Fatti:
A. B._ è proprietario dei fondi contermini part. n. 1024, 1025, 1031, 1032, 1033 e 1035 di Sala Capriasca (ora Comune di Capriasca), ubicati in località "Pezze". Le proprietà, descritte a registro fondiario quali prati e terreni incolti, formano nel loro complesso un appezzamento unitario di 1'196 m2, utilizzato parzialmente per il deposito, non autorizzato, di materiali vari da parte dell'impresa di trasporti E._.
B. Il primo piano regolatore di Sala Capriasca, approvato dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 25 novembre 1986, ha inserito il comparto "Pezze" in una zona senza destinazione specifica, in vista di un'attribuzione coerente con il paesaggio e l'utilizzazione circostante, ritenuto che la prospettiva del Comune di assegnarlo ad una zona artigianale-industriale è stata considerata incongruente con gli obiettivi pianificatori della Regione Valli di Lugano e del confinante Comune di Tesserete. Successivamente a una serie di atti che non occorre qui evocare, con una modifica di piano regolatore entrata in vigore il 9 maggio 1995, i fondi citati sono stati inseriti in una zona AP-EP destinata alla formazione di un posteggio al servizio del previsto centro balneare ricreativo intercomunale.
C. Dopo essersi aggravato invano contro tale azzonamento, il proprietario ha inoltrato il 4 novembre 1996 al Tribunale di espropriazione una richiesta d'indennità di fr. 480.-- al m2 nei confronti del Comune di Sala Capriasca per espropriazione materiale dipendente dal provvedimento pianificatorio del 1995. Sospesa frattanto tale procedura, il Consorzio per i centri di attrezzature sportive e ricreativo-balneari dei Comuni della Capriasca e della Valcolla ha avviato una procedura di espropriazione formale dei terreni necessari alla realizzazione dell'impianto, tra cui rientravano i fondi di B._, per i quali il Consorzio ha offerto un'indennità di fr. 30.-- al m2. Autorizzata l'anticipata immissione in possesso dei diritti espropriati e riattivata la procedura di espropriazione materiale, con due distinte sentenze del 9 luglio 2008, il Tribunale di espropriazione ha respinto le pretese per il titolo di espropriazione materiale e ha stabilito in fr. 30.-- al m2, oltre interessi, l'indennità dovuta al proprietario per l'espropriazione formale dei fondi.
D. B._ ha allora adito il Tribunale cantonale amministrativo che, con sentenza del 23 febbraio 2009, ha confermato le decisioni di primo grado. La Corte cantonale ha rilevato che l'inclusione dei fondi nella zona AP-EP nel maggio 1995 costituiva un rifiuto di attribuirli alla zona edificabile, il quale non realizzava in concreto gli estremi di un'espropriazione materiale. Ha poi ritenuto eccessiva l'indennità riconosciuta in prima istanza per l'espropriazione formale, ma non l'ha ridotta in considerazione del divieto della reformatio in peius.
E. B._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di condannare il Comune di Capriasca a versargli un'indennità espropriativa unica di fr. 574'080.--, oltre interessi al 5 % a partire dal 9 maggio 1995. In via subordinata, chiede che l'indennità gli sia versata dal Consorzio.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Con la sentenza impugnata, il Tribunale cantonale amministrativo ha negato al ricorrente un'indennità per espropriazione materiale derivante da una restrizione della proprietà fondata su una misura di natura pianificatoria secondo l'art. 5 cpv. 2 LPT ed ha confermato l'indennità riconosciuta a titolo di espropriazione formale. Giusta l'art. 82 lett. a LTF il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico. Questo rimedio è dato in concreto, ritenuto che l'art. 83 LTF non prevede un'eccezione al riguardo e che, con riferimento alla restrizione della proprietà derivante dal provvedimento pianificatorio, l'art. 34 cpv. 1 LPT prevede che i rimedi giuridici proponibili dinanzi alle autorità federali sono retti dalle disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.
1.2 Presentato dalla parte che ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, direttamente toccata dalla decisione e avente un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (art. 89 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF) resa da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), è sotto questi profili di massima ammissibile.
2. 2.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali ragioni tale giudizio viola il diritto. L'applicazione d'ufficio del diritto da parte del Tribunale federale (art. 106 cpv. 1 LTF) presuppone infatti che il gravame possa essere esaminato nel merito ed adempia quindi i requisiti di motivazione previsti dall'art. 42 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.1).
2.2 Il ricorso in esame riprende in gran parte testualmente il contenuto dei gravami presentati dinanzi alla precedente istanza e non si confronta puntualmente con le pertinenti considerazioni dei giudici cantonali, spiegando per quali ragioni esse violerebbero il diritto. Disattendendo le citate esigenze di motivazione, il ricorso si rivela essenzialmente inammissibile (cfr. DTF 134 II 244 consid. 2.3). Il ricorrente richiama invero l'art. 15 LPT, sostenendo che i suoi fondi sarebbero ubicati in un comparto edificabile: tale sarebbe infatti la zona AP-EP e comunque, in assenza del vincolo, sempre a suo dire, le particelle sarebbero state inserite in una zona artigianale-industriale. Il ricorrente non si confronta tuttavia con le argomentazioni addotte dalla Corte cantonale, secondo cui alla data determinante del 9 maggio 1995 le proprietà non si trovavano in un comprensorio già largamente edificato ai sensi dell'art. 15 lett. a LPT, rientrando piuttosto in un vasto comparto prevalentemente verde, chiaramente distinto e incentrato sull'ex caserma militare di Tesserete. Egli disattende inoltre che la precedente istanza ha unicamente accertato che i fondi erano urbanizzati, escludendo per contro che fossero compresi nel perimetro di un piano generale delle canalizzazioni conforme alla legge. Né il ricorrente si esprime sull'accertata impossibilità di formare una zona artigianale-industriale in quel comparto, di dimensioni troppo ridotte ed addossato al settore di un altro Comune destinato ad altre attività: il progetto di creare una simile zona era stato abbandonato già nel 1986 in seguito all'acquisto da parte della Confederazione dei terreni interessati sul territorio del Comune confinante. In sostanza, il ricorrente fonda l'esistenza di un caso di espropriazione materiale semplicemente sul fatto che i suoi fondi sono stati gravati da un vincolo AP-EP: disattende tuttavia che l'eventuale realizzazione di un'espropriazione materiale deve essere vagliata sulla base della situazione concreta dei fondi interessati, applicando i criteri giurisprudenziali esposti in modo pertinente dalla Corte cantonale.
2.3 Il ricorrente ribadisce l'edificabilità delle sue proprietà anche nel contesto dell'espropriazione formale, adducendo che due particelle confinanti sarebbero state acquistate dall'espropriante al prezzo di fr. 100.-- al m2 nel 2003. Ora, le circostanze per cui il ricorrente non poteva seriamente contare sul fatto che un'edificazione dei suoi fondi fosse realizzabile con grande probabilità in un futuro prossimo concernono il quesito dell'espropriazione materiale e sono state ampiamente spiegate nel giudizio impugnato, con il quale, come visto, egli non si confronta con una motivazione conforme all'art. 42 cpv. 2 LTF. Criticando l'ammontare dell'indennità riconosciuta a titolo di espropriazione formale, il ricorrente invoca in sostanza una pretesa disparità di trattamento rispetto ai proprietari dei fondi vicini, che avrebbero percepito un indennizzo maggiore pur trovandosi in una situazione simile: produce al riguardo le relative richieste di iscrizione nel registro fondiario. Questi fatti e i relativi mezzi di prova sono nuovi e sono pertanto inammissibili in questa sede (cfr. art. 99 LTF). La censura, non sollevata dinanzi alla precedente istanza, non può di conseguenza essere esaminata nel merito.
3. Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.