Sachverhalt:
A. In der Gemeinde Pontresina besteht auf Grund des kommunalen Gesetzes vom 4. Juli 2005 für die Etappierung und Kontingentierung des Wohnungsbaus (im Folgenden: GEKW) eine Kontingentierung für den Neubau von Zweitwohnungen sowie für Erweiterungen und Umnutzungen von Gebäuden, aus welchen solche Wohnungen resultieren (Art. 3 Abs. 2 GEKW). Das Jahreskontingent der Gemeinde beträgt 1'800 m2 Bruttogeschossfläche (BGF). Dabei entfallen 900 m2 auf die Kategorie der Grossbauprojekte und 900 m2 auf die Kategorie der übrigen Überbauungen, wobei Grossbauprojekte eine Bruttogeschossfläche von mehr als 1'000 m2 aufweisen (Art. 5 und Art. 2 Abs. 1 GEKW). Pro Bauherrschaft ist das Jahreskontingent limitiert auf 600 m2 (Grossbauprojekte) bzw. 300 m2 BGF (übrige Überbauungen) (Art. 10 Abs. 1 GEKW).
Am 4. September 2006 reichten B._, D._, E._, F._, G._ und C._ der Gemeinde Pontresina sechs Baugesuche ein und beantragten Kontingente gemäss dem Gesetz für die Etappierung und Kontingentierung des Wohnungsbaus. Die Baugesuche betreffen Parzellen, welche vom kommunalen Quartierplan Schlosshotel vom 11. April 2006 erfasst werden. Eigentümerin der Parzellen ist die H._ SA. Diese hatte mit Vertrag vom 9. August 2006 der A._ AG Kaufsrechte an den Grundstücken eingeräumt und sie ermächtigt, zwei der drei Grundstücke (Parzellen Nr. 1711 und 1712) zu parzellieren und die Teilparzellen an Dritte zu verkaufen. Am 4. September 2006 liess die A._ AG eine öffentliche Urkunde über die Parzellierung dieser beiden Grundstücke errichten. Aus den Parzellen Nr. 1711 und 1712 entstanden so die sechs Parzellen Nrn. 1711, 2567, 2568, 2569, 2570 und 2571. Ebenfalls am 4. September 2006 schloss die A._ AG Kaufverträge mit den erwähnten sechs Personen ab, die noch gleichentags jeweils für die betreffende Parzelle ein Baugesuch einreichten: B._ für die Parzelle Nr. 1711 (Haus 1-A), D._ für die Parzelle Nr. 2567 (Haus 1-B), E._ für die Parzelle Nr. 2568 (Haus 2-A), F._ für die Parzelle Nr. 2569 (Haus 2-B), G._ für die Parzelle Nr. 2570 (Haus 3-A) und C._ für die Parzelle Nr. 2571 (Haus 3-B). Die Parzellengrenzen verlaufen durch die geplanten Häuser 1 bis 3. Für das dritte der drei Grundstücke, an welchen die H._ SA der A._ AG Kaufsrechte eingeräumt hatte (Parzelle Nr. 2063), stellte die A._ AG am 4. September 2006 selbst ein Baugesuch (Haus 4). Am 6. Dezember 2006 reichte sie ein abgeändertes Baugesuch ein, nachdem es ihr nicht gelungen war, ein für das ursprüngliche Baugesuch notwendiges Näherbaurecht zu vereinbaren. Gegen alle Baugesuche gingen Einsprachen ein. Der Gemeindevorstand von Pontresina wies die Einsprachen ab und erteilte den Gesuchstellern mit separaten Verfügungen die Baubewilligungen, welche auch die Entscheide über die Kontingentierung und die Baufreigabe enthalten. Am 5. März 2008 fällte der Gemeindevorstand den Entscheid über die Kontingentierung und Baufreigabe bezüglich eines von der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ am 29. September 2006 eingereichten Baugesuchs.
Mit Eingabe vom 26. März 2007 erhoben die Stockwerkeigentümergemeinschaft S._, X._, Z._ und Y._ Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Sie beantragten im Wesentlichen die Aufhebung aller erwähnten Entscheide über die Kontingentierung und Baufreigabe sowie die Aufhebung des Bau- und Einspracheentscheids betreffend die Häuser 1-A bis 3-B, soweit sich dieser auf die Kontingentierung und Baufreigabe bezieht. Weiter beantragten sie, die Gemeinde Pontresina sei zu verpflichten, erstens der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ das Kontingent und die Baufreigabe für 204 m2 BGF Zweitwohnungen ab dem Jahr 2008 zu erteilen, zweitens bei der Kontingentserteilung und Baufreigabe für das Haus 4 auf das Eingangsdatum des überarbeiteten Gesuchs (6. Dezember 2006) abzustellen und drittens die Häuser 1, 2 und 3 zusammen oder zumindest jedes einzeln als Grossbauprojekt zu behandeln. Mit Urteil vom 12. Oktober 2007 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 17. März 2008 beantragen die Stockwerkeigentümergemeinschaft S._, X._ und Y._ im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden sei aufzuheben und die Gemeinde Pontresina sei zu verpflichten, der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ das Kontingent und die Baufreigabe für 204 m2 BGF Zweitwohnungen ab dem Jahr 2008 zu erteilen, bei der Kontingentserteilung und Baufreigabe für das Haus 4 auf das Eingangsdatum des überarbeiteten Gesuchs (6. Dezember 2006) abzustellen und die Häuser 1, 2 und 3 zusammen oder zumindest jedes einzeln als Grossbauprojekt zu behandeln. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz oder die Gemeinde zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, C._, B._, E._, G._ und F._ beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Pontresina und die A._ AG beantragen die Abweisung der Beschwerde. D._ und die H._ SA liessen sich nicht vernehmen. In ihrer Stellungnahme zu den Vernehmlassungen halten die Beschwerdeführer im Wesentlichen an ihren Rechtsauffassungen und Anträgen fest.
Mit Präsidialverfügung vom 21. April 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. Die vorliegende Beschwerde richtet sich gegen einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über eine baurechtliche Bewilligung, welcher mit einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von Art. 82 ff. BGG angefochten werden kann (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251).
Der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ wurde für ihr Bauprojekt von der Gemeinde Pontresina ein Kontingent für Zweitwohnungen von 204 m2 BGF für das Jahr 2012 zugewiesen. Die als Baugesuchsteller auftretenden Beschwerdegegner erhielten dagegen schon für die vorangehenden Jahre Kontingente. Die Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ wie auch die beiden Stockwerkeigentümer X._ und Y._ rügen, dass die Zuweisung der Kontingente unter Verletzung der Bestimmungen des kommunalen Gesetzes über die Etappierung und Kontingentierung des Wohnungsbaus erfolgt sei. Würde ihre Beschwerde gutgeheissen, so erhielte die Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ das beantragte Kontingent und die Baufreigabe bereits ab dem Jahre 2008. Die Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ ist deshalb durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG). Zur Beschwerde legitimiert sind neben der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ als Bauherrin und Verfügungsadressatin auch X._ und Y._, die als Stockwerkeigentümer in der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ ein Interesse daran haben, dass das Bauprojekt zu einem möglichst frühen Zeitpunkt verwirklicht werden kann.
Die Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ wird im Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht durch ihren Verwalter X._ vertreten. Dieser wurde von der Versammlung der Stockwerkeigentümer zur Beschwerdeführung und zur Mandatierung eines Rechtsanwalts ermächtigt (vgl. Art. 712t Abs. 2 ZGB und BGE 114 II 310). Die erforderlichen Vollmachten des Parteivertreters wurden eingereicht (Art. 40 Abs. 2 BGG).
Das Bundesgericht kann nach Art. 107 Abs. 2 BGG bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden. Die Anträge der Beschwerdeführer sind deshalb zulässig.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, das Verwaltungsgericht hätte gegenüber der A._ AG bezüglich der Kontingentierung und Baufreigabe auf den Zeitpunkt der Einreichung des zweiten, überarbeiteten Baugesuchs abstellen müssen. Indem es stattdessen den Zeitpunkt der Einreichung des ersten Gesuchs als massgebend erachtete, habe es Art. 7 Abs. 2 und 3 GEKW willkürlich angewendet. Zudem sei die Annahme des Verwaltungsgerichts willkürlich, der Anstoss zur Überarbeitung des Baugesuchs sei von der A._ AG selbst gekommen.
Unbestritten ist, dass das erste Baugesuch der A._ AG am 4. September 2006 eingereicht wurde und das Baugesuch der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ am 28. September 2006. Ebenso ist unbestritten, dass die A._ AG am 6. Dezember 2006 ein überarbeitetes Gesuch einreichte, da das erste den Grenzabstand gegenüber der benachbarten Parzelle Nr. 2102 nicht einhielt. Umstritten ist hingegen, in welcher Reihenfolge die Gesuche zu berücksichtigen sind. Art. 7 Abs. 2 bis 4 GEKW, der diese Frage regelt, hat folgenden Wortlaut:
"Die Kontingentsgesuche werden in der Reihenfolge des Einganges des entsprechenden Baugesuches berücksichtigt. An demselben Datum der Gemeindekanzlei oder der Post (massgebend Poststempel) übergebene Baugesuche gelten als gleichzeitig eingereicht. Reicht das Kontingent für die betreffenden Zweitwohnungen nicht aus, entscheidet das Los über die Rangfolge. Die Verlosung erfolgt durch den Gemeindepräsidenten oder seinen Stellvertreter im Beisein der Bauherrschaft.
Muss ein Baugesuch wegen Unvollständigkeit oder Verletzung gesetzlicher Vorschriften zur Überarbeitung zurückgewiesen werden, ist für die Berücksichtigung der Eingang des überarbeiteten Gesuches massgebend.
Gesuche für Bauvorhaben, welche offensichtlich nicht bewilligungsfähig sind oder deren Realisierung innert der Frist gemäss Art. 8 als ausgeschlossen erscheint (Gesuche auf Vorrat), bleiben bei der Kontingentszuweisung unberücksichtigt. Bestehen bezüglich des rechtzeitigen Baubeginns Zweifel, kann die Gemeinde Sicherstellungen (z.B. in Form von Bankgarantien und dergleichen) bis max. CHF 20'000.-- verlangen, welche bei Nichteinhaltung der Frist der Gemeinde verfallen."
Das Verwaltungsgericht hält fest, dass der Anstoss zur Überarbeitung von der Bauherrschaft ausgegangen sei, welche zufolge mangelnder Erhältlichkeit eines privatrechtlichen Näherbaurechts und nicht etwa auf Anstoss der Gemeinde wegen Unvollständigkeit oder grober Verletzung baugesetzlicher Bestimmungen die Abänderung vorgenommen habe. Die Argumentation der Gemeinde, die Projektänderung sei lediglich untergeordneter Natur gewesen und habe die Gegenstand der Kontingentierung bildenden Zweitwohnungen nicht betroffen, weshalb aufgrund des Verhältnismässigkeitsprinzips von einer Hintanstellung des Baugesuchs habe abgesehen werden müssen, ist nach Ansicht des Verwaltungsgerichts ohne weiteres vertretbar. Die A._ AG hielt zudem in ihrer Stellungnahme dafür, dass es der Gemeinde bei der Erteilung der Baubewilligung ohne weiteres auch möglich gewesen wäre, den Mangel mit einer Auflage in der Baubewilligung zu korrigieren.
2.2 Nach Art. 7 Abs. 3 GEKW sollen bei der Kontingentszuteilung nur Baugesuche berücksichtigt werden, die vollständig sind und keine gesetzlichen Vorschriften verletzen. Offensichtlich soll dadurch verhindert werden, dass sich ein Bauherr mittels Einreichung eines unausgereiften Baugesuchs vor allfälligen Mitbewerbern ein Kontingent sichern kann. Nach Ansicht des Verwaltungsgerichts ist die Bestimmung dann nicht anwendbar, wenn der Bauherr auf eigenen Antrieb sein Gesuch überarbeitet. Diese Auslegung steht in Widerspruch zum Zweck der Norm.
Aus der gleichen Überlegung ist die Ansicht abzulehnen, dass nur Mängel relevant seien, welche unter die Kontingentierungsvorschriften fallende Bauteile betreffen. Art. 7 Abs. 3 GEKW enthält keine Anhaltspunkte für diese Differenzierung. Eine solche Auslegung vermöchte zudem das Einreichen unausgereifter Baugesuche zum Zwecke der schnelleren Erlangung eines Kontingents nur in unzureichendem Masse zu verhindern.
2.3 Nicht von Bedeutung ist vorliegend die Frage, ob eine bloss untergeordnete Baugesuchsänderung vor dem Hintergrund des Verhältnismässigkeitsprinzips bei der Kontingentszuteilung unberücksichtigt zu bleiben hätte (zum Verhältnismässigkeitsprinzip im Baurecht vgl. Urteil 1A.54/2001 vom 14. Februar 2002 E. 5 mit Hinweisen, in: URP 2002 S. 441; ALAIN GRIFFEL, Bauen im Spannungsfeld zwischen Eigentumsgarantie und Bauvorschriften, ZBl 103/2002 S. 176 ff.). Die zu beurteilende Baugesuchsänderung kann nicht als untergeordnet bezeichnet werden. Das ursprüngliche Baugesuch sah einen Grenzabstand von lediglich 1 m zur Parzelle Nr. 2102 vor. Gemäss Art. 112 Abs. 3 des Baugesetzes der Gemeinde Pontresina vom 26. November sowie 2. und 4. Dezember 2003 (BauG) gelten gegenüber Nachbargrundstücken, die nicht in das Quartierplanverfahren einbezogen sind, in jedem Fall die vorgeschriebenen Grenz- und Gebäudeabstandsvorschriften. In der Wohnzone W3, in welcher sich die Parzelle Nr. 2063 befindet, beträgt der vorgeschriebene Grenzabstand 4 m (Art. 60 BauG). Art. 12 Abs. 4 der Quartierplanvorschriften sieht zudem konkret mit Bezug auf die vorliegende Situation vor: "Die Vorgaben der Grundordnung sind auch für den Fall einzuhalten, dass sich mit Bezug auf die auf Parzelle Nr. 2063 vorgesehene Parkierungsanlage P3 keine einvernehmliche Lösung mit den Eigentümern der angrenzenden Parzellen erzielen lässt (Näherbaurecht)." In BGE 108 Ia 216 E. 4b S. 218 erachtete das Bundesgericht im Rahmen der Überprüfung eines Abbruchbefehls die Unterschreitung des minimal zulässigen Grenzabstands um 1 m als wesentlich. Vor dem Hintergrund dieser Rechtsprechung die Unterschreitung des Grenzabstands um 3 m auf einer Gebäudelänge von 35 m als untergeordnet zu bezeichnen, ist unbesehen der Unterschiede der konkreten Umstände der beiden Fälle willkürlich.
2.4 Der vorinstanzliche Entscheid ist insoweit aufzuheben, als er die Reihenfolge der Behandlung der Kontingentsgesuche der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ und der A._ AG betrifft. Unter diesen Umständen erübrigt sich eine Auseinandersetzung mit der Rüge des Beschwerdeführers, die Annahme des Verwaltungsgerichts, dass der Anstoss zur Überarbeitung des Baugesuchs von der A._ AG selbst ausgegangen sei, stelle eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung dar.
3. 3.1 Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, dass das Verwaltungsgericht die sechs Baugesuche betreffend die Häuser 1 bis 3 als Grossbauprojekte im Sinne des Gesetzes für die Etappierung und Kontingentierung des Wohnungsbaus hätte behandeln müssen. Das Verwaltungsgericht habe Art. 12 Abs. 3 GEKW willkürlich angewendet, indem es die sechs Baugesuche der Kategorie der "übrigen Überbauungen" zugewiesen habe. In diesem Zusammenhang rügen die Beschwerdeführer zudem eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil das Verwaltungsgericht fünf ihrer Beweisanträge nicht stattgegeben habe, sowie willkürliche Sachverhaltsfeststellungen und willkürliche Rechtsanwendung in Bezug auf den Untersuchungsgrundsatz.
3.2 Art. 12 Abs. 3 GEKW, der die Umgehung der Kontingentsregelung verhindern soll, hat folgenden Wortlaut:
"Werden Bauherrschaft oder Überbauung lediglich zur Umgehung der Kontingentsregelung (Erlangung eines grösseren bzw. zusätzlichen Kontingents) aufgeteilt, so werden die betreffenden Bauherrschaften bzw. Überbauungen als Einheit behandelt."
Die Beschwerdeführer erwähnen eine Reihe von Indizien, die ihrer Meinung nach zum Schluss führen, dass eine Umgehung im Sinne der zitierten Vorschrift vorliegt. So werde der Verkauf der parzellierten Grundstücke von der Qualifizierung als "übrige Überbauungen" abhängig gemacht. Stufte man die drei Häuser zusammen oder jedes einzeln als Grossbauprojekt ein, so wären dafür erst ab dem Jahr 2017 Kontingente frei. Da der daraus folgende Vorteil der Qualifizierung als "übrige Überbauungen" der einzige ersichtliche Grund für die Einreichung von sechs verschiedenen Baugesuchen sei, liege eine Umgehung im Sinne von Art. 12 Abs. 3 GEKW vor. Die Beschwerdeführer verweisen zur Stützung dieser Ansicht unter anderem auf den einheitlichen Charakter der Überbauung sowie darauf, dass in Faltprospekten alle drei Häuser gemeinsam angepriesen würden. Alle Bauvorhaben seien von demselben Projektverfasser ausgearbeitet und als Baugesuch von demselben Rechtsanwalt eingereicht worden. Es bestünden persönliche und geschäftliche Beziehungen zwischen den Baugesuchstellern, von denen mehrere im Baubereich tätig seien. Die Kaufverträge für die Häuser seien innerhalb von nur drei Wochen abgeschlossen worden. Weil diese Kaufverträge noch nicht erfüllt worden seien, könnten die Baugesuchsteller nicht als rechtlich selbständig angesehen werden. Mit Hinweis auf die genannten Verflechtungen machen die Beschwerdeführer zudem geltend, dass auch die wirtschaftliche Selbständigkeit der Baugesuchsteller nicht gegeben sei.
Der Tatbestand von Art. 12 Abs. 3 GEKW setzt voraus, dass Bauherrschaft oder Überbauung "lediglich" zur Umgehung der Kontingentsregelung aufgeteilt werden. Damit wird zum Ausdruck gebracht, dass die Schwelle für die Annahme einer Umgehung nicht tief angesetzt werden soll. Im Bau- und Einspracheentscheid vom 30. Januar 2007 anerkannte der Gemeindevorstand Pontresina das Vorliegen von Anhaltspunkten für eine Umgehung der Kontingentierungsregelung und hielt im Rahmen der Erwägungen fest, dass "die einzelnen Überbauungen nur dann nicht als Einheit und damit als Grossbauprojekt behandelt [werden], wenn sowohl die Parzellierung wie auch die einzelnen Kaufverträge in der jetzt vorliegenden Form innert 2 Monaten seit Rechtskraft der Baubewilligung grundbuchlich vollzogen sind". Da im Dispositiv des Entscheids auf die Erwägungen verwiesen wird, nimmt diese Bedingung an der Rechtskraft teil (vgl. BGE 120 V 233 E. 1a S. 237). Ist somit die Kontingentszuteilung an die Bedingung geknüpft, dass die Kaufverträge auch tatsächlich erfüllt werden, so erscheint die Verneinung einer Umgehung im Sinne von Art. 12 Abs. 3 GEKW durch das Verwaltungsgericht trotz Hinweisen auf eine wirtschaftliche Verflechtung der Baugesuchsteller zumindest nicht als geradezu willkürlich.
3.3 Wenn das Verwaltungsgericht demnach willkürfrei zur Überzeugung gelangte, der betreffende Sachverhalt sei genügend abgeklärt, um eine Umgehung im Sinne von Art. 12 Abs. 3 GEKW zu verneinen, so durfte es auf die Anordnung der Edition weiterer von den Beschwerdeführern beantragter Beweismittel (neueste Steuerveranlagungen, Finanzierungsnachweis durch Banken für die Bauvorhaben, allfälliger Gesellschaftsvertrag, Zahlungsbelege für das Architektenhonorar, Planungs- und Architekturverträge) verzichten. In einem solchen Vorgehen liegt kein Verstoss gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV). Auch eine willkürliche Anwendung des in Art. 11 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Graubünden vom 31. August 2006 über die Verwaltungsrechtspflege (VRG; BR 370.100) verankerten Untersuchungsgrundsatzes ist demzufolge zu verneinen.
3.4 Die Beschwerdeführer rügen schliesslich, die Feststellung des Verwaltungsgerichts, es möge zutreffen, "[d]ass die Gemeinde nicht übertrieben viele vertiefende Abklärungen hinsichtlich der im Raum stehenden Frage der rechtlichen und wirtschaftlichen Selbständigkeit (i.S. von Art. 12 Abs. 2 GEKW) der einzelnen Bauherrschaften getätigt hat", sei willkürlich. Vielmehr habe die Gemeinde diesbezüglich überhaupt keine Abklärungen getroffen. Ob die Behauptung der Beschwerdeführer zutrifft, ist nicht relevant, da nach dem Gesagten der festgestellte Sachverhalt den willkürfreien Schluss erlaubte, der Tatbestand von Art. 12 Abs. 3 GEKW sei nicht erfüllt. Damit fehlt es der Rüge an der von Art. 97 Abs. 1 BGG vorausgesetzten Bedeutung für den Ausgang des Verfahrens.
Dasselbe gilt für die Rüge, die Feststellung des Verwaltungsgerichts im Zusammenhang mit der Frage der wirtschaftlichen Selbständigkeit der Baugesuchsteller, "dass bereits alle Baugesuchsteller selbst als finanziell (zumindest) gut situiert bezeichnet werden müssen", sei willkürlich. Wie aus den weiteren, von den Beschwerdeführern nicht beanstandeten Erwägungen des Verwaltungsgerichts hervorgeht, spielt die finanzielle Situation der Baugesuchsteller eine untergeordnete Rolle, da der herrschende Nachfrageüberhang eine Finanzierung der Bauprojekte durch Verkäufe mit Vorauszahlung oder durch Bankkredite wesentlich erleichtere. Damit fehlt es auch dieser Rüge an der von Art. 97 Abs. 1 BGG vorausgesetzten Bedeutung für den Ausgang des Verfahrens.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde teilweise gutzuheissen ist (siehe E. 2 hiervor). Die Sache wird zur neuen Beurteilung an die Gemeinde Pontresina zurückgewiesen. Die Gemeinde hat betreffend die Baugesuche der Stockwerkeigentümergemeinschaft S._ (Baugesuch Nr. 06044) und der A._ AG (Baugesuch Nr. 06040-1) einen neuen Entscheid über die Kontingentierung und Baufreigabe zu fällen und dabei auf das Eingangsdatum des überarbeiteten Gesuchs der A._ AG abzustellen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
Der vorinstanzliche Entscheid über die Kosten und Parteientschädigung wird aufgehoben und die Angelegenheit insoweit zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer und die A._ AG die Gerichtskosten im Umfang ihres Unterliegens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführer haben den obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnern eine dem Aufwand entsprechende Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG). Dabei ist zu berücksichtigen, dass die Beschwerdegegner zum Teil weitgehend identische Vernehmlassungen eingereicht haben. Die A._ AG hat den Beschwerdeführern eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Der Gemeinde Pontresina, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis teilweise obsiegt, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und die Angelegenheit zur neuen Beurteilung in der Sache im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde Pontresina zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
Die Angelegenheit wird zur neuen Beurteilung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden im Umfang von Fr. 1'500.-- den Beschwerdeführern, im Umfang von Fr 1'500.-- der A._ AG auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer werden unter solidarischer Haftbarkeit verpflichtet, C._ und B._ insgesamt Fr. 800.--, G._ und F._ je Fr. 1'200.-- als Parteientschädigung zu bezahlen. Die A._ AG wird verpflichtet, den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Pontresina und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold