Faits:
A. A.a La société X._ SA, en liquidation depuis janvier 2007 (ci-après citée: la Société), a notamment pour but l'acquisition et la vente de tous immeubles ainsi que la participation à des sociétés de même genre. Entre 2001 et 2003, elle a acquis dans le canton de Vaud la propriété de six immeubles appartenant à des sociétés immobilières en liquidation dont elle était actionnaire (apparemment unique). A ce titre, elle a bénéficié des dispositions transitoires prévues par le droit fiscal cantonal pour faciliter la liquidation des sociétés immobilières en cas de transfert des immeubles à l'actionnaire et de dissolution de la société avant le 1er janvier 2004; ces dispositions prévoient diverses réductions d'impôts en faveur de la société immobilière et/ou de l'actionnaire ainsi que l'exonération des droits de mutation normalement perçus sur les transferts immobiliers.
Dès l'année suivant l'acquisition des immeubles, la Société s'est acquittée annuellement sur ceux-ci, comme auparavant les sociétés immobilières qui en étaient propriétaires, d'un impôt complémentaire correspondant à 1,5 o/oo de leur estimation fiscale (1 o/oo pour le taux fixe cantonal + 0,5 o/oo pour le taux variable communal). Le 31 mars 2006, elle a revendu ses six immeubles à un tiers acheteur.
A.b Par six décisions de taxation du 30 août 2007, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a réclamé à la Société, en application du régime transitoire prévu pour les sociétés immobilières, la reprise des droits de mutation dont elle avait été exonérée lors de l'acquisition des immeubles, sous déduction d'une réduction de 20 % par année entière de possession de ces derniers depuis leur transfert à l'actionnaire. Parallèlement à la reprise des droits de mutation, l'Administration cantonale a également fixé les montants dus à la Société, selon le droit cantonal, à titre de remboursement de l'impôt complémentaire en cas d'aliénation d'un immeuble entraînant pour la personne morale le paiement d'un droit de mutation; le fisc a cependant réduit les montants remboursés à ce titre dans la même proportion que l'abattement consenti à la Société sur la reprise des droits de mutation, à savoir à raison de 20 % par année entière de possession des immeubles.
A.c La Société a formé réclamation contre les décisions de taxation précitées. Elle s'en est prise au calcul du remboursement de l'impôt complémentaire, en contestant la réduction opérée par le fisc sur son montant. Elle estimait qu'une telle réduction ne trouvait aucun fondement légal et concluait à ce que les impôts complémentaires prélevés avant le transfert des immeubles à l'actionnaire lui fussent entièrement remboursés, jusqu'à concurrence de quinze fois le montant annuel de l'impôt ainsi que des droits de mutation effectivement repris.
L'Administration cantonale a rejeté la réclamation dont elle était saisie par décision du 7 avril 2009.
B. La Société a recouru contre la décision sur réclamation précitée.
Par arrêt du 9 novembre 2009, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation. En bref, elle a estimé que l'interprétation téléologique et systématique de la loi conduisait à la constatation d'une lacune proprement dite devant être comblée par le juge.
C. La Société forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal cantonal dont elle requiert principalement la réforme, sous suite de frais et dépens, en ce sens que les impôts complémentaires lui soient remboursés conformément à ses conclusions prises en instance cantonale, soit jusqu'à concurrence des montants suivants: 70'620 fr. pour l'immeuble no 1; 59'287 fr. 50 pour l'immeuble no 2; 188'100 fr. pour l'immeuble no 3; 33'505 fr. 50 pour l'immeuble no 4; 26'590 fr. 50 pour l'immeuble no 5 et 87'300 fr. pour l'immeuble no 6. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle soutient que le Tribunal cantonal a interprété le droit cantonal en violation des principes constitutionnels de la légalité et de l'interdiction de l'arbitraire.
L'Administration cantonale et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
Considérant en droit:
1. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42 LTF) contre une décision finale en matière fiscale rendue par une autorité cantonale de dernière instance, sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, le présent recours, interjeté par un contribuable ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente, est en principe recevable comme recours en matière de droit public en vertu des art. 82 ss LTF.
2. 2.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 95 let. c, d et e LTF, le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, notamment qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (ATF 135 III 513 consid. 4.3 p. 521/522; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral n'examinera toutefois de tels moyens que s'ils ont été invoqués conformément aux exigences de motivation qualifiées déduites de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 135 I 313 consid. 1.3 p. 316; 135 V 94 consid. 1 p. 95 et les arrêts cités).
En l'espèce, contrairement à ce que soutient l'Administration cantonale, la recourante ne se contente pas de vaguement critiquer l'arrêt attaqué sur un mode purement appellatoire. Comme on le verra (infra consid. 3.3 et 4.4), ses griefs sont présentés de manière suffisamment claire pour justifier l'entrée en matière sur le recours.
2.2 Il sera statué sur la base des faits retenus par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), car ceux-ci ne sont pas contestés par la recourante (art. 97 LTF) et n'apparaissent, au surplus, pas avoir été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (105 al. 2 LTF).
3. 3.1 Les griefs constitutionnels articulés dans le recours portent sur l'application des dispositions suivantes de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (ci-après citée: LI/VD ou loi cantonale; RSV 642.11):
"Partie III IMPOSITION DES PERSONNES MORALES (...)
TITRE VI IMPÔT COMPLÉMENTAIRE SUR LES IMMEUBLES APPARTENANT AUX PERSONNES MORALES
Art. 128 Assujettissement - objet - taux
1 Les personnes morales sont astreintes à un impôt complémentaire annuel de 1°/oo de l'estimation fiscale des immeubles dont elles sont propriétaires. Sont exceptés : les immeubles ou parties d'immeubles qu'elles utilisent elles-mêmes pour l'exploitation d'un commerce ou d'une industrie et les immeubles d'habitation à caractère social.
2 L'impôt est dû par les personnes morales propriétaires de l'immeuble au début de l'année, pour l'année civile entière.
3 Il n'est pas tenu compte d'un changement de l'affectation de l'immeuble en cours d'année.
Art. 129 Remboursement de l'impôt
1 En cas d'aliénation d'un immeuble ou d'une partie d'immeuble entraînant le paiement d'un droit de mutation, l'impôt complémentaire est remboursé à l'aliénateur, mais au plus jusqu'à concurrence de quinze fois son montant annuel. En aucun cas la somme à rembourser ne pourra excéder le montant du droit de mutation payé.
2 (abrogé).
Partie VII DISPOSITIONS TRANSITOIRES ET FINALES (...)
Art. 269 Sociétés immobilières
1 Les sociétés immobilières constituées avant le 1er janvier 1995, qui décident leur dissolution pour permettre le transfert de leurs immeubles à leurs actionnaires, proportionnellement à leur participation au capital-actions, et dont la liquidation est terminée avant le 1er janvier 2004, bénéficient d'une réduction de 75% de l'impôt frappant le bénéfice réalisé à l'occasion du transfert immobilier.
2 L'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.
3 Il n'est pas perçu de droits de mutation sur les transferts immobiliers découlant du présent article.
4 Lorsque l'actionnaire acquiert d'une société immobilière d'actionnaires-locataires, en propriété par étages et contre cession de ses droits de participations, la part de l'immeuble dont l'usage est lié aux droits cédés, l'impôt sur le bénéfice en capital réalisé par la société est réduit de 75% si la société a été fondée avant le 1er janvier 1995. En outre, le transfert de l'immeuble à l'actionnaire doit être inscrit au registre foncier avant le 1er janvier 2004. A ces conditions, l'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.
5 En cas d'aliénation à titre onéreux de l'immeuble dans un délai de cinq ans dès son transfert à l'actionnaire, celui-ci doit payer le montant correspondant aux réductions d'impôts dont il a bénéficié en application des alinéas 2 à 4. Ce montant est réduit de 20% par année entière de possession de l'immeuble. L'article 236 s'applique par analogie.
6 Le Conseil d'Etat arrête les dispositions d'application du présent article."
3.2 Il ressort des constatations cantonales les éléments suivants:
3.2.1 Entre 2001 et 2003, la société recourante a acquis, en sa qualité d'actionnaire de différentes sociétés immobilières, la propriété de six immeubles appartenant à celles-ci par la voie de transferts à l'actionnaire avec dissolution des sociétés immobilières au sens de l'art. 269 LI/VD. Lors de ces transferts, les avantages fiscaux suivants prévus à titre transitoire par la disposition cantonale précitée ont été consentis respectivement aux sociétés immobilières en dissolution concernées et à leur actionnaire commun (la Société):
- une réduction de 75 % de l'impôt frappant le bénéfice réalisé par la société immobilière lors du transfert immobilier (art. 269 al. 1 LI/VD);
- une réduction de 75 % de l'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire (art. 269 al. 2 LI/VD);
- une exonération des droits de mutation (art. 269 al. 3 LI/VD).
3.2.2 Le 31 mars 2006, soit avant l'écoulement d'un délai de cinq ans depuis leur transfert à l'actionnaire, la Société a aliéné à titre onéreux ses six immeubles à un tiers acheteur. Conformément à l'art. 269 al. 5 (première phrase) LI/VD, l'Administration cantonale lui a réclamé, le 30 août 2007, la reprise des réductions/exonérations d'impôts dont elle avait bénéficié en application de l'art. 269 al. 2 et 3 LI/VD. Ces montants ont toutefois été réduits à raison de 20 % par année entière de possession des immeubles en vertu de l'art. 269 al. 5 (deuxième phrase) LI/VD.
En même temps qu'elle déterminait, pour chaque immeuble, le montant des avantages fiscaux devant faire l'objet d'une reprise, l'Administration cantonale a également fixé, dans ses décisions de taxation, les montants dus à la Société au titre du remboursement de l'impôt complémentaire (IC) au sens de l'art. 129 LI/VD (à la suite de la reprise des droits de mutation). Ces montants correspondent à la somme des impôts complémentaires annuellement payés par les sociétés immobilières avant le transfert des immeubles à l'actionnaire; ils ont toutefois été plafonnés à hauteur, d'une part, de quinze fois le montant annuel de l'impôt (art. 129 al. 1, 1ère phrase, in fine LI/VD) et, d'autre part, de la somme des droits de mutation effectivement repris et mis à la charge de la Société (art. 129 al. 1, 2ème phrase LI/VD). Par ailleurs, estimant que l'impôt complémentaire ne pouvait être remboursé "que dans la même proportion que la facturation du droit de mutation", l'Administration cantonale en a réduit le montant à raison de 20 % par année entière de possession des immeubles.
A teneur des décisions de taxation du 30 août 2007, les droits de mutation repris et mis à la charge de la Société, respectivement les montants qui lui ont été reconnus à titre de remboursement de l'impôt complémentaire (IC), s'établissent selon le décompte suivant:
I
Immeuble
No
II
Durée de
possessiondes immeubles
III
Taux de réduction pris en compte (en %)
IV
Montant des droits de mutation repris (après réduction)
V
IC payé avant le transfert à l'actionnaire (max. 15 fois le montant annuel)
VI
IC
remboursé à la Société (après réduction)
1
4 ans
80%
***70'620.--
149'292.--
29'858.40
2
2 ans
40 %
65'340.--
***59'287.50
35'572.50
3
2 ans
40 %
***188'100.--
199'650.--
119'790.--
4
2 ans
40 %
41'580.--
***33'505.50
20'103.30
5
2 ans
40 %
31'680.--
***26'590.50
15'594.30
6
2 ans
40 %
91'278.--
***87'300.--
52'380.--
3.2.3 Devant le Tribunal cantonal, la Société n'a pas remis en cause les montants repris sur la base de l'art. 269 al. 5 LI/VD aux titres de l'impôt sur l'excédent de liquidation (art. 269 al. 2 LI/VD) et des droits de mutation (art. 269 al. 3 LI/VD). Elle n'a porté sa contestation que sur le calcul du montant de l'impôt complémentaire devant lui être remboursé en vertu de l'art. 129 LI/VD, en déniant au fisc le droit de procéder à la réduction de 20 % par année entière de possession des immeubles. Elle soutenait que la somme des impôts complémentaires prélevés sur les immeubles avant leur transfert à l'actionnaire devait lui être entièrement remboursée, du moins jusqu'à concurrence de quinze fois le montant annuel de l'impôt et des droits de mutation repris et mis à sa charge (ce qui correspond aux montants précédés de trois astérisques *** dans les colonnes IV et V du tableau reproduit au considérant précédant).
3.3 Comme en procédure cantonale, est seul litigieux devant le Tribunal fédéral le montant de l'impôt complémentaire devant être remboursé à la Société à la suite de la reprise des droits de mutation. La recourante se plaint de la violation de deux principes constitutionnels, soit la légalité (art. 5 al. 1, 36 al. 1 et 127 al. 1 Cst.; art. 7 Cst./VD) et la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst. et 11 Cst./VD). Tel qu'allégué, le premier principe n'a pas de portée propre, mais se confond avec le second. La recourante se limite en effet à expliquer que le comblement de lacune opéré par les premiers juges procède d'une interprétation insoutenable du droit cantonal, sans développer d'argumentation spécifique par rapport à la prétendue violation du principe de la légalité. Par ailleurs, dans la mesure où elle ne démontre ni même ne prétend que les normes constitutionnelles cantonales invoquées à l'appui de son écriture offriraient une meilleure protection que la Constitution fédérale, il suffit d'examiner si l'interprétation du droit cantonal par les premiers juges est, ou non, arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
4. 4.1 Selon la jurisprudence fédérale, reprise par le Tribunal cantonal, l'administration et le juge sont tenus de faire preuve d'une certaine circonspection lorsqu'ils interprètent les normes fiscales. Si la loi, dûment interprétée, ne constitue pas une base légale suffisante, l'impôt ne peut, en principe, pas être prélevé. Toutefois, sous cette réserve, les normes fiscales peuvent et doivent être interprétées de la même manière et selon les mêmes règles que les autres domaines du droit administratif (ATF 131 II 562 précité consid. 3.4 p. 567 et les références citées).
Conformément à une jurisprudence constante, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique) (ATF 135 II 416 consid. 2.2 p. 418; 134 I 184 consid. 5.1 p. 193 et les arrêts cités).
4.2 L'interprétation de la loi peut conduire à la constatation d'une lacune.
Une lacune proprement dite suppose que le législateur s'est abstenu de régler un point qu'il aurait dû régler et qu'aucune solution ne se dégage du texte ou de l'interprétation de la loi. Une telle lacune peut être occulte. Tel est le cas lorsque le législateur a omis d'adjoindre, à une règle conçue de façon générale, la restriction ou la précision que le sens et le but de la règle considérée ou d'une autre règle légale imposent dans certains cas (ATF 135 IV 113 consid. 2.4.2 p. 116). En d'autres termes, il y a lacune occulte lorsque le silence de la loi est contraire à son économie (ATF 117 II 494 consid. 6a p. 499 et la référence citée). En revanche, si le législateur a renoncé volontairement à codifier une situation qui n'appelait pas nécessairement une intervention de sa part, son inaction équivaut à un silence qualifié. Quant à la lacune improprement dite, elle se caractérise par le fait que la loi offre certes une réponse, mais que celle-ci est insatisfaisante (cf. ATF 129 III 656 consid. 4.1 p. 657 ss; 128 I 34 consid. 3b p. 40 ss; 125 III 425 consid. 3a p. 427; 124 V 271 consid. 2a et les arrêts cités).
D'après la jurisprudence précitée, seule l'existence d'une lacune proprement dite (apparente ou occulte) appelle l'intervention du juge, tandis qu'il lui est en principe interdit, selon la conception traditionnelle qui découle notamment du principe de la séparation des pouvoirs, de corriger les lacunes improprement dites, à moins que le fait d'invoquer le sens réputé déterminant de la norme ne constitue un abus de droit ou ne viole la Constitution. La même chose vaut en droit fiscal, où seules les lacunes proprement dites peuvent être comblées, sous réserve des cas d'abus de droit pouvant notamment prendre la forme de l'évasion fiscale (ATF 131 II 562 précité consid. 3.5 p. 567 s.).
4.3 Les premiers juges n'ont pas constaté l'existence d'un silence qualifié du législateur sur le point litigieux et la recourante ne le soutient pas. Par ailleurs, ils concèdent que, pris à la lettre, l'art. 129 LI/VD permettrait à la recourante d'obtenir, comme elle le veut, le droit au remboursement de l'entier de l'impôt complémentaire payé sur les immeubles avant leur transfert à l'actionnaire, jusqu'à concurrence des droits de mutation repris et mis à sa charge qui n'atteignent pas quinze fois le montant annuel de l'impôt. La loi ne contient donc pas de lacune apparente concernant le sort des montants versés par la recourante au titre de l'impôt complémentaire en cas de reprise des droits de mutation au sens de l'art. 269 al. 5 LI/VD.
Le Tribunal cantonal estime cependant que le remboursement total de l'impôt complémentaire pendant le délai de cinq ans prévu à l'art. 269 al. 5 LI/VD est incompatible avec le sens et le but de cette disposition. Son raisonnement revient donc à admettre, par interprétation de la loi, l'existence d'une lacune (proprement dite) occulte. Il repose sur les motifs suivants:
4.3.1 Se fondant sur les travaux préparatoires de la législation actuelle et des législations antérieures, les premiers juges ont estimé que le législateur cantonal avait délibérément renoncé à soumettre aux droits de mutation les cessions d'actions d'une société immobilière entraînant un transfert économique des immeubles détenus par celle-ci. Au lieu d'une telle imposition, le législateur cantonal avait en effet préféré mettre à la charge de l'ensemble des personnes morales l'impôt complémentaire annuel prévu à l'art. 128 LI/VD, combiné avec la possibilité d'en obtenir le remboursement partiel ou total aux conditions de l'art. 129 al. 1 LI/VD en cas de transfert juridique de la propriété des immeubles soumis à cet impôt entraînant la perception d'un droit de mutation. L'impôt complémentaire serait ainsi conçu, d'après les premiers juges, non comme impôt proprement dit dont la totalité serait directement acquise au fisc, mais plutôt comme une sorte de contribution périodique à la charge des personnes morales à valoir, à titre d'acompte annuel, sur les droits de mutation dus en cas de transfert juridique des immeubles soumis à l'impôt complémentaire (arrêt attaqué, consid. 1a).
4.3.2 Le Tribunal cantonal a ensuite considéré que législateur cantonal avait omis de prévoir qu'en cas de reprise des droits de mutation au sens de l'art. 269 al. 5 LI/VD, l'impôt complémentaire remboursé à l'aliénateur en vertu de l'art. 129 al. 1 LI/VD devait, pareillement à la réduction opérée sur la reprise fiscale, être réduit à raison de 20 % par année entière de possession des immeubles. En effet, on ne saurait admettre, selon les premiers juges, qu'un actionnaire ayant bénéficié, comme la Société, d'une réduction du montant des droits de mutation repris sur la base de l'art. 269 al. 5 LI/VD, puisse parallèlement prétendre au remboursement total de l'impôt complémentaire en vertu de l'art. 129 al. 1 LI/VD. Car une telle interprétation reviendrait, en effet, selon les termes de l'arrêt attaqué (consid. 2d): "à enlever à l'impôt complémentaire son caractère principal consistant à remplacer le droit de mutation. Le remboursement doit donc être limité de façon proportionnelle à l'imposition du droit de mutation (...). Cette solution s'impose en raison de la réduction progressive de la créance en paiement du droit de mutation, telle que le législateur l'a voulu à l'art. 269 al. 5 LI. Or, le remboursement intégral et linéaire de l'impôt complémentaire heurterait ce mécanisme légal. En l'occurrence, le droit de mutation a été réduit à hauteur de 40 % (soit deux ans de possession) pour le transfert de tous les immeubles (excepté l'immeuble [no 1]). Aussi, la décision attaquée, qui limite corrélativement le droit au remboursement de l'impôt immobilier complémentaire à 60 % (20 % s'agissant de l'immeuble [no 1]), doit être approuvée".
4.4 La recourante ne remet pas en question l'interprétation historique de la loi ayant conduit le Tribunal cantonal à considérer l'impôt complémentaire prévu à l'art. 128 al. 1 LI/VD comme une sorte d'acompte annuel déductible en tout ou partie des droits de mutation dus en cas de transfert de la propriété juridique d'un immeuble appartenant à une personne morale (supra consid. 4.3.1).
En revanche, la recourante conteste l'existence d'une lacune occulte tirée de l'interprétation systématique et téléologique de la loi cantonale (supra consid. 4.3.2). Plus précisément, elle fait valoir que la seule limitation qui puisse lui être valablement opposée concernant le remboursement de l'impôt complémentaire tiendrait au fait que celui-ci ne doit, conformément à l'art. 129 al. 1 LI/VD, pas être supérieur à quinze fois son montant annuel et ne pas dépasser les droits de mutation effectivement prélevés. A rigueur de sa lettre, cette disposition consacrerait en effet une solution acceptable dont il n'y aurait nul lieu de s'écarter. A suivre la recourante, le Tribunal cantonal aurait procédé à une interprétation insoutenable de la loi cantonale en retenant un motif de réduction non prévu par celle-ci.
4.5 Comme le relèvent les premiers juges, à l'instar de l'art. 207 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le régime transitoire mis en place à l'art. 269 LI/VD poursuit d'abord et avant tout, au travers des avantages fiscaux qu'il prévoit, les deux objectifs suivants: premièrement, faciliter la liquidation des sociétés immobilières qui ont accumulé avec les années une charge fiscale latente souvent importante; secondement, favoriser le retour en propriété directe aux actionnaires des immeubles appartenant à leur société. Cela étant, il faut admettre, avec la recourante, que le remboursement intégral de l'impôt complémentaire en cas de revente des immeubles par l'actionnaire pendant le délai de cinq ans de l'art. 269 al. 5 LI/VD ne contrarie nullement ces objectifs.
Il reste que les reprises fiscales opérées sur la base de l'art. 269 al. 5 LI/VD visent à sanctionner les actionnaires qui, ayant bénéficié des avantages fiscaux prévus à l'art. 269 al. 1 à 4 LI/VD lors du transfert des immeubles en leur propriété directe, se séparent de ceux-ci moins de cinq années après leur acquisition. En d'autres termes, l'art. 269 al. 5 LI/VD fixe une sorte de délai de blocage pendant lequel certains des avantages fiscaux cantonaux octroyés dans le cadre du régime transitoire mis en place pour les sociétés immobilières sont en tout ou partie révoqués en cas d'aliénation à titre onéreux d'un immeuble au sens de la disposition précitée. Or, il faut convenir, avec les premiers juges, que l'interprétation étroite et littérale de l'art. 129 al. 1 LI/VD préconisée par la recourante aurait pour conséquence, sinon de neutraliser, du moins de fortement atténuer l'effet de sanction et la progressivité de l'imposition voulus par le législateur cantonal à l'art. 269 al. 5 LI/VD. Certes, les reprises fiscales déploient pleinement leurs effets sur les réductions d'impôt sur l'excédent de liquidation accordées à l'actionnaire par l'art. 269 al. 2 et 4 LI/VD. En revanche, s'agissant des droits de mutation exonérés en vertu de l'art. 269 al. 3 LI/VD, une telle interprétation aurait pour résultat qu'après compensation avec le montant devant être remboursé à l'aliénateur selon la lettre de l'art. 129 al. 1 LI/VD, seule ferait finalement l'objet d'une reprise fiscale chez l'actionnaire la part des droits de mutation qui excède la somme de l'impôt complémentaire annuel - jusqu'à concurrence de quinze fois son montant - ayant effectivement été versée par la société avant le transfert de l'immeuble à l'actionnaire. Autrement dit, le remboursement de l'impôt complémentaire dans son intégralité conduirait à repousser de manière significative le seuil à partir duquel, après compensation avec le remboursement de l'impôt complémentaire, il resterait un solde à payer à la charge de l'actionnaire sur les droits de mutation. La reprise de ceux-ci n'aurait donc, dans de nombreux cas, pratiquement plus lieu du tout, ou alors n'interviendrait plus que pour un faible montant.
Ainsi, dans le cas particulier, en cas de compensation des droits de mutation avec le remboursement de l'impôt complémentaire calculé à rigueur de la lettre de l'art. 129 al. 1 LI/VD, les montants des droits de mutation effectivement repris et mis à la charge de l'actionnaire seraient nuls pour les immeubles 1 et 3, et s'élèveraient à 6'052 fr. 50 pour l'immeuble 2, à 8'074 fr. 50 pour l'immeuble 4, à 5'089 fr. 50 pour l'immeuble 5 et à 3'987 fr. pour l'immeuble 6 (soit les chiffres de la colonne IV moins les chiffres de la colonne V du tableau reproduit au consid. 3.2.2 in fine). Par comparaison, si l'impôt complémentaire remboursé à l'aliénateur est réduit, comme l'ont fait les premiers juges, à raison de 20 % par année de possession des immeubles, la recourante devra encore s'acquitter, après compensation, des montants suivants sur les droits de mutation repris: 40'716 fr. 40 pour l'immeuble 1, 29'767 fr. 50 pour l'immeuble 2, 68'310 fr. pour l'immeuble 3, 21'476 fr. 70 pour l'immeuble 4, 16'085 fr. 70 pour l'immeuble 5 et 38'895 fr. pour l'immeuble 6 (soit les chiffres de la colonne IV moins les chiffres de la colonne VI du tableau reproduit au consid. 3.2.2 in fine).
Il s'ensuit qu'une application littérale de l'art. 129 al. 1 LI/VD vide d'une grande partie de son sens et de son efficacité le système de sanctions/reprises fiscales prévu à l'art. 269 al. 5 LI/VD. En particulier, comme l'ont souligné les premiers juges, le repoussement du seuil à partir duquel, après compensation avec le remboursement de l'impôt complémentaire annuel, des droits de mutation sont effectivement repris et mis à la charge de l'actionnaire, compromet l'objectif tendant à assurer une reprise progressive des avantages fiscaux accordés à mesure que l'immeuble imposé est aliéné tôt dans le délai de blocage de cinq ans de l'art. 269 al. 5 LI/VD: dans le cas d'espèce, cette conséquence se vérifie de manière singulière pour les immeubles 1 et 3 pour lesquels, indépendamment de leur durée de possession par l'actionnaire, aucun montant ne serait finalement repris en cas de remboursement intégral de l'impôt complémentaire.
4.6 En soutenant que l'application littérale de l'art. 129 al. 1 LI/VD aboutit à un résultat acceptable qui interdirait toute autre interprétation de la part du juge, la recourante conteste l'existence d'une lacune proprement dite. Comme on l'a vu (supra consid. 4.2), une telle lacune n'est pas toujours apparente, mais peut également être occulte.
Savoir si l'on est en présence d'une lacune proprement dite occulte, que le juge peut et doit combler en raison de l'économie de la loi, ou d'une lacune improprement dite relevant de considérations de politique législative qui sortent du champ de compétence du pouvoir judiciaire, est une question d'interprétation parfois délicate, car la frontière entre ces deux notions peut s'avérer relativement ténue. Lorsqu'il est saisi d'une telle question d'interprétation dans une affaire où, comme en l'espèce, son pouvoir d'examen est limité à l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance, selon la formule consacrée par la jurisprudence, que si la décision attaquée apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain (ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
En l'espèce, l'arrêt attaqué repose sur une interprétation systématique et téléologique de la loi cantonale qui échappe au grief d'arbitraire: au vu du but poursuivi par l'art. 269 al. 5 LI/VD, les premiers juges pouvaient en effet considérer de manière objective et soutenable qu'il existe une interdépendance entre cette disposition et l'art. 129 al. 1 LI/VD imposant de rembourser l'impôt complémentaire dans la même proportion que la reprise pratiquée sur les droits de mutation (soit moyennant une réduction de 20 % par année de possession des immeubles). La recourante ne démontre du reste nullement en quoi une telle interprétation serait arbitraire, se contentant d'alléguer que l'application littérale de la loi conduit, elle aussi, à une solution acceptable. Ce faisant, elle méconnaît toutefois qu'il ne suffit pas qu'une solution différente de celle admise par l'autorité cantonale puisse être tenue pour pareillement concevable ou apparaisse même préférable pour établir l'arbitraire (cf. ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148 et les références citées). Elle perd également de vue qu'une disposition légale peut, même si elle offre une solution, nécessiter d'être restreinte ou précisée si l'économie de la loi, déterminée comme en l'espèce selon les méthodes d'interprétation reconnues, l'exige (problème de la lacune occulte; cf. supra consid. 4.2).
4.7 Par conséquent, en jugeant que le remboursement de l'impôt complémentaire prévu à l'art. 129 al. 1 LI/VD devait être assorti d'une restriction non prévue par son texte, le Tribunal cantonal a procédé à une interprétation soutenable de la loi cantonale, car justifiée par son économie.
5. Il suit de ce qui précède que le recours, mal fondé, doit être rejeté.
Succombant, la recourante est condamnée aux frais de justice (art. 65 al. 1 et 5 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 9 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
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