Faits :
Faits :
A. Dans le cadre d'un important projet immobilier, A._ SA a mis X._ SA (ci-après: X._) en oeuvre en qualité d'entreprise générale, avec laquelle elle a conclu un contrat à prix forfaitaire. X._ a elle-même sous-traité la réalisation de tous les travaux d'échafaudages, de maçonnerie-canalisations et de béton armé à Y._ SA (ci-après: Y._).
A ces fins, les parties ont signé, les 6 mars et 17 mai 2001, un premier document intitulé "conditions et proposition d'adjudication", prévoyant un montant de travaux de 5'057'200 fr., à forfait pour les nouvelles constructions, et en outre des prix unitaires à convenir ultérieurement pour les transformations du bâtiment existant.
Par courrier daté du 3 juillet 2001, complété et signé par X._ le 8 février 2002, celle-ci a adjugé les travaux à Y._ pour le montant susmentionné de 5'057'200 fr., étant précisé qu'alors que Y._ mentionnait dans sa proposition un rabais d'adjudication de 5,9 % et un escompte de 2 %, X._ faisait uniquement état sur l'adjudication d'un rabais de 7,78 %, à l'exclusion d'escompte. Cette adjudication faisait référence aux conditions générales de X._, aux conditions particulières de l'ouvrage, aux devis de Y._ du 3 novembre 2000, au planning général des travaux, enfin aux conditions et à la proposition d'adjudication des 6 mars et 17 mai 2001. Elle disposait que le contrat était en outre soumis à la norme SIA 118, dans la mesure où les conditions générales de X._ n'y dérogeaient pas. Elle réglait notamment le sort de travaux supplémentaires commandés en cours d'exécution, dont elle prévoyait qu'ils seraient soumis aux mêmes conditions que les travaux adjugés et bénéficieraient des mêmes rabais et escomptes.
Comme prévu dans la lettre d'adjudication, les travaux ont débuté le 18 juin 2001.
Dans un premier temps, X._ s'est acquittée régulièrement du paiement des factures bimensuelles, qui lui ont toutes été soumises par Y._. La facture du 17 avril 2002 et celles qui l'ont suivie sont cependant restées partiellement impayées. Depuis lors, l'exécution par X._ de son obligation de payer le prix de l'ouvrage a été conflictuelle et celle-ci a reçu de nombreux rappels et mises en demeure de la part de Y._.
Une première requête en inscription d'hypothèque légale a été déposée, puis retirée à la suite d'un paiement partiel, de la constitution par X._ d'une garantie bancaire et de l'engagement de celle-ci de reconnaître les factures faisant l'objet de la requête d'hypothèque légale, après vérification des métrés.
L'ouvrage a été livré le 28 mars 2003. X._ a signé le document de réception avec la précision "aucun défaut".
Le 2 avril 2003, Y._ a fait parvenir à X._ son décompte final, d'un montant total de 9'094'802 fr. 45, sur lequel restait à payer, après déduction des montants déjà réglés, la somme de 2'385'451 fr. 20. Le décompte faisait état, outre de factures SIG et de factures containers, des postes bruts suivants: "factures clients", "factures régies", "factures «devis X._»", "factures soumission" et "PV pour installation de chantier". Elle mentionnait un rabais d'adjudication de 5,9 % portant sur l'intégralité des montants correspondant aux postes susmentionnés (9'094'802 fr. 45) et en outre un escompte de 2 % portant sur le montant de 5'579'597 fr. 20.
X._ n'a effectué aucun versement depuis la réception de ce décompte. Elle n'a fait aucun commentaire immédiat à ce sujet. Toutefois, par courrier de son conseil du 2 juillet 2003, elle en a contesté différents points, notamment le taux du rabais de l'adjudication.
X._ ne s'est pas non plus acquittée de la facture que Y._ lui a ultérieurement adressée, le 11 juin 2003, portant sur des "travaux réalisés hors contrat", détaillés dans six factures, pour un total de 234'058 fr. 90. Ces factures tiennent compte des déductions relatives au compte prorata, à l'assurance "travaux de construction", du rabais d'adjudication de 5,9 %, de la TVA et de la hausse main d'oeuvre pour 2003.
Y._ a déposé une seconde requête tendant à l'inscription d'une hypothèque légale pour garantir le paiement de ces factures, qui a été rejetée par le Tribunal de première instance comme tardive et retirée devant la Cour d'appel, d'entente entre parties.
Y._ a déposé une seconde requête tendant à l'inscription d'une hypothèque légale pour garantir le paiement de ces factures, qui a été rejetée par le Tribunal de première instance comme tardive et retirée devant la Cour d'appel, d'entente entre parties.
B. Le 20 juin 2003, Y._ a assigné X._ devant le Tribunal de première instance du canton de Genève en paiement de 2'385'451 fr. 20 avec intérêt à 5 % l'an dès le 27 avril 2003 et de 234'058 fr. 90 avec intérêt à 5 % l'an dès le 10 juillet 2003, correspondant au solde de sa facture finale pour le premier poste et au prix des travaux "hors contrat" exécutés après la livraison de l'ouvrage pour le second.
Par jugement du 29 septembre 2005, le Tribunal a condamné X._ à payer à Y._ les sommes de 2'153'272 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er août 2003 (1), correspondant au solde dû sur le prix de l'ouvrage facturé le 27 avril 2003, et de 234'059 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 11 juillet 2003 (2), représentant le coût des travaux complémentaires et de finitions, selon facture du 11 juin 2003, jamais contestée par X._.
Statuant sur appel de X._ par arrêt du 12 mai 2006, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a modifié le point 1 du dispositif du jugement du 29 septembre 2005 en ce sens qu'elle a condamné X._ à payer à Y._ la somme de 2'153'272 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er août 2003, sous imputation d'un montant de 10'000 fr. versé le 17 février 2003, et a confirmé la décision pour le surplus. Les motifs de cet arrêt seront exposés ci-après dans la mesure nécessaire.
Statuant sur appel de X._ par arrêt du 12 mai 2006, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a modifié le point 1 du dispositif du jugement du 29 septembre 2005 en ce sens qu'elle a condamné X._ à payer à Y._ la somme de 2'153'272 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er août 2003, sous imputation d'un montant de 10'000 fr. versé le 17 février 2003, et a confirmé la décision pour le surplus. Les motifs de cet arrêt seront exposés ci-après dans la mesure nécessaire.
C. Parallèlement à un recours en réforme, X._ (la recourante) interjette le présent recours de droit public au Tribunal fédéral. Invoquant l'art. 9 Cst., elle soutient que la cour cantonale a violé de façon arbitraire le principe de concentration et la maxime des débats. Elle conclut préalablement à l'octroi de l'effet suspensif et au fond à l'annulation de l'arrêt du 12 mai 2006, avec suite de frais et dépens.
Y._ (l'intimée) propose le rejet tant de la demande d'effet suspensif que du recours, sous suite de frais et dépens. Pour sa part, la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. La loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (art. 132 al. 1 LTF).
1. La loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (art. 132 al. 1 LTF).
2. Conformément à la règle de l'art. 57 al. 5 OJ, il convient en l'espèce de traiter le recours de droit public avant le recours en réforme.
2. Conformément à la règle de l'art. 57 al. 5 OJ, il convient en l'espèce de traiter le recours de droit public avant le recours en réforme.
3. La demande d'effet suspensif présentée par la recourante est sans objet, puisque celle-ci a également déposé un recours en réforme, qui suspend l'exécution de la décision dans la mesure des conclusions formulées, conformément à l'art. 54 al. 2 OJ.
3. La demande d'effet suspensif présentée par la recourante est sans objet, puisque celle-ci a également déposé un recours en réforme, qui suspend l'exécution de la décision dans la mesure des conclusions formulées, conformément à l'art. 54 al. 2 OJ.
4. 4.1 Exercé en temps utile (art. 89 al. 1 OJ), dans la forme prévue par la loi (art. 90 al. 1 OJ), pour violation de droits constitutionnels des citoyens (art. 84 al. 1 let. a OJ), contre une décision finale prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 OJ), par la recourante qui est personnellement touchée par la décision attaquée, de sorte que la qualité pour recourir doit lui être reconnue (art. 88 OJ), le recours de droit public soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable.
4.2 Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (art. 90 al. 1 let. b OJ; ATF 130 I 26 consid. 2.1 p. 31, 258 consid. 1.3 p. 262). Il n'entre pas en matière sur les griefs insuffisamment motivés ou sur les critiques purement appellatoires (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 262). La partie recourante ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée comme elle le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit (ATF 128 I 295 consid. 7a). L'art. 90 al. 1 let. b OJ n'autorise pas l'auteur d'un recours de droit public à présenter sa propre version des événements (ATF 129 III 727 consid. 5.2.2). Par ailleurs, le Tribunal fédéral se fonde sur l'état de fait tel qu'il a été retenu dans l'arrêt attaqué, à moins que la partie recourante n'établisse que l'autorité cantonale a constaté les faits de manière inexacte ou incomplète en violation de la Constitution fédérale (ATF 118 Ia 20 consid. 5a).
4.2 Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (art. 90 al. 1 let. b OJ; ATF 130 I 26 consid. 2.1 p. 31, 258 consid. 1.3 p. 262). Il n'entre pas en matière sur les griefs insuffisamment motivés ou sur les critiques purement appellatoires (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 262). La partie recourante ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée comme elle le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit (ATF 128 I 295 consid. 7a). L'art. 90 al. 1 let. b OJ n'autorise pas l'auteur d'un recours de droit public à présenter sa propre version des événements (ATF 129 III 727 consid. 5.2.2). Par ailleurs, le Tribunal fédéral se fonde sur l'état de fait tel qu'il a été retenu dans l'arrêt attaqué, à moins que la partie recourante n'établisse que l'autorité cantonale a constaté les faits de manière inexacte ou incomplète en violation de la Constitution fédérale (ATF 118 Ia 20 consid. 5a).
5. D'après la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 132 III 209 consid. 2.1 et les arrêts cités). Il appartient à la partie recourante de démontrer, par une argumentation précise, en quoi la décision incriminée est arbitraire (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 262).
Lorsque la partie recourante invoque une violation arbitraire du droit cantonal, elle doit indiquer avec précision quelle est la disposition cantonale qui aurait été violée et l'examen se limite à cette question (ATF 128 I 273 consid. 2.1 p. 275 s.). Le Tribunal fédéral ne revoit l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire (ATF 131 I 217 consid. 2.1; 128 I 177 consid. 2.1; 128 II 311 consid. 2.1).
Lorsque la partie recourante invoque une violation arbitraire du droit cantonal, elle doit indiquer avec précision quelle est la disposition cantonale qui aurait été violée et l'examen se limite à cette question (ATF 128 I 273 consid. 2.1 p. 275 s.). Le Tribunal fédéral ne revoit l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire (ATF 131 I 217 consid. 2.1; 128 I 177 consid. 2.1; 128 II 311 consid. 2.1).
6. 6.1 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé de façon arbitraire le principe de concentration en considérant que le Tribunal avait à juste titre ordonné un second échange d'écritures.
Elle expose que, sous chiffre "ad 59" de sa réplique, l'intimée a formulé pour la première fois les allégués suivants: "ces travaux ont été commandés [... par] (la recourante)", "ces travaux ont été [...] effectués à l'entière satisfaction de (la recourante)" et "les bons de régie [ont été] signés par (la recourante)", alors que l'allégué 59 de sa réponse précisait simplement que "la facture du 19 août 2002 se fonde sur les bons de régie n° [...] datés du 1er juillet au 17 août 2002".
Il s'agissait d'organiser la description de ces bons et des travaux qu'ils comportaient dans l'allégué n° 60, soit de clarifier le genre de travaux dont les factures comportaient le coût afin de démontrer, subsidiairement à l'argumentation fondée sur le défaut d'allégation, que par leur nature, ces travaux n'avaient pas à être facturés par l'intimée.
Or, les nouveaux allégués formulés par l'intimée n'avaient aucune pertinence quant à la nature des travaux entrepris, qui était le but de l'examen minutieux des factures en question. Que les bons aient été signés ou non par elle n'était pas pertinent pour répondre à l'argument selon lequel le contrat entre les parties voulait qu'ils soient compris dans le forfait. Il était dès lors arbitraire de considérer que ces allégués répondaient, même dans un sens large, à l'allégué contenu dans la réponse sous chiffre 59 et aux arguments qui s'appuyaient sur lui.
Elle avait certes relevé, dans son écriture, que ces allégués, pertinents, n'avaient pas été formulés et que, par conséquent, l'intimée devait être déboutée des fins de sa demande. Toutefois, considérer, comme le faisait l'autorité intimée, qu'il s'agissait là d'un argument nouveau portant sur les faits de la cause, auquel l'intimée aurait pu répondre en alléguant d'autres faits, ne procédait pas d'une analyse correcte.
L'argument du défaut d'allégation portait non sur les faits, mais sur l'acte de procédure lui-même, dès lors, la réponse à ce moyen aurait supposé des allégués portant sur ledit acte de procédure. En réalité, en formulant de nouveaux allégués sur les faits de la cause ensuite du reproche du défaut d'allégation, l'intimée n'avait pas tant répondu à ce reproche que prétendu le guérir. Il s'agissait précisément de la procédure consistant à pallier a posteriori, au moyen du second mémoire, les lacunes du premier, ce que la jurisprudence ne permettait pas.
Enfin, l'autorité intimée exposait également que, dans la mesure où l'intimée avait allégué et produit la facture finale émise, les allégués relatifs aux travaux supplémentaires et aux bons approuvés étaient implicitement inclus. A raisonner de la sorte, il suffirait de prétendre à une somme d'argent - car la facture n'est rien d'autre que l'expression d'une prétention - pour être réputé avoir allégué tous les faits à son appui. Une telle interprétation viderait le principe de concentration, et même la maxime des débats, de tout son sens, qui serait de clarifier et structurer le débat juridique. Elle s'avérerait insoutenable, donc arbitraire.
6.2 A juste titre, l'intimée relève que la recourante n'a pas indiqué explicitement quelle disposition du droit cantonal aurait été violée, soit appliquée de manière arbitraire par la cour cantonale, si bien que la recevabilité de son grief est douteuse (cf. consid. 5 in fine). Peu importe, toutefois, dans la mesure où celui-ci ne saurait de toute façon être accueilli.
6.3 En effet, aux termes de l'art. 123 de la loi genevoise de procédure civile du 10 avril 1987 (ci-après: LPC/GE), après production de la défense, le juge peut accorder de nouveaux délais au demandeur pour sa réplique et au défendeur pour sa duplique, si ces écritures sont estimées nécessaires. Un second échange d'écritures doit rester exceptionnel et le juge ne pourra en apprécier l'opportunité qu'après avoir pris connaissance du contenu des premières écritures. Il jouit à cet égard d'un large pouvoir d'appréciation, dont il fera usage en se gardant de l'arbitraire et en respectant au mieux le droit d'être entendu. Ainsi, en cas de demande reconventionnelle par exemple, il sera généralement nécessaire d'autoriser le demandeur à répliquer (Bertossa/ Gaillard/Guyet/Schmidt, Commentaire de la loi de procédure civile du canton de Genève du 10 avril 1987, vol. I, n. 1 ad art. 123 LPC/GE).
6.4 En l'occurrence, la cour cantonale a considéré que si la demande introductive d'instance de l'intimée ne faisait pas expressément état des devis complémentaires qu'elle avait établis et soumis à la recourante, ni des travaux y relatifs ou encore des travaux exécutés en régie, celle-ci réclamait toutefois tout à fait clairement le paiement intégral d'une facture qui, elle, comportait tous ces postes; la recourante avait évidemment connaissance de celle-ci, ce d'autant plus qu'elle avait fait l'objet de rappels et que deux procédures de prise d'hypothèque légale avaient dû être engagées par l'intimée, dont une, retirée, avait précisément suscité un débat concernant la facturation des travaux supplémentaires et des travaux de finition.
Quel que soit le bien fondé des positions qu'avaient alors adoptées les parties à cette procédure sommaire, il était abusif de la part de la recourante de soutenir que dans sa demande en paiement du solde de sa facture finale, l'intimée ne s'était pas valablement prévalue de l'exécution de travaux supplémentaires et de finition. A cela s'ajoutait que l'examen du chargé accompagnant la demande introductive d'instance ne devait laisser subsister aucun doute dans l'esprit de la recourante sur la position de sa partie adverse. Il n'était donc pas question d'écarter les prétentions élevées par cette dernière sur ces postes-là, au motif qu'elle les avait tardivement formulées.
Il était en outre utile de rappeler que le mémoire de réponse que la recourante avait déposé au Tribunal constituait, lui, l'analyse détaillée, poste par poste, de la facture de l'intimée, analyse à laquelle elle ne s'était jamais livrée auparavant et dont celle-là prenait ainsi connaissance pour la première fois. Dans cette écriture, la recourante mentionnait elle-même les travaux supplémentaires, dont elle contestait avoir accepté l'exécution.
Il était par conséquent tout à fait justifié de permettre à l'intimée de s'exprimer sur ces contestations, dans le cadre d'un second échange d'écritures. Cette mesure lui avait permis de répondre à une argumentation en un certain sens inédite, car intervenant après de longs mois de discussion entre les parties, et aussi d'exercer son droit à la contre-preuve.
6.5 Les éléments sur lesquels les précédents juges se sont fondés apparaissent pertinents et l'on ne voit pas en quoi ceux-ci auraient outrepassé le large pouvoir d'appréciation dont ils disposent en la matière en ordonnant un second échange d'écritures. L'argumentation de la recourante, qui revêt à l'évidence un caractère appellatoire impropre à établir l'arbitraire, tombe à faux et le grief doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
6.5 Les éléments sur lesquels les précédents juges se sont fondés apparaissent pertinents et l'on ne voit pas en quoi ceux-ci auraient outrepassé le large pouvoir d'appréciation dont ils disposent en la matière en ordonnant un second échange d'écritures. L'argumentation de la recourante, qui revêt à l'évidence un caractère appellatoire impropre à établir l'arbitraire, tombe à faux et le grief doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
7. 7.1 La recourante plaide en outre que la cour cantonale aurait commis une violation arbitraire de la maxime des débats.
Selon elle, bien que les juges cantonaux retiennent que l'ingénieur B._ était intervenu comme indépendant mandaté par le maître principal de l'ouvrage, celle-là jugeait néanmoins que l'intimée pouvait considérer qu'il représentait aussi la recourante. Ils rejoignaient ainsi le premier juge, qui avait estimé que l'ingénieur B._ était au bénéfice d'une procuration apparente.
Ce raisonnement supposait néanmoins des circonstances particulières, une communication des pouvoirs à des tiers par actes concluants. Or, s'agissant de l'ingénieur B._, l'intimée s'était contentée d'affirmer que celui-ci avait signé des devis en qualité d'ingénieur responsable du chantier, mais n'avait fait état d'aucune circonstance propre à établir qu'elle était fondée à croire qu'il avait le pouvoir, en dehors de ses compétences techniques propres, d'engager juridiquement la recourante. Les éléments énumérés par l'autorité intimée à cet égard - si tant est qu'ils soient pertinents -, soit le fait que l'ingénieur était sur place, qu'il avait assisté à plus de 98 % des rendez-vous de chantier, qu'il avait contrôlé les travaux et les métrés, n'avaient en particulier pas été allégués par l'intimée en temps utile, soit au plus tard à l'ouverture des enquêtes.
Il apparaissait ainsi que la cour cantonale avait complété d'office l'allégation défaillante de l'intimée. Or, la teneur claire de la maxime des débats, applicable en procédure genevoise, ne le permettrait pas. L'autorité intimée avait outrepassé de manière flagrante le cadre des débats, ce qui contrevenait à l'interdiction d'arbitraire. Cette application arbitraire de la procédure avait eu pour conséquence que ses conclusions avaient été rejetées sur le fondement d'un argument qu'elle ne pouvait prévoir, puisque les faits qu'il supposait n'étaient pas in actis.
7.2 Là encore, la recourante n'indique pas précisément la disposition particulière de la loi de procédure civile genevoise dans laquelle le principe et la portée de la maxime des débats seraient ancrés, au mépris des exigences de recevabilité posées en la matière (cf. consid. 5 in fine).
Quoi qu'il en soit, l'on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'être, le cas échéant, sorte du cadre strict, soit littéral, des allégués. En effet, c'est dans la catégorie du régime de la maxime des débats sous une forme atténuée, permettant au juge de compléter les allégués sans lui en faire toutefois l'obligation, qu'il convient de ranger la procédure ordinaire genevoise. Des art. 126, 186, 192 et 215 LPC/GE, il ressort à l'évidence que cette procédure est soumise à la maxime des débats: c'est aux parties qu'il incombe d'alléguer les faits utiles, puis de les prouver, sous peine d'échouer dans leur action ou dans leur défense. Des art. 206 à 208 LPC/GE, il ressort toutefois que le juge dispose de la faculté d'intervenir dans le débat relatif aux faits en se renseignant sur les circonstances qui les entourent; il n'est certes pas obligé de s'en tenir aux faits allégués, mais il limitera son interrogatoire aux circonstances qui restent dans le cadre tracé par ces faits (Bertossa/ Gaillard/Guyet/Schmidt, op. cit., vol. II, n. 3 ad art. 206 LPC/GE et les références citées).
Il s'ensuit que l'on ne décèle pas trace d'arbitraire dans le mode de faire de la cour cantonale, si bien que le grief de la recourante doit être écarté dans la mesure où il est recevable.
Il s'ensuit que l'on ne décèle pas trace d'arbitraire dans le mode de faire de la cour cantonale, si bien que le grief de la recourante doit être écarté dans la mesure où il est recevable.
8. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
8. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
9. Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 15'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
2. Un émolument judiciaire de 15'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 17'000 fr. à titre de dépens.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 17'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 4 janvier 2007
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La juge présidant: La greffière: