Faits:
A. Par arrêt du 24 septembre 2008, la Cour d'assises du canton de Genève a condamné X._, pour infractions graves à la LStup, à dix ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive, et a révoqué le sursis octroyé antérieurement à une peine d'un mois d'emprisonnement.
Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants.
A.a Entre 2004 et 2005, alors qu'il occupait un appartement à Genève avec Y._, X._ a fait la connaissance, par l'intermédiaire de Z._, de B._. Ces quatre personnes ont régulièrement fait venir des mules, soit C._ et D._, du Bénin jusqu'à Genève ou Hambourg. Celles-ci ont transporté à chaque voyage une quantité de l'ordre d'un kilo de cocaïne fournie, à Cotonou, par B._.
A.b La drogue importée à Genève était réceptionnée dans l'appartement de X._. Ce dernier la coupait, puis la revendait. Au total, le trafic a porté sur un minimum de 14 kilos de cocaïne importée du Bénin à Genève et de 1 kilo de cocaïne importée du Bénin à Hambourg. X._ a réalisé un bénéfice de 4 à 5'000 fr. par mois.
B. Par arrêt du 12 juin 2009, la Cour de cassation du canton de Genève a rejeté le pourvoi formé par X._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire et une violation des art. 47 CP ou 63 aCP, il conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Considérant en droit:
1. Invoquant l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits, le recourant conteste avoir joué un rôle clé dans le trafic de stupéfiants. Il se réfère en particulier aux témoignages des deux mules et d'un passeur qui ne l'auraient jamais impliqué dans l'affaire et relève certaines déclarations de divers intervenants au trafic qui, à son sens, attesteraient de son rôle subalterne.
1.1 Le Tribunal fédéral est un juge du droit. Il ne peut revoir les faits établis par l'autorité précédente que s'ils l'ont été de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (cf. ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153), ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Encore faut-il, à peine d'irrecevabilité, que la réalisation de ces conditions soit démontrée dans le recours. Il ne suffit donc pas que le recourant plaide à nouveau sa cause, conteste simplement les faits retenus ou rediscute la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel. Il lui incombe d'exposer, de manière substantiée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable.
1.2 L'argumentation du recourant ne suffit manifestement pas à faire admettre l'arbitraire allégué. D'une part, il se borne pratiquement à reprendre les critiques qu'il avait déjà formulées dans son recours cantonal, sans aucunement établir, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi le raisonnement par lequel l'arrêt attaqué les écarte serait arbitraire. D'autre part, il se contente de sortir certaines déclarations du dossier et d'affirmer que celles-ci attestent du fait contesté, sans critiquer les éléments retenus par les autorités inférieures, ni expliquer en quoi l'appréciation qui en a été faite ne pouvait aboutir au fait contesté, à savoir qu'il a bel et bien joué un rôle déterminant dans le trafic en question. Le grief est par conséquent irrecevable, faute de motivation suffisante au regard des exigences de l'art. 106 al. 2 LTF.
2. Invoquant une violation de l'art. 47 CP, le recourant se plaint de la peine infligée.
2.1 Les faits reprochés à l'intéressé ont été commis avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions de la partie générale du CP. Les autorités cantonales, qui ont statué postérieurement à cette date, devaient donc examiner si, en vertu du principe de la lex mitior (art. 2 al. 2 CP), le nouveau droit n'était pas plus favorable au recourant. A juste titre, elles ont appliqué l'ancienne loi, puisque la seule sanction qui entre en ligne de compte, au vu de la culpabilité du recourant, dépasse largement trois ans et que tout sursis est par conséquent exclu.
2.2 Pour fixer la peine, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Un recours portant sur la quotité de la peine ne peut donc être admis que si la sanction a été fixée en dehors du cadre légal, si elle est fondée sur des critères étrangers à l'art. 63 aCP, si les éléments d'appréciation prévus par cette disposition n'ont pas été pris en compte ou enfin si la peine apparaît exagérément sévère ou clémente au point que l'on doive parler d'un abus du pouvoir d'appréciation (cf. ATF 129 IV 6 consid. 6.1 p. 21; 127 IV 101 consid. 2c p. 104).
Le juge doit exposer dans sa décision les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens atténuant ou aggravant. II peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui paraissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (ATF 127 IV 101 consid. 2c p. 104 s.; 122 IV 265 consid. 2d p. 269).
La gravité de la faute est le critère essentiel à prendre en considération dans la fixation de la peine et le juge doit l'évaluer en fonction de tous les éléments pertinents, notamment ceux qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir le résultat de l'activité illicite, le mode d'exécution, l'intensité de la volonté délictuelle et les mobiles, et ceux qui concernent l'auteur, soit les antécédents, la situation personnelle et le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (ATF 129 IV 6 consid. 6.1 p. 20; 127 IV 101 consid. 2a p. 103).
Compte tenu des nombreux paramètres qui interviennent dans la fixation de la peine, une comparaison avec des affaires concernant d'autres accusés et des faits différents est d'emblée délicate. Il ne suffit pas que le recourant puisse citer un ou deux cas où une peine particulièrement clémente a été fixée pour prétendre à un droit à l'égalité de traitement (ATF 120 IV 136 consid. 3a p. 142 s.). Les disparités en cette matière s'expliquent normalement par le principe de l'individualisation des peines, voulu par le législateur; elles ne suffisent pas en elles-mêmes pour conclure à un abus du pouvoir d'appréciation. Ce n'est que si le résultat auquel le juge de répression est parvenu apparaît vraiment choquant, compte tenu notamment des arguments invoqués et des cas déjà examinés par la jurisprudence, que l'on peut parler d'un abus du pouvoir d'appréciation (ATF 123 IV 150 consid. 2a p. 152 s.).
2.3 Le recourant estime que sa peine est excessivement sévère au regard du rôle de subalterne qu'il a tenu dans le trafic.
Cette argumentation est irrecevable, car le fait ainsi invoqué s'écarte des constatations cantonales. En effet, selon l'arrêt entrepris, le recourant a procédé par métier au sein d'une organisation criminelle et son activité délictueuse a porté sur d'importantes quantités de cocaïne, lesquelles ont indiscutablement généré un chiffre d'affaires conséquent. En mettant son appartement à disposition, en y réceptionnant la drogue, en la coupant avant de la vendre et en conservant l'argent recueilli pour le remettre ensuite à Z._, il a bel et bien constitué la pierre angulaire d'un trafic de cocaïne, qui possédait des ramifications internationales, a duré plusieurs années et n'a pris fin qu'à la suite de son démantèlement par plusieurs arrestations, dont la sienne.
2.4 Se référant à plusieurs arrêts du Tribunal fédéral (6B_408/2008 du 14 juillet 2008, 6B_508/2008 du 7 août 2008, 6B_240/2008 du 16 juin 2008, 6P.80/2005 du 3 juillet 2005 et 6S.54/2003 du 24 mars 2003) ainsi qu'aux sanctions infligées à deux de ses coaccusés, le recourant se plaint d'une inégalité de traitement dans la fixation de la peine.
2.4.1 Dans les deux premiers cas cités par le recourant, les circonstances objectives et subjectives, qui sont déterminantes pour fixer la peine, sont totalement différentes de celles de la présente affaire. En effet, tant les quantités de drogue, l'ampleur des trafics, le rôle joué par les divers protagonistes et les situations personnelles de chacun d'eux divergent. Le troisième cas invoqué ne permet aucune comparaison, dès lors que celui-ci ne contient aucune discussion relative à la peine infligée. Enfin, les deux dernières affaires citées par l'intéressé ne sont pas pertinentes, les auteurs ayant été condamnés à des peines quasi identique ou supérieure à celle du recourant.
2.4.2 L'inégalité invoquée par le recourant par rapport à deux de ses coaccusés est tout aussi vaine. En effet, Y._ a été condamné à 9 ans et demi et Z._ à 11 ans de réclusion. Ces faibles différences s'expliquent par leur situation personnelle ou leur rôle respectif au sein du trafic. Ainsi, le premier nommé, à la différence du recourant, n'avait pas de casier judiciaire. Quant à la différence avec le second, elle s'explique par le fait que son activité était davantage centrée sur le marché local, ce qui ne l'empêchait toutefois pas d'avoir des contacts avec les commanditaires pour s'assurer du suivi des commandes.
2.5 Pour le reste, au vu de l'ensemble des éléments exposés au consid. 3 de l'arrêt attaqué, la peine infligée au recourant, compte tenu notamment de la peine maximale prévue par l'art. 19 LStup, n'apparaît pas procéder d'un excès ou d'un abus du large pouvoir d'appréciation dont disposait les autorités cantonales. Le grief est donc infondé.
3. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient dénuées de chance de succès, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 LTF a contrario) et supporter les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF). Ceux-ci seront réduits pour tenir compte de la situation financière de l'intéressé.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 3 novembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani