Sachverhalt:
A. Am 24. November 2009 beschloss der Kantonsrat des Kantons Zürich eine Teilrevision des kantonalen Richtplans zu den Bereichen Gewässer, Gefahren sowie Ver- und Entsorgung. Im Kapitel 5.3, Materialgewinnung, setzte er unter anderem neu eine Kiesgrube bei Tagelswangen in der Gemeinde Lindau fest. Die Richtplanänderungen wurden im kantonalen Amtsblatt vom 4. Dezember 2009 publiziert.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, eventuell subsidiärer Verfassungsbeschwerde, vom 11. Januar 2010 beantragt die politische Gemeinde Lindau, der Beschluss des Kantonsrats vom 24. November 2009 sei bezüglich der Festsetzung der Kiesgrube Tagelswangen aufzuheben.
C. Der Kantonsrat und der Regierungsrat des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Verfahrensbeteiligten halten in weiteren Eingaben an ihren Anträgen und deren Begründung fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist der Entscheid des Kantonsparlaments über die Änderung des kantonalen Richtplans (Art. 6 ff. RPG; SR 700). Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Festsetzung des Richtplans erfolgt durch den Kantonsrat (§ 32 Abs. 1 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975; PBG/ZH; LS 700.1). Dabei kommen im Wesentlichen die Grundsätze des kantonalen Rechtssetzungsverfahrens zur Anwendung. Der Richtplan unterliegt deshalb der Beschwerde gegen einen kantonalen Erlass im Sinne von Art. 82 lit. b BGG (Regina Kiener, Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in: Neue Bundesrechtspflege, Berner Tage für die juristische Praxis 2006, S. 240; Heinz Aemisegger/Karin Scherrer, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 39 zu Art. 82 BGG; Heinz Aemisegger, in: Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, 2010, N. 29 zu Art. 34 RPG). Nach Art. 87 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde unmittelbar gegen den kantonalen Erlass zulässig, sofern kein anderes Rechtsmittel ergriffen werden kann. Das Zürcher Recht sieht kein Rechtsmittel gegen die Richtplanfestsetzung vor. Akte des Kantonsrats sind vom Rekurs an eine kantonale Rechtsmittelinstanz ausdrücklich ausgenommen (§ 19 Abs. 2 lit. b des kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959; VRG/ZH; LS 175.2). Ausserdem kommt dem Richtplan insgesamt vorwiegend politischer Charakter zu (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4327). Auch aus diesem Grund kann der Beschluss des Kantonsrats über die Richtplanfestsetzung beim Bundesgericht direkt angefochten werden (Art. 86 Abs. 3 BGG; Urteil des Bundesgerichts 1C_101/2007 vom 26. Februar 2008 E. 1.4). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit grundsätzlich zulässig. Die eventualiter erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde kommt somit nicht zum Zug.
1.2 Richtpläne unterliegen der Genehmigung durch den Bundesrat (Art. 11 RPG). Für den Bund und die Nachbarkantone werden Richtpläne erst mit dieser Genehmigung verbindlich (Art. 11 Abs. 2 RPG). Daraus ergibt sich e contrario, dass die bundesrätliche Genehmigung im Bereich innerkantonaler Fragen deklaratorisch wirkt. Insofern unterscheiden sich die Rechtswirkungen der Genehmigung des Richtplans von jenen der Genehmigung eines Nutzungsplans (vgl. Art. 26 Abs. 3 RPG; BGE 135 II 22 E. 1.2.1 S. 24 mit Hinweisen). Die Kantone können den innerkantonalen Teil des Richtplans schon vor der Genehmigung in Kraft treten lassen (Pierre Tschannen, in: Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, N. 36 zu Art. 11 RPG und N. 19 zu Art. 10 RPG). Der Festsetzungsbeschluss des Kantonsrats ist für die Gemeinde ungeachtet der Genehmigung des Richtplans durch den Bundesrat rechtlich verbindlich (Art. 9 Abs. 1 RPG und § 32 Abs. 1 PBG/ZH). Es liegt insoweit ein anfechtbarer Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG vor (vgl. Aemisegger/Scherrer, a.a.O., N. 38 zu Art. 82 BGG).
1.3 Richtpläne sind nach Art. 9 Abs. 1 RPG für Behörden verbindlich. Gemeinden, die sich durch einen kantonalen Richtplan in ihrer Autonomie verletzt fühlen, können ihn gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG vor dem Hintergrund der bisherigen Rechtsprechung direkt und unter Umständen auch akzessorisch anfechten (BGE 119 Ia 285 E. 3b S. 290 und E. 4a S. 293 f.; 111 Ia 129 E. 3c, d S. 130 f.; Kiener, a.a.O., S. 240; Aemisegger/Scherrer, a.a.O., N. 38 zu Art. 82 BGG; Aemisegger, a.a.O., N. 28 zu Art. 34). Die Gemeinde wird durch die umstrittene Richtplanfestsetzung insbesondere als Trägerin der kommunalen Richt- und Nutzungsplanung (§§ 31 f. und 45 PBG/ZH) sowie als Baubewilligungsbehörde (§ 318 PBG/ZH) in ihren hoheitlichen Befugnissen betroffen. Damit ist sie nach Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG berechtigt, unter Berufung auf Art. 50 Abs. 1 BV und Art. 85 KV/ZH (SR 131.211) Beschwerde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie zu erheben (BGE 135 I 302 E. 1.1 S. 304 mit Hinweisen). Ob ihr die beanspruchte Autonomie tatsächlich zukommt, ist eine Frage der materiellen Beurteilung (BGE 135 I 43 E. 1.2 S. 45 mit Hinweisen).
1.4 Zudem kann sich die Beschwerdeführerin auf die allgemeinen Legitimationsbestimmungen von Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG berufen. Dieses allgemeine Beschwerderecht ist grundsätzlich auf Privatpersonen zugeschnitten. Gemeinwesen können es für sich in Anspruch nehmen, wenn sie durch die angefochtene Verfügung gleich oder ähnlich wie Private betroffen sind (BGE 135 I 43 E. 1.3 S. 47; 135 II 156 E. 3.1 S. 157; je mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung kann jedoch ein Gemeinwesen auch zur Beschwerde legitimiert sein, wenn es durch den angefochtenen Entscheid in seinen hoheitlichen Befugnissen und Aufgaben berührt wird. Die Gemeinden sind mithin zur Beschwerdeführung befugt, wenn sie als Gebietskorporationen öffentliche Anliegen wie den Schutz der Einwohner zu vertreten haben und insofern durch Einwirkungen, welche von Bauten und Anlagen ausgehen, in hoheitlichen Befugnissen betroffen werden (vgl. BGE 131 II 753 E. 4.3.3 S. 759 f.; 124 II 293 E. 3b S. 304; 123 II 371 E. 2c S. 374 f.; mit zahlreichen Hinweisen). Diese Voraussetzungen sind im vorliegenden Fall in Bezug auf die Gemeinde Lindau erfüllt. Sie wehrt sich mit ihrer Beschwerde als Trägerin der kommunalen Planungshoheit gegen die unerwünschten Auswirkungen, die sich ihrer Meinung nach aus der angefochtenen Richtplanrevision ergeben. Sie ist direkt durch den angefochtenen Beschluss berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (siehe auch BGE 133 II 120, nicht publ. E. 1.2 in Sachen Kanton Thurgau gegen BAZL).
1.5 Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde kann eingetreten werden.
2. 2.1 Nach der Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Der Schutz der Gemeindeautonomie setzt eine solche nicht in einem ganzen Aufgabengebiet, sondern lediglich im streitigen Bereich voraus. Im Einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht (BGE 135 I 233 E. 2.2 S. 241 f.; 129 I 290 E. 2.1 S. 294; je mit Hinweisen).
2.2 Nach Art. 85 KV/ZH regeln die Gemeinden ihre Angelegenheiten selbstständig. Das kantonale Recht gewährt ihnen möglichst weiten Handlungsspielraum. Der Kanton berücksichtigt die möglichen Auswirkungen seines Handelns auf die Gemeinden, die Städte und auf die Agglomerationen (Art. 85 Abs. 2 KV/ZH). Er hört die Gemeinden rechtzeitig an (Art. 85 Abs. 3 KV/ZH). Verfassungsmässige Schranken bei der Umschreibung der Gemeindeautonomie durch die kantonale Gesetzgebung sind für den hier betroffenen Bereich nicht ersichtlich und auch nicht vorgebracht. Die Autonomie der Beschwerdeführerin reicht deshalb so weit, als dies die kantonale Gesetzgebung zum Planungs- und Baurecht zulässt. Wie das Bundesgericht mehrfach entschieden hat, steht den Zürcher Gemeinden aufgrund von § 2 lit. c und §§ 45 ff. PBG/ZH insbesondere beim Erlass der Ortsplanung ein weiter Gestaltungsspielraum zu; sie sind insoweit grundsätzlich autonom (BGE 119 Ia 285 E. 4b S. 295 mit Hinweisen). Die Kantonsverfassung vom 27. Februar 2005 hat daran nichts geändert (Tobias Jaag, in: Kommentar zur Zürcher Kantonsverfassung, 2007, N. 11 zu Art. 85 KV/ZH).
2.3 Eine in ihrer Autonomie betroffene Gemeinde kann unter anderem geltend machen, die kantonale Behörde habe die Tragweite von verfassungsmässigen Rechten missachtet. Sie kann sich auf das Willkürverbot und auf Verfahrensgrundrechte berufen, soweit diese Vorbringen mit der behaupteten Rüge der Autonomieverletzung in engem Zusammenhang stehen. Die Anwendung von eidgenössischem und kantonalem Verfassungsrecht prüft das Bundesgericht mit freier Kognition, die Handhabung von Gesetzes- und Verordnungsrecht unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots. Das Bundesgericht auferlegt sich Zurückhaltung, soweit die Beurteilung der Streitsache von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (BGE 135 I 302 E. 1.2 S. 305 mit Hinweisen).
2.4 Im vorliegenden Fall wird die Autonomie der Beschwerdeführerin nicht dadurch tangiert, dass ein kommunaler Erlass im Genehmigungsverfahren oder eine Verfügung der Gemeinde in Anwendung von kommunalem, kantonalem oder eidgenössischem Recht in einem Rechtsmittelverfahren aufgehoben worden wäre. Die Beschränkung beruht vielmehr auf einer im Verfahren der Richtplanung ergangenen Anordnung des Kantonsrats (vgl. BGE 119 Ia 285 E. 4c S. 295 mit Hinweisen). Nach der bundesgerichtlichen Praxis kann der kantonale Gesetzgeber durch Gesetzesänderung die von ihm einmal gezogenen Schranken der Autonomie nachträglich enger ziehen, solange nicht irgendwelche unmittelbar durch die Verfassung gewährleisteten Befugnisse oder Anforderungen berührt werden. Gleiches gilt für Autonomiebeschränkungen, die sich durch Erlass oder Änderung der kantonalen Richtplanung ergeben (BGE 119 Ia 285 E. 4c S. 295 mit Hinweisen). Wird eine Gemeinde in dieser Weise durch eine kantonale Anordnung in ihrer Autonomie eingeschränkt, so kann sie insbesondere verlangen, dass die kantonale Behörde in formeller Hinsicht ihre Befugnisse nicht überschreitet und korrekt vorgeht und dass sie in materieller Hinsicht die kantonal- und bundesrechtlichen Vorschriften im autonomen Bereich nicht verletzt. Sie kann insbesondere vorbringen, der Eingriff in ihre Autonomie sei materiell rechtswidrig, etwa weil die neue richtplanerische Anordnung den gesetzlichen Zweck des Planungsinstrumentes verfehle (BGE 119 Ia 285 E. 4c S. 295 f. mit Hinweisen).
3. In der vorliegenden Angelegenheit ist die Festlegung eines neuen Kiesabbaugebiets auf dem Gebiet der Gemeinde Lindau umstritten. Die Gemeinde wird durch diese Festsetzung in ihrer Planungsfreiheit eingeschränkt. Nach Art. 44a Abs. 1 PBG/ZH werden für jene Flächen, die nach der Richtplanung für Materialgewinnung oder -ablagerung vorgesehen sind, kantonale oder regionale Gestaltungspläne festgesetzt. Die von der Richtplanfestsetzung betroffene Fläche wird somit der Planungshoheit der Gemeinde entzogen. Diese geht auf die kantonalen Behörden über, während den betroffenen Gemeinden ein Anhörungsrecht verbleibt (§ 44a Abs. 4 PBG/ZH). Diese Einschränkung planungsrechtlicher Entscheidungsbefugnisse stellt eine Beschränkung der Gemeindeautonomie, insbesondere der kommunalen Planungshoheit, dar.
3.1 Die Beschwerdeführerin kritisiert in formeller Hinsicht, dass kein genügendes Mitwirkungsverfahren stattgefunden habe. Sie macht geltend, der Kantonsrat gehe aufgrund mangelhafter Sachverhaltsabklärungen fälschlicherweise von einer Abbaudauer von 20 Jahren aus, während richtigerweise mit einer Abbaudauer von 50 Jahren gerechnet werden müsse, wobei darin der Zeitaufwand für die Endgestaltung nach erfolgtem Materialabbau nicht mitberücksichtigt sei. Die Gemeinde habe mehrfach versucht, diesen Sachverhalt darzulegen, sei mit diesem Anliegen vom Kantonsrat jedoch nicht angemessen zur Kenntnis genommen worden. Darin liege eine Verletzung ihres Mitwirkungsanspruchs sowie des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV). Zudem habe der Kantonsrat nicht berücksichtigt, dass der in der umstrittenen Richtplanfestsetzung verlangte Gleisanschluss nur bis 2016 rechtlich verbindlich gesichert sei. Diesbezüglich fehle die erforderliche Abstimmung der umstrittenen Festlegung im Teilplan Ver- und Entsorgung mit dem Teilplan Verkehr. Aufgrund dieser Umstände sei bei Wegfall der Erschliessung der Kiesgrube mit der Bahn eine Zunahme des Lastwagenverkehrs im kommunalen Siedlungsgebiet zu befürchten.
3.2 Die rechtzeitige Anhörung der Gemeinden in Bereichen, die zu einer Beschränkung der Gemeindeautonomie führen können, wird in Art. 85 Abs. 3 KV/ZH ausdrücklich vorgeschrieben. Der Mitwirkungsanspruch der Gemeinden im Richtplanverfahren ist auch in Art. 10 Abs. 2 RPG erwähnt. Dieser Anspruch geht weiter als die Mitwirkung der Bevölkerung nach Art. 4 Abs. 2 RPG (s. hierzu BGE 135 II 286 E. 4 S. 290 ff. mit Hinweisen). Verlangt wird eine bevorzugte Beteiligung der betroffenen Gemeinden. Soweit Gemeinden wie im Kanton Zürich mit raumwirksamen Aufgaben betraut sind, muss der Kanton mindestens sicherstellen, dass sie ihre Interessen selber formulieren, in den Planungsprozess frühzeitig eingeben und vor den zuständigen kantonalen Behörden selber vertreten können (Pierre Tschannen, a.a.O., N. 7 zu Art. 10 RPG; Bernhard Waldmann/Peter Hänni, Raumplanungsgesetz, 2006, Rz. 5 zu Art. 10 RPG).
Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich zudem insbesondere das Recht der Betroffenen, sich vor Erlass eines Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (BGE 135 II 286 E. 5.1 S. 293; 132 II 485 E. 3.2 S. 494; 127 I 54 E. 2b S. 56; 117 Ia 262 E. 4b S. 268; je mit Hinweisen).
Solche Mitwirkungsrechte sind den Gemeinden in Bezug auf Richtplanfestsetzungen, die auf eine Beschränkung ihrer Autonomie in der Raumplanung ausgerichtet sind, umfassend zu gewähren. Die Stellungnahmen sind in einem Zeitpunkt einzuholen, in welchem sie noch in die Entscheidungen einfliessen können. Zwar besteht kein Anspruch der Gemeinden, dass ihre Vorschläge tatsächlich berücksichtigt werden. Die kantonale Behörde hat sich jedoch mit den Vorschlägen der Gemeinden - wie der übrigen Vernehmlassungsteilnehmer - auseinanderzusetzen und zu begründen, weshalb sie nicht berücksichtigt werden (Tobias Jaag, a.a.O., N. 22 f. zu Art. 85 KV/ZH).
3.3 Die umstrittene Richtplanfestsetzung betrifft die Gemeinde konkret in ihrer planerischen Entscheidungsfreiheit und Entwicklungsmöglichkeit. Die Realisierung des Kiesabbaus setzt nach dem Wortlaut der umstrittenen Festsetzung einen Anschluss an die Bahngeleise voraus, welcher nach den Akten mittels Vereinbarung mit den SBB nur bis ins Jahr 2016 gesichert ist. Für den weiteren Kiesabbau, dessen Dauer im Richtplan nicht näher festgelegt wird, steht nicht fest, ob der Gleisanschluss weiterbenutzt werden kann. Insbesondere wurde der Teilplan Verkehr des Richtplans nicht an die hier umstrittene Änderung des Teilplans Ver- und Entsorgung angepasst. Die Gemeinde Lindau macht zu Recht geltend, sie sei zu einer entscheidenden Besprechung des Kantons mit den SBB und dem Kiesabbau-Unternehmen nicht beigezogen worden und sie sei mit ihrem Argument, der Abtransport mit der Bahn sei nach 2016 nicht gesichert, nicht gehört worden. Selbst wenn die Sachverhaltsdarstellung der kantonalen Behörden zutreffen sollte, nach welcher der Kiesabbau 20 und nicht 50 Jahre, d.h. lediglich von 2012 bis ca. 2032 dauern werde, so ergibt sich für die Jahre 2017 bis ca. 2032 in Bezug auf den Gleisanschluss für die Kiesgrube offensichtlich ein Koordinationsbedarf in Bezug auf die Weiterentwicklung der Bahninfrastruktur, welchem der Kantonsrat mit dem angefochtenen Beschluss keine Rechnung trägt. Er hat sich mit dem möglichen Fehlen des Bahnanschlusses während eines erheblichen Teils der Kiesabbaudauer nicht auseinandergesetzt und die diesbezüglichen Einwände der Gemeinde gegen die Festsetzung des Kiesabbaugebiets nicht entkräftet. Darin liegt eine Missachtung der Mitwirkungsrechte der Gemeinde im Richtplanungsverfahren. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und die Richtplanfestsetzung in Bezug auf die umstrittene Kiesgrube aufzuheben.
4. Kantonen, die wie hier in ihrem amtlichen Wirkungskreis tätig werden, sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen, und der obsiegenden Gemeinde ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 66 Abs. 4 und Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, und der Beschluss des Kantonsrats des Kantons Zürich vom 24. November 2009 wird in Bezug auf das in Kapitel 5.3 Materialgewinnung, Punkt 5.3.2 Karteneinträge, Objekt 9, Lindau, Tagelswangen, festgelegte Kiesabbaugebiet aufgehoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3. Dieses Urteil wird der Gemeinde Lindau, dem Regierungsrat und dem Kantonsrat des Kantons Zürich sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. August 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag