Faits:
A. Par ordonnance du 29 octobre 2009, le Juge d'instruction du canton de Genève, chargé d'exécuter une demande d'entraide judiciaire formée par un magistrat parisien, a ordonné l'identification d'un compte détenu auprès du Crédit Agricole de Genève, originaire de quatre versements suspects, de 120'000 EUR au total - produit supposé d'une escroquerie -, en faveur de la société X._. Le blocage du compte était également ordonné, de même que la saisie de la documentation y relative. Le compte visé s'est révélé être détenu par la société panaméenne A._. Cette dernière a été invitée à se déterminer sur la remise de la documentation bancaire. Le 20 novembre 2009, le Juge d'instruction fit savoir que le compte demeurait bloqué, à hauteur de 190'000 EUR, jusqu'à décision définitive des autorités judiciaires françaises.
Par ordonnance de clôture du 27 novembre 2009, le Juge d'instruction a décidé la remise à l'autorité requérante des documents bancaires.
A._ a recouru à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral contre cette ordonnance, ainsi que contre le refus du Juge d'instruction de lever le blocage du compte.
B. Par arrêt du 15 avril 2010, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a déclaré irrecevable le recours de B._ (ayant droit économique) contre la décision de clôture, et rejeté celui de A._. La demande d'entraide était suffisamment motivée. L'implication du compte bancaire de la recourante découlait des quatre versements sur le compte X._, lui-même originaire de versements en faveur de la société Y._, utilisée par le dénommé C._ et son organisation dans le cadre d'escroqueries à l'encart publicitaire. La remise de l'ensemble de la documentation bancaire apparaissait proportionnée. Le respect du principe de spécialité était présumé et les arguments à décharge étaient irrecevables.
Dans un second arrêt rendu le même jour, la Cour des plaintes a également déclaré irrecevable le recours de B._ et admis partiellement celui de A._, dirigé contre le refus du Juge d'instruction de lever la saisie du compte bancaire. On ignorait si la société, ses organes ou ses ayants droit étaient visés par l'enquête étrangère. L'autorité requérante devrait être invitée à apporter les précisions suivantes, dans un délai de trois mois (point 2 du dispositif):
a) si et, le cas échéant, à quel titre A._, l'un ou l'autre de ses organes ou son ayant droit économique font l'objet d'une inculpation dans le cadre de la procédure française ou y sont tenus pour des tiers à saisir;
b) à quel titre (produit de l'infraction ou autre) et en application de quelle base légale les autorités françaises jugent envisageable, au terme de leur procédure, le prononcé d'une décision de confiscation des avoirs déposés sur le compte n° 1387810 ouvert au nom de A._ auprès du Crédit Agricole (Suisse);
c) si, et le cas échéant, pour quelles raisons et en application de quelle base légale, les autorités françaises jugent envisageable, au terme de leur procédure, le prononcé d'une décision de condamnation au paiement d'une créance compensatrice, dont elles seraient susceptibles de demander l'exécution par remise de tout ou partie des avoirs déposés sur le compte n° 1387810 ouvert au nom de A._ auprès du Crédit Agricole (Suisse).
A défaut d'informations suffisantes dans le délai, la saisie devrait être levée. En l'état, une telle levée ne s'imposait pas car la recourante se bornait à invoquer ses besoins pour ses activités, sans rien préciser sur sa situation patrimoniale.
C. L'Office fédéral de la justice (OFJ) forme un recours en matière de droit public contre le second arrêt de la Cour des plaintes. Il demande l'annulation du point 2 du dispositif de cet arrêt. Subsidiairement, il conclut à ce que l'OFJ ou l'autorité d'exécution soit invité à obtenir dans un délai raisonnable la confirmation par les autorités françaises de leur intérêt au maintien du blocage du compte bancaire, plus subsidiairement à ce que le délai fixé dans l'arrêt attaqué soit porté à une année ou à ce que ce délai courre dès l'entrée en force de l'arrêt attaqué.
La Cour des plaintes persiste dans les termes de son arrêt. Le Juge d'instruction conclut à l'admission du recours. A._ et B._ concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé contre un arrêt rendu par le TPF en matière d'entraide pénale internationale, s'il a notamment pour objet la saisie de valeurs (ce qui est le cas en l'occurrence), et s'il concerne un cas particulièrement important (art. 84 al. 1 LTF).
1.1 Selon l'art. 84 al. 2 LTF, un cas est particulièrement important notamment lorsqu'il y a des raisons de penser que la procédure à l'étranger viole les principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves. En dehors de ces cas, le Tribunal fédéral peut aussi être amené à entrer en matière lorsqu'il s'agit d'une affaire de principe, soit quand il s'agit d'examiner une question qui ne s'était jamais posée précédemment, ou quand le TPF s'est écarté de la jurisprudence suivie jusque-là (ATF 133 IV 215 consid. 1.2 p. 218).
1.2 En l'occurrence, la cause se rapporte à une simple affaire d'entraide judiciaire qui ne présente pas d'importance particulière. La question de savoir si, comme semble le redouter l'OFJ, l'arrêt attaqué inaugure une nouvelle pratique tendant à limiter strictement dans le temps des mesures provisoires - ce qui justifierait d'entrer en matière - peut demeurer indécise, compte tenu de ce qui suit.
2. Selon l'art. 93 al. 2 LTF, les décisions incidentes rendues en matière d'entraide judiciaire ne peuvent faire l'objet d'un recours, aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF, que si elles se rapportent à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs.
La décision attaquée est de nature incidente, puisqu'elle ne met pas fin à la procédure d'entraide judiciaire. Dans la mesure où elle se rapporte à une mesure de blocage d'un compte bancaire, il y a lieu de rechercher si les conditions générales de l'art. 93 al. 1 LTF sont réunies. Selon cette disposition, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent faire l'objet d'un recours si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
2.1 L'OFJ estime que l'arrêt attaqué causerait un préjudice irréparable, car le délai de trois mois imparti aux autorités françaises serait manifestement insuffisant: il serait nécessaire d'examiner les documents relatifs au compte bancaire, ce qui serait empêché par un éventuel recours contre l'arrêt relatif à la décision de clôture. L'argument tombe à faux dans la mesure où aucun recours n'a été exercé contre l'arrêt relatif à la transmission des documents bancaires. Par ailleurs, les renseignements révélés par les documents transmis nécessiteraient, selon l'OFJ, des démarches complémentaires impossibles à effectuer dans un délai aussi court.
2.1.1 Le préjudice irréparable, au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, ne doit pas pouvoir être supprimé par une décision finale ultérieure favorable au recourant (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36). En matière d'entraide judiciaire, le préjudice irréparable peut résulter, pour la personne concernée, de la saisie d'objets ou de valeurs (art. 80e al. 2 let. a EIMP) ou de la présence de personnes qui participent à la procédure à l'étranger (art. 80e al. 2 let. b EIMP).
2.1.2 En l'occurrence, le préjudice allégué consiste dans la difficulté de satisfaire, dans le délai de trois mois, aux diverses exigences posées dans l'arrêt attaqué. Toutefois, dans la mesure où les conditions fixées par le TPF se fondent sur l'art. 80o EIMP, il appartiendra encore à l'autorité d'exécution de statuer, à l'échéance du délai fixé, sur l'admissibilité de l'entraide requise. En cas de refus de l'entraide et de levée de la saisie du compte, l'OFJ pourra encore recourir contre cette décision finale, en reprenant ses griefs. Le préjudice allégué n'a donc rien d'irréparable.
2.2 La recevabilité du recours immédiat au regard de l'art. 93 al. 1 let. b LTF suppose cumulativement que le Tribunal fédéral puisse mettre fin une fois pour toutes à la procédure en jugeant différemment la question tranchée dans la décision préjudicielle ou incidente et que la décision finale immédiate qui pourrait ainsi être rendue permette d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (ATF 134 II 142 consid. 1.2.3 p. 143; 132 III 785 consid. 4.1 p. 791).
En l'occurrence, l'admission du recours n'aurait nullement pour conséquence de mettre fin à la procédure, mais uniquement de supprimer le délai posé pour le maintien de la saisie provisoire. Cela ne permettrait pas non plus d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse, puisque l'arrêt attaqué a précisément pour objectif une limitation de la durée du blocage du compte et une prise de position rapide de l'autorité requérante.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours est irrecevable, de sorte qu'il ne peut être fait droit aux conclusions, principales et subsidiaires, de l'OFJ. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires. Une indemnité de dépens est allouée aux intimés, à la charge de l'OFJ. Il y a lieu encore de préciser que le délai fixé dans l'arrêt attaqué part dès l'entrée en force de ce dernier, soit dès le prononcé du présent arrêt.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Une indemnité de dépens de 1000 fr. est allouée aux intimés A._ et B._, à la charge de la Confédération (Office fédéral de la justice).
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Juge d'instruction du canton de Genève et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 2 juin 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz