Faits:
A. Le 3 septembre 2008, les époux B._ et C._ ont déposé une plainte pénale auprès de la police judiciaire genevoise. B._ a exposé avoir investi au moins 1'300'000 ? (livres sterling), à titre privé, auprès des sociétés F._, représentée par D._, et G._, représentée par E._. D._ l'avait informé rechercher des fonds devant servir de garantie en vue d'obtenir des lignes de crédit, dont l'affectation n'avait pas été précisée. Pour réunir la somme investie, les époux B._ et C._ ont hypothéqué plusieurs biens immobiliers familiaux. A leur demande, cet argent a été, dans un premier temps, déposé sur un compte de consignation (escrow account) auprès de l'étude de Me H._, par lequel il devait transiter. Quelque temps après le transfert des fonds, E._ avait contacté B._ en lui demandant de transférer l'intégralité du montant de l'investissement du compte de consignation vers le compte de G._, faute de quoi la transaction échouerait; B._ avait ainsi été contraint d'accepter ce transfert. Depuis lors, il n'avait plus pu obtenir aucune information sur l'état de son investissement. Par la suite, mis sous pression, E._ avait indiqué que l'argent avait été transféré à A._, associé unique de I._, inscrite au registre du commerce de Genève. Malgré les demandes réitérées des plaignants, cet argent ne leur avait jamais été restitué.
B. Le 18 septembre 2008, le Procureur général du canton de Genève a ouvert une information pénale des chefs d'abus de confiance et d'escroquerie. La procédure a permis d'établir notamment les faits suivant:
Le 15 avril 2008, Me H._ a donné l'ordre de débiter l'escrow account du montant de 860'139.27 EUR (soit la somme convertie de 660'697 ? plus les intérêts) en faveur du compte n° xxx de G._, auprès de la banque J._.
Le 28 avril 2008, I._, représentée par A._, G._, représentée par E._, et K._, avocat, ont conclu un contrat réglant les modalités du transfert de fonds devant intervenir dans le cadre d'un contrat que G._ et I._ entendaient conclure. Ce contrat prévoit, en substance, que G._ verse, via la compte n° yyy de Me K._, auprès de la banque L._, la somme de 2'550'000 EUR destinée à l'acquisition par I._ d'une lettre de crédit ou d'une garantie bancaire d'un montant de 30'000'000 EUR. Un premier versement de 750'000 EUR devait être transféré sur le compte précité. Me K._ s'engageait à retenir les fonds jusqu'à ce qu'une confirmation soit reçue et acceptée par la banque, désignée par G._ et destinée à recevoir la lettre de crédit ou garantie bancaire. A ce moment, les fonds seraient débloqués conformément aux instructions écrites de I._. Simultanément à l'émission de la confirmation, G._ devait recevoir des documents de la banque émettrice de le lettre de crédit ou garantie bancaire qu'elle devait remplir et renvoyer dans les huit jours. Le solde du prix relatif à l'achat de la lettre de crédit ou garantie bancaire, de 1'800'000 EUR devait être versé par Me K._, dans les huit jours dès réception de la lettre de crédit ou garantie bancaire par la banque de G._. Le défaut de paiement dans le délai précité pourrait engendrer le retour et l'annulation de la lettre de crédit ou garantie bancaire; dans ce cas, le premier paiement de 750'000 EUR serait considéré comme perdu et non remboursable. Dans l'hypothèse ou G._ et I._ ne concluaient pas le contrat prévu relatif à l'acquisition de la lettre de crédit ou garantie bancaire ou dans celle ou G._ n'avait pas reçu ou accepté la confirmation, dans les quatorze jours dès réception par Me K._ des fonds, G._ était en droit de demander, par écrit à l'avocat précité, le remboursement des fonds.
Le 1er mai 2008, la somme de 750'000 EUR a été transférée du compte n° xxx de G._, auprès de la banque J._, sur le compte de Me K._; le nom de la banque n'est pas précisé.
Le 5 mai 2008, Me K._ a transféré les sommes de 212'586.50 USD et 506'533 USD sur le compte n° zzz de A._, auprès de la banque M._; le compte précité présentait, avant lesdits transferts, un solde de 134.29 USD. Le même jour, le montant de 148'125 USD, soit l'équivalent de 75'000 ?, a été débité du compte n° zzz pour être crédité en livres sterling sur le compte n° aaa de N._.
Le 10 mai 2008, la succursale d'Istanbul de la banque O._ a émis une lettre de crédit au terme de laquelle elle s'engageait à payer à maturité, soit au 9 juillet 2009, et à première demande, la somme de 30'000'000 EUR sur le compte n° xxx de G._ auprès de la banque J._ à Genève. L'authenticité de ce document est contestée par E._. Dans une lettre du 7 octobre 2008 adressée à Me K._, la succursale d'Istanbul de la banque O._ a indiqué qu'une lettre de crédit avait été émise en faveur de G._, laquelle avait été envoyée par courrier, le lendemain, à P._ de la banque J._. Me K._ avait reçu la confirmation de ce qui précédait lors d'un téléphone du même jour. Ce n'était que postérieurement qu'ils avaient appris que G._ n'avait pas obtenu le crédit demandé auprès de la banque J._ ou d'un autre établissement. G._ n'avait dès lors pas pu obtenir de prêt en contrepartie de la lettre de crédit émise, sans faute de la part de la banque O._ ou des intervenants dans la transaction. Interrogé par le Juge d'instruction le 27 novembre 2007, P._ a déclaré n'avoir jamais vu la lettre de crédit précitée; il n'avait en outre aucune activité en relation avec la banque O._ en Turquie.
C. Le 9 octobre 2008, le Juge d'instruction du canton de Genève (ci-après: le Juge d'instruction) a ordonné la saisie pénale conservatoire des avoirs déposés sur le compte n° zzz, au nom de A._, sous référence "Q._" (592'031 fr.), auprès de la banque M._.
Le 19 janvier 2009, le Juge d'instruction a ordonné la restitution à B._ et C._ de la somme de 358'501 USD (506'626 USD moins 75'000 ? ou 148'125 USD) se trouvant sur le compte bancaire n° zzz de A._ auprès de la banque M._.
Le 11 février 2009, A._ a été inculpé d'abus de confiance, voire d'escroquerie, ainsi que de tentative de blanchiment d'argent.
Par ordonnance du 8 avril 2009, la Chambre d'accusation du canton de Genève (ci-après: la Chambre d'accusation) a rejeté le recours de A._ et confirmé la décision du Juge d'instruction du 19 janvier 2009. Elle a considéré pour l'essentiel qu'il n'était pas contestable que les avoirs déposés sur le compte de A._ auprès de M._ étaient ceux appartenant aux lésés, à savoir aux époux B._ et C._.
D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral de dire qu'il n'y a pas lieu à restitution de ses avoirs se trouvant sur le compte n° zzz auprès de la banque M._ pour un montant de 358'501 USD. Il se plaint en substance de la violation du droit fédéral, à savoir de l'art. 70 CP (confiscation des valeurs patrimoniales) en relation avec l'art. 9 Cst. (interdiction de l'arbitraire).
La Chambre d'accusation se réfère aux considérants de son ordonnance. Les intimés B._ et C._ concluent au rejet du recours et D._ s'en rapporte à justice. Quant à E._, il s'en rapporte à justice en ce qui concerne la recevabilité du recours et s'oppose aux conclusions prises au fond par le recourant.
Par ordonnance du 10 juin 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif du recourant.
Considérant en droit:
1. 1.1 Les décisions relatives à la levée d'un séquestre pénal sont des décisions en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF. Formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours en matière pénale est recevable.
1.2 L'arrêt attaqué, qui ordonne la levée du séquestre en vue de la restitution des valeurs au lésé, règle la question de l'appartenance des valeurs séquestrées de manière définitive et non seulement de façon temporaire. La mesure litigieuse ne saurait donc être qualifiée de mesure provisionnelle au sens de l'art. 98 LTF, et le recourant peut ainsi soulever les motifs prévus aux art. 95 à 97 LTF et non seulement la violation de droits constitutionnels (cf. arrêt 6B_1035/2008 du 11 mai 2009 consid. 1.5).
2. Le recourant dénonce une violation arbitraire de l'art. 70 al. 1 CP. Il fait valoir que les fonds saisis par le Juge d'instruction proviennent de montants crédités sur son compte après le virement des montants litigieux et qui n'ont aucun lien avec la procédure pénale en cours. Les juges cantonaux ne pouvaient donc pas considérer que l'origine des valeurs patrimoniales était clairement identifiable. En outre, il se plaint que la restitution est prématurée en l'état de la procédure et conteste que les montants saisis soient le résultat d'une infraction qu'il aurait commise.
3. L'art. 70 al. 1 CP autorise le juge à confisquer des valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits. Lorsque les valeurs à confisquer ne sont plus disponibles, il ordonne, selon l'art. 71 CP, leur remplacement par une créance compensatrice (et peut, dans ce but, ordonner, en vertu de l'art. 71 al. 3 CP, le séquestre d'éléments du patrimoine).
La restitution au lésé vise, en première ligne, les objets provenant directement du patrimoine du lésé et tend au rétablissement de ses droits absolus (restitution de l'objet volé). Selon la jurisprudence, le lésé ne doit toutefois pas forcément se fonder sur un droit de propriété ou un autre droit réel sur les valeurs patrimoniales. La restitution peut aussi porter sur d'autres valeurs patrimoniales, telles que des billets de banque, des devises, des effets de change, des chèques ou des avoirs en compte, qui ont été transformés à une ou plusieurs reprises en des supports de même nature, dans la mesure où leur origine et leurs mouvements peuvent être clairement établis. De même, le produit original de l'infraction formé de telles valeurs reste confiscable lorsqu'il est investi dans une chose corporelle telle qu'un immeuble, ou inversement, lorsqu'il passe à plusieurs reprises d'une forme à l'autre (biens acquis en remploi improprement dit; ATF 128 I 129 consid. 3.1.2 p. 133; arrêt 6S.667/2000 du 19 février 2001, SJ 2001 I 330, consid. 3b/bb et les nombreuses références).
La restitution doit porter sur des valeurs patrimoniales qui sont le produit d'une infraction dont le lésé a été lui-même victime. L'infraction doit être la cause essentielle, respectivement adéquate, de l'obtention des valeurs patrimoniales et celles-ci doivent typiquement provenir de l'infraction en cause. Il doit donc exister, entre l'infraction et l'obtention des valeurs patrimoniales, un lien de causalité tel que la seconde apparaît comme la conséquence directe et immédiate de la première. C'est en particulier le cas lorsque l'obtention des valeurs patrimoniales est un élément objectif ou subjectif de l'infraction ou lorsqu'elle constitue une avantage direct découlant de la commission de l'infraction (cf. arrêt 6S.667/2000 du 19 février 2001, SJ 2001 I 330, consid. 3a; arrêt 6S.819/1998 du 4 mai 1999, SJ 1999 I 417, consid. 2, et les références citées dans ces arrêts). La confiscation intervient toutefois indépendamment de l'identification de l'auteur et de la punissabilité d'une personne déterminée (ATF 122 IV 91 consid. 3b p. 94; 115 IV 175 consid. 1 p. 177).
La décision de restitution ne doit pas forcément être prise par le juge du fond, mais peut l'être, sous réserve d'une voie de recours cantonale à une autorité judiciaire, par l'autorité d'instruction (ATF 128 I 129 consid. 3.1.2 p. 133; 126 IV 107 consid. 1b/cc p. 110 s. ainsi que consid. 4 p. 112). Dans ce cas, la situation juridique doit être suffisamment claire et un tiers ne doit pas faire valoir de meilleurs droits (cf. ATF 128 I 129 consid. 3.1.2 p. 133; 122 IV 365 consid. 2b p. 374).
4. En l'espèce, la Chambre d'accusation a confirmé la restitution des fonds séquestrés ordonnée par l'autorité d'instruction, considérant pour l'essentiel que les avoirs litigieux étaient ceux appartenant aux lésés, soit aux époux B._ et C._, et que le recourant n'était en aucun cas légitimé à les garder par devers lui.
4.1 Il ressort du relevé bancaire du 26 septembre 2008 du compte n° zzz du recourant (mouvements du 1er janvier 2006 au 29 septembre 2008) que les sommes versées par Me K._ le 5 mai 2008 ont fait passer le solde de 134.29 USD à 212'721.11 USD puis à 571'129.47 USD. Ensuite, le compte a connu divers mouvements, le solde est descendu à moins 90'448.73 USD le 7 mai 2008 pour atteindre 288'750.41 USD après la dernière opération du 17 septembre 2008. Le recourant fait valoir que les fonds saisis par le Juge d'instruction le 9 octobre 2008 proviennent de montants crédités sur son compte après le virement des montants litigieux et ne peuvent donc pas être ceux des lésés. D'après la jurisprudence précitée (ATF 128 I 129 consid. 3.1.2 p. 133; arrêt 6S.667/2000 du 19 février 2001, SJ 2001 I 330, consid. 3b/bb), lorsqu'il s'agit de sommes d'argent, la restitution peut aussi porter sur d'autres valeurs patrimoniales, tels des avoirs en compte, lorsque les premières ont été substituées ou mélangées, dans la mesure où leur origine et leurs mouvements peuvent être clairement établis. Dans la mesure où le recourant n'allègue pas avoir transféré à un tiers les sommes reçues de Me K._, il n'est donc pas déterminant que l'argent des lésés ait été entre temps débité du compte du recourant et que les valeurs qui s'y trouvaient lors du séquestre correspondent à des montants qui ont été versés par après. En l'occurrence, la traçabilité des valeurs patrimoniales litigieuses a été établie au cours de la procédure: il n'est en effet pas contesté que l'argent qui se trouvait sur l'escrow account de Me H._ était celui des lésés et que Me H._ a donné l'ordre le 15 avril 2008 de débiter ce compte du montant de 860'139.27 EUR (soit la somme convertie de 660'697 ? plus les intérêts) en faveur du compte de G._. Le 1er mai 2008, un montant de 750'000 EUR a été transféré du compte de G._ sur le compte de K._, agent du recourant, en exécution du contrat du 24 avril 2008. Le 5 mai 2008, K._ a transféré sur le compte du recourant 212'586.82 USD (dont 148'125 USD ont été viré sur le compte de N._) puis 506'533.36 USD. Il apparaît ainsi que les valeurs patrimoniales confisquées appartiennent effectivement aux époux B._ et C._ et que la situation est claire sur ce point.
4.2 Il sied encore d'examiner si les fonds litigieux constituent le produit d'une infraction pénale. Le recourant estime que la restitution est prématurée, en l'état de la procédure, puisque l'instruction n'est de loin pas terminée; il n'a par ailleurs pas pu commettre un abus de confiance envers des lésés qu'il ne connaissait pas et il ne pouvait être au courant ni des rapports liant G._ aux lésés ni d'une éventuelle infraction commise par les responsables de la première à l'endroit des seconds.
Comme l'ont relevé dans leur réponse les intimés B._ et C._, le recourant a admis en cours de procédure savoir que les fonds provenaient du compte des époux B._ et C._ (voir procès-verbal de l'audience du 7 mai 2009, p. 7). Il importe toutefois peu que le recourant connaissait les époux B._ et C._ ou pas et qu'il soit ou non l'auteur de l'infraction ayant généré la somme versée sur son compte, puisque la confiscation intervient indépendamment de l'identification de l'auteur. Le recourant ne conteste pas que la somme litigieuse a été versée sur son compte sans contre-prestation de sa part et il apparaît que celui-ci n'avait aucun droit légitime sur ces avoirs. Selon le contrat du 28 avril 2008, Me K._ n'était en effet autorisé à transférer les avoirs sur le compte du recourant qu'une fois la garantie bancaire acceptée par la banque de G._, à savoir la banque J._; or, il ne ressort pas de la procédure que tel ait été le cas. Par ailleurs, le recourant a été inculpé d'abus de confiance, voire d'escroquerie, ainsi que de blanchiment d'argent. D._ et E._ ont également été inculpés d'abus de confiance, voire d'escroquerie. Même si l'instruction n'est pas terminée et que la responsabilité des divers inculpés n'a pas encore été déterminée, il est manifeste que la somme versée sur le compte du recourant est le résultat d'une infraction au sens de l'art. 70 al. 1 CP, soit d'un abus de confiance, voire d'une escroquerie, dont les lésés ont été directement les victimes. On peut finalement relever que le recourant ne prétend pas qu'il serait un tiers qui remplirait les conditions de l'art. 70 al. 2 CP.
4.3 Il résulte de ce qui précède que la Chambre cantonale n'a pas violé le droit fédéral en confirmant la restitution des avoirs litigieux aux époux B._ et C._, la situation juridique étant suffisamment claire et personne n'ayant fait valoir de meilleurs droits.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). Il versera une indemnité de dépens aux lésés B._ et C._, qui ont produit un mémoire de réponse. Une indemnité réduite sera allouée à l'intimé E._, qui a pris des conclusions sans développer de motivation, alors que l'intimé D._, qui n'a pris de conclusion, n'a pas droit à des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera, à titre de dépens, une indemnité de 2'000 fr. aux intimés B._ et C._ ainsi qu'une indemnité de 500 fr. à l'intimé E._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Procureur général et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 11 septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard