Faits:
A. A.a Dans le cadre d'une procédure en matière de droit de passage divisant X._ d'avec Y._, le premier a, par exploit du 15 décembre 2008, présenté des allégués nouveaux. Le second s'y est opposé par incident du 23 décembre 2008.
A.b Par décision du 4 mars 2009, le Juge de Commune de A._ a admis l'incident déposé par Y._. Cette décision a été notifiée à X._ par l'intermédiaire de son conseil, avocat valaisan.
Les voies de droit étaient indiquées ainsi: "La présente décision peut être attaquée auprès du Tribunal de district par la voie du pourvoi en nullité dans les 30 jours".
B. B.a X._, a recouru contre cette décision le 2 avril 2009.
B.b Par arrêt du 7 avril 2009, le Juge II des districts d'Hérens et de Conthey a déclaré le recours de l'intéressé irrecevable, pour le motif qu'il était tardif; la décision entreprise, de nature incidente, devait en effet être attaquée dans les 10 jours dès sa notification (cf. art. 22 al. 5, 226 al. 2 let. b et 227 al. 2 du Code de procédure civile valaisan du 24 mars 1998 [RSV 270.1; CPC-VS]). Le juge précédent a considéré que la décision attaquée indiquait certes un délai de recours erroné, mais que X._ ne pouvait pas se prévaloir de sa bonne foi, dans la mesure où, assisté au moment où la décision avait été rendue par un avocat expérimenté pratiquant en Valais auquel la décision avait été formellement notifiée, il ne pouvait ignorer, en faisant preuve de l'attention suffisante, que le délai pour recourir était de 10 jours; une simple lecture de la loi permettait, en effet, d'acquérir cette connaissance.
C. X._ interjette le 8 mai 2009 un recours au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant en substance à ce qu'il soit annulé et à ce que le Tribunal des districts d'Hérens et de Conthey soit invité à donner droit à son recours du 2 avril 2009. Il se plaint d'une violation du principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.).
L'intimé n'a pas été invité à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 La décision attaquée est une décision incidente, parce qu'elle ne met pas un terme à la procédure en matière de droit de passage (ATF 133 III 629 consid. 2.2 p. 631). Sous réserve d'exceptions non réalisées dans le cas présent (art. 92 et 93 al. 1 let. b LTF), une pareille décision n'est sujette à un recours immédiat que si elle peut causer un préjudice irréparable, c'est-à-dire un préjudice de nature juridique qu'un jugement sur le fond, même favorable au recourant, ne ferait pas disparaître complètement (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36; 134 III 426 consid. 1.3.1 p. 430 et la jurisprudence citée); la simple possibilité d'un préjudice irréparable suffit (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36; 134 III 188 consid. 2.1 p. 191 et les citations).
La condition du préjudice irréparable s'apprécie eu égard à la décision de première instance. Si la question qui a fait l'objet de la décision incidente de première instance peut être soulevée à l'appui d'un recours contre la décision finale, il n'y a pas de préjudice irréparable.
1.2 En l'espèce, la question de savoir si le jugement sur le fond sera erroné en raison du fait que le Juge de Commune de A._ aurait, à tort, écarté les allégués et moyens de preuve nouveaux du recourant, pourra faire l'objet d'un recours sur le fond. Il s'ensuit que la décision incidente attaquée ne cause pas de préjudice irréparable à l'intéressé. En conséquence, son recours est irrecevable.
2. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge II du Tribunal des districts d'Hérens et Conthey.
Lausanne, le 9 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet