Faits:
A. A.a Dame X._ bénéficie d'un droit d'usufruit gratuit et viager sur l'article 3682 du registre foncier de Y._ que son époux, feu X._, avait acheté le 14 novembre 1997 à la société E._ SA. Ses trois enfants, B._, C._ et D._ en sont nus-propriétaires en main commune.
A.b Un droit de superficie immatriculé sous le n° 2864 et constitué le 22 septembre 1970 en faveur de la société F._ grève une part de l'article 3682. Par acte notarié du 3 novembre 1980, il a été cédé à A._ SA. L'acte de cession prévoit que la rente superficiaire, initialement arrêtée à 10'920 fr., s'élève à 13'740 fr. par année et continuera à être adaptée tous les ans sur la base de l'indice général des prix à la consommation conformément au contrat constitutif du 22 septembre 1970. Par acte authentique du 20 août 1980, les sociétés E._ et A._ SA ont en outre convenu de prolonger le droit de superficie jusqu'au 22 septembre 2030 en précisant que la rente superficiaire continuera à être payée jusqu'à cette date sur la base des dispositions contenues dans l'acte constitutif.
A.c Une parcelle de 500 m2 située sur le même article 3682 a été remise à bail le 29 mars 1989 à G._, administrateur-président de A._ SA pour un loyer annuel de 4'000 fr. Ce contrat de bail a été repris par X._ lors de son acquisition du 14 novembre 1997.
A.d Le 10 avril 2001, dame X._ a fait parvenir à A._ SA une notification de hausse de loyer indiquant que "le loyer des places de parc et garages" passerait de 18'120 fr. à 19'520 fr. dès le 1er juillet 2001, et en précisant qu'il s'agissait d'une "adaptation à l'IPC au 28.02.2001 106.9 (on n'a pas tenu compte de l'augmentation réelle depuis lors)" sans toutefois mentionner si dite hausse concernait la rente superficiaire ou le loyer relatif au bail du 29 mars 1989, voire les deux.
B. B.a Par requête du 26 octobre 2006, B._, C._, D._ et dame X._ ont requis l'inscription provisoire d'une hypothèque légale à hauteur de 90'000 fr. sur le droit de superficie n° 2864. Par ordonnance du 7 décembre 2006, le Président du Tribunal civil du district de Neuchâtel a ordonné l'inscription provisoire de l'hypothèque légale requise à hauteur de 89'408 fr au profit de dame X._. La requête a été déclarée irrecevable en tant qu'elle était formée par B._, C._ et D._.
B.b Par mémoire du 9 mars 2007, dame X._ a formé une demande en justice auprès du Tribunal cantonal de Neuchâtel tendant au paiement par A._ SA de la somme de 103'607 fr. ainsi qu'à l'inscription définitive de l'hypothèque légale à concurrence de 89'408 fr. Par jugement du 26 février 2010, le Tribunal cantonal de Neuchâtel a condamné A._ SA à payer à dame X._ la somme de 2'528 fr. et ordonné l'inscription définitive d'une hypothèque légale pour ce montant. Elle a rejeté la demande pour le surplus.
C. Par acte du 1er avril 2010, dame X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral concluant à la réforme du jugement du Tribunal cantonal en ce sens que A._ SA est condamnée au versement de la somme de 103'607 fr. et qu'une inscription définitive de l'hypothèque légale à concurrence de 89'408 fr. est ordonnée. Subsidiairement, elle requiert l'annulation dudit jugement et le renvoi de la cause à l'instance inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation du droit fédéral, en particulier des art. 779 et 779a CC ainsi que de l'art. 18 CO, et l'établissement inexact des faits.
L'intimée conclut au rejet du recours dans ses observations du 24 juin 2010. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit:
1. Le jugement entrepris est une décision finale (art. 90 LTF), rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF) dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF) de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Le présent recours a par ailleurs été interjeté dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, par une partie qui a partiellement succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF). Il est donc en principe recevable.
2. 2.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), il n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 II 244 consid. 2.1; 134 III 102 consid. 1.1; 133 III 545 consid. 2.2). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF ; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione). Il doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés, c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 II 396 consid. 3).
2.2 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (consid. 2.1). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité précédente, mais il doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une constatation des faits ou une appréciation des preuves insoutenables (ATF 133 II 396 consid. 3.2).
Un jugement rendu sans que les faits nécessaires à l'application de la loi soient constatés est contraire au droit (art. 95 let. a LTF; ATF 133 IV 293 consid. 3.4.1; 134 V 53 consid. 4.3 et les références citées). La faculté de rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente que l'art. 105 al. 2 LTF confère au Tribunal fédéral, ne dispense pas le recourant de son obligation d'allégation et de motivation (ATF 133 IV 286 consid. 6.2). Aussi, lorsque le recourant entend faire compléter les faits, il doit les désigner avec précision en se référant aux pièces du dossier; le complètement suppose en effet que les allégations de fait correspondantes aient été introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale, qu'elles aient été considérées à tort comme dépourvues de pertinence ou aient été simplement ignorées; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (art. 99 al. 1 LTF), partant irrecevables (arrêt 5A_249/2007 du 12 mars 2008 consid. 4.3; arrêt 4A_290/2007 du 10 décembre 2007 consid. 5.1; cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ: ATF 115 II 484 consid. 2a et la jurisprudence citée).
3. 3.1 La cour cantonale a constaté que le montant signifié dans la notification du 10 avril 2001 comprenait aussi bien la rente superficiaire que le loyer dû en vertu du contrat de bail. Elle a en outre estimé qu'il résultait de l'administration des preuves que les parties avaient convenu d'une rente superficiaire de 15'520 fr. dès le 1er juillet 2001, le loyer des places de parc restant quant à lui inchangé à 4'000 fr. Elle a ainsi considéré que, dans la mesure où, d'une part, l'intimée n'avait pas contesté la hausse de loyer notifiée, puis avait augmenté ses versements en conséquence, et puisque, d'autre part, la recourante avait accepté les paiements sans protestation, le montant de 15'520 fr. valait accord entre les parties et constituait une nouvelle base pour le calcul de la rente. Lors de l'examen du respect des exigences de forme, les juges cantonaux ont considéré que la modification n'éludait pas les règles sur la forme authentique puisque la rente modifiée demeurait inférieure à la rente initiale indexée. En conséquence, l'intimée n'ayant adapté ses paiements que dès le 1er janvier 2002, l'autorité cantonale l'a condamnée à payer le solde dû de 700 fr. ainsi qu'un montant de 1'858 fr. correspondant à l'indexation de la rente depuis 2001.
3.2 En substance, la recourante conteste l'existence d'un quelconque accord entre les parties relatif à une éventuelle modification de l'indexation de la rente superficiaire, se prévalant de l'erreur commise par sa fiduciaire qui avait préparé la formule de hausse de loyer qu'elle a signée. Elle invoque, en outre, qu'une telle modification n'aurait pu intervenir qu'en la forme authentique. Elle réclame donc le paiement des rentes indexées conformément au contrat constitutif pour les cinq dernières années précédant l'ouverture d'action, soit pour la période de 2001 à 2006, ce qui représente une somme globale de 176'927 fr.
3.3 Vu que la recourante se plaint, d'une part, d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves s'agissant de l'interprétation subjective de la volonté des parties, invoquant aussi une erreur de sa fiduciaire, et, d'autre part, reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir procédé selon le principe de la confiance, il y a lieu d'examiner si la cour cantonale a correctement interprété la volonté des parties (violation de l'art. 18 al. 1 CO). S'il s'avère que le montant figurant dans la notification du 10 avril 2001 constitue effectivement une nouvelle base pour le calcul de la rente dès le 1er juillet 2001, comme retenu par l'instance précédente, et que le contrat fixant initialement les modalités de l'indexation de la rente a donc bel et bien été modifié, il faudra procéder à un examen du respect des exigences de forme.
4. Il sied, tout d'abord, de déterminer si les parties ont modifié le contrat de rente superficiaire, le montant de 15'520 fr. constituant une nouvelle base de calcul, ou si, comme le soutient la recourante, il n'y a pas eu d'accord dans ce sens.
4.1 La rente superficiaire constitue la rétribution pour l'usage de longue durée de l'immeuble (ATF 101 Ib 329 consid. 1). Elle est une dette personnelle du superficiaire, mais ne constitue pas un élément du droit de superficie, ni ne lui est rattachée à titre d'obligation propter rem (ATF 127 III 300 consid. 5a/bb; Steinauer, Les droits réels, Tome III, 2003, n. 2546; Isler, Basler Kommentar, 2007, n. 32 ad art. 779a CC; Schmid/Hürlimann-Kaup, Sachenrecht, 2009, n. 1395). La rente est généralement assortie d'une clause d'indexation à l'indice des prix suisses à la consommation.
4.2 La question de savoir si, par suite de la notification de la hausse de loyer du 10 avril 2001, les parties sont tombées d'accord et ont modifié le contrat prévoyant le versement d'une rente superficiaire relève de l'interprétation de leurs volontés.
Comme pour tout contrat, le juge doit recourir en premier lieu à l'interprétation subjective, c'est-à-dire rechercher la réelle et commune intention des parties, le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la véritable nature de la convention (art. 18 al. 1 CO; ATF 133 III 675 consid. 3.3; 132 III 268 consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1; 131 III 606 consid. 4.1). Ce n'est que si le juge ne parvient pas à déterminer cette volonté réelle des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (ATF 131 III 280 consid. 3.1) - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves (arrêt 5A_198/2008 du 26 septembre 2008 consid. 4.1) - qu'il doit recourir à l'interprétation objective, à savoir rechercher la volonté objective des parties, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (application du principe de la confiance; ATF 133 III 675 consid. 3.3; 132 III 268 consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1). Ce principe permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (ATF 133 III 675 consid. 3.3; 130 III 417 consid. 3.2; 129 III 118 consid. 2.5; 128 III 419 consid. 2.2). S'agissant d'un contrat de remise de dette, la renonciation du créancier à sa créance ne peut toutefois être admise que si son attitude, interprétée selon le principe de la confiance, peut être comprise dans le cas particulier comme manifestant clairement sa volonté de renoncer définitivement à tout ou partie de sa créance (ATF 132 III 406 consid. 2.6, 460 consid. 4.5; 129 III 476 consid. 1.4; 110 II 344 consid. 2b; 109 II 327 consid. 2b; arrêt 4A_325/2007 du 15 novembre 2007 consid. 6.2; arrêt 5C.170/2006 du 17 octobre 2006 consid. 4; Aepli, Zürcher Kommentar, 1991, n. 30 ad art. 115 CO; Gonzenbach, Basler Kommentar, 2007, n. 6 ad art. 115 CO).
La détermination de la volonté réelle, en particulier savoir ce qu'un cocontractant savait et voulait au moment de conclure, relève des constatations de fait (ATF 131 III 606 consid. 4.1), qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2, 384 consid. 4.2.2). En matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales; il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans motif sérieux, de tenir compte d'un moyen de preuve pertinent ou encore s'il a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 134 V 53 consid. 4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
En revanche, la détermination de la volonté objective, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquels relèvent du fait (ATF 132 III 268 consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1; 131 III 586 consid. 4.2.3.1). Les circonstances déterminantes à cet égard sont celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (ATF 135 III 410 consid. 3.2; 133 III 675 consid. 3.3; 132 III 626 consid. 3.1 in fine et les références citées).
5. En l'espèce, la cour cantonale a procédé à une appréciation des preuves recueillies et a tenu compte du comportement ultérieur des parties, pour parvenir à la conclusion qu'elles avaient arrêté la rente superficiaire ainsi que le loyer pour un montant global de 19'520 fr. dès le 1er juillet 2001, et que la somme représentant la rente, soit 15'520 fr., constituait une nouvelle base pour le calcul de celle-ci, implicitement pour l'indexation des rentes des années futures. Elle a ainsi déterminé la volonté réelle des parties.
5. En l'espèce, la cour cantonale a procédé à une appréciation des preuves recueillies et a tenu compte du comportement ultérieur des parties, pour parvenir à la conclusion qu'elles avaient arrêté la rente superficiaire ainsi que le loyer pour un montant global de 19'520 fr. dès le 1er juillet 2001, et que la somme représentant la rente, soit 15'520 fr., constituait une nouvelle base pour le calcul de celle-ci, implicitement pour l'indexation des rentes des années futures. Elle a ainsi déterminé la volonté réelle des parties.
5.1 5.1.1 La cour cantonale a tout d'abord constaté que la notification de la hausse de loyer du 10 avril 2001 concernait aussi bien le loyer pour les places de parc que la rente superficiaire. Pour ce faire, elle s'est fondée sur le courrier d'un ancien mandataire de la recourante ainsi que sur le fait que le montant inscrit était proche du loyer et de la rente payés jusqu'ici. Elle a également constaté que, depuis cette date, l'intimée s'était acquittée d'une somme globale pour le loyer et la rente superficiaire.
5.1.2 Les critiques de la recourante se bornent à ce sujet à contester de manière appellatoire l'appréciation des preuves de l'autorité cantonale. En effet, elle fait uniquement valoir qu'il est impossible qu'elle ait voulu réclamer une somme englobant le loyer et la rente, vu le montant supérieur qu'aurait représenté la seule rente dûment indexée, et qu'il s'agit d'une erreur de sa fiduciaire. De plus, elle reproche aux juges cantonaux d'avoir interprété le courrier de Maître S._, qui était alors son mandataire, sans tenir compte de l'ensemble de son contenu, en particulier le fait que celui-ci y indiquait expressément que les négociations concernant les places de parc avaient eu lieu indépendamment de la question de la rente. Par ces critiques, la recourante ne fait qu'opposer sa propre thèse à celle du jugement querellé sans démontrer de manière précise en quoi les constatations de l'autorité cantonale se révéleraient insoutenables. Insuffisamment motivées, elles sont dès lors irrecevables (cf. consid. 2.2 supra).
5.1.2 Les critiques de la recourante se bornent à ce sujet à contester de manière appellatoire l'appréciation des preuves de l'autorité cantonale. En effet, elle fait uniquement valoir qu'il est impossible qu'elle ait voulu réclamer une somme englobant le loyer et la rente, vu le montant supérieur qu'aurait représenté la seule rente dûment indexée, et qu'il s'agit d'une erreur de sa fiduciaire. De plus, elle reproche aux juges cantonaux d'avoir interprété le courrier de Maître S._, qui était alors son mandataire, sans tenir compte de l'ensemble de son contenu, en particulier le fait que celui-ci y indiquait expressément que les négociations concernant les places de parc avaient eu lieu indépendamment de la question de la rente. Par ces critiques, la recourante ne fait qu'opposer sa propre thèse à celle du jugement querellé sans démontrer de manière précise en quoi les constatations de l'autorité cantonale se révéleraient insoutenables. Insuffisamment motivées, elles sont dès lors irrecevables (cf. consid. 2.2 supra).
5.2 5.2.1 Considérant ensuite la notification de hausse de loyer du 10 avril 2001, la cour cantonale a constaté qu'elle n'avait pas été contestée par l'intimée et que celle-ci avait adapté ses paiements dès 2002, effectuant régulièrement ses versements. Elle a également relevé que la recourante, à qui incombe la charge de la preuve, n'avait produit aucun élément démontrant qu'elle était en désaccord avec les montants qui lui avaient été payés. À cet égard, il a été retenu que, selon le témoin interrogé, employé de la fiduciaire de la recourante, il n'y avait pas eu, à sa connaissance, de litige au sujet des paiements et que, si tel avait été le cas, il en aurait été informé. Enfin, les juges cantonaux ont admis que la recourante avait accepté les paiements sans protester, ce qui démontrait que la hausse de loyer notifiée ne procédait pas d'une erreur. Compte tenu de ces éléments, la cour cantonale a conclu que la hausse de loyer notifiée valait accord entre les parties.
5.2.2 Par sa critique, la recourante ne démontre pas l'arbitraire de l'appréciation des preuves relative à la volonté réelle des parties effectuée par la cour cantonale. Elle se contente en effet d'affirmer que l'usufruitière ou les propriétaires n'ont jamais eu l'intention de renoncer à leurs droits à l'indexation. En tant qu'elle invoque l'erreur de sa propre fiduciaire, qui a négligé de vérifier que la superficiaire s'acquitte d'une rente indexée, la mauvaise foi de l'intimée qui aurait dû se rendre compte qu'elle bénéficiait d'une erreur ou encore son âge avancé au décès de son époux, sa méconnaissance des affaires financières de ce dernier ainsi que son incapacité à comprendre ce qu'elle signait, la recourante invoque des faits non constatés par l'arrêt cantonal. Une telle critique se révèle dès lors irrecevable (cf. consid. 2.2 supra). Il en va de même lorsqu'elle invoque avoir fait confiance à sa fiduciaire, confiance dont on ne saurait déduire un accord pour un abandon de créance aussi important.
5.2.2 Par sa critique, la recourante ne démontre pas l'arbitraire de l'appréciation des preuves relative à la volonté réelle des parties effectuée par la cour cantonale. Elle se contente en effet d'affirmer que l'usufruitière ou les propriétaires n'ont jamais eu l'intention de renoncer à leurs droits à l'indexation. En tant qu'elle invoque l'erreur de sa propre fiduciaire, qui a négligé de vérifier que la superficiaire s'acquitte d'une rente indexée, la mauvaise foi de l'intimée qui aurait dû se rendre compte qu'elle bénéficiait d'une erreur ou encore son âge avancé au décès de son époux, sa méconnaissance des affaires financières de ce dernier ainsi que son incapacité à comprendre ce qu'elle signait, la recourante invoque des faits non constatés par l'arrêt cantonal. Une telle critique se révèle dès lors irrecevable (cf. consid. 2.2 supra). Il en va de même lorsqu'elle invoque avoir fait confiance à sa fiduciaire, confiance dont on ne saurait déduire un accord pour un abandon de créance aussi important.
5.3 5.3.1 Les juges cantonaux ont enfin retenu un dernier argument en faveur d'une interprétation de la volonté réelle des parties, qu'ils tirent de l'acceptation par l'intimée de l'augmentation du loyer des places de parc le 20 juin 2005. Ils ont en effet constaté, suite à l'audition du mandataire ayant représenté l'intimée lors de la procédure devant l'autorité de conciliation, qu'une telle hausse de loyer n'aurait pas été acceptée si l'intimée avait pu s'attendre à ce que la rente superficiaire soit indexée en application du contrat constitutif.
5.3.2 La recourante invoque à cet égard que cette augmentation a été décidée dans le cadre de négociations séparées ne concernant que le loyer des places de parc. Puis, elle tente de démontrer que la hausse de loyer convenue en 2005 ne saurait implicitement comprendre sa renonciation à l'indexation de la rente superficiaire alors même que la cour cantonale n'a jamais procédé à une telle déduction. La recourante ne s'en prend donc pas directement à la constatation de l'autorité précédente laquelle se réfère à la volonté réelle de la seule intimée. Ses critiques purement appellatoires ne satisfont en outre pas aux exigences de motivation requises pour remettre en cause l'état de fait tel qu'il résulte du jugement querellé (cf. consid. 2.2 supra). Elles se révèlent en conséquence irrecevables.
5.4 Il ressort de ce qui précède que les griefs de la recourante relatifs à l'appréciation des preuves effectuée par l'autorité cantonale en vue d'établir la volonté réelle des parties sont irrecevables. Dans ces circonstances, force est de constater que les juges cantonaux sont parvenus à établir la réelle et commune intention des parties si bien qu'on ne saurait leur reprocher de n'avoir pas procédé à une interprétation objective de la volonté de celles-ci (cf. consid. 4.2 supra). Les griefs de la recourante à ce sujet se révèlent dès lors sans objet.
6. Les parties ayant modifié le contrat relatif à la rente superficiaire - le montant de 15'520 fr. constituant une nouvelle base pour l'indexation future de la rente -, il reste à examiner si dite modification est intervenue dans les formes requises.
6. Les parties ayant modifié le contrat relatif à la rente superficiaire - le montant de 15'520 fr. constituant une nouvelle base pour l'indexation future de la rente -, il reste à examiner si dite modification est intervenue dans les formes requises.
6.1 6.1.1 La validité des contrats n'est subordonnée à l'observation d'une forme particulière qu'en vertu d'une prescription spéciale de la loi; à défaut d'une disposition contraire sur la portée et les effets de la forme prescrite, le contrat n'est valable que si cette forme a été observée (art. 11 al. 1 et 2 CO). Selon la jurisprudence, la forme prescrite doit porter sur tous les éléments objectivement essentiels du contrat, et aussi sur les points objectivement secondaires mais subjectivement essentiels - c'est à dire lorsque les deux parties ou l'une d'elles ne concluraient pas le contrat si un accord ne se réalisait pas à leur sujet (ATF 118 II 32 consid. 3d) -, pour autant que ces derniers, de par leur nature, constituent un élément du contrat; il s'agit de tous les éléments qui affectent le rapport entre la prestation et la contre-prestation (ATF 135 III 295 consid. 3.2, 113 II 402 consid. 2; arrêt 5A_641/2008 du 8 janvier 2009 consid. 4.3 publié in: Revue suisse du notariat et du registre foncier [RNRF] 2009 p. 308; Guggenheim, Commentaire romand, 2003, n. 12 ss ad art. 11 CO; SCHWENZER, Basler Kommentar, 2007, n. 14 s. ad art. 11 CO).
6.1.2 Aux termes de l'art. 12 CO, lorsque la loi exige qu'un contrat soit fait en la forme écrite, cette règle s'applique également à toutes les modifications du contrat, hormis les stipulations complémentaires et accessoires qui ne sont pas en contradiction avec l'acte. Selon la jurisprudence, cette disposition est applicable pour un acte soumis à la forme authentique (ATF 123 III 97 consid. 2; 95 II 419 consid. 2b), mais non pour la forme contractuellement réservée par les parties (arrêt 4C.474/1996 du 18 février 1997 consid. 2; GUGGENHEIM, op. cit., n. 3 ad art. 12 CO; SCHWENZER, op. cit., n. 10 s. ad art. 16 CO; SCHÖNENBERGER/JÄGGI, Zürcher Kommentar, 1973, n. 43 ad art. 16 CO; Schmidlin, Berner Kommentar, 1986, n. 45 ad art. 16 CO). En revanche, selon l'art. 115 CO, la remise de dette n'est soumise au respect d'aucune forme spéciale, même si, en vertu de la loi ou de la volonté des parties, l'obligation n'a pu prendre naissance que sous une certaine forme. Cela étant, dans un contrat synallagmatique parfait, si la dette remise totalement ou partiellement ne constitue pas la seule obligation restant à exécuter et qu'il subsistera, à charge du créancier disposant, une contre-prestation non supprimée à l'occasion de la remise de dette, la forme requise selon l'art. 12 CO pour toute modification du contrat prévaut (arrêt 4A_49/2008 du 9 avril 2008 consid. 2.1, publié in RNRF 2008, p. 317; GUGGENHEIM, op. cit., n. 7 ad art. 12 CO; SCHÖNENBERGER/JÄGGI, op. cit., n. 22 ad art. 12 CO, GAUCH/SCHLUEP/SCHMID/REY, Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 2008, vol. II, n. 3127; SCHWENZER, op. cit., n. 6 ad art. 12 CO; SCHMIDLIN, op. cit., n. 10 ss ad art. 12 CO; contra aepli, op. cit., n. 54 ss ad art. 115 CO; GONZENBACH, op. cit., n. 9 ad art. 115 CO).
6.1.3 À teneur de l'art. 779a CC, le contrat constitutif d'un droit de superficie distinct et permanent n'est valable que s'il a été fait par acte authentique. La question de savoir si la rente superficiaire, de même que toute adaptation ultérieure de celle-ci, doivent également revêtir la forme authentique, est controversée en doctrine: certains auteurs estiment qu'il ne s'agit pas d'éléments essentiels à la constitution du droit lui-même de sorte qu'ils ne doivent pas obligatoirement figurer dans l'acte constitutif (STEINAUER, op. cit., n. 2546a; ISLER, op. cit., n. 3 ad art. 779a CC; RIEMER, Die beschränkten dinglichen Rechten, 2000, p. 71; FREIMÜLLER, Die Stellung der Baurechtsdienstbarkeit im System der dinglichen Rechte, 1967, p. 45 et 76; cf. également arrêt de la Cour d'appel du canton de Berne du 21 août 1991 in: RNRF 1996 p. 30) D'autres sont en revanche d'avis que la rente superficiaire est un élément objectivement essentiel, et en général subjectivement essentiel, du contrat constitutif d'un droit de superficie à titre onéreux (SIMONIUS/SUTTER, Schweizerisches Immobiliarsachenrecht, 1990, vol. II, p. 131; Ghandchi, Das gesetzliche Vorkaufsrecht im Baurechtsverhältnis, 1999, p. 42) et qu'elle doit dès lors, ainsi que toute adaptation ultérieure, être couverte par la forme authentique (Schmid/Hürlimann-KAUP, op. cit., n. 1396; MÜLLER, Der Baurechtszins und seine grundpfandrechtlichen Sicherung, Zurich 1968, p. 14 ss; considérant la rente comme élément subjectivement essentiel: ISLER, Der Baurechtsvertrag und seine Ausgeltung, Berne 1973, p. 170; cf. également arrêt du Tribunal de commerce du canton de Zurich du 25 octobre 2002: in RNRF 2005 p. 291). Le nouvel art. 779a al. 2 CC, dont le texte a été voté le 11 décembre 2009 mais pour lequel le Conseil fédéral n'a pas encore arrêté la date d'entrée en vigueur, prévoit que la rente superficiaire que les parties prévoient d'annoter au registre foncier doit être passée en la forme authentique pour être valable (FF 2009 7943, spéc. p. 7947; cf. également STEINAUER, Servitudes foncières et droit de superficie: développement récents in: FOËX/HOTTELIER éd., Servitudes, droit de voisinage, responsabilité du propriétaire immobilier, 2007, p. 17 s.).
6.2 Lors de l'examen du respect des exigences de forme, les juges cantonaux ont considéré que la modification n'éludait pas les règles sur la forme authentique puisque l'augmentation de la rente notifiée le 10 avril 2001 demeurait bien inférieure à la rente indexée convenue initialement. Ils ont dès lors estimé que le contrat de base n'avait pas été modifié. La recourante fait quant à elle valoir qu'une modification de l'indexation de la rente superficiaire n'aurait pu intervenir qu'en la forme authentique.
6.3 Tout d'abord, il sied de statuer sur la question de la forme que doit revêtir un contrat prévoyant le versement d'une rente superficiaire, de même que toute adaptation ultérieure de celle-ci. La constitution du droit de superficie doit être passée en la forme authentique en application de l'art. 779a CC. Les dispositions contractuelles portant sur les effets et l'étendue du droit de superficie sont obligatoires pour tout acquéreur du droit de superficie et de l'immeuble grevé en vertu de l'art. 779b CC. Ces éléments du contrat définissent le droit lui-même et sont de nature réelle. En revanche, la rente est une dette personnelle du superficiaire; elle ne constitue pas un élément constitutif du droit de superficie, ni ne lui est rattachée à titre d'obligation propter rem (cf. consid. 4.1 supra). En conséquence, il convient d'admettre, avec la doctrine majoritaire, que la rente ne constitue pas un élément objectivement essentiel du contrat constitutif de superficie devant impérativement être couvert par la forme authentique. Cette conception est en outre en conformité avec la modification législative récemment adoptée qui n'exige le respect de la forme authentique que pour une rente dont l'annotation est prévue. Le législateur admet en effet que des rentes superficiaires peuvent être prévues sans forme authentique; elles ne pourront simplement pas être annotées.
De plus, il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que la rente était un élément subjectivement essentiel devant revêtir la forme authentique. La recourante, à qui incombe le fardeau de la preuve selon l'art. 8 CC, ne mentionne nullement dans son recours au Tribunal fédéral que, en procédure cantonale, elle aurait allégué et offert de prouver - en indiquant précisément les passages de ses écritures et les pièces y relatives (cf. consid. 2.2 supra) - que la rente constituait pour les parties un tel élément. Au contraire, elle n'a même pas produit le contrat constitutif du droit de superficie qui aurait, cas échéant, pu l'établir. Aussi, en l'absence de constatations de fait ou d'allégués précis en ce sens, force est d'admettre que la recourante n'a pas démontré que la rente initiale convenue devait impérativement revêtir la forme authentique et ne pouvait donc pas être modifiée sans respecter cette forme.
Sur le vu de ce qui précède, point n'est besoin d'examiner plus avant si l'art. 115 CO est applicable en l'espèce.
6.4 En définitive, la modification de la rente superficiaire convenue à la suite de la "hausse de loyer" notifiée le 10 avril 2001 se révèle pleinement valable quand bien même elle n'est pas intervenue en la forme authentique. Le recours doit dès lors être rejeté sur ce point.
7. Enfin, la recourante fait valoir que, en qualité d'usufruitière, elle n'était pas habilitée à modifier seule la rente superficiaire, mais devait agir de concert avec les nus-propriétaires.
En l'occurrence, il ne ressort pas des constatations de la cour cantonale que la recourante et les nus-propriétaires auraient été en désaccord s'agissant de la notification du 10 avril 2001 ou que celle-là n'était pas habilitée par ceux-ci pour ce faire. L'instruction de la cause n'a en effet jamais porté sur cette question. La juridiction cantonale s'est ainsi prononcée exclusivement sur l'existence d'un accord entre les parties quant à la modification du montant de la rente ainsi que sur le respect des exigences de forme. En remettant en cause son habilitation à modifier la rente, la recourante soulève une question nouvelle qu'il n'est pas possible d'examiner, faute de toute constatation de fait qui permettrait de déduire une violation du droit fédéral. En effet, en vertu de l'art. 99 al. 1 LTF, une argumentation juridique nouvelle n'est admissible que pour autant qu'elle repose sur des faits constatés dans la décision attaquée (arrêt 4A_28/2007 du 30 mai 2007 consid. 1.3; cf. également consid. 2.2 supra). Or, en l'espèce, outre le fait que la notification du 10 avril 2001 est signée de la seule recourante usufruitière, ni l'étendue de la gestion de la recourante usufruitière, ni un désaccord avec les nus-propriétaires au sujet de la notification du 10 avril 2001 n'ont fait l'objet de constatations dans l'arrêt entrepris de sorte qu'il n'est pas possible d'examiner si l'autorité cantonale aurait violé le droit fédéral en considérant que la recourante était habilitée à modifier la rente superficiaire.
8. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). La recourante versera en outre à l'intimée une indemnité de dépens à hauteur de 2'000 fr. (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Cour civile du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 19 novembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Richard