Faits:
A. Le 11 décembre 2007, le Tribunal d'arrondissement de Lausanne a désigné X._ comme défenseur d'office de Y._. Le 15 décembre 2008, le Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois a condamné ce dernier à une peine privative de liberté de trois ans, sous déduction de la détention préventive. Il a mis les frais, par 26'941 fr. 85, à la charge du condamné, lesquels incluaient une indemnité de 3'646 fr. 25 pour son conseil d'office.
Le 18 décembre 2008, X._ a déposé une déclaration de recours contre le jugement rendu à l'encontre de son client d'office. Le 21 janvier 2009, il a demandé à être relevé de sa mission, car son client avait consulté un avocat de choix. Le 22 janvier 2009, le Président de la Cour de cassation pénale vaudoise a fait droit à sa requête. Par courrier du 28 janvier 2009 adressé à ce dernier, X._ a sollicité la fixation d'une indemnité d'office pour diverses opérations effectuées depuis la lecture du jugement, telles que tenir des entretiens téléphoniques, adresser des correspondances et visiter son client au Bois-Mermet. Il arrêtait à 2,5 heures le temps de travail consacré aux actes précités et à 10 fr. les frais.
Par arrêt du 4 février 2009, le Président de la Cour de cassation pénale vaudoise a fixé à 50 fr., plus TVA, l'indemnité due à X._ pour l'activité qu'il a déployée entre le 18 décembre 2008 et le 22 janvier 2009 à titre de conseil d'office de Y._ Il a considéré qu'une telle indemnité était adéquate compte tenu de l'ensemble des circonstances, en particulier du fait que l'activité du défenseur d'office s'était essentiellement limitée au dépôt de la déclaration de recours.
B. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Se plaignant d'avoir été insuffisamment rémunéré pour les opérations effectuées du 18 décembre 2008 au 22 janvier 2009, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision.
C. Le Ministère public a renoncé à des observations, alors que le Tribunal cantonal s'est référé à son jugement.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué, rendu en unique instance cantonale, peut faire l'objet d'un recours en matière pénale (art. 78 al. 1 et 80 al. 1 LTF). Le recourant est habilité à le former en sa qualité d'avocat d'office dont l'indemnité est litigieuse (art. 81 al. 1 LTF). La Cour de droit pénal est compétente pour examiner le recours (art. 33 RTF).
2. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.), car l'autorité cantonale n'aurait pas tenu compte pour fixer l'indemnité de l'ensemble des opérations effectuées, en particulier de la visite de son client à la prison du Bois-Mermet. Il reproche également à l'autorité cantonale de ne pas avoir motivé sa décision de manière suffisante (art. 29 al. 2 Cst.).
2.1 La fixation de l'indemnité allouée à l'avocat d'office pour son activité devant les juridictions cantonales relève en principe du droit cantonal (ATF 132 I 201 consid. 7.2 et 7.3 p. 205 et 206 ; 110 V 360 consid. 1b p. 362). L'avocat d'office a cependant droit au remboursement intégral de ses débours ainsi qu'à une indemnité s'apparentant aux honoraires perçus par le mandataire plaidant aux frais de son client. Pour fixer cette indemnité, l'autorité doit tenir compte de la nature et de l'importance de la cause, des difficultés particulières que celle-ci peut présenter en fait et en droit, du temps que l'avocat lui a consacré, de la qualité de son travail, du nombre des conférences, audiences et instances auxquelles il a pris part, du résultat obtenu ainsi que de la responsabilité assumée. A condition d'être équitable, il est admis que la rémunération de l'avocat d'office puisse être inférieure à celle du mandataire choisi. Elle doit non seulement couvrir les frais généraux de l'avocat (d'ordinaire 40% au moins du revenu professionnel brut, voire la moitié de celui-ci; cf. ATF 122 I 1 consid. 3a et 3c p. 2 et 3 et les références citées; voir aussi ATF 122 I 322 consid. 3b p. 325), mais aussi lui permettre de réaliser un gain modeste et non seulement symbolique (ATF 132 I 201 consid. 8.6, p. 217). Dans un arrêt récent concernant le canton d'Argovie, le Tribunal fédéral a estimé qu'il fallait partir d'un tarif horaire de l'ordre de 180 fr. comme règle de base (ATF 132 I 201 consid. 8.6 et 8.7 p. 217 s.).
L'autorité compétente dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans l'application des normes cantonales relatives à l'indemnisation de l'avocat d'office. Le Tribunal fédéral n'intervient que si cette autorité a abusé du pouvoir d'appréciation qui lui est accordé ou si elle l'a excédé. Il en est ainsi lorsque la décision repose sur une appréciation insoutenable des circonstances, qu'elle est inconciliable avec les règles du droit et de l'équité, qu'elle omet de tenir compte de tous les éléments de fait propres à fonder la décision, ou encore lorsqu'elle prend au contraire en considération des circonstances qui ne sont pas pertinentes (ATF 125 V 408 consid. 3a; 122 I 1 consid. 3a p. 2 et les arrêts cités). Enfin, il ne suffit pas que l'autorité ait apprécié de manière erronée un poste de l'état des frais ou qu'elle se soit fondée sur un argument déraisonnable. Le montant global alloué à titre d'indemnité doit se révéler arbitraire (sur cette notion: ATF 134 I 140 consid. 5.4 et les arrêts cités p. 148, 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les références).
2.2 En l'espèce, le recourant estimait son temps de travail à 2,5 heures dans sa demande d'indemnité. L'autorité précédente a arrêté l'indemnité allouée au recourant à 50 francs, plus TVA, ce qui correspond à un travail de moins de 20 minutes si l'on applique un tarif horaire de 180 fr. L'autorité cantonale ne mentionne toutefois pas les opérations alléguées par le recourant qu'elle aurait refusé de prendre en considération ni les raisons qui l'auraient amenée à les écarter. Dans ces conditions, la cour de céans ne peut pas contrôler si la quotité de l'indemnité allouée est manifestement insuffisante, donc choquante au sens de la jurisprudence précitée. Faute de motivation suffisante, le recours doit donc être admis et l'arrêt attaqué doit être annulé.
3. Le recourant obtient gain de cause. Il peut prétendre à une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu de prélever des frais (art. 66 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Vaud versera au recourant une indemnité de dépens de 1000 francs.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Président de la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 2 juillet 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin