Faits:
A. Pendant les périodes fiscales 2001 à 2006, X._ était contribuable et domiciliée à Genève et administratrice de la société Y._ SA. Elle a également géré une station service de 2003 à 2005.
Dans sa déclaration fiscale 2001-B du 20 mai 2002, elle a déclaré un revenu brut de 45'336 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 6 décembre 2002, elle a reçu un bordereau définitif pour l'impôt cantonal et communal 2001-B d'un montant de 35 fr., fondé sur un revenu imposable de 31'821 fr. et sur une fortune égale à 0. Le même jour, elle a reçu un bordereau pour l'impôt fédéral direct 2001 d'un montant de 96 fr., fondé sur un revenu de 34'500 fr.
Dans sa déclaration fiscale 2002 du 1er mars 2003, elle a déclaré un revenu brut imposable de 45'336 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 11 novembre 2003, elle a reçu un bordereau de taxation pour l'impôt cantonal et communal 2002 d'un montant de 35 fr. 75, fondé sur un revenu de 33'199 fr. et sur une fortune égale à 0. Le même jour, elle a reçu un avis de taxation pour l'impôt fédéral direct 2002, selon lequel elle n'était pas imposable, sous réserve d'un rappel d'impôt.
Dans sa déclaration fiscale 2003 du 11 novembre 2004, elle a déclaré un revenu brut imposable de 182'208 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 20 décembre 2004, elle a reçu un bordereau définitif pour l'impôt cantonal et communal 2003 d'un montant de 32'354 fr. 90, fondé sur un revenu imposable de 159'520 fr. Le même jour, elle a reçu un bordereau pour l'impôt fédéral direct 2003 d'un montant de 7'921 fr., fondé sur un revenu de 151'900 fr. X._ a formé une réclamation contre ces bordereaux.
Dans sa déclaration fiscale 2004 du 31 juillet 2005, elle a déclaré un revenu de 187'185 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Elle a fait l'objet, le 9 octobre 2006, d'un bordereau de taxation d'impôt cantonal et communal 2004 d'un montant de 27'511 fr. 70, fondé sur un revenu imposable de 142'593 fr. et sur une fortune égale à 0. Le même jour, elle a fait l'objet d'un bordereau d'impôt fédéral direct 2004 d'un montant de 6'036 fr., fondé sur un revenu imposable de 137'400 fr.
Dans sa déclaration fiscale 2005 de 10 juin 2006, elle a déclaré un revenu brut de 94'827 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 22 novembre 2006, elle a fait l'objet d'un bordereau de taxation d'impôt cantonal et communal 2005 d'un montant de 6'016 fr. 50, fondé sur un revenu imposable de 70'806 fr. et sur une fortune égale à 0.
Dans sa déclaration fiscale 2006 du 14 juin 2007, elle a déclaré un revenu brut imposable de 46'020 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 12 décembre 2007, elle a fait l'objet d'un bordereau de taxation d'impôt cantonal et communal 2006 d'un montant de 57 fr. 60, fondé sur un revenu de 37'511 fr. et une fortune de 558 fr.
B. Le 10 janvier 2008, l'Administration fiscale du canton de Genève a informé l'intéressée de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pour soustraction d'impôt pour l'impôt cantonal et communal et l'impôt fédéral direct, portant sur les exercices fiscaux 2002 à 2006 inclus. La réclamation que celle-ci avait formulée contre les bordereaux de taxation de l'exercice 2003 serait également traitée. Le 6 juin 2008, l'Administration fiscale a informé l'intéressée qu'elle étendait le contrôle à l'exercice 2001. L'Administration avait appris que cette dernière avait effectué plusieurs retraits d'un compte de la société ouvert à la Banque C._, dont elle donnait la liste. Le total des retraits s'était élevé à 110'500 fr. en 2001, 119'500 fr. en 2002 et 188'142 fr. en 2003.
Par pli recommandé du 24 juin 2008, X._ a transmis ses «attestations» des comptes bancaires ouverts à la Banque C._ ainsi qu'une attestation de la Banque D._ certifiant qu'elle n'avait pas eu de compte en euros de 2001 à 2004. Elle exposait en outre n'avoir jamais encaissé le moindre revenu de la société Y._ et n'avait fait que rendre service à A._ son administrateur, en prélevant de l'argent du compte de la société pour le lui remettre.
Le 22 août 2008, l'Administration fiscale a annoncé la fin des procédures en rappel d'impôt et en soustraction d'impôt et lui a notifié des bordereaux de suppléments d'impôts dont les montants sont les suivants:
IFD
repr. sur revenu
repr. sur fortune
suppl. d'impôt
intérêts
2001
110550
-
6551
1342,25
2002
119500
-
7726
1279,95
2003
188142
-
24479
3148,60
2004
440
-
65
6,20
total
38821
ICC
repr. sur revenu
repr. sur fortune
suppl. d'impôt
intérêts
2001
110550
0
27811,80
4'679,50
2002
119550
0
30851,45
3980,85
2003
188142
10023
58539,35
6280,30
2004
440
0
126,65
6,85
2005
339
145019
413,80
20,70
2006
506
87290
131,40
2,70
total
117874,45
Pour les années 2001 à 2003, les reprises sur le revenu correspondaient à des revenus non déclarés sous forme de retraits du compte bancaire de la société Y._, ainsi qu'aux intérêts de comptes bancaires non déclarés. Les reprises sur la fortune correspondaient au solde des comptes bancaires non déclarés. Pour les années 2004 à 2006, les reprises sur le revenu correspondaient aux intérêts de comptes bancaires non déclarés. Les reprises sur la fortune correspondaient au solde des comptes bancaires non déclarés.
Le même jour, l'Administration fiscale a notifié à X._ deux bordereaux d'amende d'un montant correspondant à une fois le montant soustrait, soit 117'874 fr. pour l'impôt cantonal et communal 2001 à 2006 et 38'821 fr. pour l'impôt fédéral direct 2001 à 2004.
Le 16 septembre 2008, X._ a déposé des réclamations contre l'ensemble des bordereaux de rappel d'impôt et d'amende du 22 août 2008, qui ont été rejetées, le 19 septembre 2008, par deux décisions distinctes de l'Administration fiscale, l'une concernant l'impôt cantonal et communal 2001 à 2006 et l'autre concernant l'impôt fédéral direct 2001 à 2004.
Le 14 octobre 2008, X._ a interjeté recours contre les deux décisions sur réclamation du 19 septembre 2008 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts cantonaux et communaux et auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt fédéral direct, devenues le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative, elle-même remplacée, le 1er janvier 2011, par le Tribunal administratif de première instance. Le 11 octobre 2010, la Commission cantonale de recours en matière administrative, après avoir joint les causes, a rejeté le recours.
C. Par mémoire du 22 novembre 2010, X._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif, devenu depuis le 1er janvier 2011 la chambre administrative de la Cour de justice, concluant à l'annulation de la décision de la commission cantonale de recours en matière administrative du 11 octobre 2010.
Le 13 janvier 2011, le juge délégué a ordonné l'apport de la procédure pénale P/19'758/2004. Il en ressortait que A._ avait été condamné le 2 février 2009 à une peine privative de liberté pour abus de confiance, faux dans les titres et inobservation des prescriptions légales en matière de comptabilité (art. 352 CP), que X._ ni B._ n'avaient été inculpés ou condamnés et qu'à l'origine de l'ouverture de l'information pénale se trouvait une dénonciation de l'office fédéral de la police pour des soupçons d'activité de blanchiment d'argent via les comptes bancaires de la société Y._.
Entendu par la police le 25 août 2005, A._ a indiqué être le propriétaire de la société Y._. Il a précisé que les retraits d'argent liquide effectués par X._ avaient pour but le paiement de fournisseurs ou avaient pu être liés à des prêts accordés à B._. X._, de son côté, a indiqué être l'amie de A._ et ne pas connaître B._. Elle avait été administratrice de la société Y._. Elle avait apporté 100'000 fr. à la société, qu'elle avait récupérés par la suite. Les sommes qu'elle avait prélevées en argent liquide sur les comptes de la société étaient liées au remboursement du capital précité et à des prêts qu'elle avait consentis à A._. B._, entendu également, a confirmé les mécanismes des prêts.
D. Par arrêt du 31 juillet 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours déposé par X._ contre la décision de la Commission cantonale de recours en matière administrative du 11 octobre 2010. Il n'y avait pas lieu de procéder à l'audition demandée par l'intéressée de deux témoins, celle de son compagnon à l'époque des faits et celle du bénéficiaire allégué des fonds prélevés. Les deux témoins étaient certes liés à l'utilisation du compte de la société Y._. Ils avaient tous deux étés entendus par la police et par le juge d'instruction durant la procédure P/19758/2004, dont le dossier avait été produit en l'espèce dans la présente procédure. Ils avaient confirmé d'une manière générale que l'un avait prêté à l'autre différents montants moyennant commission. Toutefois, la chronologie de ces prêts n'avait pas pu être établie précisément, ni le lien existant entre ceux-ci et les montants prélevés par l'intéressée, qui avaient transité par le compte en question. Aucune pièce n'avait été retrouvée et l'intéressée n'en avait pas produit qui nécessitait une instruction complémentaire. L'audition des deux témoins ne permettrait pas à l'intéressée, près de dix ans après les faits, d'apporter la preuve qu'elle n'avait pas bénéficié de ces prélèvements. Sur le fond, l'intéressée n'avait mentionné dans ses déclarations fiscales aucun des quatre comptes bancaires dont elle était titulaire auprès de la Banque C._ et de la Banque D._ alors que ces comptes étaient régulièrement utilisés, pour des montants parfois importants. Elle n'avait fourni aucune explication probante au sujet des différents prélèvements qu'elle avait effectués, principalement en argent liquide, sur le compte de la société ouvert à la Banque C._ alors même qu'elle en était l'administratrice et qu'à ce titre, elle avait la maîtrise des comptes et notamment la charge de faire en sorte qu'une comptabilité commerciale soit tenue, conformément aux principes du droit commercial qui inclut la nécessité de conserver des pièces comptables en rapport avec les mouvements de fonds affectant la trésorerie de la société. Dans ces circonstances, l'administration fiscale, qui avait transmis la liste des mouvements dont elle considérait qu'ils concernaient la contribuable, était en droit, en l'absence de justifications précises de ces mouvements, de retenir, au vu de leurs montants et de leurs rythmes, qu'il s'agissait de revenus occultes qu'il y avait lieu de reprendre au titre de la taxation sur le revenu.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle subsidiaire du recours constitutionnel, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de procéder à l'audition de A._ et B._, d'annuler l'arrêt rendu le 13 juillet 2012 par la Cour de justice du canton de Genève et confirmer les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales 2001 à 2006 sans tenir compte des sommes retirées des comptes de la société Y._.
Les recours ont été enregistrés sous les numéros d'ordre 2C_918/2012 pour l'impôt cantonal et communal et 2C_919/2012 pour l'impôt fédéral direct.
F. Par ordonnance du 19 octobre 2012, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.
Le 25 octobre 2012, l'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont conclu à la confirmation de l'arrêt attaqué.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale qui concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé des périodes fiscales 2001 à 2006, ce qui est admissible du moment que l'établissement du revenu imposable d'un contribuable exerçant une activité lucrative, le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction fiscale sont identiques (arrêt 2C_851/2011 du 15 août 2012 consid. 5 in: RF 67 2012, p. 759) pour les deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 ss). Par conséquent, déposé en temps utile par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des art. 82 ss LTF, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts cantonaux et communaux (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire (cf. mémoire de recours, p. 11) que la partie recourante s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 ss).
2. Invoquant l'art. 97 LTF, la recourante se plaint de l'établissement inexact des faits par l'instance précédente, qui serait à cet égard tombée dans l'arbitraire en refusant de reprendre à son compte les constatations résultant du jugement du Tribunal de police dans la cause P/19758/2004 qui reconnaissait que les sommes perçues ne constituaient pas un revenu pour la recourante.
2.1 Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (cf. ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF).
Lorsque la partie recourante - comme c'est le cas en l'espèce - s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF). Il appartient donc à la partie recourante d'invoquer le grief de violation des droits constitutionnels et de le motiver d'une manière suffisante (cf. art. 106 al. 2 LTF, ATF 136 I 65 consid. 1.3.1 p. 68).
2.2 En l'espèce, l'instance précédente a considéré que la procédure pénale confirmait d'une manière générale que A._ avait prêté à B._ différents montants moyennant commission, que la chronologie de ces prêts n'avait pu être établie précisément, ni le lien existant entre ceux-ci et les montants prélevés par la recourante, qui avaient transité par le compte en question. Elle a ajouté que la comptabilité de la société n'avait pas été tenue, qu'aucune pièce n'avait été retrouvée et que la recourante n'en avait pas produit qui nécessitait une instruction complémentaire.
Le grief d'appréciation arbitraire des preuves soulevé par la recourante (cf. mémoire de recours, p. 12, let. c) ne répond pas aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. En se bornant à affirmer que l'instance précédente n'avait pas tenu compte des constatations résultant du jugement du Tribunal de police dans la cause P/19758/2004, la recourante n'expose pas en quoi les motifs pour lesquels l'instance précédente ne considère pas comme probants ces faits seraient arbitraires. Le grief est par conséquent irrecevable.
3. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue par l'instance précédente qui n'a pas ordonné l'audition des témoins A._ et B._, dont elle avait dûment offert le témoignage.
3.1 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 I 279 consid. 2.3 p. 282).
Le droit de faire administrer des preuves suppose que le fait à prouver soit pertinent, que le moyen de preuve proposé soit nécessaire pour constater ce fait et que la demande soit présentée selon les formes et délais prescrits par le droit cantonal (ATF 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505). Par ailleurs, cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 136 I 229 consid. 5.3 p. 236; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429; 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505/ 506).
3.2 En l'espèce, l'instance précédente a exposé que les deux témoins en cause étaient certes liés à l'utilisation du compte de la société et qu'ils avaient tous deux été entendus par la police et par le juge d'instruction dans le cadre de la procédure P/19758/2004, dont l'apport avait été ordonné. Elle a en revanche souligné qu'aucune pièce comptable n'avait été retrouvée, la recourante n'ayant pas tenu de comptabilité, de sorte que l'audition de ces deux témoins ne permettrait pas à la recourante, près de dix ans après les faits, d'apporter une preuve qu'elle n'avait pas bénéficié de ces prélèvements (arrêt attaqué, consid. 4). Cette appréciation anticipée des preuves est dépourvue d'arbitraire. Il ressort de l'arrêt attaqué que les témoins avaient déjà été entendus de manière approfondie par le juge d'instruction pénale, dont les procès verbaux ont été produits en procédure de recours. Il ressort également de l'arrêt attaqué que la recourante était administratrice avec signature individuelle de la société Y._ durant les années sous revue. Dans ces circonstances, on ne saurait qualifier d'insoutenable la position de l'instance précédente qui a jugé de manière anticipée que le témoignage de ces deux personnes ne pouvait pallier la production de pièces comptables, désignant précisément les mouvements financiers, dès lors que l'inexistence de la comptabilité violait les obligations résultant des art. 957 et 963 CO ainsi que des art. 126 al. 2 LIFD et 42 al. 3 LHID.
3.3 La recourante se plaint de la violation de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct ainsi que l'application arbitraire de l'ancienne loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques tant en matière de qualification de revenu imposable (mémoire de recours let. C et D) qu'en matière de soustraction fiscale (mémoire de recours let. E et F). Tels qu'ils sont rédigés ces griefs se confondent les deux griefs précédents d'arbitraire dans l'appréciation (anticipée) des preuves. Ils doivent par conséquent être rejetés pour les mêmes motifs dans la me-sure où ils sont recevables.
3.4 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]). Il s'agit d'une clause générale définissant le revenu imposable. Elle correspond au principe de l'imposition du revenu global net (ATF 125 II 113 consid. 4a p. 119 s.).
La loi du 14 décembre 1990 sur fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LIHID; RS 642.14) contient des dispositions similaires à son art. 7, selon lequel l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères.
3.5 En l'espèce, la recourante était administratrice avec signature individuelle de la société dont elle a perçu des sommes d'argent entre 2001 et 2003, qui ont été reprises au titre de revenu. Il est établi que la recourante, à qui incombait le fardeau de la preuve, a échoué dans la démonstration que ces sommes ne constituaient pas un revenu. C'est par conséquent à bon droit que l'instance précédente a confirmé les reprises litigieuses.
4. Les considérants qui précédent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_918/2012 et 2C_919/2012 sont jointes.
2. En tant qu'il porte sur l'impôt fédéral direct, le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. En tant qu'il porte sur l'impôt cantonal direct et communal, le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
5. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
6. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 11 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey