Sachverhalt:
A. A.a Auf den Beginn des Wintersemesters 2006/07 am 1. September 2006 trat die Rahmenordnung vom 24. Oktober 2005 für das Studium in den Bachelor- und Master-Studiengängen an der Rechtswissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich (RO) in Kraft (§ 56 Abs. 1 RO). Damit wurde die Promotionsordnung vom 30. August 1994 (PromotionsO), die für den erfolgreichen Studienabschluss das Ablegen einer Lizentiatsprüfung vorsah, grundsätzlich aufgehoben (§ 56 Abs. 2 erster Satz RO). Übergangsrechtlich gilt, dass der erste Teil der Lizentiatsprüfung nach alter Ordnung letztmals nach dem Sommersemester (heute: Frühjahrssemester) 2008 stattfindet (§ 57 Abs. 2 erster Satz RO); in begründeten Fällen kann diese Frist erstreckt werden (§ 57 Abs. 3 RO). Soweit die Prüfungen nach dem 1. September 2006 noch nach alter Ordnung stattfinden, bleiben die Bestimmungen der Promotionsordnung anwendbar (§ 57 Abs. 1 und § 56 Abs. 2 dritter Satz RO). Studierende, die vor dem Wintersemester 2006/2007 ihr Rechtsstudium an der Universität Zürich begonnen haben, können in den Bachelor-Studiengang übertreten, wobei die Anrechnung der vorher erbrachten Studienleistungen besonders geregelt ist (§ 58 RO).
A.b Mit Schreiben vom 13. Dezember 2007 liess das Dekanat der Rechtswissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich den an seiner Fakultät studierenden X._ "im Sinne einer Ausnahme und gestützt auf § 57 Abs. 3 der Rahmenordnung" zur erstmaligen Prüfung des ersten Teils der Lizentiatsprüfungen nach dem Frühjahrssemester 2008 zu. Am 13. Mai 2008 unterzeichnete X._ das entsprechende Anmeldeformular. Dabei bestätigte er, das Reglement für den ersten Teil der Lizentiatsprüfungen zu kennen und zur Kenntnis zu nehmen, dass der erste Teil der Lizentiatsprüfungen letztmals nach dem Frühjahrssemester 2008 angeboten werde und im Falle des Nichtbestehens keine Repetitionsmöglichkeit mehr bestehe.
A.c Mit Schreiben vom 4. Juli 2008 ersuchte X._ das Dekanat der Rechtswissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich um krankheitsbedingte Verschiebung der Prüfungen. Er legte dazu ein ärztliches Zeugnis bei, das ihm die Prüfungsunfähigkeit aus medizinischen Gründen zuerkannte. Am 29. Juli 2008 teilte das Dekanat X._ schriftlich mit, er werde gestützt auf die entsprechende Regelung der Promotionsordnung von den Lizentiat I-Prüfungen des Frühjahrssemesters 2008 dispensiert. Dem Gesuch um Verschiebung der Lizentiat I-Prüfungen auf einen neuen Termin könne jedoch nicht stattgegeben werden. Weil kein neuer Prüfungstermin angeboten werde und X._ bis zum Sommer 2008 den ersten Teil der Lizentiatsprüfungen nicht bestanden habe, müsse er zwingend in den Bachelor-Studiengang wechseln, falls er sein Studium an derselben Fakultät fortzuführen beabsichtige.
A.d In der Folge hob die Fakultät den Notenentscheid wegen der Dispensation von X._ auf.
A.e Am 10. September 2008 lehnte das Dekanat ein formelles Gesuch von X._ um Verschiebung der Prüfung bzw. Ansetzung eines Termins zur Nachholung der Prüfungen vom 26. August 2008 ab.
B. Am 2. April 2009 wies die Rekurskommission der Zürcher Hochschulen einen Rekurs von X._ gegen den Entscheid des Dekanats vom 10. September 2008 kostenpflichtig und ohne Zusprechung einer Parteientschädigung ab.
C. Mit Urteil vom 8. Juli 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine dagegen erhobene Beschwerde ab, wobei es X._ die unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung gewährte.
D. D.a Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei ihm die Möglichkeit zur Absolvierung des ersten Teils der Lizentiatsprüfungen nach altem Recht gemäss der Promotionsordnung zu gewähren; eventuell sei das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an dieses zurückzuweisen.
D.b Das Dekanat der Rechtswissenschaftlichen Fakultät der Univer-sität Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
E. Mit Verfügung vom 16. September 2009 hiess der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ein Gesuch von X._ um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren gut und bestellte Rechtsanwalt lic. iur. Pascal Baumgardt als unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 83 lit. t BGG ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig gegen Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung. Diese Ausschlussbestimmung zielt einerseits auf Prüfungsergebnisse im eigentlichen Sinn ab und ist zusätzlich anwendbar auf alle Entscheide, die auf einer Bewertung der intellektuellen oder physischen Fähigkeiten eines Kandidaten beruhen. Umgekehrt greift die Ausnahme nicht bei Entscheiden im Zusammenhang mit Prüfungen, die sich nicht auf die Beurteilung einer Leistung oder einer sonstigen Befähigung beziehen, sondern namentlich organisatorischer Natur sind. Ob der Ausschlussgrund zur Anwendung kommt, hängt grundsätzlich vom Gegenstand des angefochtenen Entscheids, nicht vom Inhalt der erhobenen Rügen ab (Urteile 2C_408/2009 vom 29. Juni 2009 E. 2 und 2D_151/2009 vom 25. Mai 2009 E. 1.1).
1.2 Im vorliegenden Fall ist nicht eine Leistung oder Befähigung des Beschwerdeführers strittig, sondern die organisatorische Frage, ob er den ersten Teil der Lizentiatsprüfung, dessen fristgerechte Absolvierung er aus gesundheitlichen Gründen verpasst hat, nachholen darf. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als zulässig.
1.3 Gemäss Art. 95 BGG kann mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten insbesondere geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht - inklusive Bundesverfassungsrecht - (lit. a) und Völkerrecht (lit. b). Das Bundesgericht überprüft die Verletzung kantonaler Bestimmungen, von hier nicht anwendbaren Ausnahmen abgesehen (vgl. Art. 95 lit. c-e BGG), nur insoweit, als eine derartige Rechtsverletzung einen Verstoss gegen Bundesrecht im Sinne von Art. 95 lit. a BGG, insbesondere gegen das Willkürverbot (Art. 9 BV), oder Völkerrecht gemäss Art. 95 lit. b BGG darstellt.
1.4 Grundsätzlich wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht. Eine rein appellatorische Begründung genügt nicht (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399). Vielmehr sind diese Rügen präzise vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG). Führt der Beschwerdeführer nicht zumindest in erkennbarer Weise an, welches Grundrecht seiner Meinung nach verletzt sei, und legt er nicht dar, worin die behauptete Verletzung bestehe, unterbleibt die Prüfung durch das Bundesgericht (BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Das gilt insbesondere für die Anrufung des Willkürverbots, wo die behauptete Unhaltbarkeit des Entscheides genau darzutun ist (BGE 133 II 396 E. 3.2 S. 400).
1.5 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Von diesen tatsächlichen Feststellungen kann es nur dann abweichen, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 In formeller Hinsicht rügt der Beschwerdeführer zunächst, sein Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV sei verletzt. Mit seiner Beschwerde an das Verwaltungsgericht vom 14. Mai 2009 habe er unter anderem beantragt, es seien ihm die Vorakten mit der Möglichkeit zur Stellungnahme zuzustellen. Die Vorinstanz habe dieses Begehren jedoch nicht behandelt.
2.2 Der Vorwurf der Gehörsverletzung ist unbegründet. Vernünftigerweise hätte der Beschwerdeführer vor Einreichung der Beschwerde an das Verwaltungsgericht Einsicht in die Vorakten nehmen müssen, um sich bereits innert Beschwerdefrist in der Beschwerdebegründung dazu zu äussern. Dass er ein solches Gesuch gestellt hat oder die Einsicht aus nachvollziehbaren bzw. entschuldbaren Gründen fristgerecht nicht möglich war, wird nicht behauptet. Nach Einreichung der Beschwerde bzw. nach Ablauf der Frist zur Einreichung einer solchen hätte der Beschwerdeführer eine weitere Stellungnahme gestützt auf den verfassungsrechtlichen Gehörsanspruch nur dann geltend machen können, wenn sich die weiteren Verfahrensbeteiligten zur Beschwerde hätten vernehmen lassen. Das traf aber nicht zu, nachdem die beteiligten Behörden auf eine Stellungnahme verzichteten. Der Anspruch auf rechtliches Gehör dient nicht dazu, ohne weiteren Anlass eine Rechtsmittelbegründung nach Ablauf der Rechtsmittelfrist ergänzen zu können. Gestützt auf Art. 29 Abs. 2 BV musste dem Beschwerdeführer mithin keine weitere Äusserungsmöglichkeit gewährt bzw. auf das Einsichtsbegehren eingegangen werden. Der Beschwerdeführer nennt keine Bestimmung des zürcherischen Verfahrensrechts, die ihm einen weitergehenden Gehörsanspruch einräumen würde und in willkürlicher Weise missachtet worden wäre.
3. Der Beschwerdeführer rügt weiter, das Verwaltungsgericht hätte ihm nicht nur für das verwaltungsgerichtliche Verfahren, sondern auch für das Verfahren vor der Rekurskommission die unentgeltliche Rechtspflege einräumen müssen. Nach Art. 99 Abs. 2 BGG sind jedoch neue Begehren unzulässig. Da der Beschwerdeführer vor dem Verwaltungsgericht keine entsprechende rechtsgenüglich begründete Rüge erhoben hat, handelt es sich um ein neues und damit unzulässiges Begehren, weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
4. 4.1 In materiellrechtlicher Hinsicht ist die vorliegende Beschwerdeschrift in weiten Teilen appellatorisch. Sie wiederholt ausführlich die Argumente zur Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts, ohne darzulegen, inwiefern darin eine Verletzung von Bundesrecht, insbesondere von Bundesverfassungsrecht, liegen soll. Insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Einzig soweit ein konkreter Bezug zum Willkürverbot nach Art. 9 BV, zum Grundsatz von Treu und Glauben nach Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV sowie zum Gleichbehandlungsgebot nach Art. 8 Abs. 1 BV aufgezeigt wird, erweist sich die Beschwerde als zulässig. Zweifelhaft erscheint, ob dies auch gilt, soweit der Beschwerdeführer eine mangelnde gesetzliche Grundlage bzw. einen Verstoss gegen das Legalitätsprinzip geltend macht, doch kann dies offen bleiben.
4.2 Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (BGE 135 V 2 E. 1.3; 134 II 124 E. 4.1; 133 I 149 E. 3.1).
4.3 Das in Art. 5 Abs. 1 BV als verfassungsmässiger Grundsatz verankerte Gesetzmässigkeitsprinzip bedeutet im vorliegenden Zusammenhang, dass sich die grundlegenden Voraussetzungen für die Zulassung zu den Prüfungen auf das kantonale Gesetz bzw. auf das darauf gestützte Verordnungsrecht zurückführen lassen müssen. Nach Art. 5 Abs. 3 BV werden sodann staatliche Organe sowie Private zum Handeln nach Treu und Glauben angehalten. Jede Person hat zudem gemäss Art. 9 BV den grundrechtlichen Anspruch darauf, von den staatlichen Organen nach Treu und Glauben behandelt zu werden. Insbesondere ist berechtigtes Vertrauen in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten zu schützen (vgl. BGE 130 I 26 E. 8.1 S. 60).
4.4 Schliesslich verlangt der Rechtsgleichheitsgrundsatz nach Art. 8 Abs. 1 BV, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Der Anspruch auf rechtsgleiche Behandlung wird insbesondere verletzt, wenn hinsichtlich einer entscheidwesentlichen Tatsache rechtliche Unterscheidungen getroffen werden, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder wenn Unterscheidungen unterlassen werden, die aufgrund der Verhältnisse hätten getroffen werden müssen (vgl. BGE 134 I 23 E. 9.1 S. 42 mit Hinweisen).
5. 5.1 Der Wechsel vom Studiengang mit Lizentiatsabschluss zu den Bachelor- und Master-Studiengängen an der Rechtswissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich ist in den §§ 56-58 RO geregelt (vgl. Sachverhalt A.a). Wie dieser Übergang ablaufen sollte, legte die Juristische Fakultät der Universität Zürich in Merkblättern und einer Broschüre dar. Unter Verweis auf § 57 RO wurde darin insbesondere ausgeführt, dass die letzten Prüfungen des Lizentiats I gemäss der Promotionsordnung vom 30. August 1994 im Winter 2007/2008 bzw., nur für Repetierende, im Sommer 2008 stattfänden. Wer bis zu diesen Terminen die Lizentiatsprüfungen nicht bestanden habe, unterliege den Bestimmungen über den Wechsel in den Bachelor-Studiengang. Wie das Verwaltungsgericht richtig ausführt, sind die Merkblätter als Verwaltungsverordnungen und die Broschüre als Orientierungshilfe zuhanden der Studierenden für Gerichte nicht verbindlich. Sie konnten von den kantonalen Behörden aber als Auslegungshilfe beigezogen werden. Überdies war deren Kenntnis Voraussetzung für die Prüfungsanmeldung.
5.2 Das Verwaltungsgericht beurteilte die auf dem vorangegangenen Schriftenwechsel zwischen dem Beschwerdeführer und dem Dekanat der Juristischen Fakultät der Universität Zürich gestützte Anmeldung des Beschwerdeführers am 13. Mai 2008 zur letztmaligen Durchführung des ersten Teils der Lizentiatsprüfungen als Sondervereinbarung. Damit sei ihm ausnahmsweise, in Abweichung der anwendbaren reglementarischen Bestimmungen und unter ausdrücklichem Hinweis darauf, dass keine Repetitionsmöglichkeit mehr bestehe, erlaubt worden, die fraglichen Lizentiatsprüfungen erstmals beim letztmals durchgeführten Repetententermin im Sommer 2008 zu absolvieren, für den ausser ihm nur Kandidaten zugelassen waren, welche die Prüfungen wiederholten. Die Vereinbarung stellt nach Auffassung des Verwaltungsgerichts einen verwaltungsrechtlichen Vertrag dar, der zwar gegen das objektive Recht verstosse, an den der davon weitgehend begünstigte Beschwerdeführer aber nach dem Grundsatz von Treu und Glauben gebunden sei. Mit seiner Anmeldung habe der Beschwerdeführer ausdrücklich und bewusst auf eine Verschiebungsmöglichkeit für den Fall des Nichtbestehens verzichtet. Dies betreffe nicht nur den Fall ungenügender Examensleistungen, sondern auch den Krankheitsfall.
5.3 Zwar erscheint nicht zwingend, die ausnahmsweise Zulassung des Beschwerdeführers zum ersten Teil der Lizentiatsprüfungen unter bestimmten Bedingungen nach dem Frühjahrssemester 2008 als Sondervereinbarung einzustufen. Angesichts des erforderlichen Einverständnisses des Beschwerdeführers, das er durch ausdrückliches Akzept bekundet hatte, ist die entsprechende rechtliche Beurteilung der Vorinstanz aber nicht unhaltbar. Für die Rechtsfolgen ist ohnehin vor allem das vom Beschwerdeführer schriftlich bestätigte Einverständnis entscheidend.
5.4 Verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden ist auch die vom Verwaltungsgericht vorgenommene Auslegung der Zulassungsbedingungen.
5.4.1 Zwar regelt die Rahmenordnung die Voraussetzungen der Prüfungszulassung für die Übergangszeit beim Wechsel der Studiengänge nur in den Grundzügen. Der Beschwerdeführer kann sich insofern aber, wie die Vorinstanz zu Recht erkannt hat, nicht auf das Legalitätsprinzip oder den Grundsatz von Treu und Glauben berufen. In Abweichung von den einschlägigen Bestimmungen wurde ihm nämlich eine ihn privilegierende Sonderlösung eingeräumt. Wie das Verwaltungsgericht verbindlich festgestellt hat, ging es dem Dekanat beim Abschluss der Sondervereinbarung für den Beschwerdeführer erkennbar darum, keine Lizentiat I-Prüfungen nach dem letzten ordentlichen Termin für Repetenten mehr durchführen zu müssen. Dieser Sonderregelung stimmte der Beschwerdeführer zu, und er versuchte, davon zu profitieren. Jetzt im Nachhinein geltend zu machen, diese Abmachung sei unrechtmässig und widerspreche dem Verständnis der Bestimmungen, von dem der Beschwerdeführer ausgegangen sei, ist widersprüchlich. Dieser muss sich insoweit sein eigenes Verhalten entgegenhalten lassen.
5.4.2 Sodann ist gemäss dem Wortlaut des zur Rahmenordnung verfassten Merkblatts, dem sich der Beschwerdeführer unterzogen hat, den Bestimmungen über den Wechsel von der alten zur neuen Ordnung unterstellt, wer bis zu den massgeblichen Terminen die Lizentiatsprüfungen "nicht bestanden hat". Das kann jedoch nicht bedeuten, dass davon nur diejenigen Studierenden betroffen sind, welche die Prüfungen erfolglos absolviert haben, da nur schon auch diejenigen Personen erfasst sein müssen, die gar nicht zu einer Prüfung angetreten sind. Daher ist die Auslegung der Vorinstanz jedenfalls nicht willkürlich, dass der Beschwerdeführer, welcher die Frist wegen eines krankheitsbedingten Dispenses von den Prüfungen verpasst hat, der neuen Ordnung unterstellt ist und die Prüfungen nicht noch nachholen kann. Ein Fernbleiben vom letzten Prüfungstermin kann in diesem Sinne ohne Willkür als Nichtbestehen der Examen verstanden werden. Dabei durften die kantonalen Behörden gerade mit Blick auf den Hintergrund der Sonderregelung wiederum willkürfrei schliessen, der Grund für das Fernbleiben spiele keine Rolle und auch unverschuldetes bzw. krankheitsbedingtes Fernbleiben zeitige dieselbe Folge. Dass unter Umständen eine andere Lösung auch möglich und allenfalls sogar vorzuziehen gewesen wäre, genügt nicht, um den angefochtenen Entscheid als willkürlich zu beurteilen (vgl. E. 4.2).
5.4.3 Genauso wenig ist es angesichts des Zieles und Zweckes der Vereinbarung zwischen dem Dekanat und dem Beschwerdeführer unhaltbar, davon auszugehen, sie enthalte insofern keine Lücke. Ebenfalls konnte die Vorinstanz mit Blick auf die besondere Abmachung, die einem ausserordentlichen Hinausschieben des Prüfungstermins im Interesse des Kandidaten gleichkommt, willkürfrei davon absehen, auf den allgemeinen Rechtsgrundsatz der Wiederherstellung einer unverschuldet verpassten Frist abzustellen.
5.5 Auf das Gebot der Gleichbehandlung mit den Repetenten des ersten Teils kann sich der Beschwerdeführer deshalb nicht berufen, weil er sich gar nicht in einer vergleichbaren Lage befand. Im Unterschied zu den Studierenden, welche die Prüfungen wiederholten, war ihm das Dekanat im Rahmen der Sonderabmachung insoweit entgegengekommen, dass es ihn unter Verzicht auf sonst zustehende Wiederholungs- und Verschiebungsmöglichkeiten zur erstmaligen Ablegung der Prüfungen zuliess, die eigentlich nur für Repetenten offen standen.
5.6 Damit spielt es keine Rolle, ob das Dekanat das abgegebene Merkblatt betreffend Verschiebungsmöglichkeit im Krankheitsfall als unrichtig bezeichnete, wie das Verwaltungsgericht nach Auffassung des Beschwerdeführers festgestellt haben soll. Da dies für den Verfahrensausgang unerheblich ist, braucht an sich nicht geprüft zu werden, ob das Verwaltungsgericht insoweit allenfalls den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt hat (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG sowie E. 1.5 hiervor). Abgesehen davon bezog sich das Verwaltungsgericht diesbezüglich auf eine entsprechende Rüge des Beschwerdeführers und behandelte diese lediglich unter der hypothetischen Annahme einer unrichtigen behördlichen Auskunft.
5.7 Schliesslich hat das Verwaltungsgericht zu Recht darauf abgestellt, dass die Verweigerung einer Prüfungsverschiebung mit Blick auf die Möglichkeit des Beschwerdeführers, ohne weitere Auflagen in die Assessmentstufe des Bachelor-Studiengangs zu wechseln (vgl. § 58 Abs. 2 RO), verhältnismässig erscheint. Weder wird der Beschwerdeführer vom weiteren Studium ausgeschlossen, noch an der Fortführung desselben erheblich behindert. Auch aus diesem Grund ist der angefochtene Entscheid angesichts der damit verbundenen rechtlichen Auswirkungen nicht unhaltbar.
6. Der angefochtene Entscheid verletzt somit Bundesrecht nicht. Die Beschwerde erweist sich demnach als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Nachdem der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren in Anwendung von Art. 64 Abs. 3 dritter Satz BGG die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gewährt hat, sind keine Kosten zu erheben und ist der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers aus der Bundesgerichtskasse angemessen zu entschädigen (Art. 64 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dem amtlichen Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt lic. iur. Pascal Baumgardt, wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 2'500.-- ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Rechtswissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Januar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Uebersax