Faits:
A. A._, ressortissant italien résidant en Suisse, fait l'objet d'une enquête pénale fédérale dans laquelle il a été inculpé successivement de défaut de vigilance en matière d'opérations financières, participation à une organisation criminelle et blanchiment d'argent. Il lui est reproché en substance d'avoir géré les avoirs déposés en Suisse par B._, lequel a été condamné en Espagne à 10 ans de prison pour trafic de drogue et est poursuivi, en Espagne et en Suisse, pour blanchiment d'argent. Dans ce contexte, un compte bancaire détenu par "C._" auprès de la banque X._ a été séquestré, de même qu'un immeuble à Commugny appartenant à A._.
Le 26 mai 2009, A._ a demandé au Juge d'instruction fédéral (JIF) la levée des mesures de saisie frappant le compte bancaire et l'immeuble précités. Il prétendait avoir tout ignoré des agissements reprochés à B._. Ni lui, ni sa société n'étaient mentionnés dans la procédure en Espagne. Les fonds saisis avaient été constitués avant l'organisation et l'activité criminelle imputée à B._. Il n'y avait aucune connexité entre les biens saisis et les infractions alléguées.
Par ordonnance du 11 août 2009, le JIF a refusé de lever les saisies. Les fonds bloqués provenaient de commissions de gestion et de rétrocessions perçues dans le cadre de l'activité de gérant des comptes de B._. De 1997 à juillet 2006, A._ avait reçu à ce titre plus de 3,5 millions de francs. Il avait continué à gérer des avoirs et à percevoir des commissions et rétrocessions jusqu'au mois d'octobre 2006, alors qu'il connaissait les soupçons à l'égard de B._. Ce dernier était actif depuis 1995 dans le trafic de stupéfiants, et avait transféré en Suisse environ 77 millions de francs dans un but de blanchiment. Les biens saisis étaient d'une valeur nette de moins de 2,5 millions de francs, soit moins que le produit présumé de l'activité délictueuse. Les rétrocessions et commissions versées par d'autres clients que B._ avaient été retirées en espèce. Le JIF avait pu examiner les pièces de la procédure espagnole relative au blanchiment d'argent et attendait divers rapports propres à démontrer l'éventuelle implication de A._ dans l'organisation criminelle de B._.
B. Par arrêt du 16 décembre 2009, la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a rejeté la plainte formée par A._, dans la mesure de sa recevabilité. Les avoirs bancaires faisaient l'objet d'un trust irrévocable constitué par le recourant, qui en était aussi le bénéficiaire avec des membres de sa famille. Or, seul le trustee disposait de droits réels sur les biens; le bénéficiaire n'était qu'indirectement touché, de sorte que la plainte était irrecevable sur ce point. Le plaignant avait pu prendre connaissance des pièces produites par le JIF, de sorte que son droit d'être entendu était respecté. B._ avait fait construire plusieurs bateaux ayant servi au transport de drogue, et les autorités espagnoles le soupçonnaient d'être impliqué dans cette activité dès 1995. Le plaignant était intervenu pour permettre l'appareillage de l'un des bateaux, Y._, bloqué en Grèce. Son nom était apparu dans l'enquête en Espagne, en tant que gestionnaire des biens de B._. Ce dernier était poursuivi pour du blanchiment d'argent commis entre 1997 et 2004, en raison notamment de transferts de fonds provenant de comptes en Suisse sur lesquels le plaignant avait des pouvoirs. Les soupçons à l'égard de ce dernier s'étaient renforcés, et ses rapports avec B._ devaient encore être éclaircis. Une confiscation fondée sur l'art. 72 CP n'était pas exclue. Le plaignant soutenait que la saisie de son immeuble le mettait dans une situation dramatique, mais il ne fournissait aucun argument chiffré.
C. Par acte du 21 janvier 2010, A._ forme un recours en matière pénale. Il conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et à la levée des saisies bancaire et immobilière.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Le Juge d'instruction et le Ministère public de la Confédération concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contraintes. La saisie d'avoirs bancaires, ainsi que le blocage d'un immeuble avec mention correspondante au Registre foncier, constituent de telles mesures (ATF 1B_208/2009 du 13 janvier 2010).
1.1 En tant qu'il conteste l'irrecevabilité de sa plainte au TPF pour ce qui concerne le séquestre de son compte bancaire, le recourant a qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF) puisqu'il fait valoir une violation de ses droits de partie et dispose à ce titre d'un intérêt juridique à ce que son grief soit examiné sur le fond.
Le recourant a aussi qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF) en ce qui concerne le blocage de l'immeuble dont il est propriétaire.
1.2 Toutefois, la décision par laquelle le juge ordonne ou maintient un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Dès lors, conformément à l'art. 93 al. 1 let. a LTF, une telle décision ne peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable. Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 89 I 185 consid. 4 p. 187 et les références). Cela est moins évident pour le blocage d'un bien immobilier, du moins lorsque l'intéressé ne se trouve pas contraint de quitter les locaux qu'il occupe ou de mettre en vente ces derniers (cf. arrêt 1B_293/2009 du 7 janvier 2010).
En l'occurrence, le recourant peut continuer à avoir l'usage de sa villa, même s'il ne peut en disposer librement. Dans un tel cas, il lui appartient d'indiquer en quoi l'entrave à son droit de disposition lui cause un dommage particulier qui ne pourra être réparé par la suite (ATF 134 III 426 consid. 1.2 p. 429; ATF 133 III 629 consid. 2.3.1 p. 632; MERZ, Basler Kommentar BGG, n° 76 ad art. 42; CORBOZ, Commentaire LTF, Berne 2009, n° 18 ad. art. 93). Or, le recourant ne prétend rien de tel, de sorte que la recevabilité du recours apparaît douteuse. La question peut néanmoins rester indécise, puisque le recours devrait, comme on le verra, de toute façon être rejeté sur le fond.
1.3 Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (art. 98 LTF; cf. ATF 126 I 97 consid. 1c p. 102). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'art. 106 al. 2 LTF prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste sa violation (cf. ATF 134 III 186 consid. 5 p. 187; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 130 I 26 consid. 2.1 p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4 p. 589; 130 I 258 consid. 1.3 et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Dans le cadre d'un recours dirigé contre une mesure provisionnelle, le recourant ne peut critiquer la constatation des faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis en violation de droits fondamentaux, ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité, pratiquement, à l'arbitraire (cf. ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
2. Se plaignant d'arbitraire dans l'application de l'art. 214 PPF, d'un déni de justice et d'une violation de son droit à un procès équitable, le recourant reproche au TPF de ne pas être entré en matière sur la plainte en tant qu'elle portait sur le séquestre des valeurs bancaires. A ce propos, la Cour des plaintes a considéré que seul le trustee avait, en tant que titulaire des avoirs, qualité pour recourir, à l'exclusion des bénéficiaires. Le recourant estime que la notion de propriété visée à l'art. 26 Cst. est plus large que celle du droit civil et que les bénéficiaires seraient touchés autant que le trustee par une mesure de séquestre.
2.1 Selon la jurisprudence, la qualité pour recourir contre la saisie pénale provisoire d'un compte bancaire appartient au seul titulaire du compte (ATF 133 IV 278 consid. 1.3 p. 282), qu'il soit ou non partie à la procédure pénale. Telle est également la solution qui prévaut en général en matière d'entraide pénale internationale (art. 9a OEIMP).
2.2 Le trust se définit comme un rapport juridique dans lequel le constituant (settlor) confie des biens patrimoniaux au trustee afin qu'il les gère dans l'intérêt d'un bénéficiaire. Ces biens constituent une masse distincte du patrimoine du trustee. Ce dernier en acquiert seul la propriété. Il est chargé d'administrer, de gérer ou de disposer des biens selon les termes du trust (cf. art. 2 de la Convention de La Haye relative à la loi applicable au trust et à sa reconnaissance, entrée en vigueur pour la Suisse le 1er juillet 2007; RS 0.221.371). Les bénéficiaires disposent certes d'une prétention ayant une composante réelle, qui peut leur permettre notamment d'intervenir dans la procédure d'exécution forcée dirigée contre le trustee (arrêt 5C.169/2001 du 19 novembre 2001). Il n'en demeure pas moins que les droits des bénéficiaires et du trustee sont de nature différente: seul ce dernier dispose de la propriété et, ce qui est déterminant dans le cadre d'un blocage provisoire de compte bancaire, de la titularité des avoirs déposés (cf. ATF 127 II 323 consid. 3a/cc p. 327 ss; arrêt 1A.207/20056 du 9 août 2006).
2.3 Le recourant ne conteste d'ailleurs pas la limitation de la qualité pour recourir aux seuls titulaires des comptes bancaires, à l'exception des bénéficiaires. Il prétend que cette pratique devrait être limitée aux ayants droit des personnes morales et ne pourrait s'étendre aux bénéficiaires d'un trust. On ne voit toutefois pas ce qui devrait distinguer les deux situations, puisque dans les deux cas, le titulaire directement touché peut intervenir pour défendre les intérêts de ses ayants droit. Le refus d'entrer en matière n'apparaît par conséquent pas arbitraire. L'argument tiré du droit au procès équitable tombe, lui aussi, à faux.
3. Dans un deuxième grief, le recourant reproche à la Cour des plaintes de ne pas avoir tenu compte de ses arguments, et de s'être fondé sur des faits manifestement inexacts. Il estime que rien ne permettrait d'admettre que B._ se serait livré à un trafic de stupéfiants avant 2003. Tant l'acte d'accusation espagnol que les policiers entendus à ce sujet feraient apparaître que l'activité menée avant 2003 se limitait à un trafic de tabac. Or, les fonds versés sur le compte du trust avaient été constitués en 2001 déjà. A propos de l'opération relative à Y._, le recourant affirme qu'il se serait limité à transmettre des instructions reçues d'Espagne. La Cour des plaintes se contenterait d'affirmer que le recourant est mentionné dans un document de la procédure en Espagne - au demeurant tronqué et demeuré sans suite - alors que le recourant n'a jamais été inquiété dans ce cadre. Le recourant explique pour quelle raison il n'avait pas lieu de s'inquiéter de l'arrestation de B._. L'enquête ayant été ouverte en 2004, il serait disproportionné de maintenir le séquestre en attendant d'éclaircir les relations entre le recourant et B._.
3.1 Le séquestre pénal ordonné par une autorité d'instruction est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, la décision du JIF est fondée sur l'art. 65 PPF, disposition selon laquelle les objets et les valeurs qui feront probablement l'objet d'une confiscation peuvent également être séquestrés; une restriction au droit d'aliéner des immeubles peut être mentionnée au registre foncier (al. 2). En l'occurrence, il s'agit de la saisie conservatoire du produit présumé de l'infraction (producta sceleris). Comme cela ressort du texte de l'art. 65 PPF, une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral (ATF 126 I 97 consid. 3d/aa p. 107 et les références citées). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. Le juge doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire, ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99; 103 Ia 8 consid. III/1c p. 13; 101 Ia 325 consid. 2c p. 327). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
3.2 Les griefs du recourant apparaissent dans une large mesure appellatoires, et la Cour des plaintes n'a commis aucun arbitraire en écartant cette argumentation à décharge. Le recourant prétend qu'il ne connaissait pas l'activité de B._ et que le trafic de stupéfiants auquel celui-ci aurait participé était postérieur à la constitution de sa fortune.
Le jugement rendu en novembre 2009 en Espagne se rapporte à une saisie de cocaïne en 2003 à bord de Y._, embarcation construite et mise à disposition par B._. Ce dernier se voit toutefois aussi reprocher d'avoir fait construire deux autres bateaux utilisés selon le même mode et ayant navigué, l'un jusqu'en 1999, l'autre jusqu'en 2004. Les autorités espagnoles soupçonnent ainsi, sans pouvoir l'affirmer, que le trafic de stupéfiants remonte à 1995. Quant à l'enquête pour blanchiment d'argent, elle se rapporte à des faits commis entre 1997 et 2004. Elle porte en particulier sur des transferts de fonds de la Suisse vers l'Espagne, notamment en 1999, depuis des comptes sur lesquels le recourant avait des pouvoirs. C'est dès lors en vain que le recourant tente de restreindre la période pénale déterminante. Son intervention dans le cadre de l'affaire de Y._ semble par ailleurs indiquer qu'il était suffisamment renseigné sur les activités de l'organisation dont B._ faisait partie. Compte tenu de la procédure ouverte en Suisse, le fait que le recourant n'a pas été formellement inquiété dans la première procédure en Espagne ne saurait constituer un élément à décharge. A ce stade de l'enquête, la probabilité d'une confiscation reste suffisante pour justifier le maintien des saisies provisoires.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la Confédération, à l'Office des Juges d'instruction fédéraux et au Tribunal pénal fédéral, Ire Cour des plaintes.
Lausanne, le 25 mars 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz