Faits:
A. Par décision du 14 juillet 2008, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'OAI) a refusé d'octroyer des prestations à A._.
B. Par jugement du 6 octobre 2009, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours interjeté par l'assuré contre cette décision, a annulé cette dernière et renvoyé la cause à l'OAI pour complément d'instruction au sens des considérants et nouvelle décision.
C. L'Office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il requiert l'annulation, en concluant au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle appréciation des preuves et nouveau jugement. Il sollicite également l'octroi de l'effet suspensif au recours.
Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (cf. art. 82 ss LTF) est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF), ainsi que contre les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation (art. 92 al. 1 LTF). Selon l'art. 93 al. 1 LTF, les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément ne peuvent faire l'objet d'un recours que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
2. En tant que son dispositif admet le recours, annule la décision litigieuse et renvoie la cause à l'office recourant pour instruction complémentaire et nouvelle décision, le jugement entrepris céans doit être qualifié de décision incidente et ne peut être attaqué qu'aux conditions de l'art. 93 LTF (cf. ATF 133 V 477 consid. 4.2 p. 481).
3. 3.1 En l'espèce, le renvoi pour instruction complémentaire porte sur la mise en oeuvre d'une nouvelle évaluation psychiatrique devant être confiée à un spécialiste muni des titres et autorisations reconnus. La juridiction cantonale a considéré que le rapport bidisciplinaire du Service médical régional de l'AI (SMR) sur lequel l'OAI avait fondé son refus d'octroyer des prestations à l'assuré n'était pas probant car son volet psychiatrique avait été établi par la doctoresse L._. Or, celle-ci n'était qu'au bénéfice d'une autorisation de pratiquer à titre dépendant depuis le 24 novembre 2006, à savoir sous la supervision du médecin-chef du SMR. Dans la mesure où son examen n'avait pas été contresigné par un supérieur hiérarchique et que le dossier ne contenait pas d'autre appréciation émanant d'un psychiatre, l'OAI ne pouvait pas écarter tout diagnostic psychique invalidant sur la seule base de l'examen de la doctoresse L._, lequel était entaché d'un vice de forme.
3.2 L'administration soutient que la décision de renvoi de l'autorité cantonale est susceptible de lui causer un préjudice irréparable dans la mesure où ce n'est pas la valeur du contenu du rapport d'examen clinique effectué par le SMR qui est mis en cause par les premiers juges mais les qualités personnelles et professionnelles de la doctoresse L._ et, en particulier, l'étendue de l'autorisation de pratiquer à titre dépendant délivrée par le Service de la santé publique du canton de Vaud.
3.3 L'Office recourant ne démontre toutefois pas concrètement en quoi les conditions de l'art. 93 al. 1 et 2 LTF seraient réalisées. Pour cette raison déjà, son argumentation n'est donc pas pertinente. De plus, le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de préciser que les décisions relatives à l'administration de preuves - de nature factuelle et non juridique (cf. ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et ATF 131 I 57 consid. 1 p. 59) - ne causaient en principe pas de dommages irréparables au sens de l'art. 93 al. 1 LTF, qu'il s'agisse de décisions refusant ou ordonnant la mise en oeuvre d'un moyen de preuve déterminé, sauf si les décisions en question comportaient des instructions contraignantes sur la manière dont l'autorité devait trancher certains aspects du rapport litigieux (ATF 133 V 477 consid. 5.2 p. 483). Or, si les premiers juges imposent la réalisation d'une expertise psychiatrique, pour les motifs invoqués, en précisant que celle-ci devait être confiée à un spécialiste muni des titres et autorisations reconnus, on ne saurait dire qu'il s'agit là d'instructions contraignantes qui suppriment toute latitude de jugement à l'administration. Celle-ci est certes liée par le type de mesure probatoire à entreprendre, mais conserve une grande liberté dans la désignation de l'expert et, surtout, toute liberté dans la solution à apporter au litige. On ajoutera encore que l'ouverture d'un recours contre une décision incidente pour des motifs d'économie de procédure au sens de l'art. 93 al. 2 LTF constitue une exception qui doit être interprétée restrictivement (arrêt 8C_969/2008 du 2 mars 2009 consid. 1.2). Le Tribunal fédéral a d'ailleurs estimé que le renvoi pour instruction complémentaire et nouvelle décision ne se confondait en principe pas avec une procédure probatoire prenant un temps considérable et exigeant des frais importants (arrêt 9C_446/2007 du 5 décembre 2007 consid. 3). Rien ne démontre en l'occurrence que la mise en oeuvre de cette mesure engendrerait des frais ou une perte de temps excessifs.
4. L'Office recourant, qui succombe, supportera les frais de procédure (art. 66 al. 1 LTF).
5. La cause étant ainsi jugée, la requête d'effet suspensif n'a plus d'objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral ordonne:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. La présente ordonnance est communiquée aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 10 mars 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge unique: La Greffière:
Borella Fretz