Erwägungen:
1. X._ bewohnt als Unterkunft einen mit einer Kunststoffplatte überdachten Bretterverschlag und benutzt einen Geräteunterstand auf dem Grundstück Kat.-Nr. 927 im Gebiet Merz in der Gemeinde Regensberg. Das Grundstück liegt in der kantonalen Freihaltezone sowie in der Zone II gemäss Zonenplan zu der am 17. Oktober 1946 ergangenen Verordnung zum Schutze des Orts- und Landschaftsbildes von Regensberg.
Die Baudirektion des Kantons Zürich verweigerte X._ am 16. Juli 2010 die nachträglichen raumplanungs- und landschaftsschutzrechtlichen Bewilligungen für die Erstellung der Unterkunft sowie den Wiederaufbau des Geräteunterstands. Gestützt auf diese Verfügung verweigerte der Gemeinderat Regensberg am 16. August 2010 auch die dafür nachgesuchte Baubewilligung. Sodann wurde angeordnet, X._ habe bis am 15. September 2010 dafür zu sorgen, dass der widerrechtlich erstellte Geräteunterstand und die darunterliegende Unterkunft sowie alle weiteren Einrichtungen vom Grundstück entfernt würden, unter Androhung der Ersatzvornahme durch die Baubehörde und seiner Verzeigung gemäss Art. 292 StGB.
Hiergegen rekurrierte X._ an die Baurekurskommission I des Kantons Zürich. Mit Entscheid vom 4. März 2011 trat diese bzw. das nunmehrige Baurekursgericht auf den Rekurs nicht ein.
Mit Verfügung vom 18. Mai 2011 ist der Einzelrichter der 3. Abteilung des Verwaltungsgerichts auf eine von X._ gegen den Entscheid vom 4. März 2011 erhobene Beschwerde nicht eingetreten.
2. Gegen die Verfügung vom 18. Mai 2011 führt X._ mit Eingabe vom 29. Juni 2011 der Sache nach Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht.
Das Bundesgericht hat davon abgesehen, Vernehmlassungen einzuholen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung - unabhängig von der Art des nach BGG offen stehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. auch Art. 106 Abs. 2 BGG; s. zudem BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer setzt sich nicht sachbezogen mit den der angefochtenen Verfügung zugrunde liegenden Erwägungen auseinander. Er beanstandet die Verfügung nur ganz allgemein, legt dabei aber nicht im Einzelnen dar, inwiefern sie Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzen soll.
Da die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen der angefochtenen Verfügung darstellen, ist bereits mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die vorliegende Beschwerde nicht einzutreten.
Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Bei den gegebenen Verhältnissen kann von einer Kostenauflage abgesehen werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach wird erkannt:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Regensberg, der Baudirektion des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juli 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Bopp