Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführerin 1) und B._ (Beschwerdeführerin 2) sind Mieterinnen je einer 3-Zimmerwohnung in einer Liegenschaft in Schaffhausen. Mit amtlichem Formular kündigte die Vermieterin, die X._ AG (Beschwerdegegnerin) per 1. März 2005 Mietzinserhöhungen von je Fr. 224.-- an, welche sie mit der Investitionsvermehrung durch die Sanierung der Heizung (Fr. 19.--), der Küche und des Badezimmers (Fr. 180.--) sowie mit dem Einbau eines Geschirrspülers (Fr. 25.--) begründete. Bei der Heizungssanierung führte sie bei einer Investition von Fr. 62'435.45 einen wertvermehrenden Anteil von 40 % an, bezüglich der Küchen und Badezimmersanierung bei einer Investition von Fr. 312'056.90 einen solchen von 50 %. Nach erfolgloser Schlichtungsverhandlung gelangte die Beschwerdegegnerin mit zwei separaten Klagen an das Kantonsgericht Schaffhausen, welches nach Vereinigung der Verfahren mit Urteil vom 5. Juni 2007 feststellte, die Mietzinserhöhung sei im Umfang von Fr. 72.60 gültig. Auf kantonale Berufung der Beschwerdegegnerin stellte das Obergericht des Kantons Schaffhausen am 31. Juli 2008 fest, die Mietzinserhöhung sei im Umfang von Fr. 205.-- gültig, und setzte die Mietzinse entsprechend fest.
B. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführerinnen dem Bundesgericht im Wesentlichen, dieses Urteil aufzuheben und festzustellen, dass die per 1. März 2008 ausgesprochene Mietzinserhöhung im Umfang von Fr. 72.60 gültig und im Übrigen missbräuchlich ist. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. Vor der Vorinstanz streitig war eine Mietzinserhöhung von Fr. 151.40 monatlich, also Fr. 1'816.-- jährlich, bei unbeschränkter Mietdauer. Der Kapitalwert dieser Leistung für die Streitwertberechnung entspricht dem zwanzigfachen der einjährigen Nutzung (Art. 51 Abs. 4 BGG). Er übertrifft damit den für die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen erforderlichen Betrag (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG).
2. Nach Art. 269a lit. b OR sind Mietzinse in der Regel nicht missbräuchlich, wenn sie durch Kostensteigerungen oder Mehrleistungen des Vermieters begründet sind. Als Mehrleistungen gelten gemäss der bei Erlass des erstinstanzlichen Urteils in Kraft stehenden Fassung von aArt. 14 Abs. 1 der Verordnung vom 9. Mai 1990 über die Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen (VMWG; SR 221.213.11 in der Fassung vor 1. Januar 2008, AS 1990 835, S. 838 f.; vgl. auch AS 1996 2120) u.a. Investitionen für wertvermehrende Verbesserungen (Satz 1). Die Kosten umfassender Überholungen gelten in der Regel zu 50-70 % als wertvermehrende Investitionen (Satz 2). Mietzinserhöhungen wegen wertvermehrender Verbesserungen sind nicht missbräuchlich, wenn sie den angemessenen Satz für Verzinsung, Amortisation und Unterhalt der Investition nicht überschreiten (aArt. 14 Abs. 2 VMWG).
2.1 Das Kantonsgericht als erste Instanz ging davon aus, es liege keine umfassende Überholung im Sinne von aArt. 14 Abs. 1 VMWG vor. Die Renovation betreffe nur zwei Räume in den Mietwohnungen (Küche, Bad) sowie einen Teil des Gesamtgebäudes (Heizung). Es handle sich nicht um eine (kostspielige) Erneuerung von mehreren Gebäudeteilen. Überdies könnten die Renovationsarbeiten individuell als wertvermehrend oder als werterhaltend qualifiziert werden, weshalb der Pauschalansatz von aArt. 14 Abs. 1 Satz 2 VMWG ohnehin nicht anwendbar sei. Das Kantonsgericht ernannte einen Gutachter, der die Mehrkosten spezifisch bezeichneter, mit der Sanierung einhergehender Verbesserungen ermitteln sollte. Der Gutachter bezifferte die entsprechenden Mehrkosten mit Fr. 8'320.-- für die Küche und mit Fr. 1'850.-- für das Bad. Unter dem Titel "Rechtliche Würdigung und Abgrenzungsprobleme" gab er an, diese Mehrkosten beträfen exakt die vom Kantonsgericht vorgegebenen Arbeitspositionen; es gebe jedoch Unterhaltsarbeiten, die nicht erfasst seien, z.B. elektrische Installationen (Kabel, Steckdosen usw.). Ausserdem könnten die konsumtiven Nutzwerte so nicht ausgewiesen werden, mit anderen Worten generierten konsumgüterähnliche Objekte, für welche es einen Markt gebe, bei der Instandsetzung - also dem Ersatz derselben - immer einen Mehrwert, auch wenn effektiv keine Mehrleistung vorliege. Daraus zu schliessen, aus diesen ersetzten Einrichtungs- oder Anlageteilen resultiere kein wertvermehrender Anteil, sei inkohärent. Daraus folge, dass es sich bei der Summe der ausgewiesenen Mehrkosten nicht gleichzeitig um die Summe des ganzen wertvermehrenden Anteils der Küche und des Badezimmers handle. Für den Gutachter stand eine umfassende Überholung ausser Frage. Indiz dafür sei das investierte Volumen. Den Sanierungskosten für Küche und Badezimmer im Umfang von ca. Fr. 360'000.-- und für die Heizung von ca. Fr. 76'000.-- ständen Mietzinseinnahmen von ca. Fr. 92'000.-- gegenüber. Im Ergebnis sei festzuhalten, dass nach der Gesetzessystematik bei der vorliegenden Sanierung von Küche und Bad die effektiven Mehrkosten allein, wie sie im Gutachten ausgewiesen wurden, nur einen Teil der wertvermehrenden Investitionen darstelle. Der andere Teil lasse sich denn auch nur über den in aArt. 14 Abs. 2 (recte Abs. 1 Satz 2) VMWG stipulierten Pauschalansatz ausweisen. Ungeachtet dieser Ausführungen des Gutachters berechnete das Kantonsgericht die zulässige Mietzinserhöhung allein anhand der im Gutachten ausgewiesenen Mehrkosten, wobei es die gemäss Gutachter mit Bezug auf die im Gutachten aufgeführten Listenpreise üblicherweise gewährten Rabatte in Abzug brachte.
2.2 Diesem Entscheid schloss sich eine Minderheit des Obergerichts im Wesentlichen an, wogegen die Mehrheit die Ausführungen des Gutachters und dessen Schlussfolgerungen für einleuchtend hielt. Die Ausführungen des Gutachters betreffend umfassende Überholung seien nicht nur als rechtliche Würdigung, sondern auch als glaubwürdiger Hinweis zu den ermittelten Mehrkosten zu betrachten. Das Gutachten bestätige, dass der Anteil zwischen werterhaltenden und wertvermehrenden Investitionen bei den Küchen und Badezimmerrenovationen nicht individuell bestimmt werden könne. Indem der Gutachter eine umfassende Überholung bejahe, könne das Kantonsgericht nicht aufgrund desselben Gutachtens eine solche verneinen. Das Kantonsgericht sei indes schon von Beginn des Beweisverfahrens offensichtlich der Meinung gewesen, dass keine umfassende Überholung gegeben sei. Dem Auftrag zur Erstellung des Gutachtens sei zu entnehmen, dass sich der Experte lediglich zu den einzelnen Investitionen äussern und deren Mehrwert berechnen musste, was andere Berechnungsvarianten, darunter auch eine umfassende Überholung, ausschloss. Der Gutachter habe dabei die ihm gestellten Fragen beantwortet und darauf hingewiesen, dass damit nicht alles getan sei; die individuell berechneten Mehrkosten seien nur ein Teil der wertvermehrenden Investitionen.
2.3 Die Vorinstanz bejahte eine umfassende Überholung auch für die Heizung, da die alte Ölheizung und der Durchlauferhitzer im Badezimmer durch ein kombiniertes System mit Gasheizung und Warmwasseraufbereitung ersetzt worden seien. Damit sei nicht nur das Badezimmer in einen besseren Zustand gebracht worden, sondern auch ein neues, komfortableres Heizungssystem installiert worden, was nicht als reiner Unterhalt angesehen werden könne. Dass die Heizkosten in den nächsten Perioden angestiegen seien, könne auch anders erklärt werden. Bei einer umfassenden Überholung könnten auch Kosten für den Unterhalt berücksichtigt werden. Kosten für lediglich aufgeschobenen Unterhalt könnten mit einer Unterschreitung des Minimalansatzes von 50 % gewichtet werden. Da die einzelnen Arbeiten nicht in konkret wertvermehrende und werterhaltende getrennt werden könnten und eine individuelle Berechnung nicht möglich sei, müsse die Pauschalregelung Anwendung finden. Im Rahmen einer Gesamtwürdigung der vorgenommenen Änderungen erschien der Vorinstanz angemessen, 40 % der Gesamtkosten als wertvermehrend anzurechnen. Gestützt auf diese Werte berechnete die Vorinstanz die zulässige Mietzinserhöhung aufgrund der jeweiligen Amortisationsquote.
3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG; vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 246). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 134 II 235 E. 4.3.4 S. 241; 133 III 545 E. 2.2 S. 550; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung ist die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b aOG (vgl. dazu BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 261 f.) weiterzuführen (BGE 133 III 393 E. 6 S. 397; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
3.1 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von Art. 106 Abs. 2 BGG zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz würdigt das Gutachten in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht, hält die beiden Aspekte aber nicht auseinander. Indem die Vorinstanz ausführt, das Kantonsgericht könne nicht aufgrund eines Gutachtens, das eine umfassende Überholung bejahe, eine solche verneinen, verkennt sie, dass eine vom Gericht zu beantwortende Rechtsfrage ist, ob eine umfassende Überholung vorliegt. Dasselbe gilt für die Frage, unter welchen Voraussetzungen Investitionen als wertvermehrend zu betrachten sind. Ausführungen des Sachverständigen zu Rechtsfragen können für das Verständnis des Gutachtens wesentlich, für das urteilende Gericht aber keinesfalls verbindlich sein. Das Gericht hat rechtliche Schlussfolgerungen des Gutachters vielmehr zu überprüfen und gegebenenfalls, wenn sich die Auskünfte des Experten zu Sachfragen zufolge falscher Rechtsauffassung für unzureichend erweisen, das Gutachten ergänzen zu lassen. Soweit das kantonale Gericht die Rechtsauffassung des Gutachters übernimmt, liegt rechtliche Würdigung vor, welche das Bundesgericht frei prüft. Bestandteil der Beweiswürdigung, an die das Bundesgericht unter Vorbehalt von Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG gebunden ist, bilden dagegen die tatsächlichen Grundlagen, aus denen Gutachter und Vorinstanz rechtliche Schlüsse ziehen.
4. Art. 269a lit. b OR unterscheidet zwischen der Kostensteigerung und Mehrleistungen.
4.1 Der Begriff Mehrleistung knüpft an die vertraglichen Verpflichtungen des Vermieters an. Von einer Mehrleistung kann nur gesprochen werden, wenn der Mieter über das bei Abschluss des Mietvertrages Vereinbarte hinaus Leistungen erbringt. Nicht massgeblich ist demgegenüber der tatsächliche Zustand des Mietobjekts vor und nach Vornahme der Investitionen (LACHAT, Le bail à loyer, 2. Aufl. 2008, S. 478; HIGI, Zürcher Kommentar, 4. Aufl. 1998, N. 324 zu Art. 269a OR mit Hinweisen). Demgemäss spricht aArt. 14 VMWG von "Verbesserungen", welche sich im Vergleich zu dem bei Vertragsschluss Vereinbarten definieren. Ob eine Mehrleistung vorliegt, beurteilt sich nach einem objektiven Massstab. Ein persönlicher Nutzen für den Mieter ist nicht vorausgesetzt (LACHAT, a.a.O., S. 478; HIGI, a.a.O., N. 319 zu Art. 269a OR; BERNARD CORBOZ, Les travaux de transformation et de rénovation de la chose louée entrepris par le bailleur et leur répercussion sur les loyers, in: 12ème Séminaire sur le droit du bail, Neuenburg 2002, S. 17).
4.2 Keine Mehrleistung bildet der blosse Ersatz bestehender Elemente und Einrichtungen. Solche Aufwendungen können allenfalls, wenn sie zu einer Unterhaltskostensteigerung führen, nach Art. 269a OR als Kostensteigerung berücksichtigt werden (HIGI, a.a.O., N. 334 zu Art. 269a OR; LACHAT, a.a.O., S. 478; CORBOZ, a.a.O., S. 17). Diese wird nicht in aArt. 14 VMWG geregelt. Einzig wenn das bestehende Element, Einrichtungs- oder Bauteil durch ein solches von deutlich höherer Qualität ersetzt wird, kann sich fragen, in welchem Umfang die betreffende Investition eine Mehrleistung des Vermieters darstellt und daher eine Erhöhung des Mietzinses rechtfertigt (vgl. BGE 110 II 404 E. 3a S. 407 f. [mit Bezug auf den seinerzeitigen Art. 10 BMM]).
4.3 Die in aArt. 14 VMWG enthaltene Sonderregelung für umfassende Überholungen bezweckt einerseits, den Vermieter durch eine vereinfachte und für ihn oft auch vorteilhafte Abrechnungsart zur Sanierung älterer Bauten zu ermuntern oder ihn wenigstens nicht davon abzuhalten. Andererseits soll die namentlich bei grösseren Umbauarbeiten oft schwierige Unterscheidung zwischen reinen Unterhalts- und wertvermehrenden Arbeiten durch einen Pauschalansatz von 50 % bis 70 % erleichtert werden (BGE 118 II 415 E. 3a S. 417; 110 II 404 E. 3a S. 408). Der Begriff "umfassende Überholung" bringt deutlicher zum Ausdruck als die französische Variante (d'importantes réparations) oder die italienische (revisioni importanti), dass für den Vermieter ein Anreiz geschaffen werden soll, mehr als nur die strikte notwendigen Unterhaltsarbeiten ausführen zu lassen (BGE 118 II 415 E. 3a S. 417). Lassen sich die einzelnen Arbeiten aber konkret als wertvermehrend oder werterhaltend qualifizieren, gelangt der Pauschalansatz von 50 % bis 70 % nicht zur Anwendung. Eine Mietzinserhöhung ist in diesem Fall nur nach Massgabe der effektiven Mehrleistungen zulässig (BGE 118 II 415 E. 3a S. 417 f.; bestätigt in Urteil 4C.149/1997 vom 27. Januar 1998 E. 2a, in: mp 1998, S. 137 ff.). Die Pauschalabrechnung nach aArt. 14 VMWG kommt nur zum Zuge, wenn bei einer umfassenden Überholung Mehrleistungen erbracht werden, deren Anteil an den Gesamtkosten sich nur schwer eruieren lässt (LACHAT, a.a.O., S. 481; CORBOZ, a.a.O., S. 19 f.; HIGI, a.a.O., N. 381 zu Art. 269a OR).
4.4 Der Gutachter und mit ihm die Vorinstanz sind der Auffassung, der Ersatz konsumgüterähnlicher Objekte, für welche es einen Markt gebe, generiere immer einen Mehrwert, auch wenn effektiv keine Mehrleistung vorliege, weshalb nicht davon ausgegangen werden könne, von derartig ersetzten Einrichtungs- oder Anlageteilen resultiere kein wertvermehrender Anteil. Diese Auffassung widerspricht nicht nur dem Gesetzeswortlaut, der eine Mehrleistung voraussetzt, sondern auch der herrschenden Lehre und Rechtsprechung (vgl. E. 4.1 - 4.3 hiervor). Nur ein qualitativ höherwertiger Ersatz bildet eine wertvermehrende Investition (HIGI, a.a.O., N. 337 zu Art. 269a OR), wogegen qualitativ gleichwertiger Ersatz bloss werterhaltend ist (CORBOZ, a.a.O., S. 17). Nicht der Vorzustand, sondern das vertraglich Vereinbarte hat beim Entscheid darüber, ob eine Mehrleistung vorliegt, den Ausschlag zu geben. Die blosse Neuwertigkeit des Ersatzobjekts bedeutet in der Regel keine Mehrleistung, ausser der Mietzins wäre mit Blick auf das Alter und/oder die Reparaturbedürftigkeit gewisser Elemente bewusst tief angesetzt worden. Entsprechendes ist jedoch nicht festgestellt. Der Gutachter betrachtet Investitionen für den Ersatz von Anlageteilen (Kabel, Steckdosen) als wertvermehrend, auch wenn effektiv keine Mehrleistung vorliegt. Dies widerspricht Art. 269a lit. b OR und verkennt die Tragweite von aArt. 14 VMWG. Indem sich die Vorinstanz seine Auffassung zu eigen macht, verletzt sie ihrerseits Bundesrecht.
5. Eine pauschale Überwälzung käme nach dem Gesagten nur in Betracht, wenn gegenüber dem vertraglich Vereinbarten Mehrleistungen erfolgten, deren Mehrwertanteil sich nicht oder nur mit unverhältnismässigem Aufwand ermitteln lässt. Nicht massgebend ist eine allfällige Steigerung des konsumtiven Nutzwerts gegenüber dem Vorzustand, welche aber die Vorinstanz auch ohne Mehrleistung dem blossen Ersatz bestehender Elemente durch neuwertige zubilligt. Beim Ersatz bestehender Elemente können als Mehrleistungen nur die Investitionen für qualitative Verbesserungen auf den Mietzins überwälzt werden.
5.1 Nach dem angefochtenen Urteil steht gestützt auf das Gutachten fest, dass bestimmte Mehrleistungen gemäss Art. 269a lit. b OR erbracht wurden. Der Gutachter hat die entsprechenden Mehrkosten beziffert und den Mehrwertanteil dieser Investitionen konkret festgelegt.
5.2 Bei der Berechnung der Pauschalentschädigung berücksichtigt die Vorinstanz neben den im Gutachten aufgelisteten Posten weitere Arbeiten, ohne eine konkrete Mehrleistung, beziehungsweise eine Verbesserung festzustellen. Nach dem Gesagten haben derartige Investitionen ausser Acht zu bleiben. Die Vorinstanz hält allerdings fest, die neu L-förmige Küche weise grössere Arbeitsflächen auf und ein Teil der Materialien sei im Vergleich zum früheren Zustand hochwertiger. Dies sind objektive Verbesserungen, deren allfällige Mehrkosten als wertvermehrende Investitionen auf den Mietzins überwälzt werden können. Bezüglich der Heizungsrevision hält die Vorinstanz zwar fest, das neue System sei komfortabler, da die Ölheizung und die Durchlauferhitzer im Badezimmer durch ein kombiniertes System mit Gasheizung und Warmwasseraufbereitung ersetzt worden seien. Die mit der Warmwasseraufbereitung verbundenen wertvermehrenden Investitionen sind aber im Gutachten ausgewiesen, so dass sich deswegen keine Pauschalrechnung rechtfertigt. Andere Mehrleistungen beziehungsweise Verbesserungen im Zusammenhang mit der Heizungsrevision sind nicht festgestellt.
5.3 Aus dem angefochtenen Entscheid geht nicht hervor, ob der Einbau der Küche in L-Form und die Verwendung höherwertiger Materialien gegenüber dem blossen Ersatz der bisherigen Objekte mit Mehrkosten verbunden war, die im Gutachten nicht berücksichtigt sind. Damit erlauben die tatsächlichen Feststellungen dem Bundesgericht nicht, den Umfang der zulässigen Mietzinserhöhung festzusetzen. Zur konkreten Berechnung des Mehrwertanteils wird die Vorinstanz die Kosten für einen qualitativ höheren mit jenen für einen gleichwertigen Ersatz zu vergleichen haben. Da die einzelnen Arbeiten konkret als wertvermehrend oder werterhaltend qualifiziert werden können, gelangt der Pauschalansatz nicht zur Anwendung (BGE 118 II 415 E. 3a S. 417 f.). Damit kann offen bleiben, ob überhaupt eine umfassende Überholung vorliegt.
6. Der angefochtene Entscheid ist somit aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese zusätzlich zu den im Gutachten aufgeführten Posten eine allfällige Mehrinvestition für den Bau der Küche in L-Form berücksichtigen kann sowie Mehrkosten für höherwertiges Material oder eine höherwertige Ausführung beim Ersatz bestehender Elemente, soweit vom Gutachten nicht bereits erfasst. Schliesslich wird zu beurteilen sein, ob und wenn ja in welchem Umfang der Beschwerdegegnerin gewährte Rabatte nachgewiesen und folglich in Rechnung zu stellen sind. Zu diesem Aspekt äussert sich im angefochtenen Entscheid nur die Minderheitsmeinung hinreichend klar. Auf dieser Basis wird die Berechnung der zulässigen Mietzinserhöhung neu durchzuführen sein. Bei diesem Ausgang des Verfahrens kommt den von der Beschwerdeführerinnen erhobenen Rügen der willkürlichen Beweiswürdigung und der Verletzung des rechtlichen Gehörs keine Bedeutung zu, da diese keine Punkte betreffen, über welche die Vorinstanz nicht ohnehin neu zu entscheiden haben wird.
7. Die Beschwerde erweist sich als teilweise begründet. Die Beschwerdeführerinnen beantragen, die über Fr. 72.60 hinausgehende Mietzinserhöhung für missbräuchlich zu erklären. Sie dringen nur mit ihrem eventuellen Rückweisungsantrag durch. Da aber nebst den Rabatten nur wenige Positionen offen bleiben, welche allenfalls eine darüber hinausgehende Mietzinserhöhung rechtfertigen, erweist sich, dass die Beschwerdeführerinnen materiell im Wesentlichen durchdringen. Dies rechtfertigt, die Gerichtskosten den Beschwerdeführerinnen zu je 1/20 und zu 9/10 der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen und den Beschwerdeführerinnen eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil aufgehoben und die Sache zur Ergänzung der tatsächlichen Feststellungen und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden mit je Fr. 100.-- den Beschwerdeführerinnen und mit Fr. 1'800.-- der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak