Sachverhalt:
A. X._ bezog seit dem 1. April 2002 eine AHV-Rente, die sie jedoch erst ab der Steuerperiode 2004 deklarierte. Kantonal letztinstanzlich verurteilte sie das Verwaltungsgericht des Kantons Zug mit Urteil vom 27. Januar 2007 wegen vollendeter Steuerhinterziehung. Infolge geringen Verschuldens, mangelnder Aufmerksamkeit der Steuerbehörde sowie einer "gewissen Verletzung des Beschleunigungsgebots" beschränkte das Gericht die Busse auf je Fr. 300.-- für die Kantons- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer, obschon es grundsätzlich von einer Selbstanzeige ausging.
B. Am 18. März 2009 hat die Eidgenössische Steuerverwaltung beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts eingereicht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil in Bezug auf die direkte Bundessteuer aufzuheben und die Busse auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer (d.h. Fr. 1'120.60) festzusetzen.
C. X._ und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die kantonale Steuerverwaltung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen den Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (vgl. Art. 82 bzw. Art. 86 BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 [DBG, SR 642.11]). Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Eidgenössische Steuerverwaltung ist zur Beschwerde berechtigt (vgl. Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Streitig ist, wie die bei der direkten Bundessteuer wegen selbstangezeigter vollendeter Steuerhinterziehung ausgesprochene Busse zu bemessen ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung macht geltend, die Busse hätte gemäss Art. 175 Abs. 3 DBG auf einen Fünftel des hinterzogenen Betrags (d.h. Fr. 1'120.60) festgelegt werden müssen, ohne weitere Strafminderungsgründe zu berücksichtigen. Solche hat die Vorinstanz in Rechnung gestellt, insbesondere das geringe Verschulden der Beschwerdegegnerin, und die Busse demgemäss auf Fr. 300.-- festgelegt.
2.2 Für eine vollendete Steuerhinterziehung wird eine Busse ausgefällt, welche in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer beträgt. Bei leichtem Verschulden kann die Busse bis auf einen Drittel der hinterzogenen Steuer ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden (Art. 175 Abs. 2 DBG). Zeigt der Steuerpflichtige die Steuerhinterziehung an, bevor sie der Steuerbehörde bekannt ist, so wird die Busse auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt (Art. 175 Abs. 3 DBG). Der Gesetzgeber hat in Art. 175 Abs. 2 DBG einen Strafrahmen festgelegt, innerhalb dessen die Strafe - im Gegensatz zur Nachsteuer (vgl. u.a. BGE 124 II 480 E. 3b S. 487; 121 II 257 E. 4b S. 265; 121 II 273 E. 3b S. 283; mit Hinweisen) - nach Massgabe des Verschuldens (Art. 47 StGB) bestimmt wird (vgl. BGE 134 III 59 E. 2.3.5 S. 266; 121 II 273 E. 3a S. 281 f.; 117 Ib 367 E. 4d S. 376; 116 IV 262 E. 3b/aa S. 266 f.; 114 Ib 270 E. 4a S. 30 f.; RDAF 1996 172 E. 8; ASA 60 605 E. 2b; 59 639 E. 4b/aa; 56 137 E. 3a; siehe dazu auch schon BGE 103 Ia 225 E. 3 S. 227 ff.). Der Strafrahmen von Art. 175 Abs. 2 DBG darf im Grundsatz weder über- noch unterschritten werden (vgl. u.a. ASA 68 240 E. 2; StR 55/2000 122 E. 5b/cc), es sei denn, es lägen gesetzlich geregelte Strafmilderungs- oder -schärfungsgründe im Sinne von Art. 48 StGB vor.
2.3 Die Selbstanzeige gemäss Art. 175 Abs. 3 DBG ist ein Spezialfall, der dem Strafmilderungsgrund der aufrichtigen Reue (Art. 48 lit. d StGB) entspricht (vgl. ROMAN SIEBER, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl., Basel 2002, N 20 zu Art. 56; DERS., in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. Basel 2008, N 36 u. 48 zu Art. 175; AGNER/JUNG/STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zürich 1995, N 6 zu Art. 175; RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 112 zu Art. 175; HANS PETER DERKSEN, Die Selbstanzeige im schweizerischen Steuerstrafrecht, ST 1986, S. 347; URS BEHNISCH, Das Steuerstrafrecht im Recht der direkten Bundessteuer, Diss. BE 1991, S. 144 u. 147; GUIDO JENNY, Verschuldensprinzip und Strafzumessungsregeln im Steuerstrafrecht, ASA 66, S. 265; FERDINAND ZUPPINGER, Verschuldensprinzip und Steuerstrafrecht, in: Steuerrecht im Rechtsstaat, Festschrift für Francis Cagianut, Bern 1990, S. 216 f.; THOMAS HOFER, Strafzumessung bei der Hinterziehung direkter Steuern, Diss. ZH 2007, S. 178 f.). Das in dieser Bestimmung festgelegte Strafmass von einem Fünftel soll im Einklang mit dem Gesetzeszweck schematisch gehandhabt werden und lässt somit keinerlei Spielraum nach oben oder unten zu (vgl. RICHNER/FREI/KAUFMANN, a.a.O., N 113 zu Art. 175; HÖHN/WALDBURGER, Steuerrecht, Bd. 1, 9. Aufl., Bern 2001, N 21/§ 38; S. 1014, PIETRO SANSONETTI, in: Yersin/Noël (Hrsg.), Commentaire romand de la LIFD, Basel 2008, N 48 zu Art. 175; BEHNISCH, Zum Gestrüpp unseres Steuerstrafrechts zu Beginn des 3. Jahrtausends, ZBJV 2002, S. 89). Das trägt dem unterschiedlichen Verschulden bei Begehung des Delikts nicht Rechnung, beruht aber auf stichhaltigen Gründen: Die Wahl eines festen Masses hat den Vorteil, dass unliebsame Auseinandersetzungen über das Ausmass der Strafmilderung wegfallen. Dabei soll auch nicht mehr differenziert werden, ob die Hinterziehung vorsätzlich oder fahrlässig begangen wurde. Durch die Festsetzung der Strafe auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer weiss der zur Selbstanzeige willige Pflichtige, mit welcher Strafe er zu rechnen hat, was der Rechtssicherheit dient und beim Steuerdelinquenten Anreize schaffen kann, seine Verhältnisse aus eigenem Antrieb zu bereinigen (vgl. in diesem Sinne: BBl 1983 III S. 224; BBl 1983 III S. 139 zum heutigen Art. 56 StHG; Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 7. April 1995 betreffend das Nachsteuer- und das Steuerstrafrecht nach dem Gesetz über die direkte Bundessteuer, in: ASA 64 539, insb. S. 552; siehe auch RICHNER/FREI/KAUFMANN, a.a.O., N 113 zu Art. 175; SIEBER, a.a.O., N 48 zu Art. 175 DBG).
2.4 Die gesetzlich vorgesehene Strafbemessung von einem Fünftel des hinterzogenen Betrags im Fall einer Selbstanzeige kann zwar weiter gesenkt werden, wenn zusätzliche Strafmilderungsgründe (Art. 48 lit. a-e StGB) gegeben sind (vgl. SIEBER, a.a.O., N 20 u. 36 zu Art. 56 StHG; DERS., N 42 u. 48 zu Art. 175 DBG; AGNER/JUNG/STEINMANN, a.a.O., N 6 zu Art. 175; RICHNER/FREI/KAUFMANN, a.a.O., NN 88-90 u. 124 zu Art. 175; JENNY, a.a.O., S. 265; HOFER, a.a.O., S. 179 ff. u. 216 ff.). Ist das der Fall, darf das gesetzlich vorgeschriebene Strafmass unterschritten werden (Art. 48a StGB). Solche Gründe sind hier aber nicht ersichtlich. Insbesondere ist nicht erkennbar, inwiefern der vom Gericht erwogene Verstoss gegen das Beschleunigungsgebot von Belang sein könnte: In Bezug auf den Strafmilderungsgrund des Zeitablaufs (Art. 48 lit. e StGB) sind die von der Praxis (vgl. BGE 132 IV 1 E. 6.2 S. 2 ff.) geforderten zwei Drittel der zehnjährigen Verjährungsfrist gemäss Art. 189 Abs. 1 DBG hier klarerweise nicht erfüllt; auch sonst ist eine Rechtsverzögerung nicht dargetan.
2.5 Es ist den gesetzesanwendenden Behörden und Gerichten nicht erlaubt, zusätzlich noch andere Strafzumessungsgründe, die keine Milderungsgründe sind, zu berücksichtigen (vgl. RICHNER/FREI/KAUFMANN, a.a.O., N 87 zu Art. 175; SIEBER, a.a.O., NN 42 u. 48 zu Art. 175 DBG). Das gilt insbesondere für den blossen Strafminderungsgrund eines geringen Verschuldens. Verschiedene Stimmen in der Lehre haben wohl zu Art. 175 Abs. 3 DBG die Meinung vertreten, das Strafmass könne sogar dann unter einen Fünftel des hinterzogenen Betrags gesenkt werden, wenn zwar keine Strafmilderungsgründe im Sinne von Art. 64 aStGB bzw. Art. 48 StGB vorlägen, eine solche Senkung aber der konsequenten Durchsetzung des verfassungsrechtlichen Verhältnismässigkeits- bzw. des strafrechtlichen Schuldprinzips diene (vgl. dazu u.a.: HOFER, a.a.O., S. 215 ff.; mit weiteren Hinweisen). Diese Meinung lässt indessen ausser Acht, dass das Bundesgericht von Verfassungs wegen (vgl. Art. 190 BV) an das Gesetz und somit an den in Art. 175 Abs. 3 DBG abschliessend festgelegten Strafrahmen gebunden ist. Sie wird auch der Gesetzessystematik sowie dem Regelungszweck ungenügend gerecht (vgl. dazu oben E. 2.2-2.4).
Aus BGE 135 II 86 lässt sich nichts anderes ableiten. Es wurde dort entschieden, dass die Bestrafung einer juristischen Person wegen Steuerhinterziehung nur möglich ist, wenn ein Organ schuldhaft, d.h. vorsätzlich oder fahrlässig, gehandelt hat. Hier geht es nicht um die Strafbarkeit, sondern um die Bussenbemessung bzw. darum, ob leichtes Verschulden ein Unterschreiten des Strafrahmens von Art. 175 Abs. 3 DBG rechtfertigt. Das eine hat mit dem anderen nichts zu tun.
2.6 Umso weniger rechtfertigt sich hier, von jeglicher Busse abzusehen. Die Beschwerdegegnerin ist nicht schuldlos: Ihre Steuererklärungen 2002 und 2003 wurden von ihrem langjährigen Treuhänder erstellt, der es aber unterliess, die seit April 2002 bezogene Rente als Einkommen anzugeben. Für das Steuerjahr 2004 wurde die Erklärung vom Ehemann ausgefüllt, wobei er die Rente angab, nicht jedoch deren vorherige Nichtdeklaration, weil diese ihm nach eigenen Aussagen nicht einmal aufgefallen war. Bei ihrer Beurteilung dieser Umstände ist die kantonale Steuerverwaltung "praxisgemäss" von einer Selbstanzeige ausgegangen (vgl. zu diesem Begriff u.a. BGE 119 IV 330 E. 4 S. 338, ASA 70 326 E. 3; 66 166 E. 3; sowie SIEBER, a.a.O., NN 36-38 zu Art. 175 DBG), was von sämtlichen Verfahrensbeteiligten so übernommen worden ist. Unbestrittenermassen geht es hier um einen geringen Betrag, dessen vorsätzliche Hinterziehung (mehr oder weniger) ausgeschlossen und stattdessen ein geringes fahrlässiges Verschulden angenommen werden kann; die Pflichtige hat wohl die Arbeit ihres Treuhänders ungenügend kontrolliert und so ihre Sorgfaltspflicht verletzt (vgl. E. 3b u. c des angefochtenen Urteils und die dort genannten Hinweise); diese Schuld wiegt aber angesichts der Umstände und der zur Diskussion stehenden Beträge nicht schwer. Dem tatsächlich geringen Verschulden der Beschwerdegegnerin ist durch die Ausfällung einer Busse, die sich auf einen Fünftel des hinterzogenen Betrags beschränkt, schon genügend Rechnung getragen worden. Weiter ist die Steuerverwaltung mit der Annahme einer - bei genauer Betrachtung zumindest nicht zwingend anzunehmenden - Selbstanzeige (vgl. dazu u.a. RICHNER/FREI/KAUFMANN, a.a.O., N 121 zu Art. 175) der Pflichtigen in einem Ausmass entgegengekommen, das auch eine vorherige mangelnde Aufmerksamkeit zumindest aufwiegt und als nicht (mehr) relevant erscheinen lässt (vgl. zum Vergleich den sehr ähnlichen Sachverhalt in ASA 68 240, das Bussenverhältnis und die Beurteilung dort in E. 4; siehe ebenfalls StR 55/2000 122 E. 11; zur Notwendigkeit einer wirksamen Strafe statt einer blossen Bagatellbusse: vgl. schon unter dem alten Recht BGE 121 II 257 E. 6a S. 272 sowie ASA 56 137 E. 3a; siehe auch RICHNER/FREI/KAUFMANN, a.a.O., N 79 zu Art. 175).
Eine Straffreiheit lässt sich ebenso wenig daraus ableiten, dass der Gesetzgeber inzwischen sogar eine unter gewissen Umständen straflose Selbstanzeige beschlossen hat (vgl. BBl 2006 8795; AS 2008 4453), die aber erst auf den 1. Januar 2010 in Kraft treten wird (AS 2008 4459). Diese Revision wurde nicht deshalb erlassen, weil die bisherige Regelung dem Verschulden nicht angemessen Rechnung trug, sondern weil man - neben der Lösung der Problematik der Nachbesteuerung der Erben - aus fiskalischen Gründen die individuelle Amnestie fördern wollte; im Übrigen wurde die streitige Bestimmung im neuen Art. 175 Abs. 4 DBG wieder aufgenommen, wenn auch beschränkt auf weitere Selbstanzeigen (vgl. zum Ganzen Agner/Digeronimo/Neuhaus/Steinmann, a.a.O., N 6a zu Art. 175; Sieber, a.a.O., N 38a zu Art. 175 DBG).
2.7 Gesamthaft ist somit festzuhalten, dass die vom Verwaltungsgericht angeführten Reduktionsgründe, um den in Art. 175 Abs. 3 DBG vorgesehenen Strafrahmen nach unten zu sprengen, nicht zu überzeugen vermögen und andere solche Gründe nicht ersichtlich sind. Die Vorinstanz hat somit den unter den gegebenen Umständen massgeblichen gesetzlichen Strafrahmen unterschritten und ist von rechtlich nicht zutreffenden Gesichtspunkten ausgegangen (vgl. BGE 114 Ib 27 E. 4a. S. 31; ASA 68 240 E. 3a; 62 668 E. 3c).
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde begründet, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache unter Kostenfolge zulasten der Beschwerdegegnerin (vgl. Art. 65 f. BGG) zur Festsetzung der Busse an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 27. Januar 2009 hinsichtlich der direkten Bundessteuer aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter