Faits:
A. La société X._ GmbH (Sàrl), inscrite au registre du commerce du canton de Berne, a pour but social, notamment, les activités de nettoyage de toute sorte, de maintenance et d'entretien des bâtiments. Elle est affiliée à la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) pour l'assurance-accidents obligatoire. V._ faisait partie des salariés de cette entreprise jusqu'au 30 septembre 2004, date à laquelle il a résilié son contrat de travail pour se mettre à son compte comme indépendant.
A la suite d'un contrôle des salaires portant sur les années 2005 à 2009, la CNA a constaté que X._ GmbH avait, au cours de cette période, rémunéré V._ pour exécuter diverses missions de nettoyage.
Le 19 février 2010, la CNA a notifié à la société une facture de primes (d'un montant total de 4'902 fr. 50) pour les accidents professionnels et non professionnels calculées sur les rémunérations versées à V._ de 2005 à 2009. Par décision du 31 mars 2010, elle a également informé le prénommé qu'elle le considérait comme une personne de condition salariée pour l'activité exercée au service de X._ GmbH. Alors que V._ ne s'est pas opposé à cette décision, la société a formé opposition contre la facture de primes du 19 février 2010. La CNA a écarté cette opposition dans une nouvelle décision du 20 juillet 2010.
B. X._ GmbH a déféré cette décision sur opposition au Tribunal administratif du canton de Berne, qui a rejeté le recours (jugement du juge unique du 29 mars 2011).
C. X._ GmbH interjette un recours en matière de droit public. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à l'annulation du jugement cantonal.
La CNA conclut au rejet du recours, cependant que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière de droit public (art. 82 ss LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (art. 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2. 2.1 Selon l'art. 1a LAA, les travailleurs occupés en Suisse sont assurés à titre obligatoire contre le risque d'accident. Est réputé travailleur au sens de cette disposition quiconque exerce une activité lucrative dépendante au sens de la législation sur l'AVS (art. 1 OLAA). Chez une personne qui exerce une activité lucrative, l'obligation de payer des cotisations dépend, notamment, de la qualification du revenu touché dans un certain laps de temps; il faut se demander si cette rétribution est due pour une activité indépendante ou pour une activité salariée (cf. art. 5 et 9 LAVS, art. 6 ss RAVS). Selon l'art. 5 al. 2 LAVS, on considère comme salaire déterminant toute rétribution pour un travail dépendant effectué dans un temps déterminé ou indéterminé; quant au revenu provenant d'une activité indépendante, il comprend tout revenu du travail autre que la rémunération pour un travail accompli dans une situation dépendante (art. 9 al. 1 LAVS).
2.2 Les premiers juges ont correctement exposé les principes posés par la jurisprudence au sujet de la délimitation entre activité indépendante et salariée (voir ATF 123 V 161 consid. 1 p. 162; 122 V 169 consid. 3a p. 171, 281 consid. 2a p. 283; 119 V 161 consid. 2 et les références). Il suffit d'y renvoyer.
2.3 Il y a lieu de préciser que lorsqu'une personne assurée devient indépendante et continue néanmoins d'être active dans une large mesure pour celui qui était son employeur jusque-là, des exigences élevées doivent être posées s'agissant de la reconnaissance de son statut d'indépendant en relation avec les travaux effectués pour cette personne: les indications en faveur d'une activité indépendante doivent alors être clairement prépondérantes (cf. arrêt U 427/06 du 28 août 2007 consid. 4.2 et les références citées).
2.4 En outre, les tâcherons et sous-traitants sont réputés exercer une activité dépendante. Leur activité ne peut être qualifiée d'indépendante que lorsque les caractéristiques de la libre entreprise dominent manifestement et que l'on peut admettre, d'après les circonstances, que l'intéressé traite sur un pied d'égalité avec l'entrepreneur qui lui a confié le travail (ATF 101 V 87 consid. 2 p. 89; arrêt du Tribunal fédéral des assurances [TFA] H 169/04 du 21 avril 2005 consid. 4.4; GUSTAVO SCARTAZZINI, in: GREBER/DUC/SCARTAZZINI, Commentaire des art. 1 à 16 de la Loi fédérale sur l'assurance-vieillesse et survivants [LAVS], 1996, n. 134 ss ad art. 5; HANS-PETER KÄSER, Unterstellung und Beitragswesen in der obligatorischen AHV, 2ème éd., ch. 4.51).
3. Le tribunal cantonal a constaté que X._ GmbH avait sous-traité des activités de nettoyage à V._ dès 2005. Ce dernier n'avait jamais recherché lui-même des mandats pour la société. Celle-ci les lui attribuait en le laissant par la suite gérer librement les rapports avec la clientèle. X._ GmbH fixait elle-même la rémunération de son sous-traitant. Pour l'exécution des mandats, V._ utilisait ses propres moyens d'exploitation et fournissait le matériel nécessaire. Les moyens consentis étaient cependant modestes puisqu'ils consistaient en un vélomoteur, une remorque, deux mono-brosses, quelques aspirateurs et divers outils de nettoyage (brosses; produits). L'intéressé ne disposait pas de local pour ses activités et ne faisait pas de publicité. Il n'était pas non plus établi qu'il employait du personnel. Il avait certes souscrit une assurance RC en relation avec son activité mais était annoncé comme personne sans activité lucrative auprès de la Caisse de compensation. Selon le tribunal cantonal, même si V._ jouissait d'une relativement grande liberté organisationnelle, les éléments caractéristiques de la libre entreprise n'étaient pas suffisants. En effet, outre que le prénommé n'assumait aucun risque d'encaissement ni de ducroire à l'égard des clients, il avait essentiellement travaillé pour son ex-employeur à partir de 2007, de sorte qu'il se trouvait dans un rapport de dépendance économique de la même manière que lorsqu'il avait été salarié de l'entreprise. Aussi, les éléments parlant en faveur d'une activité dépendante apparaissaient-ils en l'espèce nettement prédominants.
4. La recourante s'oppose à ce point de vue en se référant à l'arrêt H 19/06 du 14 février 2007 dans lequel le Tribunal fédéral avait qualifié d'indépendante l'activité déployée par un consultant en assurances privées pour le compte d'une compagnie d'assurance qui avait été son ancien employeur. Il estime que son cas s'apparente à celui décrit dans cet arrêt.
5. 5.1 C'est en vain que le recourant se réfère à l'arrêt H 19/06. La cause concernait un agent d'assurance dont l'activité consistait à s'entremettre en vue d'offrir à sa clientèle la meilleure solution d'assurance. Nonobstant le fait que celui-ci avait traité, durant une période déterminée, qu'avec une seule compagnie d'assurance - à savoir son ex-employeur -, le Tribunal fédéral avait nié un lien de dépendance économique, car l'agent démarchait et conseillait sa clientèle en son propre nom sans recevoir d'instruction, et était libre d'offrir les produits d'une autre compagnie d'assurance concurrente sans préjudice pour lui. Le Tribunal fédéral avait également admis que l'intéressé supportait un véritable risque d'entrepreneur dans la mesure où l'entier des frais qu'il engageait n'étaient compensés que si les démarches prospectives mises en oeuvre aboutissaient à la conclusion d'un contrat. Ces circonstances l'avaient conduit à juger que l'activité en cause réunissait les caractéristiques principales du courtage, activité considérée en règle générale par la jurisprudence comme étant de nature indépendante. Or, dans le cas d'espèce, il est indubitable que les travaux réalisés par V._ l'ont été dans le cadre d'une relation de sous-traitance qui, comme on l'a vu (consid. 2.4 supra), ne peut être qualifiée d'indépendante, à moins que l'on puisse admettre que le sous-traitant traite sur un pied d'égalité avec l'entrepreneur qui lui a confié le travail.
5.2 En l'occurrence, il ressort du dossier que V._ a été rémunéré par X._ GmbH à hauteur de 3'039 fr. en 2005, de 7'135 fr. en 2006, de 35'732 fr. en 2007, de 47'172 fr. en 2008 et, enfin, de 41'278 fr. en 2009. S'il apparaît établi que dès 2007, le prénommé a tiré l'essentiel de ses revenus des travaux de sous-traitance qu'il réalisait pour la recourante (voir aussi les déclarations qu'il a faites à la CNA), on ne peut pas en dire autant des années 2005 et 2006. Au vu de la modicité des revenus obtenus, on peut présumer que V._ n'exerçait alors qu'une activité accessoire pour le compte de son ex-employeur et avait d'autres mandats avec des clients privés. Dans un tel contexte, il est douteux qu'on puisse parler d'un véritable rapport de dépendance économique vis-à-vis de la recourante. En revanche, le jugement entrepris ne se révèle pas critiquable en ce qui concerne la qualification des rémunérations perçues de 2007 à 2009. A juste titre, le premier juge a vu dans la prise d'importance des travaux effectués pour X._ GmbH une situation dans laquelle le risque encouru par V._ s'apparente à celui d'un salarié dont l'employeur ne s'acquitte pas du salaire pour un travail accompli plutôt qu'à celui d'un indépendant qui traite avec la recourante sur un pied d'égalité comme le feraient deux entreprises qui entretiendraient des liens commerciaux. On doit dès lors considérer que l'intéressé a exercé une activité dépendante au service de la recourante à partir du 1er janvier 2007 seulement.
5.3 Il découle de ce qui précède que la recourante doit être libérée du montant primes de l'assurance-accidents relatives aux années 2005 et 2006 (soit 355 fr. 40 sur 4'902 fr. 50).
6. Dans la mesure où il ne s'agit que d'une admission très partielle du recours, X._ GmbH supportera la totalité des frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas non plus lieu de lui allouer des dépens, même réduits (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est très partiellement admis. Le jugement entrepris est réformé en ce sens que X._ GmbH est tenue de s'acquitter envers la CNA des primes pour l'assurance-accidents obligatoire pour les rémunérations versées à V._ au cours des années 2007 à 2009.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 12 avril 2012
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Ursprung
La Greffière: von Zwehl