Sachverhalt:
A. Am 28. Februar 2006 forderte die Baukommission Dürnten die X._ AG auf, die Feuerungsanlage (Boiler und Heizung) des Hotels und Restaurants X._ in Oberdürnten bis zum 1. Mai 2006 so zu sanieren, dass die Emissionsbegrenzungen der Luftreinhalte-Verordnung vom 16. Dezember 1985 (LRV; SR 814.318.142.1) und des kantonalen Teilmassnahmenplans Feuerungen vom 4. März 1992 eingehalten werden.
B. Die Baurekurskommission III des Kantons Zürich hiess am 6. Dezember 2006 den dagegen von der X._ AG erhobenen Rekurs teilweise gut, soweit damit die Sanierung des Boilers angeordnet worden war; im Übrigen wurde der Rekurs abgewiesen und die Sanierungsfrist neu auf Ende Mai 2007 angesetzt. Die Kosten des Rekursverfahrens wurden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
C. Gegen diesen Entscheid wandte sich die X._ AG an das kantonale Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 19. April 2007 ab, wobei die Sanierungsfrist neu auf drei Monate ab Rechtskraft des Urteils angesetzt wurde.
D. Dagegen erhob die X._ AG am 18. Juni 2007 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Eventualiter seien auch die Entscheide und Verfügungen der Vorinstanzen samt Kostenverfügungen aufzuheben. Überdies beantragt die Beschwerdeführerin die Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
E. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Auch die Baukommission der Gemeinde Dürnten schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) erachtet den Entscheid des Verwaltungsgerichts als bundesrechtskonform.
F. Mit Verfügung vom 25. Oktober 2007 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
Am 10. Dezember 2007 stellte die Beschwerdeführerin ein Wiedererwägungsgesuch, in dem sie darlegt, weshalb ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt werden müsse.
Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich einzutreten.
2. Für Emissionen von Feuerungen mit einer Feuerungswärmeleistung bis 350 kW, die mit Heizöl "extra leicht" betrieben werden, gilt gemäss Anh. 3 Ziff. 411 Abs. 1 Luftreinhalte-Verordnung vom 16. Dezember 1985 (LRV; SR 814.318.142.1) ein Grenzwert für Stickstoff (NOx) von 120 mg/m3. Anlagen, die diesen Wert übersteigen, müssen saniert werden (Art. 8 LRV). Gleiches ergibt sich aus der geltenden Fassung (wie schon aus früheren Fassungen) des Teilmassnahmenplans Feuerungen des Kantons Zürich. Dieser sieht für Feuerungsanlagen der vorliegend streitigen Art (Baujahr 1982) eine Sanierungsfrist von 2 Jahren vor.
2.1 Das Verwaltungsgericht stellte fest, die massive Überschreitung der NOx-Werte sei anlässlich zweier Kontrollen vom 28. April 2000 und vom 12. November 2003 nachgewiesen worden, bei denen NOx-Emissionswerte von 241 und 222 mg/m3 gemessen worden seien. Gestützt auf die fachkundigen Annahmen der Baurekurskommission sei davon auszugehen, dass eine entscheidende Verbesserung der Werte nur durch den Einbau der neuen "Low-NOx-Brennertechnik" erreicht werden könne. Wenn die Beschwerdeführerin dagegen glaube, die seit 2003 vorgenommenen Wartungen, Neueinstellungen etc. der Anlage hätten zu einer Einhaltung der geltenden Grenzwerte geführt, so hätte sie dies durch neue Messungen belegen müssen.
Diese Erwägungen können sich, wie bereits die Vorinstanzen festgehalten haben, auf die Mitwirkungspflicht des Anlagenbetreibers gemäss Art. 46 Abs. 1 USG und Art. 12 LRV stützen und lassen keine Verletzung von Bundesrecht erkennen. Aus diesem Grund ist auch die von der Beschwerdeführerin beantragte Einholung einer Expertise abzulehnen.
2.2 Die Behauptung der Beschwerdeführerin, ihr seien die Rapporte der Feuerungskontrolle nicht bekannt, ist unglaubwürdig, nachdem schon der Rechtsvorgänger der Beschwerdeführerin die Sanierungspflicht anerkannt hatte (vgl. Bestätigung vom 12. Juli 2000) und diese auch von der Beschwerdeführerin - jeweils mit der Bitte um Fristerstreckung - mehrfach bestätigt worden war (vgl. Schreiben vom 31. Dezember 2003, vom 24. August 2004 und vom 29. April 2005); diese hatte bereits am 17. Mai 2005 ein Gesuch für den Ersatz des Heizkessels eingereicht. Im Übrigen lagen die Rapporte der Vernehmlassung der Gemeinde an die Baurekurskommission bei und hätten von der Beschwerdeführerin eingesehen werden können.
2.3 Der Einwand der Beschwerdeführerin, die Verfügung der Gemeinde vom 28. Februar 2006 sei ungenügend gewesen, weil sie keine Aussage darüber enthalten habe, inwiefern die Heizungsanlage mangelhaft sei und saniert werde müsse, ist klar unbegründet. Hierfür kann auf die zutreffenden Ausführungen des Verwaltungsgerichts verwiesen werden (E. 2.1 S. 4 f.).
3. Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, es sei unverhältnismässig, von ihr die Sanierung der Heizungsanlage zu verlangen, solange noch Baubewilligungsgesuche (Hotel-Dependance, Wintergartenbar) pendent seien und deshalb unklar sei, wie die neue Heizungsanlage dimensioniert werden müsse.
3.1 Das Verwaltungsgericht nahm dagegen an, aufgrund der Messung vom Mai 2000 hätte die Anlage schon Ende Mai 2002 saniert sein müssen. Die seither gewährten Fristverlängerung hätten dem Eigentümerwechsel und den Unsicherheiten bezüglich der Baumöglichkeiten in ausreichendem Mass Rechnung getragen.
3.2 Dieser Auffassung ist zuzustimmen. Die Baukommission Dürnten ist der Beschwerdeführerin mit mehreren Fristverlängerungen entgegengekommen, mit der Folge, dass die vom Rechtsvorgänger der Beschwerdeführerin schriftlich zugesicherte Sanierung inzwischen um fünfeinhalb Jahre hinausgeschoben worden ist. Eine weitere Fristverlängerung würde dem öffentlichen Interesse an der Luftreinhaltung wie auch dem Gleichbehandlungsgebot widersprechen.
Es ist auch nicht ersichtlich, dass der Beschwerdeführerin dadurch gewichtige Nachteile erwachsen. Die Baurekurskommission hat dargelegt, dass die neue Heizungsanlage trotz der Ungewissheit bezüglich der Bewilligungsfähigkeit gewisser Umbauten genügend dimensioniert werden könne, und überdies die Möglichkeit bestehe, veränderten Bedürfnissen durch den nachträglichen Einbau von Düsen Rechnung zu tragen. Dies wird von der Beschwerdeführerin nicht genügend substantiiert bestritten, weshalb auf die diesbezügliche Rüge nicht eingetreten werden kann (Art. 42 Abs. 2 BGG).
4. Schliesslich hält die Beschwerdeführerin den Kostenentscheid der Baurekurskommission für willkürlich. Sie macht geltend, die hälftige Kostenteilung sei unhaltbar, da ihr die Rekurserhebung durch den falschen Entscheid der Gemeinde betreffend den Boiler aufgezwungen worden sei; die Beschwerde hinsichtlich der Ölheizung bezeichnet sie als "Nebenschauplatz".
Die Sanierungspflicht der Heizanlage nimmt jedoch den grössten Teil der Rekursschrift wie auch der Erwägungen der Baurekurskommission ein. Auch das wirtschaftliche Interesse der Beschwerdeführerin an der Beibehaltung der Heizungsanlage ist mindestens ebenso gross, wenn nicht grösser, als hinsichtlich des Boilers. Insofern ist es keinesfalls willkürlich, von einem hälftigen Unterliegen der Beschwerdeführerin vor der Baurekurskommission auszugehen.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann. Damit wird das Wiedererwägungsgesuch hinsichtlich der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Baukommission der Gemeinde Dürnten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Januar 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber