Faits:
A. Y._, propriétaire de deux parcelles au lieu-dit "R._" à ..., a décidé de construire, sur l'une d'elles, un chalet, avec un parking et un accès couverts.
Pour ce faire, il s'est associé les services de l'atelier d'architecture V._ SA pour la conception du projet, et de l'ingénieur civil A._, pour la direction des travaux. B._ avait pour tâche de surveiller ceux-ci.
Par contrat des 13/19 mai 2004, le maître de l'ouvrage a confié à X._ SA les travaux de maçonnerie pour un montant de 2'051'249 fr.55 net, TVA comprise. Le contrat renvoyait à diverses normes SIA, entre autres à la norme 118. Pour ces travaux en particulier, les parties ont décidé d'arrêter la rémunération de l'entrepreneur selon un système de prix unitaires fermes. Entre autres frais, le coût de l'installation du chantier a été arrêté en bloc à 100'000 fr.
En cours de chantier, V._ SA et A._, qui étaient investis du pouvoir de commander des ouvrages, ont chargé X._ SA d'exécuter des travaux supplémentaires sans en arrêter le prix (travaux en régie).
X._ SA a ?uvré pour la dernière fois sur le chantier au début du mois de décembre 2005.
L'entrepreneur a adressé ses factures, en fonction de l'avancement des travaux, entre le 13 juillet 2004 et le 20 décembre 2005. A cette dernière date, il a présenté un récapitulatif des factures présentant un solde de 2'080'062 fr. 67, rectifié à 2'134'100 fr. 64 le 6 juin 2006, en sa faveur.
Le maître de l'ouvrage s'est acquitté de divers acomptes, mais a contesté, partiellement ou totalement, plusieurs factures. En particulier, il a contesté celle du 24 mai 2005 relative à la maçonnerie, d'un montant total de 434'490 fr.95, en ce qui concerne le poste complément d'installation de chantier pour un montant de 50'000 fr., hors TVA.
B. Le 2 mars 2006, X._ SA a saisi le juge du district de Sierre d'une requête tendant à l'annotation provisoire d'une hypothèque légale de l'entrepreneur d'un montant de 2'080'62 fr. 67 sur les deux immeubles du maître de l'ouvrage.
Par décision du 2 mars 2006, le juge a admis à titre superprovisoire la requête. Le même jour, le registre foncier a inscrit l'hypothèque, conformément à la décision du juge.
Le 28 mars 2006, le juge a confirmé l'annotation de l'inscription provisoire de l'hypothèque légale jusqu'à l'entrée en force du jugement au fond et fixé un délai de trois mois à X._ SA pour ouvrir action sur le fond.
Le 20 juin 2006, X._ SA a ouvert action devant le juge du district de Sierre à l'encontre de Y._. Lors du débat final, l'entrepreneur a conclu à ce que le défendeur soit condamné à lui payer le montant total de 2'114'524 fr. 29, sous imputation de 1'699'517 fr. 75 déjà versé par le maître de l'ouvrage en date du 3 octobre 2007, et à ce que l'hypothèque légale soit inscrite définitivement à charge des deux parcelles à concurrence de 415'006 fr. 54.
Le maître de l'ouvrage a conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 23 février 2010, la Cour civile II du Tribunal cantonal valaisan, après avoir examiné chacune des factures contestées, a condamné Y._ à payer à X._ SA 329'609 fr. 95 avec intérêts à 5% dès le 20 février 2006, ainsi que 137'358 fr. 30 (montant en capital représentant les intérêts, non encore acquittés, sur la somme de 1'699'517 fr. 75 déjà payée par le maître de l'ouvrage). Concernant le poste contesté de 50'000 fr. (seul restant litigieux devant le Tribunal fédéral), la cour cantonale a estimé que cette dépense supplémentaire, alléguée par l'entrepreneur, ne pouvait être mise à la charge du maître de l'ouvrage. L'autorité précédente a encore précisé que X._ SA pouvait requérir, sur présentation du jugement cantonal muni d'une attestation d'entrée en force, en sa faveur et à titre définitif, l'inscription d'une hypothèque au sens de l'art. 837 al. 1 ch. 3 CC d'un montant de 329'609 fr. 95, avec les intérêts correspondants, à charge d'une des parcelles.
C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement du 23 février 2010. Elle conclut à l'admission du recours et, principalement, à ce que Y._ soit condamné à lui verser le montant de 379'259 fr. 95 (somme accordée par la cour cantonale + montant litigieux), ainsi que la somme de 137'358 fr.30 et à ce que l'inscription de l'hypothèque légale puisse porter sur le montant correspondant, subsidiairement, au renvoi du dossier à la cour cantonale, le tout sous suite de frais et dépens.
L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé partiellement dans ses conclusions en paiement (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 et 130 al. 2 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; 135 II 145 consid. 8.1. p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Il incombe à la partie recourante, qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente, d'expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287 s. et consid. 6.2 p. 288). Si la partie recourante invoque l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits, elle doit montrer, par une argumentation précise en se référant si possible aux pièces du dossier, que la décision cantonale est insoutenable (arrêt 4A_621/2009 du 25 février 2010 consid. 1.3). Encore faut-il que la correction demandée soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 La cour cantonale rappelle que, dans le contrat initial, le coût de l'installation du chantier a été arrêté en bloc à 100'000 fr. (prix global au sens de l'art. 42 al. 3 SIA 118). Elle expose que, selon les experts entendus au cours de l'instruction, "le forestier avait accepté que l'accès se fasse à travers la forêt et qu'il était par la suite revenu sur sa décision" et que "cette circonstance avait compliqué l'installation du chantier". La cour précédente indique que, "si l'on en croit les experts, il y aurait donc eu accord au sens de l'art. 59 al. 2 SIA 118 sur une rémunération supplémentaire [de 50'000 fr.] due en raison des circonstances extraordinaires". Elle s'écarte néanmoins de cette conclusion, considérant que l'entrepreneur n'a pas établi les circonstances justifiant un supplément au prix global de 100'000 fr. L'autorité précédente précise qu'il appartenait à l'entrepreneur de questionner W._ (l'entreprise W._ ayant également participé au chantier), comme cela a d'ailleurs été suggéré par l'un des experts, afin de démontrer la nécessité de modifier l'accès au chantier. Considérant que l'existence d'un accord sur le montant du supplément n'est pas d'avantage démontré, la cour cantonale conclut que les conditions d'application de l'art. 59 SIA 118 ne sont pas remplies en l'espèce.
La recourante adresse divers reproches à l'autorité cantonale quant à "l'établissement inexact des faits". Elle affirme en particulier que V._ SA et A._, tous deux investis du pouvoir de commander des ouvrages, l'ont chargée d'exécuter en régie des travaux supplémentaires, notamment ceux portant sur les déplacements de l'installation de chantier, et que c'est donc à tort que la cour cantonale a considéré comme non établies les circonstances justifiant un supplément de 50'000 fr. Elle soutient aussi, en rappelant les conclusions des experts, que ce montant a bien été convenu par les parties.
2.2 En l'espèce, une inexactitude manifeste sur un fait déterminant n'apparaît pas, de sorte qu'une rectification d'office sur la base de l'art. 105 al. 2 LTF n'entre pas en considération (cf. ATF 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288).
La recourante n'invoque pas le grief de l'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.); dans la partie de son mémoire "Sur l'établissement inexact des faits" (p. 10 s.), elle se limite à montrer son désaccord avec l'appréciation de la cour cantonale. Elle n'indique pas que l'appréciation de cette dernière serait "insoutenable" ou que les faits auraient été établis de façon "manifestement inexacte" (ce qui correspond à la notion d'arbitraire [cf. supra consid. 1.3]). La recourante ne renvoie en outre pas aux pièces du dossier (sur l'exigence, cf. supra consid. 1.3), alors même que, selon elle, ses affirmations ressortent "précisément des pièces déposées". Enfin, pour appuyer ses propos, elle se réfère simplement aux conclusions des experts; elle ne prétend toutefois pas que les juges cantonaux seraient tombés dans l'arbitraire en ne suivant pas les conclusions de ceux-ci (cf. à ce sujet: arrêt 4P.329/2005 du 21 février 2006 consid. 3.2) et ne présente aucune motivation sous cet angle. Le grief, qui ne répond pas aux exigences strictes des art. 105 al. 2 et 106 al. 2 LTF, est dès lors irrecevable.
On relèvera d'ailleurs que les explications données par la recourante, concernant principalement V._ SA et A._ et leur pouvoir de commander des ouvrages supplémentaires, n'ont aucune incidence sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Si elles permettent de comprendre que les représentants du maître de l'ouvrage ont parfois commandés certains travaux supplémentaires (ce qui n'est d'ailleurs pas contesté), elles n'indiquent pas qu'ils auraient eux-mêmes ordonné le déplacement du chantier.
L'autorité précédente n'ayant pas sombré dans l'arbitraire en appréciant les preuves, c'est sur la base des faits retenus dans l'arrêt attaqué (art. 105 al. 1 LTF) que l'analyse juridique doit être entreprise.
3. 3.1 Invoquant une violation de l'art. 373 CO, la recourante fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir retenu qu'un accord a été passé entre les parties, à tout le moins tacitement ou par actes concluants, sur le principe du déplacement du chantier et le montant des frais supplémentaires y relatifs (50'000 fr.). Elle prétend ainsi à l'existence d'une modification de commande contractuelle (sur la notion, cf. entre autres auteurs: Peter Gauch, Le contrat d'entreprise [adaptation française de Benoît Carron], 1999, n. 770 s. p. 229 s.).
3.2 Le caractère ferme du prix forfaitaire (en l'occurrence, le prix de 100'000 fr. prévu initialement pour l'installation du chantier) n'est pas absolu. L'art. 373 al. 2 CO prévoit une première exception lorsque l'exécution de l'ouvrage est empêchée ou rendue difficile à l'excès par des circonstances extraordinaires, impossibles à prévoir, ou exclues par les prévisions des parties (cf. infra consid. 3.5). Une seconde exception est réalisée quand intervient une modification de commande par rapport à l'objet du contrat initialement convenu; le prix ferme arrêté par les parties n'est, en effet, déterminant que pour l'ouvrage alors projeté, sans modifications qualitatives ou quantitatives (ATF 116 II 315 consid. 3 p. 315 s.; arrêt 4C.23/2004 du 14 décembre 2004 consid. 4.1).
Les modifications de commande donnent en principe droit à une augmentation du prix en cas de prestations supplémentaires de l'entrepreneur. La modification de commande contractuelle - invoquée par la recourante - n'est pas réglée par la norme SIA 118. Il n'a pas été établi que les parties se sont mises d'accord, ne serait-ce que tacitement, pour soumettre la rémunération des prestations supplémentaires sur la base des dispositions relatives à la modification de commande unilatérale (art. 84 ss SIA 118). La recourante ne tente d'ailleurs pas de soutenir qu'un tel accord serait intervenu entre les parties. En conséquence, on ne peut donc appliquer les articles y relatifs de la norme SIA 118 (pour les détails: Gauch, op. cit., n. 807 p. 238); la rémunération des prestations supplémentaires doit ainsi être calculée sur la base de l'art. 374 CO (arrêt 4C.23/2004 du 14 décembre 2004 consid. 4.1 et les nombreuses références). Selon cette disposition, si le prix n'a pas été fixé entre les parties, il doit être déterminé d'après la valeur du travail et les dépenses de l'entrepreneur. Le critère déterminant est celui des coûts effectifs qu'un entrepreneur diligent aurait engagés pour une exécution soignée de l'ouvrage (ATF 96 II 58 consid. 2 p. 61). Autrement dit, seuls les coûts nécessaires à cette exécution sont pris en compte (François Chaix, in Commentaire romand, CO I, nos 9, 10 et 15 ad art. 374 CO; Gaudenz G. Zindel/Urs Pulver, Basler Kommentar, OR I, 4e éd. 2008, no 13 ad art. 374 CO; Gauch, op. cit., n. 964 s. p. 283 s.). Il appartient à l'entrepreneur de déterminer le montant des coûts effectifs, donc également de démontrer la nécessité des frais engagés (art. 8 CC; Chaix, op. cit., no 15 ad art. 374 CO; cf. Zindel/Pulver, op. cit., no 18 ad art. 374 CO).
3.3 En l'espèce, il n'est pas utile de rechercher si, sur le principe, un accord est véritablement intervenu entre les parties. L'existence d'un accord sur le montant du supplément (50'000 fr.) n'a, elle, pas été établie. Or, il ressort des faits constatés par l'autorité cantonale - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que la recourante n'a pas réussi à prouver qu'il était nécessaire de modifier l'accès au chantier (cf. supra consid. 2.1). Elle n'a donc pas démontré la nécessité d'engager les frais supplémentaires dont elle requiert aujourd'hui le paiement.
Le grief est mal fondé.
3.4 Dans un deuxième moyen intitulé "En cas de faute du maître", la recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir retenu que les conditions d'exécution ont été modifiées en raison d'un fait dont répond le maître (le changement d'avis du forestier). L'argumentation de la recourante repose sur des fondements différents et se révèle peu claire. La recourante présente ses arguments dans la partie de son mémoire faisant état d'une violation de l'art. 373 CO (traitant à son alinéa 2, des circonstances extraordinaires justifiant notamment une augmentation du prix; cf. infra consid. 3.5); elle cite l'art. 58 al. 2 SIA (sur les conséquences de la faute du maître de l'ouvrage, en particulier lorsqu'il donne, dans les documents de soumission, des indications inexactes sur la nature du sol), fait référence à l'art. 365 CO (obligations de l'entrepreneur relativement à la matière fournie) et parle d'un fait imputable au maître. De façon générale, on comprend toutefois que la recourante tente de démontrer qu'elle ne saurait supporter les conséquences financières du revirement du forestier, ce fait étant imputable au maître. Le paiement en sa faveur du montant de 50'000 fr. serait justifié, en raison de ce fait.
Dans son argumentation, la recourante oublie que la seule existence d'un fait imputable au maître ne suffit pas à fonder une rémunération supplémentaire. Il appartient encore à l'entrepreneur de prouver (art. 8 CC) que ce fait est la cause des frais supplémentaires facturés au maître de l'ouvrage (lien de causalité). En l'espèce, il ressort des constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF) que l'entrepreneur n'a pas réussi à démontrer que le revirement du forestier a rendu nécessaire la modification de l'accès au chantier et ainsi généré les frais en question. Le grief est donc infondé.
3.5 Enfin, la recourante revient à la charge en soutenant que les nouvelles mesures décidées par une autorité constituent des circonstances extraordinaires au sens de l'art. 59 SIA 118 (et de l'art. 373 al. 2 CO) et qu'elles justifient donc également le versement en sa faveur de la somme de 50'000 fr. L'argumentation - qui est par ailleurs en contradiction avec le moyen précédent tiré de la "faute" du maître (cf. arrêt 4C.137/1995 du 26 octobre 1995 consid. 2b) - tombe à faux. D'une part, la cour cantonale a expliqué que les experts avaient fait état d'un forestier qui, après avoir accepté l'accès au chantier à travers la forêt, est revenu par la suite sur sa décision. Le jugement n'indique pas que le forestier en question aurait donné une autorisation en tant que membre d'une autorité compétente. D'autre part, à considérer que l'on est en présence d'une circonstance extraordinaire au sens de l'art. 373 al. 2 CO, il appartiendrait encore à l'entrepreneur de démontrer que cette circonstance a causé les frais supplémentaires prétendument générés par la modification de l'accès au chantier (sur le fardeau de la preuve: Gauch, op. cit., n. 1108 p. 318; Chaix, op. cit., no 37 ad art. 373 CO; Zindel/Pulver, op. cit., no 40 ad art. 373 CO). En l'espèce, l'entrepreneur n'a pas apporté cette preuve (cf. supra consid. 3.4) et le moyen doit être déclaré mal fondé.
4. 4.1 La recourante invoque, subsidiairement, une violation de l'art. 38 CO. Elle fonde son moyen sur un état de fait émaillé d'affirmations qui ne trouvent aucun appui dans les constatations de l'arrêt attaqué, voire qui sont en contradiction avec ces constatations. Dans la mesure où elle tente de substituer sa propre appréciation des preuves à celle de l'autorité cantonale, son grief est irrecevable.
A bien comprendre l'argumentation de la recourante, celle-ci semble soutenir que le maître de l'ouvrage aurait ratifié, à tout le moins tacitement, la facture approuvée par le surveillant du chantier, B._ (celui-ci ne disposant pas de la compétence d'engager le maître).
4.2 Selon l'art. 38 al. 1 CO, lorsqu'une personne contracte sans pouvoirs au nom d'un tiers (en l'occurrence le maître de l'ouvrage ou ses représentants), celui-ci ne devient créancier ou débiteur que s'il ratifie le contrat.
La ratification d'un contrat selon l'art. 38 CO est une manifestation de volonté. Comme toute manifestation de volonté non soumise à une forme spéciale, la ratification peut être implicite, résulter d'actes concluants, voire de la passivité ou du silence du tiers pour lequel on a contracté. Une ratification peut intervenir tacitement lorsque la bonne foi exige que la partie en cause manifeste son désaccord si elle n'entend pas être liée; la question nécessite toujours une appréciation de l'ensemble des circonstances (ATF 93 II 302 consid. 4 p. 307 s.; arrêt 4C.335/1999 du 25 août 2000 consid. 4a.cc).
4.3 Il ressort des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que, dans son décompte du 20 décembre 2005, la recourante a réduit sa facture (relative à la maçonnerie) à 353'802 fr hors TVA, "ce qui prouve que [la recourante] était consciente que le supplément requis pour le complément d'installation n'était pas admis" (jugement cantonal, p. 19). A l'évidence, la recourante, qui ne conteste pas l'appréciation des preuves entreprise par l'autorité cantonale sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst), ne saurait prétendre que l'intimé n'a pas manifesté son désaccord et en conclure que la ratification est ainsi intervenue; non seulement il a été constaté (art. 105 al. 1 LTF) que le supplément d'installation n'a pas été admis par le maître de l'ouvrage, mais la recourante en avait, toujours selon les constatations cantonales, parfaitement conscience. Le moyen est dès lors mal fondé.
5. Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 4'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour civile II.
Lausanne, le 27 mai 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget