Sachverhalt:
A. Gegen X._ wurden am 15. Juli 1999, 8. August 2000 und 19. April 2001 drei Anklagen wegen Sachbeschädigung, mehrfachem Hausfriedensbruch, mehrfacher versuchter Nötigung, Verletzung des Privatbereichs durch Aufnahmegeräte, unlauteren Wettbewerbs, mehrfachen Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen, mehrfacher Rassendiskriminierung und einfacher Körperverletzung erhoben. Am 28. April 2003 erfolgte eine vierte Anklage wegen Rassendiskriminierung.
B. Das Obergericht des Kantons Zürich hob das erstinstanzliche Urteil des Bezirksgerichtes Bülach vom 7. November 2001 betreffend die ersten drei Anklagen mangels Bestellung eines amtlichen Verteidigers im erstinstanzlichen Verfahren mit Beschluss vom 20. August 2002 auf und wies die Sache zur Neubeurteilung ans Bezirksgericht zurück.
Am 3. September 2003 fällte das Bezirksgericht Bülach erneut ein Urteil, dieses Mal in Bezug auf alle vier Anklagen. Nach Weiterzug dieses Urteils an das Obergericht und an das Kassationsgericht des Kantons Zürich hiess Letzteres am 4. Oktober 2005 eine Nichtigkeitsbeschwerde gut. Es hob das obergerichtliche Urteil auf und ordnete infolge nicht heilbarer Verfahrensmängel die Rückweisung an das Bezirksgericht Bülach an.
Am 26. Oktober 2007 trat das Bezirksgericht Bülach auf die ersten drei Anklagen zufolge Verjährung nicht ein. Hingegen sprach es X._ bezüglich der Anklage vom 28. April 2003 in zwei von drei Punkten (lit. a und c der Anklage) schuldig und bestrafte ihn mit einer unbedingt vollziehbaren Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 130.--.
X._ verlangte mit Berufung an das Obergericht einen vollumfänglichen Freispruch. Auch die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich focht das Urteil an. Sie beanstandete den Nichteintretensbeschluss in Bezug auf die beiden Anklagen vom 8. August 2000 und 19. April 2001. Das Obergericht des Kantons Zürich stellte mit Beschluss vom 28. August 2008 fest, dass das Urteil des Bezirksgerichtes Bülach vom 26. Oktober 2007 hinsichtlich des Nichteintretens auf die Anklage vom 15. Juli 1999 und des Freispruchs vom Vorwurf der Rassendiskriminierung gemäss lit. b der Anklage vom 23. April 2003 rechtskräftig geworden ist. Es erwog, die in der Anklage vom 19. April 2001 enthaltenen Delikte seien verjährt. Die Verfolgungsverjährung für die Delikte gemäss Anklageschrift vom 8. August 2000 sei hingegen noch nicht eingetreten. Es hob das Urteil des Bezirksgerichtes Bülach vom 26. Oktober 2007 auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an die erste Instanz zurück.
Auf die von X._ dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde trat das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Zirkulationsbeschluss vom 6. März 2009 nicht ein.
C. X._ erhebt mit Schreiben vom 9. April 2009 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 28. August 2008. Er beantragt, der Beschluss sei aufzuheben. Es sei festzustellen, dass die ihm in der Anklageschrift vom 8. August 2000 zur Last gelegten Delikte verjährt seien.
Mit einem zweiten Schreiben vom 13. April 2009 erhebt er auch gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichtes vom 6. März 2009 Beschwerde in Strafsachen. Darin verlangt er, den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichtes aufzuheben und die Sache zur Gewährung des rechtlichen Gehörs an das Kassationsgericht zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Verfahrensgegenstand bildet vorliegend nur die Anklageschrift vom 8. August 2000. Der Beschwerdeführer beanstandet den Rückweisungsbeschluss des Obergerichtes vom 28. August 2008 nicht, sofern die Schuldsprüche bezüglich lit. a und c der Anklageschrift vom 28. April 2003 betroffen sind.
1.2 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit eines Rechtsmittels von Amtes wegen mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 134 IV 36 E. 1 S. 37 mit Hinweis). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
1.3 Das Obergericht hat das Verfahren an das erstinstanzliche Bezirksgericht Bülach zurückgewiesen, da die Verfolgungsverjährung bezüglich der Anklageschrift vom 8. August 2000 noch nicht eingetreten sei. Beim Urteil des Obergerichtes handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das kantonale Verfahren nicht beendet. Der Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichtes, mit welchem es auf die Nichtigkeitsbeschwerde nicht eingetreten ist, stellt ebenfalls einen Zwischenentscheid dar, da insoweit die Rückweisung durch das Obergericht an die erste Instanz bestehen bleibt. Vorliegend fehlt es aber an der Voraussetzung, dass durch die Gutheissung der Beschwerde ein bedeutender Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte (BGE 133 IV 121 E. 1.3.5 S. 125; vgl. Urteil 6B_514/2007 vom 19. Februar 2008 E. 1.1. mit Hinweis). Die Rückweisung zur Neubeurteilung erfolgte insbesondere auch bezüglich lit. a und c der Anklageschrift vom 23. April 2003. Diese Punkte wird die erste Instanz neu beurteilen müssen. Im Rahmen dieser Neubeurteilung kann sie ohne zusätzlichen Aufwand die in der Zwischenzeit eingetretene Verjährung in Bezug auf die Anklageschrift vom 8. August 2000 feststellen. Deshalb ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.4 Auch aus nachfolgenden Gründen könnte auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids hat. Das Bundesgericht hat zur früheren eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde entschieden, dass ein rechtlich geschütztes Interesse an der materiellen Überprüfung des letztinstanzlichen kantonalen Entscheids entfällt, wenn eine Änderung im angefochtenen Strafpunkt nicht mehr erfolgen kann. Eine solche Änderung ist ausgeschlossen, wo eine Verurteilung infolge Verjährung nicht mehr möglich ist (BGE 116 IV 80 E. 2a S. 81 f. mit Hinweisen). Der Eintritt der absoluten Verfolgungsverjährung nach Ausfällung des freisprechenden letztinstanzlichen Urteils bewirkte deshalb im Verfahren der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde, dass mangels eines rechtlich geschützten Interesses auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann (BGE 116 IV 80 E. 2b S. 82 mit Hinweis). Diese Rechtsprechung behält ihre Gültigkeit für das seit dem 1. Januar 2007 in Kraft getretene Bundesgerichtsgesetz (BGG) und für die Beschwerde in Strafsachen. Sie ist sinngemäss auch auf Rückweisungsentscheide kantonaler Instanzen anzuwenden, welche materiell nicht beurteilte Anklagepunkte betreffen und vor Bundesgericht angefochten werden. In beiden Fällen liegt kein Urteil vor, welches die Verfolgungsverjährung beenden würde. Tritt im angefochtenen Punkt die Verjährung nach der Ausfällung des angefochtenen kantonalen Rückweisungsentscheids ein, fehlt ein rechtlich geschütztes Interesse zur Beschwerde in Strafsachen.
1.5 Das Obergericht führt in seinem Beschluss vom 28. August 2008 aus, nach altem, vor dem 1. Oktober 2002 geltenden Recht habe die Verfolgungsverjährung am 8. August 2000 zu laufen begonnen und sei bis zum obergerichtlichen Urteil am 29. November 2004 während vier Jahren, drei Monaten und 21 Tagen gelaufen. Anschliessend habe die Frist bis zum Urteil des Kassationsgerichtes am 4. Oktober 2005 geruht. Danach sei sie infolge Gutheissung der Nichtigkeitsbeschwerde weitergelaufen. Die absolute Verjährung trete am 13. Dezember 2008 ein, sofern bis dahin kein neues Urteil ergehe.
1.6 Der Beschwerdeführer hat seine Beschwerden gegen den Beschluss des Obergerichtes vom 28. August 2008 und gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichtes des Kantons Zürich am 9. April 2009 bzw. 13. April 2009 eingereicht. Er hat sie zu einem Zeitpunkt erhoben, in welchem nach der im Beschluss des Obergerichtes vom 28. August 2008 vertretenen Auffassung die absolute Verfolgungsverjährung bereits eingetreten ist. Damit fehlt es dem Beschwerdeführer an einem Feststellungsinteresse und insoweit an einem rechtlich geschützten Interesse zur Beschwerdeführung gegen die angefochtenen Entscheide. Auf seine Beschwerden wäre auch aus diesem Grund nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch