Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerdegegnerin hat ihren Sitz in der Schweiz. Sie produziert und handelt mit pharmazeutischen Spezialitäten. Sie ist die grösste Herstellerin von Generika in der Schweiz.
Die Beschwerdeführerin ist in Dänemark ansässig. Sie ist auf die Erforschung, Herstellung und Vermarktung von Medikamenten gegen Erkrankungen des Zentralnervensystems spezialisiert. Sie war Inhaberin des Patents CH 626 886 für das Antidepressivum Citalopram. Am 30. April 1996 wurde ihr dafür ein ergänzendes Schutzzertifikat erteilt, das am 12. Januar 2002 ablief.
1.1 Die Beschwerdeführerin meldete am 22. Februar 2001 das Patent CH 691 537 an, welches Citalopram in einer bestimmten Reinheit (d.h. mehr als 99,8% bzw. mehr als 99,9%) zum Gegenstand hat. Die Beschwerdegegnerin beabsichtigt nach ihrer Darstellung, ein Citalopram-Präparat auf den Markt zu bringen.
1.2 Am 12. Juni 2003 befasste die Beschwerdegegnerin das Handelsgericht des Kantons Zürich mit dem Rechtsbegehren, es sei das Schweizer Patent Nr. 691 537 nichtig zu erklären und es sei das Institut für geistiges Eigentum anzuweisen, die Löschung des erwähnten Patentes im Register vorzunehmen. Die Beschwerdeführerin erhob Widerklage mit dem Begehren, es sei der Beschwerdegegnerin zu verbieten, pharmazeutische Produkte herzustellen, zu verkaufen, abzugeben oder zu bewerben, die Hydrobromidsalz von Citalopram mit einer Reinheit von mehr als 99,8% bzw. 99,9% enthalten.
1.3 Mit Urteil vom 18. Oktober 2005 stellte das Handelsgericht des Kantons Zürich in Gutheissung der Hauptklage fest, dass das Schweizer Patent Nr. 691 537 nichtig ist. Die Widerklage wurde abgewiesen.
1.4 Die Beschwerdeführerin hat gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 18. Oktober 2005 sowohl Berufung wie staatsrechtliche Beschwerde eingereicht. In der staatsrechtlichen Beschwerde beantragt sie die Aufhebung des angefochtenen Urteils. Sie rügt als Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV, das Handelsgericht habe ihr durch die willkürliche Annahme das rechtliche Gehör verweigert, der im Erteilungsverfahren vor dem Europäischen Patentamt T 0990/96 ergangene Entscheid sei massgebend. Weiter rügt sie, das Handelsgericht habe willkürlich die Tatsache negiert, dass mit einem höheren Reinheitsgrad ein geringeres Risiko von Nebenwirkungen verbunden sei, es habe Art. 9 BV verletzt, indem es wider Treu und Glauben uneingeschränkt fremdrichterliche Meinungen übernommen habe, und es habe Art. 4 und 7 BV verletzt, indem es entgegen § 130 GVG ZH ohne hinreichend detaillierte Übersetzung auf einen englischsprachigen Entscheid abgestellt habe. Schliesslich habe es gegen die Wissenschaftsfreiheit (Art. 20 BV) und die Eigentumsgarantie (Art. 26 BV) verstossen, indem es von ihr die Behauptung bzw. den Beweis verlangt habe, dass frühere Versuche zur Erzielung des beanspruchten Reinheitsgrades fehlgeschlagen seien.
1.5 Die Beschwerdegegnerin beantragt in der Antwort, die Beschwerde sei abzuweisen.
1.5 Die Beschwerdegegnerin beantragt in der Antwort, die Beschwerde sei abzuweisen.
2. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006, 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem OG (Art. 132 Abs. 1 BGG).
2. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006, 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem OG (Art. 132 Abs. 1 BGG).
3. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit voller Kognition die Zulässigkeit der ihm unterbreiteten Rechtsmittel (BGE 132 III 291 E. 1 S. 292; 131 I 153 E. 1 S. 156; 131 II 571 E. 1 S. 573).
3.1 Die staatsrechtliche Beschwerde ist nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (Art. 86 OG). Nach konstanter Praxis ist jeder kantonale Rechtsweg zu beschreiten, der dem Beschwerdeführer Anspruch auf einen Entscheid gibt und geeignet ist, den behaupteten rechtlichen Nachteil zu beheben (BGE 126 III 485 E. 1a S. 486 f.; 120 Ia 61 E. 1a S. 62; 94 I 459 E. 2 S. 461, je mit Verweisen).
3.2 Gemäss § 281 ff. ZPO ZH kann gegen Entscheide des Handelsgerichts Nichtigkeitsbeschwerde erhoben werden. Die Beschwerdeführerin hat dieses Rechtsmittel denn auch ergriffen. Mit Nichtigkeitsbeschwerde kann gemäss § 281 ZPO ZH geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid beruhe zum Nachteil des Nichtigkeitsklägers (1.) auf der Verletzung eines wesentlichen Verfahrensgrundsatzes, (2.) auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme oder (3.) auf einer Verletzung klaren materiellen Rechts.
3.3 Als Verletzung wesentlicher Verfahrensgrundsätze nach § 281 Ziffer 1 ZPO ZH hätte die Beschwerdeführerin im kantonalen Nichtigkeitsverfahren die Rügen vorbringen können, die sie im vorliegenden Beschwerdeverfahren als Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV, als willkürliche Auslegung der Verfahrensvorschrift von § 130 GVG ZH sowie als Verstoss gegen Treu und Glauben im Sinne von Art. 9 BV geltend macht. Die behauptete willkürliche tatsächliche Annahme bezüglich der Wirkungen des Reinheitsgrades hätte die Beschwerdeführerin sodann gestützt auf § 281 Ziffer 2 ZPO ZH mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht vortragen können. Auf diese Rügen ist mangels Erschöpfung des kantonalen Instanzenzugs nicht einzutreten.
3.3 Als Verletzung wesentlicher Verfahrensgrundsätze nach § 281 Ziffer 1 ZPO ZH hätte die Beschwerdeführerin im kantonalen Nichtigkeitsverfahren die Rügen vorbringen können, die sie im vorliegenden Beschwerdeverfahren als Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV, als willkürliche Auslegung der Verfahrensvorschrift von § 130 GVG ZH sowie als Verstoss gegen Treu und Glauben im Sinne von Art. 9 BV geltend macht. Die behauptete willkürliche tatsächliche Annahme bezüglich der Wirkungen des Reinheitsgrades hätte die Beschwerdeführerin sodann gestützt auf § 281 Ziffer 2 ZPO ZH mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht vortragen können. Auf diese Rügen ist mangels Erschöpfung des kantonalen Instanzenzugs nicht einzutreten.
4. Im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde wendet das Bundesgericht auch bei freier Kognition das Recht nicht umfassend von Amtes wegen an, sondern beschränkt sich auf die Prüfung der rechtsgenüglich erhobenen und begründeten Rügen (BGE 129 I 113 E. 2.1 S. 120, 185 E. 1.6 S. 189; 128 I 354 E. 6c S. 357; 127 I 38 E. 3c S. 43). Der Beschwerde ist nicht zu entnehmen, inwiefern die Wissenschaftsfreiheit gemäss Art. 20 BV und die Eigentumsgarantie gemäss Art. 26 BV für den Fall verletzt sein könnten, dass die Voraussetzungen des Patentschutzes nicht vorliegen, wie das Handelsgericht im angefochtenen Entscheid in Anwendung von Bundesrecht geschlossen hat. Auf diese Rügen ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten, zumal die Verletzung von Bundesrecht in der vorliegenden berufungsfähigen Streitsache mit Berufung gerügt werden kann (Art. 84 Abs. 2 OG).
4. Im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde wendet das Bundesgericht auch bei freier Kognition das Recht nicht umfassend von Amtes wegen an, sondern beschränkt sich auf die Prüfung der rechtsgenüglich erhobenen und begründeten Rügen (BGE 129 I 113 E. 2.1 S. 120, 185 E. 1.6 S. 189; 128 I 354 E. 6c S. 357; 127 I 38 E. 3c S. 43). Der Beschwerde ist nicht zu entnehmen, inwiefern die Wissenschaftsfreiheit gemäss Art. 20 BV und die Eigentumsgarantie gemäss Art. 26 BV für den Fall verletzt sein könnten, dass die Voraussetzungen des Patentschutzes nicht vorliegen, wie das Handelsgericht im angefochtenen Entscheid in Anwendung von Bundesrecht geschlossen hat. Auf diese Rügen ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten, zumal die Verletzung von Bundesrecht in der vorliegenden berufungsfähigen Streitsache mit Berufung gerügt werden kann (Art. 84 Abs. 2 OG).
5. Die staatsrechtliche Beschwerde ist nicht zulässig. Auf das Rechtsmittel ist nicht einzutreten. Die Gerichtsgebühr ist bei diesem Ausgang des Verfahrens der Beschwerdeführerin zu auferlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Diese hat der durch einen Anwalt vertretenen Beschwerdegegnerin, die sich hat vernehmen lassen, die Parteikosten zu ersetzen (Art. 159 Abs. 2 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten
1. Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Februar 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: