Faits:
A. Par décision du 12 décembre 2006, l'Office fédéral des migrations (ODM) a annulé la naturalisation facilitée accordée le 2 avril 2002 à A._, en raison de déclarations mensongères et de dissimulation de faits essentiels.
Par arrêt du 15 décembre 2008, notifié le 24 décembre 2008, le Tribunal administratif fédéral (TAF) a rejeté le recours formé par A._. Au moment de l'octroi de la naturalisation facilitée, l'intéressé ne vivait pas en communauté conjugale avec la suissesse qu'il avait épousée: par jugement du 5 décembre 2001, les époux avaient été autorisés à vivre séparés, et une requête commune de divorce avait été déposée le 12 juin 2003; les époux ne parlaient pas la même langue.
B. Par acte du 16 mars 2009, A._ forme un recours "de droit public" assorti de demandes d'assistance judiciaire et d'effet suspensif. Il requiert l'annulation de l'arrêt du TAF et son maintien dans la nationalité suisse. Il demande par ailleurs la restitution du délai de recours, en expliquant qu'il se trouvait au Nigéria au moment de la notification de l'arrêt attaqué, qu'il a été hospitalisé le 24 janvier 2009 pour une crise de malaria et n'est sorti d'hôpital que le 27 février 2009, rentrant en Suisse le 3 mars 2009.
Le TAF a renoncé à prendre position sur le fond. L'ODM conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 100 al. 1 LTF, le recours doit être formé dans le délai de trente jours dès la notification de l'arrêt attaqué. En l'occurrence, ce délai a été largement dépassé puisque l'arrêt attaqué a été notifié le 24 décembre 2008 et que le recours n'a été déposé que le 16 mars 2009.
1.1 Le recourant demande une restitution du délai de recours en faisant valoir qu'il était hospitalisé à l'étranger en raison d'une crise de malaria. L'art. 50 LTF suppose notamment que la partie ou son mandataire a été empêché sans sa faute d'agir. Or, l'arrêt attaqué a été notifié directement à l'avocate du recourant, qui ne fait pas valoir de motif d'empêchement et pouvait dès lors parfaitement agir dans le délai utile afin de sauvegarder le droit de recours (cf. ATF 114 II 181 consid. 2 p. 182). Il n'y a dès lors pas lieu à restitution du délai.
1.2 Il s'ensuit que le recours, tardif, est manifestement irrecevable. Cette issue, d'emblée prévisible, entraîne le rejet de la demande d'assistance judiciaire. Conformément à l'art. 66 LTF, les frais judiciaires sont à la charge du recourant qui succombe. Le présent arrêt, rendu selon la procédure de l'art. 109 al. 1 let. a LTF, rend sans objet la demande d'effet suspensif.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. La demande de restitution de délai est rejetée.
2. Le recours est irrecevable.
3. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, à l'Office fédéral des migrations et au Tribunal administratif fédéral, Cour III.
Lausanne, le 6 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz