Fatti:
A. Il 5 giugno 2009 il Pretore della giurisdizione di Locarno Campagna ha ridotto - in via cautelare e con effetto 1° gennaio 2009 - da fr. 1'050.-- a fr. 700.-- il contributo alimentare mensile (assegni familiari non compresi) dovuto da A._ alla figlia B._, nata nel 2004, durante l'azione di mantenimento incoata da quest'ultima.
B. B._ è insorta contro tale decisione con appello 15 giugno 2009, postulando altresì la concessione dell'effetto sospensivo al gravame.
B.a Il 25 giugno 2009 il Presidente della I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha parzialmente accolto quest'ultima richiesta nel senso che in pendenza di appello il contributo alimentare provvisionale dovuto dal padre dell'attrice è di fr. 1'000.--, assegni familiari non compresi. Il Presidente della Camera ha indicato che la decisione impugnata contiene un evidente errore di calcolo: il Pretore ha accertato un reddito netto mensile di A._ di fr. 3'600.-- e un suo fabbisogno minimo di fr. 2'100.--, motivo per cui la sua disponibilità mensile è di fr. 1'500.-- e non di fr. 1'250.-- come invece indicato nel decreto pretorile. Per questo motivo, dedotto il contributo alimentare di fr. 500.-- dovuto all'altra figlia nata nel gennaio 2009, il convenuto risulta essere in grado di versare mensilmente all'attrice, in base al decreto cautelare impugnato, fr. 1'000.-- e non solo fr. 700.--.
B.b Con decreto 8 luglio 2009 il Presidente della predetta Camera ha respinto una richiesta di A._ tendente alla revoca dell'effetto sospensivo parziale accordato all'appello. Egli ha ribadito che l'unico errore manifesto è quello riscontrato nel decreto pretorile.
C. A._ è insorto al Tribunale federale il 27 luglio 2009, presentando due rimedi di diritto in un'unica memoria. In via principale postula che il suo ricorso in materia civile sia accolto, la decisione 25 giugno 2009 riformata nel senso che la domanda di effetto sospensivo sia respinta e la decisione dell'8 luglio 2009 modificata nel senso che la richiesta di revoca dell'effetto sospensivo parziale sia accolta. In via subordinata domanda l'accoglimento del suo ricorso sussidiario in materia costituzionale e ripropone le predette domande di modifica delle due decisioni cantonali. Chiede altresì di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria. A sostegno del ricorso in materia civile adduce che il contributo di mantenimento previsto dalla decisione sul conferimento dell'effetto sospensivo violerebbe gli art. 276 e 285 cpv. 1 CC, perché non lascerebbe al debitore il minimo esistenziale previsto dal diritto esecutivo, mentre motiva il ricorso sussidiario in materia costituzionale con una violazione dell'art. 9 Cost.
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Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 134 III 115 consid. 1, 379 consid. 1, 426 consid. 1).
1.1 La decisione impugnata, riguardante il conferimento dell'effetto sospensivo a un appello contro una decisione cautelare, è una decisione incidentale notificata separatamente, che non concerne la competenza o una domanda di ricusazione, unicamente suscettiva di un ricorso al Tribunale federale se può causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF). Un tale pregiudizio dev'essere di natura giuridica e quindi non deve poter essere ulteriormente eliminato, perlomeno non completamente, nemmeno mediante l'emanazione di una decisione finale favorevole al ricorrente (DTF 134 III 188 consid. 2.1, con rinvii).
In concreto il pregiudizio di natura giuridica appare dato. In base alle allegazioni ricorsuali la decisione impugnata non lascerebbe al ricorrente il suo minimo vitale per la durata della procedura di appello. A tale proposito è opportuno ricordare che qualora dovesse essere avviata una procedura di esecuzione forzata per l'incasso dei contributi di mantenimento, l'escusso non potrebbe pretendere dall'Ufficiale di esecuzione che il suo minimo vitale ai sensi dell'art. 93 LEF non venga intaccato (DTF 135 III 66 consid. 3; 123 III 332 consid. 2). Inoltre, in caso di mancato pagamento degli alimenti fissati giudizialmente, il ricorrente rischierebbe di incorrere in una procedura penale per trascuranza degli obblighi di mantenimento (art. 217 CP). Ora, anche una decisione finale favorevole al ricorrente, che confermerebbe il giudizio pretorile, non riuscirebbe a completamente ovviare a tali pregiudizi.
1.2 Una decisione incidentale come quella in discussione può essere impugnata sia con un ricorso in materia civile sia, qualora i presupposti di quest'ultimo non siano dati, con un ricorso sussidiario in materia costituzionale.
Occorre innanzi tutto rilevare che, contrariamente a quanto sostenuto nell'atto di ricorso, le cause concernenti i contributi per il mantenimento dei figli sono di natura pecuniaria (DTF 116 II 493). Ne segue che pure la presente procedura è di natura pecuniaria. Ora, giusta l'art. 51 cpv. 1 lett. c LTF in caso di ricorso contro decisioni pregiudiziali e incidentali, il valore litigioso è determinato dalle conclusioni che sono controverse dinanzi all'autorità competente nel merito. Trattandosi di contributi alimentari fissati per una durata incerta (art. 51 cpv. 4 LTF), il valore di lite previsto dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF appare dato, motivo per cui è aperta la via del ricorso in materia civile e il ricorso sussidiario in materia costituzionale si rivela di primo acchito inammissibile.
2. Ricordato che la decisione impugnata dev'essere considerata una decisione cautelare ai sensi dell'art. 98 LTF (sentenza 4A_452/2008 del 6 novembre 2008 consid. 1), anche in un ricorso in materia civile il ricorrente può unicamente prevalersi della violazione di diritti costituzionali. Il Tribunale federale esamina la violazione di diritti fondamentali e costituzionali (DTF 133 III 638 consid. 2) e di disposizioni di diritto cantonale unicamente se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che - conformemente alle esigenze di motivazione dell'abrogato art. 90 cpv. 1 lett. b OG, tutt'ora valide nel campo di applicazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF - il ricorrente deve indicare in modo chiaro e dettagliato con riferimento ai motivi della decisione impugnata in che modo sarebbero stati violati i suoi diritti costituzionali (DTF 135 III 232 consid. 1.2; 133 III 462 consid. 2.3).
2.1 In concreto nella parte dedicata al ricorso in materia civile il ricorrente non invoca alcun diritto costituzionale, ma si limita a sostenere che la decisione di conferire un effetto sospensivo limitato all'appello dell'opponente violerebbe gli art. 276 e 285 CC. Tale argomentazione si rivela inammissibile, perché non attiene alla violazione di diritti costituzionali.
2.2 Nella parte riservata al ricorso sussidiario in materia costituzionale il ricorrente invoca una violazione dell'art. 9 Cost. Ora in casi come quello in esame in cui il ricorrente solleva i due menzionati rimedi, perché ignora che in un ricorso in materia civile può pure essere fatta valere la violazione di norme costituzionali, le censure contenute nell'inammissibile ricorso sussidiario vengono esaminate nel rimedio ammissibile (sentenza 5A_363/2007 del 29 maggio 2008 consid. 1.1; sentenza 4A_480/2007 del 27 maggio 2008 consid. 1.3).
3. Il ricorrente afferma che il Presidente della I Camera civile sarebbe caduto nell'arbitrio per aver ritenuto che il giudice di primo grado abbia commesso un errore di calcolo. A mente del ricorrente il decreto pretorile conterrebbe invece un errore nell'indicazione del suo fabbisogno. Questo non ammonterebbe a soli fr. 2'100.--, ma sarebbe di fr. 2'400.--, poiché il Pretore avrebbe calcolato il nuovo fabbisogno riducendo le spese d'alloggio di fr. 150.-- rispetto al precedente decreto cautelare che prevedeva un fabbisogno di fr. 2'550.--. Per tale motivo assevera che il contributo di fr. 700.-- concesso dal Pretore all'opponente era esatto (reddito di fr. 3'600.-- da cui devono essere dedotti il fabbisogno di fr. 2'400.-- e gli alimenti per l'altra figlia di fr. 500.--).
Nella fattispecie il ricorrente non contesta che la motivazione del decreto impugnato contenga uno sbaglio, ma ritiene che questo sia un errore di scrittura. Egli ha però omesso di chiederne la correzione al giudice che lo avrebbe commesso (art. 339 CPC ticinese). Il preteso errore di scrittura non può nemmeno essere desunto dal decreto impugnato. In queste circostanze, pure ricordata la natura di mera apparenza della decisione sul conferimento dell'effetto sospensivo, non è possibile ritenere che l'interpretazione data dal Presidente della I Camera civile al considerando litigioso sia arbitraria, e cioè manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione effettiva, fondata su una svista manifesta oppure in urto palese con il sentimento di giustizia ed equità (DTF 133 III 585 consid. 4.1; 132 III 209 consid. 2.1 con rinvii). La censura si rivela pertanto infondata.
4. Da quanto precede discende che il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile e che il ricorso in materia civile si rivela, in quanto ammissibile, infondato. Atteso che l'impugnativa si appalesava fin dall'inizio priva di possibilità di successo, la domanda di assistenza giudiziaria del ricorrente dev'essere respinta, indipendentemente dal sussistere di una - pretesa - indigenza (art. 64 cpv. 1 e 2 LTF). Le spese giudiziarie seguono quindi la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), mentre non si giustifica assegnare ripetibili all'opponente, che non è stata invitata a determinarsi e non è così incorsa in spese per la sede federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia civile è respinto.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
3. La domanda di assistenza giudiziaria del ricorrente è respinta.
4. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
5. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Presidente della I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.