Sachverhalt:
A. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft (BA) führt seit Oktober 2004 ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren gegen Z._ wegen des Verdachtes des gewerbsmässigen Anlagebetruges und weiterer Delikte. Am 5. März 2007 dehnte die BA das Strafverfahren auf die Ehefrau des Hauptbeschuldigten aus, welche der Geldwäscherei verdächtigt wird. Im Rahmen des Ermittlungsverfahrens erfolgten Hausdurchsuchungen sowie Beschlagnahmungen von Unterlagen und elektronischen Datenträgern in der Zahnarztpraxis und am Privatdomizil von X._ und Y._.
B. Auf Einsprache der von diesen Zwangsmassnahmen Betroffenen vom 8. März 2007 hin ordnete das Bundesstrafgericht, Präsident der I. Beschwerdekammer, am 12. März 2007 die Siegelung der beschlagnahmten Unterlagen und Datenträger an.
C. Am 5. April 2007 stellte die BA ein Gesuch um Entsiegelung der Unterlagen und Datenträger, welches das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer (BK), mit rechtskräftigem Entscheid vom 31. Mai 2007 teilweise guthiess. Am 24. Oktober 2007 erfolgte unter Leitung des zuständigen Referenten der BK die Entsiegelung und richterliche Sichtung.
D. Mit rechtskräftigem Teilentscheid vom 21. November 2007 verfügte die BK über die Herausgabe der beschlagnahmten Unterlagen und eines Teils der sichergestellten elektronischen Datenträger zu Ermittlungszwecken an die BA.
E. In einem weiteren Teilerkenntnis vom 27. März 2008 entschied die BK über die Herausgabe der restlichen elektronischen Datenträger zur weiteren Durchsuchung an die BA.
F. Gegen den Entscheid der BK vom 27. März 2008 gelangten X._ und Y._ mit Beschwerde vom 24. April 2008 an das Bundesgericht.
Die BA und das Bundesstrafgericht haben am 15. bzw. 16. Mai 2008 je ausdrücklich auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Nach Art. 79 i.V.m. Art. 78 BGG ist die Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht gegen Entscheide der BK zulässig, soweit es sich um Entscheide über Zwangsmassnahmen handelt. Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichtes behandelt alle Beschwerden in Strafsachen gegen strafprozessuale Zwischenentscheide (Art. 29 Abs. 3 BGerR; BGE 133 IV 278 E. 1.1 S. 280; nicht amtlich publ. E. 3 von BGE 133 IV 182).
1.1 Zu den beim Bundesgericht anfechtbaren Entscheiden der BK gehören namentlich Verfügungen betreffend die definitive Entsiegelung bzw. Durchsuchung von Dokumenten und elektronischen Datenträgern zu Ermittlungs- und Beweiszwecken (BGE 132 IV 63 E. 4 S. 67 ff.; 131 I 52 E. 1.2.2 S. 54; 130 IV 154 E. 1.2 S. 158 f.; Urteile 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008, E. 2.1, und 1S.42/2005 vom 28. März 2006, E. 1.2).
1.2 Angefochten wird hier ein (Teil-)Entscheid der BK, gemäss dem strafprozessual beschlagnahmte und versiegelte elektronische Datenträger zur Durchsuchung durch die BA freigegeben werden. Es handelt sich dabei um einen anfechtbaren Zwangsmassnahmenentscheid i.S.v. Art. 79 BGG.
1.3 Soweit die Beschwerdeführer sich gegen weitere strafprozessuale Zwischenentscheide wenden, die bereits in Rechtskraft erwachsen und nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheides sind, kann darauf nicht eingetreten werden (vgl. BGE 130 IV 156 E. 1.2.2 S. 159; Urteil 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008, E. 2.5).
1.4 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt. Insbesondere wurde der Kostenvorschuss fristgemäss geleistet (vgl. Art. 62 BGG).
2. In ihren Eingaben machen die Beschwerdeführer sinngemäss geltend, die streitige Entsiegelung bzw. Freigabe von elektronischen Daten zur Durchsuchung verletze Bundesrecht (Art. 69 und 77 BStP).
2.1 Bei der Ver- und Entsiegelung von beschlagnahmten Gegenständen und Daten nach BStP handelt es sich um ein mehrstufiges Verfahren. Gegenstände, die als Beweismittel von Bedeutung sein können, sind mit Beschlag zu belegen und zu verwahren (Art. 65 Abs. 1 BStP). Die Durchsuchung von Papieren ist mit grösster Schonung der Privatgeheimnisse und unter Wahrung des Berufsgeheimnisses durchzuführen (Art. 69 Abs. 1 und Art. 77 BStP). Auch sollen Papiere nur dann untersucht werden, wenn anzunehmen ist, dass sich Schriften darunter befinden, die für die Untersuchung von Bedeutung sind (Art. 69 Abs. 2 BStP). Dem Inhaber der Papiere ist womöglich Gelegenheit zu geben, sich vor der Durchsuchung über deren Inhalt auszusprechen. Erhebt er gegen die Durchsuchung Einsprache, so werden die Papiere versiegelt und verwahrt. In diesem Falle entscheidet über die Zulässigkeit der Durchsuchung bis zur Hauptverhandlung die BK (Art. 69 Abs. 3 BStP).
2.2 Wenn die zuständige Ermittlungs- bzw. Untersuchungsbehörde die Entsiegelung und Freigabe von versiegelten Dokumenten und Daten zu Strafverfolgungszwecken beantragt, leitet die BK das richterliche Entsiegelungsverfahren ein (vgl. BGE 132 IV 63 E. 4 S. 65 ff.). Falls eine Sichtung als grundsätzlich zulässig erachtet wird, entfernt der zuständige Richter das Siegel, und es erfolgt eine Sichtung der Daten und Gegenstände (sog. richterliche Triage). Der Entsiegelungsrichter hat zu prüfen, welche Gegenstände für eine Verwendung durch die Strafverfolgungsbehörden in Frage kommen und welche zum Vornherein ausscheiden (BGE 132 IV 63 E. 4.3 S. 66). Zur Erleichterung der Triage kann der Entsiegelungsrichter Betroffene (oder auch geeignete Sachkundige) beiziehen, was dem Schutz von Geheimnis- und Persönlichkeitsrechten sowie der Nachachtung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes dienen kann (BGE 132 IV 63 E. 4.2-4.3 S. 66 f.; Urteil 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008, E. 2.2). Betroffene, welche die Versiegelung beantragen bzw. schutzwürdige Geheimhaltungsinteressen geltend machen, haben die Obliegenheit, die zuständige Behörde bei der Sichtung und Klassifizierung von Dokumenten zu unterstützen; auch haben sie jene Datenträger zu benennen, die ihrer Ansicht nach der Geheimhaltung und Versiegelung unterliegen (Urteile 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008, E. 2.6, und 1S.5/2005 vom 6. September 2005, E. 7.6). In einem letzten verfahrensabschliessenden Schritt entscheidet die BK (nach erfolgter Triage) definitiv über den Umfang der Daten und Gegenstände, die der Strafverfolgungsbehörde zur weiteren prozessualen Verwendung konkret überlassen werden können (Art. 69 Abs. 3 Satz 3 BStP, vgl. BGE 132 IV 63 E. 4.3 S. 66).
3. Im hier zu beurteilenden Verfahren ist noch die Freigabe von elektronischen Daten zur Durchsuchung streitig, welche sich auf fünf CD-ROMs befinden. Das beiläufige Vorbringen der Beschwerdeführer, es sei bezüglich der streitigen Datenträger keine Versiegelung erfolgt, findet in den Akten keine Stütze. Die BK hat bei der Sichtung der Datenträger im Entsiegelungsverfahren zunächst all jene Informationen ausgeschieden, welche sich erkennbar auf ein Patientenverhältnis beziehen. Die übrigen Dateien (die nicht unter das ärztliche Berufsgeheimnis im Sinne von Art. 69 Abs. 1 i.V.m. Art. 77 BStP fallen) hat die BK auf neue Datenträger kopieren lassen, welche im angefochtenen Entscheid zur Durchsuchung durch die BA freigegeben werden. Gleichzeitig hat die BK verfügt, dass sämtliche sichergestellten Daten, die sich auf den Servern der Bundeskriminalpolizei befinden, nach rechtskräftigem Abschluss des Strafverfahrens zu löschen sind.
Das Vorgehen der BK ist bundesrechtskonform. Soweit die Beschwerdeführer diverse Einwände gegen andere strafprozessuale Zwischenentscheide (betreffend Hausdurchsuchung, Beschlagnahme, Versiegelung, Entsiegelung und richterliche Sichtung sowie teilweise Freigabe zur Durchsuchung) erheben, die in Rechtskraft erwachsen und nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheides sind, kann darauf nicht eingetreten werden (vgl. oben, E. 1.3). Dass in einer Erwägung des angefochtenen Entscheides ein unzutreffender Vorname der Beschwerdeführerin Y._ genannt werde, ist als offensichtliches redaktionelles Versehen einzustufen. Dem Entscheid (insbesondere dessen Rubrum) lässt sich zweifelsfrei entnehmen, dass auch an der beanstandeten Stelle die Beschwerdeführerin (und keine dritte Person) gemeint sein muss. Der angefochtene Entscheid ist im Ergebnis klar und auch insoweit ohne rechtserheblichen Mangel.
4. Die Beschwerdeführer wenden sich primär gegen das Kostendispositiv des angefochtenen Entscheides. Danach wurde ihnen eine Gerichtsgebühr von je Fr. 5'000.-- auferlegt (nämlich insgesamt Fr. 10'000.-- zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung).
4.1 Im angefochtenen Entscheid wird erwogen, dass die Beschwerdeführer "teilweise zurecht die Siegelung verlangt" hätten, soweit ihr Berufsgeheimnis tangiert war. Sie hätten sich "in der Folge jedoch nicht weiter um das Verfahren bemüht", seien "der Entsiegelungsverhandlung vom 24. Oktober 2007 unentschuldigt ferngeblieben" und ihren prozessualen Mitwirkungsobliegenheiten nicht nachgekommen. Darüber hinaus hätten sie auch den Empfang der an sie gerichteten (eingeschriebenen) Postsendungen "konsequent verweigert". All dies habe zur Komplizierung und Verteuerung des Verfahrens beigetragen.
4.2 Die Beschwerdeführer räumen ein, dass sie sich "für eine Nichtteilnahme" an der Entsiegelungsverhandlung bzw. Sichtung der Datenträger "entschieden" hätten. Sie machen nicht geltend, dass sie sich schriftlich (bzw. in den vorliegenden Akten nachvollziehbar) von der auf 24. Oktober 2007 angesetzten Verhandlung abgemeldet hätten. Damit erweist sich die tatsächliche Feststellung der BK, die Beschwerdeführer seien dem Termin unentschuldigt ferngeblieben, nicht als offensichtlich unrichtig (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG).
4.3 Die Beschwerdeführer bestreiten auch den Vorwurf der BK nicht, dass ihnen eingeschriebene (an ihre offizielle Wohnadresse gesandte) Gerichtsdokumente nicht hätten zugestellt werden können. Sie stellen sich vielmehr auf den Standpunkt, es sei ihnen aus organisatorischen und "logistischen" Gründen nur schwer möglich, eingeschriebene Post zu empfangen, die an ihre Privatadresse gesendet werde. Die Postfiliale an ihrem Wohnort habe ungünstige Öffnungszeiten. An der Adresse ihrer Zahnarztpraxis seien sie besser erreichbar. Das Zusenden von eingeschriebener Post durch die Vorinstanz bezeichnen sie als "stur" und "lächerlich".
Dieser Standpunkt verdient keinen Rechtsschutz. Dass Gerichtsdokumente (aus Beweisgründen) in der Regel eingeschrieben zugesendet werden müssen, versteht sich von selbst, zumal ihre Zustellung diverse prozessuale Rechtsfolgen auslöst. Es kann den Betroffenen zugemutet werden, dass sie sich in der Weise organisieren, dass ihnen eingeschriebene behördliche Dokumente an ihre offizielle Wohnadresse zugestellt werden können. In diesem Zusammenhang fällt auf, dass die Beschwerdeführer sich auch noch im Verfahren vor Bundesgericht gegen die Zusendung von chargierter Post weiterhin ausdrücklich verwehrt haben ("Einschreiben werden uns aus zeitlichen und logistischen Gründen kaum erreichen können!") und dass eine (am 2. Mai 2008) eingeschrieben an ihre Privatadresse versandte Urkunde des Bundesgerichtes nicht abgeholt wurde.
4.4 Wie bereits dargelegt, haben Betroffene, welche die Versiegelung beantragen bzw. schutzwürdige Geheimhaltungsinteressen geltend machen, die Obliegenheit, die zuständige Behörde bei der Sichtung und Klassifizierung von Dokumenten zu unterstützen. Auch haben sie jene Datenträger zu benennen, die ihrer Ansicht nach der Geheimhaltung und Versiegelung unterliegen (vgl. oben, E. 2.2). Die Verweigerung einer solchen Mitwirkung (und die damit verursachte Komplizierung und Verteuerung des Verfahrens) kann sich in begründeten Fällen auch auf die Kostenfolgen des Entsiegelungsentscheides auswirken:
4.5 Die Gerichtsgebühr für Verfahren vor dem Bundesstrafgericht richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung, Kanzleiaufwand und finanzieller Lage der Parteien (Art. 1 des Reglementes über die Gerichtsgebühren vor dem Bundesstrafgericht vom 11. Februar 2004, SR 173.711.32). Bei Entscheidungen der BK beträgt die (ordentliche) Gerichtsgebühr zwischen Fr. 200.-- und 10'000.-- (Art. 3 des Reglementes). Wenn besondere Gründe es rechtfertigen (insbesondere bei umfangreichen Verfahren) kann die BK die Gerichtsgebühr auf bis zu Fr. 50'000.-- bemessen (Art. 4 lit. c i.V.m. Art. 3 des Reglementes und Art. 245 Abs. 2 BStP). Wie sich aus den Akten ergibt, handelte es sich hier um ein sehr aufwändiges Entsiegelungsverfahren im Rahmen eines komplexen Wirtschaftsstraffalles. Die BK musste grosse Mengen von elektronischen Daten sichten und jene ausscheiden, die Patienteninformationen enthalten. Die Nichtmitwirkung der Beschwerdeführer bzw. ihre fehlende prozessuale Kooperation hat das Verfahren kompliziert und verteuert. Da die Beschwerdeführer (nach eigenen Angaben) beide als Zahnärzte praktizieren, sind die entstanden Kosten je (kumulativ) auf die anspruchsvolle und komplizierte Aussonderung ihrer jeweiligen Patientendaten zurückzuführen. Die BK hat den Beschwerdeführern eine Gerichtsgebühr von je Fr. 5'000.-- auferlegt. Diese liegt im Rahmen des gesetzlichen Tarifes (Art. 3 i.V.m. Art. 1 und Art. 4 lit. c des genannten Reglementes).
5. Die Beschwerde ist folglich abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die Gerichtskosten sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern sowie der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. September 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster