Faits:
A. La parcelle de base n° 1620 de la commune de A._ est constituée en propriété par étages. La communauté se compose de propriétaires de logements et garages.
Z._ est propriétaire de l'unité n° 4, immeuble no 2256, portant sur un appartement au premier étage et combles avec loggia. Ce lot est partagé en trois logements distincts que le propriétaire a remis à bail. Z._ est administrateur unique de la propriété par étages depuis le mois de novembre 2001.
X._ est propriétaire depuis 1993 des unités d'étages nos 2254 et 2260 correspondant respectivement à un appartement avec jardin et à un garage. Elle occupe personnellement le logement avec son époux Y._.
B. Depuis l'arrivée du couple X._ et Y._, Y._ a été impliqué dans des différends avec les habitants de l'immeuble et les administrateurs successifs, ce qui a provoqué des tensions ponctuelles. Depuis 2003, les incidents se sont multipliés. Y._ s'en est pris verbalement et physiquement aux membres de la communauté.
Une assemblée générale extraordinaire a eu lieu le 10 mai 2005; elle comportait à son ordre du jour l'exclusion du couple X._ et Y._. Tous les copropriétaires, à l'exception de dame X._, ont autorisé l'ouverture de l'action en exclusion.
C. Par demande du 14 octobre 2005, Z._ a ouvert action contre Y._ et X._. Par jugement du 24 septembre 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a admis la demande, prononcé l'exclusion de X._ et l'a condamnée à aliéner ses parts de propriété par étages dans un délai de quatre mois à partir du moment où le jugement deviendrait définitif. A défaut, les parts seraient vendues aux enchères publiques. La cour cantonale a également dit que Y._ était tenu de tolérer l'aliénation de la part de propriété n° 2254.
D. Le 16 février 2009, les époux X._ et Y._ ont formé un recours en matière civile contre le jugement du 24 septembre 2008. Ils concluent à la constatation de l'absence de légitimation passive de Y._ et au rejet de l'action en exclusion dirigée contre X._.
Parallèlement, ils ont sollicité le bénéfice de l'assistance judiciaire.
L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
Considérant en droit:
1. Le jugement attaqué se prononce sur une action en exclusion d'un propriétaire d'étages, soit une contestation civile (art. 72 al. 1 LTF) de nature pécuniaire, dont la valeur est en l'espèce supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF).
2. Dans son mémoire de réponse, l'intimé fait valoir que les recourants ont vendu les parts de propriété d'étages litigieuses à un tiers en date du 5 décembre 2008. Il produit en annexe une liste des publications du registre foncier attestant de cette vente. Interpellés à ce sujet, les recourants ont confirmé ce fait nouveau, dont il y a lieu de tenir compte dès lors qu'il détermine la recevabilité du recours (Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, 2009, n. 20 ad art. 99 LTF et les réf. citées).
2.1 En effet, la recevabilité d'un recours est notamment subordonnée à l'existence d'un intérêt actuel et pratique à l'admission du recours. Un tel intérêt est en principe exigé pour recourir au Tribunal fédéral car celui-ci doit se prononcer sur des questions concrètes et non pas théoriques (ATF 131 I 153 consid. 1.2; 127 III 429 consid. 1b). L'intérêt actuel fait défaut en particulier lorsque la décision attaquée a été exécutée ou est devenue sans objet (ATF 125 II 86 consid. 5b; 120 Ia 165 consid. 1a et les arrêts cités).
2.2 En l'espèce, l'objet du litige devant les autorités cantonales était l'exclusion de la recourante de la copropriété d'étages, la condamnation à vendre les parts d'étages litigieuses et l'injonction faite à son époux de tolérer cette vente. L'arrêt attaqué a donc été exécuté par la vente des parts d'étages à un tiers en décembre 2008. Dans ces conditions, les recourants ne pouvaient plus se prévaloir d'un intérêt à recourir au sens de l'art. 76 al. 1 let. b LTF, ce qui conduit à l'irrecevabilité de leur recours.
3. Leurs conclusions étant d'emblée vouées à l'échec, il se justifie de rejeter leur requête d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 LTF). Les frais judiciaires doivent être fixés en tenant compte de l'activité déployée par la Cour de céans qui n'a été informée de la vente des parts d'étages que dans la réponse du 22 juin 2009 (art. 65 LTF). Ils devront être mis à la charge des recourants (art. 66 al. 1 LTF), qui verseront en outre une indemnité de dépens à l'intimé (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La requête d'assistance judiciaire des recourants est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge des recourants, solidairement entre eux.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 24 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet