Sachverhalt:
A. Über A._ wurde am 7. Juni 2011 aufgrund der Insolvenzerklärung (Art. 191 SchKG) der Konkurs eröffnet, welcher vom Konkursamt Wiedikon-Zürich im summarischen Verfahren durchgeführt wird. Zur Konkursmasse gehört die Liegenschaft Gbbl. xxxx (Kat. Nr. yyyy) an der B._strasse zz in C._. Die Liegenschaft wurde X._, der Ehefrau des Schuldners, durch Verfügung des Eheschutzrichters vom 25. Januar 2010 zur Benutzung zugewiesen. Am 2. Juli 2012 verfügte das Konkursamt, die Liegenschaft des Schuldners und seiner Familie bis zum 15. September 2012 einschliesslich der als Kompetenzgut ausgeschiedenen Vermögenswerte zu räumen und die Liegenschaft an die Konkursverwaltung zu übergeben.
B. Gegen diese Verfügung gelangte X._ an das Bezirksgericht Zürich als untere kantonale Aufsichtsbehörde über Konkursämter. Mit Entscheid vom 25. September 2012 wurde die Beschwerde abgewiesen und die Frist zur Räumung und Übergabe der Liegenschaft auf den 26. November 2012 angesetzt. Die von X._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als obere kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs mit Urteil vom 22. Oktober 2012 ab.
C. Mit Eingabe vom 2. November 2012 hat X._ Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Die Beschwerdeführerin verlangt, das Urteil der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde aufzuheben und ihr (wie im kantonalen Verfahren beantragt) eine Auszugsfrist bis zum 31. März 2013 anzusetzen. Weiter verlangt sie aufschiebende Wirkung.
Mit Präsidialverfügung vom 19. November 2012 ist der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.
In der Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde, welche die Beurteilung einer Verfügung des Konkursamtes über das Verbleiben des Schuldners und seiner Familie in der bisherigen Wohnung (Art. 229 Abs. 3 SchKG) zum Gegenstand hat. Entscheide kantonaler Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 19 SchKG). Sie ist unabhängig von einer gesetzlichen Streitwertgrenze gegeben (Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG).
1.2 Die Beschwerde gegen den letztinstanzlichen Entscheid ist fristgemäss erhoben worden (Art. 75 Abs. 1, Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin als Ehefrau des Schuldners ist zur Beschwerde in Zivilsachen ohne weiteres legitimiert (Art. 76 Abs. 1 lit. a und b BGG).
1.3 Mit vorliegender Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG), wobei das Rügeprinzip gilt (BGE 133 III 589 E. 2 S. 591).
2. Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt die Verfügung des Konkursamtes vom 2. Juli 2012, wonach die Beschwerdeführerin als Ehefrau des Schuldners die zur Konkursmasse gehörende Liegenschaft bis am 15. September 2012 bzw. (nach Anordnung der unteren Aufsichtsbehörde) bis am 26. November 2012 verlassen musste.
2.1 Zu Recht ist unbestritten, dass gemäss Art. 229 Abs. 3 SchKG die Konkursverwaltung bestimmt, unter welchen Bedingungen und wie lange der Schuldner und seine Familie in der bisherigen Wohnung verbleiben darf, sofern diese zur Konkursmasse gehört; die Konkursverwaltung entscheidet dabei nach ihrem Ermessen (vgl. BGE 117 III 63 E. 1 S. 65). Einziger Streitpunkt ist die Dauer, welche der Beschwerdeführerin zum Verbleiben in der ehelichen Liegenschaft zugestanden wird, wobei der Vorwurf einer gesetzwidriger Ermessensausübung erhoben wird.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass kein Schaden durch ihr Verbleiben in der Liegenschaft entstehe, da sie die festgesetzte Nutzungsentschädigung leiste. Eine rasche Ausweisung stehe gar nicht im Interesse der Konkursmasse, da eine Abklärung von paulianischen Ansprüchen im Gange sei, im Falle von Anfechtungsklagen das Konkursverfahren zweifellos noch einige Zeit dauern werde und aus anderen Verwertungen genügend Mittel zur Klärung der Anfechtungsansprüche vorhanden seien. Die obere Aufsichtsbehörde hat in diesem Zusammenhang erwogen, die Beschwerdeführerin habe weder als Ehefrau des Schuldners noch als Gläubigerin einen Anspruch darauf, dass gewisse Vermögenswerte früher oder später als andere verwertet werden; es gebe keine Anhaltspunkte, dass das Konkursamt die Liegenschaft nach der Räumung nicht umgehend verwerten wolle. Darauf geht die Beschwerdeführerin nicht ein, sofern sie nicht ohnehin unzulässige Noven vorbringt. Gemäss Art. 231 Abs. 3 Ziff. 2 SchKG kann die Verwertung jederzeit stattfinden; das Konkursamt hat dabei die Interessen der Gläubiger bestmöglich zu wahren und entscheidet (im Rahmen dieser Bestimmung) über die Verwertung (AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2008, § 50 Rz. 10). Das Argument, wonach die Vorinstanz das kleine Interesse an der raschen Verwertung bei der Ansetzung der Frist zur Räumung der Liegenschaft übergangen habe, geht fehl. Die Beschwerdeführerin legt insoweit nicht dar, inwiefern die obere Aufsichtsbehörde die Regeln über die Verwertung von Konkursaktiven bzw. ein erhebliches Kriterium bei der angesetzten Dauer zum Verbleiben in der ehelichen Liegenschaft des Schuldners übergangen habe.
2.3 Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, ihre gesundheitlichen Probleme und die schwierige Suche nach einer neuen Wohnung würden eine gewisse Zeit erfordern, weshalb die Verweigerung einer Räumungsfrist bis Ende März 2013 nicht gerechtfertigt sei. Was die Beschwerdeführerin zu ihrem Gesundheitszustand ausführt, findet im angefochtenen Urteil in tatsächlicher Hinsicht keine Stütze, und eine Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG mit Bezug auf die Feststellung des Sachverhaltes wird nicht dargetan (Art. 97 Abs. 1 BGG). Die Vorinstanz hat mit Blick auf die Nutzungsentschädigung von Fr. 7'000.--, welche die Beschwerdeführerin dem Konkursamt monatlich bezahle, vielmehr festgehalten, dass sie in C._ und Umgebung in kurzer Zeit eine Wohnung finden könne, ohne dass allfällige ortsübliche Kündigungstermine entscheidend seien. Die Beschwerdeführerin setzt nicht auseinander, inwiefern die Vorinstanz unter diesen Umständen auf unerhebliche Kriterien abgestellt oder erhebliche Umstände ausser Acht gelassen habe, wenn sie die vom Konkursamt am 2. Juli 2012 auf den 15. September 2012 bzw. (nach Anordnung der unteren Aufsichtsbehörde) auf den 26. November 2012 angesetzte, d.h. ca. 2 1/2- bzw. 5-monatige Räumungsfrist bestätigt hat. Der Rüge einer gesetzwidrigen Ausübung des in Art. 229 Abs. 3 SchKG eingeräumten Ermessens ist unbegründet.
2.4 Unbehelflich ist schliesslich, wenn die Beschwerdeführerin daran festhält, der Schuldner habe die Insolvenzerklärung rechtsmissbräuchlich abgegeben, und es sei Pflicht der Aufsichtsbehörden, gestützt auf Art. 22 SchKG die Nichtigkeit der Konkurseröffnung festzustellen. Die Kompetenz zur Feststellung der Nichtigkeit gemäss Art. 22 SchKG durch die Aufsichtsbehörden stützt sich auf deren Aufsichtsbefugnis nach Art. 13 Abs. 1 SchKG; die gerichtlichen Behörden gehören jedoch nicht zum Kreis der Beaufsichtigten (Urteil 5A_576/2010 vom 18. November 2010 E. 3.1). Was die Beschwerdeführerin im Weiteren vorbringt, genügt den Begründungsanforderungen nicht.
3. Nach dem Dargelegten ist der Beschwerde in Zivilsachen kein Erfolg beschieden. Die Frist zur Räumung der Liegenschaft und zur Übergabe an das Konkursamt ist neu anzusetzen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin nach Art. 66 Abs. 1 BGG kostenpflichtig. Eine Entschädigungspflicht entfällt (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1.2 Die vom Bezirksgericht Zürich als unterer kantonaler Aufsichtsbehörde über Konkursämter mit Entscheid (CB120099-L/U) vom 25. September 2012 (Dispositivziff. 3) festgesetzte Frist wird neu auf den 31. Januar 2013 angesetzt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante