Sachverhalt:
A.
Die X._ AG bezweckt den Betrieb eines Büros für Architektur, Ingenieurwesen, usw. In den Jahren 1997 und 1998 übte die Gesellschaft nur in bescheidenem Umfang eine betriebliche Tätigkeit aus. Per 1. Januar 1999 erwarb sie verschiedene Aktiven des Ingenieurbüros von A._, darunter auch die Beteiligung an der R._ Ltd. mit Sitz in Bermuda, in deren Besitz sich das ausschliesslich oder hauptsächlich durch A._ pilotierte Flugzeug Cessna Citation 500 befand.
B.
Am 23. Juli 2002 fanden bei der X._ AG, A._ und weiteren Personen Hausdurchsuchungen statt, die vom Untersuchungsrichter I in Biel wegen Verdachts auf Pfändungsbetrug, Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung, ungetreue Geschäftsbesorgung und Steuerbetrug angeordnet worden waren. Die dabei beschlagnahmten Akten wurden der Steuerverwaltung des Kantons Bern übergeben zur Prüfung, ob allenfalls Steuerdelikte begangen worden seien. Mit Schreiben vom 15. November 2004 leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren u.a. gegen die X._ AG ein.
C.
Am 9. Januar 2009 erliess die Steuerverwaltung des Kantons Bern eine Nachsteuerverfügung sowohl für die direkten Bundessteuern als auch die Kantons- und Gemeindesteuern der Jahre 1997 bis 1999. Sie hielt darin fest, die Buchhaltung der X._ AG sei nicht ordnungsgemäss geführt und sie gehe davon aus, die Gesellschaft habe im Geschäftsjahr 1999 nicht alle Umsätze aus dem Taxiflugbetrieb verbucht. Die nicht verbuchten Umsätze seien unter Zuhilfenahme von zusätzlichen Unterlagen schätzungsweise ermittelt worden. Zudem seien A._ geldwerte Leistungen zugekommen und der Gesellschaft private Aufwendungen belastet worden, was nachträglich habe korrigiert werden müssen. Dementsprechend rechnete sie der X._ AG in der Steuerperiode 1999 zusätzliche Einnahmen aus dem Flugbetrieb von Fr. 576'998.80 und in den Steuerperioden 1997 bis 1999 geldwerte Leistungen von Fr. 55'000.-- (1997), Fr. 28'000.-- (1998) und 23'757.-- (1999) sowie Privataufwand von Fr. 42'400.-- (1999) auf. Mit Einspracheentscheid vom 24. März 2009 bestätigte die Steuerverwaltung des Kantons Bern diese Nachsteuerveranlagungen.
D.
Die X._ AG gelangte mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese hiess mit Urteil vom 14. Dezember 2010 den Rekurs hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern 1997 und 1998 gut, weil die Frist zur Einleitung des Nachsteuerverfahrens abgelaufen war, und hob die Nachsteuerveranlagungen ersatzlos auf. Hinsichtlich der direkten Bundessteuer 1997-1999 und der Staats- und Gemeindesteuern 1999 wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern Beschwerde und Rekurs ab.
Gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission betreffend die direkten Bundessteuern 1997-1999 führte die Steuerpflichtige Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Dieses wies mit Urteil 2C_136/2011 vom 30. April 2012 die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
Hinsichtlich der kantonalen Steuern reichten sowohl die Steuerpflichtige wie auch die kantonale Steuerverwaltung Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern ein. Dieses wies mit Urteil vom 19. Oktober 2012 beide Beschwerden ab.
E.
Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 19. Oktober 2012 führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des Urteils soweit das Steuerjahr 1999 betreffend sowie eine entsprechende Anpassung der Kostenverlegung.
Die Vorinstanz, die Steuerverwaltung des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen allesamt die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid eines oberen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid beschwert und zu dessen Anfechtung befugt (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Allerdings prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Bezüglich der Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gilt eine qualifizierte Rügepflicht: Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 135 III 397 E. 1.4 S. 400; 134 V 138 E. 2.1; 134 II 244 E. 2.2 S. 246).
1.3. Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Das Bundesgericht stellt diesbezüglich strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde. Namentlich genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind (BGE 137 V 57 E. 1.3). Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3).
2.
2.1. Die vorliegend streitige Nachsteuer betrifft die Staats- und Gemeindesteuern der Periode 1999. Diese fällt in die achtjährige Frist, die den Kantonen gemäss Art. 72 Abs. 1 des Steuerharmonisierungsgesetzes (StHG) zur Anpassung ihrer Steuergesetze an dieses Gesetz offen stand. Das Steuerharmonisierungsgesetz findet daher im vorliegenden Fall noch keine Anwendung. Das gilt selbst dann, wenn der Kanton sein Steuergesetz bereits harmonisiert hat (BGE 123 II 588 E. 2d). Die unrichtige Anwendung von nicht harmonisiertem kantonalem Recht wird - ausserhalb von schweren Grundrechtseingriffen, die vorliegend nicht geltend gemacht werden - nur über das Willkürverbot erfasst (vgl. Art. 95 BGG e contrario sowie BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158).
Damit steht im Einklang, dass insoweit der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht gilt, dafür aber die qualifizierte Rügepflicht nach Art. 106 Abs. 2 BGG. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4 S. 254 f.; 133 III 393 E. 6 S. 397). Die Beschwerdeführer müssen - über die allgemeine Begründungspflicht hinaus - in Auseinandersetzung mit den Erwägungen der Vorinstanz im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid geradezu unhaltbar sein soll (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; 133 IV 286 E. 1.4 S. 287).
2.2. Nach dem Gesagten sind vorliegend die Auslegung und Anwendung kantonaler Vorschriften nur unter dem eingeschränkten Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte zu prüfen (Art. 95 BGG), wobei namentlich die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts, der Gehörsverletzung sowie des Willkürverbots in Betracht fallen. Eine den oben umschriebenen, strengen Anforderungen genügende Begründung ist in der vorliegenden Beschwerdeschrift kaum zu erkennen. Abgesehen von wenigen unbedeutenden Änderungen ist sie gleich begründet wie diejenige im abgeschlossenen Bundessteuerverfahren (Urteil 2C_136/2011 vom 30. April 2012). Das Bundesgericht hat in jenem Urteil einen Entscheid der Steuerrekurskommission bei freier Prüfung als bundesrechtskonform eingestuft. Da im vorliegenden Verfahren der gleiche Sachverhalt zu beurteilen ist und sich die zur Anwendung gelangenden kantonalen Normen - namentlich Art. 174 Abs. 2 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 (StG) resp. Art. 122a des Steuergesetzes vom 29. Oktober 1944 (aStG; vgl. angefochtenes Urteil E. 5.1) - nicht massgeblich von den Bestimmungen des Bundesrechts unterscheiden, ist von vornherein nicht zu erkennen, inwiefern der angefochtene Entscheid willkürlich sein sollte. Der Vollständigkeit halber kann aber auf Folgendes hingewiesen werden:
3.
Die Vorinstanz hat in E. 5.1 des angefochtenen Urteils festgehalten, die Voraussetzungen für eine Ermessenstaxation seien angesichts der Lückenhaftigkeit der Geschäftsbücher der Beschwerdeführerin gegeben. Die Beschwerdeführerin macht demgegenüber geltend, es dürfe keine Nachbesteuerung erfolgen, wenn der Steuerpflichtige die massgeblichen Bemessungsfaktoren korrekt angegeben habe. Ausserdem obliege es der Steuerverwaltung, das Vorhandensein nicht berücksichtigter, steuerbegründender Tatsachen zu beweisen.
3.1. Das Bundesgericht hat bereits im Urteil 2C_136/2011 vom 30. April 2012 auf die Feststellungen der Steuerrekurskommission Bezug genommen. Diese hatte in ihrem Entscheid vom 14. Dezember 2010 festgehalten, die Geschäftsbücher der Beschwerdeführerin seien im Nachgang zur strafprozessualen Hausdurchsuchung und Aktenbeschlagnahme näher untersucht worden. Dabei habe sich gezeigt, dass die gesamte Buchhaltung der Beschwerdeführerin in den massgeblichen Geschäftsjahren weder in formeller noch in materieller Hinsicht den Anforderungen an eine ordnungsgemäss geführte kaufmännische Buchhaltung genügt habe. Namentlich seien wesentliche Geschäftsvorgänge handelsrechtswidrig nicht erfasst worden. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, inwiefern diese Feststellungen offensichtlich unrichtig sein sollen, zumal sie die festgestellten Mängel in ihrer Buchführung nicht bestreitet und namentlich nicht in Abrede stellt, dass wesentliche Geschäftsvorgänge nicht erfasst worden sind.
Fehlt es an einer formell korrekten Buchführung, entfällt auch die natürliche Vermutung, die dort aufgezeichneten Geschäftsvorfälle und insbes. der buchmässig ausgewiesene Erfolg seien materiell richtig ( Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 11 zu Art. 130), und erweisen sich die dortigen Angaben der Beschwerdeführerin zum steuerbaren Erfolg als untaugliche Grundlage für die Besteuerung.
3.2. Die Vorinstanz hat mit Verweis auf die Erwägungen der Steuerrekurskommission und die Feststellungen der Steuerverwaltung ausführlich dargelegt, aus welchen Gründen die Behauptung der Beschwerdeführerin nicht glaubhaft ist, der Flugbetrieb stehe - mit Ausnahme der aus Flugtaxibetrieb verbuchten Einnahmen - im Zusammenhang mit ihrer Geschäftstätigkeit. Sie führt aus, die kantonalen Behörden hätten namentlich festgehalten, für das Jahr 1999 sei lediglich eine Rechnung für einen Unterakkordanten im Ausland verbucht worden. In den Unterlagen fänden sich keine Hinweise oder Belege, die bestätigen würden, dass die Beschwerdeführerin im Jahr 1999 im Ausland Materiallieferanten besucht habe oder Materialeinkäufe für Projekte getätigt habe. Weder fänden sich Verträge, in denen sie sich zu solchen Leistungen verpflichtet hätte, noch solche, wonach sie für im Jahr 1999 erbrachte Leistungen ein Generalplanerhonorar erhalten habe, das gleichzeitig Flugspesen mit abgegolten hätte. Es sei nicht nachgewiesen, dass Flüge für die Generalplanertätigkeit durchgeführt worden oder ihr sogar Aufwendungen für Flüge über die Honorare mit abgegolten worden seien. Auch fehlten Unterlagen (Ausschreibungen, Aktennotizen, Memos, Sitzungsprotokolle etc.), die auf eine Akquisitionstätigkeit im Ausland hätten schliessen lassen.
Diese Ausführungen der Vorinstanz erweisen sich in keiner Weise als willkürlich, zumal sie auch dem bundesgerichtlichen Urteil betreffend die direkte Bundessteuer zugrunde lagen.
3.3. Bei dieser Ausgangslage waren - wie das Bundesgericht im Verfahren der Beschwerdeführerin im Urteil 2C_136/2011 vom 30. April 2012 betreffend die direkte Bundessteuer bereits ausgeführt hat - die Voraussetzungen für eine Nachbesteuerung erfüllt: Die Steuerverwaltung durfte ohne weiteres davon ausgehen, dass massgebliche Erträge der Beschwerdeführerin im Jahr 2009 von der Veranlagung nicht erfasst worden waren, weshalb sich eine Nachbesteuerung als erforderlich erwies.
Zugleich war es mangels zuverlässiger Unterlagen nicht möglich, die Steuerfaktoren zuverlässig zu ermitteln, so dass auch die Tatbestandsvoraussetzungen für die Ermessensveranlagung erfüllt waren, die für das Verfahren der Nachbesteuerung gleichermassen gelten. Damit erweist sich der Einwand der Beschwerdeführerin als unbegründet, die Beweislast für steuerbegründende Faktoren treffe den Fiskus und die Vorinstanz hätte nicht unbesehen die "nicht nachvollziehbare Schlussfolgerung" der Steuerrekurskommission übernehmen dürfen: Sind die Voraussetzungen einer Ermessenstaxation gegeben, hat die steuerpflichtige Person nachzuweisen, dass die Schätzung unrichtig ist. Darin liegt keine unzulässige Umkehr der Beweislast, wie die Beschwerdeführerin rügt. Die Ermessensveranlagung ist vielmehr die Folge davon, dass - aus welchen Gründen auch immer - keine oder unvollständige Aufzeichnungen vorliegen oder die ausgewiesenen Ergebnisse mit den tatsächlichen Verhältnissen nicht übereinstimmen und die Steuerverwaltung die Steuer selbst nach pflichtgemässem Ermessen hilfsweise schätzen muss (vgl. Martin Zweifel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2b, 2. Aufl. 2008, N. 15 ff., 33 zu Art. 130 DBG; für die Mehrwertsteuer: Urteil 2C_970/2012 1. April 2013 E. 4.2).
4.
Auch für die materielle Beurteilung der von der Beschwerdeführerin beanstandeten Einschätzung nach Ermessen kann weitgehend auf das Urteil 2C_136/2011 vom 30. April 2012, E. 4, verwiesen werden:
4.1. Eine Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige auch nach bernischem Recht (Art. 122a aStG) nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Dies gilt in analoger Weise für eine ermessensweise vorgenommene Nachsteuerveranlagung. Der Pflichtige kann die Unrichtigkeit nachweisen, indem er Beweismittel beibringt, welche die bisher vorhandene Ungewissheit bezüglich des Sachverhalts beseitigen, oder er kann anhand der beigebrachten Beweismittel dartun, dass die angefochtene Veranlagung offensichtlich übersetzt ist. Offensichtlich unrichtig ist eine Schätzung, die einen wesentlichen Gesichtspunkt übergangen oder falsch gewürdigt hat.
4.2. Der Beschwerdeführerin gelingt es nicht ansatzweise, ernstliche Zweifel an den Sachverhaltsfeststellungen der Steuerbehörden hervorzurufen: Wie bereits im Verfahren 2C_136/2011 beruft sie sich auf die Arbeitsweise ihres Geschäftsführers, welche zu vielen Flügen Anlass gegeben haben soll, doch ändert dies nichts an den oben dargelegten Umständen, dies umso weniger, als sich das Verwaltungsgericht auf den Entscheid der Steuerrekurskommission abstützen konnte, welche ihrerseits die Buchführung der Beschwerdeführerin durch einen (kommissionsinternen) Buchprüfer hat untersuchen lassen. Es kann auf die verbindlichen Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Art. 105 Abs. 1 BGG).
4.3. Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung ihres verfassungsmässigen Gehörsanspruchs: Indem die Steuerrekurskommission ihrem Antrag auf Durchführung eines Augenschein in ihrem Archiv nicht entsprochen habe, sei ihr Recht auf Beweis verletzt worden, denn dort befänden sich Tausende von Plänen, welche ausländische Unterakkordanten für die Einzelfirma X._ bzw. die Beschwerdeführerin ausgefertigt hätten. Dieser Einwand ist unbegründet: Zum einen beanstandet sie die vorinstanzlichen Feststellungen betreffend das Fehlen von Belegen für die behaupteten, geschäftlichen Auslandsreisen gar nicht, weshalb diese für das Bundesgericht verbindlich sind; zum andern hätte sie derartige Dokumente ohne weiteres als Beweismittel einreichen können (Urkundenbeweis), so dass es abwegig erscheint, von einer Veranlagungs- oder einer Steuerjustizbehörde stattdessen einen Augenschein im eigenen Archiv zu verlangen.
5.
Damit ist die Beschwerde abzuweisen. Die Beschwerdeführerin hat die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 f. BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juni 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann