf die Ausführungen der Baubewilligungsbehörde im Verfahren 2C_12/2007 bezieht, wonach grossformatige Werbebildschirme mit ihren wechselnden, beleuchteten Bildern die gestalterischen Anforderungen in der Altstadt nicht erfüllen würden. Die Baubewilligungsbehörde führte damals weiter aus, es habe bereits der legitime Bedarf an Eigenwerbung für das in der Altstadt ansässige Gewerbe zu einer hohen Reklamedichte in der kleinräumigen Umgebung geführt. Die restriktive Praxis gegenüber Fremdwerbung diene dazu, einer Überhandnahme von Reklameanlagen entgegenzuwirken.
Angesichts dieser Ausführungen anerkannte auch das Bundesgericht, dass die Baubewilligungsbehörde über eine hinreichend konkrete Gesamtbetrachtung für Plakatwerbung in der fraglichen Kernzone verfüge (a.a.O., E. 5.4-5.6). Sie habe sich deshalb darauf beschränken dürfen, die Bewilligungsfähigkeit der umstrittenen Reklameanlagen anhand der Kriterien ihrer Gesamtbetrachtung schematisch zu prüfen. Dagegen sei sie nicht gehalten gewesen, eine ins Detail gehende, einzelfallmässige Beurteilung an den drei unterschiedlichen Standorten vorzunehmen.
Mit den Verweisen auf die früheren Entscheide, welche ebenfalls die Beschwerdeführerin betrafen und welche nach dem Gesagten Ausführungen zur Bewilligungspraxis im betreffenden Altstadtbereich enthalten, ist das Verwaltungsgericht seiner Begründungspflicht nach Art. 29 Abs. 2 BV nachgekommen. Die betreffende Rüge ist unbegründet. Ob diese Bewilligungspraxis inkonsistent oder rechtsungleich ist, wie die Beschwerdeführerin andeutet, hat nichts mit der Begründungspflicht zu tun.
3.5 Das Bundesgericht hat im Urteil 2C_12/2007 vom 8. Januar 2008 die Unterscheidung von Eigenwerbung und Fremdwerbung gebilligt (vgl. E. 5.4 und den dort zitierten Entscheid). Hinter dieser Unterscheidung und der strengeren Bewilligungspraxis gegenüber Fremdwerbung steht die Befürchtung, dass im Rahmen der Fremdwerbung eine zu permissive Praxis zu einer hohen Reklamedichte führen könnte. Mithin geht es um den Präjudizcharakter einer Bewilligung. Die unterschiedliche Behandlung von Eigenwerbung und Fremdwerbung beruht somit auf einem sachlichen Grund und ist im Prinzip nicht zu beanstanden (Art. 8 Abs. 1 BV).
Das zitierte Bundesgerichtsurteil ist indessen nicht dahingehend auszulegen, dass von einer Beurteilung der konkreten Umstände des Einzelfalls abgesehen werden dürfte oder dass bei der Beurteilung der ästhetischen Wirkung Monitore zur Eigenwerbung von vornherein nicht mit Monitoren zur Fremdwerbung verglichen werden könnten. Der Beschwerdeführerin ist insofern zuzustimmen, dass ein pauschaler Hinweis auf eine restriktive und schematische Bewilligungspraxis nicht ausreichend wäre. Nach dem Ausgeführten ist der diesbezügliche Vorwurf der Beschwerdeführerin jedoch unbegründet.
Vor diesem Hintergrund ist im Folgenden zu prüfen, ob der angefochtene Entscheid auf einer willkürlichen Anwendung von § 238 PBG oder Art. 43 BZO beruht. Das Bundesgericht auferlegt sich dabei Zurückhaltung, zumal die Beurteilung der Streitsache von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (BGE 136 I 265 E. 2.3 S. 270 mit Hinweis).
3.6 Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, dass kein Schutzentscheid in Bezug auf das Haus "Zum Brotkorb" getroffen worden sei. Dabei übersieht sie, dass für die Anwendbarkeit von § 238 Abs. 2 PBG nach der Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts kein Schutzentscheid notwendig ist (grundlegend: Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 19. November 1982, in: BEZ 1981 Nr. 5). Im Ergebnis macht die Beschwerdeführerin denn auch gar nicht geltend, es sei willkürlich, im vorliegenden Fall den strengeren Massstab von Abs. 2 von § 238 PBG anzulegen (zur Bedeutung der Inventarisierung im Hinblick auf § 238 Abs. 2 PBG siehe das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 5. Dezember 1986, in: BEZ 1987 Nr. 3). Die umstrittenen Monitore sind folglich anhand dieser Vorschrift zu beurteilen. Gesonderte Erwägungen zu Art. 43 BZO erübrigen sich, da nicht davon auszugehen ist, dass dieser Vorschrift ein noch strengerer Massstab zugrunde liegt; ihre Formulierung ist eher derjenigen von § 238 Abs. 1 PBG vergleichbar.
3.7 Zur Schutzwürdigkeit des Gebäudes "Zum Brotkorb" sind dem angefochtenen Entscheid kaum Hinweise zu entnehmen. Das Amt für Städtebau erwog in seinem Beseitigungsbefehl vom 28. Oktober 2008, es sei vom bekannten Zürcher Architekten Wilhelm Waser (1811-1866) gebaut worden. Das einmalige Gebäude besitze eine schön ausformulierte Architektur und bilde den Abschluss der Häuserzeile des Limmatquais. Es stehe in der Zürcher Altstadt und sei Teil eines Ortsbilds von überkommunaler Bedeutung. In seiner Vernehmlassung zuhanden des Bundesgerichts präzisiert und ergänzt das Amt für Städtebau, das Gebäude weise wohl mittelalterliche Bausubstanz auf. Es sei gleichsam die "Visitenkarte" des historischen Zentrums der Zürcher Altstadt. Diese ihrerseits sei ein bauhistorisch bedeutendes Ensemble mit grosser regionaler, nationaler und internationaler Ausstrahlung.
Aus den bei den Akten liegenden Fotos ist zudem ersichtlich, dass das Haus "Zum Brotkorb" in nächster Nähe zum Central, einem Verkehrsknotenpunkt der Stadt Zürich liegt. Die Vitrinen befinden sich jedoch auf jener Seite des Gebäudes, die schon stark von den kleinräumigen Verhältnissen der Niederdorfstrasse geprägt ist. Auf dieses denkmalpflegerisch sensible Umfeld nimmt die geplante Fremdwerbung in Form von vier Flachbildschirmen nicht hinreichend Rücksicht, insbesondere da es sich auch beim betroffenen Gebäude "Zum Brotkorb" um ein inventarisiertes Objekt handelt. In einer kleinräumigen Umgebung tritt jede Form von beleuchteter bzw. leuchtender Werbung stark in Erscheinung. Die Befürchtung der Baubehörden, dass bei der Bewilligung der vorliegend umstrittenen Monitore ein Präjudiz geschaffen würde, welches im Verlaufe der Zeit zu einer ästhetischen Beeinträchtigung der Altstadt führen könnte, erscheint vor diesem Hintergrund nicht unbegründet. Dies trifft nach dem Gesagten auch dann zu, wenn in der Umgebung der Eigenwerbung dienende Schaufenster ähnlich oder sogar noch auffälliger gestaltet sind (E. 3.5 hiervor). Eigenwerbung im Sinne des angefochtenen Entscheids steht in Verbindung mit dem an einem bestimmten Ort ansässigen Gewerbe und ist damit lokal eng begrenzt. Ebenso begrenzt sind damit die ästhetischen Immissionen dieser Werbeform, was sich von der Fremdwerbung gerade nicht sagen lässt. Die Präjudizwirkung ist deshalb nicht die selbe.
Vor diesem Hintergrund und angesichts der erhöhten ästhetischen Anforderungen von § 238 Abs. 2 PBG erscheint der angefochtene Entscheid als verfassungsrechtlich haltbar. Die Rüge der Willkür ist unbegründet.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Amt für Städtebau der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Mai 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Dold