Faits:
A. A.a A._, né en 1941, et dame A._, née en 1944, se sont mariés le 6 février 1970 à Coppet. Par acte authentique du 26 janvier 1970, les époux ont conclu un contrat de mariage les soumettant au régime de la séparation de biens.
Deux enfants majeurs sont issus de leur union, B._, né en 1972, et C._, né en 1976.
Les époux A._ vivent séparés depuis le mois de juillet 2006.
A.b Le 1er septembre 1998, les époux A._ ont acquis, à raison d'une moitié chacun, l'immeuble n° 7837 de la commune de D._ comprenant une maison d'habitation sur trois niveaux. L'acquisition pour un prix de 1'070'000 fr. a été financée à hauteur de 340'000 fr. par des fonds propres de l'épouse, de 530'000 fr. par un emprunt conjoint et solidaire des époux auprès de la banque E._ et de 200'000 fr. par un crédit du vendeur garanti par cédules hypothécaires. Ce dernier crédit a été remboursé le 12 décembre 2001 au moyen d'un emprunt pour la même somme contracté par le mari auprès de la banque F._ et garanti par le nantissement de son fonds de pension auprès de X._.
B. B.a Par acte déposé le 16 septembre 2008, l'épouse a formé une requête unilatérale en divorce auprès du Tribunal de première instance du canton de Genève. Le 2 octobre 2008, le mari a également déposé une demande unilatérale en divorce. Les causes ont été jointes par jugement du 3 décembre 2008.
Par jugement du 3 septembre 2009, le tribunal a prononcé la dissolution du mariage contracté par les parties. Il a entre autres ordonné la liquidation du régime de la copropriété des époux A._ sur l'immeuble sis sur la commune de D._, sa mise en vente aux enchères publiques ainsi que la répartition par moitié entre les époux du produit de vente net. Le mari a en outre été condamné à s'acquitter d'une somme de 100'000 fr. au titre d'indemnité équitable au sens de l'art. 124 CC, versée par mensualités de 800 fr. payables d'avance.
B.b Statuant sur appel de dame A._, par arrêt du 25 juin 2010, la Cour de justice du canton de Genève a partiellement réformé ledit jugement, en ce sens qu'elle a attribué à l'épouse la pleine propriété de l'immeuble sis sur la commune de D._ moyennant la reprise à son seul nom de tous les emprunts hypothécaires en lien avec ce bien immobilier ainsi que le versement d'une soulte de 200'000 fr. au mari, déduction faite de l'équitable indemnité de 224'000 fr. due par celui-ci.
C. Le 1er septembre 2010, A._ a formé un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation. Principalement, il requiert la liquidation du régime de la copropriété sur l'immeuble sis sur la commune de D._, sa mise en vente aux enchères publiques, la répartition par moitié du produit de vente net entre les parties ainsi que la fixation de l'indemnité équitable due à l'épouse à 200'000 fr. Subsidiairement, il conclut à l'attribution à dame A._ de la pleine propriété de l'immeuble, moyennant la reprise à son seul nom de tous les emprunts hypothécaires en lien avec ce bien immobilier ainsi que le versement en sa faveur d'une somme de 687'000 fr., l'indemnité équitable due étant fixée à 200'000 fr. Plus subsidiairement, il requiert le renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle ordonne une nouvelle expertise de l'immeuble. Il se plaint d'une appréciation inexacte des faits, ainsi que d'une violation des art. 124, 251, 617, 646, 649 al. 2, 651 al. 2 CC et de l'art. 549 al. 1 CO.
L'intimée conclut au rejet du recours dans ses observations du 18 novembre 2010. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit:
1. Interjeté - compte tenu des féries estivales (art. 46 al. 1 let. b LTF) - dans le délai légal (art. 100 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF), par une partie qui a succombé en dernière instance cantonale (art. 76 al. 1 LTF et art. 75 al. 1 LTF), dans une affaire de divorce (art. 72 al. 1 LTF) dont seuls des effets accessoires (liquidation du régime de la copropriété et fixation de l'indemnité équitable de l'art. 124 CC) de nature pécuniaire d'une valeur supérieure à 30'000 fr. sont litigieux (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
2. 2.1 Le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1). Il ne connaît de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF ; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (ATF 133 IV 286 consid. 1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 II 396 consid. 3).
2.2 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (consid. 2.1).
3. En substance, l'autorité cantonale a constaté, s'agissant de l'immeuble copropriété des parties, que celui-ci avait été acquis grâce aux fonds propres de l'intimée, que celle-ci l'occupait à titre de demeure principale avec son plus jeune fils et qu'elle y exerçait son activité professionnelle. La juridiction en a déduit que ce bien devait être attribué à l'intimée moyennant la reprise à son seul nom des prêts hypothécaires de 730'000 fr. ainsi que le désintéressement du recourant à concurrence de 424'000 fr. Quant à l'équitable indemnité due en vertu de l'art. 124 CC par le recourant, la cour l'a arrêtée en équité à 224'000 fr. en tenant compte, d'une part, des avoirs de prévoyance accumulés par celui-ci avant qu'il ne prenne sa retraite et, d'autre part, des circonstances du cas d'espèce, en particulier la soulte dont doit s'acquitter l'intimée.
4. S'agissant de la liquidation de la copropriété sur l'immeuble, le recourant conteste l'existence d'un intérêt prépondérant de l'intimée à son attribution ainsi que la capacité de cette dernière à obtenir des banques créancières qu'il soit libéré des emprunts hypothécaires. Il invoque aussi bien une constatation inexacte et arbitraire des faits qu'une violation du droit.
4.1 En cas de séparation de biens, lorsqu'un bien est en copropriété, un époux peut demander que ce bien lui soit attribué entièrement s'il justifie d'un intérêt prépondérant, à charge de désintéresser son conjoint (art. 251 CC; ATF 119 II 197 consid. 2). Selon la jurisprudence, un intérêt prépondérant peut revêtir diverses formes. Il faut que l'époux requérant puisse se prévaloir d'une relation particulièrement étroite avec le bien litigieux, quels qu'en soient les motifs. L'intérêt prépondérant consistera par exemple dans le fait que l'époux requérant a pris une part décisive à l'acquisition du bien commun, qu'il manifeste un intérêt particulier pour ce bien, que le bien a été apporté par lui au mariage ou qu'il s'agit d'un bien de l'entreprise dont il s'occupe (ATF 119 II 197 consid. 2). Le juge doit procéder à une pesée de l'intérêt (art. 4 CC), que le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec réserve, n'intervenant que si le juge cantonal a tenu compte d'éléments qui ne jouaient aucun rôle ou a négligé des circonstances importantes (ATF 127 III 136 consid. 3a; 119 II 197 consid. 2). Cependant, il faut aussi tenir compte des intérêts purement économiques du conjoint qui demande la mise en vente du bien, raison pour laquelle une attribution à l'un des conjoints ne peut avoir lieu que contre pleine indemnisation de l'autre, en tenant compte de la valeur vénale (arrêt 5C.325/2001 du 4 mars 2001 consid. 4; HAUSHEER/REUSSER/GEISER, Berner Kommentar, 1992, n. 49 ad art. 205 CC; HAUSHEER/AEPLI-MÜLLER, Basler Kommentar, 2010, n. 17 ad art. 205 CC). Le désintéressement du conjoint peut, pour une part, intervenir sous la forme d'une reprise de la dette contractée solidairement au seul nom de l'époux réclamant l'attribution (arrêt 5C.195/2004 du 22 novembre 2004 consid. 4.4; 5C.325/2001 du 4 mars 2001 consid. 4 et les références citées). Une telle reprise de dette nécessite le consentement du créancier (art. 176 CO).
À défaut d'intérêt prépondérant de l'un des époux ou s'ils ne s'entendent pas sur le mode de partage, le juge ordonne le partage en nature ou la vente aux enchères publiques ou entre les copropriétaires (art. 651 al. 2 CC). En ce qui concerne le mode des enchères, le juge décide selon les circonstances de l'espèce. S'agissant, par exemple, de parents copropriétaires qui ne désirent pas que l'immeuble passe en mains étrangères, des enchères privées entre eux se justifient. En revanche, s'ils entendent l'un et l'autre acquérir tout l'immeuble ou tirer le plus grand profit de l'aliénation, les enchères publiques doivent être privilégiées (ATF 80 II 369 consid. 4).
4.2 En l'espèce, l'autorité cantonale a constaté que l'immeuble en cause avait été acquis grâce aux fonds propres de l'intimée, lesquels constituaient un élément indispensable à son acquisition. Elle a, en outre, retenu que l'intimée l'occupait à titre de demeure principale depuis juillet 2006, qu'elle y exerçait son activité professionnelle et qu'actuellement le plus jeune fils du couple y résidait. Elle a encore relevé que le recourant n'avait fait valoir qu'un intérêt économique en relation avec le bien et qu'il avait déclaré consentir à ce qu'il soit attribué à son épouse. La cour cantonale en a déduit qu'il convenait, en principe, d'attribuer l'immeuble à l'intimée. S'agissant de la faculté de l'intimée à désintéresser le recourant, la juridiction a constaté l'engagement d'un tiers à garantir le prêt hypothécaire auprès de la banque E._ à concurrence de 500'000 fr., ainsi que les déclarations de l'intimée indiquant que les banques étaient disposées à transférer les prêts hypothécaires à son seul nom. Quant au versement de la soulte, elle a relevé que celle-ci pourrait partiellement être compensée par l'équitable indemnité due par le recourant.
4.2 En l'espèce, l'autorité cantonale a constaté que l'immeuble en cause avait été acquis grâce aux fonds propres de l'intimée, lesquels constituaient un élément indispensable à son acquisition. Elle a, en outre, retenu que l'intimée l'occupait à titre de demeure principale depuis juillet 2006, qu'elle y exerçait son activité professionnelle et qu'actuellement le plus jeune fils du couple y résidait. Elle a encore relevé que le recourant n'avait fait valoir qu'un intérêt économique en relation avec le bien et qu'il avait déclaré consentir à ce qu'il soit attribué à son épouse. La cour cantonale en a déduit qu'il convenait, en principe, d'attribuer l'immeuble à l'intimée. S'agissant de la faculté de l'intimée à désintéresser le recourant, la juridiction a constaté l'engagement d'un tiers à garantir le prêt hypothécaire auprès de la banque E._ à concurrence de 500'000 fr., ainsi que les déclarations de l'intimée indiquant que les banques étaient disposées à transférer les prêts hypothécaires à son seul nom. Quant au versement de la soulte, elle a relevé que celle-ci pourrait partiellement être compensée par l'équitable indemnité due par le recourant.
4.3 4.3.1 Concernant l'établissement des faits, le recourant reproche notamment à la cour cantonale d'avoir retenu que l'immeuble en cause servait de lieu de travail pour l'intimée, dans la mesure où ce fait allégué avait formellement été contesté en procédure et qu'aucun élément de preuve n'avait été recueilli ni proposé par l'intimée en vue de démontrer cette allégation. Il y voit une violation de l'art. 8 CC. Quant à la constatation selon laquelle l'intimée serait à même de le désintéresser, le recourant invoque que l'engagement d'une connaissance de l'intimée à garantir l'emprunt hypothécaire à hauteur de 500'000 fr. était inférieur à la somme des dettes hypothécaires - outre le fait que les facultés financières de cette personne n'avaient pas été démontrées - et que l'allégation de l'intimée, selon laquelle les établissements bancaires en cause seraient disposés à transférer les emprunts à son seul nom, avait formellement été contestée en procédure et n'avait nullement été prouvée, de sorte que l'art. 8 CC avait été violé. Il conteste également que la recourante soit en mesure de lui verser une soulte à hauteur de 200'000 fr. L'intimée indique quant à elle avoir produit, lors de la comparution personnelle du 27 avril 2010, des cartons d'invitation permettant d'établir que l'immeuble lui servait de lieu de travail; ceux-ci n'ont cependant pas pu être soumis à l'administration des preuves pour des motifs procéduraux. S'agissant de l'accord des établissements bancaires, elle allègue avoir expliqué et démontré que ceux-ci l'autoriseraient à reprendre les prêts hypothécaires à son seul nom, la garantie obtenue d'une connaissance réduisant son risque. Elle argue enfin, que le recourant n'a nullement démontré qu'elle n'était pas en mesure de s'acquitter d'une soulte en sa faveur alors que c'est elle qui a financé l'achat de l'immeuble et s'est acquittée des intérêts hypothécaires auprès de la banque E._.
4.3.2 Si des moyens de preuve sont invoqués en relation avec un droit subjectif privé découlant d'une norme de droit matériel fédéral, le recourant doit se plaindre de la violation de l'art. 8 CC, et non de la violation de son droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêt 5A_726/2009 du 30 avril 2010 consid. 3.). Aux termes de l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. Pour tout le domaine du droit civil fédéral, la loi réglemente non seulement la répartition du fardeau de la preuve mais aussi les conséquences de l'absence de preuve (ATF 114 II 289 consid. 2a). Un droit à la preuve et à la contre-preuve est également déduit de l'art. 8 CC (ATF 129 III 18 consid. 2.6). Le juge enfreint en particulier l'art. 8 CC s'il tient pour exactes les allégations non prouvées d'une partie, nonobstant leur contestation par l'autre, ou s'il refuse toute administration de preuve sur des faits pertinents en droit (ATF 130 III 591 consid. 5.4; 114 II 289 consid. 2a; ATF 105 II 143 consid. 6a/aa). En présence de deux affirmations opposées des parties, les juridictions cantonales ne sauraient dès lors admettre celle qui leur paraît la plus plausible, sans avoir fait administrer des preuves, ne fût-ce que par des indices ou par l'interrogatoire des parties (ATF 71 II 127). En revanche, l'art. 8 CC ne régit pas l'appréciation des preuves, de sorte qu'il ne prescrit pas quelles sont les mesures probatoires qui doivent être ordonnées (ATF 127 III 519 consid. 2a), ni ne dicte au juge comment forger sa conviction (ATF 128 III 22 consid. 2d; 127 III 248 consid. 3a, 519 consid. 2a); il n'exclut pas non plus que le juge puisse, sur la base d'une appréciation anticipée des preuves déjà disponibles, refuser l'administration d'une preuve supplémentaire au motif qu'il la tient pour impropre à modifier sa conviction (ATF 131 III 222 consid. 4.3; 129 III 18 consid. 2.6). Si le juge a refusé une mesure probatoire en procédant à une appréciation anticipée des preuves, celle-ci ne peut être contestée qu'en invoquant l'arbitraire (art. 9 Cst.; arrêt 5A_726/2009 du 30 avril 2010 consid. 3.).
4.3.3 En l'espèce, le recourant a formellement contesté en procédure cantonale, d'une part, que l'intimée exerçait son activité professionnelle dans l'immeuble copropriété des parties et, d'autre part, que les banques créancières étaient d'accord qu'elle reprenne à son seul nom les emprunts hypothécaires. Par conséquent, la cour cantonale ne pouvait pas considérer ces faits comme établis sans administrer de preuves. Or, il ne ressort nullement du dossier que tel fut le cas. Au contraire, les parties n'ont même pas été interrogées au sujet des faits en cause lors de leur comparution personnelle du 27 avril 2010. En outre, les juges cantonaux n'ont aucunement motivé leur choix de privilégier les affirmations de l'intimée plutôt que celles du recourant. La cour cantonale a ainsi tenu pour exactes des allégations non prouvées, nonobstant leur contestation, de sorte qu'elle a établi les faits en violation de l'art. 8 CC.
On peut se demander si le fait que la recourante exerce effectivement son activité professionnelle dans l'immeuble en cause est déterminant, dans la mesure où il ne s'agit que d'un élément parmi d'autres, qui ont permis à l'autorité cantonale de constater que celle-ci avait un intérêt prépondérant à l'attribution. En revanche, il est pertinent de savoir si l'intimée est en mesure, d'une part, de reprendre à son seul nom les emprunts hypothécaires de 730'000 fr. grevant l'immeuble et, d'autre part, de verser une soulte - arrêtée par la cour cantonale à 200'000 fr. après déduction de l'indemnité équitable - au recourant dès lors qu'une attribution ne peut intervenir que moyennant une pleine indemnisation de l'autre époux (cf. consid. 4.1). Un renvoi à l'autorité cantonale pour élucider ces faits suppose toutefois qu'ils aient été allégués et les offres de preuve proposées en temps utile en instance cantonale, ce que le recourant doit exposer avec précision et en se référant aux pièces du dossier (arrêt 5A_338/2010 du 4 octobre 2010 consid. 3.2 et les références citées; cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ: ATF 115 II 484 consid. 2a). Or, dans sa réponse au recours, l'intimée - à qui incombe la charge de la preuve (art. 8 et 251 CC) - ne mentionne nullement que, en procédure cantonale, elle aurait offert de prouver qu'elle disposait de l'accord des banques en cause pour la reprise à son seul nom des emprunts hypothécaires. Au contraire, elle se contente d'alléguer avoir démontré que celles-ci y consentaient. En outre, il ressort du dossier que, pour toute preuve de ses capacités à désintéresser son conjoint et à le libérer des dettes, elle n'a produit, à la veille de l'arrêt cantonal, qu'un document attestant de l'engagement d'une connaissance à garantir les prêts hypothécaires à hauteur de 500'000 fr., soit un montant inférieur aux dettes auxquelles elle doit faire face (730'000 fr. et 200'000 fr.).
Il s'ensuit que l'intimée supporte l'échec de la preuve de sa capacité à désintéresser son époux et à le libérer des emprunts hypothécaires et qu'en conséquence, elle ne peut réclamer l'attribution de l'immeuble, copropriété des parties. Le recours doit dès lors être admis sur ce point.
5. Dès lors qu'une attribution de l'immeuble à l'intimée ne peut être confirmée, il y a lieu de procéder au partage conformément à l'art. 651 al. 2 CC. Le partage en nature n'entrant pas en considération, il faut encore déterminer si la vente doit être effectuée aux enchères publiques ou entre les parties. Les juges de première instance avaient retenu que, dans la mesure où seule l'intimée désirait conserver le bien, il n'y avait pas lieu d'ordonner d'enchères privées. Le recourant entendant tirer le plus grand profit possible de sa part et l'intimée n'ayant pas été à même de démontrer sa capacité à le désintéresser, il convient de confirmer la solution retenue en première instance et d'ordonner aux parties de mettre en vente l'immeuble aux enchères publiques.
6. L'immeuble copropriété des parties étant mis en vente, point n'est besoin d'arrêter sa valeur vénale. En revanche, il y a lieu d'examiner les griefs du recourant ayant trait au remboursement des fonds propres investis par la recourante et des intérêts hypothécaires dont se sont acquittées chacune des parties.
6.1 Le recourant reproche tout d'abord à la cour cantonale de s'être écartée de la présomption de l'art. 646 al. 2 CC, qui prévoit que les quotes-parts de chacun des copropriétaires sont égales, lorsqu'elle a ordonné la restitution à l'intimée de l'entier de son investissement en fonds propres. De plus, il invoque que, selon la jurisprudence, une modification des quotes-parts doit être prévue en la forme authentique. Il fait également valoir que les règles sur la copropriété ont le pas sur celles de la société simple retenues par l'autorité inférieure.
6.1.1 Selon la jurisprudence, pour le calcul de l'indemnité due à chacun, il faut déterminer qui a financé l'acquisition du bien. A cet égard, l'inscription au registre foncier n'apporte aucune indication (arrêt 5A_87/2010 du 5 mai 2010 consid. 3.1). Si un époux a financé seul l'acquisition par des fonds propres, son conjoint lui est redevable sur sa part de la moitié de cette somme (arrêt 5A.56/2004 du 13 août 2004 consid. 4), qui lui a en quelque sorte été avancée.
6.1.2 En l'occurrence, la cour cantonale a considéré que, à défaut de dispositions légales expresses sur la liquidation des rapports patrimoniaux liés à la copropriété, il convenait de s'inspirer des principes généraux, notamment des dispositions sur la société simple. Elle a en outre jugé que cette forme juridique convenait bien au cas d'espèce dès lors que les conjoints avaient décidé d'acquérir en commun un bien immobilier et avaient tous deux procédé à des apports, l'épouse investissant les fonds propres et le mari rendant possible - vu le revenu de son travail - l'octroi d'un important crédit hypothécaire. Elle en a déduit qu'ils formaient une société simple de fait, les parties apparaissant, du fait de la séparation de biens, dans une situation proche de celle de simples investisseurs ou de concubins. S'agissant de la liquidation, elle a jugé que, après le règlement des dettes, il convenait de restituer son apport à la recourante au prix pour lequel il avait été accepté, à savoir 340'000 fr., alors que celui du recourant - la possibilité d'obtenir un crédit - ne donnait pas droit à une indemnité car il n'avait pas de valeur patrimoniale et se rapprochait tout au plus d'un apport en industrie. S'agissant de la répartition de la plus-value, elle l'a répartie par moitié entre les parties, celles-ci n'ayant pris aucune disposition conventionnelle dérogeant au système légal des art. 646 al. 2 CC ou 533 al. 1 CO.
6.1.3 En l'espèce, l'épouse a financé l'acquisition de l'immeuble à hauteur de 340'000 fr. de sorte que son époux lui est redevable de 170'000 fr. Or, déduire l'entier de l'investissement de l'épouse avant de répartir le solde entre les parties, comme l'a fait la cour cantonale, ou répartir le produit net de la vente puis exiger du recourant qu'il rembourse, sur sa part, la moitié de l'investissement de l'épouse, conformément à la jurisprudence susmentionnée (cf. consid. 6.1.1), conduit à un résultat strictement identique. En revanche, la solution proposée par le recourant, à savoir la déduction de la seule moitié de l'investissement sur le produit net de la vente, est contraire au droit, que l'on applique les règles de la copropriété ou celles de la société simple. En effet, le recourant aurait dû participer pour moitié au financement de l'acquisition par l'apport de fonds propres à hauteur de 170'000 fr., ce qu'il ne conteste d'ailleurs pas. Il se justifie dès lors que cette somme soit prélevée sur sa part ou que l'entier du financement de l'épouse lui soit restitué avant le partage. Ce procédé ne remet nullement en cause l'égalité des quotes-parts que présume l'art. 646 al. 2 CC, contrairement à ce que prétend le recourant.
Il s'ensuit que le remboursement de l'apport en fonds propres de l'épouse n'est pas critiquable et que le recours doit être rejeté sur ce point.
6.2 S'agissant des intérêts dont les parties se sont acquittées depuis la séparation, le recourant invoque tout d'abord que les faits auraient été constatés de manière manifestement inexacte en ce sens qu'il aurait payé les intérêts concernant le crédit auprès de la banque F._ depuis le mois d'août 2007 et non août 2008 comme retenu dans l'arrêt querellé; il se serait ainsi acquitté d'une somme de 21'000 fr. Il soutient ensuite que chacun des époux aurait dû payer la moitié des intérêts hypothécaires de sorte que seul un montant de 28'000 fr. devait être déduit en faveur de l'intimée avant le partage. Il y voit une violation de l'art. 649 al. 2 CC.
6.2.1 Aux termes de l'art. 649 CC, les frais d'administration, impôts et autres charges résultant de la copropriété ou grevant la chose commune sont supportés, sauf disposition contraire, par tous les copropriétaires en raison de leurs parts (al. 1); si l'un des copropriétaires paie au-delà de sa part, il a recours contre les autres dans la même proportion (al. 2). Selon la jurisprudence, sont notamment des autres charges au sens de l'art. 649 al. 1 CC le remboursement des intérêts hypothécaires et l'amortissement du capital (ATF 119 II 330 consid. 7a; 119 II 404 consid. 4; arrêt 5A_222/2010 du 30 juin 2010 consid. 5.1).
6.2.2 La cour cantonale a constaté que l'intimée s'est acquittée de l'entier des intérêts hypothécaires auprès de la banque E._ depuis la séparation pour une somme totale de 70'000 fr. Quant aux intérêts concernant l'emprunt contracté auprès de la banque F._, elle a retenu une somme de 7'000 fr. pour l'intimée qui les a payés jusqu'en août 2008 et un montant de 14'000 fr. pour le recourant qui s'en est chargé depuis lors. Appliquant l'art. 549 al. 1 CO, elle en a déduit que l'intimée disposait d'une créance de 63'000 fr. envers le recourant.
6.2.3 S'agissant du montant d'intérêts dont il convient de tenir compte pour chacune des parties concernant l'emprunt auprès de la banque F._, force est de constater que, selon les pièces produites en procédure par l'intimée, celle-ci s'en est acquittée à tout le moins jusqu'en février 2008. En outre, la pièce à laquelle fait référence le recourant ne permet pas d'établir qu'il les aurait payés dès le mois d'août 2007. Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter des chiffres retenus par l'instance inférieure.
Concernant le calcul de la somme due en vertu de l'art. 649 al. 2 CC, l'épouse s'est chargée des intérêts hypothécaires à hauteur de 77'000 fr. et le mari pour un montant de 14'000 fr. Chacun devant contribuer à part égale, l'épouse a ainsi payé 63'000 fr. de plus que le recourant qui lui est par conséquent redevable de 31'500 fr. sur sa part. Il est également admissible de prélever l'entier de la somme de 63'000 fr., payée en plus par l'intimée, avant de procéder au partage du produit net de la vente puisque le résultat comptable pour chacune des parties se révèle équivalent. En revanche, on ne saurait soustraire à la part revenant au recourant l'entier de la somme de 63'000 fr. comme l'a retenu la cour cantonale, ni prélever le montant dû par le recourant, soit 31'500 fr., sur le bénéfice de la vente avant partage, comme le préconise celui-ci. En conséquence, afin de rester cohérent avec la solution retenue en instance cantonale pour ce qui est des fonds propres investis, il convient d'imputer, à titre de remboursement des intérêts, un montant de 63'000 fr. en faveur de l'intimée sur le bénéfice de la vente.
6.2.4 Enfin, il y a lieu de relever que l'art. 649 CC vaut également pour les frais d'administration, impôts et autres charges résultant de la copropriété dont les parties se sont acquittées depuis le prononcé de l'arrêt querellé et ceux dont elles s'acquitteront encore jusqu'à la mise en vente de l'immeuble. En conséquence, ceux-ci devront être supportés par moitié par chacune d'elles.
7. Le recourant reproche enfin à la cour cantonale de s'être écartée sans motivation compréhensible du calcul auquel elle a procédé pour arrêter l'équitable indemnité de l'art. 124 CC.
7.1 Lorsque, comme en l'espèce, un partage par moitié de la prestation de sortie n'est pas possible, il est dû une indemnité équitable, conformément à l'art. 124 CC. Selon la jurisprudence, dans la détermination du montant de cette indemnité, le juge doit appliquer les règles du droit et de l'équité (art. 4 CC), c'est-à-dire prendre en considération toutes les circonstances importantes du cas concret. Pour calculer, dans un premier temps, le montant de la prestation de sortie virtuel à partager par moitié entre les époux, il faut, comme à l'art. 122 CC, se placer au moment de l'entrée en force du prononcé de divorce et considérer l'ensemble de la durée du mariage, sans prendre en compte la période de suspension de la vie commune; puis, dans un second temps, et dans la mesure où cela est possible en l'espèce, calculer l'indemnité équitable à partir de l'option de base du législateur à l'art. 122 CC, à savoir que les avoirs de prévoyance doivent être partagés par moitié entre les époux. Il faut cependant éviter tout schématisme consistant à partager par moitié l'avoir de prévoyance : la disposition de l'art. 124 CC, parce qu'elle contient l'expression "équitable", invite objectivement à la souplesse. Il faut donc tenir compte notamment de la situation patrimoniale des parties après le divorce. Par conséquent, lors du calcul de l'indemnité équitable, il faut spécialement prendre en considération des critères comme les besoins personnels et la capacité contributive du débiteur, ou comme les besoins de prévoyance du bénéficiaire (ATF 133 III 401 consid. 3.2 et les références citées).
7.2 La juridiction cantonale a calculé les avoirs de prévoyance accumulés par le recourant pendant le mariage qu'elle a réduits afin de tenir compte du fait qu'il avait pris sa retraite depuis huit ans. Elle a ensuite procédé au partage par moitié entre les époux pour arriver à un montant arrondi de 200'000 fr. en faveur de l'intimée. Considérant les circonstances du cas d'espèce, en particulier l'importante soulte due par l'intimée au recourant du fait de la liquidation de la copropriété, elle a augmenté cette somme de 24'000 fr.
7.3 En l'espèce, la solution retenue par l'autorité cantonale repose sur la prémisse d'une attribution de l'immeuble copropriété des parties à l'intimée. Or, dès lors que l'immeuble sera mis en vente et que l'intimée recouvrera les fonds propres investis ainsi que les intérêts payés depuis la séparation, outre le versement de la moitié du produit net de la vente, il n'y a plus de motifs de s'écarter du résultat strict auquel est parvenu l'autorité cantonale avant de tenir compte de la soulte due par l'intimée. Il convient en conséquence d'admettre le recours sur ce point et d'arrêter le montant de l'équitable indemnité de l'art. 124 CC à 200'000 fr.
8. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis. L'arrêt cantonal est donc réformé en ce sens que la liquidation de la copropriété sur l'immeuble n° 7837 de la commune de D._ et sa mise en vente aux enchères publiques par les parties sont ordonnées, que le produit net de la vente sera réparti pas moitié entre les parties après remboursement notamment des prêts hypothécaires ainsi que des fonds propres de 340'000 fr. et des intérêts pour 63'000 fr. à l'intimée et que le recourant versera une équitable indemnité au sens de l'art. 124 CC de 200'000 fr. à l'intimée. Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont pour 3'000 fr. mis à la charge de l'intimée qui succombe et pour 1'000 fr. à la charge du recourant qui n'obtient que partiellement gain de cause (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée versera en outre au recourant une indemnité réduite de dépens à hauteur de 2'500 fr. (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Il appartiendra à l'autorité cantonale de statuer à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale (art. 68 al. 5 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt cantonal est réformé en ce sens que:
1. La liquidation de la copropriété des époux A._ sur l'immeuble n° 7837 de la commune de D._ et sa mise en vente aux enchères publiques par les copropriétaires sont ordonnées.
2. Le produit net de la vente sera réparti par moitié entre les copropriétaires, après remboursement, notamment, des dettes hypothécaires ainsi que des fonds propres de 340'000 fr. et des intérêts à hauteur de 63'000 fr. à dame A._.
3. A._ est condamné à verser à dame A._, au titre d'équitable indemnité au sens de l'art. 124 CC, la somme de 200'000 fr.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont pour 3'000 fr. mis à la charge de l'intimée et pour 1'000 fr. à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer au recourant à titre de dépens réduits, est mise à la charge de l'intimée.
4. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 5 janvier 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Richard