Fatti:
A. Nel 2002 nei confronti dell'avv. dott. A._ è stato aperto un procedimento penale per ipotesi di furto (art. 139 cifra 1 CP) e violazione di domicilio (art. 186 CP). Il 28 ottobre 2002 è stata emanata una decisione di non luogo a procedere, parzialmente annullata il 13 dicembre 2005 dalla Camera dei ricorsi penali. Il 15 dicembre 2008, l'indagato ha chiesto al Procuratore pubblico (PP) di richiamare dalla Pretura di Lugano un incarto concernente la rivendicazione della proprietà dell'immobile in relazione al quale sarebbe stato commesso l'ipotizzato reato e di sospendere la procedura penale in attesa del giudizio civile: misure necessarie al suo dire per accertare l'avente diritto ai sensi dell'art. 186 CP.
B. Il 22 dicembre 2008 il PP ha respinto entrambe le richieste. Il Giudice dell'istruzione e dell'arresto del Cantone Ticino (GIAR), adito dall'indagato, rilevato che la richiesta di richiamare l'incarto civile è stata abbandonata, ne ha respinto il reclamo con decisione del 28 gennaio 2009.
C. Avverso questo giudizio A._ presenta al Tribunale federale un ricorso sussidiario in materia costituzionale, chiedendo di annullarlo.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 134 IV 36 consid. 1).
1.2 Il ricorrente ha inoltrato un ricorso sussidiario in materia penale (art. 113 segg. LTF). Egli non tenta tuttavia di spiegare perché tale rimedio sarebbe ricevibile, ritenuto che, se del caso, sarebbe proponibile il ricorso in materia penale (art. 78 segg. LTF; al riguardo vedi DTF 133 IV 335 consid. 2). L'errata indicazione del rimedio nulla muta tuttavia alla sua ammissibilità (DTF 133 II 409 consid. 1.1 in fine).
1.3 La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. a e lett. b n. 1 LTF) e il ricorso tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF).
1.4 La decisione impugnata non pone fine al procedimento penale e costituisce pertanto una decisione incidentale. I ricorsi in materia penale contro siffatte decisioni sono ammissibili soltanto, se non rientrano nella fattispecie dell'art. 92 LTF se possono causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del gravame comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b).
1.4.1 Il ricorrente non invoca quest'ultima condizione (al riguardo vedi DTF 133 IV 288 consid. 3.2-3.3; 133 III 629 consid. 2.4.2), limitandosi ad addurre che la decisione incidentale comporterebbe un danno irreparabile, poiché lo priverebbe, di fatto, della possibilità di poter usufruire nel procedimento penale di prove fondamentali per la propria difesa. Al suo dire, non si potrebbe infatti affermare ch'egli dovrebbe attendere una formale incriminazione, con il conseguente pubblico dibattimento, per difendersi dall'asserita ingiustificata accusa promossa nei suoi confronti, ritenuto che il solo fatto di subire un procedimento penale, senza potersi avvalere delle necessarie prove a discarico, costituirebbe un pregiudizio giuridico irreparabile.
1.4.2 L'assunto è privo di ogni fondamento. In effetti, l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF riprende, in materia penale, la regola dell'art. 87 cpv. 2 OG (DTF 134 IV 43 consid. 2.1; 133 IV 288 consid. 3.1-3.3), fondata su motivi di economia processuale e tendente a evitare che il Tribunale federale debba occuparsi più volte della medesima procedura (DTF 133 IV 139 consid. 4). Secondo detta giurisprudenza, con la quale il ricorrente non si confronta del tutto, un pregiudizio è irreparabile quando è suscettibile di provocare un danno di natura giuridica che nemmeno una decisione favorevole nel merito permetterebbe di eliminare completamente, segnatamente con il giudizio finale: semplici pregiudizi di fatto, come il prolungamento della procedura o un suo conseguente maggior costo, danni peraltro non invocati dal ricorrente, non rappresentano un siffatto danno (DTF 131 I 57 consid. 1).
1.4.3 Secondo la costante prassi, la promozione dell'accusa e un'eventuale decisione di rinvio a giudizio, come in generale il fatto di dover subire un procedimento penale, non possono quindi essere impugnate immediatamente, poiché i danni che ne derivano non rappresentano di massima pregiudizi irreparabili di natura giuridica (DTF 133 IV 288 consid. 3.1, 139 consid. 4; ciò vale, di massima, anche per un ricorso diretto contro un decreto di sospensione della procedura, quando non sia invocata una violazione del principio della celerità, DTF 134 IV 43 consid. 2; sentenza 1B_273/2007 del 6 febbraio 2008 consid. 1.2-1.4; sull'assunzione di prove cfr. DTF 134 III 188 consid. 2; sentenza 1C_149/2008 del 12 agosto 2008 consid. 2).
1.4.4 L'accenno di critica alla mancata acquisizione agli atti dell'incarto civile, domanda che, come quella di sospendere la procedura può essere proposta in sede di dibattimento, non era più stata addotta dinanzi al GIAR: essa esula quindi dall'oggetto del litigio.
2. Ne segue che il gravame, trattato come ricorso in materia penale, è inammissibile. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico e al Giudice dell'istruzione e dell'arresto del Cantone Ticino, Edy Meli.