Fatti:
A.
Il 21 giugno 2010 la A._SA ha chiesto al Municipio di X._ il permesso di ristrutturare l'hotel C._, un esercizio pubblico sito su un fondo caratterizzato dalla preesistenza di un folto gruppo di alberi protetti. Nella domanda di costruzione non era previsto alcun abbattimento di alberi. Il 30 settembre 2010 il Municipio ha rilasciato la licenza richiesta. Il 27 ottobre 2011 ha poi notificato alla richiedente un rapporto di contravvenzione, per aver tagliato senza autorizzazione alcuni alberi meritevoli secondo il piano regolatore di protezione e inventariati nelle relative schede descrittive.
B.
Dopo aver esperito un'udienza di conciliazione, con decisione del 21 febbraio 2012 il Municipio ha ordinato alla A._SA di procedere alla messa a dimora di 14 alberi di alto fusto nelle posizioni originarie di quelli abusivamente soppressi, richiamando pure la procedura contravvenzionale aperta a carico della citata società. Il 15 maggio 2012 il Consiglio di Stato ha accolto un ricorso dell'interessata, ritenendo che il Municipio avrebbe impropriamente combinato la procedura contravvenzionale con quella di ripristino. Adito dal Comune di X._, con giudizio del 6 novembre 2013 il Tribunale cantonale amministrativo ha annullato la decisione governativa e retrocesso gli atti al Consiglio di Stato, affinché si pronunci di nuovo, ai sensi dei considerandi, sul ricorso 12 marzo 2012 dell'interessata.
C.
Avverso questa sentenza la A._SA e B._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono, concesso al gravame effetto sospensivo, di cassarla.
Non sono state chieste osservazioni all'impugnativa.
Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 138 I 367 consid. 1).
1.2. Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto edilizio e pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo, è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.1).
1.3. La decisione impugnata manifestamente non conclude tuttavia la procedura, ritenuto che retrocede gli atti di causa al Consiglio di Stato, affinché si pronunci di nuovo sul ricorso dei ricorrenti. Non si è quindi in presenza di una decisione finale (art. 90 LTF), ma di rinvio.
I ricorrenti non si esprimono del tutto su questa questione, decisiva. Sono infatti incidentali le decisioni che non pongono termine alla lite e riguardano soltanto una fase del procedimento, assumendo una funzione strumentale rispetto alla pronuncia destinata a concludere la vertenza; queste decisioni possono avere indifferentemente per oggetto una questione formale o materiale, giudicata anteriormente alla decisione finale (DTF 133 V 477 consid. 4.1.3). Le decisioni di rinvio costituiscono di massima decisioni incidentali ai sensi dell'art. 93 LTF (DTF 138 I 143 consid. 1.2; 133 V 477 consid. 4.2).
Eccettuati i casi disciplinati dall'art. 92 LTF, secondo l'art. 93 LTF il ricorso contro una decisione incidentale è ammissibile se può causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b). L'adempimento di quest'ultima condizione non è addotto dai ricorrenti, né è ravvisabile in concreto. In effetti, un eventuale accoglimento del gravame non comporterebbe immediatamente una decisione finale sulla lite (cfr. DTF 137 III 637 consid. 1.2; 136 II 165 consid. 1.2.1 pag. 171; 135 II 30 consid. 1.3.4 pag. 36).
1.4. L'adempimento dei citati requisiti, che dev'essere di principio dimostrato dai ricorrenti a meno che non sia manifesto (DTF 134 III 426 consid. 1.2 in fine; 133 II 629 consid. 2.3.1), mirano a sgravare il Tribunale federale, che di massima deve potersi esprimere sull'oggetto del litigio con un'unica decisione, evitando, come in concreto, di pronunciarsi parzialmente senza un esaustivo accertamento della fattispecie nell'ambito di una prima fase della procedura. Il semplice prolungamento della procedura o l'aumento dei costi collegati alla causa non bastano di massima a fondare un simile pregiudizio (DTF 136 II 165 consid. 1.2.1). Deve trattarsi, in linea di principio, di un pregiudizio di natura giuridica (DTF 135 II 30 consid. 1.3.4 pag. 35).
1.5. Se eventuali pregiudizi possono essere eliminati in modo adeguato anche nel contesto di un esame successivo all'emanazione del giudizio finale, questo Tribunale non entra quindi nel merito di impugnative contro decisioni pregiudiziali e incidentali (DTF 135 II 30 consid. 1.3.2). In effetti, se in virtù dei capoversi 1 e 2 dell'art. 93 il ricorso è inammissibile o non è stato interposto, le decisioni incidentali, in quanto influiscano sul contenuto della stessa, possono essere impugnate mediante ricorso contro la decisione finale (art. 93 cpv. 3 LTF).
1.6. In concreto non vi sono motivi per scostarsi da questa prassi invalsa, ritenuto che la criticata decisione di rinvio non comporta alcun pregiudizio giuridico né di fatto. I ricorrenti potranno impugnare, se del caso, con un ricorso in materia di diritto pubblico un'eventuale ulteriore decisione finale della Corte cantonale (art. 93 cpv. 3 LTF) o impugnare in seguito direttamente la decisione incidentale, qualora l'interesse giuridicamente protetto degli interessati a ricorrere nel merito venga meno nel corso della procedura cantonale (DTF 135 III 329 consid. 1.2.2 pag. 333 seg.; 133 IV 645 consid. 2.2 pag. 647; 122 I 39).
2.
2.1. Il ricorso, manifestamente inammissibile, non può essere esaminato nel merito e può essere deciso sulla base della procedura semplificata dell'art. 108 cpv. 1 lett. a e cpv. 2 LTF. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
2.2. L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di concessione dell'effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Giudice unico pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro patrocinatore, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.