A.- Le 16 mars 1992, A._ a été victime d'un accident non professionnel qui l'a rendu tétraplégique. Par décision du 10 juin 1993, confirmée sur opposition le 6 mai 1994, la Suisse Assurances a refusé de prendre les suites de cet événement à sa charge, au motif que l'horaire de travail hebdomadaire était inférieur à douze heures. Cette décision a été déférée au Tribunal des assurances du canton de Vaud qui, par jugement du 26 avril 1995 (notifié à ses destinataires à la fin mars 1996), a accueilli le recours et admis le principe de son indemnisation par cette compagnie d'assurance. Par arrêt du 12 février 1998, le Tribunal fédéral des assurances a rejeté le recours que la Suisse Assurances avait interjeté contre ce jugement.
A la suite d'un échange de correspondance avec l'assuré, la Suisse Assurances a rendu une décision, le 20 avril 1999, par laquelle elle a fixé les montants de l'allocation pour impotent, des indemnités journalières et de la rente d'invalidité, ainsi que le début du droit à ces prestations. L'assureur a cependant refusé de verser des intérêts moratoires sur les prestations arriérées, comme l'assuré l'avait expressément requis. Saisie d'une opposition portant uniquement sur le principe du versement d'intérêts moratoires, la Suisse Assurances a confirmé sa position, par décision du 10 juin 1999.
B.- A._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud, en concluant à sa réforme en ce sens que des intérêts moratoires lui soient alloués sur tous les arriérés de prestations qui lui sont dus.
Par jugement du 28 décembre 2000, la juridiction cantonale a admis le recours et renvoyé la cause à la Suisse Assurances afin qu'elle fixe le montant des intérêts moratoires.
C.- La Suisse Assurances interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont elle demande l'annulation.
L'assuré intimé conclut au rejet du recours, avec suite de frais et dépens. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.
Considérant en droit :
1.- Dans le domaine du droit des assurances sociales, le Tribunal fédéral des assurances considère depuis longtemps déjà qu'il n'y a en principe pas place pour des intérêts moratoires, dans la mesure où ils ne sont pas prévus par la législation. La principale raison de l'exclusion de la dette d'intérêts dans ce domaine réside dans le rôle dévolu à l'administration. Celle-ci se présente comme détentrice de la puissance publique chargée d'instruire, parfois longuement, les demandes de prestations émanant des particuliers et de leur appliquer le droit de manière objective. Lui imposer systématiquement des intérêts moratoires reviendrait à la pénaliser pour avoir accompli son devoir avec soin. Quant à l'assuré, la règle de l'égalité des parties commande de le dispenser lui aussi du paiement d'intérêts de retard lorsqu'il a défendu ce qu'il estimait être son droit. De manière générale, on peut dire qu'il faut laisser l'administration exercer ses fonctions et l'assuré défendre ses droits sans craindre de devoir verser des intérêts moratoires. On ne saurait cependant laisser sans aucune sanction des manoeuvres illicites ou purement dilatoires. L'octroi d'intérêts de retard, dans ces hypothèses, se justifie même dans le domaine des assurances sociales, mais il ne doit intervenir qu'avec retenue. Il a ainsi été considéré qu'il n'y avait pas lieu d'admettre une obligation générale de verser des intérêts dans des groupes de cas et que seules des situations particulières pouvaient, à titre exceptionnel, donner lieu à un tel résultat, quand le sentiment du droit est heurté de manière particulière (ATF 119 V 81 ss consid. 3 et 4 ainsi que les arrêts cités; RAMA 2000 n° U 360 p. 34 consid. 3a).
Dans l'arrêt ATF 119 V 78, le Tribunal fédéral des assurances s'est penché sur la question de l'opportunité de procéder à un changement de jurisprudence en matière d'intérêts moratoires, au regard des critiques émises par la doctrine de l'époque; il y a répondu par la négative (consid. 4b). Nonobstant certaines critiques qui s'en suivirent et qui sont signalées dans l'arrêt du 13 août 1999 (RAMA 2000 n° U 360 p. 35 consid. 3c), auquel l'intimé se réfère, la Cour de céans n'a pas modifié sa jurisprudence en la matière à l'issue de cet arrêt (p. 36 consid. 3d).
2.- La LAA ne prévoit pas le versement d'intérêts moratoires pour les cas où un assuré est tenu de restituer des prestations d'assurance auxquelles il n'avait pas droit (cf. RAMA 2000 précité), ni dans l'éventualité où l'assureur-accidents doit allouer ses prestations. Il reste donc à examiner si la situation particulière justifie qu'il en soit calculé, sous l'angle de la jurisprudence qui vient d'être rappelée.
La durée de la procédure a été causée en majeure partie par le temps dont le Tribunal des assurances du canton de Vaud puis le Tribunal fédéral des assurances ont eu besoin pour statuer sur les recours successifs qui leur ont été soumis. Par ailleurs, la recourante n'a pas usé de manoeuvres illicites ou purement dilatoires lors du traitement du dossier, ce dont l'intimé ne lui fait - à juste titre - pas grief. Enfin, le sentiment du droit n'est pas non plus heurté de manière particulière par l'absence de paiement d'intérêts moratoires.
Dès lors, en l'état actuel du droit, il ne se justifie pas d'ajouter des intérêts aux sommes que la recourante doit verser à l'intimé, de sorte que le recours de droit administratif est bien fondé.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est admis et le jugement du Tribunal des
assurances du canton de Vaud du 28 décembre 2000 est
annulé.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au
Tribunal des assurances du canton de Vaud et à
l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 4 février 2002
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
La Présidente de la IVe Chambre :
Le Greffier :