Faits:
A. Le 2 juillet 2004, Y._, joueur professionnel de football, a conclu avec le club de football X._ SA (ci-après: le club X._ ou X._ SA), un contrat de travail de durée déterminée pour la période du 1er juillet 2004 au 30 juin 2006. Le contrat prévoit que Y._ a droit à 150'000 Euros du 1er juillet 2004 au 30 juin 2005, 150'000 Euros du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006, 5'000 fr. brut par mois à titre d'indemnité de loyer pour la période contractuelle, ainsi qu'à des primes et à la mise à disposition d'un véhicule.
Par courrier du même jour, le club X._ a confirmé au joueur que les montants suivants lui étaient dus à titre de droits fédératifs :
- 50'000 Euros pour la saison 2004-2005 payables à raison de 25'000 Euros le 30 septembre 2004 et 25'000 Euros le 31 décembre 2004,
- 50'000 Euros pour la saison 2005-2006, payables selon les mêmes modalités et échéances que ci-dessus.
Le courrier précisait que ces montants seraient versés au joueur pendant la durée du contrat le liant au club X._ et, qu'en cas de transfert, ils seraient versés au prorata de la saison considérée.
B. La faillite de la société a été prononcée le 4 février 2005. Y._ a produit, le 28 juin 2005, des créances de 77'000 fr. et 327'250 fr. représentant des salaires impayés, 85'000 fr. et 20'000 fr. d'arriérés de logement et 154'000 fr. de droits fédératifs. Le 14 mars 2007, l'office des faillites de Genève l'a avisé qu'une partie des créances de salaire était admise en première classe et que la créance relative aux droits fédératifs était colloquée en troisième classe à hauteur de 51'993 fr. 30.
C. Le 2 avril 2007, Y._ a ouvert action en contestation de l'état de collocation, demandant notamment que sa créance relative aux droits fédératifs soit admise en première classe, à hauteur de 155'980 fr. La masse en faillite a conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 8 mai 2008, le Tribunal de première instance de Genève a, entre autres points, ordonné la collocation en troisième classe à hauteur de la créance de 155'980 fr.
Le 16 janvier 2009, la Cour de justice du canton de Genève a modifié le jugement sur ce point en ordonnant la collocation en première classe de cette créance, à hauteur de 154'000 fr.
D. La masse en faillite de X._ SA forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à la collocation en troisième classe de la créance de 154'000 fr. liée aux droits fédératifs.
Par ordonnance du 11 mars 2009, la présidente de la cour de céans a accordé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. La décision attaquée portant sur la collocation d'une créance dans une classe déterminée est une décision en matière de poursuite pour dettes et de faillite, laquelle est sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF). Lorsque la classe n'est pas contestée, mais qu'est litigieuse une prétention relevant du droit civil fédéral, il s'agit d'une décision en matière civile qui relève de l'art. 72 al. 1 LTF (arrêt 5A_629/2008 du 10 avril 2009 consid. 1.1).
Le procès de collocation porte sur des droits de nature pécuniaire au sens de l'art. 74 al. 1 LTF. Il peut donc faire l'objet d'un recours en matière civile si la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Si, comme en l'espèce, les conclusions ne tendent pas au paiement d'une somme d'argent déterminée, le Tribunal fédéral fixe la valeur litigieuse selon son appréciation (art. 51 al. 2 LTF).
Lorsque le privilège de collocation est - comme en l'occurrence - contesté, la valeur litigieuse correspond à la différence entre le dividende probable selon l'état de collocation attaqué et le dividende auquel le demandeur aurait droit en cas d'admission de son action (ATF 85 II 197 consid. 1; 135 III 127 consid. 1.2, 131 III 451 consid. 1.1). En l'espèce, selon les constatations de l'arrêt attaqué, le recourant obtiendrait un dividende de 9 % si sa créance était colloquée en première classe, tandis qu'il ne recevrait rien en tant que créancier de troisième classe. La différence n'atteint pas le montant de 30'000 fr. [(155'980 fr. x 9%) - 0]. De surcroît, la recourante n'expose pas en quoi la présente cause soulèverait une question juridique de principe (art. 42 al. 2 et 74 al. 2 let. a LTF; cf. sur cette notion : ATF 134 III 267 consid. 1.2, 354 consid. 1.3). Le Tribunal fédéral ne doit en effet pas être tenu de chercher en quoi l'affaire soulève une telle question mais doit au contraire pouvoir statuer sur l'existence d'une question juridique de principe en se fondant sur l'argumentation du recourant (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale in : FF 2001 p. 4093). La voie du recours en matière civile n'est dès lors pas ouverte.
2. Reste à déterminer si le recours est recevable en tant que recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 ss LTF).
2.1 Le recours constitutionnel subsidiaire ne peut être formé que pour la violation de droits constitutionnels (art. 116 LDIP) et le Tribunal fédéral n'examine la violation de tels droits que si un grief de ce chef a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF auquel renvoie l'art. 117 LTF).
2.2 L'arrêt attaqué repose sur deux motivations - principale et subsidiaire -, chacune d'entre elles suffisant à justifier la solution retenue. En premier lieu, les juges cantonaux retiennent que les droits fédératifs ne constituent pas une rétribution pour l'utilisation de l'image du joueur mais sont un salaire déguisé. A ce titre, ces droits font partie des créances que le travailleur peut faire valoir en vertu du contrat de travail et doivent être colloqués en première classe. Subsidiairement, la cour cantonale considère que même si l'on devait admettre que ces droits fédératifs constituent une redevance versée au joueur pour l'utilisation de son image, il conviendrait de les colloquer en première classe car, s'agissant de la gestion et de l'exploitation de l'image de l'intimé, il existait entre les parties un rapport de subordination caractéristique du contrat de travail.
Il appartenait à la recourante de s'en prendre à chacune des motivations en faisant valoir qu'elle est contraire au droit (ATF 133 IV 119 consid. 6.3). Dès lors que la recourante est limitée aux griefs constitutionnels (cf. consid. 2.1 supra), elle devait plus précisément démontrer que chacune de ces motivations porte atteinte à ses droits constitutionnels. En l'occurrence, elle se plaint certes d'une constatation arbitraire des faits au motif que l'autorité précédente a retenu que les droits fédératifs ne constituaient pas une redevance rétribuant la gestion de l'image du joueur. La recourante laisse toutefois intacte la motivation subsidiaire qui a conduit la cour cantonale à rejeter son appel. Concernant cette motivation, elle ne démontre nullement au moyen d'une argumentation répondant aux exigences de motivation (art. 106 al. 2 LTF applicable par renvoi de l'art. 117 LTF) que l'autorité précédente aurait versé dans l'arbitraire. Elle se borne à relever que tous les joueurs sont soumis à l'obligation de se livrer à des activités promotionnelles et publicitaires en faveur du club mais que seuls un nombre limité d'entre eux bénéficient d'un droit à l'image.
Il s'ensuit que le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. La recourante, qui succombe, supportera les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé qui, en substance, s'en remet à justice concernant la requête d'effet suspensif et n'a pas été invité à répondre sur le fond du litige (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 4 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet