Fatti:
A. Il 23 luglio 2002 il dott. med. A._, nato nel 1928, è stato sottoposto, presso il Cardiocentro Ticino di Lugano, a un intervento di elettroconversione per flutter atriale e gli è stato impiantato un pacemaker per disturbi del ritmo cardiaco. Il paziente è stato dimesso il 25 luglio 2002 e il giorno successivo ha accusato un malessere generale. Nondimeno, il 27 luglio 2002 si è recato in Engadina, dove, due giorni dopo, presso l'Ospedale regionale di Samedan, gli è stata diagnosticata una polmonite cronica di origine indeterminata. Il paziente è stato ricoverato fino al 28 agosto 2002.
B. A._ ha presentato il 18 ottobre 2002 una denuncia penale per i titoli di lesioni personali gravi, subordinatamente semplici, e lesioni colpose contro i medici che hanno eseguito gli interventi, segnatamente il dott. med. B._, primario del reparto di cardiologia, il dott. med. D._, capo servizio del reparto di cardiochirurgia, e il dott. med. C._, medico anestesista.
Il 20 luglio 2004 il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha incaricato i dott. med. E._, medico legale, F._, cardiologo e G._, medico anestesista, attivi presso l'Università di Ginevra, di allestire una perizia giudiziaria sull'operato dei medici interessati. Il referto è stato consegnato il 28 ottobre 2004 al magistrato inquirente. Questi, terminate le indagini, con decisione del 17 marzo 2009, ha decretato il non luogo a procedere, ritenendo che non poteva essere rimproverata ai denunciati una qualsiasi negligenza nella loro condotta medico assistenziale.
C. Contro il decreto di non luogo a procedere, A._ ha presentato un'istanza di promozione dell'accusa alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello (CRP), che l'ha respinta, in quanto ricevibile, con sentenza del 4 agosto 2009. La Corte cantonale ha respinto le critiche riguardanti un preteso conflitto d'interesse dei periti, nonché la qualità del loro referto ed ha confermato la decisione del PP.
D. A._ impugna con un ricorso in materia penale al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo di annullarlo e di rinviare gli atti alla CRP per una nuova decisione. Il ricorrente fa sostanzialmente valere la violazione dell'art. 125 CP e del divieto dell'arbitrio.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 135 II 30 consid. 1).
1.2 Il ricorso, tempestivo e diretto contro una decisione finale (art. 100 cpv. 1 e 90 LTF) resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile.
1.3 Secondo l'art. 81 cpv. 1 LTF ha diritto di interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b). Giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF, la vittima è legittimata a ricorrere, se la decisione impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili. Analogamente al diritto previgente, non può per contro essere riconosciuta la qualità per ricorrere alla persona lesa che dispone solo di un credito di diritto pubblico contro il Cantone (cfr. sentenza 6B_697/2007 del 30 novembre 2007 consid. 2.1 e rinvii, cfr. inoltre DTF 127 IV 189 consid. 2b). In concreto, l'intervento non è stato eseguito presso un ospedale pubblico dell'ente ospedaliero cantonale, per cui non entrano in considerazione eventuali pretese di risarcimento fondate sulla legge sulla responsabilità civile degli enti pubblici e degli agenti pubblici, del 24 ottobre 1988. La legittimazione ricorsuale può quindi essere riconosciuta al ricorrente, visto che la sentenza impugnata potrebbe influire sulle pretese civili nei confronti degli eventuali responsabili.
1.4 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia penale al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto. Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 134 IV 36 consid.1.4.1). Trattandosi di garanzie di rango costituzionale, il Tribunale federale esamina infatti le relative censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 133 IV 286 consid.1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2). In questa ottica, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (DTF 134 I 83 consid. 3.2; 129 I 113 consid. 2.1).
L'atto di ricorso adempie solo in parte queste esigenze di motivazione: in larga misura esso si limita in effetti a criticare in maniera appellatoria e generica la decisione impugnata, richiamando semplicemente determinati atti ed opponendovi una propria, diversa opinione, senza confrontarsi con i considerandi del giudizio impugnato.
Il ricorso è inoltre inammissibile laddove il ricorrente lamenta nuovamente anche la lesione del nervo peroneo. Di questo aspetto la CRP non si è infatti occupata nel giudizio impugnato, sicché le censure sollevate al riguardo esulano dall'oggetto del litigio. Risulta del resto dal decreto di non luogo a procedere del 17 marzo 2009 che la questione è già stata oggetto di un precedente decreto di non luogo a procedere emanato dal PP il 25 maggio 2004.
1.5 Nel contesto di un ricorso al Tribunale federale di principio non possono essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi. Giusta l'art. 99 cpv. 1 LTF, un'eccezione a questa regola è possibile soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Al riguardo, spetta al ricorrente spiegare i motivi per cui si giustificherebbe l'inoltro di nuove prove (DTF 133 III 393 consid. 3). Questa disposizione non consente tuttavia di presentare nella procedura di ricorso al Tribunale federale nuove allegazioni in senso proprio (cfr. DTF 133 IV 342 consid. 2.1). L'ulteriore rapporto del perito di parte, del 7 settembre 2009, è successivo all'emanazione del giudizio impugnato ed è quindi inammissibile. Per il resto, il ricorrente non spiega per quali ragioni gli altri documenti prodotti non potevano essere presentati nella procedura cantonale.
2. 2.1 Il ricorrente, rilevato che l'incarico di allestire la perizia giudiziaria è stato affidato a tre medici dell'Università di Ginevra, sostiene di essere venuto a conoscenza, pochi giorni dopo avere ricevuto il decreto di non luogo a procedere, che tra questo istituto universitario e il Cardiocentro esisterebbe un rapporto di collaborazione, quantomeno per l'esecuzione di interventi di radioablazione. In particolare, un collega elettrofisiologo di uno dei periti avrebbe operato anche al Cardiocentro nel periodo in cui è stata redatta la perizia. Un'altra collega presso la facoltà di medicina dell'Università di Ginevra avrebbe partecipato a ricerche sulle cellule staminali con un collaboratore del Cardiocentro e, in particolare, dell'équipe del dott. B._. Il ricorrente ravvisa in tali circostanze un conflitto di interessi dei periti, adducendo che mancherebbero della necessaria equidistanza e che sarebbero concretamente interessati a vedere cadere le accuse nei confronti dei denunciati. A suo dire, essi avrebbero quindi dovuto ricusarsi.
2.2 Le garanzie procedurali degli art. 30 cpv. 1 Cost. e 6 n. 1 CEDU si applicano per analogia ai requisiti d'indipendenza ed imparzialità richiesti ai periti giudiziari (DTF 126 III 249 consid. 3c; 125 II 541 consid. 4a). Eventuali motivi di ricusa nei confronti dei periti devono tuttavia essere fatti valere immediatamente: chi attende l'esito del procedimento prima di intervenire, agisce infatti in modo contrario alla buona fede e vede il proprio diritto perento (DTF 134 I 20 consid. 4.3.1; 132 II 485 consid. 4.3; 130 III 66 consid. 4.3). In particolare, quando il procedimento è iniziato da tempo e il momento del giudizio si avvicina, spetta alle parti sollevare un presunto motivo di ricusa anche se non ne hanno ancora completa conoscenza e dispongono solo di qualche indizio (cfr. DTF 126 III 249 consid. 3c pag. 254).
2.3 Il PP ha comunicato il 2 agosto 2004 ai patrocinatori delle parti il verbale di nomina dei periti, richiamando inoltre l'art. 144 CPP/TI che disciplina esplicitamente il diritto di ricusa dei periti e le modalità per esercitarlo. Il ricorrente non ha sollevato alcuna contestazione al riguardo. Il referto è stato consegnato nell'ottobre del 2004 e, dopo ulteriori atti, il non luogo a procedere è stato decretato dal PP il 17 marzo 2009. Il ricorrente si limita ad addurre genericamente di essere venuto a conoscenza della collaborazione tra il Cardiocentro e la facoltà di medicina dell'Università di Ginevra in modo del tutto fortuito, qualche giorno dopo l'emanazione del decreto di non luogo a procedere. Non spiega tuttavia, visto che riteneva così rilevante l'invocata circostanza, per quali motivi se ne sarebbe avveduto solo a distanza di anni, in concomitanza con la notificazione di una decisione a lui sfavorevole. Ciò tanto più che il ricorrente medesimo riconosce come talune pubblicazioni scientifiche, da cui risulterebbe la collaborazione tra i due istituti, erano disponibili da tempo. È pertanto a ragione che la CRP ha ritenuto tardiva la ricusa addotta con l'istanza di promozione dell'accusa. D'altra parte, il ricorrente non allega una specifica relazione tra i periti e i denunciati, ma accenna unicamente alla generale collaborazione nel campo della cardiologia: ciò non basta però di per sé a fondare un sospetto di prevenzione dei periti (DTF 125 II 541 consid. 4b).
3. 3.1 Il ricorrente rimprovera alla CRP di avere ignorato ch'egli aveva subordinato il consenso per l'esecuzione dell'intervento alle condizioni che l'elettroconversione fosse eseguita con una mininarcosi mediante la somministrazione di "dormicum" e che l'impianto del pacemaker avvenisse in anestesia locale, affinché potesse rimanere cosciente per controllare personalmente l'operato dei medici. Egli aveva inoltre preteso che gli elettrodi fossero introdotti attraverso la vena cefalica destra, mentre non aveva acconsentito all'utilizzazione della vena succlavia destra. In sostanza, secondo il ricorrente, così come eseguito, in anestesia totale e con gli elettrodotti inseriti attraverso la vena succlavia, l'intervento non sarebbe stato coperto dal suo consenso e ciò basterebbe a realizzare gli estremi del reato di lesioni colpose (art. 125 CP).
3.2 Il ricorrente non fa valere, con una motivazione conforme alle esigenze di motivazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF, una violazione del suo diritto di essere sentito per il fatto che la CRP si sarebbe rifiutata a torto di esaminare la questione del preteso dissenso ad utilizzare la vena succlavia nonostante egli avesse esplicitamente sollevato la censura dinanzi a tale istanza. Disattende inoltre che il danno alla salute espressamente invocato dal ricorrente medesimo sia dinanzi alla precedente istanza sia in questa sede era costituito dalla polmonite cronica, la quale sarebbe semmai riconducibile alle modalità con cui è stata eseguita l'anestesia, segnatamente alla mancata intubazione. Non è per contro reso seriamente verosimile che l'intervento per introdurre gli elettrodi abbia di per sé comportato una lesione dell'integrità corporale o abbia nuociuto in maniera non irrisoria al benessere fisico del paziente (cfr. DTF 124 IV 258 consid. 2). Per quali ragioni, in tali circostanze, sarebbe comunque rilevante approfondire l'aspetto del consenso per l'introduzione degli elettrodi attraverso la vena succlavia, il ricorrente non spiega.
Quanto alle modalità con cui è stata eseguita l'anestesia, il ricorrente lamenta essenzialmente il mancato svolgimento di un'adeguata consulenza anestesiologica prima dell'intervento, criticando le conclusioni dei periti secondo cui essa non sarebbe obbligatoria e la sua assenza non costituirebbe una violazione delle regole dell'arte. Rimprovera inoltre al medico anestesista un comportamento negligente per non avere adottato una tecnica di anestesia convenzionale, prevedendo in particolare un'intubazione. Tuttavia, la Corte cantonale ha ritenuto che, quand'anche fosse stata obbligatoria una visita di premedicazione e fosse imputabile al medico anestesista una negligenza, difetterebbe comunque un nesso di causalità tra la negligenza e il danno. In tali circostanze, in questa sede l'oggetto del litigio è limitato alla questione di sapere se la CRP ha negato a torto l'esistenza di tale nesso. Le censure relative a pretese manchevolezze nell'esecuzione dell'anestesia non devono pertanto essere esaminate.
4. 4.1 Il ricorrente sostiene che, negando un nesso causale tra la sua mancata intubazione e lo sviluppo della polmonite, la Corte cantonale non avrebbe considerato che al momento del ricovero egli godeva di uno stato di salute e di una funzione polmonare eccellenti. Ritiene del tutto ininfluente la stabilità della saturazione dell'ossigeno durante l'intervento, asserendo che ciò sarebbe semplicemente dovuto all'inalazione di ossigeno puro. Il ricorrente lamenta inoltre l'assenza di un'ulteriore radiografia al momento di essere dimesso dall'ospedale, a maggior ragione ove si consideri che già allora si sentiva molto debole e con il fiato corto. Rimprovera inoltre la CRP per non avere preso in considerazione né la perizia di parte né le dichiarazioni testimoniali del dott. med. H._, secondo il quale la causa della polmonite chimica potrebbe verosimilmente essere ricondotta a una bronco aspirazione. Ritiene inoltre inattendibili le dichiarazioni rese dal medico anestesista denunciato e reputa parimenti inattendibile, oltre che lacunosa e contraddittoria, la perizia giudiziaria.
4.2 Il ricorrente richiama al riguardo la nozione di causalità adeguata, ma la CRP in sostanza ha già negato l'esistenza di una causalità naturale: si tratta al proposito di una questione che concerne l'accertamento dei fatti e come tale può essere riesaminata in questa sede entro i limiti ristretti dell'art. 105 LTF (cfr. sentenza 6B_377/2008 del 1° luglio 2008, consid. 5). In particolare, il Tribunale federale interviene solamente quando l'accertamento dei fatti è manifestamente insostenibile, in chiaro contrasto con gli atti o fondato su una svista manifesta e viola pertanto il divieto dell'arbitrio (cfr. DTF 129 I 8 consid. 2.1). Il ricorrente si limita tuttavia ad esporre in modo appellatorio il proprio punto di vista fondandosi su singoli aspetti e su determinati passaggi di talune dichiarazioni, criticando genericamente la perizia giudiziaria sulla quale la Corte cantonale ha essenzialmente basato il proprio giudizio.
Gli argomenti addotti dal ricorrente, che si richiama in particolare al preteso conflitto di interesse dei periti, a una pubblicazione sull'impianto di pacemaker redatta anche da uno dei periti, alle conclusioni tratte dai periti in relazione alle caratteristiche della vena cefalica e alla mancata consulenza anestesiologica, non sono tali da fare ravvisare contraddizioni nella perizia, né costituiscono motivi che giustificano di scostarsi dalla stessa. In concreto, la CRP si è fondata a ragione sulla perizia giudiziaria, negando l'esistenza di nesso causale tra l'intervento di anestesia e la polmonite essenzialmente sulla base di tre specifici motivi, confermati dagli esperti in modo chiaro e convincente anche in sede di delucidazione orale. Il ricorrente non si confronta in modo conforme alle esposte esigenze di motivazione con i relativi accertamenti, né adombra arbitrio alcuno. Ch'egli non presentasse problemi sotto il profilo della funzione polmonare prima dell'intervento non è stato messo in dubbio dalla Corte cantonale, ma ciò non significa che il danno subito debba essere ricondotto all'anestesia. Per quanto concerne le questioni della saturazione dell'ossigeno e delle radiografie, i periti si sono espressi sia nel loro referto sia in sede di delucidazione, mentre laddove il ricorrente sostiene di essersi sentito debole già al momento di essere dimesso, egli disattende che la CRP ha accertato conformemente agli atti che dalla radiografia eseguita il 24 luglio 2002 non risultavano segni di alterazioni polmonari e ch'egli non aveva lamentato disturbi, ma stava bene. Contrariamente alla sua opinione, risulta inoltre che i periti hanno tenuto conto della perizia di parte: peraltro essa non si esprime in modo specifico ed approfondito sul quesito della causalità, limitandosi senza particolari spiegazioni a ritenerla molto probabile.
Quanto alla deposizione del dott. H._, se invero la CRP non l'ha esplicitamente richiamata nel suo giudizio, essa non contrasta con il referto peritale. Accennando poi a pretese manchevolezze nell'allestimento del protocollo di narcosi da parte del medico anestesista denunciato, il ricorrente disattende che il medico ha spiegato in sede di interrogatorio le modalità di compilazione di tale documento.
5. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.