Fatti:
A. A._, nato nel 1968, ha conseguito la licenza di condurre nel giugno del 1986. Nel 2006 gli è stata revocata la patente per la durata di tre mesi (dal 1° novembre 2006 al 31 gennaio 2007) a seguito di un grave eccesso di velocità. Il 2 ottobre 2008, egli è stato fermato per aver circolato in territorio di X._ a velocità eccessiva (91 km/h sul limite di 60 km/h). Sottoposto all'esame dell'alcolemia, è risultato positivo nella misura di 1.20 - 1.53 0/00.
B. Il 5 novembre 2008, la Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni del Canton Ticino gli ha revocato la licenza di condurre per la durata di 16 mesi, autorizzandolo nondimeno a guidare durante questo periodo i veicoli delle categorie speciali G e M. Il 10 marzo 2009, il Consiglio di Stato ha confermato la misura. Con giudizio del 20 maggio 2009, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso dell'interessato.
C. Contro questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, concesso l'effetto sospensivo al gravame, di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria e di riformare la sentenza impugnata nel senso di ridurre la durata della revoca della licenza a 12 mesi.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 II 186 consid. 1).
1.2 La via del ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi degli art. 82 segg. LTF è di principio aperta contro le decisioni prese in ultima istanza cantonale riguardo ai provvedimenti amministrativi di revoca della licenza di condurre. La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 89 cpv. 1 LTF). Interposto tempestivamente contro una decisione finale di ultima istanza cantonale, non suscettibile d'impugnazione dinanzi al Tribunale amministrativo federale, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.3 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per la violazione del diritto, in cui rientra l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento, ma non l'adeguatezza della decisione impugnata (cfr. MARKUS SCHOTT, in Basler Kommentar BGG, n. 34 all'art. 95). Giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF, il ricorso deve inoltre essere motivato in modo sufficiente. Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali ragioni tale giudizio viola il diritto. Certo, il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF), ma ciò presuppone che il gravame possa essere esaminato nel merito ed adempia quindi i requisiti minimi di motivazione previsti dall'art. 42 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 134 IV 36).
Nella misura in cui si limita a ribadire le argomentazioni sollevate dinanzi alla precedente istanza, il ricorrente non sostanzia una violazione del diritto federale. Accennando a considerazioni generali sul disciplinamento della revoca e sulle conseguenze personali, egli mette piuttosto in discussione la scelta del legislatore, che ha invero in parte fortemente inasprito il regime della revoca, alla quale tuttavia il Tribunale federale è vincolato (cfr. art. 191 Cost.; DTF 131 II 138 consid. 2.2.3).
2. 2.1 Il ricorrente definisce inaccettabile la durata della revoca della licenza di condurre, contestandone la proporzionalità, visto che la durata di 16 mesi supera di quattro mesi il minimo legale.
2.2 La Corte cantonale ha ricordato ch'egli aveva commesso una grave infrazione alle norme del traffico nel 2006 (eccesso di velocità), per la quale gli è stata revocata la patente per tre mesi in applicazione dell'art. 16c LCStr. Il 2 ottobre 2008 egli ha nuovamente circolato a velocità eccessiva e, per di più, guidato in stato di ebrietà. Essa ha valutato questi avvenimenti sotto il profilo del nuovo diritto e del sistema a cascata ch'esso ha istituito, precisando che si è in presenza di una revoca a scopo di ammonimento, nel cui ambito essa statuisce con pieno potere di cognizione. I giudici cantonali, in applicazione della giurisprudenza del Tribunale federale (DTF 132 II 234 consid. 3), hanno stabilito che il ricorrente, ciò che egli non contesta, ha commesso un'infrazione grave ai sensi dell'art. 16c lett. a e lett. b LCStr. Riguardo alla durata della revoca, hanno considerato che la recidiva a breve termine dev'essere punita con maggior severità di una nuova infrazione commessa al limite del cosiddetto periodo di prova. Hanno poi sottolineato che la guida in stato di ebrietà comporta un rischio (anche solo astratto) per la sicurezza della circolazione, che cresce esponenzialmente con l'aumentare del tasso di alcolemia presente nell'organismo del conducente, per cui occorre considerare anche il grado di ubriachezza dell'interessato e, in caso di recidiva specifica, il tempo trascorso dalla scadenza della precedente misura disposta per il medesimo delitto. Hanno ritenuto che in concreto l'alto tasso alcolemico (1.20 - 1.53 0/00) del ricorrente è di gran lunga superiore alla soglia della cosiddetta "concentrazione qualificata" sancita dalla legge. Hanno aggiunto che l'infrazione è stata commessa in concorso con un altro reato di pari importanza e a distanza di neppure due anni dalla scadenza di un precedente provvedimento, reputando poi non decisiva la circostanza che il superamento, dedotto il margine di tolleranza, di 31 km/h del limite di velocità autorizzato, è di un solo km/h, ritenendo quindi giustificata la revoca di 16 mesi.
2.3 Secondo l'art. 16 cpv. 3 primo periodo LCStr, per stabilire la durata della revoca della licenza di condurre devono essere considerate le circostanze del singolo caso, segnatamene il pericolo per la circolazione, la colpa, la reputazione del conducente del veicolo a motore come anche la necessità professionale di condurlo. La durata minima della revoca non può tuttavia essere ridotta (art. 16 cpv. 3 secondo periodo LCStr). La licenza di condurre dev'essere revocata per almeno dodici mesi se nei cinque anni precedenti la licenza è stata revocata una volta per infrazione grave o due volte a causa di infrazioni medio gravi (art. 16c cpv. 2 lett. c LCStr).
2.3.1 Il ricorrente non critica la durata minima della revoca di 12 mesi, limitandosi ad asserire che la sua alcolemia non dovrebbe essere considerata come particolarmente grave e a rilevare che il superamento di 30 km/h è stato sorpassato soltanto di 1 km/h. Egli neppure tenta di dimostrare, con una motivazione che soddisfi le esigenze dell'art. 42 LTF, perchè gli argomenti posti a fondamento del giudizio impugnato e la soluzione adottata dai giudici cantonali, conforme alla prassi, lederebbero il diritto federale.
2.3.2 In effetti, nell'ambito degli eccessi di velocità, la giurisprudenza è stata portata a stabilire delle regole precise al fine di garantire la parità di trattamento tra conducenti. Così il caso è oggettivamente grave, vale a dire a prescindere dalle circostanze concrete, quando il superamento della velocità autorizzata è di 25 km/h o più all'interno delle località, di 30 km/h o più all'esterno delle località o sulle semiautostrade e di 35 km/h o più sulle autostrade (DTF 132 II 234 consid. 3.2; 124 II 259 consid. 2b). Questa giurisprudenza, applicabile anche con il nuovo diritto (sentenza 1C_83/2008 del 16 ottobre 2008, consid. 2), non dispensa tuttavia l'autorità da qualsiasi esame delle circostanze del caso concreto. Da un canto, l'importanza della messa in pericolo e quella della colpa devono essere prese in considerazione al fine di stabilire quale debba essere la durata della revoca (art. 16 cpv. 3 LCStr). Dall'altro, occorre esaminare se circostanze particolari non giustifichino comunque di considerare il caso come di minore gravità (cfr. DTF 126 II 196 consid. 2a; 124 II 97 consid. 2c). Questa giurisprudenza comporta un certo schematismo, indispensabile tuttavia per assicurare la parità di trattamento tra i conducenti in un campo in cui le infrazioni sono commesse in massa (DTF 132 II 234 consid. 3; sentenza 1C_83/2008, citata, consid. 2.6). Contrariamente all'accenno ricorsuale, il superamento di 31 km/h, vista la misura già inflittagli e il concorso di due reati, non implica chiaramente che debba essere pronunciata la durata minima della pena, quella contestata non essendo lesiva del diritto federale (vedi sentenza 1C_567/2008 del 17 aprile 2009 per un superamento di 32 km/h senza precedenti misure penali e senza alcolemia).
2.4 Il ricorrente accenna poi al fatto che la località dove abita non sarebbe coperta dai mezzi pubblici e che, lavorando in un'altra, necessiterebbe della licenza di condurre per acquisire un redditto lavorativo. La Corte cantonale ha tuttavia accertato, in maniera vincolante per il Tribunale federale, visto che il ricorrente non critica questo accertamento fattuale (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF; DTF 133 II 249 consid. 1.2. e 1.4.3), ch'egli, già nella sede cantonale, né aveva comprovato né reso verosimile una necessità professionale di guidare veicoli (al riguardo cfr. DTF 123 II 572). L'assunto non dev'essere quindi esaminato oltre.
3. 3.1 Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), la domanda di assistenza giudiziaria dovendo essere respinta. Il ricorrente, che non l'aveva chiesta nella sede cantonale ove era patrocinato da un legale di fiducia, non ha infatti minimamente reso verosimile la sua indigenza e, comunque, il suo gravame era manifestamente privo di probabilità di successo (art. 64 cpv. 1 LTF).
3.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, alla Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle strade.