Sachverhalt:
A. A.a X._ trat am 6. Oktober 1997 eine Stelle als Juristin beim Schweizerischen Institut für Rechtsvergleichung (SIR) an. Per 1. Januar 2001 wurde ihr Arbeitspensum von 60 auf 100 Stellenprozente erhöht. Seit dem 1. Januar 2002 befindet sie sich in Lohnklasse 28.
Bei den Personalentwicklungsgesprächen in den Jahren 2003 bis 2005 wurden ihre Leistungen jeweils gesamthaft mit der Note A bewertet. Ende 2005 erhielt X._ eine Leistungsprämie in der Höhe von Fr. 1'000.--. In den Zielvereinbarungen für das Jahr 2004 wurde pünktliches Erscheinen am Arbeitsplatz vereinbart.
Zur Leistungserfassung hatte X._ die geleisteten Arbeitsstunden jeweils detailliert in einer Exceltabelle anzugeben. Diese Formulare wurden monatlich per E-Mail an den Zentraldienst zur Konsolidierung übermittelt.
A.b Anlässlich einer Besprechung mit der Direktorin und einem Mitarbeiter des SIR sowie mit einer Mitarbeiterin des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements (EJPD) am 15. September 2006 wurde X._ mit dem Vorwurf konfrontiert, zumindest in der Zeitspanne vom 12. bis 22. Juni und 10. August bis 13. September 2006 vermehrt vorsätzlich die Präsenzzeiten falsch deklariert zu haben. Im genannten Zeitraum habe sie über 31 Stunden Arbeitszeit angegeben, die sie in Tat und Wahrheit nicht geleistet habe. Bei einer Hochrechnung auf ein Jahr müsste von über 200 Stunden ausgegangen werden, während denen sie trotz deklarierter Arbeitszeit effektiv nicht im Dienste des Arbeitgebers Arbeit verrichtet habe. Am 11. Juni 2006 habe die Direktorin des SIR eine Kontrolle ihrer Ankunftszeiten, ihrer Mittagspausen sowie der Austrittszeiten angeordnet. Die Zeiterhebungen seien von einer Mitarbeiterin am Empfang vorgenommen worden. Der stellvertretende Chef der Bibliothek habe die Ankunftszeiten bestätigt. Die Verfehlungen von X._ seien derart gravierend, dass eine fristlose Kündigung in Betracht komme. Allenfalls bestehe die Möglichkeit, sich einvernehmlich zu trennen.
X._ wurde freigestellt und ihr bis zum 20. September 2006 Frist angesetzt, um zum Vorhalt schriftlich Stellung zu nehmen. Nachdem an der Besprechung vom 20. September 2006 keine Einigung erzielt werden konnte und X._ keine Stellungnahme beigebracht hatte, verfügte das SIR am 21. September 2006 die fristlose Auflösung des Arbeitsverhältnisses. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen.
A.c Mit Eingaben vom 20. Oktober 2006 (korrigierte Version vom 23. Oktober 2006) beantragte X._ beim SIR, die Verfügung betreffend fristlose Kündigung des Arbeitsverhältnisses sei nichtig zu erklären, und beim Beschwerdedienst des EJPD, die Verfügung betreffend fristlose Kündigung des Arbeitsverhältnisses sei vollumfänglich aufzuheben. Ferner ersuchte sie um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde.
Das EJPD überwies die Beschwerde als Sprungrekurs an die Eidgenössische Personalrekurskommission (PRK).
Mit Eingabe vom 21. November 2006 beantragte das SIR bei der PRK die Feststellung der Gültigkeit der Kündigung.
Mit Zwischenverfügung vom 12. Dezember 2006 stellte der Präsident der PRK die aufschiebende Wirkung der Beschwerde wieder her.
Per 1. Januar 2007 übernahm das Bundesverwaltungsgericht das Beschwerdeverfahren zuständigkeitshalber.
Am 6. Februar 2007 entzog der Instruktionsrichter der Beschwerde die von der PRK bewilligte aufschiebende Wirkung per 1. Februar 2007.
A.d Mit Urteil vom 15. August 2007 schrieb das Bundesverwaltungsgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde als gegenstandslos ab (Dispositiv-Ziffer 1). Sodann hiess es die Beschwerde von X._ teilweise gut und hob die Verfügung des SIR vom 21. November 2006 auf. Gleichzeitig stellte es in teilweiser Gutheissung des Gesuchs des SIR fest, dass das Arbeitsverhältnis mit der Beschwerdeführerin per 31. Januar 2007 als aufgelöst gelte und X._ bis zu diesem Zeitpunkt der Lohn zu entrichten sei (Dispositiv-Ziffer 2). Zur Begründung führte das Bundesverwaltungsgericht Folgendes aus: Das Bundespersonalgesetz (BPG; SR 172.220.1) unterscheide die ordentliche Kündigung gemäss Art. 12 Abs. 6 BPG und die ausserordentliche, fristlose Kündigung aus wichtigem Grund nach Art. 12 Abs. 7 BPG. Als Grund für die fristlose Kündigung durch eine Vertragspartei gelte jeder Umstand, bei dessen Vorhandensein der kündigenden Partei die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses nach Treu und Glauben nicht mehr zugemutet werden dürfe. Im vorliegenden Fall seien die Verfehlungen der Beschwerdeführerin in Anbetracht der beschränkten Dauer, während der die Einhaltung ihrer Arbeitszeiten überwacht worden sei, nicht als dermassen schwerwiegend zu betrachten, dass das SIR zur fristlosen Vertragsauflösung berechtigt gewesen wäre. Dagegen liege im Verhalten der Beschwerdeführerin eine Verletzung wichtiger vertraglicher Pflichten im Sinne von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG und damit ein triftiger Grund zur ordentlichen Auflösung des Arbeitsverhältnisses. Als Pflichtverletzung sei der Beschwerdeführerin einerseits die wiederholte Nichteinhaltung der abgesprochenen Arbeitszeiten resp. der Blockzeiten, anderseits die nicht bewilligte und trotzdem im entsprechenden Formular als Arbeitsleistung erfasste Erledigung von Arbeiten ausserhalb des SIR anzulasten. Zugunsten der Beschwerdeführerin sei davon auszugehen, dass sie die als Arbeitszeit verrechnete Zeit tatsächlich für Arbeiten des SIR eingesetzt habe. Demnach habe das Arbeitsverhältnis unter Beachtung der Kündigungsfrist nach Art. 12 Abs. 3 lit. b BPG als auf den 31. Januar 2007 aufgelöst zu gelten und das SIR der Beschwerdeführerin bis Ende Januar 2007 den Lohn zu entrichten.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ beim Bundesgericht, Dispositiv-Ziffer 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben, und es sei festzustellen, dass das Arbeitsverhältnis zwischen der Beschwerdeführerin und dem SIR auch nach dem 31. Januar 2007 nach wie vor bestehe und die Beschwerdeführerin nach wie vor beim SIR angestellt sei. Ferner ersucht X._ um Erteilung der aufschiebenden Beschwerdewirkung.
C. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Das SIR beantragt Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin und daraufhin das SIR haben unter Aufrechterhaltung ihrer Anträge nochmals Stellung genommen.
D. Mit Verfügung vom 12. Oktober 2007 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um aufschiebende Beschwerdewirkung abgewiesen.
Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts betrifft ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit (Art. 82 lit. a BGG). Mit der anbegehrten Feststellung, das Arbeitsverhältnis bestehe fort, sind aufgelaufene und zukünftige Lohnforderungen verbunden, weshalb es sich um eine vermögensrechtliche Angelegenheit handelt und ein Ausschlussgrund nicht vorliegt (Art. 83 lit. g BGG). Das Streitwerterfordernis von 15'000 Franken ist erfüllt (Art. 51 Abs. 1 lit. a, Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerde ist somit zulässig.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht vorab geltend, es sei unzulässig, in teilweiser Gutheissung des Gesuchs des SIR festzustellen, das Arbeitsverhältnis gelte als per 31. Januar 2007 aufgelöst, ohne dass ein entsprechender Antrag seitens der Parteien vorgelegen habe. Das Bundesverwaltungsgericht könne nicht etwas gutheissen, was nicht beantragt worden sei. Der zweite Satz der Dispositiv-Ziffer 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts sei daher rechtsfehlerhaft.
2.2 Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich, soweit nichts anderes bestimmt ist, nach dem VwVG (Art. 37 des Bundesgesetzes über das Bundesverwaltungsgericht, Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG; SR 173.32). Nach Art. 61 Abs. 1 VwVG entscheidet die Beschwerdeinstanz in der Sache selbst oder weist diese ausnahmsweise mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurück. Der Entscheid in der Sache selbst bildet demnach den Regelfall (Urteil des Bundesgerichts 2A.327/2006 vom 22. Februar 2007 E. 4.2). Die Rückweisung an eine untere Instanz kann sich vor allem dort rechtfertigen, wo der Sachverhalt ungenügend abgeklärt ist sowie wenn die Regelung des Rechtsverhältnisses besondere Sachkunde verlangt oder in den Ermessensbereich hineinragt.
Im vorliegenden Fall wäre eine Rückweisung an das EJPD von vornherein nicht in Frage gekommen, da das Bundesverwaltungsgericht einen Sprungrekurs zu beurteilen hatte. Zudem war die Streitsache spruchreif und wäre es nicht verfahrensökonomisch gewesen, wenn die Parteien zur Beendigung ihres Rechtsstreits erneut vor dem Bundesverwaltungsgericht hätten prozessieren müssen. Aus diesen Gründen ist die reformatorische Erledigung der Streitsache durch das Bundesverwaltungsgericht nicht zu beanstanden.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, beim SIR habe das Vertrauensarbeitszeitmodell gegolten. Die Blockzeiten hätten deshalb keine Pflicht zur Anwesenheit bedeutet, sondern lediglich der Information gedient, wann die Mitarbeitenden grundsätzlich erreichbar gewesen seien. Dem Vertrauensarbeitszeitmodell und der Betriebskultur entsprechend sei es auch zulässig gewesen, Arbeiten ausserhalb des SIR zu verrichten. Die Beschwerdeführerin habe daher niemals eigenmächtig Arbeiten ausserhalb des SIR erledigt. Weiter beanstandet die Beschwerdeführerin, die Tabelle vom 14. September 2006, in der ihre Ankunfts- und Austrittszeiten von der Empfangsdame auf Anordnung der Direktorin des SIR eingetragen wurden, stelle ein untaugliches und unzulässiges Beweismittel dafür dar, dass sie den monatlichen Zeitsaldo nicht erreicht habe. Die Tabelle sei unter Verletzung ihrer Persönlichkeitsrechte erstellt worden und sei auch nicht repräsentativ, da die Kontrollen nicht an allen Tagen durchgeführt und nur an fünf Tagen sämtliche Ankunfts- und Austrittszeiten erfasst worden seien.
3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweist (Art. 97 Abs. 1 BGG).
3.3 Gemäss den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil ist der Beschwerdeführerin die wiederholte Nichteinhaltung der abgesprochenen Arbeitszeiten bzw. der für alle Mitarbeitenden des SIR von 09.00 bis 11.00 Uhr und 14.00 bis 16.00 Uhr geltenden Blockzeiten anzulasten. Die Beschwerdeführerin habe zugegeben, an den kontrollierten Tagen mehrmals nach 09.00 Uhr im Büro gewesen zu sein. Aus der von der Empfangsdame zwischen Mitte Juni und Mitte September 2006 vorgenommenen unregelmässigen Kontrolle der Ankunftszeiten, der Mittagspausen sowie der Austrittszeiten (Tabelle vom 14. September 2006) ergebe sich insbesondere, dass die Beschwerdeführerin 14 Mal ihre Arbeit am SIR erst um 09.30 Uhr oder später und 13 Mal zwischen 09.03 Uhr und 09.27 Uhr aufgenommen habe. Auch am Nachmittag sei die Beschwerdeführerin 10 Mal nach 14 Uhr, d.h. nach Beginn der Blockzeit, bzw. 12 Mal nach 13.30 Uhr und somit nach dem für sie vereinbarten Arbeitsbeginn am SIR erschienen. Mit Bezug auf die als Arbeitsende vereinbarte Präsenzzeit seien zwar 9 Einträge aufgeführt, gemäss denen die Beschwerdeführerin das SIR vorzeitig verlassen habe. Der Beschwerdeführerin sei jedoch zugute zu halten, dass die Direktorin am 27. Juli 2006 eine E-Mail an die Mitarbeitenden gesandt habe, gemäss der sie all jenen, die in Büros mit zu hohen Temperaturen arbeiteten, gestattet habe, den Arbeitsplatz ab 16.00 Uhr zu verlassen, nach Möglichkeit unter Kompensation der fehlenden Stunden zu einem späteren Zeitpunkt. Aus dieser E-mail gehe hervor, dass es einer ausdrücklichen Anordnung seitens der Direktorin bedurft habe, um von den grundsätzlich einzuhaltenden Arbeitszeiten abweichen zu dürfen. Die Mitarbeitenden des SIR seien auch von Zeit zu Zeit an Sitzungen aufgefordert worden, die Arbeitszeiten einzuhalten. Hinzuweisen sei in diesem Zusammenhang auf den Umstand, dass bereits im Personalbeurteilungsgespräch vom 28. Oktober 2003 das pünktliche Erscheinen der Beschwerdeführerin um 09.00 Uhr als Zielvereinbarung für das Jahr 2004 festgehalten worden sei. Für den Sommer 2006 sei erstellt, dass sich die Beschwerdeführerin regelmässig und eigenmächtig über die für sie geltenden Arbeitszeiten bzw. die allgemein zu beachtenden Blockzeiten hinweggesetzt habe.
Weiter stellte das Bundesverwaltungsgericht fest, dass im Arbeitsvertrag vom 6. Dezember 2001 als Arbeitsort Lausanne (Dorigny) und damit das SIR genannt werde. Die Direktorin des SIR habe weder mit der Beschwerdeführerin noch mit anderen Mitarbeitenden eine Vereinbarung über die Verrichtung von Arbeit ausserhalb des SIR getroffen. Die Beschwerdeführerin behaupte, an den kontrollierten Tagen Arbeit auch ausserhalb des SIR erledigt zu haben. Die eigenmächtige Erbringung von Arbeitsleistungen ausserhalb des vereinbarten Arbeitsortes sei aber nicht zulässig gewesen. Wenn zugunsten der Beschwerdeführerin davon ausgegangen werde, diese habe die von ihr im entsprechenden Formular eingetragene Zeit tatsächlich für den Arbeitgeber aufgebracht, so sei in der nicht bewilligten und dennoch verrechneten Leistungserbringung ausserhalb des SIR zumindest eine Pflichtverletzung zu sehen.
3.4 Zur Begründung, dass am SIR das Vertrauensarbeitszeitmodell gegolten habe und die Mitarbeitenden dementsprechend ihre Arbeitszeit frei einteilen und auch zu Hause Arbeiten verrichten durften, beruft sich die Beschwerdeführerin auf die so genannte "Landsgemeinde spéciale" vom 19. März 2002. In einem an dieser Mitarbeiterversammlung vorgestellten Dokument habe der frühere Direktor des SIR das Vertrauensarbeitszeitmodell eingeführt. Die "Landsgemeinde spéciale" sei von seiner Nachfolgerin nie widerrufen worden. Im betreffenden Dokument heisse es ausdrücklich:
"... Le temps de travail fondé sur la confiance, ... Ces nouvelles dispositions de travail vont dans le sens d'une plus grande flexibilité et d'une plus grande responsabilisation de chacun; la confiance réciproque en sera le moteur principal ...".
Im Übrigen ergebe sich die Geltung des Vertrauensarbeitszeitmodells auch aus den am SIR geltenden Bestimmungen über die gleitende Arbeitszeit mit Zeitsaldo gemäss Art. 28 f. der Verordnung vom 6. Dezember 2001 des EFD zur Bundespersonalverordnung (VPBV; SR 172.220.111.31), wonach die Mitarbeitenden die Handhabung des Zeitsaldos in Eigenverantwortung vorzunehmen hätten.
3.5 Mit diesen Vorbringen gelingt es der Beschwerdeführerin nicht, die Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich falsch darzustellen. Entgegen dem Standpunkt der Beschwerdeführerin ist aus dem zitierten Textausschnitt aus dem Dokument der "Landsgemeinde spéciale" nicht abzuleiten, dass Blockzeiten mit dem Vertrauensarbeitszeitmodell nicht vereinbar wären. Im Gegenteil ist der "Landsgemeinde spéciale" Folgendes zu entnehmen:
"Les heures de présence obligatoire sont définies de 09h00 à 11h00 et de 14h00 à 16h00, alors que l'horaire mobile s'étend du lundi au vendredi de 06h00 à 20h00."
Daraus ist ersichtlich, dass die am SIR eingeführten Blockzeiten nicht als blosse Ansprechzeiten betrachtet wurden, sondern von den Mitarbeitenden obligatorisch einzuhalten waren. Daran ändern auch die Ausführungen einer ehemaligen Arbeitskollegin der Beschwerdeführerin, A._, nichts, wonach am SIR eine freie Betriebskultur vorgeherrscht habe. Im Übrigen stehen auch Art. 28 ff. VBPV der Anordnung von Blockzeiten nicht entgegen (vgl. Art. 28 Abs. 1 Satz 2 VPBV, wonach die Gleitzeit zugunsten fester Arbeitszeiten eingeschränkt werden kann, und Art. 30 Abs. 1 und Abs. 3 Satz 1 VPBV, wonach Art. 28 und 29 VPBV auch beim Vertrauensarbeitszeitmodell gelten).
Ebenso wenig ist die Feststellung des Bundesverwaltungsgerichts, dass die Beschwerdeführerin gemäss Arbeitsvertrag ihre Arbeiten in ihrem Büro im Gebäude des SIR zu verrichten hatte, als falsch, geschweige denn offensichtlich falsch zu betrachten. Im Gegenteil ist es üblich, im Arbeitsvertrag jeweils den Arbeitsort gemäss Postleitzahl (Lausanne/Dorigny), nicht aber auch das Gebäude aufzuführen. Aus dem Umstand, dass im Arbeitsvertrag nicht ausdrücklich das Gebäude des SIR erwähnt wurde, ist nicht zu schliessen, dass die Beschwerdeführerin ihren Arbeitsort ausserhalb des SIR frei wählen durfte. Die Beschwerdeführerin macht nicht rechtsgenüglich geltend, in der Zeitspanne, in der sie überwacht wurde, auf eine externe Bibliothek angewiesen gewesen zu sein.
Somit ist für das Bundesgericht verbindlich erstellt, dass am SIR obligatorisch einzuhaltende Blockzeiten galten, diese von der Beschwerdeführerin an den von der Empfangsdame kontrollierten Tagen nicht eingehalten worden waren und die Beschwerdeführerin darüber hinaus unter Verletzung des Arbeitsvertrags Arbeiten nicht am vereinbarten Arbeitsort am SIR, sondern anderswo verrichtet hatte.
Nicht zu prüfen ist die Rüge der Beschwerdeführerin, die am 14. September 2006 von der Empfangsdame erstellte Tabelle über ihre Ankunfts- und Austrittszeiten sei in Bezug auf die angebliche Nichteinhaltung des monatlichen Zeitsaldos nicht beweistauglich, da das Bundesverwaltungsgericht zugunsten der Beschwerdeführerin davon ausgeht, dass diese den monatlichen Zeitsaldo durch Arbeiten ausserhalb des SIR einhielt.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin vertritt den Standpunkt, sie habe keine wichtige gesetzliche oder vertragliche Pflicht im Sinne von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG verletzt. Ihr Verhalten habe keine negativen Auswirkungen auf die Leistungserbringung, auf die Teamarbeit und den Dienstleistungsbetrieb gehabt.
4.2 Neben der fristlosen Auflösung des Arbeitsverhältnisses (Art. 12 Abs. 7 BPG), welche im vorliegenden Fall nicht mehr zur Diskussion steht, gelten nach Art. 12 Abs. 6 BPG als Gründe für die ordentliche Kündigung durch den Arbeitgeber: die Verletzung wichtiger gesetzlicher oder vertraglicher Pflichten (lit. a); Mängel in der Leistung oder im Verhalten, die trotz schriftlicher Mahnung anhalten oder sich wiederholten (lit. b); mangelnde Eignung, Tauglichkeit oder Bereitschaft, die im Arbeitsvertrag vereinbarte Arbeit zu verrichten (lit. c); mangelnde Bereitschaft zur Verrichtung zumutbarer anderer Arbeit (lit. d); schwer wiegende wirtschaftliche oder betriebliche Gründe, sofern der Arbeitgeber der betroffenen Person keine zumutbare andere Arbeit anbieten kann (lit. e) und der Wegfall einer gesetzlichen oder vertraglichen Anstellungsbedingung (lit. f). Die Liste der ordentlichen Kündigungsgründe in Art. 12 Abs. 6 BPG ist abschliessend (Urteil des Bundesgerichts 2A.495/2006 vom 4. April 2007 E. 2).
Das Bundesverwaltungsgericht ist der Ansicht, die Voraussetzungen zur ordentlichen Auflösung des Arbeitsverhältnisses wegen Verletzung wichtiger gesetzlicher oder vertraglicher Pflichten (Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG) seien erfüllt, weil die Beschwerdeführerin die Arbeitszeitregelung nicht eingehalten und nicht sämtliche Arbeiten an ihrem Arbeitsort in Lausanne/Dorigny verrichtet habe.
4.3 Die Einhaltung der Arbeitszeit sowie der Arbeitszeitregelung wird grundsätzlich zu den wichtigen Verpflichtungen im öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnis gezählt (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 2P.263/2000 vom 27. März 2001, E. 3c/bb; Harry Nötzli, Die Beendigung von Arbeitsverhältnissen im Bundespersonalrecht, Bern 2005, Rz. 150 ff., 158). Im Privatrecht wird im wiederholten verspäteten Erscheinen oder frühzeitigen Verlassen des Arbeitsplatzes - unter der Voraussetzung einer vorgängigen Verwarnung des Arbeitnehmers durch den Arbeitgeber - unter Umständen sogar ein Grund zur fristlosen Auflösung des Arbeitsverhältnisses erblickt (vgl. BGE 127 III 153 E. 1c S. 158; Urteil des Bundesgerichts 4C.85/1996 vom 19. Juli 1996, publ. in Pra 1997/109 S. 590, E. 4b; vgl. in diesem Sinn ferner das Urteil des Bundesgerichts vom 17. November 1981, publ. in JAR 1982 S. 180 ff.).
Die unkorrekte Erfassung der Präsenzzeit, wodurch die Kontrolle der geleisteten Arbeitszeit durch den Arbeitgeber verhindert oder erschwert wird, ist als Verstoss gegen die Treuepflicht zu betrachten. Auch die Treuepflicht des Arbeitnehmers gegenüber dem Arbeitgeber gehört zu den wichtigen Verpflichtungen des Arbeitnehmers im Bundespersonalrecht (Nötzli, a.a.O., Rz. 164 ff.).
Dasselbe gilt bezüglich der Einhaltung der Vereinbarung des Arbeitsortes. Der Arbeitnehmer ist verpflichtet, seine vertraglichen Leistungen am vereinbarten Ort zu erbringen (Nötzli, a.a.O., Rz. 160).
4.4 Nachdem erstellt ist (vgl. E. 3.5 hiervor), dass die Beschwerdeführerin die angeordneten Blockzeiten wiederholtermassen nicht einhielt, unkorrekte Angaben über die geleisteten Präsenzzeiten machte und die Arbeitsleistung teilweise an einem anderen als am vereinbarten Arbeitsort erbrachte, ist der Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG grundsätzlich erfüllt.
Die Beschwerdeführerin wendet allerdings ein, die Nichteinhaltung der Blockzeiten hätte keine negativen Auswirkungen auf ihre Arbeitsleistungen gehabt, weshalb nicht von der Verletzung einer "wichtigen" Pflicht im Sinn von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG auszugehen sei. Der Beschwerdeführerin ist insofern zuzustimmen, dass die Einhaltung von Blockzeiten auf die Qualität wissenschaftlicher Arbeitsleistungen keinen Einfluss hat. Hingegen ist zu bedenken, dass der Arbeitgeber ein Interesse daran haben kann, dass das für alle Mitarbeiter geltende Arbeitszeitmodell aus betriebsorganisatorischen Gründen respektiert wird. Obligatorisch einzuhaltende Blockzeiten garantieren verlässliche Ansprechzeiten der Mitarbeiter und erleichtern beispielsweise, Termine für interne Sitzungen festzusetzen. Die Mitarbeitenden des SIR wurden dementsprechend zur Einhaltung der Blockzeiten wiederholt ermahnt, und das pünktliche Erscheinen am Arbeitsort wurde in den Zielvorgaben für das Jahr 2004 mit der Beschwerdeführerin ausdrücklich vereinbart. Daraus war für die Beschwerdeführerin ohne Weiteres erkennbar, dass die Einhaltung der Blockzeiten aus der Sicht des Arbeitgebers zu den wichtigen Pflichten zählte.
Das Bundesverwaltungsgericht hat demzufolge kein Bundesrecht verletzt, wenn es eine wichtige Pflichtverletzung im Sinn von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG bejaht hat.
5. 5.1 Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, vor dem Aussprechen der Kündigung hätte sie verwarnt werden müssen, wie es Art. 12 Abs. 6 lit. b BPG für die Kündigung wegen Mängeln in der Leistung oder im Verhalten ausdrücklich vorsehe. Eine Kündigung ohne vorherige Verwarnung sei unverhältnismässig. Ob der Standpunkt der Beschwerdeführerin zutrifft, ist durch Gesetzesauslegung zu ermitteln.
5.2 Ziel der Auslegung ist die Ermittlung des Sinngehalts der Bestimmung. Ausgangspunkt jeder Auslegung ist der Wortlaut, doch kann dieser nicht allein massgebend sein. Vom Wortlaut kann abgewichen werden, wenn triftige Gründe dafür bestehen, dass er nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte, aus Sinn und Zweck der Vorschrift und aus dem Zusammenhang mit anderen Gesetzesbestimmungen ergeben (BGE 131 I 394 E. 3.2 S. 396). Dabei ist die Auslegung eines Rechtssatzes grundsätzlich auch auf die übergeordneten Wertentscheidungen der Verfassung - hier des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes (Art. 5 Abs. 2 BV) - auszurichten. Art. 191 BV steht der verfassungskonformen Auslegung nicht entgegen, soweit der klare Wortlaut und Sinn einer bundesrechtlichen Gesetzesnorm dadurch nicht beiseite geschoben wird (BGE 131 II 217 E. 2.3 S. 221). Das Bundesgericht hat sich bei der Gesetzesauslegung von einem Methodenpluralismus leiten zu lassen (BGE 133 II 263 E. 7.2 S. 273).
5.3 Im Unterschied zu Art. 12 Abs. 6 lit. b BPG, wonach Mängel in der Leistung oder im Verhalten nur unter der Voraussetzung, dass sie trotz schriftlicher Mahnung anhalten oder sich wiederholten, einen Kündigungsgrund darstellen, ist eine Mahnung oder Verwarnung vor dem Aussprechen der Kündigung in den Fällen von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG nach dem Gesetzeswortlaut nicht erforderlich. Die Erwähnung der Mahnung in lit. b, nicht aber in lit. a von Art. 12 Abs. 6 BPG könnte ein Indiz dafür sein, dass dieser Unterschied vom Bundesgesetzgeber gewollt ist.
Aus der Entstehungsgeschichte von Art. 12 Abs. 6 lit. a und b BPG ergibt sich Folgendes: Im bundesrätlichen Entwurf zum BPG wurden die Kündigungsgründe der Verletzung gesetzlicher oder vertraglicher Pflichten und der Mängel in der Leistung oder im Verhalten in einer einzigen Bestimmung aufgeführt und bezüglich beider Kündigungsgründe eine Mahnung vorgesehen (vgl. Art. 11 Abs. 6 lit. a des Entwurfs; explizit dazu die Botschaft zum Bundespersonalgesetz [BPG] vom 14. Dezember 1998, BBl 1597 ff., 1614). Die vorbereitende Kommission des Nationalrats teilte die beiden Kündigungsgründe in zwei Bestimmungen auf. Nach dem von den Räten angenommenen Gesetzeswortlaut setzt Art. 12 Abs. 6 lit. b BPG eine Mahnung voraus, Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG dagegen nicht. Aus den Debatten im Parlament ergibt sich aber unzweideutig, dass die beiden Kündigungsgründe nicht deshalb getrennt wurden, um das Erfordernis der Mahnung auf Art. 12 Abs. 6 lit. b BPG zu beschränken. Mit der Aufteilung in zwei Bestimmungen sollte zum Ausdruck gebracht werden, dass es sich bei Art. 12 Abs. 6 lit. a und b BPG um zwei verschiedene Kündigungsgründe handelt; dadurch sollte Klarheit geschaffen und eine differenzierte Betrachtung der Tatbestände ermöglicht werden (vgl. die Voten Weyeneth, AB 1999 N 2068, und Bundesrat Villiger, AB 1999 N 2070). Das Erfordernis der Verwarnung des Arbeitnehmers vor dem Aussprechen der Kündigung stand nicht zur Diskussion, sondern es wurde ausschliesslich die Einfügung von qualifizierenden Adjektiven der zur Kündigung berechtigenden Verfehlungen des Arbeitnehmers debattiert. Ausserdem wurde mehrfach darauf hingewiesen, dass das Verhältnismässigkeitsprinzip bei der Anwendung der Kündigungsregelungen zu beachten sei und die Kündigung demzufolge die ultima ratio darstellen müsse (vgl. insbesondere das Votum David, AB 1999 N 2069 f., und das Votum Bundesrat Villiger, AB 1999 N 2070; ferner die Voten Thanei, AB 1999 N 2067, und Fritschi, AB 1999 N 2068). Aus der Entstehungsgeschichte von Art. 12 Abs. 6 lit. a und b BPG ist demzufolge nicht zu schliessen, dass bei Verletzungen gesetzlicher oder vertraglicher Pflichten, anders als bei Mängeln in der Leistung oder im Verhalten, unter Auslassung des Verhältnismässigkeitsprinzips auf eine der Kündigung vorausgehende Mahnung verzichtet werden könnte.
Sinn und Zweck der Festlegung ordentlicher Kündigungsgründe in Art. 12 Abs. 6 BPG ist die Verstärkung des Kündigungsschutzes des Bundespersonals und damit die Kompensation der Aufhebung des Beamtenstatus (Voten Thanei, AB 1999 N 2067, Fritschi, AB 1999 N 2068, Vollmer, AB 1999 N 2069, Bundesrat Villiger, AB 1999 N 2070). Gemäss Botschaft soll mit dem Kündigungsschutz erreicht werden, dass der Bund ein verlässlicher Arbeitgeber bleibt. Ein Schutz vor willkürlicher Kündigung soll für die notwendige Beschäftigungssicherheit sorgen (BBl 1999 1605). Aus dieser vom Gesetzgeber angestrebten Zielsetzung von Art. 12 Abs. 6 BPG lässt sich nicht ableiten, dass die Kündigungsvorschriften des Bundespersonalgesetzes nicht nach dem Prinzip der Verhältnismässigkeit angewendet werden müssten. Hinzu kommt, dass die Abgrenzung zwischen Art. 12 Abs. 6 lit. a und lit. b BPG oftmals schwierig ist. Die Leistung des Arbeitnehmers ist im Sinne von lit. b mangelhaft, wenn sie zur Erreichung des Arbeitserfolgs nicht genügt, der Arbeitnehmer aber keine gesetzlichen oder vertraglichen Pflichten verletzt und sich nicht als untauglich erweist. Setzt der Arbeitnehmer dagegen nicht seine volle Arbeitskraft ein oder führt er die Arbeit so schlecht aus, dass kein fehlerfreies Arbeitsergebnis möglich ist, dann liegt nicht nur eine mangelhafte Leistung vor, sondern ist auch die Arbeitspflicht verletzt (vgl. Nötzli, a.a.O., Rz. 190). Unter dem Blickwinkel des Gesetzeszwecks leuchtet aber nicht ein, je nach Fallkonstellation eine Mahnung zu verlangen oder davon abzusehen.
Das verfassungsmässige Prinzip der Verhältnismässigkeit (Art. 5 Abs. 2 BV) verlangt, dass staatliches Tun geeignet und erforderlich sein muss und dass die angestrebte Wirkung nicht in einem Missverhältnis zu anderen zu beachtenden Interessen stehen darf (BGE 133 II 97 E. 2.2 S. 100). Die Verwarnung des fehlbaren Arbeitnehmers stellt ein milderes Mittel als die Kündigung des Arbeitsverhältnisses dar. Im vorliegenden Fall könnte mit diesem Mittel das von Arbeitgeberseite angestrebte Ziel der Einhaltung der Arbeitszeitregelung bei einer entsprechenden Bereitschaft der Beschwerdeführerin ebenfalls erreicht werden. Die systematische, verfassungskonforme Auslegung spricht ebenfalls dafür, das Verhältnismässigkeitsprinzip auf Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG anzuwenden und vor dem Aussprechen der Kündigung eine Verwarnung des Arbeitnehmers zu verlangen.
Dem Gesagten zufolge legt es sowohl die historische, die teleologische als auch die systematische Gesetzesauslegung nahe, nicht nur bei einer Kündigung gestützt auf Art. 12 Abs. 6 lit. b BPG, sondern auch im Falle von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG die Pflicht des Arbeitgebers zur Verwarnung des Arbeitnehmers, bevor eine Kündigung ausgesprochen werden darf, zu bejahen. Als ordentlicher Kündigungsgrund im Sinne von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG gelten Verletzungen wichtiger gesetzlicher oder vertraglicher Pflichten, die trotz schriftlicher Mahnung anhalten oder sich wiederholten. Indem das Bundesverwaltungsgericht diesen Punkt übersah, hat es Bundesrecht verletzt.
6. 6.1 Zu prüfen bleibt, ob die Behauptung der Beschwerdeführerin, sie sei nicht verwarnt worden, zutrifft.
6.2 Ausser dem Schriftformerfordernis (Art. 12 Abs. 6 lit. b BPG) enthält das Bundespersonalgesetz keine Vorschrift betreffend die Mahnung (Verwarnung) des Arbeitnehmers. Insbesondere enthält es keine Angaben über den Inhalt der Verwarnung und deren Anzahl. Aus dem Grundsatz von Treu und Glauben und dem Willkürverbot (Art. 9 BV) ergibt sich aber ohne Weiteres, dass die Verwarnung als solche erkennbar sein und der Arbeitnehmer daraus klar ersehen können muss, welche Verhaltensweisen nicht mehr toleriert werden und wie er sich inskünftig zu verhalten hat (Urteil des Bundesgerichts 1C_42/2007 vom 29. November 2007 E. 3.5.2; Nötzli, a.a.O., Rz. 197). Diese Anforderung an die schriftliche Verwarnung eines fehlbaren Arbeitnehmers geht einher mit der Rechtsprechung zu Art. 337 OR, wonach der fristlosen Kündigung, ausser bei sehr gravierenden Verfehlungen, eine bezüglich der beanstandeten Verhaltensweisen klare Verwarnung vorauszugehen hat (vgl. die Urteile des Bundesgerichts 4C.364/2005 vom 12. Januar 2006 E. 2.3; 4C.187/2004 vom 5. Juli 2004 E. 5.1; 4C.322/2002 vom 18. Februar 2003 E. 3.1). Das Bundesgericht hob in diesem Zusammenhang aber hervor, dass sich angesichts der Vielzahl möglicher Fallumstände keine festen Regeln über Anzahl und Inhalt der erforderlichen Abmahnungen aufstellen lassen (BGE 127 III 153 E. 1c S. 157). Bezüglich Art. 337 OR ist umstritten, ob die Abmahnung für den Fall der Wiederholung resp. des Andauerns der beanstandeten Punkte eine Kündigungsdrohung ausdrücklich enthalten muss. Wie sich nachfolgend ergibt, kann diese Frage im vorliegenden Zusammenhang offen bleiben. Zu beachten ist aber auf alle Fälle das Erfordernis der Schriftform (Art. 12 Abs. 6 lit. b BPG).
6.3 Gemäss den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil wurden die Mitarbeiter des SIR an internen Sitzungen von Zeit zu Zeit aufgefordert die Arbeitszeiten einzuhalten. Beim jährlichen Personalbeurteilungsgespräch vom 28. Oktober 2003 wurde mit der Beschwerdeführerin das pünktliche Erscheinen am Arbeitsplatz um 09.00 Uhr als Ziel für das Jahr 2004 vereinbart. An der Sitzung vom 15. September 2006, an der die Beschwerdeführerin mit dem Vorwurf der Nichteinhaltung der Arbeitszeiten konfrontiert wurde, teilte ihr die Direktion mit, dass in Anbetracht der Schwere der Verfehlungen die fristlose Kündigung ins Auge gefasst werden müsse. Ferner wurde der Beschwerdeführerin Gelegenheit zur Stellungnahme geboten.
Weder dem angefochtenen Urteil noch den Akten ist zu entnehmen, dass die Beschwerdeführerin je eine schriftliche Verwarnung erhalten hätte. Den an den internen Sitzungen an alle Mitarbeiter des SIR gerichteten Aufforderungen zur Einhaltung der Arbeitszeiten kommt keine Rüge- und Warnfunktion zu. Die beim Personalbeurteilungsgespräch vom 28. Oktober 2003 vereinbarte Zielvorgabe des pünktlichen Erscheinens kann ebenfalls nicht als Verwarnung im Sinn von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG verstanden werden. Das Mitarbeitergespräch ist Grundlage für eine leistungsgerechte Entlöhnung und zielorientierte Entwicklung des Angestellten (Art. 4 Abs. 3 BPG). Sie hat Hinweisfunktion in dem Sinne, dass der Arbeitnehmer über positive und negative Elemente seiner Leistungserbringung orientiert wird. Zudem soll durch die Vereinbarung von Leistungs- und Verhaltenszielen die Kompetenzen des Arbeitnehmers gefördert und verbessert werden. Grundsätzlich hat das Personalbeurteilungsgespräch nicht die Funktion, den Mitarbeiter zu verwarnen. Jedenfalls liegen im vorliegenden Fall keine Anhaltspunkte vor, dass der Personalbeurteilung von 2003 neben der Rüge- ausnahmsweise auch Warnfunktion zugekommen wäre. Bedeutsam ist auch der Umstand, dass das Personalbeurteilungsgespräch beinahe drei Jahre zurücklag, als die Beschwerdeführerin sich das unpünktliche Erscheinen am Arbeitsplatz erneut zu Schulden kommen liess.
Es ist somit davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin keine schriftliche Verwarnung erhielt. Auch macht das SIR nicht geltend, eine Verwarnung der Beschwerdeführerin wäre sinnlos gewesen, weil diese sich nicht an eine Verwarnung gehalten hätte.
7. Nach dem Gesagten hat die Beschwerdeführerin eine wichtige Pflicht im Sinne von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG verletzt. Analog zu Art. 12 Abs. 6 lit. b BPG, wonach Mängel in der Leistung oder im Verhalten nur dann einen ordentlichen Kündigungsgrund bilden, wenn sie trotz schriftlicher Mahnung anhalten oder sich wiederholten, hätte die Kündigung im vorliegenden Fall nur ausgesprochen werden dürfen, wenn die Beschwerdeführerin vorher schriftlich verwarnt worden wäre. Eine Kündigung ohne vorgängige schriftliche Verwarnung stellt eine unbegründete Kündigung im Sinn von Art. 14 Abs. 1 lit. b BPG dar. Damit stellt sich die Frage der Rechtsfolge.
Gemäss Art. 14 Abs. 3 BPG bietet der Arbeitgeber der betroffenen Person die bisherige oder, wenn dies nicht möglich ist, eine zumutbare andere Arbeit an, wenn die Beschwerdeinstanz die Kündigung aufgehoben hat, "insbesondere" weil sie missbräuchlich oder diskriminierend ist. Die Verletzung des Kündigungsschutzes hat im Bundespersonalrecht in den von Art. 14 Abs. 3 BPG erfassten Fällen die Weiterbeschäftigung und nicht die Entschädigung zur Folge. Im Übrigen bleibt gemäss Art. 14 Abs. 5 BPG die Entschädigung nach Art. 19 BPG vorbehalten. Aus Art. 14 BPG ergibt sich nämlich nicht eindeutig, dass die Beschwerdeinstanz verpflichtet wäre, eine unrechtmässige Kündigung unter allen Umständen aufzuheben und eine Wiedereinstellung vorzunehmen (vgl. dazu Wolfgang Portmann, Überlegungen zum bundespersonalrechtlichen Kündigungsschutz, in: LeGes 2002 S. 55 ff., 64; Nötzli, a.a.O., Rz. 335). Auch aus der Botschaft ergibt sich dies nicht eindeutig, da der bundesrätliche Gesetzesentwurf ursprünglich anders lautete (BBl 1999 1616 und 1642). Im vorliegenden Fall ist eine Aufhebung der Kündigung nicht angemessen, da die Beschwerdeführerin durch ihr Verhalten einen Kündigungsgrund gesetzt und das Verschulden des SIR in Anbetracht der dargestellten Umstände nicht als hoch einzustufen ist. Es rechtfertigt sich daher, anstatt auf Wiedereinstellung zu erkennen, der Beschwerdeführerin in sinngemässer Anwendung von Art. 19 BPG eine Entschädigung zuzusprechen. Art. 79 der Bundespersonalverordnung (BPV; SR 172.220.111.3) sieht in Bezug auf die Höhe dieser Entschädigung einen Spielraum von mindestens drei Monatslöhnen und höchstens zwei Jahreslöhnen vor. In Anbetracht dessen, dass die Beschwerdeführerin sich eine Pflichtverletzung im Sinn von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG zu Schulden kommen liess, erscheint es gerechtfertigt, ihr zusätzlich zum Lohn, welcher ihr gemäss Urteil des Bundesverwaltungsgerichts bis zum 31. Januar 2007 zu bezahlen ist, eine Entschädigung von weiteren drei Monatslöhnen zu entrichten.
Dementsprechend ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts insoweit aufzuheben, als die Beschwerdeführerin hätte verwarnt werden sollen. Der Beschwerdeführerin ist eine Entschädigung von drei Monatslöhnen zuzusprechen. Soweit die Beschwerdeführerin die ersatzlose Aufhebung von Dispositiv-Ziffer 2 des angefochtenen Urteils verlangt, ist die Beschwerde abzuweisen.
8. Bei dieser Sachlage werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das SIR hat der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 15. August 2007 insoweit ergänzt, als der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von drei Monatslöhnen zugesprochen wird. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung hat die Beschwerdeführerin mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Schweizerischen Institut für Rechtsvergleichung SIR und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder