Sachverhalt:
A. X._ wurde mit Baurechts- und Kaufvertrag vom 2. Juni 1997 von der Genossame A._ zulasten des Grundstücks GB-Nr. a (A._) ein selbständiges und dauerndes Baurecht (GB-Nr. b) eingeräumt sowie eine darauf bestehende Baute verkauft. Bei diesem Gebäude handelt es sich um ein im Jahre 1991 erstelltes 5 1/2-Zimmer-Reiheneinfamilienhaus (mit 8,8 Raumeinheiten). Der minimale jährliche Baurechtszins wurde ursprünglich auf Fr. 12.-- pro Quadratmeter festgesetzt, total Fr. 4'800.--. Mit Änderung vom 2. April 1998 des Baurechtsvertrags vom 2. Juni 1997 wurde der minimale jährliche Baurechtszins neu auf Fr. 6.-- pro Quadratmeter herabgesetzt, ausmachend total Fr. 2'400.-- pro Jahr.
B. Am 6. September 2007 eröffnete die Schätzungsabteilung der kantonalen Steuerverwaltung Schwyz gegenüber X._ eine generelle Neuschätzungsverfügung, in welcher sie nebst dem hier nicht mehr umstrittenen Vermögenssteuerwert ab 1. Januar 2007 ebenso den neuen Eigenmietwert von Fr. 17'234.-- pro Jahr bekannt gab (= 65 % von Fr. 26'514.--). Dagegen erhobene Rechtsmittel wurden abgewiesen. Vor sämtlichen Instanzen hatte X._ erfolglos verlangt, dem Baurechtsverhältnis sei durch Herabsetzung des Eigenmietwerts Rechnung zu tragen (Miet[wert]modell) statt durch Abzug des Baurechtszinses vom ungekürzten Eigenmietwert (Gewinnungskostenmodell).
C. Vor Bundesgericht beantragt X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 26. Juni 2012 aufzuheben und den Eigenmietwert auf Fr. 10'122.-- herabzusetzen. Sie rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) sowie sinngemäss von Bundesrecht (StHG) und kantonalem Recht.
D. Die Steuerkommission des Kantons Schwyz sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Verfahren der Grundstückschätzung sowie der Eigenmietwertbestimmung im Kanton Schwyz ist ein vom ordentlichen Veranlagungsverfahren gesondertes Verfahren. Die Vermögenssteuer- und Eigenmietwerte werden dem Eigentümer in Form einer selbständig anfechtbaren Verfügung eröffnet (§ 19 der kantonalen Verordnung über die steueramtliche Schätzung nichtlandwirtschaftlicher Grundstücke vom 24. November 2004 [SchätzV; SRSZ 172.113]). Der Entscheid über die Festsetzung des Eigenmietwertes schliesst daher ein selbständiges Verfahren ab und ist, wenn kantonal letztinstanzlich, als Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht anfechtbar (Urteil 2C_873/2011 vom 22. Oktober 2012 E. 1.1). Die gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz betreffend Eigenmietwert der selbst genutzten Liegenschaft erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 73 in Verbindung mit Art. 7 Abs. 1 StHG [SR 642.14]). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführerin ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht ist ausdrücklich zu rügen (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft demnach frei, ob die Auslegung und Anwendung des kantonalen Steuerrechts im harmonisierten Bereich mit den bundesrechtlichen Vorschriften übereinstimmen. Wo das Bundesrecht den Kantonen einen Gestaltungsspielraum einräumt, ist die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür beschränkt (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; neuerdings Urteil 2C_873/2011 vom 22. Oktober 2012 E. 1.2 mit Hinweisen). Das ist hier insofern der Fall, als die Kantone bei der Festsetzung des Eigenmietwertes über eine gewisse "Bewertungsfreiheit" verfügen (Urteil 2C_390/2012 vom 7. August 2012 E. 2.2 mit Hinweis, in: StR 67, S. 691 ff., 692). Daran vermag nichts zu ändern, dass die einmal festgesetzten und selbständig anfechtbar gewesenen Eigenmietwerte im Rahmen der ordentlichen Veranlagung nicht mehr zur Diskussion stehen (§ 155 des Steuergesetzes des Kantons Schwyz vom 9. Februar 2000 [StG; SRSZ 172.200]). Soweit die Begründungsanforderungen nicht erfüllt sind, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
1.3 Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Zunächst rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV). Das Verwaltungsgericht sei auf ihre Beanstandung, das im Kanton Schwyz praktizierte "Gewinnungskostenmodell" sei nicht bundesrechtskonform, nur sehr rudimentär eingetreten. Allgemeine Bemerkungen wie der "BGE vom 29.3.1999 sei für den vorliegenden Fall nicht einschlägig" oder "den Kantonen stehe gemäss höchstrichterlicher Praxis ein grosser Regelungs- und Anwendungsspielraum zu" genügten der geforderten Begründungspflicht nicht.
2.2 Es ist der Beschwerdeführerin beizupflichten, dass sich das vorinstanzliche Urteil nicht sehr eingehend mit ihrer Argumentation auseinandersetzt. Zudem erweist es sich als problematisch, wenn die kantonalen Richter argumentieren, die SchätzV sei vom Kantonsrat erlassen worden und sei dem fakultativen Referendum unterstellt gewesen. Angesichts des Gewaltenteilungsprinzips stehe es dem Richter nicht zu, zur Ermittlung des Eigenmietwertes von Baurechtsgrundstücken die von der Beschwerdeführerin geforderte (oder allenfalls eine andere) Berechnungsmethode einzuführen. Wohl hätte das Verwaltungsgericht nicht einfach ein anderes Modell implementieren können. Aber sämtliche rechtsanwendenden Behörden eines Kantons (Gerichte und Verwaltungsbehörden) haben den Grundsatz der derogatorischen Kraft des Bundesrechts von Amtes wegen zu beachten (HÄFELIN/HALLER/KELLER, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 8. Aufl. 2012, Rz. 1195). Allerdings bejaht die Vorinstanz die Bundesrechtskonformität des Schwyzer Gewinnungskostenmodells zumindest dem Sinn nach, weshalb die Begründungsanforderungen gerade noch als erfüllt angesehen werden können. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist daher zu verneinen.
3. 3.1 Gemäss Art. 7 Abs. 1 StHG unterliegt die Eigennutzung von Grundstücken der Einkommenssteuer. Analoges gilt gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. b und Abs. 2 DBG (SR 642.11). Auch nach § 22 Abs. 1 lit. b StG ist der Mietwert von Liegenschaften als Ertrag unbeweglichen Vermögens steuerbar. Gemäss § 22 Abs. 2 Satz 1 StG werden die Eigenmieten mit dem Ziel festgelegt, unter Berücksichtigung der ortsüblichen Verhältnisse 65 % des Marktmietwertes zu erfassen. Die Steuerbehörde hat hier den Eigenmietwert - ohne Berücksichtigung des Baurechtsverhältnisses sowie der Reduktion auf 65 % - auf Fr. 26'514.-- pro Jahr festgelegt. Davon geht auch die Beschwerdeführerin aus, weshalb diese Ausgangsgrösse an sich unbestritten ist.
3.2 Unterschiedliche Auffassungen bestehen nur bezüglich der Frage, auf welche Weise dem Baurechtsverhältnis Rechnung zu tragen ist.
3.2.1 Die Steuerbehörde ermittelte gemäss § 11 Abs. 3 SchätzV den Eigenmietwert des Baurechtsgrundstücks gleich wie bei einem "normalen" Einfamilienhaus, das auf einer Bodenparzelle steht, die dem Hauseigentümer gehört. Das Baurechtsverhältnis wird erst im ordentlichen Veranlagungsverfahren berücksichtigt, indem dort der Baurechtszins von den Einkünften abgezogen werden kann. Entsprechend bestimmt beispielsweise die Wegleitung zur Steuererklärung 2007 des Kantons Schwyz auf S. 16 unter B.6: "Von den Liegenschaftserträgen und dem Mietwert der eigenen Wohnung/Gebäude sind für dieselbe Liegenschaft bezahlte Baurechtszinsen in Abzug zu bringen". Damit wendet der Kanton Schwyz das sog. Gewinnungskostenmodell an.
3.2.2 Demgegenüber ist nach der Beschwerdeführerin dem Baurechtsverhältnis bereits bei der Festsetzung des Eigenmietwertes Rechnung zu tragen (Mietwertmodell). Dabei bezieht sie sich auf das Kreisschreiben Nr. 22 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 16. Dezember 2008 betreffend Teilbesteuerung der Einkünfte aus Beteiligungen im Privatvermögen und Beschränkung des Schuldzinsenabzugs, wo unter Ziffer 3.3 die Kosten ohne Schuldzinsencharakter aufgelistet werden. Bezüglich Baurechtszinsen wird dort ausgeführt: "Baurechtszinsen für selbstgenutztes Wohneigentum gelten als nicht abzugsberechtigte Lebenshaltungskosten (Art. 34 Bst. a DBG, BGE vom 29.3.1999, in StE 1999 B 25.6 Nr. 34). Dem Umstand, dass ein Haus im Baurecht errichtet wurde, ist bei der Bemessung des Eigenmietwertes Rechnung zu tragen (StE 1999 B 25.3 Nr. 20)"; einen analogen Wortlaut enthält zudem bereits Ziffer 4 des Kreisschreibens Nr. 1 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 19. Juli 2000 betreffend die Beschränkung des Schuldzinsenabzugs (ASA 69, S. 176 ff., 178). In der Tat erkannte das Bundesgericht im Urteil 2A.454/1996 vom 29. März 1999 E. 2b (in: StE 1999 B 25.6 Nr. 34), das freilich noch den Beschluss über die direkte Bundessteuer betraf, der Baurechtszins könne weder unter dem Titel "Schuldzinsen" noch unter jenem der "dauernden Last" abgesetzt werden. Er sei daher im Privatvermögen überhaupt nicht abzugsfähig. Einzig bei Baurechten für Bauten, die für geschäftliche Zwecke verwendet werden, handle es sich um geschäftsmässig begründeten Aufwand. Andererseits sei dem Umstand des fehlenden Eigentums am Boden mittels eines Einschlags auf dem laut den kantonalen Vorschriften ermittelten Eigenmietwert Rechnung zu tragen (Urteil 2A.454/1996 vom 29. März 1999 E. 3 [StE 1999 B 25.2 Nr. 20]; so auch YVES NOËL, Commentaire romand, 2008, N. 8 zu Art. 33 DBG; HEINZ WEIDMANN/BENNO GROSSMANN/RAINER ZIGERLIG, Wegweiser durch das st. gallische Steuerrecht, 6. Aufl. 1999, S. 123).
4. 4.1 Es fragt sich nun, ob an dieser Rechtsprechung auch unter dem neuen Recht der direkten Steuern (DBG, StHG) festgehalten werden kann, wovon offenbar die Eidgenössische Steuerverwaltung in den zitierten Kreisschreiben ausgeht. Klar ist, dass es sich beim Baurechtszins um keinen "Schuldzins" im Sinne von Art. 33 Abs. 1 lit. a DBG und Art. 9 Abs. 1 lit. a StHG handelt. Und einzig mit dieser Frage befassen sich die erwähnten Kreisschreiben.
4. 4.1 Es fragt sich nun, ob an dieser Rechtsprechung auch unter dem neuen Recht der direkten Steuern (DBG, StHG) festgehalten werden kann, wovon offenbar die Eidgenössische Steuerverwaltung in den zitierten Kreisschreiben ausgeht. Klar ist, dass es sich beim Baurechtszins um keinen "Schuldzins" im Sinne von Art. 33 Abs. 1 lit. a DBG und Art. 9 Abs. 1 lit. a StHG handelt. Und einzig mit dieser Frage befassen sich die erwähnten Kreisschreiben.
4.2 4.2.1 Andererseits erscheint es - entgegen dem Urteil 2A.454/1996 vom 29. März 1999 E. 2b (in: StE 1999 B 25.6 Nr. 34) - nicht a priori ausgeschlossen, den Baurechtszins unter den Begriff der "dauernden Last" im Sinne von Art. 33 Abs. 1 lit. b DBG und Art. 9 Abs. 1 lit. b StHG zu subsumieren (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, Rz. 25 zu Art. 33 DBG; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 33 zu Art. 33 DBG; RAINER ZIGERLIG/GUIDO JUD, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a] Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. 2008, N. 17a zu Art. 33 DBG). Denn es geht auch hier um das Entgelt für die Einräumung einer dinglichen Belastung, nämlich eine Personalservitut im Sinne von Art. 675 bzw. Art. 779 und 779a ZGB. Diverse Kantone lassen denn auch bezahlte Baurechtszinsen unter diesem Titel zum Abzug zu (DANIEL AESCHBACH, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, N. 62 zu § 40 StG AG; MATTHIAS SCHWEIGHAUSER, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, 2004, N. 145 zu § 29 StG BL). Stellte man auf das für ERNST KÄNZIG (Direkte Bundessteuer, 2. Aufl. 1982, N. 154 zu Art. 22 BdBSt) massgebende Kriterium einer Grundstücksbelastung oder -schmälerung für eine "dauernde Last" ab, so wäre selbst diese Voraussetzung bei dem äusserst bescheidenen Baurechtszins hier zweifellos gegeben.
4.2.2 Ebenso wenig vermag die unterschiedliche Behandlung von Baurechtszinsen im Privat- und im Geschäftsvermögen zu überzeugen. Nach dem neueren Verständnis von Gewinnungskosten und insbesondere im Lichte des kausalen Gewinnungskostenbegriffs (Kosten die durch die Einkommenserzielung "veranlasst" sind; vgl. Urteil 2C_465/2011 vom 10. Februar 2012 E. 2.2 mit Hinweisen [StR 67, S. 429, 430]) stimmen die Gewinnungskosten im Privat- und im Geschäftsbereich immer mehr überein (LOCHER, a.a.O., Rz. 13 zu Art. 25 DBG). Deshalb erscheint auch das sog. Gewinnungskostenmodell (vgl. BERNHARD J. GREMINGER, Zur Abzugsfähigkeit von periodischen Baurechtszinsen, in: StR 48 [1993], S. 207 ff., insbesondere S. 210 f.) aus heutiger Sicht als sachgerecht. Kommt hinzu, dass es offenbar von mehr Kantonen in der Deutschschweiz praktiziert wird als das Mietwertmodell (Antwort des Regierungsrates des Kantons Schwyz vom 6. September 2011 auf eine Interpellation, die sich mit der steuerlichen Behandlung von Baurechtszinsen bei selbst bewohntem Wohneigentum befasst, Ziffer 2.2.2) und u.a. auch in den Kantonen Bern und Zürich rechtens ist (vgl. auch LOCHER, a.a.O., Rz. 25 zu Art. 33 DBG; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 33 zu Art. 33 DBG).
4.3 Weder das DBG noch das StHG regeln, ob die bezahlten Baurechtszinsen im Rahmen des Gewinnungskosten- oder des Mietwertmodells zu berücksichtigen sind. Insofern sind beide Lösungen zulässig und bundesrechtskonform; im Modellfall führen sie zudem zu ähnlichen Ergebnissen. Auch die Eidgenössische Steuerverwaltung muss von dieser Schlussfolgerung ausgegangen sein, insistierte sie in ihrer Vernehmlassung vom 8. November 2012 nicht auf Beachtung des den zitierten Kreisschreiben zugrunde liegenden Mietwertmodells. Damit ist auch das in § 11 Abs. 3 der SchätzV gewählte Vorgehen als bundesrechtkonform zu bezeichnen. Die Beschwerdeführerin kann daher den bezahlten Baurechtszins erst im Rahmen der ordentlichen Veranlagungen von den steuerbaren Einkünften absetzen.
4.4 Selbst wenn man dem von der Beschwerdeführerin favorisierten Mietwertmodell folgen würde, könnte der Einschlag auf dem Eigenmietwert nicht im beantragten Ausmass gewährt werden. Die Beschwerdeführerin kürzt den Ausgangsmietwert von Fr. 26'514.-- im Verhältnis von Zeitwert der Baute (Fr. 406'500.--) zum Landwert (Fr. 285'600.--), d.h. um 41.266 % und kommt so auf einen "Mietwert der Baurechtsbaute von Fr. 15'772.--". Diesen reduziert sie noch auf 65 % und ermittelt so einen für sie massgebenden Eigenmietwert von gerade noch Fr. 10'122.--. Angesichts des sehr bescheidenen Baurechtszinses von Fr. 2'400.-- erscheint ein so hoher Einschlag nur bereits aufgrund von Plausibilitätsüberlegungen als übersetzt. Im Übrigen trägt die Beschwerdeführerin bei ihrer Berechnung dem Umstand nicht Rechnung, dass in einer Marktmiete zahlreiche Kostenelemente enthalten sind, die nur die Baute und nicht den Boden betreffen (vgl. GREMINGER, a.a.O., S. 212). Der Aufteilungsschlüssel müsste mithin in jedem Fall viel differenzierter vorgenommen werden, so dass die beiden Schlussergebnisse nicht mehr stark voneinander abweichen dürften. Da die Beschwerdeführerin den Baurechtszins im Rahmen der ordentlichen Veranlagungen absetzen kann (vgl. E. 4.3 in fine), erübrigen sich jedoch weitere Ausführungen.
4.5 Zusammenfassend vermag die Beschwerdeführerin nicht aufzuzeigen, dass die Lösung der Vorinstanz geradezu unhaltbar ist und sich damit als willkürlich erweist. Vielmehr lassen sich hierfür triftige Gründe anführen und ist ein Widerspruch zum übergeordneten Recht (StHG, DBG) nicht ersichtlich.
5. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass