Faits:
A. L'Etat de Genève a mis au concours des travaux de construction (carrelages) liés aux travaux de rénovation, de transformations et d'agrandissement du site d'orientation A._ sis à B._ (GE). Les conditions d'adjudication précisaient notamment que la communauté de soumissionnaires n'était pas admise. Le dossier d'appel d'offres précisait, sous le titre "Associations de bureaux ou consortium d'entreprises" (chiffre 3.6), que "l'association d'entreprises n'est pas autorisée".
Le 26 mai 2009, une offre a été déposée conjointement par X._ SA et C._ SA. Le timbre humide de cette dernière figurait sur plusieurs pages de l'offre. Y figurait aussi la signature du responsable de celle-ci. L'annexe P4 indiquait que les deux entreprises étaient associées à raison de 50% chacune.
Les travaux ont été adjugés à la société Y._ SA; l'un des soumissionnaires a été d'emblée écarté alors que le consortium X._ SA et C._ SA a terminé en troisième position des quatre candidats ayant présenté une offre recevable.
Le 14 septembre 2009, X._ SA a recouru contre cette décision d'adjudication auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Le 16 octobre 2009, la Présidente du Tribunal administratif a rejeté la requête de restitution d'effet suspensif et, le 3 novembre 2009, le contrat a été conclu avec la société Y._ SA.
Le 2 mars 2010, le Tribunal administratif a jugé le recours irrecevable. En substance, il a considéré que, formant un consortium, les entreprises X._ SA et C._ SA devaient agir conjointement auprès du Tribunal administratif. L'existence d'un consortium n'était pas discutable au regard des documents contractuels remplis par ces deux sociétés et, notamment, de l'annexe P4 qui indiquait que les deux entreprises étaient associées à 50% chacune.
B. Par écriture du 22 avril 2010, X._ SA a déposé un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause au Tribunal administratif afin qu'il statue sur le fond du litige, sous suite de dépens. Elle fait valoir en substance que les faits ont été établis de manière arbitraire, que le Tribunal administratif a appliqué arbitrairement l'art. 60 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA/GE; RSGE E 5 10), qu'il a violé le principe de la bonne foi et son droit d'être entendue.
Appelé à se déterminer sur cette écriture, le Tribunal administratif a déclaré s'en remettre à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève, par son Conseiller d'Etat, a conclu à l'irrecevabilité du recours alors que la société Y._ SA a renoncé à déposer une réponse au recours et s'en est rapportée à justice.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF); il revoit donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 1 consid. 1.1 p. 3 et la jurisprudence citée).
1.2 La cause relève du droit des marchés publics (art. 82 let. a et 83 let. f LTF). L'arrêt attaqué émane d'un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale, sans qu'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral ne soit ouvert (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il peut donc en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, à condition qu'il ne tombe pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, en particulier à l'art. 83 let. f LTF. Selon cette disposition, le recours en matière de droit public n'est recevable contre les décisions en matière de marchés publics qu'à la double condition que la valeur estimée du mandat à attribuer soit égale ou supérieure aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (ATF 134 II 192 consid. 1.2 p. 194 s.; 133 II 396 consid. 2.1 p. 398). Il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de ces deux conditions (cf. ATF 133 II 396 consid. 2.2 p. 398 s.). Dès lors que la recourante ne soutient ni n'explique que l'arrêt attaqué soulèverait une question juridique de principe, son recours en matière de droit public se révèle irrecevable. Au demeurant, le Tribunal fédéral a tranché cette question dans un arrêt récent (ATF 131 I 153).
1.2 La cause relève du droit des marchés publics (art. 82 let. a et 83 let. f LTF). L'arrêt attaqué émane d'un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale, sans qu'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral ne soit ouvert (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il peut donc en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, à condition qu'il ne tombe pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, en particulier à l'art. 83 let. f LTF. Selon cette disposition, le recours en matière de droit public n'est recevable contre les décisions en matière de marchés publics qu'à la double condition que la valeur estimée du mandat à attribuer soit égale ou supérieure aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (ATF 134 II 192 consid. 1.2 p. 194 s.; 133 II 396 consid. 2.1 p. 398). Il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de ces deux conditions (cf. ATF 133 II 396 consid. 2.2 p. 398 s.). Dès lors que la recourante ne soutient ni n'explique que l'arrêt attaqué soulèverait une question juridique de principe, son recours en matière de droit public se révèle irrecevable. Au demeurant, le Tribunal fédéral a tranché cette question dans un arrêt récent (ATF 131 I 153).
1.3 1.3.1 Le Tribunal fédéral n'est pas lié par la dénomination d'un recours, dans la mesure où l'écriture déposée remplit les conditions de recevabilité d'un des recours prévus par la loi sur le Tribunal fédéral. Le recours ordinaire en matière de droit public étant irrecevable, il convient ainsi d'examiner si le recours peut être converti en recours constitutionnel subsidiaire (sur le mécanisme de conversion, cf. p. ex. arrêt 5D_25/2008 du 2 juillet 2008).
1.3.2 Formé contre un arrêt d'un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 114 ainsi que 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), le présent recours a été déposé en temps utile (art. 117, 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par une partie à la procédure cantonale disposant d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de cet acte (art. 115 LTF). Il est donc en principe recevable.
1.3.3 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par la recourante conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, applicable par renvoi de l'art. 117 LTF, c'est-à-dire selon le principe d'allégation (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). En application de ce principe, la partie recourante ne peut, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., se contenter de critiquer l'acte attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit au contraire préciser en quoi cet acte serait arbitraire (cf. ATF 134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.; 133 II 396 consid. 3.1 p. 399 s. et la jurisprudence citée). C'est à la lumière de ces exigences de motivation que seront examinés les griefs de la recourante.
1.4 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits on été établis en violation d'un droit constitutionnel (art. 118 al. 2 LTF en relation avec l'art. 116 LTF), ce que la recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée et précise, conformément aux exigences de motivation posées à l'art. 106 al. 2 LTF (applicable par renvoi de l'art. 117 LTF; cf. ATF 133 III 439 consid. 3.2. p. 444 s.).
1.5 En vertu de l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (cf. aussi ATF 133 IV 342 consid. 2.1 p. 343).
La recourante a déposé pour la première fois devant le Tribunal fédéral une attestation émanant de D._ affirmant en substance que l'offre n'a pas été déposée en consortium. Contrairement à ce que pense la recourante, se référant à tort à la doctrine qui n'étaye en aucune façon son point de vue, ce n'est pas la décision de l'autorité précédente qui justifie de faire valoir ce moyen de preuve pour la première fois devant le Tribunal fédéral. En effet, déjà en instance cantonale, le litige portait sur la problématique du consortium. Or, dans un tel cas, il appartient au destinataire d'une décision qui entend la contester devant l'instance cantonale de recours de déterminer, à la lumière de la loi et de la jurisprudence, si et dans quelle mesure il avait la qualité (la légitimation) à cet effet (cf. arrêt 2P.176/2003 du 6 février 2004, consid. 3.1) et, notamment, s'il pouvait recourir seul et en son propre nom ou s'il devait le faire conjointement avec les autres membres du consortium auquel il appartient ou, du moins, au nom de ceux-ci (ATF 131 I 153 consid. 4 p. 158). Dans de telles circonstances, il est acquis que les nova se rapportant à la problématique du consortium, que ce soit pour des questions de fond ou de procédure, se révèlent irrecevables devant le Tribunal fédéral.
2. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue. Selon elle, le Tribunal administratif n'a pas ordonné l'interrogatoire des parties ni l'audition du représentant de la société C._ SA.
2.1 Le contenu du droit d'être entendu est déterminé en premier lieu par les dispositions cantonales de procédure, dont le Tribunal fédéral ne contrôle l'application et l'interprétation que sous l'angle de l'arbitraire; dans tous les cas, l'autorité cantonale doit cependant respecter les garanties minimales déduites directement de l'art. 29 al. 2 Cst., dont le Tribunal fédéral examine librement le respect (ATF 135 I 279 consid. 2.2 p. 281; 127 III 193 consid. 3 p. 194). En l'espèce, la recourante n'invoquant pas la violation d'une disposition cantonale relative au droit d'être entendu, ses griefs doivent être examinés exclusivement à la lumière des principes déduits directement de l'art. 29 al. 2 Cst. (ATF 125 I 257 consid. 3a p. 259 pour l'art. 4 aCst.).
2.2 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 I 279 consid. 2.3 p. 282; 133 I 270 consid. 3.1 p. 277). Le juge peut cependant refuser une mesure probatoire parce qu'il considère qu'elle est inapte à apporter la preuve ou lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 428; 125 I 127 consid. 6c/cc in fine p. 135).
2.3 En l'espèce, on ne voit pas en quoi l'interrogatoire de l'autorité d'adjudication aurait pu influer sur le sort de la cause, dans la mesure où celle-ci s'était déjà déterminée par écrit. De même, en tant qu'elle l'estimait nécessaire, la recourante pouvait faire verser en cause une déclaration écrite du représentant de l'entreprise C._ SA, ainsi qu'elle l'a tardivement fait devant le Tribunal fédéral. A cela s'ajoute que le caractère dénué d'ambiguïté - comme on le verra ci-après - des documents d'adjudication dispensait le Tribunal administratif de toute mesure probatoire supplémentaire. Le grief de violation du droit d'être entendu doit donc être rejeté.
3. La recourante estime que c'est à tort que le Tribunal administratif a retenu l'existence d'un consortium entre lui et C._ SA. Pour aboutir à cette conclusion, elle se prévaut pour l'essentiel de l'attestation de D._, représentant la société du même nom. Etant irrecevable, cette pièce ne peut être invoquée par la recourante à l'appui de son grief. A cela s'ajoute qu'elle fait valoir, sur un mode appellatoire, bon nombre de faits qui auraient dû conduire le Tribunal cantonal à nier l'existence d'une offre en consortium. Tel qu'il est formulé, le grief est irrecevable, car il ne remplit pas les conditions de recevabilité de l'art. 106 al. 2 LTF. Il confine pour le reste à la témérité. Sous la rubrique Nom du bureau ou de l'entreprise responsable de l'offre, il est en effet mentionné: X._ SA et C._ SA. Sous la rubrique Adresse complète figurent tant celle de X._ SA que celle de C._ SA. Enfin, à la dernière page de l'offre, sous le titre L'entreprise candidate, figurent les timbres humides des deux sociétés avec la signature de leur représentant. En tant que recevable, le grief doit ainsi être rejeté.
4. La recourante se plaint encore de ce que la décision n'aurait pas été notifiée à C._ SA. Elle omet pourtant de relever qu'en deuxième page de l'offre, elle a clairement mentionné s'agissant de l'adresse pour les travaux de carrelage - faisant l'objet de l'adjudication litigieuse - : X._ SA et C._ SA, à la seule adresse de la première entreprise mentionnée et la désignation de la personne responsable sous l'identité de X._ SA. Dans ces conditions, elle ne saurait se plaindre de ce que la décision concernant les deux entreprises n'a fait l'objet que d'une notification à l'adresse communiquée.
5. La recourante fait valoir que l'existence d'un consortium - dont elle nie l'existence au demeurant - n'imposait nullement d'obliger ses membres à agir de consort pour obtenir le constat de l'illicéité de la décision d'adjudication à un tiers.
5.1 Notion fondamentale de la procédure contentieuse, la qualité pour recourir ne fait pas l'objet d'une réglementation particulière dans l'Accord intercantonal sur les marchés publics, mais relève du droit cantonal de procédure. Aussi bien le Tribunal fédéral ne peut revoir l'interprétation de cette notion que sous l'angle restreint de l'arbitraire, à moins que ne soit en jeu sa conformité avec les principes et les règles applicables en matière de marchés publics (cf. ATF 131 I 153, consid. 5.1 p. 159 et les références citées); en cette dernière éventualité, le Tribunal fédéral peut, en principe, examiner librement l'interprétation et l'application des dispositions concordataires faites par les autorités cantonales (cf. ATF 125 II 86 consid. 6 p. 98 in initio et les références).
5.2 Dans le canton de Genève, l'art. 3 al. 4 de la loi cantonale du 12 juin 1997 autorisant le Conseil d'Etat à adhérer à l'accord intercantonal sur les marchés publics (L-AIMP; RSGE L 6 05.0) prévoit par renvoi que la procédure de recours en matière de marchés publics est réglée par la loi du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA/GE; RSGE E 5 10), dont l'art. 60 a la teneur suivante:
"Ont qualité pour recourir:
a) les parties à la procédure qui a abouti à la décision attaquée;
b) toute personne qui est touchée directement par une décision et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée;
(...)."
Selon le Tribunal administratif, les lettres a et b de l'art. 60 al. 1 LPA/GE doivent se lire en parallèle, en ce sens que la seule qualité de partie à la procédure ayant abouti à la décision attaquée n'est pas suffisante pour conférer la qualité pour recourir; il faut encore que la partie concernée soit touchée directement par la décision attaquée et qu'elle ait un intérêt personnel digne de protection à ce que cette décision soit annulée ou modifiée. Le Tribunal fédéral a déjà jugé que l'interprétation de cette norme donnée par le Tribunal administratif est soutenable (ATF 131 I 153 consid. 6.4 p. 164). Dès lors qu'elle impose aux membres d'un consortium d'agir ensemble en justice, sous réserve de pouvoirs de représentation (art. 543 al. 2 CO), elle n'a rien d'arbitraire.
5.3 La présente cause fait application de cette règle et, en l'absence de pouvoirs de représentation allégués, il n'y a pas à s'écarter de la jurisprudence récente à laquelle il peut être renvoyé. Le fait que l'art. 103 let. a aOJ se satisfait d'un simple intérêt de fait, y compris lorsque celui-ci est, comme en l'espèce, d'ordre purement économique ou financier (cf. ATF 121 II 39 consid. 2c/aa p. 43, 171 consid. 2b p. 174 et les arrêts cités), ne signifie pas encore que les cantons ne puissent adopter des solutions interdisant qu'un associé soit habilité à agir seul pour obtenir la constatation de l'illicéité de la décision d'adjudication (cf. ATF 131 I 153 consid. 6 p.163).
6. La recourante invoque l'art. 9 Cst. comme fondement du principe de la bonne foi, duquel elle déduit celui de protection de la confiance. L'art. 46 al. 1 LPA, qui fait obligation aux autorités de désigner les autorisations comme telles, de les motiver, de les signer et d'indiquer les délais et voies de recours, en serait l'expression. A son avis, en recevant de l'autorité de première instance une décision de non adjudication et non pas une décision d'irrecevabilité, elle était en droit de déposer en toute bonne foi un recours seule, sans avoir à s'adjoindre l'entreprise C._. Le grief doit être rejeté. En effet, du moment qu'il appartient au destinataire d'une telle décision de déterminer, à la lumière de la loi et de la jurisprudence, si et dans quelle mesure il a la qualité (la légitimation) pour la contester devant l'autorité de recours (ATF 131 I 153 consid. 4 p. 158), le principe de la bonne foi n'a pas été violé en l'espèce.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, envisagé comme recours constitutionnel subsidiaire, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1 LTF). En tant qu'autorité d'adjudication, le canton de Genève est chargé d'une tâche de droit public de sorte qu'il a pris part à la procédure de recours dans l'exercice de ses attributions officielles. Il n'a par conséquent pas droit à des dépens quand bien même il a obtenu gain de cause (art. 68 al. 3 LTF). Ayant renoncé à se déterminer sur le fond, Y._ SA, qui n'a pas pris de conclusions, n'a pas droit à des dépens (arrêt 2C_144/2009 du 12 juin 2009, consid. 7).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours, considéré comme recours constitutionnel subsidiaire, est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de Y._ SA, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 26 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey