Sachverhalt:
A. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft (BA) führt seit Oktober 2004 ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren gegen X._ wegen des Verdachtes des gewerbsmässigen Anlagebetruges und weiterer Delikte. Am 5. März 2007 dehnte die BA das Strafverfahren auf Y._ (die Ehefrau des Hauptbeschuldigten) aus, welche der Geldwäscherei verdächtigt wird. Im Rahmen des Ermittlungsverfahrens erfolgten zwischen dem 6. und 8. März 2007 Hausdurchsuchungen in zwei Liegenschaften. Auf Einspruch der von den Zwangsmassnahmen betroffenen Beschuldigten hin wurden die beschlagnahmten umfangreichen Dokumente und elektronischen Daten versiegelt.
B. Nachdem die BA die Beschuldigten eingeladen hatte, sich zur Frage des definitiven Umfanges der Beschlagnahme und Versiegelung schriftlich zu äussern, erliess die BA am 30. April 2007 eine Feststellungs- und Beschlagnahmeverfügung.
C. Am 8. Mai 2007 stellte die BA beim Bundesstrafgericht das Gesuch um Entsiegelung der genannten Dokumente und elektronischen Datenträger und um deren Freigabe zur Durchsuchung. Mit prozessleitender Verfügung vom 23. Juli 2007 ordnete die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes (BK) an, dass der zuständige richterliche Referent der BK im Entsiegelungsverfahren eine Sichtung und Triage der beschlagnahmten und versiegelten Dokumente und Daten vorzunehmen habe. Auf eine von X._ dagegen erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil vom 15. Januar 2008 nicht ein (Verfahren 1B_200/2007).
D. Anlässlich der Entsiegelungsverhandlung vom 3. März 2008 (im Beisein der Parteien) unterzog der zuständige richterliche Referent der BK die beschlagnahmten Schriftdokumente einer Sichtung und Triage. Die von den Zwangsmassnahmen betroffenen Beschuldigten wurden anlässlich der Entsiegelungsverhandlung aufgefordert, der BK Stellungnahmen zukommen zu lassen zur Frage der Zulässigkeit der Durchsuchung der verbleibenden (anlässlich der richterlichen Sichtung nicht ausgesonderten) Aktenstücke.
E. Die sichergestellten und versiegelten elektronischen Daten wurden anlässlich der Entsiegelungsverhandlung vom 3. März 2008 keiner richterlichen Triage unterzogen. Statt dessen wurde dem Hauptbeschuldigten eine CD-ROM ausgehändigt, welche die Ordnerverzeichnisse der Laufwerke der beschlagnahmten elektronischen Datenträger enthielt, und die beiden von den Zwangsmassnahmen betroffenen Beschuldigten wurden aufgefordert, der BK mitzuteilen, innerhalb welcher Verzeichnisse sich geheimnisgeschützte Daten befänden.
F. Mit Verfügung vom 24. April 2008 entschied der Präsident der I. BK, dass die BA berechtigt sei, den Inhalt des elektronischen Datenträgers HD Lacie 150 GB (Aufschrift "Trading Archive") zu durchsuchen.
G. Was die verbleibenden zwölf elektronischen Laufwerke betrifft, ordnete der Präsident der I. BK (in der gleichen Verfügung vom 24. April 2008) Folgendes an: Die von den Zwangsmassnahmen betroffenen Beschuldigten hätten die dort gespeicherten geheimnisgeschützten Dateien einzeln zu bezeichnen, auf einen separaten Datenträger zu kopieren und der BK in lesbarer Form einzureichen.
H. Am 5. September 2008 entschied das Bundesstrafgericht, I. BK, wie folgt über das (verbleibende) Entsiegelungs- und Durchsuchungsgesuch der BA:
1. Das Gesuch wird teilweise gutgeheissen.
2. Die Gesuchstellerin wird ermächtigt, die im Sinne der oben stehenden Erwägungen freigegebenen, am 6./7. März 2007 sichergestellten Papiere zu durchsuchen.
3. Die Gesuchstellerin wird im Sinne der oben stehenden Erwägungen ermächtigt, die verbleibenden Inhalte der sichergestellten Laufwerke nach Erfüllung der in E. 6.4 gemachten Auflage zu durchsuchen.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 7'500.-- wird den Gesuchsgegnern unter solidarischer Haftbarkeit zur Bezahlung auferlegt.
I. Gegen den Entscheid der BK vom 5. September 2008 gelangte die BA mit Beschwerde vom 7. Oktober 2008 an das Bundesgericht. Sie beantragt, Ziffer 3 des Dispositives des angefochtenen Entscheides sei aufzuheben und die BK sei anzuweisen, die zu löschenden Dateien selbst genau zu bezeichnen und zu löschen und die restlichen Dateien der BA zur Durchsuchung zu überlassen.
Die BK hat am 16. Oktober 2008 auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet. Mit Stellungnahmen vom 24. bzw. 27. Oktober 2008 beantragen die beiden Beschuldigten und privaten Verfahrensbeteiligten je die Gutheissung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. Zu klären ist zunächst, gegen welche Gegenstände des angefochtenen Entscheides die BA Beschwerde führt. Zu unterscheiden ist dabei zwischen den beschlagnahmten und versiegelten Schriftdokumenten und den sichergestellten elektronischen Daten:
1.1 Das Bundesstrafgericht hat im Entsiegelungsverfahren eine Triage der Schriftdokumente vorgenommen und (gemäss angefochtenem Entscheid, Dispositiv Ziff. 2) die Durchsuchung der Papiere durch die BA bewilligt. Diese Teilverfügung des angefochtenen Entscheides wird von der BA in ihrer Beschwerde ausdrücklich nicht angefochten.
1.2 Was die beschlagnahmten elektronischen Daten betrifft, hat das Bundesstrafgericht schon zuvor, mit separater Verfügung vom 24. April 2008, die Durchsuchung eines elektronischen Laufwerkes durch die BA bewilligt. Dieser frühere Teilentscheid wird in der Beschwerde ebenfalls nicht angefochten.
1.3 Im angefochtenen Entscheid delegiert das Bundesstrafgericht die Triage der verbleibenden zwölf elektronischen Datenträger (nämlich die Prüfung, inwiefern das Anwaltsgeheimnis der Entsiegelung entgegensteht, bzw. die entsprechende Aussonderung geheimnisgeschützter Daten) an die Bundeskriminalpolizei. Im angefochtenen Entscheid (Dispositiv Ziff. 3, mit Verweisung auf Erwägung 6.4) bewilligt die BK die Durchsuchung dieser elektronischen Datenträger durch die BA unter der Auflage einer vorgängigen Triage durch die Bundeskriminalpolizei (BKP). Nur diese letzte Teilentscheidung hat die BA mit Beschwerde angefochten.
2. Nach Art. 79 i.V.m. Art. 78 BGG ist die Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht gegen Entscheide der BK zulässig, soweit es sich um Entscheide über Zwangsmassnahmen handelt. Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichtes behandelt alle Beschwerden in Strafsachen gegen strafprozessuale Zwischenentscheide (Art. 29 Abs. 3 BGerR; BGE 133 IV 278 E. 1.1 S. 280; nicht amtlich publ. E. 3 von BGE 133 IV 182).
2.1 Zu den anfechtbaren Entscheiden der BK gehören namentlich Verfügungen betreffend die Beschlagnahmung von Gegenständen und Daten oder über die Entsiegelung und Durchsuchung von Dokumenten und elektronischen Datenträgern zu Ermittlungs- und Beweiszwecken (BGE 132 IV 63 E. 4 S. 67 ff.; 131 I 52 E. 1.2.2 S. 54; 130 IV 154 E. 1.2 S. 158 f.; Urteil 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008 E. 2.1 mit Hinweisen; zu dieser Praxis vgl. Heinz Aemisegger/Marc Forster, Basler Kommentar zum BGG, Basel 2008, Art. 79 N. 7).
2.2 Die BA ist zur Zwangsmassnahmenbeschwerde legitimiert (Art. 81 Abs. 1 lit. a bzw. lit. b Ziff. 3 sowie Abs. 2 BGG).
3. Was die sichergestellten (und noch Gegenstand von Dispositiv Ziffer 3 des angefochtenen Entscheides bildenden) elektronischen Datenträger betrifft, erwägt die BK im angefochtenen Entscheid Folgendes: Den Beschuldigten seien die Daten der fraglichen zwölf Laufwerke zur Verfügung gestellt worden. Am 24. April 2008 seien sie eingeladen worden, die geheimnisgeschützten Dateien einzeln zu bezeichnen. Der Hauptbeschuldigte habe Ordnerverzeichnisse eingereicht und teilweise rot markiert mit dem Antrag, die markierten Dateien dürften nicht zur Durchsuchung durch die BA freigegeben werden; bei den nicht markierten Dateien sei die Durchsuchung mit der Auflage zu verbinden, dass offensichtlich vom Anwaltsgeheimnis (bzw. von Art. 77 BStP) geschützte Informationen nicht verwertet werden dürften. Die Mitbeschuldigte habe keine weiteren Angaben gemacht. Damit seien die Beschuldigten ihren prozessualen "Mitwirkungspflichten" nur ungenügend nachgekommen. Aus diesem Grund sei die BA "berechtigt, den Inhalt der sichergestellten Festplatten zu durchsuchen". Die Durchsuchung sei jedoch mit der Auflage zu verbinden, dass "vor einer umfassenden Auswertung der sichergestellten Daten" ein Mitarbeiter der BKP, der mit dem vorliegenden Strafverfahren nicht betraut sein dürfe, die in den Erwägungen des angefochtenen Entscheides näher spezifizierte Korrespondenz mit Anwälten aussondere und lösche. Die Beschuldigten könnten bei dieser Aussonderung durch die BKP persönlich anwesend sein (angefochtener Entscheid, E. 6.1-6.4, S. 16-18).
4. Die BA macht in ihrer Beschwerde geltend, die BK habe zwar eine bundesrechtskonforme Sichtung und Aussonderung der beschlagnahmten Schriftdokumente vorgenommen. Diesbezüglich werde im angefochtenen Entscheid genau festgehalten, welche Aktenstücke der BA zur Durchsuchung herauszugeben seien und welche dem Anwaltsgeheimnis unterlägen bzw. auszusondern seien, und dieser Teil des Zwangsmassnahmenentscheides (Dispositiv Ziff. 2) werde nicht angefochten. Was die elektronischen Daten betrifft, sei die Vorinstanz jedoch vom gesetzlich vorgeschriebenen (und durch die Bundesgerichtspraxis konkretisierten) Verfahren abgewichen. Falls die privaten Verfahrensbeteiligten ihre Mitwirkungspflichten vollumfänglich verletzt hätten, wären die elektronischen Datenträger ohne Weiteres und vollumfänglich zur Durchsuchung durch die BA freizugeben gewesen. Falls die BK hingegen das Triageverfahren trotz angeblicher Verletzung von Mitwirkungspflichten durchführen wolle, sei sie gesetzlich verpflichtet, die Sichtung und Aussonderung der Daten selbst vorzunehmen. Eine Delegation dieser Aufgabe an die BKP sei unzulässig, zumal sie, die BA, die BKP leite und das Recht habe, an Ermittlungshandlungen der BKP teilzunehmen. Zwar könne die BK im richterlichen Triageverfahren einen Spezialisten der BKP als geeignete Fachperson beiziehen. Eine solche allfällige Expertenkonsultation müsse aber vor einem das Entsiegelungsverfahren abschliessenden Entscheid erfolgen. Auch dann habe die BK in einem letzten Schritt selbst zu entscheiden, welche Daten an die BA zur Durchsuchung herauszugeben seien und welche nicht. Das Vorgehen der BK verletze Art. 17 Abs. 1 bzw. Art. 69 Abs. 3 BStP und komme einer Rechtsverweigerung gleich.
5. Das Bundesstrafgericht bestreitet diesen Standpunkt der BA nicht; es hat auf Anträge und Stellungnahme zur Beschwerde ausdrücklich verzichtet. Die privaten Verfahrensbeteiligten schliessen sich der Beschwerde an.
6. Bei der Entsiegelung und Durchsuchung von beschlagnahmten Gegenständen und Daten nach BStP handelt es sich um ein mehrstufiges Verfahren:
6.1 Gegenstände, die als Beweismittel von Bedeutung sein können, sind mit Beschlag zu belegen und zu verwahren (Art. 65 Abs. 1 BStP). Die Durchsuchung von Papieren ist mit grösster Schonung der Privatgeheimnisse und unter Wahrung des Berufsgeheimnisses durchzuführen (Art. 69 Abs. 1 BStP). Insbesondere sollen Papiere nur dann untersucht werden, wenn anzunehmen ist, dass sich Schriften darunter befinden, die für die Untersuchung von Bedeutung sind (Art. 69 Abs. 2 BStP). Elektronische Daten bzw. Datenträger sind den Schriftdokumenten gleichgestellt (BGE 130 II 193 E. 2.1 S. 195 mit Hinweis; vgl. auch BGE 132 IV 63, 64; Urteil des EGMR Smirnov gegen Russland vom 7. Juni 2007, §§ 48, 53 ff.).
6.2 Dem Inhaber der beschlagnahmten Gegenstände ist womöglich Gelegenheit zu geben, sich vor der Durchsuchung über deren Inhalt auszusprechen. Erhebt er gegen die Durchsuchung Einsprache, so werden die Gegenstände versiegelt und verwahrt. In diesem Falle entscheidet über die Zulässigkeit der Durchsuchung bis zur Hauptverhandlung die BK (Art. 69 Abs. 3 BStP). Für entsprechende Zwangsmassnahmenentscheide ist die I. BK zuständig (Art. 9 Abs. 2 des Reglementes über das Bundesstrafgericht [SR 173.710] i.V.m. Art. 28 Abs. 1 lit. b SGG).
6.3 Auch in der Schweizerischen StPO vom 5. Oktober 2007 wird die Entsiegelung im Vorverfahren dem (kantonalen bzw. eidgenössischen) Zwangsmassnahmengericht vorbehalten (Art. 248 Abs. 3 lit. a StPO, BBl 2007, S. 7050). Dieses kann zur Prüfung des Inhalts der Aufzeichnungen und Gegenstände eine sachverständige Person beiziehen (Art. 248 Abs. 4 StPO).
6.4 Die gerichtliche Polizei (darunter diejenige des Bundes) steht unter der Leitung der BA. Die Oberaufsicht liegt bei der BK (Art. 17 Abs. 1 BStP; Art. 28 Abs. 2 SGG).
6.5 Wenn die zuständige Ermittlungs- bzw. Untersuchungsbehörde die Entsiegelung und Freigabe von versiegelten Dokumenten und Daten zu Strafverfolgungszwecken beantragt, leitet die BK das richterliche Entsiegelungsverfahren ein (vgl. BGE 132 IV 63 E. 4 S. 65 ff.). Falls eine Durchsicht als grundsätzlich zulässig erachtet wird, entfernt der zuständige Richter das Siegel, und es erfolgt eine Sichtung der Daten und Gegenstände (sog. richterliche Triage). Der Entsiegelungsrichter hat zu prüfen, welche Gegenstände für eine Verwendung durch die Strafverfolgungsbehörden in Frage kommen und welche ausscheiden (BGE 132 IV 63 E. 4.3 S. 66). Zur Erleichterung der Triage kann der Richter geeignete Sachkundige beiziehen, was namentlich dem Schutz von Geheimnis- und Persönlichkeitsrechten sowie der Nachachtung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes dienen kann (BGE 132 IV 63 E. 4.2-4.3 S. 66 f.; Art. 248 Abs. 4 StPO). Dabei hat der Entsiegelungsrichter die notwendigen Vorkehren zu treffen, um eine unzulässige bzw. verfrühte Einsicht in die fraglichen Daten und Dokumente durch Drittpersonen, insbesondere Ermittlungs- und Untersuchungsbeamte, zu vermeiden (BGE 132 IV 63 E. 4.2 S. 65 f., E. 4.6 S. 67 f.; Urteile 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008 E. 2.6; 1S.5/2005 vom 6. September 2005 E. 7.6). Die von den Zwangsmassnahmen Betroffenen haben jene Gegenstände zu benennen, die ihrer Ansicht nach der Geheimhaltung unterliegen, und die Justizbehörden bei der entsprechenden Aussonderung von Daten und Dokumenten zu unterstützen (vgl. BGE 132 IV 63 E. 4.5-4.6 S. 67 f.; Urteile 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008 E. 2.6; 1S.5/2005 vom 6. September 2005 E. 7.6).
6.6 In einem letzten verfahrensabschliessenden Schritt entscheidet die BK (nach erfolgter Triage) definitiv über den Umfang der Daten und Gegenstände, die der Strafverfolgungsbehörde zur weiteren prozessualen Verwendung konkret überlassen werden können (Art. 69 Abs. 3 Satz 3 BStP; BGE 132 IV 63 E. 4.3 S. 66; Urteil 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008 E. 2.2).
7. Sowohl der Wortlaut als auch der Sinn und Zweck von Art. 69 Abs. 3 BStP schliessen eine Delegation der Triage durch die BK an die BKP aus. Der wirksame Schutz wichtiger Geheimnisinteressen im strafprozessualen Entsiegelungsverfahren ist durch das Zwangsmassnahmengericht zu gewährleisten und kann nicht an eine Ermittlungs- oder Untersuchungsbehörde übertragen werden. Der Entsiegelungsrichter kann zwar nötigenfalls - etwa zur Systematisierung und Sichtung grosser Datenmengen - geeignete technische Hilfsmittel, Experten und Hilfspersonen beiziehen. Die Triage und allfällige Aussonderung von geheimnisgeschützten Daten im Entsiegelungsverfahren muss das zuständige Zwangsmassnahmengericht jedoch selbstverantwortlich wahrnehmen. Falls die BK spezialisierte Fachpersonen der BKP als technische Experten beiziehen möchte, müsste das Zwangsmassnahmengericht (nach der dargelegten Praxis des Bundesgerichtes) besondere Sorgfalt darauf verwenden, dass Angehörige der BKP keine unzulässige Einsicht in geheimnisgeschützte Daten erhalten.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in der Hauptsache gutzuheissen. Ziffern 3-4 des Dispositives des angefochtenen Entscheides sind aufzuheben. Die BK hat im Sinne der obigen Erwägungen selbst die Triage (und nötigenfalls die Löschung) der fraglichen elektronischen Dateien vorzunehmen und danach einen neuen Entscheid über die Zulässigkeit und den Umfang der Durchsuchung der sichergestellten Daten zu fällen. Anschliessend wird die BK über die Kosten des gesamten Entsiegelungsverfahrens neu zu entscheiden haben. Was die entsiegelten Schriftdokumente betrifft (Dispositiv Ziffern 1-2), wurde deren Freigabe zur Durchsuchung durch die BA nicht angefochten.
Nicht gefolgt werden kann bei diesem Verfahrensausgang dem Rechtsbegehren der BA, die Kosten des vorliegenden Beschwerdeverfahrens seien den privaten Verfahrensbeteiligten aufzuerlegen. Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 3-4 BGG). Die beiden anwaltlich vertretenen privaten Verfahrensbeteiligten haben sich der Beschwerde der BA im Hauptstreitpunkt (Aufhebung von Dispositiv Ziff. 3 des angefochtenen Entscheides) förmlich angeschlossen, weshalb ihnen für das Verfahren vor Bundesgericht je eine angemessene Parteientschädigung (pauschal inkl. MWSt) zuzusprechen ist (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, und Dispositiv Ziffern 3 und 4 des Entscheides vom 5. September 2008 des Bundesstrafgerichtes werden aufgehoben.
2. Die I. Beschwerdekammer wird angewiesen, die Triage (und nötigenfalls die Löschung) der fraglichen elektronischen Dateien vorzunehmen und danach einen neuen Entscheid zu fällen über die Zulässigkeit und den Umfang der Durchsuchung der sichergestellten Daten und über die Kosten des Entsiegelungsverfahrens.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Die Eidgenossenschaft (Kasse des Bundesstrafgerichtes) wird verpflichtet, den privaten Verfahrensbeteiligten Parteientschädigungen von je Fr. 800.-- zu entrichten.
5. Dieses Urteil wird der Bundesanwaltschaft, den privaten Verfahrensbeteiligten und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster