Erwägungen:
1. 1.1 X._ (geb. 1972) stammt aus Serbien. Am 30. Oktober 2005 heiratete er eine im Kanton Zürich niederlassungsberechtigte Landsfrau, worauf ihm eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei seiner Gattin erteilt wurde.
1.2 Am 22. November 2010 lehnte das Migrationsamt des Kantons Zürich ein Gesuch von X._ vom 19. Oktober 2009 ab, seine beiden Kinder aus erster Ehe, Z._ (geb. 1992) und Y._ (geb. 1994), in die Schweiz nachziehen zu können.
1.3 Nachdem ihm am 8. März 2011 die Niederlassungsbewilligung erteilt worden war, erneuerte er am 23. Juni 2011 erfolglos sein Gesuch für den Sohn Y._. Gegen den entsprechenden Entscheid des Migrationsamts gelangte er erfolglos an die Sicherheitsdirektion (Entscheid vom 24. Januar 2012) und an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses ging davon aus, dass das Nachzugsgesuch zu spät eingereicht worden sei und keine wichtigen Gründe für einen nachträglichen Familiennachzug bestünden.
1.4 X._ und Y._ beantragen vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 24. April 2012 aufzuheben und den Kanton anzuweisen, den Familiennachzug zu bewilligen und hierfür eine Aufenthalts- oder Niederlassungsbewilligung zu erteilen.
2. Die Eingabe erweist sich - soweit die Beschwerdeführer sich darin sachbezogen mit den Ausführungen der Vorinstanz auseinandersetzen und nicht lediglich ohne Bezugnahme auf den angefochtenen Entscheid ihren Standpunkt wiederholen oder appellatorisch die Feststellung des Sachverhalts kritisieren (vgl. Art. 42 und Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.1-2.3) - als offensichtlich unbegründet und kann ohne Weiterungen im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG erledigt werden:
2. Die Eingabe erweist sich - soweit die Beschwerdeführer sich darin sachbezogen mit den Ausführungen der Vorinstanz auseinandersetzen und nicht lediglich ohne Bezugnahme auf den angefochtenen Entscheid ihren Standpunkt wiederholen oder appellatorisch die Feststellung des Sachverhalts kritisieren (vgl. Art. 42 und Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.1-2.3) - als offensichtlich unbegründet und kann ohne Weiterungen im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG erledigt werden:
2.1 2.1.1 Ausländische Ehegatten und ledige Kinder unter 18 Jahren von Personen mit Niederlassungsbewilligung haben Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit diesen zusammenwohnen (Art. 43 Abs. 1 des Ausländergesetzes [AuG; SR 142.20]). Der Anspruch ist bei Kindern über 12 Jahren innerhalb von zwölf Monaten nach der Einreise oder der Entstehung des Familienverhältnisses geltend zu machen (Art. 47 Abs. 1 AuG). Bestand das Verhältnis - wie hier - bereits vor dem Inkrafttreten des Gesetzes, hat die entsprechende Frist am 1. Januar 2008 zu laufen begonnen (vgl. Art. 126 Abs. 3 AuG). Nur ausländische Personen, die ohne Anspruch fristgerecht, aber erfolglos ein erstes Nachzugsgesuch gestellt haben, können in einer späteren Anspruchssituation - erneut fristgerecht - um einen Nachzug ersuchen (vgl. BGE 137 II 393 ff.).
2.1.2 Wurde das Gesuch nicht innert Frist eingereicht, wird ein in diesem Sinn "nachträglicher" Familiennachzug bewilligt, wenn "wichtige familiäre Gründe" vorliegen, wobei Kinder über 14 Jahre anzuhören sind, "sofern dies erforderlich" erscheint (Art. 47 Abs. 4 AuG). Wichtige familiäre Gründe liegen unter anderem dann vor, wenn das Kindeswohl schwergewichtig nur durch einen Nachzug in die Schweiz sachgerecht gewahrt werden kann (vgl. Art. 75 VZAE [SR 142.201]). Dabei ist nach der Rechtsprechung aber nicht ausschliesslich auf das Kindeswohl abzustellen; es bedarf vielmehr einer Gesamtschau unter Berücksichtigung aller relevanten Elemente im Einzelfall. Hierbei ist dem Sinn und Zweck der Fristenregelung Rechnung zu tragen, welche die Integration der Kinder erleichtern will, indem diese durch einen frühzeitigen Nachzug unter anderem auch eine möglichst umfassende Schulbildung in der Schweiz geniessen sollen. Zudem geht es darum, Nachzugsgesuchen entgegenzuwirken, die rechtsmissbräuchlich erst kurz vor Erreichen des erwerbstätigen Alters gestellt werden, sodass die erleichterte Zulassung zur Erwerbstätigkeit und nicht (mehr) die Bildung einer echten Familiengemeinschaft im Vordergrund steht (BBl 2002 3709 Ziff. 1.3.7.7 S. 3754 f.). Die Bewilligung des Nachzugs nach Ablauf der Fristen hat nach dem Willen des Gesetzgebers die Ausnahme zu bilden; dabei ist Art. 47 Abs. 4 Satz 1 AuG jeweils dennoch so zu handhaben, dass der Anspruch auf Schutz des Familienlebens nach Art. 8 EMRK bzw. Art. 13 BV nicht verletzt wird (Urteile 2C_765/2011 vom 28. November 2011 E. 2.1; 2C_205/ 2011 vom 10. Oktober 2011 E. 4.2; 2C_709/2010 vom 25. Februar 2011 E. 5.1.1).
2.1.2 Wurde das Gesuch nicht innert Frist eingereicht, wird ein in diesem Sinn "nachträglicher" Familiennachzug bewilligt, wenn "wichtige familiäre Gründe" vorliegen, wobei Kinder über 14 Jahre anzuhören sind, "sofern dies erforderlich" erscheint (Art. 47 Abs. 4 AuG). Wichtige familiäre Gründe liegen unter anderem dann vor, wenn das Kindeswohl schwergewichtig nur durch einen Nachzug in die Schweiz sachgerecht gewahrt werden kann (vgl. Art. 75 VZAE [SR 142.201]). Dabei ist nach der Rechtsprechung aber nicht ausschliesslich auf das Kindeswohl abzustellen; es bedarf vielmehr einer Gesamtschau unter Berücksichtigung aller relevanten Elemente im Einzelfall. Hierbei ist dem Sinn und Zweck der Fristenregelung Rechnung zu tragen, welche die Integration der Kinder erleichtern will, indem diese durch einen frühzeitigen Nachzug unter anderem auch eine möglichst umfassende Schulbildung in der Schweiz geniessen sollen. Zudem geht es darum, Nachzugsgesuchen entgegenzuwirken, die rechtsmissbräuchlich erst kurz vor Erreichen des erwerbstätigen Alters gestellt werden, sodass die erleichterte Zulassung zur Erwerbstätigkeit und nicht (mehr) die Bildung einer echten Familiengemeinschaft im Vordergrund steht (BBl 2002 3709 Ziff. 1.3.7.7 S. 3754 f.). Die Bewilligung des Nachzugs nach Ablauf der Fristen hat nach dem Willen des Gesetzgebers die Ausnahme zu bilden; dabei ist Art. 47 Abs. 4 Satz 1 AuG jeweils dennoch so zu handhaben, dass der Anspruch auf Schutz des Familienlebens nach Art. 8 EMRK bzw. Art. 13 BV nicht verletzt wird (Urteile 2C_765/2011 vom 28. November 2011 E. 2.1; 2C_205/ 2011 vom 10. Oktober 2011 E. 4.2; 2C_709/2010 vom 25. Februar 2011 E. 5.1.1).
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer 1 hat ohne Bewilligungsanspruch am 19. Oktober 2009 ein erstes Mal um den Nachzug seiner Kinder aus erster Ehe nachgesucht. Beim Inkrafttreten des Gesetzes war der Beschwerdeführer 2 bereits über 12 und im Zeitpunkt des konkreten zweiten Gesuchs über 14 Jahre alt, womit für ihn die einjährige Nachzugsfrist galt, welche am 1. Januar 2008 zu laufen begann. Das erste Nachzugsgesuch (ohne Bewilligungsanspruch) wurde somit nicht fristgerecht eingereicht, weshalb die Vorinstanz zu Recht davon ausgegangen ist, dass nach der Erteilung der Niederlassungsbewilligung keine weitere Möglichkeit bestand, den Beschwerdeführer 2 fristgerecht nachzuziehen.
2.2.2 Zu Recht hat sich auch das Vorliegen der Voraussetzungen für einen nicht fristgerechten, nachträglichen Familiennachzug verneint: Der Beschwerdeführer 2 ist am 11. Juni 2011 mit seiner Mutter in die Schweiz gereist, wobei für den 26. Juni 2011 ein Rückflug nach Skopje gebucht war, woraus die Vorinstanz darauf schliessen durfte, dass nach wie vor eine funktionierende Mutter-Sohn-Beziehung besteht. Zwar wohnt die Mutter nicht mehr im selben Haus wie die Kinder, doch immer noch im selben Dorf. Mit der Vorinstanz kann davon ausgegangen werden, dass sie ihn ohne Weiteres sachgerecht betreuen kann, zumal die inzwischen volljährige Schwester des Beschwerdeführers 2 ebenfalls in der Heimat verbleibt; dies gilt auch, wenn die Grosseltern an gewissen Altersgebrechen leiden sollten, was die Beschwerdeführer - entgegen ihrer Mitwirkungspflicht (BGE 124 II 361 E. 2b) - nicht weiter dargetan haben. Der Beschwerdeführer 1 hat die Trennung von seinem Sohn mit der Einreise in die Schweiz ursprünglich selbst freiwillig herbeigeführt; es steht ihm frei, die Beziehung zu diesem wie bisher besuchsweise und per Telefon zu pflegen (vgl. BGE 124 II 366 E. 3a). Dass der Sohn wünscht, in die Schweiz zu kommen, hat sein Vater wiederholt dargelegt; eine persönliche Anhörung war deshalb - entgegen den Vorbringen in der Beschwerdeschrift - weder gestützt auf Art. 47 Abs. 4 AuG noch in Anwendung der UNO-Kinderrechtskonvention (Art. 12 Abs. 2; SR 0.107) erforderlich (vgl. BGE 124 II 361 E. 3c S. 368, Urteile 2C_711/2011 vom 27. März 2012 E. 5.3; 2C_746/2009 vom 16. Juni 2010 E. 4). Das Verwaltungsgericht musste auch nicht - wie die Beschwerdeführer kritisieren - gestützt auf Art. 6 EMRK die Streitsache öffentlich verhandeln: Aufenthaltsrechtliche Entscheide bilden keine zivil- oder strafrechtlichen Streitigkeiten im Sinne von Art. 6 EMRK, auch wenn sie im Zusammenhang mit einer Erwerbstätigkeit oder einer strafrechtlichen Verurteilung stehen (vgl. BGE 137 I 128 E. 4.4.2; EGMR-Urteile Üner gegen Niederlande vom 18. Oktober 2006 [Nr. 46410/99] § 56; Mamatkoulov und Askarov gegen Türkei vom 4. Februar 2005 [Nr. 46827/99] § 82 f.). Soweit die Beschwerdeführer schliesslich geltend machen, die Vorinstanzen hätten ermessensweise die Bewilligung erteilen müssen, verkennen sie, dass die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen Bewilligungsentscheide ausgeschlossen ist, auf deren Erteilung kein Rechtsanspruch besteht (vgl. Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG) und sie diesbezüglich die Legitimationsvoraussetzungen für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht erfüllen (vgl. Art. 115 lit. b BGG; vgl. BGE 137 II 305 E. 2 S. 308).
3. 3.1 Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der angefochtene Entscheid verletzt weder nationales noch internationales Recht (vgl. Art. 8 Ziff. 2 EMRK). Für alles Weitere wird ergänzend auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG). Mit dem vorliegenden Urteil in der Sache selber werden die verschiedenen Verfahrensanträge (Erlass des Kostenvorschusses, Gesuch um einen zweiten Schriftenwechsel und öffentliche Beratung) gegenstandslos.
3.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend haben die unterliegenden Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (vgl. Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (vgl. Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juni 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar