Faits:
Faits:
A. Par jugement du 3 octobre 2003, le Tribunal correctionnel de première instance jurassien a, notamment, condamné Z._, directeur de la Coopérative agricole Y._, pour gestion déloyale, faux dans les titres, complicité d'escroquerie au fisc et obtention frauduleuse d'une constatation fausse, à une peine de onze mois d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans. Il a en outre adjugé en principe l'action civile intentée par la Coopérative agricole Y._ en liquidation.
Le Tribunal correctionnel a également condamné X._, fondé de pouvoir et membre de la direction de la Coopérative agricole Y._, ainsi que B._ et C._, respectivement président et vice-président du conseil d'administration.
Statuant le 16 mars 2004 sur les appels interjetés par Z._ et X._, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a confirmé le jugement de première instance.
Statuant le 16 mars 2004 sur les appels interjetés par Z._ et X._, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a confirmé le jugement de première instance.
Statuant le 16 mars 2004 sur les appels interjetés par Z._ et X._, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a confirmé le jugement de première instance.
C. En substance, les faits à la base de la condamnation de Z._ sont les suivants:
C.a La Coopérative agricole Y._, était une coopérative inscrite au Registre du commerce depuis 1965. Elle était issue notamment de la fusion, en 1995, de deux sociétés coopératives. Son but était de sauvegarder les intérêts d'ordre économique et social de ses membres par le moyen de l'entraide coopérative, notamment par l'achat coopératif des marchandises nécessaires à l'exploitation agricole, par la mise en valeur en commun des produits agricoles, par l'exploitation d'un centre collecteur et de conditionnement de céréales et par le développement des connaissances professionnelles et de l'esprit coopératif de ses membres.
Au début de l'année 2000, Y._ comptait plus de 250 membres. Les organes de la coopérative étaient l'assemblée générale, le conseil d'administration, la direction, le comité et l'organe de contrôle.
A teneur de l'art. 29 des statuts de Y._, la direction était composée du directeur et des fondés de pouvoir. Les attributions de la direction consistaient notamment dans la gestion des affaires, l'exécution des décisions des organes supérieurs, la prise de toutes les décisions qui ne sont pas réservées à un autre organe et l'information du conseil d'administration de toutes les décisions importantes. La direction était confiée à Z._ et à X._. Alors que le premier s'occupait de la gestion générale et technique de la coopérative, du personnel et des études de marchés, le second était responsable des questions comptables et financières.
Organe informel, non prévu par les statuts, le bureau était composé du directeur, du fondé de pouvoir, du président et du vice-président de la coopérative agricole. Cet organe pouvait se réunir chaque fois que cela s'avérait nécessaire. Il se réunissait en général chaque mois avant le conseil d'administration.
C.b En accord avec le bureau et le conseil d'administration, Z._ a octroyé, de 1995 à 1998, des remises d'intérêts aux grands débiteurs de Y._ (D._, E._, F._, G._ et H._). Agissant seul ou en accord avec X._, il a également remis des intérêts aux frères P._, ainsi qu'aux débiteurs I._, K._ et L._. De son côté, X._ avait pour pratique d'accorder des remises d'intérêts aux bons clients pour faire un "geste commercial", en contrepartie d'un engagement de remboursement de tout ou partie du capital de la dette ou, encore, à l'occasion d'un événement particulier ou tragique (incendie, décès, etc.). Bien que ne connaissant pas les détails de ces remises, Z._ était au courant de cette pratique, et n'est pas intervenu pour l'empêcher. Z._ n'est pas non plus intervenu pour empêcher que les clients débiteurs de Y._ s'endettent de manière trop importante vis-à-vis de la coopérative.
C.c En tant que directeur, Z._ a signé les comptes annuels de la coopérative, alors qu'il savait qu'ils étaient entachés d'irrégularités comptables. Chargé d'établir la comptabilité de Y._, X._ a en effet diminué, par compensation, le poste "débiteurs" pour les exercices 1995 et 1996. Il a en outre surévalué des stocks pour 405'000 francs, augmentant ainsi le résultat de l'exercice 1997. Il n'a pas fait figurer, de 1989 à 1999, dans le poste "prêts" les prêts de tiers; comme l'argent prêté n'avait pas été déclaré au fisc, les intérêts sur ces prêts ont été payés par des notes de crédit ou des pièces de caisse comptabilisées en charges, en particulier sous "achats céréales". Enfin, X._ a caché les montants de dessous de table, d'un montant total de 635'243 fr. 40, qui avaient été versés dans le cadre de transactions immobilières.
C.d Z._ a été également reconnu coupable de complicité d'escroquerie au fisc pour avoir établi à l'intention de M._ une confirmation de solde au 31 décembre 1997 datée du 3 février 1998 laissant apparaître un solde dû à Y._ de 465'774 fr. 20 ne correspondant pas à la réalité.
C.d Z._ a été également reconnu coupable de complicité d'escroquerie au fisc pour avoir établi à l'intention de M._ une confirmation de solde au 31 décembre 1997 datée du 3 février 1998 laissant apparaître un solde dû à Y._ de 465'774 fr. 20 ne correspondant pas à la réalité.
D. Contre cet arrêt cantonal, Z._ dépose un recours de droit public et un pourvoi en nullité au Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et sollicite l'effet suspensif pour les deux recours.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
I. Recours de droit public
I. Recours de droit public
1. 1.1 Le recours de droit public au Tribunal fédéral peut être formé contre une décision cantonale pour violation des droits constitutionnels des citoyens (art. 84 al. 1 let. a OJ). Il ne peut cependant pas être exercé pour une violation du droit fédéral, laquelle peut donner lieu à un pourvoi en nullité (art. 269 al. 1 PPF); un tel grief ne peut donc être invoqué dans le cadre d'un recours de droit public, qui est subsidiaire (art. 84 al. 2 OJ; art. 269 al. 2 PPF).
1.2 Dans le recours de droit public, le recourant peut se plaindre d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et dans l'établissement des faits pertinents pour le prononcé. Le recours de droit public n'est cependant pas un appel qui permettrait au Tribunal fédéral de procéder lui-même à l'appréciation des preuves; le Tribunal fédéral n'établit pas les faits. Il ne suffit pas que le recourant discute de nombreux éléments de preuve, en opposant sa propre appréciation à celle de la cour cantonale. Il doit indiquer, sous peine d'irrecevabilité, quel aspect de la décision attaquée lui paraît insoutenable et en quoi consiste l'arbitraire (art. 90 al. 1 let. b OJ).
Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle qu'a retenue la cour cantonale pourrait entrer en considération, voire serait préférable. Le Tribunal fédéral s'écarte de la décision attaquée seulement si elle est insoutenable, se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. En outre, il ne suffit pas que la motivation de la décision attaquée soit arbitraire, il faut encore que celle-ci, dans son résultat, apparaisse insoutenable.
En l'espèce, le recourant remet en cause la quasi totalité de l'état de fait de l'arrêt attaqué, en opposant sa propre version des faits à celle retenue par l'autorité cantonale, mais sans établir en quoi cette dernière version serait arbitraire. Dans la mesure où le recourant se contente de critiquer la décision cantonale comme il le ferait en appel, son recours est donc irrecevable, dès lors qu'il ne satisfait pas aux exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ.
En l'espèce, le recourant remet en cause la quasi totalité de l'état de fait de l'arrêt attaqué, en opposant sa propre version des faits à celle retenue par l'autorité cantonale, mais sans établir en quoi cette dernière version serait arbitraire. Dans la mesure où le recourant se contente de critiquer la décision cantonale comme il le ferait en appel, son recours est donc irrecevable, dès lors qu'il ne satisfait pas aux exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ.
2. Le recourant soutient que sa condamnation pour gestion déloyale repose sur un état de fait établi en violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire.
2. Le recourant soutient que sa condamnation pour gestion déloyale repose sur un état de fait établi en violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire.
2.1 2.1.1 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu qu'il avait accordé des remises d'intérêts aux frères P._, à L._, à K._ et à M._ sur la base des seules déclarations de ces derniers. Selon lui, ces témoignages seraient en effet peu crédibles. Les frères P._ l'auraient accusé pour se venger du fait qu'il les avait lui-même confondus dans l'affaire des dessous de table. Le témoignage de L._, qui est le cousin de X._, serait suspect, compte tenu des liens de parenté qu'il a avec X._ et du fait que X._ lui aurait accordé depuis 1989 des remises d'intérêts pour des dizaines de milliers de francs. Le fils de K._ a été condamné pour homicide par négligence pour avoir effectué une injection d'héroïne qui fut mortelle au fils du recourant, de sorte qu'il est totalement impensable qu'il ait accordé une remise d'intérêts à K._. Enfin, d'après le recourant, la cour cantonale a retenu de manière arbitraire qu'il avait accordé une remise d'intérêts à M._.
Selon l'art. 336 al. 4 du code de procédure pénale jurassien, qui renvoie à l'art. 293 CPP/JU, le tribunal apprécie librement le résultat de l'administration des preuves sur la base des débats et du dossier. Selon le système de l'intime conviction, le juge peut rejeter tel témoignage qu'il juge suspect ou admettre telle déposition, qui lui apparaît digne de foi. Il lui suffit de motiver sa décision. En l'espèce, la cour cantonale explique, dans chaque cas, de manière convaincante, les raisons qui l'ont conduite à retenir les témoignages des débiteurs concernés. Le recourant se borne à mettre en cause la crédibilité des témoins, notamment en raison des rancoeurs que ceux-ci auraient nourri à son encontre. Il ne soulève cependant aucune contradiction avec d'autres éléments du dossier, qui serait de nature à mettre en cause l'appréciation des preuves par la cour cantonale. En ce qui concerne M._, il ressort du passage cité par le recourant (arrêt attaqué, p. 60) que l'avance de 90'000 francs concerne bien un crédit en marchandises, destiné à l'achat de porcelets pour l'exploitation d'une porcherie. Les déclarations de M._ n'apparaissent dès lors pas contradictoires. Mal fondés, les griefs du recourant doivent être rejetés.
2.1.2 Le recourant soutient que la cour cantonale est tombée dans l'arbitraire en considérant que le fait qu'il avait agi en accord avec le bureau ne changeait rien à la violation de son obligation de gestion. Ce faisant, il critique l'application du droit fédéral, ce qu'il n'est pas habilité à faire dans le cadre du recours de droit public. Son grief est dès lors irrecevable.
2.1.3 Le recourant invoque la violation du droit d'être entendu, dès lors que le juge d'instruction l'avait renvoyé devant le Tribunal correctionnel pour avoir laissé X._ procéder à des remises d'intérêts et non pour avoir lui-même accordé des remises d'intérêts. Il n'aurait pas pu en conséquence se défendre en connaissance de cause. Selon la jurisprudence, un manquement au droit d'être entendu est toutefois réparé si la partie a bénéficié de la faculté de s'expliquer librement devant une autorité supérieure (ATF 124 V 389 consid. 5a p. 392). Sous l'angle du droit d'être entendu, le grief du recourant doit donc être écarté, vu que le tribunal correctionnel de première instance et le tribunal cantonal ont entendu le recourant sur ces chefs d'accusation. Il n'y a pas lieu, par ailleurs, d'examiner si le tribunal de première instance a violé le droit de procédure cantonal en retenant à l'encontre du recourant une infraction ne figurant pas dans l'acte d'accusation, dès lors que le recourant n'a pas invoqué une application arbitraire du droit cantonal. Mal fondé, le grief du recourant doit donc être rejeté.
2.1.3 Le recourant invoque la violation du droit d'être entendu, dès lors que le juge d'instruction l'avait renvoyé devant le Tribunal correctionnel pour avoir laissé X._ procéder à des remises d'intérêts et non pour avoir lui-même accordé des remises d'intérêts. Il n'aurait pas pu en conséquence se défendre en connaissance de cause. Selon la jurisprudence, un manquement au droit d'être entendu est toutefois réparé si la partie a bénéficié de la faculté de s'expliquer librement devant une autorité supérieure (ATF 124 V 389 consid. 5a p. 392). Sous l'angle du droit d'être entendu, le grief du recourant doit donc être écarté, vu que le tribunal correctionnel de première instance et le tribunal cantonal ont entendu le recourant sur ces chefs d'accusation. Il n'y a pas lieu, par ailleurs, d'examiner si le tribunal de première instance a violé le droit de procédure cantonal en retenant à l'encontre du recourant une infraction ne figurant pas dans l'acte d'accusation, dès lors que le recourant n'a pas invoqué une application arbitraire du droit cantonal. Mal fondé, le grief du recourant doit donc être rejeté.
2.2 2.2.1 Le recourant affirme qu'il n'était pas au courant des remises d'intérêts, d'un montant total de 542'683 fr. 70, accordées par X._. Dès qu'il aurait eu des soupçons de non-facturation d'intérêts, soit en avril-mai 1998, il aurait informé le bureau, puis serait intervenu auprès du conseil d'administration lors de la séance du 7 octobre 1998; à la suite de son intervention, le conseil d'administration aurait demandé un rapport à une fiduciaire. D'après le recourant, ces remises n'étaient du reste pas décelables dans la comptabilité, et il ne peut dès lors avoir agi avec conscience et volonté.
Par cette argumentation, le recourant se contente de critiquer la décision cantonale comme il le ferait en appel. La cour cantonale a retenu que Z._ ne connaissait certes pas les détails des remises d'intérêts accordées par X._, mais qu'il était au courant de cette pratique dès fin 1995, et qu'il n'était intervenu auprès du bureau qu'en 1998, juste avant que l'expert N._ ne remette son rapport et alors que des questions avaient déjà été posées au conseil d'administration par un administrateur, O._ (arrêt attaqué, p. 79). Ne satisfaisant pas aux exigences de clarté et de précision posées par l'art. 90 al. 1 let. b OJ, le grief d'arbitraire soulevé par le recourant doit être déclaré irrecevable.
2.2.2 Selon le recourant, la cour cantonale aurait retenu à tort qu'il existait une hiérarchie verticale entre lui et X._, qui l'aurait obligé à un devoir de direction et de surveillance à l'égard de ce dernier. D'après lui, les éléments (titre de directeur, respectivement de fondé de pouvoir; différence de salaire; déclarations du recourant; témoignage de B._) sur lesquels la cour cantonale s'est fondée pour admettre un rapport hiérarchique ne seraient pas pertinents.
Le recourant se contente de critiquer un à un les éléments qui ont conduit la cour cantonale à retenir une hiérarchie verticale, mais ne soulève aucune lacune ou contradiction permettant d'établir que l'appréciation de la cour cantonale serait arbitraire. Le grief du recourant ne satisfait donc pas aux conditions de l'art. 90 al. 1 let. b OJ. Au demeurant, l'argument du recourant est sans pertinence. En effet, le recourant aurait dû réagir dès qu'il a eu connaissance de la pratique des remises d'intérêts, dans la mesure où la gestion des débiteurs entraient dans la compétence de la direction, et ce qu'il soit ou non le supérieur hiérarchique de X._. En ce qui concerne les faux dans les titres, sa faute consiste à avoir signé les comptes en s'accommodant du fait que ceux-ci puissent être entachés d'irrégularités (et, non en n'intervenant pas en tant que supérieur). Au vu de ce qui précède, le grief du recourant doit donc être écarté.
2.2.3 Invoquant le principe de l'égalité, le recourant considère injuste que les membres du conseil d'administration aient échappé à toute responsabilité pénale. Ce grief n'est cependant pas pertinent. Le fait que les administrateurs ont été libérés de toute poursuite à tort ne saurait en effet conduire à l'acquittement du recourant.
2.2.3 Invoquant le principe de l'égalité, le recourant considère injuste que les membres du conseil d'administration aient échappé à toute responsabilité pénale. Ce grief n'est cependant pas pertinent. Le fait que les administrateurs ont été libérés de toute poursuite à tort ne saurait en effet conduire à l'acquittement du recourant.
3. S'agissant de sa condamnation pour faux dans les titres, le recourant critique l'état de fait retenu par la cour cantonale sur les points suivants:
3.1 Le recourant soutient qu'il ignorait que le montant total des débiteurs porté au bilan ne correspondait pas à la réalité, dès lors qu'il faisait totalement confiance à X._ et qu'il appartenait aux organes de révision externes et internes de vérifier les comptes. Par lettre du 22 octobre 1997, la fiduciaire R._ aurait du reste relevé que les problèmes soulevés avaient été régularisés. Par cette argumentation, le recourant se borne à présenter sa propre version des faits, sans démontrer en quoi la décision de la cour cantonale serait arbitraire. Selon les constatations cantonales, le recourant a en effet reconnu avoir eu connaissance d'imperfections comptables dès 1996 (arrêt attaqué, p. 95) et n'a absolument rien entrepris de concret jusque dans le courant de l'année 1998 (arrêt attaqué, p. 97). Ne satisfaisant pas aux exigences posées à l'art. 90 al. 1 let. b OJ, le grief du recourant est dès lors irrecevable.
3.2 Le recourant soutient que la cour cantonale a fait preuve d'arbitraire en prétendant qu'il avait eu connaissance d'un nombre suffisamment important de circonstances nécessitant impérativement qu'il procède à des mesures de contrôle approfondies du poste "débiteurs" et "inventaire". Dans sa motivation, le recourant se borne à affirmer qu'il ne disposait ni des connaissances, ni des éléments nécessaires pour refuser de signer des comptes sur le plan formel et que le contrôle des spécialistes en la matière était déterminant, mais il n'explique pas en quoi l'état de fait retenu par la cour cantonale serait arbitraire. Insuffisamment motivé, le grief du recourant est dès lors irrecevable (art. 90 al. 1 let. b OJ).
3.3 Le recourant fait valoir que la cour cantonale est tombée dans l'arbitraire en retenant qu'il pouvait avoir eu connaissance de l'existence des prêts de 1989 à 1997 et qu'il pouvait les remarquer alors que les réviseurs ne les ont eux-mêmes découverts qu'en 1995 ou 1997, sans les signaler au recourant. Comme seule motivation, le recourant se borne à opposer sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale et à affirmer qu'il n'a eu connaissance de ces prêts qu'en 1998. De nature appellatoire, le grief du recourant est dès lors irrecevable (art. 90 al. 1 let. b OJ).
3.4 Le recourant fait valoir que la pratique des dessous de table n'a engendré aucun dommage pour Y._ et qu'elle était nécessaire pour pouvoir acquérir les terrains dont Y._ avait besoin. Ce grief n'est pas pertinent, dès lors que le crime de faux dans les titres, consistant en l'espèce dans la fausse comptabilisation des dessous de tables, n'exige pas qu'un dommage ait été causé à la coopérative. Mal fondé, le grief du recourant doit être rejeté.
3.4 Le recourant fait valoir que la pratique des dessous de table n'a engendré aucun dommage pour Y._ et qu'elle était nécessaire pour pouvoir acquérir les terrains dont Y._ avait besoin. Ce grief n'est pas pertinent, dès lors que le crime de faux dans les titres, consistant en l'espèce dans la fausse comptabilisation des dessous de tables, n'exige pas qu'un dommage ait été causé à la coopérative. Mal fondé, le grief du recourant doit être rejeté.
4. Concernant la complicité d'escroquerie au fisc, le recourant fait valoir qu'il signait les confirmations de soldes sans contrôler les montants figurant dans les comptes et qu'en conséquence, faute de conscience et de volonté, la cour cantonale ne pouvait le condamner pour complicité d'escroquerie au fisc. Par cette argumentation, le recourant critique encore la décision cantonale comme en appel. En effet, la cour cantonale a retenu que le recourant avait connaissance de l'existence d'une double comptabilité concernant M._ et estimé qu'en apposant sa signature sur les confirmations de solde, il ne pouvait dès lors raisonnablement ne pas douter que ces confirmations de solde comportant deux montants différents étaient motivées par des objectifs fiscaux. Ne satisfaisant pas aux conditions de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, le grief du recourant est irrecevable.
4. Concernant la complicité d'escroquerie au fisc, le recourant fait valoir qu'il signait les confirmations de soldes sans contrôler les montants figurant dans les comptes et qu'en conséquence, faute de conscience et de volonté, la cour cantonale ne pouvait le condamner pour complicité d'escroquerie au fisc. Par cette argumentation, le recourant critique encore la décision cantonale comme en appel. En effet, la cour cantonale a retenu que le recourant avait connaissance de l'existence d'une double comptabilité concernant M._ et estimé qu'en apposant sa signature sur les confirmations de solde, il ne pouvait dès lors raisonnablement ne pas douter que ces confirmations de solde comportant deux montants différents étaient motivées par des objectifs fiscaux. Ne satisfaisant pas aux conditions de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, le grief du recourant est irrecevable.
5. Le recours doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant, qui succombe, supportera les frais (art. 156 al. 1 OJ).
Vu l'issue du recours, la demande d'effet suspensif est devenue sans objet.
II. Pourvoi en nullité
II. Pourvoi en nullité
6. Le pourvoi en nullité à la Cour de cassation du Tribunal fédéral ne peut être formé que pour violation du droit fédéral, à l'exception de la violation directe d'un droit de rang constitutionnel (art. 269 PPF). Il n'est notamment pas ouvert pour se plaindre de l'appréciation des preuves et des constatations de fait qui en découlent (ATF 113 IV 17 consid. 3 p. 22, 109 IV 46 consid. 2 p. 48). De tels griefs sont irrecevables.
Saisi d'un pourvoi en nullité, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs invoqués, mais il ne peut aller au-delà des conclusions du recourant. En revanche, sous réserve de la rectification d'une inadvertance manifeste, il est lié par les constatations de fait de l'autorité cantonale (art. 277bis PPF). Selon la jurisprudence, il y a inadvertance manifeste lorsque l'autorité cantonale, par une simple inattention, a retenu un état de fait qui ne correspond manifestement pas avec le résultat de l'administration des preuves. Tel est le cas par exemple si l'autorité a omis de mentionner un fait clairement établi ou si, par une simple inattention, elle s'est à l'évidence trompée sur un point de fait établi sans équivoque. Il n'y a en revanche pas d'inadvertance manifeste lorsque l'autorité cantonale a retenu ou écarté un fait à la suite d'un raisonnement ou d'un choix dans l'appréciation des preuves (ATF 121 IV 104 consid. 2b p. 106).
En l'espèce, il apparaît d'emblée que, sur les points qu'il évoque, le recourant n'établit aucune inadvertance manifeste au sens défini ci-dessus, mais qu'il se livre à une critique de l'appréciation des preuves et des constatations de fait qui en découlent, ce qu'il n'est pas habilité à faire dans le cadre d'un pourvoi. Le pourvoi est irrecevable dans la mesure où le recourant y invoque des faits qui n'ont pas été retenus dans la décision attaquée, se livre à une critique de ceux qui l'ont été ou fonde son argumentation juridique sur des faits autres que ceux retenus par l'autorité cantonale.
En l'espèce, il apparaît d'emblée que, sur les points qu'il évoque, le recourant n'établit aucune inadvertance manifeste au sens défini ci-dessus, mais qu'il se livre à une critique de l'appréciation des preuves et des constatations de fait qui en découlent, ce qu'il n'est pas habilité à faire dans le cadre d'un pourvoi. Le pourvoi est irrecevable dans la mesure où le recourant y invoque des faits qui n'ont pas été retenus dans la décision attaquée, se livre à une critique de ceux qui l'ont été ou fonde son argumentation juridique sur des faits autres que ceux retenus par l'autorité cantonale.
7. Aux termes de l'art. 158 CP, celui qui, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, aura porté atteinte à ces intérêts ou aura permis qu'ils soient lésés sera puni de l'emprisonnement (ch. 1 al. 1). Si l'auteur a agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, le juge pourra prononcer la réclusion pour cinq ans au plus (ch. 1 al. 3). L'infraction de gestion déloyale suppose donc la réunion de trois éléments, à savoir un devoir de gestion ou de sauvegarde, la violation de ce devoir et un dommage.
7.1 Le devoir de gestion implique un pouvoir sur les biens d'autrui comportant une indépendance suffisante, un droit de disposition autonome, une certaine latitude qui caractérise le devoir de fidélité dont la violation est punissable (ATF 123 IV 17 consid. 3b p. 21). Le devoir de sauvegarde vise le devoir de veiller à la gestion des intérêts pécuniaires (FF 1991 II 1018). Il est admis qu'un tel devoir incombe notamment au directeur, gérant ou membre du comité d'une société coopérative (Graven, Gestion déloyale (art. 159 CP), FJS 1035 p. 3). En l'espèce, il est établi que le recourant était le directeur de la coopérative et qu'il s'occupait à ce titre de la gestion générale et technique de la coopérative, du personnel et des études de marchés. Il n'est donc pas douteux qu'il avait la qualité de gérant.
7.2 Le recourant se voit reprocher d'avoir directement procédé à des remises d'intérêts débiteurs, d'avoir laissé X._ procéder à de telles remises et de ne pas avoir pris les mesures nécessaires vis-à-vis des débiteurs de la coopérative, laissant ces derniers s'endetter de manière très importante à l'égard de Y._. Pour dire si le recourant a ainsi violé son devoir de gestion, il convient de définir le contenu de son devoir, c'est-à-dire le comportement qu'il aurait dû adopter en tant que directeur de la société coopérative Y._.
7.2.1 L'art. 902 CO détermine le contenu du devoir des personnes chargées de la gestion de la société coopérative. Selon cette disposition, les membres de l'administration doivent exercer leurs attributions avec toute la diligence nécessaire et contribuer de toutes leurs forces à la prospérité de l'entreprise commune. Selon l'art. 898 CO, les statuts peuvent autoriser l'assemblée générale ou l'administration à confier tout ou partie de la gestion et la représentation à un ou plusieurs gérants ou directeurs qui n'ont pas nécessairement la qualité d'associé. Les personnes autorisées à représenter la société ont le droit de faire au nom de celle-ci tous les actes que peut impliquer le but social (art. 899 al. 1 CO), c'est-à-dire ceux rentrant dans le cercle de son activité normale; en règle générale, il est admis que les libéralités ne rentrent pas dans ce but.
Selon l'art. 29 des statuts de la coopérative, il appartenait à la direction de se charger de la gestion des affaires, d'exécuter les décisions des organes supérieurs, de préparer les séances du conseil d'administration, d'assister à toutes les séances du comité et du conseil d'administration avec voix consultative, de prendre toutes les décisions qui ne sont pas réservées à un autre organe et de donner connaissance au conseil d'administration de toutes ses décisions importantes. Les statuts de la coopérative ne prévoient pas la possibilité d'accorder à ses membres des remises d'intérêts fondées sur la seule appréciation ou sur le bon vouloir d'un des membres de la direction ou même de la direction en tant que telle. Au contraire, les statuts prévoient que "l'excédent restant après avoir fait face aux dépenses et effectué les amortissements nécessaires sera affecté à la constitution du fond de réserve, ainsi qu'au versement éventuel de ristournes" qui "se calculent d'après le montant des achats de marchandises".
7.2.2 Le recourant a procédé à des remises d'intérêts, notamment à l'égard de cinq grands débiteurs. Selon les constatations cantonales, les décisions de remises d'intérêts n'étaient pas documentées et n'obéissaient à aucune règle. Portant sur un montant avoisinant 350'000 francs, elles ont occasionné à la coopérative agricole une perte de recettes financières importantes. Dans ces circonstances, le recourant ne saurait soutenir que ces remises avaient pour but d'éviter à la société de subir un préjudice important, en permettant d'obtenir au moins le remboursement du capital. Dépendant du bon vouloir du recourant, ces remises se rapprochaient de simples libéralités et allaient à l'encontre du but social de la coopérative. Force est donc d'admettre qu'en procédant à ces remises d'intérêts, le recourant a violé son devoir de gestion. Le fait que le bureau, voire même le conseil d'administration, a été informé des remises accordées aux débiteurs ne change rien à la violation de ce devoir. En effet, étant admis que les remises d'intérêts étaient contraires au but social, les administrateurs n'étaient pas non plus autorisés à les accorder sans violer leurs devoirs de gestion et engager leur responsabilité pénale pour gestion déloyale. Le recourant ne saurait dès lors se disculper en soutenant qu'il a agi en commun accord avec les administrateurs.
7.2.3 Le recourant a en outre laissé son collègue X._ procéder à des remises d'intérêts. Dépendant du bon vouloir de X._ et n'obéissant à aucune règle, celles-ci allaient clairement à l'encontre du but social et étaient donc illégales. Contrairement au cas précédent, il est cependant reproché au recourant, non plus un comportement actif, mais une omission. Selon le message et la doctrine, il est cependant admis que la gestion déloyale peut résulter aussi d'une omission (FF 1991 II 1019; Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. 1, Berne 2002, n. 9 ad art. 158 CP, p. 398). Sachant que X._ violait la loi, le recourant devait, en tant que directeur, intervenir auprès de X._ et du conseil d'administration. Il devait prendre les mesures nécessaires pour faire cesser cette pratique ou, à tout le moins, s'opposer clairement à ces remises, afin de rompre le lien de causalité entre son comportement et la pratique illégale des remises d'intérêts (cf. Ursula Cassani, Infraction sociale, responsabilité individuelle: de la tête, des organes et des petites mains, in: Droit pénal des affaires: La responsabilité pénale du fait d'autrui, Lausanne 2002, p. 54). L'obligation d'intervenir existait sans égard au fait que le recourant ait été ou non hiérarchiquement supérieur à X._ et sans égard au fait qu'il n'ait pas été directement compétent pour les questions comptables et financières dans la mesure où il était tenu en tant que directeur de veiller aux intérêts de l'entreprise et qu'il avait connaissance des opérations déloyales de X._. En laissant ce dernier procéder à ces remises d'intérêts contraires au but social, le recourant a violé son devoir de gestion au sens de l'art. 158 CP.
7.2.4 Le recourant n'a en outre pas pris les mesures nécessaires vis-à-vis de certains clients débiteurs de Y._, portant ainsi atteinte aux intérêts de Y._. Il était constant que la surveillance des débiteurs était insuffisante. En effet, dans de nombreux cas, la dette des agriculteurs à l'égard de Y._ était plus importante que leur chiffre d'affaires. En outre, malgré les remarques dans les rapports de révision des exercices antérieurs et dans les lettres de recommandation, la provision pour clients douteux n'a jamais été adaptée à un niveau suffisant. Selon les constatations cantonales, le suivi des débiteurs était certes de la compétence de X._ qui s'occupait de la gestion financière. Comme vu sous consid. 7.2.3, en tant que directeur, le recourant se devait cependant d'intervenir pour protéger la coopérative agricole contre les entreprises déloyales de son collègue dans la mesure où il en avait connaissance. Le recourant affirme qu'il ignorait le problème existant avec les débiteurs et qu'il n'avait aucune raison de douter de l'activité de X._. Ce faisant, il s'écarte de l'état de fait tel qu'il a été retenu dans l'arrêt attaqué. Pour la cour cantonale, la situation préoccupante de l'endettement des débiteurs auprès de la coopérative ne pouvait en effet avoir échappé au recourant. Le recourant avait été informé par X._ des difficultés à faire respecter les engagements pris par les grands débiteurs, deux ans avant de reprendre le suivi des cinq grands débiteurs. Il avait en outre eu connaissance des courriers de mise en garde de la fiduciaire R._ et avait été rendu attentif lors d'une séance tenue en août 1995 relative aux comptes de l'exercice 1994 à la nécessité de procéder à des analyses de rendement auprès de chaque service, la comptabilité de la coopérative apparaissant insuffisante sur ce point. En conséquence, sachant qu'il existait des problèmes avec les débiteurs, le recourant devait intervenir auprès de X._. En restant inactif, il a violé son devoir de gestion selon l'art. 158 CP.
7.3 L'infraction de gestion déloyale n'est consommée que s'il y a eu un préjudice patrimonial (ATF 120 IV 190 consid. 2b p. 193). Tel est le cas lorsqu'on se trouve en présence d'une véritable lésion du patrimoine - c'est-à-dire d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-diminution du passif ou d'une non-augmentation de l'actif -, mais aussi d'une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique (ATF 121 IV 104 consid. 2c p. 107). Par ailleurs, un préjudice temporaire suffit (ATF 121 IV 104 consid. 2c p. 108).
En l'espèce, il a été établi que les remises d'intérêts ont occasionné à la coopérative agricole une perte de recettes financières importantes. Même si tous les intérêts arriérés parvenaient à être perçus, le fait d'avoir renoncé durant plusieurs années à la perception d'intérêts réalise déjà l'élément constitutif du dommage. En augmentant de manière inconsidérée les prêts aux débiteurs, le recourant a également porté atteinte aux intérêts économiques de la coopérative, dans la mesure où, dans de nombreux cas, la dette des agriculteurs était plus importante que leur chiffre d'affaires et que, partant, le recouvrement des créances devenait incertain. La troisième condition de l'infraction de gestion déloyale est donc également réalisée.
7.4 Il faut enfin que l'auteur ait agi intentionnellement, mais le dol éventuel suffit. Il est constant en l'espèce que le recourant savait qu'il avait une position de gérant. Pour le surplus, il peut être renvoyé aux consid. 7.2.3 et consid. 7.2.4.
7.5 Au vu de ce qui précède, la condamnation du recourant pour gestion déloyale ne viole pas le droit fédéral. Les griefs du recourant doivent être rejetés.
7.5 Au vu de ce qui précède, la condamnation du recourant pour gestion déloyale ne viole pas le droit fédéral. Les griefs du recourant doivent être rejetés.
8. Selon l'art. 251 CP, celui qui, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui, ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, aura créé un titre faux, falsifié un titre, abusé de la signature ou de la marque à la main réelles d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou constaté ou fait constater faussement dans un titre un fait ayant une portée juridique, ou aura pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre, sera puni de la réclusion pour cinq ans au plus ou de l'emprisonnement.
Le recourant a été condamné pour avoir signé les comptes annuels de la coopérative alors que ceux-ci ne reflétaient pas la situation économique de la coopérative (ATF 120 IV 199 consid. 3d p. 206; 120 IV 122 consid. 5c/cc p. 131). On ne se trouve pas dans l'hypothèse d'un document dont l'auteur apparent ne coïncide pas avec l'auteur réel (faux matériel), mais dans celle d'un document qui est simplement mensonger dans son contenu (faux intellectuel). Selon la jurisprudence, pour qu'un mensonge écrit soit propre à servir de preuve, il faut qu'il inspire une confiance particulière en raison de la personne dont il émane ou de la valeur que lui attribue la loi (ATF 122 IV 25 consid. 2a p. 28).
8.1 Selon la jurisprudence constante, la comptabilité constitue un titre, doté d'une garantie objective de véracité (ATF 122 IV 25 consid. 2b p. 28). Il a en effet été déduit des art. 957 et 963 CO que la comptabilité commerciale est apte à prouver l'exactitude de la situation et des opérations qu'elle présente. Une comptabilité claire et complète est de l'intérêt des associés - afin que ceux-ci puissent exercer efficacement leur droit de contrôle sur la gestion confiée à l'administration - ainsi que dans l'intérêt des créanciers et, d'une manière plus générale, du public qu'elle vise à renseigner sur l'entreprise.
8.2 Pour qu'il y ait faux intellectuel, il faut en outre que la comptabilité soit fausse. En l'espèce, il est constant que les manipulations opérées par X._ ont faussé la comptabilité de Y._, qui ne présentait dès lors plus clairement la situation économique de la coopérative, contrairement à l'exigence posée par l'art. 959 CO. En compensant le poste "débiteurs" par des montants créditeurs et en éliminant provisoirement certains débiteurs sur le plan comptable, X._ a diminué le montant réel des débiteurs et caché ainsi au conseil d'administration et à l'assemblée générale les risques que présentait ce poste; même si le résultat final du bilan n'était pas faussé, les écritures comptables donnaient une fausse vision de la santé économique de la société. En surévaluant le stock d'orge, il a augmenté artificiellement la fortune de la coopérative et amélioré ainsi le résultat du bilan. La manière de comptabiliser les prêts des agriculteurs a aussi permis durant certains exercices de diminuer l'importance du poste "débiteurs". Enfin, la comptabilisation des dessous de table sous des rubriques fausses ne permettait pas à l'assemblée générale de connaître l'investissement réel pour les terrains agricoles acquis par la coopérative.
8.3 La cour cantonale a retenu que le recourant s'était rendu coupable de faux dans les titres en signant ces comptes sans procéder à aucune mesure de contrôle. Pour sa part, le recourant soutient qu'il ne savait pas que les comptes étaient faux; selon lui, sa signature était purement formelle et il ne lui appartenait pas de contrôler les comptes, ce qu'il était du reste incapable de faire. En l'espèce, le recourant a signé les comptes; il a donc eu un comportement actif. La question qui se pose n'est dès lors pas de savoir si le recourant devait ou non contrôler les comptes, mais celle de savoir s'il savait que les comptes qu'il signait étaient faux et s'il s'est accommodé de cette situation.
8.3.1 Ce que l'auteur savait, voulait ou ce dont il s'accommodait relève du contenu de la pensée, soit de faits "internes" qui, en tant que faits, ne peuvent en principe pas être revus dans le cadre d'un pourvoi en nullité (art. 273 al. 1 let. b et 277bis PPF), même si l'autorité cantonale s'est prononcée à cet égard, en l'absence d'aveux de l'auteur, en se fondant sur des éléments extérieurs révélateurs (ATF 125 IV 242 consid. 3c p. 252).
Toutefois, la question de savoir si les éléments extérieurs retenus en tant que révélateurs du contenu de la conscience et de la volonté autorisent à admettre que l'auteur a agi par dol éventuel relève du droit. Ainsi, lorsque l'autorité cantonale a déduit l'élément subjectif du dol éventuel sur la base d'éléments extérieurs, faute d'aveux de l'auteur, les questions de fait et de droit interfèrent sur certains points. Le Tribunal fédéral peut dès lors revoir, dans une certaine mesure, si ces éléments extérieurs ont été correctement appréciés au regard de la notion juridique du dol éventuel (cf. ATF 125 IV 242 consid. 3c p. 252; 121 IV 249 consid. 3a/aa p. 253; Martin Schubarth, Einheitsbeschwerde, PJA 1992 p. 849 ss, spéc. 851 s.).
8.3.2 En l'espèce, il a été retenu que le recourant avait connaissance d'imperfections comptables, notamment à la suite des recommandations de la fiduciaire, et qu'il savait que le poste "débiteurs" constituait un problème pour la coopérative. La cour cantonale a déduit de ces éléments que le recourant devait tenir pour possible que X._ fausse la comptabilité en diminuant fictivement le poste "débiteurs" dans l'intention de présenter une situation financière meilleure. Le recourant connaissait également parfaitement l'existence de prêts d'agriculteurs en faveur de Y._ et l'ampleur de ces derniers; il ne pouvait pas ignorer non plus la motivation des prêteurs. Au vu de l'ensemble de ces circonstances, il convient d'admettre, avec la cour cantonale, qu'en ne prenant aucune mesure de contrôle préalable à sa signature des comptes annuels de la coopérative, le recourant s'était accommodé du fait que les comptes ne correspondaient pas à la réalité et s'est en conséquence rendu coupable de faux dans les titres par dol éventuel.
8.4 L'art. 251 CP exige enfin un dessein spécial. En l'espèce, il a été admis que le recourant avait agi dans le dessein de se procurer un avantage illicite, à savoir d'échapper à ses responsabilités de directeur, chargé de la gestion de la coopérative.
8.5 En conclusion, les éléments constitutifs de l'infraction de faux dans les titres sont réalisés.
8.5 En conclusion, les éléments constitutifs de l'infraction de faux dans les titres sont réalisés.
9. S'agissant des conclusions civiles, le recourant doit présenter une motivation spécifique. Dans la mesure où sa critique se recouvre avec celle présentée dans le pourvoi contre le prononcé pénal, le rejet de ce dernier entraîne l'irrecevabilité du pourvoi contre le prononcé civil (ATF 129 IV 71 consid. 2.4 p. 80/81). En l'espèce, le recourant se borne à faire valoir qu'il n'a pas violé son devoir de gestion et n'a pas commis de faux dans les titres et ne peut donc être à l'origine d'un éventuel dommage causé à la société coopérative. Ce faisant, il ne fait que reprendre l'argumentation qu'il a développée dans son pourvoi contre le prononcé pénal. Ses griefs sont donc irrecevables.
9. S'agissant des conclusions civiles, le recourant doit présenter une motivation spécifique. Dans la mesure où sa critique se recouvre avec celle présentée dans le pourvoi contre le prononcé pénal, le rejet de ce dernier entraîne l'irrecevabilité du pourvoi contre le prononcé civil (ATF 129 IV 71 consid. 2.4 p. 80/81). En l'espèce, le recourant se borne à faire valoir qu'il n'a pas violé son devoir de gestion et n'a pas commis de faux dans les titres et ne peut donc être à l'origine d'un éventuel dommage causé à la société coopérative. Ce faisant, il ne fait que reprendre l'argumentation qu'il a développée dans son pourvoi contre le prononcé pénal. Ses griefs sont donc irrecevables.
10. En conséquence, le pourvoi doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 278 al. 1 PPF; art. 156 al. 1 OJ).
Vu l'issue du pourvoi, la requête d'effet suspensif est devenue sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1. Le recours de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le pourvoi en nullité est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le pourvoi en nullité est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Un émolument judiciaire de 4'000 francs est mis à la charge du recourant.
3. Un émolument judiciaire de 4'000 francs est mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Procureur général jurassien et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 18 février 2005
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: