Sachverhalt:
A. Mit Entscheid vom 11. Juli 2008 erklärte das Bundesstrafgericht X._ der Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung zum Nachteil der Aeroflot Russian Airlines (Aeroflot) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 21 Monaten, mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie zu einer unbedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu CHF 1'000.--.
Mit Urteilsergänzung vom 27. Oktober 2008 verpflichtete das Bundesstrafgericht die P._ Holding SA zur Zahlung einer Ersatzforderung in der Höhe von CHF 5'744'610.--. Ferner ordnete es an, dass zur Deckung dieser Ersatzforderung das beschlagnahmte Bankkonto bei der Crédit Suisse lautend auf die P._ Holding SA verwendet werde. Für den darüber hinausgehenden Betrag hob es die Beschlagnahme im nationalen Strafverfahren auf. Schliesslich hielt es fest, über die Verwendung der eingezogenen Gelder und der realisierten Ersatzforderungen zugunsten der Aeroflot werde entschieden, wenn die Anspruchsvoraussetzungen erfüllt seien.
B. Die P._ Holding SA führt Beschwerde beim Bundesgericht, mit der sie beantragt, X._ sei von der Anklage der Gehilfenschaft zu ungetreuer Geschäftsbesorgung freizusprechen. Ferner sei das angefochtene Urteil in Ziff. 7 lit. g Sätze 1 und 2 des Dispositivs aufzuheben und sei die Beschlagnahme des Kontos bei der Crédit Suisse, Lausanne, lautend auf die P._ Holding SA, im nationalen Strafverfahren vollumfänglich aufzuheben. Schliesslich sei Ziff. 9 des Dispositivs bezüglich der Kostenverlegung im vorinstanzlichen Verfahren aufzuheben. Eventualiter sei das angefochtene Urteil in diesen Punkten aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht beantragt die P._ Holding SA, es sei ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Ferner sei das vorliegende Beschwerdeverfahren mit den von weiteren Drittbetroffenen angehobenen Verfahren zu vereinigen. Eventualiter sei das vorliegende Verfahren bis zum Entscheid in der Hauptsache zu sistieren; subeventualiter seien die Beschwerde des Verurteilten und sämtliche weiteren Beschwerdeakten beizuziehen.
C. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 81 Abs. 1 BGG ist zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (lit. b; BGE 133 IV 121 E. 1.1). Zur Erhebung der Beschwerde legitimiert sind insbesondere die beschuldigte Person (Ziff. 1), ihr gesetzlicher Vertreter oder ihre gesetzliche Vertreterin (Ziff. 2), die Staatsanwaltschaft (Ziff. 3), die Privatstrafklägerschaft, wenn sie nach dem kantonalen Recht die Anklage ohne Beteiligung der Staatsanwaltschaft vertreten hat (Ziff. 4), das Opfer, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Ziff. 5) sowie die Person, die den Strafantrag stellt, soweit es um das Strafantragsrecht als solches geht (Ziff. 6).
Die Beschwerdeführerin fällt nicht unter die in Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 1-6 BGG ausdrücklich genannten Beschwerdeberechtigten. Nach der Rechtsprechung wird der Inhaberin eines eingezogenen Kontos indes ein rechtliches Interesse an der Aufhebung des Entscheids zuerkannt (BGE 133 IV 278 E. 1.3 mit Hinweisen; zum alten Recht vgl. BGE 130 IV 143 E. 2; 122 IV 365 E. 1 a/bb; 108 IV 154 E. 1a; ferner NIKLAUS SCHMID, in: Einziehung, organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Kommentar, Bd. I, 2. Aufl. 2007, § 2/StGB 70-72 N 155/162). Die Beschwerdeführerin ist daher als Drittbetroffene zur Beschwerde gegen die Einziehung bzw. die Verurteilung zur Zahlung einer Ersatzforderung legitimiert.
Soweit sich die Beschwerdeführerin vorfrageweise gegen die Verurteilung von X._ wegen Gehilfenschaft zu ungetreuer Geschäftsbesorgung wendet und sie in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Anklagegrundsatzes und eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts rügt, ist sie zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen nicht berechtigt. Nach der Rechtsprechung steht die Durchsetzung des Strafanspruchs allein dem Staat zu. Der Einziehungsbetroffene hat wie der Geschädigte an der Bestrafung des Täters bzw. an seiner Freisprechung nur ein tatsächliches, nicht aber ein rechtlich geschütztes Interesse (BGE 133 IV 228 E. 2.3; vgl. auch BGE 6B_540/2009 vom 22.10.2009 E. 1.7 in Bezug auf den Geschädigten). Auf die Beschwerde kann daher in diesem Punkt nicht eingetreten werden. Im Übrigen wären die erhobenen Rügen unbegründet (vgl. Urteil des Bundesgerichts 6B_86/2009 vom 29.10.2009 i.S. X._).
1.2 Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV (BGE 133 II 249 E. 1.2.2), ist oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht prüft die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 135 III 232 E. 1.2; 133 II 249 E. 1.4.3; 130 I 258 E. 1.3 je mit Hinweisen).
Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon vor, wenn eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen ist, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid schlechterdings unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 134 I 140 E. 5.4; 132 I 175 E. 1.2; 131 I 467 E. 3.1 mit weiteren Hinweisen).
1.3 Die Beschwerdeführerin beantragt die Vereinigung ihrer Beschwerde mit denjenigen des Verurteilten und der weiteren beschwerdeführenden Drittbetroffenen. Das Bundesgericht vereinigt in analoger Anwendung von Art. 24 Abs. 2 lit. b BZP (Art. 71 BGG) mehrere Verfahren, wenn sie einen engen sachlichen Zusammenhang aufweisen, namentlich wenn sie sich gegen denselben Entscheid richten, die gleichen Parteien und ähnliche oder gleiche Rechtsfragen betreffen (BGE 113 Ia 390 E. 1; PHILIPP GELZER, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, Art. 71 N 10). Im zu beurteilenden Fall erhebt die Beschwerdeführerin neben denjenigen Rügen, die auch von X._ und den weiteren Drittbetroffenen vorgetragen werden, weitere Einwendungen, welche nur sie selbst betreffen. Es rechtfertigt sich daher, ihre Beschwerde in einem separaten Urteil zu behandeln.
1.4 Soweit die Beschwerdeführerin ihrer Rechtsschrift die von X._ erhobene Beschwerde beilegt und sie als integrierenden Bestandteil ihrer eigenen Beschwerdebegründung bezeichnet, kann auf ihre Beschwerde nicht eingetreten werden. Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung der Rechtsschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Danach muss die Begründung nach geltendem Recht wie schon bisher in der Beschwerdeeingabe selbst enthalten sein und sind Verweise auf andere Rechtsschriften unbeachtlich (vgl. BGE 130 I 290 E. 4.10 mit Hinweisen).
2. Dem angefochtenen Entscheid liegt in der Hauptsache im Wesentlichen folgender Sachverhalt zugrunde:
Anfangs 1994 wurde in Lausanne u.a. vom im vorinstanzlichen Verfahren angeklagten X._ und dem russischen Geschäftsmann A._ die I._ SA gegründet. X._ war zu jenem Zeitpunkt unter anderem als Anwalt und als Vertreter von A._ bei dessen Geschäften in der Schweiz tätig.
Im Winter 1995/96 übernahm A._ die Stelle des stellvertretenden Generaldirektors der Aeroflot (im Folgenden: Geschädigte), als welcher er insbesondere mit der Devisenverwaltung des Unternehmens betraut war. In der Folge richtete A._ bei der I._ SA ein Treasury Centre ein, bei welchem die ausserhalb Russlands bei den weltweit verstreuten Niederlassungen der Gesellschaft dezentral vorhandenen Guthaben an harten Währungen zusammengeführt wurden und der Zahlungsverkehr für in Devisen fakturierte Forderungen abgewickelt werden sollte. Parallel zum Geschäftszweig Devisenverwaltung und Zahlungsabwicklung wurde in der ersten Hälfte 1996 ein zusätzlicher Geschäftsbereich aufgebaut, welcher den von der I._ SA erledigten Zahlungsverkehr im Verhältnis zu den Lieferanten der Geschädigten mit der Zentrale in Moskau in rechtlicher und buchhalterischer Hinsicht verknüpfte. Nach Auffassung der Beteiligten wurde mit dem Geschäftsmodell beabsichtigt, die Deviseneinnahmen der Geschädigten bei den Zahlungen an die westeuropäischen Lieferanten zusätzlich für Währungsabsicherungsgeschäfte bzw. für die Spekulation mit dem Zerfall der russischen Währung einzusetzen. Zu diesem Zweck wurde die I._-Gruppe aufgebaut, die sich aus der I._ Holding SA, Luxemburg, der I._ Finance Ltd., der K._ Holdings Ltd., Dublin und der russischen Gesellschaft L._ Finance Corporation, Moskau, sowie der I._ SA zusammensetzte. Hauptaktionäre der I._ Holding SA waren A._ und B._. A._ und X._ waren Mitglieder des Verwaltungsrats der I._ SA, der I._ Holding SA und der I._ Finance Ltd..
Die Zahlungen der I._-Gruppe an die Lieferanten der Geschädigten, namentlich für den Bezug von Treibstoff, liefen in der Zeit von Juni 1996 bis Mai 1997 über diese Gesellschaften. Dabei übergab die Geschädigte von ihr periodisch erstellte Zahlungslisten an die L._ Finance Corporation, welche sich gegenüber der Geschädigten verpflichtete, die Rechnungen in harter Währung zu begleichen. Die Hartwährungsverpflichtungen der Geschädigten wurden zu diesem Zweck zum Tageskurs in Rubel umgerechnet. Die Geschädigte verpflichtete sich ihrerseits gegenüber der L._ Finance Corporation zur Rückzahlung des in der jeweiligen Zahlungsliste aufgeführten Gesamtbetrags in Rubeln zu einem späteren Zeitpunkt. Die L._ Finance Corporation gewährte der Geschädigten mithin im Umfang dieses Betrages Kredit. Die Verpflichtungen der Geschädigten wurden durch Wechsel (promissory notes) abgesichert. Die L._ Finance Corporation, welche selbst nicht über die nötigen Mittel verfügte, um die Gläubiger zu befriedigen, reichte die Listen in der Folge an die K._ Holdings Ltd. bzw. später an die I._ Finance Ltd. weiter, der gegenüber sie sich in analoger Weise in harter Währung verpflichtete. Schliesslich gelangten die Listen an die I._ SA, welche die Forderung aus den für die Geschädigte verwalteten Geldern beglich. Gleichzeitig gewährte die Geschädigte der I._-Gruppe aus ihren bei der I._ SA verwalteten Devisen ein entsprechendes Darlehen in USD. Das Darlehen der Gesellschaften der I._-Gruppe an die Geschädigte stammte mithin im Grunde aus deren eigenem Vermögen.
Die Darlehen wurden nach einer Laufzeit von ca. 6 Monaten abgerechnet. Die Geschädigte bezahlte in der ersten Periode einen für russische Verhältnisse zu jener Zeit marktkonformen Darlehenszins von 65 % p.a (Mechanismus I) bzw. in der zweiten Periode eine Konventionalstrafe von 15 % auf den Darlehensbetrag (Mechanismus II). Diesen Kosten stand auf der anderen Seite der während der Laufzeit der Darlehen eingetretene Wertverlust des Rubels gegenüber. Aus der Zahlungsabwicklung nach diesem Modell resultierten für die Geschädigte insgesamt Kosten in der Höhe von rund CHF 53,4 Mio..
In Folge eines vom Generalstaatsanwalt der Russischen Föderation am 5. Mai 1999 gestellten Rechtshilfegesuchs wurde das Konto der Beschwerdeführerin blockiert. Ferner eröffnete die Bundesanwaltschaft am 31. Januar 2002 ein Ermittlungsverfahren gegen X._, in dessen Verlauf sie die Beschlagnahme der auf dem Konto bei der Crédit Suisse gehaltenen Bankguthaben anordnete.
X._ wurde aufgrund dieses Sachverhalts der Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung schuldig gesprochen. A._ und weitere Beteiligte waren am 3. Juli 2006 in Russland zweitinstanzlich wegen Betruges verurteilt worden (zu den Einzelheiten vgl. Parallelverfahren 6B_86/2009 i.S. X._).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht zunächst geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbarkeit zur Beurteilung der Anklage und damit zur Erhebung einer Ersatzforderung bejaht. Im Einzelnen bringt sie vor, es sei weder aus der Anklageschrift noch aus ihrer Ergänzung ersichtlich, welche strafbaren Handlungen der Haupttäter A._ in der Schweiz begangen habe solle. Damit seien schon die formellen Voraussetzungen für die Prüfung, ob der angebliche Haupttäter in der Schweiz strafbare Handlungen begangen habe, nicht erfüllt. Daran ändere nichts, dass die Anklageschrift verschiedene Verträge aufführe, welche A._ in der Schweiz unterzeichnet haben soll. Namentlich die Authorisation ref. Nr. 9609-AFL01 sei von diesem in Moskau unterzeichnet worden. Auf der Confirmation du 10 juin 1996 sei zwar Lausanne als Unterzeichnungsort angegeben, A._ habe am gleichen Tag indes auch in Moskau eine Vereinbarung Accord n. 249/1 unterschrieben. Die Vorinstanz hätte daher im Rahmen des Beweisverfahrens prüfen müssen, wo sich der Haupttäter an diesem Tag tatsächlich befunden habe.
3.2 Die Vorinstanz führt aus, der Haupttäter A._ habe sowohl in Russland als auch in der Schweiz strafbare Handlungen begangen. Aus den Akten gehe hervor, dass er an Sitzungen in der Schweiz teilgenommen und dort im Namen der Geschädigten diverse mit den inkriminierten Taten im Zusammenhang stehende Verträge, namentlich am 9. Mai 1996 etwa das "Agreement ref. Nr. 9604-AFL01" sowie die "Interest, Fees and Commissions" unterzeichnet habe. Ausserdem sei A._ als Organ innerhalb der I._-Gruppe, von welcher Einzelgesellschaften ihren Sitz in der Schweiz gehabt hätten, mit der Schweiz verbunden gewesen. Damit wäre A._ gemäss Art. 3 Abs. 1 StGB in der Schweiz strafrechtlich verfolgbar. Selbst wenn er ausschliesslich im Ausland gehandelt hätte, ergäbe sich die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbarkeit aufgrund von Art. 8 StGB (Art. 7 aStGB), da der Deliktserfolg in der Schweiz eingetreten sei. Die Geschädigte habe ihr Devisenvermögen auf Dauer von der I._ SA in Lausanne verwalten lassen und der präsumtive Schaden sei dort eingetreten. Daraus folge, dass auch für die Gehilfenhandlungen von X._ die schweizerische Gerichtsbarkeit gegeben sei.
3.3 Die Einziehung von Vermögenswerten bzw. die Erhebung einer Ersatzforderung setzt nach der Rechtsprechung voraus, dass die Anlasstat unter die schweizerische Gerichtsbarkeit fällt (BGE 128 IV 145 E. 2d; 132 II 178 E. 5.1; 134 IV 158 E. 2.1). Gemäss Art. 3 Ziff. 1 Abs. 1 StGB ist dem Schweizerischen Strafgesetzbuch unterworfen, wer in der Schweiz ein Verbrechen oder ein Vergehen verübt. Nach Art. 8 Abs. 1 StGB (Art. 7 Abs. 1 aStGB) gilt ein Verbrechen oder ein Vergehen als da begangen, wo der Täter es ausführt oder pflichtwidrig untätig bleibt, und da, wo der Erfolg eingetreten ist. Als Ausführung der Tat gilt jedes einzelne tatbestandsmässige Verhalten. Dabei genügt bereits eine teilweise Erfüllung des Tatbestandes auf schweizerischem Gebiet, nicht aber der Entschluss der Tat und die blosse Vorbereitungshandlung (BGE 119 IV 250 E. 3c; 115 IV 270 E. 1b [je zum interkantonalen Gerichtsstand i.S.v. Art. 346 aStGB]; URSULA CASSANI, Die Anwendbarkeit des schweizerischen Strafrechts auf internationale Wirtschaftsdelikte, ZStrR 114/1996 S. 245; vgl. auch CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, Handlungs- und Erfolgsort beim grenzüberschreitenden Betrug, in: Wirtschaft und Strafrecht, Festschrift für Niklaus Schmid zum 65. Geburtstag Zürich, 2001, S. 149 f.). Als Anknüpfungspunkt zur Schweiz genügt namentlich etwa, dass im Ausland ertrogene Gelder auf einem Schweizer Bankkonto gutgeschrieben werden (BGE 133 IV 171 E. 6.3) bzw. sich die Aktiven auf einem Schweizer Bankkonto einer Gesellschaft, deren Sitz darüberhinaus in der Schweiz liegt, aufgrund einer Veruntreuung nicht vermehren (BGE 124 IV 241 E. 4d; vgl. auch CASSANI, a.a.O., S. 252).
Eine in der Schweiz begangene Anstiftung (Art. 24 StGB) oder Gehilfenschaft (Art. 25 StGB) begründet nach der Rechtsprechung keinen eigenen Ausführungsort. Nach dem Grundsatz der Akzessorietät gilt die Teilnahme als dort verübt, wo der Haupttäter gehandelt hat (BGE 108 Ib 301 E. 5 a.E.; 104 IV 77 E. 7b mit Hinweisen; vgl. auch Art. 343 Abs. 1 StGB zum Gerichtsstand der Teilnehmer; krit. hiezu HANS SCHULTZ, Bericht und Vorentwurf zur Revision des Allgemeinen Teils und des Dritten Buches "Einführung und Anwendung des Gesetzes" des Schweizerischen Strafgesetzbuches, Bern 1987, S. 12 f.; JOSÉ HURTADO POZO, Droit pénal, Partie Générale I, 2. Aufl., Zürich 1996, § 2 N 389 f.; SCHWARZENEGGER, a.a.O., S. 158 f.; TRECHSEL/NOLL, Schweizerisches Strafrecht, Allg. Teil I, 6. Aufl., Zürich 2004, S. 59).
3.4 Das angefochtene Urteil verletzt in diesem Punkt kein Bundesrecht. Wie die Vorinstanz zu Recht erkennt, ergibt sich die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbehörden schon daraus, dass A._ als Organ verschiedener Gesellschaften der I._-Gruppe, welche ihren Sitz zum Teil in der Schweiz hatten, mit der Schweiz verbunden war, sowie daraus, dass er an verschiedenen, im Rahmen der Organisation der Devisenverwaltung und Zahlung der ausländischen Lieferanten der Geschädigten in der Schweiz abgehaltenen Sitzungen teilnahm und einzelne Verträge in der Schweiz unterzeichnete. Soweit die Vorinstanz in diesem Zusammenhang auf die Dokumente "Agreement ref. Number 9609-AFL01 (Untersuchungsakten act. 004097 ff.) sowie "Interest, Fees and Commissions" (Untersuchungsakten act. 004104) vom 9. Mai 1996 verweist, betreffen diese Dokumente primär die Schaffung eines Devisenzentrums der Geschädigten bei der I._ SA, welche für sich allein nicht Gegenstand der Anklage bildet. Auch wenn diese Vereinbarungen eine unabdingbar notwendige Voraussetzung für die spätere Errichtung der strafbaren Geschäftsmechanismen darstellen, vermöchten sie als blosse Vorbereitungshandlungen die Zuständigkeit der schweizerischen Behörden nicht zu begründen. Soweit die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang eine aktenwidrige Feststellung geltend macht, erweist sich ihre Beschwerde als unbegründet. Bei dem von ihr angerufenen, von A._ entgegen der Anklageschrift in Moskau unterzeichneten Dokument handelt es sich nicht um das von der Vorinstanz angeführte "Agreement ref. Number 9609-AFL01" (vgl. auch Anklageschrift S. 7), sondern um die "Authorisation ref. Number 9609-AFL01 vom 9./24. September 1996 (Untersuchungsakten act. 004109 f.; Anklageschrift S. 10). Im Übrigen räumt auch die Beschwerdeführerin ein, dass A._ an wenigstens einer Sitzung in Lausanne teilgenommen hat. Insofern erlangt der Einwand, es sei kaum denkbar, dass A._ am selben Tag in Lausanne das Dokument "Confirmation du 10 juin 1996", welches als Ausstellungsort Lausanne aufführt (vgl. Anklageschrift S. 10), und in Moskau das Abkommen "Accord n. 249/1 (Untersuchungsakten act. 004196 f.) habe unterzeichnen können, keine Bedeutung. Die Annahme, die "Confirmation" sei tatsächlich in Lausanne unterzeichnet worden, wäre jedenfalls nicht willkürlich. Aus der blossen Behauptung, A._ sei stets von Russland aus tätig gewesen, ergibt sich keine offensichtlich falsche Feststellung des Sachverhalts, zumal nach ständiger Rechtsprechung für die Annahme von Willkür nicht genügt, dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt (BGE 127 I 54 E. 2b mit Hinweisen).
Damit nimmt die Vorinstanz zu Recht an, dass der Haupttäter A._ auch in der Schweiz gehandelt hat. Ebenfalls zutreffend leitet sie daraus die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbehörden für die Beurteilung der angeklagten Teilnahmehandlungen des Beschwerdeführers und damit auch für die Einziehung von Vermögenswerten bzw. für die Verurteilung zur Zahlung einer Ersatzforderung ab. Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob sich die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbarkeit auch daraus ergibt, dass der Deliktserfolg in der Schweiz eingetreten ist (vgl. hiezu BGE 124 IV 241 E. 4c und d).
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet.
4. Die Beschwerdeführerin rügt im Zusammenhang mit der Verpflichtung zur Zahlung einer Ersatzforderung eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts.
4.1 Die Vorinstanz geht von einem Deliktsbetrag von CHF 53,4 Mio. aus. In Bezug auf die Einziehung nimmt sie an, die I._-Gruppe sei durch die von X._ geförderten strafbaren Handlungen im Umfang von CHF 53,4 Mio. direkt begünstigt und bereichert worden. Dieser Betrag könne grundsätzlich bei der I._ SA durch Einziehung oder Ersatzforderung abgeschöpft werden. Soweit Teile der deliktischen Gelder an Dritte geflossen seien, seien sie bei diesen einzuziehen oder ersatzweise einzufordern. Die Vorinstanz geht weiter davon aus, dass maximal 87 % der I._-Gelder kontaminiert gewesen seien. Die legalen und die illegalen Gelder der I._ SA seien in diesem Verhältnis vermischt gewesen. Sofern bei Dritten Ersatzforderungen erhoben würden, würden diese grundsätzlich auf 87 % der geflossenen Mittel beschränkt.
In Bezug auf die Beschwerdeführerin stellt die Vorinstanz fest, die P._-Gruppe habe im Jahre 1996 von der I._ SA aus Geldern der Geschädigten ein Darlehen von USD 21,525 Mio. erhalten. Die I._ SA habe später auf die Rückzahlung des Darlehens im Umfang von USD 5 Mio. bzw. ca. CHF 6,6 Mio. zulasten eigener Gelder verzichtet. Der Verzicht sei mit einem Aktiengeschäft verbunden gewesen. Der Einwand der Beschwerdeführerin, nicht sie, sondern die P._ Investment Finance Ltd. Tortola, British Virgin Islands, habe das Darlehen erhalten, weshalb auch nur diese durch den Verzicht auf die Rückzahlung begünstigt worden sei, sei unbehelflich. Die P._ Investment Finance Ltd. sei eine hundertprozentige Tochter der Beschwerdeführerin. Damit sei auch diese als Holdinggesellschaft im Umfang der seitens der I._ SA erbrachten Leistung begünstigt gewesen. Im Übrigen sei die P._-Gruppe wie die I._-Gruppe aufgebaut gewesen und vom nämlichen Personenkreis, welcher die strafbaren Geschäftsmodelle geplant und umgesetzt habe, insb. X._, A._ und B._, beherrscht worden. Daraus ergebe sich auch, dass die Beschwerdeführerin nicht gutgläubig gewesen sei. Aus diesem Grund sei ohne Bedeutung, ob die Beschwerdeführerin in Form von Aktien eine Gegenleistung erbracht habe. Ausserdem habe sich die Gegenleistung - wenigstens im Nachhinein - zugestandenermassen als wertlos erwiesen, so dass bei der I._ SA jedenfalls heute kein Gegenwert mehr vorhanden sei. Es rechtfertige sich daher, auf eine Ersatzforderung im Umfang von 87 % der CHF 6,6 Mio. zu erkennen und für deren Begleichung das beschlagnahmte Konto der Beschwerdeführerin zu verwenden.
4.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, Hintergrund des von der I._ SA der P._ Investment Finance Ltd. gewährten Darlehens über USD 21,525 Mio. habe die Abrede über eine Zusammenarbeit der Geschädigten mit der russischen Fluggesellschaft Q._-Airlines gebildet, verbunden mit der Idee einer allfälligen späteren Übernahme der Q._-Airlines durch die Geschädigte. Das Darlehen habe die Übernahme der Gesellschaft vorerst im Umfang von 70 % ermöglichen sollen. In einem ersten Schritt seien hiefür 50 % der Aktien der R._ Investments Ltd., Tortola, British Virgin Islands, erworben worden. Diese Aktien seien in der Folge als Sicherheit für das Darlehen verpfändet worden. Mit Datum vom 14./17. März 1997 hätten die Parteien vereinbart, dass die I._ SA der Borgerin, falls diese nicht in der Lage sein sollte, das Darlehen rechtzeitig zurückzubezahlen, gegen Übernahme der R._ Investments Ltd.-Aktien die Rückzahlung erlasse. Es sei mithin ein entgeltlicher Darlehenserlass verabredet worden. Nachdem die Transaktion aufgrund von Leistungsstörungen nicht plangemäss habe abgewickelt werden können, habe die P._ Investment Finance Ltd. die Rückzahlung nicht vollständig leisten können. Die I._ SA habe in der Folge verabredungsgemäss die Aktien der R._ Investments Ltd. übernommen, wodurch die verbleibende Schuld von USD 5 Mio. getilgt worden sei. Sie habe daher nicht entschädigungslos auf die Rückzahlung des restlichen Darlehens verzichtet. Im Übrigen führe eine Begünstigung der hundertprozentigen Tochtergesellschaft nicht zu einer Begünstigung ihrerseits als Muttergesellschaft.
Im Weiteren macht die Beschwerdeführerin geltend, die I._ SA habe das Darlehen aus Geldern der Geschädigten geleistet. Daraus folge, dass es sich dabei nicht um Vermögenswerte deliktischer Herkunft gehandelt habe. Im Übrigen hätte die Vorinstanz zumindest nur von einer Kontaminierung im Umfang von 87 % ausgehen dürfen, so dass lediglich ein Betrag von USD 2,205 Mio. hätte eingezogen werden dürfen. Als offensichtlich unrichtig rügt die Beschwerdeführerin schliesslich die Feststellung der Vorinstanz, dass die P._-Gruppe vom selben Personenkreis wie die I._-Gruppe beherrscht worden sei. Richtig sei lediglich, dass A._ bei ihr (sc. der Beschwerdeführerin) und der P._ Investment Finance Ltd. Verwaltungsrat gewesen sei und dass in deren Verwaltungsrat u.a. auch B._ und X._ Mitglieder gewesen seien. Ausserdem blende die Vorinstanz völlig aus, dass sie (sc. die Beschwerdeführerin) die Geschäftsführung vollständig an ihre Tochtergesellschaft P._ services SA delegiert habe. Die massgeblichen Verträge seien denn auch von einem ihrer Direktoren unterzeichnet worden, der keinerlei Funktionen in der I._-Gruppe innegehabt habe. Im Weiteren dürfe sie sich entgegen der Auffassung der Vorinstanz durchaus auf den guten Glauben berufen. Offensichtlich unrichtig sei auch die Annahme der Vorinstanz, die Aktien der R._ Investments Ltd. seien als Gegenleistung wertlos gewesen. Der Wert der Aktien sei von der Vorinstanz nicht abgeklärt worden. Es müsse daher zu ihren Gunsten davon ausgegangen werden, dass die Aktien zum Zeitpunkt des Darlehensverzichts nicht wertlos gewesen seien. Zuletzt sei weder bei ihr noch bei der P._ Investment Finance Ltd. eine faktische Vermögensvermehrung eingetreten.
4.3 Nach Art. 59 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB verfügt der Richter die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine strafbare Handlung erlangt worden sind oder dazu bestimmt waren, den Täter zu einer strafbaren Handlung zu veranlassen oder dafür zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden. Die Einziehung ist ausgeschlossen, wenn ein Dritter die Vermögenswerte in Unkenntnis der Einziehungsgründe erworben hat und soweit er für sie eine gleichwertige Gegenleistung erbracht hat oder die Einziehung ihm gegenüber sonst eine unverhältnismässige Härte darstellen würde (Art. 59 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, so erkennt der Richter gemäss Art. 59 Ziff. 2 Abs. 1 aStGB auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe, gegenüber Dritten jedoch nur, soweit dies nicht nach Art. 59 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB ausgeschlossen ist (vgl. nunmehr die Art. 70 Abs. 1 und 2 sowie 71 Abs. 1 StGB).
Die Ersatzforderung stellt eine subsidiäre Massnahme dar. Lässt sich der Umfang der einzuziehenden Vermögenswerte nicht oder nur mit unverhältnismässigem Aufwand ermitteln, kann der Richter ihn nach Art. 59 Ziff. 4 aStGB (Art. 70 Abs. 5 StGB) schätzen.
4.4 Das angefochtene Urteil verletzt kein Bundesrecht. Ausser Frage steht zunächst, dass das der P._ Investment Finance Ltd. gewährte Darlehen aus Geldern stammte, welche die I._ SA durch die in der Anklageschrift gegen X._ umschriebenen strafbaren Handlungen erlangt hatte. Aus dem angefochtenen Urteil ergibt sich mit hinreichender Deutlichkeit, dass der Geschädigten im Umfang des Deliktsbetrages Vermögenswerte unrechtmässig entzogen wurden. Aus dem Umstand, dass das Darlehen aus Geldern der Geschädigten geleistet wurde, wie die Vorinstanz annimmt, lässt sich somit nichts zugunsten der Beschwerdeführerin ableiten, zumal die von der I._ SA für die Geschädigte verwalteten Gelder nach den Feststellungen der Vorinstanz im Umfang von 87 % kontaminiert waren.
Nicht zu beanstanden ist im Weiteren, dass die Vorinstanz die Beschwerdeführerin als begünstigt erachtet, obwohl das Darlehen nicht ihr selbst, sondern der P._ Investment Finance Ltd. ausgerichtet worden ist. Dies ergibt sich, wie die Vorinstanz zutreffend erkennt, ohne weiteres aus dem Umstand, dass die P._ Investment Finance Ltd. eine hundertprozentige Tochtergesellschaft der Beschwerdeführerin war.
Soweit die Beschwerdeführerin sodann die Höhe der Ersatzforderung beanstandet, ist ihr ebenfalls nicht zu folgen. Die Vorinstanz nimmt einen Kontaminierungsgrad von 87 % an. Ausgehend von einem umgerechneten Betrag von ca. CHF 6,6 Mio. (CHF 6'603'000.--) gelangt sie somit zu einer Ersatzforderung in der Höhe von CHF 5'744'610.--. Die von der Beschwerdeführerin vorgenommene Rechnung, nach welcher der legale Anteil des Gesamtdarlehensbetrages von 13 % vollumfänglich vom Restbetrag von USD 5 Mio. abzuziehen sein soll, ist nicht nachvollziehbar.
Kein Erfolg ist der Beschwerde ferner beschieden, soweit sich die Beschwerdeführerin gegen die Feststellung der Vorinstanz wendet, die P._-Gruppe sei vom selben Personenkreis beherrscht gewesen, der die strafbaren Geschäftsvorgänge ausgeheckt und umgesetzt hatte. Die Beschwerdeführerin bringt lediglich vor, sie sei zu 90 % von anderen Personen beherrscht gewesen. Mit dem angefochtenen Urteil setzt sie sich indes nicht auseinander. Dieses stützt sich für seine Feststellung auf den Schlussbericht des eidg. Untersuchungsrichteramtes vom 31. Januar 2007 (Untersuchungsakten Ordner 58 act. 13742), welcher seinerseits auf verschiedene Aktenstellen verweist. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich darauf, für ihren Standpunkt auf ein Schreiben von X._ zu verweisen, nach welchem die Beschwerdeführerin zu 100 % von einer Offshore Gesellschaft gehalten worden sei (vgl. Untersuchungsakten, Ordner 13, act. 001785). Dies ist für sich allein nicht geeignet, Willkür darzutun. Im Übrigen ergibt sich aus den Akten, dass sich jedenfalls der Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin wie auch der fraglichen Offshore Gesellschaft u.a. aus B._, A._ und X._ zusammensetzte, mithin aus denselben Personen, die auch innerhalb der I._-Gruppe eine bedeutende Rolle gespielt hatten (vgl. Untersuchungsakten, Ordner 13, act. 001879). Damit ist auch die Annahme der Vorinstanz nicht zu beanstanden, dass sich die Beschwerdeführerin nicht auf einen Erwerb in Unkenntnis der Einziehungsgründe, mithin auf guten Glauben, berufen kann. Denn der Erwerb deliktisch erlangter Vermögenswerte durch einen Dritten unter Erbringung einer gleichwertigen Gegenleistung hindert die Einziehung nur, wenn er in Unkenntnis der Anlasstat erfolgt ist. Dies ist hier nicht der Fall, zumal das Wissen der Organe der juristischen Person zuzurechnen ist. Bei diesem Ergebnis ist ohne Bedeutung, inwiefern der Verzicht auf die Rückforderung des Teildarlehens ein entgeltlicher Erlass war und inwieweit die Aktien der R._ Investments Ltd. werthaltig waren.
Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
5. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Boog