Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (Mieterin, Klägerin, Beschwerdeführerin) ist Mieterin einer 4.5-Zimmerwohnung im ersten Obergeschoss West des Wohn- und Geschäftshauses Strasse Z._ in A._. Der Mietvertrag datiert vom 17. September 2004 und wurde mit dem vormaligen Eigentümer der Liegenschaft abgeschlossen, welcher die Liegenschaft per 8. Oktober 2010 an die Y._ AG (Vermieterin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) verkaufte.
A.b Mit Schreiben vom 8. November 2010 orientierte die Vermieterin die Mieterin über den Eigentümerwechsel sowie die Übernahme der mit dem Voreigentümer abgeschlossenen Mietverträge mit allen Rechten und Pflichten. Im genannten Schreiben teilte die Vermieterin der Mieterschaft auch mit, dass sie sie persönlich kennenlernen möchte und in den nächsten Tagen zwecks einer Bestandesaufnahme einen Rundgang durch die gemieteten Räume machen werde.
A.c Am 22. März 2011 gab die Vermieterin der Mieterin bekannt, dass die Analyse der Bausubstanz ergeben habe, dass das Gebäude die Umweltstandards nicht mehr erfülle und deshalb vollständig renoviert werden müsse. Da das Bewohnen und Arbeiten im Haus aufgrund des Umfangs der Sanierungsmassnahmen nicht mehr zumutbar sei, kündigte die Vermieterin das Mietverhältnis auf den 30. Juni 2011.
B. B.a Am 8. Juli 2011 reichte die Mieterin beim Kantonsgericht Nidwalden Klage ein mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass die Kündigung der Vermieterin vom 22. März 2011 ungültig und damit unwirksam sei, eventualiter sei festzustellen, dass die Kündigung gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstosse, subeventualiter sei das Mietverhältnis erstmals um drei Jahre respektive nach Ermessen des Gerichts zu erstrecken.
Mit Urteil vom 1. Dezember 2011 wies das Kantonsgericht Nidwalden die Klage ab und stellte fest, dass die Kündigung durch die Vermieterin gültig und wirksam per 30. Juni 2011 erfolgt sei und nicht gegen Treu und Glauben verstosse. Ferner hiess es das Ausweisungsgesuch der Vermieterin gut und verpflichtete die Mieterin, die Wohnung innert 10 Tagen (nach Rechtskraft des Urteils) zurückzugeben.
B.b Mit Entscheid vom 20. September 2012 wies das Obergericht des Kantons Nidwalden die von der Klägerin gegen das Urteil des Kantonsgericht Nidwalden erhobene Berufung ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, die Beschwerde sei vollumfänglich gutzuheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 20. September 2012 sei in sämtlichen Punkten aufzuheben, eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D. Mit Präsidialverfügung vom 3. Dezember 2012 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 137 III 417 E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Nidwalden ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 BGG). Der Streitwert beträgt Fr. 100'800.--, womit die erforderliche Streitwertgrenze erreicht ist (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG). Auf die Beschwerde ist insoweit - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 107 Abs. 2 BGG), darf sich die Beschwerdeführerin grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig (BGE 133 III 489 E. 3.1 S. 489 f.).
2.2 Die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin enthalten keinen materiellen Antrag. Sie beantragt "die Beschwerde in Zivilsachen sei vollumfänglich gutzuheissen und der Entscheid des Obergerichts Nidwalden vom 20. September 2012 sei in sämtlichen Punkten aufzuheben; eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen".
In der Sache rügt die Beschwerdeführerin im Wesentlichen eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs, eine falsche Sachverhaltsfeststellung und eine Verletzung von Art. 266a bzw. Art. 266d, Art. 271 und Art. 272 OR. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass die Kündigung der Wohnung nicht gültig erfolgt sei, allenfalls anfechtbar oder zumindest das Mietverhältnis zu erstrecken sei. Daraus geht - wenn auch nur implizit - hervor, dass die Beschwerdeführerin die Gutheissung ihrer Klage will. Ob die Beschwerdeführerin damit den hievor dargelegten gesetzlichen Anforderungen genügt, kann offen gelassen werden, da sich erweisen wird, dass die Beschwerde ohnehin unbegründet ist.
2.3 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 135 III 397 E. 1.5 S. 401).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 350 E. 1.3 S. 351 f.). Wird Willkür in der Ermittlung des Sachverhalts geltend gemacht, ist zu beachten, dass dem Sachrichter in der Beweiswürdigung ein breiter Ermessensspielraum zusteht. Die beschwerdeführende Partei hat daher darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen habe (vgl. BGE 132 III 209 E. 2.1 S. 211; 129 I 8 E. 2.1 S. 9).
2.4 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin. Ihre Ausfüh-rungen erschöpfen sich weitgehend in appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid. Die Beschwerdeführerin bringt im bundesgerichtlichen Verfahren mehrheitlich das Gleiche vor, wie sie bereits vor der Vorinstanz vorgebracht hat und setzt sich zu grossen Teilen nicht hinreichend mit dem angefochtenen Entscheid auseinander. So weicht die Beschwerdeführerin auch in verschiedenen Punkten von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz ab oder erweitert diese, ohne rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben. Ihre diesbezüglichen Ausführungen haben daher - unter Vorbehalt rechtsgenüglich begründeter Rügen - unbeachtet zu bleiben und es ist ausschliesslich auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt abzustellen.
2.5 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Die Beschwerdegegnerin reicht dem Bundesgericht neu von der Gemeinderatskanzlei A._ beglaubigte Fotoaufnahmen des im Umbau befindlichen Wohn- und Geschäftshauses an der Strasse Z._ in A._ vom 20. November 2012 ein. Die Beschwerdegegnerin tut nicht dar, inwiefern die Voraussetzungen für die Einreichung neuer Beweismittel im bundesgerichtlichen Verfahren erfüllt wären, weshalb die neu eingereichten Beweismittel unbeachtlich bleiben. Ohnehin sind diese für den Ausgang des Verfahrens nicht von entscheidender Bedeutung.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt als erstes eine Verletzung von Art. 29 BV und von Art. 317 ZPO. Sie bringt vor, die Vorinstanz habe zu Unrecht ihre im vorinstanzlichen Verfahren neu aufgelegten Urkunden BF-Bel 3-7 und 9-10 sowie die beantragte Zeugenbefragung nicht zugelassen.
3.2 Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerin habe in ihrer Berufung nicht dargelegt, inwiefern die gesetzlichen Voraussetzungen für die Auflage neuer Urkunden erfüllt sein sollen. Alle Urkunden würden Informationen beinhalten, welche bereits erstinstanzlich hätten vorgebracht werden können, sodass sie im Berufungsverfahren nicht mehr berücksichtigt werden können. Analoges gelte für die beantragte Zeugenbefragung.
3.3 Nach Art. 317 Abs. 1 ZPO werden neue Tatsachen und Beweismittel nur noch berücksichtigt, wenn sie ohne Verzug vorgebracht werden und trotz zumutbarer Sorgfalt nicht schon vor erster Instanz vorgebracht werden konnten. Echte Noven sind Tatsachen oder Beweismittel, welche (erst) nach dem Ende der Hauptverhandlung des erstinstanzlichen Verfahrens entstanden sind. Solche Noven sind im Berufungsverfahren grundsätzlich immer zulässig, wenn sie ohne Verzug nach ihrer Entdeckung vorgebracht werden. Demgegenüber sind unechte Noven Tatsachen und Beweismittel, welche bereits bei Ende der erstinstanzlichen Hauptverhandlung entstanden waren. Die Zulassung unechter Noven wird im Berufungsverfahren nach der ZPO beschränkt. Sie sind gemäss Art. 317 Abs. 1 lit. b ZPO ausgeschlossen, wenn sie bei Beachtung zumutbarer Sorgfalt bereits im erstinstanzlichen Verfahren hätten vorgebracht werden können (Urteil 4A_643/2011 vom 24. Februar 2012 E. 3.2.2).
3.4 Die Beschwerdeführerin bringt einzig vor, die Vorinstanz habe verkannt, dass es sich bei den neu aufgelegten Urkunden sowie der beantragten Zeugenbefragung um Tatsachen und Beweismittel gehandelt habe, die erst nach dem erstinstanzlichen Entscheid eingetreten seien. Sie tut aber keineswegs dar und macht nicht rechtsgenüglich unter Aktenhinweis geltend, dass sie dies bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorgebracht hätte. Die Beschwerdeführerin tut auch nicht dar, inwiefern die Voraussetzungen von Art. 317 Abs. 1 ZPO erfüllt gewesen wären. Eine Verletzung von Art. 317 ZPO ist nicht ersichtlich. Damit liegt auch keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, betrifft das daraus fliessende Recht auf Beweis doch nur die Abnahme von rechtzeitig und formrichtig angebotenen Beweismitteln (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148; 127 I 54 E. 2b S. 56).
Die von der Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren neu eingereichten Beweismittel sind demnach auch im bundesgerichtlichen Verfahren unbeachtlich.
3.5 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe Art. 29 BV auch verletzt, indem sie zwar ihre eingereichten Beweismittel wegen mangelhafter Begründung nicht beachtet habe, die von der Beschwerdegegnerin eingereichte Fotodokumentation jedoch - ebenfalls ohne Begründung - als "evident zulässig" zu den Akten genommen habe. Sie tut dabei aber keineswegs dar, inwiefern die Vorinstanz damit ihre Begründungspflicht verletzt haben soll, noch tut sie dar, weshalb die Vorinstanz die von der Beschwerdegegnerin eingereichten Beweismittel nicht hätte beachten dürfen. Eine Verletzung von Art. 29 BV ist weder dargetan noch ersichtlich.
4. Die Vorinstanz hat im Wesentlichen erwogen, dass aufgrund der vertraglichen Vereinbarung von einer dreimonatigen Kündigungsfrist für Wohnräume auszugehen sei, womit die am 22. März 2011 ausgesprochene Kündigung auf den 30. Juni 2011 gültig erfolgt sei. Die Kündigung sei weder treuwidrig, noch seien genügend Gründe vorhanden, die eine Erstreckung des Mietverhältnisses rechtfertigen würden.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin rügt vor Bundesgericht abermals, die Vorinstanz habe den Mietvertrag vom 17. September 2004 falsch gewürdigt. Korrekterweise hätte die Vorinstanz den Formularvertrag als Mietvertrag für Geschäftsräume auslegen müssen, womit die Kündigungsfrist sechs Monate betragen hätte.
5.2 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (Art. 18 Abs. 1 OR). Wenn dieser unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen, die ihnen vorausgegangen und unter denen sie abgegeben worden sind, verstanden werden durften und mussten (BGE 132 III 24 E. 4 S. 27 f.; 131 III 606 E. 4.1 S. 611; je mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 133 III 61 E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen).
5.3 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Mietvertrag auf eine 4.5-Zimmerwohnung in einem Wohn- und Geschäftshaus lautet und dass die Wohnung sowohl zu Wohn- als auch zu Geschäftszwecken vermietet wurde. Im Vertrag sei eine dreimonatige Kündigungsfrist vereinbart worden, weshalb die Kündigung auf den 30. Juni 2011 gültig erfolgt sei. Das Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach der vormalige Eigentümer im Mietvertrag fälschlicherweise die Dreimonats-Kündigungsfrist angekreuzt habe, erweise sich als unbehelflich. Ohnehin zeitige eine formgültige, aber auf einen falschen Zeitpunkt ausgesprochene Kündigung ebenfalls Wirkung, wenn auch erst auf den nächstmöglichen Termin.
Die Vorinstanz erwog sodann, dass man zu keinem anderen Ergebnis gelange, wenn man die Kündigungsfrist anhand des überwiegenden Gebrauchszwecks der Mietwohnung bestimme; es erscheine eine überwiegend private Nutzung des im Mietobjekt lebenden geschäftsführenden Direktors der Beschwerdeführerin als einziger Angestellter als höchstwahrscheinlich. So indiziere auch die Klingelbeschriftung im Innen- und Aussenbereich des Wohn- und Geschäftshauses sowie die Tatsache, dass gemäss der aufgelegten Dokumentation der Suchbemühungen für eine neue Wohnung nicht die Beschwerdeführerin, sondern der geschäftsführende Direktor als Mietinteressent auftrete, eine überwiegend private Nutzung des Mietobjekts.
5.4 Die Ausführungen der Vorinstanz sind bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz hat sehr wohl erkannt, dass die Wohnung sowohl zu Geschäfts- als auch zu Wohnzwecken vermietet wurde. Sie hat denn auch verbindlich festgestellt, dass die Wohnung überwiegend privat, durch den Direktor der Beschwerdeführerin, genutzt wurde. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag diese Feststellung nicht als willkürlich auszuweisen; sie bringt unter Verweis auf das unzulässige Beweismittel BF 3 und die Zeugenbefragung des vormaligen Vermieters (vgl. E. 3.4) vor, dass damit der Beweis für eine eindeutige überwiegende Nutzung des Mietobjekts als Geschäftsräumlichkeit erbracht worden sei, womit sie jedoch nicht gehört werden kann. Dabei ist zu erwähnen, dass die Beschwerdeführerin selber, im Zusammenhang mit der Erstreckung des Mietverhältnisses (vgl. nachfolgend E. 7), vorwiegend private Interessen geltend macht, was ebenfalls für eine überwiegend private Nutzung der Räumlichkeiten spricht.
Weshalb, trotz der überwiegend privaten Nutzung, von der vertraglich vereinbarten dreimonatigen Kündigungsfrist hätte abgewichen werden sollen, ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht dargetan. Insbesondere kann sie mit ihrem wiederholten Vorbringen, die Dreimonatsfrist im Mietvertrag sei irrtümlicherweise angekreuzt worden, auch im bundesgerichtlichen Verfahren nichts ausrichten. Sie verkennt, dass die Vorinstanz deshalb nicht auf ihr diesbezügliches Vorbringen eingegangen ist, da sie zur Geltendmachung eines Willensmangels keine glaubhaften Anhaltspunkte geliefert habe. Dass dem nicht so gewesen resp. dass die Vorinstanz zu Unrecht nicht auf ihr Vorbringen eingegangen wäre, tut sie nicht dar.
So hat die Vorinstanz abschliessend denn auch zu Recht erkannt, dass selbst wenn die Kündigung allenfalls auf den falschen Zeitpunkt ausgesprochen worden wäre, diese auf den nächstmöglichen Termin ihre Wirkung dennoch entfaltet habe (Art. 266a Abs. 2 OR). Auch darin kann keine Bundesrechtsverletzung erblickt werden.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin rügt sodann, die Vorinstanz habe Art. 271 Abs. 1 OR verletzt. Die Kündigung verstosse gegen den Grundsatz von Treu und Glauben und sei demnach anfechtbar.
Die Beschwerdegegnerin habe in ihrem Schreiben vom 8. November 2010 keineswegs kundgetan, dass sie in sehr naher Zukunft Sanierungsarbeiten plane, womit sie das Vertrauen der Beschwerdeführerin in den Fortbestand des Mietverhältnisses gestärkt habe. Dieses Schreiben sei von der Vorinstanz falsch gewürdigt worden. So habe die Vorinstanz auch verkannt, dass die Renovationsarbeiten an der Liegenschaft bloss ein vorgeschobener Kündigungsgrund dargestellt habe.
6.2 Die Vorinstanz hat erwogen, dass die Kündigung durch die Beschwerdegegnerin nicht gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstosse.
Aus dem Schreiben vom 8. November 2010 könne nicht geschlossen werden, dass die Beschwerdegegnerin generell auf eine Kündigung verzichtet habe; sie habe darin der Mieterschaft lediglich den Besitzerwechsel bzw. die Übernahme der Mietverträge angekündigt. Jede weitergehende Interpretation sei verfehlt. So sei auch offensichtlich, dass es sich bei den Renovationsarbeiten an der Liegenschaft um solche Arbeiten handle, die eine Weiterbenutzung der Mieträumlichkeiten erheblich einschränken und eine Räumung notwendig machen.
6.3 Bei der Miete von Wohn- und Geschäftsräumen ist die Kündigung anfechtbar, wenn sie gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstösst (Art. 271 Abs. 1 OR). Allgemein gilt, dass eine Kündigung treuwidrig ist, wenn sie ohne objektives, ernsthaftes und schützenswertes Interesse ausgesprochen wird (BGE 135 III 112 E. 4.1 S. 119 mit Hinweisen).
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann dem Vermieter jedoch kein Verstoss gegen Treu und Glauben vorgeworfen werden, wenn er beabsichtigt, umfassende Sanierungsarbeiten am Mietobjekt durchzuführen und diesfalls auf eine Kündigung zwecks vorgängiger Räumung angewiesen ist (BGE 135 III 112 E. 4.2 S. 120).
6.4 Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass unbestritten sei, dass die Liegenschaft, in der sich die gemieteten Räumlichkeiten befinden, bereits seit Monaten einer umfassenden Sanierung im Innen- und Aussenbereich unterzogen werde. So sei denn auch offensichtlich, dass es sich bei den Renovationsarbeiten nicht nur um einfache Modernisierungsarbeiten mit minimalen Immissionen und Störungen handle, sondern um solche, die nach der allgemeinen Lebenserfahrung eine Weiterbenutzung der Mieträumlichkeiten erheblich einschränken und eine Räumung notwendig machen. Die Beschwerdeführerin habe denn auch selber kundgetan, dass sie während geraumer Zeit auf die Gebrauchstauglichkeit der Wohnung habe verzichten müssen bzw. dass sie trotz massiv eingeschränkter Gebrauchstauglichkeit keine Mietzinsreduktion geltend gemacht habe. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag die vorinstanzliche Feststellung nicht als willkürlich auszuweisen. Insbesondere kann ihr nicht gefolgt werden, wenn sie unter Hinweis auf die unzulässige Zeugenbefragung (vgl. E. 3.4) geltend macht, das Verbleiben in den Räumlichkeiten habe weder Zeit- noch Bauverzögerungen mit sich gebracht. Die Vorinstanz hat vielmehr festgestellt, dass die Beschwerdeführerin mit ihrem ins Recht gelegten Schreiben vom 11. Juni 2012, wonach sie der Vermieterschaft den Zutritt zu den gemieteten Räumlichkeiten verwehrt habe, selber - wenn auch nur implizit - bestätigt habe, dass ihre Anwesenheit Verzögerungen mit sich ziehe.
Die Vorinstanz hat demnach zu Recht das Vorliegen eines aktuellen und schutzwürdigen Interesses des Vermieters an einer Kündigung zwecks Räumung des Mietobjekts bejaht. Von einem vorgeschobenen Kündigungsgrund kann demnach keine Rede sein.
6.5 So vermag die Beschwerdeführerin auch in Bezug auf das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 8. November 2010 nichts zu ihren Gunsten ableiten. Sie bringt abermals vor, dass dieses Schreiben entgegen der Auffassung der Vorinstanz sehr wohl geeignet gewesen sei, das Vertrauen der Beschwerdeführerin in den Fortbestand des Mietverhältnisses zu stärken. Sie tut aber keineswegs dar, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben könnte, indem sie festgestellt hat, dass das Schreiben gerade nicht geeignet war, beim Mieter ein hinreichendes Vertrauen auf Weiterführung des Vertragsverhältnis zu begründen.
6.6 Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist der Vorinstanz demnach keine Bundesrechtsverletzung vorzuwerfen, wenn sie in der Kündigung des Mietverhältnisses im Hinblick auf die vorgesehene umfassende Renovation der Liegenschaft keinen Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben erblickte.
7. 7.1 Schliesslich bringt die Beschwerdeführerin vor, die Vorinstanz habe Art. 272 OR verletzt.
Die Vorinstanz verkenne, dass es sich bei den Kriterien der Raumgestaltung bei einer neuen Wohnungssuche durchaus um objektive Kriterien handle, die einen Härtefall zu begründen vermögen. Ein noch grösseres Gewicht komme jedoch dem Einbürgerungsinteresse des geschäftsführenden Direktors zu; er habe seine 12-jährige Aufenthaltsfrist im Juni 2014 erreicht, weshalb er darauf angewiesen sei, weiterhin in der Gemeinde A._ zu wohnen. Ein Wegzug aus A._ oder aus dem Kanton Nidwalden würde für ihn erhebliche Nachteile mit sich bringen. Die Härte sei damit nicht durch die Interessen der Beschwerdegegnerin gerechtfertigt, weshalb die Voraussetzungen für die Erstreckung des Mietverhältnisses gegeben seien.
7.2 Die Vorinstanz hat erwogen, dass die Beschwerdeführerin ihre neue Wohnungssuche nicht auf ein völlig identisches und insofern ideales Ersatzobjekt beschränken könne, welches ohnehin kaum je zu finden sein dürfte; die Wohnungssuche habe vielmehr nach objektiven Kriterien zu erfolgen. Das Risiko, gewisse Einrichtungsgegenstände (in casu einen Billardtisch und einen Designerschrank) nicht weiter verwenden zu können, trage generell der Mieter und vermöge keine Härte im Sinne des Gesetzes zu begründen. So sei auch das Argument der Beschwerdeführerin unbeachtlich, wonach ihre Arbeitsauslastung einen Umzug verunmögliche. Die mit einem Lokalwechsel verbundenen Folgen und Begleiterscheinungen wie Umzugsorganisation und -durchführung, Administrativaufwand, IT-Installationen usw. werden durch Zeitablauf weder eliminiert noch gemildert und stellen deshalb keine Härtegründe dar. Zudem sei der Beschwerdeführerin durchaus zumutbar, ein auf Kunsttransporte spezialisiertes Unternehmen mit der Organisation und der Durchführung des angeblich derart anspruchsvollen Umzuges zu beauftragen. Ohnehin erscheine wenig glaubwürdig, dass die Beschwerdeführerin angesichts der mit dem Totalumbau verbundenen Immissionen und Sicherheitslücken, dennoch zahlreiche wertvolle Antiquitäten und Kunstwerke im Mietobjekt lagere. So stelle auch die lange Mietdauer kein Erstreckungstatbestand dar, ebenso wenig die Einbürgerungsabsicht des Direktors der Beschwerdeführerin; letzteres Argument könne bei der Beurteilung der Erstreckungsfrage nicht berücksichtigt werden, da sich eine juristische Person zum vornherein nicht auf dieses Kriterium stützen könne.
Da die Beschwerdeführerin keine Gründe vorzubringen vermöge, die eine Härte im Sinne des Gesetzes begründen würden, entfalle damit auch die Vornahme einer Interessenabwägung.
7.3 Hat die Beendigung der Miete für den Mieter oder seine Familie eine Härte zur Folge, die durch die Interessen des Vermieters nicht zu rechtfertigen wäre, kann der Mieter die Erstreckung des Mietverhältnisses verlangen (Art. 272 Abs. 1 OR). Soweit die Erstreckung nicht nach Art. 272a OR ausgeschlossen ist, berücksichtigt die zuständige Behörde nach Art. 272 Abs. 2 OR bei der Interessenabwägung für den Entscheid über die Erstreckung insbesondere die Umstände des Vertragsschlusses und den Inhalt des Vertrags (lit. a), die Dauer des Mietverhältnisses (lit. b), die persönlichen, familiären und wirtschaftlichen Verhältnisse der Parteien und deren Verhalten (lit. c), einen allfälligen Eigenbedarf des Vermieters für sich, nahe Verwandte oder Verschwägerte sowie die Dringlichkeit des Bedarfs (lit. d) und überdies die Verhältnisse auf dem örtlichen Markt für Wohn- und Geschäftsräume (lit. e). Die Bestimmungen über die Erstreckung der Mietverhältnisse bezwecken, die Folgen der Vertragsauflösung für die Mietpartei zu mildern, indem ihr mehr Zeit für die mit der Auflösung des Mietverhältnisses erforderliche Neuorientierung gelassen wird (BGE 116 II 446 E. 3b S. 448).
Der Entscheid über die Erstreckung beruht auf richterlichem Ermessen. Derartige Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die zwingend hätten beachtet werden müssen. Ausserdem greift das Bundesgericht in Ermessensentscheide ein, falls sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (BGE 135 III 121 E. 2 S. 123 f.; 125 III 226 E. 4b S. 230; je mit Hinweisen).
7.4 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung stellen die gewöhnlichen, mit einem Umzug verbundenen Unannehmlichkeiten keine Umstände im Sinne von Art. 272 Abs. 1 OR dar, die eine Erstreckung rechtfertigen würden, da diese mit jeder Kündigung verbunden sind und auch durch eine Erstreckung des Mietverhältnisses nicht gemildert werden können (Urteil 4A_452/2010 vom 22. November 2010 E. 3). Soweit die Beschwerdeführerin erneut vorbringt, ihre Arbeitsauslastung mache die Organisation und die Durchführung eines Umzuges unmöglich, kann sie nicht gehört werden. Ebenso wenig vermag sie mit ihrem Vorbringen durchzudringen, dass sich ein Umzug infolge des empfindlichen Kunst - und Antiquitäten - Lagerbestandes als schwierig erweisen würde. Die Vorinstanz hat zu Recht erwogen, dass dies kein Härtegrund darstellt, da die mit einem Lokalwechsel verbundenen Folgen durch Zeitablauf weder eliminiert noch gemildert werden.
7.5 Bezüglich der Raumgestaltung eines Ersatzobjekts und den Einbürgerungsinteressen des Direktors der Beschwerdeführerin setzt sich die Beschwerdeführerin kaum mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander. So macht sie abermals geltend, dass ein Umzug für sie unmöglich sei bzw. eine gewisse Härte zur Folge hätte, da sie kein geeignetes Ersatzobjekt gefunden habe, in welches sie einen Billardtisch von knapp 19 m2 und einen Designerschrank des Ateliers Scharz'n Egger hereinstellen könnte. Dabei verkennt sie, dass die Vorinstanz verbindlich festgestellt hat, dass angesichts der Tatsache, dass die Beschwerdeführerin nur einen Teil des Mietobjekts für ihre Geschäftstätigkeit beanspruche, es ihr durchaus zumutbar sei, hierfür in ein flächenmässig kleineres Objekt zu wechseln, und die Möbel, die sie für die Ausübung ihrer Geschäftstätigkeit nicht benötige, weiterhin ihrem geschäftsführenden Direktor zu überlassen. Inwiefern ihr dies nicht möglich wäre, tut die Beschwerdeführerin nicht dar.
So setzt sich die Beschwerdeführerin auch nicht mit der Feststellung auseinander, wonach sie sich als juristische Person nicht auf Einbürgerungsinteressen berufen könne. Sie begnügt sich damit, dem Bundesgericht erneut vorzutragen, dass die Einbürgerungsinteressen für ihren Direktor eine besondere Härte darstellen würden, weshalb das Mietverhältnis zu erstrecken sei. Dabei kann ihr nicht gefolgt werden, hat denn die Vorinstanz auch festgestellt, dass die von der Beschwerdeführerin aufgelegten Inserate zum Beweis der Suchbemühungen deutlich aufzeigen würden, dass im Umkreis des jetzigen Standorts durchaus gleichwertige Mieträumlichkeiten offeriert werden.
Die Beschwerdeführerin vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern die Vorinstanz ihr Ermessen überschritten oder missbraucht hätte, indem sie festgestellt hat, dass die Beschwerdeführerin keine Gründe vorzubringen vermöge, die eine Härte im Sinne des Gesetzes begründen. Die Erwägungen der Vorinstanz halten vor Bundesrecht stand.
8. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Februar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze