Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Der 1945 geborene W._ meldete sich am 10. Februar 2000 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Vom 26. Februar 2001 bis 30. Juni 2002 gewährte ihm die Invalidenversicherung eine Umschulung im Informatik-Bereich einschliesslich Praktikum bei der Firma B._ GmbH, allerdings ohne erfolgreichen Abschluss. Ab 1. Januar 2003 übernahm er bei der gleichen Firma ein Arbeitspensum von 30 % als Schulhaus- und technischer Abwart. In der Folge prüfte die IV-Stelle des Kantons Thurgau (nachfolgend: IV-Stelle) den Rentenanspruch und lehnte diesen mit Verfügung vom 14. April 2005 ab. In der dagegen erhobenen Einsprache beanstandete W._ insbesondere den zur Festsetzung des Invaliditätsgrades angestellten Einkommensvergleich. Mit Einspracheentscheid vom 8. Juni 2005 wurde die Einsprache in dem Sinne gutgeheissen, dass die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen und anschliessender Neuverfügung an die IV-Stelle zurückgewiesen wurde. Hinsichtlich der Berechnung des Invaliditätsgrades wurde das in der Verfügung festgelegte Valideneinkommen von Fr. 41'898.- bestätigt und gleichzeitig festgehalten, beim Invalideneinkommen sei keine Kürzung mit Blick auf invaliditätsfremde, lohnmindernde Faktoren vorzunehmen, da der Versicherte durch seine selbstständige Erwerbstätigkeit freiwillig ein unterdurchschnittliches Einkommen in Kauf genommen habe.
A. Der 1945 geborene W._ meldete sich am 10. Februar 2000 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Vom 26. Februar 2001 bis 30. Juni 2002 gewährte ihm die Invalidenversicherung eine Umschulung im Informatik-Bereich einschliesslich Praktikum bei der Firma B._ GmbH, allerdings ohne erfolgreichen Abschluss. Ab 1. Januar 2003 übernahm er bei der gleichen Firma ein Arbeitspensum von 30 % als Schulhaus- und technischer Abwart. In der Folge prüfte die IV-Stelle des Kantons Thurgau (nachfolgend: IV-Stelle) den Rentenanspruch und lehnte diesen mit Verfügung vom 14. April 2005 ab. In der dagegen erhobenen Einsprache beanstandete W._ insbesondere den zur Festsetzung des Invaliditätsgrades angestellten Einkommensvergleich. Mit Einspracheentscheid vom 8. Juni 2005 wurde die Einsprache in dem Sinne gutgeheissen, dass die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen und anschliessender Neuverfügung an die IV-Stelle zurückgewiesen wurde. Hinsichtlich der Berechnung des Invaliditätsgrades wurde das in der Verfügung festgelegte Valideneinkommen von Fr. 41'898.- bestätigt und gleichzeitig festgehalten, beim Invalideneinkommen sei keine Kürzung mit Blick auf invaliditätsfremde, lohnmindernde Faktoren vorzunehmen, da der Versicherte durch seine selbstständige Erwerbstätigkeit freiwillig ein unterdurchschnittliches Einkommen in Kauf genommen habe.
B. Mit der hiegegen erhobenen Beschwerde beantragte W._ die Zusprechung einer Dreiviertelsrente spätestens ab 1. September 2000, eventualiter die Rückweisung der Streitsache an die Vorinstanz. Er beanstandete die Nichtanwendung der ausserordentlichen Bemessungsmethode sowie im Rahmen des von der Verwaltung vorgenommenen Einkommensvergleichs die Höhe des Valideneinkommens, den dabei massgebenden Zeitpunkt und machte geltend, invaliditätsfremde Gesichtspunkte seien bei beiden Vergleichsgrössen gleichmässig zu berücksichtigen. Zudem enthalte der Einspracheentscheid die Anweisung an die IV-Stelle, nur die in den Erwägungen aufgeführten Punkte neu zu beurteilen, was bedeute, dass die übrigen Punkte, insbesondere die Festlegung des Valideneinkommens und Kürzung des Invalideneinkommens ohne Beschwerdeerhebung in Rechtskraft erwachsen würden und deshalb der Rückweisungsentscheid anfechtbar sei, auch wenn er mit dem Eventualantrag auf Aufhebung der ursprünglichen Verfügung durchgedrungen sei.
Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau hiess mit Entscheid vom 1. März 2006 die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Sie erwog, gestützt auf die Ergebnisse der von der IV-Stelle im Einspracheentscheid in Aussicht gestellten weiteren medizinischen Abklärungen werde diese die Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit, das zumutbare Invalideneinkommen sowie den Beginn des Rentenanspruchs neu festzusetzen haben. Damit sei im Beschwerdeverfahren lediglich die anwendbare Bemessungsmethode und die Höhe des Valideneinkommens zu prüfen. Dabei kam die Rekurskommission zum Ergebnis, es sei nicht die ausserordentliche Bemessungs-, sondern mit der IV-Stelle die Einkommensvergleichsmethode anzuwenden; dabei betrage das Valideneinkommen indes Fr. 55'100.-.
Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau hiess mit Entscheid vom 1. März 2006 die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Sie erwog, gestützt auf die Ergebnisse der von der IV-Stelle im Einspracheentscheid in Aussicht gestellten weiteren medizinischen Abklärungen werde diese die Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit, das zumutbare Invalideneinkommen sowie den Beginn des Rentenanspruchs neu festzusetzen haben. Damit sei im Beschwerdeverfahren lediglich die anwendbare Bemessungsmethode und die Höhe des Valideneinkommens zu prüfen. Dabei kam die Rekurskommission zum Ergebnis, es sei nicht die ausserordentliche Bemessungs-, sondern mit der IV-Stelle die Einkommensvergleichsmethode anzuwenden; dabei betrage das Valideneinkommen indes Fr. 55'100.-.
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die IV-Stelle die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides, soweit er die Festsetzung des Valideneinkommens betrifft.
W._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet.
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Damit wurde das Eidgenössische Versicherungsgericht und das Bundesgericht in Lausanne zu einem einheitlichen Bundesgericht (an zwei Standorten) zusammengefügt (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, S. 10 Rz 75) und es wurde die Organisation und das Verfahren des obersten Gerichts umfassend neu geregelt. Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (Art. 132 Abs. 1 BGG). Da der kantonale Gerichtsentscheid am 1. März 2006 und somit vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. BGE 132 V 395 Erw. 1.2).
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Damit wurde das Eidgenössische Versicherungsgericht und das Bundesgericht in Lausanne zu einem einheitlichen Bundesgericht (an zwei Standorten) zusammengefügt (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, S. 10 Rz 75) und es wurde die Organisation und das Verfahren des obersten Gerichts umfassend neu geregelt. Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (Art. 132 Abs. 1 BGG). Da der kantonale Gerichtsentscheid am 1. März 2006 und somit vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. BGE 132 V 395 Erw. 1.2).
2. Nach ständiger Rechtsprechung prüft das Bundesgericht von Amtes wegen die formellen Gültigkeitserfordernisse des Verfahrens, insbesondere auch die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht auf die Beschwerde oder Klage eingetreten ist. Hat die Vorinstanz übersehen, dass es an einer Prozessvoraussetzung fehlte, und hat sie materiell entschieden, ist dies im Rechtsmittelverfahren von Amtes wegen zu berücksichtigen mit der Folge, dass der angefochtene Entscheid aufgehoben wird (BGE 128 V 89 Erw. 2a, 125 V 347 Erw. 1a, 122 V 322 Erw. 1).
Vorliegend ist zu prüfen, ob die Vorinstanz zu Recht auf die Beschwerde vom 11. Juli 2005 gegen den Einspracheentscheid vom 8. Juni 2005 eingetreten ist. Dabei steht in Frage, ob der Rechts- und Einsprachedienst des Amtes für AHV und IV des Kantons Thurgau befugt war, einen Einspracheentscheid zu fällen, mit welchem einerseits die Sache zur ergänzenden Sachverhaltsabklärung an die IV-Stelle zurückgewiesen, anderseits aber das von der IV-Stelle festgesetzte Valideneinkommen bestätigt und schliesslich eine Kürzung des Invalideneinkommens wegen Berücksichtigung invaliditätsfremder Faktoren abgelehnt wurde.
Vorliegend ist zu prüfen, ob die Vorinstanz zu Recht auf die Beschwerde vom 11. Juli 2005 gegen den Einspracheentscheid vom 8. Juni 2005 eingetreten ist. Dabei steht in Frage, ob der Rechts- und Einsprachedienst des Amtes für AHV und IV des Kantons Thurgau befugt war, einen Einspracheentscheid zu fällen, mit welchem einerseits die Sache zur ergänzenden Sachverhaltsabklärung an die IV-Stelle zurückgewiesen, anderseits aber das von der IV-Stelle festgesetzte Valideneinkommen bestätigt und schliesslich eine Kürzung des Invalideneinkommens wegen Berücksichtigung invaliditätsfremder Faktoren abgelehnt wurde.
3. 3.1 In BGE 131 V 407 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht entschieden, dass sich ein Einspracheentscheid im Sinne von Art. 52 ATSG nicht darauf beschränken darf, die vorangegangene Verfügung, welche ein Rechtsverhältnis materiell ordnet, wegen der Notwendigkeit weiterer Abklärungen aufzuheben. Wenn nach Erhebung einer Einsprache festgestellt wird, dass die Entscheidungsgrundlagen unvollständig sind, ist der Sachverhalt unter Wahrung der Parteirechte zu vervollständigen und das Verwaltungsverfahren mit dem Einspracheentscheid abzuschliessen. Weil die zusätzlichen Sachverhaltserhebungen dem Einspracheentscheid selber zu Grunde zu legen sind, kommt diesem notwendigerweise reformatorischer Charakter zu. Diese Rechtsprechung findet ihre Begründung in der Einheitlichkeit des Verwaltungsverfahrens; Verfügungs- und Einspracheverfahren sind als Einheit zu begreifen, auch wenn eine organisatorische Gliederung in verschiedene Verwaltungsstellen besteht. Die einsprechende Person hat ein Recht auf den Erhalt eines Verwaltungsaktes, der das fragliche Rechtsverhältnis entsprechend dem gegenständlichen Umfang der ursprünglichen Verfügung und der erhobenen Rügen sowie auf Grund vollständiger Entscheidungsgrundlagen festlegt. Eine Rückweisung zur ergänzenden Sachverhaltserhebung durch einen Einspracheentscheid ist somit nicht angebracht, eine solche macht nur im instanzübergreifenden Verhältnis Sinn (vgl. BGE 131 V 410 f Erw. 2.1, Urteil M. vom 8. November 2005, I 259/05).
3.2 Im vorliegenden Verfahren begnügte sich die Einspracheinstanz nicht mit einer Rückweisung. Sie traf vielmehr bezüglich gewisser Streitpunkte - so auch hinsichtlich des vor dem Bundesgericht noch strittigen Valideneinkommens - verbindliche Festlegungen, welche sie dadurch in die formelle Rechtskraft des Entscheides einbezog, als sie im Dispositiv ausdrücklich auf die Erwägungen verwies (vgl. dazu BGE 120 V 237 Erw. 1 mit Hinweis).
3.3 Ein solcher Einspracheentscheid, der neben reformatorischen auch kassatorischen Elemente enthält, verstösst ebenso wie ein rein kassatorischer Entscheid gegen die Anforderung gemäss BGE 131 V 407 (Erw. 2.1 hievor; vgl. Urteil D. vom 20. Januar 2006, U 318/05), da es sich auch dabei nicht um einen instanzabschliessenden Verwaltungsakt handelt.
Wie das vorliegende Verfahren eindrücklich illustriert, führt die Kombination von reformatorischen und kassatorischen Elementen im Einspracheentscheid zudem zu einer unnötigen Erschwernis und einer Verzögerung des Verfahrens: Im hängigen Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht geht es einzig um die Höhe des Valideneinkommens. Ist dieses aber rechtskräftig bestimmt, steht lediglich ein Teilaspekt zur Leistungsfestlegung der Invalidenversicherung fest; über die anderen Teilaspekte soll, gemäss dem vom Einspracheentscheid vorgezeichneten Verfahrensablauf -und soweit die Anfechtung von solchen Teilaspekten überhaupt zulässig ist (vgl. BGE 125 V 413 Erw. 2b-d) - die IV-Stelle neu verfügen, womit für diese Punkte jeweils wieder ein Rechtsmittelzug offen steht. Das Gebot eines instanzabschliessenden Einspracheentscheides soll aber gerade solche Konstellationen verhindern. Damit ist der Einspracheentscheid vom 8. Juni 2005 auch mit Blick auf den Grundsatz der Verfahrensökonomie sowie das Beschleunigungsgebot (vgl. BGE 131 V 413 Erw. 2.2.2) unzulässig. Er ist daher, gleich wie der teilweise bestätigende Entscheid der Vorinstanz, von Amtes wegen aufzuheben.
Wie das vorliegende Verfahren eindrücklich illustriert, führt die Kombination von reformatorischen und kassatorischen Elementen im Einspracheentscheid zudem zu einer unnötigen Erschwernis und einer Verzögerung des Verfahrens: Im hängigen Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht geht es einzig um die Höhe des Valideneinkommens. Ist dieses aber rechtskräftig bestimmt, steht lediglich ein Teilaspekt zur Leistungsfestlegung der Invalidenversicherung fest; über die anderen Teilaspekte soll, gemäss dem vom Einspracheentscheid vorgezeichneten Verfahrensablauf -und soweit die Anfechtung von solchen Teilaspekten überhaupt zulässig ist (vgl. BGE 125 V 413 Erw. 2b-d) - die IV-Stelle neu verfügen, womit für diese Punkte jeweils wieder ein Rechtsmittelzug offen steht. Das Gebot eines instanzabschliessenden Einspracheentscheides soll aber gerade solche Konstellationen verhindern. Damit ist der Einspracheentscheid vom 8. Juni 2005 auch mit Blick auf den Grundsatz der Verfahrensökonomie sowie das Beschleunigungsgebot (vgl. BGE 131 V 413 Erw. 2.2.2) unzulässig. Er ist daher, gleich wie der teilweise bestätigende Entscheid der Vorinstanz, von Amtes wegen aufzuheben.
4. Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend hat der Beschwerdegegner Anspruch auf eine Parteientschädigung zu Lasten der Beschwerdeführerin (Art. 135 in Verbindung mit Art. 159 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Der Entscheid der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau vom 1. März 2006 sowie der Einspracheentscheid der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 8. Juni 2005 werden aufgehoben und die Sache wird an die Verwaltung zurückgewiesen, damit diese im Sinne der Erwägungen einen instanzabschliessenden Einspracheentscheid erlässt.
1. Der Entscheid der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau vom 1. März 2006 sowie der Einspracheentscheid der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 8. Juni 2005 werden aufgehoben und die Sache wird an die Verwaltung zurückgewiesen, damit diese im Sinne der Erwägungen einen instanzabschliessenden Einspracheentscheid erlässt.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
3. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau wird über eine höhere Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
4. Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau wird über eine höhere Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau, der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 23. Januar 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Vorsitzende: Die Gerichtsschreiberin: