Sachverhalt:
A. A.a Die Firma T._ AG wurde 1978 durch die Gesellschaft X._ übernommen und war in der Folge der Gemeinschaftsstiftung für berufliche Vorsorge der Gesellschaft X._ angeschlossen. Die Arbeitnehmer waren Begünstigte des Wohlfahrtsfonds der Gesellschaft X._ (seit 1. Januar 1998: X._ Wohlfahrtsfonds). Art. 3 der Statuten vom 21. Januar 1999 umschrieb den Zweck dieser Stiftung wie folgt:
a) Zuweisung an die Stiftung "Gemeinschaftsstiftung für berufliche Vorsorge der Gesellschaft X._" oder deren Rechtsnachfolgerin. Diese Zuweisungen können an die Stelle von Arbeitgeberbeiträgen treten.
b) die Entrichtung von Beiträgen und Zuweisung an andere Sozialeinrichtungen des Konzerns in der Schweiz. Diese Zahlungen können an die Stelle von Arbeitgeberbeiträgen treten.
c) Die im freien Ermessen des Stiftungsrates liegende Entrichtung von einmaligen oder wiederkehrenden ausserordentlichen Fürsorgeleistungen an aktive und pensionierte Mitarbeiter des Konzerns in der Schweiz sowie an deren Angehörige für die Milderung der wirtschaftlichen Folgen von Alter, Krankheit, Invalidität, Tod und unverschuldeter Notlage, Ausrichtung freiwilliger Zuwendungen an die Sozialberatungsstelle von der Gesellschaft X._ an den Standorten Y._ und Z._.
Aus dem Stiftungsvermögen und seinen Erträgnissen dürfen weder Saläre, Löhne, Gratifikationen, Teuerungszulagen, noch andere Leistungen ausgerichtet werden, denen lohnähnlicher Charakter zukommt.
Im Zuge von Restrukturierungsmassnahmen innerhalb der X._-Gruppe, welche im Januar 1996 mit dem Verkauf von 60 % der Beteiligung von 100 % an der Firma F._ AG begann und mit dem Verkauf der restlichen 40 % sowie der Fusion von zwei Unternehmen auf den 1. Januar 2002 (vorläufig) abgeschlossen waren, erfolgte eine Teilliquidation des X._ Wohlfahrtsfonds per 31. Dezember 2001 und 1. Januar 2002. Dabei wurde der auf den «Abgangsbestand kollektiv» entfallende Anteil am Stiftungsvermögen kollektiv an die neuen Vorsorgeeinrichtungen der betroffenen Arbeitnehmer übertragen. Die aufnehmenden Vorsorgeeinrichtungen mussten sich schriftlich verpflichten, die Mittel den einzelnen Destinatären individuell gutzuschreiben.
A.b Anfang 2003 wurden zwei Abteilungen einer Firma des X._-Konzerns redimensioniert. Sodann wurden auf Ende Juni 2004 sechs Firmen an die B._ verkauft. Vier der betroffenen Unternehmen, darunter die T._ AG, wurden zum 1. Januar 2005 der Pensionskasse der B._ angeschlossen. Die beiden anderen Firmen hatten eine eigene Vorsorgeeinrichtung. Im selben Jahr wurde eine weitere Firma der X._-Gruppe aufgelöst und es kam innerhalb des Konzerns zu einem Abbau von Arbeitsplätzen (Entlassungen aus wirtschaftlichen Gründen). Mit Verfügung vom 27. Dezember 2004 bejahte das Volkswirtschaftsdepartement des Kantons Schaffhausen, Aufsicht über die berufliche Vorsorge und Stiftungen (seit 1. Januar 2007: Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen des Kantons Zürich; nachfolgend: Aufsichtsbehörde) die Voraussetzungen für eine Teilliquidation des X._ Wohlfahrtsfonds per 31. Dezember 2004 und ordnete die Durchführung des Verfahrens an. Mit Verfügung vom 6. Juni 2006 genehmigte die Aufsichtsbehörde den vom Stiftungsrat gestützt auf den Bericht der Kontrollstelle vom 4. Mai 2006 erstellten Verteilungsplan, welcher u.a. die kollektive Überweisung des auf den Abgangsbestand der 2004 verkauften sechs Firmen entfallenden Anteils am Fondsvermögen von insgesamt Fr. 24'374'977.46 an deren neue Vorsorgeeinrichtungen vorsah.
B. Am 7. Juli 2006 liessen I._ und 44 weitere Mitarbeiter der T._ AG bei der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge Beschwerde einreichen und beantragen, die Verfügung vom 6. Juni 2006 sei aufzuheben und die Aufsichtsbehörde habe den X._ Wohlfahrtsfonds anzuweisen, im Verteilungsplan die individuelle Zuweisung der auf sie entfallenden Teilbeträge vorzusehen, eventualiter die Genehmigung des Verteilungsplans aufzuschieben, bis die kollektive Zuweisung der auf sie entfallenden Fondsmittel an eine Einrichtung gewährleistet sei, in welcher die ausschliessliche Verwendung zugunsten der von der Teilliquidation betroffenen Mitarbeiter verbindlich feststehe, sowie sicherzustellen, dass die als unrichtig bezeichneten Berechnungen von individuellen Ansprüchen überprüft und gegebenenfalls richtiggestellt werden und der Stiftung entsprechend Frist zur Einreichung eines neuen, bereinigten Verteilungsplans anzusetzen.
Die Aufsichtsbehörde und der X._ Wohlfahrtsfonds beantragten in ihren Vernehmlassungen in der Hauptsache die Abweisung der Beschwerde. Die Stiftung räumte bei zwei Destinatären Berechnungsfehler betreffend Anzahl Dienstjahre ein, welche umgehend korrigiert worden seien. Im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels hielten die Verfahrensbeteiligten an ihren Positionen grundsätzlich fest. Der X._ Wohlfahrtsfonds legte mit der Duplik die Kopie eines Auszugs aus dem Protokoll der Sitzung des Stiftungsrates der Pensionskasse der Firma B._ Schweiz vom 7. Dezember 2006 betreffend die Verwendung der Teilliquidationsgelder aus dem X._ Wohlfahrtsfonds ins Recht. Darin wurde festgehalten, diese Rückstellungen würden einzig und alleine für die Versicherten der jeweiligen Gesellschaften, u.a. die T._ AG, im Rahmen des Stiftungszwecks der Statuten des X._ Wohlfahrtsfonds eingesetzt, d.h. zur Verbesserung der Vorsorgeleistungen nach freiem Ermessen des Stiftungsrates bei vorzeitiger Pensionierung, zur Milderung der wirtschaftlichen Folgen von Alter, Krankheit, Invalidität und Tod und unverschuldeter Notlagen sowie für freiwillige Zuwendungen an die Sozialberatungsstelle der jeweiligen Gesellschaft.
Mit einer weiteren Eingabe liessen die Beschwerdeführer mitteilen, dass in der Zwischenzeit zwölf von ihnen nicht mehr bei der T._ AG tätig seien.
Mit Entscheid vom 30. April 2009 wies das seit 1. Januar 2007 zuständige Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat und diese nicht gegenstandslos geworden war, und auferlegte den Beschwerdeführern solidarisch die Verfahrenskosten.
C. I._ und 33 weitere Mitarbeiter der T._ AG lassen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 30. April 2009 sei aufzuheben und die Streitsache an die Stiftungsaufsicht Zürich bzw. den Stiftungsrat des X._ Wohlfahrtsfonds zurückzuweisen mit der Anweisung, im Rahmen der Teilliquidation per 31. Dezember 2004 im Verteilungsplan eine individuelle Zuweisung der Anteile der Gruppe Abgangsbestand vorzunehmen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht wird beantragt, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen und die Auswirkung der Beschwerde sei auf alle von der Teilliquidation betroffenen Destinatäre des X._ Wohlfahrtsfonds auszudehnen.
Der X._ Wohlfahrtsfonds lässt die Abweisung der Beschwerde beantragen, soweit darauf einzutreten sei. Bundesverwaltungsgericht, kantonale Aufsichtsbehörde und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat mit Recht die Rechtmässigkeit der kollektiven Übertragung des Anteils am Vermögen des X._ Wohlfahrtsfonds eine Personalfürsorgestiftung im Sinne von Art. 89bis ZGB, zu Gunsten der abgehenden Arbeitnehmer der T._ AG, worunter die 34 am Recht stehenden Beschwerdeführer, an die Pensionskasse der B._, eine registrierte Vorsorgeeinrichtung nach Art. 48 BVG, im Lichte der am Stichtag der Teilliquidation (31. Dezember 2004) geltenden Rechtslage geprüft (vgl. auch BGE 131 II 533 E. 4.1 S. 534 f.).
2. 2.1 Vor Inkrafttreten der 1. BVG-Revision war die (Teil- oder Gesamt-) Liquidation von Personalfürsorgestiftungen, die keine Vorsorgeeinrichtungen (hiezu aArt. 23 FZG) sind, gesetzlich nicht geregelt. Zur (sinngemässen) Anwendung gelangten daher die allgemeinen Bestimmungen des Stiftungsrechts (Art. 80 ff. ZGB; Urteil 2A.402/2005 vom 15. Februar 2006 E. 3.1 und 3.2). Nach der Rechtsprechung stand es im pflichtgemässen Ermessen des Stiftungsrates, bei einer Teilliquidation unter Beachtung der Statuten und Reglemente die Kriterien für die Verteilung des Stiftungsvermögens auf die verbleibenden Destinatäre (Fortbestand) und die abgehenden bisherigen Begünstigten (Abgangsbestand) festzulegen. Schranken der Ermessensbetätigung bildeten das Willkürverbot, das Gleichbehandlungsgebot sowie der Grundsatz von Treu und Glauben (Urteile 2A.402/2005 vom 15. Februar 2006 E. 3.2 und 2A.189/2002 vom 10. Oktober 2002 E. 3.2 in fine mit zahlreichen Hinweisen). Die Aufsichtsbehörde hatte nur einzugreifen, wenn die Stiftungsorgane ihr Ermessen missbrauchten oder überschritten, insbesondere wenn ihr Entscheid unhaltbar war, weil er auf sachfremden Kriterien beruhte oder einschlägige Kriterien ausser Acht liess (Art. 84 Abs. 2 ZGB; BGE 128 II 394 E.3.3 S. 397).
Der Grundsatz von Treu und Glauben gebietet, dass das Stiftungsvermögen dem Personal folgt, und das Gebot der Rechtsgleichheit verbietet, einzelne Destinatärsgruppen zulasten anderer aus Vorgängen, welche zu einer Teilliquidation führen, insbesondere bei grösseren unfreiwilligen Personalabgängen aufgrund veränderter wirtschaftlicher Verhältnisse und Bedürfnisse auf Seiten des Arbeitgebers, Nutzen ziehen zu lassen (BGE 119 Ib 46 E. 4c S. 54 mit Hinweisen; vgl. auch BGE 131 II 514 E. 5.3 S. 521). Das Gleichbehandlungsgebot gilt indessen nicht nur im Verhältnis zwischen Fortbestand und Abgangsbestand. Nach Rechtsprechung und Lehre sind bei der Teilliquidation einer Personalfürsorgestiftung nicht nur die in diesem Zeitpunkt bei der Stifterfirma - im Falle von Konzernen mit Holdingstruktur wie vorliegend bei einer Tochtergesellschaft - beschäftigten Arbeitnehmer in den Verteilungsplan einzubeziehen, sondern auch jene, die bei umfassender Betrachtungsweise aufgrund derselben Veränderungen schon zuvor ihren Arbeitsplatz verloren haben (BGE 119 Ib 46 E. 4d S. 55 mit Hinweisen; vgl. auch BGE 128 II 394 E. 6.4 S. 405). Im Weitern sollen bei in gewissen zeitlichen Abständen aufeinander folgenden Teilliquidationen zweckmässigerweise dieselben oder jedenfalls ähnliche Aufteilungskriterien zur Anwendung gelangen, sofern die tatsächlichen Verhältnisse und die rechtlichen Rahmenbedingungen gleich oder wenigstens vergleichbar sind (vgl. BGE 128 II 394 E. 5.4 S. 401). Dies muss insbesondere gelten, wenn die auslösenden Ereignisse als ein kontinuierlicher wirtschaftlicher Vorgang aufzufassen sind.
2.2 Gesetzlich nicht geregelt ist - auch nach Inkrafttreten der 1. BVG-Revision - die Frage, ob die Übertragung des auf die abgehenden bisherigen Destinatäre entfallenden Anteils am Stiftungsvermögen an eine Vorsorgeeinrichtung kollektiv oder individuell in Form einer Gutschrift zu erfolgen hat. Es gibt dazu auch keine gefestigte Praxis im Sinne klarer, in jedem Einzelfall anwendbarer Kriterien. Der diesbezügliche Entscheid des Stiftungsrates hat jedenfalls sachgerecht zu sein und das Gleichbehandlungsgebot zu beachten (vgl. BGE 131 II 533 E. 7.1 S. 539). Immerhin ist darauf hinzuweisen, dass das neue Recht auch bei Personalfürsorgestiftungen bei einem kollektiven Austritt im Rahmen einer Teil- oder Gesamtliquidation ausdrücklich einen individuellen oder kollektiven Anspruch auf einen Anteil der freien Mittel vorsieht und damit beide Übertragungsarten zulässt (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 9 ZGB in Verbindung mit Art.53d Abs. 1 BVG und Art. 27g Abs. 1 BVV 2). Gleiches galt auch in Bezug auf den hier allerdings nicht anwendbaren aArt. 23 FZG (E. 2.1).
3. Die Teilliquidation des X._ Wohlfahrtsfonds per 31. Dezember 2004 u.a. als Folge des Verkaufs von sechs Firmen der X._-Gruppe, darunter die T._ AG, an die B._ als solche ist unbestritten, ebenso die Aufteilung des Stiftungsvermögens auf den Fortbestand und den Abgangsbestand gemäss dem von der Aufsichtsbehörde genehmigten Verteilungsplan des Stiftungsrates. Die Differenzen zwischen den Parteien betreffen einzig die Frage, ob die auf die am Recht stehenden Arbeitnehmer der T._ AG entfallenden Mittel kollektiv oder individuell an deren neue Vorsorgeeinrichtung, die Pensionskasse der B._, zu übertragen sind.
Die Vorinstanz hat hierzu erwogen, die kollektive Übertragung sei üblich bei Mitteln aus einem patronalen Wohlfahrtsfonds und trage insbesondere dem Gebot der Gleichbehandlung von Fortbestand und Abgangsbestand Rechnung. Im konkreten Fall komme dazu, dass die Teilliquidation mit Stichtag vom 31. Dezember 2004 direkt durch den Verkauf von sechs Firmen der X._-Gruppe per 30. Juni 2004 ausgelöst worden sei und zur (kollektiven) Abnahme des Bestandes von über 700 Destinatären (von ursprünglich knapp 1100 Aktiven) geführt habe. Der Entscheid für die kollektive Übertragung der freien Mittel sei nicht sachwidrig. Der Stiftungsrat habe sein grosses Ermessen weder überschritten noch missbraucht. Es sei der übernehmenden Vorsorgeeinrichtung überlassen, wie sie diese am besten zu Gunsten der betroffenen Destinatäre einsetzen wolle. Ebenfalls sei keine mit dem Gleichbehandlungsgebot nicht vereinbare Benachteiligung des Abgangsbestands gegenüber den anlässlich der Teilliquidation mit Stichtag vom 31. Dezember 2001 abgehenden Destinatäre gegeben. Die verschiedenen Zeiträume zwischen auslösendem Ereignis und festgelegtem Stichtag der Teilliquidation (1. Januar 1996 bis 31. Dezember 2001 resp. 30. Juni bis 31. Dezember 2004) rechtfertigten eine - ein Stück weit - unterschiedliche Behandlung der jeweils betroffenen bisherigen Begünstigten. Denn die Gefahr, dass viele von diesen aus der übernehmenden Vorsorgeeinrichtung ausscheiden und von den übertragenen Mitteln nicht profitieren könnten, sei nach sechs Jahren ungleich grösser. Abgesehen davon seien bei der in Frage stehenden Teilliquidation prozentual gut dreimal mehr Destinatäre (rund 28 %) betroffen als in der ersten (7,5 %). Dazu komme, dass auch bei der ersten Teilliquidation die Mittel kollektiv übertragen worden seien, wobei die übernehmende Vorsorgeeinrichtung sich verpflichtet habe, eine individuelle Verteilung auch an jene Destinatäre vorzunehmen, welche zwischenzeitlich ausgeschieden seien. Im vorliegenden Fall habe die Pensionskasse der B._ mit Stiftungsratsbeschluss vom 7. Dezember 2006 entschieden, die kollektiv übertragenen Mittel einzig und alleine zugunsten der ehemaligen Destinatäre des X._ Wohlfahrtsfonds einzusetzen. Wie die Vorsorgeeinrichtung diesen Beschluss für die später ausgetretenen Destinatäre umsetzen wolle, sei ihr zu überlassen. Soweit die Beschwerdeführer befürchteten, der Stiftungsrat der übernehmenden Pensionskasse werde bei der Auszahlung der Austrittsleistung sein Ermessen missbrauchen oder überschreiten, müssten sie zu gegebener Zeit den Klageweg nach Art. 73 BVG beschreiten. Der Unterschied zur Behandlung der abgehenden Destinatäre anlässlich der ersten Teilliquidation sei somit nicht derart gross. Insgesamt lasse sich aus dem Vergleich zwischen mehreren Teilliquidationen des X._ Wohlfahrtsfonds keine Verletzung des Gleichbehandlungsgebotes ableiten.
4. 4.1 Die Beschwerdeführer bestreiten nicht hinreichend substanziiert, dass die kollektive Übertragung des auf sie entfallenden Anteils am Stiftungsvermögen an die neue Vorsorgeeinrichtung grundsätzlich zulässig ist. Sie machen indessen geltend, entgegen der Auffassung der Vorinstanz bestünden zwischen den ersten beiden und der in Frage stehenden dritten Teilliquidation keine wesentlichen Unterschiede, welche eine verschiedene Behandlung in Bezug auf die Übertragungsart (individuell resp. kollektiv) mit vernünftigen sachlichen Gründen zu erklären vermöchten. Die X._ befinde sich seit Jahren in einem fortgesetzten Auflösungsprozess. Alle aktiven Destinatäre des Wohlfahrtsfonds seien aus betrieblichen Gründen aus diesem ausgeschieden (vgl. E. 4.2.1). Im Weitern stellten weder die unterschiedliche Anzahl der abgehenden Destinatäre noch die Frage, ob der Personalabbau durch kontinuierliche Einstellung einzelner Tätigkeitsbereiche oder aber durch Abspaltung ganzer Unternehmensteile durch Verkauf an eine andere Gesellschaft stattfinde, einen Grund dar, das Stiftungsvermögen nicht individuell an die aufnehmenden Vorsorgeeinrichtungen des «Abgangsbestands kollektiv» zu übertragen wie bei den vorangegangenen Teilliquidationen (vgl. E. 4.2.2). Schliesslich wird argumentiert, es sei zu befürchten, dass der Stiftungsrat der Pensionskasse der B._ das übertragene Stiftungsvermögen nicht zugunsten der Vorsorge der bisherigen Destinatäre verwenden, sondern zweckfremd für die Bildung von Reserven oder die Erhöhung des Deckungsgrades einsetzen werde (vgl. E. 4.2.3).
4. 4.1 Die Beschwerdeführer bestreiten nicht hinreichend substanziiert, dass die kollektive Übertragung des auf sie entfallenden Anteils am Stiftungsvermögen an die neue Vorsorgeeinrichtung grundsätzlich zulässig ist. Sie machen indessen geltend, entgegen der Auffassung der Vorinstanz bestünden zwischen den ersten beiden und der in Frage stehenden dritten Teilliquidation keine wesentlichen Unterschiede, welche eine verschiedene Behandlung in Bezug auf die Übertragungsart (individuell resp. kollektiv) mit vernünftigen sachlichen Gründen zu erklären vermöchten. Die X._ befinde sich seit Jahren in einem fortgesetzten Auflösungsprozess. Alle aktiven Destinatäre des Wohlfahrtsfonds seien aus betrieblichen Gründen aus diesem ausgeschieden (vgl. E. 4.2.1). Im Weitern stellten weder die unterschiedliche Anzahl der abgehenden Destinatäre noch die Frage, ob der Personalabbau durch kontinuierliche Einstellung einzelner Tätigkeitsbereiche oder aber durch Abspaltung ganzer Unternehmensteile durch Verkauf an eine andere Gesellschaft stattfinde, einen Grund dar, das Stiftungsvermögen nicht individuell an die aufnehmenden Vorsorgeeinrichtungen des «Abgangsbestands kollektiv» zu übertragen wie bei den vorangegangenen Teilliquidationen (vgl. E. 4.2.2). Schliesslich wird argumentiert, es sei zu befürchten, dass der Stiftungsrat der Pensionskasse der B._ das übertragene Stiftungsvermögen nicht zugunsten der Vorsorge der bisherigen Destinatäre verwenden, sondern zweckfremd für die Bildung von Reserven oder die Erhöhung des Deckungsgrades einsetzen werde (vgl. E. 4.2.3).
4.2 4.2.1 Aus den Berichten der Kontrollstelle zur ersten und dritten Teilliquidation vom 14. Juni 2002 und 4. Mai 2006 ergibt sich, dass der X._ Konzern seit 1996 einem Umstrukturierungs- und Redimensionierungsprozess unterworfen war. Die Massnahmen umfassten u.a. den Verkauf selbständiger Unternehmen und von Unternehmensteilen, die Auflösung von Firmen und die Schliessung von Abteilungen. Die drei Teilliquidationen lassen sich zwar drei verschiedenen Ereignissen zuordnen, die erste dem Verkauf der 100%-Beteiligung an der Firma F._ AG (60 % 1996 und 40 % 2000), die zweite der Fusion von zwei Firmen zum 1. Januar 2002 und die dritte dem Verkauf von sechs Firmen an die B._ zum 30. Juni 2004 (vgl. auch Sachverhalt A.a und A.b). Die Festlegung der Stichtage vom 31. Dezember 2001 (erste Teilliquidation) und vom 31. Dezember 2004 (dritte Teilliquidation) hatte ihren Grund darin, dass die von den Umstrukturierungsmassnahmen betroffenen Arbeitnehmer, deren Arbeitgeber nicht der eigenen Vorsorgeeinrichtung angeschlossen waren, bis zu diesem Zeitpunkt weiter bei der Gemeinschaftsstiftung für berufliche Vorsorge der Gesellschaft X._ versichert blieben. Die Stichtage für die Bestimmung des von der Teilliquidation betroffenen Destinatärskreises wurden auf den 1. Januar 1996, 1. Januar 2002 und 1. Januar 2003 festgelegt, letzterer wegen der Reduktion des Personalbestandes um 71 Arbeitnehmer im ersten Halbjahr 2003 infolge Redimensionierung von zwei Abteilungen eines Betriebes. Trotz der Möglichkeit, den einzelnen Teilliquidationen ein insofern bestimmtes auslösendes Ereignis zuzuordnen, sind die Vorgänge im X._ Konzern im Zeitraum von 1996 bis 2004 wirtschaftlich als einheitlicher Prozess aufzufassen.
4.2.2 Es ist eine Tatsache, dass der «Abgangsbestand kollektiv» bei der hier interessierenden dritten Teilliquidation rund dreimal mehr Destinatäre umfasste als bei der ersten. Für die Frage, ob die damit einhergehende unterschiedliche Übertragung des Stiftungsvermögens an die aufnehmenden Vorsorgeeinrichtungen, individuell oder kollektiv, das Gleichbehandlungsgebot verletze, belässt es die Vorinstanz insoweit beim Hinweis auf das grosse Ermessen des Stiftungsrates, diesen Unterschied zu berücksichtigen oder nicht. Das allein kann in Anbetracht dessen, dass die Massnahmen, welche zur Reduktion des Personalbestandes führten und schliesslich auch die drei Teilliquidationen des Wohlfahrtsfonds auslösten, in einem engen sachlichen und auch zeitlichen Zusammenhang stehen, indessen nicht genügen. Unter dem Gesichtspunkt des Gleichbehandlungsgebotes kann es sodann in Bezug auf die Frage der kollektiven oder individuellen Übertragung des Stiftungsvermögens an die aufnehmenden Vorsorgeeinrichtungen grundsätzlich keinen Unterschied machen, ob es sich beim «Abgangsbestand kollektiv» um die Arbeitnehmer eines selbständigen Unternehmens oder eines Unternehmensteils handelt.
4.2.3 Der Stiftungsrat der Pensionskasse der B._ Schweiz entschied an seiner Sitzung vom 7. Dezember 2006, dass die Teilliquidationsgelder aus dem X._ Wohlfahrtsfonds in Form von Rückstellungen einzig und alleine für die Versicherten der jeweiligen Gesellschaften im Rahmen des Stiftungszwecks eingesetzt würden, u.a. zur Verbesserung der Vorsorgeleistungen nach freiem Ermessen des Stiftungsrates bei vorzeitiger Pensionierung und zur Milderung der wirtschaftlichen Folgen von Alter, Krankheit, Invalidität und Tod. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass damit dem Eventualbegehren in der Beschwerde auf kollektive Zuweisung und Gewährleistung der ausschliesslichen Verwendung der Mittel zu Gunsten der abgehenden Destinatäre entsprochen worden sei, was die Beschwerdeführer nicht bestreiten. Der Stiftungsrat wird im Rahmen von Gesetz, Statuten und Vorsorgereglement die kollektiv eingebrachten Mittel im Sinne des Stiftungszweckes getreu dem Grundsatz, dass das Personalvorsorgevermögen den bisherigen Destinatären zu folgen hat (BGE 128 II 394 E. 3.2 S. 397; 119 Ib 46 E. 4c S. 54), einzusetzen haben. Was dies im Einzelnen bedeutet, insbesondere bei einem Austritt einzelner oder gleichzeitig mehrerer ehemaliger Destinatäre aus der Vorsorgeeinrichtung ausserhalb oder im Rahmen eines Teilliquidationstatbestandes und wie die Betroffenen sich allenfalls wehren können (Art. 73 BVG oder Art. 74 BVG), braucht hier nicht weiter erörtert zu werden.
4.2.3 Der Stiftungsrat der Pensionskasse der B._ Schweiz entschied an seiner Sitzung vom 7. Dezember 2006, dass die Teilliquidationsgelder aus dem X._ Wohlfahrtsfonds in Form von Rückstellungen einzig und alleine für die Versicherten der jeweiligen Gesellschaften im Rahmen des Stiftungszwecks eingesetzt würden, u.a. zur Verbesserung der Vorsorgeleistungen nach freiem Ermessen des Stiftungsrates bei vorzeitiger Pensionierung und zur Milderung der wirtschaftlichen Folgen von Alter, Krankheit, Invalidität und Tod. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass damit dem Eventualbegehren in der Beschwerde auf kollektive Zuweisung und Gewährleistung der ausschliesslichen Verwendung der Mittel zu Gunsten der abgehenden Destinatäre entsprochen worden sei, was die Beschwerdeführer nicht bestreiten. Der Stiftungsrat wird im Rahmen von Gesetz, Statuten und Vorsorgereglement die kollektiv eingebrachten Mittel im Sinne des Stiftungszweckes getreu dem Grundsatz, dass das Personalvorsorgevermögen den bisherigen Destinatären zu folgen hat (BGE 128 II 394 E. 3.2 S. 397; 119 Ib 46 E. 4c S. 54), einzusetzen haben. Was dies im Einzelnen bedeutet, insbesondere bei einem Austritt einzelner oder gleichzeitig mehrerer ehemaliger Destinatäre aus der Vorsorgeeinrichtung ausserhalb oder im Rahmen eines Teilliquidationstatbestandes und wie die Betroffenen sich allenfalls wehren können (Art. 73 BVG oder Art. 74 BVG), braucht hier nicht weiter erörtert zu werden.
4.3 4.3.1 Im Lichte des Vorstehenden vermögen die von der Vorinstanz angeführten Gründe, welche eine unterschiedliche Behandlung der kollektiven Abgangsbestände der ersten und dritten Teilliquidation in Bezug auf die Art der Übertragung des ihnen folgenden Stiftungsvermögens (kollektiv oder individuell) rechtfertigen, zwar nicht restlos zu überzeugen. Zu beachten ist indessen, dass das Gleichbehandlungsgebot auch und in erster Linie im Verhältnis zwischen Fortbestand und Abgangsbestand gilt (E. 2.1). Unter diesem Gesichtspunkt erscheint eine kollektive Übertragung des auf den «Abgangsbestand kollektiv» entfallenden Anteils am Stiftungsvermögen an die übernehmenden Vorsorgeeinrichtungen sachgerechter als die Übertragung in Form individueller Gutschriften. Diese Sichtweise entspricht auch mehr dem Zweck patronaler Wohlfahrtsfonds (vgl. dazu Urteil 9C_193/2008 vom 2. Juli 2008 E. 3.2). Allgemein steht eine kollektive Übertragung insbesondere dann im Vordergrund und ist der individuellen vorzuziehen, wenn der «Abgangsbestand kollektiv» im Wesentlichen aus einem oder mehreren selbständigen Unternehmen besteht und eine solche Grösse aufweist, dass auch die Übertragung an eine neu zu gründende oder bereits bestehende Personalfürsorgestiftung mit gleichem Zweck als grundsätzlich ebenbürtige Variante in Betracht fällt (vgl. auch Hans Michael Riemer, Die Auswirkungen grösserer Personalfluktuationen beim Arbeitgeber auf dessen Personalvorsorgestiftung, in: SZS 1982 S. 8 f.). Dies ist vorliegend in Bezug auf die durch den Verkauf von sechs Firmen, darunter die T._ AG, an die B._ zum 30. Juni 2004 ausgelöste Teilliquidation zu bejahen. Der diesbezügliche «Abgangsbestand kollektiv» umfasst 730 Arbeitnehmende und ein auf sie entfallendes Stiftungsvermögen von rund Fr. ..... Mio. (Anhänge zum Bericht der Kontrollstelle vom 4. Mai 2006). Im dargelegten Sinne ist somit, wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, auch von Bedeutung, dass bei der dritten Teilliquidation dreimal mehr Arbeitnehmer kollektiv aus dem Destinatärskreis des X._ Wohlfahrtsfonds ausschieden als bei der ersten (233 Personen; Anhänge zum Bericht der Kontrollstelle vom 14. Juni 2002 [in der Fassung vom 16. September 2002]).
4.3.2 In Würdigung aller Umstände stellt es keine rechtsfehlerhafte Ermessensbetätigung dar und verletzt das Gleichbehandlungsgebot nicht, dass der Stiftungsrat des X._ Wohlfahrtsfonds bei der dritten Teilliquidation mit Stichtag vom 31. Dezember 2004 die kollektive Übertragung des auf die ausscheidenden Destinäre der sechs an die B._ verkauften Firmen entfallenden Stiftungsvermögens an die aufnehmenden Vorsorgeeinrichtungen, insbesondere die Pensionskasse der B._, anordnete. Es bestand keine Notwendigkeit für ein Eingreifen der Aufsichtsbehörde oder der Vorinstanz. Ein Anspruch auf individuelle Übertragung ergibt sich entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer auch nicht aus dem Grundsatz von Treu und Glauben. Unbestritten wurden vom Stiftungsrat keine solche Zusicherungen gemacht. Durch die Tatsache allein indessen, dass bei der ersten und zweiten Teilliquidation die aufnehmenden Vorsorgeeinrichtungen sich verpflichten mussten, den auf die neu eintretenden Versicherten des «Abgangsbestandes kollektiv» entfallenden Anteil am Stiftungsvermögen diesen individuell gutzuschreiben, konnte keine rechtlich geschützte Position im Sinne eines Anspruchs auf Anwendung dieser Regelung auch bei einer nächsten Teilliquidation entstehen.
Bei diesem Ergebnis ist die Frage der gestützt auf Art. 53d Abs. 6 BVG beantragten Ausdehnung der Auswirkung der Beschwerde auf alle von der Teilliquidation betroffenen Destinatäre des X._ Wohlfahrtsfonds soweit zulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG), obsolet.
5. Mit dem Entscheid in der Sache ist die Frage der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde gegenstandslos (Urteil 9C_515/2009 vom 14. September 2009 E. 4).
6. Die Beschwerdeführer rügen, die Kostenverteilung im vorinstanzlichen Verfahren sei zu Unrecht vollumfänglich zu ihren Ungunsten ausgefallen. Beim Kostenspruch wäre zu berücksichtigen gewesen, dass der Wohlfahrtsfonds unter dem Druck der eingereichten Beschwerde zum einen die ausschliessliche Verwendung der kollektiv übertragenen Mittel zu Gunsten der übergetretenen Destinatäre veranlasst habe und zum andern eine Nachbesserung der beanstandeten Einzelpositionen (rechnerische Ansprüche der Destinatäre) erreicht worden sei. Diese Vorbringen sind nicht stichhaltig. Es handelte sich bei den beanstandeten Berechnungen um einen vergleichsweise unbedeutenden Nebenpunkt. Abgesehen davon hätte auf entsprechendes Gesuch eine Überprüfung auch ausserhalb eines gerichtlichen Verfahrens stattfinden können. Auch die vorinstanzliche Kostenverlegung verletzt somit Bundesrecht nicht.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und dem anwaltlich vertretenen X._ Wohlfahrtsfonds eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 2 BGG), je unter solidarischer Haftung (Art. 66 Abs. 5 und Art. 68 Abs. 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6000.- werden den Beschwerdeführern (unter solidarischer Haftung) auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben den Wohlfahrtsfonds X._ für das bundesgerichtliche Verfahren (unter solidarischer Haftung) mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, dem Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Dezember 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler