Sachverhalt:
A. A.a Am 6. Juni 2006 erstattete Y._ bei der Polizei eine Anzeige gegen X._ wegen Lärmbelästigung an einem hohen Feiertag (Pfingsten) und Störung der Sonntagsruhe, die im Ordnungsbussenverfahren erledigt wurde.
Am 13. Juni 2006 stellte X._ gegen Y._ Strafantrag und Strafklage wegen Tätlichkeiten. Die Strafklage wurde später auf den Weg des Privatstrafklageverfahrens verwiesen. X._ liess die Frist zur Einreichung des Vermittlungsbegehrens allerdings ungenutzt verstreichen. Gegen die Strafklage erhob Y._ Anzeige und Privatstrafklage wegen falscher Anschuldigung, übler Nachrede, eventuell Verleumdung.
A.b Der Einzelrichter in Strafsachen des Kreisgerichts Werdenberg-Sarganserland trat auf das Begehren von Y._, X._ wegen falscher Anschuldigung zu verurteilen, nicht ein und sprach diesen am 27. März 2007 vom Vorwurf der üblen Nachrede, eventuell Verleumdung, frei. Die dagegen erhobene Berufung hiess das Kantonsgericht St. Gallen am 6. März 2008 aus Verfahrensgründen teilweise gut. Es wies die erste Instanz an, die Sache an das zuständige Untersuchungsamt Uznach zur Untersuchung und Beurteilung des Vorwurfs der falschen Anschuldigung zu überweisen. Das bei der ersten Instanz anhängige Privatstrafklageverfahren sollte derweil pendent gehalten werden.
A.c Das Untersuchungsamt Uznach trat auf die Strafklage von Y._ wegen falscher Anschuldigung nicht ein. Die von ihm gegen die Nichteintretensverfügung erhobene Beschwerde wies die Anklagekammer des Kantons St. Gallen ab. Auf die dagegen gerichtete Beschwerde in Strafsachen trat das Bundesgericht nicht ein (Urteil 6B_897/2008 vom 29. November 2008).
A.d Der Einzelrichter in Strafsachen des Kreisgerichts Werdenberg-Sarganserland sprach X._ am 26. März 2009 im fortgesetzten Privatstrafklageverfahren vom Vorwurf der üblen Nachrede, eventuell Verleumdung, frei und trat auf die von Y._ erstmals geltend gemachten Zivilansprüche nicht ein.
B. Gegen diesen Entscheid legte Y._ Berufung beim Kantonsgericht St. Gallen ein. Dieses bestätigte am 11. Mai 2010 den Freispruch von X._ vom Vorwurf der üblen Nachrede, eventuell Verleumdung gegenüber der Polizei, und verwies die Zivilforderungen auf den Zivilweg. Es wies die Vorinstanz zudem an, den Vorwurf der üblen Nachrede gegenüber den Nachbarn materiell zu beurteilen. Die Kosten des Berufungsverfahrens von Fr. 1'600.-- auferlegte es Y._ und X._ je zur Hälfte.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil der Vorinstanz sei betreffend Kostenauflage und Rückweisung an das Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland aufzuheben (1). Ferner sei die Berufung von Y._ gegen den Entscheid des Einzelrichters in Strafsachen des Kreises Werdenberg-Sarganserland vom 26. März 2009 abzuweisen. Eventualiter sei das Verfahren zur Abweisung der Berufung von Y._ an das Kantonsgericht St. Gallen zurückzuweisen (2). Die Kosten des Berufungsverfahrens seien Y._ aufzuerlegen, und er sei für die Parteikosten angemessen zu entschädigen (3).
D. Die Beschwerde in Strafsachen von Y._ gegen das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 11. Mai 2010 wird im Verfahren 6B_521/2010 behandelt.
E. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Erwägungen:
1. Nach Art. 80 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesstrafgerichts. Der Antrag (2) des Beschwerdeführers, wonach die Berufung des Beschwerdegegners gegen den Entscheid des Einzelrichters in Strafsachen des Kreises Werdenberg-Sarganserland vom 26. März 2009 abzuweisen sei, ist daher unzulässig. Hierauf ist nicht einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab, sondern weist es an das Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland zur materiellen Beurteilung des Vorwurfs der üblen Nachrede zurück. Es handelt sich nicht um einen End-, sondern um einen Zwischenentscheid.
2.2 Gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch Ausstandsbegehren betreffen (Art. 92 BGG), ist die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (BGE 133 IV 139 E. 4) bewirken können oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 BGG). Bei der Beurteilung der Anfechtbarkeit eines Zwischenentscheids ist vom Grundsatz auszugehen, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll. In Bezug auf den Eintretensgrund von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG ist die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme, die mit Zurückhaltung zu handhaben ist (BGE 134 III 188 E. 2.2 mit Hinweis).
2.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe zu Unrecht angenommen, der Beschwerdegegner habe innerhalb der Strafantragsfrist einen gültigen Strafantrag gestellt. Zudem sei der Tatbestand der üblen Nachrede nicht erfüllt. Darüber hinaus rügt er, die Vorinstanz habe ihm die Kosten des Berufungsverfahrens zur Hälfte auferlegt. Der erstinstanzliche Richter werde daher die Kosten des erstinstanzlichen Verfahrens je nach Verfahrensausgang neu zu verlegen haben. Dies gelte jedoch nicht für die Kostenauflage des vorliegend angefochtenen Berufungsverfahrens. Unabhängig des materiell aufzurollenden erstinstanzlichen Verfahrensausgangs hätte er die hälftig auferlegten Gerichtskosten des Berufungsverfahrens zu tragen. Dies stelle einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG dar (Beschwerde, S. 2 und S. 5 ff.).
2.4 Vorliegend bildet die von der Vorinstanz an die erste Instanz zur materiellen Behandlung zurückgewiesene Frage, ob die Äusserungen des Beschwerdeführers gegenüber den Nachbarn eine üble Nachrede darstellen, den Hauptpunkt. Auf dieses Vorbringen sowie die Frage der Gültigkeit des Strafantrags ist nicht einzutreten, da dem Beschwerdeführer kein nicht wieder gutzumachender Nachteil erwächst, wenn er den vorinstanzlichen Rückweisungsentscheid nicht anficht.
2.5 Die Kosten- und Entschädigungsfolgen in einem Zwischenentscheid, mit welchem die Sache zu neuer Entscheidung an eine untere Instanz zurückgewiesen wird, stellen ihrerseits einen Zwischenentscheid dar, der grundsätzlich keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zur Folge hat. Er kann lediglich im Rahmen einer Beschwerde gegen den Zwischenentscheid im Hauptpunkt - sofern der Rechtsweg nach Art. 93 Abs. 1 BGG offensteht - unmittelbar an das Bundesgericht weitergezogen werden. Ansonsten können die Kosten- und Entschädigungsfolgen grundsätzlich nur gemäss Art. 93 Abs. 3 BGG mit Beschwerde gegen den Endentscheid angefochten werden (BGE 135 III 329 E. 1).
Der Beschwerdeführer kann die Kostenauflage im Zwischenentscheid somit erst nach erschöpftem kantonalen Instanzenzug, zusammen mit dem (neuen) Entscheid in der Hauptsache, vor Bundesgericht anfechten. Wenn sein rechtlich geschütztes Interesse in der Sache selber im Laufe des kantonalen Verfahrens dahinfallen sollte, was z.B. der Fall wäre, wenn die erste Instanz oder die Vorinstanz den Hauptpunkt materiell zu seinen Gunsten entscheiden würde, kann er den Kostenentscheid für sich allein, ungeachtet von Art. 93 BGG, vor Bundesgericht anfechten (BGE 122 I 39 E. 1).
3. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihm im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. November 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller