Faits:
A. Est paru, notamment dans la Feuille des avis officiels du canton de Vaud du 31 août 2007, un "appel d'offres public destiné exclusivement à des exploitants agricoles à titre personnel" portant sur treize parcelles sises sur la commune de Y._ qui étaient classées dans différentes zones, soit en zones intermédiaire, agricole-viticole, de forêt et dans le périmètre d'un plan de quartier. Cet appel d'offres mentionnait que les parcelles en cause:
"ont trouvé un acquéreur qui n'est pas exploitant agricole, pour le prix de vente global de Fr. 17'500'000.-.
Conformément à l'art. 64, alinéa 1, lettre f LDFR, tout exploitant agricole à titre personnel au sens de l'article 9 LDFR peut présenter, dans le délai imparti de 15 jours dès la présente publication une offre égale ou supérieure au prix de Fr. 17'500'000.-.
Dans le même délai, le candidat devra justifier, par indication de son numéro d'exploitation ou la production de tout élément probant, de sa qualité d'exploitant agricole à titre personnel, sous peine de rejet de son offre."
X._, par courrier du 31 août 2007, a formulé une offre au notaire mentionné sur l'appel en précisant qu'il était un exploitant à titre personnel et qu'il désirait acquérir ces parcelles à leur valeur de rendement augmentée de 35%.
Le 25 septembre 2007, le notaire a demandé à la Commission foncière rurale, section I, du canton de Vaud (ci-après: la Commission foncière) qu'elle autorise la vente des parcelles nos ***, **** et ****, soit des parcelles classées en zones intermédiaire et agricole-viticole, à Z._ SA qui, selon la requête, n'avait pas l'intention d'exploiter personnellement ces parcelles. Par décision du 28 septembre 2007, ladite Commission a autorisé l'acquisition des parcelles concernées par cette société.
B. Par arrêt du 8 septembre 2008, le Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ et confirmé la décision d'autorisation de vente du 28 septembre 2007 de la Commission foncière. Il a relevé que, quand bien même X._ aurait été exploitant à titre personnel dans le passé, il ne l'était plus au moment de la requête, respectivement au moment où la décision d'autorisation avait été rendue. L'intéressé n'avait en effet pas prouvé qu'il détenait les actions de la société exploitant un domaine agricole sis à A._, domaine qu'il avait autrefois personnellement exploité. Dès lors, c'était à bon droit que la Commission foncière avait autorisé la société Z._ SA à acquérir les parcelles en cause, vu l'absence d'une offre émanant d'un exploitant à titre personnel.
C. X._, agissant par lui-même, a déposé un "recours" devant le Tribunal fédéral lui demandant, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision de la Commission foncière du 28 septembre 2007. Il invoque une mauvaise application du droit fédéral. Il reproche au Tribunal cantonal de lui avoir dénié à tort la qualité d'exploitant à titre personnel. Il estime, en outre, que l'appel d'offres public ne remplissait pas les conditions posées par la jurisprudence du Tribunal fédéral.
La Commission foncière conclut à l'irrecevabilité du recours. Le Tribunal cantonal propose le rejet du recours. L'Office fédéral de la justice conclut à l'admission du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'acte déposé n'indique pas la voie de recours utilisée, ce qui ne permet pas de préjuger de sa recevabilité, une telle omission ne nuisant pas au recourant, pour autant que les conditions de forme de l'une des voies de droit prévues par la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110) soient respectées (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382).
L'arrêt attaqué, fondé sur le droit public, soit la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (ci-après: LDFR ou loi sur le droit foncier rural; RS 211.412.11), peut être entrepris par la voie du recours en matière de droit public en vertu de l'art. 82 LTF, les exceptions de l'art. 83 LTF n'étant pas remplies. Depuis le 1er septembre 2008, l'art. 89 LDFR prévoit d'ailleurs expressément cette voie de droit contre les décisions sur recours prises par les autorités cantonales de dernière instance. Tel est le cas en l'espèce.
1.2 L'art 89 al. 1 LTF prévoit qu'a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Cette disposition reprend pour l'essentiel les exigences qui prévalaient sous l'empire de l'art. 103 let. a de l'ancienne loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire (ci-après: la loi d'organisation judiciaire; RO 3 521), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006, pour le recours de droit administratif (cf. Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4126). La jurisprudence passée sous l'ancien droit demeure donc applicable (ATF 134 V 53 consid. 2.3.3 p. 58 ss).
Sous l'ancienne loi d'organisation judiciaire, la personne dont l'offre avait été rejetée dans le cadre de la procédure relative à l'art. 64 al. 1 let. f LDFR, au motif qu'elle n'était pas exploitante à titre personnel, avait qualité pour recourir (arrêt 5A.3/2006 du 28 avril 2006 consid. 1.2, non publié in ATF 132 III 658). Dès lors, la qualité pour recourir doit être reconnue au recourant.
1.3 La conclusion du recourant tendant à l'annulation de la décision du 28 septembre 2007 de la Commission foncière est irrecevable, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (ATF 126 II 300 consid. 2a p. 302/303).
En outre, le recours en matière de droit public n'est pas un recours en cassation mais un recours en réforme (art. 107 al. 2 LTF; cf. ATF 133 III 489 consid. 3.1). Le recourant ayant toutefois rédigé lui-même son recours, il y a lieu de ne pas être trop sévère quant à la formulation des conclusions. A la lecture de son mémoire et en interprétant sa conclusion, il apparaît que l'intéressé conteste l'autorisation de vente des parcelles en cause telle qu'elle a été confirmée par l'arrêt attaqué. Comprise dans ce sens, la conclusion ne s'oppose pas à l'entrée en matière sur le recours.
1.4 Pour le surplus, le recours, dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF), est en principe recevable puisqu'il a été remis dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) prescrit.
2. Le recours peut être exercé, notamment, pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office (art. 106 al. 1 LTF); il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant d'ordinaire aux questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF).
L'art. 99 LTF interdit les faits et les moyens de preuve nouveaux ainsi que les conclusions nouvelles. Lue a contrario, cette disposition n'interdit pas une argumentation juridique nouvelle, pour autant que celle-ci repose sur les constatations de fait de la décision attaquée (cf. ATF 133 III 421 consid. 1.3 in fine). Le Tribunal fédéral doit, en effet, conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF).
3. Dans un premier grief, le recourant reproche au Tribunal administratif de lui avoir dénié la qualité d'exploitant à titre personnel.
3.1 En vertu de l'art. 61 LDFR, celui qui entend acquérir une entreprise (cf. art. 7 LDFR) ou un immeuble agricole (cf. art. 6 LDFR) doit obtenir une autorisation (al. 1); l'autorisation est accordée lorsqu'il n'existe aucun motif de refus (al. 2). L'acquisition d'une entreprise ou d'un immeuble agricole est notamment refusée lorsque l'acquéreur n'est pas exploitant à titre personnel (art. 63 al. 1 let. a LDFR).
L'art. 9 LDFR prévoit qu'est exploitant à titre personnel quiconque cultive lui-même les terres agricoles et, s'il s'agit d'une entreprise agricole, dirige personnellement celle-ci (al. 1); est capable d'exploiter à titre personnel quiconque a les aptitudes usuellement requises dans l'agriculture de notre pays pour cultiver lui-même les terres agricoles et diriger personnellement une entreprise agricole (al. 2).
Cette disposition définit les notions d'exploitant à titre personnel (al. 1) et de capacité d'exploiter à titre personnel (al. 2). La distinction entre ces deux notions provient de l'ancien droit successoral paysan (art. 620 et 621 al. 2 aCC). Dans son Message du 19 octobre 1988 à l'appui des projets de la loi fédérale sur le droit foncier rural (FF 1988 III 889), le Conseil fédéral a exposé que les deux notions étaient étroitement liées et que rien ne s'opposerait à ce que la capacité d'exploiter soit définie comme un élément de la notion d'exploitant à titre personnel. C'était uniquement parce que l'ancien droit distinguait les deux notions qu'il convenait de mentionner spécialement la capacité d'exploiter dans un alinéa séparé (FF 1988 III 924; RNRF 87/2006 p. 273, 5A.20/2004). En outre, ces notions n'étant ainsi, pour l'essentiel, pas différentes de celles qui ont été développées sous l'empire de l'ancien droit successoral paysan par la jurisprudence du Tribunal fédéral, celle-ci demeure pertinente (ATF 134 III 586 consid. 3.1.2 p. 588 ss; arrêt 5A.17/2996 du 21 décembre 2006 consid. 2.4.1).
Pour ce qui est tout d'abord de l'exploitant à titre personnel, l'art. 9 al. 1 LDFR distingue implicitement entre l'exploitant à titre personnel d'immeubles et d'entreprises agricoles. Dans le premier cas, il suffit que l'exploitant cultive personnellement les terres. Dans le second, il doit encore diriger personnellement l'entité que constitue l'entreprise agricole. Il ne saurait pourtant se contenter de cette activité directrice et doit, très concrètement, y travailler d'une manière substantielle (ATF 115 II 181 consid. 2a p. 184 in fine; 107 II 30 consid. 2 p. 33 et les arrêts cités). Ceci implique, dans les petites unités, qu'il effectue lui-même la quasi-totalité des travaux des champs et de gestion du bétail; dans les entreprises plus importantes, il peut bien entendu recourir à du personnel, respectivement à d'autres membres de sa famille. Même dans ce cas, il ne saurait pourtant s'occuper que de la gestion et doit toujours, concrètement, exécuter personnellement les travaux inhérents à une exploitation en plus de la direction de l'entreprise (RNRF 87/2006 p. 273, 5A.20/2004). Pour de nouveaux immeubles qu'il n'exploite pas encore - par exemple en tant que fermier -, l'acquéreur doit s'engager à cultiver personnellement les terrains qu'il entend acquérir (Eduard Hofer, in Le droit foncier rural, Commentaire de la loi fédérale sur le droit foncier rural du 4 octobre 1991, 1998, n. 26 ad art. 9 LDFR; Yves Donzallaz, Traité de droit agraire suisse, 2006, vol. II, no 3215 ss. et no 3298 ss.); s'agissant d'un fait futur, il lui suffit de rendre ce comportement simplement vraisemblable, ce qui peut être le cas par la simple mise en évidence de ses attaches actuelles ou passées avec l'agriculture.
Quant à la capacité d'exploiter à titre personnel (art. 9 al. 2 LDFR), elle suppose que l'intéressé possède la moyenne des qualités tant professionnelles que morales et physiques qui, d'après les usages propres à l'agriculture, sont requises pour exploiter de façon convenable un domaine agricole (ATF 110 II 488 consid. 5 p. 490 et les références citées; sur ces composantes: Eduard Hofer, op. cit., n. 33 ss ad art. 9 LDFR). Une telle capacité n'existe, en règle générale, que si l'intéressé a fréquenté une école d'agriculture (FF 1988 924/925; pour plus de détails: Yves Donzallaz, op. cit., no 3215 ss.) ou, suivant les cas, s'il a déjà exploité dans les règles de l'art un immeuble ou une entreprise comparable à celui ou celle qu'il entend acquérir (arrêt 5A.17/2006 du 21 décembre 206 consid. 2.4.1; arrêt 5A.9/2001 du 30 juillet 2001 consid. 2b et 4a). Seul celui qui est au bénéfice d'une formation ou de connaissances pratiques suffisantes, au plus tard au moment où la décision d'autorisation doit être prise, peut se voir octroyer une autorisation d'acquérir (arrêt 5A.17/2006 du 21 décembre 206 consid. 2.4.1).
3.2 Il ressort des constatations de fait du Tribunal cantonal que le recourant n'exploitait vraisemblablement aucune entreprise agricole dans le canton au moment où il a fait son offre, respectivement au moment où la décision a été rendue et qu'il n'était plus enregistré auprès du Service de l'agriculture comme exploitant. Ledit Tribunal a aussi retenu que, si le recourant avait exploité un domaine sis à A._, celui-ci était toutefois actuellement affermé à une société. Or, et cela est l'élément déterminant pour le Tribunal cantonal, aucun des documents fournis par l'intéressé ne permettait d'établir qu'il était encore aujourd'hui actionnaire d'une des sociétés exploitant le domaine agricole de A._. Ainsi, le recourant ne pouvait être considéré comme un exploitant à titre personnel.
3.3 L'arrêt du Tribunal cantonal méconnaît la notion d'exploitant à titre personnel. En effet, comme susmentionné, pour être considéré comme tel au sens de l'art. 9 LDFR, il suffit de cultiver personnellement les terres agricoles ou de diriger personnellement une entreprise agricole (al. 1) et d'avoir la capacité d'exploiter à titre personnel (al. 2). Cette disposition n'exige nullement d'être propriétaire d'immeubles ou d'entreprises agricoles. Ainsi, contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal cantonal, peu importe que le recourant soit ou non actionnaire de la société qui exploite le domaine situé à A._ ou qu'il soit le propriétaire d'immeubles ou d'entreprises agricoles. Cette conception était celle de certains cantons avant la révision du 26 juin 1998 de la loi sur le droit foncier rural. Ceux-ci "ne reconnaissaient comme exploitant à titre personnel que celui qui était propriétaire d'une entreprise agricole ou tout au moins le devenait après l'acquisition" (Le droit foncier rural, Complément au commentaire de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural, Communications de droit agraire, 1999 II p. 138). Or, la révision de l'art. 9 LDFR a eu pour but d'unifier la pratique des cantons relative à la procédure d'autorisation ainsi que l'application du droit dans ce domaine. La volonté du législateur était précisément que la loi sur le droit foncier rural ne soit pas aménagée comme un droit exclusivement réservé aux agriculteurs (Message du 26 juin 1996 concernant la réforme de la politique agricole: deuxième étape [politique agricole 2002], FF 1996 IV 382).
De même, l'arrêt attaqué semble retenir le fait que le recourant ne soit pas enregistré auprès du Service de l'agriculture comme excluant la qualité d'exploitant à titre personnel. A nouveau, l'inscription auprès de ce Service n'est pas une des conditions de l'art. 9 LDFR et son absence ne permet pas de conclure à l'inexistence d'une telle qualité. En effet, les registres en cause servent essentiellement à gérer les paiements directs et certains agriculteurs y renoncent (Yves Donzallaz, op. cit., no 3285).
3.4 Au vu de ce qui précède, en jugeant que le recourant n'avait pas la qualité d'exploitant à titre personnel aux motifs qu'il n'était ni propriétaire d'une entreprise agricole, ni inscrit dans les registres de l'Etat en qualité d'exploitant, le Tribunal cantonal a violé l'art. 9 LDFR.
L'arrêt attaqué ne contenant aucune constatation au sujet de la capacité et de la volonté du recourant à travailler lui-même la terre, le Tribunal de céans n'est pas à même du juger si le recourant revêt la qualité d'exploitant à titre personnel. De toute façon, le recours doit également être admis pour un autre motif (cf. infra consid. 4) ce qui aura pour conséquence que la procédure d'autorisation d'acquisition devra, le cas échéant, être recommencée. Il appartiendra alors à la Commission foncière de se prononcer sur la qualité d'exploitant à titre individuel du recourant.
4. Dans un second grief, le recourant se plaint d'une mauvaise application de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR. Selon lui, l'appel d'offres publié dans la Feuille des avis officiels du canton de Vaud du 31 août 2007 n'était pas conforme aux conditions posées par la jurisprudence du Tribunal de céans. Cet appel ne formulerait en effet que le prix de 17'500'000 fr. pour la vente en bloc de la totalité des parcelles. Or, dès lors qu'elle portait sur des immeubles agricoles, l'appel d'offres aurait dû préciser le prix pour chacun des immeubles séparément afin de permettre la vérification du prix, lequel ne doit pas être surfait. Au regard des conditions légales et jurisprudentielles non remplies, l'autorisation d'acquisition selon l'art. 64 al. 1 let. f LDFR n'aurait pas dû être délivrée.
4.1 Le recourant n'avait pas invoqué ce grief de façon aussi précise devant le Tribunal cantonal. Il s'y plaignait uniquement du prix d'acquisition proposé de 17'500'000 fr. qu'il qualifiait de surfait au sens de la loi sur le droit foncier rural, grief auquel le Tribunal cantonal n'a pas répondu dans son arrêt.
L'argumentation juridique du recourant, en partie nouvelle, reposant sur des constatations de fait de la décision attaquée et l'examen de ce moyen pouvant se faire sur la base de ces constatations, il convient d'entrer en matière (cf. supra consid. 2).
4.2 Comme déjà mentionné (consid. 3.1), celui qui entend acquérir une entreprise ou un immeuble agricole doit obtenir une autorisation (art. 61 al. 1 LDFR). Le but de l'assujettissement à autorisation est de garantir que le transfert de propriété corresponde aux objectifs du droit foncier rural, au premier rang desquels figure la concrétisation du principe de l'exploitation à titre personnel fondé sur la politique de la propriété (ATF 133 III 562 consid. 4.3 p. 564). L'autorisation doit ainsi, en principe, être refusée lorsque l'acquéreur n'est pas exploitant à titre personnel (art. 63 al. 1 let. a LDFR). Elle est néanmoins accordée si ce dernier prouve l'existence d'un juste motif au sens de l'art. 64 al. 1 LDFR. Tel est en particulier le cas lorsque, malgré une offre publique à un prix qui ne soit pas surfait (cf. art. 66 LDFR), aucune demande n'a été faite par un exploitant à titre personnel (art. 64 al. 1 let. f LDFR).
L'exception de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR a pour but de sauvegarder, sous l'angle de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), les intérêts de l'agriculteur désireux de vendre, dont l'offre n'est suivie d'aucune demande de la part d'un exploitant à titre personnel (Christoph Bandli/ Beat Stalder, in Le droit foncier rural, Commentaire de la loi fédérale sur le droit foncier rural du 4 octobre 1991 [ci-après: Commentaire LDFR], 1998, n. 36 ad art. 64 LDFR). Si, dans le cadre de la procédure d'autorisation, le propriétaire qui veut vendre fournit la preuve qu'à la suite de la publication de l'appel d'offres aucune offre ou seulement des offres insuffisantes ont été présentées par des exploitants à titre personnel, l'acquéreur qui n'est pas exploitant à titre personnel obtiendra l'autorisation d'acquérir, pour autant que le prix convenu ne soit pas surfait (art. 63 al. 1 let. b et art. 66 LDFR; cf. Bandli/Stadler, in Commentaire LDFR, op. cit., n. 38 ad art. 64 LDFR). Dans le cas contraire, l'autorisation devra être refusée.
4.3 La loi ne règle pas le contenu de l'appel d'offres public. Le Tribunal fédéral a toutefois jugé, dans l'ATF 132 III 658 (consid. 3.3.2), que, dans le cadre de l'autorisation délivrée à un acquéreur qui n'est pas exploitant à titre personnel (art. 64 al. 1 let. f LDFR), l'appel d'offres public doit préciser si l'aliénation porte sur des immeubles agricoles isolés (art. 6 LDFR) ou sur des immeubles qui font partie d'une entreprise agricole (art. 7 et 8 LDFR). Cette distinction constitue en effet le fondement même du champ d'application du droit foncier rural (art. 2 LDFR) et est déterminante pour la fixation du prix. Ce n'est en effet que dans l'hypothèse où est en jeu une entreprise agricole que l'on peut envisager une vente en bloc des parcelles à un prix global, qui ne devra, de surcroît, pas être surfait (art. 66 LDFR).
Il faut ajouter que l'appel d'offres public ne peut porter que sur des immeubles ou des entreprises agricoles et non pas, en plus, sur des terrains ou des immeubles non agricoles et, par conséquent, non soumis au champ d'application de la loi sur le droit foncier rural. En effet, un appel d'offres qui englobe des biens-fonds agricoles et non agricoles a clairement pour conséquence de fermer le marché aux agriculteurs recherchant du terrain pour y exercer une activité paysanne. Or, un tel mode de faire contrevient à l'un des objectifs essentiels de la loi sur le droit foncier rural, à savoir renforcer la position de l'exploitant à titre personnel lors d'acquisition d'entreprises et d'immeubles agricoles (art. 1 al. 1 let. b LDFR). Ladite loi cherche, dans cette mesure, à exclure du marché foncier tous ceux qui cherchent à acquérir les entreprises et les immeubles agricoles principalement à titre de placement de capitaux ou dans un but de spéculation (FF 1988 III 906; Reinhold Hotz, in Commentaire LDFR, op. cit., n. 8 ad art. 1 LDFR). En outre, une offre globale pour des immeubles agricoles et non agricoles n'encourage nullement la propriété foncière rurale et constitue un obstacle à l'amélioration des structures des agriculteurs déjà installés, qui est un autre objectif visé par la loi (art. 1 al. 1 let. a LDFR). Le même résultat, illicite, serait créé par une offre distinguant les prix du patrimoine agricole et des autres immeubles non agricoles, tout en conditionnant la vente du premier à l'achat des seconds. Enfin, l'indication du prix pour chacun des immeubles agricoles concernés - en tant qu'ils ne constituent pas une entreprise agricole - est nécessaire pour permettre à l'autorité de le contrôler, celui-ci ne devant pas être surfait (art. 1 al. 1 let. c, 63 al. 1 let. b et 66 LDFR).
4.4 En l'espèce, l'appel d'offres public paru dans la Feuille des avis officiels du 31 août 2007 se contentait de mentionner que treize parcelles agricoles et non agricoles "ont trouvé un acquéreur qui n'est pas exploitant agricole, pour le prix de vente global de Fr. 17'500'000.-".
Le mécanisme choisi par le vendeur, consistant à articuler une offre globale de 17'500'000 fr. pour des immeubles incorporés à un plan de quartier, donc situé en zone de construction et de ce fait non soumis à la loi sur le droit foncier rural (art. 2 al. 1 let. a LDFR), et d'autres immeubles sis en zone agricole ou y étant assimilée, contrevient au but de la loi sur le droit foncier rural (cf. consid. 4.3). En outre, l'appel d'offres en cause n'indiquait pas le prix de chaque immeuble agricole individuellement et ne permettait donc pas de vérifier, comme le requiert la loi sur le droit foncier rural (cf. consid. 4.3), que le prix de vente n'était pas surfait. Dès lors, une autorisation exceptionnelle au sens de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR ne pouvait pas être délivrée à la société requérante.
5. Il suit de ce qui précède que le recours doit être admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt attaqué annulé. La vente des parcelles no ***, **** et ****, sises sur la commune de Y._, n'est pas autorisée.
Il n'y a pas lieu de prélever des frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF).
L'art. 68 al. 2 LTF prévoit que la partie qui succombe est en principe tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige. D'après la jurisprudence, si la partie qui obtient gain de cause n'est pas représentée en procédure par un avocat ou une autre personne qualifiée, elle n'a en principe pas droit à des dépens (ATF 133 III 439 consid. 4 p. 446 et les arrêts cités). En l'occurrence, le recourant a rédigé lui-même son recours mais est maintenant assisté d'un avocat. L'avocat n'a dès lors dû procéder qu'à des actes formels (envoi de la procuration, réception de l'arrêt, etc.). Dans ces conditions, les éventuels frais occasionnés par le recours à un mandataire n'étaient plus des frais indispensables causés par le litige. Par conséquent, il n'est pas alloué de dépens au recourant (art. 68 al. 1 LTF).
L'admission du recours implique une autre répartition des frais devant l'instance inférieure. Le Tribunal cantonal réglera à nouveau le sort de ces frais.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt rendu le 8 septembre 2008 par le Tribunal cantonal est annulé. La vente des parcelles no ***, **** et ****, sises sur la commune de Y._, n'est pas autorisée. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal qui statuera à nouveau sur le sort des frais de la procédure cantonale.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal et à la Commission foncière rurale du canton de Vaud, ainsi qu'au Département fédéral de justice et police.
Lausanne, le 5 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon