Sachverhalt:
A. Die Eheleute X._ übergaben der Post am 16. Mai 2011 eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde, die das Datum vom 13. Mai 2011 trug. Die Eingabe richtete sich gegen einen Entscheid der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) vom 12. April 2011. Dieser war den Beschwerdeführern am 13. April 2011 zugegangen.
B. Der Abteilungspräsident des Verwaltungsgerichts beschränkte das Verfahren am 8. Juni 2011 auf die Frage, ob die Beschwerde rechtzeitig eingereicht worden sei. Die Eheleute X._ bestritten die Fristversäumnis nicht, sondern ersuchten um Wiederherstellung der Beschwerdefrist.
C. Der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts befand am 30. Juni 2011, die Frist könne nicht wiederhergestellt werden, und trat auf die Beschwerde nicht ein.
D. Mit ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. August 2011 bzw. mit deren Präzisierung vom 16. August 2011 beantragen die Eheleute X._ dem Bundesgericht, das Urteil des bernischen Verwaltungsgerichts vom 5. Juli 2011 aufzuheben und die Beschwerdefrist wiederherzustellen. Zudem beanstanden sie die Kosten des vorinstanzlichen Urteils, welche sie als viel zu hoch erachten.
Die Einwohnergemeinde Walkringen stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde, während die BVE auf eine Stellungnahme verzichtet. Auch der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. Das Urteil des Einzelrichters - ein kantonaler Endentscheid (Art. 90 BGG) - ist den Beschwerdeführern am 13. Juli 2011 zugegangen. Da die Fristen vom 15. Juli bis und mit 15. August stillstehen (Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG), sind sowohl die Beschwerde vom 10. August 2011 wie auch deren Präzisierung vom 16. August 2011 rechtzeitig erfolgt. Nachdem den Beschwerdeführern aufgrund des angefochtenen Entscheids die materielle Behandlung ihrer Baubeschwerde versagt blieb, sind sie zweifelsohne zur Beschwerde legitimiert (Art. 82 Abs. 1 BGG). Auf die Eingabe ist grundsätzlich (unter Vorbehalt rechtsgenüglich begründeter Rügen [Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG]) einzutreten.
2. Die Beschwerdeführer machen sinngemäss geltend, es sei nicht ersichtlich, dass es sich bei Art. 43 Abs. 1 des Gesetzes vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG/BE; BSG 155.21) um eine Verwirkungsfrist handle. Die geringfügige Fristversäumnis sei ihnen nicht anzulasten.
2.1 Art. 43 Abs. 1 VRPG/BE hält fest, dass behördlich angesetzte Fristen erstreckt werden können, wenn vor Ablauf der Frist darum nachgesucht wird; gesetzliche Fristen können nicht erstreckt werden. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführer hat nicht die BVE die Frist festgelegt. Massgeblich ist Art. 81 VRPG/BE, wonach die Verwaltungsgerichtsbeschwerde innert 30 Tagen seit Eröffnung des Entscheids oder der Verfügung schriftlich und unter Beachtung der Formvorschriften von Artikel 32 zu erheben ist. Da es sich hierbei um eine gesetzliche Frist handelt, ist sie aufgrund des unmissverständlichen Wortlauts in Art. 43 Abs. 1 VRPG/BE nicht erstreckbar. Dass die Beschwerdeführer als Laien allenfalls den technischen Ausdruck "Verwirkungsfrist" nicht richtig deuten, ändert daran nichts.
2.2 Ist eine Partei oder ihre Vertreterin bzw. ihr Vertreter durch einen anderen Grund als die mangelhafte Eröffnung unverschuldeterweise abgehalten worden, fristgerecht zu handeln, so wird die Frist wiederhergestellt, sofern die Partei unter Angabe des Grundes innert 30 Tagen nach Wegfall des Hindernisses darum ersucht und die versäumte Rechtshandlung nachholt (Art. 43 Abs. 2 VRPG/BE).
2.3 Auf Wiederherstellung der Frist ist nach der Rechtsprechung nur zu erkennen, wenn die Säumnis auf ein unverschuldetes Hindernis, also auf die objektive oder subjektive Unmöglichkeit, rechtzeitig zu handeln, zurückzuführen ist. Waren die gesuchstellende Person respektive ihre Vertretung wegen eines von ihrem Willen unabhängigen Umstands verhindert, zeitgerecht zu handeln, liegt objektive Unmöglichkeit vor. Subjektive Unmöglichkeit wird angenommen, wenn zwar die Vornahme einer Handlung objektiv betrachtet möglich gewesen wäre, die betroffene Person aber durch besondere Umstände, die sie nicht zu verantworten hat, am Handeln gehindert worden ist. Die Wiederherstellung ist nach der bundesgerichtlichen Praxis nur bei klarer Schuldlosigkeit zu gewähren (Urteile des Bundesgerichts 1C_294/2010 vom 28. Oktober 2010 E. 3; 1P.123/2005 vom 14. Juni 2005 E. 1, in: ZBl 107/2006 S. 390; Urteil 6S.54/2006 vom 2. November 2006 E. 2.2.1). Im Fall 1P.123/2005 hatte das Bundesgericht die hier zur Anwendung gelangende Regelung von Art. 43 Abs. 2 VRPG/BE zu beurteilen: Nach den Kommentatoren zum Verwaltungsrechtspflegegesetz liegen "entschuldbare" Gründe im Sinne der genannten Bestimmung nur vor, wenn die säumige Person aus hinreichenden objektiven oder subjektiven Gründen davon abgehalten worden ist, fristgerecht zu handeln oder eine Vertretung zu bestellen, und wenn ihr auch keine Nachlässigkeit vorzuwerfen ist (THOMAS MERKLI/ARTHUR AESCHLIMANN/RUTH HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, 1997, Art. 43 N. 9).
2.4 Umstritten ist, ob das - von ihnen zugestandene - Versäumnis der Beschwerdeführer entschuldbar sei. Vorab können sie sich nicht darauf berufen, das Zustelldatum auf dem Kuvert habe gefehlt. Es liegt im Risikobereich der Empfänger, sich das exakte Datum der Postzustellung zu merken. Unsicherheiten hätten mit einer einfachen Rückfrage beim Absender aus dem Weg geräumt werden können. Haben sie sich das Datum aus Versehen falsch notiert, haben sie die Säumnis eben selber verschuldet.
2.5 Was die Beschwerdeführer ansonsten zu ihrer Entlastung vorbringen, ist ebenfalls nicht geeignet, um ihnen das gesetzlich verlangte Unverschulden zuzubilligen. Wollte der Beschwerdeführer die Eingabe nicht einfach in einen Briefkasten werfen, sondern auf einer Poststelle aufgeben, so hätte er auf seiner Fahrt nach Deutschland am entscheidenden 13. Mai 2011 eben einen Zwischenhalt auf einer schweizerischen Post einlegen müssen. Die damit verbundene Verspätung hätte in keinem Verhältnis zum nun zu erduldenden Rechtsnachteil gestanden. Kein entschuldbares Hindernis ist ein unvorhergesehener Stau auf dem Rückweg: Einerseits hätte der Beschwerdeführer versuchen können, seine Frau telefonisch mit der Fristenwahrung zu beauftragen. Und selbst wenn dies nicht möglich gewesen wäre, hätte die Frist mit dem Einwurf in einen Briefkasten vor Mitternacht unter Angabe des Datums und eines Zeugen auf dem Kuvert eingehalten werden können. Zwar sind die Beschwerdeführer juristische Laien. Dennoch hätten sie diese Lösung ins Auge fassen und zumindest versuchen können, die Beschwerde rechtzeitig aufzugeben. Der Verzicht auf einen Anwalt hat nicht automatisch einen Dispens von allen formellen Grundregeln zur Folge.
2.6 Die Argumente der Beschwerdeführer wirken nachgeschoben. So waren sie vor dem Verwaltungsgericht zunächst (fälschlich) davon ausgegangen, der Entscheid sei ihnen am 14. April 2011 zugegangen, die Frist habe am 15. zu laufen begonnen und habe am 14. Mai 2011, einem Samstag, geendet; dann wäre die Frist bis Montag, 16. Mai 2011 verlängert worden (so Ziff. II/1. der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 13. Mai 2011 und die Stellungnahme ans Verwaltungsgericht vom 23. Juni 2011). Dies erklärt auch, warum sie die Eingabe nicht früher gemacht haben: Sie hatten sich ganz einfach hinsichtlich des Fristbeginns geirrt und waren folgerichtig davon ausgegangen, eine Postaufgabe am 16. Mai 2011 genüge. Wenn sie nun ausführlichst darlegen, warum ihnen eine Fristwahrung am Freitag, 13. Mai 2011 nicht möglich gewesen sei, wirkt dies wenig glaubhaft. Hätten sie wirklich verzweifelt und vergeblich versucht, die Beschwerde am Freitag einzureichen, ist nicht nachvollziehbar, warum sie dann letztendlich bis Montag gewartet haben und nicht unverzüglich am Samstag (14. Mai 2011) noch eine Post aufgesucht haben.
2.7 Insgesamt begründen die geschilderten Ereignisse keine entschuldbare Unmöglichkeit der Fristwahrung. Von der Hand zu weisen sind die gänzlich ungerechtfertigten Vorwürfe an den Einzelrichter. Dessen Entscheid ist weder aus verfassungs- noch aus bundesrechtlicher Sicht zu beanstanden.
3. Soweit die Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Gerichtskosten als zu hoch rügen, genügen ihre Ausführungen der Begründungspflicht nicht. Der Vollständigkeit halber sei angefügt, dass sich der Einzelrichter auf Art. 51 lit. d des Dekrets vom 24. März 2010 betreffend die Verfahrenskosten und die Verwaltungsgebühren der Gerichtsbehörden und Staatsanwaltschaft (Verfahrenskostendekret (VKD/BE; BSG 161.12) stützen konnte. Die Gebühren für die Beurteilung von Streitigkeiten durch das Verwaltungsgericht betragen bei einzelrichterlicher Streiterledigung zwischen Fr. 200.-- und 2'500.--. Die verfügten Fr. 800.-- erscheinen angemessen.
4. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang haben die Beschwerdeführer für die bundesgerichtlichen Kosten aufzukommen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Einwohnergemeinde Walkringen, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Dezember 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber