Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1966) stammt aus Marokko. Er heiratete am 12. September 2002 die Schweizerbürgerin Y._. Am 29. April 2004 wurde den Eheleuten das Getrenntleben gestattet, nachdem sie bereits zuvor den gemeinsamen Haushalt aufgehoben hatten. Am 30. Juni 2004 kam der gemeinsame Sohn Z._ zur Welt, der über die schweizerische Staatsangehörigkeit verfügt und unter der Obhut der Mutter steht. Das Amt für Migration des Kantons Basel-Landschaft lehnte es am 24. Februar 2005 ab, die Aufenthaltsbewilligung von X._ zu verlängern, weil er sich in rechtsmissbräuchlicher Weise auf eine inhaltsleer gewordene Ehe berufe. Die hiergegen gerichtete Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft blieb ohne Erfolg. Mit Urteil vom 8. Februar 2006 wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft die bei ihm gegen den entsprechenden Entscheid vom 16. August 2005 eingereichte Beschwerde ab. Das Bundesgericht bestätigte dieses Urteil am 20. Juli 2006 (2A.240/2006).
B. Vom 29. September 2006 an befand sich X._ während zehn Wochen in einer psychiatrischen Klinik. Ab dem 8. November 2006 wurde er in Ausschaffungs- (vgl. die Urteile 2C_750/2006 und 2C_274/2007) und ab dem 7. August 2007 in Durchsetzungshaft (vgl. das Urteil 2C_706/2007) genommen. Am 2. Juli 2008 beendigte der Einzelrichter für Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht die Festhaltung, was das Bundesgericht mit Urteil vom 29. Januar 2009 bestätigte: X._ habe einen Bruder in der Schweiz, der ihn unterstützen könne; zudem sei er am 21. Januar 2008 vom Vorwurf der versuchten Nötigung und Beschimpfung freigesprochen worden. Seit der Haftentlassung nehme er das ihm eingeräumte Besuchsrecht zu seinem Sohn regelmässig wahr, weshalb sich eine weitere Verlängerung der Zwangsmassnahme als unverhältnismässig erweise. Sollte das gestützt auf sein Besuchsrecht eingeleitete bewilligungsrechtliche Wiedererwägungsverfahren ohne Erfolg bleiben, werde X._ für die restlichen vier Monate möglicher Haft erneut festgehalten werden können, falls sich die Verhältnisse derart verändern sollten, dass seine Ausschaffung nach Marokko vernünftigerweise wieder absehbar erscheine (BGE 135 II 105 E. 2.3.3).
C. Am 11. Juli 2007 wurde die Ehe von X._ und Y._ geschieden, wobei das Bezirksgericht Arlesheim X._ ein Besuchsrecht von 2 Stunden alle 2 Wochen zusprach, solange er sich in Ausschaffungshaft befand; danach wurde ihm ein Besuchsrecht von einem Tag alle zwei Wochen eingeräumt, welches für zwei Jahre "begleitet" auszuüben sei. Am 18. April 2008 ersuchte X._ das Amt für Migration des Kantons Basel-Landschaft, die Verfügung vom 24. Februar 2005 in Wiedererwägung zu ziehen, seine Aufenthaltsbewilligung zu verlängern oder ihm eine solche aus humanitären Gründen zu erteilen. Das Amt für Migration trat am 24. April 2008 mit der Begründung auf das Gesuch nicht ein, dass sich "keine erhebliche Veränderung der Rechts- bzw. Sachlage ergeben" habe; die vorgebrachten Argumente seien alle bereits berücksichtigt worden. Sowohl der Regierungsrat wie das Kantonsgericht Basel-Landschaft bestätigten diesen Entscheid und wiesen die entsprechenden Beschwerden am 8. Juli 2008 bzw. 11. Februar 2009 ab. Beide Rechtsmittelinstanzen gingen davon aus, dass keine wesentliche Änderung der Sach- oder Rechtslage eingetreten sei, welche die Eröffnung eines Wiedererwägungsverfahrens rechtfertigen könnte.
D. X._ beantragt vor Bundesgericht, "das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 11. Februar 2009 aufzuheben und die Erstinstanz, das Amt für Migration Basel-Landschaft, anzuweisen, auf das Wiedererwägungsgesuch vom 18. April 2008 einzutreten" und "eine Begutachtung zur Frage" des "Verhältnisses [...] zu seinem Sohn Z._ beim Kinder- und Jugendpsychiatrischen Dienst Basel-Landschaft, oder bei einer anderen [...] Fachstelle, erstellen zu lassen".
Der Rechtsdienst des Regierungsrats des Kantons Basel-Landschaft beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Das Bundesamt für Migration beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
E. Der Abteilungspräsident hat der Eingabe am 26. Mai 2009 aufschiebende Wirkung beigelegt.
F. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 12. Februar 2010 an einer öffentlichen Sitzung beraten.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auf dem Gebiet des Ausländerrechts zulässig, falls das Bundesrecht oder das Völkerrecht dem Betroffenen einen Anspruch auf die beantragte Bewilligung einräumt (Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG). Das Bundesgericht hat in seinem Urteil vom 20. Juli 2006 den vom Beschwerdeführer aufgrund der familiären Beziehung zu seinem Sohn gestützt auf Art. 8 EMRK geltend gemachten Rechtsanspruch geprüft und rechtskräftig verneint. Verfahrensgegenstand bildet die Frage, ob sich das Amt für Migration entgegen der Ansicht des Kantonsgerichts wegen der neuen Verhältnisse mit dem "Wiedererwägungsgesuch" vom 18. April 2008 materiell hätte befassen müssen. Da die familiäre Beziehung des Beschwerdeführers zu seinem Sohn gelebt wird und nach wie vor intakt ist, kann er sich in diesem Zusammenhang auf den Schutz seines Familienlebens nach Art. 8 EMRK und Art. 13 BV berufen (vgl. BGE 127 II 60 E. 1d und e S. 64 ff.; vgl. auch die Urteile 2D_138/2008 vom 10. Juni 2009 E. 2.2; 2C_168/2009 vom 30. September 2009 E. 1.1; 2C_274/2009 vom 28. Oktober 2009 E. 1.3). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Der Beschwerdeführer ist während des hängigen Verfahrens am 16. Juni, 6. August, 10. und 17. September 2009 sowie 3. Februar 2010 mit verschiedenen Eingaben an das Bundesgericht gelangt, worin er auf Neuerungen in seinen persönlichen Verhältnissen (Wohnungsmiete "per 15. Mai 2009") sowie die Ausdehnung seines Besuchsrechts eingeht (Entscheid der Vormundschaftsbehörde Allschwil vom 17. September 2009). Die entsprechenden Entwicklungen können im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden: Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann diesen nur berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel kann es bloss insofern berücksichtigen, als der Entscheid der Vorinstanz hierzu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 135 V 194 E. 2 u. 3). Dies ist bezüglich der nachgereichten Unterlagen nicht der Fall. Das Bundesgericht hat deshalb aufgrund der Umstände im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids zu beurteilen, ob die kantonalen Behörden das Wiedererwägungsgesuch zu Recht nicht an die Hand genommen haben. Die ergänzenden Eingaben des Beschwerdeführers sind aus den Akten zu weisen.
2.1 2.1.1 Nach der zu Art. 4 aBV entwickelten bundesgerichtlichen Praxis, die im Rahmen von Art. 29 BV weiter gilt (vgl. BGE 127 I 133 E. 6 S. 137), ist eine Verwaltungsbehörde von Verfassungs wegen verpflichtet, auf ein neues Gesuch einzutreten, wenn die Umstände sich seit dem ersten Entscheid wesentlich geändert haben oder wenn der Gesuchsteller erhebliche Tatsachen und Beweismittel namhaft macht, die ihm im früheren Verfahren nicht bekannt waren oder die schon damals geltend zu machen, für ihn rechtlich oder tatsächlich unmöglich war oder keine Veranlassung bestand (BGE 124 II 1 E. 3a S. 6 mit Hinweis). Die Wiedererwägung von Verwaltungsentscheiden, die in Rechtskraft erwachsen sind, ist nicht beliebig zulässig. Sie darf namentlich nicht bloss dazu dienen, rechtskräftige Verwaltungsentscheide immer wieder infrage zu stellen oder die Fristen für die Ergreifung von Rechtsmitteln zu umgehen (BGE 120 Ib 42 E. 2b S. 47 mit Hinweisen).
2.1.2 In diesem Sinn verpflichtet § 40 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 13. Juni 1988 des Kantons Basel-Landschaft (SGS 175) die erstinstanzlich zuständigen Behörden, auf ein Wiedererwägungsbegehren einzutreten, wenn sich die der Verfügung zugrunde liegende Sach- oder Rechtslage nachträglich zugunsten einer Partei wesentlich geändert hat oder wenn ein Revisionsgrund vorliegt. Ob ein Wiedererwägungsgesuch in Fällen wie dem vorliegenden (allfälliger Rechtsanspruch gestützt auf Art. 8 EMRK) materiell zu behandeln ist, hängt davon ab, ob sich der Sachverhalt oder bei Dauersachverhalten die Rechtslage in einer Art geändert haben, dass ein anderes Ergebnis der Interessenabwägung ernsthaft in Betracht fällt (vgl. die Urteile 2C_274/2009 vom 28. Oktober 2009 E. 2.2 und 2A.476/2005 vom 9. Mai 2006 E. 2).
2.1.2 In diesem Sinn verpflichtet § 40 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 13. Juni 1988 des Kantons Basel-Landschaft (SGS 175) die erstinstanzlich zuständigen Behörden, auf ein Wiedererwägungsbegehren einzutreten, wenn sich die der Verfügung zugrunde liegende Sach- oder Rechtslage nachträglich zugunsten einer Partei wesentlich geändert hat oder wenn ein Revisionsgrund vorliegt. Ob ein Wiedererwägungsgesuch in Fällen wie dem vorliegenden (allfälliger Rechtsanspruch gestützt auf Art. 8 EMRK) materiell zu behandeln ist, hängt davon ab, ob sich der Sachverhalt oder bei Dauersachverhalten die Rechtslage in einer Art geändert haben, dass ein anderes Ergebnis der Interessenabwägung ernsthaft in Betracht fällt (vgl. die Urteile 2C_274/2009 vom 28. Oktober 2009 E. 2.2 und 2A.476/2005 vom 9. Mai 2006 E. 2).
2.2 2.2.1 Das Kantonsgericht war in seinem Urteil vom 8. Februar 2006 davon ausgegangen, der Beschwerdeführer habe erst seit ungefähr neun Monaten - also, nachdem er sich mit der Nichtverlängerung der Aufenthaltsbewilligung konfrontiert gesehen hat -, regelmässigen Kontakt zu seinem Sohn gesucht. Es sei kein Interesse seinerseits an einer Intensivierung der bisherigen "lockeren Beziehung" zu erkennen. Nachdem er die Unterhaltsbeiträge anfänglich regelmässig überwiesen habe, stünden die für die letzten Monate geschuldeten Beträge noch aus. Zudem sei das Verhalten des Beschwerdeführers seiner Gattin gegenüber nicht tadellos gewesen. Das Bundesgericht hat gestützt auf diesen Sachverhalt, an den es gebunden war (vgl. Art. 105 Abs. 2 OG), die Interessenabwägung der Vorinstanz im Rahmen von Art. 8 Ziff. 2 EMRK geschützt (2A.240/2006 vom 20. Juli 2006 E. 3.3 und 3.4).
2.2.2 Hieran ist heute nach wie vor festzuhalten: Der nicht sorgeberechtigte Ausländer kann die familiäre Beziehung nur in einem beschränkten Rahmen, nämlich durch Ausübung des ihm eingeräumten Besuchsrechts, leben. Hierzu ist nicht erforderlich, dass er sich dauernd im gleichen Land wie das Kind befindet und dort über eine Aufenthaltsbewilligung verfügt. Ein solches Besuchsrecht gegenüber einem in der Schweiz fest aufenthaltsberechtigten Kind verschafft dem ausländischen Elternteil im Allgemeinen deshalb keinen Anspruch auf eine dauernde Anwesenheit. Den Anforderungen von Art. 8 EMRK ist Genüge getan, wenn das Besuchsrecht im Rahmen von Kurzaufenthalten vom Ausland her ausgeübt werden kann, wobei allenfalls dessen Modalitäten entsprechend anzupassen sind. Ein weiter gehender Anspruch besteht nach der Rechtsprechung nur, wenn mit der Verweigerung der Bewilligung in eine wirtschaftlich und affektiv besonders enge Beziehung eingegriffen wird, die wegen der Distanz zum Heimatland des Ausländers praktisch nicht aufrechterhalten werden könnte, und das bisherige Verhalten des Besuchsberechtigten in der Schweiz zu keinerlei Klagen Anlass gegeben hat ("tadelloses Verhalten", "comportement irréprochable", "comportamento irreprensibile", vgl. BGE 120 Ib 1 E. 3c S. 5, 22 E. 4a/b S. 25 f.). Nur unter diesen Voraussetzungen kann das private Interesse am Verbleib im Land gestützt auf ein Besuchsrecht ausnahmsweise das öffentliche Interesse an einer einschränkenden nationalen Einwanderungspolitik im Rahmen von Art. 8 Ziff. 2 EMRK überwiegen (vgl. das Urteil 2C_171/2009 vom 3. August 2009 E. 2.2 mit Hinweisen; MARC SPESCHA, in: Spescha/Thür/Zünd/Bolzli [Hrsg.], Migrationsrecht, 2. Aufl., Zürich 2009, Nr. 18 N. 18 ff. [Kommentar BV/EMRK/UNO-KRK]; vgl. auch BGE 135 I 153 ff. und die Urteile des EGMR Omoregie und andere gegen Norwegen vom 31. Juli 2008 [Nr. 265/07] bzw. Ciliz gegen die Niederlande vom 11. Juli 2000 [Nr. 29192/95]).
2.2.3 Zwar hat sich der Beschwerdeführer nach dem negativen Bewilligungsentscheid um eine Intensivierung der Beziehung zu seinem Sohn bemüht, es besteht indessen nach wie vor keine wesentlich veränderte, vertiefte wirtschaftliche oder affektive Bindung im Vergleich zur Situation, die dem bundesgerichtlichen Urteil vom 20. Juli 2006 zugrunde lag: Das dem Beschwerdeführer eingeräumte (inzwischen etwas ausgedehnte) Besuchsrecht geht nicht über das übliche Mass hinaus. Soweit ersichtlich, hat der Beschwerdeführer auch seine Unterhaltszahlungen nicht wieder aufgenommen. Seine wirtschaftliche Situation in der Schweiz ist prekär. Der Sohn Z._ ist nach der Trennung seiner Eltern geboren worden und hat somit nie mit seinem Vater längere Zeit zusammengelebt und eine vertiefte affektive Beziehung zu ihm aufbauen können. Der Aufforderung, das Land zu verlassen, kam der Beschwerdeführer während Jahren nicht nach, weshalb er in Ausschaffungs- und hernach Durchsetzungshaft genommen werden musste; er konnte dort die Beziehungen zu seinem Sohn wiederum nur punktuell pflegen. Zwar hat seine ehemalige Gattin gewisse gegen ihn eingereichte Strafanzeigen inzwischen zurückgezogen, doch kann gestützt hierauf nicht bereits gesagt werden, er habe sich tadellos verhalten und sich nichts zuschulden kommen lassen. Im Gegenteil: Er verhält sich seit Jahren renitent und versucht, den Vollzug seiner Wegweisung aktiv zu hintertreiben. Unter diesen Umständen kommt der inzwischen etwas besseren Beziehung zu seinem Sohn in der Interessenabwägung nach Art. 8 Ziff. 2 EMRK nur eine beschränkte Bedeutung zu. Er kann diese punktuellen Kontakte durchaus auch vom Ausland her pflegen; ein dauernder Aufenthalt in der Schweiz ist hierfür nicht erforderlich. Mit der Vorinstanz ist zusammengefasst festzustellen, dass sich die Beziehung zwischen dem Beschwerdeführer und seinem Sohn - wenn überhaupt - nicht in einem Mass geändert hat, dass im Vergleich zur früheren Situation nunmehr von einer besonders intensiven Beziehung gesprochen werden müsste, welche eine Neuprüfung des Falles gebieten würde. Aufgrund der Aktenlage erübrigen sich weitere Abklärungen, wie sie der Beschwerdeführer anregt. Seine Eingabe ist unbegründet und deshalb abzuweisen.
3. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend würde der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 BGG). Da er mittellos ist und seine Eingabe nicht zum Vornherein als aussichtslos gelten musste, kann seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung entsprochen werden (Art. 64 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden für das bundesgerichtliche Verfahren keine Kosten erhoben.
2.2 Advokat Daniel Bäumlin, Basel, wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt, und es wird ihm eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse zugesprochen.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar