Erwägungen:
1. Das Verhöramt des Kantons Schwyz führte am 31. August 2006 bei X._ im Rahmen einer gegen diesen laufenden Strafuntersuchung eine Hausdurchsuchung durch. Dabei wurden verschiedene Akten und Gegenstände beschlagnahmt. Auf Einsprache hin wurden die Akten versiegelt.
X._ beschwerte sich zunächst erfolglos bei der Staatsanwaltschaft.
Gegen deren Entscheid erhob er Beschwerde an das Kantonsgericht Schwyz. Mit Verfügung vom 17. September 2008 ist dieses auf die Beschwerde nicht eingetreten.
2. Gegen den Nichteintretensentscheid des Kantonsgerichts führen X._ sowie die von ihm beherrschten Firmen Y._ AG und Z._ AG der Sache nach Beschwerde in Strafsachen (Art. 78 ff. BGG).
Das Bundesgericht hat darauf verzichtet, Vernehmlassungen einzuholen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung - unabhängig von der Art des nach BGG offenstehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. in diesem Zusammenhang auch BGE 133 II 249 insb. E. 1.4 S. 254). Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Die Beschwerdeführer beanstanden u.a. das kantonale Verfahren und den angefochtenen Nichteintretensentscheid auf allgemeine Weise. Sie setzen sich indes mit den dem Entscheid zugrunde liegenden Erwägungen nicht auseinander und legen nicht im Einzelnen dar, inwiefern diese bzw. der Entscheid im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein sollen.
Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
Ergibt sich das Nichteintreten bereits aus dem genannten Grund, sind die weiteren Eintretensvoraussetzungen und im Übrigen auch die von den Beschwerdeführern mit ihrer Eingabe nebst dem Hauptbegehren um Aufhebung der kantonsgerichtlichen Verfügung vom 17. September 2008 gestellten Zusatzbegehren nicht weiter zu erörtern.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 66 BGG).
Demnach wird erkennt:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 600.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern sowie der Staatsanwaltschaft des Kantons Schwyz und dem Kantonsgericht Schwyz schrift-lich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Bopp