Sachverhalt:
A. A.a Die Personalfürsorgestiftung X._ (nachfolgend: Stiftung) wurde 1942 als Stiftung im Sinne von Art. 80 ff. des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (ZGB) errichtet. Sie bezweckt im Allgemeinen die Fürsorge für das in den schweizerischen Betrieben der Stifterfirma arbeitende Personal. Darüber hinaus können weitere Unternehmungen als stiftungsberechtigt erklärt werden. Eine Restrukturierung der Stifterfirma anfangs der 90er-Jahre führte zu einer erheblichen Verminderung des Personals und 1993 zur Schliessung des Betriebes B._.
Am 26. Februar 1999 erliess das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht eine Verfügung betreffend Teilliquidation, Einforderung eines Verteilungsplans mit Expertenbericht sowie Rückzahlung einer Darlehensschuld der Stifterfirma. Eine weitere Verfügung vom 1. Dezember 2003 betreffend die Ergänzung des am 29. Juli 2003 eingereichten Verteilungsplans vom 16. Juli 2003 und des Expertenberichts sowie Abweisung des Gesuchs um Einsetzung einer ausserordentlichen Aufsichtsbehörde wurde von der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge mit Entscheid vom 10. November 2005 bestätigt. Gestützt u.a. darauf und auf das im Zusammenhang mit Auflagen der Aufsichtsbehörde zur Jahresrechnung 1993 ergangene Urteil des Bundesgerichts 2A.19/2003 vom 26. Juni 2003 erteilte die BVG- und Stiftungsaufsicht Y._ als seit 1. Januar 2006 zuständige Aufsichtsbehörde mit Verfügung vom 8. Mai 2006 dem Stiftungsrat verschiedene Anweisungen betreffend die pendente Teilliquidation der Stiftung im Zusammenhang mit dem schubweisen Personalabbau und der Schliessung der Stifterfirma im Zeitraum von 1990 bis 1993.
A.b Mit Schreiben vom 1. November 2006 stellte der Stiftungsrat bei der BVG- und Stiftungsaufsicht Y._ folgenden Antrag: "1. Es sei durch Verfügung festzustellen, dass die Voraussetzungen der Teilliquidation der Stiftung per 31. Dezember 1992 erfüllt waren und diese per 31. Dezember 1992 resp. 31. Dezember 2002 über keine freien Mittel verfügte, die im Rahmen der Teilliquidation an die austretenden Destinatäre weitergegeben werden mussten; 2. Diese Verfügung sei im Schweizerischen Handelsamtsblatt zu eröffnen." Zur Begründung wurde u.a. angeführt, sowohl der Fonds für Härtefälle als auch der Fürsorgefonds seien materiell als Arbeitgeberbeitragsreserven zu qualifizieren, die durch freiwillige Zuwendungen der Stifterfirma entstanden seien. Aus diesem Grund dürften sie im Rahmen einer Teilliquidation nicht dem freien Stiftungsvermögen zugerechnet, sondern müssten zugunsten der Aktiven weitergeführt werden. Auch das Gutachten von Prof. H._ vom 21. Januar 2004 halte fest, dass die Stiftung über keine freien Mittel verfüge, die im Rahmen einer Teilliquidation an die austretenden Destinatäre weitergegeben werden müssten.
Mit Verfügung vom 21. Dezember 2006 wies die BVG- und Stiftungsaufsicht Y._ das Feststellungsbegehren ab (Dispositiv-Ziff. 1) und wies den Stiftungsrat im Sinne der Erwägungen an, die in den Jahresrechnungen gestützt auf das Gutachten von Prof. H._ vom 21. Januar 2004 vorgenommenen Umbuchungen der Mittel des Fonds für Härtefälle und des Fürsorgefonds in die Arbeitgeberbeitragsreserve rückgängig zu machen (Dispositiv-Ziff. 2). Im Weitern wiederholte die Aufsichtsbehörde - im Sinne der Verfügungen vom 26. Februar 1999 und 1. Dezember 2003 - die Anweisungen gemäss Verfügung vom 8. Mai 2006, wobei sie präzisierte, dass die Bestimmung des Stiftungsvermögens per 31. Dezember 2002 zu Veräusserungswerten ohne Berücksichtigung des Gutachtens von Prof. H._ und die Rückzahlung der Darlehensschuld der Stifterfirma gänzlich in Barwerten zu erfolgen habe (Dispositiv-Ziff. 3 lit. c und Ziff. 4).
B. Am 31. Januar 2007 reichte die Stiftung beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde ein und beantragte hauptsächlich, die Verfügung vom 21. Dezember 2006 sei aufzuheben und ihr Feststellungsbegehren vom 1. November 2006 gutzuheissen; eventualiter (zum Antrag auf Aufhebung der Verfügung) sei der Stiftungsrat anzuweisen, die Mittel des Fonds für Härtefälle und des Fürsorgefonds in den Jahresrechnungen als je eigene Unterposition zur Arbeitgeberbeitragsreserve auszuweisen, subeventualiter - ohne sie als "Stiftungskapital, freie Mittel" zu qualifizieren - als je eigene Hauptposition.
Nach Vernehmlassung der BVG- und Stiftungsaufsicht Y._ und einem zweiten Schriftenwechsel wies das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 3. November 2010 die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. Die Stiftung führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 3. November 2010 sei aufzuheben und die BVG- und Stiftungsaufsicht Y._ anzuweisen, ihren Antrag vom 1. November 2006 gutzuheissen; eventualiter (in Verbindung mit Ziff. 2 der Verfügung vom 21. Dezember 2006) sei die Sache an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen, damit es über die im vorinstanzlichen Verfahren gestellten Eventual- und Subeventualanträge entscheide.
Die BVG- und Stiftungsaufsicht Y._ beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf Rüge hin berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG und Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann unter Berücksichtigung der den Parteien obliegenden Begründungs- resp. Rügepflicht eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254; BGE 9C_448/2010 vom 16. August 2010 E. 2.2).
2. Streitgegenstand bildet die Frage, ob der Fürsorgefonds und der Fonds für Härtefälle der Beschwerde führenden Stiftung in der Bilanz der Jahresrechnung per 31. Dezember 1992 (als Grundlage für die Teilliquidation) als freies Stiftungsvermögen zu betrachten sind, wie die Vorinstanz entschieden hat, oder (vorobligatorische) Arbeitgeberbeitragsreserven darstellen entsprechend den vom Stiftungsrat gestützt auf das Gutachten von Prof. H._ vom 21. Januar 2004 in den Jahresrechnungen vorgenommenen Umbuchungen der Mittel der beiden Fonds.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat aus der Zweckbestimmung des Fürsorgefonds nach Art. 2 des dazugehörigen Reglements vom 16. März 1955 und auch aus der Bezeichnung des Fonds abgeleitet, "dass die allfällige Reservebildung für Arbeitgeberbeiträge jedenfalls nicht im Vordergrund stand, sondern eben die Fürsorge der Arbeitnehmer". In Anbetracht, dass ein Jahr später der Prämienfonds angelegt worden sei, ergebe sich ein logischer Zusammenhang und eine folgerichtige nachvollziehbare Anordnung. Gegen die Qualifizierung des Fürsorgefonds als Arbeitgeberbeitragsreserve spreche sodann, dass die Stiftung bei der Einführung von Art. 331 Abs. 3 OR diesen nicht (wenigstens sinngemäss) als solche bezeichnet und ausgesondert habe, dies obschon sie von der damals zuständigen Aufsichtsbehörde ausdrücklich darauf aufmerksam gemacht worden sei. In diesem Zusammenhang könne nicht von einer (gegen Art. 1 SchlTZGB verstossenden) rückwirkenden Anwendung von Art. 331 Abs. 3 OR gesprochen werden.
Mit im Wesentlichen derselben Begründung hat die Vorinstanz auch den seit 1982 von der Stifterfirma geäufneten Fonds für Härtefälle als freies Stiftungsvermögen qualifiziert. Im Übrigen habe die Aufsichtsbehörde mit ihren Anordnungen den grossen Ermessensspielraum des Stiftungsrates keineswegs in unzulässiger Weise eingeengt.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt vorab, die Vorinstanz habe den bundesrechtlichen Grundsatz verletzt, wonach bei der Auslegung von Reglementen im nicht obligatorischen Bereich wie bei der Vertragsauslegung vom Wortlaut auszugehen sei. Der Wortlaut von Art. 2 Abs. 2 und Art. 5 des Reglements des Fürsorgefonds vom 16. März 1955 sei mit Bezug auf die Beitragsfinanzierung des Arbeitgebers sowie die Zustimmung der Stifterfirma klar und nicht weiter auslegungsbedürftig. Die Beitragsfinanzierung stelle nach Art. 2 Abs. 2 des Reglements jedenfalls einen Teilzweck des Fürsorgefonds dar. Somit sei bereits vor dem 1. Januar 1985 die Aussonderung der Mittel dieses Fonds als Arbeitgeberbeitragsreserve erfolgt und abgeschlossen gewesen, weshalb Art. 331 Abs. 3 OR in der ab 1. Januar 1985 geltenden Fassung nicht anwendbar sei. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz verletze Art. 1 SchlTZGB ("Regel der Nichtrückwirkung"). Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, die Aufsichtsbehörde habe bei der Qualifizierung des Fürsorgefonds und des Fonds für Härtefälle auf der Grundlage des Gutachtens von Prof. H._ ihre Kognition nicht auf Willkür beschränkt. Damit habe sie den Grundsatz der Autonomie der Personalfürsorgestiftungen gemäss Art. 89bis ZGB verletzt und das ihr zustehende Ermessen bei der Ausübung der Aufsicht überschritten.
4. Gemäss Art. 3 der Stiftungsurkunde vom 31. Dezember 1942 ist der Zweck der Stiftung im Allgemeinen die Fürsorge für das in den schweizerischen Betrieben der Stifterfirma arbeitende Personal. Mit Zustimmung des Verwaltungsrates der Stifterfirma kann auch das Personal der Zweigniederlassung G._ sowie das Personal weiterer der Stifterfirma nahestehender Unternehmungen als stiftungsberechtigt erklärt werden. Zur Erreichung des Stiftungszweckes kann die Stiftung Versicherungsverträge zugunsten der Destinatäre oder eines Teils derselben abschliessen oder in solche bestehende Verträge eintreten (Ziff. 1). Die Stifterfirma wird die Rechte und Pflichten aus den Versicherungen, welche von ihr auf Grund der Gruppenversicherungsverträge vom 31. Dezember 1931 und 1. Juni 1932 zwischen der Stifterfirma und der Schweizerischen Lebensversicherungs- und Rentenanstalt abgeschlossen wurden, auf die Stiftung übertragen (Ziff. 2). Nach Art. 5 der Stiftungsurkunde kann der Stiftungsrat über die Zuwendungen an die Destinatäre besondere Reglemente erlassen. Diese können, immerhin unter Vorbehalt wohlerworbener Rechte der bis dorthin Begünstigten, jederzeit revidiert werden.
Am 15. März 1955 erliess der Stiftungsrat das einen Tag später vom Verwaltungsrat der Stifterfirma genehmigte "Reglement des Fürsorgefonds". Art. 1 hält fest, dass der Fürsorgefonds durch freiwillige Zuwendungen der Stifterfirma, ferner durch Geschenke und Legate von dritter Seite geäufnet wird. Ferner fallen alle nach Reglement von den Versicherungs- und Sparversicherungskassen nicht zur Auszahlung gelangenden Leistungen in den Fürsorgefonds. Gemäss Art. 2 dient der Fürsorgefonds im Rahmen des Stiftungszwecks der Fürsorge im weitesten Sinne für die männlichen und weiblichen Angestellten, Meister und Arbeiter der Stifterfirma. Der Fürsorgefonds leistet insbesondere: a) Unterstützungsbeiträge bei unverschuldeten Notlagen; b) Ergänzungsbeihilfen in jenen Fällen, in welchen Versicherungskassen und Sparversicherungen der Personalfürsorgestiftung nur ungenügende Leistungen haben ausrichten können; c) Beihilfen bei Verdienstausfall durch Arbeitslosigkeit, Krankheit oder Invalidität (Abs. 1).
Der Fürsorgefonds kann ferner zur Leistung des Prämienbeitrags des Arbeitgebers und von Einmal-Einlagen sowie für den weiteren Ausbau der Versicherungs- und Sparversicherungskassen zugunsten der männlichen und weiblichen Angestellten, Meister und Arbeiter verwendet werden (Abs. 2). Der Fürsorgefonds bezweckt endlich, durch Erwerb, Einrichtung und Betrieb von Ferien- und Wohlfahrtshäusern und durch Gewährung von Krediten und Unterstützung für billigen Wohnungsbau und Wohnungsbeschaffung für das Wohl der Arbeitnehmer der Stifterfirma zu sorgen (Abs. 3). Nach Art. 5 ist der Stiftungsrat der Personalfürsorgestiftung ermächtigt, im einzelnen Fall bis zum Betrag von Fr. 4'000.- über den Fürsorgefonds zu verfügen. Bei höheren Beträgen ist vorgängig der Beschlussfassung die Zustimmung des Verwaltungsrates der Stifterfirma einzuholen.
5. 5.1 Die Aufsichtsbehörde wacht darüber, dass die Vorsorgeeinrichtung die gesetzlichen Vorschriften einhält, indem sie insbesondere die Übereinstimmung der reglementarischen Bestimmungen mit den gesetzlichen Vorschriften prüft (Art. 62 Abs. 1 lit. a BVG in der bis 31. März 2004 gültig gewesenen, angesichts des Stichtages vom 31. Dezember 2002 hier anwendbaren Fassung [vgl. Urteil 9C_319/2010 vom 31. März 2011 E. 3.2 und 3.3]). Sie übernimmt bei Stiftungen auch die Aufgaben nach den Artikeln 84 Absatz 2, 85 und 86 des Zivilgesetzbuches (Art. 62 Abs. 2 BVG). Diese Zuständigkeiten für Aufsicht und Rechtspflege gelten auch für nicht registrierte Personalfürsorgestiftungen, die auf dem Gebiet der Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge tätig sind (Art. 89bis Abs. 6 ZGB; Urteil 2A.424/1997 vom 5. November 1998 E. 2).
5.1.1 Gemäss Art. 84 Abs. 2 ZGB hat die Aufsichtsbehörde allgemein dafür zu sorgen, dass das Stiftungsvermögen seinen Zwecken gemäss verwendet wird. Sie hat darüber zu wachen, dass die Organe der Stiftung keine Verfügungen treffen, die der Stiftungsurkunde oder dem Reglement bzw. dem Gesetz widersprechen oder unsittlich sind. Die Aufsicht erstreckt sich aber nicht nur auf die Anlage und Verwendung des Stiftungsvermögens im engeren Sinne, sondern in dieser Hinsicht auch auf die generellen Anordnungen der Stiftungsorgane wie den Erlass von Reglementen und Statuten usw. und auf die Verwaltung im Allgemeinen. In reinen Ermessensfragen hat sich die Aufsichtsbehörde indessen grösste Zurückhaltung aufzuerlegen. Sie hat nur dann einzugreifen, wenn die Stiftungsorgane bei der Ausführung des Stifterwillens das ihnen zustehende Ermessen überschritten oder missbraucht haben, mit andern Worten, wenn ein Entscheid unhaltbar ist, weil er auf sachfremden Kriterien beruht oder einschlägige Kriterien ausser Acht lässt. Greift die Aufsichtsbehörde ohne gesetzliche Grundlage in den Autonomiebereich der Stiftungsorgane ein, so verletzt sie Bundesrecht (BGE 111 II 97 E. 3 S. 99).
Auch im Rahmen der Teil- oder Gesamtliquidation einer Personalfürsorgestiftung nach den bis Ende 2004 sinngemäss anwendbaren allgemeinen Bestimmungen des Stiftungsrechts (Art. 80 ff. ZGB; Urteil 2A.402/2005 vom 15. Februar 2006 E. 3.1 und 3.2) verfügt das zuständige Stiftungsorgan bei der Bestimmung des freien Stiftungsvermögens, auf welches die betroffenen Destinatäre einen individuellen oder kollektiven Anspruch haben, über ein erhebliches Ermessen, das sie in den Schranken, welche sich aus Verfassung, Gesetz und Reglement ergeben, immerhin pflichtgemäss ausüben müssen. Dies bedingt eine diesbezügliche Zurückhaltung der Aufsichtsbehörde und beschränkt deren Kognition im Wesentlichen darauf, die entsprechende Ermessensausübung auf Überschreitung oder Missbrauch hin zu überprüfen (Urteil 2A.749/2006 vom 9. August 2007 E. 4.1 und 4.4).
5.1.2 Diese eingeschränkte Kognition der Aufsichtsbehörde gilt grundsätzlich auch in Bezug auf die Auslegung der Stiftungsurkunde durch das Stiftungsorgan (Hans Michael Riemer/Gabriela Riemer-Kafka, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl. 2006, S. 63 Rz. 99 mit Hinweis auf das Urteil A.508/1980 vom 7. Juli 1980 E. 3a, nicht publ. in: BGE 106 II 155, aber in: SZS 1982 S. 141). Solche Urkunden sind primär nach dem Willen des Stifters, wie er sich aus dem Wortlaut ergibt, auszulegen (BGE 93 II 439 E. 2 S. 444; Urteil 5C.140/1998 vom 28. Januar 1999 E. 3a mit Hinweisen), somit wie letztwillige Verfügungen (Urteil 5A_232/2010 vom 16. September 2010 E. 3.1.1 mit Hinweisen), und nicht nach dem für Reglemente privater Vorsorgeeinrichtungen geltenden Vertrauensprinzip (vgl. dazu BGE 122 V 142 E. 4c S. 146).
5.2 Art. 3 Ziff. 1 der Stiftungsurkunde vom 31. Dezember 1942 umschreibt den Zweck der am Recht stehenden Stiftung mit "Fürsorge für das Personal" der Stifterfirma und allfälliger weiterer Unternehmungen (vorne E. 4). Ein Bedarf an Fürsorge in finanzieller Hinsicht besteht in Notlagen etwa bei Verdienstausfall infolge Arbeitslosigkeit, Krankheit oder Invalidität, wie in Art. 2 Abs. 1 des Reglements des Fürsorgefonds vom 16. März 1955 u.a. festgehalten wird. Dagegen kann die in Abs. 2 dieser Bestimmung genannte Leistung des Prämienbeitrags des Arbeitgebers zugunsten der Destinatäre nicht als Fürsorgeleistung - jedenfalls nicht im engeren Sinne - verstanden werden, da sie nicht in Zusammenhang mit einer wie auch immer gearteten Notlage einzelner Personen oder allenfalls einer bestimmten Personengruppe steht. Auch unter Berücksichtigung des Ermessensspielraums des Stiftungsrates bei der Auslegung der Stiftungsurkunde (E. 5.1.1) kann somit die Leistung von Prämienbeiträgen des Arbeitgebers nach Art. 2 Abs. 2 des Reglements des Fürsorgefonds nicht mehr als vom Stiftungszweck gedeckt gelten. Dies schliesst die Qualifizierung des Fürsorgefonds als Arbeitgeberbeitragsreserve grundsätzlich aus, wie die Vorinstanz im Ergebnis richtig erkannt hat.
Selbst wenn der Stiftungszweck in einem weiten Sinne verstanden werden wollte, indem er auch Prämienbeiträge des Arbeitgebers nach Art. 2 Abs. 2 des Reglements des Fürsorgefonds mitumfasste, ändert sich nichts daran. Dabei ist bei der diesbezüglich Platz greifenden Auslegung nach dem Vertrauensprinzip zwar vom Wortlaut auszugehen, wie die Beschwerdeführerin insoweit richtig vorbringt (Urteil 9C_177/2010 vom 25. Mai 2010 E. 2.2.1). Dies bedeutet indessen nicht, dass weitere Auslegungselemente nur bei unklarem Wortlaut heranzuziehen wären. Vielmehr sind für die Ermittlung des Sinnes einer Bestimmung regelmässig auch Zweck und Systematik des Vorsorgereglements sowie alle Umstände des Vertragsschlusses zu berücksichtigen (BGE 127 III 444 E. 1b S. 445; THOMAS GÄCHTER/KASPAR SANER, in: BVG und FZG, 2010, N. 20 zu Art. 49 BVG), insbesondere auch das Verhalten der Parteien danach (Urteil 5A_173/2010 vom 15. Juli 2010 E. 3.2.3), welches ein Indiz für den tatsächlichen Willen der Parteien bilden kann (BGE 133 III 61 E. 2.2.1 S. 67). Der Umstand, dass die Stiftung ein Jahr nach dem Fürsorgefonds einen Prämienfonds angelegt hatte, welcher diesem und nur diesem Zweck diente und unbestrittenermassen als Arbeitgeberbeitragsreserve zu qualifizieren ist, lässt nur eine Deutung des Fürsorgefonds im engeren Sinne zu. In Übereinstimmung mit der Vorinstanz wäre die nur kurze Zeit spätere Schaffung des Prämienfonds nicht erforderlich gewesen, wenn bereits der Fürsorgefonds - entgegen seiner Bezeichnung - dem gleichen Zweck gedient hätte. Darin besteht der von der Beschwerde führenden Stiftung vermisste, gemäss Vorinstanz "logische Zusammenhang" und die "folgerichtige Anordnung" der beiden Fonds. Es trifft zwar zu, dass die Beschwerdeführerin als patronale Wohlfahrtsstiftung nicht auf einen einzigen Fonds beschränkt war. Sie liefert jedoch keine einleuchtende Erklärung dafür, weshalb sie innert so kurzer Frist zum selben Zweck der Reservebildung für Prämienbeiträge des Arbeitgebers zwei verschiedene Fonds gegründet haben will. Von einer Verletzung des Gestaltungsfreiraums der Beschwerdeführerin kann nicht gesprochen werden.
6. 6.1 Art. 331 Abs. 3 OR wurde auf den 1. Januar 1985 revidiert und lautet in der hier massgebenden Fassung gemäss Freizügigkeitsgesetz vom 17. Dezember 1993 (FZG; Urteil 2A.605/2004 vom 26. April 2005 E. 2.2) wie folgt: "Hat der Arbeitnehmer Beiträge an eine Personalvorsorgeeinrichtung zu leisten, so ist der Arbeitgeber verpflichtet, zur gleichen Zeit mindestens gleich hohe Beiträge wie die gesamten Beiträge aller Arbeitnehmer zu entrichten; er erbringt seine Beiträge aus eigenen Mitteln oder aus Beitragsreserven der Vorsorgeeinrichtung, die von ihm vorgängig hierfür geäufnet worden und gesondert ausgewiesen sind."
Sinn und Zweck dieser Bestimmung ist, in Abänderung der früheren Bundesgerichtspraxis zu verhindern, dass von den Arbeitnehmern mitalimentiertes freies Stiftungsvermögen einzig dem Arbeitgeber zugute kommt, indem dieser daraus einseitig seine Beiträge bezahlt. Soweit die freien Mittel von Arbeitgeber und Arbeitnehmer gemeinsam erwirtschaftet werden, müssen grundsätzlich beide nach Massgabe ihrer Beitragsverhältnisse an den freien Mitteln partizipieren (BGE 128 II 24 E. 4 S. 33). Diese ratio legis entfällt jedoch und Art. 331 Abs. 3 OR ist nicht anwendbar, wenn die Mittel ausschliesslich vom Arbeitgeber aufgebracht wurden, ohne dass die Arbeitnehmer zu Beiträgen verpflichtet waren oder auf andere Weise das in Frage stehende Stiftungsvermögen mitfinanzierten (Urteil 9C_804/2010 vom 20. Dezember 2010 E. 4.2).
6.2 Die Vorsorgeeinrichtungen waren nur noch bis Ende 1984 berechtigt, freies Vorsorgevermögen, das auch durch die Arbeitnehmer mitfinanziert worden sein konnte (Arbeitnehmerbeiträge, Mutationsgewinne, technische Überschüsse, Gewinnrückvergütungen etc.), als Arbeitgeberbeitragsreserve auszuweisen, sei es durch Abspaltung aus dem vorbestandenen freien Stiftungskapital in eine separate Bilanzposition, sei es durch Aussonderung aus dem vorbestandenen freien Stiftungskapital unter gleichzeitiger Überführung in einen rechtlich verselbständigten patronalen Wohlfahrtsfonds (Urteile 9C_804/2010 vom 20. Dezember 2010 E. 3.6 und 2A.605/2004 vom 26. April 2005 E. 2.2 in fine). Darauf konnte nur im Falle einer reinen Finanzierungsstiftung verzichtet werden, wenn also das Stiftungsvermögen insgesamt rein patronal finanziert war und dieses gemäss Stiftungsurkunde zur Erbringung von Arbeitgeberbeiträgen herangezogen werden durfte (Urteil 9C_804/2010 vom 20. Dezember 2010 E. 3.6).
Diese Voraussetzungen sind mit Bezug auf den Fürsorgefonds der Beschwerdeführerin, welcher nach dem in E. 5 Gesagten nicht als Arbeitgeberbeitragsreserve gelten kann, nicht gegeben. Da bis Ende 1984 keine Abspaltung oder Aussonderung von freien Mitteln im dargelegten Sinne stattfand, ist auf den Fürsorgefonds Art. 331 Abs. 3 OR in der ab 1. Januar 1985 geltenden Fassung anwendbar und somit die Finanzierung von Arbeitgeberbeiträgen daraus ausgeschlossen. Die gestützt auf das Gutachten von Prof. H._ vom 21. Januar 2004 vorgenommene Umbuchung der gesamten Mittel des Fürsorgefonds in die Arbeitgeberbeitragsreserve ist deshalb rechtswidrig. Eine Verletzung von Art. 1 SchlTZGB liegt nicht vor.
6.3 Schliesslich hatte nach nicht offensichtlich unrichtiger Feststellung der Vorinstanz die zuständige kantonale Aufsichtsbehörde die Personalfürsorgestiftungen im Kreisschreiben vom 31. Januar 1984 unter Hinweis auf den ab 1. Januar 1985 geltenden revidierten Art. 331 Abs. 3 OR auf die grundsätzliche Notwendigkeit der Ausscheidung der für die Finanzierung von Arbeitgeberbeiträgen bestimmten Mittel aus dem freien Stiftungsvermögen hingewiesen. Die Beschwerdeführerin nahm unbestrittenermassen bis zum hiefür spätest möglichen Zeitpunkt Ende 1984 keine solche auch bilanzmässig klar ausgewiesene Abspaltung oder Aussonderung des Fürsorgefonds als sogenannte Arbeitgeberbeitragsreserven vor. Der Umstand, dass sie der Aufsichtsbehörde am 23. Juni 1986 das weiterhin gültige Reglement des Fürsorgefonds eingereicht hatte, ohne dass eine Reaktion darauf erfolgte, vermochte daher schon in zeitlicher Hinsicht keine Vertrauensgrundlage in dem Sinne zu schaffen, dass sie gutgläubig von dessen Rechtskonformität ausgehen durfte. Abgesehen davon hat die Prüfung der Übereinstimmung der reglementarischen Bestimmungen mit den gesetzlichen Vorschriften durch die Aufsichtsbehörde nach Art. 62 Abs. 1 lit. a BVG (in Verbindung mit Art. 89bis Abs. 6 ZGB) - ausser in Bezug auf das Teilliquidationsreglement (vgl. Art. 53b Abs. 2 BVG) - keine konstitutive Wirkung (CHRISTINA RUGGLI, in: BVG und FZG, 2010, N. 7 zu Art. 62 BVG; vgl. auch BGE 112 Ia 180 E. 4 S. 191).
Nach dem Gesagten kann von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs im Zusammenhang mit der Rüge der Verletzung von Art. 1 SchlTZGB und Art. 62 Abs. 1 lit. a BVG nicht gesprochen werden.
7. In Bezug auf den Fonds für Härtefälle bringt die Beschwerdeführerin vor, die betreffenden Mittel seien mit einer besonderen Auflage von der Stifterfirma zugewendet und in der Jahresrechnung separat ausgewiesen worden. Aus diesem Grund rechtfertige sich die analoge Anwendung von Art. 331 Abs. 3 zweiter Halbsatz OR. Selbst wenn die Zuweisung in die Arbeitgeberbeitragsreserve in der Jahresrechnung für 2005 unzulässig sein sollte, stelle somit der Fonds für Härtefälle kein freies Stiftungsvermögen dar und könne daher von vornherein nicht in die Teilliquidation miteinbezogen werden. Schliesslich habe die zuständige Aufsichtsbehörde in ihrer ersten Verfügung vom 22. April 1993 ausdrücklich festgehalten, dass der "Härtefonds" durch Stiftungsratsbeschluss zweckgebunden sei und für das freie Stiftungsvermögen ausser Betracht falle. Eine andere Beurteilung sei mangels seitherigen Änderungen in Bezug auf den massgeblichen Sachverhalt nicht zulässig.
7.1 Nach unbestrittener und nicht offensichtlich unrichtiger Feststellung der Vorinstanz bezweckt der Fonds für Härtefälle, im Falle von Sanierungsmassnahmen der Stifterfirma Leistungen an das betroffene Personal zu erbringen. Der Fonds wurde ausschliesslich von der Stifterfirma - im Zeitraum von 1982 bis 1989 - geäufnet. Ein Reglement besteht nicht. Gemäss Angaben der Beschwerdeführerin sowie dem Gutachten von Prof. H._ vom 21. Januar 2004 beschloss der Verwaltungsrat der Stifterfirma an seiner Sitzung vom 24. September 1987 eine Zuwendung in der Höhe von Fr. 500'000.- im Hinblick auf einen künftigen Sozialplan wegen Abbau von Personal im Betrieb B._ sowie die Überweisung weiterer Fr. 500'000.- an die patronale Stiftung zur freien Verfügung. Dabei sollte das Geld auf jeden Fall am richtigen, vom Verwaltungsrat der Stifterfirma zu bestimmenden Ort eingesetzt werden. Weitere Einzahlungen zugunsten einer spezifischen Umstrukturierung bzw. einer im Voraus bestimmten Betriebseinheit sind weder aktenkundig noch geltend gemacht. In der Bilanz per 31. Dezember 2002 wurde der Fonds für Härtefälle unter den Passiven (Stiftungskapital) mit der Bezeichnung "Fonds für Leistungen gemäss Stiftungszweck" mit Fr. 2'475'427.- ausgewiesen.
7.1 Nach unbestrittener und nicht offensichtlich unrichtiger Feststellung der Vorinstanz bezweckt der Fonds für Härtefälle, im Falle von Sanierungsmassnahmen der Stifterfirma Leistungen an das betroffene Personal zu erbringen. Der Fonds wurde ausschliesslich von der Stifterfirma - im Zeitraum von 1982 bis 1989 - geäufnet. Ein Reglement besteht nicht. Gemäss Angaben der Beschwerdeführerin sowie dem Gutachten von Prof. H._ vom 21. Januar 2004 beschloss der Verwaltungsrat der Stifterfirma an seiner Sitzung vom 24. September 1987 eine Zuwendung in der Höhe von Fr. 500'000.- im Hinblick auf einen künftigen Sozialplan wegen Abbau von Personal im Betrieb B._ sowie die Überweisung weiterer Fr. 500'000.- an die patronale Stiftung zur freien Verfügung. Dabei sollte das Geld auf jeden Fall am richtigen, vom Verwaltungsrat der Stifterfirma zu bestimmenden Ort eingesetzt werden. Weitere Einzahlungen zugunsten einer spezifischen Umstrukturierung bzw. einer im Voraus bestimmten Betriebseinheit sind weder aktenkundig noch geltend gemacht. In der Bilanz per 31. Dezember 2002 wurde der Fonds für Härtefälle unter den Passiven (Stiftungskapital) mit der Bezeichnung "Fonds für Leistungen gemäss Stiftungszweck" mit Fr. 2'475'427.- ausgewiesen.
7.2 7.2.1 Da der Fonds für Härtefälle ausschliesslich von der Stifterfirma geäufnet wurde, durfte er nach 1985 in (analoger) Anwendung von Art. 331 Abs. 3 OR nur dann als Arbeitgeberbeitragsreserve ausgewiesen werden, sofern der Stiftungszweck dies zuliess (Urteil 9C_804/2010 vom 20. Dezember 2010 E. 3.6). Die Vorinstanz hat das Vorliegen entsprechender Anhaltspunkte verneint. Dabei hat es mangels substanziierter Bestreitung sein Bewenden, zumal ein offensichtlicher rechtlicher Fehler nicht gegeben ist (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254; vgl. auch E. 5.2).
7.2.2 Weiter lässt sich dem Beschluss des Verwaltungsrats der Stifterfirma vom 24. September 1987 in Bezug auf die beiden Einlagen von je Fr. 500'000.- kein über den allgemeinen Kerngehalt des Fonds für Härtefälle hinausgehender Verwendungszweck entnehmen.
Was die vom Verwaltungsrat der Stifterfirma beschlossene Einlage von Fr. 500'000.- zur "freien Verfügung (...) am richtigen, von uns zu bestimmenden Ort" im Besonderen betrifft, durfte trotz dieser Formulierung die fragliche Summe nicht nach Gutdünken, sondern einzig nach Massgabe des Zwecks des Fonds eingesetzt werden, und zwar ausschliesslich durch den Stiftungsrat (vgl. auch Urteil 9C_804/2010 vom 20. Dezember 2010 E. 6.1). Dass und soweit trotz der grossen Personalabgänge in den 90er-Jahren im Betrieb B._ keine Mittel an die Betroffenen ausgeschüttet werden mussten resp. wurden, heisst nicht, dass das gesamte Fondsvermögen allein bei den nicht ausgeschiedenen Destinatären verbliebe und, auf der anderen Seite, berechtigte Erwartungen auf künftige Ermessensleistungen final enttäuscht würden (Urteil 2A.456/2001 vom 24. Januar 2002 E. 2a): Die Beschwerdeführerin muss den veränderten Betriebsverhältnissen Rechnung tragen. Die wesentliche Umstrukturierung der Stifterfirma hinsichtlich ihrer Produktionsstätte macht eine partielle Anpassung des Fonds für Härtefälle erforderlich. Der Grundsatz von Treu und Glauben gebietet dabei, dass das Stiftungsvermögen dem Personal folgt, während das Gebot der Rechtsgleichheit verbietet, einzelne Destinatärsgruppen zulasten anderer aus Vorgängen, welche zu einer Teilliquidation führen, insbesondere bei grösseren unfreiwilligen Personalabgängen auf Grund veränderter wirtschaftlicher Verhältnisse und Bedürfnisse auf Seiten des Arbeitgebers, Nutzen ziehen zu lassen (BGE 128 II 394 E. 3.2 S. 396 mit Hinweisen; vgl. auch BGE 131 II 514 E. 5.3 S. 521; SVR 2010 BVG Nr. 13. S. 48, 9C_489/2009 E. 2.1). Der Wahrung von Fortbestandsinteressen kommt gegenüber Gleichbehandlungsanliegen kein Vorrang zu (SVR 2006 BVG Nr. 2 S. 4, 2A.397/2003 E. 5.4). Damit ist weder ein rechtswidriger Eingriff in die Stiftungsfreiheit der Stifterfirma und in die Autonomie der Beschwerdeführerin verbunden, noch liegt eine Verletzung von Art. 84 Abs. 2 ZGB vor, wonach die Aufsichtsbehörde dafür zu sorgen hat, dass das Stiftungsvermögen seinem Zweck gemäss verwendet wird.
7.2.3 Nichts zugunsten der Beschwerdeführerin ergibt sich daraus, dass die damals zuständige Aufsichtsbehörde in ihrer Verfügung vom 22. April 1993 festgehalten hatte, dass der "Härtefonds" durch Stiftungsratsbeschluss zweckgebunden sei und für das freie Stiftungsvermögen ausser Betracht falle. Dieser Verwaltungsakt wurde vom Bundesgericht mit Urteil 2A.364/1995 vom 14. Februar 1997 aus formellen Gründen (Verletzung von Ausstandsvorschriften) aufgehoben.
Die Zuweisung des Fonds für Härtefälle in die Arbeitgeberbeitragsreserve per 31. Dezember 2005 ist somit rechtswidrig.
8. Mit dem vorinstanzlichen Entscheid, dass sowohl der Fürsorgefonds als auch der Fonds für Härtefälle in ihrer Ganzheit freies Stiftungsvermögen darstellen, war dem Eventualantrag in der Beschwerde, der Stiftungsrat sei anzuweisen, die Mittel des Fonds für Härtefälle und des Fürsorgefonds in den Jahresrechnungen als je eigene Unterposition zur Arbeitgeberbeitragsreserve auszuweisen, subeventualiter - ohne sie als "Stiftungskapital, freie Mittel" zu qualifizieren - als je eigene Hauptposition, der Boden entzogen. Ebenfalls war der Antrag auf Aufhebung von Dispositiv-Ziff. 4 der angefochtenen Verfügung vom 21. Dezember 2006 (Rückzahlung der gesamten Darlehensschuld der Stifterfirma gänzlich in Barwerten, soweit nicht bereits ausgeführt) obsolet geworden, soweit die Anordnung - nach Darlegung der Beschwerdeführerin - auf der Annahme beruhte, ihre Leistungspflicht sei unter Einbezug der beiden Fonds im Grundsatz bereits rechtskräftig beschlossen worden. Die Vorinstanz hat dies nicht ausdrücklich festgehalten und nach dem Gesagten weder eine Rechtsverweigerung begangen noch das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt.
9. Der vorinstanzliche Entscheid verletzt somit kein Bundesrecht.
10. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die obsiegende Aufsichtsbehörde hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Mai 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler