Sachverhalt:
A. A.a Die Spielbank X._ AG wurde im September 2007 Opfer eines Checkbetrugs: Ein französischer Spieler löste bei ihr drei gefälschte Bankchecks über je EUR 400'000.-- (Fr. 1'932'000.--) ein; nach dem Spiel liess er sich Fr. 247'525.-- in bar und Fr. 344'000.-- per Check (EUR 213'600.--) auszahlen. Im Dezember 2007 gelang es verschiedenen Tätern zudem, sich mit einem elektronischen Gerät an gewissen Geldspielautomaten "Credits", d.h. Spielmittel, ohne Einwurf von Geldstücken zu verschaffen und hernach gewisse Auszahlungen zu erwirken.
A.b Im Zusammenhang mit diesen Vorkommnissen ersuchte die Spielbank X._ AG die Eidgenössische Spielbankenkommission (ESBK), den für die Berechnung der Spielbankenabgabe relevanten Bruttospielertrag (im Weiteren auch: BSE) um Fr. 1'302'375.-- (Checkbetrug) bzw. Fr. 15'749.-- (Automatenmanipulation) zu reduzieren. Es sei bei den entsprechenden Spielen zu keinem werthaltigen Einsatz gekommen, weshalb der Bruttospielertrag angepasst werden müsse. Die ESBK wies die Begehren am 4. Juli 2008 ab und setzte die Spielbankenabgabe auf insgesamt Fr. 62'126'511.91 fest; sie bezifferte den nach den Akontozahlungen noch zu leistenden Betrag auf Fr. 1'054'498.91. Die ESBK begründete ihren Entscheid im Wesentlichen damit, dass steuertechnisch der Spielvorgang (als Verbrauch) erfasst werde und nicht das wirklich vereinnahmte Entgelt. Der Umtausch von Geld in Jetons sei "eine Art Devisentausch", der nicht zum Spielvertrag gehöre; Erfüllungsprobleme bei diesem seien für das Spiel irrelevant, weshalb die Einsätze der Spielbankenabgabe unterstünden. Die Spielenden hätten mit gültigen Jetons bzw. Credits gesetzt und gewonnen oder verloren. Der Spielvertrag könne seiner Natur wegen nicht rückabgewickelt werden, doch bestünden für die Spielbank schadenersatz- bzw. bereicherungsrechtliche Ersatzansprüche, die allenfalls erfolgreich durchgesetzt werden könnten. Bei Geldspielautomaten beginne das Spiel erst mit dessen Auslösung durch den Spieler nach Leisten des Einsatzes, weshalb das Erschleichen eines Kredits vor dem Spiel erfolge und damit nicht geeignet sei, den Bruttospielertrag zu beeinflussen.
B. Das Bundesverwaltungsgericht hob am 12. Januar 2009 die Verfügung der ESBK auf und wies die Sache "zur neuen Beurteilung" an die Vorinstanz zurück, "damit diese eine neue Veranlagung der Spielbankenabgabe 2007 im Sinne der Erwägungen" vornehme: Weder dem historischen Willen des Gesetzgebers noch der Spielbankengesetzgebung lasse sich entnehmen, dass die Spielbanken nicht nur das Ausfallrisiko unrechtmässig ausbezahlter Gewinne zu tragen hätten, sondern darüber hinaus auch Abgaben auf deliktisch oder zumindest rechtswidrig generierten Spielumsätzen entrichten müssten, denen kein realer vermögensrechtlicher Einsatz gegenüberstehe. Der Begriff "Bruttospielertrag" setze voraus, dass der Spieler einen der Spielbank real zufliessenden geldwerten Spieleinsatz leiste, was hier nicht der Fall gewesen sei, weshalb die umstrittenen Beträge nicht zum Bruttospielertrag hätten gerechnet werden dürfen. Weil die ESBK keine tatsächlichen Abklärungen zur Höhe der unrechtmässig erzielten Spielumsätze getroffen habe, sei die Sache an sie zurückzuweisen, damit sie eine Neuveranlagung der Spielbankenabgabe 2007 im Sinne der Erwägungen vornehme.
C. Die Eidgenössische Spielbankenkommission (ESBK) beantragt vor Bundesgericht, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben. Dieses habe das einschlägige Bundesrecht falsch angewandt und insbesondere den Begriff des "Einsatzes" nicht korrekt ausgelegt. Das Bundesverwaltungsgericht und die Spielbank X._ AG beantragen, die Beschwerde abzuweisen bzw. abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
1. Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts bezüglich der Spielbankenabgabe können beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (vgl. Art. 82 ff. BGG). Die Eidgenössische Spielbankenkommission ist hierzu befugt (Art. 48 Abs. 3 lit. e des Bundesgesetzes vom 18. Dezember 1998 über Glücksspiele und Spielbanken [Spielbankengesetz, SBG; SR 935.52] in Verbindung mit Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG; vgl. auch Urteil 2A.105/2005 vom 6. Juli 2005 E. 1, nicht publ. in: BGE 131 II 562). In der Regel kann zwar ein Rückweisungsentscheid nur mit dem neu zu fällenden Endentscheid beanstandet werden (vgl. Art. 93 Abs. 3 BGG). Dies gilt indessen nicht für beschwerdeberechtigte Bundesbehörden, wenn sie - wie hier - durch den Rückweisungsentscheid gezwungen würden, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen (vgl. BGE 133 V 477 E. 5.2 S. 483 ff. sowie die Urteile 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.3 und 2C_420/2008 vom 3. Februar 2009 E. 4.5). Auf die frist- (Art. 100 Abs. 1 BGG) und formgerecht (Art. 42 BGG) eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Nachdem in der Volksabstimmung vom März 1993 das verfassungsrechtliche Spielbankenverbot aufgehoben worden ist, erhebt der Bund seit April 2000 eine "ertragsabhängige Spielbankenabgabe". Diese darf 80 Prozent der "Bruttospielerträge" aus dem Betrieb der Spielbanken nicht übersteigen und ist zur Deckung des Bundesbeitrags an die Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung bestimmt (Art. 106 Abs. 3 BV). Als Bruttospielertrag gilt die Differenz zwischen den "Spieleinsätzen und den ausbezahlten Spielgewinnen" (Art. 40 Abs. 2 SBG). Der Bundesrat legt den Abgabesatz so fest, dass "nach betriebswirtschaftlichen Grundsätzen geführte Spielbanken eine angemessene Rendite auf dem investierten Kapital erzielen können" (Art. 41 Abs. 1 SBG). Er kann für die beiden Kategorien von Spielbanken (Casino A und B) "unterschiedliche Abgabesätze festlegen und diese progressiv gestalten" (Art. 41 Abs. 2 SBG). Der Abgabesatz beträgt mindestens 40 und höchstens 80 Prozent (Art. 41 Abs. 3 SBG). Im Übrigen sieht das Spielbankengesetz gewisse - hier nicht relevante - Ermässigungsmöglichkeiten vor (Art. 42 und 43 SBG). Der Basisabgabesatz beträgt für A-Casinos (Grand Casinos) 40 % bis Fr. 20 Mio. Bruttospielertrag bzw. für B-Casinos 40 % bis Fr. 10 Mio. Bruttospielertrag. Für jede weitere Million steigt der Satz jeweils um 0,5 % bis zum Höchstsatz von 80 % (Art. 82 und 83 der Verordnung vom 24. April 2004 über Glücksspiele und Spielbanken, Spielbankenverordnung, VSBG; SR 935.521). Im Jahr 2008 erreichte der Bruttospielertrag der Schweizer Casinos Fr. 991,9 Mio. Die Spielbankenabgabe betrug insgesamt rund Fr. 517 Mio., wovon Fr. 437 Mio. an die AHV flossen und Fr. 80 Mio. an die Kantone gingen. Der ROA ("Return on assets") der A-Spielbanken betrug Ende 2006 rund 13 % bei einem Durchschnitt aller Branchen von 5 %; im Jahre 2007 erhöhte er sich auf über 17 % (Angaben gemäss Antwort des Bundesrats vom 20. Mai 2009 auf die Interpellation 09.3163). Die Veranlagung und der Bezug der Abgabe ist Sache der Spielbankenkommission (Art. 44 Abs. 1 SBG).
2.2 Der Bruttospielertrag als Steuerobjekt (Art. 77 VSBG) ist die Differenz zwischen den Spieleinsätzen und den von der Spielbank rechtmässig ausbezahlten Gewinnen (Art. 78 Abs. 1 VSBG). Als rechtmässig gilt ein Gewinn, der unter Einhaltung der Spielregeln, der technischen Vorschriften und der Gewinntabellen erzielt wurde (Art. 78 Abs. 2 VSBG). Die von der Spielbank bei Tischspielen erhobenen Kommissionen ("droits de table") bilden Bestandteil des Bruttospielertrags; nicht dazu gehören der "Tronc" (gemeinsame Trinkgelder; Art. 78 Abs. 3 und 4 VSBG) und allfällige Eintrittsgelder. Gibt eine Spielbank zu Werbezwecken Spielmarken gratis ab oder ermöglicht sie durch andere Mittel die unentgeltliche Teilnahme an Glücksspielen, so unterbreitet sie der Kommission ein Verfahren zur Aussonderung dieser Einsätze vom Bruttospielertrag; die Spielbankenkommission legt die Bedingungen der Gratisabgabe fest. Die unentgeltliche Teilnahme darf nicht mit einem Eintrittspreis verbunden werden (Art. 81 VSBG).
2.2 Der Bruttospielertrag als Steuerobjekt (Art. 77 VSBG) ist die Differenz zwischen den Spieleinsätzen und den von der Spielbank rechtmässig ausbezahlten Gewinnen (Art. 78 Abs. 1 VSBG). Als rechtmässig gilt ein Gewinn, der unter Einhaltung der Spielregeln, der technischen Vorschriften und der Gewinntabellen erzielt wurde (Art. 78 Abs. 2 VSBG). Die von der Spielbank bei Tischspielen erhobenen Kommissionen ("droits de table") bilden Bestandteil des Bruttospielertrags; nicht dazu gehören der "Tronc" (gemeinsame Trinkgelder; Art. 78 Abs. 3 und 4 VSBG) und allfällige Eintrittsgelder. Gibt eine Spielbank zu Werbezwecken Spielmarken gratis ab oder ermöglicht sie durch andere Mittel die unentgeltliche Teilnahme an Glücksspielen, so unterbreitet sie der Kommission ein Verfahren zur Aussonderung dieser Einsätze vom Bruttospielertrag; die Spielbankenkommission legt die Bedingungen der Gratisabgabe fest. Die unentgeltliche Teilnahme darf nicht mit einem Eintrittspreis verbunden werden (Art. 81 VSBG).
2.3 Die Spielbankenkommission hat weitere Details zum Abrechnungs- und Meldeverfahren in sog. "Mitteilungen" präzisiert:
2.3.1 Die Mitteilung Nr. 5 vom 25. September 2003, welche bei der Berechnung der Spielbankenabgabe 2007 noch gültig war, sieht vor, dass die ESBK für die Ermittlung des Bruttospielertrags der Glücksspielautomaten auf die elektronischen und die elektromechanischen Zähler sowie auf die Daten des Elektronischen Abrechnungs- und Kontrollsystems abstellt (EAKS; vgl. hierzu Art. 23 ff. VSBG und Art. 8 ff. der Verordnung des EJPD vom 24. September 2004 über Überwachungssysteme und Glücksspiele, Glücksspielverordnung, GSV; SR 935.521.21). Die EAKS-Daten müssen durch jene der elektronischen sowie elektromechanischen Zähler plausibilisiert werden können und sind bei Abweichungen zwischen den einzelnen Datenquellen auszuweisen. Bestehen keine Abweichungen oder betragen sie pro Automaten weniger als 0.2 % zu jenen des EAKS, so sind dessen Daten für die Bruttoertragsbestimmung massgebend. Erachtet eine Spielbank einen anderen Bruttospielertrag für relevant als den mittels des EAKS oder der Zähler belegten, muss sie beweisen, dass der aufgrund der anderen Basis berechnete Bruttospielertrag der Realität entspricht (Ziff. 3.3.).
2.3.2 Als vom Bruttospielertrag abziehbare Gewinne im Sinne des Gesetzes gelten nur Auszahlungen, die rechtmässig zustande gekommen sind und korrekt geleistet wurden. Vorteile, die den Spielgästen aufgrund eines Bonussystems zugestanden werden, gelten nicht als Spielgewinne (Ziff. 3.4). Werden bei Tischspielen "auf Grund von Spielbetrug oder Fehlern der Croupiers oder Dealer unrechtmässige Gewinne ausbezahlt, werden diese in der Regel wie rechtmässig zustande gekommene Gewinne behandelt (d.h. sie müssen nicht zum Bruttospielertrag addiert werden), sofern die Gelder trotz zumutbarer Anstrengungen der Spielbank nicht zurückerstattet wurden und die Spielbank über angemessene interne Prozeduren verfügt, um solche Ereignisse zu verhindern"; die entsprechenden Auszahlungen sind in der Monatsabrechnung separat aufzuführen und zu dokumentieren (Ziff. 3.4.1). Gewinnauszahlungen, welche aufgrund einer Fehlfunktion (z.B. fehlerhafte Programmierung eines Glücksspielautomaten oder eines Jackpotsystems) erfolgen, sind keine Gewinne im Sinne des Gesetzes. Dasselbe gilt für Auszahlungen, die getätigt werden, obwohl gemäss den Spielregeln, Auszahlungstabellen und technischen Vorgaben kein Gewinn vorlag oder sich dieser nicht nachweisen lässt; entsprechende Auszahlungen können daher "in der Regel" nicht vom Bruttospielertrag abgezogen werden (Ziff. 3.4.2).
2.3.3 Die Mitteilung Nr. 5 ist mit der Mitteilung Nr. 6 vom 6. Dezember 2007 auf den 1. Januar 2008 aufgehoben worden. Diese kennt nur noch Regeln über die Berechnung des BSE bei Gratisspielmarken (Ziff. 6) und bei Sachgewinnen (Ziff. 7).
3. Umstritten ist die Frage, ob und allenfalls wie Erträge aus Spielen, denen ein rechtswidriges Verhalten bei der Beschaffung der Spieleinsätze zugrunde liegt, im Rahmen der Ermittlung des Bruttospielertrags zu berücksichtigen sind. Die Problematik ist im Gesetz nicht geregelt; die Lösung muss deshalb auslegungsweise ermittelt werden. Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut der Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss nach der wahren Tragweite der Bestimmung gesucht werden, wobei alle Auslegungselemente zu berücksichtigen sind (Methodenpluralismus). Dabei kommt es namentlich auf den Zweck der Regelung, die dem Text zugrundeliegenden Wertungen sowie auf den Sinnzusammenhang an, in dem die Norm steht. Die Gesetzesmaterialien sind zwar nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, den Sinn der Norm zu erkennen (BGE 131 II 562 E. 3.5; 129 II 114 E. 3.1 mit Hinweis). Vom Wortlaut darf abgewichen werden, wenn triftige Gründe für die Annahme bestehen, dass dieser nicht den wahren Sinn der Regelung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte, aus Sinn und Zweck der Norm oder aus ihrem Zusammenhang mit anderen Gesetzesbestimmungen ergeben. Sind mehrere Auslegungen möglich, ist jene zu wählen, die den verfassungsrechtlichen Vorgaben am besten entspricht (BGE 131 II 562 E. 3.5 S. 567 mit Hinweisen).
4. 4.1 Nach Art. 106 Abs. 3 BV bzw. Art. 40 SBG erhebt der Bund auf den Bruttospielerträgen eine Spielbankenabgabe. Der Bruttospielertrag berechnet sich aus der Differenz zwischen den Spieleinsätzen und den ausbezahlten Spielgewinnen. Als Ertrag gilt gemeinhin etwas Erwirtschaftetes oder Erreichtes (etwa ein Gewinn). Zwar deutet der Wortlaut von Art. 40 Abs. 2 SBG ("Bruttospielertrag") damit, wie das Bundesverwaltungsgericht ausgeführt hat, auf die Notwendigkeit einer gewissen Werthaltigkeit hin, doch steht diese Interpretation im Widerspruch zur Rechtsnatur der geschuldeten Abgabe: Diese gilt als zweckgebundene Sondersteuer bzw. als Sonderleistung mit dem Charakter einer Monopolabgabe (VEIT/LEHNE, in: St. Galler Kommentar, Die schweizerische Bundesverfassung, 2. Aufl., 2008, N. 12 ff. zu Art. 106 BV; GIOVANNI BIAGGINI, Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft, N. 9 zu Art. 106 BV). Steuerrechtlich wird sie teilweise zu den Wirtschaftsverkehrssteuern gezählt. Diese zeichnen sich dadurch aus, dass als Steuergut (teilweise auch als "Steuerobjekt" bezeichnet) die Handlung gilt, die vom Gesetz definiert ist, d.h. es wird damit ein bestimmter Vorgang des Verkehrs ohne Rücksicht auf dessen wirtschaftliche Bedeutung erfasst (vgl. BLUMENSTEIN/LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., 2002, S. 207; FISCHER/WALKER/PIFKO, Das schweizerische Steuersystem, 4. Aufl., 2008, S. 122). Zur Berechnung dient in diesen Fällen die Steuerberechnungsgrundlage (vgl. HÖHN/WALDBURGER, Steuerrecht, Bd. 1, 9. Aufl., 2001, S. 50 f.; DERKSEN UND ANDERE, Steuerrecht 1, Indirekte Steuern des Bundes, 2. Aufl., 2002, S. 21). Aus dem Begriff "Bruttosteuerertrag" lässt sich zur hier umstrittenen Frage deshalb nichts Definitives ableiten: Bei den Wirtschaftsverkehrssteuern trägt der Steuer- bzw. Abgabeschuldner das mit dem besteuerten Vorgang verbundene wirtschaftliche Risiko, falls keine Sonderregeln bestehen. So schuldet der Importeur von Branntwein die Alkohol-Monopolgebühr selbst dann, wenn wegen einer Panne beim Abfüllen in seinem Betrieb die versteuerte Ware nicht mehr dem Verbrauch zugeführt werden kann (Urteil 2A.39/1994 vom 28. März 1996 E. 3). Wird das "Spielen mit Geld" als solches besteuert ("Steuerobjekt") und dient der Bruttospielertrag lediglich als Bemessungsgrundlage, trägt an sich der Betreiber sämtliche damit verbundenen Risiken, auch jene, die ihm aus dem Wechseln von Geld in Spielmittel (Jetons, Credits usw.) erwachsen, da der Vorgang des Spielens ohne Berücksichtigung der wirtschaftlichen Realitäten (Gewinn, Verlust usw.) steuerrechtlich erfasst wird.
4.2 Nach Art. 106 Abs. 3 BV und dessen Konkretisierung im Spielbankengesetz werden nicht die Unternehmenseinnahmen als solche besteuert: Die "Abschöpfung" erfolgt nicht auf dem tatsächlich erzielten (Unternehmens-)Gewinn, sondern auf dem Bruttospielertrag. Die Spielbank hat nach Abzug der Spielbankenabgabe aus diesem ihre Kosten und Aufwendungen zu decken. Der verbleibende Gewinn unterliegt der ordentlichen Unternehmensgewinnsteuer (Botschaft vom 26. Februar 1997 zum Bundesgesetz über das Glücksspiel und über die Spielbanken, in: BBl 1997 III 145 ff. Ziff. 11 S. 149). Die Spielbankenabgabe ist mit anderen Worten unabhängig davon geschuldet, ob der Konzessionär einen Gewinn erzielt oder nicht; sie wird zusätzlich zu den andern Steuern erhoben. Hingegen sind die entsprechenden Umsätze von der Mehrwertsteuer befreit (vgl. Art. 18 Ziff. 23 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer, MWSTG; SR 641.21). Ziel der Aufhebung des Spielbankenverbots war es, die Bundesfinanzen zu sanieren; die Spielumsätze sollten nicht mehr im Ausland anfallen, sondern dem eigenen Fiskus zugutekommen. Der Verfassungs- bzw. Gesetzgeber wollte dabei aus sozialpräventiven und moralischen Gründen verhindern, dass den Spielbankenbetreibern ein übermässiger Gewinn aus dem (umstrittenen) Spielbetrieb zufliesst; gleichzeitig sollte sichergestellt werden, dass es zu keiner übertriebenen, die wirtschaftliche Existenz der Betreiber gefährdenden Ertragsabschöpfung kommt (vgl. Paul Richli, in: Kommentar der Bundesverfassung, 1995, N. 5 und N. 25 zu Art. 35 aBV).
4.3 Die Spielbankenabgabe will der privaten Bereicherung aus dem Glücksspiel Grenzen setzen und die abgeschöpften Gelder für gemeinnützige Zwecke verwenden (vgl. Art. 106 Abs. 3 BV und Art. 42 Abs. 1 SBG), soweit sie nicht nach den Grundsätzen der Wirtschaftlichkeit dem Unternehmen selbst zu belassen sind, damit dieses auf eine angemessene Rendite kommt (vgl. Diegmann/Hoffmann/Ohlmann, Praxishandbuch für das gesamte Spielrecht, Stuttgart 2008, N. 201). Der Bundesrat hielt in seiner Botschaft fest, dass er Betriebe anstrebe, deren wirtschaftliches Überleben bei guter Geschäftsführung und trotz hoher Besteuerung des Bruttospielertrages gewährleistet bleibe (BBl 1997 III 145 Ziff. 153.7); der Bruttospielertrag bilde das "Substrat der Spielbankenabgabe". Damit ist zwar wiederum nichts Abschliessendes darüber ausgesagt, wie der Bruttospielertrag zu bestimmen und was bei seiner Ermittlung im Rahmen von Art. 40 Abs. 2 SBG als "Spieleinsatz" bzw. ausbezahlter "Spielgewinn" zu berücksichtigen ist. Gestützt auf die Materialien, die Rechtsnatur der Steuer und den Sinn und Zweck der Spielbankenabgabe ist aber davon auszugehen, dass nicht in erster Linie ein allfälliger Gewinn bzw. Ertrag Steuerobjekt der Abgabe bildet, sondern der Spielvorgang als solcher - dies jedoch nur im Rahmen der aufsichtsrechtlich vorgegebenen Regeln und einer "guten Geschäftsführung".
5. Zum gleichen Resultat führt die Berücksichtigung des Legalitätsprinzips im Abgaberecht (verfassungskonforme Auslegung) und der Zusammenhang von Art. 40 SBG mit den anderen Bestimmungen des Spielbankenrechts (systematische Auslegung):
5.1 Nach dem Legalitätsprinzip müssen Abgaben in rechtssatzmässiger Form festgelegt sein, so dass den rechtsanwendenden Behörden kein übermässiger Spielraum verbleibt und die möglichen Abgabepflichten voraussehbar und rechtsgleich sind (vgl. Art. 164 Abs. 1 lit. d und Art. 127 Abs. 1 BV). Delegiert das Gesetz die Kompetenz zur rechtssatzmässigen Festlegung einer Abgabe an den Verordnungsgeber, muss es zumindest den Kreis der Abgabepflichtigen, den Gegenstand und die Bemessungsgrundlagen der Besteuerung selber festlegen (BGE 132 II 371 E. 2.1 S. 374; 131 II 735 E. 3.2 S. 739 mit Hinweisen). Zwar hat der Gesetzgeber den Kreis der Abgabepflichtigen bei der Spielbankenabgabe selber umschrieben und den Gegenstand sowie die Bemessungsgrundlage bezeichnet, er hat aber die Frage offengelassen, ob er den Begriff des Spieleinsatzes rein abstrakt verstehen oder ob er die Einhaltung der Spielregeln - inklusive eines rechtmässigen, werthaltigen Einsatzes - voraussetzen will. Der Bundesrat als Verordnungsgeber (vgl. Art. 41 und 44 SBG) hat sich für die zweite bei der Berechnung des Bruttospielertrags wesentliche Grösse - die ausbezahlten Spielgewinne - in diesem Sinn entschieden: Nach Art. 78 Abs. 2 VSBG gilt ein Gewinn nur als rechtmässig, wenn er "unter Einhaltung der Spielregeln, der technischen Vorschriften und der Gewinntabellen erzielt wurde" (Art. 78 Abs. 2 VSBG). Können bei der Berechnung des Bruttospielertrags somit nur rechtmässig erzielte und ausbezahlte Gewinne abgezogen werden, wäre es widersprüchlich - ohne abweichende gesetzliche Grundlage - sämtliche illegal erlangten, nicht werthaltigen Spieleinsätze als abgaberelevant zu erachten. Es ist davon auszugehen, dass der Bundesrat die Frage bei den Spieleinsätzen nicht zu Ungunsten der Casinobetreiber anders handhaben wollte als bei den Spielgewinnen. Vorbehältlich einer echten Gesetzeslücke sollen nicht durch eine extensive Auslegung bestehender Rechtsgrundlagen neue Steuerpflichten, neue Steuerregeln oder Steuertatbestände geschaffen werden; die in Art. 40 Abs. 2 SBG gewählten Begriffe der "Spieleinsätze" und der "ausbezahlten Spielgewinne" sind bezüglich ihrer Rechtmässigkeit deshalb analog zu verstehen (vgl. auch BGE 131 II 562 E. 3.4 ff. mit Hinweisen [Annualisierung der Spielbankenabgabe]).
5.2 Auch die Gesetzessystematik spricht hierfür: Das Spielbankengesetz will einen sicheren und transparenten Spielbetrieb gewährleisten. Kriminalität und Geldwäscherei in oder durch Spielbanken sollen verhindert werden; zudem bezweckt das Gesetz, den sozialschädlichen Auswirkungen des Spielbetriebs vorzubeugen (Art. 2 Abs. 1 SBG). Nur im Rahmen dieser Zweckbestimmungen will das Gesetz dem Bund und den Kantonen Einnahmen verschaffen (Art. 2 Abs. 2 SBG). Mit dieser Zielsetzung ist es unvereinbar, bei der Berechnung der Spielbankenabgabe zwar die aufsichtsrechtliche Rechtmässigkeit der Auszahlungen (Gewinne) beim Bruttospielertrag zu berücksichtigen, indessen nicht auch jene der Spieleinsätze. Solange sich die Konzessionäre an ihre spielbankenrechtlichen Sorgfaltspflichten halten, soll der Staat sich nicht an einem rechtswidrigen Handeln (Betrug, Diebstahl usw.) von Spielern bereichern, selbst wenn es sich bei der Spielbankenabgabe um eine besondere Form einer Wirtschaftsverkehrssteuer handelt. Nach Art. 3 Abs. 1 SBG sind Glücksspiele Spiele, bei denen gegen Leistung eines Einsatzes ein Geldgewinn oder ein anderer geldwerter Vorteil in Aussicht steht, der ganz oder überwiegend vom Zufall abhängt. Dabei ist abgaberechtlich davon auszugehen, dass ein Einsatz in diesem Sinne nur vorliegt, wenn er bei der spielbankenrechtlich gebotenen Sorgfalt des Casinos als werthaltig gelten konnte oder zivilrechtlich als werthaltig gelten musste (Gutglaubensschutz [indossierter Check, Eigentumsvermutung des Besitzers von Chips usw.]). Der Staat, der bis zu 80 % des Bruttoertrags abschöpft, hat das Geschäftsrisiko der Spielbankenbetreiber mitzutragen, soweit diese ihren gesetzlichen bzw. konzessionsrechtlichen Sorgfaltspflichten nachgekommen sind; hingegen besteht kein Anlass, diese von der Abgabe zu befreien, wenn sie bei der gebotenen Sorgfalt den von ihnen geltend gemachten Ausfall auf dem Bruttospielertrag hätten verhindern können - in diesem Fall hat der Veranstalter letztlich selber die Durchführung des Spiels mit dem nicht werthaltigen Einsatz zu verantworten.
5.3 Sinngemäss ist auch die ESBK in ihrer Weisung Nr. 5 bisher bei den Tischspielen von einer ähnlichen - hinsichtlich der Rechtmässigkeit - relativierten Praxis ausgegangen. In Ziff. 3.4.1 hielt sie dort zu den Gewinnauszahlungen fest: "Wurden bei den Tischspielen auf Grund von Spielbetrug oder Fehlern der Croupiers oder Dealer unrechtmässige Gewinne ausbezahlt, werden diese in der Regel wie rechtmässig zustande gekommene Gewinne behandelt (d.h. sie müssen nicht zum Bruttospielertrag addiert werden), sofern die Gelder trotz zumutbarer Anstrengungen der Spielbank nicht zurückerstattet wurden und die Spielbank über angemessene interne Prozeduren verfügt, um solche Ereignisse zu verhindern". Die entsprechenden Auszahlungen sind in der Monatsabrechnung separat aufzuführen und zu dokumentieren (kurze Beschreibung und evtl. Bilder des Kameraüberwachungssystems). Ähnliche Regeln gelten bei den Glücksspielautomaten und Jackpotsystemen: Danach sind Gewinnauszahlungen, welche wegen einer Fehlfunktion (z.B. fehlerhafte Programmierung) eines Glücksspielautomaten oder Jackpotsystems erfolgen, keine abziehbaren Gewinne im Sinne des Gesetzes. Dasselbe sah die ESBK für Auszahlungen vor, die getätigt wurden, obwohl gemäss den Spielregeln, Auszahlungstabellen und technischen Vorgaben kein Gewinn vorlag oder sich ein solcher nicht nachweisen liess. Diese Auszahlungen konnten daher "in der Regel nicht vom Bruttospielertrag in Abzug gebracht werden" (Ziff. 3.4.2). Die Weisung behielt aber auch in diesem Fall Ausnahmesituationen vor, was etwa dadurch zum Ausdruck kam, dass die ESBK den Spielbanken bis Ende 2007 die Möglichkeit offenliess, den Beweis zu erbringen, dass ein auf Grund einer anderen Basis als dem EAKS und den anderen Zählern berechneter Spielertrag als massgebend gelten muss (Ziff. 3.3). Entscheidend ist auch in diesem Fall die Einhaltung der aufsichtsrechtlichen Sorgfaltspflichten durch die Veranstalter.
6. 6.1 Vor diesem Hintergrund hat die ESBK hinsichtlich des Checkbetrugs das Gesuch zu Recht abgelehnt, den durch den mutmasslichen Checkbetrüger generierten Bruttospielertrag von Fr. 1'302'375.-- zum Abzug zuzulassen: Anders als andere Spielbanken in der Schweiz war die Beschwerdegegnerin bereit, die von diesem in Aussicht gestellten (garantierten) Bankchecks anzunehmen. Dabei hat sie mit Blick darauf, dass es sich bei ihm um einen mutmasslichen "High Roller" (d.h. einen Spieler, der bereit war, grosse Beträge einzusetzen) handelte, offensichtlich die spielbankenrechtlich gebotene Sorgfalt vermissen lassen. Unbestrittenermassen bestanden zum Zeitpunkt des Vorfalls im Quality-Management-Handbuch keine Weisungen hinsichtlich der Entgegennahme von Checks, da bisher offenbar keine solchen angenommen worden waren und hier - wegen der Grösse der vom Betrüger in Aussicht gestellten Spielsumme - eine Ausnahme gemacht werden sollte, was ein besonders sorgfältiges Vorgehen geboten hätte. Zwar wurden bei einem anderen Casino, wo der Spieler bekannt war, Abklärungen zu seinem bisherigen Spielverhalten gemacht, hingegen unterblieben "weitergehende, alternative und umfassendere Abklärungen bezüglich möglicher Hinweise auf einen gefälschten Bankcheck" (vgl. PriceWaterhouseCoopers, Bericht vom 7. Dezember 2007 an den Verwaltungsrat über den Betrugsfall vom 7. und 8. September 2007, S. 6 und 10 sowie Anhang A). Die internen Abläufe waren ungenügend geregelt, und die Wahrnehmung der aufsichtsrechtlichen Pflichten im Einzelfall erwies sich als unzweckmässig: Die Leiterin Buchhaltung und Wertverarbeitung empfahl die Entgegennahme der Checks, ohne sie selber gesehen oder sichergestellt zu haben, dass sie tatsächlich durch die Ausstellerbank (unwiderruflich) gedeckt waren; nach ihrer eigenen Aussage sei sie sich des Umstands, dass es sich um gefälschte Bankchecks hätte handeln können, "zu wenig bewusst" gewesen.
6.2 Die Entgegennahme der Checks lief unter diesen Umständen im Resultat auf die Einräumung eines Spielkredits hinaus, was nach Art. 27 SBG verboten ist. Bereits ein Blick auf die Checkpapiere hätte genügt, um Zweifel daran aufkommen zu lassen, ob es sich dabei tatsächlich um Bankchecks handeln konnte: Allein das entsprechende Wort war mitten auf dem Check aufgedruckt, ansonsten wurde in keiner Weise auf eine allfällige Garantie oder die Natur als Bankcheck hingewiesen; im Übrigen glichen die Papiere Kundenchecks, wie sie in "Check"-Ländern, wie etwa den USA und Frankreich, praktisch jedem Kontobesitzer ohne Bankgarantie abgegeben werden (vgl. Emch/Renz/ Arpagaus, Das schweizerische Bankgeschäft, 6. Aufl., 2004, N. 2347 ff.). Auf dem Check fanden sich zwei unleserliche Unterschriften, wobei kein Hinweis darauf bestand, wer zu wessen Gunsten den Check ausstellte bzw. garantierte. Bei dieser Ausgangslage waren weitere Abklärungen spielbankenaufsichtsrechtlich unabdingbar. Waren solche nicht (mehr) möglich, musste auf die Einlösung der Checks verzichtet werden, auch wenn der Beschwerdegegnerin (und damit indirekt auch dem Bund) allenfalls ein lukratives Geschäft hätte entgehen können. Es besteht keine Veranlassung, die entsprechenden Spieleinsätze bei der Ermittlung des Bruttospielertrags nicht zu berücksichtigen, nachdem die Beschwerdegegnerin das damit verbundene Risiko unter Verletzung ihrer aufsichtsrechtlichen Sorgfaltspflichten eingegangen ist (vgl. zu den Sorgfaltspflichten im Umgang mit Checks: BGE 121 III 69 E. 3c S. 72; Urteil 6S.928/1999 vom 28. Januar 2000 mit Hinweisen auf die Doktrin). Zwar erfolgte der Erwerb der Spieljetons, die in der Folge den Geldwert verkörperten, rechtlich nicht korrekt (vgl. Art. 1103 Abs. 1 OR) und wurden diese - wie die Checks - vom Täuschenden selber beim Spiel eingesetzt (kein Gutglaubensschutz eines Dritten), doch kann nicht gesagt werden, dass die Spielbank über eine angemessene interne Prozedur verfügt hätte, um ein entsprechendes Ereignis zu verhindern. Nur soweit dies der Fall ist, rechtfertigt es sich, das systeminhärente Risiko bei der Festsetzung der Spielbankenabgabe abgaberechtlich zu berücksichtigen und das entsprechende nicht oder nur beschränkt werthaltige Spielaufkommen nicht abzuschöpfen.
6.3 Da die Betreiberin spielbankenrechtlich elementare Sorgfaltspflichten verletzt hat, ist der Bruttospielertrag zu berechnen, wie wenn das Spiel und der Geldeintausch rechtens erfolgt wären. Damit braucht nicht mehr geprüft zu werden, ob und wann zivilrechtlich der Spielvertrag als zustandegekommen zu gelten hat und ob der Umtausch des Geldes - wovon die Vorinstanz ausgegangen ist - einen wesentlichen Bestandteil des Spielvertrags in einem Casino bildet. Immerhin zwingt das öffentliche Recht Spieler und Bank dazu, bei Tischspielen nicht mit Geld, sondern mit Jetons oder mit Plaques zu spielen (Art. 25 SBG), womit ohne den entsprechenden Eintausch nicht gespielt werden kann und es damit auch zu keinem Spielvertrag kommt. Es erübrigt sich auch, darauf einzugehen, ob und allenfalls wie der Spielvertrag zivilrechtlich rückabzuwickeln wäre (E. 5.3.2 des angefochtenen Entscheids); auch kann dahingestellt bleiben, ob bereits in der Schadenersatz- bzw. in der Bereicherungsforderung gegen den Täuschenden - wie die ESBK einwendet - eine geldwerte Leistung bzw. ein Einsatz im Sinn von Art. 3 Abs. 1 SBG zu sehen ist (vgl. Detlef Koch, Gewinnspiele im Steuerrecht, Hamburg 2006, S. 25 f.). Hiergegen dürfte Art. 27 SBG sprechen, welcher der Spielbank verbietet, Darlehen oder Vorschüsse zu gewähren, und sie damit implizit anhält, andere Zahlungsmittel und -wege anlässlich der Abgabe der Spielmittel (Geldersatz) auf die Werthaltigkeit hin zu prüfen.
6.4 Das Bundesverwaltungsgericht hat im Zusammenhang mit dem Checkbetrug eine Sorgfaltspflichtverletzung der Beschwerdegegnerin verneint. Seine Sichtweise kann diesbezüglich - wie bereits dargelegt - nicht geteilt werden: Richtig ist, dass die Spielbank Checks, die der Aussteller oder die Ausstellerin auf ihren Namen ausgestellt hat, annehmen darf, wenn sie sich der Identität der Person vergewissert und den Vorgang registriert hat (Art. 28 Abs. 2 SBG). Diese Bestimmung ist jedoch in erster Linie geldwäschereirechtlicher Natur ("Know your Client"; BBl 1997 III 145 Ziff. 233 S. 180); sie entbindet die Spielbank nicht davon, hierüber hinaus als spielbankenrechtliche Pflicht die übliche elementare Sorgfalt im Geschäftsverkehr walten zu lassen. Tut sie dies nicht, ist es an ihr, sich zivil- oder strafrechtlich beim Täuschenden schadlos zu halten. Es besteht keine Veranlassung, dem unsorgfältig handelnden Konzessionär die Spielbankenabgabe zu erlassen und ihn damit seinen Konkurrenten gegenüber zu bevorzugen.
7. 7.1 Zu Unrecht hat die ESBK indessen das Gesuch der Beschwerdegegnerin abgewiesen, unter Hinweis auf das Pannenmemorandum Nr. 70, "infolge Spielbetrug durch Manipulation an Geldspielautomaten" einen Abzug von Fr. 15'749.-- zuzulassen: Zwar wird der Bruttospielertrag bei Automatenspielen aus der Differenz zwischen dem "Turnover" (Gesamtbetrag der eingesetzten Spielkredite in allen Spielen) und den "Total wins" (Gesamtbetrag der gewonnen Spielkredite in allen gespielten Spielen) ermittelt; der von der ESBK in diesem Zusammenhang angerufene Art. 32 GSV legt indessen nur fest, welche Daten durch die verschiedenen Zähler zu erfassen sind. Dass die manipulierten Geräte diesen Anforderungen nicht genügt hätten, macht die ESBK nicht geltend. Auch sind keine anderen Verletzungen aufsichtsrechtlicher Sorgfaltspflichten seitens der Beschwerdegegnerin dargetan oder ersichtlich: Nach Art. 24 Abs. 1 lit. d GSV muss ein Glücksspielautomat zwar gegen Beeinflussung von aussen, namentlich gegen elektromagnetische und elektrostatische Störungen, geschützt sein; doch darf sich ein Casinobetreiber diesbezüglich grundsätzlich auf die Konformitätserklärung verlassen, die bestätigt, dass dieser - auch hinsichtlich der Manipulationsgefahr - den spieltechnischen Anforderungen genügt (vgl. Art. 6 SBG und Art. 66 VSBG).
7.2 Auch bei den Geldspielautomaten sind erschlichene, nicht werthaltige - da nicht real bzw. mit einer werthaltigen Gegenleistung erworbene - "Credits" nur zu berücksichtigen, wenn der Betreiber seinen aufsichtsrechtlichen Sorgfaltspflichten nicht nachgekommen ist. Dabei spielt - entgegen den Ausführungen der Vorinstanzen - wiederum keine Rolle, ob die Erschleichung des Credits zivilrechtlich als Teil des Spielvertrags oder als separater Akt im Vorfeld von dessen Abschluss zu gelten hat; entscheidend ist, ob und wieweit der Konzessionär, dessen Spielaufkommen im öffentlichen Interesse weitgehend abgeschöpft wird, Sorgfaltspflichten verletzt hat. Hielt er sich an sämtliche spielbankenrechtlichen Vorgaben, muss sich der Bund als Konzedent das mit dem unmittelbaren Spielbetrieb an Apparaten verbundene Risiko rechtswidrigen Handelns Dritter abgaberechtlich anrechnen lassen und den damit verbundenen Ausfall auf dem Bruttospielertrag insoweit hinnehmen, als der Spielbankenbetreiber seinerseits sämtliche aufsichtsrechtlichen Vorgaben eingehalten hat und den Geldwert der entsprechenden Einsätze nachträglich nicht anderweitig erhältlich machen kann. Andere, rein apparateninhärente Risiken gehen hingegen zu seinen Lasten und führen zu keiner Reduktion des Bruttospielertrags: Gewinnauszahlungen aufgrund einer Fehlfunktion (z.B. fehlerhafte Programmierung, Wartung, Bedienung durch das Personal usw.), sowie Auszahlungen, die erfolgen, obwohl gemäss den Spielregeln, Auszahlungstabellen und den technischen Vorgaben kein Gewinn vorliegt oder sich dieser nicht nachweisen lässt, können nicht vom Bruttospielertrag abgezogen werden.
8. 8.1 Die vorliegende Beschwerde ist somit insoweit gutzuheissen, als sie sich auf den Betrugsfall vom 7./8. September 2007 und den damit verbundenen Antrag bezieht, die dabei generierten Bruttospielerträge (Fr. 1'302'375.--) nicht zu besteuern; diesbezüglich ist das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und die Verfügung der ESBK vom 4. Juli 2008 zu bestätigen. Die Beschwerde ist indessen abzuweisen, soweit die Vorinstanz es abgelehnt hat, die Verfügung der ESBK bezüglich der Manipulation an den Geldspielautomaten im Dezember 2007 (Fr. 15'749.--) zu schützen. Nachdem die Spielbank X._ AG unpräjudiziell die Spielbankenabgabe 2007 in der von der ESBK am 4. Juli 2008 festgelegten Höhe bezahlt hat, ist die Sache zur rechnerischen Bereinigung und definitiven Festsetzung der geschuldeten Abgabe und einer allfälligen Rückzahlung (oder Gutschrift) im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Spielbankenkommission zurückzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht wird über die Kosten seines Verfahrens neu befinden müssen.
8.2 Die Verfahrensbeteiligten haben im Umfang ihres jeweiligen Unterliegens die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 65 Abs. 2 und 3 in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 BGG). Der Eidgenössischen Spielbankenkommission ist keine Parteientschädigung geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG). Sie hat die Beschwerdegegnerin indessen im Rahmen von deren Obsiegen angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 12. Januar 2009 aufgehoben und die Sache zur Neuveranlagung der Spielbankenabgabe 2007 im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Spielbankenkommission zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 10'000.-- werden im Umfang von Fr. 1'000.-- der Beschwerdeführerin und zu Fr. 9'000.-- der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Eidgenössische Spielbankenkommission hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar