Sachverhalt:
A. X._ wurde dem Einzelrichter des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen zur Beurteilung überwiesen wegen des Verdachts der Steuerhinterziehung.
An der einzelrichterlichen Verhandlung vom 25. März 2009 bestritt X._ vorfrageweise die bernische Gerichtsbarkeit. Der Einzelrichter brach darauf die Verhandlung ab und überwies die Akten der Generalprokuratur des Kantons Bern zum Entscheid.
Mit Beschluss vom 27. März 2009 bejahte der Stv. Generalprokurator die Gerichtsbarkeit des Kantons Bern.
B. X._ erhob gegen den Beschluss des Stv. Generalprokurators Beschwerde beim Bundesstrafgericht.
Mit Entscheid vom 17. April 2009 trat dieses (I. Beschwerdekammer) darauf nicht ein. Es liess offen, ob der Entscheid des Stv. Generalprokurators mit Beschwerde beim Bundesstrafgericht angefochten werden könne, da der Beschwerdeführer die örtliche Zuständigkeit der Berner Behörden jedenfalls zu spät bestritten habe.
C. X._ führt gegen den Beschluss des Stv. Generalprokurators auch Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, dieser sei aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung sowie zum neuen Beschluss an die Generalprokuratur zurückzuweisen. Eventualiter sei der Beschluss des Stv. Generalprokurators aufzuheben und es seien die Gerichtsbehörden des Kantons Freiburg zur gerichtlichen Beurteilung des gegen den Beschwerdeführer hängigen Steuerstrafverfahrens zuständig zu erklären. Der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zu gewähren.
D. Der Stv. Generalprokurator hat sich vernehmen lassen mit dem Antrag, auf die Beschwerde in Strafsachen sei nicht einzutreten; eventuell sei sie abzuweisen. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung sei abzuweisen.
Die Steuerverwaltung des Kantons Bern hat Gegenbemerkungen eingereicht, ohne einen förmlichen Antrag zu stellen.
Der Einzelrichter hat sich vernehmen lassen mit dem Antrag, die Beschwerde in Strafsachen sei abzuweisen; die aufschiebende Wirkung sei zu verweigern.
E. X._ hat eine Replik eingereicht. Er hält an seinen Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Anfechtbarkeit nach Art. 92 Abs. 1 BGG ist gegeben.
1.2 Ob der angefochtene Entscheid letztinstanzlich ist, ist unklar (vgl. Vernehmlassung des Stv. Generalprokurators S. 2 Ziff. 4). Die Frage kann offen bleiben, da auf die Beschwerde ohnehin nicht einzutreten ist.
1.3 Gemäss Art. 279 Abs. 2 BStP (SR 312.0) i.V.m. Art. 28 Abs. 1 lit. g des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 2002 über das Bundesstrafgericht (SGG; SR 173.71) kann gegen den Entscheid der kantonalen Strafverfolgungsbehörde über die Gerichtsbarkeit des betreffenden Kantons Beschwerde bei der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts geführt werden, deren Entscheid endgültig ist (Art. 79 BGG e contrario). Nach Auffassung des Stv. Generalprokurators war dieses Rechtsmittel nicht gegeben, weil der angefochtene Entscheid nicht in Anwendung des Strafgesetzbuches, sondern einzig gestützt auf kantonales Recht erging, aus welchem Grund statt einer Rechtsmittelbelehrung der Hinweis erfolgte, es gebe kein ordentliches Rechtsmittel.
Der Beschwerdeführer bestreitet die bernische Gerichtsbarkeit, da die ihm vorgeworfenen steuerstrafrechtlichen Widerhandlungen nicht nach bernischem Strafrecht zu beurteilen und im Kanton Freiburg erfolgt seien, weshalb nach Massgabe von Art. 340 StGB die freiburgische Gerichtsbarkeit gegeben sei. Folgt man der Auffassung des Beschwerdeführers, ist der Entscheid des Stv. Generalprokurators bei der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts anzufechten, was der Beschwerdeführer, wenn auch erfolglos, getan hat. Es ist nicht zu sehen, inwiefern die Zuständigkeit des Bundesgerichts gegeben sein könnte. Zur behaupteten Zulässigkeit der Beschwerde in Strafsachen bringt der Beschwerdeführer einzig vor, bei Art. 340 StGB handle es sich um eine bundesrechtliche Zuständigkeitsfrage (Beschwerde S. 7 Ziff. 4.4 a.E.). Die Zulässigkeit solcher Rügen (Art. 95 lit. a BGG) besagt indessen nichts über die Zuständigkeit des Bundesgerichts. Ist dessen Zuständigkeit aber nicht gegeben, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Mit dem vorliegenden Entscheid braucht über das Gesuch um aufschiebende Wirkung nicht mehr befunden zu werden.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Gerichtspräsidenten 13 des Gerichtskreises Vlll Bern-Laupen sowie dem Stv. Generalprokurator des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri