Fatti:
A. Con atto d'accusa del 23 aprile 2008 il Procuratore pubblico ha deferito il dott. med. A._ alla Corte delle assise correzionali siccome accusato del reato previsto all'art. 19 n. 1 LStup. Veniva rimproverato per avere, dal mese di ottobre 1996 fino al 9 febbraio 2007, senza essere autorizzato, nella sua qualità di medico generico con studio in proprio, procurato a B._ grandi quantità di capsule dimagranti contenenti benzodiazepine e amfepramone 35 e 40 mg, sapendo che quest'ultimo, non essendo abilitato all'esercizio della professione medica, non poteva né ottenere le forniture né rivenderle al pubblico, rispettivamente sapendo che egli le avrebbe rivendute ai suoi clienti al prezzo di fr. 600.-- per trattamento e permettendogli, così, di conseguire una grossa cifra di affari e un guadagno considerevole.
B. Dopo aver prospettato all'accusato altre configurazioni giuridiche dei fatti descritti nell'atto di accusa, con sentenza del 18 dicembre 2009 il Presidente della Corte delle assise correzionali di Lugano ha riconosciuto il dott. med. A._ autore colpevole del reato di cui all'art. 20 n. 1 cpv. 3 LStup per avere, nella sua qualità di medico, ripetutamente prescritto almeno 193'660 capsule dimagranti contenenti benzodiazepine e amfepramone 35 e 40 mg, conseguendo con ciò un illecito profitto personale di circa fr. 920.--. A._ è stato per contro assolto dall'imputazione di infrazione all'art. 19 n. 1 LStup (e, implicitamente, dall'accusa riguardante le prescrizioni fatte prima del 2 dicembre 2002 per intervenuta prescrizione). A._ è stato quindi condannato a una pena pecuniaria di 150 aliquote giornaliere da fr. 400.-- ciascuna, per complessivi fr. 60'000.--, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni.
C. Il 21 giugno 2010 la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP; dal 1° gennaio 2011 Corte di appello e di revisione penale), in parziale accoglimento del ricorso per cassazione inoltrato da A._, ha ridotto la pena pecuniaria inflittagli a fr. 48'000.-- corrispondenti a 120 aliquote giornaliere di fr. 400.-- ciascuna, sempre sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni. In sintesi, dopo aver respinto le censure di arbitrio rivolte al giudizio di prima istanza, la CCRP ha ritenuto fondate le critiche ricorsuali relative all'errata commisurazione della pena.
D. A._ impugna la sentenza dell'ultima istanza cantonale con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Postula, in via principale, il suo proscioglimento dall'imputazione di infrazione alla LStup e, subordinatamente, l'annullamento della decisione impugnata e il rinvio della causa alla CCRP per nuovo giudizio.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame.
Diritto:
1. Il ricorrente è stato riconosciuto autore colpevole dell'infrazione di cui all'art. 20 n. 1 cpv. 3 LStup (RS 812.121) che punisce con una pena detentiva sino a tre anni o con una pena pecuniaria chiunque, intenzionalmente, in qualità di medico, dentista veterinario o farmacista usa o dispensa stupefacenti diversamente da quanto previsto negli art. 11 o 13 LStup e chiunque, in qualità di medico o veterinario, prescrive stupefacenti diversamente da quanto previsto nell'art. 11 LStup.
L'insorgente non contesta l'adempimento degli elementi oggettivi del reato. Sostiene tuttavia di non aver agito con dolo come invece ritenuto in sede cantonale. Sarebbero infatti arbitrari gli accertamenti in merito alla sua consapevolezza del carattere stupefacente delle sostanze che compongono le pillole dimagranti da lui prescritte e quelli secondo cui il ricorrente sapeva che B._ non era a beneficio dell'autorizzazione cantonale per l'esercizio della professione medica.
2. Per giurisprudenza invalsa, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata. Il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'art. 9 Cost. solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 135 V 2 consid. 1.3 pag. 4, con rinvii). Per quanto concerne più in particolare l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, il giudice - il quale in questo ambito dispone di un ampio potere discrezionale - incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (DTF 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62; 129 I 8 consid. 2.1).
Se in merito ai fatti l'autorità cantonale ha forgiato la sua convinzione sulla base di un insieme di elementi o d'indizi convergenti, non basta che l'uno o l'altro di questi o addirittura ciascuno di essi preso isolatamente risulti insufficiente. La valutazione delle prove dev'essere esaminata nel suo insieme. Non sussiste arbitrio se i fatti accertati possono essere dedotti in modo sostenibile dal collegamento dei diversi elementi o indizi. Analogamente non vi è arbitrio per il solo fatto che uno o più argomenti corroborativi appaiano fragili, nella misura in cui la soluzione ritenuta può essere giustificata in modo sostenibile con altri argomenti atti a convincere (sentenza 6B_992/2008 del 5 marzo 2009 consid. 1.2).
3. È stato accertato, e non viene qui contestato, che a partire dal 1° luglio 1996 le capsule dimagranti prescritte dal ricorrente soggiacciono alla legislazione sugli stupefacenti in ragione delle sostanze che le compongono (v. appendici a e b dell'ordinanza di Swissmedic sugli stupefacenti; RS 812.121.2). Secondo la sentenza impugnata il ricorrente non poteva ignorarlo. Sia il Farmacista cantonale sia l'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) ne hanno infatti informato tutti gli operatori sanitari del Cantone rispettivamente del Paese.
3.1 A mente dell'insorgente, nulla permetterebbe di comprovare l'effettiva trasmissione e ricezione della circolare del 28 giugno 1996 del Farmacista cantonale o del bollettino n. 24 del 24 giugno 1996 dell'UFSP. È infatti pacifico che tali documenti non siano stati inviati tramite raccomandata. Inoltre, le dichiarazioni del Farmacista cantonale aggiunto sono risultate contraddittorie nella misura in cui ha dapprima affermato che la circolare in questione era stata emanata dall'Ufficio del Medico cantonale per poi asserire che tale documento emanava dal Farmacista cantonale. La circolare sarebbe poi stata inviata a tutti i medici del Cantone dopo aver ricevuto a tale scopo le etichette dall'Ufficio del Medico cantonale che dispone dei nominativi di tutti i medici. Sennonché il Presidente dell'Ordine dei medici ticinesi ha riferito al ricorrente di aver ritrovato unicamente le circolari del 18 giugno 1996 e del 4 ottobre 1996 trasmesse ai farmacisti del Cantone, senza però trovare traccia di un'analoga circolare destinata ai medici. Quanto poi al bollettino, non è assolutamente stato provato che sia stato trasmesso all'insorgente, tanto meno se si considera che di regola l'UFSP non trasmette le disposizioni sanitarie ai singoli operatori in tutta la Svizzera. Del resto, anche il dott. med. C._ ha confermato di non aver mai ricevuto alcuna direttiva od ordinanza da parte dell'Ufficio del Farmacista cantonale o dell'UFSP per quanto concerne le benzodiazepine e gli anoressigeni. In simili circostanze, le considerazioni della CCRP riguardo alla consapevolezza del ricorrente sul carattere stupefacente delle sostanze componenti le pillole in questione costituiscono mere congetture non supportate dal benché minimo riscontro oggettivo.
3.2 Va innanzitutto rilevato che i nuovi fatti e mezzi di prova su cui in parte si fonda l'argomentazione ricorsuale, e meglio quanto riferito dal Presidente dell'Ordine dei medici ticinesi (di cui peraltro non v'è traccia nell'incarto) nonché l'attestazione redatta il 10 agosto 2010 dal dott. med. C._ allegata al ricorso, non possono essere tenuti in considerazione dal Tribunale federale in quanto inammissibili in questa sede.
Giusta l'art. 99 cpv. 1 LTF, infatti, possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Ciò è in particolare il caso di fatti e prove relativi all'ammissibilità di un ricorso (notificazione della decisione, osservanza dei termini, ...), di fatti e prove volti a sostanziare determinati inattesi vizi di natura formale (violazione del diritto di essere sentito, non corretta composizione del collegio giudicante), e infine di fatti e prove divenuti rilevanti a seguito di una nuova e imprevedibile argomentazione giuridica formulata dall'istanza precedente, ma non di fatti e prove che la parte ricorrente avrebbe potuto e dovuto addurre già dinanzi a tale istanza. Per tentare di dimostrare che l'accertamento dei fatti è manifestamente inesatto o l'apprezzamento delle prove arbitrario, l'insorgente non può in effetti fondarsi su allegazioni che egli stesso ha omesso di far valere in precedenza (sentenza 4A_36/2008 del 18 febbraio 2008, consid. 4.1). Spetta al ricorrente illustrare l'adempimento dei presupposti dell'art. 99 LTF (DTF 133 III 393 consid. 3).
In concreto le condizioni per ammettere in questa sede i nuovi fatti e nuovi mezzi di prova non sono adempiute, il ricorrente medesimo non pretende del resto il contrario.
3.3 La censura di arbitrio cade comunque nel vuoto. La consapevolezza del ricorrente riguardo alla natura stupefacente delle sostanze componenti le pillole dimagranti è stata stabilita sulla base di una serie di indizi. L'insorgente però si concentra unicamente su alcuni di essi e omette di contestare gli altri.
3.3.1 Va ad ogni modo osservato che non vi è stato alcun accertamento in merito all'effettiva ricezione da parte del ricorrente della circolare del Farmacista cantonale o del bollettino dell'UFSP. La CCRP si è limitata a rilevare come il fatto che il Farmacista cantonale abbia dichiarato di avere spedito la circolare sulla base delle etichette fornite dall'Ufficio del Medico cantonale - detentore della lista di tutti i medici esercitanti la libera professione nel Cantone - e l'esistenza di un bollettino periodico allestito da una diversa autorità - l'UFSP - e di norma da essa recapitato a tutti gli operatori sanitari del Paese costituivano, considerati congiuntamente, degli elementi fortemente indizianti del fatto che l'informazione è effettivamente giunta all'insorgente. Le imprecisioni delle dichiarazioni del Farmacista cantonale, sottolineate nel ricorso, non sono state ignorate dalla Corte ticinese che ha però rilevato come i fattori di incertezza emersi sono stati sormontati dalla documentazione che lo stesso Farmacista ha prodotto al Ministero pubblico. Queste considerazioni non prestano il fianco a critiche di sorta. Tanto meno se si considera che la CCRP ha evidenziato l'assenza di altri fattori atti a negare o diminuire il valore indiziante delle circostanze dinanzi evocate. Il ricorrente infatti non si è avvalso di un eventuale cambiamento di indirizzo, non ha preteso di non figurare tra i destinatari regolari del bollettino federale, non ha sostenuto che gli sia già capitato in passato di non ricevere qualche numero del suddetto bollettino, neppure ha invocato circostanze che possano far dubitare della completezza della lista dei medici tenuta dall'Ufficio del Medico cantonale o che possano dimostrare che, altre volte, in passato le circolari del Farmacista cantonale non gli sono giunte così da rendere almeno verosimile la probabilità che ciò sia avvenuto anche con la circolare in questione. Così stando le cose, è dunque senza arbitrio che l'invio della circolare del Farmacista cantonale e del bollettino dell'UFSP è stato ritenuto dalla CCRP come un indizio della consapevolezza dell'insorgente in merito al carattere stupefacente delle sostanze contenute nelle pillole dimagranti.
3.3.2 A tale indizio se ne sono però aggiunti degli altri che hanno permesso all'autorità cantonale di concludere che il ricorrente era consapevole della natura stupefacente delle pillole. Innanzitutto non appariva credibile che un professionista preparato - come l'insorgente si è definito - non aggiorni le sue conoscenze e le informazioni riguardanti la sua professione, segnatamente in una materia delicata come quella degli stupefacenti. Accertato che dal 1° luglio 1996 le sostanze in questione sono annoverate tra gli stupefacenti, non era infatti immaginabile che nel maggio 2003 (data delle prime forniture di pastiglie per cui l'azione penale non è prescritta) il ricorrente non sapesse ancora che tali sostanze erano (ormai da anni) considerate stupefacenti. La CCRP ha poi osservato come il riconoscimento del carattere stupefacente di dette sostanze si inserisce nell'ambito di un'importante modifica legislativa che ha condotto alla sostituzione dell'allora vigente ordinanza con due nuove normative, l'ordinanza sugli stupefacenti (O Stup; RS 812.121.1) e l'ordinanza sui precursori (OPrec; RS 812.121.3) e che ha implicato dei cambiamenti pratici anche per l'attività dei medici. E una modifica così importante dell'ordinamento giuridico concernente da vicino la professione medica non può essere sfuggita al ricorrente. Ma non solo. La Corte ticinese ha viepiù attribuito valore indiziante della consapevolezza del carattere stupefacente delle sostanze anche al fatto che le pillole venivano ordinate prima in Francia e, poi, a San Gallo (e unicamente a un farmacista compiacente, in forza anche del legame di parentela con lo stesso insorgente). Nulla (di lecito) infatti permette di spiegare la necessità di procurarsi le pastiglie fuori cantone. Poiché la loro composizione risulta estremamente banale nella sua semplicità, non è ragionevolmente possibile pretendere che esse non potessero venir confezionate in Ticino per ragioni di natura tecnica. Infine la CCRP ha evidenziato come ormai da anni il carattere stupefacente delle anfetamine è notorio non solo nella cerchia degli addetti ai lavori, ma nella popolazione in generale. Non è pertanto nemmeno sostenibile che un medico non sapesse che tali sostanze soggiacciono alla LStup.
3.3.3 Ora il ricorrente non si confronta con tutti gli elementi anzidetti, ritenuti in sede cantonale per concludere alla sua consapevolezza. Si limita a qualificare di inconferente la circostanza secondo cui si procurava le capsule in Francia. Contrariamente a quanto sostenuto dalla CCRP, l'insorgente afferma che la loro composizione non sarebbe affatto banale. Non andrebbe peraltro disatteso che l'insorgente aveva chiesto di produrre i preparati in questione a diverse farmacie ticinesi che però rispondevano di non occuparsi della confezione del prodotto. Sicché qualsiasi considerazione riferita all'inusualità della procedura di approvvigionamento dei preparati in parola sarebbe priva di riscontri di qualsiasi tipo.
Con una simile argomentazione l'insorgente però non fa che contrapporre il proprio punto di vista a quello dell'autorità cantonale senza sostanziare arbitrio. Non spiega infatti perché la composizione delle pillole non sarebbe banale e formula le sue critiche adducendo fatti nuovi non accertati in sede cantonale, segnatamente la circostanza secondo cui le farmacie ticinesi interpellate affermavano di non occuparsi della confezione delle pillole. Su questo punto il ricorso risulta quindi inammissibile.
3.3.4 Senza prevalersi di un diniego di giustizia, l'insorgente ritiene che la CCRP abbia omesso di confrontarsi con la buona fede invocata nel ricorso. Sulla base dell'Arzneimittel-Brevier 2010 il ricorrente riteneva infatti in assoluta buona fede che le sostanze di cui è discorso non soggiacessero alla LStup. Stante tale breviario diversi medicamenti contenenti benzodiazepine e amfepramone non sono considerati degli stupefacenti, bensì soggiacciono unicamente a ricetta medica.
Sennonché tale documento non giova al ricorrente. Occorre infatti rammentare che i fatti rimproveratigli risalgono agli anni 2003-2007. Non si scorge quindi come egli potesse considerare in buona fede che le sostanze in parola non fossero annoverate tra gli stupefacenti sulla base di un breviario del 2010.
3.4 In sintesi l'accertamento secondo cui il ricorrente era consapevole che le sostanze componenti le pillole dimagranti avevano carattere stupefacente non appare minimamente insostenibile ma è anzi sorretto da tutta una serie di elementi, plausibili e convincenti, che non permetterebbero di giungere a diversa conclusione nemmeno se il Tribunale federale potesse riesaminare liberamente tale accertamento. La censura si rivela così infondata.
4. L'insorgente si duole di arbitrio anche in relazione all'accertamento della sua consapevolezza circa il fatto che B._ non fosse al beneficio dell'autorizzazione cantonale per l'esercizio della professione medica.
L'analoga censura di arbitrio formulata dinanzi alla CCRP non è stata da questa vagliata. La Corte cantonale ha infatti ritenuto tale circostanza irrilevante ai fini dell'applicazione dell'art. 20 n. 1 cpv. 3 LStup. Il ricorrente si limita a obiettare che l'accertamento "influisce in maniera decisiva sull'intenzionalità del suo comportamento e finanche sulla qualifica dello stesso" (ricorso pag. 16). Tale generico assunto è però manifestamente lungi dal dimostrare l'adempimento delle condizioni dell'art. 97 cpv. 1 LTF, ovvero che l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento. L'insorgente non spiega come e in che misura l'accertamento contestato possa concretamente avere un influsso qualsiasi sulla sua condanna.
A ogni modo, si rileva il carattere puramente appellatorio della censura. L'insorgente infatti formula le sue critiche come se stesse argomentando davanti a un'autorità dotata di pieno potere cognitivo in relazione agli accertamenti di fatto, e non davanti al Tribunale federale il cui potere in quest'ambito è limitato conformemente agli art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 2 LTF. Egli nemmeno si confronta con tutti gli elementi elencati dal primo giudice per ritenere che fosse consapevole del fatto che B._ non disponeva dell'autorizzazione cantonale per l'esercizio della professione medica. In particolare non spiega perché, se davvero era convinto che B._ poteva esercitare l'attività medica, questi non poteva procurarsi da solo le pillole dimagranti. Ne segue l'inammissibilità del ricorso su questo punto.
5. Sotto il profilo del diritto materiale, il ricorrente contesta di aver agito con dolo.
5.1 La CCRP ha ritenuto che, prescrivendo a nome di B._ delle capsule contenenti sostanze stupefacenti sapendo che esse erano destinate a terzi a lui sconosciuti, il ricorrente ha adempiuto tutti gli elementi costitutivi del reato di cui all'art. 20 n. 1 cpv. 3 LStup e ha agito per dolo diretto.
5.2 A mente dell'insorgente, nell'ambito della valutazione dell'esistenza dei presupposti soggettivi del reato, non è stato debitamente tenuto conto dell'esiguo ammontare del profitto conseguito, pari a complessivi fr. 913.50. Non vi è chi non veda come il ricorrente, se avesse realmente saputo che le sostanze in parola soggiacevano alla LStup, mai avrebbe messo a repentaglio la sua irreprensibilità di medico, tanto meno a fronte di un profitto irrisorio. Non ha dunque agito mosso dal desiderio di lucro. Il comportamento attribuito all'insorgente può semmai assurgere a una negligenza, ritenuto che agli atti non vi sono indizi di sorta riferiti al carattere intenzionale del suo agire, nemmeno a livello di dolo eventuale. Il ricorrente afferma di non aver mai inteso distribuire le pillole dimagranti a persone che ne avrebbero fatto uso, ma semplicemente fornirle a un medico che gliene aveva fatto domanda. Non ha mai avuto la coscienza e l'intenzionalità di uscire dal contesto medico, ritenuto che l'insorgente era persuaso della qualità di medico di B._ (che, in quanto tale, tutelava l'eventuale somministrazione dei medicamenti conformemente alle regole dell'arte medica). Non ha mai dispensato le pillole dimagranti a consumatori finali, ma si è limitato a porle a disposizione di una persona che si presentava e appariva ai suoi occhi quale medico, ritenendo in buona fede che B._ le avrebbe rimesse a suoi pazienti adottando le misure che l'arte medica imponeva (visita medica, anamnesi, diagnosi,...). In simili circostanze, il ricorrente riteneva che la fornitura da parte sua delle capsule dimagranti a B._ non violava alcun principio dell'arte medica ed era ammessa dalla scienza. Non va poi omesso di considerare - come invece fatto dalla CCRP - che, tra le accuse mosse a B._, vi è pure quella di truffa aggravata, per aver ingannato con astuzia un numero considerevole di pazienti sulle sue qualifiche professionali. Appare dunque evidente che l'insorgente è solo una delle vittime finite nella tela di menzogne astutamente intessuta da B._ che ha saputo sfruttare la fiducia di chi lo circondava.
5.3 L'argomentazione ricorsuale è fuorviante. L'insorgente è stato condannato non per aver fornito a utilizzatori finali le pillole contenenti stupefacenti in una misura non ammessa dalla scienza, ma per averle prescritte nonché dispensate a B._ sebbene non fosse suo paziente e non soffrisse di obesità patologica. Ora, come già ricordato dalla CCRP, l'art. 43 O Stup permette ai medici di prescrivere stupefacenti soltanto ai pazienti che hanno essi stessi visitato (cpv. 1) in quantità non eccedenti quanto necessario per un mese di cura, durata che può eccezionalmente essere prolungata di due mesi se le circostanze lo giustificano e nel rispetto dell'art. 11 LStup (cpv. 5). Secondo gli accertamenti cantonali, il ricorrente, consapevole del carattere stupefacente delle sostanze in parola, ha prescritto e dispensato a B._ una quantità di pillole dimagranti (circa 990 trattamenti completi) manifestamente sproporzionata per la cura di un singolo paziente, pur sapendo che le pastiglie prescritte erano in realtà destinate a terze persone del cui stato di salute e delle cui necessità terapeutiche egli nulla sapeva e conscio dunque che le sue prescrizioni non erano conformi all'art. 11 LStup. In simili circostanze, non si può non concludere che egli ha agito con dolo, e meglio con dolo diretto come rimarcato dalla CCRP. Tale conclusione non cambia neppure volendo considerare l'insorgente una delle vittime dell'agire di B._ che si faceva passare per medico. Quello che conta è che ha prescritto e dispensato le pastiglie a una persona che sapeva non essere sua paziente, che non aveva visitato e che non soffriva di problemi di sovrappeso e pertanto senza alcuna ragione terapeutica. Come rettamente osservato dalla Corte cantonale, un simile comportamento è contrario all'art. 20 LStup anche quando avviene a beneficio di un collega medico autorizzato al libero esercizio della professione. Infine, il fatto che l'insorgente non abbia agito a scopo di lucro nulla muta sotto il profilo soggettivo dell'infrazione, non richiedendo l'art. 20 n. 1 LStup che l'autore agisca con un fine speciale. Questo elemento riveste dell'importanza nella valutazione della colpa dell'autore. Sicché a ragione l'esigua entità del profitto è stata presa in considerazione soltanto nel commisurare la pena del ricorrente.
In sintesi, ammettendo la realizzazione dell'aspetto soggettivo del reato di cui all'art. 20 n. 1 cpv. 3 LStup, la CCRP non ha violato il diritto federale. Il ricorso risulta quindi infondato.
6. Da quanto precede discende che il ricorso è infondato e va pertanto respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono di conseguenza poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico, alla Corte di appello e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e al Ministero pubblico della Confederazione.