Sachverhalt:
A. Die D._ AG mit Sitz in M._ wurde 1989 gegründet. Ihr Zweck bestand in der Herstellung, der Verarbeitung und dem Vertrieb von Baustoffen, namentlich auf der Basis von Schaumglas. Am 29. Dezember 1993 wurde über die Gesellschaft der Konkurs eröffnet.
A.a A._ (Beklagter 1) und B._ (Beklagter 2) waren Mitglieder des Verwaltungsrats der D._ AG, die C._ AG (Beklagte 3) deren Revisionsstelle. Der Beklagte 1 wurde im Konkurs der D._ AG mit einer Forderung von Fr. 3'706'717.-- kolloziert.
A.b Die X._ AG (Klägerin) meldete im Konkurs der D._ AG eine Forderung von Fr. 1'750'000.-- an und wurde mit Fr. 750'000.-- kolloziert. Sie leitet diese Forderung aus dem Verkauf einer Produktionsanlage ab. Der gesamte Verkaufspreis von Fr. 1,25 Millionen sollte von der Käuferin in drei Raten getilgt werden, nämlich 40 % bei Vertragsunterzeichnung, 40 % nach erfolgter Ablieferung und Installation der Anlage sowie nach erfolgreicher Durchführung eines Testlaufs, und die restlichen 20 % im Zeitpunkt der Aufnahme der kommerziellen Produktion. Die D._ AG zahlte die erste Rate, verweigerte dann aber weitere Zahlungen mit der Begründung, die hiezu erforderliche Bedingung, nämlich ein erfolgreich durchgeführter Testlauf, sei nicht erfüllt und die Anlage sei nicht funktionstüchtig für eine industrielle Produktion.
A.c Nachdem die Mehrheit der Gläubiger auf die Geltendmachung von Verantwortlichkeitsansprüchen gegen die Organe der D._ AG verzichtet hatte, trat die Konkursverwaltung diese Ansprüche mit Verfügung vom 6. März 1995 an die Klägerin sowie an den Erstbeklagten ab.
A.d Am 12. Juni 1996 gelangte die Klägerin an das Bezirksgericht Schwyz mit dem Rechtsbegehren, die Beklagten 1-3 seien zu verpflichten, ihr unter solidarischer Haftung Fr. 750'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit 29. Dezember 1993 zu bezahlen, unter Vorbehalt des Nachklagerechts. Sie machte im Wesentlichen geltend, dass die Beklagten 1 und 2 als Mitglieder des Verwaltungsrats Bilanzierungsvorschriften verletzt und eine zusätzliche Verschuldung der D._ AG dadurch bewirkt hätten, dass der Konkurs zu spät eröffnet worden sei. Ausserdem warf sie den Beklagten 1 und 2 vor, sie hätten ihre Pflicht zur sorgfältigen Geschäftsführung verletzt und damit den gesamten Schaden der Gläubiger im Konkurs verursacht. Der Beklagten 3 warf sie vor, sie habe ihre Kontroll- und Prüfungspflichten verletzt und sei ihren Informations- und Meldepflichten nicht nachgekommen.
A.e Die Beklagten beantragten die Abweisung der Klage. Die Beklagten 1 und 2 erhoben zudem Widerklage mit dem Begehren, es sei festzustellen, dass sie für den Gläubigerausfall im Konkurs der D._ AG nicht verantwortlich seien und demgemäss die Klägerin keine Forderung gegenüber ihnen habe.
B. Mit Urteil vom 24. September 2003 wies das Bezirksgericht Schwyz die Klage ab und stellte in Gutheissung der Widerklage fest, dass die Beklagten 1 und 2 für den Gläubigerausfall im Konkurs der D._ AG nicht haften. Das Bezirksgericht bejahte zwar die grundsätzliche Haftung der Beklagten 1 und 2 aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit, gelangte jedoch zum Ergebnis, dass der Schaden, welchen die Beklagten als Organe der Gesellschaft verursacht hatten, durch die vom Beklagten 1 der Gesellschaft gewährten Darlehen ausgeglichen worden sei.
Das Kantonsgericht Schwyz hob mit Beschluss vom 12. April 2005 das erstinstanzliche Urteil in teilweiser Gutheissung der Berufung der Klägerin auf und trat auf Klage und Widerklage nicht ein. Das Kantonsgericht überprüfte die materielle Gläubigerstellung der rechtskräftig kollozierten Klägerin und gelangte zum Schluss, die Forderung der Klägerin aus offenen Kaufpreisraten sei vor der Eröffnung des Konkurses über die D._ AG nicht fällig gewesen bzw. sie sei mangels Eintritts der vertraglichen Bedingung gar nicht entstanden, womit der Klägerin das Rechtsschutzinteresse an der Verantwortlichkeitsklage fehle. Ausserdem qualifizierte das Kantonsgericht die Verantwortlichkeitsklage wegen des Verhaltens der Klägerin als rechtsmissbräuchlich. In einer Eventualbegründung erwog das Gericht, die Klägerin könne wegen Erlöschens ihrer Forderung durch Verrechnung mit der kollozierten Forderung des Erstbeklagten keine Ansprüche mehr geltend machen. Schliesslich erklärte das Gericht die Widerklage für hinfällig, weil auf die Klage nicht einzutreten sei.
C. Mit Berufung vom 14. September 2005 stellt die Klägerin den Antrag, der Beschluss des Kantonsgerichts Schwyz vom 12. April 2005 sei insofern aufzuheben, als die Vorinstanz anzuweisen sei, auf die Klage einzutreten und diese im Rahmen der bei der Vorinstanz gestellten Berufungsanträge der Klägerin materiell zu beurteilen.
Die Beklagte 3 schliesst in der Berufungsantwort auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei. Die Beklagten 1 und 2 stellen in ihrer gemeinsam eingereichten Berufungsantwort die Anträge, die Berufung sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, eventuell sei die Vorinstanz anzuweisen, die Widerklage gutzuheissen.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Das Bundesgericht verlangt in ständiger Rechtsprechung die Bezifferung der Geldsumme, zu deren Zahlung die Gegenpartei verpflichtet werden soll. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz sind im Verfahren der Berufung grundsätzlich ungenügend und haben das Nichteintreten auf das Rechtsmittel zur Folge. Ein Rückweisungsantrag ist jedoch zulässig, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (BGE 125 III 412 E. 1b S. 414 mit Hinweisen). Dies trifft hier zu, ist doch die Vorinstanz auf die Klage nicht eingetreten, ohne die tatsächlichen Voraussetzungen und den Umfang der Haftung der Beklagten als Organe der D._ AG festzustellen.
1.2 Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbständigen Begründungen, ist in der Berufung für jede einzeln darzulegen, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie verletzt sind (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG, BGE 111 II 397 E. 2b; 122 III 43 E. 3 S. 45). In Übereinstimmung mit diesen Begründungsanforderungen legt die Klägerin in ihrer Rechtsschrift dar, aus welchen Motiven sie sowohl ihr Rechtsschutzinteresse an der Klage bejaht und ihre Klage im Gegensatz zur Vorinstanz nicht als offenbar rechtsmissbräuchlich erachtet, und sie zeigt auch auf, weshalb sie die im angefochtenen Entscheid eventuell geschützte Verrechnung mit der kollozierten Forderung des Beklagten 1 für rechtswidrig hält.
1.3 Im Berufungsverfahren ist das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen der letzten kantonalen Instanz gebunden, wenn sie nicht offensichtlich auf Versehen beruhen, unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen (Art. 63 Abs. 2 OG) oder im Hinblick auf den Tatbestand einer anwendbaren Sachnorm ergänzungsbedürftig sind (Art. 64 OG). Werden solche Ausnahmen geltend gemacht, hat die Partei, welche den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. c und d OG; BGE 130 III 102 E. 2.2 S. 106 mit Hinweisen). Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (BGE 120 II 97 E. 2b S. 99; 119 II 84 E. 3 S. 85). An die rechtliche Begründung der Vorinstanz ist das Bundesgericht nicht gebunden (Art. 63 Abs. 3 OG).
2. Die Klägerin stützt ihre Forderung sowohl auf Art. 757 OR wie auf die Verfügung der Konkursverwaltung vom 6. März 1995, mit der ihr die Ansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit der Konkursmasse der D._ AG gegen deren Gesellschaftsorgane gemäss Art. 260 SchKG abgetreten worden sind.
2.1 Nach Art. 757 OR sind im Konkurs der geschädigten Gesellschaft auch die Gesellschaftsgläubiger berechtigt, Ersatz des Schadens an die Gesellschaft zu verlangen. Zunächst steht es jedoch der Konkursverwaltung zu, die Ansprüche von Aktionären und Gesellschaftsgläubigern geltend zu machen (Abs. 1). Verzichtet die Konkursverwaltung auf die Geltendmachung dieser Ansprüche, ist hierzu jeder Aktionär oder Gläubiger berechtigt. Das Ergebnis wird vorab zur Deckung der Forderungen der klagenden Gläubiger gemäss den Bestimmungen des SchKG verwendet. Am Überschuss nehmen die klagenden Aktionäre im Ausmass ihrer Beteiligung an der Gesellschaft teil; der Rest fällt in die Konkursmasse (Abs. 2). Vorbehalten bleibt die Abtretung von Ansprüchen der Gesellschaft gemäss Art. 260 SchKG (Abs. 3).
Nach Art. 260 SchKG ist jeder Gläubiger berechtigt, die Abtretung derjenigen Rechtsansprüche der Masse zu verlangen, auf deren Geltendmachung die Gesamtheit der Gläubiger verzichtet (Abs. 1). Das Ergebnis dient nach Abzug der Kosten zur Deckung der Forderungen derjenigen Gläubiger, an welche die Abtretung stattgefunden hat, nach dem unter ihnen bestehenden Range. Der Überschuss ist an die Masse abzuliefern (Abs. 2).
2.2 Die Aktivlegitimation des Abtretungsgläubigers nach Art. 260 SchKG beruht auf einer gesetzlichen Prozessführungsbefugnis oder Prozessstandschaft (BGE 121 III 488 E. 2b S. 492). Eingeklagt werden gestützt auf Art. 260 SchKG nicht Ansprüche, die dem Konkursgläubiger persönlich zustehen, sondern solche der Konkursitin, welche an die Masse fallen. Dem Abtretungsgläubiger steht allerdings bei der Verteilung des Prozesserlöses ein Anspruch auf Vorausbefriedigung zu (Art. 260 Abs. 2 SchKG). Der Prozess, der gestützt auf eine Abtretung im Sinne von Art. 260 SchKG geführt wird, dient dazu, der Konkursmasse zu Aktiven zu verhelfen, woran nichts ändert, dass das Ergebnis bei der Verteilung in erster Linie demjenigen zugute kommt, der das Risiko des Prozesses eingeht.
2.2.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist es nicht Sache des Richters, sondern der SchKG-Aufsichtsbehörde, die Abtretungsverfügung der Konkursverwaltung auf ihre Rechtmässigkeit zu überprüfen. Im Verfahren, das der Abtretungsgläubiger anstrengt, hat das Gericht bloss festzustellen, dass sich die Legitimation des Klägers aus einer solchen Verfügung ergibt. Die Parteien sind mit Einwänden gegen den rechtskräftigen Kollokationsplan nicht zu hören. Diese Praxis wurde in Absprache beider Zivilabteilungen des Bundesgerichts in einem publizierten Entscheid klargestellt (BGE 111 II 81 E. 3). Das Bundesgericht hat daran in neueren Urteilen festgehalten (vgl. 4C.165/2000 vom 23. Oktober 2000, E. 4b; 4C.412/1993 vom 7. Juli 1995 E. 2; 4C. 265/1992 vom 4. Februar 1994 E. 2; 4C.279/1991 vom 14. April 1993 E. 7).
2.2.2 Die Lehre stimmt mehrheitlich mit der Rechtsprechung überein, dass die Prozessführungsbefugnis zur Einforderung bestrittener Aktiven der Konkursmasse ein Nebenrecht der kollozierten Forderung ist (BGE 113 III 20 E. 3 S. 22) und dass dem gestützt auf Art. 260 SchKG klagenden Abtretungsgläubiger nicht entgegengehalten werden kann, seine Forderung gegenüber der in Konkurs gefallenen Gesellschaft sei zu Unrecht kolloziert worden (Berti in Staehelin/Bauer/Staehelin, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, Basel 1998, N. 63 zu Art. 260; Jeanneret/Carron, Commentaire romand, N. 47 zu Art. 260 SchKG; Gilliéron, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4. Aufl., Basel 2005, Rz. 2052 S. 381; Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 7. Aufl., Bern 2003, § 47 Rz. 53 S. 384).
2.2.3 Von einer Minderheitsmeinung in der Lehre ist jedoch als unbefriedigend kritisiert worden, dass das Gericht im aktienrechtlichen Verantwortlichkeitsprozess die Gläubigereigenschaft des rechtskräftig kollozierten Klägers nicht überprüfen darf (Hütte, Zum Rechtsschutzinteresse des zu Unrecht kollozierten Gläubigers, in Insolvenz- und Wirtschaftsrecht, 2000, Bd. 3, S. 41 ff.). Gemäss diesem Autor ist fraglich, ob der Abtretungsgläubiger ein Rechtsschutzinteresse an der Klage hat, wenn er als materiell Unberechtigter kolloziert worden ist und deshalb zwar die Dividende beanspruchen dürfte, das Prozessergebnis indessen an die Masse abführen müsste (Hütte, a.a.O., S. 44 Rz. 5.5). Diese Auffassung, der sich die Vorinstanz angeschlossen hat, ist aus den folgenden Gründen abzulehnen.
2.3 Die Besonderheit des aktienrechtlichen Verantwortlichkeitsprozesses führt nicht dazu, dass die Gläubigereigenschaft eines im Konkurs der Gemeinschuldnerin rechtskräftig kollozierten Gläubigers im Prozess um die Haftung der Organe überprüft werden kann.
2.3.1 Trotz Kritik in der Lehre hat das Bundesgericht an der mit BGE 117 II 432 ff. begründeten Praxis festgehalten, mit der die Unterscheidung zwischen einem Anspruch aus dem Schaden der Gesellschaft und einem solchen aus dem mittelbaren Schaden des einzelnen Gläubigers zugunsten eines einheitlichen Anspruchs der Gläubigergesamtheit aufgegeben wurde. Die Lehre stimmt ihr heute - trotz anhaltender Kritik - mindestens aus praktischen Überlegungen mehrheitlich zu (vgl. Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich 2004, § 18 Rz. 275, 279 f., 287 ff.; Widmer/Banz, Basler Kommentar, N. 16 zu Art. 757 OR; Corboz, La responsabilité des organes en droit des sociétés, Basel 2005, N. 16 ff. zu Art. 757 OR; vgl. auch Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, § 36 Rz. 41 ff.).
2.3.2 Nach der Praxis des Bundesgerichts genügt die rechtskräftige Kollokation zur Erfüllung der Voraussetzung der Aktivlegitimation im Verantwortlichkeitsprozess (BGE 122 III 195 E. 9b S. 202; vgl. auch Widmer/Banz, a.a.O., N. 27 zu Art. 757 OR; Corboz, a.a.O., N. 27 zu Art. 757 OR; Böckli, a.a.O., § 18 Rz. 350). Soweit die Prüfung der Gläubigerstellung im Rahmen des Verantwortlichkeitsprozesses dennoch befürwortet wird, beruht diese Ansicht auf einer grundsätzlichen Kritik an BGE 117 II 432 ff., die insbesondere beanstandet, dass dadurch die Einreden der verantwortlichen Organe zu weitgehend beschnitten würden. Auch die früheren Lehrmeinungen, welche der Verbindlichkeit der rechtskräftigen Kollokation kritisch gegenüberstanden, gingen grundsätzlich von der Unterscheidung zwischen einem Verantwortlichkeitsanspruch der Gesellschaft und einem solchen des einzelnen Gläubigers aus (vgl. Hütte, Zu Unrecht kolloziert und dennoch (deshalb) vollbefriedigt, in Der Schweizer Treuhänder 1986, S. 100 ff.; Fischer, Urteilsanmerkung zu BGE 111 II 81 ff. in SAG 1986, S. 92 ff.; Forstmoser, Die aktienrechtliche Verantwortlichkeit, 2. Aufl., Zürich 1987, Rz. 110 S. 63 f.). Nachdem das Bundesgericht diese Unterscheidung seit BGE 117 II 432 ff. aufgegeben hat, entbehrt die darauf beruhende Ansicht, es sei die materielle Begründetheit der kollozierten Forderung zu prüfen, der Grundlage (so schon Urteil des Bundesgerichts 4C.265/1992 vom 4. Februar 1994, E. 2).
2.3.3 Der gesamte Schaden der Gläubiger, den gemäss Art. 757 Abs. 1 OR in erster Linie die Konkursverwaltung einzuklagen berechtigt ist, besteht in der unfreiwilligen Vermögenseinbusse, welche die konkursite Gesellschaft durch die pflichtwidrigen Handlungen ihrer Organe erlitten hat. Dieser Schaden ist Gegenstand des Prozesses der Konkursverwaltung bzw. der Abtretungsgläubiger gegen die verantwortlichen Organe der Konkursitin. Besteht nun der Schaden - wie hier insbesondere behauptet - in der Vergrösserung der Verschuldung der Konkursitin, welche durch eine verspätete Konkurserklärung entstanden ist, so ist die tatsächlich eingetretene Überschuldung der Konkursitin mit jener zu vergleichen, die bei einem Konkurs zum früheren Zeitpunkt bestanden hätte. Die Gesamtheit der rechtskräftig kollozierten Forderungen bildet dagegen keine bundesrechtlich verbindliche Grundlage, die der Schadensberechnung zugrunde zu legen wäre (Urteil des Bundesgerichts 4C. 275/2000 vom 24. April 2001, E. 3a; Glasl, Die kollozierte Forderung im Verantwortlichkeitsprozess, SZW 4/2005, S. 157 ff., S. 163).
2.4 Die Vorinstanz hat der Klägerin das Rechtsschutzinteresse an der vorliegenden Klage zu Unrecht abgesprochen. Selbst wenn die Klägerin mit ihrer Forderung gegenüber der Konkursitin zu Unrecht kolloziert worden wäre, ist sie aufgrund ihrer formellen Gläubigerstellung im Verantwortlichkeitsprozess nicht nur aktivlegitimiert, sondern sie hat im Falle des Obsiegens Anspruch auf Vorausbefriedigung ihrer rechtskräftig kollozierten Forderung aus dem Prozessgewinn als zusätzlichem Konkursaktivum (Art. 260 Abs. 2 SchKG; BGE 122 III 176 E. 5f S. 189 mit Hinweisen). Da im angefochtenen Entscheid Anhaltspunkte dafür fehlen, dass die rechtskräftige Kollokation ausnahmsweise widerrufen bzw. der Kollokationsplan geändert worden wäre (vgl. dazu BGE 119 II 326 E. 2f S. 329; 111 II 81 E. 2a S. 84), hat die Klägerin im Falle der Gutheissung ihrer Begehren einen praktischen Nutzen. Daran ändert nichts, dass die rechtskräftige Kollokation keine präjudizielle Wirkung für den materiellen Bestand der Forderung hat, wie die Vorinstanz unter Hinweis auf BGE 122 III 195 E. 9b ausführt (vgl. immerhin die Kritik an diesem Entscheid bei Bär, ZBJV 1998, S. 275 und Watter/Truffer, AJP 12/96 S. 1571). Denn die Abtretungsgläubigerin wird aus dem Prozessergebnis im Rahmen des Konkurses vorweg befriedigt und die Vorausbefriedigung ist Folge der rechtskräftigen Kollokation. Das Rechtsschutzinteresse kann der Klägerin unter diesen Umständen nicht abgesprochen werden.
3. Die Vorinstanz hat die Klage in einer weiteren Erwägung auch als rechtsmissbräuchlich qualifiziert.
3.1 Der offenbare Missbrauch eines Rechtes findet keinen Rechtsschutz (Art. 2 Abs. 2 ZGB). Art. 2 ZGB ist eine Grundsatznorm, welche der Durchsetzung der öffentlichen Ordnung und Sittlichkeit dient und deren Geltung sich auf die gesamte Rechtsordnung erstreckt. Soweit eine gerichtliche Rechtsdurchsetzung als rechtsmissbräuchlich erscheint, hat der Grundsatz einen engen inneren Zusammenhang mit der Rechtsanwendung. Das Gericht soll nicht gehalten sein, einem Ergebnis der formalen Rechtsordnung zum Durchbruch zu verhelfen, das in offensichtlichem Widerspruch zu elementaren ethischen Forderungen steht (BGE 128 III 201 E. 1c S. 206 mit Hinweisen). Ob eine Berechtigung missbräuchlich ausgeübt wird, hängt stets von den Umständen des Einzelfalles ab (BGE 121 III 60 E. 3d). In Lehre und Rechtsprechung sind Fallgruppen anerkannt worden, in denen typischer Weise ein offenbarer Missbrauch vorliegen kann. So wird etwa Rechtsmissbrauch angenommen bei widersprüchlichem Verhalten oder bei zweckwidriger Verwendung eines Rechts (Honsell, Basler Kommentar, 2. Aufl., N. 37 ff. zu Art. 2 ZGB; Merz, Berner Kommentar, N. 333 ff. und N. 340 ff. zu Art. 2 ZGB; Hausheer/Jaun, Die Einleitungsartikel des ZGB, Bern 2003, S. 150 ff.).
3.2 Als offenkundig rechtsmissbräuchlich betrachtet die Vorinstanz das Verhalten der Klägerin deshalb, weil sie ihre vertraglichen Leistungspflichten gegenüber der Konkursitin nicht gehörig erfüllt und dadurch deren Konkurs in erheblichem Umfang mitverursacht habe und nun zusätzlich aus dem Konkurs Profit schlagen wolle, nachdem sie die mangelhafte Anlage bereits zu einem günstigen Preis aus der Konkursmasse erworben und zu einem übersetzten Preis an eine Drittperson verkauft habe.
Diese Begründung beruht zum grössten Teil auf dem Umstand, dass die Vorinstanz die rechtskräftig kollozierte Forderung der Klägerin als materiell unbegründet betrachtet. Nachdem sich indessen gezeigt hat, dass im vorliegenden Fall auf die rechtskräftige Kollokation abzustellen ist, das heisst die Frage der - im Übrigen zwischen den Parteien streitigen - materiellen Begründetheit der Forderung im Rahmen des Verantwortlichkeitsprozesses als nicht entscheiderheblich betrachtet werden muss, kann insoweit kein Rechtsmissbrauch vorliegen. Insbesondere darf in diesem Zusammenhang nicht mit der Behauptung argumentiert werden, das Verhalten der Klägerin sei widersprüchlich, weil sie selbst zum Konkurs der D._ AG beigetragen habe und trotzdem von einem allfällig positiven Ausgang des Verantwortlichkeitsprozesses profitieren wolle. Schliesslich lässt sich mit den übrigen vom Kantonsgericht erwähnten Umständen (Kauf der Anlage aus der Konkursmasse und Verkauf an einen Dritten zu einem höheren Preis) ebenfalls kein offenbarer Rechtsmissbrauch im Sinne von Art. 2 Abs. 2 ZGB begründen. Abgesehen davon, dass die Klägerin dem Kantonsgericht vorhält, es habe nicht berücksichtigt, dass im Preis, welcher der Dritte bezahlte, neben der Anlage auch Patente inbegriffen gewesen seien, stellt das Verhalten der Klägerin insoweit eine zulässige Rechtsausübung dar, die nicht in offensichtlichem Widerspruch zu elementaren ethischen Forderungen steht. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz ist somit ein Rechtsmissbrauch zu verneinen.
4. Die Vorinstanz hat in einer weiteren selbständigen Erwägung die Verrechnung der Forderung aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit mit der kollozierten Forderung des Erstbeklagten geschützt.
4.1 Die Haftung der Organe setzt eine schuldhafte Pflichtverletzung, einen Schaden und den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen der Pflichtverletzung und dem Schaden voraus. Der Schaden, den die Gesellschaft unmittelbar und die Gläubiger mittelbar erleiden, ist im Konkurs gemäss Art. 757 Abs. 1 OR zuerst von der Konkursverwaltung geltend zu machen. Nach deren Verzicht können die kollozierten Gesellschaftsgläubiger den gesamten Schaden der Gesellschaft einklagen. Die Gläubiger machen zwar den Schaden geltend, den die Konkursitin direkt durch das schuldhafte pflichtwidrige Verhalten ihrer Organe erlitten hat. Die Ablösung des Anspruchs der Gesellschaft durch denjenigen der Gesamtheit der Gläubiger hat jedoch grundsätzlich den Ausschluss der Einreden zur Folge, welche sich gegen die Gesellschaft richten, wie die Einrede der Décharge durch die Generalversammlung (Art. 758 OR) oder der Einwilligung der Gesellschaft (BGE 117 II 432 E. 1b/gg S. 440; Widmer/Banz, a.a.O., N. 28 zu Art. 757 OR). Es stellt sich die Frage, ob dieser Ausschluss auch für die Einrede der Verrechnung mit Forderungen gelten soll, mit welchen das haftpflichtige Organ schon vor der Konkurseröffnung gegenüber der Gesellschaft hätte verrechnen können.
4.2 Wenn zwei Personen einander Geldsummen oder andere Leistungen schulden, die ihrem Gegenstand nach gleichartig sind, kann jede ihre Schuld, insofern beide Forderungen fällig sind, mit ihrer Forderung verrechnen (Art. 120 Abs. 1 OR; vgl. zur Rechtsnatur des Verrechnungsrechts als rechtsaufhebende Gestaltungsbefugnis Aepli, Zürcher Kommentar, N. 78 der Vorbemerkungen zu Art. 120-126 OR). Im Konkurs des Schuldners können die Gläubiger ihre Forderungen, auch wenn sie nicht fällig sind, mit Gegenforderungen des Gemeinschuldners verrechnen (Art. 123 Abs. 1 OR). Der Gläubiger, der mit seiner Forderung gegenüber der Konkursitin rechtskräftig kolloziert worden ist, kann gegenüber gleichartigen Gegenforderungen der Konkursitin die Verrechnung erklären. Die Voraussetzungen der Verrechnung müssen im Zeitpunkt der Erklärung gegeben sein, das Erfordernis der Gegenseitigkeit muss zusätzlich bereits im Zeitpunkt der Konkurseröffnung bestanden haben (Aepli, a.a.O., N. 44 und 47 zu Art. 123 OR).
4.3 Gegenseitigkeit im Sinne von Art. 120 Abs. 1 OR liegt vor, wenn die Gläubiger- und die Schuldnerstellungen zweier Obligationen sich derart auf zwei Personen verteilen, dass jede der beiden gleichzeitig Gläubiger der einen und Schuldner der andern ist (Aepli, a.a.O., N. 21 zu Art. 120 OR; Gauch/Schluep/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Bd. 2, 8. Aufl., Rz. 3397; Jeandin, Commentaire romand, N. 6 zu Art. 120 OR). Die Kollokation einer Forderung im Konkurs setzt voraus, dass der Gläubiger schon vor der Konkurseröffnung eine Forderung gegen die Konkursitin hatte. Die Gegenseitigkeit ist deshalb mit Forderungen gegeben, welche schon vor Konkurseröffnung die Gesellschaft als Gläubigerin und den Konkursgläubiger als Schuldner hatten (vgl. Art. 213 SchKG). Schuldner einer Forderung aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit ist das verantwortliche Organ der Gesellschaft (Art. 754 OR). Gläubigerin ist die Gesellschaft (Art. 756 Abs. 1 OR), womit die Gegenseitigkeit gegeben ist. Der Umstand, dass das Gesetz in diesem Zeitpunkt auch die Klage der Aktionäre zulässt, ändert nichts daran. Die Klagebefugnis der Aktionäre ist als Prozessstandschaft zu qualifizieren. In der Literatur wird zutreffend darauf hingewiesen, dass der der Gesellschaft verursachte Schaden Gegenstand der Klage bildet und dass die Klage auf Leistung an die Gesellschaft geht, während der Aktionär nicht auf Leistung an sich selbst klagen kann (Böckli, a.a.O., § 18 Rz. 237; Corboz, a.a.O., N. 16 f. zu Art. 756 OR). Die gegenteilige Ansicht beruht auf der Kritik an der mit BGE 117 II 432 ff. eingeführten Praxis und hält an der Doppelnatur der Klageberechtigung des Aktionärs fest, die sich im Konkurs manifestiere (vgl. Kunz, Zu den Haftungsvoraussetzungen und zu einigen weiteren Themen der aktienrechtlichen Verantwortlichkeit - Rückblick, Status quo und Perspektiven, AJP 11/98, S. 1267 ff., S. 1282 f.; zum Ganzen Widmer/Banz, a.a.O., N. 8 ff. zu Art. 756 OR). Es kann ihr nicht gefolgt werden.
4.4 Die Gegenseitigkeit der Forderungen wird mit der Ablösung des eigenen Anspruchs der Gesellschaft durch denjenigen der Gläubigergesamtheit im Konkurs nicht beseitigt. Diese Ablösung hat nicht zum Zweck, den Gläubigern mehr Rechte zu verschaffen, als die Gesellschaft jemals hatte. Sie dient allein dem Ausschluss derjenigen Einreden, welche den Abtretungsgläubigern gegenüber nicht gerechtfertigt sind. Für Einreden, die unabhängig von der Willensbildung der Gesellschaft vor der Konkurseröffnung bestanden haben, rechtfertigt sich dagegen der Ausschluss nicht. Insofern ist nicht ersichtlich, weshalb den Gläubigern mit dem Konkurs gegenüber den verantwortlichen Organen mehr Rechte entstehen sollten, als zuvor die unmittelbar geschädigte Gesellschaft hatte. In der Lehre wird überzeugend die Ansicht vertreten, dass den verantwortlichen Organen unter Vorbehalt der Gläubigerbenachteiligung diejenigen Einreden auch im Konkurs der Gesellschaft gegenüber der Gesamtheit der Gläubiger erhalten bleiben sollen, die vor der Konkurseröffnung der Gesellschaft entstanden sind (Böckli, a.a.O., § 18 Rz. 277; Widmer/Banz, a.a.O., N. 28 zu Art. 757 OR; Harald Bärtschi, Verantwortlichkeit im Aktienrecht, Diss. Zürich 2001, S. 184 ff.). Dazu gehört insbesondere die Befugnis zur Verrechnung mit Gegenforderungen, welche schon vor Eröffnung des Konkurses entstanden sind (Widmer/Banz, a.a.O., N. 30 zu Art. 757 OR). Soweit im nicht publizierten Urteil des Bundesgerichts 4C.262/2000 vom 15. Dezember 2000, E. 2c, eine andere Auffassung vertreten worden ist, kann daran nicht festgehalten werden.
4.5 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Erstbeklagte im Konkurs der D._ AG mit einer Darlehensforderung von Fr. 3'706'717.-- kolloziert worden ist, wovon Fr. 1'540'000.-- als nachrangige Darlehen, und dass er für den Fall der ganzen oder teilweisen Gutheissung der Verantwortlichkeitsklage die Verrechnung erklärte. Sie hat geschlossen, die Verrechnungserklärung sei demzufolge, jedenfalls im Umfang der nicht nachrangigen Darlehen, als rechtswirksam zu betrachten und habe den Untergang einer allfälligen Forderung aus Verantwortlichkeit von maximal Fr. 750'000.-- bewirkt. Die Klägerin rügt insofern zu Recht, dass die Vorinstanz mit dieser Argumentation verkennt, dass der kollozierten Forderung des beklagten Organs nicht der eingeklagte Betrag verrechenbar gegenübersteht, sondern dass der durch die schuldhaften und pflichtwidrigen Handlungen des Organs der Gesellschaft verursachte Schaden massgebend ist. Da der gesamte Schaden Klagefundament bildet, ist die Forderung des kollozierten Gläubigers der gesamten Schadenersatzforderung der konkursiten Gesellschaft gegenüberzustellen. Die Verrechnungserklärung bringt daher die eingeklagte Teilforderung nur insoweit zum Untergang, als ein allenfalls verbleibender Saldo die Differenz der eingeklagten Teilforderung zum Gesamtschaden übersteigt.
4.6 Die Vorinstanz hat die Voraussetzungen der aktienrechtlichen Haftung der Beklagten nicht beurteilt und insbesondere keine Feststellungen zum Schaden getroffen, welcher der konkursiten Gesellschaft durch allfällige schuldhafte und pflichtwidrige Handlungen der Beklagten entstanden ist. Die Sache ist daher zur Ergänzung dieser Feststellungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5. Die Berufung ist teilweise begründet. Die Vorinstanz hat die materielle Begründetheit der im Konkurs der D._ AG rechtskräftig kollozierten Forderung der Klägerin im vorliegenden Verfahren zu Unrecht geprüft und sie hat die verrechenbaren Darlehensforderungen des Erstbeklagten zu Unrecht allein dem Betrag der kollozierten Forderung, statt dem gesamten Schadensbetrag gegenüber gestellt, der allenfalls aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit zu ersetzen ist. Der angefochtene Beschluss ist aufzuheben und die Sache zur Ergänzung der Feststellungen über die behaupteten schuldhaften Pflichtverletzungen der Beklagten und gegebenenfalls den dadurch der Konkursitin verursachten Schaden an die Vorinstanz zurückzuweisen.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend ist die Gerichtsgebühr den Beklagten unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG). Sie haben die Klägerin - ebenfalls unter solidarischer Haftung - für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1, 2 und 5 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird gutgeheissen, der Beschluss des Kantonsgerichts des Kantons Schwyz vom 12. April 2005 wird aufgehoben und die Sache wird zur Ergänzung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 10'000.-- wird den Beklagten unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beklagten haben die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit insgesamt Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Zivilkammer des Kantonsgerichts des Kantons Schwyz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Januar 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: