Faits:
A. Par jugement du 21 juillet 2011, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a reconnu X._ coupable de lésions corporelles graves par négligence, insoumission à une décision d'autorité ainsi que d'infraction à la loi cantonale sur les chiens et l'a condamnée à une peine pécuniaire de 150 jours-amende à 20 fr. le jour, avec sursis durant 2 ans, et à une amende de 700 fr., la peine de substitution étant fixée à 7 jours. Le tribunal a mis à la charge de X._ les frais de justice par 5'503 fr. 30, comprenant l'indemnité due à son défenseur d'office, par 1'265 fr. 55, et l'indemnité due au conseil d'office de la partie plaignante, par 3'319 francs. Il a précisé que le remboursement de l'indemnité du défenseur d'office de X._ à l'Etat ne sera exigé que si la situation financière de celle-ci s'améliore notablement.
B. Statuant sur l'appel de X._ par jugement du 9 novembre 2011, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté, rectifiant toutefois d'office le jugement de première instance en ce sens que le remboursement à l'Etat de l'indemnité du défenseur d'office de X._ et de celle du défenseur d'office de la partie plaignante "ne sera exigé que si la situation financière de X._ se sera améliorée". La Cour d'appel pénale a en outre mis les frais de la procédure d'appel, y compris l'indemnité due à son défenseur d'office, par 1'382 fr. 40, et celle due au défenseur d'office de la partie plaignante, par 1'382 fr. 40, à la charge de l'appelante et dit qu'elle ne sera tenue de les rembourser que lorsque sa situation financière le permettra.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement et conclut, sous suite de dépens, à sa réforme en ce sens que les indemnités de conseil d'office de la partie plaignante, par 3'319 fr. en première instance et 1'382 fr. 40 en deuxième instance, sont laissées à la charge de l'Etat. Elle sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Compte tenu de sa situation financière précaire, la recourante conteste le principe de la mise à sa charge des frais d'assistance judiciaire de la partie plaignante.
1.1 En vertu de l'art. 422 al. 2 let. a CPP, les frais judiciaires incluent les frais imputables à la défense d'office et à l'assistance judiciaire gratuite. Les frais imputables à la défense d'office concernent le prévenu (cf. art. 132 ss CPP) et ceux imputables à l'assistance judiciaire gratuite concernent la partie plaignante (cf. art. 136 ss CPP), en particulier ceux du défenseur d'office (art. 136 al. 2 let. c CPP).
1.2 Le problème ici litigieux ne concerne pas la mise à la charge de la recourante des frais relatifs à sa propre défense d'office, ce qu'elle ne conteste pas, mais de la mise à sa charge des frais relatifs à l'assistance judiciaire de la partie plaignante.
L'art. 426 al. 4 CPP prévoit que les frais de l'assistance judiciaire gratuite de la partie plaignante ne peuvent être mis à la charge du prévenu que si celui-ci bénéficie d'une bonne situation financière. Contrairement à ce que soutient la recourante, le système instauré par cette disposition n'est pas spécifique. Il rejoint et se recoupe avec celui des art. 426 al. 1 2ème phrase et 135 al. 4 CPP pour la mise à la charge du prévenu de ses propres frais de défense d'office. Les conditions sont les mêmes dans les deux situations (cf. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, Zurich 2009, n. 12 ad art. 426 CPP; THOMAS DOMEISEN, Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2010, n. 19 ad art. 426 CPP).
1.3 L'art. 426 al. 1 CPP prévoit que "le prévenu supporte les frais de procédure s'il est condamné. Font exception les frais afférents à la défense d'office; l'art. 135, al. 4, est réservé". Selon cette dernière disposition, le prévenu condamné aux frais peut être tenu de rembourser les frais de défense d'office dès que sa situation financière le permet.
Il découle du système légal que lorsque le prévenu est indigent et est condamné aux frais, le jugement doit énoncer que les frais de défense d'office sont mis à sa charge, mais que ceux-ci sont assumés par la caisse du tribunal et qu'est réservé un remboursement aux conditions de l'art. 135 al. 4 CPP, ce dernier aspect devant le cas échéant faire l'objet d'une procédure ultérieure au sens des art. 363 ss CPP (cf. NIKLAUS RUCKSTUHL, Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 24 ad art. 135 CPP; NIKLAUS SCHMID, op. cit., n. 2 ad art. 426 CPP). Cette approche est conforme à la jurisprudence antérieure au CPP, selon laquelle la mise à la charge du condamné indigent des frais de défense d'office n'était possible que pour autant qu'il soit garanti que ces frais ne seraient pas recouvrés tant que l'indigence du condamné perdurerait (cf. ATF 135 I 91 consid. 2). Comme on l'a vu (supra consid. 1.2 in fine), ce système prévaut aussi pour la mise à la charge du prévenu des frais d'assistance judiciaire de la partie plaignante.
1.4 Il résulte de ce qui précède que l'autorité précédente n'a pas violé le droit fédéral en mettant à la charge de la recourante les frais d'assistance judiciaire de la partie plaignante pour les deux instances cantonales, tout en soumettant leur remboursement à l'amélioration de sa situation financière.
2. Le recours doit être rejeté. Comme les conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). La recourante devra donc supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 5 juillet 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Gehring