Faits:
A. A._ a été dénoncé pour avoir dépassé de 25 km/h la limite de vitesse de 50 km/h, en circulant le 13 décembre 2009, vers 16h45, sur la route des Falaises à Neuchâtel.
Contestant dès le départ la hauteur de l'excès de vitesse, il a fait opposition au mandat de répression. Par jugement du 29 avril 2010, le Tribunal de police du district de Neuchâtel l'a jugé coupable d'excès de vitesse et l'a condamné, conformément aux art. 90 ch. 2 de la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01) et 37 CP, à 40 heures de travail d'intérêt général. Le jugement pénal est entré en force de chose jugée.
Par décision du 25 août 2010, l'Office cantonal bernois de la circulation routière et de la navigation (ci-après: l'Office cantonal) a retiré le permis de conduire de l'intéressé pour une durée de trois mois, en application de l'art. 16c al. 1 let. a LCR; la durée du retrait court depuis le 17 juillet 2010. L'intéressé a également été astreint à suivre un cours d'éducation routière d'une durée d'un jour. L'effet suspensif n'a pas été accordé à un éventuel recours.
B. L'intéressé a porté sa cause devant la Commission de recours du canton de Berne contre les mesures LCR (ci-après: la Commission de recours), concluant à l'annulation de la décision de l'Office cantonal et au rétablissement de l'effet suspensif.
Par décision du 16 septembre 2010, la Commission de recours a refusé de rétablir l'effet suspensif du recours.
C. Dans son recours du 24 septembre 2010, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision précitée et de dire que son recours à l'encontre de la décision de l'Office cantonal déploie un effet suspensif. Il fait valoir en substance que le refus de l'effet suspensif revient à vider de toute substance et de toute utilité les voies de recours aménagées par la législation cantonale.
La Commission de recours conclut au rejet du recours. L'Office cantonal renonce à déposer une prise de position. Le recourant a répliqué aux observations de la Commission de recours par courrier du 27 octobre 2010.
Considérant en droit:
1. Le recourant n'a pas indiqué par quelle voie de recours il procède auprès du Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (au sujet d'une voie erronée de recours, ATF 133 I 300 consid. 1.2 p. 302 s., 308 consid. 4.1 p. 314).
La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale au sujet d'une mesure administrative de retrait ou d'annulation du permis de conduire. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable, sous réserve des conditions de recevabilité posées notamment aux art. 90 ss LTF.
2. Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF) ou contre les décisions partielles (art. 91 LTF). En revanche, en vertu de l'art. 93 al. 1 LTF, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
L'objectif poursuivi par cette disposition est de décharger le Tribunal fédéral en faisant en sorte que, dans la mesure du possible, celui-ci soit amené à trancher l'ensemble du litige dans une seule décision (ATF 135 II 30 consid. 1.3.2 p. 34). Les exceptions permettant de recourir contre une décision préjudicielle ou incidente doivent donc être appréciées restrictivement, ce d'autant que les parties n'en subissent en principe pas de préjudice, puisqu'elles peuvent encore attaquer la décision préjudicielle ou incidente avec la décision finale en vertu de l'art. 93 al. 3 LTF (arrêt 8C_817/2008 du 19 juin 2009 consid. 4.2.1).
2.1 En l'espèce, la décision attaquée, qui refuse de restituer l'effet suspensif au recours de l'intéressé, constitue une décision incidente au sens de l'art. 93 LTF, puisqu'elle ne met pas un terme à la procédure et n'a pas été prononcée dans le cadre d'une procédure spécifique dont elle pourrait constituer l'aboutissement (cf. ATF 134 II 349 consid. 1.3 p. 351). L'art. 93 al. 1 let. b LTF est manifestement inapplicable, car le sort de la mesure provisionnelle est sans effet sur la procédure au fond. Il y a donc lieu d'examiner si le recours est recevable en application de l'art. 93 al. 1 let. a LTF.
2.2 Un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF est un dommage qui ne peut pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36; 134 III 188 consid. 2.1 p. 190 et les références). La prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci n'est pas considéré comme un dommage irréparable (ATF 133 III 639 consid. 2.3.1 p. 632 et les références). Il appartient au recourant d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 133 III 639 op. cit.).
En l'espèce, le recourant n'allègue ni ne démontre que la décision attaquée lui ferait courir un risque de préjudice irréparable. Or, un tel préjudice n'est de loin pas évident, surtout lorsque l'on sait que le recourant a spontanément envoyé son permis à l'autorité compétente le 17 juillet 2010 et qu'il ne s'est pas opposé au fait que la durée du retrait commence à courir à cette date. L'intéressé ne fait pas non plus valoir qu'il aurait déjà reçu une convocation pour le cours d'éducation routière qu'il est astreint à suivre. Au demeurant, s'il n'obtient pas gain de cause en instance cantonale, il pourra recourir au Tribunal fédéral contre la décision finale et attaquer simultanément la décision litigieuse (art. 93 al. 3 LTF). Le présent recours est ainsi également irrecevable au regard de l'art. 93 al. 1 let. a LTF.
3. Au surplus, le recours ne remplit de toute façon pas les conditions de motivation de l'art. 98 LTF. En effet, dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une décision portant sur une mesure provisionnelle au sens de cette disposition, seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels (cf. ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 133 III 589 consid. 2 p. 591).
A cet égard, le Tribunal fédéral n'examinera les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). Ainsi, si le recourant se plaint d'arbitraire, il ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où la juridiction supérieure jouit d'une libre cognition; en particulier, il ne saurait se limiter à opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, mais il doit démontrer par une argumentation précise que cette décision se fonde sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (cf. ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 400 et la jurisprudence citée).
Or, dans le cas particulier, le recourant n'invoque aucun droit de nature constitutionnelle. Dans la mesure où l'ont peut considérer qu'il se plaint d'une application arbitraire du droit cantonal de procédure, sa motivation est toutefois insuffisante, puisqu'il se contente de discuter les motifs de la décision attaquée, sans expliquer en quoi ceux-ci seraient insoutenables et conduiraient à un résultat choquant.
4. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être déclaré irrecevable. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Office de la circulation routière et de la navigation et à la Commission de recours du canton de Berne contre les mesures LCR, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 29 octobre 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard