Fatti:
A. Il 20 maggio 2012 il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha emanato un ordine di perquisizione e sequestro ai sensi dell'art. 241 segg. CPP nei confronti di A._ e B._, indagati per il reato di riciclaggio di denaro (art. 305bis CP) nell'ambito di un procedimento penale aperto anche contro altre persone pure per il titolo di organizzazione criminale (art. 260ter CP). Scopo del provvedimento era la requisizione e il relativo sequestro "delle prove o tracce dei reati: segnatamente di documenti di qualsivoglia tipo e su qualsiasi supporto essi si trovino (cartaceo, informatico, ecc.) e di oggetti e di valori patrimoniali, da porre in relazione con le indagini in corso rispettivamente con persone fisiche e/o giuridiche ad esse collegate".
B. Il provvedimento è stato eseguito il 25 maggio 2012. Intervenuto in una seconda fase della perquisizione, anche in rappresentanza dell'altro indagato, il patrocinatore di A._ ha chiesto l'apposizione dei sigilli su una parte degli oggetti sequestrati. Il 14 giugno seguente il MPC ha presentato una domanda di dissigillamento al Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC). Con giudizio del 14 agosto 2012 questi ha respinto l'istanza, siccome l'ordine di perquisizione non presentava una sufficiente motivazione riguardo agli indizi di reato.
C. Il MPC ha impugnato il 27 agosto 2012 questa sentenza con un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (TPF), che l'ha trasmesso per competenza al Tribunale federale. Il 10 settembre 2012 il MPC ha poi presentato un analogo ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo la concessione dell'effetto sospensivo. Nel merito, ha chiesto in via principale di annullare la decisione del GPC e di ordinare il postulato dissigillamento. In via subordinata, ha chiesto di invitare il GPC ad eseguire la cernita degli oggetti sotto sigillo. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale e l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti.
D. Il GPC chiede di respingere il gravame. A._ e B._ chiedono di respingerlo nella misura della sua ammissibilità. Il MPC ha replicato il 12 novembre 2012, confermandosi nel proprio gravame. Gli opponenti hanno ribadito le loro richieste il 17 dicembre 2012.
Con decreto presidenziale del 10 ottobre 2012 è stato conferito effetto sospensivo al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 Le decisioni relative a dissigillamenti concernono decisioni incidentali, che non pongono fine al procedimento penale: non si tratta tuttavia di "misure cautelari" ai sensi dell'art. 98 LTF, norma che non è pertanto applicabile (DTF 137 IV 340 consid. 2.4; sentenza 1B_277/2011 del 28 giugno 2011 consid. 1.2). Il GPC ha in sostanza negato l'esistenza di sufficienti indizi di reato, disponendo la restituzione della documentazione ai detentori. Il giudizio impugnato può comportare per il ricorrente un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, potendo compromettere irrimediabilmente l'esito del procedimento penale a causa della perdita di mezzi di prova eventualmente determinanti concernenti circostanze decisive non ancora chiarite. In tali condizioni, la legittimazione a ricorrere del pubblico ministero giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 3 LTF deve essere ammessa.
1.3 Nell'ambito della procedura preliminare, sulla domanda di dissigillamento decide definitivamente il GPC (art. 248 cpv. 3 lett. a CPP). L'art. 65 cpv. 3 della legge sull'organizzazione delle autorità penali, del 10 marzo 2010 (LOAP; RS 173.71), richiamato dal ricorrente nella sua impugnativa interposta a torto al TPF, non sancisce la competenza della Corte dei reclami penali del TPF contro la decisione del GPC in materia di dissigillamento. La disposizione prevede che le decisioni del GPC di cui all'art. 65 cpv.1 LOAP sono impugnabili con reclamo dinanzi al TPF. Essa intende unicamente precisare che, nei casi che sottostanno alla giurisdizione federale, laddove contro una decisione del GPC è dato il rimedio del reclamo secondo il CPP (cfr. art. 393 cpv. 1 lett. c CPP) l'autorità di ricorso competente non è quella cantonale, bensì la Corte dei reclami penali del TPF. In simili casi, il GPC svolge infatti compiti delegatigli dalla Confederazione (cfr. Messaggio del Consiglio federale concernente la LOAP, del 10 settembre 2008, FF 2008 7093, pag. 7139). Né si è qui in presenza di un caso straordinariamente complesso e importante, che potrebbe imporre l'osservanza del principio della "doppia istanza", e in ogni modo i ricorsi in materia di suggellamento vanno sempre introdotti al Tribunale federale (sentenze 1B_397/2012 del 10 ottobre 2012 destinata a pubblicazione, consid. 1.1 e 1.2 inediti, 1B_595/2011 del 21 marzo 2012 consid. 5, 1B_516/2011 del 17 novembre 2011 consid. 1.1 e 1B_492/2011 del 2 febbraio 2012 consid. 1).
1.4 Nel ricorso in materia penale del 10 settembre 2012, il ricorrente afferma di rimettersi al giudizio del Tribunale federale per quanto concerne la trattazione del reclamo erroneamente interposto al TPF e da questi trasmesso per competenza a questa Corte. I due allegati sono sostanzialmente identici. Il gravame del 10 settembre 2012 è stato interposto entro il termine di ricorso dell'art. 100 cpv. 1 LTF e contiene alcune considerazioni completive rispetto al reclamo. In tali circostanze, il primo allegato è divenuto privo di oggetto e si giustifica di trattare unicamente il ricorso in materia penale.
1.5 Nella risposta al ricorso, l'opponente B._ ritiene inammissibili i documenti prodotti dal ricorrente con le impugnative. La questione, che occorrerebbe esaminare sotto il profilo dell'art. 99 cpv. 1 LTF, può rimanere indecisa, giacché gli atti dell'incarto del GPC sono sufficienti per statuire sulla fattispecie.
1.6 Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute (cfr. art. 106 cpv. 2 LTF) laddove è invocato l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 136 II 304 consid. 2.4 e 2.5, 136 I 49 consid. 1.4.1). L'atto di ricorso, sovente inutilmente prolisso e ripetitivo, si dilunga in parte in argomentazioni che esulano dall'oggetto del litigio: adempie quindi soltanto parzialmente le citate esigenze di motivazione.
2. 2.1 Il ricorrente lamenta la violazione del diritto di essere sentito, siccome il GPC non gli ha trasmesso le osservazioni del 25 giugno 2012 degli imputati alla domanda di dissigillamento. Rileva che la richiesta di visionare tali atti, negata in sede di udienza, è stata nuovamente formulata con lettera del 20 agosto 2012 al fine di potere impugnare compiutamente il giudizio del GPC in sede federale.
2.2 Questa censura deve essere esaminata prioritariamente, poiché il diritto di essere sentito ha natura formale e la sua lesione comporta di regola l'annullamento della decisione impugnata, indipendentemente dalla fondatezza del gravame nel merito (DTF 137 I 195 consid. 2.2; 135 I 187 consid. 2.2 e rinvii). La garanzia del diritto di essere sentito comprende il diritto di prendere conoscenza delle osservazioni sottoposte dalle altre parti al tribunale e di potersi esprimere al proposito, indipendentemente dalla loro rilevanza per il giudizio (cfr. sentenza 1C_142/2012 del 18 dicembre 2012 consid. 2.1 destinata a pubblicazione; DTF 138 I 154 consid. 2.3.3; 133 I 98 consid. 2.1, 100 consid. 4). La tutela di tale diritto di replica presuppone quindi la trasmissione degli allegati presentati dagli altri partecipanti alla procedura (DTF 137 I 195 consid. 2.3.1).
2.3 Il GPC sostiene, nella risposta al gravame, di non avere ricevuto la lettera del 20 agosto 2012, con cui il ricorrente chiedeva la trasmissione delle osservazioni presentate dalle controparti. Con la replica del 12 novembre 2012 al Tribunale federale, il ricorrente ha tuttavia prodotto i documenti che attestano la spedizione e la ricezione dell'invio. In ogni modo, sulla scorta della citata giurisprudenza, allo scopo di garantire il diritto di replica dinanzi alla precedente istanza, si imponeva di trasmettere al MPC gli allegati presentati dalle altre parti e di consentirgli di esprimersi al riguardo prima dell'emanazione del giudizio. Le osservazioni del 25 giugno 2012 degli imputati sono peraltro esplicitamente richiamate nella sentenza impugnata e il GPC non ha addotto motivi che avrebbero giustificato una restrizione del diritto di essere sentito (cfr. art. 108 CPP). L'invocata garanzia costituzionale è quindi stata disattesa dalla precedente istanza, ciò che comporta l'annullamento della decisione impugnata. Per motivi di celerità del procedimento penale (cfr. art. 5 cpv. 1 CPP) e in considerazione delle particolarità della fattispecie, si giustifica nondimeno di esaminare ulteriori censure (cfr. sentenza 1B_397/2012, citata, consid. 1.2).
3. 3.1 Il ricorrente sostiene che l'ordine di perquisizione adempirebbe i requisiti dell'art. 241 CPP il quale, contrariamente a quanto ritenuto dal GPC, non prevederebbe esigenze di motivazione particolari. Rileva che gli estremi dei reati perseguiti erano noti ad A._ e a B._, in quanto imputati nel procedimento penale e già destinatari in quell'ambito di precedenti provvedimenti coercitivi. Ritiene che, in ogni caso, gli indizi di reato sono stati sufficientemente esposti nella domanda di dissigillamento, il cui contenuto è stato praticamente ignorato dal GPC.
3.2 Il GPC ha ritenuto insufficientemente motivato l'ordine di perquisizione e di sequestro del 20 maggio 2012, poiché lo stesso non esponeva, nemmeno succintamente, né gli indizi di reato a carico di A._ e B._ né quelli a carico degli altri imputati. Ha considerato che tale mancanza, oltre a violare il diritto di essere sentiti degli interessati, gli impediva di valutare la questione pregiudiziale della legalità e della fondatezza della perquisizione. Secondo il GPC, non essendo in tali circostanze dato di comprendere le ragioni alla base del provvedimento, non era possibile effettuare con cognizione di causa la cernita della documentazione sotto sigillo. Non spettava infatti a lui individuare tra gli atti del procedimento penale gli elementi alla base della misura, tanto più che il ricorrente non era stato maggiormente esauriente né nella domanda di dissigillamento né in sede di udienza.
3.3 Giusta l'art. 241 cpv. 1 CPP, le perquisizioni e le ispezioni sono disposte mediante mandato scritto. Nei casi urgenti possono essere disposte oralmente, ma devono successivamente essere confermate per scritto. L'art. 241 cpv. 2 CPP prevede poi che il mandato indichi: le persone, gli spazi, gli oggetti o le carte e registrazioni da perquisire o da ispezionare (lett. a), lo scopo del provvedimento (lett. b), le autorità o le persone incaricate dell'esecuzione (lett. c). Secondo l'art. 263 cpv. 2 CPP, il sequestro è disposto con ordine scritto succintamente motivato. Nei casi urgenti può essere ordinato oralmente, ma deve successivamente essere confermato per scritto.
Ora, il provvedimento litigioso rispetta le citate esigenze. In particolare, l'ordine di perquisizione indica i luoghi e gli oggetti da perquisire, lo scopo perseguito, l'incarico attribuito alla Polizia giudiziaria federale, i nominativi di altri imputati e i reati perseguiti.
3.4 D'altra parte, il ricorrente ha precisato nella domanda di dissigillamento le fattispecie oggetto delle indagini ed ha allegato documenti a sostegno dell'istanza: gli opponenti hanno potuto esprimersi al riguardo nell'ambito della procedura dinanzi al GPC. Dalla domanda risulta che gli indagati avrebbero commesso truffe a danno di compagnie telefoniche, tra cui C._ S.p.A., mediante l'attivazione di numeri verdi, l'acquisto e la rivendita di traffico telefonico internazionale e il commercio di carte telefoniche prepagate. Un indagato (D.D._) avrebbe reimpiegato il denaro provento delle malversazioni in attività economiche, segnatamente mediante la società E._ con sede a Milano, di D.D._ e del fratello F.D._. Nel corso dell'indagine, sarebbe emersa l'esistenza in Ticino di numerose società con sede in Svizzera e in altri paesi, riconducibili a D.D._ e F.D._, A._ e B._, utilizzate per commettere atti di amministrazione infedele ai danni di E._ e per riciclare il denaro provento delle distrazioni. E._, amministrata da G._ e in seguito da H._, sarebbe stata dichiarata fallita con sentenza dell'11 novembre 2010 del Tribunale di Milano. Per questo fallimento, e per quello di un'altra società analoga, le citate persone sarebbero indagate in Italia per bancarotta fraudolenta. In particolare, A._ e B._ sono sospettati di avere costituito ed amministrato in Ticino, con denaro di origine criminale, a partire dal 2005, specifiche società attive nel settore della compravendita di traffico telefonico. Ciò allo scopo di fare ottenere a E._ finanziamenti da parte delle banche presentando fatture false per importi notevoli, aggravando lo stato di indebitamento della società e distraendo a loro favore i fondi ottenuti in maniera fraudolenta.
Contrariamente al parere della precedente istanza, risulta quindi che il ricorrente ha motivato gli elementi di reato alla base del provvedimento sia per quanto concerne il riciclaggio di denaro per il quale persegue gli opponenti sia riguardo ai reati a monte, oggetto del procedimento penale aperto in Italia. Su questi elementi, gli opponenti hanno avuto la possibilità di esprimersi nella procedura dinanzi al GPC, il quale, in sede di udienza, ha potuto chiedere al magistrato inquirente ulteriori spiegazioni e delucidazioni in proposito. In tali circostanze, il GPC non poteva limitarsi, in sostanza, a rilevare che gli indizi di reato non erano stati illustrati nell'ordine del 20 maggio 2012, ma avrebbe dovuto confrontarsi con l'esposta fattispecie nel suo giudizio.
3.5 D'altra parte, diversamente dal giudice di merito, l'autorità chiamata a statuire sul provvedimento coercitivo non deve eseguire un'esauriente ponderazione delle circostanze a carico o a discolpa degli indagati e intraprendere una valutazione completa dell'attendibilità dei vari mezzi probatori disponibili. Gli incombe piuttosto esaminare se, sulla base delle risultanze istruttorie finora conseguite, l'autorità poteva sostenibilmente ammettere l'esistenza di sufficienti e concreti indizi di reato (cfr. art. 197 cpv. 1 lett. b CPP; DTF 137 IV 122 consid. 3.2; 124 IV 313 consid. 4). In concreto, il MPC ha esposto le fattispecie relative ai reati a monte, oggetto del procedimento italiano, nella misura in cui gli erano note a quello stadio, vertenti su truffe e malversazioni commesse ai danni di compagnie telefoniche. Ha poi indicato le persone e le società oggetto delle indagini e la natura dei reati perseguiti, specificando le diverse società amministrate dagli opponenti in Ticino, pure operanti apparentemente nel campo della telefonia. Ha sostanziato le relazioni tra queste società e la fallita E._, precisando che gli opponenti attraverso le loro società hanno concorso ai trasferimenti illeciti di denaro, segnatamente allestendo fatture false.
L'opponente B._ rileva che il ricorrente non avrebbe sinora prodotto prove relative all'esistenza di documentazione falsa, né avrebbe spiegato come poteva essere implicato nella bancarotta fraudolenta di una società di cui non era amministratore. Sostiene che in realtà le fatture sarebbero state emesse sulla base di minuti di conversazione effettivamente acquistati e venduti. Ora, premesso che la questione potrà eventualmente essere chiarita anche con l'ausilio del provvedimento qui litigioso, non incombe al giudice del dissigillamento eseguire valutazioni definitive su prove specifiche. Ai fini del giudizio sul provvedimento coercitivo è sufficiente rilevare che, nelle esposte circostanze, i trasferimenti di denaro eseguiti facendo capo alle società degli opponenti potrebbero costituire atti suscettibili di vanificare l'accertamento dell'origine di valori patrimoniali provenienti dai crimini perseguiti in Italia. Allo stadio attuale della procedura devono quindi essere riconosciuti sufficienti indizi del reato di riciclaggio di denaro.
4. 4.1 Risulta che l'ordine di perquisizione e sequestro del 20 maggio 2012 è stato eseguito presso il domicilio degli opponenti il 25 maggio successivo a partire dalle 09.15. Alla misura non hanno potuto partecipare né gli opponenti stessi, arrestati in Italia il 20 maggio medesimo, né i loro patrocinatori, informati telefonicamente dell'esecuzione soltanto il mattino del 25 maggio alle 08.30 circa. Il patrocinatore di A._ è comunque intervenuto in loco nel pomeriggio, anche in rappresentanza della collega che assiste l'altro indagato, ed ha chiesto l'apposizione dei sigilli su una parte degli oggetti sequestrati.
4.2 Secondo l'art. 245 CPP, all'inizio della perquisizione domiciliare le persone incaricate della stessa esibiscono il mandato (cpv. 1). Se presente in loco, il detentore degli spazi da perquisire è tenuto ad assistere alla perquisizione. Se il detentore è assente, alla perquisizione presenzia se possibile un familiare maggiorenne o un'altra persona idonea (cpv. 2). Il detentore deve essere informato dell'intervento da parte dell'autorità di esecuzione, affinché possa attuare il proprio diritto di partecipazione. Occorre quindi dargli la possibilità di intervenire all'esecuzione del provvedimento, se del caso tramite un suo rappresentante, nella misura in cui può essere presente in tempo utile. È contrario al principio della buona fede (art. 3 cpv. 2 lett. a e b CPP) fissare intenzionalmente l'esecuzione della perquisizione in un momento di assenza del detentore dei locali (cfr. THORMANN/BRECHBÜHL, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 10 all'art. 245; MELI, in: Commentario CPP, n. 3 all'art. 245). Riguardo alle modalità di esecuzione della perquisizione di carte e registrazioni, l'art. 247 cpv. 1 CPP prescrive che al detentore deve essere data preventivamente l'opportunità di esprimersi in merito al loro contenuto.
4.3 Nella fattispecie, gli opponenti, detentori degli spazi perquisiti, erano assenti, siccome sono stati arrestati in Italia lo stesso giorno in cui è stato spiccato l'ordine di perquisizione e sequestro: non hanno quindi potuto partecipare all'esecuzione del provvedimento. D'altra parte, i loro patrocinatori sono stati avvertiti soltanto quarantacinque minuti prima dell'inizio della perquisizione ed hanno subito comunicato all'autorità inquirente i rispettivi impedimenti. Contrariamente all'opinione del ricorrente, si tratta di un preavviso troppo breve, che, in considerazione dei possibili impegni già assunti e della necessità di una trasferta, ragionevolmente poteva non consentire ai legali di essere presenti tempestivamente. Il ricorrente non adduce un'urgenza o circostanze particolari che avrebbero imposto di eseguire la misura in tempi così ristretti, né simili motivi appaiono seriamente ravvisabili nella fattispecie, ove si consideri che il procedimento penale contro gli opponenti era aperto da oltre un anno e l'ordine di perquisizione era stato emanato cinque giorni prima. In tali condizioni, la procedura eseguita in concreto disattende il principio della buona fede. Nondimeno, un patrocinatore degli opponenti, anche in rappresentanza della collega, è potuto intervenire in un secondo tempo alla perquisizione, ha fatto sigillare una parte degli oggetti sequestrati e non sostiene che in tale contesto l'autorità penale avrebbe preso conoscenza di carte o oggetti eventualmente soggetti alla tutela del segreto. In questa sede non occorre quindi esaminare oltre la questione, segnatamente sotto il profilo dell'utilizzabilità delle prove raccolte.
5. 5.1 Il ricorrente critica infine l'ammontare della tassa di giustizia (fr. 5'000.--) posta a suo carico dal GPC. Gli rimprovera di essere incorso nell'arbitrio per avere fissato un importo eccessivo, corrispondente al massimo previsto dall'art. 24 della legge ticinese sulla tariffa giudiziaria, del 30 novembre 2010 (LTG), senza addurne i motivi. Sostiene che il dispendio è stato limitato, non essendo stata eseguita la cernita della documentazione.
5.2 Giusta l'art. 65 cpv. 4 LOAP, se un giudice cantonale dei provvedimenti coercitivi decide in un caso che sottostà alla giurisdizione federale, la Confederazione indennizza il Cantone. L'indennizzo è definito caso per caso; è stabilito aumentando di un quarto l'importo delle spese procedurali che il giudice dei provvedimenti coercitivi fisserebbe in un caso analogo sottostante alla giurisdizione cantonale.
La Confederazione non dispone di propri giudici dei provvedimenti coercitivi, sicché all'art. 65 LOAP il legislatore ha adottato una soluzione speciale, in base alla quale, nei casi soggetti alla giurisdizione federale, il GPC cantonale svolge compiti delegatigli dalla Confederazione (cfr. DTF 138 IV 40 consid. 2.2.4 pag. 43). In virtù dell'art. 65 cpv. 4 LOAP, la Confederazione deve rimborsare ai Cantoni interessati le spese procedurali causate dall'intervento del GPC, indipendentemente dall'esito del procedimento. È infatti stato ritenuto ingiustificato esigere dai Cantoni coinvolti che attendessero per lungo tempo un risarcimento che avrebbe dovuto essere incassato dalla Confederazione o dal condannato a dipendenza dell'esito del procedimento. L'importo del risarcimento da parte della Confederazione si basa sugli emolumenti fissati dal GPC in un'analoga procedura cantonale e non corrisponde pertanto necessariamente ai costi totali generati (cfr. Messaggio del Consiglio federale concernente la LOAP, del 10 settembre 2008, FF 2008 7093, pag. 7139 e 7151). Rispetto alle disposizioni degli art. 422 segg. CPP, l'art. 65 cpv. 4 LOAP costituisce pertanto una norma speciale per il risarcimento delle prestazioni fornite dal GPC nei procedimenti penali federali. Un eventuale accollamento all'imputato soccombente della quota delle spese procedurali concernente la procedura di dissigillamento entra per contro in considerazione solo dopo la chiusura dell'istruzione giusta l'art. 426 CPP (cfr. sentenza 1B_397/2012, citata, consid. 8).
5.3 Nel giudizio impugnato, richiamando l'art. 65 cpv. 4 LOAP, il GPC si è limitato a fissare una tassa di giustizia di fr. 5'000.--. Non ha indicato le disposizioni della LTG, che permettono di stabilire l'ammontare delle spese processuali in un caso simile soggetto alla giurisdizione cantonale. Né ha precisato concretamente l'importo da cui occorre partire, aumentandolo di un quarto, per determinare l'indennità giusta l'art. 65 cpv. 4 LOAP. Certo, nella risposta al gravame il GPC ha spiegato di essersi fondato su una tassa di giustizia di base di fr. 4'000.--, aumentata di un quarto, ritenendola adeguata al dispendio occasionato. Tuttavia, ricordato che l'indennità non necessariamente copre l'integralità dei costi provocati dall'intervento del GPC da parte dell'autorità federale, l'importo litigioso appare d'acchito rilevante, ove si consideri ch'esso si situa al limite superiore della disposizione tariffaria apparentemente applicabile (cfr. art. 24 LTG), sebbene non siano stati eseguiti l'esame e la cernita della documentazione. La questione non deve comunque essere esaminata oltre in questa sede, siccome il GPC dovrà statuire nuovamente sulla causa e ripronunciarsi quindi anche sull'ammontare dell'indennizzo a carico della Confederazione.
6. 6.1 Ne segue che il ricorso deve essere accolto in quanto ammissibile. La decisione impugnata è annullata e la causa è rinviata al GPC, affinché conceda alle parti il diritto di esprimersi compiutamente (cfr. consid. 2) e statuisca nel merito della domanda di dissigillamento.
6.2 Di massima, le spese dovrebbero essere poste a carico degli opponenti che hanno chiesto la reiezione del gravame. In considerazione dell'accertata violazione del principio della buona fede, si giustifica tuttavia di rinunciare a prelevare spese giudiziarie a carico degli opponenti (art. 66 cpv. 1 LTF). Alle autorità che vincono la causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali non si attribuiscono ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è accolto. La decisione emanata dal Giudice dei provvedimenti coercitivi il 14 agosto 2012 è annullata e la causa gli è rinviata per una nuova decisione nel senso dei considerandi.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, e al Giudice dei provvedimenti coercitivi del Cantone Ticino.