Sachverhalt:
Mit Verfügungen vom 2. Februar 2007 sprach die IV-Stelle Luzern nach medizinischen und beruflichen Abklärungen, insbesondere nach Einholung eines Berichts der Beruflichen Abklärungsstelle (BEFAS) vom 30. Juni 2006, S._ (geboren 1961) ab 1. September 2004 eine ganze und ab 1. Juli 2005 bei einem Invaliditätsgrad von 51 % eine halbe Invalidenrente zu.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 21. August 2008 ab.
S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihr ab 1. April 2006 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 134 V 250 E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; 133 III 545 E. 2.2 S. 550; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung des medizinischen Dossiers, der SUVA-Akten und insbesondere gestützt auf den BEFAS-Bericht vom 30. Juni 2006 erwogen, dass die Beschwerdeführerin wegen der am 1. Januar 2006 erlittenen Radiusfraktur an der rechten Hand im Januar und Februar 2006 vollständig arbeitsunfähig gewesen sei und ab März 2006 gestützt auf die BEFAS-Abklärung in der Zeit vom 6. - 14. Juni 2006 seit März 2006 in einer leichten, wechselnd belastenden Tätigkeit an einem ergonomisch günstigen Arbeitsplatz eine Arbeitsfähigkeit von 70 % bestehe. Dabei könne sie - unter Verweisung auf den von der IV-Stelle vorgenommenen Einkommensvergleich - mit einer leidensangepassten Tätigkeit ein Einkommen erzielen, das bei einem Abzug vom Tabellenlohn von 20 % zu einem Invaliditätsgrad von 51 % führe.
2.2 Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz sind nicht mangelhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG, noch liegt eine unhaltbare, vom Bundesgericht nach Art. 105 Abs. 2 BGG zu korrigierende Beweiswürdigung vor. Namentlich hat das kantonale Gericht eingehend begründet, weshalb es auf die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit durch die BEFAS im Bericht vom 30. Juni 2006 und nicht auf die Einschätzung des Kreisarztes der SUVA abgestellt hat, welcher in den Berichten vom 4. April und 20. September 2006 weiterhin eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % bescheinigte. Die vorinstanzliche Schlussfolgerung ist nach der Aktenlage nicht offensichtlich unrichtig, noch ist darin eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung oder eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes zu erblicken. Von einer willkürlichen Beweiswürdigung durch die Vorinstanz kann deshalb nicht gesprochen werden. Eine Beweiswürdigung ist nicht bereits willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (BGE 127 I 54 E. 2b S. 56; vgl. auch BGE 135 V 2 E. 1.3 S. 4 f.). Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nur vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 131 I 467 E. 3.1 S. 473). Die Vorbringen in der Beschwerde vermögen daher am kantonalen Entscheid nichts zu ändern. Die BEFAS stützte ihre Beurteilung auf eine Abklärung während sieben Tagen und berücksichtigte namentlich auch den Bericht des SUVA-Kreisarztes vom 4. April 2006 und die Auswirkungen des Schulterleidens. Dass der am Bericht der BEFAS mitwirkende Arzt kein Facharzt auf dem Gebiet der Handchirurgie ist, ändert nichts am Beweiswert des beruflichen Abklärungsberichts. Welchen Einfluss die am 1. Dezember 2006 erfolgte Operation auf die künftige Arbeitsfähigkeit hat, ist nicht entscheidend, da die tatsächlichen Verhältnisse im Zeitpunkt der Rentenverfügung vom 2. Februar 2007 massgebend sind (BGE 132 V 215 E. 3.1.1 S. 220; 121 V 362 E. 1b S. 366; vgl. auch Art. 88a Abs. 2 IVV). Bei dem mit der Beschwerde letztinstanzlich erstmals aufgelegten Bericht des Dr. med. W._ vom 22. März 2007 handelt es sich um ein nach Art. 99 Abs. 1 BGG unzulässiges Beweismittel, wie die IV-Stelle in der Vernehmlassung zu Recht einwendet. Schliesslich enthält die Beschwerde keine Ausführungen zum von der Vorinstanz bestätigten Einkommensvergleich der IV-Stelle, weshalb dieser Punkt nicht zu prüfen ist (E. 1.1 hievor).
3. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegende Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse der Vereinigung der Privatkliniken der Schweiz und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer