Faits:
A. Dans le cadre d'une instruction pénale dirigée contre B._, en raison de l'utilisation sans droit d'une raison sociale figurant sur des bouteilles de vin, le Ministère public vaudois avait exigé la production de la comptabilité vinicole de A._ relative au vin blanc d'appellation "Saint- Saphorin" pour les années 2005 à 2007, ainsi que les bulletins de livraison. Les documents ont été remis sous scellés. Le 10 mai 2012, le Tribunal des mesures de contrainte (Tmc) a ordonné la levée des scellés. Par acte du 21 mai 2012, A._ a formé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral (cause 1B_300/2012). Le 2 août 2012, A._ a demandé à pouvoir consulter l'intégralité du dossier car il apparaissait que l'instruction pourrait être étendue à d'autres sociétés susceptibles de prendre connaissance des documents remis sous scellés. Le 6 août 2012, elle a été invitée à s'adresser au Ministère public afin de fixer les modalités de la consultation. Par ordonnance du 9 août 2012, le Ministère public a rejeté la demande de consultation du dossier: A._ était suffisamment renseignée sur l'objet de la procédure et avait pu faire valoir tous ses moyens.
B. Par arrêt du 3 septembre 2012, la Chambre des recours pénale a confirmé cette ordonnance. L'art. 105 CPP conférait la qualité pour s'opposer à la mesure de perquisition et, partant, à consulter le dossier dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de ses droits. En l'occurrence, A._ avait été informée de manière étendue et pouvait ainsi invoquer ses secrets d'affaires, sans qu'il y ait à l'informer sur l'éventuelle extension de la prévention à d'autres sociétés.
C. Par acte du 8 octobre 2012, A._ forme un recours en matière pénale par lequel elle demande, principalement, la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'elle est autorisée à consulter l'intégralité du dossier, subsidiairement l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à la Chambre pénale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Chambre pénale se réfère à sa décision, sans observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours. La recourante a renoncé à de nouvelles observations.
Considérant en droit:
1. Le recours est formé contre un arrêt rendu dans le cadre d'une procédure pénale (art. 78 al. 1 LTF) par une autorité de dernière instance cantonale (art. 80 LTF). La recourante est partie à la procédure relative à la saisie de ses documents comptables et à la levée des scellés. Elle a qualité pour recourir au sens de l'art. 81 LTF. L'arrêt attaqué est de nature incidente, mais il n'y a pas lieu de s'interroger sur l'existence d'un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (cf. ATF 137 IV 172 consid. 2.1-2.2). En effet, même si elle a fait l'objet de décisions cantonales, la consultation du dossier est en l'occurrence requise pour la procédure devant le Tribunal fédéral, de sorte qu'il appartient à ce dernier de vérifier que le droit d'accès au dossier a été garanti de manière suffisante. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2. La recourante invoque son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. et 56 al. 1 LTF), également applicable en procédure de recours et qui lui permettrait de consulter l'intégralité du dossier actuellement en mains du Tribunal fédéral. Elle estime aussi, invoquant l'art. 36 Cst., qu'aucune raison suffisante n'aurait été invoquée pour restreindre l'accès au dossier. Selon elle, le Tribunal fédéral aurait autorisé une telle consultation, ne renvoyant la cause au Ministère public que pour en fixer "les modalités d'exercice". Ayant appris que la prévention pourrait être étendue à d'autres sociétés, la recourante aurait un intérêt à savoir quelles sociétés tierces pourraient avoir accès aux documents saisis en ses mains. Il ne suffirait pas d'affirmer que la recourante a une connaissance suffisante des éléments du dossier. Invoquant aussi les art. 101 al. 1 et 105 CPP, elle estime que, comme partie à la procédure de recours, elle devrait se voir reconnaître les mêmes droits que les parties à la procédure pénale, afin de lui permettre de contester la pertinence des preuves litigieuses.
2.1 La recourante ne saurait être suivie lorsqu'elle affirme que le droit d'accès au dossier, tel qu'il découle du droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. (ATF 132 II 485 consid. 3.2 p. 494; 129 I 85 consid. 4.1 p. 88/89; 129 II 497 consid. 2.2 p. 504/505; 127 I 54 consid. 2b p. 56, et les arrêts cités), serait absolu. Il peut au contraire être restreint aux conditions fixées à l'art. 36 Cst., soit en présence d'un intérêt prépondérant; cette restriction doit en outre demeurer proportionnée. Ces restrictions sont concrétisées en procédure civile à l'art. 38 CPC et en procédure administrative à l'art. 27 PA. Pour la procédure devant le Tribunal fédéral, les parties ont le droit d'assister à l'administration des preuves et de prendre connaissance des pièces produites (art. 56 al. 1 LTF). La sauvegarde des intérêts publics ou privés prépondérants est également réservée (art. 56 al. 2 et 3 LTF).
2.2 En procédure pénale, l'accès au dossier est garanti aux parties de manière générale par l'art. 107 al. 1 let. a CPP. Il peut aussi être restreint aux conditions fixées à l'art. 108 CPP, soit notamment lorsque cela est nécessaire pour assurer la sécurité de personnes ou pour protéger des intérêts publics ou privés au maintien du secret. L'art. 101 al. 1 CPP permet aux parties de consulter le dossier de la procédure dès la première audition du prévenu et l'administration des preuves principales par le ministère public. La recourante n'est certes pas une partie au sens de l'art. 104 CPP, mais, en tant que personne touchée par un acte de procédure (la saisie de documents) au sens de l'art. 105 al. 1 let. f CPP, elle peut se voir reconnaître la qualité de partie dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de [ses] intérêts (art. 105 al. 2 CPP). A ce titre, elle ne saurait prétendre à un droit à la consultation de l'intégralité du dossier de la procédure pénale, mais uniquement aux éléments du dossier pertinents pour l'exercice de ses droits de défense (KÜFFER, Basler Kommentar StPO, n° 29 ad art. 105).
Selon l'art. 102 al. 1 CPP, la direction de la procédure statue sur la consultation des dossiers. Elle prend les mesures nécessaires pour prévenir les abus et les retards et pour protéger les intérêts légitimes au maintien du secret. Durant l'instruction, le ministère public est investi de la direction de la procédure (art. 61 let. a CPP). C'est la raison pour laquelle la demande de consultation du dossier lui a été transmise par ordonnance du 6 août 2012 afin qu'il "fixe les modalités de la consultation". Cette dernière expression signifie un simple renvoi à la direction de la procédure, conformément aux principes rappelés ci-dessus, et la recourante ne saurait en déduire un accord de principe à la consultation de l'ensemble du dossier de la procédure pénale.
Il y a donc lieu de rechercher si la consultation intégrale du dossier est nécessaire à la sauvegarde des intérêts de la recourante.
2.3 Le recours 1B_300/2012 est formé contre une ordonnance du Tmc autorisant la levée des scellés apposés sur une enveloppe remise par la recourante. Le prévenu affirme en effet avoir acquis du vin auprès de la recourante, sans vouloir en préciser la quantité, et le Ministère public a ordonné la production des documents relatifs aux achats et ventes de l'appellation Saint-Saphorin pour les années 2005 à 2007. La recourante se prévaut du droit au secret d'affaires. Cet argument ne nécessite toutefois pas la consultation de tout le dossier pénal, puisque c'est au détenteur des documents qu'il appartient d'expliquer en quoi consistent les secrets dont il requiert la protection. La recourante conteste également la pertinence du moyen de preuve, qu'elle juge disproportionné. Pour ce faire, elle doit essentiellement connaître l'objet de la procédure, notamment la nature des infractions poursuivies. Celles-ci ont été clairement exposées dans la demande de levée des scellés adressée au Tmc, laquelle fait référence à la plainte et aux actes d'enquête déjà effectués, ainsi qu'aux raisons pour lesquelles le Ministère public estime pertinentes les pièces saisies. Ces indications apparaissent suffisantes pour juger du bien-fondé de la demande de levée des scellés. La recourante n'a, en particulier, pas d'intérêt à savoir à quelles autres sociétés la prévention pourrait être étendue, puisqu'il s'agit d'une question sans rapport avec la levée des scellés, et en particulier avec l'existence même de secrets à protéger.
2.4 La décision attaquée ne viole dès lors ni le droit d'être entendu, ni les dispositions correspondantes du CPP. Elle ne saurait non plus être qualifiée d'arbitraire, l'argument soulevé à ce propos apparaissant sans portée propre.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, au Ministère public central et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale ainsi que, pour information, à B._, par son mandataire Me Yannis Sakkas, avocat.
Lausanne, le 14 décembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz