Sachverhalt:
A. A.a X._ und Y._ heirateten am 19. August 1988. Ihre Ehe blieb kinderlos. Seit dem 9. Juni 2004 leben sie getrennt.
A.b Am 31. Oktober 2006 schied das Bezirksgericht Kulm die Ehe der Parteien auf deren gemeinsames Begehren und regelte die noch strittigen Nebenfolgen. Es verpflichtete insbesondere Y._ bis zu dessen AHV-Alter oder vorheriger unfreiwilliger Pensionierung zu einem nachehelichen Unterhaltsbeitrag von monatlich Fr. 3'260.-- an X._.
B. Dagegen gelangte Y._ mit Appellation an das Obergericht des Kantons Aargau. Er beantragte unter anderem, seine Unterhaltsverpflichtung auf monatlich Fr. 1'464.-- herabzusetzen, wogegen X._ ihren Unterhaltsanspruch auf Fr. 3'830.-- festgelegt haben wollte. Im Verlaufe des Verfahrens reichte X._ zwei Rentenverfügungen der IV-Stelle Aargau vom 5. bzw. 12. Juni 2007 ein, wonach ihr aufgrund eines Invaliditätsgrades von 50% ab 1. Oktober 2005 bzw. von 100% ab 1. April 2006 die entsprechende ordentliche Invalidenrente zusteht. Ab 1. Januar 2007 beträgt ihre Invalidenrente Fr. 1'803.-- im Monat. Mit Urteil vom 6. November 2007 setzte das Obergericht den nachehelichen Unterhaltsbeitrag von Y._ auf monatlich Fr. 2'106.50 fest, befristet auf dessen AHV-Alter. Diesem liegt ein Nettoeinkommen von Y._ von monatlich Fr. 6'789.-- und ein solches von X._ von Fr. 1'803.-- (Invalidenrente) zu Grunde.
C. Beide Parteien haben das obergerichtliche Urteil mit einer Beschwerde in Zivilsachen beim Bundesgericht angefochten. X._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin) beantragt mit Eingabe vom 13. Dezember 2007 die Heraufsetzung ihres Unterhaltsbeitrages auf monatlich Fr. 3'950.--, mindestens aber auf Fr. 3'830.--, eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem sei von einem massgeblichen Einkommen des Unterhaltspflichtigen von monatlich Fr. 10'484.60 auszugehen. Y._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) verlangt mit Eingabe vom 14. Dezember 2007 die Herabsetzung des Unterhaltsbeitrages auf monatlich Fr. 1'588.--. In Ergänzung seiner Beschwerde verlangt er mit Eingabe vom 23. Februar 2008 die Festlegung des Unterhaltsbeitrages auf monatlich Fr. 940.--.
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Erwägungen:
1. 1.1 Strittig ist vorliegend die Höhe des nachehelichen Unterhaltsbeitrages. Dabei handelt es sich um eine letztinstanzlich beurteilte Zivilsache mit Vermögenswert, welche dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen vorgetragen werden kann, da der Streitwert von Fr. 30'000.-- überschritten ist (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG, Art. 75 Abs. 1 BGG).
1.2 Sowohl der Unterhaltspflichtige wie die Unterhaltsberechtigte sind an das Bundesgericht gelangt. Beide Beschwerden richten sich gegen denselben Entscheid und beschlagen jeweils den Unterhaltsbeitrag, weshalb sich deren Beurteilung in einem einzigen Urteil aufdrängt (Art. 71 BGG i.V.m. Art. 24 BZP).
1.3 Nach Art. 99 Abs. 2 BGG sind neue Begehren unzulässig. Soweit die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nunmehr einen monatlichen Unterhaltsbeitrag von Fr. 3'950.-- statt wie bisher von Fr. 3'830.-- verlangt, ist auf ihren Antrag nicht einzutreten. Ebenfalls nicht zu berücksichtigen ist die nach Ablauf der Beschwerdefrist eingegangene Ergänzung des Beschwerdeführers (Art. 100 Abs. 1 BGG) und insbesondere sein neuer Antrag auf Herabsetzung des Unterhaltsbeitrages auf monatlich Fr. 940.--.
1.4 Mit der Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonaler verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (Art. 95 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Auf die Vorbringen beider Parteien ist nur soweit einzutreten, als sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen genügen. Die Beschwerde nach Art. 72 ff. BGG hat nebst einem Antrag eine Begründung zu enthalten, in welcher in gedrängter Form dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 133 III 350 E. 1.3). Auch Verfassungsrügen sind in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG). Soweit die Beschwerdeführerin Ergänzungen zu den Verdienstmöglichkeiten des Beschwerdeführers macht und in allgemeiner Weise auf die Akten Bezug nimmt, sind ihre Vorbringen nicht zu berücksichtigen, da sie mit keiner konkreten Rüge verbunden sind. Der Beschwerdeführer seinerseits versucht ebenfalls, die vorinstanzlichen Feststellungen in verschiedener Hinsicht zu ergänzen, worauf bei den konkreten Rügen zurückzukommen ist.
2. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass die Ehe der Parteien als lebensprägend anzusehen und der Beschwerdeführer daher zu einem nachehelichen Unterhaltsbeitrag an die Beschwerdeführerin zu verpflichten sei. Grundsätzlich bestehe ein Anspruch auf Fortführung des zuletzt gemeinsam gelebten Standards, wobei auch die Mehrkosten von zwei Haushalten zu berücksichtigen seien. Zwischen den Parteien ist vor Bundesgericht einzig noch die Höhe der Rente strittig. Die Beschwerdeführerin besteht im Wesentlichen darauf, dass der Beschwerdeführer ein höheres Einkommen erzielt, als die Vorinstanz annimmt. Demgegenüber will der Beschwerdeführer seinen Lebensaufwand umfassender angesetzt haben.
2.1 Der Beschwerdeführer ist Inhaber der net-commerce-GmbH, welche seit Anfang 2003 für ihre Kunden Dienstleistungen im Informatikbereich anbietet. Zuvor war er Inhaber der Einzelunternehmung net-commerce mit dem gleichen Tätigkeitsfeld. Die Vorinstanz beurteilte sein Einkommen als alleinbeherrschender Unternehmer unter Hinweis auf die Praxis wie dasjenige eines selbständig Erwerbenden. Bei grossen Einkommensschwankungen sei in der Regel auf das Ergebnis der letzten drei Jahre abzustellen, wobei auffallend gute oder schlechte Jahresrechnungen nicht zu berücksichtigen und nötigenfalls auch Korrekturen für geschäftsmässig nicht begründete Aufwendungen vorzunehmen seien. Der Beschwerdeführer habe im Jahre 2005 einen Nettolohn von monatlich Fr. 4'018.65 und im Jahre 2006 einen solchen von monatlich Fr. 7'481.25 bezogen sowie einen Nettogewinn von monatlich Fr. 2'078.30 erzielt. Das Durchschnittseinkommen der Jahre 2005 und 2006 betrage somit monatlich Fr. 6'789.--.
Dagegen will die Beschwerdeführerin entweder nur auf die monatlichen Einkünfte im Jahre 2006 von Fr. 9'559.95 abstellen oder vom Durchschnitt der Jahre 2001-2006 ausgehen und das Jahr 2004 vernachlässigen, womit sich monatliche Einkünfte von Fr. 10'273.-- ergäben. Soweit sich ihre Vorbringen als zulässig erweisen (E.1.4), geht daraus nicht hervor, weshalb die von der Vorinstanz berücksichtigten Jahre 2005 und 2006, unter Weglassung des Jahres 2004, nicht aussagekräftig sein sollten und stattdessen auf einen Zeitraum von insgesamt sechs Jahren abzustellen ist. Insbesondere bleibt sie die Antwort auf die Frage schuldig, ob bei einem derart langen Zeitraum noch ein einzelnes Jahr zu vernachlässigen ist. Stellt man hingegen auf ein einziges Jahr ab, so erweist sich das Ergebnis bei Einkommensschwankungen als eher zufällig, wie die Vorinstanz zu Recht bemerkt. Dazu nimmt die Beschwerdeführerin ebenfalls nicht Stellung, sondern begnügt sich mit der Behauptung, das Einkommen des Beschwerdeführers sei steigend.
In diesem Zusammenhang wirft sie der Vorinstanz zudem Willkür vor, da sie beim Einbezug des monatlichen Gewinnanteils des Beschwerdeführers im Jahre 2006 die Sozialversicherungsbeiträge von Arbeitgeber und Arbeitnehmer in Abzug gebracht habe, welche Ansätze zudem aus den Akten nicht hervorgingen. Offensichtlich möchte die Beschwerdeführerin Lohn und Gewinn in Bezug auf die Sozialabgaben unterschiedlich behandeln, ohne jedoch darzutun, inwiefern sich ihr Unterhaltsbeitrag dadurch erhöhen würde. Steht dem Beschwerdeführer ein Gewinn zu, so verringert sich dieser nämlich durch die gesetzlichen Sozialabgaben und wird - wie der Lohn - als Nettobetrag ausgerichtet. Wäre dies nicht der Fall, müsste ihm vom Bruttogewinnanteil ein privater Abzug für diese Abgaben zugestanden werden, womit sich seine verfügbaren Mittel entsprechend verringern würden. Hinsichtlich der Abgaben nahm die Vorinstanz auf die Vorbringen des Beschwerdeführers im kantonalen Verfahren Bezug. Dass es sich hiebei nicht um die gesetzlichen Ansätze handelt, wird zu Recht nicht behauptet.
Auf die Kritik der Beschwerdeführerin an der Einkommensbemessung beim Beschwerdeführer ist damit insgesamt nicht einzugehen. Damit fehlen die Grundlagen für eine Erhöhung des Unterhaltsbeitrages sowie für die Überprüfung des vorinstanzlich festgehaltenen Ausgangswertes für das monatliche Nettoeinkommen des Beschwerdeführers.
2.2 Bei der Bemessung des Lebensaufwandes auf Seiten des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz seiner Tätigkeit als selbständig Erwerbender Rechnung getragen und ihm entsprechende Berufsauslagen zugebilligt. Dabei wies sie auf die im Lohnausweis 2005 und in der Erfolgsrechnung 2005 sowie 2006 aufgeführten Reise- und Weiterbildungskosten sowie die Auslagen für Zeitschriften und Bücher hin. Dass durch die genannten Spesen seine beruflich bedingten Aufwendungen nicht gedeckt sein sollten, sei nicht dargetan. Für die geltend gemachten Zuschläge im Existenzminimum bestehe daher kein Platz.
Soweit der Beschwerdeführer im vorliegenden Verfahren höhere Auslagen als im kantonalen Verfahren berücksichtigt haben will, sind seine Vorbringen neu und daher ohnehin nicht zulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG). Im Übrigen setzt er sich mit dem angefochtenen Urteil in keiner Weise auseinander. Weshalb die Vorinstanz nicht auf seine eigenen Angaben im Lohnausweis und in der Buchhaltung eingehen durfte, wird nicht dargelegt. Stattdessen schildert der Beschwerdeführer seinen Bedarf an Auslagen und Bekleidung, welche den üblichen Standards im Berufsleben entsprächen. Mit solchen rein appellatorischen Vorbringen genügt der Beschwerdeführer seiner Rügepflicht in keiner Weise (E. 1.4).
2.3 Nach Ansicht des Beschwerdeführers ist bei der Berechnung seines Existenzminimums auch der steuerlichen Belastung Rechnung zu tragen, ansonsten stossende Ungleichheiten zwischen dem Unterhaltspflichtigen und dem Unterhaltsberechtigten drohen würden. Er verweist in diesem Zusammenhang auf die neuere Rechtsprechung des Bundesgerichts (BGE 128 III 257 E. 4a). Zwar trifft es zu, dass der Beschwerdeführer im kantonalen Rechtsmittelverfahren bei der Berechnung seines Existenzminimums einen Betrag für Steuern eingesetzt hat, wenn auch ohne weitere Begründung und ohne Belege, und dass die Vorinstanz auf den steuerrechtlichen Aspekt der Unterhaltspflicht nicht eingegangen ist. Dass dadurch sein rechtliches Gehör verletzt worden wäre, macht der Beschwerdeführer indes nicht geltend.
Hingegen stellt er im vorliegenden Verfahren Berechnungen über die steuerliche Erfassung seines von der Vorinstanz errechneten Einkommens sowie der Unterhaltsrente auf Seiten der Berechtigten durch den Bund (Art. 23 lit. f DBG) und den Kanton an und berücksichtigt dabei auch die Abzugsfähigkeit der Unterhaltsbeiträge auf Seiten des Pflichtigen (Art. 33 Abs. 1 lit. c DBG). Demzufolge stehe der Beschwerdeführerin im Vergleich zu ihm der doppelte Betrag zur freien Verfügung. Um hier ein ausgeglichenes Ergebnis zu erreichen, müsste nach Ansicht des Beschwerdeführers seine Unterhaltspflicht auf monatlich Fr. 1'890.-- herabgesetzt werden. Diese Vorbringen können insoweit nicht berücksichtigt werden, als die angeführten Steuerbeträge über die gegenüber der Vorinstanz vorgebrachten Ansätze hinausgehen und daher neu sind (Art. 99 Abs. 1 BGG). Zudem sind nicht die Rechtsgrundlagen für die steuerliche Behandlung von Unterhaltsbeiträgen strittig, sondern einzig die Höhe der an Bund und Kanton zu entrichtenden Steuern. Diese bilden nun aber Teil des Sachverhaltes, welchen die Vorinstanz für das Bundesgericht in verbindlicher Weise festlegt (Art. 105 Abs. 1 BGG). Da hiezu jegliche Angaben im angefochtenen Urteil fehlen, kann der Einfluss der zu entrichtenden Steuern auf die verfügbaren Mittel und damit auf die Höhe der Unterhaltspflicht nicht geprüft werden. Eine Rückweisung der Sache zu Vervollständigung des Sachverhaltes kommt insoweit nicht in Frage, als die Parteien den Sachverhalt vorzubringen haben, welcher für die Festlegung der Unterhaltspflicht notwendig ist und allfällige Versäumnisse im kantonalen Verfahren nicht wieder gut gemacht werden können. Der Vorinstanz kann auch keine Verletzung der Untersuchungsmaxime vorgeworfen werden, zumal die im vorliegenden Fall zu regelnden Folgen der Scheidung rein vermögensrechtlicher Natur sind und keine Kinderbelange betreffen (vgl. BGE 128 III 411 E. 3.2). Ob und inwieweit die steuerliche Erfassung von Einkünften bei der Festlegung des Unterhaltsbeitrages grundsätzlich zu berücksichtigen ist, muss damit vorliegend offen bleiben.
3. Nach dem Gesagten ist beiden Beschwerden kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss tragen die Beschwerdeführer die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 5A_742/2007 und 5A_745/2007 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 5000.-- werden jeder Partei zur Hälfte auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Zbinden