Sachverhalt:
A. X._, geboren 1949, ledig, zog am 9. Oktober 1980, von A._ kommend, in B._ zu und meldete sich als Wochenaufenthalter an. Er bewohnt in B._ eine selbst möblierte 1-Zimmer-Wohnung. X._ arbeitet in C._. Seine Schriften hat er in A._ deponiert, wo er die Wochenenden, zusammen mit seiner Schwester, in einer 4-Zimmerwohnung verbringt.
B. Am 24. November 2008 erliess das Kantonale Steueramt Zürich einen Vorentscheid über die Beanspruchung der Steuerhoheit und entschied, die Steuerhoheit des Kantons Zürich und der Steuergemeinde B._ werde für die Steuerperiode 2007, pflichtig ab 1. Januar 2007, beansprucht. Die gegen diesen Vorentscheid erhobene Einsprache wies das kantonale Steueramt am 12. Februar 2009 ab, indem es an der Beanspruchung der Steuerhoheit ab 1. Januar 2007 festhielt. Am 18. Juni 2009 wies die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich den gegen den Einspracheentscheid erhobenen Rekurs ab und am 3. März 2010 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die gegen den Rekursentscheid erhobene Beschwerde ab.
C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich hat X._ mit Eingabe vom 7. Mai 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 3. März 2010 aufzuheben und festzustellen, dass sich der steuerrechtliche Wohnsitz des Beschwerdeführers im Steuerjahr 2007 in A._ (Kanton Obwalden) befinde und dass der Beschwerdeführer im Steuerjahr 2007 im Kanton Zürich keinen steuerrechtlichen Wohnsitz habe. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht, insbesondere des interkantonalen Doppelbesteuerungsverbots.
D. Das Steueramt des Kantons Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden verzichtet auf Vernehmlassung. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf die Stellung eines Antrages, wirft jedoch die Frage auf, ob vorliegend nicht ein Verfahren im Sinne des Art. 108 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) ein adäquater Ansatzpunkt wäre.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich betreffend die Feststellung der Steuerpflicht ab 1. Januar 2007 ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG).
Der angefochtene Entscheid sowie die ihm vorangegangenen Verfügung bzw. Entscheide befassen sich ausschliesslich mit der Frage des Steuerdomizils betreffend die Staats- und Gemeindesteuern. Sie nehmen keinen Bezug auf die Veranlagung der direkten Bundessteuer. Die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung aufgeworfene Frage nach der Anwendung des Verfahrens nach Art. 108 DBG kann daher offenbleiben, und es ist nicht darauf einzugehen, in welchem Verhältnis die Zuständigkeit der Eidgenössischen Steuerverwaltung zur Feststellung des Veranlagungsortes und die gegen deren Entscheid offenstehenden Rechtsmittel (vgl. dazu FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Auflage, 2009, N 9 zu Art. 108 DBG) zum ordentlichen Rechtsmittelverfahren nach Art. 132 ff. DBG bzw. Art. 140 ff. DBG stehen.
Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Anfechtung des vorinstanzlichen Urteils legitimiert. Auf sein frist- und formgerecht eingereichtes Rechtsmittel ist einzutreten (vgl. Art. 100 und Art. 42 BGG).
1.2 Im hier zu beurteilenden interkantonalen Kompetenzkonflikt könnte eine (gegebenenfalls sogar rechtskräftige) Veranlagung des Kantons Obwalden für die Steuerperiode 2007 mit angefochten werden (vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG). Der Beschwerdeführer erhebt jedoch diesbezüglich keine Anträge. Die Beschwerde richtet sich formell nur gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich. Allerdings hat der Entscheid im vorliegenden Verfahren auch Auswirkungen auf die Steuerpflicht im Kanton Obwalden. Insofern richtet sich die Beschwerde materiell ebenso gegen den Kanton Obwalden, welcher denn auch zur Vernehmlassung eingeladen wurde.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG); von deren Sachverhaltsfeststellungen kann nur abgewichen werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Angesichts der Besonderheiten des Beschwerdeverfahrens in Doppelbesteuerungssachen ist das Bundesgericht selbst bei Vorliegen des Entscheids einer letztinstanzlichen kantonalen richterlichen Behörde nicht in jedem Fall davon entbunden, den Sachverhalt frei zu überprüfen, z.B. wenn der andere Kanton den Sachverhalt bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, wozu sich der Beschwerdeführer unter Umständen äussern können muss. Aber das neue Recht schreibt selbst bei Steuerkompetenzkonflikten gemäss Art. 127 Abs. 3 BV vor, dass der kantonale Instanzenzug zumindest in einem Kanton durchlaufen werden muss. Insoweit muss der Beschwerdeführer seine Behauptungen sowie Beweismittel bereits im kantonalen Verfahren vorbringen und sind die dort getroffenen Feststellungen für das Bundesgericht im Rahmen von Art. 105 BGG verbindlich. Demgemäss kann sich der Beschwerdeführer nicht damit begnügen, die Feststellungen der Vorinstanz einfach zu bestreiten; vielmehr muss er den Nachweis erbringen, dass deren Sachverhaltsermittlung qualifiziert mangelhaft ist (vgl. zum Ganzen BGE 133 I 300 E. 2.3 S. 306; 131 I 145 E. 2.4 S. 149; Urteil 2C_230/2008 vom 27. August 2008 E. 1.3).
2. 2.1 Eine gegen Art. 127 Abs. 3 BV verstossende Doppelbesteuerung liegt namentlich vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung).
2.2 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 127 Abs. 3 BV (bzw. Art. 46 Abs. 2 aBV) ist der steuerrechtliche Wohnsitz (Hauptsteuerdomizil) einer unselbständig erwerbenden Person derjenige Ort, wo sich die betreffende Person mit der Absicht dauernden Verbleibens aufhält (vgl. auch Art. 3 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], Art. 3 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG, SR 642.11] und Art. 23 Abs. 1 ZGB) bzw. wo sich faktisch der Mittelpunkt ihrer Lebensinteressen befindet (vgl. BGE 125 I 54 E. 2 S. 56; 123 I 289 E. 2a S. 293; ASA 63 S. 836 E. 2a). Dieser Mittelpunkt der Lebensinteressen bestimmt sich nach der Gesamtheit der objektiven, äusseren Umstände, aus denen sich diese Interessen erkennen lassen, nicht nach den bloss erklärten Wünschen der steuerpflichtigen Person. Auf die gefühlsmässige Bevorzugung eines Ortes kommt es nicht an; der steuerrechtliche Wohnsitz ist insofern nicht frei wählbar. Dem polizeilichen Domizil, wo die Schriften hinterlegt sind oder wo die politischen Rechte ausgeübt werden, kommt dagegen keine entscheidende Bedeutung zu; das sind bloss äussere Merkmale, die ein Indiz für den steuerrechtlichen Wohnsitz bilden können, wenn auch das übrige Verhalten der Person dafür spricht (statt vieler: BGE 132 I 29 E. 4.1 S. 35 f.). Wenn sich eine Person abwechslungsweise an zwei Orten aufhält, ist für die Bestimmung des steuerrechtlichen Wohnsitzes darauf abzustellen, zu welchem Ort sie die stärkeren Beziehungen unterhält. Bei unselbständig erwerbenden Steuerpflichtigen ist das gewöhnlich der Ort, wo sie für längere oder unbestimmte Zeit Aufenthalt nehmen, um von dort aus der täglichen Arbeit nachzugehen, ist doch der Zweck des Lebensunterhalts dauernder Natur. Die Frage, zu welchem der Aufenthaltsorte die steuerpflichtige Person die stärkeren Beziehungen unterhält, ist jeweils aufgrund der Gesamtheit der Umstände des Einzelfalls zu beurteilen (BGE 132 I 29 E. 4.2 S. 36 f. mit Hinweisen).
Bei verheirateten Personen mit Beziehungen zu mehreren Orten werden die persönlichen und familiären Kontakte zum Ort, wo sich ihre Familie aufhält, als stärker erachtet als diejenigen zum Arbeitsort, wenn sie in nicht leitender Stellung unselbständig erwerbstätig sind und täglich oder an den Wochenenden regelmässig an den Familienort zurückkehren. Demnach unterstehen verheiratete Pendler oder Wochenaufenthalter grundsätzlich ausschliesslich der Steuerhoheit desjenigen Kantons, in dem sich ihre Familie aufhält (BGE 132 I 29 E. 4.2 und 4.3 S. 36 f. mit Hinweisen).
Diese Praxis findet auch auf ledige Personen Anwendung, zählt die Rechtsprechung doch Eltern und Geschwister ebenfalls zur Familie des Steuerpflichtigen. Allerdings werden die Kriterien, nach denen das Bundesgericht entscheidet, wann anstelle des Arbeitsorts der Aufenthaltsort der Familie als Hauptsteuerdomizil anerkannt werden kann, besonders streng gehandhabt; dies folgt aus der Erfahrung, dass die Bindung zur elterlichen Familie regelmässig lockerer ist als diejenige unter Ehegatten. Bei ledigen Steuerpflichtigen ist vermehrt noch als bei verheirateten Personen zu berücksichtigen, ob weitere als nur familiäre Beziehungen zum einen oder anderen Ort ein Übergewicht begründen. Dadurch erhält der Grundsatz, wonach das Hauptsteuerdomizil von Unselbständigerwerbenden am Arbeitsort liegt, grösseres Gewicht: Selbst wenn ledige Steuerpflichtige allwöchentlich zu den Eltern oder Geschwistern zurückkehren, können die Beziehungen zum Arbeitsort überwiegen. Dies kann namentlich dann zutreffen, wenn sie sich am Arbeitsort eine Wohnung eingerichtet haben oder über einen besonderen Freundes- und Bekanntenkreis verfügen. Besonderes Gewicht haben in diesem Zusammenhang auch die Dauer des Arbeitsverhältnisses und das Alter des Steuerpflichtigen (BGE 125 I 54 E. 2b/bb S. 57 mit Hinweisen). Die bundesgerichtliche Praxis geht dabei davon aus, dass die Beziehungen des Steuerpflichtigen zur elterlichen Familie regelmässig nicht mehr so stark sind, wenn der Steuerpflichtige das 30. Altersjahr überschritten hat, oder aber sich seit mehr als fünf Jahren ununterbrochen am selben Arbeitsort aufhält (vgl. Urteil 2P.25/1993 vom 20. Januar 1994 E. 3c, in: ASA 63 S. 836, 842).
2.3 In Bezug auf die Beweisführung sind folgende Grundsätze massgebend: Der Umstand, dass der unverheiratete, im fraglichen Jahr 2007 bereits 58-jährige Steuerpflichtige vom Ort aus, wo er sich während der Woche aufhält, einer unselbständigen Erwerbstätigkeit nachgeht, begründet nach der Rechtsprechung eine natürliche Vermutung, dass der Steuerpflichtige dort sein Hauptsteuerdomizil hat. Diese Vermutung lässt sich entkräften, so wenn er regelmässig, mindestens ein Mal pro Woche, an den Ort zurückkehrt, wo seine Familie lebt, mit welcher er aus bestimmten Gründen besonders eng verbunden ist, und wo er andere persönliche und gesellschaftliche Beziehungen pflegt. Wenn der steuerpflichtigen Person der Nachweis solcher familiärer und gesellschaftlicher Beziehungen am Ort, wo die Familie wohnt, gelingt, obliegt es dem Kanton des Wochenaufenthalts- oder Arbeitsorts nachzuweisen, dass die Person gewichtige wirtschaftliche und allenfalls persönliche Beziehungen zu diesem Ort unterhält (Urteil 2C_748/2008 vom 19. März 2008 E. 3.2 mit Hinweisen; vgl. auch BGE 125 I 54 E. 3a S. 58). Die steuerpflichtige Person ist allerdings verpflichtet, im Rahmen ihrer Mitwirkungspflicht die für einen Nachweis nötigen Informationen und Aufschlüsse zu erteilen (Art. 42 StHG, Art. 126 DBG).
2.4 Aus diesen Grundsätzen ergibt sich zunächst, wie die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat, eine natürliche Vermutung, dass sich das Hauptsteuerdomizil des Beschwerdeführers, der seit 1980 bei einem Arbeitgeber in der Nachbargemeinde C._ tätig ist, in der fraglichen Steuerperiode in B._ befand. Bei dieser Sachlage muss der Beschwerdeführer nachweisen, dass er regelmässig nach A._ zurückkehrt, sowie dass er dort gewichtige persönliche und gesellschaftliche Beziehungen pflegt, welche den Schluss zulassen, er habe dort seinen Lebensmittelpunkt.
2.4.1 Das Verwaltungsgericht hat festgestellt, es sei durchaus glaubhaft und werde von der Vorinstanz nicht in Frage gestellt, dass der Beschwerdeführer seine Wochenenden und übrige Freizeit in A._ verbringe, wo er eine 4-Zimmer-Wohnung mit 940 m2 Umschwung besitze. Im weiteren hat es festgehalten, die Ausführungen in einem Schreiben des Pistolenclubs A._ vom 7. August 2009 seien zwar sehr allgemein gehalten; immerhin gehe daraus hervor, dass der Beschwerdeführer "äusserst aktiv" sei und an den Vereinsanlässen "regelmässig teilnehme". Die Vorinstanz führte sodann aus, die Vereinsaktivitäten und die gesellschaftlichen Beziehungen würden zwar auf eine Verbundenheit des Beschwerdeführers mit A._ schliessen lassen. Mangels Substanziierung besonders enger familiärer Beziehungen zu A._ misslinge dem Beschwerdeführer jedoch die Entkräftung der natürlichen Vermutung zugunsten der zürcherischen Steuerhoheit. Das Verwaltungsgericht begründete dies damit, der Beschwerdeführer habe es unterlassen, eine besonders intensive, über den üblichen Rahmen hinausgehende familiäre Beziehung zu wenigstens einer Schwester zu substanziieren bzw. nachzuweisen. Dass er mit ihr - während der Wochenenden - eine Wohnung teile, sei noch nichts aussergewöhnliches und die Behauptung, dass die Schwester auf die Unterstützung des Beschwerdeführers "in allgemeinen Belangen" angewiesen sei, werde nicht weiter dargelegt.
Die Vorinstanz kam aus diesen Gründen zum Schluss, der Beschwerdeführer habe es versäumt, eine substanziierte Darstellung seiner (familiären) Beziehungen zu A._ zu geben, welche die zugunsten der zürcherischen Steuerhoheit bestehende Vermutung zu entkräften vermochte, weshalb die Beschwerde abzuweisen sei.
2.4.2 Die Vorinstanz verkennt mit ihrem Schluss die Funktion der natürlichen Vermutung. Diese ist ein Element der Beweiswürdigung und nicht eine Beweislastregel (vgl. DANIEL SCHÄR, Grundsätze der Beweislastverteilung im Steuerrecht, 1998, S. 253 f.), welche darüber entscheiden würde, wer die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Bei der natürlichen Vermutung wird aufgrund von Indizien mittels Wahrscheinlichkeitsüberlegungen und aufgrund der Lebenserfahrung auf eine nicht direkt bewiesene Tatsache geschlossen, welche die Behörde als wahr vermuten und ohne weitere Abklärungen ihrem Entscheid zugrunde legen darf. Es geht dabei nicht um die Frage, ob sich eine rechtserhebliche Tatsache verwirklicht hat oder nicht, sondern lediglich darum, ob eine beweismässige Abklärung vorzunehmen ist. Aus diesem Grunde muss die Vermutung bereits dann als entkräftet gelten, wenn der Gegenbeweis erbracht wird (vgl. bereits MAX KUMMER, Berner Kommentar, Einleitung, Artikel 1 bis 10 ZGB, N 363 zu Art. 8 ZGB), d.h. beweismässige Anhaltspunkte erstellt sind, welche begründete Zweifel an der Richtigkeit des Hauptbeweises, also der natürlichen Vermutung, erbringen (vgl. KUMMER, a.a.O. N 107 zu Art. 8 ZGB). Daraus ergibt sich, dass bei Bestehen von Anhaltspunkten, welche gegen die vermutete Tatsache sprechen, diese näher zu prüfen und zu gewichten sind. Es geht dabei darum festzustellen, ob die gegen die natürliche Vermutung vorgebrachten Anhaltspunkte überzeugen und stärker sind als die Vermutung (vgl. noch weitergehend Martin Zweifel/Hugo Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Steuern, 2008, § 14 Rz. 7).
In Bezug auf die Feststellung des Hauptsteuerdomizils ist daher in diesem Zusammenhang zu beachten, dass es darum geht, aufgrund von objektiven, äusseren Umständen auf innere Tatsachen, den Mittelpunkt der Lebensinteressen, zu schliessen. Dabei kann generell kein klarer Beweis geführt werden, sondern es ist aufgrund von Indizien eine Gewichtung vorzunehmen. Die Prüfung darf sich deshalb nicht auf eine schematische oder isolierte Betrachtung einzelner Merkmale beschränken, sondern es ist eine sorgfältige Berücksichtigung und Gewichtung sämtlicher Berufs-, Familien- und Lebensumstände notwendig (vgl. Urteil 2C_646/2007 vom 7. Mai 2008 E. 4.3.3). Betreffend die natürliche Vermutung des Hauptsteuerdomizils einer ledigen Person an dem Ort, an dem sie sich während der Woche aufhält um von dort aus zur Arbeit zu gehen (nachfolgend auch kurz Wochenaufenthaltsort), bedeutet dies, dass die Zerstörung dieser Vermutung nicht den lückenlosen Nachweis klar definierter abweichender Indizien voraussetzt. Zwar ist aus Praktikabilitätsüberlegungen ein gewisser Schematismus im Sinne einer Neigung, bei unklar gebliebenen Verhältnissen zugunsten der Vermutung zu entscheiden, unvermeidlich. Trotzdem muss es genügen, wenn Anhaltspunkte für den Wochenendwohnort in einer Weise nachgewiesen werden, die so gewichtig und überzeugend sind, dass sie geeignet sind, die Domizilvermutung zu entkräften (etwas unklar diesbezüglich wohl die Urteil 2C_809/2008 vom 6. August 2009 E.3.2 und 2C_748/2008 vom 19. März 2009 E. 3.2 sowie weitere dort zitierte Urteile). Dies zeigt sich ohne weiteres, wenn die Situation lediger Steuerpflichtiger betrachtet wird, die keine nahen Familienangehörigen mehr haben. Solche begründen zwar nur ausnahmsweise dort ein Steuerdomizil, wo sie sich in ihrer Freizeit aufhalten, weshalb in einem derartigen Fall vom Kanton, in dem sie ihrer Erwerbstätigkeit nachgehen, nicht verlangt werden kann, das Überwiegen ihrer persönlichen Beziehungen zum Arbeitsort zu beweisen, sondern sie den Nachweis eines vom Arbeitsort abweichenden Lebensmittelpunktes selbst zu erbringen haben (vgl. BGE 125 I 54 E. 3a S. 58). Immerhin ist zu beachten, dass die natürliche Vermutung des Wohnsitzes am Wochenwohnort umso mehr Gewicht erhält, je älter eine Person ist und je länger das Auseinanderfallen von Wochenaufenthaltsort und zweitem Wohnort angedauert hat. So ist bei einem ledigen Fünfzigjährigen, der seit langer Zeit am selben Ort wohnt, von dem aus er der Arbeit nachgeht, ein blosser Wochenaufenthaltsort, wie er vor allem bei Studenten und Stagiaires vorkommt, nur mit grosser Zurückhaltung anzunehmen. Auch in diesem Falle muss es dem Pflichtigen jedoch möglich sein, mittels gewichtiger Indizien die Vermutung des Wohnsitzes am Wochenaufenthaltsort zu entkräften und Indizien für den Wochenendaufenthaltsort in ausreichender Qualität nachzuweisen, so dass in der Folge die Steuerbehörde ihrerseits Umstände, welche für die Annahme des Lebensmittelpunktes am Wochenaufenthaltsort sprechen, aufzuzeigen hat.
Dies übersieht die Vorinstanz wenn sie feststellt, Vereinsaktivitäten und Gesellschaftsaktivitäten liessen zwar auf eine Verbundenheit des Beschwerdeführers mit A._ schliessen, es gelinge ihm aber nicht, die natürliche Vermutung des Wohnsitzes zugunsten der zürcherischen Steuerhoheit umzustossen, weil er keine besonderen familiären Beziehungen nachweise, und darum sei die Beschwerde abzuweisen. Sie hätte bei dieser Sachlage die weiteren Indizien nicht einfach völlig unbeachtet lassen dürfen, sondern hätte diese sorgfältig gewichten müssen. Werden die vorliegenden Sachumstände gewürdigt, so ergibt sich Folgendes: Zwar bekommt - jedenfalls mit der Zeit - der Arbeitsort bzw. der Wochenwohnort eine grössere Bedeutung und die Arbeit als solche macht in aller Regel den grössten Teil des Lebensinhalts aus. Trotzdem ist der Umstand, dass der Beschwerdeführer in A._ einer intensiven Vereinstätigkeit nachgeht und auch dort seinen Freundes- und Kollegenkreis hat, nicht einfach unerheblich, sondern stellt ein Element dar, welches für den Lebensmittelpunkt in A._ spricht. Zu wenig berücksichtigt hat die Vorinstanz im Besonderen auch den Umstand, dass der Beschwerdeführer gemäss ihren eigenen Feststellungen in A._ eine 4-Zimmerwohnung mit 940 m2 Umschwung gemietet hat, währenddem er in B._ lediglich über eine kleine 1-Zimmerwohnung verfügt. Damit liegen mehrere gewichtige Umstände vor, welche den Schluss nahelegen, dass sich der Mittelpunkt der Lebensinteressen des Beschwerdeführers in A._ befindet.
2.4.3 Vorliegend ist weiter zu beachten, dass der Vorinstanz auch bei der Interpretation des von ihr als wesentlich erachteten Sachumstandes der besonderen familiären Beziehungen am Wochenendaufenthaltsort nicht gefolgt werden kann. Sie führt aus, es sei nichts Aussergewöhnliches, wenn der Beschwerdeführer während den Wochenenden mit seiner Schwester eine Wohnung teile. Dem kann nicht zugestimmt werden. Eine derartige Wohnsituation stellt offensichtlich nicht den Regelfall dar, ist doch nicht davon auszugehen, dass üblicherweise Geschwister während vielen Jahren eine Wohnung teilen und dort regelmässig gemeinsam die Wochenenden verbringen. Es ist gemäss den Feststellungen der Vorinstanz auch nicht etwa so, dass die Schwester des Beschwerdeführers diesem mehr oder weniger pro Forma in einer von ihr gemieteten Wohnung ein Zimmer als Absteige zur Verfügung halten würde. Die von der Vorinstanz festgestellten Umstände deuten vielmehr stark darauf hin, dass eben gerade speziell intensive familiäre Beziehungen des Beschwerdeführers zu seiner Schwester vorliegen. Die Bezugnahme der Vorinstanz auf das Urteil 2C_809/2008 vom 6. August 2009 erfolgt in diesem Zusammenhang zu Unrecht, lag doch der Sachverhalt dort in wesentlichen Punkten anders. So hatte der Beschwerdeführer in jenem Fall geltend gemacht, er wohne am Wochenende mit den Eltern in der 21⁄2-Zimmerwohnung, an welcher diese ein lebenslängliches Wohnrecht hatten. Abgesehen davon, dass vorliegend eine 4-Zimmerwohnung, mit Umschwung, Garten und Gartenhaus, in einem ansonsten leer stehenden Haus und damit eine ganz andere Wohnsituation zur Diskussion steht, handelte es sich damals offensichtlich um die häufig anzutreffende Situation, wonach junge Erwachsene während einiger Zeit noch ein gewisses Standbein in der elterlichen Wohnung behalten; in der Regel lassen solche Lebensumstände mangels weiterer Anhaltspunkte nicht darauf schliessen, die Beziehungen zu den Eltern seien weiterhin derart eng, dass sie als bestimmend für die Festlegung des Lebensmittelpunktes bezeichnet werden müssten. Damit ist die Situation des heute 61-jährigen Beschwerdeführers, der seit langem jeweils an den Wochenenden mit seiner Schwester zusammen lebt, nicht zu vergleichen.
2.4.4 Im vorliegenden Fall hat der Beschwerdeführer gemäss verbindlicher Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz demnach mehrere Umstände nachgewiesen, welche deutlich darauf hinweisen, dass sich der Mittelpunkt seiner Lebensinteressen am Ort befindet, wo er seine Wochenenden verbringt. Zusammenfassend ist daher festzustellen, dass der von der Vorinstanz grundsätzlich verbindlich ermittelte Sachverhalt, richtig interpretiert und gewichtet, deutliche Indizien liefert, welche den Schluss zulassen, sein Lebensmittelpunkt befinde sich in A._. Demgegenüber spricht für einen allfälligen Lebensmittelpunkt in B._ einzig, dass er von dort aus seiner Arbeit in C._ nachgeht, wobei zur Gewichtung dieses Umstandes zu berücksichtigen ist, dass sich der Beschwerdeführer durch die Wohnungsnahme in B._ - gemäss seinen unbestrittenen Ausführungen in der Beschwerde an die Vorinstanz - einen Arbeitsweg von rund 2 bis 21⁄2 Stunden pro Weg ersparen konnte. Die Vorinstanz kam demzufolge zu Unrecht zum Schluss, der Mittelpunkt der Lebensinteressen des Beschwerdeführers und damit sein steuerliches Hauptdomizil befinde sich nicht in A._, sondern in B._.
3. Die Beschwerde erweist sich somit als begründet. Es erübrigt sich deshalb, die weiteren Rügen des Beschwerdeführers - namentlich diejenige der Verletzung von Treu und Glauben und des Rückwirkungsverbotes - näher zu prüfen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren zurückzuweisen.
4. Bei diesem Verfahrensausgang werden die bundesgerichtlichen Kosten dem Kanton Zürich, der Vermögensinteressen wahrnimmt, auferlegt (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Dieser hat zudem den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Kanton Zürich wird gutgeheissen, und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. März 2010 wird aufgehoben. Die Sache wird an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kantonalen Steueramt Zürich, der Kantonalen Steuerverwaltung Obwalden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Dezember 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
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