Erwägungen:
1. 1.1 X._, geboren 1963, ist Staatsangehöriger der Republik Kosovo. Seine Eltern, fünf seiner Geschwister und fünf seiner Kinder leben im Kosovo. X._ begibt sich etwa vierteljährlich dorthin. Von 1990 bis 1996 war er in der Schweiz als Saisonnier tätig, ehe er hier im Jahr 1997 ein Asylgesuch stellte. Das damalige Bundesamt für Flüchtlinge wies das Gesuch rechtskräftig ab, ordnete im Jahr 1999 allerdings die vorläufige Aufnahme an. Am 13. August 1999 ging X._ mit einer 1958 geborenen Schweizerbürgerin die Ehe ein. Die Eheleute hoben den gemeinsamen Haushalt bald auf und schlossen am 5. Juni 2001 eine gerichtlich genehmigte Trennungsvereinbarung. Die Leistung der Unterhaltsbeiträge an seine Gattin von Fr. 850.-- pro Monat hat X._ eingestellt. Die Eheleute unterhalten heute lose, freundschaftliche Kontakte.
1.2 Gemäss einem Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle vom 20. September 2011, das den Zeitraum von 2005 bis 2011 berücksichtigt, war X._ seit einem Sturz im Jahr 2005 zunächst während acht Monaten 100-prozentig arbeitsunfähig, in der Folge bis 2010 50-prozentig arbeitsfähig und - nunmehr aus psychischen Gründen - seit Ende Mai 2010 wiederum 100-prozentig arbeitsunfähig. Seit 2005 war X._ nicht mehr arbeitstätig, lebte vom Arbeitslosentaggeld und wurde ab 2009 von der Sozialhilfe unterstützt. Die Medizinische Abklärungsstelle attestiert ihm eine Reihe körperlicher und psychischer Krankheiten, namentlich Diabetes Mellitus Typ II. X._ ist auf Medikamente angewiesen, was auch im Austrittsbericht der Spitals A._ für den damaligen Zeitpunkt (2011) festgehalten wird.
1.3 Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ am 11. Januar 2011 rechtskräftig schuldig der qualifizierten Widerhandlung gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung, begangen durch die Mitwirkung bei der Übergabe von einem bis eineinhalb Kilogramm Heroin (November 2009 bis Januar 2010) und Lieferung eines Heroingemischs von zwischen 160 und 270 Gramm (Januar 2010 bis Mai 2010). Bei seiner Festnahme traf er Anstalten zur Übergabe von 23,8 Gramm Heroingemisch. X._ gestand den Transport von insgesamt 127,05 Gramm reinen Heroins, wofür er mit einer Freiheitsstrafe von 22 Monaten bestraft wurde, bedingt erlassen bei einer Probezeit von zwei Jahren und unter Anrechnung von 108 Tagen Polizei- und Untersuchungshaft.
1.4 Im April 2005 hatte X._ die Niederlassungsbewilligung erhalten. Das Migrationsamt des Kantons Zürich widerrief die Bewilligung mit Verfügung vom 21. Juli 2011 und ordnete die Wegweisung aus der Schweiz an, was die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich (18. Juni 2012) und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung (31. Oktober 2012) auf Beschwerde hin bestätigten.
1.5 Mit Eingabe vom 17. Dezember 2012 erhebt X._ beim Bundesgericht ein als "Bundesgerichtsbeschwerde" bezeichnetes Rechtsmittel. Er beantragt, die Verfügung vom 21. Juli 2011 [des Migrationsamts des Kantons Zürich] sei aufzuheben. Während die Vorinstanz und das Bundesamt für Migration die Abweisung der Beschwerde beantragen, sieht das Migrationsamt des Kantons Zürich von einer Stellungnahme ab. Mit Verfügung vom 28. Dezember 2012 erkannte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zu. Über das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ist mit dem vorliegenden Urteil zu entscheiden.
1.6 Das als "Bundesgerichtsbeschwerde" bezeichnete Rechtsmittel ist als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen. Der Beschwerdeführer wendet sich gemäss dem gestellten Rechtsbegehren [einzig] gegen die Verfügung vom 21. Juli 2011 [des Migrationsamts des Kantons Zürich]. Aufgrund des Devolutiveffekts der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann allerdings nur das vorinstanzliche Urteil ein taugliches Anfechtungsobjekt bilden, wobei der unterinstanzliche Entscheid inhaltlich als mitangefochten gilt (BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144; 129 II 438 E. 1 S. 441; Urteile 2C_1049/2011 vom 18. Juli 2012 E. 1.4; 2C_136/2012 vom 17. April 2012 E. 1.2). Im Weiteren geben die Eintretensvoraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zu keinen Bemerkungen Anlass. Indessen erweist sie sich als offensichtlich unbegründet. Die Beschwerde ist demnach ohne Weiterungen im vereinfachten Verfahren zu erledigen (Art. 109 BGG).
2. 2.1 Gemäss Art. 63 Abs. 1 lit. a in Verbindung mit Art. 62 lit. b AuG kann die Niederlassungsbewilligung widerrufen werden, wenn die ausländische Person zu einer "längerfristigen Freiheitsstrafe" verurteilt worden ist, d. h. praxisgemäss zu einer solchen von mehr als einem Jahr (Urteile 2C_828/2011 vom 12. Oktober 2012 E. 2.1 und 2C_926/ 2011 vom 12. Oktober 2012 E. 2.1, je zur Publ. vorgesehen; BGE 137 II 297 E. 2 S. 299 ff.; 135 II 377 E. 4.2 S. 381). Ob die Freiheitsstrafe bedingt, teilbedingt oder unbedingt ausgesprochen wurde, ist hierfür von keiner Bedeutung (Urteil 2C_515/2009 vom 27. Januar 2010 E. 2.1).
2.2 Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG) ist der Beschwerdeführer aufgrund qualifizierter Widerhandlung gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung vom Bezirksgericht Zürich rechtskräftig mit einer Freiheitsstrafe von 22 Monaten bestraft worden. Was der Beschwerdeführer in recht allgemeiner Weise gegen das Vorliegen der "Längerfristigkeit" vorbringt, überzeugt nicht und vermag die Tatsache, dass grundsätzlich ein Widerrufsgrund vorliegt, nicht zu beseitigen. Die rechtliche Würdigung, wie sie die Vorinstanz getroffen hat, ist insofern in bundesrechtskonformer Weise erfolgt. Die Überlegungen des Beschwerdeführers zum Unrechtsgehalt des Delikts und der Strafzumessung spielen indessen in der Verhältnismässigkeitsprüfung eine Rolle (E. 4 hiernach).
3. 3.1 Aus Art. 8 Ziff. 1 EMRK kann sich unter Umständen ein Anspruch auf eine ausländerrechtliche Bewilligung ergeben, falls ihre Verweigerung zur Trennung von Familienmitgliedern führt (BGE 137 I 247 E. 4.1.1 S. 249). Praxisgemäss besteht ein Anspruch auf Achtung des Familienlebens, soweit die ausländische Person nahe Verwandte in der Schweiz hat, die familiäre Beziehung zu diesen intakt ist und die Beziehung tatsächlich gelebt wird. Die sich hier aufhaltende nahe verwandte Person muss dabei über ein gefestigtes Anwesenheitsrecht verfügen, was der Fall ist, wenn sie das Schweizerbürgerrecht oder eine Niederlassungsbewilligung bzw. eine Aufenthaltsbewilligung besitzt, die ihrerseits auf einem gefestigten Rechtsanspruch beruht (BGE 135 I 143 E. 1.3.1 S. 145 f.; 130 II 281 E. 3.1 mit Hinweisen).
3.2 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, zu Unrecht vom Fehlen einer gelebten Beziehung ausgegangen zu sein. Er hält dem [lediglich] entgegen, er sei verheiratet, wenn auch "aus bestimmten Gründen" getrennt von seiner Ehefrau lebend. Die Beziehung zu seiner Gattin sei "intakt und gut". Wenn er die Leistung des Unterhaltsbeitrags von Fr. 850.-- pro Monat an seine Ehefrau eingestellt habe, so geschehe dies einzig, weil er als Sozialhilfeempfänger "schlicht nicht mehr über die erforderlichen Mittel" verfüge.
Die Vorinstanz verkennt nicht, dass die Eheleute - trotz der seit elf Jahren andauernden Aufhebung des gemeinsamen Haushaltes - weiterhin Kontakte unterhalten. Angesichts der sporadischen Treffen - die Vorinstanz spricht von zwei bis drei Zusammenkünften pro Monat, was der Beschwerdeführer nicht bestreitet - durfte die Vorinstanz freilich in bundesrechtskonformer Weise von bloss "losen, freundschaftlichen" Kontakten ausgehen. Mit der Vorinstanz reicht dies als Äquivalent einer gelebten Beziehung klarerweise nicht aus. Nachgewiesen sind einzig sporadische Treffen, während im Übrigen weder eine finanzielle noch seelisch-geistige Verbindung ersichtlich ist.
Weiss die Ehefrau nichts von der mehrmonatigen Unterbringung des Ehegatten in der Polizei- und Untersuchungshaft, verdeutlicht dies das Vorliegen einer bloss noch formal bestehenden Ehe. Eine Verletzung von Art. 8 EMRK und Art. 13 BV unter dem Aspekt des Anspruchs auf Achtung des Familienlebens ist freilich zwischen Eheleuten bloss möglich, soweit von einer tatsächlich gelebten Ehegemeinschaft ausgegangen werden kann (BGE 126 II 425 E. 2a S. 427). Der Beschwerdeführer befindet sich damit ausserhalb des Schutzbereichs von Art. 8 Ziff. 1 EMRK.
4. 4.1 Der Widerruf einer Niederlassungsbewilligung muss sich in jedem Fall als verhältnismässig erweisen. Dies erfordert eine Verhältnismässigkeitsprüfung, welche die wesentlichen Umstände des Einzelfalls berücksichtigt (BGE 135 II 110 E. 2.1 S. 112; 125 II 521 E. 2b S. 523 f.). Bei der Prüfung sind namentlich die Schwere des Verschuldens, der Grad der Integration bzw. die Dauer der bisherigen Anwesenheit sowie die der betroffenen Person und ihrer Familie drohenden Nachteile zu beachten (BGE 135 II 377 E. 4.3 S. 381).
4.2 Die Vorinstanz würdigt das öffentliche Interesse am Widerruf der Niederlassungsbewilligung als erheblich und stuft das private Interesse an deren Belassung als geringer ein. Dies ist unter den gegebenen Umständen nicht zu beanstanden. Im Falle von schweren oder wiederholten Straftaten, insbesondere bei Gewalt- und Betäubungsmitteldelikten, besteht ein ganz erhebliches öffentliches Interesse an der Fernhaltung der ausländischen Person (Urteile 2C_11/2013 vom 25. März 2013 E. 3.2; 2C_372/2012 vom 7. Dezember 2012 E. 4.1; BGE 130 II 176 E. 4.4.2 S. 190; 125 II 521 E. 4a/aa und 4a/bb S. 526 ff.; 122 II 433 E. 2c S. 436).
4.3 Der Beschwerdeführer hat eingestanden, insgesamt 127,05 Gramm reinen Heroins transportiert zu haben, was das Bezirksgericht Zürich rechtskräftig mit einer Freiheitsstrafe von 22 Monaten ahndete. Auf diese Weise hat der Beschwerdeführer dazu beigetragen, die Gesundheit vieler Menschen zu gefährden (Urteile 2C_11/2013 vom 25. März 2013 E. 2.5; 2C_141/2012 vom 30. Juli 2012 E. 6.1; 2C_932/ 2011 vom 7. Juni 2012 E. 5.1; 6B_13/2012 vom 19. April 2012 E. 1.3.1; BGE 138 IV 100 E. 3.3 S. 103; 120 IV 334 E. 2a S. 338; 109 IV 143 E. 3b S. 144). Die Vorinstanz stellt hierzu treffend fest, der massgebende Grenzbetrag sei um ein Zehnfaches überschritten. Der geständige, nicht vorbestrafte Beschwerdeführer habe aus einer finanziellen Notlage heraus gehandelt, sei zunächst nur als Chauffeur, später aber als Übergeber der Drogen aufgetreten.
4.4 Der Beschwerdeführer versucht, die Bedeutung seiner Verurteilung zu relativieren. Die Straftaten lägen bereits drei Jahre zurück und hätten sich in einem "sehr engen Zeitraum" ereignet. Er sei vom Strafgericht "als nicht gefährlich eingestuft worden", was in der kurzen Probezeit zum Ausdruck komme. Er habe Dritten Gefälligkeitsdienste erwiesen und sei lediglich "sehr geringfügig entschädigt" worden. Die Untersuchungshaft und das Strafverfahren im Anschluss an die "einmalige Entgleisung" hätten ihn "tief beeindruckt". Mit einem Rückfall sei nicht zu rechnen.
Bei diesen Ausführungen übersieht er zum Einen, dass bei den Legalprognosen in fremdenpolizeilicher Hinsicht mit Blick auf das Interesse der öffentlichen Ordnung und Sicherheit ein strengerer Beurteilungsmassstab herrscht als im Strafrecht, von welchem sich der Beschwerdeführer hauptsächlich leiten lässt (BGE 130 II 176 E. 4.3.3 S. 188; 120 Ib 129 E. 5b S. 132). Zum Andern liegt entgegen seiner Annahme keine unzulässige Nebenstrafe vor: Strafrecht und Ausländerrecht verfolgen unterschiedliche Ziele, sodass der Entzug des ausländerrechtlichen Titels nicht als Sanktion im Sinne des Strafrechts gilt.
4.5 Der "Drogenhandel" stellt im Übrigen eine der in Art. 121 Abs. 3 lit. a BV genannten Anlasstaten dar, deren Begehung dazu führen soll, dass die ausländische Person "unabhängig von ihrem ausländerrechtlichen Status ihr Aufenthaltsrecht sowie alle Rechtsansprüche auf Aufenthalt in der Schweiz" verliert. Dieser Absicht des Verfassungsgebers trägt das Bundesgericht bei der Auslegung des geltenden Ausländergesetzes insoweit Rechnung, als dies zu keinem Widerspruch mit übergeordnetem Recht führt und mit gleichwertigen Verfassungsbestimmungen, namentlich dem Verhältnismässigkeitsprinzip, im Einklang steht (sog. "praktische Konkordanz"; dazu Urteile 2C_856/ 2012 vom 25. März 2013 E. 6.1.2; 2C_828/2011 vom 12. Oktober 2012 E. 4.2, 4.3 und 5.3, zur Publikation vorgesehen).
4.6 Der Beschwerdeführer führt aus, er sei auf eine intensive medizinische Betreuung angewiesen. Darauf müsste er in seiner Heimat "grösstenteils verzichten". Die ausbleibende medizinische Versorgung würde denn auch seinen "sicheren Tod" bedeuten. Der Beschwerdeführer leidet gemäss den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, die sich auf das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle vom 20. September 2011 stützt, an einer Reihe von körperlichen und geistigen Krankheiten. Die Vorinstanz hat dargelegt, dass der Beschwerdeführer auf medizinische Behandlung und die Verabreichung von Medikamenten angewiesen sei, dies aber auch im Kosovo möglich sei. Der Beschwerdeführer bringt nicht in hinreichend begründeter Weise vor, inwiefern diese Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig sein soll. Auch dies wäre anhand der angeblich verletzten Verfassungsbestimmungen aufzuzeigen gewesen. Die Sachverhaltsfeststellungen sind damit auch in dieser Hinsicht für das Bundesgericht verbindlich. Darüber hinaus ist festzuhalten, dass fünf Kinder des Beschwerdeführers im Kosovo leben. Bei seiner Rückkehr in den Kosovo wird der Beschwerdeführer auf ein existierendes soziales Netz zählen können, zumal er nach den vorinstanzlichen Feststellungen schon jetzt etwa vierteljährlich in seine Heimat zurückkehrt.
4.7 Wenn der Beschwerdeführer schliesslich ausführt, ihm sei nunmehr eine volle IV-Rente zugesprochen worden, so liegt darin ein echtes Novum. Ein solches ist hier unzulässig. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt ("unechte" Noven gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 138 II 169 E. 3.1 S. 170, 138 II 217 E. 2.2 f. S. 220; 136 V 362 E. 3.2 f. S. 364 f.). Tatsachen, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereignet haben oder erst danach entstanden sind ("echte" Noven), können nicht durch das weitergezogene Urteil veranlasst worden sein. Sie sind denn auch im bundesgerichtlichen Verfahren in jedem Fall unzulässig (BGE 135 I 221 E. 5.2.4 S. 229; 134 IV 97 E. 5.1.3 S. 103; 133 IV 342 E. 2.1 S. 343 f.; zum Ganzen Urteil 2C_545/2012 vom 22. Februar 2013 E. 1.7).
5. 5.1 Bundes- (Art. 95 lit. a BGG) und Völkerrecht (Art. 95 lit. b BGG) werden damit durch den angefochtenen Entscheid nicht verletzt. Die Beschwerde ist unbegründet und abzuweisen. Im Übrigen kann auf den angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG).
5.2 Bei diesem Ausgang sind dem Beschwerdeführer, der unterliegt, grundsätzlich die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Art. 65 BGG).
Die unentgeltliche Rechtspflege setzt gemäss Art. 64 Abs. 1 BGG die Bedürftigkeit der ersuchenden Person (BGE 135 I 221 E. 5.1 S. 223) und die fehlende Aussichtslosigkeit des Rechtsbegehrens voraus (BGE 138 III 217 E. 2.2.4 S. 218; Urteile 2C_545/2012 vom 22. Februar 2013 E. 4.3; 2C_769/2012 vom 22. Oktober 2012 E. 4.3). Die Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheides war angesichts der Praxis des Bundesgerichts und des EGMR aussichtslos. Schon die Vorinstanz hat das Gesuch infolge Aussichtslosigkeit abgewiesen.
Dem Kanton Zürich, der obsiegt, steht keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung wird abgewiesen.
2.2 Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. April 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher