Faits:
A. B._ a travaillé comme nettoyeuse au service de X._ SA depuis 1997, à raison de 18 heures par semaine. A ce titre, elle était assurée contre le risque d'accidents professionnels et non-professionnels par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 19 février 2002, elle a été victime d'un accident de la circulation. La voiture dont elle était la passagère a été percutée par un véhicule arrivant en sens inverse et obliquant à gauche. L'assurée a heurté le tableau de bord avec son genou gauche et le pare-brise avec la tête. Dans un rapport médical LAA du 17 mars 2002, le docteur H._, médecin traitant, a posé les diagnostics de (accident de la circulation avec) contusions multiples, syndrome cervical et « coup du lapin ». L'assurée n'a repris son activité professionnelle qu'à raison de 9 heures par semaine dès le 2 mai 2002.
Par décision du 15 septembre 2003, la CNA a mis fin, à compter du 1er septembre 2002, à toutes ses prestations pour les troubles cervicaux et du genou gauche dont se plaignait l'assurée, ne reconnaissant une responsabilité au-delà de cette date que pour d'éventuels soins nécessités par cette dernière affection.
Après avoir recueilli deux expertises médicales mises en oeuvre par la Vaudoise Assurances (auprès de laquelle l'employeur était affilié pour la perte de gain maladie) ainsi qu'une appréciation du cas par le docteur A._, de la division médecine des accidents de la CNA à Lucerne, l'assureur-accidents a rejeté, le 10 septembre 2004, l'opposition que l'assurée avait formée contre sa décision du 15 septembre 2003. Il a retenu en bref que B._ n'avait pas subi de «coup du lapin», qu'au 1er septembre 2002 l'accident ne jouait plus de rôle causal dans l'état de santé de l'assurée et que les signes de non-organicité voire les troubles psychiques constatés n'étaient pas en relation de causalité adéquate avec l'événement accidentel du 19 février 2002.
B. B._ a déféré cette décision au Tribunal administratif du canton de Fribourg qui l'a déboutée par jugement du 31 janvier 2007.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut principalement à ce que la CNA soit condamnée à lui verser les prestations découlant de la loi sur l'assurance-accidents en rapport avec l'événement accidentel du 19 février 2002; à titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause audit assureur pour qu'il complète l'instruction par une expertise médicale pluridisciplinaire.
Sans formuler d'observations sur le recours, l'intimée en propose le rejet. L'Office fédéral de la santé publique ne s'est pas déterminé.
D. Dans un arrêt du 19 février 2008 (ATF 134 V 109), le Tribunal fédéral a précisé sa pratique en matière d'accident consécutif à un traumatisme cervical de type «coup du lapin» sans preuve d'un déficit fonctionnel organique. Aussi, le Président de la Ière Cour de droit social a-t-il ordonné un second échange d'écritures dans la présente cause. Les parties ont fait usage de cette possibilité de compléter leurs mémoires.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon l'art. 95 sv. LTF. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF) et peut rectifier ou compléter d'office les constatations de celle-ci si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
1.2 Au regard de la réglementation sur le pouvoir d'examen prévue par la LTF, il convient d'apprécier, sur la base des griefs soulevés dans le recours formé devant le Tribunal fédéral, si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (art. 95 let. a LTF), y compris une éventuelle constatation des faits contraire au droit (art. 97 al. 1, art. 105 al. 2 LTF). En revanche, sous l'empire de la LTF, il n'y a en principe pas lieu de procéder à un libre examen du jugement attaqué sous l'angle des faits, sauf si le recours est dirigé contre une décision concernant l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents et de l'assurance militaire (art. 97 al. 2 LTF). De même, n'y a-t-il pas à vérifier l'exercice par la juridiction cantonale de son pouvoir d'appréciation sous l'angle de l'opportunité (selon les principes développés dans l'ATF 126 V 75 consid. 6 p. 81 en relation avec la version en vigueur du 1er juillet au 31 décembre 2006 de l'art. 132 de la loi fédérale d'organisation judiciaire [OJ], abrogée depuis).
1.3 Le présent litige porte sur l'obligation de l'assureur-accidents de fournir des prestations, en raison de l'événement du 19 février 2002, pour les atteintes à la santé dont souffre B._ (cervicalgies et dysthymie), à l'exclusion des soins concernant le genou gauche pour lesquels la CNA a admis sa responsabilité. A mesure que la recourante prétend en particulier des indemnités journalières (recours p. 28), il peut être procédé à un libre examen du jugement attaqué sous l'angle des faits.
2. En l'espèce, la juridiction cantonale a retenu que la recourante n'avait pas présenté le tableau clinique typique d'un « coup du lapin » et qu'elle souffrait d'une affection de nature psychique, sous la forme de troubles somatoformes douloureux persistants, sans lien de causalité naturelle ou adéquate avec l'accident du 19 février 2002.
Pour appuyer leur raisonnement, les premiers juges se sont fondés en particulier sur le diagnostic de syndrome somatoforme douloureux persistant posé par le docteur S._, spécialiste en rhumatologie et médecine interne (expertise du 26 juin 2003). Or, dans le cas particulier, ce diagnostic - qui relève de la psychiatrie - n'émane pas d'un spécialiste dans ce domaine médical, comme le requiert pourtant la jurisprudence (cf. ATF 131 V 49, 130 V 398 consid. 5.3 et 6). Au surplus, dans son expertise du 10 novembre 2003, le docteur Morand, psychiatre et psychothérapeute, n'a pas retenu un tel diagnostic. Il a posé seulement celui de dysthymie, estimant au demeurant que cette affection n'entraînait aucune limitation d'ordre psychiatrique à l'exercice d'une activité lucrative. En l'absence d'un diagnostic psychiatrique clairement établi, c'est à tort que les premiers juges ont appliqué la jurisprudence développée en matière de troubles somatoformes douloureux pour apprécier l'existence d'un lien de causalité entre l'accident en cause et les atteintes à la santé présentées par la recourante.
3. 3.1 Sous l'angle somatique, dans son expertise du 26 juin 2003, le docteur S._ a indiqué que la recourante se plaignait de gonalgies gauches et de cervicalgies. Au terme de son examen du cas, cet expert a retenu les diagnostics de cervicalgies chroniques communes (status après accident de la circulation avec vraisemblable entorse cervicale; protrusion discale C5-C6 banale; spondylarthrose discrète C5-C6), de gonalgies gauches post-traumatiques anamnestiques (syndrome fémoro-patellaire modéré à gauche). En ce qui concerne la capacité de travail de l'intéressée, le docteur S._ a estimé que, d'un point de vue ostéo-articulaire, on pouvait exiger d'elle l'exercice de son ancienne activité de nettoyeuse à raison d'environ 20 heures par semaine et l'exercice à plein temps d'une activité adaptée (évitant le port de charges, les positions accroupies ou à genoux, les mouvements en flexion-extension et les rotations du rachis cervical). Quant aux limitations de la mobilité du rachis cervical révélées par l'examen clinique, elles étaient difficilement interprétables eu égard à l'attitude de résistance manifestée par l'assurée, laquelle présentait en outre des signes comportementaux clairs décrits par la littérature médicale consacrée aux signes de non-organicité dans la région cervicale. Le docteur S._ a en outre relevé qu'il apparaissait clairement une discordance entre ses constatations cliniques objectives concernant le genou gauche de l'assurée et les doléances de cette dernière.
Les conclusions de l'expert S._ procèdent d'un examen détaillé de la situation de la recourante prenant en compte l'ensemble de ses plaintes et portant sur un dossier médical complet. Leur auteur est un spécialiste, notamment en rhumatologie. Elles sont dûment motivées et remplissent toutes les conditions posées par la jurisprudence pour que leur soit reconnue en principe pleine valeur probante (ATF 125 V 351 consid. 3a p. 352).
3.2 Le fait que l'expert n'a pu communiquer avec B._ que par le truchement du mari de cette dernière, qui n'a aucune connaissance de la langue française, n'est pas de nature à faire douter du bien-fondé de ses déductions, puisqu'elles se fondent sur des constatations objectives, en particulier sur les signes comportementaux de l'expertisée durant l'examen clinique (exagération de la réponse verbale, extension de la zone douloureuse au cours du temps, projection non-anatomique de la douleur, maintien de la main de l'examinateur, annonce d'un malaise et de vertiges lors de l'examen, résistance non-anatomique à la mobilisation tant du rachis cervical que lombaire).
Certes, le docteur G._, spécialiste en médecine interne et en rhumatologie, a indiqué que des cervico-scapulagies chroniques empêchaient la reprise totale du travail (rapport du 28 novembre 2002). Cet avis, qui reconnaît d'ailleurs qu'une certaine activité est exigible de l'intéressée, n'est cependant pas motivé et se révèle ainsi insuffisant pour que soit mise en doute la valeur probante des conclusions de l'expertise susmentionnée.
3.3 Dans ces conditions et dès lors que l'expert S._ n'a pas proposé de traitement, hormis une prise en charge cognito-comportementale de physiothérapie et d'ergothérapie destinée à améliorer la capacité de travail de l'assurée dans son ancienne activité de nettoyeuse, la décision de l'intimée de mettre fin à ses prestations à compter du 1er septembre 2002 était en principe justifiée.
Il y a lieu cependant d'examiner encore si l'intimée devrait répondre envers la recourante, comme cette dernière le soutient, à raison d'une lésion du type « coup du lapin ».
4. Dans l'arrêt ATF 134 V 109, le Tribunal fédéral a précisé sur plusieurs points sa jurisprudence au sujet de la relation de causalité entre des plaintes et un traumatisme de type «coup du lapin» ou un traumatisme analogue à la colonne cervicale ou encore un traumatisme cranio-cérébral, sans preuve d'un déficit organique objectivable. Selon cet arrêt, il y a lieu de s'en tenir à une méthode spécifique pour examiner le lien de causalité adéquate en présence de tels troubles (consid. 7 à 9 p. 118 ss). Par ailleurs, le Tribunal fédéral n'a pas modifié les principes qui ont fait leur preuve, à savoir la nécessité, d'une part, d'opérer une classification des accidents en fonction de leur degré de gravité et, d'autre part, d'inclure, selon la gravité de l'accident, d'autres critères lors de l'examen du caractère adéquat du lien de causalité (consid. 10.1 p. 126 sv.). Cependant, il a renforcé les exigences concernant la preuve d'une lésion en relation de causalité naturelle avec l'accident, justifiant l'application de la méthode spécifique en matière de traumatisme de type «coup du lapin» (consid. 9 p. 121 ss) et modifié en partie les critères à prendre en considération lors de l'examen du caractère adéquat du lien de causalité (consid. 10 p. 126 ss). Ces critères sont désormais formulés de la manière suivante:
- les circonstances concomitantes particulièrement dramatiques ou le caractère particulièrement impressionnant de l'accident (inchangé);
- la gravité ou la nature particulière des lésions (inchangé);
- l'administration prolongée d'un traitement médical spécifique et pénible (formulation modifiée);
- l'intensité des douleurs (formulation modifiée);
- les erreurs dans le traitement médical entraînant une aggravation notable des séquelles de l'accident (inchangé);
- les difficultés apparues au cours de la guérison et les complications importantes (inchangé);
- l'importance de l'incapacité de travail en dépit des efforts reconnaissables de l'assuré (formulation modifiée).
5. La recourante a subi une entorse cervicale lors de l'accident de voiture survenu le 19 février 2002 ainsi que l'ont constaté en particulier son médecin traitant, le docteur H._ (rapport du 17 mars 2002) et le médecin d'arrondissement de la CNA, le docteur D._ (rapport du 4 avril 2002), et comme le retient également le docteur A._ (rapport du 7 septembre 2004, p.7). Cependant, en l'occurrence, la question de savoir si les atteintes que la recourante attribue à un traumatisme du type «coup du lapin» (cervicalgies et dysthymie) sont en lien de causalité naturelle avec l'accident peut demeurer indécise, l'existence d'un lien de causalité adéquate devant de toute manière être niée pour les motifs suivants.
6. En l'espèce, à juste titre, les premiers juges ont estimé que la recourante avait été victime d'un accident de gravité moyenne, à la limite de l'accident de peu de gravité. En effet, les véhicules en cause circulaient à vitesse réduite et la collision n'a été que légère. Les circonstances concomitantes n'ont été ni dramatiques, ni impressionnantes. Le rapport de police ne fait état que de dégâts matériels de peu d'importance. En particulier, les dommages occasionnés à la voiture dont la recourante était la passagère n'apparaissent que mineurs, au vu des photographies versées au dossier. B._ n'a manifestement pas subi de lésions physiques graves ou particulières à la suite de cet événement. Le traitement médical (port d'une minerve, prise de myorelaxants et physiothérapie) n'a pas été pénible et aucune erreur médicale, ni difficulté ou complication n'ont compromis la guérison. En définitive, seule l'intensité des douleurs est à prendre en considération.
Ce critère doit toutefois être relativisé en l'espèce dans la mesure où d'après le docteur S._, l'importance des douleurs dont se plaint la recourante est disproportionnée par rapport aux constatations objectives (exagération de la réponse verbale, projection non anatomique de la douleur, extension et aggravation des douleurs sans explication, malaises et vertiges d'origine indéterminée durant l'examen clinique et résistance à la mobilisation également durant l'examen clinique). Dès lors, au regard de l'ensemble des circonstances du cas, le critère de l'intensité des douleurs ne revêt pas, à lui seul, une importance telle qu'il permette de retenir l'existence d'un lien de causalité adéquate entre l'accident du 19 février 2002 et les cervicalgies ainsi que la dysthymie dont est atteinte la recourante au-delà du 31 août 2002. La juridiction cantonale a dès lors admis à juste titre que l'intimée était en droit de mettre un terme à ses prestations dès cette date.
Le recours est donc mal fondé.
7. La recourante qui succombe supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 première phrase LTF en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif du canton de Fribourg et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 19 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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