Faits:
A. Par jugement du 12 juillet 2011, le Juge IV des districts de Martigny et St-Maurice a reconnu X._ coupable de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers (art. 164 ch. 1 CP), l'a condamné à une peine privative de liberté de 6 mois, assortie du sursis durant 5 ans, a révoqué le sursis accordé le 11 juillet 2008 par l'Office du juge d'instruction du Bas-Valais à la peine de travail d'intérêt général de 160 heures et a mentionné que le sursis accordé le 21 juin 2006 par le Tribunal cantonal du Valais à la peine de 5 mois d'emprisonnement n'était pas révoqué.
B. Statuant sur l'appel de X._, la Juge unique de la Cour pénale II du Tribunal cantonal du canton du Valais l'a rejeté par jugement du 8 janvier 2013.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant, sous suite de dépens, à sa réforme en ce sens que le sursis accordé le 11 juillet 2008 par l'Office du juge d'instruction du Bas-Valais à la peine de travail d'intérêt général de 160 heures n'est pas révoqué.
Le Ministère public a déclaré n'avoir pas d'observations particulières à formuler. La cour cantonale ne s'est pas déterminée.
Considérant en droit:
1. Invoquant une violation de l'art. 46 al. 1 CP, le recourant conteste la révocation du sursis accordé le 11 juillet 2008 pour le motif que les faits à l'origine de sa nouvelle condamnation sont antérieurs au prononcé de la peine dont le sursis a été révoqué.
D'après l'art. 46 al. 1 CP, lorsque le condamné commet, durant le délai d'épreuve, un crime ou un délit et qu'il y a dès lors lieu de prévoir qu'il commettra de nouvelles infractions, le juge révoque le sursis partiel ou le sursis. Selon la jurisprudence, le point de départ du délai d'épreuve coïncide avec la communication du jugement exécutoire (cf. ATF 120 IV 172 consid. 2a p. 174). En l'espèce, les faits relatifs à la nouvelle condamnation remontent au 20 avril 2008. Ils sont donc antérieurs à la peine prononcée le 11 juillet 2008 dont le sursis a été révoqué et n'ont ainsi pas été commis dans le délai d'épreuve. A l'évidence, les conditions pour une révocation du sursis ne sont pas réalisées. L'autorité précédente l'a admis. Elle a néanmoins relevé que le recourant avait également été condamné le 21 juin 2006 à une peine d'emprisonnement de 5 mois avec sursis, que ce sursis aurait dû être révoqué mais que l'interdiction de la reformatio in pejus consacrée par l'art. 391 al. 2 CPP ne l'y autorisait pas. Elle en a conclu que le jugement de première instance devait être confirmé (cf. jugement attaqué, p. 7). L'approche de l'autorité précédente ne peut être suivie. Il est vrai qu'elle n'était pas habilitée à réformer le jugement de première instance au détriment du recourant dès lors qu'il était le seul à avoir formé appel. Elle ne pouvait cependant pas maintenir le jugement de première instance dans la mesure où il révoquait le sursis accordé le 11 juillet 2008 en violation de l'art. 46 al. 1 CP. Le ministère public aurait dû former un appel ou un appel joint pour revenir sur cette erreur et obtenir la révocation du sursis à la peine infligée le 21 juin 2006. A défaut, c'est à juste titre que le recourant se prévaut d'une violation de l'art. 46 al. 1 CP, la révocation du sursis accordé le 11 juillet 2008 étant exclue.
2. Le recours doit être admis et le jugement réformé en ce sens que le sursis accordé le 11 juillet 2008 n'est pas révoqué. La cause est pour le surplus renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais de procédure et dépens des instances cantonales.
Le recours portant sur la peine, les parties plaignantes n'ont pas été invitées à se déterminer.
3. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le canton du Valais versera au recourant, qui obtient gain de cause, une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement attaqué est réformé en ce sens que le sursis accordé le 11 juillet 2008 par l'Office du juge d'instruction du Bas-Valais à la peine de travail d'intérêt général de 160 heures n'est pas révoqué.
2. Il est statué sans frais judiciaires.
3. La canton du Valais versera au recourant une indemnité de 2000 fr. pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais de procédure et dépens des instances cantonales.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 15 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet