Erwägungen:
1. Mit Urteil 2C_508/2010 vom 24. März 2011 erkannte das Bundesgericht, dass die von der X._ erbrachten Dienstleistungen (Abwasserreinigung) gemäss Art. 23 Abs. 1 aMWStG steuerbefreit sind, auch wenn diese an ausländische Gemeinwesen erbracht werden; indessen blieben die Mehrwertsteuern erstes Quartal 2004 bis und mit zweites Quartal 2008 geschuldet, weil sie ohne Vorbehalt bezahlt worden seien; da die Zahlungen für das dritte und vierte Quartal 2008 unter Vorbehalt erfolgt seien, bestehe ein Anspruch auf Rückerstattung für die in dieser Periode zu Unrecht bezahlte Mehrwertsteuer. Das Bundesgericht wies die Sache zur weiteren Abklärung im Sinne der Erwägungen an das Bundesverwaltungsgericht zurück; zu prüfen blieb, wer die fraglichen Leistungen wem gegenüber fakturiert habe, ob die Leistungen (ungerechtfertigt) mit Mehrwertsteuer fakturiert wurden sowie welche Leistungen dies allenfalls betreffe.
Mit Urteil vom 8. Juni 2012 hiess das Bundesverwaltungsgericht im zweiten Umgang die Beschwerde im Sinne der Erwägungen gut; es hob die Verfügung der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 26. August 2009 teilweise auf und wies die Streitsache zur Festlegung der zurückzuerstattenden Mehrwertsteuer drittes und viertes Quartal 2008 sowie zur verhältnismässigen Kürzung der Vorsteuern für dieselbe Zeitperiode an die Vorinstanz zurück.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. Juli 2012 beantragt die X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei vollumfänglich aufzuheben; die Eidgenössische Steuerverwaltung sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin die im dritten und vierten Quartal 2008 zu viel bezahlte Mehrwertsteuer im Umfang von Fr. 254'537.02 mit Verzugszinsen zurückzuzahlen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist gegen End- und Teilentscheide zulässig (Art. 90 und 91 BGG), gegen Zwischenentscheide hingegen nur unter bestimmten Voraussetzungen (Art. 92 und 93 BGG).
2.1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Entscheid, womit die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird. Rückweisungsentscheide gelten grundsätzlich als Zwischenentscheide, weil sie das Verfahren nicht abschliessen (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; 133 V 477 E. 4 S. 480-482). Anders verhält es sich bloss, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr bleibt und die Rückweisung bloss der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient; diesfalls liegt ein Endentscheid vor (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.3).
Vorliegend hat das Bundesverwaltungsgericht die Sache zur Festlegung der zurückzuerstattenden Mehrwertsteuer für den massgeblichen Zeitraum sowie zur verhältnismässigen Kürzung des Vorsteuerabzugs für dieselbe Zeitperiode an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückgewiesen. Inwiefern dabei die Eidgenössische Steuerverwaltung das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts bloss noch rechnerisch umzusetzen habe und mithin ein Endentscheid vorliegen sollte, wie die Beschwerdeführerin primär geltend macht, bleibt (schon angesichts von E. 4.3 des angefochtenen Urteils) unerfindlich. Mit dem angefochtenen Entscheid wird der Rechtsstreit nicht abschliessend geregelt; er stellt einen Zwischenentscheid dar.
2.1.2 Da dieser Zwischenentscheid seinem Inhalt nach nicht unter Art. 92 BGG fällt, ist die dagegen gerichtete Beschwerde gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur dann zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Erscheinen diese Eintretensvoraussetzungen nicht ohne Weiteres gegeben, obliegt es der Beschwerde führenden Partei, deren Vorhandensein darzulegen: Die Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG besteht, ungeachtet von Art. 29 Abs. 1 BGG, auch hinsichtlich von nicht evidenten Eintretensvoraussetzungen (vgl. BGE 134 II 45 E. 2.2.3 S. 48; 133 II 249 E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356, 400 E. 2 S. 404).
Die Beschwerdeführerin hat, um das Vorliegen eines Endentscheids zu behaupten, ausdrücklich die Auffassung vertreten, die Eidgenössische Steuerverwaltung habe bloss noch eine rechnerische Umsetzung vorzunehmen. Schon darum kann sie nicht ernsthaft geltend machen, die Gutheissung der Beschwerde würde im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen. Es läge auch keineswegs auf der Hand, dass das Bundesgericht direkt einen Endentscheid fällen könnte (vgl. dazu BGE 133 III 629 E. 2.4.1 S. 633; 132 III 785 E. 4 S. 791 f.; s. auch BGE 138 III 46 E. 1.2 S. 48). Es ist daran zu erinnern, dass die Ausnahmeklausel von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG nicht leichthin als erfüllt zu betrachten, vielmehr restriktiv zu handhaben ist, was die Anforderungen an die diesbezüglich der Partei obliegende Begründungspflicht noch erhöht (Urteile 9C_171/2012 vom 23. Mai 2012 E. 3.3.2 und 5A_780/2011 vom 23. Februar 2012 E. 1.3.2).
2.2 Da weder ein Endentscheid vorliegt noch ersichtlich ist (bzw. von der Beschwerdeführerin aufgezeigt wird), dass die Eintretensvoraus-setzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt wären, erweist sich die vorliegende Beschwerde als offensichtlich unzulässig (Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG). Es ist darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nicht einzutreten.
2.3 Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Juli 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller