Sachverhalt:
A. Am 23. Juli 2007 bewilligte der Gemeinderat der Einwohnergemeinde Wohlen ein Baugesuch der C._ AG für eine Arealüberbauung auf der Parzelle Nr. 607 in Wohlen, bestehend aus zwei Wohn- und Geschäftshäusern mit 30 Wohnungen, zwei Verkaufsgeschäften und zwei Büros sowie einer Tiefgarage mit 66 Abstellplätzen und zehn oberirdischen Parkplätzen. Die Bauparzelle liegt in der Nähe des Bahnhofs und gemäss dem kommunalen Bauzonenplan in der Kernzone. Die Einwohnergemeinde Wohlen als Eigentümerin der Parzelle Nr. 607 verkaufte die Liegenschaft der C._ AG unter der Bedingung, dass die Baubewilligung in Rechtskraft erwächst. Mit Entscheid vom 2. April 2008 hiess der Regierungsrat des Kantons Aargau eine von A._ und B._ gegen das Projekt erhobene Beschwerde gut und hob die Baubewilligung auf.
B. Auf Beschwerden der Einwohnergemeinde Wohlen und der C._ AG hin hob das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau den Entscheid des Regierungsrats am 16. Juni 2009 auf und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an ihn zurück. Das Verwaltungsgericht war der Ansicht, der Gemeinderat habe die kommunalen und kantonalen Bestimmungen, welche eine gute Einordnung des Projekts ins Orts- und Quartierbild sowie die Wahrung des bestehenden baulichen Gesamtcharakters verlangen, korrekt angewendet. Die Rückweisung der Sache an den Regierungsrat begründete es damit, dass dieser sich zu den übrigen Streitpunkten wie Grenzabstand, Mehrlängenzuschlag, Schattenwurf, Aufhebung der bestehenden Parkplätze, Neubau von Parkplätzen und Veloabstellplätzen sowie ökologischen Ausgleichsflächen nicht geäussert habe. Auf eine von A._ und B._ gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 16. Juni 2009 erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht nicht ein, weil es sich beim Rückweisungsentscheid nicht um einen anfechtbaren Zwischenentscheid handelte (Urteil 1C_390/2009 vom 14. April 2010).
C. In der Folge befasste sich der Regierungsrat erneut mit der von A._ und B._ gegen die Baubewilligung erhobenen Beschwerde. Er wies die Beschwerde am 30. Juni 2010 ab und bestätigte die vom Gemeinderat erteilte Baubewilligung. Gegen diesen Entscheid des Regierungsrats gelangten A._ und B._ ans Verwaltungsgericht. Ein von ihnen gleichzeitig gestelltes, gegen alle am Urteil des Verwaltungsgerichts vom 16. Juni 2009 mitbeteiligten Richter, den befassten Gerichtsschreiber sowie sämtliche befassten Sachbearbeiter gerichtetes Ablehnungsbegehren wies die Verwaltungskommission des Obergerichts des Kantons Aargau am 24. November 2010 ab. Die von A._ und B._ gegen den Entscheid der Verwaltungskommission erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht ab (Urteil 1C_52/2011 vom 23. März 2011). Am 16. November 2011 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von A._ und B._ gegen den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 ab.
D. Gegen die Entscheide des Verwaltungsgerichts vom 16. Juni 2009 sowie vom 16. November 2011 haben A._ und B._ am 8. Februar 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, die angefochtenen Entscheide sowie die Baubewilligung für die Arealüberbauung seien aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung der Kostenfragen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Angelegenheit gesamthaft zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Mit Verfügung vom 7. März 2012 hat das Bundesgericht das von den Beschwerdeführern gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.
F. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verweist auf den angefochtenen Entscheid und verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit weiteren Eingaben halten die Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerinnen an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil vom 16. November 2011, mit welchem das Verwaltungsgericht eine Beschwerde gegen die Erteilung einer Bewilligung für eine Arealüberbauung abwies, handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Der vorinstanzliche Zwischenentscheid vom 16. Juni 2009 ist zusammen mit der Beschwerde gegen den Endentscheid vom 16. November 2011 anfechtbar, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (vgl. Art. 93 Abs. 3 BGG). Die Beschwerdeführer sind als Adressaten der angefochtenen Entscheide und als Eigentümer unmittelbar benachbarter Liegenschaften zur Beschwerde legitimiert (vgl. Art. 89 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Die Beschwerdeführer bringen vor, die Einwohnergemeinde Wohlen habe es in Verletzung von Art. 2 Abs. 1 RPG (SR 700), wonach Bund, Kantone und Gemeinden die für ihre raumwirksamen Aufgaben nötigen Planungen erarbeiten und sie aufeinander abstimmen, unterlassen, den kommunalen Bauzonenplan an den kantonalen Richtplan anzupassen. Insbesondere verweigere sie die Schaffung eines Bahnhofgebiets von kantonalem Interesse. Auf diese Rügen ist nicht einzutreten, weil nicht der kommunale Zonenplan, sondern die Bewilligung für eine Arealüberbauung auf der Parzelle Nr. 607 Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet.
1.3 Ebenfalls nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sind die Umstände des Verkaufs der Parzelle Nr. 607 durch die Einwohnergemeinde Wohlen sowie des vor dem Baubewilligungsverfahren von der Gemeinde durchgeführten Architekturwettbewerbs.
2. Nach § 50 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Aargau über Raumentwicklung und Bauwesen vom 10. Januar 1993 (BauG) in der bis zum 31. Dezember 2009 geltenden Fassung (a§ 50 Abs. 1 BauG) müssen Arealüberbauungen eine gesamthaft bessere Lösung bieten. § 21 Abs. 2 der Allgemeinen Verordnung des Kantons Aargau zum Baugesetz vom 23. Februar 1994 (ABauV) in der bis zum 31. Dezember 2009 geltenden Fassung (a§ 21 Abs. 2 ABauV) umschreibt einzelne Bewilligungsvoraussetzungen für Arealüberbauungen. Ergänzt werden die kantonalen Bestimmungen für Arealüberbauungen durch die Bau- und Nutzungsordnung der Gemeinde Wohlen vom 8. Mai/6. September 2006 (BNO).
Die Vorinstanz kam in den angefochtenen Entscheiden vom 16. Juni 2009 sowie vom 16. November 2011 zum Schluss, das umstrittene Bauvorhaben erfülle die Anforderungen des kantonalen und kommunalen Rechts an eine Arealüberbauung. Das Bundesgericht überprüft die Auslegung und Anwendung des kantonalen (inklusive des kommunalen) Rechts nur auf Willkür hin und nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorbebracht und genügend begründet worden ist (vgl. Art. 106 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 lit. a BGG). Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen).
3. Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe Art. 33 Abs. 3 lit. b RPG verletzt, weil sie darauf verzichtet habe, die Sache an den Regierungsrat zurückzuweisen, obwohl dieser beim (zweiten) Entscheid vom 30. Juni 2010 seine Kognition nicht ausgeschöpft habe. Im Gegensatz zum Regierungsrat stehe der Vorinstanz nach § 55 Abs. 1 und 3 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Aargau vom 4. Dezember 2007 (VRPG) in der vorliegend zu beurteilenden Sache keine Ermessenskontrolle zu, weshalb die Sache an den Regierungsrat hätte zurückgewiesen werden müssen.
3.1 Das kantonale Recht sieht wenigstens ein Rechtsmittel vor gegen Verfügungen und Nutzungspläne, die sich auf das RPG und seine kantonalen und eidgenössischen Ausführungsbestimmungen stützen (Art. 33 Abs. 2 RPG). Es gewährleistet die volle Überprüfung durch wenigstens eine Beschwerdebehörde (Art. 33 Abs. 3 lit. b RPG). Volle Überprüfung bedeutet in diesem Zusammenhang nicht nur freie Prüfung des Sachverhalts und der sich stellenden Rechtsfragen, sondern auch eine Ermessenskontrolle. Die Beschwerdebehörde hat zu beurteilen, ob die Planungsbehörde das Planungsermessen richtig und zweckmässig ausgeübt hat (BGE 127 II 238 E. 3b/aa S. 242 mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz führt im Urteil vom 16. November 2011 aus, von den acht in a§ 21 Abs. 2 ABauV genannten Qualitätszielen habe sie in ihrem Entscheid vom 16. Juni 2009 lediglich ein einzelnes überprüft, nämlich die Frage der Einordnung des Vorhabens in das Orts- und Quartierbild, wozu auch die Frage der zulässigen Verdichtung gehöre (a§ 21 Abs. 2 lit. c ABauV). Auch die Gebäudehöhe habe sie ausschliesslich unter dem Gesichtspunkt der Einordnung geprüft. Zu den übrigen Voraussetzungen für eine Arealüberbauung habe sie sich im erwähnten Entscheid nicht geäussert. Der Regierungsrat sei im zweiten Umgang bei der Beurteilung der Einordnung des Vorhabens an ihren Entscheid vom 16. Juni 2009 gebunden gewesen. Ihr Entscheid habe aber weder eine Überprüfung der übrigen Qualitätskriterien durch den Regierungsrat ersetzt, noch habe er das Ergebnis dieser Prüfung vorweggenommen. Nachdem die Beschwerdeführer die übrigen Voraussetzungen für eine Arealüberbauung nicht in Frage gestellt hätten, habe der Regierungsrat im zweiten Umgang noch zu beurteilen gehabt, ob das Projekt eine sorgfältige und rationelle Erschliessung vorsieht (a§ 21 Abs. 2 lit. d ABauV), gute Spiel-, Freizeit-, Erholungs- und Gartenanlagen sowie ökologische Ausgleichsflächen ausweist (a§ 21 Abs. 2 lit. f ABauV) und ob die Anordnung der Pflichtparkplätze den gesetzlichen Vorgaben entspricht (a§ 21 Abs. 3 ABauV).
Der Regierungsrat habe sich im Entscheid vom 30. Juni 2010 zu all diesen Punkten geäussert. Unzutreffend sei aber die Annahme des Regierungsrats, sie (die Vorinstanz) habe mit ihrem Entscheid vom 16. Juni 2009 ein bestimmtes Konzept geschützt, das die Bewertung der Freiflächen präjudiziere. Auch hätten sich ihre Erwägungen zum Gebäudevolumen ausschliesslich auf das Qualitätskriterium der Einordnung bezogen, weshalb der Regierungsrat frei gewesen wäre, das Gebäudevolumen unter anderen Gesichtspunkten kritisch zu würdigen. Indem sich der Regierungsrat in seinem Entscheid vom 30. Juni 2010 in diesen Fragen als gebunden betrachtet habe, habe er seine Kognition in unzulässiger Weise beschränkt. Ausserdem führe es zu einem unhaltbaren Widerspruch, wenn der Regierungsrat das Erfordernis guter Spiel-, Freizeit-, Erholungs- und Gartenanlagen sowie das Vorhandensein ökologischer Ausgleichsflächen sinngemäss als erfüllt erachte, gleichzeitig aber ausführe, es entstehe der Eindruck von weniger wertvollen, weil beschatteten, fast erdrückten oder verlochten Freiräumen in Häuserschluchten. In dieser Hinsicht leide der Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 an einem Rechtsfehler.
Die Sache an den Regierungsrat zurückzuweisen und ihn zur Ausschöpfung seiner Kognition und zur Bereinigung der Widersprüche anzuhalten, wäre nach Ansicht der Vorinstanz allerdings auf einen prozessualen Leerlauf hinausgelaufen, weshalb sie davon absah. Für einen reformatorischen Entscheid spreche auch das Interesse der Baugesuchstellerin an einer beförderlichen Behandlung der Beschwerdesache. Zu beurteilen seien ausschliesslich Rechtsfragen, deren Überprüfung in ihre Kognition fielen, sodass den Beschwerdeführern aus dem Verzicht auf eine Rückweisung der Sache kein Rechtsnachteil entstehe.
3.3 Indem die Vorinstanz festgehalten hat, der Regierungsrat habe sich in seinem Entscheid vom 30. Juni 2010 in bestimmten, von den Beschwerdeführern gerügten Fragen zu Unrecht als an ihren Entscheid vom 16. Juni 2009 gebunden betrachtet, hat sie im Ergebnis eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) bejaht.
Grundsätzlich führt die Verletzung des rechtlichen Gehörs ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selbst zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (BGE 137 I 195 E. 2.2 S. 197 mit Hinweis). Eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs kann aber ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Rechtsmittelinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie auch die Rechtslage frei überprüfen kann. Unter dieser Voraussetzung ist darüber hinaus - im Sinne einer Heilung des Mangels - selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör von einer Rückweisung der Sache an die Vorinstanz abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (BGE 137 I 195 E. 2.3.2 S. 197 f. mit Hinweisen).
3.4 Nach dem (zweiten) Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 war vor der Vorinstanz bezüglich der Anforderungen an Arealüberbauungen (nur) noch umstritten, ob das Projekt gute Spiel-, Freizeit-, Erholungs- und Gartenanlagen sowie genügend ökologische Ausgleichsflächen ausweist (a§ 21 Abs. 2 lit. f ABauV). Wie diese Bestimmung und die darin enthaltenen unbestimmten Rechtsbegriffe auszulegen sind, ist eine Rechtsfrage, welche die Vorinstanz nach Art. 55 Abs. 1 VRPG grundsätzlich frei prüft. Ein Planungsermessen wird den Bewilligungsbehörden von a§ 21 Abs. 2 lit. f ABauV nicht eingeräumt. Folglich hat die Vorinstanz nicht gegen Art. 33 Abs. 2 lit. b RPG verstossen, wenn sie unter Hinweis auf den Grundsatz der Prozessökonomie und das Interesse der Baugesuchstellerin an einer beförderlichen Behandlung auf die Rückweisung der Sache an den Regierungsrat verzichtet und in der Sache selbst entschieden hat, zumal sich die Beschwerdeführer vor der Vorinstanz umfassend zur Sache äussern konnten, womit die Voraussetzungen für eine Heilung der Gehörsverletzung erfüllt waren.
4. Die Beschwerdeführer bringen mehrfach vor, die angefochtenen Entscheide der Vorinstanz würden an Widersprüchen leiden und damit Art. 25a Abs. 3 RPG verletzten. Dabei übersehen sie, dass Art. 25a RPG lediglich den Fall regelt, in dem die Errichtung oder die Änderung einer Baute oder Anlage Verfügungen verschiedener Behörden erfordert (Art. 25a Abs. 1 RPG). Dagegen kann sich ein Beschwerdeführer nicht auf Art. 25a RPG berufen, wenn er geltend machen will, die Begründung eines Entscheids oder zweier Entscheide der gleichen Behörde sei widersprüchlich. Soweit die Beschwerdeführer darüber hinaus der Ansicht sind, die Vorinstanz habe kantonales oder kommunales Recht widersprüchlich und damit willkürlich im Sinne von Art. 9 BV angewendet, ist darauf im jeweiligen Sachzusammenhang einzugehen, soweit die Rügen genügend begründet sind.
5. Die Beschwerdeführer sind der Ansicht, die Vorinstanz habe Art. 9 Abs. 1 RPG sowie Art. 9 BV verletzt und eine formelle Rechtsverweigerung begangen, indem sie bei der Anwendung der kantonalen und kommunalen Bestimmungen den kantonalen Richtplan ausser Acht gelassen habe, der für das Gebiet, in welchem die umstrittene Arealüberbauung geplant sei, eine Nutzungsdurchmischung vorsehe.
5.1 Nach Art. 9 Abs. 1 RPG sind Richtpläne für die Behörden verbindlich. Ein nutzungskonformes Bauvorhaben kann indessen nicht mit der Begründung verweigert werden, es widerspreche einem behördenverbindlichen Richtplan. Immerhin entfalten Richtpläne im Baubewilligungsverfahren ihre Bindungskraft dort, wo das anwendbare Recht Ermessen einräumt oder mithilfe unbestimmter Gesetzesbegriffe Handlungsspielräume gewährt (ausführlich dazu das Urteil des Bundesgerichts 1A.154/2002 vom 22. Januar 2003 E. 4.1 f.).
5.2 Die aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) fliessende grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen, bedeutet nicht, dass sie sich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Der Bürger soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat, damit er gegebenenfalls den Entscheid sachgerecht anfechten kann (BGE 134 I 83 E. 4.1 S. 88; 133 I 270 E. 3.1 S. 277; je mit Hinweisen).
Im vorinstanzlichen Verfahren haben die Beschwerdeführer (nebenbei) vorgebracht, der hohe Wohnnutzungsanteil des Projekts widerspreche dem kantonalen Richtplan. Die Vorinstanz hielt daraufhin im angefochtenen Entscheid vom 16. November 2011 fest, die Baubewilligungsbehörden seien bei der Beurteilung von Baugesuchen nicht an den kantonalen Richtplan gebunden, womit sie die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu Art. 9 Abs. 1 RPG (vgl. E. 5.1 hiervor) auf nicht ganz unproblematische Weise verkürzt wiedergegeben hat. Allerdings hat sich die Vorinstanz bereits in ihrem Entscheid vom 16. Juni 2009 ausführlich mit der Frage auseinandergesetzt, ob der vorgesehene relativ hohe Wohnnutzungsanteil der Erteilung einer Bewilligung entgegenstehen könnte. Dass sie sich dabei in erster Linie nicht auf den kantonalen Richtplan, sondern auf die kommunale Nutzungsplanung bzw. die BNO der Gemeinde Wohlen gestützt hat, ist nach dem Gesagten nicht zu beanstanden. Jedenfalls waren die Beschwerdeführer ohne Weiteres in der Lage, die vorinstanzlichen Entscheide sachgerecht anzufechten, weshalb sie mit der Rüge der formellen Rechtsverweigerung nicht durchdringen.
5.3 Vor Bundesgericht bringen die Beschwerdeführer zwar vor, der kantonale Richtplan postuliere für das Bahnhofsgebiet eine offene Nutzung. Sie setzen sich aber in ihrer Beschwerde mit den Richtplanbestimmungen, die angeblich mit einem hohen Wohnanteil im betroffenen Gebiet im Widerspruch stehen sollen, nicht auseinander. Damit fehlt es an einer genügenden Begründung, inwiefern der kantonale Richtplan dem Ergebnis der vorinstanzlichen Auslegung des kantonalen und kommunalen Rechts entgegenstehen sollte. Daran ändert auch der Hinweis auf frühere Ausführungen und Aussagen der kantonalen Abteilung für Raumentwicklung nichts. Folglich sind die Beschwerdeführer mit der wiederholt vorgebrachten Rüge, die Vorinstanz habe bei der Anwendung des kantonalen und kommunalen Rechts den kantonalen Richtplan nicht berücksichtigt, nicht zu hören.
6. Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, das umstrittene Bauvorhaben sei in der Kernzone nicht zonenkonform. Die Überbauung weise einen zu hohen Wohnanteil und einen zu niedrigen Gewerbeanteil auf und stehe deshalb im Widerspruch zu § 9 Abs. 1 BNO. Damit widerspreche die Erteilung der Baubewilligung auch Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG.
6.1 Voraussetzung für eine Baubewilligung ist nach Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG unter anderem, dass die Bauten und Anlagen dem Zweck der Nutzungszone entsprechen. Die Kernzone in der Gemeinde Wohlen soll das wirtschaftliche und kulturelle Zentrum der Gemeinde bilden und eine Nutzungsdurchmischung aufweisen (§ 9 Abs. 1 Satz 1 BNO). Unter Wahrung des bestehenden baulichen Gesamtcharakters sollen die in ein Regionalzentrum passenden Bauten und Anlagen weiterbestehen und sich neue, gut gestaltete ansiedeln können (§ 9 Abs. 1 Satz 2 BNO). In der Kernzone sind Bauten für höchstens mässig störende Geschäfte, Verkaufsanlagen, Gewerbebetriebe und für Wohnungen gestattet (§ 9 Abs. 2 BNO). Der Anteil der Wohnnutzung auf einer Parzelle muss grundsätzlich mindestens ein Drittel der zulässigen Bruttogeschossfläche betragen (§ 9 Abs. 3 und 4 BNO). Einkaufszentren und Fachmärkte sind in der Kernzone zulässig (§ 9 Abs. 5 BNO).
6.2 Die Vorinstanz hat im Entscheid vom 16. Juni 2009 erwogen, bei § 9 Abs. 1 BNO handle es sich um eine Zielnorm, die für sich allein keine genügende gesetzliche Grundlage für einen Bauabschlag bilde. Zu beachten sei diese Bestimmung allenfalls bei der Auslegung von a§ 50 Abs. 1 BauG, wonach eine Arealüberbauung eine gesamthaft bessere Lösung erlauben müsse. § 9 Abs. 1 BNO beziehe sich aber auf die Kernzone als Ganzes und nicht auf einzelne Bauparzellen. Es werde nicht verlangt, dass sich das in der Kernzone insgesamt angestrebte Verhältnis von Wohnnutzung und gewerblicher Nutzung auf jeder Einzelparzelle im gleichen Verhältnis widerspiegle. Die in der Kernzone angestrebte Verdichtung könne auch durch einen hohen Wohnanteil erfolgen. Die bahnhofsnahe Lage schaffe günstige Voraussetzungen für Pendler, was ebenfalls für einen hohen Wohnanteil spreche. Schliesslich sei zu berücksichtigen, dass im oberen Teil der geplanten Gebäude eine gemischte Nutzung möglich bleibe.
6.3 Diese Ausführungen der Vorinstanz sind nachvollziehbar. § 9 Abs. 1 BNO sieht für die Kernzone (als Ganzes) zwar eine Nutzungsdurchmischung vor. Dass die Vorinstanz daraus nicht eine Begrenzung des Wohnanteils für die umstrittene Überbauung abgeleitet hat, ist aber nicht willkürlich, zumal Bauten für Wohnungen in der Kernzone ausdrücklich gestattet sind (§ 9 Abs. 2 BNO) und die Bau- und Nutzungsordnung pro Parzelle lediglich einen Mindestwohnanteil, nicht aber eine maximal zulässige Wohnnutzung oder eine minimale gewerbliche Nutzung vorschreibt (§ 9 Abs. 3 und 4 BNO). Ausserdem leistet die geplante Arealüberbauung durchaus einen gewissen Beitrag an die Nutzungsdurchmischung in der Kernzone, umfasst sie doch nicht nur 30 Wohnungen, sondern auch zwei Verkaufsgeschäfte und zwei Büros. Dass der maximale Wohnanteil bei der in der Kernzone gelegenen Arealüberbauung hätte beschränkt werden müssen, ergibt sich auch nicht aus a§ 50 Abs. 1 BauG oder a§ 21 Abs. 2 ABauV. Die Vorinstanz ist nicht in Willkür verfallen, wenn sie zum Schluss gekommen ist, die geplante Überbauung sei in der Kernzone zonenkonform. Damit verletzt die Erteilung der Baubewilligung auch nicht Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG.
7. Die Beschwerdeführer machen sodann geltend, die Vorinstanz habe bei der Prüfung, ob die umstrittene Arealüberbauung eine gesamthaft bessere Lösung im Sinne von a§ 50 Abs. 1 BauG biete, keine gesamthafte Betrachtung vorgenommen, was unzulässig sei. Sie sind der Ansicht, die Vorinstanz habe damit Art. 3 RPV (SR 700.1) verletzt.
7.1 Nach Art. 3 Abs. 1 RPV haben die Behörden, wenn ihnen bei Erfüllung und Abstimmung raumwirksamer Aufgaben Handlungsspielräume zustehen, die Interessen gegeneinander abzuwägen, indem sie die betroffenen Interessen ermitteln (lit. a), diese Interessen beurteilen und dabei insbesondere die Vereinbarkeit mit der anzustrebenden räumlichen Entwicklung und die möglichen Auswirkungen berücksichtigen (lit. b) und diese Interessen auf Grund der Beurteilung im Entscheid möglichst umfassend berücksichtigen (lit. c). Die Interessenabwägung ist nach Art. 3 Abs. 2 RPV in der Begründung der Beschlüsse darzulegen.
7.2 Die Vorinstanz führte im angefochtenen Entscheid vom 16. November 2011 aus, a§ 21 Abs. 2 ABauV umschreibe die einzelnen Bewilligungsvoraussetzungen für Arealüberbauungen. Seien diese Voraussetzungen erfüllt, sei der Nachweis für eine gesamthaft bessere Lösung im Sinne von a§ 50 Abs. 1 BauG bereits erbracht und könne das Projekt die gesetzlich vorgesehenen Nutzungsprivilegien einer Arealüberbauung in Anspruch nehmen. Einer zusätzlichen Gesamtwürdigung der Qualitätsziele bedürfe es nicht.
7.3 Zu Recht rügen die Beschwerdeführer nicht, die vorinstanzliche Auslegung von a§ 50 Abs. 1 BauG sei willkürlich. Die Annahme, der Nachweis für eine gesamthaft bessere Lösung im Sinne von a§ 50 Abs. 1 BauG sei erbracht, falls alle in a§ 21 Abs. 2 ABauV genannten Anforderungen an eine Arealüberbauung erfüllt sind, ist jedenfalls nicht offensichtlich unhaltbar. Dass die Planungsbehörden zusätzlich zur Prüfung der einzelnen Voraussetzungen von a§ 21 Abs. 2 ABauV die Arealüberbauung in einem zweiten Schritt zwingend einer Gesamtwürdigung hätten unterziehen müssen, kann auch aus Art. 3 Abs. 1 RPV nicht abgeleitet werden, zumal die mit dieser Bestimmung geforderte Interessenabwägung einen gesetzlichen Handlungsspielraum voraussetzt, der nach der vertretbaren vorinstanzlichen Auslegung von a§ 50 Abs. 1 BauG nicht besteht, wenn sämtliche Voraussetzungen von a§ 21 Abs. 2 ABauV erfüllt sind. Es ist nicht einzusehen, weshalb die Überprüfung der einzelnen Anforderungen von a§ 21 Abs. 2 ABauV nur unter Einbezug der übrigen möglich sein sollte. Deshalb ist auch nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz gewisse Anforderungen von a§ 21 Abs. 2 ABauV an die Arealüberbauung bereits anlässlich ihres Zwischenentscheids vom 16. Juni 2009 und andere erst mit dem Endentscheid vom 16. November 2011 als erfüllt betrachtete.
8. Die Beschwerdeführer kritisieren die Ausführungen der Vorinstanz zu den vom kantonalen Recht für Arealüberbauungen verlangten guten Spiel-, Freizeit-, Erholungs- und Gartenanlagen sowie ökologischen Ausgleichsflächen (a§ 21 Abs. 2 lit. f ABauV) sowie zur guten Einordnung in das Orts-, Quartier- und Landschaftsbild (a§ 21 Abs. 2 lit. c ABauV).
8.1 Soweit die Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang sinngemäss rügen, die Vorinstanz habe den entscheidwesentlichen Sachverhalt unvollständig festgestellt, legen sie nicht dar, inwiefern die vorinstanzliche Sachverhaltsdarstellung offensichtlich unrichtig sein sollte, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist (vgl. Art. 105 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 BGG). Ebenfalls nicht zu hören sind die Beschwerdeführer mit der sinngemäss erhobenen Rüge, die umstrittene Überbauung weise keine guten Spiel- und Freizeitflächen auf und ordne sich nicht gut ins Ortsbild ein. Sie begründen nämlich nicht, inwiefern die Vorinstanz in diesem Zusammenhang a§ 21 Abs. 2 lit. c und f ABauV willkürlich angewendet haben soll.
8.2 Was die von a§ 21 Abs. 2 lit. f ABauV weiter verlangten ökologischen Ausgleichsflächen betrifft, machen die Beschwerdeführer geltend, die Ausführungen der Vorinstanz seien willkürlich und die Erteilung der Baubewilligung verletze Art. 18b Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451).
8.2.1 Gemäss Art. 18b Abs. 2 NHG haben die Kantone in intensiv genutzten Gebieten inner- und ausserhalb von Siedlungen für ökologischen Ausgleich mit Feldgehölzen, Hecken, Uferbestockungen oder mit anderer naturnaher und standortgemässer Vegetation zu sorgen. Der ökologische Ausgleich bezweckt insbesondere, isolierte Biotope miteinander zu verbinden, nötigenfalls auch durch die Neuschaffung von Biotopen, die Artenvielfalt zu fördern, eine möglichst naturnahe und schonende Bodennutzung zu erreichen, Natur in den Siedlungsraum einzubinden und das Landschaftsbild zu beleben (Art. 15 Abs. 1 der Verordnung vom 16. Januar 1991 über den Natur- und Heimatschutz [NHV; SR 451.1]). Art. 18b Abs. 2 NHG und Art. 15 Abs. 1 NHV sind direkt anwendbar und werden vom Bundesgericht grundsätzlich frei geprüft. Allerdings ist den kantonalen Behörden bei der Auslegung und Anwendung der in diesen Bestimmungen enthaltenen unbestimmten Rechtsbegriffen ein Beurteilungsspielraum zuzubilligen (vgl. BGE 118 Ib 485 E. 3d S. 490). Zudem können Beschränkungen für Grundeigentümer mit einschneidender Wirkung wie etwa ein Bauverbot nicht direkt auf Art. 18b Abs. 2 NHG bzw. Art. 15 Abs. 1 NHV abgestützt werden, sondern bedürfen einer konkreteren Grundlage im kantonalen Recht (vgl. BGE 116 Ib 203 E. 5j S. 215 f.).
Der Kanton Aargau hat in der Verordnung über den Schutz der einheimischen Pflanzen- und Tierwelt und ihrer Lebensräume vom 17. September 1990 (Naturschutzverordnung) Ausführungsbestimmungen zu Art. 18b Abs. 2 NHG erlassen. § 13 der Naturschutzverordnung definiert den Zweck und Inhalt des ökologischen Ausgleichs. Demnach bezweckt der ökologische Ausgleich nach Art. 18b Abs. 2 NHG insbesondere, den wild wachsenden Pflanzen und frei lebenden Tieren auch ausserhalb geschützter Biotope natürliche Lebensbedingungen zu erhalten und womöglich zu schaffen, den biologischen Austausch zwischen Biotopen durch Vernetzung zu fördern, die Artenvielfalt zu bewahren und wenn möglich zu mehren, das Landschaftsbild naturnah zu beleben und eine möglichst naturnahe und schonende Bodennutzung zu erreichen. Nach § 14 der Naturschutzverordnung haben die Behörden unter anderem bei der Erteilung von Bewilligungen für Ausgleichsmassnahmen zu sorgen.
8.2.2 Nach der unbestrittenen Sachverhaltsdarstellung der Vorinstanz umfasst die geplante Überbauung begrünte Flachdächer, Rasenflächen, verschiedene Bäume und Sträucher, eine Hecke und eine Regenwasserversickerung. Die Vorinstanz kam zum Schluss, die vorgesehenen Massnahmen seien insgesamt ausreichend. Die Gestaltung der Freiräume erscheine geeignet, die Artenvielfalt zu fördern, was namentlich auch für die begrünten Dachflächen gelte. Der Umstand, dass die Freifläche teilweise im Schatten liege, schliesse ihre Qualifikation als ökologische Ausgleichsfläche nicht aus. Die Rückführung des Oberflächenwassers über eine Versickerungsanlage kompensiere die mit der Überbauung verbundene Versiegelung des Bodens und stelle eine Massnahme des ökologischen Ausgleichs dar. Die Beschwerdeführer sind dagegen der Ansicht, das umstrittene Projekt weise keine ökologischen Ausgleichsflächen im Sinne von Art. 18b Abs. 2 NHG bzw. a§ 21 Abs. 2 lit. f ABauV auf. Bei den von der Vorinstanz berücksichtigten Massnahmen fehle jeglicher Bezug zu den Anforderungen und Anliegen dieser Bestimmungen. Eine Versickerungsanlage habe nichts mit ökologischen Ausgleich zu tun. Im Übrigen habe es die Vorinstanz unterlassen, die einzelnen Massnahmen konzeptionell in einen ökologischen Gesamtzusammenhang zu setzen. Sie habe nicht einmal irgendwelche Qualitätsanforderungen an die Bepflanzung gesetzt.
8.2.3 Ob die umstrittene Arealüberbauung genügend ökologische Ausgleichsflächen umfasst, ist nach dem Gesagten eine Frage, die in erster Linie im Lichte der kantonalen Normen, welche Art. 18b Abs. 2 NHG konkretisieren, zu beantworten ist. Insoweit ist die Kognition des Bundesgerichts beschränkt und obliegt es den Beschwerdeführern, zu begründen, inwiefern der vorinstanzliche Entscheid willkürlich sein soll.
Zu Recht rügen die Beschwerdeführer nicht, die Vorinstanz habe § 13 f. der Naturschutzverordnung willkürlich angewendet. Es ist nicht offensichtlich unhaltbar, dass die Vorinstanz die begrünten Flachdächer, Rasenflächen, verschiedene Bäume und Sträucher sowie eine Hecke als Massnahmen eingestuft hat, die für einen ökologischen Ausgleich im Sinne von § 13 der Naturschutzverordnung sorgen. Darin ist aber auch kein Widerspruch zu Art. 18b Abs. 2 NHG zu erblicken, zumal die geplante Arealüberbauung in der Kernzone in der Nähe des Bahnhofs liegt und die erwähnten Massnahmen an diesem Standort im Hinblick auf den mit Art. 18b Abs. 2 NHG verfolgten Zweck als geeignet erscheinen. Unter Berücksichtigung des Spielraums, der den kantonalen Behörden bei der Auslegung der genannten Bestimmungen zusteht, ist es im Ergebnis nicht willkürlich und keine Verletzung von Art. 18b Abs. 2 NHG, wenn die Vorinstanz die Voraussetzung von a§ 21 Abs. 2 lit. f ABauV, wonach eine Arealüberbauung ökologische Ausgleichsflächen aufweisen muss, als erfüllt erachtete. Die genannten Massnahmen, nämlich die begrünten Flachdächer, die Rasenflächen, die verschiedenen Bäume und Sträucher sowie eine Hecke können an einer baulich dicht zu nutzenden Zentrumslage als ausreichend gelten, womit offen bleiben kann, ob auch die geplante Regenwasserversickerung als Massnahme im Sinne von Art. 18b Abs. 2 NHG bzw. § 13 der Naturschutzverordnung betrachtet werden kann.
9. Schliesslich machen die Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz habe § 31 Abs. 2 sowie § 32 Abs. 2 VRPG willkürlich angewendet, indem sie ihnen im Urteil vom 16. November 2011 die Verfahrenskosten sowie die Parteikosten der Beschwerdegegnerinnen auferlegt habe.
9.1 Nach § 31 Abs. 2 VRPG werden im Beschwerdeverfahren die Verfahrenskosten in der Regel nach Massgabe des Unterliegens und Obsiegens auf die Parteien verlegt, wobei den Behörden Verfahrenskosten nur auferlegt werden, wenn sie schwerwiegende Verfahrensmängel begangen oder willkürlich entschieden haben. Gemäss § 32 Abs. 2 VRPG werden im Beschwerdeverfahren auch die Parteikosten in der Regel nach Massgabe des Unterliegens und Obsiegens auf die Parteien verlegt.
9.2 Die Vorinstanz hat im Urteil vom 16. November 2011 im Ergebnis eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) durch den Regierungsrat bejaht, indem sie festgehalten hat, der Regierungsrat habe sich in seinem Entscheid vom 30. Juni 2010 in bestimmten, von den Beschwerdeführern gerügten Fragen zu Unrecht als an ihren Zwischenentscheid vom 16. Juni 2009 gebunden betrachtet. Dieser Mangel wurde im vorinstanzlichen Verfahren geheilt (vgl. E. 3.3 f. hiervor). Es stellt sich aber die Frage, ob die Vorinstanz bei ihrem Entscheid über die Auferlegung der Verfahrens- und Parteikosten hätte berücksichtigen müssen, dass die Beschwerdeführer vor der Vorinstanz nur deshalb (vollständig) unterlagen, weil ein Verfahrensfehler von der Rechtsmittelinstanz geheilt worden ist.
9.3 Gemäss § 31 Abs. 2 sowie § 32 Abs. 2 VRPG werden die Verfahrens- und Parteikosten in der Regel nach Massgabe des Unterliegens und Obsiegens auf die Parteien verlegt, womit ein Abweichen von der Auferlegung der Kosten gemäss dem Unterliegerprinzip nach kantonalem Recht in begründeten Fällen möglich ist. Der Fall, dass ein Beschwerdeführer nur deshalb unterliegt, weil ein Verfahrensfehler von der Rechtsmittelinstanz geheilt worden ist, ist im VRPG zwar nicht ausdrücklich geregelt. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist diesem Umstand bei der Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen aber grundsätzlich angemessen Rechnung zu tragen (BGE 107 Ia 1 E. 1 S. 3; Urteile 5A_225/2009 vom 10. September 2009 E. 3.3 sowie 1A.117/2003 vom 31. Oktober 2003 E. 6.3). Insgesamt kommt der Vorinstanz bei der Auferlegung der Verfahrens- und Parteikosten ein weiter Spielraum zu, umso mehr, weil sie dabei kantonale Rechtsnormen anwendet (vgl. Art. 95 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG). Dass die Vorinstanz den Beschwerdeführern im Urteil vom 16. November 2011 für das verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren Verfahrens- und Parteikosten auferlegt hat, ist demzufolge weder willkürlich noch sonst bundesrechtswidrig. Dass sie bei der Auferlegung der Verfahrens- und Parteikosten für das verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren den Umstand, dass die Beschwerdeführer nur deshalb (vollständig) unterlagen, weil sie einen Verfahrensfehler geheilt hat, überhaupt nicht berücksichtigt hat, ist indessen willkürlich. Die Vorinstanz hätte den Beschwerdeführern für das mit Beschwerde gegen den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 eingeleitete verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren lediglich eine angemessen reduzierte Gerichtsgebühr auferlegen dürfen und auch bei der Verlegung der Parteikosten berücksichtigen müssen, dass die Beschwerdeführer nur deshalb (vollständig) unterlagen, weil sie einen Verfahrensfehler geheilt hat. Aber auch was die Verteilung der Verfahrens- und Parteikosten für das Verfahren vor dem Regierungsrat betrifft, ist zu bedenken, dass der Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 an einem Verfahrensfehler leidet. Dementsprechend hätte die Vorinstanz den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 insoweit anpassen müssen, als damit den heutigen Beschwerdeführern ihr Anteil an den Verfahrenskosten und der Entschädigung an die Gegenpartei (neben dem Anteil einer weiteren Beschwerdeführerin) voll auferlegt worden war.
10. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen. Die Dispositiv-Ziffern 2 und 3 des Urteils der Vorinstanz vom 16. November 2011 sind aufzuheben. Dispositiv-Ziffer 2 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 ist insoweit aufzuheben, als A._ und B._ Kosten in der Höhe von Fr. 1'947.50 auferlegt worden sind. Dispositiv-Ziffer 3 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 ist insoweit aufzuheben, als A._ und B._ eine Parteientschädigung an die C._ AG in der Höhe von Fr. 8'568.70 auferlegt worden ist. Die Sache ist im Sinne der Erwägungen zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das Beschwerdeverfahren vor dem Regierungsrat sowie das mit Beschwerde gegen den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 eingeleitete verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen (vgl. Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG). Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
11. Bei diesem Ausgang des Verfahrens gelten die Beschwerdegegnerinnen als mehrheitlich obsiegend und die Beschwerdeführer als mehrheitlich unterliegend. Die Einwohnergemeinde Wohlen ist als (mögliche) Verkäuferin der Bauparzelle Nr. 607 ähnlich wie ein privater Grundeigentümer in ihren eigenen Interessen betroffen, womit ihr Gerichtskosten auferlegt und eine Parteientschädigung zugesprochen werden können (vgl. Art. 66 Abs. 4 und Art. 68 Abs. 3 BGG). Die Parteien werden für das Verfahren vor Bundesgericht nach Massgabe ihres Unterliegens kostenpflichtig (vgl. Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführer haben den mehrheitlich obsiegenden Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten (vgl. Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Die Dispositiv-Ziffern 2 und 3 des Urteils der Vorinstanz vom 16. November 2011 werden aufgehoben. Dispositiv-Ziffer 2 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 wird insoweit aufgehoben, als A._ und B._ Kosten in der Höhe von Fr. 1'947.50 auferlegt worden sind. Dispositiv-Ziffer 3 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 wird insoweit aufgehoben, als A._ und B._ eine Parteientschädigung an die C._ AG in der Höhe von Fr. 8'568.70 auferlegt worden ist. Die Sache wird im Sinne der Erwägungen zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das Beschwerdeverfahren vor dem Regierungsrat sowie das mit Beschwerde gegen den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 eingeleitete verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 5'000.-- werden zu 4/5 den Beschwerdeführern (unter solidarischer Haftbarkeit) und zu je 1/10 der Beschwerdegegnerin 1 sowie der Beschwerdegegnerin 2 auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben unter solidarischer Haftbarkeit der Beschwerdegegnerin 1 eine reduzierte Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 3'000.-- zu bezahlen. Die Beschwerdeführer haben unter solidarischer Haftbarkeit der Beschwerdegegnerin 2 eine reduzierte Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Regierungsrat des Kantons Aargau, Rechtsdienst, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle