Sachverhalt:
A.
Die II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich sprach X._ mit Urteil vom 21. Mai 2012 zweitinstanzlich in einigen Anklagepunkten der qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung im Sinne von Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und Abs. 3 StGB schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von 22 Monaten, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von 2 Jahren. In den übrigen Anklagepunkten sprach sie ihn frei. Sie verpflichtete ihn, dem Staat als Ersatz für nicht mehr vorhandenen, widerrechtlich erlangten Vermögensvorteil Fr. 391'200.-- zu bezahlen.
B.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil der II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich sei aufzuheben, er sei freizusprechen und der Einziehungsantrag der Staatsanwaltschaft sei abzuweisen. Eventualiter sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zu seiner Freisprechung und zur Abweisung des Einziehungsantrags der Staatsanwaltschaft an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer war im relevanten Zeitraum Chief Financial Officer (nachfolgend CFO) und gleichzeitig Chief Investment Officer (nachfolgend CIO) und damit Mitglied der Konzernleitung der A._. Gegen ihn wurde am 8. November 2002 ein Strafverfahren eröffnet und am 25. Februar 2009 Anklage wegen mehrfacher qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ erhoben. Die umfangreiche Anklageschrift (139 Seiten) gliedert sich in fünf Teile, welche verschiedene Sachverhaltskomplexe betreffen. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer im 1. Teil ("Initialer B._-Titelhandel"), teilweise im 2. Teil ("Darlehen und Garantien") sowie im 4. Teil ("Administrativkosten") der qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und Abs. 3 StGB) zum Nachteil der A._ schuldig.
1.2. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe weder mit Schädigungsvorsatz noch in der Absicht unrechtmässiger Bereicherung gehandelt. Er gibt in seiner Beschwerdeschrift zunächst die vorinstanzlichen Erwägungen zusammenfassend wieder (Beschwerde S. 7-11). Er rekapituliert sodann seine Vorbringen im kantonalen Verfahren (Beschwerde S. 12-30), was seines Erachtens für das Verständnis der vor dem Bundesgericht erhobenen Rügen erforderlich ist. Er trägt im Folgenden seine Rügen vor (Beschwerde S. 31-48). Er listet, wie schon vor der Vorinstanz, eine Reihe von Umständen auf, die seines Erachtens gegen den Schädigungsvorsatz und die Absicht unrechtmässiger Bereicherung sprechen. Er wirft der Vorinstanz vor, sie habe diese Gegenindizien systematisch und bewusst übergangen. Dadurch habe sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt und die Beweise willkürlich gewürdigt. Bei der gebotenen Berücksichtigung der Gegenindizien sei der Schluss auf Vorsatz und Bereicherungsabsicht willkürlich.
1.3.
1.3.1. Wer aufgrund des Gesetzes, eines behördlichen Auftrages oder eines Rechtsgeschäfts damit betraut ist, Vermögen eines andern zu verwalten oder eine solche Vermögensverwaltung zu beaufsichtigen, und dabei unter Verletzung seiner Pflichten bewirkt oder zulässt, dass der andere am Vermögen geschädigt wird, wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 StGB). Handelt der Täter in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, so kann auf Freiheitsstrafe von einem Jahr bis zu fünf Jahren erkannt werden (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 3 StGB). Eine vorübergehende Schädigung reicht aus (BGE 123 IV 17 E. 3d; 121 IV 104 E. 2c; je mit Hinweisen). Subjektiv ist Vorsatz erforderlich. Dieser muss sich auf die Pflichtwidrigkeit des Handelns oder Unterlassens, die Vermögensschädigung und den Kausalzusammenhang zwischen dem pflichtwidrigen Verhalten und dem Schaden beziehen. Eventualvorsatz genügt. An dessen Nachweis sind hohe Anforderungen zu stellen, da der objektive Tatbestand, namentlich das Merkmal der Pflichtverletzung, relativ unbestimmt ist (BGE 120 IV 190 E. 2b mit Hinweisen). Der qualifizierte Treubruchtatbestand gemäss Art. 158 Ziff. 1 Abs. 3 StGB setzt Absicht unrechtmässiger Bereicherung voraus. Eventualabsicht genügt.
1.3.2. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (BGE 136 II 304 E. 2.4 mit Hinweis). Die Beweiswürdigung ist willkürlich, wenn sie unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (BGE 135 I 313 E. 1.3; 135 II 356 E. 4.2.1; je mit Hinweisen). Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und substantiiert begründet werden. Der Beschwerdeführer muss anhand des angefochtenen Entscheids darlegen, weshalb und inwiefern die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist. Es genügt nicht, wenn er lediglich seine eigene Sicht der Dinge darstellt. Auf bloss appellatorische Kritik tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 137 IV 1 E. 4.2.3; 136 I 49 E. 1.4.1)
2.
2.1. Dem Beschwerdeführer wird in der Anklageschrift im 1. Teil ("Initialer B._-Titelhandel") vorgeworfen, er habe nach vorgängiger Vorbereitung im März und April 2000 ihm anvertraute, der A._ gehörende Aktien (und Anrechte darauf) der am 18. Dezember 1999 gegründeten Mitarbeiterbeteiligungsfirma B._, deren Verwaltungsratsmitglied und faktischer Geschäftsführer er war, zum Nachteil der A._ bewusst pflichtwidrig zu weniger als dem halben Wert an sich selber und an vier weitere Mitglieder der Konzernleitung der A._ veräussert, um sich selbst und den vier andern Konzernleitungsmitgliedern einen unrechtmässigen Vermögensvorteil zu verschaffen. Dies, indem er entgegen dem Beschluss des Verwaltungsratsausschusses (VRA) der A._ vom 10. März 2000 den Preis der B._-Aktien nicht anhand des Net Asset Value (NAV) festgelegt habe, sondern die Aktien sich und den andern vier Käufern zum Nominalwert von Fr. 10.-- in Rechnung gestellt habe. Dadurch sei der A._ ein Vermögensschaden von Fr. 1'829'200.-- entstanden, da sie nicht den ihr zustehenden Verkaufspreis erhalten habe.
2.2. Schon bevor der VRA der A._ am 10. März 2000 das Konzept der am 18. Dezember 1999 gegründeten B._ genehmigte, nämlich bereits ab Januar 2000, tätigte der Beschwerdeführer in seiner Eigenschaft als Mitglied des Verwaltungsrats und faktischer Geschäftsführer der B._ für diese diverse Geschäfte (Kauf und Verkauf von Titeln verschiedener Unternehmen), wodurch die B._ noch vor dem 10. März 2000 einen Handelsgewinn von Fr. 562'694.-- erzielte, worüber der Beschwerdeführer den VRA der A._ an der Sitzung vom 10. März 2000 jedoch nicht informierte (Urteil S. 24). Der Beschwerdeführer tätigte für die B._ vor dem 25. April 2000 weitere Geschäfte, wodurch die B._ in einer zweiten Anlagephase im Zusammenhang mit der Investition in Aktien des C._ einen Gewinn von Fr. 2'092'101.55 erzielte (Urteil S. 28 ff., 35), und in einer dritten Anlagephase, zwischen dem 4. und 25. April 2000, einen Verlust von Fr. 524'136.-- erlitt (Urteil S. 35). Die B._ erzielte nach den Feststellungen der Vorinstanz somit in der Zeit seit ihrer Gründung am 18. Dezember 1999 bis zum Erwerb der B._-Aktien durch den Beschwerdeführer und vier weitere Mitglieder der Konzernleitung der A._ am 25. April 2000 nach Abzug von Aufwendungen und Steuern einen Gewinn von Fr. 2'152'413.04, mithin einen Gewinn von Fr. 10.76 pro Aktien, was bedeutete, dass im Zeitpunkt des Erwerbs der B._-Aktien durch den Beschwerdeführer und vier weitere Mitglieder der Konzernleitung der A._ am 25. April 2000 der NAV Fr. 20.76 und damit mehr als das Doppelte des Nominalwerts von Fr. 10.-- betrug (Urteil S. 35/36). Indem der Beschwerdeführer und vier weitere Konzernleitungsmitglieder der A._ am 25. April 2000 insgesamt 170'000 B._-Aktien zum Nominalwert von Fr. 10.-- anstatt zum NAV von Fr. 20.76 erwarben, entstanden der A._ als Verkäuferin der Aktien Mindereinnahmen und damit ein Vermögensschaden von insgesamt Fr. 1'829'200.-- (Urteil S. 38). Die Vorinstanz geht davon aus, dass die Aktien der B._ nicht zum Nominalwert von Fr. 10.-- pro Stück hätten verkauft werden dürfen, sondern den Käufern (Konzernleitungsmitgliedern) zum NAV hätten in Rechnung gestellt werden müssen, welcher am Stichtag des Verkaufs am 25. April 2000 unter Berücksichtigung der von der B._ erzielten Gewinne Fr. 20.76 betrug. Dem Beschwerdeführer habe bewusst sein müssen, dass er als Verantwortlicher der A._ die Aktien der B._ am 25. April 2000 zu einem viel zu niedrigen Preis verkauft und dadurch die A._ als Verkäuferin der Aktien geschädigt habe, und er habe dies auch in Kauf genommen. Die Vorinstanz stützt diese Feststellungen auf zahlreiche Umstände.
2.3. Der Beschwerdeführer wendet ein, er habe weder mit Vorsatz noch in Bereicherungsabsicht gehandelt. Er wirft der Vorinstanz vor, dass sie einzig aus den von ihr aufgelisteten äusseren Umständen sowie aus seiner Funktion in den beteiligten Unternehmen und seiner Fachkompetenz den Schluss ziehe, er habe gewusst und in Kauf genommen, dass die Festsetzung des Kaufpreises auf den Nominalwert statt auf den NAV pflichtwidrig und der Kaufpreis zu niedrig sei. Der Beschwerdeführer zählt, wie schon im kantonalen Verfahren, mehrere allgemeine und konkrete Gegenindizien auf, die seines Erachtens gegen Vorsatz und Bereicherungsabsicht sprechen. Die Vorinstanz habe diese Gegenindizien systematisch und bewusst übergangen und dadurch seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Bei der gebotenen Berücksichtigung der Gegenindizien sei der Schluss auf Vorsatz und Bereicherungsabsicht willkürlich.
2.3.1. Zur Begründung im Einzelnen macht der Beschwerdeführer wie bereits im kantonalen Verfahren geltend, er sei zwecks Vermeidung von Insiderrisiken und Interessenkollisionen bei der Schaffung des Mitarbeiterbeteilungsprogramms von Anfang an um Transparenz bemüht gewesen, und er habe dafür gesorgt, dass die B._ und ihre Geschäfte von den obersten Organen der A._ kontrolliert werden konnten. Zu diesem Zweck habe er zudem die Funktion eines Compliance Officer geschaffen. All dies vertrage sich nicht mit der sich aus der Lebenserfahrung ergebenden Tatsache, dass ein Straftäter, der sich zum Nachteil seiner Arbeitgeberin unrechtmässig bereichern wolle oder solches auch nur in Kauf nehme, Kontrollmechanismen gerade zu umgehen versuche. Mehrere ehemalige Präsidenten und Mitglieder des VR der A._ hätten denn auch ihr Unverständnis über seine erstinstanzliche Verurteilung sowie ihre Überzeugung zum Ausdruck gebracht, dass er niemals in der Absicht gehandelt haben konnte, die A._ zu schädigen oder sich und andere unrechtmässig zu bereichern (Beschwerde S. 12 ff., 32 ff.).
Mit diesen Einwänden allgemeiner Art vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, weshalb und inwiefern die auf zahlreiche konkrete Umstände gestützten Feststellungen der Vorinstanz, er habe gewusst und in Kauf genommen, dass die Veräusserung der B._-Aktien zum Nominalwert den Vorgaben der A._ widersprach und daher pflichtwidrig war und dass der im Zeitpunkt des Verkaufs der B._-Aktien am 25. April 2000 massgebende NAV zufolge der inzwischen getätigten gewinnbringenden Investitionen der B._ deutlich über dem Nominalwert lag, willkürlich sind. Zudem spielt es nach einer zutreffenden Bemerkung im angefochtenen Entscheid (S. 39) für die strafrechtliche Beurteilung des Verschuldens des Beschwerdeführers keine entscheidende Rolle, dass die Rechtsabteilung, die engen Mitarbeiter des Beschwerdeführers sowie weitere Personen beim Initialhandel betreffend B._-Aktien mitwirkten. Selbst wenn andere Personen das Tun des Beschwerdeführers gebilligt haben sollten, würde dies nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz an der strafrechtlichen Verantwortlichkeit des Beschwerdeführers für sein eigenes Handeln nichts ändern. Im Übrigen geht der Einwand des Beschwerdeführers, er habe nicht mit Schädigungsabsicht gehandelt, aus rechtlichen Gründen an der Sache vorbei. In Bezug auf das Merkmal der Vermögensschädigung ist beim Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung lediglich Eventualvorsatz erforderlich, und hinsichtlich der ungerechtfertigten Bereicherung genügt Eventualabsicht.
2.3.2. Der Beschwerdeführer macht im Weiteren geltend, er sei in guten Treuen - wenn auch vielleicht fälschlicherweise - davon ausgegangen, dass die B._-Aktien zum Nominalwert zu veräussern seien. Der Erwerb der B._-Aktien durch Konzernleitungsmitglieder der A._ am 25. April 2000 sei ein Ersteinstieg gewesen, der aus seiner Sicht einer Aktienzeichnung vergleichbar sei. Er habe verschiedentlich den Nominalwert als den für den Erwerb der Aktien zu zahlenden Einstiegspreis kommuniziert beziehungsweise kommunizieren lassen, so in den Memoranden vom 16. März und 26. April 2000, wobei im letztgenannten Dokument zudem von einer "Zeichnung" die Rede gewesen sei (Beschwerde S. 20 f., S. 34 f.). Unter diesen Umständen liege eine Fehleinschätzung seinerseits, wonach der Ersteinstieg im vorliegenden Fall einer Erstemission vergleichbar sei, viel näher als eine bewusste Missachtung des "at arm's lenght"-Prinzips, zumal überdies zu berücksichtigen sei, dass er die die B._ betreffenden Ereignisse - Gründung am 18. Dezember 1999, Kapitalerhöhung am 29. März 2000, Ersteinstieg durch Erwerb von B._-Aktien am 25. April 2000 - als einen einheitlichen Vorgang verstanden und daher die zeitliche Verzögerung des Ersteinstiegs nicht als wesentlich erachtet habe (Beschwerde S. 35).
Mit diesen Vorbringen vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz betreffend sein Wissen und seinen Willen hinsichtlich des einzusetzenden Kaufpreises willkürlich seien. Die Vorinstanz stellt ausführlich dar, was in der Zeit seit der Gründung der B._ am 18. Dezember 1999 bis zur Veräusserung der B._-Aktien an mehrere Konzernleitungsmitglieder der A._ am 25. April 2000 geschah. Alle bei der Gründung der B._ am 18. Dezember 1999 und bei der Kapitalerhöhung vom 29. März 2000 ausgegebenen B._-Aktien wurden gezeichnet. Am 29. März 2000 befanden sich alle 200'000 B._-Aktien im Eigentum der A._. Zwar war bei der Gründung der B._ vorgesehen, dass neben der A._ auch Dritte, beispielsweise Mitarbeiter der A._, Aktien zeichnen könnten. Eine Aktienzeichnung durch Dritte erfolgte aber nicht, was dem Beschwerdeführer bekannt war (Urteil S. 19). Erst am 25. April 2000 erwarben der Beschwerdeführer und weitere Konzernleitungsmitglieder von der A._ B._-Aktien. Die Vorinstanz verweist auf das vom Beschwerdeführer präsentierte Konzept der B._, welches der VRA der A._ an der Sitzung vom 10. März 2000 genehmigte. In der Präsentation wurde darauf hingewiesen, dass für den Preis der B._-Aktien der NAV massgebend sein soll ("Investors buy B._ shares from A._ at NAV"). Der VRA der A._ erklärte sich an der Sitzung vom 10. März 2000 mit Ziel und Zweck der B._ einverstanden (Urteil S. 20/21). Die Vorinstanz weist anhand verschiedener Umstände nach, dass mit der Möglichkeit des Erwerbs von B._-Aktien keine Entlöhnung beziehungsweise Begünstigung gewährt, sondern lediglich eine Investitionsmöglichkeit geschaffen werden sollte. Der Beschwerdeführer selbst erklärte an der Konzernleitungssitzung vom 25. April 2000, dass bezüglich des neuen Mitarbeiterbeteiligungsvehikels B._ sämtliche Investitionen und Anlagetätigkeiten nach dem "at arm's lenght"-Prinzip getätigt werden müssten, also nach objektiven Kriterien, wie sie für einen externen Dritten gelten (Urteil S. 21/22).
2.3.3. Die Vorinstanz hat nicht übersehen, dass der Beschwerdeführer den übrigen Konzernleitungsmitgliedern den Erwerb von B._-Aktien zum Nominalwert anbot, von welchem auch im Memorandum vom 26. April 2000 die Rede war (siehe Urteil S. 19). Sie erachtet dies willkürfrei als nicht massgebend. Die Vorinstanz durfte aufgrund der im angefochtenen Urteil genannten Umstände, mit welchen sich der Beschwerdeführer nicht im Einzelnen auseinandersetzt, ohne Willkür den Schluss ziehen, dass der Erwerb von B._-Aktien durch den Beschwerdeführer und weitere Konzernleitungsmitglieder der A._ am 25. April 2000 nicht einer Erstemission und einer Aktienzeichnung gleichzusetzen, sondern ein Aktienkauf war und dass als Preis nicht der Nominalwert der Aktie, sondern der NAV im Zeitpunkt des Verkaufs am 25. April 2000 einzusetzen war, was der Beschwerdeführer als erfahrener Finanzchef eines Grosskonzerns sowie Ökonom und Jurist wusste.
Die übrigen involvierten Konzernleitungsmitglieder und weitere Personen gingen gemäss den Feststellungen der Vorinstanz davon aus, dass für den Kaufpreis der NAV massgebend war, doch nahmen sie an, dass dieser dem Nominalwert entsprach, da sie nicht wussten, dass die B._ in der Zeit seit ihrer Gründung am 18. Dezember 1999 bereits Investitionen getätigt und dadurch Gewinne erzielt hatte (Urteil S. 22/23 mit Hinweis auf den erstinstanzlichen Entscheid S. 17 ff.). Der Beschwerdeführer wendet ein, es sei bekannt gewesen, dass die B._ bereits vor dem 25. April 2000, unter anderem unter Verwendung eines ihr von der A._ gewährten Darlehens, Investitionen getätigt hatte. Zur Begründung verweist er auf die Aussagen verschiedener Personen, unter anderem von Mitgliedern des Verwaltungsrates und der Konzernleitung sowie des Leiters des Rechtsdienstes der A._ (Beschwerde S. 21 ff.). Damit vermag er nicht darzulegen, inwiefern die von ihm beanstandete Feststellung der Vorinstanz willkürlich ist. Die Vorinstanz hält fest, sämtliche als Mitangeschuldigte, Auskunftspersonen oder Zeugen befragten Personen hätten ausgesagt, sie seien davon ausgegangen, dass der massgebliche NAV beim Verkauf der Aktien an die Konzernleitungsmitglieder dem Nominalwert entsprochen habe, und keine der befragten Personen habe gewusst oder sei davon ausgegangen, dass die B._ bereits vor dem 25. April 2000 irgendwelche Investitionen getätigt beziehungsweise Gewinne oder Verluste gemacht hatte. Die Vorinstanz verweist zum Beleg auf zahlreiche Aktenstücke sowie auf den erstinstanzlichen Entscheid, worin die Aussagen der in das Geschehen auf höchster Ebene involvierten Personen wiedergegeben werden. Die erste Instanz zitiert in ihrem Urteil (S. 17-22) auch die Personen, auf die sich der Beschwerdeführer zur Begründung seines Standpunktes beruft (Beschwerde S. 22 ff., 35 f.). Auch diese Personen gingen gemäss ihren Aussagen davon aus, dass die B._-Aktien zum NAV verkauft werden mussten, und nahmen an, dass der NAV dem Nominalwert entspreche, da sie von einer Investitionstätigkeit der B._ vor dem 25. April 2000 nichts wussten (erstinstanzliches Urteil S. 17 ff.).
2.3.4. Im Weiteren macht der Beschwerdeführer im Sachverhaltskomplex "Initialer B._-Titelhandel" wie schon im kantonalen Verfahren geltend, dass der von der B._ im Rahmen der zweiten Anlagephase im Zusammenhang mit der Investition in Aktien der C._ erzielte Gewinn von Fr. 2'092'101.55 für die Ermittlung des NAV im Zeitpunkt des inkriminierten Verkaufs der B._-Aktien am 25. April 2000 nicht mitberücksichtigt werden dürfe. Werde dieser Gewinn ausser Acht gelassen, habe der von der B._ bis zum 25. April 2000 erzielte Gewinn unter Berücksichtigung des Gewinns von Fr. 562'694.-- in der ersten Anlagephase und des Verlusts von Fr. 524'136.-- in der dritten Anlagephase nur noch Fr. 38'558.-- betragen. In diesem Fall habe der NAV der B._-Aktie am 25. April 2000 bei Fr. 10.19 und damit nur geringfügig über dem als Kaufpreis eingesetzten Nominalwert von Fr. 10.-- gelegen. Bei dieser marginalen Differenz von lediglich 19 Rappen pro Aktie seien offensichtlich weder ein Schädigungsvorsatz noch eine Absicht unrechtmässiger Bereicherung gegeben (Beschwerde S. 17 f., 34).
Die Frage, ob der in der zweiten Anlagephase erzielte Gewinn bei der Bestimmung des NAV der B._-Aktie am 25. April 2000 zu berücksichtigen ist, betrifft grundsätzlich nicht die Tatbestandsmässigkeit des Verkaufs der B._-Aktien zum Nominalwert, sondern die Frage, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang durch dieses inkriminierte Verhalten die A._ am Vermögen geschädigt und der Beschwerdeführer sowie die übrigen Beteiligten unrechtmässig bereichert wurden. Lag der NAV am 25. April 2000 über dem Nominalwert, dann waren die A._ geschädigt und der Beschwerdeführer bereichert. Das Ausmass von Schaden und Bereicherung hängen von der Grösse der Differenz zwischen dem NAV und dem Nominalwert der Aktie ab.
Die Vorinstanz setzt sich eingehend mit der Frage auseinander, ob der von der B._ in der zweiten Anlagephase im Zusammenhang mit dem Erwerb von Aktien der C._ erzielte Gewinn bei der Bestimmung des NAV der B._-Aktie zu berücksichtigen ist. Sie bejaht dies mit ausführlicher Begründung (Urteil S. 28-35). Sie stellt gestützt auf verschiedene Dokumente und Zeugenaussagen Folgendes fest. Die Verträge über den Erwerb der C._-Aktien vom 29. Februar und 19. April 2000 wurden zwischen der D._ und der B._ abgeschlossen. Die B._ wurde im Vertrag als Käuferin bezeichnet, und sie wurde im Aktienbuch der C._ als Eigentümerin der Aktien eingetragen. Die Organe der D._ wussten nicht im Detail, wie sich das Aktionariat der B._, die zunächst zu 100 % der A._ gehört hatte, im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses zusammensetzte, und dies war ihnen grundsätzlich auch gleichgültig. Für die Verantwortlichen der D._ war aber wesentlich, dass die Aktien der C._ nicht an die Konzerleitungsmitglieder der A._ veräussert wurden, dass die Konzernleitungsmitglieder auch nicht über die B._ gezielt mit C._-Aktien versorgt werden sollten und die B._ diese Aktien nicht nur treuhänderisch für Konzernleitungsmitglieder der A._ erwarb. Eine direkte Zeichnung von C._-Aktien durch künftige und aktuelle Teilnehmer am Mitarbeiterbeteiligungskonzept B._ wäre für die Verantwortlichen der D._ nicht in Frage gekommen (Urteil S. 28-33).
Der Beschwerdeführer verweist auf Meinungsäusserungen prominenter Juristen, aus denen sich ergibt, dass die Wertsteigerung der C._-Aktien bei der NAV-Bewertung der B._ nicht zu berücksichtigen war (Beschwerde S. 18 f.). Selbst wenn die Auffassung der Vorinstanz zutreffen sollte, wonach die Wertsteigerung des C._ zu berücksichtigen gewesen wäre, würde eine gegenteilige Auffassung, die mit der Meinung namhafter Persönlichkeiten übereinstimme, jedenfalls keine unrechtmässigen Absichten indizieren (Beschwerde S. 34). Der Beschwerdeführer setzt sich indessen nicht mit den Umständen auseinander, aus denen die Vorinstanz den gegenteiligen Schluss zieht. Er legt nicht dar, inwiefern die Vorinstanz von unzutreffenden Tatsachen ausging beziehungsweise aus den von ihr angeführten Umständen falsche Schlussfolgerungen zog.
2.4. Die Rügen der willkürlichen Beweiswürdigung und der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör durch Nichtberücksichtigung von angeblich entlastenden Umständen sind unbegründet, soweit sie den Sachverhaltskomplex des initialen B._-Titelhandels betreffen.
Dass auf der Grundlage des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts der Schuldspruch wegen qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und Abs. 3 StGB) Bundesrecht verletzt, macht der Beschwerdeführer nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich.
Die Beschwerde ist im Anklagesachverhalt betreffend initialen B._-Titelhandel abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
3.1. Dem Beschwerdeführer wird in der Anklageschrift im 2. Teil ("Darlehen und Garantien") unter anderem vorgeworfen, er habe in der Zeit von April bis Dezember 2000 planmässig ihm anvertraute Gelder der A._ an die B._ zur Finanzierung von deren Anlagen ausgeliehen beziehungsweise ausleihen lassen, wobei er für diese Darlehen, welche zeitweilig über Fr. 12 Mio. betragen hätten, zu tiefe Zinsen verlangt habe. Dadurch sei die Darlehensgeberin, die A._, am Vermögen geschädigt worden. Er habe durch seine pflichtwidrige Handlungsweise sich selbst und den weiteren vier Konzernleitungsmitgliedern der A._, welche B._-Aktien hielten, einen unrechtmässigen Vermögensvorteil verschaffen wollen.
3.2. Der vom Beschwerdeführer festgesetzte Zinssatz von LIBOR + 80 Basispunkte (BP) ergab für den relevanten Zeitraum Zinssätze zwischen 3,45 % und 4,2 %. Die Vorinstanz stellt in Übereinstimmung mit der ersten Instanz gestützt auf das von der Staatsanwaltschaft eingeholte Gutachten sowie gestützt auf drei weitere Berichte von Fachleuten fest, dass der marktgerechte Zins unter Berücksichtigung der massgebenden Kriterien und des daraus resultierenden Risikos mindestens 10 % hätte betragen müssen. Gemäss den Ausführungen der Vorinstanz lag praktisch das ganze finanzielle Risiko bei der Kreditvergabe bei der A._. Durch die Darlehen in Millionenhöhe wurde bei der mit minimalen eigenen Mitteln ausgestatteten B._ faktisch Eigenkapital geschaffen, welches spekulativ investiert wurde, ohne dass die A._ für den Fall des Totalverlusts irgendwelche Sicherheiten gehabt hätte. Im massgebenden Zeitraum ab 25. April 2000 hielt die A._ nur noch 15 % der Aktien der B._ (Urteil S. 42 ff.). Die Vorinstanz stellt in Übereinstimmung mit der ersten Instanz fest, der Beschwerdeführer habe als ausgewiesener Zinsfachmann und Marktkenner zumindest in Kauf genommen, dass der von ihm festgelegte Zinssatz in Anbetracht der ihm bekannten Umstände nicht marktgerecht war (Urteil S. 54 f.). Indem der Beschwerdeführer nach dem 25. April 2000, als die A._ nur noch 15 % der B._-Aktien hielt, für Darlehen an die B._ einen Zinssatz von LIBOR + 80 BP festlegte, welcher dem Zinssatz für hundertprozentige Tochtergesellschaften der A._ entsprach, habe er die A._ pflichtwidrig im Betrag von rund Fr. 312'300.-- am Vermögen geschädigt. Im Umfang der Differenz zwischen den effektiv bezahlten Zinsen und den Zinsen, die nach dem "at arm's length"-Prinzip ab 25. April 2000 hätten bezahlt werden sollen, seien die B._ beziehungsweise indirekt der Beschwerdeführer und die vier weiteren Konzernleitungsmitglieder, die an der B._ beteiligt waren, unrechtmässig bereichert gewesen (Urteil S. 61/62).
Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt (Beschwerde S. 24 ff., 37 ff.), erschöpft sich in einer appellatorischen Kritik, die zur Begründung der Willkürrüge nicht genügt. Gemäss dem Gutachten hätte der Zins mindestens 20 % betragen müssen. Laut den drei Fachberichten wäre ein Zinssatz von 10 % respektive 15 % beziehungsweise 10-15 % angemessen gewesen (Urteil S. 43 ff.). Diese unterschiedlichen Einschätzungen sind unter anderem damit zu erklären, dass die B._ Kredite in dieser Höhe in Anbetracht des Risikopotenzials auf dem freien Markt gar nicht erhalten hätte. Massgebend ist, dass sowohl das Gutachten als auch drei unabhängig voneinander erstellte Fachberichte zum Ergebnis kamen, dass der Zinssatz jedenfalls 10 % oder mehr hätte betragen müssen. Die Vorinstanz verfällt nicht in Willkür, wenn sie in Anbetracht dieser Einschätzungen zum Schluss gelangt, auch dem Beschwerdeführer als ausgewiesenem Fachmann in Zinsfragen sei klar gewesen, dass der von ihm festgelegte Zinssatz deutlich zu niedrig war. Die Vorinstanz hat nicht übersehen, dass ein vierter Fachbericht einen deutlich niedrigeren Zinssatz als angemessen erachtete (Urteil S. 48). Sie legt ausführlich dar, dass der Einschätzung in diesem vierten Fachbericht unter anderem deshalb nicht zu folgen ist, weil der Bericht von falschen Annahmen betreffend die Verkäuflichkeit der C._-Aktien ausgeht, welche das wesentliche Aktivum der B._ darstellten (Urteil S. 50 ff.). Mit diesen Ausführungen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Ob der Beschwerdeführer die E-Mail seines Mitarbeiters E._ vom 18. Januar 2000, wonach ein Zinssatz von LIBOR + 80 BP deutlich zu niedrig sei, zur Kenntnis nahm, was in der Beschwerde (S. 27, 39) bestritten wird, kann dahingestellt bleiben. Für die Vorinstanz ist diese Mail nur ein zusätzliches Argument ("Es kommt hinzu, ...."; siehe Urteil S. 54) für die Schlussfolgerung, dass dem Beschwerdeführer die Problematik bekannt war. Diese Schlussfolgerung ist auch ohne Berücksichtigung der fraglichen Mail nicht willkürlich. Dass der Beschwerdeführer bei der Präsentation eines anderen Mitarbeiterbeteiligungs-Projekts am 8. Februar 2001 darauf hinwies, dass Darlehen "on arm's lenght basis (LIBOR + 80 bps) " gewährt werden könnten (Beschwerde S. 25 f., 38 f.), ist kein Indiz dafür, dass er davon ausging, der von ihm festgelegte Zinssatz für die Darlehen der A._ an die B._ in der Zeit von April bis Dezember 2000 sei marktgerecht. Unerheblich ist auch, dass der Leiter des Rechtsdienstes der A._ bei Gelegenheit der Unterzeichnung der Jahresrechnung 2000 die Höhe der an die A._ bezahlten Zinsen für Darlehen an die B._ zur Kenntnis nehmen konnte (Beschwerde S. 25, 38). Dass die Vorinstanz sich mit den diesbezüglichen Vorbringen des Beschwerdeführers nicht explizit auseinandersetzt, ist verfassungsrechtlich unbedenklich. Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich nicht, dass das Gericht zu jedem einzelnen Vorbringen des Beschuldigten ausdrücklich Stellung nehmen muss. Auch mit dem Hinweis auf die "generellen Gegenindizien" (Transparenz, Kontrolle, Delegation, Persönlichkeit des Beschwerdeführers etc.; Beschwerde S. 12 ff., 32 ff., 37) wird nicht dargelegt, dass die Schlussfolgerung der Vorinstanz willkürlich ist (siehe E. 2.3.1 hievor).
3.3. Die Rügen der willkürlichen Beweiswürdigung und der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör durch Nichtberücksichtigung von angeblich entlastenden Umständen sind somit unbegründet, soweit sie den Sachverhaltskomplex der Darlehenszinsen betreffen.
Dass auf der Grundlage des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts der Schuldspruch wegen qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und Abs. 3 StGB) Bundesrecht verletzt, macht der Beschwerdeführer nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich.
Die Beschwerde ist im Anklagesachverhalt betreffend Darlehenszinsen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
4.1. Dem Beschwerdeführer wird in der Anklageschrift im 4. Teil ("Administrativkosten") vorgeworfen, er habe als CFO und CIO der A._ und als Mitglied des Verwaltungsrats der B._ vom 25. April 2000 bis zum 13. September 2002 den Betrieb der B._ mit Personal, Material und Logistik der A._ sichergestellt, ohne dieser dafür eine Aufwandentschädigung zukommen zu lassen. Damit habe er der B._ und letztlich sich selbst und den weiteren als Aktionäre an der B._ beteiligten Konzernleitungsmitgliedern einen unrechtmässigen Vermögensvorteil verschafft. Der A._ sei ein Vermögensschaden entstanden, der in der Zeit vom 25. April 2000 bis zum 31. Dezember 2001 Fr. 97'782.75 und in der Zeit vom 1. Januar 2002 bis zum 13. September 2002 zusätzlich noch einige wenige tausend Franken betragen habe.
4.2. Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz stellte die A._ für ihre im relevanten Zeitraum erbrachten Dienstleistungen keine Entschädigungsforderungen an die B._ und leistete diese ihrerseits keine Zahlungen an die A._. Dem Beschwerdeführer war bewusst, dass die A._ für ihre Dienstleistungen an die B._ hätte entschädigt werden müssen. Er unternahm jedoch nichts und verzichtete in Verletzung seiner Pflichten bewusst darauf, die notwendigen Vorkehrungen zu treffen, wodurch er die A._ am Vermögen schädigte. Die Kosten für die Dienstleistungen gegenüber der B._ im relevanten Zeitraum vom 25. April 2000 bis zur Freistellung des Beschwerdeführers am 13. September 2002 wurden von der A._ nicht nur nicht in Rechnung gestellt, sondern, was der Beschwerdeführer wusste, überhaupt nicht erfasst und somit schlicht ignoriert. Die Vorinstanz kommt in Übereinstimmung mit der ersten Instanz zum Schluss, dass der Beschwerdeführer nicht gewillt war, die von der A._ für die B._ erbrachten Dienstleistungen in Rechnung zu stellen, zumal dies mangels Grundlage in der Buchhaltung gar nicht möglich war (Urteil S. 71 ff., 75).
4.2.1. Die Vorinstanz zitiert eine Aussage von E._, der in der hier relevanten Zeit Leiter Corporate Finance/Treasury bei der A._ und auch in die Geschäftsführung der B._ involviert war. E._ sagte gemäss den Ausführungen im angefochtenen Urteil (S. 72/73) als Auskunftsperson unter anderem aus, der Beschwerdeführer habe einmal angeregt, die Administration der B._ einer Drittfirma zu übergeben, um diesbezüglich Klarheit zu haben. Er (E._) sei das erste Mal Ende 2002 mit der Kostenproblematik der B._ konfrontiert worden. Vorher habe man sich nicht mit den Kosten beschäftigt, da genügend Reserven vorhanden gewesen seien, um allfällige Kosten zu decken.
Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz gebe die Aussagen von E._ verkürzt und damit unzutreffend wieder. Er habe gemäss den Aussagen von E._ "mittendrin" - und somit nicht erst gegen das Ende des Bestehens der B._ hin - angeregt, hinsichtlich der anfallenden Kosten Erfahrungswerte zu sammeln beziehungsweise die Administration einer Drittfirma zu übertragen (Beschwerde S. 28 f., 40).
Wie es sich damit verhält, kann dahingestellt bleiben. Mit der fraglichen Anregung bekundete der Beschwerdeführer bloss, dass er sich der Kostenproblematik bewusst war, doch wurde durch die Anregung, wann immer sie erfolgt sein mag, das Problem nicht gelöst. Aus den Tatsachen, dass der Beschwerdeführer in der Zeit vom 25. April 2000 bis zu seiner Freistellung am 13. September 2002, mithin während knapp zweieinhalb Jahren, die Kosten für die von der A._ gegenüber der B._ erbrachten Dienstleistungen weder in Rechnung stellte noch überhaupt erfasste und diese Kosten in den Jahresabschlüssen 2000 und 2001 nicht thematisiert wurden, durfte die Vorinstanz ohne Willkür den Schluss ziehen, dass der Beschwerdeführer dazu nicht gewillt war und eine daraus resultierende - zumindest vorübergehende - Vermögensschädigung der A._ in Kauf nahm.
4.2.2. Der Beschwerdeführer macht unter Hinweis auf die Aussagen von E._ sowie von F._, des Generalsekretärs und Leiters des Rechtsdienstes der A._, wie bereits im kantonalen Verfahren geltend, auf Seiten der B._ seien bewusst deutlich zu hohe Steuerrückstellungen gebildet worden, damit auch für weitere Kosten eine entsprechende Reserve vorhanden gewesen sei (Beschwerde S. 30, 41 f.).
Die Vorinstanz setzt sich damit eingehend auseinander und legt in Übereinstimmung mit der ersten Instanz dar, dass und weshalb der Beschwerdeführer aus der Höhe der Steuerrückstellungen der B._ nicht den Schluss ziehen konnte, diese würden auch zur Tilgung der Administrativkosten eingesetzt beziehungsweise könnten bei Bedarf dafür verwendet werden (angefochtenes Urteil S. 75 f., erstinstanzlicher Entscheid S. 73 f.). Auf diese Ausführungen geht der Beschwerdeführer nicht ein.
4.2.3. Dass angeblich auf Seiten der A._ eine Bereitschaft zur nachträglichen Belastung und auf Seiten der B._ eine Bereitschaft zur nachträglichen Zahlung der Administrativkosten bestand (Beschwerde S. 41, 42), ist unerheblich. Zur Erfüllung des Tatbestands der ungetreuen Geschäftsbesorgung genügen ein vorübergehender Vermögensschaden und ein diesbezüglicher Eventualvorsatz. Eine nachträgliche Zahlung stellt lediglich Ersatz für einen bereits eingetretenen Schaden dar.
4.2.4. Unerheblich ist ferner, dass die Nichtbelastung der Administrativkosten allenfalls auch dem Leiter des Rechtsdienstes der A._ bekannt war, welcher die Jahresrechnungen der A._ mitunterzeichnete. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist allein die strafrechtliche Verantwortlichkeit des Beschwerdeführers. Diese hängt nicht davon ab, was andere Personen allenfalls wussten und billigten.
4.3. Die Rügen der willkürlichen Beweiswürdigung und der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör durch Nichtberücksichtigung von angeblich entlastenden Umständen sind unbegründet, soweit sie den Sachverhaltskomplex der Administrativkosten betreffen.
Dass auf der Grundlage des von der Vorinstanz insoweit festgestellten Sachverhalts der Schuldspruch wegen qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und Abs. 3 StGB) Bundesrecht verletzt, macht der Beschwerdeführer nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich.
Die Beschwerde ist im Anklagesachverhalt betreffend Administrativkosten abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
5.
5.1. Die Vorinstanz verpflichtete den Beschwerdeführer, dem Staat als Ersatz für nicht mehr vorhandenen, widerrechtlich erlangten Vermögensvorteil Fr. 391'200.-- zu bezahlen.
Der Beschwerdeführer macht geltend, eine staatliche Ersatzforderung falle auch bei Bestätigung seiner Verurteilung ausser Betracht, da er und die vier weiteren Konzernleitungsmitglieder sich in einem mit der A._ am 1. Dezember 2005 vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich abgeschlossenen Vergleich per Saldo aller Ansprüche zur Zahlung von insgesamt Fr. 350'000.-- verpflichtet und diese Zahlung auch geleistet haben.
5.2.
5.2.1. Der Beschwerdeführer bringt wie im kantonalen Verfahren vor, dass bei Delikten gegen Individualinteressen der Einziehungsanspruch des Staates untergehe, wenn der rechtmässige Zustand gegenüber dem Geschädigten wiederhergestellt worden sei. Wenn der Geschädigte im Rahmen eines vor einem Gericht abgeschlossenen Vergleichs auf Schadenersatz beziehungsweise Restitution verzichte, falle der Einziehungsanspruch des Staates dahin. Der Vergleich sei ein im Zivilprozess anerkanntes Instrument der Streiterledigung. Mit dem Vergleich werde der rechtmässige Zustand wiederhergestellt. Unerheblich sei, in welchem Verhältnis die Vergleichssumme zum Schaden beziehungsweise zur Schadenersatzforderung stehe. Einem Vergleich hafte regelmässig an, dass er unter teilweiser Aufgabe einer ursprünglich eingenommenen Rechtsposition abgeschlossen werde. Vorbehalten sei allein der Fall, dass der Vergleich zur Umgehung der Einziehung abgeschlossen werde. Dies treffe vorliegend nicht zu.
5.2.2. Die Vorinstanz erwägt, es lasse sich durchaus die Auffassung vertreten, dass im Interesse der Einheit der Materie mit den zivilrechtlichen Ansprüchen des Geschädigten auch die einziehungsrechtlichen Ansprüche des Staates untergehen, wenn bei Straftaten gegen Individualinteressen der Anspruchsberechtigte in Kenntnis seiner deliktischen Schädigung ausdrücklich auf Schadenersatz beziehungsweise Restitution verzichte. Denn der Staat solle nicht gleichsam stellvertretend auf einen Vermögenswert greifen, auf welchen der primär Berechtigte willentlich verzichtet habe. Die einziehungsrechtlichen Ansprüche des Staates seien indessen so lange zu bejahen, als nicht durch Aushändigung an den Geschädigten der rechtmässige Zustand vollständig wiederhergestellt worden sei. Nach der Auffassung der Vorinstanz steht der am 1. Dezember 2005 vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich abgeschlossene Vergleich einer Einziehung nicht entgegen, zumal die Vergleichssumme nur rund 10 % der Schadenersatzforderung respektive 17 % des Deliktsbetrags ausmacht und zudem im Zeitpunkt des Vergleichs das Ausmass des deliktischen Verhaltens und des dadurch verursachten Schadens noch nicht feststanden (Urteil S. 111).
5.3. Das Gericht verfügt die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine Straftat erlangt worden sind, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden (Art. 70 Abs. 1 StGB). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, so erkennt das Gericht auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe (Art. 71 Abs. 1 StGB).
Die Einziehung und die staatliche Ersatzforderung beruhen auf dem Gedanken, dass sich strafbares Verhalten nicht lohnen darf (BGE 129 IV 305 E. 4.2.5; 117 IV 107 E. 2a; je mit Hinweisen). Die Einziehung des durch die Straftat erlangten Vermögenswerts kommt nur in Betracht, sofern er nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt wird. Die Aushändigung an den Verletzten gemäss Art. 70 Abs. 1 in fine StGB hat somit Vorrang vor der Einziehung (BGE 129 IV 322 E. 2.2.4 mit Hinweisen).
Die Einziehung ist eine strafrechtliche sachliche Massnahme. Sie ist zwingend anzuordnen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind. Die Einziehung steht auch bei Delikten gegen den Einzelnen nicht zur Disposition des durch die Straftat Geschädigten. Sie knüpft nicht an die rechtswidrige schädigende Handlung, sondern an die Straftat an. Verzichtet der Geschädigte beispielsweise im Rahmen eines Vergleichs gänzlich oder teilweise auf Schadenersatz beziehungsweise Restitution, so bleibt die schädigende Handlung gleichwohl eine Straftat und ist der dadurch erlangte Vermögenswert einzuziehen. Ein Vergleich steht der Einziehung nicht entgegen (anderer Auffassung NIKLAUS SCHMID, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Bd. I, 2. Aufl. 2007, Art. 70-72 StGB N. 67 Fn. 379, N. 99; wohl auch FLORIAN BAUMANN, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl. 2007, Art. 70/71 StGB N. 35). Dabei ist es unerheblich, in welchem Verhältnis die Vergleichssumme zum Schaden respektive zum Vermögensvorteil steht. Die Ansicht, dass ein Vergleich der Einziehung nicht entgegensteht, wird auch von der - wohl herrschenden - Lehre in Deutschland vertreten ( SCHÖNKE/SCHRÖDER/ESER, Kommentar, 28. Aufl. 2010, § 73 D-StGB N. 23, 27; THOMAS FISCHER, Kommentar, 60. Aufl. 2013, § 73 D-StGB N. 23; vgl. auch BGH vom 11. Mai 2006 in NStZ 2006 S. 621 ff.; OLG München vom 19. April 2004 in NStZ 2004 S. 443 f.). Die Ausschlussklausel im Sinne von Art. 70 Abs. 1 in fine StGB kann nicht als ein Privileg des Täters beziehungsweise des Einziehungsbetroffenen verstanden werden. Der Schutzzweck von Art. 70 Abs. 1 in fine StGB, wonach der durch die strafbare Handlung erlangte Vermögenswert dem Geschädigten in einem einfachen Verfahren ausgehändigt wird, der Täter aber nicht zweimal zahlen soll, kann den Abschöpfungszweck von Art. 70 Abs. 1 StGB, wonach sich strafbares Verhalten nicht lohnen darf, nicht aushebeln. Der Geschädigte kann zwar darüber entscheiden, was er vom Täter oder vom Dritten, der von der Tat profitierte, herausverlangen will. Er kann aber nicht darüber entscheiden, was der Täter oder der Dritte durch die Tat erlangt hat und behalten darf.
Nach der Rechtsprechung ist der durch ein Antragsdelikt erlangte Vermögenswert auch einzuziehen, wenn ein gültiger Strafantrag fehlt. Denn es ist nicht ersichtlich, weshalb sich in diesem Fall ein tatbestandsmässiges und rechtswidriges Verhalten doch lohnen darf (BGE 129 IV 305 E. 4.2). Daraus folgt a fortiori, dass ein Vergleich der Einziehung nicht entgegensteht. Durch den Vergleich wird zwar zwischen den Parteien der rechtmässige Zustand wiederhergestellt. Dies bedeutet aber nur, dass eine Aushändigung des durch die Straftat erlangten Vermögenswerts an den Verletzten im Sinne von Art. 70 Abs. 1 in fine StGB zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes nicht mehr zu erfolgen hat. Daraus folgt nicht, dass die Einziehung ausser Betracht fällt. Vielmehr muss der durch die Straftat erlangte Vermögenswert eingezogen werden, sofern und soweit er aus irgendwelchen Gründen nicht gemäss Art. 70 Abs. 1 in fine StGB dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt wird. Bei der Bestimmung der Einziehungssumme respektive der staatlichen Ersatzforderung ist allerdings zur Vermeidung einer Doppelbelastung des Einziehungsbetroffenen (siehe dazu BGE 117 IV 107 E. 2a) die Summe abzuziehen, welche der Einziehungsbetroffene in Erfüllung des Vergleichs bezahlt hat.
5.4. Die Vorinstanz ordnet in Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheids die Einziehung respektive eine staatliche Ersatzforderung nur in Bezug auf die Vermögenswerte an, welche der Beschwerdeführer dadurch erlangte, dass er am 25. April 2000 von der A._ 45'000 B._-Aktien zu dem von ihm als Kaufpreis festgesetzten Nennwert von Fr. 10.-- anstatt zum NAV von Fr. 20.76 erwarb. Von diesem Vermögenswert zieht die Vorinstanz den Betrag von Fr. 93'000.-- ab, zu dessen Zahlung sich der Beschwerdeführer durch den Vergleich vom 1. Dezember 2005 mit der A._ anteilsmässig verpflichtet und welchen er tatsächlich bezahlt hat. Daraus resultiert eine staatliche Ersatzforderung in der Höhe von Fr. 391'200.-- (Urteil S. 106, 117).
Es ist unerheblich, ob die Vergleichssumme von Fr. 350'000.-- entsprechend den Feststellungen der Vorinstanz nur rund 17 % des Deliktsbetrags ausmacht oder ob das Verhältnis zwischen der Vergleichssumme und dem Deliktsbetrag, wie der Beschwerdeführer behauptet, unter Berücksichtigung von Gegenansprüchen in Tat und Wahrheit grösser ist. Einzuziehen ist der durch die strafbare Handlung erlangte Vermögenswert unter Abzug bereits erfolgter Rückzahlungen. Die Vorinstanz weist zwar darauf hin, dass die Vergleichssumme von Fr. 350'000.-- lediglich 10 % der ursprünglichen Schadenersatzforderung der A._ respektive 17 % des Deliktsbetrags ausmacht. Sie begründet die Einziehung beziehungsweise die staatliche Ersatzforderung aber entgegen der Meinung des Beschwerdeführers nicht damit, dass ein Missverhältnis zwischen der Vergleichssumme und der ursprünglichen Schadenersatzforderung respektive dem Deliktsbetrag bestehe. Die Vorinstanz hält unmissverständlich fest, dass einziehungsrechtliche Ansprüche des Staates so lange zu bejahen sind, "als nicht durch Aushändigung an den Geschädigten der rechtmässige Zustand wiederhergestellt ist, und zwar vollständig" (Urteil S. 111). Daraus ergibt sich, dass die Vorinstanz eine Einziehung respektive staatliche Ersatzforderung auch angeordnet hätte, wenn die Vergleichssumme beispielsweise 70 % der ursprünglichen Schadenersatzforderung betragen hätte.
6.
Die Beschwerde ist in allen Punkten abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. April 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Näf