Sachverhalt:
A. Im Oktober/November 2012 musste sich X._, geb. 1940, der standardmässigen vertrauensärztlichen Kontrolluntersuchung für über 70-jährige Inhaber von Führerausweisen unterziehen. Mit Schreiben vom 6. November 2012 empfahl sein Hausarzt in Absprache mit dem Augenarzt dem Departement des Innern, Motorfahrzeugkontrolle, des Kantons Solothurn "aufgrund der grenzwertigen und schwankenden Befunden des Visus zur Klärung der Fahrtauglichkeit" die Durchführung einer Kontrollfahrt. Am 16. November 2012 ordnete die Motorfahrzeukontrolle eine solche Kontrollfahrt an und bot X._ auf den 22. November 2012 dazu auf. Der Experte brach, aufgrund verschiedener festgestellter Mängel beim Fahrverhalten und bei den Kenntnissen der Verkehrsregeln, die Kontrollfahrt vorzeitig ab, womit diese als nicht bestanden gewertet wurde. Noch am gleichen Tag verfügte die Motorfahrzeugkontrolle den vorsorglichen Entzug des Führerausweises von X._ für alle Kategorien.
B. Mit Urteil vom 8. Februar 2013 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn eine dagegen erhobene Beschwerde ab.
C. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit dem Antrag, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben; überdies ersucht er um Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege. Zur Begründung wird im Wesentlichen die unrichtige Feststellung des Sachverhalts und die falsche Würdigung der vorhandenen Beweismittel sowie die Verletzung des Strassenverkehrsrechts sowie des Willkürverbots (Art. 9 BV) und der Menschenrechtskonvention (Art. 6 und 14 EMRK) geltend gemacht.
D. Die Motorfahrzeugkontrolle und das Bundesamt für Strassen ASTRA schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht stellt den Antrag, diese abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Weitere Rechtsschriften gingen beim Bundesgericht nicht ein.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht grundsätzlich auch auf dem Gebiet des Strassenverkehrsrechts zur Verfügung. Der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. o BGG, der für Entscheide von Typengenehmigungen von Fahrzeugen im Bereich des Strassenverkehrsrechts gilt, ist hier nicht massgeblich.
1.2 Von der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausgenommen sind allerdings Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen (Art. 83 lit. t BGG). Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens (BGE 134 II 192 E. 1.3; 133 III 645 E. 2.2. S. 647) ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid über den vorsorglichen Führerausweisentzug ausgeschlossen, weil sie nach Art. 83 lit. t BGG auch zur Anfechtung der Hauptsache - dem Entscheid über das Ergebnis der Kontrollfahrt - nicht zur Verfügung steht (BGE 138 II 501 E. 1.1 S. 503; 136 II 61). Daran ändert auch nichts, wenn im Kanton allenfalls über den vorsorglichen und den definitiven Ausweisentzug formell in verschiedenen Verfahren mit unterschiedlichem Rechtsmittelzug entschieden wird. Die Beschwerde kann somit einzig als subsidiäre Verfassungsbeschwerde nach Art. 113 BGG entgegengenommen werden, sofern die Sachurteilsvoraussetzungen dieses Rechtsmittels erfüllt sind (BGE 138 II 501 E. 1.1 S. 503).
1.3 Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens ist einzig der vorsorgliche Führerausweisentzug. Die Kontrollfahrt wie auch deren Ergebnis hätte der Beschwerdeführer, worauf er mit entsprechender Rechtsmittelbelehrung auch hingewiesen worden war, separat beim Departement des Innern des Kantons Solothurn und nicht direkt, wie die Anordnung des vorsorglichen Führerausweisentzugs, beim Verwaltungsgericht anfechten müssen. Ob er das getan hat, ist zwar nicht bekannt; es wäre aber am Beschwerdeführer gelegen, darzutun, ob das Ergebnis der Kontrollfahrt rechtskräftig oder in einem Rechtsmittelverfahren noch hängig ist. Da er das nicht getan hat und die Kontrollfahrt und deren Ergebnis nicht Streitgegenstand im vorliegenden Verfahren bilden, kann das Ergebnis der Kontrollfahrt hier auch nicht im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde in Frage gestellt werden.
1.4 Das Verfahren ist mit dem angefochtenen Entscheid nicht abgeschlossen; es handelt sich um einen Zwischenentscheid, der nach Art. 93 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 117 BGG unter anderem dann anfechtbar ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a). Ein solcher Nachteil ist vorliegend zu bejahen, da der Beschwerdeführer während der Dauer des Verfahrens nicht fahrberechtigt ist (vgl. BGE 122 II 359 E. 1b S. 362; Urteil 1C_522/ 2011 vom 20. Juni 2012, nicht publ. E. 1.2 von BGE 138 II 501).
1.5 Der Beschwerdeführer ist als vom vorsorglichen Führerausweis unmittelbar Betroffener und als direkter Adressat des angefochtenen Entscheids gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert.
1.6 Mit Verfassungsbeschwerde kann der Beschwerdeführer ausschliesslich Verfassungsrügen erheben (Art. 116 BGG). Da es sich bei einem vorsorglichen Führerausweisentzug um eine einstweilige Massnahme zur Sicherstellung gefährdeter Interessen bis zum Abschluss des Hauptverfahrens handelt (BGE 125 II 396 E. 3 S. 401; 122 II 359 E. 1a S. 362), wäre dies im Übrigen nach Art. 98 BGG auch nicht anders, wenn die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig wäre. Insofern gereicht es dem Beschwerdeführer nicht zum Nachteil, dass seine Beschwerde als Verfassungsbeschwerde entgegengenommen wird (Urteil 1C_522/2011 vom 20. Juni 2012, nicht publ. E. 1.3 von BGE 138 II 501).
1.7 Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird, wie das bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde ohnehin im Vordergrund steht. Dies prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4 S. 254 f.).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt verschiedentlich die Sachverhaltsfeststellungen und die Beweiswürdigung der Vorinstanz. Soweit sich diese Rügen auf die Kontrollfahrt und deren Ergebnis beziehen, ist darauf jedoch von vornherein nicht einzutreten (vgl. E. 1.3). Was die übrigen tatsächlichen Feststellungen des Verwaltungsgerichts betrifft, so legt der Beschwerdeführer nicht rechtsgenüglich dar, inwiefern sie willkürlich oder unter Verletzung sonstigen Verfassungsrechts erhoben worden sein sollten.
2.2 Der Beschwerdeführer erhebt in verschiedener Hinsicht Verfahrensrügen. Soweit sich diese auf die Kontrollfahrt und die bestrittene Unvoreingenommenheit des Verkehrsexperten beziehen, ist erneut davon auszugehen, dass dies nicht Streitgegenstand im vorliegenden Verfahren bildet und hier nicht geltend gemacht werden kann (vgl. E. 1.3). Soweit sich der Beschwerdeführer auf Art. 6 EMRK, allenfalls in Verbindung mit Art. 14 EMRK, und Art. 32 BV beruft, ist festzuhalten, dass es sich vorliegend um ein rein administratives, jedoch nicht um ein strafrechtliches Verfahren noch um ein solches handelt, in dem massgebliche "civil rights" in Frage stehen. Im Übrigen kommen die entsprechenden Verfahrensgarantien schon deshalb nicht zum Tragen, weil der vorliegend ausgesprochene vorsorgliche Führerausweisentzug lediglich den Charakter einer einstweiligen Verfügung hat (vgl. BGE 122 II 359 E. 2 S. 362 ff.).
2.3 Soweit der Beschwerdeführer die Unabhängigkeit eines beteiligten Arztes oder eventuell beider beteiligten Mediziner in Frage stellt, wären hier demnach einzig allenfalls die entsprechenden Rechtsgrundsätze anwendbar, wie sie aus den allgemeinen Verfahrensgarantien gemäss Art. 29 BV hervorgehen. Der Beschwerdeführer legt jedoch nicht dar, weshalb es an der erforderlichen Unabhängigkeit fehlen sollte und inwiefern das rechtlich massgeblich wäre. Der alleinige Verweis auf die Stellung der Ärzte als Vertrauensärzte im Verfahren um Überprüfung der Fahrtauglichkeit genügt dafür offensichtlich nicht. Konkrete Hinweise auf Befangenheit, Voreingenommenheit oder ungenügende Unabhängigkeit werden nicht dargetan und sind auch nicht ersichtlich.
3. 3.1 In der Sache macht der Beschwerdeführer keine Verletzung spezifischer Grundrechte geltend. Seine Beschwerde kann insoweit lediglich als Willkürbeschwerde entgegengenommen werden.
3.2 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 138 I 305 E. 4.3 S. 319; 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen).
3.3 Gemäss Art. 14 Abs. 1 des Strassenverkehrsgesetzes vom 19. Dezember 1958 (SVG; SR 741.01) müssen Motorfahrzeugführer über Fahreignung und Fahrkompetenz verfügen, was in den Abs. 2 und 3 derselben Bestimmung näher ausgeführt wird. Nach Art. 16 Abs. 1 SVG sind Ausweise und Bewilligungen zu entziehen, wenn festgestellt wird, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen. Art. 16d SVG legt fest, dass der Führerausweis einer Person unter anderem dann auf unbestimmte Zeit entzogen wird, wenn ihre körperliche oder geistige Leistungsfähigkeit nicht ausreicht. Insbesondere kann der Führerauweis gemäss Art. 29 Abs. 2 lit. a der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr (Verkehrszulassungsverordnung, VZV; SR 741.51) als Folge einer nicht bestandenen Kontrollfahrt entzogen werden. Nach Art. 30 VZV kann der Lernfahr- oder Führerausweis vorsorglich entzogen werden, wenn ernsthafte Bedenken an der Fahreignung bestehen.
3.4 Gemäss Art. 27 Abs. 1 lit. b VZV gilt für über 70-jährige Ausweisinhaber alle zwei Jahre die Pflicht, sich einer vertrauensärztlichen Kontrolluntersuchung zu unterziehen. Bei Bedenken über die Eignung eines Fahrzeugführers kann zur Abklärung der notwendigen Massnahmen eine Kontrollfahrt angeordnet werden (Art. 29 Abs. 1 VZV). Eine solche Kontrollfahrt ist ein Mittel zur Sachverhaltsabklärung (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1C_248/2011 vom 30. Januar 2012 E. 3.2). Zwar greift ein Sicherungsentzug tief in den Persönlichkeitsbereich des Betroffenen ein, was nach der Rechtsprechung eine genaue Abklärung der persönlichen Verhältnisse des Betroffenen bedingt, wobei das Ausmass der notwendigen behördlichen Nachforschungen einzelfalladäquat im pflichtgemässen Ermessen der Entzugsbehörde liegt (vgl. BGE 133 II 384 E. 3.1 S. 387; 129 II 82 E. 2.2 S. 84). Beim vorsorglichen Entzug können aber zwangsläufig nicht dieselben Anforderungen gelten. Die fehlende Fahreignung muss auch nicht genau erstellt sein, sondern es genügen ernsthafte Bedenken dafür. Zur Feststellung solcher Bedenken dienen insbesondere ärztliche Kontrollen wie die standardisierte vertrauensärztliche Kontrolluntersuchung für Personen über 70 Jahre nach Art. 27 Abs. 1 lit. b VZV sowie die durch einen Experten zu überprüfende Kontrollfahrt gemäss Art. 29 VZV.
3.5 Beim vorsorglichen Führerausweisentzug kommt es wesentlich darauf an, ob der Inhaber des Ausweises noch fähig ist, ein Motorfahrzeug zu führen, oder ob ihm dies aus Gründen der Verkehrssicherheit untersagt werden soll. Bestehen ernsthafte Bedenken an der Fahreignung, namentlich etwa aufgrund einer nicht bestandenen Kontrollfahrt, können sofortige administrative Massnahmen höchstens ausnahmsweise dann unterbleiben, wenn aus irgendeinem Grunde deren Dringlichkeit zu verneinen wäre; andernfalls und regelmässig ist der Ausweisentzug zum Schutz der Verkehrssicherheit unverzüglich vorsorglich anzuordnen (vgl. BGE 122 II 359 E. 2b S. 363).
3.6 Im vorliegenden Fall hatte sich der Beschwerdeführer der standardisierten vertrauensärztlichen Kontrolluntersuchung zu unterziehen, wie sie für über 70-jährige Ausweisinhaber alle zwei Jahre vorgeschrieben ist. Mit erstem Zeugnis vom 16. Oktober 2012 bejahte der als Vertrauensarzt konsultierte Hausarzt des Beschwerdeführers die Fahreignung. Im Anschluss an eine nachträglich geführte Diskussion mit dem Augenarzt des Beschwerdeführers kamen dem Hausarzt in Übereinstimmung mit dem Augenarzt Bedenken zur Fahrtauglichkeit, die insbesondere auf "grenzwertigen und schwankenden Befunden" der Sehkraft beruhten. Offenbar gingen die Ärzte aber davon aus, die Fahrtauglichkeit lasse sich bei einer Kontrollfahrt näher abklären, weshalb der Hausarzt eine solche beantragte. Nachdem der Verkehrsexperte wegen von ihm festgestellter Fahruntauglichkeit die Kontrollfahrt vorzeitig abgebrochen hatte, verfügte die Motorfahrzeugkontrolle aufgrund erheblicher Bedenken an der Fahreignung des Beschwerdeführers den vorsorglichen Führerausweisentzug.
3.7 Die Vorgehensweise des Vertrauensarztes sowie der Behörden entspricht der Rechtsordnung. Aufgrund der Kontrollfahrt ergaben sich erhebliche Bedenken an der Fahreignung des Beschwerdeführers. Gründe, weshalb trotzdem auf einen vorsorglichen Entzug zu verzichten gewesen wäre, vermag der Beschwerdeführer nicht darzutun. Es trifft zwar zu, dass die Bedenken der Ärzte ursprünglich im Zusammenhang mit seiner Sehkraft standen und der vorsorgliche Entzug nunmehr wegen fehlender Eignung in mehrfacher Hinsicht erfolgte. Der Vertrauensarzt war aber offensichtlich der Ansicht, die Fahrtauglichkeit lasse sich bei einer Kontrollfahrt besser abklären als allein aufgrund der medizinischen Untersuchung. Dagegen ist nichts einzuwenden, da bereits, aus welchen Gründen auch immer, Bedenken an der Fahreignung bestanden und die Kontrollfahrt mithin nicht blosse Schikane war. Dass in der Folge die Fahrtauglichkeit in grösserem Masse als ursprünglich erwartet in Frage gestellt wurde, unterstreicht nur die Dringlichkeit des vorsorglichen Entzugs. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, vermag die Unhaltbarkeit des angefochtenen Entscheids nicht zu belegen. Dieser erweist sich daher nicht als willkürlich bzw. verfassungswidrig.
4. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren keine Folge geleistet werden (vgl. Art. 64 BGG), doch ist den angespannten finanziellen Möglichkeiten des Beschwerdeführers bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (vgl. insbes. Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Departement des Innern des Kantons Solothurn (vertreten durch die Motorfahrzeugkontrolle), dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Strassen Sekretariat Administrativmassnahmen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Mai 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax