Sachverhalt:
A. X.A._ ist im Bereich Treuhand sowie Unternehmens- und Steuerberatung tätig. Er ist mit 20 % an der X._ Management AG, A._, beteiligt, ist dort angestellt und beherrscht zudem zu 60 % das im Fürstentum Liechtenstein registrierte, rechtlich verselbständigte Z._-Unternehmen in B._/FL. Daneben ist er Inhaber der beiden Einzelfirmen Q._ sowie R._. Die X._ Management AG hat X.A._ in den Jahren 2006 und 2007 an die R._ sowie an das Z._-Unternehmen ausgeliehen und die geleisteten Arbeitsstunden in Rechnung gestellt. Die Dienstleistungen der R._ und des Z._-Unternehmens bestehen darin, für im Aviatikbereich tätige Auftraggeber in- und ausländische Mehrwertsteuerguthaben zurückzufordern, wofür eine Provision von gegen 20 % geleistet wird. Zwischen der R._ und dem Z._-Unternehmen bestehen Vereinbarungen bezüglich Kunden der R._. Danach unterstützt das Z._-Unternehmen die R._ bei der Rückforderung der Mehrwertsteuerguthaben. Dafür hat die R._ 90 % der Provisionseinnahmen dem Z._-Unternehmen abzuliefern.
B. In der Veranlagungsverfügung vom 30. März 2011 für die Steuerperioden 2006 und 2007 anerkannte das kantonale Steueramt Zürich den Aufwandcharakter dieser Provisionsweiterleitungen an das Z._-Unternehmen nicht und erhöhte die deklarierten Einkünfte der R._ von Fr. 774'043.-- auf Fr. 1'281'651.-- (2006) bzw. von Fr. 100'416.-- auf Fr. 1'113'130.-- (2007). Es erachtete den Nachweis für ausgeführte Dienstleistungen als nicht erbracht und gab auch dem Eventualantrag, es sei von einer Betriebsstätte der R._ am Standort des Z._-Unternehmens in Liechtenstein auszugehen und die entsprechenden Gewinne freizustellen, nicht statt. Ebenso wenig anerkannte es Auslagen im Jahre 2007 für zwei angebliche Geschäftsreisen von Fr. 7'783.50 bzw. Fr. 8'109.-- nach Oman mit Familienmitgliedern als geschäftsmässig begründet und liess auch keinen Krankheitskostenabzug zu. Die nachfolgenden Rechtsmittel wurden alle abgewiesen.
C. Vor Bundesgericht beantragen X.A._ und Y.A._, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 27. Juni 2012 aufzuheben, die Steuerfaktoren für die Staats- und Gemeindesteuern sowie für die direkte Bundessteuer 2006 und 2007 in bestimmter Weise festzusetzen und eventualiter die bei der R._ aufgerechneten Einkünfte einer Betriebsstätte beim Z._-Unternehmen zuzuweisen und von der Besteuerung in der Schweiz auszunehmen. Auch der Unkostencharakter der Auslagen für die beiden Geschäftsreisen sowie die geltend gemachten Krankheitskosten seien anzuerkennen. Sie rügen implizit eine Verletzung von Bundesrecht.
D. Das Kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung (betreffend die direkte Bundessteuer) schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, wogegen die Bundesbehörde bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen denselben Entscheid und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Angefochten sind Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 146 des DBG [SR 642.11] sowie Art. 73 StHG [SR 642.14]). Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 Mit der Beschwerde kann namentlich eine Rechtsverletzung nach Art. 95 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Die vorliegende Beschwerdeschrift genügt diesen Anforderungen nur bedingt; soweit das nicht der Fall ist, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit können die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen werden (Art. 27 Abs. 1 DBG). Dies gilt auch für Provisionseinnahmen, die für erbrachte Dienstleistungen überwiegend an Dritte weitergeleitet werden müssen, sowie für Auslagen von Geschäftsreisen. Allerdings trägt die steuerpflichtige Person die Beweislast für steueraufhebende oder -mindernde Tatsachen (BGE 133 II 153 E. 4.3 S. 158; vgl. auch Urteil 2C_959/2010 vom 24. Mai 2011 E. 3.2). Geht es zudem um Zahlungen an Empfänger im Ausland, sind besonders strenge Anforderungen an deren Nachweis erforderlich, da diese nicht einfach nachzuprüfen sind. Vorzuweisen sind namentlich die Verträge der jeweiligen Grundgeschäfte sowie allfällige schriftliche Vereinbarungen mit den Zahlungsempfängern und den allenfalls involvierten Banken (Urteil 2C_524/2010 vom 16. Dezember 2010 E. 2.5 mit Hinweisen; ferner Urteil 2C_51/2010 vom 23. August 2010 E. 4.1, in: RtiD 2011 I, S. 576 ff., 580 f.; vgl. auch PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 40 zu Art. 27 DBG; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 22 zu Art. 27 DBG). Bei Leistungen zwischen Gesellschaften, die von der gleichen Person beherrscht werden, ist weiter erforderlich, dass die bezahlten Entgelte dem Drittvergleich standhalten (BGE 138 II 57 E. 2.2 und 3.1 S. 59 f. mit Hinweisen).
2.2 Nach den Beschwerdeführern ist unbestritten, dass die R._ in B._/FL Büroräumlichkeiten gemietet hat und diese dem Z._-Unternehmen zur Verfügung stellte. Andererseits steht auch fest, dass der Beschwerdeführer 1 einmal als Inhaber der R._ und ein anderes Mal als Organ des Z._-Unternehmens tätig geworden ist. Denn Personal war anerkanntermassen im Z._-Unternehmen nicht angestellt, sondern dieses handelte nur durch seine Organe. Eine solche Struktur ist offensichtlich geeignet, die nationalen Steuerbehörden im Dunkeln tappen zu lassen, konnte doch der Beschwerdeführer 1 seine Tätigkeiten nach Belieben "Iokalisieren" und so auf eine doppelte Nichtbesteuerung hoffen. Bei dieser Sachlage hätte es an ihm gelegen, die an den beiden Standorten erbrachten Dienstleistungen schlüssig zu begründen und überprüfbar zu dokumentieren. An beidem fehlt es hier, und diese Beweisschwierigkeiten hat der Beschwerdeführer 1 selbst zu verantworten. Kalendereintragungen mit dem Vermerk "FL" vermögen mit der Vorinstanz weder die Anwesenheit des Beschwerdeführers 1 in B._/FL noch dessen Tätigkeit und Aufwand darzulegen und nachzuweisen. Wohl bestehen Vereinbarungen zwischen den beiden Gesellschaften, aber für die einzelnen Überweisungen liegen keine Rechnungen vor. Auch die Telefonrechnungen des Z._-Unternehmens weisen nur auf einen minimalen Telefonverkehr hin und können damit die Behauptung, dieses Unternehmen sei in einem EWR-Staat errichtet worden, um mit Steuerämtern im EU-Raum rasch Verbindung aufnehmen zu können, keineswegs belegen. Die vor der Vorinstanz in Verletzung des Novenverbots beigebrachten Unterlagen können vom Bundesgericht nicht berücksichtigt werden. Gegenüber der Feststellung der Vorinstanz, die R._ habe gar nicht nur die schweizerische Mehrwertsteuer ohne Provisionsweiterleitung einkassiert, sondern auch solche deutscher und französischer Provenienz, entgegnet der Beschwerdeführer 1 nur, die erwähnten Vertragsverhältnisse und damit Provisionsweiterleitungen seien eben nicht in das Z._-Unternehmen "eingebracht" worden. Diesbezüglich muss gefolgert werden, dass der Beschwerdeführer 1 nach Belieben disponieren konnte und die Argumente für eine "Arbeitsteilung" zwischen D._ und B._/FL nur vorgeschoben sind. Insgesamt drängt sich mit der Vorinstanz der Schluss auf, der Beschwerdeführer 1 habe den - beim vorliegenden Auslandsverhältnis erforderlichen - strikten Nachweis nicht erbracht, die Weiterleitung von 90 % der Provisionseinnahmen an das Z._-Unternehmen sei geschäftsmässig begründet gewesen bzw. den Zahlungen der R._ hätten entsprechende Leistungen des Z._-Unternehmens gegenübergestanden. Scheitert aber dieser Nachweis, tragen die Beschwerdeführer die Folgen der Beweislosigkeit (vgl. oben E. 2.1), weshalb auch eine blosse "Teilaufrechnung" nicht in Frage kommt.
2.3 Was für das Hauptbegehren zutrifft, gilt auch für den Eventualantrag, in B._/FL eine Betriebsstätte der R._ anzunehmen und die entsprechenden Einkünfte von der Besteuerung in der Schweiz auszunehmen (Art. 6 Abs. 1 und 3 DBG). Der Annahme einer ausländischen Betriebsstätte im Sinne von Art. 4 Abs. 2 DBG steht schon entgegen, dass die von der R._ gemieteten Büroräumlichkeiten dem Z._-Unternehmen zur Verfügung gestellt wurden. In diesem Fall konnte die R._ ihre eigene Geschäftstätigkeit nicht gleichzeitig in dieser festen Geschäftseinrichtung des Z._-Unternehmens ausüben (BGE 134 I 303 E. 4.1 S. 310 f. mit Hinweisen auf das internationale Verhältnis; vgl. auch Art. 3 Abs. 1 lit. e des Abkommens zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und dem Fürstentum Liechtenstein über verschiedene Steuerfragen vom 22. Juni 1995; SR 0.672.951.43). Zudem machten die Beschwerdeführer nie geltend, die R._ sei in Liechtenstein kraft wirtschaftlicher Anknüpfung (Betriebsstätte einer Schweizer EF) besteuert worden.
2.4 Nicht nachvollziehbar ist es, die Auslagen für Badeferien in Oman mit dem Ehegatten bzw. dem Sohn als "Geschäftsreise" zu bezeichnen und als geschäftsmässig begründeten Aufwand zu behandeln. Daran vermöchte nichts zu ändern, falls sich der Beschwerdeführer 1 dort mit dem Chefpiloten des Flugzeugs des S._ getroffen haben sollte. Allerdings ist ein solches Treffen nicht belegt. Selbst wenn die Ausgabe effektiv einen Zusammenhang mit der beruflichen Tätigkeit des Beschwerdeführers 1 aufwiese, wäre dieser als dermassen gering einzustufen, dass sogenannte "uneigentliche Mischausgaben" vorlägen (PHILIPP FUNK, Der Begriff der Gewinnungskosten nach schweizerischem Einkommenssteuerrecht, 1989, S. 224). Solche müssten dem Bereich zugeordnet werden, der die Ausgabe wesentlich verursacht hat, und dies wäre hier der Privatbereich, weshalb es sich um Einkommensverwendung handelt (Art. 34 lit. a DBG).
2.5 Damit steht fest, dass die in der Steuerperiode 2007 deklarierten Krankheitskosten von Fr. 10'948.-- die steuerbaren Einkünfte in keiner Weise um 5 Prozent übersteigen (Art. 33 Abs. 1 lit. h DBG).
2.6 Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
II. Staats- und Gemeindesteuern
3. 3.1 Die Rechtslage ist bei den Staats- und Gemeindesteuern die gleiche wie bei der direkten Bundessteuer (Art. 9 Abs. 1 und Abs. 2 lit. h sowie Art. 10 Abs. 1 StHG). § 5 Abs. 1, § 27 Abs. 1, § 32 lit. a und § 33 lit. a des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG, LS 631.1) entsprechen Art. 6 Abs. 1, Art. 27 Abs. 1, Art. 33 Abs. 1 lit. h bzw. Art. 34 lit. a DBG. Das zum DBG Ausgeführte ist damit ebenfalls für die kantonalen Steuern massgebend (Urteil 2C_819/2009 vom 28. September 2010 E. 4; 2A.2/2006 vom 17. Mai 2006 E. 3). Damit resultiert für die Staats- und Gemeindesteuern dasselbe Ergebnis wie bei der direkten Bundessteuer.
3.2 Dem Gesagten zufolge erweist sich die Beschwerde auch betreffend die Staats- und Gemeindesteuern als unbegründet, weshalb sie abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_878/2012 und 2C_879/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_879/2012) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuer (2C_878/2012) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass