Sachverhalt:
A.
A._ (nachfolgend: der Steuerpflichtige ) hatte in der Veranlagungs- und Bezugsperiode 1999/2000 (Bemessungsperiode 1997/1998) steuerrechtlichen Wohnsitz in U._/BL. Er hielt in seinem Privatvermögen ein Paket von 56 Prozent der Aktien der X._ AG (nachfolgend: die AG ), deren Sitz sich gleichenorts befand. Statutengemäss vermittelte die AG Kapitalanlagen und Versicherungen. Von der Gründung der AG (28. Oktober 1994) bis zum 9. Februar 2000 (Tagebucheintrag) wirkte der Steuerpflichtige als deren Geschäftsführer. Dabei verfügte er über Kollektivunterschrift zu zweien. Die Funktion des Präsidenten und Delegierten des Verwaltungsrates nahm B._ wahr. Sein Paket umfasste 36 Prozent der Aktien; die restlichen acht Prozent hielten Kleinaktionäre.
B.
Die Veranlagungsverfügungen 1999/2000 der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft hinsichtlich der direkten Bundessteuer traten sowohl bezüglich der AG als auch des Steuerpflichtigen und seiner damaligen Gattin in Rechtskraft.
C.
Ende 2004 eröffnete die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft, gestützt auf die Anzeige eines Mitaktionärs, ein Strafverfahren gegen den Steuerpflichtigen und B._, dies unter anderem wegen angeblichen Steuerbetrugs. Anlass gab der Verdacht, die AG habe in den Jahren 1997/1998 Teile der Vermittlungsprovisionen, die ihr aufgrund des Vertrages mit der Y._ AG (nachfolgend: Versicherungsgesellschaft ) zugestanden hätten, an die damalige Z._ Anstalt (nachfolgend: die Anstalt) geleitet. Im Zusammenhang mit dieser Vertragsbeziehung habe die AG zwar den gesamten Lohnaufwand der (externen) Versicherungsagenten verbucht. Dagegen habe sie auf Teile der ihr als Gegenleistung zustehenden Provisionen verzichtet und diese weder verbucht noch steuerlich deklariert.
D.
Aufgrund einer Meldung seitens der Staatsanwaltschaft hob die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft am 16. Dezember 2009 gegen den Steuerpflichtigen und die AG je ein Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren an. Den Feststellungen der Steuerverwaltung zufolge erreichte die Hinterziehung auf Stufe der AG den Betrag von Fr. 2'284'607.-- (1997) und Fr. 1'226'084.-- (1998). Daraus leitete die Steuerverwaltung geldwerte Leistungen an den Steuerpflichtigen von Fr. 1'279'380.-- (1997) und Fr. 686'607.-- (1998) ab, was dem Anteil gemäss der Beteiligungsquote von 56 Prozent entspricht. Bezüglich der direkten Bundessteuer für die Steuerjahre 1999/2000 setzte die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft mit Verfügung vom 28. März 2013 Nachsteuern von Fr. 241'400.--, eine Busse wegen vollendeter, vorsätzlich begangener Steuerhinterziehung von 150 Prozent der Nachsteuer (Fr. 362'100.--) und Verzugszinsen von Fr. 111'447.-- fest, insgesamt damit Fr. 714'947.--.
E.
Gegen diese Verfügung erhob der Steuerpflichtige am 25. April 2013 Einsprache. Diese blieb erfolglos (Einspracheentscheid vom 9. Oktober 2013). Auch seine Beschwerde vom 8. November 2013 an das Steuer- und Enteignungsgericht des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Steuergericht (nachfolgend: Steuergericht) wurde abgewiesen (Entscheide vom 3. Januar 2014 und vom 28. Februar 2014).
F.
In seiner Beschwerde vom 13. Juni 2014 an das Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft beantragte der Steuerpflichtige, das Nachsteuer- und das Strafsteuerverfahren, eventuell nur das Strafsteuerverfahren, seien bis zum rechtskräftigen Abschluss des Strafverfahrens gegen ihn und B._ und bis zum Abschluss des Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahrens gegen die AG zu sistieren; zudem seien Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren zu trennen. In der Sache beantragte er die Aufhebung der verfügten Nachsteuer und Steuerbusse. Mit Zwischenentscheid vom 30. Juli 2014 wies das Kantonsgericht den Verfahrensantrag ab. Der Steuerpflichtige erhob am 12. September 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragte, der Entscheid vom 30. Juli 2014 sei aufzuheben und das Nachsteuer- und das Hinterziehungsverfahren seien zu sistieren, eventuell zu trennen. Mangels Vorliegens eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG trat das Bundesgericht auf die Beschwerde nicht ein (Urteil 2C_803/2014 vom 23. September 2014). In gleicher Weise erkannte es hinsichtlich der AG (Urteil 2C_806/2014 vom 23. September 2014).
G.
In der Sache selbst urteilte das Kantonsgericht mit Endentscheid vom 29. Oktober 2014 und hiess es die Beschwerde vom 13. Juni 2014 gut. Es ging davon aus, dass eine "direkte geschäftliche Verbindung zwischen der [AG] und der ihr nahestehenden [Anstalt] bestanden und die [AG] zugunsten der [Anstalt] auf ihr zustehende Erträge verzichtet hat" (Entscheid E. 6.3). Dabei bezog das Kantonsgericht sich auf einen weiteren Endentscheid vom 29. Oktober 2014, den es im Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren gegen die AG fällte. Nicht bewiesen sei hingegen, dass dem Steuerpflichtigen "durch diese geschäftliche Verbundenheit indirekt oder direkt geldwerte Leistungen zugekommen sind" (ebenfalls E. 6.3). Die "an die [Anstalt] geflossenen Provisionen, auf welche die [AG] verzichtet hatte, [dürften] folglich nicht [dem Steuerpflichtigen] zugerechnet werden" (E. 6.4). Daher fehle es an den Voraussetzungen sowohl der Nachbesteuerung als auch der Steuerhinterziehung (E. 6.4).
H.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft erhob am 26. September 2014, damit noch vor dem kantonalen Endentscheid im Nachsteuer- und im Hinterziehungsverfahren, Anklage gegen den Steuerpflichtigen und B._ wegen mehrfachen Steuerbetrugs, mehrfacher Urkundenfälschung sowie qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung.
I.
Mit Eingabe beim Bundesgericht vom 9. Januar 2015 erklärt die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid des Kantonsgericht vom 29. Oktober 2014 sei aufzuheben und es sei der Entscheid des Steuergerichts vom 28. Februar 2014 zu bestätigen.
Während die Vorinstanz auf eine Vernehmlassung verzichtet, beantragt der Steuerpflichtige die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben, schliesst auf Gutheissung. Mit unaufgeforderter Eingabe nimmt der Steuerpflichtige abschliessend Stellung.
Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein verfahrensabschliessender Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten liegen vor (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 BGG i. V. m. Art. 146 DBG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2.
1.2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Bei der Prüfung verfügt das Bundesgericht über volle Kognition und wendet es das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht ist daher weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; BGE 140 III 86 E. 2 S. 89 unten; 140 V 136 E. 1.1 S. 137 f.).
1.2.2. Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht hingegen nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungspflicht gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG). Wird keine Verfassungsrüge erhoben, kann das Bundesgericht eine Beschwerde selbst dann nicht gutheissen, wenn eine Verfassungsverletzung tatsächlich vorliegt (BGE 139 I 229 E. 2.2 S. 232).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig, das heisst willkürlich, sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Zudem muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein, was in der Beschwerde klar und substanziiert aufzuzeigen ist. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 17 f.; 140 IV 97 E. 1.4.1 S. 100).
2.
2.1. Zu beurteilen ist ein zweidimensionaler Sachverhalt: Die Besteuerung des Mehrheitsaktionärs hängt derart eng mit der Veranlagung der Aktiengesellschaft zusammen, dass beide Besteuerungsebenen in die Überlegungen einzubeziehen sind.
2.2.
2.2.1. Vermögensverschiebungen zulasten des Eigenkapitals und zugunsten der Anteilseigner dürfen bei Kapitalgesellschaften und Genossenschaften nur aus verwendbarem Eigenkapital und unter einschränkenden Bedingungen erfolgen (Peter Böckli, Neue OR-Rechnungslegung, 2014, N. 6). Verzichtet eine Kapitalgesellschaft ungerechtfertigt auf Teile der ihr zustehenden Erträge, um diese statt dessen den Beteiligungsinhabern oder diesen nahestehenden Personen zukommen zu lassen, widerspricht dies dem Handelsrecht. Derartige verdeckte Gewinnausschüttungen können namentlich das Bruttoprinzip bzw. Verrechnungs- und Saldierungsverbot (Art. 662a Abs. 2 Ziff. 6 OR 1991 bzw. nunmehr Art. 958c Abs. 1 Ziff. 7 und Art. 960 Abs. 1 OR 2011) verletzen. Entsprechend sieht das Handelsrecht vor, dass Aktionäre und Mitglieder des Verwaltungsrates sowie diesen nahestehende Personen zur Rückerstattung solcher Leistungen der Gesellschaft verpflichtet sind, soweit die Leistung in einem offensichtlichen Missverhältnis zur Gegenleistung und zur wirtschaftlichen Lage der Gesellschaft steht, die Leistung zudem ungerechtfertigt ist und die Empfänger bösgläubig sind (Art. 678 Abs. 2 OR 1991 bzw. Art. 800 OR 2005; Lukas Handschin, Rechnungslegung im Gesellschaftsrecht, 2013, N. 929 ff., insb. 932; BEAT SPÖRRI, Die aktienrechtliche Rückerstattungspflicht, 1996, N. 160 ff.).
2.2.2. Das Steuerrecht der juristischen Personen beruht (unmittelbar) auf dem Handelsrecht und (mittelbar) auf der Betriebswirtschaftslehre. Dies zeigt sich im Massgeblichkeitsprinzip (Art. 58 DBG und Art. 24 Abs. 1 StHG; dazu Markus Reich, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 15 N. 62 f.). In seinem Aspekt als "Bemessungsprinzip" bestimmt es, dass der handelsrechtskonforme Einzelabschluss an sich auch steuerrechtlich verbindlich ist (Art. 58 Abs. 1 lit. a DBG; Böckli, a. a. O., N. 230). Vorbehalten bleiben die Fälle, in welchen das Steuerrecht etwas Anderes bestimmt (BGE 141 II 83 E. 3.1 S. 85; 140 I 114 E. 3.3.1 S. 122; 137 II 353 E. 6.2 S. 359 f.; 136 II 88 E. 3.1 S. 92). In der Funktion als "Korrekturprinzip" besagt es, dass verbuchter, geschäftsmässig aber unbegründeter Aufwand (Art. 58 Abs. 1 lit. b DBG) und unverbuchter Ertrag (Art. 58 Abs. 1 lit. c DBG) steuerlich aufzurechnen sind (Böckli, a. a. O., N. 231 ff.).
2.3.
2.3.1. Der Grundtatbestand der geldwerten Leistung (dazu Urteile 2C_377/2014 / 2C_378/2014 vom 26. Mai 2015 E. 9.4; 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 4.3, nicht publ. in: BGE 139 I 64, aber in: RDAF 2013 II S. 469, StE 2013 A 24.44.1 Nr. 3, StR 68/2013 S. 212; 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.2, in: StR 67/2012 S. 127) charakterisiert sich dadurch, dass:
- die leistende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft für ihre Leistung keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält,
- der Beteiligungsinhaber der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft direkt oder indirekt (z. B. über eine ihm nahestehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erlangt,
- die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft diesen Vorteil einer nicht nahestehenden, also fernstehenden Person unter gleichen Bedingungen nicht zugestanden hätte, weshalb die Leistung insofern ungewöhnlich ist (Kriterium des Drittvergleichs), und
- der Charakter dieser Leistung für die Organe der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erkennbar war
(BGE 140 II 88 E. 4.1 S. 91 f.; 138 II 57 E. 2.2 S. 59 f.; 131 II 593 E. 5.1 S. 607; 119 Ib 116 E. 2 S. 119; 119 Ib 431 E. 2b S. 435). Dies entspricht der verrechnungssteuerlichen Begriffsumschreibung (Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG i. V. m. Art. 20 Abs. 1 VStV; zuletzt Urteil 2C_806/2013 vom 24. März 2014 E. 2.1, in: ASA 82 S. 741; Yves Noël, in: Danielle Yersin/Yves Noël [Hrsg.], Commentaire romand, LIFD, 2008, N. 84 zu Art. 20 DBG).
2.3.2. Als dem Beteiligungsinhaber nahestehend betrachtet die Praxis eine natürliche oder juristische Person, die zum beherrschenden Beteiligungsinhaber enge wirtschaftliche oder persönliche, beispielsweise verwandtschaftliche Beziehungen unterhält. Nahestehend im steuerrechtlichen Sinn sind darüber hinaus Personen, denen der Beteiligungsinhaber gestattet, seine Gesellschaft wie eine eigene zu benutzen (vgl. zum Ganzen BGE 138 II 57 E. 2.3 S. 60; 138 II 545 E. 3.4 S. 551).
2.3.3. Falls der als geldwerte Leistung qualifizierende Handelsvorgang weder bei der Kapitalgesellschaft noch beim Beteiligungsinhaber besteuert worden ist, führt dies beidseitig zur Aufrechnung. Dies folgt seitens der leistenden Gesellschaft aus Art. 58 Abs. 1 lit. b/c DBG, seitens des empfangenden Beteiligungsinhabers aus Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG, soweit es um eine natürliche Person geht ( PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 121 zu Art. 20 DBG) bzw. aus Art. 58 Abs. 1 lit. c DBG, falls die Beteiligung von einer juristischen Person gehalten wird (Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4. Aufl. 2012, § 10 N. 43). In Anwendung der wirtschaftlichen Betrachtungsweise, die hier greift, ist der Sachverhalt nicht nur nach seiner zivilrechtlichen Ausgestaltung, sondern auch entsprechend seinem tatsächlichen, insbesondere ökonomischen Gehalt zu würdigen (zum DBG: BGE 138 II 57 E. 2 S. 59; Urteil 2P.280/2001 / 2A.475/2001 vom 30. April 2002 E. 2.1, in: StR 57/2002 S. 558; noch zum BdBSt: BGE 115 Ib 238 E. 3b S. 241). Ob die geldwerte Leistung aufgrund der Nichtverbuchung von Ertrag oder der Verbuchung von Nichtaufwand eintritt, ist hingegen ohne Belang (vgl. BGE 113 Ib 23 E. 2 S. 24 ff.). Entsprechend sind geldwerte Leistungen auch zulasten eines Aktiv- oder Passivkontos möglich (Oberson, a. a. O., § 10 N. 42; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 109 ff., 112 ff., 115/133 ff. und 116/143 ff. zu Art. 58 DBG; ders., Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 124 ff. zu Art. 20 DBG).
2.3.4. Nur auf Stufe der leistenden Kapitalgesellschaft ist eine Aufrechnung erforderlich, falls der Geschäftsvorfall steuerlich beim Beteiligungsinhaber bereits unter einem - wenn auch unzutreffenden - Rechtstitel zur Besteuerung geführt hat (beispielsweise Erfassung einer causa societatis erbrachten Leistung als Lohn; vgl. REICH, a. a. O., § 20 N. 23; LOCHER, II, N. 61 und 110 zu Art. 58 DBG). Spiegelbildlich kann es unter Umständen auch nur zur Aufrechnung auf Ebene des Beteiligungsinhabers kommen (etwa unterpreisiger Verkauf eines Aktivums an den Beteiligungsinhaber, wobei die AG eine Korrektur vornimmt, nicht aber der Aktionär; vgl. Oberson, a. a. O., § 7 N. 139 und § 14 N. 24).
2.4.
2.4.1. Wird eine dem Beteiligungsinhaber nahestehende Person - auf dessen Disposition hin - zum Empfänger einer geldwerten Leistung der Kapitalgesellschaft, bleibt die Leistung auf Ebene des Beteiligungsinhabers dennoch steuerbar. An der Qualität der Leistung als Ertrag aus beweglichem Vermögen vermag der Auszahlungsmodus nichts zu ändern (Marco Duss/Andreas Helbing/Fabian Duss, in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Maja Bauer-Balmelli [Hrsg.], Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2. Aufl. 2012, N. 143a zu Art. 4 VStG).
2.4.2. Befindet die Beteiligung sich im Privatvermögeneiner natürlichen Person, greift in jedem Fall die reine Dreieckstheorie (Reich, a. a. O., § 13 N. 131; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/ Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 148 zu Art. 20 DBG). Ihr zufolge fliesst die geldwerte Leistung für eine logische Sekunde von der leistenden Gesellschaft an den Beteiligungsinhaber, wo sie als Ertrag aus beweglichem Vermögen (verdeckte Gewinnausschüttung) erfasst wird, und von da an die dem Beteiligungsinhaber nahestehende Drittperson (BGE 138 II 57 E. 4.2 S. 61 f.; 131 II 722 E. 4.1 S. 726 f.; Urteile 2C_476/2014 vom 21. November 2014 E. 7.3, in: ASA 83 S. 412; 2C_1023/2013 vom 8. Juli 2014 E. 3.4.1, in: StR 69/2014 S. 735; Maja Bauer-Balmelli, in: Zweifel/Beusch/Bauer-Balmelli, a. a. O., N. 24 zu Art. 21 VStG; LOCHER, II, N. 123 und 126 ff. zu Art. 58 DBG). Dort stellt sie sich regelmässig als unentgeltliche Zuwendung dar (verdeckte Kapitaleinlage, Schenkung und dergleichen; Urteil 2A.315/1991 / 2A.320/1991 vom 22. Oktober 1992 E. 4a mit Hinweisen, in: ASA 63 S. 145, RDAF 1995 S. 38, StE 1993 B 24.4 Nr. 33, StR 50/1995 S. 542; auch dazu Reich, a. a. O., § 13 N. 131).
2.4.3. Bei Beteiligungen, die dem Geschäftsvermögeneiner natürlichen oder juristischen Person angehören, postuliert die neuere Lehre ein Vorgehen nach der modifizierten Dreieckstheorie. Danach soll von der Besteuerung auf Stufe des Beteiligungsinhabers abgesehen und die geldwerte Leistung stattdessen auf Ebene der dem Beteiligungsinhaber nahestehenden Person besteuert werden können. Vorausgesetzt wird indes, dass die geldwerte Leistung auf Ebene des Beteiligungsinhabers keinen Abschreibungsbedarf setzt und und tatsächlich auch keine solche vorgenommen wird (Bauer-Balmelli, a. a. O., N. 24 zu Art. 21 VStG; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a. a. O., N. 142 zu Art. 58 DBG). Ob dieser Ansatz mit Bundesrecht vereinbar ist, kann hier offen bleiben (anders aber bspw. Urteil 2P.280/2001 vom 30. April 2002 E. 2.3, in: StE 2002 B 24.4 Nr. 67, StR 57/2002 S. 558; kritisch Locher, II, N. 130 zu Art. 58 DBG mit Hinweisen).
2.4.4. Nur vereinzelt hat das Bundesgericht die verrechnungssteuerliche Direktbegünstigungstheorie auch direktsteuerlich angewendet. Ihr zufolge wird der Beteiligungsinhaber von vornherein - ungeachtet der Massenzugehörigkeit der Beteiligung - ausgeblendet und die Aufrechnung auf Ebene der dem Beteiligungsinhaber nahestehenden Person vorgenommen (so allen voran das zit. Urteil 2A.315/1991 / 2A.320/1991 vom 22. Oktober 1992 E. 4b a. E.; vgl. auch Urteil 2C_514/2008 vom 8. September 2009 E. 5, in: StR 65/2010 S. 138; Locher, II, N. 129 zu Art. 58 DBG).
2.5.
2.5.1. Auch im Recht der direkten Bundessteuer liegt die Beweisführungslast aufgrund der behördlichen Untersuchungspflicht bei der Steuerbehörde (Art. 130 Abs. 1 DBG), doch untersteht die steuerpflichtige natürliche oder juristische Person einer weitreichenden Mitwirkungspflicht (Art. 124 ff. DBG; Urteil 2C_416/2013 und weitere vom 5. November 2013 E. 10.2.2, nicht publ. in: BGE 140 I 68, aber in: RDAF 2014 II S. 40, StR 69/2014 S. 152). Sie muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 126 Abs. 1 DBG). Insbesondere hat sie die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig auszufüllen (Art. 124 Abs. 2 DBG; Urteil 2C_104/2013 / 2C_105/2013 vom 27. September 2013 E. 2.4, in: ASA 82 S. 307, StR 69/2014 S. 202).
2.5.2. Von einer "besonders qualifizierten" Mitwirkungspflicht geht die Praxis aus bei grenzüberschreitenden Rechtsbeziehungen. Zu denken ist etwa an Leistungen, die von der Schweiz ins Nicht-DBA-Ausland erbracht werden, oder aber ins DBA-Ausland, soweit das DBA dem heutigen OECD-Standard zur Informationsamtshilfe (Art. 26 OECD-MA) noch nicht genügt (zu diesem Standard Charlotte Schoder, StAhiG, Kommentar, 2014, N. 5; Daniel Holenstein, in: Martin Zweifel/ Michael Beusch/René Matteotti [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Internationales Steuerrecht, 2014, N. 27 ff. und 30 ff. zu Art. 26 OECD-MA; Martin Kocher, in: Marcel Alexander Niggli/Stefan Heimgartner [Hrsg.], Internationales Strafrecht, Kommentar, 2015, N. 150 f. zu Art. 3 Abs. 3 IRSG). Die Überlegung geht dahin, dass "die Verhältnisse des ausländischen Leistungsempfängers (sich) der Kontrolle durch die inländischen Steuerbehörden entziehen" (zuletzt Urteil 2C_797/2012 vom 31. Juli 2013 E. 2.2.2, in: ASA 82 S. 144, StE 2013 B 72.14.2 Nr. 41; Peter Locher, Kommentar zum DBG, III. Teil, 2015, N. 33 der Einführung zu Art. 122 ff. DBG). Leitet die steuerpflichtige Person aus dem internationalen Verhältnis etwas zu ihren Gunsten ab, treffen sie auch erhöhte Beweisanforderungen und Auskunftspflichten. In besonderem Masse gilt dies, falls der Vertragspartner in einem Staat ansässig ist, dessen Recht die Bildung fiktiver Sitze juristischer Personen erfahrungsgemäss begünstigt. In diese Ländergruppe fällt bisheriger Praxis gemäss auch das Fürstentum Liechtenstein (Urteile 2C_201/2014 vom 2. Dezember 2014 E. 8.2, in: ASA 83 S. 605, StE 2015 B 92.3 Nr. 20, StR 70/2015 S. 176; 2C_109/2011 vom 26. Mai 2011 E. 5; 2C_340/2007 vom 22. Januar 2008 E. 3.3, in: RtiD 2008 II S. 537; A.36/1984 vom 21. März 1985 E. 3, in: ASA 55 S. 137).
2.5.3. Die Veranlagungs- oder Gerichtsbehörde hat die gesammelten rechtserheblichen Tatsachen einer (freien) Beweiswürdigung zu unterziehen. Im bundesgerichtlichen Verfahren handelt es sich dabei um eine Tatfrage (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266; 137 I 58 E. 4.1.2 S. 62). Rechtsfrage ist hingegen, ob die Behörde das treffende Beweismass hat walten lassen (Urteile 2C_392/2013 vom 20. Dezember 2013 E. 3.1; 2C_511/2013 vom 27. August 2013 E. 1.3, nicht publ. in: BGE 139 II 451; 5A_827/2009 vom 27. Mai 2010 E. 4.3.2). Gemeinhin ist der Beweis im ordentlichen Verfahren (Art. 130 ff. DBG) und damit auch im Nachsteuerverfahren (Art. 151 ff. DBG) erst erbracht, wenn die Behörde nach erfolgter Beweiswürdigung und anhand objektiver Gesichtspunkte vom Vorliegen eines rechtserheblichen Sachumstandes überzeugt ist ("Regelbeweismass der an Sicherheit grenzenden Wahrscheinlichkeit"; Locher, III, N. 28 der Einführung zu Art. 122 ff. DBG). Die erforderliche Überzeugung kann auf Indizien beruhen und bedingt keinen direkten Beweis. Die Praxis zur Verrechnungssteuer erachtet den Beweis dessen, dass die Leistung an einen Beteiligungsinhaber oder eine ihm nahestehende Person geleitet wurde, als erbracht, sobald aufgrund der Indizienlage keine andere plausible Erklärung für die Abwicklung des ungewöhnlichen Geschäftsvorganges ersichtlich ist (BGE 119 Ib 431 E. 3b S. 436; 115 Ib 274 E. 9b S. 279; Urteil 2A.237/2000 vom 6. September 2000 E. 4b/bb, in: RDAT 2001 I 18t 421). Diese Praxis wendet das Bundesgericht auch direktsteuerlich an (Urteile 2C_1082/2013 vom 14. Januar 2015 E. 6.4, in: ASA 83 S. 611, StR 70/2015 S. 432; 2C_199/2009 vom 14. September 2009 E. 3.2, in: RDAF 2009 II, S. 560; so schon 2A.166/1989 vom 18. Mai 1990 E. 4b).
2.5.4. Für den Fall, dass rechtserhebliche Tatsachen auch nach erfolgter Beweiswürdigung als unerwiesen zu gelten haben, stellt sich die Rechtsfrage nach der Beweislast (BGE 130 III 321 E. 5 S. 327). Im Steuerrecht ist bei Beweislosigkeit gemäss der Normentheorie zu verfahren: Ihr zufolge trägt die Veranlagungsbehörde grundsätzlich die Beweislast für die steuerbegründenden und -erhöhenden, die steuerpflichtige Person jene für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen (BGE 140 II 248 E. 3.5 S. 252; Urteile 2C_142/2014 vom 13. April 2015 E. 3.4.7; 2C_138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 3.4.5; zit. Urteil 2C_416/2013 und weitere vom 5. November 2013 E. 10.2.2). Vorbehalten bleiben Ausnahmen aufgrund der mitwirkungsorientierten Beweislastverteilung, die namentlich im Bereich geldwerter Leistungen von Belang ist (Locher, II, N. 168 zu Art. 58 DBG; ders., III, N. 40 der Einführung zu Art. 122 ff. DBG; Thomas Stadelmann, Beweislast oder Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen?, in: StR 56/2002 S. 258, insb. 264 ff.).
2.5.5. Was die Gesellschaft betrifft, hat die Veranlagungsbehörde im dortigen Verfahren hauptsächlich nachzuweisen, dass eine Leistung erbracht wurde, der keine angemessene oder gar keine Gegenleistung gegenübersteht, weshalb sie dem Drittvergleich nicht standhält (vorne E. 2.3.1). Ist ein solches Missverhältnis nachgewiesen, begründet dies steuerrechtlich die Vermutung, es liege eine geldwerte Leistung an den Beteiligungsinhaber oder eine diesem nahestehende Person vor. Das gilt insbesondere, wenn die Gesellschaft Zahlungen erbringt, die weder verbucht noch überhaupt belegt sind (Urteile 2C_797/2012 / 2C_798/2012 vom 31. Juli 2013 E. 2.2.1; 2C_30/2010 vom 19. Mai 2010 E. 2.3, in: RDAF 2011 II S. 53; so schon Urteil 2A.146/1992 vom 7. Juni 1993 E. 3c, in: ASA 63 S. 61, RDAF 1995 S. 47). Vermag die Gesellschaft nicht nachzuweisen, dass ihr Vorgehen einem Drittvergleich genügt, hat sie die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen. Diese bestehen in der Aufrechnung (BGE 140 II 88 E. 7 S. 100; 121 II 257 E. 4c/aa S. 266; 119 Ib 431 E. 2c S. 435; Urteile 2C_644/2013 vom 21. Oktober 2013 E. 3.2; 2C_88/2011 vom 3. Oktober 2011 E. 2.1.2, in: RDAF 2012 II S. 131; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a. a. O., N. 68 zu Art. 123 DBG; Locher, II, N. 170 zu Art. 58 DBG; Martin Zweifel/Silvia Hunziker, Steuerverfahrensrecht, Beweislast, Drittvergleich, "dealing at arm's length", in: ASA 77 S. 657, insb. 684).
2.5.6. Die nicht entkräftete Vermutung, wonach die Gesellschaft eine geldwerte Leistung an den Beteiligungsinhaber oder an eine diesem nahestehende Person erbracht habe, entfaltet eine gewisse Zweitwirkung. Was auf Stufe der Gesellschaft als eine verdeckte Gewinnausschüttung behandelt wird, bildet bei den Beteiligungsinhabern grundsätzlich einen geldwerten Vorteil gemäss Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG (so Locher, I, N. 129 zu Art. 20 DBG). Soweit die geldwerte Leistung der Gesellschaft rechtskräftig festgestellt ist, nehmen die Kantone daher regelmässig eine analoge Aufrechnung beim Beteiligungsinhaber vor (Hans-Jörg Müllhaupt, in: Marianne Klöti-Weber/Dave Siegrist/Dieter Weber [Hrsg.], Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 4. Aufl. 2015, N. 44 zu § 29 StG/AG).
2.5.7. Dessen ungeachtet besteht kein eigentlicher Aufrechnungsautomatismus. Die von der Gesellschaft erbrachte geldwerte Leistung begründet zwar ein gewichtiges Indiz, das bei Veranlagung des Beteiligungsinhabers zu berücksichtigen ist. Eine qualifikationserstreckende Wirkung scheitert aber daran, dass zwar die Entscheidformel (das Dispositiv) einer Verfügung der formellen und materiellen Rechtskraft zugänglich, nicht jedoch die Sachverhaltsfeststellungen oder die Erwägungen zur Rechtslage (die Motive; BGE 140 I 114 E. 2.4.2 S. 120). Folglich haben nur die Steuerfaktoren (hier: der Gesellschaft) an der Rechtskraft teil (BGE 140 I 114 E. 2.4.3 S. 120; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a. a. O., N. 147 zu Art. 20 DBG). Eine erneute rechtliche Beurteilung auf Aktionärsebene ist daher unerlässlich, zumal es sich bei Gesellschaft und Beteiligungsinhaber - trotz gesellschaftsrechtlicher Verbundenheit - um zwei voneinander unabhängige Rechts- und Steuersubjekte handelt.
2.5.8. In Abweichung von den üblichen Regeln über die Beweislast hat ein Beteiligungsinhaber, soweit er gleichzeitig Organ der Gesellschaft ist, Bestand und Höhe der von der Steuerverwaltung behaupteten geldwerten Leistung detailliert zu bestreiten (Richner/Frei/Kaufmann/ Meuter, a. a. O., N. 86 zu Art. 123 DBG). Denkbar ist, dass er Argumente vorträgt, die erst und nur für die Veranlagung des Beteiligungsinhabers von Belang sind (Müllhaupt, a. a. O., N. 44 zu § 29 StG/AG). Unterlässt er eine Bestreitung oder beschränkt er sich auf pauschale Ausführungen, darf die Veranlagungsbehörde annehmen, die auf Gesellschaftsebene rechtskräftig veranlagte Aufrechnung sei dem Beteiligungsinhaber gegenüber ebenso berechtigt (Richner/Frei/Kaufmann/ Meuter, a. a. O., N. 86 zu Art. 123 DBG).
2.6.
2.6.1. Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, (...), wird mit Busse bestraft (Art. 175 Abs. 1 al. 1 DBG). Bei allen Parallelen zum Tatbestand der Nachsteuer liegt ein entscheidender Unterschied darin, dass die hinterziehende Person die Steuerverkürzung "bewirkt" haben muss. Dagegen entsteht die Nachsteuerpflicht, wenn sich aufgrund bislang unbekannter Tatsachen oder Beweismitteln "ergibt", dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. Tatbestandsmässiges Verhalten erfordert zudem, dass die steuerpflichtige Person den Steuerausfall "vorsätzlich oder fahrlässig" bewirkt, also schuldhaft hervorgerufen hat. Auch dies ist dem Nachsteuer-Tatbestand unbekannt.
2.6.2. Anders als beim Veranlagungs- und Nachsteuerverfahren handelt es sich beim Hinterziehungsverfahren um eine strafrechtliche Anklage im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK ("de nature pénale"; BGE 140 I 68 E. 9.2 S. 74; 139 II 404 E. 6 S. 419; 138 IV 47 E. 2.6.1 S. 51; Urteil 2C_214/2014 vom 7. August 2014 E. 3.6.2, in: ASA 83 S. 142, StE 2014 B 101.2 Nr. 27; Entscheide des EGMR Chambaz gegen Schweiz vom 5. April 2012 [11663/04] § 36 ff., insb. 48; J. B. gegen Schweiz vom 3. Mai 2001 [31827/96] § 42 ff., insb. 50; A. P., M. P. und T. P. gegen Schweiz vom 29. August 1997 [19958/92] § 37 ff., insb. 43).
2.6.3. Im Nachsteuerverfahren gewonnene Erkenntnisse unterliegen im Hinterziehungsverfahren einer beschränkten Verwertungsmöglichkeit. Vorausgesetzt wird vorab, dass die Beweiselemente ohne Androhung prozessualen Zwangs erhoben worden sind (Art. 183 Abs. 1bis DBG). Das Abstützen auf die Rechts- oder Tatsachenvermutungen des Steuerrechts ist im Strafverfahren zulässig, soweit vernünftige Grenzen beachtet, die Umstände berücksichtigt und die Verteidigungsrechte nicht beschnitten werden (Entscheide des EGMR Janosevic gegen Schweden vom 23. Juli 2002 [34619/97] § 101; Salabiaku gegen Frankreich vom 7. Oktober 1988 [10519/83] § 28).
2.6.4. Zulässig ist, dass die der Nachsteuer unterliegenden bzw. hinterzogenen Bestandteile pflichtgemäss der Höhe nach geschätzt werden, soweit sie sich auf diese Weise ausreichend genau ermitteln lassen. Die bundesrechtskonforme und willkürfreie Schätzung stellt eine Form des strafprozessual zulässigen Indizienbeweises dar (Urteile 2C_290/2011 vom 12. September 2011 E. 5.2.2; 2C_632/2009 vom 21. Juni 2010 E. 2.4.2; 2A.265/2002 vom 4. November 2002 E. 2.1, in: RDAF 2003 II S. 375, StE 2003 B 97.43 Nr. 7, StR 58/2003 S. 138; 2A.572/1999 / 2A.579/1999 vom 13. Juli 2001 E. 5d). Ebenso darf auch im Hinterziehungsverfahren in freier Beweiswürdigung als ein Element unter mehreren berücksichtigt werden, dass die beschuldigte steuerpflichtige Person Klärungen nicht liefert, die sich aufdrängen (Urteile 2C_66/2014 vom 5. November 2014 E. 3.2, in: ASA 83 S. 410; 2C_214/2014 vom 7. August 2014 E. 3.6.2, in: ASA 83 S. 142, StE 2014 B 101.2 Nr. 27).
3.
3.1. Streitig und zu prüfen ist, ob auf Ebene des Steuerpflichtigen, der für die streitbetroffenen Jahre 1999/2000 rechtskräftig veranlagt ist, eine geldwerte Leistung nachzubesteuern ist. Trifft dies zu, stellt sich die weitere Frage, ob der Steuerpflichtige mit der Nichtdeklaration der geldwerten Leistung eine Steuerhinterziehung begangen hat.
3.2.
3.2.1. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG) hat die AG ungerechtfertigt auf Provisionserträge in Höhe von rund 2,3 Mio. Franken (1997) bzw. 1,2 Mio. Franken (1998) zugunsten der liechtensteinischen Anstalt verzichtet. Die Vorinstanz geht von einer "direkten geschäftlichen Verbindung" zwischen den beiden juristischen Personen aus und erachtet die Anstalt als der AG nahestehend. Offen lässt die Vorinstanz, wer als wirtschaftlich berechtigt an der Anstalt zu gelten hat. Es lägen zwar Indizien vor, diese allein liessen aber den Schluss nicht zu, dass die Anstalt vom Steuerpflichtigem und seinem Mitaktionär beherrscht werde. Es wäre, erwägt sie, an der Steuerverwaltung gelegen, diesen Nachweis zu erbringen, was aber misslungen sei (vorne lit. D).
3.2.2. Die Steuerverwaltung wirft der Vorinstanz vor, Bundesrecht (Beweisregeln nebst Art. 151 und 175 DBG) verletzt und den Sachverhalt willkürlich gewürdigt zu haben. Es lägen zudem hinreichende Indizien dafür vor, dass eine weitere liechtensteinische Anstalt die Mittel (teils oder ganz) an die Gattin des Steuerpflichtigen ausgerichtet habe. Dieser habe seine Mitwirkungspflicht verletzt, indem er im Nachsteuerverfahren, trotz Auslandbezugs, geschwiegen habe.
3.2.3. Der Steuerpflichtige erklärt, er sei ausser Stande, Angaben zu den "beneficial owners" der Anstalt zu machen. Die Steuerverwaltung hätte sich, erklärt er, hierzu mit der Anstalt in Verbindung setzen bzw. Erkenntnisse aus dem hängigen Rechtshilfeverfahren gewinnen müssen. Die Ausführungen der Steuerverwaltung zur angeblichen zweiten Anstalt und der Überweisung an die Gattin seien unzulässig, aktenwidrig und durch nichts bewiesen.
3.3.
3.3.1. Der Steuerpflichtige beruft sich bei seiner letztgenannten Rüge auf das Novenverbot (Art. 99 BGG), was aber unbegründet ist: Die Thematik der "zweiten" liechtensteinischen Anstalt, welche Mittel an die seinerzeitige Gattin des Steuerpflichtigen geleitet haben soll, findet sich bereits in den Vorakten (so etwa Entscheid des Steuergerichts vom 28. Februar 2014 E. 5c S. 18 unten). Im weiteren Verlauf spielt sie ohnehin keine Rolle.
3.3.2. Die Überlegungen der Vorinstanz gehen im wesentlichen dahin, AG und Anstalt seien zwar nahestehend. Es fehlten aber:
- der direkte Beweis der Eigentümerschaft bzw. der wirtschaftlichen Berechtigung des Steuerpflichtigen an der Anstalt (nachfolgend E. 3.4);
- Beweismittel oder Tatsachen, "welche einen direkten oder indirekten Vermögensübertrag von der [Anstalt] an den [Steuerpflichtigen] bestätigen" (angefochtener Entscheid E. 6.3; nachfolgend E. 3.5).
3.4.
3.4.1. Die AG hat im Laufe der Jahre 1997/1998 Überweisungen von rund 3,5 Mio. Franken - wovon ein Anteil rund 2,0 Mio. Franken auf den Steuerpflichtigen entfällt - an eine in Liechtenstein ansässige Domizilgesellschaft vorgenommen. Der Steuerpflichtige, der 56 Prozent der Aktien hielt, wirkte zu dieser Zeit als Geschäftsführer der AG und verfügte über Kollektivunterschrift zu zweien. Die AG hat die Provisionserträge nicht verbucht und sie im streitbetroffenen Umfang rechtsgrundlos an die Anstalt weitergeleitet. Dies erfüllte auf Ebene der AG den Tatbestand der geldwerten Leistung (vorne E. 2.3.1).
3.4.2. Der Steuerpflichtige musste um die ausserbuchlichen Vorgänge wissen, hielt er doch die Aktienmehrheit und wirkte er als Organ der AG. Mithin ergingen die Überweisungen - ausdrücklich oder mit stillschweigender Genehmigung - auf seine Anordnung hin (vorne E. 2.4.1). Da er die Beteiligung im Privatvermögen hielt, die Leistung aber an eine Drittperson erging, ist entsprechend der reinen Dreieckstheorie vorzugehen (vorne E. 2.4.2). In Abweichung von der regelgemässen Mitwirkungspflicht (vorne E. 2.5.1) und der üblichen Normentheorie (vorne E. 2.5.4) ergeben sich im konkreten Fall für den Steuerpflichtigen verschärfte Pflichten: Zum einen begründet der Umstand, dass die geldwerte Leistung ins Fürstentum Liechtenstein geflossen ist, eine besonders qualifizierte Mitwirkungspflicht (vorne E. 2.5.2). Zum andern ist der Steuerpflichtige gehalten, die angeblich von ihm (bzw. einer ihm nahestehenden Person) empfangene geldwerte Leistung detailliert zu bestreiten (vorne E. 2.5.8). Beides hat der Steuerpflichtige unterlassen. Er beschränkte sich im kantonalen Verfahren darauf, seine Unkenntnis über die wirtschaftliche Berechtigung an der liechtensteinischen Anstalt kundzutun und darauf hinzuweisen, dass es Sache der Steuerverwaltung sei, Aufschluss zu schaffen. Damit hat er in Kauf genommen, dass die Steuerverwaltung zu seinen Ungunsten davon ausgeht, bei der Anstalt müsse es sich um eine ihm nahestehende Person handeln. Dies wiederum musste zur Nachbesteuerung führen. In der Tat ist unerfindlich, aus welchen andern - als beteiligungsrechtlichen - Gründen es zu den namhaften Zahlungen an eine liechtensteinische, zudem passive Anstalt hätte kommen können.
3.4.3. Der Umstand, dass die streitbetroffenen Zahlungen auf Ebene der AG aufgerechnet werden mussten, verdeutlicht die Rechtsgrundlosigkeit der Leistungen. Nach dem Gesagten besteht zwar kein eigentlicher Aufrechnungsautomatismus (vorne E. 2.5.7). Aus der fehlenden oder bloss pauschal gehaltenen Bestreitung darf die Veranlagungsbehörde aber schliessen, die rechtskräftige Aufrechnung auf Stufe Gesellschaft sei auch auf Stufe des Beteiligungsinhabers am Platz. Der Steuerpflichtige hat nichts vorgebracht, was diesen Schluss in Frage stellen könnte. Für die Zwecke der Nachsteuer ist sein Schweigen jedenfalls nicht zu seinen Gunsten zu werten, zumal die Verhältnisse auf Stufe der AG vertieft abgeklärt wurden, worauf nun Bezug genommen werden kann. Von keiner weiteren Bedeutung ist, ob die Mittel von der Anstalt an eine weitere juristische oder eine vom Steuerpflichtigen verschiedene natürliche Person gelangt sind. Entscheidend ist einzig, dass die AG eine geldwerte Leistung an ihn ausgerichtet hat, woran der Zahlungsfluss an die Anstalt nichts ändert. Der Steuerpflichtige hat für eine logische Sekunde Mittel realisiert, deren Grundlage beteiligungsrechtlicher Natur ist. Es ist daher "im Dreieck" vorzugehen und Einkommen aus beweglichem Vermögen (Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG) zu erfassen. Da die Veranlagungsverfügung 1999/2000 des Steuerpflichtigen in Rechtskraft erwachsen ist, hat dies im Rahmen des Nachsteuerverfahrens zu geschehen.
3.4.4. Die Vorinstanz nimmt an, die Erhebung der Nachsteuer hänge davon ab, dass der direkte Beweis der Eigentümerschaft bzw. der wirtschaftlichen Berechtigung des Steuerpflichtigen an der Anstalt erbracht sei. Diese Annahme geht fehl und verletzt Bundesrecht (Art. 8 ZGB analog; Art. 20 Abs. 1 lit. c in Verbindung mit Art. 151 ff. DBG) : Nach der aus dem Recht der Verrechnungssteuer übernommenen Praxis genügt das Fehlen plausibler anderweitiger Erklärungen, um annehmen zu dürfen, die ungewöhnliche Leistung sei an einen Beteiligungsinhaber oder eine ihm nahestehende Person geleitet worden. Dies folgt aus dem Prinzip der freien Beweiswürdigung (vorne E. 2.5.3). Bei bundesrechtskonformer Auslegung und Anwendung der Beweisregeln kann kein vernünftiger Zweifel bestehen, dass die Leistung von einer dem Steuerpflichtigen nahestehenden Person empfangen worden ist. Die Vorinstanz gelangt zu einem andern Schluss, was darauf zurückzuführen ist, dass sie nach einem direkten Beweis sucht, was aber erfolglos bleibt. Ein solche Einschränkung verletzt Bundesrecht. Zwangsläufig erweist sich die vorinstanzliche Beweiswürdigung daher als qualifiziert falsch, das heisst willkürlich (wiederum vorne E. 2.5.3).
3.5. Die Vorinstanz erwägt sodann, es sei ebenso unbewiesen geblieben, dass es zu einem direkten oder indirekten Vermögensübertrag von der Anstalt an den Steuerpflichtigen gekommen sei (angefochtener Entscheid E. 6.3). Dem ist entgegenzuhalten, dass das Bundesrecht keinen "Kreislauf" voraussetzt, der darin besteht, dass letztlich die Mittel von der leistungsempfangenden nahestehenden Person an den Beteiligungsinhaber weiter- bzw. zurückfliessen. Ausschlaggebend für die Realisation ist, dass die Mittel für eine logische Sekunde dem Beteiligungsinhaber zufliessen. Dies erlaubt bei Beteiligungen, die im Privatvermögen gehalten werden, die Erfassung als Ertrag aus beweglichem Vermögen. In welcher Weise der Beteiligungsinhaber im Anschluss an diese logische Sekunde über die Mittel verfügt, ändert nichts an der Besteuerung aufgrund von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG und ist daher von keiner Bedeutung. Die Beschwerde erweist sich auch unter diesem Gesichtspunkt als begründet.
3.6.
3.6.1. Aufgrund des Fehlens einer Unterbesteuerung schliesst die Vorinstanz den objektiven Tatbestand der vollendeten Steuerhinterziehung (Art. 175 Abs. 1 DBG) aus, was folgerichtig ist. Nachdem die Aufrechnung bundesrechtlich geboten ist, stellt sich die Frage nach dem Vorliegen einer Steuerhinterziehung in einem andern Licht. Das Hinterziehungsverfahren als echtes Strafverfahren unterliegt den besonderen verfahrensrechtlichen Anforderungen, wie sie sich namentlich aus Verfassungs- und Konventionsrecht ergeben (vorne E. 2.6.2 ff.). Zu klären wird dabei insbesondere sein, in welcher Weise das konsequente Schweigen des Steuerpflichtigen und die möglicherweise vorliegenden Ergebnisse des Rechtshilfe- bzw. des Strafverfahrens zu würdigen sind. Dies erfordert eine vertiefende Prüfung unter Aspekten, die im bisherigen Verfahren noch keine wesentliche Rolle spielten. Die Sache ist an die Vorinstanz zur Vornahme dieser Prüfung zurückzuweisen.
4.
4.1. Die Beschwerde ist gutzuheissen, was die Nachsteuer betrifft, und der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, vom 29. Oktober 2014 ist insoweit aufzuheben. Der Steuerpflichtige hat geldwerte Leistungen von Fr. 1'279'380.-- (1997) bzw. Fr. 686'607.-- (1998) realisiert, die nachzubesteuern sind.
4.2. Der streitbetroffene Entscheid ist auch insoweit aufzuheben, als er die Steuerhinterziehung betrifft. Die Sache ist diesbezüglich zu weiterer Abklärung an das Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft zurückzuweisen.
4.3.
4.3.1. Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).
4.3.2. Im Nachsteuerpunkt hat die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft obsiegt. Dementsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens insoweit dem Steuerpflichtigen aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).
4.3.3. Im Hinterziehungspunkt ist der Ausgang des Verfahrens offen, da die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft zurückgewiesen wird. Für die Zwecke der Kostenverlegung gilt der Kanton damit als obsiegend (BGE 137 V 210 E. 7.1 S. 271; ausführlich Urteil 2C_846/2013 vom 28. April 2014 E. 3.2). Dementsprechend entfallen auch die den Hinterziehungspunkt betreffenden Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens auf den Steuerpflichtigen.
4.3.4. Dem Kanton Basel-Landschaft, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, steht keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, vom 29. Oktober 2014 aufgehoben. Im Nachsteuerpunkt wird der Entscheid des Steuer- und Enteignungsgerichts des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Steuergericht, vom 28. Februar 2014 bestätigt. Im Hinterziehungspunkt wird die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft zurückgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 11'000.-- werden dem Beschwerdegegner zur Bezahlung auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. August 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher