Faits:
A. C._, née en 1955, a travaillé auprès de la société X._ de novembre 1979 au 31 janvier 1994, date à laquelle elle a été licenciée pour des raisons économiques. Après une période de chômage, elle a travaillé à nouveau de novembre 1996 à novembre 1997, avant de se retrouver derechef sans emploi.
Le 17 mars 1999, alors qu'elle occupait un poste au service de Y._, dont les employés étaient assurés au titre de la prévoyance professionnelle auprès de la Fondation collective LPP de Coop Assurance, puis de la Nationale Suisse Assurances, Fondation collective LPP (ci-après: la Fondation), C._ a été victime d'un accident. Dans les suites de celui-ci, elle a été mise au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité fondée sur un taux d'incapacité de 50% à partir du 1er mars 2000, par décision du 26 août 2002 de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud. Cette décision ayant été annulée sur recours successifs par le Tribunal fédéral des assurances (arrêt I 465/04 du 9 mai 2005), l'organe de l'assurance-invalidité a rendu une nouvelle décision, par laquelle il a alloué à son assurée une demi-rente d'invalidité dès le 1er mars 2000, puis une rente entière à partir du 1er octobre 2003 (décision du 16 août 2006).
Entre-temps, par courrier du 13 novembre 2002, C._ a requis de la Fondation qu'elle se détermine sur son droit à une rente d'invalidité, fondée en tout cas sur une invalidité de 50%, et "incorpore" à ses avoirs de prévoyance une police de libre passage antérieure, liée à l'emploi qu'elle avait occupé au service de X._. Le 5 février 2003, la Fondation a informé l'intéressée - dont l'affiliation avait débuté le 15 mars 1999 (cf. proposition d'affiliation relative à la prénommée signée par Y._) - qu'elle lui accordait dès le 17 mars 2000 une rente d'invalidité de 50%, d'un montant de 1416 fr. par an et versée trimestriellement à hauteur de 354 fr. Elle indiquait par ailleurs qu'elle n'acceptait plus le versement de prestations de libre passage une fois le cas d'invalidité survenu, de sorte que la prestation de libre passage de l'ancien employeur (X._) ne pouvait plus être "incorporée rétroactivement".
B. Après un nouvel échange de correspondances, C._ a assigné la Fondation en paiement d'une rente d'invalidité indexée d'au mois 3243 fr. par année à partir du 17 mars 2000 (calculée en tenant compte d'une prestation de libre passage alléguée de 60'768 fr. au 1er avril 1999 [dont 22'748 fr. de prestation de libre passage LPP; cf. attestation fictive de prévoyance du 18 juin 2003]). Statuant le 18 juin 2007, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté la demande.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre le jugement cantonal, dont elle demande l'annulation en réitérant les conclusions formulées en première instance. La Fondation conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le litige porte sur l'étendue de la rente d'invalidité allouée par l'intimée à la recourante à partir du 17 mars 2000, celle-ci concluant à l'octroi d'une rente d'au moins 3243 fr. par année. Dans la mesure où C._ requiert que la rente soit calculée en tenant compte d'une prestation de libre passage antérieure, il s'agit en particulier d'examiner si l'intimée était tenue d'inclure cette prestation dans l'avoir déterminant le calcul de la rente de la recourante (cf. art. 24 al. 2 LPP, et art. 4.2.1 et 4.2.2 en relation avec l'art. 5.9.6 du règlement de la Fondation collective LPP de Coop Assurance [version au 1er janvier 1997]; ci-après: le règlement), partant, de verser une rente plus élevée.
Du point de vue intertemporel, il convient d'appliquer les normes légales telles qu'elles étaient en vigueur à l'époque où la recourante a été affiliée à la Fondation intimée (le 15 mars 1999) et est survenue l'incapacité de travail déterminante sous l'angle de la réalisation du risque assuré (dans le cas présent, l'invalidité) qui a entraîné l'ouverture du droit à la rente le 17 mars 2000. Ne sont ainsi pas applicables les modifications apportées par la loi fédérale du 19 mars 1999 sur le programme de stabilisation 1998 (RO 1999 2374, p. 2381 s.), entrées en vigueur (en ce qui concerne la LPP et la LFLP) le 1er janvier 2001, ni les changements entraînés par la première révision de la LPP du 3 octobre 2003, entrés en vigueur le 1er janvier 2005 (cf. ATF 131 V 9 consid. 1 p. 11 et les références).
2. 2.1 Selon les constatations des premiers juges, qui lient le Tribunal fédéral (sous réserve de l'art. 105 al. 2 LTF en rapport avec l'art. 97 al. 2 LTF), à la suite de la dissolution des rapports de travail qui existaient entre la recourante et X._, la prestation de sortie acquise auprès de l'institution de prévoyance de cette société a été transférée sur une police de libre passage auprès de Z._. Constatant que cette prestation de libre passage n'avait pas été transférée à l'intimée avant la survenance de l'invalidité ouvrant le droit à une rente à partir du 17 mars 2000, la juridiction cantonale a retenu que la constitution a posteriori de prestations d'assurance n'était plus possible dès lors que la prestation en cause avait été "déposée sur un compte de libre passage". Aussi, n'y avait-il pas lieu d'imposer à l'intimée un nouveau calcul de la rente d'invalidité en tenant compte de cette prestation.
2.2 La recourante soutient en substance que le refus de transférer ses avoirs de libre passage antérieurs serait contraire à la loi et au règlement de prévoyance, tant la LFLP que la LPP visant à favoriser la meilleure couverture possible des assurés par l'incorporation obligatoire des avoirs de sortie disponibles et provenant d'emplois précédents, sans qu'un tel transfert soit soumis à un délai de péremption. On ne pouvait par ailleurs, comme l'auraient fait à tort les premiers juges, lui reprocher d'avoir omis de signaler à la Fondation l'existence d'un capital de libre passage, dès lors que l'incapacité de travail déterminante pour la survenance du risque assuré avait débuté deux jours après son affiliation (le 15 mars 1999).
3. 3.1 Conformément à l'art. 2 al. 1 LFLP, si l'assuré quitte l'institution de prévoyance avant la survenance d'un cas de prévoyance (cas de libre passage), il a droit à une prestation de sortie. Si l'assuré entre dans une nouvelle institution de prévoyance, l'ancienne institution de prévoyance doit verser la prestation de sortie à cette nouvelle institution (art. 3 al. 1 LFLP). Si l'assuré n'entre pas dans une autre institution de prévoyance, il doit notifier à son institution de prévoyance sous quelle forme admise il entend maintenir sa prévoyance (art. 4 al. 1 LFLP). Selon l'art. 9 al. 1 LFLP, l'institution de prévoyance doit permettre à l'assuré qui entre de maintenir et d'augmenter sa prévoyance; elle doit lui créditer les prestations de sortie qu'il a apportées. Dès qu'il entre dans l'institution de prévoyance, l'assuré est couvert pour les prestations qui lui reviennent, d'après le règlement, sur la base de la prestation d'entrée à payer (art. 12 al. 1 LFLP).
Selon l'art. 2.2.1 du règlement, les personnes à assurer doivent apporter dans la prévoyance en faveur du personnel les prestations de sortie provenant des rapports de prévoyance antérieurs, pour autant qu'elles soient nécessaires au rachat permettant l'intégralité des prestations réglementaires. Si les anciennes prestations de sortie ne suffisent pas à l'acquisition des prestations réglementaires intégrales, la personne à assurer peut en complément se racheter jusqu'à concurrence du montant manquant (art. 2.2.3).
3.2 Selon la jurisprudence (ATF 129 V 440), l'art. 3 al. 1 LFLP, qui régit le passage immédiat d'un assuré dans une autre institution de prévoyance, prévoit l'obligation pour l'ancienne institution de prévoyance de verser la prestation de sortie à la nouvelle institution de prévoyance lorsque se réalise un cas de libre passage. Le principe du transfert obligatoire de la prestation de sortie de la nouvelle institution de prévoyance ne trouve ses limites que dans les autres formes de la prévoyance admises par la LFLP, à savoir lorsqu'il a été établi, au nom de l'assuré, une police ou un compte de libre passage, ou que la prestation de sortie a été versée, en l'absence de toute indication de la part de l'intéressé, à l'institution supplétive (voir art. 4 et 26 LFLP; art. 10 OLP). Aussi longtemps qu'une autre forme légale de maintien de la prévoyance n'a pas été mise en place après que l'assuré quitte son ancienne institution de prévoyance, le principe du transfert obligatoire de la prestation de sortie à la nouvelle institution compétente reste pleinement valable même si, dans l'intervalle, un cas de prévoyance s'est réalisé et que l'assuré n'a rien fait pour permettre le transfert à temps. A ces conditions, la nouvelle institution compétente est tenue d'accepter le transfert et de créditer les prestations de sortie (art. 9 al. 1 LFLP), même si le transfert est tardif et qu'un cas de prévoyance s'est réalisé dans l'intervalle.
En application de cet arrêt, le Tribunal fédéral des assurances a jugé que la nouvelle institution de prévoyance était en droit de refuser de créditer des prestations de sortie afférentes à d'anciens rapports de prévoyance et qui avaient déjà été versées sur un compte de libre passage (respectivement à l'institution supplétive) au moment où l'assuré en avait demandé le transfert en vue d'améliorer ses prestations et après la survenance de l'invalidité (SVR 2005 BVG n° 15 p. 47 [arrêt B 83/02 du 30 avril 2004]).
3.3 Conformément à l'ATF 129 V 440, dès lors que la recourante a fait usage, en ce qui concerne la prestation de sortie dont elle demande la prise en compte, de la possibilité de maintenir la prévoyance par une autre forme de prévoyance, à savoir une police de libre passage (cf. art. 10 al. 2 OPFL) - et non pas comme mentionné à certains endroits dans le jugement entrepris, un compte de libre passage (cf. art. 10 al. 3 OPFL) -, bien avant sa nouvelle affiliation auprès de l'intimée, celle-ci était fondée à en refuser le transfert, indépendamment d'un éventuel retard ou omission de la recourante. L'élément décisif sur ce point est qu'une autre forme légale du maintien de la prévoyance a été mise en place après que la recourante a quitté l'ancienne institution de prévoyance, ce qui constitue la seule limite possible au principe du transfert obligatoire de la prestation de sortie à la nouvelle institution (ATF 129 V 440 consid. 6.2 p. 442), sans égard à l'absence d'un délai "de péremption" invoqué par la recourante.
C'est en vain, par ailleurs, que C._ demande à ce que la "jurisprudence 129 V 440" ne soit pas maintenue, puisque cet arrêt expose précisément les limites du principe du transfert obligatoire, sans qu'elle ne fasse valoir de motifs qui justifieraient un changement de jurisprudence (sur les conditions de celui-ci, voir ATF 133 V 37 consid. 5.3.3 p. 39; 132 V 357 consid. 3.2.4.1 p. 360 et les réfé-rences). On précisera que l'examen des effets de l'introduction d'un nouvel art. 4 al. 2bis LFLP au 1er janvier 2001 - selon lequel si l'assuré entre dans une autre institution de prévoyance, l'institution de libre passage verse le capital de prévoyance à cette dernière afin de maintenir la prévoyance et dont le but est d'assurer que tous les avoirs de prévoyance disponibles auprès d'une institution de prévoyance soient effectivement transférés à la nouvelle institution de prévoyance où l'assuré va entrer (Message du Conseil fédéral du 28 septembre 1998 concernant le programme de stabilisation 1998, FF 1998 3ss, p. 101) - sort du cadre du présent litige (consid. 1).
Quant à l'argumentation de la recourante tirée des art. 2.2.1 et 2.2.3 du règlement, elle n'est pas pertinente. La première de ces dispositions ne va en effet pas au-delà de l'obligation légale de transfert obligatoire de la prestation de sortie antérieure (cf. art. 3 al. 1 LFLP), tandis que la seconde concerne le rachat de prestations par des apports volontaires.
Enfin, le point de savoir si la recourante peut exercer un droit à l'égard de l'institution qui gère sa police de libre passage - Z._ selon les constatations des premiers juges - ne relève pas du présent litige. Il n'y a dès lors pas lieu d'examiner le bien-fondé des considérations y relatives de la juridiction cantonale, qui s'est référée à l'art. 24a LFLP (avoirs oubliés), sans égard aux dispositions contractuelles régissant les rapports entre les parties liées par la police de libre passage.
3.4 Il résulte de ce qui précède que les griefs de la recourante doivent être rejetés. Pour le surplus, elle ne fait pas valoir que le calcul en tant que tel de la rente allouée par l'intimée serait contraire aux dispositions réglementaires ou à la loi, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'en vérifier plus précisément le montant.
Par conséquent, le recours se révèle mal fondé.
4. Etant donné l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase LTF en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF) et ne peut donc prétendre des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 5 juin 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Moser-Szeless