Faits:
A. Les parties sont liées par trois contrats de bail à loyer, le premier portant sur un studio au 3ème étage de l'immeuble sis à la rue ..., à Lausanne, le deuxième portant sur deux studios situés au 2ème étage du même immeuble et le troisième portant, toujours dans le même immeuble, sur un local commercial (restaurant), un appartement de 2 pièces, un local économat, un local buanderie et une cave en sous-sol. Au cours des années, les loyers mensuels initialement convenus ont fait l'objet de plusieurs notifications de hausse de loyer pour être finalement fixés à 735 fr., avec effet au 1er janvier 1994, pour le studio du 3ème étage, à 872 fr., avec effet au 1er janvier 1994, pour les deux studios du 2ème étage et à 11'476 fr., avec effet au 1er novembre 2008, pour le restaurant et les autres locaux, objets du troisième contrat.
Après s'être plaint une première fois à la fin de l'année 2008, le locataire a, par courrier rédigé le 9 février 2009 par son avocat, formulé auprès de A._ des prétentions en lien avec les installations électriques de l'établissement public, qui devaient être refaites, à l'instar de la ventilation et des issues de secours. Ces dernières étaient insuffisantes pour permettre l'obtention par l'Etablissement cantonal d'assurance de la licence définitive pour l'exploitation du cabaret.
Le 16 février 2009, la bailleresse a adressé trois avis comminatoires distincts au locataire, sans que son mandataire n'en soit informé. La bailleresse a sommé le locataire de payer les loyers des mois de février 2009 pour l'appartement du 3ème étage (735 fr.), pour le restaurant (11'476 fr.) et pour les deux studios du 2ème étage (872 fr.) dans les trente jours, faute de quoi les baux seraient résiliés conformément à l'art. 257d CO. Les sommations ont été notifiées au locataire le 25 février 2009.
Par formules officielles du 30 avril 2009, notifiées le 8 mai 2009, la bailleresse a résilié chacun des trois baux avec effet au 30 juin 2009.
B. Le 20 mai 2009, la Commission de conciliation en matière de baux et loyer de la Préfecture de Lausanne a été saisie par le locataire, qui demandait le paiement immédiat par la bailleresse du montant de 300'000 fr. avec intérêts à 7% dès le 1er mai 2009, une réduction de loyer de 9'732 fr. pour l'établissement public, la libération des loyers consignés en faveur du locataire et l'annulation pure et simple de la résiliation de bail du 30 avril 2009.
Par décision du 5 janvier 2010, la commission de conciliation a constaté l'échec de la conciliation s'agissant de la requête se rapportant aux 300'000 francs. Elle a pour le surplus décidé que les loyers étaient valablement consignés, que la bailleresse devait procéder à la remise en état des installations défectueuses d'ici au 31 mai 2010 et que les loyers consignés étaient immédiatement libérés, à raison de 50'000 fr. en faveur du locataire et du solde en faveur de la bailleresse.
Le 29 janvier 2010, le locataire a saisi le Tribunal des baux du canton de Vaud d'une requête en annulation de la résiliation de bail à lui signifiée, lequel tribunal a, par l'intermédiaire de sa Présidente, transmis le dossier au Juge de paix des districts de Lausanne et de l'Ouest lausannois, saisi par la bailleresse d'une requête d'expulsion du locataire.
Par ordonnance du 17 mars 2010, le juge de paix a considéré que les résiliations des baux litigieux constituaient des congés de représailles au sens de l'art. 271a al. 1 let. a CO et a annulé les congés, qualifiés d'abusifs, en application de l'art. 271 CO.
Statuant le 20 juillet 2010 sur appel de la bailleresse, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a confirmé le jugement de première instance. L'autorité cantonale a adhéré aux considérations - jugées convaincantes - émises par le premier juge. Les magistrats vaudois ont relevé que le jugement entrepris se réfère à bon droit à la jurisprudence selon laquelle le congé donné au locataire pour demeure peut être annulé pour le motif qu'il constitue un congé de représailles.
C. La bailleresse (recourante) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle demande que l'état de fait soit complété afin de permettre l'examen des conditions de la demeure du locataire au sens de l'art. 257d CO "en rapport avec l'art. 271 al. 1 CO", et dénonce une violation du droit fédéral. De son point de vue, l'autorité cantonale a, à tort, considéré que les congés litigieux étaient de pures représailles suite aux revendications du locataire et qu'ils étaient ainsi annulables au sens de l'art. 271a al. 1 let. a CO. La bailleresse conclut à l'admission du recours et à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que les notifications de résiliation de baux du 30 avril 2009 ne sont pas annulables et que, par conséquent, elles prennent effet au 30 juin 2009, sans qu'aucune prolongation de bail ne soit accordée, l'intimée devant irrémédiablement quitter les lieux dans un délai que justice dira. A titre subsidiaire, la bailleresse demande que la cause soit renvoyée devant l'autorité cantonale pour nouvelle décision quant à la date de l'expulsion du locataire.
Le locataire (intimé) sollicite le rejet du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en validation du congé (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire de bail à loyer dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF; pour la détermination de la valeur litigieuse, cf. arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000, in SJ 2001 I p. 17, consid. 1a; ATF 119 II 147 consid. 1 p. 149; 111 II 384 consid. 1 p. 385 s.), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF en liaison avec l'art. 46 al. 1 let. b LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 136 I 184 consid. 1.2 p. 187; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287 et 6.2 p. 288). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Lorsque l'une des hypothèses prévues par l'art. 105 al. 2 LTF est réalisée, le Tribunal fédéral peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente (arrêt 4A_280/2009 du 31 juillet 2009 consid. 1.4). La rectification ou le complètement (d'office ou sur requête) n'intervient que si le fait peut être déduit sans aucun doute possible des pièces du dossier (BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, no 63 ad art. 105 LTF). Le Tribunal fédéral, qui est un juge du droit, et non du fait, n'a pas à apprécier, pour la première fois, les preuves réunies. Si tel est le cas, voire encore s'il apparaît qu'il faut compléter l'administration des preuves, la décision attaquée doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle complète l'état de fait et prononce un nouveau jugement (ATF 133 IV 293 consid. 3.4.2 p. 296; BERNARD CORBOZ, ibidem).
2. L'art. 271a al. 1 let. a CO prévoit que le congé est annulable lorsque le bailleur le donne parce que le locataire fait valoir de bonne foi des prétentions découlant du bail.
En principe, le congé donné en cas de demeure du locataire en application de la procédure prévue à l'art. 257d CO peut être annulé au motif qu'il constitue un congé de représailles au sens de l'art. 271a al. 1 let. a CO.
Le Tribunal fédéral a toutefois eu l'occasion de préciser qu'il n'y a rien d'abusif à ce que le bailleur résilie le bail d'un locataire qui ne paie plus son loyer en application de l'art. 257d CO même s'il est en litige avec ce dernier - que le litige ait ou non été porté devant l'autorité de conciliation ou judiciaire (arrêt 4C.59/2007 du 25 avril 2007 consid. 3.5) - et désire pour ce motif également mettre fin au contrat de bail (arrêts 4A_493/2007 du 4 février 2008 consid. 4.1, 4C.59/2007 du 25 avril 2007 consid. 3.5, 4C.35/2004 du 27 avril 2004, in SJ 2004 I 424, consid. 3.2.2). Ce n'est donc que dans des circonstances tout à fait exceptionnelles que l'on peut concevoir qu'un congé donné conformément à l'art. 257d CO puisse être annulable en vertu de l'art. 271a al. 1 let. a CO (arrêts 4A_493/2007 et 4C.59/2007, ibidem).
De telles circonstances ne sont pas établies dans le cas d'espèce. Il ressort des constatations de fait que les baux ont été résiliés pour cause de demeure du locataire alors que celui-ci avait précédemment formulé des prétentions liées aux défauts de la chose louée. Or, dans ce cas de figure, la protection du locataire en demeure n'est pas assurée, puisque la loi lui donne la possibilité de consigner les loyers auprès d'un office désigné par le canton et d'éviter de cette façon de tomber en demeure (art. 259g CO) (arrêt 4C.59/2007 du 25 avril 2007 consid. 3.6). Il n'y a donc pas lieu d'annuler les congés litigieux au motif que ces derniers constitueraient des congés de représailles. On notera d'ailleurs que les défauts invoqués ne concernent qu'un seul des objets remis à bail, à savoir le local commercial faisant office de restaurant.
L'arrêt cantonal ne contient aucune constatation de fait relative aux arriérés de loyers, au paiement ou à la consignation de ces derniers, voire encore à une éventuelle déclaration de compensation, ces questions ayant été laissées ouvertes par les instances précédentes. Cela étant, la Cour de céans n'est pas à même de dire si les conditions d'application de l'art. 257d CO sont en l'état bien réalisées, voire encore de se prononcer sur une éventuelle contravention aux règles de la bonne foi au sens de l'art. 271 CO, étant rappelé que tel peut être notamment le cas si le montant impayé est insignifiant, si l'arriéré a été réglé très peu de temps après l'expiration du délai comminatoire, alors que le locataire s'était jusqu'ici toujours acquitté à temps du loyer, ou si le bailleur résilie le contrat longtemps après l'expiration de ce délai (cf. ATF 120 II 31 consid. 4b p. 33; arrêt 4C.430/2004 du 8 février 2005, in SJ 2005 I p. 310, consid. 3.1; arrêt 4C.35/2004 du 27 avril 2004, in SJ 2004 I p. 424, consid. 3.1; arrêt 4C.65/2003 du 23 septembre 2003 consid. 4.2.1).
Il incombera ainsi à la juridiction cantonale d'examiner ces questions, en constatant les faits déterminants; elle devra se prononcer, le cas échéant, sur l'argument de la reconduction tacite du bail, qui a également été laissé en suspens, et ordonnera, suivant le résultat auquel elle parvient, l'expulsion du locataire.
En conclusion, le recours est admis, l'arrêt entrepris est annulé et la cause est renvoyée devant la Chambre des recours pour nouvelle décision.
3. L'intimé, qui succombe, doit acquitter les frais judiciaires et les dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt de la Chambre des recours est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, fixés à 6'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera à la recourante une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 29 octobre 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin