Faits:
A. A la suite d'une procédure de rappel d'impôts, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a reproché à X._, ingénieur architecte actif dans le domaine de l'immobilier, de ne pas avoir déclaré un abandon de créance de 2'130'500 fr. octroyé par la banque A._ dans le cadre d'une opération immobilière menée avec B._ sur la commune de C._ dans le canton de Vaud. L'abandon de créance était soumis à la condition que X._ paie à la banque A._ 50'000 fr. et que B._ paie 250'000 fr. L'opération immobilière ayant entraîné une perte, le canton de Vaud a constaté l'absence de gain immobilier imposable.
Le 5 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a notifié à X._ un bordereau de rappel pour l'impôt cantonal et communal ainsi qu'une amende pour soustraction fiscale. Le prononcé de l'amende a été confirmé par le Tribunal fédéral dans un arrêt du 7 octobre 2010 (2C_336/2010).
Le 5 septembre 2006 également, l'Administration fiscale cantonale a notifié un bordereau de rappel pour l'impôt fédéral direct 2002 de 86'077 fr. 50 plus 8'067 fr. 40 d'intérêts de retard, un bordereau de rappel pour l'impôt fédéral direct 2003 de 71'496 fr. 90 plus 4'198 fr. 45 d'intérêts de retard ainsi qu'une amende de 118'181 fr. réduite à 75 % de l'impôt soustrait, pour tenir compte de la bonne collaboration de l'intéressé ainsi que de celle de son mandataire.
Le 29 septembre 2006, X._ a déposé une réclamation visant uniquement le bordereau d'amende. Le 5 octobre 2006, l'Administration fiscale cantonale a maintenu le bordereau d'amende tel qu'il avait été notifié.
Par décision du 28 mars 2011, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a rejeté le recours de X._ contre la décision sur réclamation du 5 octobre 2006 et confirmé l'amende.
Le 30 mai 2011, X._ a saisi la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) d'un recours contre la décision du 28 mars 2011. L'intéressé a exposé que l'opération s'était soldée par une perte de l'ordre de 4'561'000 fr. A aucun moment il n'avait eu connaissance du fait que l'abandon de créance constituait un revenu imposable. Il s'était fié à l'avis de taxation des autorités vaudoises qui avaient admis que l'opération avait entraîné une perte.
Par arrêt du 21 août 2012, reprenant les considérants développés dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 7 octobre 2010 (2C_336/2010), la Cour de justice a rejeté le recours de X._. En abandonnant une créance hypothécaire de 2'130'000 fr. contre le paiement d'une somme modique de 50'000 fr., l'intéressé pouvait et devait comprendre que la banque renonçait à diminuer son patrimoine. Le fait que le décompte de l'opération immobilière fourni aux autorités fiscales n'ait pas été accompagné d'un compte d'exploitation constituait un indice de sa volonté de cacher au fisc un élément de sa capacité économique et financière. Dans ces circonstances, en s'accommodant d'une éventuelle soustraction fiscale, l'intéressé avait agi à tout le moins par dol éventuel.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, avec suite de dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 21 août 2012 par la Cour de justice et de renvoyer la cause pour nouvelle décision. Il demande au Tribunal fédéral d'accorder l'effet suspensif et de suspendre l'instruction du recours. Il conclut également à ce que le Tribunal fédéral ordonne l'apport de la procédure A/39/2009-ICC. L'intéressé se plaint de la violation des art. 56 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), 175 al. 1 et 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), 1 et 13 al. 1 CP, 29 al. 1 Cst. et 6 par. 2 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101).
Par ordonnance du 12 octobre 2012, le Président de la deuxième Cour de droit public a rejeté la demande de suspension. La demande d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance présidentielle du 6 novembre 2012.
L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours, avec suite d'émolument. Elle fait valoir en substance que conformément au principe de l'harmonisation fiscale, il convient de se référer aux arguments et conclusions du Tribunal fédéral dans l'arrêt du 7 octobre 2010 en relation avec l'impôt cantonal et communal. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux observations de l'Administration fiscale cantonale et conclut au rejet du recours, avec suite de frais. X._ a encore répliqué.
Considérant en droit:
1. Les décisions de dernière instance cantonale supérieure en matière d'amende pour soustraction d'impôt fédéral direct peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). La voie pénale est exclue (art. 182 al. 2 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]).
2. Pour autant qu'on comprenne la demande du recourant s'agissant de l'apport de la procédure A/39/2009-ICC, il convient de la rejeter dans la mesure où, conformément à l'art. 105 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
3. Invoquant l'art. 97 LTF, le recourant s'en prend aux faits retenus dans l'arrêt attaqué.
Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours peut critiquer les contestations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que la partie recourante doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 136 II 508 consid. 1.2 p. 511).
En l'espèce, le recourant conteste avoir soustrait des revenus à la taxation et expose avoir rempli sa déclaration fiscale sans réaliser que l'abandon de créance l'avait enrichi. Ce faisant, le recourant critique en réalité l'appréciation juridique de ces faits. Or, il s'agit d'une question de droit qui sera examinée ci-après (cf. infra consid. 5).
4. Invoquant les art. 29 Cst. et 6 par. 2 CEDH, applicable à la soustraction fiscale en matière d'impôt fédéral direct (ATF 119 Ib 311 consid. 2 p. 314; arrêt 2C_232/2011 du 25 octobre 2011 consid. 2.2), le recourant se plaint de l'interdiction du déni de justice formel, de la violation de la présomption d'innocence et du principe " in dubio pro reo ".
Compte tenu de la nature formelle de ces griefs, qui peuvent entraîner l'annulation de l'arrêt attaqué indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa p. 437 s.; arrêt 8C_118/2011 du 9 novembre 2011 consid. 4.2.1), ceux-ci seront examinés en premier lieu (ATF 137 I 195 consid. 2.2 p. 197). S'agissant de critiques de nature constitutionnelle, le Tribunal fédéral ne vérifiera toutefois que les aspects soulevés par les recourants d'une manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF.
4.1 Le recourant se prévaut d'une violation de l'art. 29 al. 1 Cst. Il soutient que la Cour de justice a commis un déni de justice par son refus de se prononcer sur la question de la quotité de l'amende.
Selon la jurisprudence, commet un déni de justice formel et viole par conséquent l'art. 29 al. 1 Cst. l'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis dans les formes et délais légaux, alors qu'elle était compétente pour le faire (ATF 135 I 6 consid. 2.1 p. 9; 134 I 229 consid. 2.3 p. 232).
En l'espèce, le recourant perd de vue qu'au consid. 5 de l'arrêt attaqué, il est indiqué que, s'agissant de la quotité de l'amende, l'autorité fiscale a tenu compte de manière adéquate de la bonne collaboration de l'intéressé. On peut se demander si le recourant ne se plaint pas en réalité d'un défaut de motivation de l'arrêt attaqué. Dans ce cas, il est douteux que le recours remplisse sur ce point les conditions de l'art. 106 al. 2 LTF. Le grief est de toute façon mal fondé. Il ressort clairement de l'arrêt que la réduction de l'amende aux trois quart du montant de l'impôt soustrait tient compte de la bonne collaboration de l'intéressé. L'explication figure au demeurant dans la décision de l'Administration fiscale cantonale.
4.2 Le recourant reproche à la Cour de justice la violation de la présomption d'innocence ancrée à l'art. 6 par. 2 CEDH. Il voit un " déni de justice formel " dans le fait que " la culpabilité du recourant n'[ait] fait l'objet d'aucune analyse, la Cour de justice se bornant [à faire] un parallèle entre les jurisprudences rendues en matière d'ICC et d'IFD et [de renvoyer] à l'arrêt du Tribunal fédéral du 7 octobre 2010 " (mémoire de recours, p. 19).
Ce grief, pour autant qu'on puisse le comprendre, est manifestement mal fondé. On ne peut reprocher à la Cour de justice d'avoir repris les développements du Tribunal fédéral présentés en relation avec l'impôt cantonal et communal (arrêt 2C_336/2010 consid. 4.2), dès lors que les deux causes sont fondées sur les mêmes faits et posent la même question juridique en relation avec l'art. 12 CP. Dans ces conditions, on voit mal comment la cour aurait pu s'écarter de l'arrêt du Tribunal fédéral.
4.3 Se prévalant de la maxime in " dubio pro reo ", le recourant invoque une violation de l'art. 1 CP. Il fait valoir que les doutes subsistant quant à sa culpabilité devaient conduire les juges cantonaux à retenir la version qui lui est la plus favorable, à savoir qu'il n'a pas soustrait d'impôt, ni intentionnellement, ni par négligence.
Comme règle de l'appréciation des preuves, le principe " in dubio pro reo " interdit au juge de se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé, lorsqu'une appréciation objective des éléments de preuve recueillis laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 41 et les arrêts cités).
Ce grief est manifestement mal fondé. L'arrêt du Tribunal fédéral du 7 octobre 2010, auquel renvoie l'arrêt attaqué, ne laisse en effet subsister aucun doute sur la culpabilité du recourant qui serait susceptible d'entraîner l'application du principe " in dubio pro reo ". Dans ces conditions, la Cour de justice ne saurait se voir reprocher de n'avoir pas retenu une version plus favorable au recourant.
5. Le recourant invoque la violation des art. 175 al. 1 et 2 LIFD.
5.1 D'après l'art. 175 al. 1 LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis: la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (arrêts 2P.241/1998 et 2A.355/1998 du 21 juin 1999 consid. 5cc, in RF 55/2000 p. 122). Sur le plan subjectif, la tentative de soustraction fiscale suppose un agissement intentionnel de l'auteur (arrêt 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.1 et les références). Il faut donc que le contribuable ait agi intentionnellement, soit avec conscience et volonté (cf. art. 12 al. 2 CP, applicable par renvoi combiné des art. 333 al. 1 et 104 CP; [cf. YVAN JEANNERET, in Commentaire romand, Code pénal I, 2009, no 2 ad art. 104 CP]). Le dol éventuel suffit; il suppose que l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode au cas où il se produirait (ATF 130 IV 58 consid. 8.2 p. 61).
En l'espèce, il n'est pas contesté que l'abandon de créance dont a bénéficié le recourant de la part de la banque A._ constitue un revenu imposable au sens des art. 16 et 18 LIFD. Comme dans la procédure 2C_336/2010, le recourant s'en prend uniquement au caractère intentionnel de la soustraction reprochée au recourant.
Dans l'arrêt précité, le Tribunal fédéral a examiné la question en relation avec l'impôt cantonal et communal, sur la base des art. 56 LHID et 12 al. 2 CP. Il a retenu en substance que rompu aux affaires immobilières, le recourant pouvait et devait comprendre qu'en abandonnant une créance hypothécaire de 2'130'000 fr. contre le paiement d'une somme modique de 50'000 fr., la banque renonçait à diminuer son patrimoine d'un tel montant. Le recourant s'était d'ailleurs bien gardé de remettre le détail de l'opération aux autorités fiscales, ce qui constituait un indice de sa volonté de cacher au fisc un élément de sa capacité économique et financière. Dans ces conditions, on pouvait retenir que le recourant s'était accommodé d'une éventuelle soustraction fiscale et, partant, avait agi à tout le moins par dol éventuel (arrêt 2C_336/2010 du 7 octobre 2010 consid. 4.3).
Le principe de l'harmonisation verticale voudrait que l'on adopte la même solution pour l'impôt cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct (cf. arrêts 2C_628/2010 et 2C_645/2010 du 28 juin 2011 consid. 3.3, non publié in ATF 137 II 353; arrêts 2C_898/2011 du 28 mars 2012 consid. 2; 2C_906/2010 du 31 mai 2012 consid. 7.1). Or, en matière d'impôt fédéral direct l'art. 175 LIFD est pratiquement identique à l'art. 56 LHID. L'art. 12 al. 2 CP s'applique au demeurant dans les deux cas. Partant, dans la mesure où les deux affaires portent sur les mêmes faits, sur la base des mêmes règles de droit, il y a lieu de s'en tenir à la solution du Tribunal fédéral telle qu'elle ressort du consid. 4.2 de l'arrêt 2C_336/2010.
Par conséquent, en retenant sur la base de l'arrêt 2C_336/2010 que le comportement du recourant était constitutif d'une soustraction fiscale intentionnelle, à tout le moins par dol éventuel, les juges cantonaux n'ont pas violé l'art. 175 al. 1 LIFD.
5.2 Reste à examiner si, en réduisant l'amende aux trois quarts du montant soustrait, les autorités ont correctement appliqué le droit fédéral.
Selon l'art. 175 al. 2 LIFD, en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée. Il en découle qu'en présence d'une infraction intentionnelle sans circonstances particulières, l'amende équivaut en principe au montant de l'impôt soustrait. Il convient de réduire ce montant lorsque le contribuable a agi par négligence, celle-ci devant être considérée comme un cas de faute légère au sens de l'art. 175 LIFD (DIANE MONTI, Les contraventions fiscales en droit fiscal harmonisé, 2001, p. 70). Dans la mesure où elles respectent le cadre légal, les autorités fiscales cantonales disposent d'un large pouvoir d'appréciation lors de la fixation de l'amende, de sorte que le Tribunal fédéral n'intervient qu'en cas d'abus ou d'excès de celui-ci (ATF 114 Ib 27; arrêt 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 6.2).
En l'espèce, les juges cantonaux n'ont pas admis l'existence d'une infraction par négligence. Toutefois, pour confirmer la réduction aux trois quarts du montant de l'impôt soustrait retenue par l'autorité fiscale, la cour cantonale a tenu compte de la bonne collaboration du recourant. Il s'ensuit que la Cour de justice a correctement appliqué l'art. 175 al. 2 LIFD.
6. Invoquant l'art. 13 al. 1 CP, selon lequel quiconque agit sous l'influence d'une appréciation erronée des faits est jugé d'après cette appréciation si elle lui est favorable, le recourant soutient qu'il a déclaré l'opération immobilière de C._ comme une perte et non comme un revenu imposable. Il aurait fait cette déclaration en raison de son appréciation erronée de la situation, accentuée par les dires de son comptable et par l'avis de taxation des autorités fiscales vaudoises qui ont écrit que " cette vente ne donne pas lieu à imposition " (mémoire de recours, p. 18).
En tant qu'il se fonde sur des faits s'écartant de ceux retenus dans l'arrêt attaqué, le grief est en partie irrecevable. Il doit être rejeté pour le surplus dans la mesure où le caractère imposable de l'abandon de créance est une question de droit et non de fait. Enfin, le recourant ne peut rien tirer de la position des autorités fiscales vaudoises qui ne se sont prononcées que sur la " vente " (sic) et non pas sur un éventuel abandon de créance. Le grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
7. En tous points mal fondé, le recours doit être rejeté. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 15 mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: McGregor