Faits:
A. La société X._ SA (ci-après : la société), dont le siège est à Y._, a pour but la fabrication et la commercialisation d'appareils médicaux. Le conseil d'administration est composé de sept membres. A._ et B._ en sont respectivement président et secrétaire avec signature collective à deux.
Le 6 mars 2006, la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes (ci-après : la caisse), à laquelle la société est affiliée, a procédé à un contrôle d'employeur. Le 20 mars 2006, la caisse a soumis à la société un projet de taxation, faisant état d'une reprise de cotisations en relation avec des rémunérations versées durant les années 2001 à 2004 à trois administrateurs, soit A._, B._ et C._, ainsi qu'à trois employés E._, F._ et D._.
Par décision du 6 avril 2006, la caisse a fixé les cotisations AVS/AI/APG/AC arriérées dues à ce titre pour la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2004 à 82'140 fr. 80 (y compris les frais d'administration) et à 19'619 fr. 15 pour l'assurance-chômage (y compris la cotisation de solidarité pour 2001). Elle a également réclamé les intérêts moratoires dus jusqu'au 6 avril 2006 par 14'269 fr. 60 soit au total 116'029 fr. 55. Le même jour, la caisse a rendu une autre décision par laquelle elle a exigé de la part de la société le versement de 16'196 fr. pour les cotisations au régime d'allocations familiales (y compris les frais d'administration et de contrôle).
La société a formé une opposition que la caisse a rejetée par décision du 12 juin 2006.
B. Le 14 juillet 2006, la société X._ SA a recouru auprès du Tribunal des assurances sociales de la République et Canton de Genève contre la décision sur opposition en concluant à son annulation dans la mesure où elle concerne A._, B._ et C._. S'agissant de D._, E._ et F._, la société s'en est remise à l'appréciation du Tribunal. Elle a motivé ses conclusions en alléguant que les trois premiers étaient bien administrateurs de la société mais qu'ils ne touchaient aucune rémunération à ce titre. Les montants versés représentaient des honoraires d'avocat ou de consultant, car la société avait recours à leurs services en qualité de mandataires qualifiés.
Par jugement du 30 avril 2007, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a rejeté le recours. La juridiction cantonale a considéré que la société n'avait pas rapporté la preuve que les administrateurs exerçaient des activités indépendantes dans le cadre de la société et partant que leurs rémunérations devaient être exclues du salaire déterminant.
C. X._ SA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. A titre principal, elle conclut à ce que la décision de taxation de l'intimée soit annulé en tant qu'elle concerne A._ et B._; elle admet en revanche la taxation de D._, ainsi que de E._, F._ et C._. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause au Tribunal cantonal.
La caisse conclut au rejet du recours et à la confirmation du jugement cantonal. A._ et B._ concluent à l'annulation du jugement cantonal et de la décision administrative dans la mesure où elle les concerne, avec suite de frais et dépens. C._, D._ et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Compte tenu des conclusions de la recourante, le litige devant l'instance fédérale porte uniquement sur le statut de cotisants de A._ et B._ au regard de l'AVS, en particulier sur le point de savoir si des cotisations personnelles sont dues sur les rémunérations que X._ SA leur a versées entre 2001 et 2004.
2. La IIe Cour de droit social du Tribunal fédéral est compétente pour statuer sur les décisions fixant le statut de cotisant AVS sur la base des art. 5 et 9 LAVS (art. 82 let. a LTF et 35 let. a RTF). Cela vaut également lorsque le litige a trait à l'assujettissement au paiement des cotisations aux caisses d'allocations familiales régies par le droit cantonal (art. 27 al. 1 Loi sur les allocations familiales du 1er mars 1996; LAF; RSG J 5 10). Bien que les assurances sociales cantonales entrent formellement dans la compétence de la Ière Cour de droit social (art. 34 let. e RTF), des raisons d'économie de procédure justifient toutefois que la IIe Cour de droit social traite de ces questions dans le présent arrêt (arrêt 9C_465/2007 du 20 décembre 2007, consid. 1).
3. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur une violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'en écarter doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération.
4. 4.1 La caisse a retenu que A._ avait perçu des honoraires d'administrateur de 389'736 fr. entre 2001 et 2004 (84'000 fr. pour 2000, 83'736 fr. pour 2001 et 74'000 fr. par année de 2002 à 2004), tandis que les honoraires de B._ s'étaient élevés à 360'000 fr. entre 2001 et 2004 (72'000 fr. en 2001, 74'000 fr. et 66'000 fr. en 2002 ainsi que 74'000 fr. par année en 2003 et 2004). Ces montants convertis en valeurs brutes ont servi de base au calcul des cotisations réclamées.
4.2 La recourante ne conteste pas les montants reçus par A._ et B._ mais elle allègue que ses administrateurs ne recevaient aucune rémunération et que les montants en cause étaient versés en raison de mandats spécifiques qui leur étaient confiés et qui étaient rémunérés en fonction des heures effectuées.
5. 5.1 Le salaire déterminant, au sens de l'art. 5 al. 2 LAVS, comprend toute rémunération pour un travail dépendant, fourni pour un temps déterminé ou indéterminé. Font partie du salaire déterminant, par définition, toutes les sommes touchées par le salarié, si leur versement est économiquement lié au contrat de travail; peu importe, à ce propos, que les rapports de service soient maintenus ou aient été résiliés, que les prestations soient versées en vertu d'une obligation ou à titre bénévole (ATF 128 V 176 consid. 3c p. 180, 126 V 221 consid. 4a p. 222, 124 V 100 consid. 2 p. 101 et la jurisprudence citée).
Selon l'art. 7 let. h RAVS, le salaire déterminant pour le calcul des cotisations comprend notamment, dans la mesure où il ne s'agit pas d'un dédommagement pour frais encourus, les tantièmes, les indemnités fixes et les jetons de présence des membres de l'administration et des organes dirigeants des personnes morales (teneur en vigueur depuis le 1er janvier 1999, la modification du 16 septembre 1998 n'ayant aucune incidence dans le cas d'espèce; sur l'art. 7 let. h RAVS dans son ancienne teneur, cf. ATF 123 V 161 consid. 2, 4b et 5a pp. 163 ss).
Lorsque des honoraires sont versés par une société anonyme à un membre du conseil d'administration, il est présumé qu'ils lui sont versés en sa qualité d'organe d'une personne morale et qu'ils doivent être, par conséquent, considérés comme salaire déterminant (RCC 1983 p. 22 consid. 2; Greber/Duc/Scartazzini, Commentaire des articles 1 à 16 de la loi fédérale sur l'assurance-vieillesse et survivants [LAVS], note 40 ad art. 5). C'est le cas même si les indemnités sont proportionnelles à l'activité et à l'état des affaires (RCC 1952 p. 272).
Cette présomption peut être renversée en établissant que les honoraires versés ne font pas partie du salaire déterminant; c'est le cas lorsque les indemnités n'ont aucune relation directe avec le mandat de membre du conseil d'administration mais qu'elles sont payées pour l'exécution d'une tâche que l'administrateur aurait assumée même sans appartenir au conseil d'administration (ATF 105 V 113 consid. 3 p. 114; RCC 1953 p. 442).
5.2 Dans le cas particulier, il n'est pas prétendu que les montants versés à A._ et B._ représenteraient un dédommagement pour des frais encourus. On doit ainsi présumer qu'il s'agit d'un salaire.
5.3 Dans le domaine des assurances sociales notamment, la procédure est régie par le principe inquisitoire, selon lequel les faits pertinents de la cause doivent être constatés d'office par le juge. Mais ce principe n'est pas absolu. Sa portée est restreinte par le devoir des parties de collaborer à l'instruction de l'affaire. Celui-ci comprend en particulier l'obligation des parties d'apporter, dans la mesure où cela peut être raisonnablement exigé d'elles, les preuves commandées par la nature du litige et des faits invoqués, faute de quoi elles risquent de devoir supporter les conséquences de l'absence de preuves (ATF 125 V 193 consid. 2 p. 195 et les références; cf. ATF 130 I 180 consid. 3.2 p. 183).
Selon la jurisprudence et la doctrine, l'autorité administrative ou le juge ne doivent considérer un fait comme prouvé que lorsqu'ils sont convaincus de sa réalité (Kummer, Grundriss des Zivilprozessrechts, 4e éd., Berne 1984, p. 136; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2e éd., p. 278 ch. 5). Dans le domaine des assurances sociales, le juge fonde sa décision, sauf dispositions contraires de la loi, sur les faits qui, faute d'être établis de manière irréfutable, apparaissent comme les plus vraisemblables, c'est-à-dire qui présentent un degré de vraisemblance prépondérante. Il ne suffit donc pas qu'un fait puisse être considéré seulement comme une hypothèse possible. Parmi tous les éléments de fait allégués ou envisageables, le juge doit, le cas échéant, retenir ceux qui lui paraissent les plus probables (ATF 126 V 353 consid. 5b p. 360, 125 V 193 consid. 2 p. 195 et les références; cf. ATF 130 III 321 consid. 3.2 et 3.3 pp. 324 ss). Aussi n'existe-t-il pas, en droit des assurances sociales, un principe selon lequel l'administration ou le juge devrait statuer, dans le doute, en faveur de l'assuré (ATF 126 V 319 consid. 5a p. 322).
6. 6.1 Dans leur appréciation, les juges cantonaux ont retenu que A._ était président du conseil d'administration depuis la fondation de la société, qu'il avait une adresse électronique auprès de la recourante, que son adresse professionnelle avait toujours été identique à celle de la société et que la seule note d'honoraires, jointe au rapport de révision, concernait l'année 2004 et ne contenait aucun détail. S'agissant de B._, ils ont retenu qu'il avait toujours été membre du conseil d'administration de X._ SA, qu'il avait toujours été salarié de celle-ci jusqu'à fin 2000 et qu'il avait perçu un salaire mensuel de 6'000 fr. de janvier à décembre 2001. Ils ont également constaté que B._ avait exercé une activité d'administrateur en représentant la société lors de la signature des contrats et lors de l'augmentation du capital social. Enfin, l'autorité cantonale a admis que les montants versés à A._ et B._ étaient ceux retenus par la caisse (consid. 4.1).
6.2 Tous ces éléments relèvent du fait dans la mesure où il s'agit d'une appréciation concrète des circonstances et non de l'application de conséquences tirées exclusivement de l'expérience générale de la vie. Les constatations des premiers juges à ce propos lient donc le Tribunal fédéral pour autant qu'elles ne soient pas manifestement inexactes et ne reposent pas sur une violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 et 105 al. 1 et 2 LTF; arrêt 9C_301/2007 du 18 septembre 2007 consid. 3.1; voir aussi ATF 132 V 393 consid. 3.3 p. 399). L'autorité de première instance devant établir tous les faits pertinents pour l'application du droit, la violation de celui-ci peut consister en un état de fait incomplet (Alain Wurzburger, Présentation générale et système des recours, in: La nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, Lausanne 2007, p. 20 sv.).
L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore lorsque le juge a méconnu des preuves pertinentes ou s'est fondé exclusivement sur une partie des moyens de preuve (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40, 118 Ia 28 consid. 1b p. 30).
6.3 Dans un premier argument, la recourante soutient que l'autorité cantonale avait retenu de façon manifestement inexacte que A._ avait toujours eu ses bureaux dans les mêmes locaux que la recourante. Pour celle-ci, il est exact que A._ disposait de bureaux au siège social de la société lorsque celui-ci se trouvait à la route G._ et à la route H._ mais, en aucun cas, A._ n'a eu ses bureaux à la route I._ à Y._. Compte tenu du résultat auquel arrive l'autorité de céans, il n'est pas nécessaire de trancher cette question de fait.
6.3 Dans un premier argument, la recourante soutient que l'autorité cantonale avait retenu de façon manifestement inexacte que A._ avait toujours eu ses bureaux dans les mêmes locaux que la recourante. Pour celle-ci, il est exact que A._ disposait de bureaux au siège social de la société lorsque celui-ci se trouvait à la route G._ et à la route H._ mais, en aucun cas, A._ n'a eu ses bureaux à la route I._ à Y._. Compte tenu du résultat auquel arrive l'autorité de céans, il n'est pas nécessaire de trancher cette question de fait.
6.4 6.4.1 Dans un second argument, la recourante fait grief aux premiers juges d'avoir apprécié les preuves de façon arbitraire par le fait d'avoir nié que A._ et B._ avaient oeuvré en tant que mandataires, respectivement de consultants, en plus de leur activité d'administrateurs, car les notes d'honoraires produites établissent l'existence de mandats. De l'avis de la recourante, l'état de fait est ainsi lacunaire et a été établi en violation du droit.
6.4.2 S'agissant des notes d'honoraires produites par la recourante en procédure cantonale, il faut d'abord constater qu'elles ont été dûment prises en compte par l'autorité cantonale qui a retenu qu'elles avaient été produites dans des circonstances curieuses et qu'elles étaient d'autant moins probantes que le montant total des honoraires a été limité et qu'il ne correspondait donc pas au temps consacré.
Afin d'apprécier leur valeur probante, il faut relever que les montants réclamés sont effectivement des chiffres ronds, que le décompte des heures est global, qu'il ne figure aucun détail des heures par mandat exécuté et que le tarif horaire convenu n'est pas établi. De plus, il apparaît que les notes d'honoraires de A._ comportent un nombre important de points relevant typiquement de l'activité d'administrateur, en particulier la préparation et la convocation des séances du conseil d'administration, la procédure d'augmentation du capital social, la préparation du rapport annuel, les négociations avec les banques, et l'intervention auprès du registre du commerce.
En outre, toutes les notes d'honoraires, aussi bien de A._ que de B._ pour la période 2000 à 2004, mentionnent comme adresse de X._ SA «à la route I._, à Z._» alors que la recourante n'a été domiciliée à cette adresse qu'à partir de juillet 2004, ce qui tendrait à démontrer qu'elles ont été établies à des dates ultérieures à celles figurant sur le document et ceci pour les besoins de la cause. Enfin, la note d'honoraires de A._ pour 2004 - que le contrôleur a trouvée dans les dossiers de la société - est datée du 1er juillet 2004 et porte sur des honoraires pour un montant de 74'000 fr. Ceci voudrait dire qu'en juillet 2004 A._ savait déjà quel était le montant total de ses honoraires. Ce chiffre correspond exactement à sa note d'honoraires du 31 décembre 2004.
L'autorité cantonale a retenu, sans que cela ne soit contesté par la recourante, que B._ avait été salarié jusqu'en 2000 et que pour 2001 il avait reçu des salaires mensuels de 6'000 fr. A aucun moment, la recourante n'a expliqué ce qui aurait justifié un changement de statut de B._ au sein de la société.
Pour statuer, l'autorité cantonale n'avait aucunement besoin d'élucider les circonstances dans lesquelles les notes d'honoraires ont été produites, ou de s'interroger sur les raisons de leur présence ou leur absence dans les pièces comptables de la recourante. En effet, ces éléments ne sont pas déterminants dans l'appréciation de cette preuve.
Concernant l'argument de la recourante et des intéressés qui prétendent que les notes d'honoraires étaient réduites pour tenir compte de la situation financière de la société, force est de constater qu'il a une portée restreinte car, si une telle pratique existe pour les avocats, elle est inexistante dans le monde scientifique où les consultants travaillent sur la base d'un tarif ou d'un arrangement tarifaire négocié. De plus, il apparaît surprenant que les honoraires de deux administrateurs, qui seraient rémunérés sur la base de mandats, soient identiques plusieurs années de suite.
6.5 Lorsque le président et le secrétaire d'un conseil d'administration d'une société soutiennent que les honoraires qu'ils ont reçus pour accomplir leur mandat de gestion constituent le revenu d'une activité indépendante, il leur incombe - dans le cadre de leur obligation de collaborer à l'instruction (ATF 125 V 193 consid. 2 p. 195) - de préciser ce que recouvraient leurs activités respectives d'administrateurs et de consultants. Pareille obligation concerne aussi la personne morale, d'autant plus qu'elle doit établir que les honoraires versés à ses administrateurs ne font pas partie du salaire déterminant (cf. consid. 5.1 supra).
Dans le cas d'espèce, la recourante n'a pas exposé concrètement en quoi aurait consisté l'activité indépendante de consultants prétendument exercée par A._ et B._. Dans ces conditions, les arguments de la société recourante et des deux administrateurs prénommés ne permettent pas d'admettre que les premiers juges auraient constaté les faits pertinents de façon manifestement inexacte. Il n'y a donc pas lieu de s'écarter de l'appréciation qu'a faite la juridiction cantonale des pièces du dossier en retenant que les activités accomplies par A._ et B._ pour X._ SA étaient de nature dépendante pour l'AVS.
7. Le recours doit donc être rejeté.
8. La procédure est onéreuse (art. 62 LTF). La recourante, qui succombe, doit ainsi en supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF). Une partie des frais judiciaires sera également mise à la charge de A._ et B._; en effet, en procédure fédérale, ils ont pris des conclusions condamnatoires contre l'intimée, en ayant assurément un intérêt juridique propre à l'issue du litige (ATF 127 V 107 consid. 6b p. 111; Hansjörg Seiler, Bundesgerichtsgesetz, Berne 2007, n. 14 ad art. 66).
Comme A._ et B._ n'obtiennent pas gain de cause, ils n'ont pas droit aux dépens (art. 68 LTF). Il en va de même des autres intéressés, car ils ne se sont pas déterminés.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont répartis comme suit :
- X._ SA : 2'500 fr.;
- A._ : 1'250 fr.;
- B._ : 1'250 fr.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 1er juillet 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Berthoud