Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit damaligem Sitz im Kanton Luzern ist in der Liegenschaftsverwaltung und im Liegenschaftshandel tätig. An ihr beteiligt sind der im Kanton Luzern ansässige Liegenschaftshändler Y._ (Mehrheitsaktionär) und der im Kanton Bern wohnhafte Z._ (Minderheitsaktionär) sowie je eine von Y._ und Z._ beherrschte Gesellschaft. Y._ ist Präsident, Z._ Mitglied des Verwaltungsrats; beide unterschreiben kollektiv zu zweien. Z._ betreibt an der _strasse in Bern zudem eine Immobilien-Treuhandgesellschaft und verfügt über mehrere Verwaltungsgesellschaften, wovon eine davon die Buchhaltung der Gesellschaft führt.
Die X._ AG übernahm durch Fusion rückwirkend per 1. Januar 2001 die im Kanton Bern domizilierte A._ AG mit Aktiven und Passiven. Die A._ AG hatte ihrerseits am 2. März 2000 die Liegenschaft "A._" mit einem noch nicht fertigerstellten Hotel- und Restaurationsbetrieb erworben. Diese Liegenschaft musste ab dem Zeitpunkt des Erwerbs einer umfangreichen Sanierung unterzogen werden.
Im Januar 2001 veräusserte die X._ AG zudem eine Liegenschaft in Luzern mit einem Rohgewinn von Fr._. Zudem erwarb die Gesellschaft bis Ende 2001 zwei ausschliesslich mit Fremdkapital finanzierte Liegenschaften im Kanton Bern. Der Sanierungsaufwand für die Liegenschaft "A._" belief sich auf rund Fr. 2,3 Mio. Auf diesem Betrag nahm die X._ AG ordentliche und ausserordentliche Abschreibungen vor und holte rund Fr. 300'000.-- an Abschreibungen nach, womit der Gewinn aus dem Verkauf der Liegenschaft im Kanton Luzern weitgehend absorbiert wurde.
B. Für die Steuerperiode 2001 behandelte die Veranlagungsbehörde des Kantons Luzern, Abteilung juristische Personen der Dienststelle Steuern, die X._ AG als interkantonale Liegenschaftshändlerin und verlegte die Erträge objektmässig und die Schuldzinsen proportional nach Lage der Aktiven. Eine Verrechnung des im Kanton Bern resultierenden Aufwandüberschusses mit dem Grundstückgewinn im Kanton Luzern lehnte sie ab.
Die steuerpflichtige Gesellschaft bestritt ihre Liegenschaftshändlereigenschaft. Sie betrachtete sich als ein interkantonales Unternehmen mit Betriebsstätte im Kanton Bern und verlangte eine quotenmässige Steuerausscheidung nach Massgabe der Brutto-Umsätze. Die Veranlagungsbehörde hielt an ihrer Beurteilung fest und veranlagte die Gesellschaft am 3. Mai 2006 für die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2001 wie folgt:
Total
Luzern
Bern
Betrag
Steuersatz
Betrag
Steuerbares Kapital
_.00
_.00
0,1 %
_.00
100%
13,11 %
86,89 %
Reingewinn
_.00
_.00
4%
0
Eine Einsprache wies die Steuerkommission juristische Personen am 4. September 2006 ab.
C. Am 17. Mai 2006 unterbreitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung für juristische Personen, einen Taxationsvorschlag mit dem Hinweis, die Taxation erfolge "unter Vorbehalt der definitiven Steuerteilung des Sitzkantons". Sie behandelte die X._ AG als interkantonales Unternehmen und schied den Reingewinn quotenmässig nach Umsatz aus. Die Kapitalausscheidung nahm sie gleich wie der Kanton Luzern vor, nur dass die Prozentzahlen verwechselt wurden (Bern 13,11 % statt 86,89%):
Total
Luzern
Bern
Steuerbares Kapital
_.00
_.00
_.00
100%
86,89%
13,11%
Reingewinn
_.00
_.00
_.00
100%
74,48%
25,52%
Am 10. August 2006 sodann wurde die Steuerpflichtige von der Steuerverwaltung des Kantons Bern für die Steuerperiode 2001 definitiv veranlagt "gemäss Teilungsplan" (Gesamttotal Staats- und Gemeindesteuern: Fr. 4'656.20) unter Beilage der Gemeindesteuerteilung.
D. Die X._ AG führte gegen den Einspracheentscheid der Steuerkommission juristische Personen der Dienststelle Steuern des Kantons Luzern vom 4. September 2006 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, mit der sie eine der bernischen Einschätzung entsprechende Veranlagung als interkantonale Unternehmung beantragte. Mit Entscheid vom 11. April 2007 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut, wies die Sache zum Neuentscheid zwecks Berücksichtigung des Ausscheidungsverlusts an die Vorinstanz zurück, auferlegte der Beschwerdeführerin eine Gerichtsgebühr von Fr. 1'740.-- und sprach ihr keine Parteientschädigung zu. Auf eine gegen diesen Rückweisungsentscheid erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten trat das Bundesgericht am 15. Oktober 2007 nicht ein (Urteil 2C_222/2007).
Nachdem die Luzerner Steuerbehörden am 20. November 2008 an der _strasse in Bern eine Buchprüfung vorgenommen hatten, erliess die Steuerkommission juristische Personen am 18. November 2009 einen neuen Einspracheentscheid für die Staats- und Gemeindesteuern 2001, indem sie die neuen Ausscheidungsgrundsätze für interkantonale Liegenschaftshändler berücksichtigte und die vorgenommenen Abschreibungen neu würdigte. Von den geltend gemachten Abschreibungen von Fr. 1'290'067.-- (inkl. pauschalierte Unterhaltsumbuchungen) auf der Hotelliegenschaft anerkannte sie nur solche von Fr. 345'505.-- als geschäftsmässig begründet und periodengerecht. Sie schied demgemäss wie folgt aus:
Total
Luzern
Bern
Betrag
Steuersatz
Betrag
Steuerbares Kapital
_.00
_.00
0,1%
_.00
100%
13,11%
86,89%
Reingewinn
_.00
_.00
4%
0
Eine hiergegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern am 28. Januar 2011 ab.
E. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 28. Januar 2011 führt die X._ AG mit Eingabe vom 2. März 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern sowie der Einspracheentscheid der Steuerkommission juristische Personen des Kantons Luzern vom 18. November 2009 seien aufzuheben und die Beschwerdeführerin sei gemäss Deklaration und der durch den Kanton Bern vorgenommenen Ausscheidung im Jahr 2001 zu veranlagen, eventuell sei die Sache zu neuer Veranlagung an die Vorinstanzen zurückzuweisen; die Beschwerdeführerin seien für sämtliche Verfahren angemessene Parteientschädigungen zuzusprechen, eventuell sie die Sache diesbezüglich an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zurückzuweisen.
Sie rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie die Verletzung von Art. 9 und 127 Abs. 3 BV sowie Art. 21 StHG.
F. Die Steuerverwaltung des Kanton Luzern beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann, und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichten darauf, einen konkreten Antrag zu stellen. Die ebenfalls zur Stellungnahme aufgeforderte Steuerverwaltung des Kantons Bern schliesst auf Gutheissung der sich gegen den Kanton Luzern richtenden Beschwerde.
Mit Eingabe vom 8. August 2011 nimmt die Beschwerdeführerin Stellung zu dem vom Verwaltungsgericht in seiner Vernehmlassung zitierten, nicht publizierten Entscheid 2P.465/1998 des Bundesgerichts, wonach es keinen bundesrechtlichen Anspruch auf Parteientschädigung gebe. Mit Eingaben vom 11. Juli und 26. Oktober 2011 äusserte sie sich zudem zu Fragen der Kostenverlegung.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG, Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]); die Beschwerdeführerin ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Die Begehren, die den Kanton Luzern betreffen, sind zulässig (Art. 107 Abs. 2 BGG). Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde jedoch insoweit, als die Beschwerdeführerin auch die Aufhebung des Einspracheentscheides der Steuerkommission juristische Personen des Kantons Luzern vom 18. November 2009 beantragt, da sich die Beschwerde nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen richten kann (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG).
1.2 Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte kann die bereits rechtskräftige Veranlagung eines andern Kantons ebenfalls mit angefochten werden (Art. 100 Abs. 5 BGG). Dabei muss im zweiten Kanton der Instanzenzug nicht erschöpft werden und spielt es keine Rolle, dass es sich dabei nicht um ein Urteil im Sinne von Art. 86 BGG handelt (BGE 133 I 300 E. 2.4 S. 307, 308 E. 2.4 S. 313). Die vorliegende Beschwerde richtet sich allerdings nur gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 28. Januar 2011. Die rechtskräftige Veranlagung der Beschwerdeführerin im Kanton Bern vom 10. August 2006 für die Steuerperiode 2001 wird nicht ausdrücklich angefochten. Das Bundesgericht prüft nicht von Amtes wegen, ob eine nicht angefochtene konkurrierende Veranlagung das Verbot der Doppelbesteuerung gemäss Art. 127 Abs. 3 BV verletzt (BGE 111 la 44 E. l b S. 46, mit Hinweisen). Im Urteil 2C_230/2008 vom 27. August 2008 E. 1.2 (StR 64/2009 S. 302) hat das Bundesgericht zwar erwogen, es sei davon auszugehen, dass derjenige, der eine Doppelbesteuerungsbeschwerde erhebt, nicht in zwei Kantonen Steuern bezahlen will. Wenn er mit seinem Hauptantrag, im einen Kanton nicht steuerpflichtig zu werden, nicht durchdringt, kann daher sinngemäss angenommen werden, dass er auch mit der bereits im anderen Kanton erfolgten Veranlagung nicht einverstanden sei. Die Beschwerdeführerin kritisiert hier allerdings nur das Vorgehen der Luzerner Steuerbehörden und pocht auf die - infolge des Versehens der Steuerbehörde allzu günstige - Veranlagung im Kanton Bern. In einem solchen Fall kann eine Mitanfechtung der Berner Veranlagung nicht (auch nicht sinngemäss) unterstellt werden.
1.3 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesrecht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Vorgaben des StHG sowie die sich im Zusammenhang mit einer Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots stellenden Rechtsfragen prüft das Bundesgericht mit voller Kognition (Urteil 2C_518/2010 vom 9. Februar 2011 E. 2.4 mit Hinweis auf BGE 131 II 710 E. 1.2 S. 713; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 ff.). Die Anwendung von nicht harmonisierungsbedürftigem kantonalem Recht wird nur auf Willkür hin überprüft (vgl. BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 133 III 463 E. 2.3 S. 466).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung, soweit rechtserheblich, kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Diese Bindung an das vorinstanzlich Festgestellte gilt grundsätzlich auch bei Beschwerden in Doppelbesteuerungssachen (Urteil 2C_514/2008 vom 8. September 2009 E. 3.1 mit Hinweisen, in: StR 65/2010 138 S. 140 f.).
2. Eine gegen Art. 127 Abs. 3 BV verstossende Doppelbesteuerung liegt vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht im vollem Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot, vgl. BGE 134 I 303 E. 2.1 S. 306; 132 I 29 E. 2.1 S. 31 f., je mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall ist das Hauptsteuerdomizil der Beschwerdeführerin in der Steuerperiode 2001 im Kanton Luzern unbestritten. Demgegenüber anerkennt dieser Kanton kein sekundäres Steuerdomizil der Beschwerdeführerin im Kanton Bern, während die Veranlagung des Kantons Bern für die Steuerperiode 2001 von einer Betriebsstätte im Kanton Bern und damit einem interkantonalen Unternehmen ausgeht. Aufgrund unterschiedlicher Ausscheidungsgrundsätze resultiert damit für diesen Zeitraum eine aktuelle Doppelbesteuerung.
3. 3.1 Nach der Rechtsprechung zu Art. 127 Abs. 3 BV sind der Gewinn und das Kapital einer Kapitalgesellschaft - unter Vorbehalt der Immobilien - am Ort zu versteuern, wo sich das Hauptsteuerdomizil befindet, soweit die Gesellschaft nicht Betriebsstätten in anderen Kantonen unterhält (BGE 134 I 303 E. 2.2 S. 307 mit Hinweis; vgl. auch HÖHN/MÄUSLI, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl. 2000, S. 392 ff.; PETER LOCHER, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl. Bern 2009, S. 70 ff.; DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2005, S. 115 ff.).
Als Betriebsstätte gilt gemäss Art. 77 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit Abs. 3 erster Satz des Steuergesetzes für den Kanton Bern vom 21. Mai 2000 (StG/BE) eine feste Geschäftseinrichtung, in der die Geschäftstätigkeit eines Unternehmens ganz oder teilweise ausgeübt wird. Diese Umschreibung entspricht im Ergebnis jener von Art. 21 Abs. 1 lit. b StHG, der sich an der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Doppelbesteuerungsverbot orientiert (BGE 134 I 303 E. 1.2 und 2.2). Danach setzt eine Betriebsstätte eine ständige körperliche Anlage (oder Einrichtung) voraus, die Teil des ausserkantonalen Unternehmens bildet und in der dieses eine qualitativ und quantitativ erhebliche Tätigkeit entfaltet (BGE 134 I 303 E. 2.2 in fine S. 307 mit Hinweis; s. auch Botschaft über die Steuerharmonisierung, BBI 1983 III 87 ad Art. 4 E-StHG bzw. 108 ad Art. 24 E-StHG; BAUER-BALMELLI/NYFFENEGGER, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl. 2002, N. 5 zu Art. 4 StHG; ATHANAS/WIDMER, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl. 2002, N. 35 zu Art. 21 StHG; ATHANAS/GIGLIO, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, N. 14 zu § 63 StG/AG; DANIEL DE VRIES REILINGH, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, S. 123 ff.; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 12 ff. zu § 4 StG/ZH; a.M. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, S. 177, wonach der Betriebsstättenbegriff gemäss Art. 4 Abs. 1 bzw. Art. 21 Abs. 1 lit. b StHG im internationalen und interkantonalen Verhältnis gleich zu deuten sei und insbesondere die Merkmale der qualitativen und quantitativen Erheblichkeit aufzugeben seien).
3.2 Vorliegend ist umstritten, ob die Beschwerdeführerin an der _strasse in Bern am Geschäftsdomizil ihres Verwaltungsratsmitglieds Z._ über eine Betriebsstätte verfügt. Die Vorinstanz (Urteil E. 1) verneint dies unter Hinweis auf die Ergebnisse einer Buchprüfung durch die luzernische Steuerverwaltung vor Ort. Wohl ist die Begründung der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid, vorliegend sei unter Hinweis auf das Ergebnis der Buchprüfung vom 20. November 2008 nicht von einer Betriebsstätte auszugehen, sehr knapp, wie die Beschwerdeführerin rügt. Immerhin verweist aber die Beschwerdeführerin selbst in ihrer Replik vom 19. April 2010 zuhanden der Vorinstanz auf die "Bücherkontrolle in Bern", und in der darauf folgenden Duplik fasst die Steuerverwaltung des Kanton Luzern nochmals die wesentlichen Ergebnisse dieser Buchprüfung zusammen. Der Beschwerdeführerin waren damit die Überlegungen, welche die Luzerner Steuerbehörden bewogen haben, eine Betriebsstätte in Bern zu verneinen, durchaus bekannt. Dabei geht es nicht um Sachverhaltsfeststellungen, sondern um deren rechtliche Würdigung. Im Übrigen tragen für die Existenz einer solchen Betriebsstätte und für die Steuerpflicht im Kanton Bern die Beschwerdeführerin (steuermindernde Tatsache) bzw. der Kanton Bern (steuerbegründende Tatsache) die Beweislast. Von einer Gehörsverweigerung infolge unzureichender Begründung des angefochtenen Urteils bzw. von einer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung kann unter diesen Umständen nicht die Rede sein.
3.3 Im vorliegenden Fall gebricht es für die Annahme einer Betriebsstätte schon am ersten Erfordernis (ständige körperliche Anlage oder Einrichtung). Die Buchprüfung vor Ort hat ergeben, dass die Beschwerdeführerin an der Berner Adresse weder über ein dinglich noch ein obligatorisch verbrieftes Nutzungsrecht verfügt. Wohl kann eine ständige Anlage oder Einrichtung unter bestimmten Voraussetzungen auch nur kraft formloser Nutzungsabrede bestehen (LOCHER/LOCHER, Die Praxis der Bundessteuern, Interkantonale Doppelbesteuerung, § 8, I B, 2 Nr. 6). Damit aber im interkantonalen Verhältnis ein unter eigener Firma auftretendes Geschäft als blosse Betriebsstätte eines andern Unternehmens erscheint, ist erforderlich, dass jenes im Dienst für das Hauptunternehmen aufgeht und seine Existenzberechtigung nur im Dasein des Hauptunternehmens begründet ist (BGE vom 3. Juni 1959 E. 3 in fine, in: ASA 29 S. 338, 344 = Locher/Locher, § 8, I D, 3 Nr. 17). Eine solche Abhängigkeit ist bei dem als selbständiger Immobilien-Treuhänder tätigen Z._ nicht zu erkennen. Dementsprechend war auch im Handelsregister keine Berner Zweigniederlassung eingetragen, und die Beschwerdeführerin selbst gibt auf der Steuererklärung 2001 für den Kanton Luzern nur an, sie verfüge noch über Liegenschaften (nicht etwa eine Betriebsstätte) im Kanton Bern. An der angeblichen "Betriebsstättenadresse" an der _-strasse in Bern betreibt Z._ als Minderheitsaktionär und zugleich Mitglied des Verwaltungsrats der Beschwerdeführerin sein eigenes Immobilien-Treuhandgeschäft und hält zudem mehrere Verwaltungsgesellschaften, wovon eine davon die Buchhaltung der Beschwerdeführerin im Rahmen eines üblichen Mandatsverhältnisses führt. Abgesehen davon unterhält die Beschwerdeführerin in Bern kein Personal.
Wohl soll sich Z._ als in der Umgebung von Bern ansässiger Verwaltungsrat vorab mit der Renovation der Liegenschaft A._ befasst haben. Aber selbst wenn er ein eigentliches Baubüro für dieses Projekt betrieben hätte, reichte dies für die Annahme einer Betriebsstätte bei einem einzelnen Bauvorhaben noch nicht aus. Eine Ausnahme wurde nur bei einem ständigen Baubüro eines Generalbauunternehmers, das für die Ausführung einer Vielzahl von Werkverträgen diente, anerkannt (BGE 95 I 431 E. 3 S. 435 ff. = Locher/Locher, a.a.O., § 8, I D, 2 Nr. 14; vgl. neuerdings Urteil 2C_518/2010 vom 9. Februar 2011 E. 4.3). Durch seine diversen Tätigkeiten zugunsten der Beschwerdeführerin (Geschäftsführung, Bauführung, Rechnungswesen) wurde Z._ mit insgesamt Fr. 143'360.-- honoriert. Dabei wird auf der entsprechenden Bescheinigung festgehalten, "diese Honorare werden in der Einzelfirma Z._ verbucht und abgerechnet". Damit bejaht die Beschwerdeführerin selbst, dass der Empfänger die Leistungen in seiner Eigenschaft als selbständiger Einzelfirmeninhaber bezogen hat und nicht in einem "Abhängigkeitsverhältnis" zur Leistungsschuldnerin, das auf eine Betriebsstätte schliessen liesse. Auch wenn Z._ als Mitglied des Verwaltungsrats mehr für die Beschwerdeführerin geleistet haben mag, als dies Organe im Normalfall tun, vermag diese Tatsache keine Betriebsstätte zu begründen. Sonst müsste am Wohnort jedes Verwaltungsrats einer Kapitalgesellschaft eine Betriebsstätte dieses Unternehmens angenommen werden, wäre es doch praktisch nicht möglich, je nach (angeblicher) Intensität der Bemühungen eines Organs zu differenzieren.
Zusammenfassend unterhielt die Beschwerdeführerin im Kanton Bern in der Steuerperiode 2001 keine Betriebsstätte. Damit handelte es sich bei der Beschwerdeführerin um kein interkantonales Unternehmen und erweist sich die von der Vorinstanz geschützte Ausscheidungsmethode der Steuerkommission juristische Personen des Kantons Luzern als zutreffend.
4. Zu prüfen bleibt die steuerliche Behandlung der Abschreibungen, welche die Beschwerdeführerin auf der umgebauten Hotelliegenschaft "A._" vorgenommen hat. Die Beschwerdeführerin schritt zu folgenden Abschreibungen, wobei die Steuerkommission lediglich die ordentlichen Abschreibungen im Umfang von Fr. 343'505.-- anerkannte:
Beschwerdeführerin
Beschwerdeführerin
Fr. Steuerkommission
Fr. Steuerkommission
Fr. Buchwert per 31.12.2001 vor Abschreibungen (ohne Land)
_.00
_.00
Abschreibungsnachholung 6% (Abschreibung 2000)
295'770.00
-
"Umbuchung von Sanierungsarbeiten" (a.o. Abschreibung)
710'000.00
-
Ordentliche Abschreibung 6% (Abschreibung 2001)
284'297.00
343'505.00
Total Abschreibungen
1'290'067.00
343'505.00
Buchwert per 31.12.2001
(ohne Land)
_.00
dito
Steuerlicher Gewinnsteuerwert per 31.12.2001 (ohne Land)
_.00
4.1 Aufgrund der mit BGE 131 I 249 ff. begründeten bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. die Zusammenfassung im Urteil 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 4, in: StE 2011 A 24.43.1 Nr. 22) hat das Hauptsteuerdomizil auch bei einer Immobiliengesellschaft wie der Beschwerdeführerin einen sog. Ausscheidungsverlust zu übernehmen. Die Steuerbehörden des Hauptsteuerdomizils (hier Luzern) sind befugt, Art und Herkunft der geltend gemachten ausserkantonalen Verluste zu prüfen, sie dürfen dabei aber keinen speziellen Massstab anwenden. Gemäss § 76 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Luzern vom 22. November 1999 sind geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven zulässig, soweit sie buchmässig ausgewiesen sind. Dabei ist zwischen ordentlichen und ausserordentlichen Abschreibungen zu unterscheiden, je nachdem, ob es sich um Wirtschaftsgüter handelt, die infolge Gebrauchs laufend an Wert verlieren (ordentliche Abschreibung), oder ob der Wertverzehr ein einmaliges, ausserordentliches Ereignis darstellt (ausserordentliche Abschreibung; Urteil 2C_50/2011 vom 16. Mai 2011 E. 2.1; vgl. auch BGE 132 I 175 E. 2 S. 177 ff.).
4.2 Umstritten ist zunächst die ausserordentliche Abschreibung von Fr. 710'000.--. Die Vorinstanz (Urteil E. 4 a/cc) erwog dazu, der Gebäudeversicherungswert des umgebauten und total renovierten Hotels A._ von Fr._ sei eine taugliche Vergleichsgrösse zur Beurteilung der Frage, ob der Buchwert der Liegenschaft von rund Fr._ (inkl. Land, aber nach Vornahme der ordentlichen Abschreibung 2001 auf dem Gebäude) deren Verkehrswert als aktienrechtlicher Höchstwert überschreite. Ferner deute die Grundpfandbelastung von rund Fr._ ebenfalls darauf hin, dass der von der Steuerkommission juristische Personen ermittelte Gewinnsteuerwert von Fr._ (ohne Land) als vertretbar erscheine. Es sei aufgrund der geschäftsüblichen Belehnungsquote nicht davon auszugehen, dass die Liegenschaft zu 100% belehnt sei. Demgegenüber vermöge das Gutachten der hotelleriesuisse (Schweizer Hotelier-Verein) vom 25. September 2003, welches für das Hotel "A._" einen Ertragswert von Fr._ (inkl. Land, aber ohne Nebenbetriebe wie _) ausweise, bezüglich des Verkehrswertes wenig auszusagen. Es gelinge der Beschwerdeführerin damit nicht, den Nachweis zu erbringen, dass seit der kürzlichen Fertigstellung der Hotelliegenschaft eine ausserordentliche Wertverminderung eingetreten oder versehentlich ein übersetzter Wert in der Steuerbilanz eingesetzt worden sei (unter Verweis auf Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 48 zu Art. 28 DBG, MARKUS REICH, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. 2008, N. 46 zu Art. 28 DBG).
Diesen Erwägungen der Vorinstanz hält die Beschwerdeführerin entgegen, es sei notorisch, dass die Erstellungskosten bei Hotelliegenschaften nie dem erzielbaren Marktwert entsprächen; diese seien vorliegend zufolge des 8-jährigen Stillstandes von Anfang an höher als bei einem ohne Unterbruch fertiggestellten Objekt. Ebenso wenig sage die hypothekarische Belastung etwas über den Verkehrswert aus. Die Abschreibung sei "angesichts des Marktwerts der Liegenschaft handelsrechtlich notwendig" gewesen und müsse nach dem Massgeblichkeitsprinzip von der Steuerverwaltung anerkannt werden.
Diese Einwände vermögen die Erwägungen der Vorinstanz nicht zu erschüttern. Es wird zu Recht nicht behauptet, die Liegenschaft habe im Jahr 2001 einen ausserordentlichen Wertverzehr erlitten (vgl. das Urteil 2A.571/1998 vom 25. Januar 2000 E. 2 und 3 in:, ASA 69 876 S. 878 ff.). Damit stellt sich nur die Frage, ob die Beschwerdeführerin versehentlich bzw. schuldlos (ERNST KÄNZIG, Kommentar zur Direkten Bundessteuer, I. Teil, 2. Aufl. 1982, N. 115 zu Art. 22 BdBSt) übersetzte Herstellungskosten in Kauf nehmen musste. Die Beschwerdeführerin versucht nicht im Ansatz, besondere Gründe (z.B. Entdeckung verdeckter Mängel) für eine Kostenexplosion darzutun. Ohne Nachweis ausserordentlicher Verhältnisse kann aber bei einer neu erstellten oder kürzlich erworbenen Liegenschaft keine ausserordentliche Abschreibung anerkannt werden (KÄNZIG, a.a.O., N. 115 zu Art. 22 BdBSt).
Damit trägt die Beschwerdeführerin die Folgen der Beweislosigkeit. Dass die Berner Steuerbehörden das Vorgehen der Beschwerdeführerin anerkannt haben, hindert den Veranlagungskanton Luzern nicht, die Zulässigkeit dieser ausserordentlichen Abschreibung genauer zu prüfen und zu einem anderen Ergebnis zu kommen. Darin liegt auch keine verkappte Wegzugsbesteuerung.
4.3 Was die nachgeholte Abschreibung betrifft, hat die Vorinstanz (Urteil E. 4a/dd) erwogen, dass das Hotel A._ erst Ende 2000 fertiggestellt worden sei. Den ersten Monats-Pachtzins habe die Beschwerdeführerin für den Restaurantbetrieb erst am 11. Dezember 2000 erhalten. Deshalb sei der überwiegende Teil der Hotelliegenschaft im Jahr 2000 noch gar nicht betrieblich genutzt worden. Ein schlechter Geschäftsgang früherer Jahre als Voraussetzung für eine Abschreibungsnachholung liege damit nicht vor. Diese könne demzufolge nicht anerkannt werden.
Mit dieser Begründung setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander, sondern bezieht sich nur auf die im vorinstanzlichen Urteil wiedergegebene Begründung durch die Steuerkommission juristische Personen. Im Übrigen anerkennt die Beschwerdeführerin selbst, dass der Betrieb des Hotels A._ erst im Jahr 2001 eröffnet wurde (Beschwerde Ziff. 21). Damit fehlt es an einer rechtsgenügenden Rüge seitens der Beschwerdeführerin (vorstehende E. 1.3), so dass darauf nicht einzutreten ist.
4.4 Zusammenfassend ist das vorinstanzliche Urteil hinsichtlich der Aufrechnung unzulässiger Abschreibungen nicht zu beanstanden.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass ihr im ersten Rechtsgang durch das Verwaltungsgericht keine Parteientschädigung zugesprochen worden sei, obwohl sie vollständig obsiegt habe; sie habe Anspruch auf volle Parteientschädigung. Dabei verkennt die Beschwerdeführerin, dass sie wohl hinsichtlich der Anrechnung von Ausscheidungsverlusten aufgrund der neuen bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Behandlung von Schuldzinsen im interkantonalen Verhältnis bei Liegenschaftenhändlern (BGE 133 I 19) durchdrang, nicht jedoch hinsichtlich der Frage der Betriebsstätte im Kanton Bern. Entsprechend hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die Beschwerde im Urteil vom 11. April 2007 nur "teilweise" gut. In einem solchen Fall könnte selbst vor Bundesgericht nur eine reduzierte Parteientschädigung ausgesprochen werden (THOMAS GEISER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 13 zu Art. 66 BGG und N. 14 f. zu Art. 68 BGG). Etwas anderes folgt auch nicht aus den von der Beschwerdeführerin angerufenen Urteilen: Im Unterschied zu dem in BGE 137 V 143 beurteilten Fall wies das kantonale Verwaltungsgericht vorliegend die Sache nicht zur Abklärung des Sachverhalts zurück, sondern es hielt ausdrücklich fest, dass diesbezüglich - angebliche Betriebsstätte im Kanton Bern - die Veranlagungsbehörde ihre Untersuchungspflicht nicht verletzt und keine Gehörsverweigerung begangen habe (Urteil vom 11. April 2007 E. 2 b/cc i.f. S. 9). Hier ist im Übrigen - wie im Urteil 2C_87/2009 vom 7. Juli 2009 (in: ASA 80 S. 198 E. 3.4) - für die Frage des Obsiegens bzw. Unterliegens das Urteilsdispositiv (teilweise Gutheissung) massgebend.
5.2 Fragen kann sich folglich nur, ob der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung hätte zugesprochen werden sollen. Es geht dabei um die Anwendung von kantonalem Verfahrensrecht, dessen Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Garantien prüft. Das Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Luzern vom 3. Juli 1972 (VRPG) unterscheidet zwischen Verfahren, an denen Parteien "mit gegensätzlichen Interessen" beteiligt sind und anderen (§ 201 VRPG). Nur in einem Fall, wo "gegensätzliche Interessen" vorliegen, besteht nach Absatz 1 dieser Vorschrift ein Anspruch der obsiegenden gegenüber der unterliegenden Partei auf angemessene Parteientschädigung. Wo dies - wie hier - nicht der Fall ist, wird nach Absatz 2 der obsiegenden Partei eine angemessene Vergütung für ihre Vertretungskosten nur zugesprochen, wenn der Vorinstanz "grobe Verfahrensfehler oder offenbare Rechtsverletzung zur Last fallen". Das Bundesgericht hat diese Lösung im Urteil 2P.465/1998 vom 17. Mai 1999 E. 2b zwar als wenig befriedigend bezeichnet, sie aber dennoch als verfassungsrechtlich haltbar erachtet. Denn es bestehe kein allgemeiner Rechtsgrundsatz, wonach der obsiegenden, durch einen Anwalt vertretenen Partei eine Parteientschädigung zugesprochen werden muss. Ein solcher Anspruch lasse sich auch nicht unmittelbar aus Art. 4 aBV ableiten, weil es sich dabei nicht um ein unerlässliches Element eines rechtsstaatlichen Verfahrens handle, ohne welches der Zugang zu einem Gericht nicht nur erschwert, sondern geradezu vereitelt würde.
Vorliegend ging die Vorinstanz zu Recht davon aus, der Steuerverwaltung sei angesichts der Praxisänderung des Bundesgericht (BGE 133 I 19 vom 3. November 2006) keine gravierende Fehlleistung vorzuwerfen. Damit erweist sich der angefochtene Entscheid auch in dieser Hinsicht als bundesrechtskonform.
6. Die Beschwerde ist gegenüber dem Kanton Luzern unbegründet und daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
7. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann