Erwägungen:
1. Das Obergericht des Kantons Thurgau trat mit Entscheid vom 12. Dezember 2011 auf eine von X._ gegen den Hausdurchsuchungsbefehl der Staatsanwaltschaft Bischofszell vom 28. Oktober 2011 erhobene Beschwerde nicht ein. Das Obergericht führte zur Begründung zusammenfassend aus, dass die Beschwerde weder einen Beschwerdeantrag noch eine nachvollziehbare Begründung enthalte.
2. X._ führt gegen den Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau mit Eingabe vom 16. Dezember 2011 Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer, der keinen zulässigen Beschwerdegrund nennt, setzt sich mit den Ausführungen des Obergerichts, die zum Nichteintreten auf seine Beschwerde führten, nicht auseinander. Aus seiner Beschwerde ergibt sich nicht, inwiefern das Obergericht mit seinem Nichteintretensentscheid Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzt haben sollte. Da die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen des angefochtenen Entscheids darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Bischofszell und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli