Sachverhalt:
A. S._ arbeitet als Lehrerin. Am 12. Juli 2007 meldete sie sich unter Angabe eines Chronic Fatigue Syndroms nach Borreliose bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau klärte die medizinischen und wirtschaftlichen Verhältnisse ab und gab bei der MEDAS ein polydisziplinäres Gutachten (vom 30. Juni 2008) in Auftrag. Die Exploratoren diagnostizierten mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit eine chronische Müdigkeit mit geringen Konzentrationsstörungen. Sie erachteten der Versicherten die Tätigkeit einer Gymnasiallehrerin in einem Teilpensum von 75 % mit einer um 20 % verminderten Leistungsfähigkeit als zumutbar. Mit Vorbescheid vom 6. Januar 2009 stellte die IV-Stelle die Abweisung des Leistungsanspruchs in Aussicht. Aufgrund der Einwände der Versicherten führte die IV-Stelle am 15. Juni 2009 eine Abklärung im Haushalt durch (Bericht vom 16. Juni 2009). Zudem liess sie die MEDAS am 10. Mai 2010 ein Verlaufsgutachten erstatten. Deren Ärzte nannten nun als Diagnose mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit eine depressive Störung, leichte Episode (ICD-10 F32.0). Den Grad der Arbeitsfähigkeit setzten sie auf 50 % fest. Mit Verfügung vom 15. Juni 2011 verweigerte die IV-Stelle S._ den Anspruch auf eine Invalidenrente mangels eines erheblichen Invaliditätsgrades im von der Anmeldung erfassten Zeitraum ab Juli 2006.
B. Die von der Versicherten eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 26. Oktober 2011 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides beantragen; es sei ihr rückwirkend spätestens ab 1. April 2006 und für die Zukunft mindestens eine halbe Invalidenrente zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, eventuell an die IV-Stelle zurückzuweisen.
IV-Stelle und kantonales Gericht beantragen Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Der Beurteilung von Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) liegt der Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Diesen kann das Bundesgericht von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG). Zu den Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 lit. a BGG gehören auch die unvollständige Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Urteil 9C_53/2008 vom 18. Februar 2009 E. 1.3 mit Hinweisen).
2. Vorweg ist festzuhalten, dass beschwerdeführerische Vorbringen, die sich in einer appellatorischen Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung erschöpfen, im Rahmen der geltenden Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) nicht genügen. Dem Rechtsmittel muss vielmehr gestützt auf Art. 42 Abs. 2 zweiter Satz BGG entnommen werden können, inwiefern die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG offensichtlich unrichtig (unhaltbar, willkürlich, vgl. BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356) und die darauf beruhenden Erwägungen rechtsfehlerhaft sein sollen. Dieses Mal über 60 Seiten hinweg, bringt der Rechtsvertreter als Rechtsverletzungen bezeichnete appellatorische Tatsachenkritik vor, welche im bundesgerichtlichen Verfahren ausserhalb von Art. 97 Abs. 2/Art. 105 Abs. 3 BGG unzulässig ist (BGE 133 II 396 E. 3.2 S. 400; 130 I 258 E. 1.3 S. 262). Es sei auf das kürzlich ergangene Urteil 9C_461/2011 vom 6. Juli 2012 E. 2 verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf zumindest eine halbe Invalidenrente ab 1. April 2006 oder später. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze, namentlich über die Begriffe der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG, Art. 4 Abs. 1 IVG), Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG) und Erwerbsfähigkeit (Art. 7 Abs. 1 ATSG), den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 2 IVG), die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 28a Abs. 1 IVG und Art. 16 ATSG; BGE 130 V 343 E. 3.4 S. 348; 128 V 29 E. 1 S. 30; 104 V 135 E. 2a und b S. 136) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 In medizinischer Hinsicht bringt die Beschwerdeführerin vor, sie habe bereits vor kantonaler Instanz einlässlich begründet, dass und warum die beiden MEDAS-Gutachten den von der Rechtsprechung gestellten Beweisanforderungen nicht genügten. Die Vorinstanz habe sich damit nicht auseinandergesetzt, sondern sich auf floskelhafte und pauschale Darlegungen zur Qualität der Expertisen beschränkt. Es liege diesbezüglich eine Verletzung der Prüfungs- und Begründungspflicht gemäss Art. 29 Abs. 2 BV vor.
4.2 Nach der Rechtsprechung (BGE 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188, 229 E. 5.2 S. 236) kann die Beschwerde führende Person nicht erwarten, dass sich das Gericht mit jeder in den Akten und Eingaben gemachten Ausführung im Entscheid ausformuliert auseinandersetzt. Denn das rechtliche Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV verlangt, dass die Behörde die Vorbringen der vom Entscheid in ihrer Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich die betroffene Person über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihre Entscheidung stützt. Der vorinstanzliche Entscheid genügt den gestellten Anforderungen.
4.3 Zudem erfüllen die von der Beschwerdeführerin in vielerlei Hinsicht beanstandeten Expertisen der MEDAS fraglos die von der Rechtsprechung (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232) aufgestellten formellen und materiellen Voraussetzungen an ein lege artis abgefasstes beweiskräftiges Gutachten: Die Experten begründeten ihr Ergebnis konkret bezogen auf den Zustand der Versicherten und stützten sich dabei auf eine Aktenzusammenfassung, eine Anamneseerhebung, die subjektiven Angaben der Versicherten und die objektiven Befunde in der Exploration (mit eingehender neuropsychologischer Testung). Wie aus den Expertisen hervorgeht, waren den Gutachtern die Berichte der behandelnden Ärzte bekannt und sie sind insofern in die Beurteilung eingeflossen (siehe z.B. Verlaufsgutachten MEDAS vom 10. Mai 2010 S. 4 und 5).
4.4 Materiell wird gerügt, die Stellungnahmen der behandelnden Ärzte seien in den Gutachten und im angefochtenen Entscheid ungenügend berücksichtigt worden. Wie erwähnt (E. 4.3), sind diese Berichte in die Begutachtung eingeflossen. Was das erstinstanzliche Verfahren betrifft, unterliegen sämtliche Beweismittel, somit auch medizinische Berichte und Sachverständigengutachten, der freien Beweiswürdigung des Gerichts (Art. 61 lit. c ATSG). Es kann sich unter Umständen rechtfertigen, massgebend auf die dem behandelnden Arzt aufgrund der medizinischen Betreuung zugänglichen besonderen Kenntnisse des Gesundheitszustandes der versicherten Person abzustellen. Die Beschwerdeführerin beruft sich denn auch hauptsächlich auf die diversen Stellungnahmen der Dres. med. E._ (so vom 3. September 2007 und 5. Februar 2009) und N._ (vom 13. August 2009), Fachärztinnen für Psychiatrie und Psychotherapie, und B._, Facharzt für Orthopädie (vom 13. Mai 2009). Nach der Rechtsprechung ist es aber wegen der unterschiedlichen Natur von Behandlungsauftrag des therapeutisch tätigen (Fach-)Arztes und Begutachtungsauftrag des amtlich bestellten medizinischen Experten (BGE 124 I 170 E. 4 S. 175) nicht geboten, ein Administrativ- oder Gerichtsgutachten stets in Frage zu stellen und zum Anlass weiterer Abklärungen zu nehmen, wenn die behandelnden Ärzte zu anderen Einschätzungen gelangen als eine MEDAS. Vorbehalten bleiben Fälle, in denen sich eine klärende Ergänzung des medizinischen Dossiers oder direkt eine abweichende Beurteilung aufdrängt, weil die behandelnden Ärzte wichtige, nicht rein subjektiver ärztlicher Interpretation entspringende, Aspekte benennen, die im Rahmen der Begutachtung unerkannt oder ungewürdigt geblieben sind (Urteil 8C_784/2011 vom 15. Dezember 2011 E. 3.2; SVR 2008 IV Nr. 15 S. 43, I 514/06 E. 2.2.1).
Solche Aspekte werden nicht vorgebracht. Sämtliche in dieser Hinsicht in der Beschwerde aufgeführten Leiden (so etwa eine durchgemachte Borreliose oder Gelenkbeschwerden) sind in den Gutachten als Diagnosen ohne Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit angeführt. Zwar trifft zu, dass im Bericht des Inselspitals vom 20. Dezember 2005 als mögliche Ursache für die Müdigkeit auch eine Sarkoidose erwähnt worden ist, allerdings nur als Differenzialdiagnose. Dass die behandelnden Ärzte hier offenbar keine weiteren Abklärungen trafen, hatte wohl einen Grund. Die MEDAS war entgegen dem beschwerdeführerischen Vorhalt nicht verpflichtet, sie drei Jahre später in die Wege zu leiten, wenn sie keinen Klärungsbedarf sah. Die Beschwerdeführerin bringt in medizinischer Hinsicht nichts vor, das die vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsfähigkeit als offensichtlich unrichtig oder als Ergebnis willkürlicher Beweiswürdigung oder als rechtsfehlerhaft im Sinne von Art. 95 BGG erscheinen lässt. Rechtsfehlerhaft ist auch nicht die vorinstanzliche Feststellung, es sei infrage gestellt, ob die attestierte 50-prozentige Arbeitsunfähigkeit infolge der diagnostizierten depressiven Störung aufgrund der Rechtsprechung zum chronischen Müdigkeitssyndrom (Urteil 9C_662/2009 vom 17. August 2010 E. 2.3) sowie zu den reaktiven Depressionen (BGE 127 V 294 E. 4a) überhaupt als lang dauernde und zu einer Invalidität führende Einschränkung anerkannt werden könnte.
5. 5.1 Zur Statusfrage vertritt die Versicherte den Standpunkt, es sei für den Gesundheitsfall von einem Vollzeitpensum auszugehen, das sich aus 80 % Lehrtätigkeit und 20 % Beschäftigung im Aufgabenbereich Film zusammensetze. Solange es ihr möglich gewesen sei, habe sie dieses Teilpensum für Filmprojekte eingesetzt (Konzipierung, Vorbereitung und Realisierung) und hätte dies so weitergeführt. Sie sei im Aufgabenbereich Film zu 100 % arbeitsunfähig, zumindest im gleichen Grade wie in der Lehrtätigkeit.
5.2 Verwaltung und Vorinstanz qualifizierten die Beschwerdeführerin als 80 %-Teilerwerbstätige ohne zusätzliches 20 %-Pensum im Haushalt oder in einem anderen Bereich. Die Vorinstanz begründete es damit, es ergäben sich keine Anhaltspunkte dafür, dass eine Tätigkeit im Sektor Film zur Erwerbstätigkeit zu zählen sei, denn es sei keine eigentliche Vermarktung der Filme nachgewiesen. Hingegen sei klar ersichtlich, dass die Beschwerdeführerin jeweils nur zu 80 % gearbeitet habe, um daneben Freizeitaktivitäten nachzugehen. In der psychiatrischen Exploration habe sie angegeben, dass ihr der Umgang mit guten Büchern Freude bereite, sie sich für Kunst interessiere und sich gerne in der Natur aufhalte. Bei der Abklärung im Haushalt habe sie angeführt, ihr Leben lang immer in einem 80 %-Pensum gearbeitet zu haben. Die restlichen 20 % habe sie jeweils für Weiterbildung, das Schreiben der Dissertation oder Ähnliches verwandt (Bericht S. 2). Für die Vorinstanz war zudem mit Recht fraglich, ob eine Tätigkeit im Bereich Film überhaupt als dauernd umschrieben werden könnte, stamme doch der eine Film aus dem Jahr 2003 und sei die Beschwerdeführerin beim anderen Film lediglich für Skript und Regieassistenz zuständig gewesen.
5.3 Die vorinstanzlichen Feststellungen zu Freizeitbeschäftigungen und Nebentätigkeiten sind nicht offensichtlich unrichtig und bleiben daher für das Bundesgericht verbindlich (E. 1). Wenn sich die Beschwerdeführerin darauf beruft, die Vorinstanz habe sich in willkürlicher Weise darüber hinweggesetzt, dass im Abklärungsbericht Haushalt festgehalten worden ist, die Ausführungen zur Filmtätigkeit seien glaubhaft, verkennt sie die Möglichkeiten und besonders den Zweck eines solchen Berichtes. Für den Beweiswert ist wesentlich, dass er von einer qualifizierten Person verfasst wurde, die Kenntnis der örtlichen und räumlichen Verhältnisse sowie der aus den medizinischen Diagnosen sich ergebenden Beeinträchtigungen und Behinderungen hat. Weiter sind die Angaben der versicherten Person zu berücksichtigen. Divergierende Meinungen sind im Bericht aufzuzeigen. Schliesslich muss er plausibel, begründet und angemessen detailliert bezüglich der einzelnen Einschränkungen sein und mit den an Ort und Stelle erhobenen Angaben übereinstimmen. Trifft dies zu, ist der Abklärungsbericht beweiskräftig (Urteil I 13/05 vom 12. Mai 2005 E. 2.3; vgl. auch BGE 130 V 61 E. 6.1.2 S. 62). Der Bericht der Abklärungsperson hat sich demnach im Wesentlichen mit örtlichen, räumlichen und personellen Verhältnissen zu befassen (Wohnsituation, Familienstruktur, Einkaufsmöglichkeiten usw.). Die sich aus den medizinischen Diagnosen ergebenden Beeinträchtigungen und Behinderungen sind in jener Hinsicht zu dokumentieren und zu bewerten und der Beweiswert des Berichts ist grundsätzlich auf diesen Rahmen beschränkt. Ob die Abklärungsperson es als glaubwürdig einschätzt, dass die Versicherte eine schon rund sechs Jahre vor dem Gespräch eingestellte Aktivität nach wie vor und erst noch im geschilderten Ausmass verfolgen würde, kann zwar als Information dienlich sein, vermag die Vorinstanz aber nicht zu binden. Das kantonale Gericht hat sich weder über die Einschätzung der Abklärungsperson in unzulässiger Weise hinweggesetzt noch hat es nach dem Gesagten eine unhaltbare und willkürliche Beweiswürdigung vorgenommen oder das rechtliche Gehör und die Begründungspflicht verletzt.
5.4 Es ist darum nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz für den Gesundheitsfall mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit von einer Teilerwerbstätigkeit von 80 % (ohne Berücksichtigung eines Aufgabenbereichs Haushalt und/oder Film) ausgegangen ist.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin begründet den Antrag auf eine zumindest halbe Invalidenrente ab 1. April 2006 damit, bei der Bestimmung des Invaliditätsgrades könne "der Pensenvergleich dem Einkommensvergleich gleichgesetzt werden", da sich das Einkommen genau nach dem prozentualen Anteil eines Teilpensums von einem 100 %-Pensum richte. Sie hätte so aus ihrer Sicht (und ohne Berücksichtigung rentenrevisionsrechtlicher Vorgaben) bis Juli 2006 Anspruch auf eine Dreiviertelsrente ("mind. 61 %") gehabt, ab August 2006 bis Januar 2007 auf eine Viertelsrente ("mind. 45 %"), ab Februar 2007 bis Juli 2007 auf eine halbe Rente ("mind. 53 %") und ab August 2007 wiederum auf eine Dreiviertelsrente ("mind. 60 %").
6.2 Diese Sichtweise ist zunächst insofern widersprüchlich, als auch für die Periode von August 2006 bis Januar 2007 mindestens eine halbe Rente beantragt wird, obwohl nach der oben wiedergegebenen Begründung nur Anspruch auf eine Viertelsrente bestehen könnte. Die vertretene Ermittlung des Invaliditätsgrades ist aber mit dem Gesetz nicht vereinbar, da dessen Höhe damit massgeblich von konkreten Faktoren beeinflusst wird, die bei der Rentenbemessung grundsätzlich keine Rolle spielen. Der Invaliditätsgrad bestimmt sich nach der auf den allgemeinen Arbeitsmarkt bezogenen Erwerbsunfähigkeit der versicherten Person, und nicht etwa nach der Möglichkeit (oder dem Bedarf) eines Arbeitgebers, ihr ein bestimmtes Arbeitspensum anbieten zu können (oder zu wollen).
6.3 Dass die Beschwerdeführerin in der von ihr angerufenen Periode 2005-2007 neben der Lehrtätigkeit einen zweijährigen Nachdiplomstudiengang in Supervision, Coaching und Mediation an einer Fachhochschule für soziale Arbeit absolvierte, ändert an der Bemessungsmethode nichts. Die von der Beschwerdeführerin gerügte Sichtweise der behandelnden Ärztin Dr. med. E._ im Bericht vom 3. September 2007, die berufsbegleitende Ausbildung sei bei der Festsetzung der Arbeitsfähigkeit als 15 %-Arbeitspensum einzurechnen, ist nicht zu beanstanden, denn es geht hier um eine medizinisch-theoretische Zumutbarkeitsschätzung. Hingegen ist die in der Beschwerde postulierte Mitberücksichtigung der Weiterbildung als Teilarbeitsunfähigkeit systemwidrig, denn als Arbeitsunfähigkeit kommt nur eine krankheitsbedingte Leistungseinschränkung in Frage.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. August 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Schmutz