Erwägungen:
1. Auf Antrag der Staatsanwaltschaft II Emmental-Oberaargau vom 11. Mai 2009 versetzte das Haftgericht II Emmental-Oberaargau X._ mit Entscheid vom 15. Mai 2009 wegen Wiederholungsgefahr in Sicherheitshaft. X._ wird der sexuellen Handlungen mit Kind und des mehrfachen Exhibitionismus verdächtigt.
2. X._ führt mit Eingabe vom 16. Mai 2009 (Postaufgabe 20. Mai 2009) Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid des Haftgerichts II Emmental-Oberaargau. Das Bundesgericht forderte X._ mit Verfügung vom 22. Mai 2009 auf, den angefochtenen Entscheid beim Bundesgericht einzureichen; gleichzeitig verwies es ihn auf die gesetzlichen Form- und Fristerfordernisse einer Beschwerde ans Bundesgericht. In der Folge ging am 2. Juni 2009 der angefochtene Entscheid beim Bundesgericht ein.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer nennt keinen zulässigen Beschwerdegrund und legt nicht dar, inwiefern das Haftgericht II Emmental-Oberaargau Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzt haben sollte, als es dem Antrag der Staatsanwaltschaft II entsprach und wegen Wiederholungsgefahr Sicherheitshaft verfügte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der a.o. Gerichtspräsidentin 5 des Gerichtskreises V Burgdorf-Fraubrunnen, der Staatsanwaltschaft II Emmental-Oberaargau und dem Haftgericht II Emmental-Oberaargau, Haftrichter 1, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli