Fatti:
A. A._ ha acquistato nel 1991 i fondi part. n. 216 e 220, nonché 1/3 della comproprietà coattiva sul fondo part. n. 218 RFD di Paradiso annessa alla particella n. 220. Il fondo part. n. 216, di 1'355 m2, è inedificato, mentre gli altri due, rispettivamente di 853 m2 e di 122 m2, sono edificati. Le proprietà fanno parte del complesso colonico di Morchino, caratterizzato da un nucleo di costruzioni rustiche, situato su un terrazzamento sulle pendici del Monte San Salvatore. Il piano regolatore approvato dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 21 febbraio 1979 inseriva questi fondi nella zona edificabile R2.
Il 25 marzo 1996 il Consiglio comunale di Paradiso ha adottato una revisione del piano regolatore, che prevedeva l'assegnazione dei fondi in questione alla zona agricola con un vincolo di protezione paesaggistica. Contro tale decisione A._ è insorto al Consiglio di Stato, che con risoluzione del 27 agosto 1997 ha respinto il gravame e approvato la revisione del piano regolatore. Il proprietario ha quindi adito dapprima il Tribunale della pianificazione del territorio (TPT) e in seguito il Tribunale federale, che hanno confermato la risoluzione governativa con rispettive sentenze del 3 maggio 1999 e dell'8 novembre 2000 (causa 1P.346/1999).
B. A seguito del provvedimento pianificatorio, il 3 agosto 2000 A._ ha inoltrato al Tribunale di espropriazione una richiesta d'indennità per espropriazione materiale nei confronti del Comune di Paradiso di complessivi fr. 1'055'150.--, oltre interessi. Nelle conclusioni, la pretesa è stata ridotta a fr. 907'805.--, siccome l'interessato aveva nel frattempo venduto il fondo part. n. 220 e la relativa quota di comproprietà coattiva: la procedura è quindi rimasta limitata al fondo part. n. 216. Con sentenza del 12 ottobre 2007 il Tribunale di espropriazione ha respinto la pretesa d'indennità.
C. A._ ha allora adito il Tribunale cantonale amministrativo che, con giudizio del 25 agosto 2008, ha confermato la decisione di primo grado. La Corte cantonale ha ribadito che l'inclusione del fondo part. n. 216 nella zona agricola, nell'agosto del 1997, costituiva un rifiuto di attribuirlo alla zona edificabile e non, come sostenuto dall'interessato, un dezonamento. Ha poi negato che il provvedimento adempisse gli estremi di un'espropriazione materiale.
D. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre il contestuale annullamento della decisione di primo grado e l'accoglimento delle pretese d'indennità notificate. In via subordinata, chiede il rinvio degli atti alla precedente istanza per un nuovo giudizio. Il ricorrente fa valere la violazione degli art. 9, 26 cpv. 2 e 29 Cost. e dell'art. 5 cpv. 2 LPT.
E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Comune di Paradiso postula la reiezione del ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Con la sentenza impugnata, il Tribunale cantonale amministrativo ha negato alla ricorrente un'indennità per espropriazione materiale derivante da una restrizione della proprietà fondata su una misura di natura pianificatoria secondo l'art. 5 cpv. 2 LPT. Giusta l'art. 82 lett. a LTF il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico. Questo rimedio è dato anche in concreto, ritenuto che la LTF non prevede un'eccezione al riguardo e che l'art. 34 cpv. 1 LPT, nella versione in vigore dal 1° gennaio 2007, prevede che i rimedi giuridici proponibili dinanzi alle autorità federali sono retti dalle disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.
1.2 Presentato dalla parte che ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, direttamente toccata dalla decisione e avente un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (art. 89 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 45 cpv. 1 LTF) e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF) resa da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), è di massima ammissibile.
1.3 Quando, come in concreto, è invocata la violazione di diritti costituzionali del cittadino, a norma dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina le censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.4.2, 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2). Laddove il ricorrente accenna in particolare al divieto dell'arbitrio (art. 9 Cost.), adducendo argomentazioni essenzialmente appellatorie, senza spiegare per quali ragioni la decisione impugnata sarebbe manifestamente insostenibile, in contraddizione manifesta con una norma o chiaramente lesiva del sentimento di giustizia e di equità, il ricorso non è sufficientemente motivato ed è quindi inammissibile (cfr., sulla nozione di arbitrio, DTF 134 I 140 consid. 5.4, 132 III 209 consid. 2.1 e rispettivi rinvii).
2. 2.1 Nella maggior parte del gravame il ricorrente ribadisce la tesi secondo cui il piano regolatore approvato il 27 agosto 1997, che ha attribuito la particella n. 216 alla zona agricola con un vincolo di protezione paesaggistica, avrebbe comportato un dezonamento del fondo e non un rifiuto di attribuirlo alla zona edificabile. Sostiene che la questione, già risolta nell'ambito della precedente controversia pianificatoria, avrebbe dovuto essere riesaminata nel contesto espropriativo, tenendo appunto conto del fatto che il piano regolatore previgente sarebbe già stato conforme alla LPT.
2.2 Nel contesto della procedura pianificatoria, pronunciandosi sul ricorso di diritto pubblico presentato dal ricorrente contro la decisione del TPT, con sentenza dell'8 novembre 2000 questa Corte ha rilevato che il piano regolatore approvato il 27 agosto 1997 era il primo ad essere conforme alla LPT, per cui il provvedimento pianificatorio litigioso doveva essere considerato quale mancata attribuzione del fondo alla zona edificabile e non quale dezonamento (cfr. sentenza 1P.346/1999, citata, consid. 2a). Nel procedimento espropriativo, già per una questione di sicurezza del diritto, la questione non può più essere rimessa in discussione, per cui su questo aspetto non può che essere rinviato a tale giudizio. Né può quindi essere rimproverato alla Corte cantonale di essere incorsa nell'arbitrio o di avere violato il diritto di essere sentito del ricorrente per essersi fondata sulle conclusioni della procedura pianificatoria.
La precedente istanza ha invero nuovamente esaminato la questione, confermando al riguardo gli estremi di una mancata attribuzione alla zona edificabile. Addotte a titolo meramente abbondanziale, le considerazioni dei giudici cantonali non devono tuttavia essere vagliate nel merito in questa sede.
2.3 Nel richiamato giudizio dell'8 novembre 2000, il Tribunale federale aveva pure considerato che il comparto in cui è situato il fondo part. n. 216 non risultava edificato in larga misura ai sensi dell'art. 15 lett. a LPT né era prevedibilmente necessario all'edificazione giusta l'art. 15 lett. b LPT. Nemmeno su questo punto occorre rivenire. Non v'è infatti ragione per rimettere in discussione tali conclusioni e non si giustifica quindi di esaminare nuovamente in questa sede le generiche censure sollevate dal ricorrente riguardo alle caratteristiche del comparto e alla contenibilità del piano regolatore.
3. 3.1 Il ricorrente adduce di avere comperato il fondo part. n. 216 nel 1991 con l'intenzione di edificarlo, pagandolo come un terreno edificabile sulla base dei parametri edificatori allora vigenti. Sostiene che la probabilità di edificare la particella sarebbe dimostrata dalla sua urbanizzazione, dall'edificabilità delle zone circostanti e dall'intensità del loro sfruttamento, come pure dalle previsioni di sviluppo del Comune di Paradiso. A suo dire, pure i passi intrapresi a suo tempo dal precedente proprietario dei fondi vicini, situati nello stesso comprensorio di Morchino, al fine di venderli o di edificarli, avvalorerebbero la possibilità di un miglior uso della particella n. 216.
3.2 Secondo la giurisprudenza, rettamente richiamata dalla Corte cantonale, la mancata attribuzione di un fondo alla zona edificabile non attua di massima i presupposti di un'espropriazione materiale e non dà quindi luogo a indennità. Soltanto in casi eccezionali un simile provvedimento colpisce il proprietario in modo analogo a un'espropriazione e giustifica conseguentemente di scostarsi dal principio della non indennizzabilità. Un risarcimento spetta al proprietario qualora, di regola cumulativamente, il suo terreno sia edificabile o almeno dotato delle infrastrutture di urbanizzazione primaria, qualora esso sia compreso nel perimetro di un piano generale delle canalizzazioni conforme alla legge e qualora il proprietario abbia già sopportato rilevanti spese per l'urbanizzazione e l'edificazione del terreno stesso. Inoltre, anche considerazioni legate alla protezione della buona fede possono imporre l'inclusione di un fondo in una zona edificabile, esigenza, quest'ultima, che potrebbe pure essere riconosciuta quando il fondo sia situato nel comprensorio già largamente edificato secondo l'art. 15 lett. a LPT. Le esposte circostanze permettono in linea di massima di riconoscere che, al momento determinante, il proprietario potesse contare sul fatto che un'edificazione del suo fondo fosse realizzabile con grande probabilità in un futuro prossimo (cfr. DTF 132 II 218 consid. 2.2 e rinvii).
3.3 Le argomentazioni addotte dal ricorrente non sostanziano un caso eccezionale ai sensi della citata giurisprudenza, che imponga di scostarsi dal principio della non indennizzabilità. La circostanza che il fondo fosse urbanizzato e che sarebbe inserito nel perimetro di un piano generale delle canalizzazioni non basta infatti a far ritenere che al momento determinante, nell'agosto del 1997, una sua edificazione fosse fortemente probabile. Invero, la Corte cantonale ha pure rilevato che il piano generale delle canalizzazioni non era conforme alla legislazione sulla protezione delle acque. Questo aspetto non deve comunque essere qui ulteriormente approfondito, ritenuto che in ogni modo non risulta che il ricorrente abbia sostenuto spese per l'edificazione del fondo o abbia intrapreso atti concreti in tale prospettiva. Egli stesso riconosce che, al di là dell'acquisto del fondo, non ha effettuato investimenti nell'ottica di un suo sfruttamento edilizio. Neppure dalle iniziative avviate dal proprietario vicino per vendere le particelle situate nelle immediate vicinanze può essere dedotto qualcosa di rilevante riguardo alla situazione del ricorrente, né tantomeno un'eventuale assicurazione rilasciata dall'autorità comunale nei suoi confronti. Ribadendo la sua diversa opinione sulle caratteristiche del comprensorio di Morchino in relazione con i comparti nei dintorni, il ricorrente disattende che la sua proprietà non rientra nei terreni edificati in larga misura secondo l'art. 15 lett. a LPT. Il semplice fatto ch'egli ha acquistato nel 1991 un fondo allora edificabile, il cui sfruttamento a fini edilizi sarebbe anche stato teoricamente possibile sotto il profilo tecnico ed economico, non gli consentiva nell'agosto del 1997 di contare sul fatto ch'esso sarebbe sempre stato attribuito alla zona edificabile (DTF 132 II 218 consid. 2.2 e rinvii).
3.4 Laddove richiama la nozione di sacrificio particolare, il ricorrente disattende infine che, come hanno rettamente rilevato i giudici cantonali, essa non entra in considerazione nel caso di una mancata attribuzione alla zona edificabile di un fondo per il quale non sia dato un obbligo di inserirvelo (cfr. sentenza 1A.191/2001 del 22 maggio 2002 consid. 4.2, in: RDAT II-2002, n. 75, pag. 274 segg. e riferimento).
4. Ne segue che la Corte cantonale ha in concreto negato a ragione gli estremi di un'espropriazione materiale, sicché il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non possono essere attribuite ripetibili al Comune di Paradiso (art. 68 cpv. 3 LTF; DTF 134 II 117 consid. 7).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.