Fatti:
A. La A._AG è proprietaria del fondo part. n. 313 di Gambarogno (Vira), situato sulla riva del lago Maggiore e adiacente alla foce del fiume Vadina. La particella, di complessivi 6'624 m2 sostanzialmente inedificati, confina con il fondo part. n. 318 di proprietà dello Stato del Cantone Ticino, che la separa dallo specchio lacustre, costituendone la riva. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il 18 dicembre 2006 il Consiglio comunale di Vira Gambarogno ha adottato una variante di piano regolatore che assegnava la maggior parte del fondo part. n. 313 alla zona agricola e la parte rimanente, così come la particella n. 318, a quella forestale. Entrambi i fondi sono inoltre stati gravati da un vincolo di protezione del paesaggio e inseriti nella zona di pericolo di esondazione del lago, posta alla quota di 198 m.s.m.
B. Con risoluzione del 17 marzo 2009 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato la variante, respingendo nel contempo un ricorso della A._AG, che si era aggravata contro il provvedimento pianificatorio, chiedendo essenzialmente l'attribuzione del suo fondo alla zona edificabile.
C. La proprietaria ha impugnato la risoluzione governativa dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo che, dopo avere esperito un sopralluogo, con sentenza del 23 maggio 2011 ha respinto l'impugnativa nella misura della sua ricevibilità. La Corte cantonale, rilevata innanzitutto l'infondatezza delle censure di natura formale, ha negato l'adempimento dei presupposti dell'art. 15 LPT ed ha ritenuto che il terreno soddisfava i requisiti della zona agricola. Ha inoltre negato una violazione del principio della buona fede.
D. La A._AG impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla, di annullare pure la decisione governativa e di inserire il suo fondo nella zona edificabile di tipo R3, con bonus per la realizzazione di infrastrutture alberghiere e grandi superfici. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti alla Corte cantonale affinché inserisca la proprietà nella citata zona edificabile o statuisca nuovamente nel senso dei considerandi. La ricorrente fa essenzialmente valere la violazione del diritto federale e l'accertamento arbitrario dei fatti.
E. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato condivide il giudizio impugnato e rinuncia a presentare ulteriori osservazioni. Il Comune del Gambarogno chiede di respingere il gravame. Invitato ad esprimersi sul ricorso, l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale ha comunicato di rinunciarvi. La ricorrente ha sostanzialmente ribadito le sue conclusioni con osservazioni del 24 ottobre 2011.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 137 III 417 consid. 1; 136 II 497 consid. 3 e rinvii).
1.2 Presentato contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.1). Giusta l'art. 89 cpv. 1 LTF, la legittimazione della ricorrente, proprietaria del fondo interessato dal provvedimento pianificatorio, è pacifica.
1.3 Misure probatorie sono ordinate solo in via eccezionale nella procedura di ricorso dinanzi al Tribunale federale, il quale fonda la sua argomentazione giuridica e statuisce sulla base dei fatti accertati dall'autorità inferiore (cfr. art. 105 cpv. 1 LTF; DTF 136 II 101 consid. 2). Alla luce di questa premessa e ritenuto che gli atti di causa (comprensivi delle fotografie scattate in occasione del sopralluogo esperito dalla Corte cantonale) sono sufficienti per potersi pronunciare sul gravame, l'ulteriore sopralluogo chiesto dalla ricorrente non appare necessario.
1.4 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Il Tribunale federale vaglia la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale unicamente se tale censura è stata sollevata e motivata (art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che la ricorrente deve dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione impugnata li leda (DTF 136 I 49 consid. 1.4.1, 65 consid. 1.3.1). In particolare, laddove lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella loro valutazione, spettava alla ricorrente dimostrare per quali ragioni i criticati accertamenti sarebbero chiaramente insostenibili, in evidente contrasto con gli atti, fondati su una svista manifesta o manifestamente in contraddizione con il sentimento di giustizia e di equità (DTF 132 III 209 consid. 2.1; 129 I 173 consid. 3.1, 8 consid. 2.1 e rinvii). Nella misura in cui la ricorrente critica semplicemente la decisione impugnata, contrapponendole una versione propria, il gravame disattende le esposte esigenze di motivazione ed è pertanto inammissibile.
2. 2.1 La ricorrente lamenta una violazione degli art. 4 LPT e 32 cpv. 2 della legge cantonale di applicazione della LPT del 23 maggio 1990 (LALPT). Sostiene che non sarebbe stata informata preventivamente dell'avvio della procedura di variante del piano regolatore e che non avrebbe perciò potuto concorrere attivamente alla definizione della misura pianificatoria: quando ne è stata informata, la variante era infatti già stata elaborata dall'autorità comunale e il Dipartimento del territorio aveva già eseguito l'esame preliminare.
2.2 Giusta l'art. 4 LPT, dal titolo "Informazione e partecipazione", le autorità incaricate di compiti pianificatori devono informare la popolazione sugli scopi e sullo sviluppo delle pianificazioni secondo la LPT stessa (cpv. 1) e devono provvedere per un'adeguata partecipazione della popolazione al processo pianificatorio (cpv. 2). In adempimento di questo mandato legislativo affidato ai Cantoni (cfr. DTF 111 Ia 164 consid. 2d pag. 168), l'art. 5 cpv. 1 LALPT fa obbligo al Cantone e ai Comuni di garantire un'adeguata informazione della popolazione nell'ambito della procedura di formazione dei piani regolatori previsti dalla stessa legge. Con riferimento al piano regolatore comunale, l'art. 32 cpv. 2 LALPT prescrive al Municipio d'informare la popolazione sugli studi intrapresi e sugli obiettivi che intende perseguire (cfr. ora l'art. 26 della legge ticinese sullo sviluppo territoriale, del 21 giugno 2011, in vigore dal 1° gennaio 2012 [Lst; BU 2011 pag. 525 segg.]). Le autorità competenti dispongono di un ampio margine di apprezzamento nell'applicazione dell'art. 4 cpv. 2 LPT, in particolare anche per quanto riguarda la determinazione della cerchia di persone che deve essere coinvolta nella procedura di partecipazione (DTF 133 II 120 consid. 3.2). Quale garanzia minima, l'art. 4 LPT esige che le autorità di pianificazione, oltre a permettere l'accesso ai progetti per presentare osservazioni generali, prendano in considerazione eventuali proposte e obiezioni, dandovi materialmente riscontro. Non occorre tuttavia ch'esse forniscano una risposta individuale, essendo sufficiente che si confrontino sotto il profilo materiale con le obiezioni e le proposte (DTF 135 II 286 consid. 4.1 e riferimenti).
La partecipazione ai sensi dell'art. 4 LPT costituisce una possibilità di influire che deve essere distinta dagli strumenti della democrazia diretta e della protezione giuridica. Essa rientra in quelle forme istituzionali che, come è il caso per la procedura di consultazione, non comportano vincoli giuridici, ma semplicemente un influsso politico. Informazione e partecipazione rendono possibile un'ampia ponderazione degli interessi e costituiscono una base importante per una decisione pianificatoria oggettiva, contribuendo a una pianificazione di qualità. Devono perciò essere eseguite in uno stadio in cui un'esaustiva ponderazione degli interessi è ancora aperta (DTF 135 II 286 consid. 4.2.3 e riferimenti).
2.3 Come accertato dalla Corte cantonale, il Municipio ha sottoposto il 7 giugno 2006 al Dipartimento del territorio il progetto di variante. L'autorità cantonale ha formulato il 22 giugno 2006 l'esito, sostanzialmente favorevole, dell'esame preliminare. Gli atti sono in seguito stati messi a disposizione degli interessati presso la cancelleria comunale e la ricorrente ha presentato il 20 luglio 2006 tempestive osservazioni al riguardo. Il Municipio ha adottato il 21 agosto 2006 all'attenzione del Consiglio comunale il messaggio relativo alla variante e il 1° settembre 2006 ha assegnato alla ricorrente un ulteriore termine per formulare eventuali proposte pianificatorie, che sarebbero se del caso state inserite nel progetto. In tali circostanze, risulta quindi che la ricorrente ha potuto partecipare al processo pianificatorio, avendo avuto la facoltà di presentare obiezioni e considerazioni sul progetto di variante prima che fosse definitivamente adottato dal Consiglio comunale il 18 dicembre 2006. Contrariamente all'opinione della ricorrente, l'esigenza di informazione e di partecipazione non imponeva necessariamente di coinvolgerla prima che fosse avviata una procedura ed elaborato un progetto pianificatorio. In concreto, sotto il profilo dell'art. 4 LPT, è determinante, e sufficiente, che la ricorrente abbia potuto intervenire nella procedura pianificatoria in una fase in cui la ponderazione degli interessi e l'esito del progetto di variante erano ancora aperti. Premesso che la ricorrente non censura, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, un'applicazione arbitraria dell'art. 32 LALPT, a ragione la Corte cantonale ha quindi negato una violazione dell'art. 4 LPT.
3. 3.1 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di non averle precedentemente prospettato l'accertamento secondo cui il fondo si staccherebbe in modo percettibile dal comprensorio edificato anche per la "variazione dell'altimetria". Sostiene che l'accertamento non sarebbe stato oggetto di un'istruttoria specifica e non sarebbe stato tematizzato durante il sopralluogo. Né le sarebbe stata prospettata l'argomentazione, a suo dire nuova e sorprendente, secondo cui non sussisterebbe una prevedibile necessità di terreno edificabile entro quindici anni giusta l'art. 15 lett. b LPT.
3.2 Con queste argomentazioni la ricorrente accenna in sostanza a una violazione del suo diritto di essere sentita per non avere potuto esprimersi sulle invocate circostanze. Premesso che, così come sollevate, è dubbio che le censure adempiono le esposte esigenze di motivazione, l'art. 29 cpv. 2 Cost. non risulta comunque essere stato violato dalla Corte cantonale. In effetti, la situazione e le caratteristiche del fondo costituiscono aspetti su cui verteva lo scopo del sopralluogo e la ricorrente non poteva oggettivamente ignorarne la rilevanza per il giudizio sulla causa, concernente appunto il trattamento pianificatorio della particella. Poiché ne chiedeva essenzialmente l'inserimento nella zona edificabile, disciplinata dall'art. 15 LPT, pure il quesito delle prevedibili necessità insediative nei prossimi quindici anni ai sensi della lett. b della stessa disposizione costituiva oggetto della controversia. Come rilevato dai giudici cantonali, questo aspetto era del resto affrontato nella relazione di pianificazione concernente la variante ed era pertanto stato considerato dal Comune nell'ambito dell'adozione del provvedimento pianificatorio. Si trattava quindi di questioni oggetto della procedura cantonale e prevedibili per la ricorrente, sulle quali essa poteva e doveva esprimersi dinanzi alla Corte cantonale (cfr., sulla portata del diritto di essere sentito, DTF 128 V 272 consid. 5b/bb pag. 278; 124 I 49 consid. 3c).
4. 4.1 Secondo la ricorrente, i giudici cantonali sarebbero incorsi in una serie di accertamenti e valutazioni arbitrari, che li avrebbero portati a ritenere erroneamente il fondo escluso dal comprensorio già edificato in larga misura giusta l'art. 15 lett. a LPT.
4.2 La Corte cantonale ha accertato che il fondo part. n. 313 confina a nord con la spiaggia che dà sul lago, ad ovest con il fiume Vadina e a sud ed est con zone per edifici ed attrezzature pubbliche (posteggi, cimitero e scuole). Più ad est, oltre la scuola, vi è la zona del nucleo di villaggio (ove, secondo gli art. 49 e 51 delle norme di attuazione del piano regolatore vigente sono permessi solo il riattamento, la trasformazione, la ricostruzione e l'ampliamento degli edifici esistenti). Più a sud, oltre la strada cantonale, sorge la zona residenziale intensiva R3. Al di là del fiume Vadina, lungo la riva del lago, si snoda la zona di mantenimento, disciplinata dall'art. 68 delle norme di attuazione, ove hanno priorità la protezione e la salvaguardia dell'ambiente lacuale, essendo permessa un'attività edificatoria limitata agli arredi da giardino con possibilità di deroga per opere di interesse pubblico. Sempre oltre il fiume, tra la strada cantonale e il lago, non vi è una presenza significativa di edifici e le strutture di pubblico accesso esistenti all'altezza della foce (un ristorante, un posteggio e il bagno pubblico) non determinano un ingombro significativo, lasciando libera la vista sul golfo. I giudici cantonali hanno quindi ritenuto che il fondo della ricorrente non rientra nel comprensorio largamente edificato, essendo ubicato ai margini dello stesso, in un comparto che non presenta le caratteristiche della zona R3 auspicata dalla ricorrente. La particella litigiosa risulta in sostanza staccata sia dalla zona del nucleo, per la presenza della zona di interesse pubblico che ospita la scuola, sia dalla vicina zona edificabile R3, situata oltre la strada cantonale.
4.3 La ricorrente critica l'accertamento secondo cui nel comparto lungo la riva del lago, al di là del fiume, sarebbe permessa un'attività edificatoria circoscritta agli arredi da giardino, con possibilità di deroga. Rimprovera in sostanza alla Corte cantonale di avere ignorato la fotografia aerea tratta dal sito internet www.google.ch, che dimostrerebbe la presenza ad ovest del fiume, sia a sud che a nord della strada cantonale, di numerosi stabili in parte di natura commerciale e in parte di natura residenziale. Con queste argomentazioni, la ricorrente non si confronta con le precise constatazioni esposte nel giudizio impugnato, fondate peraltro principalmente sulle risultanze del sopralluogo, e non sostanzia arbitrio alcuno. L'accertamento secondo cui l'attività edificatoria è sostanzialmente limitata agli arredamenti da giardino si riferisce oltretutto solo alla zona di mantenimento ubicata tra la strada cantonale ed il lago ed è conforme agli atti. La Corte cantonale non ha negato l'esistenza dei comparti edificati presenti nelle vicinanze, ma ha spiegato le ragioni per cui il fondo della ricorrente risultava staccato dagli stessi. Né è arbitrario l'accertamento secondo cui le strutture di pubblico accesso esistenti oltre il fiume non determinano un ingombro simile a quello di una zona edificata, lasciando per contro la vista aperta sul golfo. La constatazione riguarda infatti il settore verso ovest e non è messo in discussione dalle edificazioni sul versante opposto, segnatamente dalla presenza della scuola nel comparto ad est della particella litigiosa.
La ricorrente sostiene inoltre che l'accertamento secondo cui il fondo appare avulso dalla zona edificabile più vicina ed ha un'ubicazione marginale rispetto al comprensorio edificato contraddirebbe manifestamente gli accertamenti della stessa Corte cantonale secondo cui la particella confina a sud e ad est con una zona per edifici ed attrezzature pubbliche e con altre zone edificabili. Reputa altresì arbitrario, siccome non fondato su alcun riscontro istruttorio, l'accertamento secondo cui vi è un distacco percettibile dal comparto edificabile dovuto alla variazione altimetrica. Ora, la conformazione della particella, in particolare il fatto che il terreno degrada verso il lago, risulta chiaramente dalle fotografie scattate durante il sopralluogo, anche se, ovviamente, ciò non appare dall'immagine satellitare invocata dalla ricorrente. D'altra parte, i giudici cantonali non hanno ignorato né la presenza delle circostanti zone edificabili a sud e ad est della proprietà né l'ingombro dell'edificio scolastico. Hanno tuttavia tenuto conto pure del fatto che sul lato nord il fondo confina con la spiaggia, affacciandosi sul lago, e che verso ovest è contiguo con il fiume e la sua foce. Hanno altresì considerato le caratteristiche della zona di mantenimento situata oltre il fiume, tra la strada cantonale e il lago, non caratterizzata da un'edificazione significativa. Senza operare una valutazione manifestamente insostenibile, non hanno poi dato un peso decisivo né alla presenza della zona edificabile R3, arretrata rispetto al lago e separata dalla strada cantonale e dal comparto di interesse pubblico, né a quella del nucleo, chiaramente delimitato da un'edificazione densa e separato dall'edificio scolastico. In modo tutto sommato sostenibile, la Corte cantonale ha quindi ritenuto che il fondo della ricorrente è ubicato ai margini del comprensorio edificato, essenzialmente caratterizzato da infrastrutture pubbliche che, ad eccezione dell'edificio scolastico, non presentano ingombri significativi.
4.4 La ricorrente ribadisce che il suo fondo costituirebbe un semplice "spazio vuoto tra le costruzioni", sottolineando il fatto ch'esso sarebbe perfettamente urbanizzato, situato nelle immediate vicinanze del nucleo di Vira e caratterizzato sotto il profilo strutturale e funzionale dal tessuto urbano circostante. Sulla base dei citati accertamenti e delle relative valutazioni, non inficiate di arbitrio, la Corte cantonale non ha tuttavia violato l'art. 15 lett. a LPT ritenendo che il fondo part. n. 313 non rientra in un comprensorio già edificato in larga misura. Come si è visto, la proprietà è situata ai margini del comprensorio edificato, a confine con lo specchio lacustre e il fiume Vadina, e non costituisce quindi uno spazio vuoto all'interno di tale comparto (cfr., sulla nozione di terreni già edificati in larga misura, DTF 132 II 218 consid. 4.1 e 4.2 e riferimenti). D'altra parte, come rettamente stabilito dai giudici cantonali, l'eventuale urbanizzazione del fondo litigioso non è decisiva, poiché la circostanza non conferisce di per sé un diritto alla sua attribuzione alla zona edificabile (DTF 122 II 326 consid. 6a; 117 Ia 434 consid. 3g).
5. 5.1 Con riferimento all'art. 15 lett. b LPT, ossia alle prevedibili necessità insediative entro quindici anni, la Corte cantonale ha rilevato che la relazione di pianificazione escludeva una simile necessità e che nemmeno la ricorrente sosteneva il contrario o tentava di confrontarsi con la questione. Ha ritenuto che anche una tabella relativa alla contenibilità del piano vigente, compresa nella relazione di pianificazione concernente la revisione del piano regolatore consortile, permetteva di confermare tale conclusione.
5.2 La ricorrente non sostanzia l'arbitrarietà della constatazione relativa al mancato confronto con l'esigenza prevista dall'art. 15 lett. b LPT, ma adduce, a torto come è stato esposto (cfr. consid. 3), che questo aspetto sarebbe nuovo e imprevisto. Nel merito, critica genericamente gli atti su cui si è fondata la Corte cantonale, sostenendo in particolare che la tabella richiamata presenterebbe dati vetusti e imprecisi, riferiti all'intero comprensorio dei Comuni consorziati. Ora, gli atti relativi alla revisione del piano regolatore sono stati richiamati dal giudice delegato della Corte cantonale su esplicita richiesta della ricorrente, che poteva quindi sollevare in quella sede le contestazioni su eventuali accertamenti carenti riguardo alla contenibilità del piano. Comunque, la ricorrente disattende che i dati sulla contenibilità riportati nella relazione di pianificazione concernente la revisione del piano regolatore si riferiscono specificatamente ai singoli Comuni e quindi anche a quello di Vira Gambarogno. La ricorrente non si confronta con questi dati e non adduce seri motivi che permettano di ritenerli manifestamente errati. Il gravame, che su questo punto non adempie le esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, non deve quindi essere esaminato oltre. Parimenti inammissibili sono le argomentazioni riferite alla successiva inclusione del fondo nel perimetro del piano particolareggiato PP2 e in particolare alla portata dell'art. 47 n. 1 lett. b delle nuove norme di attuazione, che disciplina appunto tale piano particolareggiato. Si tratta infatti di contestazioni che non riguardano la variante pianificatoria oggetto del litigio in esame, ma la revisione del piano regolatore consortile e che devono quindi seguire la relativa procedura ricorsuale.
6. 6.1 La ricorrente contesta anche l'inserimento del suo fondo nella zona agricola. Sostiene che la Corte cantonale avrebbe accertato in modo arbitrario, sulla base del sopralluogo, che il fondo è utilizzato quale pascolo e vigneto. Riconosce invero che sono presenti alcuni filari di vigna e che vi hanno pascolato delle pecore, ma reputa tali attività insufficienti per ammettere un'idoneità agricola, siccome limitate a soddisfare i bisogni familiari e ad impedire che la proprietà si inselvatichisse. La superficie del fondo sarebbe inoltre ridotta e non basterebbe a garantire uno sfruttamento razionale e redditizio dal profilo economico. A suo dire, l'attribuzione della particella alla zona agricola contrasterebbe inoltre con l'inserimento nel perimetro del piano particolareggiato PP2, stabilito con la revisione del piano regolatore. Premesso che, come visto, l'inclusione del fondo nel piano particolareggiato esula dall'oggetto del litigio, circoscritto al contenuto della variante, con le esposte argomentazioni la ricorrente tenta di sminuire l'idoneità agricola del fondo, ma non sostanzia, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, l'arbitrio degli accertamenti svolti dalla Corte cantonale riguardo alle sue attuali utilizzazioni di natura agricola. Disattende inoltre che, come rettamente rilevato dai giudici cantonali, la zona agricola non comprende solamente i terreni idonei all'agricoltura, ma anche quelli che, nell'interesse generale, devono essere da essa utilizzati (cfr. art. 16 cpv. 1 lett. b LPT; sentenza 1P.355/2000 dell'8 novembre 2000, consid. 3d, in: RDAT I-2001, pag. 199 segg.).
6.2 Per il resto, non occorre esaminare il vincolo di protezione del paesaggio e l'inserimento del fondo nella zona di pericolo di esondazione del lago, ritenuto che la Corte cantonale ha trattato questi aspetti soltanto per completezza, a titolo abbondanziale, rilevando innanzitutto che gli ulteriori provvedimenti non dovevano essere vagliati, non essendo stati oggetto di una specifica domanda ricorsuale ed occorrendo comunque respingere, già per le esposte ragioni, la richiesta della ricorrente di attribuire il suo fondo alla zona edificabile. Su questo punto, il giudizio impugnato non è censurato d'arbitrio con una motivazione conforme alle citate esigenze e non deve pertanto essere verificato oltre.
7. 7.1 La ricorrente fa infine valere la violazione del principio della buona fede sostenendo che una perizia eseguita nel 1994 attribuisce al fondo un valore venale di fr. 3'500'000.--, importo che il Municipio di Vira Gambarogno avrebbe preso in considerazione per acquistarlo, chiedendo al Consiglio comunale lo stanziamento di un credito corrispondente. Dal canto loro, nello stesso contesto, il Cantone Ticino avrebbe previsto una riserva di fr. 1'472'000.-- e il Consorzio per il piano regolatore per i Comuni del Gambarogno un contributo di fr. 507'500.--. Secondo la ricorrente, simili importi potrebbero riferirsi soltanto a un fondo avente caratteristiche edificabili, sicché essa dovrebbe essere protetta nella sua aspettativa di vederlo attribuito a una zona edificabile.
7.2 L'art. 9 Cost. istituisce un diritto fondamentale del cittadino ad essere trattato secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato. In materia di diritto amministrativo, tale principio tutela l'amministrato nei confronti dell'autorità, quando, assolte determinate condizioni, il medesimo abbia agito conformemente alle istruzioni e alle dichiarazioni di quest'ultima. Il principio tutela in particolare la fiducia riposta in un'informazione ricevuta dall'autorità o in un suo determinato comportamento suscettibile di destare un'aspettativa legittima, quando l'autorità sia intervenuta in una situazione concreta riguardo a determinate persone, quand'essa era competente a rilasciare l'informazione o il cittadino poteva ritenerla competente sulla base di fondati motivi, quando affidandosi all'esattezza dell'informazione egli abbia preso delle disposizioni non reversibili senza subire un pregiudizio e quando non siano intervenuti mutamenti legislativi posteriori al rilascio dell'informazione stessa (DTF 131 II 627 consid. 6.1; 130 I 26 consid. 8.1 pag. 60 e rispettivi rinvii; cfr. inoltre DTF 137 I 69 consid. 2.5.1).
7.3 La Corte cantonale ha rilevato che né il Municipio (che comunque non era l'autorità competente per l'adozione del piano regolatore) né il Consiglio comunale di Vira Gambarogno, né il Consorzio per il piano regolatore né il Consiglio di Stato hanno mai dato assicurazioni circa l'edificabilità del fondo. La perizia, a prescindere dalla fondatezza delle sue premesse, era volta a stabilire il valore della particella e non la sua pianificazione. Nemmeno gli importi prospettati per il suo acquisto potevano essere confusi con un'assicurazione di azzonamento da parte degli enti pianificanti, che non risultava avessero mai promesso alla ricorrente di includere la proprietà in una zona edificabile. La ricorrente non si confronta puntualmente con queste considerazioni, spiegando per quali ragioni esse contrasterebbero manifestamente con gli atti o violerebbero altrimenti il diritto. Ribadendo essenzialmente l'ammontare degli importi prospettati per l'acquisto della particella, la ricorrente non dimostra che le autorità competenti in materia pianificatoria le hanno effettivamente rilasciato concrete e vincolanti assicurazioni riguardo all'inserimento del suo fondo in zona edificabile. Non basta infatti a fondare una simile assicurazione il fatto che le autorità sarebbero state disposte ad acquisire la proprietà ad un prezzo corrispondente al valore del terreno edificabile. Alle pertinenti considerazioni della Corte cantonale, si può pertanto qui rinviare.
8. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non possono essere attribuite ripetibili al Comune del Gambarogno (art. 68 cpv. 3 LTF; DTF 134 II 117 consid. 7).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Municipio di Gambarogno, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.