Fatti:
A.
Il Comune di X._ ha indetto un concorso pubblico a procedura libera per le prestazioni di ingegnere specialista nella tecnica degli edifici (RVCS) per la costruzione di un centro multifunzionale. Gli sono pervenute otto offerte per prezzi compresi tra fr. 323'187.90 e fr. 449'795.60. L'8 maggio 2014 il Municipio di X._ ha deliberato la commessa alla C._ SA, prima in graduatoria.
La decisione è stata impugnata davanti al Tribunale cantonale amministrativo dalla A._ SA, classificatasi seconda, che ne ha chiesto l'annullamento e preteso l'aggiudicazione diretta della commessa, e dalla B._ SA, giunta terza, la quale ha domandato l'annullamento della delibera e il rinvio degli atti al committente per nuova valutazione delle offerte.
Il Tribunale cantonale amministrativo ha statuito il 1° ottobre 2014. Ha annullato la delibera della commessa a favore della C._ SA e ha ritornato gli atti al Municipio di X._ per nuova decisione nel senso dei considerandi.
B.
La A._ SA insorge davanti al Tribunale federale con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 5 novembre 2014. Chiede, oltre alla concessione dell'effetto sospensivo, l'annullamento della sentenza e il rinvio degli atti all'autorità cantonale affinché aggiudichi a lei la commessa.
La C._ SA ha comunicato di disinteressarsi di questa procedura di ricorso mentre la B._ SA, l'autorità cantonale e il Comune di X._ hanno dichiarato di rimettersi al giudizio del Tribunale federale, le prime due aggiungendo nondimeno delle brevi precisazioni di merito.
Con decreto presidenziale del 3 dicembre 2014 è stato accordato l'effetto sospensivo.
Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e liberamente la propria competenza e l'ammissibilità del rimedio proposto (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43).
La ricorrente, che non si prevale delle condizioni straordinarie di ammissibilità del rimedio ordinario secondo l'art. 83 lett. f n. 2 LTF, propone giustamente il ricorso sussidiario in materia costituzionale degli art. 113 segg. LTF. L'atto è presentato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte che ha perso davanti all'ultima istanza cantonale (art. 86 cpv. 1 lett. d, art. 115 lett. a LTF). La decisione impugnata non è invero finale, poiché annulla la delibera e rinvia gli atti al Municipio di X._ per nuova decisione nel senso dei considerandi. Il committente non avrà però nessun margine di giudizio autonomo. Il Tribunale cantonale amministrativo ha infatti stabilito che le concorrenti C._ SA e A._ SA vanno escluse dalla gara e che la B._ SA rimane l'unica "concorrente suscettibile di conseguire la commessa"; non ha pronunciato l'aggiudicazione soltanto perché l'interessata non l'ha chiesto (consid. 3 in fine e 4). In simili circostanze la sentenza di rinvio è assimilabile a una decisione finale nel senso dell'art. 90 LTF (DTF 141 II 14 consid. 1.1 pag. 20). Il ricorso è perciò ammissibile.
Con questo rimedio può essere censurata la violazione dei diritti costituzionali (art. 116 LTF). La parte ricorrente deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, confrontandosi con i considerandi della sentenza cantonale, quali essi siano e come siano stati violati (art. 42 cpv. 2, 106 cpv. 2 e 117 LTF; DTF 135 III 232 consid. 1.2 pag. 234).
2.
Il Tribunale cantonale amministrativo ha stabilito che il concorso pubblico è retto dal concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 7.1.4.1.3) e dal relativo regolamento di applicazione del 12 settembre 2006 (RLCPubb/CIAP; 7.1.4.1.6). La controversia - per quanto interessa questa procedura di ricorso davanti al Tribunale federale - riguarda la verifica del criterio d'idoneità previsto dall'art. 13 lett. d CIAP e ripreso dall'art. 10 cpv. 2 lett. j RLCPubb/CIAP.
Nell'approfondita parte introduttiva della sentenza l'autorità cantonale ha ricordato che i criteri d'idoneità, che vanno distinti dai criteri di aggiudicazione, permettono al committente di valutare sulla base di parametri oggettivi "la bontà" dei concorrenti per rapporto all'oggetto del concorso, con la conseguenza che il concorrente che non li adempie va escluso in forza dell'art. 38 cpv. 1 lett. e RLCPubb/CIAP. Ha precisato che vi sono i criteri di idoneità di carattere generale, indipendenti dalla natura della commessa, e quelli di carattere particolare, ovvero le condizioni di partecipazione che sono fissate dalla legge o nel capitolato a dipendenza del tipo di commessa.
Passando all'esame del caso specifico il Tribunale cantonale amministrativo ha osservato che le prescrizioni di gara prevedevano, tra l'altro, il criterio di idoneità di natura particolare secondo cui il concorrente "deve avere progettato almeno 1 edificio di simile entità di carattere pubblico per un importo di investimento (escluso valore acquisto terreno) superiore a fr. 10 mio e un importo determinante d'opera B di sua pertinenza superiore a fr. 2 mio. Questo lavoro deve essere stato realizzato negli ultimi 10 anni o almeno in corso di realizzazione". A tale riguardo la ricorrente ha dichiarato di avere progettato e diretto i lavori per gli impianti RVCS dello stabile commerciale-abitativo del Patriziato di Y._, indicando 2.1 milioni di franchi come "importo determinante d'opera B" per il calcolo dell'onorario. I giudici cantonali hanno spiegato che, di fronte alle contestazioni dell'aggiudicataria e dell'altra ricorrente, hanno interpellato il Patriziato di Y._, il quale "ha fatto sapere che secondo il concorso di progettazione l'importo sollecitato ammontava a fr. 1'278'000.--, mentre secondo il preventivo consolidato (+/- 10 %) esso è quantificato in fr. 1'913'739.--", con la precisazione che "la somma effettiva non è accertabile in quanto i lavori sono ancora in corso". Basandosi su queste cifre, che non raggiungono la soglia di 2 milioni, il Tribunale cantonale ha escluso dalla gara l'offerta della ricorrente.
3.
La ricorrente si prevale principalmente della violazione del suo diritto di essere sentita.
Premette, riferendosi alle DTF 139 I 189 consid. 3.2 e 135 II 286 consid. 5.1, che le parti hanno il diritto di partecipare al procedimento, in particolare di determinarsi su ogni presa di posizione o documento presentato al tribunale. Asserisce di avere preso posizione il 1° ottobre 2014 sulla predetta comunicazione del Patriziato di Y._, entro il termine di dieci giorni da quando le fu notificata, e di avere addotto che al preventivo andavano aggiunti altri costi; in particolare fr. 53'900.-- per le "impiantistiche" dell'amministrazione cantonale già in fase di esecuzione e fr. 98'525.-- per sistemare gli spazi commerciali. Con queste aggiunte l'importo determinante supererebbe il limite di 2 milioni; ammonterebbe a fr. 2'066'164.--, senza considerare una maggiorazione del 5 % per eventuali cambiamenti, e si avvicinerebbe quindi ai 2.1 milioni indicati nell'offerta. La ricorrente afferma che la sentenza cantonale ignora questa sua presa di posizione, non la menziona neppure. Dalla correzione a mano della data del timbro di notificazione deduce che il Tribunale cantonale amministrativo non si è "dato la pena di leggere e integrare quello scritto" nella motivazione, ma lo avrebbe semplicemente allegato alla sentenza già pronta per la spedizione.
4.
Le allegazioni contenute nelle osservazioni del 1° ottobre 2014, con le relative prove, riguardavano le cifre che a mente della ricorrente andavano considerate nel calcolo dell'importo d'opera determinante per valutare l'adempimento del criterio di idoneità particolare posto come condizione di partecipazione alla gara. Esse erano indubbiamente rilevanti, ovvero suscettibili di influire sulla decisione. Se pertanto, come sostiene la ricorrente, il Tribunale cantonale amministrativo le avesse ignorate, potrebbe effettivamente avere violato la garanzia minima del diritto di essere sentiti offerta dall'art. 29 cpv. 2 Cost. (la ricorrente non si prevale di disposizioni specifiche del diritto cantonale o intercantonale). La norma costituzionale esige infatti, tra l'altro, che il giudice apprezzi le prove rilevanti e ne dia atto nella motivazione (DTF 139 IV 179 consid. 2.2 pag. 183; 133 III 439 consid. 3.3 pag. 445).
In realtà, tuttavia, il Tribunale cantonale amministrativo non ha potuto prendere in considerazione lo scritto inviatogli il 1° ottobre 2014 dalla ricorrente poiché esso è giunto a destinazione troppo tardi; il 2 ottobre 2014 attesta il timbro "esibito" apposto sul documento, mentre la sentenza porta la data del 1° ottobre 2014 ed è quindi stata presa già quel giorno. Poco importa ch'essa sia stata notificata alle parti soltanto il 2 ottobre 2014 e che tale data sia stata corretta a mano.
Sotto questo profilo la censura di violazione del diritto di essere sentiti è pertanto infondata. Il vizio sta altrove.
5.
La ricorrente ricorda con ragione che in forza dell'art. 29 cpv. 2 Cost. le parti hanno il diritto di prendere conoscenza di tutte le argomentazioni sottoposte al tribunale e di determinarsi su di esse, a prescindere dal fatto che contengano o no elementi di fatto o diritto nuovi e siano atte a influenzare il giudizio. Ogni allegazione o prova prodotta va portata a conoscenza delle parti, affinché esse possano decidere se usufruire o no della possibilità di prendere posizione; questa decisione non spetta al giudice (139 I 189 consid. 3.2 pag. 191; 135 V 465 consid. 4.3.2 pag. 469). Secondo la giurisprudenza recente questo diritto è dato anche quando un atto è notificato solo per conoscenza, senza che sia nel contempo assegnato un termine per replicare o prendere posizione. Ci si deve tuttavia aspettare che la parte che intende esprimersi lo faccia, o chieda perlomeno che le sia assegnato un termine per farlo, senza indugi, sennò si ritiene che vi abbia rinunciato. La prassi del Tribunale federale considera che la rinuncia non possa essere presunta prima che siano trascorsi almeno dieci giorni dalla notificazione (sentenza 6B_1181-1186/2013 del 13 giugno 2014 con i numerosi rinvii).
La decisione impugnata menziona il complemento d'istruzione trasmesso dal Patriziato di Y._ e ne riassume il contenuto. La ricorrente afferma che l'informazione le è stata "semplicemente notificata" il 22 settembre 2014. In effetti sul retro del documento è stampata la data del 22 settembre 2014 con la scritta a mano "intimato posta A". L'invio è perciò giunto a destinazione al più presto il 23 settembre 2014 e il termine a disposizione della ricorrente per un'eventuale presa di posizione ha iniziato a correre il giorno successivo. La sentenza cantonale, come detto, è stata emessa il 1° ottobre 2014, quando erano trascorsi solo otto giorni. I giudici cantonali si sono pertanto pronunciati in un momento in cui, secondo la giurisprudenza citata, dovevano ancora aspettarsi che la ricorrente prendesse posizione sulle informazioni date dal Patriziato di Y._, come avvenne effettivamente il medesimo giorno.
6.
Ne viene che la decisione impugnata lede il diritto di essere sentiti (art. 29 cpv. 2 Cost.). Vista la natura formale del diritto, il ricorso va accolto indipendentemente dalla fondatezza delle critiche di merito (DTF 137 I 195 consid. 2.2 pag. 197). La sentenza impugnata è annullata e la causa rinviata al Tribunale cantonale amministrativo per nuovo giudizio.
Dal momento che il Comune di X._ e la B._ SA non hanno presentato domande di giudizio e che l'accoglimento del ricorso è da ricondurre a un vizio procedurale della sentenza cantonale, non si prelevano spese (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF) e l'indennità per ripetibili a favore della ricorrente è posta a carico dello Stato (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e la sentenza impugnata è annullata. La causa è rinviata al Tribunale cantonale amministrativo per nuovo giudizio.
2.
Non si percepiscono spese giudiziarie. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà alla ricorrente fr. 2'500.-- di ripetibili per la sede federale.
3.
Comunicazione alle parti, al Dipartimento del territorio, Ufficio lavori sussidiati e appalti e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.