Fatti:
A. C._ è proprietaria del fondo part. www di X._, situato in località Y._, tra la strada cantonale e il lago Maggiore, ed assegnato dal piano regolatore vigente alla zona residenziale in riva al lago. La particella è ricoperta da bosco nella sua parte superiore, in pendio. A valle, verso il lago, la superficie è pianeggiante. Addossata a un muro a confine con il fondo part. xxx, di cui è proprietaria B._, v'è una darsena, il cui tetto funge da terrazza che si affaccia sul lago. Sul lato opposto, verso il fondo part. yyy di A._, una scarpata a scogliera separa il terreno dal lago.
B. Dopo che il Tribunale cantonale amministrativo, adito su ricorso dei vicini, aveva annullato una licenza edilizia per la costruzione sul fondo part. www di una casa di abitazione monofamiliare articolata su quattro piani, il 27 luglio 2010 C._ ha presentato al Municipio di X._ una nuova domanda di costruzione. Il progetto prevede l'edificazione della medesima abitazione, ma contempla la modifica della darsena esistente, allo scopo di rispettare la superficie edificata massima. In particolare, è previsto di incassare la darsena maggiormente nel terreno e di demolirne la copertura nella misura in cui sporge sul lago. I vicini A._ e B._ si sono opposti al rilascio della licenza edilizia. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, che ha in particolare concesso una deroga alla distanza dal bosco fino a 6 m per consentire l'edificazione dell'abitazione, con decisione del 6 ottobre 2010 il Municipio di X._ ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo contestualmente le opposizioni dei vicini. Gli opponenti hanno impugnato la risoluzione municipale dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino.
C. Il 6 dicembre 2010 la proprietaria ha presentato un'ulteriore domanda di costruzione per la medesima abitazione, ma senza la darsena, che verrebbe smantellata, riempiendola con materiale di scavo naturale e creando un nuovo fronte verso il lago. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, con decisione del 9 febbraio 2011 il Municipio di X._ ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo nel contempo le opposizioni nuovamente presentate dai vicini. Anche questa risoluzione è stata impugnata dagli opponenti dinanzi al Consiglio di Stato.
D. Con due distinte decisioni del 7 giugno 2011, il Consiglio di Stato ha respinto i ricorsi degli opponenti, confermando sia la licenza edilizia del 6 ottobre 2010 sia quella del 9 febbraio 2011.
E. Gli opponenti hanno allora impugnato entrambe le risoluzioni governative mediante due distinti ricorsi al Tribunale cantonale amministrativo, che, con separate sentenze del 28 febbraio 2012, ha respinto i gravami. La Corte cantonale ha ritenuto i progetti conformi al diritto sotto il profilo della distanza dal bosco e della superficie edificata. Il progetto di cui alla licenza edilizia del 6 ottobre 2010 è inoltre stato ritenuto conforme al diritto per quanto concerne la distanza dal confine con il fondo contiguo part. xxx.
F. A._ e B._ impugnano queste sentenze con due separati ricorsi in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarle e di annullare contestualmente le risoluzioni governative e le licenze edilizie. I ricorrenti fanno valere la violazione del divieto dell'arbitrio nell'accertamento e nella valutazione dei fatti, oltre alla violazione del diritto federale e di quello cantonale.
G. La Corte cantonale si conferma nelle sue sentenze. Il Consiglio di Stato e il Municipio di X._ si rimettono al giudizio del Tribunale federale. C._ postula la reiezione dei gravami. È stato invitato ad esprimersi sui ricorsi anche l'Ufficio federale dell'ambiente, che, sulla questione della distanza dal bosco, comunica di condividere la sentenza impugnata. I ricorrenti hanno in seguito ribadito le loro conclusioni, mentre la proprietaria ha comunicato di non avere ulteriori osservazioni da formulare.
Diritto:
1. 1.1 Le due impugnative riguardano fattispecie analoghe e le censure sollevate sono essenzialmente uguali. I progetti oggetto delle due licenze edilizie differiscono infatti soltanto per quanto concerne gli interventi previsti a livello della darsena. Si giustifica quindi di trattare congiuntamente i ricorsi e di statuire con un unico giudizio (art. 71 LTF in relazione con l'art. 24 cpv. 2 PC).
1.2 Presentati tempestivamente contro due decisioni finali dell'ultima istanza cantonale, che ha confermato il rilascio delle licenze edilizie richieste, i ricorsi in materia di diritto pubblico sono ammissibili sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. a LTF. I ricorrenti, proprietari di fondi confinanti, che hanno partecipato alla procedura dinanzi all'autorità inferiore, sono legittimati a ricorrere giusta l'art. 89 cpv. 1 LTF.
2. 2.1 I ricorrenti rimproverano alla Corte cantonale di avere accertato in modo arbitrario l'esistenza dei presupposti per derogare alla distanza minima dal bosco, violando di conseguenza l'art. 17 della legge federale sulle foreste, del 4 ottobre 1991 (LFo; RS 921.0) e l'art. 6 della legge cantonale sulle foreste, del 21 aprile 1998 (LCFo; RL 8.4.1.1). Sostengono che, per giustificare la deroga fino a 6 m dal limite del bosco, le istanze inferiori avrebbero tenuto conto soltanto dell'interesse della proprietaria a edificare il fondo, senza considerare le esigenze di conservazione della foresta. Secondo i ricorrenti, le autorità cantonali avrebbero in particolare omesso di valutare le essenze del bosco, gli effetti ecologici e microclimatici, la proiezione d'ombra sulle piante e la recisione dei rizomi causate dalla vicinanza della costruzione. Adducono inoltre che per la proprietaria non vi sarebbe alcuna necessità di edificare il fondo, dal momento ch'essa è pure proprietaria di un'altra particella (zzz) situata a monte della strada cantonale, su cui prevede di edificare uno stabile di 20 appartamenti.
2.2 Secondo l'art. 17 cpv. 2 LFo i Cantoni prescrivono per costruzioni ed impianti un'adeguata distanza minima dalla foresta, in funzione della situazione di quest'ultima e dell'altezza prevedibile dei suoi alberi. Questa disposizione è volta ad assicurare che, giusta l'art. 17 cpv. 1 LFo, le esigenze di conservazione, di cura e di utilizzazione della foresta non siano pregiudicate da costruzioni e impianti nelle sue vicinanze. Ciò, in particolare, al fine di preservare il bosco dalle immissioni dannose provocate dagli edifici, segnatamente proteggendolo dal fuoco e salvaguardandone il valore ecologico. I margini del bosco devono essere protetti in considerazione sia della loro importanza sotto il profilo paesaggistico, biologico ed estetico sia della loro accresciuta messa in pericolo. Gli stessi sono di rilievo per conservare non soltanto la quantità del bosco, ma anche la sua qualità. La distanza minima è adeguata quando garantisce l'adempimento di questi scopi d'interesse pubblico, che potrebbero essere pregiudicati da una vicinanza troppo stretta delle costruzioni e degli impianti alla foresta (cfr. sentenze 1C_119/2008 del 21 novembre 2008 consid. 2.4, in: URP 2009 pag. 138 segg. e 1A.93/2005 del 23 agosto 2005 consid. 2.3, in: ZBl 107/2006 pag. 601 segg.).
Sulla base dell'art. 17 cpv. 2 LFo, il Cantone Ticino ha emanato l'art. 6 LCFo, secondo cui edifici e impianti devono rispettare una distanza di almeno 10 m dal bosco (cpv. 2); in casi eccezionali e con il consenso dell'autorità cantonale il Municipio può concedere deroghe sino a 6 m dal limite del bosco (cpv. 3). Questa disposizione ha trovato il consenso dell'autorità federale, che non aveva precedentemente approvato la possibilità di concedere deroghe a condizioni più generose (cfr. Messaggio del Consiglio di Stato n. 5014 del 21 giugno 2000, concernente la modifica della LCFo). L'art. 13 del relativo regolamento di applicazione (RLCFo; RL 8.4.1.1.1) prevede in particolare che deroghe possono essere concesse per edifici principali e impianti se a causa delle caratteristiche del fondo ne è impedita un'utilizzazione razionale secondo i parametri di zona (cpv. 2). Giusta l'art. 13 cpv. 4 RLCFo, la Sezione forestale, appurata la necessità della deroga, formula il preavviso tenendo conto in particolare del valore ecologico del bosco, del pericolo d'incendio, delle possibilità di taglio e di esbosco e della sua accessibilità.
2.3 La Corte cantonale, richiamando l'avviso cantonale, ha ritenuto che nella fattispecie la situazione particolare del fondo giustificava oggettivamente la concessione di una deroga fino a 6 m dal limite del bosco. Ha rilevato che il bosco ricopriva il pendio superiore del terreno, digradante dalla strada cantonale, fino a una distanza di circa 18 m dal lago. Ha quindi accertato che la fascia di rispetto del bosco (di 10 m) gravava in modo importante la parte edificabile del fondo, la cui edificazione soggiaceva pure al rispetto della distanza di 5 m dai confini con le particelle dei ricorrenti e a quella di 5 m dal lago. I giudici cantonali hanno pertanto stabilito che, in tali circostanze, la parte edificabile del fondo si riduceva in sostanza a un'area di dimensioni contenute, pari a circa 10.40 m x 1.70-2.60 m. I ricorrenti non censurano, tantomeno con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, l'arbitrio di questi accertamenti, in base ai quali la Corte cantonale ha rettamente concluso che, in simili condizioni, il terreno, inserito in una zona residenziale, non poteva praticamente essere edificato senza la concessione di una deroga. La riduzione a 6 m della distanza minima dal bosco permette infatti di realizzare una casa monofamiliare con una superficie di circa 10.40 m x 5.70-6.60 m.
La Corte cantonale ha d'altra parte considerato che il bosco in questione costituiva un elemento isolato di vegetazione forestale, essenzialmente di valore paesaggistico. Si trattava di un'area sostanzialmente quadrata di circa 20 m di lato, situata a valle della strada cantonale ed inserita in un comprensorio già edificato. Confinava a sud-ovest con il fondo part. yyy, su cui sorgeva una villa, a sua volta situata a meno di 8 m dal bosco, ed a nord-est con la particella xxx, su cui pure era eretta una costruzione in prossimità del bosco. La precedente istanza ha ritenuto che l'estensione della deroga, fino alla distanza minima ammissibile di 6 m dal limite del bosco, non eccedeva il potere di apprezzamento che spettava all'autorità cantonale nella valutazione del caso eccezionale giusta l'art. 6 cpv. 3 LCFo. Il progetto conciliava la necessità di assicurare una ragionevole utilizzazione del terreno con le esigenze di conservazione del bosco, le cui funzioni protette non erano messe in pericolo dalla nuova costruzione. Ha inoltre accertato che l'area boschiva era arretrata rispetto al lago e, diversamente da quanto poteva essere il caso per una foresta a ridosso della riva naturale, non era nemmeno interessata dal fenomeno di erosione delle sponde.
2.4 Risulta quindi che la Corte cantonale ha compiutamente valutato gli interessi toccati dalla deroga, tenendo conto della situazione e delle caratteristiche del fondo e della sua superficie boschiva. Contrariamente all'opinione dei ricorrenti, la precedente istanza non si è limitata a considerare le esigenze di edificabilità del fondo, ma ha rettamente valutato anche la necessità di conservazione della foresta, esaminando la portata della deroga sotto il profilo delle funzioni forestali. I ricorrenti sollevano al riguardo contestazioni generiche, senza rendere seriamente verosimile che la distanza di 6 m pregiudicherebbe l'adempimento di dette funzioni (cfr. art. 1 cpv. 1 lett. c LFo).
In particolare, laddove rimproverano alle autorità cantonali di non avere accertato le specie di piante presenti, i ricorrenti disattendono che la natura boschiva della superficie in questione, e quindi la presenza di alberi forestali (cfr. art. 2 cpv. 1 LFo), è riconosciuta ed incontestata. Paventando inoltre effetti ecologici e microclimatici negativi, nonché proiezioni d'ombra sulle piante e recisioni dei rizomi dovuti dalla vicinanza della costruzione, adducono argomenti generici, non fondati su accertamenti agli atti, senza sostanziare una violazione del diritto sotto il profilo degli art. 17 LFo e 6 LCFo. Né considerano la situazione concreta, ove il bosco è situato in pendio e l'abitazione è alta 9.80 m, sicché un pregiudizio del valore ecologico del bosco in seguito a immissioni d'ombra non appare seriamente ravvisabile. Nemmeno è stato accertato che la distanza di 6 m dal limite del bosco comporta l'eventuale taglio di radici. Non è poi determinante il fatto che la controparte è proprietaria di un altro fondo (part. zzz), situato oltre la strada cantonale, a monte di quello dedotto in edificazione: la concessione della deroga alla distanza dal bosco deve infatti essere valutata sulla base della situazione del fondo interessato dalla domanda.
3. 3.1 I ricorrenti rimproverano ai giudici cantonali un accertamento manifestamente inesatto dei fatti e la violazione del loro diritto di essere sentiti, per non avere considerato il conteggio, prodotto in sede ricorsuale, della superficie edificata dell'immobile.
3.2 In realtà, la Corte cantonale si è confrontata con il calcolo eseguito dal progettista incaricato dai ricorrenti, spiegando nei giudizi impugnati per quali ragioni lo ha ritenuto impreciso e scorretto (cfr. sentenze impugnate, rispettivamente pag. 11 e 12). Ha infatti ravvisato manchevolezze sia riguardo alle singole aree considerate sia per quanto concerne la loro somma, non corrispondente alla superficie effettiva del progetto. I ricorrenti non si esprimono sui relativi considerandi e non sostanziano pertanto arbitrio alcuno.
4. 4.1 Con riferimento alla licenza edilizia del 6 ottobre 2010, relativa al progetto che prevede il mantenimento della darsena in una posizione più arretrata, i ricorrenti lamentano una violazione della distanza minima dal confine con il fondo part. xxx. Sostengono che la darsena non potrebbe essere qualificata come costruzione sotterranea o autorimessa interrata e che l'intervento prospettato non costituirebbe una semplice operazione di manutenzione non sostanziale.
4.2 La Corte cantonale ha invero lasciato indecisa la questione di sapere se la darsena può essere equiparata a una costruzione sotterranea, ritenendo comunque applicabile alla fattispecie l'art. 39 cpv. 1 del regolamento di applicazione della legge edilizia cantonale, del 9 dicembre 1992 (RLE), che disciplina gli interventi ammissibili su edifici ed impianti esistenti, ma in contrasto con il nuovo diritto. La norma prevede che queste costruzioni possono essere riparate e mantenute, ad esclusione di lavori di trasformazione sostanziali, e che trasformazioni più importanti possono essere autorizzate se il contrasto con il nuovo diritto non pregiudica in modo apprezzabile l'interesse pubblico o quello dei vicini. Per i giudici cantonali, l'arretramento della darsena di 2,50 m rientrerebbe in quest'ultima fattispecie. L'identità della darsena non verrebbe infatti sovvertita, giacché il suo volume e la sua funzione, così come la sua ubicazione addossata al muro contiguo alla particella confinante xxx, resterebbero invariati. Il suo ulteriore interramento non aggraverebbe quindi il contrasto con il nuovo diritto, né pregiudicherebbe l'interesse pubblico o quello dei vicini.
4.3 I ricorrenti non si confrontano con queste argomentazioni spiegando per quali motivi la Corte cantonale avrebbe applicato in modo manifestamente insostenibile l'art. 39 cpv. 1 RLE. Limitandosi ad addurre genericamente che in concreto sarebbe arbitrario escludere un'alterazione della costruzione esistente assimilando l'intervento a una semplice operazione di manutenzione, i ricorrenti disattendono che la precedente istanza ha in realtà ritenuto la trasformazione più importante, ma comunque non tale da pregiudicare l'interesse pubblico o quello dei vicini. Essi non sostanziano l'erroneità di questa conclusione spiegando in che misura la modifica della darsena comporterebbe un maggiore aggravio rispetto alla situazione esistente. Insufficientemente motivati sotto il profilo degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, i ricorsi non devono quindi essere esaminati oltre.
5. 5.1 Secondo i ricorrenti, occorrerebbe inoltre accertare se l'edificio progettato è destinato all'abitazione primaria o a quella secondaria. A loro dire, dalle domande di costruzione nulla trasparirebbe al riguardo e la questione sarebbe rilevante sotto il profilo dell'applicazione del nuovo art. 75b Cost., entrato in vigore l'11 marzo 2012, che limita al 20 % la quota di abitazioni secondarie rispetto al totale delle unità abitative e della superficie lorda per piano utilizzata a scopo abitativo di un Comune (cfr. RU 2012 3627).
5.2 I ricorrenti disattendono tuttavia che sia dalla domanda di costruzione del 27 luglio 2010 sia da quella del 6 dicembre 2010 (cfr., in entrambi i casi, punto 10, pag. 3), peraltro precedenti l'entrata in vigore della norma costituzionale, risulta che i progetti concernono la realizzazione di un'abitazione primaria. In tali circostanze, la censura è inconferente e la questione non deve essere esaminata oltre. Ci si potrebbe semmai chiedere se l'inserimento della particella www in una zona residenziale edificabile a titolo privato fino a 5 m dalla riva sia conforme all'art. 3 cpv. 2 lett. c LPT, che impone di tenere libere le rive dei laghi e di agevolarne il pubblico accesso e percorso: la questione esula tuttavia dall'oggetto del litigio e non deve essere esaminata in questa sede.
6. Ne segue che i ricorsi devono essere respinti in quanto ammissibili. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dei ricorrenti (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Le cause 1C_196/2012 e 1C_197/2012 sono congiunte.
2. Nella misura in cui sono ammissibili, i ricorsi sono respinti.
3. Le spese giudiziarie di complessivi fr. 3'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, che rifonderanno a C._ un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale dell'ambiente.