Faits:
A. A.a C._ a subi en 1985 une amputation du pied gauche avec pose d'une prothèse, à la suite d'un accident. En Suisse depuis 1988, il a travaillé comme manoeuvre et aide-maçon, puis en qualité d'aide-concierge. Le 17 septembre 1999, il a requis des prestations de l'assurance-invalidité (AI). Souffrant de lombalgies et de douleurs au membre inférieur gauche, il a demandé à être reclassé dans une nouvelle profession ne sollicitant pas de déplacements à pied. L'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'OAI) ayant rejeté sa demande par décision du 29 juin 2000, l'assuré a déféré cette dernière devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud, lequel a admis son recours et renvoyé la cause à l'OAI pour instruction complémentaire et nouvelle décision (jugement du 12 octobre 2001).
A.b L'OAI a soumis l'assuré à un stage d'observation professionnelle au Centre d'observation professionnelle de l'AI (COPAI) du 26 août au 21 septembre 2002 (rapport du 9 octobre 2002). Il a confié un mandat d'expertise au docteur B._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et médecin adjoint auprès du Service d'orthopédie et de traumatologie de l'appareil moteur à l'Hôpital X._. Dans son rapport du 25 juin 2003, l'expert a relevé une marche avec boiterie d'épargne importante occasionnant une surcharge lombaire claire. Selon le médecin, le meilleur moyen d'améliorer l'état du patient était une reprise de l'amputation traumatique du médio-tarse. Il estimait qu'un travail assis permettant à l'assuré de changer de position, avec utilisation des membres supérieurs devait lui permettre de reprendre une activité à 50 % dans le tri de pièces, de contrôle de qualité ou tout autre travail ayant les mêmes exigences. Dans l'activité antérieure d'aide-concierge, la capacité de travail résiduelle était de 50 % au maximum. La réfection du moignon devait permettre à l'assuré de marcher normalement, de soulager son dos et lui rendre une capacité de travail de 100 % dans une activité adaptée, pour autant qu'il soit motivé.
Dans un rapport d'examen du Service médical régional de l'AI (SMR) du 29 juillet 2003, la doctoresse P._ a indiqué que selon le docteur B._, l'assuré présentait un moignon du pied gauche en position vicieuse avec des problèmes cutanés et que cet état nécessitait une opération correctrice à la fois de la stabilité et du revêtement cutané. Selon l'expert, l'assuré avait une capacité de travail de 50 % comme aide-concierge, sans travaux lourds et de 100 % dans une activité totalement adaptée aux limitations fonctionnelles.
A.c Par décision du 4 février 2004, l'OAI a rejeté la demande de prestations de l'assuré, au motif que son taux d'invalidité (9,4 %) ne lui permettait pas d'y prétendre. L'assuré a formé opposition contre cette décision: contrairement à ce que laissait entendre le rapport du SMR, le docteur B._ n'avait conclu à une capacité de travail résiduelle de 100 % qu'après réfection du moignon. Sans l'opération, sa capacité de travail ne dépassait pas 50 %. A l'appui de son opposition, l'assuré a produit deux rapports médicaux, l'un du docteur F._ (spécialiste FMH en médecine physique et réhabilitation), du 23 février 2004, et l'autre du docteur R._ (spécialiste FMH en médecine physique et réhabilitation à l'Hôpital X._), du 26 février 2004.
Au terme d'un examen clinique bidisciplinaire SMR, les docteurs P._ et S._, orthopédistes FMH, ont relevé un status après amputation du pied gauche au niveau du tarse; sur le moignon, en zone de charge du côté latéral, on palpait une saillie osseuse, sans souffrance de la peau, hyperkératose ou rougeur. Les examinateurs ne comprenaient pas pour quelles raisons les docteurs B._, R._ et F._ retenaient une capacité de travail diminuée de moitié dans une activité adaptée. Selon eux, les limitations fonctionnelles de l'assuré ne restreignaient pas son rendement et les douleurs pouvaient être soulagées par des antalgiques faibles. Ils ont conclu à une capacité résiduelle de travail de 100 % dans une activité adaptée à partir de 1999 (rapport du 18 février 2005). Dans une note du même jour, ces deux médecins ont précisé que l'intervention lourde préconisée par le docteur B._ était peu courante et surtout sans garantie, car il n'était pas certain que l'assuré retrouve une capacité de travail de 100 % après l'opération. Par ailleurs, le risque était moyennement important. Par décision du 16 août 2005, l'OAI a rejeté l'opposition de l'assuré et confirmé sa décision du 4 août 2004.
B. B.a C._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud en concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'OAI pour qu'il ordonne des mesures de réadaptation médicales et lui alloue des indemnités journalières dès le 14 septembre 1999. L'OAI a conclu au rejet du recours, précisant que la procédure ne pouvait porter que sur le droit à une rente et à des mesures professionnelles, soit les prestations sur lesquelles il avait statué.
B.b Le tribunal cantonal a requis un complément d'expertise auprès du docteur B._, lequel a déposé son rapport le 20 mars 2008. Il a indiqué que la situation du moignon s'était nettement améliorée depuis l'examen de 2003, en raison de l'inactivité complète de l'assuré; dès que celui-ci reprendrait une activité physique un peu soutenue, les points d'appui réapparaîtraient et avec eux les problèmes rachidiens. L'indication chirurgicale posée en 2003 était toujours d'actualité; à l'échéance de six mois après l'intervention, l'assuré devrait pouvoir mettre en valeur sa capacité de travail résiduelle. S'agissant du début de l'incapacité de travail, il ne pouvait pas confirmer une incapacité de travail totale depuis septembre 1999. Pour l'heure, en tant qu'ouvrier de chantier, la capacité de travail était nulle; en tant que concierge ou dans toute autre activité adaptée, l'assuré était apte à travailler à 50 %. Après réfection du moignon, il serait capable de reprendre une activité à 75 voire 100 %. Dans un rapport du 28 avril 2008, le SMR a considéré que l'opération ne modifierait pas la capacité de travail dans une activité parfaitement adaptée où elle était déjà de 100 %.
Par jugement du 8 avril 2009, dont la rédaction a été approuvée le 30 juin 2009, le Tribunal cantonal, Cour des assurances sociales, du canton de Vaud a admis le recours de l'assuré et réformé la décision attaquée en ce sens que l'OAI devait prendre en charge la mesure médicale préconisée par l'expert et verser à l'assuré des indemnités journalières dans l'attente de cette intervention à hauteur de 50 % dès le 29 avril 2003.
C. L'OAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation en concluant, principalement à la confirmation de la décision du 16 août 2005 et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle se prononce sur le droit à la rente et à des mesures professionnelles.
C._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales renonce à se déterminer.
D. Le 22 décembre 2010, le juge délégué à l'instruction de la cause a tenu une audience à Lausanne, au cours de laquelle les parties ont pu évoquer leur différend.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
2. 2.1 Le recours interjeté par l'assuré devant la juridiction cantonale était dirigé contre la décision litigieuse du 16 août 2005, par laquelle l'OAI a confirmé sa décision du 4 février 2004 refusant à l'assuré l'octroi d'une rente et des mesures professionnelles. Dans son recours, l'assuré a conclu à l'octroi de mesures de réadaptation médicales et au versement d'indemnités journalières. La juridiction cantonale est entrée en matière sur ces conclusions et a octroyé à l'assuré les prestations demandées.
2.2 La juridiction cantonale a fixé à 50 % le taux d'incapacité de travail de l'intimé dans son ancienne activité d'aide-concierge ou dans toute activité adaptée depuis le 29 avril 2003. Elle a ensuite retenu que l'opération proposée par l'expert B._, soit la reprise de l'amputation traumatique du médio-tarse par une arthrodèse tibio-calcanéenne type Boyd ou Pirigoff, associée à un allongement d'Achille et refixation du jambier antérieur sur le squelette osseux, devait être prise en charge par le recourant au titre d'une mesure médicale de réadaptation. Tant le docteur B._ que les docteurs F._ et R._ étaient d'avis que l'opération en cause permettrait à l'intimé d'augmenter sa capacité de travail dans une activité adaptée. L'intervention était raisonnablement exigible de la part de l'assuré, âgé de quarante-cinq ans au moment du jugement.
3. Dans un premier grief, l'office recourant reproche à la juridiction cantonale de s'être prononcée sur la question de la prise en charge de l'intervention préconisée par le docteur B._ alors que la décision litigieuse du 16 août 2005 portait uniquement sur le droit à la rente et à des mesures professionnelles. En statuant sur la prise en charge d'une mesure médicale, la juridiction de première instance avait outrepassé ses compétences.
3.1 Dans la procédure juridictionnelle administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée préalablement d'une manière qui la lie, sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, la décision détermine l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par voie de recours. La jurisprudence a considéré qu'il en allait de même des rapports juridiques sur lesquels l'autorité administrative ne s'était, à tort (c'est-à-dire en violation de la maxime inquisitoire ou du principe de l'application du droit d'office), pas prononcée alors qu'elle aurait dû le faire (arrêt I 347/00 du 20 août 2002). En revanche, dans la mesure où aucune décision n'a été rendue, la contestation n'a pas d'objet, et un jugement sur le fond ne peut pas être prononcé (ATF 125 V 413 consid. 1a p. 414).
Selon la jurisprudence, la procédure juridictionnelle du droit des assurances sociales peut être étendue, pour des motifs d'économie de procédure, à une question en état d'être jugée qui excède l'objet de la contestation, lorsque cette question est si étroitement liée à l'objet initial que l'on peut parler d'un état de fait commun, et à la condition que l'administration se soit exprimée à son sujet dans un acte de procédure au moins (ATF 122 V 34 consid. 2a p. 36 et les références). Les conditions auxquelles un élargissement du procès au-delà de l'objet de la contestation est admissible vont nettement plus loin que le lien matériel étroit exigé pour l'extension de la procédure au-delà de l'objet du litige. Celles-ci doivent être réalisées cumulativement; la question qui excède l'objet de la contestation particulièrement doit être en état d'être jugée (cf. ULRICH MEYER/ISABEL VON ZWEHL, L'objet du litige en procédure de droit administratif fédéral, in: Mélanges Pierre Moor, 2005, n° 27 p. 446).
3.2 En l'espèce, la décision sur opposition du 16 août 2005, comme la décision du 4 février 2004, portaient uniquement sur le droit de l'assuré à une rente d'invalidité et à des mesures de réadaptation professionnelle. Si la question d'une intervention chirurgicale a été brièvement évoquée dans la décision du 16 août 2005, c'est uniquement en rapport avec l'absence d'incidence sur la capacité de travail dans une activité adaptée de l'intimé, considérée comme totale par le recourant. On ne saurait cependant y voir l'expression de ce dernier sur le droit concret de l'intimé à une mesure médicale de réadaptation. En outre, en raison des conditions spécifiques strictes posées par la réglementation et la jurisprudence à l'octroi d'une mesure médicale de réadaptation au sens de l'art. 12 LAI, on ne peut considérer au vu du dossier, qui relève l'absence de démarche concrète de l'intimé quant à une opération ou un autre traitement, que le recourant ne se serait à tort pas prononcé sur une telle mesure dans la décision attaquée et que celle-ci serait comprise dans l'objet de la contestation.
Au vu des avis contradictoires des spécialistes ressortant du dossier, la juridiction cantonale a requis une expertise complémentaire auprès du docteur B._, laquelle a porté principalement sur la capacité de travail actuelle de l'intimé dans une activité adaptée, sur le caractère exigible de l'intervention préconisée et l'incidence de celle-ci sur la capacité de travail dans une activité adaptée. La mesure d'instruction mise en oeuvre par les premiers juges met en lumière les incertitudes de la juridiction cantonale sur ces trois éléments et, partant, sur le caractère opportun, approprié et efficace de l'intervention. Dès lors, il ne peut être retenu que la question d'une éventuelle mesure médicale de réadaptation au sens de l'art. 12 LAI était en état d'être jugée lorsque les premiers juges ont été saisis du recours contre la décision du 16 août 2005; aussi, ces derniers ne pouvaient-ils étendre leur examen à cette question et leur décision apparaît déjà pour ce motif contraire au droit fédéral.
4. Dans un second grief, le recourant fait valoir qu'il ne peut pas prendre en charge l'intervention préconisée, ni à fortiori allouer des indemnités journalières à l'intimé, dès lors que seules les personnes de moins de vingt ans peuvent bénéficier actuellement des mesures médicales de réadaptation.
4.1 En cas de changement de règles de droit, la législation applicable reste en principe celle qui était en vigueur lors de la réalisation de l'état de fait qui doit être apprécié juridiquement ou qui a des conséquences juridiques, sous réserve de dispositions particulières de droit transitoire (ATF 130 V 445 et les références). Dans le courant d'une procédure judiciaire subséquente, les modifications législatives sont en règle générale sans incidence et, dans le cadre d'un recours en matière de droit public, il incombe au Tribunal fédéral d'examiner uniquement si la décision attaquée est conforme au droit en vigueur au moment où elle a été rendue. Lorsqu'il existe des motifs particuliers imposant l'application immédiate du nouveau droit, une exception peut se justifier (ATF 119 Ib 103 consid. 5 p. 110 et les références).
4.2 En l'espèce, la juridiction cantonale a constaté que la décision litigieuse avait été rendue le 16 août 2005; pour ce motif, elle a considéré que les modifications de la LAI du 6 octobre 2006 (5ème révision de la LAI), entrées en vigueur le 1er janvier 2008, n'étaient pas applicables et elle a condamné le recourant à prendre en charge l'intervention préconisée par le docteur B._ avec suite d'indemnités journalières.
Les premiers juges ont cependant oublié le caractère particulier de la prestation sur laquelle ils se prononçaient: par l'octroi de mesures médicales, l'assurance-invalidité alloue en principe à l'assuré une prestation en nature, sous la forme, par exemple, d'un traitement ambulatoire. Il ne s'agit pas d'une simple contribution pécuniaire à une mesure de réadaptation choisie par l'invalide. Les mesures médicales sont bien plutôt ordonnées en tant que telles par l'assurance-invalidité, qui dispose à cet égard d'un véritable pouvoir d'instruction, et en supporte aussi les risques dans les limites de l'art. 11 LAI. Il appartient à l'assureur de charger une personne ou un établissement déterminé de l'application des mesures médicales qu'il a ordonnées, lesquels sont alors considérés comme ses agents ou ses organes d'exécution. Les mesures médicales de réadaptation, au sens de l'art. 12 LAI, constituent ainsi des prestations en nature (art. 14 LPGA) et même si elles sont en réalité fournies par un tiers, elles sont du point de vue juridique imputées à l'assureur, comme si celui-ci dispensait lui-même les mesures (sur les prestations en nature, cf. ULRICH MEYER, Allgemeine Einführung in: Soziale Sicherheit, SBVR, vol. XIV, 2007, n° 119 s., p. 74 s.). Dès le 1er janvier 2008 (sauf hypothèse de droit transitoire non réalisée en l'espèce), la mesure médicale de réadaptation destinée à un assuré de plus de vingt ans n'existait plus. Prestation en nature, elle ne pouvait plus être fournie par l'assurance, mise en oeuvre par celle-ci ou exécutée pour elle par un tiers. A la date de leur jugement, les premiers juges ne pouvaient plus que constater l'absence d'une telle prestation à charge de l'assurance et leur décision se révèle ainsi contraire au droit fédéral.
5. Bien fondé, le recours doit être admis et la décision attaquée annulée. La cause doit être renvoyée à la juridiction cantonale afin qu'elle statue sur le recours formé par l'intimé contre le refus du droit à la rente et aux mesures de réadaptation professionnelle, objets de la décision portés devant elle.
6. L'office recourant obtient gain de cause. Vu les circonstances particulières de la cause, le Tribunal fédéral renonce à mettre les frais judiciaires à la charge de l'intimé (art. 66 al. 1 LTF) qui ne peut prétendre de dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement du Tribunal cantonal, Cour des assurances sociales, du canton de Vaud du 8 avril 2009 est annulé. La cause est renvoyée à la juridiction de première instance pour nouveau jugement au sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal, Cour des assurances sociales, du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 31 décembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz Perrin