Sachverhalt:
A. Das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt verurteilte X._ am 17. März 2006 wegen mehrfacher Veruntreuung zu 8 Monaten Gefängnis bedingt. Es hielt folgenden Sachverhalt für erwiesen: X._ war einzelzeichnungsberechtigter Chief Executive Officer (CEO) der A._ AG (im folgenden: A._), welche für die B._ AG (im Folgenden: B._) das Präparat "C._" durch verschiedene Ärzte prüfen liess. Die B._ überwies der A._ insgesamt 273'420 Franken für Honorarzahlungen an die Prüfärzte. X._ liess diese Gelder im November 2003 und im Februar 2004 verabredungswidrig zur Begleichung laufender Verbindlichkeiten der A._ verwenden, ohne dass er in der Lage gewesen wäre, sie rechtzeitig zu ersetzen und verabredungsgemäss die ab Mai 2004 fällig werdenden Honorare der Prüfärzte bezahlen zu können.
Auf Appellation von X._ hin passte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt das Urteil am 25. April 2007 dem neuen Recht an, indem es anstelle der Gefängnisstrafe eine bedingte Geldstrafe von 240 Tagessätzen zu Fr. 270.-- aussprach. Im Übrigen schützte es das erstinstanzliche Urteil vollumfänglich.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das appellationsgerichtliche Urteil aufzuheben und ihn freizusprechen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Der Veruntreuung im Sinne von Art. 138 Ziff. 1 StGB macht sich unter anderem schuldig, wer ihm anvertraute Vermögenswerte unrechtmässig in seinem oder eines anderen Nutzen verwendet.
1.1 Bereits vor Appellationsgericht nicht mehr umstritten war, dass es sich bei den von der B._ der A._ für die Begleichung der Prüfarzthonorare überwiesenen Geldern um wirtschaftlich fremde, anvertraute Vermögenswerte handelt und der Beschwerdeführer für ihre verabredungswidrige Verwendung für die Verbindlichkeiten der A._ verantwortlich war. Strittig war und ist dagegen, ob der Beschwerdeführer sich bzw. die A._ unrechtmässig bereicherte.
1.2 Wer anvertrautes Gut dem Berechtigten an einem bestimmten Termin zur Verfügung zu halten hat, bereichert sich unrechtmässig, wenn er es zu seinem Nutzen verwendet, ohne fähig und gewillt zu sein, es auf diesen Zeitpunkt hin zu ersetzen (BGE 133 IV 21 E. 6.1.2; 118 IV 27 E. 3a). Ersatzfähigkeit darf nur bejaht werden, wenn das Geld für den Täter griffbereit ist, nicht aber, wenn er es sich erst bei Dritten, die ihm gegenüber zu keiner Leistung verpflichtet sind, beschaffen muss. Da Prognosen über die Zahlungsfähigkeit in der Zukunft naturgemäss unsicher sind, muss dabei genügen, wenn der Täter nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge sicher damit rechnen kann, zum verabredeten Zeitpunkt ersatzfähig zu sein. Blosse Aussichten, das für den Ersatz benötigte Geld von Dritten zu erhalten, reichen nicht aus (118 IV 27 E. 3b).
1.3 Das Appellationsgericht hat im angefochtenen Entscheid erwogen (E. 3 S. 3 ff.), aus dem Revisionsstellenbericht für das Geschäftsjahr 2003 ergebe sich, dass die gesamten Forderungen der A._ aus Lieferungen und Leistungen global zediert und damit nicht geeignet gewesen seien, die erforderliche Liquidität zu gewährleisten. Zu den Beteiligungen der A._ sei ausdrücklich vermerkt, diese Unternehmen befänden sich in der Aufbauphase mit entsprechender Verlustsituation per Ende Dezember 2003. Die Liquiditätslage der A._ werde als angespannt beurteilt, wobei der kurzfristige Liquiditätsbedarf durch Überbrückungsfinanzierung der Bank und der Aktionäre gesichert werde. Der Auftragseingang, die Pipeline sowie eine kurz vor Abschluss stehende Finanzierungsrunde mit neuen Investoren lasse den Schluss zu, die Liquiditätslage werde sich 2004 nachhaltig verbessern.
Das Appellationsgericht zieht aus diesem Revisionsstellenbericht den Schluss, dass die A._ 2003 mit Liquiditätsproblemen gekämpft hat und die Prognose für eine Entspannung der Lage im Jahre 2004 auf vagen Hoffnungen beruhte. Diese Einschätzung sieht es durch die Aussagen des Buchhalters D._ und des Chief Technology Officers E._ und nicht zuletzt durch eine Aktennotiz vom 9. Oktober 2003 bestätigt, in welcher der Beschwerdeführer selber festhält, es sei mit höchster Priorität bis Ende Jahr ein neuer Investor "an Land zu ziehen". Nichts anderes ergebe sich aus den Aussagen des Verwaltungsratsmitglieds F._ und des für die A._ zuständigen Mitarbeiters der Basellandschaftlichen Kantonalbank, G._. Aus den vom Beschwerdeführer dem Appellationsgericht eingereichten Verträgen mit bekannten Pharmafirmen ergebe sich nicht, dass der A._ daraus im massgeblichen Zeitpunkt (ab Mai 2004) mehr Mittel hätten zufliessen sollen, als sie zur Deckung ihrer laufenden hohen Kosten verbrauchte.
1.4 Fest steht zunächst, dass die A._ im Mai 2004, als die ersten Prüfarzthonorare fällig wurden, nicht in der Lage war, die ihr von der B._ zu diesem Zweck überwiesenen, zwischenzeitlich aber zweckentfremdeten Gelder zu ersetzen und die Forderungen der Ärzte zu begleichen. Die Ersatzfähigkeit im Sinne der in E. 1.2 angeführten Rechtsprechung war damit objektiv nicht gegeben. Zu prüfen ist somit, ob der Beschwerdeführer Ende November 2003 und anfangs Februar 2004, als er die ihm von der B._ anvertrauten Mittel verabredungswidrig für die A._ verbrauchte, fest damit rechnen konnte, in der Lage zu sein, die Gelder zu ersetzen und die ab Mai 2004 fällig werdenden Honorarzahlungen an die Prüfärzte zu leisten.
Dies ist nicht der Fall, wie die kantonalen Gerichte sorgfältig darlegen. Die A._ steckte nach dem schlüssigen Revisionsstellenbericht Ende November 2003 offensichtlich in erheblichen Liquiditätsschwierigkeiten und war dringend auf neue Investoren angewiesen. Nichts deutet daraufhin, dass sich die Lage im Februar 2004, als der Beschwerdeführer die zweite Tranche der B._-Gelder verbrauchte, massgeblich geändert hätte. Mit der verabredungswidrigen Verwendung dieser Mittel hat er, wirtschaftlich betrachtet, der A._ (eigenmächtig) einen (kostenlosen) Überbrückungskredit gewährt, um ihren Betrieb weiterzuführen, vorab um das Personal bezahlen zu können. Die Kreditgewährung an ein Unternehmen, das sich in einem Liquiditätsengpass befindet, mag zwar unter Umständen durchaus Gewinnchancen beinhalten und unternehmerisch sinnvoll sein, ist aber naturgemäss mit erheblichen Verlustrisiken verbunden. Eine Investition in die A._ war somit Ende November 2003 und Ende Februar 2004 eine risikobehaftete, keine mündelsichere Anlage. Der Beschwerdeführer konnte somit keineswegs sicher damit rechnen, dass er die zweckwidrig verwendeten Gelder bei gewöhnlichem Lauf der Dinge würde zurückzahlen können, schon gar nicht kurzfristig ab Mai 2004. Er hat somit die ihm anvertrauten B._-Gelder dem (erheblichen) unternehmerischen Risiko der A._ ausgesetzt und sie dementsprechend gefährdet. Er hat zwar, wie schon vor Appellationsgericht, verschiedene Gründe vorgebracht, aus denen die A._ aus damaliger Sicht ihre Schwierigkeiten hätte überwinden und prosperieren sollen. Nur ergibt sich aus keinem von ihnen, inwiefern sie dem Unternehmen ab Mai 2004 genügend Liquidität hätten verschaffen können, um die B._-Gelder pünktlich (oder wenigstens bloss mit einer kurzen, wenige Tage dauernden Verspätung, wenn man dies nach dem vom Beschwerdeführer angeführten obiter dictum im Entscheid 6S.580/1999, E. 2d/cc genügen lassen wollte) zu ersetzen und für die Begleichung der Prüfarzthonorare zu verwenden. Zwar besteht kein Anlass zu zweifeln, dass der Beschwerdeführer die B._-Gelder ersetzen wollte. Dies ändert allerdings nichts daran, dass er in strafwürdiger Absicht handelte, sich bzw. die A._ ungerechtfertigt zu bereichern, da er nach dem Gesagten nicht darauf vertrauen durfte, dazu in der Lage zu sein. Der Beschwerdeführer war damit nicht ersatzfähig, womit seine Verurteilung wegen Veruntreuung nicht zu beanstanden ist.
2. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Januar 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi