Faits:
A. A.X._, de nationalité suisse, a été domicilié en France, dans la commune de Habère-Lullin, jusqu'au 30 novembre 2003, avec son épouse et leurs deux enfants. En 2003, il a réalisé un revenu d'activité dépendante de 93'069 fr. 80 sur lequel un montant de 9'772 fr. 30 a été retenu au titre de l'impôt à la source.
Le 1er décembre 2003, A.X._ a pris un nouveau domicile à Genève pour des raisons professionnelles sans se séparer de son épouse. Le 11 avril 2004, il a demandé à l'Administration fiscale cantonale la rectification de la retenue à la source effectuée par son employeur en 2003.
Le 5 juillet 2004, le contribuable a été taxé en imposition ordinaire pour le mois de décembre 2003. L'impôt dû s'élevait à 206 fr. 95 pour le canton et la commune et à 27 fr. 85 pour la Confédération, soit un total de 234 fr. 80.
Par décision du 4 octobre 2004, l'Administration fiscale cantonale a rectifié l'impôt à la source 2003 en défaveur du contribuable. L'impôt à la source était fixé du 1er janvier au 30 novembre 2003. Aucune charge de famille n'était admise. L'impôt dû était porté à 15'428 fr. 50, soit un solde en défaveur du contribuable de 5'681 fr. 20. Le 1er novembre 2004, A.X._ a déposé une réclamation contre cette décision auprès de l'Administration fiscale cantonale.
Le 18 août 2005, l'Administration fiscale cantonale a statué sur la réclamation du 1er novembre 2004 dirigée contre l'impôt à la source pour la période du 1er janvier au 30 novembre 2003 et réduit l'impôt dû à 8'232 fr. 55.
Le 14 septembre 2005, A.X._ a interjeté recours contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue depuis lors la commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après : la Commission de recours). Par décision du 28 janvier 2008, la Commission de recours a déclaré irrecevables les conclusions relatives à la reconnaissance d'un domicile alternant et rejeté le recours pour le surplus. Elle a en outre condamné A.X._ à un émolument de 500 fr.
Le 6 mars 2008, A.X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif.
B. Par arrêt du 1er décembre 2009, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours dans la mesure où il était recevable et annulé les décisions de la Commission de recours du 28 janvier 2008, de l'Administration fiscale cantonale rendue sur réclamation le 18 août 2005 et de taxation du 4 octobre 2004. Il a renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a retenu qu'en annualisant l'impôt fixé pour la période du 1er janvier au 30 novembre 2003 (8'232 fr. 55), l'impôt à la source s'élevait à 8'981 fr. et qu'en effectuant la même démarche pour l'imposition ordinaire de décembre 2003 (234 fr. 80), l'impôt ordinaire total s'élevait à 2'817 fr. 60, soit une différence entre les deux modes d'imposition, pour la même année et les mêmes revenus, de 6'163 fr.40. L'impôt à la source était, selon son calcul, trois fois supérieur à celui fixé sur la base d'un régime d'imposition ordinaire uniquement en raison du changement de résidence, ce qui était arbitraire et violait l'art. 9 Cst. La cause devait être renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle adapte la taxation à la capacité contributive de A.X._.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 1er décembre 2009 par le Tribunal administratif du canton de Genève fondé sur des faits établis de façon manifestement inexacte et en violation du droit.
Le Tribunal administratif et la Commission de recours ont renoncé à déposer des observations sur recours. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours. A.X._, par la voie de son mandataire, expose ne pas pouvoir s'opposer à ce recours et souhaite ne pas avoir à supporter les frais de justice.
Considérant en droit:
1. 1.1 D'après l'art. 139 al. 2 de la loi du 1 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), lorsque la retenue litigieuse d'impôt à la source repose aussi bien sur le droit fédéral que sur le droit cantonal, le droit cantonal peut, dans ses dispositions d'exécution, prévoir que la procédure de réclamation et celle devant la commission cantonale de recours sont régies par les dispositions cantonales de procédure déterminantes pour la contestation et le réexamen des décisions relatives aux impôts cantonaux perçus à la source. Le canton de Genève a fait usage de cette possibilité (art. 24 de la loi du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales [LISP; RSGE D 3 20]), ce qui explique que l'Administration fiscale cantonale n'a rendu qu'une décision de taxation comprenant l'impôt à la source fédéral, cantonal et communal (cf. également l'art. 17 LISP). Il n'y a par conséquent pas lieu de distinguer, comme l'exige la jurisprudence en matière d'impôt direct ordinaire (cf. ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511), l'examen de l'impôt fédéral direct de celui de l'impôt cantonal et communal harmonisé, le recours en matière de droit public étant ouvert dans les deux cas pour violation du droit fédéral.
1.2 Déposé en temps utile et dans les formes prévues par la loi (art. 100 al. 1 et 106 al. 2 LTF) par l'Administration fiscale cantonale qui a qualité pour recourir (art. 73 al. 2 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]) contre une décision finale prise en dernière instance cantonale supérieure, qui ne peut pas être attaquée devant le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 33 let. i LTAF), le présent recours est en principe recevable pour violation du droit fédéral.
2. Invoquant les art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, la recourante se plaint de l'établissement manifestement inexact des faits.
2.1 L'art. 97 al. 1 LTF prévoit que le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que la partie recourante doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.).
2.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a qualifié d'arbitraire l'arrêt de la Commission de recours après avoir constaté que pour la même année et les mêmes revenus, l'impôt à la source était trois fois supérieur à celui fixé sur la base d'un régime d'imposition ordinaire uniquement en raison du changement de résidence.
La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir établi la comparaison non pas sur le même revenu, mais sur des revenus différents en raison de son oubli de prendre en compte la pièce 14 versée au dossier par l'intimé en procédure cantonale. Cette pièce est une déclaration d'impôt spontanée de l'intimé pour 2003 datée de février 2008 indiquant un revenu imposable de 93'070 fr. (arrondi). Elle fait remarquer à juste titre à cet égard que le montant de l'impôt à la source 2003 prenait en considération un revenu de 93'069 fr. 80, tandis que l'imposition ordinaire 2003, deuxième terme de la comparaison menée par le Tribunal administratif, se fondait sur le revenu d'un montant de 76'721 fr. tel qu'il ressortait de la déclaration d'impôt 2003 de l'intimé datée du 11 avril 2004. La recourante démontre qu'en annualisant l'impôt fixé pour la période du 1er décembre au 31 décembre 2003 (fondé sur un revenu de 93'070, soit de 482 fr. 55), l'impôt ordinaire 2003 s'élèverait à 8'498 fr. 40, de sorte que la différence entre les deux modes d'imposition n'atteindrait que 482 fr. 55 au lieu des 6'163 fr.40, retenus par le Tribunal administratif pour déclarer l'imposition à la source arbitraire. Elle en conclut que la différence - minime - ne saurait être qualifiée d'arbitraire sur cette base.
Il est pour le moins surprenant que l'intimé ait pu déclarer pour la même année 2003 des salaires provenant du même employeur dont les montants ont varié dans le temps (76'721 en avril 2004 et 93'070 en février 2008). Les certificats de salaires établis par l'employeur de l'intimé que l'Administration fédérale des contributions a produit avec ses observations sur recours confirment que les deux montants sont différents. Il n'est pas nécessaire de déterminer ici lequel des deux certificats de salaire reflète la réalité. Il suffit de constater, à l'instar de la recourante, que, dans le dossier du Tribunal administratif, figuraient des pièces mettant en lumière des montants de salaire différents pour la même période fiscale. Du moment que le Tribunal administratif avait décidé de procéder à la comparaison de la cote d'impôt résultant des deux modes d'imposition pour 2003, il ne pouvait pas omettre de vérifier que celle-ci se fondait bien, comme il l'affirmait - à tort - dans l'arrêt attaqué, sur les mêmes revenus. Il aurait alors été confronté aux pièces qui figuraient au dossier et dont le contenu était divergeant. Il aurait dû trancher ce point.
En affirmant que la comparaison qu'il avait effectuée se fondait sur les mêmes revenus, alors que les pièces du dossier laissaient subsister un véritable doute en raison des montants différents qu'elles relataient, le Tribunal administratif a constaté les faits de manière manifestement inexacte, ce qui a de toute évidence eu une influence sur le sort du recours déposé devant la dernière instance cantonale.
3. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt rendu le 1er décembre 2009 par le Tribunal administratif. La cause est renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision après instruction de la cause.
Les frais de procédure sont mis à la charge de A.X._ qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens au canton de Genève qui a obtenu gain de cause dans l'exercice de ses attributions officielles en matière d'impôt (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Partant, l'arrêt rendu le 1er décembre 2009 par le Tribunal administratif est annulé et la cause lui est renvoyée pour nouvelle décision après instruction complémentaire dans le sens des considérants.
2. Les frais de justice, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de A.X._.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 18 août 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey