A.- Der 1970 geborene P._ war im Jahre 1996 bei der Krankenkasse KPT (nachfolgend KPT) obligatorisch krankenpflegeversichert sowie unter anderem für Krankenpflege-Plus zusatzversichert. Er litt an einem Distalbiss mit Lippeninsuffizienz.
Am 16. Februar 1996 erteilte die KPT der Klinik X._ Kostengutsprache für einen 30-tägigen Aufenthalt des Versicherten in der halbprivaten Abteilung.
Am 13. Mai 1996 unterzog sich P._ in der erwähnten Klinik einer operativen Behandlung bei Dr. med. et Dr. med.
dent. Y._, Spezialarzt FMH für Kiefer- und Gesichtschirurgie.
Nach Einreichung der Honorarrechnung des Kieferchirurgen vom 18. Juni 1996 über Fr. 15'769. 65 bezahlte die KPT ohne Anerkennung einer Rechtspflicht den Betrag von Fr. 5000.- sowie Fr. 300.- für nichtpflichtige Zahnbehandlungskosten aus der Krankenpflege-Plus Versicherung.
Mit Verfügung vom 30. September 1997 verneinte die Krankenkasse nach Konsultation ihres Vertrauenszahnarztes Dr. med. dent. W._ die Ausrichtung von weiteren Leistungen aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung an die eingereichte Honorarrechnung als die bereits überwiesene Kulanzzahlung von Fr. 5000.-. Gleichzeitig hielt sie fest, dass für nichtpflichtige Zahnbehandlungskosten aus der Krankenpflege-Plus Versicherung 50 %, im Maximum Fr. 300.- pro Kalenderjahr ausgerichtet würden, wobei dieser Betrag bereits vergütet worden sei. Die dagegen erhobene Einsprache wies die KPT mit Entscheid vom 29. April 1998 im Bereich der obligatorischen Krankenpflegeversicherung ab. Im Bereich der Zusatzversicherung hob sie die Verfügung vom 30. September 1997 unter Hinweis auf das mangelnde Verfügungsrecht auf.
B.- Mit Beschwerde liess P._ beantragen, die KPT sei zu verpflichten, für die von Dr. med. et Dr. med.
dent. Y._ vorgenommene Behandlung Kostenersatz zu leisten.
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 4. November 1999 gut, hob den Einspracheentscheid vom 29. April 1998 auf und verpflichtete die KPT, die gesetzlichen Leistungen für die in der Zeit vom 13. Mai bis 13. Juni 1996 von Dr. med. et Dr. med. dent. Y._ durchgeführte Zahnbehandlung zu übernehmen.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die KPT, es sei in Aufhebung des Entscheids des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 4. November 1999 festzustellen, dass sie an die zahnärztliche Behandlung von P._ keine Leistungen zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu erbringen habe.
P._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Mit Schreiben vom 10. März 2000 teilte die KPT mit, dass sie das in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde in Aussicht gestellte Gutachten nicht nachreichen könne, da sich P._ ausser Stande sehe, daran mitzuwirken.
D.- Am 28. März 2000 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht eine Expertengruppe mit der Erstellung eines zahnmedizinischen Grundsatzgutachtens beauftragt. Das vorliegende Verfahren wurde deshalb mit Verfügung vom 3. April 2000 sistiert. Das Grundsatzgutachten ging am 31. Oktober 2000 beim Gericht ein und wurde am 16. Februar 2001 mit den Experten erörtert. Am 21. April 2001 erstellten die Experten einen Ergänzungsbericht.
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da das Gericht im Hinblick auf die sich hier stellenden medizinischen Fragen Fachpersonen konsultiert hat, wurde das Verfahren sistiert. Nach Vorliegen des Berichtes mit Ergänzungen ist der Grund der Sistierung weggefallen.
Sie ist daher aufzuheben.
2.- a) Die Leistungen, deren Kosten von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung bei Krankheit zu übernehmen sind, werden in Art. 25 des Bundesgesetzes über die Krankenversicherung (KVG) in allgemeiner Weise umschrieben.
Im Vordergrund stehen die Leistungen der Ärzte und Ärztinnen, dann aber auch der Chiropraktoren und Chiropraktorinnen sowie der Personen, die im Auftrag von Ärzten und Ärztinnen Leistungen erbringen.
Die zahnärztlichen Leistungen sind in der genannten Bestimmung nicht aufgeführt. Die Kosten dieser Leistungen sollen im Krankheitsfalle der obligatorischen Krankenpflegeversicherung - wie die Vorinstanz zutreffend darlegt - nur in eingeschränktem Masse überbunden werden, nämlich wenn die zahnärztliche Behandlung durch eine schwere, nicht vermeidbare Erkrankung des Kausystems (Art. 31 Abs. 1 lit. a KVG) oder durch eine schwere Allgemeinerkrankung oder ihre Folgen bedingt (Art. 31 Abs. 1 lit. b KVG) oder zur Behandlung einer schweren Allgemeinerkrankung oder ihrer Folgen notwendig ist (Art. 31 Abs. 1 lit. c KVG).
b) Gestützt auf Art. 33 Abs. 2 und 5 KVG in Verbindung mit Art. 33 lit. d der Verordnung über die Krankenversicherung (KVV) hat das Departement - wie das kantonale Gericht ebenfalls zutreffend darlegt - in der KLV zu jedem der erwähnten Unterabsätze von Art. 31 Abs. 1 KVG einen eigenen Artikel erlassen, nämlich zu lit. a den Art. 17 KLV, zu lit. b den Art. 18 KLV und zu lit. c den Art. 19 KLV. In Art. 17 KLV werden die schweren, nicht vermeidbaren Erkrankungen des Kausystems aufgezählt, bei denen daraus resultierende zahnärztliche Behandlungen von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmen sind. In Art. 18 KLV werden die schweren Allgemeinerkrankungen und ihre Folgen aufgelistet, die zu zahnärztlicher Behandlung führen können und deren Kosten von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu tragen sind. In Art. 19 KLV hat das Departement die schweren Allgemeinerkrankungen aufgezählt, bei denen die zahnärztliche Massnahme notwendiger Bestandteil der Behandlung darstellt. Art. 19a KLV schliesslich betrifft die zahnärztlichen Behandlungen, die durch ein Geburtsgebrechen bedingt sind.
c) In BGE 124 V 185 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht entschieden, dass die in Art. 17-19 KLV erwähnten Erkrankungen, welche von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmende zahnärztliche Behandlungen bedingen, abschliessend aufgezählt sind. Daran hat es in ständiger Rechtsprechung festgehalten (BGE 127 V 332 Erw. 3a und 343 Erw. 3b).
3.- Unbestritten und aus den Akten ersichtlich ist, dass der Beschwerdegegner an einer Lippeninsuffizienz, einem Distalbiss mit Retrallage des Oberkiefers sowie des Unterkiefers, einer sagittalen Stufe von ca. 8 mm, einem infantilen Schluckmuster und einer Mentalishyperaktivität als Zeichen der Lippeninsuffizienz litt. Er unterzog sich deswegen am 13. Mai 1996 bei Dr. med. et Dr. med. dent.
Y._ Osteotomien der Alveolarfortsätze und des Unterkiefers.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Kosten dieser Behandlung von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmen sind.
4.- a) Die Krankenkasse leistete neben der Vergütung der Aufenthaltskosten im Sinne einer Kulanzzahlung ohne Anerkennung einer Rechtspflicht den Betrag von Fr. 5000.- an die Operationskosten. Die Erbringung weiterer Leistungen aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung lehnte sie nach Konsultation ihres Vertrauenszahnarztes ab, weil keine schwere Störung des Schluckens im Sinne von Art. 17 lit. f Ziff. 2 KLV vorliege.
b) Die Vorinstanz betrachtet gestützt auf die Angaben des Dr. med. et Dr. med. dent. Y._ die Dysgnathie des Beschwerdegegners als schwere Erkrankung des Kausystems im Sinne von Art. 17 lit. f Ziff. 2 KLV und bejaht eine vollumfängliche Leistungspflicht für die vorgenommene zahnärztliche Behandlung aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung.
c) Die Beschwerdeführerin bestreitet das Vorliegen einer Lippeninsuffizienz und somit von Schluckstörungen nicht, wertet diese jedoch als geringfügig. Damit Schluckstörungen eine Leistungspflicht gemäss Art. 17 lit. f Ziff. 2 KLV auslösen könnten, müssten sie von besonderer Schwere sein und Krankheitswert erreichen, was in casu zu verneinen sei.
5.- Die Bestimmung von Art. 31 Abs. 1 lit. a KVG, wonach die zahnärztliche Behandlung durch eine schwere, nicht vermeidbare Erkrankung des Kausystems bedingt sein muss, hat durch das Departement (Art. 33 Abs. 2 KVG in Verbindung mit Art. 33 lit. d KVV) in Art. 17 der Verordnung über Leistungen in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung (KLV) folgende Ausgestaltung erfahren:
Art. 17 Erkrankungen des Kausystems
Die Versicherung übernimmt die Kosten der zahnärztlichen Behandlungen, die durch eine der folgenden schweren, nicht vermeidbaren Erkrankungen des Kausystems bedingt sind (Art. 31 Abs. 1 Bst. a KVG). Voraussetzung ist, dass das Leiden Krankheitswert erreicht; die Behandlung ist nur so weit von der Versicherung zu übernehmen, wie es der Krankheitswert des Leidens notwendig macht:
a.Erkrankungen der Zähne:
1. Idiopathisches internes Zahngranulom,
2. Verlagerung und Überzahl von Zähnen und Zahnkeimen
mit Krankheitswert (z.B. Abszess, Zyste);
b.Erkrankungen des Zahnhalteapparates (Parodontopathien):
1. Präpubertäre Parodontitis,
2. Juvenile, progressive Parodontitis,
3. Irreversible Nebenwirkungen von Medikamenten; c.Erkrankungen des Kieferknochens und der Weichteile:
1. Gutartige Tumore im Kiefer- und Schleimhautbereich
und tumorähnliche Veränderungen,
2. Maligne Tumore im Gesichts-, Kiefer- und Halsbereich,
3. Osteopathien der Kiefer,
4. Zysten (ohne Zusammenhang mit Zahnelementen),
5. Osteomyelitis der Kiefer;
d.Erkrankungen des Kiefergelenks und des Bewegungsapparates:
1. Kiefergelenksarthrose,
2. Ankylose,
3. Kondylus- und Diskusluxation;
e.Erkrankungen der Kieferhöhle:
1. In die Kieferhöhle dislozierter Zahn oder Zahnteil,
2. Mund-Antrumfistel;
f.Dysgnathien, die zu folgenden Störungen mit Krankheitswert
führen:
1. Schlafapnoesyndrom,
2. Schwere Störungen des Schluckens,
3. Schwere Schädel-Gesichts-Asymmetrien.
Die Umschreibung der Erkrankungen in Art. 17 KLV ist unterschiedlich. So begnügt sich der Verordnungsgeber teils mit einzelnen Krankheitsbezeichnungen wie etwa der Kiefergelenksarthrose (Art. 17 lit. d Ziff. 1 KLV) oder der Mund-Antrumfistel (Art. 17 lit. e Ziff. 2 KLV), teils verwendet er Umschreibungen wie in Art. 17 lit. a Ziff. 2 KLV, wo ihm die Begriffe "Verlagerung und Überzahl von Zähnen und Zahnkeimen" für sich allein zu unbestimmt erscheinen, sodass er nur solche darunter verstanden wissen will, die "Krankheitswert (z.B. Abszess, Zyste)" erreichen. Damit stellt sich die Frage, ob dieser Krankheitswert ein anderer ist als jener Krankheitswert, der nach Art. 17 KLV zur allgemeinen Voraussetzung dafür erhoben wird, dass die in dieser Bestimmung aufgezählten Erkrankungen in den Leistungsbereich der sozialen Krankenversicherung fallen. Weiter ist danach zu fragen, ob der Krankheitswert, wie er in Art. 17 KLV allgemein oder beispielsweise in dessen lit. a Ziff. 2 bei verlagerten und überzähligen Zähnen und Zahnkeimen verwendet wird, mit dem in Art. 2 Abs. 1 KVG definierten Begriff der Krankheit übereinstimmt.
6.- a) Das Gericht hat dazu die von zwei verschiedenen Berufsgruppen zur Leistungspflicht der sozialen Krankenversicherung im Sinne von Art. 31 KVG herausgegebenen Leitfäden zu Rate gezogen (Atlas der Erkrankungen mit Auswirkungen auf das Kausystem [SSO-Atlas], herausgegeben von der Schweizerischen Zahnärzte-Gesellschaft SSO, 1996; KVG-Leitfaden, Leistungspflicht im Fachbereich Kiefer- und Gesichtschirurgie, herausgegeben von der Gesundheitspolitischen Kommission der Schweizerischen Gesellschaft für Kiefer- und Gesichtschirurgie, 1999). In der Erkenntnis, dass diese Unterlagen einerseits auf die sich stellenden Fragen wenig grundsätzliche Antworten geben und die Thematik mehr kasuistisch angehen und andererseits in vielen Einzelfragen zu unterschiedlichen Schlussfolgerungen gelangen, sowie angesichts der grossen praktischen Bedeutung mit allfällig weit reichenden finanziellen Folgen für die Versicherten und die Versicherer hat das Gericht eine Expertengruppe mit der Ausarbeitung eines Grundsatzgutachtens beauftragt. Dieses hatte die gestellten Fragen grundsätzlich, d.h. losgelöst von den anstehenden Einzelfällen, zu beantworten und so dem Gericht eine Grundlage zu bieten, welche es ihm erlaubt, den gesetzlichen Bestimmungen einen Inhalt zu geben, der auf einem zutreffenden Verständnis des der Regelung zu Grunde liegenden medizinischen Fachwissens beruht. Bei den drei Mitgliedern der Expertengruppe handelt es sich um PD Dr. med. dent. Urs Gebauer, Klinik für Kieferorthopädie, Bern, Dr. med. dent. Martin Chiarini, Ecole de Médecine Dentaire, Genève, und Dr. med. dent. Wanda Gnoinski, Klinik für Kieferorthopädie, Zürich. Diese Experten durften andere Fachpersonen kontaktieren.
b) Gestützt auf das Grundsatzgutachten vom 31. Oktober 2000 und den Ergänzungsbericht vom 21. April 2001 sieht das Gericht im Krankheitswert, der nach Art. 17 KLV bei den aus allen darin aufgeführten Erkrankungen hervorgehenden Zahnleiden erreicht sein muss, damit die Behandlung der Leistungspflicht unterliegt, einen gegenüber dem allgemein definierten Begriff der Krankheit gemäss Art. 2 Abs. 1 KVG qualifizierten Begriff. Ihm kommt Abgrenzungsfunktion zu in dem Sinne, dass er das Mass der Schwere der Erkrankung als Voraussetzung für die Leistungspflicht der sozialen Krankenversicherung gemäss Art. 31 Abs. 1 KVG ausdrückt und so nicht schwere Leiden davon ausschliesst (vgl. BGE 127 V 334 Erw. 5b und 345 Erw. 6b).
7.- Streitig und zu prüfen ist vorliegend, ob eine Leistungspflicht der Krankenkasse gestützt auf Art. 17 lit. f Ziff. 2 KLV wegen einer Dysgnathie, die zu Störungen mit Krankheitswert, namentlich zu schweren Störungen des Schluckens, führt, zu bejahen ist.
a) Auf die Frage, welche Störungen des Schluckens als schwer im Sinne der erwähnten Verordnungsbestimmung zu verstehen seien, haben die Experten geantwortet, der Begriff "schwere Störung des Schluckens" sei im allgemein medizinischen Gebrauch verbunden mit erheblicher Beeinträchtigung der Nahrungsaufnahme bzw. des spontanen Schluckens von Speichel. Es bestehe kein Anlass, im zahnärztlich kieferchirurgischen Bereich von diesem Verständnis abzuweichen.
Der Begriff "infantiles Schlucken" lasse quantitativ und bezüglich Altersgrenze einen erheblichen Spielraum offen und könne nicht als schwere Schluckstörung bezeichnet werden.
Das Eidgenössische Versicherungsgericht sieht keinen Grund, vom Verständnis der Experten abzuweichen (nicht veröffentlichtes Urteil P. vom 4. Dezember 2001, K 17/98).
b) In den für den vorgenommenen Eingriff umfassenden Akten sind keinerlei Anhaltspunkte dafür vorhanden, dass der Versicherte an schweren Schluckstörungen im dargelegten Sinne leidet. Vielmehr verneint der Vertrauenszahnarzt in seinem Bericht vom 7. November 1996 das Vorhandensein von sehr ausgeprägten Schluckstörungen und somit einen Krankheitswert des Leidens. Er weist darauf hin, dass beispielsweise auch kein dentoalveolär offener Biss vorliege, wie es im SSO-Atlas als mögliches klinisches Erscheinungsbild erwähnt sei (SSO-Atlas, S. 77). Die Beschwerdeführerin hat in ihrem Einspracheentscheid vom 29. April 1998 sodann darauf hingewiesen, dass ihr auch keine früheren diagnostischen oder therapeutischen Massnahmen wegen Schluckbeschwerden beim Beschwerdegegner bekannt seien. Diese Aussage ist unwidersprochen geblieben. Es kann demzufolge nicht mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden, dass die Dysgnathie des Beschwerdegegners Krankheitswert in Form von schweren Schluckstörungen aufgewiesen hat, weshalb eine Leistungspflicht der Krankenkasse gestützt auf Art. 17 lit. f Ziff. 2 KLV zu verneinen ist.
8.- Soweit der Beschwerdegegner eine Leistungspflicht der Krankenkasse aus der Kostengutsprache vom 16. Februar 1996 ableitet, ist darauf hinzuweisen, dass diese für "Halbprivate Abteilung, gemäss Vertrag, für 30 Tage" erfolgt ist. Für eine ärztliche oder zahnärztliche Behandlung in der Klinik X._ hat die Beschwerdeführerin keine Kostengutsprache gewährt. Eine Leistungspflicht der Krankenkasse kann somit auch nicht aus der Kostengutsprache - soweit überhaupt möglich - abgeleitet werden.
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Sistierung wird aufgehoben.
II. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 4. November 1999 aufgehoben.
III. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 25. März 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Die Vorsitzende der II. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: