Faits:
A. De 1997 à 1999, X._ Sàrl (ci-après: la mandante) - dont A._ est l'associée gérante - et Y._ (ci-après: la mandataire) - qui a B._ pour administrateur président - ont été liées par un mandat oral ayant pour but le redressement financier de la mandante.
Entre le 31 décembre 1997 et le 30 avril 1999, la mandataire a adressé une dizaine de factures à sa mandante, pour un total de 68'699 fr. 70; la mandante n'a payé qu'un acompte de 22'500 fr. sur la première facture et a indiqué en novembre 1999 qu'elle ne verserait aucun montant supplémentaire; en résumé, elle contestait la bonne exécution du contrat, dans la mesure où la mandataire lui aurait imposé des dépenses absolument inutiles, aurait effectué des prestations totalement disproportionnées et inadaptées à ses besoins, enfin aurait commis des fautes graves dans les conseils donnés.
B. Le 11 mars 2005, la mandataire a déposé une demande contre sa mandante, concluant au paiement de 46'199 fr. 70 avec intérêts à 5 % l'an dès le 21 décembre 1999. Par jugement du 25 mars 2010, la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a condamné celle-ci à verser à celle-là le montant réclamé avec intérêts à 5 % l'an dès le 29 mai 2000.
La cour cantonale a jugé que dans la mesure où le mandat avait été exécuté dans les locaux de la mandante et s'était étendu sur plusieurs mois, comprenant plusieurs prestations successives dans différents domaines, on devait considérer qu'il existait un accord tacite sur une portée large de l'intervention de la mandataire; l'associée gérante de la mandante côtoyait l'administrateur président de la mandataire durant ses travaux, si bien qu'elle était en mesure de surveiller, respectivement d'interpeller l'intéressé sur ce qu'il entreprenait, de l'instruire et le cas échéant de le freiner, dans le cadre d'un mandat qui ne relevait pas d'un mandat technique, incompréhensible pour les profanes; par ailleurs, l'associée gérante de la mandante avait signé des ordres de paiement et le fait qu'elle y ait procédé "sans avoir connaissance de la situation financière" de son établissement ne pouvait à l'évidence être imputable à faute à une mandataire chargée de réorganiser la comptabilité, lorsque la signataire desdits ordres de paiement était directrice de l'établissement depuis plusieurs années et censée le gérer; à cet égard, les juges cantonaux ont écarté l'appréciation de l'expert - dont le rapport empiétait sur des questions de nature juridique et ne se contentait pas d'élucider les faits - lorsqu'il retenait que le mandat confié était celui d'un véritable coaching, laissant entendre que la gestion globale de l'entreprise avait été déléguée à la mandataire; même si celle-ci se présentait comme un conseiller en entreprise, rien ne permettait de retenir que son rôle se serait étendu au-delà des conseils et mise en place de nouvelles structures, pour se substituer littéralement à tous les organes de gestion de l'établissement, la directrice en premier; vu cette compétence intacte, l'associée gérante de la mandante devait être plus active dans la surveillance de l'exécution du mandat confié, ce d'autant plus qu'elle était en mesure d'en comprendre les enjeux. Il ressortait du dossier que la mandante avait bien reçu, dans le cadre du mandat, différentes prestations dont elle avait partiellement reconnu l'utilité; qu'il lui soit a posteriori apparu qu'elle aurait dû confier un mandat moins ambitieux, tel que l'expert l'avait d'ailleurs mis en évidence, n'enlevait rien au fait que les services, rendus sous les yeux de la mandante, avaient été admis pendant des mois. Ainsi, il y avait lieu de retenir qu'en l'absence de réserve durant l'exécution des travaux, leur caractère aisé à surveiller et comprendre pour une directrice, une facturation au fur et à mesure même si ces factures n'étaient pas acquittées, et ce sur une période de plusieurs mois, impliquait, conformément aux règles de la bonne foi, que leur rémunération était due pour tous les travaux au tarif indiqué, qui ne paraissait pas excessif et était mentionné sur chaque facture, sans éveiller de contestation durant le mandat. La mandante confondait ainsi le moyen tiré de la défectuosité des prestations, qui l'aurait autorisée à diminuer la rémunération due, allant même jusqu'à supprimer celle-ci lorsque les prestations étaient complètement inutilisables, avec le caractère inutile mais correctement exécuté des prestations commandées; même si une obligation d'information incombait au mandataire, et si celle-ci devait en principe veiller aux seuls intérêts de la mandante, on ne pouvait considérer ces obligations, découlant de l'obligation de diligence et de fidélité, comme violées par le seul fait que la mandataire acceptait d'exécuter un mandat dont le contenu était plus ambitieux que ce qui serait strictement nécessaire à la mandate; l'expert avait certes retenu que les solutions proposées par la mandataire étaient trop lourdes par rapport aux besoins de la mandante, mais une telle appréciation ne rendait pas pour autant le service fourni inutilisable et ne pouvait dispenser la direction de l'établissement de redimensionner le mandat qu'elle confiait, si tant est qu'il ait été mal compris; la jurisprudence constante retenait que le droit aux honoraires existait à partir du moment où le mandataire avait fourni les services promis de bonne foi, conformément aux instructions et aux règles de l'art, même si une solution plus adéquate pouvait être imaginée; il fallait donc écarter sur ce point l'avis de l'expert - qui du reste se prononçait là encore sur une question juridique à laquelle il ne lui incombait pas de répondre - selon lequel la direction, bien que commanditaire, pouvait diminuer ses prestations.
C. La mandante (la recourante) dépose un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation du jugement cantonal et au rejet de la demande. Pour sa part, la mandataire (l'intimée) propose le rejet de recours.
Considérant en droit:
1. Interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF; cf. art. 75 al. 2 et 130 al. 2 LTF) dans une affaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (compte tenu des féries; art. 46 al. 1 let. 1 LTF et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 III 397 consid. 1.5) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La partie recourante qui entend faire rectifier ou compléter un fait doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions pour le faire seraient réalisées (cf. ATF 133 IV 286 consid. 6.2).
En l'occurrence, sous le titre "En droit/De quelques considérations générales", la recourante expose en bref que la cour cantonale se serait "écarté(e) de manière totalement incompréhensible" de l'expertise et que "ce faisant, mais également en faisant totalement abstraction des témoignages recueillis en cours de procédure", elle aurait manifestement apprécié les preuves de manière arbitraire, de sorte qu'il conviendrait de s'écarter de l'état de fait retenu par les juges cantonaux. A supposer que la recourante ait entendu donner à cette argumentation une portée autonome, celle-ci ne pourrait qu'être écartée, faute de répondre aux exigences de motivation applicables en la matière; peu importe, toutefois, dès lors que les points évoqués par la recourante se confondent dans les grandes lignes avec les autres griefs qu'elle soulève plus loin dans son écriture.
3. Selon la jurisprudence, le mandataire a droit à des honoraires, parfois réduits, en dépit d'une exécution défectueuse du mandat. En effet, la rémunération due au mandataire représente une contre-prestation pour les services qu'il rend au mandant, plus précisément pour l'activité diligente qu'il exerce dans l'affaire dont il est chargé. Par conséquent, le mandataire qui ne rend pas les services promis, c'est-à-dire qui demeure inactif ou n'agit pas avec le soin requis, ne peut prétendre à l'entier des honoraires convenus ou à la même rémunération qui serait équitablement due à un mandataire diligent; ce n'est que dans le cas où l'exécution défectueuse du mandat est assimilable à une totale inexécution, se révélant inutile ou inutilisable, que le mandataire peut perdre son droit à une rémunération (cf. ATF 124 III 423 consid. 3b et 4a; arrêt 4C.323/1999 du 22 décembre 1999 consid. 1b, in SJ 2000 I p. 485).
Ainsi, il n'est pas nécessaire, pour que le mandataire ait droit à une rémunération, qu'il ait eu les meilleures idées qui puissent se concevoir et qu'il ait eu les meilleures réactions possibles; il suffit qu'il ait fourni de bonne foi les services promis, en suivant les instructions du mandant et en respectant les règles communément admises pour l'activité en cause (arrêt 4C.323/1999 du 22 décembre 1999 consid. 1b, in SJ 2000 I p. 485).
Il appartient au mandataire de prouver les prestations qu'il a fournies, de manière à permettre la détermination de la somme qu'il réclame (art. 8 CC). En revanche, si le mandant entend faire valoir, par exception, que le mandataire n'a pas droit à ses honoraires en raison d'une mauvaise exécution, il lui incombe d'en apporter la preuve s'il n'a pas refusé la prestation (arrêt 4C.61/2001 du 14 juin 2001 consid. 3b, non publié in ATF 127 III 543).
4. La recourante se plaint d'une appréciation arbitraire des preuves; elle estime que l'expertise et les témoignages seraient en contradiction totale avec les faits retenus par la cour cantonale.
4.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient au recourant de démontrer (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.).a
4.2 La recourante soutient que les juges cantonaux auraient commis arbitraire en ne suivant pas la conclusion de l'expertise selon laquelle le montant réclamé à titre de solde d'honoraires était injustifié; à cet égard, elle souligne en bref que l'expert n'aurait fait que répondre aux questions dans le cadre fixé par la cour cantonale, que celle-ci ne motiverait pas son affirmation selon laquelle l'expert aurait empiété sur des points de nature juridique, que l'appréciation de celui-ci selon laquelle le mandat confié était celui d'un véritable coaching serait confirmé par deux témoins et que le reproche fait à l'expert de confondre le caractère inutile ou inopportun et inutilisable d'une prestation serait "totalement incompréhensible" compte tenu de la jurisprudence applicable en la matière; la cour cantonale aurait en outre enfreint deux dispositions de droit cantonal de procédure relatives à l'appréciation des preuves, dès lors qu'aucun élément du dossier ne permettrait de douter de la crédibilité de l'expertise, dont il ressortirait que l'intimée aurait commis de graves erreurs, effectué toute une série de prestations inutiles et mis en place des outils de travail que la recourante n'avait en réalité jamais utilisés; enfin, les juges cantonaux n'auraient arbitrairement pas pris en considération des témoignages selon lesquels le programme informatique comptable installé par l'intimée était "un peu compliqué", l'administrateur président de l'intimée n'aurait pas exécuté le mandat de manière honnête et la structure du secrétariat aurait été suffisante, ce qui confirmerait la conclusion de l'expert selon laquelle sa restructuration était inutile.
Il convient de relever d'emblée que le grief de défaut de motivation ne résiste pas à l'examen, la recourante étant précisément en mesure de critiquer le point de vue adopté par les juges cantonaux. Pour le surplus, l'argumentation de la recourante tombe à faux, celle-ci jouant en particulier vainement sur les mots, spécifiquement sur le terme "inutile" tel qu'il figure dans le rapport d'expertise et doit être compris au sens de la jurisprudence susmentionnée; en effet, il a en l'occurrence été constaté en fait que la recourante avait à tout le moins partiellement reconnu l'utilité des prestations reçues, l'expertise estimant au demeurant qu'une partie - et non l'intégralité - des tâches confiées n'était finalement pas absolument indispensable; l'on ne se trouve donc pas dans un cas de totale inexécution susceptible d'entraîner la perte du droit à une rémunération. Seul subsiste donc le point de savoir s'il y aurait lieu de réduire les honoraires de la mandataire ayant fourni des prestations qu'elle savait être inutiles pour la mandante, compte tenu de l'obligation de fidélité impliquant notamment celles d'informer et de conseiller. Il ne saurait toutefois en être question en l'espèce; en effet, il a été retenu en fait, sans que la recourante ne démontre en quoi résiderait l'arbitraire, que le mandat conclu avait un contenu large, que son associée gérante était en contact avec l'administrateur président de l'intimée pendant les mois qu'avait duré son intervention dans ses locaux, qu'elle avait ainsi pu se rendre compte des prestations effectuées et avait en outre pris connaissance des factures successives, mais n'avait à aucun moment émis de réserves; il convient donc d'admettre que compte tenu de la nature - non technique - du mandat et de sa fonction de directrice, l'associée gérante de la recourante était en mesure de comprendre les enjeux de celui-ci et dans ces circonstances particulières, l'on ne voit pas que la cour cantonale soit tombée dans l'arbitraire en statuant comme elle l'a fait, singulièrement en se distançant de l'expertise et des témoignages invoqués par la recourante, qui n'étaient dans ce contexte pas pertinents.
5. La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé les art. 397 et 398 CO, concernant les obligations des mandataires. Force est toutefois de constater d'emblée qu'elle ne se plaint en réalité pas d'une mauvaise application des dispositions invoquées, mais derechef uniquement d'arbitraire dans l'appréciation des preuves; en effet, elle affirme en bref que l'expertise et les témoignages amèneraient à la conclusion que la mandataire aurait totalement négligé les intérêts de sa mandante et privilégié les siens propres, qu'elle n'aurait rien dû faire de plus que ce qui était objectivement nécessaire, qu'il serait incontestable que l'intimée n'aurait pas agi de bonne foi ni respecté les règles de l'art, que son associée gérante serait restée en retrait parce qu'elle faisait confiance à l'administrateur président de l'intimée et qu'elle aurait été dans l'impossibilité de donner au fur et à mesure des instructions adéquates, dès lors qu'il ressortirait du dossier que la mandataire avait violé son propre devoir d'information en commettant l'erreur de ne pas conclure un contrat en la forme écrite et en ne présentant jamais de plan d'action; elle en conclut que les preuves administrées auraient démontré que l'intimée avait fait plus qu'exécuter de manière défectueuse le mandat qui lui avait été confié, effectuant pour l'essentiel des prestations inutiles ou inutilisables, ce qui aurait pour conséquence de lui faire perdre son droit à rémunération. Il suffit à cet égard de renvoyer au considérant précédent.
6. La recourante soulève encore un grief intitulé "l'arbitraire du jugement", dont il découlerait que "la fin (encaisser un maximum d'honoraires) justifierait les moyens (faire tout et n'importe quoi)", ce qui heurterait de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. A défaut d'arbitraire dans les motifs de la décision querellée, il ne saurait toutefois être question d'arbitraire dans le résultat.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours, manifestement infondé, doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, par un arrêt sommairement motivé (cf. art. 109 al. 2 et 3 LTF).
8. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimée sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois.
Lausanne, le 28 juillet 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz