Fatti:
A. Con decisione del 30 luglio 2008 l'Autorità federale di sorveglianza dei revisori ha respinto la domanda di abilitazione a esercitare la funzione di perito revisore presentata il 29 novembre 2007 da A._. Il rifiuto è stato confermato su ricorso il 19 marzo 2009 dal Tribunale amministrativo federale, Corte II.
B. Il 6 maggio 2009 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che le decisioni di prima e seconda istanza siano annullate e che gli venga rilasciata l'abilitazione richiesta.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 134 IV 36 consid. 1; 133 II 249 consid. 1.1 con riferimenti).
2. Giusta l'art. 83 lett. t LTF il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, del perfezionamento e dell'esercizio della professione. In concreto la controversia non si riferisce all'apprezzamento di una prova scolastica; essa riguarda la questione di sapere se per ottenere l'abilitazione richiesta, in mancanza della formazione esatta dalla normativa (cfr. art. 4 cpv. 2 della legge federale sull'abilitazione e la sorveglianza dei revisori del 16 dicembre 2005, LSR; RS 221.302) si possa colmare tale lacuna mediante un'esperienza pluriennale nel settore in questione. In sostanza occorre quindi valutare le capacità e le competenze che possono venir acquisite mediante la pratica professionale. Ne discende che la fattispecie ricade sotto l'art. 83 lett. t LTF (cfr. sentenza 2C_438/2008 del 16 ottobre 2008 consid. 2.3). La via del ricorso ordinario in materia di diritto pubblico è perciò esclusa.
3. Osservato poi che oggetto del contendere è una decisione del Tribunale amministrativo federale ne discende che anche trattato quale ricorso sussidiario in materia costituzionale il gravame sarebbe irricevibile (art. 113 LTF).
4. Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente inammissibile (art. 108 cpv. 1 lett. a LTF) e va deciso secondo la procedura semplificata dell'art. 108 LTF. Le spese seguono la soccombenza (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, all'Autorità federale di sorveglianza dei revisori e al Tribunale amministrativo federale, Corte II.