Sachverhalt:
A. B._, geboren 1951, meldete sich am 25. Januar 2008 unter Hinweis auf einen am 24. Februar 2003 erlittenen Unfall bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Schwyz holte die Akten des Unfallversicherers sowie Berichte des Spitals Y._ ein, wo B._ behandelt wurde. Am 29. September 2008 teilte die IV-Stelle der Versicherten mit, dass eine Abklärung notwendig sei, welche in der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) erfolgen werde. Die am Gutachten beteiligten Fachärzte seien zurzeit noch nicht bekannt, würden jedoch direkt von der Abklärungsstelle mitgeteilt. Triftige Einwendungen gegen die begutachtenden Personen könnten danach geltend gemacht werden. Mit Schreiben vom 7. Oktober 2008 lehnte der Rechtsvertreter von B._ die Gutachterstelle MEDAS ab wegen Zugehörigkeit des Chefarztes Dr. med. X._ zur sogenannten Vineyard-Bewegung; diesbezüglich berief er sich auf einen Zeitungsartikel des "Langenthaler-Tagblattes vom 02.03.2003". Mit Zwischenverfügung vom 20. November 2008 hielt die IV-Stelle an der Abklärungsstelle fest und nahm zum Vorwurf der Befangenheit wie folgt Stellung: Bei den bisher durchgeführten gutachterlichen Beurteilungen des Dr. med. X._ und den entsprechenden Gutachten der MEDAS fänden sich keine Hinweise für einen Einfluss durch dessen Glaubensüberzeugung. Die Unterstellung, dass Dr. med. X._ auf die Beurteilung der übrigen Teilgutachten Einfluss nehme, sei nicht belegt. Die Gutachten der MEDAS erfüllten die internationalen Standards und seien jeweils fundiert, nachvollziehbar und schlüssig.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 19. Mai 2009 ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei das Ausstands- beziehungsweise Ablehnungsbegehren gegen Dr. med. X._ und die MEDAS sowie das Ablehnungsbegehren wegen mangelnder fachlicher Voraussetzungen gutzuheissen. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Der als Mitinteressierter beigeladene Chefarzt der MEDAS Dr. med. X._ sowie das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliessen auf Abweisung der Beschwerde; die IV-Stelle verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Zwischenverfügung vom 20. November 2008 betrifft ein Ausstandsbegehren, weshalb die Beschwerde gemäss Art. 92 BGG zulässig ist.
2. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
3. Streitig ist einzig, ob die Nähe des Psychiaters Dr. med. X._ zur Vineyard-Bewegung Zweifel an seiner fachlichen Qualifikation zu begründen vermag respektive ob er deswegen als Gutachter ausstandspflichtig ist.
4. Das kantonale Gericht hat die Bestimmung über den Ausstand (Art. 36 Abs. 1 ATSG) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
5. Die IV-Stelle hat in ihrer Zwischenverfügung vom 20. November 2008 über die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Ausstands- und Ablehnungsgründe entschieden (vgl. BGE 132 V 93 E. 6 S. 106) und sich dabei zu Recht gleichzeitig auch zu den materiellen Einwendungen geäussert (vgl. Urteil 9C_199/2009 vom 9. Juni 2009 E. 4.1).
6. Die Beschwerdeführerin stützt sich zur Begründung ihres Ausstandsbegehrens im Wesentlichen auf einen (von ihr jedoch nicht ins Recht gelegten) Artikel in der Mittelland Zeitung vom 2. März 2002 mit dem Titel "Bekehrung geschieht durch den Geist". Die Zeitung publizierte dort zum Thema Spiritualität ein Gespräch mit dem Leiter des Vineyard-Gemeindegründungs-Projekts X._. Konkrete Gründe, weshalb die Nähe des Arztes zu dieser Glaubensgemeinschaft seine Begutachtung der Beschwerdeführerin beeinflussen könnte, werden nicht vorgebracht.
7. 7.1 Die gesetzlichen Ausstandsgründe (vgl. Art. 10 VwVG und Art. 36 Abs. 1 ATSG) zählen zu den Einwendungen formeller Natur. Sie sind geeignet, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Sachverständigen zu erwecken. Einwendungen materieller Natur können sich zwar ebenfalls gegen die Person des Gutachters richten. Sie beschlagen jedoch nicht dessen Unparteilichkeit. Oft sind sie von der Sorge getragen, das Gutachten könne mangelhaft ausfallen oder jedenfalls nicht im Sinne der zu begutachtenden Person. Solche Einwendungen sind in der Regel mit dem Entscheid in der Sache im Rahmen der Beweiswürdigung zu behandeln. Fehlende Sachkunde eines Gutachters bildet keinen Umstand, der Misstrauen in die Unparteilichkeit eines Gutachters wecken würde. Vielmehr ist bei der Würdigung des Gutachtens in Betracht zu ziehen, dass ein Gutachter nicht genügend sachkundig war (BGE 132 V 93 E. 6.5 S. 108 f.).
7.2 Nach der Rechtsprechung gelten für Sachverständige grundsätzlich die gleichen Ausstands- und Ablehnungsgründe, wie sie für Richter vorgesehen sind. Da sie nicht Mitglied des Gerichts sind, richten sich die Anforderungen zwar nicht nach Art. 30 Abs. 1 BV, sondern nach Art. 29 Abs. 1 BV. Hinsichtlich der Unparteilichkeit und Unbefangenheit kommt Art. 29 Abs. 1 BV indessen ein mit Art. 30 Abs. 1 BV weitgehend übereinstimmender Gehalt zu (SVR 2009 UV Nr. 32 S. 111, 8C_509/2008 E. 4.2). Danach ist Befangenheit anzunehmen, wenn Umstände vorliegen, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit zu erwecken. Bei der Befangenheit handelt es sich allerdings um einen inneren Zustand, der nur schwer bewiesen werden kann. Es braucht daher für die Ablehnung nicht nachgewiesen zu werden, dass die sachverständige Person tatsächlich befangen ist. Es genügt vielmehr, wenn Umstände vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Bei der Beurteilung des Anscheins der Befangenheit und der Gewichtung solcher Umstände kann jedoch nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abgestellt werden. Das Misstrauen muss vielmehr in objektiver Weise als begründet erscheinen. Im Hinblick auf die erhebliche Bedeutung, welche den Arztgutachten im Sozialversicherungsrecht zukommt, ist an die Unparteilichkeit des Gutachters ein strenger Massstab anzusetzen (BGE 132 V 93 E. 7.1 S. 109 f.).
7.3 Nach der hier sinngemäss anwendbaren Rechtsprechung zu Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK werden Voreingenommenheit und Befangenheit angenommen, wenn sich im Einzelfall anhand aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Umstände Gegebenheiten ergeben, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Diese können namentlich in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters begründet sein. Dazu können nach der Rechtsprechung insbesondere vor oder während eines Prozesses abgegebene Äusserungen eines Richters zählen, die den Schluss zulassen, dass sich dieser bereits eine feste Meinung über den Ausgang des Verfahrens gebildet hat (BGE 134 I 238 E. 2.1 S. 240).
Ein solcher Fall liegt hier nicht vor, lässt sich doch anhand von Äusserungen aus dem Jahr 2002 nicht auf eine Voreingenommenheit in einem heute zu erstellenden Gutachten schliessen.
7.4 Bei der Frage der Offenheit des Prozesses und der Richtigkeit des Urteils, welche für das Vertrauen der Parteien in ein rechtsstaatliches und faires Justizverfahren unabdingbar sind, geht es denn auch darum, dass ein Gutachten nicht durch sachwidrige, ausserhalb des Verfahrens liegende Umstände beeinflusst wird (Regina Kiener/Melanie Krüsi, Die Unabhängigkeit von Gerichtssachverständigen, ZSR 2006 I S. 490). Solche können - nebst den eben erörterten Äusserungen zur Person und zum Verhalten einer Partei - etwa in einem persönlichen Interesse am Verfahrensausgang sowie in persönlichen oder wirtschaftlichen Beziehungen zu einem Verfahrensbeteiligten begründet liegen (Kiener/Krüsi, a.a.O., S. 495 ff.). Aber auch ideelle Bindungen können den Ausstand fordern. Bei Zugehörigkeit des Gutachters und eines Prozessbeteiligten zur selben Interessengemeinschaft ist dies dann der Fall, sofern ein hinreichend enger Zusammenhang zwischen der ideellen Bindung und dem Verfahrensgegenstand besteht beziehungsweise bei hinreichender Identifikation des Gutachters mit den Anliegen der betreffenden Interessengemeinschaft. Ferner kann die Zugehörigkeit zu einer Interessengemeinschaft dann eine Rolle spielen, wenn sie Parteistellung hat (Kiener/Krüsi, a.a.O., S. 499 ff.).
Hier liegt indessen keine der geschilderten Konstellationen vor, weshalb eine Befangenheit des Gutachters wegen eines persönlichen Interesses am Verfahrensausgang nicht zu begründen ist.
7.5 Zusammengefasst kann damit eine Befangenheit allein wegen des Umstandes der Nähe des Gutachters zu einer religiösen Gemeinschaft ohne Anhaltspunkte dafür, dass dieses sachfremde Kriterium die Objektivität seiner Einschätzung in Frage stellen könnte, nicht angenommen werden.
8. 8.1 Mit dem Einwand, wer an Wunder glaube, sei kaum befähigt, ein auf wissenschaftlichen Grundlagen basierendes Gutachten zu verfassen, wird denn auch eher die fachliche Qualifikation des ins Auge gefassten Gutachters in Frage gestellt beziehungsweise werden Einwendungen materieller Natur vorgebracht.
8.2 Fachliche Bedenken mit Bezug auf die Person eines Gutachters sind in der Regel im Rahmen der Beweiswürdigung in Betracht zu ziehen (vgl. aber oben E. 5).
8.3 Entscheidwesentlich ist in diesem Zusammenhang, dass die verfügbaren medizinischen Unterlagen rechtsprechungsgemäss eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Rechtsanspruches gestatten müssen. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352). In BGE 123 V 475 hat das frühere Eidgenössische Versicherungsgericht, heute Bundesgericht, festgehalten, dass es sich bei den MEDAS um spezialisierte Abklärungsstellen handelt, die auf tarifvertraglicher Grundlage medizinische Abklärungen einzig und allein nach bestem ärztlichem Wissen und Gewissen vorzunehmen haben (E. 4b S. 178). Der Bericht ist sachlich und neutral abzufassen (Urteil I 29/04 vom 17. August 2004 E. 2.2).
8.4 Das Bundesgericht hat sich zum Zusammenwirken von Arzt einerseits und Versicherer beziehungsweise - im Streitfall - Gericht anderseits im Zusammenhang mit der Prüfung des Anspruchs auf Integritätsentschädigung dahingehend geäussert, dass die Erhebung des medizinischen Befundes der hiefür erforderlichen Sachkenntnisse wegen rechtsprechungsgemäss Aufgabe des Arztes und nicht des Richters ist, der die Angaben des Spezialisten dazu - nur, aber immerhin - würdigt (vgl. auch BGE 125 V 256 E. 4 S. 261 f.). Dass Verwaltung und Gericht sich an die medizinischen Angaben des Arztes zu halten haben, ändert nichts daran, dass die Beurteilung des Integritätsschadens als Grundlage des gesetzlichen Leistungsanspruches letztlich Sache der Verwaltung, im Streitfall des Gerichts, und nicht des Mediziners ist. Im Gegenzug hat sich der Rechtsanwender insofern an Grenzen zu halten, als im Bereich der Integritätsentschädigung der nicht von ihm zu erbringende Einsatz medizinischen Wissens für die Leistungsbeurteilung einen sehr hohen Stellenwert hat. Gelangt er im Rahmen der freien Beweiswürdigung zur Auffassung, es lägen keine schlüssigen medizinischen Angaben zum Vorliegen eines Integritätsschadens vor, bedingt dies regelmässig Aktenergänzungen in medizinischer Hinsicht. Dagegen ist es nicht zulässig, dass das Gericht die massgebenden Gesichtspunkte ausser Acht lässt und, anstelle der medizinischen Befunderhebung, anderen Motiven und Umständen den Vorzug gibt (Urteil U 235/98 vom 15. Oktober 1999 E. 4 a).
8.5 Dies ist auch hier insofern von Belang, als es letztlich Sache des Gerichts ist, die Arbeits(un)fähigkeit der versicherten Person festzustellen. Dabei hat es sich auf schlüssige medizinische Berichte zu stützen; sofern solche nicht vorliegen oder widersprüchlich sind, sind weitere Abklärungen unabdingbar, ansonsten der Untersuchungsgrundsatz verletzt wird (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG; BGE 125 V 193 S. 195, 122 V 157 E. 1a S. 158, 130 I 180 E. 3.2 S. 183).
8.6 Alleine die Zugehörigkeit zu einer (im evangelikalen Christentum wurzelnden; vgl. Oswald Eggenberger/Georg Schmid [Hrsg.], Kirchen, Sekten, Religionen: religiöse Gemeinschaften, weltanschauliche Gruppierungen und Psycho-Organisationen im deutschen Sprachraum, Zürich 2003, S. 117 ff., 157 ff.) Glaubensgemeinschaft lässt grundsätzlich keinen Zweifel an der fachlichen Kompetenz des Gutachters zu. Dass Dr. med. X._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, über das dem Facharzttitel entsprechende Wissen verfügt, wird denn im Übrigen auch nicht bestritten. Art. 15 BV gewährleistet die Glaubens- und Gewissensfreiheit (Abs. 1) und räumt jeder Person das Recht ein, ihre Religion und ihre weltanschauliche Überzeugung frei zu wählen und allein oder in Gemeinschaft mit andern zu bekennen (Abs. 2). Die Religionsfreiheit umfasst sowohl die innere Freiheit, zu glauben, nicht zu glauben oder seine religiösen Anschauungen zu ändern, wie auch die äussere Freiheit, entsprechende Überzeugungen innerhalb gewisser Schranken zu äussern, zu praktizieren und zu verbreiten. Sie enthält den Anspruch des Einzelnen darauf, sein Verhalten grundsätzlich nach den Lehren des Glaubens auszurichten und den Glaubensüberzeugungen gemäss zu handeln (BGE 134 I 49 E. 2.3 S. 51). Nach Art. 8 Abs. 2 BV darf niemand diskriminiert werden, namentlich nicht wegen der Lebensform und der religiösen, weltanschaulichen oder politischen Überzeugung. In diesem Rahmen ist für die Bestimmung des Inhalts der religiösen Überzeugung Bezug zu nehmen auf die Garantie der Glaubens- und Gewissensfreiheit gemäss Art. 15 BV (BGE 134 I 49 E. 2.2 S. 51).
Den Glauben an Wunder als Grund, an der fachlichen Kompetenz eines Mediziners zu zweifeln, zuzulassen, würde gläubige Christen gänzlich von der Gutachtertätigkeit ausschliessen. Entscheidend ist jedoch, dass der Gutachter bei der Einschätzung des Gesundheitszustandes der zu explorierenden Person, wie ausgeführt (E. 8.3), nach bestem ärztlichem Wissen vorzugehen hat.
8.7 Auch das Gericht, welches im Streitfall die Arbeitsunfähigkeit als Voraussetzung eines Rentenanspruchs zu beurteilen hat, sich dabei auf entsprechende ärztliche Berichte stützen und daher über die Schlüssigkeit und Zuverlässigkeit des Gutachtens befinden muss, hat die staatlichen Gesetze und nicht die Vorschriften der Religion eines Richters oder einer Richterin anzuwenden (Peter Karlen, Das Grundrecht der Religionsfreiheit in der Schweiz, Zürich 1988, S. 421). Dass die Rechtsprechung völlig frei von weltanschaulichen Wertungen sei, ist damit nicht gesagt (vgl. dazu etwa Rudolf Ursprung, Wie arbeitet das Bundesgericht? BlSchK 2007 S. 132; zur Parteiaffinität Hansjörg Seiler, Richter als Parteivertreter, in: Marianne Heer [Hrsg.], Der Richter und sein Bild, Bern 2008; David Dürr, in: Zürcher Kommentar, Einleitung, 1. Teilband, Art. 1-7 ZGB, 3. A. Zürich 1998, Vorbem. Art. 1 und 4 N 153, 250, Art. 1 N 533, 567). So hat das Bundesgericht etwa entschieden, dass ein jüdischer Richter wie überhaupt jeder Richter oder jede Richterin, welche(r) an Gott glaubt, an der Entscheidfindung im Fall einer zu beurteilenden Rassendiskriminierung gemäss Art. 261bis StGB nicht auszuschliessen sei (Urteil 1P.385/2003 vom 23. Juli 2003 E. 3). Im Urteil P 256/81 vom 1. Mai 1981 wurde festgehalten, dass die schweizerischen Richter entsprechend den Grundsätzen der Demokratie verschiedenen religiösen Bekenntnissen und politischen Parteien angehören. So wenig in Prozessen mit politischem Gehalt bestimmte Richter allein wegen ihrer politischen Herkunft abgelehnt werden können, so wenig ist dies in Fällen mit sonstigem weltanschaulichem Gehalt möglich wegen der Konfessionszugehörigkeit (E. 3b; dazu sogleich noch E. 8.8; zur Ablehnung wegen Zugehörigkeit zu einer politischen Partei, der auch eine der Verfahrensparteien angehört: Urteil 5P.160/2001 vom 13. September 2001 E. 2a).
8.8 Ein spezieller Zusammenhang zwischen Glaubensansichten und dem Streitgegenstand ist indessen ohnehin nicht ersichtlich, hat sich der Gutachter doch nicht zu den Glaubensansichten, sondern zum Gesundheitszustand der Versicherten zu äussern. So wird mit der Beschwerde in keiner Weise dargetan und bestehen auch keine Anhaltspunkte dafür, inwiefern der Glaube an Gott und daran, dass eine Wunderheilung grundsätzlich möglich sei, die Einschätzung des Gesundheitszustandes beziehungsweise der Arbeitsfähigkeit der Versicherten und damit allenfalls auch den Ausgang des Verfahrens - sofern das Gericht auf das ärztliche Gutachten abstellen wird - in unsachlicher Weise beeinflussen könnte.
8.9 Im Übrigen hat sich das Bundesgericht in früheren Fällen dahingehend geäussert, dass die gegen Dr. med. X._ wegen seiner Zugehörigkeit zur Vineyard-Bewegung vorgebrachten Einwände nicht auf konkrete, die Versicherten direkt betreffende Vorkommnisse Bezug nehmen würden und so dessen fachliche Kompetenz sowie Objektivität und Unvoreingenommenheit bei der durchgeführten Begutachtung nicht in Frage stellten. Den Zeitungsartikeln, welche sich mit ihm befassten, liesse sich nichts entnehmen, was die in jenem Fall interessierende Zuverlässigkeit des Gutachtens in Frage zu stellen vermöchte (vgl. etwa Urteile 8C_327/2009 vom 12. Juni 2009 E. 2.1; 8C_311/2008 vom 19. Dezember 2008 E. 5.1.3; 9C_412/2009 vom 10. Juli 2009 E. 3.2.2).
8.10 Schliesslich wird auch nichts vorgebracht, was die Vertrauenswürdigkeit der MEDAS beeinträchtigen würde. Diese Frage hat das Bundesgericht etwa im Rahmen der Erteilung einer Privatschulbewilligung geprüft, weil eine Schulträgerin der Scientology derart nahe stand, dass eine Einflussnahme nicht ausgeschlossen werden konnte; es wurde in diesem Zusammenhang erwogen, die Feststellung, wonach es sich bei der Scientology um ein Gebilde mit hybridem, schwer fassbarem Charakter, das an totalitäre Systeme erinnernde Züge trage, manipulatives Potential aufweise und zum Schutz vor tatsächlichen oder vermeintlichen Gefahren nachrichtendienstliche Aktivitäten entfalte, sei nicht offensichtlich unhaltbar (Urteil 2P.296/2002 vom 28. April 2003 E. 4 und 5). Hier bestehen diesbezüglich indessen keine entsprechenden Anhaltspunkte.
9. Nachdem die formellen wie auch die materiellen Einwendungen - soweit diese hier überhaupt überprüft werden können - gegenüber dem Chefarzt Dr. med. X._ entkräftet wurden, bestehen auch keine Gründe für die Ablehnung sämtlicher anderen Gutachter der MEDAS, weil diese durch ihn beeinflusst sein könnten.
10. Es wird schliesslich geltend gemacht, dass Dr. med. X._ als Beigeladener, aber auch die MEDAS als ganze Abklärungsstelle zufolge dieses Rechtsstreites nicht mehr in der Lage seien, ein unabhängiges Gutachten zu verfassen. Insbesondere wird vorgebracht, dass Dr. med. X._ den Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin als Hardliner bezeichne.
Dieser letzte Vorwurf ist indessen nicht zutreffend. Es ist in diesem Zusammenhang richtig zu stellen, dass die Vorinstanz Dr. med. X._ beigeladen hatte und daraufhin dessen Rechtsvertreter, unter Kenntnisgabe an den Rechtsanwalt der Beschwerdeführerin, über Folgendes informiert hat: "Wir haben Hinweise dafür, dass eine konzentrierte Aktion von im Sozialversicherungsrecht tätigen Anwälten im Gange ist, die darauf abzielt, Dr. X._ und die MEDAS mittels Ausstandsbegehren als Gutachtungsstelle im IV-Bereich auszuschalten oder zu verhindern." Dabei verwies sie unter anderem auf den bereits erwähnten Artikel der Mittelland Zeitung vom 2. März 2002 sowie auf die Rubrik "Personalia" im Plädoyer 6/2008 S. 97. Dem entsprechenden Artikel ist unter anderem folgender Satz zu entnehmen: "Unter Versichertenanwälten gilt X._ als Hardliner."
Wie das Bundesgericht in Urteil 6B_299/2007 vom 11. Oktober 2007 erkannt hat, kann selbst dann, wenn ein Prozessbeteiligter scharfe Kritik an der Gutachtertätigkeit oder an der Person des Gutachters übt, nicht auf Befangenheit des Experten geschlossen werden (E. 5.2.1). In anderem Zusammenhang wurde festgehalten, dass der Umstand, dass der medizinische Sachverständige der Unterstützung von Schleudertraumapatienten durch die Mitglieder der Anwaltskanzlei, welcher der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin angehörte, kritisch gegenüberstehe, für sich allein keine Zweifel an der persönlichen Integrität und der pflichtgemässen Ausübung der Gutachtertätigkeit nach bestem Wissen und Gewissen des Arztes aufkommen lasse (SVR 2009 UV Nr. 32 S. 111, 8C_509/2008 E. 7).
Eine Befangenheit des Dr. med. X._ sowie sämtlicher übrigen Ärzte der MEDAS lässt sich damit auch nicht mit diesem Umstand begründen.
11. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 BGG). Die unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten; Art. 64 Abs. 1 BGG) und Verbeiständung (Art. 64 Abs. 2 BGG) kann gewährt werden, weil die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen ist und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin geboten war. Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist. Da dem als Mitinteressierten beigeladenen Dr. med. X._ keine eigentliche Parteistellung zukommt und Entschädigungen den Parteien vorbehalten sind (vgl. Art. 68 Abs. 1 BGG), steht ihm keine Parteientschädigung zu.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Dr. Bruno Häfliger wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'400.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. Januar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo