A.- S._, geboren 1939, arbeitete für das Geschäft F._ und war im Rahmen dieses Arbeitsverhältnisses bis zum 31. Dezember 1997 über einen KollektivTaggeldversicherungsvertrag bei der SKBH Kranken- und Unfallversicherung (nachfolgend: SKBH) versichert. Ab dem
26. November 1996 erkrankte er und die SKBH richtete ihm über die Arbeitgeberin ein Krankentaggeld von Fr. 133. 65 pro Tag aus. Diese wechselte auf den 1. Januar 1998 den Kollektivversicherer und löste auf den 31. Januar 1998 das Arbeitsverhältnis mit S._ auf. Am 22. Dezember 1997 erklärte S._ gegenüber der SKBH schriftlich seinen Willen, auf den 1. Januar 1998 zu den bisherigen Bedingungen in die Einzel-Taggeldversicherung überzutreten und den Leistungsbeginn ab dem 1. Februar 1998 auf den 31. Tag festzusetzen. Die SKBH wies dieses Begehren mit Verfügung vom 16. April 1998 und Einspracheentscheid vom 31. Juli 1998 zurück. Sie wurde aber vom Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 27. Januar 1999 dazu verhalten, S._ per 1. Januar 1998 den Übertritt in die Einzeltaggeldversicherung zu gewähren.
Ab Februar 1998 bezog S._ Leistungen der Arbeitslosenversicherung im Umfang der ärztlich bescheinigten Arbeitsfähigkeit von 50 %. Mit Verfügung vom 24. November 1999 sprach ihm die Invalidenversicherung ab 1. November 1997 eine ganze Invalidenrente zu und verrechnete bei dieser Gelegenheit die ausgerichteten Taggelder der Arbeitslosenversicherung im Gesamtbetrag von Fr. 23'665. 75 und Leistungen der SKBH von Fr. 1'560. 00 mit den aufgelaufenen Rentenbetreffnissen.
Die SKBH begründete die gegenüber der Invalidenversicherung geltend gemachte Rückforderung damit, durch die rückwirkende Zusprechung der IV-Rente sei S._ in den Monaten November und Dezember 1997 überentschädigt worden.
Zudem verweigerte sie ihm die Umwandlung der Versicherung in eine solche mit Leistungsbeginn ab dem 31. Tag und erliess am 15. Dezember 1999 eine entsprechende Verfügung.
Mit Einspracheentscheid vom 15. September 2000 erklärte sie sich bereit, das Taggeld bis zu einer Höhe von Fr. 22.70 in ein Taggeld mit Leistungsbeginn ab 31. Tag umzuwandeln. Im Umfang von Fr. 110. 95 bis zur bisherigen Deckung von Fr. 133. 65 verweigerte sie die Einräumung einer Wartefrist.
Zudem beschränkte sie die Leistungen auf 83 % des versicherten Taggeldes, mit der Begründung, die restlichen 17 % würden durch die Arbeitslosenversicherung gedeckt.
B.- Gegen diesen Entscheid erhob S._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau Beschwerde und beantragte, die SKBH sei zur Bezahlung eines Betrages von Fr. 44'328.- nebst Zins zu 5 % zu verpflichten. Die SKBH sei für berechtigt zu erklären, für den Monat Januar 1998 noch eine Monatsprämie von Fr. 1'069. 20 mit den zugesprochenen Leistungen zu verrechnen, für die Monate Februar 1998 bis Januar 1999 aber nur noch eine solche für ein Taggeld von Fr. 133. 65 bei einem Eintrittsalter von 57 Jahren und einer Wartefrist von 30 Tagen.
Mit Entscheid vom 11. Juli 2001 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Beschwerde in dem Sinne gut, dass es die SKBH zur Bezahlung des beantragten Betrages verpflichtete und hinsichtlich der Verrechnung mit ausstehenden Versicherungsprämien die nachgesuchte Feststellung traf, die Verrechnung aber auf Ende Dezember 1998 begrenzte. Das Begehren um die Verzinsung wies es ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die SKBH, der kantonale Entscheid sei aufzuheben und die Verfügung und der Einspracheentscheid seien zu schützen.
S._ stellt den Antrag auf teilweise Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde in dem Sinne, dass die SKBH für berechtigt zu erklären sei, die noch festzusetzende Prämie bis Ende Januar 1999 verrechnungsweise abzuziehen. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nachdem die Vorinstanz in ihrem Entscheid vom 27. Januar 1999 die Beschwerdeführerin bereits dazu verhalten hat, dem Beschwerdegegner per 1. Januar 1998 den Übertritt in die Einzeltaggeldversicherung mit einem Taggeld von Fr. 133. 65 zu gewähren, ist vorliegend noch der konkrete Leistungsanspruch des Beschwerdegegners aus dieser Versicherung streitig. Im Einzelnen geht es um den Umfang der Versicherungsdeckung, die Methode der Überentschädigungsberechnung und die Frage des Einbezugs von Kinderzulagen in den versicherten Verdienst.
2.- a) Nach Art. 67 Abs. 1 KVG kann, wer in der Schweiz Wohnsitz hat oder erwerbstätig ist und das 15., aber noch nicht das 65. Altersjahr zurückgelegt hat, bei einem Versicherer gemäss Art. 68 KVG eine Taggeldversicherung abschliessen. Die Versicherer sind verpflichtet, in ihrem örtlichen Tätigkeitsbereich jede zum Beitritt berechtigte Person aufzunehmen (Art. 68 Abs. 1 KVG). Das versicherte Taggeld wird vom Versicherer mit dem Versicherungsnehmer vereinbart (Art. 72 Abs. 1 KVG). Das Gesetz enthält in Art. 72 KVG zwingende Bestimmungen insbesondere zum Anspruchsbeginn (Abs. 2), zur Dauer des Anspruchs (Abs. 3) sowie zur Kürzung der Leistung bei teilweiser Arbeitsunfähigkeit (Abs. 4) und bei Überentschädigung (Abs. 5). Der Taggeldanspruch entsteht, wenn die versicherte Person mindestens zur Hälfte arbeitsunfähig ist. Ist nichts anderes vereinbart, so entsteht der Anspruch am dritten Tag nach der Erkrankung. Der Leistungsbeginn kann gegen eine entsprechende Herabsetzung der Prämie aufgeschoben werden. Die Definition der Arbeitsunfähigkeit ist im KVG die gleiche wie unter dem KUVG, weshalb die bisherige Rechtsprechung zu den einzelnen Begriffselementen auch unter dem neuen Recht Gültigkeit hat (RKUV 1998 Nr. KV 45 S. 430 mit Hinweisen zum Begriff der Arbeitsunfähigkeit [BGE 114 V 283 Erw. 1c, 111 V 239 Erw. 1b], zur Bestimmung des Grades der Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit [BGE 114 V 283 Erw. 1c, 111 V 239 Erw. 1b], zur Zumutbarkeit eines Berufswechsels bei dauernder Arbeitsunfähigkeit im bisherigen Tätigkeitsgebiet auf Grund des Gebotes der Schadenminderung [BGE 114 V 283 Erw. 1d und 285 Erw. 3a]).
b) Art. 73 KVG bestimmt unter der Marginalie "Koordination mit der Arbeitslosenversicherung", dass arbeitslosen (Kranken-)Taggeldversicherten bei einer Arbeitsunfähigkeit von mehr als 50 % das volle Taggeld und bei einer Arbeitsunfähigkeit von mehr als 25 %, aber höchstens 50 % das halbe Taggeld auszurichten ist, sofern die (Kranken-)Versicherer auf Grund ihrer Versicherungsbedingungen oder vertraglicher Vereinbarungen bei einem entsprechenden Grad der Arbeitsunfähigkeit grundsätzlich Leistungen erbringen (Abs. 1). Arbeitslose (Kranken-)Versicherte haben gegen angemessene Prämienanpassung Anspruch auf Änderung ihrer bisherigen Versicherung in eine Versicherung mit Leistungsbeginn ab dem 31. Tag, unter Beibehaltung der bisherigen Taggeldhöhe und ohne Berücksichtigung des Gesundheitszustandes im Zeitpunkt der Änderung (Abs. 2).
Art. 28 Abs. 1 AVIG sieht entsprechend vor, dass Arbeitslosenversicherte, die wegen Krankheit, Unfall oder Mutterschaft vorübergehend nicht oder nur vermindert arbeits- und vermittlungsfähig sind und deshalb die Kontrollvorschriften nicht erfüllen können, einen längstens bis zum 30. Tag nach Beginn der ganzen oder teilweisen Arbeitsunfähigkeit dauernden und innerhalb der Rahmenfrist auf 34 Taggelder beschränkten Anspruch auf das volle Arbeitslosentaggeld haben, sofern sie die übrigen Anspruchsvoraussetzungen erfüllen. Nach Abs. 2 von Art. 28 AVIG werden Taggelder der Kranken- oder Unfallversicherung, die Erwerbsersatz darstellen, von der Arbeitslosenentschädigung oder der Entschädigung für die Teilnahme an Umschulungs-, Weiterbildungs- und Eingliederungsmassnahmen der Arbeitslosenversicherung abgezogen.
c) Nach Art. 78 Abs. 2 KVG sorgt der Bundesrat dafür, dass die Versicherten oder die Leistungserbringer durch die Leistungen der sozialen Krankenversicherung oder durch deren Zusammentreffen mit den Leistungen anderer Sozialversicherungen nicht überentschädigt werden, insbesondere beim Aufenthalt in einem Spital. Gemäss Art. 72 Abs. 5 KVG hat die arbeitsunfähige versicherte Person bei Kürzung des Taggeldes infolge Überentschädigung nach Art. 78 Abs. 2 KVG Anspruch auf den Gegenwert von 720 vollen Taggeldern. Die Fristen für den Bezug des Taggeldes verlängern sich entsprechend der Kürzung. Gestützt auf die Kompetenzdelegation in Art. 78 Abs. 2 KVG hat der Bundesrat in Art. 122 Abs. 1 KVV bestimmt, dass die Leistungen der Krankenversicherung oder deren Zusammentreffen mit denjenigen anderer Sozialversicherungen nicht zu einer Überentschädigung der versicherten Person führen dürfen. Liegt eine Überentschädigung vor, so werden nach Art. 122 Abs. 3 KVV die betreffenden Leistungen der Krankenversicherung um deren Betrag gekürzt.
3.- a) Nach dem Entscheid der Vorinstanz vom 27. Januar 1999 steht fest, dass dem Beschwerdegegner per 1. Januar 1998 zu den bisherigen Versicherungsbedingungen der Übertritt in die Einzeltaggeldversicherung zu gewähren war (Taggeld von Fr. 133. 65; ohne Wartefrist; Monatsprämie Fr. 1'069. 20). Es ist strittig, ob die Beschwerdeführerin berechtigt war, dem Beschwerdegegner ab dem Zeitpunkt des Eintritts der Arbeitslosigkeit am 1. Februar 1998 die Umwandlung der Versicherung in eine solche mit Leistungsbeginn ab dem 31. Tag ganz oder teilweise (Verfügung vom 15. Dezember 1999 resp. Einspracheentscheid vom 15. September 2000) zu verweigern. Sie erklärte sich im Einspracheentscheid bereit, das Taggeld bis zu einer Höhe von Fr. 22.70 in ein Taggeld mit Leistungsbeginn ab 31. Tag umzuwandeln. Im Umfang von Fr. 110. 95 bis zur bisherigen Deckung von Fr. 133. 65 verweigerte sie die Einräumung einer Wartefrist und begründet dies in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde damit, dass nach der rückwirkenden Zusprechung einer Rente der Invalidenversicherung lediglich 17 % des Erwerbsausfalls durch die Arbeitslosenversicherung gedeckt gewesen sei. Wenn die Arbeitslosenversicherung den Erwerbsausfall nur zu 17 % decke, dann seien die Leistungen der sozialen Taggeldversicherung und der Arbeitslosenversicherung nur in diesem Umfang zu koordinieren.
b) Eine solche Aufteilung der Versicherungsdeckung entspricht nicht den Vorstellungen des Gesetzgebers. Aus der Marginalie zu Art. 73 KVG sowie der entsprechenden Koordinationsregel in Art. 28 AVIG ergibt sich, dass der Taggeldanspruch nach Art. 73 KVG voraussetzt, dass die versicherte Person, wäre sie nicht erkrankt, Anspruch auf Taggelder der Arbeitslosenversicherung (oder auf Arbeitslosentaggelder nach kantonalem Recht; SVR 1998 KV Nr. 4 S. 10 Erw. 5b) hat. Dieser gesetzlichen Regelung liegt die Überlegung zu Grunde, dass ebenfalls einen von der Krankentaggeldversicherung zu entschädigenden Verdienstausfall erleidet, wer zwar grundsätzlich Anspruch auf Arbeitslosentaggelder hat, zufolge Krankheit indessen vorübergehend vermittlungsunfähig ist und deshalb keine Arbeitslosentaggelder beziehen kann (RKUV 1998 Nr. KV 43 S.
422 Erw. 3a mit Hinweis auf BGE 102 V 83; SVR 1998 KV Nr. 4 S. 9 Erw. 3b).
Der bundesrätlichen Botschaft zu einem neuen Bundesgesetz über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und Insolvenzentschädigung vom 2. Juli 1980 (BBl 1980 III 489 ff.) ist zu entnehmen, dass die Sonderregelung des heutigen Art. 28 Abs. 1 AVIG in dem der Vernehmlassung unterbreiteten Entwurf noch nicht enthalten war (BBl 1980 III 585).
Die Einführung von Taggeldern bei vorübergehend fehlender oder verminderter Arbeitsfähigkeit wurde in der Expertenkommission und der von dieser eingesetzten "Arbeitsgruppe für die Nahtstellenprobleme" zwar eingehend diskutiert, schliesslich aber abgelehnt. Ausschlaggebend war unter anderem, dass die Ausrichtung von Arbeitslosenentschädigung an vermittlungsunfähige Arbeitslose einen nicht leicht zu nehmenden Einbruch in ein seit jeher geltendes Grundprinzip der Arbeitslosenversicherung, wonach die Vermittlungsfähigkeit eine Voraussetzung der Anspruchsberechtigung ist, bedeutet (BBl 1980 III 585 f.). Erst nachdem in der Vernehmlassung verschiedentlich auf die Lücke aufmerksam gemacht wurde, die dadurch entstand, dass kranke Arbeitslose nicht nur keine Leistungen der Arbeitslosenversicherung, sondern auf Grund der in vielen Fällen aufgeschobenen Krankentaggeldversicherung auch keine Taggelder der Krankenversicherung erhielten, wurde die Ausnahmeregelung des Art. 28 Abs. 1 AVIG in den Gesetzesentwurf aufgenommen (BBl 1980 III 585). Die Begrenzung der Arbeitslosenentschädigung auf den 30. Tag der Krankheit sollte dem Umstand Rechnung tragen, dass die aufgeschobene Krankentaggeldversicherung nach der damaligen Rechtslage in der Regel in jenem Zeitpunkt wirksam wurde und den Arbeitslosen der Abschluss einer solchen Versicherung mit Leistungsbeginn ab dem
31. Tag auf eigene Kosten zugemutet werden konnte (Amtl.
Bull. 1981 N 605, vgl. auch 825; Amtl. Bull. 1982 S 136).
Absatz 2 der Bestimmung statuiert den subsidiären Charakter der Leistungspflicht der Arbeitslosenversicherung und soll eine "Überversicherung" verhindern (BBl 1980 III 586 f.; vgl. dazu auch Kieser, Die Taggeldkoordination im Sozialversicherungsrecht, in: AJP 2000 S. 255).
Art. 28 Abs. 1 AVIG weicht vom Grundprinzip der Arbeitslosenversicherung ab, wonach Leistungen nur bei Vermittlungsfähigkeit der versicherten Person in Betracht kommen (BGE 117 V 246 f. Erw. 3c), und erfasst - im Unterschied zu Art. 15 Abs. 2 Satz 1 AVIG - Fälle bloss vorübergehend fehlender oder verminderter Arbeitsfähigkeit (BGE 126 V 127 Erw. 3b; ARV 1995 Nr. 30 S. 174 Erw. 3a/bb, 1989 Nr. 1 S. 56 oben; Gerhards, Kommentar zum Arbeitslosenversicherungsgesetz, Bd. I, N 5 zu Art. 28) infolge Krankheit, Unfall und Mutterschaft. Sinn und Zweck der Ausnahmeregelung besteht darin, trotz Vermittlungsunfähigkeit und damit an sich fehlender Anspruchsberechtigung Härtefälle zu vermeiden und Lücken im Bereich der "Nahtstellen" zwischen der Arbeitslosenversicherung und insbesondere der Kranken- und Unfallversicherung zu schliessen. Im Interesse der Verbesserung der sozialen Sicherung Arbeitsloser sollte namentlich bei Krankheit und Unfall (weiterhin) ein zeitlich limitierter Taggeldanspruch bestehen (ARV 2001 S. 166 Erw. 6a/b).
c) Wenn nach Absatz 2 von Art. 28 AVIG Taggelder der Kranken- oder Unfallversicherung, die Erwerbsersatz darstellen, von der Arbeitslosenentschädigung oder der Entschädigung für die Teilnahme an Umschulungs-, Weiterbildungs- und Eingliederungsmassnahmen der Arbeitslosenversicherung abgezogen werden, und wenn Art. 73 KVG unter der Marginalie "Koordination mit der Arbeitslosenversicherung" einen uneingeschränkten Anspruch auf Umwandlung einer bestehenden Taggeldversicherung in eine solche mit 30 Tagen Wartefrist einräumt, dann erweist sich die von der Beschwerdeführerin vertretene Interpretation der Rechtslage als nicht angängig; auch kann in dem hier erörterten Zusammenhang die in Art. 13 ihres Reglementes über Besondere Bedingungen der Einzel-Taggeldversicherung getroffene Regelung über die Änderung der Wartefrist während einer Krankheit oder nach einem Unfall nicht greifen. Wie der Beschwerdegegner zu Recht darauf hinweist, unterscheidet Art. 73 KVG nicht zwischen Ganz- und Teilarbeitslosigkeit und räumt der krankentaggeldversicherten Person das Recht auf Abänderung der bestehenden Versicherung zur Koordination mit den Leistungen der Arbeitslosenversicherung unabhängig vom Gesundheitszustand ein.
Nicht zulässig ist angesichts des Erörterten ebenfalls die von der Beschwerdeführerin vorgenommene Beschränkung der Leistungen auf 83 % des versicherten Taggeldes, was sie damit begründet, die restlichen 17 % würden durch die Arbeitslosenversicherung gedeckt. Der Beschwerdegegner hat nach der Koordinationsbestimmung von Art. 73 Abs. 1 KVG bei einer Arbeitsunfähigkeit von mehr als 50 % Anspruch auf das volle (Kranken-)Taggeld von Fr. 133. 65, das dann allenfalls zur Vermeidung einer Überentschädigung zu kürzen ist. Die Leistungen auf Grund der Regel von Art. 73 Abs. 1 KVG unterstehen ebenfalls dem Überentschädigungsverbot (Eugster, Krankenversicherungsrecht, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, S. 209 Rz 378).
4.- a) Die freiwillige Taggeldversicherung nach Art. 67 ff. KVG ist eine Erwerbsausfallversicherung; allerdings können die Parteien weitere krankheitsbedingte Schadenspositionen als versicherte Risiken in den Versicherungsvertrag aufnehmen. Dem stehen namentlich die Bestimmungen über die Vermeidung einer Überentschädigung (Art. 78 Abs. 2 KVG und Art. 122 KVV) nicht entgegen. Diese bezeichnen nicht den Gegenstand der Taggeldversicherung. Sie bezwecken vielmehr, die Kürzung von Sozialversicherungsleistungen zu vermeiden, solange die versicherte Person Kosten oder Einbussen im Sinne von Art. 122 Abs. 2 KVV zu tragen hat. Um die Überentschädigungsberechnung durchführen zu können, muss aber selbstverständlich in jedem Fall zunächst festgestellt werden, auf welche Sozialversicherungsleistungen die versicherte Person überhaupt Anspruch hat (RKUV 1998 Nr. KV 43 S. 421 Erw. 2a und b mit Hinweisen).
Die im UVG massgebenden Grundsätze sind für die Frage der zeitlichen Kongruenz sinngemäss anwendbar. Danach ist für die Bemessung der Überentschädigung auf die gesamte Abrechnungsperiode abzustellen (BGE 117 V 395 Erw. 3 und 105 V 315 Erw. I/4; RKUV 2000 Nr. U 376 S. 182 Erw. 2b; Eugster, a.a.O., S. 215 Rz 392 mit Hinweisen). Zur Bemessung der Überentschädigung gemäss Art. 122 Abs. 2 KVV ist wie unter dem KUVG eine Globalrechnung zu erstellen (Eugster, a.a.O., S. 216 Rz 392 mit Hinweisen in Fn 979 und 980).
b) Die Beschwerdeführerin hat sich im vorinstanzlichen Verfahren gegen eine globale Abrechnung für die gesamte Bezugsperiode, beginnend ab der Entstehung des Anspruchs auf Krankentaggelder, ausgesprochen, weil sie darin eine mögliche Benachteiligung von Versicherten erblickt, die gegen eine entsprechend höhere Prämie als Versicherte mit einer Deckungsquote von nur 80 % des Lohnes eine volle Versicherungsdeckung (100 % des Lohnes) gewählt haben. Die Globalrechnungsmethode sei für den Bereich der Unfallversicherung entwickelt worden; anders als in der Krankenversicherung, wo der Deckungsgrad und die Wartefrist frei gewählt werden könnten, gehe man dort bei allen Versicherten von den gleichen Parametern aus. Weil deren Überentschädigung beim Zusammentreffen mit Leistungen anderer Sozialversicherungen höher ausfalle, werde die Bezugsdauer bis zur Erschöpfung des gesamten Leistungsanspruchs stärker verlängert und sie hätten somit eine höhere Prämie für eine längere Periode zu bezahlen als Versicherte, die sich willentlich und gegen eine entsprechende Prämienreduktion für eine nur teilweise Versicherungsdeckung entscheiden, was nicht im Sinne des Gleichbehandlungsprinzips sein könne. Wie die Vorinstanz dazu bereits zutreffend ausgeführt hat, besteht das Grundanliegen der Globalrechnungsmethode darin, dass eine versicherte Person, welche aus dem gleichen Ereignis Leistungen mehrerer Sozialversicherungen bezieht, finanziell nicht besser gestellt wird, als wenn sie vom versicherten Ereignis nicht betroffen worden wäre. Dies bedeutet aber umgekehrt auch, dass sie nicht schlechter gestellt sein soll. Es wird damit von einem mutmasslich entgangenen Verdienst bei voller Arbeitsfähigkeit und dem entsprechenden Verdienst bei voller Arbeitsunfähigkeit ausgegangen. Die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Differenzen sind nicht dergestalt, dass von einer im Sozialversicherungsrecht bewährten Praxis für diesen Bereich der Krankentaggeldversicherung abgewichen werden müsste.
c) Die Vorinstanz hat die zur Bemessung der Überentschädigung und zur Bestimmung des restlichen Taggeldanspruches durchzuführende Berechnung richtig vorgenommen. Darauf kann verwiesen werden, wobei allerdings hinsichtlich des Einbezugs der Kinderzulagen ein Vorbehalt anzubringen ist (vgl. Erw. 5).
5.- Hinsichtlich des Einbezugs von Kinderzulagen in den versicherten Verdienst ist auf Grund der Einlassungen des Beschwerdegegners in der Vernehmlassung vom 17. Oktober 2001 erstellt, dass ein Anspruch darauf nicht während des gesamten von der Vorinstanz in die Globalberechnung einbezogenen Zeitraums bestand, sondern lediglich bis Juli 1997.
Damit verlängert sich die Bezugsdauer für das Resttaggeld von 40 Tagen auf 72 Tage und endigte die Versicherung am 27. Januar 1999 statt bereits am 26. Dezember 1998. Die von der Beschwerdeführerin in Nachachtung des vorinstanzlichen Entscheides festzusetzenden und verrechnungsweise abzuziehenden Prämien sind bis Ende Januar 1999 geschuldet. In diesem Sinne ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde teilweise gutzuheissen.
6.- Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend ist dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 159 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG). Die teilweise Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde im Nebenpunkt des Einbezugs von Kinderzulagen rechtfertigt keine Reduktion der Parteientschädigung.
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
wird der Entscheid des Verwaltungsgerichts
des Kantons Thurgau vom 11. Juli 2001 in dem Sinne
abgeändert, dass die Prämien bis Ende Januar 1999
geschuldet sind. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde
abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die SKBH Kranken- und Unfallversicherung hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung
von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu
bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 4. Juni 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: