Sachverhalt:
A. Y._, dem der Führerausweis im September 2010 auf unbestimmte Zeit entzogen worden war, geriet am 8. Oktober 2011, um 7:20 Uhr, am Steuer seines Volvo V50 in Murgenthal in eine Verkehrskontrolle der Regionalpolizei Zofingen. Er wurde für 12:30 Uhr zur Einvernahme auf den Polizeiposten Zofingen vorgeladen, wo er am Steuer seines Volvo V50 vorfuhr. Am 14. Oktober 2011 wurde Y._ von der Regionalpolizei Zofingen erneut am Steuer seines Volvo V50 angetroffen.
Im Rahmen des Strafverfahrens gegen Y._ wegen Führens eines Fahrzeugs ohne Berechtigung (Art. 95 Abs. 1 lit. b SVG) und gegen seine Lebensgefährtin X._ wegen Überlassens eines Motorfahrzeugs an eine Person ohne Führerausweis (Art. 95 Abs. 1 lit. e SVG) wurden folgende drei Fahrzeuge polizeilich sichergestellt: der Fiat Panda 1.2, AG 307'819, eingelöst auf Y._, nach seinen Angaben im Eigentum von X._ stehend, sowie der Volvo V50, AG 354'349 und der Renault Master T28 2.8Di, AG 191'245, welche beide auf X._ eingelöst sind, aber im Eigentum von Y._ stehen sollen.
Am 24. Oktober 2011 beschlagnahmte die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm die drei Fahrzeuge gestützt auf Art. 263 Abs. 1 lit. b und d StPO zur Sicherstellung der Verfahrenskosten und im Hinblick auf eine allfällige Einziehung.
X._ und Y._ beschwerten sich gegen diesen Beschlagnahmebefehl. Sie beantragten im Wesentlichen, den Fiat Panda X._ sofort auszuhändigen. Der Volvo und der Renault sollten ihnen gegen die Hinterlegung einer Kaution ausgehändigt werden, wobei die Schlüssel eingeschlossen würden. Ausserdem sei X._ durch die Staatskasse eine Entschädigung zu bezahlen.
Am 26. Januar 2012 wies die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau diese Beschwerde ab. Sie kam zum Schluss, die Voraussetzungen für eine Beschlagnahme in Hinblick auf eine spätere Einziehung im Sinn von Art. 69 Abs. 1 StGB seien erfüllt und liess offen, ob auch die Voraussetzungen für eine Beschlagnahme zur Sicherung der Verfahrenskosten erfüllt wären.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragen X._ und Y._ sinngemäss, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben, ihnen alle drei Fahrzeuge umgehend herauszugeben und X._ einen angemessenen Schadenersatz zuzusprechen. Ausserdem stellen sie ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
C. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Angefochten ist der Entscheid des Obergerichts, mit welchem es die Beschwerde gegen die Beschlagnahme von drei Fahrzeugen abwies. Es handelt sich um den Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 BGG). Er schliesst das Verfahren gegen die Beschwerdeführer nicht ab, ist mithin ein Zwischenentscheid. Als solcher ist er nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (BGE 133 IV 139 E. 4) bewirken könnte. Dies ist der Fall, da der Beschwerdeführer nach seiner plausiblen Darstellung für die Ausübung seines Berufs als Monteur auf ein Fahrzeug angewiesen ist, mit dem er sich mit seinem Werkzeug zu den Arbeitsstellen chauffieren lassen kann. Als Beschuldigte und Eigentümer bzw. Halter der Fahrzeuge sind die Beschwerdeführer zur Beschwerde befugt (Art. 81 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Nach Art. 69 Abs. 1 StGB verfügt der Strafrichter ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer Person die Einziehung von Gegenständen, die zur Begehung einer Straftat gedient haben oder bestimmt waren oder die durch eine Straftat hervorgebracht worden sind, wenn diese Gegenstände die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährden.
Nach der Rechtsprechung fällt die Sicherungseinziehung eines Motorfahrzeugs, dessen Halter sich ungeachtet eines gegen ihn ausgesprochenen Führerausweisentzugs immer wieder ans Steuer setzte und mit seinem Fahrzeug am öffentlichen Verkehr teilnahm, in Betracht (BGE 137 IV 249 E. 4 S. 254 ff.).
Der Beschwerdeführer hat wiederholt ein Motorfahrzeug gelenkt, ohne über einen Führerausweis zu verfügen. Er erscheint in diesem Punkt uneinsichtig, was sich schon daraus ergibt, dass er, nachdem er am Morgen des 8. Oktober 2011 von der Polizei gestellt worden war, als er ohne Führerausweis mit seinem Personenwagen unterwegs war, gleichentags am Steuer seines Personenwagens zur polizeilichen Einvernahme fuhr. Es ist somit zu befürchten, dass er weiterhin Motorfahrzeuge lenken könnte, ohne über den erforderlichen Führerausweis zu verfügen. Diese Gefahr ist umso grösser, je leichter er sich ein Fahrzeug beschaffen kann. Befinden sich Motorfahrzeuge in seinem Haushalt, ist sie naturgemäss besonders akut, zumal seine Lebensgefährtin im Verdacht steht, ihm von ihr gehaltene Fahrzeuge überlassen zu haben, obwohl sie wusste, dass der Beschwerdeführer nicht über einen Führerausweis verfügte. Zusammenfassend ergibt sich somit, dass eine Sicherungseinziehung der drei Motorfahrzeuge nach Art. 69 Abs. 1 StGB in Betracht fällt. Ob der Beschwerdeführer Eigentümer aller drei Personenwagen ist oder ob der Fiat Panda seiner Lebensgefährtin gehört, wie er behauptet, spielt in diesem Zusammenhang keine Rolle, da der Fiat Panda unter den vorliegenden Umständen auch bei der mitbeschuldigten Beschwerdeführerin eingezogen werden könnte.
Fällt somit die Einziehung der drei Fahrzeuge nach Art. 69 Abs. 1 StGB in Betracht, so ist im Hinblick darauf auch ihre strafprozessuale Beschlagnahme nach Art. 263 Abs. 1 lit. d StPO für die Dauer des Verfahrens zulässig. Dieses ist namentlich mit Blick auf die Härte, welche die Beschlagnahme für die Beschwerdeführerin bedeutet, zügig zu führen (Art. 5 Abs. 1 StPO). Die Beschwerde ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens würden die Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie haben indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, welches gutgeheissen werden kann, da ihre Bedürftigkeit ausgewiesen scheint und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG). Einen Anspruch auf Entschädigung hat die Beschwerdeführerin nicht.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi