Sachverhalt:
A. X._ ist Inhaber eines Einzelunternehmens. Dessen Geschäftstätigkeit besteht im Anbieten von Werbekonzepten und anderen Dienstleistungen im Bereich Werbung, Design und Kommunikation. Über die Vermögensverwaltungsgesellschaft A._ investierte X._ in verschiedene Titel im Bereich "New Economy", in Call-Options und in Gold. Auf diesen Beteiligungen nahm er in den Jahren 2001 und 2002 ausserordentliche Abschreibungen von Fr. 181'933.49 bzw. Fr. 96'218.71 vor.
B. X._ deklarierte im Hilfsblatt A der Steuererklärung 2001 einen Reingewinn von Fr. 51'695.-- und nahm die erwähnte ausserordentliche Abschreibung vor. Für die Steuerperiode 2002 wies das Hilfsblatt A einen Geschäftsverlust von Fr. 34'520.-- aus, und die Erfolgsrechnung 2002 enthielt die erwähnte ausserordentliche Abschreibung, wodurch deren Bilanzwert nur noch Null Franken betrug. Das kantonale Steueramt Zürich schätzte X._ und Y._ am 2. Juni 2005 für die Steuerperioden 2001 bzw. 2002 mit steuerbaren Einkommen von Fr. 261'500.-- bzw. Fr. 125'000.-- und steuerbaren Vermögen von Fr. 530'000.-- (zum Satz von Fr. 569'000.--) bzw. Fr. 408'000.-- (zum Satz von Fr. 438'000.--) ein. Dabei liess sie die ausserordentlichen Abschreibungen nicht zum Abzug zu. Die hiergegen erhobene Einsprache wurde am 24. Juli 2009, der Rekurs von der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich am 18. November 2009 und die Beschwerde vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 2. Juni 2010 abgewiesen.
C. Vor Bundesgericht beantragen X._ und Y._ mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 2. Juni 2010 aufzuheben, die steuerbaren Einkommen auf Fr. 79'567.-- bzw. auf Fr. 28'781.-- (Vermögen unverändert) festzusetzen sowie die Verrechnungssteueransprüche auf Fr. 545.05 bzw. auf Fr. 49.95 zu bestimmen.
D. Das Kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die direkten Steuern des Kantons. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR. 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten. Nicht eingetreten werden kann allerdings auf das Begehren, es seien auch die Verrechnungssteueransprüche zu bestimmen. Dieses erstmals vor der Vorinstanz gestellte und von dieser gar nicht behandelte Begehren sprengt den Streitgegenstand.
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
Eine diesen Anforderungen (Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG) genügende Begründung ist hier nur bedingt zu erkennen, beschränkt sich doch die Beschwerdeschrift im Wesentlichen darauf, die schon vor den Vorinstanzen vorgebrachten Argumente - rein appellatorisch - zu wiederholen. Inwiefern das angefochtene Urteil an einem offensichtlichen Mangel leiden soll (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen), ist kaum zu erkennen. Insoweit kann auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Von den Einkünften können bei selbständiger Erwerbstätigkeit gemäss § 27 Abs. 2 lit. b des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG; LS 631.1) die ausgewiesenen Abschreibungen des Geschäftsvermögens abgezogen werden. Diese Bestimmung entspricht wörtlich Art. 10 Abs. 1 lit. a StHG und sinngemäss der Regelung von Art. 27 Abs. 2 lit. a in Verbindung mit Art. 28 DBG (SR 642.11). Es müssen mehrere Voraussetzungen erfüllt sein, damit Abschreibungen steuerlich anerkannt werden können (BGE 132 I 175 E. 2.2 S. 177 ff. mit Hinweisen). Primäres Erfordernis ist die Existenz von Geschäftsvermögen. Als solches gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (§ 18 Abs. 3 Satz 1 StG; Art. 8 Abs. 2 erster Satzteil StHG; Art. 18 Abs. 2 Satz 3 DBG).
2.2 Bei Beteiligungsrechten liegt dann Geschäftsvermögen im Sinne der erwähnten Bestimmungen vor, wenn eine enge wirtschaftliche Beziehung zwischen der Beteiligung an der Kapitalgesellschaft und dem Geschäft des Steuerpflichtigen besteht. Eine solche ist insbesondere anzunehmen, wenn die Beteiligung für Geschäftszwecke erworben wurde oder sie dem Inhaber einen massgeblichen Einfluss auf eine Gesellschaft verschafft, deren geschäftliche Tätigkeit seiner eigenen entspricht oder diese sinnvoll ergänzt, was ihm erlaubt, seine ursprüngliche Geschäftstätigkeit auszudehnen. Diese Voraussetzung ist gegeben, wenn der Steuerpflichtige die Beteiligungsrechte konkret dazu einsetzt, um das Geschäftsergebnis seines eigenen Unternehmens bzw. dessen Gewinnchancen zu verbessern (Urteil 2A.547/ 2004 vom 22. April 2005 E. 2.3, in: StE 2006 B 23.2 Nr. 31 mit Hinweis; Urteil 2C_349/2009 vom 16. November 2009 E. 4.2.1; Urteil 2A.125/2007 vom 14. Mai 2008 E. 3.1.2). In der buchmässigen Behandlung des Vermögensgegenstandes ist grundsätzlich nur ein Indiz zu erblicken; massgebend sind vorab die tatsächlichen Verhältnisse (Urteil 2A.700/2004 vom 26. Mai 2005 E. 4.1.1, in: NStP 59, S. 91 ff., 95).
2.3 Die Vorinstanzen erwogen, zwischen der Geschäftstätigkeit des Einzelunternehmens des Beschwerdeführers und seiner Investition in Titel im Bereich "New Economy", in Call-Options und in Gold bestehe kein wirtschaftlicher Zusammenhang. Ebenso wenig könne die Entnahme der für die Investition eingesetzten Mittel aus dem Geschäft die Anlagen zu Geschäftsvermögen stempeln, denn es wäre ohne Weiteres möglich, die dem Geschäft entnommenen Mittel als Privatentnahme zu würdigen. Die Vorinstanzen gingen zu Recht davon aus, dass die Beteiligungen zum Privatvermögen des Beschwerdeführers gehörten, so dass darauf keine Abschreibungen vorgenommen werden konnten.
2.4 Was die Beschwerdeführer dagegen anführen, überzeugt nicht:
2.4.1 Zunächst unterstreichen sie erneut, dass die fraglichen Investitionen und die ausserordentlichen Abschreibungen in den Geschäftsbüchern ausgewiesen wurden; die Wertschriften seien aus Mitteln der Einzelfirma finanziert und "im Namen der Einzelfirma" gekauft worden. Die Einzelfirma ist allerdings kein selbständiger Rechtsträger, weshalb der Kauf so oder so auf den Namen des Beschwerdeführers erfolgt sein muss. Wie erwähnt, können die Mittel vorher dem Geschäft entnommen worden sein (sog. Privatentnahme), weshalb die Mittelherkunft nicht ausschlaggebend zu sein braucht. Diese Einwendungen der Beschwerdeführer sind mithin nicht geeignet, die Frage der Zuordnung der Titel zum Geschäfts- oder zum Privatvermögen abschliessend zu beurteilen. Entscheidend wäre wie ausgeführt, dass die Titel tatsächlich dem Geschäft des Beschwerdeführers gedient hätten, was aber - wie von den Vorinstanzen zutreffend festgestellt - hier gerade nicht der Fall ist.
2.4.2 Weiter bringen die Beschwerdeführer vor, sie hätten ihr Depot bei der ZKB auch in den hier massgebenden Steuerperioden ausdrücklich als Privatvermögen deklariert, nicht aber die fraglichen Titel. Sie hätten damit bei der Deklaration der Anlagen klar zwischen Privat- und Geschäftsvermögen unterschieden. Allerdings kann es darauf allein ebenso wenig ankommen (Urteil 2C_349/2009 vom 16. November 2009 E. 4.2.2 mit Hinweis).
2.4.3 Erstmals vor Bundesgericht stellen sich nun die Beschwerdeführer auf den Standpunkt, sie seien auch als gewerbsmässige Wertschriftenhändler zu betrachten, weshalb die Titel Geschäftsvermögen dieser "zusätzlichen Erwerbstätigkeit" bildeten. Ohne hier die Frage zu vertiefen, ob damit nicht in unzulässiger Weise der Streitgegenstand gesprengt oder der Sachverhalt ergänzt wird, gebricht es jedenfalls am erforderlichen Nachweis für die Behauptungen. Weder werden Angaben über die Häufigkeit der Geschäfte gemacht noch liegt darin, dass die Mittel der Einzelfirma entnommen wurden, "eine Fremdfinanzierung" vor.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als offensichtlich unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer unter Solidarhaft kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Januar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Errass