Erwägungen:
1. Am 20. März 2012 erhob die X._ GmbH Strafanzeige u.a. gegen die A._ AG wegen Verdachts des gewerbsmässigen Betrugs. Adhäsionsweise machte sie Zivilansprüche aus entgangenen Lizenzgebühren in der Höhe von 400'000 Euro geltend.
Am 31. Mai 2012 verfügte die Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau, die verlangte Untersuchung nicht anhand zu nehmen.
Hiergegen erhob die Anzeigerin Beschwerde ans Obergericht des Kantons Thurgau. Dieses ist mit Entscheid vom 12. September 2012 auf die Beschwerde nicht eingetreten, im Wesentlichen mit der Begründung, bei der fraglichen Angelegenheit handle es sich um den Fall einer rein zivilrechtlichen Streitigkeit.
2. Mit Eingabe vom 23. Oktober 2012, die am 29. Oktober 2012 beim Bundesgericht eingegangen ist, führt die X._ GmbH Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht.
Das Bundesgericht hat darauf verzichtet, Stellungnahmen zur Beschwerde einzuholen.
3. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob bzw. inwieweit ein bei ihm eingereichtes Rechtsmittel zulässig ist (s. etwa BGE 137 III 417 E. 1 mit Hinweisen).
Nach Art. 100 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen. Diese gesetzliche Frist ist nicht erstreckbar (Art. 47 Abs. 1 BGG).
Gemäss Aktenlage ist der angefochtene obergerichtliche Entscheid dem Beschwerdeführer bzw. seinem Rechtsvertreter am Montag, 24. September 2012 zugestellt worden. Also begann die Frist zur Anfechtung des Entscheids am Dienstag, 25. September 2012 zu laufen (Art. 44 Abs. 1 BGG), und am Mittwoch, 24. Oktober 2012 endete sie (Art. 45 BGG).
Die erst am Donnerstag, 25. Oktober 2012 der Schweizer Post übergebene Beschwerde ist daher verspätet eingereicht worden (vgl. Art. 48 BGG), so dass auf sie nicht einzutreten ist.
Der Mangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG entschieden werden kann.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Den Beschwerdegegnern ist durch das bundesgerichtliche Verfahren kein Aufwand entstanden, weshalb ihnen keine Parteientschädigung zuzusprechen ist.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Bopp