Sachverhalt:
A. Im Rahmen eines Strafverfahrens gegen X._ wegen Veruntreuung zum Nachteil der Y._ AG beschlagnahmte die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern am 7. Februar 2011 zwei Colliers, einen Ring und eine Zigarettendose. Am gleichen Tag wurde X._ erkennungsdienstlich erfasst. Eine gegen diese Zwangsmassnahmen von X._ erhobene Beschwerde hiess das Obergericht des Kantons Bern am 5. April 2011 teilweise gut. Es wies die Staatsanwaltschaft an, die von der Beschwerdeführerin durch die erkennungsdienstliche Erfassung erstellten Proben (DNA, Fingerabdrücke, Fotografien etc.) aus den Akten zu entfernen und zu vernichten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 27. April 2011 beantragt X._ im Wesentlichen, die Beschlagnahme sei in Bezug auf ein Collier sowie den Ring und die Zigarettendose aufzuheben. Zudem sei festzustellen, dass die beschlagnahmten Gegenstände als Beweismittel nicht verwendet werden dürften. Eventualiter sei Ziff. 1 des Beschlusses des Obergerichts vom 5. April 2011 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern sowie der zuständige Staatsanwalt beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Obergericht verzichtet auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Die Y._ AG stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid erging im Rahmen einer Strafuntersuchung und betrifft damit eine Strafsache im Sinne von Art. 78 Abs. 1 BGG. Das Obergericht ist Vorinstanz des Bundesgerichts im Sinne von Art. 80 BGG.
1.2 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das Strafverfahren nicht abschliesst. Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen (vgl. Art. 92 BGG), ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder - was hier von vornherein ausser Betracht fällt - wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil wird gesprochen, wenn dieser auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (BGE 131 I 57 E. 1 S. 59). Im Verfahren der Beschwerde in Strafsachen muss der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht bloss tatsächlicher, sondern rechtlicher Natur sein (BGE 136 IV 92 E. 4 S. 95; 133 IV 139 E. 4 S. 141). Dabei obliegt es dem Beschwerdeführer, detailliert darzutun, dass die Voraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist (Art. 42 Abs. 2 BGG; BGE 136 IV 92 E. 4 und 4.2 S. 95 f.; 134 III 426 E. 1.2 S. 429; 133 III 629 E. 2.3.1 S. 632).
Die Beschwerdeführerin beschränkt sich darauf darzulegen, dass sie über die beschlagnahmten Gegenstände nicht frei verfügen könne, was einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG darstelle. Sie legt indessen nicht dar, inwiefern die zeitlich begrenzte Einschränkung der Verfügungsmöglichkeit über die Wertgegenstände für sie einen rechtlichen Nachteil bewirkt.
Das Bundesgericht bejahte in seiner Rechtsprechung zu Art. 87 Abs. 2 OG einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne der zitierten Bestimmung, weil der Betroffene durch die Beschlagnahme daran gehindert wird, frei über die Gegenstände zu verfügen. Dies galt gleichermassen für die Beschlagnahme von Vermögenswerten sowie für Kontosperren (BGE 128 I 129 E. 1; 126 I 97 E. 1b; je mit Hinweisen; Urteil 1P.189/2000 vom 21. Juni 2000 E. 2a). Die Beschlagnahme (Art. 263 ff. StPO) bewirkt die vorübergehende Beschränkung des Eigentums und des Besitzes. Soweit der Betroffene im mutmasslichen Zeitraum aufgrund der tatsächlichen und rechtlichen Umstände nicht in der Ausübung seiner Rechte beeinträchtigt wird, fehlt es an einem Nachteil, der nicht mehr behoben werden kann (STEFAN HEIMGARTNER, Strafprozessuale Beschlagnahme, Zürich 2011, S. 386). Die Beschwerdeführerin macht entgegen ihrer Obliegenheit gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG keine Nachteile geltend, die durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden könnten. Aber auch wenn solche Nachteile vorliegen sollten, wäre der Beschwerde kein Erfolg beschieden. Die Beschlagnahme verstösst unter den vorliegenden tatsächlichen und rechtlichen Gegebenheiten nicht gegen Bundesrecht, wie dies bereits die Vorinstanz festgehalten hat. Auf deren einlässliche Ausführungen im angefochtenen Beschluss kann verwiesen werden. Gleichermassen kann dem Antrag, es sei festzustellen, dass die beschlagnahmten Gegenstände als Beweismittel nicht verwendet werden dürften, nicht gefolgt werden. Die Beweisabnahme erfolgt nach Art. 343 StPO in der Hauptverhandlung. Es ist Sache des zuständigen erstinstanzlichen Strafgerichts, über die Verwendung der beschlagnahmten Gegenstände als Beweismittel zu entscheiden.
2. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat die private Beschwerdegegnerin angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Den in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegenden Behörden ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien sowie der Staatsanwaltschaft, der Generalstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Juli 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Haag