Sachverhalt:
A. Der mit Y._ verheiratete X._ ist mit 24 Aktien à nominal Fr. 1'000.-- am Aktienkapital von Fr. 50'000.-- der S._ (heute S._, nachfolgend S._) mit Sitz in A._/SO beteiligt. Daneben hält er 25 Aktien à nominal Fr. 1'000.-- der Immobiliengesellschaft T._ mit Sitz in B._/LU mit einem Aktienkapital von Fr. 50'000.--. In den Bilanzen der beiden Gesellschaften figurierte per Ende 2004 ein von der S._ der T._ gewährtes Darlehen von Fr. 502'300.55. Per Ende 2005 war die Darlehensschuld bei der T._ auf Fr. 525'329.05 angewachsen, weil die um jährlich Fr. 3'000.-- verringerte Hypothekarschuld sowie der ganze Betriebsaufwand von Fr. 20'028.50 (keine Erträge) hinzu geschlagen wurden. Bei der S._ hingegen wurde das Darlehen Ende 2005 nur noch mit Fr. 100'000.-- ausgewiesen, indem die Differenz von Fr. 425'329.05 unter dem Titel "Wertberichtigung" direkt dem Eigenkapital belastet, d.h. erfolgsneutral verbucht wurde.
B. Für die Kantons- und Gemeindesteuern 2005 rechnete die Steuerkommission Aarau den Eheleuten X._ und Y._ am 23. August 2010 eine geldwerte Leistung seitens der S._ von Fr. 204'158.-- (= 48% von Fr. 425'329.05) auf. Die Steuerkommission Aarau bestätigte mit Einspracheentscheid vom 10. Januar 2011 die Aufrechnung der geldwerten Leistung. Die nachfolgenden Rechtsmittel waren erfolglos.
C. Vor Bundesgericht beantragen X._ und Y._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 13. Juli 2012 aufzuheben "und zurückzuweisen", eventuell das Einkommen um den Betrag von Fr. 204'158.-- zu reduzieren. Sie rügen eine Verletzung von Bundesrecht, namentlich des Willkürverbots (Art. 9 BV), sowie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV).
D. Während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Stellungnahme verzichten, beantragt das Kantonale Steueramt Aargau die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die direkten Steuern des Kantons. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 StHG (SR. 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG), worunter auch die verfassungsmässigen Rechte der Bürgerinnen und Bürger gehören. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
Eine diesen Anforderungen (Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG) genügende Begründung liegt hier nur teilweise vor, weil hauptsächlich die Argumentation vor der Vorinstanz wiederholt wird und nur am Rande eine Auseinandersetzung mit den vorinstanzlichen Erwägungen erfolgt; dazu wird keine einzige Rechtsnorm des aargauischen Steuerrechts genannt, gegen die verstossen worden sein soll. Insoweit kann auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht eingetreten werden.
2. Die Beschwerdeführer machen zunächst eine Gehörsverletzung geltend. Der Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (BGE 137 II 266 E. 3.2 S. 270; 136 I 229 E. 5.2 S. 236, je mit Hinweisen). Genau in diesem Sinne ging die Vorinstanz vor, indem sie die am Kern des Problems vorbeizielenden Vorbringen der Beschwerdeführer (u.a. kein Verzichtsvertrag, Beurteilung der Buchungsvorgänge) nicht oder nur rudimentär behandelte. Von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs kann daher keine Rede sein.
3. 3.1 Nach Art. 29 Abs. 1 lit. c des aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG, SAR 651.100) sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Diese Bestimmung harmoniert mit Art. 7 Abs. 1 StHG sowie mit Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG (SR 642.11), weshalb die hierzu ergangene Rechtsprechung auch für die Anwendung des entsprechenden kantonalen Rechts massgebend ist (Urteil 2C_961/2010 / 2C_962/2010 vom 30. Januar 2012 E. 8, in: StE 2012 B 24.4 Nr. 80 [in BGE 138 II 57 nicht wiedergegeben]). Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderem auch die so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten (oder diesen Nahestehende), denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Als Indizien, die dafür sprechen, dass ein Dritter einen Kredit nicht gewährt hätte und damit ein simuliertes Darlehensverhältnis vorliegt, fallen diverse Kriterien in Betracht (vgl. BGE 138 II 57 E. 3.2 S. 60 f. mit umfassenden Hinweisen auf Rechtsprechung und Literatur). Diese ursprünglich für Darlehen an Aktionäre herausgearbeiteten Kriterien (Urteil A.124/1982 vom 25. November 1983 E. 3 ff., in: ASA 53, S. 54 ff., 58 ff.) sind nicht ohne Weiteres für die Beurteilung von Darlehen zwischen Schwestergesellschaften relevant. Zudem ist zu differenzieren zwischen ursprünglich und nachträglich simulierten Darlehensverhältnissen (BGE 138 II 57 E. 5.2 S. 64 mit Hinweisen auf die Literatur). Bei geldwerten Leistungen zwischen Schwestergesellschaften fliesst der Vorteil an sich unmittelbar von einer Schwestergesellschaft zur anderen. Die an den Gesellschaften beteiligten Aktionäre sind mittelbar betroffen, indem der Wert der Beteiligung an der leistenden Gesellschaft abnimmt, während sich der Wert der empfangenden Gesellschaft entsprechend erhöht. Eine solche geldwerte Leistung zwischen Schwestergesellschaften fusst regelmässig auf dem gemeinsamen Beteiligungsverhältnis, weshalb sich Zuwendungen an Schwestergesellschaften als (verdeckte) Gewinnausschüttungen an die Aktionäre einerseits und als (verdeckte) Kapitaleinlagen der Aktionäre an die empfangende Gesellschaft andererseits erweisen, d.h. es gilt die Dreieckstheorie (BGE 138 II 57 E. 4.2 S. 61 f. mit Hinweisen).
3.2 Die Feststellungen über das Vorliegen von Simulationsindizien gelten als tatsächliche Umstände, welche für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind (vgl. oben E. 1.2). Demgegenüber geht es bei den daraus zu ziehenden rechtlichen Schlussfolgerungen um Rechtsfragen, die das Bundesgericht hier frei überprüfen kann, zumal die Kantone diesbezüglich über keinen Entscheidungsspielraum verfügen (BGE 138 II 57 E. 7.2 S. 66). Vorliegend stellt die Vorinstanz fest, die T._ habe in den vergangenen Jahren das - offenbar ungesicherte - Darlehen nicht verzinst, sondern den Zins zusammen mit dem übrigen Fehlbetrag der Rechnung (darin enthalten die jährlichen Amortisationen des Hypothekardarlehens) jeweils zum Darlehen geschlagen und dieses entsprechend laufend erhöht. Andererseits sei die T._ bereits 1995 überschuldet gewesen, und auch diese Überschuldung habe im Laufe der Jahre stetig zugenommen. Das einzige Aktivum der T._, die 31⁄2-Zimmerwohnung xxx (Stockwerkeigentum von 280/1000 an Grundstück yyy), sei trotz tieferer Katasterschatzung per 31. Dezember 2000 infolge eines Murgangs im Jahr 1999 unverändert mit Fr. 259'953.20 bewertet worden. Daraus lasse sich schliessen, dass in diesem Aktivum kaum stille Reserven steckten. Deshalb seien gegenüber der Werthaltigkeit des Darlehens erhebliche Zweifel angebracht gewesen. Die S._ habe nämlich das verlustbringende Geschäft der T._ während Jahren auf diese Weise finanziert. Mit der per Ende 2005 erfolgten Wertkorrektur von Fr. 425'329.05 habe die S._ jedenfalls in diesem Umfang keinen ernsthaften Willen zur Darlehensrückforderung mehr gehabt. Indem die Wertkorrektur direkt zulasten des Eigenkapitals verbucht wurde, habe man dokumentiert, dass diese Mittel von der S._ - über die Beteiligten - definitiv in die T._ eingeschossen wurden. Dass diese immer noch ihre hohe - teilweise fiktive - Schuld gegenüber der S._ stehen liess, vermöge daran nichts zu ändern. "Ein unbeteiligter Dritter würde niemals ein gefährdetes Darlehen über Jahre hinweg noch erhöhen, keine auch nur teilweisen Amortisationen verlangen und dann das Darlehen unter Umgehung der Erfolgsrechnung direkt durch Belastung des Eigenkapitals teilweise ausbuchen."
3.3 Diese vorinstanzlichen Erwägungen überzeugen. Wohl handelt es sich hier nicht um ein ursprünglich simuliertes Darlehen. Aber vom Moment der Überschuldung der T._ an, als die Jahresverluste laufend zum Darlehen geschlagen wurden und die S._ nur noch deren verlustbringende Geschäftstätigkeit finanzierte, mutierte das Schuldverhältnis in ein nachträglich simuliertes Darlehen. Dieser Befund ergibt sich aufgrund der wirtschaftlichen bzw. faktischen Verhältnisse, während die formale zivilrechtliche "Fassade" diesfalls in den Hintergrund tritt (BGE 138 II 57 E. 2.1 S. 59 bzw. E. 7.4.2 S. 68). Wohl könnte man sich fragen, ob der steuerliche Zugriff nicht schon früher hätte erfolgen müssen. Allerdings ist die Frage, ob ein Rückzahlungswille vorhanden war, ein subjektives Element, auf das naturgemäss nur aufgrund äusserer Umstände geschlossen werden kann (BGE 138 II 57 E. 7.1 S. 66). Erst im Geschäftsjahr, in welchem die S._ als Gläubigerin mittels "Wertberichtigung" nach aussen sichtbar machte, das Darlehen sei zum grössten Teil nicht mehr werthaltig, musste auf einen nicht mehr vorhandenen Rückzahlungswillen geschlossen werden. Dieser Schluss bewirkte zugleich die geldwerte Leistung auf Seiten der Beschwerdeführer, obwohl bei ihnen nur gedanklich flüssige Mittel im Umfang von Fr. 204'158.-- (= 48% von Fr. 425'329.05) eingingen und sogleich an die T._ eingeschossen wurden. Dadurch war der Wert der Beteiligung an der T._ entsprechend angewachsen. Eine solche "Substanzverlagerung" kann nicht ohne einkommenssteuerliche Folgen auf Seiten der Privataktionäre erfolgen. Dass die T._ ihre Schuld gegenüber der S._ nicht ebenso im selben Ausmass reduziert hatte, vermag daran nichts zu ändern.
3.4 Was die Beschwerdeführer dagegen vorbringen, überzeugt nicht:
Zunächst wenden sie ein, es sei gar kein Verzichtsvertrag im Sinne von Art. 115 OR abgeschlossen worden. Ebenso wenig habe je einmal eine Generalversammlung einen entsprechenden Beschluss gefasst. Nachdem aufgrund der Fakten auf eine nachträgliche Simulation zu schliessen ist (vgl. oben E. 3.3), war die Steuerbehörde entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer keineswegs gehalten, "einen Blick auf diesen Artikel" zu werfen.
Wohl wird mit Wertberichtigungen an sich temporären Werteinbussen auf Aktiven des Geschäftsvermögens Rechnung getragen. Wertberichtigungen auf Darlehen zwischen verbundenen Gesellschaften sind aber grundsätzlich problematisch (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, Rz. 29 zu Art. 63 DBG). Hier wurde die "Wertberichtigung" nicht einmal erfolgswirksam, sondern direkt erfolgsneutral durch Kürzung des Eigenkapitals verbucht. Hier noch zu behaupten, es handle sich nur um eine "rein provisorische" Massnahme, kann angesichts der gesamten Umstände wohl nicht ernst gemeint sein.
Der Vorwurf der Willkür (Art. 9 BV) hängt mit den bereits genannten Vorbringen zusammen, der damit ebenso wenig gehört werden kann. Entsprechend wurde auch der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV) nicht verletzt, wenn eine AG ihrer Schwestergesellschaft finanziell unter die Arme greift und dieser Zuschuss den Privataktionären zugerechnet wird.
4. Zusammenfassend ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden, weshalb die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass