Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Der Präsident der Strafrechtlichen Abteilung trat mit Urteil vom 2. Juli 2008 auf eine Beschwerde von X._ mangels Leistung des Kostenvorschusses nicht ein. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- wurden dem Beschwerdeführer auferlegt (6B_254/2008). Mit Eingabe vom 11. Juli 2008 stellt X._ sinngemäss ein Gesuch um Revision.
Revisionsgründe liegen nur vor, wenn eine der Voraussetzungen von Art. 121 ff. BGG gegeben ist. Art. 121 BGG führt vier Verfahrensvorschriften an, deren Missachtung eine Revision rechtfertigt: die Verletzung der Vorschriften über die Besetzung des Gerichts und über den Ausstand (lit. a), die Verletzung der Dispositionsmaxime (lit. b), das Übergehen von Anträgen (lit. c) und die Versehensrüge (lit. d). Findet das Bundesgericht, dass ein Revisionsgrund zutrifft, so hebt es den früheren Entscheid auf und entscheidet neu (Art. 128 Abs. 1 BGG).
Vorliegend weist der Gesuchsteller zu Recht darauf hin, dass er den verlangten Kostenvorschuss entgegen der im angefochtenen Urteil vom 2. Juli 2008 geäusserten Auffassung fristgerecht bezahlt hat. Damit liegt ein Revisionsgrund im Sinne von Art. 121 lit. d BGG vor. Das Revisionsgesuch erweist sich insofern als begründet und das Urteil des Bundesgerichts 6B_254/2008 ist aufzuheben und die vorliegende Angelegenheit neu zu entscheiden.
2. Die erhobene Beschwerde richtet sich dagegen, dass das Verfahren gegen A._ wegen Nötigung und Amtsmissbrauch am 31. Mai 2007 eingestellt und im angefochtenen Beschluss des Verfahrensgerichts in Strafsachen vom 3. Dezember 2007 eine dagegen gerichtete Beschwerde abgewiesen wurde. Vorliegend kann offenbleiben, ob und inwieweit der Gesuchsteller/Beschwerdeführer zur Beschwerde ans Bundesgericht überhaupt legitimiert ist, da auf das Rechtsmittel (inkl. Begleitschreiben) im Verfahren nach Art. 108 BGG schon deshalb nicht eingetreten werden kann, weil es nicht einmal ansatzweise eine auf den angefochtenen Entscheid bezogene Begründung enthält und folglich den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG nicht genügt.
3. Da der Gesuchsteller/Beschwerdeführer zusätzliche Umtriebe hatte, kann für das Beschwerdeverfahren auf eine Kostenauflage verzichtet werden. Für das Revisionsverfahren sind ebenfalls keine Kosten zu erheben. Der Gesuchsteller/Beschwerdeführer wurde nicht anwaltlich vertreten, und er hat auch keine besonderen Verhältnisse oder Auslagen geltend gemacht bzw. belegt, die eine Entschädigung rechtfertigten (BGE 125 II 518 E. 5b; 113 Ib 353 E. 6b).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Das Revisionsgesuch wird gutgeheissen, und das Urteil des Bundesgerichts 6B_254/2008 vom 2. Juli 2008 aufgehoben.
2. In der Sache 6B_254/2008 wird wie folgt neu entschieden:
2.1 Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.2 Es werden keine Kosten erhoben.
3. Für das Revisionsverfahren wird weder eine Gerichtsgebühr erhoben noch eine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juli 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill