Faits:
A. La société immobilière X._ (ci-après: la Société immobilière), fondée à Genève en 1924, a pour but l'acquisition, la construction, la location et la vente de tous immeubles situés dans le canton de Genève. Son capital-actions s'élève à 50'000 fr. A._ SA (ci-après: la Compagnie), fondée à Genève le 2 mai 1998, a pour but la prospection dans le domaine commercial, agricole et immobilier.
Le 15 avril 2000, la société B._ SA, représentée par C._, a vendu la totalité du capital-actions de la Société immobilière à la Compagnie, représentée par Y._ et D._, au prix de 3'900'000 fr., selon contrat de vente du 13 avril 2000, qui précisait que le vendeur était propriétaire à titre fiduciaire du capital-actions et agissait pour le compte de tiers. L'acquéreur reprenait à décharge du vendeur le compte-courant "débiteur" d'un montant de 2'138'083 fr. 54.
Le 25 avril 2000, le siège de la Société immobilière a été déplacé à l'adresse de Y._, qui a été inscrit comme son administrateur unique. L'assemblée générale extraordinaire du 14 décembre 2001 a décidé la dissolution de cette dernière. Y._ a été désigné liquidateur.
B. Par courrier du 30 septembre 2003, la Société immobilière en liquidation (ci-après toujours: la Société immobilière) a demandé à l'Administration fédérale des contributions l'autorisation de remplacer le paiement de l'impôt anticipé, calculé sur un excédent de liquidation de 6'513'265 fr. 49, par une déclaration de la prestation imposable, en mentionnant la Compagnie comme unique bénéficiaire.
Sur demande de l'Administration fédérale des contributions, Y._ a produit, le 11 novembre 2003, des copies du bilan final de liquidation et de la formule 1050, puis, le 4 décembre 2003, une copie du contrat de vente d'actions du 13 avril 2000, en précisant qu'il n'y avait aucune relation entre le vendeur et l'acheteur et en indiquant que E._ était l'actionnaire de la Compagnie. Le 20 janvier 2004, il lui a communiqué que, selon les informations qu'il avait reçues de la part de C._, le tiers pour lequel la société B._ SA avait agi dans le cadre du contrat de vente du 13 avril 2000 était de nationalité suisse et domicilié en Suisse. Le 24 février 2004, Y._ a finalement précisé que C._ avait agi pour le compte de F._, domicilié à G._, et que celui-ci était le seul actionnaire de la société B._ SA. Le 1er mars 2004, il a produit la copie d'un courrier reçu de C._, selon lequel la société B._ SA avait agi pour le compte de la société H._ SA, à G._, dissoute par faillite le 18 juin 2001.
Par courrier du 31 mars 2004, l'Administration fédérale des contributions a écrit à la Société immobilière qu'elle ne disposait d'aucun document l'informant précisément de l'identité réelle de son précédent actionnaire et devait donc refuser la demande de procédure de déclaration, le procédé utilisé permettant d'éluder l'impôt. Par courrier du 26 avril 2004, la Société immobilière a répondu que les conditions d'une évasion fiscale n'étaient pas réalisées et que la créance d'impôt anticipé dû sur les bénéfices reportés jusqu'en 1997 était désormais prescrite. Par courrier du 19 mai 2004, l'Administration fédérale a maintenu sa position et écarté l'exception de prescription.
Les 11 octobre et 24 novembre 2004, la Société immobilière a communiqué à l'Administration fédérale des contributions qu'elle avait vainement tenté d'obtenir des informations sur son actionnariat et l'évolution du compte-courant actionnaire de la société depuis 1990.
Par courrier du 8 décembre 2004 adressé à Y._, l'Administration fédérale des contributions a invité la Société immobilière à payer le montant de 2'279'642 fr. 90 à titre d'impôt anticipé dû sur l'excédent de liquidation, les conditions pour bénéficier de la procédure de déclaration n'étant pas remplies, ce à quoi la Société immobilière s'est opposée.
Par courrier du 15 mars 2005, F._ a déclaré à l'Administration fédérale des contributions qu'il n'avait jamais été propriétaire du capital-actions de la Société immobilière.
Le 16 mars 2005, l'Administration fédérale des contributions a demandé à K._, administrateur unique de la société H._ SA, de lui transmettre une copie du contrat d'achat du capital-actions de la Société immobilière, ainsi qu'une copie du contrat de vente, ou du contrat de fiducie si un mandataire avait procédé à la vente pour le compte de la société H._ SA. Le 18 mars 2005, ce dernier a répondu que, suite à la faillite de la société H._ SA, il ne disposait plus d'aucun document.
C. Par décision formelle du 25 avril 2005, l'Administration fédérale des contributions a refusé la demande de la Société immobilière de remplacer le paiement de l'impôt par une déclaration et l'a sommée de verser le montant de 2'279'642 fr. 90.
Le 23 mai 2005, la Société immobilière a déposé une réclamation contre cette décision, concluant à son annulation et à ce que la procédure de déclaration lui soit accordée.
Par décision du 18 mai 2007, l'Administration fédérale des contributions a rejeté la réclamation, confirmé le montant de la créance d'impôt pour le paiement de laquelle elle a déclaré en outre Y._ solidairement responsable.
Par mémoires du 20 juin 2007, la Société immobilière et Y._ ont interjeté recours contre la décision du 18 mai 2007 auprès du Tribunal administratif fédéral. Ils ont demandé au Tribunal administratif fédéral d'annuler la décision attaquée et d'inviter l'Administration fédérale des contributions à autoriser la procédure de déclaration.
D. Par arrêt du 24 juillet 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté les recours de la Société immobilière et de Y._. En substance, la Société immobilière en liquidation n'avait pas fourni les noms de ses anciens actionnaires, de sorte qu'il n'avait pas été possible à l'Administration fiscale de vérifier le droit au remboursement de l'impôt anticipé perçu sur l'excédent de liquidation et donc de s'assurer de l'absence d'évasion fiscale. En sa qualité de liquidateur, Y._ était débiteur solidaire de l'impôt anticipé. Enfin, la prescription n'était pas acquise pour l'impôt anticipé dû sur l'excédent de liquidation.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société immobilière et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 24 juillet 2009 par le Tribunal administratif fédéral, de dire que la créance est prescrite à hauteur de 1'016'178 fr. 80 et que la procédure de déclaration doit être accordée, subsidiairement de dire que la procédure de déclaration est accordée sous déduction du montant d'impôt de 999'468 fr. plus subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.
F. Par ordonnance du 2 octobre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif déposée par la Société immobilière et Y._.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par deux parties directement touchées par l'arrêt attaqué et qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 LTF; art. 15 al. 3 LIA, s'agissant de Y._), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF). Déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi et ne tombant sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83 LTF, il est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
1.3 Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 En particulier, les recourants rappellent qu'en procédure de taxation, l'Administration fédérale des contributions s'est reposée sur une note interne à ses dossiers, dont ils n'ont eu connaissance qu'en date du 20 juillet 2004. Selon cette note, l'actionnaire de la Société immobilière était une personne domiciliée en France à fin 1997. A cette époque, les représentants de la Société immobilière avaient approché l'Administration pour procéder à sa liquidation, démarche qui n'aurait pas abouti. Ils estiment choquant que cette note, qui pouvait être caviardée pour respecter le secret fiscal, ne leur ait pas été soumise pour qu'ils puissent se déterminer à son sujet.
Ce faisant, les recourants n'exposent pas en quoi l'état de fait retenu par le Tribunal administratif fédéral serait arbitraire ni en quoi le fait pour ce dernier de retenir qu'à fin 1997, l'actionnaire de la Société immobilière était domicilié en France constituerait une appréciation arbitraire de la note. Enfin, ils ne prétendent pas non plus que leur droit d'être entendus aurait été violé, à tout le moins pas dans les formes requises par l'art. 106 al. 2 LTF, ce dont, le cas échéant, l'on pourrait sérieusement douter, du moment qu'ils ont pu prendre connaissance du contenu de la note en cause en procédure de première instance déjà et qu'ils ont pu se déterminer sur la portée dans la présente procédure des faits qu'elle contenait. En réalité, les griefs qu'ils formulent à cet égard concernent essentiellement l'étendue des obligations de procédure qui incombaient à l'Administration fédérale des contributions dès l'instant où elle a eu connaissance de cette note et des faits qu'elle dévoilait. Ces griefs seront examinés ci-dessous. Il suffit de retenir ici que la Société immobilière était détenue à fin 1997 par un actionnaire domicilié en France.
2. Les recourants mettent en cause le montant de la créance d'impôt anticipé. Ils invoquent la prescription.
2.1 La Confédération perçoit un impôt anticipé de 35 % (art. 13 al. 1 let. a LIA) sur les revenus de capitaux mobiliers (art. 1 al. 1 LIA). D'après l'art. 4 al. 1 let. b LIA, l'impôt a notamment pour objet les participations aux bénéfices et tous autres rendements des actions. Aux termes de l'art. 20 al. 1 de l'ordonnance d'exécution du 19 novembre 1966 de la loi fédérale sur l'impôt anticipé (OIA, RS 642.211), est un rendement imposable d'actions toute prestation appréciable en argent faite par la société aux possesseurs de droits de participation, ou à des tiers les touchant de près, qui ne se présente pas comme remboursement des parts au capital social versé existant au moment où la prestation est effectuée (dividendes, bonis, actions gratuites, bons de participation gratuits, ou encore d'excédents de liquidation, etc.).
2.2 Selon la jurisprudence, le prêt d'une société anonyme à son actionnaire constitue une prestation appréciable en argent si la société a accordé ce prêt, ou qu'elle l'a accordé pour un certain montant, uniquement pour la raison que l'emprunteur était le détenteur des droits de participation. Pour déterminer si et dans quelle mesure un prêt accordé à un participant à la société doit être considéré comme une prestation appréciable en argent, il faut établir une comparaison avec ce qui se serait produit entre tiers. On se trouve en présence d'une prestation appréciable en argent si et dans la mesure où le prêt en question n'aurait pas été accordé à un tiers non intéressé (StE 2001 B 24.4 n° 58, consid. 2; Archives 72 736 consid. 2.2; 66 554 consid. 3; 64, 641; 53, 54 cons. 3 p. 58 et les nombreuses références; cf. aussi Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle 2007, p. 263 s.). Tel est le cas lorsque la société renonce à demander le remboursement d'un prêt qu'elle a accordé à l'actionnaire (StE 2001 B 24.4 n° 58).
L'excédent de liquidation comprend toutes les prestations faites par une société dissoute aux actionnaires (ou à leur proches) qui ne constituent pas un remboursement de capital. L'excédent imposable résulte de la différence entre la valeur réelle des actifs et le montant des passifs y compris le capital-actions de la société au début des opérations de liquidation (ATF 115 Ib 274 consid. 9c p. 279 s.; 106 Ib 375 consid. 2a p. 377 s.; arrêts 2P.75/2002 du 23 janvier 2003 in RDAF 2002 II 518 consid. 4.2; 2A.94/2001 du 27 juin 2001 consid. 2c; Archives 47 550).
2.3 Pour les revenus de capitaux mobiliers, la créance fiscale prend naissance au moment où échoit la prestation imposable (art. 12 al. 1 LIA) et se prescrit par cinq ans dès la fin de l'année civile où elle a pris naissance (art. 17 al. 1 LIA). La suspension et l'interruption ont effet à l'égard de toutes les personnes tenues au paiement (art. 17 al. 4 LIA). La notion d'échéance de la prestation imposable correspond à celle du droit civil (Michael Beusch, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, vol. II/2, Zweifel/ Athanas/Bauer-Balmelli éd., Bâle 2005, n° 21 ad art. 12 LIA et les références citées). La prescription de l'art. 17 LIA est une question de droit matériel qui doit être examinée d'office par les autorités et que le contribuable n'est pas tenu de soulever (Michael Beusch, op. cit., n° 3 et 7 ad art. 17 LIA et les références citées, notamment arrêt du Tribunal fédéral du 29 octobre 1987 in Archives 59 250 consid. 4a)
S'agissant des prestations appréciables en argent faites par une société aux détenteurs de droits de participation, le moment où les moyens financiers sont prélevés de la société ne peut en règle générale pas être déterminé selon le critère du droit ferme à les obtenir. Selon la jurisprudence, le moment déterminant est celui où le détenteur d'une participation exprime clairement sa volonté de retirer tout ou partie de la substance de la société et que cette intention est reconnaissable pour les autorités fiscales. Cela n'a en général lieu que lorsque des mesures sont prises au niveau de la société, comme par exemple lorsqu'il est procédé à l'amortissement de la créance désormais compromise (arrêt 2C_461/2008 du 23 décembre 2008 in RF 64/2009 p. 308 consid. 2.2 et les références citées).
Le droit d'obtenir l'excédent de liquidation provenant d'une dissolution conformément aux dispositions des art. 739 ss CO échoit au plus tôt après l'écoulement du délai d'une année de l'art. 745 al. 2 CO, le cas échéant après le délai de trois mois de l'art. 745 al. 3 CO, au moment où le versement de l'excédent est exécutable (Michael Beusch, op. cit., n° 37 ad art. 12 LIA; W. Robert Pfund, Verrechnungssteuer, vol. 5, Ie partie, Bâle 1971, n° 2.10 ss ad art. 12 al. 1 LIA).
2.4 En l'espèce, la dissolution de la recourante a été décidée le 14 décembre 2001. Le droit d'obtenir l'excédent de liquidation d'un montant de 6'513'265 fr. 49 était échu au plus tôt durant l'année 2002, de sorte que le délai a commencé à courir au plus tôt le 1er janvier 2003. La créance d'impôt anticipé sur l'excédent de liquidation, dont le calcul en lui-même n'est pas mis en cause par les recourants, n'était par conséquent pas encore prescrite lorsque, par décision formelle du 25 avril 2005, l'Administration fédérale des contributions a sommé la recourante de verser un montant d'impôt de 2'279'642 fr. 90. Cette décision vaut interruption de la prescription également à l'encontre du recourant Y._ (art. 17 al. 4 LIA).
2.5 Les recourants soutiennent qu'en simulant des prêts à l'actionnaire jusqu'à la fin de l'année 1998, la Société immobilière a procédé à des distributions dissimulées de bénéfices qui auraient dû être soumises à impôt anticipé, mais ne l'ont pas été, de telle sorte que la créance d'impôt sur l'excédent de liquidation, composée notamment de ces prêts, serait en partie prescrite (cf. mémoire de recours, p. 17). Le raisonnement des recourants doit être écarté en l'espèce. En effet, pour se prescrire dans le délai prévu par l'art. 17 LIA, les créances d'impôt anticipé sur les éventuelles distributions dissimulées de bénéfice, telles que celles invoquées en l'espèce, doivent d'abord avoir pris naissance. Conformément à la jurisprudence rappelée ci-dessus, les recourants auraient dû démontrer à cet effet qu'il existait des éléments propres à établir que les créanciers, connus de l'Administration fédérale jusqu'en 1997, n'avaient pas l'intention de rembourser ces prêts, ce qu'ils n'ont pas fait, du moins pas dans les formes requises par l'art. 106 al. 2 LTF, puisque ces faits ne figurent pas dans l'arrêt attaqué. En matière d'impôt anticipé du reste, la démonstration par le contribuable qu'un rapport juridique est simulé est soumise à des exigences accrues (Michael Beusch, op. cit., n° 6 ad art. 12 LIA et les références citées), de sorte que, quoi qu'en pensent les recourants, on ne saurait admettre facilement sur ce point que l'Administration fédérale des contributions aurait dû se rendre compte qu'il n'y avait pas de contrat écrit, ni d'intérêts stipulés ou que le débiteur était insolvable. La prescription n'a par conséquent pas commencé à courir. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu d'examiner la question de savoir si une éventuelle prescription aurait eu pour effet de réduire le montant de la créance d'impôt anticipé sur l'excédent de liquidation, ce qui semble pour le moins douteux eu égard à la fonction de garantie de l'impôt anticipé. Enfin, on peut aussi laisser ouverte la question de savoir si les recourants ne commettent pas un abus de droit en se prévalant d'actes simulés pour obtenir le bénéfice de la prescription.
En jugeant que la créance d'impôt anticipé s'élevait en l'espèce à 2'279'642 fr. 90, le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé le droit fédéral.
3. Les recourants sont d'avis que les conditions pour la procédure de déclaration sont remplies, ce qu'aurait méconnu le Tribunal administratif fédéral.
3.1 En matière d'impôt anticipé, l'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable (art. 10 al. 1 LIA). Elle est exécutée soit par le paiement de l'impôt soit par la déclaration de la prestation imposable (art. 11 al. 1 LIA). Lorsqu'elle ne peut être exécutée par la procédure de déclaration, le contribuable doit, en versant, virant, créditant ou imputant la prestation imposable, en déduire le montant de l'impôt anticipé, sans avoir égard à la personne du créancier et doit donner au bénéficiaire de la prestation imposable les indications nécessaires pour faire valoir le droit au remboursement et, à sa demande, lui délivrer une attestation (art. 14 LIA). L'impôt anticipé est remboursé pour autant que les conditions légales (art. 21 ss LIA) soient remplies.
3.2 D'après l'art. 20 LIA, lorsque le paiement de l'impôt sur les revenus de capitaux mobiliers entraînerait des complications inutiles ou des rigueurs manifestes, le contribuable pourra être autorisé à exécuter son obligation fiscale par une déclaration de la prestation imposable. L'ordonnance définit de manière exhaustive les cas dans lesquels cette procédure exceptionnelle est admise (ATF 110 Ib 319 consid. 4 p. 321 s.; arrêt du Tribunal fédéral du 27 septembre 1968 in Archives 37 389).
Selon l'art. 24 al. 1 let. c OIA, la société peut être autorisée, à sa demande, à exécuter son obligation fiscale par une déclaration de la prestation imposable, notamment en cas de distribution de dividendes en nature ou d'un excédent de liquidation par cession d'actif, tel le transfert du seul actif immobilier de la société (Ivo P. Baumgartner, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, vol. II/2, Zweifel/Athanas/Bauer-Balmelli éd., Bâle 2005, n° 38 ad art. 20 LIA et les références citées). La procédure de déclaration est admissible seulement s'il est établi que les personnes à qui l'impôt anticipé devrait être transféré (bénéficiaires de la prestation) auraient droit au remboursement de cet impôt d'après la loi ou l'ordonnance, et si leur nombre ne dépasse pas vingt (art. 24 al. 2 OIA). Il doit être "établi" que le bénéficiaire de la prestation a droit au remboursement de l'impôt anticipé, en d'autres termes qu'il remplit toutes les conditions exigées à la fois par la loi sur l'impôt anticipé et par l'ordonnance sur l'impôt anticipé, à l'exclusion des conventions de double imposition. Lorsqu'il n'y a pas de droit au remboursement ou qu'il subsiste un doute sur ce droit, la procédure de déclaration doit être refusée, ce refus n'ayant pas pour effet d'exclure le remboursement de l'impôt, puisque celui-ci peut encore avoir lieu s'il est démontré dans la procédure de remboursement ultérieure que les conditions à cet effet sont remplies. En revanche, l'examen (ultérieur) du droit au remboursement, c'est-à-dire après que l'autorisation d'utiliser la procédure de réclamation a été délivrée, n'est possible que pour les prestations non encore échues (art. 25 al. 2 OIA), tandis que, pour les prestations déjà échues au moment de la délivrance, un tel examen ne peut avoir lieu que par la voie de la révision de l'autorisation (Ivo P. Baumgartner, op. cit. n° 87 ad art. 20 LIA). Cette différence de régime justifie de n'accorder l'autorisation de déclaration en cas d'impôt perçu sur une prestation déjà échue que lorsque le droit au remboursement ne fait aucun doute (Max Kramer, Die Voraussetzungen des Meldeverfahrens bei Kapitalerträgen, Archives 54 329 ss, p. 346).
3.3 Le droit au remboursement de l'impôt anticipé est soumis à la réalisation des conditions des art. 21 ss LIA. D'après l'art. 21 al. 1 let. a LIA, l'ayant droit peut demander le remboursement de l'impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers retenus à sa charge par le débiteur s'il avait à l'échéance de la prestation imposable le droit de jouissance sur les valeurs qui ont produit le rendement soumis à l'impôt. Si l'ayant droit est une personne physique, elle doit en outre être domiciliée en Suisse à l'échéance de la prestation imposable (art. 22 al. 1 LIA), s'il s'agit d'une personne morale, elle doit à cette même échéance y avoir son siège (art. 24 al. 2 LIA). Toutefois, le remboursement est inadmissible dans tous les cas où il pourrait permettre d'éluder un impôt (art. 21 al. 2 LIA). La personne morale qui ne comptabilise pas régulièrement comme rendement un revenu grevé de l'impôt anticipé perd le droit au remboursement de l'impôt déduit de ce revenu (art. 25 LIA). Enfin, le droit au remboursement s'éteint si la demande n'est pas présentée dans les trois ans après l'expiration de l'année civile au cours de laquelle la prestation est échue (art. 32 al. 1 LIA).
D'une manière générale, la question de l'évasion fiscale au sens de l'art. 21 al. 2 LIA se pose dès qu'une personne domiciliée à l'étranger - pour laquelle l'impôt anticipé correspond à une charge fiscale définitive - vend ses droits de participation dans une société suisse en vue de sa prochaine liquidation à une personne physique domiciliée en Suisse ou à une personne morale dont le siège est en Suisse afin d'obtenir néanmoins le remboursement de l'impôt anticipé (Maja Bauer-Balmelli, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, vol. II/2, Zweifel/Athanas/Bauer-Balmelli éd., Bâle 2005, n° 59 ss ad art. 21 LIA et les références citées; La Même, Die Steuerumgehung im Verrechnungssteuerrecht, IFF Forum für Steuerrecht 2002, p. 162 ss, p. 178; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle 2007, p. 279; Gion Clopath, Changement d'actionnaire et impôt anticipé, in ECS 1993, 889, p. 892).
3.4 D'après l'art. 25 al. 1 OIA, la demande d'autorisation à exécuter l'obligation fiscale par la procédure de déclaration doit être adressée par écrit à l'Administration fédérale des contributions; elle doit indiquer le nom des bénéficiaires de la prestation et le lieu de leur domicile ou de leur séjour à l'échéance de la prestation (let. a) ainsi que le genre et le montant brut de la prestation revenant à chacun des bénéficiaires, la date d'échéance et, éventuellement, la période à laquelle elle se rapporte (let. b). L'Administration fédérale des contributions élucide les faits et rend sa décision; elle peut subordonner son autorisation à des charges et conditions. La décision concernant des prestations non encore échues est prise sous réserve de l'examen du droit au remboursement du bénéficiaire de la prestation à l'échéance de celle-ci (art. 25 al. 2 OIA).
Appelée à vérifier si les bénéficiaires de la prestation imposable ont droit au remboursement de l'impôt au sens de l'art. 24 al. 2 OIA, l'Administration fédérale ne doit procéder qu'à un examen sommaire de ces questions préjudicielles, sans préjuger de la décision qui appartient aux autorités cantonales (ATF 110 Ib 319 consid. 6b p. 324 ss). Pour accorder la procédure de déclaration, elle doit néanmoins être convaincue de l'existence du droit au remboursement lorsque l'objet de l'impôt est une prestation déjà échue (Baumgartner, op. cit., n° 87 ad art. 20 LIA).
Celui qui demande le remboursement de l'impôt anticipé doit renseigner en conscience l'autorité compétente sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour déterminer le droit au remboursement; il doit en particulier remplir complètement et exactement les formules de demande et les questionnaires, fournir, à la requête de l'autorité, les attestations concernant la déduction de l'impôt (art. 14 al. 2 LIA) et produire les livres, pièces justificatives et autres documents. Si le requérant ne satisfait pas à ses obligations de donner des renseignements et que le droit au remboursement ne puisse être déterminé sans les renseignements requis par l'autorité, la demande est rejetée (art. 48 LIA). En particulier, lorsqu'une personne morale demande le remboursement de l'impôt anticipé sur un rendement provenant d'une participation qu'elle a acquise peu de temps auparavant et qu'il n'est pas exclu que cette opération permette à un étranger d'éluder une charge fiscale définitive, cette personne morale est tenue, sur demande de l'Administration fédérale des contributions, de fournir le nom et l'adresse de l'actionnaire vendeur (arrêt du Tribunal fédéral du 26 mars 1954 in Archives 23, p. 530 ss). Cette obligation est renforcée lorsque la personne morale agit à titre fiduciaire (W. Robert Pfund, Verrechnungssteuer, Vol. 5, Ie partie, Bâle 1971, n° 3.62 ss ad art. 4 al. 1 let. b LIA).
3.5 En l'espèce, au moment de l'échéance de l'excédent de liquidation, la Compagnie avait son siège en Suisse et disposait du droit de jouissance sur les participations qui ont produit le revenu imposable i.e. l'excédent de liquidation, de sorte que, sous réserve de l'existence d'une possible évasion fiscale prohibée par l'art. 21 al. 2 LIA, les conditions de l'art. 24 al. 2 OIA pour autoriser une procédure de déclaration étaient en principe remplies. Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif fédéral a confirmé que l'Administration fédérale des contributions pouvait refuser la procédure de déclaration en raison d'un risque d'évasion fiscale, ce que contestent les recourants.
3.6 Il ressort des faits retenus dans l'arrêt attaqué que la recourante était détenue jusqu'à fin 1997 par un actionnaire domicilié en France, que, par contrat de vente du 13 avril 2000, agissant pour le compte de tiers, la société B._ SA a vendu la totalité du capital-actions de la recourante, qu'elle détenait à titre fiduciaire, à A._ SA, dont le siège était en Suisse, et enfin que, peu de temps après cette vente, en décembre 2001, l'assemblée générale de la recourante a décidé sa dissolution et la liquidation de ses actifs.
A la lumière de ces événements, l'Administration fédérale des contributions pouvait à bon droit conserver des doutes sur le point de savoir si la personne domiciliée en France, qui avait été actionnaire de la recourante au moins jusqu'à fin 1997, l'était encore en avril 2000, ou, en d'autres termes, était le tiers pour le compte duquel la société de B._ SA avait agi et si cet actionnaire ne cherchait pas par cette vente à mettre sur pied une structure insolite dans le but d'intercaler une société anonyme siégeant en Suisse et ayant droit au remboursement de l'impôt anticipé perçu sur l'excédent de liquidation. Les incertitudes qui subsistaient sur l'identité du réel propriétaire du capital-actions lui permettaient de soupçonner l'existence d'une construction insolite ayant pour but d'éluder une charge fiscale définitive dans le chef de cet actionnaire domiciliée en France et suffisaient pour juger, à l'instar du Tribunal administratif fédéral, qu'il subsistait un doute sur le droit au remboursement du bénéficiaire de la prestation. Un tel doute suffit pour refuser la procédure de déclaration.
3.6.1 Les recourants soutiennent en vain que l'acquisition du capital-actions s'est déroulée dans des conditions tout à fait ordinaires et habituelles, qu'ils étaient d'ailleurs intimement convaincus que le précédent actionnaire était une personne résidante en Suisse et qu'au demeurant, la dissolution et la liquidation était intervenue, non pas dans le but d'éluder l'impôt anticipé mais uniquement dans le contexte général d'encouragement à la liquidation des sociétés immobilières. Il ressort en effet du contrat de vente du 13 avril 2000 que B._ SA était propriétaire du capital-actions de la recourante à titre fiduciaire et qu'elle agissait pour le compte de tiers, ce que les parties au contrat, notamment les organes de la Compagnie, bénéficiaire de la prestation imposable, ne pouvaient ignorer avant même d'y apposer leur signature. Ces derniers pouvaient et devaient s'attendre à ce que l'Administration fédérale des contributions, même dans les limites de l'examen sommaire d'une demande de procédure de déclaration, s'interroge sur l'identité du véritable propriétaire du capital-actions. L'art. 48 al. 1 LIA leur imposant de renseigner en conscience l'Administration fédérale des contributions sur tous les faits qui pourraient avoir de l'importance pour déterminer le droit au remboursement du bénéficiaire, il leur incombait de s'assurer auprès de B._ SA de l'identité de l'actionnaire caché derrière le rapport fiduciaire. A défaut, ils devaient s'attendre à ce que l'Administration fédérale des contributions refuse la procédure de déclaration.
3.6.2 Les recourants reprochent au Tribunal administratif fédéral de leur avoir fait supporter le fardeau de la preuve de l'identité du véritable propriétaire du capital-actions. Ils soutiennent que l'Administration fédérale des contributions disposait des éléments de preuve nécessaires pour démontrer que le véritable propriétaire était domicilié en Suisse mais se serait abstenue de les administrer en violation de l'art. 25 al. 2 OIA. En particulier, elle n'aurait pas cherché à savoir si la situation s'était modifiée entre fin 1997 et 2000. Elle n'aurait pas demandé à B._ SA le contrat de fiducie, se serait contentée de la réponse évasive de F._ et aurait dû revoir les comptes de H._ pour voir si les actions de la recourante y figuraient.
Les recourants perdent de vue que l'Administration fédérale ne doit procéder qu'à un examen sommaire de la question de savoir si les bénéficiaires de la prestation imposable ont droit au remboursement de l'impôt (cf. consid. 2.2 ci-dessus). La doctrine qu'ils citent à l'appui de leur grief ne leur est d'aucun secours, soit elle concerne la procédure de remboursement devant les autorités fiscales cantonales, soit elle méconnaît le caractère sommaire, selon la jurisprudence, de l'examen de la demande d'exécution de l'impôt anticipé par la voie de la déclaration. Sous cet angle du reste, force est de constater qu'en demandant le nom du véritable propriétaire du capital-actions de la recourante ainsi que le détail du compte actionnaire débiteur, en s'adressant directement successivement à F._, à H._ SA, son administrateur K._, puis en convoquant en ses bureaux, E._, organe de la société B._ SA, qui agissait à titre fiduciaire ainsi que Y._ pour obtenir plus de renseignements sur l'identité de l'actionnaire en cause, l'Administration fédérale des contributions a largement rempli son devoir d'examen sommaire de la demande déposée le le 30 septembre 2003. Au terme de ces investigations et au vu des réponses lacunaires et contradictoires qu'elle avait obtenues, l'Administration fédérale des contributions était en droit de douter du droit au remboursement de la Compagnie tel qu'il est exigé par l'art. 24 al. 2 OIA. Cela suffisait pour refuser la procédure de déclaration.
3.7 Dans ces conditions, en confirmant la décision de l'Administration fédérale des contributions de refuser la procédure de déclaration, le Tribunal administratif fédéral a correctement appliqué le droit fédéral. Mal fondé sur ce point, le recours doit être rejeté.
4. Le recourant Y._ soutient que le Tribunal administratif fédéral a violé l'art. 15 LIA en le désignant débiteur solidaire de l'impôt anticipé.
4.1 D'après l'art. 15 al. 1 let. a LIA, les personnes chargées de la liquidation sont responsables solidairement avec le contribuable pour l'impôt anticipé dû par une personne morale, une société commerciale sans personnalité juridique ou un placement collectif de capitaux en liquidation jusqu'à concurrence du produit de la liquidation. Elles ne répondent que des créances d'impôt, intérêts et frais qui prennent naissance, que l'autorité fait valoir ou qui échoient pendant leur gestion; leur responsabilité s'éteint si elles établissent qu'elles ont fait tout ce qu'on pouvait attendre d'elles pour déterminer et exécuter la créance fiscale (art. 15 al. 2 LIA). Elles ont en outre les mêmes droits et devoirs que le contribuable (art. 15 al. 3 LIA) et doivent en particulier renseigner en conscience l'Administration fédérale des contributions sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour déterminer l'assujettissement ou les bases de calcul de l'impôt (cf. art. 39 LIA). La responsabilité solidaire du liquidateur résulte directement de la loi (arrêt 2A.107/1999 du 23 septembre 1999 in Archives 69 898). Elle est accessoire en ce sens qu'elle suppose une créance fiscale à l'encontre de l'assujetti (X. Oberson, La responsabilité fiscale des organes dirigeants des sociétés anonymes [ci-après: La responsabilité], RDAF 2006, p. 293 ss, p. 295). Elle vise à garantir le paiement de l'impôt anticipé lors de la la liquidation de la société (Robert Danon, La responsabilité fiscale solidaire des organes en cas de liquidation d'une société de capitaux in Quelques actions en responsabilité, F. Bohnet éd., Neuchâtel 2008, p. 199 ss, 203).
Pour se libérer de sa responsabilité, le liquidateur doit avoir rempli ses devoirs consciencieusement et avoir fait tout ce qu'on peut raisonnablement exiger de lui pour la garantie et le paiement de la créance fiscale (ATF 115 Ib 274 consid. 14d p. 284 s.; 106 Ib 375 consid. 2b/bb p. 379 s.). Il est admis en jurisprudence et en doctrine qu'une telle preuve est apportée lorsque le liquidateur exige de l'actionnaire les sûretés nécessaires au paiement de l'impôt. Il s'agit d'une responsabilité indépendante de toute faute (arrêt du 19 décembre 1980, consid. 3b/aa non publié in ATF 106 Ib 375 mais in Archives 50 443 s.; Thomas Meister, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, vol. II/2, Zweifel/Athanas/Bauer-Balmelli éd., Bâle 2005, n° 28 ad art. 15 LIA et les références citées; Oberson, La responsabilité, p. 301 s. et les références citées; Danon, op. cit., p. 214).
4.2 En l'espèce, le recourant a été nommé liquidateur de la recourante. La créance d'impôt anticipé sur l'excédent de liquidation a pris naissance alors que ce dernier fonctionnait comme liquidateur. L'existence de cette créance a été confirmée. Le recourant n'a en revanche pas rempli ses devoirs consciencieusement ni fait tout ce qu'on pouvait raisonnablement exiger de lui pour la garantie et le paiement de la créance fiscale. En effet, en tant que liquidateur, il devait fournir à l'Administration fédérale des contributions des informations sur le tiers actionnaire au nom duquel la société B._ SA a expressément indiqué, dans le contrat de vente du 13 août 2000, agir à titre fiduciaire. Il devait s'assurer de l'identité de cet actionnaire ou, à tout le moins, demander les sûretés nécessaires au paiement de l'impôt anticipé dû sur l'excédent de liquidation de la recourante dont il projetait la dissolution. Ne l'ayant pas fait, il reste solidaire de la créance d'impôt anticipé de 2'279'642 fr. 90.
En jugeant que le recourant Y._ était débiteur solidaire de cette créance, le Tribunal administratif fédéral a correctement appliqué l'art. 15 LIA. Le recours est par conséquent également rejeté sur ce point.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire, solidairement entre eux (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge des recourants solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 13 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey