Sachverhalt:
A.
A.a. Am 26. Juli 2012 schrieb das Tiefbauamt des Kantons Graubünden im Rahmen eines offenen Verfahrens die Tunnelbaumeisterarbeiten für die Umfahrung Silvaplana an der Julierstrasse H3a öffentlich aus. Als Zuschlagskriterien festgelegt wurden dabei Preis/Preiswahrheit (50 %), Bauablauf/Termine (20 %), Qualität (20 %) sowie Umwelt (10 %). Innert der Eingabefrist gingen sieben Offerten (z.T. mit Varianten) ein, darunter diejenigen der E._ AG, zum Preis von Fr. 31'052'241.70 für das Grundangebot bzw. Fr. 30'491'835.10 für die Angebotsvariante, sowie der ARGE A._ zum Preis von Fr. 30'737'694.-- für das Grundangebot, Fr. 29'774'972.25 für Variante 1 und Fr. 30'216'804.35 für Variante 2.
A.b. Mit Vergabeentscheid vom 15. Januar 2013 und Verfügung vom 17. Januar 2013 erteilte die Regierung des Kantons Graubünden den Zuschlag zum Betrag von Fr. 30'491'835.10 an die E._ AG für deren Angebotsvariante. Die beiden Varianten der ARGE A._ wurden ausgeschlossen mit der Begründung, sie entsprächen nicht dem Auflageprojekt. Von den verbleibenden Offerten war die Variante der E._ AG das günstigste Angebot; mit einem Abstand von 0,8 % folgte das Grundangebot der ARGE A._.
B.
Die ARGE A._ erhob am 1. Februar 2013 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit dem Antrag, in Aufhebung des Vergabeentscheids sei die Variante der E._ AG vom Wettbewerb auszuschliessen und der Zuschlag sei ihr - der ARGE A._ - zu erteilen, eventuell sei das Verfahren zur Neubeurteilung oder zur allfälligen Durchführung einer neuen Ausschreibung an die Vergabestelle zurückzuweisen, subeventualiter die Rechtswidrigkeit des angefochtenen Entscheids festzustellen.
Mit Urteil vom 6. März 2014 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Mit Eingabe vom 30. April 2014 erhebt die ARGE A._ beim Bundesgericht subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und in Aufhebung des Vergabeentscheids die Sache an die Vergabestelle zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen; eventualiter sei die Rechtswidrigkeit des Vergabeentscheids festzustellen.
Das Verwaltungsgericht, das Bau-, Verkehrs- und Forstdepartement des Kantons Graubünden sowie die E._ AG beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
1.
1.1. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen ist zulässig, da die Beschwerdeführerinnen keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung aufwerfen (Art. 83 lit. f Ziff. 2 und Art. 113 ff. BGG). Die Beschwerdeführerinnen sind als nicht berücksichtigte Anbieterinnen zur Beschwerde legitimiert, da ihre Offerte als Zweitplatzierte bei Gutheissung ihrer Anträge eine reelle Chance auf den Zuschlag hätte (Art. 115 BGG; Urteile 2C_107/2007 vom 22. Januar 2008 E. 1.2; 2D_22/2008 vom 23. Mai 2008 E. 1.1; 2D_50/2009 vom 25. Februar 2010 E. 1.2; 2D_34/2010 vom 23. Februar 2011 E. 1.1; 2D_15/2011 vom 31. Oktober 2011 E. 1.3).
1.2. Nach Angabe der Vergabestelle ist der Vertrag mit der Zuschlagsempfängerin bisher nicht geschlossen worden. Die Beschwerdeführerinnen könnten somit den Zuschlag noch an sich verlangen, was das Bundesgericht reformatorisch anordnen könnte (Art. 117 i.V.m. Art. 107 BGG). Die Beschwerdeführerinnen beantragen stattdessen primär die Rückweisung an die Vergabestelle und subsidiär - für den Fall, dass inzwischen der Vertrag geschlossen würde - die Feststellung der Rechtswidrigkeit, aber nicht den Zuschlag an sich. Ob dieses primär kassatorische Rechtsbegehren zulässig ist (vgl. BGE 133 II 409 E. 1.4 S. 414; 137 II 313 E. 1.3 S. 317), kann angesichts des Ausgangs des Verfahrens offen bleiben.
1.3. Die Beschwerde wurde zulässigerweise in italienischer Sprache eingereicht (Art. 42 Abs. 1 BGG), doch wird das Verfahren in der Sprache des angefochtenen Entscheids - hier deutsch - geführt (Art. 54 Abs. 1 BGG).
2.
2.1. Mit der Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 116 BGG), insbesondere die willkürliche Anwendung der massgebenden Submissionsgesetzgebung, da im öffentlichen Beschaffungsrecht die Anbieter ein rechtlich geschütztes Interesse an der Einhaltung der entsprechenden Gesetzgebung haben (BGE 125 II 86 E. 4 S. 95; Urteil 2C_1196/2013 vom 21. Februar 2014 E. 1.5).
2.2. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten nur, soweit eine entsprechende Rüge vorgebracht und begründet worden ist (sog. Rügeprinzip; Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer muss in seiner Eingabe dartun, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Ruft der Beschwerdeführer das Willkürverbot an, muss er anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheides dartun, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid willkürlich ist (BGE 135 III 232 E. 1.2 S. 234; 133 III 393 E. 6 S. 397), d.h. offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid zudem nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen).
2.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 116 BGG beruht (Art. 118 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 i.V.m. Art. 117 BGG).
2.4. Die Beschwerdeführerinnen rügen eine willkürliche Rechtsanwendung in dreierlei Hinsicht, nämlich erstens in Bezug auf die Variante der Beschwerdegegnerin (E. 3), zweitens die Nichtanwendung des Kriteriums der Preiswahrheit (E. 4) und drittens den Ausschluss ihrer eigenen Varianten (E. 5).
3.
3.1. Die Beschwerdeführerinnen hatten vor der Vorinstanz geltend gemacht, die siegreiche Angebotsvariante der Beschwerdegegnerin hätte ausgeschlossen werden müssen. Die Vorinstanz verneinte dies; sie erwog, die Ausschreibungsunterlagen hätten die Möglichkeit von Varianten zugelassen. Die Beschwerdegegnerin habe nebst dem Amtsvorschlag eine Variante mit Vollausbruch anstelle eines Kalottenausbruchs eingereicht. Dabei handle es sich um eine zulässige Ausführungsvariante. Die Vergabestelle habe ihr Ermessen nicht überschritten, indem sie die Angebotsvariante der Beschwerdegegnerin nicht ausgeschlossen habe.
Die Beschwerdeführerinnen kritisieren dies in verschiedener Hinsicht und bringen vor, die Variante hätte nach Art. 22 lit. c des Submissionsgesetzes vom 10. Februar 2004 (SubG; Bündner Rechtsbuch 803.300) ausgeschlossen werden müssen, da sie unvollständig sei oder den Anforderungen der Ausschreibung nicht entspreche.
3.2. Die Beschwerdeführerinnen bringen zunächst vor, die Variante habe der Ausschreibung nicht entsprochen, weil sie kein neues Leistungsverzeichnis mit Angabe der Differenzen zur Amtsvariante enthalten habe.
3.2.1. Nach der Ausschreibung waren Varianten "mit einem Leistungsverzeichnis gemäss NPK und den dazugehörenden Angebotspreisen mit den Angaben über unverändert übernommene sowie abgeänderte oder neue Positionen einzureichen." Nach den Feststellungen der Vorinstanz reichte die Beschwerdegegnerin die Angebotsvariante mit einem separaten Leistungsverzeichnis mit den dazugehörenden Positionen und den veränderten Preisen sowie ein zugehöriges Bauprogramm ein. Zu den Akten gab sie zudem einen umfassenden technischen Bericht, in welchem die Variante detailliert beschrieben und die Unterschiede zur Amtslösung dargestellt werden. Die Vorinstanz folgerte daraus, die Variante entspreche den Anforderungen der Ausschreibung.
3.2.2. Den Beschwerdeführerinnen ist insoweit zuzustimmen, dass nicht im Varianten-Leistungsverzeichnis selber zu jeder einzelnen Position ausdrücklich angegeben ist, ob der betreffende Posten mit der Amtslösung übereinstimmt. Aus den Ausschreibungsunterlagen ergibt sich aber nicht, dass dies so verlangt worden wäre; die Beschwerdeführerinnen haben bei ihren eigenen Varianten diese Angaben denn auch selber nicht gemacht. Der Vergleich der beiden Leistungsverzeichnisse (Grundangebot und Variante) erlaubt ohne weiteres, zu erkennen, in welchen Positionen sie sich unterscheiden. Wenn die Vorinstanz davon ausgeht, es reiche aus, wenn die Unterschiede zwischen den Varianten aus dem technischen Bericht und die Unterschiede zwischen den Preisen der einzelnen Posten aus einem Vergleich der beiden Leistungsverzeichnisse hervorgeht, ist das jedenfalls nicht willkürlich.
3.3. Die Beschwerdeführerinnen bringen weiter vor, die siegreiche Variante sei eine unzulässige Preisvariante.
3.3.1. Die Vorinstanz hat ausgeführt, nach der Ausschreibung seien Preisnachlässe für Varianten als Pauschalreduktionen oder Rabatte nicht zulässig. Die Variante der Beschwerdegegnerin enthalte aber nicht eine Pauschalreduktion, sondern nur Preisunterschiede in Bezug auf einzelne Positionen im Leistungsverzeichnis; die einzelnen Preisunterschiede zwischen der Variante (Vollausbruch) und der Amtslösung (Kalottenausbruch) seien nachvollziehbar; zudem sei es zulässig, in Grundangebot und Varianten unterschiedliche Einheitspreise einzusetzen.
3.3.2. Diese Beurteilung ist nicht unhaltbar. Es entspricht den Ausschreibungsunterlagen, dass nur pauschale Preisreduktionen unzulässig sind, nicht aber Preisunterschiede, die auf unterschiedliche Einheitspreise für einzelne Posten zurückzuführen sind. Die Beschwerdeführerinnen nennen keine Rechtsgrundlage, weshalb es unzulässig sein soll, im Grundangebot und in der Variante für einzelne Positionen unterschiedliche Einheitspreise vorzusehen. Zudem ist nachvollziehbar, dass Einheitspreise für bestimmte Arbeiten infolge der verschiedenen Vorgehensweisen für den Ausbruch unterschiedlich sein können. Die Preisunterschiede werden entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen auch nicht dadurch zu einer unzulässigen pauschalen Preisreduktion, dass das Grundangebot und die Variante bei den technischen Bewertungen die gleichen Noten erhalten haben.
3.4. Die Beschwerdeführerinnen rügen, die berücksichtigte Variante sei entgegen den Ausschreibungsanforderungen hinsichtlich Sicherheit der Amtslösung nicht ebenbürtig.
3.4.1. Die Vorinstanz hat erwogen, die Vergabestelle habe verständlich und nachvollziehbar begründet, warum der in der Variante offerierte Vollausbruch im vorliegenden Fall wenn überhaupt nur mit unwesentlich erhöhten Sicherungsmassnahmen verbunden sei; die von der Vergabestelle gezogene Schlussfolgerung, wonach die Angebotsvariante bezüglich Sicherheit mit der Amtslösung vergleichbar sei, sei nicht zu beanstanden.
3.4.2. Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die Vergabestelle habe in ihrer Vernehmlassung vor der Vorinstanz selber eingeräumt, dass der Vollausbruch zusätzliche Sicherheitsmassnahmen erfordere, was sich auch aus der anwendbaren SIA-Norm 118/198 und den Ausschreibungsunterlagen ergebe.
In der erwähnten Stellungnahme hatte die Vergabestelle ausgeführt, aufgrund der geologischen Prognose habe die Ausbruchsart mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit keinen wesentlichen Einfluss auf die tatsächlich zur Anwendung gelangende Sicherung; bezüglich der Ortsbruchsicherung im Fels sei aufgrund der grösseren Höhe der Brust beim Vollausbruch eine tendenziell leicht stärkere Sicherung nicht auszuschliessen. Dieser mögliche Mehraufwand sei bei der Beurteilung als Risiko berücksichtigt worden, aufgrund des geringen maximal zu erwartenden Mehraufwands (rund 0,2 % der Offertsumme bzw. rund Fr. 60'000.--) aber als marginal betrachtet worden. Die Vorinstanz hat willkürfrei auf diese Angaben Bezug genommen, wenn sie gefolgert hat, der Vollausbruch sei wenn überhaupt nur mit unwesentlich erhöhten Sicherungsmassnahmen verbunden. Dass die auf den konkreten geologischen Verhältnissen basierende Beurteilung der Vergabestelle ihrerseits unhaltbar wäre, wird von den Beschwerdeführerinnen bloss behauptet, aber nicht belegt; dies ergibt sich namentlich auch nicht aus der zitierten SIA-Norm oder den Ausschreibungsunterlagen.
3.5. Die Beschwerdeführerinnen rügen schliesslich, die Variante "Vollausbruch" enthalte das Risiko für Mehrausbrüche und Mehrausfüllungen, die zu Lasten des Auftraggebers gingen und dazu führten, dass die Variante den Ausschreibungsanforderungen nicht entspreche.
3.5.1. Die Vorinstanz hat sich auch mit diesem Einwand auseinandergesetzt und gestützt auf die Ausführungen der Vergabestelle erwogen, das Mass des Überprofils hänge primär von der Sprengtechnik ab, die bei beiden Varianten sehr ähnlich sei. Auch aufgrund der Geologie seien keine wesentlichen Unterschiede zwischen den beiden Möglichkeiten zu erwarten. Es bestehe daher wenn überhaupt höchstens ein vernachlässigbares Risiko für Mehrausbrüche und Mehrauffüllungen. Die Regierung sei daher zum Schluss gekommen, dass ein Faktor D von 60 cm auch bei einem Vollausbruch genüge. Die Einholung eines Gutachtens erübrige sich.
3.5.2. Auch diese Beurteilung ist nicht unhaltbar: Die Vorinstanz hat sich auf die Stellungnahme der Vergabestelle gestützt, welche in ihrer Vernehmlassung vom 28. Februar 2013 zum Ergebnis kam, angesichts der sehr ähnlich ausgelegten Sprengtechniken der beiden Varianten rechtfertige sich beim Vollausbruch nicht grundsätzlich ein grösseres Überprofil. Die Regel in der SIA-Norm 118/198, die von einem direkten Zusammenhang zwischen Faktor D und Ausbruchfläche ausgehe, stelle eine sehr starke Vereinfachung der Realität dar. Wenn man diese Regel trotzdem als oberen Grenzwerte betrachte, könnten daraus für den Bauherrn, wenn überhaupt, Mehrkosten in der Grössenordnung von Fr. 35'000.-- bis Fr. 70'000.-- entstehen; insgesamt werde das finanzielle Risiko als so gering beurteilt, dass sich bezüglich Preiswahrheit kein Abzug rechtfertige. Wenn die Vorinstanz daraus gefolgert hat, es bestehe wenn überhaupt höchstens ein vernachlässigbares Risiko, so ist das eine haltbare Zusammenfassung dieser Vernehmlassung. Diese erscheint ihrerseits nicht schon aufgrund der theoretischen, auf der Formel in der SIA-Norm 118/198 Ziff. 8.5.2.4 beruhenden Überlegungen der Beschwerdeführerinnen als unhaltbar, behält doch diese Norm ausdrücklich abweichende Vereinbarungen vor.
3.6. Insgesamt hat die Vorinstanz Art. 22 SubG/GR nicht willkürlich angewendet, wenn sie die Variante der Zuschlagsempfängerin nicht ausgeschlossen hat.
4.
Die Beschwerdeführerinnen rügen, die Vergabestelle habe in den Ausschreibungsunterlagen das Kriterium der Preiswahrheit aufgeführt, dieses Kriterium in der Bewertung aber nicht angewendet.
4.1. In der Ausschreibung war als Zuschlagskriterium aufgeführt: "Preis/Preiswahrheit (Mehrkostenrisiko) 50 %". Die Vorinstanz hat erwogen, das Kriterium der Preiswahrheit hätte zu Punkteabzügen geführt, wenn es als mittel oder gross eingestuft worden wäre. Es treffe zu, dass im Auswertungsblatt das Unterkriterium "Preiswahrheit" bei allen Offerten leer geblieben sei. Daraus könne aber nicht geschlossen werden, das Kriterium sei nicht angewendet worden; vielmehr sei davon auszugehen, dass die Auftraggeberin das Risiko bei allen Offerten als gering eingestuft und deshalb bei keiner einen Abzug vorgenommen habe. Die Regierung habe überzeugend und nachvollziehbar begründet, dass bei der siegreichen Variante der Zuschlagsempfängerin die Unsicherheitsfaktoren (Sicherungsmassnahmen und Faktor D) keinen Abzug rechtfertigten; zudem hätte selbst die Annahme eines mittleren Kostenrisiko keine Auswirkung auf das Ergebnis gehabt.
4.2. Unbestritten müssen die in der Ausschreibung genannten Kriterien der Bewertung effektiv zugrunde gelegt werden. Indessen ist es nicht unhaltbar, wenn die Vorinstanz daraus, dass im Auswertungsblatt die Spalte "Preiswahrheit" leer ist, folgert, es sei nirgends ein Risikoabzug gerechtfertigt gewesen. Ob die Spalte leer bleibt oder überall eine Null eingesetzt wird, kommt im Ergebnis auf dasselbe heraus und stellt entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen keinen unheilbaren Formmangel dar.
4.3. Die Beschwerdeführerinnen machen weiter geltend, das Preisrisiko der Variante hätte als gross beurteilt und mit einem Abzug von einem Punkt bewertet werden müssen. Zur Begründung führen sie mehrere Elemente an:
4.3.1. Einerseits verweisen sie auf die angeblichen Mehrkosten für Sicherungsmassnahmen und infolge des Faktors D; dazu wurde bereits dargelegt, dass die Beurteilung der Vorinstanz, es liege nur ein vernachlässigbares Risiko vor, nicht unhaltbar ist (vorne E. 3.4.2 und 3.5.2).
4.3.2. Sodann machen sie geltend, in der Variante sei nur eine Schalung offeriert worden, doch seien zwei Schalungen erforderlich; das führe zu Mehrkosten von Fr. 483'500.--. Die Beschwerdeführerinnen stützen sich dabei nicht auf einen von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt. Sie machen auch nicht geltend, die Vorinstanz habe diesbezüglich den Sachverhalt in einer gegen Art. 118 BGG verstossenden Weise (vorne E. 2.3) festgestellt. Sie verweisen in diesem Zusammenhang einzig auf ihre im vorinstanzlichen Verfahren eingereichte Ergänzung vom 13. Januar 2014 zur Replik; an der zitierten Stelle haben sie aber nur vorgebracht, der offerierte Preis für die Schalung sei in der Variante in unzulässiger Weise abgeändert worden. Beim Vorbringen, in Wirklichkeit würde eine zusätzliche Schalung mit Mehrkosten von Fr. 483'500.-- anfallen, handelt es sich daher um ein unzulässiges Novum (Art. 99 Abs. 1 BGG, vgl. vorne E. 2.3). Im Übrigen führt die Vergabestelle vernehmlassungsweise aus, bei dem offerierten Preis handle es sich um eine Globalposition, die auch allfällige zusätzliche Schalungselemente enthalte, so dass eine darüber hinausgehende Vergütung nicht geschuldet sei.
4.3.3. Weiter bringen die Beschwerdeführerinnen vor, die Einheitspreise für die Einbaubögen seien in der Amtslösung mit Fr. 78.50 offeriert worden, in der Angebotsvariante aber mit Fr. 1'238.--. Dafür gilt Analoges wie bezüglich der Schalungskosten. Zudem wird nicht dargelegt, dass und inwiefern ein Risiko für Mehreinheiten bestehe, so dass keine entsprechenden Mehrkostenrisiken erstellt sind.
4.3.4. Sodann kritisieren die Beschwerdeführerinnen eine Umlagerung von Kosten von den Betonpreisen zur Baustelleneinrichtung. Die Vorinstanz hat sich in E. 7 S. 44-51 sehr gründlich und ausführlich mit diesem Kritikpunkt auseinandergesetzt. Die Beschwerdeführerinnen legen nicht ansatzweise dar, inwiefern diese Ausführungen willkürlich sein sollen.
4.4. Insgesamt ist somit das Bewertungskriterium "Preiswahrheit" nicht willkürlich angewendet worden.
5.
Schliesslich setzen sich die Beschwerdeführerinnen gegen den Ausschluss ihrer beiden Varianten zur Wehr.
5.1. Die Beschwerdeführerinnen hatten im vorinstanzlichen Verfahren in ihrer Beschwerde vom 1. Februar 2013 beantragt, der Zuschlagsentscheid sei aufzuheben, die Variante 1 der Beschwerdegegnerin sei auszuschliessen und "der Zuschlag 'H3a Tunnel Silvaplana, Baumeisterarbeiten' sei der B._ S.p.A., C._ S.p.A., D._ AG als Mitglieder des Konsortiums ARGE A._ zu erteilen". In der Replik vom 19. März 2013 beantragten sie, der Zuschlag an die Beschwerdegegnerin sei aufzuheben, der Entscheid, die zwei Varianten der ARGE aus dem Wettbewerb auszuschliessen, sei aufzuheben, die Angebote der Beschwerdegegnerin seien auszuschliessen und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vergabestelle zurückzuweisen.
5.2. Die Vorinstanz erwog (E. 1b), der in der Replik gestellte Antrag, der Ausschluss der beiden Varianten der ARGE sei aufzuheben, sei eine unzulässige Erweiterung des Streitgegenstands, da dieser Antrag in der Beschwerde nicht gestellt worden sei; es sei deshalb darauf nicht einzutreten. Als Eventualbegründung führte sie aber (E. 8) aus, das Begehren wäre abzuweisen, wenn darauf einzutreten wäre.
5.3. Die Beschwerdeführerinnen rügen, das Nichteintreten auf den Antrag, der Ausschluss ihrer Varianten sei aufzuheben, sei willkürlich. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben: Wenn eine Vorinstanz auf eine Beschwerde nicht eintritt, aber in einer Eventualbegründung die Sache trotzdem materiell beurteilt, so weist das Bundesgericht die Beschwerde auch dann ab, wenn zwar zu Unrecht auf die Beschwerde nicht eingetreten wurde, die Eventualbegründung in der Sache aber zutreffend ist. Die Beschwerde an das Bundesgericht muss sich deshalb sowohl mit dem Nichteintreten als auch mit der materiellrechtlichen Seite auseinandersetzen (BGE 139 II 233 E. 3.2 S. 235 f.), was die Beschwerdeführerinnen denn auch getan haben.
5.4. Die Vorinstanz hat in ihrer Eventualbegründung ausgeführt, gemäss Ausschreibung müssten Varianten hinsichtlich Nutzung, Gebrauchstauglichkeit und Sicherheit dem Hauptangebot entsprechen. Unternehmervarianten seien nur zulässig, wenn sie sich innerhalb des ausgeschriebenen Leistungsgegenstandes und -umfanges bewegten. Ein Angebot sei dann eine zulässige Variante, wenn es die verlangte Leistung inhaltlich anders anbiete als in der Leistungsbeschreibung vorgesehen, nicht aber, wenn das Ergebnis der Ausführung sich nicht mit dem geforderten Gegenstand decke. Die Vergabestelle begründe den Ausschluss der Varianten damit, diese würden sich nicht mit dem genehmigten Ausführungsprojekt decken, nämlich insbesondere in Bezug auf den Fluchtwegausgang und dessen technisches Lokal; ausserdem sei in den Eingaben die technische Machbarkeit nicht nachgewiesen und die technische Lösung nicht hinreichend ausgearbeitet und im Angebot eingerechnet, was sich insbesondere bei der Bachunterquerung beim Portal Pignia zeige. Auch betriebliche Aspekte (z.B. Frischluftansaugung für den Sicherheitsstollen im Brandfall) seien nicht weiter behandelt worden. Diese Argumentation erscheine schlüssig und nachvollziehbar.
5.5. In rechtlicher Hinsicht bringen die Beschwerdeführerinnen vor, die Vergabestelle hätte gemäss Art. 20 Abs. 2 der Submissionsverordnung vom 25. Mai 2004 (SubV; Bündner Rechtsbuch 803.310) darauf hinweisen müssen, wenn sie Varianten, die dem genehmigten Ausführungsprojekt nicht entsprechen, hätte ausschliessen wollen. Damit ist jedoch eine willkürliche Handhabung des kantonalen Rechts nicht dargetan: Der Staat darf nur Güter beschaffen, welche den gesetzlichen Vorschriften entsprechen (vgl. betreffend Produkteanforderungen Urteil 2C_346/2013 vom 20. Januar 2014 E. 2.2). Das ergibt sich als Selbstverständlichkeit aus dem Gesetzmässigkeitsprinzip (Art. 5 Abs. 1 BV), auch ohne dass es in den Ausschreibungsunterlagen ausdrücklich erwähnt wird. Bei Projekten, die einer behördlichen Ausführungsgenehmigung unterliegen, liegt es auf der Hand, dass das genehmigte Projekt auszuführen ist und nicht ein anderes, für welches keine Genehmigung vorliegt. Ein vom genehmigten Projekt abweichendes Angebot kann daher willkürfrei ausgeschlossen werden, auch ohne dass dies in den Ausschreibungsunterlagen ausdrücklich erwähnt wurde, zumindest wenn es sich nicht um untergeordnete Abweichungen handelt, bezüglich derer eine Änderung der Genehmigung ohne weiteres möglich erscheint.
5.6. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, ihre Varianten hätten Optimierungen und Vereinfachungen des Projekts zur Folge und würden die Umweltauswirkungen reduzieren, weil durch den Verzicht auf zwei Fluchtstollen die Landschaft besser geschützt werde; sodann seien die Varianten entgegen der Darstellung der Vergabestelle technisch machbar. Die Vergabestelle oder die Vorinstanz hätten ihr Gelegenheit geben müssen, diese Machbarkeit nachzuweisen, anstatt ohne weitere Abklärungen die Varianten auszuschliessen.
Mit diesen Vorbringen legen die Beschwerdeführerinnen aber nicht dar, dass ihre Varianten entgegen der Darstellung der Vorinstanz ebenfalls dem genehmigten Projekt entsprechen würden. Auch wenn sie gewisse betriebliche Vorteile haben und technisch machbar sein sollten, wäre es somit nicht willkürlich, sie auszuschliessen (vgl. vorne E. 2.2, am Ende).
6.
Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die unterliegenden Beschwerdeführerinnen tragen die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG) und haben der obsiegenden Beschwerdegegnerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerinnen haben der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 12'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Juli 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein