Faits:
A. X._, né le 9 août 1961, ressortissant de Serbie, est arrivé en Suisse en 2001. Il a épousé une ressortissante suisse le 19 août 2002 et a obtenu de ce fait un permis de séjour en Suisse. En 2004, il est venu vivre à Genève où il a travaillé comme manoeuvre du bâtiment. Le 1er juin 2006, son épouse a quitté la Suisse pour l'Italie. Par décision du 30 avril 2007, l'Office cantonal de la population du canton de Genève a refusé de prolonger le permis de séjour de l'intéressé qui ne vivait plus avec son épouse et n'avait plus de contact avec elle. Cette décision a été confirmée en dernier ressort par arrêt du Tribunal fédéral du 8 juillet 2008. Un délai de départ au 15 décembre 2008 a été imparti à l'intéressé.
Par courrier du 9 février 2009, l'intéressé a demandé la reconsidération de la décision du 30 avril 2007 et l'octroi d'un permis pour cas de rigueur. Par décision du 9 mars 2009, l'Office cantonal de la population a déclaré la demande irrecevable. Le 23 mars 2009, par l'intermédiaire de son mandataire, l'intéressé a informé l'Office cantonal de la population de sa volonté de recourir contre cette décision et sollicité un permis de travail. Le 6 avril 2009, l'Office cantonal de la population a rejeté la requête d'autorisation de travail, au motif que les services de la main-d'oeuvre étrangère avaient refusé sa prise d'emploi et que le recours qu'il allait interjeter n'aurait pas d'effet suspensif.
Par mémoire du 9 avril 2009, l'intéressé a recouru auprès de la Commission de recours en matière administrative contre la décision rendue le 9 mars 2009 par l'Office cantonal de la population, concluant à l'octroi de l'effet suspensif et à l'annulation de la décision sur le fond.
Par décision du 4 mai 2009, la Commission de recours a rejeté la demande d'effet suspensif. L'intéressé a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève.
B. Par arrêt du 9 juin 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il n'était pas possible de restituer un effet suspensif contre une décision négative. Des mesures provisoires tendant à ce que l'intéressé puisse rester en Suisse durant la procédure de reconsidération de la décision qui lui refuse un statut légal en Suisse ne pouvaient pas être prononcées.
C. Agissant par la voie du recours de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 9 juin 2009 par le Tribunal administratif, de l'autoriser à attendre la décision sur le fond en Suisse. Il se plaint de l'application arbitraire de l'art. 66 al. 2 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA; RSGE e 5 10). Il requiert l'octroi de l'effet suspensif et l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Par courrier du 20 juillet 2009, l'intéressé a déposé une attestation de son épouse datée du 17 juillet 2009.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 379 consid. 1 p. 381 et la jurisprudence citée). Toutefois, conformément à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, dans la mesure où elles ne sont pas immédiatement données, le recourant doit exposer en quoi les conditions de recevabilité sont réunies, en particulier en quoi il a qualité pour recourir, sous peine d'irrecevabilité (ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356 et les références citées; arrêt 8C_993/2008 du 24 juillet 2009, consid. 3.1).
2. Le recourant a agi par la voie du recours de droit public, qui n'existe plus depuis l'entrée en vigueur le 1er janvier 2007 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110). L'intitulé erroné du recours ne saurait toutefois porter préjudice au recourant, dans la mesure où les conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont remplies (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382).
2.1 D'après la loi sur le Tribunal fédéral, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF) ou contre les décisions partielles (art. 91 LTF). En revanche, en vertu de l'art. 93 al. 1 LTF, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation (cf. art. 92 LTF) ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b). Si le recours n'est pas recevable au regard de ces conditions ou s'il n'a pas été utilisé, la décision incidente peut être attaquée par un recours contre la décision finale dans la mesure où elle influe sur le contenu de celle-ci (art. 93 al. 3 LTF).
2.2 En l'espèce, le recourant qualifie à tort l'arrêt attaqué de décision finale au sens de l'art. 90 LTF. Le Tribunal administratif a confirmé la décision de la Commission de recours qui refusait d'accorder l'effet suspensif au recours dirigé contre la décision du Service cantonal de la population de déclarer irrecevable la demande en reconsidération de la décision refusant au recourant la prolongation de son permis de séjour. Le refus d'accorder l'effet suspensif ou une mesure provisionnelle dans ces circonstances constitue une décision incidente, puisqu'elle ne met pas fin à la procédure. Elle ne peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elle peut causer un préjudice irréparable au recourant. Il s'agit d'une condition de recevabilité que le recourant doit motiver (cf. consid. 1 ci-dessus), ce qu'il n'a pas fait. Son recours est par conséquent irrecevable.
3. Les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours considéré comme recours en matière de droit public. La requête d'effet suspensif déposée par le recourant est par conséquent sans objet. Succombant, le recourant doit en principe supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1, 1ère phrase LTF). Le recours étant dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire est rejetée (cf. art. 64 al. 1 et 2 LTF a contrario). Il sera toutefois tenu compte de la situation du recourant dans la fixation des frais judiciaires (art. 65 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La requête d'effet suspensif est sans objet.
3. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, à l'Office cantonal de la population, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 28 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey