Faits:
A. Par décision du 5 décembre 2011, la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions du canton de Fribourg (ci-après: la Direction de l'aménagement) a rejeté la demande de renouvellement de l'autorisation provisoire d'exploiter la compostière du Gibloux à Vuisternens-en-Ogoz, délivrée à l'Entreprise A._. Elle a précisé que l'autorisation provisoire prenait fin au 31 janvier 2012. Ce refus était motivé par le fait que la compostière avait continuellement été menée de manière insatisfaisante, eu égard notamment au problème récurrent de l'émanation d'odeurs et à l'écoulement de jus vers le fonds voisin; il a en outre été relevé que des contrôles avaient mis en évidence plusieurs irrégularités par rapport aux conditions de l'autorisation.
L'Entreprise A._ (ci-après: l'Entreprise) a recouru contre cette décision auprès de la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal). Elle a notamment demandé la confirmation de l'effet suspensif de son recours et la possibilité de continuer à bénéficier de l'autorisation provisoire d'exploiter la compostière au-delà du 31 janvier 2012. Par arrêt du 14 mars 2012, le Tribunal cantonal a traité la demande d'effet suspensif comme requête de mesures provisionnelles qu'il a admise partiellement, dans le sens que l'exploitation de la compostière du Gibloux est autorisée jusqu'au 30 juin 2012.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Entreprise demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du 14 mars 2012, en ce sens qu'elle pourra exploiter la compostière du Gibloux jusqu'à ce que la décision finale au recours déposé le 20 janvier 2012 soit rendue.
Le Tribunal cantonal, la Préfecture de la Sarine et la Commission administrative de la commune de Vuisternens-en-Ogoz renoncent à se déterminer. La Direction de l'aménagement conclut au rejet du recours. La recourante a répliqué par courrier du 29 mai 2012.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 En vertu de l'art. 90 LTF, le recours en matière de droit public au Tribunal fédéral est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. Il est également recevable contre certaines décisions préjudicielles et incidentes. Il en va ainsi de celles qui concernent la compétence et les demandes de récusation (art. 92 LTF). Quant aux autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément, elles peuvent faire l'objet d'un recours si elles sont susceptibles de causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
1.2 En l'espèce, le recours est dirigé contre un arrêt du Tribunal cantonal qui admet partiellement une requête de mesures provisionnelles (cf. ATF 138 III 76 consid. 1.2 p. 79). L'arrêt attaqué ne met par conséquent pas fin à la procédure administrative et revêt un caractère incident. Dans un tel cas, le recours n'est ouvert que si l'une des deux hypothèses de l'art. 93 LTF est réalisée.
D'après la jurisprudence, un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF doit être de nature juridique; il ne doit pas pouvoir être réparé ultérieurement par une décision finale favorable au recourant (ATF 137 III 475 consid. 1 et les références). Un pur préjudice de fait peut suffire, y compris s'il est de nature économique, à condition qu'en attaquant une décision incidente le recourant ne cherche pas uniquement à empêcher une prolongation de la procédure ou une hausse de ses coûts (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36 s.).
En l'occurrence, la décision attaquée ne cause aucun préjudice irréparable immédiat à la recourante puisque celle-ci est autorisée à continuer l'exploitation de la compostière jusqu'à la fin juin 2012. Cependant, dans la mesure où le Tribunal cantonal invite le Service de l'environnement du canton de Fribourg à s'assurer que les communes amenant leurs déchets organiques à la compostière du Gibloux soient informées de la fermeture de l'exploitation à cette date, celles-ci doivent prendre les mesures nécessaires pour trouver un autre lieu de traitement: cela pourrait causer un préjudice de nature économique à la recourante, dans l'hypothèse où les communes auraient passé des contrats avec d'autres exploitants à son détriment. L'intéressée ne démontre cependant pas en quoi cette potentielle perte d'exploitation serait irréparable. En tout état, la question peut demeurer indécise, vu l'issue du recours.
2. Aux termes de l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Cette exclusion vaut non seulement pour les faits postérieurs à la décision attaquée, mais également pour ceux que les parties ont omis d'alléguer dans la procédure cantonale. Ces dernières sont en effet tenues de présenter devant les instances précédentes tous les faits qui leur paraissent pertinents et d'offrir les moyens de preuve adéquats (Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 4000, 4137). Il ne suffit pas qu'un moyen de preuve ait été découvert après la décision attaquée pour justifier une telle exception, la tâche du Tribunal fédéral étant de dire si l'autorité précédente a ou non violé le droit sur la base de la situation existant au moment où elle a rendu sa décision (cf. ATF 133 III 393 consid. 3 p. 395; 133 IV 342 consid. 2.1 p. 343 s.; Bernard Corboz, in Commentaire LTF, n. 26 ad art. 99 LTF).
A l'appui de son écriture, la recourante produit différentes pièces qui ne figurent pas au dossier du Tribunal cantonal. Elle ne démontre cependant pas en quoi le permis de construire délivré le 26 juin 1992, le certificat de conformité daté du 26 juin 1992, le permis d'occuper du 1er août 1996, le permis de construire du 4 mars 2011, la lettre du 7 novembre 2005 du Préfet de la Sarine et la publication cantonale relative aux compostières régionales résulteraient de l'arrêt attaqué. Il n'en sera dès lors pas tenu compte.
3. Dans un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle fondée sur le droit cantonal de procédure, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux conformément à l'art. 98 LTF. Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'art. 106 al. 2 LTF prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées. La partie recourante doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste sa violation (cf. ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 134 III 186 consid. 5 p. 187; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). En particulier, celui qui se plaint d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une application de la loi, une constatation des faits ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables; les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 p. 591/592).
4. La recourante se plaint d'un établissement arbitraire des faits.
4.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Le recourant qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3).
4.2 En l'occurrence, il n'y a pas lieu de traiter les griefs qui se fondent sur des pièces nouvelles, celles-ci ayant été déclarées irrecevables (cf. supra consid. 2).
Pour le reste, la recourante soutient que la décision du 5 décembre 2011 de la Direction de l'aménagement est insoutenable lorsqu'elle retient que la recourante a exploité la compostière jusqu'en 2010 sans autorisation. Ce grief doit être d'emblée rejeté, dans la mesure où il ne se rapporte pas à l'objet du litige. En effet, l'objet de la présente contestation n'est pas la décision du 5 décembre 2011 - sur laquelle le Tribunal cantonal est actuellement amené à statuer -, mais la mesure provisionnelle admise partiellement par ledit Tribunal, soit la prolongation de l'autorisation d'exploiter la compostière du Gibloux jusqu'au 30 juin 2012. Or, selon la jurisprudence, l'objet de la contestation qui peut être porté devant le Tribunal fédéral est déterminé par la décision attaquée (sur la notion d'objet de la contestation, voir ATF 125 V 413 consid. 1b p. 414; arrêt 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées) et par les conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Dès lors, faute de se rapporter à l'objet de la contestation, ce grief, dont la motivation ne satisfait de surcroît pas aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, est irrecevable.
5. La recourante discute également la pesée des intérêts opérée par le Tribunal cantonal. Elle ne met cependant pas cette opération en relation avec la violation d'un droit constitutionnel et a fortiori ne démontre pas en quoi les considérants du Tribunal cantonal seraient contraires à la Constitution. Elle ne reproche pas non plus aux juges cantonaux d'avoir versé dans l'arbitraire. En outre, elle ne se prononce pas sur la majeure partie des éléments qui ont conduit le Tribunal cantonal à considérer qu'il ne saurait, dans le cadre d'un examen sommaire, affirmer que les manquements reprochés à la recourante, dans la mesure où elle les conteste, étaient dénués de fondement. Elle se contente en réalité de substituer sa propre appréciation à celle effectuée par l'autorité cantonale, ce qui n'est pas admissible dans le présent recours (cf. supra consid. 3). Faute de motivation satisfaisant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, le grief doit être déclaré irrecevable.
6. Il s'ensuit que le recours est rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Commune de Vuisternens-en-Ogoz, au Préfet du district de la Sarine, à la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions, et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, IIe Cour administrative.
Lausanne, le 4 juin 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller