Faits:
A. Le 24 avril 2009, le Juge d'instruction du canton de Genève a inculpé B._, ainsi que quatre autres administrateurs de la société de gestion de fortune X._ (ci-après: la société), de gestion déloyale. Il leur est reproché d'avoir porté atteinte à leurs clients en plaçant l'essentiel de leurs avoirs dans des "fonds Madoff", sans contrôler la réalité de ces placements et en percevant des rémunérations anormalement élevées.
Dans le cadre de cette enquête, le Juge d'instruction avait précédemment ordonné la saisie d'avoirs bancaires et d'immeubles appartenant aux inculpés. En particulier, par ordonnance du 3 mars 2009, il a ordonné la saisie conservatoire d'un immeuble détenu par B._ à Vandoeuvres, avec inscription d'une restriction d'aliéner au registre foncier. Par ordonnance du 11 mars 2009, il a étendu sa mesure de blocage à tous les immeubles détenus par les épouses et enfants des inculpés.
B._ a saisi la Chambre d'accusation genevoise de deux recours. Le premier était dirigé contre la décision du 3 mars 2009 concernant la villa familiale; le second contre l'ordonnance du 11 mars 2009, concernant quatre immeubles à Collex-Bossy, Genève-Cité, Genève-Plainpalais et Thônex. Il estimait que ces décisions étaient dépourvues de motivation.
B. Par ordonnance du 10 juin 2009, statuant notamment sur ces deux recours, la Chambre d'accusation les a rejetés. Le recourant avait produit des tableaux récapitulatifs des commissions perçues; cette pièce nouvelle était irrecevable, de même que la conclusion tendant à ce que le magistrat instructeur les examine dans un délai déterminé. Les ordonnances attaquées étaient succinctement motivées, mais il en ressortait suffisamment clairement que les biens avaient été saisis à titre de produit de l'infraction. Les inculpés avaient retiré d'importants bénéfices de leur activité, durant environ dix ans. Pour la seule année 2007, ils avaient reçu entre 25 et 28 millions de francs. Après l'arrestation de Bernard Madoff le 11 décembre 2008, il était apparu que la valeur des investissements était nulle, et les inculpés n'avaient eu comme seul souci que celui de préserver leurs avoirs en retirant et en transférant d'importants montants. On ne pouvait exclure, à ce stade, que les immeubles saisis constituent, en tout cas pour partie, des producta sceleris. Leur montant total - plus de 12 millions de francs - n'apparaissait pas manifestement supérieur aux gains illicites qu'auraient retirés les inculpés. Ceux-ci ne prétendaient pas subir un dommage irréparable; le juge d'instruction avait d'ailleurs consenti à la libération des montants nécessaires aux besoins urgents. Les cinq inculpés semblaient disposer d'avoirs très substantiels qu'ils avaient transférés à l'étranger.
C. B._ forme un recours en matière pénale. Il conclut à l'annulation de cette dernière ordonnance et de la décision de saisie du Juge d'instruction du 3 mars 2009, à la levée des saisies et à la radiation des inscriptions correspondantes au registre foncier.
La Chambre d'accusation se réfère à sa décision. Le Ministère public conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision de saisie prise au cours de la procédure pénale, et confirmée en dernière instance cantonale (art. 80 LTF).
1.1 Le recours est dirigé contre l'ordonnance de la Chambre d'accusation, en tant que cette dernière confirme la saisie ordonnée le 3 mars 2009. Dans la mesure où le recourant est propriétaire ou copropriétaire des immeubles concerné, il a qualité pour recourir.
1.2 La décision par laquelle le juge prononce, maintient ou refuse un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Conformément à l'art. 93 al. 1 let. a LTF, une telle décision ne peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable. Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 89 I 185 consid. 4 p. 187 et les références).
En l'occurrence, les ordonnances de saisie visent non pas des avoirs bancaires, mais des immeubles, en particulier la villa familiale du recourant. Dans ce cas, l'intéressé conserve l'usage de la chose, mais ne peut en disposer librement. Pour qu'il y ait un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, le recourant doit donc démontrer que l'entrave à ce droit de disposition lui cause un dommage particulier qui ne pourra être réparé par la suite. En l'occurrence, le recourant ne démontre rien de tel, de sorte que la recevabilité du recours apparaît douteuse. La question peut néanmoins rester indécise.
2. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir établi les faits de manière inexacte sur plusieurs points. Les investissements litigieux auraient été faits dans un seul fonds (soit l'un des dix compartiments du fonds Hermes International Fund Ltd, géré par Bernard Madoff); les investissements n'étaient pas intervenus depuis 1999: trois quarts d'entre eux avaient été effectués en 2006 et 2008; les montants investis seraient d'environ 29,5 millions de francs, et non 800 millions à 1 milliard de francs; les rémunérations perçues pour 2007 n'étaient pas de 25 à 28 millions de francs, mais de 2,2 millions de francs au total. Ces éléments de fait seraient déterminants pour juger de la proportionnalité des séquestres litigieux.
2.1 Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (art. 98 LTF; cf. ATF 126 I 97 consid. 1c p. 102). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'art. 106 al. 2 LTF prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée en quoi consiste sa violation (cf. ATF 134 III 186 consid. 5 p. 187; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 130 I 26 consid. 2.1. p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261s). Le recours satisfait à ces exigences car le recourant invoque expressément la garantie de la propriété. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4. p. 589; 130 I 258 consid. 1.3 et les arrêts cités).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Dans le cadre d'un recours dirigé contre une mesure provisionnelle, le recourant ne peut critiquer la constatation des faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis en violation de droits fondamentaux, ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité, pratiquement, à l'arbitraire (cf. ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
2.3 En l'occurrence, l'évaluation des profits retirés par les inculpés se fonde sur le résultat des perquisitions menées par le Juge d'instruction auprès du réviseur de la société et de la banque dépositaire des avoirs. Il en ressortait que la société avait vu sa masse en gestion fondre de 1 milliard de francs à 200 millions de francs après la disparition des "fonds Madoff". En dépit de cette situation catastrophique, les inculpés se seraient empressés de faire disparaître une partie de leur patrimoine, constitué notamment par des rémunérations excessives.
Ouverte au mois de février 2009, l'enquête n'en est manifestement qu'à ses débuts. Il y aura donc lieu de déterminer l'ampleur de l'ensemble des investissements opérés dans le cadre de la société, ainsi que les rémunérations perçues par les inculpés. L'argumentation de détail proposée par le recourant apparaît ainsi prématurée et la cour cantonale n'a commis aucun arbitraire en refusant d'en tenir compte à ce stade.
3. Le séquestre pénal est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, l'arrêt cantonal est fondé sur l'art. 181 al. 1 CPP/GE, disposition selon laquelle le juge d'instruction saisit les objets et les valeurs susceptibles d'être confisqués ou réalisés en exécution d'une créance compensatrice. En l'occurrence, il s'agit de la saisie conservatoire du produit présumé de l'infraction (producta sceleris). Comme cela ressort du texte de l'art. 181 al. 1 CPP/GE, une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral. Une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines; en outre, le juge doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire, ce qui exclut que le juge résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99; 103 Ia 8 consid. III/1c p. 13; 101 Ia 325 consid. 2c p. 327). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
3.1 Le recourant relève que la valeur des biens saisis ne doit pas correspondre au montant des investissements perdus par les investisseurs, mais uniquement au produit de l'éventuelle infraction, soit en l'occurrence les gains illicites prétendument réalisés par les prévenus. Il relève aussi que le montant des avoirs bancaires déjà saisis s'élèverait à plus de 12 millions de francs alors que le produit de l'éventuelle infraction serait d'environ 2,26 millions de francs. Les biens immobiliers saisis ne pourraient pas constituer le produit de l'infraction.
3.2 Comme cela est relevé ci-dessus, la suite de l'instruction devra notamment permettre de définir l'ampleur des placements opérés par le biais de la société, ainsi que les rémunérations qui ont été effectivement perçues par les inculpés. Les pièces auxquelles le recourant se réfère n'apportent pas une réponse définitive à ces questions. Les inculpés seront aussi amenés à s'expliquer sur l'origine de leurs avoirs bancaires et de leurs biens immobiliers. En l'état, on ne saurait exclure que les biens saisis, même d'origine licite, puissent servir, à tout le moins partiellement, au paiement d'une créance compensatrice.
La Chambre d'accusation a également retenu, sans être contredite par le recourant, que les inculpés avaient tenté de soustraire leurs avoirs à toute mainmise en retirant et en transférant une partie importante de leurs profits au moment où la situation s'est péjorée. Dans ces circonstances, le Juge d'instruction était légitimé, avant de déterminer précisément l'ampleur des éventuels profits illicites, à procéder à des saisies élargies. De ce point de vue, la saisie litigieuse apparaît en l'état conforme au principe de la proportionnalité.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté, en tant qu'il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté en tant qu'il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, au Procureur général et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 26 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz