Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft warf X._ vor, er habe als Wirt seine Angestellte im Jahre 2002 im Sinne von Art. 193 Abs. 1 StGB ausgenützt.
Das Strafgericht Basel-Landschaft erklärte ihn am 16. Januar 2007 der Ausnützung einer Notlage gemäss Art. 193 Abs. 1 StGB schuldig und bestrafte ihn mit einer bedingt vollziehbaren Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 80.--, bei einer Probezeit von zwei Jahren.
Das Kantonsgericht Basel-Landschaft hiess am 13. Mai 2008 die von X._ erhobene Appellation gut und sprach ihn vom Vorwurf der Ausnützung der Notlage frei (Art. 193 Abs. 1 StGB). Der Anklage der sexuellen Belästigung wurde aufgrund der Verjährung keine Folge gegeben (Art. 109 und Art. 198 Abs. 2 StGB). Die Zivilforderungen des Opfers wurden auf den Zivilweg verwiesen, die Verfahrenskosten des Strafgerichts und des Kantonsgerichts sowie die Kosten der Opfervertretung wurden dem Staat auferlegt.
B. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies am 19. August 2008 einen Antrag von X._ auf Zusprechung einer Entschädigung für die Anwaltskosten (Fr. 14'746,05), Reisespesen (Fr. 361,10) und Erwerbsausfall (Fr. 920.--) ab.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, den kantonsgerichtlichen Beschluss vom 19. August 2008 aufzuheben, die Sache an das Kantonsgericht zur Neubeurteilung zurückzuweisen und ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Strafsachen ist in der vorliegenden Sache das zutreffende Rechtsmittel (BGE 135 IV 43 E. 1.1.1).
2. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 439 E. 3.2; 133 IV 286 E. 1.4). Auf rein appellatorische Kritik tritt es nicht ein (BGE 133 II 396 E. 3.1).
2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, da für Kostenauflage und Entschädigung die gleichen Grundsätze gelten würden, sei es unhaltbar, ihm im angefochtenen Beschluss die Entschädigung zu verweigern, nachdem im freisprechenden Strafurteil vom 13. Mai 2008 die Kosten dem Staat auferlegt worden seien. Daran könnten die Ausführungen zu seinem widerrechtlichen Verhalten nichts ändern. Hinzu komme, dass die Appellation notwendig gewesen und das strafgerichtliche Urteil aufgehoben worden sei. Die Verweigerung der Entschädigung sei auch vor dem Hintergrund der Verletzung des Beschleunigungsgebots unhaltbar.
2.2 Die Vorinstanz stützt sich auf § 33 Abs. 3 StPO/BL. Nach dieser Bestimmung wird die Entschädigung verweigert oder herabgesetzt, wenn die angeschuldigte oder verurteilte Person das Verfahren durch ihr Verhalten verschuldet oder in unzulässiger Weise erschwert hat. Sie hält dazu fest, für die Verweigerung einer Entschädigung bei Einstellung des Verfahrens oder bei Freispruch würden die gleichen Grundsätze wie für eine Kostenauflage in solchen Fällen gelten. In der Folge prüft sie, ob der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm der Rechtsordnung verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (zu dieser Rechtsprechung kann auf den angefochtenen Beschluss S. 3 f. verwiesen werden; Art. 109 Abs. 3 BGG).
Sie bejaht das. Das Kantonsgericht habe im Strafurteil vom 13. Mai 2008 die sexuellen Handlungen als weitgehend erstellt erachtet, nicht aber das Tatbestandsmerkmal der Ausnützung der Notlage. Die mehrfachen sexuellen Belästigungen im Sinne von Art. 198 Abs. 2 StGB seien aber verjährt (Strafurteil S. 17). Der Beschwerdeführer habe mit diesen sexuellen Übergriffen in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen diverse Verhaltensnormen der schweizerischen Rechtsordnung verstossen, nämlich gegen die Fürsorgepflicht des Arbeitgebers gemäss Art. 328 Abs. 1 OR sowie Art. 6 Abs. 1 ArG und Art. 4 i.V.m Art. 3 GlG. Er habe sich damit widerrechtlich im Sinne von Art. 41 Abs. 1 OR verhalten. Diese Darstellung bestreitet der Beschwerdeführer nicht.
2.3 Mit der Tatsache, dass im rechtskräftigen Strafurteil die Kosten dem Staat auferlegt und im angefochtenen Beschluss eine Entschädigung verweigert wurde, lässt sich keine willkürliche Anwendung von von § 33 Abs. 3 StPO/BL begründen. Im Strafurteil wurde eine Entschädigung gemäss § 33 StPO/BL nicht geprüft (Strafurteil S. 18). Eine willkürliche Anwendung von § 33 Abs. 3 StPO/BL kann sich aber auch nicht daraus ergeben, dass trotz Freispruchs und der somit erfolgreichen Appellation dennoch eine Entschädigung verweigert wurde. Denn genau für diesen Fall, dass die angeschuldigte Person freigesprochen oder das Verfahren eingestellt wird (§ 33 Abs. 1 StPO/BL), sieht § 33 Abs. 3 StPO/BL vor, dass die Entschädigung unter den gesetzlichen Voraussetzungen verweigert werden kann. Dass der Beschwerdeführer "das Verfahren durch [sein] Verhalten verschuldet [...] hat" (§ 33 Abs. 3 StPO/BL) und damit die gesetzlichen Voraussetzungen insoweit gegeben sind, wird in der Beschwerde zu Recht nicht bestritten. Die Verletzung des Beschleunigungsgebots hatte keine gravierenden Auswirkungen auf die Verteidigungsrechte (Strafurteil S. 15). Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, dass er deshalb zusätzliche Aufwendungen gehabt hätte. Die Beschwerde ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist bereits wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen, so dass eine Bedürftigkeit nicht mehr zu prüfen ist (Art. 64 StGB). Der Beschwerdeführer hat die Kosten vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw