Fatti:
A. P._, cittadino italiano, residente in Italia, nato nel 1964, ha lavorato in Svizzera dal 1987 solvendo regolari contributi all'AVS/AI. Il 1° giugno 2002 l'assicurato ha subito un infortunio domestico, scivolando sulle scale. La visita medica del 15 ottobre 2002, messa in atto dall'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), che ha assunto il caso, ha evidenziato la presenza di lievi disturbi funzionali del ginocchio sinistro su base di una gonartrosi del compartimento mediale preesistente, stato dopo contusione del ginocchio sinistro, stato dopo meniscectomia totale mediale 20 anni prima e rottura parziale del legamento sinistro crociato anteriore secondo gli accertamenti del 29 luglio 2002.
Agli inizi del 2003, P._ ha annunciato all'INSAI una ricaduta dell'infortunio accusando una ricomparsa dei dolori in particolare al ginocchio sinistro. L'assicuratore infortuni ha tuttavia negato il diritto a (ulteriori) prestazioni assicurative per difetto di correlazione con l'infortunio del giugno 2002. Per parte sua, l'assicurato non ha più ripreso la sua attività lavorativa di parchettista dopo il 17 gennaio 2003 ed è stato licenziato con effetto al 18 gennaio 2005.
In data 15 settembre 2003 il dott. S._, specialista in malattia infortunistica, ha reso per conto dell'assicuratore malattia un referto medico con il quale, pur accertando una sua piena abilità, senza impedimenti di sorta, in altri ambiti professionali che non richiedessero in particolare posizioni inginocchiate e/o accovacciate prolungate, attestava una totale incapacità lavorativa dell'interessato nell'attività di parchettista. Oltre a ciò il perito segnalava l'opportunità di una riqualifica professionale.
P._ ha presentato il 3 maggio 2005 una domanda volta all'ottenimento di prestazioni dell'assicurazione svizzera per l'invalidità. Esperiti i propri accertamenti, l'Ufficio AI per gli assicurati residenti all'estero ha respinto la domanda. Aderendo alle valutazioni del dott. S._ e ritenendo dunque l'assicurato totalmente abile al lavoro in attività sostitutive, nel settore secondario e terziario, con pesi fino a 30 kg, ma che non richiedessero posizioni accovacciate prolungate, l'amministrazione ha accertato - sulla base di un reddito da valido di fr. 58'985.- e di un guadagno (ipotetico) da invalido di fr. 57'258.- - un grado d'invalidità del 3%, ampiamente insufficiente per conferire il diritto a prestazioni AI (decisione del 2 marzo 2007).
B. Producendo nuova documentazione medica, P._, patrocinato dall'avv. Salvatore Maurizio Curcio, si è aggravato al Tribunale amministrativo federale, il quale ha respinto il ricorso e confermato l'operato dell'amministrazione (pronuncia dell'8 dicembre 2008).
C. Sempre patrocinato dall'avv. Curcio, l'assicurato ha presentato ricorso al Tribunale federale con cui chiede di annullare il giudizio di primo grado e di disporre un complemento istruttorio, nel senso di una perizia medico-legale, a chiarimento della situazione valetudinaria.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF), fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF) e vi si può scostare solo qualora questo accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF).
1.2 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'atto di ricorso deve contenere le conclusioni della parte ricorrente ed i motivi su cui si fondano; negli stessi occorre spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto. Nella fattispecie il gravame rispetta solo in parte questi requisiti. Nella misura in cui la motivazione non è sufficientemente precisa, esso risulta pertanto inammissibile.
2. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, cui si rinvia, l'autorità giudiziaria competente ha già esposto le norme legali e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti che secondo il diritto svizzero - per principio applicabile al caso di specie anche in seguito all'entrata in vigore, il 1° giugno 2002, dell'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Confederazione Svizzera, da una parte, e la Comunità europea ed i suoi Stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (ALC; RS 0.142.112.681), l'Accordo avendo lasciato immutata la competenza degli Stati contraenti a definire i propri sistemi di sicurezza sociale (art. 8 ALC in relazione con l'art. 1 cpv. 1 Allegato II ALC e la sua Sezione A) - devono essere adempiuti per conferire a una persona assicurata il diritto a una rendita dell'assicurazione per l'invalidità.
Così, dopo avere giustamente esposto i concetti d'incapacità al lavoro (art. 6 LPGA), al guadagno (art. 7 LPGA) e d'invalidità (art. 8 LPGA e art. 4 LAI), i primi giudici, rammentati i limiti temporali del potere cognitivo del giudice nel caso di specie (DTF 132 V 215 consid. 3.1.1 pag. 220; 121 V 362 consid. 1b pag. 366), hanno pertinentemente definito i presupposti e l'estensione del diritto alla rendita (art. 28 cpv. 1 e 1ter, art. 29 cpv. 1 e art. 36 cpv. 1 LAI [nella versione applicabile in concreto, in vigore fino al 31 dicembre 2007]), illustrando il sistema di confronto dei redditi e il momento determinante per l'accertamento del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (art. 16 LPGA; DTF 129 V 222; 128 V 174), nonché i compiti del medico e del consulente professionale nell'ambito di questa valutazione (DTF 125 V 256 consid. 4 pag. 261).
Giova nondimeno ricordare che se la persona interessata non sfrutta in maniera completa e ragionevolmente esigibile la capacità lavorativa residua, il reddito da invalido va determinato alla luce dei dati forniti dalle statistiche salariali come risultano segnatamente dall'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari (DTF 129 V 472 consid. 4.2.1 pag. 475 seg.; 126 V 75 consid. 3b pag. 76 con riferimenti).
3. 3.1 Nella misura in cui contesta la valutazione dell'incapacità lavorativa operata dai primi giudici, i quali, facendo uso del potere di apprezzamento delle prove loro riconosciuto, hanno fondato il proprio giudizio sulle conclusioni 15 settembre 2003 del dott. S._ e sul parere del Servizio medico regionale dell'AI (SMR; sui compiti e il valore probatorio attribuito ai rapporti interni del servizio medico dell'AI cfr. art. 49 OAI nonché DTF 135 V 254 consid. 3.3 e 3.4 pag. 257 segg. e SVR 2009 IV n. 56 pag. 174 [9C_323/2009]), accertando una totale incapacità lavorativa nella sua abituale occupazione, ma nel contempo una piena abilità in attività adeguate, rispettose delle limitazioni indicate dal dott. S._ e confermate dal SMR, l'insorgente censura un giudizio su una questione di fatto che, in quanto tale, vincola per principio questo Tribunale (DTF 132 V 393 consid. 3.2 pag. 398 seg.).
3.2 Orbene, questa conclusione non lede alcuna norma di diritto federale, né risulta da un accertamento manifestamente errato o incompleto dei fatti o da un apprezzamento arbitrario delle prove. Senza arbitrio (sul concetto di arbitrio nel presente contesto cfr. sentenza 9C_337/2007 del 12 giugno 2008, in SVR 2008 IV n. 60 pag. 195 consid. 6.2.2), i primi giudici hanno esposto perché l'amministrazione poteva, malgrado il tempo trascorso, fondarsi validamente sulle conclusioni del dott. S._. A tal proposito hanno, in maniera sostenibile, accertato che la perizia 14 settembre 2007 del dott. F._, commissionata dal ricorrente, faceva stato, in sostanza, di una situazione oggettiva che non consentiva di riscontrare, quantomeno fino alla data della decisione amministrativa in lite, una variazione sensibile rispetto a quella presente nel 2003. Richiamandosi alla valutazione 4 ottobre 2007 del dott. E._, che si è confrontato in dettaglio con il referto del dott. F._, il Tribunale amministrativo federale ha in particolare osservato che l'atrofia muscolare come pure la deviazione assiale del ginocchio erano rimaste invariate e che non si riscontravano versamenti articolari e ipertermie locali, fattori che avrebbero deposto per un'artrosi attivata. Secondo le constatazioni non arbitrarie della pronuncia impugnata, gli unici fattori che avrebbero deposto in favore di un peggioramento sarebbero state una riduzione minima dei gradi massimi di mobilità articolare e una modesta zoppia nella deambulazione.
3.3 La valutazione dei primi giudici regge alle critiche, comunque in gran parte inammissibili poiché di natura appellatoria, del ricorrente. Salvo richiamarsi in maniera generica alle osservazioni del dott. F._, che ad ogni modo sono posteriori alla data della decisione amministrativa (sui limiti temporali del potere di esame del giudice delle assicurazioni sociali cfr. DTF 132 V 215 consid. 3.1.1 pag. 220) e risultano immotivate nella misura in cui non si pronunciano sul tasso di (in)capacità lavorativa residua in attività confacenti, l'insorgente non si confronta nelle debite forme con le considerazioni della pronuncia impugnata.
3.4 Tenuto conto delle indicazioni mediche, a ragione il Tribunale amministrativo federale poteva negare l'esistenza di impedimenti al reinserimento professionale in attività leggere e/o sedentarie nel settore dell'industria o dei servizi, conformemente a quanto indicato dalla consulente in integrazione professionale il 5 gennaio 2007 e ammesso dalla giurisprudenza in materia (cfr. del resto per analogia RtiD II-2008 pag. 274 consid. 4.3 [9C_13/2007], e sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 329/01 del 25 febbraio 2003 consid. 4.5 con riferimenti).
3.5 L'incarto contenendo pertanto le indicazioni necessarie ai fini decisionali, non si giustifica, come invece richiede il ricorrente, un complemento istruttorio. Per nulla inverosimile e tanto meno arbitraria appare infine la valutazione relativa al grado di invalidità del 3%, accertato dal Tribunale amministrativo federale sulla base degli atti (con riferimento al reddito da valido), rispettivamente secondo i criteri indicati dalla giurisprudenza federale (in relazione al reddito da invalido; cfr. ad esempio sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 75/03 del 12 ottobre 2006, in SVR 2007 UV n. 17 pag. 56).
4. Ne segue che in quanto ammissibile il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale amministrativo federale,
Corte III, e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.