Faits:
A. Le 16 avril 2012, A._ a recouru auprès du Tribunal pénal fédéral (TPF) contre une ordonnance de refus de levée de séquestre d'avoirs bancaires rendue le 3 avril précédent par le Ministère public de la Confédération (MPC). Le 29 mai 2012, la même société a également formé recours auprès du TPF contre une décision du MPC du 16 mai 2012 refusant de lever un séquestre portant sur d'autres avoirs bancaires. Dans ces deux procédures, A._ s'est adressée plusieurs fois à la Cour des plaintes afin que celle-ci rende rapidement sa décision.
B. Le 9 août 2012, A._ a formé un recours pour déni de justice au Tribunal fédéral. Par arrêt du 30 août 2012 (1B_456/2012), le recours a été rejeté: compte tenu de la nature et de la relative complexité des causes, l'absence de décision de la Cour des plaintes depuis le dépôt des recours ne constituait pas un déni de justice. Un nouveau recours a été interjeté le 4 septembre 2012, et déclaré irrecevable le lendemain (1B_498/2012).
C. Le 14 septembre 2012, A._ a retourné au Tribunal fédéral l'arrêt d'irrecevabilité qui lui avait été notifié la veille, estimant qu'il y avait lieu d'entrer en matière en raison du temps écoulé depuis la première décision, et en présence d'indices selon lesquels le TPF refuserait de statuer en temps utile. A._ déclare former un nouveau recours en se référant à sa précédente écriture.
Le TPF a renoncé à répondre. Le MPC se réfère aux précédents arrêts du Tribunal fédéral. Par lettre du 2 octobre 2012, A._ persiste dans sa position.
Considérant en droit:
1. La recourante a retourné au Tribunal fédéral l'arrêt d'irrecevabilité du 5 septembre 2012, estimant avoir droit à une décision sur le fond. Selon l'art. 61 LTF, les arrêts du Tribunal fédéral entrent en force dès leur prononcé. Cela signifie qu'ils sont définitifs. La recourante ne fait par ailleurs valoir aucun motif de révision au sens des art. 121 et 123 LTF.
L'arrêt du 5 septembre 2012 et ses annexes doivent par conséquent être à nouveau remis à la recourante, avec le présent arrêt.
2. Selon l'art. 78 al. 1 LTF, le recours pour déni de justice est en soi recevable au regard des art. 94, 81 et 100 al. 7 LTF (qualité et délai pour agir).
2.1 Dans son arrêt du 5 septembre 2012, le Tribunal fédéral a considéré que le recours, remis à la poste le jour suivant la réception de l'arrêt du 30 août 2012, devait être considéré comme abusif. Il n'en va pas différemment du nouveau recours, interjeté par A._ également le lendemain (soit le 14 septembre 2012) de la réception de l'arrêt du 5 septembre 2012. L'écoulement d'un laps de temps aussi court n'est au demeurant pas de nature à changer l'appréciation du Tribunal fédéral quant à l'existence d'un retard à statuer de la part du TPF. La recourante estime qu'après consultation du dossier, il existerait des indices selon lesquels le TPF refuserait délibérément de rendre sa décision en temps utile. La recourante n'explique toutefois nullement en quoi consisteraient ces indices, de sorte que ses allégations, insuffisamment motivées, sont irrecevables.
2.2 Il y a lieu de relever que les nombreuses lettres, interpellations, ainsi que les recours incessants de la recourante sont manifestement de nature à ralentir le cours de la procédure, contrairement au but apparemment recherché par la recourante. En particulier, les recours au Tribunal fédéral nécessitent la production du dossier du TPF, ce qui peut évidemment perturber le traitement des causes qui sont soumises à cette juridiction.
3. Manifestement mal fondé, dans la mesure où il est recevable, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Cour des plaintes.
Lausanne, le 9 octobre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz