Sachverhalt:
A. Am 12. Januar 2010 reichten verschiedene Krankenversicherer, u.a. die CSS Kranken-Versicherung AG, beim Schiedsgericht in Sozialversicherungsstreitigkeiten des Kantons Bern Klage gegen Dr. med. X._, Facharzt für Allgemeine Innere Medizin FMH, ein mit dem Rechtsbegehren, der Beklagte sei zu verurteilen, den Klägern vom Jahresumsatz 2007 einen gerichtlich zu bestimmenden Betrag zurückzuerstatten.
Mit Entscheid vom 9. Dezember 2011 wies das kantonale Schiedsgericht die Klage ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erneuern die Krankenversicherer das im vorangegangenen Verfahren gestellte Rechtsbegehren; eventualiter sei der Entscheid vom 9. Dezember 2011 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Dr. med. X._ beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das kantonale Schiedsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Gesundheit hat sich nicht vernehmen lassen.
C. Die Parteien haben sich in weiteren Eingaben zur Sache geäussert.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde sei mangels Bezifferung des Rückforderungsbetrages nicht einzutreten bzw. er rügt sinngemäss, die Vorinstanz hätte aus diesem Grund nicht auf die Klage eintreten dürfen. Dieses Vorbringen ist nicht stichhaltig (RKUV 2003 Nr. KV 250 S. 216, K 9/00 E. 2.2.2; Urteile des Eidg. Versicherungsgerichts K 83/05 vom 4. Dezember 2006 E. 3.3 und K 116/ 03 vom 23. November 2004 E. 2.5).
1.2 Weiter kann offenbleiben, ob die - im angefochtenen Entscheid nicht erwähnte - vorinstanzliche Eingabe vom 19. August 2011 vom kantonalen Schiedsgericht zu Unrecht unberücksichtigt gelassen worden ist, wie die Beschwerdeführer rügen, oder ob sie aus formellen Gründen aus dem Recht hätte gewiesen werden müssen, wie der Beschwerdegegner dagegenhält. Die darin thematisierte Frage - Grundlage der Wirtschaftlichkeitsprüfung - ist eine im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG) frei überprüfbare Rechtsfrage.
1.3 Schliesslich braucht mit Blick auf das Ergebnis des vorliegenden Verfahrens die vom Beschwerdegegner erhobene Rüge der Gehörsverletzung durch die Krankenversicherer (keine Offenlegung der Namen der Ärzte, welche die Vergleichsgruppe bilden, noch - in anonymisierter Form - deren individuelle Daten aus dem "santésuisse-Datenpool"; BGE 136 V 415 und SVR 2011 KV Nr. 15 S. 57, 9C_732/2010) nicht geprüft zu werden.
2. 2.1 Gemäss Art. 56 KVG muss sich der Leistungserbringer in seinen Leistungen auf das Mass beschränken, das im Interesse der Versicherten liegt und für den Behandlungszweck erforderlich ist (Abs. 1). Für Leistungen, die über dieses Mass hinausgehen, kann die Vergütung verweigert werden. Eine nach diesem Gesetz dem Leistungserbringer zu Unrecht bezahlte Vergütung kann zurückgefordert werden (Abs. 2).
2.2 In BGE 130 V 377 hat das Bundesgericht entschieden, dass auch unter der Herrschaft des neuen KVG bei der Wirtschaftlichkeitsprüfung grundsätzlich die Vergütungen sämtlicher verursachten (direkten und veranlassten) Kosten zu berücksichtigen sind, und zwar bei der Bestimmung der Indizes im Rahmen der statistischen Methode (Durchschnittskostenvergleich; vgl. dazu SVR 2007 KV Nr. 5 S. 20, K 6/06 E. 4.2) ebenso wie bei der Bemessung der Rückerstattungspflicht (E. 7.5 S. 380). In BGE 133 V 37 hat es - in Änderung seiner bisherigen Rechtsprechung - erkannt, dass bei der Wirtschaftlichkeitsprüfung grundsätzlich eine Gesamtbetrachtung Platz zu greifen hat und dementsprechend auf den die Arzt-, die Medikamenten- und - soweit möglich - die veranlassten Kosten berücksichtigenden Gesamtkostenindex abzustellen ist. Schliesslich hat das Bundesgericht in BGE 137 V 43 die Rechtsprechung gemäss BGE 130 V 377 dahingehend geändert, dass von der Rückerstattungspflicht nach Art. 56 Abs. 2 KVG nur die direkten Kosten (einschliesslich der abgegebenen Medikamente), nicht hingegen die vom Arzt veranlassten Kosten erfasst werden (E. 2.5.5 S. 49). Nach wie vor ist jedoch die Frage, ob das Wirtschaftlichkeitserfordernis erfüllt ist, aufgrund einer Gesamtbetrachtung im Sinne von BGE 133 V 37 zu beantworten, wobei ein überdurchschnittlicher Anteil an selber erbrachten - bei unterdurchschnittlich ausgelagerten - Leistungen zumindest im Sinne einer Praxisbesonderheit zu berücksichtigen ist (E. 2.5.6 S. 49).
3. Nach Auffassung der Vorinstanz betrifft die mit BGE 137 V 43 geänderte Rechtsprechung sowohl die Bestimmung der Indizes im Rahmen der statistischen Methode als auch die Bemessung der Rückerstattungspflicht. Daraus hat sie gefolgert, solange die direkten Kosten im Toleranzbereich lägen und somit die Vermutung der Wirtschaftlichkeit gelte, sei eine Rückforderung nicht zulässig. So verhalte es sich im konkreten Fall. Die Rechnungssteller-Statistik von santésuisse vom 7. Juli 2008 weise für den beklagten Arzt für 2007 einen Index der direkten Kosten (unter Einbezug der abgegebenen Medikamente) von 120 Punkten aus, somit weniger als der unter Berücksichtigung der Praxisbesonderheit des gegenüber der Vergleichsgruppe älteren Patientenguts gewährte Toleranzwert von 130 Indexpunkten. Es liege daher keine Verletzung des Wirtschaftlichkeitsgebots vor und eine Rückerstattungspflicht sei demzufolge zu verneinen.
4. 4.1 Die Beschwerde führenden Krankenversicherer bringen richtig vor, dass BGE 137 V 43 nichts am Grundsatz geändert hat, dass bei der Wirtschaftlichkeitsprüfung eine Gesamtbetrachtung unter Berücksichtigung aller verursachten (direkten und veranlassten) Kosten Platz zu greifen hat. Massgebend ist somit der Gesamtkostenindex (vorne E. 2.2). Liegt dieser innerhalb des Toleranzbereichs, ist das Wirtschaftlichkeitsgebot nicht verletzt. Andernfalls ist - in einem zweiten Schritt - zu prüfen, ob die direkten Kosten den Toleranzwert übertreffen. Trifft das nicht zu, besteht trotz Überarztung keine Rückerstattungspflicht (vgl. BGE 137 V 43 E. 3.1 S. 49 f.). Es können sich jedoch allenfalls Massnahmen nach Art. 59 Abs. 1 lit. a, c oder d KVG aufdrängen (vgl. BGE 137 V 43 E. 2.5.4 S. 48). Ob und inwieweit ein hoher Anteil an selber erbrachten statt ausgelagerten Leistungen im Sinne einer den Toleranzwert erhöhenden Praxisbesonderheit zu berücksichtigen ist (vgl. E. 2.2 in fine), was die Beschwerdeführer bestreiten, kann offenbleiben. Die Frage ist hier nicht von entscheidender Bedeutung.
4. 4.1 Die Beschwerde führenden Krankenversicherer bringen richtig vor, dass BGE 137 V 43 nichts am Grundsatz geändert hat, dass bei der Wirtschaftlichkeitsprüfung eine Gesamtbetrachtung unter Berücksichtigung aller verursachten (direkten und veranlassten) Kosten Platz zu greifen hat. Massgebend ist somit der Gesamtkostenindex (vorne E. 2.2). Liegt dieser innerhalb des Toleranzbereichs, ist das Wirtschaftlichkeitsgebot nicht verletzt. Andernfalls ist - in einem zweiten Schritt - zu prüfen, ob die direkten Kosten den Toleranzwert übertreffen. Trifft das nicht zu, besteht trotz Überarztung keine Rückerstattungspflicht (vgl. BGE 137 V 43 E. 3.1 S. 49 f.). Es können sich jedoch allenfalls Massnahmen nach Art. 59 Abs. 1 lit. a, c oder d KVG aufdrängen (vgl. BGE 137 V 43 E. 2.5.4 S. 48). Ob und inwieweit ein hoher Anteil an selber erbrachten statt ausgelagerten Leistungen im Sinne einer den Toleranzwert erhöhenden Praxisbesonderheit zu berücksichtigen ist (vgl. E. 2.2 in fine), was die Beschwerdeführer bestreiten, kann offenbleiben. Die Frage ist hier nicht von entscheidender Bedeutung.
4.2 4.2.1 Gemäss der massgebenden Rechnungssteller-Statistik von santésuisse vom 7. Juli 2008 wies der Beschwerdegegner für 2007 einen Gesamtkostenindex von 160 Punkten auf, somit 30 Punkte mehr als der von den Krankenversicherern anerkannte Toleranzwert von 130 Punkten. Es liegt somit grundsätzlich ein Verstoss gegen das Wirtschaftlichkeitsgebot nach Art. 56 KVG vor. Bei den im Hinblick auf eine allfällige Rückerstattungspflicht heranzuziehenden direkten Kosten ist nun aber - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer - grundsätzlich nicht nach Arztkosten und Kosten für die abgegebenen Medikamente zu differenzieren (BGE 137 V 43 E. 2.5.5 in fine S. 49 und E. 3.1 S. 49 f.; 133 V 37 E. 5.3.5 S. 41).
4.2.2 Gemäss Feststellung der Vorinstanz betrug beim Beschwerdegegner 2007 der Index der direkten Kosten (unter Einbezug der vom Arzt abgegebenen Medikamente) 120 Punkte (vorne E. 3). Darauf ist abzustellen, woran nichts ändert, dass der Beschwerdegegner als in der Stadt Bern praktizierender Arzt im Unterschied zu den in den ländlichen Regionen des Kantons tätigen Ärzten der Vergleichsgruppe nicht zur Abgabe von Medikamenten berechtigt ist und diesbezüglich einen vergleichsweise tiefen Index (41 Punkte) aufweist. Abgesehen davon, dass ein Arzt auch bei entsprechender Bewilligung nicht verpflichtet ist, selber Medikamente abzugeben, kann daraus insbesondere nicht gefolgert werden, der Beschwerdegegner hätte ohne das Verbot der Selbstdispensation überdurchschnittlich viele Medikamente abgegeben. In diesem Sinne ist das Selbstdispensationsverbot kein äusserer Umstand, der eine Gesamtbetrachtung (auch) in Bezug auf die direkten Kosten nicht rechtfertigte (vgl. BGE 133 V 37 E. 5.3.5 in fine S. 41).
4.3 Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in der Hauptsache unbegründet.
5. Die Vorinstanz hat dem obsiegenden Beklagten gestützt auf die einschlägigen kantonalen Vorschriften eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 15'796.60 zugesprochen, was die Beschwerdeführer als nicht nachvollziehbar rügen. Mit ihren Vorbringen vermögen sie indessen im Rahmen der ihnen obliegenden qualifizierten Begründungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; Urteil 9C_340/2012 vom 8. Juni 2012 E. 2 mit Hinweisen) nicht darzutun, inwiefern die beanstandete Festsetzung der Parteientschädigung im Ergebnis, worauf es einzig ankommt (BGE 135 V 2 E. 1.3 S. 4; Urteil 9C_346/2012 vom 31. Mai 2012 E. 1), willkürlich ist.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zu bezahlen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Schiedsgericht in Sozialversicherungsstreitigkeiten des Kantons Bern und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Juli 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Fessler