Sachverhalt:
A. Gemäss Vertrag vom 26. September 2003 verkaufte A._ X._ sämtliche 100 Namenaktien der B._ AG mit Sitz in Uster zu einem Preis von Fr. 325'000.--. Laut Darlehensvertrag vom gleichen Tag hat A._ X._ zudem ein Darlehen von Fr. 150'000.-- zu 6 % Zins und einer Laufzeit vom 1. September 2003 bis zum 31. Januar 2004 gewährt.
Am 9. August 2004 erstattete X._ Strafanzeige gegen A._, insbesondere wegen Urkundenfälschung. Er machte geltend, dieser habe von ihm gestützt auf einen Darlehensvertrag vom 26. September 2003 150'000 Franken gefordert. Einen solchen habe er nicht unterzeichnet, seine Unterschrift müsse nachgeahmt worden sein. Das Untersuchungsamt Uznach holte beim Urkundenlabor der Kantonspolizei Zürich ein Schriftgutachten ein. Dieses ergab, dass die Unterschrift "X._" auf dem Darlehensvertrag vom 26. September 2003 "mit hoher Wahrscheinlichkeit" von X._ stammt. Am 15. Februar 2005 hob das Untersuchungsamt Uznach die Strafuntersuchung gegen A._ auf. Die Verfügung erwuchs in Rechtskraft.
B. Am 3. März 2005 eröffnete die Staatsanwaltschaft See/Oberland (ZH) gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Verbrechen und Vergehen gegen die Rechtspflege.
Am 30. Oktober 2007 verurteilte der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Meilen X._ wegen falscher Anschuldigung im Sinne von Art. 303 StGB zu einer bedingten Geldstrafe von 150 Tagessätzen zu Fr. 200.-- und einer Busse von Fr. 5'000.--.
Auf Berufung von X._ hin bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich am 17. Juni 2008 den Schuldspruch, erhöhte die Geldstrafe auf 175 Tagessätze und strich die Busse.
C. X._ reichte am 15. September 2008 Beschwerde in Strafsachen ein mit den Anträgen, ihn freizusprechen oder die Sache eventualiter an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Der falschen Anschuldigung im Sinne von Art. 303 Ziff. 1 StGB macht sich schuldig, wer einen Nichtschuldigen wider besseres Wissen bei der Behörde eines Verbrechens oder Vergehens beschuldigt, in der Absicht, eine Strafverfolgung gegen ihn herbeizuführen.
1.1 Für das Obergericht (angefochtener Entscheid S. 7 ff.) besteht kein vernünftiger Zweifel daran, dass der Beschwerdeführer A._ zu Unrecht beschuldigt hat, auf dem Darlehensvertrag vom 26. September 2003 seine Unterschrift gefälscht zu haben, obwohl er wusste, dass er diesen selber eigenhändig unterschrieben hatte. Seine Überzeugung stützt es einerseits auf das Schriftgutachten des Urkundenlabors der Kantonspolizei Zürich, nach welchem eine "hohe Wahrscheinlichkeit" besteht, dass die Unterschrift von X._ auf dem Darlehensvertrag echt ist. "Hohe Wahrscheinlichkeit" bedeutet nach dem Gutachten, dass methodisch bedingte Einschränkungen zu berücksichtigen sind, die jedoch für den Experten keine Zweifel an der Richtigkeit der Schlussfolgerungen begründen.
Anderseits hält es die Aussagen des A._ für glaubhaft und den geschäftlichen Vorgang, bei welchem es nach dessen Schilderung zum Darlehensvertrag kam, für plausibel. Danach konnte der Beschwerdeführer den Kaufpreis für die B._ AG von 475'000 Franken nicht aufbringen, worauf dieser im Kaufvertrag auf 325'000 Franken gesenkt wurde. Den Restbetrag von 150'000 Franken stundete A._ dem Beschwerdeführer, indem er ihm in dieser Höhe ein simuliertes, per 31. Januar 2004 rückzahlbares Darlehen gewährte.
Die Darstellung des Beschwerdeführers, er habe die B._ AG für 325'000 Franken gekauft, von einer durch einen simulierten Darlehensvertrag zu begleichenden Restschuld von 150'000 Franken sei nicht die Rede gewesen, er habe einen solchen nie wissentlich unterzeichnet, überzeugten das Obergericht dagegen nicht. Es findet widersprüchlich, dass der Beschwerdeführer gegenüber dem Untersuchungsamt Uznach aussagte, A._ habe sich im Dezember 2003 telefonisch bei ihm gemeldet und ihn auf den Darlehensvertrag angesprochen, in der Hauptverhandlung vor der Vorinstanz dagegen vorbrachte, vom Darlehensvertrag erstmals im Februar 2004 aus einem Brief des A._ Kenntnis erhalten zu haben. Für nicht überzeugend hält das Obergericht den Einwand des Beschwerdeführers, dass er seine Treuhänderin C._ über einen allfälligen Darlehensvertrag informiert hätte. Dies insbesondere deshalb, weil er sie bis im November 2003 auch darüber im Unklaren gelassen hatte, dass er die B._ AG bereits am 26. September 2003 gekauft hatte. Dass der Beschwerdeführer "aus Stress" vergessen habe könnte, C._ über den Abschluss des Kaufvertrags zu informieren, obwohl sie daran war, das Geschäft und dessen Finanzierung für ihn vorzubereiten, hält es für unglaubhaft. Es hält für wesentlich naheliegender, dass er das Geschäft ohne ihr Wissen abschloss, weil sie es skeptisch beurteilte.
1.2 Der Beschwerdeführer rügt, das Obergericht habe die Unschuldsvermutung bzw. den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt und die Beweise willkürlich gewürdigt. Das Obergericht hat dem Beschwerdeführer indessen keineswegs auferlegt, seine Unschuld zu beweisen oder sonstwie gegen Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verstossen (dazu BGE 129 49 E. 4 S. 58; 127 38 E. 2a/b, mit Hinweisen). Der Sache nach erschöpfen sich die Vorbringen des Beschwerdeführers in reinen Willkürrügen. Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dabei genügt es nicht, wenn sich der angefochtene Entscheid lediglich in der Begründung als unhaltbar erweist; eine Aufhebung rechtfertigt sich erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (BGE 132 III 209 E. 2.1; 127 I 38 E. 2a S. 41; 124 IV 86 E. 2a S. 88, je mit Hinweisen).
1.3 Der Beschwerdeführer macht vorab geltend, die Annahme des Obergerichts sei willkürlich, die Aussage des A._, es sei "Geld geflossen", bedeute nicht zwingend, dass er das Darlehen in bar ausbezahlt habe, sondern er könne damit auch gemeint haben, dem Beschwerdeführer einen Teil des Kaufpreises mittels eines (simulierten) Darlehens gestundet zu haben.
Es mag durchaus sein, dass A._ am 4. März 2004 gegenüber Rechtsanwalt Girguis und der Treuhänderin des Beschwerdeführers nicht offen legen wollte, dass der Darlehensvertrag simuliert war. Möglicherweise wollte er der Treuhänderin den von dieser offenbar als überrissen eingestuften Kaufpreis von 475'000 Franken nicht nennen (wie die erste Instanz annahm, Urteil des Bezirksgerichts Meilen vom 30. Oktober 2007, S. 15 ff.), oder er zog es aus anderen Gründen vor, die wahre Natur des simulierten Darlehensvertrags als Kaufpreisstundung an dieser Sitzung nicht preiszugeben. Dies lässt indessen entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers keineswegs zwingend darauf schliessen, dass es keinen Darlehensvertrag gab.
1.4 Das Obergericht ist zu Recht davon ausgegegangen, dass die damalige Sekretärin von A._, D._, und dessen Treuhänder E._, nicht bestätigten, dass der Beschwerdeführer den Darlehensvertrag unterzeichnete, geschweige denn, dass er dies bewusst tat. Es ist indessen ohne weiteres haltbar, dass es die beiden Aussagen als Indizien für einen tatsächlich erfolgten Darlehensvertragsabschluss wertete. Die Zeugin D._ schildert die Ausfertigung und den Ausdruck des Vertragswerks, und der Zeuge E._ dessen Entstehungsgeschichte und Hintergrund detailreich. Die Darstellungen wirken insbesondere wegen origineller Einzelheiten glaubhaft, etwa indem sie darlegten, sie hätten gegenüber Frau C._ nicht erwähnen dürfen, dass der Kauf- und der Darlehensvertrag bereits unterzeichnet worden waren.
1.5 Von einem Geschäftspartner völlig unerwartet mit einer auf einen nicht existierenden Darlehensvertrag gestützten Geldforderung über 150'000 Franken konfrontiert zu werden, ist offensichtlich ein ebenso ungewöhnliches wie einschneidendes Ereignis, weshalb zu erwarten wäre, dass der Betroffene einen derartigen Vorfall zuverlässig wiedergeben könnte. Der Umstand, dass der Beschwerdeführer zwei verschiedene Versionen vorbrachte, wann und wie er mit der Darlehensforderung konfrontiert worden sei, vermag die Glaubhaftigkeit seiner Vorbringen daher durchaus zu erschüttern, die entsprechende Schlussfolgerung des Obergerichts ist ohne weiteres haltbar. Dass er zudem seine Treuhänderin mit der Vorbereitung des Geschäfts beauftragte, dieses dann aber ohne deren Wissen allein abschloss, wäre zudem eine mögliche Erklärung für das ungewöhnliche Vorgehen, einen Teil des Kaufpreises mit einem simulierten Darlehen zu stunden, anstatt die Zahlungsmodalitäten - einfacher - im Kaufvertrag selber zu regeln.
1.6 Die Beweislage ergibt somit zusammenfassend folgendes Bild: Nach dem Schriftgutachten der Kantonspolizei Zürich ist die Unterschrift des Beschwerdeführers mit hoher Wahrscheinlichkeit echt, und es deuten keine Hinweise darauf hin, dass dieser den Vertrag irrtümlich unterzeichnet haben könnte. Der Beschwerdeführer hat vielmehr nach seinen eigenen Angaben bei dieser Gelegenheit am Paul A._26. September 2003 ausser dem Kaufvertrag keine weiteren Dokumente unterzeichnet. A._ liefert für den Abschluss des (simulierten) Darlehensvertrages eine plausible Erklärung, und seine Sekretärin und sein Treuhänder bestätigen, dass er einen solchen vorbereiten liess. Die Darstellung des Beschwerdeführers erscheinen dem Obergericht dagegen wenig überzeugend, insbesondere weil er zwei verschiedene Versionen darüber vorgebracht hat, wie und wann er erstmals mit der Darlehensforderung konfrontiert worden sei, und weil sie nicht durch Indizien gestützt wird. Die obergerichtliche Schlussfolgerung, dass der Beschwerdeführer den Darlehensvertrag bewusst unterzeichnete und in der Folge A._ wider besseren Wissens beschuldigte, seine Unterschrift gefälscht zu haben, ist ohne weiteres vertretbar. Es kann auf die sorgfältige Beweiswürdigung im angefochtenen Entscheid verwiesen werden.
2. Die Beschwerde ist daher vollumfänglich abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Strafsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi