Erwägungen:
1. Am 11. Juli 2012 erteilte der Gemeinderat Baar die Bewilligung für den Bau des Hauses Q._ unter Auflagen und Bedingungen und wies gleichzeitig in einem separaten Entscheid die Einsprache von A. und B.X._ ab. A. und B.X._ reichten am 17. Juli 2012 beim Regierungsrat des Kantons Zug Verwaltungsbeschwerde ein und ersuchten u.a. um eine Nachfrist bis zum 28. August 2012 für die Begründung ihrer Beschwerde. Die Baudirektion des Kantons Zug teilte in der Folge A. und B.X._ mit, dass ihre Eingabe vom 17. Juli 2012 den gesetzlichen Anforderungen nicht zu genügen vermöge, da es an einer Begründung fehle, die sich mit dem Entscheid des Gemeinderats auseinandersetze. Die 20-tägige Beschwerdefrist könne nicht erstreckt werden. Der Mangel müsse bis zum 2. August 2012 behoben werden, ansonsten auf die Beschwerde nicht einzutreten sei. Mit Schreiben vom 2. August 2012 ersuchten A. und B.X._ um Einräumung einer Notfrist bis zum 20. August 2012. Am 20. August 2012 reichten sie eine Beschwerdeergänzung ein. Mit Beschluss vom 28. August 2012 trat der Regierungsrat des Kantons Zug auf die Beschwerde nicht ein. Dagegen erhoben A. und B.X._ am 3. Oktober 2012 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug, welches die Beschwerde mit Urteil vom 29. November 2012 abwies. Das Verwaltungsgericht führte zusammenfassend aus, dass in der Beschwerdeschrift vom 17. Juli 2012 mit keinem Wort erwähnt werde, aus welchen Gründen die Baubewilligung aufgehoben werden sollte. Verweise auf Rechtsschriften im Vorverfahren genügten nicht, da aus diesen nicht hervorgehe, in welchen Punkten und weshalb der Entscheid der Vorinstanz angefochten werde. Auch die Eingabe vom 2. August 2012 genüge den Begründungsanforderungen nicht. Innerhalb der Beschwerdefrist sei somit keine den Begründungsanforderungen genügende Beschwerde eingereicht worden. Die Beschwerdeführer hätten sich nicht darauf verlassen dürfen, dass eine ergänzende Beschwerdebegründung bis zum 28. bzw. 20. August 2012 möglich sein würde. Das Gewähren einer Nachfrist sei vorliegend nicht angezeigt gewesen, weshalb der Regierungsrat zu Recht auf die Beschwerde nicht eingetreten sei.
2. B. und A.X._ führen mit Eingabe vom 23. Januar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 29. November 2012. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Die Beschwerdeführer setzen sich mit der Begründung im angefochtenen Urteil nicht rechtsgenüglich auseinander. Mit ihrer hauptsächlich appellatorischen Kritik vermögen sie nicht darzulegen, inwiefern die dem Urteil zugrunde liegende Begründung bzw. das Urteil selber im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache selbst wird das von den Beschwerdeführern gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Gemeinderat Baar und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Verwaltungsrechtliche Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli