Fatti:
A. Nel quadro di un contratto avente per oggetto la compravendita e la costruzione chiavi in mano di un impianto industriale, stipulato da International Funds of C._, di proprietà dello Stato di C._, con la società libanese D._, il 25 gennaio 1996 quest'ultima ha incaricato A._SA, Lugano, di acquistare per suo conto varie componenti del citato impianto e di spedirle a "Warehouse for material and technical supply of the enterprise of the International Funds of C._, sito a X._, nello stato C._".
A.a A._SA ha a sua volta affidato il trasporto della merce ad altre ditte.
La prima parte della merce è stata trasportata nella primavera 1997 dalla società E._, Ginevra, ed è stata depositata a X._ presso i magazzini della succursale dell'impresa svizzera B._AG.
La seconda parte della merce proveniente dall'Europa è stata trasportata nell'autunno 1997 dalla stessa B._AG. Il contratto prevedeva un trasporto combinato via nave, autocarro e treno, attraversando da ultimi Russia e Iran. A causa del rifiuto di International Funds of C._ - destinatario finale della merce - di produrre la documentazione necessaria per lo sdoganamento vi è stato un deposito intermedio in Iran durato parecchi mesi, con conseguenti costi, multe e tasse. Solo a fine agosto 1998 B._AG è riuscita a far pervenire tutta la merce presso i suoi magazzini di X._, che aveva ricevuto in locazione da International Funds of C._.
I beni trasportati sono rimasti depositati fino al maggio 2001, quando B._AG - in adempimento di un decreto presidenziale - li ha consegnati al consorzio statale C._.
A.b Il 31 maggio 2001 B._AG ha inviato a A._SA la fattura relativa ai costi di deposito maturati dal 1° luglio 1997 al 31 maggio 2001, per complessivi fr. 573'752.70, di cui fr. 146'718.-- per la prima fornitura e fr. 427'034.70 per la seconda.
A.c In assenza di ogni riscontro alla sua richiesta di pagamento, la B._AG ha successivamente fatto spiccare un precetto esecutivo nei confronti di A._SA, che ha interposto opposizione.
B. Il 22 agosto 2002 B._AG ha quindi convenuto A._SA dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano con un'azione volta a ottenere il versamento di fr. 573'752.70, oltre interessi al 5 % dal 15 giugno 2001, e il rigetto dell'opposizione.
A._SA si è integralmente opposta alla petizione.
Con sentenza del 30 ottobre 2006 il Pretore ha accolto le domande di B._AG limitatamente a fr. 156'022.68 e rigettato per il medesimo ammontare l'opposizione interposta contro il precetto esecutivo. Premesso che la controversia verteva solo sui costi di deposito dal 1° luglio 1997 in poi (e non sui costi di trasporto), che la lunga durata del deposito andava ricondotta esclusivamente all'attitudine non collaborante del destinatario finale, che nel contratto di trasporto le parti avevano pattuito solo la copertura dei costi di deposito della seconda parte della merce dovuti a complicazioni o ritardi doganali e, infine, che al contratto tornava applicabile il diritto elvetico, il giudice di primo grado, in applicazione dell'art. 444 CO, ha ammesso la responsabilità di A._SA per i costi di deposito relativi alla merce trasportata da B._AG. In considerazione delle contestazioni mosse da A._SA contro l'importo fatturato egli ha tuttavia ridotto a fr. 390'056.-- la somma riconosciuta a questo titolo e ha concesso a B._AG un diritto di rimborso limitato al 40 %, non avendo essa fatto tutto quanto in suo potere per ridurre il danno, in contrasto con quanto prescritto dall'art. 44 CO, segnatamente per non aver posto in compensazione i costi di deposito (causati da International Funds of C._) con la pigione pagata (a International Funds of C._) per la locazione del magazzino, oltre al fatto di non aver inviato a A._SA alcuna fattura tra il dicembre 1998 e il marzo 2000, impedendole così di rendersi conto del ruolo (di responsabile) attribuitole nella vicenda.
C. Ambedue le parti si sono aggravate contro questo giudizio. Con sentenza del 31 marzo 2008 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto entrambe le impugnative.
C.a Nel quadro dell'esame dell'appello presentato da A._SA, dopo aver precisato che il contratto di trasporto stipulato dalle parti è disciplinato dalla Convenzione concernente il contratto di trasporto internazionale di merci su strada (CMR) e dopo aver esaminato la fattispecie sotto il profilo degli art. 15 e 16 CMR, la massima istanza ticinese ha confermato la decisione del Pretore di porre a carico di A._SA i costi di deposito. Essa ha pure condiviso la decisione di non imputare a B._AG la mancata vendita della merce - visto che l'autorità competente per procedere alla vendita altri non era che il destinatario della stessa - bensì solo la mancata compensazione con le pigioni e, infine, di non penalizzarla per la durata del deposito.
C.b Anche l'appello adesivo di B._AG è stato respinto. Alla luce delle risultanze istruttorie la Corte cantonale ha infatti confermato la decisione del Pretore di negarle il diritto al rimborso delle spese di deposito della prima parte della merce, pari a fr. 146'718.--, e di quelle per il deposito intermedio in Iran, di fr. 30'800.--. Pure confermata la decisione di imputarle una colpa concomitante nell'insorgere del danno, per non aver compensato le spese di deposito con i canoni di locazione, suscettibile di giustificare la riduzione del 60 % dell''importo a suo favore.
D. Insorta dinanzi al Tribunale federale, il 9 maggio 2008, con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione di varie norme del diritto privato federale nonché della CMR, A._SA postula la modifica della sentenza cantonale nel senso di accogliere il suo appello e, di conseguenza, respingere integralmente la petizione.
Nella risposta del 9 luglio 2008 B._AG ha proposto l'integrale reiezione del gravame, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 462 consid. 2, 629 consid. 2).
Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF), il ricorso risulta ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
2. Dinanzi al Tribunale federale il litigio verte unicamente sulla questione di sapere se la ricorrente sia tenuta a sopportare i costi per il deposito della merce trasportata dall'opponente sino ai magazzini di X._. La risposta in senso affermativo delle autorità giudiziarie ticinesi d'appello è, a mente della ricorrente, errata sia nell'interpretazione dei fatti che nella conseguente applicazione del diritto, segnatamente dell'art. 440 segg. CO, della CMR e dell'art. 8 CC "a tenore della giurisprudenza del Tribunale federale".
I giudici cantonali hanno infatti erroneamente dedotto dai fatti, così come presentati e provati, una mora del destinatario nella ricezione della merce. In realtà, sostiene la ricorrente, "l'istruttoria di causa ha dimostrato che, in fatto e in diritto, il destinatario della merce, identificabile in sostanza con il Presidente di C._, ha in concreto ricevuto e accettato la merce. [...] Soltanto in virtù (i) del particolare regime politico vigente in C._, (ii) del fatto che lo stesso destinatario è proprietario e nel contempo locatore del sedime in cui la merce è rimasta depositata sotto la sua sorveglianza eseguita manu militari e (iii) della debolezza contrattuale dell'attrice nei confronti dello stesso destinatario, quest'ultimo ha potuto asportare la merce di sua proprietà senza far fronte agli impegni (eventualmente) maturati a suo carico nei confronti di B._AG. La natura e i termini di tali rapporti contrattuali sfuggono al controllo e alla conoscenza di A._SA ed in ogni caso non sono riconducibili al contratto di trasporto concluso dalle parti alla presente procedura."
3. Il tenore degli argomenti ricorsuali impone di riepilogare brevemente i principi che reggono il ricorso in materia civile, prima di chinarsi sulla fattispecie sottoposta a giudizio.
3.1 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto così come determinato dagli art. 95 (diritto svizzero) e 96 (diritto estero) LTF.
Di particolare interesse nella presente fattispecie sono l'art. 95 lett. a LTF, che prevede la proponibilità del ricorso in materia civile per violazione del diritto federale e l'art. 95 lett. b LTF, giusta il quale nell'ambito di tale rimedio può venir censurata anche la violazione del diritto internazionale, che comprende i trattati internazionali conclusi dalla Confederazione (cfr. sentenza 4A_403/2008 del 9 dicembre 2008 consid. 1.2 destinata a pubblicazione) quale, appunto, la Convenzione concernente il contratto di trasporto internazionale di merci su strada del 19 maggio 1956, entrata in vigore per la Svizzera il 28 maggio 1970 (CMR; RS 0.741.611).
3.2 Il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Nondimeno, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'atto di ricorso deve contenere le conclusioni della parte ricorrente e i motivi su cui esse si fondano. Occorre spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato violi il diritto. La motivazione deve essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1; 133 IV 286 consid. 1.4). Le esigenze di motivazione quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali sono più rigorose; il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se il ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF. Il campo di applicazione di questa norma corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali e valgono pertanto le regole di motivazione poste dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (DTF 133 III 638 consid. 2).
3.3 In linea di principio, il Tribunale federale fonda invece il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); giusta l'art. 105 cpv. 2 LTF può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere impugnato alle stesse condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF); occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
L'onere di esporre i motivi per i quali queste condizioni sarebbero adempiute spetta alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata. In particolare, qualora venga fatto valere che nel quadro dell'accertamento dei fatti l'autorità cantonale ha violato il divieto dell'arbitrio, sancito dall'art. 9 Cost., la relativa censura deve ottemperare ai requisiti di motivazione posti dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 133 III 638 consid. 2 pag. 639).
3.4 L'allegato sottoposto al vaglio del Tribunale federale ossequia solo parzialmente i principi appena esposti.
La ricorrente dimentica che il richiamo generico alle norme di diritto federale violate in ingresso all'impugnativa, senza riprenderle nelle singole censure, rischia di condurre all'inammissibilità delle stesse nella misura in cui non sia possibile poi determinarle chiaramente sulla scorta del contenuto del ricorso. Tale è il caso per l'asserita violazione dell'art. 8 CC, che dopo la menzione iniziale non viene più ripresa. A dire il vero, leggendo l'impugnativa sorge il dubbio che la ricorrente travisi la portata di questa norma e ritenga erroneamente (cfr. DTF 130 III 591 consid. 5.4 pag. 601 seg. con rinvii) ch'essa regoli l'apprezzamento delle prove; buona parte degli argomenti da lei addotti vertono infatti sulla valutazione delle risultanze istruttorie contenute nella sentenza impugnata. Così come formulati, essi disattendono tuttavia i requisiti di motivazione descritti al consid. 3.3 e risultano pertanto inammissibili, come meglio spiegato al consid. 5.
4. Prima di chinarsi sulle censure sollevate nel ricorso, dato che la controversia presenta risvolti internazionali, il Tribunale federale deve verificare d'ufficio e con pieno potere d'esame il diritto applicabile (DTF 132 III 626 consid. 2 con rinvii).
4.1 Il Pretore ha stabilito che il rapporto contrattuale venuto in essere fra le parti è retto dall'art. 440 segg. CO, sia perché entrambe hanno sede in Svizzera sia perché la prestazione caratteristica (il trasporto) è stata eseguita da una ditta svizzera.
Il Tribunale d'appello ha invece ritenuto che il contratto di trasporto stipulato dalle parti nell'autunno 1997 soggiace di per sé alla CMR, mentre alla questione litigiosa, non regolata dalla CMR, rimane applicabile il diritto svizzero a titolo di diritto nazionale suppletivo.
4.2 Ora, giusta l'art. 1 n. 1 CMR la Convenzione si applica a ogni contratto per il trasporto a titolo oneroso di merci su strada per mezzo di veicoli, indipendentemente dal domicilio e dalla cittadinanza delle parti, quando il luogo di carico della merce e il luogo previsto per la consegna indicati nel contratto sono situati in due paesi diversi, di cui almeno uno sia parte della Convenzione (art. 1 n. 1 CMR).
4.2.1 Nella fattispecie, la merce - trasportata a titolo oneroso via nave, autocarro e treno - è stata caricata in vari paesi europei firmatari della CMR (Spagna, Italia, Francia) e consegnata nello Stato di C._, anch'esso firmatario della CMR.
In queste circostanze, e considerato che "la merce ha raggiunto X._ con dei veicoli ai sensi dell'art. 2 CMR", la Corte cantonale ha reputato riunite tutte le condizioni per l'applicazione della CMR. Sennonché essa travisa la portata di questa norma.
4.2.2 L'art. 2 n. 1 CMR prevede che "Se, su una parte del percorso, il veicolo sul quale si trovano le merci è trasportato, senza che queste ne siano scaricate, per mare, per ferrovia, per via navigabile interna, o per via aerea, - eccettuati, eventualmente, i casi previsti nell'articolo 14 - la presente Convenzione si applica nondimeno all'intero trasporto."
Contrariamente a quanto sembrano ritenere i giudici cantonali, questo disposto non definisce dunque il tipo di veicolo che può essere utilizzato per il trasporto della merce - tale questione è semmai regolata dall'art. 1 n. 2 CMR - bensì limita l'applicabilità della convenzione a un determinato tipo di trasporto. In virtù dell'art. 2 n. 1 CMR, l'applicabilità della convenzione presuppone infatti un cosiddetto "trasporto sovrapposto", caratterizzato dal trasferimento non già della merce, bensì del veicolo contenente la merce, senza che questa venga scaricata, ovvero senza che si verifichi una "rottura del carico" (Fritz Frehmut in Kommentar zur CMR, 2a ed. 2007, n. 4 segg. ad art. 2 CMR; Sylvain Marchand, Der internationale Strassengüterverkehr (CMR) in SJK 167, 1998, n. 9; Herber/Piper, CMR Internationales Strassentransportrecht, 1996, n. 4 e 7 ad art. 2 CMR; Silingardi/Lana, Il Trasporto multimodale, in Rivista giuridica della circolazione e dei trasporti, quaderno n. 22, 1994, n. 2b pag. 16 seg., n. 2d pag. 35 seg.; Mari-Carmen Nickel-Lanz, La Convention relative au contrat de transport international de marchandise par route (CMR), 1976, n. 18 pag. 21). Il "trasporto sovrapposto" va distinto dal "trasporto multimodale/combinato" (trasporto a mezzo di diversi vettori tra loro complementari), che comporta invece lo scarico della merce da un mezzo per essere ricaricata su un altro di diversa natura; tale eventualità si realizza ad esempio nel traffico container (Fritz Frehmut, op. cit., n. 8 ad art. 2 CMR; Herber/Piper, op. cit., n. 8 ad art. 2 CMR; Silingardi/Lana, op. cit., n. 2b e n. 3 pag. 17seg.).
4.2.3 Ora, la sentenza impugnata non contiene accertamenti precisi circa le modalità in cui è avvenuto il trasporto nella fattispecie.
La questione è determinante ai fini del giudizio sull'applicabilità della CMR: qualora la merce sia stata trasportata mediante "trasporto sovrapposto", nulla osterebbe infatti all'applicazione della CMR; qualora si sia invece trattato di un "trasporto multimodale", la CMR non potrebbe essere applicata. Essa può tuttavia rimanere irrisolta, giacché in un caso come nell'altro la controversia in esame va giudicata sulla base del diritto svizzero.
4.3 Infatti, in caso di "trasporto multimodale" si dovrebbe osservare che allo stato attuale non esiste una disciplina internazionale uniforme, in quanto la Convenzione delle Nazioni Unite sul trasporto multimodale internazionale di merci, conclusa a Ginevra il 24 maggio 1980, non è ancora entrata in vigore (cfr. sito internet dell'Organizzazione delle Nazioni Unite: http//treaties.un.org). Occorrerebbe quindi far capo alla LDIP e di conseguenza al diritto svizzero, considerato che ambedue le parti hanno sede in Svizzera e che la prestazione caratteristica (il trasporto) è stata effettuata da una società svizzera (cfr. art. 116 e 117 LDIP).
Alla stessa conclusione si giungerebbe anche in caso di "trasporto sovrapposto", e quindi di applicabilità della CMR, poiché il litigio non verte sul trasporto della merce, bensì sui costi del successivo deposito, che, come spiegato qui di seguito, non è regolato dalla CMR.
4.4 Giusta l'art. 15 n. 1 CMR, qualora dopo l'arrivo della merce al luogo di destinazione sopravvengano impedimenti alla consegna, il vettore chiede istruzioni al mittente. L'art. 16 n. 2 CMR gli concede inoltre la facoltà di scaricare immediatamente la merce per conto dell'avente diritto.
4.4.1 Che in concreto la merce sia giunta al luogo di destinazione, come accertato nella sentenza cantonale, non è contestato.
4.4.2 Il rifiuto - anche solo temporaneo - del destinatario di accettare la merce rientra fra gli "impedimenti alla consegna" ai sensi dell'art. 15 n. 1 CMR (Jürgen Temme in Kommentar zur CMR, 2a ed. 2007, n. 5 ad art. 15 CMR; Johann Georg Helm in Grosskommentar HGB, vol. VII/2, 2002, n. 4 ad art 15 CMR; Herber/Piper, op. cit., n. 18 ad art. 15 CMR). Non è chiaro se nei casi contemplati dall'art. 15 CMR, il vettore sia sempre tenuto a chiedere istruzioni al mittente prima di scaricare la merce, così come previsto dall'art. 16 n. 2 CMR (cfr. Temme, op. cit. n. 10 ad art. 15 CMR e n. 14 ad art. 16 CMR; Helm, op. cit., n. 15 ad art. 15 CMR e n. 15 ad art. 16 CMR; contro tale obbligo: Herber/Piper, op. cit., n. 14 ad art. 15 CMR e n. 14 e 17 ad art. 16 CMR; Mari-Carmen Nickel-Lanz, op. cit., n. 99 seg. 80-82).
Tale questione non è rilevante ai fini del presente giudizio, anche perché è stato accertato che l'opponente aveva interpellato la ricorrente in merito alle difficoltà di consegna. Rilevante è piuttosto che l'art. 16 n. 2 CMR autorizza il vettore a scaricare la merce per conto dell'avente diritto, che dopo l'operazione di scarico il trasporto è considerato terminato e che il vettore assume la custodia della merce. Eventualmente egli può anche affidare la custodia della merce a terzi, sotto la sua responsabilità, ma nella fattispecie questa eventualità non si è realizzata visto che la merce è stata scaricata nei magazzini della succursale dell'opponente.
4.4.3 Ora, la CMR prescrive al vettore di occuparsi della custodia della merce, ma non definisce i diritti e i doveri derivanti dal contratto di deposito (Herber/Piper, op. cit., n. 21 ad art. 16 CMR). Questi sono dunque disciplinati dal diritto nazionale applicabile (cfr. anche DTF 132 III 626 consid. 4.1), che va determinato sulla base del diritto internazionale privato del tribunale adito (Temme, op. cit., n. 19 ad art. 16 CMR; Helm, op. cit., n. 20 ad art. 16 CMR; Mari-Carmen Nickel-Lanz, op. cit. n. 102 pag. 82).
Poiché in concreto ambedue le parti hanno sede in Svizzera e la prestazione caratteristica (il trasporto) è stata effettuata da una società svizzera (cfr. art. 116 e 117 LDIP), l'autorità cantonale ha correttamente stabilito che i diritti e i doveri delle parti in relazione al deposito della merce vanno decisi in applicazione del diritto svizzero.
4.5 L'applicabilità dell'art. 16 n. 2 CMR presuppone tuttavia che si sia verificato un impedimento alla consegna giusta l'art. 15 n. 1 CMR, ovvero che il destinatario abbia rifiutato la merce.
Lo stesso presupposto vige nel diritto elvetico, che all'art. 444 cpv. 1 CO stabilisce che, qualora la merce non venga accettata, il trasportatore deve avvisare il mittente e depositare la merce a sue spese.
5. Il gravame verte in sostanza su tale questione. Come preannunciato, la ricorrente contesta infatti la mancata accettazione della merce da parte del destinatario finale.
5.1 Sulla base delle risultanze istruttorie la Corte cantonale ha stabilito che, dopo l'arrivo della merce a X._, il destinatario non ha eseguito nessun atto di disposizione e la ricorrente lo sapeva, visto che, preso atto del rifiuto del destinatario di ritirare la merce, l'opponente si era rivolta a lei in cerca di istruzioni su come proseguire, avvisandola dei costi di deposito che stavano insorgendo per questo motivo. Il rifiuto del destinatario di accettare la merce trova inoltre conferma - hanno osservato i giudici cantonali - nella causa da lui promossa durante il periodo di deposito nei confronti della qui ricorrente, per far accertare che la merce non era stata ricevuta rispettivamente ch'era danneggiata. In queste circostanze il Tribunale d'appello ha ritenuto provata la mora del destinatario, che ha per finire ritirato la merce tre anni dopo il suo arrivo nei magazzini locati all'opponente a X._.
5.2 La ricorrente contesta questi accertamenti. Essa rileva come, una volta giunta ad X._, la merce sia stata sdoganata e depositata in un magazzino di proprietà del destinatario, che ne concedeva solo una parte in locazione all'opponente. Vari testimoni hanno poi attestato - prosegue la ricorrente - che dopo l'arrivo della merce il destinatario ne ha disposto come assoluto e unico avente diritto, adottando misure - quali la presa in consegna "in casa propria", la protezione manu militari e il divieto fatto a terzi di disporre in qualsiasi modo della merce - che solo l'avvenuta accettazione della merce può configurare. Poco importa, a mente della ricorrente, che il destinatario abbia avviato una procedura giudiziaria nei suoi confronti in Germania, trattandosi di una procedura che mirava unicamente a bloccare il pagamento del credito documentario aperto per l'acquisto della merce.
5.3 Così come formulata la critica ricorsuale, rivolta contro l'accertamento dei fatti e l'apprezzamento delle prove, non ossequia i requisiti di motivazione esposti al consid. 3.3.
5.3.1 A prescindere dal fatto che la ricorrente nemmeno si duole esplicitamente di un accertamento dei fatti manifestamente inesatto (art. 97 cpv. 1 LTF) rispettivamente di un apprezzamento delle prove arbitrario (art. 9 Cost.), in contrasto con quanto prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF, essa dimentica che chi lamenta una violazione del divieto d'arbitrio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata è manifestamente insostenibile (DTF 133 III 585 consid. 4.1 pag. 589; 130 I 258 consid. 1.3 pag. 262).
Per giurisprudenza invalsa, infatti, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'art. 9 Cost. solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 132 III 209 consid. 2.1 con rinvii).
5.3.2 Nel proprio scritto la ricorrente si limita a contrapporre la propria versione dei fatti a quella ritenuta nel giudizio criticato, senza indicare quali sarebbero i mezzi di prova che la Corte cantonale avrebbe manifestamente travisato o trascurato. Essa pone inutilmente l'accento sul fatto che i magazzini in cui si trovava la merce erano di proprietà del fondo C._, visto ch'essi erano dati in locazione all'opponente. La tesi secondo la quale solo una parte di essi era locata e la merce si trovava nella parte riservata al proprietario è priva di riscontro nella sentenza impugnata e la ricorrente non indica su quali mezzi di prova fonda una simile affermazione. Infine, si osserva che l'avvio della procedura giudiziaria in Germania nei suoi confronti, anche se avvenuto in malafede come da lei sostenuto, depone in ogni caso a favore del rifiuto iniziale del destinatario di accettare la merce.
5.4 Ne discende che gli argomenti proposti dalla ricorrente contro l'accertamento secondo cui il destinatario ha rifiutato l'accettazione della merce sono inammissibili per carente motivazione.
6. Vista la mancata accettazione della merce da parte del destinatario finale, la Corte cantonale ha ammesso l'esistenza di un impedimento alla consegna ai sensi dell'art. 15 n. 1 CMR, suscettibile di giustificare lo scarico della merce giusta l'art. 16 n. 2 CMR. Il trasporto è terminato e l'opponente ha dunque assunto la custodia della merce.
Diritti e doveri delle parti in relazione alla custodia della merce soggiacciono al diritto svizzero (cfr. quanto esposto al consid. 4.3 e 4.4).
6.1 In questa eventualità, la ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe violato il diritto federale obbligandola a sopportare i costi di deposito allorquando le parti non avevano pattuito né la mercede né le condizioni del deposito e l'opponente/depositaria ha crassamente violato i propri obblighi, consegnando la merce a un terzo senza tutelare i suoi diritti, in particolare senza porre in compensazione al destinatario della merce e suo locatore l'intero credito derivante dal deposito della merce.
6.2 Le censure ricorsuali sono votate all'insuccesso.
6.2.1 Giusta l'art. 472 cpv. 2 CO il depositario può pretendere una mercede solo se l'ha espressamente pattuita o se, nelle circostanze del caso concreto, essa era da ritenersi sottintesa.
In concreto ambedue queste condizioni sono realizzate. Non solo perché il deposito è avvenuto nel contesto di un contratto di trasporto e, come già detto, l'art. 444 cpv. 1 CO prevede che se la merce non viene accettata il trasportatore deve tenere la merce in deposito a spese del mittente, ma anche perché nel contratto le parti avevano pattuito che in caso di deposito intermedio (intermediate storage) a X._ l'opponente avrebbe avuto diritto a una remunerazione. La ricorrente non spiega per quale motivo i giudici cantonali avrebbero violato il diritto federale ritenendo tale clausola applicabile anche alla fattispecie in rassegna.
6.2.2 La decisione impugnata può essere confermata anche laddove ha riconosciuto all'opponente il diritto al 40 % della mercede, nonostante essa abbia omesso di porre in compensazione i costi di deposito (causati dal destinatario) con la pigione pagata (al destinatario) per l'affitto del magazzino.
Come già ricordato dal Pretore, l'art. 44 cpv. 1 CO - giusta il quale il giudice può ridurre o anche negare il risarcimento se delle circostanze delle quali il danneggiato è responsabile hanno contribuito a cagionare o ad aggravare il danno o a peggiorare altrimenti la posizione dell'obbligato - è applicabile anche alla responsabilità contrattuale in virtù dell'art. 99 cpv. 3 CO. L'applicazione dell'art. 44 CO è lasciata al "prudente criterio del giudice" (art. 4 CC). Per giurisprudenza invalsa il Tribunale federale esamina con riserva l'esercizio del potere d'apprezzamento da parte dell'ultima istanza cantonale. Esso interviene, segnatamente, quando la decisione si scosta senza motivo dai principi stabiliti da dottrina e giurisprudenza in materia di libero apprezzamento e si fonda su fatti che nel caso particolare non avevano importanza alcuna, oppure, al contrario, quando non si è tenuto conto di elementi che avrebbero dovuto essere presi in considerazione. Il Tribunale federale sanziona inoltre le decisioni rese in virtù di un tale potere d'apprezzamento quando esse sfociano in un risultato manifestamente ingiusto o in un'iniquità scioccante (DTF 132 III 109 consid. 2 pag. 111 seg., 131 III 26 consid. 12.2.2).
Nel gravame la ricorrente sostiene che all'opponente dovrebbe essere completamente negato il diritto alla remunerazione giacché essa avrebbe potuto porre in compensazione al fondo C._ l'intero credito derivatole dal deposito della merce. Ma una simile generica argomentazione non può indurre a ritenere manifestamente ingiusta la decisione del Tribunale d'appello di attenersi all'apprezzamento del Pretore, il quale ha invece optato per la riduzione del 60 % della pretesa residua dell'opponente.
7. In conclusione, il ricorso dev'essere respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 6'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.