Erwägungen:
1. Mit Urteil 2C_809/2011 vom 29. Juli 2012 hob das Bundesgericht in Gutheissung einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten von X._ gegen ein Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 5. Juli 2011 den § 1 der Verordnung des Regierungsrats des Kantons Zürich vom 3. November 2010 über den Vollzug des Unternehmenssteuerreformgesetzes II des Bundes auf (Ziff. 1 des Dispositivs). Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- auferlegte es dem Kanton Zürich (Ziff. 2 des Dispositivs). Die Sache wurde zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
Mit Schreiben vom 28. August 2012 erkundigte sich X._ beim Präsidenten der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung über gewisse Verfahrensabläufe im Verfahren 2C_809/2011, namentlich ob Bundesrichter Stadelmann im Sinne von Art. 35 BGG Ausstandsgründe genannt habe, was der Abteilungspräsident mit Schreiben vom 4. September 2012 ebenso verneinte wie die weitere Frage, ob zur Eingabe des Regierungsrats des Kantons Zürich vom 29. Februar 2012 (Gesuch um Sistierung des Verfahrens 2C_809/2011) ein formeller Entscheid ergangen sei.
Mit Eingabe vom 14. September 2012 ersucht X._ das Bundesgericht um Revision und Erläuterung des Urteils 2C_809/2011 vom 29. Juli 2012.
2. Der Gesuchsteller beruft sich (in Verbindung mit dem ausdrücklich genannten Art. 35 BGG) sinngemäss auf den Revisionsgrund von Art. 121 lit. a BGG sowie ausdrücklich auf die Revisionsgründe von Art. 121 lit. c und d BGG. Das bemängelte bundesgerichtliche Urteil ist ihm am 8. August 2012 zugestellt worden. Die Frist von 30 Tagen zur Geltendmachung dieser Revisionsgründe (vgl. Art. 124 Abs. 1 und 2 BGG) lief in Berücksichtigung von Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG - spätestens - am 14. September 2012 ab und ist in Bezug auf die Revisionsgründe von Art. 121 lit. c und d BGG ohne Weiteres gewahrt. Nicht evident erscheint hingegen die Frage der Einhaltung der Frist bezüglich des Revisionsgrundes von Art. 121 lit. a BGG.
3. 3.1 Der Gesuchsteller macht geltend, Bundesrichter Stadelmann, der im betroffenen Fall als Instruktionsrichter bestimmt worden war, sei befangen gewesen und wäre nach Art. 35 BGG verpflichtet gewesen, dies dem Abteilungspräsidenten mitzuteilen; die Befangenheit sieht er in der besonderen Beziehung zwischen Bundesrichter Stadelmann und kantonalen Verwaltungsrichtern, namentlich dem Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich. Dies kraft seiner Funktion als Vorstandsmitglied der Richtervereinigung sowie wegen seiner Verbindung mit dem Institut für Schweizerisches und Internationales Steuerrecht (ISIS), einem Verein, dessen Vorsitz besagter Zürcher Verwaltungsgerichtspräsident innehat. Damit ist der Ausstandsgrund von Art. 34 Abs. 1 lit. e BGG angesprochen, wonach ein Richter in den Ausstand tritt, wenn er aus "anderen Gründen", insbesondere wegen besonderer Freundschaft oder persönlicher Feindschaft mit einer Partei oder ihrem Vertreter, befangen sein könnte.
3.2 Der Revisionsgrund der Verletzung von Ausstandsvorschriften (Art. 121 lit. a BGG) muss gemäss Art. 124 Abs. 1 lit. a BGG innert 30 Tagen nach der Entdeckung des Ausstandsgrundes geltend gemacht werden. Dies korreliert mit Art. 36 Abs. 1 BGG, wonach die Partei, die den Ausstand einer Gerichtsperson verlangt, ein schriftliches Begehren einzureichen hat, sobald sie vom Ausstandsgrund Kenntnis erhalten hat, d.h. unverzüglich (BGE 138 I 1 E. 2.2 S. 4 mit Hinweisen; 136 I 207 E. 3.4 S. 211 ff.; Urteil 1B_277/2008 vom 13. November 2008 E. 2.3 spezifisch zu Art. 36 Abs. 1 und Art. 38 Abs. 1 BGG). Sind die Umstände, die geeignet erscheinen, einen Bundesrichter als befangen erscheinen zu lassen, bereits zum Zeitpunkt der Beschwerdeerhebung bekannt, ist der Ausstand bei Beschwerdeeinreichung zu beantragen, spätestens aber nach Kenntnisnahme der Zuweisung des Falles an eine bestimmte Abteilung, wird doch die Zusammensetzung der Abteilungen öffentlich bekannt gegeben (Art. 18 Abs. 1 BGG; dazu ISABELLE HÄNER, Basler BGG-Kommentar, 2. Auflage 2011, Art. 36 N. 2; SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, BGG, Art. 22 N. 4 f.). Dies gilt vorbehaltlos in Bezug auf die ordentlichen Mitglieder der Abteilung (hinsichtlich von Ersatzrichtern s. SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, BGG, Art. 22 N. 5).
3.3 Die Verbindungen zwischen Bundesrichter Stadelmann und dem Verwaltungsgerichtspräsidenten, auf die der Gesuchsteller die Vermutung der Befangenheit stützt, waren ihm sichtlich schon längst bekannt. Was er unter Ziff. II. 2.1 (S. 8) der Rechtsschrift schildert, beruht auf eigenen Wahrnehmungen anlässlich seiner persönlichen Teilnahme am ISIS-Seminar vom 13./14. September 2010; ebenso macht er nicht glaubhaft geltend, vom Umstand, dass Bundesrichter Stadelmann Vorstandsmitglied der Richtervereinigung ist, erst nach Eröffnung des Urteils vom 29. Juli 2012 Kenntnis erlangt zu haben.
Das Ausstandsbegehren ist, soweit es selbstständig auf den behaupteten persönlichen Beziehungen beruht, verspätet und offensichtlich unzulässig. Ohnehin liesse sich eine Voreingenommenheit mit den vom Gesuchsteller genannten Gegebenheiten kaum begründen (vgl. BGE 138 I 1 E. 2.4 S. 5).
3.4 Der Gesuchsteller will eine Voreingenommenheit zusätzlich aus dem Verfahrensverlauf ableiten, der ihm erst durch die Zustellung des begründeten Endurteils bekannt geworden sei; insofern wäre die Frist von 30 Tagen auch in Bezug auf den Revisionsgrund von Art. 121 lit. a BGG eingehalten. Die Ausführungen zu Verfahrensinstruktion und Entscheidfindungsprozess beruhen auf reinen Mutmassungen; unerfindlich bleibt insbesondere, wie es bei den gegebenen Zeitabläufen (Beschwerdeerhebung 30. September 2011, Urteilsfällung unter Mitwirkung von fünf Richtern am 29. Juli 2012) zu einer Verfahrensverzögerung gekommen sein soll. Ein Ausstandsgrund gegen Bundesrichter Stadelmann lässt sich mit den entsprechenden Ausführungen offensichtlich nicht konstruieren. Näherer Betrachtung bedarf allein der in diesem Zusammenhang erhobene Vorwurf, klar gestellte Anträge seien vom Referenten nicht behandelt und von den übrigen mitwirkenden Richtern der Abteilung übersehen worden; damit sind Art. 121 lit. c und d BGG angesprochen.
3.5 Gemäss Art. 121 BGG kann die Revision eines Entscheids des Bundesgerichts verlangt werden, wenn einzelne Anträge unbeantwortet geblieben sind (lit. c), oder wenn das Gericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat (lit. d).
Der Gesuchsteller macht geltend, das Bundesgericht habe im angefochtenen Urteil seine Anträge auf Aufhebung der von ihm als exorbitant empfundenen Kostenauflage durch das Verwaltungsgericht sowie auf Zusprechung einer Parteientschädigung wegen des durch die Vorgehensweise des Verwaltungsgerichts unnötig verursachten Rechtsmittelverfahrens nicht behandelt. Was die Kostenauflage durch das Verwaltungsgericht betrifft, hat das Bundesgericht ausdrücklich Folgendes festgehalten (E. 6 zweiter Absatz): "Die Überprüfung der Kostenauflage im vorinstanzlichen Verfahren kommt bei diesem Ergebnis, entgegen den Anträgen des Beschwerdeführers, nicht in Frage. Über die kantonalen Kosten- und Entschädigungsfolgen hat vielmehr die Vorinstanz entsprechend dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens neu zu befinden." Letzteres wurde im Dispositiv Ziff. 3 ausdrücklich angeordnet, womit die vom Beschwerdeführer beanstandete Kostenauflage aufgehoben wurde. Hinsichtlich der beantragten Parteientschädigung hielt das Bundesgericht fest (E. 6 erster Absatz): "Entschädigungspflichtige notwendige Parteikosten im Sinne von Art. 68 Abs. 2 BGG sind im bundesgerichtlichen Verfahren nicht entstanden, zumal der Beschwerdeführer sich nicht durch einen Rechtsanwalt vertreten liess." Unerfindlich bleibt, wie der Gesuchsteller auf diesem Hintergrund geltend machen will, das Bundesgericht habe Vorbringen übersehen oder Anträge unbeantwortet gelassen; unerheblich ist, dass diesbezüglich nicht im vom Gesuchsteller gewünschten Sinn entschieden worden ist. Die Revisionsgründe von Art. 121 lit. c und d BGG sind nicht erfüllt; eine Befangenheit von Bundesrichter Stadelmann ist auch nicht auf dieser Grundlage aufgezeigt worden. Soweit der Gesuchsteller im Hinblick auf Letzteres die Abschreibungsverfügung 2C_816/2011 vom 13. Juli 2012 bemängelt, ist er auf das Urteil im Verfahren 2F_23/2012 zu verweisen.
4. Soweit auf das Revisionsgesuch eingetreten werden kann, ist es offensichtlich unbegründet und ohne Durchführung eines Schriftenwechsels (Art. 127 BGG) abzuweisen.
5. Der Gesuchsteller ersucht schliesslich um Erläuterung des angefochtenen Urteils. Gemäss Art. 129 Abs. 1 BGG nimmt das Bundesgericht auf schriftliches Gesuch einer Partei oder von Amtes wegen die Erläuterung oder Berichtigung vor, wenn das Dispositiv eines bundesgerichtlichen Entscheids unklar, unvollständig oder zweideutig ist, wenn seine Bestimmungen untereinander oder mit der Begründung im Widerspruch stehen oder wenn es Redaktions- oder Rechnungsfehler enthält. Eine derartige Situation liegt nicht vor und wird vom Gesuchsteller nicht aufgezeigt. Es besteht nach Abschluss des bundesgerichtlichen Verfahrens (vgl. Art. 61 BGG) keine verfahrensrechtliche Handhabe für ergänzende Erwägungen des Bundesgerichts zu den vom Gesuchsteller aufgeworfenen Fragen. Auf das Erläuterungsgesuch ist nicht einzutreten.
6. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Gesuchsteller aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsgesuch wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Auf das Erläuterungsgesuch wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Gesuchsteller auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller