Sachverhalt:
A. Die A._ AG (Beschwerdeführerin) war an der Ausarbeitung des Bauprojekts P._ beteiligt, das beim Zürcher Hauptbahnhof im Rahmen eines Baurechts hätte realisiert werden sollen. Infolge finanzieller Schwierigkeiten der Auftraggeberin, der Q._ AG, kündigte diese den Architekturvertrag, worauf die Beschwerdeführerin Schadenersatzforderungen geltend machte und das Projekt auf eigenes Risiko bis zum sogenannten Bestprojekt 1992/1993 weiterentwickelte. Danach wurde das Bauprojekt in einem neuen Rahmen weiterverfolgt. Verschiedene am Projekt interessierte Parteien schlossen am 27. April 1994 mit der R._ als Baurechtsgeberin einen Gründungs- und Partnerschaftsvertrag. Dieser Vereinbarung entsprechend wurde zur Realisierung des Projekts die Aktiengesellschaft P._ (heute B._ AG in Liquidation, Beschwerdegegnerin 1) gegründet mit den Vertragsparteien als Aktionären. Die Beschwerdegegnerin 1 sollte das Bauvorhaben realisieren, wobei sich einzelne Aktionäre verpflichteten, der Gesellschaft im Vertrag betraglich festgesetzte Geldmittel zur Verfügung zu stellen.
B. Ein Teil der Aktionäre der Beschwerdegegnerin 1 waren in einer Arbeitsgemeinschaft zusammengeschlossen, welche schon im Vorfeld die Verhandlungen mit der Beschwerdeführerin geführt hatte. Die Arbeitsgruppe sollte gegenüber der Beschwerdeführerin als Auftraggeberin und Vertragspartei des Architekturvertrages auftreten. Der Partnerschaftsvertrag sieht zur Absicherung der Beschwerdeführerin vor, die Beschwerdegegnerin 1 werde im Umfang von maximal Fr. 13.5 Millionen schadenersatzpflichtig, falls sie oder die von ihr beauftragte Arbeitsgemeinschaft ohne wichtige von der Beschwerdeführerin zu vertretende Gründe darauf verzichten sollten, den Vertrag zu Ende zu führen. Es wird auf einen separaten Vertrag zwischen der Beschwerdegegnerin 1 und der Beschwerdeführerin verwiesen. Sollte diese Schadenersatzpflicht eintreten, verpflichteten sich gewisse Aktionäre (übrige Beschwerdegegner), ihre im Vertrag festgesetzten Leistungen (vgl. Ziff. A in fine hiervor) im zur Schadendeckung notwendigen Umfang an die Beschwerdeführerin zu erbringen.
C. Am 9. Mai 1994 schloss die Beschwerdeführerin den Architekturvertrag mit der Arbeitsgemeinschaft, wobei sich diese verpflichtete, das Bauprojekt bis zum Erhalt einer rechtskräftigen Baubewilligung einschliesslich der allenfalls erforderlichen Rekursverfahren bis an das Bundesgericht durchzuführen.
D. Am 11. Mai 1994 wurde der Vertrag zwischen der Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegnerin 1 betreffend Garantien im Zusammenhang mit den Architekturleistungen geschlossen. Darin verzichtet die Beschwerdeführerin auf ihre Schadenersatzansprüche gegenüber der ursprünglichen Auftraggeberin, an deren Stelle die Ansprüche gegen die Arbeitsgemeinschaft gemäss Architekturvertrag vom 9. Mai 1994 treten. Die Beschwerdegegnerin 1 verpflichtete sich, sicherzustellen, dass der Architekturvertrag mit der Arbeitsgemeinschaft vollumfänglich, einschliesslich Baubewilligungs- und allenfalls daran anschliessender Rekurs- und Beschwerdeverfahren, durchgeführt und in keinem Stadium der Abwicklung widerrufen, aufgelöst oder sonst vorzeitig beendet wird. Sollte die Arbeitsgruppe ohne wichtige von der Beschwerdeführerin zu verantwortende Gründe darauf verzichten, den Vertrag zu Ende zu führen, verpflichtete sich die Beschwerdegegnerin 1, unter Übernahme aller Rechte und Pflichten in die Stellung der Arbeitsgruppe einzutreten oder Schadenersatz von insgesamt Fr. 13'500'000.-- zu leisten, unter Abzug der bis zur Einstellung der Vertragszahlungen tatsächlich geleisteten Zahlungen.
E. Am 23. Mai 1997 erteilte die Bausektion des Stadtrates von Zürich die Baubewilligung mit Auflagen. Diesen Beschluss focht die Beschwerdegegnerin 1 beim Regierungsrat weitgehend erfolgreich an, woraufhin sowohl sie als auch die Bausektion der Stadt Zürich Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich einreichten. In der Folge liessen sie das Verfahren aber sistieren. Die Beschwerdegegnerin 1 arbeitete mit der Stadt Zürich einen neuen Vertragsentwurf aus, den sie der Beschwerdeführerin zur Stellungnahme zukommen liess. Die Beschwerdeführerin verweigerte die Zusammenarbeit und setzte gegen die Beschwerdegegnerin 1 die vor Bundesgericht umstrittenen Forderungen in Betreibung. Am 30. November 1999 schloss sie mit der Arbeitsgemeinschaft einen neuen Architekturvertrag. Am 10. April 2000 schlossen die Stadt Zürich und die Beschwerdegegnerin 1 sowie die Arbeitsgemeinschaft und die Beschwerdeführerin eine Vereinbarung, mit welcher die Differenzen, die zum Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht geführt hatten, bereinigt werden sollten. Gestützt auf diese Vereinbarung reichte die Beschwerdegegnerin 1 beim Amt für Baubewilligungen der Stadt Zürich ein Gesuch um teilweise Wiedererwägung, Ergänzung und Abänderung des Bausektionsbeschlusses vom 23. Mai 1997 ein, welchem am 26. Juli 2000 stattgegeben wurde. Gegen diese Bewilligung reichte der S._ Rekurs ein. Bereits am 8. Mai 2000 hatten die Beschwerdegegnerin 1 und ihre Aktionäre mit der E._ AG einen aufschiebend bedingten Kaufvertrag geschlossen, gemäss welchem die E._ AG das Projekt übernehmen sollte. Die Bausektion der Stadt Zürich hatte Anfang April ihre Beschwerde gegen den Entscheid des Regierungsrates betreffend die ursprüngliche Baubewilligung zurückgezogen, worauf des Verwaltungsgericht dieses Beschwerdeverfahren abschrieb. Gemäss Vereinbarung zwischen der E._ AG und der R._ sollte der Baurechtsvertrag am 30. April 2001 verurkundet werden. Der Termin konnte nicht eingehalten werden, da der S._ den zugesicherten schriftlichen Verzicht der E._ AG nicht rechtzeitig zukommen liess. Eine weitere Fristerstreckung für die Beurkundung lehnte die R._ ab, so dass das Projekt gescheitert war.
F. Am 5. Dezember 2005 klagte die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht Zürich und verlangte von der Beschwerdegegnerin 1 Fr. 4'250'000.-- und Fr. 100'000.-- jeweils nebst Zins sowie von den übrigen Beschwerdegegnern einzeln bezifferte Geldbeträge in solidarischer Haftbarkeit mit der Beschwerdegegnerin 1, bis die Forderung zu 100 % befriedigt sei. Später änderte sie das Rechtsbegehren dahingehend, dass die übrigen Beschwerdegegner nur subsidiär in der Höhe ihres jeweiligen Anteils haften sollten, sofern die Beschwerdegegnerin 1 die Forderung nicht begleiche.
G. Das Handelsgericht wies die Klage am 11. September 2008 ab. Mit Beschwerde in Zivilsachen hält die Beschwerdeführerin im Wesentlichen an ihren Rechtsbegehren fest, wobei die neben der Beschwerdegegnerin 1 eingeklagten Beschwerdegegner subsidiär und solidarisch zur Zahlung ihres jeweiligen Anteils zu verpflichten seien. Für den Fall ihres Unterliegens beantragt die Beschwerdeführerin, die kantonalen Gerichtskosten um einen Drittel und die kantonale Prozessentschädigung auf Fr. 81'000.-- zu reduzieren. Ihr in der Beschwerdebegründung enthaltenes Gesuch um Erlass des Kostenvorschusses wurde infolge Bezahlung desselben gegenstandslos. Sämtliche Beschwerdegegner schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Handelsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Mit Bezug auf die Beschwerdegegnerin 1 entspricht das Begehren dem im kantonalen Verfahren gestellten. Demgegenüber verlangte die Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren nach der Klageänderung die Verpflichtung der übrigen Beschwerdegegner zur Leistung ihres jeweiligen Anteils. Das vor Bundesgericht gestellte Begehren um Leistungen der Anteile unter solidarischer Haftbarkeit reicht darüber hinaus, ist insoweit neu und damit unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG).
1.1 Gemäss Art. 75 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Dabei knüpft der Begriff der Letztinstanzlichkeit an jenen von Art. 86 Abs. 1 OG an. Letztinstanzlichkeit gemäss Art. 75 Abs. 1 BGG bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (BGE 134 III 524 E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen). Für Rügen betreffend Tatfragen, kantonales Recht oder die Verletzung von Verfassungsrecht ist daher zunächst die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde zu erheben (Peter Reetz, Das neue Bundesgerichtsgesetz unter besonderer Berücksichtigung der Beschwerde in Zivilsachen, Auswirkungen auf die Anfechtung von Entscheiden des Zürcher Obergerichts und Handelsgerichts, in SJZ 103 [2007] S. 36 ff.). Auf Rügen, die der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde zugänglich gewesen wären (§§ 281 und 285 Abs. 2 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976, ZPO/ZH, LS 271), ist mangels Ausschöpfung des Instanzenzuges nicht einzutreten.
1.2 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung (Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG) ist der Beschwerdeführerin verschlossen, da auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme beruhende Feststellungen und die Verletzung des rechtlichen Gehörs mit Nichtigkeitsbeschwerde hätten gerügt werden können (§§ 281 und 285 Abs. 2 ZPO/ZH). Als Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG, die das Bundesgericht noch beurteilen kann, kommt demnach einzig eine solche des materiellen Bundesrechts in Frage, auch soweit eine unrichtige Ermittlung des Sachverhalts gerügt wird.
2. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, mit der Sistierung des Beschwerdeverfahrens vor Verwaltungsgericht und der Aufnahme von Vertragsverhandlungen mit der Stadt Zürich habe die Beschwerdegegnerin 1 ihre Pflicht zur Durchführung des Bauprojekts verletzt und werde gemäss dem Vertrag betreffend Garantien im Zusammenhang mit den Architekturleistungen schadenersatzpflichtig. Daraus und aus dem Gründungs- und Partnerschaftsvertrag leitet sie wiederum die Haftung der übrigen Beschwerdegegner im zur Schadendeckung notwendigen Umfang ab. Nach Meinung der Beschwerdeführerin war die Arbeitsgemeinschaft verpflichtet, das Bestprojekt 1992/1993 auszuführen und die Rekurs- und Beschwerdeverfahren bis vor das Bundesgericht zu ziehen. Da das ursprüngliche Projekt zugunsten des neu ausgehandelten aufgegeben worden sei, bestehe der Schadenersatzanspruch.
2.1 Die Vorinstanz legte die für den Anspruch zwischen der Beschwerdegegnerin 1 und der Beschwerdeführerin einschlägige Vertragsbestimmung nach dem Vertrauensprinzip aus, weil kein übereinstimmender Parteiwille behauptet sei. Da sich die Beschwerdeführerin auch für die Zeit nach Einreichung des Baugesuchs verpflichtet hatte, gewisse Leistungen zu erbringen, haben die Parteien nach Meinung der Vorinstanz die Möglichkeit einer nachträglichen Anpassung des Projekts nicht ausschliessen wollen. Eine solche sei erfolgt, und zwar mit Zustimmung der Beschwerdeführerin, welche die Vereinbarung mit der Stadt Zürich mitunterzeichnet und die Verhandlungslösung im Nachhinein genehmigt habe. Da die Arbeitsgruppe das Projekt bis zum Vorliegen der Baubewilligung weiterverfolgt habe, bestünden keine Schadenersatzforderungen.
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst eine Verletzung von Art. 18 OR, da der tatsächliche Wille der Beteiligten ohne Weiteres feststellbar gewesen wäre und dem Wortlaut der Vereinbarung entspreche. Die Vorinstanz hielt indessen fest, es sei kein übereinstimmender Parteiwille behauptet. Da die Beschwerdeführerin diese Feststellung nicht mit Nichtigkeitsbeschwerde als willkürlich angefochten hat, ist sie mit ihrem Vorbringen nicht zu hören.
2.3 Die Beschwerdeführerin kritisiert sodann auch die Auslegung der Vereinbarungen nach dem Vertrauensprinzip und kommt zum Schluss, das ursprüngliche Projekt hätte wenn nötig bis vor das Bundesgericht weiterverfolgt werden müssen. Mit den Verhandlungen über ein anderes neues Projekt unter Aufgabe des Bestprojekts 1992/1993 sei die vereinbarte Durchführungspflicht verletzt worden.
2.3.1 Selbst wenn aus dem blossen Wortlaut der getroffenen Vereinbarungen abgeleitet werden könnte, das Bewilligungsverfahren müsse bei einem (teilweise) abschlägigen Entscheid jedenfalls bis ans Bundesgericht weitergezogen werden, käme der Regelung nach dem Vertrauensprinzip nicht diese Tragweite zu. Danach kann keiner Partei zugemutet werden, auch bei Aussichtslosigkeit ein Rechtsmittel zu ergreifen, wenn sie statt dessen offensichtlich notwendige Projektänderungen vornehmen könnte. Das musste auch der Beschwerdeführerin bei Vertragsschluss klar sein. In der Sistierung des Verfahrens und der Abänderung des Projekts hätte von Vornherein nur dann eine Vertragsverletzung liegen können, wenn eine reelle Chance bestanden hätte, die Bewilligung für das Bestprojekt 1992/1993 in der Rechtsmittelinstanz ohne Abänderungen und binnen nützlicher Frist zu erhalten. Dass dies der Fall gewesen wäre, geht aus dem angefochtenen Entscheid nicht hervor und zeigt die Beschwerdeführerin auch vor Bundesgericht nicht auf, wobei entsprechende Behauptungen schon im kantonalen Verfahren prozesskonform hätten aufgestellt werden müssen. Bereits insoweit ist die Beschwerde nicht hinreichend begründet.
2.3.2 Soweit die Beschwerdeführerin aus dem Umfang der Abweichungen vom Bestprojekt 1992/1993 auf eine Verletzung des Vertrages schliesst, beschränkt sie sich weitgehend darauf, Abweichungen zu behaupten, die tatsächlich im angefochtenen Entscheid nicht festgestellt sind. Damit ist sie nicht zu hören.
2.3.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Aufgabe des Projekts könne nicht einzig in einer einmaligen Handlung Niederschlag finden, sondern auch in einem sich über längere Zeit hinziehenden Verhalten. Wird aber das Verhalten der Beschwerdegegnerin 1 über längere Zeit betrachtet, ist auch das Verhalten der Bescherdeführerin insgesamt zu berücksichtigen. Die Vorinstanz hat festgehalten, die Beschwerdeführerin habe die Verhandlungslösung im Nachhinein genehmigt. Nichts hindert die Parteien daran, durch Genehmigung eines geänderten Projekts von der ursprünglichen Regelung abzuweichen, und aus dem angefochtenen Entscheid geht nicht hervor, dass sich die Beschwerdeführerin auch bei Unterzeichung des Vertrages vom 10. April 2000 die Geltendmachung von Schadenersatzansprüchen vorbehalten hätte. Die Beschwerdeführerin hätte die Feststellung, sie habe das geänderte Projekt genehmigt, gegebenenfalls mit Nichtigkeitsbeschwerde anfechten können. In tatsächlicher Hinsicht ist darauf mangels Erschöpfung des Instanzenzuges nicht zurückzukommen. Aber selbst wenn man zu Gunsten der Beschwerdeführerin annehmen wollte, die Vorinstanz habe diesbezüglich nicht den wirklichen Willen der Beschwerdeführerin festgestellt, würde dies nichts ändern. Ohne ausdrücklichen Vorbehalt durfte die Beschwerdegegnerin 1 aus der Unterzeichnung der Vereinbarung nach Treu und Glauben schliessen, auch die Beschwerdeführerin betrachte die Abänderung als Fortführung des ursprünglichen Projekts. Hat die Beschwerdeführerin die Projektänderung aber genehmigt, wäre ihre Beschwerde im Ergebnis selbst dann abzuweisen, wenn die Auslegung der ursprünglichen Vereinbarungen nach dem Vertrauensprinzip durch die Vorinstanz Bundesrecht verletzte. Gestützt auf die Feststellungen im angefochtenen Entscheid ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Schadenersatzpflicht der Beschwerdegegnerin 1 und damit auch der übrigen Beschwerdegegner verneinte.
3. Mit Bezug auf die Kostenverteilung im angefochtenen Urteil rügt die Beschwerdeführerin die willkürliche Anwendung der kantonalen Gerichts- und Anwaltsgebühren. Derartige Rügen der Verletzung kantonalen Rechts hätten dem Kassationsgericht unterbreitet werden können, weshalb nicht darauf einzutreten ist. Damit erweist sich die Beschwerde insgesamt als unbegründet und ist abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 23'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner 1 - 8 und 9 a - c mit insgesamt Fr. 25'000.-- und die Beschwerdegegner 10 und 11 mit je Fr. 10'000.-- für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak