Faits:
A. A.a Le 25 avril 2003, B.Y._ a conclu avec T._ Leasing (ci-après: le donneur de leasing) un contrat de leasing portant sur un véhicule de marque ..., d'une valeur de 133'000 fr. Le loyer mensuel du leasing, d'une durée de soixante mois, dû par le preneur est de 2'072 fr. 20, intérêts, amortissement et TVA compris.
Le véhicule a été mis en circulation le 25 avril 2003 au nom de B.Y._. La cour cantonale a toutefois constaté que son fils, A.Y._, était le détenteur du véhicule et que le leasing était économiquement supporté par ce dernier.
A une date indéterminée, B.Y._ a signé un document de "cession de casco complète". Il a indiqué céder "tous ses droits découlant de l'assurance casco (...) à T._ (...)".
Par courrier du 13 février 2004, W._ Assurances (qui est devenue ensuite X._ Assurances) a indiqué au donneur de leasing avoir pris bonne note que le preneur d'assurance, B.Y._, lui avait cédé ses droits découlant de l'assurance casco intégrale pour le véhicule objet du leasing.
A.Y._ a conclu avec W._ Assurances (compagnie dont il était alors employé) un contrat d'assurance véhicules à moteur; la police est datée du 20 avril 2004. L'assurance est établie au nom de A.Y._ (ci-après: le preneur d'assurance) et son nom figure également sous la rubrique "conducteur habituel". La police, qui n'est pas signée par le preneur d'assurance, assure le véhicule, dont la première circulation date du 25 avril 2003. Sous la rubrique "Caractéristiques du véhicule", il est notamment indiqué "Cession en faveur: T._ (...)". Le preneur d'assurance a bénéficié de la condition spéciale 500 "rabais collaborateur". La cour cantonale a retenu que cette police d'assurance, qui déployait ses effets dès le 1er janvier 2004, était en vigueur au moment du sinistre.
A.b Le samedi 21 août 2004, le preneur d'assurance et son père ont décidé de partir à la cueillette des champignons. Ils ont parqué leur véhicule sur un accotement herbeux et détrempé, surplombant une pente de l'ordre de 15%, sans qu'on sache s'il y avait d'autres possibilités de parking à cet endroit. Après avoir brièvement cherché des champignons, le preneur d'assurance et son père se sont arrêtés un moment dans un chalet d'alpage pour s'y désaltérer. De retour vers la voiture, ils ont constaté que celle-ci n'était plus là. Ils l'ont alors retrouvé une centaine de mètres en contrebas, sur le toit.
Ayant été informé du sinistre, l'assureur a mandaté un expert qui a déposé son rapport le 19 juin 2007. D'après celui-ci, le véhicule s'est progressivement mis en mouvement en raison de la forte pente et du fait que le frein à main n'était pas correctement serré. Selon l'expert, la destruction du véhicule consécutive à son embardée est due à une configuration des lieux défavorables et à la négligence du conducteur, le frein à main n'ayant pas été correctement tiré et les roues directrices n'étant pas dirigées à l'opposé du vide. L'expert a déclaré qu'il était techniquement possible que la voiture se soit mise spontanément en mouvement plusieurs secondes après son immobilisation, laissant aux occupants le temps de quitter le véhicule et les lieux sans qu'ils ne se rendent immédiatement compte de la situation.
Le 19 janvier 2005, l'assureur a versé un montant de 9'000 fr. au donneur de leasing, correspondant à la valeur de l'épave du véhicule.
B. Par demande du 28 février 2005 déposée devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois, le preneur d'assurance a conclu au paiement par l'assureur de la somme de 115'404 fr., plus intérêts à 5% dès le 23 août 2004. Ce montant correspond, selon lui, à l'indemnité due en cas de destruction du véhicule assuré au cours de la deuxième année, selon le contrat d'assurance du 20 avril 2004.
L'assureur a opposé principalement le défaut de légitimation active du demandeur et, subsidiairement, il a affirmé que les circonstances suspectes entourant la destruction du véhicule justifiaient le refus de toute indemnisation.
Par jugement du 25 avril 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a condamné X._ Assurances à payer à A.Y._ le montant de 105'457 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2005. Admettant la légitimation active du preneur d'assurance, la Cour civile a indiqué que, même si certains éléments étaient susceptibles de faire naître quelques doutes quant au caractère négligent du comportement du preneur d'assurance et de son père (en particulier, le fait de parquer un véhicule très coûteux dans une mauvaise configuration, sur un accotement herbeux et détrempé, par temps de brouillard, sans se préoccuper d'un parfait serrage du frein à main), les doutes n'étaient pas suffisamment sérieux pour considérer que le sinistre était intentionnel et conclure que les conditions d'un droit à la prestation d'assurance n'étaient pas réalisées.
C. La compagnie d'assurances a exercé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement de la Cour civile du 25 avril 2008. Elle a conclu, principalement, à la réforme du jugement en ce sens que les conclusions du preneur d'assurance sont rejetées et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. La recourante fait grief à la Cour civile d'avoir établi les faits de façon manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF). Elle estime également que la cour cantonale a ignoré la volonté des parties au contrat d'assurance; selon elle, la Cour civile aurait dû retenir qu'elles avaient conclu un contrat pour le compte du donneur de leasing. La recourante considère que l'autorité précédente a violé les art. 16 et 17 LCA en admettant la conclusion d'une assurance pour le compte de l'intimé et la légitimation de ce dernier pour réclamer la totalité de l'indemnité, qu'elle a enfreint les art. 13, 32, 164 et 165 CO en jugeant que la cession conclue en faveur du donneur de leasing, pourtant voulue par l'intimé, n'était pas valable, et qu'elle a transgressé l'art. 8 CC et l'art. 39 LCA en retenant que le sinistre n'était pas intentionnel.
Parallèlement, la recourante a interjeté un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal, qui l'a rejeté par arrêt du 10 juin 2009. Elle a alors formé un recours complémentaire en matière civile au Tribunal fédéral, reprenant les conclusions déjà formulées dans son recours contre le jugement de la Cour civile. La recourante reproche à la Chambre des recours d'avoir constaté les faits de façon inexacte et violé l'art. 9 Cst. (interdiction de l'arbitraire).
Dans sa réponse, s'exprimant sur les deux recours, l'intimé conclut "au rejet du recours".
Considérant en droit:
1. 1.1 Vu leur connexité évidente, les deux recours, l'un dirigé contre le jugement de la Cour civile du 25 avril 2008 et l'autre contre l'arrêt de la Chambre des recours du 10 juin 2009, doivent être traités dans un seul et même arrêt.
1.2 Les recours sont interjetés par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF), dans une cause relevant de la matière civile au sens de l'art. 72 al. 1 LTF. Ils sont dirigés contre des décisions finales (art. 90 LTF). Compte tenu des dernières conclusions prises, il s'agit d'une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Les recours ont été déposés, dans la forme requise (art. 42 LTF), en respectant le délai fixé par la loi, puisqu'ils ont été formés dans les trente jours à compter de la notification complète de la deuxième décision (art. 48 al. 1, 100 al. 1 et 6 LTF).
Les deux recours en matière civile sont donc recevables. L'exigence de l'épuisement des instances cantonales (art. 75 LTF) implique cependant que la recourante ne peut pas invoquer, à l'encontre du jugement de la Cour civile du 25 avril 2008, des griefs qu'elle pouvait encore soumettre à la Chambre des recours par la voie du recours en nullité; pour ces griefs, seul l'arrêt de la Chambre des recours du 10 juin 2009 est susceptible d'être attaqué dans le cadre du second recours (cf. ATF 133 III 585 consid. 3 p. 586; arrêt 4A_17/2009 du 14 avril 2009 consid. 1.2).
1.3 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; 135 II 145 consid. 8.1. p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 et 6.2). En conséquence, il n'est pas possible de prendre en considération l'exposé des faits figurant aux pages 4 à 7 du recours interjeté contre le jugement de la Cour civile.
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
Recours contre l'arrêt de la Chambre des recours du 10 juin 2009
2. 2.1 La recourante invoque exclusivement une violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.). Sur de nombreux points, elle renvoie au recours formé contre le jugement de la Cour civile dans lequel elle se plaint également d'une constatation manifestement inexacte des faits.
Les développements juridiques contenus dans le recours doivent porter sur des motifs déterminés de la décision attaquée (arrêt 4A_72/2007 du 22 août 2007 consid. 4.1.1 et la référence citée). La recourante est tenue de développer la motivation dans son mémoire de recours, de sorte qu'un renvoi au recours formé contre le jugement de la Cour civile du 25 avril 2008, contre lequel la recourante pouvait encore faire valoir le grief de l'arbitraire à la Chambre des recours, ne suffit pas au regard de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF. En effet, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de compléter lui-même l'acte de recours formé contre l'arrêt de la Chambre des recours en sélectionnant, dans le mémoire de recours exercé contre le premier jugement cantonal, les arguments qui seraient encore valables consécutivement à la décision de la Chambre des recours et qui seraient susceptibles de soutenir l'argumentation de la recourante à l'encontre de cette décision (cf. s'agissant du renvoi à son propre mémoire produit devant l'instance inférieure: ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 400; 131 III 384 consid. 2.3 p. 387 s.; 130 I 290 consid. 4.10 p. 302). Dans la mesure où la recourante renvoie au recours interjeté contre le jugement de la Cour civile, son argumentation ne peut pas être prise en considération.
Les développements juridiques contenus dans le recours doivent porter sur des motifs déterminés de la décision attaquée (arrêt 4A_72/2007 du 22 août 2007 consid. 4.1.1 et la référence citée). La recourante est tenue de développer la motivation dans son mémoire de recours, de sorte qu'un renvoi au recours formé contre le jugement de la Cour civile du 25 avril 2008, contre lequel la recourante pouvait encore faire valoir le grief de l'arbitraire à la Chambre des recours, ne suffit pas au regard de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF. En effet, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de compléter lui-même l'acte de recours formé contre l'arrêt de la Chambre des recours en sélectionnant, dans le mémoire de recours exercé contre le premier jugement cantonal, les arguments qui seraient encore valables consécutivement à la décision de la Chambre des recours et qui seraient susceptibles de soutenir l'argumentation de la recourante à l'encontre de cette décision (cf. s'agissant du renvoi à son propre mémoire produit devant l'instance inférieure: ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 400; 131 III 384 consid. 2.3 p. 387 s.; 130 I 290 consid. 4.10 p. 302). Dans la mesure où la recourante renvoie au recours interjeté contre le jugement de la Cour civile, son argumentation ne peut pas être prise en considération.
2.2 2.2.1 S'agissant de la volonté réelle et commune des parties au contrat d'assurance, la Chambre des recours a rejeté le moyen invoqué par la recourante et donc confirmé le jugement de la Cour civile. L'autorité cantonale a établi que le leasing était économiquement supporté par l'intimé et jugé qu'à ce titre déjà, ce dernier avait un intérêt économique à contracter une assurance casco, à tout le moins pour les mensualités versées. Elle a ajouté que dans la mesure où les conditions du leasing restaient les mêmes et que les mensualités restaient dues nonobstant la perte du véhicule, l'intimé avait même un intérêt économique à s'assurer pour la valeur totale du véhicule. La cour cantonale a néanmoins précisé que le donneur de leasing pouvait aussi avoir un intérêt économique direct à l'assurance, notamment en cas de résiliation anticipée. Elle a alors admis pouvoir concevoir qu'une assurance mixte avait été conclue, en partie pour le compte de l'intimé et en partie pour le compte du donneur de leasing. L'autorité cantonale a finalement laissé la question ouverte en observant que, même dans le cas de figure d'une assurance pour compte d'autrui mixte, l'intimé était habilité, par l'application par analogie de l'art. 17 al. 2 LCA, à demander le paiement de toute l'indemnité en ses propres mains (sur ce point, cf. infra consid. 3).
La recourante conteste la conclusion prise par l'autorité cantonale. Se plaçant sur le terrain de l'interprétation subjective, elle reproche à la Chambre des recours de ne pas avoir observé qu'elle a manifesté de manière constante sa volonté de conclure un contrat dans l'intérêt du donneur de leasing. Elle en veut pour preuve le courrier du 13 février 2004 adressé à ce dernier, ainsi que le versement à celui-ci du produit de la vente de l'épave. Elle souligne en outre que la Chambre des recours ne pouvait refuser de prendre en compte les usages en matière de leasing, alors que ceux-ci sont notoires et discutés par la doctrine.
2.2.2 En ce qui concerne le courrier du 13 février 2004 et le versement invoqué, la recourante n'explique pas, dans l'acte de recours, en quoi ces éléments permettraient de démontrer sa volonté de conclure un contrat dans l'intérêt du donneur de leasing. Le grief est donc irrecevable. Son argument, qui s'appuie sur le courrier reproduit dans l'arrêt de la Chambre des recours (p. 3), tombe d'ailleurs à faux. La lettre en question, datée du 13 février 2004, fait référence à un contrat d'assurance conclu par le père de l'intimé. Or, la Chambre des recours a retenu (art. 105 al. 1 LTF), à l'instar de la Cour civile, que la police d'assurance en vigueur au moment du sinistre était celle du 20 avril 2004. Quant au versement en faveur du donneur de leasing du produit de la vente de l'épave, la recourante n'apporte pas d'autres éléments permettant de démontrer que ce versement aurait effectivement été opéré par la recourante pour exécuter le contrat d'assurance conclu pour le compte du donneur de leasing.
La recourante prétend qu'il existe des usages en matière de leasing. Déterminer s'il existe ou non un usage est une question de fait (ATF 128 III 22 consid. 2c p. 25; 113 II 25 consid. 1a p. 27). Or, la cour cantonale n'a nullement constaté ces usages. La recourante ne prétend pas avoir allégué et offert en preuve leur existence en procédure cantonale et le Tribunal fédéral ne saurait donc entrer en matière sur ce point de fait. Au demeurant, l'auteur de doctrine cité par la recourante analyse les conditions générales de deux sociétés de leasing qui prévoient expressément que le preneur de leasing doit céder les prétentions qui découle de l'assurance casco complète qu'il est tenu de conclure (Franz Werro, L'achat et le leasing d'un véhicule automobile, in Journées du droit de la circulation routière, 2006, p. 72 s.). Il n'évoque par contre aucun usage en matière de leasing. On remarquera au surplus que toutes les sociétés de leasing n'imposent pas au preneur, dans les conditions générales, de conclure un contrat d'assurance casco complète (cf. Peter Schatz, Das Leasing von Automobilen, PJA 2006 p. 1050).
2.2.3 La recourante revient à la charge en faisant grief à la Chambre des recours d'avoir confirmé l'appréciation de la Cour civile selon laquelle l'intimé, et non son père, avait payé les redevances mensuelles de leasing et qu'il disposait d'un intérêt économique à assurer le véhicule. Elle se limite à lui reprocher d'avoir fait preuve d'un formalisme excessif en fondant son appréciation sur la base d'un aveu fait en cours de procédure. Elle n'indique toutefois pas de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et le grief est donc irrecevable.
2.3 La recourante considère que la cour précédente a sombré dans l'arbitraire en ne répondant pas à ses critiques. Elle soutenait en particulier que la Cour civile aurait dû chercher à établir la volonté des parties à l'égard de la cession de créance contenue, selon elle, dans la police d'assurance. Ces reproches, non motivés dans le recours contre l'arrêt de la Chambre des recours, ne réalisent pas les exigences des art. 105 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 1.3 et 1.4). Au demeurant, on observera que la discussion sur la volonté des parties n'était pas susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF), la Cour civile ayant retenu que la cession n'était pas valable en raison d'un vice de forme. L'examen de la validité de la cession, sous l'angle de l'art. 165 CO, ne pouvait être entrepris par la Chambre des recours (à ce sujet, cf. infra consid. 4).
2.3 La recourante considère que la cour précédente a sombré dans l'arbitraire en ne répondant pas à ses critiques. Elle soutenait en particulier que la Cour civile aurait dû chercher à établir la volonté des parties à l'égard de la cession de créance contenue, selon elle, dans la police d'assurance. Ces reproches, non motivés dans le recours contre l'arrêt de la Chambre des recours, ne réalisent pas les exigences des art. 105 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 1.3 et 1.4). Au demeurant, on observera que la discussion sur la volonté des parties n'était pas susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF), la Cour civile ayant retenu que la cession n'était pas valable en raison d'un vice de forme. L'examen de la validité de la cession, sous l'angle de l'art. 165 CO, ne pouvait être entrepris par la Chambre des recours (à ce sujet, cf. infra consid. 4).
2.4 2.4.1 Enfin, la recourante conteste être tenue d'un quelconque versement sur la base du contrat d'assurance, en raison du caractère hautement suspect de l'accident décrit par l'intimé. Elle considère que la Chambre des recours a commis l'arbitraire en retenant le caractère accidentel du sinistre sur la base du rapport d'expertise qualifiant la version soutenue par l'intimé comme "techniquement possible". Elle est d'avis qu'une version "techniquement possible" de l'accident n'était pas suffisante pour prouver le caractère accidentel du sinistre, ce d'autant plus que la version de l'intimé - qui a toujours affirmé avoir tiré "à fond" le frein à main - est contredite par l'expertise.
2.4.2 Déterminer, sur la base des éléments à disposition si l'événement assuré s'est produit ou non avec une vraisemblance prépondérante (sur ce critère juridique, cf. infra consid. 6) est une question qui ne relève pas de l'analyse juridique, mais bien de l'appréciation des preuves (arrêt 5C.75/2005 du 11 mai 2005 consid. 2.3.4; arrêt 5C.11/2002 du 11 avril 2002, traduit in JdT 2002 I 531, consid. 3a). Il convient donc d'examiner si les reproches de la recourante permettent de démontrer que c'est en établissant les faits de façon arbitraire que la Chambre des recours a admis la vraisemblance prépondérante de la survenance d'un sinistre à caractère accidentel.
Dans le cadre de l'appréciation des preuves, l'autorité cantonale a, contrairement à ce que semble penser la recourante, tenu compte de la contradiction existant entre les propos de l'intimé - qui a affirmé que le frein à main avait été tiré "à fond" - et le rapport d'expertise. Ainsi, c'est en retenant que l'intimé et son père ont parqué le véhicule "sans se préoccuper d'un parfait serrage du frein à main" (jugement de la Cour civile, p. 31, auquel renvoie l'arrêt de la Chambre des recours, p. 25) qu'elle a jugé, sur la base d'une appréciation globale de l'ensemble des preuves rapportées (cf. infra consid. 6.3) que la version du sinistre présentée par l'intimé était hautement vraisemblable. Dès lors, le grief est dénue de pertinence.
La recourante soutient que la version "techniquement possible" de l'accident n'était pas encore une preuve suffisante du caractère accidentel du sinistre. Là également, le grief invoqué est sans consistance. En effet, l'autorité précédente a constaté que la Cour civile avait tranché le litige non en se retranchant derrière le seul rapport d'expert, mais sur la base de toutes les preuves rapportées. Pour retenir que la survenance du sinistre avait été établie avec une vraisemblance prépondérante, elle a en particulier apprécié globalement, d'une part, la version donnée par l'intimé (confirmée par l'expertise qui a conclu qu'une mise en mouvement volontaire du véhicule a pu survenir après un laps de temps suffisamment long pour que l'intimé et son père ne se rendent compte de rien) et, d'autre part, les éléments de fait qui auraient ébranlé la preuve principale. La recourante ne tente pas démontrer, de manière circonstanciée, que l'appréciation des preuves aurait été entreprise de façon insoutenable, notamment que divers éléments susceptibles d'ébranler la preuve principale n'auraient pas été pris en compte par l'autorité cantonale.
Le recours dirigé contre l'arrêt rendu le 10 juin 2009 par la Chambre des recours ne peut donc qu'être rejeté.
Recours contre le jugement de la Cour civile du 25 avril 2008
3. 3.1 Invoquant l'art. 97 al. 1 LTF, la recourante se plaint (mémoire de recours, p. 7 à 9) d'une constatation manifestement inexacte des faits pertinents, soit plus précisément d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. Comme ce grief pouvait faire l'objet d'un recours en nullité à la Chambre des recours, il n'est pas recevable dans le recours dirigé contre le jugement de la Cour civile du 25 avril 2008, faute d'épuisement des instances cantonales (cf. supra consid. 1.2). Une inexactitude manifeste sur un fait déterminant n'apparaît pas non plus, de sorte qu'une rectification d'office sur la base de l'art. 105 al. 2 LTF n'entre pas en considération (cf. ATF 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288).
3.2 La recourante conteste, à titre principal, la légitimation active de l'intimé.
La légitimation active ou passive dans un procès civil relève du fondement matériel de l'action; elle appartient au sujet (actif ou passif) du droit invoqué en justice et son absence entraîne, non pas l'irrecevabilité de la demande, mais son rejet (ATF 128 III 50 consid. 2b/bb p. 55 et les références).
3.2.1 L'autorité cantonale a finalement laissé ouverte la question de la volonté subjective des parties en observant que, même dans le cas de figure d'une assurance pour compte d'autrui mixte, l'intimé était habilité à demander le paiement de toute l'indemnité en ses propres mains (cf. infra consid. 2.2.1). Selon l'autorité précédente, le donneur de leasing (qui serait alors, le tiers assuré selon les art. 16 et 17 LCA) n'a certes pas donné de "mandat" à l'intimé (preneur d'assurance), mais l'application - à tout le moins par analogie - de l'art. 17 al. 2 LCA s'impose pour les raisons suivantes: le preneur d'assurance a conclu une assurance casco sur le véhicule qu'il utilise en raison de l'obligation contractuelle pesant sur son père; le tiers assuré ne s'est pas réservé le droit de réclamer lui-même l'indemnité ("mandat sans réserve").
3.2.2 La recourante considère que l'art. 17 al. 2 LCA n'est pas applicable en l'espèce. Premièrement, elle estime douteux que l'obligation prise de conclure une assurance (imposée au preneur de leasing) puisse être assimilée à un mandat au sens de l'art. 17 al. 2 LCA. Deuxièmement, elle est d'avis qu'on ne peut construire aucun "mandat" entre un tiers (l'intimé) et le donneur de leasing sur la seule base d'une obligation qui concerne le père de l'intimé (preneur de leasing).
3.2.3 En vertu de l'art. 17 al. 2 LCA, le preneur d'assurance a qualité sans l'autorisation de l'assuré pour réclamer l'indemnité à l'assureur, lorsque l'assuré avait donné au preneur mandat sans réserve de conclure l'assurance, ou si le preneur était légalement tenu de pourvoir à l'assurance (cette dernière hypothèse n'étant pas envisageable en l'espèce).
Il n'est pas douteux que le texte légal exige que le preneur d'assurance ait reçu lui-même l'autorisation de l'assuré (cf. art. 17 al. 2 LCA; Franz Hasenböhler, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag (VVG), 2001, no 30 ad art. 17 LCA; Ronald Ganz, Die Fremdversicherung in der Schadens-, Lebens- und Unfallversicherung, thèse Zurich 1972, p. 87) ou que ce dernier lui ait donné directement mandat sans réserve de conclure l'assurance. L'interprétation de la cour cantonale n'est à l'évidence pas couverte par le texte légal. La légitimité de l'application de l'art. 17 al. 2 LCA ne reposant pas sur le texte légal, elle doit être démontrée en fonction du but et des valeurs poursuivis par la règle. Ce n'est qu'à cette condition qu'une application par analogie peut être entreprise (cf. entre autres auteurs: Paul-Henri Steinauer, Le Titre préliminaire du Code civil, in TDPS 2009, n. 386 p. 134; Hausheer/Jaun, Die Einleitungsartikel des ZGB, Art. 1-10 ZGB, 2003, no 205 ad art. 1 CC; Ernst A. Kramer, Juristische Methodenlehre, 3e éd. 2010, p. 195 s.).
Le but de l'assurance pour le compte d'autrui consiste en l'indemnisation de l'assuré (ATF 60 II 368 consid. 3 p. 371). Le preneur qui a assuré non pas son intérêt, mais l'intérêt d'un tiers, ne peut bénéficier lui-même des prestations d'assurance. Le principe est donc clair: seul l'assuré peut réclamer l'indemnité à l'assureur (arrêt 5C.277/2006 du 17 avril 2007 consid. 4.1; ATF 60 II 368 consid. 3 p. 371; Hasenböhler, op. cit., nos 3 et 25 ad art. 17 LCA). Les exceptions à ce principe, prévues à l'art. 17 al. 2 LCA, ne sauraient mettre en péril - ou rendre plus difficile - la réalisation de cet objectif. A défaut de réclamer lui-même l'indemnité, l'assuré doit pouvoir, afin de réduire les risques d'abus (cf. Message du 2 février 1904 sur la projet d'une loi concernant le contrat d'assurance, FF 1904 I 315; Roelli/Keller, Kommentar zum schweizerischen Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, Band I, 1968, p. 288 s.), déterminer, expressément ou implicitement, la personne qu'il autorise à réclamer son indemnité (cf. Hasenböhler, op. cit., no 28 ad art. 17 LCA). Peu importe que le droit du preneur d'assurance de réclamer l'indemnité lui permette d'obtenir directement le versement, par l'assureur, des prestations d'assurance (parlant d'un droit propre du preneur d'assurance: arrêt 5C.277/2006 du 17 avril 2007 consid. 4.1 et 4.2), ou qu'il lui permette uniquement de requérir de l'assureur de verser ses prestations à l'assuré (cf. sur la controverse doctrinale: Hasenböhler, op. cit., no 32 ss ad art. 17 LCA; Gregor T. Chatton, Commentaire de l'arrêt 5C.277/2006, REAS 1/2008 p. 41). Même dans ce dernier cas de figure, l'assuré a un intérêt à connaître, avant tout litige, celui qui va se charger de réclamer l'indemnité (en ce sens: Hasenböhler, op. cit., nos 28 et 35 ad art. 17 LCA; cf. également: Raoul Imseng, Die Rechtsstellung des Versicherten in der Versicherung für fremde Rechnung, thèse Berne 1964, p. 29 et 32).
Le raisonnement de la cour cantonale - qui met l'accent sur le mandat sans réserve donné par le donneur de leasing (prétendu assuré) - ne peut donc être suivi puisqu'en l'occurrence le donneur de leasing n'avait aucune connaissance préalable de l'intimé qui réclame aujourd'hui l'indemnité consécutive au sinistre, et qu'il n'a donc pas pu l'autoriser, ne serait-ce qu'implicitement, à entreprendre ces démarches. L'objectif poursuivi par la règle (art. 17 LCA) ne permet dès lors pas de justifier l'application par analogie de l'art. 17 al. 2 LCA au cas d'espèce.
4. L'art. 17 al. 2 LCA ne permet pas de trancher la question de la légitimation active. Il s'agit maintenant de déterminer si la cession (art. 164 ss CO) invoquée par la recourante est valable.
4.1 La cour cantonale a analysé la question de la cession sous deux angles différents : d'une part, elle a retenu que le père de l'intimé a cédé au donneur de leasing des droits dont il n'était pas titulaire, dès lors qu'il était le preneur de leasing, mais pas le preneur d'assurance. D'autre part, elle a observé que la police d'assurance liant l'intimé fait certes mention d'une "cession", mais que ce seul élément ne suffisait pas à transférer les droits dont l'intimé est titulaire; l'autorité cantonale a relevé que la police n'était pas signée par l'intimé et qu'il était douteux que la mention sur la police permette de déterminer suffisamment la créance cédée.
4.2 La recourante prétend qu'en concluant le contrat d'assurance, l'intimé n'a fait que représenter son père, et que celui-ci, en tant que preneur d'assurance, pouvait valablement céder les droits découlant du contrat d'assurance au donneur de leasing. Reconnaissant que l'intimé n'a pas conclu l'assurance en mentionnant le rapport de représentation (cf. art. 32 al. 1 CO), la recourante est d'avis qu'elle devait inférer des circonstances qu'il existait un rapport de représentation (cf. art. 32 al. 2 CO).
La recourante semble oublier que les effets de la représentation ne naissent que si le représentant dispose du pouvoir de représentation et s'il a la volonté d'agir comme tel (ATF 126 III 59 consid. 1b p. 64 et les références). Déterminer l'existence d'un pouvoir de représentation et savoir quelle était l'intention de l'intimé au moment de la conclusion du contrat sont des questions de fait, et non de droit. La recourante, qui se prévaut du rapport de représentation, assumait le fardeau de la preuve (art. 8 CC); elle ne prétend pas avoir - en temps utile et selon les règles du droit cantonal de procédure - allégué et offert en preuve ces points de fait. Il n'est donc pas possible d'entrer en matière sur un argument qui repose sur des points de fait non établis dans les constatations cantonales qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF).
Le rapport de représentation n'ayant pas été démontré par la recourante, on ne saurait reprocher à l'autorité précédente d'avoir violé l'art. 32 CO. Ainsi, le père de l'intimé a cédé des droits qu'il ne possédait pas et on ne saurait ainsi reconnaître la légitimation active du donneur de leasing et exclure par là-même celle de l'intimé.
4.3 Il reste à déterminer si, comme le prétend la recourante, la légitimation active du donneur de leasing doit être reconnue sur la base de la cession mentionnée dans la police d'assurance.
4.3.1 L'acte de disposition volontaire que constitue la cession est soumis à la forme écrite. Celle-ci suppose nécessairement un document signé, soit un support matériel contenant tous les points essentiels pour le transfert de la créance, couvert par la signature manuscrite (art. 13 s. CO; THOMAS PROBST, in Commentaire romand, CO I, no 2 ad art. 165 CO; von TUHR/ESCHER, Allgemeiner Teil des schweizerischen Obligationenrechts, Band II, 3e éd. 1974, p. 335).
En l'espèce, il a été établi (art. 105 al. 1 LTF) que la police d'assurance n'est pas signée par l'intimé. Le contrat de disposition n'est dès lors pas valable.
La recourante reconnaît que l'intimé n'a pas formellement signé la police contenant la prétendue cession. Elle objecte toutefois qu'il l'a bien reçue et qu'il ne l'a pas contestée dans le délai de quatre semaines prévu à cet effet. L'argument ne convainc pas. L'exigence de forme de l'art 165 al. 1 CO vise à promouvoir la sécurité juridique, dans l'intérêt des tiers, notamment du débiteur cédé et des créanciers du cédant ou du débiteur cédé (ATF 122 III 361 consid. 4c p. 367 ; 105 II 83 consid. 2 p. 84 ; PROBST, op. cit., no 2 ad art. 165 CO) ; pour pouvoir déterminer à qui appartient la créance, le tiers doit comprendre que le cédant a eu clairement la volonté de transférer une créance au cessionnaire (cf. PROBST, op. cit., no 1 s. ad art. 165 CO). Ainsi, peu importe le comportement consécutif du cédant, dont le tiers n'a pas connaissance. Ce comportement ne saurait en tout cas, sous réserve de l'abus de droit (cf. infra consid. 4.3.2), palier l'absence de signature.
En l'espèce, il n'est pas douteux qu'un tiers ne peut comprendre, sur la base de la police d'assurance, si l'intimé a cédé ou non sa créance. Le tiers observera que le terme "cession" est contenu dans la police, mais, en l'absence de signature, il ne saura pas si le cédant a finalement voulu le transfert.
4.3.2 La recourante rappelle que l'invocation d'un vice de forme peut constituer un abus de droit, notamment lorsque le contrat vicié a déjà été exécuté, ne serait-ce qu'en partie (ATF 112 II 330 consid. 2 et 3 p. 332 ss). Elle estime dès lors que l'intimé ne peut invoquer l'absence de signature sur la police puisqu'il a pris connaissance de la cession, que la valeur de l'épave a été versée au donneur de leasing et que le père de l'intimé a signé un document consacrant formellement la cession.
S'agissant du dernier argument (ayant trait à la cession effectuée par le père de l'intimé), celui-ci est sans pertinence, le document signé par le père ne concernant pas la police d'assurance du 20 avril 2004, soit celle en vigueur au moment du sinistre. Il en va de même de l'argument selon lequel, en attribuant la valeur de l'épave au donneur de leasing, la recourante se serait déjà exécutée en partie. L'intimé n'a pas été associé à la vente de l'épave. Le début de l'"exécution" n'a donc pas eu lieu, du côté de l'intimé, volontairement et en connaissance de cause (cf. ATF 112 II 330 consid. 2 p. 332 ss). On ne saurait conclure que le comportement de l'intimé, qui se prévaut du vice de forme, procède d'une attitude contradictoire. L'abus de droit ne peut dès lors être retenu (cf. entre autres auteurs: STEINAUER, op. cit., n. 593 p. 224 et n. 598 p. 226 et les nombreuses références). Quant à la simple connaissance par l'intimé de la prétendue cession, elle ne saurait être, à elle seule, constitutive d'un abus de droit.
Enfin, on ne peut suivre la recourante lorsqu'elle prétend que les parties sont depuis longtemps en relation d'affaires et que le comportement qu'elles ont adopté en l'espèce supplée, en vertu des règles de la bonne foi, à l'observation d'une prescription de forme. Dans l'arrêt cité par la recourante (ATF 121 III 38 consid. 3 p. 44), les parties au litige étaient toutes deux spécialisées dans les transports maritimes internationaux, rompues aux affaires (cf. également l'ATF 110 II 54) et entretenaient depuis plusieurs années des relations d'affaires. Le cas d'espèce n'a aucun point commun avec le précédent invoqué; le fait que les parties aient déjà conclu un contrat d'assurance pour un autre véhicule ne permet en aucun cas de conclure qu'elles étaient "en relation d'affaires". Quant au rapport de travail qui existait entre la recourante et l'intimé, il ne saurait, contrairement à l'avis de la recourante, être assimilé à une relation d'affaires.
4.3.3 A titre subsidiaire, la recourante - qui affirme que l'intimé et elle-même ont voulu céder les droits découlant du contrat d'assurance à la société de leasing - considère que dans l'hypothèse où la cession serait considérée comme nulle, il conviendrait d'envisager la conversion de cet acte en une promesse de céder une créance, celle-ci n'étant pas soumise à la forme écrite (art. 165 al. 2 CO).
Certes, la promesse de céder une créance n'est pas soumise à la forme écrite (art. 165 al. 2 CO). La recourante semble par contre ignorer que la promesse de céder une créance, acte générateur d'obligation, implique la volonté de s'engager (PROBST, op. cit., no 12 ad art. 165 CO; cf. EUGEN BUCHER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 2e éd. 1988, p. 552 s.). Tel n'est pas le cas de la cession (acte de disposition). Ainsi, une cession nulle ne peut être, en soi, convertie en un pactum de cedendo (cf. von TUHR/ESCHER, op. cit., note de pied 57 p. 336 ; OSER/SCHÖNENBERGER, Zürcher Kommentar, 2e éd., Zurich 1929, no 7 ad art. 165 CO).
La recourante insiste à plusieurs reprises sur sa volonté et celle de l'intimé de céder les droits découlant du contrat d'assurance. On comprend qu'en réalité, elle entend démontrer par là, en dehors de la problématique de la conversion, que l'intimé a promis de céder au donneur de leasing les créances en indemnisation qui pouvaient naître du contrat d'assurance (cf. art. 165 al. 2 CO). La recourante ne va pas au bout de son raisonnement. En l'espèce, en l'absence d'autres relations contractuelles entre l'intimé et le donneur de leasing, l'acte générateur d'obligation auquel elle fait référence serait nécessairement une promesse de céder à titre gratuit, autrement dit une promesse de donner (cf. PROBST, op. cit., no 13 ad art. 165 CO). La promesse de donner étant également soumise à la forme écrite (art. 243 al. 1 CO; arrêt 4A_394/2009 du 4 décembre 2009 consid. 3.3), l'argumentation de la recourante ne lui est d'aucune aide.
Le grief de violation des art. 13, 164 et 165 CO est infondé.
5. Aucune cession valable des droits de l'intimé n'étant intervenue, il s'agit d'examiner la volonté des parties au contrat d'assurance afin de déterminer si l'on est, ou non, en présence d'une assurance pour compte d'autrui.
5.1 En présence d'un litige sur l'interprétation d'une disposition contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO); s'il y parvient, il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral conformément à l'art. 105 LTF (cf. ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 412 s.; 131 III 606 consid. 4.1; 129 III 118 consid. 2).
Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance; il doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances; le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime (ATF 130 III 417 consid. 3.2; 129 III 118 consid. 2.5). L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner librement (art. 106 al. 1 LTF); pour trancher cette question, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, dont la constatation relève du fait (ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 413; 131 III 586 consid. 4.2.3.1; 130 III 417 consid. 3.2).
5.2 La cour cantonale a tranché le litige, sur la base de l'art. 17 al. 2 LCA, sans déterminer le bénéficiaire du contrat d'assurance. Ce faisant, elle a montré qu'elle ne parvenait pas à établir la volonté réelle et concordante des parties sur ce point. Il se justifie dès lors d'examiner les manifestations de volonté sur la base du principe de la confiance.
Selon les constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF), l'assurance est établie au nom de l'intimé et celui-ci figure sous la rubrique "conducteur habituel". L'intimé, à cette époque employé de la recourante, a même pu bénéficier de condition spéciale "rabais de collaborateur". Il apparaît ainsi que le contrat avait pour objectif d'assurer l'intimé, détenteur du véhicule. Certes, la police d'assurance contient encore, sous la rubrique "Caractéristiques du véhicule", l'indication "Cession en faveur: T._ (...)". Le terme utilisé ("cession") conduit toutefois à penser que l'intimé entendait céder ses droits (art. 164 ss CO) à une entité nommée "T._" et non que les parties au contrat d'assurance avaient l'intention de conclure un contrat pour le compte d'autrui (art. 16 al. 1 LCA). Comme cela a été indiqué ci-dessus (cf. consid. 4.3.1), la cession, qui ne respecte pas l'exigence de la forme écrite prévue à l'art. 165 al. 1 CO, n'est pas valable.
La recourante ne tente à aucun moment de démontrer que la dénomination "cession" aurait été utilisée de façon imprécise. Une telle argumentation aurait d'ailleurs été contradictoire, la recourante ayant au préalable soutenu que la cession au sens des art. 164 ss CO était valable (cf. supra consid. 4). Elle cherche plutôt à tirer argument de la cession des droits au donneur de leasing pour défendre la thèse du contrat conclu pour le compte du donneur (mémoire de recours, p. 19 ss); elle soutient que le seul fait que la cession soit mentionnée dans le contrat d'assurance confirme que l'intimé, qui n'a jamais prétendu avoir ignorer l'existence de la cession, acceptait que le contrat soit conclu en faveur du donneur de leasing. Cet argument ne peut être suivi. Il reviendrait à admettre qu'il s'agit pour le juge de tenter de "sauver" la prétendue volonté de l'intimé d'entreprendre une cession (non valable en raison d'un vice de forme) en "construisant" à partir de ce terme la volonté réciproque des parties au contrat d'assurance de conclure une convention pour le compte d'autrui. Une telle tentative serait totalement incompatible avec l'exigence de recherche de la volonté objective des parties au contrat; la police d'assurance ne contient aucun élément qui pourrait laisser penser que les parties entendaient, au moment de la conclusion du contrat, convenir d'assurer une tierce personne en vertu de l'art. 16 al. 1 LCA. Au demeurant, si, en raison de la mention de la "cession", il devait encore subsister un doute quant à l'existence d'un contrat conclu, au moins en partie (contrat d'assurance mixte), pour le compte d'autrui, ce doute doit conduire à la conclusion que le preneur a contracté l'assurance pour son propre compte (art. 16 al. 2 LCA).
La recourante ajoute que l'interprétation qu'elle donne du contrat d'assurance est renforcée par le comportement des parties postérieur à la conclusion du contrat. Elle fait en particulier référence à divers échanges de courriers entre le donneur de leasing et elle-même. Cet argument est dénué de pertinence. S'il est possible de prendre en compte les circonstances postérieures à la conclusion du contrat d'assurance pour établir la volonté subjective des parties (ATF 118 II 365 consid. 1 p. 366 et les références), les circonstances déterminantes, sur la base desquels le juge doit rechercher la volonté objective des parties, sont celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté (ATF 131 III 377 consid. 4.2. p. 382 et l'arrêt cité), à l'exclusion des événements postérieurs (arrêt 4C.321/2005 du 27 février 2006 consid. 3.1). Quant au courrier du 13 février 2004, antérieur à la conclusion du contrat d'assurance, il ne lui est d'aucune aide. Ce courrier fait clairement référence à une cession, qui plus est entreprise par le père de l'intimé. Il ne donne aucun indice valable pour l'interprétation du contrat d'assurance du 20 avril 2004, en vigueur au moment du sinistre.
Par conséquent, il découle de l'interprétation objective du contrat que celui-ci a pour objet une assurance conclue pour le propre compte de l'intimé. Le grief de violation des art. 1 et 18 CO et des art. 16 et 17 LCA est ainsi infondé.
6. 6.1 Invoquant une violation de l'art. 8 CC et de l'art. 39 LCA, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir renverser le fardeau de la preuve de la réalité du sinistre, le faisant reposer sur elle. La recourante considère que l'autorité précédente a jugé à tort qu'il appartenait à l'assureur de faire naître des doutes sérieux sur les conditions du droit à la prestation et qu'elle a omis d'examiner la question primordiale, celle de la preuve principale incombant à l'intimé. Elle prétend que le jugement cantonal ne contient pas la moindre indication quant au degré de certitude attendu de l'intimé, à la vraisemblance ou à la vraisemblance prépondérante des faits allégués.
6. 6.1 Invoquant une violation de l'art. 8 CC et de l'art. 39 LCA, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir renverser le fardeau de la preuve de la réalité du sinistre, le faisant reposer sur elle. La recourante considère que l'autorité précédente a jugé à tort qu'il appartenait à l'assureur de faire naître des doutes sérieux sur les conditions du droit à la prestation et qu'elle a omis d'examiner la question primordiale, celle de la preuve principale incombant à l'intimé. Elle prétend que le jugement cantonal ne contient pas la moindre indication quant au degré de certitude attendu de l'intimé, à la vraisemblance ou à la vraisemblance prépondérante des faits allégués.
6.2 6.2.1 En vertu de l'art. 8 CC, la preuve du sinistre incombe à l'ayant droit, lequel doit sur la demande de l'assureur fournir à ce dernier, conformément à l'art. 39 al. 1 LCA, tout renseignement sur les faits à sa connaissance qui peuvent servir à déterminer les circonstances dans lesquelles le sinistre s'est produit ou à fixer les conséquences du sinistre (ATF 130 III 321 consid. 3.1).
En principe, une preuve est tenue pour rapportée lorsque le juge a pu se convaincre de la vérité d'une allégation (ATF 133 III 81 consid. 4.2.2; 132 III 715 consid. 3.1; 130 III 321 consid. 3.2). La jurisprudence et la doctrine admettent toutefois que, dans la mesure où l'ayant droit est dans l'impossibilité de rapporter la preuve matérielle du sinistre, comme c'est généralement le cas pour le sinistre litigieux, il se trouve dans un "état de nécessité en matière de preuve" (Beweisnot) qui justifie l'allégement de la preuve (ATF 130 III 321 consid. 3.1 et les arrêts cités; cf. ATF 133 III 81 consid. 4.2.2; 132 III 715 consid. 3.1; arrêt non publié 4D_73/2007 du 12 mars 2008, consid. 2.2). Le degré de preuve requis, s'agissant de la survenance du sinistre, se limite alors à la vraisemblance prépondérante (überwiegende Wahrscheinlichkeit; ATF 130 III 321 consid. 3.2). Il y a vraisemblance prépondérante lorsqu'il est possible que les faits pertinents se soient déroulés différemment, mais que les autres possibilités ou hypothèses envisageables n'entrent pas raisonnablement en considération (arrêt 4A_193/2008 du 8 juillet 2008 consid. 2.1.2; ATF 130 III 321 consid. 3.3 et les références citées).
6.2.2 L'assureur a un droit - découlant de l'art. 8 CC (ATF 120 II 393 consid. 4b; 115 II 305) - à la contre-preuve; il peut chercher à démontrer des circonstances qui suscitent des doutes sérieux sur la réalité des faits qui font l'objet de la preuve principale, de manière à faire échouer celle-ci; pour que la contre-preuve aboutisse, il suffit que la preuve principale soit ébranlée et que les faits n'apparaissent par conséquent pas comme étant d'une vraisemblance prépondérante; si la contre-preuve aboutit, les faits allégués par l'ayant droit ne peuvent pas être tenus pour établis, à savoir comme étant d'une vraisemblance prépondérante, et la preuve principale est mise en échec (ATF 130 III 321 consid. 3.4; arrêt 4D_73/2007 du 12 mars 2008 consid. 2.2).
Le Tribunal fédéral a rejeté l'idée selon laquelle, si la contre-preuve aboutit, l'ayant droit doit apporter la preuve stricte de la survenance du sinistre; en effet, le juge apprécie globalement, au moment de rendre son jugement, l'ensemble des résultats de la procédure probatoire; au surplus, il n'y aurait aucun sens à charger l'ayant droit d'une preuve stricte qu'il pourrait d'autant moins rapporter qu'il a déjà échoué à établir la vraisemblance prépondérante de ses allégations (arrêt 4A_193/2008 du 8 juillet 2008 consid. 2.1.3 et 2.1.4; ATF 130 III 321 consid. 3.4 in fine).
6.3 Les reproches de la recourante sont infondés. Il est indéniable que l'autorité cantonale n'a pas ignoré le critère de la vraisemblance prépondérante qui a été expliqué de façon précise dans le jugement entrepris (p. 27).
Il est faux d'affirmer que la cour cantonale a imposé au seul assureur de faire naître des doutes sérieux sur les conditions d'octroi à la prestation. L'autorité précédente a examiné les faits allégués par l'intimé, dont la version a d'ailleurs été considérée comme "techniquement possible" par l'expert, puis elle a mis en balance ces faits avec ceux allégués par la recourante. Celle-ci semble reprocher à la cour cantonale de n'avoir pas entrepris son examen en deux temps: selon elle, il conviendrait d'examiner la preuve principale incombant à l'intimé (celle-ci devant démontrer la vraisemblance prépondérante de sa version des faits), puis, dans un deuxième temps seulement, la contre-preuve de l'assureur (celui-ci devant faire naître des doutes sérieux). Le Tribunal fédéral a rejeté un tel examen à deux niveaux (cf. supra consid. 6.2.2). Il convient bien plutôt d'apprécier globalement, au stade du jugement, l'ensemble des résultats de la procédure probatoire, se rapportant aussi bien à la preuve principale qu'à la contre-preuve, pour décider si la survenance du sinistre est établie avec une vraisemblance prépondérante (cf. arrêt 4A_193/2008 du 8 juillet 2008 consid. 2.3.2). Or, l'autorité précédente a bien entrepris cet examen global. Elle a alors jugé que les indices fournis par la recourante ne permettaient pas d'ébranler la preuve principale et donc que la version alléguée par l'intimé apparaissait comme étant d'une vraisemblance prépondérante.
6.4 En réalité, la recourante, sous le couvert de la violation de l'art. 8 CC et de l'art. 39 LCA, tente de démontrer, en revenant sur les éléments de fait constatés par la Cour civile, que l'événement assuré ne s'est pas produit avec une vraisemblance prépondérante. Or, il s'agit là d'une question qui ne relève pas de l'analyse juridique, mais bien de l'appréciation des preuves (cf. supra consid. 2.4.2), de sorte qu'il n'y a pas lieu d'entrer en matière puisque cette question pouvait faire l'objet d'un recours en nullité cantonal et que le jugement de la Cour civile n'est à cet égard par une décision de dernière instance.
Le jugement du 25 avril 2008 ne viole donc pas le droit fédéral et le recours ne peut être que rejeté.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que les deux recours interjetés par la recourante doivent être rejetés.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les deux recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 3 mars 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget