Faits :
A.
A._ est propriétaire de la parcelle xxx du registre foncier de la commune de X._, sise sur la rive nord-ouest du lac de Morat. En 1971, le Département des travaux publics du canton de Vaud avait accordé à un précédent propriétaire de la parcelle précitée une "autorisation pour usage du domaine public", personnelle et à bien plaire, lui permettant d' "utiliser le domaine public du lac de Morat (...) par une passerelle d'embarquement et un glacis". La passerelle a été construite, sur une longueur de 9,8 m pour une largeur de 1 m.
Sans requérir préalablement une autorisation, A._ a agrandi le ponton, en portant sa longueur à 19,4 m et en créant à son extrémité une plate-forme de 3 m sur 3 m. Sur demande du Service des eaux, sols et assainissements du canton de Vaud (ci-après: le SESA), A._ a fait mettre à l'enquête publique l'agrandissement du ponton ainsi que la plate-forme aux dimensions de 2,4 m sur 2,4 m, tout en demandant que les dimensions de cette dernière puissent être maintenues à 3 m sur 3 m.
Par décisions des 30 juin 2008, 22 août 2008 et 30 octobre 2008, le Service du développement territorial (ci-après: le SDT), le Service des forêts, de la faune et de la nature (ci-après: le SFFN), le Centre de conservation de la faune et de la nature et le SESA du canton de Vaud ont autorisé la construction d'un ponton sur le lac de Morat d'une longueur de 19,4 m, d'une largeur de 1,2 m et d'une plate-forme finale de 2,4 m sur 2,4 m. La décision du SESA a fixé en outre un délai au 31 mars 2009 pour ramener le ponton aux dimensions autorisées (soit une plate-forme de 2,4 m sur 2,4 m). Ce délai a été prolongé à plusieurs reprises, en dernier lieu au 31 mars 2010.
Alors que les travaux requis par le SESA n'ont pas été mis en oeuvre, A._ a soumis un nouveau projet de démolition du ponton existant et de reconstruction d'un ponton de 27 m de long, de 1,5 m de large avec une plate-forme à son extrémité de 3 m sur 3 m. Mis à l'enquête publique, ce projet a suscité les oppositions du WWF Vaud et de Pro Natura Vaud. Le SESA, le SDT et le SFFN ont refusé de délivrer les autorisations requises, par décisions du 25 mai 2012; ils ont imparti un dernier délai au 31 juillet 2012 pour ramener le ponton aux dimensions autorisées. Le Tribunal cantonal du canton de Vaud a confirmé cette décision, par arrêt du 17 juin 2013. Après avoir procédé à une audience sur place, il a notamment constaté que le ponton existant émergeait toujours en pleine eau malgré l'extension de la roselière et que la baignade était toujours possible sans porter atteinte aux roseaux.
Le 30 décembre 2013, A._ a requis le réexamen des décisions du 25 mai 2012 relatives à l'agrandissement du ponton, au motif que la végétation aquatique proche du ponton s'était étendue. Après avoir procédé à une inspection locale le 6 février 2014, la Direction générale de l'environnement du canton de Vaud (qui a remplacé le SESA) a refusé d'entrer en matière sur cette requête, par décision du 17 février 2014. La Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours déposé par A._ contre cette décision, par arrêt du 8 septembre 2014. Elle a considéré en substance qu'une éventuelle extension de la roselière ne constituait pas un fait nouveau important susceptible de justifier un réexamen des décisions du 25 mai 2012.
B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du 8 septembre 2014, en ce sens qu'il doit être procédé au réexamen des décisions cantonales nécessaires à l'agrandissement du ponton situé au droit de la parcelle xxx du registre foncier de X._. Il conclut subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué.
Invités à se déterminer, la Municipalité de X._ et le Service du développement territorial s'en remettent à justice. Le Tribunal cantonal renonce à déposer une réponse au recours et se réfère aux considérants de son arrêt. La Direction générale de l'environnement (ci-après: DGE) renonce à se déterminer et sollicite du Tribunal fédéral qu'il détermine une nouvelle date d'exécution pour la mise en conformité du ponton ainsi qu'une exécution forcée en cas de non-agissement: elle précise que la dernière date d'exécution qu'elle a fixée remonte au 31 décembre 2013. Pro Natura Vaud conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de l'environnement renonce à prendre position.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Le recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal (art. 89 al. 1 let. a LTF). Il est particulièrement touché par l'arrêt attaqué qui confirme le refus de la DGE de reconsidérer ses décisions du 25 mai 2012 relatives à l'agrandissement du ponton et à sa remise en état. Il peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a dès lors qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
2.
L'objet du litige porte sur une demande de réexamen. Il s'agit en l'occurrence de déterminer si c'est à bon droit que les autorités cantonales ont refusé d'entrer en matière sur la requête du recourant qui demandait à la DGE de réexaminer les décisions du 25 mai 2012, qui refusaient d'autoriser l'agrandissement du ponton et qui exigeaient la remise en état des lieux.
2.1. Les autorités administratives sont tenues de réexaminer leurs décisions si une disposition légale expresse ou si une pratique administrative constante les y oblige (arrêt 2C_1010/2011 du 31 janvier 2012 consid. 2.2). Tel est le cas de l'art. 64 al. 2 de la loi vaudoise sur la procédure administrative (LPA/VD; RSV 173.36) appliqué par les juges cantonaux, qui traite des motifs de réexamen des décisions et qui dispose que l'autorité entre en matière si l'état de fait à la base de la décision s'est modifié dans une mesure notable depuis lors (let. a), si le requérant invoque des faits ou des moyens de preuve importants qu'il ne pouvait pas connaître lors de la première décision ou dont il ne pouvait pas ou n'avait pas de raison de se prévaloir à cette époque (let. b) ou si la première décision a été influencée par un crime ou un délit (let. c).
Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 138 I 305 consid. 4.4 p. 319; 138 III 378 consid. 6.1 p. 379). Dans ce contexte, le recourant est soumis aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
2.2. En l'espèce, à l'appui de sa demande de réexamen, le recourant fait valoir que la roselière s'est considérablement développée pendant l'été 2013. Il a déposé un lot de photographies prises durant l'été 2013.
2.2.1. L'intéressé reproche d'abord au Tribunal cantonal d'avoir refusé de procéder à une inspection locale pour examiner l'extension de la roselière. Il se plaint d'une violation de son droit d'être entendu. Ce grief peut être d'emblée rejeté dans la mesure où le Tribunal cantonal a considéré qu'une éventuelle extension de la roselière ne constituait pas un fait nouveau qui, à lui seul, justifierait d'autoriser un allongement du ponton. Il résulte de ce raisonnement qu'une inspection locale visant à déterminer l'extension de la roselière n'avait pas lieu d'être. Le grief de la violation du droit d'être entendu doit être rejeté.
2.2.2. Le recourant fait ensuite grief à l'instance précédente d'avoir laissé indécise la question de savoir s'il existait une différence significative en ce qui concerne les dimensions de la roselière entre l'été et l'hiver. Il lui reproche d'avoir renoncé à déterminer l'extension de la roselière en période de baignade. Il se plaint d'une application arbitraire de l'art. 64 LPA/VD.
Le Tribunal cantonal a jugé que la question de l'extension de la roselière n'était pas déterminante dans la mesure où elle ne pouvait constituer une modification notable de l'état de fait qui, à elle seule, justifiait d'autoriser un allongement du ponton: on ne pouvait autoriser des agrandissements successifs de pontons sis dans une roselière en fonction de l'évolution de cette dernière. L'instance précédente a considéré en revanche qu'il fallait prendre en compte l'impact négatif supplémentaire de l'installation sur l'environnement (sur le paysage et la pêche); elle a ajouté que l'élargissement de l'installation entraînerait de toute manière un effet négatif sur la roselière, reconnue comme territoire d'intérêt supérieur pour le canton.
Le recourant ne conteste pas que les exigences de la loi fédérale sur la pêche et de la loi fédérale sur la protection de la nature doivent être prises en compte, ni que l'élargissement de l'installation entraînerait un impact négatif supplémentaire sur la roselière. Il soutient uniquement que la question de savoir si la longueur du ponton est suffisante pour permettre l'accès à la baignade sans endommager la roselière doit être traitée. Pour justifier l'importance de cet élément, il se réfère à un passage de l'arrêt du 23 août 2004 du Tribunal administratif du canton de Fribourg rendu dans cette cause, duquel il ressort que la fonction première du ponton en cause était de permettre aux baigneurs d'accéder à la pleine eau, sans endommager la roselière.
Cet argument ne permet toutefois pas de tenir l'arrêt attaqué pour arbitraire ou d'une autre manière contraire au droit, ce d'autant moins que l'agrandissement de la plate-forme créée à l'extrémité du ponton ne dépend pas de l'étendue de la roselière. Le Tribunal cantonal n'a donc pas versé dans l'arbitraire en jugeant inutile de constater l'extension de la roselière: d'une part, cet élément ne suffit pas à lui seul à établir une modification notable de l'état de fait au sens de l'art. 64 LPA/VD et, d'autre part, le recourant ne fait valoir aucun autre fait nouveau. L'instance précédente pouvait ainsi conclure de manière soutenable qu'aucune circonstance nouvelle n'était propre à faire obstacle à l'ordre de remise en état et au refus d'agrandissement du ponton et que les conditions pour un réexamen n'étaient pas remplies. Cela est d'autant plus vrai que le réexamen de décisions administratives entrées en force ne doit pas être admis trop facilement. Il ne saurait en particulier servir à remettre sans cesse en cause des décisions exécutoires ou à détourner les délais prévus pour les voies de droit ordinaires (ATF 136 II 177 consid. 2.1 p. 181; 120 Ib 42 consid. 2b p. 47).
3.
ll résulte de ce qui précède que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté aux frais du recourant qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). La Direction générale de l'environnement a demandé au Tribunal fédéral qu'il détermine une nouvelle date d'exécution pour la mise en conformité du ponton ainsi qu'une exécution forcée en cas de non-agissement. Il est donc ordonné au recourant de ramener le ponton aux dimensions autorisées d'ici au 15 mai 2015. Passé ce délai, une procédure d'exécution par substitution sera mise en oeuvre.
La Municipalité de X._, le SDT et la DGE n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF). Pro Natura Vaud, qui a agi sans mandataire professionnel, n'y a pas droit non plus (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté. Il est ordonné au recourant de ramener le ponton aux dimensions autorisées d'ici au 15 mai 2015. Passé ce délai, une procédure d'exécution par substitution sera mise en oeuvre.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Municipalité de X._, au Service du développement territorial, à la Direction générale de l'environnement du canton de Vaud, à Pro Natura Vaud, au WWF Vaud, à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 2 mars 2015
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Tornay Schaller