Faits:
A. Une enquête pénale a été ouverte à Genève pour blanchiment d'argent contre A._ dont les comptes bancaires, notamment auprès de la banque X._, ont été bloqués le 11 juillet 2006. Le 23 avril 2007, le Procureur général du canton de Genève a requis l'Office fédéral de la justice (OFJ) de déléguer la poursuite pénale aux autorités françaises, les infractions principales ayant été commises en France. La France, qui avait demandé l'entraide judiciaire pour obtenir des renseignements bancaires (mais non le blocage des comptes), n'a pas encore répondu à la demande de délégation.
Les 6 et 29 novembre 2007, A._ a demandé à l'OFJ la levée du séquestre sur son compte auprès de la banque X._. L'OFJ s'est déclaré incompétent et a transmis la demande au Procureur genevois qui a, lui aussi, refusé de statuer.
B. Par acte du 13 février 2008, A._ a recouru auprès du Tribunal pénal fédéral (TPF) en se plaignant d'un déni de justice.
Par arrêt du 8 avril 2008, la Cour des plaintes du TPF a notamment considéré, en se référant à l'ATF 129 II 449, que l'OFJ était compétent pour statuer sur les mesures relatives au séquestre tant que durait la procédure de délégation à l'étranger. La France n'avait certes pas encore formellement accepté la délégation, mais semblait l'avoir fait par actes concluants en intégrant au dossier pénal les pièces transmises par la Suisse. L'OFJ était responsable du suivi du dossier. La cause lui a été renvoyée afin qu'il invite les autorités françaises à se déterminer sur la demande de délégation et à déposer, dans les deux mois, une demande de blocage du compte concerné.
C. L'OFJ forme un recours en matière de droit public contre cet arrêt. Il conclut à l'annulation des points 3 et 6 du dispositif de l'arrêt du TPF (admission du recours pour déni de justice formel et versement de 1000 fr. de dépens à l'intimé A._).
Le TPF se réfère à son arrêt. A._ et le Procureur général du canton de Genève concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé contre un arrêt rendu par le TPF en matière d'entraide pénale internationale, s'il a notamment pour objet une saisie (ce qui est le cas en l'occurrence), et s'il concerne un cas particulièrement important (art. 84 al. 1 LTF). En l'occurrence, la contestation porte sur l'autorité compétente en Suisse dans le cadre d'une procédure fondée sur les art. 30 al. 2 et 88 ss EIMP. Selon l'art. 84 al. 2 LTF, un cas est particulièrement important notamment lorsqu'il y a des raisons de penser que la procédure à l'étranger viole les principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves.
1.1 L'OFJ estime qu'il s'agirait d'une affaire de principe, d'un grand intérêt pratique vu le nombre considérable de demandes de délégation à l'étranger (en moyenne 200 cas par an) mettant souvent en jeu des sommes importantes. L'ATF 129 II 449 n'examinerait pas la question de manière approfondie, et l'OFJ ne s'était d'ailleurs pas exprimé à cette occasion.
1.2 L'OFJ ne soutient pas, avec raison, que l'affaire présenterait, sur le fond, une importance particulière pour les motifs figurant à l'art. 84 al. 2 LTF. Toutefois, en dehors de ces cas, le Tribunal fédéral peut aussi être amené à entrer en matière lorsqu'il s'agit d'une affaire de principe, soit quand il s'agit d'examiner une question qui ne s'était jamais posée précédemment, ou quand le TPF s'est écarté de la jurisprudence suivie jusque-là (ATF 133 IV 215 consid. 1.2 p. 218).
En l'occurrence, le TPF s'est certes fondé sur la jurisprudence actuelle, mais l'autorité recourante demande que cette dernière soit précisée s'agissant de l'autorité compétente pour statuer sur une levée de séquestre dans le cas où l'autorité étrangère n'a pas encore répondu favorablement à la demande de délégation de la poursuite pénale. Dans la mesure où l'arrêt attaqué consacre une précision de jurisprudence, il y a lieu d'entrer en matière. Par ailleurs si, comme le relève l'OFJ, la majorité des autorités cantonales entre en matière en pareils cas sur les demandes de déblocage qui leur sont soumises, il y a lieu, du point de vue de l'autorité de surveillance, d'assurer une application uniforme des règles de procédure. Cela constitue également un motif d'entrer en matière.
1.3 L'arrêt attaqué se rapporte à une procédure de levée de séquestre. Il a un caractère incident, mais porte sur une question de compétence. Le recours est donc recevable en vertu de l'art. 92 al. 1 LTF. L'OFJ a qualité pour recourir (art. 25 al. 3 EIMP et 89 al. 2 let. a LTF).
2. L'OFJ estime que les autorités de poursuite (fédérales ou cantonales) seraient seules compétentes pour statuer sur le maintien ou la levée de séquestres, en particulier tant que l'Etat étranger n'a pas formellement accepté de prendre en charge la poursuite pénale. L'OFJ ne ferait que statuer sur les conditions de la délégation et de la remise des fonds à l'étranger, si celle-ci est requise; il n'aurait d'ailleurs pas une connaissance suffisante du dossier pénal pour statuer sur le sort d'un séquestre. Durant la procédure de délégation, toute autre mesure est prohibée selon l'art. 89 al. 1 EIMP. Ni l'EIMP, ni les accords complémentaires (qui prévoient la transmission directe entre autorités de poursuite) ne permettraient donc à l'OFJ d'intervenir dans les procédures pénales.
2.1 Dans l'ATF 129 II 449, le Tribunal fédéral a relevé que lorsqu'une procédure pénale suisse est déléguée à l'étranger, les mesures relatives aux séquestres ne relèvent ni de la procédure pénale (qui est terminées en Suisse), ni de l'entraide judiciaire, ni de la délégation de la poursuite; il s'agit de mesures de contrainte dont les effets se prolongent au-delà de la délégation. L'autorité de poursuite suisse, dessaisie, n'est plus compétente et le juge étranger ne peut statuer directement sur le sort des sommes séquestrées en Suisse. L'EIMP est donc muette s'agissant de l'autorité compétente. Cette lacune dans la protection juridique doit être comblée, et la tâche de décider du maintien ou de la levée du séquestre "pendant la durée de la délégation" doit être assumée par l'office fédéral, compétent pour présenter la demande de délégation (art. 30 al. 2 EIMP) et mieux à même de connaître les développements de la procédure étrangère.
2.2 Comme le relève l'OFJ, aucune disposition ne prévoit d'attribution de compétence en sa faveur pour statuer sur les séquestres durant la procédure de délégation. Le Tribunal fédéral l'a déjà reconnu dans son arrêt précité puisqu'il a considéré qu'il existait une lacune à combler sur ce point. La solution adoptée dans l'ATF 129 II 449 tient essentiellement à des raisons pratiques: après avoir transmis la demande de délégation à l'autorité étrangère, l'OFJ devient l'interlocuteur de cette dernière (art. 17 al. 2 et 30 al. 2 EIMP) et est, à ce titre, mieux à même de s'enquérir des besoins de la procédure étrangère. Quand bien même il ne disposerait d'aucune compétence décisionnelle particulière dans ce domaine (il peut néanmoins refuser de présenter une demande suisse si celle-ci apparaît manifestement irrecevable ou si l'importance de l'infraction ne justifie pas la procédure; cf. art. 17 al. 2 et 30 al. 4 EIMP), il lui incombe d'intervenir en vertu de son pouvoir général de surveillance (art. 16 in fine EIMP). Le cas échéant, si l'office s'estime insuffisamment renseigné sur le dossier pénal, il peut aussi requérir le préavis de l'autorité pénale cantonale.
2.3 L'OFJ relève que l'autorité étrangère n'a pas encore formellement accepté la délégation; l'autorité pénale cantonale ne serait dès lors pas encore dessaisie (art. 89 EIMP a contrario). Toutefois, le TPF a considéré que les autorités françaises avaient accepté la délégation "par actes concluants" en intégrant au dossier pénal les pièces remises par la Suisse. L'OFJ ne conteste pas cette appréciation, de sorte qu'il y a lieu de considérer, à tout le moins, qu'une acceptation de la délégation est hautement probable.
Au demeurant, les raisons pratiques évoquées ci-dessus doivent prévaloir également tant que l'Etat étranger n'a pas encore formellement accepté la délégation; en tant qu'autorité chargée de présenter la demande au sens de l'art. 30 al. 2 EIMP, l'office peut intervenir auprès de l'autorité étrangère afin de l'informer de la demande de levée du séquestre et, simultanément, de s'enquérir du sort réservé à la demande de délégation (ATF 129 II 449 consid. 2.4 p. 452).
2.4 La situation est certes différente lorsqu'en vertu d'un accord passé avec l'Etat étranger, l'autorité cantonale communique directement avec celui-ci. Dans ce cas, il paraît logique que l'autorité de poursuite statue également sur le sort des séquestres qu'elle a ordonnés. En l'espèce toutefois, la transmission de la demande de délégation a bien eu lieu par l'entremise de l'OFJ.
3. L'arrêt entrepris ne viole donc pas le droit fédéral, et le recours doit par conséquent être rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires. L'OFJ versera toutefois à l'intimé A._ une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. La Confédération (Office fédéral de la Justice) versera à l'intimé A._ une indemnité de 1000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes, ainsi qu'au Ministère public du canton de Genève.
Lausanne, le 21 mai 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz