Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau führt eine Strafuntersuchung gegen Y._, insbesondere wegen des Verdachts von Steuerbetrug und Urkundenfälschung. In diesem Zusammenhang stellte die Staatsanwaltschaft im Februar/März 2012 in den Räumlichkeiten von X._, dem ehemaligen Revisor der Z._ AG, diverse Aufzeichnungen und Gegenstände sicher, welche versiegelt wurden. Am 2. April 2012 stellte die Staatsanwaltschaft ein Entsiegelungsgesuch. Mit Entscheid vom 20. August 2012 wies das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau das Entsiegelungsgesuch (mangels hinreichenden Tatverdachtes) ab.
B. Mit Verfügung vom 19. September 2012 wies das Zwangsmassnahmengericht ein Gesuch des Revisors vom 29. August 2012 um förmliche Berichtigung des Entscheides des Zwangsmassnahmengerichtes vom 20. August 2012 ab.
C. Gegen den (Nichtentsiegelungs-)Entscheid des Zwangsmassnahmengerichtes vom 20. August 2012 gelangte die Staatsanwaltschaft mit Beschwerde vom 12. September 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Gutheissung ihres Entsiegelungsgesuches.
Der vom angefochtenen Entscheid betroffene Revisor beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. Das Zwangsmassnahmengericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft nahm die ihr eingeräumte Gelegenheit zur Replik wahr. Der private Beschwerdegegner liess sich dazu am 18. Februar 2013 nochmals vernehmen.
Erwägungen:
1. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, sind die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 78 ff. BGG erfüllt; sie geben zu keinen Vorbemerkungen Anlass.
2. Im angefochtenen Entscheid wird Folgendes erwogen: Im Entsiegelungsbegehren werde dem Beschuldigten als einzigem Organ der Z._ AG (nachfolgend: Gesellschaft) sinngemäss zur Last gelegt, er habe eine Mäklerprovision von Fr. 600'000.--, welche die Gesellschaft im Jahre 2006 "verdient" habe, in der Buchhaltung und Erfolgsrechnung 2006 der Gesellschaft zu Unrecht nicht als Ertrag verbucht. Die betreffenden Aussagen des Beschuldigten und des privaten Beschwerdegegners sowie die erfolgten Verbuchungen wiesen einige Widersprüche auf. Zwar behaupte der Beschuldigte, die Mäklerprovision habe nicht der Gesellschaft zugestanden, sondern ihm selbst, weshalb er die Provision nicht als Ertrag der Gesellschaft habe verbuchen müssen. Bei diesem Standpunkt sei jedoch - nach Ansicht der Vorinstanz - weder erklärbar, weshalb zunächst die Gesellschaft ausdrücklich mit dem Mäklergeschäft beauftragt worden, noch, weshalb der fragliche Betrag von Fr. 600'000.-- drei Jahre später dann doch (in der Buchhaltung der Gesellschaft) verbucht worden sei. Diese Ungereimtheiten könnten "wohl für die Untersuchung des Tatvorwurfes der Geldwäscherei relevant" sein. Sie bildeten jedoch "kein Indiz für eine deliktische Falschbuchung im Jahre 2006". Trotz der genannten Widersprüche könne davon ausgegangen werden, dass die Gesellschaft die Mäkleransprüche an den Beschuldigten übertragen habe. Der Verdacht von Urkunden- und Steuerdelikten sei folglich zu verneinen und das Entsiegelungsgesuch abzuweisen. "Der guten Ordnung halber" sei immerhin "festzustellen, dass die Verneinung des dringenden Tatverdachts nur die Bedeutung" habe, "dass nach Auffassung des Gerichts keine Indizien dafür bestehen, dass die Buchhaltung" der Gesellschaft "für das Geschäftsjahr 2006 falsch bzw. gefälscht sein könnte". Ebenso wenig äussere sich die Vorinstanz "zur Frage, ob der Beschuldigte das Mäklerhonorar steuerlich korrekt deklariert hat" oder nicht (vgl. angefochtener Entscheid, S. 5-7, E. 5-6).
3. Die beschwerdeführende Staatsanwaltschaft rügt, die Verneinung des hinreichenden Tatverdachtes beruhe auf einer willkürlichen Würdigung des Sachverhaltes. Die Verweigerung der Entsiegelung sei bundesrechtswidrig.
3.1 Das fragliche Grundstück (in St. Moritz) sei am 30. Mai 2006 für den beurkundeten Kaufpreis von Fr. 17,5 Mio. verkauft worden. Für die Abgeltung eines auf der Liegenschaft lastenden Wohnrechts habe der Käufer darüber hinaus Fr. 4 Mio. in bar an die Wohnberechtigte bezahlt. Davon habe die Berechtigte im Beisein des Beschuldigten Fr. 3,4 Mio. auf ein eigens dafür eingerichtetes (auf ihren Namen lautendes) Bankkonto überwiesen. Der Differenzbetrag von Fr. 600'000.-- sei - ebenfalls in bar - auf ein Konto des Beschuldigten bei derselben Bank einbezahlt worden.
3.2 In diesem Zusammenhang bestehe sowohl gegen die (separat beschuldigte) Wohnberechtigte als auch gegen den beschuldigten Anwalt der Tatverdacht der Geldwäscherei. Auch die bar einbezahlten Fr. 600'000.-- stammten mutmasslich aus deliktischem Erlös (gewerbsmässiger Betrug als Vortat). Zusätzlich sei gegen den Beschuldigten eine Strafuntersuchung wegen Urkundenfälschung und Steuerbetrug eröffnet worden, da diese Einnahmen weder ordentlich deklariert, noch gesetzeskonform versteuert worden seien.
3.3 Sie, die Staatsanwaltschaft, sei anlässlich des Entsiegelungsersuchens vom 2. April 2012 (aufgrund der damaligen Ermittlungsergebnisse) davon ausgegangen, dass die Fr. 600'000.-- der vom Beschuldigten kontrollierten Gesellschaft zugeflossen seien, gestützt auf einen Mäklervertrag vom 10. Februar 2006 zwischen dieser Gesellschaft und der Wohnberechtigten. Auch der Beschuldigte habe damals den Sachverhalt bei verschiedenen Einvernahmen entsprechend dargestellt. In diesem Fall hätten diese Einnahmen aber in der Gesellschaftsbuchhaltung des Jahres 2006 verbucht werden müssen. Dies sei aufgrund der bereits edierten Steuerunterlagen nicht geschehen.
3.4 Nach Eingang des Entsiegelungsersuchens habe der Beschuldigte seine Aussagen geändert. Bei der Einvernahme vom 3. Mai 2012 und in unaufgeforderten Stellungnahmen an die Vorinstanz habe er (im Gegensatz zu früheren Aussagen, insbesondere vom 2. und 15. September 2010) plötzlich behauptet, die Gesellschaft habe den Mäklervertrag an ihn selbst übertragen, weshalb die fragliche Provision nicht bei der Gesellschaft habe verbucht werden müssen. Dieses Aussageverhalten sei widersprüchlich und werfe diverse Fragen auf. Auffällig sei auch, dass die 2006 in bar eingenommene Mäklerprovision erst drei Jahre später in einer Steuererklärung (des Beschuldigten) nachträglich aufgeführt worden sei. Der Beschuldigte habe die betreffende Steuererklärung (für 2009) erst am 8. Oktober 2010 eingereicht, nachdem er Ende September 2010 aus der Untersuchungshaft entlassen worden sei. Die damit zusammenhängenden offenen Fragen und Ungereimtheiten bedürften weiterer Klärung aufgrund der sichergestellten und versiegelten Buchhaltungs- und Revisionsunterlagen.
4. Der private Beschwerdegegner beantragt im Hauptstandpunkt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Entgegen seiner Auffassung sind die Sachurteilsvoraussetzungen allerdings erfüllt. Insbesondere sind die Beschwerdelegitimation der Staatsanwaltschaft (Art. 81 Abs. 1 BGG) und der drohende nicht wieder gutzumachende Rechtsnachteil (im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) zu bejahen. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, droht der Strafverfolgungsbehörde im Falle einer Verweigerung der Entsiegelung ein empfindlicher Beweisverlust bei der Untersuchung schwerwiegender Delikte (vgl. BGE 137 IV 340 E. 2.3 S. 344-346). In materiellrechtlicher Hinsicht macht der private Beschwerdegegner insbesondere geltend, die Staatsanwaltschaft argumentiere widersprüchlich. Die fragliche Mäklerprovision von Fr. 600'000.-- könne nicht gleichzeitig mutmasslichen Verbrechenserlös (im Sinne der Geldwäscherei) und angeblich nicht deklariertes legales Steuersubstrat darstellen. Die von der Staatsanwaltschaft als widersprüchlich beanstandeten Aussagen des Beschuldigten zur Frage, wem die Mäklerprovision zustehe, seien damit zu erklären, dass gewisse Befragungen sich noch nicht auf den Vorwurf des Steuerbetruges (sondern auf den der Geldwäscherei) bezogen hätten.
5. Bei Entsiegelungsersuchen ist darüber zu entscheiden, ob die Geheimnisschutzinteressen, welche von der Inhaberin oder dem Inhaber der versiegelten Aufzeichnungen und Gegenstände angerufen werden, einer Durchsuchung und weiteren strafprozessualen Verwendung durch die Staatsanwaltschaft entgegen stehen (Art. 248 Abs. 1 StPO; BGE 137 IV 189 E. 4 S. 194 f.; 132 IV 63 E. 4.1-4.6 S. 65 ff.). Strafprozessuale Zwangsmassnahmen setzen auch voraus, dass ein hinreichender Tatverdacht vorliegt (Art. 197 Abs. 1 lit. b StPO) und der damit verbundene Eingriff verhältnismässig erscheint (Art. 197 Abs. 1 lit. c-d und Abs. 2 StPO).
5.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des hinreichenden Tatverdachtes (Art. 197 Abs. 1 lit. b StPO) keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Bestreitet der von strafprozessualen Zwangsmassnahmen Betroffene das Vorliegen eines ausreichenden Tatverdachts, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat vorliegen, die Strafverfolgungsbehörde somit das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen darf. Es genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. BGE 137 IV 122 E. 3.2 S. 126; 124 IV 313 E. 4 S. 316; 116 Ia 143 E. 3c S. 146).
Bei Beschwerden gegen schwerwiegende Eingriffe in individuelle Grundrechte durch Zwangsmassnahmen prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung der StPO frei (BGE 137 IV 122 E. 2 S. 125, 340 E. 2.4 S. 346 mit Hinweisen). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 137 IV 122 E. 2 S. 125 f.; 135 I 71 E. 2.5 S. 73 f.).
5.2 Das streitige Entsiegelungsersuchen stützt sich auf einen hinreichenden Verdacht von Straftaten. Die aus den Akten ersichtlichen Aussagen des Beschuldigten (und die darauf gestützten Einwände des privaten Beschwerdegegners) zum Vorwurf von Urkunden- und Steuerdelikten erscheinen widersprüchlich. Ziel des Entsiegelungsersuchens ist es, die Verdachtselemente und Ungereimtheiten aufgrund der massgeblichen Buchhaltungs- und Revisionsunterlagen aufzuklären. Darüber hinaus besteht auch eine enge sachliche Konnexität zum separaten Tatverdacht der Geldwäscherei, der vom Bundesgericht bereits in mehreren konnexen Urteilen bestätigt wurde (vgl. teilweise zur amtlichen Publikation bestimmtes Urteil 1B_397/2012 vom 10. Oktober 2012 E. 5; Urteil 1B_27/2012 vom 27. Juni 2012 E. 7). Die Einwendungen des privaten Beschwerdegegners lassen den Tatverdacht nicht dahinfallen. Er verkennt, dass sich der Vorwurf der Geldwäscherei (gegenüber dem Beschuldigten) weder primär noch ausschliesslich auf die Mäklerprovision von Fr. 600'000.-- bezieht (vgl. dazu oben, E. 3.1-3.2). Bei dieser Sachlage erweist sich die Verweigerung der Entsiegelung durch die Vorinstanz (wegen vermeintlich fehlenden Verdachtsgründen) als bundesrechtswidrig.
5.3 Wie im angefochtenen Entscheid dargelegt wird, erstreckt sich das streitige Entsiegelungsgesuch auf die Buchhaltung der Gesellschaft für das Jahr 2006 sowie auf die Revisionsunterlagen zur Jahresrechnung 2006 der Gesellschaft. Damit ist auch die Untersuchungsrelevanz der sichergestellten Unterlagen zu bejahen (vgl. Art. 197 Abs. 1 lit. c-d und Abs. 2 StPO). Über das Dargelegte hinaus kann offen bleiben, ob der private Beschwerdegegner sich überhaupt (in ausreichend substanziierter Weise) auf eigene Geheimnisschutzinteressen beruft, die einer Entsiegelung allenfalls hätten entgegen stehen können.
6. Die gesetzlichen Entsiegelungsvoraussetzungen sind erfüllt.
Das Bundesgericht kann die Entsiegelung direkt bewilligen (vgl. Art. 107 Abs. 2 BGG). Ein solcher Entscheid in der Sache selbst (anstelle einer blossen Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung) rechtfertigt sich im vorliegenden Fall auch im Hinblick auf das strafprozessuale Beschleunigungsgebot (Art. 5 Abs. 1 StPO), zumal das Entsiegelungsersuchen vom 2. April 2012 datiert.
7. Die Beschwerde ist gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und das Entsiegelungsbegehren zu bewilligen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend, sind die Gerichtskosten dem privaten Beschwerdegegner aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, die Verfügung vom 20. August 2012 des Zwangsmassnahmengerichts des Kantons Thurgau wird aufgehoben, und das Entsiegelungsbegehren vom 2. April 2012 der Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau wird bewilligt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem privaten Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Forster