Faits:
A. Le 16 juin 2011, A._ a déposé plainte pénale à Genève pour soustraction de données (art. 143 CP), en raison du piratage de son compte de télécommunications qui aurait permis à des personnes non identifiées de passer des appels à ses frais, du 20 au 23 décembre 2010. La facture pour le mois de décembre 2010 était de 14'537 fr., alors que d'habitude elle s'élevait en moyenne à 2'000 fr.
Par ordonnance du 10 octobre 2011, le Ministère public du canton de Genève a refusé d'entrer en matière. Selon le rapport de police du 3 octobre 2011, les auteurs du piratage avaient probablement masqué leurs adresses IP d'origine en utilisant un serveur proxy. Ils n'avaient pas pu être identifiés et n'avaient quasiment aucune chance de l'être. La procédure pourrait être reprise en cas de découverte de nouveaux moyens de preuve ou de faits nouveaux.
B. Par arrêt du 16 décembre 2011, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a confirmé cette décision. Le Ministère public pouvait refuser d'entrer en matière, même après avoir demandé une enquête par la police. La découverte des auteurs du piratage nécessitait des actes d'instruction à l'étranger et les chances de succès étaient insuffisantes.
C. Par acte du 1er février 2012, A._ forme un recours en matière pénale par lequel elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et de l'ordonnance de non-entrée en matière, et demande que l'ordre soit donné au Ministère public d'ouvrir une enquête et d'accorder à la recourante l'accès au dossier ainsi que le droit d'offrir des preuves.
La Chambre pénale se réfère aux considérants de son arrêt. Le Ministère public conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée a été rendue en matière pénale au sens de l'art. 78 LTF. Elle a un caractère final (art. 90 LTF) et émane de l'autorité cantonale de dernière instance (art. 80 LTF). La recourante a agi en temps utile (art. 100 al. 1 LTF).
1.1 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir (cf. ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
Lorsque, comme en l'espèce, le recours est dirigé contre une décision de classement ou de non-entrée en matière, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (ATF 137 IV 219 consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
1.2 La recourante ne s'exprime pas du tout sur cette question. On peut toutefois aisément déduire du dossier qu'elle entend, après avoir découvert les auteurs du piratage dont elle a été la victime, exiger d'eux le remboursement des frais de télécommunications qui lui ont été indûment facturés, soit environ 12'000 fr. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 310 al. 1 in initio CPP. Elle estime qu'une ordonnance de non-entrée en matière ne pourrait être rendue que dans le cas où aucune instruction n'a été ouverte. En l'occurrence, la cause a été renvoyée à la police qui, après un rapport de la brigade de la criminalité économique du 5 septembre 2011, aurait rendu son rapport le 3 octobre 2011. Il s'agirait de mesures d'instruction au sens de l'art. 312 al. 1 CPP et non d'un simple avis préliminaire selon l'art. 309 al. 2 CPP.
2.1 Une ordonnance de non-entrée en matière, au sens de l'art. 310 CPP, est rendue immédiatement par le ministère public lorsqu'il apparaît notamment, à réception de la plainte ou après une procédure préliminaire limitée aux investigations de la police (art. 300 al. 1 et 306 s. CPP), que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis (al. 1 let. a), qu'il existe des empêchements de procéder (let. b) ou qu'il y a lieu de renoncer à l'ouverture d'une poursuite pénale pour des motifs d'opportunité (let. c). Le ministère public ne peut donc pas rendre une telle ordonnance après avoir ouvert une instruction au sens de l'art. 309 CPP (CORNU, Commentaire romand CPP, n° 2 ad art. 310).
2.2 En l'espèce, le Ministère public a reçu la plainte le 16 juin 2011. Une enquête préliminaire a été ouverte et le dossier a été transmis à la police, qui a rendu son rapport le 3 octobre 2011. Aucune décision formelle d'ouverture d'une instruction n'a donc été prise par le Ministère public avec la mention des prévenus et des infractions qui leur sont imputées, comme le prévoit l'art. 309 al. 3 CPP. Contrairement à ce que soutient la recourante, un rapport de police peut également être requis avant l'ouverture d'une instruction par le ministère public, comme le prévoit l'art. 309 al. 2 CPP non seulement lorsqu'il s'agit de compléter un précédent rapport au sens de l'art. 307 CPP, mais aussi lorsque la dénonciation elle-même apparaît insuffisante (CORNU, Commentaire romand CPP, n° 20 ad art. 309). Tel a été le cas en l'occurrence, de sorte que la procédure n'a pas dépassé le stade de l'investigation policière. Cela permettait au Ministère public de rendre une ordonnance de non-entrée en matière. Le grief doit être écarté.
3. La recourante estime ensuite qu'une ordonnance de non-entrée en matière ne pourrait pas être rendue au seul motif que l'auteur de l'infraction ou son lieu de séjour seraient inconnus. Dans un tel cas, l'art. 314 al. 1 let. a CPP imposerait de suspendre la procédure après avoir laissé à la partie plaignante la possibilité de proposer des actes d'instruction.
3.1 Selon l'art. 314 al. 1 CPP, le ministère public peut suspendre l'instruction, notamment lorsque l'auteur ou son lieu de séjour est inconnu ou qu'il existe des empêchements momentanés de procéder (al. 1 let. a). Contrairement à ce que soutient la recourante, cette disposition est potestative et les motifs de suspension ne sont pas exhaustifs. Le ministère public dispose dès lors d'un certain pouvoir d'appréciation lui permettant de choisir la mesure la plus opportune entre une suspension de la procédure ou un refus d'entrer en matière.
3.2 En l'occurrence, la décision litigieuse admet que les éléments constitutifs de l'infraction dénoncée sont réunis. Toutefois, une non-entrée en matière peut également se justifier lorsque les charges sont manifestement insuffisantes, et si aucun acte d'enquête ne paraît pouvoir amener des éléments utiles à la poursuite (CORNU, op. cit. n° 9 ad art. 310). Tel est le cas lorsque l'identité de l'auteur de l'infraction ne peut vraisemblablement pas être découverte. A l'instar du Ministère public, la cour cantonale a retenu qu'aucun acte d'enquête raisonnable ne serait à même de permettre la découverte des auteurs de l'infraction. Les investigations possibles devraient en effet se dérouler, sur commissions rogatoires, en Tchéquie ou en Egypte pour tenter de découvrir les détenteurs d'adresses IP. Ces dernières pourraient vraisemblablement être localisées dans d'autres contrées, voire ne plus exister actuellement. De tels actes d'instruction seraient disproportionnés au regard des intérêts en jeu.
Ces considérations ne sont pas contestées par la recourante, laquelle n'indique pas non plus quel acte d'enquête raisonnable elle entendrait proposer si l'occasion lui en était donnée. Dans ces conditions, le Ministère public pouvait renoncer à une suspension de la procédure, laquelle l'aurait contraint, selon l'art. 314 al. 3 in fine CPP, à mettre préalablement en oeuvre des recherches jugées disproportionnées et auxquelles l'autorité a voulu, à juste titre, renoncer en l'état. Dans son résultat, la non-entrée en matière ne se distingue pas fondamentalement d'une suspension de la procédure puisque selon l'art. 323 al. 1 CPP (applicable par renvoi de l'art. 310 al. 2 CPP), la procédure pourra être reprise en cas moyens de preuve ou de faits nouveaux. Cette possibilité est expressément réservée dans la décision du Ministère public.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. Cela dispense d'examiner le grief relatif à l'octroi d'une indemnité pour la procédure cantonale. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 29 mai 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz