Faits:
A. X._ et Y._ ainsi que leurs quatre enfants étaient domiciliés à A._ dans le canton de Vaud. Le 6 octobre 1994, X._ s'est établi en Valais. Son épouse est restée à A._ avec les enfants dans la villa familiale. Les époux ont été imposés dans le canton de Vaud jusqu'au 6 octobre 1994. Dès cette date et jusqu'au 31 décembre 2003, ils ont été imposés en Valais comme époux vivant en ménage commun. Le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne a prononcé le divorce desdits époux par jugement du 6 octobre 2006.
B. Le 3 novembre 1994, l'Office d'impôt du district de Lausanne a notifié aux époux X._ - Y._ une décision de taxation définitive relative aux impôt cantonaux et communaux de la période fiscale 1993-1994. Le 12 juin 1995, ledit Office leur a fait parvenir au domicile de A._ une décision de taxation définitive pour l'impôt fédéral direct de la même période fiscale. Les époux ont déposé une réclamation.
Le 13 mars 2006, l'Administration cantonale des impôts a rendu, après enquête, une décision fixant le domicile fiscal des époux X._ - Y._ à A._ pour la période fiscale 2004.
S'agissant des impôts de la période de taxation 1993/1994, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a fait une proposition de règlement le 1er juin 2006 aux intéressés. Cette proposition n'ayant pas été acceptée, ladite Administration a rendu, le 22 août 2006, une décision sur réclamation concernant l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux et communaux 1993/1994. Cette décision a été notifiée par lettre-signature aux époux X._ - Y._ au domicile de A._.
Y._ a recouru contre la décision sur réclamation du 22 août 2006 précisant qu'elle agissait seule et pour elle-même. Le Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal administratif), par arrêt du 15 décembre 2006, a partiellement admis le recours. Il a constaté la prescription de la créance d'impôt fédéral direct 1993-1994. Il a rejeté le recours pour le surplus. Cet arrêt est entré en force.
C. Le 1er février 2007, X._ a recouru contre la décision du 22 août 2006 faisant valoir que celle-ci ne lui avait pas été notifiée à son domicile de B._ en Valais. Il n'en avait eu connaissance qu'à la suite d'un échange de correspondance avec le mandataire de Y._.
Par arrêt du 13 juillet 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'intéressé. Il a laissé ouverte la question de savoir si la décision du 22 août 2006 avait été notifiée correctement et celle de la bonne foi de X._, jugeant que, de toute façon, l'arrêt du Tribunal administratif du 15 décembre 2006 était entré en force et ne pouvait plus être remis en cause. Il réglait définitivement la taxation de la période fiscale 1993-1994.
D. Agissant par la voie du "recours de droit public", X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 13 juillet 2007. Il estime que la décision sur réclamation du 22 août 2006 aurait dû être notifiée, non seulement au domicile de son épouse à A._, mais également au sien à B._. Il invoque une constatation des faits arbitraire ainsi que la violation du principe de la bonne foi et du droit d'être entendu. Il estime également que l'arrêt entrepris est arbitraire dans sa motivation.
L'Administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Le Tribunal administratif renonce à déposer une réponse et se réfère à l'arrêt entrepris. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 III 462 consid. 2 p. 465).
1.1 La décision attaquée date du 13 juillet 2007, de sorte qu'il y a lieu d'appliquer la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), entrée en vigueur le 1er janvier 2007, au présent recours (art. 132 al. 1 LTF).
1.2 Le recours de droit public (art. 84 ss OJ) déposé par le recourant n'est dès lors pas recevable. Il sera néanmoins traité, la désignation erronée du recours ne nuisant pas au recourant, pour autant que les conditions de forme de l'une des voies de droit prévues par la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral soient respectées (ATF 126 II 506 consid. 1b p. 509; 124 I 223 consid. 1a p. 224).
1.3 L'arrêt attaqué est fondé sur le droit public (art. 82 let. a LTF) et ne traite pas d'une matière exclue du recours en matière de droit public par l'art. 83 LTF. En conséquence, la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte en vertu des art. 82 ss LTF.
Le recours, déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42 LTF) contre un arrêt final (art. 90 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), est en principe recevable.
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 Le Tribunal fédéral, qui est un juge du droit, fonde son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La faculté que l'art. 105 al. 2 LTF confère au Tribunal fédéral de rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente, à certaines conditions, ne dispense pas le recourant de son obligation d'allégation et de motivation. Il n'incombe pas au Tribunal fédéral de rechercher lui-même dans le dossier si ce dernier pourrait éventuellement contenir des indices d'une inexactitude de l'état de fait de l'autorité précédente. L'art. 105 al. 2 LTF trouve application lorsque le Tribunal fédéral, en examinant les griefs soulevés, constate une inexactitude manifeste dans l'état de fait de l'autorité précédente ou lorsque celle-ci saute d'emblée aux yeux (ATF 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288).
2.2 Le recourant invoque trois faits retenus par l'arrêt entrepris qui seraient manifestement inexacts.
Le Tribunal administratif a indiqué dans son arrêt qu'après que le recourant s'est constitué un domicile séparé en octobre 1994, les époux X._ - Y._ ont continué d'être imposés comme un couple marié dans le canton de Vaud au cours des années qui ont suivi. Il ressort de la réponse de l'Administration cantonale des impôts du 1er novembre 2007 (p. 2), qui se fonde sur l'enquête minutieuse qu'elle a menée dans le cadre de l'examen du domicile des époux X._ - Y._, que, du 6 octobre 1994 au 31 décembre 2003, lesdits époux ont été imposés en Valais comme époux vivant en ménage commun. Ainsi, l'arrêt attaqué comporte effectivement une inexactitude. Celle-ci n'était toutefois ni déterminante pour la résolution de l'affaire ni susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. consid. 3.3 et 3.4). Au vu du dossier, il n'est d'ailleurs pas étonnant que des erreurs aient été commises, tant la confusion règne sur certains points, confusion à laquelle le recourant n'est pas étranger.
Le recourant reproche deuxièmement au Tribunal administratif d'avoir admis qu'à l'époque où son épouse a recouru contre la décision sur réclamation du 22 août 2006, les époux ne pouvaient prétendre à une taxation séparée. Le recourant affirme que cette constatation est fausse et "contredite par la décision même sur réclamation, décision qui constate la fin de l'assujettissement du soussigné dans le canton de Vaud à compter du 6 octobre 1994 et, partant, la taxation séparée à compter de cette date". Or, cette dernière affirmation est erronée puisque, s'il y a bien eu une fin d'assujettissement le 6 octobre 1994 dans le canton de Vaud, il n'y a pas eu de taxation séparée à partir de cette date puisque les époux ont été imposés comme vivant en ménage commun en Valais (réponse de l'Administration cantonale des impôts du 1er novembre 2007 p. 2, décision de l'Administration cantonale des impôts du 13 mars 2006, déclaration d'impôt valaisanne 2004 des intéressés).
Finalement, le recourant critique le Tribunal administratif pour avoir mentionné que "le comportement du recourant n'a pas été irréprochable (...). Dans la suite de la procédure, il a indiqué comme adresse une adresse à A._ (case postale 4), que l'ACI pouvait considérer comme la sienne". Ce fait est exact. Ce que le recourant reproche audit Tribunal est de l'avoir apprécié de façon erronée en mettant en cause sa bonne foi. Il s'en prend dès lors à l'appréciation juridique des faits et soulève ainsi une question de droit que le Tribunal fédéral revoit d'office et librement.
3. 3.1 Selon l'art. 113 al. 4 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), entrée en vigueur le 1er janvier 1995 et dont les dispositions de procédure sont applicables à la notification en cause du 22 août 2006, toute communication que l'autorité fiscale fait parvenir à des contribuables mariés qui vivent en ménage commun est adressée aux époux conjointement.
3.2 Le recourant relève que l'Administration cantonale des impôts connaissait son domicile de B._ et savait qu'il vivait séparé de sa femme depuis 1994. Dès lors, en notifiant la décision du 22 août 2006 aux époux X._ - Y._ à l'adresse de Y._ à A._, ladite Administration aurait violé son droit d'être entendu ainsi que le principe de la bonne foi.
Il est douteux que le grief du recourant soit motivé de façon conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254). Comme le grief doit de toute façon être rejeté, la question de sa recevabilité peut rester ouverte.
3.3 Les époux X._ - Y._ ont été imposés comme couple vivant en ménage commun en tout cas jusqu'en 2003. Il ressort des observations de l'Administration cantonale des impôts du 9 mars 2007 au Tribunal administratif que "les époux X._ - Y._ n'ont jamais annoncé leur séparation de fait, ni au contrôle des habitants de A._, ni à celui de B._ ou de C._ (VS). En effet, renseignements pris auprès de ces autorités, lors de la notification de la décision sur réclamation en cause, ceux-ci étaient toujours annoncés comme mariés et non comme séparés de fait. Par ailleurs, la déclaration d'impôt valaisanne 2005, signée par le contribuable le 17 novembre 2006, mentionne comme adresse une case postale à A._ et déclare qu'il est marié". Le recourant est dès lors mal venu de prétendre qu'il était séparé de sa femme depuis 1994.
En outre, la décision du 13 mars 2006 de l'autorité fiscale fixant le domicile fiscal des époux X._ - Y._ à A._, pour la période fiscale 2004, n'a pas été attaquée.
Ainsi, à la date de l'envoi de la décision sur réclamation, soit le 22 août 2006, X._ était domicilié à A._. Si les époux étaient séparés de fait à cette date, il leur incombait de le faire savoir aux autorités concernées. Quant à l'échange d'informations entre les époux, c'est à eux seuls qu'appartenait de faire en sorte que le courrier adressé aux deux époux parvienne effectivement à la connaissance de l'un et de l'autre. D'ailleurs, le Tribunal fédéral a jugé que, lorsque les conjoints ont des domiciles distincts, l'art. 113 al. 4 LIFD n'exige pas que la notification soit faite aux époux séparément comme en cas de séparation de droit ou de fait (arrêt non publié du 15 août 2006, 2A.79/2006). L'art. 113 al. 4 LIFD qui règle concrètement le droit d'être entendu des époux sur ce point n'a donc pas été violé.
3.4 Le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.), invoqué par le recourant, ne s'adresse pas uniquement au fisc mais vise également le contribuable qui doit agir de manière conforme aux règles de la bonne foi face aux organes de l'Etat (art. 5 al. 3 Cst.). Or, selon le dossier, c'est le recourant, semble-t-il, qui n'a pas respecté ce principe. Le formulaire du contrôle des habitants de A._ relatif à son départ de la commune le 6 octobre 1994 mentionne qu'il a quitté le canton pour Genève. En fait, il n'a pas déposé ses papiers dans ce canton mais l'a fait à B._ en annonçant une arrivée du canton de Berne. Il a eu plusieurs adresses en Valais (deux à B._ et une à C._), tout en ayant constamment une case postale à A._. Il déclare être parti seul alors qu'il a été taxé comme vivant en ménage commun en Valais jusqu'à fin 2003. La décision du 13 mars 2006 relative au domicile fiscal des époux X._ - Y._ laisse penser que le recourant n'a vraisemblablement jamais quitté le canton de Vaud, ses activités tant privées que professionnelles étant localisées dans ce canton.
Ainsi, l'Administration cantonale des impôts pouvait notifier la décision du 22 août 2006 aux époux X._ - Y._ à leur domicile de A._, alors qu'ils n'avaient ni encore divorcé ni annoncé de séparation, sans violer le principe de la bonne foi.
4. Dans un ultime grief, le recourant se plaint "d'arbitraire dans la motivation" de l'arrêt entrepris. Il estime qu'à partir du moment où le Tribunal administratif reconnaissait qu'il aurait dû être appelé en cause dans le cadre de la procédure entreprise par son épouse contre la décision sur réclamation du 22 août 2006 et conclue par l'arrêt du 15 décembre 2006, son recours aurait dû être accepté.
Le recourant oublie que le Tribunal n'a fait que "se demander" si le recourant n'aurait pas dû être appelé en cause, sans trancher la question, jugeant - de manière peu cohérente - que celle-ci n'était pas déterminante pour le cas. Toutefois, lorsque seul un des époux a agi celui qui ne l'a pas fait est en principe représenté par le premier; il est vrai que cette présomption est réfragable (Christine Jaques, in Danielle Yersin/Yves Noël (éd.), Commentaire romand, Impôt fédéral direct, ad art. 113 LIFD p. 1144, N. 6). Or, en l'espèce, si l'épouse du recourant a expressément mentionné qu'elle agissait seule et pour elle-même dans la procédure en cause, il n'en demeure pas moins que ni elle, ni le recourant n'ont clairement indiqué au fisc qu'ils étaient séparés.
Le Tribunal administratif pouvait, sans arbitraire, se demander si le recourant n'aurait pas dû être appelé en cause dans le cadre de la procédure entreprise par son épouse, tout en jugeant que cet élément n'était pas déterminant pour l'affaire et rejeter son recours.
II. Impôts cantonaux et communaux
5. L'art. 40 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID; RS 642.14) règle la situation des époux dans la procédure sans traiter de la notification des décisions.
L'art. 160 al. 4 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux, entrée en vigueur le 1er janvier 2001, a la même teneur que l'art. 113 al. 4 LIFD. Dès lors, les considérations développées ci-dessus pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonaux et communaux (cf. consid. 3 et 4 et ATF 122 I 139). Partant, les principes de la bonne foi, du droit d'être entendu et de l'interdiction de l'arbitraire n'ont pas été violés.
6. II résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 al. 1 LTF). II n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 4 mars 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
T. Merkli E. Kurtoglu-Jolidon