Sachverhalt:
A. S._, geboren 1954, meldete sich am 10. Januar 2005 wegen Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Sein Hausarzt, Dr. med. A._, Facharzt für Allgemeine Medizin, attestierte ihm seit November 2003 Arbeitsunfähigkeit in der angestammten Tätigkeit. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau veranlasste Abklärungen und holte ein rheumatologisches Gutachten bei Dr. med. C._, Facharzt für Innere Medizin, speziell Rheumaerkrankungen, ein. Nachdem sich S._ am 14. Mai 2008 der lange empfohlenen Operation unterzogen hatte, attestierte die Klinik X._ ab 28. Juli 2008 volle Arbeitsfähigkeit in einer angepassten leichten Tätigkeit. Dr. med. A._ schloss sich am 19. März 2009 dieser Einschätzung an und meldete eine Verschlechterung seit Januar 2009. Mit Verfügung vom 15. Juni 2009 sprach die IV-Stelle S._ ab 1. Juni 2009 und am 24. Juli 2009 vom 1. November 2004 bis 30. Juni 2005 sowie ab 1. April 2009 eine ganze Invalidenrente zu.
B. S._ liess gegen die Verfügung vom 24. Juli 2009 Beschwerde erheben. Im Rahmen des kantonalen Verfahrens erliess die IV-Stelle am 7. Oktober 2009 eine Verfügung lite pendente, mit welcher sie ihre beiden zuvor ergangenen Verfügungen widerrief. S._ liess auch dagegen Beschwerde erheben. Mit Entscheid vom 15. Februar 2010 vereinigte das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die beiden Verfahren, hob die Verfügungen vom 15. Juni, 24. Juli und 7. Oktober 2009 auf und sprach S._ vom 1. November 2004 bis 30. Juni 2005 eine ganze Invalidenrente zu. Hingegen verneinte es den Anspruch auf eine Invalidenrente für die Zeit vom 1. Juli 2005 bis 31. März 2009 und wies die Sache zur Durchführung weiterer Abklärungen für die Zeit ab dem 1. April 2009 und anschliessender Neuverfügung an die IV-Stelle zurück.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass ihm in der Zeit vom 1. Juli 2005 bis 31. März 2009 mindestens eine Viertelsrente zustehe; im Übrigen sei die Sache zur zusätzlichen Abklärung und Neuentscheidung an die Vorinstanz resp. an die IV-Stelle zurückzuweisen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Vorinstanz und die IV-Stelle schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Verfügung vom 26. April 2010 wies das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.
Erwägungen:
1. Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in Art. 106 Abs. 2 BGG genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 IV 286 E. 6.2 S. 288; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine überlange Verfahrensdauer, eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör infolge Nichtabnahme der beantragten Beweismittel, einen zu tiefen Abzug vom Tabellenlohn und die Zugrundelegung einer zu hohen zumutbaren Arbeitsfähigkeit.
3. 3.1 Eine Rechtsverzögerung und damit eine Verletzung von Art. 29 Abs. 1 BV liegt vor, wenn eine Gerichts- oder Verwaltungsbehörde sich zwar bereit zeigt, einen Entscheid zu treffen, diesen aber nicht binnen der Frist fasst, welche nach der Natur der Sache und nach der Gesamtheit der übrigen Umstände als angemessen erscheint. Für die Rechtsuchenden ist es unerheblich, auf welche Gründe - ob auf ein Fehlverhalten der Behörden oder auf andere Umstände - die Rechtsverzögerung zurückzuführen ist; entscheidend ist ausschliesslich, dass die Behörde nicht fristgerecht handelt. Bei der Feststellung einer unrechtmässigen Rechtsverzögerung geht es deshalb um die Würdigung objektiver Gegebenheiten. Eine Rechtsverzögerung ist gegeben, wenn die Umstände, welche zur unangemessenen Verlängerung des Verfahrens führten, objektiv nicht gerechtfertigt sind. Ob sich die gegebene Verfahrensdauer mit dem Anspruch auf Rechtsschutz innert angemessener Frist verträgt oder nicht, ist am konkreten Einzelfall zu prüfen. Massgeblich ist namentlich die Art des Verfahrens, die Schwierigkeit der Materie und das Verhalten der Beteiligten (SVR 2001 IV Nr. 24 S. 73 E. 3b mit Hinweisen, I 436/00).
3.2 Angesichts der aus ärztlicher Sicht durch die Operation zu erwartenden wesentlichen Steigerung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit und des durch die fehlende Einwilligung des Versicherten um mehrere Jahre verzögerten Eingriffs ist nicht zu beanstanden, dass die IV-Stelle erst nach Durchführung der Operation und damit vier Jahre nach Einreichung des Leistungsgesuches die zumutbare Arbeitsfähigkeit bestimmte und über den Anspruch auf eine Invalidenrente entschied. In diesem Zusammenhang ist auch die Schadenminderungspflicht der versicherten Person von Bedeutung (BGE 129 V 460 E. 4.2 S. 463 mit Hinweisen). Diese kann unter Umständen beinhalten, dass sich die versicherte Person einer zumutbaren Operation unterzieht (vgl. Urteil I 462/05 vom 16. August 2006 E. 6.1 und 6.2). Zudem musste dem Versicherten spätestens seit der Begutachtung durch Dr. med. C._, welcher am 21. März 2006 auch ohne Operation eine zumutbare Arbeitsfähigkeit von 75 % in einer angepassten leichten Tätigkeit attestierte, klar sein, dass allein infolge seiner Arbeitsunfähigkeit im angestammten Beruf nicht mit Sicherheit mit Leistungen der Sozialversicherungen zu rechnen war, zumal der Hausarzt bereits in seinen Berichten vom 24. Februar und 3. Juni 2005 festhielt, bei erfolgreicher operativer Sanierung sollte wieder eine volle Arbeitsfähigkeit erreicht werden. Unter diesen Umständen kann somit nicht gesagt werden, es liege eine bundesrechtswidrige Verzögerung des Verfahrens vor.
4. 4.1 Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung einer Person eingreift. Dazu gehört insbesondere deren Recht, sich vor Erlass des in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (BGE 132 V 368 E. 3.1 S. 370 mit Hinweisen).
4.2 Der Versicherte sieht seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, da die Vorinstanz seinem Antrag auf Einholung eines multidisziplinären Gutachtens sowie auf berufliche Abklärung in einer BEFAS nicht gefolgt war. Er legt jedoch weder dar, inwiefern er nebst der Bandscheibenproblematik noch an weiteren gesundheitlichen Beeinträchtigungen leidet noch weshalb eine Abklärung in einer BEFAS bessere Erkenntnisse bringen sollte als die ärztlichen Einschätzungen der zumutbaren Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit. Die Vorinstanz hat in ihrem Entscheid zudem begründet, weshalb der Sachverhalt bezüglich der Verhältnisse bis zur gesundheitlichen Verschlechterung im Januar 2009 genügend abgeklärt und die Einholung weiterer Gutachten und Berichte unnötig sei. Das ist im Rahmen der grundsätzlich zulässigen antizipierten Beweiswürdigung, welche keinen Verstoss gegen Art. 29 Abs. 2 BV darstellt (BGE 124 V 90 E. 4b S. 94; 122 V 157 E. 1d S. 162), nicht zu beanstanden.
5. Nach den grundsätzlich verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (E. 1) ist dem Versicherten gestützt auf das Gutachten des Dr. med. C._ vom 21. März 2006 und die Berichte des Zentrums Y._ vom 29. November 2004, 16. August 2005 sowie vom 14. und 19. Mai 2008 und der Klinik X._, vom 7. August und 4. September 2008 der angestammte Beruf zwar nicht mehr, eine angepasste Tätigkeit hingegen seit 13. Juni 2005 zu 75 % resp. seit 28. Juli 2008 voll zumutbar, was sich erst mit der im Januar 2009 gemeldeten Verschlechterung änderte. Was der Versicherte dagegen vorbringt, vermag im Rahmen der massgeblichen Kognition (E. 1) nicht durchzudringen. Die gegen das Gutachten des Dr. med. C._ vorgebrachte Kritik hat die Vorinstanz mit einlässlicher und zutreffender Begründung widerlegt. Die Einwände gegen die u.a. gestützt auf das Gutachten des Dr. med. C._ ermittelte zumutbare Arbeitsfähigkeit erschöpfen sich weitgehend in appellatorischer Kritik. Der Vorwurf, das kantonale Gericht habe sich in Verletzung der Offizialmaxime mit der Feststellung begnügt, die Ursachen der gescheiterten Arbeitsversuche seien nicht bekannt, ist unbehelflich, da die Arbeitsversuche allesamt an der angestammten, nach übereinstimmender ärztlicher Ansicht nicht mehr zumutbaren Arbeitsstelle erfolgten und damit für die Beurteilung der Zumutbarkeit einer angepassten Tätigkeit nicht aussagekräftig sind. Ebenfalls nicht stichhaltig ist der Einwand, es sei eine multidisziplinäre Begutachtung durchzuführen, da der Versicherte nicht darlegt, inwiefern die vorinstanzliche Annahme, aus versicherungsrechtlicher Sicht liege nur eine relevante Bandscheibenproblematik vor, bundesrechtswidrig sein soll, führt er doch keine weiteren, ärztlich ausgewiesene oder auch nur bloss als abklärungsbedürftig erachtete gesundheitlichen Beeinträchtigungen an. Weiter vermag er auch aus den Berichten des Dr. med. A._ nichts zu seinen Gunsten abzuleiten, da sich dieser der Einschätzung der Klinik X._ (vgl. Bericht vom 19. März 2009) anschloss und mehrmals festhielt, die geplante Operation sei notwendig und führe zu einer Verbesserung der Arbeitsfähigkeit (vgl. Berichte vom 24. Februar und 3. Juni 2005). Auch bezieht sich die von Dr. med. A._ attestierte Arbeitsunfähigkeit jeweils auf die bisherige Arbeitsstelle, für die Ermittlung der Erwerbsunfähigkeit ist jedoch die Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit massgebend. Schliesslich legt der Versicherte nicht dar, inwiefern die Gewährung eines leidensbedingten Abzugs vom Tabellenlohn von 10 % anstelle der beantragten 25 % eine rechtsfehlerhafte Ausübung des vorinstanzlichen Ermessens darstellt (BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399).
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Juli 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold