Erwägungen:
1. Mit Urteil 6B_414/2009 vom 21. Juli 2009 hiess das Bundesgericht eine Beschwerde von X._ teilweise gut. Es hob den angefochtenen Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 7. Januar 2009 im Strafpunkt auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung erklärte es im Umfang der teilweisen Gutheissung der Beschwerde für gegenstandslos. Der Kanton St. Gallen wurde angewiesen, dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines teilweisen Obsiegens eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
2. X._ ersucht am 16. April 2010 um Erläuterung des Urteils 6B_414/2009 vom 21. Juli 2009. Er führt aus, die Staatsanwaltschaft St. Gallen mache zu Unrecht die Verrechnung der Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- mit den ihm auferlegten Kosten des kantonalen Strafverfahrens geltend. Damit gehe sein Verteidiger leer aus, womit das Institut der unentgeltlichen Prozessverbeiständung ausgehöhlt werde. Das Urteil sei daher in dem Sinne zu erläutern, als die geschuldete Parteientschädigung seinem Verteidiger zuzusprechen sei.
3. Ist das Dispositiv eines bundesgerichtlichen Urteils unklar, unvollständig oder zweideutig, stehen seine Bestimmungen untereinander oder mit der Begründung im Widerspruch oder enthält es Redaktions- oder Rechnungsfehler, so nimmt das Bundesgericht auf schriftliches Gesuch einer Partei oder von Amtes wegen die Erläuterung oder Berichtigung vor (Art. 129 Abs. 1 BGG).
4. Heisst das Bundesgericht eine Beschwerde gut, verpflichtet es die unterliegende Partei, der obsiegenden Partei die durch den Rechtsstreit verursachten Kosten zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts im Umfang der Gutheissung der Beschwerde gegenstandslos. Die Möglichkeit, die Parteikostenentschädigung in solchen Fällen direkt dem Rechtsvertreter zuzusprechen, ist im BGG nicht ausdrücklich vorgesehen. In der Praxis wird dies so gehandhabt, wenn die Gefahr besteht, dass der bedürftige Beschwerdeführer die ihm im Umfang seines Obsiegens zugesprochene Parteikostenentschädigung für die Bestreitung seines Lebensunterhalts beansprucht, womit der Verteidiger leer ausgehen würde, was vorliegend allerdings nicht der Fall war. Auch beantragte der Gesuchsteller in seiner Beschwerde vom 18. Mai 2009 nicht, eine allfällige Parteientschädigung sei direkt seinem Rechtsvertreter zuzusprechen.
5. Das Dispositiv des Urteils 6B_414/2009 ist weder unklar noch zweideutig, noch stehen seine Bestimmungen untereinander oder mit der Entscheidbegründung im Widerspruch. Die gesetzlichen Voraussetzungen für eine Erläuterung sind daher nicht erfüllt (vgl. Urteil 1G_1/2009 vom 24. Juni 2009). Dem Gesuchsteller ist zwar beizupflichten, dass eine Verrechnung der Parteientschädigung mit den auferlegten Verfahrenskosten angesichts seiner Bedürftigkeit stossend erscheint. Über die Zulässigkeit der Verrechnung hat jedoch nicht das Bundesgericht im Erläuterungsverfahren zu befinden. Der Gesuchsteller ist auf die ihm gegen die Verrechnung im Kanton St. Gallen zur Verfügung stehenden Rechtsmittel zu verweisen, soweit er den Standpunkt vertritt, die Verrechnung mit der zugesprochenen Parteientschädigung erfolge unrechtmässig.
6. Auf das Erläuterungsgesuch ist nicht einzutreten. Auf die Erhebung von Gerichtskosten kann ausnahmsweise verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf das Erläuterungsgesuch wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Mai 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld