Faits:
A.
X._ SA (ci-après: X._), à Lausanne, est inscrite au Registre du commerce depuis 1969. Elle a pour but social l'exploitation d'une "entreprise de transports et de terrassements, ateliers de réparations pour camions et automobiles". Le capital-actions de cette société est de 50'000 fr. entièrement libéré, divisé en 50 actions nominatives de 1'000 fr. chacune, avec restriction quant à la transmissibilité. Le conseil d'administration est composé de A._, président, de B._ et de C.X._, administrateurs. Entre 2001 et 2005, D._ a également siégé dans le conseil d'administration.
X._ Service SA (ci-après: X._ Service), à Lausanne, est inscrite au Registre du commerce depuis 1988. Elle a pour but social le "service de voirie, curage de canalisations, transports, vidange de fosses, entretien de routes". Le capital-actions de cette société est de 100'000 fr. entièrement libéré, divisé en 100 actions nominatives de 1'000 fr. chacune, avec restriction quant à la transmissibilité. Le conseil d'administration est composé de A._, président, de B._ et de C.X._, administrateurs. Entre 2001 et 2005, D._ a également siégé dans le conseil d'administration.
Tous les administrateurs sont employés et actionnaires de X._ et de X._ Service. En plus de leur salaire de base, ils perçoivent, hormis C.X._, une part correspondant aux chiffres d'affaires et au bénéfice de ces sociétés.
S'agissant de l'impôt sur le bénéfice et le capital, X._ a été taxée définitivement pour les périodes allant de 2001 à 2005. En mai 2007, la division de l'Inspection fiscale de l'Administration cantonale des impôts (ci après: l'Administration cantonale) a procédé à un contrôle des comptes de X._ pour ces périodes. Le 2 octobre 2007, l'Administration cantonale a ouvert une procédure pour soustraction d'impôt à l'encontre de X._.
Le 7 juin 2011, après avoir reçu les explications de la contribuable, l'Administration cantonale a rendu une décision de rappel d'impôt, taxation définitive et prononcé d'amendes. Pour l'impôt cantonal et communal, les rappels d'impôt ont porté sur le bénéfice imposable pour les périodes 2001 (soit 353'400 fr. au lieu de 253'700 fr.), 2002 (soit 257'400 fr. au lieu de 139'800 fr.), 2003 (soit 237'200 fr. au lieu de 133'900 fr.) et 2004 (soit 233'700 fr. au lieu de 143'000 fr), les montants fixés au titre du capital imposable n'étant de surcroît pas modifiés. Pour 2005, l'Administration cantonale a, au titre de la taxation définitive, arrêté le bénéfice imposable à 653'200 fr. (au lieu de 15'800 fr. déclaré) et le capital imposable à 1'838'000 fr. (au lieu de 1'330'000 fr. déclaré). Pour l'impôt fédéral direct, les compléments retenus pour le bénéfice imposable ont porté sur les périodes 2001 (soit 360'400 fr. au lieu de 258'700 fr.), 2002 (soit 262'600 fr. au lieu de 142'600 fr.), 2003 (soit 242'100 fr. au lieu de 136'700 fr.) et 2004 (soit 239'100 fr. au lieu de 146'300 fr). Pour 2005, l'Administration cantonale a, au titre de la taxation définitive, arrêté le bénéfice imposable à 671'500 fr. (au lieu de 16'200 fr.). Le montant total des compléments s'est élevé à 234'218,70 fr. pour l'impôt cantonal et communal (dont 232'823,65 fr. pour l'impôt sur le bénéfice), à 91'392 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le montant total des amendes prononcées s'est élevé à 112'300 fr. pour l'impôt cantonal et communal, 43'800 fr. pour l'impôt fédéral direct. L'Administration cantonale a fixé à 481'710,70 fr. le total final des compléments dus. Le 4 juillet 2011, X._ a interjeté une réclamation contre cette décision.
Pour la période 2006, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l'Office d'impôt des personnes morales) a, le 9 août 2011, fixé le bénéfice net de X._ à 207'400 fr., et le capital imposable à 1'982'000 fr., s'agissant de l'impôt cantonal et communal. L'Office d'impôt des personnes morales a établi l'impôt dû à ce titre à 50'185,80 fr. Pour l'impôt fédéral direct et la même période, l'Office d'impôt des personnes morales a fixé le bénéfice imposable à 207'400 fr., et l'impôt dû à 17'629 fr. Le 6 septembre 2011, X._ a déposé une réclamation contre cette décision.
Le 14 octobre 2011, l'Administration cantonale a admis partiellement la réclamation du 4 juillet 2011, concernant les périodes allant de 2001 à 2005. Elle a réformé la décision du 7 juin 2011, en arrêtant le total des compléments dus au titre de l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice à 229'003,20 fr. (au lieu de 232'823,65 fr.), le total de l'impôt dû au titre de l'impôt fédéral direct à 89'887,50 fr. (au lieu de 91'392 fr.). L'Administration cantonale a également réduit le montant des amendes, soit 108'800 fr. pour l'impôt cantonal et communal (au lieu de 112'300 fr.), et 42'500 fr. pour l'impôt fédéral direct (au lieu de 43'800 fr.). Elle a rejeté la réclamation et confirmé la décision du 7 juin 2011 pour le surplus. Le total final des compléments ainsi arrêté s'élève à 470'190,70 fr. L'Administration cantonale a rejeté la réclamation du 6 septembre 2011, concernant la période 2006.
X._ a recouru auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud, en concluant à l'annulation, respectivement la réforme, de la décision du 14 octobre 2011, pour certaines reprises et amendes.
B.
S'agissant de l'impôt sur le bénéfice et le capital, X._ Service a déposé sa déclaration d'impôt pour les périodes 2005 et 2006. En mai 2007, la division de l'Inspection fiscale de l'administration cantonale a procédé à un contrôle des comptes de X._ Service pour ces périodes. Le 2 octobre 2007, l'Administration cantonale a ouvert une procédure pour soustraction d'impôt à l'encontre de X._ Service.
Le 27 février 2009, l'Office d'impôt des personnes morales a, pour la période 2005 et s'agissant de l'impôt cantonal et communal, arrêté le bénéfice imposable à 1'064'600 fr., et le capital imposable à 2'348'000 fr. L'Office d'impôt des personnes morales a fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 226'451,80 fr. Pour la même période et s'agissant de l'impôt fédéral direct, l'Office d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable à 1'064'600 fr., et fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 90'491 fr. Le 27 mars 2009, X._ Service a formé une réclamation contre cette décision.
Le 24 mai 2011, l'Office d'impôt des personnes morales a, pour la période 2006 et s'agissant de l'impôt cantonal et communal, arrêté le bénéfice imposable à 75'500 fr., et le capital imposable à 2'424'000 fr. L'Office d'impôt des personnes morales a fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 22'033,45 fr. Pour la même période et s'agissant de l'impôt fédéral direct, l'Office d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable à 75'500 fr., et fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 6'417,50 fr. Le 6 juin 2011, X._ Service a déposé une réclamation contre cette décision.
Le 14 octobre 2011, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 27 mars 2009 et 6 juin 2011, et réformé les décisions des 27 février 2009 et 24 mai 2011. Pour la période 2005, l'Administration cantonale a arrêté le bénéfice imposable à 1'044'300 fr., (au lieu de 1'064'600 fr.) pour l'impôt cantonal et communal, ainsi que pour l'impôt fédéral direct, et le capital imposable à 2'186'900 fr. (au lieu de 2'348'000 fr.). Pour la période 2006, l'Administration cantonale a arrêté le bénéfice imposable à 59'000 fr. (au lieu de 75'500 fr.) pour l'impôt cantonal et communal, ainsi que pour l'impôt fédéral direct, et le capital imposable à 2'391'800 fr. (au lieu de 2'424'000 fr.).
X._ Service a recouru, en concluant à l'annulation, respectivement la réforme, de la décision du 14 octobre 2011, pour certaines reprises et amendes.
C.
Par arrêt du 28 mars 2013, le Tribunal a joint les causes de X._ et de X._. Il a partiellement admis le recours de X._ Service au sens des considérants, annulé la décision du 14 octobre 2011 et renvoyé le dossier à l'Administration cantonale pour nouvelle décision. Il a rejeté le recours de X._ et de X._ Service pour le surplus.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ et de X._ Service demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 28 mars 2013 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud respectivement annulé en ce sens qu'aucune reprise n'est admise. Elles se plaignent de la violation de leur droit d'être entendues, de la violation de l'interdiction de l'arbitraire notamment dans l'appréciation des preuves ainsi que de l'établissement arbitraire des faits.
Le Tribunal cantonal a produit le dossier de la cause et renoncé à déposer des observations. L'administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'administration fédérale des contributions se rallie aux observations et conclusions de l'Administration cantonale.
Malgré une prolongation de délai au 26 août 2013 accordée par ordonnance du 2 août 2013 sur demande motivée du mandataire des intéressées, aucune observation complémentaire n'a été déposée.
Considérant en droit:
1.
1.1. Le Tribunal cantonal a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct (IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher aux recourantes d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans leur recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal (2C_394/2013) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C_395/2013). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
1.2. Dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, le recours en matière de droit public est en principe ouvert conformément aux art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors que le recours concerne la déduction des reprises de dépenses non documentées, de prestations à un proche de l'actionnaire ainsi que de provisions sans justification commerciale, soit une matière harmonisée figurant à l'art. 24 al. 1 et 4 LHID. Les recourantes ont participé à la procédure devant l'instance précédente, sont particulièrement atteintes par la décision entreprise en tant que contribuables et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. EIles ont ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et art. 100 al. 1 LTF), le recours est par conséquent recevable.
2.
2.1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Le recours doit cependant remplir l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 2 LTF qui requiert que les mémoires exposent succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. A cet égard, la partie recourante doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer en quoi elle estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il n'est certes pas indispensable qu'elle indique expressément les dispositions légales ou les principes de droit qui auraient été violés; il faut toutefois qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon elle, transgressées par l'autorité intimée (cf. ATF 133 IV 119 consid. 6.3 p. 120 s., 286 consid. 1.4 p. 287; arrêt non publié 5A_129/2007 du 28 juin 2007, consid. 1.4 et les références citées dans ces arrêts). En revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF).
2.2. Le Tribunal statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. (art. 97 al. 2 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 139 I 72 consid. 9.2.3.6 p. 96 s. et la référence citée), la notion de "manifestement inexacte" correspondant à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450).
En l'espèce, les recourantes se bornent à rappeler la définition jurisprudentielle de la constatation arbitraire des faits (mémoire de recours, ch. 4 point 2) sans exposer concrètement en quoi 'instance précédente aurait procédé à de telles constatations ni démontrer en quoi la correction d'un éventuel vice serait susceptible d'influer sur le sort de la cause. Les griefs y relatifs sont par conséquent irrecevables.
3.
Invoquant simultanément leur droit d'être entendues ainsi que l'interdiction de l'arbitraire en particulier dans l'appréciation des preuves, les recourante se plaignent de ce que 'instance précédente n'a pas procédé à l'audition de trois témoins qui aurait permis "d'établir que des adjudications aux enchères publiques intervenaient sans quittance" (mémoire de recours, ch. 5) et aurait apprécié de manière arbitraire les preuves produites à propos de l'importance des achats de pneus (mémoire de recours, ch. 6).
3.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de produire des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur leur résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision rendue (ATF 137 IV 33 consid. 9.2 p. 48 s. et les références citées). D'après l'art. 115 LIFD enfin, les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation
Le droit de faire administrer des preuves suppose que le fait à prouver soit pertinent, que le moyen de preuve proposé soit nécessaire pour constater ce fait et que la demande soit présentée selon les formes et délais prescrits par le droit cantonal (ATF 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505). Par ailleurs, cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 136 I 229 consid. 5.3 p. 236).
L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62).
3.2. Dans l'arrêt attaqué, 'instance précédente a retenu que "lors de l'audience, la recourante a (vait) tout de même admis que les Offices des poursuites délivraient des quittances, moyennant une attente d'environ deux heures à l'issue de l'adjudication" et qu'elle exposait "que l'achat de pneumatiques sans justificatifs constitu (er) ait la règle lors de ventes aux enchères organisées par les offices de poursuite, tout en admettant qu'il (était) possible d'en obtenir la délivrance après une attente d'environ deux heures." L'instance précédente a alors ajouté que rien n'empêchait la recourante de produire, à titre de justificatifs, une attestation d'achat établie par un office de poursuite, qu'il s'agissait là d'une obligation qui s'imposait à elle, du point de vue comptable et fiscal, indépendamment de toute pratique administrative, de sorte qu'il n'était pas nécessaire d'entendre sur ce point des préposés des offices de poursuite, comme le proposait la recourante dans sa duplique.
Du moment que les recourantes ont admis elles-mêmes qu'il était possible d'obtenir une quittance d'achat, il n'était pas arbitraire de la part de l'instance précédente de juger par appréciation anticipée des preuves que l'audition des témoins proposés par les recourantes aux fins d'établir qu'aucune quittance n'était délivrée lors de ventes aux enchères ne l'amènerait pas à modifier son opinion sur ce point. Il importait peu que "des adjudications aux enchères publiques intervenaient sans quittance". Il suffisait qu'il soit établi que les quittances d'achat étaient disponibles.
En jugeant que les quittances d'achat étaient disponibles et qu'il n'étaient pas nécessaire d'entendre les trois témoins proposés par les recourantes, l'instance précédente n'a pas violé leur droit d'être entendues ni apprécié de manière arbitraire les preuves.
3.3. Pour le surplus, les recourantes se bornent à affirmer que l'instance précédente a apprécié de manière arbitraire les preuves relatives à l'importance des achats de pneus (mémoire de recours, ch. 6), celles relatives au fait que l'employeur de E.X._ était X._ Service et non pas X._ ainsi que celles relatives aux provisions pour procès en cours, pour autant que cela soit le sens des griefs (mémoire de recours, ch. 7 et 8) sans démontrer par une motivation conforme aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF en quoi l'instance précédente aurait retenu des faits de manière insoutenable sur ces points. Ces griefs sont irrecevables.
I. Impôt fédéral direct
4.
4.1. Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a, tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let b). L'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ("Mass-geblichkeitsprinzip"), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut en revanche s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; 132 I 175).
En vertu de l'art. 126 al. 1 et 2 LIFD, le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte et, s ur demande de l'autorité de taxation ou de l'autorité de juridiction administrative (art. 142 al. 4 LIFD), il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
En droit fiscal, le principe de l'art. 8 CC s'exprime dans le sens où il appartient à l'autorité de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale. Cela vaut en particulier pour des paiements qui n'ont pas été comptabilisé ou qui ne sont pas prouvé (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158).
4.2. La recourante X._ n'a pas produit les quittances d'achats auxquels elle affirme avoir procédé lors de ventes aux enchères. Ces quittances devraient, selon elle, permettre de vérifier la justification commerciale de certaines dépenses figurant dans le poste comptable "Pneumatiques" diminuant son bénéfice imposable. Elle n'a pas non plus apporté la preuve de la justification commerciale de ces dépenses par d'autres moyens (cf. consid. 3.2 et 3.3 ci-dessus). Cette preuve lui incombait. Il s'ensuit que l'instance précédente pouvait sans violer le droit fédéral confirmer les reprises effectuées par l'Administration fiscale cantonale.
5.
5.1. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre des prélèvements au sens de la let. b figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la société aient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435).
5.2. L'instance précédente a jugé à bon droit que les frais d'amortissement et d'utilisation du véhicule de marque Audi A3 acheté par X._ Services et mis à disposition de E.X._, qui ont été porté à charge des comptes de la recourante X._, constituaient une prestation en argent à une proche des actionnaires.
C'est en vain que les recourantes font valoir que E.X._ avait un contrat oral de travail avec X._, puisque l'instance précédente a nié l'existence de ce contrat sans être dûment contredite par les griefs insuffisamment motivés du mémoire de recours (cf. consid. 3.3 dessus).
C'est également en vain que les recourantes soutiennent encore que la pratique qui consistait à mettre en charge des comptes de X._ les frais du véhicule que X._ Service avait acheté et mis à disposition de E.X._ n'avait jamais été occultée ni remise en cause par les services fiscaux. Ce faisant, elles invoquent la protection de la bonne foi. Elles ne motivent toutefois pas leur grief d'ordre constitutionnel d'une manière qui corresponde aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 2.1 ci-dessus). Le grief est par conséquent irrecevable.
Enfin, les recourantes se plaignent d'un défaut de motivation sur la question des reprises de frais de véhicule. Le droit d'être entendu implique certes pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision, mais ne lui impose pas d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties; l'autorité peut, au contraire, se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissent pertinents pour fonder sa décision (ATF 135 II 670 consid. 3.3.1 p. 677; 134 I 83 consid. 4.1 p. 88). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté (arrêt 2C_908/2010 du 7 avril 2011 consid. 3.1). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 2C_724/2012 du 25 juillet 2012 consid. 5.1). En l'espèce, l'instance précédente a dûment rappelé les conditions d'une prestation appréciable en argent (cf. arrêt attaqué, consid. 3c) et, après avoir écarté les objections de fait des recourantes, elle a confirmé l'opinion de l'Administration cantonale des impôts qui avait considéré la prise en charge par X._ des frais relatifs au véhicule mis à disposition E.X._ par X._ Service comme une prestation de ce genre. Les recourantes n'indiquent pas précisément ni concrètement quel élément du raisonnement juridique n'aurait pas été suffisamment motivé par l'instance précédente et l'Administration cantonale des impôts, de sorte que leur grief est irrecevable eu égard aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 2.1 ci-dessus).
Il s'ensuit que l'instance précédente pouvait sans violer le droit fédéral confirmer les reprises effectuées par l'Administration fiscale cantonale en relation avec le véhicule mis à disposition de E.X._.
6.
6.1. D'après l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, le bénéfice net des personnes morales comprend notamment les provisions qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial. Selon l'art. 63 al. 1 LIFD, des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultat notamment pour les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé (let. a), les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs (let. b), les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice (let. c) et les futurs mandats de recherches et de développement confiés à des tiers (...) (let. d). Pour être admise en droit fiscal, la provision doit aussi respecter le principe de périodicité. Le principe de périodicité réclame que la comptabilité soit bouclée périodiquement et que les revenus et les charges de l'entreprise soient alloués aux différentes périodes comptables (ATF 137 II 353 consid. 6.1 p. 359). Ainsi une provision doit porter sur des faits dont l'origine se déroule durant la période de calcul (arrêt 2C_392/2009 du 23 août 2010 in RF 65/2010 p. 965 ss, consid. 2.1; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle 2007, n° 241 p. 145). D'après l'art. 63 al. 2 LIFD, les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable.
6.2. Dans l'arrêt attaqué, l'instance précédente a retenu qu'au bilan de X._ Service au 31 décembre 2005 figurait une provision «pour accidents non liquidés» (rubrique n° 2501) pour un montant de 534'000 fr. tandis qu'au bilan de X._ pour 2005 figurait une même provision, pour un montant de 390'000 fr. Elle a jugé que le caractère effectif des risques auxquels s'exposaient les recourantes n'était confirmé par aucune preuve que ces dernières devraient un jour payer les montants provisionnés. Bien qu'intitulé «Réserves fautes graves 2007», le document produit par X._ se référait à quatorze accidents survenus à des périodes non datées ou remontant à 1994, 2004, 2005 ou 2006, sans indication exacte des faits, des procédures éventuellement en cours ni du mode de calcul du dommage redouté. Selon l'instance précédente encore, il en allait de même du lot de photographies, se rapportant à des accidents survenus en 2004 et 2006. Parmi les deux sinistres, dont les faits étaient relatés (traces d'huiles sur les murs, pollution par perte de 150 litres d'huile) et qui portaient sur une date correspondant aux périodes qui font l'objet des rappels litigieux, X._ n'avait, selon l'instance précédente, pas apporté la preuve du risque auquel elle s'exposait: aucune correspondance échangée sur ce point avec le Service cantonal en charge de la protection des eaux n'avait été produite. X._ n'avait pas non plus démontré qu'elle s'exposait au risque de devoir verser des dommages-intérêts en relation avec un accident survenu en 1990. Quant à l'accident pour lequel X._ avait été reconnue coupable par jugement du 3 juin 2010 de lésions corporelles graves par négligence au détriment de l'un de ses anciens employés, il était postérieur aux périodes litigieuses. Enfin, toujours selon l'instance précédente, cinq des sept cas mentionnés dans la liste "Réserve fautes graves 2007" par X._ Service dataient d'avant 2000.
6.3. Devant le Tribunal fédéral, aux fins de justifier les provisions litigieuses, la recourante X._ objecte qu'elle a bel et bien produit devant l'instance précédente le jugement du 3 juin 2010 relatif à l'accident ayant eu lieu le 23 avril 2007. Elle perd de vue que la provision litigieuse a été comptabilisée dans les comptes de l'année 2005 soit deux ans avant que l'accident ne se produise. Il est par conséquent contraire au principe de périodicité de provisionner un montant dans les comptes 2005 pour accident qui n'est survenu qu'en 2007.
Pour le surplus, les recourantes formulent leurs griefs de façon trop vague pour qu'ils soient recevables (art. 42 al. 2 LTF), puisqu'elles se bornent à affirmer que le raisonnement qui prévaut pour le sinistre de 2007 vaut aussi pour les autres. Elles n'exposent pas non plus en quoi l'instance précédente aurait apprécié de manière arbitraire les preuves destinées à permettre l'examen de la justification commerciale des provisions reprises dans leurs chapitres fiscaux respectifs. Les griefs sont par conséquent rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
Il s'ensuit que l'instance précédente pouvait sans violer le droit fédéral confirmer les reprises effectuées par l'Administration fiscale cantonale sur les provisions pour accidents en suspens.
6.4. Par conséquent, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôts cantonal et communal
7.
Comme la loi sur l'impôt fédéral direct, la loi fédérale d'harmonisation prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats (art. 24 al. 1 let. a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
Les art. 94 al. 1 let a. et b ainsi que 100 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (RSVD 642.11) prévoient des dispositions conformes à l'art. 24 al. 1 let. a LHID. Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives aux reprises sur les dépenses du poste "Pneumatiques", aux frais de véhicules et aux provisions pour accidents s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonal et communal.
Par conséquent, le recours doit également être rejeté dans la mesure où il est recevable en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal. Succombant, les recourantes doivent supporter les frais judiciaires solidairement entre elles (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Ils n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2C_394/2013 et 2C_395/2013 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr. sont mis à charge des recourantes, solidairement entre elles.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 24 octobre 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey