Faits:
A. Le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève a adopté, le 7 décembre 1987, le plan localisé de quartier (PLQ) n° 27833-542 pour un périmètre "situé le long de la route de Veyrier entre la route de l'Uche et la route du Pas-de-l'Echelle", sur le territoire de la commune de Veyrier. Ce plan définit des périmètres d'implantation pour dix petits immeubles d'habitation (deux étages sur rez-de-chaussée + combles). Il précise en outre que "l'indice d'utilisation du sol est fixé à 1.0 déduction faite des surfaces destinées au parking visiteurs et aux équipements publics". Le plan indique un sous-périmètre pour un parking en surface de 40 places, pour les visiteurs; il figure également l'emplacement d'un garage en sous-sol, précisant qu'il doit comporter 1.4 place par logement. La partie sud-est du périmètre général est un "périmètre d'implantation d'équipements publics" (ce sous-périmètre représente environ 3'000 m2). Le plan localisé de quartier a été établi après que ce terrain avait été classé en 1985 par le Grand Conseil en zone de développement 4B (la zone ordinaire, ou zone primaire, étant à cet endroit la 5e zone).
Les dix immeubles d'habitation prévus ont été construits entre 1988 et 1990, de même que le garage souterrain. Une partie de ce garage est utilisée par la Fondation des parkings comme parking-relais ("Park & Ride" ou "P+R"), en lien avec la ligne de bus TPG n° 8. Une autre partie du garage est à l'usage des habitants des logements (124 places). Le solde des places de stationnement est occupé occasionnellement par le public (lors de manifestations à la salle communale notamment) ou mis à disposition d'organismes divers (corps des sapeurs-pompiers, des gardes-frontière, police, etc.). Après la réalisation des bâtiments d'habitation et du parking, la commune de Veyrier est restée propriétaire de la partie sud-est du périmètre, réservée aux équipements publics; ce sous-périmètre n'a pas été construit.
B. En 2004, la commune de Veyrier a pris la résolution de construire de nouveaux immeubles d'habitation dans le sous-périmètre réservé, selon le plan localisé de quartier, aux équipements publics. Le 30 juin 2005, elle a donc élaboré un avant-projet de nouveau plan localisé de quartier, avec le même périmètre général mais avec, dans cette partie sud-est, des sous-périmètres pour trois bâtiments: deux bâtiments d'habitation avec au rez-de-chaussée des activités commerciales (bâtiments A et B) et un bâtiment destiné à accueillir une crèche (bâtiment C), représentant au total 3'311 m2 de surface brute de plancher (SBP). Ce projet de nouveau plan localisé de quartier mentionne que "l'indice d'utilisation au sol sur l'ensemble du périmètre est fixé à 1.0 max.". Il ne prévoit pas de modification des parkings en surface et en sous-sol mais indique ce qui suit à propos du stationnement des véhicules:
"Nouvelles constructions:
- habitants: 34 places [...]
- activités: 8 places [...]
- visiteurs: 4 places [...]
Le nombre de places de stationnement dans le périmètre demeure inchangé. Le nombre de places réservées au parking public communal est réduit en proportion du nombre de places attribuées aux nouvelles constructions."
Des préavis de différents services cantonaux et autorités ont été ensuite recueillis. En particulier, le Conseil municipal de la commune de Veyrier a, dans sa séance du 20 juin 2006, formulé un préavis favorable.
Le 26 septembre 2006, plusieurs propriétaires d'appartements dans le périmètre du plan localisé de quartier ont adressé au Conseil d'Etat une opposition au nouveau plan. Parmi les opposants figuraient A._ et B._, C._ et D._, E._ et F._, G._ et H._, I._ et J._, ainsi que K._ et L._ (ci-après: les consorts A._ et B._).
Le 16 janvier 2007, après avoir pris connaissance des oppositions, le conseil administratif de la commune a adressé au Conseil d'Etat des observations présentées sous la forme d'un document faisant "en tant que de besoin [...] office de rapport au sens de l'art. 47 OAT".
Par arrêté du 7 février 2007, le Conseil d'Etat a approuvé le plan localisé de quartier modifié, portant désormais le n° 29490-542. Par un arrêté distinct du même jour, le Conseil d'Etat a rejeté l'opposition des consorts A._ et B._.
C. Les consorts A._ et B._ ont recouru au Tribunal administratif cantonal contre les deux arrêtés du Conseil d'Etat du 7 février 2007 concernant le PLQ n° 29490-542. Ils ont en particulier fait valoir que des documents avaient été ajoutés au dossier administratif après le délai d'opposition, notamment le rapport de la commune du 16 janvier 2007; que l'indice d'utilisation du sol était trop élevé, compte tenu des prescriptions du plan directeur cantonal en matière de densité des constructions; qu'une étude de l'impact sur l'environnement aurait dû être effectuée car le parking existant verrait son usage notablement accru, avec un nombre de places supérieur à 300; que les nuisances sonores provenant de l'utilisation des nouveaux bâtiments prévus seraient excessives au regard du droit fédéral de la protection de l'environnement.
Le Tribunal administratif a rejeté le recours, en tant qu'il était recevable, par un arrêt rendu le 30 octobre 2007.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les consorts A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif ainsi que l'arrêté du Conseil d'Etat approuvant le PLQ n° 29490-542. Ils se plaignent d'une violation du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 Cst. parce qu'ils n'avaient pas pu consulter le rapport de la commune pendant le délai d'opposition, de violations de l'art. 9 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01) ainsi que des dispositions de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011) en relation avec une prétendue augmentation de capacité du parking, et en outre d'une violation de l'art. 9 LAT à cause du non-respect du plan directeur cantonal.
Le Conseil d'Etat, représenté par le Département du territoire, et la Commune de Veyrier concluent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt.
L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a communiqué son avis au sujet des griefs de violation du droit fédéral de la protection de l'environnement.
Les parties ont pu déposer des déterminations finales; elles n'ont pas modifié leurs conclusions.
E. Par ordonnance du 16 janvier 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif présentée par les recourants.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public est ouverte, la décision attaquée ayant été rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF). Les recourants, copropriétaires d'un immeuble dans le périmètre du plan litigieux et directement voisin du terrain où la modification du plan permet de nouvelles constructions, ont manifestement qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.3.1 p. 252, 409 consid. 1.3 p. 413 et la jurisprudence citée). Ils ont agi en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et selon les formes prescrites par la loi (art. 42 LTF, notamment). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2. Les recourants se plaignent d'une violation du droit d'être entendu, en particulier du droit de consulter le dossier. Ils font valoir que le rapport prescrit par l'art. 47 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1) est un élément essentiel du dossier de planification, qui doit figurer dans le dossier accessible à l'ensemble des parties intéressées. En l'espèce, les recourants expliquent qu'il n'ont pu consulter ce rapport qu'au cours de la procédure de recours devant le Tribunal administratif, alors qu'il aurait dû être disponible au plus tard au début du délai d'opposition. Selon les recourants, comme l'établissement de ce rapport est imposé par le droit fédéral, il faut que l'autorité compétente pour approuver le plan d'affectation permette aux opposants d'en prendre connaissance et de se déterminer à son sujet avant de statuer, par exemple en leur fixant à cet effet un nouveau délai, après le délai d'opposition. Les recourants ajoutent que, de leur point de vue, ce vice de procédure ne pouvait pas être réparé devant le Tribunal administratif, qui ne dispose pas d'un pouvoir d'examen ou de contrôle aussi large que le Conseil d'Etat en matière de plans d'affectation.
2.1 Selon la jurisprudence, le droit d'être entendu, selon l'art. 29 al. 2 Cst., comporte le droit de consulter le dossier puis de se déterminer au sujet des faits pertinents ou des preuves qu'il contient (cf. ATF 132 II 485 consid. 3.2 p. 494). Dans la procédure d'établissement des plans d'affectation, le droit cantonal prévoit généralement une enquête publique et un délai d'opposition, définissant ainsi le cadre dans lequel les intéressés peuvent consulter le dossier et se déterminer formellement (en droit cantonal genevois, pour la procédure d'établissement des plans localisés de quartier, cf. art. 6 de la loi générale sur les zones de développement [LGZD]).
Dans le cas particulier, les recourants ne prétendent pas que le dossier auquel ils avaient accès au moment où ils ont déposé leur opposition ne contenait pas toutes les pièces pertinentes disponibles. Leurs griefs, devant le Tribunal fédéral, concernent exclusivement l'impossibilité de se déterminer sur le rapport selon l'art. 47 OAT; or ce rapport a été établi après la fin du délai d'opposition et versé au dossier trois semaines avant l'approbation du plan. Il s'agit dès lors de savoir si, dans ces circonstances, les recourants devaient être d'office invités à consulter ce rapport, préalablement à la décision du Conseil d'Etat.
2.2 L'art. 47 OAT, dont le titre est "rapport à l'intention de l'autorité cantonale chargée de l'approbation des plans", a la teneur suivante:
1 L'autorité qui établit les plans d'affectation fournit à l'autorité cantonale chargée d'approuver ces plans (art. 26 al. 1 LAT), un rapport démontrant leur conformité aux buts et aux principes de l'aménagement du territoire (art. 1 et 3 LAT), ainsi que la prise en considération adéquate des observations émanant de la population (art. 4 al. 2 LAT), des conceptions et des plans sectoriels de la Confédération (art. 13 LAT), du plan directeur (art. 8 LAT) et des exigences découlant des autres dispositions du droit fédéral, notamment de la législation sur la protection de l'environnement.
2 Elle présente en particulier les réserves subsistant dans les territoires déjà largement bâtis et indique comment elles seront judicieusement utilisées.
Dans plusieurs cantons, l'autorité "qui établit les plans d'affectation" (dans le texte allemand: "die Behörde, welche die Nutzungspläne erlässt") est une autorité communale qui ne se borne pas à faire une proposition mais qui prend une véritable décision d'adoption du plan (par son organe délibérant ou par son assemblée des citoyens). Pour que le plan entre en vigueur et ait force obligatoire, la décision communale doit encore, en vertu de l'art. 26 LAT, être approuvée par une autorité cantonale. Le rapport selon l'art. 47 OAT est destiné à cette autorité cantonale. Il lui permet de mieux comprendre les enjeux de l'aménagement local, dans la commune concernée, et d'obtenir d'obtenir d'office des renseignements sur les différents points décisifs. Ce rapport peut ainsi compléter le dossier ordinaire préparé à l'intention de l'autorité compétente au niveau communal (organe délibérant, assemblée de commune), dossier qui n'a pas nécessairement, en vertu du droit cantonal, un caractère très détaillé au sujet de la mise en oeuvre des exigences du droit fédéral.
La loi sur l'aménagement du territoire (LAT) ne prévoit pas elle-même directement l'établissement d'un tel rapport. A fortiori cette loi ne fixe-t-elle pas le moment de la procédure administrative auquel le rapport doit être disponible (cf. en particulier l'art. 33 LAT, qui énonce les principes de procédure que les cantons doivent mettre en oeuvre, sans évoquer, même implicitement, ce rapport). L'ordonnance sur l'aménagement du territoire (OAT) ne contient pas d'indications détaillées à ce propos; elle se borne en effet à prescrire la fourniture du rapport avant la décision cantonale d'approbation du plan (art. 47 al. 1 OAT). Sur ce point, la réglementation du droit fédéral n'est pas comparable à celle s'appliquant au rapport relatif à l'impact sur l'environnement (rapport d'impact, RIE), qui fait du rapport un élément nécessaire du dossier initial, prévu directement par la loi (cf. art. 10b, 10c et 10d LPE, art. 7 ss OEIE - notamment l'art. 11 OEIE qui dispose que le rapport doit être remis à l'autorité "dès l'engagement de la procédure décisive").
2.3 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a considéré que l'autorité communale pouvait, sans violer le droit fédéral, attendre la fin de l'enquête publique et de la procédure d'opposition pour rendre son rapport et exposer les raisons pour lesquelles elle demeurait en faveur du plan litigieux malgré les arguments avancés dans ce cadre.
2.3.1 Dans le canton de Genève, les autorités communales n'ont pas la compétence d'adopter les plans d'affectation. Cette compétence relève exclusivement d'autorités cantonales. Les plans des zones (zones ordinaires, zones de développement) sont en principe adoptés par le Grand Conseil (art. 15 ss de la loi cantonale d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire [LaLAT]). A l'intérieur des zones de développement, les plans localisés de quartier sont adoptés par le Conseil d'Etat, qui statue également sur les oppositions (art. 6 al. 9 ss de la loi générale sur les zones de développement [LGZD]). L'adoption du plan comporte l'approbation au sens de l'art. 26 LAT. La procédure d'élaboration d'un plan localisé de quartier peut toutefois être engagée à l'initiative de la commune concernée: l'art. 5A al. 2 LGZD prévoit en effet que les communes peuvent "solliciter en tout temps du Conseil d'Etat l'adoption, la modification ou l'abrogation d'un plan localisé de quartier concernant leur territoire".
2.3.2 Dans le cas particulier, même si le droit cantonal prévoit la compétence d'une autorité cantonale pour adopter le plan litigieux (ce qui vaut approbation au sens de l'art. 26 LAT), un document faisant "en tant que de besoin office de rapport au sens de l'art. 47 OAT" a été établi par la commune qui avait pris l'initiative de cette procédure de planification. Dans une telle situation, ce rapport n'a pas la même fonction que dans les cantons où la commune adopte le plan et fournit ensuite à l'autorité cantonale, qui n'est pas formellement intervenue dans cette première phase de la procédure, des explications lui permettant de statuer sur l'approbation prescrite par l'art. 26 LAT. En l'espèce, l'importance de ce rapport est donc moindre, dès lors que le Conseil d'Etat avait la possibilité, comme autorité compétente pour adopter le plan, de recueillir directement lui-même toutes les données pertinentes, au fur et à mesure de l'élaboration de cet instrument.
Cela étant, on ne voit pas de motif d'empêcher la commune de présenter à l'autorité cantonale un rapport dont le contenu correspond à ce que prescrit l'art. 47 OAT, lorsqu'elle est elle-même à l'origine de la procédure de planification (selon l'art. 5A al. 2 LGZD). En pareil cas, il faut s'inspirer du système valable dans les cantons où la commune est compétente pour adopter le plan: le rapport doit alors être établi après la première phase de la procédure, soit une fois connus les oppositions des intéressés et les préavis des autorités concernées. En d'autres termes, il s'agit non pas d'un complément au dossier mis à l'enquête publique mais d'une présentation des éléments de base ainsi que des données obtenues grâce à la participation de la population (cf. art. 4 al. 2 LAT), permettant à l'autorité cantonale de mieux saisir les enjeux de l'aménagement local. Par nature, le rapport selon l'art. 47 OAT doit être un document de synthèse, postérieur à la phase administrative où les intéressés se prononcent sur le projet de plan. Le Tribunal administratif était fondé à considérer, en l'espèce, que l'autorité communale n'avait pas à rédiger son rapport avant la fin de la procédure d'opposition. Partant, il n'y avait pas lieu non plus d'organiser une enquête publique complémentaire et une nouvelle procédure d'opposition, après le dépôt du rapport. Le Tribunal administratif n'a donc violé ni l'art. 47 OAT, ni d'autres dispositions du droit fédéral de l'aménagement du territoire sur l'établissement et l'approbation des plans d'affectation.
2.4 Les recourants font valoir, en se plaignant d'une violation du droit d'être entendu, qu'ils n'ont pas pu consulter le rapport précité avant le dépôt de leur recours au Tribunal administratif, autorité judiciaire qui n'a, d'après eux, pas la compétence de revoir sous l'angle de l'opportunité une décision du Conseil d'Etat adoptant un plan localisé de quartier. Ils se réfèrent à l'art. 33 al. 3 let. b LAT.
2.4.1 En vertu de l'art. 33 LAT, les cantons doivent instituer une protection juridique, en matière de plans d'affectation, et prévoir "qu'une autorité de recours au moins ait un libre examen" (art. 33 al. 3 let. b LAT). Selon la jurisprudence, ce libre examen ne se réduit pas à un contrôle complet de la constatation des faits et de l'application du droit; il comporte aussi un contrôle de l'opportunité. L'autorité doit vérifier que la planification contestée devant elle soit juste et adéquate. La question du contrôle de l'opportunité se pose à propos des plans d'affectation communaux. L'autorité cantonale de recours doit préserver la liberté d'appréciation dont les communes ont besoin dans l'accomplissement de leurs tâches (art. 2 al. 3 LAT). Cette liberté d'appréciation implique qu'une mesure d'aménagement appropriée doit être confirmée; l'autorité de recours n'est pas habilitée à lui substituer une autre solution qui serait également appropriée. Le contrôle de l'opportunité s'exerce donc avec retenue sur des points concernant principalement des intérêts locaux, tandis que, au contraire, la prise en considération adéquate d'intérêts d'ordre supérieur, dont la sauvegarde incombe au canton, doit être imposée par un contrôle strict (ATF 127 II 238 consid. 3b/aa p. 242). L'"autorité de recours" au sens de l'art. 33 al. 3 let. b LAT ne doit pas nécessairement être une autorité de juridiction administrative chargée par le droit cantonal de statuer sur des recours stricto sensu. Une autorité compétente pour statuer sur des oppositions, par exemple un gouvernement cantonal, peut également satisfaire aux exigences du droit fédéral (ATF 127 II 238 consid. 3b/bb p. 242).
2.4.2 Il est évident que, comme autorité cantonale chargée, seule, d'adopter le plan localisé de quartier et de statuer sur les oppositions, le Conseil d'Etat a pu examiner le projet librement et sans restriction. Si ce plan de détail lui était apparu inopportun, dans l'une ou l'autre de ses composantes, il ne l'aurait selon toute logique pas approuvé. Les recourants ne prétendent du reste pas que le système du droit cantonal genevois serait, sur ce point, contraire aux principes de l'art. 33 LAT.
Les intéressés pouvaient, dans le délai d'opposition, critiquer le plan localisé de quartier en invoquant des motifs d'opportunité; il leur suffisait de connaître le contenu du plan - à savoir les nouvelles prescriptions envisagées en matière d'utilisation du sol dans le périmètre - pour mettre en cause, le cas échéant, l'opportunité de cette mesure. On ne voit pas en quoi le dépôt d'un rapport de la commune, établi sur la base de l'art. 47 OAT, pouvait modifier les données pertinentes de ce point de vue. En effet, il n'apparaît pas que ce rapport contiendrait des éléments nouveaux concernant exclusivement l'opportunité, et non pas la légalité, de la mesure de planification; quoi qu'il en soit, les recourants n'allèguent rien de précis à ce sujet. Dans le système du droit fédéral, le rapport selon l'art. 47 OAT est avant tout un document servant à la coordination matérielle, destiné à faciliter le contrôle par l'autorité cantonale de l'application des exigences légales dans le domaine de l'aménagement du territoire et de la protection de l'environnement (cf. arrêt 1A.281/2005 du 21 juillet 2006 in DEP 2006 p. 887, consid. 1.3). Or, l'application du droit pouvait être revue sans restriction dans la procédure de recours au Tribunal administratif.
En définitive, il ne résulte pas du dossier que les recourants auraient contesté le projet de plan localisé de quartier pour des motifs ne relevant pas du contrôle de la légalité, mais uniquement de l'opportunité. Il n'est pas allégué que le rapport de la commune traitait de questions d'opportunité. Il n'est en outre pas reproché concrètement aux autorités cantonales - Conseil d'Etat puis Tribunal administratif - une restriction indue de leur pouvoir d'examen respectif, sur les questions litigieuses devant elles. Dans ces conditions, le fait que les recourants n'ont pas pu se déterminer sur le rapport de la commune avant la décision du Conseil d'Etat ne constitue pas une violation de leur droit d'être entendus. Ce premier grief est donc mal fondé.
3. Les recourants se plaignent du refus des autorités cantonales d'effectuer une étude de l'impact sur l'environnement (EIE) à l'occasion de l'adoption du nouveau plan localisé de quartier. Selon eux, l'EIE serait nécessaire à cause du parking, qui compterait actuellement 240 places (42 places extérieures et 198 places au premier sous-sol), et dont la capacité serait augmentée à 332 places effectives après la construction des nouveaux bâtiments (+ 92 places, au deuxième sous-sol). Les recourants se plaignent d'une violation de l'art. 9 LPE.
3.1 La réglementation de l'étude d'impact dans la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE) a été modifiée par une novelle du 20 décembre 2006, entrée en vigueur le 1er juillet 2007 (RO 2007 2701). Jusqu'à cette date, l'étude de l'impact sur l'environnement était définie à l'art. 9 LPE. Depuis lors, cette procédure est réglée au chapitre 3 de la loi (art. 10a à 10d LPE), l'art. 9 LPE ayant en conséquence été abrogé.
Les nouveaux art. 10a ss LPE étaient déjà en vigueur à la date de l'arrêt attaqué (le 30 octobre 2007), mais pas à celle de l'adoption du plan (le 7 février 2007). Il n'y a cependant pas lieu d'examiner plus avant la question du régime transitoire car la contestation porte en définitive sur l'application de prescriptions de l'ordonnance (OEIE) qui n'ont pas été modifiées le 1er juillet 2007, et dont la base légale n'est pas discutée.
3.2 En vertu de l'art. 1 OEIE et du chiffre 11.4 de l'annexe à cette ordonnance, les parcs de stationnement (terrain ou bâtiment) pour plus de 300 voitures sont soumis à une étude de l'impact sur l'environnement. Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a retenu que le parking existant comptait dès sa construction 332 places, sur trois niveaux (en surface, au premier et au deuxième sous-sols), et qu'il était actuellement sous-utilisé.
Les recourants affirment que le deuxième sous-sol serait non pas sous-utilisé, mais désaffecté. Selon eux, il est demeuré fermé par une grille métallique depuis environ vingt ans, et il sert de dépôt et de parking d'appoint à de rares occasions, pour des manifestations ponctuelles. Des habitants du quartier ont attesté que la grille demeurait généralement fermée. Les recourants reprochent au Tribunal administratif de ne pas s'être prononcé clairement sur ces éléments.
Contrairement à ce que les recourants prétendent, le Tribunal administratif a considéré sans équivoque que le parking comptait trois niveaux, et que les places de stationnement de chaque niveau comptaient dans le nombre total (332). L'utilisation occasionnelle du deuxième sous-sol pour le stationnement de courte durée, en cas de manifestations à la salle communale, n'est pas niée dans l'arrêt attaqué. Dans ces conditions, et en fonction des allégations des recourants, il y a lieu de considérer que les faits pertinents - à savoir une capacité actuelle objective de 332 places, abstraction faite du taux d'utilisation des différents niveaux - n'ont pas été constatés de manière manifestement inexacte (cf. art. 97 al. 1 LTF). Les dispositions réglementaires du plan litigieux prévoient du reste explicitement que "le nombre de places de stationnement dans le périmètre demeure inchangé". L'intensité d'utilisation des différents niveaux n'est, de ce point de vue, pas un élément pertinent.
Il s'ensuit que le nouveau plan localisé de quartier ne prévoit pas une augmentation de la capacité d'un parking qui, auparavant, n'aurait pas été soumis à une étude d'impact mais qui, à cause de cette augmentation, dépasserait le seuil du ch. 11.4 de l'annexe OEIE (cf. art. 2 al. 2 let. a OEIE). En d'autres termes, la question de savoir si le parking est, en tant que tel, une installation soumise à EIE ne se pose pas au stade actuel; cette question devait être traitée le cas échéant au moment de la planification ou de la construction du parking, puisque la valeur de seuil était atteinte dès l'origine, et elle devait être résolue sur la base des règles du droit fédéral en vigueur à cette époque. Il n'y a toutefois pas lieu d'examiner plus avant cette question.
3.3 L'application de l'art. 2 al. 1 OEIE entre par conséquent seule en ligne de compte. Selon cette disposition, la modification d'une installation mentionnée dans l'annexe est soumise à une EIE si elle consiste en une transformation ou un agrandissement considérables de l'installation, ou si elle change notablement son mode d'exploitation (let. a); et si elle doit être autorisée dans le cadre de la procédure qui serait décisive s'il s'agissait de construire l'installation (let. b).
Comme le plan localisé de quartier ne prévoit pas une transformation ni un agrandissement du parking, seule est déterminante dans ce cadre la modification d'exploitation causée par l'utilisation de places de stationnement existantes par les usagers des nouveaux bâtiments A, B et C (logements, locaux commerciaux au rez-de-chaussée et crèche).
Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a considéré que cette modification était "manifestement mineure". Cette appréciation, à laquelle l'Office fédéral de l'environnement se rallie (dans son avis sur le recours), n'est à l'évidence pas contraire au droit fédéral. Pour qu'une modification du mode d'exploitation d'un parking de 332 places soit "notable" (dans le texte allemand: "wesentlich"), il faudrait en effet davantage que le trafic supplémentaire causé par les usagers des trois nouveaux bâtiments (cf. notamment arrêt 1A.136/2004 du 5 novembre 2004 in DEP 2005 p. 1, consid. 2.3). Le grief de violation des normes du droit fédéral sur l'étude d'impact est donc mal fondé.
3.4 Cela étant, même si la modification d'une installation n'est pas en tant que telle soumise à une EIE, l'autorité compétente doit vérifier, lors de la planification puis au stade de l'autorisation de construire, si les prescriptions matérielles du droit fédéral de la protection de l'environnement sont respectées. Or les recourants, en l'espèce, ne se plaignent pas d'une violation du droit matériel, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner ce point.
4. Les recourants se plaignent enfin du non-respect du plan directeur cantonal, et partant d'une violation de l'art. 9 al. 1 LAT. Selon eux, le périmètre litigieux, classé en zone de développement 4B (zone destinée principalement aux maisons d'habitation de plusieurs logements, dans les villages et les hameaux du canton, en vertu de l'art. 19 al. 2 LaLAT), est soumis aux mesures du plan directeur cantonal, lequel prévoit, dans la fiche 2.06 du "concept de l'aménagement cantonal", une "utilisation des terrains à bâtir selon l'indice usuel de 0.6, si le site le permet". Or le nouveau plan localisé de quartier prévoit un indice d'utilisation du sol de 1.0. Les recourants affirment que les mesures préconisées par le plan directeur cantonal dans les zones 4B, ou les zones de développement 4B, sont suffisamment précises et récentes pour justifier qu'on leur accorde un certain effet contraignant.
4.1 L'art. 9 al. 1 LAT dispose que les plans directeurs des cantons ont force obligatoire pour les autorités. Cette force obligatoire ne concerne cependant, d'après le droit fédéral, que les éléments du plan directeur qui sont visés à l'art. 8 LAT et qui en constituent le "contenu minimum": la définition de la façon de coordonner les activités qui ont des effets sur l'organisation du territoire, compte tenu du développement souhaité, ainsi que l'ordre dans lequel il est envisagé d'exercer ces activités et les moyens à mettre en oeuvre (cf. Pierre Tschannen, Commentaire LAT, Zurich 1999, n. 12 ad art. 9 LAT). L'art. 5 OAT donne des précisions au sujet de ces processus de coordination des différents domaines sectoriels et prévoit trois stades ou étapes: les activités pour lesquelles la coordination est réglée, celles pour lesquelles la coordination est en cours, et celles qui sont au stade de l'information préalable, n'étant pas définies de manière suffisamment précise pour qu'une concertation puisse avoir lieu (cf. art. 5 al. 2 let. a, b et c OAT).
Il n'est pas évident de déterminer le sens ou la portée, d'un point de vue juridique, de la notion de force obligatoire du plan directeur cantonal selon l'art. 9 al. 1 LAT (cf. notamment à ce sujet: Beat Rudin, Der Richtplan nach dem Bundesgesetz über die Raumplanung und der Koordinationsplan des Kantons Basel-Landschaft, thèse Bâle 1992, p. 128 ss). Quoi qu'il en soit, cet instrument n'est pas un "pré-plan d'affectation" et il n'a pas pour objet de régler directement le mode d'utilisation du sol (cf. ATF 116 Ia 221 consid. 4a p. 233; arrêt 1P.293/1994 du 20 décembre 1994 in ZBl 97/1996 p. 36 consid. 6a).
4.2 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a considéré que le plan directeur cantonal ne fixait pas d'indice d'utilisation du sol (IUS) applicable de façon générale à la zone 4B, et que le "concept de l'urbanisation" de ce plan énonçait différents principes pour une bonne utilisation des zones à bâtir (notamment: ne pas avoir recours à des IUS inférieurs aux valeurs usuelles; dans les zones équipées et bien desservies, utiliser pleinement les capacités constructives des terrains, avec des gabarits et des densités de constructions adaptés aux lieux; revoir les règlements de village qui prévoient une valeur inférieure à la normale). Dans le cas particulier, l'indice de 1.0 devait être considéré comme "usuel", ayant été appliqué pour la construction des immeubles du périmètre. En outre, pour le Tribunal administratif, dans la situation notoire de pénurie d'appartements à Genève, la constructions d'immeubles de logements sociaux et à loyer libres constitue un intérêt public à caractère prépondérant. Finalement, le plan localisé de quartier a été qualifié de parfaitement conforme au plan directeur.
4.3 Dans leur argumentation, les recourants ne prétendent pas que les bâtiments prévus dans la partie non encore construite du périmètre du PLQ seraient contraires, à cause de leurs dimensions ou du nombre d'appartements, à des règles matérielles de la législation sur l'aménagement du territoire ou du plan d'affectation de base. Ils reprochent uniquement à l'autorité de planification de n'avoir pas tenu compte d'un élément du plan directeur cantonal - la fiche 2.06, concernant l'urbanisation dans les villages -, qui d'après eux fixerait un coefficient d'utilisation du sol maximal (IUS de 0.6). Les recourants ne font pas valoir qu'une limitation de la densité d'utilisation serait imposée par des règles ou principes d'aménagement du territoire (art. 1 et 3 LAT, notamment). Leur argumentation consiste en définitive à dire que, comme le plan directeur cantonal mentionne un IUS usuel de 0.6, l'autorité de planification n'aurait pas d'autre choix que le respect de cette limite, vu le caractère obligatoire du plan directeur cantonal selon le droit fédéral.
Il ressort du dossier, à propos de la fiche de coordination 2.06 (urbanisation, villages), que dans ce domaine la coordination est en cours, et partant qu'elle n'est pas encore réglée (cf. art. 5 al. 2 let. a et b OAT). Les recourants se sont abstenus de le relever et, du reste, ils ne présentent pas une argumentation précise au sujet de la portée juridique de la force obligatoire d'un tel élément du plan directeur cantonal, à ce stade intermédiaire de la coordination. Le gouvernement cantonal, dans sa réponse au recours, a en revanche clairement exposé que, selon lui, le plan localisé de quartier s'inscrit dans le concept d'urbanisation du canton. Dans ces conditions, on ne voit aucun motif de considérer que "la mesure inscrite au concept" de la fiche 2.06, en vertu de laquelle les terrains à bâtir doivent être utilisés "selon l'indice usuel de 0.6 si le site le permet", aurait été conçue d'une part comme une instruction impérative chiffrée aux autres autorités de planification, et d'autre part comme une limite maximale. On peut admettre qu'il s'agit plutôt d'une valeur indicative en vue de favoriser une utilisation plus dense du sol constructible, et que cette donnée doit être prise en compte, au même titre que d'autres éléments non juridiquement impératifs, dans la pesée globale des intérêts. Or, précisément, la mesure d'aménagement litigieuse tient compte de ces objectifs en matière de densité. Il en résulte que le Tribunal administratif était en définitive fondé à retenir que la décision du Conseil d'Etat ne violait pas le plan directeur cantonal. Les griefs des recourants doivent en conséquence être rejetés.
5. Il s'ensuit que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté. Les recourants, qui succombent, doivent payer les frais judiciaires (art. 65 al. 1 et 66 al. 1 LTF). La commune et le Conseil d'Etat, agissant dans l'exercice de leurs attributions officielles en matière d'aménagement du territoire, n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de la commune intimée, au Conseil d'Etat et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 13 août 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Jomini