Faits:
A. L'hoirie de feu X._ est propriétaire des parcelles contiguës n° 76 et 102 de la commune de Bagnes, au lieu-dit Pro Michaud à Verbier, au nord du croisement de la rue du Centre sportif, de la route de la Poste et du chemin du Temple. La parcelle n° 76 abrite en l'état un centre commercial donnant sur la rue du Centre sportif et dont le toit plat engazonné correspond au rez du chalet érigé sur le bien-fonds n° 101; sur le terrain n° 102 se trouve un parking non couvert le long du chemin du Temple. L'exécuteur testamentaire de l'hoirie précitée a requis pour celle-ci l'autorisation d'y construire un parking souterrain sur deux niveaux, une surface commerciale et deux chalets au-dessus. Le projet présenté empiète d'environ 28 m2 sur l'angle sud du bien-fonds n° 101 appartenant à la communauté des copropriétaires en PPE de l'immeuble "Z._" (ci-après: la communauté des copropriétaires PPE); cette surface est censée correspondre à l'assiette d'une servitude réelle de superficie consentie le 3 novembre 1997 qui grève ce bien-fonds au profit du n° 103, lui-même rattaché au n° 102 par acte du 17 septembre 2002.
Selon le règlement communal de construction approuvé définitivement par le Conseil d'Etat valaisan le 25 juin 2003 (ci-après: RCC), les parcelles en question se trouvent dans la zone touristique de centre T1 - destinée aux commerces, aux bureaux, aux locaux de travail et à l'habitation permanente et saisonnière - dont l'indice d'utilisation du sol est fixé à 0.8 (cf. art. 97c et 105 let. a RCC).
B. Le projet de construction, publié au Bulletin officiel du 12 décembre 2008, a fait l'objet de plusieurs oppositions dont celle de l'administratrice de la PPE de l'immeuble "Z._". Par décision du 15 avril 2010, le Conseil communal de Bagnes (ci-après: le Conseil communal) a levé les oppositions et délivré le permis de construire.
La communauté des copropriétaires PPE a formé recours contre cette décision. Elle reprochait notamment au Conseil communal d'avoir calculé la densité d'utilisation du terrain selon l'art. 97c RCC qui exclut de la surface brute de plancher utile (SBP) le rez commercial sur une profondeur de 25 mètres depuis l'alignement, alors que le droit cantonal ne permettrait pas une telle exclusion. Elle soutenait également ne pas avoir consenti à la réalisation de cet ouvrage qui empiétait sur son bien-fonds.
Le Conseil d'Etat du canton du Valais a, le 20 avril 2011, confirmé la décision du Conseil communal de Bagnes. Il a estimé qu'il n'y avait pas lieu de remettre en cause l'art. 97c RCC sur la base des règles cantonales sur l'indice d'utilisation du sol car cette disposition communale correspondait aux buts et principes fédéraux en matière d'aménagement du territoire; il a notamment souligné que, par cette mesure, le législateur communal a souhaité adopter une planification de son territoire en encourageant, dans cette zone touristique, une activité villageoise avec un développement économique issu des commerces implantés au rez-de-chaussée des bâtiments. Le Conseil d'Etat a en outre considéré que le projet litigieux soulevait des questions d'interprétation de la servitude consentie en 1997 qui devaient être tranchées par les juridictions civiles et non pas par les autorités administratives.
C. Le 1er juin 2011, la communauté des copropriétaires PPE a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal valaisan (ci-après: le Tribunal cantonal ou cour cantonale), qui a admis le recours par arrêt du 1er septembre 2011. Cette autorité a estimé qu'aucune disposition de droit cantonal n'autorisait une commune à exclure du calcul de la SBP certaines surfaces - comme en l'espèce des surfaces commerciales - que le droit cantonal prescrivait de prendre en compte. Elle en a conclu que le RCC dérogeait aux art. 13 de la loi sur les constructions du 8 février 1996 (LC, RS/VS 705.1) et 5 de l'ordonnance sur les constructions du 2 octobre 1996 (OC, RS/VS 705.100) ainsi qu'au glossaire annexé à l'OC. A titre superfétatoire, le Tribunal cantonal a retenu que la servitude foncière litigieuse ne permettait pas la construction, au-dessous du rez-de-chaussée abritant l'actuelle surface commerciale, de garages souterrains sur deux niveaux venant empiéter sur la parcelle n° 101, ce constat étant néanmoins posé sans préjudice d'une éventuelle décision civile à rendre sur ce point; elle a donc considéré que, faute de disposer d'un droit de disposition suffisant sur le bien-fonds n° 101, le projet ne pouvait pas non plus être autorisé pour cette raison.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'hoirie de feu X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 1er septembre 2011. Elle se plaint pour l'essentiel d'une interprétation arbitraire du droit cantonal et d'une violation du principe de l'autonomie communale. Elle invoque également la garantie de la propriété et le principe d'égalité de traitement.
Le Tribunal cantonal et le Conseil d'Etat renoncent à se déterminer. Les intimés concluent au rejet du recours et la Commune de Bagne à son admission. Les intimés se sont prononcés sur les déterminations de la Commune de Bagnes.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante, qui a pris part à la procédure devant le Tribunal cantonal, a manifestement qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF contre l'arrêt attaqué annulant l'autorisation de construire qu'elle avait obtenue.
2. La recourante soutient que la communauté des propriétaires d'étages n'avait pas qualité pour se plaindre devant l'instance précédente de l'inobservation des règles en matière de densité, de sorte que l'arrêt cantonal devrait être annulé. Elle relève à cet égard que la communauté susmentionnée n'est pas une personne physique touchée par les mesures d'utilisation du sol.
2.1 En vertu des art. 33 al. 3 let. a LAT et 111 al. 1 LTF, la qualité pour recourir devant les instances cantonales doit être reconnue dans les mêmes limites que pour le recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral contre les décisions et les plans d'affectation fondés sur la loi fédérale sur l'aménagement du territoire et sur les dispositions cantonales et fédérales d'exécution de cette loi. La qualité pour agir devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Valais est définie à l'art. 44 al. 1 de la loi du 6 octobre 1976 sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA; RS/VS 172.6). Cette disposition accorde le droit de recourir à quiconque est atteint par la décision attaquée et possède un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée (let. a). La recourante ne prétend pas que le droit cantonal serait plus large sur ce point que le droit fédéral. Il convient donc en définitive d'examiner la qualité pour recourir sous l'angle de l'art. 89 al. 1 LTF, question que le Tribunal fédéral revoit librement s'agissant de droit fédéral (art. 111 al. 1 LTF).
Aux termes de l'art. 89 LTF, la qualité pour recourir est reconnue à toute personne atteinte par la décision attaquée et qui dispose d'un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Selon la jurisprudence rendue en application de cette disposition, le recourant doit se trouver, avec l'objet de la contestation, dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération. Le voisin direct de la construction litigieuse a en principe la qualité pour recourir. La proximité avec l'objet du litige ne suffit cependant pas à elle seule à conférer au voisin la qualité pour recourir contre l'octroi de l'autorisation de construire. Celui-ci doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée de manière à exclure l'action populaire; il doit ainsi invoquer des dispositions du droit public des constructions susceptibles d'avoir une incidence sur sa situation de fait ou de droit (ATF 137 II 30 consid. 2.2.3 et 2.3 p. 33-34; 133 II 249 consid. 1.3.1 p. 252, 468 consid. 1 p. 470).
2.2 A titre liminaire, il convient de relever que, contrairement à ce que semble soutenir la recourante, la communauté des propriétaires d'étages bénéficie de la capacité d'ester en justice pour des questions qui relèvent de l'immeuble en propriété par étage (cf. art. 712l al. 2 CC; cf. également AMÉDÉO WERMELINGER, La propriété par étages: commentaire des articles 712a à 712t du code civil suisse, 2008, n. 161 sv. ad art. 712l CC). La qualité pour agir de la communauté a d'ailleurs été reconnue à plusieurs reprises par le Tribunal fédéral dans le domaine de la police des constructions et de l'aménagement du territoire (cf. arrêts 1C_269/2008 du 25 novembre 2008 et 1C_233/2009 du 30 septembre 2009; WERMELINGER, op. cit., n. 193 sv. ad art. 712l CC).
Dans le cas d'espèce, la communauté intimée est propriétaire de la parcelle directement voisine de celle où doit s'ériger le projet litigieux - lequel empiète en outre sur une partie de son bien-fonds (cf. servitude foncière) - et elle est, de ce fait, particulièrement atteinte par la décision du Conseil d'Etat confirmant l'octroi du permis de construire. Elle dispose par ailleurs d'un intérêt digne de protection à invoquer une violation des règles sur la densité des constructions (ATF 133 II 249 consid. 1.3.3 p. 253 s.). C'est donc à juste titre que le Tribunal cantonal a reconnu à la communauté des copropriétaires PPE la qualité pour recourir contre la décision du Conseil d'Etat.
3. La recourante reproche à l'instance précédente d'avoir procédé à une interprétation du droit cantonal qu'elle tient pour arbitraire et contraire à l'autonomie communale. Selon elle, la Commune de Bagnes était habilitée à légiférer en matière d'indice d'utilisation du sol et en particulier pouvait adopter la disposition communale litigieuse excluant certaines surfaces du calcul de la SBP.
3.1 Le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal ou communal en tant que tel. En revanche, il est possible de faire valoir que l'application faite de ce droit violerait le droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Appelé à revoir l'interprétation et l'application du droit communal sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). En revanche, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
Selon l'art. 50 al. 1 Cst., l'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal. Une commune bénéficie de la protection de son autonomie dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive, mais qu'il laisse en tout ou partie dans la sphère communale, conférant par là aux autorités municipales une liberté de décision relativement importante. L'existence et l'étendue de l'autonomie communale dans une matière concrète sont déterminées essentiellement par la constitution et la législation cantonales (ATF 136 I 316 consid. 2.1.1 p. 317 et les arrêts cités).
Le grief de violation de l'autonomie communale, que la recourante est en principe autorisée à faire valoir à titre accessoire dès lors que la Commune de Bagnes a donné un préavis favorable à son projet et conclut à l'admission du présent recours (arrêt 1C_450/2008 du 19 mars 2009 consid. 2.1 et les arrêts cités), n'a en l'espèce pas de portée propre par rapport à celui d'arbitraire. En effet, lorsqu'elle est reconnue autonome dans un domaine spécifique, une commune peut se plaindre d'un excès voire d'un abus du pouvoir d'appréciation, ou d'une fausse application par la juridiction cantonale de recours des normes de droit cantonal et communal régissant le domaine en cause. Le Tribunal fédéral revoit alors l'interprétation et l'application de ces normes sous l'angle de l'arbitraire (cf. arrêts 1C_138/2010 du 26 août 2010 consid. 2.1 et 1C_450/2008 du 19 mars 2009 consid. 2.1).
3.2 Selon l'art. 6 de la loi du 5 février 2004 sur les communes du canton du Valais (LCom, RS/VS 175.1), les communes ont notamment des attributions dans le domaine de l'aménagement local et de la police des constructions (let. c). En vertu de l'art. 8 LC, le droit communal réglemente l'ordre des constructions, leur emplacement, leurs dimensions, le nombre de niveaux ainsi que leur architecture. La législation cantonale contient néanmoins certaines règles à cet égard, notamment concernant l'indice d'utilisation du sol. Ainsi, l'art. 13 al. 1 LC, consacré à cette notion, la définit comme étant le rapport entre la surface brute totale déterminante des planchers et la surface de la parcelle prise en considération; l'art. 13 al. 2 LC dispose que le mode de calcul de l'indice sera réglé dans l'ordonnance (cf. également art. 14 LC). En vertu de son pouvoir d'exécution, le Conseil d'Etat a précisé cette notion d'indice d'utilisation et la manière de le calculer, dans l'ordonnance sur les constructions (cf. art. 5 OC) et le glossaire annexé (cf. art. 4 OC).
L'art. 5 OC intitulé "Indice d'utilisation" a la teneur suivante:
1 L'indice d'utilisation (u) est le rapport entre la surface brute de plancher utile (surface brute totale déterminante des planchers) et la surface constructible du terrain (surface de la parcelle prise en considération).
surface brute de plancher utile
u= -----------------------------------------
surface constructible du terrain
2 La surface brute de plancher utile se compose de la somme de toutes les surfaces d'étages au-dessus et au-dessous du sol, y compris les surfaces des murs et des parois dans leurs sections horizontales, qui servent directement à l'habitation ou à l'exercice d'une activité professionnelle ou qui sont utilisables à cet effet.
3 La surface constructible du terrain est égale à la surface des biens-fonds ou des parties de biens-fonds sis en zone à bâtir qui ont fait l'objet de la demande d'autorisation de construire et qui sont encore libres en droit pour la construction.
4 Les communes peuvent prévoir dans leur RCC que les surfaces cédées pour des raisons d'utilité publique sont prises en compte dans la surface constructible du terrain. La surface cédée prise en considération ne peut représenter plus de 20% de la surface constructible du terrain.
5 Les communes peuvent fixer dans le RCC une majoration appropriée de l'indice d'utilisation pour des plans d'affectation spéciaux (plan de quartier ou plan d'aménagement détaillé) qui offrent des avantages par une solution d'ensemble.
Quant au glossaire annexé à l'OC, il donne de la "surface brute de plancher utile (SBP)" la définition suivante:
Somme de toutes les surfaces en-dessus et en-dessous du sol, y compris la surface des murs et des parois dans leurs sections horizontales, qui servent directement à l'habitation ou à l'exercice d'une activité professionnelle ou qui sont utilisables à cet effet (art. 5 al. 2 OC).
N'entrent pas en considération:
- les locaux de service situés hors du logement tels que caves, greniers, séchoirs et buanderies, locaux de chauffage, soutes à bois, à charbon ou à mazout;
- les locaux pour la machinerie des ascenseurs, des installations de ventilation et de climatisation;
- les locaux communs de jeux et bricolages dans les immeubles à logements multiples;
- les garages pour véhicules à moteur, vélos et voitures d'enfants, non utilisés pour une activité professionnelle;
- les couloirs, escaliers et ascenseurs desservant uniquement des surfaces non directement utilisables;
- les portiques d'entrée ouverts; les terrasses d'attique, couvertes et ouvertes; les balcons et les loggias ouverts;
- les espaces vitrés (vérandas, oriels, serres, jardins d'hiver) non utilisables pour l'habitation permanente (situés en dehors de l'enveloppe thermique) ou pour des activités commerciales ou professionnelles;
- les entrepôts souterrains dans la mesure où ils ne sont pas ouverts au public, ni dotés de places de travail.
Comptent toutefois comme surface utilisable:
- les combles d'une hauteur finie sous chevrons supérieure à 1,80 m;
- les sous-sol utilisables pour le travail ou l'habitation.
Quant à l'art. 2 OC, il contient une réserve en faveur du droit communal. Aux termes de cet article, les communes édictent les dispositions complémentaires à la loi sur les constructions et à la présente ordonnance dans le respect du droit fédéral et cantonal (al. 1); elles peuvent édicter des dispositions dérogatoires lorsque la loi sur les constructions et l'ordonnance le prévoient expressément (al. 2).
Enfin, la disposition communale litigieuse prévoit notamment que, en zone de rez contigu, le rez commercial n'est pas compté dans la densité sur une profondeur de maximum 25 mètres depuis l'alignement (art. 97c RCC).
3.3 Le Tribunal cantonal a en l'espèce considéré que le RCC contrevenait au droit cantonal en tant qu'il excluait du calcul de la SBP certaines surfaces commerciales que le droit cantonal prescrivait de prendre en compte. L'instance précédente a en effet estimé que la notion d'indice d'utilisation était définie par le droit cantonal, à savoir par les art. 13 LC et 5 OC ainsi que par le glossaire annexé à l'OC. Elle s'est notamment référée aux travaux préparatoires relatifs à cette législation qui mettaient en évidence que cette notion ressortait au droit cantonal. Ainsi, le rapporteur de la commission parlementaire rappelait, lors des premiers débats, que les communes étaient libres de ne pas utiliser l'instrument de l'indice d'utilisation du sol, mais que, dans le cas où elles le feraient, elles devraient expressément se référer à la notion définie par l'ordonnance (Bulletin des séances du Grand Conseil, in: BSGC, novembre 1995, p. 1395). L'OC et son glossaire concrétisaient en effet la volonté du législateur d'instaurer "une unité de langage et d'application des dispositions légales sur l'ensemble du canton" (BSGC, novembre 1996, p. 1179). Son idée n'était pas de quantifier les définitions, mais de laisser à chaque commune le soin d'apprécier si elle voulait donner telle ou telle hauteur à un bâtiment; il s'agissait de préciser le caractère de la définition et non la quantité (BSGC, février 1996, p. 844). Dans son message concernant l'OC, le Conseil d'Etat soulignait à cet égard que, pour la première fois, le calcul de la surface brute de plancher utile prise en compte relevait exclusivement du droit cantonal (BSGC, novembre 1996, p. 1040). Enfin, le Tribunal cantonal a relevé que le droit cantonal introduisait certes plusieurs réserves spécifiques en faveur du droit communal (cf. art. 5 al. 4 et 5 OC et art. 6 OC): aucune n'autorisait cependant une commune à exclure du calcul de la SBP certaines surfaces que le droit cantonal prescrivait de prendre en compte.
La recourante n'apporte en l'occurrence aucun élément susceptible de remettre en cause l'interprétation du droit cantonal donnée par l'instance précédente. L'intéressée ne s'en prend notamment pas à l'argumentation développée par l'autorité inférieure. Elle se contente en effet de soutenir qu'il ressort de l'articulation des art. 2 OC et 8 al. 1 LC que la compétence législative en matière de dimensions des constructions appartient aux autorités communales, de sorte que la Commune de Bagnes était habilitée à exclure du SBP certaines surfaces, comme en l'espèce les surfaces commerciales. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal ne nie pas que les communes valaisannes aient des attributions dans le domaine de la police des constructions (cf. art. 6 LCom et 8 al. 1 LC). Cette attribution de compétence a toutefois lieu sous réserve des législations cantonale et fédérale (ATF 135 I 233 consid. 2.3 p. 242; cf. supra consid. 3.1). Or, l'instance précédente a clairement exposé que la notion d'indice d'utilisation relevait du droit cantonal et que le droit communal ne pouvait s'écarter de la définition donnée par la législation cantonale à moins que celle-ci ne prévoie elle-même une réserve spécifique en faveur des communes. En outre, quoi qu'en dise la recourante, les communes restent libres de définir les dimensions des constructions dès lors qu'elles sont compétentes pour fixer le coefficient d'utilisation du sol, comme cela ressort clairement des travaux préparatoires. Enfin, le fait que le Conseil d'Etat ait homologué le RCC en 2003, soit après l'adoption de l'OC et de son glossaire, n'est pas susceptible de remettre en cause l'appréciation faite par la cour cantonale dès lors qu'il ressort de l'interprétation de la LC elle-même que l'indice d'utilisation est une notion de droit cantonal (cf. consid. 13 al. 1 et 2 LC; BSGC, novembre 1996, p. 1179; BSGC, février 1996, p. 844; BSGC, novembre 1995, p. 1395); à cet égard, l'homologation de la législation communale par le Conseil d'Etat n'a pas pour effet d'élever celle-ci au rang de droit cantonal, contrairement à ce que soutient la recourante.
Dans ces conditions, l'on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire dans l'interprétation du droit cantonal en jugeant que le RCC contrevenait à celui-ci. Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
4. La recourante invoque également le principe de la légalité au sens de l'art. 36 al. 1 Cst. Selon elle, la restriction grave de son droit de propriété (art. 26 Cst.) ne reposerait pas sur une base légale suffisante. Elle estime que les principes contenus dans l'OC, et plus particulièrement dans le glossaire annexé, seraient dépourvus d'une densité normative suffisante; ceux-ci auraient dû être intégrés dans une loi au sens formel, sujette à référendum.
Contrairement à ce que soutient la recourante, la décision litigieuse qui porte sur le refus d'autoriser le projet de construction au motif que l'indice d'utilisation du sol est dépassé ne porte pas une atteinte grave à la propriété (arrêt 1C_332/2007 du 13 mars 2008 consid. 2.2 et les arrêts cités). Dès lors, est suffisante une base légale au sens matériel, que le Tribunal fédéral examine uniquement sous l'angle de l'arbitraire (ATF 131 I 333 consid. 4.2 p. 340; 130 I 360 consid. 1.2 p. 362).
En l'occurrence, pour restreindre le droit de propriété de la recourante, l'arrêt entrepris se fonde notamment sur la définition de l'indice d'utilisation précisée par l'OC (cf. art. 5 OC et le glossaire annexé). Cette ordonnance est une loi au sens matériel et constitue ainsi une base légale suffisante. Ce grief doit donc être rejeté.
5. La recourante se plaint ensuite d'une violation du principe de l'égalité de traitement. Elle se prévaut du fait que la Commune de Bagnes continuerait d'appliquer le règlement communal en matière d'indice d'utilisation du sol en dépit de l'arrêt du Tribunal de céans du 8 novembre 2001 ayant annulé un arrêt du Tribunal cantonal - qui consacrait l'inapplicabilité des dispositions réglementaires communales sur l'indice d'utilisation du sol - au motif que le régime transitoire de cinq ans pour adapter le droit communal au droit cantonal n'était pas encore échu (cf. arrêt 1P.577/2001 du Tribunal fédéral du 8 novembre 2001); la commune adopterait toujours le même mode de calcul de l'indice d'utilisation du sol et elle ferait prévaloir la primauté de son règlement sur le droit cantonal.
5.1 Le principe de la légalité de l'activité administrative prévaut en principe sur celui de l'égalité de traitement. En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité devant la loi lorsque celle-ci est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas (ATF 126 V 390 consid. 6a p. 392 et les références citées). Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité dont la décision est attaquée, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question. Le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi (ATF 127 I 1 consid. 3a p. 2 s.; 125 II 152 consid. 5 p. 166; 122 II 446 consid. 4a p. 451 s. et les arrêts cités); en principe, si l'autorité ne s'exprime pas sur ses intentions futures, le Tribunal fédéral présume qu'elle se conformera à la loi à l'avenir (cf. ATF 115 Ia 81 consid. 2 p. 83). Il faut encore que l'autorité n'ait pas respecté la loi selon une pratique constante, et non pas dans un ou quelques cas isolés (ATF 132 II 485 consid. 8.6 p. 510; 127 I 1 consid. 3a p. 2; 126 V 390 consid. 6a p. 392 et les arrêts cités), et qu'aucun intérêt public ou privé prépondérant n'impose de donner la préférence au respect de la légalité (ATF 123 II 248 consid. 3c p. 254; 115 Ia 81 consid. 2 p. 83 et les références). C'est seulement lorsque toutes ces conditions sont remplies que le citoyen est en droit de prétendre, à titre exceptionnel, au bénéfice de l'égalité dans l'illégalité.
5.2 En l'occurrence, la recourante se méprend lorsqu'elle prétend que la Commune de Bagnes continuerait d'appliquer le règlement communal ayant fait l'objet de l'arrêt invoqué du Tribunal fédéral - à savoir le règlement homologué en 1998 par le Conseil d'Etat - puisque l'autorité communale compétente a édicté un nouveau règlement qui a été définitivement homologué en 2003 par le Conseil d'Etat et qui a abrogé et remplacé le précédent. L'intéressée ne démontre au demeurant pas que la commune adopterait toujours le même mode de calcul de l'indice d'utilisation du sol; elle ne donne à cet égard aucune indication quant au contenu de l'ancien règlement qui ne ressort d'ailleurs pas du dossier de la cause. En outre, la recourante ne fait état d'aucun projet de construction qui aurait bénéficié de l'exclusion litigieuse prévue par l'art. 97c RCC actuellement en vigueur pour le calcul de l'indice d'utilisation du sol. En l'état, la commune n'a pas manifesté son intention de poursuivre une pratique illégale dès lors qu'elle envisage, à la faveur d'une décision incitative, d'adapter sa réglementation (cf. consid. 6). Une violation de l'égalité de traitement n'est donc, au vu du dossier, pas démontrée par la recourante.
Le recours doit par conséquent également être rejeté sous cet angle.
6. En cas de rejet des griefs soulevés par la recourante, la Commune de Bagnes propose au Tribunal fédéral de renoncer à annuler l'autorisation de construire et de rendre une décision incitative: cela lui permettra de modifier sa législation (art. 97c RCC) pour lui donner un contenu compatible avec le droit cantonal en y intégrant son intention planificatrice, à savoir d'accorder un bonus de densité au bâtiment à ériger sous condition de construire un rez-de-chaussée commercial, sur l'alignement, en contigüité avec les parcelles voisines. La Commune de Bagnes prétend que l'inapplication de la disposition litigieuse - permettant d'exclure du calcul de la SBP des surfaces commerciales situées au rez - aurait pour conséquence d'entraîner des vides entre les bâtiments du centre de Verbier dont les rez-de-chaussées sont construits en contigüité et forment un centre harmonieux, comme elle l'a souhaité.
6.1 Le Tribunal fédéral prend une décision incitative lorsque, pour éviter un vide juridique - qui aurait, en définitive, des conséquences plus néfastes que l'application d'une disposition viciée -, il renonce à annuler une disposition inconstitutionnelle (cf. ATF 123 I 56 consid. 3c p. 61; arrêt 1P.487/2003 du 27 janvier 2004 consid. 4.1 non publié aux ATF 130 I 106). On parle de décision incitative ("Appellentscheid") car cette décision comporte un appel plus ou moins précis et directif à l'égard du législateur afin qu'il élabore une réglementation conforme à la Constitution (WALTER KÄLIN, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, Berne 1994, 2e éd., p. 403). Une telle décision a ainsi pour conséquence, d'une part, de maintenir un acte vicié, le cas échéant en déboutant un recourant qui obtient gain de cause, et, d'autre part, de légitimer les autorités (à continuer) à appliquer, au moins temporairement, une norme reconnue comme n'étant pas conforme à la Constitution jusqu'à ce que le législateur adopte une nouvelle réglementation (cf. ANDREAS AUER, L'effet des décisions d'inconstitutionnalité du Tribunal fédéral, in PJA 5/92 p. 559 ss, n. 23, p. 564). Aussi une décision incitative ne peut-elle être admise qu'exceptionnellement et pour de justes motifs (arrêt 1C_390/2007 du 22 octobre 2008 consid. 6.2 in RDAF 2009 I 323 et les arrêts cités).
6.2 Dans le cas particulier, les conditions au prononcé d'une décision incitative ne sont manifestement pas remplies. On ne voit en effet pas en quoi la non-application de la disposition communale litigieuse pourrait entraîner un vide juridique ou bouleverser l'application de la législation communale. Elle n'empêcherait en particulier pas l'accomplissement des tâches publiques dévolues à la Commune de Bagnes en matière de construction et d'aménagement du territoire. Celle-ci n'explique d'ailleurs pas en quoi la contigüité prévue en rez-de-chaussée ne pourrait pas être réalisée en intégrant dans le calcul de l'indice d'utilisation du sol les surfaces commerciales. L'argumentation de la Commune de Bagnes doit donc être écartée.
7. Il résulte de ce qui précède que la motivation principale de l'instance précédente résiste à la critique de la recourante. Comme cette motivation est indépendante et suffisante pour maintenir la décision entreprise, point n'est besoin d'examiner l'argumentation superfétatoire de la cour cantonale fondée sur l'interprétation de la servitude (ATF 133 III 221 consid. 7 p. 228; 132 I 13 consid. 6 p. 20 et les références).
Le recours doit dès lors rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 LTF). En vertu de l'art. 68 al. 2 LTF, celle-ci versera en outre une indemnité de dépens à l'intimée qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La Commune de Bagnes n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des membres de l'hoirie recourante.
3. Une indemnité de 2'000 fr. à payer à l'intimée à titre de dépens est mise à la charge des membres de l'hoirie recourante, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et de la Commune de Bagnes, au Conseil d'Etat et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public.
Lausanne, le 2 avril 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn