Faits :
A.
A._ SA est une société inscrite au registre du commerce du canton de Genève. Elle est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA), avec effet dès le 25 juillet 2008.
Lors d'un contrôle, l'Administration fédérale a constaté que la comptabilité de l'assujettie pour l'année 2009 comportait d'importantes lacunes. Selon l'Administration fédérale, A._ SA avait en particulier omis de déclarer et de comptabiliser certaines factures. Dans une notification d'estimation du 4 avril 2011, l'Administration fédérale a opéré une correction d'un montant de 10'719 fr, plus intérêt moratoire, en raison du solde négatif qu'accusait le compte caisse de l'assujettie au 31 décembre 2009. Celle-ci a partiellement contesté cette notification. L'Administration fédérale, par décision du 4 janvier 2012, et après avoir transmis à A._ SA les factures prétendument non comptabilisées et lui avoir donné la possibilité de se prononcer à leur sujet, a rejeté cette réclamation.
A._ SA a formé recours le 6 février 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, Cour I (ci-après: Tribunal administratif fédéral), contre la décision de l'Administration fédérale précitée.
B.
Après avoir rejeté la requête de suspension de la procédure jusqu'à droit connu dans la procédure pénale intentée contre l'ancien administrateur de l'assujettie par décision incidente du 14 août 2013, le Tribunal administratif fédéral, par arrêt du 27 novembre 2013, a rejeté le recours, dans la mesure de sa recevabilité. Il a en particulier considéré que l'Administration fédérale avait respecté le droit d'être entendue de l'assujettie et que cette dernière n'avait produit aucun élément de preuve permettant de douter du caractère authentique des factures litigieuses, si bien que la reprise fiscale opérée apparaissait bien fondée. Le Tribunal administratif fédéral a encore relevé qu'en raison des soldes négatifs présentés par le compte caisse de A._ SA, l'Administration fédérale n'était pas en mesure de déterminer précisément le chiffre d'affaires réalisé par cette société. Dans un tel cas de taxation par estimation, l'assujettie n'avait pas réussi à démontrer le caractère manifestement inexact de l'estimation. Le Tribunal administratif fédéral a procédé à une appréciation anticipée des preuves et refusé de verser au dossier les éléments du procès pénal ainsi que les autres moyens de preuve proposés par la société.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre la restitution de l'effet suspensif au recours, l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 27 novembre 2013 et le renvoi de la cause à celui-ci pour qu'il statue dans le sens des considérants. Elle se plaint d'établissement inexact des faits par l'instance précédente et de violation de son droit d'être entendue.
Par ordonnance du 29 janvier 2014, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours, alors que l'Administration fédérale conclut au rejet de celui-ci.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable.
2.
La loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (RO 2000 1300 et les modifications ultérieures; ci-après: aLTVA), entrée en vigueur le 1er janvier 2001, a été abrogée avec effet au 31 décembre 2009 par la nouvelle loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20). Sous réserve d'exceptions, les normes de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). L'aLTVA s'applique dès lors au présent litige qui porte sur les périodes fiscales allant du 25 juillet 2008 au 31 décembre 2009.
3.
3.1. Selon l'art. 46 aLTVA, l'assujetti est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable, en la forme prescrite, à l'Administration fédérale. A cet effet, il doit renseigner en conscience celle-ci sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour la constatation de l'assujettissement ou pour le calcul de l'impôt (art. 57 al. 1 aLTVA). Il doit également tenir ses livres comptables de manière à ce que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent être constatés aisément et de manière sûre (art. 58 al. 1 aLTVA).
Aux termes de l'art. 60 aLTVA, " si les documents comptables font défaut ou s'ils sont incomplets, ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale des contributions procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une estimation ". Il convient en effet d'éviter que les cas où le contribuable se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants, voire inexistants, ne se soldent par une perte d'impôt (arrêt 2C_657/2012 du 9 octobre 2012 consid. 2.2; 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, in: RF 66/2011 p. 799).
Lorsqu'elle procède à une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, ce que prescrit l'art. 60 aLTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède " dans les limites de son pouvoir d'appréciation ". Le contribuable qui a présenté une comptabilité non conforme aux exigences légales et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspondrait manifestement pas à la réalité doit supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêts 2C_59/2011 précité, consid. 3.2; 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3; 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2, in: RDAF 2008 II 20; Archives 77 p. 343; 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.2, in: Archives 76 p. 773; RF 61/2006 p. 819).
3.2. Lors de l'examen d'une taxation par estimation en matière de TVA, le contribuable peut uniquement faire valoir devant le Tribunal fédéral que les conditions d'une telle taxation n'étaient pas remplies ou qu'il y aurait abus du pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral n'annule pareille taxation que si des fautes ou des erreurs manifestes ont échappé à l'autorité inférieure et que celle-ci a procédé à une estimation manifestement erronée. Est manifestement erronée toute appréciation qui n'a pas pris en considération des points de vue essentiels ou les a interprétés de manière inexacte. Le Tribunal fédéral est donc lié par la taxation d'office lorsqu'elle repose sur une constatation des faits correcte et complète et sur une prise en considération objective de l'ensemble des circonstances déterminantes pour la taxation. A cet égard, les autorités compétentes disposent d'une certaine marge dans l'évaluation chiffrée du résultat de leur instruction (arrêts 2C_657/2012 précité, consid. 2.3; 2C_59/2011 précité, consid. 1.3, in: RF 66/2011 p. 799; 2C_429/2009 précité, consid. 1.4).
4.
En faisant référence aux art. 9 Cst. et 97 al. 1 LTF, la recourante invoque tout d'abord l'établissement inexact des faits par le Tribunal administratif fédéral, faisant en substance grief à ce dernier de ne pas avoir tenu compte des éléments permettant de douter du caractère authentique des factures litigieuses.
4.1. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que la partie recourante doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 136 II 508 consid. 1.2 p. 511). La notion de " manifestement inexacte " figurant à l'art. 97 al. 1 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234). Le Tribunal fédéral ne se prononce toutefois sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief motivé de façon détaillée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. La partie recourante doit énoncer le droit ou principe constitutionnel violé et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation (cf. ATF 138 I 171 consid. 1.4 p. 176).
4.2. En l'occurrence, le Tribunal administratif fédéral a retenu que la comptabilité de la recourante comportait d'importantes lacunes, dont notamment l'omission de comptabilisation de certaines factures et le fait que le compte caisse de la recourante ait accusé un solde négatif au 31 décembre 2009. C'est sans arbitraire qu'il n'a pas examiné l'authenticité des factures précitées. En effet, que celles-ci aient été effectivement falsifiées ou non, n'est pas susceptible d'influer sur l'issue de la cause. Dans les deux cas de figure, il était justifié de recourir à une procédure d'estimation. Il faut rappeler que cette procédure intervient notamment lorsque les résultats ne correspondent manifestement pas à la réalité (cf. consid. 3.1 ci-dessus). Or, en l'espèce, le compte caisse de la recourante présentait des soldes négatifs durant la période en cause. De plus, aucun livre de caisse n'était tenu pour cette même période. Ces deux éléments permettaient déjà à eux seuls de considérer la comptabilité de la recourante comme dénuée de force probante (comme l'a déjà jugé le Tribunal fédéral dans son arrêt 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 4.2), si bien que l'Administration fédérale était fondée à procéder à une estimation du chiffre d'affaires de la société. La recourante ne conteste au demeurant pas le caractère déficient de sa comptabilité, pas plus qu'elle n'explique en quoi le fait que les factures ne soient pas authentiques aurait eu une incidence sur son compte caisse au 31 décembre 2009, respectivement sur sa comptabilité. Partant, le Tribunal administratif fédéral a correctement établi les faits pertinents.
4.3. Dans ces conditions, l'instance précédente a dûment fait application de l'art. 60 aLTVA en confirmant la taxation par estimation litigieuse. Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
5.
La recourante estime en outre que son droit d'être entendue a été violé par l'instance précédente, en ce que celle-ci n'a pas traité de tous ses griefs dans l'arrêt entrepris et n'a pas administré les preuves nécessaires à l'établissement des faits, en procédant à une appréciation anticipée des preuves arbitraire.
5.1. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 et les arrêts cités). De même, l'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 137 III 208 consid. 2.2 p. 210; 134 I 140 consid. 5.2 p. 147 s.; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429).
5.2. En l'espèce, les faits et moyens de preuves présentés par la recourante se rapportent exclusivement aux factures qui n'ont pas d'incidence sur l'issue de la cause (cf. consid. 4.2 ci-dessus); c'est par conséquent à tort que la recourante fait valoir une violation de son droit d'être entendue eu égard à ces faits et moyens de preuves. Le recours doit donc également être rejeté sur ce point.
6.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 6 juin 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Le Greffier :
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