Fatti:
A. Nel 2002, in seguito a una querela sporta da B._, nei confronti dell'avv. A._ è stato aperto un procedimento penale per ipotesi di violazione di domicilio (art. 186 CP). Per quanto qui interessa, l'11 febbraio 2009 il Procuratore pubblico (PP) ha poi emanato un decreto di accusa proponendone la condanna a quindici aliquote giornaliere da fr. 2'160.-- ciascuna, sospese condizionalmente per un periodo di prova di due anni, e al pagamento di una multa.
B. In seguito all'opposizione dell'interessato, il 23 febbraio 2009 l'incarto è stato trasmesso alla Pretura penale. Il Presidente della stessa (in seguito: Presidente) aveva fissato il dibattimento per il 22 settembre 2009. Il giorno precedente, un nuovo, terzo patrocinatore dell'accusato aveva comunicato d'averne assunto il mandato unitamente alla collega di studio, sorella del Presidente: quest'ultima, contattata telefonicamente dal fratello, il 22 settembre 2009 aveva annunciato per fax un'eventuale revoca del mandato. Preso atto di queste comunicazioni, il Presidente, prima di aprire il dibattimento, ne ha annunciato la posticipazione alle ore 14.00 del pomeriggio, precisando che il processo sarebbe stato presieduto dal pretore C._. Il difensore ne ha chiesto il rinvio, ricusando il Presidente. Il 22 settembre 2009 il nuovo pretore, procedendo in via contumaciale, ha ritenuto l'accusato colpevole di violazione di domicilio.
C. Il 28 settembre 2009 il condannato ha presentato alla CRP un ricorso e un'istanza di ricusa nei confronti del Presidente, perché questi, invece di escludersi, aveva rinviato il dibattimento, provveduto a farsi sostituire da un altro pretore e citato le parti per il pomeriggio. Il 26 agosto 2010 la CRP ha considerato l'istanza di ricusa irricevibile, poiché tardiva. Con sentenza 1B_333/2010 del 14 ottobre 2011 il Tribunale federale, ritenuta tempestiva la domanda di ricusa, ha accolto il ricorso, ha annullato la decisione della CRP e le ha rinviato la causa per nuovo giudizio. Mediante decisione del 10 aprile 2012 la CRP ha poi respinto l'istanza di ricusa e il ricorso.
D. Nel frattempo, il 14 ottobre 2009, ha avuto luogo il dibattimento per lo spurgo della contumacia, conclusosi con la condanna dell'accusato. Con giudizio del 26 aprile 2011 la Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino (CARP) ha respinto il ricorso proposto da A._ contro il giudizio contumaciale del 22 settembre 2009; ha invece accolto quello contro la sentenza del 14 ottobre 2009 di revoca della sentenza contumaciale, prosciogliendolo poiché B._, non essendo titolare del diritto di domicilio sull'abitazione, non era legittimato a sporgere querela.
E. Avverso la decisione della CARP, che ha respinto l'istanza di ricusa richiamando gli argomenti addotti precedentemente dalla CRP, il PP (causa 6B_411/2011), A._ (causa 6B_419/2011) e B._ (causa 6B_420/2011) presentano tre distinti ricorsi in materia penale al Tribunale federale. Il PP e B._ chiedono di annullarla nel senso di confermare il giudizio contumaciale di condanna, A._ nel senso di annullarlo.
Le parti, invitate a esprimersi sulla sentenza 1B_333/2010 del Tribunale federale, hanno dichiarato di mantenere i ricorsi, rispettivamente di sospenderne l'evasione fino all'emanazione della nuova decisione della CRP.
F. In seguito, A._ ha impugnato il giudizio del 10 aprile 2012 della CRP con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Con sentenza 1B_285/2012 del 20 dicembre 2012 il Tribunale federale, accolta la domanda di ricusa del Presidente della Pretura penale, ha accertato che il rinvio del dibattimento, la designazione del giudice sostituto e gli atti compiuti successivamente sono nulli.
Il 17 gennaio 2013 il Tribunale federale ha invitato le parti a pronunciarsi sulla portata della sentenza 1B_285/2012. Il PP e B._ mantengono i ricorsi, A._ chiede la reiezione dei gravami degli opponenti.
Diritto:
1. 1.1 I ricorsi, concernenti le medesime parti, sono diretti contro un'unica decisione, pronunciata nell'ambito della stessa procedura. Si giustifica quindi, anche per motivi di economia procedurale, di trattare congiuntamente i ricorsi e di statuire sugli stessi con un unico giudizio (art. 71 LTF in relazione con l'art. 24 cpv. 2 PC; DTF 128 V 128 consid. 1).
1.2 La tempestività (art. 100 cpv. 1 LTF) dei gravami e la legittimazione dei ricorrenti (art. 81 LTF) a impugnare una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF) sono pacifiche.
2. 2.1 Nella criticata decisione, la CARP ricorda che contro la sentenza della CRP del 26 agosto 2010 il ricorrente era insorto al Tribunale federale, che aveva sospeso la propria procedura in attesa del suo giudizio. Essa si è poi pronunciata dapprima sulla sentenza contumaciale del 22 settembre 2009 emanata dal Pretore C._. Al riguardo, ha respinto le censure inerenti alla mancata esclusione del Presidente sollevate dall'accusato, riprendendo le argomentazioni svolte dalla CRP nella sentenza del 26 agosto 2010 da essa condivise e fatte proprie. Anche in merito alla contestata designazione del nuovo giudice da parte del Presidente, la CARP ha richiamato quanto deciso dalla CRP e quindi respinto il ricorso in quanto diretto contro la sentenza contumaciale.
2.2 Come si è visto, con la sentenza 1B_333/2010 del 14 ottobre 2011, la decisione 26 agosto 2010 della CRP posta a fondamento dell'impugnato giudizio della CARP era stata annullata, poiché la CRP aveva ritenuto a torto tardiva la domanda di ricusa, esaminando nondimeno in parte il quesito dell'esclusione del Presidente.
Con sentenza 1B_285/2012 del 20 dicembre 2012, alla quale per brevità si rinvia, il Tribunale federale ha poi esaminato la nuova decisione della CRP, fondata in sostanza sulle medesime precedenti argomentazioni. Esso ha ritenuto che il Presidente, accertato che l'accusato era patrocinato da sua sorella, era tenuto a escludersi, ad astenersi dal compiere qualsiasi atto giudiziario e, conformemente alla normativa cantonale vigente all'epoca, a notificare tale fatto alla CRP, che avrebbe provveduto a sostituirlo: l'asserito imminente intervento della prescrizione nemmeno impediva di posticipare di alcuni giorni il dibattimento (consid. 3). In accoglimento della domanda di ricusa ha quindi stabilito che gli atti da lui compiuti, in particolare il rinvio del dibattimento e la designazione da parte sua del nuovo giudice, come tutti quelli successivi, erano nulli (consid. 3-5).
2.3 La CARP ha pertanto respinto a torto la conclusione del ricorrente A._ di dichiarare nullo il giudizio contumaciale. Come stabilito in maniera definitiva dal Tribunale federale, sia gli atti compiuti dal Presidente ricusato sia il dibattimento contumaciale del 22 settembre 2009, indetto da un Presidente ricusato e presieduto da un giudice designato in maniera irrita, sia il relativo giudizio, emanato lo stesso giorno, sono nulli.
3. 3.1 Come rilevato nella sentenza della CARP, la richiesta di rifacimento del processo per lo spurgo della contumacia presentata da A._ era subordinata all'esito della domanda di ricusa inoltrata alla CRP: egli aveva inoltre chiesto più volte di fissare il nuovo dibattimento soltanto dopo l'evasione della stessa. Senza attendere l'esito della procedura di ricusazione, la Pretura penale ha tuttavia confermato la condanna con giudizio del 14 ottobre 2009. Con la sentenza impugnata, in accoglimento del ricorso dell'accusato, la CARP ha annullato quest'ultima decisione, prosciogliendolo dall'imputazione di violazione di domicilio. In tale ambito, ha rilevato che le argomentazioni del ricorrente sulla nullità della sentenza contumaciale erano irricevibili, rinviando alle motivazioni, poi sconfessate dal Tribunale federale, addotte dalla CRP, come pure la censura secondo cui la nullità di quella decisione comporterebbe anche quella della sentenza di condanna del 14 ottobre 2009, limitandosi al proposito a qualificarla di "ardita".
3.2 Al riguardo il ricorrente fa valere, a ragione, una violazione del diritto di essere sentito e delle esigenze di motivazione della decisione impugnata (art. 29 cpv. 2 Cost.; DTF 138 IV 81 consid. 2.2; 138 I 232 consid. 5.1; 136 I 229 consid. 5.2).
Mal si comprende invero la criticata conclusione della CARP. La decisione del 14 ottobre 2009 è infatti la conseguenza diretta del giudizio contumaciale, poi rivelatosi nullo, in seguito al quale il ricorrente, sulla base del previgente art. 277 cpv. 3 CPP/TI, aveva presentato al giudice un'istanza per un nuovo giudizio. Tenuto conto che la sentenza contumaciale era nulla e quindi come inesistente, di per sé nemmeno occorreva formulare una tale istanza. Come si vedrà, la questione non dev'essere comunque esaminata oltre.
3.3 In tale ambito, nell'ipotesi in cui la sentenza contumaciale fosse nulla, si poneva infatti il quesito della prescrizione dell'azione penale, questione esaminabile d'ufficio (DTF 129 IV 49 consid. 5.4; sentenze 6B_771/2011 dell'11 dicembre 2012 consid. 1, destinata a pubblicazione, 6B_277/2012 del 14 agosto 2012 consid. 2.3-2.5 con numerosi riferimenti anche alla dottrina).
3.3.1 In concreto, ritenuto che il giudizio contumaciale del 22 settembre 2009 è nullo, la sentenza di prima istanza è quella del 14 ottobre 2009. Ora, l'azione penale prevista per il prospettato reato (violazione di domicilio) è di sette anni (art. 186 in relazione con l'art. 97 cpv. 1 lett. c CP).
Nell'impugnata decisione della CARP si precisa che nel decreto d'accusa il PP ha riconosciuto A._ autore colpevole di violazione di domicilio, per essersi indebitamente introdotto "in data 4 ottobre 2002" nella casa di sua proprietà, lecitamente occupata da B._, contro la volontà dell'avente diritto. Già nel contesto delle precedenti decisioni della CRP, le parti non avevano mai contestato questo accertamento dei fatti, da loro peraltro espressamente ripreso nei ricorsi in esame e in quelli precedenti: esso è quindi vincolante per il Tribunale federale (art. 97 cpv. 1 in relazione con l'art. 105 cpv. 1 e 2 LTF; DTF 136 I 184 consid. 1.2). Per di più, in sede di istruzione dei gravami, ai ricorrenti è stata concessa la facoltà di esprimersi sulla portata della sentenza 1B_285/2012, che menzionava il quesito della prescrizione (consid. 3.4-3.4.2). Al riguardo il PP e B._ hanno semplicemente rilevato di mantenere i loro gravami, mentre A._ ha osservato che la citata sentenza implicava l'accoglimento del proprio ricorso.
3.3.2 Accertato che i fatti rimproverati al ricorrente hanno avuto luogo il 4 ottobre 2002, è questo il termine di decorrenza della prescrizione, che prende avvio il giorno in cui l'autore ha perpetrato la sua attività illecita (DTF 134 IV 297 consid. 4.1 e 4.2): l'azione penale si era quindi prescritta prima dell'adozione della decisione del 14 ottobre 2009.
4. Come visto, l'intervento della prescrizione dev'essere esaminato d'ufficio, per cui nella fattispecie va accertato che l'azione penale nei confronti del ricorrente A._ per il fatto indicato nel decreto d'accusa dell'11 febbraio 2009, ossia d'essersi introdotto indebitamente, in data 4 ottobre 2002, nella casa di sua proprietà occupata da B._, è prescritta. In siffatte circostanze, è superfluo esaminare se anche la decisione del 14 ottobre 2009, emanata da un giudice designato in maniera irrita, sia nulla e se la decisione della CARP che la annulla sia corretta.
5. 5.1 Dalle suesposte considerazioni discende che il ricorso di A._ dev'essere accolto, quelli degli opponenti respinti e la decisione della CARP annullata.
5.2 Le spese giudiziarie sono poste a carico di B._, soccombente (art. 66 cpv. 1), che rifonderà ad A._ un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1). Al Ministero pubblico non possono essere accollate spese giudiziarie (art. 66 cpv. 4 LTF). La CARP si pronuncerà sulle spese e ripetibili della sede cantonale (art. 68 cpv. 5 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Le cause 6B_411/2011, 6B_419/2011 e 6B_420/2011 sono congiunte.
2. Il ricorso di A._ (causa 6B_419/2011) è accolto e la decisione emanata dalla Corte di appello e di revisione penale il 26 aprile 2011 è annullata. I ricorsi del Ministero pubblico (causa 6B_411/2011) e di B._ (causa 6B_420/2011) sono respinti.
3. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico di B._, che rifonderà ad A._ fr. 3'000.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, alla Pretura penale, alla Corte di appello e di revisione penale e, per conoscenza, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.