Sachverhalt:
A. Der 1974 geborene H._ meldete sich am 10. Mai 2005 (Posteingang) unter Hinweis auf ein chronisches Rückenleiden bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an, nachdem er seinen ursprünglich erlernten Beruf als Koch (Lehrabschluss mit Fähigkeitsausweis 1993) gesundheitsbedingt hatte aufgeben müssen, ab Mitte Dezember 1998 bis Ende September 2004 als Filialleiter in der Firma M._ AG angestellt gewesen war (letzter effektiver Arbeitstag: 24. Januar 2004), ihm seit 18. Oktober 2004 eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit (30. Januar 2004 bis 17. Oktober 2004: 100 %) bescheinigt wurde und er seit 18. Oktober 2004 als Computertechniker fünf Stunden/Tag in der Firma P._ arbeitete. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen klärte in der Folge die medizinischen und beruflichen Verhältnisse ab (insbesondere Gutachten des Zentrums Y._ AG vom 31. März 2006; Gutachten der Klinik G._, Fachklinik für kardiale und psychosomatische Rehabilitation, vom 29. Mai 2006; Schlussbericht der IV-Eingliederungsberaterin vom 4. August 2006; IV-Abklärungsbericht Arbeitnehmer vom 8. Dezember 2006; IV-Bericht der beruflichen Eingliederung [Berufsberatung] vom 27. Juni 2007) und teilte dem Versicherten nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 6. November 2007 mit, aufgrund eines ermittelten Invaliditätsgrades von 31 % stehe ihm keine Invalidenrente zu.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde des H._ wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 24. April 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt H._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sowie der Verfügung vom 6. November 2007 sei ihm ab Januar 2005 eine Invalidenrente zuzusprechen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG; Ausnahme: Beschwerden gemäss Art. 97 Abs. 2 BGG [Art. 105 Abs. 3 BGG]).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Invalidenrente.
2.1 Ausser Frage steht letztinstanzlich, dass der Beschwerdeführer aufgrund des ärztlich diagnostizierten Gesundheitsschadens (chronisches lumbalbetontes Panvertebralsyndrom; mittelgradige depressive Störung [ICD-10: F32.1]; Persönlichkeitsakzentuierung mit ängstlichen und vermeidenden Anteilen [ICD-10: Z73.1]) über eine zumutbarerweise verwertbare Restarbeitsfähigkeit von 70 % in körperlich leichten, leidensangepassten Tätigkeiten (ohne Überkopfarbeiten, vorgeneigte Rumpfpositionen im Sitzen und Stehen, länger dauerndes Knien und ohne besondere Stressbelastung) verfügt. Umstritten sind einzig die vorinstanzlich der Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG) zu Grunde gelegten Vergleichseinkommen.
2.2 Das vorab umstrittene hypothetische Einkommen ohne Gesundheitsschaden (Valideneinkommen) hat die Vorinstanz für das Jahr 2005 (frühestmöglicher Rentenbeginn; vgl. BGE 129 V 222 E. 4.1 und 4.2 S. 223) auf Fr. 59'823.- festgesetzt; dies ausgehend vom vor Eintritt des Gesundheitsschadens zuletzt in der Tätigkeit als Computertechniker/Filialleiter erzielten Lohn (letzter effektiver Lohn 2003: Fr. 58'702.- zuzüglich Nominallohnentwicklung 2004 [0.9 %] und 2005 [1 %]). Der Betrag beruht insofern auf einer rechtsfehlerhaften Berechnungsgrundlage, als nicht auf den geschlechts- (BGE 129 V 408) und (computer)branchespezifischen (AHI 2000 S. 303, I 225/99) Nominallohnindex abgestellt wurde, welcher bei 1.3 % für das 2004 und bei 1.1 % für das Jahr 2005 liegt (vgl. BFS, Lohnentwicklung 2006, Nominallohnindex Männer 2002-2006, T 1.1.93, J/K, Männer]) und zu einem korrigierten Valideneinkommen für das Jahr 2005 von Fr. 60'119.20 führt. Sodann ist zu berücksichtigen, dass dieser ausgehend vom zuletzt als Gesunder effektiv erzielten Lohn ermittelte Wert rund 19 % und damit deutlich unter dem im selben Jahr von in der gleichen Branche tätigen Männern mit Berufs- und Fachkenntnissen erzielten Durchschnittslohn von Fr. 74'380.60 liegt (Fr. 5881.- [BFS. Lohnstrukturerhebung 2004: TA1, Kap. 72, 74/Männer/Anforderungsniveau 3] x 41.7/40 [durchschnittliche wöchentliche Arbeitszeit Informatikbranche; vgl. Die Volkswirtschaft 9/2007, Tabelle B 9.2, Kat. K] x 12 x 1.011 [+ 1.1 % Nominallohnentwicklung 2005; vgl. BFS, Lohnentwicklung 2006, Nominallohnindex Männer 2002-2006, Tabelle T 1.1.93, J/K, Männer]). Da nach Lage der Akten nichts dafür spricht, dass sich der Beschwerdeführer aus freien Stücken mit einem deutlich unterdurchschnittlichen Einkommen begnügt hat, ist das Valideneinkommen rechtsprechungsgemäss um den die Erheblichkeitsschwelle von 5 % überschreitenden Prozentsatz, d.h. um 14 % (19 %-5 %), zu erhöhen, womit ein Betrag von Fr. 68'535.90 resultiert (zum Ganzen BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 und BGE 134 V 322, je mit Hinweisen).
2.3 Nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz ist es - was im Grundsatz auch der Beschwerdeführer nicht bestreitet - gerechtfertigt, das trotz Gesundheitsschadens zumutbarerweise erzielbare Einkommen (Invalideneinkommen) ebenfalls auf statistischer Basis zu ermitteln. Dabei hat die Vorinstanz richtigerweise die in der Informatikbranche - in welcher der Beschwerdeführer auch als Invalider weiterhin tätig ist und mit überwiegender Wahrscheinlichkeit bleiben wird - im Anforderungsniveau 3 erreichten Durchschnittslöhne als massgebenden Referenzpunkt erachtet, was bei einem Vollzeitpensum für das Jahr 2005 einen Betrag von Fr. 74'380.60 ergibt (vgl. vorne E. 2.2 mit Quellenangaben). Von diesem statistischen Einkommensniveau abzuweichen, rechtfertigt sich nach vorgängig erfolgter Parallelisierung des Valideneinkommens (E. 2.2 hievor) nicht, sodass insoweit vom vorinstanzlichen Vorgehen abzurücken ist. Damit resultiert bei einer verwertbaren Restarbeitsfähigkeit von 70 % (E. 2.1 hievor) sowie unter Berücksichtigung eines - nach Anpassung des Valideneinkommens hinsichtlich des "ob" zwar fraglichen (vgl. BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 6.2; Urteil 8C_484/2008 vom 4. Juni 2009, E. 5.2.2), in der vorinstanzlich gewährten Höhe aber jedenfalls zu Recht nicht als ermessensmissbräuchlich gerügten - leidensbedingten Abzugs (BGE 134 V 322 E. 5.2 und E. 5.3 S. 327 f. [mit Hinweisen]; BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399) von 10 % ein Invalideneinkommen von Fr. 46'859.80 und aus dem Vergleich mit dem Valideneinkommen von Fr. 68'535.90 (E. 2.2 hievor) einen Invaliditätsgrad von aufgerundet 32 %; dieser stimmt praktisch überein mit dem von der Verwaltung (für das Jahr 2007) ermittelten Invaliditätsgrad von 31 % und gilt mit Blick auf die validen- wie invalidenseitig zu beachtende gleiche Nominallohnentwicklung ohne Weiteres auch für den Verfügungszeitpunkt im Jahre 2007 (BGE 132 V 393 E. 2.1 S. 395). Somit haben Vorinstanz und Verwaltung im Ergebnis zutreffend erkannt, dass der Beschwerdeführer auf jeden Fall ein rentenausschliessendes Einkommen zu erzielen vermag.
3. Die zu erhebenden Gerichtskosten (Art. 65 BGG) gehen ausgangsgemäss zu Lasten des Beschwerdeführers (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Borella Amstutz