Faits:
A. Le 24 mars 2006, le Juge d'instruction du canton de Genève a inculpé D._ d'escroquerie, de gestion déloyale, de divers délits dans la faillite et d'infraction par métier à la loi fédérale sur la protection des marques, pour avoir continué à fabriquer et à vendre à son profit des produits du laboratoire X._ et à agir en tant que représentant de ce dernier, alors que les pouvoirs lui avaient été retirés depuis le mois de mars 2000. Dans ce cadre, le Juge d'instruction a ordonné la saisie, au mois de novembre 2006, d'un compte détenu par l'épouse de D._, C._, auprès de la banque Y._. Une inculpation complémentaire a été prononcée le 3 mai 2006 pour usure au préjudice de A._, ex-épouse de l'inculpé.
Au mois de février 2009, puis les 17 et 30 mars 2009, C._ est intervenue auprès du Juge d'instruction pour obtenir la levée de la saisie. Par acte du 28 avril 2009, elle a formé auprès de la Chambre d'accusation genevoise un recours contre le silence du Juge d'instruction, assimilé à une décision de refus.
Le 25 mai 2009, après avoir reçu de la banque les relevés et états de fortune du compte, le Juge d'instruction a invité C._ à s'expliquer sur l'origine de différents versements.
B. Par ordonnance du 24 juin 2009, la Chambre d'accusation a admis le recours et levé la saisie. Elle a considéré que l'attitude du Juge d'instruction, confirmée en procédure de recours, équivalait à un refus. Celui-ci était motivé par le fait que l'inculpé avait, depuis un compte Z._ clôturé en 2001, versé 330'000 fr. en juillet 2004 et 100'000 fr. en août 2005 sur un compte détenu par sa mère auprès de la banque Y._. Ces montants avaient servi à l'achat de titres transférés au mois d'août 2006 sur le compte de la recourante. Le lien entre le compte Z._ et les gains illicites (soit environ 2 millions de fr.) n'était toutefois pas suffisamment démontré. Pour les autres versements effectués depuis novembre 2006 sur le compte saisi, le Juge d'instruction avait demandé des explications à la recourante, ce qui démontrait l'absence de lien établi avec le produit des activités de l'inculpé.
C. Par acte du 2 juillet 2009 - après avoir tenté en vain d'obtenir un effet suspensif avant recours - A._, partie à la procédure devant la Chambre d'accusation, forme un recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire. Elle conclut à l'annulation de l'ordonnance de la Chambre d'accusation et requiert l'effet suspensif.
Par acte du même jour, B._, qui n'a pas pris part à la procédure cantonale, mais dont la qualité de partie civile lui a été reconnue après le prononcé de l'arrêt attaqué, forme un recours identique et prend les mêmes conclusions.
Le Ministère public du canton de Genève s'en rapporte à justice. Aux termes de ses observations sur effet suspensif et sur le fond, C._ conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet des recours.
L'effet suspensif a été accordé par ordonnances du 28 juillet 2009.
Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre une même ordonnance de la Chambre d'accusation. Il y a lieu de les joindre et de statuer par un seul arrêt.
2. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision confirmée en dernière instance cantonale (art. 80 LTF), relative au sort d'une saisie prise au cours de la procédure pénale. Le recours en matière pénale permet de soulever les griefs relatifs à l'application du droit fédéral (art. 95 LTF). Lorsqu'il est dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, il ne peut porter que sur la violation des droits constitutionnels (art. 98 LTF); il permet ainsi aux recourants de se plaindre d'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'application du droit cantonal. Les recours constitutionnels subsidiaires sont, partant, irrecevables pour ce motif déjà.
3. Selon l'art. 81 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure cantonale ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b). Il s'agit en particulier de l'accusateur privé, agissant sans intervention du Ministère public (ch. 4), de la victime (par quoi il faut entendre la victime au sens de la LAVI - ATF 133 IV 228 consid. 2) si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5) et du plaignant, lorsque la contestation porte sur le droit de porter plainte (ch. 6). Les recourantes ne satisfont à aucune de ces conditions: le Ministère public est intervenu dans la procédure pénale et les recourantes n'ont pas la qualité de victimes LAVI.
3.1 Selon la jurisprudence, le simple lésé n'a, en principe, pas qualité pour former un recours en matière pénale, car il ne dispose que d'un intérêt de fait à la mise en oeuvre et à la poursuite de l'action pénale. Il n'a d'intérêt juridique à obtenir l'annulation d'une décision relative à la conduite de l'action pénale que si cette décision porte atteinte aux droits procéduraux qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou qui découlent directement du droit constitutionnel. Il n'est donc habilité à recourir que pour se plaindre de la violation de tels droits, notamment de n'avoir pas été entendu ou de s'être vu refuser la qualité de partie à la procédure. Il ne peut remettre en cause, même de façon indirecte, la décision sur le fond (ATF 133 IV 228 consid. 2).
La jurisprudence reconnaît aussi la qualité pour recourir aux lésés qui interviennent non pas sur le fond, mais à l'encontre d'une décision de procédure, lorsqu'ils s'opposent à la levée d'une saisie d'avoirs au motif que ces derniers pourraient leur être alloués en application de l'art. 73 CP (arrêt 1B_212/2007 du 12 mars 2008, consid. 1.4). Il faut pour cela que les recourants aient participé à la procédure cantonale et que leur intérêt juridique soit suffisamment démontré.
3.2 En l'occurrence, B._ a repris, au mois d'avril 2006, les actifs de la masse en faillite du laboratoire X._, alors partie civile; elle s'est constituée partie civile le 1er avril 2009, et cette qualité lui a été reconnue le 26 mai 2009 par le Juge d'instruction, non pas à titre définitif mais "en l'état du dossier", et ce uniquement pour les faits postérieurs au 28 avril 2008, date de la reprise des marques auprès de la masse en faillite.
Il résulte de ce qui précède que B._ n'a pas participé à la procédure devant la Chambre d'accusation. Elle estime certes avoir été privée de cette possibilité, mais ne prétend pas que ses droits de partie auraient été ainsi violés. On ne saurait au demeurant reprocher à la cour cantonale de lui avoir dénié à tort la qualité de partie, puisque le recours de C._ a été déposé le 28 avril 2009, et que la recourante ne s'est vu reconnaître - partiellement - la qualité de partie civile qu'un mois plus tard, quelques jours seulement avant l'audience de plaidoiries à l'issue de laquelle la cause a été gardée à juger. La recourante n'a d'ailleurs pas tenté d'intervenir dans la procédure de recours alors même qu'elle ne pouvait en ignorer l'existence, puisqu'elle est représentée par A._.
La condition formelle posée à l'art. 81 al. 1 let. a LTF n'est dès lors pas réalisée, de sorte que le recours formé par B._ est irrecevable.
3.3 La recourante A._ était partie à la procédure cantonale de recours, en tant qu'intimée. Il y a lieu de rechercher si elle dispose d'un intérêt juridique suffisant à l'annulation de la décision attaquée.
3.3.1 Dans une ordonnance du 20 septembre 2006, la Chambre d'accusation a considéré que la recourante n'avait pas qualité de partie civile pour ce qui concerne les faits visés par l'inculpation du 24 mars 2006. Cette décision est entrée en force. Dans sa lettre précitée du 26 mai 2009, le Juge d'instruction a retenu que la recourante n'avait pas non plus qualité de partie civile pour ce qui concernait l'inculpation complémentaire d'usure. Cette décision a fait l'objet d'un recours auprès de la Chambre d'accusation.
Il résulte de ce qui précède que la recourante n'aurait éventuellement qualité de partie civile que pour ce qui concerne la dernière inculpation. Elle ne saurait par conséquent prétendre à une restitution, au sens de l'art. 73 CP, que dans une mesure réduite. La recourante n'explique d'ailleurs nullement pour quels motifs et à concurrence de quels montants une telle allocation pourrait lui être accordée de ce chef. Faute de toute explication sur ce point, l'intérêt juridique de la recourante n'apparaît pas suffisamment démontré.
3.3.2 Le recours serait d'ailleurs également irrecevable en application de l'art. 93 al. 1 LTF. Cette disposition ne permet de recourir, contre une décision incidente telle que la décision attaquée, qu'en présence d'un préjudice irréparable, soit un préjudice qu'une décision ultérieure favorable ne ferait pas cesser entièrement. A ce sujet, la recourante se contente de prétendre que la libération des fonds "implique que ces avoirs seront à la libre disposition de Mme C._ et de l'inculpé". Or, comme le relève l'intimée, le Juge d'instruction a aussi ordonné le blocage de fonds appartenant à l'inculpé et à sa mère, pour un montant total d'environ 1,3 million de fr. Faute de toute indication sur les prétentions civiles que la recourante entend élever, il n'est ni allégué ni démontré que les montants qui restent encore saisis seraient insuffisants.
4. Sur le vu de ce qui précède, les recours en matière pénale et les recours constitutionnels sont irrecevables. Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants qui succombent, de même qu'une indemnité de dépens allouée à l'intimée C._.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 1B_188/2009 et 1B_190/2009 sont jointes.
2. Les recours sont irrecevables.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis pour 1'000 fr. à la charge de A._ et pour 1'000 fr. à la charge de B._.
4. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée à l'intimée C._, soit 1'000 fr. à la charge de A._ et 1'000 fr. à la charge de B._.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Procureur général et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre d'accusation.
Lausanne, le 25 septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz