Erwägungen:
1. X._ gelangte am 26. Mai 2008 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit der Erklärung, nicht gewillt zu sein, die Kosten des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 25. September 2007 zu begleichen, zumal der damals urteilende Einzelrichter befangen gewesen sei. Er beantrage daher die Aufhebung dieses Entscheids und die Zusprechung einer Parteientschädigung.
Mit Verfügung vom 5. Juni 2008 trat der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts auf das Revisionsgesuch nicht ein. Er erachtete - da der damalige Entscheid an das Bundesgericht weitergezogen worden sei - dieses für zuständig, über das Revisionsgesuch zu befinden, hielt aber zugleich fest, dass ein kantonalrechtlicher Revisionsgrund nicht gegeben sei, und selbst wenn auf das Gesuch eingetreten würde, dieses abgewiesen werden müsste. Mit seinem Entscheid übermittelte der Einzelrichter die Akten dem Bundesgericht.
2. Die Revision eines Urteils des Bundesgerichts kann nur verlangt werden, wenn eine der Voraussetzungen von Art. 121 ff. BGG erfüllt ist. Art. 121 BGG führt vier Verfahrensvorschriften an, deren Missachtung eine Revision rechtfertigt, nämlich Vorschriften über die Besetzung des Gerichts (lit. a), die Verletzung der Dispositionsmaxime (lit. b), das Übergehen von Anträgen (lit. c) und die Versehensrüge (lit. d). Sie beziehen sich auf das bundesgerichtliche Verfahren. Die Verletzung einer Ausstandsvorschrift im kantonalen Verfahren ist kein Revisionsgrund nach Art. 121 lit. a BGG. Nicht einschlägig sind sodann die Revisionsgründe von Art. 122 (Verletzung der EMRK) und von Art. 123 Abs. 1 BGG (Einwirkung auf das Urteil durch ein Verbrechen oder Vergehen). Was schliesslich den Revisionsgrund von Art. 123 Abs. 2 lit. b BGG (neue Tatsachen oder Beweismittel) betrifft, so hat das Bundesgericht entschieden, dass sich dieser Revisionsgrund unter Vorbehalt von Tatsachen, die im bundesgerichtlichen Verfahren von Amtes wegen abzuklären sind, allein auf Urteile bezieht, in welchen das Bundesgericht die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz durch eigene ersetzt hat (BGE 134 IV 48). Das trifft hier nicht zu. Es ergibt sich somit, dass kein bundesrechtlicher Revisionsgrund vorliegt.
3. Auf das Revisionsgesuch ist demnach nicht einzutreten. Da es nicht der Gesuchsteller war, der das Gesuch dem Bundesgericht zur Entscheidung unterbreitete, sondern das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, sind keine Kosten zu erheben.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf das Revisionsgesuch wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. August 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi