Erwägungen:
1. A._ reichte am 3. Februar 2012 bei der Justizdirektion des Kantons Zürich eine "Aufsichtsbeschwerde / Strafanzeige" gegen mitarbeitende Beamte der Strafanstalt JVA Pöschwies ein. Die Justizdirektion sistierte in der Folge das Aufsichtsbeschwerdeverfahren, bis über die Behandlung der Strafanzeige entschieden worden sei. Am 29. Mai 2012 reichte A._ eine weitere Strafanzeige gegen Mitarbeiter der Strafanstalt bei der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich ein.
2. Die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich überwies die Strafanzeigen am 8. November 2012 an die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich, damit diese über die Ermächtigung zur Strafverfolgung entscheiden könne. Die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich erteilte mit Beschluss vom 9. Januar 2013 der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Strafverfolgung gegen unbekannte Mitarbeiter der Justizvollzugsanstalt Pöschwies nicht. Die Strafkammer führte zusammenfassend aus, dass ein strafrechtlich relevantes Verhalten nicht ersichtlich sei. Im Rahmen des aufsichtsrechtlichen Beschwerdeverfahrens habe die Justizdirektion zu prüfen, ob allenfalls disziplinarisch zu ahndende Verstösse der Mitarbeiter der Strafanstalt vorliegen würden.
3. A._ führt mit Eingabe vom 8. Februar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich vom 9. Januar 2013. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Die Strafkammer verneinte das Vorliegen eines hinreichenden Anfangsverdachts für die vom Beschwerdeführer behaupteten Straftatbestände. Inwiefern die entsprechende Begründung der Strafkammer bzw. ihr Beschluss selber im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll, vermag der Beschwerdeführer mit seinen Ausführungen nicht aufzuzeigen. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli