Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) und die Apotheke Y._ GmbH als Mieter schlossen mit der Z._ AG (Vermieterin, heute zufolge Fusion X._ AG, Beschwerdegegnerin) einen Mietvertrag über ein Ladenlokal ab zum Betrieb einer Apotheke. Wegen Zahlungsrückstands der Mieter sprach die Vermieterin per 31. August 2005 eine Kündigung aus. In dem darauffolgenden Ausweisungs- und Kündigungsschutzverfahren schlossen die Parteien einen Vergleich über die Fortsetzung des Mietverhältnisses, in welchem sich die Vermieterin unter Anderem bereit erklärte, auf eine per 31. Oktober 2006 fällige Rate von Fr. 49'123.50 für ausstehende Mietzinse zu verzichten, sofern die Mieter die vereinbarten Raten zur Tilgung der Mietzinsausstände fristgemäss überweisen und kumulativ auch ihre Zahlungs-, Melde- und Abrechnungsverpflichtungen gemäss dem Vergleich erfüllen würden.
B. Da die Mieter nach Auffassung der Vermieterin nicht sämtlichen Pflichten nachgekommen waren, leitete sie für Fr. 49'123.50 Betreibung ein. Sie erhielt provisorische Rechtsöffnung, worauf der Beschwerdeführer Aberkennungsklage einreichte. Nach gescheiterter Schlichtungsverhandlung wies das Bezirksgericht Uster, nachdem ein erstes Urteil wegen formeller Mängel aufgehoben worden war, am 20. Mai 2009 die Aberkennungsklage ab und erklärte die provisorisch erteilte Rechtsöffnung für definitiv. Gleich entschied am 1. September 2009 das Obergericht des Kantons Zürich. Mit Beschwerde in Zivilsachen hält der Beschwerdeführer im Wesentlichen an der Aberkennungsklage fest. Sein Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 22. Oktober 2009 ab. Der Beschwerdeführer suchte mit Schreiben vom 8. November 2009 persönlich um unentgeltliche Rechtspflege nach, leistete aber schliesslich den verlangten Kostenvorschuss. Die Beschwerdegegnerin schliesst im Wesentlichen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hielt unter Hinweis auf das Urteil des Mietgerichts fest, die Mieter hätten, wie im Vergleich verlangt, fristgerecht Fr. 50'000.-- an die ausstehenden Mietzinsschulden geleistet und die monatlichen Mietzinsen bis Ablauf des Mietverhältnisses ordnungsgemäss bezahlt. Darüber hinaus seien die Mieter verpflichtet gewesen, der Vermieterin die von ihnen pro Quartal erzielten Umsätze jeweils bis zum 10. Tag des Folgemonats schriftlich zu melden und ihr bis zum 10. Oktober 2006 eine Abrechnung der Umsatzmiete zu erstatten, umfassend den von ihnen in der Periode 1. Oktober 2005 bis 30. September 2006 erzielten Gesamtumsatz. Mit Schreiben vom 6. Oktober 2006 sei die Frist für die Abrechnung bis zum 13. Oktober 2006 verlängert worden. Erst am 14. November 2006, also einen Monat nach Ablauf der gesetzten Frist, hätten die Mieter der Vermieterin per E-Mail eine Darstellung der Umsatzzahlen Oktober 2005 bis September 2006 zugesandt. Dies erachteten die kantonalen Instanzen einerseits als verspätet und andererseits für formell (mangelnde Unterschrift) und inhaltlich (keine eigentliche Abrechnung des aufgrund des Umsatzes allenfalls geschuldeten Mietzinses) ungenügend. Sie hielten daher die Forderung der Beschwerdegegnerin für ausgewiesen.
1.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe sich zu Unrecht auf die Frage beschränkt, ob die Mieter die im Vergleich vorgesehenen Bedingungen erfüllt hatten, statt zu prüfen, ob die Beschwerdegegnerin, auch mit Blick auf das Rechtsmissbrauchsverbot, überhaupt die Erfüllung sämtlicher Bedingungen habe verlangen dürfen. Er rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung von Art. 274d Abs. 3 OR sowie seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV). Bereits in der Verhandlung vor Mietgericht habe er den Antrag gestellt, eine schriftliche Replik einzureichen. Dieser Antrag sei abgelehnt worden. Die kantonalen Instanzen hätten sowohl die Umstände ausser Acht gelassen, die zum Abschluss des Vergleichs geführt hätten, als auch das dabei zwischen den Parteien bestehende Ungleichgewicht. Der Beschwerdeführer hätte bei wirksamer Kündigung wegen Zahlungsverzugs seine einzige Einkommensquelle verloren und bei einem allfälligen Leerstand riskiert, schadenersatzpflichtig zu werden. Ende des Jahres 2007 sei es zwischen den Parteien zum Streit um die Beendigung des Mietverhältnisses gekommen. Die Beschwerdegegnerin habe die geltend gemachte Forderung als Druckmittel benützt, um den Beschwerdeführer zu einem vorzeitigen Auszug zu bewegen.
1.1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz gehe davon aus, die Beschwerdegegnerin habe nie verlangt, dass die Abrechnungen auf einer geprüften Rechnung basierten. Hätten die kantonalen Instanzen den Sachverhalt richtig abgeklärt, hätte sich aber ergeben, dass die Beschwerdegegnerin sehr wohl eine geprüfte Abrechnung verlangt habe, was aus einem E-mail vom 21. Februar 2009 hervorgehe. Es sei objektiv unmöglich gewesen, die verlangten Unterlagen termingerecht zu liefern, was ein vom Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren beantragtes Gutachten, welches nicht angeordnet worden sei, ohne Weiteres bewiesen hätte. Selbst wenn die verlangte Abrechnung aber objektiv termingerecht hätte erstellt werden können, sei ihr im Kontext sämtlicher Voraussetzungen für den Forderungsverzicht eine absolut untergeordnete Rolle zugekommen. Das Bestehen auf einer Jahresrechnung sei bei Vorliegen sämtlicher dafür erforderlichen Daten überflüssig und damit rechtsmissbräuchlich.
1.1.2 Die Beschwerdegegnerin habe selbst erkennen müssen, dass die Erfüllung der Bedingung betreffend Umsatzmeldung innert der von ihr vorgeschriebenen Frist gar nicht möglich gewesen sei. Deshalb habe sie sich auch wiederholt für die prompte Zustellung der entsprechenden Zahlen bedankt. Sie habe nicht an der Erfüllung der Bedingung betreffend Umsatzmeldung festgehalten und sogar die Jahresrechnung selbst erstellt. Die kantonalen Instanzen hätten es aber unterlassen, die Vertreter der Beschwerdegegnerin diesbezüglich zu befragen. Sie hätten überdies nicht hinterfragt, in wie weit die von der Beschwerdegegnerin selbst vorgenommene Abrechnung einen Verzicht auf die Erfüllung der entsprechenden Bedingung darstellt.
1.2 Rügen der Verletzung seines Gehörsanspruchs (Art. 29 Abs. 2 BV) oder einer offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhaltes (Art. 97 Abs. 1 BGG) kann der Beschwerdeführer dem Bundesgericht grundsätzlich nicht vorlegen, da der angefochtene Entscheid insoweit nicht letztinstanzlich ist (Art. 75 Abs. 1 BGG; BGE 134 III 524 E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen), sondern mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich hätte weitergezogen werden können (vgl. §§ 281 und 285 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976, ZPO/ZH, LS 271). Soweit das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet (Art. 106 Abs. 1 BGG), bleibt indes auch im Zusammenhang mit der Sachverhaltsfeststellung die Rüge der Verletzung von Bundesrecht, namentlich von Art. 274d Abs. 3 OR, zulässig, da die Nichtigkeitsbeschwerde insoweit nicht offen steht.
1.3 Art. 274d Abs. 3 OR schreibt den Schlichtungsbehörden und Gerichten in Anwendung der sozialen Untersuchungsmaxime vor, dass sie den Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen und die Beweise nach freiem Ermessen zu würdigen haben, wobei ihnen die Parteien alle für die Beurteilung des Streitfalls notwendigen Unterlagen vorzulegen haben. Es geht darum, die wirtschaftlich schwächere Partei zu schützen, die Gleichheit zwischen den Parteien herzustellen sowie das Verfahren zu beschleunigen. Die Parteien sind jedoch nicht davon befreit, bei der Feststellung des entscheidwesentlichen Sachverhalts aktiv mitzuwirken und die allenfalls zu erhebenden Beweise zu bezeichnen. Sie tragen auch im Bereich der sozialen Untersuchungsmaxime die Verantwortung für die Sachverhaltsermittlung. Art. 274d Abs. 3 OR schreibt keine umfassende Untersuchungsmaxime vor. Das Gericht hat lediglich seine Fragepflicht auszuüben, die Parteien auf ihre Mitwirkungspflicht sowie das Beibringen von Beweisen hinzuweisen. Zudem hat es sich über die Vollständigkeit der Behauptungen und Beweise zu versichern, wenn diesbezüglich ernsthafte Zweifel bestehen. Die richterliche Initiative geht insoweit nicht über eine Aufforderung an die Parteien hinaus, Beweismittel zu nennen und beizubringen. Ferner gilt, dass die Untersuchungsmaxime im Rechtsmittelverfahren durch kantonales Prozessrecht eingeschränkt werden kann. Sie führt nicht dazu, dass jede vom kantonalen Recht festgesetzte Beschränkung der Überprüfungsbefugnis unbeachtlich wird. Die Kantone sind insbesondere frei, die Kognition der zweiten Instanz durch ein Novenverbot zu beschränken (BGE 125 III 231 E. 4a S. 238 f. mit Hinweisen).
1.4 Die kantonalen Instanzen haben sehr wohl geprüft, ob sich die Beschwerdegegnerin allenfalls missbräuchlich verhält. Art. 274d Abs. 3 OR erlaubt dem Beschwerdeführer nicht, dem Bundesgericht einfach einen über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid hinausgehenden Sachverhalt zu unterbreiten, daraus von der Vorinstanz abweichende Schlüsse zu ziehen und zu behaupten, die Vorinstanz sei ihrer Pflicht zur Sachverhaltsermittlung nicht hinreichend nachgekommen. Waren die Sachverhaltsfeststellungen des Mietgerichts ungenügend, hätte der Beschwerdeführer dies bereits im kantonalen Rechtsmittelverfahren rügen können und müssen. Inwiefern die kantonalen Instanzen Zweifel betreffend die Vollständigkeit der Sachvorbringen hätten hegen müssen, ist nicht ersichtlich, eine Verletzung der sozialen Untersuchungsmaxime mithin nicht dargetan. Da der Beschwerdeführer keine Nichtigkeitsbeschwerde erhoben hat, kann das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht nicht überprüfen (Art. 105 BGG). Die appellatorischen Ausführungen des Beschwerdeführers genügen den Begründungsanforderungen in keiner Weise (Art. 42 Abs. 2 BGG).
1.5 Davon abgesehen ist ein bedingter Forderungsverzicht der Beschwerdegegnerin zu beurteilen. Die nunmehr eingeklagte Summe war von den Mietern vertraglich geschuldet. Ist die Beschwerdegegnerin unter gewissen Bedingungen bereit, auf ihre Forderung zu verzichten, kann der Beschwerdeführer aus der Tatsache, dass der wesentliche Teil der Bedingungen erfüllt wurde, nichts zu seinen Gunsten ableiten. Von Rechtsmissbrauch kann keine Rede sein. Selbst wenn die Bedingungen objektiv nicht termingerecht erfüllbar gewesen sein sollten, wären die Mieter nach Treu und Glauben gehalten gewesen, die Beschwerdegegnerin möglichst früh auf die Unmöglichkeit hinzuweisen und die Abrechnung sobald als möglich zuzustellen. Dass die Mieter dies getan hätten, ist nicht festgestellt und ergibt sich auch nicht aus den Vorbringen des Beschwerdeführers. Daraus, dass die Beschwerdegegnerin schliesslich gezwungen war, die von den Mietern vorzunehmende Abrechnung selbst zu erstellen, kann nicht geschlossen werden, sie habe auf die Erfüllung dieser Bedingung verzichtet. Es erhellt vielmehr, dass die Vorinstanz zu Recht davon ausging, die Mieter seien den ihnen obliegenden Pflichten nicht vollständig nachgekommen. Unter diesen Umständen blieb der streitige Betrag gemäss der getroffenen Vereinbarung geschuldet.
1.6 Selbst wenn sich die Beschwerdegegnerin erst dazu entschlossen haben sollte, den Betrag einzufordern, als es zu neuerlichen Auseinandersetzung mit den Mietern kam, genügt dies nicht, um ihr Verhalten als rechtsmissbräuchlich auszuweisen. Es ist Sache des Gläubigers zu entscheiden, ob er auf die Eintreibung eines ihm zustehenden Anspruchs verzichten will. Er kann sich bei dieser Entscheidung auch vom Verhalten des Schuldners leiten lassen. Verpönt wäre einzig der Versuch, eine Forderung als Druckmittel zur Durchsetzung rechtlich missbilligter Zwecke zu verwenden. Entsprechendes ist aber nicht festgestellt, ebensowenig wie Umstände, aus denen die Mieter nach Treu und Glauben darauf hätten schliessen dürfen, die Beschwerdegegnerin habe die Bedingungen für den Forderungsverzicht gemäss der getroffenen Vereinbarungen als erfüllt angesehen oder auf deren Erfüllung verzichtet. Damit ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Forderung der Beschwerdegegnerin für ausgewiesen erachtete.
2. Die Beschwerde erweist sich insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde fällt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege von Vornherein ausser Betracht. Es braucht nicht abgeklärt zu werden, ob der Beschwerdeführer sein diesbezügliches Gesuch allenfalls trotz Zahlung des Kostenvorschusses hätte aufrecht erhalten wollen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird er kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Januar 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak