Sachverhalt:
A. A.a Mit Entscheid vom 18. August 2011 wies das Regionalgericht Bern-Mittelland die von A._ und B._ gegen D._ erhobene Klage betreffend Grunddienstbarkeit ab und verpflichtete die Klägerinnen bzw. Widerbeklagten im Wesentlichen, die Zuleitung von Wasser auf die Liegenschaft des Beklagten zu unterlassen. Nach Zustellung des begründeten Entscheides am 25. November 2011 erhoben die Klägerinnen mit Eingabe vom 10. Januar 2012 Berufung. Die Berufungsschrift wurde von "E._ in Vertretung" von Rechtsanwalt C._ unterzeichnet.
A.b Der Instruktionsrichter am Obergericht des Kantons Bern stellte mit Verfügung vom 23. Januar 2012 fest, dass in den Akten keine Vollmacht von Rechtsanwalt C._ vorliege, und forderte diesen auf, eine solche innert zehn Tagen nachzureichen. Sodann wurde Rechtsanwalt C._ aufgefordert, innert gleicher Frist die Voraussetzungen zur Parteivertretung (gemäss Art. 7 des kantonalen Anwaltsgesetzes vom 28. März 2006; KAG/BE, BSG 168.11) für E._ nachzuweisen. Zur Begründung hielt der Instruktionsrichter fest, dass sich weder in den Akten, noch auf der Webseite der Rechtsanwaltskanzlei Hinweise zur Person und Tätigkeit von E._ finden liessen; sodann sei sie nicht im Anwaltsregister des Kantons Bern eingetragen.
A.c Am 2. Februar 2012 teilte Rechtsanwältin und Notarin E._ in Vertretung von Rechtsanwalt C._ mit, dass sie bei diesem angestellt und durch diesen gehörig bevollmächtigt sei. Aufgrund des Anstellungsverhältnisses bestehe kein Eintrag im Anwaltsregister des Kantons Bern. Weiter wurde eine Haupt- und Substitutionsvollmacht eingereicht.
B. Der Instruktionsrichter beschränkte am 16. Februar 2012 das Verfahren auf die Frage, ob Rechtsanwältin E._ zur Parteivertretung befugt bzw. die Erhebung der Berufung wirksam sei. D._ als Gegenpartei hielt an seiner Auffassung, dass das Rechtsmittel unbeachtlich sei, unverändert fest, nachdem A._ und B._ am 2. März 2012 eine von Rechtsanwalt C._ unterzeichnete Berufung eingereicht hatten. Mit Entscheid vom 7. Mai 2012 trat das Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 1. Zivilkammer, auf die Berufung von A._ und B._ mangels wirksamer Parteivertretung nicht ein.
C. A._ und B._ haben am 15. Juni 2012 Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Die Beschwerdeführerinnen beantragen, der Entscheid des Obergerichts vom 7. Mai 2012 sei aufzuheben und die Vorinstanz habe die Berufung materiell zu beurteilen.
Das Obergericht verweist in der Vernehmlassung auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid. D._ als Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeschrift ist von Rechtsanwältin E._ "i.A." (im Auftrag) von Rechtsanwalt C._ unterzeichnet. Beide sind im Anwaltsregister des Kantons Bern eingetragen und berechtigt, Parteien vor Bundesgericht zu vertreten (Art. 40 BGG i.V.m. Art. 4 des Bundesgesetzes über die Freizügigkeit der Anwältinnen und Anwälte vom 23. Juni 2000; BGFA, SR 935.61).
1.2 Der letztinstanzliche kantonale Rechtsmittelentscheid ist in einer Zivilsache im Sinne von Art. 72 Abs. 1 BGG ergangen und schliesst das Verfahren ab; die Beschwerde in Zivilsachen ist grundsätzlich gegeben (Art. 75, Art. 90 BGG). Die Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) ist nach Angabe der Vorinstanz erreicht und gibt zu keinen Bemerkungen Anlass. Die Beschwerdeführerinnen sind zur Beschwerde legitimiert (Art. 76 Abs. 1 lit. a und b BGG). Die Beschwerde ist fristgemäss erhoben worden (Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG).
1.3 Mit vorliegender Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht (Art. 95 lit. a BGG) gerügt werden. Die Rüge einer Verletzung von kantonalem Gesetzesrecht ist unzulässig (vgl. Art. 95 BGG). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG), wobei das Rügeprinzip gilt (BGE 133 III 589 E. 2 S. 591).
1.4 Das Bundesgericht ist an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel (wie das Arztzeugnis von Rechtsanwalt C._) können nicht berücksichtigt werden, zumal die Beschwerdeführerinnen nicht darlegen, dass diese erst durch den angefochtenen Entscheid rechtserheblich geworden sind (vgl. Art. 99 Abs. 1 BGG).
2. Das Obergericht hat in Anwendung von Art. 68 Abs. 2 lit. a ZPO erwogen, dass zur berufsmässigen Parteivertretung im Kanton Bern die Rechtsanwälte berechtigt seien, die nach Art. 4 BGFA in einem kantonalen Register eingetragen seien. Der Kanton Bern habe von der Möglichkeit (gemäss Art. 3 Abs. 2 BGFA), Inhaber des kantonalen Anwaltspatents ohne Registereintrag zur Parteivertretung zuzulassen, keinen Gebrauch gemacht. Da Rechtsanwältin E._ bei Einreichung der Berufung nicht im Anwaltsregister des Kantons Bern (oder eines anderen Kantons) eingetragen gewesen sei, fehle ihr das Recht zur Parteivertretung.
Weiter hat das Obergericht verneint, dass eine Nachfrist zur Nachreichung einer Vollmacht gemäss Art. 132 Abs. 1 ZPO anzusetzen gewesen sei, denn die Unterzeichnung der Berufung durch die nicht registrierte Anwältin stelle keine versehentliche Unterlassung dar. Selbst bei Annahme eines verbesserlichen Mangels wäre nach Treu und Glauben zu erwarten gewesen, dass der Mangel innert der angesetzten Frist von zehn Tagen behoben werde. Dies sei nicht geschehen, weshalb auf die Berufung nicht einzutreten sei.
3. Anlass zur vorliegenden Beschwerde in Zivilsachen gibt der Entscheid des Obergerichts, welches eine Berufung mangels hinreichender Parteivertretung als unzulässig erklärt hat. Es steht fest und ist unbestritten, dass Rechtsanwältin E._ weder bei Erhebung der Berufung am 10. Januar 2012 im Anwaltsregister eingetragen war, noch innert der vom Obergericht am 23. Januar 2012 angesetzten zehntägigen Frist eine Eintragung im Register nachgewiesen worden ist. Streitpunkt ist, ob im Kanton Bern nicht eingetragene Rechtsanwälte zur Erhebung der Berufung berechtigt sind.
3.1 Die Beschwerdeführerinnen machen im Wesentlichen geltend, das kantonale Anwaltsrecht äussere sich nicht zur Frage, ob die angestellten Rechtsanwälte zur Parteivertretung berechtigt seien. Rechtsanwältin E._ sei als Angestellte eine Hilfsperson von Rechtsanwalt C._ als selbständigem Anwalt. Der Kanton Bern erlaube, dass ein eingetragener Rechtsanwalt Praktikanten zur Parteivertretung vor Gericht bevollmächtigt. Umso mehr müsse die Ermächtigung an eine Inhaberin des (bernischen) Anwaltspatents möglich sein. Jedenfalls sei die gesetzliche Regelung im Kanton Bern nicht klar.
3.2 Die ZPO bestimmt in Art. 68 Abs. 2, welche Personen zur berufsmässigen Parteivertretung in allen Zivilverfahren befugt sind. Es sind dies jene Anwältinnen und Anwälte, die nach dem BGFA Parteien vor schweizerischen Gerichtsbehörden vertreten können (lit. a), d.h. die in einem kantonalen Anwaltsregister eingetragen sind (Art. 4 BGFA) sowie die ausländischen Anwältinnen und Anwälte aus der EU und der EFTA (Art. 21 ff. BGFA). Die Kantone können gemäss Art. 3 Abs. 2 BGFA vor ihren eigenen Gerichtsbehörden auch nicht registrierte Anwälte zur berufsmässigen Parteivertretung zuzulassen (BOHNET, in: Code de procédure civile commenté, 2011, N. 14 zu Art. 68; NATER, in: Kommentar zum Anwaltsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 6a zu Art. 3).
3.3 Nach Auffassung des Obergerichts ergibt sich weder aus dem Wortlaut des KAG/BE noch den Gesetzesmaterialien das Recht der Inhaber des bernischen Anwaltspatents, ohne Registereintrag vor den kantonalen Gerichtsbehörden berufsmässig Parteien zu vertreten; die für Praktikanten vorgesehene Ausnahme sei nicht erheblich. Auf diese Erwägungen zum kantonalen Recht gehen die Beschwerdeführerinnen nicht ein. Das in Art. 7 KAG/BE definierte Anwaltsmonopol legt fest, dass zur Parteivertretung vor u.a. Zivilgerichten berechtigt ist, wer im Anwaltsregister des Kantons Bern eingetragen ist oder Freizügigkeit nach BGFA geniesst. Die Berechtigung zur berufsmässigen Vertretung von Parteien vor bernischen Gerichtsbehörden knüpft nicht an das bernische Anwaltspatent, sondern stellt auf den Eintrag in das Anwaltsregister ab (Vortrag des Regierungsrates, Tagblatt des Grossen Rates 2006, Beilage 4, S. 3 f., 9). Gemäss Art. 8 Abs. 5 KAG/BE ist zudem ausgeschlossen, dass Praktikanten ermächtigt werden, Rechtsschriften zu unterzeichnen oder Rechtsmittel zu einzulegen (Entscheid ZK 12 51 des Obergerichts des Kantons Bern vom 19. April 2012 E. 2). Das Argument, wonach ein eingetragener Anwalt einen Praktikanten zur Parteivertretung ermächtigen könne und dies a fortiori für angestellte Inhaber des Anwaltspatents gelten müsse, geht daher fehl. Die Beschwerdeführerinnen legen nicht dar (Art. 106 Abs. 1 BGG), inwiefern das Obergericht in Anwendung von kantonalem Gesetzesrecht in Willkür (Art. 9 BV) verfallen sei, wenn es geschlossen hat, das KAG/BE sehe keine Ausnahmeregelung im Sinne von Art. 3 Abs. 2 BGFA vor.
3.4 Macht der Kanton vom Vorbehalt gemäss Art. 3 Abs. 2 BGFA keinen Gebrauch, so sind die nicht eingetragenen Anwälte von der Tätigkeit im Bereich des Anwaltsmonopols ausgeschlossen (TREZZINI, in: Commentario CPC, 2011, S. 246; STAEHELIN/OETIKER, in: Kommentar zum Anwaltsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 7 zu Art. 5). Wenn das Obergericht daher zum Ergebnis gelangt ist, die Inhaberin des bernischen Anwaltspatents und in keinem kantonalen Anwaltsregister eingetragene Rechtsanwältin E._ sei nicht befugt gewesen, die Beschwerdeführerinnen berufsmässig zu vertretung und die Berufung einzulegen, wird Art. 68 Abs. 2 lit. a ZPO nicht verletzt. In diesem Punkt ist die Beschwerde in Zivilsachen unbegründet.
4. Die Beschwerdeführerinnen rügen weiter eine Verletzung von Art. 132 Abs. 1 ZPO, weil das Obergericht die Eingabe nicht an Rechtsanwalt C._ oder an sie (die Partei) zurückgewiesen habe, um innert Nachfrist die Unterschrift des bzw. eines anderen postulationsfähigen Rechtsvertreters nachzureichen oder selbst zu unterzeichnen. In der Verfügung vom 23. Januar 2012 sei dies nicht geschehen, entgegen der Praxis des Obergerichts in einem anderen Verfahren. Die Auffassung der Vorinstanz, die Unterzeichnung der Berufung durch einen nicht zugelassenen Rechtsanwalt sei nicht verbesserlich im Sinne von Art. 132 Abs. 1 ZPO, sei überspitzt formalistisch und verstosse gegen Treu und Glauben.
4.1 Gemäss Art. 132 Abs. 1 ZPO sind Mängel wie fehlende Unterschrift und fehlende Vollmacht innert gerichtlicher Nachfrist zu verbessern; andernfalls gilt die Eingabe als nicht erfolgt. Die Ansetzung einer Nachfrist setzt voraus, dass der Mangel bzw. Fehler verbesserlich ist, was nicht der Fall ist, wenn es sich um eine freiwillige - d.h. nicht versehentliche - Unterlassung handelt (u.a. BORNATICO, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 6 zu Art. 132; BOHNET, a.a.O., N. 40 zu Art. 132). Nach Auffassung des Obergerichts liegt bei der Eingabe von Rechtsanwältin E._ als zur Parteivertretung nicht befugte Rechtsanwältin eine derartige freiwillige, und daher nicht verbesserliche Unterlassung vor. Die Beschwerdeführerinnen berufen sich hingegen auf BGE 120 V 413 (E. 6 S. 418), wonach Nachfrist zur Unterzeichnung auch anzusetzen sei, wenn das Gericht der Meinung ist, dass die Eingabe von einer nicht zur Vertretung berechtigten Person unterzeichnet ist (BORNATICO, a.a.O., N. 10 zu Art. 132; vgl. BOHNET, a.a.O., Art. 7 zu Art. 132, mit Hinweis auf den erw. BGE). Die Frage der Nachfrist braucht - wie sich aus dem Folgenden ergibt - nicht weiter erörtert zu werden.
4.2 Die Berufung vom 10. Januar 2012 ist am letzten Tag der Rechtsmittelfrist der Post übergeben worden. Aus der Verfügung des Obergerichts vom 23. Januar 2012 geht hervor, dass Rechtsanwalt C._ - der Parteivertreter im erstinstanzlichen Verfahren, und nicht die unbefugte Rechtsanwältin E._ - aufgefordert wurde, neben einer Vollmacht innert Frist auch den Nachweis einzureichen, dass Rechtsanwältin E._ die Voraussetzungen von Art. 7 KAG/BE (Eintrag im Anwaltsregister des Kantons Bern oder Freizügigkeit nach BGFA) erfülle. Diese Verfügung durfte und musste der Adressat nach Treu und Glauben so verstehen, dass (erstens) die Berufung mangelhaft sei, weil sie nicht von einer zur Parteivertretung befugten Person erhoben wurde, und dass (zweitens) der Mangel innert Nachfrist verbessert werden könne, indem die Eingabe mit Unterschrift einer Rechtsanwältin bzw. eines Rechtsanwaltes nachgereicht wird, die bzw. der zur Parteivertretung befugt ist. Dies ist mit Eingabe vom 2. Februar 2012 an das Obergericht nicht geschehen. Bleibt der Mangel - wie im konkreten Fall - innert Frist unverbessert, gilt die Eingabe von Gesetzes wegen als nicht erfolgt (Art. 132 Abs. 1 zweiter Satz ZPO).
4.3 Die Beschwerdeführerinnen rügen schliesslich, in der Verfügung vom 23. Januar 2012 sei nicht angedroht worden, dass im Unterlassungsfall die Eingabe unbeachtet bleibe. Wohl übernimmt Art. 132 Abs. 1 ZPO im Wesentlichen die Regelung im BGG (vgl. Botschaft zur ZPO, BBl. 2006 7221, Ziff. 5.9.2 S. 7306) und erfolgt nach Art. 42 Abs. 5 BGG bei mangelhafter Eingabe die Nachfristansetzung mit der Androhung, dass die Eingabe sonst unbeachtet bleibt. Ähnlich wie bei der fehlenden Rechtsmittelbelehrung darf die säumige Partei bei mangelndem Hinweis darauf vertrauen, dass keine Ausschlusswirkung eintritt, aber nur dann, wenn sie die Rechtsfolge nicht erkannt hat und auch bei gebotener Sorgfalt nicht hätte erkennen können (vgl. A. STAEHELIN, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, N. 10 zu Art. 147, mit Hinweis auf Rechtsprechung; vgl. zuletzt: BGE 138 I 49 E. 8.3.2 S. 53). Auf diese Grundsätze durfte das Obergericht abstellen:
Zwar enthält die Verfügung vom 23. Januar 2012 keine Androhung, dass bei Unterlassung der Verbesserung die Eingabe als nicht erfolgt gilt; die Verfügung musste jedoch - wie dargelegt (E. 4.2) - als Entscheid über die mangelhafte, innert Frist verbesserungsfähige Eingabe im Sinne von Art. 132 Abs. 1 ZPO verstanden werden. Die im Gesetz festgelegte Folge hätte der Registeranwalt als Empfänger bei gebotener Sorgfalt erkennen können, da zumindest eine "Grobkontrolle" der massgebenden Gesetzesbestimmung erwartet wird (BGE 138 I 49 E. 8.3.2 S. 54). Wenn das Obergericht entschieden hat, die mangelhafte, innert Frist jedoch nicht verbesserte Berufung sei durch Nichteintreten (eigentlich Zurückweisen; vgl. u.a. TREZZINI, a.a.O., S. 559) zu erledigen, hält dies vor den verfassungsmässigen Rechten der Beschwerdeführerinnen stand. Überspitzter Formalismus oder ein Verstoss gegen Treu und Glauben (Art. 9 BV) liegt nicht vor.
5. Nach dem Dargelegten ist der Beschwerde in Zivilsachen kein Erfolg beschieden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftung kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5, Art. 68 Abs. 1 und 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerinnen haben den Beschwerdegegner unter solidarischer Haftung mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Levante