Erwägungen:
1. Mit Urteil vom 3. September 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden die Beschwerde von X._ ab und bestätigte die Grundstückgewinnsteuer-Veranlagung mit einem Grundstückgewinn von Fr. 92'700.-- aus dem Verkauf der Liegenschaft Nr. **, GB R._, Plan Nr. **, mit Wohnhaus vom 28. November 2005 an seine Tochter zum Preis von Fr. 500'000.--. Streitig sind die Kosten, die der Steuerpflichtige nach Bauvollendung in den Jahren 1984 - 1986 für den Fertigausbau der Dachstockwohnung aufgewendet haben will. Da keine Handwerkerrechnungen oder Bauabrechnung aus jener Zeit mehr verfügbar sind, erachtete das Verwaltungsgericht den Nachweis weiterer Aufwendungen nach Bauvollendung nicht als erbracht und stellte für den Erwerbspreis auf den Güterschatzungswert gemäss Schatzungsprotokoll vom 24. November 1981 von Fr. 271'500.-- ab.
Gegen dieses Urteil richtet sich die rechtzeitige Beschwerde von X._.
Das Kantonale Steueramt beantragt Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung.
2. Gemäss Art. 141 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Nidwalden vom 22. März 2000 (StG) wird auf dem Gewinn aus Veräusserungen von Grundstücken oder Anteilen von solchen die Grundstückgewinnsteuer erhoben. Grundstückgewinn ist nach Art. 145 Abs. 1 StG der Betrag, um welchen der Veräusserungserlös die Anlagekosten (Erwerbspreis und Aufwendungen) übersteigt. Als Erwerbspreis gilt der Kaufpreis unter Einschluss aller weiteren Leistungen des Erwerbers (Art. 147 Abs. 1 StG). Ist der Erwerbspreis nicht feststellbar, ist als Erwerbspreis das Eineinhalbfache des im Zeitpunkt des Erwerbs geltenden Güterschatzungswerts als Erwerbspreis anzurechnen (Art. 147 Abs. 2 StG).
Der Beschwerdeführer vollendete die Baute auf der veräusserten Liegenschaft in den Jahren 1980/81. Da er keine Bauabrechnung oder Handwerkerrechnungen vorlegen konnte, stellte das Verwaltungsgericht für die Ermittlung des Erwerbspreises samt Aufwendungen auf den im Zeitpunkt der Neubaus (1980/81) geltenden Güterschatzungswert von Fr. 271'500.-- gemäss Schatzungsprotokoll vom 24. November 1981 ab, den es gemäss Art. 147 Abs. 2 StG um 50% erhöhte (Fr. 407'250.--). Den Nachweis weiterer Aufwendungen nach Bauvollendung für den Ausbau der zweiten Wohnung erachtete das Gericht nicht als erbracht, nachdem der Beschwerdeführer keine derartigen Aufwendungen belegt hat. Zudem gehe aus dem Güterschatzungsprotokoll vom 24. November 1981 hervor, dass das Wohnhaus schon damals mit zwei Wohnungen geschätzt worden sei.
Inwiefern diese Begründung beanstandet werden könnte, ist nicht zu sehen. Der Beschwerdeführer wendet ein, als Folge des Ausbaus der zweiten Wohnung in den Jahren 1985/86 sei eine Güterschatzung angeordnet worden. Aus dem vorgelegten Schatzungsprotokoll geht indessen lediglich hervor, dass im Jahre 1986 der Sachversicherungswert angepasst worden ist. Irgendwelche Rückschlüsse über Art und Umfang der Arbeit lassen sich daraus nicht schlüssig entnehmen. Auch muss aus den vorgelegten Plänen sowie den weiteren Angaben des Beschwerdeführers geschlossen werden, dass die Zweitwohnung bereits im Jahre 1981 zu einem wesentlichen Teil ausgebaut worden war. Sie wird denn auch im Schatzungsprotokoll (Güterschatzung) vom 24. November 1981 explizit erwähnt.
Dass der angerufene Zeuge nach über zwanzig Jahren über die damaligen Kosten noch zuverlässige Angaben machen könnte, durfte das Verwaltungsgericht in antizipierter Beweiswürdigung verneinen. Ein jährlicher Wertzuwachs über einen Zeitraum von 18 Jahren (1986 - 2004) von jährlich knapp 3 % entspricht der normalen Wertsteigerung von Immobilien. Sie lässt darauf schliessen, dass die Arbeiten der Jahre 1985 und 1986 den Wert der Immobilie nicht mehr entscheidend beeinflusst haben. Jedenfalls wird mit dem gesetzlichen Zuschlag von 50 % zum Güterschatzungswert (Art. 147 Abs. 2 StG) den allfälligen wertvermehrenden nachträglichen Aufwendungen genügend Rechnung getragen. Wenn daher das Verwaltungsgericht auf die Einvernahme von Zeugen verzichtet und die Grundstückgewinnsteuerveranlagung bestätigt hat, hat es weder den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör verletzt, noch hat es den Sachverhalt in rechtsverletzender Weise festgestellt oder kantonales Recht willkürlich angewendet.
3. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet und im Verfahren nach Art. 109 BGG zu erledigen. Die Verfahrenskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Steuerabteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. März 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann