Faits:
A. X._, né en 1954, est titulaire des brevets d'avocat et de notaire. Il exerce notamment à S._.
A.a A la fin de l'année 1994, la société D._ AG, qui était une entreprise générale de construction et de travaux publics, se trouvait en difficulté. Par contrat de vente du 9 juin 1995, la société anonyme en formation A._ SA (ci-après: A._ Construction), à S._, a repris l'ensemble des activités valaisannes de D._ AG, alors en sursis concordataire. A._ Construction était représentée par ses fondateurs E._, F._ et G._ Construction SA. A._ Construction a, de la sorte, acquis certaines participations. Elle reprenait les biens, notamment le matériel et les machines, de la société venderesse. Le prix de vente était de 983'000 fr., dont en particulier 529'000 fr. à verser en espèces et 104'000 fr. par reprise de dettes. La vente portait également sur un droit d'emption permettant l'acquisition d'immeubles à V._, à l'époque en location, au prix de 1'800'000 fr.
En date du 14 juin 1995, A._ Construction, encore en formation, a acquis les actions de H._ SA, propriété de la succursale sise à S._ de D._ AG, au prix de 753'000 fr. Le même jour, X._ a instrumenté une obligation hypothécaire au porteur de 700'000 fr. souscrite par A._ Construction. Cette obligation hypothécaire grevait des actifs mobiliers et immobiliers propriété de H._ SA. Les opérations précitées ont été financées par la Banque I._ sous la forme d'un prêt de 1'200'000 fr. concédé à G._ Construction SA, la banque ouvrant en outre une ligne de crédit de 3'000'000 fr. à A._ Construction en vue de son exploitation future.
A.b Le 21 juin 1995, par acte notarié de X._, E._ et F._, lequel agissait à titre personnel et pour le compte de G._ Construction SA, ont fondé A._ Construction à S._. Le capital-actions a été entièrement libéré en espèces par 500'000 fr. Le même jour, X._ instrumentait le droit d'emption prévu par le contrat de vente du 9 juin 1995. L'acte de fondation et les statuts ne mentionnaient ni apport en nature, ni reprise de biens, ni aucun autre avantage particulier.
Selon la déclaration I, ou déclaration « Stampa », signée par les fondateurs, la société n'avait repris aucun bien et n'avait pas l'intention de reprendre des biens déterminés d'une certaine importance. Selon la déclaration II, dite aussi déclaration relative à la LFAIE, qui porte les mêmes signatures, la société n'avait pas l'intention d'acquérir des immeubles en Suisse dans un avenir prévisible. Ces deux déclarations, qui sont des annexes à l'acte constitutif, passaient ainsi sous silence la reprise de l'entreprise en sursis concordataire à S._, l'achat de H._ SA et le pacte d'emption permettant l'acquisition d'immeubles à V._.
L'acte de fondation et ses différentes annexes ont été transmis au Registre du Commerce le 26 juin 1995, accompagnés de la réquisition adressée à cet office. L'extrait du Registre du commerce du bureau de S._ date du 27 juin 1995. Il en ressort que l'article 3 des statuts de A._ Construction stipulait :
« la société a pour but l'exploitation d'une entreprise générale de construction et de travaux publics. Dans le cadre de son activité, la société peut exécuter, tant en Suisse qu'à l'étranger, tous travaux de construction, de routes et de génie civil. Elle peut aussi acquérir, mettre en valeur ou administrer et aliéner des immeubles de toute nature. Pour atteindre son but, la société peut [...] de manière générale, faire toute opération et conclure tous contrats qui sont en rapport direct ou indirect avec son but. »
A.c Par jugement du 4 septembre 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a libéré X._ du chef d'accusation de faux dans les titres commis dans l'exercice de fonctions publiques. Il a donné acte aux parties civiles de leur réserves et alloué, à titre de dépens pénaux, 6500 fr. à la masse en faillite de A._ Construction ainsi que 5000 fr. à la Banque C._ et B._ SA (en liquidation), solidairement entre ces dernières. 5000 fr. de frais ont été mis à la charge de X._, le solde étant laissé à celle de l'Etat.
B. Par arrêt du 31 octobre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté les recours formés contre ce jugement par le Ministère public du canton de Vaud, d'une part, et X._, de l'autre. Une partie des frais a été mise à la charge de ce dernier.
En substance, la cour cantonale a considéré que les acquisitions de D._ AG et de H._ SA constituaient des reprises de biens soumises aux exigences de forme des art. 635 et 635a CO, et non des transactions courantes faisant partie de la marche normale de la société A._ Construction. L'omission de mentionner ces transactions dans l'acte constitutif de cette société ainsi que ses annexes, tous documents ayant valeur de titres, constituait un faux intellectuel, dont répondait le recourant en sa qualité de notaire instrumentant. En revanche, l'intention de tromper faisait défaut et la prescription était largement acquise quant à une éventuelle négligence. Le comportement répréhensible du recourant était bel et bien à l'origine de l'enquête et il ne se voyait acquitter qu'en raison de la prescription en ce qui concernait une éventuelle négligence, de sorte que la mise à sa charge de frais et de dépens en faveur des parties civiles, dont l'intervention était motivée par un intérêt civil suffisant, était pleinement justifiée.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut avec suite de frais à sa réforme en ce sens qu'il ne soit pas alloué de dépens de première instance en faveur des parties civiles et que les frais de première instance soient laissés entièrement à la charge de l'Etat.
Invitée à déposer des observations, la cour cantonale y a renoncé en renvoyant aux considérants de son arrêt. Le Ministère public du canton de Vaud, la Banque C._, B._ SA en liquidation ainsi que la masse en faillite de A._ Construction SA ont conclu au rejet du recours, cette dernière, sous réserve de la recevabilité, qu'elle conteste, des griefs du recourant relatifs à l'insuffisance de l'intérêt de la partie civile au procès pénal.
Considérant en droit:
1. Le recours porte sur la question des frais et dépens mis à la charge du recourant en première instance, nonobstant le non-lieu prononcé en sa faveur.
1.1 Aux termes de l'art. 158 CPP/VD, applicable aux dépens par le renvoi analogique de l'art. 163 al. 2 CPP/VD, lorsque le prévenu est libéré des fins de l'action pénale, il ne peut être astreint au paiement de tout ou partie des frais que si l'équité l'exige, notamment s'il a donné lieu à l'ouverture de l'action pénale ou s'il en a compliqué l'instruction. Cette disposition reprend les principes dégagés par la jurisprudence du Tribunal fédéral en ce domaine (v. arrêt non publié du 23 juin 2009, 6B_215/2009, consid. 2.1).
Selon cette jurisprudence, la condamnation aux frais d'un prévenu acquitté ou mis au bénéfice d'un non-lieu et le refus de lui allouer une indemnité à titre de dépens ne sont admissibles que si l'intéressé a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte (ATF 119 Ia 332 consid. 1b p. 334; 116 Ia 162 consid. 2c p. 168). Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais ou le refus d'une indemnité, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'art. 41 CO (ATF 119 Ia 332 consid. 1b p. 334; 116 Ia 162 consid. 2c p. 168 ss; cf. aussi arrêts 6B_337/2008 consid. 7.2, 1P.779/2006 consid. 4.1 et 1P.519/2000 consid. 3a). Le fait reproché doit constituer une violation claire de la norme de comportement (ATF 119 Ia 332 consid. 1b p. 334, 116 Ia 162 consid. 2d p. 171 et 2e p. 175). Enfin, la condamnation aux frais, fondée sur la seule commission de l'infraction pénale ne doit pas constituer une sanction pénale déguisée.
Le Tribunal fédéral examine sous l'angle de l'arbitraire l'appréciation de l'autorité cantonale selon laquelle le comportement du prévenu libéré des fins de la poursuite pénale serait répréhensible du point de vue civil, aurait provoqué la procédure pénale ou en aurait entravé le cours (ATF 116 Ia 162 consid. 2f p. 175). Il ne s'écarte donc pas de la solution retenue du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
2. En l'espèce, la cour cantonale a considéré, en se référant au jugement de première instance, que les éléments objectifs de l'infraction de faux dans les titres commis dans l'exercice d'une fonction publique étaient réalisés, quand bien même les éléments subjectifs de cette infraction faisaient défaut. Elle en a déduit que le comportement répréhensible du recourant avait bel et bien été à l'origine de l'enquête et qu'il ne se voyait acquitter, s'agissant d'une éventuelle négligence, qu'en raison de la prescription.
2.1 Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de juger, dans un cas similaire, qu'une telle motivation, qui constitue une déclaration de culpabilité pure et simple, est incompatible avec les principes rappelés ci-dessus (arrêt non publié du 25 juin 2002, 1P.277/2002 consid. 2.2). Pour ce motif déjà, le recours doit être admis.
2.2 On recherche, par ailleurs, en vain dans la décision entreprise la démonstration qu'une norme civile de comportement a été violée.
2.2.1 Il a été reproché, sur ce plan, au recourant d'avoir méconnu les exigences d'une fondation qualifiée (art. 628 al. 2, 635 ch. 1 et 635a CO) nonobstant la reprise de biens effectuée par la société anonyme en cour de fondation. Ces dispositions précisent ce que les statuts d'une société doivent obligatoirement contenir en relation avec la reprise de biens, de sorte que cette notion doit être interprétée, dans ce contexte, de la même manière qu'aux art. 635 et 635a CO, qui ont trait à la vérification des apports, notamment en cas de reprise de biens.
2.2.2 Dans l'arrêt publié aux ATF 128 III 178, le Tribunal fédéral a rappelé que les opérations courantes faisant partie de la marche normale de la (future) société ne constituaient pas des reprises de biens au sens de l'art. 628 al. 2 CO. Il a constaté que l'acquisition de biens - en l'occurrence un complexe hôtelier - s'inscrivait incontestablement dans les activités statutaires des sociétés qui en avaient obtenu l'adjudication aux enchères et en a conclu que cette opération ne tombait pas sous le coup de l'art. 628 al. 2 CO. Il ressort clairement des considérants de cet arrêt que seule l'assimilation à des opérations courantes de celles rentrant dans les buts statutaires justifiait la solution retenue. Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral n'a, en particulier, pas tiré argument du fait que l'acquisition avait été opérée dans une vente aux enchères forcée. Aussi contrairement à ce que soutiennent les intimées Banque C._ et B._ SA en liquidation, telle qu'elle est publiée, cette jurisprudence revêt une portée générale, qui ne peut être restreinte à la seule hypothèse où l'acquisition est opérée dans le cadre d'enchères forcées.
Il est vrai, comme le relève l'intimée masse en faillite de A._ Construction SA que cette jurisprudence a fait l'objet de critiques en doctrine, notamment quant à l'assimilation des actes entrant dans les buts statutaires à des opérations courantes faisant partie de la marche normale de la société (v. notamment: PETER FORSTMOSER, Eine neue Ära im Recht der Sachübernahme? - Une nouvelle ère dans le régime de la reprise de biens? Reprax 3/2003 p. 1 ss et 4/2003 p. 1 ss; v. aussi, dans le même sens: FRANZ SCHENKER, Obligationenrecht, Basler Kommentar, 2008, art. 628 CO, n. 9). De l'avis de ces auteurs, cette jurisprudence, si elle ne devait pas être abandonnée, devrait à tout le moins être appliquée restrictivement, et ne pas être étendue à d'autres hypothèses que celle de l'acquisition aux enchères. Dans ce cas, la non-application de l'art. 628 al. 2 CO peut en effet se justifier par le caractère incertain de la réalisation d'une telle transaction (FORSTMOSER, op. cit., p. 12 [texte allemand] et 13 [texte français]; cf. aussi CARLO LOMBARDINI/CAROLINE CLEMETSON, Code des obligations, Commentaire romand, 2008, art. 628 CO, n. 14).
2.2.3 A ce jour, le Tribunal fédéral n'a cependant pas eu l'occasion de réexaminer cette question à la lumière de ces critiques et de préciser si la portée de cette jurisprudence devait ou non être restreinte. Dans ces conditions, force est de constater que l'interprétation de la norme de comportement est sujette à discussion. Il n'est donc pas possible de dire que le recourant, en ne respectant pas les exigences d'une fondation qualifiée, aurait clairement violé une norme civile de comportement. Il s'ensuit que la mise à la charge du recourant de frais et de dépens n'est pas conforme aux exigences constitutionnelles et conventionnelles rappelées ci-dessus et que la décision entreprise est arbitraire dans son résultat également. Le recours doit être admis, la décision entreprise annulée et la cause renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants qui précèdent et qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de deuxième instance cantonale.
3. Le recourant obtient gain de cause. Il ne supporte pas de frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu non plus de mettre une part des frais à la charge du canton de Vaud, représenté par son Ministère public, bien qu'il succombe (art. 66 al. 4 LTF). Le solde de trois quarts des frais judiciaires doit être mis à la charge des trois autres intimés, qui en répondent solidairement, à parts égales (art. 66 al. 5 LTF).
Le recourant peut prétendre des dépens à la charge des quatre intimés (art. 68 al. 1 LTF). Les dépens sont répartis à parts égales entre eux. La Banque C._, la masse en faillite de A._ Construction SA et B._ SA en liquidation répondent solidairement des dépens les concernant (art. 66 al. 5 par le renvoi de l'art. 68 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt entrepris est annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires sont arrêtés à 2000 fr. Les trois quarts de cette somme, soit 1500 fr. sont mis à la charge de la Banque C._, de la masse en faillite de A._ Construction SA et B._ SA en liquidation, solidairement entre ces dernières et à parts égales. Le solde demeure à la charge de l'Etat.
3. Le canton de Vaud ainsi que les intimées Banque C._, masse en faillite de A._ Construction SA et B._ SA en liquidation verseront chacun en main du conseil du recourant la somme de 750 fr. à titre de dépens. La Banque C._, la masse en faillite de A._ Construction SA et B._ SA en liquidation, sont tenues solidairement à concurrence de 2250 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 20 octobre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat