Faits:
A. Les époux A._ étaient propriétaires, depuis le 11 octobre 1988, d'un immeuble sur le territoire de la commune de T._. La banque V._ leur avait accordé un prêt, garanti par quatre cédules hypothécaires. Par ailleurs, les époux A._ étaient débiteurs de X._, promoteur-constructeur domicilié en France, qui leur avait prêté différentes sommes.
En proie à des difficultés financières, les époux A._ ont décidé de vendre leur immeuble, pour le prix de 1'400'000 fr., aux époux B._, qui l'occupaient déjà en qualité de locataires. Ils ont chargé le notaire Y._, à T._, de préparer l'acte de vente. Le contrat a été signé, sous la forme authentique, le 2 juin 1998 et les acheteurs ont payé, le même jour, la somme de 1'400'000 fr. par virement sur le compte du notaire. Le 4 juin 1998, la vente de l'immeuble a été inscrite au Registre foncier.
Les époux A._ avaient l'intention de répartir la somme reçue, en parts inégales, entre trois de leurs créanciers, à savoir la banque V._, X._ et le fisc.
Conformément aux instructions reçues, le notaire a signé, le 4 juin 1998, un ordre de paiement adressé à la banque W._, invitant cette dernière, par le débit de son compte, à verser 462'729 fr.10 à X._. Cette somme n'est jamais parvenue sur le compte de son destinataire, le notaire ayant donné contre-ordre. Dans l'intervalle, la banque V._ avait découvert que les vendeurs lui avaient dissimulé le prix de vente réel (en le minimisant) et elle a réagi vigoureusement en exigeant la remise de la totalité du disponible.
Soutenant que le notaire Y._ avait accepté l'assignation donnée par ses clients et qu'il était ainsi devenu personnellement son débiteur, X._ lui a réclamé avec intérêts le paiement de la somme de 462'729 fr.10. Le notaire a contesté être personnellement débiteur de X._.
B. Par demande du 10 septembre 1998 adressée au Tribunal cantonal vaudois, X._ a réclamé à Y._ le paiement de 462'729 fr.10 avec intérêt à 5% dès le 4 juin 1998, avec mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer et suite de frais et dépens. Le défendeur a conclu à sa libération.
Par arrêt du 11 juin 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté la demande avec suite de frais et dépens. Elle a considéré que le demandeur n'avait pas prouvé les faits permettant de constater que le notaire avait accepté l'assignation à l'égard du demandeur, de telle sorte qu'il en serait devenu le débiteur.
C. X._ a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement du 11 juin 2008. Soutenant qu'il y a eu arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits et que les règles du droit fédéral sur l'assignation ont été violées, le recourant conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme du jugement attaqué en ce sens que sa partie adverse soit condamnée à lui verser la somme de 462'729 fr.10 avec intérêt à 5% l'an dès le 4 juin 1998 et que la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer soit prononcée.
L'intimé a conclu, avec suite de dépens, au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine librement et d'office la recevabilité des recours dont il est saisi (ATF 135 III 1 consid. 1.1 p. 3, 212 consid. 1 p. 216).
Le recours en matière civile au Tribunal fédéral n'est ouvert que contre une décision rendue en dernière instance (art. 75 al. 1 LTF).
Lorsque, pour une partie des griefs soulevés devant le Tribunal fédéral, un recours cantonal était encore possible, il faut constater que la décision sur ces points n'est pas rendue en dernière instance cantonale, de sorte que le Tribunal fédéral ne peut pas entrer en matière à leur sujet (arrêt 4A.531/2007 du 5 mars 2008 consid. 2.2).
Dans une partie importante de son mémoire, le recourant se prévaut de l'art. 97 al. 1 LTF qui permet de critiquer les constatations de fait si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
En procédure civile vaudoise, le jugement rendu par la Cour civile du Tribunal cantonal peut faire l'objet d'un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal, en particulier pour violation des règles essentielles de la procédure (art. 444 al. 1 ch. 3 du Code de procédure civile du canton de Vaud du 14 décembre 1966; CPC/VD; RSV 270.11). A teneur de l'art. 444 al. 2 CPC/VD, le recours est toutefois irrecevable pour les griefs qui peuvent faire l'objet d'un recours en réforme au Tribunal fédéral. La jurisprudence cantonale en a déduit que dès lors que le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves ne pouvait pas être soulevé dans un recours en réforme (art. 43 aOJ), il pouvait l'être dans le recours en nullité cantonal (JdT 2001 III 128). Cette disposition cantonale n'a pas été modifiée avec l'introduction de la LTF et il faut en déduire que seuls les griefs qui pouvaient donner lieu à l'ancien recours en réforme sont exclus du recours en nullité. Il en découle que le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves demeure recevable dans le cadre d'un recours en nullité cantonal (arrêt 4A.17/2009 du 14 avril 2009 consid. 1.2; arrêt 4A.531/2007 du 5 mars 2008 consid. 2.2).
Il s'ensuit que, dans la mesure où le recourant se prévaut de l'art. 97 al. 1 LTF et se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits, il soulève des griefs qui auraient pu être invoqués dans un recours en nullité cantonal (qu'il n'a pas interjeté). Dès lors qu'il n'a pas épuisé les instances cantonales, le jugement attaqué n'est à cet égard pas rendu en dernière instance cantonale, ce qui exclut que le Tribunal fédéral puisse entrer en matière sur les griefs soulevés.
2. 2.1 Dans la mesure en revanche où le recourant se plaint d'une violation des règles du droit fédéral sur l'assignation, il présente une argumentation qui aurait pu donner lieu à l'ancien recours en réforme, de sorte qu'elle ne pouvait être invoquée dans un recours en nullité cantonal; en conséquence, l'arrêt attaqué a été rendu, sur ces questions de droit, en dernière instance cantonale, ce qui ouvre la voie du recours en matière civile (art. 75 al. 1 LTF).
Les autres conditions de recevabilité sont par ailleurs remplies. En effet, le recours est interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions condamnatoires (art. 76 al. 1 LTF); il est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF); par ailleurs le recours a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
2.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Sous réserve de la violation d'un droit constitutionnel ou d'une question relevant du droit cantonal ou intercantonal (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105).
2.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Comme on l'a vu, le recourant n'est pas en droit de critiquer les constatations de fait, faute d'avoir épuisé les voies de droit cantonales (consid. 1 ci-dessus). Le Tribunal fédéral pourrait certes rectifier d'office, en application de l'art. 105 al. 2 LTF, une inadvertance manifeste qui lui sauterait aux yeux lors de son examen, par exemple une erreur sur un montant ou une date (ATF 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288), mais il n'y a rien de semblable en l'espèce.
2.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
3. 3.1 Il résulte de l'état de fait cantonal - qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - qu'il y a eu deux assignations. Premièrement, les vendeurs ont chargé le notaire de verser une certaine somme au recourant; deuxièmement, le notaire a chargé la banque W._ de verser cette somme au recourant.
3.2 En raison du domicile à l'étranger de l'assignataire (le recourant), ces deux assignations revêtent un caractère international. Le Tribunal fédéral, saisi d'un recours en matière civile, doit donc examiner d'office la question du droit applicable (ATF 131 III 153 consid. 3 p. 156). La qualification doit être opérée selon la loi du for (ATF 132 III 609 consid. 4 p. 615; 131 III 511 consid. 2.1 p. 515). Le droit applicable doit être déterminé selon le droit international privé du for; en l'absence de convention internationale applicable, le juge suisse applique donc la LDIP (cf. ATF 133 III 37 consid. 2 p. 39).
Il n'est pas douteux que les rapports juridiques en cause doivent être qualifiés, selon le droit suisse, d'assignation au sens de l'art. 466 CO. En l'absence d'élection de droit (art. 116 LDIP), l'assignation est régie par la loi de l'Etat dans lequel l'assigné à sa résidence habituelle ou son établissement, parce que c'est lui qui fournit la prestation caractéristique (art. 117 al. 2 et al. 3 let. c LDIP; ATF 132 III 609 consid. 4 p. 615; 127 III 553 consid. 2d p. 556; 121 III 109 consid. 2 p. 111).
Dans les deux assignations évoquées, l'assigné a son établissement en Suisse, de sorte que le litige relève entièrement du droit suisse.
3.3 En ce qui concerne la seconde assignation, il résulte des constatations cantonales que l'assignant (le notaire) a révoqué l'assignation. Selon l'art. 470 al. 2 CO, l'assignant peut révoquer l'assignation à l'égard de l'assigné aussi longtemps que celui-ci n'a pas notifié son acceptation à l'assignataire; il peut exercer ce droit même si l'assignant ne pourrait pas révoquer l'assignation à l'égard de l'assignataire selon la règle de l'art. 470 al. 1 CO (ATF 121 III 109 consid. 3a p. 112). Il ne ressort pas des constatations cantonales - et le recourant ne prétend pas le contraire - que la banque W._, en sa qualité d'assignée, avait notifié son acceptation au recourant. En conséquence le notaire, en tant qu'assignant, était en droit de révoquer cette assignation. Le recourant ne peut dès lors tirer aucun droit d'une assignation qui a été valablement révoquée; il ne tente d'ailleurs pas de démontrer le contraire.
3.4 Le litige se concentre donc sur la première assignation. Il faut rappeler que dans celle-ci les vendeurs sont les assignants, le notaire est l'assigné et le recourant est l'assignataire. Le recourant, en sa qualité d'assignataire, prétend avoir une créance à l'encontre du notaire, qui est l'assigné.
Dans une assignation, il n'y a précisément pas de rapport juridique entre l'assigné et l'assignataire, aussi longtemps que l'assigné n'a pas notifié son acceptation à l'assignataire (art. 468 al. 1 CO). Il faut donc examiner si le notaire a notifié au recourant son acceptation de l'assignation.
Il ne faut pas confondre l'acceptation à l'égard de l'assignant (cf. art. 467 al. 3 CO) et l'acceptation à l'égard de l'assignataire (art. 468 al. 1 CO). Lorsque l'assigné manifeste son acceptation à l'égard de l'assignant pour l'ordre que celui-ci lui donne, il conclut avec lui le contrat d'assignation; l'assigné ne devient cependant débiteur de l'assignataire que si, en plus d'accepter l'assignation, il lui notifie son acceptation de l'ordre sans faire de réserve, ce qui le rend directement débiteur à l'égard de l'assignataire, la dette étant alors considérée comme abstraite (ATF 127 III 553 consid. 2e/bb p. 557). La notification de l'acceptation au sens de l'art. 468 al. 1 CO est une manifestation de volonté que l'assigné adresse à l'assignataire; elle n'a pas besoin de revêtir une forme spéciale et peut résulter d'actes concluants (ATF 127 III 553 consid. 2e/bb p. 557; 122 III 237 consid. 3b p. 242; 121 III 109 consid. 3a p. 112). Il faut cependant que l'assignataire puisse croire de bonne foi, en se fondant sur la manifestation de volonté, que l'assigné a l'intention de s'engager à son égard (ATF 127 III 553 consid. 2e/bb p. 557; 122 III 237 consid. 3b p. 242 et les arrêts cités). Que l'assigné envoie à l'assignataire une copie d'un ordre de paiement, dans un souci de transparence, ne permet pas encore de déduire qu'il a l'intention de s'engager personnellement à l'égard de l'assignataire (ATF 127 III 553 consid. 2e/bb p. 557 s.).
En l'espèce, il ne ressort pas des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que le notaire aurait, par une déclaration ou un comportement, manifesté la volonté de s'engager personnellement à l'égard du recourant. Il ressort des circonstances - qui ne pouvaient échapper au recourant - que le notaire était le mandataire ou le représentant des vendeurs; le prix de vente ayant été versé en ses mains, il était prêt à en disposer conformément aux instructions de ses mandants; dès qu'il est apparu que les premières instructions ne pouvaient pas être suivies en raison de l'opposition de la banque V._, il a bloqué le paiement en faveur du recourant. Peu importe que le notaire, dans un souci de transparence, ait tenu le recourant constamment informé de la situation. Il résulte de la jurisprudence rappelée ci-dessus qu'une information sur le déroulement des opérations n'implique pas encore un engagement de payer. L'idée que le notaire s'engagerait personnellement à payer même si les fonds ne sont pas (ou plus) à sa disposition est d'ailleurs complètement étrangère à la pratique du notariat. Un tel engagement ne pourrait être admis que s'il résultait d'une manifestation de volonté suffisamment significative. Il ne ressort pas de l'état de fait cantonal que le notaire se serait, d'une façon ou d'une autre, engagé personnellement à l'égard du recourant à lui payer le montant litigieux. En concluant que le notaire n'avait pas notifié au recourant une acceptation sans réserve (donc indépendamment de la disponibilité des fonds), la cour cantonale n'a pas violé l'art. 468 al. 1 CO. Dès lors que le recourant n'avait pas de créance directe contre l'intimé, c'est à juste titre que la demande a été écartée.
Le recours doit donc être rejeté.
4. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires fixés à 7'500 fr. sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera à l'intimé une indemnité de 8'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 6 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget