Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Il 27 ottobre 2009 la Commissione paritetica del ramo dell'edilizia e del genio civile (in seguito: Commissione paritetica) ha invitato la B._SA a versare, ex art. 54 del Contratto Nazionale Mantello per l'edilizia generale (CNM) e con effetto retroattivo, l'indennità di viaggio a tutti i lavoratori che ne hanno diritto.
2. Con lodo del 17 gennaio 2012 il Collegio arbitrale dell'edilizia e del genio civile, adito dalla B._SA, ha confermato la decisione della Commissione paritetica. Riferendosi alle argomentazioni dell'impresa, ha considerato che la perdita di tempo lavorativo dovuta alla vastità del cantiere non può essere compensata con una violazione delle norme del CNM e che l'accordo di rinunciare all'indennità di viaggio concluso con le maestranze è irrilevante, perché le norme del contratto collettivo di lavoro (CCL) sono imperative.
3. Con ricorso del 15 febbraio 2012 la B._SA chiede al Tribunale federale di annullare la decisione del Collegio arbitrale e di considerare la soluzione da lei adottata conforme al CCL. Ritiene che il lodo violi l'art. 393 lett. e CPC e afferma di avere concesso facilitazioni (messa a disposizione di furgoni e tolleranza sugli orari di lavoro), che devono essere parificate ad una retribuzione e fanno apparire ingiustificata la concessione di un'indennità per il tempo di viaggio. Se dovesse essere applicata la decisione impugnata, che a mente della ricorrente urta il buon senso e il comune senso di giustizia, le facilitazioni concesse verrebbero eliminate con un conseguente peggioramento delle condizioni di lavoro. Sostiene inoltre che l'art. 54 CNM non è stato ideato per cantieri, come quello a cui si riferisce il lodo, che si sviluppano su superfici molto estese, motivo per cui occorre trovare una soluzione equa che tenga conto degli interessi di tutte le parti.
Con scritti 15 febbraio 2012 e 28 marzo 2012 la Commissione paritetica e il Tribunale arbitrale propongono la reiezione del ricorso.
4. 4.1 ll lodo emanato nella giurisdizione arbitrale nazionale può essere impugnato mediante ricorso al Tribunale federale (art. 389 cpv. 1 CPC). La procedura è retta dalla LTF, fatte salve le disposizioni contrarie del primo capitolo del settimo titolo della terza parte del CPC (art. 389 cpv. 2 CPC). Secondo l'art. 77 cpv. 1 LTF, le decisioni arbitrali, sia della giurisdizione arbitrale internazionale alle condizioni di cui agli art. 190-192 LDIP (lett. a) sia nella giurisdizione arbitrale nazionale alle condizioni di cui agli art. 389-395 CPC (lett. b), vanno impugnate al Tribunale federale con un ricorso in materia civile. In entrambi i casi l'art. 77 cpv. 2 LTF dichiara inapplicabili diverse disposizioni di questa legge e in particolare gli articoli da 95 a 98 relativi ai motivi di ricorso e l'art. 105 cpv. 2 che permette - a determinate condizioni - di rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore.
Via di ricorso straordinaria e di natura essenzialmente cassatoria (art. 77 cpv. 2 LTF che esclude l'applicazione dell'art. 107 cpv. 2 LTF per quanto quest'ultimo permette al Tribunale federale di giudicare esso stesso nel merito), il ricorso in materia civile diretto contro una decisione della giurisdizione arbitrale nazionale è unicamente ammissibile per i motivi di ricorso elencati nell'art. 393 CPC. È pertanto escluso prevalersi di una violazione del diritto federale nel senso dell'art. 95 lett. a LTF, ma il ricorrente può far valere che il lodo è arbitrario nel suo esito perché si fonda su una manifesta violazione del diritto o dell'equità (art. 393 lett. e CPC). La nozione di arbitrio dell'art. 393 lett. e CPC corrisponde nell'esito a quella sviluppata dalla giurisprudenza con riferimento all'art. 9 Cost. (DTF 131 I 45 consid. 3.4; sentenza 5A_634/2011 del 16 gennaio 2012 consid. 2.1.1). Una decisione non è pertanto arbitraria per il solo motivo che un'altra soluzione sarebbe sostenibile o addirittura preferibile, ma il giudizio attaccato dev'essere, anche nel suo risultato, manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione effettiva, fondato su una svista manifesta oppure in urto palese con il sentimento di giustizia ed equità (DTF 137 I 1 consid. 2.4 con rinvii).
L'art. 77 cpv. 3 LTF impone al Tribunale federale di esaminare unicamente le censure che sono state sollevate e motivate nel ricorso. Per la motivazione delle censure rimangono applicabili (sentenza 4A_454/2011 del 27 ottobre 2011 consid. 2.1) i severi requisiti sviluppati dalla giurisprudenza in applicazione dell'abrogato art. 90 cpv. 1 lett. b OG (cfr. DTF 128 III 50 consid. 1c).
4.2 Nella fattispecie il ricorso, unicamente fondato sull'art. 393 lett. e CPC, si rivela inammissibile per la sua carente motivazione. Da un lato la ricorrente si limita ad apoditticamente affermare che l'art. 54 CNM non sarebbe stato "pensato" per cantieri estesi come quello su cui opera, senza però indicare un qualsiasi motivo per il quale tale norma non potrebbe essere applicata anche in tali fattispecie. Per il resto, asseverando che con le misure adottate le maestranze risulterebbero avvantaggiate rispetto all'applicazione della contestata norma, la ricorrente si limita ad illustrare quella che lei ritiene essere una soluzione preferibile a quella del lodo arbitrale e misconosce così la nozione di arbitrio posta a fondamento dell'art. 393 lett. e CPC.
5. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), mentre non si giustifica assegnare ripetibili alla Commissione paritetica, che non si è avvalsa del patrocinio di un avvocato e non è così incorsa in spese per la procedura federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e al Collegio arbitrale dell'edilizia e del genio civile.