Erwägungen:
1. Beim steuerbaren Einkommen von X._ und Y._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 1999/2000 nahm das kantonale Steueramt Aargau eine Aufrechnung vor, weil es von einem simulierten Darlehen der durch die Eheleute gemeinsam beherrschten GmbH an den Gatten und somit von einer verdeckten Gewinnausschüttung ausging. Dagegen erhoben die Pflichtigen erfolglos Einsprache und danach Rekurs an das kantonale Steuerrekursgericht, bevor sie an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau gelangten. Dieses hiess ihre Beschwerde teilweise gut und reduzierte die Aufrechnung in dem Ausmass, als das Darlehen auf die Zeit vor der streitigen Bemessungsperiode entfiel.
Am 17. Juni 2008 haben die Eheleute X._-Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben; von einer Aufrechnung im Zusammenhang mit dem genannten Darlehen sei abzusehen. Das kantonale Steueramt schliesst auf Abweisung der Beschwerde, das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
2. 2.1 Angefochten ist der Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher an sich zulässig.
2.2 Auf die vorliegend zu beurteilenden Kantons- und Gemeindesteuern 1999/2000 ist das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz; StHG; SR 642.14) noch nicht anwendbar. Art. 72 Abs. 1 StHG verbietet den Bundesbehörden einen Eingriff in die kantonale Steuerhoheit für Sachverhalte, die noch in die achtjährige Anpassungsfrist bis zum 31. Dezember 2000 fallen (vgl. u.a. BGE 128 II 56 E. 1a/b S. 58 f.; 123 II 588 E. 2d/e S. 593 f.). Die unrichtige Anwendung von nicht harmonisiertem kantonalem Recht wird - ausserhalb von schweren Grundrechtseingriffen, die hier nicht geltend gemacht werden - nur über das Willkürverbot erfasst (vgl. BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158). Hierfür gilt die qualifizierte Rügepflicht nach Art. 106 Abs. 2 BGG. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4 S. 254 f.; 133 III 393 E. 6 S. 397). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist hier kaum zu erkennen, üben die Beschwerdeführer doch im Wesentlichen appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil. Wie es sich damit verhält, kann letztlich aber offen bleiben, da die Beschwerde ohnehin offensichtlich unbegründet ist und im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG (mit summarischer Begründung) abgewiesen werden kann.
2.3 Die Beschwerdeschrift enthält in Bezug auf die materiell streitige Frage keine tauglichen Rügen und setzt sich mit der Argumentation der Vorinstanz nicht wirklich auseinander; insbesondere ist der blosse Hinweis auf eine Kommentarstelle zum Nachweis der Willkür bei der Annahme einer geldwerten Leistung durch simulierte Darlehensgewährung nicht geeignet (zum Willkürbegriff des Art. 9 BV: BGE 131 I 467 E. 3.1 S. 473 f. mit Hinweisen).
Ausserdem sind die formellen Rügen unbegründet: Die Urteilsbegründung des Verwaltungsgerichts genügt den verfassungsrechtlichen Anforderungen; sie ist in sich schlüssig; auch musste sich die Vorinstanz nicht mit jedem Einwand der Beschwerdeführer auseinandersetzen. Aufgrund der allgemein gehaltenen und nicht näher belegten Behauptung in der kantonalen Beschwerdeschrift, wonach es in der Praxis unzählige ähnlich gelagerte bzw. viel krassere Fälle gebe, bei denen keine Einkommensaufrechnung vorgenommen werde, war das Verwaltungsgericht sodann nicht gehalten, einen entsprechenden Bericht des Steueramtes einzuholen; von einer Gehörsverweigerung kann diesbezüglich nicht die Rede sein. Inwiefern der Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder unvollständig festgestellt worden wäre, ist schliesslich nicht erkennbar; die Beschwerdeführer übersehen, dass es nach der (nicht in tauglicher Weise als willkürlich gerügten) rechtlichen Betrachtungsweise der Vorinstanz nicht darauf ankommt, ob das Darlehen in späteren Perioden reduziert werden konnte.
3. Die Beschwerde ist, soweit darauf eingetreten werden kann, im Verfahren gemäss Art. 109 BGG abzuweisen. Dementsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Matter