Faits:
A. X._ a acquis la propriété de la parcelle no **** de la commune de A._ dans le cadre de la succession de son grand-père, décédé le en 1999. Celui-ci avait acheté cet immeuble en 1958 pour le prix de 192'704 fr.
Le 4 septembre 2007, le Service des immeubles de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a arrêté la valeur de l'immeuble au jour du décès à 5 millions de francs et fixé les droits de succession à 319'194 fr.
Le 26 octobre 2007, X._ a vendu le bien immobilier en cause pour un montant de 20 millions de francs. Le 21 décembre 2007, il a déclaré un gain immobilier de 19'161'696 fr. Il a soutenu que l'art. 12 al. 3 let. a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) était applicable et qu'il convenait d'appliquer un taux d'imposition de 0%, correspondant à une durée de possession de plus de 25 ans depuis l'acquisition de l'immeuble par le de cujus en 1958, conformément à l'art. 84 al. 1 let. g de la loi générale du canton de Genève sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 (LCP/GE; RSGE D 3 05).
Par bordereau du 25 janvier 2008, l'Administration fiscale cantonale a arrêté le gain immobilier à 14'035'806 fr., correspondant au prix de vente du 26 octobre 2007 (20 millions), diminué de la valeur d'acquisition en 1999 (5 millions), des droits de succession (319'194 fr.) et des commissions de vente (645'000 fr.). Elle a fait application du taux de 15% correspondant à une durée de possession de plus de 8 ans mais de moins de 10 ans au sens de l'art. 84 al. 1 let. e LCP/GE, soit celle courue du 9 septembre 1999 au 26 octobre 2007. L'impôt a été fixé à 2'105'280 fr. 90.
B. Le 15 février 2008, X._ a déposé une réclamation contre la décision du 25 janvier 2008 en concluant à son annulation et à la fixation d'un impôt sur le gain immobilier nul. Il a derechef invoqué une durée de possession de plus de 25 ans. L'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation le 8 avril 2008 aux motifs que la loi sur l'harmonisation fiscale n'avait pas d'effet rétroactif, que le fait générateur déterminant la nature de l'impôt était survenu le 9 septembre 1999, soit avant le délai au 1er janvier 2001 fixé par la loi sur l'harmonisation fiscale pour l'adaptation des législations cantonales au droit harmonisé et que le gain immobilier réalisé lors de la dévolution successorale avait été exonéré au sens de l'art. 81 al. 3 let. c LCP/GE et non pas différé au sens de l'art. 12 al. 3 let. a LHID.
Le 30 avril 2008, X._ a déféré cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève, devenue depuis le 1er janvier 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission cantonale de recours), qui a rejeté le recours par décision du 8 juin 2009.
C. Statuant sur le recours interjeté le 10 juillet 2009 par X._ contre la décision rendue le 8 juin 2009 par la Commission cantonale de recours, le Tribunal administratif l'a rejeté par arrêt du 27 octobre 2009. En substance, la loi sur l'harmonisation fiscale prévoyait bien que la dévolution successorale ne faisait que différer l'imposition immobilière en cas de vente ultérieure, l'impôt étant calculé en tenant compte de la durée séparant la vente de l'acquisition de l'immeuble par le de cujus - et non pas de l'acquisition par voie de succession comme le prévoyait le droit cantonal genevois. Toutefois, l'art. 12 al. 3 let. a LHID n'avait aucun effet rétroactif.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, avec suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 27 octobre 2009 par le Tribunal administratif, la décision rendue le 8 juin 2009 par la Commission cantonale de recours et le bordereau d'impôt du 25 janvier 2008, de renvoyer le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour émission d'un nouveau bordereau fixant un impôt sur le gain immobilier égal à zéro et de renvoyer le dossier au Tribunal administratif pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. Il se plaint de la violation des art. 12 al. 3 let. a et 72 LHID ainsi que d'une application erronée du principe de la rétroactivité de la loi fiscale.
Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de l'arrêt entrepris. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation, la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
1.2 Les conclusions tendant à l'annulation des décisions des instances précédant le Tribunal administratif sont toutefois irrecevables en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès de ce dernier (art. 54 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001, LPFisc; RSGE D 3 17).
1.3 D'après l'art, 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Il n'est limité ni par les arguments des parties ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut ainsi admettre un recours pour un autre motif que ceux invoqués devant lui ou rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de l'autorité attaquée (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254; 132 II 257 consid. 2.5 p. 262; 130 III 136 consid. 1.4 p.140).
2. 2.1 D'après l'art. 12 al. 1 LHID, l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). L'art. 12 al. 2 LHID définit les aliénations imposables.
Selon l'art. 12 al. 3 let. a LHID, l'imposition est différée notamment en cas de transfert de propriété par succession (dévolution d'hérédité, partage successoral, legs), avancement d'hoirie ou donation. L'art. 12 LHID contraint les cantons à percevoir un impôt sur les gains immobiliers. Bien qu'il demeure vague sur l'aménagement de cet impôt, en particulier sur la durée de la possession (ATF 134 II 124 consid. 3.2 p. 132), il ne leur laisse aucune liberté pour décider des cas dans lesquels l'imposition doit être différée (arrêt 2C_164/2005 du 13 août 2009 in RDAF 2009 II 531, consid. 6.1; F. Zuppinger, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, in Archives 61, 309 ss, p. 318). Ils sont en revanche libres d'adopter le barème de l'impôt sur les gains immobiliers (art. 1 al. 3 LHID) sous réserve d'imposer plus lourdement les bénéfices réalisés à court terme (art. 12 al. 5 LHID).
2.2 Dans le canton de Genève, l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers a pour objet le bénéfice net provenant de l'aliénation d'immeubles ou de parts d'immeubles sis dans le canton, ainsi que certains gains que ces immeubles procurent sans aliénation (art. 80 al. 1 LCP).
D'après l'art. 81 al. 1 let. b LCP, l'imposition est prorogée en cas d'aliénation notamment en raison d'avancement d'hoirie ou de donation, ce qui est conforme à l'art. 12 al. 3 LHID, tandis que d'après l'art. 81 al. 3 let. c LCP, l'impôt n'est pas perçu (dans le sens d'une exonération) en cas de succession ou de partage successoral. Cette dernière disposition s'écarte de l'art. 12 al. 3 let. a LHID.
La loi sur l'harmonisation fiscale ne définissant pas précisément l'objet de l'impôt, les cantons disposent d'une certaine marge de manoeuvre dans la manière de calculer le bénéfice (F. Zuppinger, op. cit., p. 321). Dans le canton de Genève, le bénéfice ou gain imposable est constitué par la différence entre la valeur d'aliénation et la valeur d'acquisition (art. 82 al. 1 LCP). La valeur d'acquisition est égale au prix payé pour l'acquisition du bien, augmentée des impenses, ou, à défaut de prix, à sa valeur vénale (art. 82 al. 2 LCP). Lors de l'aliénation d'un immeuble acquis par un transfert justifiant la prorogation de l'imposition, le prix d'acquisition est celui de la dernière aliénation soumise à l'impôt qui est aussi déterminante pour fixer la durée de possession (art. 82 al. 3 LCP).
D'après l'art. 84 al. 1 LCP, l'impôt est perçu de l'aliénateur ou du bénéficiaire du gain sur le montant global du bénéfice ou du gain nets aux taux suivants: a) 50% lorsqu'il a été propriétaire des biens ou actifs immobiliers, ou titulaire des droits immobiliers (réels ou personnels) pendant moins de 2 ans; b) 40% lorsqu'il l'a été pendant 2 ans au moins, mais moins de 4 ans; c) 30% lorsqu'il l'a été pendant 4 ans au moins, mais moins de 6 ans; d) 20% lorsqu'il l'a été pendant 6 ans au moins, mais moins de 8 ans; e) 15% lorsqu'il l'a été pendant 8 ans au moins, mais moins de 10 ans; f) 10% lorsqu'il l'a été pendant 10 ans au moins, mais moins de 25 ans; g) 0% lorsqu'il l'a été pendant 25 ans et plus.
2.3 La prorogation de l'imposition signifie qu'un transfert constituant en soi un acte d'aliénation n'est cependant pas soumis à imposition. Tout se passe, sous l'angle de l'impôt sur les gains immobiliers, comme si le transfert n'avait pas eu lieu ou, en d'autres termes, comme s'il n'y avait pas eu réalisation d'un gain (ATF 100 Ia 209 consid. 2c p. 212). La prorogation n'implique toutefois pas une exemption définitive, qui serait d'ailleurs contraire à l'art. 12 LHID (Bernhard Zwahlen, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, n° 61 art. 12 LHID; F. Zuppinger, op. cit., p. 318). L'augmentation de valeur qui s'est produite entre la dernière aliénation imposable et l'acte prorogeant l'imposition n'est provisoirement pas taxée; l'imposition est simplement différée jusqu'à nouvelle aliénation imposable, comme le prévoit l'art. 82 al. 3 LCP dans le canton de Genève. A contrario, dans un cas d'exonération, le prix d'acquisition est celui de l'aliénation exonérée qui est aussi déterminante pour fixer la durée de la possession.
2.4 Les art. 76 ss LHID ne contiennent pas de dispositions transitoires générales. Seules certaines questions particulières font l'objet d'une réglementation expresse, qui ne concerne pas l'impôt sur les gains immobiliers. Comme l'a déjà jugé le Tribunal fédéral pour une affaire concernant l'imposition des rentes viagères, le silence de la loi ne peut être compris comme autorisant d'emblée les cantons à instaurer eux-mêmes des dispositions transitoires dans cette matière, ni d'ailleurs dans les domaines soumis à la loi fédérale d'harmonisation, afin d'éviter que le terme expressément fixé à l'art. 72 LHID ne soit éludé (arrêt 2P.170/2003 du 13 février 2004 in Archives 74, 161 et RDAF 2004 II 76, consid. 8).
3. 3.1 Selon le recourant, la vente immobilière du 26 octobre 2007, considérée comme le fait générateur de l'imposition cantonale litigieuse, ayant eu lieu durant une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001, soit après l'échéance du délai de huit ans prévu par l'art. 72 al. 1 LHID durant lequel les cantons devaient adopter leur droit cantonal aux dispositions des titres deuxième et sixième de la loi, l'art. 12 al. 3 let. a LHID serait directement applicable, puisque l'art. 81 al. 3 LCP s'en écarte (art. 72 al. 2 LHID). Il soutient ensuite que l'application de l'art. 12 al. 3 let. a LHID à la dévolution successorale est un cas de rétroactivité improprement dite admissible puisqu'elle constitue uniquement un élément déterminant pour le calcul de l'impôt.
L'Administration fiscale cantonale fait valoir en revanche que l'application de la loi sur l'harmonisation fiscale à la dévolution aurait pour effet de remplacer le système cantonal d'exonération de l'impôt sur le gain immobilier en cas d'acquisition par succession, en vigueur en 1999 (art. 81 al. 3 LCP), par celui de la prorogation de l'imposition prévu par l'art. 12 al. 3 let. a LHID, ce qui constituerait un cas d'effet rétroactif prohibé.
3.2 Les parties ont par conséquent des opinions divergentes sur la portée dans le temps de l'art. 12 al. 3 let. a LHID. Si cette disposition s'applique à la dévolution pour cause de mort du 9 septembre 1999, l'imposition du gain immobilier résultant de la dévolution est prorogée: dans ce cas, la durée de possession déterminante est de 49 ans et conduit à une imposition nulle (art. 84 al. 1 let. g LCP/GE). Si, en revanche, elle ne s'y applique pas, le gain immobilier est simplement exonéré: dans ce cas, la durée de possession est de 8 ans et 46 jours et entraîne une imposition du gain immobilier au taux de 15% (art. 84 al. 1 let. e LCP/GE).
4. 4.1 L'interdiction de la rétroactivité des lois (fiscales) n'est pas un droit fondamental, mais un principe constitutionnel (ATF 102 Ia 69 consid. 2 p. 70 s.; D. Yersin, Commentaire romand de la LIFD, Remarques préliminaires, n° 101; X. Oberson, Droit fiscal suisse, 2007, p. 29 s.; E. Grisel, op. cit., p. 73). Comme le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit fédéral en général (art. 95 let. a LTF), il est possible d'invoquer ce principe, comme d'ailleurs celui de la proportionnalité, directement et indépendamment d'un droit fondamental (cf. à ce sujet: ATF 134 I 153 consid. 4.1 p. 156 s. et les références).
Liée aux principes de sécurité du droit et de prévisibilité, l'interdiction de la rétroactivité des lois (fiscales) résulte du droit à l'égalité de l'art. 8 Cst., de l'interdiction de l'arbitraire et de la protection de la bonne foi garanties par l'art. 9 Cst. (arrêt 2P.194/2005 du 8 février 2006, consid. 3.1 et les références citées; K. Klett, Der Gleichheitssatz im Steuerrecht, RDS 1992, 1 ss, p. 47 ss; E. Grisel, Egalité, Les garanties de la Constitution fédérale du 18 avril 1999, Berne 2009, p. 71 s.).
L'interdiction de la rétroactivité des lois (fiscales) fait obstacle à l'application d'une norme à des faits entièrement révolus avant son entrée en vigueur (ATF 104 Ib 205 consid. 6 p. 219; 102 Ia 31 consid. 3a p. 32 s.). Sous certaines conditions, il est possible de déroger à l'interdiction de la rétroactivité: il faut que la rétroactivité soit expressément prévue par la loi, qu'elle soit raisonnablement limitée dans le temps, qu'elle ne conduise pas à des inégalités choquantes, qu'elle se justifie par des motifs pertinents, c'est-à-dire qu'elle réponde à un intérêt public plus digne d'être protégé que les intérêts privés en jeu et, enfin, qu'elle respecte les droits acquis (ATF 125 I 182 consid. 2b.cc p. 186; 119 Ib 103 consid. 5 p. 109 s.; 102 Ia 69 consid. 3 p. 72; arrêt 2A.228/2005 du 23 novembre 2005, consid. 2.3 et les références).
Il n'y a toutefois pas de rétroactivité proprement dite lorsque le législateur entend réglementer un état de chose qui, bien qu'ayant pris naissance dans le passé, se prolonge au moment de l'entrée en vigueur du nouveau droit. Cette rétroactivité improprement dite est en principe admise, sous réserve du respect des droits acquis (ATF 122 II 113 consid. 3b p. 124, 122 V 405 consid. 3b p. 408 s., 6 consid. 3a p. 8). De même, il n'y a pas de rétroactivité proprement dite lorsque des faits antérieurs à l'entrée en vigueur de nouvelles dispositions fiscales sont pris en considération en tant qu'éléments servant au calcul de l'impôt, à moins qu'ils ne constituent eux-mêmes l'objet fiscal (par exemple: un gain en capital) frappé après coup d'un impôt spécial (Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, Zurich, 2002 p. 162 et les nombreuses références citées, notamment ATF 102 Ia 31 consid. 3 p. 32 ss).
4.2 En l'espèce, le traitement en droit cantonal genevois de la dévolution successorale intervenue avant le 1er janvier 2001 ne peut pas être assimilé à un simple élément de fait utile à la fixation de la quotité de l'impôt. Le nombre d'années de possession de l'immeuble a certes une influence sur le calcul de l'impôt, mais il est déterminé, pour les acquisitions d'immeubles par voie successorale avant le 1er janvier 2001, par la législation cantonale. Selon le système de l'exonération, la valeur d'acquisition de l'immeuble est fixée à la date de la dévolution successorale, donc à un montant généralement supérieur au prix d'acquisition versé par le de cujus, ce qui entraîne une diminution du gain imposable en cas de revente ultérieure. En contrepartie, la durée de possession est réduite et le taux de l'impôt plus élevé. Selon le système de la prorogation de l'imposition prévu par la loi sur l'harmonisation fiscale, la valeur d'acquisition déterminant le gain immobilier correspond au prix payé par le de cujus; en cas de revente postérieure à la dévolution successorale, le gain immobilier imposable est généralement plus élevé mais la durée de possession est plus longue et le taux plus bas. L'application directe, avant le 1er janvier 2001, du système de la prorogation de l'imposition reviendrait donc à requalifier le mode d'imposition cantonal du gain immobilier pour une période antérieure à l'application obligatoire des dispositions de la loi sur l'harmonisation. Il ne s'agirait donc pas seulement de prendre en compte un élément factuel antérieur à l'entrée en vigueur de la loi qui déploierait ses effets au-delà de cette date ou qui ne servirait qu'à déterminer l'ampleur de l'imposition mais d'appliquer avec effet rétroactif un mode d'imposition nouveau, inconnu de la législation cantonale avant le 1er janvier 2001.
C'est donc à juste titre que l'Administration fiscale cantonale s'oppose à la rétroactivité de l'art. 12 al. 3 let. a LHID.
4.3 Le recourant invoque deux arrêts du Tribunal fédéral à l'appui de la thèse selon laquelle il s'agirait en l'espèce d'un cas de rétroactivité improprement dite.
Il se réfère en premier lieu à un arrêt du 21 février 2005 (arrêt 2A.9/2004) dans lequel le Tribunal fédéral, appelé à se prononcer sur le caractère mixte d'une donation immobilière inscrite au registre foncier de la commune de Dürnten (ZH) devant déterminer le prix d'acquisition d'un immeuble aliéné en 2001, avait considéré que les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale, en particulier l'art. 12 al. 3 let. a, étaient applicables. Or, le canton de Zurich - contrairement au canton de Genève - avait transposé les dispositions harmonisées dans sa loi fiscale avant le 1er janvier 2001, en prévoyant lui aussi la prorogation de l'imposition du gain immobilier. Le recourant ne saurait dès lors se prévaloir utilement de cet arrêt.
Le recourant mentionne également l'arrêt du 3 juin 2008 (arrêt 2C_761/2007) traitant du report des pertes en cas de transfert du siège d'une société à l'intérieur de la Suisse dans lequel le Tribunal fédéral a été amené à examiner la question de l'application dans le temps de l'art. 25 al. 4 LHID. Se fondant sur la genèse et l'interprétation des dispositions concernant la coordination et la simplification des procédures de taxation des impôts directs dans les rapports intercantonaux, le Tribunal fédéral a considéré que l'art. 25 al. 4 LHID trouvait application dès le 1er janvier 2001, nonobstant l'existence de dispositions légales cantonales contraires, dans l'hypothèse d'un transfert du siège avant le 1er janvier 2001. Comme le souligne le recourant, le transfert du siège constituait un élément de fait ponctuel, uniquement pris en compte pour les besoins du calcul de l'impôt. A ce titre, il pouvait être pris en considération au sens de la définition de la rétroactivité improprement dite de la loi. Le même raisonnement ne peut cependant pas s'appliquer à la dévolution successorale antérieure au 1er janvier 2001. En effet, comme on l'a vu ci-dessus (cf. consid. 4.2), il n'est pas question, en l'espèce, de prendre en compte un simple élément de fait, mais de requalifier les conséquences juridiques attachées à l'acquisition par voie de succession, en transformant l'exonération de l'imposition en une prorogation d'imposition. L'arrêt invoqué par le recourant ne permet donc pas de retenir, en l'espèce, l'hypothèse d'une rétroactivité improprement dite de la loi.
4.4 Enfin, le recourant soutient en vain que l'application du système de l'exonération de l'imposition au sens de l'art. 81 al. 3 let. c LCP/GE au-delà du 1er janvier 2001 pour tous les propriétaires ayant acquis un immeuble par voie successorale avant le 1er janvier 2001 constituerait une disposition transitoire contraire au droit fédéral, introduite par voie jurisprudentielle.
En effet, la solution exposée ci-dessus (cf. consid. 4.2) respecte le délai de l'art. 72 LHID pour la mise en oeuvre de la loi sur l'harmonisation fiscale, du moment que les gains immobiliers réalisés après le 1er janvier 2001 sont imposés conformément aux dispositions de l'art. 12 LHID. Comme cela a été exposé ci-dessus, ce dernier est toutefois appliqué dans le respect de l'interdiction de rétroactivité des lois fiscales telle que développée par la jurisprudence.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure et au Tribunal administratif du canton de Genève, 1ère section.
Lausanne, le 20 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey