Sachverhalt:
A. M._, geboren 1975, arbeitete bei verschiedenen Unternehmen als Personalfachfrau, zuletzt ab 1. Mai 2008 bei der X._ AG, in einem 80%-Pensum. Am 16. Juli 2009 ersuchte sie um Leistungen der Invalidenversicherung. Nachdem die IV-Stelle des Kantons Zürich verschiedene berufliche und medizinische Abklärungen (namentlich die Einholung eines orthopädisch-psychiatrischen Gutachtens durch die Ärztliche Begutachtungsinstitut GmbH [ABI], vom 4. Juni 2010 und dessen Ergänzung vom 30. Mai 2011 in gynäkologischer Hinsicht) getätigt hatte, verneinte sie mit Verfügung vom 27. Juni 2011 einen Anspruch auf eine Invalidenrente. Auf Einwand von M._ hin zog sie diese Verfügung am 18. Juli 2011 in Wiedererwägung. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs bezüglich der Ergänzung des ABI-Gutachtens verfügte die IV-Stelle am 7. Oktober 2011 die Ablehnung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 10 % resp. 30 %.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 12. Dezember 2012 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihr ab 1. Januar 2010 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Hier muss die Beschwerdeschrift die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246).
1.3 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in Art. 106 Abs. 2 BGG genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 IV 286 E. 6.2 S. 288; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (Art. 8 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), über den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 und 2 IVG) sowie den Beweiswert ärztlicher Berichte (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3 S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat gestützt auf das ABI-Gutachten vom 4. Juni 2010 und dessen gynäkologische Ergänzung vom 30. Mai 2011, auf die Berichte der behandelnden Frau PD Dr. med. L._, Oberärztin, Klinik für Reproduktions-Endokrinologie, Spital Y._, vom 25. September 2009, 3. November 2010 und 1. September 2011 sowie auf die Berichte der Frauenklinik, Spital Z._, vom 20. und 26. August 2004 und vom 23. Februar 2005 sowie der Gastroenterologie und Hepatologie, Spital Z._, vom 10. Januar 2006 in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 1.3) festgestellt, dass der Versicherten ihre angestammte Tätigkeit im Personalbereich oder eine angepasste Arbeit im Umfang eines 70 % Pensums weiterhin zumutbar sei, und gestützt darauf unter Anwendung der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs eine nicht rentenbegründende Einschränkung von 30 % berechnet.
Daran vermögen auch die Einwände der Versicherten nichts zu ändern: Es ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz unter Berücksichtigung der Erfahrenstatsache, dass Haus- und behandelnde Ärzte auf Grund ihres Vertrauensverhältnisses zu den Patienten im Zweifelsfall zu deren Gunsten aussagen, sowie der unterschiedlichen Natur von Behandlungs- und Begutachtungsauftrag (BGE 135 V 465 E. 4.5 S. 470 mit Hinweisen) den Berichten der behandelnden Frau PD Dr. med. L._ nicht gefolgt ist. Dies gilt umso mehr, da Frau PD Dr. med. L._ nur die auf ihrem Fachgebiet vorhandenen Beschwerden beurteilen kann, jedoch sich nicht in kompetenter Weise zu den weiteren, vorliegend zu berücksichtigenden Disziplinen (Orthopädie und Psychiatrie) zu äussern vermag und auch keine Abgrenzung der geklagten Schmerzen zu der - unbestrittenermassen vorliegenden, von Frau PD Dr. med. L._ jedoch nicht erwähnten - vorbestehenden chronischen Schmerzproblematik diskutiert (vgl. die verschiedenen Berichte des PD Dr. med. P._, Facharzt für Neurochirurgie, Leitender Arzt, Klinik A._, des Prof. Dr. med. K._, Facharzt für Neurologie, Klinik A._, sowie des Dr. med. N._, Facharzt für Rheumatologie). Hingegen entspricht das ABI-Gutachten vom 4. Juni 2010 und dessen gynäkologische Ergänzung vom 30. Mai 2011 den Anforderungen der Rechtsprechung an eine objektive Begutachtung, so dass die Vorinstanz zu Recht darauf abgestellt hat. Entgegen der Ansicht der Versicherten ist nicht entscheidend, ob das Gutachten in einem einzigen Schriftstück verfasst worden ist; massgebend ist vielmehr, ob die Schlussfolgerungen der Experten nachvollziehbar und schlüssig sind und die Vorakten sowie die geklagten Beschwerden berücksichtigen. Diese Voraussetzungen sind vorliegend erfüllt. Es obliegt den Ärzten, einzuschätzen, ob es einer versicherten Person objektiv zumutbar ist, ihre gesundheitlichen Beschwerden zu überwinden (Art. 7 Abs. 2 ATSG). Entgegen der Ansicht der Versicherten statuiert Art. 7 Abs. 2 Satz 2 ATSG nicht bloss die allgemein geltende Schadenminderungspflicht, sondern stellt die Übernahme der im Grundsatz bereits mit BGE 102 V 65 eingeführten und nicht auf psychische Leiden beschränkten Rechtsprechung dar, wonach invalidenversicherungsrechtlich Erwerbsunfähigkeit nur bei objektiver Unüberwindbarkeit gegeben ist (BGE 135 V 215 E. 7 S. 228; vgl. auch SVR 2010 IV Nr. 4 S. 7 E. 4.3 [9C_46/2009] und Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, Rz. 32 f. zu Art. 7 ATSG). Nach dem Gesagten liegt weder eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung noch eine anderweitige Verletzung von Bundesrecht vor und es hat beim nicht rentenbegründenden Invaliditätsgrad sein Bewenden.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold