Faits:
A. Le 17 novembre 2008, en exécution d'une demande d'entraide formée par un Procureur de Rome, le Ministère public de la Confédération (MPC) a décidé de transmettre à ce dernier la documentation relative au compte détenu par A._ auprès de la banque X._ de Genève. Selon la demande d'entraide, cette société aurait reçu des fonds provenant de pots-de-vin versés dans le cadre de la vente d'une société de téléphonie mobile.
Le 22 décembre 2008, le MPC a ordonné, en exécution de la même demande, la transmission de documents concernant A._, saisis dans les bureaux d'une fiduciaire à Lugano.
B. Par deux arrêts du 16 mars 2009, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) a rejeté, d'une part, le recours formé par A._ contre la première décision, considérant notamment que les arguments à décharge, y compris l'avis d'un expert financier, n'avaient pas à être pris en compte dans la procédure d'entraide; elle a d'autre part déclaré irrecevable le recours formé par A._ contre la seconde décision, seule la fiduciaire ayant qualité pour agir dans un tel cas.
C. A._ forme, dans un même acte, deux recours dirigés contre les deux arrêts de la Cour des plaintes. Elle conclut à l'annulation de ces arrêts et au renvoi de la cause au MPC afin que l'autorité requérante soit invitée à se déterminer sur l'audition de l'expert financier.
Il n'a pas été demandé de réponse.
Considérant en droit:
1. Les recours sont formés contre deux arrêts rendus dans une même procédure d'entraide, à l'égard de la même société. Il y a lieu de procéder à leur jonction et de statuer par un seul arrêt.
2. Selon l'art. 109 al. 1 LTF, la cour siège à trois juges lorsqu'elle refuse d'entrer en matière sur un recours soumis à l'exigence de l'art. 84 LTF.
2.1 Selon cette disposition, le recours est recevable, à l'encontre d'un arrêt du Tribunal pénal fédéral en matière d'entraide judiciaire internationale, notamment si celui-ci a pour objet la transmission de renseignements concernant le domaine secret. Il doit toutefois s'agir d'un cas particulièrement important (al. 1). Un cas est particulièrement important "notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves" (al. 2). Selon l'art. 42 al. 2 LTF, c'est au recourant qu'il appartient de démontrer que ces conditions sont réunies.
2.2 En l'occurrence, les décisions de clôture portent bien sur la transmission de documents concernant le domaine secret. Toutefois, en dépit des explications de la recourante, le cas ne revêt aucune importance particulière au regard de l'art. 84 LTF, dont il convient de rappeler que le but est de limiter fortement l'accès au Tribunal fédéral dans le domaine de l'entraide judiciaire, en ne permettant de recourir que dans un nombre limité de cas jugés particulièrement importants (ATF 133 IV 125, 129, 131, 132). En l'espèce, la demande d'entraide s'inscrit dans le cadre d'une procédure pénale qui n'a aucun caractère politique, et la recourante ne soutient pas qu'il existerait un risque de violation des principes fondamentaux ou d'autres vices graves.
2.3 Le premier arrêt confirme la transmission de documents saisis auprès d'une banque. Le TPF a considéré que l'ensemble des moyens à décharge était irrecevable, y compris l'expertise financière produite par la recourante et l'interrogatoire de l'expert. Ce faisant, le TPF n'a fait qu'appliquer le principe selon lequel l'Etat requis n'a pas à vérifier la réalité des soupçons dont fait état la demande, et n'a donc pas non plus à procéder à une instruction à décharge (cf. notamment ATF 133 IV 76 consid. 2.2; 118 Ib 111 consid. 5b; 117 Ib 64 consid. 5c p. 88 et les arrêts cités). Les considérants de la Cour des plaintes sont donc conformes à la jurisprudence constante. Ils répondent également à la demande de la recourante de faire entendre l'expert en présence de l'autorité requérante, de sorte qu'il n'y a pas de violation du droit d'être entendu sur ce point.
2.4 Quant au second arrêt de la Cour des plaintes, il déclare irrecevable le recours formé contre la transmission de documents saisis en mains d'une fiduciaire. Ce prononcé est, lui aussi, conforme à la jurisprudence (ATF 130 II 162 concernant un avocat; arrêt 1A.293/2004 du 18 mars 2005 concernant une fiduciaire), et la recourante ne soulève pas le moindre argument à ce propos.
3. Faute de concerner un cas particulièrement important ou de soulever une question juridique de principe, les recours sont irrecevables. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 1C_132/2009 et 1C_134/2009 sont jointes.
2. Les recours sont irrecevables.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public de la Confédération, au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes, et à l'Office fédéral de la justice, Division des affaires internationales, Section de l'entraide judiciaire.
Lausanne, le 3 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz