Faits:
A. A.a B.X._ et A.X._ ont contracté mariage le 19 juin 1974 à C._. Le couple a deux enfants, aujourd'hui majeurs.
Les époux X._ ont adopté le régime de la séparation de biens par acte notarié du 13 juin 1974.
A.b B.X._ et A.X._ étaient copropriétaires pour moitié chacun de la parcelle no 2247, sise sur la Commune de D._, sur laquelle est érigée la villa ayant constitué leur domicile conjugal, de son acquisition jusqu'à la séparation des époux.
Le bien immobilier a été acquis par acte notarié des 4 et 15 décembre 1980, pour le prix de 615'000 fr. Ce montant a été acquitté à hauteur de 175'000 fr. le jour de la signature de l'acte, de 360'000 fr. que les époux s'engageaient à verser le jour de l'entrée en jouissance, et de 80'000 fr., qu'ils s'engageaient à payer le 15 décembre 1980.
Le montant de 175'000 fr. a été acquitté au moyen des fonds propres de B.X._. La somme de 360'000 fr. a quant à elle été financée par un crédit hypothécaire, consenti à l'époque par l'Union des Banques Suisses, dont les parties étaient conjointement et solidairement débitrices. Il n'est pas contesté que le mari a intégralement remboursé ce prêt. De même, il est établi que c'est ce dernier qui s'est acquitté du montant de 80'000 fr. correspondant au solde du prix de vente.
Pendant la vie commune, l'époux a financé la réalisation de différents travaux sur la villa. Seul demeure toutefois encore litigieux l'investissement lié au couvert à voitures.
B. B.a Par jugement du 29 juin 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé le divorce des parties.
Il a notamment ordonné le partage de la copropriété, dit qu'elle serait vendue de gré à gré, les opérations de partage étant renvoyées à être organisées par ordonnance séparée.
Le 17 septembre 2009, le Tribunal a ordonné la vente du bien immobilier, fixé la mise à prix à 1'900'000 fr. - montant correspondant à la valeur retenue par expertise - et désigné un notaire pour procéder aux opérations de partage.
La propriété a finalement été vendue en avril 2011, pour le prix de 2'400'000 fr.
Le 29 novembre 2011, le Tribunal de première instance a notamment pris acte de la vente, constaté que, sur le produit de celle-ci, 175'000 fr. devaient être restitués à B.X._ et 741'101 fr. 85 à A.X._, cela au titre des apports investis dans le bien immobilier (ch. 2), dit que le solde du prix de vente, après déduction des frais et honoraires du notaire et après restitution des apports investis par chacune des parties, devait être partagé par moitié entre elles (ch. 3).
B.b Statuant sur appel de A.X._ le 27 avril 2012, la Cour de justice a annulé le ch. 2 et l'a réformé en ce sens que, sur le produit de vente, 175'000 fr. devaient être restitués à l'épouse et 747'701 fr. 85 à l'appelant, les parties étant déboutées de toutes autres conclusions.
C. Agissant le 1er juin 2012 par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, A.X._ conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et à sa réforme en ce sens qu'il soit dit que les fonds propres qu'il a investis dans la propriété se chiffrent à 767'701 fr. 85, ce montant devant lui être restitué, et qu'il soit ensuite ordonné que le solde du bénéfice du prix de vente soit réparti à raison de 80% en sa faveur et de 20% en celle de son épouse.
Des observations n'ont pas été demandées.
Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté dans le délai légal (art. 100 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance statuant sur recours (art. 75 LTF). Le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt digne de protection à la modification de la décision attaquée, a la qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), de sorte que le recours en matière civile est en principe recevable.
2. 2.1.1 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués et le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 134 III 102 consid. 1.1; 130 III 297 consid. 3.1).
2.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 134 IV 36 consid. 1.4.1; 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF; ATF 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Il ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 et les arrêts cités).
3. Le recourant reproche avant tout à la cour cantonale d'avoir arbitrairement refusé de retenir qu'il avait financé le couvert du garage pour un montant de 20'000 fr.
3.1 La juridiction cantonale a considéré que le recourant n'avait pas démontré le coût de cet investissement, ce qui suffisait à justifier le fait que ce poste ne fût pas retenu au nombre des apports effectués par l'intéressé sur la copropriété.
3.2 Le recourant soutient que tant l'existence que le coût du couvert à voiture n'étaient pas contestés, seul l'étant en revanche la preuve de son paiement. Dès lors que l'intimée ne prétendait pas avoir exercé une activité rémunérée, ni avoir perçu de revenus durant la vie conjugale, la cour cantonale ne pouvait, sans arbitraire, conclure qu'il n'avait pas démontré le paiement litigieux.
3.3 Le recourant est parvenu à démontrer s'être acquitté de différents travaux effectués sur la villa par la production de diverses pièces (factures, devis, récépissés) justifiant ses investissements (coûts et prise en charge par lui-même). Les instances cantonales ont en conséquence retenu qu'il était en droit de recevoir l'équivalent de ces impenses sur le prix de vente de la maison avant que celui-ci ne soit partagé entre les parties. S'agissant du financement du couvert à voiture, le recourant n'a néanmoins été en mesure d'attester par pièces ni son coût, ni même sa prise en charge: or, contrairement à ce qu'il prétend, les instances cantonales n'ont jamais confirmé le montant de cet investissement et l'intimée l'a contesté dans sa réponse à l'appel, de sorte qu'il n'est pas établi. C'est donc sans arbitraire que la cour cantonale a décidé de ne pas retenir le montant de ce poste dans les investissements opérés par le recourant.
4. Le recourant s'en prend ensuite à la clé de répartition du bénéfice lié à la réalisation de la copropriété - une fois préalablement restitué le montant des apports effectués par chacun des époux.
4.1 La Cour de justice a considéré que, à défaut de dispositions légales expresses sur la liquidation des rapports patrimoniaux liés à la copropriété, il convenait de s'inspirer des principes généraux, notamment des dispositions sur la société simple. Elle a en outre jugé que cette forme juridique convenait bien au cas d'espèce dès lors que les conjoints avaient décidé d'acquérir en commun un bien immobilier et avaient tous deux procédé à des apports de fonds propres, l'époux rendant en outre possible - vu le revenu de son travail - l'octroi d'un crédit hypothécaire ainsi que l'entretien courant de la villa. La juridiction en a ainsi déduit qu'ils formaient une société simple de fait, les parties apparaissant, du fait de la séparation de biens, dans une situation proche de celle de simples investisseurs ou de concubins. S'agissant de la liquidation, les juges cantonaux ont retenu qu'une fois restitués les apports effectués par chacune des parties - la dette étant en effet déjà remboursée -, il convenait de répartir le solde du prix de vente entre chacune à parts égales, aucun élément ne permettant en effet de retenir que le couple eût convenu d'une répartition du bénéfice en fonction de leurs apports.
4.2 Le recourant invoque pour l'essentiel la conclusion d'un accord tacite entre les parties, selon lequel la répartition de la plus-value devait se faire au prorata des investissements respectifs. L'existence de cette convention, qui ressortirait expressément des conclusions prises par l'intimée dans sa demande en divorce, n'avait pourtant arbitrairement pas été retenue par la cour cantonale. Or, en excluant l'existence d'un tel accord et en privilégiant l'application des règles relatives à la liquidation de la société simple, les juges cantonaux avaient adopté une solution conduisant à présumer que le recourant entendait effectuer une donation en faveur de son épouse, volonté qui ne ressortait cependant nullement de l'ensemble des faits qu'ils avaient établis et qui, conformément à la jurisprudence 5A_87/2010, ne pouvait être présumée, même entre époux. Le recourant soulève encore que l'application de la solution cantonale privilégierait son ex-épouse de manière exorbitante, de sorte qu'il appartenait à celle-ci de démontrer de manière particulièrement stricte qu'il acceptait d'être ainsi lésé dans ses propres intérêts; cette preuve n'avait cependant pas été apportée par l'intéressée.
4.2 Le recourant invoque pour l'essentiel la conclusion d'un accord tacite entre les parties, selon lequel la répartition de la plus-value devait se faire au prorata des investissements respectifs. L'existence de cette convention, qui ressortirait expressément des conclusions prises par l'intimée dans sa demande en divorce, n'avait pourtant arbitrairement pas été retenue par la cour cantonale. Or, en excluant l'existence d'un tel accord et en privilégiant l'application des règles relatives à la liquidation de la société simple, les juges cantonaux avaient adopté une solution conduisant à présumer que le recourant entendait effectuer une donation en faveur de son épouse, volonté qui ne ressortait cependant nullement de l'ensemble des faits qu'ils avaient établis et qui, conformément à la jurisprudence 5A_87/2010, ne pouvait être présumée, même entre époux. Le recourant soulève encore que l'application de la solution cantonale privilégierait son ex-épouse de manière exorbitante, de sorte qu'il appartenait à celle-ci de démontrer de manière particulièrement stricte qu'il acceptait d'être ainsi lésé dans ses propres intérêts; cette preuve n'avait cependant pas été apportée par l'intéressée.
4.3 4.3.1 Les époux inscrits comme copropriétaires au registre foncier sont présumés avoir acquis l'immeuble en copropriété dès lors que les faits dont les inscriptions au registre foncier attestent l'existence bénéficient de la valeur probante accrue découlant de l'art. 9 CC (ATF 138 III 150 consid. 5.1.2 et les références; arrêt 5A_87/2012 du 25 mai 2012 consid. 5.1). Le droit inscrit existant en vertu de la présomption réfragable de l'art. 937 al. 1 CC, il appartient dès lors à celui qui conteste la copropriété de la personne inscrite d'établir l'invalidité du titre d'acquisition (cf. ATF 138 III 150 consid. 5.1.2 et les références; arrêt 5A_87/2012 du 25 mai 2012 consid. 5.1).
Lorsque le partage de la copropriété s'effectue par la vente (art. 651 al. 2 CC), le produit net de celle-ci est réparti entre les époux conformément à leurs quotes-parts respectives, après déduction des montants liés aux investissements effectués par chacun d'eux (arrêt 5A_600/2010 du 5 janvier 2011 consid. 6.1). Une modification de cette répartition, et donc des quotes-parts, doit être prévue en la forme authentique (ATF 111 II 26 consid. 5 et la référence doctrinale; CHRISTOPH BRUNNER/JÜRG WICHTERMANN in: Basler Kommentar, ZGB II, 4e éd. 2011, n. 12 ad art. 646 CC).
4.3.2 En l'espèce, les époux sont inscrits au registre foncier en tant que copropriétaires à raison de la moitié chacun. Après restitution des fonds propres investis par l'un et l'autre conjoint - aucune donation de l'un à l'autre n'est établie, que ce soit au moment de l'acquisition ou lors des travaux ultérieurs -, le produit de la vente doit en conséquence être réparti entre eux à parts égales. Toute autre distribution du bénéfice présuppose en effet une modification du régime de la copropriété par moitié inscrite au registre foncier, laquelle nécessite le respect de la forme authentique. Il s'ensuit que l'argumentation du recourant, selon laquelle il existerait un accord tacite entre les parties ne peut qu'être rejetée.
5. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de son auteur (art. 66 al.1 LTF). L'intimée ne peut prétendre à aucune indemnité de dépens dès lors qu'elle n'a pas été invitée à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 15 août 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso