Sachverhalt:
A. M._, geboren 1959, ist verheiratet und Mutter eines 1987 geborenen Kindes. Am 10. Juli 1996 erlitt sie einen schweren Unfall. In der Folge konnte sie ihre Tätigkeit als Kursleiterin bei der Schule X._ wieder aufnehmen. Nachdem sie einen Rückfall erlitten hatte, sprach ihr der zuständige Unfallversicherer am 13. Oktober 2004 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 60 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Einbusse der Integrität von 50 % zu. Am 11. Juli 1997 ersuchte sie um Leistungen der Invalidenversicherung. Die IV-Stelle des Kantons Aargau (nachfolgend: IV-Stelle) lehnte dies am 22. Mai 2000 ab. Mit Verfügung vom 8. April 2003, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 3. Februar 2004, trat sie auf eine Neuanmeldung nicht ein. In Gutheissung der dagegen erhobenen Beschwerde ordnete das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 8. Juni 2004 die Rückweisung der Sache zur materiellen Abklärung an. Dr. med. W._, RAD, zweifelte am 6. April 2006 die Diagnose im Gutachten des Medizinischen Zentrums Y._ vom 5. Januar 2006 an und ersuchte das Medizinische Zentrum Y._ um Ergänzung. Die begutachtenden Ärzte präzisierten ihre Schlussfolgerungen dahingehend, dass sie an der Diagnose nicht mehr festhielten, aber die attestierte Arbeitsunfähigkeit von 60 % mit Zusatzbericht vom 14. Juli 2006 bestätigten. Nachdem die IV-Stelle mit Vorbescheid vom 24. Juli 2006 mitgeteilt hatte, M._ habe ab 1. Februar 2001 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 50 %, liess diese am 13. September 2006 geltend machen, ihr stehe auf Grund ihrer vollen Arbeitsunfähigkeit seit Dezember 2005 ab März 2006 eine ganze Invalidenrente zu. Mit Verfügung vom 9. November 2006 sprach die IV-Stelle M._ eine halbe Invalidenrente ab 1. Februar 2001 zu. Ihr Hausarzt, Dr. med. L._, Facharzt für Allgemeine Medizin, bestätigte am 21. November 2006 und 16. Januar 2007 eine volle Arbeitsunfähigkeit seit Dezember 2005. Mit Vorbescheid vom 5. Februar 2007 teilte die IV-Stelle M._ mit, gestützt auf die Berichte des Dr. med. L._ rechtfertige sich keine Erhöhung der Invalidenrente. Nachdem M._ dagegen hatte Einwände erheben lassen, ersuchte die IV-Stelle Dr. med. G._, Facharzt für Rheumatologie, RAD, um eine Stellungnahme. Gestützt auf dessen Bericht vom 25. April 2007 lehnte die IV-Stelle mit Verfügung vom 30. April 2007 eine Erhöhung der Rente ab.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 12. März 2008 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die IV-Stelle zu verpflichten, ihr ab 1. Februar 2001 eine halbe und ab 1. März 2006 eine ganze Invalidenrente auszurichten. Eventualiter sei die Sache zur Neuentscheidung und Vornahme weiterer Abklärungen, insbesondere in neurologischer, neuropsychologischer und psychiatrischer Hinsicht, an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch BGE 132 V 393).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über das zeitlich anwendbare Recht (BGE 132 V 215 E.3.1.1 S. 220 mit Hinweis), die Begriffe der Invalidität (Art. 4 Abs. 1 IVG in Verbindung mit Art. 8 Abs. 1 ATSG), der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) und der Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG), die Voraussetzungen der Revision einer Invalidenrente (Art. 17 ATSG; BGE 133 V 108 E. 5.2 S. 111, 130 V 343 E. 3.5 S. 349, je mit Hinweisen) und der dabei zu vergleichenden Sachverhalte (BGE 133 V 108 E. 5.4 S. 114, 130 V 343 E. 3.5.2 S. 351, je mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für den Untersuchungsgrundsatz (Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG), die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99 mit Hinweisen) und die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht sowie dessen beweisrechtliche Würdigung (BGE 125 V 351 E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. Die Versicherte macht geltend, die IV-Stelle habe gegen das Vertrauensprinzip verstossen, indem sie am 9. November 2006 eine Verfügung erliess, obwohl sie beim Hausarzt noch einen Bericht zur Verschlechterung des Gesundheitszustandes eingefordert hatte. Zudem rügt sie eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine bundesrechtswidrige Beweiswürdigung.
4. Die Vorinstanz hat mit einlässlicher und überzeugender Begründung gestützt auf das Gutachten des Medizinischen Zentrums Y._ vom 5. Januar 2006 und den Zusatzbericht vom 14. Juli 2006 in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 1) festgestellt, dass keine rechtserhebliche gesundheitliche Veränderung mit einhergehender erhöhter Arbeitsunfähigkeit ab Dezember 2005 ausgewiesen ist. Sie hat insbesondere zutreffend erkannt, dass die beiden Berichte des Dr. med. L._ vom 21. November 2006 und 16. Januar 2007 nicht geeignet sind, eine über die Feststellungen des Medizinischen Zentrums Y._ hinausgehende Arbeitsunfähigkeit infolge Verschlechterung des Gesundheitszustandes zu belegen. Entgegen den Ausführungen der Versicherten war für die Beweiswürdigung der Berichte des Dr. med. L._ nicht der Umstand massgebend, dass er Allgemeinmediziner ist; ins Gewicht fiel vielmehr, dass er als Hausarzt in einem besonderen Vertrauensverhältnis zur Versicherten steht, weshalb rechtsprechungsgemäss im Zweifelsfall seinen Aussagen nicht zu folgen ist (BGE 125 V 351 E. 3b/cc S. 353 mit Hinweisen), und dass seine äusserst knapp gehaltenen Berichte nicht darzutun vermögen, der Gesundheitszustand habe sich gegenüber jenem bei Begutachtung durch das Medizinische Zentrum Y._ verschlimmert. Der Umstand, dass die Gutachter des Medizinischen Zentrums Y._ ihre Diagnosen auf Nachfrage des RAD-Arztes überprüften und abänderten, vermag das Gutachten des Medizinischen Zentrums Y._ ebenfalls nicht in Zweifel zu ziehen, da die Gutachter mit Zusatzbericht vom 14. Juli 2006 an den inhaltlichen Schlussfolgerungen (Auswirkungen der Beschwerden, zumutbare Arbeitsfähigkeit) festhielten und überzeugend darlegten, dass sie auf Grund vorbestehender Arztberichte jene Diagnose stellten. Nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz keine zusätzlichen medizinischen Abklärungen veranlasste, erachtete doch selbst Dr. med. L._ die Einholung weiterer Gutachten als wenig sinnvoll (vgl. Bericht vom 21. November 2006). Nach dem Gesagten haben Vorinstanz und Verwaltung zu Recht eine Erhöhung der Invalidenrente abgelehnt. Daran ändert auch der Einwand nichts, die IV-Stelle habe gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossen, indem sie nach der Stellungnahme des Rechtsvertreters zum Vorbescheid vom 24. Juli 2006 mit dem Erlass der Verfügung nicht zugewartet habe. Einerseits liess die Versicherte mehrmals auf einen unverzüglichen Erlass der Rentenverfügung drängen (vgl. Schreiben vom 31. Mai und 14. Juni 2006). Andererseits hat die IV-Stelle zutreffend festgehalten, dass der Versicherten auch rückwirkend eine höhere Rente zugesprochen würde, sofern die geltend gemachte vollständige Arbeitsunfähigkeit seit Dezember 2005 medizinisch ausgewiesen sei. Denn die Herauf- oder Herabsetzung von Invalidenrenten untersteht auch bei der Zusprechung abgestufter Renten in derselben Verfügung stets den Revisionsvoraussetzungen (vgl. Urteil I 262/06 vom 16. Oktober 2006, E. 2.2 und 2.3, je mit Hinweisen). Nachdem die behauptete Verschlechterung des Gesundheitszustandes mit voller Arbeitsunfähigkeit nicht belegt werden konnte, hätte auch ein Zuwarten mit dem Erlass der (erstmaligen) Rentenverfügung an deren Höhe ab Dezember 2005 nichts geändert.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, der Ausgleichskasse X._ und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold