Sachverhalt:
A. Am 18. November 2009 reichte das Initiativkomitee "Interessengemeinschaft Glasfaser und Energie Luzern (IGEL)" ein kantonales Volksbegehren ein mit dem Titel "Für tiefere Strompreise und sichere Arbeitsplätze". Die Initiative verlangt in der Form der allgemeinen Anregung die Änderung der Verfassung mit dem Ziel, die Strompreise im Kanton Luzern seien zu senken. Der Kantonsrat lehnte die Initiative am 12. Dezember 2011 ab.
B. B.a Mit Mail vom 4. Juli 2012 versandte die Staatskanzlei des Kantons Luzern den Bericht des Regierungsrates an die Stimmberechtigten an die im Kantonsrat vertretenen Parteien, an den Präsidenten des Initiativkomitees sowie auf ausdrücklichen Wunsch auch an X._. Dieser gehörte zwar nicht dem Initiativkomitee an, trat aber wiederholt für das Komitee gegenüber den Behörden auf. Am 29. August 2012 erhielt X._ die Abstimmungsunterlagen mit den regierungsrätlichen Erläuterungen.
B.b Mit Einsprache vom 30. August 2012 an den Regierungsrat des Kantons Luzern beantragte X._, die Abstimmung sei zu verschieben. Zur Begründung machte er im Wesentlichen geltend, der Regierungsrat informiere in den Abstimmungserläuterungen nicht ausgewogen, neutral und sachgerecht über die Vorlage.
B.c Mit Entscheid vom 11. September 2012 trat der Regierungsrat des Kantons Luzern auf die Einsprache nicht ein. Im Wesentlichen begründete er dies damit, die Einsprache sei verspätet. Eine solche sei innert drei Tagen einzureichen, wobei diese Frist bei X._ bereits am 4. Juli und nicht erst am 29. August 2012 zu laufen begonnen habe. Damals habe er durch Zustellung der Vorabversion nämlich vom Inhalt der Abstimmungserläuterungen Kenntnis erhalten, und nach Praxis und Rechtsprechung sei ein Rechtsmittel gegen Vorbereitungshandlungen zu Volksabstimmungen sofort zu ergreifen, damit sich ein allfälliger Mangel noch vor der Abstimmung beheben lasse. Subsidiär führte der Regierungsrat aus, die Einsprache hätte, selbst wenn darauf einzutreten wäre, inhaltlich abgewiesen werden müssen, da die Abstimmungserläuterungen den freien Willen der Stimmberechtigten nicht beeinträchtigt hätten.
C. In der Abstimmung vom 23. September 2012 lehnte das Stimmvolk des Kantons Luzern die Initiative "Für tiefere Strompreise und sichere Arbeitsplätze" ab.
D. Mit als Beschwerde bezeichneter Eingabe vom 15. Oktober 2012 gegen den regierungsrätlichen Einspracheentscheid an das Bundesgericht beantragt X._, die Abstimmung über die Initiative sei zu wiederholen und in der entsprechenden Botschaft des Regierungsrates "seien die Vor- und Nachteile dieser Vorlage in neutraler und sachrichtiger Weise darzulegen, wie in der Beschwerdeschrift an den Regierungsrat dargelegt". Zur Begründung wird ausgeführt, die Vorabversion der Staatskanzlei habe die Einsprachefrist nicht auslösen können und sei auch nicht mit den an die Stimmberechtigten versandten Unterlagen identisch gewesen. Der Regierungsrat hätte daher auf die Einsprache eintreten müssen. Zur materiellen Begründung wird auf die Vorakten verwiesen.
E. Mit Stellungnahme vom 19. November 2012 schliesst das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Luzern für den Regierungsrat, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
F. Mit Eingabe vom 19. Januar 2013 äusserte sich X._ nochmals zur Sache.
Erwägungen:
1. 1.1 Mit der Beschwerde nach Art. 82 lit. c BGG kann die Verletzung von politischen Rechten beim Bundesgericht geltend gemacht werden. Von der Beschwerde werden sowohl eidgenössische als auch kantonale (unter Einschluss von kommunalen) Stimmrechtssachen erfasst (Art. 88 Abs. 1 BGG). Bei den letzteren ist die Stimmrechtsbeschwerde gegen Akte letzter kantonaler Instanzen zulässig (Art. 88 Abs. 1 lit. a BGG). Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen solchen kantonal letztinstanzlichen Entscheid in einer kantonalen Stimmrechtssache.
1.2 Das Beschwerderecht steht gemäss Art. 89 Abs. 3 BGG jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist. Ein besonderes (rechtliches) Interesse in der Sache selbst ist nicht erforderlich (vgl. BGE 134 I 172 E. 1.3.3 S. 176). Der Beschwerdeführer ist als Stimmberechtigter in kantonalen Angelegenheiten zur Beschwerde legitimiert.
1.3 Gemäss Art. 95 lit. a, c und d BGG kann in Stimmrechtssachen in rechtlicher Hinsicht die Verletzung von Bundesrecht, der kantonalen verfassungsmässigen Rechte sowie der kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und derjenigen über Volkswahlen und -abstimmungen gerügt werden. Diese Rügen prüft das Bundesgericht frei (vgl. BGE 129 I 185 E. 2 S. 190; 123 I 175 E. 2d/aa S. 178; je mit Hinweisen).
1.4 Gemäss Art. 105 Abs. 1 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Deren Sachverhaltsfeststellung kann nur auf Rüge hin oder von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer gravierenden Rechtsverletzung (im Sinne von Art. 95 BGG) beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Rein appellatorische Kritik ohne Bezug zum angefochtenen Entscheid genügt nicht. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (BGE 135 III 127 E. 1.6 S. 130; 134 II 244 E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
2.2 Stützt sich der angefochtene Entscheid auf mehrere selbständige Begründungen bzw. eine Haupt- und eine Eventualbegründung, muss sich der Beschwerdeführer mit sämtlichen Begründungen auseinandersetzen; das gilt auch für eine Eventualbegründung in der Sache, wenn auf ein Rechtsmittel nicht eingetreten wurde (LAURENT MERZ, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl., 2011, N. 73 zu Art. 42 BGG). Auf vorinstanzliche Rechtsschriften darf zwar Bezug genommen werden; die Parteien dürfen sich aber nicht einfach mit einer pauschalen Verweisung begnügen, da sich die an das Bundesgericht gerichtete Beschwerdebegründung mit dem angefochtenen Entscheid auseinandersetzen muss (MERZ, a.a.O., N. 56 zu Art. 42 BGG). Die Begründung muss sodann innert der Beschwerdefrist eingereicht und darf nicht mit der Replik nachgeschoben werden, ausser erst die Vernehmlassung gebe Anlass für neue Erläuterungen.
2.3 Der angefochtene Entscheid beruht auf einer Hauptbegründung, die zum Nichteintreten führte, und einer Eventualbegründung zur materiellen Rechtslage. Die Beschwerdebegründung äussert sich nur knapp zur Hauptbegründung, verweist zur Eventualbegründung aber integral auf die vorinstanzlichen Unterlagen, insbesondere die im damaligen Verfahren eingereichte Einspracheschrift. Das ist unzulässig, denn die Beschwerdebegründung an das Bundesgericht setzt sich mit dem angefochtenen Entscheid im Eventualpunkt gar nicht und im Hauptpunkt nur rudimentär auseinander. Die in der Replik nachgereichten ausführlicheren Erläuterungen sind verspätet, gab doch nicht erst die Vernehmlassung des Justiz- und Sicherheitsdepartements dazu Anlass. Nur schon wegen der fehlenden Begründung zu dem von der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid vertretenen Eventualpunkt ist demnach auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3. Was die vom Beschwerdeführer im Hauptpunkt vorgebrachten Argumente betrifft, rechtfertigt sich der ergänzende Hinweis, dass es nicht darauf ankommen kann, ob er bei der ihm per Mail zugesandten Vorabversion über deren Inhalt hätte mitbestimmen können oder nicht. Auch bei den eigentlichen Abstimmungserläuterungen ist dies nicht der Fall, und trotzdem sind sie grundsätzlich anfechtbar. Überdies vermag der Beschwerdeführer nicht darzutun, dass die vorinstanzliche Feststellung, die Vorabversion sei mit den später den Stimmberechtigten zugesandten Unterlagen nicht identisch, angesichts des gleichen Inhalts und höchstens leicht unterschiedlichen Formats offensichtlich unrichtig wäre.
4. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Ausnahmsweise rechtfertigt es sich, aufgrund der besonderen Umstände des vorliegenden Falles auf die Erhebung von Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu verzichten (vgl. Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Regierungsrat des Kantons Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax