Sachverhalt:
A. Die Pensionskasse X._ in Liquidation wurde zufolge Überschuldung liquidiert. Im Rahmen dieser Liquidation veräusserte sie ein Mehrfamilienhaus in der Gemeinde Z._ (Kanton AG). Mit Eingabe vom 19. Januar 2007 ersuchte ihr Vertreter den Gemeinderat von Z._ um Erlass der Grundstückgewinnsteuer 2005 in der Höhe von Fr. 32'000.--.
B. Am 16. April 2007 wies der Gemeinderat das Erlassgesuch ab. Ein gegen diesen Entscheid erhobener Rekurs wurde vom Steuerrekursgericht des Kantons Aargau abgewiesen.
C. Mit Eingabe vom 29. September 2008 führt der Vertreter der Pensionskasse X._ in Liquidation subsidiäre Verfassungsbeschwerde ans Bundesgericht. Er stellt sinngemäss den Antrag, es sei das Urteil des Steuerrekursgerichts aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, den anbegehrten Steuererlass zu gewähren.
Das Steuerrekursgericht beantragt in seiner Vernehmlassung vom 18. November 2008, die subsidiäre Verfassungsbeschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat von Z._ liess sich innert der angesetzten Frist nicht vernehmen.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (vgl. § 231 Abs. 4 des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 [StG]), der sich auf kantonales Recht stützt und gegen den auf Bundesebene nur die subsidiäre Verfassungsbeschwerde offen steht (vgl. Art. 83 lit. m und Art. 113 BGG). Die Steuerpflichtigen des Kantons Aargau verfügen bei Vorliegen gewisser Voraussetzungen über einen Rechtsanspruch auf Erlass der Grundstückgewinnsteuer (vgl. § 43 der Verordnung zum Steuergesetz vom 11. September 2000 [StGV]). Die Beschwerdeführerin wird mithin durch den abschlägigen Erlassentscheid in rechtlich geschützten Interessen betroffen, weshalb sie insoweit zur subsidiären Verfassungsbeschwerde legitimiert ist (vgl. Urteil 2D_40/2007 vom 25. Mai 2007). Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.3).
1.2 Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (Art. 116 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 118 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 116 BGG beruht (Art. 118 Abs. 2 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführerin wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Soweit die Beschwerdeführerin pauschal die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten behauptet, ohne diese Rüge näher zu begründen, kann daher auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (vgl. E. 3).
2. 2.1 § 43 StGV lautet wie folgt:
"Auf die Veranlagung und Erhebung einer Grundstückgewinnsteuer wird im Konkurs- und Nachlassverfahren mit Vermögensabtretung insoweit verzichtet, als die Gläubigerinnen oder Gläubiger nicht volle Deckung erhalten."
2.2 Im vorliegend zu beurteilenden Fall ist unbestritten, dass weder ein Konkursverfahren noch ein (gerichtliches) Nachlassverfahren mit Vermögensabtretung gemäss Art. 317 ff. SchKG eingeleitet worden ist. Die Beschwerdeführerin macht indes geltend, dass ein aussergerichtliches Nachlassverfahren bzw. eine privatrechtliche Liquidation beschlossen wurde. Eine pflichtgemässe Auslegung von § 43 StGV ergebe, dass die Grundstückgewinnsteuer auch bei einer privatrechtlichen Liquidation zu erlassen sei, zumal der Wortlaut eine solche nicht a priori ausschliesse. Für die Frage der Anwendbarkeit von § 43 StGV sei einzig massgebend, ob die wirtschaftliche Leistungsfähigkeit eines Steuerpflichtigen beeinträchtigt sei, zumal diese Norm den Begriff der Notlage in der allgemeinen Erlassbestimmung von § 230 StG konkretisiere. Ob das Nachlassverfahren auf gerichtlichem oder auf aussergerichtlichem Weg durchgeführt werde, sei dagegen nicht entscheidend, da das verfolgte Ziel in jedem Fall das Gleiche sei. Die Vorinstanz begehe demzufolge eine materielle Rechtsverweigerung und handle willkürlich, wenn sie die Anwendung von § 43 StGV auf das Nachlassverfahren mit Vermögensabtretung gemäss Art. 317 ff. SchKG beschränke.
2.3 Demgegenüber führte das Steuerrekursgericht im angefochtenen Entscheid sowie in seiner Vernehmlassung aus, dass neben dem Konkurs nur der gerichtliche Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung i.S. von Art. 317 ff. SchKG den Tatbestand von § 43 StGV zu erfüllen vermöge: Erlasstatbestände seien eng auszulegen und bei der über den Wortlaut hinausgehenden analogen Anwendung sei grösste Zurückhaltung geboten. Die allgemeinen Erlassvoraussetzungen (vgl. § 230 StG i.V. mit § 84 f. StGV) seien im vorliegenden Fall für die Auslegung unbeachtlich, da § 43 StGV eine spezielle Erlassbestimmung für die Grundstückgewinnsteuer und mithin keine Ausführungsbestimmung zu § 230 StG darstelle. Der Zweck von § 43 StGV bestehe demnach nicht darin, den Begriff der Notlage zu präzisieren; vielmehr habe der Gesetzgeber mit dieser Bestimmung verhindern wollen, dass die Grundstückgewinnsteuer im Konkurs vorab, d.h. vor Befriedigung aller anderen Gläubiger, als Masseschuld bzw. sogar als Teil der Verwertungskosten i.S. von Art. 262 Abs. 2 SchKG beglichen werde. Die gesonderte Behandlung der Masseschulden gelange neben dem Konkursverfahren auch beim gerichtlichen Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung i.S. von 317 ff. SchKG zur Anwendung. Es sei deshalb klar, dass ausschliesslich die im SchKG geregelten Verfahren von der Privilegierung durch § 43 StGV erfasst würden. Die unterschiedliche Behandlung von gerichtlichen und aussergerichtlichen Nachlassverträgen lasse sich aber auch dadurch rechtfertigen, dass sich diese hinsichtlich des Verfahrens bzw. des Zustandekommens erheblich von einander unterschieden.
2.4 Der aussergerichtliche Nachlassvertrag beruht auf rein privaten Rechtsgeschäften, welche der Schuldner mit jedem Gläubiger einzeln abschliesst. Deren Inhalt kann grundsätzlich frei gewählt werden. Der gerichtliche Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung ist dagegen kein Privatrechtsgeschäft, sondern vielmehr ein besonderes öffentlich-rechtliches Institut: Er kommt in einem gesetzlich geregelten Verfahren mit Zustimmung einer bestimmten Mehrheit der Gläubiger und unter Mitwirkung des Gerichts zustande. Seine Wirkungen sind für alle Gläubiger verbindlich (AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Auflage, 2008, § 53 N 5 f. u. N 9 ff.). Diese Unterschiede führen dazu, dass aussergerichtliche Nachlassverträge - anders als der gerichtliche Nachlassvertrag i.S. von Art. 317 ff. SchKG - keine Gewähr für die Gleichbehandlung sämtlicher Gläubiger bieten (BGE 111 III 86 E. 2.b mit Hinweisen).
Gestützt darauf erscheint es jedenfalls nicht als willkürlich, wenn das Steuerrekursgericht § 43 StGV so versteht, dass von dieser Bestimmung nur der gerichtliche Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung i.S. von Art. 317 ff. SchKG, nicht aber eine rein privatrechtliche Liquidation erfasst wird. Der Einwand der Beschwerdeführerin, dass die Gleichbehandlung der Gläubiger durch die Kontrolle der Aufsichtsbehörde gewährleistet werde, vermag schon deshalb nicht zu einem anderen Resultat zu führen, weil sich § 43 StGV nicht spezifisch auf Pensionskassen bzw. Stiftungen, sondern auf Konkurs- und Nachlassverfahren im Allgemeinen bezieht; es bedarf daher einer einheitlichen Auslegung dieser Norm, welche sich nicht an den Besonderheiten einer Spezialkonstellation orientiert, sondern bei einer Gesamtbetrachtung des Anwendungsbereichs als sachgerecht erscheint. Demzufolge erweist sich die Beschwerde in diesem Punkt als unbegründet.
3. Die Beschwerdeführerin macht zusätzlich eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots (Art. 8 BV) geltend: Es sei davon auszugehen, dass § 43 StGV in anderen Fällen bei Vorliegen eines aussergerichtlichen Nachlassverfahrens mit Vermögensabtretung zur Anwendung gelange und nur im vorliegenden Einzelfall davon abgewichen werde. Diese unbelegten und nicht substantiierten Ausführungen genügen den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht (vgl. E. 1.3), weshalb auf diese Rüge nicht einzutreten ist.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Steuerrekursgericht des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Januar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Zähndler