Sachverhalt:
A. Die TDC Switzerland AG (heute Sunrise Communications AG) stellte am 8. März 2005 bei der Einwohnergemeinde Muri ein Baugesuch für die Errichtung einer Mobilfunkanlage auf Parzelle Nr. 2163 in Muri. Das Grundstück steht im Eigentum des Kantons Bern und liegt innerhalb der Baulinien der Nationalstrasse N6. Im Zonenplan der Einwohnergemeinde Muri ist sie als weisse Fläche dargestellt. Am 18. August 2005 verweigerte die Gemeinde die Baubewilligung ohne vorgängige öffentliche Bekanntmachung. Auf Beschwerde der TDC hin hob die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) am 30. November 2005 den Bauabschlag auf und wies die Sache zur Fortsetzung des Baubewilligungsverfahrens an die Einwohnergemeinde Muri zurück.
Am 11. Januar 2006 forderte die Einwohnergemeinde Muri die TDC auf, für das Vorhaben ein Ausnahmegesuch für das Bauen ausserhalb der Bauzone einzureichen. Die TDC teilte daraufhin der Gemeinde mit, das Bauvorhaben sei ihres Erachtens zonenkonform, weshalb keine Ausnahmebewilligung erforderlich sei. Sie verlangte die umgehende Publikation des Baugesuchs. Die Einwohnergemeinde Muri holte beim kantonalen Amt für Gemeinden und Raumordnung (AGR) einen Fachbericht ein, in welchem ein Ausnahmebewilligungsverfahren im Sinne von Art. 24 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG, SR 700) als notwendig bezeichnet wurde. Trotz erneuter Aufforderung durch die Einwohnergemeinde Muri reichte die TDC kein Ausnahmegesuch für die Mobilfunkanlage ein. Gegen das in der Folge publizierte Baugesuch gingen zahlreiche Einsprachen ein. In einem Amtsbericht vom 13. Februar 2006 beantragte das kantonale Amt für Berner Wirtschaft (beco) die Genehmigung der Anlage. Mit Gesamtentscheid vom 1. Juni 2006 verweigerte die Einwohnergemeinde Muri die Baubewilligung. Eine dagegen von der TDC erhobene Beschwerde wies die BVE mit Entscheid vom 25. September 2006 ab.
Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragte die TDC im Wesentlichen, der Entscheid der BVE vom 25. September 2006 sei aufzuheben und die Baubewilligung sei zu erteilen. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 12. November 2007 ab. Es kam zum Schluss, dass der geplante Standort der Mobilfunkantenne nicht zur Bauzone gehöre, weshalb eine Ausnahmebewilligung im Sinne von Art. 24 RPG erforderlich sei. Da die Beschwerdeführerin kein entsprechendes Ausnahmegesuch eingereicht habe, habe die BVE zu Recht auf eine Prüfung der Voraussetzungen einer Ausnahmebewilligung verzichtet.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. Dezember 2007 beantragt die Sunrise Communications AG insbesondere, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 12. November 2007 sei aufzuheben. Es sei festzustellen, dass das Bauvorhaben zonenkonform sei. Eventualiter sei festzustellen, dass eine Ausnahmebewilligung erteilt werden könne. Soweit das Bundesgericht über die Einordnungsfrage nicht reformatorisch entscheiden könne, sei die Angelegenheit zur Beurteilung der Einordnung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht und die BVE beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die privaten Beschwerdegegner stellen den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) hat auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über eine Mobilfunkanlage, welcher der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unterliegt (Art. 82 ff. BGG; BGE 133 II 409 E. 1.1 S. 411). Die Beschwerdeführerin ist als Baugesuchstellerin und vor der Vorinstanz unterlegene Partei zur Beschwerde berechtigt (Art. 89 Abs. 1 BGG, BGE 133 II 249 E. 1.3 S. 252 f.). Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit grundsätzlich einzutreten.
1.2 Soweit die Anträge der Beschwerdeführerin über den Streitgegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens hinausgehen, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Die Beschwerdeführerin stellt unter anderem das Rechtsbegehren, es sei festzustellen, dass eine Ausnahmebewilligung erteilt werden kann. Sie hat im kommunalen Baubewilligungsverfahren ausdrücklich darauf verzichtet, ein Ausnahmegesuch nach Art. 24 RPG einzureichen und dargelegt, das Vorhaben befinde sich innerhalb des Siedlungsgebiets und bedürfe keiner Ausnahmebewilligung. Streitgegenstand vor der Vorinstanz war somit die Frage, ob die Anlage im ordentlichen Baubewilligungsverfahren bewilligt werden könne. Ob die Voraussetzungen einer Ausnahmebewilligung erfüllt sind, haben die Vorinstanzen nicht geprüft, weshalb diese Frage auch nicht Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens bilden kann. Auf den entsprechenden Antrag ist somit nicht einzutreten. Aufgrund der Rügen der Beschwerdeführerin ist hingegen unter anderem zu beurteilen, ob die Prüfung der Voraussetzungen einer Ausnahmebewilligung zu Recht unterblieb.
2. Aus den Akten des vorliegenden Verfahrens ergibt sich, dass der Standort der umstrittenen Mobilfunkanlage innerhalb der Baulinien der Nationalstrasse N6 im Kurvenradius der Autobahnausfahrt Muri liegt und als sog. "Infield" von Strassen eingeschlossen ist. Im kommunalen Zonenplan ist die Parzelle als weisse Fläche dargestellt und keiner Zone zugeordnet. Nach der Legende zum Zonenplan handelt es sich bei den weissen Flächen um Bahnareal, Strassen und ungezontes Land.
Das Verwaltungsgericht hält im angefochtenen Entscheid zunächst fest, dass Mobilfunkantennen und dazugehörende Anlagen nicht zu den Nebenanlagen von Nationalstrassen zählen (Art. 6 des Bundesgesetzes vom 8. März 1960 über die Nationalstrassen [NSG, SR 725.11] i.V.m. Art. 3 der Verordnung vom 18. Dezember 1995 über die Nationalstrassen [NSV, SR 725.111]). Die umstrittene Anlage unterliege daher nicht dem Plangenehmigungsverfahren nach Art. 26 ff. NSG. Art. 24 Abs. 1 NSG behalte für Bauten innerhalb der Baulinien, die nicht Bestandteil der Nationalstrasse seien, strengere Bestimmungen des kantonalen Rechts ausdrücklich vor. Somit sei das entsprechende kantonale Bau- und Planungsrecht anwendbar.
Die Einwände der Beschwerdeführerin gegen diese Ausführungen der Vorinstanz sind nicht überzeugend. Aus dem Umstand, dass die Nationalstrassengesetzgebung Mobilfunkantennen innerhalb der Baulinien nicht verbietet, kann im Hinblick auf Art. 24 Abs. 1 NSG gerade nicht geschlossen werden, das kantonale Bau- und Planungsrecht komme nicht zum Zuge (vgl. auch BGE 133 II 49 E. 6.1 S. 55). Das kantonale Bau- und Planungsrecht ist im Übrigen geeignet, den Interessen der Mobilfunkbetreiber angemessen Rechnung zu tragen (vgl. BGE 133 II 49, 64, 321, 353 und 409).
3. Somit ist zu prüfen, ob die umstrittene Anlage im ordentlichen Baubewilligungsverfahren bewilligt werden kann oder ob eine Ausnahmebewilligung im Sinne von Art. 24 RPG erforderlich ist.
3.1 Eine ordentliche Baubewilligung kann erteilt werden, wenn die Anlage dem Zweck der Nutzungszone entspricht (Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG). Die Parzelle, auf welcher die Mobilfunkantenne errichtet werden soll, ist nach dem kommunalen Nutzungsplan keiner Nutzungszone zugeordnet, sondern als Teil des Nationalstrassenareals als weisse Fläche dargestellt. Das Verwaltungsgericht bezeichnet die Parzelle als "ungezonte Fläche". Ihre Zugehörigkeit zum Bau- oder Nichtbaugebiet ist aufgrund objektiver Kriterien zu beurteilen, wobei eine parzellenübergreifende, gebietsbezogene Sichtweise massgebend ist (Urteil des Bundesgerichts 1A.140/2003 vom 18. März 2004, in: ZBl 107/2006 S. 193 E. 2.5).
3.2 Aus dem Zonenplan der Einwohnergemeinde Muri ergibt sich deutlich, dass die Grenze zwischen dem Siedlungsgebiet und dem ländlichen Raum am südlichen Ortsende von Muri durch die Achse Eichholzweg - Thunstrasse (Strassenbrücke über die N 6) - Feldstrasse gebildet wird. Das südlich dieser Achse gelegene Gebiet durften die Vorinstanzen ohne Bundesrechtsverletzung zum Nichtbaugebiet zählen. Die als Antennenstandort vorgesehene Parzelle Nr. 2163 ist ein nicht überbauter Teil der an das Baugebiet angrenzenden Autobahnausfahrt. Auch wenn dieser Teil in unmittelbarer Nähe der Bauzonen von Muri liegt, kann er nicht dem Baugebiet zugerechnet werden. Dass die Grünfläche auf Parzelle Nr. 2163 wegen ihrer Lage an der Autobahnausfahrt nicht landwirtschaftlich genutzt wird, ändert an ihrer Zugehörigkeit zum Nichtsiedlungsgebiet nichts. Der von der Beschwerdeführerin verlangte Einbezug der Parzelle Nr. 2163 in das Baugebiet würde der im Zonenplan vorgenommenen Abgrenzung widersprechen. Die Darstellung im Zonenplan als weisse Fläche gibt die Tatsache wieder, dass das Grundstück Teil des Autobahnanschlusses Muri ist, welcher wegen seiner Lage ausserhalb des Siedlungsgebiets wie erwähnt nicht als Baugebiet zu behandeln ist. Insoweit ist die hier bestehende Situation nicht mit dem in ZBl 107/2006 S. 193 wiedergegebenen Urteil 1A.140/2003 betreffend das Bahnareal SBB Rothenburg Dorf vergleichbar, in welchem das als weisse Fläche dargestellte Bahnareal bereits selbst baulich genutzt wurde und zudem grossmehrheitlich von Wohnzonen W3 und W4 umgeben war. Auch der Umstand, dass die Einwohnergemeinde Muri am östlichen Rand der Autobahn N6 bei der Ausfahrt Muri eine kleine Zone mit Planungspflicht "Tannental II" ausgeschieden hat, führt zu keiner anderen Beurteilung des hier umstrittenen Standorts für die Mobilfunkanlage.
3.3 Es ergibt sich, dass die geplante Anlage auf der Parzelle Nr. 2163 ausserhalb des Siedlungsgebiets errichtet werden soll und somit nicht als zonenkonform bewilligt werden kann. In Frage kommen kann eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG (BGE 133 II 321 E. 4.3.3 S. 325 f., 409 E. 4 S. 417 ff., je mit weiteren Hinweisen). Die Beschwerdeführerin lehnte es im Baubewilligungsverfahren trotz entsprechender Aufforderung durch die zuständigen Behörden ausdrücklich ab, ein Ausnahmegesuch einzureichen. Ein solches Ausnahmegesuch ist jedoch nach Art. 34 Abs. 2 des kantonalen Baugesetzes vom 9. Juni 1985 (BauG) Voraussetzung für eine entsprechende Publikation und Prüfung im Baubewilligungsverfahren. Die Beschwerdeführerin hat mit ihrem prozessualen Verhalten selbst dazu beigetragen, dass die Prüfung des Vorhabens nach Art. 24 RPG unterblieb. Daran ändert auch der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nichts, und der Vorwurf des überspitzten Formalismus geht ebenso fehl. Im Rahmen der Veröffentlichung eines Baugesuchs muss auf die für ein Vorhaben beanspruchten Ausnahmen hingewiesen werden (BGE 120 II 48 E. 2b S. 52, 379 E. 3d S. 384; Art. 26 Abs. 3 lit. e des kantonalen Baubewilligungsdekrets vom 22. März 1994). Der angefochtene Entscheid ist auch in dieser Hinsicht nicht zu beanstanden. Ob die Voraussetzungen einer Ausnahmebewilligung erfüllt sind, ist wie erwähnt (E. 1.2 hiervor) nicht Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens. Ein allfälliges Ausnahmebewilligungsgesuch der Beschwerdeführerin wird unter Berücksichtigung der Erwägungen in BGE 133 II 321 E. 4.3.3 S. 325 ff. zu beurteilen sein. Nach diesem Entscheid des Bundesgerichts werden bei Mobilfunkanlagen an die Standortgebundenheit im Sinne von Art. 24 lit. a RPG keine hohen Anforderungen gestellt, wenn dafür bereits bestehende Bauten und Anlagen genutzt werden und damit keine erhebliche zusätzliche Zweckentfremdung von Nichtbauland verbunden ist. Zu weiteren Ausführungen zur Einordnungsfrage besteht zurzeit kein Anlass.
4. Es ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Den anwaltlich nicht vertretenen privaten Beschwerdegegnern sowie kommunalen und kantonalen Behörden ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Einwohnergemeinde Muri, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag