Fatti:
A. A.a Il 13 ottobre 2005 la C._ Sagl ha sottoscritto con B._ e A._, rappresentati dalla D._ SA, un documento intitolato "riservazione" in cui la C._ Sagl ha indicato di voler acquistare due fondi a Orselina per un importo complessivo di fr. 1'877'200.--. Fr. 180'000.-- del prezzo di vendita avrebbero dovuto essere versati quale acconto al momento della firma del contratto su un conto del notaio. Quest'ultimo importo, dedotti i costi, sarebbe stato restituito, qualora l'autorizzazione nel senso della Legge federale sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE), del cui ottenimento avrebbe dovuto occuparsi la D._ SA con facoltà di delegare, non fosse stata rilasciata.
A.b Con rogito del 7 novembre 2005 B._ e A._ hanno concesso alla C._ Sagl un diritto di compera su un loro fondo a Orselina della durata di un anno dall'annotazione a registro fondiario per un prezzo di fr. 979'100.--, di cui fr. 90'000.-- da pagare alla firma dell'atto sul conto clienti del notaio. Il contratto prevedeva pure che "nel caso in cui la beneficiaria del diritto di compera non dovesse esercitare il diritto concessole, l'importo di fr. 90'000.-- già versato quale caparra decadrà a titolo di pena convenzionale in favore della parte concedente" (clausola 3.2). Le parti prendevano inoltre atto che il negozio giuridico avrebbe potuto soggiacere alla LAFE "e che quindi la sua validità è subordinata all'ottenimento di una decisione di non assoggettamento" (clausola 4.3).
A.c Dopo che l'Ufficio del registro fondiario di Locarno ha respinto il 23 agosto 2006 l'istanza di iscrizione del diritto di compera, indicando che la beneficiaria sottostava alla procedura di non assoggettamento alla LAFE, il notaio rogante ha inoltrato la relativa domanda all'Autorità di prima istanza LAFE che l'ha respinta con decisione 7 ottobre 2006. Il 5 aprile 2007 il predetto notaio ha liberato in favore di B._ e A._ l'importo di fr. 90'000.-- presso di lui depositato.
A.d Con petizione 29 novembre 2008 la C._ Sagl ha convenuto in giudizio innanzi al Pretore di Locarno-Città B._, A._ e la D._ SA, chiedendo la loro condanna alla restituzione, rispettivamente al pagamento di fr. 90'000.--. Con sentenza 24 ottobre 2011 il Pretore ha accolto la petizione nei confronti delle due persone fisiche.
B. La III Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto con sentenza 13 marzo 2012 l'appello proposto da B._ e A._. Dopo aver rilevato che il rogito era fin dall'inizio inefficace in virtù dell'art. 26 LAFE e la sua nullità pacifica, la Corte di appello ha negato che l'attrice sia incorsa in un abuso di diritto chiedendo la restituzione dell'importo già pagato, non potendo essere ad essa rimproverato di aver volontariamente provocato la decisione negativa dell'autorità di prima istanza LAFE. Ha poi ritenuto pretestuosa l'argomentazione dei convenuti secondo cui essi non avrebbero potuto prevalersi dell'asserita prescrizione della pretesa di restituzione nella procedura di primo grado. I Giudici di appello hanno infine pure respinto la censura secondo cui il Pretore, fondando la sua decisione sull'indebito arricchimento, avrebbe violato il diritto di essere sentiti dei convenuti.
C. Con ricorso in materia civile del 2 maggio 2012 B._ e A._ chiedono al Tribunale federale di riformare la sentenza di appello nel senso che la petizione avversaria sia respinta e l'attrice condannata al pagamento delle spese giudiziarie e delle ripetibili. I ricorrenti lamentano una violazione del loro diritto di essere sentiti, perché la Corte cantonale avrebbe - come già il Pretore - ignorato un argomento da loro fatto valere. Affermano che la Corte di appello avrebbe violato il diritto federale, perché il rogito sarebbe divenuto nullo il 23 agosto 2006 (data in cui l'Ufficiale del registro fondiario ha respinto la richiesta di annotazione del diritto di compera) e non quando il 7 ottobre 2006 l'autorità di prima istanza LAFE ha emanato la sua decisione negativa. A mente dei ricorrenti tale nullità sarebbe stata provocata - in malafede - dall'attrice, alla quale sarebbero imputabili anche eventuali errori del notaio rogante, perché essa non avrebbe osservato il termine di 30 giorni che l'Ufficiale del registro fondiario le avrebbe impartito per produrre dei documenti e avrebbe fatto fallire la concessione di un credito da parte di una banca svizzera. Sostengono di non aver potuto invocare la prescrizione innanzi al giudice di prime cure, perché quest'ultimo ha accolto, violando il loro diritto di essere sentiti, la domanda attorea sulla base di un indebito arricchimento invece che in virtù della pretesa contrattuale di cui si era prevalsa l'attrice.
La Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso con decreto del 22 maggio 2012.
Con risposta 6 giugno 2012 la C._ Sagl propone la reiezione del ricorso.
Diritto:
1. La sentenza impugnata è una decisione finale (art. 90 LTF) che è stata emanata su ricorso dall'ultima istanza cantonale (art. 75 LTF) in una causa civile (art. 72 cpv. 1 LTF) con un valore di lite manifestamente superiore al limite di fr. 30'000.-- previsto dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF. Il tempestivo (art. 46 cpv. 1 lett. a LTF e art. 100 cpv. 1 LTF combinati) ricorso in materia civile è stato inoltrato dalla parte soccombente nella sede cantonale (art. 76 cpv. 1 LTF). Sotto questo profilo esso è pertanto ammissibile.
2. Giusta l'art. 105 cpv. 1 LTF il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati nella sentenza impugnata. Esso può scostarsi dall'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore, se questo si è svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). La parte che non intende basarsi sugli accertamenti di fatto dell'autorità inferiore deve spiegare in maniera circostanziata per quale motivo ritiene che le condizioni di una delle due eccezioni previste dall'art. 105 cpv. 2 LTF siano realizzate, non potendosi altrimenti tener conto di una fattispecie diversa da quella esposta nella sentenza impugnata (DTF 133 IV 286 consid. 6.2). A tal proposito è utile ricordare che chi intende invocare che i fatti sono stati constatati in modo manifestamente inesatto (art. 97 cpv. 1 LTF), e cioè che il loro accertamento è arbitrario nel senso dell'art. 9 Cost. (DTF 133 II 249 consid. 1.4.3 pag. 254 seg.), deve sollevare e motivare tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Per lamentare con un'ammissibile censura la violazione del divieto dell'arbitrio non è segnatamente sufficiente formulare una critica meramente appellatoria (DTF 136 II 489 consid. 2.8) e contestare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, nella quale l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella del Tribunale cantonale (DTF 134 II 349 consid. 3).
3. I ricorrenti lamentano una violazione del loro diritto di essere sentiti e dell'art. 18 CO, perché la Corte cantonale - come già il Pretore - non avrebbe trattato l'argomento secondo cui, quando hanno concluso l'atto pubblico, le parti avrebbero convenuto che la caparra sarebbe decaduta in favore dei concedenti del diritto di compera anche qualora il rogito si fosse rivelato inefficace o nullo. Il notaio rogante aveva infatti esternato in uno scritto del 23 ottobre 2006, completamente trascurato dai giudici cantonali, che "le parti intendevano pattuire che l'importo versato sarebbe rimasto, in qualsiasi ipotesi, a favore dei proprietari dei fondi".
L'argomentazione ricorsuale si rivela inconferente. Innanzi tutto i ricorrenti omettono di indicare (con precisi riferimenti agli atti) dove avrebbero formulato una censura conforme alle esigenze del diritto procedurale che sarebbe stata ignorata dalla Corte cantonale. A prescindere da quanto precede, giova rilevare che quest'ultima ha espressamente indicato nella sentenza impugnata che la nullità del rogito è stata riconosciuta pure dai qui ricorrenti. In considerazione della pacifica nullità del contratto in cui era stata stabilita la pena convenzionale, determinare cosa le parti avessero voluto pattuire con il negozio giuridico invalido non ha alcuna importanza. Ora, l'art. 29 cpv. 2 Cost. non obbliga i giudici a discutere tutti gli argomenti invocati dalle parti, ma essi si possono limitare agli aspetti rilevanti per il giudizio (DTF 135 III 474 consid. 3.5, con rinvii).
4. 4.1 I giudici cantonali non hanno ritenuto abusiva la richiesta di restituzione dell'importo di fr. 90'000.--, perché l'attrice non ha voluto sottrarsi al perfezionamento del contratto, avendo essa non solo inoltrato tramite il notaio rogante all'autorità di prima istanza LAFE una domanda di non assoggettamento, ma pure - come risulta dall'istruttoria - sempre prodotto i documenti richiestile dal notaio. I convenuti si sarebbero inoltre inammissibilmente prevalsi per la prima volta in appello di pretesi problemi di finanziamento della beneficiaria del diritto di compera.
4.2 I ricorrenti sostengono invece che la nullità del rogito sarebbe già intervenuta (giusta gli art. 18 e 26 LAFE) con la reiezione della domanda di iscrizione del diritto di compera da parte dell'Ufficiale del registro fondiario, che sarebbe stata provocata dal mancato tempestivo avvio della procedura di non assoggettamento nel termine assegnato da quest'ultimo. Asseverano inoltre che una banca sita nel locarnese aveva manifestato la sua disponibilità a finanziare l'operazione, ma che il credito non sarebbe stato concesso perché l'attrice si sarebbe rifiutata di adempiere le usuali condizioni in materia di crediti.
4.3 Ora, la prima parte della censura si fonda inammissibilmente (sopra, consid. 2) sulla circostanza, non risultante dalla sentenza impugnata, secondo cui l'Ufficiale del registro fondiario avrebbe fissato giusta l'art. 18 cpv. 1 LAFE al notaio rogante un termine di 30 giorni per chiedere l'autorizzazione prevista da tale legge o far accertare che essa non è necessaria. Dagli accertamenti della Corte cantonale emerge unicamente che la beneficiaria sottostava alla procedura di non assoggettamento alla LAFE e che in mancanza dei documenti richiesti, l'annotazione del diritto di compera non era iscrivibile. Nulla risulta però sulla natura dei documenti non prodotti e i ricorrenti neppure pretendono di aver formulato delle allegazioni di fatto (suffragate dalle relative prove) sulla questione. Nemmeno la seconda parte dell'argomentazione ricorsuale è di soccorso ai convenuti: essa è pure fondata su fatti non accertati dalla Corte cantonale e dimentica completamente che quest'ultima aveva dichiarato inammissibili, perché nuovi, gli argomenti attinenti al fallito finanziamento bancario.
5. 5.1 Con riferimento all'asserita prescrizione della pretesa di restituzione, la Corte cantonale ha ritenuto pretestuoso l'argomento dei convenuti, secondo cui essi non avrebbero potuto prevalersi di tale istituto innanzi al primo giudice perché la petizione sarebbe unicamente stata basata sul contratto di "riservazione". Infatti, che la richiesta di restituzione nei confronti dei qui ricorrenti fosse stata fondata anche sulla nullità dell'atto pubblico risultava dagli allegati di causa, che sono pure stati così capiti dalla parte convenuta, la quale ha posto alla base delle domande dell'interrogatorio formale e di un teste proprio tale rogito. La Corte cantonale ha poi rilevato che il giudice applica il diritto d'ufficio, senza essere vincolato dalle motivazioni giuridiche delle parti, e ha per questo motivo ritenuto che il Pretore non ha violato il diritto dei qui ricorrenti di essere sentiti, basando la sua decisione sull'indebito arricchimento, tema che secondo i convenuti non sarebbe stato sollevato dall'attrice.
5.2 I ricorrenti affermano che la Corte di appello avrebbe tutelato la violazione del loro diritto di essere sentiti da parte del Pretore. L'attrice avrebbe infatti "inteso le proprie pretese in una veste meramente contrattuale", ma il Pretore ha accolto la petizione in base alle regole sull'indebito arricchimento, senza ulteriormente interpellarli. Così facendo egli avrebbe impedito loro di sollevare l'eccezione di prescrizione nella procedura di prima istanza.
5.3 Nella fattispecie occorre innanzi tutto ricordare che sapere cosa contenga un allegato di causa è una questione che concerne gli accertamenti di fatto (DTF 125 III 305 consid. 2e pag. 311). Ora, i ricorrenti non riescono a far apparire arbitrario l'accertamento della sentenza impugnata attinente al contenuto degli allegati di causa dell'attrice. Essi non spendono segnatamente una parola sulla constatazione della Corte cantonale secondo cui dalle domande formulate nell'istruttoria risulta che i convenuti hanno ben capito che la petizione avversaria non era solo fondata sulla "riservazione", ma pure basata sul rogito. Così stando le cose, cadono nel vuoto le censure secondo cui la sentenza impugnata avrebbe protetto una violazione del diritto di essere sentito commessa dal Pretore, che avrebbe impossibilitato ai convenuti di prevalersi tempestivamente dell'asserita prescrizione della pretesa di restituzione. Essendo in concreto pacifico che il rogito è nullo e che - a giusta ragione - non è contestato che in un siffatto caso la restituzione delle pretese già effettuate avviene in base alle regole sull'indebito arricchimento (DTF 134 III 438 consid. 2.4), i ricorrenti non possono nemmeno essere seguiti laddove ritengono che la petizione sarebbe stata accolta, in violazione del loro diritto di essere sentiti, su un fondamento giuridico che non potevano ritenere rilevante.
6. Da quanto precede discende che il ricorso si appalesa, nella misura in cui è ammissibile, infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'500.-- sono poste a carico dei ricorrenti, i quali rifonderanno all'opponente, con vincolo di solidarietà, fr. 5'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione alle parti e alla III Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.