Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Zürich schrieb am 29. August 2011 das Verfahren in Sachen der Beschwerdeführerin als durch Rückzug erledigt ab. Zur Begründung führte es aus, die Beschwerdeführerin habe am 16. März 2011 zwar fristgerecht Berufung gegen das erstinstanzliche Urteil vom 4. März 2011 eingelegt, es jedoch trotz Hinweises auf die entsprechenden Säumnisfolgen unterlassen, schriftliche Berufungsanträge im Sinne von Art. 406 Abs. 1 lit. d und Abs. 3 StPO/ZH innert der ihr erstreckten Frist zu stellen und zu begründen. Die Berufung der Beschwerdeführerin gelte daher androhungsgemäss als zurückgezogen. Demzufolge sei das erstinstanzliche Urteil rechtskräftig. Die Kosten des Berufungsverfahrens seien der Beschwerdeführerin aufzuerlegen.
Die Beschwerdeführerin wendet sich an das Bundesgericht. Sie setzt sich mit den Erwägungen des angefochtenen Beschlusses nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern das Obergericht schweizerisches Recht im Sinne von Art. 95 BGG verletzt bzw. das kantonale Strafprozessrecht willkürlich angewendet haben könnte. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) nicht. Soweit sich die Beschwerdeführerin unter Hinweis auf die Beilagen auf neue Tatsachen beruft, handelt es sich um unzulässige Noven im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill