Faits:
A. Le 22 décembre 2009, A._ a déposé plainte pénale contre B._, directeur général, gérant et actionnaire à 40% de deux sociétés sise en Egypte, dont la plaignante était alors actionnaire à 60%. Cette dernière lui reprochait des détournements au préjudice des deux sociétés égyptiennes, pour environ 6 millions de francs. A la suite d'une transaction prévoyant le remboursement des fonds prélevés et la cession des actions, A._ a retiré sa plainte et sa constitution de partie civile le 30 juin 2010, et un classement a été prononcé le 10 août suivant par le Ministère public genevois.
B. Le 9 février 2011, A._ s'est à nouveau adressée au Ministère public après avoir découvert de nouvelles malversations commises en mai et juin 2010, et portant sur environ 500'000 fr. Elle demandait une révocation de l'ordonnance de classement et la reprise de la procédure, ou l'ouverture d'une nouvelle instruction.
Le 29 mars 2011, le Ministère public a refusé d'entrer en matière. Le retrait de la précédente plainte était définitif et n'était pas entaché d'un vice de la volonté. Les faits ayant été commis à l'étranger par un étranger au préjudice d'une société égyptienne, les autorités suisses n'étaient pas compétentes pour connaître d'une nouvelle plainte.
C. Par arrêt du 1er juillet 2011, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a confirmé cette décision. La reprise de la procédure préliminaire selon l'art. 323 al. 1 CPP n'était possible qu'en cas de faits nouveaux, alors que les agissements en cause avaient été commis avant le classement de la plainte. Une nouvelle plainte pouvait certes être déposée à raison de ces faits (raison pour laquelle l'existence d'un vice de la volonté n'avait pas à être examinée), mais la compétence territoriale des autorités suisses faisait défaut.
D. Par acte du 2 septembre 2011, A._ forme un recours en matière pénale par lequel elle demande principalement l'annulation de l'arrêt cantonal, la constatation de la nullité du retrait de la plainte et de la constitution de partie civile du 22 décembre 2009, ainsi que la révocation de l'ordonnance de classement, l'ordre de reprendre la procédure et d'entrer en matière sur le complément de plainte du 9 février 2011. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la Chambre pénale afin qu'elle donne suite elle-même à ces conclusions.
La Chambre pénale de recours se réfère à son arrêt, sans observations. Le Ministère public et B._ concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée confirme le refus d'entrer en matière sur une plainte pénale, prononcé par le Ministère public en application de l'art. 310 CPP. Il s'agit d'une décision rendue en matière pénale au sens de l'art. 78 LTF. L'arrêt attaqué a un caractère final (art. 90 LTF) et émane de l'autorité cantonale de dernière instance (art. 80 LTF). La recourante a agi en temps utile (art. 100 al. 1 LTF).
1.1 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO. Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsque ces faits ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (cf. ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
1.2 En l'occurrence, la recourante ne se prononce pas du tout sur les prétentions civiles qu'elle entend élever. Elle n'en articule ni le fondement juridique ni le montant, alors qu'elle dispose déjà d'une convention d'indemnisation du 30 juin 2010 prévoyant un remboursement intégral des sommes prélevées jusqu'à cette date, et qu'on ignore quels montants la recourante a déjà pu récupérer à ce titre. Faute de toute indication sur ces points de la part de la recourante, son recours doit être déclaré irrecevable en tant qu'il porte sur des questions de fond, soit en particulier sur les conditions d'une révocation de l'ordonnance de classement (art. 323 CPP) et la compétence des autorités répressives suisses (art. 8 CP).
1.3 Selon la jurisprudence, le plaignant qui n'a pas la qualité pour recourir sur le fond peut seulement se plaindre d'une violation de ses droits de partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (ATF 136 IV 41 consid. 1.4 p. 44, 29 consid. 1.9 p. 40; 133 IV 228 consid. 2.3.2 p. 232 s. et les références citées). La possibilité d'invoquer des garanties procédurales ne lui permet cependant pas de remettre en cause, même de façon indirecte, le jugement au fond. Son recours ne peut donc pas porter sur des points indissociables de ce jugement tels que le refus d'administrer une preuve sur la base d'une appréciation anticipée de celle-ci ou le devoir de l'autorité de motiver sa décision de façon suffisamment détaillée (ATF 136 I 323 consid. 1.2 p. 326; 136 IV 41 consid. 1.4 p. 44 et les arrêts cités).
1.4 En l'occurrence, la recourante prétend soulever divers griefs d'ordre formel. Elle reproche à la cour cantonale de n'avoir pas examiné si le retrait de la plainte précédente était entaché d'un vice de la volonté, et si le retrait de constitution de partie plaignante était définitif ou non. La cour cantonale aurait dénié cette qualité à la recourante, et cette dernière aurait un intérêt juridique à s'en plaindre. Dans la mesure où ces griefs sont réellement d'ordre formel et n'impliquent pas un examen des questions de fond, il y a lieu d'entrer en matière.
2. La recourante estime qu'il conviendrait de reconnaître au plaignant le droit de renouveler sa plainte lorsque le retrait de celle-ci résulte d'un vice du consentement. Elle expose également, en se fondant sur l'art. 386 al. 3 CPP et sur une partie de la doctrine, que la renonciation à la qualité de partie civile ne serait pas non plus définitive dans un tel cas. La cour cantonale n'aurait pas examiné cette question en considérant que la nouvelle plainte concernait des faits nouveaux, méconnaissant arbitrairement que la démarche de la recourante tendait également à revenir sur son retrait de plainte et à obtenir une révocation de l'ordonnance de classement. Elle aurait ainsi commis un déni de justice formel.
2.1 Selon la jurisprudence, une autorité cantonale de recours commet un déni de justice formel et viole l'art. 29 al. 1 Cst. si elle omet de statuer sur une conclusion du recours dont elle est saisie alors qu'elle est compétente pour le faire (ATF 117 Ia 116 consid. 3a p. 117/118 et les arrêts cités). En outre, le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. impose à l'autorité de jugement l'obligation de motiver ses décisions. Pour satisfaire cette exigence, il suffit que celle-ci mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (ATF 130 II 530 consid. 4.3 p. 540 et les arrêts cités).
2.2 Il est vrai que la cour cantonale n'a pas examiné si le retrait de la première plainte résultait d'un vice du consentement. Elle a toutefois considéré que le législateur avait voulu exclure qu'une procédure puisse être reprise en raison de la modification des circonstances ayant abouti à un classement en opportunité; elle en a déduit que l'éventuelle invalidité du retrait de plainte ne justifiait pas la révocation de l'ordonnance de classement. Point n'est besoin de rechercher si une telle motivation - que la recourante n'a pas qualité pour remettre en cause sur le fond - est suffisante au regard des principes formels rappelés ci-dessus. En effet, même si la cour cantonale avait admis l'existence d'un vice du consentement permettant de revenir sur un retrait de plainte, la solution sur le fond n'eût pas été différente.
Le Ministère public puis la cour cantonale ont estimé que les autorités suisses n'étaient pas compétentes pour connaître de la seconde plainte pénale: les faits avaient été commis en Egypte par un ressortissant étranger, au préjudice d'une société égyptienne dont la recourante n'était qu'actionnaire. Pour autant que cette dernière ait subi un préjudice, celui-ci n'était qu'indirect. Ces considérations, que la recourante n'a pas qualité pour contester puisqu'elles concernent le fond de la cause, s'appliquent tant aux nouveaux faits dénoncés dans la plainte du 9 février 2011 qu'aux agissements commis précédemment par la même personne et au préjudice des mêmes sociétés. Ainsi, si la cour cantonale a omis de s'interroger sur la possibilité de révoquer le retrait de la première plainte, cette omission est sans incidence sur le fond de la cause.
3. Le recours doit par conséquent être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe, de même que l'indemnité de dépens allouée à l'intimé B._ (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée à l'intimé B._, à la charge de la recourante.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 13 décembre 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz