Sachverhalt:
A. Die X._ ist eine Stiftung im Sinne von Art. 80 ff. ZGB mit Sitz in V._ (AG). Gemäss ihren Statuten vom 23. Mai 2003 bezweckt sie die gemeinsame Anlage und Verwaltung der ihr anvertrauten Vorsorgegelder (Art. 2). Das Stiftungsvermögen besteht aus dem Stammvermögen und den Anlagegeldern, wobei die Vermögensanlage im Rahmen der Anlagevorschriften für die berufliche Vorsorge erfolgt (Art. 5). Steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge, die ihren Sitz in der Schweiz haben, können ihr Vermögen der X._ zur Weiteranlage übertragen. Die Reinerträge der Stiftung werden jährlich entsprechend den Ansprüchen der Investoren ausgeschüttet (Art. 7 des Reglements vom 23. Mai 2003).
Die X._ hielt im hier massgebenden Geschäftsjahr Immobilien im Wert von ca. 1,5 Mia. Franken. Am 25. Juli 2007 verkaufte sie aus ihrem Bestand die Grundstücke W._/BE Gbbl. Nrn. A._ und B._ für 61 Mio. Franken. Den Erlös reinvestierte sie vollumfänglich noch im selben Jahr in andere Immobilien in der Schweiz.
B. Am 29. Februar 2008 deklarierte die X._ einen Grundstückgewinn von Fr. 11'180'751.-- und beantragte gleichzeitig den Aufschub der Besteuerung infolge Ersatzbeschaffung von betriebsnotwendigem Anlagevermögen. Mit Veranlagungsverfügung bzw. Einspracheentscheid vom 18. Juni 2008 bzw. 14. Oktober 2008 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Grundstückgewinnsteuer, unter Ablehnung des Steueraufschubs, einen steuerbaren Grundstückgewinn entsprechend der Steuererklärung von (gerundet) Fr. 11'180'700.-- und eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 5'310'906.50. Den gegen den Einspracheentscheid gerichteten Rekurs hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern am 13. November 2008 gut und gewährte den Steueraufschub nach kantonalem Recht. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die dagegen gerichtete Beschwerde am 21. März 2011 gut und bestätigte den Einspracheentscheid vom 14. Oktober 2008. Das Gericht erwog, es sei nicht betriebsnotwendiges Anlagevermögen reinvestiert worden, weshalb ein Steueraufschub nicht möglich sei.
C. Vor Bundesgericht beantragt die X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 21. März 2011 aufzuheben, den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 16. Februar 2010 zu bestätigen und eventuell die Sache zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückzuweisen. Sie rügt eine Verletzung von kantonalem Recht.
D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG in Verbindung mit Art. 73 StHG [SR 642.14]). Als Adressatin des angefochtenen Entscheids ist die Beschwerdeführerin zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde kann namentlich eine Rechtsverletzung nach Art. 95 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Der Bundesgesetzgeber hat in Art. 12 Abs. 3 bzw. 4 StHG abschliessend umschrieben, welche Steueraufschubtatbestände von den Kantonen bei der Grundstückgewinnsteuer zu übernehmen sind. Zugleich hat er auch eine inhaltliche Harmonisierung der kantonalen Regelungen betreffend Steueraufschub angestrebt (BGE 130 II 202 E. 3.2 S. 207 f.). Den Kantonen verbleibt insoweit kein Spielraum, welchen das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüfen könnte (vgl. Urteil 2C_797/2009 vom 20. Juli 2010 E. 2.1). Die Prüfung des angefochtenen Entscheids erfolgt mit freier Kognition (Urteil 2C_539/2010 vom 15. Dezember 2010 E. 1.3).
2. 2.1 Privatrechtliche Stiftungen unterliegen als juristische Personen kantonal der Gewinn- und der Kapitalsteuer (Art. 24 ff. bzw. Art. 29 ff. StHG). Soweit es sich um Einrichtungen der beruflichen Vorsorge mit Sitz in der Schweiz handelt, sind sie allerdings steuerbefreit (Art. 23 Abs. 1 lit. d StHG). Gemäss Art. 23 Abs. 4 Satz 1 StHG unterliegen sie jedoch "in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer". Diese Steuer erfasst - jedenfalls in einem Kanton wie Bern mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung im Sinne von Art. 12 Abs. 4 StHG - gemäss Art. 12 Abs. 1 StHG Gewinne, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) eines Grundstücks übersteigt. Aufgrund von Art. 23 Abs. 4 Satz 2 StHG gelten aber u.a. die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4) sinngemäss. Nach Art. 12 Abs. 4 StHG haben Kantone mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung nach der aufgrund des Fusionsgesetzes vom 3. Oktober 2003 (FusG, SR 221.301) geltenden Fassung u.a. Art. 24 Abs. 3 und 3quater StHG zu beachten; danach sind Immobilientransaktionen bei Umstrukturierungen oder bei Vermögensübertragungen im Konzern als steueraufschiebende Veräusserungen zu behandeln. In seiner ursprünglichen Fassung hatte lit. a auf Art. 24 Abs. 4 StHG verwiesen, wonach u.a. die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4) sinngemäss anwendbar waren. In der bundesrätlichen Botschaft vom 13. Juli 2000 zum FusG wird diese Verweisung als Versehen bezeichnet, das durch eine Änderung von Art. 12 Abs. 4 lit. a StHG zu ändern sei (BBl 2000 4510; vgl. auch Urteil 2C_799/2008 vom 9. April 2009 E. 3.3, in: StE 2009 B 44.13.7 Nr. 24; Urteil 2P.75/2003 vom 1. September 2003 E. 3.5, in: StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18). Entsprechend verweist nunmehr Art. 12 Abs. 4 lit. a StHG auf Art. 24 Abs. 3 bzw. 3quater StHG (unter Verzicht auf Art. 24 Abs. 4, wo u.a. die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen [Art. 8 Abs. 4] nach wie vor vorbehalten bleiben). Wohl ist man zu weit gegangen, indem nun eine Verweisung auf Art. 24 Abs. 4 StHG, soweit es um Ersatzbeschaffungen von Liegenschaften des betriebsnotwendigen Anlagevermögens juristischer Personen geht, fehlt. Zwar vertreten FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, Rz. 26 zu § 224 StG ZH, die Auffassung, eine solche Präzisierung erübrige sich dank der unveränderten Verweisung auf Art. 8 Abs. 4 StHG, der die Frage der Ersatzbeschaffung bei der Einkommenssteuer natürlicher Personen regelt. Zu dieser Auffassung ist hier nicht Stellung zu nehmen, weil - wie dargelegt - jedenfalls für steuerbefreite juristische Personen nach Art. 23 Abs. 4 Satz 2 StHG die Grundstückgewinnsteuer bei der Ersatzbeschaffung für betriebsnotwendiges Anlagevermögen an sich aufzuschieben ist.
2.2 Privatrechtliche Stiftungen unterliegen als juristische Personen auch nach dem Steuergesetz des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 (StG, BSG 661.11) der Gewinn- und der Kapitalsteuer (Art. 85 ff. bzw. Art. 102 ff. StG). Einrichtungen der beruflichen Vorsorge mit Sitz in der Schweiz sind aber ebenfalls steuerbefreit (Art. 83 Abs. 1 lit. e StG). Sie unterliegen gemäss Art. 126 Abs. 1 StG der Grundstückgewinnsteuer. Allerdings wird nach Art. 133 Abs. 1 lit. a StG in der bis zum 31. Dezember 2007 geltenden Fassung die Besteuerung für Grundstückgewinn aufgeschoben bei:
"vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines Grundstücks, das zum Anlagevermögen (Art. 23 Abs. 3 und 89 Abs. 3) gehört, soweit der Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines in der Schweiz liegenden Ersatzgrundstücks verwendet wird, das betriebsnotwendiges Anlagevermögen darstellt."
Art. 89 Abs. 3 aStG bestimmte für juristische Personen:
"Als betriebsnotwendig gilt nur Anlagevermögen, das dem Betrieb unmittelbar dient; ausgeschlossen sind insbesondere Vermögensobjekte, die dem Unternehmen nur als Vermögensanlage oder nur durch ihren Ertrag dienen."
Diese bernische Regelung war somit steuerharmonisierungskonform.
2.3 Für Vorsorgeeinrichtungen findet sich in Art. 80 BVG (SR 831.40) ebenfalls eine Regelung. Dabei ist mit der Beschwerdeführerin davon auszugehen, dass Art. 80 BVG ebenso auf Anlagestiftungen anwendbar ist (LINDA PETER-SZERENYI, Der Begriff der Vorsorge im Steuerrecht, 2001, S. 56 ff.; THOMAS LINDER/PETER LAMPRECHT, Investitionen von Vorsorgeeinrichtungen in Anlagestiftungen mittels Immobilienanlage, StR 62 [2007], S. 2 ff., 3; EVELINE SAUPPER/CHRISTOPH OLIVER SCHMID, in: Watter/Vogt/Tschäni/Daeniker [Hrsg.], Fusionsgesetz, 2005, Rz. 26 vor Art. 88 FusG). Gemäss Abs. 2 von Art. 80 BVG sind die mit Rechtspersönlichkeit ausgestatteten Vorsorgeeinrichtungen des privaten und öffentlichen Rechts, soweit ihre Einkünfte und Vermögenswerte ausschliesslich der beruflichen Vorsorge dienen, von den direkten Steuern des Bundes, der Kantone und der Gemeinden und von den Erbschafts- und Schenkungssteuern der Kantone und Gemeinden befreit. Art. 80 Abs. 4 BVG lautet:
"Mehrwerte aus der Veräusserung von Liegenschaften können entweder mit der allgemeinen Gewinnsteuer oder mit einer speziellen Grundstückgewinnsteuer erfasst werden. Bei Fusionen und Aufteilungen von Vorsorgeeinrichtungen dürfen keine Gewinnsteuern erhoben werden."
Hierzu ist festzuhalten, dass der Begriff "Gewinnsteuer" im letzten Satz offensichtlich nicht im Sinne der Gewinnsteuer nach Art. 24 ff. StHG zu verstehen ist, sondern in der umfassenderen Bedeutung nach Satz 1 von Art. 80 Abs. 4 BVG, nämlich einer "Steuer auf Mehrwerten aus der Veräusserung von Liegenschaften". Dies zeigt eine Analyse der Erläuterungen in der bundesrätlichen Botschaft vom 19. Dezember 1975 zu dieser Bestimmung. Dort wird der letzte Satz von Abs. 4 kommentiert: eine "Einschränkung gilt bloss für die Grundstückgewinnsteuern bei Zusammenlegung oder Aufteilung von Vorsorgeeinrichtungen" (BBl 1976 I 149 ff., 214) bzw. "bei Fusionen und Aufteilungen von Vorsorgeeinrichtungen dürfen keine Grundstückgewinnsteuern erhoben werden" (BBl 1976 I 149 ff., 272; in diesem Sinne auch HANS-ULRICH STAUFFER, Berufliche Vorsorge, 2005, Rz. 1744). Gleichzeitig ergibt sich aus der Ausnahmeregelung für "Fusionen und Aufteilungen", dass man nur eigentliche Umstrukturierungen von einer Besteuerung ausnehmen wollte und nicht auch Ersatzbeschaffungen (entsprechend befassen sich WOLFGANG MAUTE/ MARTIN STEINER/ADRIAN RUFENER/ PETER LANG, Steuern und Versicherungen, 3. Aufl. 2011, S. 135 ff., sowie OLIVIER MARGRAF, Steuerfolgen im Zusammenhang mit der Übertragung von Liegenschaften zwischen [steuerbefreiten] Vorsorgeeinrichtungen, StR 66 [2011], S. 748 ff., nur mit Umstrukturierungstatbeständen). Daran ändert nichts, dass die Ersatzbeschaffung umgangssprachlich auch etwa als "Umstrukturierung im Kleinen" bezeichnet wird (MAJA BAUER-BALMELLI/NILS O. HARBEKE, Immobilien im Asset Swap und Ersatzbeschaffung, ST 65 [2011], S. 490 ff., insbesondere S. 497). Denn während es bei einer eigentlichen Umstrukturierung um die Reorganisation des gesamten Betriebs oder Teilbetriebs geht, wird bei der Ersatzbeschaffung nur ein bestimmtes Aktivum ersetzt. Und der Gesetzgeber wollte es offensichtlich nicht in Kauf nehmen, dass bei Vorsorgestiftungen insbesondere Immobilienmehrwerte ad infinitum steuerneutral weiterübertragen werden können, zumal Kantone und Gemeinden sehr unterschiedlich von einer solchen Lösung betroffen wären. Entsprechend war der Bundesrat nach der zitierten bundesrätlichen Botschaft zum BVG in diesem Zusammenhang offensichtlich bestrebt, möglichst auf den Finanzbedarf der Kantone Rücksicht zu nehmen (BBl 1976 I 149 ff., 214). Damit steht zugleich fest, dass ebenso das Verbot, Gewinnsteuern zu "erheben" in Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG, im Sinne eines Steueraufschubs zu deuten ist (MAUTE/STEINER/RUFENER/LANG, a.a.O., S. 135; LINDER/LAMPRECHT, a.a.O., S. 8).
Zusammenfassend muss aus Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG e contrario geschlossen werden, dass für die Ersatzbeschaffung von Liegenschaften einer Vorsorgeeinrichtung nach geltendem BVG kein Steueraufschub bei der (Gewinn- oder der) Grundstückgewinnsteuer vorgesehen ist.
2.4 Damit besteht ein Widerspruch zwischen Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG einerseits und dem nicht nur auf Vorsorgeeinrichtungen anwendbaren Art. 23 Abs. 4 StHG andererseits: Jene Bestimmung kennt für steuerbefreite Vorsorgeeinrichtungen keinen Steueraufschub bei Ersatzbeschaffungen, während der auf steuerbefreite juristische Personen generell anwendbare Art. 23 Abs. 4 Satz 2 StHG einen solchen vorsieht. Wohl verpflichtet Art. 80 Abs. 4 BVG die Kantone nicht - im Gegensatz zum StHG - Grundstückgewinne zu besteuern; es lässt eine Besteuerung nur zu (MARCO GRETER, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. 2002, Rz. 47 zu Art. 23 StHG). Und das StHG, das an sich in Art. 23 Abs. 4 Satz 1 StHG zur Grundstückgewinnbesteuerung verpflichtet, sieht in seinem Satz 2 für Ersatzbeschaffungen gerade eine Durchbrechung vor. Auch wenn somit die beiden Bundesgesetze nicht dieselbe Funktion haben, geht doch Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG als lex specialis dem allgemeineren Art. 23 Abs. 4 StHG vor (LINDER/LAMPRECHT, S. 12, unter Hinweis auf den Bericht der Arbeitsgruppe "Pensionskassenbefreiung", S. 13). Damit sind nach BVG-Recht nur Umstrukturierungen steuerneutral abzuwickeln, nicht aber Ersatzbeschaffungstatbestände. Jedenfalls ist die Wertung von Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG für die Anwendung der Ersatzbeschaffung auf Vorsorgeeinrichtungen bei der Grundstückgewinnsteuer im Auge zu behalten, indem diese de lega lata tendenziell restriktiv zu handhaben ist.
2.5 An sich sind hier mit der Steuerrekurskommission des Kantons Bern und der Beschwerdeführerin die meisten Voraussetzungen für eine steuerneutrale Ersatzbeschaffung erfüllt. Fraglich ist einzig, ob man bei der Beschwerdeführerin als Anlagestiftung bei den veräusserten Immobilien von "betriebsnotwendigem Anlagevermögen", welche ihrem Betrieb im Sinne von Art. 89 Abs. 3 aStG "unmittelbar dienen" (vgl. E. 2.2), ausgehen kann.
Fest steht zunächst, dass die Beschwerdeführerin mit einem Immobilienbestand von ca. 1,5 Mia. Franken einen "Betrieb" führt (BAUER-BALMELLI/HARBEKE, a.a.O., S. 497; MARGRAF, a.a.O., S. 749), zumal sie ihre Immobilien als Vermögensanlagen aktiv bewirtschaftet. Klar ist auch, dass für eine "Anlagestiftung" Vermögensanlagen in Immobilien und Wertschriften in dem Sinne "betriebsnotwendig" sind, als sie ohne diese ihren Zweck nicht erfüllen kann. Dies heisst aber mit der Vorinstanz noch nicht, dass diese auch im Sinne des Ersatzbeschaffungsrechts "betriebsnotwendig" sind; denn ein "Zwang zur Wiederbeschaffung", wie bei echt betriebsnotwendigem Anlagevermögen, besteht hier nicht. Die Beschwerdeführerin musste den Verkaufserlös nicht zwingend wieder in Renditeliegenschaften stecken, sondern sie hätte auch in andere Anlageformen investieren können (vgl. auch Art. 53 ff. BVV 2 [SR 831.441.1]). Jedenfalls vermag die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde die vorinstanzliche Feststellung, sie hätte neben Immobilien auch in andere Anlageformen investieren können, nicht substanziiert zu widerlegen. In diesem Sinne ist das Band zwischen Ersatz- und ersetztem Objekt offensichtlich weniger eng als bei einem echten Ersatzbeschaffungstatbestand. Dabei geht das Gericht nicht so weit wie die Vorinstanz, nach welcher die Anlageobjekte der Beschwerdeführerin "nur mittelbar durch ihren wirtschaftlichen Wert" dienen. Die Anlageobjekte erfüllen zwar ihre Funktion bei einer Anlagestiftung definitionsgemäss nicht nur mittelbar, allerdings nicht so "unmittelbar", wie es für eine steuerneutrale Ersatzbeschaffung unbedingt erforderlich ist.
3. Mangels eines steuerrechtlich relevanten Ersatzbeschaffungstatbestandes kann hier kein Steueraufschub gewährt werden. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 30'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass