Faits:
A. Depuis 1971, X._ loue un appartement de deux pièces appartenant à Y._. Par formule officielle du 5 octobre 2005, la bailleresse a notifié au locataire la résiliation de son bail pour le 31 mars 2006.
B. Par lettre du 13 octobre 2005, le locataire a saisi la Commission de conciliation en matière d'abus dans le secteur locatif du district de la Sarine aux fins de « connaître les raisons de la résiliation de [son] bail pour le 31 mars 2006 et cela conformément à l'art. 273 du CO ». Il précisait savoir qu'il aurait le « droit de demander une prolongation du bail, selon les art. 272-273 du CO », mais que ses « relations avec le voisinage [étaient] trop détériorées pour rester » dans l'immeuble et que son « seul désir » était de « quitter cet endroit au plus vite ». Il s'inquiétait en outre de savoir s'il avait, le cas échéant, le droit de quitter son appartement avant le 31 mars 2006.
Lors de la séance de conciliation du 23 novembre 2005, le locataire a déclaré avoir changé d'avis et a requis l'annulation de la résiliation de son bail ou, à défaut, sa prolongation pour la durée maximale. Par décision du même jour, la Commission de conciliation a rejeté la requête en annulation et prolongé le bail jusqu'au 31 mars 2007.
Le 27 mars 2006, le locataire a saisi le Tribunal des baux de la Sarine, concluant à l'annulation du congé. Ayant ensuite mandaté un avocat, il a déposé un mémoire complémentaire du 12 avril 2006 dans lequel il a demandé, outre l'annulation du congé, à ce qu'une isolation phonique soit posée dans son appartement, à ce qu'un avertissement soit donné au concierge de l'immeuble ainsi qu'à un autre locataire et à ce que ceux-ci soient invités à ne plus l'importuner, enfin à ce que son loyer mensuel soit réduit de 200 fr. rétroactivement et jusqu'à ce que ces mesures aient été prises. Dans un mémoire complémentaire du 18 janvier 2007, le locataire a encore amplifié ses conclusions, ajoutant de nouvelles prétentions en termes de travaux à réaliser et de réduction de loyer qu'il consignait d'ailleurs à partir du mois de janvier 2007.
Par jugement du 22 mars 2007, le Tribunal des baux a déclaré la demande irrecevable. En résumé, il a considéré que le locataire avait expressément renoncé à contester la résiliation du bail ou à réclamer sa prolongation dans la lettre du 13 octobre 2005 par laquelle il avait saisi la Commission de conciliation, et que la demande d'annulation du congé et de prolongation de bail, présentée le 23 novembre 2005 en audience de conciliation, était tardive car faite après l'échéance du délai légal de trente jours. Il a aussi jugé que les autres conclusions étaient irrecevables au motif qu'elles n'avaient pas fait l'objet de la procédure devant la Commission de conciliation et n'avaient aucune connexité avec la demande initiale tendant à connaître la motivation du congé.
Par arrêt du 11 février 2008, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a rejeté le recours du locataire et confirmé le jugement du 22 mars 2007.
C. Le locataire (le recourant) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant, avec suite de dépens, à ce que l'arrêt du 11 février 2008 soit annulé, à ce que sa demande du 27 mars 2006, complétée les 12 avril 2006 et 18 janvier 2007, soit déclarée recevable et à ce que la cause soit renvoyée au Tribunal cantonal afin qu'il statue sur les dépens, puis au Tribunal des baux pour qu'il statue sur le fond de la demande. Il a également demandé l'effet suspensif au recours, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 8 mai 2008. La bailleresse (l'intimée) a proposé le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint d'une violation de l'art. 273 al. 1 et de l'art. 274d al. 1 CO, que l'autorité cantonale aurait commise en déclarant la contestation du congé tardive.
1.1 Selon l'art. 273 al. 1 CO, la partie au contrat de bail qui veut contester le congé doit saisir l'autorité de conciliation dans les trente jours qui suivent la réception du congé. Le droit fédéral est déterminant pour fixer le point de départ et calculer ce délai (cf. ATF 123 III 67 consid. 2a).
L'art. 274d al. 1 et 3 CO fait obligation aux cantons de prévoir, pour les litiges portant notamment sur les baux d'habitation, une procédure simple et rapide dans laquelle l'autorité de conciliation et le juge établissent d'office les faits et apprécient librement les preuves. La procédure est régie par une maxime d'office qualifiée de sociale. Celle-ci ne porte toutefois que sur l'établissement des faits et l'appréciation des preuves; elle laisse aux parties la libre disposition du litige. Cela signifie que l'autorité de conciliation et le juge sont liés par les conclusions des parties et ne peuvent pas aller au-delà (cf. ATF 122 III 20 consid. 4d). Certes, lorsqu'ils rejettent une requête en annulation du congé introduite par le locataire, ils examinent d'office si le bail peut être prolongé (art. 274e al. 3 CO); il s'agit d'une concrétisation de l'adage « qui peut le plus peut le moins ». En revanche, la solution inverse n'a pas été prévue par la loi et serait contraire au principe de la libre disposition du litige; par conséquent, l'autorité devant laquelle seule la question de la prolongation du bail a été invoquée ne peut spontanément se prononcer sur l'annulation du congé. D'une manière plus générale, le locataire doit exprimer son intention de contester le congé; à défaut, l'autorité de conciliation et le juge ne peuvent pas entrer en matière sur la question de la validité (cf. arrêt 4C.417/1999 du 18 février 2000, reproduit in Cahiers du bail [CdB] 2001 p. 65, consid. 5a, et les références doctrinales citées).
1.2 En l'espèce, le congé a été notifié le 5 octobre 2005, le recourant a saisi la Commission de conciliation par lettre du 13 octobre 2005 et la séance de conciliation a eu lieu le 23 novembre 2005. A cette dernière date, le délai de trente jours à compter de la réception du congé était échu; le recourant ne le conteste d'ailleurs pas. En conséquence, il était trop tard pour contester le congé à ce moment-là. Il s'ensuit que la demande en annulation du congé n'est recevable que si le recourant a déjà contesté le congé dans sa lettre du 13 octobre 2005.
La cour cantonale a considéré que tel n'était pas le cas. Cette appréciation ne prête pas le flanc à la critique. Dans la lettre du 13 octobre 2005, le recourant ne dit d'aucune manière qu'il conteste le congé ou la fin du bail; il précise au contraire ne plus vouloir rester dans l'immeuble à cause des relations détériorées avec ses voisins, qu'il explicite dans le détail, et il termine en disant que son seul désir est de quitter l'appartement au plus vite. On ne saurait y voir une volonté implicite du recourant de contester le congé, et cela même s'il estimait être victime d'une injustice et détaillait ses griefs. On ne saurait même pas y déceler un motif pour concevoir un doute, si bien qu'il n'y avait pas matière à faire préciser ce point. Enfin, que les faits allégués soient susceptibles de mettre en cause la validité du congé, comme le soutient le recourant, est sans pertinence dès lors que cette validité n'a pas été mise en cause à temps. Le recourant a clairement exprimé la volonté de quitter l'appartement au plus tôt, le cas échéant avant la fin du bail; cela ne se concilie pas avec une contestation du congé qui sous-entend en soi la volonté de continuer à occuper l'appartement loué au-delà de la date pour laquelle le congé a été donné.
2. Le recourant se plaint d'une violation de l'art. 274a al. 1 let. b CO en relation avec l'irrecevabilité de ses autres conclusions portant sur des défauts du logement et sur la réduction du loyer. Il soutient qu'elles constituent le second volet du litige portant sur la résiliation qui a été valablement soumis à l'autorité de conciliation. Il en déduit qu'il n'était pas nécessaire, encore moins utile, de porter devant l'autorité de conciliation ces nouvelles prétentions survenues dans le cadre du même litige.
Il n'y a pas lieu d'examiner cette objection plus avant, dès lors que sa prémisse, soit le fait que la question du congé a été soumise à l'autorité de conciliation, fait défaut. Pour le surplus, le recourant admet que ces autres conclusions n'ont pas été soumises à cette autorité. C'est à bon droit que ces conclusions ont été déclarées irrecevables.
3. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours selon la procédure prévue à l'art. 109 al. 2 let. a LTF.
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens seront mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 4'000 fr., à verser à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 22 mai 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz