Sachverhalt:
A. A.a Mit Kaufvertrag vom 3. Dezember 2003 erwarb X._ die Liegenschaft Grundbuch Dorf A._, Art. 000, von Y._ zum Preis von Fr. 517'288.--. Im Kaufvertrag verpflichtete sich der Erwerber, zusätzlich zum vereinbarten Kaufpreis die der Verkäuferin erwachsende allfällige Grundstückgewinnsteuer zu übernehmen.
Das Formular Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer wurde zunächst Y._ zugestellt. In der Folge kam es zu einem umfangreichen Schriftenwechsel zwischen X._ und der kantonalen Steuerverwaltung. Schliesslich wurde X._ (als vertraglicher Steuerschuldner) aufgefordert, die vollständig ausgefüllte Steuererklärung einzureichen. Mit Veranlagung vom 7. Oktober 2004 wurde der Grundstückgewinn auf Fr. 147'288.-- festgelegt. Für die Anlagekosten ging die Veranlagungsbehörde mangels genauer Angaben vom Steuerwert (Fr. 370'000.--) als Ersatzwert im Sinne von Art. 48 Abs. 3 des Gesetzes vom 6. Juni 2000 über die direkten Kantonssteuern (DStG) aus. Diese Veranlagung wurde "Frau Y._ p.A. Herrn X._" eröffnet.
Eine Beschwerde von X._ gegen diese Veranlagung wies das Kantonsgericht (Steuergerichtshof) des Kantons Freiburg mit Urteil vom 16. Dezember 2005 ab, soweit es darauf eintrat. In der Folge bezahlte X._ den Steuerbetrag von Fr. 17'543.30.
A.b Am 20. Dezember 2007 liess X._ durch seine Rechtsanwältin ein Gesuch um Wiedererwägung bzw. Revision der Grundstückgewinnsteuer-Verfügung vom 7. Oktober 2004 stellen. Zugleich ersuchte er um Steuererlass. Er machte u.a. geltend, er sei im Besitz neuer Unterlagen zu den Anlagekosten. Die kantonale Steuerverwaltung nahm das Gesuch um Wiedererwägung als Revisionsgesuch entgegen. Es gab diesem nicht statt, da keine neuen Tatsachen oder Beweismittel gegeben seien. Eine Einsprache wurde mit Entscheid vom 22. Februar 2008 abgewiesen.
B. Mit Urteil vom 4. Juli 2008 wies der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg die Beschwerde ab, soweit er darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, es sei der Entscheid des Steuergerichtshofs des Kantonsgerichts Freiburg aufzuheben und es sei festzustellen, dass er nicht Steuersubjekt sei "und somit sämtliche auf dieser Tatsache basierenden Verfügungen und Entscheide betreffend Grundstückgewinnsteuer nichtig sind".
Die kantonalen Instanzen beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtete auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht worden. Sie richtet sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) gefällten Endentscheid (Art. 90 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Vorinstanz betrachtete den Beschwerdeführer als (vertraglichen) Schuldner der Grundstückgewinnsteuer, der die Steuer auch bezahlt hat, stillschweigend als beschwert und zur Beschwerde legitimiert. Insofern ist auch das schutzwürdige Interesse des Beschwerdeführers an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides im Sinne von Art. 89 Abs. 1 BGG zu bejahen.
1.1 Mit der Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Gemäss Art. 106 Abs. 1 BGG wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an. Soweit sich die Besteuerung nach kantonalem Recht richtet, prüft es dessen Anwendung nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel des verfassungsmässigen Willkürverbots (Art. 9 BV). Hierfür gilt die qualifizierte Rügepflicht nach Art. 106 Abs. 2 BGG; das heisst, das Bundesgericht prüft die Anwendung des kantonalen Rechts unter dem Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte nur insoweit, als eine entsprechende Rüge erhoben worden ist. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht.
2. Der Beschwerdeführer legt dar, dass er nicht Steuersubjekt der streitigen Grundstückgewinnsteuer sei, und macht Nichtigkeit des angefochtenen Entscheides sowie sämtlicher "auf dieser Tatsache basierenden Verfügungen und Entscheide betreffend Grundstückgewinnsteuer" geltend.
2.1 Nach der Rechtsprechung ist eine Verfügung nichtig, wenn der ihr anhaftende Mangel besonders schwer wiegt und offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist. Voraussetzung ist, dass die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Als Nichtigkeitsgründe kommen namentlich die funktionelle oder sachliche Unzuständigkeit der verfügenden Behörde sowie schwer wiegende Verfahrensfehler in Betracht. Die Nichtigkeit von Verfügungen ist durch jede Behörde, die mit der Sache befasst ist, jederzeit und von Amtes wegen zu beachten (BGE 132 II 342 E. 2.1 mit Hinweisen).
2.2 Die Steuerpflicht ist eine gesetzliche und kann durch Parteivereinbarung nicht abgeändert werden. Steuerschuldner der Grundstückgewinnsteuer ist gemäss Art. 44 Abs. 1 DStG der Veräusserer. Nach einzelnen kantonalen Grundstückgewinnsteuergesetzen (vgl. etwa § 6 Abs. 3 des Gesetzes über die Grundstückgewinnsteuer des Kantons Luzern vom 31. Oktober 1961, GGStG/LU) kann zwar auch der Erweber sich vertraglich verpflichten, die Grundstückgewinnsteuer zu vergüten, und wird damit einsprache- und beschwerdeberechtigt (§ 28 und 47 GGStG/LU). Das wird allerdings nur als Einräumung der prozessualen Stellung eines Hauptintervenienten verstanden, welche das gesetzliche Steuerverhältnis und namentlich die Steuerpflicht nicht berührt. Die Schuldübernahme durch den Erwerber (oder eine Drittperson) begründet insbesondere kein Forderungsrecht des steuererkennenden Gemeinwesens gegenüber dem Erwerber, sondern lediglich einen privatrechtlichen Anspruch des Veräusserers auf Ersatz der Steuer (LGVE 1979 II Nr. 24 E. 1; s. auch Richner/Frei/Kaufmann/ Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 6 zu § 211, N. 11 zu § 217).
2.3 Vorliegend haben die kantonalen Steuerbehörden den Beschwerdeführer nicht als Steuersubjekt behandelt. Die kantonale Steuerverwaltung hat aufgrund der vorangegangenen umfangreichen Korrespondenz mit dem Beschwerdeführer ihm lediglich die an die Verkäuferin gerichtete Veranlagungsverfügung vom 7. Oktober 2004 zugestellt ("Y._ p.A. Herrn X._"). Sie hat ihn somit als Vertreter der Verkäuferin und allenfalls als vertraglichen Steuerschuldner behandelt, was aber den tatsächlichen Verhältnissen entsprach. Zwar wurde in der Folge der Einspracheentscheid vom 4. Februar 2005 gegenüber dem Beschwerdeführer persönlich eröffnet (ohne Hinweis auf das Vertretungsverhältnis). Im Urteil vom 16. Dezember 2005 (E. 3) stellte das Verwaltungsgericht (Steuergerichtshof) die Sachlage indessen wieder richtig, indem es ausdrücklich darauf hinwies, dass die Verkäuferin steuerpflichtig sei und der heutige Beschwerdeführer lediglich als ihr Vertreter handle. Inwiefern die Veranlagungsverfügung und die weiter ergangenen Entscheide nichtig sein könnten, ist unter diesen Umständen nicht zu sehen.
3. Hinsichtlich der Anlagekosten ergibt sich Folgendes:
In der Veranlagungsverfügung ging die Veranlagungsbehörde mangels genauerer Angaben gemäss Art. 48 Abs. 3 DStG vom Steuerwert (Fr. 370'000.--) als Ersatzwert für die Anlagekosten aus. Diese Vorschrift lautet:
"Art. 48 c) Anlagekosten Erwerbspreis
(...)
3 Liegt der Erwerb mehr als 15 Jahre zurück, kann die steuerpflichtige Person als Anlagekosten (Erwerbspreis erhöht um die Aufwendungen) den wenigstens 4 Jahre vor der Veräusserung bestimmten Steuerwert geltend machen. In diesem Fall werden die Aufwendungen der letzten vier Jahre berücksichtigt. Vorbehalten bleibt die Berücksichtigung des wieder angelegten Gewinnes."
Wie die Vorinstanz bereits in ihrem Urteil aus dem Jahre 2005 (S. 9 f.) erwogen hat, war das mit der Beschwerde eingereichte Schätzungsprotokoll der Schätzungskommission der kantonalen Gebäudeversicherung vom 6. Februar 2002 (Versicherungswert Fr. 655'000.--) in der Sache unbehelflich. Mit diesem Wert würden nicht die effektiv seit 1978 entstandenen Anlagekosten bewiesen, sondern die jeweils aktuellen Kosten für einen Wiederaufbau des Gebäudes im Schadensfall. Keinen genügenden Beweiswert habe auch die vom Beschwerdeführer verfasste "Bewertung nach meinen Erfahrungen & Berechnungen", wo dieser mit einem Kubikmeterpreis von Fr. 500.-- und einem Landpreis von Fr. 53.-- einen Gesamtwert von Fr. 579'000.-- ermittelt habe. Die eingereichte Bankkorrespondenz aus den Jahren 1994, 1998 und 2002 vermöge ebenfalls keinen rechtgenügenden Beweis für die in den Jahren 1978/79 effektiv bezahlten Anlagekosten erbringen. Daraus sei lediglich die Höhe der gewährten Hypothek (Fr. 575'000.--) ersichtlich, nicht jedoch die wahren Anlagekosten, zumal in jenen Jahren die Banken die Liegenschaften weit über ihrem Wert belehnt hätten. Im Jahre 2004 habe denn auch die Bank die Rückzahlung der Hypothek verlangt, soweit sie den Betrag von Fr. 400'000.-- übersteige. Da der damalige Bauherr (Z._) zugleich Architekt gewesen sei, sei zudem nicht auszuschliessen, dass es beim Bau zu Eigenleistungen, Gegengeschäften, Sonderrabatten u.dgl. gekommen sei, was ebenfalls berücksichtigt werden müsste. Mit dieser Begründung hat die Vorinstanz im Jahre 2005 die Veranlagung mit dem Steuerwert (Fr. 370'000.--) als Ersatzwert gemäss Art. 48 Abs. 3 DStG bestätigt.
Mit seinem Revisionsgesuch reichte der Beschwerdeführer namentlich ein Protokoll der Schätzungskommission der kantonalen Gebäudeversicherung vom 8. November 1978 mit einem Wert von Fr. 261'610.-- sowie eine Versicherungsbestätigung vom 23. Januar 2002 (Versicherungswert Fr. 653'000.--) ein. Er rekonstruiert daraus einen Wert der Anlagekosten von Fr. 598'500.-- (Mittelwert). Dabei handelt es sich um einen hypothetischen Wert, der aber nicht besser abgestützt wäre als der als massgebend erachtete. Die Vorinstanz durfte daher ohne in Willkür zu verfallen die neuen Unterlagen als nicht entscheidwesentlich betrachten.
4. Das führt zur Abweisung der Beschwerde. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65, 66 Abs. 1 BGG). Anspruch auf eine Parteientschädigung besteht nicht (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Freiburg (Steuergerichtshof) und der Eidgenössische Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann