Faits:
A. Le 22 octobre 2012, A._, alors juge à la Cour des comptes du canton de Genève (démissionnaire au 31 octobre 2012), a transmis une lettre au Grand Conseil genevois ainsi qu'à certains députés et à son parti politique, dans laquelle il répondait à des critiques concernant un audit en cours; deux versions du rapport d'audit étaient jointes à cette lettre. La Cour des comptes a fait paraître le même jour un communiqué de presse dans lequel il est notamment reproché au magistrat une violation du secret de fonction. Le Procureur général du canton de Genève a alors ouvert une procédure pénale pour violation du secret de fonction. Le 23 octobre 2012, il s'est rendu dans les bureaux du juge A._ et y a apposé des scellés à titre de mesure conservatoire. Les envois litigieux ont fait l'objet d'un ordre de dépôt. Le 26 octobre 2012, le Ministère public a demandé au Grand Conseil l'autorisation de poursuivre le juge A._.
B. Par décision du 13 décembre 2012, le Grand Conseil, statuant à huis-clos après avoir entendu l'intéressé et sur préavis de la Commission législative, a admis la demande de poursuite et levé l'immunité de magistrat du juge A._, considérant qu'il était dans l'intérêt public de permettre à la procédure pénale de suivre son cours.
C. Par acte du 28 janvier 2013, A._ forme un recours en matière de droit public - subsidiairement un recours constitutionnel - contre cette décision. Il en demande l'annulation, subsidiairement le renvoi de la cause au Grand Conseil afin qu'il motive sa décision. Plus subsidiairement, il demande au Tribunal fédéral de dire que le Ministère public n'est pas autorisé à le poursuivre. Il se plaint du défaut de motivation de la décision attaquée, d'une violation du principe de la proportionnalité et de l'interdiction de l'arbitraire.
Le Grand Conseil conclut au rejet du recours.
Le Ministère public demande au Tribunal fédéral de constater, à titre préjudiciel, que l'art. 4A de la loi genevoise instituant une Cour des comptes (LICC, RS/GR D 1 12), qui instaure une immunité en faveur des magistrats de cette cour, va au-delà de ce que prévoit l'art. 7 al. 2 CPP, de sorte que le recours serait sans objet. Subsidiairement, il conclut au rejet du recours.
Le recourant a déposé de nouvelles observations le 14 avril 2013, persistant dans ses conclusions.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée indique, comme voie de droit, le recours en matière de droit public. La procédure d'autorisation de poursuivre et de levée d'immunité est en effet une procédure de nature administrative - en l'occurrence parlementaire -, de sorte que la décision attaquée est rendue dans une cause de droit public au sens de l'art. 82 LTF (ATF 137 IV 269 consid. 1.3.1 p. 272).
1.1 Selon l'art. 7 al. 2 let. b CPP, les cantons peuvent prévoir de subordonner à l'autorisation d'une autorité non judiciaire l'ouverture d'une poursuite pénale contre les membres de leurs autorités exécutives ou judiciaires, pour des crimes ou des délits commis dans l'exercice de leurs fonctions. Le canton de Genève a fait application de cette disposition en prévoyant, à l'art. 10 de la loi d'application du code pénal (LaCP; RS/GE E 4 10), que pour les crimes et délits commis dans l'exercice de leurs fonctions, les conseillers d'Etat et les magistrats du pouvoir judiciaire ne peuvent être poursuivis pénalement qu'avec l'autorisation préalable du Grand Conseil (al. 1). Le Ministère public demande l'autorisation de poursuivre (al. 2). La décision du Grand Conseil est prise à huis clos à la majorité absolue et sur présentation d'un rapport de la commission législative qui entend l'intéressé (al. 3 et 4). Selon l'art. 4A de la loi instituant une Cour des comptes (LICC; RS/GE D 1 12), les magistrats de la Cour des comptes sont assimilés aux magistrats du pouvoir judiciaire en matière d'immunité et de poursuite sur autorisation. Les articles 9 et 10 LaCP s'appliquent par analogie.
Le Ministère public conteste la conformité de cette dernière disposition avec l'art. 7 al. 2 let. b CPP en relevant que la Cour des comptes ne serait pas une autorité judiciaire chargée de rendre des jugements. Il ne saurait toutefois conclure à une constatation préjudicielle de violation du droit fédéral sur ce point, puisqu'il n'a pas recouru contre la décision attaquée et ne peut, au titre d'autorité intimée, que s'opposer aux conclusions de la partie recourante. La décision du Grand Conseil n'apparaît d'ailleurs pas entachée d'une violation manifeste du droit fédéral au point qu'elle serait entachée de nullité absolue. En effet, s'il appartient au droit cantonal d'organisation judiciaire de définir quelles sont ses autorités judiciaires, il peut également décider quels magistrats doivent être "assimilés" aux magistrats du pouvoir judiciaire.
1.2 L'art. 83 let. e LTF exclut le recours en matière de droit public lorsque celui-ci est dirigé contre des "décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération". Conformément à ses versions allemande ("Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal") et italienne ("autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione"), cette disposition vise également les membres des autorités législatives et judiciaires des cantons (ATF 137 IV 269 consid. 1.3.2 p. 272).
1.3 L'exclusion du recours en matière de droit public ne porte toutefois que sur le refus de l'autorisation ou de levée de l'immunité.
1.3.1 S'agissant du personnel de la Confédération, l'art. 15 al. 4 et 5 de la loi fédérale sur la responsabilité de la Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires (Loi sur la responsabilité, LRCF, RS 170.32) prévoit que l'autorisation de poursuivre un fonctionnaire, lorsque l'infraction est en rapport direct avec son activité ou sa situation officielle, est définitive. Il n'y a pas non plus de recours contre l'autorisation visant un membre d'une autorité de la Confédération (art. 189 al. 4 Cst.; WURZBURGER, Commentaire LTF, n° 73 ad art. 83; HÄBERLI, BSK/BGG, n° 141 et 144 ad art. 83; SEILER/VON WERDT/ GÜNGERICH, BGG, n° 41 ad art. 83). Le législateur a en effet considéré que l'octroi de l'autorisation n'équivaut pas à une condamnation, et que le fonctionnaire renvoyé devant le juge pénal pourra se défendre en cours de procès (FF 1956 1429).
Il en résulte que les décisions admettant ou refusant l'autorisation de poursuivre un membre d'une autorité ou un fonctionnaire de la Confédération ne peuvent pas faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral.
1.3.2 S'agissant des membres d'autorités cantonales, la clause d'exclusion de l'art. 83 let. e LTF ne s'applique qu'aux décisions de refus rendues à l'égard des membres d'autorités supérieures, en raison du caractère essentiellement politique de la décision. Elle ne s'étend pas aux employés des autorités cantonales (ATF 137 IV 269 consid. 1.3.2 p. 272 s.; arrêt 1C_8/2012 du 21 mai 2012). En revanche, en cas d'octroi de l'autorisation de poursuivre, aucune disposition spécifique ne prévoit (au contraire du droit fédéral) que cette décision est définitive. L'art. 83 let. e LTF ne concerne que les décisions de refus, quand bien même l'octroi de l'autorisation par le Grand Conseil relève, lui aussi, de considérations essentiellement politiques qui devraient échapper au contrôle judiciaire. Sous réserve des considérations qui suivent, la voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Le recours constitutionnel est dès lors exclu (art. 113 LTF).
1.4 Le recourant a participé à la procédure devant le Grand Conseil; il est particulièrement atteint par la décision qui autorise une poursuite pénale à son encontre et dispose (indépendamment de l'intérêt juridiquement protégé par la norme instituant une immunité des magistrats) d'un intérêt digne de protection à son annulation (art. 89 al. 1 LTF).
1.5 Il reste toutefois à examiner la recevabilité du recours au regard des art. 90 à 93 LTF.
1.5.1 En vertu de l'art. 90 LTF, le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. Il l'est également, selon l'art. 91 let. a LTF, contre toute décision qui statue sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause. En revanche, sauf si elles portent sur la compétence ou sur une demande de récusation (cf. art. 92 LTF), les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral qu'aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF (cf. ATF 133 V 477 consid. 4.2 p. 481). Tel est le cas soit si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), soit si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
1.5.2 Alors qu'une décision finale met fin à la procédure (art. 90 LTF), que ce soit pour un motif déduit de la procédure ou du droit matériel (ATF 133 III 629 consid. 2.2 p. 631 et les citations), une décision préjudicielle ou incidente est rendue en cours de procès et ne constitue qu'une étape vers la décision finale; elle peut avoir pour objet une question formelle ou matérielle, tranchée préalablement à la décision finale (ATF 133 III 629 consid. 2.2 p. 631). De ce point de vue, ce n'est pas la désignation formelle de la décision qui est déterminante, mais ses effets sur la suite de la procédure. Les décisions accessoires à la procédure principale, qui peuvent être rendues avant ou pendant celle-ci et qui ne déploient d'effet que dans ce cadre, sont incidentes. En revanche, est finale une décision qui règle des rapports juridiques indépendamment d'une procédure principale (arrêt 9C_971/2012 du 13 février 2013, destiné à la publication).
1.5.3 En l'occurrence, la décision attaquée a pour effet d'autoriser le Ministère public à poursuivre le recourant et de lever l'immunité de ce dernier dans une procédure pénale déterminée. Quand bien même il s'agit d'une procédure distincte (HÄBERLI, op. cit. note 210 ad art. 83), dont l'issue est soumise à des considérations tant juridiques que politiques (ATF 137 IV 269 consid. 2.2.; 135 I 113 consid. 1), la levée d'immunité intervient dans le cadre d'une procédure pénale préexistante; elle peut d'ailleurs, exceptionnellement, être accordée dans le cours ultérieur de cette procédure (arrêt 6B_142/2012 du 28 février 2013, destiné à la publication). L'autorisation de procéder intervient sur requête de l'autorité de poursuite. Elle a pour objet la levée d'un obstacle à la procédure et constitue ainsi une condition préalable à la poursuite pénale (SCHMID, Schweizerische Prozessordnung, Zurich 2009, n° 15 ad art. 7; ROTH, Commentaire romand CPP, n° 33 ad art. 7). La résolution de cette question préalable ne constitue qu'une étape dans le cadre de la procédure pénale. Elle n'a d'effet que pour cette procédure, dont elle constitue un accessoire. Il faut donc y voir une décision préjudicielle au sens de l'art. 93 al. 1 LTF (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, op. cit. n° 43 ad art. 83; RIEDO/FIOLKA, BSK/StPO, n° 110 ad art. 7). Le recours n'est recevable qu'aux conditions de cette disposition.
1.5.4 Un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF est celui qui ne peut pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable (ATF 137 IV 172 consid. 2.1 p. 173; 136 IV 92 consid. 4 p. 95; 134 I 83 consid. 3.1 p. 86 s.; 133 IV 335 consid. 4 p. 338; 139 consid. 4 p. 141). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure. En tant que cour suprême, le Tribunal fédéral doit en principe ne s'occuper qu'une seule fois d'un procès et cela seulement lorsqu'il est certain que le recourant subit effectivement un dommage définitif (ATF 135 I 261 consid. 1.2 p. 263). Il incombe au recourant de démontrer l'existence d'un tel préjudice lorsque celui-ci n'est pas d'emblée évident (cf. ATF 136 IV 92 consid. 4 p. 95; 134 III 426 consid. 1.2 p. 429). Or en l'espèce, le recourant ne s'exprime nullement sur cette question.
Selon la jurisprudence, les décisions relatives à l'ouverture, à la reprise ou à l'avancement de la procédure pénale constituent un dommage de pur fait qui n'est pas considéré comme irréparable (ATF 136 IV 92 consid. 4 p. 95; 133 IV 139 consid. 4. p. 141 et les arrêts cités). Il doit en aller de même d'une décision qui lève un obstacle à la poursuite pénale. Le fait d'avoir à subir une procédure pénale et les inconvénients qui y sont liés ne constitue pas un préjudice irréparable (ATF 133 IV 288 consid. 3.1 p. 291).
1.5.5 L'art. 93 al. 1 let. b LTF doit recevoir en matière pénale, une interprétation restrictive, sous peine d'admettre la recevabilité de recours dirigés contre les différentes décisions qui sont prises au cours de la procédure, en particulier la mise en prévention ou le renvoi en jugement. Or, la jurisprudence a toujours considéré que de telles décisions ne peuvent être attaquées immédiatement (ATF 133 IV 288 consid. 3.2 p. 292; 139 consid. 4 p. 141). En l'espèce, il n'apparaît pas que la procédure à laquelle le recourant est exposé puisse être longue et coûteuse au point de devoir déroger aux principes rappelés ci-dessus. Sur ce point également, le recourant n'apporte pas la moindre démonstration.
1.5.6 La décision accordant l'autorisation de poursuivre un magistrat cantonal ne peut dès lors pas faire l'objet d'un recours immédiat. Cette solution s'accorde avec la réglementation relative aux autorisations de poursuivre rendues à l'égard du personnel et des magistrats de la Confédération, à l'encontre desquelles il n'existe pas de recours. Cette exclusion tient elle aussi à la nature incidente de la décision (consid. 1.3.1 ci-dessus, en particulier FF 1956 1429).
2. Le recours est par conséquent irrecevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant, qui succombe. Il n'est pas alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Ministère public et au Grand Conseil de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 28 mai 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz