Faits:
A. La société X._ SA est propriétaire de la parcelle n° xxx de la commune de A._ (Vaud), qui est bordée au nord par une forêt.
Dans le courant de l'année 2007, Y._ SA, dont le but social est la location et le montage d'échafaudages et d'installations de levage, a manifesté le souhait de prendre à bail, sur cette parcelle, une surface de 6'000 m2 pour y effectuer des aménagements et des constructions en vue de stocker le matériel nécessaire à son exploitation. Elle a dressé un plan prévoyant deux places de stockage et trois halles, séparées les unes des autres par des couloirs de circulation; la surface indiquée sur le plan va jusqu'à la lisière de la forêt.
Les administrateurs des deux sociétés ont signé ce plan pour approbation le 11 juillet 2007.
X._ SA a chargé un bureau d'architectes d'établir un plan, avec la participation de Y._ SA, qui a été soumis à l'enquête publique et qui prévoit l'aménagement de deux zones de stockage et places de parc, ainsi que la construction de deux halles de stockage ouvertes et de deux bureaux.
Le 26 septembre 2007, la municipalité de A._ a délivré le permis de construire, en indiquant notamment que les conditions fixées dans le rapport de synthèse établi par la centrale des autorisations devaient être respectées. Ce rapport mentionnait les remarques du service des forêts; il indiquait en particulier qu'il était interdit, sans autorisation du service forestier, de faire des dépôts ou de procéder à des aménagements importants à moins de dix mètres des lisières. Ni le plan d'origine, ni celui soumis à l'enquête publique ne prévoient de zone de stockage dans la bande de dix mètres à la lisière de la forêt.
Par contrat de bail à loyer pour locaux commerciaux du 25 octobre 2007, X._ SA (ci-après: la bailleresse) a cédé à Y._ SA (ci-après: la locataire) l'usage d'un terrain d'environ 6'000 m2 sur la parcelle n° xxx de la commune de A._, à l'usage "d'entreposage de matériel" moyennant un loyer mensuel net de 6'000 fr. Le contrat indique qu'il prend effet le 1er décembre 2007 pour une durée de vingt ans et qu'il se renouvelle ensuite tacitement de cinq ans en cinq ans, sauf congé donné douze mois avant l'échéance (pièce n° 2 de la bailleresse; complètement d'office: art. 105 al. 2 LTF). Il est précisé qu'une différence dans le calcul de la surface ne donnerait lieu à une modification du loyer que si elle dépassait 2% de plus ou de moins; par ailleurs, il était indiqué que la surface louée avait environ 6'000 m2 et que le loyer était calculé à raison de 12 fr. le m2 par année.
Au moment de la conclusion de ce contrat, le sol de la parcelle était recouvert de gravillon enrobé jusqu'à la lisière de la forêt.
Par lettre du 30 janvier 2008, la municipalité de A._ a estimé que les aménagements effectués ne correspondaient pas à l'autorisation. Un nouveau plan a été mis à l'enquête et une nouvelle autorisation a été délivrée le 10 juin 2008. Il résulte de l'intervention de la municipalité que la bailleresse devait mettre en herbe une zone de dix mètres avant la forêt.
Dans le courant du printemps 2008, la bailleresse a fait enlever l'enrobé qui couvrait la bande de dix mètres en cause et y a semé de l'herbe. La locataire s'est plainte que cette bande de terrain était désormais inutilisable pour elle.
Par courrier du 16 juillet 2008, elle a exigé une compensation consistant soit en une baisse de loyer, soit en la mise à disposition d'une surface compensatoire.
Par courrier du 28 août 2008, la bailleresse a contesté l'existence d'un défaut de la chose louée et a refusé d'entrer en matière.
B. Après l'échec de la tentative de conciliation, la locataire a ouvert action le 8 juin 2009 devant le Tribunal des baux du canton de Vaud et conclu, avec suite de dépens, à ce que le loyer soit réduit de 700 fr. par mois et à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui restituer le trop-perçu.
La bailleresse a conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 5 février 2010, le Tribunal des baux du canton de Vaud a réduit le loyer mensuel de 5%, soit 300 fr. par mois, et condamné la bailleresse à restituer, à titre de trop-perçu, la somme de 7'500 fr. correspondant à la période comprise entre le 1er décembre 2007 et le 30 décembre 2009, ainsi que 300 fr. par mois dès le 1er janvier 2010 et jusqu'à droit jugé, statuant par ailleurs sur les frais et dépens.
Saisie d'un recours formé par chacune des parties, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois, par arrêt du 1er mars 2011, a confirmé le jugement attaqué et statué sur les frais et dépens. La cour cantonale a relevé que la locataire avait opté pour une réduction du loyer et qu'elle ne pouvait donc pas invoquer les règles sur l'invalidation partielle du contrat en cas d'erreur essentielle. Adoptant l'argumentation des premiers juges, elle a retenu que la locataire pouvait compter avec l'usage de la surface litigieuse pour y circuler avec des véhicules et y déplacer du matériel, notamment pour accéder avec des véhicules aux aires de stockage afin d'y charger ou décharger du matériel, dès lors que cette surface, au moment de la conclusion du contrat, était recouverte de gravier enrobé. La transformation de la bande recouverte de gravier enrobé en un terrain herbeux ne permet plus au locataire d'utiliser cette surface conformément à l'usage convenu entre les parties; en conséquence, la cour cantonale a retenu l'existence d'un défaut qui doit être qualifié de gravité moyenne et qui donne lieu à une réduction de loyer fixée en équité, en tenant compte de la moindre importance de cette zone.
C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 1er mars 2011. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits et une violation de l'art. 259a CO, elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au rejet de la demande formée par la locataire, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale.
L'intimée a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens.
La requête d'effet suspensif sollicitée par la recourante a été rejetée par ordonnance présidentielle du 12 septembre 2011.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de droit du bail (art. 74 al. 1 let. a et 51 al. 4 LTF; ATF 121 III 397 consid. 1 p. 399), le recours est recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. b, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc être formé pour violation d'un droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 329; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 304 consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 136 I 184 consid. 1.2 p. 187; 133 IV 286 consid. 1.4 et 6.2). Si la partie recourante invoque l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits, elle doit motiver ce grief conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 Il ressort des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que les parties sont convenues que la recourante cédait à l'intimée l'usage d'une surface de terrain moyennant une somme d'argent que l'intimée s'engageait à lui payer chaque mois. Les parties ont donc conclu un contrat de bail à loyer au sens de l'art. 253 CO.
La cour cantonale a constaté - d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que l'intimée avait demandé une réduction du loyer en raison des faits dont elle se plaint. Une telle demande suppose l'existence d'un contrat valablement conclu. On doit donc déduire de l'attitude de la locataire qu'elle a ratifié le contrat par actes concluants et qu'elle ne peut plus se prévaloir - comme elle le fait dans ses observations - des règles applicables en cas d'erreur essentielle (arrêt 4C.326/2002 du 7 février 2003 consid. 3; arrêt 5P.360/2001 du 14 décembre 2001 consid. 4a et b; pour le cas de la vente: ATF 127 III 83 consid. 1b p. 85 s.).
2.2 La recourante se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
Elle invoque ainsi une garantie constitutionnelle (art. 9 Cst.) et il lui incombe de démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne pouvant entrer en matière que dans les limites de l'argumentation présentée (ATF 134 II 244 consid. 2.2 p. 246).
Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable. Le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 I 316 consid. 2.2.2 p. 318 s.; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560). L'art. 97 al. 1 LTF précise d'ailleurs qu'une correction de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves, la décision attaquée n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait une déduction insoutenable (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
En l'espèce, la recourante ne conteste pas que la surface louée (pour le prix de 12 fr. le m2 par année) s'étend jusqu'à la lisière de la forêt. Elle ne remet pas en cause le fait que la bande litigieuse était, au moment de la conclusion du contrat, recouverte de gravillon enrobé. Elle ne soutient pas qu'un tel revêtement ne permettait pas en soi de faire circuler des véhicules pour des travaux de manutention. Elle n'attaque pas non plus le fait que les parties n'avaient pas compris, au moment de la conclusion du contrat, que l'autorité entendait exiger l'enlèvement de ce revêtement sur la bande litigieuse et son remplacement par de l'herbe. Enfin, elle ne conteste pas que le remplacement du revêtement par de l'herbe empêche l'intimée d'y faire circuler des véhicules. Les faits essentiels pour trancher la cause ne sont donc pas contestés.
La recourante insiste sur le fait que la bande litigieuse n'empiète pas, selon la convention des parties, sur les zones réservées au stockage du matériel ainsi qu'à la circulation, c'est-à-dire les axes d'entrée et de sortie définis sur le périmètre. L'arrêt cantonal ne dit cependant pas le contraire. L'argument présenté n'enlève rien au fait que cette bande, en raison de son revêtement, pouvait être utilisée par des véhicules lors d'opérations de manutention. On ne voit donc pas que l'état de fait cantonal puisse être qualifié d'arbitraire.
La recourante voudrait manifestement établir que la bande litigieuse n'était d'aucune utilité pour l'intimée et ne lui servait à rien. Elle ne parvient cependant pas à montrer, en se référant de manière précise à des éléments du dossier, que ce fait résulterait de manière indiscutable de l'administration des preuves. Elle n'a donc pas établi l'arbitraire et ce grief doit être rejeté.
2.3 En examinant l'argumentation de la recourante, on peut se demander si elle ne soulève pas en réalité une question d'interprétation du contrat, portant plus précisément sur l'usage convenu. Or, s'il faut interpréter un contrat selon le principe de la confiance, il s'agit d'une question de droit que le Tribunal fédéral examine d'office (art. 106 al. 1 LTF).
Confronté à l'interprétation d'une disposition contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO; ATF 135 II 410 consid. 3.2 p. 412 s.). Déterminer ce qu'un cocontractant savait ou voulait au moment de conclure relève des constatations de fait; la recherche de la volonté réelle des parties est qualifiée d'interprétation subjective (ATF 131 III 606 consid. 4.1 p. 611). Si le juge parvient à établir une volonté réelle et concordante des parties, il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral conformément à l'art. 105 LTF. Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance; il doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances (on parle alors d'une interprétation objective). Le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime. L'application de ce principe est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner d'office (art. 106 al. 1 LTF); cependant, pour trancher cette question, il doit se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, dont la constatation relève du fait (ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 412 s.). Le principe selon lequel l'interprétation subjective a la priorité sur l'interprétation objective relève du droit (ATF 131 III 606 consid. 4.1 p. 611).
En l'espèce, il n'apparaît pas que la cour cantonale ait pu déterminer une réelle volonté concordante. Il faut donc déterminer la volonté des parties selon la théorie de la confiance.
La surface a été louée pour les besoins de l'entreprise intimée. La bailleresse a présenté un terrain qui était recouvert de gravillon enrobé jusqu'à la lisière de la forêt. La locataire était fondée à en déduire qu'elle pourrait utiliser ce revêtement conformément à sa destination en fonction des besoins de l'entreprise. Que la bande ait été "inconstructible" - ce que l'intimée savait selon la recourante - ne signifie pas qu'il était interdit de l'utiliser pour circuler et déplacer du matériel. Selon les constatations cantonales, la municipalité n'avait à cette époque pas manifesté clairement la volonté d'exiger le remplacement de la bande litigieuse par une zone herbeuse. Il faut donc déduire, selon la théorie de la confiance, que l'usage convenu portait aussi sur l'usage normal d'un revêtement de gravillon enrobé allant jusqu'à la lisière de la forêt.
2.4 Il a été constaté que le gravillon enrobé a été enlevé sur une bande de dix mètres devant la forêt et remplacé par de l'herbe, de sorte que l'intimée ne peut plus utiliser cette surface. Ainsi, cette bande n'est plus dans un état approprié à l'usage que l'intimée était en droit d'attendre au moment de la conclusion du contrat. Il y a donc bien un défaut de la chose louée (sur cette notion juridique: cf. ATF 135 III 345 consid. 3.2 p. 347). Une diminution de la surface utilisable constitue d'ailleurs typiquement un cas de défaut (arrêt 4C.81/1997 du 26 janvier 1998 consid. 3b). Que la recourante ait concédé, en cours de bail, une nouvelle aire de stockage - comme elle l'affirme - sans renégocier le loyer est ici sans pertinence.
Selon l'arrêt cantonal - non critiqué sur ce point -, l'interdiction de tout aménagement sur cette bande à la lisière de la forêt existait à l'origine. On se trouve donc en présence d'un défaut initial. Le locataire ayant accepté la chose, il ne peut faire valoir que les prétentions qu'il serait en droit d'élever si les défauts étaient apparus en cours de bail (art. 258 al. 2 CO). En l'espèce, le locataire a opté pour une réduction proportionnelle du loyer (art. 259a al. 1 let. b et art. 259d CO).
Bien qu'il s'agisse d'un défaut initial, il n'est pas nécessaire, pour réclamer une diminution du loyer, que le défaut exclue ou entrave considérablement l'usage convenu (art. 258 al. 3 let. a CO).
La réduction de loyer que peut exiger le locataire en application de l'art. 259d CO doit être proportionnelle au défaut et se détermine par rapport à la valeur de l'objet sans défaut; elle vise à rétablir l'équilibre des prestations entre les parties. En principe, il convient de procéder selon la méthode dite relative ou proportionnelle, telle qu'elle est pratiquée dans le contrat de vente: la valeur objective de la chose avec défaut est comparée avec sa valeur objective sans défaut, le loyer étant ensuite réduit dans la même proportion. Cependant, le calcul proportionnel n'est pas toujours aisé, notamment lorsque, comme en l'espèce, le défaut est de moyenne importance; il est alors admis qu'une appréciation en équité, par référence à l'expérience générale de la vie, au bon sens et à la casuistique n'est pas contraire au droit fédéral. Chaque fois qu'une autorité cantonale procède en équité (art. 4 CC), le Tribunal fédéral ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'instance inférieure; il n'intervient que si celle-ci a abusé de son pouvoir d'appréciation, c'est-à-dire si elle a retenu des critères inappropriés, si la décision rendue aboutit à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (ATF 130 III 504 consid. 4.1 p. 507 s.).
En l'espèce, la cour cantonale n'a pas fait un calcul fondé sur le nombre de m2 inutilisables comme l'aurait souhaité l'intimée, mais elle a pris en compte - comme l'a fait valoir la recourante - que cette bande se trouve dans une zone de moindre importance pour l'exploitation de l'entreprise intimée. Elle a donc fixé en équité la réduction de loyer à 300 fr. par mois. La recourante n'émet aucune critique précise sur ce point et on ne voit pas que la cour cantonale ait abusé de son pouvoir d'appréciation.
S'agissant ensuite de la restitution du trop-perçu, on peut se demander si celle-ci n'aurait pas dû être calculée à compter du moment où l'intimée a été effectivement privée de l'usage du gravillon enrobé sur la bande litigieuse. La recourante ne soulève pas cette question et l'arrêt cantonal ne contient aucune constatation précise à ce sujet. Il n'y a pas lieu de revenir sur une question qui n'est plus discutée devant le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 1.2).
L'arrêt attaqué ne viole donc pas le droit fédéral.
3. Il résulte des considérations qui précédent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée qui n'a pas recouru aux services d'un avocat et qui n'a pas établi avoir assumé des frais particuliers pour la défense de ses intérêts (cf. ATF 125 II 518 consid. 5b p. 519 s.; arrêt 4A_66/2010 du 27 mai 2010 consid. 3).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 2 décembre 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget