Sachverhalt:
A. A.a Der 1956 geborene X._ war seit 1981 in der Abteilung Sicherheit der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich (ETHZ) angestellt, seit 1991 als Leiter des Nachtdienstes und der Erstintervention. Am 9. September 2003 erstattete die ETHZ Strafanzeige gegen X._ und stellte ihn per sofort frei. Mit Verfügung vom 27. Oktober 2003 kündigte der Präsident der ETHZ das Arbeitsverhältnis auf den 30. April 2004 wegen Verletzung gesetzlicher und vertraglicher Pflichten. Mit Entscheid vom 13. Juli 2004 bestätigte die ETH-Beschwerdekommission die Gültigkeit der Kündigung. Dieser Entscheid erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
A.b Am 30. August 2004 stellte die ETHZ X._ ein auf den 13. Juli 2004 datiertes Arbeitszeugnis aus, worin u.a. angegeben war, das Arbeitsverhältnis ende "per heutigem Datum". Am 2. Januar 2007 erhob X._ beim ETH-Rat Aufsichtsbeschwerde wegen Falschbeurkundung und Ausstellens eines codierten Arbeitszeugnisses. Mit Entscheid vom 23./24. Mai 2007 wies der ETH-Rat die Aufsichtsbeschwerde ab, soweit er darauf eintrat, nahm aber Vormerk, dass die ETHZ bereit sei, das Datum der Beendigung des Arbeitsverhältnisses zu korrigieren und als Enddatum der Anstellung den 30. April 2004 aufzuführen. Am 14. Juni 2007 erhielt X._ ein neue Version des ansonsten unveränderten Arbeitszeugnisses, das weiterhin das Datum des 13. Juli 2004 trug, worin aber als Datum der Beendigung des Arbeitsverhältnisses neu der 30. April 2004 angegeben wurde.
A.c Mit zwei Einstellungsverfügungen vom 22. August 2006 stellte die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich das gegen X._ eingeleitete Strafverfahren ein, auferlegte ihm aber die Kosten von je Fr. 410.-, da er die Untersuchung zumindest teilweise durch leichtfertiges Benehmen verursacht habe.
A.d Mit Gesuch vom 2. November 2006 beantragte X._ die Revision des Entscheids der ETH-Beschwerdekommission vom 13. Juli 2004 betreffend die Gültigkeit der Kündigung. Nachdem die Beschwerdekommission zunächst das Revisionsgesuch abgewiesen hatte, hiess das Bundesgericht dieses letztinstanzlich mit Urteil vom 3. April 2009 (1C_513/2008) gut, soweit es darauf eintrat, und wies die Sache zur materiellen Beurteilung an die ETH-Beschwerdekommission zurück. Mit Entscheid vom 3. November 2009 stellte diese wiederum die Gültigkeit der Kündigung vom 27. Oktober 2003 fest und wies die Anträge auf Weiterbeschäftigung und Ausrichtung einer Abgangsentschädigung ab. Dagegen erhob X._ Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess mit Entscheid vom 9. Juli 2010 (A- 7764/2009) die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut, soweit es darauf eintrat; es hob den Entscheid der ETH-Beschwerdekommission vom 3. November 2009 auf und bestätigte die Beendigung des Arbeitsverhältnisses auf den 30. April 2004 (Dispositiv-Ziffer 1). Überdies verpflichtete es die ETHZ, X._ infolge unverschuldeter Auflösung des Arbeitsverhältnisses eine Entschädigung in Höhe eines Bruttojahreslohnes zuzüglich 5 Prozent Zins seit dem 1. Mai 2004 auszurichten (Dispositiv-Ziffer 2). Eine dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 25. Mai 2011 (8C_722/2010) insofern teilweise gut, als die Entschädigung auf 1 1/2 Bruttojahreslöhne festgesetzt wurde; im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
B. B.a Am 21. Juni 2007 stellte X._ bei der ETHZ einen "Antrag auf Schadenersatz und Genugtuung wegen Urkundenfälschung und Ausstellung eines codierten Arbeitszeugnisses sowie falscher Aussage in einem Verwaltungsverfahren". Er begründete diesen Antrag damit, das am 30. August 2004 ausgestellte Zeugnis sei falsch und widerrechtlich und habe dazu geführt, dass etwa 250 Bewerbungen, bei denen er das Arbeitszeugnis verwendet habe, erfolglos verlaufen seien. Mit Verfügung vom 18. Juli 2007 trat die ETHZ auf die Schadenersatz- und Genugtuungsforderung nicht ein.
B.b Dagegen erhob X._ mit Eingabe vom 20. August 2007 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Er beantragte, die Verfügung sei aufzuheben und die ETHZ anzuweisen, dem Beschwerdeführer den geforderten Schadenersatz und die Genugtuung zu leisten sowie ein Arbeitszeugnis auszustellen, das ihm die Stellensuche nicht verunmögliche. Eventuell sei die Sache an die ETHZ zurückzuweisen mit der Auflage, auf die Schadenersatz- und Genugtuungsforderung materiell einzutreten. Auf Aufforderung des Bundesverwaltungsgerichts hin quantifizierte X._ mit nachgebesserter Beschwerdeschrift vom 29. August 2007 seine Forderungen wie folgt:
"1. Alle seit dem 1. August 2004 bis zur Rechtskraft des Urteils entgangenen Monatslöhne und Arbeitgeberbeiträge an die Sozialversicherungen, monatlich nachschüssig verzinst zum Satz von 5% p.a.
2. Eine Entschädigung im Umfang von drei Jahreslöhnen, zuzüglich 5% Zins ab Rechtskraft des Urteils, für den gegenüber 250 potentiellen Arbeitgebern erlittenen Imageschaden und die verursachte Abwesenheit von fast drei Jahren aus dem Arbeitsmarkt, mit der damit verbundenen Schwierigkeit, jetzt eine neue Stelle zu finden.
3. Eine Genugtuung im Umfange von einem Jahreslohn, zuzüglich 5% Zins ab Rechtskraft des Urteils, für den moralischen Schaden dadurch verursacht, dass der Kläger gezwungen wurde, seit Dezember 2006 von der Grosszügigkeit von Freunden und Bekannten mit dem Existenzminimum zu leben, unter Verzicht auf alles, was für das Überleben absolut erforderlich war.
4. Der z.Z. nicht bezifferbare Schaden, dadurch entstanden, dass der Kläger wegen der durch das gefälschte Arbeitszeugnis verursachten Arbeitslosigkeit gezwungen war, seine Wohnung in Via al Parco 4, 6644 Orselina, part. RFD n. 235, PPP 9054, (in Miteigentum mit seinem Bruder) zu verkaufen, berechnet als Differenz zwischen dem seinerzeit erzielten Kaufpreis und dem Kaufpreis derselben Wohnung oder eines vergleichbaren Objekts im Zeitpunkt der Rechtskraft des Urteils, unter Berücksichtigung aller Kosten, Honorare, Abgaben, Steuern, Gebühren und sonstiger Spesen.
5. Eine angemessene Parteientschädigung, deren Bezifferung dem Ermessen des Gerichts überlassen wird."
In der Begründung bezifferte X._ den Wert der Position 1 mit Fr. 372'917.45, den Wert der Position 2 mit Fr. 310'401.90, den Wert der Position 3 mit Fr. 103'467.30, total mithin Fr. 786'786.65 (bis zum 31. August 2007). Der Wert der Position 4 könne nicht beziffert werden, die Höhe der Position 5 müsse das Gericht festsetzen.
B.c Das Bundesverwaltungsgericht sistierte das Verfahren mit Blick auf das Verfahren A-7764/2009 (vorne Lit. A.d). Nach Vorliegen des bundesgerichtlichen Urteils 8C_722/2010 vom 25. Mai 2011 hob das Bundesverwaltungsgericht die Sistierung des Verfahrens auf, da rechtskräftig über die Zulässigkeit der Kündigung und die Höhe der Abgangsentschädigung entschieden worden sei. Mit Blick auf zwei weitere beim EFD und der ETHZ pendente Staatshaftungsverfahren stellte das Bundesverwaltungsgericht mit Verfügung vom 29. März 2012 unter anderem fest, dass es - zumindest im heutigen Zeitpunkt - zwar (noch) nicht für die beiden Verfahren zuständig sei, es jedoch im Interesse aller Beteiligten sei, eine Gesamtlösung für alle Verfahren zu finden. Beide Parteien wurden ersucht, sich innert Frist zu äussern, ob sie zur aktiven Teilnahme an Vergleichsgesprächen oder an einer Mediation über die vergleichsweise Erledigung aller hängigen Verfahren bereit seien. Dieser vom Bundesverwaltungsgericht initiierte Versuch einer gütlichen Einigung scheiterte.
B.d Mit Urteil vom 10. August 2012 erkannte das Bundesverwaltungsgericht wie folgt:
"1. Die Beschwerde wird, soweit darauf eingetreten wird, im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen. Die Vorinstanz hat die zweite Version des Arbeitszeugnisses, das dem Beschwerdeführer am 14. Juni 2007 ausgehändigt wurde, auf den 30. April 2004 rückzudatieren. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen."
Zudem auferlegte das Bundesverwaltungsgericht X._ Verfahrenskosten von Fr. 3'000.- (Ziff. 2) und sprach ihm zu Lasten der ETHZ eine Parteientschädigung von Fr. 5'000.- zu (Ziff. 3).
C. Mit Eingabe vom 17. September 2012 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, worin er die Aufhebung des letztgenannten Urteils beantragt und das vorinstanzlich mit Eingabe vom 29. August 2007 gestellte Rechtsbegehren (vorne lit. B.b) erneuert. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die ETHZ schliesst auf Abweisung der Beschwerde. X._ äussert sich zur Beschwerdeantwort der ETHZ.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Staatshaftung ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG), da die Streitwertgrenze von Fr. 30'000.- (Art. 85 Abs. 1 lit. a BGG) erreicht ist.
1.2 Nach dem Urteil des Bundesgerichts vom 25. Mai 2011 (Verfahren 8C_722/2010) steht rechtskräftig fest, dass die per 30. April 2004 ausgesprochene Kündigung unbegründet und damit nichtig im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. b des Bundespersonalgesetzes vom 24. März 2000 (BPG, SR 172.220.1), aber mangels Anspruch auf Weiterbeschäftigung trotzdem wirksam ist, und der Beschwerdeführer deshalb in Würdigung der Gesamtumstände dieser Kündigung gemäss Art. 19 Abs. 3 BPG eine Abgangsentschädigung in der Höhe von 1 1/2 Bruttojahresgehältern erhält. Thema des vorliegenden Verfahrens sind nicht die Kündigung als solche und ihre Umstände, sondern die Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche, die der Beschwerdeführer aus dem am 30. August 2004 ausgestellten Arbeitszeugnis ableitet. In seiner Beschwerde vom 20. August 2007 an die Vorinstanz hatte der Beschwerdeführer nebst dem Schadenersatz- und Genugtuungsbegehren auch beantragt, es sei ihm ein Arbeitszeugnis auszustellen, das ihm die Stellensuche nicht verunmögliche. Die Vorinstanz ist auf dieses Begehren mangels sonstiger Substantiierung nur in Bezug auf die Rüge der Falschdatierung und der fehlenden Dankesworte eingetreten (E. 1.1.5.8 des angefochtenen Entscheids), hat das Begehren in Bezug auf die Datierung gutgeheissen und im Übrigen abgewiesen. Vor Bundesgericht stellt der Beschwerdeführer in Bezug auf die Formulierung des Arbeitszeugnisses keinen Antrag mehr. Diese bildet somit nicht mehr Streitgegenstand. Zur Diskussion steht einzig die Schadenersatz- und Genugtuungsforderung.
1.3 Die ETHZ ist mit ihrer Verfügung vom 18. Juli 2007 auf die Schadenersatz- und Genugtuungsforderung des Beschwerdeführers infolge Verjährung nicht eingetreten. In Wirklichkeit hat die ETHZ damit nicht einen Nichteintretens-, sondern einen materiellen Abweisungsentscheid gefällt. Da Verfügungen nicht nach ihrer manchmal fehlerhaften Formulierung, sondern nach ihrem tatsächlichen Gehalt zu interpretieren sind, hat die Vorinstanz mit Recht die Sache materiell beurteilt.
1.4 Das Bundesgericht prüft frei die richtige Anwendung des Bundesrechts (Art. 95 lit. a BGG). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat; es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auf entsprechende Rüge oder von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig bedeutet dabei willkürlich (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252). Sachverhaltsrügen unterliegen deshalb dem qualifizierten Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG); es genügt nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.3).
2. 2.1 Für den Schaden, den ein Angestellter der ETHZ in Ausübung seiner amtlichen Tätigkeit Dritten widerrechtlich zufügt, haftet die ETHZ ohne Rücksicht auf das Verschulden des Angestellten; wer in seiner Persönlichkeit widerrechtlich verletzt wird, hat zudem bei Verschulden des Angestellten Anspruch auf Leistung einer Geldsumme als Genugtuung, sofern die Schwere der Verletzung es rechtfertigt und diese nicht anders wiedergutgemacht worden ist (Art. 3 Abs. 1 und Art. 6 Abs. 2 i.V.m. Art. 19 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten [Verantwortlichkeitsgesetz, VG; SR 170.32]; Art. 5 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über die Eidgenössischen Technischen Hochschulen [ETH-Gesetz, SR 414.110]). Für den Schadenersatz vorausgesetzt sind somit nebst der amtlichen Tätigkeit ein Schaden, eine widerrechtliche Verhaltensweise und ein natürlicher und adäquater Kausalzusammenhang zwischen dem Schaden und der widerrechtlichen Verhaltensweise (Urteil 2A.212/2006 vom 9. Oktober 2006 E. 2, Pra 2007 Nr. 54; vgl. zu Art. 41 OR BGE 137 III 539 E. 5.2; 132 III 379 E. 3.1).
2.2 Der Begriff der Widerrechtlichkeit nach Art. 3 Abs. 1 VG deckt sich mit demjenigen von Art. 41 OR (BGE 123 II 577 E. 4 d/bb S. 582). Danach ergibt sich die Widerrechtlichkeit nach der massgebenden objektiven Widerrechtlichkeitstheorie daraus, dass entweder ohne Rechtfertigungsgrund ein absolutes Recht des Geschädigten beeinträchtigt wird (sog. Erfolgsunrecht), oder aber eine blosse Vermögensschädigung durch den Verstoss gegen eine Norm bzw. Amtspflicht bewirkt wird, die nach ihrem Zweck vor derartigen Schäden schützen soll (sog. Handlungsunrecht; BGE 132 II 305 E. 4.1 S. 318; 132 II 449 E. 3.3; 123 II 577 E. 4c S. 481, je mit Hinweisen).
2.3 Die natürliche Kausalität ist gegeben, wenn ein Handeln Ursache im Sinne einer nicht wegzudenkenden Bedingung (conditio sine qua non) für den Eintritt des Schadens ist (BGE 132 III 715 E. 2.2). Ein adäquater Kausalzusammenhang liegt vor, wenn die Ursache nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung geeignet ist, einen Erfolg von der Art des eingetretenen herbeizuführen (BGE 123 III 110 E. 3a; 119 Ib 334 E. 5b S. 345; Urteil 2C_834/2009 vom 19. Oktober 2010 E. 2.3). Der Schaden und der natürliche Kausalzusammenhang betreffen Tatfragen (BGE 132 III 715 E. 2.2; 130 III 591 E. 5.3; 128 III 174 E. 2b; Urteil 2C_834/2009 vom 19. Oktober 2010 E. 2.3), hinsichtlich derer die Beweislast beim Geschädigten liegt (Art. 8 ZGB; BGE 132 II 305 E. 3.1; 132 III 715 E. 3.2; Urteil 2A.212/2006 vom 9. Oktober 2006 E. 2.1, Pra 2007 Nr. 54) und welche vom Bundesgericht nur im Rahmen von Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG überprüft werden können (vorne E. 1.4; vgl. BGE 132 III 715 E. 2.2; 123 III 110 E. 2). Die adäquate Kausalität ist demgegenüber eine Rechtsfrage, die im Rahmen von bundesrechtlichen Haftungsbestimmungen vom Bundesgericht frei zu prüfen ist (Art. 95 lit. a BGG; BGE 134 V 109 E. 6.2.1; 132 III 715 E. 2.2; 123 III 110 E. 2 und 3a; Urteil 2C_834/2009 vom 19. Oktober 2010 E. 2.3).
2.4 Die Haftung erlischt, wenn der Geschädigte sein Begehren auf Schadenersatz oder Genugtuung nicht innert eines Jahres seit Kenntnis des Schadens einreicht, auf alle Fälle nach zehn Jahren seit dem Tage der schädigenden Handlung des Beamten (Art. 20 Abs. 1 VG). Es handelt sich dabei um eine Verwirkungsfrist, die nicht unterbrochen, sondern nur durch rechtzeitige Einreichung eines Schadenersatz- oder Genugtuungsbegehrens gewahrt werden kann (BGE 136 II 187 E. 6; 126 II 63 E. 2a, 145 E. 2a).
3. Der Beschwerdeführer leitet seinen Schadenersatz- und Genugtuungsanspruch daraus ab, dass das am 30. August 2004 ausgestellte Zeugnis codierte Aussagen enthalten und auf eine fristlose Entlassung hingedeutet habe. Aufgrund dieses Zeugnisses sei es ihm verunmöglicht gewesen, eine neue Arbeitsstelle zu finden.
3.1 Die Vorinstanz hat erwogen, entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin sei der Anspruch nicht verwirkt, da der Beschwerdeführer erst am 22. Juni 2006, nach Konsultation eines Experten, die schädlichen Auswirkungen des Arbeitszeugnisses erkannt habe. Sodann habe die Formulierung, das Arbeitsverhältnis ende "per heutigem Datum", zusammen mit dem angegebenen Datum des 13. Juli 2004 (einem Mittwoch), gegenüber potentiellen Arbeitgebern einzig den unzutreffenden Schluss zugelassen, der Beschwerdeführer sei fristlos entlassen worden. Dies verstosse gegen den im Bundespersonalrecht analog anwendbaren Art. 330a OR. Auch in der Mitte Juni 2007 geänderten Version des Zeugnisses bleibe als Ausstellungsdatum der 13. Juli 2004 genannt, was ebenfalls problematisch erscheine. Das Zeugnis sei damit widerrechtlich auch im Sinne von Art. 3 Abs. 1 VG.
Indessen werde - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - der adäquate Kausalzusammenhang nicht bereits mit dem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-7764/2009 vom 9. Juli 2010 festgestellt. Dem Arbeitszeugnis komme vor allem in der Phase der ersten Vorselektion ein hoher Stellenwert zu, in welcher entschieden werde, ob ein Stellenbewerber zu einem Bewerbungsgespräch eingeladen werde; sei diese erste Hürde genommen, könne ein persönlicher, meist entscheidender Eindruck vom Kandidaten gewonnen werden. Vorliegend sei der Beschwerdeführer trotz dem strittigen Arbeitszeugnis zu verschiedensten Bewerbungsgesprächen eingeladen worden; das zeige, dass das Zeugnis nicht bewirkt habe, die jeweiligen Arbeitgeber davon abzuhalten, den Beschwerdeführer zu einem Bewerbungsgespräch einzuladen. Im Rahmen dieser Gespräche habe er die Möglichkeit gehabt, einen überzeugenden Eindruck zu hinterlassen. Es misslinge ihm daher der Beweis, dass das strittige Zeugnis mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung dazu geführt habe, dass seine Stellenbewerbungen erfolglos geblieben seien. Im Übrigen habe der Beschwerdeführer verschiedene, von hochrangigen ETH-Persönlichkeiten verfasste Referenzschreiben ins Recht gelegt, die sich positiv über ihn äusserten und die er im Rahmen von Bewerbungsverfahren hätte einbringen können. Im Ergebnis müsse ein adäquater Kausalzusammenhang zwischen dem Arbeitszeugnis und der Beschäftigungslosigkeit des Beschwerdeführers verneint werden; ebenso sei der geltend gemachte Schaden nicht bewiesen. Überdies habe der Beschwerdeführer in Bezug auf die Genugtuungsforderung nicht substantiiert dargelegt, inwiefern das Arbeitszeugnis seine Persönlichkeit in schwerer Weise beeinträchtigt haben solle, weshalb die weiteren Voraussetzungen für eine Genugtuung nicht mehr geprüft werden müssten.
3.2 Das Bundesverwaltungsgericht begründet die Widerrechtlichkeit des ersten, am 30. August 2004 ausgestellten Zeugnisses damit, dieses habe den Eindruck erweckt, der Beschwerdeführer sei fristlos entlassen worden. Die zweite, am 14. Juni 2007 ausgestellte Fassung des Zeugnisses wird von der Vorinstanz als "problematisch" beurteilt, weil Ausstellungsdatum und Datum der Beendigung des Arbeitsverhältnisses stark differierten, wodurch der Aussagewert des Zeugnisses geringer eingestuft werde. Hingegen stellt die Vorinstanz nicht fest, auch durch dieses zweite Zeugnis werde noch der Eindruck einer fristlosen Kündigung erweckt. Die übrigen Formulierungen des Zeugnisses werden vom Beschwerdeführer zwar - wenn auch eher beiläufig - kritisiert, sind aber klarerweise nicht widerrechtlich, sondern bewegen sich im Ermessensspielraum des Arbeitgebers. Zu prüfen ist somit einzig, ob der mit der ersten Fassung des Zeugnisses erweckte Eindruck der fristlosen Kündigung natürlich und adäquat kausal zum geltend gemachten Schaden ist.
3.3 Die Vorinstanz scheint mit ihren Erwägungen davon auszugehen, dass derjenige, der Schadenersatz geltend macht, auch den adäquaten Kausalzusammenhang zu beweisen habe. Dies ist unzutreffend, da die Adäquanz als Rechtsfrage (E. 2.3) nicht zu beweisen ist und insoweit daher nicht die Beweislastregeln gelten. Ungeachtet dessen geht aus dem angefochtenen Entscheid hervor, dass die Vorinstanz auch die Tatfrage verneint, ob der natürliche Kausalzusammenhang bewiesen sei, und diesbezüglich von einer korrekten Beweislastverteilung zu Lasten des Beschwerdeführers ausgeht (E. 2.3).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung in viererlei Hinsicht:
4.1.1 Erstens sei die Auffassung der Vorinstanz unzutreffend, im Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Juli 2010 werde nicht festgestellt, dass die Beschäftigungslosigkeit lediglich auf das Arbeitszeugnis zurückgehe.
Diese Rüge geht schon deshalb fehl, weil Streitgegenstand in jenem Urteil nur die Gültigkeit der Kündigung und die Abgangsentschädigung waren, nicht aber ein Schadenersatzbegehren infolge des Arbeitszeugnisses. Ausführungen, die ein Gerichtsurteil ausserhalb des Streitgegenstands macht, können in einem anderen Verfahren, welches einen anderen Streitgegenstand betrifft, von vornherein nicht als verbindliche Sachverhaltsfeststellungen betrachtet werden. Zudem hat die Vorinstanz mit Recht darauf hingewiesen, dass in der vom Beschwerdeführer angerufenen Aussage des Urteils der Zusammenhang zwischen Zeugnis und Stellenlosigkeit relativiert wird.
4.1.2 Zweitens sei die Aussage der Vorinstanz, es hätten verschiedenste Bewerbungsgespräche stattgefunden, wirklichkeitswidrig und widersprüchlich: Es hätten in Wirklichkeit nur drei Gespräche stattgefunden. Widersprüchlich sei die Behauptung sodann, weil die Vorinstanz davon ausgehe, dass die Tücken des Zeugnisses für jedermann erkennbar gewesen seien; indem das Gericht aber die Verwirkung verneinte, habe es zugegeben, dass die Codierungen nicht für jedermann ersichtlich seien, also auch für manchen Arbeitgeber nicht. Diese Rüge dringt nicht durch: Im Gegenteil bestätigt der Beschwerdeführer im Ergebnis die Auffassung der Vorinstanz, wenn er vorbringt, auch für manchen Arbeitgeber sei die Codierung des Arbeitszeugnis nicht ersichtlich gewesen: Denn wenn ein Arbeitgeber die Codierung nicht als solche erkennt, kann diese für die Nichtberücksichtigung des Beschwerdeführers auch nicht kausal gewesen sein.
4.1.3 Drittens habe er die Referenzschreiben der ETH-Persönlichkeiten seinen Bewerbungsschreiben durchaus beigelegt, doch seien diese erst zwischen Januar und April 2007 ausgestellt worden.
Diese Darstellung trifft zu; die Referenzschreiben konnten deshalb erst ab 2007 den Bewerbungsschreiben beigelegt werden. Indessen ist damit die Entscheiderheblichkeit dieser Tatsache (Art. 97 Abs. 1 BGG) nicht dargetan; im Gegenteil: Wenn auch die ab 2007 eingereichten Bewerbungen, denen die positiven Referenzauskünfte beigelegt werden konnten, erfolglos waren, weist dies darauf hin, dass das streitige Zeugnis nicht oder jedenfalls nicht hauptsächlich kausal für die Nichtanstellungen war.
4.1.4 Viertens habe die Vorinstanz die Feststellung im Urteil des Bundesgerichts 8C_722/2010 vom 25. Mai 2011 nicht berücksichtigt, wonach die Professoren Ursprung und Nüesch über die berufliche Laufbahn des Beschwerdeführers höchstens bis 1997 hätten Aussagen machen können; deshalb hätten die Referenzschreiben dieser Professoren die nachteiligen Wirkungen des Arbeitszeugnisses nicht neutralisieren können.
Diese Rüge geht fehl: Denn auch die Vorinstanz ist davon ausgegangen, die Referenzschreiben attestierten, dass der Beschwerdeführer "zumindest bis Ende der 1990er-Jahre" der ETH treu und loyal gedient habe.
4.2 Der Beschwerdeführer rügt sodann eine Verletzung des rechtlichen Gehörs: Die Vorinstanz habe ihm vorgeworfen, er habe den Kausalzusammenhang nicht genügend substantiiert, obwohl der von ihm eingereichte Kommentar des Experten Markus Schär von der Firma OTP Organisation & Training Partners AG (OTP) eindeutig festgestellte habe, auf Grund des Arbeitszeugnisses werde der Beschwerdeführer es "ausserordentlich schwer haben, eine neue Anstellung im Sicherheitsbereich sowie auch in anderen Bereichen zu finden".
Die Vorinstanz hat sich in der Tat zu dieser Stellungnahme nicht ausdrücklich geäussert. Indessen verlangt der Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) nicht, dass sich das Gericht mit jedem einzelnen Argument auseinandersetzt (vgl. BGE 136 II 229 E. 5.2). Das Schreiben, auf das sich der Beschwerdeführer bezieht, ist an dessen Rechtsvertreter gerichtet, umfasst ca. eine Seite Text und kritisiert das Arbeitszeugnis in verschiedenen Punkten. Als Zusammenfassung folgt der vom Beschwerdeführer zitierte Satz. Dieser eine Satz in einer Stellungnahme, die vom Beschwerdeführer selber bzw. seinem Rechtsvertreter bei einer privaten Firma eingeholt wurde, ist nicht geeignet, die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung, wonach der Kausalzusammenhang nicht beweisen sei, als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen: Denn die Stellungnahme kritisiert nicht nur die hier einzig massgebende (E. 3.2) Angabe des 13. Juli 2004 als Entlassungsdatum, sondern auch weitere Aussagen des Zeugnisses, die aber teilweise vom Bundesverwaltungsgericht ausdrücklich und unangefochten (vorne E. 1.2) als nicht widerrechtlich beurteilt wurden und teilweise angesichts des höchstrichterlich festgestellten Mitverschuldens des Beschwerdeführers an der Kündigung (Urteil 8C_722/2010 E. 9.3) jedenfalls nicht als widerrechtlich bezeichnet werden können. Teilweise ist die Stellungnahme irreführend, so indem sie ausführt, der Dank für die ausgezeichnete Leistung werde verschwiegen, obwohl das Zeugnis wörtlich die "langjährige Mitarbeit" verdankt. Unverständlich ist sodann die Aussage in der Stellungnahme, nach 23 Dienstjahren müsse erwartet werden können, dass man mit den Leistungen "jederzeit ausserordentlich zufrieden" gewesen sei; langjährige Anstellung bedeutet keineswegs, dass der Arbeitgeber mit der Leistung ausserordentlich zufrieden sein müsste. Insgesamt kann die Stellungnahme der OTP nicht als beweistaugliches Gutachten für den Kausalzusammenhang zwischen der widerrechtlichen Formulierung des Zeugnisses und dem Scheitern der Bewerbungen betrachtet werden.
4.3 Der Beschwerdeführer kritisiert, dass der Beweis für den Kausalzusammenhang kaum zu erbringen sei. Den bestehenden Beweisschwierigkeiten hat die Vorinstanz jedoch Rechnung getragen, indem sie nicht das Regelbeweismass, sondern nur das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit angewendet hat (E. 9.5 des angefochtenen Entscheides). Eine weitergehende Herabsetzung des Beweismasses würde auf eine Umkehr der Beweislast hinauslaufen, was nicht zulässig ist (BGE 128 III 271 E. 2b/aa; Urteile 4A_298/2012 vom 31. Juli 2012 E. 3.1; 4A_338/2011 vom 14. Dezember 2011 E. 2.1).
4.4 Der Beschwerdeführer bringt schliesslich vor, er habe bis zur Ausstellung des Zeugnisses am 30. August 2004 während mehrerer Wochen überhaupt kein Zeugnis gehabt, um sich zu bewerben. Für diese Zeit erhält er jedoch aufgrund des Urteils 8C_772/2010 vom 25. Mai 2011 eine Abgangsentschädigung, so dass ihm insoweit kein Schaden entstanden ist.
4.5 Insgesamt ist somit die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung, der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Zeugnis und der Arbeitslosigkeit bzw. dem Scheitern der Stellenbewerbungen sei nicht bewiesen, nicht offensichtlich unrichtig. Bei dieser für das Bundesgericht verbindlichen Sachlage (Art. 105 Abs. 1 BGG) hat die Vorinstanz den Schadenersatzanspruch mit Recht abgewiesen.
5. Der Beschwerdeführer beanstandet schliesslich, dass die Vorinstanz sein Genugtuungsbegehren mangels Substantiierung abgewiesen habe. Er bringt vor, nach allgemeiner Lebenserfahrung seien sein Leidensweg und seine seelische Belastung klar, die sich aus den jahrelangen erfolglosen Arbeitsbemühungen, der leichtfertig gegen ihn erhobenen Strafanzeige, der nichtigen Kündigung nach 23 Jahren treuen Dienstes, den Verleumdungen und Falschanschuldigungen und den jahrelangen Rechtsstreitigkeiten ergäben. Er übersieht dabei, dass Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens nicht die gesamten Umstände im Zusammenhang mit seiner Kündigung sind (vgl. vorne E. 1.2); er hat dafür eine Abgangsentschädigung enthalten, bei deren Bemessung das Bundesgericht die Nichtigkeit der Kündigung, deren Gesamtumstände und namentlich auch die Mängel der gegen den Beschwerdeführer geführten Administrativuntersuchung berücksichtigt hat. Im vorliegenden Verfahren geht es einzig um die darüber hinausgehenden staatshaftungsrechtlichen Folgen des Arbeitszeugnisses (E. 1.2). Hat dieses nicht kausal zu den Nichtanstellungen geführt (E. 4), so können auch die seelischen Belastungen, die sich aus der Arbeitslosigkeit ergeben, nicht dem Zeugnis angelastet werden. Die Formulierung des Zeugnisses als solche kann nicht als schwer wiegende Persönlichkeitsverletzung im Sinne von Art. 6 Abs. 2 VG betrachtet werden.
6. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet. Der Beschwerdeführer trägt die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 65 Abs. 3 lit. b und Art. 66 Abs. 1 BGG). Die obsiegende Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Januar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein