Fatti:
A. Il 28 maggio 2009 A._ ha denunciato B._ per titolo di appropriazione semplice (art. 137 CP), furto (art. 139 CP), danno patrimoniale procurato con astuzia (art. 151 CP), estorsione (art. 156 CP), amministrazione infedele (art. 158 CP) e favoreggiamento (art. 305 CP).
In mancanza di seri indizi di colpevolezza nei confronti del denunciato, il 2 giugno 2009 il Procuratore pubblico ha decretato il non luogo a procedere.
B. Contestando il suddetto decreto, il 4 giugno 2009 A._ ha presentato alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) un'istanza di promozione dell'accusa correlata da una domanda di esclusione di tutti i membri della CRP. Con scritto di medesima data, questi le hanno comunicato che la sua istanza sarebbe stata evasa dalla CRP nella sua composizione ordinaria.
Il 21 settembre 2009, la CRP ha dichiarato irricevibile l'istanza di promozione dell'accusa.
C. A._ inoltra un ricorso al Tribunale federale - correlato da diversi allegati - postulando l'annullamento della sentenza della CRP.
Con un ulteriore scritto datato 1° novembre 2009, A._ ha inviato al Tribunale federale un nuovo documento e ha chiesto di effettuare una rogatoria.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il ricorso in materia penale è proponibile contro le decisioni delle autorità cantonali di ultima istanza e contro le decisioni del Tribunale penale federale (art. 80 cpv. 1 LTF) e può essere interposto per violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), nozione che include anche i diritti costituzionali dei cittadini. Per contro, riservati i casi di cui all'art. 95 lett. c-e LTF, la violazione del diritto cantonale non costituisce un motivo di ricorso. È nondimeno possibile lamentare un'interpretazione rispettivamente un'applicazione arbitraria del diritto cantonale, dal momento che il divieto dell'arbitrio costituisce un diritto costituzionale (DTF 134 II 349 consid. 3).
1.2 Il ricorso deve essere motivato (art. 42 cpv. 1 LTF) e spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto (art. 42 cpv. 2 LTF). Per le censure menzionate all'art. 106 cpv. 2 LTF, segnatamente quelle afferenti i diritti costituzionali, sono poste delle esigenze di motivazione accresciute: le censure devono essere esposte in modo chiaro e circostanziato, supportate da un'esauriente motivazione giuridica e, per quanto possibile, documentate (DTF 134 II 244 consid. 2.2).
2. Giusta l'art. 100 cpv. 1 LTF, il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
Giunti oltre suddetto termine, lo scritto del 1° novembre 2009 e il relativo allegato sono inammissibili in questa sede.
3. Nell'impugnativa viene contestata la mancata esclusione dei giudici C._, D._ e E._, membri della CRP, malgrado la domanda di ricusa presentata dalla ricorrente.
3.1 Secondo l'art. 92 LTF, il ricorso al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente e concernenti la competenza o domande di ricusazione (cpv. 1). Tali decisioni non possono più essere impugnate ulteriormente (cpv. 2).
Le decisioni sulle domande di ricusa devono quindi essere impugnate immediatamente e non possono essere contestate insieme alla decisione finale. Nella fattispecie, tuttavia, sebbene la ricorrente abbia aspettato la decisione di merito per contestare il mancato accoglimento della sua domanda di esclusione, le sue critiche non possono essere dichiarate d'acchito inammissibili. Infatti, la CRP ha comunicato all'insorgente, non patrocinata, la sua decisione in merito per mezzo di una lettera priva dell'indicazione dei rimedi giuridici (allegato ricorsuale n. 4). La mancanza di tale indicazione rende la notificazione viziata ai sensi dell'art. 49 LTF. L'art. 112 cpv. 1 lett. d LTF impone difatti di notificare per iscritto le decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale e di indicare i rimedi giuridici. Una notificazione viziata non potendo causare alcun pregiudizio alle parti (art. 49 LTF), la decisione circa l'esclusione può essere contestata, nella fattispecie, insieme alla decisione finale.
3.2 La ricorrente imputa alla CRP la violazione dell'art. 46 del codice di procedura penale del Cantone Ticino del 19 dicembre 1994 (CPP/TI; RL 3.3.3.1). Avendo chiesto la ricusa di tutti i membri della CRP, quest'ultima non poteva pronunciarsi in merito, ma avrebbe dovuto trasmettere la sua richiesta al Tribunale d'appello.
Su questo punto, il gravame si palesa inammissibile. L'insorgente infatti si limita a lamentare la violazione del diritto cantonale, che non costituisce però un motivo di ricorso dinanzi al Tribunale federale (v. supra consid. 1.1). Ella non adduce alcuna violazione del diritto federale o dei diritti costituzionali cantonali (v. art. 95 lett. a e c LTF), sicché non v'è motivo di vagliare oltre la sua critica.
A titolo abbondanziale, si rileva però che esistono delle eccezioni al principio secondo il quale, di regola, il giudice di cui è chiesta la ricusa non dovrebbe partecipare alla decisione da rendere in merito (v. DTF 122 II 471 consid. 2b). La giurisprudenza ammette infatti la possibilità per il tribunale di cui è postulata la ricusa in blocco di statuire su una richiesta priva di ogni fondamento, abusiva o manifestamente irricevibile, anche quando la legge di procedura applicabile attribuisce tale competenza a un'altra autorità (DTF 129 III 445 consid. 4.2.2). Nel suo ricorso, l'insorgente non fa valere alcun motivo di ricusa. Afferma semplicemente che, "sapendo di non poter contare su di un giurì imparziale", ha ricusato i giudici e sostiene che, "considerati gli eventi passati" e la sua richiesta, essi avrebbero dovuto astenersi dal trattare la sua istanza di promozione dell'accusa. La sua domanda di ricusa presentata alla CRP (allegato ricorsuale n. 3 pag. 1) allude implicitamente all'art. 40 lett. e CPP/TI che impone l'esclusione del giudice quando abbia avuto parte al processo come magistrato o funzionario della polizia, come procuratore della parte lesa o difensore. Ora, come già rilevato dalla CRP nel suo scritto del 4 giugno 2009 (allegato ricorsuale n. 4), i membri della CRP non sono intervenuti in altra veste nella procedura avviata con la denuncia della ricorrente. La domanda di ricusa era pertanto manifestamente infondata e la stessa CRP poteva quindi respingerla senza doverla trasmettere al Tribunale di appello. Oltre che inammissibile, la censura appare quindi anche infondata.
4. La ricorrente si dilunga poi nel criticare l'operato del Procuratore pubblico. L'impugnativa sfugge però a un esame di merito. In questa sede, infatti, l'oggetto di ricorso è costituito dalla decisione della CRP, autorità cantonale di ultima istanza (v. supra consid. 1.1), e non da quella del Procuratore pubblico. Ne segue l'inammissibilità del ricorso.
5. 5.1 Secondo costante giurisprudenza, quando - come nella fattispecie - l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso inammissibile per ragioni formali e non procede all'esame di merito, il ricorrente deve addurre perché essa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali e si sarebbe quindi a torto rifiutata di procedere all'esame di merito (DTF 118 Ib 26 consid. 2b).
5.2 L'insorgente sostiene che la sua istanza di promozione dell'accusa sia stata ingiustamente dichiarata irricevibile.
5.3 La decisione di irricevibilità si fonda sul diritto cantonale di procedura, la cui interpretazione e applicazione da parte di questo Tribunale può essere esaminata solo sotto lo stretto profilo dell'arbitrio (v. supra consid. 1). Il gravame tuttavia non fa alcun riferimento all'arbitrio, nemmeno implicitamente. Certo, richiamandosi alle topiche disposizioni della procedura cantonale, la ricorrente contesta le motivazioni addotte dall'autorità cantonale per concludere all'irricevibilità della sua istanza. Ella si limita nondimeno a formulare critiche di natura puramente appellatoria, opponendo la sua opinione sull'adempimento delle condizioni legali a quella della CRP, ma senza dimostrare l'insostenibilità di quest'ultima. Impropriamente e insufficientemente motivato, il gravame si palesa così ancora una volta inammissibile.
6. La ricorrente aveva chiesto alla CRP di essere interrogata. Questa richiesta è stata respinta dall'autorità cantonale ritenuto che, non sussistendo un diritto di essere sentita anche oralmente, il suo diritto a essere sentita era stato garantito con la presentazione degli atti scritti.
In questa sede, l'insorgente afferma che avrebbe potuto spiegare i suoi scritti "se i fatti di rilevanza penale fossero stati di dubbia interpretazione". Ora, a prescindere dal fatto che tale asserzione è lungi dall'adempiere le severe esigenze di motivazione a cui sottostanno le censure di violazione dei diritti fondamentali (v. supra consid. 1.2), è opportuno ricordare, come già peraltro fatto dalla stessa CRP, che secondo la giurisprudenza il diritto di essere sentito garantito dalla Costituzione non implica quello di esprimersi oralmente dinanzi all'autorità chiamata a statuire su un caso concreto, essendo sufficiente (ma necessario) che l'interessato abbia potuto farlo per iscritto (DTF 130 II 425 consid. 2.1). Per quanto ammissibile, la critica non ha quindi pregio.
7. Invocando molteplici disposizioni del diritto federale, segnatamente della LTF (art. 78, 81, 95, 118, 107), del CP (art. 28, 137, 139, 151, 156, 158, 260ter, 305, 305ter, 340bis, ...) e della LTPF (art. 26), norme non tutte pertinenti al caso in esame, l'insorgente chiede al Tribunale federale di giudicare esso stesso nel merito della sua istanza di promozione dell'accusa in applicazione dell'art. 107 cpv. 2 LTF. Questa disposizione presuppone però l'accoglimento del ricorso. Dai considerandi che precedono risulta tuttavia che l'impugnativa è volta all'insuccesso, sicché questo Tribunale non può dar seguito alla richiesta della ricorrente.
8. In conclusione, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso dev'essere respinto.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Non vi è ragione di assegnare ripetibili a B._, che non è stato invitato a formulare osservazioni sul ricorso e non è dunque incorso in spese necessarie (art. 68 cpv. 2 LTF) per la sede federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Non si assegnano ripetibili.
4. Comunicazione alle parti e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.