Erwägungen:
1. In einem Strafverfahren gegen X._ stellte dieser am 7. März 2008 ein Gesuch um einen Wechsel in der amtlichen Verteidigung für die Obergerichtsverhandlung. Der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich wies dieses Gesuch mit Verfügung vom 11. Juli 2008 ab. Er führte dabei zusammenfassend aus, dass der Angeschuldigte nicht einen einzigen objektiven und triftigen Grund nenne, welcher der Weiterführung des Mandats des amtlichen Verteidigers entgegenstehen würde. Rein subjektive Gründe würden für einen Verteidigerwechsel nicht genügen.
2. X._ führt mit Eingabe vom 13. August 2008 Beschwerde in Strafsachen (Art. 78 ff. BGG) gegen die Verfügung des Präsidenten der II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte, wie etwa das Willkürverbot oder den Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer legt mit seinen Ausführungen nicht dar, inwiefern die II. Strafkammer verfassungsmässige Rechte verletzt haben sollte, als sie das Gesuchs um einen Wechsel in der amtlichen Verteidigung abwies. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland und dem Präsidenten der II. Strafkammer des Obergerichtes des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. August 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli