Sachverhalt:
A. X._ ist unter der Einzelfirma A._ selbständig erwerbstätig. Als langjährige Partnerin des amerikanischen Unternehmens B._ Ltd. vertreibt sie dessen Produkte für Körperpflege, Gewichtskontrolle und Ernährung. Im Mai 2003 erwarb X._ 22'624 wandelbare Vorzugsaktien der C._ Holding (Caymand Island) Ltd. (nachfolgend: C._ Holding) zum Preis von US-$ 50'000 (US-$ 2.21 pro Aktie).
Am 8. März 2004 beschloss die C._ Holding, die Vorzugsaktien in Stammaktien umzuwandeln. Am 24. März 2004 leistete sie per Check eine Zahlung von US-$ 48'189.12 an X._, und am 1. Dezember 2004 beschloss eine Aktionärsversammlung der C._ Holding die Zusammenlegung der Stammaktien auf die Hälfte der Titel sowie die Änderung ihres Namens in B._ Ltd. Am folgenden Tag unterbreitete die B._ Ltd. ein öffentliches Kaufangebot für 14'500'000 Aktien.
Aufgrund der Umwandlung besass X._ noch 11'312 Aktien der B._ Ltd. Am 19. Mai und 17. November 2006 veräusserte sie 8'550 Aktien und erzielte dabei einen Gewinn von US-$ 341'426.--, ausmachend Fr. 426'182.--.
B. X._ deklarierte in ihrer Steuererklärung für das Jahr 2006 ein steuerbares Einkommen von Fr. 32'160.-- für die direkte Bundessteuer bzw. von Fr. 34'560-- für die Staats- und Gemeindesteuern. Das Kantonale Steueramt Zürich erachtete demgegenüber die Aktien der B._ Ltd. als Geschäftsvermögen der Einzelfirma und qualifizierte den aus der Veräusserung der Aktien erzielten Gewinn als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit. Demgemäss veranlagte es die Steuerpflichtige mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 424'500.-- (Bund) bzw. Fr. 426'900.-- (Kanton), welche Einschätzung es mit Einspracheentscheid vom 30. September 2011 bestätigte.
C. Gegen diesen Entscheid wehrte sich X._ erfolglos beim Steuerrekursgericht des Kantons Zürich. Mit Urteil vom 4. Juli 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich deren Beschwerde hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern 2006 ab. In einem weiteren Entscheid vom 4. Juli 2002 wies es auch die Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer 2006 ab.
D. Gegen die beiden Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich betreffend die Staats- und Gemeindesteuern resp. die direkte Bundessteuer führt X._ mit zwei Eingaben vom 23. August 2012 je Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der aus dem Verkauf der Aktien erzielte Erlös sei als privater Kapitalgewinn zu werten und das steuerbare Einkommen dementsprechend auf der Basis der eingereichten Steuererklärung zu veranlagen.
Gestützt darauf wurden zwei Verfahren eröffnet, nämlich das Verfahren 2C_802/2012 für die Staats- und Gemeindesteuern und das Verfahren 2C_803/2012 für die direkte Bundessteuer. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das Kantonale Steueramt Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerden seien abzuweisen (soweit darauf einzutreten sei).
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerden wurden unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG) eingereicht und richten sich gegen zwei von einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG) gefällte Endentscheide (Art. 90 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Auf die Beschwerden ist einzutreten.
1.2 Nachdem den angefochtenen Entscheiden der gleiche Steuersachverhalt zugrunde liegt, sich die gleichen Parteien gegenüberstehen und weitgehend identische Rechtsfragen zu beurteilen sind, rechtfertigt es sich, die beiden Beschwerdeverfahren zu vereinigen. Das ändert nichts daran, dass es sich um zwei verschiedene Steuern handelt, einerseits die direkte Bundessteuer und andererseits die Staats- und Gemeindesteuern, über die je separat zu befinden ist (BGE 131 II 553 E. 4.2).
1.3 Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition. In den Bereichen, in denen das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14]) den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde, soweit die Sachverhaltsfeststellungen nicht offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Auf Grund der Generalklauseln von Art. 16 Abs. 1 und Art. 18 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. März 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte aus einer selbständigen Erwerbstätigkeit. Dazu zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Steuerfrei sind laut Art. 16 Abs. 3 DBG einzig Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen (vgl. ebenfalls die inhaltlich übereinstimmenden Art. 7 und 8 StHG sowie Art. 16 und 18 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG/ZH]). Ein der direkten Bundessteuer unterliegender Kapitalgewinn liegt daher nur vor, sofern die fragliche Beteiligung Geschäftsvermögen bildete, nicht aber, wenn sie zum Privatvermögen zählte (vgl. BGE 133 II 420 E. 3.1; 125 II 113 E. 4a S. 119 und E. 6a S. 124; Urteil 2C_868/2008 E. 2.2, in: StR 65/2010 S. 205, StE 2010 B 23.1 Nr. 68).
2.2 Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (Art. 18 Abs. 2 3. Satz DBG). Ob ein Wertgegenstand dem Privat- oder dem Geschäftsvermögen zuzuordnen ist, entscheidet sich aufgrund einer Würdigung aller in Betracht kommenden tatsächlichen Umstände. Ausschlaggebendes Zuteilungskriterium ist die aktuelle technisch-wirtschaftliche Funktion des fraglichen Vermögensgegenstandes. Massgeblich ist also in erster Linie, ob der Gegenstand in seiner tatsächlichen Nutzung dem Geschäft dient. Daneben können als weitere Abgrenzungskriterien die äussere Beschaffenheit des Vermögenswertes, die Herkunft der Mittel zu dessen Finanzierung, das Erwerbs- oder Veräusserungsmotiv, die zivilrechtlichen Eigentumsverhältnisse und auch dessen buchmässige Behandlung dienen (vgl. BGE 133 II 420 E. 3.2 S. 422; Urteil 2A.44/2006 vom 17. November 2006 E. 2.2, in: StR 62/2007 S. 116; Urteil 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 2.2 ff., in: ASA 74 S. 737 E. 2.3; 2A.700/2004 vom 26. Mai 2005 E. 3.2, in: NStP 59/2005 S. 91 E. 3.2; je mit Hinweisen).
Für Vermögenswerte, die sowohl einer geschäftlichen wie einer privaten Nutzung unterliegen, ist nicht mehr auf die bis Ende 1994 auf Grund der Rechtsprechung zum Bundessteuerbeschluss 1940 massgebende Wertzerlegungsmethode, sondern auf die Präponderanzmethode abzustellen. Dementsprechend werden gemischt genutzte Güter und Vermögenswerte nunmehr in ihrer Gesamtheit - nach der überwiegenden Nutzung - entweder dem Geschäfts- oder dem Privatvermögen zugewiesen (BGE 133 II 420 E. 3.3 S. 432; 125 V 218 E. 5a/b S. 219; Urteil 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 2.4 mit Hinweisen, in: ASA 74 S. 737, StE 2004 A 21.14 Nr. 15).
2.3 Beteiligungen stellen sog. alternative Vermögenswerte dar, die sowohl in Beziehung zur Geschäftstätigkeit stehen als auch einer privaten Verwendung dienen können. Ihre Zuweisung erfolgt - im Einklang mit dem allgemeinen Kriterium der aktuellen technisch-wirtschaftlichen Funktion des Wirtschaftsguts (vgl. oben E. 2.2) - danach, welche tatsächliche Verwendung der zu beurteilenden Beteiligung konkret zukommt. In der erforderlichen Gesamtwürdigung ist zu bestimmen, ob die Beteiligung aus betrieblichen bzw. geschäftspolitischen Gründen oder als private Kapitalanlage erworben worden ist und gehalten wird (vgl. Urteil 2A.431/2000 vom 9. April 2001 E. 4c und d, in: ASA 71 S. 288; Urteil vom 24. November 1978 E. 1, in: ASA 49 S. 72; s. auch 2A.178/2006 vom 17. Juli 2006 E. 3.2 und 4).
2.4 In Übereinstimmung mit diesen Grundsätzen sind Beteiligungen gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung dann als Geschäftsvermögen zu qualifizieren, wenn sie in enger Beziehung zur beruflichen Tätigkeit stehen.
2.4.1 Eine solche enge Beziehung ist namentlich dann anzunehmen, wenn die Beteiligung dem Inhaber einen massgeblichen oder sogar beherrschenden Einfluss auf eine Gesellschaft verschafft, deren geschäftliche Tätigkeit seiner eigenen entspricht oder diese sinnvoll ergänzt, was ihm erlaubt, seine ursprüngliche Geschäftstätigkeit auszudehnen (Urteil 2A.547/2004 vom 22. April 2005 E. 2.3, in: StE 2006 B 23.2 Nr. 31; 2C_47/2012 vom 28. Juni 2012 E. 4.2; so bereits Urteil vom 24. November 1978 E. 1, in: ASA 49 S. 72).
2.4.2 Die von der Rechtsprechung geforderte enge Beziehung kann aber gegebenenfalls auch ohne einen massgeblichen bzw. beherrschenden Einfluss bestehen. Namentlich ist für die Zurechnung zum Geschäftsvermögen eine Mehrheitsbeteiligung nicht zwingend notwendig. Wie das Bundesgericht bereits im Urteil 2A.431/2000 vom 9. April 2001 E. 4c und d (ASA 71 S. 288, RDAF 2001 II 16 ff.) ausgeführt hat, wurde das vorgenannte Urteil vom 24. November 1978 (ASA 49 S. 72) bereits durch zwei nicht publizierte Entscheide des Jahres 1989 relativiert bzw. präzisiert: Danach bewirke eine enge wirtschaftliche Beziehung zwischen einer (Einzel-)Unternehmung und der Aktiengesellschaft, an welcher der Unternehmer beteiligt ist, für sich allein noch keine Zuordnung der Aktien zum Geschäftsvermögen. Erforderlich sei vielmehr zusätzlich der - in den tatsächlichen Verhältnissen zum Ausdruck gebrachte und verwirklichte - Wille, die Beteiligungsrechte konkret dafür zu nutzen, das Geschäftsergebnis des eigenen Unternehmens bzw. dessen Gewinnchancen zu verbessern (insbesondere Urteil 2A.110/1998 E. 2c; s. seither auch die Urteile 2A.547/2004 vom 22. April 2005 E. 2.3, in: StE 2006 B 23.2 Nr. 31; 2A.178/2006 vom 17. Juli 2006 E. 4.1 und 2C_349/2009 vom 16. November 2009 E. 4.2).
Diese Präzisierung ist in der Lehre praktisch ausnahmslos begrüsst worden (vgl. u.a. Yves Noël, Note sur l'arrêt du 9 avril 2001, in: RDAF 2001 II S. 30 ff.; Madeleine Simonek, in: ASA 72 S. 2 ff. u. 76 S. 3 ff.; Robert Waldburger, in: FStR 2002 S. 233 ff.; Markus Reich/Robert Waldburger, in: FStR 2006 S. 304 ff.; Urs Behnisch, in: ZBJV 2007 S. 405 ff.; s. auch die Hinweise im Urteil 2A.431/2000 vom 9. April 2001 E. 4d, in: ASA 71 S. 288). Soweit Kritik geübt wurde, betrifft diese die Anwendung dieser Präzisierung im einen oder anderen Einzelfall.
3. Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin als Vertriebspartnerin der B._ Ltd. trotz ihrer Beteiligung an diesem Unternehmen keinen massgeblichen oder sogar beherrschenden Einfluss auf dieses auszuüben vermag. Demgegenüber sind die Vorinstanzen davon ausgegangen, der Beschwerdeführerin seien im Rahmen der Umwandlung der Vorzugsaktien in Stammaktien und deren Zusammenlegung auf die Hälfte der Titel Beträge zugeflossen, die sich nur durch ihre Verbindung zu ihrer Vertriebspartnerin erklären und ihre Beteiligung an der B._ Ltd. als Teil des Geschäftsvermögens erscheinen liessen. Diesen Umstand bestreitet die Beschwerdeführerin. Sie sei nicht günstiger behandelt worden als alle anderen Aktionäre, und die Checkzahlung vom 24. März 2004 in der Höhe von US-$ 48'189.12 sei aus ihrer Stellung als Aktionärin heraus zu erklären.
3.1 Es sind somit zunächst die Umstände zu klären, welche zur Bezahlung des oben erwähnten Betrags an die Beschwerdeführerin geführt haben. Die Vorinstanz hat hierzu festgehalten, die B._ Ltd. habe ihre Vertriebspartner privilegiert, indem sie diesen wandelbare Vorzugsaktien zum Erwerb angeboten, den Kaufpreis aber in der Form von Umwandlungsprämien und Dividenden zurückerstattet und ermöglicht habe, vom nachfolgenden Börsengang zu profitieren. Diese Feststellung ist sachverhaltlicher Natur und als solche für das Bundesgericht verbindlich (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Die Beschwerdeführerin liefert zwar eine andere Darstellung der Umstände, die jedoch die Feststellungen der Vorinstanz nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen lassen.
3.2 So hat die Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren erklärt, sie verfüge "über keinerlei Erfahrungen in Aktiengeschäften". Vor Bundesgericht führt sie zudem aus, sie habe sich "lediglich im Rahmen einer sich bietenden Möglichkeit an einer Firma beteiligt ..., mit welcher sie auch sonst in einer wirtschaftlichen Beziehung" stehe. Damit ist der Sachzusammenhang zwischen ihrer geschäftlichen Tätigkeit und dem Aktienerwerb unbestritten. Um die Beteiligung an einem anderen Unternehmen dem Geschäftsvermögen zuzuordnen, verlangt das Bundesgericht darüber hinaus aber einen spezifischen Vorteil, der sich aus der Beteiligung zugunsten des Steuerpflichtigen ergibt und ihm bei Fehlen der engen wirtschaftlichen Beziehung nicht zuflösse.
3.3 Im hier zu beurteilenden Fall hat die B._ Ltd. der Beschwerdeführerin weniger als ein Jahr nach dem Erwerb der Aktien eine Zahlung geleistet, die nahezu dem investierten Kapital entspricht. Zudem konnte die Beschwerdeführerin kurz darauf von einem massiven Anstieg des Aktienkurses im Nachgang zur Kotierung an der Börse profitieren. Das sind Vorteile, die sich aus der Beteiligung nur in Verbindung mit der beruflichen Tätigkeit der Beschwerdeführerin erklären lassen. Im Laufe des Verfahrens ist es der Beschwerdeführerin nicht gelungen, eine plausible Erklärung für diese äusserst günstige Behandlung aufzuzeigen. Ihre diesbezüglichen Begründungen haben sich im Laufe des Verfahrens mehrfach gewandelt. Keine vermag nachvollziehbar zu erklären, wie die Beschwerdeführerin ohne ihre Tätigkeit für die B._ Ltd. in den Genuss der gleichen Vorteile gekommen wäre. Einziger erkennbarer Grund bleibt mithin die wirtschaftliche Verflechtung zwischen der B._ Ltd. und der Beschwerdeführerin als deren Vertriebspartnerin.
3.4 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Aktienkurs der B._ Ltd. sei nach deren Börsengang erheblich gestiegen, weshalb sich der Aktientausch im Verhältnis 2:1 zu Ungunsten der Altaktionäre ausgewirkt habe und von einer Privilegierung der Altaktionäre (und damit der Vertriebspartner) keine Rede sein könne. Das Argument ist unbehelflich. Durch den Aktientausch hat sich vielmehr der innere Wert des einzelnen Papiers verdoppelt, so dass die Beschwerdeführerin auf ihrer Beteiligung keinen Verlust erlitten hat.
3.5 Nach dem Gesagten steht fest, dass die B._ Ltd. der Beschwerdeführerin aufgrund ihrer Stellung als Vertriebspartnerin ermöglicht hat, vor der geplanten Kapitalerhöhung wandelbare Vorzugsaktien zu einem sehr günstigen Preis zu erwerben und ihr später (fast) den ganzen Kaufpreis unter dem Titel von Dividenden und Umwandlungsprämien zurückerstattet hat. Da sie einzig aufgrund ihrer Stellung als Vertriebspartnerin der B._ Ltd. in den Genuss dieser Vorteile gelangt ist, erweist sich diese Beteiligung als Teil des Geschäftsvermögen der Beschwerdeführerin. Der aus dem Verkauf erzielte Erlös stellt demzufolge steuerbares Einkommen dar. Dessen Höhe ist zwischen den Parteien nicht streitig. Das führt zur Abweisung der Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer.
II. Staats- und Gemeindesteuern
4. Die hier anzuwendenden Vorschriften des Steuerharmonisierungsgesetzes und des Zürcher Steuergesetzes stimmen im Bereich der Staats- und der direkten Bundessteuer - wie bereits hervorgehoben (vgl. oben E. 2.1) - inhaltlich überein (Urteil 2C_868/2008 vom 23. Oktober 2009 E. 2.1, in: StR 65/2010 S. 205, StE 2010 B 23.1 Nr. 68). Die Beschwerde ist daher auch hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern abzuweisen.
5. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten (Art. 65 BGG) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_802/2012 und 2C_803/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde 2C_803/2012 betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
3. Die Beschwerde 2C_802/2012 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Januar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann