Erwägungen:
Der Untersuchungsrichter im Privatstrafklageverfahren des Bezirkes Meilen verpflichtete X._ in dem gegen diese geführten Verfahren zur Kontaktaufnahme mit Frau Dr. med. R._ zwecks einer Begutachtung gemäss Gutachtensauftrag; er drohte ihr im Säumnisfall mit einer Zwangseinweisung in die Psychiatrische Klinik Schlössli in Oetwil am See. Auf Rekurs von X._ hin bestätigte die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich am 10. November 2008 die angeordnete Massnahme, änderte indes die Säumnisfolgen ab.
Gegen diesen Beschluss des Obergerichts hat X._ beim Bundesgericht am 20. Dezember 2008 Beschwerde erhoben.
Der Untersuchungsrichter hat darauf hingewiesen, dass bereits am 10. Dezember 2008 eine neue Verfügung ergangen sei und die Begutachtung darauf am 18. Dezember 2008 problemlos vollzogen werden konnte. Die Beschwerdeführerin hat dazu Stellung genommen.
In Anbetracht der vorgenommenen Begutachtung ist die vorliegende Beschwerde gegenstandslos geworden. Es besteht kein Interesse, die Beschwerde trotz Gegenstandslosigkeit materiell zu beurteilen. Die Beschwerde ist daher abzuschreiben (Art. 32 Abs. 2 BGG).
Es rechtfertigt sich, keine Kosten zu erheben und keine Parteientschädigungen zuzusprechen.
Demnach verfügt der Präsident:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos geworden abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Diese Verfügung wird den Parteien, dem Bezirksgericht Meilen, Untersuchungsrichter in Privatstrafklageverfahren sowie dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann