Fatti:
A. A.a Dal 1° febbraio 2000 A._ occupa in locazione un appartamento nello stabile X._, ora di proprietà di B._, per il quale il contratto di locazione, sottoscritto il 3 dicembre 1999, prevede il pagamento di una pigione mensile di fr. 1'400.-- oltre a fr. 200.-- quale acconto relativo alle spese accessorie, con conguaglio al termine dell'esercizio.
Il 10 luglio 2006 il locatore ha notificato alla conduttrice il conteggio per le spese accessorie per il periodo 1° gennaio - 31 dicembre 2005 che, dedotti gli acconti pagati, presentava un saldo a suo carico di fr. 1'401.65. Pur contestando il conteggio, la conduttrice ha versato il saldo al locatore; anche perché quest'ultimo, il 31 agosto 2006, l'aveva diffidata a pagare lo scoperto con l'avvertenza che in caso di mancato versamento le avrebbe notificato la disdetta del contratto.
A.b Il 24 novembre 2006 A._ ha promosso causa dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano chiedendo a B._ il pagamento di fr. 707.80 sulla base dell'art. 62 CO.
La conduttrice ha contestato gli aumenti delle spese di portineria e di manutenzione del giardino e ha rimproverato al locatore di averle addebitato a torto i costi degli abbonamenti per la manutenzione del tetto piano e del portone del garage così come quelli concernenti la pulizia delle canalizzazioni, oneri che dovrebbero già essere compresi nella pigione.
A.c Statuendo il 30 ottobre 2008 il Pretore, ammessa la proponibilità dell'azione per indebito arricchimento, l'ha accolta limitatamente a fr. 594.85.
D'un canto ha corretto le spese di portineria e di manutenzione del giardino; dall'altro ha ritenuto giustificata la richiesta di pagamento degli abbonamenti per la manutenzione del tetto piano e della porta garage come pure i costi concernenti la pulizia delle canalizzazioni; le spese di amministrazione (3%) sono state rettificate di conseguenza. Deducendo dal totale di fr. 3'306.80 così ottenuto gli acconti versati dalla conduttrice, il primo giudice è giunto al saldo menzionato.
B. B.a Nel frattempo, il 6 giugno 2007, il locatore aveva notificato alla conduttrice il conteggio per le spese accessorie per il periodo 1° gennaio - 31 dicembre 2006 che, dedotti gli acconti pagati, presentava un residuo a suo favore di fr. 1'685.90. Pur contestando il conteggio, la conduttrice lo ha versato, poiché il 17 luglio 2007 il locatore l'aveva nuovamente avvertita delle conseguenze in caso di mancato pagamento.
B.b Il 28 settembre 2007 A._ ha promosso una seconda causa dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano chiedendo a B._ il pagamento di fr. 805.90.
La conduttrice ha riproposto le medesime contestazioni formulate nell'istanza del 24 novembre 2006.
B.c Statuendo ancora il 30 ottobre 2008 il Pretore ha accolto parzialmente anche quest'azione per indebito arricchimento, per la somma di fr. 646.--.
Come nella prima sentenza, egli ha rettificato le spese di portineria e di manutenzione del giardino e ha considerato giustificato l'addossamento alla conduttrice delle spese per gli abbonamenti di manutenzione del tetto piano e della porta garage nonché i costi di pulizia delle canalizzazioni. Dal totale di fr. 3'439.90 ha dedotto gli acconti.
C. La conduttrice è insorta contro i predetti giudizi con due ricorsi per cassazione separati. La Camera di cassazione civile del Tribunale d'appello li ha respinti entrambi con sentenza del 14 luglio 2009, dopo averli congiunti in applicazione dell'art. 320 CPC.
D. Il 18 agosto 2009 A._ è insorta davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile. Chiede che la sentenza impugnata sia riformata nel senso di annullare il giudizio del Pretore e di defalcare dai conteggi 2005 e 2006 le voci relative agli abbonamenti di manutenzione del tetto piano e della porta garage e alla pulizia delle canalizzazioni.
Con osservazioni del 29 settembre 2009 B._ ha proposto di respingere il ricorso. L'autorità cantonale non ha presentato osservazioni.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3).
1.1 Consapevole del mancato raggiungimento del valore litigioso minimo di fr. 15'000.-- prescritto dall'art. 74 cpv. 1 lett. a LTF per le controversie in materia di diritto della locazione, la ricorrente ritiene di poter ciononostante introdurre un ricorso in materia civile in virtù dell'art. 74 cpv. 2 lett. a LTF, per il motivo che la controversia concerne una "questione di diritto d'importanza fondamentale".
Non è tuttavia necessario stabilire se questa eventualità sia realizzata. Infatti, anche se tale fosse il caso, il ricorso in materia civile dovrebbe comunque essere dichiarato inammissibile per diversi motivi.
1.2 La Corte cantonale ha premesso di statuire sulla base dell'art. 327 lett. g CPC/TI, che le permette di annullare la sentenza di primo grado solo se il Pretore ha commesso arbitrio nell'applicazione del diritto o nell'accertamento dei fatti. Essa ha aggiunto che in questo caso l'atto di ricorso deve contenere una motivazione che spieghi in modo preciso in cosa consista l'arbitrio, sia nei motivi che nel risultato. Siccome il gravame presentato dalla ricorrente è di "natura spiccatamente appellatoria", e non sostanzia l'arbitrio, come se fosse stata adita un'autorità con cognizione libera, i giudici ticinesi hanno concluso ch'esso "già per questo motivo andrebbe dichiarato inammissibile" (consid. 2 e 3). Nel seguito ne ha nondimeno esaminato il merito.
Qualora la sentenza impugnata si fondi su due motivazioni alternative e indipendenti occorre confrontarsi con entrambe, sotto pena dell'irricevibilità; infatti, se una delle motivazioni reggesse, le contestazioni dell'altra si ridurrebbero a semplici critiche volte contro i motivi, i quali, da soli, non ledono mai la parte ricorrente (DTF 132 III 555 consid. 2.3, 132 I 13 consid. 3 e 6). Nel caso in esame la ricorrente non accenna neppure al rimprovero di avere presentato un gravame appellatorio inconciliabile con l'art. 327 lett. g CPC/TI; rivolge le sue censure esclusivamente contro la motivazione di merito della Corte ticinese.
Il gravame potrebbe dunque essere dichiarato inammissibile già per questo motivo.
1.3 Esso risulta comunque irricevibile anche sotto il profilo seguente:
1.3.1 In linea di principio, il ricorso è ammissibile solo contro le decisioni pronunciate dalle autorità cantonali di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF). Qualora vengano proposte delle censure sulle quali esse hanno statuito con un potere cognitivo più ristretto rispetto a quello che compete al Tribunale federale nel quadro di un ricorso in materia civile, la decisione dell'autorità inferiore deve invece essere impugnata insieme a quella dell'ultima giurisdizione ("prassi Dorénaz"; DTF 134 III 141 consid. 2 pag. 143 con riferimenti). Ciò deriva dal principio dell'unità procedurale, secondo il quale l'autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale deve poter esaminare almeno le censure di cui agli articoli 95 - 98 LTF (art. 111 cpv. 3 LTF). Nella misura in cui vengono proposte tali censure, deve quindi formare oggetto d'impugnazione anche il primo giudizio. Di ciò i ricorrenti devono tenere conto tanto nelle conclusioni quanto nella motivazione del loro ricorso (DTF 134 III 141 consid. 2 pag. 144).
1.3.2 Nella fattispecie in esame la Camera di cassazione civile ticinese, come detto, ha statuito sotto l'angolo dell'arbitrio in forza dell'art. 327 lett. g CPC/TI. Essa disponeva dunque di un potere d'esame più limitato rispetto a quello del Tribunale federale.
La ricorrente le rimprovera di avere violato gli art. 257a cpv. 1 e 2 CO e l'art. 257b CO così come l'art. 256 CO, per avere qualificato di spese accessorie i costi di alcuni abbonamenti per l'esecuzione di lavori di manutenzione dell'ente locato. Benché nella sua conclusione no. II/2 ella chieda indirettamente anche la modificazione della sentenza pretorile, contro quest'ultima non formula però nessuna critica; le sue censure sono rivolte integralmente ed esclusivamente contro la sentenza della Corte cantonale. Alla luce del principio dell'unità procedurale e della prassi Dorénaz il ricorso si avvera di conseguenza inammissibile.
2. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza: esse sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 700.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di cassazione civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.