Fatti:
A. Con sentenza del 28 maggio 2010, il Giudice della Pretura penale ha in particolare prosciolto, per l'assenza del presupposto soggettivo dei reati, C._, A._ e B._ dalle accuse di frode fiscale e di falsità in documenti. A causa dell'intervenuta prescrizione dell'azione penale, i primi due imputati sono inoltre stati prosciolti dall'accusa di inosservanza delle norme legali sulla contabilità.
B. Adita dal Procuratore pubblico (PP), con sentenza del 4 maggio 2011 la Corte di appello e di revisione penale, sedente giusta l'art. 453 cpv. 1 CPP quale Corte di cassazione e di revisione penale, ha parzialmente accolto il ricorso per cassazione nella misura della sua ammissibilità. Ha riconosciuto C._ autore colpevole di frode fiscale in violazione dell'art. 186 cpv. 1 LIFD e dell'art. 269 cpv. 1 delle legge tributaria ticinese, del 21 giugno 1994 (LT), nonché di falsità in documenti giusta l'art. 251 CP, per avere prodotto all'autorità fiscale un falso bilancio della D._SA per l'anno 2003. La Corte cantonale ha quindi rinviato gli atti ad un nuovo Giudice della Pretura penale per la commisurazione della pena da infliggere ad C._.
La Corte cantonale ha per contro confermato il proscioglimento di A._ e di B._.
C. Il PP impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rinviare gli atti alla precedente istanza per un nuovo giudizio. Fa valere l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, nonché la violazione del diritto federale.
Non sono state chieste osservazioni sul ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 136 II 101 consid. 1).
1.2 La decisione impugnata è stata pronunciata in una causa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF), da un'autorità di ultima istanza cantonale (art. 80 cpv. 1 LTF). Nella misura in cui conferma definitivamente il proscioglimento di A._ e di B._, la decisione è di carattere finale (art. 90 LTF). La legittimazione del ricorrente è data (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 3 LTF). Il ricorso, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è sotto questi aspetti ammissibile.
2. 2.1 La Corte cantonale, come il primo giudice, ha sostanzialmente ritenuto che riguardo a A._ e B._ non erano dati gli elementi soggettivi dei reati, negando l'esistenza del dolo eventuale. Questa conclusione è avversata dal ricorrente, che perora una tesi opposta.
Ciò che l'autore sapeva, voleva o ha preso in considerazione sono questioni di fatto (DTF 130 IV 58 consid. 8.5 e rinvii), che vincolano di principio questa Corte, tranne quando i fatti sono stati accertati in modo manifestamente inesatto e quindi arbitrario (cfr. art. 105 LTF). Per motivare l'arbitrio non basta tuttavia criticare semplicemente la decisione impugnata contrapponendole una versione propria, ma occorre dimostrare per quale motivo l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove sono manifestamente insostenibili, si trovano in chiaro contrasto con la fattispecie, si fondano su una svista manifesta o contraddicono in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 134 I 140 consid. 5.4; 132 III 209 consid. 2.1; 129 I 173 consid. 3.1, 8 consid. 2.1 e rinvii). Conformemente alle esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, il ricorrente deve quindi confrontarsi con i considerandi della decisione impugnata e spiegare in modo chiaro e preciso per quali ragioni gli accertamenti contenuti nel giudizio impugnato, in base ai quali i giudici cantonali hanno dedotto l'assenza di dolo eventuale, sono manifestamente insostenibili. Argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali sono inammissibili (cfr., sulle esigenze di motivazione, DTF 136 I 49 consid. 1.4.1; 134 II 244 consid. 2.1 e 2.2). È per contro una questione di diritto, quella di sapere se, sulla base dei fatti accertati, la conclusione circa l'inesistenza del dolo eventuale sia giustificata. Il ricorrente deve al riguardo fondarsi sugli accertamenti vincolanti dei precedenti giudici e spiegare per quali ragioni essi avrebbero negato a torto il dolo.
2.2 L'atto di ricorso disattende le esposte esigenze di motivazione. Il ricorrente si limita infatti a criticare in maniera appellatoria il giudizio assolutorio nei confronti di A._ e B._, opponendo la propria opinione a quella ritenuta dai giudici cantonali. Non si confronta in particolare con gli accertamenti di fatto contenuti nella sentenza della Corte cantonale, spiegando con chiarezza e precisione perché sarebbero manifestamente in contrasto con gli atti ed arbitrari. Laddove sostiene poi che sarebbe realizzato il dolo eventuale, il ricorrente si scosta dai fatti accertati in sede cantonale, omettendo di tenere conto del complesso degli accertamenti disponibili.
3. 3.1 Il ricorrente ritiene arbitrario l'accertamento secondo cui, al momento della registrazione contabile del versamento di fr. 180'000.-- nel conto "correntista" del bilancio 2003, B._ non sapeva di effettuare un'operazione contraria alla realtà. Secondo il ricorrente, non sarebbe pensabile che B._ non abbia chiesto a A._ o a C._ chiarimenti su come eseguire la registrazione, sapendo che i correntisti erano almeno due, che l'aumento della posizione "correntista" comportava una diminuzione dei ricavi e che il bilancio sarebbe poi stato utilizzato anche a fini fiscali.
3.2 Con tale argomentazione, il ricorrente espone tuttavia semplicemente una sua diversa opinione, senza considerare gli accertamenti su cui è fondato il giudizio impugnato. Disattende in particolare, che i giudici cantonali hanno accertato che A._ ha lasciato le ricevute relative ai versamenti sul tavolo di B._ senza dargli alcuna indicazione al riguardo, che l'impiegato non aveva una formazione di contabile e che lavorava nella ditta soltanto un giorno e mezzo alla settimana. In quel momento, l'attività era inoltre frenetica, perché si avvicinava la fine dell'anno e, come era già avvenuto in passato, l'impiegato poteva ipotizzare che le ricevute sul tavolo si riferissero a versamenti del principale o di altri azionisti, allo scopo di dare alla ditta la necessaria liquidità per i pagamenti di fine anno, peraltro effettivamente eseguiti per un importo di poco inferiore a quello versato. La Corte cantonale ha parimenti esposto, con precisione, i motivi per cui poteva essere accertato che l'impiegato si era reso conto dell'erroneità della registrazione soltanto nel dicembre del 2004. Il ricorrente non si confronta con le accurate e puntuali considerazioni addotte dai giudici cantonali e non sostanzia quindi arbitrio alcuno.
3.3 Anche laddove si riferisce alla posizione di A._, il ricorrente si limita ad esporre la sua opinione, diversa da quella ritenuta dai giudici cantonali. Riferendosi essenzialmente alle circostanze del pagamento "in nero" e sostenendo genericamente che la contabilizzazione di tale versamento implicherebbe necessariamente una falsificazione del bilancio, il ricorrente non si confronta, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, con i considerandi del giudizio impugnato (segnatamente con il consid. 16.4 lett. g, pag. 49 seg.). In particolare, non sostanzia l'arbitrio dell'accertamento secondo cui l'accusato si occupava unicamente della conduzione tecnica della ditta ed era totalmente digiuno di questioni contabili, da lui delegate interamente a B._ e C._. Né dimostra che i giudici cantonali avrebbero constatato in modo manifestamente insostenibile, che l'accusato riteneva "la società a posto dal profilo contabile" e non era consapevole dell'esatta portata della soluzione adottata per correggere il bilancio, che sarebbe intervenuta soltanto sull'esercizio 2004.
4. Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Sebbene, per il suo carente contenuto, il ricorso si situi al limite della temerarietà, non si prelevano spese giudiziarie a carico del ricorrente, che comunque si è rivolto al Tribunale federale nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (art. 66 cpv. 4 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione al ricorrente, ai patrocinatori degli opponenti e alla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino.