Erwägungen:
1. Mit Protokollauszug vom 20. April 2010 nahm der Gemeinderat Hornussen von den beabsichtigten Sanierungsarbeiten an der Nordmauer der römisch-katholischen Kirche Kenntnis und beschloss, auf die Einforderung eines Baugesuchs zu verzichten. Dagegen erhoben Y._ und X._ am 24. Mai 2010 Beschwerde. Die Rechtsabteilung des Departements Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau führte am 18. August 2010 eine Augenscheinsverhandlung durch. Anlässlich dieser Verhandlung erzielten die Parteien eine grundsätzliche Einigung, welche die Rechtsabteilung des Departements Bau, Verkehr und Umwelt noch ausformulieren sollte. Mit Schreiben vom 22. August 2010 zogen Y._ und X._ ihre Beschwerde zurück.
Die Rechtsabteilung des Departements Bau, Verkehr und Umwelt stellte den Parteien am 23. August 2010 entsprechend dem Ergebnis der Augenscheinsverhandlung einen Vereinbarungsvorschlag zur Unterschrift zu. Kirchgemeinde und Gemeinderat unterschrieben die Vereinbarung. Y._ und X._ erklärten mit Schreiben vom 30. August 2010, dass ihr Beschwerderückzug vom 22. August 2010 als "nicht erfolgt" zu würdigen sei.
Am 2. Dezember 2010 schrieb das Departement Bau, Verkehr und Umwelt das Beschwerdeverfahren infolge Rückzugs der Beschwerde von der Geschäftskontrolle ab. Gegen diesen Entscheid erhoben Y._ und X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Mit Beschwerdeantwort vom 7. April 2011 stellte die römisch-katholische Kirchgemeinde den Antrag, "es sei umgehend festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin die geplante Sanierung der Kirchhofmauer in Hornussen trotz hängigem Beschwerdeverfahren sofort ausführen darf. Sollte dem die aufschiebende Wirkung der Beschwerde entgegenstehen, so sei der Beschwerde umgehend die aufschiebende Wirkung zu entziehen". Mit Zwischenentscheid vom 10. Mai 2011 verfügte der Präsident der 3. Kammer des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau, dass der Beschwerde keine aufschiebende Wirkung zukomme und bewilligte der Beschwerdegegnerin den vorzeitigen Baubeginn.
2. Y._ und X._ führen gegen den Zwischenentscheid des Präsidenten der 3. Kammer des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 10. Mai 2010 mit Eingabe vom 19. Juni 2011 (Postaufgabe 20. Juni 2011) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Die Beschwerdeführer setzen sich mit der Begründung der angefochtenen Verfügung nicht auseinander und legen nicht im Einzelnen dar, inwiefern die Begründung bzw. die Verfügung selber im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. in diesem Zusammenhang BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen) nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob gegen die angefochtene Verfügung die Beschwerde überhaupt zulässig ist (vgl. Art. 93 Abs. 1 BGG).
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Hornussen, dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, Präsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Juni 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Pfäffli