Faits:
A. T._, né en 1976, souffre depuis la prime enfance de coeliakie consécutive à l'intolérance à la gliadine (infirmité congénitale figurant sous chiffre 279 de l'annexe à l'OIC), plus communément appelée intolérance au gluten. En raison de cette affection, l'assurance-invalidité lui a versé jusqu'à l'âge de vingt ans une participation forfaitaire annuelle à ses frais d'alimentation, en dernier lieu de 1'450.- fr. Le 6 avril 2009, l'intéressé a sollicité une telle prestation de Philos Assurance Maladie SA (ci-après: la caisse), auprès de laquelle il est assuré pour l'assurance obligatoire des soins. La caisse a rejeté la demande par décision sur opposition du 14 septembre 2009.
B. L'assuré a déféré cette décision au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Cour des assurances sociales, qui l'a débouté par jugement du 22 mars 2012.
C. T._ interjette un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à l'octroi des mêmes prestations que celles versées par l'assurance-invalidité jusqu'à l'âge de vingt ans en cas de coeliakie.
La caisse se réfère au jugement attaqué, de même que l'Office fédéral de la santé publique qui conclut expressément au rejet du recours. Le recourant ne s'est plus déterminé.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée ayant été rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) et dans une matière - le droit fédéral des assurances sociales - où aucune des clauses d'exception de l'art. 83 LTF ne s'applique, la voie du recours en matière de droit public est ouverte. Partant, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur le recours constitutionnel subsidiaire interjeté par le recourant.
2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Il n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF).
3. Le litige porte sur le droit du recourant à l'octroi par l'intimée de prestations sous la forme d'une participation annuelle à ses frais d'alimentation, équivalente à celle versée par l'assurance-invalidité aux assurés de moins de vingt ans souffrant de coeliakie.
4. 4.1 L'instance cantonale a considéré que l'affection dont souffre le recourant constituait une infirmité congénitale et qu'un assuré présentant une telle atteinte à la santé non couverte par l'assurance-invalidité ne pouvait bénéficier, dans le cadre de l'assurance-maladie obligatoire des soins, que des prestations prévues en cas de maladie; ainsi, seuls les produits figurant sur les listes mentionnées par l'art. 52 LAMal pouvaient être pris en charge par cette dernière assurance. Or tel n'était pas le cas des produits adaptés à un régime alimentaire dépourvu de gluten. L'intimée n'était donc pas tenue d'octroyer au recourant des prestations équivalentes à celles que lui avait versées l'assurance-invalidité jusqu'à l'âge de vingt ans.
4.2 Le recourant se plaint d'une violation du droit fédéral. Selon lui, les infirmités congénitales relevant de la notion de maladie selon l'art. 3 LPGA, l'art. 27 LAMal, qui régit spécifiquement la prise en charge par l'assurance-maladie des coûts liés aux affections de ce type, ne pourrait dès lors qu'avoir en termes de prestations une portée propre plus large que celle du régime légal: l'art. 27 LAMal favoriserait les assurés présentant une infirmité congénitale par rapport à ceux atteints d'autres maladies en ce sens que les premiers auraient droit, lorsqu'ils dépassent l'âge de vingt ans, à la prise en charge par l'assurance-maladie de l'ensemble des prestations qui leur étaient fournies jusque-là par l'assurance-invalidité. Cela ressortirait de la position exprimée par le Conseil fédéral dans ses réponses à la motion déposée en 2003 par le Conseiller national R._ et au dépôt le 26 juin 2007 d'une initiative parlementaire par le Conseiller national O._. En outre l'absence, dans l'ordonnance sur les prestations dans l'assurance obligatoire des soins en cas de maladie du 29 septembre 1995 (OPAS; RS 832.112.31), de toute réglementation relative aux assurés souffrant d'une infirmité congénitale qui ne bénéficient plus de prestations de l'assurance-invalidité s'expliquerait précisément par le fait que leur situation serait régie spécifiquement et directement par l'art. 27 LAMal.
5.1 5.1.1 Aux termes de l'art. 27 LAMal, en cas d'infirmité congénitale (au sens de l'art. 3 al. 2 LPGA) non couverte par l'assurance-invalidité, l'assurance obligatoire des soins prend en charge les coûts des mêmes prestations qu'en cas de maladie.
5.1.2 Dans un arrêt rendu sur la base de cette disposition (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, laquelle différait de celle qui vient d'être citée uniquement en ce qu'elle ne contenait pas de renvoi à la LPGA), le Tribunal fédéral des assurances a jugé que celle-ci ne privilégiait pas les infirmités congénitales par rapport aux autres maladies, si bien que les assureurs-maladie n'étaient tenus de fournir des prestations en raison de ce type d'atteinte à la santé que dans le cadre du catalogue des prestations à charge de l'assurance obligatoire des soins et pour autant que les conditions de la prise en charge des mesures médicales posées par la LAMal fussent remplies. L'art. 52 al. 2 LAMal constituait une exception à ce principe puisque selon cette norme, en matière d'infirmité congénitale, les mesures thérapeutiques du catalogue des prestations de l'assurance-invalidité étaient reprises dans les dispositions et listes de l'art. 52 al. 1 LAMal (analyse, médicaments, moyens et appareils); ainsi, selon l'art. 35 OAMal, les mesures thérapeutiques prodiguées en cas d'infirmité congénitale au sens de l'art. 52 al. 2 LAMal devaient être prises en charge par l'assurance obligatoire des soins, dès que l'assuré atteignait l'âge auquel cessait le droit aux prestations de l'assurance-invalidité (arrêt K 135/02 du 28 juillet 2003 consid. 5).
5.1.3 Il n'y a pas lieu de revenir sur cette jurisprudence, confirmée récemment par le Tribunal fédéral (arrêt 9C_886/2010 du 10 juin 2011) et à laquelle renvoie la doctrine (cf. Gebhard Eugster, Bundesgesetz über die Krankenversicherung [KVG], 2010, n° 2 ad art. 27 LAMal; idem, Eugster, Krankenversicherung, in Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2ème éd. 2007, n° 616 p. 604). On relèvera que selon le Conseil fédéral, la mise en place d'une réglementation spéciale en faveur des personnes atteintes de coeliakie, dans le sens d'une continuité des prestations fournies jusqu'à l'âge de vingt ans par l'assurance-invalidité, serait contraire au principe de l'égalité de traitement (avis du Conseil fédéral du 5 mars 2010 [disponible sur Internet à l'adresse http://www.parlament.ch/e/suche/pages/geschaefte.aspx?gesch_id=20093977]); en outre, l'argumentation du recourant tirée de l'OPAS tombe à faux puisque cette ordonnance traite des assurés souffrant d'une infirmité congénitale qui n'est plus prise en charge par l'assurance-invalidité (cf. art. 19a OPAS, selon lequel l'assurance-maladie obligatoire supporte dans certains cas les coûts des traitements dentaires subis par les intéressés).
5.2 A juste titre, le recourant ne soutient pas que les produits alimentaires adaptés à son état de santé tomberaient sous le coup de l'art. 52 al. 1 LAMal. En outre, dès lors que le régime alimentaire de l'intéressé se compose d'un grand nombre d'aliments de consommation courante - son infirmité congénitale ne le contraignant à renoncer qu'à une catégorie bien précise d'aliments et ne l'obligeant pas à ingérer des produits diététiques spécifiques (tels ceux destinés à des fins médicales spéciales au sens de l'art. 20a de l'ordonnance du Département fédéral de l'intérieur du 23 novembre 2005 sur les aliments spéciaux, RS 817.022.104) -, ce mode d'alimentation ne constitue pas une mesure thérapeutique du catalogue des prestations de l'assurance-invalidité, auquel renvoie l'art. 52 al. 2 LAMal. Le recourant ne peut donc pas déduire de l'art. 27 LAMal, en lien avec les art. 52 LAMal et 35 OAMal, un droit à une participation annuelle à ses frais d'alimentation.
6. Il suit de ce qui précède que le recours en matière de droit public est mal fondé.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière de droit public est rejeté.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 20 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Bouverat