Faits:
A. A._, ressortissant suisse né en 1985, a été arrêté le 31 décembre 2012 au volant d'une voiture qu'il a admis avoir volée, sous l'emprise de l'alcool et de stupéfiants. Il a également avoué avoir commis, peu avant son arrestation, quatre cambriolages. Il faisait déjà l'objet d'une enquête pour des faits similaires. Le même jour, le Procureur de l'arrondissement de l'Est vaudois a demandé sa mise en détention pour dix jours, en raison du risque de réitération.
Par ordonnance du 2 janvier 2013, le Tribunal des mesures de contrainte (Tmc) a ordonné la détention provisoire pour deux mois, soit au plus tard jusqu'au 28 février 2013. Le risque de réitération a été retenu, le prévenu ayant admis avoir commis des infractions pour satisfaire sa dépendance à la cocaïne; il n'avait pas pu préciser la provenance de toute une série d'objets, de sorte que l'on pouvait soupçonner la commission d'autres délits que ceux qu'il avait avoués. Il en découlait également un risque de collusion. Les dix jours requis par le Ministère public paraissaient nettement insuffisants pour mener à bien les investigations nécessaires.
B. Par arrêt du 18 janvier 2013, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par A._. Le risque de réitération a été confirmé, le prévenu finançant sa consommation de cocaïne avec le produit de ses infractions. Le risque de collusion pouvait aussi être retenu car on pouvait, au vu de l'ampleur de l'activité délictueuse, présumer que le prévenu n'avait pas agi seul. L'intéressé avait été détenu durant douze jours dans une cellule du Centre de police de la Blécherette. Cette durée était nettement supérieure au délai maximal de 48 heures prévu par la loi vaudoise d'introduction du CPP (LVCPP, RS/VD 312.01). Il en a été donné acte à l'intéressé. Cela ne devait toutefois pas entraîner la libération du prévenu. Il n'y avait donc pas lieu d'examiner concrètement les griefs de violation de l'art. 3 CEDH.
C. Par acte du 30 janvier 2013, A._ forme un recours en matière pénale par lequel il demande sa mise en liberté immédiate, l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens, ainsi qu'une indemnité de 12'000 fr. pour détention injustifiée à la charge du canton de Vaud. Il requiert en outre l'assistance judiciaire et l'effet suspensif. Ce dernier a été refusé par ordonnance du 1er février 2013.
La Chambre des recours a renoncé à se déterminer, en se référant à sa décision. Le Ministère public n'a pas déposé d'observations.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 78 LTF, le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions relatives à la détention provisoire ou pour des motifs de sûreté au sens des art. 212 ss CPP.
1.1 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 1 LTF, le prévenu a qualité pour agir. Le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (art. 80 LTF). Les conclusions présentées sont en soi recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF, à l'exclusion des prétentions en indemnités sur lesquelles il n'appartient pas au Tribunal fédéral de statuer en première instance (art. 80 LTF; cf. consid. 3.6 ci-dessous).
1.2 Une mesure de détention avant jugement n'est compatible avec la liberté personnelle (art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH) que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et art. 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'art. 221 CPP. Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.; ATF 123 I 268 consid. 2c p. 270). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, un risque de fuite ou un danger de collusion ou de réitération (cf. art. 221 al. 1 let. a, b et c CPP). Préalablement à ces conditions, il doit exister à l'égard de l'intéressé des charges suffisantes, soit de sérieux soupçons de culpabilité (art. 221 al. 1 CPP; art. 5 par. 1 let. c CEDH; arrêt 1B_63/2007 du 11 mai 2007 consid. 3 non publié in ATF 133 I 168).
2. Se plaignant d'arbitraire et d'une violation du principe de la bonne foi, le recourant reproche au Tmc puis à la cour cantonale d'avoir autorisé une prolongation de deux mois de la détention provisoire alors que le ministère public n'avait requis que dix jours. La Chambre des recours aurait admis l'existence d'un risque de réitération en se fondant sur des généralités relatives à la toxicodépendance, sans tenir compte de la collaboration du recourant à l'enquête et de sa volonté de se soigner. Le risque de collusion ne serait pas mieux étayé et il y aurait lieu d'envisager des mesures de substitution telles qu'une assignation à résidence, l'interdiction de se rendre en certains lieux afin de ne pas compromettre le résultat des recherches et la soumission à un suivi médical et des contrôles réguliers.
2.1 Aux termes de l'art. 221 al. 1 let. c CPP, la détention provisoire peut être ordonnée lorsqu'il y a sérieusement lieu de craindre que le prévenu "compromette sérieusement la sécurité d'autrui par des crimes ou des délits graves après avoir déjà commis des infractions du même genre". Selon la jurisprudence, il convient de faire preuve de retenue dans l'appréciation du risque de récidive: le maintien en détention ne peut se justifier pour ce motif que si le pronostic est très défavorable et si les délits dont l'autorité redoute la réitération sont graves (ATF 137 IV 13 consid. 4.5 p. 21; 135 I 71 consid. 2.3 p. 73; 133 I 270 consid. 2.2 p. 276 et les arrêts cités). Bien qu'une application littérale de l'art. 221 al. 1 let. c CPP suppose l'existence d'antécédents, le risque de réitération peut être également admis dans des cas particuliers alors qu'il n'existe qu'un antécédent, voire aucun dans les cas les plus graves. La prévention du risque de récidive doit en effet permettre de faire prévaloir l'intérêt à la sécurité publique sur la liberté personnelle du prévenu (ATF 137 IV 13 consid. 3-4 p. 18 ss; cf. arrêt 1B_133/2011 du 12 avril 2011 consid. 4.7). Le risque de récidive peut également se fonder sur les infractions faisant l'objet de la procédure pénale en cours, si le prévenu est fortement soupçonné - avec une probabilité confinant à la certitude - de les avoir commises (ATF 137 IV 84 consid. 3.2 p. 86 et les références citées).
2.2 Il est admis en l'occurrence que le recourant souffre de dépendance à la cocaïne et de problèmes d'alcool. Il est également reconnu que les cambriolages ont été perpétrés dans le but de se procurer des moyens de satisfaire ses addictions et il n'est évidemment pas exclu, dans un tel contexte, que le recourant ait commis un plus grand nombre d'infractions que celles qu'il a reconnues lors de son arrestation. Il fait d'ailleurs déjà l'objet d'une procédure pénale pour des agissements du même genre.
Sur la base de ces indices objectifs et concrets, on peut admettre que l'activité délictueuse déployée par le recourant est de nature à compromettre sérieusement la sécurité au sens de l'art. 221 al. 1 let. c CPP. La collaboration du recourant à l'enquête n'y change rien.
Le recourant prétend s'être soumis à un "sevrage médical intensif", mais rien ne permet de penser que ce traitement - suivi en prison - serait efficace au point que le risque de récidive s'en trouverait déjà diminué. Le recourant relève d'ailleurs qu'il s'était présenté à plusieurs reprises à un centre de psychiatrie en 2012, ce qui ne l'a toutefois pas empêché de commettre les infractions pour lesquelles il est actuellement poursuivi.
L'admission d'un risque de réitération dispense d'examiner en l'état s'il existe aussi un risque de collusion.
2.3 Conformément au principe de la proportionnalité (art. 36 al. 3 Cst.), il convient d'examiner les possibilités de mettre en oeuvre d'autres solutions moins dommageables que la détention (règle de la nécessité). Cette exigence est concrétisée par l'art. 237 al. 1 CPP, qui prévoit que le tribunal compétent ordonne une ou plusieurs mesures moins sévères en lieu et place de la détention provisoire ou de la détention pour des motifs de sûreté si ces mesures permettent d'atteindre le même but que la détention. Selon l'art. 237 al. 2 CPP, font notamment partie des mesures de substitution: la fourniture de sûretés (let. a), la saisie des documents d'identité et autres documents officiels (let. b), ou encore l'obligation de se présenter régulièrement à un service administratif (let. d).
Les mesures préconisées (suivi d'un traitement, assignation à résidente), même assorties de contrôles réguliers, apparaissent en l'état insuffisantes pour prévenir la commission de nouvelles infractions en cas de libération immédiate du recourant. S'il n'est pas exclu qu'un traitement soit indiqué en l'espèce, il appartiendra plutôt au juge du fond d'examiner cette question. En tout cas, en l'état, les mesures proposées ne permettent pas d'atteindre le même but que la détention, de sorte que ce grief doit lui aussi être rejeté.
3. Le recourant se plaint ensuite d'avoir été détenu durant douze jours dans le Centre de police de la Blécherette. Sa cellule était étroite et sans lumière naturelle. Ses conditions de détention étaient d'autant moins acceptables qu'il souffrait de graves troubles psychiatriques.
3.1 La cour cantonale a reconnu que les douze jours de détention au Centre de police constituaient une violation crasse de l'art. 27 al. 1 LVCPP, qui limitait ce genre de détention à quarante huit heures. Elle a donné acte au recourant de cette violation. Toutefois, le recourant était désormais détenu dans un établissement pénitentiaire de détention avant jugement. La détention était justifiée et le recourant ne prétendait pas qu'en raison de sa détention au Centre de police, sa santé serait à ce point altérée que la détention provisoire devrait être levée.
3.2 Cette appréciation est conforme à la jurisprudence selon laquelle des irrégularités entachant la procédure de détention provisoire (défaut de titre de détention durant une certaine période - cf. SJ 2004 I p. 138 -, irrégularité durant la procédure de placement ou de prolongation de la détention - ATF 137 IV 118) n'entraînent pas la mise en liberté immédiate du prévenu, dans la mesure où les conditions de mise en détention provisoire sont par ailleurs réunies. Tel est le cas en l'occurrence, comme cela a été relaté ci-dessus. Dans la mesure où le placement contesté a pris fin, le recourant se trouvant désormais dans un établissement adapté à la détention provisoire, il n'apparaît pas que l'admission de ses griefs devrait conduire à sa mise en liberté.
3.2 Cette appréciation est conforme à la jurisprudence selon laquelle des irrégularités entachant la procédure de détention provisoire (défaut de titre de détention durant une certaine période - cf. SJ 2004 I p. 138 -, irrégularité durant la procédure de placement ou de prolongation de la détention - ATF 137 IV 118) n'entraînent pas la mise en liberté immédiate du prévenu, dans la mesure où les conditions de mise en détention provisoire sont par ailleurs réunies. Tel est le cas en l'occurrence, comme cela a été relaté ci-dessus. Dans la mesure où le placement contesté a pris fin, le recourant se trouvant désormais dans un établissement adapté à la détention provisoire, il n'apparaît pas que l'admission de ses griefs devrait conduire à sa mise en liberté.
3.3 En revanche, c'est à tort que la cour cantonale a estimé qu'il n'y avait pas lieu d'examiner si les conditions de détention subies durant quatorze jours constituaient une violation de l'art. 3 CEDH, de la législation fédérale et de la réglementation cantonale relatives aux conditions de détention.
La jurisprudence considère en effet que lorsqu'une irrégularité constitutive d'une violation d'une garantie constitutionnelle a entaché la procédure relative à la détention provisoire, celle-ci doit en principe être réparée par une décision de constatation (ATF 138 IV 81 consid. 2.4 p. 85; 137 IV 92 consid. 3 p. 96; 136 I 274 consid. 2.3 p. 278). Il doit en aller de même lorsque le prévenu estime avoir subi, du fait de la mise en détention provisoire, un traitement prohibé par l'art. 3 CEDH. Dans un tel cas, l'intéressé dispose d'un droit propre à ce que les agissements dénoncés fassent l'objet d'une enquête prompte et impartiale (ATF 138 IV 86 consid. 3.1.1 .p. 88; 131 I 455 consid. 1.2.5 p. 462). Ainsi, même si les violations alléguées par le recourant se rapportaient au régime carcéral auquel il a été soumis, et non au principe même de la mise en détention qui était l'objet de la décision du Tmc, c'est à cette juridiction, investie du contrôle de la détention, qu'il appartenait d'intervenir en cas d'allégations crédibles de traitement prohibés (arrêt 1B_788/2012 du 5 février 2013, destiné à la publication).
3.4 L'art. 3 CEDH, qui interdit (à l'instar d'autres dispositions constitutionnelles et conventionnelles) la torture et les peines ou traitements inhumains ou dégradants, impose notamment des standards minimaux en matière de détention (ATF 124 I 231 consid. 2 p. 235), concrétisés par les Règles pénitentiaires européennes adoptées par le Comité des Ministres du Conseil de l'Europe (Recommandation Rec(2006)2). En matière de procédure pénale, l'art. 3 CPP pose également le principe du respect de la dignité. L'art. 234 al. 1 CPP prévoit qu'en règle générale, la détention provisoire et pour des motifs de sûreté est exécutée dans des établissements réservés à cet usage et qui ne servent qu'à l'exécution de courtes peines privatives de liberté. L'art. 235 CPP régit l'exécution de la détention; il pose le principe général de proportionnalité (al. 1) et précise (al. 5) que les cantons règlent les droits et les obligations des prévenus en détention. L'art. 27 LVCPP prévoit que la personne qui a fait l'objet d'une arrestation provisoire peut être retenue dans les cellules des locaux de gendarmerie ou de police durant 48 heures au maximum (al. 1). S'il requiert la mise en détention provisoire auprès du Tmc, le procureur rend une ordonnance en vue du transfert dans un établissement de détention avant jugement. Les art. 10 ss LEDJ fixent de manière précise les conditions de détention avant jugement, notamment les relations avec le monde extérieur (art. 14), les activités hors de la cellule (art. 15) et l'assistance (art. 17). Le règlement applicable au statut des détenus avant jugement (RSDAJ; RS/VD 340.02.5) s'applique à toutes les personnes adultes qui sont placées dans un établissement pénitentiaire de détention avant jugement du canton de Vaud. Il apporte de nombreuses précisions sur le régime carcéral applicable à ces personnes.
3.5 En l'occurrence, la cour cantonale a reconnu que l'art. 27 LVCPP avait été violé de manière évidente, le délai de quarante huit heures pour une détention dans d'autres locaux ayant été largement dépassé. Le recourant allègue pour sa part que sa cellule était étroite et dépourvue de lumière du jour. Il se plaint aussi de ne pas avoir pu recevoir les soins nécessités par son état. Ces affirmations - en l'état non contestées - rendent à tout le moins crédible l'existence d'une violation des dispositions conventionnelles, légales et réglementaires précitées. Le délai maximum de quarante huit heures fixé dans la loi laisse au demeurant supposer que les cellules des locaux de gendarmerie ou de police ne sont pas appropriés pour une détention de plus longue durée.
3.6 Dans ces conditions, il appartenait à l'autorité saisie de la demande de mise en détention de vérifier que celle-ci avait lieu dans des conditions acceptables, au regard notamment des art. 234 et 235 al. 1 CPP qui imposent une exécution de la détention provisoire dans des établissements appropriés, et conforme au principe de la proportionnalité. Saisi d'allégations de mauvais traitements subis dans ce cadre, il lui appartenait d'élucider les faits et de constater, le cas échéant, les irrégularités dénoncées. Le simple fait de donner acte au recourant du dépassement du délai de 48h n'est à cet égard pas suffisant.
Comme cela est relevé ci-dessus, une telle constatation ne saurait avoir pour conséquence la remise en liberté du prévenu. Par ailleurs, ce n'est qu'à l'issue de la procédure qu'il y aurait lieu de tirer les conséquences d'une telle constatation (cf. les art. 429 ss CPP s'agissant de l'indemnisation). Les prétentions du recourant en indemnisation sont à cet égard prématurées. Néanmoins, l'intéressé a droit à une enquête prompte et sérieuse, de sorte que ses griefs doivent être examinés immédiatement (arrêt 1B_788/2012 du 5 février 2013).
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être admis partiellement. L'arrêt attaqué est maintenu en tant qu'il confirme la prolongation de la détention provisoire (ch. II du dispositif), et la demande de mise en liberté est rejetée. Il est annulé pour le surplus et la cause est renvoyée à la cour cantonale afin que les allégations du recourant soient examinées. Il appartiendra à la Chambre des recours pénale de décider si elle entend elle-même procéder à cet examen, ou si elle renvoie la cause au Tmc.
Le recourant, qui obtient gain de cause sur ce point, a droit à des dépens, à la charge du canton de Vaud. Cela rend sans objet sa demande d'assistance judiciaire. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires. Les frais et dépens de la procédure cantonale peuvent également être fixés dans le présent arrêt (art. 67 et 68 al. 5 LTF). Les dépens sont ainsi arrêtés de manière globale pour les procédures cantonale et fédérale, et les frais judiciaires de l'instance cantonale sont laissés à la charge du canton de Vaud.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis partiellement; l'arrêt attaqué est maintenu en tant qu'il confirme la mise en détention provisoire jusqu'au 28 février 2013. Il est annulé pour le surplus et la cause est renvoyée à la Chambre des recours pénale pour nouvelle décision au sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires pour la procédure fédérale et les frais judiciaires de la procédure cantonale sont laissés à la charge du canton de Vaud.
3. Une indemnité de dépens globale de 3'000 fr. est allouée au recourant, pour les procédures fédérale et cantonale, à la charge du canton de Vaud. La demande d'assistance judiciaire pour la procédure fédérale est sans objet.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de l'arrondissement de l'Est vaudois, par le Ministère public central, au Tribunal des mesures de contrainte et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 14 février 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz