Erwägungen:
1. Am 21. Januar 2011 veräusserte Y._ einen hälftigen Miteigentumsanteil an der gleichentags in Form der gemischten Schenkung von seinem Vater erworbenen Liegenschaft an seine Ehegattin. Die Grundstückgewinnsteuer-Kommission der Einwohnergemeinde X._ kam in Berücksichtigung der Modalitäten der beiden Geschäfte zum Schluss, Y._ habe durch die Veräusserung des Miteigentumsanteils einen Grundstückgewinn erzielt, wofür sie eine Grundstückgewinnsteuer veranlagte, die im Einspracheverfahren bestätigt wurde. Mit Urteil vom 20. Dezember 2012 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zug eine Beschwerde von Y._ gut und hob den Einspracheentscheid auf. Es erkannte, dass Y._ bei der Veräusserung des Miteigentumsanteils keinen Gewinn erzielt habe, weshalb er keine Grundstückgewinnsteuer zu bezahlen habe.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Januar 2013 beantragt die Grundstückgewinnsteuer-Kommission der Einwohnergemeinde X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und ihren Einspracheentscheid vom 31. Januar 2012 zu bestätigen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 135 III 1 E. 1.1 S. 3).
2.1 Nach Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG sind Personen, Organisationen und Behörden zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten befugt, wenn ihnen ein Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
Gemäss Art. 73 Abs. 1 StHG unterliegen kantonal letztinstanzliche Entscheide, die eine in den Titeln 2 - 5 und 6 Kapitel 1 dieses Gesetzes geregelte Materien betreffen, nach Massgabe des BGG der Bechwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Die Beschwerdebefugnis steht gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG den Steuerpflichtigen, der nach kantonalem Recht zuständigen Behörde sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu. Die Regelung der Grundstückgewinnsteuer befindet sich im zweiten Titel des StHG und betrifft mithin einen harmonisierten Bereich. Die Beschwerde gemäss Art. 73 StHG steht daher grundsätzlich offen und es sind die in Art. 73 Abs. 2 StHG genannten Personen und Behörden zur Beschwerdeführung legitimiert (BGE 134 I 303 E. 1.2 S. 305 f.). Abzuklären bleibt, ob die Einwohnergemeinde X._ bzw. deren Grundstückgewinnsteuer-Kommission von Art. 73 Abs. 2 StHG erfasst wird.
Damit eine Gemeinde nach Art. 73 Abs. 2 StHG zur Beschwerde befugt ist, bedarf es in jedem Fall einer ausdrücklichen materiellrechtlichen Ermächtigung (BGE 136 II 274 E. 3.4 S. 277 mit Hinweisen); zudem müssen ihr bei einer (kantonalen) Steuer besondere Kompetenzen bzw. ein eigener Anwendungsbereich zukommen. Im Kanton Zug ist die Grundstückgewinnsteuer als Gemeindesteuer gedacht (§ 168 sowie §§ 187 ff. des Steuergesetzes vom 25. Mai 2000; StG/ZG). Indessen fehlt es an einer Norm, die den Zuger Gemeinden die Befugnis einräumte, Urteile des kantonalen Verwaltungsgerichts betreffend die Grundstückgewinnsteuer beim Bundesgericht anzufechten. § 187 StG/ZG erklärt die Bestimmungen dieses Gesetzes über die Kantonssteuer (unter Vorbehalt von durch die Spezifizitäten der Grundstückgewinnsteuer bedingten Abweichungen) als sinngemäss anwendbar. § 138 Abs. 1 StG/ZG ermächtigt die kantonale Steuerverwaltung, gestützt auf Art. 73 StHG beim Bundesgericht Beschwerde zu erheben gegen Entscheide des Verwaltungsgerichts betreffend die in § 1 vorgesehenen Steuern; § 1 Abs. 3 nennt die von den Einwohnergemeinden zu erhebenden Grundstückgewinnsteuern. Nach Art. 73 Abs. 2 StHG als kantonale Behörde berechtigt, mit Beschwerde ans Bundesgericht zu gelangen, wäre vorliegend allein die kantonale Steuerverwaltung; anders als etwa im Kanton Zürich (dort § 214 in Verbindung mit § 210 des kantonalen Steuergesetzes; Urteil 2C_695/2010 vom 4. April 2011 E. 1.2, publiziert in ASA 80 S. 92) sind hingegen die Zuger Gemeinden mangels entsprechender gesetzlicher Ermächtigung nicht dazu legitimiert.
2.2 Inwiefern der hier Beschwerde führenden Einwohnergemeinde die Beschwerdebefugnis nach der allgemeinen Legitimationsklausel von Art. 89 Abs. 1 BGG zustehen könnte, ist nicht ersichtlich (zur restriktiven Handhabung dieser Norm - gerade im harmonisierten Bereich des Steuerrechts - s. BGE 136 II 274 E. 4 S. 278 ff. und Urteil 2C_667/2009 vom 19.Juli 2010 E. 4). Ohnehin äussert sie sich dazu nicht (s. aber zur Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG bezüglich nicht evidenter Eintretensvoraussetzungen BGE 134 II 45 E. 2.2.3 S. 48; 133 II 249 E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356, 400 E. 2 S. 404). An der Beschwerdelegitimation nach Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG schliesslich fehlt es schon mangels einer Autonomierüge.
2.3 Die Beschwerde ist nach dem Gesagten offensichtlich unzulässig (Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG), sodass darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nicht einzutreten ist.
2.4 Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin, um deren Vermögensinteressen es geht, aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz und Abs. 4 BGG).
Da dem Beschwerdegegner durch den Rechtsstreit vor Bundesgericht keine Kosten entstanden sind, ist ihm keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Steuerverwaltung des Kantons Zug, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Abgaberechtliche Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Februar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller