Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Brugg verurteilte X._ am 22. Februar 2011 wegen gewerbsmässigen Diebstahls (Art. 139 Ziff. 2 StGB), Sachbeschädigung (Art. 144 Abs. 1 StGB) und mehrfachen Hausfriedensbruchs (Art. 186 StGB) zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten und einer Busse von Fr. 5'000.-- (Dispositiv-Ziff. 2 und 3). Es verfügte die Einziehung von zahlreichen Schmuckstücken und Uhren (Dispositiv-Ziff. 4). Die Zivilforderungen verwies es auf den Zivilweg (Dispositiv-Ziff. 5).
B. Das Obergericht des Kantons Aargau hiess die Berufung von X._ gegen dieses Urteil am 24. Juli 2012 teilweise gut. Es hob Dispositiv-Ziff. 4 betreffend die Einziehung auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Im Übrigen wies es die Berufung ab.
Das Obergericht hält folgenden Sachverhalt für erwiesen:
X._ arbeitete von März 1999 bis Januar 2005 im Bezirksspital A._. Ab Februar 2005 war sie im Bezirksspital B._ tätig. In der Zeit von Dezember 2001 bis November 2005 behändigte sie am Wohnort von 34 Patienten des Bezirksspitals A._ bzw. B._ Schmuck und Bargeld, in wenigen Einzelfällen auch andere Gegenstände. X._ betrat die Wohnung in beinahe allen Fällen mit einem Wohnungsschlüssel, den sie unbemerkt aus den Patientenzimmern entwendet hatte. Zudem bestahl sie einmal einen Patienten während des Transports mit der Ambulanz in das Bezirksspital A._.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil vom 24. Juli 2012 aufzuheben und die Sache zur Beweisergänzung sowie zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei sie vollumfänglich freizusprechen. Sie ersucht um Entschädigung für den entgangenen Verdienst, die erstandene Untersuchungshaft und die anwaltlichen Aufwendungen sowie um Neuverlegung der Verfahrenskosten.
D. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Rückweisung durch die Vorinstanz betraf die Einziehung. Die noch offene Einziehungsfrage hat keinen Einfluss auf den Schuld- und Strafpunkt. Insofern handelt es sich beim angefochtenen Urteil um einen selbstständig anfechtbaren Teilentscheid im Sinne von Art. 91 lit. a BGG (Urteile 6B_211/2012 vom 7. September 2012 E. 1; 6B_169/2012 vom 25. Juni 2012 E. 1). Auf die Beschwerde ist einzutreten, soweit sie den Schuld- und Strafpunkt betrifft.
2. Die Beschwerde ist zu begründen (Art. 42 Abs. 1 und 2; Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Begründung hat in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen (BGE 138 IV 47 E. 2.8.1; 133 II 396 E. 3.1; je mit Hinweisen). Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit die Beschwerdeführerin ausschliesslich auf frühere Eingaben bzw. Plädoyernotizen verweist.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, aus der Anklageschrift gehe nicht rechtsgenügend hervor, was ihr vorgeworfen werde.
3.2 Am 1. Januar 2011 trat die Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (StPO; SR 312.0) in Kraft. Das Urteil des Bezirksgerichts Brugg erging am 22. Februar 2011. Das vorliegende Verfahren richtet sich damit nach neuem Recht (vgl. Art. 448 Abs. 1 und Art. 454 Abs. 1 StPO; BGE 137 IV 219 E. 1.1 mit Hinweisen). Gemäss Art. 9 StPO kann eine Straftat nur gerichtlich beurteilt werden, wenn die Staatsanwaltschaft gegen eine bestimmte Person wegen eines genau umschriebenen Sachverhalts beim zuständigen Gericht Anklage erhoben hat. Nach Art. 325 Abs. 1 lit. f StPO bezeichnet die Anklageschrift möglichst kurz, aber genau, die der beschuldigten Person vorgeworfenen Taten mit Beschreibung von Ort, Datum, Zeit, Art und Folgen der Tatausführung. Damit die Anklageschrift ihre doppelte Funktion der Umgrenzung und Information wahrnehmen kann, muss sie hinreichend präzise formuliert sein (vgl. BGE 133 IV 235 E. 6.2 und 6.3 mit Hinweisen).
3.3 Die Rüge ist unbegründet. Die Anklageschrift vom 5. März 2008 und die Zusatzanklage vom 17. Juli 2009 genügen den gesetzlichen Anforderungen. Ort und Zeitpunkt der Diebstähle, der jeweilige Deliktsbetrag sowie das Vorgehen der Beschwerdeführerin werden darin ausreichend präzise dargelegt.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Antrag auf Zeugeneinvernahme ihres Lebenspartners C._ sei zu Unrecht abgewiesen worden (Beschwerde Ziff. 62). Auch der beantragten Gegenüberstellung der Zeugin D._ mit der Geschädigten E._ habe die Vorinstanz keine Folge geleistet (Beschwerde Ziff. 39).
4.2 Die Vorinstanz wies die Beweisanträge der Beschwerdeführerin mit Verfügung vom 21. März 2012 ab. Zur Begründung führte sie an, C._ und D._ seien in Anwesenheit des Verteidigers der Beschwerdeführerin befragt worden. Ihre Aussagen seien aktenkundig. Ein Grund für die Wiederholung der Einvernahmen sei nicht ersichtlich. Die Beschwerdeführerin setzt sich damit nicht auseinander. Mangels Begründung ist auf die Rüge nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 1 und 2; Art. 106 Abs. 2 BGG).
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin wendet ein, die Geschädigten (mit Ausnahme der Zivilkläger) und F._ seien nie als Zeugen einvernommen worden. Sie habe zudem keine Gelegenheit gehabt, bei den Befragungen als Auskunftspersonen anwesend zu sein. Die unter Missachtung von Art. 29 BV sowie Art. 3 und 107 StPO erhobenen Beweise dürften gemäss Art. 147 Abs. 4 StPO nicht zu ihren Lasten verwendet werden (Beschwerde Ziff. 42, 44 und 53 ff.). Ihre ehemaligen Mitarbeiter, die mit ihr vom Bezirksspital A._ nach B._ gewechselt hätten, seien nie befragt worden (Beschwerde Ziff. 19).
5.2 Wohl gelangt auf das vorliegende Verfahren grundsätzlich die StPO zur Anwendung (oben E. 3.2). Die erstinstanzliche Hauptverhandlung (Art. 450 StPO) und das Ermittlungsverfahren wurden allerdings nach altem Recht geführt. Gemäss Art. 448 Abs. 2 StPO behalten Verfahrenshandlungen, die vor Inkrafttreten der StPO angeordnet oder durchgeführt worden sind, ihre Gültigkeit (Urteil 6B_484/2012 vom 11. Dezember 2012 E. 1.2 und 1.4). Das frühere kantonale Verfahrensrecht überprüft das Bundesgericht nur auf Willkür (vgl. Art. 95 BGG).
5.3 Nach der Rechtsprechung kann der Beschuldigte den Behörden grundsätzlich nicht vorwerfen, gewissen Beweisen nicht nachgegangen zu sein, wenn er es unterlässt, rechtzeitig und formgerecht entsprechende Beweisanträge zu stellen (vgl. BGE 131 I 476 E. 2.1; 125 I 127 E. 6c/bb mit Hinweisen). Der Untersuchungsgrundsatz verpflichtet das Gericht nicht, von Amtes wegen Beweiserhebungen vorzunehmen, wenn es sich aufgrund der bereits erhobenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen darf, dass die zusätzlichen Beweise nichts an seiner Überzeugung zu ändern vermöchten (vgl. BGE 136 I 229 E. 5.3; 134 I 140 E. 5.3; 131 I 153 E. 3). Ob ein Antrag auf Konfrontation mit Belastungszeugen unter dem Aspekt von Treu und Glauben rechtzeitig vorgebracht wurde, hängt von den konkreten Umständen des Einzelfalles ab (Urteile 6B_10/2009 vom 6. Oktober 2009 E. 2.2.4; 6B_521/2008 vom 26. November 2008 E. 5.3.1; 1P.285/2001 vom 9. November 2001 E. 1e). Auf das Recht der Befragung von Belastungszeugen kann verzichtet werden. Ein derartiger Verzicht führt dazu, dass die in der Untersuchung gemachten Aussagen der Zeugen verwendet werden dürfen (BGE 121 I 306 E. 1b mit Hinweisen). Im bundesgerichtlichen Verfahren dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
5.4 Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, sie habe im kantonalen Verfahren die Befragung der Geschädigten, von F._ oder ihrer ehemaligen Mitarbeiter beantragt. Die polizeilichen Einvernahmen der Geschädigten und von F._ fanden vor Inkrafttreten der StPO statt. Sie richteten sich nach altem Recht. Eine willkürliche Anwendung des damals geltenden kantonalen Strafprozessrechts zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Auf die nicht rechtsgenügend begründeten Rügen ist nicht einzutreten.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung. Die Vorinstanz leite ein Geständnis bezüglich des angeklagten Diebstahls zum Nachteil von G._ willkürlich und ohne vorgängige Befragung aus der Berufungsbegründung her. Das angebliche Geständnis ziehe sie auch zur Begründung der übrigen 34 Delikte heran. Sie würdige zudem Indizien für eine Täterschaft in den übrigen Fällen willkürlich. Die entlastenden Aussagen der Zeugin D._ und die eingereichten Belege lasse sie zu Unrecht unberücksichtigt. In Verletzung des Anklagegrundsatzes erweitere sie schliesslich den Zeitrahmen der Tathandlung gemäss der Zusatzanklage.
6.2 Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich (Art. 9 BV) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 134 IV 36 E. 1.4.1). Dem von der Beschwerdeführerin angerufenen Grundsatz in dubio pro reo kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von Art. 9 BV hinausgehende Bedeutung zu (BGE 127 I 38 E. 2a; 124 IV 86 E. 2a; je mit Hinweisen). Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (BGE 138 I 305 E. 4.3; 137 I 1 E. 2.4; je mit Hinweisen).
Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG). In der Beschwerde muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 137 IV 1 E. 4.2.3; 136 II 489 E. 2.8; je mit Hinweisen).
Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG). In der Beschwerde muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 137 IV 1 E. 4.2.3; 136 II 489 E. 2.8; je mit Hinweisen).
6.3 6.3.1 Aufgrund der Diebstahlsserie bei Patienten des Bezirksspitals B._ wurde die Liegenschaft von G._ im Tatzeitpunkt von der Polizei überwacht. Die Beschwerdeführerin wurde am 15. November 2005 beim Verlassen des Hauses von der Polizei verhaftet, wobei sie Medizinalhandschuhe trug. Sie hatte zudem den Hausschlüssel von G._, der sich zuvor in deren Spitalzimmer befunden hatte, sowie ein Couvert mit drei Noten à Fr. 200.-- bei sich. G._ machte nach dem Vorfall den Verlust eines Couverts mit drei Noten à Fr. 200.-- geltend. Die Beschwerdeführerin gab an, sie habe das Couvert im Hausinneren zu sich genommen, da sie gedacht habe, es gehöre ihr (Urteil S. 15; erstinstanzliches Urteil S. 41 f.). Gestützt auf die polizeiliche Überführung muss die Täterschaft der Beschwerdeführerin bezüglich des Einschleichdiebstahls zum Nachteil von G._ als bewiesen gelten. Die vorinstanzlichen Erwägungen basieren auf den verfügbaren Beweisen und den willkürfreien Ausführungen des Bezirksgerichts. Unerheblich ist, ob die Vorinstanz bezüglich dieser Tat zu Unrecht von einem Geständnis der Beschwerdeführerin im Berufungsverfahren ausgeht.
6.3.2 Die Vorinstanz setzt sich unter Hinweis auf das erstinstanzliche Urteil mit den Indizien für die Täterschaft der Beschwerdeführerin in den übrigen Fällen auseinander. Sie legt mit nachvollziehbaren Argumenten dar, dass sämtliche Delikte (mit Ausnahme des Sachverhalts gemäss der Zusatzanklage) zeitlich mit der Dienstzeit der Beschwerdeführerin zusammenfallen können (Urteil E. 4.2.1 S. 15 ff.). Sie stellt des Weiteren auf die Aussagen der Geschädigten E._ ab, die im Juli 2004 eine Nadelbrosche als gestohlen meldete und eine bei der Beschwerdeführerin im November 2005 beschlagnahmte sowie mit der Beschreibung im Polizeirapport vom Juli 2004 grundsätzlich identische Brosche sofort als ihre eigene erkannte (Urteil E. 4.2.2 S. 17 f.). Als weitere Indizien wertet sie die Aussagen des Taxifahrers H._ (Urteil E. 4.2.3 S. 18 f.) sowie der Vorgesetzten der Beschwerdeführerin, F._ (Urteil E. 4.2.4 S. 19 ff.). Für die Täterschaft der Beschwerdeführerin spricht gemäss der Vorinstanz zudem, dass die Deliktsserie im Bezirksspital A._ mit deren Austritt endete und mit deren Eintritt im Spital B._ ihre Fortsetzung fand (Urteil E. 4.5 S. 22 f.). Aus den von ihr eingereichten Dokumenten könne die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten, da die Belege nicht mit den sichergestellten Schmuckstücken (mit Ausnahme von ev. zwei Exemplaren) übereinstimmen würden. Ausserdem handle es sich teilweise nicht um Kaufquittungen, sondern um blosse Bestätigungen der Echtheit des Schmuckstücks resp. Wertschätzungen (Urteil E. 4.8 S. 24).
6.3.3 Der Hinweis der Vorinstanz auf die eingehende Prüfung einer anderweitigen Täterschaft betrifft entgegen dem Einwand der Beschwerdeführerin (Beschwerde Ziff. 21) ausschliesslich das in der Zusatzanklage umschriebene Delikt (Urteil S. 16). Bezüglich der weiteren Mitarbeiter, die mit der Beschwerdeführerin den Stellenwechsel an das Bezirksspital B._ antraten, führt die Vorinstanz willkürfrei aus, deren Täterschaft komme isoliert betrachtet ebenfalls infrage. Aufgrund der weiteren Indizien falle der Tatverdacht jedoch klar auf die Beschwerdeführerin (Urteil E. 4.5 S. 22; dazu Beschwerde Ziff. 10, 18 f. und 41). Unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden ist zudem, wenn die Vorinstanz auf die gegenüber der pauschalen Angabe der Zeugin D._ glaubhafteren Aussagen der Geschädigten E._ abstellt, dies umso mehr, als es sich bei der betreffenden Brosche nicht um ein Massenprodukt handelt (Urteil S. 17). Die Einwände der Beschwerdeführerin erschöpfen sich weitgehend in einer unzulässigen appellatorischen Kritik, da sie nicht dartut, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem offensichtlichen Mangel leidet. Näher einzugehen ist lediglich auf die Fälle 9 und 10 sowie den Diebstahlsvorwurf gemäss der Zusatzanklage.
6.3.3 Der Hinweis der Vorinstanz auf die eingehende Prüfung einer anderweitigen Täterschaft betrifft entgegen dem Einwand der Beschwerdeführerin (Beschwerde Ziff. 21) ausschliesslich das in der Zusatzanklage umschriebene Delikt (Urteil S. 16). Bezüglich der weiteren Mitarbeiter, die mit der Beschwerdeführerin den Stellenwechsel an das Bezirksspital B._ antraten, führt die Vorinstanz willkürfrei aus, deren Täterschaft komme isoliert betrachtet ebenfalls infrage. Aufgrund der weiteren Indizien falle der Tatverdacht jedoch klar auf die Beschwerdeführerin (Urteil E. 4.5 S. 22; dazu Beschwerde Ziff. 10, 18 f. und 41). Unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden ist zudem, wenn die Vorinstanz auf die gegenüber der pauschalen Angabe der Zeugin D._ glaubhafteren Aussagen der Geschädigten E._ abstellt, dies umso mehr, als es sich bei der betreffenden Brosche nicht um ein Massenprodukt handelt (Urteil S. 17). Die Einwände der Beschwerdeführerin erschöpfen sich weitgehend in einer unzulässigen appellatorischen Kritik, da sie nicht dartut, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem offensichtlichen Mangel leidet. Näher einzugehen ist lediglich auf die Fälle 9 und 10 sowie den Diebstahlsvorwurf gemäss der Zusatzanklage.
6.4 6.4.1 Die Vorinstanz anerkennt, dass die Beweislage in den Fällen 9 und 10 einzeln betrachtet dünn ist. Unerklärlich bzw. fraglich sei, wie die Beschwerdeführerin in den Besitz des Hausschlüssels bzw. des Tresorschlüssels der Patienten gekommen sei. Dennoch gelangt sie zur Überzeugung, auch diese Diebstähle seien der Beschwerdeführerin zuzurechnen, da sie sich örtlich, zeitlich und bezüglich des Tatvorgehens nahtlos in die dieser anzulastende Deliktsserie einreihen liessen (Urteil S. 27; Beschwerde Ziff. 11 f. und 23).
6.4.2 Die vorinstanzlichen Ausführungen sind bezogen auf den Fall 10 nicht willkürlich, da insofern aus dem Polizeibericht vom 2. April 2004 hervorgeht, dass sich der Diebstahl während des Spitalaufenthalts der Geschädigten ereignet haben muss und sich der Täter vermutlich mit einem Schlüssel Zugang zur Wohnung verschaffte (kant. Akten, Urk. 213 ff.). Jedenfalls die Geschädigte gab zudem an, sie habe den Tresorschlüssel ins Spital mitgenommen (kant. Akten, Urk. 215).
6.4.3 Gleiches lässt sich hingegen für den Fall 9 nicht sagen. Diesbezüglich geht der Polizeirapport von einem Deliktszeitraum vom 1. Juli bis am 15. Oktober 2003, d.h. von rund 3 1⁄2 Monaten aus, wobei kein Zusammenhang mit einem Spitalaufenthalt der Geschädigten erwähnt wird. Diese verdächtigte vielmehr jemanden von der damals beauftragten Zügelunternehmung des Diebstahls, da die Schmuckstücke anlässlich des Umzugs in einer offenen Schachtel verpackt gewesen seien (kant. Akten, Urk. 206 f.). Auf telefonische Nachfrage hin gab die Geschädigte zudem an, sie habe keinen Schlüssel im Spital gehabt (kant. Akten, Urk. 211). Aus diesen Angaben ergibt sich weder ein direkter zeitlicher Konnex zu einem Spitalaufenthalt noch lässt sich auch nur ansatzweise erklären, wie die Beschwerdeführerin Zugang zur Wohnung gehabt haben könnte. Die Vorinstanz verfällt in Willkür, wenn sie der Beschwerdeführerin auch den Diebstahl im Fall 9 anlastet. Die Beschwerdeführerin ist in diesem Anklagepunkt freizusprechen, da es an einem ausreichenden Beweis fehlt.
6.4.4 Die Zusatzanklage geht von einem Deliktszeitraum vom 30. September bis am 2. Oktober 2004 aus. Die Vorinstanz erwägt, im Dienstplan seien für diese Zeit durchgehend Ferien eingetragen. Eine Ferienabwesenheit mache die Beschwerdeführerin allerdings nicht geltend. Die Geschädigte habe zudem glaubhaft angegeben, sie sei auch am Montag (den 4. Oktober 2004) noch im Spital gewesen. Am 5. Oktober 2004 habe ihr Sohn die Haustüre offen vorgefunden. Die Beschwerdeführerin habe am Montag wieder Dienst gehabt und hätte sich die Hausschlüssel der Geschädigten ohne Weiteres behändigen können. Völlig unklar sei, weshalb der Deliktszeitraum in der Anklage auf wenige Tage eingeschränkt werde (Urteil E. 4.2.1 S. 16 f.).
Die Vorinstanz weist darauf hin, dass keine Gründe ersichtlich sind, weshalb die Tatzeit in der Anklageschrift auf die kurze Zeitspanne vom 30. September bis am 3. Oktober 2004 eingeschränkt wird, obschon sich aus den Aussagen der Geschädigten ergibt, dass sich der Diebstahl auch am 4. Oktober 2004 hätte ereignet haben können. Darin kann unter den konkreten Umständen noch keine Verletzung des Anklagegrundsatzes gesehen werden, da die Vorinstanz lediglich hinsichtlich des Tatzeitpunkts geringfügig von der Anklage abweicht, und die Beschwerdeführerin bezüglich des Tatvorwurfs im Übrigen nicht im Unklaren war. Nach konstanter Rechtsprechung des Bundesgerichts führen kleinere Ungenauigkeiten in den Orts- und Zeitangaben nicht zur Unbeachtlichkeit der Anklage (Urteile 6B_640/2011 vom 14. Mai 2012 E. 2.3.3; 6B_432/2011 vom 26. Oktober 2011 E. 2.2 mit Hinweisen). Damit braucht nicht mehr geprüft zu werden, ob die Vorinstanz in Willkür verfällt, wenn sie sinngemäss erwägt, die Beschwerdeführerin hätte den Schlüssel der Geschädigten auch ausserhalb ihrer Dienstzeit entwenden können (vgl. Beschwerde Ziff. 15-17, 20 und 51 ff.). Der Schuldspruch in der Zusatzanklage verletzt kein Bundesrecht.
6.5 Soweit es beim Schuldspruch bleibt, ist der angefochtene Entscheid ausreichend begründet. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist zu verneinen.
7. 7.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, ihr Antrag auf Einholung eines Gutachtens zum effektiven Handelswert des angeblich gestohlenen und des bei ihr beschlagnahmten Schmucks sei zu Unrecht abgewiesen worden. Die Höhe des Deliktsbetrages sei für die Frage der Gewerbsmässigkeit von Relevanz (Beschwerde Ziff. 7, 44-47 und 50).
7.2 Das Qualifikationsmerkmal der Gewerbsmässigkeit im Sinne von Art. 139 Ziff. 2 StGB ist gemäss der Rechtsprechung gegeben, wenn sich aus der Zeit und den Mitteln, die der Täter für die deliktische Tätigkeit aufwendet, aus der Häufigkeit der Einzelakte innerhalb eines bestimmten Zeitraums sowie aus den angestrebten und erzielten Einkünften ergibt, dass er die deliktische Tätigkeit nach der Art eines Berufs ausübt (BGE 123 IV 113 E. 2c; 119 IV 129 E. 3a). Das Bundesgericht erachtete in den zitierten Entscheiden die Absicht, ein Erwerbseinkommen zu erzielen, bei monatlichen Einkommen von Fr. 1'000.-- bzw. Fr. 500.-- als erfüllt (vgl. dazu auch NIGGLI/RIEDO, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 92 zu Art. 139 StGB).
7.3 Die Vorinstanz stellt für die Schätzung des Deliktsbetrages auf die Angaben der Geschädigten ab. Sie weist zutreffend darauf hin, dass die Anforderungen an die Gewerbsmässigkeit angesichts des von der Beschwerdeführerin betriebenen Aufwands, der Vielzahl von Diebstählen und den bei der deliktischen Tätigkeit erzielten und namentlich auch angestrebten Einkünfte bei Weitem erfüllt sind, selbst wenn vom erstinstanzlich festgestellten Deliktsbetrag von Fr. 193'286.-- ein beträchtlicher Abzug getätigt werden müsste (Urteil E. 4.7 S. 23). Damit durfte sie auf die Einholung eines Gutachtens zum Verkehrswert des gestohlenen Schmucks verzichten.
Von den bei der Beschwerdeführerin beschlagnahmten Schmuckstücken konnte lediglich eine Brosche einem Delikt zugeordnet werden (Urteil E. 6 S. 28). Die Vorinstanz geht davon aus, die Beschwerdeführerin habe den gestohlenen Schmuck weiterverkauft oder eingetauscht. Da das Diebesgut grösstenteils nicht mehr vorhanden war, ist im Übrigen unklar, wie das beantragte Gutachten hätte erstellt werden können bzw. worauf sich dieses hätte beziehen sollen. Was ein Gutachten zum Wert des beschlagnahmten Schmucks über den Wert des gestohlenen Schmucks aussagen könnte, ist nicht ersichtlich. Dass bei der Beschwerdeführerin angeblich auch praktisch wertlose Uhrenimitate sichergestellt wurden (Beschwerde Ziff. 50), vermag die vorinstanzliche Feststellung nicht infrage zu stellen, die gestohlenen Uhren seien echt gewesen.
8. 8.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet, die Vorinstanz verneine trotz Untätigkeit der Staatsanwaltschaft eine Verletzung des Beschleunigungsgebots im Ermittlungsverfahren. Auch im erstinstanzlichen Verfahren sei es zu Verzögerungen gekommen. Insgesamt sei von einer groben Verletzung des Beschleunigungsgebots auszugehen, die einen Freispruch gebiete. Die Vorinstanz begründe nicht, weshalb ein Freispruch nicht in Betracht komme (Beschwerde Ziff. 34). Sie missachte zudem das Verschlechterungsverbot gemäss Art. 391 StPO, da sie den Verzicht auf die Strafminderung trotz Verletzung des Beschleunigungsgebots damit begründe, sie selbst würde eine deutlich höhere Strafe ausfällen.
8.2 Folgen einer Verletzung des Beschleunigungsgebots sind die Strafreduktion, allenfalls der Verzicht auf Strafe. Eine Verfahrenseinstellung kommt nur in Extremfällen in Betracht, wenn die Verfahrensverzögerung dem Betroffenen einen Schaden von aussergewöhnlicher Schwere verursachte (BGE 133 IV 158 E. 8 mit Hinweisen). Die Vorinstanz erachtet das Beschleunigungsgebot bezüglich der knapp 2 Jahre und 4 Monate dauernden Strafuntersuchung nicht als verletzt, was angesichts der geschilderten Verhältnisse nicht zu beanstanden ist (Urteil E. 8.1.2 S. 30). Insgesamt trägt sie der langen Verfahrensdauer aber strafmindernd Rechnung (Urteil E. 8.1.2 S. 31). Gestützt darauf verneint sie zutreffend ausserordentliche Umstände, die zu einem Strafverzicht oder gar zu einer Einstellung des Verfahrens hätten führen müssen. Ihr Entscheid ist ausreichend begründet.
8.3 Eine Verletzung von Art. 391 Abs. 2 Satz 1 StPO liegt nicht vor, da die Vorinstanz die Berufung im Schuld- und Strafpunkt abwies und keine schärfere Strafe verhängte.
9. Die Beschwerdeführerin kritisiert, sie habe die bei ihr beschlagnahmten Schmuckstücke nicht zurückerhalten. Es könne nicht sein, dass sie gleichzeitig eine Ersatzforderung zu begleichen habe (Beschwerde Ziff. 48 f.). Auf den Einwand ist nicht einzutreten, da bezüglich der Einziehung kein anfechtbarer Endentscheid vorliegt (oben E. 1) und eine allfällige Ersatzforderung nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids bildet.
10. Der Freispruch im Fall 9 (E. 6.4.3) hat auf den Schuldspruch wegen gewerbsmässigen Diebstahls keinen Einfluss und rechtfertigt in Anbetracht der Vielzahl von Delikten auch keine Reduktion des Strafmasses von 18 Monaten. Die Vorinstanz brachte bereits im angefochtenen Urteil zum Ausdruck, dass die Strafe angesichts des Verschuldens deutlich höher hätte ausfallen müssen (Urteil E. 8.2 S. 32). Damit hat sie das ihr zustehende Ermessen nicht überschritten.
Nicht weiter einzugehen ist auf das Entschädigungs- und Genugtuungsbegehren der Beschwerdeführerin (Beschwerde S. 26), da es beim Schuldspruch wegen gewerbsmässigen Diebstahls, Sachbeschädigung und mehrfachen Hausfriedensbruchs bleibt.
11.
11.1 Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, wobei bezüglich des Freispruchs vom Vorwurf des Diebstahls im Fall 9 in Anwendung von Art. 107 Abs. 2 BGG ein reformatorischer Entscheid ergehen kann. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
11.2 Die Beschwerdeführerin hat im Umfang ihres Unterliegens für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzukommen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Soweit sie obsiegt, hat ihr der Kanton Aargau für das kantonale Verfahren und das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 2 und 5 BGG). Von einer Neuverlegung der kantonalen Verfahrenskosten (Art. 67 BGG) wird abgesehen, da im Zusammenhang mit dem Diebstahlsvorwurf im Fall 9 kein zusätzlicher, vom Staat zu tragender Ermittlungsaufwand entstand und sich auch eine Reduktion der erst- und zweitinstanzlichen Gerichtskosten nicht aufdrängt.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und die Beschwerdeführerin von der Anklage des Diebstahls begangen in der Zeit vom 1. Juli bis 15. Oktober 2003 zum Nachteil von I._ freigesprochen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Der Beschwerdeführerin werden Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das kantonale Verfahren und das Verfahren vor Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Februar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld