Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1961) wohnte 2006 zusammen mit seiner Lebenspartnerin Y._ und deren Töchtern in einer 41⁄2-Zimmerwohnung in A._/AG. Am 15. Dezember 2006 kündigte X._ die Wohnung per 31. März 2007. Gleichzeitig hielten er und Y._ in einem gemeinsamen Schreiben fest, dass Y._ als Nachmieterin den Mietvertrag übernehme. X._ meldete sich ebenfalls am 15. Dezember 2006 aus A._/AG nach F._/ZG ab, wo er nach eigenen Angaben während einer Woche bei einem Kollegen wohnte. Per 22. Dezember 2006 mietete er in G._/ZG ein möbliertes Zimmer. Am 7. März 2007 teilte X._ dem Gemeindesteueramt A._/AG mit, er habe sich am 24. Januar 2007 in G._/ZG angemeldet.
Im April 2007 erwarb X._ nach eigenen Angaben eine 41⁄2-Zimmer-Eigentumswohnung in H._ (Gemeinde G._/ZG), die er per Anfang Juni 2007 bezog; Y._ zog mit ihren Töchtern ebenfalls im Juni 2007 in die Eigentumswohnung.
B. Die Steuerkommission A._/AG stellte mit Verfügung vom 4. Oktober 2007 fest, dass X._ kraft persönlicher Zugehörigkeit bis zum 31. Dezember 2006 in A._/AG unbeschränkt steuerpflichtig war. Sowohl eine dagegen von X._ erhobene Einsprache bei der Gemeindesteuerkommission als auch ein beim Steuerrekursgericht des Kantons Aargau erhobener Rekurs blieben erfolglos. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, wies mit Urteil vom 15. Juli 2009 eine von X._ erhobene Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 23. September 2009 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 15. Juli 2009 sei aufzuheben und es sei "unter gleichzeitiger Aufhebung des Urteils des Steuerrekursgerichts des Kantons Aargau vom 24. Juli 2007 wie des Beschlusses/Einspracheentscheids der Steuerkommission A._ vom 19. November 2007" gerichtlich festzustellen, dass er seinen steuerrechtlichen Wohnsitz am 31. Dezember 2006 im Kanton Zug hatte. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht.
D. Das Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragen unter Verzicht auf eine Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Bestreitet eine zur Veranlagung herangezogene Person die Steuerhoheit eines Kantons, so muss grundsätzlich zunächst über die Frage der Steuerpflicht (Steuerhoheit) befunden werden, bevor das Veranlagungsverfahren durchgeführt wird. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau betreffend die Feststellung des Steuerdomizils für das Jahr 2006 ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Anfechtung des vorinstanzlichen Urteils legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.2 Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte kann eine allenfalls bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mit angefochten werden (vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG), obwohl diese in der Regel kein Urteil im Sinne von Art. 86 BGG bildet (BGE 133 I 300 E. 2.4 S. 307, 308 E. 2.4 S. 313). Im vorliegenden Fall richtet sich die Beschwerde nur gegen den Kanton Aargau; der praxisgemäss zur Stellungnahme eingeladene Kanton Zug hat sich zum Stand seines Veranlagungsverfahrens nicht geäussert und auf einen Antrag verzichtet. Immerhin kann dem angefochtenen Entscheid (E. 3.2.4) entnommen werden, dass für die Steuerperiode 2006 offenbar provisorische Steuerrechnungen des Kantons Zug vorliegen (vgl. auch E 2.2 hiernach).
1.3 Bei staatsrechtlichen Beschwerden wegen Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots prüfte das Bundesgericht Rechts- und Tatfragen frei; es konnte auch neue Tatsachen und Beweismittel berücksichtigen (vgl. u.a. BGE 131 I 145 E. 2.4 S. 149 mit Hinweisen). Für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erwog es, angesichts der Besonderheiten des Beschwerdeverfahrens in Doppelbesteuerungssachen sei es selbst bei Vorliegen des Entscheids einer letztinstanzlichen kantonalen richterlichen Behörde nicht in jedem Fall davon entbunden, den Sachverhalt frei zu überprüfen. Zudem sei das Novenverbot wohl zu relativieren, wenn bzw. soweit der Instanzenzug nur in einem Kanton durchlaufen worden sei (vgl. BGE 133 I 300 E. 2.3 S. 306); zu denken ist vor allem an den Fall, dass der andere Kanton den Sachverhalt bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, wozu sich der Beschwerdeführer unter Umständen äussern können muss. Das neue Recht (Art. 86 BGG) schreibt nun aber auf dem Gebiet der interkantonalen Doppelbesteuerung ebenfalls vor, dass der kantonale Instanzenzug zumindest in einem Kanton durchlaufen werden muss. Dieses Erfordernis hätte keinen Sinn, wenn der Beschwerdeführer seine Behauptungen und Beweismittel nicht bereits im kantonalen Verfahren vorbringen müsste und wenn die dort getroffenen Feststellungen für das Bundesgericht im Rahmen von Art. 105 BGG nicht verbindlich wären. Anders kann es sich nur verhalten, wenn der Zweitkanton, für den die Bindungswirkung nicht gilt, diese Feststellungen bestreitet; das ist hier indessen nicht der Fall. Dies heisst aber, dass gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Aargauer Verwaltungsgerichts neue Tatsachen und Beweismittel nur in dem Ausmass zuzulassen sind, als dieser Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Zudem legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG); von deren Sachverhaltsfeststellungen kann nur abgewichen werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. Urteil 2C_748/2008 vom 19. März 2009 E. 1.3 mit Hinweis).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
1.5 Anfechtungsobjekt im vorliegenden Verfahren ist das Urteil der 2. Kammer des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 15. Juli 2009. Soweit vorliegend auch die unterinstanzlichen Verfügungen angefochten werden, ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten (zum sogenannten Devolutiveffekt: vgl. BGE 129 II 428 E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
2. 2.1 Eine gegen Art. 127 Abs. 3 BV verstossende Doppelbesteuerung liegt vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht im vollen Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot, vgl. BGE 134 I 303 E. 2.1 S. 306 f. mit Hinweisen).
2.2 Im vorliegenden Fall wird das Steuerdomizil des Beschwerdeführers bis zum 31. Dezember 2006 aufgrund des angefochtenen Urteils vom Kanton Aargau beansprucht. Ob der Beschwerdeführer für die Steuerperiode 2006 im Kanton Zug schon rechtskräftig eingeschätzt worden ist, geht weder aus dem angefochtenen Urteil noch aus den Akten hervor. Damit steht nicht fest, ob durch den angefochtenen Entscheid eine aktuelle Doppelbesteuerung resultiert. Nachdem der Kanton Zug auf eine Vernehmlassung verzichtet hat, bleibt auch offen, ob er die Steuerhoheit des Kantons Aargau für den fraglichen Zeitraum anerkennt oder bestreitet. Nach Auffassung des Beschwerdeführers befindet sich sein Steuerdomizil im fraglichen Zeitraum nicht (mehr) im Kanton Aargau, sondern (bereits) im Kanton Zug, womit er implizit einen Verstoss gegen das Verbot der virtuellen Doppelbesteuerung rügt.
3. 3.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 127 Abs. 3 BV ist der steuerrechtliche Wohnsitz (Hauptsteuerdomizil) einer unselbständig erwerbenden Person derjenige Ort, wo sich die betreffende Person mit der Absicht dauernden Verbleibens aufhält bzw. wo sich der Mittelpunkt ihrer Lebensinteressen befindet (vgl. Art. 23 Abs. 1 ZGB; Art. 3 Abs. 2 DBG; Art. 3 Abs. 2 StHG; BGE 132 I 29 E. 4.1 S. 35 f.). Dieser Mittelpunkt der Lebensinteressen bestimmt sich nach der Gesamtheit der objektiven, äusseren Umstände, aus denen sich diese Interessen erkennen lassen, nicht nach den bloss erklärten Wünschen der steuerpflichtigen Person. Auf die gefühlsmässige Bevorzugung eines Ortes kommt es nicht an; der steuerrechtliche Wohnsitz ist insofern nicht frei wählbar. Dem polizeilichen Domizil, wo die Schriften hinterlegt sind oder wo die politischen Rechte ausgeübt werden, kommt dagegen keine entscheidende Bedeutung zu; das sind bloss äussere Merkmale, die ein Indiz für den steuerrechtlichen Wohnsitz bilden können, wenn auch das übrige Verhalten der Person dafür spricht (statt vieler: BGE 132 I 29 E. 4.1 S. 36). Wenn sich eine Person abwechslungsweise an zwei Orten aufhält, namentlich wenn ihr Arbeitsort und ihr sonstiger Aufenthaltsort auseinanderfallen, ist für die Bestimmung des steuerrechtlichen Wohnsitzes darauf abzustellen, zu welchem Ort sie die stärkeren Beziehungen unterhält. Bei unselbständig erwerbenden Steuerpflichtigen ist das gewöhnlich der Ort, wo sie für längere oder unbestimmte Zeit Aufenthalt nehmen, um von dort aus der täglichen Arbeit nachzugehen, ist doch der Zweck des Lebensunterhalts dauernder Natur. Die Frage, zu welchem der Aufenthaltsorte die steuerpflichtige Person die stärkeren Beziehungen unterhält, ist jeweils aufgrund der Gesamtheit der Umstände des Einzelfalls zu beurteilen (BGE 132 I 29 E. 4.2 S. 36 f. mit Hinweisen).
3.2 In Bezug auf die Beweisführung und den relevanten Zeitpunkt gilt das Folgende: Der steuerrechtliche Wohnsitz als steuerbegründende Tatsache ist grundsätzlich von der Steuerbehörde nachzuweisen (Urteil 2P.145/1998 vom 29. September 1999 E. 3c, in Pra 2000 Nr. 7 S. 29). Der steuerpflichtigen Person kann allerdings der Gegenbeweis für die von ihr behauptete subjektive Steuerpflicht an einem neuen Ort auferlegt werden, wenn die von der Steuerbehörde angenommene bisherige subjektive Steuerpflicht als sehr wahrscheinlich gilt. Diese ursprünglich für das internationale Verhältnis aufgestellte Regel ist nach der Praxis des Bundesgerichts auch im interkantonalen Verhältnis anwendbar (Urteile 2C_175/2008 vom 22. August 2008 E. 3.2; 2C_183/2007 vom 15. Oktober 2007 E. 3.2; 2P.7/2004 vom 8. Juni 2004 E. 4).
Während rund sechs Jahren hatte der Beschwerdeführer sein Hauptsteuerdomizil unangefochten in A._/AG, wo er mit seiner Partnerin und deren Kindern eine 41⁄2-Zimmerwohnung bewohnte. Bei dieser Ausgangslage ist es nicht am Kanton Aargau, das Weiterbestehen des Hauptsteuerdomizils in seinem Kanton darzutun, sondern vielmehr am Beschwerdeführer, die Verlegung des Hauptsteuerdomizils in den Kanton Zug nachzuweisen. Dabei besteht gemäss Art. 68 Abs. 1 StHG bei Wechsel des steuerrechtlichen Wohnsitzes innerhalb der Schweiz die Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit für die laufende Steuerperiode im Kanton, in welchem die steuerpflichtige Person am Ende dieser Periode, im vorliegenden Fall am 31. Dezember 2006, ihren Wohnsitz hat (vgl. Urteil 2C_183/2007 vom 15. Oktober 2007 E. 3.2).
4. 4.1 Hier ist die Vorinstanz zum Ergebnis gekommen, dem Beschwerdeführer sei der Nachweis einer Wohnsitznahme in F._/ZG per 15. Dezember 2006 resp. in G._/ZG per 22. Dezember 2006 nicht gelungen. In F._/ZG habe er sich nur eine Woche bei einem Kollegen aufgehalten, weshalb eine Wohnsitznahme ausser Betracht falle. In G._/ZG habe er bloss ein möbliertes Zimmer gemietet und der Umzug sei erst am 22. Dezember 2006 erfolgt. Zudem habe sich der Beschwerdeführer erst am 24. Januar 2007 per 1. Februar 2007 (und nicht etwa rückwirkend per 22. Dezember 2006) in G._/ZG angemeldet. Die Vorinstanz ging davon aus, dass der Aufenthalt im möblierten Zimmer von vornherein als Aufenthalt mit beschränkter Dauer geplant und daher nicht geeignet war, einen neuen steuerrechtlichen Wohnsitz zu begründen. Zum gleichen Ergebnis führe auch die sachgemässe Anwendung von Art. 68 Abs. 1 StHG.
4.2 Der Beschwerdeführer vermag nicht darzutun, inwiefern die Ausführungen der Vorinstanz bundesrechtswidrig sein sollen. Die Tatsache, dass er sich am 15. Dezember 2006 im Kanton Aargau abgemeldet und den Mietzins für die möblierte Wohnung in G._/ZG noch im Dezember 2006 überwiesen hat, lässt auf jeden Fall noch nicht auf eine neuen steuerrechtlichen Wohnsitz schliessen. Vielmehr durfte die Vorinstanz unter den gegebenen Umständen annehmen, dass weder in F._/ZG noch in G._/ZG im Dezember 2006 ein neuer Wohnsitz begründet worden ist. Dafür spricht neben der zeitlichen Komponente (Abmeldung kurz vor Jahreswechsel, Bezug eines möblierten Zimmers, Kauf einer Eigentumswohnung im April 2007 und Einzug mit Lebenspartnerin in Eigentumswohnung im Juni 2007) auch der fehlende Nachweis, dass sich der Mittelpunkt der Lebensinteressen des Beschwerdeführers bereits Ende Dezember 2006 im Kanton Zug befunden haben soll. So hat die Vorinstanz etwa verbindlich (vgl. E. 1.3 hiervor) festgestellt, dass der Beschwerdeführer in G._/ZG keinen Autoabstellplatz bzw. Einstellplatz gemietet hat und dass dem Vermieter der Wohnung in A._/AG zwar die Kündigung per 31. März 2007 mitgeteilt worden ist, nicht aber die Wohnungsübernahme durch die Lebenspartnerin des Beschwerdeführers. Auch die Modalitäten der An- resp. Abmeldung (nach eigenen Angaben Anmeldung in G._/ZG erst am 24. Januar 2007 per 1. Februar 2007 und nicht rückwirkend per 22. Dezember 2006) lassen darauf schliessen, dass Ende 2006 noch kein neuer steuerrechtlicher Wohnsitz begründet worden ist.
Ebenfalls nichts zu seinen Gunsten kann der Beschwerdeführer ableiten, wenn er ausführt, der Verzicht der Vorinstanz auf eine Befragung seiner Lebenspartnerin als Zeugin verstosse gegen das Willkürverbot von Art. 9 BV sowie gegen die Beweislastregel von Art. 8 ZGB. Die Vorinstanz durfte, ohne hierdurch gegen das Willkürverbot (sowie den Anspruch auf rechtliches Gehör) zu verstossen, auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichten, wenn sie aufgrund der bereits abgenommenen Beweise ihre Überzeugung gebildet hatte und in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen konnte, dass ihre Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148; 131 I 153 E. 3 S. 157; je mit Hinweisen). Zudem war es ohnehin fraglich, ob von der Lebenspartnerin des Beschwerdeführers ein unbeeinflusstes Zeugnis zu erwarten gewesen wäre.
Die Folgerung der Vorinstanz, dem Beschwerdeführer sei der Nachweis der Verlegung des Hauptsteuerdomizils vom Kanton Aargau in den Kanton Zug per Ende Dezember 2006 nicht gelungen, ist daher nicht zu beanstanden. Durch den Verzicht auf eine Vernehmlassung hat sich auch die Steuerverwaltung des Kantons Zug nicht gegen diese Betrachtungsweise gewehrt. Das Hauptsteuerdomizil des Beschwerdeführers für die Steuerperiode 2006 wird somit zu Recht vom Kanton Aargau beansprucht.
5. Die Beschwerde erweist sich mithin als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
6. Bei diesem Verfahrensausgang werden die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer, der mit seinem Antrag nicht durchdringt, auferlegt (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger