Faits:
A. Par jugement du 1er juin 2012, le Tribunal d'application des peines et des mesures genevois (ci-après: TAPEM) a rejeté les requêtes en allocation au lésé de X._ et de Y._.
B. Le 25 septembre 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel formé par X._ et Y._ contre ce jugement.
En substance, il ressort les éléments suivants de cet arrêt.
Le 25 juin 2010, la Cour correctionnelle genevoise a condamné A._ à une peine privative de liberté de trois ans, onze mois et douze jours, pour abus de confiance aggravés, faux dans les titres et gestion déloyale aggravée commis en sa qualité de gérant de fortune au détriment de nombreux clients dont X._ et Y._, constitués parties civiles dans la procédure qui en comptait trente-sept. La cour correctionnelle a fait droit aux conclusions civiles déposées par un grand nombre de parties civiles ayant fait constater leurs créances par le biais de conclusions en condamnation ou moyennant des conclusions d'accord résultant de transactions passées avec le condamné. La cour correctionnelle a procédé à l'allocation aux lésés en ayant fait la demande et remplissant les conditions de l'art. 73 CP, d'un montant de 10'204'835 fr., (correspondant à une créance compensatrice à concurrence de la valeur des biens connus de l'accusé de 600'000 fr. d'une part et, d'autre part, aux avoirs bancaires confisqués) lequel a été réparti au marc le franc.
La cour correctionnelle a constaté que X._ et Y._ n'avaient pas pris de conclusion en allocation moyennant cession de leur créance à l'Etat à due concurrence, de sorte qu'ils n'ont pas fait partie des allocataires. Le dispositif de l'arrêt a en revanche donné acte à A._ de ce qu'il reconnaissait devoir à chacun d'entre eux la somme de 564'735 fr. 45, plus intérêts à 5% l'an du 16 décembre 1999 au 25 septembre 2007, conformément aux conclusions d'accord du 31 mai 2010 produites par leur conseil lors de l'audience de jugement.
Après le rejet des recours déposés par le condamné, un tiers saisi et deux parties civiles autre que X._ et Y._, l'arrêt du 25 juin 2010 est devenu définitif et exécutoire.
C. X._ et Y._ forment un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral contre l'arrêt du 25 septembre 2012. Ils concluent, principalement, à sa réforme en ce sens qu'une allocation au lésé leur est attribuée à concurrence chacun d'un montant de 564'735 fr. 45 sur la base des biens et avoirs saisis et de la créance compensatrice prononcée contre A._ ou à charge de l'Etat de Genève, en due proportion des allocations prononcées en faveur des autres parties lésées, acte leur étant donné qu'ils cèdent à l'Etat de Genève une part correspondante de leur créance pour tout montant effectivement recouvré. Subsidiairement, ils concluent à la constatation de la violation du principe de célérité et à l'allocation d'une indemnité de 10'000 fr. à la charge de l'Etat de Genève, réservant une action en responsabilité subséquente. Plus subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Ils requièrent par ailleurs l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Les décisions en matière de confiscation et d'allocation au lésé sont des décisions pénales (art. 78 al. 1 LTF; arrêts 6B_17/2011 du 18 juillet 2011 consid. 1; 6B_53/2009 du 24 août 2009 consid. 1.2 et les références citées). Dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu par une autorité cantonale de dernière instance (art. 80 LTF), le recours est en principe recevable. Les recourants ont qualité pour dénoncer une violation de l'art. 73 CP (art. 81 al. 1 LTF; cf. ATF 136 IV 29 consid. 1.9 p. 40; arrêt 6B_403/2008 du 24 novembre 2008 consid. 1).
2. Les recourants consacrent plusieurs pages de leur mémoire de recours à une présentation personnelle des faits. Ils ne formulent de la sorte aucun grief recevable au regard des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
3. Les recourants invoquent une violation de l'art. 73 CP, dont ils se plaignent d'une application arbitraire.
3.1 Aux termes de l'art. 73 al. 1 CP, si un crime ou un délit a causé à une personne un dommage qui n'est couvert par aucune assurance et s'il y a lieu de craindre que l'auteur ne réparera pas le dommage ou le tort moral, le juge alloue au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts ou de la réparation morale fixés par un jugement ou par une transaction, les objets et les valeurs patrimoniales confisqués ou le produit de leur réalisation, sous déduction des frais (let. b) ou les créances compensatrices (let. c).
Conformément au texte de la loi, l'allocation au lésé n'est accordée que sur requête de celui-ci et n'intervient jamais d'office. Lorsque plusieurs lésés peuvent prétendre à une allocation, il appartient à chacun d'entre eux d'en faire la demande. Il n'existe aucune solidarité entre l'ensemble des lésés (ATF 122 IV 365 consid. 2 p. 374 s.). Lorsqu'il existe plusieurs lésés, le juge ne tiendra compte, pour l'allocation, que de ceux qui ont expressément formulé une demande sur la base de l'art. 73 CP, à l'instar du juge civil ou du juge pénal appelé à statuer sur des prétentions civiles (NIKLAUS SCHMID, Kommentar, Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, vol. I, 2ème éd. 2007, no 74 ad art. 73 CP). La doctrine est d'avis que le juge doit rendre le lésé attentif à la possibilité offerte par l'art. 73 CP, tout du moins lorsque ce dernier n'a pas de connaissances juridiques suffisantes ou n'est pas assisté d'un avocat (cf. MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, in Commentaire romand, Code pénal I, 2009, no 21 ad art. 73 CP; FLORIAN BAUMANN, in Basler Kommentar Strafrecht I, 2007, no 20 ad art. 73 CP; NIKLAUS SCHMID, op. cit., no 75 ad art. 73 CP). La jurisprudence n'admet un devoir d'assistance du juge que lorsque le lésé n'est pas versé dans la matière juridique, ni assisté d'un avocat (cf. arrêt 6B_190/2010 du 16 juillet 2010 consid. 2.1 i.f.).
En vertu du principe de l'économie de la procédure, l'allocation doit, en principe, être ordonnée en même temps que la décision qui en constitue son fondement (cf. art. 73 al. 3 CP a contrario). Dans les cas où ce n'est pas possible, l'allocation peut faire l'objet d'une procédure ultérieure dont les modalités sont réglées par les cantons (art. 73 al. 3 CP). Une telle procédure est envisageable lorsqu'un lésé qui fait valoir une demande d'allocation selon l'art. 73 CP ne s'annonce que postérieurement, c'est-à-dire à un moment où, par exemple, la confiscation des objets et valeurs patrimoniales au sens des art. 69 à 72 CP a déjà été ordonnée ou lorsque la peine pécuniaire ou l'amende a déjà été perçue par l'autorité compétente. Une décision ultérieure est toutefois possible, pour autant que les biens en question n'aient pas déjà fait l'objet d'une allocation, entrée en force, à d'autres lésés (arrêt 6B_53/2009 du 24 août 2009 consid. 2.6 et les références citées).
3.2 En substance, la cour cantonale a retenu que les recourants réunissaient les conditions leur permettant de requérir l'allocation au lésé au sens de l'art. 73 CP. La loi n'obligeait pas les recourants à agir dans la procédure au fond. Toutefois, en l'absence de solidarité entre les lésés, ils prenaient le risque de ne pouvoir être désintéressés que sur le reliquat, dès lors que d'autres lésés avaient formulés, antérieurement, soit dans la procédure au fond, une demande d'allocation. Les recourants avaient participé à la procédure au fond, assistés d'un avocat, et savaient que les avoirs saisis étaient insuffisants pour désintéresser tous les lésés. Ce qui empêchait l'allocation n'était pas le fait que les recourants avaient agi ultérieurement, mais l'absence de reliquat à leur attribuer.
3.3 Le raisonnement de la cour cantonale ne prête pas le flanc à la critique. Les recourants ont participé à la procédure au fond et ils étaient assistés d'un avocat. Ils avaient conscience que les avoirs n'étaient pas suffisants pour couvrir l'entier des prétentions civiles émises par les différents lésés. En n'émettant aucune prétention en allocation en même temps que les autres lésés, ils prenaient le risque que l'entier des avoirs soit alloué aux lésés en ayant fait la demande. A juste titre, ils ne prétendent pas que le juge du fond aurait dû attirer leur attention sur les conséquences de leur comportement dès lors qu'ils étaient assistés d'un avocat lors de la procédure au fond. Contrairement à ce que semble prétendre les recourants, le fait que la distribution des deniers soit intervenue postérieurement à leur demande n'est pas déterminant. Est seul déterminant le caractère définitif et exécutoire de la décision allouant les avoirs au lésé, soit le jugement de la cour correctionnelle. Ce jugement n'a pas fait l'objet d'un recours de la part des recourants sur la question de l'allocation au lésé. Ils n'étaient ainsi plus fondés à le remettre en question dans le cadre de la procédure ultérieure. Dès lors que les recourants ont participé à la procédure au fond, qu'ils étaient assistés d'un avocat, qu'ils savaient que les avoirs n'étaient pas suffisants pour couvrir l'entier des prétentions civiles des lésés, qu'ils n'ont pas contesté la décision au fond sur la question de l'allocation, ils doivent assumer le fait qu'il n'existe aucun reliquat sur les avoirs. Mal fondé, leur grief doit être rejeté.
4. Invoquant l'art. 29 al. 1 Cst., les recourants reprochent aux autorités cantonales d'avoir violé le principe de célérité.
4.1 Le Tribunal fédéral n'examine les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; 134 II 349 consid. 3 p. 351).
4.2 L'art. 29 al. 1 Cst. garantit notamment à toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. A l'instar de l'art. 6 par. 1 CEDH qui n'offre à cet égard pas une protection plus étendue, cette disposition consacre le principe de la célérité, en ce sens qu'elle prohibe le retard injustifié à statuer. Viole la garantie ainsi accordée, l'autorité qui ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable. Le caractère raisonnable du délai s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard en particulier à la complexité de l'affaire, au comportement du requérant et à celui des autorités compétentes, ainsi qu'à l'enjeu du litige pour l'intéressé (ATF 135 I 265 consid. 4.4 p. 277; 130 I 312 consid. 5.1 p. 331).
4.3 Les recourants ne démontrent pas qu'ils auraient invoqué ce grief devant la cour cantonale et il ne paraît pas que tel soit le cas. Il apparaît ainsi douteux que leur grief soit recevable sous l'angle de l'exigence de l'épuisement préalable des voies de droit cantonales (art. 80 al. 1 LTF). Quoiqu'il en soit, leur grief est de toute façon infondé dans la mesure où il est recevable. Les recourants prétendent que les autorités cantonales auraient violé le principe de célérité dès lors que le TAPEM aurait mis 21 mois à statuer sur leur requête ultérieure en allocation, laissant ainsi les avoirs être distribués aux autres lésés dans l'intervalle. Ce faisant, ils se bornent à contester la durée de la procédure sans établir l'existence de longues périodes d'inactivité fautive des autorités cantonales. Ils ne démontrent pas non plus être intervenus de quelque manière que ce soit lorsque les autorités cantonales n'auraient pas, selon eux, fait preuve de la diligence requise et il n'incombe pas à la cour de céans de rechercher d'office dans le dossier l'une ou l'autre intervention en ce sens émanant des recourants. Il n'apparaît donc pas que l'on puisse reprocher de temps morts aux autorités cantonales. A elles seules, les affirmations non étayées des recourants ne suffisent pas à faire admettre une durée déraisonnable de la procédure qui se serait éternisée sans motifs suffisants. Une violation du principe de la célérité n'est dès lors pas démontrée à suffisance de droit. Au demeurant, le fait que les autorités cantonales statuent plus rapidement n'aurait pas empêché la distribution des deniers dès lors que celle-ci est intervenue sur la base d'une décision définitive et exécutoire.
5. Le recours était d'emblée dénué de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Les recourants supportent les frais de la cause, par moitié chacun, qui seront fixés en tenant compte de leur situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 fr., sont mis à la charge des recourants, par moitié chacun.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 8 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet