Sachverhalt:
A. X._ (geb. yyy) ist Rechtsanwalt, wohnt in B._ und arbeitet im C._-Departement in D._. In seiner Steuererklärung für das Jahr 2007 betreffend die Staats-, Gemeinde- und Direkte Bundessteuer machte er u.a. für den Arbeitsweg mit dem privaten Personenwagen einen Abzug von Fr. 31'460.-- geltend (220 Arbeitstage x 220 km x Fr. --.65). Am 9. März 2009 wurde er vom Kantonalen Steueramt Zürich zum "Nachweis mittels aussagekräftiger Belege (Abgaswartungsdokument, Servicebelege) der in der Steuerperiode 2007 zurückgelegten Autokilometer" aufgefordert. X._ nahm in der nachfolgenden Korrespondenz verschiedentlich Stellung zu dieser Aufforderung und reichte diverse Unterlagen ein. Darunter befanden sich u.a. die Lohnausweise, woraus ersichtlich ist, dass ihm für die Benützung eines Parkplatzes monatlich Fr. 136.-- belastet wurde. Ferner reichte er ein Abgaswartungsdokument für einen Personenwagen ein und erklärte, die Hälfte des Jahres mit diesem und die andere Hälfte mit einem zweiten, anderen Auto gefahren zu sein. Schliesslich überliess er dem Steueramt Kreditkartenabrechnungen der Monate April, Juni, Juli und Oktober 2007, woraus diverse Benzinbezüge ersichtlich sind.
B. In seinem Einschätzungsentscheid vom 6. Oktober 2009 betreffend die Staats- und Gemeindesteuer 2007 veranlagte das Steueramt X._ auf ein steuerbares Einkommen von Fr. ... und auf ein steuerbares Vermögen von Fr. ... . Das Amt kam u.a. zum Schluss, die eingereichten Unterlagen vermöchten den Nachweis der insgesamt berufsbedingt gefahrenen Kilometer nicht zu erbringen. Im Sinne einer teilweisen Ermessenseinschätzung liess es Fr. 11'700.-- an Autofahrkosten zum Abzug zu (18'000 km x Fr. --.65) und gewährte einen zusätzlichen Abzug von Fr. 3'000.-- für ein Generalabonnement 2. Klasse.
Am 12. November 2009 erhob X._ hiegegen Einsprache.
Am 29. Januar 2010 wurde ihm die Veranlagung betreffend die direkte Bundessteuer 2007 eröffnet. Die Frist zu deren Anfechtung liess er ungenutzt verstreichen.
Mit Entscheid vom 31. März 2010 hiess das Kantonale Steueramt die Einsprache gegen die Veranlagung betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2007 (aus hier nicht interessierenden Gründen [Vermögen]) teilweise gut. Hingegen erwog es, die offensichtliche Unrichtigkeit der nach pflichtgemässem Ermessen eingeschätzten Fahrkosten sei nicht nachgewiesen. Damit müsse es "aber mit den im Einschätzungsverfahren gewährten Fahrkosten (Auto Fr. 11'700.-- plus GA 2. Klasse Fr. 3'000.--) sein Bewenden haben".
C. X._ wehrte sich in der Folge bei der Steuerrekurskommission des Kantons Zürich und verlangte, die geltend gemachten Autofahrkosten von Fr. 31'460.-- vollumfänglich zum Abzug zuzulassen.
Mit Entscheid vom 26. Juli 2010 trat die Steuerrekurskommission auf die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer mangels Anfechtungsobjekt nicht ein. Gleichzeitig wies sie den betreffend die Staats- und Gemeindesteuer erhobenen Rekurs ab.
Am 7. September 2010 erhob X._ gegen den "Entscheid (...) für Staats- und Gemeindesteuern 2007" Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 16. März 2011 ab.
D. Mit Eingabe vom 27. April 2011 führt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das letztgenannte Urteil aufzuheben und den Fahrkostenabzug von Fr. 31'460.-- für die 48'400 geltend gemachten Kilometer gemäss Selbstdeklaration zu gewähren.
Das Kantonale Steueramt Zürich beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich stellt denselben Antrag. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Antragstellung.
Mit Eingabe vom 23. August 2011 hat sich X._ nochmals geäussert und an seiner Beschwerde festgehalten.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (vgl. Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, soweit er nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Das Bundesgericht prüft grundsätzlich frei, ob das harmonisierte kantonale Recht und seine Anwendung durch die kantonalen Instanzen mit den Bestimmungen des Steuerharmonisierungsgesetzes übereinstimmen; nur in den Gebieten, wo dieses Gesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (vgl. BGE 134 II 207 E. 2). Dies ist hier nicht der Fall: Art. 9 StHG regelt abschliessend die zulässigen Abzüge vom Einkommen, und die Kantone sind verpflichtet, diese Abzüge ohne Abweichung oder Einschränkung auf kantonaler Ebene zu übernehmen (BGE 128 II 66 E. 4b S. 71). Dies gilt namentlich für die zur Erzielung der Einkünfte notwendigen Aufwendungen (in Doktrin und Praxis auch Gewinnungskosten oder organische Abzüge genannt; vgl. MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, N. 1 zu Art. 9 StHG; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, Therwil/Basel 2001, N. 1 und 7 f. zu Art. 25 DBG), die nach Art. 9 Abs. 1 StHG generell abziehbar sind. Was unter notwendigen Aufwendungen zu verstehen ist, ist durch Auslegung zu ermitteln. Namentlich unter dem Aspekt der vertikalen Harmonisierung (zwischen Bund, Kantonen und Gemeinden) erfolgt die Auslegung des kantonalen Rechts im Sinn des Bundessteuergesetzes (vgl. dazu ausführlich die Urteile 2A.224/2004 vom 26. Oktober 2004 [ASA 75 S. 253], E. 5, und 2P.251/2006 vom 25. Januar 2007 [StE 2007 B 22.3 Nr. 93], E. 3; zur umfassenden Prüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Abzügen gemäss Art. 9 Abs. 1 StHG vgl. auch Urteil 2C_70/2010 vom 26. August 2010, E. 3.1).
2.2 Gemäss § 25 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) werden zur Ermittlung des Reineinkommens von den gesamten Einkünften die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen abgezogen. Bei unselbständiger Erwerbstätigkeit sind nach § 26 StG/ZH die Berufskosten absetzbar. Zu den Berufskosten gehören u.a. (vgl. § 26 lit. a-c StG/ZH) die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte, die notwendigen Mehrkosten für Verpflegung ausserhalb der Wohnstätte bzw. bei Schichtarbeit und die übrigen für die Ausübung des Berufes erforderlichen Kosten. Nach § 26 Abs. 2 StG/ZH legt die Finanzdirektion für die Berufskosten gemäss Abs. 1 lit. a-c Pauschalansätze fest; im Falle von Abs. 1 lit. a (und der vorliegend nicht massgebenden lit. c) steht dem Steuerpflichtigen der Nachweis höherer Kosten offen. Diese Regelung stützt sich auf Art. 9 Abs. 1 StHG, wonach von den gesamten steuerbaren Einkünften die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgerechnet werden (vgl. MARKUS REICH, a.a.O., Art. N. 17 zu Art. 9 StHG; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Auflage 2009, N. 14 zu Art. 26 DBG). Die kantonalen Bestimmungen stimmen mit der gesetzlichen Ordnung gemäss dem Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) überein (vgl. Art. 25 und Art. 26 Abs. 1 lit. a und Abs. 2 DBG). Da sich das kantonale Recht auf den durch das StHG vorgegebenen Rahmen stützt, und sowohl das DBG wie auch das StG/ZH dieselben Rechtsbegriffe verwenden und die gleichen Unterscheidungen treffen, drängt sich mit Blick auf die vertikale Steuerharmonisierung (vorne E. 2.1) eine einheitliche Auslegung auf (vgl. auch StE 2008 B 22.3 Nr. 96 E. 5; StR 61/2006 S. 41 E. 2.1 u. 2.2; mit weiteren Hinweisen).
2.3 Berufskosten sind Gewinnungskosten (vorne E. 2.1). Daraus folgt, dass sie grundsätzlich nur abziehbar sind, soweit dem Steuerpflichtigen tatsächlich ein entsprechender Aufwand entstanden ist. Allerdings ist zu beachten, dass insbesondere die Berufskosten Unselbständigerwerbender weitgehend pauschaliert sind (vorne E. 2.2). Mit der Pauschalierung verzichtet die Steuerbehörde auf die Überprüfung der konkreten Verhältnisse im Einzelfall und legt ihren Berechnungen einen typischen Durchschnittssachverhalt zu Grunde. Sinn ist es, aufwändige Nachforschungen und Belegsammlungen für Steuerbehörde und Steuerpflichtigen zu vermeiden (vgl. ADRIENNE HEIL-FROIDEVAUX, Steuerrechtliche Praktikabilität unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten, S. 251). So werden etwa bezüglich der Kosten des öffentlichen Verkehrsmittels die Abonnementskosten ungeachtet darum anerkannt, ob der Pflichtige das Verkehrsmittel auch tatsächlich an allen Arbeitstagen benutzt oder ob er allenfalls anderweitig zur Arbeitsstelle gelangen kann, beispielsweise durch Mitfahrgelegenheiten (vgl. RICHNER ET AL., a.a.O., N. 116 zu Art. 26 DBG). In gleicher Weise werden die Kosten auswärtiger Verpflegung bei gegebener Voraussetzung zum Abzug zugelassen, ungeachtet darum, ob sich der Steuerpflichtige überhaupt verpflegt und welche Kosten ihm dabei entstehen (vgl. Verfügung der Kantonalen Finanzdirektion vom 23. Oktober 2006 über die Pauschalierung von Berufsauslagen Unselbständigerwerbender bei der Steuereinschätzung (Zürcher Steuerbuch [ZstB] Teil I Nr. 17/202, Ziff. 2).
2.4 Die Fahrkosten für die Benutzung eines privaten Motorfahrzeuges für den Arbeitsweg gelten lediglich dann als abzugsfähig, wenn die Benutzung der öffentlichen Verkehrsmittel nicht zumutbar ist (vgl. FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Auflage 2006, N. 121 zu § 26 StG/ZH; ebenso im Recht der direkten Bundessteuer, vgl. Art. 5 Abs. 3 der Verordnung des Eidg. Finanzdepartementes vom 10. Februar 1993 über den Abzug von Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit bei der direkten Bundessteuer (Berufskostenverordnung, SR 642.118.1).
Die Finanzdirektion des Kantons Zürich hat in der vorliegend massgebenden Verfügung vom 23. Oktober 2006 (vorne E. 2.3) festgehalten, die Kosten für das private Motorfahrzeug könnten nur ausnahmsweise geltend gemacht werden, u.a. wenn sich mit dem privaten Motorfahrzeug eine Zeitersparnis von über eine Stunde (gemessen von der Haustüre zum Arbeitsplatz und zurück) ergibt. In diesen Fällen können gemäss der genannten Verfügung für Autos 65 Rp. pro Fahrkilometer zum Abzug gebracht werden. Diese Regelung entspricht im übrigen derjenigen in der eidgenössischen Berufskostenverordnung: Nach deren Art. 5 Abs. 3 können als notwendige Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte die Kosten des privaten Fahrzeuges gemäss den Pauschalen nach Art. 3 abgezogen werden, wobei der Nachweis höherer notwendiger Kosten vorbehalten bleibt.
65 Rp/km entsprechen dem durchschnittlichen Aufwand für ein Fahrzeug mit 1'600 cm3 und einer Fahrleistung von rund 15'000 Kilometer/Jahr, wobei Versicherungs-, Amortisations-, Vignetten-, Park- und Verbrauchskosten eingerechnet werden (vgl. Urteil 2C_477/2009 E. 3.3).
3. 3.1 Vorliegend ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer bei Benützung des Privatfahrzeuges eine Zeitersparnis von über einer Stunde gegenüber der Benutzung öffentlicher Verkehrsmittel erreicht, ihm daher die tägliche Benützung von Bahn und Tram nach der genannten Praxis nicht zumutbar ist und er demzufolge die Voraussetzungen grundsätzlich erfüllt, um die Kosten für das private Motorfahrzeug geltend zu machen. Die Vorinstanzen verweigerten ihm jedoch den geltend gemachten Abzug teilweise, und zwar mit der Begründung, er habe den Nachweis nicht erbracht, wieviele Kilometer er tatsächlich gefahren sei.
3.2 Im Formular "Berufsauslagen" müssen vom Steuerpflichtigen unter Ziff. 1.3 "Auto, Motorrad" folgende Spalten ausgefüllt werden:
Anzahl Arbeitstage | Anzahl km | Fahrten pro Tag | Anzahl km pro Jahr | Rappen pro km | Abzug
Es ist evident, dass es bei dieser Art der Datenerhebung darum geht, basierend auf den geleisteten Arbeitstagen und der Distanz zwischen Wohn- und Arbeitsort die abziehbaren Kosten zu ermitteln. Explizit pauschaliert ist dabei lediglich der Kilometeransatz, d.h. die Pauschalierung bezieht sich nur auf die Kosten pro Fahrkilometer, nicht aber auf die gefahrenen Kilometer. Wenn die Distanz zwischen Arbeits- und Wohnort sowie die Zahl der am Arbeitsort verbrachten Arbeitstage bekannt ist, ergibt sich allerdings die Zahl der Fahrkilometer aus einer Multiplikation dieser Faktoren und muss grundsätzlich nicht weiter belegt werden (dazu sogleich).
3.3 Aufgrund von Sinn und Zweck der Pauschalierungen und aufgrund der durch die Steuerbehörden verlangten Deklaration (Anzahl Arbeitstage x Anzahl Kilometer x Pauschalansatz = abziehbare Kosten) ergibt sich, dass bei der Ermittlung dieser Kosten verschiedende natürliche Vermutungen zum Zuge kommen: So ist davon auszugehen, dass der Arbeitnehmer seine Arbeitstage in der Regel am Arbeitsort verbringt, was vermuten lässt, dass er den Arbeitsweg an allen Arbeitstagen zurücklegt. Soweit die Benützung des öffentlichen Verkehrsmittels nach der Praxis als unzumutbar erachtet wird, ist zudem zu vermuten, dass der Steuerpflichtige für die tägliche Fahrt zur Arbeit auch tatsächlich das Privatfahrzeug benutzt. Auf Verlangen der Veranlagungsbehörde hat der Steuerpflichtige die Basis für diese Vermutungen als steuermindernde Tatsache (vgl. StE 2009 B 93.3 Nr. 10 E. 4.1) nachzuweisen, d.h. insbesondere die Anzahl der Arbeitstage und die Unzumutbarkeit der Benutzung der öffentlichen Verkehrsmittel (mittels Zeitvergleich). Ist dieser Nachweis aber erbracht und will die Veranlagungsbehörde trotzdem von den genannten Vermutungen abweichen, so braucht sie hiefür stichhaltige Gründe, wie etwa begründete Zweifel daran, dass die Arbeitstage nicht am Arbeitsort verbracht worden sind (beispielsweise bei Heimarbeit) oder dass der Arbeitsweg nicht täglich mit dem Privatfahrzeug zurückgelegt worden ist. Soweit die Veranlagungsbehörde solche Gründe geltend macht, kann sie vom Steuerpflichtigen - mit Blick auf dessen Mitwirkungspflicht - sehr wohl weitere Nachweise für den der Fahrkostenberechnung anfänglich bloss vermutungsweise zugrunde gelegten Sachverhalt verlangen, wobei für den Steuerpflichtigen diesbezüglich kein Beweismittelausschluss besteht. Werden indes von der Veranlagungsbehörde keine Gründe für ein Abweichen vom vermuteten Sachverhalt ins Feld geführt, bestehen für den Steuerpflichtigen diesbezüglich keine weiteren beweisrechtlichen Obliegenheiten.
3.4 Die Vorinstanz beruft sich auf eine Lehrmeinung (RICHNER ET AL., a.a.O. N. 122 zu § 26 StG/ZH), wonach die Beweispflicht (nur) hinsichtlich der Notwendigkeit der Kosten sowie "der gefahrenen Strecke" bestehe. Dies ist grundsätzlich richtig, kann entsprechend dem vorstehend Ausgeführten jedoch nicht so verstanden werden, dass der Steuerpflichtige im Regelfall den Nachweis für die effektiv gefahrenen Kilometer erbringen muss, würden doch andernfalls die durch die Pauschalierungsregelung beabsichtigten Erleichterungen für die Steuerpflichtigen und die Steuerverwaltung weitgehend obsolet.
3.5 Im vorliegenden Fall haben die Steuerbehörden weder im Veranlagungs- noch im Rechtsmittelverfahren dargelegt, weshalb sie vom vermuteten Sachverhalt - also vom Umstand, dass der Beschwerdeführer seine Arbeitstage am Arbeitsort verbringt und für den täglichen Arbeitsweg einen Privatwagen benutzt - abweichen wollen und welche stichhaltigen Gründe gegen diesen vermuteten Sachverhalt sprechen könnten. Bei dieser Sachlage hat der Beschwerdeführer nach den dargelgegten Grundsätzen aber Anspruch auf den entsprechenden Pauschalabzug (Anzahl Arbeitstage x Anzahl km zwischen Wohn- und Arbeitsort x Kilometeransatz), und es besteht kein Raum für eine teilweise Ermessenseinschätzung wegen Verletzung der Mitwirkungspflicht mangels fehlender Belege für die effektiv gefahrenen Kilometer.
4. Dies führt zur Gutheissung der Beschwerde.
Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat (Art. 107 Abs. 2 BGG).
Vorliegend erscheint es angezeigt, die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an das Kantonale Steueramt Zürich zurückzuweisen. Sache des Verwaltungsgerichts wird es sein, über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens neu zu befinden.
Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten dem Kanton Zürich aufzuerlegen, um dessen Vermögensinteressen es vorliegend geht (vgl. Art. 66 Abs. 4 BGG). Dem nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer ist praxisgemäss keine Parteientschädigung zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 16. März 2011 aufgehoben und die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an das Kantonale Steueramt Zürich zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, (2. Abteilung, Einzelrichter), und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein