Faits:
A. Le 1er décembre 2004, A._ a créé, avec deux autres personnes, l'association "X._", de siège social à Sion, qui a pour but de gérer, maintenir et développer un serveur informatique (appelé X._ et localisé en Belgique). Ce dernier établit et tient à jour l'index des fichiers, principalement musicaux et audio-visuels, offerts en partage par les internautes. Il permet à plus d'un million d'entre eux de rechercher simultanément des fichiers puis de se connecter directement les uns aux autres pour les échanger. Chaque individu qui télécharge un fichier devient lui-même source de distribution.
Le 11 mai 2005, les sociétés américaines C._ et consorts (ci-après: les plaignantes), ont déposé plainte contre A._ pour violation du droit d'auteur (art. 67 LDA), violation de droits voisins (art. 69 LDA) et pornographie (art. 197 CP). En substance, elles lui reprochent de favoriser, en sa qualité d'administrateur du serveur "X._2", le piratage des oeuvres cinématographiques protégées par copyright, ainsi que l'échange de fichiers à contenu pornographique. Le 14 décembre 2005, B._, juge d'instruction du Valais central (ci-après: le juge d'instruction), a ouvert une instruction d'office et sur plainte contre A._.
En cours d'instruction, A._ a déclaré qu'un montant d'environ 200'000 fr., provenant des bannières publicitaires sur les sites de l'association, était placé sur des comptes bancaires ouverts au nom de cette dernière auprès de la banque Y._ de Sierre et Région. Il a ajouté que 40'000 fr. découlant de commissions encaissées auprès d'un partenaire étaient déposés sur un compte bancaire ouvert à son propre nom à la banque Y._ de la Broye. Le 3 mars 2006, le mandataire de A._ a signalé au juge d'instruction que ce dernier lui avait versé une provision de 160'000 fr. provenant du compte de l'association ouvert auprès de la première des deux banques citées.
B. Le 6 mars 2006, les plaignantes ont requis le séquestre des comptes bancaires ouverts au nom de A._ et de l'association "X._" auprès des banques Y._ de Sierre et Région ainsi que de la Broye, de même que toutes autres valeurs patrimoniales en relation avec les infractions dénoncées.
Le 9 mars 2006, A._ a contesté la compétence des autorités pénales suisses. Par lettre du 13 mars 2006, le juge d'instruction a fait savoir aux parties que le for sédunois lui paraissait justifié et qu'il refusait en outre de donner suite à la demande de séquestre. A._ a recouru contre cette décision en tant qu'elle admettait la compétence des autorités pénales suisses.
Le 29 mars 2006, les plaignantes ont prié le juge d'instruction de reconsidérer sa position quant au séquestre ou de rendre une décision motivée. Renvoyant au caractère décisionnel de sa lettre du 13 mars 2006, ce dernier a refusé de statuer à nouveau. Répondant à une nouvelle requête des plaignantes, le juge d'instruction a indiqué qu'aucune nouvelle décision ne serait prise avant la confirmation définitive du for.
Le 20 juin 2006, la Chambre pénale du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: la Chambre pénale) a finalement confirmé la compétence des autorités pénales suisses. Le pourvoi en nullité déposé par A._ contre ce prononcé a été déclaré irrecevable. Le recours de droit public a été rejeté.
Les 31 mai, 26 juin, 17 juillet 2006 et 7 février 2007, les plaignantes ont réitéré leur requête de séquestre. Par décision du 5 mars 2007, le juge d'instruction a confirmé son refus. La plainte déposée par les plaignantes contre cette décision a été admise le 19 juillet 2007. Le juge d'instruction était invité à séquestrer tous les comptes bancaires ouverts au nom de A._ et de l'association "X._" auprès de la banque Y._ de Sierre et Région, de celle de la Broye et de tout autre établissement que l'enquête permettrait de découvrir, ainsi que toutes les valeurs patrimoniales en relation avec les infractions dénoncées. Par arrêt du 30 novembre 2007, le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par A._ contre le prononcé du 19 juillet 2007.
C. Les 20 et 27 mai 2006, A._ a déposé deux plaintes pénales contre divers organes des plaignantes et "toute personne que permettra de dire l'enquête" des chefs de calomnie, subsidiairement diffamation, et dénonciation calomnieuse. Il leur reprochait en substance de lui avoir imputé à tort des propos particulièrement défavorables. Le 30 mai suivant, le juge d'instruction a accusé réception de ces plaintes et a indiqué qu'il n'y donnerait pas suite avant que la question du for ne soit tranchée. La Chambre pénale ayant statué le 20 juin 2006 sur cette question, le juge d'instruction a précisé le 22 juin 2006 qu'il prendrait une décision "en début de semaine prochaine". Fort de cette assurance, A._ a retiré la plainte dont il avait saisi la Chambre pénale dans l'intervalle pour contraindre le juge d'instruction à agir.
D. Se fondant sur l'injonction de la Chambre pénale du 19 juillet 2007, le juge d'instruction a invité les banques concernées à bloquer immédiatement tous les comptes ouverts au nom de l'association "X._" et de A._. A la demande de ce dernier, il a cependant assoupli cette mesure, l'autorisant à retirer un maximum de 2'000 fr. par mois pour ses besoins vitaux.
Le 30 juillet 2007, estimant que la provision de 160'000 fr. reçue par le mandataire de A._ devait aussi être séquestrée, les plaignantes ont prié le juge d'instruction de contraindre l'avocat à reverser ce montant sur le compte séquestré d'où il provenait. Le 2 août 2007, le juge d'instruction a fait droit à cette demande et a ordonné à l'avocat de restituer cette somme. Le 28 décembre 2007, l'autorité de plainte a admis le recours déposé par l'avocat et a annulé la décision.
E. Le 3 août 2007, A._ a requis "la récusation de Monsieur D._, en sa qualité d'expert judiciaire et suite à la remise d'un rapport technique le 2 juillet 2007". Il dénonçait essentiellement le flou entourant la nature exacte du mandat confié, les liens entretenus avec la police ainsi que la faiblesse du rapport.
F. Le 13 août 2007, A._ a sollicité la récusation du juge d'instruction. Ce dernier a prié le juge d'instruction cantonal, E._, d'examiner au préalable la nécessité d'un éventuel dessaisissement, précisant qu'il estimait ne pas avoir à se récuser. Considérant qu'il n'y avait pas matière à dessaisissement, le juge d'instruction cantonal a transmis la requête à l'autorité de récusation.
Par déterminations des 1er et 6 février 2008, le Ministère public et les plaignantes ont relevé que l'instruction n'était pas exempte de lacunes mais que celles-ci ne pouvaient toutefois pas objectivement fonder un soupçon de prévention du juge intimé.
Par prononcé du 27 février 2008, la Présidente du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: la Présidente du Tribunal cantonal) a rejeté la demande de récusation dans la mesure où elle était recevable.
G. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'admettre la requête de récusation dirigée contre le juge d'instruction B._ et de désigner un nouveau magistrat instructeur. Il se plaint d'une violation des art. 34 let. c CPP/VS, 29 al. 1 et 30 al. 1 Cst. ainsi que 6 par. 1 CEDH. Il sollicite en outre l'effet suspensif.
Par ordonnance du 13 mai 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif formée par A._.
La Présidente du Tribunal cantonal n'a pas formé d'observations et s'est référée aux considérants de son jugement. Le juge d'instruction n'a pas répondu à l'invitation à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un juge - ou d'un tribunal - pénal peut immédiatement faire l'objet d'un recours en matière pénale. L'accusé et auteur de la demande de récusation a qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF). Le recourant ayant agi dans le délai de trente jours prescrit à l'art. 100 al. 1 LTF et la décision attaquée ayant été rendue en dernière instance cantonale, le recours est donc recevable.
2. La garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH - qui ont, sous cet angle, la même portée (ATF 116 Ia 135 consid. 2e p. 138) - permet d'exiger la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à faire naître un doute sur son impartialité (ATF 126 I 68 consid. 3a p. 73). Elle tend notamment à éviter que des circonstances extérieures à la cause ne puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du juge est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (ATF 127 I 196 consid. 2b p. 198). Le plaideur est fondé à mettre en doute l'impartialité d'un juge lorsque celui-ci révèle, par des déclarations avant ou pendant la procédure, une opinion qu'il a déjà acquise sur l'issue à donner au litige (ATF 125 I 119 consid. 3a p. 122). En principe, même si elles sont établies, des erreurs de procédure ou d'appréciation commises par un juge ne suffisent pas à fonder objectivement un soupçon de prévention. Seules des erreurs particulièrement lourdes ou répétées, constituant des violations graves de ses devoirs, peuvent justifier le soupçon de parti pris (ATF 125 I 119 consid. 3e p. 124; 116 Ia 135 consid. 3a p. 138). Une garantie similaire à celle de l'art. 30 al. 1 Cst. est déduite de l'art. 29 al. 1 Cst., s'agissant des juges d'instruction qui, comme en l'espèce, n'exercent pas de fonctions juridictionnelles au sens étroit (ATF 127 I 196 consid. 2b p. 198; 125 I 119 consid. 3b p. 123 et les arrêts cités).
Le recourant se plaint aussi d'une application arbitraire de l'art. 34 let. c du code de procédure pénale du canton du Valais (ci-après: CPP/VS). Il ne prétend cependant pas que cette disposition lui conférerait des droits plus étendus que la disposition constitutionnelle. C'est ainsi exclusivement à la lumière de cette dernière qu'il convient d'examiner le grief tiré de la violation du droit à un juge indépendant et impartial.
3. Le recourant invoque la partialité du magistrat instructeur, soutenant que la décision de la Présidente du Tribunal cantonal omettrait de prendre en considération différentes erreurs de procédure figurant parmi les griefs de la requête de récusation.
3.1 Le recourant ne conteste donc pas le rejet par la Présidente du Tribunal cantonal des motifs de récusation allégués. Il ne soutient en particulier plus que le fait que le juge d'instruction aurait demandé à l'avocate des plaignantes des extraits de doctrine notamment - pour sa propre compréhension du dossier - serait un signe de partialité. Il ne fait plus valoir non plus que la citation qui lui aurait été attribuée à tort aurait été déterminante dans l'exécution de la demande d'entraide internationale. Enfin, il ne prétend plus que le comportement du magistrat consistant à ne pas donner suite à ses démarches, ou seulement avec retard, serait de nature à faire douter de l'impartialité de ce dernier.
Le recourant reprend certes ses critiques en relation avec l'expert D._. Il estime que la Présidente du Tribunal cantonal n'a pas relevé les erreurs commises par le juge d'instruction dans ce cadre. Il n'en est rien. Loin de nier l'existence de vices de procédure, la Présidente du Tribunal cantonal a jugé qu'il ressortait du dossier que le statut de D._ allait être précisé par le juge d'instruction et qu'il n'appartenait dès lors pas à une autorité de récusation de se prononcer elle-même sur cette question, pas plus que sur le sérieux et la pertinence du rapport délivré d'ailleurs. Comme le recourant ne conteste pas cette appréciation, son grief sur ce point doit être écarté.
Selon le recourant, la décision entreprise ne mentionnerait par ailleurs pas qu'il avait été nécessaire de mettre le juge d'instruction en demeure pour permettre le prélèvement du minimum vital sur les comptes séquestrés. Il s'avère au contraire que la Présidente du Tribunal cantonal a considéré que le magistrat avait rapidement atténué la rigueur de sa décision de séquestre et a souligné que cet assouplissement était intervenu à la requête du recourant. Le grief n'a dès lors aucun fondement. Au demeurant, le fait que le recourant ait relancé le juge d'instruction quelques jours après sa requête ne saurait constituer un indice de prévention.
Pour le surplus, le recourant reproche à la Présidente du Tribunal cantonal de ne pas avoir examiné des griefs qui ne figurent pourtant pas dans sa demande de récusation (copie des disques durs, surveillance par les autorités suisses d'un serveur à l'étranger, etc.). Ces derniers sont donc irrecevables.
3.2 Après avoir soigneusement rejeté chacun des griefs de façon motivée, la Présidente du Tribunal cantonal a indiqué que toutes les parties, y compris le Ministère public, se plaignaient des erreurs commises par le juge d'instruction. Elle a jugé que, loin de démontrer une quelconque partialité, la convergence de ces critiques mettait plutôt en évidence l'absence de rapport entre les lacunes invoquées par le recourant et une éventuelle prévention du juge d'instruction à son encontre.
Le recourant conteste cette argumentation. Il serait selon lui erroné de prétendre que les lacunes de la procédure auraient nui à toutes les parties. Il soutient que l'absence d'octroi de mandat précis à l'expert D._ aurait pour conséquence qu'il ignorerait comment les preuves avaient été collectées. Sur ce point, la Présidente du Tribunal cantonal a relevé que le Ministère public lui-même s'inquiétait de ce que les vices observés puissent affaiblir l'accusation, ce que le recourant ne conteste pas.
Le recourant mentionne en outre que la restitution de la provision exigée par le juge d'instruction aurait pu le priver d'une défense efficace. Il est vrai que la Présidente du Tribunal cantonal a omis de traiter ce grief, qui figurait pourtant dans la demande de récusation. Quoi qu'il en soit, il est exclu que cet événement puisse à lui seul faire douter de l'impartialité du magistrat. En effet, comme le juge d'instruction cantonal E._ l'a observé, l'autorité de plainte a souligné que la décision litigieuse avait été prise en simple exécution du prononcé du 19 juillet 2007 ordonnant au juge d'instruction de séquestrer les comptes bancaires concernés. L'interprétation de la décision du 19 juillet 2007 faite par ce dernier, quoique incorrecte selon l'autorité de plainte, ne saurait dès lors être considérée comme un motif de récusation.
Dans ces circonstances, l'absence de partialité du juge d'instruction doit être confirmée.
4. En tête de son recours, le recourant fait également valoir une violation de l'art. 6 par. 1 CEDH au motif que, malgré toutes les critiques émises, le dossier continuerait à être traité par un magistrat ne disposant ni de la capacité, ni de la structure suffisante pour mener à bien une procédure de cette envergure.
Ce reproche est à l'évidence irrecevable et on peut renvoyer le recourant aux observations de la Présidente du Tribunal cantonal sur ce point. Cette dernière a relevé avec raison que l'autorité de récusation n'était pas habilitée à surveiller, à diriger les procédures instruites par les juges d'instruction ou à dessaisir ces derniers pour des raisons d'opportunité, de surcharge ou d'organisation du travail (art. 11 al. 2 de la loi d'organisation judiciaire du canton du Valais). Elle avait pour seul devoir de veiller à ce qu'aucune apparence de prévention du juge n'entache la procédure. Il découle de ce qui précède que les problèmes invoqués, bien que réels, ne peuvent pas conduire au dessaisissement de ce dernier par le biais d'une procédure de récusation puisqu'ils ne sont pas l'expression d'une quelconque prévention du juge.
5. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Juge d'instruction B._ ainsi qu'à la Présidente du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 12 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Truttmann