Faits:
A. Une instruction pénale est en cours contre Y._ pour escroquerie, falsification de marchandises et faux dans les titres. Il lui était reproché, dans un premier temps, d'avoir utilisé sans droit une raison sociale figurant sur des bouteilles de vin. Par la suite, l'autorité d'instruction a cherché à vérifier l'origine du vin en question. Le 20 janvier 2011, le Ministère public vaudois a exigé la production de la comptabilité vinicole du fournisseur X._ AG (à Zoug) relative au vin blanc d'appellation Saint-Saphorin pour les années 2005 à 2007, ainsi que les bulletins de livraison. Les documents ont été remis sous scellés. Le 21 décembre 2011, le Ministère public a requis la levée des scellés auprès du Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud (Tmc).
Par ordonnance du 10 mai 2012, le Tmc a ordonné la levée des scellés. Les conditions posées à l'art. 197 CPP étaient réunies; la mesure apparaissait proportionnée et X._ AG ne pouvait se prévaloir d'aucun secret protégé.
B. Par acte du 21 mai 2012, X._ AG a formé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut au maintien (ou à une nouvelle pose) des scellés et à la restitution des documents, subsidiairement au renvoi de la cause au Tmc pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle a demandé l'effet suspensif, qui a été accordé le 25 mai 2012. Le Ministère public a fait savoir, le 31 mai 2012, que les scellés avaient déjà été levés et les pièces versées au dossier. Il a requis une levée de l'effet suspensif le 4 juin 2012, ce qui a été refusé par ordonnance du 6 juin suivant.
Le Tmc renonce à se déterminer et se réfère à son ordonnance. Le Ministère public conclut au rejet du recours. Y._ a conclu à l'admission du recours, au terme d'observations essentiellement consacrées à la réfutation des charges retenues contre lui.
Le 2 août 2012, X._ AG a demandé à pouvoir consulter l'intégralité du dossier car il apparaissait que l'instruction pourrait être étendue à d'autres sociétés susceptibles de prendre connaissance des documents remis sous scellés. Elle a été invitée à s'adresser au Ministère public, lequel a, par ordonnance du 9 août 2012, rejeté la demande de consultation: X._ AG était suffisamment renseignée sur l'objet de la procédure et avait pu faire valoir tous ses moyens. Cet incident a fait l'objet d'un recours cantonal rejeté par arrêt du 3 septembre 2012, puis d'un recours au Tribunal fédéral. Par arrêt du 14 décembre 2012 (1B_593/2012), le Tribunal fédéral a rejeté le recours, considérant que la recourante n'avait accès au dossier que dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de ses droits. En l'occurrence, l'invocation d'un secret d'affaires ne justifiait pas la consultation de l'intégralité du dossier; la recourante disposait d'informations suffisantes pour faire valoir ses arguments.
L'instruction de la cause, suspendue par ordonnance du 27 août 2012, a été reprise le 21 décembre 2012. Y._ a déposé de nouvelles observations le 17 septembre 2012. La recourante a déposé des déterminations le 15 février, puis le 4 mars 2013.
Considérant en droit:
1. Conformément à l'art. 393 al. 1 let. c CPP, le recours au sens du CPP n'est ouvert contre les décisions du Tmc que dans les cas prévus par ledit code. Aux termes de l'art. 248 al. 3 let. a CPP, le Tmc statue définitivement sur la demande de levée des scellés au stade de la procédure préliminaire. Le recours au Tribunal fédéral est par conséquent directement ouvert (art. 80 LTF).
1.1 La décision attaquée est susceptible de causer un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, en ce sens qu'elle pourrait, selon la recourante, conduire à dévoiler ses secrets commerciaux et d'affaires au sens de l'art. 162 CP.
1.2 Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF); la recourante a qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF, à l'exception de la demande, faite en réplique, tendant à ce que le Tribunal fédéral procède lui-même à une audition de témoin. Un tel acte d'instruction n'entre pas en considération, la procédure d'instruction devant le Tribunal fédéral étant limitée, selon l'art. 102 LTF, à un ou plusieurs échanges d'écritures.
Sous cette réserve, il y a lieu d'entrer en matière.
1.3 La procédure judiciaire de levée des scellés ne saurait être assimilée à une procédure sur mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF. La recourante n'est donc pas limitée dans ses griefs, qui peuvent se rapporter au droit fédéral ou constitutionnel (art. 95 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), et ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
2. Invoquant son droit d'être entendue, la recourante estime que la décision attaquée ne se serait pas prononcée sur ses arguments concernant la pertinence des documents, la protection de ses secrets d'affaires et de fabrication, les motifs liés à la concurrence ainsi que la crédibilité de la déposition impliquant la recourante. La décision attaquée serait également lacunaire en ce qui concerne le principe de proportionnalité puisqu'elle se borne à affirmer qu'il n'existe pas d'autre moyen pour parvenir au but recherché.
2.1 Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., implique pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives pour l'issue du litige (ATF 137 II 266 consid. 3.2 p. 270; 136 I 229 consid. 5.2 p. 236; 134 I 83 consid. 4.1 et les arrêts cités). La portée de l'obligation de motiver dépend des circonstances concrètes telles que la nature de la procédure, la complexité des questions de fait ou de droit ainsi que la gravité de l'atteinte portée à la situation juridique des parties (ATF 133 II 429 consid. 5.1.1 - non publié).
2.2 En l'occurrence, l'ordonnance attaquée expose l'origine et la nature des soupçons. Dans un premier temps, une société s'était plainte de l'utilisation sans droit de sa raison sociale apposée sur des bouteilles de Twanner, Aigle et St-Saphorin 2006. La société en question ayant retiré sa plainte, l'instruction s'est poursuivie pour les chefs d'escroquerie, falsification de marchandise et faux. Y._ n'ayant fourni les justificatifs que pour les deux premières sortes de vin, mais ayant refusé de préciser la quantité de St-Saphorin acquise auprès de X._ AG, le Procureur s'était adressé directement à cette dernière. L'ordonnance attaquée rappelle ensuite le déroulement de la procédure, ainsi que les motifs invoqués par le Procureur à l'appui de sa demande de levée de scellés. En droit, le Tmc a considéré qu'il existait des soupçons suffisants, puisque l'on ignorait la provenance et la quantité du St-Saphorin 2006 fourni au prévenu. La mesure d'instruction était pertinente et proportionnée, X._ AG ne pouvant se prévaloir d'aucun secret protégé au sens de l'art. 173 CPP.
Cette motivation, si elle ne répond pas à l'ensemble des objections soulevées par la recourante, permet néanmoins à cette dernière de comprendre les raisons du prononcé autorisant la levée des scellés, et de l'attaquer en toute connaissance de cause. Cela est suffisant, sous l'angle du droit d'être entendu.
3. La recourante se plaint d'une violation des art. 265 al. 2, 173 al. 2 et 169 CPP, ainsi que du secret commercial protégé à l'art. 162 CP et du principe de la proportionnalité. Elle estime, contrairement au Tmc, que la comptabilité commerciale et les bulletins de livraison seraient couverts par le secret d'affaires, s'agissant des noms de ses fournisseurs et clients, des prix et des marges, qui sont des éléments étrangers à l'enquête. Leur révélation pourrait constituer une infraction à l'art. 162 CP. L'intérêt au maintien du secret devrait l'emporter sur celui de l'enquête, car les mêmes renseignements auraient pu être obtenus en interrogeant le prévenu ou la recourante elle-même, voire en exigeant des extraits de comptabilité, le cas échéant caviardés. La recourante estime qu'il n'existerait pas d'indices suffisants d'une infraction, les soupçons étant fondés sur une simple "absence d'information" au sujet de la provenance et des quantités de vin, ainsi que sur les déclarations incohérentes d'un témoin. La recourante se plaint à ce sujet d'établissement inexact des faits, ainsi que d'arbitraire.
3.1 Selon l'art. 246 CPP, les documents écrits peuvent être soumis à perquisition lorsqu'il y a lieu de présumer qu'ils contiennent des informations susceptibles d'être séquestrées. Les documents sont mis sous scellés lorsque l'intéressé fait valoir son droit de refuser de déposer ou de témoigner (art. 248 al. 1 CPP). Disposent notamment d'un droit de refuser de témoigner - respectivement de déposer - les personnes dont les déclarations sont susceptibles de les mettre en cause soit pénalement, soit civilement (art. 169 al. 1 et 265 al. 2 let. c CPP), ainsi que les détenteurs de secrets professionnels ou de fonction au sens des art. 170 ss CPP.
3.2 Saisi d'une demande de levée de scellés, le Tmc doit examiner d'une part s'il existe des soupçons suffisants de l'existence d'une infraction et d'autre part si les documents présentent apparemment une pertinence pour l'instruction en cours (cf. art. 197 al. 1 let. b-d CPP). Cette question ne peut être résolue dans le détail, puisque le contenu même des documents mis sous scellés n'est pas encore connu. L'autorité de levée des scellés doit s'en tenir, à ce stade, au principe de l'"utilité potentielle". En présence d'un secret professionnel avéré, au sens de l'art. 171 CPP, l'autorité de levée des scellés élimine les pièces couvertes par le secret professionnel et prend ensuite les mesures nécessaires pour préserver, parmi les documents remis aux enquêteurs, la confidentialité des tiers (ATF 132 IV 63 concernant la saisie de données chez un avocat).
3.3 La recourante conteste en vain l'existence de soupçons suffisants. En effet, il est apparu dans un premier temps qu'une raison sociale avait été apposée sans droit sur des bouteilles de vin acquis auprès de la recourante, notamment de l'appellation St-Saphorin. Il apparaît légitime, dans ces circonstances, de vouloir vérifier la provenance et l'authenticité du produit, ce d'autant que le prévenu a refusé d'indiquer la quantité qu'il avait acquise. Les soupçons apparaissent ainsi suffisants, indépendamment des déclarations contestées concernant les effets de la grêle de 2005 sur la récolte de 2006.
3.4 La pertinence prima facie des documents saisis ne saurait, elle non plus, être contestée. Le prévenu lui-même a en effet refusé de s'expliquer sur les quantités acquises, de sorte que l'autorité d'instruction était forcée de s'adresser au fournisseur. Un simple interrogatoire de ce dernier n'aurait à l'évidence pas la même force probante que la production des documents comptables.
3.5 La recourante se prévaut également en vain de ses secrets d'affaires. Ceux-ci ne bénéficient pas de la même protection que le secret de fonction ou le secret professionnel visés aux art. 170 et 171 CPP. Selon l'art. 173 al. 2 CPP en effet, les détenteurs d'autres secrets protégés par la loi sont tenus de déposer. Il peuvent en être dispensés par la direction de la procédure lorsqu'il apparaît vraisemblable que l'intérêt au maintien du secret l'emporte sur l'intérêt à la manifestation de la vérité, ce qui constitue un simple cas d'application du principe de la proportionnalité.
En l'occurrence, l'ordre de production est limité aux documents comptables relatifs à une appellation précise, pour les années 2005 à 2007, ainsi qu'aux bulletins de livraison concernant un acheteur déterminé. Il n'est guère vraisemblable que la production de ces documents soit susceptible de porter sérieusement atteinte aux intérêts de la recourante. Celle-ci se limite à de simples affirmations, sans rendre "vraisemblable" l'existence d'un intérêt prépondérant. Elle ne saurait d'ailleurs prétendre qu'en produisant ses propres documents comptables, elle pourrait s'exposer à des poursuites pour infraction à l'art. 162 CP. En effet, l'ordre de production émanant de l'autorité d'instruction constitue un motif justificatif au sens de l'art. 14 CP. La recourante est enfin protégée contre une divulgation de données sensibles: la procédure préliminaire n'est soumise à aucune publicité (art. 69 al. 3 let. a CPP) et la plaignante initiale, qui a retiré sa plainte, ne participe donc plus à la procédure. La recourante qui, selon le Ministère public, a le même comptable que le prévenu, ne saurait prétendre avoir des secrets à l'égard de ce dernier.
3.6 En définitive, l'ordonnance attaquée ne viole nullement le droit fédéral. Le grief d'arbitraire, qui n'a en l'occurrence aucune portée propre, doit lui aussi être rejeté.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, au Ministère public central du canton de Vaud, Division entraide, criminalité économique et informatique, à Y._ et au Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud.
Lausanne, le 14 mars 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
Le Greffier: Kurz