Faits:
A. Par arrêt du 18 juin 2008, la Cour criminelle du canton du Jura a libéré X._ de la prévention de brigandage qualifié, infraction prétendument commise à C._ le 12 novembre 2002, et d'utilisation frauduleuse d'un ordinateur, infraction supposée perpétrée à D._ le même jour au moyen de cartes de crédit dérobées à C._. Elle a en revanche reconnu coupables de ces crimes Z._ et son père Y._. Ce dernier a été condamné, du fait de ces deux infractions et d'un autre brigandage, à une peine privative de liberté de deux ans et demi, complémentaire à celle prononcée le 17 mars 2005. X._ a quant à lui été reconnu coupable d'un autre brigandage et d'une autre tentative de brigandage et condamné à deux ans et demi de privation de liberté, peine complémentaire à celle de neuf ans de réclusion prononcée le 17 mars 2005.
En bref, la Cour criminelle a retenu que Y._ avait participé aux infractions commises le 12 novembre 2002 principalement sur la base des rétroactifs des appels de son téléphone portable qui établissaient avec certitude qu'il se trouvait sur les lieux des infractions, à l'heure même de leur commission. Dans la mesure où aucune antenne n'avait localisé dans ces lieux et à ce moment les téléphones portables de X._ et à défaut d'autre preuve ou indice, celui-ci devait en revanche être libéré de la prévention de ces infractions.
Le 23 mars 2009, le Tribunal fédéral a rejeté les recours formés par X._, Y._ et Z._ contre cet arrêt (respectivement 6B_721/2008; 6B_722/2008 et 6B_736/2008).
B. Le 27 mai 2009, Y._ a déposé auprès de la Cour de cassation du canton du Jura une demande en révision. Il conclut à l'annulation de sa condamnation pour le brigandage qualifié de C._ et au renvoi de la cause à la Cour criminelle pour qu'elle statue à nouveau sur le cas et l'acquitte de ce chef d'accusation. A l'appui de sa demande, Y._ invoquait deux écrits de X._. Dans ceux-ci, X._ reconnaissait avoir utilisé le 12 novembre 2002 le téléphone portable de Y._ et avoir participé au brigandage de C._, ce qui n'était, selon lui, pas le cas de Y._. X._ précisait qu'il avait été rendu attentif aux conséquences pénales d'une fausse déclaration et au risque d'être condamné pour ce brigandage.
Le 9 juin 2009, le Ministère public a à son tour déposé auprès de la Cour de cassation du canton du Jura une demande en révision, tendant à l'annulation partielle de l'arrêt du 18 juin 2008 dans la mesure où il libérait X._ de la prévention des infractions commises à C._ et à D._.
Par arrêt du 1er octobre 2010, la Cour de cassation du canton du Jura, estimant que les faits nouveaux invoqués étaient suffisants pour ébranler les constatations de fait sur lesquelles reposait l'arrêt du 18 juin 2008, a admis les demandes en révision. Elle a annulé cet arrêt dans la mesure où, d'une part, il libérait X._ de la prévention des infractions commises à C._ et D._ et où, d'autre part, il déclarait Y._ coupable de ces infractions et le condamnait à une peine privative de liberté de deux ans et demi. Elle renvoyait l'affaire à une Cour criminelle formée par d'autres juges que ceux ayant participé à la procédure ayant abouti à l'arrêt du 18 juin 2008.
C. Le 8 novembre 2010, X._ a formé un recours en matière pénale contre l'arrêt du 1er octobre 2010. Il conclut à l'annulation de cet arrêt dans la mesure où il le concerne et au rejet de la demande en révision du Ministère public. En outre, il demande le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué admet deux demandes en révision, dont l'une en défaveur du recourant. Il annule partiellement l'arrêt rendu par la Cour criminelle en ce qui concerne les infractions visées par ces demandes et renvoie la cause à la Cour criminelle pour qu'elle juge à nouveau la participation du recourant et de Y._ à ces infractions.
1.1 A l'instar d'une décision de renvoi, cet arrêt ne met pas fin à la procédure (cf. ATF 135 IV 141 consid. 1 p. 143). Il s'agit dès lors d'une décision incidente au sens de l'art. 93 al. 1 LTF (cf. arrêts 6B_652/2009 du 28 août 2009 consid. 1; 6B_624/2009 du 28 juillet 2009 consid. 1; 1C_547/2008 du 23 février 2009 consid. 3.2; 5P.109/2001 du 15 novembre 2001 consid. 1a/aa).
1.2 Sous réserve de l'art. 92 al. 1 LTF, inapplicable en l'espèce, une décision incidente ne peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si (a) elle peut causer un préjudice irréparable au recourant ou si (b) l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale permettant d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 LTF). Le Tribunal fédéral examine librement si ces conditions sont réalisées. Il appartient toutefois au recourant d'alléguer et d'établir en quoi l'une d'elles le serait, à moins que cela ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 136 IV 92 consid. 4 p. 96; ATF 133 IV 288 consid. 3.2 p. 292).
1.3 Le préjudice irréparable visé par l'art. 93 al. 1 let. a LTF doit être de nature juridique, c'est-à-dire qu'il ne doit pouvoir être réparé par une décision finale ultérieure favorable au recourant. Un dommage de pur fait, comme la prolongation de la procédure n'est pas considéré comme irréparable (ATF 136 IV 92 consid. 4 p. 96). De jurisprudence constante, une décision de renvoi en jugement n'est pas non plus propre à causer au prévenu un tel préjudice (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141).
1.3.1 Le recourant invoque qu'il exécute actuellement la peine prononcée par l'arrêt du 18 juin 2008 et pourrait théoriquement bénéficier du régime de semi-détention dès le 5 janvier 2011, puis être libéré conditionnellement dès le 6 juin 2011. Ces mesures ne pouvant, selon lui, être prises que sur la base d'un jugement entré en force et un arrêt partiellement annulé ne constituant pas un tel jugement, le recourant soutient qu'il risque, jusqu'à nouvelle décision sur les parties annulées, de ne pouvoir bénéficier de ces mesures. Il subirait de ce fait un dommage irréparable justifiant qu'il soit entré en matière sur son recours.
1.3.2 L'arrêt du 18 juin 2008 est devenu définitif et exécutoire suite au rejet, le 23 mars 2009, par le Tribunal fédéral des recours interjetés par les condamnés.
La voie de la révision, prévue par la législation cantonale jurassienne en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010, est une voie de droit extraordinaire (Piquerez, Procédure pénale jurassienne, 2002, n. 1261 p. 435). Elle n'est ouverte que contre un jugement ou un arrêt passé en force de chose jugée (art. 366 du Code de procédure pénale de la République et Canton du Jura du 13 décembre 1990, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010; aCPP/JU; RS 321.1). En vertu de l'art. 370 aCPP/JU, la demande en révision ne suspend ainsi l'exécution du jugement ou de l'arrêt que si la Cour de cassation le décide. En d'autres termes, l'arrêt ou la partie de l'arrêt qui ne fait pas l'objet d'une telle décision reste exécutoire. En l'espèce, en cours de procédure, l'exécution de l'arrêt du 18 juin 2008 n'a été suspendue qu'en ce qui concerne Y._ (Arrêt, p. 9, let. I).
Par l'arrêt entrepris, l'autorité intimée a en outre uniquement annulé des parties du dispositif de l'arrêt du 18 juin 2008 ne concernant pas la peine prononcée à l'encontre du recourant. Le troisième chiffre 2, en page 54 du dispositif, condamnant le recourant à une peine privative de liberté de deux ans et demi, peine complémentaire à celle prononcée le 17 mars 2005, reste ainsi définitif et exécutoire. Le recourant ne démontre dès lors pas que la décision entreprise lui causerait un préjudice irréparable en relation avec la peine qu'il exécute.
1.4 Il reste à déterminer si la condition de l'art. 93 al. 1 let. b LTF est réalisée. Selon la jurisprudence, l'ouverture du recours, pour des motifs d'économie de procédure, contre les décisions préjudicielles ou incidentes, constitue une exception et doit être interprétée de manière restrictive. En matière pénale, l'art. 93 al. 1 let. b LTF doit recevoir une interprétation plus restrictive encore, sous peine d'admettre la recevabilité de recours dirigés contre les différentes décisions qui sont prises au cours de la procédure, en particulier l'inculpation ou le renvoi en jugement (ATF 133 IV 288 consid. 3.2 p. 292 et les arrêts cités).
On ne peut suivre le recourant lorsqu'il soutient que l'admission du recours rendrait inutile une nouvelle procédure pénale incluant l'administration de preuves relatives à un brigandage qualifié complexe et dès lors permettrait d'éviter une dépense de temps et d'argent importante. Du fait de l'admission - non contestée par le recourant - de la demande en révision de Y._, la Cour criminelle devra de toute façon se pencher à nouveau sur les circonstances des infractions commises à C._ et à D._ et déterminer, notamment, qui était alors en possession du téléphone portable appartenant à Y._. La condition posée par l'art. 93 al. 1 let. b LTF n'est ainsi pas réalisée.
2. Le recours est par conséquent irrecevable. Il était d'emblée dépourvu de chance de succès. Le recourant doit dès lors être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 LTF) et supporter les frais de justice, fixés en tenant compte de sa situation financière qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à Y._ qui n'a pas été amené à se déterminer, ni au Ministère public (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. L'assistance judiciaire est refusée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton du Jura.
Lausanne, le 14 février 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Cherpillod