Faits :
A. Par jugement du 28 mars 2007, le Tribunal de première instance du canton du Jura a condamné X._, pour lésions corporelles graves par négligence, à une peine pécuniaire de 15 jours-amende à 150 fr./j., avec sursis pendant 2 ans.
B. Par arrêt du 11 juillet 2007, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a confirmé le jugement de première instance.
Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants.
B.a Le 25 février 2004, peu avant 11 h., A._, conducteur d'un camion de l'entreprise B._ SA, a approché l'avant de son véhicule du centre de collecte de verre (Eco-point), situé sur le parc St-Germain, à Porrentruy. Il a saisi, au moyen du bras articulé se trouvant sur le pont du camion, le container de verre et l'a vidé dans la benne de son engin. Alors qu'il s'apprêtait à remettre en place le container, il a aperçu Y._ qui s'était glissée entre l'avant du camion et le muret délimitant le lieu de la collecte et a tenté de l'avertir. Elle n'a pas compris les mises en garde et, après avoir fait un écart à droite, est tombée dans la fosse profonde de 2 mètres 50. Elle s'est fracturée une vertèbre lombaire.
B.b Le centre de collecte Eco-point de Porrentruy est situé au fond d'un parking, soit dans un lieu particulièrement fréquenté. Il est clairement délimité sur trois côtés (arrière et latéraux) par un muret constitué de planches en bois. Il comprend quatre containers pour le tri des déchets, dont celui pour le verre qui est en cause. Il s'agit d'un container enterré. Il est composé d'une cuve en béton fixée dans le sol et d'un container métallique d'une contenance de 3m3 et d'un poids à vide de 700 kilos s'introduisant dans la cuve bétonnée. Il est surmonté d'une bouche solidaire d'un mètre de haut environ permettant de déposer les bouteilles usagées par les ouvertures adéquates. Pour extraire le container et le sortir de terre, il faut avoir recours à une grue. Pendant que celui-ci est sorti du sol, aucune protection n'est mise sur la fosse ou aux alentours et aucun panneau d'avertissement n'est placé aux abords.
B.c X._ est le chef du Service des travaux de la Municipalité de Porrentruy. Il a signé le contrat de vidange des Eco-points avec la société B._ SA.
C. X._ dépose un recours en matière pénale. Invoquant une violation des art. 9 Cst., 11 ss et 122 ss CP, il conclut principalement à son acquittement et subsidiairement à l'annulation de l'arrêt cantonal.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le recours ordinaire au Tribunal fédéral peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels. Il doit être motivé (art. 42 al. 1 LTF) et sa motivation doit exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Les griefs mentionnés à l'art. 106 al. 2 LTF sont toutefois soumis à des exigences de motivation accrues, correspondant à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public, auxquelles ils doivent satisfaire sous peine d'irrecevabilité (cf. FF 2001 p. 4142).
2. Le 1er janvier 2007 sont entrées en vigueur les nouvelles dispositions de la partie générale du code pénal. Celles-ci ne sont en principe applicables qu'aux faits commis après son entrée en vigueur (art. 2 al. 1 CP). La loi réserve toutefois la possibilité d'appliquer le nouveau droit à des crimes et délits commis avant cette date si l'auteur n'est mis en jugement qu'après et que le nouveau droit lui est plus favorable que la loi en vigueur au moment où a été commise l'infraction (art. 2 al. 2 CP).
2.1 Lorsqu'une autorité cantonale de recours est appelée à rendre un arrêt qui se substitue à la décision de première instance, l'accusé est aussi mis en jugement devant elle, au sens de l'art. 2 al. 2 CP. Elle est dès lors tenue d'appliquer le nouveau droit si celui-ci est plus favorable à l'accusé, même dans les cas où les nouvelles dispositions légales sont entrées en vigueur après le jugement de première instance (cf. ATF 117 IV 369 consid. 15 p. 386).
En l'occurrence, la Cour pénale a statué en appel. Elle devait par conséquent appliquer le nouveau droit s'il était plus favorable au recourant.
2.2 Pour déterminer quel est le droit le plus favorable, il y a lieu d'examiner l'ancien et le nouveau droit dans leur ensemble et de comparer les résultats auxquels ils conduisent dans le cas concret (ATF 114 IV 81 consid. 3b p. 82). Le nouveau droit ne doit être appliqué que s'il conduit effectivement à un résultat plus favorable au condamné. Par ailleurs, l'ancien et le nouveau droit ne peuvent être combinés. Ainsi, on ne saurait, à raison d'un seul et même état de fait, appliquer l'ancien droit pour déterminer quelle infraction a été commise et le nouveau droit pour décider si et comment l'auteur doit être puni. Si l'un et l'autre droit conduisent au même résultat, c'est l'ancien droit qui est applicable (cf. arrêt 6B_14/2007 du 17 avril 2007 consid. 4.2).
En l'espèce, il n'est pas contesté que seule entre en ligne de compte, en cas de condamnation du recourant en application du nouveau droit, une peine pécuniaire de quinze jours-amende, avec sursis. Or, cette sanction est plus favorable à l'intéressé que l'emprisonnement, avec ou sans sursis, et que l'amende, nécessairement ferme de l'ancien droit (cf. art. 125 CP dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006; arrêt attaqué p. 32; arrêt 6B_175/2007 du 24 août 2007 consid. 3). C'est donc à juste titre que la Cour cantonale a appliqué les nouvelles dispositions pénales.
3. Le recourant a été condamné pour lésions corporelles graves par négligence au sens de l'art. 125 CP. Cette disposition prévoit que celui qui, par négligence, aura fait subir à une personne une atteinte à l'intégrité corporelle ou à la santé sera, sur plainte, puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire (al. 1). Si la lésion est grave le délinquant sera poursuivi d'office (al. 2).
3.1 Le recourant nie la gravité des lésions corporelles subies par la victime. Il relève que l'état de santé préexistant de cette dernière a pu influer sur la survenance et les conséquences de l'accident et reproche aux autorités cantonales de ne pas avoir ordonné d'expertise à ce sujet.
3.1.1 Sont graves au sens de l'art. 125 al. 2 CP, les lésions corporelles qui satisfont aux exigences de l'art. 122 CP (ATF 93 IV 12). Cette disposition réprime celui qui, intentionnellement, aura blessé une personne de façon à mettre sa vie en danger (al. 1), aura mutilé le corps d'une personne, un de ses membres ou un de ses organes importants ou causé à une personne une incapacité de travail, une infirmité ou une maladie mentale permanentes, aura défiguré une personne de façon grave et permanente (al. 2), aura fait subir à une personne toute autre atteinte grave à l'intégrité corporelle ou à la santé physique ou mentale (al. 3).
L'art. 122 CP énumère ainsi diverses hypothèses dans lesquelles les lésions corporelles graves doivent être retenues (al. 1 et 2), avant d'énoncer une clause générale (al. 3). Celle-ci a pour but d'englober les cas de lésions du corps humain ou de maladies, qui ne sont pas cités par l'art. 122 CP, mais qui entraînent néanmoins des conséquences graves sous la forme de plusieurs mois d'hospitalisation, de longues et graves souffrances ou de nombreux mois d'incapacité de travail (ATF 124 IV 53 consid. 2 p. 56 s.). Il faut procéder à une appréciation globale et plusieurs atteintes, dont chacune d'elles est insuffisante en soi, peuvent contribuer à former un tout représentant une lésion grave (A. Roth, in Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, ad art. 122 n° 19 p. 129 s.; B. Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. I, ad art. 122 n° 12 p. 131).
Comme la notion de lésions corporelles graves est une notion juridique indéterminée, la jurisprudence reconnaît, dans les cas limites, une certaine marge d'appréciation au juge du fait. Dans ces circonstances, le Tribunal fédéral s'impose une certaine réserve dans la critique de l'interprétation faite par l'autorité cantonale, dont il ne s'écarte que si cela s'avère nécessaire (cf. ATF 115 IV 17 consid. 2b p. 20).
3.1.2 En affirmant que l'invalidité préexistante de la victime a pu jouer un rôle dans la survenance ou les conséquences de l'accident, le recourant se contente de nier les constatations cantonales, établies sur la base des certificats médicaux du Dr B._, sans démontrer en quoi celles-ci auraient été établies de manière arbitraire, conformément aux exigences posées par l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 1). Sa critique est dès lors irrecevable.
Pour le reste, il ne ressort pas de la décision entreprise que le recourant aurait requis, devant les autorités cantonales, une expertise quant aux conséquences de l'invalidité de la victime sur l'accident. Invoqué pour la première fois devant le Tribunal fédéral dans le cadre d'un recours de droit pénal soumis à l'exigence de l'épuisement préalable des instances cantonales (art. 80 al. 1 LTF), ce moyen est nouveau et, partant, irrecevable (cf. arrêt 6B_317/2007 non publié du Tribunal fédéral du 16 octobre 2007; ATF 119 Ia 88 consid. 1a p. 90 s.).
3.1.3 Selon les constatations cantonales qui lient l'autorité de céans (cf. supra consid. 1), la victime a été hospitalisée durant seize jours. Certes, sa vie n'a pas été concrètement mise en danger. Elle a cependant subi des contusions diverses et une fracture de la vertèbre L1 instable qui a nécessité une intervention neuro-orthopédique avec mise en place d'une arthrodèse lombaire par un implant et une greffe postéro-latérale bilatérale. Elle a dû ensuite observer, pendant trois mois, une immobilisation stricte sous corset avant l'ablation progressive de celui-ci. Elle a été soumise à un traitement médicamenteux et a dû entreprendre une rééducation du dos qui a mis en évidence la persistance d'un syndrome rachidien lombaire susceptible d'être atténué, à défaut d'être totalement résorbé, par des mesures de rééducation. Dans son rapport du 5 avril 2005, le Dr B._, spécialiste en maladies rhumatismales, a constaté la persistance d'un état douloureux et une perte de mobilité rachidienne due à la mise en place de l'implant vertébral. A son avis, la victime subissait un dommage permanent et devait être réopérée, dans un délai d'une année, pour l'ablation du matériel d'ostéosynthèse. Précisant que sa patiente était invalide pour des motifs étrangers à l'accident, il a estimé que l'incapacité de travail motivée par l'accident était de 100 % du 25 février 2004 au 11 février 2005. Dans son rapport du 6 juillet 2007, ce médecin a confirmé ses précédentes constatations. Il a précisé qu'une nouvelle intervention n'était plus d'actualité mais pouvait s'avérer nécessaire à tout moment selon l'évolution de la patiente. Il a attesté d'une incapacité totale de travailler d'une année, précisant que la situation de rentière AI à 100 % de la victime était totalement étrangère aux conséquences de l'accident du 25 février 2004. Cette dernière a confirmé qu'en raison des blessures subies, elle était encore limitée dans sa mobilité dans la vie de tous les jours, qu'elle avait dû poursuivre des séances de physiothérapie et prendre quotidiennement des médicaments, car elle ressentait toujours des douleurs.
Au regard de l'ensemble de ces éléments et plus particulièrement de l'hospitalisation suivie d'une immobilisation stricte de trois mois, de l'incapacité totale de travail d'une année, des douleurs persistantes, des traitements physiothérapeutiques et médicamenteux poursuivis encore plus de trois ans après l'accident, la Cour pénale n'a pas violé le droit fédéral en qualifiant de graves les lésions subies par la victime.
3.2 Le recourant conteste sa position de garant et une violation fautive de ses obligations. En bref, il soutient que, pour la phase de vidange des Eco-points, la responsabilité incombait exclusivement à B._ SA en tant qu'entreprise spécialisée, dont il n'avait pas à surveiller le travail et qui ne lui avait jamais fait part d'un quelconque problème.
3.2.1 L'art. 12 al. 3 CP définit la négligence comme une imprévoyance coupable dont fait preuve celui qui, ne se rendant pas compte des conséquences de son acte ou n'en tenant pas compte, agit sans user des précautions commandées par les circonstances et sa situation personnelle. Pour qu'il y ait négligence, il faut donc, en premier lieu, que l'auteur ait violé les règles de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et que, d'autre part, il n'ait pas prêté l'attention ou fait les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à son devoir (ATF 122 IV 17 consid. 2b p. 19 s.).
3.2.1.1 Un comportement viole le devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui et qu'il a simultanément dépassé les limites du risque admissible. Pour déterminer plus précisément quels étaient les devoirs imposés par la prudence, on peut se référer à des normes édictées par l'ordre juridique pour assurer la sécurité et éviter des accidents. A défaut de dispositions légales ou réglementaires, on peut se référer à des règles analogues émanant d'associations privées ou semi-publiques lorsqu'elles sont généralement reconnues. La violation des devoirs de la prudence peut aussi être déduite des principes généraux, si aucune règle spéciale de sécurité n'a été violée (ATF 129 IV 119 consid. 2.1 p. 121; 127 IV 62 consid. 2d p. 65; 126 IV 13 consid. 7a/bb p. 17; 122 IV 17 consid. 2b/aa p. 20).
La violation d'un devoir de prudence est fautive, lorsque l'on peut reprocher à l'auteur, compte tenu de ses circonstances personnelles, de n'avoir pas déployé l'attention et les efforts qu'on pouvait attendre de lui pour se conformer à son devoir de prudence, autrement dit d'avoir fait preuve d'un manque d'effort blâmable (ATF 129 IV 119 consid. 2.1 p. 121; 122 IV 17 consid. 2b p. 19; 121 IV 207 consid. 2a p. 211).
3.2.1.2 Les lésions corporelles par négligence constituent une infraction de résultat, qui suppose en général une action, mais qui, conformément à l'art. 11 al. 1 CP, peut aussi être réalisée par le fait d'un comportement passif contraire à une obligation d'agir. Selon l'art. 11 al. 2 CP, reste passif en violation d'une obligation d'agir celui qui n'empêche pas la mise en danger ou la lésion d'un bien juridique protégé par la loi pénale bien qu'il y soit tenu à raison de sa situation juridique, notamment en vertu: de la loi (let. a), d'un contrat (let. b), d'une communauté de risques librement consentie (let. c), de la création d'un risque (let. d). L'art. 11 al. 3 CP précise que celui qui reste passif en violation d'une obligation d'agir n'est punissable à raison de l'infraction considérée que si, compte tenu des circonstances, il encourt le même reproche que s'il avait commis cette infraction par un comportement actif.
L'al. 1 de cette disposition codifie la jurisprudence selon laquelle les infractions par négligence peuvent aussi être réalisées par omission, dans la mesure où l'auteur avait un devoir juridique d'agir découlant d'une position de garant. L'al. 2 énonce une liste non exhaustive des différentes sources de la position de garant. L'al. 3 pose la condition de l'équivalence. Ainsi, selon cette norme, une infraction de commission par omission est réalisée lorsque la survenance du résultat que l'auteur s'est abstenu d'empêcher constitue une infraction, que ce dernier aurait effectivement pu éviter le résultat par son action et qu'en raison de sa situation juridique particulière, il y était à ce point obligé que son omission apparaît comparable au fait de provoquer le résultat par un comportement actif (cf. ATF 117 IV 131 consid. 2a p. 132 s.; 113 IV 68 consid. 5a p. 72).
Pour déterminer si un délit d'omission improprement dit est réalisé, il y a tout d'abord lieu d'examiner si la personne à laquelle l'infraction est imputée se trouvait dans une situation de garant (cf. infra consid. 3.2.3). Ce n'est que si tel est le cas que l'on peut établir l'étendue du devoir de diligence qui découle de cette position de garant et quels actes concrets l'intéressé était tenu d'accomplir en raison de ce devoir de diligence (cf. infra consid. 3.2.4). Lorsque l'auteur a omis de faire un acte qu'il était juridiquement tenu d'accomplir, il faut encore se demander si cette omission peut lui être imputée à faute (cf. infra consid. 3.2.5).
3.2.2 L'arrêt attaqué fait grief au recourant de ne pas avoir veillé à ce que les mesures de sécurité nécessaires pour prévenir les risques prévisibles liés à un usage normal du domaine public soient prises par le délégataire, ni surveillé ponctuellement le respect de ces mesures de sécurité. Ce sont ainsi clairement des omissions qui lui sont reprochées.
3.2.3 Il résulte de la décision entreprise que le recourant est chef du Service des travaux publics de la Municipalité de Porrentruy. Selon son cahier des charges, il assume la direction et la surveillance du Service des travaux publics ainsi que tous les travaux courants; ses tâches comprennent notamment la surveillance générale de la voirie ainsi que l'établissement des programmes de travail du personnel de la voirie, la direction du service immobilier de la commune, la collaboration avec les autres services pour tous les travaux exécutés sur le territoire de la commune, la surveillance du dépôt des ordures et autres matériaux, ainsi que la surveillance de manière générale des travaux confiés à des entreprises privées.
D'après le règlement d'organisation et d'administration de la commune municipale de Porrentruy (ROAC), le Service des travaux publics assume notamment la gestion des dossiers relevant des travaux publics, de la voirie, de l'environnement, des ouvrages publics et des bâtiments communaux ainsi que la direction et la surveillance générale de la voirie et des chantiers (art. 54).
Au regard du cahier des charges de l'intéressé et du règlement précité, le recourant assumait une position de garant.
3.2.4 Une fosse en béton d'une profondeur de 2 mètres 50, qui est laissée ouverte sur le domaine public durant la journée et n'est pas d'emblée visible par toute personne usant normalement des lieux requiert, conformément aux règles élémentaires de prudence, la mise en place d'un dispositif de sécurité adéquat. Celui-ci peut consister en une protection solide entourant de tous côtés l'ouverture de la fosse ou en une signalisation par des panneaux apparents. En effet, à propos des obstacles momentanés n'entravant le flux du trafic que temporairement et irrégulièrement, la publication intitulée "sécurité au travail" de la SUVA, valable pour toutes les entreprises assujetties à la LAA, mentionne qu'on peut prévenir le danger de ces obstacles, entre autres, par une signalisation particulièrement apparente. La publication SUVA "ouverture dans les planchers, parois et places de chargement et déchargement", mentionne, au titre de règles fondamentales, que les points de chute doivent être protégés par des entourages fixes de un mètre de hauteur au moins ou par des dispositifs équivalents. Elle prévoit également que les places de chargement et de déchargement doivent être aménagées de manière que les marchandises puissent être chargées et déchargées en toute sécurité et qu'elles ne représentent aucun danger de chute pour le personnel et pour la charge.
Selon les faits établis, l'intéressé s'est rendu une fois sur place pour examiner comment B._ SA effectuait son travail. Toutefois, il n'a rien retiré de particulier de cette visite. Ce n'est qu'après l'accident du 25 février 2004 qu'il a constaté que l'entreprise ne prenait pas les mesures de sécurité nécessaires. Or, conformément à son cahier des charges, le recourant assume la surveillance de la voirie et d'une manière générale des travaux confiés à des entreprises privées. Dans cette mesure, il devait surveiller, de manière ponctuelle, le travail effectué par l'entreprise B._ SA, détecter les risques existants et prendre les mesures nécessaires à la sécurité de l'aire de recyclage ou exiger de l'entrepreneur qu'il les prenne. Il n'a cependant procédé qu'à un seul contrôle, n'a décelé aucun problème dans le travail de l'entreprise mandatée, ni exigé les mesures de protection nécessaire. Il a ainsi omis l'accomplissement d'actes qu'il était juridiquement tenu d'accomplir. Il a donc violé, par omission, les devoirs de prudence qui lui incombaient.
3.2.5 L'arrêt attaqué constate que le recourant est au bénéfice d'une formation d'ingénieur civil et exerce la fonction de chef du Service des travaux publics auprès de la Municipalité de Porrentruy depuis 1994. De plus, il connaissait parfaitement son cahier des charges et l'existence de norme de sécurité. Partant, il disposait des connaissances personnelles nécessaires pour se conformer au devoir de prudence raisonnablement exigible de sa part. Son omission lui est par conséquent imputable à faute.
3.3 Le recourant se prévaut de l'interruption du lien de causalité en raison du comportement de la victime.
3.3.1 En cas d'omission, la question de la causalité ne se présente pas de la même manière qu'en cas de commission (ATF 117 IV 130 consid. 2a p. 133 et les arrêts cités); l'omission d'un acte est en relation de causalité naturelle avec le résultat de l'infraction présumée si l'accomplissement de l'acte eût empêché la survenance de ce résultat avec une vraisemblance confinant à la certitude ou, du moins, avec une haute vraisemblance (ATF 116 IV 306 consid. 2a p. 310; cf. également ATF 121 IV 286 consid. 4c p. 292, 118 IV 130 consid. 6a p. 141); elle est en relation de causalité adéquate avec le résultat si l'accomplissement de l'acte omis aurait, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, évité la survenance de ce résultat (ATF 117 IV 130 consid. 2a p. 133).
La causalité adéquate peut être exclue, l'enchaînement des faits perdant sa portée juridique, si une autre cause concomitante, par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou d'un tiers, constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire, que l'on ne pouvait pas s'y attendre. L'imprévisibilité d'un acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le rapport de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à l'amener et notamment le comportement de l'auteur (ATF 121 IV 10 consid. 3, 207 consid. 2a p. 213; 120 IV 300 consid. 3e p. 312).
3.3.2 Compte tenu de l'absence totale de toute signalisation de la fosse dès la phase initiale de la mise en exploitation du centre de déchets, il est hautement vraisemblable que le recourant, s'il avait surveillé, de manière ponctuelle, le travail de l'entreprise B._ SA, aurait remarqué l'absence de toutes mesures de protection et aurait exigé une sécurité adéquate, de sorte que l'accident ne se serait pas produit. Par ailleurs, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, le fait que le maître de l'ouvrage exige des mesures pour sécuriser un trou ouvert au domaine public durant la journée est propre à éviter qu'un accident ne survienne. Il existe donc un rapport de causalité naturelle et adéquate entre l'omission relevée et le résultat qui s'est produit.
Le fait que la victime ait vu le camion et se soit glissée dans un passage de 60 à 65 cm, pour passer entre l'avant du véhicule et la barrière entourant la déchetterie, ne constitue pas un comportement si imprévisible ou extraordinaire que l'on ne pouvait s'y attendre. En effet, en amenant ses déchets au centre de tri, l'intimée accomplissait un acte ordinaire qui n'exige pas une attention particulière. De plus, la configuration des lieux, en raison de la présence des piliers en béton du pont suspendu et d'un muret en bois bordant les containers, empêche les usagers empruntant le même cheminement que la victime de voir d'emblée la fosse en question. Enfin, la présence et le bruit de la grue et du camion détournent l'attention des usagers et constituent davantage, contrairement à ce que pense le recourant, un facteur de risque de chute. Ce danger est d'autant plus élevé qu'il ne tombe pas sous le sens de tout usager que la vidange de ces containers impose de les sortir de leur cuve et de laisser ouverte une fosse de 2 mètres 50 de profondeur, sans protection aucune.
3.4 Sur le vu de ce qui précède, les conditions de l'art. 125 CP sont réalisées. La condamnation du recourant pour lésions corporelles graves par négligence ne viole donc pas le droit fédéral.
Le recourant invoque également l'arbitraire et la violation du principe in dubio pro reo. Il n'étaye cependant pas ces griefs par une motivation distincte de celle qu'il présente à l'appui de la violation des art. 11 et 125 CP. Dans la mesure où il entendrait néanmoins en faire des griefs séparés, ceux-ci seraient dès lors irrecevables, faute d'être motivés conformément aux exigences légales (cf. supra consid. 1).
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité et le recourant, qui succombe, supportera les frais (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Procureur général du canton du Jura et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 15 novembre 2007
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: