Fatti:
A. Per quanto qui interessa, a partire dal 1960 l'allora Dipartimento delle opere sociali aveva autorizzato la C._SA, diventata in seguito A._SA, a depositare i residui di lavorazione di una raffineria per il recupero di oli lubrificanti e sottoprodotti del petrolio su un fondo situato alla periferia di X._. Dopo numerose vicissitudini, che non occorre qui illustrare, con decisione del 29 gennaio 2007 il Dipartimento del territorio ha approvato e messo in esecuzione il progetto di risanamento della citata discarica, addebitando alla menzionata società, quale perturbatrice per comportamento, l'anticipo del 95 % delle relative spese per l'importo di fr. 1'000'000.-- e di fr. 228'403.-- a titolo di rifusione delle spese di progettazione: il restante 5 % è stato addossato a D._ (e in seguito alla di lui vedova, poi deceduta), quale perturbatore per situazione, visto che aveva acquistato parte del menzionato fondo. L'8 aprile 2008 il Consiglio di Stato ha confermato la decisione dipartimentale.
B. Adito dalla menzionata società, con giudizio del 23 aprile 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha parzialmente accolto il ricorso, annullando al senso dei considerandi la decisione governativa e quella dipartimentale riguardo al riparto sulle spese. Ha pertanto rinviato gli atti al Dipartimento del territorio, affinché stabilisca sulla base delle considerazioni esposte le quote di partecipazione ai costi d'indagine, di progettazione e dell'intervento del risanamento da addebitare alla ricorrente e allo Stato del Cantone Ticino, ritenuti perturbatori per comportamento, rispettivamente a chi è subentrato a B._ quale proprietaria del fondo, in quanto perturbatore per situazione.
C. Avverso questa decisione A._SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame effetto sospensivo, di annullarla e di accertare che nessun onere può essere posto a suo carico.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione pronunciata in una causa di diritto pubblico da un'autorità di ultima istanza cantonale, il ricorso in materia di diritto pubblico è di principio ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 100 cpv. 1 LTF.
1.3 La ricorrente sostiene, chiaramente a torto, che si sarebbe in presenza di una decisione finale.
È in effetti manifesto che la decisione impugnata, di rinvio, costituisce una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF (DTF 133 V 477 consid. 4.2). Secondo quest'ultima norma, il ricorso contro una decisione incidentale è ammissibile se può causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b).
Sono incidentali le decisioni che non pongono termine alla lite e riguardano soltanto una fase del procedimento, assumendo una funzione strumentale rispetto alla pronuncia destinata a concludere la vertenza; queste decisioni possono avere indifferentemente per oggetto una questione formale o materiale, giudicata anteriormente alla decisione finale (DTF 133 V 477 consid. 4.1.3). Un pregiudizio è poi irreparabile nel senso dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, quando è suscettibile di provocare un danno che una decisione favorevole nel merito non permetterebbe di eliminare completamente. Il semplice prolungamento della procedura o l'aumento dei costi collegati alla causa non bastano di massima a fondare un simile pregiudizio (DTF 136 II 165 consid. 1.2.1; 136 IV 92 consid. 4).
1.4 Le condizioni di ammissibilità poste dall'art. 93 cpv. 1 LTF, il cui adempimento deve di principio essere dimostrato dalla ricorrente (DTF 134 III 426 consid. 1.2 in fine; 133 II 629 consid. 2.3.1), mirano a sgravare il Tribunale federale, che di massima deve potersi esprimere sull'oggetto del litigio con un'unica decisione, evitando di pronunciarsi parzialmente, senza un esaustivo accertamento della fattispecie, nell'ambito di una prima fase della procedura. Se eventuali pregiudizi possono essere eliminati in modo adeguato anche nel contesto di un esame successivo all'emanazione del giudizio finale, questo Tribunale non entra quindi nel merito di impugnative contro decisioni pregiudiziali e incidentali (DTF 135 II 30 consid. 1.3.2).
1.5 In concreto il Tribunale cantonale amministrativo ha ritenuto che la ricorrente dev'essere incontestabilmente considerata perturbatrice per comportamento. Esso ha tuttavia stabilito che sono date le premesse per ritenere anche una corresponsabilità dello Stato del danno ambientale provocato tra l'altro dalla messa in discarica di 500 fusti di melme acide e dal deposito di prodotti di scarto di ditte terze: la quota di causalità ritenuta a carico della ricorrente non poteva pertanto essere confermata, poiché non tiene conto della responsabilità concorrente dello Stato. Ha deciso altresì che anche la quota di partecipazione ai costi del risanamento, che può essere addebitata a chi è subentrato come proprietario del fondo a D._ e in seguito alla vedova, nel frattempo deceduta, dovrà essere ridefinita sulla base della sua specifica situazione personale.
1.6 In siffatte circostanze, il gravame risulta quindi diretto contro una decisione di natura incidentale, che non appare suscettibile di cagionare, né del resto la ricorrente lo sostiene, un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, non potendosi ravvisare peraltro, come visto, un simile danno nel prolungamento della procedura o nel suo conseguente maggior costo. Non si giustifica pertanto di esaminare ora le critiche ricorsuali di merito, inerenti oltre al riconoscimento della sua qualifica di perturbatore per comportamento e all'asserita prescrizione della pretesa, pure alla contestata quota del 95 % da essa definita arbitraria, ritenuto che il Tribunale federale potrebbe essere chiamato a esprimersi non una, ma più volte sui contestati costi e la loro nuova ripartizione, se del caso anche su ricorsi proposti dallo Stato o da chi è subentrato a B._.
1.7 Né manifestamente d'altra parte, visto che si tratta semplicemente di ricalcolare, peraltro da parte di un'autorità cantonale, le quote di partecipazione ai citati costi da addebitare alla ricorrente, allo Stato e a chi è subentrato a B._, si è in presenza di un procedimento complesso e dispendioso, che potrebbe eccezionalmente giustificare un esame immediato della vertenza, ricordato del resto che il Tribunale federale non potrebbe esprimersi quale prima e unica istanza su questo punto litigioso (DTF 136 II 165 consid. 1.2.1 pag. 171; 135 II 30 consid. 1.3.4 pag. 36; 137 III 637 consid. 1.2).
2. 2.1 Il ricorso dev'essere pertanto dichiarato inammissibile. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
2.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la richiesta di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale dell'ambiente.