Faits:
Faits:
A. Marié à Y._, X._ exerce une activité indépendante de médecin urologue FMH à Z._. Il détenait des participations dans les sociétés Centre médico-chirurgical A._ SA (ci-après: A._ SA) depuis sa constitution en 1983, B._ SA depuis sa constitution en 1987, Clinique C._ SA (ci-après: C._ SA) depuis sa constitution en 1988 et Ambulances D._ SA (ci-après: D._ SA) dont il acquis des titres en 1989.
A._ SA, dont la faillite a été prononcée le 22 avril 1999, était administrée par X._ et avait pour but l'exploitation d'un centre médico-chirurgical. B._ SA, dont la faillite a été prononcée le 1er octobre 1999, avait pour but l'acquisition et l'exploitation d'appareils mobiles destinés à fragmenter par voie extra-corporelle les calculs rénaux et biliaires. C._ SA, dont la faillite a été prononcée le 5 juillet 2001, avait pour but toute activité dans le domaine médical, notamment la gestion et l'exploitation de cliniques, permanences médicales, cabinets de groupe et entreprises de secours. D._ SA, dont la faillite a été prononcée le 6 juillet 2000, avait pour but l'exploitation d'un service d'ambulances et de premiers secours ainsi que le transport de malades et blessés.
A._ SA, dont la faillite a été prononcée le 22 avril 1999, était administrée par X._ et avait pour but l'exploitation d'un centre médico-chirurgical. B._ SA, dont la faillite a été prononcée le 1er octobre 1999, avait pour but l'acquisition et l'exploitation d'appareils mobiles destinés à fragmenter par voie extra-corporelle les calculs rénaux et biliaires. C._ SA, dont la faillite a été prononcée le 5 juillet 2001, avait pour but toute activité dans le domaine médical, notamment la gestion et l'exploitation de cliniques, permanences médicales, cabinets de groupe et entreprises de secours. D._ SA, dont la faillite a été prononcée le 6 juillet 2000, avait pour but l'exploitation d'un service d'ambulances et de premiers secours ainsi que le transport de malades et blessés.
B. Dans leur déclaration pour la période fiscale 1993/1994, les époux X._ ont fait état d'un revenu imposable de 699'127 fr. et d'une fortune nulle. Le 1er avril 1996, la Commission d'impôt du district de Lausanne (ci-après: la Commission d'impôt) leur a notifié une taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 717'800 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 742'000 fr. Contre cette décision, les intéressés ont déposé une réclamation, retirée le 5 septembre 1996.
Dans leur déclaration pour la période fiscale 1995/1996, les époux X._ ont fait état d'un revenu imposable de 92'692 fr. et d'une fortune nulle. Le 26 juin 1997, la Commission leur a notifié une taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 123'000 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 112'000 fr. Le 25 juillet 1997, la Commission leur a notifié une nouvelle taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 478'000 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 467'800 fr. Le 20 août 1997, les intéressés ont déposé une réclamation contre cette décision, qui a été confirmée par la Commission. La réclamation a été maintenue le 25 septembre 1997.
Pour la période fiscale 1997/1998, les époux X._ n'ont pas déposé de déclaration en temps utile. L'Administration cantonale des impôts (agissant également comme Administration cantonale de l'impôt fédéral direct; ci-après: l'Administration cantonale) leur a notifié des taxations d'office le 26 février 1998 pour l'impôt cantonal et communal et le 3 mars 1998 pour l'impôt fédéral direct, arrêtant le revenu imposable à 1'130'000 fr. et une fortune nulle. Le 26 mars 1998, les intéressés ont déposé une réclamation contre ces décisions. Le 9 avril 1998, ils ont déposé leur déclaration, faisant état d'un revenu imposable de 794'700 fr. et d'une fortune nulle.
Le 10 octobre 1997, l'Administration cantonale a notifié un avis de contrôle aux époux X._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998 et ouvert une procédure en soustraction d'impôts à leur encontre. Le contrôle des comptes a eu lieu entre le 18 et le 21 novembre 1997. Les 27 mai, 15 juin, 24 juillet, 25 août, 13 octobre et 5 novembre 1998 puis les 16 et 29 avril 1999, l'Administration cantonale leur a adressé des rappels aux fins d'obtenir des pièces complémentaires. Durant cette période, les mandataires successifs des intéressés ont produit leurs observations et divers documents.
Le 25 mars 2003, l'Administration cantonale a fixé à un montant supplémentaire total de 335'655 fr. 35 l'impôt cantonal et communal et à un montant supplémentaire total de 121'007 fr. l'impôt fédéral direct dus pour l'ensemble des périodes en cause. Elle a prononcé des amendes d'un montant total de 389'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 152'700 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le 25 avril 2003, les époux X._ ont déposé une réclamation contre cette décision.
Le 25 mars 2003, l'Administration cantonale a fixé à un montant supplémentaire total de 335'655 fr. 35 l'impôt cantonal et communal et à un montant supplémentaire total de 121'007 fr. l'impôt fédéral direct dus pour l'ensemble des périodes en cause. Elle a prononcé des amendes d'un montant total de 389'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 152'700 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le 25 avril 2003, les époux X._ ont déposé une réclamation contre cette décision.
C. Le 1er septembre 2005, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 20 août 1997, 26 mars 1998 et 25 avril 2003. S'agissant de la période fiscale 1993/1994, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 934'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 958'300 fr. S'agissant de la période fiscale 1995/1996, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 294'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 283'900 fr. S'agissant de la période fiscale 1997/1998, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 832'000 fr. et la fortune à 1'328'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 822'700 fr. Les rappels d'impôts cantonal et communal sur le revenu ont été fixés à un montant total de 141'487 fr. 20 et sur la fortune à 4'453 fr. 75, les rappels d'impôt fédéral direct à un montant total de 49'749 fr. Les montants des amendes pour soustraction fiscale en 1993/1994 (218'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 74'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) et pour tentative de soustraction fiscale en 1995/1996 (90'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 44'400 fr. pour l'impôt fédéral direct) et 1997/1998 (majoration de 10% des éléments soustraits pour l'impôt cantonal et communal et 5'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) ont été corrigés en conséquence.
C. Le 1er septembre 2005, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 20 août 1997, 26 mars 1998 et 25 avril 2003. S'agissant de la période fiscale 1993/1994, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 934'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 958'300 fr. S'agissant de la période fiscale 1995/1996, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 294'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 283'900 fr. S'agissant de la période fiscale 1997/1998, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 832'000 fr. et la fortune à 1'328'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 822'700 fr. Les rappels d'impôts cantonal et communal sur le revenu ont été fixés à un montant total de 141'487 fr. 20 et sur la fortune à 4'453 fr. 75, les rappels d'impôt fédéral direct à un montant total de 49'749 fr. Les montants des amendes pour soustraction fiscale en 1993/1994 (218'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 74'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) et pour tentative de soustraction fiscale en 1995/1996 (90'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 44'400 fr. pour l'impôt fédéral direct) et 1997/1998 (majoration de 10% des éléments soustraits pour l'impôt cantonal et communal et 5'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) ont été corrigés en conséquence.
D. Contre cette décision, les époux X._ ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif. Durant la procédure, une demande de récusation datée des 11 et 20 octobre 2005 dirigée contre le juge instructeur F._ a été rejetée par la Cour plénière du Tribunal administratif, dont la décision a été confirmée par arrêt du Tribunal fédéral du 3 mars 2006.
Par courrier des 8 décembre 2005 et 2 février 2006, le juge instructeur a avisé les parties qu'il restreignait l'instruction de la cause au seul examen des taxations fiscales en cause, reportant l'instruction portant sur la soustraction fiscale à une date ultérieure. Par décision incidente du 29 mars 2006, le juge instructeur a rejeté les demandes des intéressés tendant à la consultation et à la production des pièces relatives aux procédures fiscales concernant les sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA.
Une audience d'instruction et de jugement a eu lieu le 25 avril 2006. Lors de l'audience puis par décision séparée du 26 avril 2006, le Tribunal administratif a rejeté les réquisitions tendant à l'apport de dossiers fiscaux concernant des tiers et le complètement des moyens présentés. Les parties ont déposé des déterminations finales le 10 mai 2006.
Une audience d'instruction et de jugement a eu lieu le 25 avril 2006. Lors de l'audience puis par décision séparée du 26 avril 2006, le Tribunal administratif a rejeté les réquisitions tendant à l'apport de dossiers fiscaux concernant des tiers et le complètement des moyens présentés. Les parties ont déposé des déterminations finales le 10 mai 2006.
E. Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôts cantonal et communal. Le droit de taxer n'était pas prescrit. S'agissant de leur droit d'être entendus, les intéressés avaient eu libre accès à leur dossier fiscal et le droit d'en lever une copie. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X._ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. Les requêtes de production des dossiers pénaux ainsi que d'audition du juge d'instruction devaient être écartées, parce que les investigations de l'enquête pénale portaient sur d'autres aspects que la taxation fiscale. L'audition du président du conseil d'administration de A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA était écartée car il n'était pas en mesure de fournir des renseignements utiles sur les comptes des sociétés et les prestations accordées à X._. L'audition de l'ancien chef de la Division de l'inspection fiscale n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant les éclaircissements nécessaires. Enfin, il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur les procès civils opposant X._ à la masse en faillite de C._ SA et de B._ SA, ces procès n'ayant aucune influence sur la procédure de taxation. Pour le surplus, les violations du droit d'être entendu qu'aurait commises l'Administration cantonale étaient guéries en procédure de recours devant le Tribunal administratif. Aucun motif ne justifiait de retrancher de la procédure les extraits de dossiers de procédure pénale et de procédure civile obtenus par l'Administration cantonale. Sur le fond, le refus de déduire les pertes liées à la vente des participations que X._ détenait dans A._ SA, C._ SA et B._ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X._ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune.
E. Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôts cantonal et communal. Le droit de taxer n'était pas prescrit. S'agissant de leur droit d'être entendus, les intéressés avaient eu libre accès à leur dossier fiscal et le droit d'en lever une copie. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X._ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. Les requêtes de production des dossiers pénaux ainsi que d'audition du juge d'instruction devaient être écartées, parce que les investigations de l'enquête pénale portaient sur d'autres aspects que la taxation fiscale. L'audition du président du conseil d'administration de A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA était écartée car il n'était pas en mesure de fournir des renseignements utiles sur les comptes des sociétés et les prestations accordées à X._. L'audition de l'ancien chef de la Division de l'inspection fiscale n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant les éclaircissements nécessaires. Enfin, il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur les procès civils opposant X._ à la masse en faillite de C._ SA et de B._ SA, ces procès n'ayant aucune influence sur la procédure de taxation. Pour le surplus, les violations du droit d'être entendu qu'aurait commises l'Administration cantonale étaient guéries en procédure de recours devant le Tribunal administratif. Aucun motif ne justifiait de retrancher de la procédure les extraits de dossiers de procédure pénale et de procédure civile obtenus par l'Administration cantonale. Sur le fond, le refus de déduire les pertes liées à la vente des participations que X._ détenait dans A._ SA, C._ SA et B._ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X._ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune.
F. Agissant par la voie du recours de droit administratif (2A.429/2006), X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. A titre subsidiaire, ils demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif, "en ce sens que les recourants, en matière d'impôt fédéral direct, ne sont tenus à aucune prestation en argent pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998, subsidiairement en ce sens qu'ordre est donné à l'Administration cantonale vaudoise de l'impôt fédéral d'établir de nouvelles taxations des contribuables qui tiennent compte de la déductibilité des pertes commerciales invoquées sous chiffre VI § C lit. a du présent recours pour les périodes fiscales sous revue".
Agissant par la voie du recours de droit public (2P.185/2006), X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif.
Exposant une argumentation identique dans leurs deux mémoires, ils se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus et de la garantie d'indépendance et d'impartialité des autorités. Ils se plaignent en outre de la violation du droit fédéral s'agissant de l'attribution de biens à la fortune privée, de la comptabilisation de pertes commerciales et des reprises fiscales. Au titre de mesures d'instruction, ils requièrent du Tribunal fédéral qu'il donne l'ordre à l'Administration cantonale des impôts de produire l'intégralité des dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA. Une fois produits, ils demandent la possibilité de les consulter et de compléter leurs moyens.
Le Tribunal administratif renonce à déposer une réponse aux recours. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Dirigés contre le même arrêt, les deux recours reposent sur le même état de fait et soulèvent des griefs similaires. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure.
Comme X._ est pratiquement le seul impliqué, il ne sera fait état que de lui, et exceptionnellement de son épouse, quand bien même les recours ont été formellement déposés par les époux.
1.2 Le Tribunal fédéral est suffisamment renseigné sur les faits avec le dossier que le Tribunal administratif a produit. Les requêtes d'instruction supplémentaires du recourant doivent être rejetées.
I. Impôt fédéral direct
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 Déposé en temps utile contre une décision rendue par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale (ATF 130 II 65 consid. 2 et 3 p. 67 ss) et fondée sur le droit public fédéral, le présent recours de droit administratif est recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), en vigueur depuis le 1er janvier 1995. En tant qu'il demande l'annulation complète de l'arrêt du 12 juin 2006 qui porte également sur les impôts cantonaux et communaux, il est en revanche irrecevable.
2.2 Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709; 130 I 312 consid. 1.2 p. 318; 129 II 183 consid. 3.4 p. 188; 128 II 56 consid. 2b p. 60; 126 V 252 consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; ATF 132 II 257 consid. 2.5 p. 262, 47 consid. 1.3 p. 50; 131 II 361 consid. 2 p. 366 et les arrêts cités).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; 132 II 21 consid. 2 p. 24; définition des faits manifestement inexacts : ATF 132 I 42 consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; ATF 131 II 361 consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; 131 III 182 consid. 1 p. 184).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; 132 II 21 consid. 2 p. 24; définition des faits manifestement inexacts : ATF 132 I 42 consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; ATF 131 II 361 consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; 131 III 182 consid. 1 p. 184).
3. Selon le recourant, le Tribunal administratif aurait retenu à tort que les décisions de taxation relatives aux périodes fiscales 1995/1996 et 1997/1998 étaient définitives, ce qu'il comprend comme entrées en force. A son avis, seule la décision de taxation du 1er avril 1996 concernant la période fiscale 1993/1994 pouvait l'être.
3.1 Le recourant perd de vue que l'Administration cantonale qualifie une décision de taxation de définitive par opposition à une décision de taxation provisoire. Une telle qualification a pour seul effet de signaler à son destinataire qu'elle peut faire l'objet des voies de droit à sa disposition, contrairement à une décision de taxation provisoire. Dans ces conditions, qualifier une décision de taxation de définitive n'indique pas si elle est entrée en force de chose jugée. Pour le surplus, il convient de rappeler que la procédure de rappel d'impôt ne s'ouvre que dans le cas où la taxation effectuée est entrée en force (art. 151 al. 1 LIFD). Le rappel est, en effet, le pendant, en faveur du fisc, de la révision (Klaus A. Vallender in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung des direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2ème éd., ad. art. 53 LHID, p. 831 ss, ch. 1 à 4). En l'espèce, seule la décision de taxation de la période fiscale 1993/1994 était entrée en force et a fait l'objet d'un rappel d'impôt; les décisions des périodes 1995/1996 et 1997/1998 ne sont pas entrées en force car les montants déclarés ont fait l'objet de reprises dans les procédures de taxation, de réclamation et de recours.
3.2 D'après les art. 129 ss AIFD et la jurisprudence y relative, le recourant ne peut être astreint à payer un rappel d'impôt qu'en cas d'infraction fiscale - en particulier de soustraction d'impôt (cf. Archives 52 p. 454 consid. 2 p. 458). En l'espèce, le Tribunal administratif ayant suspendu la procédure relative aux soustractions d'impôts, le rappel d'impôt de la période fiscale 1993/1994 est soumis à la condition qu'une telle infraction soit réalisée. Dans cette mesure, le présent arrêt a le caractère d'une décision partielle.
3.2 D'après les art. 129 ss AIFD et la jurisprudence y relative, le recourant ne peut être astreint à payer un rappel d'impôt qu'en cas d'infraction fiscale - en particulier de soustraction d'impôt (cf. Archives 52 p. 454 consid. 2 p. 458). En l'espèce, le Tribunal administratif ayant suspendu la procédure relative aux soustractions d'impôts, le rappel d'impôt de la période fiscale 1993/1994 est soumis à la condition qu'une telle infraction soit réalisée. Dans cette mesure, le présent arrêt a le caractère d'une décision partielle.
4. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que l'art. 114 al. 3 LIFD, le recourant se plaint que le Tribunal administratif lui a refusé la consultation et la production complète des dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, B._ SA, C._ SA et D._ SA.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 127 III 576 consid. 2c p. 578 s.; 127 V 431 consid. 3a p. 436; 124 II 132 consid. 2b p. 137 et la jurisprudence citée).
En matière d'impôt fédéral direct, le contribuable a le droit de consulter les pièces qu'il a produites ou signées (art. 114 al. 1 LIFD). Il peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose (al. 2). Le secret fiscal peut s'opposer à la consultation de certaines pièces. En effet, les personnes chargées de l'application de la loi sur l'impôt fédéral direct ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux, sauf si une base légale de droit fédéral les y autorise (art. 110 LIFD). Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres preuves (art. 114 al. 3 LIFD). Cela vaut en particulier pour des documents provenant du dossier fiscal d'un tiers.
4.2 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a refusé au recourant la production et la consultation des dossiers fiscaux des sociétés en cause en raison du secret fiscal dont ces dernières bénéficiaient en vertu du droit fédéral. Ce dernier objecte, comme il l'a déjà fait devant le Tribunal administratif, que le secret fiscal ne trouvait pas d'application en l'espèce dès lors que sa situation et celle des sociétés en cause étaient connexes et que l'administration fiscale, à l'occasion des procédures en soustraction ouvertes contre ces dernières, était parvenue à collecter l'ensemble des pièces comptables pertinentes pour fonder ses décisions à l'encontre de chacune d'elles, ce qui, de l'avis du recourant, l'autorisait à consulter toutes les pièces pertinentes liées aux états financiers de ces sociétés dans la mesure où elles fondaient les reprises effectuées dans son propre chapitre.
D'après l'art. 110 LIFD, qui réserve le secret fiscal et prévoit que des renseignements ne peuvent être communiqués que dans la mesure où une base légale de droit fédéral le prévoit expressément, le recourant n'avait donc pas le droit de consulter les dossiers fiscaux des sociétés en cause qui sont des contribuables distinctes. Le droit fiscal suisse ne connaissant pas, sous réserve de dispositions particulières - de droit des groupes de sociétés (ATF 132 I 29 consid. 5.2 p. 40 et les références citées), c'est en vain que le recourant tente de tirer argument, en faveur de la levée du secret fiscal, d'une éventuelle connexité entre sa situation et celle des sociétés en cause. Pareille connexité n'a aucun effet sur le secret fiscal dont bénéficient - quoi qu'en pense le recourant - les sociétés tierces en cause, quand bien même elles ont fait faillite. Cette connexité ne joue au surplus pas de rôle dans l'attribution à sa fortune commerciale ou privée des titres de participations détenus par le recourant dans celles-ci, ni dans la qualification des montants que le fisc a repris.
Au demeurant, le Tribunal administratif a constaté que tous les documents relatifs aux prestations des sociétés en faveur du recourant figuraient dans son dossier fiscal et l'a autorisé à en consulter l'intégralité. Ce dernier n'expose pas en quoi les pièces relatives aux reprises effectuées dans son chapitre provenant des sociétés en cause seraient insuffisantes ou lacunaires. La comptabilisation des montants en cause dans les comptes des sociétés n'influence en rien leur qualification au chapitre fiscal du recourant qui, de toute manière, devait savoir ce qu'il avait reçu des sociétés en cause et pour quels motifs.
4.3 Au vu des considérants qui précédent, le refus des offres de preuves du recourant et de sa demande de consulter les dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA ne violait pas de règles essentielles de procédure, en particulier son droit d'être entendu, au sens de l'art. 105 al. 2 OJ, de sorte que le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus dans l'arrêt attaqué.
4.3 Au vu des considérants qui précédent, le refus des offres de preuves du recourant et de sa demande de consulter les dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA ne violait pas de règles essentielles de procédure, en particulier son droit d'être entendu, au sens de l'art. 105 al. 2 OJ, de sorte que le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus dans l'arrêt attaqué.
5. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que l'art. 115 LIFD, le recourant se plaint encore que le Tribunal administratif a refusé certaines de ses offres de preuve telles que la production de dossiers de procédures pénales et civiles dont il avait requis la production, ainsi que l'audition du chef de la Division de l'inspection fiscale et du président du conseil d'administration de A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._.
5.1 D'après l'art. 115 LIFD, les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation (cf. à cet égard, Peter Locher, System des Steuerrechts, 6e édition, Zurich 2002, p. 401). Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes lorsque le fait à établir est sans importance pour la taxation, qu'il résulte déjà de constatations ressortant du dossier ou lorsque le moyen de preuve avancé est impropre à fournir les éclaircissements nécessaires. L'appréciation anticipée des preuves ne constitue pas une atteinte au droit d'être entendu directement déduit de l'art. 29 Cst. (ATF 125 I 127 consid. 6c/cc p. 135 et les arrêts cités). Au même titre que toute appréciation des preuves, l'appréciation anticipée de celle-ci est soumise à l'interdiction de l'arbitraire (ATF 124 I 274 consid. 5b p. 285 et les références citées).
5.2 Dans son arrêt, le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait déposé une plainte pénale pour suppression de titres, les pièces de la comptabilité de la B._ SA ayant été selon lui indûment détruites. Il a également constaté que le recourant était partie à deux procès civils l'opposant à la masse en faillite de C._ SA et de B._ SA, d'une part et d'autre part, à la banque N._. Il a rejeté les requêtes de production des dossiers civils et pénal en cause en considérant que leur contenu n'avait aucun intérêt dans la procédure fiscale en cours. Il a jugé que l'audition du chef de la Division d'inspection fiscale et du président du conseil d'administration n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant tous les éclaircissements nécessaires.
Du moment que les pièces comptables des sociétés justifiant les reprises effectuées par l'administration fiscale figuraient au dossier, le Tribunal administratif pouvait, par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire, juger que les offres de preuve du recourant n'étaient pas pertinentes. Ce dernier n'expose d'ailleurs pas quels éléments la production de ces dossiers et l'audition des témoins proposés permettraient d'établir, de sorte que ce grief doit être rejeté.
Du moment que les pièces comptables des sociétés justifiant les reprises effectuées par l'administration fiscale figuraient au dossier, le Tribunal administratif pouvait, par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire, juger que les offres de preuve du recourant n'étaient pas pertinentes. Ce dernier n'expose d'ailleurs pas quels éléments la production de ces dossiers et l'audition des témoins proposés permettraient d'établir, de sorte que ce grief doit être rejeté.
6. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint aussi que le Tribunal administratif n'ait pas purement et simplement annulé la décision sur réclamation du 1er septembre 2005, comme le commandait, selon lui, le caractère formel du droit d'être entendu.
6.1 Le droit d'être entendu est de nature formelle. Sa violation entraîne en principe l'annulation de l'arrêt attaqué sans égard au mérite du recours sur le fond (ATF 118 Ia 17 consid. 1a p. 18). Le Tribunal fédéral admet à certaines conditions la possibilité de réparer après coup une violation du droit d'être entendu, en particulier lorsque la décision entachée est couverte par une nouvelle décision qu'une autorité supérieure - jouissant d'un pouvoir d'examen au moins aussi étendu - a prononcée après avoir donné à la partie lésée la possibilité d'exercer effectivement son droit d'être entendu (ATF 118 Ib 111 consid. 4b p. 120/121; 116 Ia 94 consid. 2 p. 95).
6.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a dûment constaté que le recourant n'avait pas pu librement consulter son dossier devant l'autorité de réclamation, mais que la violation de son droit d'être entendu avait été guérie en instance de recours, dans la mesure où il avait pu alors librement consulter l'intégralité de son dossier. La guérison de ce vice de procédure est conforme à l'art. 29 Cst. et à la jurisprudence y relative. En effet, comme le Tribunal administratif dispose d'un pouvoir d'examen libre en fait et en droit (art. 53 de la loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la procédure et la juridiction administrative; [RSVD173.36]) et qu'il a autorisé la consultation de l'intégralité du dossier, le recourant a pu exercer pleinement son droit d'être entendu de sorte que le vice survenu devant l'autorité inférieure a été guéri.
6.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a dûment constaté que le recourant n'avait pas pu librement consulter son dossier devant l'autorité de réclamation, mais que la violation de son droit d'être entendu avait été guérie en instance de recours, dans la mesure où il avait pu alors librement consulter l'intégralité de son dossier. La guérison de ce vice de procédure est conforme à l'art. 29 Cst. et à la jurisprudence y relative. En effet, comme le Tribunal administratif dispose d'un pouvoir d'examen libre en fait et en droit (art. 53 de la loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la procédure et la juridiction administrative; [RSVD173.36]) et qu'il a autorisé la consultation de l'intégralité du dossier, le recourant a pu exercer pleinement son droit d'être entendu de sorte que le vice survenu devant l'autorité inférieure a été guéri.
7. Le recourant se plaint de la violation de la garantie d'impartialité ancrée dans les art. 29 al. 1 Cst. et 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101). A son avis, cette garantie constitutionnelle exigeait que l'instruction de la procédure de réclamation prévue par les art. 134 et 135 LIFD ne soit confiée ni à l'autorité inférieure ni à quiconque avait participé à l'élaboration de la décision attaquée. Il n'aurait découvert que durant la procédure devant le Tribunal administratif que son dossier fiscal avait été complété durant la procédure de réclamation par le chef de la Division d'inspection fiscale avec des pièces provenant de dossiers de procédures pénales et civiles, alors que son dossier n'était plus sous la responsabilité de ce dernier mais sous celle de l'Administration cantonale en sa qualité d'autorité de réclamation.
7.1 Comme l'a jugé à bon droit le Tribunal administratif, l'art. 6 par. 1 CEDH ne trouve pas d'application dans les procédures fiscales, qui n'ont, comme en l'espèce, pas un caractère pénal (ATF 132 I 140 consid. 2.1 p. 146 et les références citées). Dans la mesure où le recourant conteste la constitutionnalité de la composition de l'autorité de réclamation en matière d'impôt fédéral direct, son grief n'est recevable qu'en tant qu'il porte sur une mauvaise application des art. 132 LIFD (cf. art. 191 Cst. qui exclut le contrôle constitutionnel notamment des lois fédérales).
7.2 D'après l'art. 134 al. 1 LIFD, l'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'Administration fédérale des contributions jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation. L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier (art. 135 al. 1 LIFD). L'art. 135 LIFD précise que l'autorité de taxation prend la décision sur réclamation. La procédure de réclamation peut par conséquent être confiée au taxateur, à un autre fonctionnaire ou à une commission de fonctionnaires, la composition de l'autorité de taxation relevant du droit cantonal, à moins que le droit fédéral en dispose autrement (art. 104 al. 4 LIFD; cf. Martin Zweifel, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, Zweifel/Athanas Ed., Helbing & Lichtenhahn 2000, n° 5 ad art. 132 LIFD).
Dans le canton de Vaud, d'après l'art. 2 de l'arrêté du 15 février 1995 d'application de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ALIFD/VD, RSVD 658.11.1), les autorités de taxation des impôts directs cantonaux notamment des personnes physiques sont également, pour ces mêmes personnes, autorités de taxation et de perception de l'impôt fédéral direct. Ce qu'il faut entendre par autorité de taxation dans le canton de Vaud est précisé par l'art. 152 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSVD 642.11), qui désigne comme telle, pour les personnes physiques, les offices d'impôts de district ainsi que l'Administration cantonale des impôts; l'inspectorat fiscal qui fait partie de l'Administration cantonale des impôts peut intervenir dans la taxation des personnes physiques dans les conditions fixées par l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct.
7.3 En l'espèce, les réclamations du recourant ont été examinées par l'Administration cantonale des impôts, qui a procédé au réexamen complet des décisions de taxation et de rappel d'impôt. Quoi qu'en pense le recourant, rien dans les art. 134 ss LIFD et les dispositions cantonales d'application ne permet ni n'exige d'instaurer une distinction entre l'Administration cantonale des impôts agissant comme autorité de réclamation et sa (sub)division de l'inspection fiscale, d'autant moins lorsque, comme, en l'espèce, cette division avait été saisie du dossier comme autorité de taxation en raison de la complexité des faits. Enfin, l'autorité de réclamation jouissant des mêmes droits et obligations que l'autorité de taxation, le Tribunal administratif a jugé à bon droit qu'elle n'avait nullement outrepassé ses compétences en versant au dossier fiscal du recourant, durant la procédure de réclamation, des pièces provenant de dossiers de procédures pénales et civiles le concernant au titre de plaignant ou de partie utiles à l'établissement des éléments imposables. Le grief de violation de l'art. 29 Cst. doit par conséquent être rejeté.
7.3 En l'espèce, les réclamations du recourant ont été examinées par l'Administration cantonale des impôts, qui a procédé au réexamen complet des décisions de taxation et de rappel d'impôt. Quoi qu'en pense le recourant, rien dans les art. 134 ss LIFD et les dispositions cantonales d'application ne permet ni n'exige d'instaurer une distinction entre l'Administration cantonale des impôts agissant comme autorité de réclamation et sa (sub)division de l'inspection fiscale, d'autant moins lorsque, comme, en l'espèce, cette division avait été saisie du dossier comme autorité de taxation en raison de la complexité des faits. Enfin, l'autorité de réclamation jouissant des mêmes droits et obligations que l'autorité de taxation, le Tribunal administratif a jugé à bon droit qu'elle n'avait nullement outrepassé ses compétences en versant au dossier fiscal du recourant, durant la procédure de réclamation, des pièces provenant de dossiers de procédures pénales et civiles le concernant au titre de plaignant ou de partie utiles à l'établissement des éléments imposables. Le grief de violation de l'art. 29 Cst. doit par conséquent être rejeté.
8. Le recourant considère que le Tribunal administratif a apprécié de manière arbitraire les preuves figurant au dossier.
8.1 Le Tribunal fédéral ne qualifie d'arbitraire (sur cette notion, cf. ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9 et la jurisprudence citée) l'appréciation des preuves que si l'autorité a admis ou nié un fait en se mettant en contradiction évidente avec les pièces et les éléments de son dossier. Une jurisprudence constante reconnaît au juge du fait un large pouvoir d'appréciation en ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst. (art. 4 aCst.), que si le juge cantonal a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte (ATF 118 Ia 28 consid. 1b p. 30; 112 Ia 369 consid. 3 p. 371; 100 Ia 119 consid. 4 p. 127), lorsque des constatations de faits sont manifestement fausses (ATF 101 Ia 298 consid. 5 p. 306; 98 Ia 140 consid. 3a p. 142 et la jurisprudence citée), enfin lorsque l'appréciation des preuves est tout à fait insoutenable (ATF 118 Ia 28 consid. 1b p. 30; 116 Ia 85 consid. 2b p. 88).
9. En l'espèce, le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir retenu comme preuve le procès-verbal d'une séance tenue le 22 mai 2000 entre lui-même, accompagné de deux précédents mandataires (Me G._ et H._), et deux inspecteurs et un juriste de l'Administration cantonale des impôts qui portait sur des reprises envisagées par cette dernière et protocolait les explications apportées par les premiers. Comme il l'a fait valoir pour la première fois devant le Tribunal administratif en audience du 25 avril 2006, à son avis, ce document serait dénué de toute validité parce qu'il a été rédigé par l'administration et n'a pas été contresigné par lui. A bon droit, le Tribunal administratif a considéré que ce procès-verbal contenait les déclarations spontanées du recourant et de ses deux mandataires dont l'un était avocat. Il a retenu que ceux-ci en avait reçu une copie et que le contenu du procès-verbal avait même été confirmé par courrier du 15 juin 2000. Dès lors, le Tribunal administratif pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, accorder foi aux déclarations contenues dans ce procès-verbal et juger contraire à la bonne foi leur remise en cause cinq ans plus tard.
9. En l'espèce, le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir retenu comme preuve le procès-verbal d'une séance tenue le 22 mai 2000 entre lui-même, accompagné de deux précédents mandataires (Me G._ et H._), et deux inspecteurs et un juriste de l'Administration cantonale des impôts qui portait sur des reprises envisagées par cette dernière et protocolait les explications apportées par les premiers. Comme il l'a fait valoir pour la première fois devant le Tribunal administratif en audience du 25 avril 2006, à son avis, ce document serait dénué de toute validité parce qu'il a été rédigé par l'administration et n'a pas été contresigné par lui. A bon droit, le Tribunal administratif a considéré que ce procès-verbal contenait les déclarations spontanées du recourant et de ses deux mandataires dont l'un était avocat. Il a retenu que ceux-ci en avait reçu une copie et que le contenu du procès-verbal avait même été confirmé par courrier du 15 juin 2000. Dès lors, le Tribunal administratif pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, accorder foi aux déclarations contenues dans ce procès-verbal et juger contraire à la bonne foi leur remise en cause cinq ans plus tard.
10. Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir refusé la déduction des pertes subies lors de la vente des participations qu'ils détenaient dans A._ SA, B._ SA, C._ SA et D._ SA. Les activités de ces sociétés étaient suffisamment connexes à celles de son activité indépendante pour que ces titres entrent dans sa fortune commerciale. En outre, les états annexés au recours du 3 octobre 2005 et à la réplique du 23 mars 2006 adressés au Tribunal administratif répondaient aux exigences légales de comptabilisation.
10.1 D'après l'art. 27 al. 1 et 2 lettre b LIFD (art. 22 al. 1 lettre c AIFD encore applicable à la période fiscale 1993/1994), les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées.
D'après l'art. 125 al. 1 LIFD, les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante (lettre a); les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale (lettre b); l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes (lettre c). D'après l'art. 125 al. 2 LIFD, les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés. L'art. 89 al. 3 AIFD exige des contribuables qui exercent une activité lucrative indépendante dont les recettes annuelles brutes provenant de cette activité atteignent le montant de 100'000 fr. qu'ils établissent un relevé complet des recettes et des dépenses et un état complet de la fortune et des dettes.
L'art. 125 al. 2 LIFD (art. 89 al. 3 AIFD) ne précise pas ce qu'il faut entendre par "état des actifs et des passifs, relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés". Les exigences auxquelles doivent répondre ces états dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (arrêt 2A.272/2003 du 13 décembre 2003 in Archives 73 p. 656; Martin Zweifel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Zweifel/Athanas Ed., Helbing & Lichtenhahn 2000 n° 30 ss ad art. 125 LIFD; cf. circulaire n° 2 de l'Administration fédérale des contributions publiée en janvier 1980 sur l'obligation de conserver les documents et pièces justificatives et d'établir des relevés et des états faits aux contribuables exerçant une activité lucrative indépendante, in Archives 48, p. 412).
Il n'appartient pas aux autorités fiscales de rétablir la comptabilité défaillante du contribuable, même si elles peuvent ordonner des expertises aux frais du contribuable aux conditions de l'art. 123 al. 2 LIFD.
10.2 Pour les années de calcul des périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998, le recourant s'est borné, comme l'autorise l'art. 125 al. 2 LIFD, à remplir les questionnaires général et complémentaire pour médecins, dentistes et vétérinaires auxquels il a annexé les relevés de ses recettes et dépenses ainsi que de ses prélèvements et apports privés. Ces relevés ont été établis par une société fiduciaire. Les participations dans les sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA n'ont pas été reportées dans le "Tableau des actifs et passifs" des questionnaires général et complémentaire. Le recourant a en revanche produit au Tribunal administratif un "Etat des participations commerciales au 14 décembre 1993 (bilan d'entrée)", un "Compte de pertes et profits des participations commerciales pour la période du 14 décembre 1993 au 31 décembre 1993 (16 jours)", un "Etat des participations commerciales au 31 décembre 1993" ainsi qu'un tel "Etat des participations commerciales" au 31 décembre des années 1994 à 2000.
Ces états ne sont ni signés ni datés et ont été établis a posteriori en 2006. Dans ces conditions, les pertes que le recourant affirme avoir subies sur ses titres n'ont pas été comptabilisées dans des états d'actifs et de passifs établis chronologiquement aux dates successives de bouclement des exercices commerciaux déterminant pour les périodes fiscales en cause. Au surplus, les participations en cause appartenaient au recourant bien avant la date du bilan d'entrée au 14 décembre 1993. Non seulement la date du bilan d'entrée - qui semble correspondre à la date de vente de ses actions dans B._ SA par le recourant à C._ SA - est insolite, mais encore il est douteux qu'à cette date, les participations aient pu encore être comptabilisées à leur valeur, semble-t-il, nominale. Par conséquent, en jugeant que les pertes dont se prévaut le recourant n'ont pas été comptabilisées et ne pouvaient par conséquent être déduites de son revenu imposable, le Tribunal administratif a correctement appliqué l'art. 27 al. 2 lettre b LIFD.
La déduction de pertes effectives n'étant admise qu'à la double condition qu'elles portent sur des éléments de la fortune commerciale et qu'elles aient été comptabilisées, il n'est pas nécessaire d'examiner en outre à quelle fortune - commerciale ou privée - du recourant appartenaient ces participations.
La déduction de pertes effectives n'étant admise qu'à la double condition qu'elles portent sur des éléments de la fortune commerciale et qu'elles aient été comptabilisées, il n'est pas nécessaire d'examiner en outre à quelle fortune - commerciale ou privée - du recourant appartenaient ces participations.
11. Le recourant juge injustifiée la reprise de certains montants comme revenus de l'activité indépendante ou comme prestations appréciables en argent des sociétés A._ SA et B._ SA.
11.1 Tous les revenus des personnes physiques provenant de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante sont soumis à l'impôt (art. 18 al. 1 LIFD; art. 21 AIFD, encore applicable à la période fiscale 1993/1994). Les rendements de la fortune mobilière sont imposables, en particulier les dividendes, les parts de bénéfices et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (art. 20 al. 1 lettre c LIFD; art. 21 al. 1 lettre c AIFD).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 131 II 593 consid. 5 p. 607 ss; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 115 Ib 238).
11.2 Rubrique 1.01.- Le Tribunal administratif a constaté que des sommes pour un montant de 85'776 fr. au total entre 1991 et 1994 n'ont pas été déclarées. Ce montant provenait de redevances que la société I._ SA versait à J._, société qualifiée de "virtuelle", dont le compte bancaire était en réalité un compte privé du recourant, et qui le rémunérait pour son rôle d'intermédiaire dans la location d'appareils portables ("bips").
C'est en vain que le recourant expose que J._ était une raison individuelle inscrite au registre du commerce détenue par un tiers et que la preuve que ces montants n'ont pas été imposés auprès de ce dernier n'aurait pas été apportée. Il suffit en effet de constater que le recourant a bien bénéficié de revenus non déclarés.
11.3 Rubrique 1.02.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant aurait omis de déclarer des honoraires versés par la Clinique C._ SA (108'572 fr. au total entre 1991 et 1996). C'est en vain que le recourant objecte que ces montants n'ont pas influencé le compte de résultat de C._ SA. Le traitement fiscal de ces montants dans les comptes de la société ne joue aucun rôle s'agissant de leur imposition comme revenu dans le chapitre du recourant.
11.4 Rubrique 1.03.- Le Tribunal administratif a constaté que des versements pour un montant total de 153'000 fr. ont été déposés en espèces durant l'année 1992 - sans qu'il soit possible de les qualifier d'avancements d'hoirie ou de parts d'héritage - sur des comptes de la banque N._ ouverts à cette fin aux noms du recourant et de son épouse. Il a ainsi confirmé leur imposition au titre de produits cachés. Le recourant n'oppose à ces faits que de simples dénégations sans apporter de preuve de ce qu'il soutient.
11.5 Rubrique 2.01/1.- Le Tribunal administratif a constaté qu'en 1992, la Clinique C._ SA a versé au recourant un montant mensuel d'honoraires de 25'000 fr sur le compte du cabinet médical, à l'exception d'un versement ayant trait au mois de décembre, qui a été versé le 8 janvier 1993 sur un compte privé de ce dernier. Il a jugé avec raison que ce montant n'avait pas été déclaré et qu'il devait être imposé pour l'année de calcul 1992. Le recourant se borne en vain sur ce point à qualifier d'insolite l'appréciation de l'autorité fiscale et du Tribunal administratif, considérant que, faute d'avoir accès à la comptabilité de la société, il lui est impossible d'apporter des justifications. Il n'y avait pas lieu toutefois de réserver un traitement fiscal différent au versement du mois de décembre 1992, à moins que le recourant prouve qu'il ne s'agissait pas d'honoraires, ce qu'il n'a pas fait. Pareille preuve ne dépend nullement de la production de la comptabilité de la société en cause.
11.6 Rubrique 2.01/5.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait admis lors de son audition du 22 mai 2000 qu'un montant de 4'000 fr. concernant la revue "K._", dont il était le rédacteur, n'avait pas été déclaré, malgré son virement sur un compte privé après avoir transité par un compte bancaire ouvert au nom de A._ SA. C'est en vain que le recourant se borne à affirmer que le produit des abonnements aurait été versé sur le compte bancaire de A._ SA - ce que le Tribunal administratif a notamment retenu - du moment que le montant de 4'000 fr. a bien ensuite été versé sur son compte privé.
11.7 Rubrique 2.01/2 et 2.03/1.- Le Tribunal administratif a constaté que Y._ a utilisé une Mercedes 300 TE dont les frais de leasing (12'900 fr. en 1992) étaient payés par la Clinique C._ SA. Il a également constaté que les frais d'entretien (Garage L._ SA) et d'assurances (M._ assurance SA) de cette voiture ont été pris en charge par B._ SA (5'660 fr. pour 1991 et 1992). Il a jugé à bon droit qu'il s'agissait de prestations appréciables en argent en faveur d'un proche du recourant en se fondant sur les déclarations de la séance du 22 mai 2000 (cf. consid. 8 ci-dessus).
11.8 Rubrique 2.01/6.- Le Tribunal administratif a constaté qu'une facture des éditions O._ concernant la brochure "P._" éditée par le recourant dans le cadre de sa campagne politique pour accéder au Conseil d'Etat du canton de Vaud a été payée par C._ SA et jugé avec raison qu'il s'agissait au moins en partie d'une prestation à l'actionnaire qui devait être reprise pour un montant de 3'000 fr. L'action politique du recourant relevant de ses dépenses privées, ses critiques sont inopérantes.
11.9 Rubrique 2.02/1.- Le Tribunal administratif a retenu qu'en 1992, A._ SA aurait versé un montant de 130'000 fr. (13 fois 10'000 fr.) qui a été remboursé à A._ SA à hauteur de 120'000 fr., de sorte que la différence de 10'000 fr., non déclarée, devait être imposée. Le recourant ne conteste pas les montants. L'autorité fiscale ayant suffisamment démontré l'existence du montant litigieux, il appartenait au recourant, contrairement à ce qu'il affirme, d'expliquer l'opération et ce qu'il était advenu de ce montant, ce qu'il n'a pas fait. Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif en a confirmé l'imposition.
11.9 Rubrique 2.02/1.- Le Tribunal administratif a retenu qu'en 1992, A._ SA aurait versé un montant de 130'000 fr. (13 fois 10'000 fr.) qui a été remboursé à A._ SA à hauteur de 120'000 fr., de sorte que la différence de 10'000 fr., non déclarée, devait être imposée. Le recourant ne conteste pas les montants. L'autorité fiscale ayant suffisamment démontré l'existence du montant litigieux, il appartenait au recourant, contrairement à ce qu'il affirme, d'expliquer l'opération et ce qu'il était advenu de ce montant, ce qu'il n'a pas fait. Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif en a confirmé l'imposition.
12. Le recourant se plaint que le Tribunal administratif ait confirmé la reprise de dépenses dont l'Administration cantonale des impôts considérait qu'elles n'étaient pas justifiées commercialement.
12.1 D'après l'art. 27 al. 1 et 2 lettre b LIFD (22 al. 1 lettres a et c AIFD), les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses encourues pour l'entretien et l'amortissement de biens acquis par l'entrepreneur qui servent à son entretien ou à son propre plaisir ou à celui de sa famille. Dans ce cas, l'entrepreneur grève indûment le compte de résultats de son activité lucrative de dépenses privées qui comprennent des frais de représentation (arrêt 2P.153/2002 du 29 novembre 2002 in StE 2003 B 72.14.2 n° 31 consid. 3.2; arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Archives 63 p. 208 consid. 2a 212 s.; Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zurich 1995, ch. 4 ad art. 26; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, Zurich 1995, p. 245).
Selon un principe généralement admis en matière fiscale, il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Revue fiscale 54 118 consid. 9a p. 126; ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266 et les arrêts cités). Il s'ensuit qu'il incombe à l'entrepreneur de prouver que ses charges sont justifiées par l'usage commercial et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (Archives 68, 746 consid. 2b p. 749/750 et les références citées).
12.2 Rubrique 1.04.- D._ SA, dont le recourant était actionnaire majoritaire et créancier pour un montant de 62'400 fr., lui a facturé le 15 décembre 1993 un montant de 60'000 fr. comme "participation au service des gardes sanitaires à la Centrale de permanence". Le recourant n'ayant pas démontré que ce montant correspondait à une contre-prestation plausible, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a admis qu'il avait fait un abandon de créance sans justification, de sorte que ce montant devait être ajouté à son bénéfice commercial. Que ce montant ait ou non été repris au titre de bénéfice imposable au sein de la société n'influence nullement le sort de celui-ci dans le chapitre du recourant.
12.3 Rubriques 1.05, 1.06 1.07 et 1.09.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait passé en charge de ses comptes des achats de tableau (11'500 fr. en 1991, 15'000 fr. pour 1992 et 11'500 fr. pour 1993), un abonnement aux services d'une entreprise de déménagement de meubles d'une durée de trois ans (1'122 fr. en 1991, 1'386 fr. en 1992 et 736 fr. en 1993), des lunettes (806 fr. en 1992), les frais de fiduciaire pour l'établissement de sa déclaration fiscale privée (2'800 fr. en 1993), d'autres frais (que ceux déjà examinés sous le consid. 10.8 ci-dessus) pour la publication de la revue "P._" (6'771 fr.) et une cotisation aux Editions O._ (1'000 fr. en 1994).
Le Tribunal administratif a jugé avec raison que de telles dépenses ne pouvaient être considérées comme des frais justifiés par l'usage commercial et par conséquent déductibles. En effet, le caractère privé de ces dépenses ne pouvait échapper au recourant. En particulier, le recourant n'a pas établi que les verres de ses lunettes avaient été étudiés spécialement dans le but d'opérer. Les factures relatives à l'abonnement de déménagement portent son adresse privée. Les dépenses relatives aux activités politiques et les publications y afférent relèvent des dépenses privées pour une part au moins, ce que le Tribunal administratif a reconnu à bon droit en confirmant une reprise limitée de 3'300 fr. sur les frais de publication de la revue "P._" S'agissant des tableaux, c'est en vain que le recourant affirme que les conditions pour procéder au rappel de l'impôt sur ces montants ne seraient pas réalisées. L'Administration cantonale des impôts pouvait se fier aux déclarations du recourant et n'était pas tenue d'examiner la composition du poste global inscrit par ce dernier dans le "tableau des amortissements" sous "achats ou dépenses d'investissement" des exercices 1991 et 1992 dans le "questionnaire général pour médecins" aux fins de s'assurer qu'il ne recelait pas de dépenses d'ordre privé.
II. Impôts cantonal et communal
II. Impôts cantonal et communal
13. 13.1 Déposé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ. En tant qu'il demande l'annulation complète de l'arrêt du 12 juin 2006 qui porte également sur l'impôt fédéral direct, il est en revanche irrecevable.
13.2 En vertu de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261). En outre, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 128 I 295 consid. 7a p. 312; 125 I 492 consid. 1b p. 495 et la jurisprudence citée).
C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciés les moyens soulevés par le recourant.
C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciés les moyens soulevés par le recourant.
14. Le recourant se plaint de la violation de la garantie d'impartialité ancrée dans les art. 29 al. 1 Cst. et 6 CEDH. A son avis, cette garantie constitutionnelle exigeait que l'instruction de la procédure de réclamation prévue par l'art. 132 LIFD ne soit confiée ni à l'autorité inférieure ni à quiconque avait participé à l'élaboration de la décision attaquée.
14.1 L'art. 6 CEDH ne trouve pas d'application en l'espèce (cf. ci-dessus consid. 5.1). L'art. 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Le droit à la composition impartiale d'une autorité judiciaire en revanche est garanti par l'art. 30 Cst. qui ne concerne que les procédures judiciaires (Pascal Mahon, Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, Schulthess 2003, n° 1 ss ad art 29 et n° 1 ad art. 30 Cst.).
14.2 D'après la jurisprudence, la réclamation est une voie de droit ordinaire dont la particularité est de confier le réexamen à l'autorité qui a rendu la décision et non pas à une autorité supérieure. La procédure de réclamation est instaurée pour des motifs d'économie de procédure et tend à décharger la juridiction administrative. En principe gratuite, elle permet au contribuable de signaler à l'autorité de taxation des imprécisions et des erreurs afin que celle-ci puisse procéder à leur rectification. La procédure de réclamation fait partie de la procédure de taxation. La décision sur réclamation, qui confirme ou modifie la première décision, constitue une nouvelle décision de taxation, puisqu'en principe, l'autorité de réclamation dispose des mêmes droits et obligations que l'autorité de taxation (arrêt A.335/1976 du 17 février 1978, in Archives 47, p. 541, consid. 7 p. 545; cf. en outre Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Thèse Berne 1995, p. 91 s.).
Dans ces conditions, la composition de l'autorité de réclamation par définition identique à celle de l'autorité de taxation n'est pas contraire à l'art. 29 Cst. L'art. 30 Cst. n'est par ailleurs pas applicable en raison de l'appartenance de la procédure de réclamation à la procédure de taxation et non à celle de la juridiction administrative.
14.3 Les autres griefs, en particulier relatifs à la violation du droit d'être entendu et à l'appréciation des preuves, doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 4 ss). En effet, l'art. 161 LI/VD, dont la teneur est pratiquement identique à celle de l'art. 114 LIFD, ne lui confère pas un droit de consulter le dossier plus étendu que celle qui résulte de l'art. 29 al. 2 Cst.
14.3 Les autres griefs, en particulier relatifs à la violation du droit d'être entendu et à l'appréciation des preuves, doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 4 ss). En effet, l'art. 161 LI/VD, dont la teneur est pratiquement identique à celle de l'art. 114 LIFD, ne lui confère pas un droit de consulter le dossier plus étendu que celle qui résulte de l'art. 29 al. 2 Cst.
15. Sur le fond, le recourant expose des griefs de nature appellatoire, identiques à ceux qu'il a formulés dans son recours de droit administratif. Dans la mesure où, contrairement aux exigences de l'art. 90 OJ, il n'indique pas quelles dispositions du droit cantonal vaudois il entend invoquer ni en quoi elles auraient, le cas échéant, été appliquées de manière contraire à un droit ou une garantie constitutionnels par le Tribunal administratif, son recours doit être déclaré irrecevable.
A supposer qu'au regard de l'art. 90 OJ, le fait de compléter le mémoire de recours de droit administratif aux fins de déposer un recours de droit public en ajoutant uniquement les termes "23 lit. c aLI" et "20 al. 3 LI" constitue une motivation suffisante du grief relatif au refus de déduire les pertes subies lors de la vente des participations dans les sociétés en cause, le grief devrait quoi qu'il en soit être rejeté pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 9).
A supposer qu'au regard de l'art. 90 OJ, le fait de compléter le mémoire de recours de droit administratif aux fins de déposer un recours de droit public en ajoutant uniquement les termes "23 lit. c aLI" et "20 al. 3 LI" constitue une motivation suffisante du grief relatif au refus de déduire les pertes subies lors de la vente des participations dans les sociétés en cause, le grief devrait quoi qu'il en soit être rejeté pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 9).
16. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours de droit administratif ainsi qu'à celui du recours de droit public dans la mesure où ils sont recevables.
Succombant, les recourants supportent les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 156 al. 1 OJ) et n'ont pas droit à des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2A.429/2006 et 2P.185/2006 sont jointes.
1. Les causes 2A.429/2006 et 2P.185/2006 sont jointes.
2. Le recours de droit administratif 2A.429/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours de droit administratif 2A.429/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours de droit public 2P.185/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours de droit public 2P.185/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Un émolument de justice de 15'000 fr. est mis à la charge de X._ et Y._, solidairement entre eux.
4. Un émolument de justice de 15'000 fr. est mis à la charge de X._ et Y._, solidairement entre eux.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire des recourants, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 27 novembre 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: