Faits:
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A. Le 28 octobre 2004, le Grand Conseil du canton de Genève a adopté la loi n° 9318 modifiant les limites de zones sur le territoire de la commune de Vernier. Le périmètre concerné est situé au lieu-dit "La Renfile", entre les routes de Pré-Bois et de Vernier, le chemin de la Croisette et les voies CFF au nord. Depuis 1986, il se trouvait en zone de développement industriel. Le secteur faisait l'objet d'un plan localisé de quartier (PLQ) adopté en 1992. Dans le but de permettre l'implantation d'un magasin Ikea, la nouvelle affectation s'intitule "Zone de développement industriel et artisanal également destinée à des activités administratives et commerciales". La loi a été promulguée le 22 décembre 2004. Celle-ci a fait l'objet de deux recours auprès du Tribunal administratif genevois. Le premier, formé par A._ SA, portait sur le respect des prescriptions de l'ordonnance sur la protection contre les accidents majeurs (OPAM), l'art. 19 LAT (accès) et les règles de l'OPB et de l'OPair. Le second était formé par l'entreprise J._, qui critiquait notamment l'implantation du projet en raison de ses incidences sur le trafic des routes de Vernier et du Nant-d'Avril.
Par arrêt du 22 novembre 2005 le Tribunal administratif a déclaré irrecevable le recours de J._, et rejeté celui de A._. Le plan attaqué était un plan d'affectation général qui devait encore être concrétisé par un plan de détail. Les problématiques relatives à l'OPair, à l'OPB et à l'OPAM n'avaient pas à être résolues à ce stade.
J._ a recouru en vain au Tribunal fédéral contre cet arrêt (arrêt 1A.11/2006 et 1P.41/2006 du 27 décembre 2006). L'entreprise recourante était située à environ un kilomètre du périmètre du plan de zone. Même si le trafic généré par le centre commercial était susceptible d'entraver l'exploitation à certains moments de la journée, il ne s'agissait pas d'une atteinte suffisante.
J._ a recouru en vain au Tribunal fédéral contre cet arrêt (arrêt 1A.11/2006 et 1P.41/2006 du 27 décembre 2006). L'entreprise recourante était située à environ un kilomètre du périmètre du plan de zone. Même si le trafic généré par le centre commercial était susceptible d'entraver l'exploitation à certains moments de la journée, il ne s'agissait pas d'une atteinte suffisante.
B. Parallèlement à l'élaboration du plan de zones, une procédure d'adoption d'un nouveau PLQ a été mise en oeuvre. Un rapport d'impact 1ère étape a été élaboré le 11 mars 2005. Il est constitué de cinq documents: une enquête préliminaire du 12 juin 2003, ayant fait l'objet des préavis des services cantonaux; un complément du 13 février 2004 répondant aux demandes de divers services; un complément du 25 octobre 2004 faisant suite à la demande de l'autorité communale de prévoir une sortie supplémentaire du parking sur la route de Pré-Bois, avec une évaluation de l'impact sur la circulation, la pollution de l'air, le bruit et les problèmes de sécurité; un complément du 16 février 2005 répondant aux demandes formulées par l'Office cantonal des transports et de la circulation (OTC), et un complément du 11 mars 2005 répondant aux demandes du Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement (SEIE). Le PLQ n° 29231A prévoyait un bâtiment d'un étage sur rez et superstructures, soit 31'000 m2 de surfaces brutes de plancher au maximum, ainsi qu'un parking souterrain de 934 places sur deux niveaux. Les questions relatives à la construction, aux installations techniques et au chantier feraient l'objet d'un rapport d'impact de 2ème étape.
Le PLQ a été mis à l'enquête en avril 2005. Plusieurs oppositions ont été formées, portant notamment sur la saturation du trafic sur les routes de Vernier, du Nant-d'Avril et de Pré-Bois. Par arrêté du 31 août 2005, le Conseil d'Etat genevois a rejeté les oppositions et adopté le PLQ. Les opposants, soit A._, B._, C._, l'association D._ et divers consorts, I._, J._ et K._ ont saisi le Tribunal administratif.
Par arrêt du 7 mars 2006, le Tribunal administratif a admis les recours dirigés contre le PLQ (à l'exception du recours formé par K._, propriétaire d'une parcelle sans lien direct avec le périmètre) et annulé celui-ci. A l'instar des autres recourants, J._ s'est vu, cette fois, reconnaître la qualité pour agir: elle effectuait entre 300 et 360 déplacements automobiles journaliers, et son seul accès à l'autoroute de contournement était la route du Nant-d'Avril; les carrefours concernés étaient, selon le rapport d'impact, proches de la saturation. Elle se trouvait ainsi exposée à des nuisances directes et spéciales. Sur le fond, le plan était suffisamment précis pour imposer une étude d'impact exhaustive. En l'occurrence, la première partie du rapport ne traitait pas des mesures constructives et des mesures relatives à l'exploitation (incitant à l'utilisation des transports publics) ou à la gestion des marchandises (livraisons par rail). L'examen de l'évaluation des nuisances, des mesures liées au chantier et de l'accessibilité des zones industrielles en amont avait été renvoyé à la deuxième phase, de sorte que les faits pertinents n'avaient pas été suffisamment établis. Il en allait de même s'agissant de l'équipement: le périmètre était touché par la pollution atmosphérique et sonore, et la charge de trafic était proche de la saturation. Le respect de l'OPAM n'était pas non plus assuré à ce stade. Enfin, le projet était de nature à compromettre l'application du plan de mesures 2003-2010, de sorte que l'adoption d'un plan localisé d'assainissement apparaissait nécessaire.
Par arrêt du 7 mars 2006, le Tribunal administratif a admis les recours dirigés contre le PLQ (à l'exception du recours formé par K._, propriétaire d'une parcelle sans lien direct avec le périmètre) et annulé celui-ci. A l'instar des autres recourants, J._ s'est vu, cette fois, reconnaître la qualité pour agir: elle effectuait entre 300 et 360 déplacements automobiles journaliers, et son seul accès à l'autoroute de contournement était la route du Nant-d'Avril; les carrefours concernés étaient, selon le rapport d'impact, proches de la saturation. Elle se trouvait ainsi exposée à des nuisances directes et spéciales. Sur le fond, le plan était suffisamment précis pour imposer une étude d'impact exhaustive. En l'occurrence, la première partie du rapport ne traitait pas des mesures constructives et des mesures relatives à l'exploitation (incitant à l'utilisation des transports publics) ou à la gestion des marchandises (livraisons par rail). L'examen de l'évaluation des nuisances, des mesures liées au chantier et de l'accessibilité des zones industrielles en amont avait été renvoyé à la deuxième phase, de sorte que les faits pertinents n'avaient pas été suffisamment établis. Il en allait de même s'agissant de l'équipement: le périmètre était touché par la pollution atmosphérique et sonore, et la charge de trafic était proche de la saturation. Le respect de l'OPAM n'était pas non plus assuré à ce stade. Enfin, le projet était de nature à compromettre l'application du plan de mesures 2003-2010, de sorte que l'adoption d'un plan localisé d'assainissement apparaissait nécessaire.
C. Ikea Immobilière SA forme un recours de droit administratif. Elle demande au Tribunal fédéral de constater que J._, ainsi que C._ et les consorts E._, F._, G._, H._ n'avaient pas qualité pour recourir; principalement, elle demande l'annulation de l'arrêt du 7 mars 2006, et la confirmation de l'arrêté du Conseil d'Etat du 31 août 2005 et du PLQ.
Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
B._ a fait savoir, le 30 mai 2006, qu'elle avait déclaré retirer son recours cantonal; la procédure devant le Tribunal fédéral serait sans objet en ce qui la concerne. J._ et K._ concluent au rejet du recours. L'association D._, les consorts E._, F._, G._ et H._, C._ et I._ concluent au rejet du recours. Le 13 septembre 2006, A._ a déclaré renoncer à formuler des griefs contre le PLQ. Par la suite, le 8 février 2007, C._ a fait de même. Le Conseil d'Etat conclut dans le sens de la recourante.
L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a produit des déterminations le 5 mars 2007. Il relève que le droit genevois prévoit une EIE en deux étapes pour les parkings de plus de 300 places et les centres commerciaux de plus de 5000 m2. En l'occurrence, la première partie du rapport d'impact serait suffisante au stade du PLQ. Les parties ont pu présenter des observations sur cette prise de position.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Dirigé contre un arrêt rendu avant l'entrée en vigueur de la LTF, le recours est soumis à l'ancien droit (art. 132 LTF).
1.1 L'arrêt attaqué porte sur la validité d'un plan localisé de quartier (PLQ), soit un plan d'affectation spécial. Cela étant, le Tribunal administratif s'est exclusivement fondé dans son arrêt sur le droit fédéral sur la protection de l'environnement, puisqu'il se rapporte aux modalités de réalisation d'une étude d'impact par étapes (art. 9 LPE et 5 al. 3 OEIE), au regard des exigences notamment de l'OPair et de l'OPAM. Cela ouvre la voie du recours de droit administratif (ATF 129 I 337 consid. 1.1 p. 339 et la jurisprudence citée). La recourante a qualité pour recourir au sens de l'art. 103 let. a OJ.
1.2 B._ a fait savoir, le 30 mai 2006, qu'au terme d'un accord avec la recourante, elle avait retiré son recours au Tribunal administratif après le prononcé de l'arrêt attaqué mais avant l'échéance du délai de recours au Tribunal fédéral. Elle estime qu'un tel retrait serait possible en raison de l'effet dévolutif du recours de droit administratif et rendrait la procédure de recours au Tribunal fédéral "sans objet" en ce qui la concerne. Le Tribunal fédéral ne peut toutefois, comme la recourante le demande, lui donner acte du retrait de son recours cantonal, car un tel retrait est tardif; la recourante n'ayant pas non plus formellement conclu à l'admission du présent recours, sa déclaration peut tout au plus être interprétée comme une renonciation à prendre des conclusions dans le cadre de la procédure fédérale de recours de droit administratif. Il en va de même des déclarations faites le 13 septembre 2006 par A._, et le 8 février 2007 par C._.
1.2 B._ a fait savoir, le 30 mai 2006, qu'au terme d'un accord avec la recourante, elle avait retiré son recours au Tribunal administratif après le prononcé de l'arrêt attaqué mais avant l'échéance du délai de recours au Tribunal fédéral. Elle estime qu'un tel retrait serait possible en raison de l'effet dévolutif du recours de droit administratif et rendrait la procédure de recours au Tribunal fédéral "sans objet" en ce qui la concerne. Le Tribunal fédéral ne peut toutefois, comme la recourante le demande, lui donner acte du retrait de son recours cantonal, car un tel retrait est tardif; la recourante n'ayant pas non plus formellement conclu à l'admission du présent recours, sa déclaration peut tout au plus être interprétée comme une renonciation à prendre des conclusions dans le cadre de la procédure fédérale de recours de droit administratif. Il en va de même des déclarations faites le 13 septembre 2006 par A._, et le 8 février 2007 par C._.
2. La recourante conteste en premier lieu la qualité pour agir reconnue par le Tribunal administratif à J._, K._, C._ et les consorts E._, F._, G._, H._. L'entreprise J._ serait implantée à plus d'un kilomètre du périmètre et disposerait d'accès alternatifs. Dans son premier arrêt, le Tribunal administratif lui avait d'ailleurs dénié la qualité pour agir. Propriétaire d'une parcelle distante d'un kilomètre, K._ ne serait pas touchée par l'augmentation du trafic. Il en irait de même des consorts E._, F._, G._, H._, dont la villa est séparée du site par la voie ferrée. C._ ne serait pas entravée dans l'exploitation de sa station de lavage pour véhicules.
2.1 Selon la jurisprudence relative à l'art. 103 let. a OJ (applicable au recours cantonal en vertu de l'art. 98a OJ, ce qui permet à la recourante de se plaindre à ce sujet d'une violation du droit fédéral, quelles que soient les dispositions du droit cantonal sur ce point), le recours de droit administratif peut être formé par le propriétaire d'un immeuble directement voisin, ou relativement proche de la construction ou de l'installation litigieuse (ATF 121 II 171 consid. 2c/bb p. 175; 116 Ib 323 consid. 2). S'il est certain ou très vraisemblable que l'installation litigieuse sera à l'origine d'immissions - bruit, poussières, vibrations, lumière, fumée - atteignant spécialement les voisins, même situés à une certaine distance, ces derniers peuvent avoir qualité pour recourir (cf. ATF 125 II 10 consid. 3a p. 15). Les immissions ou autres inconvénients justifiant l'intervention d'un cercle élargi de personnes doivent présenter un certain degré d'évidence, sous peine d'admettre l'action populaire que la loi a précisément voulu exclure. Il peut ainsi s'agir des riverains d'une route habitant à un kilomètre de l'exploitation, dans la mesure où le trafic supplémentaire sera la cause probable de nuisances importantes durant tous les jours ouvrables (ATF 113 Ib 225 consid. 1 p. 228). Lorsque la charge est déjà importante, la construction projetée doit impliquer une augmentation sensible des nuisances. Ainsi en va-t-il particulièrement en milieu urbain où la définition du cercle des personnes touchées plus que n'importe quel habitant d'une agglomération n'est pas une chose aisée (arrêt 1A.47/2002 concernant la construction d'un stade de football).
2.2 En application de ces principes, le Tribunal administratif, puis le Tribunal fédéral, ont dénié la qualité pour agir de J._ à l'encontre du plan de zones. La seule qualité d'usager de l'axe routier Route de Vernier-Nant d'Avril ne lui permettait pas de s'opposer au projet. L'accès à l'autoroute de contournement pouvait se faire en empruntant le giratoire de la rue Lect, situé quelques centaines de mètres à l'ouest, et en rejoignant la route de Meyrin. Même si la réalisation du projet rendait plus difficile l'exploitation à certains moments de la journée, J._ serait touchée au même titre que les nombreuses autres entreprises de transport et de construction qui ont leur siège dans la Zone Industrielle de Mouille-Galland, que les habitants de Vernier et que les autres usagers qui, sans être implantés dans les environs, doivent néanmoins obligatoirement emprunter la route du Nant-d'Avril pour des besoins professionnels.
L'arrêt attaqué n'explique pas le revirement opéré par le Tribunal administratif à propos de la qualité pour agir de J._. Faute d'éléments nouveaux survenus entre temps, rien ne justifie de s'écarter de l'appréciation faite dans l'arrêt du Tribunal administratif du 22 novembre 2005, confirmé par le Tribunal fédéral le 27 décembre 2006. La qualité pour agir de J._ a été admise à tort et l'arrêt attaqué doit être annulé sur ce point déjà.
Cela a pour conséquence que J._ ne pouvait pas non plus être admise à procéder devant le Tribunal fédéral (sauf sur la question de sa qualité pour agir), et que les pièces produites par celle-ci doivent être écartées du dossier.
2.3 S'agissant de K._, propriétaire de la parcelle n° 3257 du cadastre de la commune de Vernier, situé à 300 m du périmètre, au-delà de la voie ferrée, l'arrêt cantonal a nié la qualité pour recourir. Il n'est pas contesté sur ce point.
2.4 C._ est installée sur les parcelles 3148 et 3509 à environ 200 m du PLQ. La cour cantonale a estimé que la viabilité de l'entreprise était en jeu dans la mesure où l'activité de la station de lavage pouvait être affectée par les difficultés d'accès liées à la densité du trafic. Cette question n'a plus à être examinée puisque C._ a déclaré renoncer à élever des griefs à l'encontre du PLQ. Il en va de même pour A._.
Dans l'optique d'un renvoi de la cause pour nouveau jugement, il appartiendra à la cour cantonale d'examiner l'incidence, pour la procédure cantonale, des différentes déclarations faites par les intimées au stade du recours de droit administratif.
2.5 S'agissant des consorts E._, F._, G._, H._ dont la villa est sise au 23, chemin des Coquelicots, le Tribunal administratif a admis la qualité pour agir en raison de la situation de la parcelle n° 909, laquelle jouxte immédiatement le site dont elle est séparée par le chemin et la voie CFF. Compte tenu de cette proximité, la reconnaissance de la qualité de partie est conforme à la jurisprudence et ne procède pas, comme le soutient la recourante, d'une inadvertance manifeste. Il en va de même à propos de I._, dont la recourante ne conteste du reste pas la qualité pour agir.
2.6 La recourante "formule des réserves" à propos de la qualité pour agir de l'association D._, n'ayant pu consulter ni la liste de ses membres, ni ses statuts, ni la décision de ses organes de recourir contre le PLQ. Selon la jurisprudence, une association peut être admise à agir, sans être elle-même touchée par la décision entreprise, pour autant qu'elle ait comme but statutaire la défense des intérêts dignes de protection de ses membres, que ces intérêts soient communs à la majorité ou au moins à un grand nombre d'entre eux et, enfin, que chacun de ceux-ci ait qualité pour s'en prévaloir à titre individuel (ATF 121 II 39 consid. 2d/aa; 120 Ib 59 consid. 1a et les arrêts cités). Or, s'il rappelle les dispositions statutaires par lesquelles l'association a pour but de contribuer au maintien et au développement du caractère harmonieux de Vernier et de ses alentours, le Tribunal administratif ne répond pas à la question de la localisation des membres de l'association, afin de savoir si ceux-ci, ou en tout cas leur majorité, auraient qualité pour agir à titre personnel. La question peut demeurer indécise dans la mesure où le recours doit, comme on le verra, être admis sur le fond.
2.6 La recourante "formule des réserves" à propos de la qualité pour agir de l'association D._, n'ayant pu consulter ni la liste de ses membres, ni ses statuts, ni la décision de ses organes de recourir contre le PLQ. Selon la jurisprudence, une association peut être admise à agir, sans être elle-même touchée par la décision entreprise, pour autant qu'elle ait comme but statutaire la défense des intérêts dignes de protection de ses membres, que ces intérêts soient communs à la majorité ou au moins à un grand nombre d'entre eux et, enfin, que chacun de ceux-ci ait qualité pour s'en prévaloir à titre individuel (ATF 121 II 39 consid. 2d/aa; 120 Ib 59 consid. 1a et les arrêts cités). Or, s'il rappelle les dispositions statutaires par lesquelles l'association a pour but de contribuer au maintien et au développement du caractère harmonieux de Vernier et de ses alentours, le Tribunal administratif ne répond pas à la question de la localisation des membres de l'association, afin de savoir si ceux-ci, ou en tout cas leur majorité, auraient qualité pour agir à titre personnel. La question peut demeurer indécise dans la mesure où le recours doit, comme on le verra, être admis sur le fond.
3. Sur le fond, la recourante se plaint d'une violation de l'art. 5 al. 3 de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE, RS 814.011). Elle estime que le Tribunal administratif aurait méconnu la nature du PLQ, ainsi que la possibilité d'effectuer une EIE par étapes. L'exhaustivité de l'EIE devrait être appréciée en fonction de l'étape concernée et du degré de précision de la mesure en cause. En l'occurrence, le PLQ serait certes détaillé, puisqu'il prévoit des mesures "de minimisation et de compensation" relatives aux façades protectrices, à l'exploitation du parking en sous-sol et à l'obligation de prévoir 50% des livraisons par le rail. En revanche, les détails de construction et d'exploitation, qui seuls permettraient une EIE définitive, relèveraient de l'autorisation de construire. Les points mentionnés dans le cahier des charges de la 2ème étape ne pouvaient donc pas être traités à ce stade. Contrairement à ce que retient l'arrêt attaqué, l'accès routier des zones industrielles situées en amont avait fait l'objet d'un examen détaillé. La recourante affirme aussi que les prescriptions de l'OPair seraient respectées depuis 2004, que le projet ne provoquerait pas de nuisances excessives et que l'exigence de l'adoption préalable d'un plan localisé d'assainissement ne serait plus nécessaire, et violerait le principe de l'égalité des charges. Il en irait de même s'agissant du respect de l'OPAM, à laquelle le projet litigieux n'est pas soumis. La recourante se plaint aussi d'arbitraire et d'une constatation inexacte des faits, mais ces griefs sont sans portée par rapport à la violation alléguée du droit fédéral.
3.1 Aux termes de l'art. 9 al. 1 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01), avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations pouvant affecter sensiblement l'environnement, l'autorité apprécie le plus tôt possible leur compatibilité avec les exigences de la protection de l'environnement. Cette appréciation - l'étude de l'impact sur l'environnement (EIE) - intervient au terme d'un processus, sur la base d'un rapport d'impact (art. 9 al. 2 à 4 LPE), de l'avis des services spécialisés de l'administration, d'informations complémentaires et éventuellement d'expertises (art. 9 al. 5 à 7 LPE). Les installations visées sont désignées par le Conseil fédéral dans l'annexe de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (annexe OEIE; cf. art. 9 al. 1 in fine LPE, art. 1 OEIE). L'objet de l'EIE est défini à l'art. 3 al. 1 OEIE: ce processus doit permettre de déterminer si un projet d'installation répond aux prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement.
3.2 Aux termes de l'art. 5 al. 2 OEIE, l'EIE est effectuée dans le cadre d'une procédure donnée ("procédure décisive"). Pour certaines installations, cette procédure est désignée dans l'annexe à l'ordonnance; pour d'autres, l'annexe renvoie au droit cantonal (cf. art. 5 al. 3 OEIE). S'agissant d'un centre commercial de plus de 5000 m2 de surface de vente et d'un parking de plus de 300 places, les ch. 11.4 et 80.5 de l'annexe OEIE indiquent que la procédure décisive doit être déterminée par le droit cantonal. A ce propos, le droit fédéral impose aux cantons de choisir la procédure qui permet à l'autorité compétente de commencer ses travaux le plus rapidement possible et d'effectuer une EIE exhaustive (art. 5 al. 3, 2e phrase OEIE). Dans les cas où les cantons prévoient l'établissement d'un plan d'affectation spécial ou de détail, cette procédure est considérée comme procédure décisive, à condition qu'elle permette de procéder à une EIE exhaustive (art. 5 al. 3, 3e phrase OEIE). Cette dernière réserve s'explique par le fait qu'il n'est généralement pas possible, au stade du plan d'affectation, d'appliquer toutes les normes déterminantes pour l'installation et de connaître déjà l'ensemble de ses effets sur l'environnement. Le principe de coordination (art. 25a LAT) n'exige donc pas systématiquement une appréciation exhaustive lors de la décision de planification car on peut concevoir plusieurs étapes de coordination (André Jomini, Coordination matérielle; l'approche de la jurisprudence du Tribunal fédéral, DEP 5/2005 p. 444 ss, 462).
3.3 Selon l'art. 5 du règlement genevois d'application de l'OEIE (RaOEIE), lorsqu'une installation soumise à l'EIE est prévue par un plan localisé de quartier ou un autre plan d'affectation spécial, l'étude d'impact est mise en oeuvre dès l'élaboration de ce plan (al. 1). Dans les cas où l'EIE doit être effectuée par étapes, le rapport relatif à la première étape indique l'état des investigations qui résulte du degré de précision du projet à ce stade; les données et informations pertinentes résultant du projet définitif de l'installation sont traitées dans le cadre de la deuxième étape (al. 2). Selon les ch. 11.4 et 80.5 de l'annexe au règlement, la procédure prévue pour les parking de plus de 300 places et les centres commerciaux de plus de 5000 m2 de surface de vente est en deux étapes: dans les deux cas, la première étape est celle du plan localisé de quartier ou la demande préalable d'autorisation de construire, alors que la seconde étape est celle de la demande définitive d'autorisation de construire.
3.4 Il n'est pas contesté que les dispositions du règlement cantonal satisfont aux exigences du droit fédéral; celui-ci admet en effet une "EIE par étapes", en plusieurs procédures successives; l'art. 6 OEIE exige alors que chacune de ces procédures permette à l'autorité compétente d'obtenir toutes les informations dont elle a besoin pour pouvoir se prononcer au terme de la procédure en question, ce que confirme l'art. 5 al. 2 RaOEIE. Selon la jurisprudence, l'EIE par étapes pourra notamment intervenir lorsqu'un plan d'affectation spécial n'est pas suffisamment détaillé pour permettre une appréciation exhaustive d'un projet, mais qu'il règle néanmoins certaines questions déterminantes quant aux dimensions, à l'implantation ou à l'équipement de l'installation, lesquelles ne pourront en principe plus être revues dans la phase ultérieure de l'autorisation de construire (ATF 120 Ib 436 consid. 2d/aa p. 450). En permettant d'effectuer l'EIE lors de l'établissement d'un plan d'affectation, le cas échéant en première étape (donc de manière non exhaustive), l'ordonnance tient compte de la règle de l'art. 9 al. 1 LPE selon laquelle la compatibilité de l'installation avec les exigences de la protection de l'environnement doit être appréciée "le plus tôt possible".
3.5 Le PLQ litigieux a pour seul objet l'implantation d'un centre Ikea. Il détermine précisément la localisation, la surface et le volume des bâtiments, y compris le parking souterrain dont la capacité est fixée à 934 places. Les accès automobiles (avec les entrées de parkings) et piétonniers, le secteur de livraisons et la desserte par le rail sont également mentionnés. Le règlement prévoit certaines mesures d'accompagnement, soit: la livraison des marchandises à raison de 50% minimum par le rail; l'élaboration d'un système de régulation et de guidage pour les accès et sorties du parking; la mise au point d'un plan de mobilité pour le personnel encourageant l'utilisation des transports collectifs; la mise en valeur de la halte RER et la création de cheminements piétons et deux-roues aisés au terme d'une étude complémentaire dans le cadre de la requête en autorisation de construire. Ces données sont suffisantes pour procéder à une évaluation de l'impact du projet sur le trafic, et par conséquent l'augmentation en terme de pollution atmosphérique. Tel est d'ailleurs l'un des objets principaux du rapport d'impact 1ère étape.
Dans le cahier des charges du rapport d'impact 2ème étape figurent les mesures suivantes:
- à propos de la pollution de l'air: mesures détaillées intégrées au projet (mesures constructives) respectivement à l'exploitation (mesures d'exploitation) incitant à l'utilisation des transports publics et à l'utilisation de moyens de déplacement écologiques (marche, deux-roues); description des mesures intégrées au projet relatives à la gestion des marchandises (livraisons); application de la directive sur la protection de l'air sur les chantiers.
- s'agissant du bruit: vérification des hypothèses retenues au stade du PLQ, de l'évaluation des nuisances dues aux installations techniques, des limitations de la réverbération sur les facades et des nuisances du chantier.
L'ensemble de ces mesures se rapporte à la construction proprement dite et relève de la procédure d'autorisation de construire. On ne saurait donc exiger que l'étude d'impact exécutée au stade du PLQ porte sur ces questions, car cela reviendrait à nier la possibilité d'une EIE par étapes. C'est donc à tort que le Tribunal administratif a annulé le PLQ en se référant simplement au cahier des charges de la seconde étape, pour en déduire que l'EIE n'était pas exhaustive.
L'ensemble de ces mesures se rapporte à la construction proprement dite et relève de la procédure d'autorisation de construire. On ne saurait donc exiger que l'étude d'impact exécutée au stade du PLQ porte sur ces questions, car cela reviendrait à nier la possibilité d'une EIE par étapes. C'est donc à tort que le Tribunal administratif a annulé le PLQ en se référant simplement au cahier des charges de la seconde étape, pour en déduire que l'EIE n'était pas exhaustive.
4. Le Tribunal administratif a également considéré que le Conseil d'Etat n'avait pas procédé à une constatation exhaustive des faits pertinents s'agissant de la pollution de l'air et, sous l'angle de l'équipement (art. 19 LAT), de la problématique des accès et du trafic routier. Le périmètre touché par l'implantation était déjà touché par la pollution atmosphérique et sonore, et la charge de trafic actuelle était proche de la saturation. Cette augmentation des nuisances était contraire au plan de mesures adopté par le Conseil d'Etat en 2003. Si le taux de NO2 avait diminué depuis 1998 pour arriver très légèrement en-dessous de la valeur limite de 30μg/m3, la situation demeurait préoccupante compte tenu de la localisation du site.
4.1 En dehors de ces remarques d'ordre général, la cour cantonale n'a pas expliqué en quoi les questions d'accès routier et d'impact du projet sur l'environnement auraient mal été évaluées à ce stade. Or, s'agissant du rattachement au réseau routier et du parking, le PLQ présente, à juste titre (cf. ATF 118 Ib 66 consid. 2a et 131 II 103 consid. 3.3, s'agissant du nombre de places de stationnement), un degré de précision suffisant pour que soient évalués les effets du projet sur l'environnement.
4.2 La question de l'accès au site a en effet été attentivement examinée dans le rapport d'impact de première étape. L'étude préliminaire est largement consacrée à la question de la circulation et des accès. Les charges de trafic ont été établies, en moyennes journalières ainsi qu'aux heures de pointe de 17 à 18 h, sur la base de comptages effectués en septembre 2002 sur l'ensemble des carrefours du périmètre. L'augmentation de trafic a ensuite été évaluée notamment par comparaison avec le magasin Ikea déjà en service à Aubonne, et en tenant compte d'une meilleure desserte par les transports publics; l'augmentation est estimée à environ 5200 mouvements de véhicules journaliers, avec un volume maximum le samedi entre 15 et 16 heures (1000 mouvements/h) et en semaine entre 17 et 18 h (600 mouvements/h); cette dernière période a été choisie pour apprécier les impacts sur l'exploitation du réseau routier, en raison des effets cumulés aux heures de pointe de la semaine. L'augmentation des capacités utilisées serait de l'ordre de 6 à 8% sur les principaux carrefours. A terme, le carrefour sud de la jonction de Vernier serait quasiment saturé. A court terme, les effets de l'accroissement naturel du trafic et le report modal sur les transports collectifs se compenseraient. S'agissant de la régulation du trafic, un problème de files d'attente se posait à la sortie du chemin de la Croisette, mais pouvait être résolu par un dispositif de détection des files d'attente. Le rapport pose les principes de gestion des accès au parking, comportant notamment un système de guidage avec indication des places disponibles, un "sas" intérieur destiné à minimiser les files d'attente à l'extérieur du bâtiment et une sortie alternative sur la route de Pré-Bois permettant de dégager les véhicules bloqués. A titre de mesures complémentaires, le rapport insiste sur la nécessité d'encourager l'utilisation des transports publics, d'adopter un plan de mobilité pour le personnel et d'instaurer un parking payant. En définitive, le réseau routier supporterait le trafic généré par le projet, bien que les réserves de capacité soient très restreintes. Le projet ne nécessitait pas de modifications importantes des modes actuels de régulation des carrefours sur la route de Vernier.
Dans son premier préavis du 15 septembre 2003, l'OTC a considéré que les données relatives aux transports avaient été correctement établies et que les prévisions de génération et de répartition du trafic étaient vraisemblables. Il paraissait nécessaire d'exclure les activités commerciales supplémentaires susceptibles de modifier les impacts sur le trafic. En cas d'affluence exceptionnelle, en particulier dans les mois suivant l'ouverture et au gré des campagnes commerciales, il existait un risque de refoulement sur le réseau. Ce risque apparaissait maîtrisable "pour autant que l'on soit prêt à tolérer une extension supplémentaire des heures de saturation du réseau routier cantonal dans ce secteur".
Le complément du 13 février 2004 comporte quelques précisions sur le mode de gestion du parking. Les préavis de l'OTC des 3 et 16 mars 2004 retiennent que le complément fourni répond de façon satisfaisante aux interrogations formulées précédemment.
Le rapport du 25 octobre 2004 tient compte de la demande de l'autorité communale de prévoir une sortie supplémentaire sur la route de Pré-Bois en direction de la route de Meyrin. Cela impliquait une modification des hypothèses de distribution, sur la base des comptages de trafic effectués en juin 2004, sur un périmètre étendu comprenant la route de Meyrin, et compte tenu des effets du Tram Cornavin-Meyrin-CERN (TCMC) et du développement à l'horizon 2005/2007 dans le secteur Meyrin-Vernier-Satigny. Ainsi modifié, le projet Ikea engendrerait notamment une augmentation de 6% sur la route de Pré-Bois, de 6 à 13% sur la route de Vernier entre le chemin de la Croisette et la jonction de Vernier. L'augmentation de 10% à l'intersection des routes de Vernier et de Pré-Bois nécessitait une attention particulière, le carrefour arrivant ainsi à saturation. Les possibles fluctuations ou irrégularités du trafic pouvaient conduire à des saturations momentanées et en particulier à l'allongement de certaines files d'attente, qui devaient être prises en compte par l'aménagement d'itinéraires alternatifs. La nécessité d'adapter la programmation actuelle des carrefours ne remettait toutefois pas en question l'ensemble du système de régulation. La nouvelle sortie de Pré-Bois permettait d'améliorer sensiblement la situation.
L'OTC s'est prononcé le 30 novembre 2004. Il a notamment estimé que les données prises en compte n'intégraient pas suffisamment l'augmentation due au complexe de Blandonnet sur la route de Pré-Bois et sur la bretelle d'accès à la route de Meyrin aux heures de pointe du soir, ni de la tendance d'accroissement due aux développements prévisibles; la route de Pré-Bois apparaissait comme le tronçon sensible du système; une analyse plus détaillée devait être fournie sur la signalisation directionnelle et la stratégie de régulation sur cet axe.
La signalisation des itinéraires préférentiels a ainsi été précisée dans le complément du 16 février 2005; y figure également une estimation de l'évolution prévisible à court terme (2007-2009); il y est relevé que les projets de grands commerces générateurs de trafic supplémentaire ont été soit déjà réalisés, soit abandonnés, le seul projet d'importance restant celui d'Ikea; pour le surplus, le trafic supplémentaire dû à l'habitat et à l'activité nouvelle se compensait avec les effets de la mise en service du TCMC, avec une amélioration notable sur la route de Meyrin. A plus long terme, la saturation du réseau impliquait de nouvelles réflexions de planification.
Le 9 mars 2005, l'OTC s'est déclaré satisfait par ces éléments de réponse; ceux-ci contenaient des engagements qu'il y avait lieu de reprendre comme conditions à l'autorisation de construire. Le 11 mars suivant, l'OTC précisa encore que les données de transports, la stratégie proposée et sa traduction concrète en terme de gestion des mouvements étaient approuvées. Sauf élément nouveau, le degré d'avancement atteint satisfaisait aux exigences applicables à l'étude d'impact; aucun développement ne serait dès lors attendu dans le cadre de la deuxième étape. Le 16 mars 2005, le SEIE a délivré un préavis favorable, en reprenant les considérations de l'OTC.
4.3 Comme cela est relevé ci-dessus, le Tribunal administratif n'explique guère pour quelles raisons il a considéré que le rapport d'impact était lacunaire s'agissant de la question des accès et de l'accroissement du trafic automobile. Les intimés ont certes contesté certaines données (nombre de mouvements de véhicules, pourcentage d'utilisation des transports publics surévalué, horaire de pointe limité à 17-18h, coordination entre carrefours, données de base datant de 2002, parking sous-dimensionné), mais la cour cantonale n'indique pas les données que, pour sa part, elle aurait considérées comme manquantes, voire matériellement fausses dans le rapport d'impact. Dans ces conditions, il n'y avait pas de motif pertinent de s'écarter des avis exprimés par le service cantonal compétent, selon lequel les pronostics de trafic étaient vraisemblables et les stratégies prévues suffisantes. Les incertitudes liées à la situation actuelle, déjà délicate, et à l'évolution future ont été prises en compte dans les compléments exigés par l'OTC, et ce dernier a lui-même précisé que du point de vue du trafic, l'étude d'impact était complète et n'appelait aucun complément en seconde étape. L'appréciation contraire de la cour cantonale viole par conséquent le droit fédéral.
4.3 Comme cela est relevé ci-dessus, le Tribunal administratif n'explique guère pour quelles raisons il a considéré que le rapport d'impact était lacunaire s'agissant de la question des accès et de l'accroissement du trafic automobile. Les intimés ont certes contesté certaines données (nombre de mouvements de véhicules, pourcentage d'utilisation des transports publics surévalué, horaire de pointe limité à 17-18h, coordination entre carrefours, données de base datant de 2002, parking sous-dimensionné), mais la cour cantonale n'indique pas les données que, pour sa part, elle aurait considérées comme manquantes, voire matériellement fausses dans le rapport d'impact. Dans ces conditions, il n'y avait pas de motif pertinent de s'écarter des avis exprimés par le service cantonal compétent, selon lequel les pronostics de trafic étaient vraisemblables et les stratégies prévues suffisantes. Les incertitudes liées à la situation actuelle, déjà délicate, et à l'évolution future ont été prises en compte dans les compléments exigés par l'OTC, et ce dernier a lui-même précisé que du point de vue du trafic, l'étude d'impact était complète et n'appelait aucun complément en seconde étape. L'appréciation contraire de la cour cantonale viole par conséquent le droit fédéral.
5. S'agissant de la pollution atmosphérique, le Tribunal administratif a considéré que le périmètre concerné était touché par de fortes émissions d'oxydes d'azote. En 1998, le taux de dioxyde d'azote (NO2) se situait à 37-40 μg/m3 (soit bien au-dessus de la valeur limite de 30 μg/m3 fixée dans l'annexe 7 de l'OPair); la situation s'était améliorée depuis: 33-34 μg/m3 en 2001, 29-30 μg/m3 en 2002, 31-32 μg/m3 en 2003, 27-28 μg/m3 en 2004 et, selon une extrapolation du service compétent, 28-29 μg/m3 en 2005. La situation était fragile et le PLQ était de nature à remettre en cause l'application du plan de mesures 2003-2010; l'adoption du PLQ devait être précédée d'un plan localisé d'assainissement.
5.1 L'art. 11 LPE pose le principe de la limitation, à titre préventif, des émissions, telles que les pollutions atmosphériques et le bruit (al. 1 et 2). Les émissions sont limitées plus sévèrement s'il appert ou s'il y a lieu de présumer que les atteintes, eu égard à la charge actuelle de l'environnement, seront nuisibles ou incommodantes (al. 3). Les émissions sont notamment restreintes par la fixation de valeurs limites, ainsi que des prescriptions en matière de trafic ou d'exploitation (art. 12 al. 1 let. a et c LPE). Les limitations figurent dans les ordonnances ou, pour les cas que celles-ci n'ont pas visés, dans des décisions fondées directement sur la loi.
Lorsque plusieurs sources de pollution atmosphérique entraînent des atteintes nuisibles ou incommodantes, ou si de telles atteintes sont à prévoir, l'autorité compétente établit dans un délai fixé un plan de mesures à prendre pour réduire ces atteintes (art. 44a LPE et 31 OPair). L'art. 32 OPair précise le contenu d'un tel plan de mesures.
5.2 Le rapport d'impact est également consacré à la question de la protection de l'air. Le périmètre d'étude retenu, d'environ 1 km2, comprend les axes routiers dont la charge de trafic sera modifiée par le projet, notamment l'autoroute A1 et ses bretelles d'accès aux routes de Vernier et de Meyrin. L'augmentation des émissions d'oxydes d'azote généréé par la réalisation du PLQ est évaluée à 1,1%, soit 0,5 t/an pour le trafic proprement dit. Les émissions dues au parking sont évaluées à 1,3 t/an. L'augmentation globale est estimée à 3,9%. S'agissant des immissions de NO2, le rapport d'impact se fonde sur les observations faites à la station du réseau d'observation (ROPAG) située à Meyrin, ainsi que sur les constatations faites par le service cantonal de la protection de l'air (SCPA) dans le cadre du renouvellement de la concession de l'Aéroport International de Genève-Cointrin (AIG). Il constate une diminution depuis 1996, le site se trouvant en bordure d'un secteur où les immissions de NO2 dépasseront vraisemblablement, à l'horizon 2010, la valeur limite annuelle de 30 μg/m3 fixée dans l'annexe 7 de l'OPair. La proximité de l'Aéroport et de l'autoroute expliquerait pour une grande part ces immissions excessives, au nord et à l'est du secteur. Le complément du 25 octobre 2004 tient compte de la création d'une sortie au chemin de la Croisette. Les données ont été actualisées, à 2004; les émissions de NOx y sont supérieures de 11%, ce qui s'expliquerait par l'accroissement du trafic survenu depuis 2002. L'augmentation des émissions en cas de réalisation du projet est toujours de 0,5 t/an. En raison de l'amélioration des technologies en matière de rejets de polluants des moteurs, une diminution de 5% pouvait être attendue d'ici 2007, à trafic constant. Les émissions de stationnement étaient évaluées de la même manière que dans le rapport initial. Le dernier complément, du 11 mars 2005, tient compte de la modification de la signalisation, sans en déduire d'incidence sur les émissions de NOx.
Selon le SCPA, le rapport d'enquête préliminaire évaluait de manière correcte les émissions supplémentaires dues au projet; celles-ci présentaient une faible part des émissions actuelles dans la zone. En revanche, il ne tenait pas compte du plan de mesures adopté le 2 avril 2003 par le Conseil d'Etat (Plan de mesures 2003-2010), lequel prévoyait un plan localisé d'assainissement (PM 2003-4). Même si son impact restait faible compte tenu des mesures d'accompagnement prévues, le projet restait "contre-productif" de ce point de vue.
5.3 Il apparaît que si les valeurs limites d'émission fixées dans l'annexe 7 OPair pour le dioxide d'azote sont dépassées dans le secteur du PLQ, elles ne le sont que de peu. Par ailleurs, sur le vu des chiffres rappelés ci-dessus, et compte tenu de la charge actuelle, due en particulier au voisinage de l'AIG et de l'autoroute de contournement, le projet concerné par le PLQ ne causera manifestement pas, en lui-même, des immissions excessives; il ne saurait non plus être considéré comme responsable d'émissions supérieures à la moyenne. Dans un tel cas, si des limitations plus sévères doivent être prises, elles interviendront dans le cadre coordonné d'un plan de mesures, afin de respecter le principe d'égalité des charges (ATF 127 II 238 consid. 8b p. 261; 124 II 272 consid. 4a p. 279 et les arrêts cités).
5.4 Le 2 avril 2003, le Conseil d'Etat genevois a adopté le Plan de mesures 2003-2010, qui succède au plan précédent pour la période 1991-2002. La carte d'immissions établie pour l'horizon 2010 met en évidence une tendance à la diminution des zones à immissions excessives, due à l'amélioration technologique du parc de véhicules. Deux zones critiques demeurent toutefois mises en évidence, soit les quartiers bordant les quais du lac, et la zone située sur le H constitué par la route de Vernier, la route de Meyrin et l'autoroute, qui resteront soumises à des valeurs trop élevées. L'un des objectifs du plan de mesures 2003-2010 est la réduction des immissions de NO2 à l'échelle locale. Parmi les 26 mesures mentionnées figure l'adoption de plans d'assainissement spécifiques pour les deux zones précitées (PM 2003-4); ces plans doivent prévoir les mesures de réduction d'ordre technique ou d'exploitation, la priorité des assainissements étant déterminée en fonction de la charge de pollution. La mesure PM 2003-5 tend à renforcer la part modale de transports collectifs; la mesure PM 2003-11 vise notamment à inciter les entreprises à développer des plans de mobilité intégrant l'ensemble des déplacements des employés; la mesure PM 2003-24 porte sur la mise en oeuvre - depuis 1997 - d'un système de management environnemental de l'AIG, portant sur la lutte contre le bruit et la protection de la qualité de l'air et comprenant des mesures d'incitation et des réductions des émissions de polluants liées au service au sol, au trafic induit par les activités aéroportuaires et à l'ensemble des infrastructures aéroportuaires; la mesure PM 2003-25 concerne le plan de mobilité de l'AIG incitant à l'utilisation des transports publics
5.5 Contrairement à ce que retient le Tribunal administratif, le seul fait que la situation, sous l'angle de la protection de l'air, soit "fragile" ne suffit pas à justifier l'annulation du PLQ. Tel ne pourrait être le cas que s'il devait apparaître que le projet mettrait en péril la réalisation du plan de mesures (ATF 123 II 337 consid. 4c p. 387). Or, tel n'est pas le cas en l'occurrence. En effet, non seulement les immissions supplémentaires liées au projet ne compromettront pas en soi la réalisation du plan de mesures 2003-2010, mais, en outre, le projet de PLQ intègre d'ores et déjà certaines mesures figurant dans ce plan: tel est le cas de la limitation du nombre de places de stationnement, en application du concept "circulation 2000" élaboré en 1992 par l'office cantonal compétent; en outre, le fait que le parking soit payant a été conçu comme une mesure de minimisation intégrée au PLQ. Il s'agit d'une mesure de limitation plus sévère des émissions au sens de l'art. 11 al. 3 LPE (ATF 125 II 129 consid. 7 p. 138). L'adoption d'un plan de mobilité pour le personnel, encourageant activement et financièrement l'utilisation de modes alternatifs à la voiture, correspond à la mesure PM 2003-11. La livraison par rail de 50% des marchandises a pour incidence une réduction du trafic poids-lourds, en adéquation avec la mesure PM 2003-6. Enfin, le plan prévoit la mise en valeur de la halte RER et la création de cheminements aisés pour piétons et deux-roues, ce qui correspond également à la mesure PM 2003-7 (mobilité douce). Quant à l'adoption d'un plan d'assainissement localisé, elle ne constitue que l'une de ces mesures, qui n'a toutefois pas encore été mise en oeuvre concrètement. Elle n'est pas non plus mise en péril par la réalisation du projet, et ne saurait constituer une condition préalable à la réalisation de celui-ci.
5.6 Il résulte de ce qui précède que l'EIE 1ère étape était suffisante pour juger de l'impact du projet sur la pollution de l'air: elle porte sur les données essentielles que sont le nombre de places de stationnement et le mode de gestion du parking, ainsi que l'accès par les transports publics (ATF 131 II 103 consid. 2.4.1 p. 110-111). Il est en outre possible d'admettre à ce stade déjà que le projet est conforme aux dispositions applicables de l'OPair. L'arrêt attaqué doit par conséquent être annulé sur ce point également.
5.6 Il résulte de ce qui précède que l'EIE 1ère étape était suffisante pour juger de l'impact du projet sur la pollution de l'air: elle porte sur les données essentielles que sont le nombre de places de stationnement et le mode de gestion du parking, ainsi que l'accès par les transports publics (ATF 131 II 103 consid. 2.4.1 p. 110-111). Il est en outre possible d'admettre à ce stade déjà que le projet est conforme aux dispositions applicables de l'OPair. L'arrêt attaqué doit par conséquent être annulé sur ce point également.
6. Selon le Tribunal administratif, le rapport d'impact avait omis de traiter de la problématique de la protection contre les accidents majeurs. L'OPAM était applicable tant à la route de Vernier-Nant-d'Avril qu'au site de dépôt d'hydrocarbures de A._, dont les premières citernes sont situées à un peu plus de 100 m du bâtiment.
6.1 La recourante estime que l'application des normes de l'OPAM n'impliquerait pour elle ni restriction au droit de construire, ni obligation d'établir une étude de risques. Le PLQ ne porterait pas sur une entreprise à risques. Se fondant sur un rapport d'Urbaplan, le Conseil d'Etat avait adopté des directives portant sur les rayons de sécurité; des constructions importantes étaient notamment interdites dans un rayon de 100 m autour des bassins; au-delà, il y avait lieu de prévoir un plan d'évacuation et des mesures organisationnelles et constructives. Le PLQ prenait en compte ces contraintes en intégrant des mesures constructives, sur la base d'un rapport d'expert du 1er juillet 2002. La CIRMA avait approuvé ces mesures dans son préavis du 30 septembre 2002. Au regard du trafic d'ensemble, l'augmentation résultant du projet Ikea serait négligeable du point de vue du risque.
6.2 Selon l'art. 10 al. 1 LPE, quiconque entend exploiter des installations qui, en cas d'événements extraordinaires, peuvent causer de graves dommages à l'homme ou à l'environnement, doit prendre les mesures propres à assurer la protection de la population et de l'environnement. Il y a notamment lieu de choisir un emplacement adéquat, de respecter les distances de sécurité nécessaires, de prendre des mesures techniques de sécurité, d'assurer la surveillance de l'installation et l'organisation du système d'alerte. Fondé notamment sur l'art. 10 al. 4 LPE, le Conseil fédéral a édicté l'ordonnance sur la protection contre les accidents majeurs (OPAM, RS 814.012). L'art. 1 OPAM précise son champ d'application, limité aux entreprises et installations qui présentent par leurs caractéristiques des risques particuliers. Quant à l'obligation de fournir un rapport succinct (art. 5 OPAM), elle s'impose au seul détenteur de l'installation. Celui-ci assume un devoir de sécurité générale qu'il lui appartient de respecter en tout temps en adaptant, si nécessaire, ses installations aux modifications qui interviennent dans les conditions d'exploitation ou de voisinage (cf. art. 5 al. 3 OPAM). L'art. 10 LPE ne constitue donc pas une base légale suffisante pour imposer des obligations aux voisins, fût-ce aux frais du détenteur de l'installation (arrêt 1A.14/2005 du 8 août 2006, consid. 7), et c'est à tort que le Tribunal administratif a exigé l'établissement d'un rapport au sens de l'art. 5 OPAM.
6.3 Certes, comme le relève l'OFEV, les intérêts économiques d'une l'exploitation voisine doivent en principe être pris en considération dans le cadre de l'aménagement du territoire. Tel peut être le cas d'une entreprise soumise à l'OPAM qui se voit imposer d'importantes mesures d'adaptation en raison d'un projet particulier. En l'espèce toutefois, la question ne se pose plus pour A._, puisque cette dernière paraît avoir renoncé à contester le PLQ, et par conséquent à faire valoir ses propres intérêts.
6.4 Pour le surplus, le PLQ respecte les distances de sécurité fixées dans les directives du Conseil d'Etat; il prévoit d'ores et déjà des mesures concernant les façades protectrices: le bâtiment ne comprendra pas de fenêtres sur la façade donnant sur la route de Pré-Bois, et la résistance des façades, toitures et fenêtres de la superstructure a été calculée en fonction notamment d'un risque d'explosion d'un camion citerne à 100 m. Il n'est pas prétendu que ces mesures (qui pourront quant à elles être complétées dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire) seraient insuffisantes. L'arrêt attaqué doit être annulé sur ce point également.
6.4 Pour le surplus, le PLQ respecte les distances de sécurité fixées dans les directives du Conseil d'Etat; il prévoit d'ores et déjà des mesures concernant les façades protectrices: le bâtiment ne comprendra pas de fenêtres sur la façade donnant sur la route de Pré-Bois, et la résistance des façades, toitures et fenêtres de la superstructure a été calculée en fonction notamment d'un risque d'explosion d'un camion citerne à 100 m. Il n'est pas prétendu que ces mesures (qui pourront quant à elles être complétées dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire) seraient insuffisantes. L'arrêt attaqué doit être annulé sur ce point également.
7. Enfin, la recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir immédiatement notifié son arrêt à l'office fédéral compétent, comme l'exige l'art. 56 al. 3 LPE. On ne saurait y voir une cause supplémentaire d'annulation de l'arrêt attaqué, dans la mesure où cet office a pu, dans le cadre de la procédure de recours de droit administratif, prendre connaissance de l'arrêt attaqué et présenter ses observations.
7. Enfin, la recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir immédiatement notifié son arrêt à l'office fédéral compétent, comme l'exige l'art. 56 al. 3 LPE. On ne saurait y voir une cause supplémentaire d'annulation de l'arrêt attaqué, dans la mesure où cet office a pu, dans le cadre de la procédure de recours de droit administratif, prendre connaissance de l'arrêt attaqué et présenter ses observations.
8. Sur le vu de ce qui précède, l'arrêt attaqué est annulé dans la mesure où il annule le Plan localisé de quartier 29231A-540. La cause doit être renvoyée au Tribunal administratif afin qu'il statue à nouveau sur la question des frais et dépens. Conformément à l'art. 156 al. 1 OJ, un émolument judiciaire est mis à la charge de la partie qui succombe. En l'occurrence, tous les intimés sont, sans distinction, à l'origine de l'arrêt attaqué, et les déclarations de certaines d'entre eux en cours de procédure sont sans effet de ce point de vue. L'émolument judiciaire doit par conséquent être mis à la charge des différents intimés. Il en va de même de l'indemnité de dépens allouée à Ikea Immobilière SA en application de l'art. 159 OJ.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé dans la mesure où il annule le Plan localisé de quartier n° 29231A-540, du 31 août 2005.
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé dans la mesure où il annule le Plan localisé de quartier n° 29231A-540, du 31 août 2005.
2. La cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève afin qu'il statue à nouveau sur la question des frais et dépens de l'instance cantonale.
2. La cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève afin qu'il statue à nouveau sur la question des frais et dépens de l'instance cantonale.
3. Un émolument judiciaire de 5000 fr. est mis à la charge des intimés, selon la répartition suivante:
3.1 1000 fr. à la charge solidaire de J._ et de K._.
3.2 1000 fr. à la charge de B._.
3.3 1000 fr. à la charge de A._.
3.4 1000 fr. à la charge solidaire de l'Association D._, de E._, F._, G._, H._ et de C._.
3.5 1000 fr. à la charge de I._.
3.5 1000 fr. à la charge de I._.
4. Une indemnité de dépens est allouée à Ikea Immobilière SA, selon la répartition suivante:
4.1 1000 fr. à la charge solidaire de J._ et de K._.
4.2 1000 fr. à la charge de B._.
4.3 1000 fr. à la charge de A._.
4.4 1000 fr. à la charge solidaire de l'Association D._, de E._, F._, G._, H._ et de C._.
4.5 1000 fr. à la charge de I._.
4.5 1000 fr. à la charge de I._.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties, au Conseil d'Etat et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 1er juin 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: