Faits:
A. X._ SA (ci-après: la Société), dont l'administrateur unique est A._ et le directeur B._, a son siège à C._. Elle a été condamnée à plusieurs reprises par le Service de l'emploi du canton de Vaud pour avoir employé des travailleurs étrangers qui n'étaient pas en possession des autorisations requises par la loi.
Le 4 juin 2008, elle a reçu un avertissement.
Le 20 janvier 2011, elle a fait l'objet d'une décision de non entrée en matière sur demande d'admission de travailleurs étrangers pour trois mois.
Le 2 mai 2011, elle a fait l'objet d'une décision de non entrée en matière sur demande d'admission de travailleurs étrangers pour six mois.
Le 6 juillet 2011, elle a fait l'objet d'une décision de non entrée en matière sur demande d'admission de travailleurs étrangers pour six mois.
La Société a également été dénoncée dans d'autres cantons, Valais et Jura pour des faits similaires. B._ a en outre fait l'objet d'une ordonnance pénale du 3 octobre 2011 le condamnant à une peine de 180 jours-amende avec sursis pendant trois ans pour infractions à la loi sur les étrangers, à la loi sur l'assurance-vieillesse et survivants, à la loi sur l'assurance perte de gain, à la loi sur l'assurance accident, à la loi sur les allocations familiales et à la loi sur l'assurance chômage.
Le 5 octobre 2011, un contrôle de chantier sur lequel oeuvrait la Société a montré qu'un employé, Y._ travaillait pour le compte de celle-ci depuis le 8 août 2011 sans être au bénéfice d'une autorisation de séjour et de travail valable. Le 2 novembre 2011, B._ a admis qu'il avait engagé cette personne sans connaître son statut en Suisse. Cela a été confirmé par courrier du 18 novembre 2011 de la Société au Service de l'emploi.
B. Le 13 décembre 2011, le Service de l'emploi a rendu la décision suivante à l'encontre de la Société:
"1. X._ SA doit respecter les procédures applicables en cas d'engagement de main d'?uvre étrangère. Par ailleurs, et si ce n'est pas encore fait, vous voudrez bien immédiatement rétablir l'ordre légal et cesser d'occuper le personnel concerné.
2. Toute demande d'admission de travailleurs étrangers formulée par X._ SA, à compter de ce jour et pour une durée de 12 mois, sera rejetée (non-entrée en matière).
3. Un émolument administratif de CHF 500 lié à la présente décision de non-entrée en matière est mis à la charge de X._ SA.
Pour le surplus, Monsieur A._, en tant qu'employeur est formellement dénoncé aux autorités pénales, qui reçoivent une copie de la présente et du dossier."
Par décision du 13 décembre 2011, le Service de l'emploi a aussi facturé à X._ SA les frais de contrôle du 5 octobre 2011 arrêtés à 1'100 fr. correspondant à 11 h. de travail.
Le 30 janvier 2012, X._ SA a recouru contre la décision de rejet de ses demandes de permis durant 12 mois pour violation de la liberté économique, du principe de proportionnalité et de la loi du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
C. Par arrêt du 20 juillet 2012, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours. L'art. 122 LEtr n'avait pas été violé, du moment que les demandes de l'intéressée seraient bien examinées dans le futur mais seraient rejetées si elles devaient être formulées durant le délai de blocage. Pour le surplus, le principe de proportionnalité avait été respecté.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de modifier le chiffre 2 de la décision rendue le 13 décembre 2011 par le Service de l'emploi du canton de Vaud en ce sens que toute demande d'admission de travailleurs étrangers sera rejetée pour une durée à dire de justice, subsidiairement d'annuler l'arrêt rendu le 20 juillet 2012 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le Service de l'emploi conclut au rejet du recours. Le Tribunal cantonal du canton de Vaud se réfère à son arrêt.
Par ordonnance du 20 septembre 2012, le Président de la IIe cour de droit public du Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la recourante qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est en principe recevable.
En revanche, dans la mesure où la recourante dirige ses conclusions à l'encontre du chiffre 2 de la décision rendue le 13 décembre 2011 par le Service de l'emploi du canton de Vaud, son recours n'est pas recevable, en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (ATF 136 II 101 consid. 1.2 p. 104; cf. art. 31 al. 1 et 2 de la loi du 18 décembre 2007 d'application dans le Canton de Vaud de la législation fédérale sur les étranger; LVLEtr; RS/VD 142.11). Il en va de même du grief dénonçant une violation de l'art. 122 LEtr par cette même décision du 13 décembre 2011 au motif qu'elle mentionne les termes "non-entrée en matière". A cet égard, du reste, l'instance précédente a clairement jugé que les demandes de l'intéressée seraient bien examinées dans le futur mais seraient rejetées si elles devaient être formulées durant le délai de blocage.
2. 2.1 D'après l'art. 91 LEtr, avant d'engager un étranger, l'employeur doit s'assurer qu'il est autorisé à exercer une activité lucrative en Suisse en examinant son titre de séjour ou en se renseignant auprès des autorités compétentes (al. 1). Selon la jurisprudence, il appartient à chaque employeur de procéder au contrôle. La simple omission de procéder à l'examen du titre de séjour ou de se renseigner auprès des autorités compétentes constitue déjà une violation du devoir de diligence (arrêt 2C_357/2009 du 16 novembre 2009, consid. 5.3).
2.2 En l'espèce, la recourante a engagé Y._ sans connaître son statut en Suisse. Elle a par conséquent violé le devoir de diligence que lui impose l'art. 91 LEtr. Elle ne pouvait pas se contenter de penser qu'il était dans l'attente de papiers.
3. Invoquant la liberté économique, la recourante soutient que l'instance précédente a violé le principe de proportionnalité en confirmant la décision du Service de l'emploi de rejeter toutes ses demandes d'admission de travailleurs étrangers pour une durée de douze mois.
3.1 Le principe de proportionnalité (cf. art. 5 al. 2 Cst.) se compose traditionnellement des règles d'aptitude - qui exige que le moyen choisi soit propre à atteindre le but fixé -, de nécessité - qui impose qu'entre plusieurs moyens adaptés, on choisisse celui qui porte l'atteinte la moins grave aux intérêts privés -, et de proportionnalité au sens étroit - qui met en balance les effets de la mesure choisie sur la situation de l'administré et sur le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (ATF 133 I 77 consid. 4.1 p. 81, 130 II 425 consid. 5.2 p. 438, 128 II 292 consid. 5.1 p. 297 et la jurisprudence citée). Il peut être invoqué directement et de manière autonome par la voie du recours en matière de droit public (ATF 134 I 153 consid. 4.1 p. 156 s.)
3.2 Dans l'arrêt attaqué, l'Instance précédente a constaté que, par courrier du 28 mars 2007, la recourante avait été sommée de ne plus commettre d'infractions à la loi sur les étrangers le 4 juin 2008 et qu'elle avait été sanctionnée pour de telles infractions par trois décisions du Service de l'emploi des 20 janvier, 2 mai et 6 juillet 2011. Dans ces circonstances, elle pouvait confirmer la décision de rejet de toute demande de main-d'oeuvre étrangère pour une durée de 12 mois prononcée par le Service de l'emploi, du moment que la recourante viole la loi sur les étrangers de manière répétée et que les précédentes sanctions d'une durée de trois mois puis de deux fois six mois n'ont pas eu d'effet sur son comportement, comme l'a exposé de manière convaincante l'instance précédente dans la motivation de son arrêt à laquelle il peut être renvoyé (art. 109 al. 3 LTF). Ce blocage, comme cela ressort de la loi, ne vaut que dans la mesure où les travailleurs pour lesquels une autorisation est demandée n'y ont pas droit (art. 122 al. 1 in fine LEtr), quand bien même cette réserve n'est pas exprimée expressément.
Enfin, les objections de la recourante selon lesquelles elle pensait que son employé était dans l'attente de papiers ont déjà été écartées ci-dessus (cf. consid. 2.2). Elles doivent également l'être eu égard au principe de proportionnalité, en l'espèce pleinement respecté.
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service de l'emploi, au Service de la population et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 10 octobre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey