Sachverhalt:
A. Der Gerichtspräsident des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen verurteilte X._ am 10. September 2008 wegen mangelnder Aufmerksamkeit (mit Unfallfolgen) in Anwendung von Art. 90 Ziff. 1 SVG zur Bezahlung einer Busse von Fr. 300.--.
Das Obergericht des Kantons Bern wies die Appellation von X._ am 24. Februar 2009 ab und bestätigte das erstinstanzliche Urteil.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 30. März 2009 beantragt X._, das Urteil des Obergerichts vom 24. Februar 2009 aufzuheben und sie vom Vorwurf der mangelnden Aufmerksamkeit freizusprechen.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Verurteilung der Beschwerdeführerin zu einer Busse wegen mangelnder Aufmerksamkeit erfolgte gestützt auf den Tatbestand der einfachen Verletzung von Verkehrsregeln, bei welchem es sich gemäss Art. 90 Ziff. 1 SVG i.V.m. Art. 103 StGB um eine Übertretung handelt. Bilden ausschliesslich Übertretungen Gegenstand des Verfahrens, so kann gemäss Art. 334 Abs. 3 des Gesetzes des Kantons Bern vom 15. März 1995 über das Strafverfahren (StrV/BE) die Sachverhaltsfeststellung mit der Appellation nur angefochten werden, wenn sie auf einer offensichtlich unrichtigen Akten- oder Beweiswürdigung beruht.
Die Einschränkung der Kognition des Obergerichts auf eine Willkürprüfung des Sachverhalts wird somit vom einschlägigen Verfahrensrecht ausdrücklich vorgeschrieben. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist das Obergericht keineswegs in Willkür verfallen, indem es die Sachverhaltsrügen nicht frei prüfte. Unerfindlich ist zudem, inwiefern dadurch Art. 26 Abs. 4 der Verfassung des Kantons Bern vom 6. Juni 1993 (KV/BE) verletzt sein soll. Die Bestimmung enthält die kantonalrechtliche Ausgestaltung der Unschuldsvermutung. Einen Anspruch, dass der Kanton gegen alle Strafurteile ein Rechtsmittel mit freier Sachverhaltsprüfung gewährleisten muss, lässt sich daraus nicht ableiten.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG, vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (BGE 134 IV 36 E. 1.4.1).
Ist die Kognition der kantonalen Vorinstanz in Sachverhaltsfragen auf Willkür beschränkt, so prüft das Bundesgericht frei, ob die vor der Vorinstanz vorgebrachte Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung zu Unrecht abgewiesen wurde. Diese Prüfung läuft regelmässig darauf hinaus zu beurteilen, ob die Beweise im angefochtenen Entscheid willkürlich gewürdigt wurden, was der Fall ist, wenn die Vorinstanz Willkür hätte bejahen müssen. Bei der Begründung der Rüge, die Vorinstanz habe Willkür zu Unrecht verneint, muss sich der Beschwerdeführer daher auch mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Er darf sich mithin nicht auf eine reine Wiederholung der vor der Vorinstanz erhobenen Rügen beschränken (vgl. BGE 132 IV 70 nicht publ. E. 2.3; Urteil des Bundesgerichts 6B_730/2008 vom 13. Februar 2009 E. 2.2).
2. 2.1 Dem Entscheid des Kreisgerichts Bern-Laupen liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
Am 28. März 2006 ereignete sich beim Bahnhof Gasel auf der Schwarzenburgstrasse vor dem dortigen Fussgängerstreifen eine Auffahrkollision. Ein aus Richtung Schwarzenburg anfahrender, unbekannt gebliebener Automobilist hielt vor dem Fussgängerstreifen an, da eine ebenfalls unbekannt gebliebene Fussgängerin im Begriff war, die Strasse zu überqueren. Hinter ihm konnte A._ ihren Nissan X-Trail rechtzeitig zum Stillstand bringen. Die ihr nachfolgende Beschwerdeführerin fuhr mit ihrem Toyota Picnic jedoch in den Nissan von A._. Zudem kollidierte der zuhinterst anfahrende Toyota MR2 von B._ mit dem Toyota Picnic der Beschwerdeführerin. Der Unfallhergang wurde von C._, welcher mit seinem Fahrzeug auf der Gegenfahrbahn vor dem erwähnten Fussgängerstreifen anhielt, beobachtet.
Gestützt auf die von C._ unmittelbar nach dem Unfall gegenüber der Polizei erfolgte Spontanaussage, die an den involvierten Fahrzeugen entstandenen Schäden und eine dynamisch-technische Begutachtung des Unfalls durch den Experten D._ kam das Kreisgericht Bern-Laupen zum Schluss, der Personenwagen von B._ sei erst nachträglich mit demjenigen der Beschwerdeführerin kollidiert. Die Beschwerdeführerin sei daher nicht von B._ gestossen worden, als sie auf das Fahrzeug von A._ auffuhr. Das Obergericht hält diese Beweiswürdigung für vertretbar.
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt Willkür bei der Beweiswürdigung und eine Verletzung des Grundsatzes in dubio pro reo. Der Schuldspruch stütze sich einzig auf die angeblichen Aussagen von C._ im Rapport der Kantonspolizei Bern. Dies obschon der Zeuge C._ anlässlich der Hauptverhandlung, auch auf mehrmalige Nachfrage des Richters hin und nach Vorhalt seiner anderslautenden Aussagen bei der Polizei, ausgesagt habe, er sei sich sicher, dass sich der Unfallvorgang nicht wie im Polizeirapport beschrieben, zugetragen habe. Zudem würde das Obergericht auf widersprüchliche Weise auf die Aussagen von B._ und das Gutachten D._ abstellen, welche an anderer Stelle als nicht aussagekräftig beurteilt würden. Schliesslich sei problematisch, wenn das Obergericht, als richterliche Behörde ohne besondere Kenntnis der Verkehrs- und Unfalldynamik, eigene physikalische Überlegungen anstelle und zu den Expertengutachten teilweise widersprechenden Schlussfolgerungen komme. Das Obergericht habe sich über erhebliche Zweifel hinweggesetzt und dadurch das Willkürverbot und die Unschuldsvermutung verletzt.
2.3 Eine Sachverhaltsfeststellung ist willkürlich im Sinne von Art. 9 BV, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offenkundigen Versehen beruht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (BGE 134 I 140 E. 5.4; 129 I 173 E. 3.1; 127 I 54 E. 2b, mit Hinweisen).
2.4 Aus der in Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Unschuldsvermutung wird die Rechtsregel in dubio pro reo abgeleitet. In seiner von der Beschwerdeführerin angerufenen Funktion als Beweiswürdigungsregel besagt dieser Grundsatz, dass sich der Strafrichter nicht von einem für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalt überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Der Unschuldsvermutung als Beweiswürdigungsregel kommt keine über das Willkürverbot von Art. 9 BV hinausgehende selbständige Bedeutung zu (BGE 127 I 38 E. 2a; 124 IV 86 E. 2a, mit Hinweisen). Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin handelt es sich auch bei Art. 26 Abs. 4 KV/BE nicht um eine selbständige Beweiswürdigungsregel (so auch THOMAS MAURER, Das bernische Strafverfahren, 2. Aufl., Bern 2003, S. 28).
2.5 Nach Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK hat der Beschuldigte Anspruch darauf, dem Belastungszeugen Fragen zu stellen. Der Anspruch bildet Bestandteil des Rechts auf ein faires Verfahren nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Eine belastende Zeugenaussage ist somit grundsätzlich nur verwertbar, wenn der Beschuldigte wenigstens einmal während des Verfahrens angemessene und hinreichende Gelegenheit hatte, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Fragen an den Belastungszeugen zu stellen, wobei als Zeugenaussagen auch in der Voruntersuchung gemachte Aussagen vor Polizeiorganen gelten. Auf eine Konfrontation kann nur unter besonderen Umständen verzichtet werden, etwa wenn eine solche aus objektiven, von den Strafverfolgungsbehörden nicht zu vertretenden Gründen nicht möglich ist (BGE 133 I 33 E. 3.1; 131 I 476 E. 2.2; 129 I 151 E. 3.1; 125 I 127 E. 6; 124 I 274 E. 5b, je mit Hinweisen). Dies hindert das Gericht nicht daran, bei widersprüchlichen Äusserungen für die Sachverhaltsfeststellung auf die ersten, gegenüber der Polizei erfolgten Aussagen abzustellen, wenn es im Rahmen der freien richterlichen Beweiswürdigung (Art. 249 BStP; vgl. BGE 133 I 33 E. 2.1; 127 IV 172 E. 3a) zur Überzeugung gelangt, dass diesen und nicht den später, anlässlich der Konfrontationseinvernahme erfolgten Aussagen Glaube zu schenken ist.
2.6 Gutachten unterliegen, wie jedes andere Beweismittel, der freien richterlichen Beweiswürdigung. In Fachfragen darf das Gericht nicht ohne triftige Gründe vom Gutachten abweichen. Umgekehrt kann das Abstellen auf nicht schlüssige Gutachten gegen das Verbot der willkürlichen Beweiswürdigung (Art. 9 BV) verstossen. Dies ist namentlich der Fall, wenn gewichtige, zuverlässig begründete Tatsachen oder Indizien die Überzeugungskraft des Gutachtens ernstlich erschüttern (BGE 133 II 384 E. 4.2.3; 129 I 49 E. 4).
3. 3.1 C._ sagte gegenüber der Polizei aus, er habe beobachten können, wie der unbekannt gebliebene Fahrzeuglenker und A._ ihr Fahrzeug vor dem Fussgängerstreifen zum Stillstand brachten. Plötzlich habe es stark "gekracht", da der blaue Toyota Picnic, nach seinem Dafürhalten ungebremst, mit dem Heck des Nissans kollidiert sei. Als die Fahrzeuge wieder stillstanden, sei das dritte Fahrzeug, ein Toyota MR2, in den stehenden Toyota Picnic gefahren. Er habe gesehen, wie der Toyota MR2 aufgrund des Bremsmanövers leicht schleuderte.
Anlässlich der Hauptverhandlung vom 10. September 2008 gab der Zeuge C._ zu Protokoll, das letzte Fahrzeug, ein Sportwagen, sei in das vordere Fahrzeug gefahren und habe dieses in das nächste gedrückt. Er könne nicht mehr genau sagen, ob es zwischen dem ersten Fahrzeug und dem Sportwagen zwei oder drei Fahrzeuge gegeben habe. Auf Vorhalt der Aussagen im Unfallprotokoll sagte der Zeuge aus, er könne sich nicht mehr daran erinnern.
3.2 Der Experte D._ hielt im Gutachten vom 27. April 2007 fest, aufgrund der nassen Fahrbahn und der dadurch reduzierten Bremshaftung sowie infolge des ungenügenden Abstands sei es zur Kollision des Fahrzeugs der Beschwerdeführerin mit demjenigen von A._ gekommen. Der Toyota Picnic der Beschwerdeführerin sei daraufhin etwas zurückgeworfen worden, woraufhin es zum relativ leichten Folgeanstoss des aufschliessenden Fahrzeugs von B._ in das Heckteil der Beschwerdeführerin gekommen sei. Die Bagatellschäden am Heck des Toyota Picnic der Beschwerdeführerin und der Front des Toyota MR2 von B._ würden nur auf einen leichten Anstoss hinweisen. Gestützt auf die zur Verfügung gestellten Unterlagen und nach einer Ortsbesichtigung habe die Unfallursache der zwei separat verlaufenen Auffahrereignisse genau beschrieben und dargestellt werden können. Der präzise Unfallhergang sei mit der verwendeten Erfahrungsmethode sehr gut nachvollziehbar.
Das Ergänzungsgutachten des Experten D._ vom 26. Mai 2008 befasst sich ausschliesslich mit den Zusatzfragen des Verteidigers der Beschwerdeführerin. Zu beantworten waren zum Teil technische Fragen, etwa betreffend die Kollisionsgeschwindigkeit der Fahrzeuge, was zusätzliche Berechnungen anhand von EES-Werten erforderlich machte. Der Experte kam zum Ergebnis, dass die zusätzliche Begutachtungsmethode für sich alleine nicht schlüssig sei, das Ergebnis des ersten Gutachtens gestützt auf die Berechnungen im Ergänzungsgutachten jedoch bestätigt werden könne (vgl. Schreiben des Gutachters D._ vom 23. Juni 2008).
3.3 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Urteil zusammengefasst argumentiert, C._ habe den Unfallhergang als nicht Unfallbeteiligter aus bester Wahrnehmungsposition beobachten können. Die von ihm gegenüber der Polizei gemachten Erstaussagen seien kurz nach dem Unfall erfolgt. Seine spontanen Schilderungen des Unfallhergangs würden rein sachlich, detailliert und stimmig erscheinen und seien offenkundig Ausdruck von tatsächlich selber Erlebtem. Anhaltspunkte für Falschaussagen oder eine ungenaue Protokollierung seiner Schilderungen seien nicht auszumachen. C._ habe das diesbezügliche Protokoll eigenhändig unterschrieben und damit dessen Richtigkeit bestätigt. An der Schlüssigkeit dieser Erstaussagen ändere nichts, dass sich der Zeuge ca. 1 1⁄2 Jahre später an der Hauptverhandlung nicht mehr im Einzelnen an den Unfallhergang erinnern konnte. Die von C._ nach dem Unfall gemachten Aussagen würden auch in Einklang stehen mit den an den involvierten Fahrzeugen festgestellten Schäden, welche klar darauf hinweisen würden, dass der Aufprall des Toyota Picnic der Beschwerdeführerin mit dem Nissan von A._ mit deutlich grösserer Wucht und allenfalls ungebremst erfolgte, während der Aufprall des Toyota MR2 von B._ erheblich geringer war. Ein Widerspruch sei auch mit den Gutachten vom 27. April 2007 und 26. Mai 2008 sowie den Aussagen von A._ und B._ nicht auszumachen. Der Experte D._ gehe ebenfalls davon aus, dass es nach einem ersten Aufprall des Toyota Picnic der Beschwerdeführerin mit dem Fahrzeug von A._ zu einem relativ leichten Folgeanstoss in das Heckteil des Toyotas der Beschwerdeführerin gekommen sei. Der vorderrichterliche Beweisschluss, wonach die Beschwerdeführerin, unabhängig vom Anstoss des Fahrzeugs von B._, praktisch ungebremst in das vor ihr stehende Fahrzeug von A._ gefahren sei, erscheine daher naheliegend und ohne Weiteres nachvollziehbar.
3.4 Die Begründung des Obergerichts, weshalb auf die Erstaussagen von C._ abzustellen ist und die davon abweichende Schilderung des Unfallgeschehens an der Hauptverhandlung weniger überzeugend erscheint, ist nicht zu beanstanden. Dies umso weniger, als auch das Gutachten des Experten D._ vom 27. April 2007 für diese Version spricht und praktisch ausschliesst, dass der Toyota Picnic der Beschwerdeführerin erst durch den Aufprall des Toyota MR2 von B._ in den Nissan gedrückt wurde. Dieser Unfallhergang ist auch mit dem Ergänzungsgutachten vom 26. Mai 2008 und den Aussagen von B._ und A._ vereinbar. Das Obergericht durfte eine willkürliche Beweiswürdigung durch das Kreisgericht damit verneinen.
4. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld