Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich führt gegen X._ ein Strafverfahren wegen versuchter schwerer, eventuell einfacher Körperverletzung, Sachbeschädigung und Hausfriedensbruchs. X._ wurde am 24. Juni 2012 verhaftet.
Am 20. Dezember 2012 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerde von X._ gegen die Verlängerung seiner Untersuchungshaft ab.
Mit Beschwerde in Strafsachen vom 14. Januar 2013 beantragt X._, ihn aus der Untersuchungshaft zu entlassen unter der Auflage, bis zum erstinstanzlichen Urteil die aus medizinischer Sicht notwendigen Medikamente unter ärztlicher Kontrolle einzunehmen und eine kontrollierte Alkoholabstinenz einzuhalten. Eventuell sei die Untersuchungshaft durch das Bundesgericht zu befristen und der Staatsanwaltschaft die Weisung zu erteilen, bis dahin ein Gutachten einzuholen zur Frage, ob bei kontrollierter Alkoholabstinenz Wiederholungsgefahr bestehe und ob er sich für den vorzeitigen Massnahmenvollzug eigne.
B. In ihrer Vernehmlassung teilt die Staatsanwaltschaft IV mit, sie habe in der Zwischenzeit Anklage erhoben. Das Obergericht verzichtet auf Vernehmlassung.
C. Mit Eingabe vom 25. Januar 2013 beantragt X._, das Verfahren zufolge Gegenstandslosigkeit abzuschreiben. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Weitere Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die Verlängerung von Untersuchungshaft. Mittlerweile hat die Staatsanwaltschaft mit Erhebung der Anklage Sicherheitshaft gegen den Beschwerdeführer beantragt. Das entsprechende Haftprüfungsverfahren wurde vom Zwangsmassnahmengericht am 17. Januar 2013 eröffnet, wobei es anordnete, der Beschwerdeführer habe bis zu seinem definitiven Entscheid in Haft zu bleiben
Unter diesen Umständen ist das Verfahren gegen die Verlängerung der Untersuchungshaft gegenstandslos geworden und entsprechend dem Antrag des Beschwerdeführers abzuschreiben. Zuständig dafür ist der Instruktionsrichter als Einzelrichter (Art. 32 Abs. 2 BGG).
2. Die Kosten- und Entschädigungsfolgen beurteilen sich nach der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes (Art. 72 BZP i.V.m. Art. 71 BGG), wobei es nach ständiger Praxis nicht darum gehen kann, bei der Beurteilung der Kosten- und Entschädigungsfolgen über die materielle Begründetheit der Beschwerde abschliessend zu befinden (BGE 118 Ia 488 E. 4 S. 494, Urteil 5A_432/2010 vom 26. Juli 2010, E. 4.1). Vorliegend müssten für die Stellung einer Prognose über den mutmasslichen Verfahrensausgang psychiatrische Gutachten abschliessend beurteilt werden, was nicht angehen kann. Es rechtfertigt sich unter diesen Umständen, keine Gerichtskosten zu erheben und dem Beschwerdeführer aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung zuzusprechen. Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.
Demnach verfügt der Einzelrichter:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Beschwerdeführer wird für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
4. Diese Verfügung wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft IV und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Karlen
Der Gerichtsschreiber: Störi