Faits:
A. X._ SA (ci-après: X._ ou la société), sise à A._, a pour but le commerce en tous pays, l'import-export de fruits et légumes frais et secs, primeurs et autres denrées alimentaires, ainsi que des produits du sol. Selon l'acte constitutif du 11 juillet 2001, B._, C._, tous deux domiciliés en Italie, et D._, domicilié à Genève, détiennent chacun, à titre fiduciaire, respectivement 249, 249 et 2 actions constituant le capital-actions de 500'000 fr. de la société. E._, domiciliée au Tessin, était l'administratrice de la société durant les années en cause.
F._ AG est une société qui a son siège à Vaduz et avait également, au moment des faits, E._ comme membre du conseil d'administration. Cette personne était encore présidente du conseil d'administration de G._ SA, sise à Lugano, fiduciaire de F._ AG.
Le 23 juillet 2001, X._ a conclu, avec F._ AG, un contrat selon lequel F._ AG devait acheter sur le marché italien, pour le compte de X._, des fruits et légumes moyennant une commission. Cette commission comprenait l'ensemble des frais pour l'organisation du travail, les coûts de transport depuis l'entrepôt jusqu'au lieu de destination désigné, de même que les frais pour d'éventuels contacts commerciaux résultant de l'exécution du contrat. F._ AG s'approvisionnait en fruits et légumes chez H._ & C. Srl (ci-après: H._), société italienne active sur la marché de gros de Milan.
L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a ouvert une procédure en rappel d'impôt à l'encontre de X._ pour les périodes fiscales 2001 et 2002. Elle a alors requis différentes pièces de la société. Le 29 mars 2006, l'Administration fiscale a fait parvenir deux bordereaux à l'intéressée pour l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital 2001 et 2002. Le premier fixait l'impôt total 2001 à 104'219.60 fr. sur la base d'un bénéfice imposable de 442'726 fr., soit un bénéfice supplémentaire de 434'990 fr., et d'un capital imposable de 1'537'752 fr. Le second arrêtait l'impôt total 2002 à 98'329.30 fr. sur la base d'un bénéfice imposable de 402'612 fr., soit un bénéfice supplémentaire de 410'393 fr., et d'un capital imposable de 1'475'728 fr. Une amende de 191'751 fr., représentant le montant total d'impôt éludé, a été mise à la charge de la société.
Les reprises effectuées correspondaient aux factures que F._ AG avait adressées à X._ pour les frais de transport de la marchandise de Milan à Genève, le fisc considérant que ces frais n'étaient pas justifiés commercialement.
Par décision du 11 septembre 2006, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation de X._. Elle a estimé que les factures en cause passées comme charges par la société n'étaient pas justifiées par l'usage commercial, compte tenu, d'une part, de l'absence de force probante des pièces justificatives produites et, d'autre part, du fait que les indices réunis laissaient penser que F._ AG était une société écran permettant de distribuer des bénéfices aux actionnaires en franchise d'impôt. L'Administration fiscale a retenu que les factures pour la vente de fruits et légumes émises par H._, adressées à X._ et comptabilisées par cette société comme charges, mentionnaient le terme "franco arrivo" et Genève comme lieu de destination, ce qui signifiait que les frais de transports jusqu'à cette ville étaient inclus dans les factures. De plus, la TVA à l'importation, dont la base de calcul inclut les frais de transports, avait été calculée sur le montant total des factures de H._, ce qui laissait à penser que les factures de H._ comprenaient le coût du transport. En outre, cette TVA n'avait pas été prélevée sur la base des factures de F._ AG. Afin de prouver que F._ AG supportait initialement les frais de transport qu'elle rechargeait par la suite à X._, cette société avait fourni un contrat de transport du 14 février 2000 entre F._ AG et une société italienne, K._ Srl, société qui était chargée d'effectuer les livraisons de marchandises à X._. L'Administration fiscale a conclu que l'authenticité de ce contrat était douteuse et qu'il n'était dès lors pas concluant. D'ailleurs, aucune facture entre F._ AG et K._ Srl n'avait été produite. Rien n'excluait que K._ Srl effectuât le transport, non pas pour F._ AG, mais pour H._. En outre, X._ traitait directement avec la société de transport sans passer par F._ AG. Aucun élément ne démontrait que F._ AG exerçait une activité réelle. De plus, cette société était sise au Liechtenstein. Un autre fait confirmait que les frais de transport facturés par F._ AG constituaient des prestations appréciables en argent: L._, membre de la famille de C._, actionnaire de X._, était l'ayant droit économique du compte bancaire ouvert au nom de F._ AG et sur lequel certaines factures litigieuses avaient été payées. L._ participait également à la gestion de X._ et une partie de ses frais était prise en charge par cette société. Il était domicilié à la même adresse que C._ à Milan. Le fisc retenait encore, notamment, qu'E._ apparaissait comme administratrice de X._, F._ AG, et G._ SA, fiduciaire de F._ AG et que X._ avait effectué un versement à G._ SA sans mentionner F._ AG. Ainsi, ces sociétés avaient des liens entre elles alors qu'elles étaient censées être indépendantes, tant juridiquement qu'économiquement, les unes des autres.
La Commission cantonale de recours en matière administrative du canton de Genève a rejeté le recours de X._, le 5 février 2009.
B. Par arrêt du 16 novembre 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève (depuis le 1er janvier 2011: la Chambre administrative de la Cour de justice, ci-après: la Cour de justice) a également rejeté le recours de l'intéressée. Elle a en substance retenu que des frais de transport avaient été comptabilisés à double. Elle a relevé, à cet égard, que figurent sur les factures de H._ le lieu de départ (Milano Ortomercato) de la marchandise, le lieu d'arrivée (Genève), ainsi que le transporteur, soit K._ Srl, et a estimé que ces mentions n'auraient aucune raison d'être si H._ ne s'occupait de la livraison que jusqu'au quai de chargement de la marchandise sur le marché de Milan, comme le prétendait X._. Il était dès lors inutile de statuer sur la "controverse" relative au terme "franco arrivo". Après avoir repris les autres éléments mis en évidence par l'Administration fiscale, la Cour de Justice concluait que des prestations, qui n'auraient pas été octroyées à un tiers, avaient été accordées à un proche de l'actionnaire de X._. Elles constituaient donc des prestations appréciables en argent. Finalement, les conditions de la soustraction d'impôt étaient remplies et l'amende était proportionnée.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt attaqué, d'ordonner à l'Administration fiscale d'annuler les bordereaux de rappel d'impôt du 29 mars 2006 fixant l'impôt cantonal et communal à 104'219.60 fr. pour 2001 et à 100'758 fr. pour 2002, ainsi que l'amende du 29 mars 2006 d'un montant de 191'751 fr. Elle invoque une appréciation arbitraire des faits, ainsi qu'une application arbitraire du droit fiscal cantonal.
L'Administration fiscale cantonale, ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
Par ordonnance du 4 février 2011, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué porte sur des montants comptabilisés à titre de charges et donc sur la détermination du bénéfice imposable. L'art. 24 al. 1 let. a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi fédérale sur l'harmonisation; RS 642.14) traite du bénéfice net soumis à l'impôt sur le bénéfice qui comprend les charges non justifiées par l'usage commercial. Cette disposition figurant au titre 3 chapitre 2 de ladite loi, et le litige portant sur les périodes fiscales 2001 et 2002 (ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591), la voie du recours en matière de droit public est ouverte en vertu de l'art. 73 al. 1 LHID (sur le rapport entre cette disposition et la loi sur le Tribunal fédéral, cf. ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 189). Selon l'art. 57 bis LHID, cette voie est également ouverte en ce qui concerne l'amende infligée pour soustraction d'impôt.
2. 2.1 D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Selon l'art. 106 al. 2 LTF, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de dispositions de droit cantonal que si ces griefs ont été soulevés et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.).
2.2 Aux termes de l'art. 97 al. 1 LTF, le recourant ne peut critiquer les constatations des faits que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF qui autorise également le Tribunal fédéral à compléter ou rectifier d'office l'état de fait à ces conditions) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le grief tiré de la constatation manifestement inexacte d'un fait au sens de l'art. 97 al. 1 LTF revient à démontrer que celui-ci a été établi de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450). Le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits doit être articulé conformément aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104; 135 III 397 consid 1.4 et 1.5 p. 400; 133 II 249 consid. 1.4 p. 254/255).
L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore lorsque le juge a interprété les pièces du dossier de manière insoutenable, a méconnu des preuves pertinentes ou s'est fondé exclusivement sur une partie des moyens de preuve (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4, 134 I 140 consid. 5.4 p. 145; 120 Ia 31 consid. 4b p. 40). Une jurisprudence constante reconnaît au juge du fait un large pouvoir d'appréciation en ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les références citées).
3. 3.1 La recourante se plaint d'une constatation des faits et d'une appréciation des preuves arbitraires. Elle reproche à la Cour de justice d'avoir admis le bien-fondé du rappel d'impôt sans avoir défini le terme "franco arrivo" mentionné sur les factures de H._ à son intention. Selon la recourante, ce terme signifierait que H._ se chargeait du transport de la marchandise depuis son point de vente sur le marché de gros à Milan jusqu'au quai de chargement des camions, à l'extérieur de ce marché. Les factures de H._ ne comprendraient donc pas les frais de transport jusqu'à Genève. Dès lors, les factures de F._ AG à X._ portant sur le transport des biens de Milan à Genève ne se recouperaient pas avec celles de H._ et constitueraient des charges réelles.
3.2 Il n'est pas certain que l'argumentation de la recourante soit recevable car elle apparaît comme étant essentiellement appellatoire. Cette question peut toutefois rester ouverte car le grief doit de toute façon être rejeté.
Contrairement à ce qu'affirme la recourante, ce n'est pas, en réalité, la signification du terme "franco arrivo" qui pose problème. Cette clause contractuelle n'a pas une définition variable selon les contrats. Il s'agit, en effet, d'un Incoterm qui, comme le relève la recourante elle-même (recours p. 8), signifie que le vendeur assume les frais de transport de la livraison des biens et les risques y relatifs jusqu'à leur destination. En l'espèce, ces frais sont donc initialement à la charge de H._ qui les facture par la suite à la recourante. Celle-ci prétend par contre que cette livraison "franco arrivo" ne se faisait que jusque sur le quai de chargement à Milan, alors que la Cour de Justice a retenu qu'elle se faisait jusqu'à Genève. L'intéressée se base pour cela sur une lettre de H._. Cette lettre fait une distinction entre les termes "franco arrivo" et "franco destino". Le premier signifierait que les frais de livraison sont à la charge du vendeur jusqu'au quai de chargement sur le camion et le second jusqu'au domicile de l'acheteur. La recourante invoque encore le "Regolamento del Mercato Ortofrutticolo all'ingrosso di Milano". L'explication contenue dans la lettre de H._ est confuse et peu convaincante. Ce d'autant plus que les termes "franco arrivo" et "franco destino" paraissent plutôt être des synonymes (cf. http://www.ilglossariodellalogistica.it). Quant au règlement susmentionné, il ne prouve en rien que, en l'espèce, la livraison "franco arrivo" était entendue uniquement jusqu'au quai de chargement des camions. Si tel était le cas, on ne s'explique alors pas pourquoi les factures de H._ à X._ indiquait, outre "Milano Ortomercato" comme lieu de départ de la marchandise, "Genève" comme destination et non les quais de chargement.
Sans compter que les factures de H._ sont libellées en francs suisses. Or, on ne voit pas pour quelle raison, un commerçant italien qui livrerait sa marchandise en Italie établirait ses factures dans cette monnaie.
De plus, est aussi un indice que les frais de transport jusqu'à Genève sont inclus dans les factures de H._, le fait que la TVA à l'importation - due sur la contre-prestation y compris les frais de transport - est calculée sur les montants mentionnés sur les factures de H._ et que, par contre, elle ne l'est pas sur les factures de F._ AG.
Compte tenu de ces éléments, en retenant que les factures de H._ comprennent les frais de transport jusqu'à Genève, la Cour de Justice n'est pas tombée dans l'arbitraire et le grief doit être rejeté.
3.3 La recourante, à nouveau dans une argumentation essentiellement appellatoire, prétend que c'est à tort, et en renversant le fardeau de la preuve, que la Cour de Justice a retenu que F._ AG ne déployait pas une activité réelle.
L'autorité précédente a toutefois tenu compte de toutes les pièces du dossier, dont le contrat entre la recourante et F._ AG. Elle a estimé que ce document, ainsi que les quelques pièces censées prouver que F._ AG avait d'autres clients que la recourante, ne suffisaient pas à prouver qu'une activité était réellement exercée. Au regard des éléments énoncés dans la partie "Faits" ci-dessus et que la recourante ne conteste pas - dont les liens entre les différentes sociétés en cause, l'implication de L._ dans la gestion de la recourante et le fait qu'il est l'ayant-droit économique d'un compte bancaire ouvert au nom de F._ AG -, ajouté au constat que cette société facturait à double des frais à la recourante, on ne peut reprocher à l'autorité précédente d'avoir interprété les pièces de façon manifestement insoutenable en n'excluant pas que F._ AG était une société dont l'existence n'était pas justifiée du point de vue commercial et économique. Le grief doit, dès lors, également être rejeté.
4. 4.1 La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 12 let. g et h de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (ci-après: LIPM), ainsi que de l'art. 69 al. 1 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (ci-après: LPFisc).
L'intéressée ne mentionne l'arbitraire que dans le titre de ses deux griefs. Elle ne reprend pas cette notion, pas plus qu'elle ne cite l'art. 9 Cst., dans son argumentation et ne tente pas de démontrer en quoi l'application du droit cantonal par la Cour de Justice serait arbitraire. Elle reprend la jurisprudence en matière de prestations appréciables en argent et de divers principes applicables en droit fiscal pour conclure que, dans son cas, les charges en cause sont justifiées par l'usage commercial et que l'amende est infondée. La recourante se contente ainsi de critiquer la décision attaquée comme elle le ferait en instance d'appel. Partant ses griefs ne répondent pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf., à cet égard, ATF 136 I 65 consid. 1.3.1 p. 68; 135 I 313 consid. 1.3 p. 316; 135 V 94 consid. 1 p. 95) et ils sont irrecevables.
4.2 La détermination du bénéfice imposable (art. 24 LHID et cf. consid. 5) et l'amende pour soustraction d'impôt (art. 56 LHID et cf. consid. 6) font toutefois partie du droit harmonisé. Le Tribunal fédéral entrera dès lors en matière.
5. 5.1 Selon l'art. 24 al. 1 lettre a LHID, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial portées au débit du compte de résultat.
L'art. 12 let. a et h LIPM prévoit que sont considérés comme bénéfice net imposable le bénéfice net tel qu'il résulte du compte de profits et pertes, ainsi que les allocations volontaires à des tiers et les prestations de toute nature fournies gratuitement à des tiers ou à des actionnaires de la société.
Bien qu'elles ne le mentionnent pas expressément, les deux dispositions susmentionnées visent notamment les distributions dissimulées de bénéfice (RDAF 2009 II 522 = RF 64/2009 810, 2C_895/2008; RDAF 2008 II 216 consid. 5.1, 2C_188/2008 et les références doctrinales citées), soit des prélèvements qui ne sont pas conformes au droit commercial et qui doivent donc être réintégrés au bénéfice imposable. Ainsi, même s'il est rédigé différemment de l'art. 24 al. 1 lettre a LHID, l'art. 12 let. h LIPM est conforme à cette disposition.
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607) et que les organes de la société auraient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; 115 Ib 274 consid. 9b p. 279 et la jurisprudence citée). Des exigences particulièrement sévères doivent être posées lorsque des relations juridiques internationales sont en cause, car, dans ce cas, les rapports avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités locales (Archives 68 p. 246 consid. 3c et 65 p. 401 consid. 2b i.f.; voir aussi arrêts 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2 et 2e partie du consid. 3.5 sous "Impôts communal et cantonal" et 2C_377/2009 du 9 septembre 2009 consid. 2.3 en matière d'impôt anticipé).
5.2 La maxime d'office régissant la détermination de la dette fiscale est applicable aux impôts cantonaux et communaux (art. 46 LHID et 36 LPFisc ) de sorte que les autorités compétentes peuvent entreprendre toutes les investigations nécessaires à la détermination de l'impôt. Dans ce domaine, selon les règles générales relatives au fardeau de la preuve, si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés, il appartient au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; R/F 64/2009 p. 834, 2C_76/2009; RDAF 2009 II 560, 2C_199/2009 et les références doctrinales citées). Il en va de même lorsqu'une prestation en argent présente un caractère insolite; le contribuable est alors tenu de prouver que la prestation en cause est justifiée par l'usage commercial (ATF 119 Ib 431 consid. 2c p. 435). Les autorités doivent en effet pouvoir s'assurer que seules des raisons commerciales, et non les rapports personnels et économiques étroits entre la société et le bénéficiaire de la prestation, étaient déterminantes pour le choix de la prestation présentant un caractère insolite (R/F 64/2009 p. 834, 2C_76/2009; RDAF 2009 II 560, 2C_199/2009 et les arrêts cités).
5.3 A l'instar de la Cour de Justice, on ne peut que conclure qu'un faisceau d'indices indique qu'il y a eu distribution dissimulée de bénéfice. Comme on l'a vu ci-dessus, le prix du transport jusqu'à Genève était, dans un premier temps supporté par H._ qui l'incluait par la suite dans ses factures à l'endroit de la recourante. A cet égard, la force probante du contrat de transport passé entre F._ AG et K._ Srl, document qui justifierait les factures de F._ AG relatives aux frais de transport de la marchandise achetée à Milan, est faible. Il apparait étrange que ce document, envoyé par télécopie, mentionne comme entête de transmission "H._ Exp. Imp.", alors que cette société n'est nullement censée être concernée par le contrat en cause. En outre, à l'endroit où est apposée la signature du représentant de K._ srl, la raison sociale apparaît sans raison deux fois dans deux polices différentes et chaque fois orthographiée différemment. Ces faits font douter de l'authenticité de ce contrat et, comme le relève le fisc, rien n'exclut que le contrat de transport n'ait pas été plutôt passé entre K._ srl et H._; ce d'autant plus qu'aucune facture de K._ srl à F._ AG relative aux frais de transport n'a été fournie. Alors que les frais de transport de la marchandise étaient inclus dans les factures de H._ (cf. consid. 3.2), la recourante en a aussi payés à F._ AG. Une telle opération n'aurait jamais eu lieu si les deux sociétés n'étaient pas apparentées. Tel est d'ailleurs le cas. L'ayant-droit économique du compte bancaire de F._ AG, sur lequel certaines factures étaient payées par la recourante, est L._. Or, cette personne est domiciliée à la même adresse à Milan que C._, actionnaire de la recourante. En outre, l'arrêt attaqué retient, sans que la recourante ne le conteste, que L._ participe à la gestion de la recourante, alors qu'il n'est ni actionnaire ni salarié de celle-ci, et que certains de ses frais (hôtels et restaurants à Genève, débours, etc.) ont été pris en charge par celle-ci. Les liens en cause dépassent donc ceux d'une simple relation commerciale, tout en rappelant que c'est la comptabilité déficiente de la recourante qui a été retenue, en premier lieu, par la Cour de Justice.
La recourante reproche à l'autorité précédente de s'être "focalisée sur la question du transport, alors qu'en réalité les factures de F._ AG incluent également ses prestations d'acheteurs sur le marché milanais". Elle oublie que les factures de F._ AG, si elles sont bien intitulées "Commission et frais expédition de Milan", ne détaillent pas entre ces deux types de charge et que la recourante n'a pas été en mesure de fournir des factures de F._ AG séparant les frais de transport des commissions. La recourante est, dès lors, malvenue de se plaindre du fait que l'autorité précédente n'a pas fait mention des commissions.
Compte tenu des éléments qui précèdent, la Cour de Justice n'a pas violé la loi sur l'harmonisation en considérant que les factures de F._ AG comptabilisées comme charges par la recourante étaient des distributions dissimulées de bénéfice. C'est à bon droit qu'elle a, dès lors, refusé leur déduction.
6. 6.1 Conformément à l'art. 56 al. 1 LHID, l'art. 69 LPFIsc prévoit que le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1). En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2).
6.2 Seul le principe de l'amende est contesté. Or, comme examiné ci-dessus, la recourante a volontairement déduit de son chiffre d'affaires des frais de transport à double. L'amende infligée en raison du caractère incomplet de la taxation fondée sur la comptabilité déficiente de la recourante est donc conforme au droit cantonal harmonisé. Le montant de l'amende n'est pas attaqué et ce à raison. L'article susmentionné prévoit à son alinéa 2 qu'en règle générale l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Tel est le cas en l'espèce, l'amende étant de 191'751.- fr. pour les périodes fiscales 2001 et 2002.
7. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000.- fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice, Chambre administrative 2ème Section, du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 31 mai 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Zünd Kurtoglu-Jolidon