Sachverhalt:
A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führt gegen Y._ und dessen Ehefrau eine fiskalstrafrechtliche besondere Untersuchung wegen des Verdachts von schweren Steuerwiderhandlungen. Gemäss den Ermittlungen sei der Beschuldigte Hauptaktionär der X._AG. Am 2. September 2010 erliess die ESTV Verfügungen (Grundbuchsperren), mit welcher sie dreizehn im Eigentum dieser Gesellschaft befindliche Liegenschaften beschlagnahmte.
B. Eine von der Gesellschaft dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, mit Entscheid vom 10. Dezember 2010 gut, indem es die Grundbuchsperren aufhob. Die von der ESTV gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 1. April 2011 gut. Es hob den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 10. Dezember 2010 auf und wies die Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück (Verfahren 1B_419/2010). Mit neuem Beschluss vom 16. November 2011 wies das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, die Beschwerde der Gesellschaft ab (Geschäftsnummer BV.2011.14).
C. Gegen den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 16. November 2011 gelangte die X._AG mit Beschwerde vom 19. Dezember 2011 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung der Grundbuchsperren.
Die ESTV beantragt mit Stellungnahme vom 12. Januar 2012 die Abweisung der Beschwerde, während das Bundesstrafgericht auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet hat. Die Beschwerdeführerin replizierte am 24. Februar 2012. Am 13. (Postaufgabe: 14.) März 2012 reichte die ESTV unaufgefordert eine weitere Vernehmlassung ein. Die Beschwerdeführerin duplizierte am 19. Juni 2012.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 78 ff. BGG geben zu keinen Vorbemerkungen Anlass.
1.2 Die angefochtenen Grundbuchsperren verfügte die ESTV gestützt auf das VStrR (SR 313.0). Auch nach Inkrafttreten der StPO (SR 312.0) und des StBOG (SR 173.71) am 1. Januar 2011 ist das VStrR auf Fälle der Bundesgerichtsbarkeit in Verwaltungsstrafsachen weiterhin anwendbar. Zwar wurde das VStrR per 1. Januar 2011 durch die StPO (Anhang 1 Ziff. II/11) und das StBOG (Anhang Ziff. II/9) teilweise geändert. Die fraglichen neuen VStrR-Bestimmungen sind auf den vorliegenden (altrechtlichen) Fall jedoch noch nicht anwendbar, zumal der streitige erstinstanzliche Entscheid vor dem 1. Januar 2011 gefällt wurde (vgl. Art. 453 Abs. 1 und Art. 454 Abs. 1 StPO; Urteile des Bundesgerichtes 1B_419/2010 vom 1. April 2011 E. 1.1; 1B_411/2010 vom 7. Februar 2011 E. 1.3; 1B_224/2010 vom 11. Januar 2011 E. 2).
1.3 Die Kognitionsbeschränkung von Art. 98 BGG ist auf strafprozessuale Zwangsmassnahmen nicht anwendbar. Bei Beschwerden gegen schwerwiegende Eingriffe in individuelle Grundrechte durch Zwangsmassnahmen prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung der StPO frei (BGE 137 IV 122 E. 2 S. 125, 340 E. 2.4 S. 346 mit Hinweisen). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 137 IV 122 E. 2 S. 125 f.; 135 I 71 E. 2.5 S. 73 f.).
2. Die Beschwerdeführerin rügt, die sie betreffenden Grundbuchsperren seien unverhältnismässig und verstiessen gegen das "Störerprinzip". Danach hätten sich strafprozessuale Zwangsmassnahmen primär gegen den unmittelbaren Verursacher eines rechtswidrigen Zustandes zu richten und erst sekundär gegen dritte Personen. Nur soweit Zwangsmassnahmen gegen den Beschuldigten nicht ausreichen würden, seien allenfalls Beschlagnahmungen bei nicht beschuldigten Dritten zulässig. Gegen den Beschuldigten habe die ESTV Beschlagnahmungen teilweise wieder aufgehoben. Die bei ihm, bei der Beschwerdeführerin und weiteren Betroffenen verfügten sichernden Massnahmen deckten die mutmassliche Nachsteuerforderung bei weitem ab.
2.1 Strafprozessuale Zwangsmassnahmen setzen voraus, dass der damit verbundene Eingriff verhältnismässig erscheint (vgl. Art. 197 Abs. 1 lit. c-d StPO i.V.m. Art. 46 Abs. 1 lit. b VStrR). Zwangsmassnahmen, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreifen, sind besonders zurückhaltend einzusetzen (vgl. Art. 197 Abs. 2 StPO)
2.2 Die Vorinstanz legt dar, dass die Beschwerdeführerin im Dezember 2002 mit einem Eigenkapital von Fr. 300'000.-- gegründet worden sei. Davon habe der Beschuldigte bei der Gründung einen Aktienanteil von Fr. 298'000.-- liberiert. Zudem habe er der Gesellschaft in grossem Umfang Aktionärsdarlehen gewährt. Nach den bisherigen Untersuchungsergebnissen sei davon auszugehen, dass er die betreffenden Mittel aus dem Ersparnisgewinn der (ab dem Jahr 2000) im Umfang von Fr. 2,321 Mio. hinterzogenen Steuern erwirtschaftet habe. Die hier streitigen Grundbuchsperren dienten primär der Sicherung der separat einziehungsbeschlagnahmten Darlehensforderungen des Beschuldigten gegenüber der Beschwerdeführerin. Beim Beschuldigten handle es sich um den die Gesellschaft beherrschenden Hauptaktionär (praktisch Alleinaktionär) der Beschwerdeführerin und um ein mit Einzelunterschrift handelndes Mitglied ihres Verwaltungsrates. Würden die Grundbuchsperren aufgehoben, könne der Beschuldigte dafür sorgen, dass die vorläufig beschlagnahmten Grundstücke veräussert und der Verkaufserlös zur Tilgung der einziehungsbeschlagnahmten Aktionärsdarlehen verwendet würden. In diesem Fall drohe die erfolgte Einziehungsbeschlagnahme unterlaufen zu werden.
2.3 Im vorliegenden Fall kann offen bleiben, ob das Immobilienvermögen der Beschwerdeführerin unmittelbar einer strafrechtlichen Einziehung durch den Strafrichter unterliegen könnte. Bei der hier zu beurteilenden Sachlage rechtfertigt sich zur vorläufigen Sicherung der Verfahrenszwecke jedenfalls ein strafprozessualer "Durchgriff" auf die vom Beschuldigten kontrollierte und ihm wirtschaftlich zuzurechnende Beschwerdeführerin. Die zur Sicherstellung der einziehungsbeschlagnahmten Aktionsärsdarlehen verfügten Grundbuchsperren halten im jetzigen Verfahrensstadium vor dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz stand (vgl. Art. 197 Abs. 1 lit. c-d StPO i.V.m. Art. 46 Abs. 1 lit. b VStrR). Daran vermag auch das von der Beschwerdeführerin angerufene "Störerprinzip" (vgl. Art. 197 Abs. 2 StPO) nichts zu ändern, zumal Einziehungsbeschlagnahmen sich grundsätzlich auch gegen (nicht selber beschuldigte) Dritte richten können und von den streitigen Grundbuchsperren - bei wirtschaftlicher Betrachtungsweise - primär der Beschuldigte betroffen ist. Zwar macht die Beschwerdeführerin geltend, durch den von der Vorinstanz befürchteten Verkauf der gesperrten Grundstücke würde der Wert der im Eigentum des Beschuldigten stehenden Aktien nicht geschmälert. Die Grundbuchsperren dienen jedoch nicht der Wertsicherung von Aktien, sondern der indirekten Sicherstellung von separat beschlagnahmten Darlehensforderungen des Beschuldigten, welche bei einer Rückzahlung getilgt würden. Das schriftliche strafbewehrte Verbot einer Darlehenstilgung (gemäss Beschlagnahmeverfügung) bietet diesbezüglich nach Ansicht der Vorinstanz keine ausreichende Gewähr. Dass die beim Beschuldigten und dritten Personen insgesamt beschlagnahmten Vermögenswerte die zu sichernde Nachsteuerforderung nicht übersteigen, wird im angefochtenen Entscheid nachvollziehbar dargelegt. Es sind in diesem Zusammenhang keine willkürlichen Tatsachenfeststellungen ersichtlich.
2.4 Soweit die Beschwerdeführerin für weitere Vorbringen pauschal auf frühere Eingaben (in den Verfahren vor der ESTV und dem Bundesstrafgericht) verweist, ist darauf nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG; vgl. BGE 134 I 303 E. 1.3 S. 306 mit Hinweisen; Laurent Merz, Basler Kommentar BGG, Basel 2011, Art. 42 N. 56).
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend, sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung ESTV und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster