Fatti:
A. L'art. 30 cpv. 4 del "Regolamento Organico cantonale per il personale occupato presso le Case per anziani" (ROCA), edizione 2008, prevede che le indennità notturne e festive non sono riconosciute in caso di malattia, infortunio e vacanze. L'11 febbraio 2009 due sindacati si sono rivolti alla Commissione paritetica cantonale delle Case per anziani (qui di seguito: Commissione paritetica), affinché questa verifichi se il predetto contratto collettivo di lavoro (CCL) sia conforme alla DTF 132 III 172 concernente il salario (da pagare durante le vacanze) determinante ai sensi dell'art. 329d cpv. 1 CO.
Il 16 marzo 2009 la Commissione paritetica ha deciso "di far applicare" dal 1° gennaio 2008 la menzionata sentenza del Tribunale federale in merito al pagamento delle indennità per lavoro festivo e notturno durante le assenze pagate del dipendente, precisando che l'applicazione viene finanziata nel quadro del contratto di prestazione (punto n. 1), di subordinare il pagamento di tali indennità arretrate nel periodo 2003-2007 all'approvazione da parte del Cantone Ticino di un credito supplementare per il sussidiamento delle case per anziani, specificando che in caso di mancata o parziale approvazione il tema verrà ridiscusso (punto n. 2). Nel punto 3 della sua decisione, la Commissione paritetica ha precisato che quanto precede vale per il personale ancora in servizio presso le case per anziani, mentre il personale nel frattempo partito deve avanzare una richiesta di rimborso e ha indicato che l'importo annuale supplementare da versare al dipendente va calcolato con la seguente formula: indennità festive e notturne versate durante l'anno in franchi moltiplicate con le ore di assenza giustificate annuali divise dalle ore di presenza annuali.
B. A._, B._, C._ e D._ - case per anziani che hanno firmato individualmente il ROCA - sono insorte contro la summenzionata decisione alla Commissione speciale di ricorso ai sensi degli art. 68 cpv. 3 e 72 del ROCA (qui di seguito: Commissione speciale). Questa ha, quale tribunale arbitrale, parzialmente accolto i rimedi nel senso che ai dipendenti delle Case per anziani aderenti al ROCA è riconosciuto il pagamento del salario anche in caso di assenze pagate per vacanze, malattie e infortunio con effetto dall'11 febbraio 2009, che sono riconosciute indennità arretrate per il periodo 12.2.2004 - 10.2.2009 alle medesime condizioni già stabilite al punto n. 2 della decisione della Commissione paritetica e ha lasciato sostanzialmente invariato il dispositivo n. 3 di tale decisione. Il Tribunale arbitrale ha reputato che, alla luce della citata DTF, l'art. 30 cpv. 4 ROCA si rivela contrario all'art. 329d cpv. 1 CO con riferimento alla retribuzione delle vacanze e quindi nullo. Esso ha poi indicato che nell'art. 43 ROCA era stato introdotto il diritto al salario completo nel caso di malattia e infortunio, motivo per cui ha ritenuto che la Commissione paritetica - considerata competente per pronunciarsi sull'interpretazione e applicazione del CCL in caso di contrasti fra le varie disposizioni - ha correttamente risolto il conflitto con l'art. 30 cpv. 4 ROCA.
C. Con ricorso in materia civile del 16 agosto 2011 le predette case per anziani chiedono al Tribunale federale di annullare il summenzionato lodo arbitrale pronunciato dalla Commissione speciale. Le ricorrenti invocano l'art. 393 lett. e CPC (RS 272) e affermano che le menzionate Commissioni non hanno la competenza di annullare, rispettivamente di cambiare una norma del ROCA. Una modifica di quest'ultimo, trattandosi di un contratto collettivo di lavoro, richiederebbe invece la firma di tutti i contraenti. Le ricorrenti sostengono che la decisione impugnata si appalesa arbitraria e viola in modo manifesto non solo l'art. 356c CO, ma pure l'art. 329d cpv. 1 CO.
La Commissione speciale postula, con osservazioni 16 settembre 2011, la reiezione del ricorso e la conferma del lodo.
Con risposta 3 ottobre 2011 pure la Commissione paritetica propone la reiezione del ricorso. Afferma di aver avuto la competenza di emanare la propria decisione, perché questa attiene alla "corretta applicazione del ROCA, conformemente al diritto imperativo del CO" e assevera che la natura del lavoro svolto dal personale delle case per anziani impone a questo di effettuare in ampia misura e con regolarità lavoro straordinario, notturno, festivo e di picchetto.
Diritto:
1. L'art. 407 cpv. 3 CPC prevede che il diritto in vigore al momento della comunicazione del lodo regge i mezzi di impugnazione. In concreto il lodo impugnato è stato emanato il 9 giugno 2011 ed è pertanto stato comunicato alle parti dopo l'entrata in vigore, intervenuta il 1° gennaio 2011, del CPC. Trattandosi di un arbitrato nazionale le condizioni alle quali il lodo può essere attaccato innanzi al Tribunale federale sono stabilite dagli art. 389 a 395 CPC (art. 77 cpv. 1 lett. b LTF).
2. Il lodo emanato nella giurisdizione arbitrale nazionale può essere impugnato mediante ricorso al Tribunale federale (art. 389 cpv. 1 CPC). La procedura è retta dalla LTF, fatte salve le disposizioni contrarie del primo capitolo del settimo titolo della terza parte del CPC (art. 389 cpv. 2 CPC). Secondo l'art. 77 cpv. 1 LTF, le decisioni arbitrali, sia della giurisdizione arbitrale internazionale alle condizioni di cui agli art. 190-192 LDIP (lett. a) sia nella giurisdizione arbitrale nazionale alle condizioni di cui agli art. 389-395 CPC (lett. b), vanno impugnate al Tribunale federale con un ricorso in materia civile. In entrambi i casi l'art. 77 cpv. 2 LTF dichiara inapplicabili diverse disposizioni di questa legge e in particolare gli articoli da 95 a 98 relativi ai motivi di ricorso e l'art. 105 cpv. 2 che permette - a determinate condizioni - di rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore.
Via di ricorso straordinaria e di natura essenzialmente cassatoria (art. 77 cpv. 2 LTF che esclude l'applicazione dell'art. 107 cpv. 2 per quanto quest'ultimo permette al Tribunale federale di giudicare esso stesso nel merito), il ricorso in materia civile diretto contro una decisione della giurisdizione arbitrale nazionale è unicamente ammissibile per i motivi di ricorso elencati nell'art. 393 CPC. È pertanto escluso prevalersi di una violazione del diritto federale nel senso dell'art. 95 lett. a LTF, ma il ricorrente può far valere che il lodo è arbitrario nel suo esito perché si fonda su una manifesta violazione del diritto o dell'equità (art. 393 lett. e CPC).
L'art. 77 cpv. 3 LTF impone al Tribunale federale di esaminare unicamente le censure che sono state sollevate e motivate nel ricorso. Per la motivazione delle censure rimangono applicabili (sentenza 4A_454/2011 del 27 ottobre 2011 consid. 2.1) i severi requisiti sviluppati dalla giurisprudenza in applicazione dell'abrogato art. 90 cpv. 1 lett. b OG (cfr. DTF 128 III 50 consid. 1c).
3. Giova innanzi tutto ribadire che l'art. 329d cpv. 1 CO, in virtù del quale il datore di lavoro deve pagare al lavoratore il salario completo per la durata delle vacanze e della cui applicazione si è occupata la DTF 132 III 172, è giusta l'art. 362 CO una norma inderogabile a svantaggio del lavoratore. Nel consid. 3.1 della predetta decisione, il Tribunale federale ha stabilito che nel salario determinante nel senso dell'art. 329d cpv. 1 CO devono essere computati i supplementi versati per il lavoro di notte, nei giorni festivi e del fine settimana, se questi hanno un carattere duraturo e regolare. In altre parole, come rilevato dalle ricorrenti, il computo di tali indennità non è stato generalizzato, ma circoscritto al caso in cui esse hanno un carattere duraturo e regolare. Nella fattispecie invece, dal dispositivo del lodo impugnato non risulta alcuna limitazione all'inclusione di tali supplementi nel salario da versare durante le vacanze e le altre assenze.
4. 4.1 Nella propria decisione il Tribunale arbitrale ha indicato di avere, come la Commissione paritetica prima di lui, la competenza di abrogare in tutto o in parte norme del ROCA in conflitto con il diritto federale, rispettivamente "pronunciarsi nell'ipotesi di due o più norme ROCA in contrasto tra loro".
4.2 Le ricorrenti, prevalendosi del motivo di ricorso dell'art. 393 lett. e CPC, affermano che con il lodo impugnato, in cui sono state in sostanza confermate - fatta eccezione delle date - le decisioni prese dalla Commissione paritetica, è stato praticamente abrogato l'art. 30 cpv. 4 ROCA. Esse sostengono che, riconoscendo alla Commissione paritetica la competenza di modificare una disposizione del ROCA, la Commissione speciale ha emanato una decisione arbitraria basata su una manifesta violazione degli art. 356c e 13 cpv. 1 CO. La fattispecie in esame, asseverano le ricorrenti, non concerne infatti le possibilità di modifica previste dal ROCA all'art. 76 cpv. 2 e cpv. 5, che riguardano sostanzialmente il caso di modifiche attinenti al sistema di finanziamento delle case per anziani con una conseguente grave situazione finanziaria, rispettivamente il verificarsi di eventi in campo economico e sociale che modificano sostanzialmente le condizioni acquisite.
4.3 Giusta l'art. 356c cpv. 1 CO la conclusione, la modificazione, lo scioglimento del contratto per accordo delle parti, l'adesione di una nuova parte e la disdetta richiedono per la loro validità la forma scritta. Da questa norma discende che la competenza a cambiare un CCL spetta - esclusivamente - alle parti contraenti. Un'eventuale modifica del CCL avviene in primo luogo mediante un documento firmato da tutti gli stipulanti (JEAN-FRITZ STÖCKLI, Commento bernese, n. 3 ad art. 356c CO). L'art. 358 CO prevede poi che il diritto imperativo federale e cantonale prevale sul contratto collettivo. Ciò significa che il disposto di diritto imperativo in contrasto con una disposizione normativa del contratto collettivo è direttamente applicabile (CHRISTIAN BRUCHEZ, in Handbuch zum kollektiven Arbeitsrecht, 2008, pag. 295, n. 7 ad art. 358 CO; VISCHER/ALBRECHT, Commento zurighese, 4a ed. 2006, n. 29 ad art. 358 CO; JEAN-FRITZ STÖCKLI, Commento bernese, n. 4 ad art. 358 CO).
Nella fattispecie è pacifico che la concessione, generalizzata a tutti i dipendenti che ricevono o hanno ricevuto delle indennità notturne e festive, di un importo supplementare al salario previsto dal CCL durante le assenze pagate per vacanze, malattia e infortunio deroga a quanto previsto dal ROCA. È pure incontestato che essa è stata decisa dalla Commissione paritetica e confermata dalla Commissione speciale. Non si è quindi in presenza di una modifica del CCL concordata dagli stipulanti, né di un semplice parere giuridico sull'interpretazione delle norme del contratto collettivo stilato dalla Commissione speciale in applicazione dell'art. 72 cpv. 2 ROCA. Contrariamente a quanto indicato nella risposta al ricorso dall'opponente, l'adozione del menzionato complemento di salario non concerne nemmeno un caso di esecuzione comune del CCL ai sensi dell'art. 357b CO. Visto l'art. 358 CO, non sussiste inoltre neppure la necessità di formalmente abrogare disposizioni normative del CCL in contrasto con il diritto imperativo per il personale, il cui salario determinante ai sensi dell'art. 329a CO include pure i menzionati supplementi a causa del loro carattere regolare e duraturo. Ne segue che con la contestata decisione il tribunale arbitrale, arrogandosi la competenza di modificare il CCL, ha emanato un lodo arbitrario nel suo esito che poggia su una manifesta violazione dell'art. 356c cpv. 1 CO, norma che invece demanda tale competenza alle parti contraenti.
5. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela fondato e come tale va accolto, con conseguente annullamento del lodo arbitrale impugnato. Le spese e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e il lodo del 9 giugno 2011 è annullato.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà alle ricorrenti fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Commissione speciale di ricorso.