Sachverhalt:
A. X._ wird vorgeworfen, in den Jahren 2006 und 2007 als Mitglied einer Bande im Drogenhandel tätig gewesen zu sein. Die besagte Bande habe in der fraglichen Zeitspanne in mehreren Malen mindestens 12 Kilogramm Kokain aus Südamerika in die Schweiz eingeführt und alsdann verkauft. X._ befindet sich seit dem 26. Juli 2007 in Untersuchungshaft resp. im vorzeitigen Strafvollzug.
Am 17. November 2008 ersuchte die Angeschuldigte um Haftentlassung. Der Haftrichter am Bezirkgericht Zürich wies das Gesuch mit Verfügung vom 21. November 2008 wegen Fluchtgefahr ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ beim Bundesgericht, die haftrichterliche Verfügung vom 21. November 2008 sei aufzuheben, und sie sei aus dem vorzeitigen Strafvollzug zu entlassen. Ferner ersucht die Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren.
C. Der Haftrichter und die zuständige Staatsanwältin der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat verzichten auf Stellungnahme.
Erwägungen:
1. Die Eintretensvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet den Haftgrund der Fluchtgefahr. Sie rügt eine Verletzung der persönlichen Freiheit und des Willkürverbots.
2.2 Gemäss § 58 Abs. 1 Ziff. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH) ist die Anordnung und Fortdauer der Untersuchungshaft unter anderem zulässig, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und aufgrund bestimmter Anhaltspunkte Fluchtgefahr ernsthaft zu befürchten ist. Die Untersuchungshaft ist durch mildere Massnahmen zu ersetzen, sofern sich der Haftzweck auch auf diese Weise erreichen lässt (§ 58 Abs. 4 i.V.m. § 72 f. StPO/ZH). Unter den gleichen Voraussetzungen ist die Anordnung und Aufrechterhaltung der Sicherheitshaft zulässig (§ 67 Abs. 2 Satz 1 StPO/ZH).
2.3 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zur Verhältnismässigkeit der Einschränkung der persönlichen Freiheit durch strafprozessuale Haft (Art. 10 Abs. 2, Art. 31 Abs. 1 BV, Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK) braucht es für die Annahme von Fluchtgefahr eine gewisse Wahrscheinlichkeit, dass sich der Angeschuldigte, wenn er in Freiheit wäre, der Strafverfolgung und dem Vollzug der Strafe durch Flucht entziehen würde. Die Schwere der drohenden Strafe darf als ein Indiz für Fluchtgefahr gewertet werden. Sie genügt jedoch für sich allein nicht, um den Haftgrund zu bejahen. Vielmehr müssen die konkreten Umstände des betreffenden Falles, insbesondere die gesamten Lebensverhältnisse des Angeschuldigten, in Betracht gezogen werden (BGE 125 I 60 E. 3a S. 62; 117 Ia 69 E. 4a S. 70, je mit Hinweisen).
2.4 Neben der mutmasslichen Schwere der zu erwartenden Strafe stützt der Haftrichter die Fluchtgefahr im vorliegenden Fall auf folgende Lebensumstände: Die Beschwerdeführerin habe kein Vermögen, jedoch Schulden in der Höhe von rund CHF 10'000.--. Sie wisse nicht, wie sie diese Schulden begleichen solle. Sie verfüge über keine Ausbildung und keinen erlernten Beruf und wäre nach der Haftentlassung arbeitslos. Abgesehen von den Kinderunterhaltsbeiträgen für ihren Sohn in der Höhe von CHF 800.-- würde sie über kein Einkommen verfügen. Die Beschwerdeführerin habe Kontakt zu ihrer Grossmutter, welche in Peru lebe. Diese sei mit einem Touristenvisum in die Schweiz eingereist und habe die Beschwerdeführerin in der Haftanstalt besucht. Es sei somit davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin nach wie vor Kontakte zu ihrem ursprünglichen Heimatland Peru pflege. Hinzu komme, dass die Beschwerdeführerin gegenüber ihrem achtjährigen Sohn wegen der langen Trennung unter Schuldgefühlen leide. Sie habe ausgesagt, die verlorene Zeit mit ihrem Sohn wieder gutmachen zu wollen. Die desolate finanzielle Lage, die bestehenden Kontakte zu Peru sowie der Wunsch, mit dem Sohn und der in der Haftanstalt geborenen Tochter zusammenzuleben, seien ernst zunehmende Anhaltspunkte dafür, dass die Beschwerdeführerin versucht sein könnte, nach der Haftentlassung zusammen mit ihren Kindern die Flucht ins Ausland zu ergreifen oder unterzutauchen.
Nach Auffassung des Haftrichters könne der Fluchtgefahr nicht durch mildere Massnahmen, etwa durch eine Pass- und Schriftensperre begegnet werden, da die Beschwerdeführerin, sofern sie Doppelbürgerin sei, bei der Vertretung ihres ursprünglichen Heimatstaates ohne Weiteres neue Ausweispapiere beschaffen könnte. Zudem sei denkbar, dass die Beschwerdeführerin, sofern sie lediglich die schweizerische Staatsbürgerschaft besitze, untertauchen und sich über die grüne Grenze ins Ausland absetzen könnte.
2.5 Die Bejahung der Fluchtgefahr durch den Haftrichter ist unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten nicht zu beanstanden. Ins Gewicht fällt in erster Linie, wenn auch nicht ausschliesslich, dass die Beschwerdeführerin bei einer Verurteilung mit einer empfindlichen Strafe rechnen muss. Die Staatsanwaltschaft geht von einer mehrjährigen unbedingten Freiheitsstrafe aus. Die Muttersprache der Beschwerdeführerin ist spanisch, so dass sie sich bei einer Flucht in ihren ursprünglichen Heimatstaat ohne Weiteres dort zurecht finden würde. Zwar macht die Beschwerdeführerin geltend, ein Grossteil ihrer Familie lebe in der Schweiz, was sie von der Flucht abhalten würde. Zudem käme eine Flucht aus Rücksicht auf ihren Sohn, der bereits die Schule besuche und ein intensives Verhältnis zu seinem Vater habe, nicht in Betracht. Mit diesem Argument dringt die Beschwerdeführerin nicht durch. Trifft der im Strafgerichtsverfahren zu beurteilende Tatverdacht zu, so hat der Umstand, dass die Beschwerdeführerin einen achtjährigen Sohn hat, diese nicht daran gehindert, Drogengeschäfte grossen Stils zu betreiben. Im Haftverfahren geltend zu machen, in Zukunft auf das Wohlbefinden des Kindes Rücksicht nehmen zu wollen, ist deshalb nicht glaubhaft. Unerheblich ist auch das Argument der Beschwerdeführerin, sie habe nur mit einer bedingten oder teilbedingten Strafe zu rechnen, weshalb sie keinen Anlass zur Flucht habe. Das Bundesgericht hat in einem neueren Urteil bestätigt, dass es für die Beurteilung der Verhältnismässigkeit der strafprozessualen Haft keine Rolle spielt, wenn für die in Aussicht stehende Freiheitsstrafe gegebenenfalls der bedingte oder teilbedingte Vollzug gewährt werden kann (BGE 133 I 270 E. 3.4.2 S. 281 f., mit Hinweisen). Ob die Frage der Verhältnismässigkeit der strafprozessualen Haft im Zusammenhang mit der Haftdauer oder, wie hier, mit der Bejahung des Haftgrundes der Fluchtgefahr zu beurteilen ist, kann nicht erheblich sein (vgl. ebenso das Bundesgerichtsurteil 1B_193/2008 vom 29. Juli 2008 E. 2.5).
Im vorliegenden Fall ist weder rechtsgenüglich dargetan noch ersichtlich, mit welchen konkreten, weniger einschneidenden Massnahmen der Fluchtgefahr wirksam begegnet werden könnte. Insbesondere bringt die Beschwerdeführerin keine Gründe vor, weshalb die Fluchtgefahr in ihrem Fall mit der Anordnung einer Pass- und Schriftensperre gebannt werden könnte.
Die Voraussetzungen der strafprozessualen Haft wegen Fluchtgefahr resp. des vorzeitigen Strafvollzugs sind somit erfüllt. Eine Verletzung der persönlichen Freiheit liegt nicht vor. Auch ist nicht ersichtlich, inwiefern das Willkürverbot verletzt sein sollte.
3. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist demnach abzuweisen. Die Beschwerdeführerin hat um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren ersucht. Diesem Antrag kann entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird bewilligt:
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Rechtsanwältin Inge Mokry wird zur unentgeltlichen Rechtsbeiständin ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit einem Honorar von Fr. 1'500.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder