Fatti:
A. A.a Con contratto del 3 settembre 2001 D._ ha affidato al costruttore A._ SA e al progettista B._, al quale è in seguito anche subentrato C._, la realizzazione delle opere di impresa generale per la costruzione di un edificio artigianale a X._. Il contratto specificava che l'opera avrebbe dovuto essere "eseguita secondo il preventivo generale dei costi di costruzione allegato alla presente, al prezzo netto di fr. 845'300.-- 'secondo il preventivo generale di spesa in data agosto 2001 (vedi descrizioni e condizioni allegate)'". Nel novembre 2002, quando buona parte della costruzione era ormai stata eseguita, i lavori sono stati interrotti per poi essere terminati da un'altra impresa.
A.b Il 13 novembre 2003 la A._ SA, B._ e C._ hanno convenuto in giudizio innanzi al Pretore di Bellinzona D._ per ottenere il pagamento di fr. 457'560.80 (importo aumentato in sede di conclusioni a fr. 479'271.--), oltre interessi e spese, nonché l'iscrizione in via definitiva per tale importo di un'ipoteca legale degli artigiani e degli imprenditori. Il convenuto si è opposto alla petizione e ha dapprima domandato in via riconvenzionale la condanna degli attori al pagamento di un risarcimento danni di fr. 50'000.--, richiesta che, dopo essere stata aumentata a fr. 198'362.25, è stata abbandonata nelle conclusioni. Con sentenza 13 novembre 2009 il Pretore ha integralmente respinto la petizione, ordinando la cancellazione dell'ipoteca legale e mettendo a carico del convenuto la tassa di giustizia di fr. 9'500.-- e le spese di fr. 27'500.-- per l'azione principale. Ha per contro parzialmente accolto la domanda riconvenzionale, condannando gli attori a versare al convenuto fr. 88'935.40.
B. In parziale accoglimento di un appello degli attori, la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha riformato, con sentenza 23 dicembre 2011, la pronunzia di primo grado nel senso che ha stralciato dai ruoli per desistenza la domanda riconvenzionale, ponendo la tassa di giustizia e le spese di fr. 300.-- a carico del convenuto, senza l'attribuire ripetibili agli attori. Ha invece lasciato invariati gli altri dispositivi del giudizio pretorile. Con riferimento all'azione principale la Corte cantonale ha considerato che dalla mercede globale di fr. 888'001.35 (composta di una mercede forfettaria di fr. 845'300.--, a cui sono stati aggiunti fr. 10'000.-- per opere supplementari riconosciute dal convenuto e fr. 32'701.35 per quelle accertate dal Pretore) andavano dedotti fr. 953'936.75 (fr. 617'086.20 di acconti versati, fr. 192'350.55 per lavori non eseguiti e fr. 34'700.-- per lavori eseguiti parzialmente nonché fr. 109'800.-- per l'eliminazione dei difetti).
C. Con ricorso in materia civile del 3 febbraio 2012 gli attori postulano, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la riforma della sentenza di appello nel senso che la petizione sia parzialmente accolta e il convenuto condannato a pagar loro fr. 242'502.80 (in subordine fr. 161'175.90), oltre interessi, che la tassa di giustizia di fr. 1'797.25 e le spese di fr. 19'662.15, che ascrivono all'azione principale, siano poste a carico delle parti in ragione di metà ciascuna, compensate le ripetibili. Chiedono inoltre che la tassa di giustizia di fr. 500.-- e le spese di fr. 8'137.85, che attribuiscono all'azione riconvenzionale, siano poste a carico del convenuto. I ricorrenti contestano che le parti abbiano concordato un prezzo fisso. Ritengono poi che le opere supplementari riconosciute dal convenuto non ammontavano a soli fr. 10'000.--, perché quest'ultimo non avrebbe validamente ritrattato l'ammissione processuale concernente un sovrapprezzo di fr. 77'551.90. Sostengono pure che i giudici cantonali avrebbero violato il diritto federale con riferimento alle deduzioni concernenti i costi per l'ultimazione dell'opera, i difetti e gli acconti versati. Impugnano infine la mancata attribuzione di ripetibili per l'azione riconvenzionale e la ripartizione delle spese fra tale procedura e quella dell'azione principale.
La Presidente della I Corte di diritto civile ha accordato con decreto del 14 marzo 2012 effetto sospensivo al ricorso.
Con risposta 11 aprile 2012 D._ propone la reiezione del ricorso, sostenendo pure che l'importo da dedurre dalla mercede forfettaria per i lavori eseguiti solo parzialmente non ammonterebbe a fr. 34'700.-- come stabilito dall'ultima istanza cantonale, ma a fr. 57'700.--.
I ricorrenti hanno replicato su quest'ultimo punto con allegato del 20 aprile 2012, che ha portato a una duplica del 9 maggio 2012 dell'opponente.
Diritto:
1. La sentenza impugnata è una decisione finale (art. 90 LTF) che è stata emanata su ricorso dall'ultima istanza cantonale (art. 75 LTF) in una causa civile (art. 72 cpv. 1 LTF) con un valore di lite manifestamente superiore al limite di fr. 30'000.-- previsto dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF. Il tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) ricorso in materia civile è stato inoltrato dalla parte soccombente nella sede cantonale (art. 76 cpv. 1 LTF). Sotto questo profilo esso è pertanto ammissibile.
2. Giusta l'art. 95 LTF con un ricorso al Tribunale federale il ricorrente può far valere la violazione del diritto federale (lett. a), incluso il diritto costituzionale, del diritto internazionale (lett. b), dei diritti costituzionali cantonali (lett. c), delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari (lett. d) e del diritto intercantonale (lett. e). Ad eccezione dei casi appena menzionati il ricorso non può essere interposto per violazione del diritto cantonale in quanto tale. È per contro possibile prevalersi di un'applicazione arbitraria o lesiva di altre norme della Costituzione federale di tale diritto (DTF 138 V 67 consid. 2.2; 138 I 1 consid. 2.1; 133 III 462 consid. 2.3). Il Tribunale federale esamina la violazione di diritti fondamentali e costituzionali (DTF 133 III 638 consid. 2) unicamente se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che il ricorrente deve indicare in modo chiaro e dettagliato con riferimento ai motivi della decisione impugnata in che modo sarebbero stati violati i suoi diritti costituzionali (DTF 136 I 65 consid. 1.3.1; 134 II 244 consid. 2.2).
Giusta l'art. 105 cpv. 1 LTF il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati nella sentenza impugnata. Esso può scostarsi dall'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore, se questo si è svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). La parte che non intende basarsi sugli accertamenti di fatto dell'autorità inferiore deve spiegare in maniera circostanziata per quale motivo ritiene che le condizioni di una delle due eccezioni previste dall'art. 105 cpv. 2 LTF siano realizzate, non potendosi altrimenti tener conto di una fattispecie diversa da quella esposta nella sentenza impugnata (DTF 133 IV 286 consid. 6.2). A tal proposito è utile ricordare che chi intende invocare che i fatti sono stati constatati in modo manifestamente inesatto (art. 97 cpv. 1 LTF), e cioè che il loro accertamento è arbitrario nel senso dell'art. 9 Cost. (DTF 133 II 249 consid. 1.4.3 pag. 254 seg.), deve sollevare e motivare tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Per lamentare con un'ammissibile censura la violazione del divieto dell'arbitrio non è segnatamente sufficiente formulare una critica meramente appellatoria (DTF 136 II 489 consid. 2.8) e contestare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, nella quale l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella del Tribunale cantonale (DTF 134 II 349 consid. 3).
3. 3.1 Con riferimento alla mercede convenuta fra le parti, la Corte cantonale ha ritenuto che la somma di fr. 845'300.-- menzionata nel contratto costituiva una retribuzione forfettaria e non - come invece sostenuto dagli attori - un importo preventivato solo in maniera approssimativa, poi definito in modo vincolante sulla base di quanto appaltato ai singoli artigiani (fr. 952'095.10). Essa è giunta a tale conclusione sia per la natura del negozio giuridico (contratto di impresa generale), sia in virtù del tenore dell'accordo allestito dagli attori, invero non ritenuto un modello di chiarezza. I Giudici cantonali hanno pure indicato che l'espressione "prezzo preventivato" utilizzata nel contratto costituiva semplicemente un riferimento al preventivo generale dell'opera, da cui risultava la composizione della mercede forfettaria, allegato al contratto.
3.2 I ricorrenti affermano che la citazione dottrinale secondo cui in un contratto di impresa generale l'appaltatore si impegna di regola ad eseguire l'opera a un prezzo fisso non instaura una presunzione di fatto in tal senso, che l'indicazione "prezzo netto" utilizzata non può essere intesa quale prezzo fisso, ma va contrapposta al prezzo lordo comprensivo dell'IVA e che la menzione a pagina 12 del contratto di un "prezzo netto forfettario" dev'essere relativizzata, perché si tratterebbe di "un'imprecisione del tutto episodica" nemmeno inserita nel capitolo che si occupa del "prezzo/validità del prezzo convenuto"; decisiva sarebbe piuttosto la ripetuta utilizzazione dei termini "preventivo" e "preventivato". Sostengono pure che nemmeno l'indicazione all'Ufficio per la tassa di bollo del valore di fr. 845'300.-- sia un indizio in favore della stipula di un prezzo fisso, mentre deporrebbero per l'esistenza di un prezzo a misura il fatto che una specificata banca finanziatrice abbia qualificato come "spesa prospettata" l'importo di fr. 952'095.10 poi appaltato ai singoli artigiani e il versamento da parte del convenuto di somme superiori a quelle indicate nel contratto per alcuni voci di spese.
3.3 Dichiarazioni contrattuali devono - se come nella fattispecie non esistono accertamenti di fatto sulla reale concordanza della volontà delle parti - essere interpretate, secondo il principio dell'affidamento, come il destinatario poteva e doveva in buona fede capirle nella situazione concreta (DTF 135 III 295 consid. 5.2). L'interpretazione del contratto giusta il principio dell'affidamento è una questione concernente l'applicazione del diritto, che può essere esaminata liberamente dal Tribunale federale (DTF 136 III 186 consid. 3.2.1, con rinvii).
In concreto la valutazione dell'accordo alla luce dei principi appena enunciati porta alla conclusione indicata nella sentenza impugnata. Ciò risulta dal fatto che le parti hanno stipulato un contratto di impresa generale, in cui l'appaltatore - che ha redatto la convenzione - non aveva solo testualmente indicato che l'opera "viene eseguita secondo il preventivo generale dei costi di costruzione, allegato alla presente, al prezzo netto di fr. 845'300.--", ma pure menzionato che le opere eseguite dovevano essere dedotte dal "prezzo netto forfetario" e indicato le scadenze entro le quali tale importo doveva essere versato. Non appare nemmeno contrario al diritto federale ritenere, come fatto dalla Corte cantonale, che l'uso dei termini "preventivo" e "preventivato" costituisse unicamente un rinvio alle voci indicate nel relativo documento allegato al contratto.
4. 4.1 La Corte cantonale ha ritenuto valida la ritrattazione nella duplica dell'ammissione, effettuata dal convenuto nella risposta, concernente l'esecuzione di lavori supplementari per fr. 77'551.90 e ha confermato la conclusione contenuta nella sentenza di primo grado, secondo cui solo l'importo di fr. 10'000.-- entrava in linea di conto per aumentare la mercede degli attori. Ha pure indicato che la composizione della somma di fr. 77'551.90 risultava da un resoconto allestito dagli stessi attori e ha considerato l'appello di quest'ultimi insufficientemente motivato in ragione dell'assenza di una critica rivolta contro la puntuale e dettagliata argomentazione con cui il Pretore aveva respinto le richieste della parte appaltatrice tendenti ad ottenere la retribuzione delle opere a cui si riferisce tale importo.
4.2 I ricorrenti lamentano che i giudici cantonali hanno accertato i fatti in modo manifestamente inesatto, perché l'opponente non avrebbe "formalmente operato nessuna ritrattazione", perché si sarebbe limitato a riferire nella sezione della duplica intitolata "In ordine" di aver fatto presente ad una specificata banca che non sono stati eseguiti lavori supplementari. Inoltre, un fatto ritrattato costituirebbe "in ogni caso un indizio financo determinante circa la prova di tale fatto" e il malinteso con cui viene giustificata la ritrattazione non appare credibile, anche alla luce del riconoscimento dei lavori supplementari operato in una lettera del 19 dicembre 2002, che costituirebbe addirittura un riconoscimento di debito nel senso dell'art. 17 CO.
4.3 Occorre innanzi tutto ricordare che sapere cosa contiene un allegato costituisce una questione che concerne gli accertamenti di fatto (DTF 125 III 305 consid. 2e pag. 311). Negando nella fattispecie l'esistenza nella duplica di una ritrattazione, i ricorrenti si limitano a fornire una propria interpretazione del contenuto del menzionato allegato e delle esigenze che devono essere poste alla revoca di una precedente ammissione, senza però riuscire a dimostrare che la constatazione effettuata dalla Corte cantonale sia arbitraria (v. per la definizione di arbitrio DTF 138 V 74 consid. 7; 136 III 552 consid. 4.2, con rinvii). Con riferimento all'importo preteso per i lavori supplementari, gli attori paiono poi dimenticare che il loro appello era stato dichiarato irricevibile per carenza di motivazione e omettono di censurare tale considerazione. Così stando le cose, l'argomentazione ricorsuale attinente alla possibilità che dalla succitata lettera possa emergere un riconoscimento di debito appare del tutto inconferente.
5. 5.1 Secondo la Corte cantonale gli attori si sono irritualmente (art. 321 cpv. 1 lett. b CPC/TI) prevalsi per la prima volta in sede di appello della mancata o tardiva notifica dei difetti riconosciuti dal Pretore per un importo di fr. 109'800.--. Essi avrebbero inoltre a torto preteso che la questione fosse esaminata d'ufficio dal primo giudice.
5.2 I ricorrenti affermano che non potevano eccepire prima la tardività della notifica, perché in sede di risposta il convenuto si sarebbe "limitato ad accennare vagamente al fatto che 'l'opera presenta dei difetti'", senza nemmeno elencarli e ritengono che la Corte di appello abbia segnatamente violato gli art. 8 CC e 367 CO, che obbligano il committente a provare e sostanziare l'esistenza di una valida segnalazione dei difetti.
5.3 Con tale critica i ricorrenti sembrano scordare che la Corte cantonale ha accertato che nella risposta 24 febbraio 2004 il convenuto ha indicato che dalla mercede doveva essere dedotto "il valore dei difetti dell'opera descritti nella perizia a futura memoria e nel suo supplemento". Ora, in assenza di una qualsiasi censura rivolta contro l'appena menzionato accertamento, l'argomentazione ricorsuale si rivela del tutto inconferente.
6. 6.1 La sentenza impugnata ha disatteso la richiesta dei qui ricorrenti di ridurre proporzionalmente la deduzione di fr. 227'050.55 effettuata dalla mercede globale per le opere - parzialmente o totalmente - non eseguite e ha confermato il giudizio di primo grado per quanto riguarda l'imputazione sul credito attoreo della somma di fr. 25'000.-- pagata direttamente dal convenuto alla subappaltatrice E._ SA.
6.2 I ricorrenti ritengono che quest'ultimo pagamento non sia stato sufficientemente allegato e sostengono che procedendo a una riduzione proporzionale della deduzione per le opere non terminate quest'ultima non ammonterebbe a fr. 227'050.55, ma a soli fr. 201'582.15.
6.3 Nella fattispecie non occorre esaminare queste due censure, perché esse si rivelano ininfluenti sulla richiesta di condannare l'opponente a versare un - ulteriore - importo a titolo di mercede per l'esecuzione dell'opera. È infatti opportuno ricordare che secondo la sentenza impugnata, l'opponente aveva pagato, tenuto conto delle varie deduzioni, agli attori fr. 65'935.40 più di quanto avesse dovuto (sopra, fatti lett. B in fine). Ora, anche qualora il ricorso dovesse rivelarsi fondato per quanto attiene alle due summenzionate voci, l'importo pagato in eccesso si ridurrebbe di soli fr. 50'468.40 (fr. 25'000.-- + fr. 25'468.40), lasciando sempre ancora un saldo a sfavore dei ricorrenti di fr. 15'467.--.
7. 7.1 I giudici d'appello hanno stralciato dal ruolo per desistenza l'azione riconvenzionale che il convenuto aveva già abbandonato in sede di conclusioni, perché - come risulta da una sua domanda processuale del 9 luglio 2009 - egli voleva che gli attori fossero obbligati nel giudizio sull'azione principale a versargli il credito derivante dai pagamenti eccedenti la mercede dovuta. Non hanno condannato il convenuto a pagare ripetibili agli attori, atteso che quest'ultimi non si sono mai determinati sull'azione riconvenzionale.
7.2 I ricorrenti ritengono di avere diritto ad un'indennità di fr. 17'852.60 per ripetibili per la procedura attinente all'azione riconvenzionale. Sostengono che la decisione di non accordare loro ripetibili lede in modo insostenibile l'art. 148 CPC/TI, perché il fatto di non presentare una risposta non significa che l'allegato del convenuto non sia stato letto ed esaminato. L'istruttoria si sarebbe poi svolta "anche sul solco della riconvenzione" e sarebbe "stata curata e seguita senza riserve". A sostegno della loro pretesa, essi aggiungono di essersi pronunciati sulla citata domanda processuale.
7.3 La censura rasenta la temerarietà. Non solo il non accordare ripetibili nell'ambito di una procedura in cui una parte non ha presentato alcun allegato non risulta arbitrario, ma ciò è del tutto conforme alla costante prassi adottata da questo tribunale: per poter concedere un'indennità per le spese causate da una procedura giudiziaria il giudice deve aver un riscontro oggettivo dell'attività svolta dall'avvocato, che è invece del tutto assente quando quest'ultimo rimane passivo. Né è ravvisabile perché sarebbe insostenibile considerare che le osservazioni alla domanda processuale con cui il convenuto aveva chiesto che gli attori fossero condannati nel giudizio sull'azione principale a rifondergli quanto pagato in eccesso non attengano alla procedura riconvenzionale, ma a quella principale nell'ambito della quale tale richiesta è poi stata respinta.
8. 8.1 La sentenza impugnata termina ritenendo ingiustificata la critica della suddivisione degli oneri processuali fra l'azione principale (fr. 9'500.-- di tassa di giustizia, fr. 27'500.-- di spese e fr. 30'000.-- di ripetibili) e la domanda riconvenzionale (tassa di giustizia di fr. 500.-- e spese di fr. 300.--) effettuata dal Pretore. La Corte cantonale ha ritenuto che i qui ricorrenti non avevano un interesse degno di protezione a domandare un aumento delle tasse e delle spese della domanda riconvenzionale, che sono state poste a carico del convenuto. Ha poi indicato che, contrariamente a quanto affermato dagli attori, la domanda riconvenzionale aveva un valore di soli fr. 50'000.-- e per il suo tema non aveva causato esborsi particolari, mentre tutte le prove - incluse quelle peritali - sono state esperite nell'ambito dell'azione principale.
8.2 I ricorrenti sostengono che, sebbene la tassa di giustizia di fr. 500.-- per l'azione riconvenzionale non possa essere riformata, occorre "riequilibrare" quella di fr. 9'500.-- dell'azione principale. Asseriscono che, tenendo conto dell'abrogato art. 20 cpv. 1 della legge ticinese sulla tariffa giudiziaria secondo cui la tassa di giustizia per un'azione riconvenzionale ammonta ai 2/3 di quella normale e di un valore di lite di fr. 200'000.--, la tassa di giustizia stabilita dal Pretore per tale procedura ammonterebbe allo 0.375 % del valore di lite. Asseverano poi che tale percentuale deve pure essere utilizzata per determinare la tassa di giustizia dell'azione principale, la quale non potrebbe quindi superare fr. 1'797.25. Rimproverano inoltre alla Corte cantonale di non aver considerato che la riconvenzione aveva per oggetto pretese derivanti da difetti dell'opera, tema che ha causato praticamente la totalità delle spese, motivo per cui sarebbe necessario procedere a un loro addebito proporzionale, che secondo i ricorrenti porterebbe a porre a carico della procedura in cui sono risultati soccombenti unicamente fr. 19'662.15.
8.3 In concreto la contestata tassa di giustizia è stata stabilita in virtù del diritto cantonale. I ricorrenti possono quindi unicamente prevalersi di un'applicazione della legge cantonale lesiva dei loro diritti costituzionali. Nell'impugnativa non vi è tuttavia alcuna censura che soddisfi le - accresciute - esigenze di motivazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF (sopra, consid. 2). I ricorrenti non menzionano, ad eccezione di quella che prevedeva la citata regola dei 2/3, alcuna norma del diritto cantonale sulla cui base va determinata la tassa di giustizia e che avrebbe potuto essere stata applicata in modo arbitrario. Anche l'accenno al diritto costituzionale dell'uguaglianza è nella fattispecie del tutto inconferente, atteso che i ricorrenti non hanno portato alcun elemento da cui si possa dedurre che la domanda principale e quella riconvenzionale presentino nella fattispecie caratteristiche tali da dover essere considerate identiche per quanto riguarda la determinazione della tassa di giustizia. Con riferimento alla ripartizione delle spese, occorre rilevare che i ricorrenti fondano la loro argomentazione sull'apodittica affermazione secondo cui la domanda riconvenzionale aveva per oggetto i difetti dell'opera. Sennonché tale asserzione è in diametrale contrasto con gli accertamenti di fatto contenuti nella sentenza impugnata - che i ricorrenti nemmeno tentano di far apparire manifestamente inesatti - secondo cui la questione dei difetti dell'opera concerne invece (come peraltro pure emerge dal consid. 5 di questa sentenza) l'azione principale. Ne segue che la censura è inammissibile.
9. Da quanto precede discende che il ricorso si appalesa, nella misura in cui è ammissibile, infondato e come tale va respinto. Così stando le cose non occorre nemmeno esaminare, perché totalmente irrilevante ai fini del presente giudizio, la questione sollevata dall'opponente attinente ad un importo ancora maggiore che avrebbe dovuto essere dedotto dalla mercede forfettaria per i lavori eseguiti solo parzialmente. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 6'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, i quali rifonderanno all'opponente con vincolo di solidarietà fr. 7'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.