Fatti:
A. Il 10 luglio 2008, alle 19.45, a Croglio, è avvenuta una collisione tra il motoveicolo Yamaha guidato da C.A._, che circolava sulla strada principale, e l'autovettura BMW 316i, guidata da D._, che da una strada secondaria si stava immettendo su quella principale. In seguito all'incidente, il motociclista è deceduto sul posto.
B. Il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha aperto nei confronti dell'automobilista un procedimento penale, promuovendo nei suoi confronti l'accusa per i reati di omicidio colposo e grave infrazione alle norme della circolazione stradale. Terminata l'istruzione formale, con decisione del 2 novembre 2009, il PP ha decretato l'abbandono del procedimento, ritenendo essenzialmente che, tenendo conto della velocità del motociclista, accertata in 115-131 km/h laddove vigeva un limite massimo di 80 km/h, non poteva essere addebitato alla conducente della BMW un comportamento negligente.
C. Contro il decreto di abbandono, A.A._ e B.A._, rispettivamente moglie e figlio della vittima, hanno presentato dinanzi alla Camera dei ricorsi penali (CRP) un gravame intitolato "atto di accusa (proposta)", chiedendo di promuovere l'accusa nei confronti dell'automobilista per i reati oggetto del procedimento penale. Con sentenza del 16 dicembre 2009 la CRP ha dichiarato irricevibile il gravame, siccome non adempiva le esigenze formali dell'art. 216 CPP/TI e ha accollato alle parti civili la tassa di giustizia e le spese per complessivi fr. 550.--.
D. A.A._ e B.A._ impugnano questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi. I ricorrenti chiedono inoltre di conferire al gravame l'effetto sospensivo e di essere ammessi al beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Secondo l'art. 81 cpv. 1 LTF ha diritto di interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b; DTF 133 IV 121 consid. 1.1).
Giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF, la vittima è legittimata a ricorrere se la decisione impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili. Quale vittima ai sensi della legge federale concernente l'aiuto alle vittime di reati (LAV; RS 312.5) è definita ogni persona la cui integrità fisica, psichica o sessuale è stata direttamente lesa a causa di un reato, indipendentemente dal fatto che l'autore sia stato rintracciato, si sia comportato in modo colpevole o abbia agito intenzionalmente o per negligenza (cfr. art. 1 LAV del 23 marzo 2007, in vigore dal 1° gennaio 2009; art. 2 cpv. 1 vLAV; DTF 133 IV 228 consid. 2.3). Se il ricorso è interposto contro un decreto di abbandono o un giudizio assolutorio, basta che entri in considerazione un reato suscettibile di fondare la qualità di vittima (DTF 131 IV 195 consid. 1.1.2 e rinvio). Anche il coniuge, i figli e i genitori della vittima, nonché le altre persone unite alla vittima da legami analoghi (congiunti) hanno diritto all'aiuto alle vittime (cfr. art. 1 cpv. 2 in relazione con gli art. 34 segg. LAV; art. 2 cpv. 2 vLAV).
I ricorrenti hanno partecipato alla procedura cantonale ed erano la moglie ed il figlio della vittima dell'eventuale reato. Il giudizio della Corte cantonale, che ha respinto l'impugnativa contro il decreto di abbandono, può influire sulle loro pretese civili, sicché la loro legittimazione a ricorrere è data. Quali parti nella procedura, i ricorrenti sono abilitati a fare valere che a torto il loro gravame dinanzi alla CRP non sarebbe stato esaminato nel merito.
1.2 Il ricorso, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF) e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile.
2. 2.1 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia penale al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (DTF 133 I 201 consid. 1). Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. I ricorrenti devono quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove, come in concreto, i ricorrenti lamentano la violazione di garanzie di rango costituzionale. A norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina infatti tali censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 134 I 83 consid. 3.2; 134 II 244 consid. 2.2; DTF 133 IV 286 consid. 1.4). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (DTF 134 I 83 consid. 3.2; 129 I 113 consid. 2.1).
Quando inoltre, come nella fattispecie, l'ultima autorità cantonale dichiara un gravame inammissibile per ragioni formali e non procede all'esame di merito, i ricorrenti devono addurre perché essa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali e si sarebbe quindi a torto rifiutata di procedere all'esame di merito (DTF 133 IV 119 consid. 6; 118 Ib 26 consid. 2b, 134 consid. 2). Censure che si limitano a riproporre le argomentazioni di merito addotte in sede cantonale sono quindi inammissibili.
2.2 Ora, l'atto di ricorso in esame disattende in misura significativa le esposte esigenze di motivazione ed è in gran parte inammissibile. I ricorrenti invocano numerose norme, prevalentemente di natura costituzionale, ma non si confrontano puntualmente con le considerazioni contenute nella sentenza della CRP, unico oggetto del litigio, spiegando con chiarezza e precisione perché violerebbero il diritto. D'altra parte, la Corte cantonale ha dichiarato il gravame irricevibile, siccome non adempiva minimamente alle condizioni formali dell'art. 216 CPP/TI e non è quindi entrata nel merito dello stesso. Le censure dei ricorrenti che riprendono, in gran parte testualmente, le argomentazioni di merito presentate dinanzi alla precedente istanza sono quindi inammissibili. L'oggetto del litigio è infatti circoscritto alla questione di sapere se la Corte cantonale abbia applicato in modo arbitrario la citata disposizione cantonale e si sia rifiutata a torto di esaminare il gravame nel merito. Né sono ammissibili in questa sede i rimproveri riguardanti pretese irregolarità del PP durante l'istruzione formale, segnatamente nella notificazione della decisione di chiusura e nelle modalità di consentire alle parti l'accesso agli atti: i ricorrenti non censurano, con una motivazione conforme alle citate esigenze, una pretesa violazione del loro diritto di essere sentiti per il fatto che la CRP non avrebbe esaminato le censure da loro sollevate al riguardo e, d'altra parte, la loro patrocinatrice ha potuto visionare l'incarto completo e ha potuto presentare tempestivamente il gravame alla CRP in nome e per conto di entrambe le parti civili.
3. 3.1 I ricorrenti sostengono che, dichiarando irricevibile il loro gravame, la Corte cantonale sarebbe incorsa in un formalismo eccessivo e in un diniego di giustizia formale. A loro dire, il termine di dieci giorni per impugnare il decreto di abbandono mal si concilierebbe con il diritto di essere sentiti e le esigenze che deve adempiere una proposta di atto d'accusa giusta l'art. 216 CPP/TI non dovrebbero essere quelle di un atto d'accusa emanato dal PP. Ritengono comunque di avere ossequiato i requisiti di motivazione imposti dalla giurisprudenza cantonale. Richiamando poi il diritto federale, e in particolare gli art. 2 lett. g e 37 cpv. 1 lett. b LAV, sostengono che il giudizio della CRP violerebbe il loro diritto, in quanto vittime, di partecipare al procedimento penale.
3.2 L'art. 37 cpv. 1 lett. b LAV prevede il diritto della vittima di partecipare al procedimento penale, in particolare di chiedere la decisione di un giudice in caso di abbandono del procedimento. Spetta tuttavia al diritto procedurale cantonale disciplinare gli aspetti formali, segnatamente le modalità e i termini per invocare i diritti processuali delle parti (DTF 124 IV 137 consid. 2d; PETER GOMM/DOMINIK ZEHNTER, Kommentar zum Opferhilfegesetz, 3a ed. 2009, pag. 297 seg.).
L'art. 214 cpv. 1 CPP/TI prevede che, compiuta l'istruzione, se il PP non ritiene di presentare l'atto o il decreto di accusa, egli pronuncia l'abbandono del procedimento penale. Secondo l'art. 216 cpv. 1 CPP/TI, entro dieci giorni dall'intimazione del decreto di abbandono, la parte civile può proporre alla CRP un atto di accusa, accompagnato da memoriale di motivazione. Rilevati vizi di forma, la CRP rinvia l'atto di accusa al proponente, perché lo emendi entro dieci giorni; la competenza del giudice di merito è verificata e definita d'ufficio (art. 216 cpv. 2 CPP/TI). Se ammette l'atto di accusa, la CRP trasmette gli atti al giudice del merito competente con decreto non motivato (art. 218 cpv. 1 CPP/TI). Le esigenze dell'atto di accusa, che formalizza il deferimento dell'accusato al tribunale di merito competente (art. 199 CPP/TI), sono disciplinate dall'art. 200 cpv. 1 CPP/TI, secondo cui l'atto deve indicare: il cognome, nome, paternità, età, professione, nazionalità e domicilio dell'accusato (lett. a); l'azione od omissione punibile, con cenno alle circostanze di tempo e di luogo in cui venne commessa e di quelle che influiscono sulla sua qualifica legale (lett. b); gli articoli della legge penale applicabile (lett. c); le assise davanti alle quali deve avere luogo il dibattimento (lett. d).
La CRP ha in particolare rilevato che, secondo la sua giurisprudenza già in vigore sotto l'egida del precedente codice di procedura penale, l'atto di accusa deve essere obbligatoriamente accompagnato da un memoriale di motivazione, in cui il proponente deve dimostrare l'esistenza di sufficienti indizi di colpevolezza. L'atto di accusa deve soddisfare completamente le esigenze di quello emanato dal PP secondo l'art. 200 CPP/TI, indicando in modo univoco l'azione o l'omissione punibile, con cenno alle circostanze di tempo e di luogo in cui venne commessa e di quelle che influiscono sulla sua qualifica giuridica, con indicazione delle corrispondenti norme penali applicabili (cfr., sulla giurisprudenza della CRP, RtiD II-2009, n. 11, pag. 40 seg.; Rep. 1987, pag. 263 segg.).
3.3 I ricorrenti non fanno valere, con una motivazione conforme alle esposte esigenze, l'applicazione arbitraria dell'art. 216 CPP/TI. In particolare, non sostengono che, a meno di incorrere nell'arbitrio, la CRP avrebbe dovuto rinviare loro il gravame per un emendamento ai sensi dell'art. 216 cpv. 2 CPP/TI. In effetti, pur criticando il fatto che la Corte cantonale abbia rinunciato al rinvio anche perché l'allegato era stato redatto da un avvocato, i ricorrenti negano in concreto l'esistenza di vizi tali da giustificare un emendamento. Al riguardo, va comunque rilevato che la Corte cantonale non è di per sé incorsa nell'arbitrio né ha commesso formalismo eccessivo esigendo una maggiore diligenza nel rispetto delle prescrizioni di forma quando il gravame è steso da un avvocato, piuttosto che da una persona priva di specifiche conoscenze giuridiche (DTF 117 Ia 297 consid. 2, 126 consid. 5d; 116 II 745 consid. 2b pag. 748).
I ricorrenti ribadiscono in sostanza, che il loro gravame dinanzi alla CRP sarebbe articolatamente motivato e che la loro domanda risulterebbe con sufficiente chiarezza dalle conclusioni formulate. Tuttavia, i giudici cantonali non hanno tanto rimproverato ai ricorrenti una motivazione carente dell'allegato, quanto piuttosto l'assenza di un distinto atto di accusa. Come visto, il rimedio giuridico dato contro il decreto di abbandono è la proposta di atto di accusa secondo l'art. 216 cpv. 1 CPP/TI, che esige la presentazione di un atto di accusa conforme all'art. 200 CPP/TI, accompagnato da un memoriale di motivazione. I ricorrenti hanno invece presentato un unico allegato, contestando il decreto di abbandono e chiedendo infine che nei confronti della conducente fosse promossa l'accusa per i reati in questione. La CRP ha quindi rilevato, a ragione, che l'allegato adempiva piuttosto i requisiti di un'istanza di promozione dell'accusa giusta l'art. 186 CPP/TI (però improponibile contro un decreto di abbandono) e non quelli di una proposta di atto d'accusa ai sensi dell'art. 216 CPP/TI. L'esigenza di presentare, accanto al memoriale di motivazione, uno specifico atto di accusa conforme ai requisiti formali richiesti risulta con sufficiente chiarezza dal tenore delle norme citate, dalla giurisprudenza cantonale e dallo stesso decreto di abbandono. Tale requisito non è fine a sé stesso, ove si consideri che l'atto di accusa determina l'oggetto del processo penale e che, nel caso in cui lo ammetta, la CRP trasmette direttamente gli atti al competente giudice del merito con un semplice decreto non motivato (cfr. art. 218 cpv. 1 CPP/TI). Non si può quindi ragionevolmente ritenere che l'esigenza sia ingiustificata, complichi in maniera insostenibile la realizzazione del diritto materiale o impedisca in modo inammissibile l'accesso al tribunale. Dichiarando irricevibile il gravame, la Corte cantonale non ha pertanto commesso formalismo eccessivo, né ha violato il diritto di essere sentiti dei ricorrenti (cfr., sulla nozione di formalismo eccessivo, DTF 134 II 244 consid. 2.4.2; 132 I 249 consid. 5 e rinvii).
4. 4.1 Richiamando l'art. 2 lett. f LAV, i ricorrenti sostengono che in considerazione della loro qualità di vittime, la CRP avrebbe dovuto esonerarli dal pagamento delle spese giudiziarie.
4.2 L'art. 2 LAV, che elenca le forme dell'aiuto alle vittime, dà semplicemente una visione generale delle prestazioni fornite nel quadro della LAV, formulando il catalogo delle prestazioni in modo più dettagliato rispetto al diritto previgente (cfr. art. 1 cpv. 2 vLAV; messaggio del Consiglio federale sulla revisione totale della LAV, del 9 novembre 2005, FF 2005 pag. 6389). Questa norma non ha quindi una portata propria, ma serve unicamente a facilitare la leggibilità del testo legale (cfr. GOMM/ZEHNTER, op. cit., pag. 33, n. 1). L'esenzione dalle spese processuali indicata all'art. 2 lett. f LAV è regolata al quarto capitolo della legge (intitolato "esenzione dalle spese processuali"), che è costituito unicamente dall'art. 30 LAV, il cui primo capoverso prevede che per i procedimenti concernenti la concessione di consulenza, aiuto immediato, aiuto a più lungo termine, indennizzo o riparazione morale, le autorità amministrative e giudiziarie non riscuotono spese dalla vittima e dai suoi congiunti (cfr. GOMM/ZEHNTER, op. cit., pag. 34, n. 7). Un esonero dalle spese giudiziarie nel procedimento penale di per sé non rientra quindi nel campo di applicazione della normativa (cfr. DTF 133 II 361). Il sesto capitolo della LAV (art. 34-44), riguardante i diritti della vittima nel procedimento penale, riprende poi praticamente senza cambiamenti il diritto previgente (art. 5 segg. vLAV), rinunciando a disciplinare la questione delle spese giudiziarie nella procedura penale (cfr. messaggio del Consiglio federale citato, pag. 6417 e 6420 seg.; cfr., sul diritto previgente, DTF 125 II 265 consid. 3c). D'altra parte, a sostegno della loro richiesta di esonero dal pagamento di tali spese, i ricorrenti adducono la loro situazione finanziaria, che sarebbe peggiorata a seguito della morte del loro congiunto: non risulta tuttavia che abbiano presentato una domanda di assistenza giudiziaria al giudice competente.
5. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere respinto.
La domanda di assistenza giudiziaria con gratuito patrocinio presentata in questa sede non è sufficientemente sostanziata, giacché i ricorrenti si limitano ad addurre che la loro situazione patrimoniale e finanziaria non permetterebbe loro di fare fronte ai costi processuali e di patrocinio: essi non dimostrano per contro il loro stato di indigenza, il quale non risulta nemmeno dagli atti allegati. La domanda deve comunque essere respinta, essendo il gravame fin dall'inizio privo di possibilità di successo (art. 64 cpv. 1 LTF). Tuttavia, considerata la situazione dei ricorrenti, si giustifica di non prelevare spese giudiziarie della sede federale (art. 66 cpv. 1 LTF).
L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo contenuta nel ricorso.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.