Sachverhalt:
A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (EStV) führt eine besondere Steueruntersuchung unter anderem gegen X._ und die Y._ AG wegen des Verdachts von schweren Steuerwiderhandlungen (in den Steuerperioden 2002-2006). Am 27. Januar 2009 erfolgten diverse Hausdurchsuchungen insbesondere in Büroräumlichkeiten in Niederuzwil. Die dort beschlagnahmten Papiere und elektronischen Datenträger wurden vorsorglich versiegelt.
B. Die EStV forderte den Mitbeschuldigten Z._ (Sohn von X._) und die B._ AG als Benutzer der Büroräumlichkeiten zur Mitteilung auf, ob sie gegen die Durchsuchung der beschlagnahmten Gegenstände Einsprache erheben wollten. Z._ liess mitteilen, dass weder er noch die B._ AG Mieter der Büroräumlichkeiten seien; ihm gehörten nur zwei beschlagnahmte Bundesordner sowie der Computer, dessen elektronische Daten kopiert und sichergestellt worden waren.
C. Gestützt auf die Angaben von Z._ wandte sich die EStV an X._ und die Y._ AG. Mit Schreiben vom 16. Februar 2009 erhoben diese Einsprache gegen die Durchsuchung der versiegelten Akten und Gegenstände gemäss Beschlagnahmeprotokoll. Am 27. März 2009 stellte die EStV beim Bundesstrafgericht das Gesuch um Entsiegelung und Durchsuchung von beschlagnahmten Unterlagen. Mit Entscheid vom 19. Juni 2009 (BE.2009.8 und BE.2009.9) hiess das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, das Gesuch gut.
D. Gegen den Entsiegelungsentscheid des Bundesstrafgerichtes gelangten X._ und die Y._ AG mit Beschwerde vom 24. August 2009 an das Bundesgericht. Sie beantragen in der Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Verweigerung der Entsiegelung und Durchsuchung.
Das Bundesstrafgericht beantragt mit Stellungnahme vom 7. September 2009, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Die EStV schliesst mit Vernehmlassung vom 11. September 2009 ebenfalls auf Nichteintreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. Zu den nach Art. 79 BGG anfechtbaren Entscheiden gehören namentlich Verfügungen betreffend die Entsiegelung und Durchsuchung von Dokumenten und elektronischen Datenträgern zu Ermittlungs- und Beweiszwecken (BGE 132 IV 63 E. 4 S. 67 ff.; 131 I 52 E. 1.2.2 S. 54; 130 IV 154 E. 1.2 S. 158 f.; Urteil 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008 E. 2.1 mit Hinweisen).
1.1 Zu prüfen ist zunächst, ob die Beschwerde angesichts des Fristenstillstandes während den sogenannten Gerichtsferien (Art. 46 Abs. 1 BGG) rechtzeitig (innert der Frist von Art. 100 Abs. 1 BGG) erhoben wurde.
1.2 Kein Fristenstillstand gilt (unter anderem) bei Verfahren betreffend "andere vorsorgliche Massnahmen" (Art. 46 Abs. 2 BGG). In BGE 135 I 257 E. 1.1-1.5 S. 259-261 hat das Bundesgericht entschieden, dass insbesondere strafprozessuale Beschlagnahmungen und Kontensperren als vorsorgliche Massnahmen im Sinne von Art. 46 Abs. 2 BGG zu behandeln sind, bei denen keine Gerichtsferien gelten.
1.3 Vorsorgliche Massnahmen sind einstweilige Verfügungen; sie regeln eine Rechtsfrage nur vorläufig, bis darüber in einem späteren Hauptentscheid definitiv entschieden wird (vgl. BGE 135 I 257 E. 1.4-1.5 S. 260 f. mit Hinweisen). Das Siegelungsverfahren dient dem Schutz von Privat- und Berufsgeheimnissen. Es bezweckt, dass der Inhaber beschlagnahmter Dokumente bzw. Datenträger vor dem Hauptentscheid in der Strafsache nötigenfalls eine gerichtliche Entscheidung darüber herbeiführen kann, ob der von ihm geltend gemachte Geheimnisschutz dem strafprozessualen Beizug der Dokumente bzw. Dateien entgegensteht. Darüber ist vom Entsiegelungsrichter definitiv zu entscheiden (vgl. BGE 132 IV 63 E. 4.1-4.6 S. 65-68). Zwar handelt es sich auch bei Entsiegelungsentscheiden um strafprozessuale Zwischenverfügungen, deren Rechtmässigkeit (im Interesse der Verfahrensbeschleunigung) auf dem Beschwerdeweg möglichst zügig zu prüfen ist. Angesichts der streitigen Geheimnisschutzinteressen, die vom Entsiegelungsrichter (im dargelegten Sinne) abschliessend zu beurteilen sind, können Entscheide betreffend Entsiegelung und Durchsuchung von Dokumenten bzw. elektronischen Datenträgern jedoch grundsätzlich nicht als vorsorgliche Massnahmen im Sinne von Art. 46 Abs. 2 BGG eingestuft werden. Sie unterliegen deshalb dem Fristenstillstand gemäss Art. 46 Abs. 1 BGG.
1.4 Nach dem Gesagten wurde die Beschwerde rechtzeitig erhoben.
1.5 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 79 ff. BGG geben zu keinen Vorbemerkungen Anlass. Gerügt werden kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht (Art. 95 BGG).
2. Im angefochtenen Entscheid wird Folgendes erwogen: Laut Mietvertrag sei die B._ AG Mieterin der betroffenen Büroräumlichkeiten. Alleinaktionär und einziger Verwaltungsrat der B._ AG sei Z._. Die Aussenklingel der Liegenschaft sei dementsprechend mit "Z._" angeschrieben, der Briefkasten mit "Z._/B._ AG". Dass sie an der fraglichen Adresse eine Filiale betreibe, sei auch aus der Korrespondenz bzw. dem Briefpapier der B._ AG ersichtlich. Weder diese Gesellschaft noch Z._ hätten Einsprache gegen die Durchsuchung der beschlagnahmten Akten und Gegenstände erhoben. Auf separate Anfrage der EStV hin hätten die Beschwerdeführer erklärt, es sei ihnen anhand des Durchsuchungs- und Beschlagnahmeprotokolls nicht möglich festzustellen, ob sie die Inhaber von versiegelten Papieren seien; sie würden daher "vorsorglich" Einsprache gegen die Durchsuchung sämtlicher Akten und Gegenstände erheben. X._ habe geltend gemacht, dass er seinen tatsächlichen Wohnsitz in Spanien habe und sich nur selten in der Schweiz aufhalte. Nach eigener Darstellung hätten nicht die Beschwerdeführer die tatsächliche Verfügungsgewalt über die sichergestellten Unterlagen innegehabt, sondern Z._ bzw. die B._ AG. Mangels Einsprache durch die Inhaber der betroffenen Unterlagen sei kein Entsiegelungs- und Durchsuchungshindernis ersichtlich. Zwar machten die Beschwerdeführer geltend, das Beschlagnahmeprotokoll sei zu wenig detailliert und es sei nicht klar, ob die sichergestellten Dokumente überhaupt als Beweismittel tauglich seien. Diese Einwände stünden einer Entsiegelung jedoch nicht entgegen. Die Aussonderung von untersuchungsrelevanten Dokumenten bilde gerade das Ziel der Entsiegelung und Durchsuchung. Nach erfolgter Durchsuchung werde die EStV (mittels beschwerdefähiger Verfügung) noch zu entscheiden haben, welche konkreten Papiere sie beschlagnahmen und zu den Akten nehmen wolle und welche Gegenstände auszuscheiden bzw. an die berechtigten Inhaber zu retournieren seien.
3. Die Beschwerdeführer machen Folgendes geltend: Zwar habe die B._ AG am 19. Dezember 2000 den fraglichen Mietvertrag abgeschlossen. Dieser sei jedoch per 31. Januar 2004 aufgelöst worden. Über eine Treuhänderin habe die Y._ AG die Liegenschaftsverwaltung am 12. Januar 2004 aufgefordert, neue Mietverträge (mit der Y._ AG als Mieterin) zu erstellen. Dass die am 27. Januar 2009 durchsuchten Büros dennoch mit "Z._" bzw. "Z._/B._ AG" angeschrieben waren, sei offensichtlich auf ein Versäumnis der Liegenschaftsverwaltung zurückzuführen. X._ sei Eigentümer von 50% des Aktienkapitals der Y._ AG. Aus dem blossen Umstand, dass er seinen tatsächlichen Wohnsitz in Spanien habe und nur selten in der Schweiz weile, könne unmöglich geschlossen werden, dass er in den Büroräumlichkeiten nicht Akten deponiert hätte, die in seinem Eigentum stünden. Er habe seine "gesamten ihm gehörenden Geschäftsunterlagen die Schweiz betreffend" dort aufbewahrt. Der angefochtene Entscheid verstosse gegen Art. 50 Abs. 3 VStrR.
4. Art. 191 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) verweist für das besondere Untersuchungsverfahren wegen des Verdachts von schweren Steuerwiderhandlungen auf die Bestimmungen von Art. 19-50 VStrR.
4.1 Papiere sind mit grösster Schonung der Privatgeheimnisse zu durchsuchen; insbesondere sollen sie nur dann durchsucht werden, wenn anzunehmen ist, dass sich Schriften darunter befinden, die für die Untersuchung von Bedeutung sind (Art. 50 Abs. 1 VStrR). Bei der Durchsuchung sind das Amtsgeheimnis und die Berufsgeheimnisse zu wahren (Art. 50 Abs. 2 VStrR). Dem Inhaber der Papiere ist wenn immer möglich Gelegenheit zu geben, sich vor der Durchsuchung über ihren Inhalt auszusprechen. Erhebt er gegen die Durchsuchung Einsprache, so werden die Papiere versiegelt und verwahrt, und es entscheidet die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes über die Zulässigkeit der Durchsuchung (Art. 50 Abs. 3 i.V.m Art. 25 Abs. 1 VStrR).
4.2 Nach dem Wortlaut von Art. 50 Abs. 3 VStrR und der einschlägigen Praxis des Bundesgerichtes steht das Einspracherecht im Entsiegelungsverfahren nur dem jeweiligen Inhaber der Papiere bzw. Dateien zu (BGE 127 II 151 E. 4c/aa S. 155; 116 Ib 106 E. 2a/aa S. 110; 111 Ib 50 E. 3b S. 51; Urteile 1S.13/2006 vom 27. September 2006 E. 1.4.1; 1S.28/2005 vom 27. September 2005 E. 2.4.2-2.4.3; 1A.171/2001 vom 28. Februar 2002 E. 1.2). Dieser hat die Schriften (respektive Datenträger) zu benennen, die seiner Ansicht nach der Versiegelung und Geheimhaltung unterliegen, bzw. die Berufs-, Privat- oder Geschäftsgeheimnisse glaubhaft zu machen, die dem öffentlichen Interesse an der Aufklärung von mutmasslichen Straftaten vorgehen sollen (BGE 132 IV 63 E. 4.5-4.6 S. 67 f.; Urteile 1B_274/2008 vom 27. Januar 2009 E. 6.5; 1B_104/2008 vom 16. September 2008 E. 2.1; 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008 E. 2.6; 1S.5/2005 vom 6. September 2005 E. 7.6; vgl. Robert Hauser/Erhard Schweri/Karl Hartmann, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl., Zürich 2005, § 70 Rz. 21-22; Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Aufl., Zürich 2004, Rz. 734-736).
4.3 Zur Frage ihrer Einsprachelegitimation berufen sich die Beschwerdeführer zwar auf angebliche Versäumnisse der Liegenschaftsverwaltung. Sie legen jedoch nicht dar, weshalb sie als angebliche neue Mieter bzw. Benutzer der Büroräumlichkeiten nicht selbst für die zutreffende Kennzeichnung ihres Büroeinganges und Briefkastens verantwortlich gewesen wären. Sie versäumen es auch, die angeblich ihnen gehörenden beschlagnahmten Akten bzw. "die Schweiz betreffenden Geschäftsunterlagen" näher zu beschreiben. Darüber hinaus legen die Beschwerdeführer auch keine konkreten schützenswerten Privat- oder Geschäftsgeheimnisse dar, welche das öffentliche Interesse an der Untersuchung von mutmasslichen schweren Steuerwiderhandlungen überwiegen würden. Die Ansicht der Vorinstanz, im vorliegenden Fall bestehe kein Entsiegelungshindernis, hält vor dem Bundesrecht stand. Es kann offen bleiben, ob die Beschwerdeführer ihre Sachdarstellung auf unzulässige Noven stützen (vgl. Art. 99 BGG).
5. Die Beschwerde ist abzuweisen.
Die Gerichtskosten sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 5 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde wird mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache hinfällig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster