Faits:
A. Par jugement du 21 juin 2010, le Tribunal de police du canton de Genève a reconnu X._ coupable de diffamation et l'a condamné à une peine pécuniaire de 90 jours-amende à 30 fr. le jour avec sursis pendant trois ans. Il l'a également astreint à verser à B._ un montant de 1'000 fr. à titre de tort moral et a rejeté les conclusions civiles de FC Y._.
B. Par arrêt du 11 avril 2011, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel formé contre ce jugement par X._ et admis l'appel de FC Y._. Elle a modifié le jugement attaqué en ce sens qu'elle a condamné X._ à payer à FC Y._ une indemnité de dépens et un montant de 500 fr. à titre de tort moral avec intérêts à 5 % dès le 19 mai 2009.
C. Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants.
X._ et A._ ont collaboré de 2000 à 2005 au sein du Café Z._, à D._. Dès 2003, B._, fils de A._, s'est occupé des tâches administratives de l'établissement comprenant notamment la correspondance et la remise de pièces à la fiduciaire chargée de la comptabilité. Il était également secrétaire général du FC Y._, dont il a repris la présidence en juillet 2004.
En octobre 2005, X._ a été licencié du Café Z._. Depuis lors, un litige l'oppose à A._ au sujet du partage de la valeur du fonds de commerce du café; l'affaire a été portée devant plusieurs autorités judiciaires.
En février 2008, X._ a déposé plainte pénale contre B._ en l'accusant d'avoir fait un faux témoignage dans une des procédures relatives au Café Z._. A la suite du classement par le procureur général, X._ a interjeté un recours qui est pendant. Il a déposé une seconde plainte pénale contre B._ en automne 2008, pour faux dans les titres, alléguant que l'intéressé aurait confectionné de faux bilans dans le cadre de son activité pour le café. A la fin de l'année 2010, aucune inculpation n'avait été prononcée dans cette procédure.
Le 19 mai 2009, le quotidien gratuit "20 minutes" a publié un article intitulé "La justice inculpe le boss d'un club de foot". Il y était rapporté que le Café Z._ avait été repris par le couple formé par A._ et X._ qui avaient engagé, en 2003, B._ pour les aider dans la gestion. X._ avait été congédié lorsqu'il s'était inquiété de la diminution des bénéfices et il se battait depuis lors pour récupérer son dû en accusant A._ et B._ de l'avoir floué. Il avait confié aux journalistes que B._ avait caché des courriers officiels et modifié des bilans comptables lorsqu'il travaillait pour le café et que des témoins avaient affirmé sous serment qu'il avait détourné de l'argent pour son club de football.
Dans un courriel adressé le 25 mai 2009 à la Tribune de Genève, intitulé "Un Président de club inculpé et la suite", X._ faisait référence à l'article paru dans le "20 minutes". Il affirmait qu'il y avait de forts risques que A._ et B._ soient encore inculpés pour d'autres faits et que, dans un jour proche, B._ devrait expliquer de quelle manière et avec quel argent il avait repris la présidence du club.
A la suite de l'article et du courriel, FC Y._ et B._ ont déposé plainte pénale contre X._ du chef de calomnie, respectivement de diffamation.
D. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à son acquittement et au rejet, avec suite de frais et dépens, de toutes les conclusions civiles. A titre subsidiaire, il demande au Tribunal fédéral d'ordonner la suspension de la cause et, à titre encore plus subsidiaire, de pouvoir apporter la preuve de ses allégués.
Considérant en droit:
1. Le recourant conclut à la suspension de la cause dans l'attente de l'issue d'une procédure pénale pendante devant les autorités genevoises, qui serait de nature à établir la vérité de ses allégations.
En vertu des art. 71 LTF et 6 al. 1 PCF, l'examen du recours peut être suspendu pour des raisons d'opportunité, notamment lorsque le jugement d'un autre litige peut influencer l'issue du procès (cf. FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in : Commentaire de la LTF, n° 9 ad art. 71 LTF et les arrêts cités; cf. PHILIPPE GELZER, Commentaire bâlois, n. 5 ad art. 71 LTF).
En l'occurrence, à supposer que la procédure pénale ouverte dans le canton de Genève permette de découvrir la vérité des allégations du recourant, il s'agirait de faits nouveaux dont la cour de céans ne pourrait tenir compte dans le cadre du présent litige (art. 99 al. 1 LTF). Il est ainsi exclu que cette procédure aboutisse à un jugement pouvant influencer l'issue de la cause devant le Tribunal fédéral. Il n'y a donc pas lieu d'ordonner une suspension.
2. 2.1 Le recours en matière pénale peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (ATF 135 III 670 consid. 1.4 p. 674; 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). Le recours doit être suffisamment motivé. Il doit indiquer en quoi la décision attaquée viole le droit (cf. art. 42 al. 2 LTF). Les griefs de violation des droits fondamentaux sont soumis à des exigences de motivation accrues (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (cf. ATF 134 II 349 consid. 3 p. 351; également ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494).
2.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). S'il entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées. A ce défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans l'acte attaqué (ATF 136 I 184 consid. 1.2 p. 187 et les arrêts cités). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s. et les arrêts cités). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF; ATF 136 V 362 consid. 3.3; arrêt 4A_18/2010 du 15 mars 2010 consid. 2 non publié in ATF 136 I 197).
2.3 En l'occurrence, la motivation du recourant ignore les exigences précitées. Elle s'apparente à une plaidoirie écrite, comportant un mélange de critiques de différente nature, qu'il n'est pas aisé de distinguer et dont il est parfois difficile de saisir la portée. Les griefs soulevés seront donc traités dans la mesure où ils peuvent être discernés et compris.
En outre, le recourant présente sa propre version des faits, notamment en p. 3 à 19, 23 et 30 à 32 de son recours. Dans le cours de cet exposé, au demeurant de nature manifestement appellatoire, il apporte de nombreux compléments à l'état de fait de la décision entreprise en se référant à des pièces nouvelles. Dès lors qu'elles ne résultent pas de l'arrêt entrepris au sens de l'art. 99 al. 1 LTF, ces pièces sont irrecevables. Par ailleurs, dans la mesure où il n'établit pas quelle exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF serait réalisée ou ne précise pas en quoi les faits ignorés auraient une incidence sur l'issue du litige, son recours est irrecevable.
3. Le recourant prétend que la cour cantonale se serait mise en contradiction avec les pièces du dossier et avec un témoignage en refusant de retenir que B._ avait reçu et caché des courriers officiels. Il fait ainsi valoir que les faits ont été constatés de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF).
Il se limite toutefois à des développements purement appellatoires, contredisant la cour cantonale qui a jugé qu'il ne ressortait de ce témoignage ni que B._ avait reçu les documents en question - sous réserve de l'un d'entre eux - ni qu'il les avait dissimulés. Le recourant ne démontre pas précisément en quoi l'autorité précédente aurait tiré des déductions insoutenables des déclarations du témoin, voire omis ou manifestement pas compris les pièces qu'il cite. Il ne ressort au demeurant pas des extraits que le recourant tire des preuves invoquées que l'intimé avait caché des documents. On ne saurait par conséquent faire grief à la cour cantonale d'avoir apprécié les preuves de manière arbitraire.
4. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir admis la qualité de partie civile du FC Y._.
4.1 L'autorité précédente a exposé que, selon le droit cantonal (cf. art. 12 al. 1 en lien avec l'art. 25 de l'ancien code de procédure pénale genevois [RS/GE E 4 20], en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010), toute personne lésée par une infraction pouvait porter plainte et se constituer ensuite partie civile jusqu'à l'ouverture des débats. Examinant si le club de football avait été lésé par les propos du recourant, elle a constaté que celui-ci avait communiqué à un journaliste du "20 minutes" que le FC Y._ aurait directement bénéficié de détournements de fonds opérés au préjudice du Café Z._. Dans un courriel du 25 mai 2009, le recourant avait à nouveau fait allusion à un possible financement du club au moyen d'agissements pouvant relever, en droit pénal, de la gestion déloyale ou de l'abus de confiance, ce qui laissait entendre que le club avait commis des actes de recel. Selon la cour cantonale, dès lors que le FC Y._ était accusé d'avoir eu un comportement pénalement répréhensible, il avait été lésé dans son honneur. Elle a ajouté qu'indépendamment de la qualification pénale ou non des faits allégués par le recourant, le reproche fait à un club de football d'avoir été financé au moyen de fonds provenant d'opérations comptables ou financières délictueuses était de nature à jeter le discrédit sur lui et était attentatoire à son honneur. Le FC Y._ pouvait donc prétendre à la qualité de lésé et par conséquent, à celle de partie civile.
4.2 La question posée par le recourant relève du droit cantonal. Or, il ne soulève aucun grief d'arbitraire dans l'application de ce droit en relation avec la motivation de l'autorité précédente (sur le contrôle du droit cantonal par le Tribunal fédéral, v. ATF 136 I 241 consid. 2.4). En particulier, il ne tente pas de démontrer que la cour cantonale a appliqué le droit de procédure genevois de manière arbitraire en jugeant que le reproche fait à l'intimé de bénéficier de moyens obtenus par des activités délictueuses était en lui-même attentatoire à l'honneur de celui-ci et qu'il était ainsi lésé. Son argumentation ne répond donc pas aux exigences de motivation déduites de l'art. 106 al. 2 LTF (v. infra consid. 2.1). Il s'ensuit que, tel qu'il est articulé, le grief est irrecevable.
5. Invoquant l'art. 173 CP, le recourant conteste sa condamnation pour diffamation en relation avec les propos tenus dans son courriel du 25 mai 2009. En premier lieu, il estime n'avoir pas tenu de propos diffamatoires en affirmant qu'il y avait de forts risques que B._ soit inculpé pour d'autres faits et explique que cette information n'a pas été transmise au public, de sorte que les éléments objectifs de l'infraction ne seraient pas réalisés. En outre, il semble reprocher à la cour cantonale d'avoir jugé qu'il avait échoué à prouver la vérité de cette allégation.
5.1 L'art. 173 ch. 1 CP réprime le comportement de celui qui, en s'adressant à un tiers, aura accusé une personne ou jeté sur elle le soupçon de tenir une conduite contraire à l'honneur, ou de tout autre fait propre à porter atteinte à sa considération, ou aura propagé une telle accusation ou un tel soupçon. L'honneur protégé par le droit pénal est le droit de chacun de ne pas être considéré comme une personne méprisable (ATF 132 IV 112 consid. 2.1; 128 IV 53 consid. 1a p. 57; 117 IV 27 consid. 2c p. 28/29). Selon la jurisprudence, les art. 173 ss CP ne protègent que l'honneur personnel, la réputation et le sentiment d'être un homme honorable, de se comporter, en d'autres termes, comme un homme digne a coutume de le faire selon les idées généralement reçues. Echappent à ces dispositions les déclarations qui sont propres seulement à ternir de quelque autre manière la réputation dont jouit quelqu'un dans son entourage ou à ébranler sa confiance en lui-même: ainsi en va-t-il des critiques qui visent comme tel l'homme de métier, l'artiste ou le politicien (ATF 128 IV 53 consid. 1a p. 58; 119 IV 44 consid. 2a p. 47). Lorsqu'on évoque la commission d'un crime ou d'un délit intentionnel, la jurisprudence admet qu'il y a atteinte à l'honneur (ATF 118 IV 248 consid. 2b; 132 IV 112). Il n'est toutefois pas nécessaire que le comportement soit réprimé par la loi pénale, il suffit qu'il soit moralement réprouvé (ATF 117 IV 27 consid. 2d p. 30). Pour déterminer si une déclaration est attentatoire à l'honneur, il ne faut pas se fonder sur le sens que lui donne la personne visée, mais sur une interprétation objective selon le sens qu'un destinataire non prévenu doit, dans les circonstances données, lui attribuer (ATF 128 IV 53 consid. 1a p. 58 et les arrêts cités).
Pour que l'auteur se rende coupable de diffamation, l'atteinte à l'honneur doit être communiquée à un tiers et porter sur un fait (et ne pas constituer un simple jugement de valeur).
5.2 Dans le cas particulier, le recourant a, le 25 mai 2009, adressé à la rubrique sportive de la Tribune de Genève un courriel intitulé « Un Président de club inculpé et la suite ». Il se référait à l'article paru six jours plus tôt dans le « 20 minutes », affirmait qu'il y avait de forts risques que B._ soit inculpé pour d'autres faits et que, dans un jour proche, celui-ci devrait ainsi expliquer de quelle manière et avec quel argent il avait repris la présidence du club. Reliés à l'article du « 20 minutes », ces propos laissaient une nouvelle fois entendre que l'intimé avait utilisé les fonds qu'il avait détournés pour financer l'acquisition du club et se maintenir à la présidence. Ils faisaient ainsi référence à un comportement susceptible de relever d'un délit (gestion déloyale), voire d'un crime (abus de confiance) tout en laissant planer le doute de nouvelles inculpations en lien avec les détournements de fonds. Ces allégations faisaient en tout état de cause apparaître B._ comme une personne malhonnête en ce sens qu'elle manque aux principes moraux élémentaires. Le courriel était donc de nature à porter atteinte à l'honneur de l'intimé.
Cette information a été communiquée à un tiers, en l'occurrence la Tribune de Genève. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, il n'est pas décisif que le journal n'ait pas, par la suite, transmis l'information au public.
En conclusion, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en jugeant que les éléments objectifs de la diffamation étaient réalisés.
5.3 L'art. 173 ch. 2 CP dispose que l'inculpé n'encourra aucune peine s'il prouve que les allégations qu'il a articulées ou propagées sont conformes à la vérité ou qu'il avait des raisons sérieuses de les tenir de bonne foi pour vraies. L'art. 173 ch. 3 CP précise que l'inculpé ne sera pas admis à faire ces preuves et sera punissable si ses allégations ont été articulées ou propagées sans égard à l'intérêt public ou sans autre motif suffisant, principalement dans le dessein de dire du mal d'autrui.
La preuve de la vérité est apportée lorsque l'auteur de la diffamation établit que tous les éléments essentiels des allégations qu'il a articulées ou propagées sont vraies (ATF 102 IV 176 consid. 1b et les réf. citées). Il peut apporter même des éléments de preuve qui lui étaient inconnus au moment où il s'est exprimé, car la seule question pertinente est celle de la véracité du propos (ATF 124 IV 149 consid. 3a p. 150; 122 IV 311 consid. 2c p. 316 et 2e p. 318). La question de savoir ce qui est vrai relève du fait (arrêt 6S.451/2002 du 10 janvier 2003 consid. 2.1).
En l'espèce, le recourant se méprend sur le sens de l'arrêt attaqué lorsqu'il reproche à l'autorité précédente de ne pas lui avoir permis de prouver la vérité de ses dires (recours p. 29 in fine). Il ressort dudit arrêt que la cour cantonale l'a précisément autorisé à apporter cette preuve puisqu'elle a examiné si les propos litigieux étaient conformes à la vérité. Elle a retenu, sur la base d'une appréciation des preuves, que tel n'était pas le cas. Il s'agit d'une constatation de fait. Or, le recourant ne la conteste pas mais se limite à expliquer pour quelles raisons il n'a pas pu apporter la preuve de la vérité (manque de diligence de la juge d'instruction qui aurait dû inculper l'intimé et disparition de l'institution de l'inculpation avec l'entrée en vigueur au 1er janvier 2011 du code de procédure pénale suisse). Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu de s'écarter des constatations faites par l'autorité précédente sur la vérité des allégations litigieuses.
Le recourant ayant tenu des propos diffamatoires sans apporter les preuves libératoires prévues à l'art. 173 ch. 2 CP, sa condamnation pour diffamation ne viole pas le droit fédéral.
6. Le recourant se plaint du refus par la cour cantonale de suspendre la cause dans l'attente de l'issue de deux procédures pénales ouvertes contre B._. Selon lui, ces procédures lui auraient permis d'apporter la preuve de la vérité.
A la lecture du recours, il est difficile de déterminer s'il entend se plaindre d'une violation de son droit à la preuve (art. 29 al. 2 Cst.) ou d'une application arbitraire des règles de la procédure cantonale sur la suspension. La question peut toutefois rester indécise dès lors qu'il ne ressort de toute manière pas de l'arrêt attaqué que le recourant ait requis de l'autorité précédente la suspension de la cause. Il ne prétend par ailleurs pas que la cour cantonale, en omettant de mentionner cette prétendue requête, aurait constaté les faits de manière inexacte ou en violation du droit (art. 97 al. 1 LTF), ni qu'elle aurait commis un déni de justice en ne traitant pas une requête dûment formulée. Son grief est par conséquent irrecevable.
7. Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant qui succombe devra supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 15 août 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Rey-Mermet