Faits:
A. Au mois de juin 2005, le Ministère public de la Confédération (ci-après: le MPC) a ouvert une enquête de police judiciaire pour blanchiment d'argent. Celle-ci a ensuite été étendue à des infractions de gestion déloyale des intérêts publics, puis d'escroquerie. Elle est dirigée contre les anciens membres du conseil d'administration de la société tchèque C._, ainsi que contre les membres du conseil de surveillance de cette société, parmi lesquels D._. Entre 1997 et 2002, les inculpés auraient détourné les fonds de la société et les auraient utilisés pour acquérir le contrôle de la société après sa privatisation. Les fonds détournés auraient ensuite été blanchis, jusqu'en 2005, par l'intermédiaire de sociétés du groupe A._.
Le 2 octobre 2007 puis le 23 avril 2008, le MPC a ordonné le blocage d'un compte bancaire détenu par A._ et de deux comptes détenus par B._, dont les ayants droit sont D._ et E._. C._ a été admis en tant que partie civile, par décision du MPC du 17 novembre 2008. Le 8 juin 2009, le Juge d'instruction fédéral (JIF) a ouvert une instruction préparatoire.
Par arrêt du 12 novembre 2009 (1B_208/2009), le Tribunal fédéral a admis un recours du MPC contre un arrêt de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral ordonnant la levée du séquestre d'un compte détenu par B._. Il n'était pas démontré que les autorités tchèques auraient renoncé à toute poursuite contre les anciens dirigeants de C._; de telles poursuites n'étaient d'ailleurs pas nécessaires pour permettre une confiscation. La provenance délictueuse des fonds saisis apparaissait suffisamment vraisemblable.
B. Le 18 janvier 2010, les sociétés du Groupe A._ et B._ ont demandé la levée des séquestres bancaires. Par décision du 15 mars 2010, le JIF a rejeté cette requête.
Par arrêt du 26 juillet 2010, la Cour des plaintes a confirmé cette décision. Les arguments relatifs à la compétence des autorités suisses, à l'existence d'une infraction préalable, d'un dommage et d'une procédure en République tchèque, ont été écartés. Les inculpés ne pouvaient prétendre ignorer la provenance des fonds. Le montant des sommes saisies, soit près de 700 millions de francs au total, n'était pas manifestement disproportionné, car les détournements pouvaient être supérieurs à 150 millions d'USD, somme qui ne se rapportait qu'au rachat des actions C._.
C. A._ et B._ forment un recours en matière pénale. Elles demandent l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et de la décision du JIF du 15 mars 2010, et la levée des séquestres frappant leurs trois comptes, subsidiairement le renvoi de la cause à la Cour des plaintes pour nouvelle décision.
Le MPC et le JIF concluent au rejet du recours. Les recourantes ont répliqué, le 16 novembre 2010, en maintenant leurs conclusions et leurs griefs.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contraintes. Les décisions relatives au maintien de saisies d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (ATF 1B_208/2009 du 12 novembre 2009).
1.1 En tant que titulaire des comptes saisis ayant participé à la procédure devant la Cour des plaintes, les recourantes ont qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF).
1.2 La décision par laquelle le juge ordonne ou maintient un séquestre pénal constitue une décision incidente (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 89 I 185 consid. 4 p. 187 et les références).
2. Avant d'aborder le droit, les recourantes présentent leur propre version des faits, ainsi qu'une argumentation complète à décharge telle qu'elle pourrait être soumise à un juge du fond. De nature appellatoire, cette argumentation est irrecevable dans le cadre d'un recours dirigé contre une mesure provisoire fondée sur la simple vraisemblance.
3. Dans leur exposé en droit, les recourantes reprennent l'ensemble de leurs objections, en reprochant à la Cour des plaintes d'avoir retenu les faits de manière arbitraire et en violation de leur droit d'être entendues. Les faits suivants auraient en particulier été méconnus: l'infraction de gestion déloyale avait été suspendue par le MPC le 12 décembre 2008; la prise de contrôle de C._ aurait eu lieu lors d'une assemblée générale en avril 1998, de sorte que l'évocation de faits postérieurs ne servirait qu'à prolonger artificiellement le délai de prescription; l'acquisition des actions C._ détenues par l'Etat avait fait l'objet d'un décret gouvernemental, sans que le prix des actions n'ait été imposé; ni l'Etat tchèque, ni C._, ni la société qui lui a succédé F._ ne s'estimeraient lésés par l'opération de transfert d'actions; le 12 octobre 2009, le Parquet de Prague avait expressément refusé de prononcer des inculpations en relation avec cette opération, de sorte qu'il n'y aurait aucune enquête en République tchèque, ce que la Cour des plaintes aurait arbitrairement méconnu; D._ n'avait rejoint le comité de supervision qu'au mois d'août 1998, et E._ n'avait été membre ni de ce comité, ni du conseil d'administration de C._; le prêt accordé à la société G._ avait été remboursé; la considération de la Cour des plaintes selon laquelle les montants détournés pourraient être supérieurs à ceux déjà connus, serait arbitraire et reprendrait les conclusions d'un rapport qui n'a été établi que le 4 août 2010; il serait également arbitraire, car contraire aux pièces du dossier, de retenir que la prescription de l'action pénale en République tchèque aurait pu être interrompue.
3.1 Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (art. 98 LTF; cf. ATF 126 I 97 consid. 1c p. 102). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'art. 106 al. 2 LTF prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste sa violation (cf. ATF 134 III 186 consid. 5 p. 187; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 130 I 26 consid. 2.1 p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4 p. 589; 130 I 258 consid. 1.3 et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant ne peut critiquer la constatation des faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis en violation de droits fondamentaux, ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité, pratiquement, à l'arbitraire (cf. ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
3.2 Selon la jurisprudence, la saisie d'un bien à titre de produit d'une infraction, au cours d'une enquête pénale, est admissible lorsque cette mesure est prévue par le droit de procédure applicable (en l'occurrence l'art. 65 PPF), que l'origine délictueuse du bien est soupçonnée sur la base d'indices suffisants et qu'il devra vraisemblablement, dans la suite du procès, être restitué au lésé ou confisqué (ATF 126 I 97 consid. 3b p. 104/105, consid. 3d/aa p. 107). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. Le juge doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire, ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99; 103 Ia 8 consid. III/1c p. 13; 101 Ia 325 consid. 2c p. 327). Le séquestre pénal doit être maintenu tant que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
3.3 Les faits reprochés aux inculpés consistent en des détournements de fonds au préjudice de la société C._, pour un montant total de plus de 150'000'000 USD. Ces fonds auraient servi, notamment, au rachat d'une partie des actions C._ détenues par l'Etat, en juin 1999. A cette occasion les inculpés auraient trompé le Gouvernement sur l'identité des acquéreurs et auraient obtenu un prix particulièrement bas, ce qui serait constitutif d'escroquerie. Enfin, les fonds détournés auraient été blanchis, jusqu'en 2005 au moins. Les avoirs de B._ proviendraient de la revente des actions C._, en 2005.
3.4 Les objections des recourantes quant à l'existence d'inculpations, ou de poursuites dans l'Etat requérant tombent à faux. Comme l'a retenu le Tribunal fédéral dans son arrêt du 12 novembre 2009, il n'est pas nécessaire, pour poursuivre en Suisse une infraction de blanchiment, que l'infraction de base fasse l'objet de poursuites effectives dans l'Etat de commission, mais seulement qu'il soit punissable selon le droit de cet Etat (double incrimination abstraite, cf. ATF 6B_900/2009 du 21 octobre 2010, consid. 2). Dès lors, les différentes déclarations des autorités de poursuite tchèques et des représentants de C._, respectivement de F._, apparaissent sans pertinence de ce point de vue. Les nombreux griefs soulevés à cet égard doivent par conséquent être écartés.
Les recourantes insistent sur le fait que la vente d'actions C._ a fait l'objet d'un décret gouvernemental du 28 juillet 1999, que le prix de la vente n'avait pas été imposé à l'Etat tchèque et que ce dernier ne se serait jamais considéré comme lésé. Il en résulterait d'une part qu'aucune gestion déloyale des intérêts publics n'aurait pu être commise, et d'autre part que l'infraction serait prescrite. L'argument des recourantes porte exclusivement sur l'opération de vente des actions C._; les recourantes perdent ainsi de vue que les fonds saisis en Suisse l'ont été à raison d'actes de blanchiment et que, plus généralement, il est reproché aux inculpés des détournements à large échelle des fonds de la société C._, laquelle aurait versé des sommes considérables à des sociétés contrôlées par ses propres administrateurs.
Les recourantes relèvent également que D._ n'aurait été membre du comité de supervision de C._ qu'après la vente des titres et que E._ n'aurait jamais fait partie des organes de cette société. Elles contestent aussi - en invoquant leur droit d'être entendues - que la présidence du conseil d'administration de C._ ait été occupée par les personnes mises en cause dans la procédure. Ces objections sont vaines. En effet, l'infraction de blanchiment ne doit pas forcément être commise par les auteurs de l'infraction de base, mais par des personnes qui savaient ou devaient présumer l'origine criminelle des fonds. De plus, il est sans pertinence que les infractions de base commises en République tchèque soient actuellement prescrites, dès lors que le moment déterminant est celui des actes de blanchiment (ATF 126 IV 255), en l'occurrence commis dès 1999 et jusqu'en 2005.
Les recourantes contestent également l'existence d'un dommage subi par la société C._, ce qui empêcherait l'application des dispositions réprimant tant l'escroquerie que la gestion déloyale. La Cour des plaintes n'a pas méconnu que le montant du dommage subi par C._ n'est actuellement pas établi. Les déclarations de la société F._, selon laquelle C._ n'aurait subi aucun dommage, sont tempérées par le fait que cette même société a déclaré se constituer partie civile dans la procédure en Suisse, et qu'elle a par ailleurs déclaré ne pas disposer des documents nécessaires pour évaluer la situation.
Les différentes allégations de fait des recourantes, supposées recevables, apparaissent ainsi sans incidence sur le bien-fondé de la mesure de séquestre.
3.5 Les recourantes prétendent également se prévaloir de faits nouveaux, soit d'une demande d'entraide judiciaire du 26 mai 2010 adressée aux autorités tchèques et de la décision d'inculpation pour escroquerie du JIF, des 1er et 29 juin 2010, éléments dont la Cour des plaintes pouvait et devait selon elles tenir compte, ainsi que des déterminations du 13 juillet 2010 et d'une lettre du 26 juillet 2010 du Procureur de Prague. A teneur de l'art. 99 LTF, aucun fait nouveau ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. En l'occurrence, les faits allégués ne ressortent en aucune manière de l'arrêt attaqué; les recourantes ne sauraient s'en prévaloir à titre de "complément d'écriture", sauf à méconnaître la disposition claire de l'art. 99 LTF. Ces moyens sont par conséquent irrecevables. Il en va de même, a fortiori, pour les pièces produites par les recourantes en annexe à leur réplique.
3.6 Les recourantes reviennent sur la qualité de lésé de l'Etat tchèque, de la société C._ et de celle qui lui a succédé. Cette dernière se serait vu reconnaître à tort la qualité de partie civile. Cette objection est sans rapport avec l'objet du litige. Par ailleurs, au même titre que l'existence d'une poursuite dans l'Etat étranger, l'intervention du lésé dans la procédure suisse n'est en rien une condition à la répression de l'infraction de blanchiment.
3.7 Les recourantes critiquent aussi l'avis de droit de l'Institut suisse de droit comparé, établi le 5 mars 2010 sur mandat du JIF. Cet avis ne fait qu'indiquer les infractions possibles, en droit tchèque, et mentionner les règles relatives à la prescription, sans se prononcer sur la réalité des faits poursuivis. Tout en critiquant le recours à un tel avis de droit et en mettant en doute les qualités de son auteur, les recourantes n'indiquent pas en quoi il serait arbitraire d'en suivre les conclusions, s'agissant de questions de qualification juridique des faits en droit étranger.
4. Les recourantes invoquent également le principe de la proportionnalité. Dans la mesure où le grief revient à contester le bien-fondé du séquestre dans son principe (les recourantes se fondent sur une pièce nouvelle, irrecevable, et sur la considération que ni C._, ni l'Etat tchèque ne s'estimeraient lésés), il doit être écarté conformément aux considérations qui précèdent. Les recourantes relèvent aussi que l'ensemble des montants saisis en Suisse s'élèverait à 700'000'000 fr., alors que les autorités d'instruction et de poursuite mentionnent un dommage de 150'000'000 USD seulement. La Cour des plaintes a retenu que les montants en jeu pourraient être supérieurs, compte tenu du volet "G._" de l'enquête et des montants détournés au bénéfice exclusif des inculpés. Les recourantes tiennent cette appréciation pour arbitraire. Elles se fondent toutefois à nouveau sur une pièce nouvelle, irrecevable, et sur la considération que ni C._, ni l'Etat tchèque ne s'estimeraient lésés.
4.1 Pour qu'une mesure soit conforme au principe de la proportionnalité, il faut qu'elle soit apte à atteindre le but visé, que ce dernier ne puisse être atteint par une mesure moins incisive et qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de l'administré et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (ATF 125 I 474 consid. 3 p. 482 et les arrêts cités). S'agissant d'un séquestre pénal, la mesure doit être proportionnée dans son montant, dans sa durée et au regard de la situation de la personne touchée (ATF 132 I 229 consid. 11.3 p. 246).
4.2 En l'occurrence, le total des montants séquestrés apparaît certes supérieur au dommage tel qu'il peut actuellement être estimé. L'autorité de séquestre doit néanmoins tenir compte de la probabilité que l'ensemble des détournements au préjudice de C._ n'a pas encore été mis à jour. Au demeurant, les trois comptes des recourantes ne représentent que 11 millions de francs, soit un montant bien inférieur aux dommages présumés. Les montants déposés proviennent en outre directement de la vente d'action C._ et des gains réalisés par les inculpés lors de la cession de leurs parts aux autres prévenus, ce que les recourantes ne contestent d'ailleurs pas. Le principe de la proportionnalité apparaît dès lors respecté dans son montant. Il l'est aussi dans sa durée, compte tenu notamment du nombre d'investigations qui ont été nécessaires, en particulier à l'étranger. La Cour des plaintes a au surplus enjoint le JIF de clore l'instruction dans un délai raisonnable.
5. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaire sont mis à la charge des recourantes.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, au Ministère public de la Confédération, à l'Office des Juges d'instruction fédéraux et au Tribunal pénal fédéral, Ire Cour des plaintes.
Lausanne, le 8 décembre 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz