Erwägungen:
1. Das Bezirksamt Laufenburg führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen mehrfachen Diebstahls und Hausfriedensbruchs. X._ befindet sich seit dem 6. Januar 2009 in Untersuchungshaft, welche mit Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau vom 19. Januar 2009 bis zum Eingang der Anklage beim Gericht verlängert wurde.
Das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts wies mit Verfügungen vom 19. Januar, 28. Januar, 12. März und 30. März 2009 vier Haftentlassungsgesuche von X._ ab. Mit Verfügung vom 8. April 2009 wies es die Haftentlassungsgesuche vom 2. und 6. April 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
2. Mit weiteren Gesuchen vom 3. und 7. April 2009 (beim Obergericht eingegangen am 9. und 14. April 2009) ersuchte X._ erneut um Haftentlassung. Das Präsidium der Beschwerdekammer trat auf diese Gesuche mit Verfügung vom 16. April 2009 nicht ein. Es führte zusammenfassend aus, dass die neuen Gesuchen keine neuen Argumente enthielten, auf welche in den bislang ergangenen zahlreichen Entscheiden nicht bereits eingegangen worden sei.
3. X._ führt mit Eingabe vom 5. Mai 2009 (Postaufgabe 7. Mai 2009) Beschwerde in Strafsachen gegen die Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau vom 16. April 2009. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Ausführungen des Präsidiums der Beschwerdekammer, die zum Nichteintreten auf seine Haftentlassungsgesuche vom 3. und 7. April 2009 führten, nicht auseinander und vermag nicht darzulegen, inwiefern die beanstandete Verfügung Recht verletzen sollte. Da die vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen der angefochtenen Verfügung darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Laufenburg und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli