Sachverhalt:
A. Die Baukommission der Gemeinde Lindau erteilte am 22. Mai 2008 der Z._ AG unter Nebenbestimmungen die Baubewilligung für eine Arealüberbauung mit drei Mehrfamilienhäusern und einer Unterniveaugarage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 767 in Lindau.
Die Baurekurskommission III des Kantons Zürich hiess am 21. Januar 2009 die Rekurse verschiedener Nachbarn, unter ihnen X._ und Y._, gut und hob die Baubewilligung auf. Sie erwog, das Bauvorhaben genüge den nach § 71 des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) für Arealüberbauungen geltenden erhöhten Gestaltungsanforderungen nicht, weshalb die Baubewilligung aufzuheben sei, ohne dass die weiteren Rügen zu prüfen wären.
Die Gemeinde Lindau und die Z._ AG erhoben gegen diesen Rekursentscheid Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses kam im Urteil vom 7. Oktober 2009 zum Schluss, die örtliche Baubehörde habe entgegen der Auffassung der Baurekurskommission III ihren Ermessensspielraum nicht überschritten, indem sie dem Bauvorhaben die vom Gesetz verlangte besondere Qualität zugebilligt habe. Es hiess die Beschwerden gut, hob den angefochtenen Entscheid der Baurekurskommission III auf und wies die Akten zu weiterer Untersuchung und neuem Entscheid an diese zurück.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen X._ und Y._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und denjenigen der Baurekurskommission III vom 21. Januar 2009 zu bestätigen. Ausserdem ersuchen sie, ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
C. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung und beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Z._ AG beantragt, die Beschwerde abzuweisen und das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts zu bestätigen. Die Baukommission der Gemeinde Lindau verzichtet auf Vernehmlassung.
D. Am 17. Februar 2010 erkannte das präsidierende Mitglied der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
E. In ihrer Replik halten X._ und Y._ an der Beschwerde fest. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die Baukommission der Gemeinde Lindau verzichtet auf eine Stellungnahme. Die Z._ AG hält an ihrem Standpunkt fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzliches (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) Urteil in einer Bausache, mithin einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gegeben, und die Beschwerdeführer verfügen als Nachbarn über die nach Art. 81 BGG erforderliche Beziehungsnähe zur Streitsache, um sie zu erheben.
1.2 Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts schliesst das Baubewilligungsverfahren indessen nicht ab, sondern ermöglicht vielmehr dessen Weiterführung. Es handelt sich damit um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 Abs. 1 BGG, gegen den die Beschwerde zulässig ist, wenn er, was hier nicht zur Diskussion steht, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Soweit dies nicht offenkundig ist, ist es Sache der Beschwerdeführer nachzuweisen, dass die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG erfüllt sind (BGE 133 II 629 E. 2.4.2). Ob dies der Fall ist, prüft das Bundesgericht frei (BGE 134 II 142 E. 1.2.4).
1.3 Mit einer Gutheissung der Beschwerde bzw. der Aufhebung des angefochtenen Entscheids könnte zwar ein Endentscheid herbeigeführt werden. Ob dadurch allerdings ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, liegt keineswegs auf der Hand. Die Beschwerdeführer behaupten zwar, die Fortsetzung des Prozesses würde aufwändig, weil das gänzliche Fehlen einer Erschliessung geltend gemacht würde (Beschwerde S. 4 oben), begründen dies aber nicht näher oder teilweise durch einen unzulässigen Verweis auf eine frühere Rechtsschrift (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 133 II 396 E. 3.2). Die Beurteilung der Erschliessung einer doch eher kleineren Arealüberbauung von drei Mehrfamilienhäusern auf einem knapp 5 000 m2 grossen Grundstück erfordert nur unter besonderen, von den Beschwerdeführern nach dem Gesagten nicht dargelegten Gründen ein aufwändiges Beweisverfahren. Der blosse Hinweis auf die im weiteren Verfahren noch zu klärende, strittige Erschliessung genügt daher offensichtlich nicht, um die Voraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG als erfüllt nachzuweisen.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie haben ausserdem der privaten Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den beiden Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die beiden Beschwerdeführer haben der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von je Fr. 1'250.--, insgesamt Fr. 2'500.--, zu bezahlen, unter solidarischer Haftung für den ganzen Betrag.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Lindau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juni 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi