Faits:
A. A.a B._, son père C._ et sa tante D._ étaient propriétaires indivis des lots 1, 2 et 4 de l'immeuble en PPE sis rue ... à E._; leurs parts étaient respectivement de 44%, 46% et 10%.
Les lots PPE 1, 2 et 4 étaient collectivement grevés en 1er rang d'une cédule hypothécaire de 1'000'000 fr. garantissant un prêt de F._ (relation ultérieurement reprise par G._) octroyé aux prénommés et en 2ème rang d'une cédule hypothécaire de 350'000 fr. remise à la Banque Y._ en garantie d'une ligne de crédit "en blanc" consentie à B._.
A.b Le 12 novembre 1992, B._ a obtenu de Y._ l'augmentation à 1'850'000 fr. d'un prêt à terme fixe qui avait été contracté précédemment. Le montant ainsi augmenté, destiné à lui permettre de reprendre une entreprise, était garanti par la remise en propriété à la banque d'une cédule hypothécaire de 1'850'000 fr. grevant l'immeuble voisin, propriété d'une société administrée par l'emprunteur.
A.c Les engagements envers Y._ n'ont plus été tenus; le prêt du 12 novembre 1992, ainsi que la cédule hypothécaire grevant l'immeuble précité ont été dénoncés au remboursement le 5 mai 1996.
Le prêt du 12 novembre 1992 a été par la suite transféré à la Fondation Z._ (la Fondation); selon celle-ci, le montant dû s'élevait à 2'458'195 fr.55 au 1er janvier 2001. La société de B._ ayant été mise en faillite, la Fondation a, le 17 octobre 2003, acquis l'immeuble aux enchères forcées au prix de 1'710'000 fr., réduisant la dette précitée à due concurrence.
A.d Le 16 avril 2003, la Fondation a dénoncé au remboursement la cédule hypothécaire de 350'000 fr. qui garantissait le "crédit en blanc" accordé à B._ (supra, let. A.a); celui-ci a contesté la validité de cette dénonciation, faisant valoir que la créance en question n'avait pas été transférée par Y._ à la Fondation.
Dans le cadre de négociations visant, d'une part, à la reprise par G._ du prêt hypothécaire en 1er rang de F._ et, d'autre part, à la sortie de B._ de la PPE, ce dernier a informé la Fondation et Y._ qu'il avait l'intention de céder sa part de 44 % des lots PPE 1, 2 et 4 à son père C._ pour un prix de 760'080 fr. (à savoir 496 fr.70 le m2); le montant nominal de la cédule de 350'000 fr. inscrite en 2ème rang au profit de Y._ serait remboursé dans le cadre de cette opération. Y._ a donné son accord le 12 février 2004.
En avril 2004, C._ a remboursé à Y._ 350'000 fr., correspondant au capital de la cédule hypothécaire en 2ème rang; cette somme lui a été remboursée en plusieurs acomptes par A._. La cédule hypothécaire de 350'000 fr. a été transmise par Y._ à G._ le 27 avril 2004.
A.e Le 19 avril 2007, B._ a vendu à A._ sa quote-part dans l'indivision pour le prix de 776'690 fr. (à savoir 507 fr.60 le m2); ce prix a été payé "par compensation" à hauteur de 350'000 fr., correspondant au montant dû par le prénommé à son père et remboursé entre 2003 et 2009 à ce dernier par A._, et à hauteur du solde (i.e. 426'690 fr.) par la reprise par celle-ci de la quote-part de B._ dans la dette de 969'731 fr.95 garantie par les cédules hypothécaires grevant les lots de PPE en mains de G._. A._ a expliqué d'être substituée à C._ dans l'opération de vente projetée en 2003, la famille craignant que celui-ci - qui s'était subitement mis à dépenser ses biens sans discernement - ne dilapide également cet actif.
A.f Le 26 novembre 2007, la Fondation a fait notifier à B._ un commandement de payer (poursuite n° xxxx), lui réclamant le solde de la créance cédée par Y._ après réalisation du gage, à savoir 1'126'368 fr.85 avec intérêts à 5 % dès le 18 octobre 2003.
Le 30 octobre 2008, un procès-verbal de saisie valant acte de défaut de biens provisoire a été dressé dans le cadre de cette poursuite pour la somme de 1'410'257 fr.30. Un acte de défaut de biens définitif a été établi le 30 octobre 2009 pour le montant de 1'461'191 fr.10.
B. B.a Statuant le 18 mars 2009 à titre pré-provisionnel sur requête de la Fondation, le Vice-Président du Tribunal de première instance du canton de Genève a ordonné «l'annotation provisoire d'une restriction du droit d'aliéner sur les parts de PPE n° 2503-2 et 2503-4 de la parcelle n° 2503, plan 54 de la commune de E._», propriété de A._; cette mesure a été maintenue le 27 mai 2009 après audition des parties.
B.b Le 4 juin 2009, la Fondation - à laquelle X._ s'est substitué en cours de procédure - a conclu à la révocation de la vente du 19 avril 2007, à la saisie à son profit des droits du débiteur dans l'indivision et à la condamnation de la bénéficiaire de l'acte révocable à restituer les fruits civils et produits éventuels perçus.
Statuant le 30 septembre 2010, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté l'action. Ce jugement a été confirmé le 24 juin 2011 par la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
C. Par mémoire du 24 août 2011, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Sur le fond, il reprend à titre principal les conclusions de la demande; subsidiairement, il conclut à l'expertise des parts de PPE litigieuses ou au renvoi de la cause à la juridiction précédente afin qu'elle statue dans le sens des considérants.
L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de la décision entreprise.
D. Par ordonnance du 13 septembre 2011, la Juge présidant la Cour de céans a attribué l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. Le recours a été déposé dans le délai légal (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF; ATF 137 III 268 consid. 1.1) par une juridiction cantonale de dernière instance ayant statué sur recours (art. 75 LTF); la valeur litigieuse atteint amplement le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF); le recourant, qui a été débouté de ses conclusions par la cour cantonale, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
2. Le recourant se plaint d'abord d'une violation de l'art. 286 al. 2 ch. 1 LP; il reproche à l'autorité précédente d'avoir considéré que le prix de vente consenti par le débiteur n'était pas «notablement inférieur à la valeur de sa prestation». Dans ce contexte, il soutient que la cour cantonale a violé l'art. 8 CC en refusant d'ordonner une expertise pour déterminer la valeur des droits patrimoniaux aliénés.
2.1 L'autorité cantonale a considéré que les tabelles de capitalisation de l'administration fiscale ne sont pas destinées à estimer la valeur vénale d'un immeuble, mais uniquement à calculer sa valeur imposable; or, celle-ci repose sur des taux uniques, qui ne tiennent compte ni du lieu de situation de l'immeuble, ni de son état d'entretien, ni de son âge, alors que ces éléments exercent une influence non négligeable sur la valeur vénale d'un bien immobilier. On ne saurait davantage se fonder sur une expertise de 2008 - qui n'a pas été produite par la bénéficiaire et dont la Fondation n'a pas demandé l'apport -, car elle a été réalisée près de deux ans après la vente litigieuse et de cinq ans après que Y._ et la Fondation ont été informées du projet de vente. Enfin, en 2003 et 2004, un locataire a certes proposé d'acquérir la totalité des lots de PPE, ainsi qu'un appartement dans cet immeuble, pour un prix environ deux fois supérieur à celui de la vente litigieuse; cette offre ne portait cependant pas sur la seule part du débiteur - à l'acquisition de laquelle le locataire n'était pas intéressé - et était soumise à diverses autres conditions. Une offre formulée en 2009 ne peut pas davantage servir de référence compte tenu de la hausse notoire du prix des biens immobiliers à Genève, notamment dans la zone concernée, entre 2003 et 2009; en outre, ladite offre - comme les précédentes - ne visait pas uniquement la part minoritaire du débiteur dans l'indivision, mais l'entier des lots de PPE, ainsi qu'un appartement dans l'immeuble (lequel n'est pas concerné par la présente procédure).
Selon la cour cantonale, la valeur de la part du débiteur ne peut pas non plus être arrêtée aux 44 % de la valeur vénale des parts de PPE, car la valeur sur le marché d'une «part indivise et minoritaire» s'avère nettement inférieure à celle qui serait la sienne dans l'hypothèse d'une vente de l'ensemble du bien immobilier. Seules peu de personnes sont susceptibles d'être intéressées par l'acquisition d'une part minoritaire dans un bien immobilier, leur liberté d'action étant limitée par les droits majoritaires des autres propriétaires, situation qui diminue de manière importante la valeur marchande de la part concernée.
Dans ces circonstances, l'autorité précédente a retenu que le premier juge pouvait, «par appréciation anticipée des preuves et sans violer le droit à la preuve» de la partie demanderesse, se dispenser d'ordonner une expertise destinée à établir la valeur vénale des «droits indivis sur les lots PPE 2305 no 2 et 4 de la Commune de E._» au moment de la vente litigieuse. Cette expertise ne permettrait pas de «déterminer la valeur marchande réelle de la part indivise, celle-ci résultant avant tout de l'intérêt que représente pour le tiers l'acquisition d'une part minoritaire dans une propriété familiale indivise».
L'autorité cantonale a estimé qu'un autre motif justifiait de renoncer à cette mesure probatoire. L'accord sur le rachat de la part du débiteur et sur ses modalités (reprise par l'acquéreur de sa part de la dette envers le créancier gagiste de 1er rang et remboursement du créancier gagiste de 2ème rang) est intervenu en novembre 2003. Le 17 novembre 2003, le débiteur a informé tant Y._ que la Fondation de son intention de vendre sa part dans les lots PPE et les conditions dans lesquelles la vente serait conclue; Y._, créancière gagiste de 2ème rang, a formellement donné son accord en février 2004 et seule l'exécution de la vente est intervenue en avril 2007. En réponse à cette information, la Fondation a expliqué au débiteur qu'il devait discuter de la vente avec Y._ exclusivement. Or, elle avait acquis, peu de semaines avant, un immeuble, dont le prix de réalisation ne couvrait pas sa créance à l'égard de l'intéressé; dans ces conditions, «la bonne foi lui imposait de faire état de son éventuelle opposition à l'opération de vente dont elle était informée le 17 novembre 2003». En renvoyant le débiteur à négocier avec Y._, la Fondation «s'est implicitement et par avance ralliée à la décision de cette dernière et laissé croire au débiteur qu'elle était indifférente à la cession de sa part de propriété sur l'immeuble»; on ne peut dès lors conclure à «aucune intention dolosive de la part du débiteur».
2.2 En vertu de l'art. 286 LP, toute donation et toute disposition à titre gratuit, à l'exception des cadeaux usuels, sont révocables si elles ont été faites par le débiteur dans l'année qui précède la saisie ou la déclaration de faillite (al. 1); sont notamment assimilés aux donations les actes par lesquels le débiteur a accepté un prix notablement inférieur à la valeur de la prestation (al. 2 ch. 1).
2.2.1 L'art. 8 CC ne s'applique (directement) qu'aux rapports juridiques soumis au droit civil fédéral (ATF 124 III 134 consid. 2b/bb). D'après la doctrine et la jurisprudence, cette disposition est également applicable aux litiges du droit des poursuites qui sont tranchés au regard du droit matériel (cf. KUMMER, in: Berner Kommentar, 1962, n° 53 ad art. 8 CC et les citations), ainsi qu'aux contestations de droit des poursuites qui, à l'instar de l'action révocatoire (ATF 131 III 227 consid. 3.3; 114 III 110 consid. 3d), ont un effet réflexe sur le droit matériel (cf. ATF 137 III 268 consid. 4; Gilliéron, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4e éd., 2005, n° 2952). Conformément à l'art. 8 CC, il incombe au demandeur de prouver les faits sur lesquels il fonde le motif de révocation invoqué (ATF 137 III 268 consid. 4; SCHÜPBACH, Droit et action révocatoires, 1997, n° 170 ad art. 289 LP).
La norme précitée - dont le volet procédural est désormais l'art. 152 al. 1 CPC (cf. Schweizer, in: Code de procédure civile commenté, 2011, n° 1 ad art. 152 CPC) - comporte certes le droit à l'administration de preuves pertinentes (ATF 114 II 289 consid. 2a), mais elle n'interdit pas au juge de refuser une mesure probatoire en raison d'une appréciation anticipée des preuves (ATF 114 II 289 consid. 2a; STEINAUER, Le Titre préliminaire du Code civil, in: TDPS II/1, 2009, § 11 n° 687).
2.2.2 D'emblée, l'intimée conteste la régularité de l'offre de preuve du recourant, faisant valoir que celui-ci «n'a jamais sollicité l'expertise des lots de PPE [litigieux] avant la clôture des débats devant le Tribunal de première instance».
Cette opinion est erronée. L'offre de preuve doit certes être régulière, à savoir présentée en conformité de la procédure applicable (cf. parmi plusieurs: ATF 133 III 295 consid. 7.1; STEINAUER, op. cit., § 11 n° 685), comme l'exprime maintenant l'art. 152 al. 1 CPC (FF 2006 p. 6922). Il ne ressort cependant pas de la décision entreprise que cette exigence aurait été méconnue dans le cas présent; l'autorité cantonale n'a pas refusé d'ordonner une expertise parce qu'un tel moyen de preuve aurait été offert tardivement, mais ensuite d'une «appréciation anticipée des preuves». De surcroît, dans ses conclusions après enquêtes du 18 juin 2010, le recourant a expressément requis le premier juge d'«ordonner une expertise des droits indivis sur les lots PPE 2503 ft, 2 et 4, de la commune de E._»(p. 13).
2.2.3 Pour décider s'il y a "disproportion notable" entre les prestations, il faut se reporter au moment où l'acte incriminé a été passé - non à la date de la saisie ou de la déclaration de faillite - et rechercher quelle était alors la valeur vénale du bien dont le débiteur s'est dessaisi, à savoir celle qui aurait pu en être obtenue en procédant au mode de réalisation le plus avantageux (ATF 21 p. 1270 consid. 4; 45 III 151 consid. 4; 45 III 178 consid. 3; Gaugler, Die paulianische Anfechtung, vol. I, 1944, p. 112/113, qui relève que la valeur de rendement, valable pour l'estimation des immeubles agricoles [art. 10 et 87 LDFR], n'entre pas en considération). Les constatations relatives à la valeur vénale du bien aliéné, contrairement à la méthode d'estimation, relèvent du fait (art. 105 al. 1 LTF; ATF 132 III 489 consid. 2.3); le point de savoir si le prix accepté par le débiteur est "notablement inférieur à la valeur de la prestation" ressortit au droit (art. 106 al. 1 LTF).
L'argumentation de l'autorité précédente repose, en substance, sur la considération qu'une expertise ne permettrait pas d'évaluer la «valeur marchande» du droit patrimonial aliéné en raison du nombre restreint de personnes «susceptibles d'être intéressées par l'acquisition d'une part minoritaire dans un bien immobilier». Cette argumentation ne peut être suivie. Au sens de l'art. 286 al. 1 LP, la valeur vénale doit être déterminée en fonction d'un critère purement objectif, en faisant abstraction de la personne de l'acquéreur et du mode d'utilisation envisagé par lui (ATF 45 III 178 consid. 3). De surcroît, la juridiction cantonale perd de vue que, de manière générale, la part de PPE est un droit patrimonial indépendant (art. 655 al. 2 ch. 4 CC; cf. ATF 123 III 438 consid. 3a, pour la part de copropriété), susceptible d'estimation aux fins de saisie et de réalisation (art. 73a ss ORFI; cf. Ruedin, Propriété par étages et poursuite pour dettes et faillite, in: RNRF 1975 p. 327/328 ch. 2).
2.2.4 Le refus d'ordonner une expertise ne peut davantage être motivé par l'absence d'intention dolosive du débiteur et la connaissance que la partie demanderesse avait du projet de vente (cf. supra, consid. 2.1 in fine).
S'agissant des actes visés à l'art. 286 LP, seul l'élément objectif de la disproportion notable entre les prestations est suffisant; en particulier, il n'est pas nécessaire que le débiteur ait eu l'intention de disposer à titre gratuit, ni que le bénéficiaire ait reconnu la disproportion entre les prestations (ATF 49 III 27; 53 III 38 consid. 1; 64 III 183 consid. 1; 95 III 47 consid. 2; pour la doctrine: KREN KOSTKIEWICZ, Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, 2012, p. 391 n° 1539; A. Staehelin, in: Basler Kommentar, SchKG II, 2e éd., 2010, n° 3, et Umbach-Spahn, in: KuKo SchKG, 2009, n° 1 ad art. 286 LP ). Autrement dit, ces actes «sont révocables sans considération de la bonne ou mauvaise foi des personnes impliquées» (Schüpbach, op. cit., n° 161 ad art. 286 LP, avec les références).
3. Sous le couvert d'une "appréciation anticipée des preuves", l'autorité précédente a, en définitive, refusé d'ordonner une preuve portant sur un fait pertinent, en s'appuyant sur des motifs juridiques dépourvus de pertinence. Elle n'a pas attribué de force probante à d'autres éléments qui eussent rendu superfétatoire l'expertise réclamée par le recourant (cf. ATF 90 II 149 consid. 2), dès lors qu'elle reconnaît expressément que la valeur vénale du droit patrimonial transféré ne ressort d'aucune autre preuve administrée (cf. supra, consid. 2.1). Quoi qu'il en soit sous l'angle de l'art. 8 CC, l'arrêt déféré doit de toute manière être annulé, car une décision prise sans que les faits nécessaires à l'application de la loi aient été constatés est contraire au droit fédéral (ATF 133 IV 293 consid. 3.4.2; 134 V 53 consid. 4.3).
Il s'ensuit que la cause doit être renvoyée à l'autorité précédente pour instruction complémentaire et nouvelle décision (art. 107 al. 2 LTF). Les frais et dépens de la procédure fédérale sont à la charge de l'intimée, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF; ATF 137 V 201 consid. 7.1 et les arrêts cités), étant précisé que le recourant procède en tant que partie privée, et non en qualité d'entité de droit public dans l'exercice de ses attributions officielles (art. 68 al. 3 LTF, a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et l'affaire est renvoyée à la juridiction précédente pour instruction complémentaire et nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 8'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Registre foncier du canton de Genève à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 16 mars 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Braconi