Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau (Abteilung Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität) führte gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen des Verdachts auf gewerbs- und bandenmässigen Diebstahl, gewerbsmässigen Betrug, ungetreue Geschäftsbesorgung sowie weitere Delikte. Am 5. und 17. Juni 2011 erhob der Beschuldigte beim Obergericht des Kantons Thurgau Beschwerden gegen Untersuchungsmassnahmen (Konfrontationseinvernahme vom 27. Mai 2011 sowie Ablehnung eines Beweisantrages vom 7. Juni 2011). Das Obergericht wies die Beschwerden mit Entscheid vom 4. August 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
B. Gegen den Entscheid des Obergerichts gelangte X._ mit Beschwerde vom 5. Oktober 2011 an das Bundesgericht. Er beantragt in der Hauptsache die "Überprüfung und Aufhebung" des angefochtenen Entscheides.
Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht beantragen je die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführer übermittelte am 2. Januar 2012 (nach Ablauf der auf den 25. November 2011 angesetzten Replikfrist) eine weitere Eingabe. Dem Offizialverteidiger des Beschwerdeführers wurde dessen Laienbeschwerde zur Kenntnisnahme zugestellt.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein strafprozessualer Zwischenentscheid (im Sinne von Art. 78 Abs. 1 und Art. 80 Abs. 1 i.V.m. Art. 93 BGG), der das Strafverfahren nicht abschliesst.
1.1 Sofern die Sachurteilsvoraussetzungen nicht ohne Weiteres aus den Akten ersichtlich werden, obliegt es grundsätzlich der beschwerdeführenden Partei darzulegen, inwiefern sie erfüllt sind (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356).
1.2 Als oberste rechtsprechende Behörde des Bundes soll sich das Bundesgericht in der Regel nur einmal mit der gleichen Streitsache befassen müssen. Nach ständiger Praxis zu Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist ein Vor- oder Zwischenentscheid daher nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen (für die rechtsuchende Partei günstigen) Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 135 I 261 E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen).
1.3 Der Beschwerdeführer äussert sich in seiner weitschweifigen Eingabe nur beiläufig zur Sachurteilsvoraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG. Bei diversen Vorbringen wird ein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil im Sinne der erwähnten Praxis auch nicht aus den Akten ersichtlich. Dies gilt insbesondere für seine Einwände gegen die Ablehnung von Beweisanträgen durch die Staatsanwaltschaft (vgl. Art. 394 lit. b StPO) oder für die Kritik an zusammenfassenden "Deliktslisten", welche die Staatsanwaltschaft (im Interesse einer übersichtlichen Darstellung der untersuchten Sachverhalte) im Untersuchungsverfahren verwendet habe (vgl. dazu schon das sachkonnexe Urteil des Bundesgerichtes 1B_311/2011 vom 30. August 2011 E. 2.3). Soweit der Beschwerdeführer über weite Strecken pauschale Kritik an der Untersuchungsführung übt, setzt er sich mit den Erwägungen und dem Gegenstand des angefochtenen Entscheides nicht in der gesetzlich vorgeschriebenen Weise auseinander (vgl. Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Insofern ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt, eine Konfrontationseinvernahme vom 27. Mai 2011 sei falsch protokolliert worden. Zwar könnte insofern ein drohender nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil nicht zum Vornherein ausgeschlossen werden (vgl. dazu Urteil 1B_311/2011 vom 30. August 2011 E. 3.1). Die betreffenden Vorbringen überschneiden sich jedoch, soweit inhaltlich nachvollziehbar, mit den Rügen, die der Beschwerdeführer bereits im Verfahren 1B_311/2011 (gegen eine frühere Konfrontationseinvernahme vom 14. März 2011) erhoben hat. Diesbezüglich kann auf die abschlägigen Erwägungen des bundesgerichtlichen Urteils 1B_311/2011 vom 30. August 2011 (E. 3.2-3.4) sowie auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheides verwiesen werden (vgl. Art. 109 Abs. 2 lit. a und Abs. 3 BGG).
Soweit sie die gesetzlichen Substanziierungsanforderungen erfüllen (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG), haben die restlichen Vorbringen des Beschwerdeführers keine über das bereits Dargelegte hinausgehende selbständige Bedeutung.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Zwar wird der Beschwerdeführer bei diesem Verfahrensausgang kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Auch hat er kein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung gestellt (Art. 64 Abs. 1 BGG). Im vorliegenden Fall kann jedoch auf eine nachträgliche Erhebung von Gerichtskosten ausnahmsweise verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität und dem Obergericht des Kantons Thurgau sowie dem amtlichen Verteidiger, Rechtsanwalt Thomas Fingerhuth, Zürich, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster