Fatti:
A. Dopo avere bandito un primo concorso il 21 luglio 2009, il quale è stato annullato su ricorso dal Tribunale amministrativo del Cantone Ticino il 4 marzo 2010, il Consorzio sistemazione fiume Vedeggio da Camignolo alla foce ha indetto il 22 marzo 2010 un nuovo pubblico concorso. Lo stesso era retto dal Concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 7.1.4.1.3) ed era impostato secondo la procedura libera; il suo oggetto era la fornitura di circa 52'000t di blocchi da cava, occorrenti alla sistemazione del fiume dal km 1.500 al km 2.650. Il bando di concorso stabiliva che la commessa sarebbe stata aggiudicata sulla sola base del prezzo nonché permetteva il subappalto di singole prestazioni a terzi; in tal caso il concorrente doveva elencare i lavori subappaltati con l'indicazione dell'impresa a cui voleva affidarli.
Entro il termine assegnato tre ditte, la A._SA, il B._SA e C._SA e la D._SA, hanno presentato le loro offerte, il cui valore oscillava tra fr. 1'309'922.40 e fr. 1'643'805.20. Eseguiti i dovuti accertamenti, il committente ha aggiudicato il 10 giugno 2010 la commessa alla A._SA, prima in graduatoria.
B. Adito il 21 giugno 2010 dal B._SA e C._SA, secondo in classifica, il Tribunale amministrativo del Cantone Ticino ne ha accolto il gravame il 13 settembre 2010. Esso ha quindi annullato l'aggiudicazione e rinviato la causa al committente affinché si pronunci nuovamente. Elencati i diversi tipi di commessa esistenti, la Corte cantonale ha spiegato che il termine di "appalto" si riferiva all'insieme dei contratti conclusi da un ente pubblico con dei concorrenti privati, motivo per cui anche il subappalto e le relative norme regolamentari poteva applicarsi a tutti gli "appalti". Al riguardo ha precisato che il subappalto, di principio vietato, poteva eccezionalmente essere autorizzato solo per lavori di secondaria importanza e solo se adempite le condizioni previste dall'art. 36 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 12 settembre 2006 (RLCPubb/CIAP; RL/TI 7.1.4.1.6).
Nel caso concreto i giudici ticinesi hanno considerato che il trasporto dei blocchi costituiva una delle prestazioni principali e caratteristiche dell'appalto e che, di conseguenza, tutti i concorrenti avevano subappaltato in modo inammissibile una parte essenziale della commessa invece di consorziarsi con uno o più autotrasportatori. Già per tal motivo il ricorso doveva quindi essere accolto. Hanno poi aggiunto che il gravame sarebbe stato accolto anche se si fosse trattato di un'attività marginale. In effetti l'aggiudicataria non aveva allegato alla propria offerta la distinta dei subappaltatori a cui voleva affidare il trasporto, disattendendo in tal modo sia le condizioni di gara sia l'art. 36 lett. a RLCPubb/CIAP, motivo per cui la sua offerta avrebbe dovuto essere scartata sin dall'inizio. Infine hanno puntualizzato che non giovavano a nulla gli ulteriori documenti inoltrati dalla stessa su richiesta del committente, dato che nemmeno questi atti adempivano le esigenze dell'art. 36 lett. a RLCPubb/CIAP.
C. Il 22 ottobre 2010 la A._SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale con un unico atto un ricorso in materia di diritto pubblico e, in subordine, un ricorso sussidiario in materia costituzionale con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata e che venga confermata l'aggiudicazione del 10 giugno 2010. Censura, in sintesi, un'errata applicazione dell'art. 36 RLCPubb/CIAP, una violazione del principio della parità di trattamento (art. 8 e 29 cpv. 1 Cost.) nonché del divieto dell'arbitrio (art. 9 Cost.). Domanda inoltre che venga conferito l'effetto sospensivo alla propria impugnativa.
Chiamati ad esprimersi il Tribunale cantonale amministrativo e il B._SA e C._SA non hanno formulato osservazioni e si sono rimessi al giudizio di questa Corte. Da parte sua il Consorzio sistemazione fiume Vedeggio da Camignolo alla foce ha proposto di accogliere il ricorso in materia di diritto pubblico, rispettivamente quello sussidiario in materia costituzionale.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 135 II 22 consid. 1 pag. 24; 135 III 1 consid. 1.2.1 pag. 4; 134 IV 36 consid. 1 pag. 37 con rispettivi rinvii).
1.2 La ricorrente ha esperito un ricorso in materia di diritto pubblico e, in subordine, un ricorso sussidiario in materia costituzionale. Giusta l'art. 113 LTF il Tribunale federale giudica i ricorsi in materia costituzionale interposti contro le decisioni cantonali di ultima istanza laddove non sia ammissibile il rimedio ordinario previsto dagli art. 72 a 89 LTF.
2. 2.1 Per quanto concerne le commesse pubbliche, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile solo se il valore stimato dell'appalto raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e, cumulativamente (DTF 134 II 192 consid. 1.2 pag. 194 seg.), se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale, giusta l'art. 83 lett. f n. 2 LTF (su questa nozione cfr. DTF 133 III 493 consid. 1.1 pag. 494 nonché sulla sua portata in materia di appalti pubblici sentenza 2C_559/2008 del 17 dicembre 2008 riassunta in: RtiD 2009 II pag. 133 seg. consid. 1.2 pag. 135 e numerosi rinvii giurisprudenziali e dottrinali).
2.2 Nel caso concreto è incontestato che l'appalto concerne forniture di un costo largamente superiore all'importo determinante per l'applicazione della legge federale sugli acquisti pubblici (cfr. l'art. 6 cpv. 1 lett. a della legge federale del 16 dicembre 1994 sugli acquisti pubblici [LAPub; RS 172.056.1] e l'art. 1 lett. a dell'ordinanza del DFE sull'adeguamento dei valori soglia degli acquisti pubblici per il primo semestre dell'anno 2010 [RU 2009 6573]). La questione di sapere se, come sostenuto dalla ricorrente, l'interpretazione e la portata da dare al termine "subappalto" in ambito di commesse pubbliche costituisca una questione giuridica d'importanza fondamentale può invece rimanere indecisa dato che, comunque sia, per i motivi esposti di seguito (cfr. consid. 4) il ricorso sfugge ad un esame di merito.
3. 3.1 Il ricorso al Tribunale federale è dato contro le decisioni che pongono fine al procedimento (art. 90 LTF). Giusta l'art. 91 LTF, il ricorso è inoltre ammissibile contro le decisioni parziali, ossia che concernono soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a) o se pongono fine al procedimento soltanto per una parte dei litisconsorti (lett. b). Eccettuati i casi disciplinati dall'art. 92 LTF in materia di competenza e di ricusa, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è per contro ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF). L'adempimento di queste condizioni di ammissibilità dev'essere di principio dimostrato dalla ricorrente (DTF 134 III 426 consid. 1.2 in fine pag. 429), che tuttavia, in concreto, non si esprime del tutto al riguardo. Questi requisiti mirano a sgravare il Tribunale federale, che deve di massima esprimersi solo una volta sull'oggetto del litigio (DTF 135 II 30 consid. 1.3.2 pag. 34; 133 IV 139 consid. 4 pag.140).
3.2 Nella fattispecie, la Corte cantonale ha annullato l'aggiudicazione e rinviato la causa al committente affinché emani una nuova decisione. Vista l'argomentazione principale della sentenza querelata (subappalto inammissibile di una parte essenziale della commessa) è probabile che questi annulli il concorso e ne indica uno nuovo dopo averne modificato il contenuto. Sennonché anche il quesito di sapere se questa nuova gara costituisca una decisione finale o incidentale può rimanere irrisolto dato che, come accennato in precedenza e come verrà esposto di seguito (cfr. consid. 4) il ricorso si rivela comunque inammissibile.
4. 4.1 La sentenza impugnata poggia su di una doppia motivazione. Ricordato che il subappalto, di principio vietato, poteva eccezionalmente essere autorizzato solo per lavori di secondaria importanza e solo se adempite le condizioni previste dall'art. 36 RLCPubb/CIAP, i giudici ticinesi hanno osservato innanzitutto che il trasporto dei blocchi costituiva una delle prestazioni principali e caratteristiche dell'appalto: tutti i concorrenti avevano pertanto subappaltato in modo inammissibile una parte essenziale della commessa. Essi hanno poi aggiunto che quand'anche questa attività fosse stata ritenuta marginale e poteva quindi essere subappaltata, l'aggiudicataria non aveva tuttavia allegato alla propria offerta la distinta dei subappaltatori a cui voleva affidare il trasporto, disattendendo in tal modo sia le condizioni di gara sia l'art. 36 lett. a RLCPubb/CIAP; la sua offerta avrebbe quindi dovuto essere scartata sin dall'inizio, non giovando in ogni caso gli ulteriori documenti inoltrati su richiesta del committente, dato che nemmeno essi adempivano le esigenze dell'art. 36 lett. a RLCPubb/CIAP.
4.2 Per consolidata giurisprudenza quando la decisione querelata poggia su diverse motivazioni tra loro indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (DTF 133 IV 119 consid. 6. 3 pag. 120; DTF 132 III 555 consid. 3.2 pag. 560); se almeno una delle motivazioni poste a fondamento del giudizio impugnato resiste alla critica, esso non viene annullato (DTF 133 III 221 consid. 7 pag. 228; 132 I 13 consid. 6 pag. 20). Nella presente fattispecie l'argomentazione della ricorrente è tutta tesa a dimostrare che il subappalto non è concepibile nelle commesse di forniture, motivo per cui la soluzione contraria scelta dai giudici ticinesi violerebbe il Concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 e il suo regolamento di applicazione, segnatamente l'art. 36 RLCPubb/CIAP. Essa non spiega invece in che cosa la seconda motivazione - formulata a titolo abbondanziale della Corte cantonale - secondo cui la sua offerta sarebbe comunque stata da scartare poiché, in mancanza della distinta dei subappaltatori chiamati a collaborare, non ossequiava né le condizioni di gara né le esigenze poste dall'art. 36 lett.a RLCPubb/CIAP sarebbe inficiata d'arbitrio, apparirebbe cioè - e non solo nella motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (cfr. sulla nozione di arbitrio, DTF 135 V 2 consid. 1.3 pag. 4; 134 I 263 consid. 3.1 pag. 265 seg.). Al riguardo infatti la ricorrente si limita a addurre che non potendo esservi subappalto, non era tenuta ad allestire la distinta richiesta. Non esprimendosi su una delle motivazioni poste a fondamento del giudizio impugnato il ricorso non rispetta le esigenze dell'art. 42 cpv. 2 LTF e deve, pertanto, essere dichiarato inammissibile (DTF 133 IV 119 consid. 6.3 pag. 120).
5. Dato che le esigenze dell'art. 42 cpv. 2 LTF si pongono anche nell'ambito del ricorso sussidiario in materia costituzionale ne deriva che, per i motivi appena esposti (cfr. consid. 4), anche trattato come tale, il presente gravame è irricevibile.
6. 6.1 In conclusione, sia il ricorso in materia di diritto pubblico che il ricorso sussidiario in materia costituzionale devono essere dichiarati inammissibili.
6.2 Con l'evasione dei ricorsi l'istanza tendente al conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto.
6.3 Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si giustifica l'attribuzione di ripetibili né al B._SA e C._SA, il quale non ha formulato osservazioni, né al Consorzio sistemazione fiume Vedeggio da Camignolo alla foce che ha postulato l'ammissione del ricorso né ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico e il ricorso sussidiario in materia costituzionale sono inammissibili.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente. Non si concedono ripetibili per la sede federale.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente alle loro patrocinatrici e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.