Faits:
A. A._ est titulaire d'un permis de conduire suisse de catégorie B délivré le 6 mars 2003. Selon le dossier de l'Office cantonal genevois des automobiles et de la navigation (OCAN), en raison de divers excès de vitesse, il avait fait l'objet d'un avertissement le 8 mars 2004, s'était vu retirer son permis de conduire le 5 janvier 2006 pour une durée de cinq mois et signifier un nouvel avertissement le 22 octobre 2010. Le 5 août 2011 à 16h15, alors qu'il circulait au volant d'une voiture aux Houches, en France, peu après la sortie de l'autoroute, sur un tronçon limité à 90 km/h, A._ a fait l'objet d'un contrôle de vitesse automatique. La vitesse enregistrée était de 141 km/h et celle retenue, marge de sécurité déduite, de 133 km/h. Le jour même, les autorités françaises ont saisi le permis de conduire suisse de A._. Celui-ci a dû s'acquitter sur place d'un montant de 135 euros à titre de consignation. Une interdiction immédiate de conduire sur tout le territoire français pour une durée de quinze jours a été ordonnée le 8 août 2011 par la sous-préfecture de Bonneville.
B. Par décision du 26 septembre 2011, l'OCAN a prononcé le retrait du permis de conduire de A._ pour une durée de trois mois et mis à sa charge un émolument de 180 francs. A._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance. En cours de procédure, il a produit copie de l'ordonnance pénale rendue à son encontre par la juridiction de proximité de Bonneville le 26 octobre 2011, lui infligeant une amende contraventionnelle de 250 euros, sous déduction du montant de 135 euros dont il s'était déjà acquitté, assortie de la peine complémentaire relative à l'interdiction de conduire un véhicule à moteur pendant quinze jours sur le territoire français. Par jugement du 1er février 2012, le Tribunal administratif a rejeté le recours.
A._ a saisi la Chambre administrative de la Cour de justice, qui, par arrêt du 30 juillet 2012, a partiellement admis son recours. Elle a considéré que l'excès de vitesse constituait une faute grave justifiant un retrait de permis d'une durée minimale de trois mois. Cette durée, comme le permettait la loi dans le cas d'espèce, pouvait être ramenée à deux mois pour tenir compte, d'une part, de la période pendant laquelle le recourant avait été privé de son permis et s'était abstenu de conduire en Suisse et, d'autre part, des besoins qu'il avait allégués de rendre visite à sa famille en France.
C. A._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Cour de justice. Il conclut à son annulation. La Cour de justice se réfère à son arrêt. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours.
Par ordonnance du 10 octobre 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est ouverte contre les décisions prises en dernière instance cantonale au sujet de mesures administratives de retrait du permis de conduire. Aucun motif d'exclusion au sens de l'art. 83 LTF n'entre en considération. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable.
2. Dans son mémoire, le recourant présente sur plusieurs pages son propre exposé des faits.
2.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 LTF, il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (art. 105 al. 2 LTF) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 304 consid. 2.4 p. 314). Si le recourant entend se prévaloir de constatations de faits différentes de celles de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 et les arrêts cités).
2.2 En l'espèce, le recourant ne critique pas la manière dont les faits ont été établis et ne se prévaut pas de leur inexactitude. Le Tribunal fédéral ne prend dès lors pas en considération l'état de fait revisité par le recourant et doit se référer uniquement à celui qui ressort de l'arrêt attaqué.
3. Le recourant se plaint de la violation du principe ne bis in idem. Il considère que deux autorités françaises, l'une pénale l'autre administrative, ont déjà examiné ensemble l'intégralité des faits sous tous leurs aspects juridiques. Les autorités administratives suisses et françaises disposaient selon le recourant d'un arsenal de sanctions identiques et poursuivaient des buts identiques, de sorte que les autorités suisses ne pouvaient plus se saisir de l'affaire. Il dénonce une violation des art. 4 ch. 1 du Protocole additionnel n° 7 à la CEDH, conclu à Strasbourg le 22 novembre 1984, et entré en vigueur pour la Suisse le 1er novembre 1988 (RS 0.101.07), ainsi que 14 par. 7 du Pacte international relatif aux droits civils et politiques, conclu à New York le 16 décembre 1966 et entré en vigueur pour la Suisse le 18 septembre 1992 (Pacte ONU II; RS 0.103.2) et de la Constitution fédérale (sans préciser quel article).
3.1 L'art. 16cbis al. 1 LCR (RS 741.01) prévoit qu'après une infraction commise à l'étranger, le permis d'élève conducteur ou le permis de conduire est retiré aux conditions suivantes: une interdiction de conduire a été prononcée à l'étranger (let. a) et l'infraction commise est qualifiée de moyennement grave ou de grave (let. b). L'al. 2 précise que les effets sur la personne concernée de l'interdiction de conduire prononcée à l'étranger seront pris en compte dans une juste mesure lors de la fixation de la durée de retrait de permis, la durée minimale du retrait pouvant par ailleurs être réduite; pour les personnes qui ne figurent pas dans le registre des mesures administratives (art. 104b LCR), la durée de l'interdiction ne peut dépasser celle qui a été prononcée à l'étranger.
Cette disposition a été adoptée après que le Tribunal fédéral eut constaté que le retrait d'admonestation du permis de conduire suisse du détenteur domicilié en Suisse pour une infraction commise à l'étranger nécessitait une base légale (ATF 133 II 331). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral revenait sur sa précédente jurisprudence, qui avait jusque-là admis que les infractions commises à l'étranger pouvaient être sanctionnées en Suisse sur la base des seules dispositions protégeant la sécurité du trafic en Suisse (ATF 133 II 331 consid. 6.4.1 p. 343), et considérait désormais qu'une base légale au sens formel manquait pour sanctionner en Suisse des infractions commises à l'étranger. Le législateur fédéral, partant du constat que les conducteurs se soucient moins des règles de la circulation lorsqu'ils sont à l'étranger, faute de sanction adéquate en cas de violation de ces règles, a alors estimé nécessaire de combler cette lacune de façon à ce que les manquements commis hors des frontières puissent être poursuivis en Suisse (Message relatif à la modification de la loi fédérale sur la circulation routière; FF 2007 7169). Cela rejoint le point de vue de la jurisprudence plus ancienne, et non remise en cause par l'ATF 133 précité, selon laquelle l'efficacité de la sanction étrangère est limitée, puisqu'elle ne déploie d'effets que sur le territoire du lieu de commission (ATF 123 II 97; 109 Ib 304). Le titulaire du permis de conduire suisse, domicilié en Suisse, dont on peut présumer qu'il circule majoritairement sur le territoire suisse, ne sera effectivement pas touché de la même manière par la seule interdiction de conduire sur le territoire étranger que par un retrait de permis pur et simple.
3.2 Le principe ne bis in idem est un corollaire de l'autorité de chose jugée. Il appartient avant tout au droit pénal fédéral matériel et interdit qu'une personne soit poursuivie deux fois pour les mêmes faits (ATF 123 II 464 consid. 2b p. 466; 120 IV 10 consid. 2b p. 12; 116 IV 262 consid. 3a pp. 265 s.). Il découle également des art. 4 ch. 1 du Protocole additionnel n° 7 à la CEDH, et 14 al. 7 Pacte ONU II, qui interdisent aux juridictions d'un même Etat de poursuivre ou de punir pénalement quelqu'un en raison d'une infraction pour laquelle il a déjà été acquitté ou condamné par un jugement définitif. Le principe ne s'applique ainsi pas aux relations entre plusieurs Etats (ATF 123 II 464 consid. 2b p. 466). L'autorité de chose jugée et le principe ne bis in idem supposent qu'il y ait identité de l'objet de la procédure, de la personne visée et des faits retenus (ATF 123 II 464 consid. 2b p. 466; 120 IV 10 consid. 2b pp. 12 s.; 118 IV 269 consid. 2 p. 271).
Le retrait d'admonestation du permis de conduire est ordonné parce que le conducteur a commis une infraction déterminée et ainsi mis en danger la sécurité du trafic. Il s'agit d'une mesure administrative prononcée dans l'intérêt de la sécurité routière, qui vise à amender le conducteur fautif et empêcher les récidives (ATF 134 II 39 consid. 3 p. 43; 133 II 331 consid. 6.4.2 p. 345 et les arrêts cités). En raison de sa nature quasi-pénale, la jurisprudence se réfère aux principes du droit pénal lorsque les règles légales en matière de retrait d'admonestation sont lacunaires (ATF 129 II 168 consid. 6.3 p. 173; 128 II 285 consid. 2.4 p. 290). Dans cette mesure, le Tribunal fédéral s'est régulièrement penché sur d'éventuelles violations du principe ne bis in idem dans le cadre des procédures administratives en matière de retrait de permis. Selon sa jurisprudence antérieure à l'entrée en vigueur de l'art. 16cbis LCR, le retrait de permis ordonné en Suisse après une interdiction de conduire prononcée à l'étranger n'équivaut pas à une nouvelle condamnation et ne viole pas le principe ne bis in idem, pour autant qu'il soit tenu compte de la sanction étrangère (ATF 129 II 168 consid. 6.3 p. 174; 123 II 97 consid. 2c/bb p. 101).
3.3 Le législateur a adopté l'art. 16cbis LCR en ayant à l'esprit la problématique liée au principe ne bis in idem. Le Conseil fédéral précise en effet dans son message que le retrait de permis qui fait suite à une infraction commise à l'étranger ne doit pas conduire à une double peine. L'al. 2 oblige donc les autorités cantonales concernées à tenir compte de l'effet de l'interdiction de conduire à l'étranger sur l'intéressé lors de la fixation de la durée du retrait de permis.
Le Tribunal fédéral a ainsi admis qu'une interdiction de conduire prononcée en France avait produit des effets dont il fallait tenir compte en application de l'art. 16cbis al. 2 LCR. L'intéressé, privé de son permis de conduire retiré par les autorités étrangères avait cru de bonne foi ne pas du tout être autorisé à conduire, y compris en Suisse (arrêt 1C_316/2010 du 7 décembre 2010). Cet arrêt se réfère à la jurisprudence antérieure à l'entrée en vigueur de l'art. 16cbis al. 2 LCR, qui demeure valable: la mesure étrangère déjà exécutée doit être imputée de façon à ce que son cumul avec le retrait prononcé en Suisse n'apparaisse pas plus lourd que le retrait qui aurait été ordonné si l'infraction avait été commise en Suisse (ibidem consid. 2.1).
3.4 En l'espèce, la sanction administrative prononcée en France contre le recourant ne revêt qu'un caractère partiel. Les autorités françaises ne disposent ni des mêmes moyens d'action ni des mêmes informations (par exemple s'agissant d'éventuels antécédents) que l'autorité suisse qui a délivré le permis de conduire. On ne saurait dès lors considérer qu'il y a identité de la procédure ni des faits retenus. A l'instar de ce que permet, en droit pénal, l'art. 3 al. 2 CP (imputation de la peine subie à l'étranger dans la condamnation par le tribunal suisse pour les mêmes faits), il se justifie, comme l'a retenu en l'espèce la cour cantonale, de déduire du retrait de permis ordonné en Suisse la durée de l'interdiction de conduire prononcée à l'étranger, respectivement, compte tenu des circonstances particulières de la cause, de la période durant laquelle le recourant n'a pas été en possession de son permis de conduire. Cette mesure ne constitue ainsi pas une double sanction, mais bien une sanction d'ensemble. Le recourant ne démontre au demeurant pas - ni ne fait valoir - qu'il a de la sorte été plus lourdement réprimandé que si l'infraction avait été commise en Suisse et que seules les autorités suisses s'étaient saisies de l'affaire. Le prononcé de retrait de permis par les autorités administratives suisses ne viole donc pas le principe ne bis in idem.
La cour cantonale a pour le reste correctement appliqué le droit fédéral puisqu'elle a constaté que l'infraction commise par le recourant devait être qualifiée de grave et que la durée de retrait prescrite par l'art. 16c al. 1 let. b LCR pouvait être réduite de trois à deux mois en application de l'art. 16cbis al. 2 LCR, pour tenir compte des effets de l'interdiction de conduire précédemment prononcée en France. La mesure de retrait de permis pour une durée de deux mois doit ainsi être confirmée.
4. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté aux frais de son auteur (art. 66 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Office cantonal des automobiles et de la navigation et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 15 février 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Sidi-Ali