Fatti:
A. A._ e B._ sono proprietari di una casa monofamiliare, edificata nel 2004.
A.a Nel corso del 2006 A._ ha segnalato a D._SA, l'impresa che nel 2004 si era occupata dei lavori di costruzione, l'insorgere di problemi a suo modo di vedere riconducibili a una posa difettosa dei telai delle porte.
D._SA ha reagito contattando la ditta che nel 2004 aveva incaricato della posa dei telai e delle porte, C._Sagl, e sollecitandola a intervenire presso l'abitazione di A._ e B._.
A.b Visto il perdurare dei problemi, il 23 maggio 2007 A._ e B._ hanno adito la Pretura della Giurisdizione di Mendrisio-Sud con un'istanza di prova a futura memoria nei confronti di D._SA, volta all'accertamento giudiziale dei difetti delle porte interne. Il referto peritale è stato consegnato il 25 luglio 2007 e completato il 28 novembre seguente.
A.c D._SA è stata dichiarata fallita il 14 novembre 2007. Il 18 dicembre 2007 la procedura di fallimento è stata sospesa per mancanza di attivo.
B. Con scritto del 12 febbraio 2008 A._ e B._ si sono rivolti direttamente ad C._Sagl, adducendo che dalla prova a futura memoria del 25 luglio 2007 era emersa la sua responsabilità per i difetti riscontrati nelle porte, ciò che l'impresa ha prontamente contestato.
Il 26 giugno 2008 A._ e B._ hanno fatto spiccare un precetto esecutivo di fr. 30'000.-- nei confronti della predetta società, la quale ha fatto opposizione.
C. Fallito ogni tentativo di componimento bonale della vertenza, il 27 agosto 2008 A._ e B._ hanno nuovamente adito la Pretura della Giurisdizione di Mendrisio-Sud, chiedendo la condanna di C._Sagl al pagamento di fr. 30'000.--, oltre interessi, nonché il rigetto in via definitiva dell'opposizione interposta contro il precetto esecutivo.
L'udienza preliminare è stata limitata all'esame dell'eccezione di prescrizione sollevata dall'impresa convenuta ex art. 60 CO, che il Pretore ha accolto il 26 giugno 2009, respingendo di conseguenza la petizione.
D. L'impugnativa interposta contro questa pronunzia dai soccombenti è stata a sua volta respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 9 marzo 2010.
E. Prevalendosi della mancata applicazione del diritto federale nonché, più in particolare, della violazione dell'art. 60 CO e di un accertamento manifestamente inesatto dei fatti (art. 97 e 105 LTF), il 23 aprile 2010 A._ e B._ sono insorti dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere la modifica della predetta sentenza nel senso dell'accoglimento dell'appello e, di conseguenza, della reiezione dell'eccezione di prescrizione, ciò che comporta la continuazione della causa dinanzi alla Pretura di Mendrisio-Sud.
Nelle osservazioni del 2 giugno 2010 C._Sagl ha proposto di respingere il gravame, mentre l'autorità cantonale non si è determinata.
Diritto:
1. Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso raggiunge fr. 30'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso risulta ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
2. 2.1 Tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF), il Tribunale federale esamina di regola solo le censure adeguatamente sollevate (DTF 134 III 102 consid. 1.1 pag. 104 seg.) Nell'allegato ricorsuale occorre quindi spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto federale; la motivazione deve essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Ciò significa che la parte ricorrente non può limitarsi a riproporre genericamente argomenti giuridici già esposti dinanzi alle autorità cantonali, bensì deve confrontarsi criticamente con i considerandi della decisione dell'autorità inferiore che reputa lesivi del diritto (cfr. DTF 121 III 397 consid. 2a pag. 400; sentenza 4A_22/2008 del 10 aprile 2008 consid. 1).
Le esigenze di motivazione sono ancora più rigorose quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali (inclusa la violazione del divieto dell'arbitrio nell'applicazione del diritto cantonale rispettivamente nella valutazione delle prove e dell'accertamento dei fatti). Il Tribunale federale tratta infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate (art. 106 cpv. 2 LTF): nell'atto di ricorso occorre in particolare menzionare i fatti essenziali ed esporre in modo conciso le ragioni per le quali si ritiene che la decisione impugnata abbia leso dei diritti fondamentali, indicando precisamente quali. Solo le censure sollevate in maniera chiara e dettagliata vengono esaminate; censure di carattere appellatorio sono inammissibili (DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246).
2.2 Visto il tenore del gravame è opportuno anche ricordare che, in linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF), ovvero arbitrario (DTF 135 III 397 consid. 1.5 pag. 401). Le parti possono censurare l'accertamento dei fatti eseguito dal tribunale inferiore alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
Tocca a chi propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo per il quale ritiene adempiute queste condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF; DTF 133 IV 286 consid. 6.2 pag. 288), tenendo ben presente che la presentazione di nuovi fatti e nuovi mezzi di prova dinanzi al Tribunale federale è inammissibile, riservato il caso in cui sia la decisione dell'autorità inferiore a darne motivo (art. 99 cpv. 1 LTF; DTF 133 III 393 consid. 3). Una critica degli accertamenti di fatto eseguiti dall'autorità cantonale che non ossequia i requisiti appena esposti rende il gravame inammissibile su questo punto (DTF 133 III 350 consid. 1.3, 393 consid. 7.1, 462 consid. 2.4).
3. La controversia in rassegna verte sul diritto dei ricorrenti di ottenere il risarcimento dei danni derivanti, a loro dire, dalla cattiva esecuzione di lavori - segnatamente la posa dei telai e delle porte - che l'appaltatrice principale (ora fallita) aveva subappaltato alla società qui opponente.
3.1 In linea di massima, tenuto conto del principio della relatività dei contratti, non esiste nessuna relazione diretta fra il committente principale e il subappaltatore (DTF 136 III 14 consid. 2.3 pag. 19 con rinvii giurisprudenziali e numerosi riferimenti dottrinali; chiaramente in questo senso l'art. 29 cpv. 2 della Norma SIA 118, che al cpv. 4 prevede poi la coordinazione del contratto d'appalto principale con quello di subappalto, cfr. ROLAND HÜRLIMANN in Kommentar zur SIA-Norm 118 Art. 1-37, 2009, n. 2 e 4 nonché n. 14-16 ad art. 29 pag. 248, 249 e 255 segg.). Il committente non ha dunque, di principio, il diritto di esigere dal subappaltatore l'esecuzione dei lavori oggetto del contratto di subappalto né di presentare una domanda di risarcimento danni fondata sulla violazione degli obblighi contrattuali qualora l'opera realizzata dal subappaltatore risulti difettosa; quest'ultimo può semmai essere tenuto responsabile per atto illecito se i difetti causano un danno alla proprietà del committente (Gauch, Der Werkvertrag, 1996, n. 163 pag. 48, n. 169 pag. 50 e n. 171 pag. 51).
Trattandosi di un ambito in cui vige la libertà contrattuale, le parti possono tuttavia regolare diversamente i loro rapporti (sentenza 4C.215/2004 del 23 novembre 2004 consid. 3.1). Il subappaltatore può ad esempio impegnarsi direttamente nei confronti del committente a fornire un'opera esente da difetti (HÜRLIMANN, op. cit., n. 4 ad art. 29 pag. 249; Gauch, op. cit., n. 164 a pag. 49; FRANÇOIS Chaix/Sylvain Marchand, Le droit direct du maître d'ouvrage contre le sous-traitant in DC 1997 pag. 78). Il committente e l'appaltatore principale possono integrare nel contratto d'appalto principale una cessione delle pretese di risarcimento danni nei confronti del subappaltatore (Chaix/Marchand, op. cit., pag. 78). Infine, l'appaltatore principale e il subappaltatore possono concludere un vero contratto a favore del committente, alle condizioni poste dall'art. 112 cpv. 2 CO (Gauch, op. cit., n. 165-167 pag. 49 seg.; Chaix/Marchand, op. cit., pag. 76-77).
3.2 Nella fattispecie non risulta l'avvenuta stipulazione di accordi di questo genere, né a dire il vero i ricorrenti pretendono il contrario.
Essi si richiamano piuttosto al cosiddetto "effetto protettore del contratto [di subappalto] verso terzi", argomento che, seppur fatto valere in petizione, le autorità cantonali hanno omesso di approfondire. In virtù di tale effetto i ricorrenti reputano di poter fondare la loro pretesa di risarcimento danni sulla violazione del contratto di subappalto e, di conseguenza, di poter beneficiare del termine di prescrizione decennale previsto dall'art. 127 CO.
3.2.1 La figura giuridica del contratto con effetto protettivo verso terzi, esistente nel diritto germanico (Vertrag mit Schutzwirkung zugunsten Dritter), è già stata evocata dal Tribunale federale in alcune sentenze (DTF 130 III 345, 117 II 315; cfr. anche sentenza 4C.194/1999 del 18 gennaio 2000) ma non è stata finora mai applicata (su questa nozione cfr. Gauch, op. cit., n. 860-862 pag. 243 seg.; François Chaix, Le contrat de sous-traitance en droit suisse, 1995, pag. 250 segg.)
Lo scopo di questa estensione della responsabilità contrattuale è quello di garantire le pretese di risarcimento di terzi suscettibili di essere pregiudicati nei loro diritti nel quadro dell'adempimento di un contratto di cui non sono (però) parte. In linea di massima, per poterne beneficiare, il terzo dev'essere direttamente toccato dall'esecuzione della prestazione pattuita contrattualmente, deve intrattenere una rela-zione particolare con il creditore principale della prestazione - in virtù della quale quest'ultimo è tenuto a proteggere gli interessi del terzo - e questa relazione dev'essere chiaramente riconoscibile agli occhi del debitore (sentenza 4C.194/1999 del 18 gennaio 2000 consid. 4).
La questione di sapere se il contratto di subappalto abbia effetto protettivo verso terzi e permetta quindi al committente principale - al di fuori dell'ipotesi prevista dall'art. 112 cpv. 2 CO - di fondare la sua pretesa di risarcimento danni nei confronti del subappaltatore sulla violazione del contratto di subappalto - e di beneficiare quindi del termine di prescrizione decennale (art. 127 CO) - è controversa in dottrina (contro: Gauch, op. cit., n. 169 pag. 50 e n. 861 pag. 244; a favore: François Chaix, op. cit., pag. 259-263).
Contrariamente a quanto auspicato nel gravame, essa non può essere decisa nel caso in esame.
3.2.2 Come spiegato al consid. 2.1 la parte ricorrente non può limitarsi a riproporre genericamente argomenti giuridici già esposti dinanzi alle autorità cantonali, bensì deve confrontarsi criticamente con i considerandi della decisione dell'autorità inferiore che reputa lesivi del diritto.
Ora, in concreto è vero che la tesi dell'effetto protettivo del contratto verso terzi era stata addotta in petizione, ma risulta essere poi stata completamente abbandonata in sede di appello; dinanzi alla massima istanza cantonale i ricorrenti si sono infatti richiamati esclusivamente alle norme sulla responsabilità per atto illecito (art. 41 segg. CO), indi per cui la sentenza impugnata è priva di ogni considerazione al riguardo.
L'argomentazione secondo la quale le pretese dei ricorrenti dovrebbero essere riconosciute in forza dell'effetto protettivo del contratto di subappalto verso terzi è pertanto nuova. Di per sé, un'argomentazione giuridica nuova dinanzi al Tribunale federale è ammissibile (art. 99 cpv. 1 LTF e contrario; DTF 133 III 421 consid. 1.3 non pubblicato), a condizione però che sia basata sul complesso di fatti accertato nella sentenza impugnata (cfr. quanto esposto al consid. 2.2; DTF 134 III 643 consid. 5.3.2 pag. 651; 130 III 28 consid. 4.4 pag. 34). Tale eventualità non si realizza in concreto. Dato che, come detto, in sede di appello i ricorrenti non si sono più richiamati all'effetto protettivo del contratto di subappalto, la Corte cantonale non ha trattato questo tema, ragione per cui la sentenza impugnata non contiene accertamenti suscettibili di permettere al Tribunale federale l'esame della fattispecie sotto questo profilo.
3.2.3 Ne discende, per finire, l'inammissibilità del gravame su questo punto.
4. Come anticipato, il Tribunale d'appello ha esaminato la domanda risarcitoria dei ricorrenti unicamente sulla base delle norme che disciplinano la responsabilità per atto illecito (art. 41 segg. CO).
4.1 Giusta l'art. 60 CO l'azione di risarcimento o di riparazione si prescrive nel termine di un anno, decorribile dal giorno in cui il danneggiato conobbe il danno e la persona responsabile.
Nel caso in esame, il giudice di primo grado ha fatto risalire la conoscenza dei difetti e del possibile responsabile al 24 aprile 2006, quando l'impresa generale ha inviato ai ricorrenti copia, per conoscenza, della lettera con cui invitava l'opponente a intervenire presso di loro per rimediare ai problemi segnalati. Donde la tardività del primo atto interruttivo della prescrizione eseguito dai ricorrenti, il precetto esecutivo essendo stato notificato il 26 giugno 2008, e, di conseguenza, dell'azione di risarcimento.
Nella sentenza qui impugnata la Corte cantonale ha rilevato come, dinanzi ad essa, i ricorrenti non abbiano contestato l'accertamento pretorile relativo al momento in cui essi hanno conosciuto il danno e la persona responsabile, limitandosi a evidenziare di essersi immediatamente attivati nei confronti dell'opponente dopo il fallimento dell'impresa generale, nel novembre 2007. I giudici della massima istanza ticinese hanno disatteso senza esitazioni questo argomento, poiché "la legge non prevede che il termine annuale di prescrizione non inizi a decorrere nei confronti dell'artigiano/subappaltante che ha commesso un atto illecito fintanto che è possibile far valere la responsabilità contrattuale nei confronti dell'impresa generale". In conclusione, essendo pacifico che il termine annuale di prescrizione previsto dall'art. 60 CO è giunto a scadenza prima dell'avvio della procedura esecutiva, l'appello è stato respinto.
4.2 Dinanzi al Tribunale federale i ricorrenti criticano recisamente l'affermazione dei giudici ticinesi in punto alla mancata contestazione da parte loro del giudizio di primo grado quo al momento in cui hanno preso conoscenza del danno e della persona responsabile e rinviano al punto 3 dell'atto d'appello.
Invano. Il generico rinvio al punto 3 dell'atto d'appello non basta per contrastare efficacemente l'accertamento contestato; come spiegato al consid. 2.2, chi propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella pronunzia criticata deve esporre la propria argomentazione in maniera circostanziata e il semplice rinvio a un'affermazione contenuta in un allegato cantonale non soddisfa questa esigenza di motivazione (DTF 133 II 396 consid. 3.2 pag. 400). Su questo punto il gravame risulta pertanto inammissibile per carente motivazione.
Sia come sia, si può abbondanzialmente osservare come il punto 3 dell'appello non contenga il benché minimo accenno alla corrispondenza intercorsa nel 2006 fra l'impresa generale e la subappaltatrice, inviata in copia ai ricorrenti.
4.3 Nelle predette circostanze non è possibile tenere in nessuna considerazione, ai fini dell'attuale giudizio, gli argomenti che i ricorrenti propongono ora - per la prima volta e quindi inammissibilmente, trattandosi di fatti non accertati nell'atto impugnato (cfr. quanto esposto al consid. 2.2) - contro la decisione di far risalire la conoscenza dei difetti e della persona responsabile al 24 aprile 2006, quando hanno ricevuto copia della lettera inviata dall'impresa generale alla subappaltatrice.
Non è segnatamente possibile tenere conto dell'affermazione secondo la quale essi non avrebbero "potuto stabilire, con una certezza che permettesse d'intraprendere un'azione giudiziaria, a chi era imputabile la responsabilità delle infiltrazioni d'acqua avvenute nella loro abitazione" prima della consegna della perizia giudiziaria, il 25 luglio 2007.
Né tantomeno dell'affermazione secondo la quale, nell'aprile 2006 essi non potevano avere una conoscenza del danno sufficiente, trattandosi di un danno soggetto a evoluzione; la sentenza impugnata non contiene infatti nessun accertamento circa il tipo di danno (puntuale o evolutivo) verificatosi nell'abitazione dei ricorrenti.
4.4 Per il resto, si osserva che non è stata in alcun modo criticata l'argomentazione principale della sentenza impugnata, per cui la possibilità di prevalersi di una responsabilità contrattuale nei confronti dell'appaltatore non inibisce il decorso del termine di prescrizione annuale nei confronti del subappaltatore, possibile responsabile per atto illecito.
5. In conclusione, tutti gli argomenti sollevati dinanzi al Tribunale federale si rivelano inammissibili.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 5, art. 68 cpv. 1, 2 e 4 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido, i quali rifonderanno all'opponente, sempre con vincolo di solidarietà, fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.