Faits:
A.
Le 25 septembre 2003, X._ AG (ci-après: X._), société active dans le domaine du transport, a acheté à Z._ SA (ci-après: Z._), société active notamment dans les domaines du transport et de l'exploitation de machines de chantier, avec effet au 1er novembre suivant, " ses domaines d'activités nationales des exploitations de xxx, yyy et zzz, ainsi que l'ensemble des actifs immobilisés liés ". Le chiffre 4 du contrat prévoyait notamment :
" X._ informe Z._, jusqu'au 24 octobre 2003, avec quel effectif en personnel les domaines d'activités seront poursuivis (...). La réduction de personnel à réaliser, de même que les coûts qui en résultent sont à la charge de Z._. X._ demande à Z._ que 22 postes soient supprimés avant la fin septembre 2003. Le coût au-delà du 1er novembre 2003 étant refacturé à X._. L'ensemble du personnel en activité selon liste jointe sera repris (hormis les 22 postes). Z._ prendra également à sa charge les salaires, vacances et heures supplémentaires, au prorata jusqu'au 31.10.2003, du personnel à reprendre par X._. "
Le 3 novembre 2003, les représentants de X._ (V._ et W._) et ceux de Z._ (A._ et B._) ont modifié sur divers points le contrat du 25 septembre 2003 et signé une convention le complétant. Le contenu est le suivant (traduction du texte original en allemand) :
" Accord entre Z._ SA - X._ AG
1) Les représentants confirment mutuellement les garanties suivantes aussi bien au nom des entreprises que solidairement à titre personnel.
2) X._ garantit à Z._ le paiement du personnel jusqu'au départ de celui-ci et pour ceux qui ont été repris jusqu'à un montant de CHF 467'000.- (au total 220 personnes)
3) Z._ garantit un montant dû pour vacances heures supplémentaires et pour le 13ème mois = au maximum 10/12 du montant pour vacances, heures supplémentaires (qui s'élèverait selon Monsieur B._ à CHF 262'000.-/la part du 13ème salaire approximativement CHF 833'000.- au total CHF 1'095'000.-).
L'avenant a été signé par les administrateurs précités pour les deux sociétés et également par chacun d'eux " solidairement à titre personnel ".
A une date indéterminée, mais peu avant le 19 décembre 2003, Z._ a adressé à X._ cinq factures (relatives aux salaires pour la période de novembre 2003 à février 2004) dont elle avait pris l'initiative de s'acquitter, pour un montant total de 456'937 fr. 97. Le bien-fondé de ces factures n'a jamais été contesté par X._.
Par courrier du 19 décembre 2003, Z._ a notamment précisé ce qui suit: " (...) notre engagement non contractuel de payer une quote-part de 13ème mois pour le personnel transféré chez X._ AG est lié à votre engagement de régler l'ensemble des frais de personnel dès le 1er novembre 2003. Il y a donc lieu de faire une compensation (...) (complètement d'office: art. 105 al. 2 LTF).
Le 23 décembre 2003, Z._ a adressé à X._ un nouveau courrier reprochant à celle-ci de refuser de lui rembourser les sommes avancées et de ne pas respecter ses engagements contractuels. La société estime que B._ et A._ ont été induits en erreur et que la convention du 3 novembre 2003 est invalidée en ce qui les concerne (complètement d'office: art. 105 al. 2 LTF).
Le 12 janvier 2004, X._ a versé un montant de 432'155 fr. 20 aux employés qu'elle avait repris de Z._, à titre de treizième salaire, pour la période allant du 1er janvier au 31 octobre 2003. On observe que Z._ et X._ ont ainsi en quelque sorte " inversé " les prestations qui étaient prévues par le contrat du 25 septembre 2003 et son avenant du 3 novembre 2003, l'une exécutant les prestations de l'autre, et inversement.
Le 15 janvier 2004, Z._ a mis X._ " en demeure de régler la somme totale de CHF 1'041'821,90 échue en sa faveur d'ici au vendredi 23 janvier 2004 ". Ce montant comprend également, outre la créance de 456'937 fr. 97, une part du prix convenu pour le transfert d'entreprise.
Le 22 janvier 2004, X._ a établi un décompte selon lequel Z._ lui devait la somme de 136'249 fr. 39. Le décompte a été contesté par Z._.
Le 28 janvier 2004, X._ a adressé à Z._ une facture pour un montant de 433'181 fr. Cette facture n'a été honorée ni par Z._ ni par ses administrateurs.
Le 6 avril 2004, Z._ a écrit à X._ ce qui suit (complètement d'office: art. 105 al. 2 LTF) :
" Comme ma mandante vous l'a écrit le 13 janvier 2004 (sic), les montants payés à titre de treizième salaire (pour la période du 1er janvier au 31 octobre 2003) aux employés que vous avez repris de Z._ SA feront l'objet d'une compensation dans le cadre du décompte définitif.
A toutes fins utiles, Z._ SA oppose expressément par la présente la compensation à votre facture du 28 janvier 2004. "
En mai 2004, Z._ est devenue SI T._.
Le 24 juin 2004, sur réquisition de X._, un commandement de payer a été notifié à B._ pour un montant de 433'181 fr. Il a été frappé d'opposition totale.
Le 2 août 2004, sur réquisition de SI T._, un commandement de payer a été notifié à X._ pour un montant de 1'426'808 fr. Il a été frappé d'opposition totale.
Le 11 août 2004, sur réquisition de X._, un commandement de payer a été notifié à l'épouse de A._ pour un montant de 433'181 fr. Il a été frappé d'opposition totale.
Le 9 février 2006, la faillite de SI T._ a été prononcée.
Le 24 mars 2006, X._ a produit une créance d'un montant de 409'322 fr.73 dans le cadre de la faillite.
Selon avis de l'Office des faillites de l'arrondissement de La Côte du 5 mai 2011, les droits de la masse en faillite, relatifs au procès mené à Zurich (cf. infra let. B), ont fait l'objet d'une cession par acte du 23 mars 2009 notamment en faveur de A._ et B._.
Les 17 et 25 mai 2011, A._ et B._, en leur qualité de créanciers cessionnaires des droits de la masse, ainsi que l'administration de la faillite de SI T._ en liquidation, ont déclaré compenser la dette à l'égard de X._ (portant sur le paiement d'une quote-part des treizièmes salaires, vacances et heures supplémentaires du personnel transféré) avec la créance de la société SI T._ en liquidation (remboursement des salaires payés pour les mois de novembre 2003 à février 2004).
B.
Par courrier du 14 septembre 2004, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a accusé réception de la " plainte civile " de X._ adressée à la Justice de paix du cercle de Nyon, puis transmise au Tribunal d'arrondissement de La Côte, et l'a renvoyé à agir selon les règles du Code de procédure civile vaudois dans un délai prolongé au 14 décembre 2004.
Le 15 mars 2005, SI T._ a introduit auprès du Juge de paix de Dietikon une demande en paiement à l'encontre de X._ d'un montant de 1'426'808 fr.15, V._ et W._ étant solidairement tenu avec cette dernière société au paiement partiel d'un montant de 467'000 fr.
Par requête incidente déposée le 4 avril 2005, A._ et B._ ont requis la suspension de la procédure vaudoise jusqu'à droit connu sur la procédure ouverte à Dietikon.
Par décision incidente du 29 juin 2005, la Juge instructrice de la Cour civile a rejeté cette requête. Cette décision a été confirmée par la Chambre des recours du Tribunal cantonal, en raison du principe de priorité temporelle posé à l'art. 36 aLFors.
En cours de procédure, une expertise comptable a été confiée à C._, R._ S.àr.l. Il ressort du rapport rendu par l'expert le 26 mai 2009, ainsi que du rapport complémentaire du 15 avril 2010, que Z._ a payé un montant total de 958'247 fr.65 à titre de salaires nets pour les périodes du 1er novembre 2003 au 28 février 2004, dont 456'938 fr. ont été refacturés à X._. L'expert a corrigé certaines erreurs commises par Z._ et conclu qu'en réalité le montant facturé par cette société à X._ aurait dû se monter à 416'891 fr.37.
Par jugement du 24 mai 2012, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a condamné A._ et B._ à verser à X._ la somme de 15'263 fr.80 avec intérêts à 5% l'an dès le 25 juin 2004 (en ce qui concerne B._) et dès le 12 août 2004 (en ce qui concerne A._), et elle a mis les frais judiciaires et les dépens solidairement à leur charge. En substance, elle a retenu que Z._ avait transféré son entreprise au sens de l'art. 333 CO à X._, avec effet au 31 octobre 2003, que les rapports de travail ont passé à celle-ci à partir de cette date, qu'en vertu de l'art. 143 al. 2 CO, la créance de 432'155 fr. 20 (montant versé par X._ aux employés le 12 janvier 2004) est une créance solidaire due par les deux sociétés, mais, dans les rapports internes, à la charge de Z._. S'agissant de la convention du 3 novembre 2003 invalidée par Z._ le 23 décembre 2003, la Cour civile a relevé que les conditions de l'erreur essentielle n'étaient pas réalisées et qu'en signant cette convention A._ et B._ ont fait leur l'engagement de Z._, devenant ainsi débiteurs solidaires aux côtés de la société de la somme de 432'155 fr. 20. Enfin, les premiers juges ont considéré que la compensation requise par A._ et B._ a pu s'opérer de plein droit le 6 avril 2004, la faillite subséquente de SI T._ prononcée le 9 février 2006 n'ayant pas affecté cette compensation. Ils ont ainsi conclu qu'après compensation du montant de 432'155 fr. 20 payé par X._ et du montant de 416'891 fr. 37 payé par Z._, A._ et B._ devaient verser 15'263 fr. 83, plus intérêts, à X._.
La Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois, par arrêt du 6 août 2013, a rejeté la requête de suspension déposée par X._ jusqu'à droit connu sur la procédure ouverte à Dietikon, rejeté son appel et confirmé le jugement attaqué, mettant à sa charge les frais et les dépens.
C.
X._ exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal vaudois. La société conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que A._ et B._ soient condamnés à lui verser solidairement la somme de 432'155 fr.20, intérêts en sus, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale.
Les intimés concluent, avec suite de dépens, à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
Considérant en droit:
1.
1.1. Interjeté par la partie qui a partiellement succombé dans ses conclusions en paiement et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse largement le seuil de 30'000 fr. de l'art. 74 al. 1 let. b LTF, le recours est par principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties (ATF 138 II 331 consid. 1.3 p. 336) et apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant d'ordinaire aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; ATF 137 III 580 consid. 1.3 p. 584). Le Tribunal fédéral n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
1.3. Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF). Les allégations de fait et les moyens de preuve nouveaux sont en principe irrecevables (art. 99 al. 1 LTF). La juridiction fédérale peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62), ou établies en violation du droit comme l'entend l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
En l'espèce, le contenu des courriers des 19 et 23 décembre 2003 et du 6 avril 2004, non contesté et ressortant à l'évidence du dossier (en particulier du jugement de la Cour civile), ne figure pas de manière précise dans l'arrêt entrepris, alors qu'il est nécessaire pour la compréhension du litige; le Tribunal fédéral a procédé ci-dessus au complètement d'office en application de l'art. 105 al. 2 LTF, ce qui était d'ailleurs demandé par les intimés.
2.
2.1. La recourante fournit, à l'appui de son écriture, un arrêt du 7 août 2013 du Bezirksgericht de Zurich. Elle estime que cette pièce " constitue un moyen de droit nouveau, apportant un éclairage complémentaire et important à l'état de fait figurant dans l'arrêt attaqué " (acte de recours p. 3). Elle soutient qu'il résulte de cette décision que SI T._ a finalement été déboutée de ses conclusions par les juges zurichois dans un jugement entré en force le 17 septembre 2013 et qu'il " conviendra de reprendre l'argumentation de la Cour cantonale à la lumière de [cette dernière décision] " (acte de recours p. 10 s.).
L'argumentation fournie par la recourante est pour le moins obscure. Bien qu'évoquant l'état de fait dressé par l'autorité précédente, il semble qu'elle tente, pour s'extraire du champ d'application de l'art. 99 al. 1 LTF, d'assimiler l'arrêt zurichois à un moyen de droit nouveau. Elle se borne, de manière lapidaire, à exiger la reprise de l'argumentation des juges zurichois, sans indiquer, dans l'acte de recours, quel pan de sa propre motivation elle entend, par le renvoi à ce jugement, renforcer ou développer (cf. arrêt 4A_190/2007 du 10 octobre 2007 consid. 5.1). Il n'y a donc pas lieu d'entrer en matière à ce sujet (cf. art. 42 al. 2 LTF).
2.2. Dans un deuxième grief, la recourante estime que la cour cantonale a procédé à un établissement manifestement inexact des faits en déterminant la période pour laquelle les salaires ont été payés par Z._.
On ne comprend toutefois pas, sur la base des explications données par la recourante, en quoi la cour précédente aurait sombré dans l'arbitraire à ce sujet. La recourante insiste sur le fait que le montant corrigé de 416'891 fr. 37, à sa charge, porte sur la période du 1er novembre 2003 au 28 février 2004, soit une période postérieure au 31 octobre 2003. C'est précisément ce qu'a retenu la cour cantonale qui indique sans ambiguïté, en parlant de cette créance, que le coût du transfert d'entreprise à partir du 1er novembre 2003 est à la charge de la recourante (cf. arrêt entrepris let. C.9 p. 8 et consid. 5.2 p. 18).
Le moyen, pour autant que recevable sous l'angle de la motivation, est infondé.
2.3. La recourante critique également l'examen entrepris par la cour cantonale de l'existence et de la portée de l'engagement solidaire et personnel des intimés. Elle soutient qu'il n'y a " pas lieu de s'écarter, sauf arbitraire réalisé en l'espèce, du contrat conclu entre les parties ". Elle ajoute qu'" il s'agira d'en déduire les conséquences juridiques qui s'imposent ". On ne discerne pas quel reproche la recourante adresse, à cet égard, à l'autorité précédente. Son " argumentation " ne permet même pas de comprendre si elle invoque l'arbitraire en relation avec la constatation des faits ou l'application du droit. A défaut d'une motivation suffisante, le moyen est irrecevable.
3.
3.1. La recourante est d'avis que les intimés ne peuvent se prévaloir de la compensation opérée par Z._ le 6 avril 2004. Elle ne remet pas en question la quotité de la créance compensante qui a été établie par expertise en procédure. Elle conteste exclusivement la validité de la déclaration de compensation établie par Z._, alléguant que cette communication du 6 avril 2004, s'agissant de la créance compensante (ou contre-créance), ne renvoie pas à un montant " précis et définis " et qu'il a fallu attendre plus de cinq ans (soit l'établissement du rapport d'expertise et de son complément) pour connaître le montant exact de la créance opposée en compensation par les intimés. Elle considère que la déclaration était incomplète et, partant, dépourvue d'effet.
3.2. Il faut observer à titre liminaire, s'agissant de la réciprocité des créances (condition de la compensation: ATF 132 III 342 consid. 4.3 p. 350), que la déclaration de compensation a été communiquée, le 6 avril 2004, par Z._, alors que l'exception de compensation a été soulevée par les intimés. Ces derniers se sont toutefois constitués débiteurs solidaires aux côtés de la société (reprise cumulative) en vertu de la convention du 3 novembre 2004 et ils pouvaient ainsi valablement opposer la compensation à la recourante (cf. ATF 63 II 133 consid. 2 p. 138 s.; arrêt 4C.334/2001 déjà cité consid. 2a), ce que celle-ci ne discute d'ailleurs pas.
3.3. La compensation (cf. art. 120 al. 1 CO) n'a lieu qu'autant que le débiteur fait connaître au créancier son intention de l'invoquer (art. 124 al. 1 CO). Les deux dettes sont alors réputées éteintes jusqu'à concurrence du montant de la plus faible, depuis le moment où elles pouvaient être compensées (art. 124 al. 2 CO).
La déclaration nécessaire selon l'art. 124 al. 1 CO est un acte (formateur) unilatéral soumis à réception (arrêt 4A_23/2011 du 12 mars 2011 consid. 3.2). Le débiteur doit exprimer de manière non équivoque son intention de compenser (arrêts 4C.174/1999 du 14 juillet 1999 consid. 2b, publié in SJ 2000 I p. 78; 4C.132/1995 du 19 juillet 1995 consid. 3). La déclaration doit également permettre à son destinataire de comprendre quelle est la créance compensée et quelle est la créance compensante (cf. arrêt 4C.174/1999 déjà cité consid. 2b).
L'interprétation de la déclaration doit être effectuée en fonction du sens que le destinataire pouvait raisonnablement lui attribuer, sur la base de l'attitude antérieure du déclarant et des circonstances qu'il connaissait au moment où la déclaration lui a été faite (cf. ATF 94 II 101 consid. 2 p. 104 s.; arrêt 4C.174/1999 déjà cité consid. 2b). Si le destinataire ne peut comprendre quelle est la créance compensée et quelle est la créance compensante, la déclaration est incomplète et, par voie de conséquence, dépourvue d'effet (cf. arrêt 4C.174/1999 déjà cité consid. 2b et les auteurs cités).
La déclaration n'est soumise à aucune exigence de forme (arrêt 4A_23/2011 déjà cité consid. 3.2). Le débiteur peut manifester sa volonté par une déclaration expresse, ou se contenter d'un acte concluant, par exemple en payant la seule différence entre les deux dettes en rapport de réciprocité (cf. VON TUHR/ESCHER, Allgemeiner Teil des schweizerischen Obligationenrechts, Band II, 3e éd. 1974, p. 204).
Il résulte de l'art. 120 al. 2 CO que le débiteur peut opposer la compensation même si sa créance est contestée. Par cette disposition, le législateur entendait relever expressément que le débiteur peut compenser sa prestation même si celle-ci n'est pas " liquide ", à savoir n'est pas déterminée avec certitude dans son principe et son montant (ATF 136 III 624 consid. 4.2.3 p. 626; 27 II 142 consid. 5 p. 147 s.; cf. PASCAL PICHONNAZ, La compensation, 2001, n. 1699 p. 494 et les renvois). Il appartiendra au juge, si nécessaire, de se prononcer sur le bien-fondé de la créance et de la compensation (cf. arrêt 4A_23/2011 déjà cité consid. 3.3; TERCIER/PICHONNAZ, Le droit des obligations, 5e éd. 2012, n. 1534 p. 342).
3.4. En l'occurrence, si la société recourante soutient qu'elle ne pouvait déterminer précisément le montant de la créance compensante, elle ne prétend pas qu'elle ne serait pas parvenue à déterminer de quelle créance il s'agissait. A la lumière des considérations qui précèdent, sa critique, pour autant qu'elle soit recevable, se révèle d'emblée sans consistance.
On voit d'ailleurs mal que la recourante ait pu ignorer les créances visées à la réception du courrier du 6 avril 2004. Celui-ci mentionne expressément la créance compensée, à savoir le paiement opéré par la recourante pour les treizièmes salaires, par référence à la facture du 28 janvier 2003. Quant à la créance compensante, celle-ci résulte clairement du courrier de décembre 2003 - adressé à la recourante - contenant les cinq factures acquittées par Z._ (d'un montant de 456'937 fr. 97). Ces factures n'ont jamais été contestées par la recourante. Z._ est encore revenue sur sa créance dans son courrier du 23 décembre 2003, en relevant le refus de son partenaire de lui rembourser les sommes importantes qu'elle avait avancées afin de payer les salaires des employés de la société recourante dès le 1er novembre 2003. Cette dernière ne pouvait ainsi de bonne foi ignorer que la contre-créance avait pour objet les salaires payés par Z._ pour une période postérieure au transfert.
3.5. La recourante relève également, toujours en observant que le montant de la contre-créance n'était pas déterminé, que " les créances futures ou de simples expectatives ne peuvent être invoquées en compensation ". Elle laisse entendre que la créance compensante avec laquelle les intimés veulent exercer la compensation ne peut ainsi être réclamée en justice.
L'absence de détermination, au moment de la déclaration de compensation, du montant exact de la contre-créance ne représente pas une exception péremptoire qui empêcherait une réclamation en justice. Le point soulevé par la recourante concerne en réalité la validité de la déclaration de compensation. Il a déjà été tranché ci-dessus (cf. consid. 3.4) et il n'y a pas lieu d'y revenir.
La critique, pour autant qu'elle soit recevable sous l'angle de l'art. 42 al. 2 LTF, est sans consistance.
4.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
La recourante, qui succombe, supportera les frais et les dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, le montant de 8'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 31 mars 2014
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget