Fatti:
A. Con istanza del 12 luglio 2011, il Comune di X._ si è rivolto alla Pretura del distretto di Lugano per ottenere il rigetto in via definitiva dell'opposizione interposta da A._ al precetto esecutivo yyy dell'Ufficio esecuzione e fallimenti di Mendrisio, relativo ad un importo di fr. 404'075.-- oltre accessori. Quale titolo esecutivo l'escutente ha prodotto la sentenza [...] con la quale l'escusso è stato riconosciuto colpevole di truffa aggravata, truffa, appropriazione indebita aggravata, ripetuta falsità in documenti e ripetuta soppressione di documenti e quindi condannato, tra l'altro, a versare al Comune di X._, costituitosi parte civile, un importo di fr. 451'811.40.
Con decisione del 28 ottobre 2011, accertata l'esistenza di un valido titolo esecutivo, il Pretore del Distretto di Lugano ha accolto l'istanza.
B. Contro il giudizio del Pretore, A._ ha interposto reclamo presso la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale di appello.
Con sentenza del 18 novembre 2011, la Camera adita ha rilevato che il reclamo si basava su una convenzione conclusa tra le parti in causa il 2/9 marzo 2009, che non era stata sottoposta al vaglio del giudice del rigetto. Ha inoltre osservato come, sostenendo che la domanda di esecuzione era stata formulata da un patrocinatore a quel momento ancora senza procura, il reclamante si avvaleva di un'argomentazione che andava se del caso presentata nell'ambito di un ricorso davanti all'autorità di vigilanza competente, e che comunque non era stata sollevata davanti al primo giudice.
Per i motivi esposti, la Camera di esecuzione e fallimenti ha dichiarato inammissibile il reclamo.
C. Contro la sentenza cantonale, in data 21 dicembre 2011, A._ ha interposto un ricorso in materia civile, oggetto del presente giudizio.
Non è stato ordinato nessuno scambio di scritti.
Diritto:
1. 1.1 Decisioni in tema di rigetto - definitivo o provvisorio - dell'opposizione sono decisioni finali ai sensi dell'art. 90 LTF, poiché mettono fine alla relativa procedura. Possono fare l'oggetto di un ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF) qualora il valore di lite raggiunga fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. b LTF); se quest'ultimo requisito non è adempiuto, il ricorso in materia civile è ammissibile se solleva una questione di diritto di importanza fondamentale (art. 74 cpv. 2 lett. a LTF), ciò che la parte ricorrente deve allegare e dimostrare (art. 42 cpv. 2 LTF; DTF 134 III 115 consid. 1.1).
Nel presente caso, il valore di lite richiesto è manifestamente raggiunto. Il ricorso in materia civile è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) ed è stato inoltrato da una parte che ha partecipato al procedimento dinanzi all'istanza inferiore, uscendone soccombente (art. 76 cpv. 1 LTF). Nell'ottica dei requisiti menzionati, il gravame è pertanto in linea di principio ammissibile.
1.2 Giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF, nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Ciò significa che il ricorrente deve confrontarsi almeno brevemente con i considerandi della sentenza impugnata, pena l'inammissibilità del gravame (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Il Tribunale federale esamina la violazione di diritti fondamentali soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Il ricorrente deve pertanto spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che modo sarebbero stati violati diritti costituzionali (DTF 135 III 232 consid. 1.2 in fine con rinvii).
1.3 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dalla sentenza cantonale (art. 105 cpv. 1 LTF). Non possono essere addotti nuovi fatti o nuovi mezzi di prova, a meno che non ne dia motivo la decisione impugnata, ciò che la parte ricorrente deve debitamente esporre nel proprio gravame (art. 99 cpv. 1 LTF).
Per quanto non già altrimenti agli atti, i documenti allegati al ricorso devono pertanto essere estromessi dall'incarto. Il ricorrente non ha infatti sostanziato perché la loro produzione si sia giustificata per la prima volta a seguito dell'emanazione del giudizio impugnato (art. 99 cpv. 1 LTF).
2. Applicando il Codice di diritto processuale civile svizzero alla fattispecie (art. 1 lett. c CPC), nel querelato giudizio la Camera di esecuzione e fallimenti rileva che sono tra l'altro impugnabili mediante reclamo le decisioni inappellabili di prima istanza finali (art. 319 lett. a CPC). Osservato che tale è il caso anche per le decisioni nelle pratiche a tenore della LEF, segnatamente in tema di rigetto dell'opposizione ex art. 80-84 LEF (art. 309 lett. b n. 3 CPC e contrario), essa precisa però che con il rimedio del reclamo possono essere censurati solo l'applicazione errata del diritto e l'accertamento manifestamente errato dei fatti (art. 320 CPC) e che, almeno nel contesto di una procedura come quella in discussione, non sono ammesse né nuove conclusioni, né l'allegazione di nuovi fatti o la produzione di nuovi mezzi di prova (art. 326 CPC).
Proprio con riferimento alla limitazione prevista dall'art. 326 CPC, la Corte cantonale dichiara quindi inammissibile il reclamo interposto dall'escusso, poiché quest'ultimo basa la sua richiesta di annullamento del giudizio di prima istanza su un documento - la convenzione di data 2/9 marzo 2009 - che non era stato prodotto davanti al giudice del rigetto. Aggiunge inoltre come, denunciando che la domanda di esecuzione era stata sottoscritta da un legale senza valida procura, il reclamante si è avvalso di un argomento che non aveva sollevato davanti al primo giudice e che andava semmai sottoposto mediante ricorso all'autorità di vigilanza competente.
3. La Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello ha dichiarato inammissibile il reclamo interposto contro la sentenza pretorile.
Sennonché, il ricorrente non censura affatto le argomentazioni che hanno portato a dichiarare inammissibile il suo reclamo, soffermandosi esclusivamente su questioni che non sono state oggetto di disamina e che esulano pertanto dal litigio.
3.1 In luogo di confrontarsi con i motivi per cui le stesse non sono state esaminate dalla Corte cantonale, anche in questa sede egli si limita in effetti a ribadire praticamente alla lettera le critiche già sollevate davanti all'istanza precedente, concernenti l'importanza della convenzione sottoscritta il 2/9 marzo 2009, così come il fatto che la domanda di esecuzione a suo tempo presentata era stata sottoscritta da un patrocinatore ancora senza procura.
3.2 Basandosi su accertamenti di fatto che non sono oggetto della decisione impugnata, che rendono la censura a priori inammissibile (DTF 135 III 49 consid. 5.1 con rinvii; 134 III 643 consid. 5.3.2 con rinvii), sostiene quindi per la prima volta che il Municipio di X._ non avrebbe ricevuto nessuna autorizzazione a stare in lite e che pertanto la procedura esecutiva promossa nei suoi confronti dal Comune medesimo debba essere considerata nulla.
3.3 Omettendo completamente di confrontarsi con i contenuti del giudizio impugnato, segnatamente con i motivi che hanno portato la Corte cantonale a dichiarare inammissibile il reclamo interposto contro il giudizio pretorile, il gravame presentato davanti al Tribunale federale disattende manifestamente all'art. 42 cpv. 2 LTF e dev'essere pertanto dichiarato a sua volta inammissibile.
4. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF); non sono dovute ripetibili all'opponente, nemmeno invitato ad esprimersi in sede federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.