Faits:
A. H.Y._ voulait aider financièrement son employée X._ qui s'occupait de lui depuis de nombreuses années. Il a envisagé de lui faire un don, mais ses conseillers l'ont rendu attentif au fait que X._ devrait verser un impôt important en cas de donation, et lui ont recommandé d'accorder un prêt sans intérêt, amortissable à raison de 10'000 fr. annuellement par donation exonérée d'impôt. Le 30 octobre 2003, sur ordre de H.Y._, un montant de 120'000 fr. a été versé à X._. Les déclarations fiscales 2003 et 2004 de H.Y._ et de X._ mentionnent un prêt de 120'000 fr. accordé par le premier à la seconde.
H.Y._ est décédé le 31 janvier 2005. Le 1er avril 2005, sa fille et unique héritière F.Y._, par le ministère de l'avocat A._, a mis X._ en demeure de rembourser le montant de 120'000 fr. dans le délai de six semaines. Cette dernière s'est prévalue d'une donation.
B. F.Y._ a ouvert action contre X._ devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois. Par jugement du 12 décembre 2007, retenant que feu H.Y._ avait accordé un prêt et non pas fait une donation, la Cour civile a dit que X._ devait payer à F.Y._ la somme de 120'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 mai 2005.
Contre cette décision, X._ a interjeté deux recours, l'un en nullité cantonal auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois pour arbitraire dans la constatation des faits et violation de règles essentielles de la procédure, l'autre en matière civile auprès du Tribunal fédéral, dans lequel elle a conclu à ce que la demande de F.Y._ soit rejetée et à ce qu'il soit constaté qu'elle n'est pas débitrice du montant de 120'000 fr., sous suite de frais et dépens. Par ordonnance du 20 octobre 2008, le Président de la cours de céans a suspendu la procédure de recours fédéral jusqu'à droit connu sur le recours en nullité cantonal.
Le recours en nullité cantonal a été rejeté par arrêt de la Chambre des recours du 19 janvier 2009. Contre cette décision, X._ (la recourante) a interjeté un second recours en matière civile au Tribunal fédéral, dans lequel elle a conclu principalement à l'annulation des deux décisions des 12 décembre 2007 et 19 janvier 2009 et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale, subsidiairement au rejet de la demande et à la constatation qu'elle n'est pas débitrice du montant de 120'000 fr., avec suite de frais et dépens. Elle a également demandé l'effet suspensif au recours, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 28 mai 2009.
F.Y._ (l'intimée) a proposé le rejet des deux recours, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. Les deux recours concernent le même complexe de faits et comportent des liens étroits, de sorte qu'il se justifie de les joindre pour des motifs d'économie de procédure et de statuer à leur sujet par un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et art. 24 PCF; ATF 131 V 59 consid. 1 p. 60 s.).
En procédure civile vaudoise, le jugement rendu par la Cour civile peut faire l'objet d'un recours en nullité cantonal à la Chambre des recours pour violation des règles essentielles de la procédure, notamment pour arbitraire dans l'établissement des faits (art. 444 al. 3 du code de procédure civile [du canton de Vaud] du 14 décembre 1966 [CPC/VD; RSV 270.11]). Ces griefs ne sont dès lors pas recevables dans le cadre d'un recours au Tribunal fédéral dirigé contre le jugement de la Cour civile, faute d'épuisement des voies de recours cantonales (cf. art. 75 al. 1 LTF). Dans la mesure où la recourante, dans son premier recours dirigé contre la décision de la Cour civile du 12 décembre 2007, se plaint d'établissement inexact des faits, de violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire dans l'établissement des faits et de motivation en fait contradictoire, son recours est irrecevable. Si elle entendait reprocher à la Cour civile d'avoir établi les faits de manière arbitraire ou violé une règle essentielle de procédure, elle devait formuler pareil grief dans le cadre du recours en nullité cantonal, ce qu'elle a du reste fait.
Le pouvoir d'examen de la Chambre des recours saisie d'un recours en nullité contre la constatation des faits est limité à l'arbitraire. Dans le cadre d'un recours dirigé contre la décision de la Chambre des recours, le Tribunal fédéral examine dès lors librement la manière dont celle-ci a fait usage de sa cognition restreinte, en recherchant, dans le cadre des griefs articulés par la partie recourante, si c'est à tort que la Chambre des recours a nié l'arbitraire de l'appréciation critiquée (pas d'"arbitraire au carré"). Cependant, comme la décision entreprise est celle qui a été rendue par la Chambre des recours et non pas le jugement de la Cour civile à elle déféré, ce libre examen ne saurait être opéré de manière plus approfondie que celui auquel la Chambre des recours a procédé (cf. ATF 116 III 70 consid. 2b p. 71 s.; 112 Ia 166 consid. 3b p. 170).
2. Le second recours, interjeté contre l'arrêt du 19 janvier 2009, est uniquement dirigé contre des constatations de fait. Dans cet arrêt, la Chambre des recours a constaté que la Cour civile avait sans arbitraire retenu que la volonté réelle des parties était de passer un contrat de prêt, non de donation, et que l'animus donandi de feu H.Y._ au moment du transfert de l'argent n'était pas établie. La recourante soutient que la réelle intention de celui-ci était de lui faire une donation et que le prêt était simulé.
2.1 La recourante soutient d'abord que la Cour civile est tombée dans l'arbitraire en écartant le témoignage de l'avocat A._.
L'avocat A._ est le filleul de feu H.Y._. La Cour civile n'a pas retenu son témoignage, au motif qu'il était intervenu comme avocat au nom de l'intimée; c'est en effet lui qui a signé la lettre du 1er avril 2005 par laquelle la recourante était invitée à restituer le montant de 120'000 fr. Pour sa part, la Chambre des recours n'a pas vu d'arbitraire à ne pas déduire d'animus donandi du témoignage dès lors que le témoin avait émis l'avis que feu H.Y._ voulait faire un prêt.
Le témoin a déclaré penser que son parrain avait voulu accorder un prêt à cause des impôts dus en cas de donation. Il a ajouté que son parrain n'était pas sûr d'être remboursé et que cela le laissait indifférent. Interpellé par le mandataire de la recourante, le témoin a précisé avoir le sentiment qu'il s'agissait d'un prêt dont le remboursement était soumis à la condition que la recourante soit effectivement à même de rembourser.
Le témoin, en tant qu'avocat, était manifestement conscient de la différence entre prêt et donation et des questions juridiques qui se posaient en l'espèce. Or, il a parlé d'un prêt et n'a fait aucune allusion à un acte simulé. De ses déclarations au sujet de la garantie de remboursement, il faut nécessairement déduire que feu H.Y._ acceptait le risque de ne pas être remboursé, mais non pas qu'il ne voulait pas être remboursé. Accorder un prêt risqué ne signifie pas, ou en tous cas pas nécessairement, faire une donation. Il n'y a pas arbitraire à ne pas déduire des déclarations du témoin A._ l'intention de feu H.Y._ de faire une donation à la recourante.
2.2 La recourante soutient qu'il ressort clairement de divers témoignages que la réelle intention de feu H.Y._ au moment du transfert des fonds était de lui faire une donation, que la volonté de donation par prêt simulé ressort de manière limpide de tous les témoignages concordants.
Comme le relève en soi correctement la recourante, le témoin B._ a prononcé la phrase: "Il s'agissait bien pour M. H.Y._ de donner les 120'000 francs à (la recourante) sans que celle-ci doive rembourser quoi que ce soit". Il faut toutefois lire l'entier de la déclaration. Le témoin a précisé qu'il avait rendu feu H.Y._ et la recourante attentifs aux impôts sur les donations et proposé de faire un prêt amortissable à raison de 10'000 fr. pas année et de prévoir par disposition testamentaire la recourante légataire du solde. Et il a précisé au sujet du montant versé à la recourante: "Ce montant a servi (...) rendre (la recourante) débitrice de M. H.Y._. C'est ce qui est ressorti de la déclaration fiscale de (la recourante) que j'ai établie. (...) on fait ainsi fréquemment des donations sous forme de prêts amortissables à raison de 10'000 fr. par année, ce qui correspond au montant exonéré du droit de donation". On ne discerne pas le motif pour lequel la Cour civile devait nécessairement déduire de ce témoignage qu'au moment du transfert de l'argent, feu H.Y._ voulait faire une donation de 120'000 fr. et non pas accorder un prêt tel que proposé par le témoin. La recourante, qui se contente de sortir une phrase de son contexte, n'en dit mot.
La recourante allègue aussi que le témoin C._ a confirmé la volonté de feu H.Y._ de lui donner la somme de 120'000 fr., sous forme de prêt sans intérêts pour des questions fiscales. Ce dernier a en réalité dit que feu H.Y._ avait l'intention de faire une donation et qu'il l'avait alors informé sur les conséquences fiscales en cas de donation, et il a précisé ne pas avoir été surpris que la recourante ait déclaré un prêt sur le plan fiscal compte tenu de l'information sur les impôts en matière de donation qu'il avait donnée. On ne discerne pas ce qu'il y aurait d'insoutenable à déduire de cette déclaration qu'un prêt a été accordé.
La recourante invoque ensuite de nouveau le témoignage de A._, à son avis écarté à tort. Il n'y a pas à y revenir.
La recourante critique enfin, sans autre explication, le fait que la Cour civile se soit fondée sur les déclarations fiscales, élément postérieur et sans aucun rapport avec le moment de la donation. A ce sujet, la Chambre des recours a précisé que l'attitude des parties postérieure au transfert des fonds pouvait être prise en compte pour établir leur volonté réelle au moment du transfert. C'est une évidence et il n'y a rien à ajouter.
2.3 Les griefs soulevés dans le second recours sont infondés. Il s'ensuit le rejet de ce recours.
3. Dans le premier recours dirigé contre l'arrêt du 12 décembre 2007, la recourante, hormis les griefs dont l'irrecevabilité a déjà été relevée, se plaint d'une violation de l'art. 18 CO. Dans ce cadre, elle rediscute l'appréciation des preuves, ce qu'elle n'est pas habilitée à faire faute d'épuisement des voies de recours cantonales, et reproche à la Cour civile d'avoir mal appliqué le principe de la confiance.
En présence d'un litige sur l'interprétation d'un contrat, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO). Déterminer ce qu'un cocontractant savait et voulait au moment de conclure relève des constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral; la recherche de la volonté réelle des parties est qualifiée d'interprétation subjective. Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si les volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations et les comportements selon la théorie de la confiance, en recherchant comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances (interprétation dite objective). L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner librement. Relève aussi du droit le principe selon lequel l'interprétation subjective a la priorité sur l'interprétation objective (ATF 133 III 675 consid. 3.3 p. 681 s.; 131 III 606 consid. 4.1 p. 611).
En l'espèce, la Cour civile, à la fin d'une appréciation des preuves exempte d'arbitraire, a retenu en fait que "la réelle et commune intention des parties était dès lors de conclure un contrat de prêt". Dans ces circonstances, il n'y a pas place pour une interprétation objective des déclarations des parties. La recourante mélange constatation des faits, interprétation subjective et interprétation objective. Le grief et, partant, le premier recours, sont infondés dans la mesure où ils sont recevables.
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimée pour les deux recours sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF). La recourante aurait pu procéder par le dépôt d'un seul recours (cf. art. 100 al. 6 LTF), ce dont il se justifie de tenir compte lors de la fixation du montant des frais judiciaires et dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les deux recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 6'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 24 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz