Sachverhalt:
A. X._ wurde 1964 geboren und ist nigerianischer Staatsbürger. Er wurde am 8. November 2007 zusammen mit A._ wegen des Verdachts der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz verhaftet. Am 9. November 2007 wurde X._ aus der Haft entlassen und am 8. Oktober 2008 erneut verhaftet. Am 10. Oktober 2008 wurde er mit Entscheid des Haftrichters Basel-Stadt wegen des Verdachts der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz in Untersuchungshaft versetzt. Mit Entscheid vom 6. November 2008 verlängerte der Haftrichter die Untersuchungshaft bis am 2. Januar 2009.
B. Gegen den haftrichterlichen Entscheid vom 6. November 2008 reichte X._ Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt ein. Er beantragte, er sei aus der Untersuchungshaft zu entlassen, eventualiter sei ihm die unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung zu bewilligen. Der Appellationsgerichtspräsident wies die Beschwerde mit Urteil vom 28. November 2008 ab. Er erwog, neben dem dringenden Tatverdacht seien bei X._ auch die Haftgründe der Fortsetzungs-, Kollusions- und Fluchtgefahr erfüllt. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung wurde abgewiesen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos sei.
C. Gegen das Urteil des Appellationsgerichtspräsidenten vom 28. November 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 22. Dezember 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die unverzügliche Entlassung aus der Haft. Eventualiter beantragt er die Aufhebung des Kostenentscheids der Vorinstanz und die Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung und Rechtsverbeiständung für das vorinstanzliche Verfahren. Der Beschwerdeführer ersucht auch für das bundesgerichtliche Verfahren um Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Er hält die Fortsetzung der Haft mangels hinreichender Flucht-, Kollusions- und Fortsetzungsgefahr für ungerechtfertigt.
D. Die Staatsanwaltschaft und der Appellationsgerichtspräsident des Kantons Basel-Stadt beantragen in ihren Stellungnahmen Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit eine Replik einzureichen Gebrauch gemacht. Mit Eingabe vom 8. Januar 2009 hält er an seinen bisherigen Ausführungen und Anträgen fest.
Erwägungen:
1. Die Eintretenserfordernisse nach Art. 78 ff. BGG (vgl. BGE 133 I 270 E. 1.1 S. 272 f. mit Hinweisen) geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Untersuchungshaft darf nach baselstädtischem Strafprozessrecht angeordnet werden, wenn die angeschuldigte Person eines Verbrechens, eines Vergehens oder einer wiederholten Tätlichkeit (Art. 126 Abs. 2 StGB) dringend verdächtig ist und zudem ein besonderer Haftgrund vorliegt (§ 69 der Strafprozessordnung vom 8. Januar 1997 des Kantons Basel-Stadt [StPO/BS]). Der besondere Haftgrund der Kollusionsgefahr ist nach § 69 lit. b StPO/BS gegeben, wenn konkrete Umstände vorliegen, die befürchten lassen, die angeschuldigte Person werde die Freiheit zur Vereitelung der Untersuchung insbesondere durch Beeinflussung von Personen oder Verwischung von Spuren benützen (Kollusionsgefahr).
2.2 Der Beschwerdeführer räumt selber ein, dass die Beweislage zur Anklageerhebung ausreichen mag. Zudem hat das Bundesgericht vorliegend keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Es ist daher nicht seine Aufgabe, die vom Beschwerdeführer gegen einzelne dieser Ergebnisse vorgebrachten Bestreitungen (Beschwerdeschrift S. 5 f.) eingehend zu prüfen. Massgebend für das Bestehen eines dringenden Tatverdachts ist, ob hinreichende Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen. Dies konnte von der Vorinstanz ohne Willkür bejaht werden. Die Staatsanwaltschaft bereitet deshalb aufgrund der bestehenden Verdachtsmomente die Anklageerhebung gegen den Beschwerdeführer vor.
2.3 Kollusion bedeutet nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung insbesondere, dass sich der Angeschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitangeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst, oder dass er Spuren und Beweismittel beseitigt. Die Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass der Angeschuldigte die Freiheit oder einen Urlaub dazu missbrauchen würde, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhaltes zu vereiteln oder zu gefährden. Die theoretische Möglichkeit, dass der Angeschuldigte in Freiheit kolludieren könnte, genügt indessen nicht, um die Fortsetzung der Haft unter diesem Titel zu rechtfertigen. Es müssen vielmehr konkrete Indizien für die Annahme von Verdunkelungsgefahr sprechen. Das Vorliegen des Haftgrundes ist nach Massgabe der Umstände des jeweiligen Einzelfalles zu prüfen (BGE 132 I 21 E. 3.2 S. 23 mit Hinweisen).
2.3.1 Die Vorinstanz führt aus, es bestünden im vorliegenden Fall Indizien für eine Einbindung des Beschwerdeführers in eine grössere Drogenorganisation. In diesem Zusammenhang sei insbesondere auf das am 26. Februar 2008 geführte Telefongespräch mit "Chief Onwa" hinzuweisen, in welchem die Festnahme von A._ und des Beschwerdeführers am 8. November 2007 sowie die Freilassung des Letzteren und weitere Einzelheiten geschildert würden, die nur einem Beteiligten bekannt sein könnten. Da bis anhin weder "Chief Onwa" noch weitere allfällige in den Niederlanden oder anderswo operierende Bandenmitglieder haben ermittelt werden können, müsse das Interesse an Informationen unter diesen Personen und an gegenseitigen Absprachen als besonders hoch eingestuft werden. Beim Beschwerdeführer sei daher Kollusionsgefahr gegeben.
2.3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, der Vorinstanz sei es nicht gelungen darzulegen, welche Spuren er denn noch verwischen oder welche allfälligen Drittpersonen er noch beeinflussen könnte. Selbst A._ zu beeinflussen könnte wohl nur kontraproduktiv sein, da dieser bislang keine belastenden Aussagen gemacht habe. Im Übrigen hätte eine Information allenfalls in den Niederlanden operierender weiterer Tatverdächtiger wohl schon längstens stattgefunden, da sich der Beschwerdeführer nach der ersten Verhaftung im November 2007 während elf Monaten auf freiem Fuss befunden habe.
2.3.3 Festzuhalten ist, dass erhebliche Verdachtsmomente dafür bestehen, dass der Beschwerdeführer am 26. Februar 2008 mit "Chief Onwa" ein Telefongespräch über den Hergang seiner Festnahme sowie derjenigen von A._ am 8. November 2007 geführt hat. "Chief Onwa", ein vermutlicher Hintermann der Drogenschmuggler- und -händlergruppierung, hat bisher noch nicht ermittelt werden können. Unter diesen Umständen ist die Annahme der Vorinstanz evident und nicht zu beanstanden, das Interesse der an dieser Drogenorganisation beteiligten Personen an Informationen und gegenseitigen Absprachen erscheine weiterhin als besonders hoch. Auch der Beschwerdeführer kann an solchen Kollusionshandlungen interessiert sein, zumal im Ausland nach wie vor Ermittlungen in Gang sind, die ohne Weiteres auch zu zusätzlichen Aussagen oder sonstigen Erkenntnissen führen können, die ihn belasten. Der Schluss der Vorinstanz, beim Beschwerdeführer seien somit ausreichend konkrete Anhaltspunkte für das Bestehen von Kollusionsgefahr gegeben, hält deshalb vor der Verfassung klarerweise stand.
2.4 Da Untersuchungshaft bereits beim Vorliegen eines Haftgrundes zulässig ist, muss nicht geprüft werden, ob vorliegend weitere besondere Haftgründe (Flucht- oder Wiederholungsgefahr) erfüllt sind.
3. 3.1 Zur Begründung des Eventualantrags auf Aufhebung des Kostenentscheids der Vorinstanz und Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung für das vorinstanzliche Verfahren bringt der Beschwerdeführer vor, der im Jahr 2007 und der im Jahr 2008 entscheidende Haftrichter seien über die Frage des ausreichenden Tatverdachts und des Vorliegens eines besonderen Haftgrundes offensichtlich nicht derselben Meinung gewesen. Beim Bestehen solcher Meinungsunterschiede zwischen den involvierten Fachrichtern könne nicht gesagt werden, die bei der Vorinstanz erhobene Beschwerde sei von vornherein aussichtslos gewesen.
3.2 Die den Tatverdacht gegen den Beschwerdeführer massgeblich erhärtenden Gesprächsprotokolle der Telefonüberwachung wurden der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt von der Staatsanwaltschaft Oldenburg am 31. März 2008 übersandt. Zwischen der ersten Verhaftung des Beschwerdeführers am 8./9. November 2007 und derjenigen am 8. Oktober 2008 bestand somit ein erheblicher Unterschied hinsichtlich der vorliegenden Ermittlungsergebnisse. Darüber hinaus erfolgte das für die Annahme des Haftgrundes der Kollusionsgefahr bedeutsame Telefongespräch am 26. Februar 2008 (siehe oben E. 2.3.3) und somit erst nach der ersten Verhaftung des Beschwerdeführers. Die massgebende Faktenlage unterscheidet sich somit auch in dieser Hinsicht erheblich zwischen dem November 2007 und dem Oktober 2008. Unter diesen Umständen erscheint es nicht als willkürlich und ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz trotz der unterschiedlichen Entscheidungen der Haftrichter im November 2007 und im Oktober 2008 die bei ihr erhobene Beschwerde als aussichtslos bezeichnete.
4. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als offensichtlich unbegründet und ist demnach im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG zu behandeln und abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Rechtsverbeiständung im Verfahren vor Bundesgericht ist wegen offensichtlicher Aussichtslosigkeit der Begehren (vgl. Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG) ebenfalls abzuweisen. Umständehalber werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft sowie dem Appellationsgerichtspräsidenten des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler