Sachverhalt:
A. X._ betrieb in Thun/BE die Versicherungsgeneralagentur Y._ AG. Aufgrund einer Überprüfung der Buchhaltung der Gesellschaft leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern am 4. Oktober 2001 gegen diese ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren ein. Im Jahr 2002 wurde die Gesellschaft verkauft, worauf sie den Namen änderte und den Sitz in den Kanton Tessin verlegte. Am 22. Mai 2003 wurde über sie der Konkurs eröffnet.
Am 12. März 2007 leitete die kantonale Steuerverwaltung gegen X._ ein Nachsteuerverfahren ein betreffend geldwerte Leistungen, die ihm in den Jahren 1997 bis 2000 von der Y._ AG zugeflossen sein sollen. Mit Einspracheverfügung vom 22. Mai 2007 wurde von X._ für die Jahre 1997 bis 2000 bei den kantonalen Steuern eine Nachsteuer von Fr. 72'055.25, bei der direkten Bundessteuer eine solche von Fr. 15'212.35 erhoben (Ermessenstaxation, einschliesslich Verzugszinsen).
Gegen diese Einspracheverfügung erhob X._ Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Mit Entscheid vom 14. Dezember 2010 hat diese infolge eingetretener Einleitungsverjährung den Rekurs gutgeheissen und die Nachsteuerverfügung betreffend die kantonalen Steuern und die Gebühren aufgehoben. Die Beschwerde wurde ebenfalls gutgeheissen und die Nachsteuerverfügung betreffend die direkte Bundessteuer aufgehoben; da die Voraussetzungen für eine Ermessenstaxation nicht erfüllt seien, wurde die Sache zur Durchführung des Nachsteuerverfahrens an die kantonale Steuerverwaltung zurückgewiesen.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Steuerverwaltung des Kantons Bern dem Bundesgericht, das erwähnte Urteil der Steuerrekurskommission des Kantons Bern betreffend die Nachsteuer für die direkte Bundessteuer aufzuheben und die Akten zur Beurteilung der Ermessensveranlagungen an die Steuerrekurskommission zurückzuweisen.
X._ und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung stellt den Antrag, die Beschwerde gutzuheissen.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Rückweisungsentscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern ist zwar ein Zwischenentscheid, der hier aber nach der Rechtsprechung mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden kann (BGE 134 II 124 E. 1.3; vgl. sodann Urteile 2C_221/2009 vom 21. Januar 2010 E. 1.2 und 2C_223/2008 vom 9. Februar 2009 E. 1.1; Art. 146 DBG [SR 642.11]).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt in erster Linie eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2.2 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass gegen den Beschwerdegegner am 12. März 2007 ausschliesslich ein Nachsteuerverfahren eingeleitet wurde. Ein gegen ihn gerichtetes Steuerstrafverfahren sei bis zu diesem Zeitpunkt mangels entsprechender schriftlicher Mitteilung nicht eröffnet worden.
Die Beschwerdeführerin geht demgegenüber davon aus, dass schon am 4. Oktober 2001 gegen den Beschwerdegegner ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren eingeleitet worden sei. Diese Annahme ist aktenwidrig, denn das Schreiben vom 4. Oktober 2001 ist ausdrücklich an die Y._ AG gerichtet, welcher die Eröffnung dieser Verfahren mitgeteilt wird. Eine entsprechende Rüge wird nicht erhoben. Es ist lediglich die Sachverhaltsdarstellung in der Beschwerde zu korrigieren.
2.3 Die Vorinstanz hat weiter festgestellt, der Beschwerdegegner sei, obwohl sein Vertreter schon am 15. März 2007 eine mangelhafte Abklärung des Sachverhaltes geltend gemacht habe, nach Eröffnung des Verfahrens gegen ihn weder zu Mitwirkungshandlungen aufgefordert worden, noch seien bei ihm Unterlagen - die nachweislich noch vorhanden und im Rechtsmittelverfahren eingereicht worden seien - einverlangt worden. Die Steuerverwaltung stütze sich lediglich auf eine E-Mail des Beschwerdegegners, welche dieser beinahe ein Jahr vor Eröffnung des Nachsteuerverfahrens gegen ihn selber im Verfahren gegen die Gesellschaft verfasst habe. Darin hatte er erklärt, es seien keine Unterlagen mehr vorhanden.
Auch diese Feststellung ist nicht unhaltbar. In der in Frage stehenden Nachricht bestätigte der Beschwerdegegner in anderem Zusammenhang zwar, dass keine Akten der ehemaligen Gesellschaft mehr vorhanden seien. Diese Aussage war jedoch unzutreffend und erfolgte vor der Eröffnung des Nachsteuerverfahrens am 12. März 2007 (vgl. E. 2.2). Die Vorinstanz behauptet denn auch gar nicht, dass die Beschwerdeführerin bereits vor der Verfahrenseröffnung von den noch vorhandenen Akten hätte Kenntnis haben können. Sie erklärt nur, dass diese ihrer Pflicht zur Sachverhaltsabklärung nicht genügend nachgekommen sei, zumal der Beschwerdegegner am 15. März 2007 ausdrücklich geltend gemacht habe, der Sachverhalt sei nicht liquid. Nach Einleitung des Verfahrens gegen den Beschwerdegegner wurden hingegen keine weiteren Mitwirkungshandlungen oder Unterlagen mehr verlangt.
3. 3.1 Auch im Nachsteuerverfahren ist eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen nur dann zulässig, wenn der Steuerpflichtige seinen Mitwirkungspflichten nicht nachkommt oder die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden können (Art. 151 Abs. 1, Art. 153 Abs. 3 und Art. 130 Abs. 2 DBG; MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Steuern, 2008, § 26 N. 36).
3.2 Die Folgerung der Vorinstanz, die Steuerverwaltung sei unter den gegebenen Umständen ihrer Pflicht zur Abklärung des Sachverhaltes (Art. 123 Abs. 1 DBG) nicht genügend nachgekommen und die Voraussetzung der fehlenden Unterlagen bzw. der Verfahrenspflichtverletzung für eine Ermessenstaxation seien nicht erfüllt, verletzt kein Bundesrecht. Es kann auf die zutreffenden Ausführungen (angefochtenes Urteil E. 8) verwiesen werden, denen nichts beizufügen ist.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Entsprechend diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG) und dem Beschwerdegegner eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Steuerrekurskommission des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juni 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Küng