Fatti:
A. Il 12 aprile 2011 il Procuratore pubblico (PP) ha aperto l'istruzione penale nei confronti del dr. med. A._ e del dr. med. C._ per il titolo di lesioni colpose gravi in relazione a pretesi errori diagnostici e di tecnica operatoria che avrebbero causato a D._ una zoppia cronica al piede sinistro e una perdita dell'uso funzionale dell'arto.
B. Ritenendo necessaria l'esecuzione di una perizia volta a stabilire un'eventuale violazione delle regole dell'arte medica nell'ambito delle cure prestate al paziente, il 29 luglio 2011 il PP ha nominato quale perito il dott. B._, attivo presso l'Università dell'Insubria di Varese. Il 22 novembre 2011 ha inoltre nominato il dott. E._ quale perito ausiliario. Il 10 febbraio 2012 gli esperti hanno reso il loro rapporto, che ravvisava carenze nella procedura operatoria. Il referto peritale è stato intimato alle parti il 16 marzo 2012.
C. Il 6 luglio 2012 A._ ha presentato un'istanza di ricusa del dott. B._ invocando gli intensi rapporti professionali del perito con le autorità penali del Cantone Ticino, che renderebbero parziale il rapporto peritale. Il perito si è espresso sull'istanza di ricusa dinanzi alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) con osservazioni del 18 luglio 2012, reputando in particolare "stupefacente ed offensiva" l'asserzione di parzialità e riservandosi "di adire le vie formali per rispetto alla propria integrità professionale e alla propria onorabilità". Ha inoltre precisato che non avrebbe più tollerato "illegittime accuse di parzialità e corruttibilità".
D. Il 27 luglio 2012 A._ ha presentato un'ulteriore istanza di ricusa nei confronti del perito in relazione al tenore delle osservazioni da questi formulate alla prima domanda di ricusa. In pratica, ha addotto che la reazione del perito sarebbe stata eccessiva e tale da fare dedurre un manifesto rapporto di inimicizia.
E. Con distinte sentenze del 18 ottobre 2012 la CRP ha dichiarato irricevibile, siccome tardiva, la prima istanza di ricusa ed ha respinto la seconda, negando che il tenore delle osservazioni palesasse un sentimento di inimicizia nei confronti dell'imputato o del suo legale, trattandosi di una reazione riconducibile alle inadeguate conclusioni della prima istanza di ricusa.
F. A._ impugna la sentenza della CRP, che respinge la sua seconda istanza di ricusa, con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullare il giudizio della Corte cantonale e di accogliere la sua domanda. Il ricorrente lamenta sostanzialmente l'accertamento arbitrario dei fatti e la violazione dell'art. 56 lett. f CPP.
G. Non sono state chieste osservazioni nel merito del gravame.
Con decreto presidenziale del 19 dicembre 2012 è stata respinta la domanda di effetto sospensivo.
Diritto:
1. Diretto contro una decisione incidentale notificata separatamente riguardante una domanda di ricusazione, il ricorso concernente una causa in materia penale è, di massima, ammissibile (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'art. 92 cpv. 1 LTF). Esso è tempestivo e la legittimazione dell'imputato è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 1 LTF). La CRP, quale autorità di ricorso, è competente per statuire su una domanda di ricusazione nei confronti di un esperto e il gravame è diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (sentenze 1B_488/2011 del 2 dicembre 2011 consid. 1.1 e 1B_97/2012 del 30 marzo 2012).
2. 2.1 Il ricorrente lamenta un accertamento dei fatti incompleto, rimproverando alla CRP di non avere considerato le osservazioni presentate dal perito l'8 agosto 2012 alla seconda istanza di ricusa, che ribadirebbero i sentimenti di ostilità e di inimicizia nei confronti suoi e del suo patrocinatore. Sostiene inoltre che i giudici cantonali avrebbero accertato, a torto, che l'istanza di ricusa del 6 luglio 2012 non si limitava ad invocare un'apparente parzialità del perito, ma la dava per certa. Secondo il ricorrente, tale istanza sarebbe invece stata formulata in termini sobri, senza attacchi personali nei confronti del perito ricusato.
2.2 Secondo l'art. 97 LTF, il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento. Per essere manifestamente inesatto, e quindi arbitrario, il criticato accertamento deve risultare chiaramente insostenibile, in evidente contrasto con la fattispecie, fondato su una svista manifesta o contraddire in modo urtante il sentimento di giustizia e di equità (DTF 135 III 356 consid. 4.2.1; 129 I 173 consid. 3.1, 8 consid. 2.1 e rinvii).
2.3 Con le esposte argomentazioni, il ricorrente ribadisce semplicemente la sua opinione, ma non dimostra, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, per quali ragioni gli accertamenti alla base del giudizio impugnato sarebbero manifestamente in contrasto con gli atti e quindi arbitrari (cfr., sulle esigenze di motivazione, DTF 136 I 229 consid. 4.1; 133 II 249 consid. 1.4.1 e 1.4.2). La Corte cantonale ha d'altra parte esplicitamente richiamato nella propria sentenza anche le osservazioni dell'8 agosto 2012 del perito. Limitandosi ad addurre che nelle stesse il perito ha ribadito di considerare "del tutto inaccettabile" il rimprovero di parzialità mossogli dal ricorrente, questi non sostanzia arbitrio alcuno, né spiega perché la circostanza avrebbe potuto modificare l'esito del giudizio e sarebbe quindi determinante per la causa. La CRP ha inoltre accertato in modo conforme agli atti, citando esplicitamente l'istanza di ricusa del 6 luglio 2012, che nella stessa il ricorrente non si è limitato a sollevare un possibile caso di prevenzione, ma ha addotto con certezza la parzialità del perito e l'assoluta inattendibilità delle sue conclusioni.
3. 3.1 Il ricorrente lamenta la violazione dell'art. 56 lett. f CPP. Sostiene che, formulando le osservazioni del 18 luglio 2012, il perito avrebbe reagito in modo sproporzionato all'istanza di ricusa del 6 luglio 2012. Ciò fonderebbe l'oggettivo timore che l'esperto non è più imparziale nei suoi confronti.
3.2 L'art. 56 CPP, applicabile ai periti giusta il rinvio dell'art. 183 cpv. 3 CPP, enumera diversi motivi di ricusazione alle lettere a-e, mentre la lettera f la impone a chi per altri motivi, segnatamente a causa di rapporti di amicizia o di inimicizia con una parte o con il suo patrocinatore, potrebbe avere una prevenzione nella causa. Si tratta di una clausola generale, nella quale rientrano tutti i motivi di ricusazione non espressamente previsti nelle lettere precedenti (DTF 138 IV 142 consid. 2.1).
L'art. 56 CPP concreta le garanzie derivanti dall'art. 30 cpv. 1 Cost. Poiché il perito non è membro del tribunale, la sua ricusazione non viene esaminata sotto il profilo di questa norma, bensì sotto quello dell'art. 29 cpv. 1 Cost., che garantisce un processo equo (DTF 125 II 541 consid. 4a). Riferita alle esigenze d'imparzialità e di indipendenza poste a un esperto, questa disposizione assicura tuttavia all'interessato una tutela equivalente a quella dell'art. 30 cpv. 1 Cost. (DTF 127 I 196 consid. 2b; sentenza 1B_188/2011 del 1° giugno 2011 consid. 3.2, in: Pra 2012 n. 2 pag. 5 segg.). Le parti a una procedura hanno quindi il diritto di esigere la ricusazione di un perito la cui situazione o il cui comportamento siano di natura tali da far sorgere dubbi sulla sua imparzialità. Questa garanzia vieta l'influsso sulla decisione di circostanze estranee al processo, che potrebbero privarlo della necessaria oggettività a favore o a pregiudizio di una parte (DTF 136 I 207 consid. 3.1 e rinvii). Sebbene la semplice affermazione della parzialità, basata su sentimenti soggettivi di una parte, non sia sufficiente per fondare un dubbio legittimo, non occorre che il perito sia effettivamente prevenuto: per giustificare la sua ricusazione bastano circostanze concrete idonee a suscitare l'apparenza di una prevenzione e a far sorgere un rischio di parzialità (DTF 136 I 207 consid. 3.1; 136 III 605 consid. 3.2.1).
La ricusa riveste un carattere eccezionale (DTF 131 I 24 consid. 1.1; 116 Ia 14 consid. 4). Sotto il profilo oggettivo, occorre ricercare se la persona ricusata offra le necessarie garanzie per escludere ogni legittimo dubbio di parzialità; sono considerati in tale ambito anche aspetti di carattere funzionale e organizzativo e viene posto l'accento sull'importanza che possono rivestire le apparenze stesse. Decisivo è sapere se le apprensioni soggettive dell'interessato possano considerarsi oggettivamente giustificate (DTF 134 I 238 consid. 2.1, 20 consid. 4.2). Reazioni del perito riconducibili a provocazioni delle parti, quali attacchi verbali, denunce penali o istanze di ricusa manifestamente infondate, possono costituire un motivo di ricusazione soltanto se appaiono oggettivamente sproporzionate, per esempio quando sfociano in un contrattacco o in una denigrazione delle parti. Queste ultime potrebbero altrimenti cercare di provocare un perito loro sgradito allo scopo di ottenerne in qualsiasi momento la ricusa, indipendentemente dalle circostanze concrete del singolo caso (KIENER/KRÜSI, Die Unabhängigkeit von Gerichtssachverständigen, in: ZSR 2006 I pag. 505).
3.3 Con l'istanza di ricusa del 6 luglio 2012, il ricorrente ha invocato semplicemente il fatto che il perito riceve da anni incarichi analoghi, conseguentemente rimunerati, da parte delle autorità penali del Cantone Ticino. Sulla base di questa considerazione generica, il ricorrente ha sostenuto che la parzialità del perito sarebbe certa "al di là del legittimo dubbio" e che le conclusioni peritali sarebbero assolutamente inattendibili.
Invitato dalla Corte cantonale ad esprimersi sull'istanza di ricusa, il perito ha comunicato che il fatto di ricevere incarichi da parte del Ministero pubblico era notorio, ma che riteneva "stupefacente ed offensivo" trarne la conseguenza di una sua parzialità. Ha inoltre rilevato di riservarsi "senza indugio di adire le vie formali per rispetto alla propria integrità professionale e alla propria onorabilità" ed ha asserito che "il solo fatto che un perito venga remunerato e che, pertanto, non sia imparziale è affermazione priva di qualsiasi logica che non sia un'accusa di corruzione rispetto alla quale nuovamente chi scrive sarebbe costretto ad adire le vie più severe a propria tutela. L'inconsistenza di questa affermazione lascia trapelare evidentemente la assoluta mancanza di conoscenza di cosa sia un mandato peritale rispetto all'equità che intrinsecamente ed esplicitamente viene richiesta dal Codice". Il perito ha poi concluso affermando che "non tollererà oltre illegittime accuse di parzialità e corruttibilità la cui valutazione si rimette fin d'ora alla illustrissima Corte che mi chiama a questo chiarimento".
Certo, la reazione del perito appare risentita. L'istanza di ricusa era tuttavia stata sollevata in modo pretestuoso, dopo la consegna della perizia che presentava conclusioni sfavorevoli per il ricorrente, ed era basata su motivi inconferenti. In effetti, il semplice fatto che il perito aveva in precedenza ricevuto dal Ministero pubblico incarichi peritali, per i quali era stato conseguentemente rimunerato, non era di per sé idoneo a fondare una sua apparenza di prevenzione (cfr. DTF 137 V 210 consid. 1.3.3; 135 V 465 consid. 4.4 pag. 470; 123 V 175 consid. 3d; sentenza 9C_67/2007 del 28 agosto 2007 consid. 2.4). Il ricorrente non ha addotto che il perito non avrebbe steso il rapporto in modo neutrale ed oggettivo, né ha invocato ulteriori circostanze concrete idonee a fondare un rischio di parzialità. Nella sentenza di irricevibilità della prima istanza di ricusa, non impugnata dal ricorrente, la Corte cantonale ha del resto ritenuto l'istanza tardiva e sollevata in urto con il principio della buona fede. Valutate in questo contesto, le criticate osservazioni del perito appaiono tutto sommato comprensibili, siccome sono state provocate da una domanda di ricusa manifestamente infondata. Esse non denotano discredito o inimicizia nei confronti del ricorrente o del suo patrocinatore, ma manifestano il sentimento di offesa percepito dal perito per il fatto che la sua imparzialità e le sue conclusioni peritali sono state direttamente messe in dubbio sulla base di elementi estranei all'esecuzione del mandato peritale in questione. Né risulta che il perito abbia avviato contro il ricorrente le procedure formali ipotizzate nelle osservazioni. In tali condizioni, la sua reazione può quindi ancora essere considerata oggettivamente proporzionata, sicché la Corte cantonale, respingendo l'istanza di ricusa, non ha violato l'art. 56 CPP.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto, in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF), che rifonderà alla controparte Ferroni un'indennità a titolo di ripetibili (art. 68 cpv. 1 LTF). L'indennità è limitata alla procedura concernente la domanda di effetto sospensivo, visto che non sono state chieste osservazioni nel merito del gravame.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente, che rifonderà a D._ un'indennità di fr. 500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.