Faits:
A. La société coopérative Coop Vaud Chablais Valaisan a été inscrite au registre du commerce le 8 février 1895. Le 7 février 2001 (date de la publication dans la Feuille officielle suisse du commerce [ci-après: FOSC]), la raison sociale est devenue Coop VD et le siège a été transféré de Renens à Bâle. Le 9 février 2001 (date de la publication dans la FOSC), Coop VD a fusionné avec Coop Suisse et treize autres coopératives régionales, sous la nouvelle raison sociale Coop. Depuis le 12 février 2009 (date de la publication dans la FOSC), la société s'appelle "Coop Genossenschaft" (ci-après: la Société ou la recourante). Le but de la Société est notamment de promouvoir les intérêts économiques et sociaux de ses membres ainsi que des consommateurs. Son activité première est le commerce de détail. La Société gère un réseau de points de vente (au nombre de 1'090 au 31 décembre 2002) dans le pays. Dans le canton de Vaud, elle exploite une plate-forme logistique à Aclens ainsi que des magasins dans une soixantaine de communes.
B. Durant l'exercice 2001, la Société a réalisé un chiffre d'affaires total de 10'204'056'000 fr. Elle a déclaré un bénéfice imposable nul et un capital imposable de 1'206'016'598 fr.
Par décision du 8 septembre 2003, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office d'impôt) a fixé pour la période 2001 un impôt minimum global sur le bénéfice et sur le capital de respectivement 7'964'566 fr. 20 et 4'844'997 fr. 60. Après détermination de la part du canton de Vaud, un montant d'impôt de 1'161'153 fr. 55 a été mis à la charge de la Société.
La Société a formé une réclamation à l'encontre de cette décision.
Durant l'exercice 2002, la Société a réalisé un chiffre d'affaires total de 10'458'958'000 fr. Elle a déclaré un bénéfice imposable de 9'353'725 fr. et un capital imposable de 1'343'340'461 fr.
Par décision du 5 février 2004, l'Office d'impôt a fixé pour la période 2002 un impôt minimum global sur le bénéfice et sur le capital de res-
pectivement 8'164'600 fr. 10 et 4'908'285 fr. 60. Après détermination de la part du canton de Vaud, un montant d'impôt de 1'091'242 fr. 90 a été mis à la charge de la Société.
La Société a formé une réclamation également à l'encontre de cette décision.
Les réclamations ont été rejetées par décision de l'Administration cantonale des impôts du 1er juillet 2008.
Saisie d'un recours contre cette décision, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par arrêt du 17 mars 2009. Après avoir repoussé les griefs tirés de la violation du principe de la liberté économique (art. 27 Cst.), elle a considéré que c'était à bon droit que la Société avait été soumise à l'impôt minimum au sens des art. 123 ss de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS/VD 642.11). Les juges cantonaux ont en outre estimé que la Société ne pouvait bénéficier de la réduction d'impôt en cas de participations, prévue à l'art. 106 LI. D'une part, cette réduction appliquée au bénéfice net total supposait notamment que celui-ci inclue le rendement des participations. Or, en l'occurrence, le bénéfice que la recourante avait retiré de ses activités de distribution en 2001 et 2002 avait été déterminé sur d'autres bases; il prenait en compte l'ensemble des recettes brutes réalisées en Suisse, à l'exclusion des rendements tirés des participations dans d'autres sociétés. D'autre part, la systématique de la loi donnait à penser qu'une personne morale soumise à l'impôt minimum des art. 123 ss LI ne pouvait bénéficier de la réduction pour participations prévue à l'art. 106 LI.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 17 mars 2009, de calculer l'impôt minimum selon les art. 123 ss LI en tenant compte de la réduction pour participations au sens de l'art. 28 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), s'agissant de la période 2001, de renvoyer la cause à l'Administration cantonale des impôts pour qu'elle effectue, conformément à ce qui précède, un nouveau calcul de l'impôt minimum et, en ce qui concerne la période 2002, de fixer l'impôt minimal à 317'315 fr., le tout sous suite de frais et dépens.
L'autorité précédente renonce à se déterminer en se référant à l'arrêt entrepris. L'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, propose le rejet du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 D'après l'art. 42 al. 1 LTF, les mémoires de recours doivent être rédigés dans une langue officielle. Selon l'art. 54 al. 1 LTF, la procédure devant le Tribunal fédéral est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Le recourant peut rédiger le mémoire de recours dans la langue (officielle) de son choix, qui ne doit pas nécessairement correspondre à celle de la procédure devant le Tribunal de céans (Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, no 874; Florence Aubry Girardin, Commentaire de la LTF, 2009, no 10 ad art. 42 LTF).
En l'occurrence, la recourante a entrepris le jugement du 19 mars 2009, rendu en langue française, à l'aide d'un mémoire rédigé en allemand. Ainsi qu'il vient d'être dit, ce procédé est admissible. La langue de la procédure est toutefois le français et le présent jugement sera rendu dans cette langue.
1.2 Le recours a été interjeté par une partie directement touchée par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (cf. art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF). Il a de plus été déposé en temps utile (cf. art. 100 LTF) et aucune des exceptions énumérées à l'art. 83 LTF n'est réalisée. Il est par conséquent en principe recevable, sous réserve de ce qui suit.
1.3 Selon l'art. 42 al. 2 LTF, la motivation du recours doit exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Cela suppose que le recourant discute au moins de manière sommaire les considérants de la décision attaquée. Cette exigence n'est pas satisfaite lorsque la motivation du recours adressé au Tribunal fédéral est identique à celle déjà présentée dans la procédure cantonale (ATF 134 II 244 consid. 2.1 p. 245 s.), ni quand le recourant se limite à renvoyer au mémoire produit devant l'instance inférieure (arrêt 2C_445/2008 du 26 novembre 2008 consid. 2, RDAF 2008 II p. 528 avec renvoi à l'ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 400).
En l'occurrence, dans son mémoire adressé au Tribunal de céans (p. 8 no 36), la recourante remet en cause la constitutionnalité de l'impôt minimum en se bornant à renvoyer au recours ainsi qu'à la réplique qu'elle a produits devant l'autorité précédente. Ce procédé ne satisfaisant pas aux exigences de motivation qui viennent d'être rappelées, le recours est irrecevable dans cette mesure et il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur les griefs en question.
1.4 D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Selon l'art. 106 al. 2 LTF, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de dispositions de droit cantonal que si ces griefs ont été soulevés et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.).
2. 2.1 La recourante dénonce une violation de l'art. 28 al. 1 LHID: selon elle, l'impôt minimum qu'elle doit pour les périodes fiscales litigieuses aurait dû être calculé en tenant compte de la réduction pour participations prévue par cette disposition. A défaut, l'on irait à l'encontre du but poursuivi par le législateur en adoptant la norme en question, à savoir d'éviter que le même substrat fiscal qui a déjà été imposé auprès de la société à laquelle la participation se rapporte le soit à nouveau auprès de la société de participation. En outre, la systématique de la loi - l'art. 27 al. 2 LHID, qui envisage les impôts minimaux, faisant partie de la même section que l'art. 28 al. 1 LHID - conduirait également à admettre que la réduction pour participations doit être appliquée aussi bien lorsque l'impôt est calculé en fonction des facteurs de remplacement (impôt minimal) que lorsqu'il l'est conformément aux art. 24 s. LHID (impôt ordinaire).
2.2 Les art. 27 et suivant LHID font partie de la Section 2 "Calcul de l'impôt" du Chapitre 2 "Impôt sur le bénéfice" du Titre 3 "Imposition des personnes morales" de ladite loi. Ils sont intitulés respectivement "En général" et "Cas particuliers". L'art. 27 LHID a la teneur suivante:
"1 Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives sont imposées selon le même barème.
2 Les éventuels impôts minimaux prélevés sur des facteurs de remplacement sont déduits des impôts sur le bénéfice et sur le capital".
Dans sa teneur en vigueur du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2008, l'art. 28 al. 1 LHID disposait ce qui suit:
"Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 20 pour cent au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou une participation représentant une valeur vénale d'au moins 2 millions de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total. Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 pour cent destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs".
2.3 Les impôts minimaux (ou impôts minimum) sont des impôts réels (ou objectifs, Objektsteuer) que certains cantons prélèvent à la place des impôts ordinaires, lorsque le montant de ces derniers n'atteint pas celui de l'impôt minimum (arrêt 2P.80/2003 du 12 décembre 2003 consid. 2.1.2). L'impôt minimal perçu à la place de l'impôt ordinaire sur le bénéfice et le capital des personnes morales est calculé sur la base de "facteurs de remplacement" (cf. art. 27 al. 2 LHID) tels que la propriété foncière et le chiffre d'affaires (recettes brutes). A la date du 1er janvier 2001, onze cantons avaient institué un impôt minimal sur les recettes brutes et/ou la propriété foncière, deux (Fribourg et Valais) sur les recettes brutes et un (Vaud) sur ce dernier critère ainsi que le capital investi dans le canton (Höhn/Waldburger, Steuerrecht, vol. I, 9e éd., 2001, § 16 no 9; Duss/von Ah/Rutishauser, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, no 11 ad art. 27 LHID).
La loi fédérale sur l'harmonisation ne porte pas sur les impôts minimaux: ceux-ci ne font pas partie des impôts que les cantons doivent prélever en vertu de l'art. 2 al. 1 LHID et qui font l'objet de l'harmonisation (arrêts 2P.323/2004 du 2 mars 2005 consid. 1.1, RDAF 2005 II p. 300, RF 60/2005 p. 689; 2P.456/1994 du 4 novembre 1996 consid. 1, StE 1997 A 24.44.4 no 1; Duss/von Ah/Rutishauser, op. cit., no 9 ad art. 27 LHID; Zuppinger/Böckli/Locher/Reich, Steuerharmonisierung, 1984, p. 236). Les impôts minimaux sont certes évoqués à l'art. 27 al. 2 LHID, mais cette disposition n'en traite que dans la mesure où ils jouent un rôle pour le calcul de l'impôt ordinaire, qui constitue le seul objet des art. 24 ss LHID. Du reste, l'obligation prévue par l'art. 27 al. 2 LHID, pour le cas où le canton concerné prélève un impôt minimum, d'imputer celui-ci sur l'impôt ordinaire, n'a pas de portée propre au plan de l'harmonisation; cette disposition ne fait que reprendre une exigence posée par la jurisprudence du Tribunal fédéral (Markus Reich, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, op. cit., no 25 ad art. 2 LHID, avec renvoi au Message du 25 mai 1983 sur l'harmonisation fiscale, FF 1983 III 122, où il est question du caractère subsidiaire de l'impôt minimum selon la jurisprudence fédérale [cf. p. ex. ATF 96 I 64 consid. 3b p. 69]).
2.4 Il découle de ce qui précède que l'art. 28 al. 1 LHID envisage l'impôt ordinaire sur le bénéfice, au sens des art. 2 al. 1 lettre b et 24 ss LHID, et ne saurait s'appliquer à l'impôt minimum litigieux en l'espèce. Partant, le grief soulevé par la recourante est mal fondé. Au demeurant, la recourante ne se plaint pas de violation des dispositions cantonales régissant l'impôt minimum (art. 123 ss LI), de sorte qu'il n'y a pas lieu de revoir leur application au cas d'espèce (cf. consid. 1.4 ci-dessus).
3. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante supporte les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Des frais judiciaires de 5'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre.
Lausanne, le 28 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Vianin