Faits:
A. Dans le cadre de l'affaire dite "de la Banque Cantonale de Genève", deux procédures pénales ont été ouvertes. La première a abouti à un jugement du Tribunal correctionnel du canton de Genève du 22 juillet 2011, déclarant B._ et C._ coupables de faux dans les titres - pour une partie des faits - et acquittant l'ensemble des prévenus de tous les autres chefs d'accusation, notamment de gestion déloyale. Ce jugement a fait l'objet de plusieurs appels encore pendants.
La seconde procédure (P/12481/2001), dirigée contre A._, D._ et C._ est pendante devant le Tribunal de police du canton de Genève. Le 13 septembre 2011, A._ a requis la suspension de cette procédure jusqu'à droit jugé de manière définitive sur la première. Le Président du Tribunal de police (ci-après: le Président) a invité les parties à se déterminer sur cette requête jusqu'au 22 septembre 2011. Le 16 septembre 2011, le conseil de C._ a demandé un délai au 8 octobre 2011 pour se déterminer, en expliquant qu'il devait participer jusqu'au 30 septembre 2011 à la cession parlementaire fédérale d'automne. Le Président a refusé cette prolongation le 19 septembre 2011. Le conseil de C._ a demandé la reconsidération de cette décision. Par ordonnance du 21 septembre 2011, le Président a confirmé son refus, considérant que la procédure pénale devait se poursuivre sans retard. Il citait une décision de la Chambre pénale des recours du 29 avril 2011, selon laquelle "il apparaîtrait souhaitable, notamment pour que la question de la célérité ne se pose pas après cette date, que le recourant [C._] passe en jugement d'ici la fin de l'année 2011".
B. Le 26 septembre 2011, A._ a demandé la récusation du Président, en lui reprochant d'avoir décidé de rejeter la demande de suspension avant même d'avoir entendu les autres parties.
Par arrêt du 19 octobre 2011, la Chambre pénale de recours a rejeté la demande de récusation. La citation de l'arrêt de la décision du 29 avril 2011 ne faisait qu'illustrer le caractère urgent de la procédure, dans l'optique d'une mesure préparatoire. La prolongation de délai et la suspension de la procédure étaient deux questions différentes puisque la seconde dépendait aussi du rapport entre les deux procédures pénales, point sur lequel le Président ne s'était pas prononcé.
C. Par acte du 8 novembre 2011, A._ forme un recours en matière pénale par lequel il demande l'annulation de l'arrêt cantonal ainsi que la récusation du Président dans la procédure P/12481/2001. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.
La Chambre pénale de recours et le Président concluent au rejet du recours.
Par ordonnance du 29 novembre 2011, la demande d'effet suspensif formée par le recourant a été rejetée.
Le recourant a déposé de nouvelles observations le 14 décembre 2011, persistant dans ses griefs et ses conclusions.
Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un magistrat dans la procédure pénale peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale.
L'auteur de la demande de récusation a qualité pour recourir (art. 81 al. 1 LTF). Le recourant a agi dans le délai de trente jours prescrit à l'art. 100 al. 1 LTF. La décision attaquée est rendue en dernière instance cantonale, au sens de l'art. 80 LTF.
2. Rappelant les principes applicables en matière de récusation et d'appréciation des preuves, le recourant se plaint d'arbitraire. Il soutient qu'en se référant, dans sa décision du 21 septembre 2011, à l'arrêt de la Chambre pénale, le Président aurait fait sien l'avis précédemment exprimé par la cour cantonale selon lequel le jugement devait intervenir avant fin 2011. La cour cantonale ne pouvait sans arbitraire prétendre le contraire, tout en relevant que l'avis du Président était "conforme au sien".
2.1 Selon l'art. 56 let. f CPP, toute personne exerçant une fonction au sein d'une autorité pénale est tenue de se récuser lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil juridique, sont de nature à la rendre suspecte de prévention. En tant que clause générale, cette disposition permet d'exiger la récusation d'un magistrat dont la situation ou le comportement est de nature à faire naître un doute sur son impartialité (ATF 126 I 68 consid. 3a p. 73). Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération, les impressions purement individuelles d'une des parties au procès n'étant pas décisives (ATF 136 III 605 consid. 3.2.1 p. 608; 134 I 20 consid. 4.2 p. 21; 131 I 24 consid. 1.1 p. 25; 127 I 196 consid. 2b p. 198).
2.2 En l'occurrence, le Président s'est prononcé, dans son ordonnance du 21 septembre 2011, sur une demande de prolongation du délai imparti pour prendre position sur une demande de suspension de la procédure. Le défenseur de l'un des prévenus avait en effet requis une reconsidération, ou à tout le moins une décision motivée à ce sujet. L'ordonnance reprend une citation, mentionnée comme telle, d'une décision de la Chambre pénale, et ajoute qu'"une certaine urgence existe" et que "les intérêts aussi bien public que privés [...] à ce que la procédure avance sans retard inutile doivent être pris en considération". C'est manifestement cette dernière affirmation qui, seule, reflète l'opinion du Président, la citation précédente ne venant qu'étayer ses propos. Il n'y a dès lors rien d'arbitraire à retenir que le président a simplement voulu rappeler l'exigence de célérité (argument au demeurant pertinent pour rejeter la demande de prolongation de délai), sans pour autant vouloir juger la cause avant la fin de l'année. L'argument doit être écarté.
2.3 La cour cantonale relève au surplus que, pour décider d'une éventuelle suspension de la procédure, le président devait tenir compte non seulement du principe de célérité, mais aussi de la connexité des deux procédures et d'une simplification possible de l'administration des preuves. Il s'agissait de questions distinctes pour lesquelles le magistrat conservait son impartialité. Cette appréciation est conforme à la jurisprudence selon laquelle il faut prendre en compte, dans un tel cas, les questions successives à trancher à chaque stade de la procédure, et mettre en évidence leur éventuelle analogie ou leur interdépendance (ATF 116 Ia 135 consid. 3b p. 139 et les arrêts cités; cf. aussi: ATF 126 I 168 consid. 2a p. 169). Force est de constater que le recours est totalement muet sur cette question, pourtant déterminante. Le recourant méconnaît également qu'en mettant en doute l'impartialité du Président pour statuer sur un simple incident, il ne pouvait prétendre à une récusation pour l'ensemble de la procédure. Le rejet de la demande de récusation n'apparaît dès lors arbitraire ni dans ses motifs, ni dans son résultat.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 60 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant, qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 19 décembre 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz