Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Con contratto 1° settembre 1999 la A._SA ha locato alla B._SA diverse parti di uno stabile a Lugano adibite a centro fitness e wellness, fissando l'inizio della locazione retroattivamente al 1° gennaio 1998. Il contratto prevede per i primi due anni una pigione annua di fr. 350'000.--, da pagare in rate mensili anticipate, poi indicizzata una volta l'anno per il 1° gennaio sulla base dell'indice nazionale dei prezzi al consumo del 1° gennaio 1998. Fra le parti sono sorte una serie di cause attinenti al rapporto di locazione.
2. Con modulo ufficiale 13 settembre 2006 la locatrice ha comunicato alla conduttrice un aumento del canone di locazione a fr. 31'261.10 mensili dal 1° gennaio 2007, motivato con la clausola di indicizzazione contenuta nel contratto. Il 14 novembre 2006 il competente Ufficio di conciliazione, presso il quale la conduttrice aveva contestato l'aumento, ha dichiarato non conciliata la vertenza. Con sentenza 7 dicembre 2010 il Pretore del distretto di Lugano ha accolto limitatamente a fr. 31'250.25 mensili l'istanza di aumento della pigione.
3. Il 14 novembre 2011 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto un appello presentato dalla B._SA contro la predetta decisione pretorile. La Corte cantonale ha ritenuto che il primo giudice ha rettamente adeguato la pigione sulla scorta delle tabelle edite dall'Ufficio federale di statistica. Essa ha considerato infondata l'argomentazione della conduttrice secondo cui la pigione da indicizzare non sarebbe quella di fr. 350'000.-- indicata nel contratto, ma quella risultante dalle deduzioni da questa effettuate per i lamentati difetti dell'ente locato.
4. Con ricorso in materia civile del 16 gennaio 2012 la B._SA chiede al Tribunale federale, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, di riformare la sentenza di appello nel senso che l'istanza di aumento della pigione della locatrice sia respinta. Dopo aver narrato i fatti, la ricorrente si dilunga sui difetti che non sarebbero stati riconosciuti dalla Corte cantonale. Nelle ultime due pagine dell'impugnativa, che sono invece effettivamente dedicate ai considerandi della sentenza impugnata, la convenuta afferma che il formulario ufficiale deve indicare l'ammontare attuale della pigione e sostiene che il diritto del conduttore alla riduzione del corrispettivo per difetti è un diritto potestativo esercitabile con una semplice manifestazione di volontà che lei ha espresso in un'altra causa prima che la locatrice le inviasse il modulo ufficiale. Per questo motivo ritiene che in concreto la pigione indicizzata assommi a soli fr. 225'080.05.
Con risposta 27 febbraio 2012 la A._SA propone la reiezione del ricorso, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.
La Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso con decreto del 7 marzo 2012.
5. Il tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF combinato con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF) ricorso in materia civile è diretto contro una decisione finale emanata su ricorso dal Tribunale di ultima istanza del Cantone Ticino in una controversia in materia di diritto di locazione con un valore di lite manifestamente superiore a fr. 15'000.-- e si rivela quindi ammissibile dal profilo degli art. 72 cpv. 1, 74 cpv. 1 lett. a e 75 LTF.
6. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF), considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (DTF 134 III 102 consid. 1.1).
7. Nella fattispecie, la causa verte unicamente sulla questione a sapere se in presenza di un contratto con una clausola di indicizzazione della pigione, il corrispettivo da indicizzare è quello indicato nel contratto o quello ridotto che la conduttrice ritiene di dovere alla locatrice in seguito ad asseriti difetti. Infatti nella sentenza impugnata la Corte cantonale non si è per nulla pronunciata sull'esistenza di tali difetti e la ricorrente non si lamenta di tale fatto. In queste circostanze appare priva di qualsiasi pertinenza la motivazione - peraltro identica a quella contenuta nel ricorso in materia civile inoltrato in una parallela causa concernente l'indicizzazione della pigione dal 1° gennaio 2006 e una domanda di riduzione della pigione per difetti dell'ente locato - con cui la ricorrente dichiara di proporre le censure attinenti ai difetti che non sono stati riconosciuti dalla Corte cantonale.
Per il resto occorre osservare che giusta l'art. 270c CO, fatta salva la contestazione della pigione iniziale, nel caso di una pigione indicizzata ciascuna delle parti può unicamente contestare che l'aumento o la riduzione della pigione domandato dalla controparte sia fondato su una variazione dell'indice o corrisponda a tale variazione. Ora, la ricorrente, affermando che la pigione da indicizzare non è quella indicata nel contratto, ma quella da lei ritenuta giustificata in seguito ad asseriti difetti, non si prevale di uno dei due predetti motivi. Essa pare inoltre disconoscere che, nel caso in cui viene fatta valere una riduzione della pigione indicizzata in seguito a difetti, occorre dapprima stabilire l'ammontare della pigione, adeguando quella menzionata nel contratto all'indice (primo passo), e poi determinare la - percentuale di - riduzione (secondo passo). In concreto non occorre tuttavia pronunciarsi su quest'ultima tappa, atteso che la sentenza impugnata indica che nella procedura in esame la conduttrice non ha chiesto la riduzione della pigione per gli asseriti difetti e che questa non censura tale motivazione. Giova infine rilevare che nel caso di specie, in cui le parti hanno convenuto che il canone di locazione può essere indicizzato solo una volta l'anno per il 1° gennaio, l'applicazione della tesi ricorsuale avrebbe per conseguenza che il corrispettivo ridotto a causa dei difetti continuerebbe a sussistere anche dopo l'eliminazione di questi fino alla prossima possibilità di adeguamento della pigione, ipotesi manifestamente in contraddizione con il tenore dell'art. 259d CO. Ne segue che la censura dev'essere respinta.
8. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela, nella misura in cui è ammissibile, infondato. Le spese processuali e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 2 LTF).
per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.