Faits:
A. A Genève, le 13 juillet 2004, vers 16 heures 30, B.X._ circulait, à une vitesse inadaptée, à moto, route des Jeunes, en direction du Bachet-de-Pesay et dans la voie de circulation de droite, réservée au bus et aux taxis. A la hauteur de la station d'essence Tamoil, l'avant de son motocycle a heurté violemment le flanc droit de la voiture 4x4 de marque Opel Frontera, conduite par Y._.
Cet automobiliste, qui avait circulé route des Jeunes en sens inverse, en direction du carrefour de l'Etoile, venait d'emprunter la voie de rebroussement lui permettant de reprendre la route des Jeunes dans le sens suivi par le motocycliste et d'accéder à ladite station, qui se trouvait donc de l'autre côté de la route par rapport à son sens de marche initial. Cependant, en s'engageant sur la voie de droite de la route des Jeunes que suivait le motocycliste, il n'a pas vu ce dernier.
B. Par jugement du 12 décembre 2006, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné Y._, pour homicide par négligence, à six mois d'emprisonnement avec sursis pendant trois ans. Il a réservé les droits du père de B.X._, A.X._, qui s'était constitué partie civile.
C. Par arrêt du 25 août 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a annulé le jugement précité et libéré Y._ des fins de la poursuite pénale dirigée contre lui du chef d'homicide par négligence. En bref, elle a admis l'interruption du lien de causalité entre le comportement fautif de l'automobiliste et la mort du motocycliste.
D. A.X._ dépose un recours en matière pénale. Il conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice et à la confirmation du jugement du Tribunal de police.
Considérant en droit:
1. Conformément à l'art. 81 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b). La loi reconnaît notamment un tel intérêt à l'accusé (ch. 1), à son représentant légal (ch. 2), à l'accusateur public (ch. 3), à l'accusateur privé si, conformément au droit cantonal, il a soutenu l'accusation sans l'intervention de l'accusateur public (ch. 4), à la victime si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5) et au plaignant, pour autant que la contestation porte sur le droit de porter plainte (ch. 6).
1.1 Le recourant n'agit pas en qualité d'accusateur privé, ni de plaignant, sa contestation ne portant pas sur son droit de porter plainte. Il reste donc à examiner s'il peut agir en tant que victime, à savoir si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF. Cette disposition correspond aux art. 270 let. e aPPF, 8 al. 1 let. c aLAVI et 37 al. 1 let. c LAVI, de sorte que la jurisprudence y relative conserve son actualité (cf. ATF 133 IV 228 consid. 2 p. 229 ss).
1.2 La jurisprudence exige que la victime, qui ne peut se limiter à réserver ses prétentions pour une procédure ultérieure, ait pris des conclusions civiles sur le fond dans le cadre de la procédure pénale pour autant que cela pouvait être raisonnablement exigé d'elle (ATF 127 IV 185 consid. 1a et 1b p. 187 s.). Des conclusions civiles ne sont cependant pas nécessaires lorsque le dommage n'est pas encore établi ou ne peut pas encore être chiffré. Il incombe alors à la victime qui n'a pas pris de conclusions civiles d'expliquer quelles prétentions elle entend faire valoir et pourquoi elle n'a pas agi dans le cadre de la procédure pénale (ATF 123 IV 184 consid. 1b p. 187). Cette exigence découle de la conception de la LAVI qui a en particulier pour but de permettre à la victime de faire valoir ses prétentions dans la procédure pénale elle-même (ATF 131 IV 195 consid. 1.2.2 p. 198; 128 IV 137 consid. 2b/dd p. 143).
En première instance, le recourant a conclu à la réserve de ses droits de partie civile (procès-verbal d'audience du Tribunal de police du 12 décembre 2006 p. 5; jugement du Tribunal de police p. 3). En instance d'appel, il a sollicité la confirmation de la décision déférée (arrêt de la Cour de justice consid. B p. 2). Dans la présente procédure, il allègue un intérêt juridique à la modification de l'arrêt entrepris, au motif que celui-ci aurait une incidence sur ses prétentions civiles à l'encontre de l'automobiliste. Il n'indique toutefois pas en quoi consistent précisément ces prétentions et quels motifs l'auraient empêché de les invoquer dans la procédure pénale. Dans ces conditions, il n'établit pas avoir un intérêt juridique au recours et n'a donc pas qualité au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF.
2. Sur le vu de ce qui précède, le recours est irrecevable. Le recourant supporte les frais de la cause (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 28 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani