Fatti:
A. Per decisione del 28 settembre 2006 l'Ufficio AI per gli assicurati residenti all'estero (UAI) ha respinto la richiesta di rendita formulata il 25 febbraio 2005 da S._, cittadino italiano residente in Italia, nato nel 1951.
B. Mediante pronuncia del 29 giugno 2007, il Tribunale amministrativo federale ha accolto il ricorso dell'assicurato contro la decisione amministrativa nel senso che ha annullato il provvedimento e ha rinviato gli atti all'amministrazione per complemento istruttorio e nuova decisione.
C. Producendo nuova documentazione medica, S._ ha deferito il giudizio di primo grado al Tribunale federale, al quale chiede l'assegnazione, con effetto dal 1° aprile 2006, di una prestazione corrispondente a un tasso d'invalidità del 100%.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. Giusta l'art. 29 cpv. 1 LTF, il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza. Esso statuisce così liberamente sulla ricevibilità dei ricorsi che gli sono sottoposti (DTF 133 I 185 consid. 2 pag. 188 con riferimenti).
2. 2.1 Nella misura in cui rinvia la causa all'amministrazione per complemento istruttorio, il giudizio impugnato costituisce una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF (DTF 133 V 477 consid. 4.2 pag. 481). L'ammissibilità del ricorso presuppone di conseguenza - in via alternativa - che la pronuncia possa causare un pregiudizio irreparabile (cpv. 1 lett. a) oppure che l'accoglimento del ricorso comporti immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cpv. 1 lett. b).
2.2 Un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF è un danno di natura giuridica che non può essere riparato ulteriormente da un giudizio finale o da un'altra decisione favorevole al ricorrente (DTF 133 IV 139 consid. 4 pag. 141, 288 consid. 3.1 pag. 291). Per contro, un danno meramente fattuale, come può essere il prolungamento della procedura o un aumento delle sue spese, non può essere considerato irreparabile (DTF 133 I 57 consid. 1 pag. 59). Spetta al ricorrente spiegare in che misura la decisione incidentale in lite sia di natura tale da provocare un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, oppure in che misura l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF. Se ciò non si verifica - e a meno che una di queste due condizioni non sia manifestamente data - , il Tribunale federale non entra nel merito del ricorso (cfr. DTF 133 III 629 consid. 2.3.1 pag. 632).
2.3 Orbene, il ricorrente non spiega minimamente in quale misura il giudizio impugnato gli provocherebbe un danno irreparabile né in che misura l'accoglimento del ricorso eviterebbe una procedura probatoria defatigante o dispendiosa. Ciò non risulta del resto neppure chiaramente dagli atti. Di conseguenza, il Tribunale federale non può entrare nel merito del ricorso.
3. Le spese giudiziarie, che seguono la soccombenza, devono essere poste a carico del ricorrente (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale amministrativo federale e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.