Fatti:
A. Il 18 maggio 2000 A._, cittadino svizzero, ha acquistato mediante l'esercizio di un diritto di compera la proprietà del fondo xxx di Lugano al prezzo di fr. 1'250'000.--. Il 26 settembre 2002 l'ha venduto, al medesimo prezzo, alla B._SA, della quale deteneva l'intero pacchetto azionario. Il 20 novembre 2002 l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della legge federale del 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE; RS 211.412.41) ha considerato che quest'ultima operazione non era assoggettata alla legislazione federale. La decisione è stata confermata il 16 dicembre 2003 dalla Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE. Adito dall'Ufficio federale di giustizia il 4 marzo 2004, il Tribunale federale ha tuttavia annullato entrambe le decisioni cantonali e ha rinviato la causa all'autorità di prime cure affinché completi gli accertamenti. Al riguardo ha precisato che data l'identità delle persone, di cui si dirà, detti accertamenti dovevano anche includere il primo acquisto di A._ (sentenza 2A.510/2003 del 4 maggio 2004).
B. Il 27 settembre 2004 l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE ha quindi avviato una procedura di accertamento nei confronti di A._ (cfr. art. 25 cpv. 1bis LAFE) e, il 7 febbraio 2006, dopo avere stabilito che l'acquisto del fondo xxx di Lugano era stato finanziato in modo determinante da persone all'estero - non disponendo il compratore di mezzi propri sufficienti - ha dichiarato il negozio soggetto ad autorizzazione, ha negato la medesima e ha confermato il blocco del registro fondiario ordinato in precedenza.
Il 29 luglio 2008 la Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE ha tuttavia annullato la citata decisione e ha stabilito che l'acquisto del fondo xxx di Lugano da parte di A._ non era soggetto ad autorizzazione.
C. L'8 settembre 2008 l'Ufficio federale di giustizia ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che l'acquisto in questione sia dichiarato soggetto ad autorizzazione e che questa venga rifiutata.
Chiamati ad esprimersi A._ ha proposto la reiezione del gravame, mentre l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE non ha formulato osservazioni. Da parte sua la Commissione cantonale di ricorso ha confermato in sostanza il suo operato con risposta del 9 ottobre 2008.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 134 IV 36 consid. 1; 133 II 249 consid. 1.1 con riferimenti).
1.1 Il ricorso concerne una causa di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF ed è diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF) emanata dall'ultima istanza cantonale per l'applicazione della LAFE (art. 15 cpv. 1 lett. c LAFE e art. 18 e 19 della legge cantonale di applicazione alla LAFE, del 21 marzo 1988). Presentato in tempo utile (art. 100 cpv. 1 LTF) da un'autorità federale legittimata a ricorrere (art. 89 cpv. 2 lett. a LTF e art. 20 cpv. 2 lett. b combinato con l'art. 21 cpv. 2 LAFE), il gravame è pertanto di massima ammissibile.
1.2 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può in particolare essere censurata la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), nozione che include anche i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 446 consid. 3.1, 462 consid. 2.3). Di principio il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF) e non è quindi vincolato né agli argomenti sollevati nel ricorso né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente. La violazione di diritti fondamentali è per contro esaminata unicamente se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 134 II 244 consid. 2.2; 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). L'accertamento dei fatti può invece essere contestato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e se l'eliminazione del vizio è determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 LTF). Se non ricorrono questi presupposti, che possono indurre anche ad una rettifica o a una completazione d'ufficio (art. 105 cpv. 2 LTF), il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF).
2. Nella sentenza 2A.510/2003 del 4 maggio 2004, questa Corte aveva constatato che A._ aveva acquistato il fondo per fr. 1'250'000.--, finanziandosi con un credito ipotecario di fr. 900'000.-- e, per la rimanenza, con un mutuo concesso da C._, suo cugino, cittadino turco all'estero. Ha poi rilevato che nel contratto di vendita stipulato in seguito tra A._ e la B._SA era stato previsto che il prezzo, sempre di fr. 1'250'000.--, andava soluto mediante il versamento di fr. 600'000.-- di provenienza estera e con l'assunzione del debito ipotecario esistente a quel momento, di fr. 650'000.--. Tra le due operazioni A._ aveva pertanto rimborsato alla banca fr. 250'000.--. Non disponendo di liquidità, se anche per questo ammortamento egli avesse ricevuto fondi dall'estero, il capitale straniero complessivo utilizzato dalla B._SA, vista l'identità delle persone, avrebbe raggiunto fr. 850'000.-- (fr. 600'000.-- + fr. 250'000.--), superando la soglia dei 2/3 dell'investimento totale ammesso dalla giurisprudenza. Per questi motivi il Tribunale federale, nella sentenza citata in precedenza la quale riguardava di per sé solo l'acquisto della B._SA, aveva invitato l'autorità cantonale di prima istanza a verificare anche le modalità di diminuzione del debito ipotecario di A._ (cfr. sentenza 2A.510/2003 menzionata, consid. 3.1).
3. 3.1 Nella decisione ora impugnata la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE ha ritenuto che sulla base degli accertamenti di fatto eseguiti "il ragionamento del Tribunale federale non era più sostenibile" (sentenza cantonale consid. 8, prima frase). In effetti dai medesimi risultava che, pur avendo la banca concesso un credito ipotecario di fr. 900'000.--, A._ vi aveva attinto soltanto per l'importo di fr. 650'000.--, mentre l'importo rimanente di fr. 600'000.-- gli era stato mutuato dal suo cugino turco. L'autorità ricorsuale cantonale ne ha dedotto che tale partecipazione estera, inferiore alla metà (48 %) del prezzo pattuito di fr. 1'250'000.-- e non garantita da ipoteca, non conferiva una posizione predominante al finanziatore straniero. Per questi motivi essa ha annullato la decisione dell'autorità di prima istanza. Questa aveva invece accertato una forte esposizione di A._ nei confronti di persone all'estero al momento dell'esercizio del diritto di compera, sulla quale non avevano potuto influire i capitali pervenutigli successivamente grazie a una donazione importante e alla vendita di un immobile a Manno; indebitamento che, accanto all'insufficiente capacità finanziaria dell'interessato, evidenziava un negozio fiduciario.
3.2 A parere dell'Ufficio federale di giustizia questa motivazione è sommaria e molto unilaterale. Pur accettando gli accertamenti concernenti le percentuali del finanziamento bancario e del mutuo del capitale straniero - del 52 % rispettivamente del 48 % - sostiene però che nel caso specifico quest'ultimo capitale non dovrebbe superare il 28 %, perché occorreva dedurre la quota del 20 % di mezzi propri che la prassi bancaria svizzera impone a chi acquista un'abitazione. Tanto più che al momento dell'acquisto A._ disponeva soltanto di fr. 21'000.-- di liquidità, cioè l'1,68 %. L'ufficio ricorrente afferma poi che l'autorità cantonale avrebbe dovuto esaminare se, oltre all'eccessiva quota di finanziamento estero, non vi fossero altri motivi che potrebbero comportare una dipendenza dell'istante dal creditore turco e rimprovera a A._ di avere rifiutato di collaborare nonché di avere fornito informazioni poco chiare.
4. In via di principio le persone all'estero necessitano di un'autorizzazione per acquistare fondi in Svizzera (art. 2 cpv. 1 LAFE). All'acquisto di fondi è parificato quello di altri diritti che procurano all'acquirente una posizione analoga a quella del proprietario (art. 4 cpv. 1 lett. g LAFE). Ciò si verifica, tra l'altro, quando gli accordi, l'ammontare dei crediti o la situazione finanziaria del debitore pongono l'acquirente in un particolare rapporto di dipendenza dal creditore (art. 1 cpv. 2 lett. b dell'ordinanza del 1° ottobre 1984 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero, OAFE; RS 211.412.411). La posizione di dipendenza può derivare anche da operazioni di finanziamento di carattere obbligatorio che non hanno effetti di diritto reale. In particolare un creditore può esercitare un'influenza determinante sulle sorti del fondo quando l'ammontare del credito supera chiaramente le condizioni di mercato abituali - che situano il limite del credito attorno ai 2/3 del valore venale del fondo - per cui si può presumere che non sarebbe stato concesso da una persona non implicata nell'operazione (cfr. sentenza 2A.510/2003 del 4 maggio 2004, consid. 2 e riferimenti).
4.1 Il ricorrente aderisce a queste regole interpretative. Ne pone però una supplementare: siccome A._ non disponeva di liquidità, la quota ammissibile del finanziamento straniero andrebbe ridotta del 20 % per tenere conto della partecipazione con mezzi propri che le banche usano chiedere. Questa tesi, che non si concilia con la giurisprudenza, non può essere condivisa.
Il creditore pignoratizio non ha di per sé prerogative analoghe a quelle del proprietario, nemmeno in caso d'insolvenza. Egli non può infatti acquisire direttamente l'immobile (art. 816 cpv. 2 CC) e non gode di diritti prioritari nell'ambito dell'incanto. È per questo motivo che il finanziamento dell'acquisto di un fondo per mezzo di un credito straniero, garantito da pegni immobiliari, è di principio ammesso perlomeno fintanto che tale credito rimane entro i limiti dell'aggravio usuale. Solo il superamento netto di questa soglia è indice di dipendenza, specialmente laddove i mezzi propri sono inferiori al 10-15 % (DTF 107 Ib 12 consid. 4; MÜHLEBACH/GEISSMANN, Lex F., Kommentar zum Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland, 1986, ad art. 4 n. 77). Al di fuori di questa eventualità la porzione di capitale proprio investita dall'acquirente non è determinante; la legislazione sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero si prefigge di evitare l'eccessivo dominio straniero del suolo indigeno (art. 1 LAFE), non di limitare l'indebitamento dei proprietari fondiari.
Queste considerazioni valgono, a maggior ragione, per il creditore straniero che non beneficia di garanzie ipotecarie e per il quale è pertanto più difficile esercitare un'influenza determinante e acquisire una posizione analoga a quella del proprietario.
4.2 Nel caso specifico, è accertato che i fondi messi a disposizione dal cugino turco non beneficiavano di garanzie reali e raggiungevano soltanto il 48 % del prezzo d'acquisto; il resto era stato finanziato con un credito ipotecario di una banca svizzera. La partecipazione di capitale estero si manteneva quindi abbondantemente al di sotto di quanto sarebbe stato usuale e ammesso anche per un credito ipotecario in mano estera (in ragione dell'evoluzione delle condizioni di mercato, oggi la soglia parrebbe del resto essersi posizionata attorno all'80 % del valore dell'investimento totale; cfr. sentenza 2A.184/2001 del 7 settembre 2001, consid. 2).
Da quel che precede discende che le censure dell'ufficio ricorrente, nella misura in cui attengono all'ammontare del credito concesso all'acquirente dal cittadino straniero, sono infondate: la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE non ha leso gli art. 4 cpv. 1 lett. g LAFE e 1 cpv. 2 lett. b OAFE.
5. Secondo il ricorrente la dipendenza economica di A._ da persone all'estero potrebbe derivare anche da altre circostanze, a prescindere dall'ammontare del capitale estero. Non fornisce però elementi concreti in questo senso, quali potrebbero essere, ad esempio, le modalità anomale del credito concesso dallo straniero oppure eventuali obblighi particolari assunti dall'acquirente nei suoi confronti. Il ricorrente non propone neppure argomenti che potrebbero suffragare la tesi dell'atto fiduciario formulata dall'autorità di prime cure. Di fronte a una contestazione così generica (cfr. consid. 1.2) non vi è motivo di scostarsi dai fatti accertati dalla Commissione cantonale di ricorso.
Infine, quanto alla mancanza di cooperazione da parte di A._, che secondo il ricorrente dovrebbe giustificare l'applicazione dell'art. 22 cpv. 4 LAFE, basti osservare che l'asserita reticenza non risulta né dalla decisione impugnata né dal giudizio di prima istanza. Anche questa censura, non sorretta dai fatti, è pertanto infondata.
6. 6.1 Per i motivi che precedono la decisione querelata è conforme al diritto federale. Essa va pertanto confermata, mentre il gravame dev'essere respinto.
6.2 L'ufficio ricorrente, che ha agito nell'ambito delle sue funzioni, è esente da spese giudiziarie (art. 66 cpv. 4 LTF). Esso dovrà però rifondere alla controparte, assistita da un avvocato, un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. L'Ufficio federale di giustizia rifonderà a A._ un'indennità di fr. 1'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro patrocinatore, all'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE e alla Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE.