Sachverhalt:
A. A.X._ hat sein bisher in der Rechtsform einer Einzelfirma betriebenes Innendekorationsgeschäft per 1. Januar 1997 in eine Gesellschaft mit beschränkter Haftung (GmbH) umgewandelt. In diesem Zusammenhang erfasste die Steuerverwaltung des Kantons Bern die aus der Überführung von Geschäftsliegenschaften ins Privatvermögen sowie aus der Auflösung von stillen Reserven/privilegierten Warenreserven resultierenden Liquidationsgewinne für die der Zwischenveranlagung vorangehenden, in die Bemessungslücke fallenden Jahre 1995 und 1996 mit Jahressteuern und veranlagte diese sowohl hinsichtlich der kantonalen Staats- und Gemeindesteuer als auch der direkten Bundessteuer mit Einspracheentscheiden vom 20. Dezember 2004.
Dagegen erhoben die Eheleute A.X._ und B.X._ Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Sie wehrten sich unter anderem gegen die der Veranlagung für das Jahr 1996 zugrunde liegende Annahme, die Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ sei anlässlich der Umwandlung der Einzelfirma in die GmbH vom Geschäfts- ins Privatvermögen überführt worden, und stellten sich auf den Standpunkt, es habe sich dabei bereits seit dem 1. Januar 1995 um Privatvermögen gehandelt.
B. Mit Entscheid vom 8. April 2008 hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern Rekurs und Beschwerde betreffend das Jahr 1995 vollumfänglich und betreffend das Jahr 1996 teilweise gut, reduzierte die steuerbaren Einkommen und sandte die Akten zur Vornahme der Veranlagung im Sinne der Erwägungen an die kantonale Steuerverwaltung zurück. Das für die direkte Bundessteuer massgebliche steuerbare Einkommen (Jahressteuer) für 1996 reduzierte die Steuerrekurskommission dabei auf Fr. 741'900.-- (Ziff. 4 des Entscheiddispositivs). Unverändert in diesem Betrag enthalten blieben jedoch der die Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ betreffende Wertzuwachsgewinn in der Höhe von Fr. 323'453.-- und die darauf entfallenden wiedereingebrachten Abschreibungen im Betrag von Fr. 142'247.--, da die Rekurskommission übereinstimmend mit der Steuerverwaltung zum Ergebnis kam, dass die Liegenschaft (erst) anlässlich der Firmenumwandlung vom Geschäfts- ins Privatvermögen überführt worden sei.
C. Mit Eingabe vom 30. Juni 2008 erheben A.X._ und B.X._ beim Bundesgericht Beschwerde mit dem Antrag, den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 8. April 2008 bezüglich Ziffer 4 des Dispositivs aufzuheben und das steuerbare Einkommen (Jahressteuer 1996) im Sinne der Erwägungen zu reduzieren. Inhaltlich wird geltend gemacht, die Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ sei zu Unrecht als im Zeitpunkt der Umwandlung vom Geschäfts- ins Privatvermögen überführt betrachtet worden.
D. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schliessen auf Abweisung der Beschwerde, die Steuerverwaltung des Kantons Bern (Recht und Gesetzgebung) auf Abweisung, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist der Entscheid einer kantonalen Steuerrekurskommission in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a BGG; vgl. auch Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]).
1.2 Streitig ist die direkte Bundessteuer (Jahressteuer aufgrund einer Sonderveranlagung gemäss Art. 47 DBG) für das Jahr 1996. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern beurteilt bis zum Steuerjahr 2000 Beschwerden nach Art. 140 ff. DBG als einzige kantonale Instanz (vgl. Art. 9 Abs. 2 der bernischen Verordnung vom 18. Oktober 2000 über den Vollzug der direkten Bundessteuer [BStV; BSG 668.11] in der Fassung vom 4. August 2004). Der angefochtene Entscheid ist mithin kantonal letztinstanzlich im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG.
Die sich nach der Rechtsprechung aus der Steuerharmonisierung ergebende Verpflichtung der Kantone, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen (vgl. Art. 145 DBG), wenn (wie im Kanton Bern) für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher kantonaler Instanzenzug besteht (BGE 130 II 65), kommt vorliegend noch nicht zur Anwendung. Die den Kantonen eingeräumte Frist zur Anpassung ihrer Gesetzgebungen an die harmonisierten Gesetze war in dieser Periode noch nicht abgelaufen (vgl. Art. 72 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
Für die kantonalen Steuern führt der Rechtsweg über das kantonale Verwaltungsgericht.
1.3 Die Beschwerdeführer sind als (der Ehegattenbesteuerung unterliegende) Steuerpflichtige durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Abänderung (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.4 Der angefochtene Entscheid weist die Sache in (teilweiser) Gutheissung "zur Vornahme der Veranlagung im Sinne der Erwägungen" an die kantonale Steuerverwaltung zurück. Die Steuerrekurskommission hat darin die Liquidationsgewinne im Einzelnen aufgeführt und den korrigierten Betrag des steuerbaren Einkommens festgelegt. Die Vorinstanz hat damit das Ergebnis der Korrektur vorgegeben; die Arbeit der kantonalen Steuerverwaltung erschöpft sich nur noch in einer Detailberechnung. Verbleibt ihr somit insgesamt und auch in Bezug auf die vorliegend streitige steuerliche Behandlung der Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ kein Entscheidungsspielraum und dient die Rückweisung nur der rechnerischen Umsetzung des von der Steuerrekurskommission Angeordneten, ist der Rückweisungsentscheid einem Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG gleichzusetzen (vgl. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen; Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009, E. 3.3).
1.5 Auf die Beschwerde ist einzutreten. Es kann damit die Verletzung von Bundesrecht, hier des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer (DBG) sowie von Grundrechten geltend gemacht werden (Art. 95 lit. a, Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.6 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Zu den der Einkommenssteuer (bzw. nach Massgabe von Art. 47 Abs. 1 DBG einer vollen Jahressteuer) unterliegenden Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit zählen gemäss Art. 18 Abs. 2 DBG auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen; der Veräusserung gleichgestellt ist (u.a.) die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen. Demgegenüber sind Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen steuerfrei (Art. 16 Abs. 3 DBG).
Gemäss Art. 27 ff. DBG können bei selbständiger Erwerbstätigkeit die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten, insbesondere die Abschreibungen auf dem Geschäftsvermögen, abgezogen werden (Art. 27 Abs. 2 lit. a und Art. 28 DBG). Abschreibungen sind nach diesen Vorschriften nur auf Geschäftsvermögen zulässig; auf Gegenständen des Privatvermögens sind sie ausgeschlossen (Urteil 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004, in: ASA 74 S. 737 ff., E. 2.1 mit Hinweis).
2.2 Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (Art. 18 Abs. 2 Satz 3 erster Teil DBG). Ob ein Wertgegenstand dem Privat- oder dem Geschäftsvermögen zuzuordnen ist, entscheidet sich aufgrund einer Würdigung aller in Betracht kommenden tatsächlichen Umstände. Ausschlaggebendes Zuteilungskriterium ist die aktuelle technisch-wirtschaftliche Funktion des fraglichen Vermögensgegenstandes; massgeblich ist mithin in erster Linie, ob der Gegenstand dem Geschäft dient. Dabei ist die buchmässige Behandlung des Gegenstandes im Rahmen der Gesamtwürdigung als Indiz zu werten. Zu berücksichtigen ist jedoch nicht nur die formelle Aufnahme (oder Nichtaufnahme) in die Bilanz, sondern die konkrete buchhalterische Behandlung insgesamt, so u.a. auch etwa die Vornahme von Abschreibungen (BGE 133 II 420 E. 3.2 S. 422).
2.3 Auch bei Liegenschaften (oder Teilen davon), die sich grundsätzlich sowohl für geschäftliche als auch für rein private Nutzung eignen, entscheidet in erster Linie deren konkrete technisch-wirtschaftliche Funktion darüber, ob sie zum Geschäfts- oder zum Privatvermögen des Steuerpflichtigen gehören. Gemischt, d.h. teils geschäftlich, teils privat genutzte Objekte werden nach dem in Art. 18 Abs. 2 DBG begründeten Wechsel von der altrechtlich geltenden Wertzerlegungs- zur Präponderanzmethode ab dem 1. Januar 1995 in ihrer Gesamtheit dem Geschäftsvermögen zugewiesen, wenn sie "ganz oder vorwiegend" der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen. Die nicht vorwiegend geschäftlich genutzten Objekte gehören demgegenüber gesamthaft zum Privatvermögen, auch wenn sie teilweise geschäftlich genutzt werden (BGE 133 II 420 E. 3.3 S. 422 f.).
3. 3.1 Die Steuerrekurskommission kommt im angefochtenen Entscheid zum Ergebnis, dass die streitbetroffene Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ ab dem Wechsel zur Präponderanzmethode am 1. Januar 1995 gesamthaft als dem Geschäftsvermögen zugehörig zu betrachten gewesen sei und die Liegenschaft aufgrund der vorliegenden Akten (erst) anlässlich der Umwandlung der Einzelfirma in eine GmbH per 1. Januar 1997 ins Privatvermögen überführt worden sei. Die Zuordnung zum Geschäftsvermögen ergebe sich daraus, dass auf der fraglichen Liegenschaft auch nach dem 1. Januar 1995 erfolgswirksam Abschreibungen vorgenommen worden seien. Die Argumentation der Beschwerdeführer, wonach die fragliche Liegenschaft mit einem Privatanteil (infolge fremdvermieteter Räume) von 74 % aufgrund der Präponderanzmethode seit dem Systemwechsel als zum Privatvermögen gehörig zu betrachten sei, verstosse angesichts der erwähnten, auch nach diesem Zeitpunkt vorgenommenen Abschreibungen gegen Treu und Glauben.
3.2 Die Beschwerdeführer stellen sich demgegenüber unter Hinweis auf den behaupteten Privatanteil von 74 % auf den Standpunkt, die betreffende Liegenschaft sei seit Einführung der Präponderanzmethode am 1. Januar 1995 vollumfänglich als Privatvermögen zu qualifizieren. Dies ergebe sich aus Art. 18 Abs. 2 DBG sowie gestützt auf das Merkblatt der Eidgenössischen Steuerverwaltung zum Kreisschreiben Nr. 2 vom 12. November 1992 (in: ASA 61 S. 507 ff.), wonach eine vorwiegend geschäftliche Nutzung erst vorliege, wenn der Anteil der geschäftlichen Nutzung mehr als 50 % betrage (Ziff. 2.1 des Merkblattes), und vorwiegend privat genutzte Liegenschaften nach Inkrafttreten des DBG vollumfänglich dem Privatvermögen zuzurechnen seien, wobei der systembedingte Wechsel von bisher dem Geschäftsvermögen zugerechneten Liegenschaftsteilen in das Privatvermögen mangels gesetzlicher Grundlage keinen Realisierungstatbestand darstelle (Ziff. 2.3 des Merkblattes). Da vorliegend eine Weiterführung der Liegenschaft als Geschäftsvermögen aufgrund der überwiegend nicht-geschäftlichen Nutzung nicht möglich gewesen sei, hätten die von den Beschwerdeführern nach Einführung der Präponderanzmethode vorgenommenen Abschreibungen von der Steuerverwaltung im Rahmen der ordentlichen Veranlagung nicht zugelassen werden dürfen. Fragwürdig sei zudem der Einwand, die Argumentation der Beschwerdeführer verstosse gegen Treu und Glauben. Es sei offensichtlich, dass der grundlegende Systemwechsel vom 1. Januar 1995 für die Zuweisung von gemischt genutzten Liegenschaften von grosser steuerlicher Bedeutung gewesen sei. Je grösser der Systemwechsel und die Verunsicherung der Steuerpflichtigen, desto weniger dürften die Steuerbehörden den Erklärungen und Verhaltensweisen der Steuerpflichtigen vertrauen. Nachdem die Steuerbehörden es unterlassen hätten, die steuerliche Qualifikation der fraglichen Liegenschaft rechtzeitig nach Übergang zur Präponderanzmethode zu überprüfen und die Abschreibungen aufzurechnen, sei die Berufung der Steuerrekurskommission auf den Grundsatz von Treu und Glauben nicht zu schützen.
3.3 Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung findet der Grundsatz von Treu und Glauben im Steuerrecht vor allem auf das Verfahren Anwendung sowie dort, wo den Steuerpflichtigen ein gewisser Ermessensspielraum eingeräumt ist (BGE 97 I 125 E. 3 S. 130). Als Beispiele werden die Bewertung von Bilanzposten, die Wahl der Abschreibungsmethoden oder Zuweisung von Vermögensgegenständen zum Privat- oder Geschäftsvermögen genannt. Das Hauptanwendungsgebiet namentlich des Verbots widersprüchlichen Verhaltens liegt bei den fortgesetzt erhobenen Steuern und dem bei diesen den Steuerpflichtigen nach dem Gesetz zustehenden Ermessen (BGE 97 I 125 E. 3 S. 130). Entsprechend ist eine Sachdarstellung, die von einem Steuerpflichtigen über Jahre hinweg in gleicher Art und Weise vertreten wurde, schwerer zu gewichten als die Abgabe einer Erklärung in einem bestimmten Zeitpunkt (vgl. zum Ganzen Urteil 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004, in: ASA 74 S. 737 ff., E. 5.2 mit Hinweisen).
Unbestritten ist, dass der Beschwerdeführer seine Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ zum einen zu gewerblichen Zwecken für sein Innendekorationsgeschäft als Ladengeschäft und Lagerraum benutzt und sie zum anderen fremdvermietet hat. Die Vermietung eigener Liegenschaften stellt nach bundesgerichtlicher Praxis regelmässig Verwaltung privaten (Anlage-)Vermögens dar (zit. Urteil 2A.52/2003, E. 2.5 mit Hinweisen). Es lag folglich ein gemischt genutztes Vermögensobjekt vor. Um festzustellen, ob die Liegenschaft im Sinne der Präponderanzmethode vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dient, waren die Steuerbehörden auf die diesbezüglichen Sachdarstellungen der Beschwerdeführer angewiesen. Entscheidende Bedeutung kommt in derartigen Konstellationen der Mitwirkungspflicht der Steuerpflichtigen (Art. 126 Abs. 1 DBG) zu. Dies muss umso mehr gelten, als die bei selbständig Erwerbstätigen grundlegende Abgrenzung zwischen Geschäfts- und Privatvermögen nach dem Systemwechsel (Übergang von der Wertzerlegungs- zur Präponderanzmethode) bezüglich gemischt genutzter Objekte nach anderen Kriterien erfolgt als bisher und die Steuerbehörden erkennbar auf nähere Angaben der Steuerpflichtigen angewiesen waren, um die Zuordnung zu den Vermögensmassen für die Zeit nach dem 1. Januar 1995 korrekt vornehmen zu können. Mangels entsprechender Angaben, welche es erlauben, die geschäftlich genutzten Teile der Liegenschaft ins Verhältnis zur Nutzung der Liegenschaft insgesamt zu setzen, dürfen die Steuerbehörden Hilfskriterien (Indizien) heranziehen. Dazu gehört die buchmässige Behandlung des in Frage stehenden Objekts, wobei dieser stärkeres Gewicht zukommt, wenn die Bücher von einer sachkundigen Person oder Firma geführt wurden, wie dies vorliegend offenbar der Fall war. Die Beschwerdeführer bestreiten nicht, auf der fraglichen Liegenschaft auch nach dem Systemwechsel Abschreibungen getätigt zu haben, was nach dem Gesagten (oben E. 2.1) unzulässig gewesen wäre, wenn es sich dabei um Privatvermögen gehandelt hätte. In diesen Abschreibungen durfte daher eine dahingehende Willenserklärung der Beschwerdeführer erblickt werden, dass sie die betreffende Liegenschaft nach dem Systemwechsel gesamthaft als zum Geschäftsvermögen gehörend betrachteten. Sie tun im Übrigen nicht dar, dass den Steuerbehörden daneben andere Indizien vorgelegen hätten, welche zu einem gegenteiligen Schluss hätten führen müssen. Weder aufgrund der äusseren Beschaffenheit noch aufgrund des für die Behörden zu erkennen gegebenen Widmungswillens drängte sich eine Zuordnung zum Privatvermögen auf. Vor diesem Hintergrund war auch nicht zu beanstanden, wenn die Behörden die Abschreibungen auf diesem Objekt zuliessen und in dieser Hinsicht keinen Grund für eine Aufrechnung erblickten.
Bei der gegebenen Sachlage durften die Beschwerdeführer von den Steuerbehörden nach Treu und Glauben darauf behaftet werden, dass sie in Bezug auf die vorgenommenen Abschreibungen die Zugehörigkeit der Liegenschaft zum Geschäftsvermögen des Ehemannes unterstellten. Wenn sie nunmehr in einem späteren Zeitpunkt, vor dem Hintergrund drohender steuerlicher Nachteile, den gegenteiligen Standpunkt einnehmen, verhalten sie sich widersprüchlich. Ein solches Vorgehen verdient keinen Schutz. Den erweckten Anschein, es handle sich bei der fraglichen Liegenschaft um Geschäftsvermögen, müssen die Beschwerdeführer insofern bis zur Umwandlung der Einzelfirma in die GmbH am 1. Januar 1997 gegen sich gelten lassen, zumal auch ein nachträglicher Wechsel in der Zuordnung nicht dargetan ist. Unter den gegebenen Umständen wäre auch ohne Belang, wenn der von den Beschwerdeführern im Verfahren vor Steuerrekurskommission geltend gemachte, von den Steuerbehörden jedoch nicht bestätigte Privatanteil der Liegenschaft von 74 % sich als zutreffend erweisen würde und die Liegenschaft insofern richtigerweise - entgegen dem sich aus der buchmässigen Behandlung ergebenden Anschein - als Privatvermögen zu qualifizieren gewesen wäre (vgl. zu einer ähnlich gelagerten Fallkonstellation das Urteil 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004, in: ASA 74 S. 737 ff., E. 3-5).
3.4 Damit lässt sich die im angefochtenen Entscheid vertretene Auffassung, wonach die Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ ab dem Wechsel zur Präponderanzmethode am 1. Januar 1995 gesamthaft als zum Geschäftsvermögen gehörend zu betrachten sei und die Liegenschaft anlässlich der Umwandlung der Einzelfirma in eine GmbH per 1. Januar 1997 ins Privatvermögen überführt worden sei, bundesrechtlich nicht beanstanden. Ebenso wenig ist ersichtlich, inwieweit dieses Ergebnis im Widerspruch zu den angerufenen Stellen im Merkblatt zum Kreisschreiben Nr. 2 vom 12. November 1992 der Eidgenössischen Steuerverwaltung stehen soll.
3.5 Soweit die Beschwerdeführer sich im Eventualstandpunkt gegen die Bemessung der Wertzuwachsgewinne und der wiedereingebrachten Abschreibungen wenden, indem sie vor Bundesgericht ein neu erstelltes Gutachten der Bank Z._ vom 18. September 2006 zum ihres Erachtens zu hoch veranschlagten Verkehrswert der betreffenden Liegenschaft einreichen, ist darauf nicht einzugehen. Es handelt sich dabei um unzulässige neue tatsächliche Vorbringen (oben E. 1.6), welche bereits im Verfahren vor der Steuerrekurskommission hätten erhoben werden können, zumal der angefochtene Entscheid in diesem Zusammenhang unverändert von denselben Zahlen ausgeht wie der Einspracheentscheid der Steuerverwaltung und damit gerade nicht Anlass im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG für neue Tatsachen oder Beweismittel gab.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde als unbegründet abzuweisen.
Entsprechend dem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 66 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung und der Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juli 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Moser