Faits:
A. Par jugement du 16 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné A._, B._, C._, D._ et E._, eu égard à leurs positions respectives au sein de la Banque F._, pour blanchiment d'argent par omission au motif qu'ils n'avaient pris aucune mesure en vue de clarifier l'origine des fonds versés sur plusieurs comptes bancaires dont les titulaires étaient des agents publics de l'Etat X._. L'argent provenant d'actes de corruption passive commis dans cet Etat a été confisqué au profit de la Confédération, la Cour décidant pour le surplus que les questions civiles seraient traitées ultérieurement.
Cette décision a été confirmée par le Tribunal fédéral en date du 3 novembre 2010 (arrêt 6B_901/2009).
B. A la suite de l'entrée en force de son jugement, la Cour des affaires pénales a repris la procédure portant sur l'action civile en date du 14 janvier 2011.
En date du 21 mars 2011, l'Etat fédéral X._ a présenté une requête fondée sur l'art. 73 CP relatif à l'allocation au lésé; il a sollicité que lui soit attribué l'ensemble des avoirs confisqués dans la procédure pénale.
En réponse à une demande de complément de la Cour des affaires pénales, l'Etat fédéral X._ a fourni, en date du 8 juillet 2011, une déclaration émanant du Procureur général de l'Etat fédéré Y._ « confirmant que l'Etat fédéral X._ est le seul légitimé à solliciter auprès des juridictions étrangères la restitution des produits des crimes de corruption commis sur son territoire dans le cadre de l'affaire intitulée P._ ». A cette déclaration étaient joints des textes légaux de l'Etat fédéral X._ et un extrait du journal officiel de l'Etat fédéré Y._ attestant de la nomination du Procureur.
C. Le 27 octobre 2011, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a rejeté l'action civile ainsi que la requête d'allocation au lésé.
D. L'Etat fédéral X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement. Invoquant une violation du droit international ainsi que des art. 210 aPPF et 73 CP, il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à l'annulation du jugement attaqué et à ce que lui soient alloués les avoirs confisqués au préjudice de J._, K._ et L._. Il conclut en outre à ce qu'il lui soit donné acte du fait qu'il cède à l'Etat une part correspondante de sa créance, en application de l'art. 73 al. 2 CP ainsi que de ce qu'il consent à ce qu'un montant correspondant aux frais encourus par la Confédération suisse et qui n'ont pas été mis à la charge des accusés soit retenu sur les montants confisqués et devant lui être alloués. Enfin, il conclut à ce que les intimés soient condamnés solidairement à lui payer la somme de 44'815'723 USD avec intérêts à 5 % dès le 30 septembre 2007, sous déduction des montants qui lui ont été alloués en application de l'art. 73 al. 1 let. b CP. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal pénal fédéral pour nouvelle décision. Il produit une pièce à l'appui de son recours, soit une attestation de l'Etat fédéré Y._ datée du 16 décembre 2011.
Considérant en droit:
1. L'attestation de l'Etat fédéré Y._ datée du 16 décembre 2011 constitue une pièce nouvelle, qui est irrecevable (art. 99 al. 1 LTF).
2. 2.1 L'autorité précédente a statué dans le cadre d'une action civile postérieure au jugement pénal, en application de l'art. 210 aPPF. Elle a considéré que le recourant n'avait pas établi être habilité en vertu du droit de l'Etat fédéral X._ à agir en son propre nom en invoquant des prétentions en dommages-intérêts à la place de l'Etat fédéré Y._. Autrement dit, elle lui a ainsi dénié la faculté de conduire le procès comme partie ("Prozessstandschaft").
2.2 Le recourant se réfère au droit international, à savoir les principes fondamentaux que sont l'égalité souveraine des Etats et la non-ingérence dans les affaires internes, consacrés notamment par l'art. 2 al. 1 et 7 de la Charte de l'ONU. Il soutient que sa capacité à agir pour l'une de ses entités fédérées découle de la définition même de la souveraineté étatique. Il allègue que l'autorité précédente a violé ces principes en niant sa faculté d'agir valablement au nom de l'Etat fédéré Y._ et ce bien qu'il ait produit des dispositions légales et constitutionnelles de l'Etat X._. Il produit une attestation de l'Etat Y._ datée du 16 décembre 2011.
Le recourant reproche ainsi en réalité à l'autorité précédente d'avoir fait une application erronée du droit de l'Etat X._ qui, soutient-il, lui confère la faculté d'agir dont il se prévaut. C'est sous cet angle que le grief doit être examiné.
2.3 La question de savoir si une personne peut faire valoir en son nom un droit dont elle n'est pas titulaire touche à la nature du droit de fond et non à la procédure de sa mise en ?uvre. Il convient en conséquence d'appliquer la loi applicable au fond (cf. ANDREAS BUCHER, in Commentaire romand, Loi sur le droit international privé - Convention de Lugano, n° 75 ad art. 13 LDIP). Dès lors que les prétentions pour actes illicites articulées en procédure découlent d'actes de corruption d'agents publics commis dans l'Etat fédéral X._ au détriment de l'Etat fédéré Y._, le droit de l'Etat X._ (cf. art. 133 al. 2 LDIP) gouverne également la question de savoir si le recourant disposait de la faculté de conduire le procès en son nom à la place de l'Etat fédéré Y._. A noter qu'une telle faculté lui aurait été déniée en considération du droit suisse (cf. FABIENNE HOHL, Procédure civile, tome 1, 2001, n° 452 ss; VOGEL/SPÜHLER, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8e éd., 2006, n° 37 ss p. 141).
2.4 Le recours en matière pénale ne peut être formé que pour violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, à savoir pour violation du droit fédéral (let. a), du droit international (let. b), des droits constitutionnels cantonaux (let. c ), de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires (let. d) et du droit intercantonal (let. e). Cette disposition vise uniquement le droit suisse à l'exclusion du droit étranger (FF 2001 p. 4132 ss; MARKUS SCHOTT, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2e éd. 2011, n° 45 ad art. 95 LTF; YVAN JEANNERET/ROBERT ROTH, Le recours en matière pénale, in Les recours au Tribunal fédéral, 2007, p. 122). L'art. 96 LTF prévoit les exceptions où le droit étranger peut être invoqué à l'appui d'un recours, à savoir en cas d'inapplication du droit étranger désigné par le droit international privé suisse (let. a) et en cas d'application erronée du droit étranger désigné par le droit international privé suisse, pour autant qu'il s'agisse d'une affaire non pécuniaire (let. b).
2.5 En l'occurrence, l'application erronée de son droit national invoquée par le recourant s'inscrit dans le cadre d'une affaire pécuniaire (sur cette notion: cf. ATF 108 II 77 consid. 1a et 126 III 198 consid. 1a p. 200), dès lors que celui-ci a entrepris une action civile pour faire valoir des dommages-intérêts dans une procédure pénale. Au regard des dispositions précitées (art. 95 et 96 LTF), le grief tiré de l'application erronée du droit de l'Etat X._ est irrecevable.
Néanmoins, le recourant aurait pu se plaindre de ce que l'application de son droit national par l'autorité précédente était entachée d'arbitraire (cf. MARKUS SCHOTT, op. cit., n° 45 ad art. 95 LTF, spéc. note infrapaginale 97). Il ne formule cependant à cet égard aucun grief qui répondrait aux exigences accrues de motivation déduites de l'art. 106 al. 2 LTF.
2.6 Il résulte de ce qui précède que, faute de grief recevable, il ne saurait être question de revenir sur la solution de l'autorité précédente qui a dénié la faculté du recourant de conduire le procès.
3. Le recourant se plaint d'une violation de l'art. 210 aPPF, considérant que c'est à tort que l'autorité précédente d'une part a dénié sa faculté d'agir, d'autre part n'a pas retenu l'existence d'un dommage.
La premier aspect de son grief se recoupe avec celui abordé ci-dessus au consid. 2. Cela en scelle le sort, sans qu'il y ait lieu de traiter plus avant le reste de la critique.
4. Le recourant invoque une violation de l'art. 73 al. 1 let. b CP, selon lequel, si un crime ou un délit a causé à une personne un dommage qui n'est couvert par aucune assurance et s'il y a lieu de craindre que l'auteur ne réparera pas le dommage ou le tort moral, le juge alloue au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts ou de la réparation morale fixés par un jugement ou par une transaction, les objets et les valeurs patrimoniales confisqués ou le produit de leur réalisation, sous déduction des frais.
Le défaut de faculté de conduire le procès du recourant retenu par l'autorité précédente, point sur lequel il n'y a pas lieu de revenir (cf. supra consid. 2), exclut d'emblée que celui-ci puisse revêtir la qualité de lésé au sens de l'art. 73 CP et se prévaloir de cette disposition. Le grief est infondé. Au demeurant, le lésé selon cette disposition peut être une personne physique ou morale, mais il doit s'agir d'une personne privée, à l'exclusion d'une corporation publique ou d'un service de l'Etat (MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, Commentaire romand, Code pénal I, 2009, n. 9 ad art. 73 CP; NIKLAUS SCHMID, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, vol. I, 2ème éd., 2007, n. 16 ad art. 73 CP; MICHEL DUPUIS et al., Petit commentaire du Code pénal, 2012, n. 5 ad art. 73; AMÉDÉE KASSER, L'avocat et le juge face au droit pénal, Mélanges offerts à Eric Stoudmann, 2005, p. 90). Il en va ainsi même si l'atteinte a été portée aux intérêts privés de l'entité étatique en question (FLORIAN BAUMANN, in Basler Kommentar, Strafrecht I, 2e éd., 2007, n. 5 ad art. 73 CP). En effet, le but de l'art. 73 CP est de faciliter l'indemnisation du lésé et non de permettre la répartition des valeurs patrimoniales confisquées ou encaissées (MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, op. cit, n. 3 et 9 ad art. 73 CP; FLORIAN BAUMANN, op. cit. loc. cit.).
Il s'ensuit que le recourant ne saurait invoquer l'application de l'art. 73 CP, étant rappelé qu'un partage entre Etats de valeurs patrimoniales confisquées est concevable en application de la loi fédérale sur le partage des valeurs patrimoniales confisquées (LVPC; RS 312.4), point qu'il n'y a pas lieu d'aborder ici.
5. Mal fondé, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable et le recourant, qui succombe, supportera les frais de justice (art. 64 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 11 janvier 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Paquier-Boinay