Faits:
A. La société suisse Z._ AG importe, commercialise et vend des chaussures fabriquées par la société américaine Y._ Inc. En 2006 et 2007, celle-ci a déposé en Suisse plusieurs designs pour ses chaussures. La société suisse X._ Sàrl est une filiale de la société américaine X._ Inc. active dans le commerce des chaussures.
B. Par requête de mesures provisionnelles du 11 août 2008, Y._ Inc. et Z._ AG ont requis le Juge instructeur de la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois d'interdire à X._ Sàrl de commercialiser, vendre etc. diverses chaussures. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 1er octobre 2008, ce magistrat a partiellement admis la requête et interdit à X._ Sàrl de commercialiser, vendre etc. certaines chaussures. Il a en outre déclaré sa décision directement exécutoire nonobstant recours ou appel. Le dispositif envoyé aux parties précisait que celles-ci pouvaient requérir la motivation de l'ordonnance dans un délai de dix jours.
Le lendemain 2 octobre 2008, X._ Sàrl a immédiatement adressé à la Cour civile une requête d'appel à l'encontre de l'ordonnance du 1er octobre 2008. Elle concluait à titre préalable à ce que l'exécution de ladite ordonnance soit suspendue jusqu'à droit connu sur la procédure d'appel. Par décision du 3 octobre 2008 communiquée par télécopieur, la Présidente de la Cour civile a rejeté la requête d'effet suspensif.
C. Le 3 octobre 2008, soit le jour même, X._ Sàrl (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle concluait, par voie de mesures superprovisoires et provisionnelles, à ce que l'exécution de l'ordonnance du 1er octobre 2008 soit suspendue jusqu'à droit connu sur la procédure d'appel et, principalement, à ce que la décision du 3 octobre 2008 soit réformée dans le sens de l'admission de la requête d'effet suspensif pour la durée de la procédure d'appel, avec suite de dépens.
Y._ Inc. et Z._ AG (les intimées) ont proposé principalement l'irrecevabilité, subsidiairement le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 235 consid. 1).
La décision attaquée est celle de la Présidente de la Cour civile du 3 octobre 2008 refusant d'accorder l'effet suspensif à l'appel cantonal. Il s'agit d'une décision portant sur des mesures provisionnelles qui peut, selon la valeur litigieuse, faire l'objet d'un recours en matière civile ou d'un recours constitutionnel subsidiaire, mais uniquement pour violation des droits constitutionnels (art. 98 LTF).
Comme décision incidente de procédure, elle n'est toutefois susceptible de recours que si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF). Cette restriction est fondée sur des motifs d'économie de la procédure: en tant que cour suprême, le Tribunal fédéral ne doit en principe connaître qu'une seule fois de la même affaire, à la fin de la procédure, à moins que l'on ne se trouve dans l'un des cas où la loi autorise exceptionnellement, précisément pour des raisons impérieuses, un recours immédiat contre une décision préjudicielle ou incidente (ATF 134 III 188 consid. 2.2; 133 III 629 consid. 2.1 p. 631).
Un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable que s'il cause un inconvénient de nature juridique; tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable au recourant ne le ferait pas disparaître entièrement; en revanche, un dommage de pur fait, tel un prolongement de la procédure, n'est pas considéré comme un dommage irréparable de ce point de vue. Il appartient au recourant d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision préjudicielle ou incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 134 III 188 consid. 2.1 p. 190; 133 III 629 consid. 2.3.1).
La recourante se limite à affirmer que la décision incidente lui cause un préjudice irréparable, sans la moindre tentative de démonstration de ce que tel serait concrètement le cas en l'espèce. Or, un tel préjudice n'est de loin pas évident. A supposer que l'interdiction obtenue par les intimées se révèle ultérieurement infondée, la recourante pourra reprendre l'activité interdite et demander à celles-ci, dont la solvabilité n'est même pas contestée, des dommages-intérêts pour les pertes subies ensuite de l'interdiction (cf. art. 38 al. 3 LDes, art. 14 LCD et art. 28f CC).
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être déclaré irrecevable. Dès lors, la requête d'effet suspensif est sans objet.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al.1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 6'000 fr., à payer aux intimées, créancières solidaires, à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Présidente de la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 6 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Klett Cornaz