Faits:
A. Par contrat du 14 novembre 2008, le Syndicat A._ (société simple composée de plusieurs personnes) a cédé à Z._ l'usage de bureaux de 121,4 m2 au premier étage d'un immeuble au Petit-Lancy, destinés à l'exploitation d'un cabinet de physiothérapie. Il était convenu que le bail prenait effet le 16 novembre 2008 et se terminait le 30 novembre 2013, une reconduction tacite étant ensuite possible d'année en année. Le loyer annuel a été fixé initialement à 42'432 fr. sans les charges avec une clause d'adaptation à l'évolution de l'indice officiel suisse des prix à la consommation.
B. Par requête du 9 décembre 2008 adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers de Genève, Z._ a contesté le loyer initial, qu'il estimait abusif, en expliquant qu'il avait été contraint de conclure le contrat en raison de la pénurie de locaux commerciaux. Il a conclu à ce que le loyer annuel soit fixé à 27'000 fr.
Les bailleurs ont soutenu que les conditions n'étaient pas remplies pour contester le loyer initial, et, subsidiairement, ont estimé que le loyer devait être fixé à 39'212 fr.20 sans les charges.
L'essai de conciliation n'ayant pas abouti, Z._ a saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, lequel, par jugement du 29 novembre 2010 communiqué le 13 décembre 2010, a déclaré irrecevable la contestation du loyer initial.
Z._ a appelé de ce jugement, concluant principalement à ce qu'il soit annulé et à ce que le loyer initial soit fixé à 32'168 fr.20 par année, les bailleurs devant être condamnés à lui rembourser le trop-perçu.
Dans leur mémoire-réponse du 4 mars 2011, les bailleurs ont fait valoir pour la première fois durant la procédure qu'ils avaient vendu les locaux litigieux en date du 28 janvier 2010 à V._ et W._, l'acquisition ayant fait l'objet d'une publication dans la Feuille d'Avis Officielle n° xxx du ... 2010. Estimant qu'ils avaient perdu toute légitimation passive, ils ont conclu au déboutement de leur partie adverse.
Le locataire a maintenu ses conclusions et demandé subsidiairement le renvoi de la cause au premier juge afin qu'il ajoute V._ et W._ aux parties défenderesses et rende un nouveau jugement au fond.
Statuant par arrêt du 19 mars 2012, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice genevoise a annulé le jugement attaqué et renvoyé la cause au Tribunal des baux et loyers pour suite d'instruction au sens des considérants et nouveau jugement. En substance, elle a retenu qu'elle pouvait prendre en considération le transfert de propriété qui avait été ignoré des premiers juges et que ce fait justifiait le renvoi de la cause en première instance en vue d'instruire sur la question d'une substitution d'office.
C. Les membres du Syndicat A._, soit la succession de X._ (A.X._, B.X._ et C.X._), B._ & Cie, C._ SA, D._ SA et E._ SA, exercent par un acte unique un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une violation arbitraire des art. 434, 148, 292 et 300 de l'ancienne loi genevoise de procédure civile, ainsi qu'une violation de l'art. 261 al. 1 CO, les recourants concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la constatation qu'ils ont perdu la légitimation passive, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale.
L'intimé propose le rejet du recours.
Les parties ont répliqué et dupliqué.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué ne met pas fin à la procédure, puisque celle-ci va se poursuivre devant le Tribunal des baux et loyers. Il ne s'agit donc pas d'une décision finale au sens de l'art. 90 LTF.
Il n'y a pas trace d'une décision même partielle sur l'objet de la demande, de sorte que l'on ne se trouve pas non plus en présence d'une décision partielle au sens de l'art. 91 let. a LTF. La cour cantonale n'a pas décidé davantage de mettre une partie hors de cause, de sorte qu'elle n'a pas mis fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts (art. 91 let. b LTF). L'autre cas de figure de la décision partielle n'entre conséquemment pas en ligne de compte.
S'agissant d'une pure décision de renvoi, celle-ci doit être qualifiée de décision incidente (ATF 137 V 314 consid. 1 p. 315; 136 V 369 consid. 1.2 p. 371 s.; 135 III 212 consid. 1.2 p. 216, 329 consid. 1.2 p. 331). Comme elle ne porte pas sur la compétence ou sur une demande de récusation (art. 92 LTF), elle ne peut faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral qu'aux conditions fixées par l'art. 93 al. 1 LTF.
Cette disposition prévoit deux hypothèses alternatives:
- soit la décision attaquée peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF);
- soit l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
S'agissant de la première condition, le risque de préjudice invoqué doit être d'ordre juridique, c'est-à-dire qu'il ne peut pas consister simplement dans le fait que la procédure se prolonge et qu'elle coûte donc plus chère (ATF 137 III 380 consid. 1.2.1 p. 382, 522 consid. 1.3 p. 525). Par ailleurs, le risque doit porter sur un préjudice irréparable, c'est-à-dire un préjudice qu'une décision finale favorable au recourant ne ferait pas disparaître entièrement (ATF 138 III 46 consid. 1.2 p. 47; 137 III 324 consid. 1.1 p. 328, 380 consid. 1.2.1 p. 382, 522 consid. 1.3 p. 525).
En l'espèce, quelle que soit la décision qui sera rendue par le Tribunal des baux et loyers, les parties recourantes pourront encore en appeler devant la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice, puis devant le Tribunal fédéral. Que les parties recourantes soient ou non mises hors de cause, que l'on mette en cause ou non d'office les acquéreurs ou qu'on leur permette ou non d'intervenir, les premières pourront de toute manière se plaindre devant le Tribunal fédéral, si elles s'y croient fondées, d'une transgression du droit fédéral ou d'une violation arbitraire des règles de procédure cantonale. On ne discerne aucun préjudice irréparable, si ce n'est l'allongement et le renchérissement de la procédure, hypothèses qui, comme on l'a vu, n'entraînent pas un préjudice de nature juridique permettant de recourir en application de l'art. 93 al. 1 let. a LTF.
Le recours n'est pas recevable sous l'angle de la norme précitée.
Il ne l'est pas plus si l'on se penche sur la seconde condition alternative prévue par l'art. 93 al. 1 let. b LTF. En effet, pour que celle-ci soit réalisée, il faudrait qu'une décision finale immédiate émanant du Tribunal fédéral permette d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. A moins que cela ne soit évident, il incombe à la partie recourante d'indiquer de manière détaillée quelles questions de fait sont encore litigieuses, quelles preuves - déjà offertes ou requises - devraient encore être administrées et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (ATF 133 III 629 consid. 2.4.2 p. 633 et les arrêts cités).
En l'espèce, le renvoi pourrait tout au plus impliquer une audition des acquéreurs, ce qui ne saurait constituer des probatoires fastidieux et dispendieux. On ne voit pas - et les parties recourantes ne le disent pas non plus - quelle autre mesure probatoire serait encore nécessaire. Que les acquéreurs puissent être admis à la procédure et prendre des conclusions en rendant la cause plus complexe est sans pertinence, puisque l'art. 93 al. 1 let. b LTF ne vise que la procédure probatoire, soit l'administration des preuves (cf. arrêt 4A_23/2008 du 28 mars 2008 consid. 1.3).
Ainsi, la seconde condition alternative prévue par l'art. 93 al. 1 LTF n'est pas non plus remplie, parce que l'on ne voit pas qu'une décision du Tribunal fédéral conduise à éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Partant, il n'est même pas nécessaire de se demander si, comme l'exige également l'art. 93 al. 1 let. b LTF, le Tribunal fédéral pourrait rendre lui-même immédiatement une décision finale.
Le recours est irrecevable dans toute son étendue.
2. Au demeurant, le recours au Tribunal fédéral, contrairement à ce que semblent penser les parties recourantes, ne pourrait pas conduire à les mettre hors de cause.
Savoir si la cour cantonale pouvait prendre en considération ce transfert de propriété qui n'avait pas été constaté par le juge de première instance est une pure question de procédure cantonale (art. 405 al. 1 CPC). Les parties recourantes admettent que la cour le pouvait, parce qu'il s'agissait d'un fait qui devait être établi d'office. Il n'y a pas lieu d'y revenir, car le Tribunal fédéral ne peut pas entrer en matière sur une question de droit cantonal qui n'a pas donné lieu à un grief formulé de manière précise (art. 106 al. 2 LTF).
Lorsque, après la conclusion d'un contrat de bail, la propriété du bien immobilier est transférée à autrui, le bail conclu avec le précédent propriétaire passe de plein droit à l'acquéreur (art. 261 al. 1 CO), sous réserve de son droit de résiliation prévu par l'art. 261 al. 2 CO. En conséquence, l'acquéreur devient, dès l'inscription au registre foncier (avec effet rétroactif au moment de l'inscription au journal: ATF 128 III 82 consid. 1b p. 84), à la fois le propriétaire de l'immeuble et le nouveau bailleur; il succède au précédent bailleur dans la relation contractuelle par le seul effet de la loi (ATF 128 III 82 consid. 1a p. 84; 127 III 273 consid. 4c/aa p. 277).
Ce transfert n'a cependant pas d'effet rétroactif et ne porte donc pas sur des créances déjà échues à l'encontre du précédent bailleur (ATF 127 III 273 consid. 4c/aa p. 277 s.; HIGI, Zürcher Kommentar, n° 27 ad art. 261-261a CO; LACHAT, Le bail à loyer, Lausanne 2008, p. 687 s., ch. 4.1.6).
En l'espèce, le locataire demande au juge de fixer le loyer initial entre le début du bail et le moment du transfert, puis de condamner ses parties adverses, le cas échéant, à restituer le trop-perçu.
A supposer que la demande soit fondée, il est évident que les parties recourantes, qui étaient bailleresses durant cette période et qui ont encaissé les loyers qui s'y rapportent, restent seules tenues de restituer un éventuel trop-perçu. Une telle obligation ne passe pas aux acquéreurs, qui n'ont pas encaissé les loyers éventuellement indus. Les parties recourantes n'ont donc pas perdu la légitimation passive et ne sauraient être mises hors de cause.
Les parties recourantes ne peuvent pas non plus éviter une mise en cause des acquéreurs.
Ces derniers, qui n'ont pas résilié le bail (art. 261 al. 2 CO), sont liés, après le transfert de propriété, par le même contrat que celui conclu avec les précédents bailleurs; le loyer applicable est ainsi celui en vigueur au moment de l'aliénation (cf. LACHAT, op. cit., p. 687), soit en l'occurrence le loyer qui résultera de la procédure judiciaire en cours. Autrement dit, les acquéreurs, pour la période de bail qui commence après le transfert de propriété, sont directement concernés par l'issue de cette procédure.
Comme le juge établit les faits d'office - sous l'ancien droit: cf. art. 274d al. 3 CO; sous le nouveau droit: cf. art. 243 al. 2 let. c et 247 al. 2 let. a CPC -, on doit admettre qu'il dispose d'une grande latitude dans la conduite de la procédure. Dans la situation d'espèce, on pourrait imaginer, en s'inspirant de l'art. 261 al. 3 CC, qu'il avise les acquéreurs de la procédure en cours et leur impartisse un délai pour intervenir. Cependant, pour éviter des difficultés dans l'hypothèse où, suivant les cas de figure, les acquéreurs auraient intérêt à s'abstenir de toute réaction, la jurisprudence a fait un pas de plus et a admis qu'il résultait de l'art. 261 al. 1 CO que les acquéreurs étaient substitués de plein droit aux précédents bailleurs dans les procès en cours pour les droits et obligations résultant du contrat après le moment du transfert (ATF 127 III 273 consid. 4c/aa p. 277; arrêt 4C.291/2006 du 28 novembre 2006 consid. 1.3). La doctrine a approuvé ce cas de substitution de parties en vertu du droit fédéral (LACHAT, op. cit., p. 688 ch. 4.1.8 et les auteurs cités). Les acquéreurs doivent donc être considérés comme parties en cause pour ce qui concerne la fixation du loyer se rapportant à la période postérieure au transfert de propriété.
Il est certes possible de se demander si la cour cantonale n'aurait pas pu prendre elle-même les mesures nécessaires, plutôt que de renvoyer la cause au juge de première instance. Il s'agit là d'une question de procédure cantonale (art. 405 al. 1 CPC) que le Tribunal fédéral n'a pas à revoir d'office (art. 95 et 96 LTF). Quoi qu'il en soit, un détour procédural inutile a pour seul effet d'allonger et de renchérir la procédure, ce qui - comme on l'a vu - ne donne pas lieu à un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, ouvrant la voie à un recours immédiat au Tribunal fédéral.
On peut d'ailleurs comprendre que la cour cantonale ait choisi de renvoyer la cause à l'autorité précédente puisque, le transfert étant déjà intervenu à l'époque de la première instance, cette voie permet de rectifier le cours de procédure.
3. Le recours étant irrecevable, les frais judiciaires et les dépens sont mis solidairement à la charge des recourants, qui succombent (art. 66 al. 1 et 5, art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3. Les recourants, débiteurs solidaires, verseront à l'intimé une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 28 août 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Ramelet