Fatti:
A. Il 29 aprile 2009 si è staccata dal fondo part. www di X._ una frana che, scendendo a valle lungo il riale "Y._", ha raggiunto l'abitato di Z._ provocando ingenti danni materiali. Dalle indagini è emerso che sul fondo dal quale ha avuto origine lo scoscendimento, situato fuori della zona edificabile, tra l'11 maggio 2005 e il 9 giugno 2005, era stato eretto un muro a monte del quale erano stati depositati circa 2'600 m3 di materiale di scavo provenienti dalla vicina particella xxx.
B. In relazione a questo evento, il Ministero pubblico ha aperto un procedimento penale per il reato di franamento colposo (art. 227 cpv. 2 CP) nei confronti, tra gli altri, di B._ (responsabile della direzione dei lavori di edificazione del fondo part. xxx) e di C._ (titolare della ditta che ha eseguito lo scavo). Con decisione del 12 settembre 2012, il Procuratore pubblico (PP) ha decretato l'abbandono del procedimento per intervenuta prescrizione dell'azione penale. Il Magistrato inquirente ha ritenuto che la prescrizione ha iniziato a decorrere dal 9 giugno 2005, quando sono terminate le operazioni di costruzione del muro e di deposito del materiale di scavo, ed è subentrata il 10 giugno 2012.
C. Contro il decreto di abbandono, A._, proprietaria di un edificio danneggiato dal franamento, ha adito la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) che, con sentenza del 18 dicembre 2012, ha respinto il reclamo. La Corte cantonale ha sostanzialmente confermato la decisione del PP.
D. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. In via principale, chiede di annullare anche il decreto di abbandono e di promuovere l'accusa nei confronti degli opponenti per il reato di franamento colposo. In via subordinata, chiede di annullare il decreto di abbandono e di ordinare la riapertura dell'istruzione penale. La ricorrente fa sostanzialmente valere l'accertamento inesatto dei fatti e la violazione del diritto federale.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 La decisione impugnata conferma il decreto di abbandono e pone quindi fine al procedimento penale. Si tratta di una decisione finale pronunciata in materia penale dall'autorità cantonale di ultima istanza, contro la quale è ammissibile il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1, 80 cpv. 1 e 90 LTF). Il ricorso è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF). La legittimazione ricorsuale giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF può essere ammessa, giacché la ricorrente, la cui proprietà è stata danneggiata dal franamento, è un'accusatrice privata che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza e la sentenza impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili.
1.2 Poiché contro la sentenza impugnata è aperta la via ordinaria del ricorso in materia penale, il ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF) non entra in considerazione ed è pertanto inammissibile.
2. 2.1 La ricorrente fa valere un accertamento inesatto dei fatti in relazione all'ulteriore materiale depositato temporaneamente sul fondo part. www da altri cantieri dopo il 9 giugno 2005. Ritiene che agli atti non vi sarebbero elementi sufficienti per ritenere che tale materiale non ha comportato un aumento del pericolo di franamento.
2.2 La censura non adempie le esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF ed è pertanto inammissibile (cfr., sulle esigenze di motivazione, DTF 136 I 229 consid. 4.1; 133 II 249 consid. 1.4.1 e 1.4.2). La Corte cantonale ha infatti fondato il suo giudizio sulle deposizioni degli architetti D._, E._ e F._, citando esplicitamente i relativi verbali di interrogatorio. Sulla base di tali dichiarazioni ha accertato che il materiale proveniente dagli scavi eseguiti successivamente sulle particelle yyy e zzz è stato depositato sul fondo part. www soltanto provvisoriamente. Ha perciò escluso un aumento del rischio di franamento riconducibile a tali interventi e ritenuto di conseguenza determinante per il reato di specie la costruzione del muro e il deposito di materiale di scavo proveniente dalla particella xxx, realizzati tra l'11 maggio 2005 e il 9 giugno 2005. La ricorrente non si confronta con le deposizioni alla base del giudizio impugnato e non sostanzia quindi arbitrio alcuno. Non v'è pertanto motivo di rivedere il giudizio impugnato su questo punto, sicché l'accertamento secondo cui lo scoscendimento è stato originato unicamente dagli interventi eseguiti fino al 9 giugno 2005 è vincolante per il Tribunale federale (cfr. art. 105 cpv. 1 LTF).
3. 3.1 La ricorrente fa valere la violazione degli art. 11 e 98 lett. c CP. Sostiene che gli opponenti avrebbero commesso il reato di franamento per omissione, siccome non sarebbero intervenuti per correggere una situazione abusiva, chiaramente pericolosa, da loro creata con la costruzione del muro ed il deposito del materiale di scavo. Tale situazione si sarebbe protratta fino al momento in cui si è staccata la frana, il 29 aprile 2009, data a partire dalla quale inizierebbe a decorrere il termine di prescrizione dell'azione penale.
3.2 Giusta l'art. 227 cpv. 1 prima frase CP, chiunque intenzionalmente cagiona un'inondazione o il crollo di una costruzione o un franamento e mette con ciò scientemente in pericolo la vita o l'integrità delle persone o la proprietà altrui, è punito con la pena detentiva non inferiore ad un anno. Secondo l'art. 227 cpv. 2 CP, la pena è una pena detentiva sino a tre anni o a una pena pecuniaria se il colpevole ha agito per negligenza. Il comportamento negligente può anche consistere in un'omissione, qualora in virtù di una posizione di garante incombesse all'autore un obbligo di agire (cfr. art. 11 CP). La distinzione tra l'omissione e la commissione non è tuttavia sempre agevole e ci si può sovente chiedere se all'autore deve essere rimproverato di avere agito come non avrebbe dovuto o piuttosto di avere omesso di agire come avrebbe invece dovuto (DTF 129 IV 119 consid. 2.2 e riferimento). In caso di dubbio, per valutare un determinato comportamento, occorre fondarsi sul principio della sussidiarietà e riconoscere un reato per commissione quando all'autore può essere imputato un comportamento attivo che ha contribuito a creare o ad accrescere il pericolo all'origine del risultato (DTF 129 IV 119 consid. 2.2; 122 IV 145 consid. 2; 121 IV 109 consid. 3b pag. 120; 120 IV 265 consid. 2b pag. 271; 115 IV 199 consid. 2).
3.3 In concreto, agli opponenti è sostanzialmente rimproverato di avere eretto un muro ciclopico e depositato a monte dello stesso una quantità ingente di materiale di scavo da cui ha avuto origine il franamento. È quindi addebitato loro un comportamento attivo per avere modificato le caratteristiche del terreno provocandone il franamento e non una pura omissione. Certo, gli interessati hanno in seguito trascurato di ripristinare la situazione originaria del terreno o di attuare altre misure adeguate per evitare il verificarsi di danni. Ciò non consente tuttavia di trasformare in un'omissione le azioni eseguite sul fondo, all'origine dello scoscendimento. Nella fattispecie, la Corte cantonale ha pertanto ravvisato a ragione un reato per commissione.
3.4 Giusta l'art. 98 CP, la prescrizione decorre dal giorno in cui l'autore ha commesso il reato (lett. a); se il reato è stato eseguito mediante atti successivi, dal giorno in cui è stato compiuto l'ultimo atto (lett. b). Come esposto, agli opponenti è rimproverato un comportamento attivo legato alle operazioni di costruzione del muro e di deposito di materiale avvenuti tra l'11 maggio 2005 e il 9 giugno 2005. Il termine settennale di prescrizione (cfr. art. 97 cpv. 1 lett. c CP) inizia pertanto a decorrere da quest'ultima data, indipendentemente dal momento in cui si è verificato il risultato del reato (DTF 134 IV 297 consid. 4). La decisione impugnata, che conferma l'intervenuta prescrizione dell'azione penale, non viola quindi il diritto federale.
4. Ne segue che il ricorso sussidiario in materia costituzionale deve essere dichiarato inammissibile, mentre il ricorso in materia penale deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili della sede federale agli opponenti, non invitati a presentare una risposta al gravame.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
2. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia penale è respinto.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.