Sachverhalt:
A. Auf dem Grundstück Dreieckswäldli in der Gemeinde Bilten (Kat.-Nr. 414) wurde in den 1950er-Jahren Kies abgebaut. Die dadurch entstandene Kiesgrube wurde Ende der 1960er-Jahre bis Anfang der 1970er-Jahre als Kehrichtdeponie verwendet. Das Grundstück, das der eidgenössischen Linthunternehmung gehörte, wurde 1999 in den Kataster der belasteten Standorte aufgenommen. 2004 wurde die eidgenössische Linthunternehmung aufgelöst. Ihre Aktiven und Passiven gingen mit der Auflösung von Gesetzes wegen auf die von den betroffenen Kantonen geschaffene Anstalt Linthwerk über.
Am 19. März 2009 ordnete das Departement Bau und Umwelt des Kantons Glarus die Sanierung des Standorts Dreieckswäldli an und erliess eine Verfügung über die Kostenverteilung. Danach hatte nach Ausrichtung der Abgeltungen des Bundes die Gemeinde Bilten 4/11, das Linthwerk 6/11 und der Kanton Glarus 1/11 der anrechenbaren Netto-Kosten zu tragen. Das Departement ergänzte die Verfügung mit dem Vorbehalt, die Kostenverteilung habe nur Gültigkeit, sofern ein Bundesbeitrag an das Projekt ausgerichtet werden könne.
Eine von der Gemeinde Bilten gegen die Verfügung erhobene Beschwerde wies der Regierungsrat des Kantons Glarus mit Entscheid vom 21. Dezember 2010 ab. In den Erwägungen seines Entscheids hielt er fest, es sei gerechtfertigt, dem Kanton 2/11 statt 1/11 der Sanierungskosten aufzuerlegen und dem Linthwerk 5/11 statt 6/11. Diese Erwägung fand jedoch im Dispositiv des Entscheids keinen Niederschlag.
In der Folge gelangte die Gemeinde Glarus Nord, die im Zuge der Glarner Gemeindestrukturreform als Rechtsnachfolgerin der Gemeinde Bilten und sieben weiteren fusionierten Gemeinden entstanden war, ans Verwaltungsgericht des Kantons Glarus. Dieses wies die Beschwerde mit Entscheid vom 7. Dezember 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 23. Januar 2012 beantragt die Gemeinde Glarus Nord, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und ihr selbst seien keine Sanierungskosten aufzuerlegen. Eventualiter sei ihr Kostenanteil auf maximal 10% festzulegen, subeventualiter die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht, der Regierungsrat und das Linthwerk schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Departement Bau und Umwelt beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) ist der Ansicht, die kantonalen Behörden hätten den ihnen zustehenden Ermessensspielraum eingehalten. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil stützt sich auf Umweltschutzrecht des Bundes und betrifft somit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Genauer zu prüfen ist, ob ein anfechtbarer Entscheid vorliegt.
1.2 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, es liege ein Endentscheid vor. Indessen schliesst der angefochtene Entscheid das Sanierungsverfahren nicht ab, sondern legt die Kostenanteile erst prozentual fest. Hinzu kommt, dass offenbar noch keine Verfügung über die Abgeltungen des Bundes ergangen ist und das Departement Bau und Umwelt in seiner Verfügung vom 19. März 2009 die Gültigkeit der Kostenverteilung unter die Bedingung eines solchen Bundesbeitrags gestellt hat. Während unter der Geltung des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG; BS 3 531) ein derartiger Entscheid als Teilentscheid zu qualifizieren und wie ein Endentscheid anfechtbar gewesen wäre (Urteil 1A.158/2005 vom 31. Oktober 2005 E. 1, nicht publ. in: BGE 131 II 743; vgl. auch BGE 134 II 137 E. 1.3 S. 139 ff.; 121 II 116 E. 1b/cc S. 118 f.; 120 Ib 97 E. 1b S. 99; je mit Hinweisen), stellt er nach dem am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgerichtsgesetz einen Vorentscheid bzw. einen "materiellrechtlichen Zwischenentscheid" im Sinne von Art. 93 BGG dar (vgl. BGE 134 II 137 E. 1.3.2 S. 140 f.; 130 III 76 E. .1.3 S. 79; je mit Hinweisen). Als solcher ist er der Beschwerde ans Bundesgericht nur dann zugänglich, wenn er entweder einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.3 Die selbständige Anfechtbarkeit von Vor- und Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll. Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG). Es obliegt der Beschwerdeführerin detailliert darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit dies nicht offensichtlich der Fall ist (BGE 137 III 324 E. 1.1 S. 328 f.; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2 S. 632 f.; je mit Hinweisen).
1.4 Es ist weder offensichtlich, inwiefern die Gutheissung der Beschwerde einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde, noch, inwiefern der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte. Die Abklärungen, die bis zur Verfügung über die Verlegung der betragsmässig feststehenden Kosten notwendig sind, lassen sich durch das vorliegende Verfahren nicht vermeiden, und es ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführerin ein Nachteil entstehen sollte, wenn sie den Endentscheid abzuwarten hat. Vor diesem Hintergrund wäre es an ihr gewesen aufzuzeigen, dass die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sind. Das hat sie jedoch nicht getan.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin hat in Verfolgung von Vermögensinteressen prozessiert, weshalb ihr die Gerichtskosten aufzuerlegen sind (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Departement Bau und Umwelt, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus, I. Kammer, sowie dem Linthwerk und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold