Erwägungen:
1. X._ wurde mit Verfügung vom 12. November 2010 der Haftrichterin des Bezirksgerichts Zürich in Untersuchungshaft versetzt. Zur Begründung führt die Haftrichterin aus, es bestünden einerseits der dringende Tatverdacht auf qualifizierte Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, andererseits Kollusions- und Fluchtgefahr.
2. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 13. Dezember 2010 beantragt X._, die Verfügung der Haftrichterin sei aufzuheben und er selbst sei sofort aus der Untersuchungshaft zu entlassen.
Die Haftrichterin verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde.
3. 3.1 Gemäss Art. 112 Abs. 1 BGG müssen Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, unter anderem die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten, insbesondere die Angabe der angewendeten Gesetzesbestimmungen (lit. b). Daraus folgt, dass Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, klar den massgeblichen Sachverhalt und die rechtlichen Schlüsse, die daraus gezogen werden, angeben müssen. Dies ist von Bedeutung im Hinblick auf die unterschiedliche Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Sachverhalts- und Rechtsfragen (Art. 95 und Art. 97 BGG). Genügt der angefochtene Entscheid diesen Anforderungen nicht und ist deshalb das Bundesgericht nicht in der Lage, über die Sache zu befinden, ist er nach Art. 112 Abs. 3 BGG aufzuheben und die Angelegenheit an die kantonale Behörde zurückzuweisen, damit diese einen Entscheid treffe, der Art. 112 Abs. 1 BGG entspricht (Urteil 1B_385/2010 vom 25. November 2010 E. 3.1 mit Hinweis).
3.2 In der angefochtenen Verfügung wird weitestgehend auf den Antrag der Staatsanwaltschaft auf Anordnung von Untersuchungshaft verwiesen. Ein derartiger Verweis ist zwar nicht unzulässig, er kann indessen die entscheidende Behörde nicht davon entbinden, selbstständig den Sachverhalt festzustellen und diesen selbstständig rechtlich zu würdigen. Dabei sind alle Gesichtspunkte, die für die Beurteilung der strafprozessualen Haft wesentlich sind, im Haftrichterentscheid darzulegen und zu beurteilen. Diesbezüglich sei darauf hingewiesen, dass die aus Art. 29 Abs. 2 BV fliessende Begründungspflicht nicht nur dazu dient, dem Betroffenen eine sachgerechte Anfechtung der Verfügung zu ermöglichen, sondern auch zu verhindern, dass sich die Behörde von unsachlichen Motiven leiten lässt; sie dient in diesem Sinne insbesondere auch der Selbstkontrolle. Die Beschränkung auf einen Verweis auf den Antrag der Staatsanwaltschaft (von einer kurzen Ergänzung abgesehen) vermag vorliegend den dargelegten Anforderungen umso weniger zu genügen, als die Angaben in jenem Antrag äusserst rudimentär ausgefallen sind (vgl. zum Ganzen BGE 133 I 270 E. 3.1 S. 277 und E. 3.5.1 S. 283 mit Hinweisen).
4. Der angefochtene Entscheid ist in Anwendung von Art. 112 Abs. 3 BGG aufzuheben und die Sache an die Haftrichterin zurückzuweisen, damit diese einen Entscheid treffe, der den Anforderungen von Art. 112 Abs. 1 BGG genügt. Dabei wird sie das Beschleunigungsgebot in Haftsachen zu beachten haben (Art. 31 Abs. 4 BV). Da Haftgründe nicht offensichtlich fehlen, kommt die Aufhebung der Untersuchungshaft durch das Bundesgericht nicht in Betracht. Der entsprechende Antrag ist abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt oder unterliegt keine Partei vollständig. Unter den konkreten Umständen ist es gerechtfertigt, keine Kosten zu erheben (vgl. dazu auch Art. 66 Abs. 4 BGG) und den Kanton Zürich zu verpflichten, dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 f. sowie Abs. 4 in Verbindung mit Art. 66 Abs. 3 BGG). Damit erweist sich dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege als gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfügung der Haftrichterin des Bezirksgerichts Zürich vom 12. November 2010 wird aufgehoben. Die Sache wird zum neuen Entscheid an die Haftrichterin zurückgewiesen.
2. Der Antrag auf Haftentlassung wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold