Erwägungen:
1. Mit Urteil vom 16. Juni 2009 sprach das Bezirksgericht Brugg X._ der sexuellen Handlungen mit einem Kind gemäss Art. 187 Ziff. 1 Abs. 1 StGB sowie der Drohung gemäss Art. 180 Abs. 1 und 2 lit. a StGB schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 50.-- und zu einer Busse von Fr. 400.--. Die dagegen erhobene Berufung von X._ wies das Obergericht des Kantons Aargau am 18. Februar 2010 ab. In Ergänzung des bezirksgerichtlichen Urteils fällte es die Busse als Verbindungsbusse im Sinne von Art. 42 Abs. 4 StGB aus. Der Beschwerdeführer gelangt mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht.
2. Der Beschwerdeführer bemängelt, dass eine Gegenüberstellung mit der Beschwerdegegnerin, welche zur Verhandlung vor erster Instanz nicht erschienen sei, nie stattgefunden habe. Er macht damit eine Verletzung seines Rechts auf Konfrontation mit der Belastungszeugin gemäss Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK geltend.
Der in Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK garantierte Anspruch des Angeschuldigten, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, ist ein besonderer Aspekt des Rechts auf ein faires Verfahren nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK soll ausschliessen, dass ein Strafurteil auf Aussagen von Zeugen abgestützt wird, ohne dass dem Beschuldigten wenigstens einmal angemessen und hinreichend Gelegenheit gegeben wurde, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Fragen an den Zeugen zu stellen. Dieser Anspruch wird als Konkretisierung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) auch durch Art. 32 Abs. 2 BV gewährleistet (BGE 131 I 476 E. 2.2).
Am 15. Oktober 2008 wurden der Beschwerdeführer als Angeklagter und die Beschwerdegegnerin als Zeugin zur Hauptverhandlung vor erster Instanz vorgeladen. Dem Antrag der Beschwerdegegnerin auf Freistellung von der Teilnahme an der Hauptverhandlung wurde am 8. Dezember 2008 aus Opferschutzgründen stattgegeben (kantonale Akten, act. 15, 16). Mit Gerichtsbeschluss vom 9. Dezember 2008 wurde die Einvernahme/Anhörung der Beschwerdegegnerin durch eine polizeiliche Fachperson angeordnet (kantonale Akten, act. 24) und am 15. April 2009 in den Räumlichkeiten der Kantonspolizei Aargau im Beisein einer Gerichtsdelegation durchgeführt (kantonale Akten, act. 49 und 50). Der Beschwerdeführer machte von der ihm eingeräumten Möglichkeit, an der entsprechenden Videobefragung teilzunehmen und der Beschwerdegegnerin allfällige Ergänzungsfragen zu stellen bzw. stellen zu lassen, keinen Gebrauch (vgl. kantonale Akten, act. 44, 46, 49, 50). Eine Verletzung des Rechts auf Konfrontation ist unter diesen Umständen nicht erkennbar (vgl. zum Ganzen BGE 129 I 151 E. 3.2 S. 155).
3. Der Beschwerdeführer beschwert sich im Weiteren darüber, dass die Staatsanwaltschaft der Verhandlung vor erster Instanz nicht beiwohnte. Die Teilnahme der Staatsanwaltschaft an den Gerichtsverhandlungen richtet sich nach § 149 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau (StPO/AG). Eine solche ist obligatorisch, sofern die Ausfällung einer Freiheitsstrafe von über zwei Jahren oder eine freiheitsentziehende Massnahme beantragt wird, sowie in den Fällen, in denen der Gerichtspräsident dies ausdrücklich verlangt. Der Beschwerdeführer wurde zu einer (bedingten) Geldstrafe verurteilt. Das Bundesgericht überprüft die Anwendung und Auslegung von kantonalem Recht nur auf Willkür hin. Dass und inwiefern § 149 Abs. 2 StPO/AG vorliegend willkürlich angewendet worden sein könnte, ist nicht ersichtlich und wird in der Beschwerde auch nicht aufgezeigt.
4. Soweit der Beschwerdeführer der Vorinstanz Willkür in der Beweiswürdigung im Sinne von Art. 9 BV vorwirft, ist seiner Beschwerde ebenfalls kein Erfolg beschieden. So wird im angefochtenen Entscheid im Zusammenhang mit dem Anklagepunkt der Drohung in tatsächlicher Hinsicht unter Verweis auf die Ausführungen im erstinstanzlichen Urteil erwogen, es könne nicht angenommen werden, dass der Beschwerdeführer wegen des genossenen Alkohols, der Einnahme von Medikamenten und der Unterzuckerung die Situation nicht mehr richtig habe einschätzen können. Seine Darstellung sei als blosse Schutzbehauptung anzusehen. Im Übrigen bestünden keine Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdeführer einem bevorstehenden Angriff ausgesetzt gewesen wäre. Selbst wenn ihn der Pflegesohn auch schon bedroht habe, habe hier keine solche Bedrohungssituation vorgelegen (angefochtener Entscheid, S. 8; Urteil des Bezirksgerichts, S. 23). Was der Beschwerdeführer dagegen in der Beschwerde vorbringt, erschöpft sich entweder in unzulässigen Noven im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG (Beschwerde Ziff. 2. und 3.) oder in rein appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid (Beschwerde Ziff. 4).
5. Die Beschwerde ist damit im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juni 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill