Sachverhalt:
A. A.a Am 18. Januar 2007 informierte die Sulzer AG die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) über mögliche Meldepflichtverletzungen im Handel mit Beteiligungspapieren an ihr. Sie vermutete gestützt auf Marktbeobachtungen, Angaben aus Bankenkreisen sowie diversen Gerüchten in der Presse, dass die OC Oerlikon AG oder mehrere von deren direkten oder indirekten Grossaktionären versucht sein könnten, in Umgehung der Meldepflichten eine grössere Beteiligung an ihr aufzubauen bzw. sie unfreundlich zu übernehmen.
A.b Am 29. Februar 2008 informierte die EBK Ronny Pecik, Georg Stumpf und Victor F. Vekselberg, dass gegen sie in diesem Zusammenhang ein Verwaltungsverfahren eröffnet worden sei, wobei die Verdachtsmomente auf "mögliche Verletzung der offenlegungsrechtlichen Meldepflichten gemäss Art. 20 und 41 des Bundesgesetzes über die Börsen und den Effektenhandel (BEHG) i.V.m. Art. 9 ff. der Verordnung der Eidg. Bankenkommission über die Börsen und den Effektenhandel (BEHV-EBK) sowie auf mögliche Kursmanipulation gemäss Art. 161bis des Schweizerischen Strafgesetzbuches (StGB)" lauteten. Die Verfahrenseröffnung habe zur Folge, dass sie Akteneinsicht nehmen und sich "vor Erlass einer allfälligen Verfügung der EBK" zum Sachverhalt äussern könnten.
A.c Am 22. September 2008 bestritt Victor F. Vekselberg die Zuständigkeit der Bankenkommission, um gegen ihn ein Verwaltungsverfahren führen zu können; dieses sei einzustellen, allenfalls sei im Rahmen einer selbständig anfechtbaren Zwischenverfügung vorweg über die Zuständigkeit zu befinden. Die EBK informierte Victor F. Vekselberg am 2. Oktober 2008, dass sie zu "gegebener Zeit" auf seine Anträge zurückkommen werde; inzwischen erhalte er "nochmals" Gelegenheit, sich zur Sache zu äussern. Am 15. Oktober 2008 hielt Victor F. Vekselberg an seinen Anträgen vom 22. September 2008 fest; insbesondere verlangte er erneut, dass über die bestrittene Zuständigkeit vorweg entschieden werde. Mit Schreiben vom 23. Oktober 2008 gab die Bankenkommission ihm Gelegenheit, bis zum 6. November 2008 zu den Eingaben der anderen Verfahrensbeteiligten Stellung zu nehmen.
B. B.a Am 30. Oktober 2008 gelangte Victor F. Vekselberg mit dem Antrag an das Bundesverwaltungsgericht, die Bankenkommission anzuweisen, über ihre Zuständigkeit eine selbständig anfechtbare Zwischenverfügung zu treffen und das Verfahren bis zum rechtskräftigen Entscheid über die Zuständigkeit zu sistieren. Mit Verfügung vom 7. November 2008 hielt der Instruktionsrichter die EBK an, "weitere Handlungen, insbesondere den Erlass einer Feststellungsverfügung, bis zum rechtskräftigen Entscheid über die Rechtsverweigerungs- und Rechtsverzögerungsbeschwerde" bzw. "bis zum Abschluss eines allfällig nachfolgenden Verfahrens über die Frage der Zuständigkeit der Vorinstanz" zu unterlassen. Am 11. Dezember 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde ab, da der Endentscheid der EBK unmittelbar bevorstehe.
B.b Am 22. Januar 2009 stellte die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) fest, dass sie befugt sei, gegenüber Personen und Gesellschaften, welche den börsenrechtlichen Meldepflichten unterstünden, offenlegungsrechtliche Feststellungsverfügungen zu erlassen. Gleichzeitig kam sie zum Schluss, dass Ronny Pecik und Georg Stumpf als organisierte Gruppe im Rahmen des Beteiligungsaufbaus an der Sulzer AG ihre Meldepflichten nach Art. 20 BEHG verletzt hätten. In Bezug auf Victor F. Vekselberg sah sie von einer entsprechenden Feststellung ab; gestützt auf die vorliegenden Unterlagen sei nicht erstellt, "ob bzw. dass Victor F. Vekselberg in den durch Ronny Pecik (und Georg Stumpf) unter Verletzung des schweizerischen Offenlegungsrechts realisierten Positionsaufbau in Sulzer involviert gewesen sei bzw. von den in diesem Zusammenhang entfalteten Aktivitäten Kenntnis gehabt habe".
C. C.a Am 20. Januar 2009 ist Victor F. Vekselberg mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Dezember 2008 aufzuheben sowie die FINMA anzuweisen, eine selbständig anfechtbare Zwischenverfügung über ihre Zuständigkeit zu erlassen und ihr Verwaltungsverfahren bis zum rechtskräftigen Entscheid hierüber zu sistieren; eventuell sei die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen. Victor F. Vekselberg macht geltend, er habe die Zuständigkeit der EBK bestritten, weshalb vor dem Sachentscheid von Bundesrechts wegen notwendigerweise zuerst diese Frage rechtskräftig zu beurteilen sei (Art. 9 Abs. 1 VwVG; SR 172.021).
C.b Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. sie als gegenstandslos abzuschreiben. Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Victor F. Vekselberg hielt am 24. Februar 2009 fest, dass trotz des Erlasses des Sachentscheids zumindest ein "allgemeines" Interesse an der Prüfung seiner Eingabe bestehe.
C.c Der Abteilungspräsident ordnete am 23. Januar 2009 (superprovisorisch) an, dass bis zum Entscheid über das Gesuch um aufschiebende Wirkung alle Vollziehungsvorkehrungen zu unterbleiben hätten. Mit Verfügung vom 17. Februar 2009 wies er das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab, da durch diese die bereits ergangene Verfügung der FINMA in der Sache nicht mehr verhindert werden könne.
Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2009 ist das Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMAG; SR 956.1) in Kraft getreten. Die Eidgenössische Bankenkommission, das Bundesamt für Privatversicherung und die Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei wurden damit in der "Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA)" zusammengeführt. Diese beaufsichtigt nunmehr als öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit den Finanzmarkt (Art. 4 Abs. 1 FINMAG). Sie hat alle Verfahren der Bankenkommission übernommen, die bei Inkrafttreten des Finanzmarktgesetzes hängig waren (vgl. Art. 58 Abs. 3 FINMAG). Da es die Bankenkommission somit nicht mehr gibt, ist das vorliegende Verfahren mit der FINMA als deren Rechtsnachfolgerin zu führen.
2. 2.1 Im Gegensatz zum früheren Recht (Art. 70 aVwVG) ist grundsätzlich nicht mehr die Aufsichtsbehörde, sondern die jeweilige Beschwerdeinstanz zur Beurteilung einer Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde zuständig. Der Beschwerdeführer konnte deshalb mit der Rüge einer Verletzung von Art. 9 Abs. 1 VwVG an das Bundesverwaltungsgericht gelangen (vgl. Art. 46a VwVG; UHLMANN/ WÄLLE-BÄR, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], VwVG, 2009, Rz. 12 zu Art. 46a VwVG). Gegen dessen Urteile steht im Bereich der Aufsicht über die Börsen und den Effektenhandel (Bundesgesetz vom 24. März 1995 über die Börsen und den Effektenhandel [BEHG; SR 954.1]) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (vgl. Art. 31, 32 i.V.m. Art. 33 lit. f VGG [SR 172.32] bzw. Art. 82, 83 i.V.m. Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG; Urteil 2A.25/2007 vom 6. Juni 2007, E. 1.2, nicht publ. in: BGE 133 II 232; 129 II 183 E. 3.2.1). Mit dem Finanzmarktaufsichtsgesetz wurde zwar Art. 83 BGG um eine lit. u ergänzt, wonach dieses Rechtsmittel "gegen Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (nach Art. 22 ff. des Börsengesetzes vom 24. März 1995)" nicht mehr gegeben ist. Der Ausschlussgrund gilt indessen nicht auch für die börsenrechtlichen Meldepflichten (so auch: WURZBURGER, in: Corboz et al., Commentaire de la LTF, 2009, N. 164 zu Art. 83 BGG): Im Übernahmewesen entscheidet das Bundesverwaltungsgericht nach der Übernahmekommission und der FINMA als dritte Instanz, weshalb der Gesetzgeber wegen des Bedürfnisses nach einem raschen Verfahren die entsprechenden Entscheide (analog zur Regelung bei der internationalen Amtshilfe) für definitiv erklärt hat (vgl. die Botschaft vom 1. Februar 2006 zum Bundesgesetz über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht, BBl 2006 2829 ff. Ziff. 2.7.3). Zwar liegen die Offenlegungspflichten auch im Interesse der Zielgesellschaft (vgl. ROLF H. WEBER, in: Watter/Vogt [Hrsg.], BSK Börsengesetz, 2. Aufl., 2007, Rz. 7 zu Art. 20 BEHG) und beeinflussen sie ein öffentliches Kaufangebot etwa insofern, als sie die Übernahme verteuern können (TSCHÄNI/IFFLAND/ DIEM, Öffentliche Kaufangebote, 2007, N 131); dennoch haben die Meldepflichten eigenständige Bedeutung (vgl. ROLF H. WEBER, a.a.O., Rz. 8 zu Art. 20 BEHG). Sie bilden nicht Teil der Regelungen über die öffentlichen Kaufangebote (Art. 22 ff. BEHG) und unterliegen nicht der gleichen zeitlichen Dringlichkeit wie die Anordnungen im Übernahmeverfahren (vgl. zu diesem TSCHÄNI/IFFLAND/DIEM, a.a.O., Rz. 232 ff.; ZULAUF/WYSS/ROTH, Finanzmarktenforcement, 2008, S. 175, 307). Ist vorliegend somit der Beschwerdeweg an das Bundesgericht in der Sache selber gegeben und war das Bundesverwaltungsgericht zur Beurteilung der bei ihm eingereichten Rechtsverzögerungs- bzw. Rechtsverweigerungsbeschwerde zuständig, kann gegen seinen Entscheid mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden ("Einheit des Verfahrens": vgl. FELIX UHLMANN, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], BSK Bundesgerichtsgesetz, 2008, Rz. 5 zu Art. 94 BGG; UHLMANN/WÄLLE-BÄR, a.a.O., Rz. 5 zu Art. 46a VwVG).
2. 2.1 Im Gegensatz zum früheren Recht (Art. 70 aVwVG) ist grundsätzlich nicht mehr die Aufsichtsbehörde, sondern die jeweilige Beschwerdeinstanz zur Beurteilung einer Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde zuständig. Der Beschwerdeführer konnte deshalb mit der Rüge einer Verletzung von Art. 9 Abs. 1 VwVG an das Bundesverwaltungsgericht gelangen (vgl. Art. 46a VwVG; UHLMANN/ WÄLLE-BÄR, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], VwVG, 2009, Rz. 12 zu Art. 46a VwVG). Gegen dessen Urteile steht im Bereich der Aufsicht über die Börsen und den Effektenhandel (Bundesgesetz vom 24. März 1995 über die Börsen und den Effektenhandel [BEHG; SR 954.1]) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (vgl. Art. 31, 32 i.V.m. Art. 33 lit. f VGG [SR 172.32] bzw. Art. 82, 83 i.V.m. Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG; Urteil 2A.25/2007 vom 6. Juni 2007, E. 1.2, nicht publ. in: BGE 133 II 232; 129 II 183 E. 3.2.1). Mit dem Finanzmarktaufsichtsgesetz wurde zwar Art. 83 BGG um eine lit. u ergänzt, wonach dieses Rechtsmittel "gegen Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (nach Art. 22 ff. des Börsengesetzes vom 24. März 1995)" nicht mehr gegeben ist. Der Ausschlussgrund gilt indessen nicht auch für die börsenrechtlichen Meldepflichten (so auch: WURZBURGER, in: Corboz et al., Commentaire de la LTF, 2009, N. 164 zu Art. 83 BGG): Im Übernahmewesen entscheidet das Bundesverwaltungsgericht nach der Übernahmekommission und der FINMA als dritte Instanz, weshalb der Gesetzgeber wegen des Bedürfnisses nach einem raschen Verfahren die entsprechenden Entscheide (analog zur Regelung bei der internationalen Amtshilfe) für definitiv erklärt hat (vgl. die Botschaft vom 1. Februar 2006 zum Bundesgesetz über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht, BBl 2006 2829 ff. Ziff. 2.7.3). Zwar liegen die Offenlegungspflichten auch im Interesse der Zielgesellschaft (vgl. ROLF H. WEBER, in: Watter/Vogt [Hrsg.], BSK Börsengesetz, 2. Aufl., 2007, Rz. 7 zu Art. 20 BEHG) und beeinflussen sie ein öffentliches Kaufangebot etwa insofern, als sie die Übernahme verteuern können (TSCHÄNI/IFFLAND/ DIEM, Öffentliche Kaufangebote, 2007, N 131); dennoch haben die Meldepflichten eigenständige Bedeutung (vgl. ROLF H. WEBER, a.a.O., Rz. 8 zu Art. 20 BEHG). Sie bilden nicht Teil der Regelungen über die öffentlichen Kaufangebote (Art. 22 ff. BEHG) und unterliegen nicht der gleichen zeitlichen Dringlichkeit wie die Anordnungen im Übernahmeverfahren (vgl. zu diesem TSCHÄNI/IFFLAND/DIEM, a.a.O., Rz. 232 ff.; ZULAUF/WYSS/ROTH, Finanzmarktenforcement, 2008, S. 175, 307). Ist vorliegend somit der Beschwerdeweg an das Bundesgericht in der Sache selber gegeben und war das Bundesverwaltungsgericht zur Beurteilung der bei ihm eingereichten Rechtsverzögerungs- bzw. Rechtsverweigerungsbeschwerde zuständig, kann gegen seinen Entscheid mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden ("Einheit des Verfahrens": vgl. FELIX UHLMANN, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], BSK Bundesgerichtsgesetz, 2008, Rz. 5 zu Art. 94 BGG; UHLMANN/WÄLLE-BÄR, a.a.O., Rz. 5 zu Art. 46a VwVG).
2.2 2.2.1 Auch zur Beschwerde wegen einer angeblichen Rechtsverweigerung bzw. Rechtsverzögerung ist nur legitimiert, wer ein schutzwürdiges Interesse an der Beurteilung seiner Eingabe hat (Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG; BGE 104 Ib 307 E. 2c S. 314; 128 II 34 E. 1b; Urteile 2A.219/1996 vom 11. Juli 1996 E. 1 und U 197/96 vom 3. September 1997 E. 5b/aa). Dieses muss nicht nur bei der Beschwerdeeinreichung, sondern auch noch im Zeitpunkt der Urteilsfällung aktuell und praktisch sein (BGE 123 II 286 E. 4). Fällt das schutzwürdige Interesse im Laufe des Verfahrens dahin, wird die Sache als erledigt erklärt; fehlte es schon bei der Beschwerdeeinreichung, ist auf die Eingabe nicht einzutreten (BGE 118 Ib 1 E. 2 S. 7; UHLMANN/WÄLLE-BÄR, a.a.O., Rz. 6 zu Art. 46a VwVG; MARKUS MÜLLER, in: Auer/Müller/ Schindler [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], 2008, Rz. 11 f. zu Art. 46a VwVG; MERKLI/ AESCHLIMANN/HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern, 1997, Rz. 74 zu Art. 49 VRPG/BE). Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen unter gleichen oder ähnlichen Umständen jederzeit wieder stellen können, eine rechtzeitige Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre und die Beantwortung wegen deren grundsätzlicher Bedeutung im öffentlichen Interesse liegt (BGE 135 I 79 E. 1.1; 131 II 361 E. 1.2; 111 Ib 56 E. 2b S. 59).
2.2.2 Der Beschwerdeführer beanstandete vor dem Bundesverwaltungsgericht, dass die EBK seinem Antrag, eine anfechtbare Zwischenverfügung über ihre Zuständigkeit zu erlassen, nicht entsprochen habe. Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht hat im Rahmen ihrer (End-)Verfügung am 22. Januar 2009 ihre Zuständigkeit geprüft und sich dabei eingehend mit den Ausführungen des Beschwerdeführers auseinandergesetzt. Sie hat somit inzwischen hierüber erstinstanzlich entschieden. Zwar wurde der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht am 23. Januar 2009 superprovisorisch untersagt, Vollziehungsvorkehrungen zu treffen, doch ging die entsprechende Anordnung erst am 26. Januar 2009 und damit nach der Schlussverfügung bei der FINMA ein. Mit dem Sachentscheid ist das Interesse des Beschwerdeführers an der Beurteilung der vorliegenden Eingabe nachträglich dahingefallen. Das Verfahren ist deshalb als gegenstandslos abzuschreiben: Bei der Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde geht es um die Durchsetzung des Anspruchs auf Behandlung eines Begehrens durch eine (untere) Behörde, bei der es gestellt worden ist. Die materiell-rechtliche Frage spielt dabei keine Rolle (Uhlmann/Wälle-Bär, a.a.O., Rz. 36 zu Art. 46a VwVG; MÜLLER, a.a.O., Rz. 3 zu Art. 46a VwVG). Sobald die zum Entscheid verpflichtete Behörde tatsächlich entschieden hat, fällt die Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde ausser Betracht und besteht für das Bundesgericht keine Veranlassung mehr, seinerseits zu prüfen, ob das Bundesverwaltungsgericht eine solche zu Recht abgewiesen hat (vgl. UHLMANN/WÄLLE-BÄR, a.a.O., Rz. 6 zu Art. 46a VwVG; MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, a.a.O., Rz. 74 zu Art. 49 VRPG/BE; KÖLZ/ BOSSHART/RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., 1999, Rz. 51 Vorbem. zu §§ 19 - 28 VRPG/ZH). Nachdem das Bundesgericht sich bereits in BGE 129 II 497 ff. zur Tragweite von Art. 9 VwVG geäussert hat (dort E. 2.4), rechtfertigt es sich nicht, im vorliegenden Fall vom Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses abzusehen.
2.2.3 Was der Beschwerdeführer hiergegen einwendet, überzeugt nicht: Soweit er darauf hinweist, der Instruktionsrichter am Bundesverwaltungsgericht habe am 7. November 2008 angeordnet, dass der Erlass einer Feststellungsverfügung bis zum "rechtskräftigen" Entscheid über die Rechtsverweigerungs- und Rechtsverzögerungsbeschwerde bzw. bis "zum Abschluss eines allfällig nachfolgenden Verfahrens über die Frage der Zuständigkeit der Vorinstanz zu unterlassen" sei, verkennt er, dass diese vorsorgliche Massnahme mit dem Entscheid vom 11. Dezember 2008 dahingefallen ist (vgl. BGE 111 Ib 182 E. 2b). Das Gericht hat keine entsprechende Anordnung in sein Urteil aufgenommen (vgl. REGINA KIENER, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], a.a.O., Rz. 7 zu Art. 56 VwVG). Zwar kann je nach Situation der Devolutiveffekt einer Beschwerde zur Nichtigkeit eines diesen verletzenden Verwaltungsentscheids führen (vgl. BGE 130 V 138 E. 4.2; 109 V 234 ff.; MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, a.a.O., Rz. 57 zu Art. 49 VRPG/BE; KÖLZ/ HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., 1998, Rz. 661); das gilt jedoch von vornherein nicht für die Rechtsverweigerungs- oder Rechtsverzögerungsbeschwerde: Diese ist gerade darauf ausgelegt, die Vorinstanz zu veranlassen, über die bei ihr eingereichten Anträge zu befinden. Ihr kommt deshalb keine Devolutivwirkung in der Sache zu; die Zuständigkeit in der Angelegenheit selber verbleibt bei der (angeblich säumigen) Instanz (MÜLLER, a.a.O., Rz. 13 zu Art. 46a VwVG; FRITZ GYGI, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., 1983, S. 189 und S. 226 f.; PETER SALADIN, Das Verwaltungsverfahrensrecht des Bundes, 1979, S. 205; MERKLI/ AESCHLIMANN/HERZOG, a.a.O., Rz. 74 zu Art. 49 VRPG/BE). Nachdem der Sachentscheid ergangen ist, kann eine Gutheissung der Beschwerde auch eine allenfalls mit dem Verwaltungsverfahren verbundene Beeinträchtigung des Rufs des Beschwerdeführers nicht mehr beseitigen; im Übrigen hat die Vorinstanz ihm gegenüber in der Sache selber gerade keine Verletzung der Meldepflichten festgestellt.
3. 3.1 Wird ein Rechtsstreit gegenstandslos oder fällt er mangels eines schutzwürdigen Interesses dahin, entscheidet das Bundesgericht mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds (Art. 71 BGG i.V.m. Art. 72 BZP). Dabei geht es nicht darum, die Prozessaussichten im einzelnen zu prüfen und dadurch weitere Umtriebe zu verursachen; vielmehr muss es bei einer knappen Beurteilung der Aktenlage sein Bewenden haben. Auf dem Weg über den Kostenentscheid soll nicht ein materielles Urteil gefällt und unter Umständen der Entscheid in einer heiklen Rechtsfrage präjudiziert werden. Lässt sich der mutmassliche Ausgang des Verfahrens im konkreten Fall nicht ohne weiteres feststellen, ist auf allgemeine zivilprozessrechtliche Kriterien zurückzugreifen. Danach wird in erster Linie jene Partei kosten- und entschädigungspflichtig, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst hat oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit geführt haben (vgl. BGE 118 Ia 488 E. 4a S. 494 f.).
3. 3.1 Wird ein Rechtsstreit gegenstandslos oder fällt er mangels eines schutzwürdigen Interesses dahin, entscheidet das Bundesgericht mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds (Art. 71 BGG i.V.m. Art. 72 BZP). Dabei geht es nicht darum, die Prozessaussichten im einzelnen zu prüfen und dadurch weitere Umtriebe zu verursachen; vielmehr muss es bei einer knappen Beurteilung der Aktenlage sein Bewenden haben. Auf dem Weg über den Kostenentscheid soll nicht ein materielles Urteil gefällt und unter Umständen der Entscheid in einer heiklen Rechtsfrage präjudiziert werden. Lässt sich der mutmassliche Ausgang des Verfahrens im konkreten Fall nicht ohne weiteres feststellen, ist auf allgemeine zivilprozessrechtliche Kriterien zurückzugreifen. Danach wird in erster Linie jene Partei kosten- und entschädigungspflichtig, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst hat oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit geführt haben (vgl. BGE 118 Ia 488 E. 4a S. 494 f.).
3.2 3.2.1 Die vorliegende Eingabe wäre vermutlich unbegründet gewesen: Nach Art. 9 Abs. 1 VwVG stellt die Behörde ihre Zuständigkeit durch Verfügung fest, wenn eine Partei sie bestreitet. Diese Bestimmung ist ihrem Wortlaut nach zwar zwingender Natur (vgl. BBl 1965 II 1365; MICHAEL DAUM, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], a.a.O., Rz. 2 zu Art. 9 VwVG), doch hat das Bundesgericht mit Blick auf Sinn und Zweck der Regelung (Prozessökonomie) Ausnahmen zugelassen und der Behörde ein gewisses pflichtgemässes Ermessen bei der Frage eingeräumt, ob es sich aufgrund der konkreten Umstände (noch) rechtfertigt, eine Zwischenverfügung über die bestrittene Zuständigkeit zu treffen oder nicht (vgl. BGE 129 II 497 E. 2.4; FLÜCKIGER, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], a.a.O., Rz. 5 zu Art. 9 VwVG; KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, a.a.O., Rz. 25 zu § 5 VRPG/ZH; MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, a.a.O., Rz. 1 zu Art. 5 VRPG/BE; einschränkender: DAUM, a.a.O., Rz. 2 zu Art. 9 VwVG).
3.2.2 Im vorliegenden Fall liefen ab Januar 2007 intensive Vorabklärungen über eine allfällige Verletzung von Meldepflichten im Handel mit Sulzer-Aktien und -Optionen. Am 29. Februar 2008 wurde dem Beschwerdeführer die Eröffnung des Verwaltungsverfahrens gegen ihn mitgeteilt, dennoch ersuchte er erst am 22. September 2008 um den Erlass einer Zwischenverfügung im Sinne von Art. 9 Abs. 1 VwVG. Bereits anfangs März 2008 musste er jedoch wissen, dass die EBK als Aufsichtsbehörde im Offenlegungsrecht über die Institutsaufsicht hinaus eine Feststellungskompetenz in Anspruch nimmt, hatte sie doch bereits im Fall Laxey/Implenia am 12. Dezember 2007 bzw. 7. März 2008 so entschieden. Die Konsequenzen dieses Verfahrens bildeten Thema der damaligen Medienberichterstattung gerade auch mit Blick auf den Rechtsstreit um die Sulzer AG (vgl. etwa den Artikel der NZZ am Sonntag vom 16. März 2008 "EBK zieht die Schraube an": Bankenkommission fällt wichtigen Entscheid zu Implenia. Mit Folgen für den Fall Sulzer?").
3.2.3 Unter diesen Umständen war es vertretbar, wenn die FINMA mit Blick auf den Stand ihres Verfahrens davon absah, die Zuständigkeitsfrage antragsgemäss noch vorweg zu klären. Hätte sich im März 2008 der Erlass einer Zwischenverfügung aus prozessökonomischen Gründen noch gebieten können, weil in der Doktrin die Frage umstritten ist, ob Art. 35 aBEHG bzw. Art. 32 FINMAG oder Art. 25 VwVG der FINMA die Kompetenz verschaffen, auch gegenüber Personen vorzugehen, die nicht ihrer Institutsaufsicht unterstellt sind (vgl. WATTER/KÄGI, in: Watter/Vogt [Hrsg.], BSK Börsengesetz, a.a.O., Rz. 76 f. zu Art. 6 BEHG), war dies beim Stand des Verfahrens im Oktober 2008 nicht mehr zwingend der Fall. Es wäre am Beschwerdeführer gewesen, rechtzeitig zu reagieren und mit seinem Verfahrensantrag nicht während Monaten zuzuwarten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. 2.1 Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
2.2 Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar