Faits:
A. X._, né en 1948, marié, domicilié à Genève, a reçu, le 1er juin 2009, une prestation en capital de 67'891 fr et le 1er juillet 2009, une prestation en capital de 518'854 fr., provenant de la prévoyance professionnelle ou de la prévoyance individuelle liée.
Par décision de taxation du 4 septembre 2009, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a arrêté l'impôt cantonal et communal sur ces deux prestations à 35'276 fr. 10. Elle a appliqué le barème «célibataire» de l'art. 11 de la loi sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la progression à froid du 22 septembre 2000 (aLIPP-V - RSGE D 3 16), maintenant abrogée.
Une réclamation du 1er octobre a été rejetée par décision du 15 octobre 2009 et un recours contre cette dernière décision également rejeté par jugement du 21 mars 2011 du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. Le 10 mai 2011, l'intéressé a interjeté recours auprès de la Cour de justice du canton de Genève qui a suspendu la cause jusqu'à droit connu dans une affaire similaire pendante devant le Tribunal fédéral.
Par arrêt 2C_954/2010 du 8 décembre 2011, le Tribunal fédéral a jugé qu'une imposition séparée de chacun des époux, comme le prévoyait l'aLIPP-V pour les prestations en capital de la prévoyance, était contraire à l'art. 11 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). L'impôt des personnes mariées et vivant en ménage commun devait être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivant seules, et cela même si l'art. 11 al. 3 LHID imposait une taxation séparée des prestations de la prévoyance professionnelle. La question du rabais d'impôt prévu par le droit cantonal ne pouvait être examinée par le Tribunal fédéral que si la mauvaise application du droit cantonal constituait une violation du droit fédéral. Un tel grief n'avait pas été invoqué ou motivé suffisamment.
B. Par arrêt du 28 août 2012, la Cour de justice a partiellement admis le recours en ce sens que le barème applicable à l'intéressé devait être celui pour couple marié en ménage indépendant de l'art. 12 aLIPP-V; il l'a rejeté pour le surplus. L'intéressé ne pouvait pas bénéficier du rabais d'impôt prévu aux art. 10 et 14 aLIPP-V.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 28 août 2012 par la Cour de justice du canton de Genève et dire que le rabais d'impôt de l'art. 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V lui est applicable. Il soutient que l'instance précédente a interprété et appliqué les art. 10 et 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V de manière arbitraire.
La Cour de justice et l'Administration fédérale des contributions ne formulent aucune observation. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué est une décision d'une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale, rendue dans une cause de droit public et qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'article 83 LTF (art. 86 al. 1 let. a et al. 2 LTF). Le recours en matière de droit public est ouvert (cf. art. 82 let. a LTF en relation avec l'art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; ATF 130 II 202 consid. 1 p. 204).
2. 2.1 La loi sur l'harmonisation fiscale désigne les impôts directs que les cantons doivent prélever et fixe les principes selon lesquels la législation cantonale les établit (art. 1 al. 1 LHID). Lorsqu'aucune réglementation particulière n'est prévue, les impôts cantonaux et communaux sont établis en vertu du droit cantonal. Restent en particulier de la compétence des cantons la fixation des barèmes, celle des taux et celle des montants exonérés d'impôt (art. 1 al. 3 LHID).
2.2 D'après l'art. 3 al. 3 LHID, le revenu et la fortune des époux qui vivent en ménage commun s'additionnent. Selon la jurisprudence, cette règle vaut, en principe, pour tous les revenus des époux qui sont soumis à l'impôt sur le revenu, y compris les prestations de la prévoyance touchées pendant une même année fiscale (art. 7 al. 1 LHID), qui s'additionnent, indépendamment du fait qu'elles aient été perçues par l'un ou l'autre des époux (arrêt 2C_954/2010 du 8 décembre 2011 consid. 4.2 in RDAF 2012 II 9).
2.3 L'art. 11 LHID prévoit que l'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun doit être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivants seules (al. 1 1ère phrase). Selon la jurisprudence, même si les prestations en capital provenant des institutions de prévoyance doivent être imposées de manière séparée et soumises à un impôt annuel entier (art. 11 al. 3 LHID), elles restent soumises à l'impôt sur le revenu au sens large, de sorte que la règle de l'imposition réduite pour les personnes mariées vivant en ménage commun par rapport aux personnes seules (art. 11 al. 1 LHID) s'y applique aussi. La compétence résiduelle des cantons de l'art. 1 al. 3 LHID en la matière réside dans la méthode choisie pour réduire l'impôt, ainsi que dans la fixation du taux d'imposition (arrêt 2C_954/2010 du 8 décembre 2011 consid. 4.3; cf. également les exemples de législations cantonales à cet égard au consid. 4.4 in RDAF 2012 II 9).
2.4 A teneur de l'art. 9 al. 1 LHID, les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables. Selon la jurisprudence, cette définition des dépenses d'acquisition du revenu est claire, en dépit de son caractère général, et s'impose aux cantons (ATF 133 II 287 consid. 2.2 p. 290; 128 II 66 consid. 4b p. 71 s.). Les déductions générales autorisées sont définies aux lettres a à k de l'alinéa 2 de cette disposition. Selon la jurisprudence, la déduction pour double activité des conjoints (let. k) en particulier ne peut être qu'une déduction générale et non pas une déduction sociale, de sorte que la compétence résiduelle des cantons se limite à cet égard à la quotité de la déduction sur le revenu imposable, soit par le biais d'un montant fixe, soit au moyen d'un pourcentage du revenu, avec plafond, et ne saurait être introduite dans le calcul d'un rabais portant directement sur la cote d'impôt (arrêt 2C_272/2010 du 15 novembre 2010, consid. 3).
3. 3.1 En droit fiscal cantonal genevois, l'art. 18 de la loi du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation de la progression à froid (aLIPP-V; RSGE 3 16; abrogée depuis le 31 décembre 2009; applicable au présent litige, qui concerne l'impôt cantonal et communal 2009) prévoit que les prestations en capital provenant des institutions de prévoyance sont imposées séparément et dans tous les cas soumises à un impôt annuel entier au taux représentant le cinquième du barème prévu à l'art. 11 et 12 (arrêt 2C_954/2010 du 8 décembre 2010) applicable aux diverses prestations additionnées.
3.2 L'art. 10 al. 1 aLIPP-V prévoit que l'impôt total de base dû sur la totalité du revenu est égal à la somme de l'impôt dû sur chaque franc de ce revenu, après les déductions autorisées, moins le rabais d'impôt.
"L'art. 14 aLIPP-V a la teneur suivante:
" 1 Le rabais d'impôt, au sens de l'article 10 alinéa 1 se calcule par application des barèmes des articles 11 et 12 aux montants déterminants suivants, au taux applicables à ces seuls montants:
a) 13750 fr. pour chacun des époux vivant en ménage commun.
Ce montant est augmenté de 3500 fr. pour les époux vivant en ménage commun si les deux époux exercent une activité lucrative ou lorsque l'un des deux époux seconde l'autre de manière importante dans sa profession, son commerce ou son entreprise; ce montant est porté à 5000 fr. su les revenus bruts totaux du couple ne dépassent pas 50000 fr.;
b) 27500 par contribuable célibataire, veuf, divorcé, séparé de corps ou de fait et qui tient ménage indépendant avec des enfants mineurs ou majeurs qui constituent des charges de famille au sens de l'alinéa 5;
c) 15000 fr. par contribuable célibataire, veuf, divorcé, séparé de corps ou de fait.
2 Pour les contribuables mariés, célibataires, veufs, divorcés, séparés de corps ou de fait remplissant les conditions exigées pour bénéficier d'une rente AVS ou AI, les montants déterminants sont augmentés:
(selon des pourcentages énumérés).
3 et 4 (augmentation des montants déterminants de l'al. 1 pour charge de famille)
5 (définition des charges de famille). "
A teneur de l'art. 14 al. 1 let. a, 1ère phrase LIPP-V, le rabais d'impôt du recourant se calculerait donc par application du barème de l'art. 12 (taux pour couple marié) à un montant de 13'750 (dûment indexé pour la période fiscale 2009, soit 15'057 fr.) pour chacun des époux vivant en ménage commun au taux applicable à ces seuls montants (soit 30'114 fr.). Ce rabais serait ensuite déduit de l'impôt calculé conformément à l'art. 10 al. 1 aLIPP-V. Ce système conduit en dernier lieu à une cote d'impôt 0 pour un couple marié imposable sur un revenu de 30'114 fr.
Le rabais d'impôt prévu par l'art. 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V institue par conséquent - indirectement - puisque l'impôt cantonal se calcule dès le premier franc de revenu (art. 10 al. 1 aLIPP-V), un montant minimum non imposable, à l'instar de ce que la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) prévoit - directement - en fixant un seuil minimal de revenu en deçà duquel les taux des barèmes de l'art. 214 LIFD ne s'appliquent pas (XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, Bâle 2012, § 7 n° 367 s. p. 195 s.).
3.3 Le rabais d'impôt prévu par l'art. 14 al. 1 let. a, 1ère phrase aLIPP-V entre dans la définition du "montant exonéré" au sens de l'art. 1 al. 3 LHID (cf. DANIELLE YERSIN, L'impôt sur le revenu - Etendue et limites de l'harmonisation, Archives 61, p. 295 ss, p. 297, ainsi que les références citées). Son aménagement demeure par conséquent dans la compétence résiduelle des cantons.
3.4 En l'espèce, l'instance précédente a interprété et appliqué l'art. 18 aLIPP-V en ce sens qu'il ne renvoie qu'à l'art. 11 (et 12) aLIPP-V et non pas aux art. 10 al. 1 et 14 al.1 let. a 1ère phrase aLIPP-V, de sorte que le rabais d'impôt n'entre pas dans le calcul de l'impôt sur les prestations en capital provenant de la prévoyance professionnelle. Le refus d'accorder le rabais d'impôt dans ce cas s'explique, selon elle, par le constat, adopté par le législateur cantonal, que les prestations en capital provenant de la prévoyance professionnelle font déjà l'objet d'une imposition non seulement séparée mais aussi privilégiée parce qu'elle a lieu à taux réduit. Cela correspond, ajoute-t-elle, au système d'imposition antérieur en vigueur avant l'adoption de l'aLIPP-V qui ne prévoyait pas que les déductions sur le revenu brut soient prises en compte dans l'imposition séparée des prestations en capital.
4. Le recourant soutient que l'Instance précédente a appliqué de manière arbitraire les art. 10 al. 1 et 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V.
4.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. Il ne suffit pas que la motivation de la décision critiquée soit insoutenable; encore faut-il que celle-ci se révèle arbitraire dans son résultat. En outre, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle adoptée par l'autorité intimée serait concevable, voire préférable (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
4.2 Le recourant reconnaît que le législateur cantonal ne souhaite pas que d'une prestation en capital provenant de la prévoyance professionnelle, l'on puisse déduire une nouvelle fois des déductions sociales qui ne sont afférentes qu'à la détermination du revenu ordinaire taxable, à l'instar de ce que prévoit l'art. 38 al. 3 LIFD qui n'autorise pas les déductions de l'art. 35 LIFD.
Il fait en revanche valoir que le législateur cantonal a choisi un système à l'art. 14 aLIPP-V qui cumule une correction de barème due au statut (marié ou non) du contribuable (art. 14 al. 1 let. a 1ère phrase) et des déductions complémentaires qui sont, selon lui, de réelles déductions sociales "strictes" (art. 14 al. 1 al. 2, 3 et 4). A son avis, la correction de barème de l'art. 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V pour époux vivant en ménage commun, seule en cause en l'espèce, devrait, pour éviter l'arbitraire, lui être accordée au même titre que l'application du barème pour couple marié de l'art. 12 aLIPP-V, afin de respecter la ratio legis - précisée par le Tribunal fédéral (arrêt 2C_954/2010 du 8 décembre 2011, consid. 4.1) - qui tend à empêcher que les prestations en capital provenant de la prévoyance ne soient trop fortement imposées. Ce serait d'ailleurs la solution adoptée par le législateur cantonal aux art. 41 al. 2 et 45 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP; RSGE D 3 08; en vigueur depuis le 1er janvier 2010) en matière d'imposition des prestations en capital provenant de la prévoyance professionnelle, qui excluent les déductions sociales "strictes" des art. 39 et 40, mais intègrent à la fois le barème pour couples mariés (splitting) et un montant de base exonéré de 17'493 (art. 41 al. 1 LIPP), qui correspond à l'ancien rabais de l'art. 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V.
4.3 Ce grief doit être rejeté. Il est vrai que l'art. 14 aLIPP-V prévoit à la fois des déductions sociales, des montants exonérés au sens de l'art. 1 al. 3 et 9 al. 4 2e phrase LHID et des déductions générales, comme la déduction pour double activité des conjoints (art. 14 al. 1 let. a 2e phrase aLIPP-V) d'ailleurs contraire à l'art. 9 al. 2 let. k LHID (arrêt 2C_272/2010 du 15 novembre 2010).
Dans les limites des droits constitutionnels, les cantons conservent toute leur liberté en matière de fixation des barèmes et des taux ainsi que dans l'aménagement des déductions sociales et des montants exonérés. Or, à propos des couples, la loi sur l'harmonisation fiscale exige des cantons que l'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun soit réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivants seules (art. 11 al. 1 LHID), mais les laisse libres de déterminer le taux à cet effet (arrêt 2C_954/2010 du 8 décembre 2011, consid. 4.1). En l'espèce, comme l'a constaté à bon droit l'arrêt attaqué, le recourant bénéficie des taux du barème applicable au couple marié en ménage indépendant de l'art. 12 aLIPP-V, de sorte que les exigences de l'art. 11 al. 1 LHID sont respectées. Pour le surplus, comme le rabais d'impôt de l'art. 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V entre dans la définition de montant exonéré de l'art. 1 al. 3 LHID (cf. consid. 3.3 ci-dessus), le canton de Genève conserve la liberté de l'aménager, de la même manière qu'il a la liberté de décider des taux et barèmes.
Ainsi, en matière d'impôt ordinaire sur le revenu, le législateur genevois a institué un calcul qui s'applique dès le premier franc de revenu imposable (art. 10 al. 1 aLIPP-V) et qui introduit en dehors des barèmes différenciés des art. 11 et 12 aLIPP-V, par une disposition séparée, des montants exonérés et des déductions sociales (art. 14 al. 2 ss aLIPP-V) par le jeu des art. 10 al. 1 in fine aLIPP-V et 14 aLIPP-V.
En matière de prestation en capital provenant de la prévoyance en revanche, il a édicté un art. 18 aLIPP-V qui renvoie uniquement aux articles prévoyant les barèmes applicables, ce qui, d'après l'instance précédente, doit être interprété comme le refus du législateur cantonal d'accorder les déductions sociales de l'art. 14 al. 2 ss aLIPP-V mais également le montant exonéré de l'art. 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP en raison non seulement de l'imposition séparée des dites prestations mais aussi en raison des taux privilégiés, de façon à ne pas accorder ces avantages à la fois sur le revenu ordinaire et les prestations en capital.
Les motifs énoncés par l'instance précédente ne sont pas dénués de fondement, contrairement à l'avis du recourant. Il est vrai qu'une solution identique à celle retenue par le législateur fédéral (art. 38 al. 3 ainsi que 36 et 214 LIFD) et nouvellement retenue par le législateur cantonal (cf. consid. 4.2 ci-dessus) eût été préférable au moins sous l'angle de la charge fiscale du recourant et également conforme aux art. 1 al. 3 et 9 al. 4 2e phrase LHID. Il n'en demeure pas moins que le seul fait qu'une autre solution que celle adoptée par l'instance précédente serait concevable, voire même préférable, ne suffit pas pour conclure à la violation de l'interdiction de l'arbitraire ancrée à l'art. 9 Cst. dans l'application du droit fiscal cantonal autonome.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, le recourant doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 21 mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey