Fatti:
A. A._, cittadino tedesco con domicilio a X._, è direttore della ditta C._SA, Y._, di cui detiene la totalità delle azioni insieme alla moglie B._. Questi titoli non sono quotati in borsa e non sono neppure oggetto di regolari transazioni.
Nelle dichiarazioni fiscali 2004 e 2005, A._ e B._ hanno attribuito alle 100 azioni della C._SA un valore di fr. 100'000.--. Notificando ai contribuenti le decisioni di tassazione 2004 e 2005, l'Ufficio circondariale di tassazione competente ha per contro proceduto a una ripresa e stabilito il valore delle stesse in fr. 5'500'000.--, sulla base delle istruzioni dell'Amministrazione federale delle contribuzioni "relative alla valutazione dei titoli senza corso ai fini dell'imposta sulla sostanza". Su reclamo dei contribuenti, esso ha confermato tale l'importo per il 2004 riducendolo a fr. 4'610'000.-- per il 2005.
Con ricorso del 28 dicembre 2007, A._ e B._ si sono rivolti alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello la quale, con sentenza del 31 ottobre 2008, ha respinto il gravame. La Corte cantonale ha tra l'altro ricordato che analoga procedura - concernente il valore delle azioni di C._SA - era già stata promossa dai ricorrenti in relazione alla dichiarazione fiscale 2003 e che essa era sfociata nel rigetto della loro impugnativa con sentenza del 14 giugno 2006. Già in quell'occasione, come poi nel giudizio successivo, la Camera di diritto tributario aveva in sostanza ritenuto corretta la valutazione svolta sulla base delle citate istruzioni.
B. Il 5 dicembre 2008, A._ e B._ hanno impugnato il giudizio del 31 ottobre 2008 davanti al Tribunale federale. Opponendosi al metodo con cui le autorità fiscali hanno proceduto alla valutazione del valore venale delle loro azioni, essi chiedono l'annullamento della decisione resa, che lo conferma, quindi la rettifica di detto valore secondo altri parametri.
Chiamata ad esprimersi, la Camera di diritto tributario ha rinunciato a formulare osservazioni. La Divisione delle contribuzioni del Canton Ticino, ponendo dubbi sulla sua ricevibilità, ha proposto di respingere il gravame. Analoga conclusione è giunta dall'Amministrazione federale delle contribuzioni.
Diritto:
1. 1.1 L'impugnativa in esame, definita genericamente come "ricorso", è diretta contro una decisione finale di un tribunale superiore (art. 86 cpv. 2 e art. 90 LTF) in una causa di diritto pubblico - concernente il metodo di calcolo della sostanza imponibile per l'imposta cantonale 2004 e 2005 -, che non ricade sotto le eccezioni dell'art. 83 LTF.
Apparentemente intimato per errore per posta semplice, benché sullo stesso sia stato apportato il timbro indicante l'invio per raccomandata, non è contestato che il giudizio impugnato sia stato ricevuto solo il 6 novembre 2008 (DTF 129 I 8 consid. 2.2 pag. 10). Tempestivo (art. 100 cpv. 1 LFT), il ricorso presentato contro tale atto dai suoi destinatari è quindi di massima ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico (cfr. anche l'art. 73 della legge federale sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni del 14 dicembre 1990 [LAID; RS 642.14]).
1.2 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può in particolare venir censurata la violazione del diritto federale (art. 95 LTF). Di principio, il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF); esso non è vincolato né agli argomenti fatti valere nel ricorso né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente. Ciò nondimeno, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'atto di ricorso deve contenere le conclusioni della parte ricorrente ed i motivi su cui queste si fondano; indicandoli, occorre spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto. La motivazione deve pertanto essere pertinente e riferita all'oggetto del litigio, in modo che dal ricorso emerga perché e su quali punti la decisione è contestata (DTF 134 II 244 consid. 2.1 pag. 245 seg.; 133 IV 286 consid. 1.4 pag. 287 seg.).
1.3 Esigenze più severe si applicano in relazione alla violazione di diritti fondamentali. Il Tribunale federale esamina infatti simili censure soltanto se l'insorgente le ha sollevate e motivate in modo preciso (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246; 133 II 249 consid. 1.4.2 pag. 254). È necessario che egli specifichi quali diritti ritiene lesi ed esponga le sue critiche in modo chiaro e circostanziato, accompagnandole da un'argomentazione esaustiva; in caso di asserita violazione del divieto d'arbitrio, deve spiegare in che misura la decisione impugnata sia - non solo a livello di motivazione, ma anche di risultato - manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (DTF 133 III 393 consid. 6 pag. 397; 129 I 8 consid. 2.1 pag. 9).
2. 2.1 Nel caso in esame, nella misura in cui il ricorso si limita a riprendere testualmente l'impugnativa presentata davanti all'autorità precedente, indirizzandosi ancora a tale autorità (pag. 2-4) e riproponendo critiche appellatorie concernenti il giudizio cresciuto in giudicato emesso il 14 giugno 2006 (pag. 7), esso non adempie manifestamente ai criteri indicati e risulta pertanto d'acchito inammissibile (sentenza 1C_380/2007 del 19 maggio 2008 consid. 2).
2.2 Il rispetto delle condizioni descritte è però disatteso pure per il resto del gravame (pag. 4-6).
Nell'ottica dell'art. 42 cpv. 2 LTF, occorre rilevare che anche nella rimanente parte della loro impugnativa, i ricorrenti si esprimono in maniera appellatoria. Essi si confrontano solo in modo sommario con le considerazioni giuridiche sviluppate dall'istanza precedente, dichiarando di volere precisare "alcuni punti di merito a seguito della decisione e delle motivazioni esposte da parte della Camera di diritto tributario". Si limitano quindi a commentarle e a proporre l'applicazione di criteri a loro avviso più idonei alla valutazione del pacchetto azionario detenuto, accompagnando queste proposte con generiche considerazioni sulla politica fiscale di Confederazione e Cantoni.
Criticando il metodo applicato per calcolare il valore venale delle azioni da loro possedute, la questione a sapere se l'art. 42 cpv. 2 LTF sia o meno stato rispettato può comunque essere lasciata aperta. Questo perché, in tale ambito, i ricorrenti non solo avrebbero dovuto esprimersi conformemente a questa norma, bensì anche all'art. 106 cpv. 2 LTF, ciò che non è per niente il caso nella fattispecie.
L'art. 14 cpv. 1 LAID - che impone una stima della sostanza in base al valore venale - lascia in effetti libertà ai Cantoni sul metodo da applicare per definire questo valore e sulla misura in cui possa essere preso in considerazione anche il valore di reddito, con conseguente limitazione in questo ambito del potere d'esame da parte del Tribunale federale alla sola violazione del diritto costituzionale (DTF 134 II 207 consid. 2 pag. 210; 131 II 722 consid. 2 pag. 724; con specifico riferimento alle istruzioni qui applicate cfr. infine sentenza 2C_800/2008 del 12 giugno 2009 consid. 5.2).
Non avendo i ricorrenti sostenuto, conformemente all'art. 106 cpv. 2 LTF, che facendo capo alle già citate istruzioni dell'Amministrazione federale delle contribuzioni le istanze competenti avrebbero violato diritti costituzionali specifici, non resta quindi che constatare pure l'inammissibilità delle censure sollevate alle pag. 4-6 e, di riflesso, dell'intero ricorso.
2.3 Per quanto le critiche dei ricorrenti mirino specificatamente all'esclusione dell'applicazione a casi come quello in esame delle menzionate istruzioni (nella fattispecie: edizione 1995, i cui p.ti indicati nel giudizio impugnato sono stati in sostanza ripresi anche nell'edizione del 21 agosto 2006), può comunque abbondanzialmente e in via generale essere aggiunto che i criteri in esse descritti sono da tempo riconosciuti come affidabili sia dalla giurisprudenza che dalla dottrina (sentenze 2C_504/2009 del 15 aprile 2010 consid. 3.3 e 2C_800/2008 del 12 luglio 2009 consid. 5.1 seg., che si esprimono nel contempo sulla natura di queste istruzioni).
3. Per quanto precede, il gravame dev'essere dichiarato inammissibile secondo la procedura semplificata (art. 108 LTF). Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF); non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido.
3. Comunicazione al rappresentante dei ricorrenti, alla Divisione delle contribuzioni e alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, nonché all'Amministrazione federale delle contribuzioni.