Fatti:
A. Il 27 settembre 2010 l'Amministrazione federale delle contribuzioni ha deciso di dare seguito alla domanda di assistenza amministrativa presentata da Y._ e, quindi, di trasmetterle dei dati bancari concernenti A._, quale avente diritto economico della società X._.
B. Il 25 ottobre 2011 il Tribunale amministrativo federale, Corte I, ha respinto, in quanto ammissibile, il ricorso esperito da A._ contro la suddetta decisione di trasmissione. Alla cifra 1 del dispositivo veniva dichiarata irricevibile la domanda di ricusazione formulata contro il collegio giudicante con istanza dell'11 ottobre 2011.
C. Il 28 novembre 2011 A._ ha presentato al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la sentenza del 25 ottobre 2011 sia annullata e che sia ricusato il collegio giudicante. Chiede poi il conferimento dell'effetto sospensivo.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43).
1.1 Giusta l'art. 83 lett. h LTF il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale. Il ricorrente è cosciente di questo motivo di esclusione. Ritiene tuttavia che, poiché impugna unicamente la cifra 1 del dispositivo concernente la ricusazione del collegio giudicante, cioè una questione di carattere prettamente procedurale, l'art. 83 lett. h LTF non dovrebbe applicarsi. Considera poi che la prassi secondo la quale una decisione incidentale non è impugnabile se non vi è la possibilità di ricorrere contro la decisione di merito non dovrebbe applicarsi, altrimenti quesiti d'importanza fondamentale, come quelli ora sollevati, non potrebbero mai essere valutati da un'istanza superiore.
1.2 L'argomentazione è fuorviante e si rivela manifestamente priva di pertinenza. Il ricorrente dimentica che i motivi di esclusione disciplinati dall'art. 83 LTF, nella fattispecie la lettera h concernente l'assistenza amministrativa internazionale, ricoprono sia il merito delle vertenze che gli aspetti procedurali rispettivamente, in virtù del principio dell'unità del procedimento, le pronunce incidentali emesse separatamente (su quest'ultimo punto cfr. DTF 134 V 138 consid. 3 pag. 143 seg.; vedasi anche sentenza 2C_176/2007 del 3 maggio 2007 consid. 2 in fine con rinvio). In applicazione dell'art. 83 lett. h LTF la via del ricorso ordinario in materia di diritto pubblico è perciò esclusa.
2. Osservato poi che oggetto del contendere è una decisione del Tribunale amministrativo federale ne discende che, anche trattato quale ricorso sussidiario in materia costituzionale il gravame sarebbe irricevibile (art. 113 LTF).
3. 3.1 Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente inammissibile e va deciso secondo la procedura semplificata dell'art. 108 cpv. 1 lett. a LTF. Le spese seguono la soccombenza (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
3.2 Con l'emanazione del giudizio la richiesta di conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese processuali di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, all'Amministrazione federale delle contribuzioni e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.