Fatti:
A. Il 21 maggio 2005 sono iniziati i lavori di ristrutturazione del grande magazzino Manor situato in piazza Dante a Lugano. Una prima fase dell'intervento consisteva nella formazione di un varco nel tetto per estrarre le scale mobili con l'ausilio di una gru. Allo scopo di eseguire l'apertura nel tetto, la ditta I._SA, di cui l'operaio J._ era dipendente, ha costruito un ponteggio al quarto piano dello stabile, sopra la tromba delle scale mobili. Una volta aperto il varco nel soffitto, la ditta doveva smontare e sgomberare il ponteggio per consentire l'evacuazione delle scale mobili da parte di un'altra impresa. Lo smontaggio del ponteggio è avvenuto il 6 giugno 2005 verso le ore 22.00. Ad operazione quasi ultimata, per aiutare nell'estrazione di una trave, J._ si è portato sulle scale mobili che, in vista della loro imminente rimozione, erano in quel momento sprovviste dei corrimani e delle protezioni laterali in plexiglas. Egli ha allora perso l'equilibrio ed è precipitato nel vuoto a lato della scala mobile da un'altezza di 12 m. A causa delle gravi ferite riportate, J._ è deceduto sul posto.
B. Il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha aperto nei confronti di D._ (caposquadra), F._ (architetto), G._ (coordinatore tecnico) e E._ (direttore della I._SA) un procedimento penale per i titoli di omicidio colposo e di violazione delle regole dell'arte edilizia. Terminate le informazioni preliminari, con decisione del 2 giugno 2009, il PP ha decretato il non luogo a procedere, ritenendo che l'infortunio fosse riconducibile al comportamento improvviso ed imprudente della vittima.
C. Contro il decreto di non luogo a procedere, A._, B._ e C._, rispettivamente moglie e figli della vittima, hanno presentato un'istanza di promozione dell'accusa alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello (CRP), che l'ha respinta con sentenza del 18 gennaio 2010. La Corte cantonale ha sostanzialmente confermato la decisione del PP, negando responsabilità a carico di terzi.
D. Gli istanti impugnano questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo e di rinviare gli atti all'autorità cantonale perché proceda contro D._, F._, G._ e E._ per i reati di omicidio colposo e di violazione delle regole dell'arte edilizia. Fanno valere l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti e la violazione del diritto federale. I ricorrenti chiedono inoltre di essere ammessi al beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Secondo l'art. 81 cpv. 1 LTF ha diritto di interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b; DTF 133 IV 121 consid. 1.1).
Giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF, la vittima è legittimata a ricorrere se la decisione impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili. Quale vittima ai sensi della legge federale concernente l'aiuto alle vittime di reati (LAV; RS 312.5) è definita ogni persona la cui integrità fisica, psichica o sessuale è stata direttamente lesa a causa di un reato, indipendentemente dal fatto che l'autore sia stato rintracciato, si sia comportato in modo colpevole o abbia agito intenzionalmente o per negligenza (cfr. art. 1 LAV del 23 marzo 2007, in vigore dal 1° gennaio 2009; art. 2 cpv. 1 vLAV; DTF 133 IV 228 consid. 2.3). Se il ricorso è interposto contro un decreto di abbandono o un giudizio assolutorio, basta che entri in considerazione un reato suscettibile di fondare la qualità di vittima (DTF 131 IV 195 consid. 1.1.2 e rinvio). Anche il coniuge, i figli e i genitori della vittima, nonché le altre persone unite alla vittima da legami analoghi (congiunti) hanno diritto all'aiuto alle vittime (cfr. art. 1 cpv. 2 in relazione con gli art. 34 segg. LAV; art. 2 cpv. 2 vLAV).
I ricorrenti hanno partecipato alla procedura cantonale ed erano la moglie ed i figli della vittima dell'eventuale reato. Il giudizio della Corte cantonale, che ha respinto l'impugnativa contro il decreto di non luogo a procedere, può influire sulle loro pretese civili, sicché la loro legittimazione a ricorrere è data.
1.2 Il ricorso, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile.
1.3 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia penale al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (DTF 136 II 101 consid. 3; 133 I 201 consid. 1). Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. I ricorrenti devono quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove, come in concreto, i ricorrenti lamentano la violazione di garanzie di rango costituzionale. A norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina infatti tali censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 136 I 49 consid. 1.4.1; 134 I 83 consid. 3.2; 134 II 244 consid. 2.2; DTF 133 IV 286 consid. 1.4). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (DTF 134 I 83 consid. 3.2; 129 I 113 consid. 2.1).
2. 2.1 I ricorrenti rimproverano alla CRP di avere fondato il suo giudizio essenzialmente sulle versioni rese dagli interessati in un secondo tempo, ignorando le loro deposizioni iniziali. Ritengono arbitraria la ripartizione dei compiti accertata dai giudici cantonali, secondo cui, nell'operazione di smantellamento del ponteggio, D._ e K._ dovevano occuparsi dell'asportazione dei pannelli mentre J._ e L._ erano incaricati di depositarli fuori dall'area di cantiere. Secondo i ricorrenti, questa ripartizione non corrisponderebbe alla realtà, decisiva essendo la circostanza che J._ e L._ si trovavano sulle scale mobili intenti ad estrarre la trave dal muro.
2.2 L'accertamento riguardante la citata ripartizione dei compiti corrisponde alle deposizioni richiamate dalla Corte cantonale nel suo giudizio ed è conforme agli atti. I verbali d'interrogatorio dinanzi alla polizia e la ricostruzione fotografica della scientifica richiamati dai ricorrenti non contraddicono l'esposto accertamento riguardante i compiti svolti dalla squadra di operai. Che, nella fase finale dei lavori, J._ e L._ si siano portati sulle scale mobili per dare una mano allo smontaggio dell'ultima trave non è di per sé contestato, ma ciò non consente, tenuto conto dell'insieme delle circostanze, di ritenere che l'operazione rientrasse effettivamente nelle loro mansioni o ch'essi avessero ricevuto un ordine in tal senso.
3. 3.1 I ricorrenti censurano d'arbitrio anche l'accertamento secondo cui la presenza degli operai sulle scale mobili non era prevista ed era anzi stata esplicitamente vietata.
3.2 La CRP ha fondato questo accertamento sulle deposizioni di E._, di D._, di K._ e di L._. Al riguardo i ricorrenti non spiegano, con una motivazione conforme alle esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, per quali ragioni la conclusione della Corte cantonale sarebbe manifestamente insostenibile o in chiaro contrasto con gli atti. Adducendo sostanzialmente che la versione resa dagli interessati sarebbe stata da loro concordata a posteriori e che nella fattispecie sarebbe determinante l'effettiva presenza sulle scale mobili di ben due operai, i ricorrenti si limitano ad esporre la loro diversa opinione, contrapponendola a quella della CRP, senza però sostanziarne l'arbitrio.
Essi sostengono che né il caposquadra D._ né il collega K._ sarebbero intervenuti per richiamare J._ e L._ quando si trovavano sulle scale. Rilevano che a seguito dell'accaduto non sarebbero stati mossi rimproveri al caposquadra e ravvisano incongruenze riguardo al momento in cui D._ e E._ hanno ordinato agli operai di non accedere alle scale mobili. I ricorrenti disattendono tuttavia che, in realtà, la presenza degli operai sulle scale mobili non era stata notata dai colleghi, occupati nelle loro mansioni. Inoltre, pur se non esistono dati certi sul preciso momento in cui è stato vietato agli operai di accedere alle scale mobili, le autorità cantonali hanno accertato senza incorrere nell'arbitrio che il divieto era in ogni caso stato impartito prima di procedere alla rimozione del ponteggio.
4. 4.1 I ricorrenti rimproverano alla CRP di avere accertato in modo arbitrario che J._ si è recato sulle scale mobili di propria iniziativa, all'improvviso e che questa azione è sfuggita sia al caposquadra sia al collega K._, impossibilitati ad impedirla.
4.2 Su questo aspetto, la Corte cantonale ha in particolare richiamato le deposizioni rese dinanzi alla polizia cantonale da L._ e K._ il 9 giugno 2005 e da M._ il 29 giugno 2005. Al riguardo, i ricorrenti si limitano ad addurre che si tratterebbe di dichiarazioni interessate rese in seconda battuta, contrapponendo nuovamente la loro opinione a quella della CRP. Comunque, le deposizioni dei testi L._ e K._ del 9 giugno 2005 sono state rese soltanto due giorni dopo le prime, del 7 giugno 2005, e non presentano contraddizioni di rilievo rispetto alle stesse. Sul fatto che la presenza della vittima sulle scale mobili non sia stata notata né dal caposquadra né dal collega le citate deposizioni risultano d'altra parte successivamente confermate in sede di interrogatorio dinanzi al magistrato inquirente. Le dichiarazioni del teste M._, messe in dubbio dai ricorrenti, non permettono di trarre la conclusione opposta ritenuto che né durante l'interrogatorio del 29 giugno 2005 né in quello del 13 marzo 2007 egli ha riferito di circostanze tali da fare ritenere arbitrario l'accertamento criticato.
5. 5.1 Secondo i ricorrenti, la Corte cantonale sarebbe pure incorsa nell'arbitrio per avere ritenuto la posa di un parapetto arretrato "materialmente incompatibile con l'obiettivo da realizzarsi". Sostengono che l'installazione di una simile protezione sarebbe invece stata possibile, segnatamente ubicandola di fronte alla porta di accesso all'area di cantiere. Essa non avrebbe impedito la rimozione delle scale mobili e si sarebbe anzi imposta quale misura elementare di sicurezza.
5.2 La Corte cantonale ha accertato che la rimozione del parapetto che dava accesso alle scale mobili era necessaria per permettere a un'altra impresa di estrarre le stesse attraverso il varco formato nel tetto. Dell'esecuzione dello smontaggio del parapetto era incaricato il caposquadra D._, che vi stava ancora lavorando quando è accaduto l'infortunio e che aveva precedentemente ordinato agli operai J._ e L._ di non accedere al vano cantiere. Terminato lo smontaggio, l'intera squadra della I._SA avrebbe poi dovuto allontanarsi dalla zona per consentire l'estrazione delle scale mobili, facendovi ritorno solo dopo quest'ultima operazione, allo scopo di posare una protezione definitiva attorno alla tromba delle scale.
Sulla base di questi accertamenti, non censurati d'arbitrio e vincolanti per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF), la Corte cantonale ha ritenuto che la mancanza di un parapetto arretrato non costituiva una violazione delle norme sulla sicurezza degli operai, non essendo prevista la loro presenza in quel vano e trattandosi di una situazione temporanea, che sarebbe stata ripristinata entro breve mediante la posa di una protezione definitiva. Certo, la CRP ha anche ritenuto che un parapetto arretrato sarebbe stato materialmente incompatibile con l'obiettivo da realizzarsi. I ricorrenti contestano essenzialmente quest'ultima considerazione, adducendo che la posa di un simile manufatto o di altre protezioni sarebbe invece stata possibile. Non sostengono tuttavia che tali misure si imponevano nelle circostanze concrete, tenendo conto che agli operai era stato ordinato di non accedere alle scale mobili, ch'essi dovevano lasciare l'area per permettere l'estrazione delle scale e che l'assenza dei parapetti era limitata alla durata di quest'ultima operazione. Si tratta peraltro di aspetti che vertono essenzialmente sull'applicazione del diritto federale, segnatamente sulle prescrizioni in materia di sicurezza e di prevenzione degli infortuni, di cui i ricorrenti non censurano una precisa violazione in questo contesto. In tali condizioni, la questione di sapere se la costruzione del prospettato parapetto arretrato fosse di per sé tecnicamente possibile o meno, non è decisiva e non deve essere vagliata oltre.
6. 6.1 Nel seguito del gravame i ricorrenti fanno valere la violazione degli art. 117 e 229 CP, ma le loro critiche non adempiono in gran parte le citate esigenze di motivazione siccome si limitano a citare giudizi resi da autorità giudiziarie ticinesi e si dipartono da una fattispecie diversa da quella accertata in concreto dalla CRP.
6.2 Richiamando le disposizioni dell'ordinanza sui lavori di costruzione (OLCostr; RS 832.311.141) concernenti la protezione contro le cadute (art. 15 segg. OLCostr), i ricorrenti sostengono che nella fattispecie i superiori della vittima avrebbero trascurato le misure di sicurezza necessarie, in particolare non avrebbero previsto un parapetto provvisorio arretrato e l'utilizzazione di imbragature o di reti di protezione. A loro dire, accontentandosi di attirare l'attenzione degli operai sul pericolo rappresentato dalle scale mobili prive di protezioni, gli indagati avrebbero commesso una negligenza cosciente.
In base ai fatti accertati, in concreto la vittima non è però stata semplicemente resa attenta della situazione di pericolo, ma le è stato espressamente ordinato di non recarsi sulle scale mobili. L'attività prevista non contemplava di fare capo alle stesse per svolgere i lavori, segnatamente per eseguire lo smontaggio dell'impalcatura e un impiego della vittima in quello spazio era escluso. Il richiamo dei ricorrenti alla DTF 109 IV 15 consid. 2a non è quindi pertinente.
L'art. 16 cpv. 1 OLCostr nella versione in vigore al momento dei fatti, corrispondente all'attuale art. 17 cpv. 1 OLCostr, prevede che all'interno degli edifici deve essere installato un parapetto quando i suoli presentano differenze di livello di oltre 50 cm. Ora, come visto, la tromba delle scale mobili era effettivamente assicurata da parapetti che, in quel frangente, il caposquadra stava smontando sul lato che dava accesso alle scale allo scopo di permetterne l'evacuazione. Questa situazione sarebbe stata temporanea poiché il parapetto sarebbe stato ripristinato subito dopo la rimozione delle scale e, nel frattempo, la squadra di operai della I._SA non sarebbe stata presente in quel vano. Per quali ragioni, tenuto conto di queste circostanze e del divieto di accedere alle scale mobili per le operazioni di sgombero dell'impalcatura, si sarebbero comunque imposte misure di sicurezza supplementari non è dato di vedere.
L'art. 16 cpv. 1 OLCostr nella versione in vigore al momento dei fatti, corrispondente all'attuale art. 17 cpv. 1 OLCostr, prevede che all'interno degli edifici deve essere installato un parapetto quando i suoli presentano differenze di livello di oltre 50 cm. Ora, come visto, la tromba delle scale mobili era effettivamente assicurata da parapetti che, in quel frangente, il caposquadra stava smontando sul lato che dava accesso alle scale allo scopo di permetterne l'evacuazione. Questa situazione sarebbe stata temporanea poiché il parapetto sarebbe stato ripristinato subito dopo la rimozione delle scale e, nel frattempo, la squadra di operai della I._SA non sarebbe stata presente in quel vano. Per quali ragioni, tenuto conto di queste circostanze e del divieto di accedere alle scale mobili per le operazioni di sgombero dell'impalcatura, si sarebbero comunque imposte misure di sicurezza supplementari non è dato di vedere.
6.3 I ricorrenti rilevano che, come ha accertato la Corte cantonale, nella fattispecie è stato violato l'art. 10 cpv. 3 della legge sul lavoro, del 13 marzo 1964 (LL; RS 822.11), secondo cui il lavoro diurno e serale del singolo lavoratore deve rimanere compreso in uno spazio di 14 ore, incluse le pause e lo straordinario. L'inchiesta ha infatti consentito di stabilire che la vittima aveva lavorato dalle 07.00 alle 12.00 e, dopo un pomeriggio libero, aveva ripreso il lavoro verso le 20.00; l'infortunio è avvenuto attorno alle 22.10. I ricorrenti sostengono che un errore di valutazione della vittima sarebbe senz'altro imputabile al suo stato di spossatezza in considerazione del fatto che la giornata lavorativa era iniziata il mattino alle 07.00. Adducono inoltre che, in tale circostanza, il comportamento della vittima non avrebbe interrotto il rapporto di causalità tra l'irregolarità sugli orari commessa dai suoi superiori e l'infortunio.
Contrariamente a quanto sembrano ritenere i ricorrenti, la CRP non ha tuttavia ravvisato un'interruzione della causalità adeguata, ma ha negato già l'esistenza di tale causalità. I giudici cantonali non hanno d'altra parte accertato né uno stato di spossatezza della vittima, né una situazione lavorativa stressante, caratterizzata da un sovraccarico costante di lavoro, ma hanno rilevato che quel giorno la vittima ha avuto una pausa lavorativa dalle 12.00 alle 20.00. Queste constatazioni, vincolanti per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF), non permettono di ammettere un nesso di causalità tra il semplice superamento dello spazio temporale di 14 ore e la realizzazione di un evento come quello verificatosi.
Contrariamente a quanto sembrano ritenere i ricorrenti, la CRP non ha tuttavia ravvisato un'interruzione della causalità adeguata, ma ha negato già l'esistenza di tale causalità. I giudici cantonali non hanno d'altra parte accertato né uno stato di spossatezza della vittima, né una situazione lavorativa stressante, caratterizzata da un sovraccarico costante di lavoro, ma hanno rilevato che quel giorno la vittima ha avuto una pausa lavorativa dalle 12.00 alle 20.00. Queste constatazioni, vincolanti per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF), non permettono di ammettere un nesso di causalità tra il semplice superamento dello spazio temporale di 14 ore e la realizzazione di un evento come quello verificatosi.
6.4 In considerazione di quanto esposto, non occorre indagare sulle funzioni dei singoli indagati nella conduzione dei lavori di costruzione. Nella misura in cui si diffonde sulle loro specifiche responsabilità, il gravame non deve essere vagliato oltre.
7. Laddove rimproverano infine al Ministero pubblico lungaggini nella conduzione dell'inchiesta, i ricorrenti non fanno valere una violazione del principio della celerità, ma chiedono a questa Corte di statuire con sollecitudine, ricordando che in caso di accoglimento del gravame e di conseguente prosieguo del procedimento penale potrebbe intervenire la prescrizione. Poiché non è censurata una violazione del diritto (art. 95 LTF) e considerato l'esito del gravame, non occorre entrare nel merito della critica.
8. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere respinto. La domanda di assistenza giudiziaria con gratuito patrocinio può essere accolta, vista la situazione finanziaria dei ricorrenti (art. 64 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è accolta.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. La cassa del Tribunale federale verserà al patrocinatore dei ricorrenti fr. 3'000.-- a titolo di indennità di patrocinio per la procedura dinanzi al Tribunale federale.
5. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.