Faits :
A.
A.a. En 1999, C._ s'est intéressé à l'achat d'un immeuble à Auvernier, appartenant à la société B._ SA (ci-après: B._), sur lequel était construit une bâtisse à vocation industrielle, et ce en vue de la transformer en habitation. Il s'est adressé à D._ SA (ci-après: D._), société active dans le courtage d'immeubles, filiale, comme B._, de E._ Group SA (ci-après: E._ Group). Il a entamé des pourparlers avec F._, employé de D._, sous réserve de l'acceptation d'un permis de construire et, après avoir visité l'immeuble, a fait, le 15 avril 2000, une offre de 550'000 fr., ajoutant qu'il serait en mesure de lever l'option dans un délai de 3 mois.
Le 10 mai 2000, D._ lui a répondu que E._ Group était disposé à entrer en matière pour discuter et négocier la vente de cet immeuble, lui octroyant une option d'achat d'un délai de 3 mois.
Le 5 août 2000, C._ a informé D._ qu'il était en mesure de lever l'option et prêt à signer l'achat de l'immeuble dès que les permis de construire et de transformer seraient définitifs.
Le 7 septembre 2000, dans une lettre adressée au notaire mandaté par C._, D._ a toutefois suspendu la " transaction ", sur ordre de E._ Group.
A.b. Le 20 octobre 2000, le notaire a confirmé aux parties que F._ lui avait donné mandat de réactiver cette affaire. Il leur a transmis un projet d'acte de promesse conditionnelle de vente et d'achat de l'immeuble en cause. Le 12 décembre 2000, le notaire a relancé D._.
La promesse de vente n'a pas été signée.
A.c. C._ a mandaté A._ pour entreprendre les démarches nécessaires à l'obtention du permis de construire. Le 12 janvier 2001, B._ a donné procuration à F._ pour signer les plans de construction. Le 22 janvier 2001, F._ a signé la demande de permis de construire comme propriétaire. Le 16 mars 2001, il a reçu un exemplaire des plans qu'il avait signés. La demande de permis de construire a été déposée le 23 avril 2001 et, la Commune ayant sollicité certaines modifications, une demande de permis modifiée a été déposée le 18 février 2002. La mise à l'enquête publique a eu lieu du 22 mars au 26 avril 2002. Il n'y a pas eu d'oppositions.
A.d. S'en est suivi un échange de correspondances et, le 25 juin 2002, le notaire a adressé à F._ un premier projet d'acte de vente immobilière, le 1er juillet 2002 un deuxième, l'instrumentation devant avoir lieu le 5 juillet 2002. Les cédules hypothécaires ont été envoyées au notaire. Une nouvelle date d'instrumentation a été fixée au 17 juillet 2002. Le 18 juillet 2002, l'acheteur a versé le prix à l'étude du notaire. Le 16 août 2002, le notaire a adressé aux parties un acte de vente définitif. Le 6 septembre 2002, il s'est plaint de l'attitude de la venderesse, indiquant que F._ avait réactivé le dossier en juin 2002 et l'avait informé le 29 août 2002 qu'il ne comptait pas signer l'acte de vente, mais communiquerait sa réponse définitive début septembre 2002. Le 24 septembre 2002, la direction générale de E._ Group a informé le notaire que, dès le début des négociations, C._ avait été informé de ce que la vente était soumise à son accord et qu'elle n'était pas intéressée par cette vente.
B.
C._ lui ayant cédé tous ses droits à l'encontre de B._, A._ a ouvert action en paiement contre celle-ci devant le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel le 30 août 2005, concluant à ce que la société soit condamnée à lui payer le montant de 181'703 fr. 80 avec intérêts à 5% l'an dès le 24 septembre 2002.
Au cours de la procédure d'instruction, il a été procédé notamment à l'audition du témoin F._, lequel a déclaré qu'il avait " toujours dit et répété à M. C._ qu'attention, la décision finale appartiendrait à E._ Group, même si la volonté de vendre subsistait et si le prix était définitivement convenu ", et qu'il ignorait pourquoi la vente ne s'était pas finalisée, ajoutant que cette décision soudaine l'avait surpris.
La cause lui ayant été transférée à la suite de l'entrée en vigueur du CPC et de la loi d'organisation judiciaire neuchâteloise, le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers a, par jugement du 30 novembre 2012, admis partiellement la demande et condamné la défenderesse à verser au demandeur le montant de 73'012 fr. 75 avec intérêts à 5% l'an dès le 24 septembre 2002.
Statuant le 10 mars 2014, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a admis l'appel de la défenderesse et, réformant le jugement de première instance, a rejeté la demande.
C.
Contre cet arrêt, le demandeur a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 6 avril 2014, concluant principalement à sa réforme en ce sens que la défenderesse est condamnée à lui verser une indemnité de 73'012 fr. 75 avec intérêts dès le 24 septembre 2002 et, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour décision dans le sens des considérants. Il reproche à la cour cantonale d'avoir violé le droit fédéral, en niant l'existence d'une culpa in contrahendo alors qu'il y a eu rupture abusive des relations contractuelles.
L'intimée conclut au rejet du recours. Les parties ont répliqué, respectivement dupliqué.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF), prise sur appel par le tribunal supérieur du canton de Neuchâtel (art. 75 LTF), dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Sous " faits ", la cour cantonale expose les allégués de la demande, les admissions et contestations de la réponse, respectivement de la réplique et de la duplique, indiquant ensuite qu'une instruction avec audition de témoin et expertise a eu lieu, puis résume le contenu du premier jugement. Un tel exposé des faits ne satisfait pas aux exigences de l'art. 112 al. 1 let. b LTF (cf. arrêt 4A_219/2011 du 16 décembre 2011 consid. 1.3).
Toutefois, les " faits établis par l'autorité précédente " (art. 105 al. 1 LTF) se retrouvent, pour l'essentiel, dans la subsomption effectuée pour trancher la question de la représentation de la défenderesse par F._ (art. 32 CO) et le résultat de l'administration du témoignage de F._ se trouve dans la subsomption portant sur la culpa in contrahendo, de sorte que l'on peut renoncer à un renvoi du chef de l'art. 112 al. 3 LTF (cf. arrêt 4A_231/2010 du 10 août 2010 consid. 2.2 publié in SJ 2010 I 497).
La cour de céans a donc repris, dans son état de fait, les faits découlant de la partie " en droit ", dans la mesure où ils étaient pertinents et les a complétés sur quelques points (art. 105 al. 2 LTF).
2.
2.1. La cour cantonale a admis tout d'abord que D._, par son employé F._, disposait du pouvoir de représenter la défenderesse, avait la volonté de le faire, de sorte qu'elle a agi comme représentante directe (art. 32 al. 1 CO) et que les discussions et correspondances échangées avec le futur acquéreur sont opposables à celle-ci.
Ensuite, la cour cantonale a recherché s'il y avait eu culpa in contrahendo. Seul ce second point est litigieux devant le Tribunal fédéral. Se fondant essentiellement sur l'arrêt 4A_615/2010 du 14 janvier 2011, la cour cantonale a adopté, si on la comprend bien, une motivation en quatre points:
Premièrement, elle a considéré que la décision de vendre l'immeuble n'était pas du ressort de la société propriétaire, mais était soumise à l'assentiment de E._ Group.
Deuxièmement, elle a constaté que le projet d'acte de promesse conditionnelle de vente et d'achat que le notaire avait établi et envoyé aux parties n'avait pas été signé. Elle en a déduit que, bien que F._ ait signé les plans de transformation pour la mise à l'enquête, il était hasardeux pour le futur acquéreur de consentir d'importants investissements sur cette base, qu'il devait se rendre compte des incertitudes de la négociation, vu la structure complexe de la venderesse et la suspension des négociations en automne 2000.
Troisièmement, elle a jugé que les projets d'acte de vente immobilière des 25 juin, 1er juillet et 16 août 2002 ne permettaient pas de considérer que les parties s'étaient mises d'accord sur tous les éléments objectivement et subjectivement essentiels, et ce bien que les cédules hypothécaires aient été remises au notaire.
Quatrièmement, elle a relevé que la défenderesse n'avait pas été au courant de l'importance des investissements consentis par C._ et le demandeur.
2.2. En substance, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé le droit fédéral, en niant l'existence d'une culpa in contrahendo alors qu'il y a eu rupture abusive des relations contractuelles.
3.
Lorsqu'il est saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione; art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire établir par une argumentation précise en quoi consiste la violation (ATF 133 III 393 consid. 7.1, 638 consid. 2). Pour chaque constatation de fait incriminée, il doit démontrer comment les preuves administrées auraient dû, selon lui, être correctement appréciées et en quoi leur appréciation par l'autorité cantonale est insoutenable.
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal. Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
4.
4.1. La responsabilité résultant d'une culpa in contrahendo repose sur l'idée que, pendant les pourparlers, les parties doivent agir selon les règles de la bonne foi. L'ouverture des pourparlers crée déjà une relation juridique entre interlocuteurs et leur impose des devoirs réciproques. Ainsi, chaque partie est tenue de négocier sérieusement, conformément à ses véritables intentions; il lui appartient en outre de renseigner l'autre, dans une certaine mesure, sur les circonstances propres à influencer sa décision de conclure le contrat, ou de le conclure à des conditions déterminées (ATF 121 III 350 consid. 6c p. 354; 116 II 695 consid. 3 p. 698; 105 II 75 consid. 2a p. 79 ss et les arrêts cités).
Si chaque partie a, en principe, le droit de rompre les pourparlers sans être obligée d'en donner les raisons, une culpa in contrahendo sera toutefois retenue, dans certaines circonstances spéciales, si la partie qui rompt les négociations a violé les obligations sus-exposées et a, par son comportement, créé pour l'autre une situation de confiance qui mérite d'être protégée. Le comportement contraire aux règles de la bonne foi ne consiste pas dans le fait d'avoir rompu les pourparlers, mais d'avoir maintenu l'autre partie dans l'idée que le contrat serait certainement conclu ou de n'avoir pas dissipé cette illusion à temps. Il n'est pas nécessaire que la partie ait fait preuve d'astuce au cours de pourparlers; il suffit que son attitude ait été de quelque manière fautive, qu'il s'agisse de dol ou de négligence (ATF 140 III 200 consid. 5.2 p. 203; arrêts 4C.152/2001 du 29 octobre 2001 consid. 3a, in SJ 2002 I 164 et 4A_615/2010 déjà cité consid. 4.1.1 et les arrêts cités). Ainsi, le Tribunal fédéral a admis qu'une banque engageait sa responsabilité précontractuelle pour avoir laissé une succursale négocier un contrat jusqu'au texte définitif pendant des mois, comme si ladite entité était compétente pour conclure - ce qui n'était pas le cas -, la convention n'étant finalement pas signée sur refus du siège principal (ATF 105 II 75, cité in arrêt 4C.152/2001 du 29 octobre 2001 consid. 3a).
Une culpa in contrahendo peut être admise même lorsque le contrat est soumis à la forme authentique. Ainsi, il est contraire à la bonne foi de donner sans réserve son accord de principe à la conclusion d'un contrat formel et de refuser in extremis, sans raison, de le traduire dans la forme requise (arrêts 4C.152/2001 déjà cité consid. 3a; 4A_616/2010 déjà cité consid. 4.1.1). De même, il est contraire à la bonne foi de conclure un contrat de vente immobilière en la forme écrite et de refuser ensuite de signer l'acte authentique, en l'occurrence pour pouvoir vendre l'immeuble à un tiers; dans un tel cas, le vendeur, qui pouvait - ou devait - prévoir qu'il causerait un dommage à l'acquéreur peut être tenu de le réparer (intérêt négatif; ATF 140 III 200 consid. 5.2 p. 203). Comme on l'a vu pour les contrats non soumis à une forme, le comportement contraire à la bonne foi, entraînant la responsabilité pour culpa in contrahendo, est d'avoir maintenu l'autre partie dans l'idée que le contrat serait certainement conclu ou de n'avoir pas dissipé cette illusion à temps (ATF 140 précité).
4.2. En l'occurrence, la cour cantonale a retenu en fait - et c'est le point décisif pour le sort du présent recours - que F._ a déclaré, lors de son témoignage, qu'il avait " toujours dit et répété à M. C._ qu'attention, la décision finale appartiendrait à E._ Group ", même si la volonté de vendre subsistait et si le prix était définitivement convenu. Elle a estimé qu'il n'y avait pas lieu de mettre en doute la véracité des déclarations de ce témoin, d'autant moins que celui-ci, étant à la retraite, devait se sentir plus libre de s'exprimer que s'il avait été encore au service de D._ lors de son audition. Par ailleurs, elle a retenu qu'il résulte des courriers des 10 mai 2000 et 7 septembre 2000 que la décision de vendre ou non n'était pas du seul ressort de la propriétaire, mais était au contraire soumise à l'assentiment de E._ Group.
4.2.1. Ce faisant, la cour cantonale a retenu en fait que F._ a toujours, soit durant toute la période des négociations jusqu'à la passation de l'acte authentique, réservé l'accord final de E._ Group. Le recourant ne s'en prend pas à la crédibilité de ce témoin, ni directement aux déductions que la cour cantonale a déduites de son témoignage. Il se limite à évoquer différents actes dont il estime, à supposer qu'il en ait eu connaissance, qu'il faudrait déduire que cette réserve aurait été abandonnée, et qui sont examinés ci-après.
4.2.2. Ainsi, il affirme que la condition de " l'accord ultime " de E._ Group ne lui a pas été présentée comme telle, qu'il n'a pas reçu la lettre du 7 septembre 2000 - qui a été adressée à son notaire et par laquelle les négociations avaient été suspendues sur ordre de E._ Group - et que, traitant avec le représentant du propriétaire, il n'avait pas à se préoccuper de directives internes d'un groupe multinational d'entreprises auquel appartient son cocontractant, ajoutant que même s'il devait se douter que l'accord de la direction du groupe E._ était encore nécessaire, ce doute avait été dissipé lorsque F._ avait réactivé les négociations en octobre 2000. Par cette critique purement appellatoire, il ne démontre pas en quoi il était arbitraire de conclure des déclarations du témoin F._ que la décision finale avait toujours été soumise à la condition de l'accord du groupe E._.
Il en va de même lorsqu'il relève qu'aucun acte écrit ne soumettrait formellement la vente à la condition d'un accord du groupe E._, que la seule condition prévue était celle, en sa faveur, de l'obtention d'un permis de construire.
4.2.3. Le recourant ne tente pas de démontrer que l'approbation de E._ Group aurait été abandonnée en dépit du fait que l'acte de promesse conditionnelle de vente envoyée aux parties par le notaire en décembre 2000 n'a pas été signée, même après relance du notaire.
4.2.4. On ignore les raisons pour lesquelles la défenderesse a donné ensuite, en janvier 2001, procuration à F._ pour signer les plans et, ainsi, pourquoi celui-ci a signé la demande de permis de construire. Dans un second motif - subsidiaire -, estimant qu'il était hasardeux pour C._ d'avoir consenti d'importants investissements puisque la promesse de vente n'avait pas été signée en la forme authentique, la cour cantonale semble certes avoir accordé trop d'importance à l'absence de signature de cet acte en la forme authentique (cf. ATF 140 III 200 consid. 5.2 p. 203). Toutefois, le recourant, qui rappelle seulement l'existence de cette procuration et de la signature des plans et du permis de construire, prétend uniquement qu'il pouvait en déduire un abandon de toute hésitation à la vente de la part de E._ Group. Par cette critique appellatoire, le recourant ne démontre pas en quoi la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en retenant, sur la base des déclarations du témoin F._, que l'accord final de E._ Group avait toujours été réservé.
D'ailleurs, dans sa réponse, la défenderesse avait invoqué qu'il n'avait pas été donné suite à l'envoi de la promesse conditionnelle de vente parce que la vente n'était plus d'actualité vu les études menées à l'interne d'implanter un centre de compétence, mais que C._ a néanmoins souhaité pouvoir examiner s'il serait possible d'obtenir les diverses autorisations nécessaires au cas où finalement la défenderesse et E._ Group accepteraient de lui vendre l'immeuble, et que c'est dans ce contexte que la défenderesse a accepté de signer la demande de permis. Dans sa réplique, le demandeur contestait cet allégué, considérant que E._ Group était disposée à vendre puisque cette dernière société encourageait C._ à continuer la procédure de demande de permis de construire, sans émettre la moindre réserve quant à la nécessité d'un accord de la direction de E._ Group pour la conclusion du contrat de vente. L'interrogatoire du témoin F._ n'a toutefois pas porté sur ce fait, de sorte que le demandeur auquel incombait la preuve de la culpa in contrahendo supporterait l'échec de la preuve de ce fait (art. 8 CC).
4.2.5. De même, le fait qu'en juin et juillet 2002, le notaire a préparé deux projets et un acte de vente de l'immeuble, que les cédules hypothécaires lui ont été envoyées, ne suffit pas à démontrer que la réserve de l'accord final du Groupe E._ aurait été abandonnée. Il n'y a donc pas lieu d'examiner les griefs du recourant portant sur la rupture intempestive et abusive des pourparlers, entre l'envoi des projets d'acte de vente de juin, juillet et août 2002 et l'envoi des cédules hypothécaires, ainsi que sur la dissimilitude de la présente affaire avec celle traitée dans l'arrêt 4A_615/2010 précité.
4.2.6. La cour cantonale a ainsi retenu sans arbitraire, par appréciation des preuves, que la réserve de l'accord du Groupe E._ était valable jusqu'à la signature de l'acte authentique de vente. Il s'ensuit que les autres motifs invoqués par la cour cantonale n'ont pas à être examinés, ni non plus les griefs soulevés par le recourant sous les titres de violation du devoir d'information et de comportement déloyal de la défenderesse, celle-ci jouant, selon lui, sur deux fronts puisqu'elle avait des projets d'implantation d'un centre sur cet immeuble mais continuait à participer aux pourparlers et l'encourageait ainsi à faire des démarches.
4.3. Lorsque le recourant soutient qu'il y a lieu de déduire une culpa in contrahendo de la durée des négociations, la rupture étant intervenue près de trois ans après le début de celles-ci, menées par des professionnels de l'immobilier, il perd de vue que, selon la jurisprudence, cet élément n'est pas en soi et à lui seul décisif (arrêt 4C.152/2001 déjà cité consid. 3a).
4.4. Enfin, lorsque le recourant invoque que la cour cantonale ne pouvait admettre que le témoin F._ puisse avoir la volonté de vendre, tout en réservant la décision finale de E._ Group, une telle déclaration étant contradictoire - il ne s'en prend pas non plus à l'appréciation de ce témoignage, mais à l'application du droit, ce qu'il semble d'ailleurs admettre puisqu'il soutient qu'une telle réserve vide de son contenu la culpa in contrahendo et fait valoir la " nullité absolue des conditions purement potestatives en matière contractuelle ".
Ce faisant, le recourant semble soutenir que le cocontractant ne pourrait pas réserver son accord jusqu'à la signature du contrat de vente en la forme authentique et, dans le même temps, lui permettre de faire des démarches et signer les plans et la demande de permis de construire en vue de vérifier la faisabilité de son projet. Or, une telle conception ne s'accorde pas avec la jurisprudence. En effet, ce qui est interdit aux parties, parce que contraire à la bonne foi, c'est d'adopter un comportement qui maintient l'autre partie dans l'idée que le contrat sera certainement conclu. Informer son cocontractant que l'on ne sera lié qu'après l'approbation de la société mère, par la signature du contrat en la forme authentique, ce qui a pour conséquence que la partie qui engage des frais avant la conclusion de celui-ci le fait à ses risques et périls, est conforme à la bonne foi et admis par la jurisprudence (cf. consid. 4.1 in fine ).
5. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, par substitution partielle des motifs qui précèdent. Les frais judiciaires et les dépens doivent donc être mis à la charge de son auteur, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de dépens de 5'000 fr.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 19 septembre 2014
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Klett
Le Greffier : Piaget