Fatti:
A. Il 28 novembre 2007 il Pretore della giurisdizione di Mendrisio-Nord ha concesso alla A._ SA una moratoria concordataria, in seguito prorogata fino al 31 marzo 2009, e ha nominato un commissario. Dopo aver ricevuto la relazione di quest'ultimo, il Pretore ha indetto per il 30 marzo 2009 un'udienza di discussione, durante la quale il creditore C._ si è opposto all'omologazione del concordato. Il 13 maggio 2009 ha tenuto un'ulteriore udienza, in cui il rappresentante del commissario ha confermato di essere stato avvisato dalla Pretura sulla necessità di prestare ulteriori garanzie e di aver informato il consiglio di amministrazione della A._ SA, quello della D._ SA - società che si era impegnata a garantire la continuazione dell'azienda - e F._, quale rappresentante degli investitori. In seguito alla richiesta, formulata durante tale udienza dai rappresentanti della D._ SA E._ e F._, tendente all'assegnazione di un termine scadente l'8 giugno 2009 per incrementare le garanzie, il Pretore ha chiesto al commissario di prendere posizione su questa domanda entro 24 ore. Con fax del medesimo giorno il commissario ha comunicato che non sussisterebbero validi motivi per concedere la postulata proroga, atteso che "questa esigenza di fornire adeguate garanzie è nota ai summenzionati investitori ormai da tempo immemore, ma è stata purtroppo sistematicamente disattesa". Il Pretore ha respinto l'istanza di omologazione del concordato con sentenza 14 maggio 2009, perché non ha ritenuto adempiuto il requisito della garanzia dell'esecuzione del concordato previsto dall'art. 306 cpv. 2 LEF.
B. Con sentenza del 4 agosto 2009 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto, dopo averli congiunti, gli appelli inoltrati dalla A._ SA e dal creditore B._. La Corte di appello ha ritenuto che l'importo totale da garantire non era coperto e che il giudice di primo grado non era incorso in un formalismo eccessivo, emanando la sua sentenza solo 24 ore dopo l'udienza in cui vi è stata una richiesta di concessione di ulteriore tempo per aumentare le garanzie.
C. La A._ SA e B._ sono insorti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 4 settembre 2009 e postulano, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, l'annullamento della sentenza di appello e l'accoglimento dell'istanza di omologazione del concordato. I ricorrenti affermano che la Corte cantonale avrebbe negato a torto il formalismo eccessivo del giudice di prime cure nell'emanare la sua decisione un giorno dopo una richiesta tendente all'ottenimento di un ulteriore termine per aumentare le garanzie e sostengono che la sentenza impugnata violerebbe pure l'art. 305 cpv. 3 LEF, perché in realtà i crediti da garantire ammonterebbero a fr. 4'108'346.-- e sarebbero garantiti da fr. 4'136'500.-- .
Con decreto del 25 settembre 2009 la Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.
Diritto:
1. 1.1 Le decisioni del giudice del concordato sono suscettive di un ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF) indipendentemente dal loro valore di lite (art. 74 cpv. 2 lett. d LTF). Il tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) gravame diretto contro una decisione pronunciata dall'autorità cantonale di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) è pertanto in linea di principio ammissibile.
1.2 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). L'accertamento dei fatti può essere censurato unicamente se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF oppure in maniera manifestamente inesatta (art. 97 cpv. 1 LTF); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta una violazione del diritto (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39). Poiché il divieto d'arbitrio rientra fra i diritti fondamentali, la censura relativa ad una sua violazione va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 135 III 232 consid. 1.2, con rinvii; 134 II 244 consid. 2.2). Il ricorrente che lamenta una violazione del divieto d'arbitrio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale (DTF 133 III 585 consid. 4.1 pag. 589; 130 I 258 consid. 1.3 pag. 262), bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione precisa, che la decisione impugnata si fonda su un'applicazione della legge od un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (DTF 134 II 349 consid. 3; 133 III 638 consid. 2 pag. 639; 133 IV 286 consid. 1.4).
2. Giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Non soddisfa tale esigenza di motivazione la semplice affermazione ricorsuale, priva di qualsiasi spiegazione, secondo cui la decisione impugnata violerebbe pure l'art. 315 LEF.
3. 3.1 La Corte cantonale ha ritenuto infondata la lamentela secondo cui il giudice di prima istanza avrebbe dato prova di un formalismo eccessivo nell'emanare la sua sentenza solo 24 ore dopo che la D._ SA e gli investitori E._ e F._ avevano chiesto all'udienza del 13 maggio 2009 più tempo per prestare le garanzie richieste, perché la legge impone celerità al giudice e perché l'esigenza di fornire adeguate garanzie era già nota da tempo. L'autorità di seconda istanza ha in particolare rilevato che gli appellanti non avevano contestato di essere venuti a conoscenza della necessità di versare adeguate garanzie con un preavviso sufficiente e che il Pretore aveva fissato la predetta udienza un mese e mezzo dopo quella principale della fine di marzo, concedendo così ulteriore tempo alla debitrice per sanare le insufficienze della proposta concordataria.
3.2 Secondo i ricorrenti la Corte di appello avrebbe violato l'art. 2 CC per aver interpretato in modo troppo rigoroso gli art. 304 cpv. 2 LEF e 20 cpv. 6 della legge ticinese di applicazione della LEF (LALEF) e aver contravvenuto al principio della buona fede processuale. Tali norme, che sanciscono il principio della celerità, impedirebbero unicamente di dar seguito ad operazioni incompatibili con le esigenze della procedura sommaria, fra le quali non rientrerebbe però la proroga richiesta. Assegnando al commissario un termine per esprimersi, il Pretore avrebbe quindi dimostrato di voler approfondire e valutare la richiesta, ciò che non avrebbe invece fatto perché l'ha lasciata inevasa. Quest'ultima circostanza avrebbe inoltre comportato una lesione del diritto di essere sentito della società ricorrente (art. 29 cpv. 2 Cost.), garanzia costituzionale che include il diritto a ricevere una decisione motivata. I ricorrenti sostengono infine che per questo motivo, il fatto che essi abbiano da tempo saputo di dover fornire ulteriori garanzie sarebbe irrilevante.
3.3 Occorre innanzi tutto ricordare che con il presente ricorso in materia civile può unicamente essere impugnata la decisione dell'ultima istanza cantonale (art. 75 cpv. 1 LEF). Ne segue che l'argomentazione ricorsuale attinente alla pretesa violazione dell'art. 29 cpv. 2 Cost. da parte del giudice di prime cure si rivela di primo acchito inammissibile, perché non è stata sollevata nell'appello e quindi non è nemmeno stata trattata dalla Corte cantonale. L'inammissibile critica della decisione del giudice di primo grado è inoltre pure fondata su un'affermazione (la mancata possibilità del commissario di esprimersi sulla domanda) in contraddizione con l'accertamento della Corte cantonale secondo cui il commissario ha trasmesso per fax il suo preavviso negativo al Pretore un giorno prima dell'emanazione della sentenza. Per il resto, contrariamente a quanto sostengono i ricorrenti, il fatto che essi conoscessero da tempo la necessità di fornire - maggiori - garanzie è un elemento rilevante per permettere alla Corte cantonale di ritenere che il Pretore non ha applicato in modo troppo rigoroso la LEF e la sua legge di applicazione cantonale quando ha infine deciso la domanda di omologazione del concordato, senza accordare ulteriori proroghe. Giova inoltre rilevare che i ricorrenti nemmeno contestano l'osservazione della Corte cantonale, secondo cui, fissando per metà maggio una nuova udienza, il Pretore aveva concesso un'ulteriore possibilità di fornire le garanzie richieste. L'argomentazione ricorsuale si rivela pertanto, nella ridotta misura in cui si appalesa ammissibile, infondata.
4. 4.1 La Corte cantonale ha pure considerato che, anche qualora si volessero accogliere le censure degli appellanti ed escludere dalle pretese da garantire il credito contestato di fr. 1'816'540.-- di una specificata banca ed aggiungere alle garanzie prestate quella della D._ SA di fr. 1'100'000.--, l'importo da garantire di fr. 4'108'346.-- (fabbisogno accertato dal Pretore di fr. 4'290'000.-- decurtato del dividendo del 10 % riconosciuto alla predetta banca) non sarebbe comunque interamente coperto dalle garanzie prestate ammontanti a fr. 3'993'500.-- (fr. 2'893'500.-- di garanzie riconosciute dal primo giudice a cui vengono aggiunti i menzionati fr. 1'100'000.--).
4.2 I ricorrenti lamentano una violazione dell'art. 305 cpv. 3 LEF e ribadiscono che l'importo da garantire sarebbe di fr. 4'108'346.--. Essi sostengono poi che le garanzie ammonterebbero a complessivi fr. 4'136'500.--, perché aggiungono all'importo ritenuto dal Pretore non solo la garanzia di fr. 1'100'000.-- della D._ SA, ma pure l'importo di fr. 143'000.--, attinente alle spese di concordato, che E._ e F._ si sarebbero impegnati a garantire, poiché sono intervenuti a titolo di garanti solidali con la D._ SA di tutti gli oneri a decorrere dal 16 ottobre 2008.
4.3 In concreto l'argomentazione ricorsuale è inammissibilmente basata su circostanze (gli impegni assunti da E._ e F._ per le spese di concordato) che non risultano dalla sentenza impugnata, senza che i ricorrenti abbiano preteso che l'autorità cantonale abbia accertato in modo manifestamente inesatto o incompleto i fatti (v. sulle esigenze di motivazione di una siffatta censura, supra consid.1.2). A prescindere da quanto precede e a titolo abbondanziale giova rilevare - qualora si volesse seguire l'argomentazione ricorsuale - che non si vede come sarebbe possibile - come invece fatto dai ricorrenti - aggiungere alle garanzie per il concordato ipotizzate dalla Corte cantonale ancora fr. 143'000.--, atteso che la D._ SA aveva garantito fr. 1'100'000.-- e E._ e F._ si sarebbero dichiarati debitori solidali dell'impegno assunto da tale società, ovvero pure essi fino a concorrenza di fr. 1'100'000.--.
5. Da quanto precede discende che il ricorso si appalesa, nella ridotta misura in cui risulta ammissibile, infondato. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), mentre non si giustifica assegnare ripetibili all'opponente, che non si è determinato sulla domanda di conferimento dell'effetto sospensivo e non è stato invitato a produrre una risposta al ricorso.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.