Fatti:
A. Con decreto di accusa del 4 agosto 2011 il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) B._ ha ritenuto A._ colpevole di grave infrazione alle norme della circolazione stradale, in particolare per avere, il 13 maggio 2008, circolando con la sua autovettura Porsche sull'autostrada A2 in territorio di Melano, effettuato una manovra pericolosa sorpassando a destra la vettura Daewoo guidata da C._, che stava rientrando dalla corsia di sinistra. A causa di tale manovra, C._ ha perso la padronanza del veicolo ed ha colliso contro lo spartitraffico centrale. Il PP ha inoltre ritenuto l'imputato colpevole di inosservanza dei doveri in caso di infortunio, per avere abbandonato il luogo dell'incidente senza osservare gli obblighi impostigli dalla legge. Ne ha quindi proposto la condanna alla pena pecuniaria di 60 aliquote giornaliere di fr. 470.-- ciascuna, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di tre anni, e alla multa di fr. 2'000.--.
Con decreto di accusa di stessa data, il medesimo PP ha ritenuto D._, denunciato da A._, colpevole di grave infrazione alle norme della circolazione stradale. Il magistrato inquirente gli ha in particolare rimproverato di avere, circolando con la sua autovettura BMW nelle stesse circostanze di tempo e di luogo, tenuto una velocità inadeguata ed omesso di mantenere la necessaria distanza di sicurezza dalla Porsche di A._ che lo precedeva. Ha pertanto proposto la condanna di D._ alla pena pecuniaria di 30 aliquote giornaliere di fr. 230.-- ciascuna, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di tre anni, e alla multa di fr. 1'000.--.
B. Entrambi gli imputati hanno interposto opposizione contro i rispettivi decreti di accusa. A._ ha contestualmente chiesto la ricusa del PP B._ sulla base dell'art. 56 lett. f CPP. Gli ha rimproverato di avere dato prova di usare due pesi e due misure imputando solo a lui e non anche a D._ il sorpasso a destra, dimostrando così prevenzione nei suoi confronti. Statuendo sulla domanda di ricusazione, la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) l'ha respinta con sentenza dell'8 settembre 2011. Frattanto, con decisione del 9 agosto 2011, il PP ha confermato il decreto di accusa e ha trasmesso gli atti alla Pretura penale per il dibattimento.
C. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di accogliere la domanda di ricusa. Chiede inoltre di annullare la decisione del 9 agosto 2011 di conferma del decreto di accusa e di trasmettere gli atti a un altro magistrato inquirente. Il ricorrente lamenta la violazione degli art. 3, 7, 8, 16, 56 e 355 CPP, degli art. 8, 9, 29, 30 e 32 Cost., nonché dell'art. 6 CEDU.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. Il ricorso in materia penale è ammissibile contro decisioni pregiudiziali o incidentali notificate separatamente e concernenti domande di ricusazione (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'art. 92 cpv. 1 LTF). La nozione di decisioni pronunciate in materia penale giusta l'art. 78 cpv. 1 LTF comprende infatti anche quelle fondate sul diritto di procedura penale (cfr. DTF 133 IV 335 consid. 2). La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 1 LTF). Diretto contro la decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF) e presentato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF), il gravame è sotto i citati aspetti ammissibile.
2. 2.1 Il ricorrente lamenta un accertamento inesatto dei fatti laddove la CRP, esponendo la fattispecie oggetto dell'infrazione, dà in sostanza come pacificamente accertati i fatti prospettati nel decreto di accusa, che sono in realtà contestati. Rimprovera inoltre alla CRP di non avere esposto le conclusioni da lui formulate nella replica del 17 agosto 2011, segnatamente la sua richiesta di annullare sia il decreto di accusa sia la decisione del PP di confermarlo.
2.2 La CRP ha richiamato la replica del ricorrente, osservando che del suo contenuto si sarebbe detto nei considerandi del giudizio, se fosse stato necessario. Poiché la domanda di ricusa è stata ritenuta infondata ed è stata respinta, le conclusioni formulate dal ricorrente di annullare le decisioni del PP non erano determinanti. Il fatto che la Corte cantonale non le abbia riportate testualmente nei considerandi del suo giudizio non costituisce quindi una mancanza che deve essere corretta in questa sede in applicazione dell'art. 105 cpv. 2 LTF. Si giustifica per contro di fare qui astrazione della descrizione dei fatti esposta dalla Corte cantonale nella misura in cui va oltre quanto risulta dai decreti di accusa. Come rettamente rilevato dal ricorrente, si tratta in effetti di fatti almeno parzialmente contestati, che devono ancora essere oggetto di giudizio da parte del giudice di merito. La domanda di ricusa è d'altra parte fondata unicamente sulla circostanza che il PP ha imputato un sorpasso a destra soltanto al ricorrente e non anche a D._, che lo seguiva. Per la decisione sulla ricusa, bastava quindi fare riferimento al contenuto diverso dei due decreti di accusa. La descrizione autonoma dei fatti da parte della CRP è quindi superflua per l'esito del giudizio e non deve essere esaminata oltre. La stessa CRP non vi ha peraltro dedotto alcunché ai fini della decisione sulla ricusa.
3. 3.1 Il ricorrente sostiene che il PP B._ sarebbe prevenuto nei suoi confronti, siccome nel decreto di accusa gli ha rimproverato di avere effettuato un sorpasso a destra, mentre il decreto di accusa emanato nei confronti di D._ non comprende questo fatto. Ciò, nonostante risulterebbe chiaramente dagli atti, segnatamente dalle dichiarazioni di un testimone, che entrambe le autovetture procedevano praticamente "incollate" e avevano quindi superato assieme sulla corsia di destra la Daewoo circolante alla loro sinistra. A suo dire, l'omissione del PP costituirebbe un comportamento illogico e gravemente contraddittorio, tale da fare dubitare della sua imparzialità. Il ricorrente, al riguardo, gli rimprovera pure di avere disatteso sia l'obbligo di procedere e di esercitare uniformemente l'azione penale sia il principio della parità di trattamento.
3.2 Il Tribunale federale esamina soltanto le censure sollevate e motivate. In effetti, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute, laddove il ricorrente lamenta la violazione di diritti fondamentali (art. 106 cpv. 2 LTF), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF 136 II 304 consid. 2.4 e 2.5; 136 I 229 consid. 4.1).
3.3 Nel suo gravame, il ricorrente non sostanzia minimamente una violazione dell'art. 56 lett. f CPP, sulla cui base aveva chiesto la ricusa del PP B._ nella sede cantonale. Né egli rende verosimile una violazione degli art. 29 e 30 Cost., nonché dell'art. 6 n. 1 CEDU, norme che di per sé potrebbero entrare in considerazione nella fattispecie, rilevato che è in discussione l'operato del PP quale magistrato che ha emanato un decreto di accusa e che in un certo qual modo assume in questo contesto una funzione giurisdizionale (DTF 124 I 76 consid. 2; 112 Ia 142 consid. 2). Il ricorrente non prospetta seriamente motivi che potrebbero fare ritenere il PP B._ come prevenuto nei suoi confronti, ma espone argomentazioni che riguardano l'accertamento dei fatti perseguiti nei procedimenti penali e che rientrano quindi nelle competenze del giudice del merito, che sarà chiamato a statuire sulle accuse in seguito alle opposizioni interposte dagli imputati. Contrariamente all'opinione del ricorrente, in quella sede potrà, dandosene le condizioni, eventualmente anche essere estesa l'accusa nei confronti di D._ (cfr. art. 356 i.r.c. art. 329 e 333 CPP).
Il ricorrente rimprovera al PP B._ un comportamento illogico e contraddittorio, a suo dire sufficiente per suscitare dubbi di parzialità, per il fatto che all'accusato D._ non è stato addebitato un sorpasso a destra, bensì unicamente un mancato rispetto della distanza di sicurezza dal veicolo del ricorrente. Come dimostrano anche le argomentazioni ricorsuali, basate essenzialmente sulle dichiarazioni di un testimone, si tratta tuttavia di una questione che riguarda l'apprezzamento delle prove nel procedimento penale e che non basta a fondare sospetti di prevenzione del PP nei suoi confronti. Soltanto errori particolarmente grossolani o ripetuti, tali da essere considerati come violazioni gravi dei doveri del magistrato, possono infatti giustificare, se del caso, un sospetto oggettivo di prevenzione (cfr. DTF 116 Ia 135 consid. 3a). Simili manchevolezze non sono in concreto addotte dal ricorrente, le cui censure di violazione della legalità dell'azione penale, del principio "in dubio pro duriore" e di quello della parità di trattamento risultano infondate, ove solo si consideri che il PP B._ ha emanato un decreto di accusa per grave infrazione alle norme della circolazione stradale anche nei confronti di D._.
4. 4.1 Secondo il ricorrente, un sospetto di prevenzione del PP B._ risulterebbe anche dal fatto che, appena saputo dell'opposizione al decreto di accusa e della domanda di ricusazione, il magistrato si sarebbe affrettato a confermare il decreto, senza prendersi il tempo necessario per rivalutare la sua posizione, procedendo in particolare a un interrogatorio finale.
4.2 Nemmeno questo modo di procedere realizza gli estremi di un grave errore di procedura, idoneo a fondare un sospetto di prevenzione. Il PP non era infatti necessariamente tenuto ad assumere ulteriori prove, se le considerava superflue ritenendo che la procedura preliminare non era stata lacunosa (cfr. art. 355 cpv. 1 CPP; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, n. 1 all'art. 355). Né la domanda di ricusa vietava di per sé al PP di eseguire ulteriori atti procedurali, che potevano comunque essere annullati successivamente, in caso di accoglimento della domanda stessa (cfr. art. 59 cpv. 3 e 60 cpv. 1 CPP).
In conclusione, la sentenza della CRP, sufficientemente motivata, non viola il diritto.
5. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.