Sachverhalt:
A. Die Anklage warf D._ unter anderem vor, er habe als Leiter der Abteilung Administration einer N._-Fabrikationsanlage fingierte Lieferanten-Rechnungen selbst erstellt oder erstellen und auf Konti von Begünstigten vergüten lassen. Zudem habe er Umsatzboni von Temporärvermittlungsfirmen für sich behalten und für seine Lebenspartnerin fiktive Arbeitszeiten erfasst.
Das Obergericht des Kantons Zürich verurteilte D._ am 24. Januar 2006 zweitinstanzlich wegen mehrfacher Veruntreuung, gewerbsmässigen Betrugs und mehrfacher Urkundenfälschung zu 2 1⁄2 Jahren Zuchthaus. Gleichzeitig verpflichtete es ihn, dem Staat als Ersatz für den nicht mehr vorhandenen widerrechtlich erlangten Vermögensvorteil Fr. 1'493'575.85 zu zahlen, der den Geschädigten als Schadenersatz zugesprochen wurde.
B. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hiess am 22. März 2007 eine Nichtigkeitsbeschwerde des Verurteilten teilweise gut und hob die Dispositivziffern betreffend die Strafe sowie eine Kosten- und eine Entschädigungsfrage auf.
Diesen Entscheid focht D._ beim Bundesgericht an, das auf die Beschwerde am 11. Oktober 2007 nicht eintrat.
Das Obergericht bestrafte ihn am 26. Juni 2008 mit einer bedingten Freiheitsstrafe von zwei Jahren und bestätigte im Übrigen sein Urteil vom 24. Januar 2006.
C. D._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt im Wesentlichen, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, es sei eine bedingte Freiheitsstrafe von höchstens 18 Monaten auszusprechen und die Ersatzforderung respektive der Schadenersatz seien auf Fr. 230'000.-- festzulegen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe schon während der Untersuchung wie auch vor Gericht darauf hingewiesen, dass er den weitaus grösseren Teil des erlangten Geldes in eine schwarze Kasse der Fabrik gelegt habe, woraus mit Wissen und Einverständnis seines Vorgesetzten Ausgaben des Betriebs bezahlt worden seien. Nur einen kleineren Teil habe er für sich persönlich verwendet. Dem polizeilichen Sachbearbeiter habe er wiederholt erklärt, er könne den Sachverhalt in der Firma sofort klären, man solle mit ihm ins Büro gehen, was aber nie geschehen sei.
Die Behörden hätten nur bei ihm zu Hause eine Hausdurchsuchung vorgenommen, nicht aber an seinem Arbeitsort. Wegen dieser Unterlassung seien sein Laptop mit allen Aufzeichnungen und die drei schwarzen Ordner mit Unterlagen zur schwarzen Kasse nicht in die Untersuchung miteinbezogen worden. Durch dieses pflichtwidrige Vorgehen habe ihm die Behörde die Einsicht in seine Unterlagen unwiederbringlich verunmöglicht, wodurch er in einen Beweisnotstand geraten sei. Denn so habe er sich gegen den Vorwurf nicht wehren können, es sei eine blosse Schutzbehauptung, dass er die Gelder für die Firma verwendet habe.
Indem die Vorinstanz eine solche Untersuchung geschützt habe, verletze der angefochtene Entscheid das Fairnessprinzip unter den Aspekten der Wahrheits-/Ermittlungspflicht, der Waffengleichheit und der Parteirechte sowie das Willkürverbot (§§ 14 und 31 StPO/ZH, Art. 6 Ziff. 1 EMRK, Art. 29 Abs. 1 und 2 sowie Art. 9 BV).
1.1 § 31 der Zürcher Strafprozessordnung (StPO/ZH) lautet:
"Der Untersuchungsbeamte soll den belastenden und den entlastenden Tatsachen mit gleicher Sorgfalt nachforschen."
In der Literatur wird aus dieser Bestimmung abgeleitet, dass der Untersuchungsbeamte innerlich offen sein müsse auch für andere denkbare Geschehensabläufe als die anfängliche These von Tat und Täter. Zwar sei den belastenden und den entlastenden Momenten von Amtes wegen nachzugehen. Doch sei es naheliegend, dass die Anregung, gewisse entlastende Umstände abzuklären, von einem Verfahrensbeteiligten, vor allem dem Angeschuldigten oder Geschädigten stamme und häufig mit konkreten Beweisanträgen verbunden sei. Angesichts der relativen Bedeutung der Untersuchung für das Strafurteil nehme die Praxis eine Verletzung dieser Norm nur an, "wenn die Untersuchungsbehörde es in offensichtlich stossender Weise unterlasse, sich aufdrängende Entlastungsbeweise abzunehmen". Falls indessen "wegen der Untätigkeit der Untersuchungsbehörde für den Angeklagten ein eigentlicher Beweisnotstand entsteht, kann sich die Annahme zugunsten des Angeklagten rechtfertigen, dass die rechtzeitige Beweisabnahme eine Bestätigung der Entlastungsbehauptung gebracht hätte" (Donatsch/Schmid, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919, Zürich 1996, § 31 N. 5 ff.; Küng/Hauri/Brunner, Handkommentar zur Zürcher Strafprozessordnung, Bern 2005, § 31 N. 1 f.).
1.2 Der Beschwerdeführer hat die Glaubhaftigkeit der Aussagen des Untersuchungsbeamten nie in Zweifel gezogen. Dieser bestätigte zwar, dass der Beschwerdeführer bei einzelnen Sachverhalten sagte, er könne das in der Firma zeigen, man solle mit ihm ins Büro. Er brachte aber auch klar zum Ausdruck, dass der Beschwerdeführer entweder seine Mithilfe nicht konkretisierte oder auf Unterlagen hinwies, die an der Unkorrektheit seiner Handlungen nichts änderten. Dass der Beschwerdeführer verlangt hätte, die angeblichen drei schwarzen Ordner beizuziehen, stellte der Untersuchungsbeamte entschieden in Abrede. Bei einzelnen Sachverhalten habe der Beschwerdeführer nach Vorlage der entsprechenden Belege zugegeben, betrügerisch gehandelt zu haben, bei anderen habe er sehr umfangreich zu Protokoll gegeben, weshalb das ausserhalb des Betriebs gemacht worden sei, was jedoch an der Unkorrektheit der Verrechnungen nichts geändert habe (kantonale Akten, Ordner 9, act. 10.6 S. 2-5).
Aus diesen Aussagen erhellt, dass der Beschwerdeführer in seinem Büro dem Untersuchungsbeamten Unterlagen zeigen wollte, die auf die Strafbarkeit seines Handelns keinen Einfluss hatten. Insoweit kann man dem Untersuchungsbeamten auch nicht vorwerfen, er sei entlastenden Beweismitteln nicht nachgegangen. Zur entscheidenden Frage aber, ob die abgezweigten Gelder (auch) für die Firma verwendet worden seien, gab der Beschwerdeführer nicht den geringsten Hinweis.
1.3 Hauptthema der Untersuchung war, ob sich der Beschwerdeführer zu Lasten seiner Firma unrechtmässig bereichert hatte. Folgerichtig wurde in seinem Privatbereich eine Hausdurchsuchung durchgeführt. Ob eine solche auch am Arbeitsplatz wünschenswert gewesen wäre, kann vorliegend offen bleiben. Jedenfalls drängte sich dort keine auf, weil der Beschwerdeführer in dieser Phase der Untersuchung nicht darauf hingewiesen hatte, die fraglichen Gelder zugunsten der Firma verwendet zu haben, was er mit den angeblichen schwarzen Ordnern und seinem Laptop beweisen könne. Für die Untersuchungsbehörde war völlig offen, ob sich am Arbeitsplatz des Beschwerdeführers mehr belastendes oder entlastendes Beweismaterial finden würde. Jedenfalls kann ihr bei dieser Sachlage nicht vorgeworfen werden, in offensichtlich stossender Weise sich aufdrängende Entlastungsbeweise nicht abgenommen zu haben.
Der angebliche Beweisnotstand des Beschwerdeführers ist nicht auf die Untätigkeit der Untersuchungsbehörde zurückzuführen. Vielmehr hat er ihn sich selbst zuzuschreiben, weil er in der frühen Untersuchungsphase die angeblichen Entlastungsbeweise nicht erwähnte.
Damit erweist sich die Rüge einer willkürlichen Anwendung von § 31 StPO/ZH als unbegründet.
1.4 Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Anwendung von § 14 StPO/ZH, weil er in Untersuchungen nicht einbezogen worden sei, die von der Gegenpartei und nicht von den Ermittlungsbehörden vorgenommen worden seien.
Die gerügte Bestimmung befasst sich ausschliesslich mit dem Anspruch des Angeschuldigten, den Einvernahmen von Zeugen usw. beizuwohnen und an sie Fragen zu richten. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, bei welchen Einvernahmen seine Rechte beschnitten worden sein sollen. Mangels rechtsgenüglicher Begründung ist auf sein Vorbringen nicht einzutreten.
1.5 Der Beschwerdeführer beruft sich auf den Grundsatz des fairen Verfahrens. Dazu gehört unter anderem das Recht zu schweigen. Hingegen verbietet er nicht, das Schweigen des Angeklagten in Situationen, die mit Bestimmtheit von ihm zu erläutern wären, zu berücksichtigen, um daraus belastende Elemente zu gewinnen (Hauser/Schweri/ Hartmann, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Auflage, S. 156 N. 20c). Folgerichtig kann ein Angeschuldigter nichts zu seinen Gunsten ableiten, wenn er entlastende Beweismittel nicht nennt, die er aber nennen müsste.
Damit, dass der Beschwerdeführer an seinem Arbeitsplatz eine schwarze Kasse und dazugehörige Ordner mit entlastendem Beweismaterial geführt haben könnte, musste die Untersuchungsbehörde nicht rechnen. Somit wäre er verpflichtet gewesen, darauf hinzuweisen. Unter diesen Umständen hat die Vorinstanz zu Recht festgehalten, der Grundsatz des fairen Verfahrens sei nicht verletzt.
2. Der Beschwerdeführer beanstandet, in der Strafanzeige vom 10. Juli 2000 sei auf eine Dokumentation eines Dritten verwiesen worden, dessen Name in der Eingabe wegretouchiert worden sei. Die Berichte dieser anonymen Gewährsperson, deren Identität bis heute nicht bekannt gegeben worden sei und die nie direkt oder indirekt habe befragt werden können, seien der Strafanzeige beigelegt worden. Der Beschwerdeführer habe sich daher wiederholt darauf berufen. Es widerspreche dem Grundsatz des fairen Verfahrens i.S.v. Art. 6 Ziff. 1 EMRK und § 14 StPO/ZH, dass die schriftlichen Erklärungen dieser Person zu den Akten erhoben und nicht daraus entfernt worden seien, und dass er mit dieser Person nie konfrontiert und ihm nicht ermöglicht worden sei, ihr Fragen zu stellen. Der Umstand, dass nicht nur die Identität dieser Person geschützt worden sei, sondern überhaupt keine Befragung derselben stattgefunden habe, gehe über den Zeugenschutz des § 131a StPO/ZH weit hinaus.
Die erste Instanz hielt dazu fest, die anonymen Aufzeichnungen, die der Anzeige beigelegt waren, seien zur Würdigung des Sachverhalts nicht beigezogen worden (act. 83, S. 57 Ziff. 6.9.2). Dieser Darstellung hat der Beschwerdeführer nichts Wesentliches entgegenzusetzen. So gesteht er selbst zu, dass das Gericht nicht explizit auf diese Berichte abgestellt habe. Im Übrigen stellt er Mutmassungen an, es dränge sich der Verdacht auf, dass die Aufzeichnungen die Ermittlungen stark geprägt und dazu geführt hätten, dass an seinem Arbeitsplatz keine Hausdurchsuchung durchgeführt worden sei. Solche Mutmassungen sind nicht geeignet, die gerügten Verfahrensverletzungen darzutun.
3. Der Beschwerdeführer beanstandet, indem die Vorinstanz den Antrag auf Überprüfung der Buchhaltungen der Beschwerdegegnerinnen bezüglich Teerung eines Vorplatzes abgewiesen habe, habe sie gegen seinen Gehörsanspruch, das Fairnessprinzip und das Willkürverbot (Art. 9 und 29 Abs. 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK) verstossen. Ob er alle gemäss Anklage erlangten Gelder für sich persönlich verbraucht habe, hätte nur bewiesen werden können, wenn "sämtliche nachgewiesenen Auslagen des Beschwerdeführers sämtlichen nachgewiesenen gemäss Anklage erlangten und legalen Einkünften gegenübergestellt" worden wären (Beschwerdeschrift S. 24).
Diese Argumentation geht an der Sache vorbei. Zum Einen war es illusorisch, sämtliche privaten Auslagen des Beschwerdeführers während des fraglichen Zeitraums nachweisen zu können. Zum Andern blendet er völlig aus, dass die Gerichte willkürfrei annehmen durften, sein nachträglicher Einwand, er habe die Gelder zum Teil für die Firma verwendet, sei eine Schutzbehauptung. Die angerufenen Bestimmungen beinhalten kein Recht, unnötige Untersuchungshandlungen durchführen zu müssen. Eine Verfahrensverletzung liegt nicht vor.
Aus denselben Gründen ist auch die Rüge unbegründet, die Vorinstanz habe den Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweislastregel verletzt.
4. Der Beschwerdeführer macht geltend, mehr als zwei Jahre nach Einleitung der Strafuntersuchung habe die Untersuchungsbehörde an seinem ehemaligen Arbeitsplatz ohne dessen Beisein eine Fotodokumentation erstellt und zu den Akten genommen. Etwa ein halbes Jahr später habe ihm der Staatsanwalt vorgehalten, er habe sich im März 2002 am Arbeitsplatz umgesehen, und er zeige ihm nun die Fotodokumentation, die der Polizeifotograf erstellt habe. Weil er bei diesem Augenschein nicht habe teilnehmen können, sei sein Anspruch auf ein faires Verfahren verletzt worden (§ 107 StPO/ZH, Art. 29 BV und Art. 6 EMRK).
Bloss der informellen Orientierung dienende Wahrnehmungen, wie beispielsweise das Aufsuchen des Tatorts durch den Untersuchungsbeamten, stellen keinen Augenschein dar. Die dabei gewonnenen Erkenntnisse dürfen deshalb nicht zur Urteilsgrundlage gemacht, sondern nur dazu verwendet werden, dem Angeschuldigten usw. geeignete Fragen zu stellen (Donatsch/Schmid, a.a.O., § 107 N. 10).
Genau Letzteres geschah aber, als der vorinstanzliche Referent dem Beschwerdeführer die Fotodokumentation vorlegte und ihm dazu Fragen stellte. Dieser behauptet zwar, der ungehaltene Ton des Referenten und sein wiederholtes Nachhaken schlössen dessen Vorbefasstheit nicht aus. Es ist aber das Recht und die Pflicht des Sachrichters, gerade Tätern genau auf den Zahn zu fühlen, die nachträglich ihre Sachdarstellung ändern und selbst bei offensichtlichen Vorhaltungen ausweichend antworten. Dass und inwiefern die Vorinstanz im Urteil davon ausgeht, der Beschwerdeführer habe im vorliegenden Zusammenhang nicht die Wahrheit gesagt, behauptet er selbst nicht. In der Urteilsbegründung ist mehrfach vom Laptop des Beschwerdeführers die Rede, nicht aber von einem Computermonitor mit Tastatur. Die Rüge ist offensichtlich unbegründet.
5. Im Rahmen der Zivilforderung rügt der Beschwerdeführer, er habe sich vor Vorinstanz auf eine Aufstellung über seine Geldzuflüsse berufen. Diese erstrecke sich über rund 13 Jahre und betrage Fr. 1'318'783.20. Demgegenüber erfasse die Anklage lediglich rund 5 Jahre, wobei der Deliktsbetrag Fr. 1'493'575.85 betragen solle. Die Vorinstanz sei mit keinem Wort auf diese Zahlendiskrepanz eingegangen und habe so seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
An Schranken hatte der Beschwerdeführer vorgebracht, bei der Festsetzung der Höhe des Schadenersatzes sei unberücksichtigt geblieben, dass er von 1995 - 2000 Lohn von ca. Fr. 700'000.-- bezogen habe. "Diese Einkünfte sind bei der Berechnung ignoriert worden (act. 40.1.1, in welcher Aufstellung nur Einnahmen, nicht aber Ausgaben berücksichtigt seien"; [act. 100, S. 28]).
Zu den Fr. 700'000.-- hat sich die Vorinstanz ausdrücklich geäussert (angefochtener Entscheid S. 44 Ziff. 2.2). Dass und weshalb die Vorinstanz aufgrund der zitierten Vorbringen zur gerügten Zahlendiskrepanz hätte Stellung nehmen müssen, ist nicht nachvollziehbar. Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf überhaupt einzutreten ist.
6. Nachdem sich alle Verfahrensrügen als unbegründet erwiesen haben, erübrigen sich Erörterungen zur Strafzumessung und zum Zivilpunkt.
Ausgangsgemäss hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Borner