Sachverhalt:
B._ (geboren 1959) war vom 1. Mai 2004 bis 31. August 2005 als IT-Spezialist in der Firma X._ angestellt und dadurch bei der Winterthur-Columna Stiftung für die berufliche Vorsorge (nachfolgend: Winterthur-Columna) vorsorgeversichert. Aufgrund einer Anmeldung vom 11. Oktober 2006 sprach ihm die IV-Stelle Basel-Landschaft mit Verfügung vom 25. Mai 2007 mit Wirkung ab 1. Juli 2006 eine ganze Invalidenrente zu.
Die hiegegen von der Winterthur-Columna erhobene Beschwerde wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Entscheid vom 28. Mai 2008 ab.
Die Winterthur-Columna führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung von vorinstanzlichem Entscheid und Kassenverfügung sei die Sache zwecks Neufestlegung des Beginns der einjährigen Wartezeit an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Eventuell sei festzustellen, dass die Feststellungen der IV-Stelle betreffend den Beginn der Wartezeit für die Vorsorgeeinrichtung keine Bindungswirkung entfalten. - IV-Stelle, kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. B._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit auf sie einzutreten ist.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung des medizinischen Dossiers und gestützt auf das Schreiben der früheren Arbeitgeberin vom 21. September 2006 festgehalten, aus den Akten werde deutlich, dass sich die Erkrankung während der Dauer des Anstellungsverhältnisses derart bemerkbar gemacht habe, als die richtige Erfüllung der übertragenen Aufgaben unmöglich geworden und das Arbeitsverhältnis allgemein belastet gewesen sei. Es sei deshalb nicht zu beanstanden, dass die IV-Stelle gestützt auf die Beurteilung der Psychiater Dres. med. A._ und D._ vom 14. Dezember 2006 und vom 20. Januar 2007 davon ausgegangen sei, der Versicherte sei seit Juli 2005 zu 100 % arbeitsunfähig.
2.2 Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz sind nicht mangelhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG. Namentlich hat das kantonale Gericht eingehend begründet, weshalb gestützt auf die medizinischen Akten die massgebliche Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit während des Arbeitsverhältnisses begann und sich dies auch mit den Aussagen der Arbeitgeberin im Schreiben vom 21. September 2006 deckt. Diese Schlussfolgerung ist nach der Aktenlage nicht offensichtlich unrichtig noch ist darin eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung oder eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes zu erblicken. Da keine erheblichen Zweifel an Vollständigkeit und/oder Richtigkeit der bisher getroffenen Tatsachenfeststellung bestehen (vgl. Urteil 8C_364/2007 vom 19. November 2007, E. 3.2), hat das kantonale Gericht zu Recht von Beweisweiterungen abgesehen. Schliesslich kann von einer willkürlichen Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht nicht gesprochen werden. Eine Beweiswürdigung ist nicht bereits willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (BGE 127 I 54 E. 2b S. 56). An diesem Ergebnis vermögen die Vorbringen in der Beschwerde allesamt nichts zu ändern, zumal der Eventualantrag neu und damit unzulässig ist (Art. 99 Abs. 2 BGG; vgl. immerhin zur Verbindlichkeit der IV-rechtlichen Festsetzung des Invaliditätsgrades in grundsätzlicher, masslicher und zeitlicher Hinsicht für eine im IV-Verfahren beteiligte Vorsorgeeinrichtung, BGE 134 V 20 E. 3.1.2 S. 21, 132 V 1, 129 V 73). Ebenfalls nicht zu hören ist der erstmals im letztinstanzlichen Verfahren vorgebrachte Einwand der Befangenheit des Psychiaters Dr. med. A._, da die entsprechenden tatsächlichen Vorbringen angesichts von Art. 99 Abs. 1 BGG zu spät erfolgen. Schliesslich ist auch der Hinweis auf fehlende echtzeitliche Arbeitsunfähigkeitsbescheinigungen unbehelflich (vgl. dazu Urteile 9C_634/2008 vom 19. Dezember 2008 E. 2, 9C_96/2008 vom 11. Juni 2008 E. 2.2 und B 157/06 vom 25. Oktober 2007 E. 2.2). Das kantonale Gericht ist mit eingehender Begründung willkürfrei und ohne Bundesrecht zu verletzen zum Schluss gekommen, die rückwirkende Festlegung des Beginns der Arbeitsunfähigkeit durch die Dres. med. A._ und D._ stehe in Einklang mit der Aussage des Hausarztes Dr. med. C._, der in seinen Unterlagen eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes gegen Ende des Arbeitsverhältnisses festhalte und für die Zeit vom 15. Juni bis 26. Juni 2005 eine vollständige Arbeitsunfähigkeit attestiere.
3. Als unterliegende Partei hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und überdies ihren Versicherten zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat B._ für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Februar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer