A.- Am 20. April 2000 reichte die Stiftung Sicherheitsfonds BVG (nachfolgend Stiftung) beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die Firma B._ als ehemalige Kontrollstelle der Sammelstiftung Y._ ein, mit welcher sie gestützt auf Art. 56a BVG einen Rückgriffsanspruch für sichergestellte Leistungen in Höhe von Fr. 10,1 Mio. geltend machte. Die Firma B._ schloss auf Abweisung der Klage und stellte unter anderem die sachliche Zuständigkeit des Sozialversicherungsgerichts in Frage. Dieses beschränkte den Prozess einstweilen auf diese Frage. Mit Beschluss vom 28. August 2001 bejahte es seine Zuständigkeit und trat auf die Klage ein.
B.- Die Firma B._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben, und es sei auf die Klage mangels sachlicher Zuständigkeit des kantonalen Gerichts nicht einzutreten; dieses sei anzuweisen, die Sache an den zuständigen Zivilrichter weiterzuleiten.
Die Stiftung schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde; sie beantragt, das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich sei anzuweisen, das Verfahren fortzuführen. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.
C.- Auf das mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gestellte Gesuch um aufschiebende Wirkung trat der Präsident des Eidgenössischen Versicherungsgerichts mit Verfügung vom 11. Januar 2002 nicht ein.
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Gemäss Art. 73 BVG bezeichnet jeder Kanton ein Gericht, das als letzte kantonale Instanz über Streitigkeiten zwischen Vorsorgeeinrichtungen, Arbeitgebern und Anspruchsberechtigten entscheidet. Es entscheidet zudem über Verantwortlichkeitsansprüche nach Art. 52 BVG und über den Rückgriff nach Art. 56a Abs. 1 BVG (Abs. 1 in der seit
1. Januar 1997 in Kraft stehenden, durch Satz zwei ergänzten Fassung). Die Kantone sehen ein einfaches, rasches und in der Regel kostenloses Verfahren vor; der Richter stellt den Sachverhalt von Amtes wegen fest (Abs. 2). Die Entscheide der kantonalen Gerichte können auf dem Wege der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Eidgenössischen Versicherungsgericht angefochten werden (Abs. 4).
Im Rahmen dieser bundesrechtlichen Bestimmung hat der Kanton Zürich § 2 lit. d des Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht (GSVGer) erlassen. Gemäss der bis 31. Dezember 2000 gültig gewesenen Fassung beurteilt dieses als einzige kantonale gerichtliche Instanz "Klagen nach Art. 73 BVG einschliesslich die freiwillige Vorsorge der Personalvorsorgestiftungen gemäss Art. 89bis Abs. 5 und 6 ZGB". In der seit 1. Januar 2001 in Kraft stehenden, ergänzten Fassung werden "Klagen nach Art. 142 ZGB in Verbindung mit Art. 25a des Freizügigkeitsgesetzes (FZG) sowie nach Art. 25 FZG" ebenfalls ausdrücklich erwähnt.
3.- a) Art. 73 Abs. 1 BVG enthält bezüglich der mit dem zweiten Satz erweiterten Zuständigkeitsregelung keine ausdrückliche Übergangsordnung. Im zur Publikation in der amtlichen Sammlung vorgesehenen Urteil H. vom 14. Mai 2002 (B 85+89/00) hat das Eidgenössische Versicherungsgericht im Zusammenhang mit einer Verantwortlichkeitsklage nach Art. 52 BVG die Zuständigkeit des kantonalen und des Eidgenössischen Versicherungsgerichts nach Art. 73 Abs. 1 zweiter Satz (in Kraft seit 1. Januar 1997) bejaht. Dabei hat es erwogen, die Zuweisung der Verantwortlichkeitsprozesse nach Art. 52 BVG durch das Bundesgesetz vom 21. Juni 1996 an das Berufsvorsorgegericht per 1. Januar 1997 sei im Rahmen der Dringlichkeit dieser BVG-Revision (BBl 1996 I 571) zu betrachten: Auf dem Hintergrund der krisenbedingt zunehmenden Zahlungsunfähigkeiten von Vorsorgeeinrichtungen, deren angeschlossene Arbeitgeber den Zahlungsverpflichtungen nicht mehr nachzukommen vermochten, seien die Leistungsgarantien des Sicherheitsfonds (Art. 56 BVG) auf die weitergehende (reglementarische) Vorsorge ausgedehnt worden (Art. 56 Abs. 1 lit. c BVG in der Fassung vom 21. Juni 1996). Gleichzeitig habe der Gesetzgeber dem Sicherheitsfonds gegenüber Personen, die für die Zahlungsunfähigkeit ein Verschulden trifft, ein Rückgriffsrecht eingeräumt (Art. 56a Abs. 1 BVG), mit dessen Beurteilung das Gericht nach Art. 73 Abs. 1 zweiter Satz BVG betraut und gleichzeitig in diesen ergänzten Satz die Zuständigkeit zur Entscheidung über Verantwortlichkeitsansprüche nach Art. 52 BVG eingefügt. Die vom Bundesrat angestrebte prozessuale Vereinfachung der Durchsetzung von Verantwortlichkeits- und Rückgriffsansprüchen (BBl 1996 I 576) sei Bestandteil der als dringlich bezeichneten Gesetzesrevision. Daraus folge, dass die beiden neu eingeführten Zuständigkeiten des Berufsvorsorgegerichts mit dem Inkrafttreten der Revision (1. Januar 1997) sofort anwendbar sein sollten. Anhaltspunkte dafür, dass die neue Zuständigkeit nur Klagen aus nach dem 1. Januar 1997 eingetretenen verantwortungs- oder rückgriffsrechtlich erheblichen Sachverhalten erfasse, seien nicht ersichtlich. Da es zudem um eine punktuelle Änderung der Rechtspflegebestimmungen des BVG gehe, welche mit der Einführung dieses Gesetzes auf den 1. Januar 1985 nicht zu vergleichen sei, vermöge eine Berufung auf BGE 112 V 356 nicht durchzudringen. Gegenteils lasse sich der Wille des Gesetzgebers erkennen, dass Verantwortlichkeitsstreitigkeiten nach Art. 52 BVG fortan durch das Berufsvorsorgegericht zu beurteilen seien, ein legislatorisches Regelungsziel, das noch während Jahren nicht erreicht worden wäre, wenn die zusätzlich geschaffene Rechtsprechungszuständigkeit des Berufsvorsorgerichters sich nicht auf haftungsbegründende Sachverhalte bezöge, die sich vor dem
1. Januar 1997 verwirklicht hatten.
b) Dieselben Überlegungen haben zu gelten, wenn der Sicherheitsfonds für sichergestellte Leistungen ein Rückgriffsrecht geltend macht. Die Regelungstatbestände der BVG-Revision vom 21. Juni 1996 - erweiterte Leistungspflicht des Sicherheitsfonds, redaktionelle Neufassung des Rückgriffsrechts und verfahrensrechtliche Vereinfachung von Verantwortlichkeits- und Rückgriffsansprüchen - stehen in einem engen sachlichen Zusammenhang und haben die gleiche Zielrichtung. Entsprechend ist auch die Erweiterung der berufsvorsorgerechtlichen Zuständigkeit in zeitlicher Hinsicht einheitlich zu handhaben. Der Konnex erhellt nicht zuletzt aus dem Hinweis der Klägerin im kantonalen Verfahren, die sachverhaltsmässige Grundlage des geltend gemachten Anspruchs sei weitgehend identisch mit derjenigen, die der Verantwortlichkeitsklage gegen dieselbe Beklagte durch die Sammelstiftung zu Grunde liegen werde, weshalb es sinnvoll erscheine, die beiden Verfahren zu vereinigen.
Solches ist nur möglich, wenn die Zuständigkeit des Berufsvorsorgegerichts ab 1. Januar 1997 sowohl für Verantwortlichkeits- wie auch für Rückforderungsklagen gilt, unabhängig davon, ob sich der Sachverhalt bereits vor diesem Datum verwirklicht hat. Die Betrachtungsweise, die erweiterte Zuständigkeitsbestimmung des Art. 73 Abs. 1 BVG sofort anzuwenden, steht zudem im Einklang mit dem in Rechtsprechung und Lehre anerkannten intertemporalrechtlichen Grundsatz, wonach neue Verfahrensvorschriften mangels anderslautender Übergangsbestimmungen mit dem Tag des Inkrafttretens sofort und in vollem Umfang anwendbar sind (BGE 117 V 93 Erw. 6b in fine, 112 V 360 Erw. 4a, 111 V 47 Erw. 4, 110 V 332 Erw. 3a; RKUV 1998 Nr. KV 37 S. 316 Erw. 3b; SVR 1995 MV Nr. 4 S. 12 Erw. 2b; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege,
2. Aufl. , S. 52; Kölz/Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes,
2. Aufl. , Zürich 1998, S. 29 Rz 77 ff.; Kölz, Intertemporales Verwaltungsrecht, ZSR 1983 Bd. II, S. 222 f.).
4.- a) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird geltend gemacht, § 2 lit. d GSVGer sei eine statische Verweisungsnorm; das Verweisungsobjekt (Art. 73 BVG) umfasse in der verwiesenen Fassung die von der Klägerin geltend gemachten Rückgriffsansprüche nicht. Art. 73 Abs. 1 BVG stelle zudem keine direkt anwendbare, das kantonale Recht derogierende Norm dar, sondern trage der Organisationsautonomie der Kantone Rechnung. Die Zuständigkeit des Sozialversicherungsgerichts könne daher nicht gestützt auf diese Bestimmung begründet werden. Selbst wenn sich daraus eine direkte Zuständigkeit ableiten liesse, könne eine solche aus intertemporalrechtlichen Gründen nicht angenommen werden.
b) Der Bundesgesetzgeber legt in Art. 73 Abs. 1 Satz 1 BVG fest, dass jeder Kanton ein Gericht als letzte kantonale Instanz bezeichnet, das über Streitigkeiten zwischen Vorsorgeeinrichtungen, Arbeitgebern und Anspruchsberechtigten entscheidet. Streitigkeiten im Sinne dieser Bestimmung sind durch die gleiche letzte kantonale Instanz zu beurteilen (BGE 113 V 202 Erw. 3c). Im Gesetz über das Sozialversicherungsgericht hat sich der Kanton Zürich dafür entschieden, ein für das ganze Sozialversicherungsrecht zuständiges kantonales Gericht zu schaffen. Mit der Formulierung "einzige gerichtliche Instanz" in § 2 GSVGer wird festgehalten, dass es sich um ein einstufiges kantonales Justizverfahren vor dem Sozialversicherungsgericht handelt (Christian Zünd, Kommentar zum Gesetz über das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, Diss. Zürich 1999, N 3 zu § 2 GSVGer). Mit der Revision des BVG vom 21. Juni 1996 wurde Art. 73 Abs. 1 BVG in einem zweiten Satz wie folgt ergänzt: "Es entscheidet zudem über Verantwortlichkeitsansprüche nach Art. 52 und über den Rückgriff nach Art. 56a Abs. 1 BVG".
Nach dem Wortlaut von Art. 73 Abs. 1 BVG - von welchem für die Auslegung eines Gesetzes in erster Linie auszugehen ist (zur Gesetzesauslegung vgl. BGE 127 IV 194 Erw. 5b/aa, 127 V 5 Erw. 4a, 92 Erw. 1d, 198 Erw. 2c, je mit Hinweisen) - kann sich der Ausdruck "es" in Satz zwei nur auf das im vorangehenden Satz erwähnte "Gericht" beziehen. Mit der Verwendung des Begriffs "zudem" wird sodann erhärtet, dass dieses Gericht zusätzlich über die im zweiten Satz ausdrücklich erwähnten Streitigkeiten zu befinden haben wird.
Dies bedeutet, dass der Gesetzgeber das Gericht, das die Kantone bereits vor der Revision vom 21. Juni 1996 für Streitigkeiten nach Art. 73 Abs. 1 BVG als zuständig bezeichnet hatten, auch mit der Beurteilung von Verantwortlichkeitsansprüchen und dem Rückgriff befasst haben wollte.
Zum gleichen Ergebnis führt die Berücksichtigung der Ausführungen in den Erläuterungen der Kommission für Soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates, wonach Art. 73 Abs. 1 BVG ergänzt werde durch die Bestimmung, dass das vom Kanton bezeichnete kantonale Gericht auch über Verantwortlichkeitsansprüche und den Rückgriff zu entscheiden habe (BBl 1996 I 576). Nichts anderes lässt sich Sinn und Zweck der Revision von Art. 73 Abs. 1 BVG entnehmen (vgl. dazu bereits Erwägung 3a oben).
c) Hat der Bundesgesetzgeber die Zuständigkeit somit in dem Sinne geregelt, dass sämtliche Klagen nach Art. 73 Abs. 1 BVG (letztinstanzlich) von demselben kantonalen Gericht zu behandeln sind, bedarf es keiner Anpassung von § 2 lit. d GSVGer. Indem das kantonale Recht (ohne Einschränkung in zeitlicher Hinsicht) auf das Klagerecht nach Art. 73 BVG verweist, verpflichtet es damit das Sozialversicherungsgericht, grundsätzlich alle Eingaben zu behandeln, welche sich auf die fragliche Bestimmung des Bundesrechts stützen. Angesichts des bundesrechtlich geregelten Rechtsweges könnte der kantonale Gesetzgeber gar nicht anders, als für die in Art. 73 Abs. 1 Satz 2 BVG erwähnten Streitigkeiten ebenfalls das Sozialversicherungsgericht für zuständig zu erklären (zur derogatorischen Kraft des Bundesrechts vgl. BGE 127 I 68 Erw. 4a, 126 I 78 Erw. 1).
5.- a) Da es nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht, ist das Verfahren kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario). Die Beschwerdeführerin hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu bezahlen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG).
b) Nach Art. 159 Abs. 2 OG darf im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde obsiegenden Behörden oder mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen werden.
Dies gilt auch für Träger oder Versicherer der beruflichen Vorsorge gemäss BVG (BGE 126 V 149 Erw. 4, 118 V 169 Erw. 7). Indessen hat die Rechtsprechung zum fehlenden Parteientschädigungsanspruch stets Ausnahmen vorbehalten, wenn die besondere Art des Prozesses die Zusprechung von Parteikosten rechtfertigt. Eine solche Ausnahme hat es beispielsweise für den Haftungsprozess nach Art. 52 BVG bejaht. Denn es sei einer Vorsorgeeinrichtung nicht zuzumuten, ihre Anwaltskosten selbst tragen zu müssen, welche sie auf sich nehmen musste, um Ersatz von jenen zu bekommen, welche sie geschädigt haben. Was für das Krankenversicherungsrecht im Rahmen des Prozesses betreffend Honorarrückforderungen der Kassen aus unwirtschaftlicher Behandlungsweise des Leistungserbringers gelte (BGE 119 V 456 Erw. 6b mit Hinweisen; SVR 1995 KV Nr. 40 S. 125 Erw. 5b), habe seine Richtigkeit auch für den Verantwortlichkeitsprozess nach Art. 52 BVG (zur Publikation in der amtlichen Sammlung vorgesehenes Urteil H. vom 14. Mai 2002, B 85+89/00). Nicht anders zu entscheiden ist, wenn es in einem Prozess um Rückforderungen des Sicherheitsfonds für sichergestellte Leistungen geht.
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
III. Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin für
das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht
eine Parteientschädigung von Fr. 1500.- (einschliesslich
Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 11. Juli 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: