Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) geriet Mitte der Neunzigerjahre in einen bedrohlichen Liquiditätsengpass und schloss mit den kreditgebenden Banken, darunter die Bank Y._ (Beschwerdegegnerin), Stillhaltevereinbarungen ab. Ende 2001 erfolgte der Verkauf des operativen Geschäfts. Als Hauptpendenz verblieb der Verkauf des Werkhofareals, das der Beschwerdegegnerin als Sicherheit für von ihr gewährte Hypothekarkredite diente. Am 4. März 2002 schloss die Beschwerdeführerin mit der Beschwerdegegnerin eine Desinvestitionsvereinbarung ab, in welcher die Beschwerdegegnerin ermächtigt wurde, das Werkhofareal zu einem bestimmten Mindestpreis zu verkaufen. Gleichentags schlossen die Parteien zusammen mit einer weiteren Bank eine Vereinbarung betreffend die Leistung eines Sanierungsbeitrages. Der Sanierungsbeitrag der Beschwerdegegnerin sollte im Sinne einer "Bonus-/Malus-Regelung" vom Überschuss abhängen, welcher gemäss Desinvestitionsrechnung zur Deckung der Aktionärsdarlehen verbleibt. Er war abgestuft geschuldet ab einem Liquidationsergebnis von Fr. 1.100 Mio und sollte ab einem Liquidationsergebnis von Fr. 1.450 Mio maximal Fr. 550'000.-- betragen, wobei die Regelung mit den Worten endet: "darüber zugunsten Aktionäre". Die Vereinbarung enthält weiter ein Berechnungsbeispiel. Die Bonus-/Malus-Regelung endet mit einem mit "Auflagen" überschriebenen Abschnitt. Unter den Auflagen wird unter Anderem angeführt, die Beurkundung des Kaufvertrages erfolge bis 31. Dezember 2002 und der Liquidationserlös diene zur Rückführung der Aktionärsdarlehen am Ende der Liquidation.
B. Das Werkhofareal wurde erst im Jahre 2004 verkauft. Danach forderte die Beschwerdeführerin von der Beschwerdegegnerin den Sanierungsbeitrag von Fr. 550'000.-- und erhob für diesen Betrag nebst Zins Klage beim Kantonsgericht Zug, welches die Klage guthiess. Auf kantonale Berufung der Beschwerdegegnerin wies das Obergericht des Kantons Zug die Klage mit Urteil vom 26. Februar 2008 ab. Zwar verwarf es die These der Beschwerdegegnerin, wonach diese ihren Beitrag lediglich durch einen Forderungsverzicht zu leisten habe. Es war aber der Auffassung, der Sanierungsbeitrag sei nicht geschuldet, da die Beurkundung des Kaufvertrags nicht wie in der Vereinbarung vorgesehen bis zum 31. Dezember 2002 erfolgt und die entsprechende Frist nicht verlängert worden sei. Zudem sei der Verwertungserlös höher gewesen als von den Parteien angenommen, so dass die Aktionärsdarlehen vollständig zurückgezahlt werden konnten. An die Möglichkeit einer derartigen Entwicklung hätten die Parteien bei Vertragsschluss nicht gedacht. Nach dem mutmasslichen Parteiwillen sei aber nicht davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin auch unter diesen Umständen zur Leistung eines Sanierungsbeitrages hätte verpflichtet sein sollen.
C. Die Beschwerdeführerin hat Beschwerde in Zivilsachen erhoben und wiederholt im Wesentlichen ihr vor Kantonsgericht gestelltes Begehren. Das Obergericht und die Beschwerdegegnerin schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. Die Parteien streiten sich um die Auslegung der Vereinbarung betreffend den Sanierungsbeitrag der Beschwerdegegnerin.
1.1 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (Art. 18 Abs. 1 OR). Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Während das Bundesgericht die objektivierte Vertragsauslegung als Rechtsfrage prüfen kann, beruht die subjektive Vertragsauslegung auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist. Dasselbe gilt für die Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten im Rahmen der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip. Für die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip ist der Zeitpunkt des Vertragsabschlusses massgeblich. Nachträgliches Parteiverhalten ist dafür nicht von Bedeutung; es kann höchstens - im Rahmen der Beweiswürdigung - auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (BGE 132 III 626 E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt beziehungsweise ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 462 E. 2.4 S. 466 f.).
1.3 Vor diesem Hintergrund erweisen sich viele Vorbringen der Parteien im Beschwerdeverfahren als unzulässig, da sie den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt ergänzen, ohne eine hinreichend begründete Sachverhaltsrüge zu erheben. Darauf ist nicht einzutreten. Die Vorinstanz hat zum Teil ausdrücklich den tatsächlichen Willen der Parteien festgestellt, so dass insoweit an sich eine verbindliche Feststellung vorliegt. Soweit die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht ihre Schlüsse ausschliesslich aus denjenigen Umständen zieht, die bei der Vertragsauslegung nach dem Vertrauensprinzip zu berücksichtigen sind, kann sie allerdings ohne Willkür nicht zu einem von der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip abweichenden tatsächlichen Parteiwillen gelangen. Eine derartige Abweichung lässt sich nur durch Umstände rechtfertigen, die bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht berücksichtigt werden, wie beispielsweise das nachträgliche Parteiverhalten.
1.4 Bei der Beurteilung der getroffenen Vereinbarung fällt zunächst in Betracht, dass die Auffassung der Beschwerdeführerin, bei dem Termin, bis zu welchem die Beurkundung des Kaufvertrags hätte erfolgen müssen, handle es sich um eine blosse Ordnungsfrist, welche die Beschwerdegegnerin gleich wie die anderen Befristungen für Kredite und Liquidität als Druckmittel gegenüber der Beschwerdeführerin verstanden habe, in sich widersprüchlich ist. Handelt es sich um eine blosse Ordnungsvorschrift, deren Missachtung keine Konsequenzen zeitigt, ist sie als Druckmittel ungeeignet. Auch die Qualifikation der Auflagen als "vertragliche Verpflichtungen, deren Nichterfüllung die Rechtsfolgen von Art. 97 ff. auslösen" erscheint angesichts der damaligen finanziellen Situation der Beschwerdeführerin und des Zwecks des Sanierungsbeitrages als lebensfremd ebenso wie die Auffassung, die der Desinvestitionsvereinbarung beigefügte Verkaufsvollmacht hätte der Beschwerdegegnerin bei Säumnis der Beschwerdeführerin einen Verkauf zu den vereinbarten Bedingungen ermöglicht, setzt die Abwicklung des Kaufvertrages doch voraus, dass mit einem Käufer Einigkeit über den Preis erzielt werden kann. Fragen kann man sich allenfalls, ob die Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin tatsächlich definitiv entfallen sollte, wenn bis 31. Dezember 2002 der Kaufvertrag nicht beurkundet wurde, oder ob der Sinn der Auflage darin zu sehen ist, dass die Beschwerdegegnerin sich nicht auf eine unbestimmt lange Frist binden und sich bei Ablauf der Frist die Möglichkeit offen halten wollte, gegebenenfalls Anpassungen vorzunehmen. Wie es sich damit verhält, und ob die Parteien die Frist allenfalls konkludent verlängert haben, wie die Beschwerdeführerin behauptet, kann indessen offen bleiben, so dass auch nicht entscheidwesentlich ist, ob die Rügen der Beschwerdeführerin insoweit den Begründungsanforderungen genügen. Die Forderung der Beschwerdeführerin erweist sich davon unabhängig als unbegründet.
1.5 Die Beschwerdeführerin behauptet, mit dem Passus am Ende der Bonus-/Malus-Regelung "darüber zu Gunsten Aktionäre" sei bereits bei Abfassung des Dokuments allen klar gewesen, dass ein allfälliger Überschuss aus dem Sanierungsbeitrag nach Rückzahlung der Aktionärsdarlehen zur Rückzahlung des Aktienkapitals verwendet werden durfte. Die Beschwerdeführerin blendet aus, dass die Vorinstanz unter Anderem aus dem nachträglichen Parteiverhalten, nämlich der Tatsache, dass die Beschwerdeführerin den erzielten Liquidationserlös als überraschend bezeichnet hatte, darauf geschlossen hat, die Parteien hätten die Folgen eines zur Deckung der Aktionärsdarlehen genügenden Liquidationserlöses nicht in Betracht gezogen. Inwiefern diese tatsächliche Feststellung offensichtlich unzutreffend sein soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf, weshalb der von ihr zitierten Passage nicht die von ihr beigelegte Bedeutung zukommen kann.
1.6 Da die Vorinstanz ohne Willkür davon ausgehen konnte, die Parteien hätten die Möglichkeit einer völligen Deckung der Aktionärsdarlehen bei Vertragsschluss tatsächlich nicht in Betracht gezogen, ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden, dass sie insoweit eine Lücke im Vertrag annahm. Angesichts der ausdrücklichen Auflage, der Liquidationserlös diene zur Rückführung der Aktionärsdarlehen am Ende der Liquidation, ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz davon ausgeht, die Parteien hätten angesichts der von der Beschwerdegegnerin erlittenen Zinsverluste für die Rückzahlung des Aktienkapitals keinen Sanierungsbeitrag vereinbart. Demgegenüber vermag die Auffassung der Beschwerdeführerin, mit der Auflage "Der Liquidationserlös dient zur Rückführung der Aktionärsdarlehen am Ende der Liquidation" hätte lediglich zum Ausdruck gebracht werden sollen, dass erst nach vollständiger Rückzahlung der Aktionärsdarlehen auch Rückzahlungen des Aktienkapitals erlaubt waren, nicht zu überzeugen. Dass eine Rückzahlung des Aktienkapitals bei Liquidation der Gesellschaft grundsätzlich nur erfolgen kann, wenn die Gesellschaft sämtliche Schulden getilgt hat, bedarf keiner ausdrücklichen Regelung, sondern ergibt sich bereits aus dem Gesetz (Art. 745 OR). Daher ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz davon ausging, die Parteien hätten für den Fall, dass die Aktionärsdarlehen zurückbezahlt werden können, keinen Sanierungsbeitrag der Beschwerdegegnerin vereinbart.
2. Da der angefochtene Entscheid gestützt auf diese Begründung jedenfalls im Ergebnis einer Überprüfung standhält, entfällt das Rechtsschutzinteresse an der Behandlung der übrigen Rügen. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juli 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak