Sachverhalt:
A.
A.a. Die Y._ AG (Gesuchstellerin, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in Berlin, Deutschland, beantragte dem Bundespatentgericht mit Massnahmegesuch vom 7. Januar 2013, es seien gegen die X._ AG, Basel, (Gesuchsgegnerin, Beschwerdeführerin) vorsorglich die folgenden Verbote auszusprechen:
"1. Der Gesuchsgegnerin sei unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000.- pro Tag nach Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000.- gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall vorsorglich zu verbieten, in der Schweiz die Kontrazeptiva mit dem Wirkstoff Drospirenon "C._" (Swissmedic-Zulassungsnummer xxx1), "D._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx2), "E._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx3) und "F._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx4), insbesondere die am 19. Dezember 2012 und am 21. Dezember 2012 vom Zollinspektorat Pratteln bei der Einfuhr in die Schweiz zurückbehaltenen Produkte, selber oder durch Dritte einzuführen, zu lagern, anzubieten, zu verkaufen oder auf andere Weise in Verkehr zu bringen.
2. Die Gesuchsgegnerin sei unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000.- pro Tag nach Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000.- gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall vorsorglich zu verpflichten, die von ihr in Verkehr gebrachten Produkte gemäss Rechtsbegehren Nr. 1 zurückzurufen, d.h. die ihr bekannten Abnehmer dieser Produkte innert einer Frist von maximal 5 Kalendertagen nach Rechtskraft dieses Urteils zu informieren, dass die Gesuchsgegnerin diese Produkte gegen Rückerstattung des Kaufpreises und der übrigen Auslagen zurücknimmt.
..."
Die Gesuchstellerin stützte sich auf zwei Streitpatente, das in einem Beschränkungsverfahren beschränkte europäische Patent EP 111._ sowie das im Rahmen eines Einspruchs und anschliessenden Beschwerdeverfahrens vor dem Europäischen Patentamt (EPA) rechtskräftig aufrechterhaltene europäische Patent EP 222._, das auf eine Teilanmeldung zur Stammanmeldung des Patents EP 111._ zurückgeht.
Die Gesuchstellerin legte dar, dass die Gesuchsgegnerin die Wirkstoffe der beanstandeten Produkte von der italienischen A._ s.r.l. beziehe, diese anschliessend von der spanischen B._ S.A. formuliert und konfektioniert und dann in die Schweiz eingeführt würden. Die erwähnte A._ s.r.l. stelle den Wirkstoff entweder nach einem herkömmlichen Verfahren oder aber nach einem geänderten Verfahren her, bei dem insbesondere für die Wasserabspaltung nicht p-Toluolsulfonsäure, sondern Pyridin/Wasser eingesetzt werde.
A.b. Mit Verfügung vom 9. Januar 2013 setzte der Präsident des Bundespatentgerichts nach Einsicht in das Massnahmebegehren der Gesuchstellerin und in die Schutzschrift der Gesuchsgegnerin vom 28. Dezember 2012 eine kurze und nicht erstreckbare Frist bis 21. Januar 2013 zur Massnahmeantwort an. Sodann wies er das Zollamt Pratteln an, die gemäss dessen Schreiben vom 19. und 21. Dezember 2012 zurückbehaltenen Einheiten G._ und H._ bis zu anderer Anordnung seitens des Bundespatentgerichts weiterhin zurückzubehalten.
Die Gesuchsgegnerin beantragte die Abweisung des Massnahmegesuchs. Sie machte geltend, die Streitpatente würden nicht verletzt, eventualiter seien diese nicht rechtsbeständig.
Am 31. Januar 2013 fand eine mündliche Verhandlung statt. Die Gesuchstellerin hielt mit der Replik an den im Gesuch gestellten Hauptbegehren 1 und 2 fest und ergänzte diese mit folgenden neuen Eventualbegehren:
"Eventualiter zu Rechtsbegehren Nr. 1 und Nr. 2 seien die in Rechtsbegehren Nr. 1 beantragten Verbote bzw. die in Rechtsbegehren Nr. 2 beantragte Beseitigung des rechtswidrigen Zustands auszusprechen für die Kontrazeptiva mit dem Wirkstoff Drospirenon "C._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx1), "D._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx2), "E._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx3) und "F._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx4), insbesondere für die am 19. Dezember 2012 und am 21. Dezember 2012 vom Zollinspektorat Pratteln bei der Einfuhr in die Schweiz zurückbehaltenen Produkte, wobei der in den betreffenden Produkten enthaltene Wirkstoff Drospirenon (6 ß, 7ß, 15ß, 16ß-dimethylene-3-oxo-17α-pregn-4-ene-21,17-carbolactone) durch Wasserabspaltung aus 6ß, 7ß, 15ß, 16ß-dimethylen-5ß-hydroxy-3-oxo-17α-androstan-21,17-carbolactone durch Zugabe von p-Toluolsulfonsäure oder Pyridin mit Wasser hergestellt wurde.
Eventualiter zu Rechtsbegehren Nr. 1 und Nr. 2 seien die in Rechtsbegehren Nr. 1 beantragten Verbote bzw. die in Rechtsbegehren Nr. 2 beantragte Beseitigung des rechtswidrigen Zustands auszusprechen für die Kontrazeptiva mit dem Wirkstoff Drospirenon "C._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx1), "D._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx2), "E._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx3) und "F._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx4), insbesondere für die am 19. Dezember 2012 und am 21. Dezember 2012 vom Zollinspektorat Pratteln bei der Einfuhr in die Schweiz zurückbehaltenen Produkte, wobei der in den betreffenden Produkten enthaltene Wirkstoff Drospirenon (6ß, 7ß, 15ß, 16ß-dimethylene-3-oxo-17 α-pregn-4-ene-21,17-carbolactone) durch katalytische Hydrierung von 17α- (3-hydroxy-1-propynyl) -6ß, 7ß; 15ß, 16ß-dimethylene-5ß-androstane-3ß, 5, 17ß-triol in das 17α- (3-hydroxy-1-propyl) -6ß, 7ß, 15ß, 16ß-dimethylene-5ß-androstane-3ß, 5, 17ß-triol durch anschliessende Oxidation in das 6ß, 7ß; 15ß, 16ß-dimethylene-5ß-hydroxy-3-oxo-17α-androstane-21,17-carbolactone in Gegenwart des Katalysators TEMPO (2,2,6,6-Tetramethylpiperidine-1-yl) -oxyl) hergestellt wurde."
Die Gesuchsgegnerin hielt mit der Duplik an ihrem Rechtsbegehren gemäss Gesuchsantwort fest und stellte in prozessualer Hinsicht den Antrag, es sei auf eine Veröffentlichung des Urteils zu verzichten.
Nach mündlicher Replik und Duplik trug Richter Dr. sc. nat. Tobias Bremi den Parteien sein Fachrichtervotum vor. Die Parteien nahmen daraufhin zum Fachrichtervotum Stellung.
Am 11. Februar 2013 wurde den Parteien das Verhandlungsprotokoll zugestellt.
A.c. Mit Eingabe vom 7. Februar 2013 beantragte die Gesuchstellerin im Rahmen des bereits hängigen Massnahmeverfahrens den Erlass eines superprovisorischen Verbots bezüglich des Vertriebs etc. der streitgegenständlichen Kontrazeptiva G._ und H._. Sie machte geltend, es sei ihr gleichentags bekannt geworden, dass die Gesuchsgegnerin nun damit begonnen habe, jene patentverletzenden Produkte, die vom Zoll offensichtlich nicht zurückbehalten worden seien, in der Schweiz zu vertreiben.
Am 13. Februar 2013 beschloss das Bundespatentgericht ohne Anhörung der Gesuchsgegnerin Folgendes:
"1. Der [Gesuchsgegnerin] wird unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000.-- pro Tag nach Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000.-- gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall mit sofortiger Wirkung vorsorglich verboten, in der Schweiz die Kontrazeptiva mit dem Wirkstoff Drospirenon "C._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx1), "D._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx2), "E._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx3) und "F._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx4), wobei der in den betreffenden Produkten enthaltene Wirkstoff Drospirenon ( 6ß, 7ß, 15ß, 16ß-dimethylene-3-oxo-17α-pregn-4-ene-21,17-carbolactone) durch Wasserabspaltung aus 6ß, 7ß, 15ß, 16ß-dimethylene-5ß-hydroxy-3-oxo-17α-andro-stan-21,17-carbolactone durch Zugabe von p-Toluolsulfonsäure oder Pyridin mit Wasser hergestellt wurde, selber oder durch Dritte einzuführen, zu lagern, anzubieten, zu verkaufen oder auf andere Weise in Verkehr zu bringen.
2. Die [Gesuchsgegnerin] wird unter derselben Androhung vorsorglich verpflichtet, die von ihr in Verkehr gebrachten Produkte gemäss Dispositiv Ziff. 1 zurückzurufen, d.h. die ihr bekannten Abnehmer dieser Produkte innert einer Frist von 24 Stunden nach Erhalt dieses Beschlusses zu informieren, dass die [Gesuchsgegnerin] diese Produkte gegen Rückerstattung des Kaufpreises und der übrigen Auslagen zurücknimmt."
Das Gericht setzte der Gesuchsgegnerin Frist zur Stellungnahme an.
A.d. Mit Eingabe vom 14. Februar 2013 teilte die Gesuchstellerin dem Bundespatentgericht mit, welche Punkte des Protokolls ihrer Ansicht nach nicht korrekt seien, und beantragte sinngemäss, diese seien entsprechend zu berichtigen.
Mit Stellungnahme vom 14. Februar 2013 beantragte die Gesuchsgegnerin, die Verfügung vom 13. Februar 2013, eventualiter deren Dispositiv-Ziffer 2, sei aufzuheben.
Mit Eingabe vom 18. Februar 2013 teilte die Gesuchsgegnerin mit, wegen Ferienabwesenheit eines ihrer Rechtsanwälte sei eine Prüfung des Protokolls noch nicht möglich gewesen, und sie beantragte eine formelle Fristansetzung für allfällige Berichtigungen bis am 6. März 2013. Daraufhin wurde der Gesuchsgegnerin mit Schreiben vom 20. Februar 2013 mitgeteilt, dass eine formelle Frist, um allfällige Einwendungen gegen das Verhandlungsprotokoll einzureichen, nicht angesetzt werde.
Mit Eingabe vom 20. Februar 2013 beantragte die Gesuchsgegnerin einmal mehr, der Beschluss vom 13. Februar 2013 sei aufzuheben, eventualiter sei dessen Dispositiv-Ziffer 2 aufzuheben.
Mit Eingabe vom 27. Februar 2013 bezog die Gesuchstellerin Stellung zum Aufhebungsbegehren und zu den Behauptungen der Gesuchsgegnerin vom 20. Februar 2013.
Am 28. Februar 2013 beantragte die Gesuchsgegnerin, das Protokoll über die mündliche Verhandlung vom 31. Januar 2013 sei in Bezug auf die in der Begründung erwähnten Stellen mit den mitgeschnittenen Tonaufnahmen zu überprüfen und gegebenenfalls zu berichtigen.
Am 4. März 2013 beantragte die Gesuchsgegnerin, es sei auf die Veröffentlichung des verfahrensabschliessenden Erlasses zu verzichten; eventualiter seien sämtliche Informationen betreffend das von ihr und ihren Lieferanten angewendete Herstellungsverfahren zu schwärzen oder in anderer Weise unkenntlich zu machen. Sodann nahm die Gesuchsgegnerin gleichentags zur Eingabe der Gesuchstellerin vom 27. Februar 2013 Stellung.
B.
Mit Entscheid vom 21. März 2013 beschloss das Bundespatentgericht, das Protokoll der mündlichen Verhandlung entsprechend den Anträgen der Gesuchstellerin vom 14. Februar 2013 zu berichtigen (Beschluss-Ziffer 1); auf das Berichtigungsbegehren der Gesuchsgegnerin vom 28. Februar 2013 trat es nicht ein (Beschluss-Ziffer 2).
Das Bundespatentgericht entschied sodann wie folgt:
"1. In Bestätigung von Dispositiv Ziff. 1 des Beschlusses vom 13. Februar 2013 wird der [Gesuchsgegnerin] unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000.-- pro Tag nach Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000.-- gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall vorsorglich verboten, in der Schweiz die Kontrazeptiva mit dem Wirkstoff Drospirenon "C._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx1), "D._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx2), "E._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx3) und "F._" (Swissmedic Zulassungsnummer xxx4), wobei der in den betreffenden Produkten enthaltene Wirkstoff Drospirenon ( 6ß, 7ß, 15ß, 16ß-dimethylene-3-oxo-17α-pregn-4-ene-21,17-carbolactone) durch Wasserabspaltung aus 6ß, 7ß, 15ß, 16ß-dimethylene-5ß-hydroxy-3-oxo-17α-andro-stan-21,17-carbolactone durch Zugabe von p-Toluolsulfonsäure oder Pyridin mit Wasser hergestellt wurde, selber oder durch Dritte einzuführen, zu lagern, anzubieten, zu verkaufen oder auf andere Weise in Verkehr zu bringen.
2. Es wird davon Vormerk genommen, dass Dispositiv Ziff. 2 des Beschlusses vom 13. Februar 2013 gegenstandslos geworden ist.
3. Im übrigen werden die klägerischen Rechtsbegehren abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Das Zollamt Pratteln wird angewiesen, die gemäss seinen Schreiben vom 19. und 21. Dezember 2012 zurückbehaltenen Einheiten G._ und H._ bis zu anderer Anordnung seitens des Bundespatentgerichts weiterhin zurückzubehalten.
5. Der Klägerin wird eine Frist bis 7. Mai 2013 zur Einreichung der Klage im ordentlichen Verfahren angesetzt, ansonsten die angeordnete Massnahme dahinfällt.
- ."
Das Bundespatentgericht erwog, das Patent EP 111._ sei nicht verletzt, weshalb die Frage der Rechtsbeständigkeit offenbleiben könne. Demgegenüber bejahte es eine unzulässige Nachahmung von EP 222._; den Einwand der Nichtigkeit des Patents erachtete es als unbegründet. Das Bundespatentgericht wies in seiner Begründung sodann darauf hin, dass das Urteil vom 21. März 2013 - entgegen dem Antrag der Gesuchsgegnerin - im Internet in anonymisierter Form zu veröffentlichen sei.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Gesuchsgegnerin dem Bundesgericht, es seien das Urteil des Bundespatentgerichts vom 21. März 2013 und der Beschluss vom 13. Februar 2013 aufzuheben und die Gesuche um Erlass vorsorglicher Massnahmen vom 7. Januar und 7. Februar 2013 seien abzuweisen (Antrags-Ziffern 1/2). Eventualiter sei das Verfahren zur Vervollständigung der Akten an das Bundespatentgericht zurückzuweisen (Antrags-Ziffer 3). Im Weiteren sei das Bundespatentgericht anzuweisen, auf das Protokollberichtigungsbegehren vom 28. Februar 2013 einzutreten und das Protokoll zu berichtigen (Antrags-Ziffer 4). Das Bundespatentgericht sei sodann anzuweisen, das angefochtene Urteil vom 21. März 2013 der Öffentlichkeit nicht allgemein zugänglich zu machen (Antrags-Ziffer 5.1); eventualiter seien für die Veröffentlichung bestimmte Passagen zu streichen (Antrags-Ziffer 5.2). Schliesslich seien der Beschwerdegegnerin Kosten und Entschädigungen aufzuerlegen (Antrags-Ziffer 6).
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Rechtsbegehren gemäss Antrags-Ziffern 1-4 und 6, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D.
Mit Verfügung vom 26. März 2013 wurde das Bundespatentgericht vorsorglich angewiesen, das Urteil vom 21. März 2013 nicht der Öffentlichkeit allgemein zugänglich zu machen, insbesondere nicht über das Internet zu veröffentlichen.
E.
Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht am 14. Juni 2013 eine Replik eingereicht mit dem Antrag, es sei davon Vermerk zu nehmen, dass sie ihre Anträge auf Einschränkung der Urteilspublikation (Antrags-Ziffern 5.1-5.2) zurückgezogen habe. Die Beschwerdegegnerin äusserte sich zu dieser Eingabe mit Duplik vom 3. Juli 2013.
Erwägungen:
1.
Mit dem Rückzug der Anträge der Beschwerdeführerin auf Einschränkung der Urteilspublikation (Antrags-Ziffern 5.1-5.2) und der damit verbundenen Veröffentlichung des angefochtenen Entscheids wird auch der prozessuale Antrag gegenstandslos, es sei auf die Veröffentlichung des bundesgerichtlichen Urteils zu verzichten, soweit bestimmte Informationen über das Herstellungsverfahren erwähnt würden.
Als gegenstandslos erweist sich auch der Antrag der Beschwerdegegnerin, die Verfügung vom 26. März 2013 sei aufzuheben und es sei dem Bundespatentgericht mitzuteilen, dass die betreffende Anordnung nicht mehr gilt. Mit dem Entscheid in der Sache fällt die erwähnte Verfügung dahin und einer Veröffentlichung des angefochtenen Urteils durch das Bundespatentgericht steht keine bundesgerichtliche Anordnung mehr entgegen.
2.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 139 III 133 E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
2.1. Die Beschwerde richtet sich nicht nur gegen das Urteil vom 21. März 2013, mit dem die Vorinstanz nach Anhörung der Parteien über das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen entschieden hat, sondern ausdrücklich auch gegen den Beschluss vom 13. Februar 2013, mit dem das Bundespatentgericht - ohne Anhörung der Beschwerdeführerin - superprovisorische Massnahmen gegen diese ausgesprochen hat.
Der Beschwerdeführerin kann nicht gefolgt werden, soweit sie zur Begründung der Anfechtbarkeit superprovisorischer Massnahmeentscheide ins Feld führt, das Bundesgericht sei zu Unrecht von seiner früheren Rechtsprechung abgekehrt, wonach die superprovisorische Massnahme mit dem verfahrensabschliessenden Entscheid aufgehoben und durch diesen ersetzt werde. Vielmehr hat das Bundesgericht auch in seiner neusten Rechtsprechung ausgeführt, der superprovisorische Entscheid werde durch den verfahrensabschliessenden Entscheid über vorsorgliche Massnahmen ersetzt (BGE 139 III 86 E. 1.1.1 S. 88).
Soweit sich die Beschwerde gegen den superprovisorischen Beschluss vom 13. Februar 2013 richtet, der durch das Urteil vom 21. März 2013 ersetzt wurde, fehlt es an einem tauglichen Anfechtungsobjekt. An der fehlenden Anfechtbarkeit vermag auch der Umstand, dass die superprovisorische Massnahme gegebenenfalls im Umfang der Aufhebung des vorsorglichen Massnahmeentscheids wieder aufleben kann, nichts zu ändern (vgl. BGE 139 III 86 E. 1.1.1 a.E. S. 88; Urteile 4A_36/2012 vom 26. Juni 2012 E. 2.4 a.E.; 4A_178/2011 vom 28. Juni 2011 E. 4, nicht publ. in: BGE 137 III 324). Eine solche Wirkung ergibt sich - im Falle der Gutheissung der Beschwerde - erst aus der Aufhebung des angefochtenen Massnahmeentscheids durch das Bundesgericht unter Rückweisung der Sache an das Massnahmegericht, mit der das Verfahren in den Stand vor Erlass des aufgehobenen Massnahmeentscheids zurückversetzt wird (BGE 139 III 86 E. 1.1.1 a.E. S. 88).
In einem solchen Fall hat die Vorinstanz im Rahmen des Rückweisungsentscheids unverzüglich nochmals über das Massnahmegesuch zu befinden und - falls dies nicht innert kurzer Zeit möglich ist - vorgängig über die Aufrechterhaltung, die Abänderung oder die Aufhebung der superprovisorisch erlassenen Massnahmen während der Dauer des Massnahmeverfahrens zu entscheiden (BGE 139 III 86 E. 1.1.2). Dieser Entscheid kann - im Gegensatz zum Entscheid über den Erlass superprovisorischer Massnahmen (BGE 139 III 86 E. 1.1.1 S. 88; 137 III 417 ff.) - wiederum mit Beschwerde angefochten werden (BGE 139 III 86 E. 1.1.2 S. 89). Die von der Beschwerdeführerin geäusserte Befürchtung, durch das Wiederaufleben infolge einer erfolgreichen Anfechtung des verfahrensabschliessenden Entscheids könnten die superprovisorischen Massnahmen womöglich noch über Monate, wenn nicht sogar Jahre ohne Gewährleistung des rechtlichen Gehörs in Kraft stehen, ist daher unbegründet. Von der kürzlich bestätigten Rechtsprechung hinsichtlich der fehlenden Anfechtbarkeit von Entscheiden über superprovisorische Massnahmen im Sinne von Art. 265 ZPO (SR 272) abzuweichen, besteht kein Anlass.
Soweit sich die Beschwerde gegen den superprovisorischen Beschluss vom 13. Februar 2013 richtet, ist darauf nicht einzutreten.
2.2.
2.2.1. Beim angefochtenen Urteil vom 21. März 2013 handelt es sich um einen Massnahmeentscheid des Bundespatentgerichts (Art. 75 Abs. 1 BGG). Entscheide über vorsorgliche Massnahmen gelten nur dann als Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmeentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, stellen Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG dar. Gegen solche ist die Beschwerde - von der hier ausser Betracht fallenden alternativen Voraussetzung nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG abgesehen - nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Dabei muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Entscheid in der Zukunft nicht mehr behoben werden kann (BGE 138 III 46 E. 1.2 S. 47, 333 E. 1.3.1; 137 III 380 E. 1.2.1 S. 382; je mit Hinweisen). Die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur genügt; dagegen reichen rein tatsächliche Nachteile wie die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens nicht aus (BGE 137 III 380 E. 1.2.1 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer, der einen Massnahmeentscheid beim Bundesgericht anficht, hat im Einzelnen darzulegen, inwiefern ihm im konkreten Fall ein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur droht (BGE 138 III 46 E. 1.2 S. 47; 137 III 324 E. 1.1 S. 328 f.).
2.2.2. Der angefochtene Entscheid betrifft vorsorgliche Massnahmen, die vor einem Hauptverfahren beantragt wurden und nur unter der Bedingung Bestand haben, dass innert Frist ein Hauptverfahren eingeleitet wird. Demnach handelt es sich um einen Zwischenentscheid nach Art. 93 BGG.
Mit der Beschwerdeführerin kann in dem sich aus dem angefochtenen Entscheid ergebenden Verbot, die beanstandeten Arzneimittel in der Schweiz zu vertreiben, ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG erblickt werden (vgl. Urteil 4A_36/2012 vom 26. Juni 2012 E. 1.3.1 ).
2.2.3. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde mangels Rechtsschutzinteresses (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG), soweit damit auch die Aufhebung der Ziffern 2 und 3 des Urteils vom 21. März 2013 beantragt wird, mit denen Dispositiv-Ziffer 2 des Beschlusses vom 13. Februar 2013 als gegenstandslos erklärt bzw. die übrigen Rechtsbegehren der Beschwerdegegnerin abgewiesen werden, soweit darauf einzutreten sei.
Hinsichtlich des Beschlusses, das Protokoll der Verhandlung in Gutheissung der Anträge der Beschwerdegegnerin vom 14. Februar 2013 zu berichtigen (Beschluss-Ziffer 1), enthält die Beschwerde keinen rechtsgenügenden Antrag (Art. 42 Abs. 1 BGG; vgl. BGE 133 III 489 E. 3.1). Abgesehen davon ist nicht ersichtlich, dass sich die Beschwerdeführerin den beantragten Berichtigungen im vorinstanzlichen Verfahren widersetzt hätte, weshalb es auch am Rechtsschutzinteresse (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG) fehlen würde. Soweit die Beschwerdeführerin der Vorinstanz im Zusammenhang mit dem Protokollberichtigungsbegehren der Beschwerdegegnerin eine Missachtung von Verfahrensrechten vorwirft, ist darauf nicht einzutreten.
Ansonsten ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde gegen das Urteil des Bundespatentgerichts vom 21. März 2013 einzutreten.
2.3. Bei einem Entscheid, der eine vorsorgliche Massnahme zum Gegenstand hat, kann vor Bundesgericht nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (Art. 98 BGG). Die Verletzung dieser Rechte kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 65 E. 1.3.1 S. 68; 134 I 83 E. 3.2 S. 88; 133 III 439 E. 3.2 S. 444 f.; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer muss klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darlegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (BGE 135 III 232 E. 1.2 S. 234; 133 III 589 E. 2 S. 591 f.). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 9 BV geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (BGE 134 II 349 E. 3 S. 352; 133 I 1 E. 5.5 S. 5; 133 III 439 E. 3.2 S. 444).
Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (BGE 138 IV 13 E. 5.1 S. 22; 137 I 1 E. 2.4 S. 5; 136 I 316 E. 2.2.2. S. 318 f.; je mit Hinweisen).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie Art. 106 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im vorinstanzlichen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.; 121 III 397 E. 2a S. 400; 116 II 745 E. 3 S. 749). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen und der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399 f.; 131 III 384 E. 2.3 S. 387 f.; je mit Hinweisen).
2.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG); neue Tatsachen und Beweismittel sind grundsätzlich unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG). Da gegen den angefochtenen Entscheid nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann (Art. 98 BGG), kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG) nur dann in Frage, wenn die Vorinstanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat. Wird Letzteres geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern diese verfassungswidrig, insbesondere willkürlich, sein soll (BGE 133 III 393 E. 7.1 S. 398, 585 E. 4.1 S. 588 f.; je mit Hinweisen). Ausserdem hat der Beschwerdeführer mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen genannt hat (Urteile 4A_10/2013 vom 28. Mai 2013 E. 1.4; 4A_341/2011 vom 21. März 2012 E. 1.5.1; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 134 III 570). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. BGE 133 III 350 E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
2.5. Das von der Beschwerdeführerin mit ihrer Replikschrift eingereichte Urteil des Landgerichts Düsseldorf vom 23. April 2013 stellt zwar kein neues Beweismittel im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG dar, sondern ein Angriffs- bzw. Verteidigungsmittel rechtlicher Natur. Solche sind allerdings wie Rechtsgutachten innert der Rechtsmittelfrist einzureichen (BGE 126 I 95 E. 4b S. 96; 108 II 69 E. 1 S. 71 f.; Urteile 4A_86/2013 vom 1. Juli 2013 E. 1.2.3; 4A_190/2007 vom 10. Oktober 2007 E. 5.1). Der erst nach deren Ablauf eingereichte Entscheid ist für das vorliegende Verfahren unbeachtlich.
3.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz in verschiedener Hinsicht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und formelle Rechtsverweigerung (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV) sowie Willkür (Art. 9 BV) vor.
3.1. Sie bringt zunächst vor, die Vorinstanz habe ihr eine Stellungnahme zum eigenen Fachwissen verweigert und damit den Gehörsanspruch verletzt.
Die Beschwerdeführerin weist zutreffend darauf hin, dass das Gericht nach Art. 183 Abs. 3 ZPO eigenes Fachwissen offen zu legen hat, damit die Parteien dazu Stellung nehmen können, und dass gemäss Art. 37 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 20. März 2009 über das Bundespatentgericht (Patentgerichtsgesetz, PatGG; SR 173.41) bei besonderer Sachkunde eines technisch ausgebildeten Richters dessen Fachvoten zu protokollieren sind, wobei die Parteien Gelegenheit erhalten, zum Protokoll Stellung zu nehmen.
Der angefochtene Entscheid hält hinsichtlich des Verfahrensablaufs fest, dass Richter Dr. sc. nat. Tobias Bremi den Parteien anlässlich der Verhandlung vom 31. Januar 2013 nach mündlicher Replik und Duplik sein Fachrichtervotum vortrug. Die Parteien nahmen daraufhin zum Fachrichtervotum Stellung; das Verhandlungsprotokoll wurde den Parteien am 11. Februar 2013 zugestellt.
Die Beschwerdeführerin behauptet lediglich in allgemeiner Weise, die Vorinstanz habe den von ihr erhobenen Einwand des freien Stands der Technik gestützt auf Fachwissen abgewiesen, das den Parteien nicht zur Stellungnahme offengelegt worden sei. Sie führt jedoch nicht näher aus, auf welches konkrete Fachwissen sich die Vorinstanz gestützt haben soll, das den Parteien nicht bereits mit dem Fachrichtervotum offen gelegt worden wäre, womit sie die Begründungsanforderungen für eine Verfassungsrüge (Art. 106 Abs. 2 BGG) verfehlt. Ebenso wenig legt die Beschwerdeführerin dar, inwiefern der Gehörsanspruch eine besondere Vorankündigung des Fachrichtervotums erfordert hätte.
3.2. Die Beschwerdeführerin verkennt sodann die Prüfungsbefugnis des Bundesgerichts, wenn sie ihm eine von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweichende Sachverhaltsdarstellung unterbreitet, indem sie vorbringt, verschiedene ihrer Behauptungen seien im vorinstanzlichen Verfahren unbestritten geblieben. Abgesehen davon, dass es sich bei den angeblich unbestrittenen Aussagen teilweise um Rechtsauffassungen und nicht um Tatsachenbehauptungen handelt, wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz ohne weitere Begründung Willkür vor, und zeigt insbesondere nicht auf, inwiefern elementare Verfahrensgrundsätze auf unhaltbare Weise angewendet worden wären.
Der Vorwurf, ihr verfassungsmässiges Recht auf Beweis sei missachtet worden, stösst ins Leere.
3.3. Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, der Beschluss vom 13. Februar 2013 beruhe auf einer unzutreffenden tatsächlichen Behauptung der Beschwerdegegnerin, ist darauf nicht einzutreten. Sie vermag jedoch auch mit ihren Ausführungen, die sich gegen das angefochtene Urteil vom 21. März 2013 richten, keine Verletzung verfassungsmässiger Rechte aufzuzeigen. Sie kritisiert lediglich in appellatorischer Weise die vorinstanzlichen Erwägungen zur zeitlichen Dringlichkeit und sieht die Obliegenheit der Beschwerdegegnerin zur sofortigen Rechtsausübung verletzt, legt jedoch nicht dar, inwiefern das angefochtene Urteil im Ergebnis willkürlich sein soll.
3.4. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, die Vorinstanz sei auf ihr Protokollberichtigungsbegehren zu Unrecht nicht eingetreten.
Sie beruft sich darauf, entgegen dem angefochtenen Entscheid habe von vornherein keine derartige Dringlichkeit bestanden, die eine "unverzügliche" Stellungnahme innert weniger Arbeitstage erfordert hätte. Für die zeitliche Beurteilung sei weiter von Bedeutung, dass der Vorinstanz die Büroabwesenheit ihres Rechtsvertreters bekannt gewesen sei und sie beruft sich darauf, eine effektive Kenntnisnahme des Protokollinhalts sei entgegen dem angefochtenen Entscheid nicht mit Empfang des am 11. Februar 2011 zugestellten Verhandlungsprotokolls erfolgt, sondern erst am 22. Februar 2013. Da sich zeitliche Schranken für die Einreichung von Protokollberichtigungsbegehren nach Art. 52 ZPO allein aus Treu und Glauben ergäben, sei ihr Begehren vom 28. Februar 2013 rechtzeitig eingereicht worden. Im Weiteren stehe die von der Vorinstanz postulierte "Unverzüglichkeit" in Widerspruch mit der bisherigen kantonalen Rechtsprechung.
Die Beschwerdeführerin macht mit ihren Ausführungen geltend, unter Berücksichtigung der konkreten Umstände sei ihre Eingabe rechtzeitig erfolgt. Damit verlangt sie eine freie Prüfung der anwendbaren zeitlichen Beschränkungen im Zusammenhang mit der Einreichung von Protokollberichtigungsbegehren und rügt eine Verletzung der massgebenden Bestimmungen der ZPO, zeigt jedoch keine Verletzung verfassungsmässiger Rechte auf. Sie schliesst ihre Darlegungen zwar damit, die gegenteilige Würdigung durch die Vorinstanz sei willkürlich und stelle eine formelle Rechtsverweigerung dar, begründet diesen Vorwurf jedoch nicht weiter.
Das aus Art. 29 Abs. 1 BV fliessende Verbot des überspitzten Formalismus wendet sich gegen prozessuale Formstrenge, die als exzessiv erscheint, durch kein schutzwürdiges Interesse gerechtfertigt ist, zum blossen Selbstzweck wird und die Verwirklichung des materiellen Rechts in unhaltbarer Weise erschwert oder gar verhindert (BGE 132 I 249 E. 5 S. 253; 130 V 177 E. 5.4.1; 128 II 139 E. 2a S. 142; je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin stellt selbst nicht in Frage, dass sich aus dem Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 52 ZPO) zeitliche Schranken für Protokollberichtigungsbegehren ergeben. Ihr kann nicht gefolgt werden, wenn sie sich darauf beruft, es habe nach Erlass des superprovisorischen Verbots mangels drohender Verletzungshandlung keine besondere Dringlichkeit bestanden. Die Vorinstanz hat zutreffend darauf hingewiesen, dass das Massnahmeverfahren ohne Verzug durchzuführen ist, damit es seinen Zweck erfüllt; dies gilt - entgegen dem, was die Beschwerdeführerin anzunehmen scheint - auch beim Erlass eines superprovisorischen Verbots, über dessen Aufrechterhaltung das Gericht unverzüglich zu entscheiden hat. Es ist jedenfalls kein überspitzter Formalismus darin zu erblicken, wenn die Vorinstanz unter Verweis auf die Literatur (so etwa Eric Pahud, in: Brunner und andere [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kommentar, 2011, N. 24 zu Art. 235 ZPO; Georg Nägeli, in: Oberhammer [Hrsg.], Kurzkommentar ZPO, 2010, N. 14 zu Art. 235 ZPO; Christoph Leuenberger in: Sutter-Somm und andere [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 18 zu Art. 235 ZPO; Laurent Killias, in: Berner Kommentar, 2013, N. 19 zu Art. 235 ZPO) davon ausging, Berichtigungsbegehren müssten unverzüglich nach Kenntnisnahme des vermeintlichen Fehlers gestellt werden.
Es kann somit offenbleiben, ob das Protokollberichtigungsbegehren der Beschwerdeführerin den weiteren formellen Anforderungen genügte.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt unter Berufung auf Art. 29 Abs. 1 und Art. 30 Abs. 1 BV, das Gericht sei nicht gehörig besetzt gewesen, da es den beiden technischen Richtern an der erforderlichen Fachkunde gefehlt habe.
4.1. Wer einen Ablehnungsgrund nicht unverzüglich nach dessen Kenntnisnahme geltend macht (vgl. Art. 49 Abs. 1 ZPO), verwirkt seine spätere Anrufung (BGE 135 III 334 E. 2.2; 134 I 20 E. 4.3.1 S. 21; je mit Hinweisen). Gleiches gilt in Bezug auf Mängel in der Besetzung oder Bestellung der Richterbank. Es würde gegen Treu und Glauben verstossen, wenn eine Partei einen ihr bekannten Mangel nicht unverzüglich vorbringt, sondern zuwartet, um ihn allenfalls erst im Anschluss an ein für sie ungünstiges Urteil des betreffenden Gerichts geltend zu machen (BGE 132 II 485 E. 4.3 mit Hinweisen).
4.2. Die Beschwerdeführerin führt aus, die angeblich fehlende Sachkunde sei bei der Mitteilung über die Zusammensetzung des Spruchkörpers für sie nicht erkennbar gewesen, sondern sei erst mit dem Fachrichtervotum in unmittelbarem Anschluss an die Hauptverhandlung offenbar geworden. Damit erlangte sie nach eigener Darstellung noch am 31. Januar 2013 Kenntnis vom geltend gemachten Mangel; sie hätte diesen daher unverzüglich vor der Vorinstanz geltend machen müssen, anstatt zunächst den Verfahrensausgang abzuwarten. Die Rüge ist verwirkt.
5.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz in verschiedener Hinsicht eine willkürliche Anwendung des materiellen Rechts vor.
5.1.
5.1.1. Sie bestreitet zunächst, dass es sich bei dem von ihr eingeführten Produkt um ein vom Patentschutz erfasstes unmittelbares Erzeugnis des patentierten Herstellungsverfahrens handle (vgl. Art. 8a Abs. 1 PatG [SR 232.14]). Die vorinstanzliche Feststellung, dass das von der Beschwerdegegnerin beanspruchte Drospirenon einer der beiden essenziellen Wirkstoffe des beanstandeten Arzneimittels darstellt, sei nach dem im angefochtenen Entscheid zitierten Bundesgerichtsentscheid (BGE 70 I 194) nicht entscheidend. Erst die Kombination mit dem zweiten Wirkstoff Ethinylestradiol verleihe dem Endprodukt die vorausgesetzte und erwartete Wirksamkeit eines Kontrazeptivums. Der angefochtene Entscheid stehe mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung und der tatsächlichen Situation in offensichtlichem Widerspruch und sei daher unhaltbar.
5.1.2. Inwiefern der angefochtene Entscheid auf offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellungen beruhen soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Indem sie vor Bundesgericht unter Hinweis auf ihre Rechtsschriften im vorinstanzlichen Verfahren ihren Standpunkt wiederholt, wonach es sich beim beanstandeten Arzneimittel nicht um ein unmittelbares Verfahrenserzeugnis handle, zeigt sie keine Willkür auf, sondern kritisiert - teilweise unter Berufung auf tatsächliche Behauptungen, die sich den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid (Art. 105 Abs. 1 BGG) nicht entnehmen lassen - in unzulässiger Weise den angefochtenen Entscheid, als ob das Bundesgericht die Frage von Grund auf neu beurteilen könnte.
Die Vorinstanz hat unter Berufung auf BGE 70 I 194 erwogen, es könne von einem unmittelbaren Erzeugnis ausgegangen werden, wenn der betreffende Wirkstoff für das Wesen des Endprodukts ausschlaggebend sei; dies treffe im konkreten Fall eindeutig zu, denn Drospirenon sei einer der beiden essenziellen Wirkstoffe im Endprodukt. Nach dem zitierten Entscheid verliert das Erzeugnis auch im Falle einer Be- oder Verarbeitung oder Verbindung nicht notwendigerweise den Charakter eines geschützten Artikels; dies sei vielmehr nur der Fall, wenn das, was geschützt ist, durch die weitere Behandlung zum unselbständigen Bestandteil einer zusammengesetzten Sache geworden sei. Ein unmittelbares Erzeugnis des patentierten Verfahrens liege unter anderem dann vor, wenn gleichzeitig zwei Verfahren nebeneinander zur Herstellung eines Produkts verwendet werden und das geschützte Verfahren einen wesentlichen Teil der Gesamtbearbeitung darstellt. Selbst wenn durch das geschützte Verfahren zunächst bloss ein Rohstoff oder ein Halbfabrikat entsteht, könne noch ein unmittelbares Erzeugnis angenommen werden, wenn der Rohstoff oder das Halbfabrikat für das Wesen des Endprodukts ausschlaggebend sei und gerade seine Beschaffenheit und seine Eigenschaften die fertige Sache besonders begehrt machten (BGE 70 I 194 E. 7).
Angesichts dieser Grundsätze erscheint die Ansicht der Vorinstanz, wonach Drospirenon als einer der beiden essenziellen Wirkstoffe im beanstandeten Endprodukt für dessen Wesen ausschlaggebend sei, womit ein unmittelbares Verfahrenserzeugnis vorliege, nicht von vornherein unhaltbar. In der Lehre wird gestützt auf die aufgeführten Erwägungen als unbestritten erachtet, dass ein unmittelbares Erzeugnis auch dann vorliegt, wenn mehrere Verfahren zur Herstellung des Produkts angewendet werden und das geschützte Verfahren einen wesentlichen Teil der Gesamtbearbeitung darstellt; entsprechend wird bei Anwendung mehrerer geschützter Verfahren das Produkt als unmittelbares Erzeugnis eines jeden Verfahrens betrachtet, das zur Herstellung wesentlich mitgewirkt hat (vgl. Werner Stieger, in: Bertschinger und andere [Hrsg.], Schweizerisches und europäisches Patentrecht, 2002, Rz. 11.120). Die Beschwerdeführerin anerkennt, dass die beiden Komponenten Drospirenon und Ethinylestradiol selbst im Endprodukt noch je unterschiedliche Wirkungen haben, und der geschützte Wirkstoff Drospirenon durch die weitere Verarbeitung nicht etwa durch eine chemische Umsetzung verändert wird, sondern seine Eigenschaften erhalten bleiben.
Ihrer Auffassung, wonach sich aus dem erwähnten Bundesgerichtsentscheid (insb. dessen E. 9) gerade das Gegenteil zum angefochtenen Entscheid ergebe, kann nicht gefolgt werden. Abgesehen davon lässt sich der dem bundesgerichtlichen Urteil zugrunde liegende Sachverhalt nicht ohne Weiteres mit dem vorliegenden vergleichen: Insbesondere war darin auf Grundlage von pharmazeutisch-chemischen bzw. medizinischen Gutachten festgestellt, dass der patentierte Wirkstoff nicht ausschlaggebend für das Wesen des Endprodukts war und die Wirkung des Endprodukts sowohl als Desinfektionsmittel wie als Vorbeugungsmittel gegen Geschlechtskrankheiten und als Empfängnisverhütungsmittel gerade nicht auf dem mit dem patentierten Verfahren hergestellten Stoff beruhte, sondern auf den zugesetzten Antiseptika (BGE 70 I 194 E. 8). Entgegen ihrer Ansicht lässt sich ein klarer Grundsatz in dem Sinne, dass ein Endprodukt von vornherein kein unmittelbares Verfahrenserzeugnis darstellen kann, wenn es sich nebst dem aus dem patentierten Herstellungsverfahren hervorgegangenen Wirkstoff, der für das Wesen des Endprodukts ausschlaggebend ist, aus einem weiteren essenziellen Wirkstoff zusammensetzt, daraus jedenfalls nicht ableiten. Der Vorwurf der Willkür (Art. 9 BV) ist unbegründet.
5.2. Die Beschwerdeführerin trägt weiter vor, die Vorinstanz habe den Einwand des freien Stands der Technik hinsichtlich der angegriffenen Ausführungsform (sog. Formstein-Einwand) zu Unrecht abgewiesen. Sie vertritt unter Hinweis auf verschiedene Erwägungen im angefochtenen Entscheid, ihre eigenen Rechtsschriften, das Protokoll sowie weitere Aktenstücke die Auffassung, die angegriffene Ausführungsform sei nicht erfinderisch im Sinne von Art. 1 Abs. 2 PatG. Sie schliesst ihre Ausführungen zwar damit, die vorinstanzliche Begründung sei willkürlich, verfehlt jedoch die gesetzlichen Begründungsanforderungen an eine entsprechende Rüge (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG).
Sie vermag keinen offensichtlichen Widerspruch zu den eigenen Feststellungen der Vorinstanz aufzuzeigen, der den angefochtenen Entscheid im Ergebnis als unhaltbar erscheinen liesse. Insbesondere verkennt sie mit ihren Vorbringen, dass die von ihr ins Feld geführten Erwägungen zur Zugabe von Pyridin und Wasser jeweils in verschiedenem Zusammenhang erfolgten, worauf die Beschwerdegegnerin zutreffend hinweist: Zum einen prüfte die Vorinstanz im Hinblick auf eine äquivalente Patentverletzung, ob das ausgetauschte Merkmal der angegriffenen Ausführungsform für den Fachmann ausgehend vom Streitpatent (d.h. in Kenntnis der beanspruchten Erfindung) in naheliegender Weise auffindbar war. Zum anderen hatte das Gericht beim von der Beschwerdeführerin erhobenen Formstein-Einwand zu beurteilen, ob die angegriffene Ausführungsform mit dem ausgetauschten Merkmal ausgehend vom Stand der Technik (d.h. ohne Kenntnis der Erfindung) naheliegend und deshalb nicht patentfähig war. Die Fragestellungen sind somit - entgegen dem, was die Beschwerdeführerin anzunehmen scheint - je unterschiedlich. Ein klarer Widerspruch, der mit Willkür (Art. 9 BV) gleichzusetzen wäre, liegt nicht vor.
5.3. Die Beschwerdeführerin bringt schliesslich vor, die Vorinstanz habe die Nichtigkeit des Streitpatents zu Unrecht verneint. Auch in diesem Zusammenhang wiederholt sie unter Hinweis auf verschiedenste Akten des vorinstanzlichen Verfahrens ihren Standpunkt, wonach der Fachmann aufgrund einer Publikation des Miterfinders G._ erhebliche Zweifel haben musste, dass das beanspruchte Verfahren die Gewinnung von reinem Drospirenon erlaube. Sie zeigt jedoch mit ihrer Behauptung, die Beschwerdegegnerin habe daher im relevanten Zeitpunkt nicht rechtsgenügend nachgewiesen, dass die Erfindung gemacht bzw. die erfindungsgemässe Aufgabe gelöst worden war, ebenso wenig Willkür auf wie mit ihren Vorbringen, die Begründung des angefochtenen Urteils beruhe auf einem unzutreffenden Verständnis der Entscheidung T 1329/04 der Beschwerdekammer des EPA bzw. die Vorinstanz habe bei der Beurteilung der Nichtigkeit zu Unrecht auch Tatsachen berücksichtigt, die sich nach dem Anmeldezeitpunkt ereignet hätten.
Der Vorwurf der Willkür (Art. 9 BV) erweist sich insgesamt als unbegründet.
6.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann