Sachverhalt:
A. M._, geboren 1952, war seit dem 1. Februar 1975 bei der X._ AG als angelernte Sachbearbeiterin angestellt. Ab 29. Juni 2004 war sie noch in einem 30%-Pensum tätig. Am 23. Juli 2004 ersuchte sie bei der Invalidenversicherung um Leistungen wegen Augen- und Rückenbeschwerden sowie einer Depression. Der 16. Februar 2005 war ihr letzter effektiver Arbeitstag. Mit Verfügungen vom 26. September 2007 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich M._ vom 1. November 2004 bis 31. August 2006 eine ganze und ab dem 1. September 2006 eine halbe Invalidenrente zu. Per 30. September 2007 war das Arbeitsverhältnis mit der X._ AG beendet. Nachdem die IV-Stelle die Abweisung eines Rentenerhöhungsgesuches am 4. Dezember 2008 in Aussicht gestellt und M._ dagegen Einwände erhoben hatte, holte die IV-Stelle weitere Arztberichte ein und bestätigte mit Verfügung vom 3. März 2011 die Abweisung des Rentenerhöhungsgesuches.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. Dezember 2011 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die IV-Stelle zu verpflichten, ihr ab 1. Januar 2008 eine ganze Invalidenrente auszurichten; eventualiter sei die Sache zur rechtskonformen Ermittlung des Sachverhalts oder zur Vornahme eines Einkommensvergleichs an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in Art. 106 Abs. 2 BGG genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 IV 286 E. 6.2 S. 288; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), insbesondere bei psychischen Gesundheitsschäden (BGE 132 V 65 E. 3.4 S. 69; 131 V 49 E. 1.2 S. 50; 130 V 396, je mit Hinweisen), die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG; BGE 128 V 29 E. 1 S. 30 mit Hinweis) und den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG; ab 1. Januar 2008 Art. 28 Abs. 2 IVG) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Voraussetzungen einer Revision der Invalidenrente (Art. 17 ATSG; BGE 134 V 131 E. 3 S. 132), namentlich die zeitlichen Vergleichspunkte (BGE 133 V 108 E. 5.4 S. 114; 130 V 71), die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3a S. 352) und die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
Anzufügen bleibt, dass behandelnde Spezialisten sich in erster Linie auf die Behandlung zu konzentrieren haben und bei ihren Berichten die Erfahrungstatsache, wonach diese aufgrund des Vertrauensverhältnisses zu ihren Patienten im Zweifelsfall eher zu deren Gunsten aussagen, zu berücksichtigen ist, so dass im Streitfall eine direkte Leistungszusage einzig gestützt auf die Angaben der behandelnden Ärztinnen und Ärzte kaum je in Frage kommt (BGE 135 V 465 E. 4.5 S. 470).
3. Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes, eventualiter eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes. Dabei übersieht sie, dass im Rahmen von Art. 97 Abs. 1 resp. Art. 105 Abs. 2 BGG das Bundesgericht nur dann eine Sachverhaltsberichtigung vornimmt, wenn die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung rechtserheblich und als willkürlich zu werten ist (E. 1.2). Insofern decken sich die beiden Rügen der Versicherten.
Soweit die Versicherte geltend macht, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, weil sie keinen Einkommensvergleich vorgenommen habe, ist festzuhalten, dass sich ein Einkommensvergleich erübrigt, wenn sich keine wesentliche Änderung in den zu vergleichenden Sachverhalten (in der Regel des Gesundheitszustandes) ergeben hat; nur bei Bejahung einer rechtserheblichen Veränderung - und damit eines Revisionsgrundes - ist auch der Einkommensvergleich vorzunehmen. In diesem Zusammenhang bleibt darauf hinzuweisen, dass Rentenverfügungen, welche die bisherige Rente mangels vorliegendem Revisionsgrund bloss bestätigen, revisionsrechtlich unerheblich sind (BGE 133 V 108 E. 5.4 S. 114).
4. Die Vorinstanz hat gestützt auf das MEDAS-Gutachten vom 24. August 2006 einerseits sowie auf das Gutachten der Y._ AG, vom 24. November 2009 andererseits festgestellt, dass keine erhebliche Veränderung des gesundheitlichen Zustandes der Versicherten seit der Zusprechung der halben Rente eingetreten ist, und die Abweisung des Rentenerhöhungsgesuches durch die Verwaltung bestätigt.
Daran vermögen auch die Einwände der Versicherten nichts zu ändern: Einerseits ist der geltend gemachte Widerspruch bezüglich der zumutbaren Arbeitsfähigkeit im Gutachten der Y._ AG unzutreffend. Während im psychiatrischen Teilgutachten die zuletzt ausgeübte Tätigkeit in zeitlich reduziertem Ausmass als weiterhin zumutbar erachtet wird (S. 21), schliesst der orthopädische Experte die Zumutbarkeit der angestammten Tätigkeit aus (S. 22); folgerichtig wird im Rahmen der Synthese die Unzumutbarkeit der angestammten Tätigkeit und die Zumutbarkeit einer angepassten Tätigkeit (wechselbelastende, rückenschonende Arbeiten ohne Heben und Tragen von Lasten über 5 kg und ohne Zwangshaltungen, besonderem Zeitdruck oder Nachtarbeit) in der Grössenordnung von 56 % festgehalten (S. 23), womit sich auch der orthopädische Teilgutachter einverstanden erklärte (vgl. seine Unterschrift auf S. 29). Demnach ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz gestützt auf die ärztliche Angabe, seit der MEDAS-Begutachtung sei keine wesentliche Veränderung der Arbeitsfähigkeit eingetreten (S. 26), von keiner Verschlechterung ausging. Anderseits erweist sich der Vorwurf, die Vorinstanz habe ihr Ermessen überschritten, indem sie die Beweise einseitig gewürdigt habe, als unzutreffend. Mit der Vorinstanz ist festzuhalten, dass sowohl das MEDAS-Gutachten als auch das Gutachten der Y._ AG die Anforderungen der Rechtsprechung erfüllen (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232) und bei den Berichten der Frau Dr. med. K._, Fachärztin für Psychiatrie, und Psychotherapie, der Frau Dr. med. L._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, sowie des Dr. med. N._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie sowie für Allgemeine Medizin, angesichts des Umstandes, dass sie alle derselben Gemeinschaftspraxis angehören, in welcher die Versicherte seit Jahren behandelt wird, der Erfahrungstatsache Rechnung zu tragen ist, dass diese im Zweifelsfall eher zu Gunsten ihrer Patientin aussagen (BGE 135 V 465 E. 4.5 S. 470); letzteres ist etwa aus dem Bericht der Frau Dr. med. K._ vom 6. Mai 2007 sowie jenem der Frau Dr. med. L._ vom 19. Januar 2009 klar ersichtlich. Diese Beweiswürdigungsregel bezüglich behandelnden Spezialisten gilt auch für die Berichte des Dr. med. O._, Facharzt für Innere Medizin, speziell Rheumatologie, Zürich. Zudem legt die Vorinstanz in ihrem Entscheid nachvollziehbare und überzeugende Gründe dar, weshalb den Einschätzungen dieser behandelnden Ärzte bezüglich der zumutbaren Arbeitsfähigkeit nicht gefolgt werden kann. Schliesslich liegt auch keine Bundesrechtsverletzung darin, dass die Vorinstanz nicht der Einschätzung des Dr. med. P._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, in seinem Gutachten vom 26. Januar 2011 gefolgt ist. Einerseits hat Dr. med. P._ die zeitliche Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit - wie die Vorinstanz zutreffend festhält - allein mit den fremdanamnestischen Angaben begründet; dabei handelt es sich jedoch einzig um die Aussage der behandelnden Psychologin. Andererseits hält er das Gutachten der Y._ AG für nachvollziehbar und gibt für seine divergierende Einschätzung keine Begründung an, welche das Gutachten der Y._ AG ernsthaft in Zweifel zu ziehen vermag.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Mai 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold