Sachverhalt:
A. Die W._ AG war der Ausgleichskasse des Kantons Zürich als beitragspflichtige Arbeitgeberin angeschlossen und rechnete mit ihr die paritätischen Sozialversicherungsbeiträge ab. Mit Entscheid vom 23. September 2003 eröffnete der Konkursrichter des Bezirksgerichts X._ über die Gesellschaft den Konkurs. Am 11. November 2003 stellte er das Konkursverfahren mangels Aktiven ein. Mit Verfügungen vom 22. September 2004 verpflichtete die Ausgleichskasse die ehemalige Präsidentin des Verwaltungsrats und Geschäftsführerin der W._ AG, F._, und die ehemaligen Mitglieder des Verwaltungsrates, Dr. P._, Dr. R._, Dr. S._ und Dr. A._, je als solidarisch Haftpflichtige zur Bezahlung von Schadenersatz im Betrag von Fr. 50'928.55. Mit Ausnahme von F._ erhoben sämtliche ehemaligen Mitglieder des Verwaltungsrates Einsprache. In teilweiser Gutheissung der Einsprachen setzte die Ausgleichskasse die Schadenersatzforderung mit Entscheiden vom 25. Mai 2005 gegenüber Dr. P._ und Dr. R._ auf Fr. 26'390.90 sowie gegenüber Dr. A._ und Dr. S._ auf Fr. 50'480.65 herab.
B. Die hiegegen erhobenen Beschwerden hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich in Bezug auf Dr. R._ und Dr. P._ gut und hob die entsprechenden Einspracheentscheide vom 25. Mai 2005 auf. Die Beschwerden von Dr. S._ und Dr. A._ hiess es in dem Sinne teilweise gut, als die Sache an die Ausgleichskasse des Kantons Zürich zurückgewiesen wurde, damit diese den von den beiden Beschwerdeführern geschuldeten Schadenersatz im Sinne der Erwägungen in betraglicher Hinsicht neu bemesse und anschliessend über die Höhe des Schadenersatzbetrages neu verfüge; im Übrigen wies es die Beschwerden von Dr. S._ und Dr. A._ ab (Entscheid vom 25. November 2008).
C. Dr. A._ und Dr. S._ lassen mit einer gemeinsamen Eingabe Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass sie keinen Schadenersatz für entgangene Beiträge schulden. Eventuell sei der vorinstanzliche Entscheid, soweit von ihnen angefochten, aufzuheben und die Sache an das kantonale Gericht zur richtigen und vollständigen Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts zurückzuweisen.
Die Ausgleichskasse des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die beigeladenen Dr. R._ und Dr. P._ reichen eine Vernehmlassung ein, ohne indessen einen Antrag zu stellen. Die beigeladene F._, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Nach Art. 90 des Bundesgesetzes über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit ist gemäss Art. 92 Abs. 1 BGG die Beschwerde ebenfalls zulässig. Gegen andere selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist laut Art. 93 Abs. 1 BGG die Beschwerde hingegen nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Auch wenn Rückweisungsentscheide das Verfahren nicht abschliessen, werden sie dennoch wie Endentscheide behandelt, falls der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteile 2C_596/2007 vom 24. Juni 2008 E. 1.2, in: RDAF 2008 II S. 390; 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1, in: SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131, je mit Hinweisen; Hansjörg Seiler, Rückweisungsentscheide in der neueren Sozialversicherungspraxis des Bundesgerichts, in: Schaffhauser/ Schlauri [Hrsg.], Sozialversicherungsrechtstagung 2008, St. Gallen 2009, S. 28 - 31). Eine solche Konstellation liegt hier vor. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 134 V 250 E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; 133 III 545 E. 2.2 S. 550; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
3. Nach Art. 52 AHVG, welcher sinngemäss auch im Bereich der Invalidenversicherung (Art. 66 IVG), der Erwerbsersatzordnung (Art. 21 Abs. 2 EOG, SR 834.1), der Arbeitslosenversicherung (Art. 6 AVIG, SR 837.0) und der kantonalrechtlichen Familienzulagen (Art. 33 des Kinderzulagengesetzes vom 8. Juni 1958, ZH-Lex 836.1; vgl. nicht veröffentlichtes Urteil 2P.251/1996 vom 30. Juni 1997 E. 2) Anwendung findet, hat ein Arbeitgeber, der durch absichtliche oder grobfahrlässige Missachtung von Vorschriften einen Schaden verschuldet, diesen der Ausgleichskasse zu ersetzen. Ist der Arbeitgeber eine juristische Person, so können subsidiär gegebenenfalls die verantwortlichen Organe in Anspruch genommen werden (BGE 129 V 11; 126 V 237; 123 V 12 E. 5b S. 15; je mit Hinweisen). Haftungsvoraussetzungen sind Organstellung, Schaden, Widerrechtlichkeit, zweistufiges Verschulden, Kausalität und Nichtverwirkung/Nichtverjährung.
4. 4.1 Streitig ist zunächst die Höhe des Schadens.
4.1.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung der gesamten Umstände die in den Jahresabrechnungen der Arbeitgeberin vom 12. Februar 2002 und vom 28. April 2003 aufgeführte beitragspflichtige Lohnsumme von Fr. 122'653.- (2001) und von Fr. 275'504.- (2002) als plausibel erachtet. Es sei daher mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass die Jahresabrechnungen grundsätzlich der Wirklichkeit entsprächen mit Ausnahme der in der Jahresabrechnung für das 2002 aufgeführten Löhne von je Fr. 3000.- an die beiden Schadenersatzpflichtigen. Im Umfange von insgesamt Fr. 6000.- sei daher die beitragspflichtige Lohnsumme des Jahres 2002 zu reduzieren. Es sei Sache der Ausgleichskasse, die auf der korrigierten Lohnsumme geschuldeten Beiträge und Verzugszinsen neu zu berechnen.
Die vorinstanzliche Schlussfolgerung zur Schadenshöhe ist nach der Aktenlage nicht offensichtlich unrichtig, noch ist darin eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung oder eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes zu erblicken. Von einer willkürlichen Beweiswürdigung durch die Vorinstanz kann nicht gesprochen werden. Eine Beweiswürdigung ist nicht bereits willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (BGE 127 I 54 E. 2.b S. 56; vgl. auch BGE 135 V 2 E. 1.3 S. 4 f). Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nur vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 131 I 467 E. 3.1 S. 473). So verhält es sich hier indessen nicht.
4.1.2 Der Einwand, Krankentaggelder unterstünden nicht der Beitragspflicht, trifft an sich zu (Art. 6 Abs. 2 lit. b AHVV). Demgegenüber unterstehen Leistungen des Arbeitgebers für den Lohnausfall infolge Krankheit der Beitragspflicht (Art. 7 lit. m AHVV). Massgebend für die Beitragspflicht ist, wer effektiv die Leistung erbringt (BGE 128 V 176 E. 2 und 3 S. 178 ff, 113 V 161 E. 5 S. 167 f.). Gemäss dem Schlussbericht der Kantonspolizei Zürich vom 30. September 2005 (S. 65, 72 f.) hat die Arbeitgeberin die Taggeldversicherung abgeschlossen und sie erhielt die Versicherungsleistungen auf ihr Konto einbezahlt. Von diesem Sachverhalt gehen auch die Beschwerdeführer aus (Beschwerde Seite 9 f., 14). Da die Arbeitgeberin selber die Taggelder einkassiert hat, aber dafür den Arbeitnehmern den vertragsgemässen Lohn ausbezahlt hat, handelt es sich um massgebenden beitragspflichtigen Lohn. Jedenfalls wird die entsprechende Feststellung des kantonalen Gerichts, die sich auf die AHV-Lohnmeldungen stützt, dadurch nicht offensichtlich unrichtig. Dasselbe gilt für die Lohnzahlungen an den Hauptaktionär, die nach eigenen Angaben der Beschwerdeführer zwar nicht bar ausbezahlt, sondern dessen Kreditorenkonto gutgeschrieben worden waren. Auch damit ist der Lohnanspruch realisiert, wenn die Gutschrift für bereits geleistete Arbeit erfolgt (Urteil H 257/00 des Eidg. Versicherungsgerichts vom 18. Dezember 2001, E. 5). Die entsprechenden Lohnzahlungen sind daher zu Recht auf der Lohnmeldung angegeben. Das Schreiben der mit der Buchführung betrauten Treuhandgesellschaft vom 6. Januar 2003 an die Ausgleichskasse ist im Gesamtzusammenhang wenig beweiskräftig. Aus diesem Grund ist auch die Rüge unbegründet, das kantonale Gericht habe sich mit diesem Einwand in seiner Begründung nicht auseinandergesetzt. Immerhin ist darauf hinzuweisen, dass die Lohnabrechnung vom 25. Oktober 2002 für den Hauptaktionär einen monatlichen Bruttolohn von Fr. 40'000.- bescheinigt und davon die Krankentaggelder in Abzug gebracht worden sind, sodass der mit dem Kontokorrent der Arbeitgeberin verrechnete Betrag lediglich Fr. 14'701.50 ausmacht. Schliesslich ist auch der Einwand hinsichtlich der Lohnzahlung an B._ im Betrag von Fr. 21'000.- unbehelflich. Zwar gibt es in der Tat Unklarheiten, namentlich auch aufgrund der Aussagen des Arbeitnehmers gegenüber der Kantonspolizei. Das kantonale Gericht hat sich indessen mit den verschiedenen Argumenten auseinandergesetzt und seine Beweiswürdigung und Schlussfolgerung ist nicht offensichtlich unrichtig.
4.1.3 Was die Verrechnungsmöglichkeit der Ausgleichskasse mit dem Rentenanspruch der solidarhaftpflichtigen Verwaltungsratspräsidentin betrifft, so ändert dies nichts an der Höhe des Schadens. Sie stellt lediglich eine Möglichkeit der Tilgung des Schadenersatzanspruchs dar, den die Ausgleichskasse gegenüber der Verwaltungsratspräsidentin rechtskräftig verfügt hat.
4.1.3 Was die Verrechnungsmöglichkeit der Ausgleichskasse mit dem Rentenanspruch der solidarhaftpflichtigen Verwaltungsratspräsidentin betrifft, so ändert dies nichts an der Höhe des Schadens. Sie stellt lediglich eine Möglichkeit der Tilgung des Schadenersatzanspruchs dar, den die Ausgleichskasse gegenüber der Verwaltungsratspräsidentin rechtskräftig verfügt hat.
4.2 4.2.1 Das kantonale Gericht hat aufgrund der Beitragsübersicht, dem Kontoauszug und den sich bei den Akten befindlichen Mahnungen verbindlich festgestellt, dass die Arbeitgeberin seit dem 3. Mai 2002 wiederholt für die Entrichtung der geschuldeten Akontozahlungen gemahnt werden musste, ab dem 5. April 2002 die Entrichtung von Verzugszinsen schuldete und seit August 2002 wiederholt betrieben werden musste. Daraus hat das kantonale Gericht zu Recht geschlossen, die konkursite Gesellschaft habe gegen die Beitragszahlungs- und Abrechnungspflicht (vgl. Art. 34, 36 Abs. 2 und 3 AHVV) verstossen und dadurch Vorschriften im Sinne von Art. 52 AHVG missachtet. Dieses widerrechtliche Verhalten und Verschulden der Arbeitgeberin hat das kantonale Gericht zu Recht auch den Beschwerdeführern, welche als nicht geschäftsführende Verwaltungsräte geamtet haben, angesichts der über einjährigen Nichtbezahlung der Beiträge und der nicht geleisteten Akontozahlungen sowie Schlusszahlungen zu Recht als grobfahrlässiges Verhalten angerechnet. Es kann auf die einlässlichen Ausführungen des kantonalen Gerichts verwiesen werden.
4.2.2 Was die Beschwerdeführer zu ihrer Entlastung vorbringen, ändert an ihrem Verschulden nichts. Sie haben sich gegenüber der einzelzeichnungsberechtigten Verwaltungsratspräsidentin darauf beschränkt, sich aufgrund der Zwischenbilanzen der Treuhandgesellschaft über den Geschäftsgang zu orientieren. Insbesondere geht nicht aus den Akten hervor, dass sie sich bei der geschäftsführenden Verwaltungsratspräsidentin über das Beitragswesen erkundigt hätten, noch sind Verwaltungsratssitzungen oder Generalversammlungen aktenkundig. Wären die beiden Beschwerdeführer der erforderlichen Sorgfalt in der Überwachung der Geschäftsführerin namentlich im Beitragswesen nachgekommen, so hätte ihnen nicht entgehen können, dass die Ausgleichskasse seit Mitte 2002 die Arbeitgeberin für ausstehende Beiträge mehrmals mahnen und betreiben musste.
4.3 Das kantonale Gericht hat ferner die Voraussetzungen für die Herabsetzung der Schadenersatzpflicht wegen Mitverschuldens der Ausgleichskasse verneint. Hinweise für eine derartige Pflichtverletzung liessen sich den Akten nicht entnehmen. Vielmehr gehe aus den Akten und der Beitragsübersicht hervor, dass die Ausgleichskasse die Arbeitgeberin wiederholt mahnte, Verzugszinsen einforderte und die ausstehenden Forderungen in Betreibung setzte. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer kann ein Mitverschulden nicht darin erblickt werden, dass die Ausgleichskasse die beiden nicht geschäftsführenden Verwaltungsräte über die Beitragsausstände nicht orientiert hat. Die Ausgleichskasse ist nicht zu einer solchen Information verpflichtet. Vielmehr ist es Sache der nicht geschäftsführenden Verwaltungsräte, sich innerhalb des Betriebs den notwendigen Überblick zu verschaffen.
5. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens haben die unterliegenden Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3800.- werden den Beschwerdeführern je zur Hälfte auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. September 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer