Erwägungen:
1. 1.1 X._ (geb. 1971) stammt aus dem Kosovo. Er kam am 7. Januar 2002 in die Schweiz, wo sein Asylgesuch am 29. Januar 2002 abgewiesen wurde. Am 5. März 2002 heiratete er eine Schweizerin (geb. 1975), worauf ihm im Kanton Aargau eine Aufenthaltsbewilligung erteilt wurde, nachdem sich seine Frau ebenfalls dort angemeldet hatte. Gemäss der Trennungsvereinbarung vom 8. September 2003 sollen die Ehegatten ihren gemeinsamen Haushalt im Mai 2002 wieder aufgehoben haben; auf jeden Fall ist dies spätestens im März 2003 der Fall gewesen. Im Anschluss hieran leitete das Migrationsamt des Kantons Aargau verschiedene Abklärungen ein, in deren Rahmen die Eheleute wiederholt erklärten, wieder zusammenleben zu wollen, hierfür aber noch etwas Zeit zu benötigen, worauf die Aufenthaltsbewilligung von X._ immer wieder verlängert wurde. Am 30. Oktober 2008 wies das Migrationsamt des Kantons Aargau ein Gesuch ab, X._ die Niederlassung zu bewilligen, verlängerte gleichzeitig aber wiederum seine Aufenthaltsbewilligung. Eine erneute Prüfung des Gesuchs um Erteilung der Niederlassungsbewilligung könne bei gleichbleibenden Verhältnissen nach einem ordentlichen Aufenthalt von zehn Jahren erfolgen.
1.2 Am 22. Februar 2012 ersuchte das Migrationsamt des Kantons Aargau das Bundesamt für Migration darum, der Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung von X._ zuzustimmen, obwohl er von seiner Frau getrennt lebe, was dieses am 24. März 2010 ablehnte. Das Bundesverwaltungsgericht wies am 16. August 2012 die von X._ hiergegen eingereichte Beschwerde ab. Eine Würdigung sämtlicher Indizien führe zum Schluss, dass sich X._ auf eine Ehe berufe, welche lediglich zum Zweck der Umgehung fremdenpolizeilicher Vorschriften eingegangen worden sei. Auf diese Weise habe er sich über Jahre hinweg die Aufenthaltsbewilligung erschlichen. Selbst wenn keine Ausländerrechtsehe vorliegen sollte, seien die Voraussetzungen für einen nachehelichen Härtefall (Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG [SR 142.20]) nicht erfüllt und könne der Betroffene aus dem Verhalten der kantonalen Migrationsbehörde auch unter dem Aspekt des Vertrauensschutzes (Art. 9 BV) nichts zu seinen Gunsten ableiten.
1.3 X._ beantragt vor Bundesgericht, den Entscheid vom 16. August 2012 aufzuheben und seine Aufenthaltsbewilligung "ordnungsgemäss" zu verlängern.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie die Vorinstanz ihn festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt bzw. die beanstandete Beweiswürdigung klar und eindeutig mangelhaft erscheint (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3; 133 III 350 E. 1.3). Auf rein appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 136 II 101 E. 3 S. 104 f.). Die Beschwerdeführer müssen - in Auseinandersetzung mit der Begründung im angefochtenen Entscheid - im Einzelnen dartun, inwiefern dieser Recht verletzt (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 - 2.3).
2.2 Die vorliegende Eingabe genügt den entsprechenden Anforderungen weitgehend nicht (vgl. LAURENT MERZ, in: BSK Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 52 ff. zu Art. 42). Der Beschwerdeführer beschränkt sich im Wesentlichen darauf, die bereits vor der Vorinstanz erhobenen Einwände zu wiederholen; mit deren Ausführungen dazu setzt er sich indessen nicht weiter auseinander. Er legt nicht dar, dass das Bundesverwaltungsgericht den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt oder die verschiedenen, auf das Bestehen einer Scheinehe deutenden Indizien willkürlich gewürdigt hätte (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG). Diesbezüglich führt er lediglich an, dass "aufgrund der gesamten Lebensumstände [...] die Vorwürfe im angefochtenen Urteil", dass er "eine Bürgerrechtsehe eingegangen sei, völlig verfehlt" erschienen; die Akten "zeigten ein ganz anderes Bild". Inwiefern dies der Fall sein soll, legt er jedoch nicht dar; es ist praxisgemäss nicht am Bundesgericht, hiernach zu suchen. Soweit der Beschwerdeführer ergänzend zwei nachträgliche Schreiben vom September 2012 einreicht (Ehefrau und Einwohnerkontrolle), handelt es sich um unzulässige Noven (Art. 99 BGG), da er die dadurch belegten Umstände rechtzeitig vor der Vorinstanz hätte vorbringen und belegen können und müssen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer und seine Gattin haben in den verschiedenen Verfahren widersprüchliche Angaben gemacht, sich bereits nach wenigen Monaten wieder getrennt und hernach ihre Aussagen und Aufenthalte beieinander jeweils den Bedürfnissen der ausländerrechtlichen Verfahren entsprechend angepasst. Die Gatten behaupteten immer wieder, zusammenziehen zu wollen, doch würden sie durch Drohungen eines Bekannten der Gattin hieran gehindert. Wie die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat, überzeugt dieser Einwand unter Berücksichtigung der verschiedenen im vorliegenden Verfahren unbestritten gebliebenen (widersprüchlichen) Aussagen der Ehepartner über ihre ersten Kontakte, die Gründe ihres Zusammen- bzw. (vor allem) Getrenntlebens sowie wegen der jeweiligen Unkenntnis des Aufenthaltsorts der Gattin seitens des Beschwerdeführers nicht. Wie bereits das Bundesverwaltungsgericht festgehalten hat, ist es nicht nachvollziehbar, dass eine angeblich unbedeutende Drittperson - wie vom Beschwerdeführer behauptet - eine ernsthaft gewollte eheliche Lebensgemeinschaft über Jahre hinweg hätte verhindern oder zerstören können und keine Möglichkeit bestanden hätte, hiergegen in geeigneter Weise vorzugehen.
3.2 Der Beschwerdeführer berief sich immer wieder auf eine zumindest längst inhaltsleer gewordene Beziehung, um hier (ohne seine Gattin) arbeiten und in der Nähe der Eltern bzw. eines Bruders leben zu können; schon sein Asylgesuch diente in erster Linie hierzu. Dass das Migrationsamt über Jahre hinweg seine Aufenthaltsbewilligung erneuert und den Beteuerungen hinsichtlich der Wiedervereinigungsabsichten der Eheleute Glauben geschenkt hat, erlaubt ihm nicht, sich auf den Schutz berechtigten Vertrauens dem Bundesamt für Migration gegenüber zu berufen: Nachdem der Beschwerdeführer von seiner Gattin unbestrittenermassen getrennt lebt, musste dieses der kantonalen Verlängerung der Bewilligung zustimmen (vgl. Art. 99 AuG); das vorherige Verhalten des kantonalen Amtes, das bis zum 22. Februar 2010 davon ausgegangen war, dass die Eheleute wieder zusammenkommen würden und die Trennung (im Rahmen von Art. 49 AuG) nur von vorübergehender Natur wäre, vermochte das Bundesamt bei seinem Entscheid nicht zu binden, zumal der Beschwerdeführer mit der Anrufung der längst inhaltsleer gewordenen Ehe seinerseits rechtsmissbräuchlich gehandelt hatte ("nemo auditur propriam turpitudinem allegans"). Ein nachehelicher Härtefall fällt unter diesen Umständen - wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat - zum Vornherein ausser Betracht. Der Beschwerdeführer legt im Übrigen entgegen seinen Begründungspflichten im bundesgerichtlichen Verfahren nicht dar, inwiefern seine Rückkehr in den Kosovo besondere Probleme stellen würde, die in einem hinreichend engen Zusammenhang zu seiner Ehe stünden, welche bestenfalls einige wenige Monate gedauert hat (vgl. BGE 137 II 345 E. 3.2.3 S. 350). Bei einem missbräuchlichen Aufenthalt liegt regelmässig kein wichtiger persönlicher Grund vor, der einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich erscheinen liesse (BGE 137 II 345 E. 3.2 S. 348 ff.), selbst wenn der Betroffene hier - wie der Beschwerdeführer - nicht straffällig geworden ist, gearbeitet hat und sich inzwischen allenfalls auch etwas in einer Landessprache auszudrücken vermag.
4. 4.1 Die Beschwerde erweist sich, soweit sie überhaupt hinreichend motiviert wurde, als offensichtlich unbegründet; sie kann ohne Weiterungen im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG abgewiesen werden, soweit darauf einzutreten ist. Ergänzend wird auf die zutreffenden Darlegungen im angefochtenen Entscheid verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
4.2 Der unterliegende Beschwerdeführer wird für das bundesgerichtliche Verfahren kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar