Faits:
A. A.a X._, ressortissant bolivien né en 1990, réside illégalement en Suisse depuis 2005. Il fait l'objet d'une procédure pénale pendante depuis le 21 octobre 2010, dans laquelle il est prévenu d'acte d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, de violation du domaine secret ou privé au moyen d'un appareil de prise de vue et d'infraction au droit des étrangers.
A.b Par décision du 8 novembre 2010, l'Office cantonal de la population du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal) a prononcé le renvoi de Suisse de X._, alors incarcéré à la prison de Champ-Dollon. Cette décision, exécutoire nonobstant recours, a été confirmée par jugement du 28 juin 2011 du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance). X._ a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).
A.c Le 4 juillet 2011, l'Office cantonal a refusé de délivrer à l'intéressé une attestation en vue de la procédure préparatoire au mariage avec une ressortissante suisse vivant à A._, Y._, motif pris qu'il ne remplissait pas les conditions légales y afférentes, à savoir la légalité de son séjour en Suisse. X._ a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance contre cette décision. Il a obtenu, à cette fin, le bénéfice de l'assistance juridique, par décision sur recours du 15 novembre 2011 du Vice-président de la Cour de justice.
X._ a été convoqué à des audiences de comparution personnelle les 12 janvier 2012 et 17 avril 2012. Il ne s'y est toutefois ni présenté, ni excusé. Convoquée à l'audience du 17 avril 2012, Y._ ne s'y est pas non plus présentée.
Par jugement du 17 avril 2012, le Tribunal administratif de première instance a rejeté le recours interjeté par X._ contre la décision du 4 juillet 2011 de l'Office cantonal.
X._ a formé un recours contre ce jugement auprès de la Cour de justice, pour lequel il a requis une extension de l'assistance juridique, se plaignant d'une violation de son droit de réplique et alléguant pouvoir prétendre à une autorisation de séjour en cas de mariage avec Y._.
B. Par décision du 7 juin 2012, la Vice-présidente du Tribunal civil du canton de Genève (ci-après: la Vice-présidente du Tribunal civil) a rejeté la requête d'assistance juridique de X._. Elle a considéré que le recours à l'encontre du jugement du 17 avril 2012 du Tribunal administratif de première instance était dépourvu de chance de succès, compte tenu de l'absence d'éléments concrets permettant d'établir que Y._ avait réellement l'intention de se marier avec X._, et eu égard aux conditions prévalant à l'octroi d'une autorisation de séjour en Suisse. Elle a, au surplus, retenu qu'il était abusif d'invoquer une violation du droit de réplique, X._ ayant eu la faculté de se faire entendre lors de deux audiences auxquelles il ne s'était ni présenté, ni excusé.
Le Vice-président de la Cour de justice a, par décision du 3 août 2012, rejeté le recours de X._ contre le refus de lui octroyer l'assistance juridique prononcé le 7 juin 2012. De même, il a refusé de procéder à l'audition que l'intéressé avait requise.
C. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler la décision du 3 août 2012 et de lui octroyer le bénéfice de l'assistance juridique pour la procédure de recours contre le jugement du 17 avril 2012 du Tribunal de première instance. Subsidiairement, il demande que le dossier soit retourné à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il requiert, en outre, le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
La Vice-présidente du Tribunal civil et l'Office cantonal ont renoncé à déposer des observations. La Vice-présidente de la Cour de justice a persisté dans les termes de la décision querellée. Elle a en substance relevé que le refus d'audition du recourant était motivé dans la décision attaquée et estimé que l'audition sollicitée par X._ poursuivait un but dilatoire et devait être qualifiée d'abusive.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (cf. ATF 136 I 43 consid. 1 p. 43).
1.1 Le recourant a agi par la voie du recours constitutionnel subsidiaire. Or, cette voie n'est ouverte que si la décision attaquée ne peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public (cf. art. 113 LTF). Si la voie du recours en matière de droit public devait être ouverte, l'intitulé erroné du recours ne nuirait toutefois pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui aurait dû être interjeté soient réunies (cf. ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382; 131 I 291 consid. 1.3 et les références citées).
1.2 La détermination de la voie de droit ouverte à l'encontre d'une décision incidente dépend de la cause au fond (cf. ATF 133 III 645 consid. 2.2 et 2.3 p. 647; 134 V 138 consid. 3 p. 144). En l'occurrence, la décision sur l'assistance judiciaire a été rendue en relation avec le refus de délivrer au recourant une attestation de séjour en vue de la procédure préparatoire au mariage avec Y._.
Selon l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions relatives à une autorisation de droit des étrangers à laquelle ni le droit fédéral, ni le droit international ne donnent droit. D'après la jurisprudence, il suffit qu'il existe un droit potentiel à l'autorisation, étayé par une motivation soutenable, pour que cette clause d'exclusion ne s'applique pas et, partant, que la voie du recours en matière de droit public soit ouverte (cf. ATF 136 II 177 consid. 1.1 p. 179).
Le recourant se prévaut de l'art. 12 CEDH, selon lequel il aurait un droit au mariage, même s'il réside illégalement en Suisse, et, partant, un droit potentiel à un titre de séjour temporaire en vue du mariage (cf. ATF 137 I 351 consid. 3 p. 354 ss), de sorte que le recours en matière de droit public est recevable sous cet angle. Le point de savoir si le recourant peut se voir délivrer un titre de séjour temporaire relève du fond, et non de la recevabilité (cf. ATF 136 II 177 consid. 1.1 p. 179). Il s'ensuit que la voie du recours en matière de droit public est ouverte, ce qui exclut le recours constitutionnel subsidiaire (cf. art. 113 LTF a contrario).
1.3 La décision attaquée, rendue sur recours, confirme le rejet de la demande d'assistance juridique formée par le recourant. Il s'agit donc d'une décision incidente notifiée séparément qui peut faire l'objet d'un recours immédiat auprès du Tribunal fédéral en vertu de l'art. 93 al. 1 let. a LTF. En effet, selon la jurisprudence, le refus d'accorder l'assistance judiciaire est de nature à causer un préjudice irréparable au sens de la disposition précitée (cf. ATF 133 IV 335 consid. 4 p. 338 en matière pénale; arrêts 2D_6/2012 du 31 juillet 2012 consid. 1.1; 2D_25/2009 du 25 mai 2009 consid. 1.1).
1.4 Pour le surplus, le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF), rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF) par un tribunal cantonal supérieur (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF) par le destinataire de la décision entreprise, qui, se voyant refuser le bénéfice de l'assistance judiciaire, a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF, le recours en matière de droit public est recevable.
1.5 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Selon cette disposition, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. L'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits ou principes constitutionnels violés et préciser en quoi consiste la violation (cf. ATF 135 II 243 consid. 2 p. 248; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). Par ailleurs, le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel, mais il est possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral au sens de l'art. 9 Cst. (cf. ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il appartient toutefois au recourant d'invoquer ce grief et de le motiver de manière suffisante (cf. art. 106 al. 2 LTF).
1.6 L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (cf. ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF).
2. Le recourant soutient que l'autorité précédente a appliqué l'art. 10 al. 3 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA/GE; RS-GE E 5 10) de manière arbitraire (art. 9 Cst.; sur cette notion: cf. ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; 137 I 1 consid. 2.4 p. 5). Il invoque également, à cet égard, l'art. 29 al. 2 Cst. Il fait grief au Vice-président de la Cour de justice d'avoir rendu une décision en matière d'assistance juridique, le 3 août 2012, sans avoir ordonné son audition ni exposé les motifs pour lesquels il considérait que le recourant n'avait pas à être entendu; le recourant se réfère à la jurisprudence rendue par le Tribunal fédéral sous l'empire de l'art. 143A de l'ancienne loi genevoise du 22 novembre 1941 sur l'organisation judiciaire (aLOJ/GE), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010.
2.1 A teneur de l'art. 10 al. 3 LPA/GE, "en cas de refus ou de retrait de l'assistance juridique, la personne qui l'a sollicitée peut recourir par écrit dans les 30 jours dès la notification de la décision auprès du président de la Cour de justice. En règle générale, le recourant est entendu". Cette disposition est entrée en vigueur le 1er janvier 2011. Elle reprend la teneur exacte de l'art. 143A aLOJ/GE.
La jurisprudence développée en relation avec l'art. 143A aLOJ/GE retenait que cette disposition allait plus loin que le droit constitutionnel fédéral correspondant (cf. art. 29 al. 2 Cst.), en permettant au recourant de faire valoir ses allégués non seulement par écrit, mais également oralement. L'audition du recourant en vertu de l'art. 143A aLOJ/GE était la règle, non l'exception. Elle ne pouvait être refusée que dans des circonstances particulières. Par ailleurs, elle ne dépendait pas d'une requête expresse du recourant, l'absence d'une telle demande n'établissant pas encore une renonciation à ce droit (cf. arrêts 2D_6/2012 du 31 juillet 2012 consid. 3.2; 2D_32/2010 du 8 octobre 2010 consid. 3; 5A_496/2009 du 21 octobre 2009 consid. 2.1; 1P.573/2004 du 2 novembre 2004 consid. 2.2).
Le Tribunal fédéral a jugé, dans un arrêt récent, que la jurisprudence rendue sous l'empire de l'art. 143A aLOJ/GE demeure applicable sous le nouveau droit (cf. arrêt 2D_6/2012 du 31 juillet 2012 consid. 3.4). Il en découle que, selon l'art. 10 al. 3 LPA/GE, saisi d'un recours portant sur l'assistance juridique en matière administrative, le Président de la Cour de justice est en règle générale tenu d'entendre le recourant. Cette règle n'est toutefois pas absolue, étant précisé qu'il appartient au Président de la Cour de justice de motiver, le cas échéant, sa décision de renoncer à cette audition (cf. arrêt 2D_6/2012 du 31 juillet 2012 consid. 3.4).
2.2 En l'espèce, le recourant a conclu, dans son recours du 25 juin 2012 à la Cour de justice, à ce que son audition soit ordonnée. Dans la décision entreprise du 3 août 2012, le Vice-président de la Cour de justice, après avoir mentionné les art. 10 al. 3 LPA/GE et 29 al. 2 Cst. et les principes en découlant, a jugé que l'audition du recourant n'apparaissait "pas utile" et qu'il n'y serait, partant, pas procédé (cf. décision attaquée, p. 5).
Le Vice-président a ainsi exposé, certes de manière lapidaire, les raisons pour lesquelles il considérait qu'exceptionnellement les circonstances justifiaient de renoncer à l'audition du recourant, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de la décision et l'attaquer en connaissance de cause. Il appartenait au recourant de démontrer, devant le Tribunal fédéral, en quoi, en retenant que cette audition n'était "pas utile", le Vice-président aurait appliqué l'art. 10 al. 3 LPA/GE de manière arbitraire, ce qu'il n'a pas fait. A cet égard, il convient de rappeler que la Cour de justice avait déjà eu à connaître, dans la même procédure, d'un recours contre le refus d'octroyer l'assistance juridique pour la procédure devant le Tribunal administratif de première instance. Elle avait alors admis le recours par décision du 15 novembre 2011 et mis le recourant au bénéfice de l'assistance juridique (cf. partie "Faits" let. A.c). Elle était ainsi au fait du dossier et disposait déjà des principaux renseignements topiques utiles, de sorte qu'elle pouvait, sans arbitraire, rejeter la requête d'assistance juridique en exposant succinctement, dans sa décision du 3 août 2012, les motifs de cette décision. En conséquence, le Vice-président de la Cour de justice n'a pas procédé à une application arbitraire de l'art. 10 al. 3 LPA/GE. Le grief correspondant doit donc être rejeté.
3. Le recourant se plaint également d'une violation de son droit à des débats publics tel que garanti par l'art. 6 par. 1 CEDH. Se fondant sur l'ATF 122 V 47 (consid. 2c et 3a), qui traite de l'art. 6 par. 1 CEDH, le recourant estime que le Vice-président de la Cour de justice ne pouvait pas, sans motif valable, renoncer à organiser une audience publique.
3.1 Le principe de publicité de la procédure judiciaire énoncé à l'art. 6 par. 1 CEDH confère aux parties le droit d'être entendues oralement devant un tribunal lors d'une séance publique (cf. ATF 130 II 425 consid. 2.2 p. 429; 127 II 306 consid. 5 p. 309 et les références citées), sauf renonciation explicite ou implicite des parties (cf. ATF 125 II 426 consid. 4f p. 426). Seules relèvent du champ d'application de l'art. 6 par. 1 CEDH les contestations portant sur des droits ou des obligations de caractère civil ou sur des accusations en matière pénale.
3.2 Le "caractère civil" d'un droit est une notion autonome de la CEDH; sont décisifs le contenu matériel du droit en cause et les effets que lui confère la législation interne de l'Etat concerné. En tant qu'elle est de nature administrative, la décision sur l'assistance judiciaire ne constitue pas un prononcé sur une contestation portant sur des droits et obligations de caractère civil, au sens de l'art. 6 par. 1 CEDH (cf. ACEDH Barillon contre France, du 9 février 2006, req. 22897/02, n. 24; Gutfreund contre France, du 12 juin 2003, req. 45681/99, n. 38-46, CEDH 2003-VII; Martin Hilpert contre Suisse, du 29 novembre 2001, req. 61316/00, in JAAC 2002 n. 110).
En l'occurrence, le litige tranché par la juridiction précédente concernait le rejet de la demande d'assistance juridique formée par le recourant dans le cadre de la procédure de recours contre le jugement du 17 avril 2012 du Tribunal administratif de première instance. Il s'ensuit que la procédure cantonale ne portait nullement sur des droits à caractère civil au sens de l'art. 6 par. 1 CEDH. Le grief invoqué en relation avec l'art. 6 par. 1 CEDH est ainsi infondé.
4. Subsidiairement, le recourant dénonce une violation de l'art. 29 al. 3 Cst. en tant que le Vice-président de la Cour de justice a rejeté la requête d'assistance juridique au motif qu'un recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 17 avril 2012 était dénué de chances de succès.
4.1 Conformément à l'art. 29 al. 3 Cst., dont le Tribunal fédéral examine librement le respect (cf. ATF 127 III 19 consid. 3 p. 194; 127 I 202 consid. 3a p. 205; 125 I 257 consid. 3a p. 259; arrêt 5A_396/2009 du 5 août 2009 consid. 1.4), toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit à l'assistance judiciaire gratuite, à moins que sa cause ne paraisse dépourvue de toutes chances de succès; elle a droit, de surcroît, à l'assistance gratuite d'un défenseur dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. D'après la jurisprudence, un procès est dépourvu de chances de succès lorsque les perspectives de le gagner sont notablement plus faibles que les risques de le perdre, et qu'elles ne peuvent donc être considérées comme sérieuses, de sorte qu'une personne raisonnable et de condition aisée renoncerait à s'y engager en raison des frais qu'elle s'exposerait à devoir supporter; en revanche, il n'est pas dépourvu de chances de succès lorsque les chances de succès et les risques d'échec s'équilibrent à peu près, ou que les premières ne sont que légèrement inférieures aux secondes (cf. ATF 138 III 217 consid. 2.2.4 p. 218; ATF 133 III 614 consid. 5 p. 616 et les références citées). La situation doit être appréciée à la date du dépôt de la requête et sur la base d'un examen sommaire (cf. ibidem).
En l'occurrence, il y a donc lieu d'examiner si le recours contre le refus de délivrer au recourant une attestation de séjour en vue de la procédure préparatoire au mariage présente des chances de succès. A cet égard, le recourant invoque différents griefs de nature matérielle et formelle.
4.2 En premier lieu, invoquant encore l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint d'une violation de son droit à la réplique en ce qu'il n'a pas pu se déterminer sur l'issue de la procédure devant le Tribunal administratif de première instance avant que ce dernier ne rende son jugement le 17 avril 2012. Il en découlerait qu'un recours contre ce jugement, vicié formellement, ne serait pas dépourvu de chances de succès.
4.2.1 Le droit d'être entendu, ancré à l'art. 29 al. 2 Cst., garantit notamment le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Il appartient en effet aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Ce droit de réplique vaut pour toutes les procédures judiciaires. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.3.1 p. 197 et les références citées). Dans ce sens, l'art. 29 al. 2 Cst. confère un véritable droit de réplique, même dans les domaines qui n'entrent pas dans le champ d'application de l'art. 6 CEDH (cf. ATF 138 I 154 consid. 2.3 p. 156 s.; arrêt 2D_77/2010 du 19 juillet 2011, consid. 2.2).
Une violation du droit d'être entendu est considérée comme réparée lorsque l'intéressé jouit de la possibilité de s'exprimer librement devant une autorité de recours disposant du même pouvoir d'examen que l'autorité inférieure, et qui peut ainsi contrôler librement l'état de fait et les considérations juridiques de la décision attaquée, à condition toutefois que l'atteinte aux droits procéduraux de la partie lésée ne soit pas particulièrement grave (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.3.2 p. 197 s.; 133 I 201 consid. 2.2 p. 204; 132 V 387 consid. 5.1 p. 390 et les références citées).
4.2.2 Contrairement à ce que semble croire le recourant, il n'existe pas un droit à être invité formellement à s'exprimer avant qu'une autorité judiciaire ne rende un arrêt. L'arrêt 1C_72/2012 du 7 août 2012, invoqué à cet égard, n'est ici pas pertinent: dans cette affaire, l'autorité judiciaire avait transmis aux recourants la réponse et les pièces - déterminantes pour la cause - de la partie adverse en indiquant que "les parties seraient informées ultérieurement des suites de la procédure"; puis, l'arrêt avait été rendu sans que les recourants aient été invités à répliquer. Le Tribunal fédéral a jugé que les recourants avaient été incités à attendre une invitation pour réagir à la réponse à leur recours et qu'on ne pouvait leur reprocher de ne pas avoir déposé spontanément une écriture. Rien de tel ne s'est passé dans la présente affaire. Le recourant, qui ne prétend pas que des pièces ou observations ne lui auraient pas été transmises et qui en avait dès lors connaissance, pouvait donc s'exprimer spontanément sur celles-ci. De plus, il été, par deux fois, convoqué à des audiences, avant que le Tribunal administratif de première instance ne rende son jugement le 17 avril 2012. Il a ainsi eu la possibilité de s'exprimer, même oralement, devant l'autorité judiciaire. Le recourant ne s'est cependant jamais personnellement présenté devant ledit tribunal - ni excusé - pas plus que Y._, que celui-ci déclarait vouloir épouser. Invoquer une violation du droit d'être entendu dans ces circonstances est à la limite de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.). Le conseil du recourant, présent à l'audience du 17 avril 2012 (cf. arrêt attaqué, p. 2), a du reste eu l'occasion de défendre les droits de son mandant. Quoi qu'il en soit, même à la supposer réalisée, une éventuelle violation de ce droit a pu être réparée durant la procédure de recours cantonal, le recours à la Cour de justice ayant en effet un effet dévolutif complet et celle-ci disposant d'un libre pouvoir d'examen en fait et en droit (cf. art. 61 et 66 ss LPA/GE; arrêts 2D_47/2012 du 12 décembre 2012 consid. 3.2; 2D_25/2012 du 6 novembre 2012 consid. 3.2.2).
De surcroît, lorsqu'une autorité est chargée d'examiner si un justiciable peut obtenir l'assistance judiciaire en vue de déposer un recours, il est déterminant de savoir quelles sont les chances de succès sur le fond. Il ne s'agit pas de permettre au requérant d'obtenir l'assistance judiciaire en vue de prolonger artificiellement la procédure en invoquant des griefs purement formels, alors que l'on voit d'emblée que ceux-ci, même fondés, ne sont pas de nature à influer sur le fond de la cause. Or, il en va ainsi du grief du recourant. Dans ce contexte, compte tenu de l'absence de chances de succès sur le fond du grief tiré d'une violation du droit d'être entendu, il ne peut être reproché à l'autorité attaquée d'avoir violé l'art. 29 al. 3 Cst. en refusant de mettre le recourant au bénéfice de l'assistance juridique.
4.3 Secondement, le recourant fait valoir une violation de son droit au mariage tel que garanti par l'art. 12 CEDH. A cet égard, il se réfère à l'arrêt rendu par la Cour européenne des droits de l'homme le 14 décembre 2010 dans la cause O'Donoghue et consorts contre Royaume-Uni, requête n° 34848/07. Il allègue également que la prise en compte de la procédure pénale dont il fait l'objet pour acte d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance violerait la présomption d'innocence (cf. art. 6 par. 2 CEDH et 32 al. 1 Cst.), puisque le Tribunal administratif de première instance a retenu un élément qui n'a jamais fait l'objet d'un jugement pour justifier l'existence d'une menace pour l'ordre et la sécurité publics.
4.3.1 Il découle de l'arrêt O'Donoghue et consorts que le droit au mariage garanti par l'art. 12 CEDH peut être invoqué par des étrangers résidant illégalement en Suisse. Il n'en va pas différemment de l'art. 14 Cst. (cf. ATF 137 I 351 consid. 3.5 p. 356). Toutefois, cet arrêt n'interdit pas des mesures destinées à lutter contre les mariages de complaisance qui sont admissibles si elles s'avèrent raisonnables et proportionnées et pour autant qu'elles visent à déterminer si l'intention matrimoniale des futurs époux est réelle et sincère, ce qui implique la volonté de fonder une communauté conjugale (cf. ACEDH O'Donoghue et consorts contre Royaume-Uni, du 14 décembre 2010, req. 34848/07, Rec. 2010, par. 82 ss; ATF 137 I 351 consid. 3.5 p. 357).
4.3.2 Dans l'ATF 137 I 351, la Cour de céans s'est prononcée sur la compatibilité de la garantie du droit au mariage avec l'exigence tirée de l'art. 98 al. 4 CC (RO 2010 p. 3057), en vertu duquel les fiancés qui ne sont pas citoyens suisses doivent établir la légalité de leur séjour en Suisse au cours de la procédure préparatoire. Elle a relevé que, conformément aux art. 12 CEDH et 14 Cst., les autorités de police des étrangers sont tenues de délivrer un titre de séjour en vue du mariage lorsqu'il n'y a pas d'indice que l'étranger entende, par cet acte, invoquer abusivement les règles sur le regroupement familial, et qu'il apparaît clairement que l'intéressé remplira les conditions d'une admission en Suisse après son union (cf. art. 17 al. 2 LEtr de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers [LEtr; RS 142.20] par analogie). Dans un tel cas, il serait en effet disproportionné d'exiger de l'étranger qu'il rentre dans son pays pour s'y marier ou pour y engager à distance une procédure en vue d'obtenir le droit de revenir en Suisse pour se marier. En revanche, dans le cas inverse, soit si, en raison des circonstances, notamment de la situation personnelle de l'étranger, il apparaît d'emblée que ce dernier ne pourra pas, même une fois marié, être admis à séjourner en Suisse, l'autorité de police des étrangers pourra renoncer à lui délivrer une autorisation de séjour provisoire en vue du mariage; il n'y a en effet pas de raison de lui permettre de prolonger son séjour en Suisse pour s'y marier alors qu'il ne pourra de toute façon pas, par la suite, y vivre avec sa famille (cf. arrêt précité, consid. 3.7 p. 360, confirmé in ATF 138 I 41 consid. 4 p. 47; arrêts 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.2; 2C_702/2011 du 23 février 2012 consid. 4.3).
Il convient d'examiner de manière préjudicielle si, une fois marié, le recourant pourrait être autorisé à séjourner en Suisse. Ceci conduit nécessairement à se demander si les conditions de fond qui président à l'octroi d'une autorisation de séjour "ordinaire", c'est-à-dire d'un titre non limité à la préparation du mariage, seraient réunies en cas de mariage.
4.3.3 Aux termes de l'art. 42 al. 1 LEtr, le conjoint d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de sa durée de validité à condition de vivre en ménage commun avec lui. D'après l'art. 51 al. 1 let. b LEtr, toutefois, les droits prévus à l'art. 42 LEtr s'éteignent s'il existe des motifs de révocation au sens de l'art. 63 LEtr, relatif à la révocation de l'autorisation d'établissement. Selon l'art. 63 al. 1 let. b LEtr, l'autorisation d'établissement peut notamment être révoquée lorsque l'étranger attente de manière très grave à la sécurité et l'ordre publics en Suisse ou à l'étranger, les met en danger ou représente une menace pour la sécurité intérieure ou extérieure de la Suisse.
4.3.4 S'il venait à épouser Y._, ressortissante suisse, le recourant aurait en principe droit à une autorisation de séjour sur la base de l'art. 42 al.1 LEtr. En effet, l'intéressé doit bénéficier de la présomption d'innocence et, partant, la procédure pénale dont il fait l'objet pour acte d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance ne pourrait, en l'état, être retenue à son encontre. Dès lors, le recourant ne pourrait être considéré comme une personne présentant une menace pour l'ordre public et la sécurité publique propre à justifier d'emblée un refus d'autorisation de séjour.
Encore faut-il, pour obtenir un titre de séjour en vue du mariage, qu'il n'y ait pas d'indice que le recourant invoque abusivement les règles sur le regroupement familial (cf. consid. 4.3.2). Or, il faut émettre des doutes sérieux quant au point de savoir si la volonté des intéressés de se marier est réelle et sincère. Il ressort en particulier des faits établis par l'autorité précédente que le recourant n'a fourni aucun élément concret permettant de conclure que Y._ aurait l'intention de se marier avec lui. De plus, il n'est pas contesté que Y._ ne s'est pas présentée à l'audience du 17 avril 2012 dans le cadre de la procédure de recours contre le refus de délivrer au recourant une attestation en vue de la procédure préparatoire au mariage avec elle (cf. partie "Faits" let. A.c). Il apparaît dans ces circonstances que le projet de mariage allégué n'est pas vraisemblable, ou du moins pas imminent, et qu'il existe des indices importants que, par cet acte, le recourant entende éluder les dispositions sur l'admission et le séjour des étrangers.
4.4 Par conséquent, c'est à bon droit que l'autorité précédente a retenu qu'un recours contre le jugement du 17 avril 2012 du Tribunal administratif de première instance était dépourvu de chances de succès et, ce faisant, refusé de mettre le recourant au bénéfice de l'assistance juridique.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 LTF). Le recours se révélant d'emblée dénué de chances de succès (cf. ATF 135 I 1 consid. 7.1 p. 2), l'intéressé ne saurait bénéficier de l'assistance judiciaire qu'il a sollicitée (cf. art. 64 LTF). Les frais seront toutefois fixés en tenant compte de sa situation financière (cf. art. 65 al. 2 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Office cantonal de la population, à la Vice-présidente du Tribunal civil, Assistance juridique, et au Vice-président de la Cour de justice du canton de Genève, Assistance juridique.
Lausanne, le 16 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Kurtoglu-Jolidon