Faits:
A. Par contrat du 6 novembre 2000, Y._ SA a engagé X._ (ci-après: l'intéressé), domicilié aux Etats-Unis, pour prendre la direction du siège de la société à B._ avec effet au 1er octobre 2000. Son salaire annuel était fixé à 360'000 fr. Il était également prévu que le contribuable recevait 4'080 options d'achat (Call Options) correspondant à 8% du capital-actions de la société, d'une valeur nominale de CHF 10.-, chacune permettant l'acquisition à termes échelonnés d'une action de la société. Sous l'art. 6 ch. 2 let. d intitulé "Vesting", X._ pouvait faire valoir 1'020 de ces options dès le 31 décembre 2000, puis dès cette date, 64 options à la fin de chaque mois pendant 47 mois, 52 options étant libérées le 48e mois. L'art. 6 ch. 2 let. f permettait à l'intéressé d'exercer immédiatement son droit d'option et durant une période de 90 jours en cas de licenciement sans justes motifs et en cas de démission pour justes motifs. L'art. 7 prévoyait une déchéance des options non encore exercées en cas de licenciement immédiat et en cas de démission sans justes motifs.
Entre décembre 2000 et décembre 2001, Y._ SA et l'Administration cantonale des contributions du canton de Genève se sont mises d'accord sur le fait que les options offertes aux collaborateurs, conformément au "plan A._" pouvaient être évaluées - en tenant compte d'un taux de volatilité de 20% - et, par conséquent, faire partie du revenu imposable des personnes concernées lors de leur octroi.
Le 6 septembre 2005, l'Administration fiscale cantonale a ouvert une procédure en rappel et en soustraction d'impôt pour les périodes 2000 et 2001 contre Y._ SA parce que des retenues d'impôt à la source concernant X._ n'avaient pas été effectuées. Durant la procédure, Y._ SA a exposé que l'intéressé s'était installé avec sa famille à B._ à compter du 20 juillet 2001. Auparavant, il déployait une part importante de son activité depuis les Etats-Unis où il était domicilié. A cette époque, il n'avait exercé qu'une partie de son travail en Suisse, de façon irrégulière. La société n'avait pas considéré, en toute bonne foi, que le contribuable pouvait être assujetti à l'impôt suisse, l'amende devait donc être fixée au minimum, soit au tiers de l'impôt soustrait.
B. Par décision du 19 décembre 2005, l'Administration fiscale cantonale a adressé à Y._ SA un bordereau rectificatif d'impôt à la source pour la période fiscale 2000 de 139'851 fr. et se réservait le droit d'infliger une amende. La rectification prenait en considération un montant de 337'579 fr., correspondant à la valeur des options attribuées à l'intéressé au moment de son engagement.
Par décision du 11 mai 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation déposée par Y._ SA et l'intéressé contre la décision du 19 décembre 2005.
Par décision du 3 novembre 2008, la Commission de recours en matière administrative a rejeté le recours déposé contre la décision sur réclamation par Y._ SA et X._. Les options en cause avaient été effectivement et définitivement octroyées à l'intéressé dans la période de "vesting" expirant en janvier 2005. Le risque de perte des options promises étant très limité, l'imposition devait se faire au moment de l'attribution des options, en tenant compte d'un abattement lié à la durée du blocage.
Le 17 décembre 2008, Y._ SA et l'intéressé ont recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision rendue le 3 novembre 2008.
C. Par arrêt du 9 février 2010, le Tribunal administratif a admis le recours et annulé le bordereau rectificatif d'impôt à la source du 19 novembre 2005. Le contrat prévoyait des périodes de "vesting" particulières pour l'intéressé, différentes de celles mises en place par le plan visant le reste des collaborateurs de l'entreprise, en raison de sa qualité de CEO de la société et de membre de son comité directeur. Il n'y avait donc pas lieu de sauvegarder l'égalité entre eux. L'intéressé pouvait certes exercer immédiatement son droit d'option durant une période de 90 jours en cas de licenciement "ordinaire" et en cas de démission pour justes motifs, mais il le perdait en cas de licenciement avec effet immédiat et en cas de démission sans justes motifs. Les options étant soumises à des conditions cumulatives, l'acquisition irrévocable de la propriété des options ne pouvait avoir lieu avant les échéances prévues et n'étaient imposables qu'à échéance.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 9 février 2010 par le Tribunal administratif. Elle se plaint de la violation des art. 91 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), 35 al. 1 let. a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) et 7 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (LIP; RSGE D 3 20).
Le Tribunal administratif s'en tient à l'arrêt attaqué. Y._ SA et X._ proposent le rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions a déposé des observations et s'en remet à justice.
Considérant en droit:
1. 1.1 La loi sur l'impôt fédéral direct est entrée en vigueur le 1er janvier 1995, celle sur l'harmonisation fiscale est entrée en vigueur le 1er janvier 1993. Sous réserve de l'art. 16 LHID, les cantons devaient adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de la loi sur l'harmonisation fiscale dans les huit ans qui suivaient son entrée en vigueur (art. 72 LHID).
L'interdiction de la rétroactivité (proprement dite) des lois (fiscales) fait obstacle à l'application d'une norme à des faits entièrement révolus avant son entrée en vigueur (ATF 104 Ib 205 consid. 6 p. 219; 102 Ia 31 consid. 3a p. 32 s.). Il n'y a toutefois pas de rétroactivité proprement dite lorsque le législateur entend réglementer un état de chose qui, bien qu'ayant pris naissance dans le passé, se prolonge au moment de l'entrée en vigueur du nouveau droit. Cette rétroactivité improprement dite est en principe admise, sous réserve du respect des droits acquis (ATF 122 II 113 consid. 3b p. 124; 122 V 405 consid. 3b p. 408 s.).
En l'espèce, le litige porte sur la date d'imposition des options dont il est fait état dans le contrat de travail signé le 6 novembre 2000 entre Y._ SA et X._. La recourante soutient que celles-ci sont imposables comme revenu à la date de leur octroi, tandis que l'arrêt attaqué et les intimés sont d'avis qu'elles sont imposables aux dates, ultérieures au 1er janvier 2001, de leur exercice. Il s'agit par conséquent d'un état de fait qui a pris naissance avant le 1er janvier 2001, mais qui perdure après cette date au moins en ce qui concerne l'exercice du droit d'option. En pareil cas, il y a lieu de considérer que la loi sur l'harmonisation fiscale trouve application. Du moment que, sur le fond, la notion fiscale de réalisation du revenu n'a pas varié dans le temps, l'application de la loi sur l'harmonisation fiscale n'a d'influence en l'espèce que sur les exigences de motivation du recours et sur le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral qui diffèrent selon que le litige porte sur le droit cantonal harmonisé ou sur le droit cantonal autonome.
1.2 C'est en application des art. 139 al. 2 LIFD, 17 LIS ainsi que 6 et 7 de la loi cantonale du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; RSGE D 3 17) que l'instance précédente n'a rendu qu'une décision comprenant l'impôt à la source fédéral, cantonal et communal. Il n'y a par conséquent pas lieu de distinguer, comme l'exige la jurisprudence en matière d'impôt direct ordinaire (cf. ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511), l'examen de l'impôt fédéral direct de celui de l'impôt cantonal et communal harmonisé, le recours en matière de droit public étant ouvert dans les deux cas pour violation du droit fédéral, l'art. 73 LHID ne revêtant plus de portée propre en l'espèce (arrêts 2C_215/2009 consid. 1.3 in RDAF 2010 II 451; 2C_265/2007 du 8 octobre 2007, consid. 1.3).
1.3 D'après la loi sur le Tribunal fédéral, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF) ou contre les décisions partielles (art. 91 LTF), notamment qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (lettre a). En revanche, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 LTF).
Le Tribunal administratif a annulé le bordereau rectificatif d'impôt à la source du 19 novembre 2005, ce qui a pour effet de contraindre la recourante à rendre de nouvelles décisions d'imposition à la source conformes aux considérants de l'arrêt en cause, qu'elle ne pourrait attaquer ensuite (ATF 133 V 477 consid. 5.2 p. 483). Par conséquent, les griefs de l'Administration fiscale cantonale, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 2 lit. d LFF et 73 al. 1 et 2 LHID; art. 146 LIFD) sont en principe recevables.
2. 2.1 Sont imposables tous les revenus provenant d'une activité exercée dans le cadre d'un rapport de travail, qu'elle soit régie par le droit privé ou par le droit public, y compris les revenus accessoires, tels que les indemnités pour prestations spéciales, les commissions, les allocations, les primes pour ancienneté de service, les gratifications, les pourboires, les tantièmes et les autres avantages appréciables en argent (art. 17 al. 1 LIFD; 7 al. 1 LHID).
Selon la jurisprudence, un revenu est réalisé lorsqu'une prestation est faite au contribuable ou que ce dernier acquiert une prétention ferme sur laquelle il a effectivement un pouvoir de disposition. La réalisation suppose un titre juridique ferme, qui peut consister en l'acquisition d'une prétention ou en l'acquisition de la propriété. L'acquisition de la prétention précède en général la prestation en argent. En règle générale, l'acquisition d'une prétention est déjà considérée comme un revenu dans la mesure où son exécution ne paraît pas incertaine. Ce n'est que si cette exécution paraît d'emblée peu probable que le moment de la perception réelle de la prestation est pris en considération (arrêts 2C_116/2010 du 21 juin 2010, consid. 2.3; 2A.151/2005 du 1er novembre 2005, consid. 2; ATF 115 Ib 238 consid 3d p. 242; 113 Ib 23 consid. 2e p. 26; 105 Ib 238 consid. 4a p. 242 et les références citées).
2.2 L'obtention d'options portant sur l'achat d'actions de la société par les collaborateurs qui, comme revenu en nature, compte parmi les autres avantages appréciables en argent, est traitée comme un revenu du travail, dans la mesure où le prix de souscription offert aux employés est inférieur à la valeur vénale des titres (arrêts 2A.517/2002 du 21 mai 2003 consid. 2, in RDAF 2003 II 359 = Archives 73 p. 545; 2A.573/2002 du 21 mai 2003 consid. 2 in StE 2003 B 22.2 n° 17 et les références citées).
Selon les règles générales sur la réalisation du revenu, dont il n'y a pas de motif de s'écarter en l'espèce, les options ne constituent pas des prétentions fermes à l'achat d'actions par le collaborateur tant qu'elles sont soumises à conditions suspensives (cf. notamment MARKUS WEIDMANN, Realisation und Zurechnung des Einkommens, IFF Forum für Steuerrecht, 2003, p. 83 ss, p. 98). Elles ne peuvent être considérées comme revenu et par conséquent être imposées que lorsque les conditions suspensives sont réalisées et que la prétention du contribuable est acquise de manière irrévocable.
2.3 Le moment de l'acquisition irrévocable du droit formateur revenant au bénéficiaire de l'option d'achat d'actions peut ainsi, selon les circonstances, correspondre soit à l'attribution des options, soit à leur exercice, soit encore à un autre moment, comme à la fin de la période de "vesting", qui constitue la période pendant laquelle le collaborateur doit mériter une option notamment en atteignant certains objectifs professionnels ou en ne résiliant pas son contrat de travail avant un certain délai, la fin de cette période étant qualifiée de "vesting" (arrêt 2C_138/2010 du 2 juin 2010, consid. 2.2). Ce moment ne saurait être désigné d'une manière générale pour toute option d'achat d'action de collaborateur, encore moins par la simple mention de "vesting", tant il est possible d'une part qu'une telle notion recouvre diverses sortes de conditions suspensives et d'autre part que l'acquisition irrévocable de l'option dépende d'autres conditions suspensives qui ne sont pas inclues dans les clauses dites de "vesting" (GEETHA PROD'HOM/PER PROD'HOM, Le projet d'imposition des plans d'options de collaborateurs, ECS 2003, p. 855 ss, p. 857). Les termes "imposition at vesting" peuvent par conséquent être source de confusion. En effet, ils ne sont conformes au droit fiscal suisse que lorsque l'on entend par imposition "at vesting" des options, l'imposition de celles-ci à leur date d'acquisition irrévocable (ou définitive) (GEETHA PROD'HOM/ PER PROD'HOM, op. cit., p. 857; cf. aussi RAPPORT DU GROUPE DE TRAVAIL MIXTE, Imposition des options de collaborateurs à l'attention du Département des finances, Berne, 21 décembre 2001, p. 38). Quoi qu'il en soit, en l'état du droit et en l'absence de dispositions légales particulières, encore en préparation sur le plan fédéral (cf. Message du 17 novembre 2004 sur la loi fédérale régissant l'imposition des participations de collaborateurs; FF 2005 p. 519 ss ainsi que le projet de loi y afférent, FF 2005 p. 547 ss), la date de l'acquisition irrévocable de l'option et partant celle de son imposition doit faire l'objet d'un examen des circonstances concrètes du cas d'espèce et être déterminée en fonction des règles générales sur la réalisation du revenu telles qu'elles ont été instituées par la jurisprudence (cf. consid. 2.2 ci-dessus; arrêt 2C_138/2010 du 2 juin 2010, consid. 3.1).
Cette solution est conforme à la position de l'OCDE en matière de double imposition internationale (OECD, Cross-border Income Tax Issues Arising from Employee Stock Option Plans, Rapport approuvé par le Comité des affaires fiscales, n° 26, proposition d'adjonction du ch. 12.3 au commentaire de l'art. 15 de la convention-modèle), ainsi qu'à celle préconisée par l'Administration fédérale des contributions dans sa lettre-circulaire du 6 mai 2003 sous le titre: Imposition des options de collaborateurs avec une clause "vesting" (cf. sur ce point: ANDRIO ORLER/FERDINANDO MERCURI, L'imposition des options de collaborateurs, ECS 2003, p. 782 ss, p. 784).
3. 3.1 En l'espèce, le contrat passé le 6 novembre 2000 entre Y._ SA et X._ avait attribué à ce dernier 4'080 options d'achat d'actions de la société à leur valeur nominale. Les premières 1020 options étaient "vested" pendant trois mois après le commencement de l'emploi. Puis pendant quatre ans (48 mois), le "vesting" avait lieu chaque mois pour 64 options, la dernière fois pour 52 options, pour autant que X._ ait signé la convention d'actionnaire. Une fois "vested", les options pouvaient être exercées librement mais pas plus tard qu'une année après l'entrée en bourse et pas plus tard que dix ans après le commencement de l'emploi, quel que soit l'événement se produisant en premier. X._ pouvait exercer immédiatement son droit d'option et durant une période de 90 jours en cas de licenciement sans justes motifs et en cas de démission pour justes motifs. L'art. 7 prévoyait une déchéance des options non encore exercées en cas de licenciement immédiat et en cas de démission sans justes motifs.
Se fondant sur ces clauses contractuelles, le Tribunal administratif a constaté que les options étaient soumises à des conditions cumulatives qui empêchaient le bénéficiaire d'acquérir un droit ferme à l'achat d'actions avant une certaine date. C'est par conséquent à bon droit qu'il a jugé que de telles options ne pouvaient pas être imposées au moment de leur attribution à la signature du contrat, du moment que l'acquisition irrévocable de la propriété des actions ne pouvait avoir lieu avant la réalisation des conditions suspensives prévues par le contrat de travail. Les options de X._ sont imposables au jour de la réalisation des conditions suspensives prévues par le contrat du 6 novembre 2000 et non pas nécessairement "à l'exercice des options offertes" - comme l'écrit le Tribunal administratif (arrêt attaqué, consid. 9 p. 12). Non seulement il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que le recourant a exercé les options irrévocablement acquises à la date de leur acquisition ferme, mais encore l'exercice effectif des options en tant que tel ne joue en principe aucun rôle pour leur imposition, puisque la créance fiscale qui naît ex lege du fait de l'acquisition irrévocable des options ne peut pas dépendre de la seule volonté du contribuable (arrêt 2C_116/2010 du 21 juin 2010 consid. 2.2 in RDAF 2010 II 474). Tout au plus la date d'exercice peut-elle se confondre en l'espèce avec celle de l'acquisition irrévocable de l'option, si X._ a exercé ses options dès qu'il en avait la possibilité selon le contrat, ce que les faits retenus ne mentionnent pas.
3.2 La recourante reconnaît que les options octroyées à X._ sont "de simples options bloquées". Sous prétexte toutefois que les cas dans lesquels ce dernier risque de n'en jamais faire l'acquisition irrévocable sont très limités, connus d'avance et par conséquent maîtrisables, elle soutient qu'il ne peut pas s'agir de simples expectatives mais bien de droits fermes imposables à leur attribution. Ce faisant, elle se méprend sur la portée des règles générales sur la réalisation du revenu: lorsque la fin des rapports de travail pour des motifs autres que la mort, l'invalidité et la retraite pendant le délai de blocage entraîne la perte des options sans dédommagement, il faut considérer que ces dernières sont soumises à des conditions suspensives (ATF 131 III 615 consid. 3 p. 617 s.) qui empêchent l'acquisition irrévocable, comme l'a déjà jugé récemment le Tribunal fédéral (arrêt 2C_138/2010 du 2 juin 2010, consid. 3.1), indépendamment de savoir ce que la notion de "vesting" signifie en général, comme le soutient plus loin la recourante. Seules les circonstances et les conditions concrètes sont déterminantes pour juger de l'acquisition irrévocable, sans égard à leur dénomination concrètes ou génériques.
4. Les considérants qui précédent conduisent au rejet du recours. Succombant, le canton de Genève dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1 et 4 LTF), doit supporter l'émolument judiciaire et verser aux recourants, qui ont obtenu gain de cause conjointement avec l'aide d'un mandataire professionnel, une indemnité de dépens solidairement entre eux (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.
3. Le canton de Genève versera aux recourants solidairement entre eux une indemnité de dépens de 6'000 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève, au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 14 octobre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey