Sachverhalt:
A. Die 1953 geborene S._ war zuletzt als Lagermitarbeiterin bei der N._ AG erwerbstätig gewesen, als sie sich am 18. Mai 2002 bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug anmeldete und eine Rente beantragte. Mit Verfügung vom 1. März 2006 und Einspracheentscheid vom 14. Juni 2006 sprach diese ihr rückwirkend ab 1. September 2002 eine halbe und ab 1. Januar 2004 eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zu.
Nachdem sich die Versicherte beim Regionalen Arbeitsvermittlungszentrum (RAV) zur Stellensuche angemeldet hatte, stellte die IV-Stelle ihr mit Vorbescheid vom 4. Dezember 2008 eine Herabsetzung der Rente auf eine Viertelsrente in Aussicht. Auf Einwand der Versicherten hin holte die IV-Stelle bei der Klinik X._ ein Gutachten ein (psychiatrisches Gutachten vom 27. Mai 2009). Daraufhin hob die IV-Stelle die laufende Rente mit Verfügung vom 25. Januar 2010 auf Ende des der Zustellung folgenden Monats auf.
B. Die von S._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 7. Juni 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt S._, ihr sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von mindestens 75 % zuzusprechen, eventuell sei die Sache zum Einholen eines polydisziplinären Gutachtens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
1.3 Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG sind Noven im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig. Die Voraussetzungen, unter denen die von der Versicherten neu eingereichten Unterlagen ausnahmsweise zulässig wären, sind vorliegend nicht erfüllt, so dass diese unbeachtet bleiben müssen.
2. 2.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss Art. 8 Abs. 1 ATSG die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
2.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
2.3 Streitig und zu prüfen ist, ob Vorinstanz und Verwaltung die Rente der Versicherten zu Recht auf Ende des der Zustellung der Verfügung folgenden Monats (mithin auf Ende Februar 2010) aufgehoben haben.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung der medizinischen Akten für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass der Gesundheitszustand der Versicherten zwischen Juni 2006 und Januar 2010 aus somatischer Sicht gleich geblieben, sich aus psychiatrischer Sicht hingegen erheblich verbessert hat. Da nunmehr keine psychiatrische Erkrankung mehr vorliege, welche eine Erwerbstätigkeit im Rahmen des unbestrittenen Status von 50 % Haushalt und 50 % Erwerbsarbeit in zeitlicher Hinsicht einschränken würde, reduziere sich der Invaliditätsgrad im Erwerbsbereich auf 25 % (gewichtet 12,5 %), so dass insgesamt kein rentenbegründender Invaliditätsgrad mehr resultiere.
3.2 Wie die Beschwerdeführerin zutreffend ausführt, ist der Sachverhalt in somatischer Hinsicht zu wenig abgeklärt, um ein endgültiges Urteil zu sprechen: Die Feststellung der Vorinstanz, der Gesundheitszustand der Versicherten habe sich in somatischer Hinsicht zwischen Juni 2006 und Januar 2010 nicht erheblich verändert, ist zwar nicht offensichtlich unrichtig. Zu beachten ist indessen, dass bei der ursprünglichen Rentenzusprache von einer vollen Arbeitsunfähigkeit im ausserhäuslichen Bereich aufgrund der psychiatrischen Erkrankung ausgegangen wurde. Schon damals bestanden zwar gewichtige Hinweise auf körperliche Leiden; diesen Hinweisen musste indessen mangels Relevanz nicht weiter nachgegangen werden. Mit der vom kantonalen Gericht festgestellten Verbesserung der psychiatrischen Erkrankung werden die somatischen Einschränkungen nunmehr relevant. So wurde auch im psychiatrischen Gutachten der Klinik X._ vom 27. Mai 2009 ausgeführt, die diversen körperlichen Beschwerden, die nicht durch dieses Gutachterinstitut beurteilt würden, wirkten sich wahrscheinlich zusätzlich in hohem Masse negativ auf die Arbeitsfähigkeit aus. Zwar hielt Dr. med. B._, Spezialarzt für Rheumatologie und Physikalische Medizin, in seinem Bericht vom 26. November 2009 fest, aus rheumatologischer Sicht wäre der Versicherten eine leichte angepasste Tätigkeit zu 50 % zumutbar; gleichzeitig verweist er aber, wie schon in seinem Schreiben vom 30. September 2009, auf seinen Verdacht auf eine psychosomatische Schmerzverarbeitungsstörung. Dieser Verdacht wird im psychiatrischen Gutachten nicht diskutiert. Weiter finden sich in den Akten Hinweise auf einen bereits am 25. Februar 2005 erlittenen Verkehrsunfall mit Halswirbelsäulen-Distorsion. Angesichts der psychiatrischen Vorgeschichte erscheinen auch unter Berücksichtigung des BGE 136 V 279 invalidisierende Auswirkungen dieser Distorsion nicht zum Vorneherein unwahrscheinlich.
3.3 Indem Vorinstanz und Verwaltung diesen Hinweisen auf gesundheitliche Einschränkungen neben der bekannten Depression nicht nachgegangen sind, haben sie gegen die ihnen obliegenden Untersuchungspflichten verstossen. Der vorinstanzliche Entscheid ist somit aufzuheben und die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit dieses - nach Einholen eines umfassenden interdisziplinären Gutachtens - über die Beschwerde der Versicherten gegen die Verfügung vom 25. Januar 2010 neu entscheide.
4. Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden IV-Stelle aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat der Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 7. Juni 2011 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde gegen die Verfügung vom 25. Januar 2010 neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Januar 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer