Sachverhalt:
A. Der 1964 geborene S._ meldete sich am 13. Januar 2004 wegen "Angst, Panik, Depression" bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich, IV-Stelle, untersuchte den medizinischen Sachverhalt und ermittelte einen Invaliditätsgrad von 100 %. Mit Verfügung vom 26. August 2004 sprach sie dem Versicherten ab 1. Februar 2004 eine ganze Invalidenrente zu. In der Folge wurde der Rentenanspruch mit Verfügung vom 13. April 2005 bestätigt. Im Rahmen eines weiteren, im Februar 2008 eingeleiteten Revisionsverfahrens liess die IV-Stelle den Versicherten durch Dr. med. K._, Spezialarzt für Psychiatrie und Psychotherapie, fachärztlich begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 11. Oktober 2009 stellte die Verwaltung eine anspruchsrelevante erhebliche Verbesserung des Gesundheitszustandes fest, ermittelte neu einen Invaliditätsgrad von 30 % und stellte folglich die Rentenleistungen revisionsweise mit Wirkung ab 1. Februar 2011 ein (Verfügung vom 16. Dezember 2010).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 31. August 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt S._ beantragen, es sei ihm in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides weiterhin eine ganze Invalidenrente auszurichten.
Die kantonalen Akten wurden eingeholt. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Seinem Urteil legt es den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz, auf Rüge hin oder von Amtes wegen, berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig (dazu E. 1.2) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Vorliegen dieser Voraussetzungen hat die Beschwerde führende Person genau darzulegen. Dazu genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten oder die eigene Beweiswürdigung zu erläutern (BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356; SVR 2012 BVG Nr. 11 S. 44, 9C_779/2010 E. 1.1.2 [nicht publiziert in BGE 137 V 446]).
Die gesetzliche Kognitionsbeschränkung gilt namentlich für die Einschätzung der gesundheitlichen und leistungsmässigen Verhältnisse (Art. 6 ATSG), wie sie sich bei der revisionsweisen Anpassung einer Invalidenrente nach Art. 17 ATSG wegen Tatsachenänderungen (Gesundheitszustand, Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit usw.) im revisionsrechtlich massgeblichen Vergleichszeitraum (BGE 133 V 108; Urteil 9C_228/2010 vom 26. April 2011 E. 2.1) entwickelt haben.
1.2 Eine Sachverhaltsfeststellung ist nicht schon dann offensichtlich unrichtig, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (BGE 132 I 42 E. 3.1 S. 44). Es liegt noch keine offensichtliche Unrichtigkeit vor, nur weil eine andere Lösung ebenfalls in Betracht fällt, selbst wenn diese als die plausiblere erschiene (vgl. BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; Urteil 9C_967/2008 vom 5. Januar 2009 E. 5.1). Diese Grundsätze gelten auch in Bezug auf die konkrete Beweiswürdigung (Urteile 9C_999/2010 vom 14. Februar 2011 E. 1 und 9C_734/2010 vom 21. Oktober 2010 E. 3; SVR 2012 BVG Nr. 11 S. 44, 9C_779/2010 E. 1.1.1 [nicht publiziert in: BGE 137 V 446]).
1.3 Dem kantonalen Versicherungsgericht steht als Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zu (vgl. BGE 120 Ia 31 E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (BGE 132 III 209 E. 2.1 S. 211; zum Begriff der Willkür BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 261). Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweis).
2. 2.1 Streitig ist die revisionsweise Aufhebung der Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und die von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze, namentlich über die Begriffe der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG, Art. 4 Abs. 1 IVG), Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG) und Erwerbsfähigkeit (Art. 7 Abs. 1 ATSG), den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 2 IVG) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.2 Ändert sich der Invaliditätsgrad einer Rentenbezügerin oder eines Rentenbezügers erheblich, so wird die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben (Art. 17 Abs. 1 ATSG). Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen seit Zusprechung der Rente, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Anspruch zu beeinflussen. Insbesondere ist die Rente bei einer wesentlichen Änderung des Gesundheitszustandes oder der erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitszustandes revidierbar (BGE 134 V 131 E. 3 S. 132).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat die Voraussetzungen für eine Rentenrevision nach Art. 17 Abs. 1 ATSG (oben E. 2.1) bejaht. Sie erwog, im massgebenden Vergleichszeitraum zwischen der rentenzusprechenden Verfügung und der angefochtenen Verfügung vom 16. Dezember 2010 sei eine Verbesserung der gesundheitlichen Situation sowie der Arbeits- und Leistungsfähigkeit eingetreten. Nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit sei erstellt, dass dem Beschwerdeführer trotz geringer Restbeschwerden (Angst und depressive Störung gemischt [ICD-10 F41.2]; Bericht Gutachten Dr. med. K._ vom 11. Oktober 2009) die angestammte Tätigkeit mit einer 30 %igen Einschränkung zumutbar sei.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss die Verletzung des rechtlichen Gehörs, da die Vorinstanz auf seine Einwände bezüglich des Beweiswerts des Gutachtens vom 11. Oktober 2009 nicht eingegangen sei. Zu Unrecht habe die Vorinstanz einseitig auf dieses abgestellt und die Stellungnahme zum Gutachten des Medizinischen Zentrums G._ (Dr. med F._ und Dr. phil. I._) vom 4. November 2010 nicht berücksichtigt.
3.3 Diese Vorwürfe dringen nicht durch: Die Vorinstanz stützte sich nicht nur auf die Beurteilung des erwähnten Gutachters ab, sondern setzte sich auch mit allen relevanten medizinischen Akten auseinander und legte nachvollziehbar begründet dar, weshalb es den Einschätzungen des Dr. med. K._ höheren Beweiswert zumass als den Ausführungen in der Stellungnahme des Medizinischen Zentrums G._ vom 4. November 2010. Bei letzterem handelt es sich nicht um ein Gutachten. Die Unterzeichnenden Dr. med. F._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH und Dr. phil I._, klinischer Psychologe und Supervisor, äussern sich gemäss Betreffzeile des Schreibens über den "Beweiswert des psychiatrischen Gutachtens Dr. med. K._ vom 11. Oktober 2009" und negieren diesen sinngemäss. Sich über einen "Beweiswert" eines Gutachtens zu äussern obliegt den rechtsanwendenden Behörden, also der Verwaltung und den Gerichten. Der Stellungnahme des Medizinischen Zentrums G._ fehlt denn auch eine eigene objektive Befunderhebung, so dass nicht nachvollzogen werden kann, wie die Genannten zur "richtigen Diagnose" finden. Diese ist mit keinem Wort begründet. Dem Aktenstück kann auch nicht entnommen werden, ob die Unterzeichnenden den Versicherten selbst gesehen und untersucht haben; eine entsprechende Angabe fehlt im Schreiben vom 4. November 2010.
Zusammenfassend hat das kantonale Gericht die gegen die Verwertung des Gutachtens des Dr. med. K._ vom 11. Oktober 2009 erhobenen Einwände hinreichend geprüft und zu Recht verworfen. Soweit sie nicht als appellatorische Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung unbeachtlich sind, vormögen die Vorbringen keine Bundesrechtswidrigkeit darzutun. Dass der Gutachter die psychiatrisch-psychotherapeutische Behandlung als ungenügend rügt, ist angesichts der von der Therapeutin selbst angegebenen Kadenz von einer Sitzung pro Quartal nicht zu beanstanden. Diese seit April 2003 sporadische vorgenommene pharmakologisch sowie verhaltenstherapeutische Behandlung eines "unverändert desolaten Zustandes" (Bericht der Dr. med. E._ vom 21. Dezember 2008) wirft tatsächlich Fragen über die Wahrnehmung einer hinreichenden Schadenminderung auf. Der blosse Umstand, dass die attestierte Arbeitsunfähigkeit (30 %) und die Diagnosen (Angst- und depressive Störung gemischt [ICD-10 F41.2]) von denjenigen der behandelnden Ärztin (100 % bei Panikstörung mit Agoraphobie [F40.01], mittelgradige depressive Episode [F32.1] und hypochondrische Störung [F45.2]) insbesondere hinsichtlich ihrer Ausprägung abweichen, begründen noch keine Zweifel an einer lege artis erstellten Expertise. Die Angaben der behandelnden Ärztin sind nicht begründet, weshalb sie auch nicht nachvollziehbar sind. Die beschwerdeführerische Kritik am Gutachten vermag die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung nicht als offensichtlich unrichtig und damit rechtsverletzend zu qualifizieren.
4. Die übrigen Aspekte der Ermittlung des Invaliditätsgrades und der revisionsweisen Rentenaufhebung werden in der Beschwerde nicht in Frage gestellt. Zu einer näheren Prüfung von Amtes wegen besteht kein Anlass. Die Beschwerde ist unbegründet. Die revisionsweise Rentenaufhebung erfolgte zu Recht.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. März 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer