Fatti:
A. In data 10 giugno 1998 la prima assemblea dei creditori del fallimento dell'eredità giacente fu E._, già in X._, nominò un'amministrazione speciale composta dell'avv. F._ e dei lic. oec. D._ e G._; nominò pure una delegazione dei creditori composta di cinque membri. Il 23 settembre 2005, preso atto del decesso di D._, la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale di appello del Cantone Ticino quale autorità di vigilanza (qui di seguito: Tribunale di appello) diede il proprio assenso a che l'amministrazione speciale proseguisse con i due rimanenti membri.
B. B.a L'avv. F._, il lic. oec. G._ e le eredi fu lic. oec. D._ hanno fatto istanza, datata 3 ottobre 2011, al Tribunale di appello affinché questo determinasse la remunerazione degli amministratori speciali, proponendo l'importo di fr. 1'145'820.-- per l'avv. F._ ed i suoi collaboratori; fr. 966'730.-- per il lic. oec. G._ ed i suoi collaboratori; infine fr. 1'162'600.-- per il fu lic. oec. D._ ed i suoi collaboratori.
B.b Con la qui impugnata decisione 27 marzo 2012, il Tribunale di appello ha riconosciuto all'avv. F._ e collaboratori l'importo di fr. 769'872.50; al lic. oec. G._ e collaboratori fr. 626'906.--; ed al fu lic. oec. D._ e collaboratori fr. 784'358.75.
C. Le eredi fu D._, con atto firmato dal lic. oec. H._ (non ammesso come patrocinatore dinanzi al Tribunale federale, v. art. 40 cpv. 1 LTF), hanno impugnato la menzionata decisione avanti al Tribunale federale con ricorso 6 aprile 2012, chiedendo che venga riconosciuta la retribuzione originariamente proposta con l'istanza dell'amministrazione speciale datata 3 ottobre 2011. Ossequiando un invito formulato con decreto 11 aprile 2012, in data 25 aprile 2012 le ricorrenti hanno fatto pervenire al Tribunale federale un esemplare del ricorso firmato dalla vedova di fu D._ per sé e per le figlie minorenni, nonché dall'avv. Carlo Brusatori. Con decreto presidenziale 15 maggio 2012 è stato conferito al gravame l'effetto sospensivo.
Non sono state chieste determinazioni nel merito.
Diritto:
1. 1.1 Impugnata è la decisione dell'autorità cantonale di vigilanza in materia di esecuzione e fallimenti avente per oggetto la determinazione della rimunerazione dell'amministrazione speciale di un fallimento (DTF 130 III 611 consid. 1.1). La competenza dell'autorità di vigilanza si fonda sull'art. 47 cpv. 1 dell'ordinanza del 23 settembre 1996 sulle tasse riscosse in applicazione della legge federale sulla esecuzione e sul fallimento (OTLEF; RS 281.35). Contro una tale decisione è dato il rimedio del ricorso in materia civile indipendentemente dal valore di lite (art. 72 cpv. 2 lett. a, art. 74 cpv. 2 lett. c LTF); parimenti senza rilievo è il fatto che l'autorità di vigilanza abbia deciso, in virtù di una delega del legislatore, quale istanza unica e non su ricorso (sentenze 5A_524/2010 del 9 febbraio 2011 consid. 1.1; 5A_623/2008 del 29 ottobre 2008 consid. 1.2). Il ricorso è stato inoltrato dalle eredi di uno degli amministratori che in istanza cantonale non hanno avuto soddisfatte le proprie richieste, e che hanno dunque un interesse alla modifica della decisione impugnata (art. 76 cpv. 1 LTF); il ricorso è peraltro tempestivo, in quanto inoltrato entro il termine di legge (art. 100 cpv. 2 lett. a LTF) ed emendato entro il termine assegnato (art. 42 cpv. 5 LTF). Il ricorso soddisfa pertanto i suddetti criteri formali.
1.2 Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Ciò nondimeno, giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF, nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Ciò significa che il ricorrente deve almeno confrontarsi brevemente con i considerandi della sentenza impugnata pena l'inammissibilità del gravame (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Inoltre, il Tribunale federale esamina la violazione di diritti fondamentali soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Il ricorrente deve pertanto spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che modo sarebbero stati violati diritti costituzionali (DTF 135 III 232 consid. 1.2 in fine con rinvii).
1.3 In linea di massima il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene o completarlo soltanto se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
2. Contestata è con il presente ricorso unicamente la tariffa oraria adottata dal Tribunale di appello per la rimunerazione del fu lic. oec. D._ e dei suoi collaboratori.
2.1 Se la procedura fallimentare richiede particolari indagini della fattispecie o giuridiche, la rimunerazione per l'amministrazione ordinaria e speciale del fallimento è fissata dall'autorità di vigilanza; questa tiene segnatamente conto delle difficoltà e della rilevanza del caso, del volume del lavoro e del tempo impiegato (art. 47 cpv. 1 OTLEF).
È legittimo parlare di procedure complesse quando sono necessarie conoscenze specialistiche o giuridiche; la qualifica si fonda su criteri qualitativi ed esige un apprezzamento dell'incarto, della documentazione e delle informazioni acquisite dalle parti coinvolte. L'autorità di vigilanza dispone di un ampio margine d'apprezzamento nella fissazione della rimunerazione: essa può tener conto di tariffari di associazioni professionali, senza esservi tuttavia vincolata, e deve sempre porre particolare attenzione a che la retribuzione accordata rimanga in un ragionevole rapporto con gli emolumenti del tariffario LEF d'un lato e con gli interessi della massa fallimentare dall'altro, senza scordare la natura sociale di detta attività (DTF 138 III 443 consid. 2.1.1 e 2.1.2; 130 III 611 consid. 3.1; 108 III 68 consid. 2; sentenza 5A_31/2010 del 29 aprile 2010 consid. 2.2, in RDAF 2010 I pag. 272 e Pra 2011 n. 75 pag. 536).
Laddove è discorso dell'esercizio del potere d'apprezzamento del giudice, il Tribunale federale interviene - in applicazione dell'art. 9 Cost. - unicamente in caso di eccesso o di abuso di tale potere: ciò si verifica ad esempio qualora l'autorità cantonale abbia applicato criteri inappropriati rispettivamente trascurato criteri e circostanze pertinenti. Avanti al Tribunale federale non può essere fatto valere che una decisione sia meramente opinabile o inadeguata (DTF 138 III 443 consid. 2.1.3; 134 III 323 consid. 2; 130 III 176 consid. 1.2; 130 III 611 consid. 1.2).
2.2 Il Tribunale di appello ha considerato, in ingresso, che la liquidazione dell'eredità giacente fu E._ si è rivelata particolarmente impegnativa, almeno ai suoi inizi, avendo gli amministratori speciali dovuto liquidare l'azienda del defunto, ancora in attività al momento del suo decesso, dovendo raggruppare in un unico sito e verificare la documentazione aziendale, riorganizzare la contabilità e l'amministrazione, procedere alla realizzazione di 64 fondi, cedere il ramo aziendale, corrispondere con i creditori ed i debitori ecc. Quanto alla tariffa oraria proposta dagli amministratori speciali (fr. 240.-- per l'avv. F._, fr. 220.-- per gli altri due amministratori speciali - fra i quali il lic. oec. fu D._ - e per gli avvocati dello studio F._, fr. 150.-- per i contabili e fr. 80.-- per il segretariato), i Giudici cantonali hanno constatato preliminarmente che essa supera quella massima riconosciuta dalla competente Camera del Tribunale di appello (fr. 140.-- a 170.-- per i liberi professionisti con titolo accademico; fr. 120.-- a 150.-- per dipendenti con titolo accademico; fr. 110.-- a 140.-- per i liberi professionisti senza titolo accademico; fr. 100.-- a 130.-- per dipendenti senza titolo accademico; fr. 50.-- a 80.-- per dipendenti con mansioni contabili; fr. 30.-- a 50.-- per dipendenti con mansioni di segretariato; tariffe nel frattempo linearmente aumentate di fr. 10.-- dal 1° marzo 2010 senza effetto retroattivo). Hanno sottolineato che si tratta di valori medi, applicabili alle mansioni tipiche di una liquidazione fallimentare, il che non esclude maggiorazioni puntuali e debitamente motivate. Nel caso di specie, gli istanti non avrebbero però dimostrato che il loro operato abbia esulato dalla tipica attività di liquidazione fallimentare. Quand'anche un'uniformazione dei criteri di determinazione della retribuzione delle amministrazioni speciali a livello svizzero potrebbe apparire auspicabile, hanno proseguito i Giudici cantonali, l'art. 47 cpv. 1 OTLEF e la relativa giurisprudenza federale conferiscono alle singole autorità di vigilanza un ampio potere d'apprezzamento. Un adeguamento generalizzato all'importo orario di fr. 290.--, proposto dagli istanti in sede cantonale e da essi dedotto sulla base di determinati precedenti giudiziari posti a confronto, non appare giustificato già per l'assenza di informazioni puntuali relative ai casi presi a paragone. Di rilievo è poi che gli importi tratti da incarti ginevrini ed addotti a paragone erano stati fissati ad inizio della procedura, mentre nel caso presente gli istanti chiedono a posteriori, a procedura quasi terminata ed a 13 anni dal suo inizio, un adeguamento delle tariffe. Ciò contravviene al principio della non retroattività degli aumenti tariffali, adottato al momento dell'adeguamento delle tariffe nel 2010, né gli istanti hanno allegato che la competente Camera del Tribunale di appello o i creditori avrebbero avallato la retribuzione oraria oggi postulata. Si evince anzi dalle tabelle dettagliate relative alle prestazioni dal 1998 al 2005 che convenuta era una retribuzione oraria prossima ai massimi ammessi dalla predetta Camera: fr. 165.-- per le prestazioni (non giudiziarie) dell'avv. F._; fr. 125.-- per i compiti da lui delegati ad altro legale del suo studio; fr. 145.-- per i lic. oec. G._ e fu D._; fr. 135.-- per i lavori di un contabile diplomato; fr. 80.-- per i lavori di un contabile; fr. 60.-- per le prestazioni dell'aiuto contabile; fr. 50.-- per i lavori di segretariato. Un calcolo fondato su tariffe di associazioni professionali stabilite su base commerciale non è pertinente visto anche il carattere sociale della norma dell'OTLEF; le divergenti regolamentazioni ad esempio del Canton Vaud non sono motivo di decidere diversamente e rendono privo di pertinenza il rimando alle tariffe professionali degli Ordini di avvocatura vallesano o grigionese.
In base ai criteri appena esposti (e segnatamente alla tariffa oraria convenuta, vincolante per gli istanti), i Giudici cantonali sono pervenuti ad una retribuzione globale, per il fu lic. oec. D._ ed i suoi collaboratori, di fr. 784'358.75 invece dei fr. 1'162'600.-- postulati.
3. 3.1 La critica ricorsuale in fatto, secondo la quale non sarebbe vero che all'inizio della procedura fallimentare gli amministratori speciali si siano impegnati a fatturare sulla base dei parametri ritenuti dal Tribunale di appello, è priva di un'approfondita motivazione rispondente ai criteri esposti supra (consid. 1.3). Essa è piuttosto una generica contestazione che si esaurisce nel riproporre il proprio modo di vedere delle ricorrenti, senza puntuale rinvio agli atti e senza discussione dell'argomento principale addotto dai Giudici cantonali, ovvero del fatto che la ridotta retribuzione oraria in definitiva adottata scaturirebbe dalle tabelle delle prestazioni 1998-2005, e che gli istanti non avrebbero neppure allegato divergenti pattuizioni con i creditori o divergenti accordi con la competente Camera del Tribunale di appello (supra consid. 2.2).
Insufficientemente motivata, la relativa censura si appalesa inammissibile.
3.2 In diritto, l'apprezzamento effettuato dai Giudici di appello è conforme ai principi suesposti (supra consid. 2.1) e si fissa ancora entro i limiti della rarefatta giurisprudenza del Tribunale federale. Siano esemplificativamente ricordate, poiché particolarmente rappresentative, la DTF 130 III 611 e le sentenze 7B.86/2005 del 18 luglio 2005 e 5A_31/2010 del 29 aprile 2010 (quest'ultima pubblicata in RDAF 2010 I pag. 272 e in Pra 2011 n. 75 pag. 536).
3.2.1 Nella prima delle qui menzionate sentenze, risalente all'anno 2004, il Tribunale federale aveva avallato una decisione dell'autorità di vigilanza del Cantone Neuchâtel nella quale la tariffa oraria era stata fissata in fr. 200.-- per operazioni particolarmente significative, fr. 140.-- per operazioni specialistiche e fr. 50.-- per operazioni esecutive correnti (sulla distinzione del genere d'attività v. DTF 130 III 611 consid. 3.2; sentenza 7B.86/2005 del 18 luglio 2005 consid. 3.1.3 e 3.2.3); in assenza di particolari qualifiche ed esperienza dell'allora ricorrente, aveva considerato la retribuzione oraria richiesta di fr. 290.-- manifestamente esorbitante.
3.2.2 Nel secondo caso, concernente il Cantone Zurigo e deciso nel 2005, il Tribunale federale ha confermato la retribuzione stabilita dall'autorità di vigilanza in fr. 280.-- per l'avvocato amministratore speciale del fallimento e per i suoi partner, fr. 220.-- per gli avvocati dipendenti e fr. 90.-- per le attività di segretariato. In questa decisione, il Tribunale federale ha ribadito il carattere meramente indicativo dei tariffari d'associazione, rammentando di avere in precedenza fatto riferimento alle tariffe del patrocinio d'ufficio (sentenza 7B.86/2005 del 18 luglio 2005 consid. 3.1.4, con rinvio alla DTF 120 III 97 consid. 3a); inoltre, ha ricordato che è nell'interesse del debitore e dei creditori che colui che accetta di assumere una funzione nell'ambito dell'esecuzione forzata non venga retribuito in base a criteri puramente commerciali ("orientées vers le gain"; sentenza 7B.86/2005 del 18 luglio 2005 consid. 3.1.4, con rinvio alla DTF 103 III 65 consid. 2).
3.2.3 La terza decisione menzionata è significativa poiché rammenta un ulteriore principio: la retribuzione dell'amministrazione speciale può avvenire in due tempi, con una fissazione della tariffa oraria in un primo tempo ed un'approvazione della fattura finale in un secondo tempo. Laddove è discorso della tariffa oraria, non è ammissibile ridiscutere a posteriori una tariffa definita all'inizio della procedura emettendo una fattura finale a tariffa ben superiore: ciò equivale a porre l'autorità davanti al fatto compiuto (sentenza 5A_31/2010 del 29 aprile 2010 consid. 4.1).
3.3 Dagli esempi qui riportati si deve dedurre che le tariffe orarie ritenute dal Tribunale di appello nel caso qui discusso non si discostano in maniera significativa da quanto sottoposto in tempi recenti al Tribunale federale, seppur vada ammesso che esse si situano al limite inferiore dello spettro considerato - tant'è vero che le direttive ticinesi in proposito sono state adeguate verso l'alto nel 2010 (supra consid. 2.2).
Emerge poi che il Tribunale federale ha avallato tariffe orarie fortemente divergenti fra una regione e l'altra della Svizzera, senza esprimere un'esigenza di uniformazione dovuta al fatto che la LEF è una legge federale, come invece pretendono le ricorrenti.
Inoltre, ribadito che la retribuzione va fissata caso per caso secondo le specificità della concreta procedura di fallimento, incombe all'istante l'onere di esporre in modo circostanziato in cosa la sua attività sia di difficoltà o impegno superiori alla media, e di conseguenza giustifichi una retribuzione più elevata.
Infine, qualora sia accertato - come nel caso concreto, senza arbitrio (supra consid. 3.1) - che era stata concordata una tariffa retributiva all'inizio della loro attività, i membri dell'amministrazione speciale non possono modificarla unilateralmente sottoponendo all'autorità di vigilanza per approvazione una fattura finale basata su tariffe maggiorate.
3.4 Peraltro, le ricorrenti non si confrontano con l'argomentazione dei Giudici cantonali né sviluppano un'argomentazione fondata sui principi suesposti, bensì si limitano a ribadire apoditticamente l'esigenza di adeguare le tariffe in vigore in Ticino a quelle più elevate applicate nel resto della Svizzera. In particolare, nel loro ricorso manca ogni e qualsiasi illustrazione delle ragioni che spingono le ricorrenti a considerare che l'amministrazione speciale qui in discussione possa essere paragonata a quelle oggetto dei precedenti giudiziari da loro segnalati, e che di conseguenza sia imprescindibile l'adozione di tariffe orarie del medesimo ordine di grandezza. La critica ricorsuale è, in altre parole, lungi dal dimostrare che gli importi retributivi unitari adottati dall'autorità di vigilanza ticinese siano il risultato di un apprezzamento fondato su criteri non pertinenti o abbia, al contrario, trascurato fatti ed altri criteri invece pertinenti (supra consid. 2.1). Il principio è e rimane quello dell'ampia autonomia di giudizio dell'autorità cantonale di vigilanza, autonomia che giustifica tariffe anche sensibilmente inferiori a quelle delle categorie professionali cui appartengono gli amministratori, senza voler escludere eccezioni adeguatamente motivate e comprovate; autonomia, infine, che non impone il principio di un'uniformità tariffale in tutto il Paese. L'argomentazione ricorsuale, motivata al limite della sufficienza, va respinta in quanto ammissibile.
Quanto alla censura relativa alla mancata rivalutazione monetaria della retribuzione visto il lasso di tempo trascorso dall'apertura del fallimento e dall'insediamento dell'amministrazione speciale, vi è da chiedersi se non si tratti in verità di una nuova conclusione, di principio inammissibile a questo stadio della procedura (art. 99 cpv. 2 LTF). In ogni caso, la critica si appalesa inammissibile per carenza di motivazione, atteso che le ricorrenti non discutono minimamente l'argomento del Tribunale di appello giusta il quale la tariffa oraria convenuta non poteva più essere rimessa in discussione a procedura praticamente terminata.
4. Il ricorso va, in conclusione, respinto nella misura della sua ammissibilità, con conseguenza di tassa e spese a carico delle ricorrenti soccombenti in solido (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF). Non sono dovute ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti in solido.
3. Comunicazione al patrocinatore delle ricorrenti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.