Sachverhalt:
A. Die Gemeinde Thalheim legte am 27. Oktober 2003 dem damaligen Baudepartement (heute: Departement Bau, Verkehr und Umwelt, BVU) die Gesamtrevision Nutzungsplanung Siedlung sowie die Nutzungsplanung Kulturland zur Vorprüfung vor. Der Kulturlandplan enthielt drei für Aussiedlungen vorgesehene Aussparungen in der Landschaftsschutzzone ("Siedlungseier"), eine davon im Gebiet Chessel. In seinem provisorischen Vorprüfungsbericht vom 13. Januar 2004 wies das BVU darauf hin, dass die vorgesehenen Siedlungseier nicht genehmigungsfähig seien. Am 21. April 2004 beschloss der Gemeinderat von Thalheim, an den Siedlungseiern um bestehende Landwirtschaftsbetriebe herum festzuhalten und die leeren Siedlungseier - darunter dasjenige im Gebiet Chessel - aufzugeben. Auf Einsprache von X._ hin nahm der Gemeinderat das Siedlungsei Chessel am 4. Juli 2005 wieder in den Kulturlandplan auf.
Am 19. August 2005 beschloss die Gemeindeversammlung Thalheim die Gesamtrevision Nutzungsplanung Siedlung und die Nutzungsplanung Kulturland.
Am 13. November 2007 genehmigte der Grosse Rat des Kantons Aargau die Nutzungsplanung Siedlung und Kulturland der Gemeinde Thalheim vom 19. August 2005 mit Ausnahme des Siedlungseis Chessel.
Am 21. Dezember 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die gegen die Nichtgenehmigung des Siedlungseis Chessel gerichtete Beschwerde von X._ ab.
B. Mit Beschwerde vom 19. Februar 2010 beantragt X._ sinngemäss, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts sowie den Genehmigungsbeschluss des Grossen Rats vom 13. November 2007 aufzuheben und das Siedlungsei Chessel zu bewilligen.
C. Das Verwaltungsgericht hält in der Vernehmlassung an seinem Entscheid fest. Das BVU verweist auf die Entscheide des Grossen Rats und des Verwaltungsgerichts und verzichtet im Übrigen auf Stellungnahme.
Erwägungen:
1. Angefochten ist der kantonale letztinstanzliche Entscheid des Verwaltungsgerichts über eine kommunale Nutzungsplanung, mithin über eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von Art. 82 BGG, die nicht von einem Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG betroffen ist. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten steht damit zur Verfügung. Der Beschwerdeführer hat am kantonalen Verfahren teilgenommen, ist als Eigentümer von Parzellen, die der Landschaftsschutzzone zugewiesen wurden, vom angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Änderung; er ist damit befugt, Beschwerde zu führen (Art. 89 Abs. 1 BGG) und die Verletzung von Bundesrecht zu rügen (Art. 95 BGG).
Nach Art. 109 Abs. 2 BGG entscheidet die Abteilung in Dreierbesetzung über die Abweisung offensichtlich unbegründeter Beschwerden. Der Entscheid wird summarisch begründet, wobei auf den angefochtenen Entscheid verweisen werden kann (Abs. 3).
2. Der Beschwerdeführer führt einen Landwirtschaftsbetrieb im Weiler Rischele. Der Betrieb liegt zwischen Thalheim und der Staffelegg. Der ganze Hang zwischen Dorf und Pass liegt in der Landwirtschaftszone, welche, abgesehen von den bestehenden landwirtschaftlichen Siedlungen, von einer Landschaftsschutzzone überlagert wird. Er wird zudem vom Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler von nationaler Bedeutung (BLN-Objekt Nr. 1017 "Aargauer und östlicher Solothurner Faltenjura") erfasst. Mit der neuen Nutzungsplanung wurde dem Beschwerdeführer die Möglichkeit zugestanden, den bestehenden Hof in der Rischele um rund 2,5 Hektaren zu erweitern; ausgeschlossen ist jedoch eine Aussiedlung ins einige hundert Meter hangaufwärts gelegene, unüberbaute Gebiet Chessel, welches im Rahmen der Güterregulierung in den 60er-Jahren des letzten Jahrhunderts als Siedlungsareal für die Aussiedlung bestimmt wurde.
Keiner weiteren Ausführungen bedarf, dass es wichtigen raumplanungsrechtlichen Anliegen entspricht, die Landschaft zu schonen und die Siedlungen zu begrenzen. Es erweist sich somit gerade in einem besonders schützenswerten und geschützten Gebiet als zwingend, neue Bauten nach Möglichkeit an bestehende Siedlungen anzubinden und unüberbaute Flächen freizuhalten. Das in der angefochtenen Nutzungsplanung gewählte Vorgehen, dem Beschwerdeführer eine allfällige Aussiedlungsmöglichkeit in der Nähe des bisherigen Betriebs einzuräumen und das unüberbaute Gebiet Chessel freizuhalten, ist offenkundig sachgerecht und verletzt kein Bundesrecht. Es kann auf die zutreffenden Ausführungen der regierungsrätlichen Botschaft vom 15. August 2007 (S. 7 f.) und des Verwaltungsgerichts im angefochtenen Entscheid verwiesen werden. Ebenfalls nichts zu seinen Gunsten ableiten kann der Beschwerdeführer aus dem Umstand, dass das Gebiet Chessel im 1978 abgeschlossenen Güterregulierungsverfahren als Standort für eine Aussiedlung vorgesehen war, da sich seither die Sach- und Rechtslage - z.B. durch das Inkafttreten des Raumplanungsgesetzes am 22. Juni 1979 - derart grundlegend verändert hat, dass die der damaligen Güterzusammenlegung zugrunde liegenden planerischen Vorstellungen heute überholt sind. Auch dazu kann auf die zutreffenden Ausführungen des Verwaltungsgerichts (E. 5 S. 12 f.) verwiesen werden.
3. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet und somit im Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Thalheim sowie dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt, dem Regierungsrat, dem Grossen Rat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juni 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi