Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer wurde mit Verfügung vom 24. Mai 2012 aufgefordert, dem Bundesgericht bis spätestens am 14. Juni 2012 einen Kostenvorschuss von Fr. 2'000.-- einzuzahlen (act. 5). Mit Schreiben vom 11. Juni 2012 machte er geltend, die Kostenvorschussverfügung sei mangelhaft eröffnet worden und deshalb nichtig (act. 9). Das Bundesgericht wies den Beschwerdeführer am 18. Juni 2012 darauf hin, dass die Kostenvorschussverfügung vom 24. Mai 2012 korrekt eröffnet worden war und am Kostenvorschuss festgehalten werde. Gleichzeitig wurde dem Beschwerdeführer die in Art. 62 Abs. 3 BGG vorgesehene Nachfrist bis zum 28. Juni 2012 zur Leistung des Vorschusses angesetzt mit der Androhung, dass ansonsten auf das Rechtsmittel nicht eingetreten werde (act. 10). Der Kostenvorschuss wurde nicht geleistet. Was der Beschwerdeführer stattdessen mit Eingabe vom 28. Juni 2012 vorbringt, dringt nicht durch (act. 13). Es wurde ihm nicht eine ein-, sondern eine zehntägige Nachfrist zur Bezahlung des Kostenvorschusses eingeräumt. Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, es wäre ihm nach Empfang der Verfügung nicht möglich gewesen, den Kostenvorschuss fristgerecht zu bezahlen. Zudem schliesst das Völker- und Bundesrecht das Einfordern eines Kostenvorschusses für das vorliegende Verfahren nicht aus. Mangels Leistung des Kostenvorschusses ist androhungsgemäss auf die Beschwerde im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill