Sachverhalt:
A. B._ wurde am 4. Dezember 2000 für den Militärdienst als untauglich erklärt. Er leistete bis zu diesem Zeitpunkt insgesamt 104 Tage anrechenbaren Militärdienst. Er wurde für den Wehrpflichtersatz des Jahres 2005 - entsprechend der Veranlagung für die direkte Bundessteuer - mit einem taxpflichtigen Einkommen von Fr. 8'500.-- eingeschätzt. Unter Anrechnung der geleisteten Diensttage belief sich die Wehrpflichtersatzabgabe auf Fr. 204.--. Mit Einsprache machte B._ geltend, die nur für Männer vorgesehene Ersatzabgabe sei diskriminierend und verstosse gegen die Europäische Konvention zum Schutze der Menschenrechte und Grundfreiheiten vom 4. November 1950 (EMRK; SR 0.101). Die Wehrpflichtersatzverwaltung des Kantons Aargau wies die Einsprache mit Entscheid vom 28. Februar 2008 ab.
B. Eine Beschwerde von B._ wies das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 26. Februar 2009 ab. Es erwog, das Diskriminierungsverbot gemäss Art. 14 EMRK (in Verbindung mit Art. 4 Abs. 3 lit. b EMRK) stehe der Erhebung einer auf Männer beschränkten Wehrpflichtersatzabgabe nicht entgegen. Ein solches Verbot lasse sich auch nicht aus den beiden für die Schweiz am 18. September 1992 in Kraft getretenen beiden Internationalen Pakten über wirtschaftliche, soziale und kulturelle Rechte (UNO-Pakt I; SR 0.103.1) und über bürgerliche und politische Rechte (UNO-Pakt II; SR 0.103.2) ableiten.
C. Hiergegen führt B._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt sinngemäss, es sei der Entscheid des Steuerrekursgerichts vom 26. Februar 2009 aufzuheben und es sei festzustellen, dass der Wehrpflichtersatz nicht geschuldet sei, solange Frauen keine Ersatzabgabe zahlen. Auf seine Begründung ist in den Entscheiderwägungen einzugehen.
Die Wehrpflichtersatzverwaltung des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerveraltung beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Mit Eingabe vom 28. Mai 2009 nahm der Beschwerdeführer zur Vernehmlassung der Eidgenössischen Steuerverwaltung Stellung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) von einer durch den Entscheid besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG) eingereicht worden. Sie richtet sich gegen einen von einer letzten kantonalen oberen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG) gefällten Endentscheid (Art. 90 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Fraglich ist, ob das aargauische Steuerrekursgericht die Anforderungen erfüllt, die Art. 86 Abs. 2 BGG an die als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichtes eingesetzten richterlichen Behörden der Kantone stellt.
1.2 Gemäss Art. 86 Abs. 2 BGG setzen die Kantone als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
Die "anderen richterlichen Behörden" im Sinne dieser Vorschrift bilden eine Ausnahme vom Erfordernis, dass die Kantone als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts grundsätzlich "obere Gerichte" einsetzen müssen, weshalb die "andere richterliche Behörde" kein "oberes Gericht" im Sinne von Art. 86 Abs. 2 BGG sein muss. Bereits die Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001 (BBl 2001 4202) hält unmissverständlich fest, dass es sich bei den "anderen" richterlichen Behörden des Art. 86 Abs. 2 BGG auch um untere kantonale Instanzen handeln kann (BBl 2001 4326 f. ad Art. 80 Abs. 2 E-BGG). Es geht um die bisherigen kantonalen Rekurskommissionen, die durch das Bundesrecht vorgeschrieben waren und die ursprünglich die in den Kantonen nicht oder nicht im heutigen Umfang bestehende Verwaltungsgerichtsbarkeit wahrgenommen haben. Heute ist die Verwaltungsgerichtsbarkeit umfassend ausgebaut. Erhalten hat sich indessen der Gedanke, dass es sich bei den Rekurskommissionen um spezialisierte Gerichte mit einer besonderen Fachkompetenz handelt. Ausser Art. 31 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 12. Juni 1959 über die Wehrpflichtersatzabgabe (WPEG, SR 661) verlangen auch das Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (Art. 146 DBG, SR 642.11) und über die Verrechnungssteuer (Art. 54 VStG, SR 642.211) eine kantonale Rekurskommission.
Diese Rechtsmittelordnung wurde im Rahmen der Justizreform beibehalten und lediglich terminologisch bereinigt, indem der Begriff "Verwaltungsgerichtsbeschwerde" durch den Begriff "Beschwerde" ersetzt wurde. Es handelt sich um einen bewussten Entscheid und nicht etwa um ein Versehen des Gesetzgebers. Wohl sind in den Kantonen nunmehr grundsätzlich "obere" Gerichte als direkte Vorinstanzen des Bundesgerichts vorzusehen (Art. 86 Abs. 2 BGG). In Einzelbereichen des Bundesrechts wurde dennoch die bisherige Rechtsmittelordnung weitergeführt (Botschaft a.a.O., BBl 2001 4326 f., ad Art. 80 Abs. 2 E-BGG). So wurde beispielsweise für die Verrechnungssteuer Art. 43 des Verrechnungssteuergesetzes vom 13. Oktober 1965 (VStG, SR 642.21), wonach Beschwerdeentscheide der Eidgenössischen Steuerrekurskommission mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden konnten, als überflüssig gestrichen, weil sich die Weiterzugsmöglichkeit neu nach dem BGG bestimmt (BBl 2001 4441). Im gleichen Gesetz wurde hingegen die kantonale Rekurskommission, welche das Bundesgesetz verlangt (Art. 54 Abs. 1 VStG), beibehalten und lediglich Art. 56 VStG terminologisch angepasst (BBl 2001 4442).
Die kantonale Rekurskommission im Sinne von Art. 31 Abs. 1 WPEG muss daher nicht zwingend ein "oberes" Gericht im Sinne der Rechtsprechung zu Art. 86 Abs. 2 BGG sein. Beim aargauischen Steuerrekursgericht handelt es sich um ein unteres kantonales Gericht, zumal dessen Entscheide hinsichtlich der direkten Bundessteuer an das kantonale Verwaltungsgericht weitergezogen werden können. Die Beschwerde gegen den Entscheid des aargauischen Steuerrekursgerichts ist nach dem Gesagten dennoch zulässig.
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte, sowie von Völkerrecht geltend gemacht werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht prüft das Bundesrecht frei und von Amtes wegen (Art. 95 lit. a und 106 Abs. 1 BGG). Für die Geltendmachung der Verletzung von Grundrechten gilt nach Art. 42 Abs. 2 erster Satz in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 BGG die qualifizierte Rügepflicht: Es ist in der Beschwerde ausdrücklich darzulegen, welches Grundrecht und inwiefern es verletzt worden sein soll. Das Bundesgericht tritt auf solche Rügen nur ein, wenn sie ausdrücklich erhoben und begründet worden sind. Insofern erfährt der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG) vor Bundesgericht als die oberste Instanz eine Einschränkung (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Zu den Grundrechten im Sinne der zitierten Gesetzesbestimmung zählen namentlich auch diejenigen, die sich aus Völkerrecht ergeben (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4344 ad Art. 100 E-BGG).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Unter der gleichen Voraussetzung kann das Bundesgericht den Sachverhalt auch von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.4 Die Stellungnahme des Beschwerdeführers vom 28. Mai 2009 zur Vernehmlassung der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 25. Mai 2009 ist zulässig und ins Recht zu nehmen (vgl. BGE 133 I 98 E. 2.2).
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, indem er Wehrpflichtersatz zu bezahlen habe, weil er keinen Militärdienst leiste, werde er gegenüber Frauen diskriminiert.
2.1 Art. 8 Abs. 1 BV stellt den allgemeinen Gleichheitssatz auf. Nach Art. 8 Abs. 2 BV darf niemand diskriminiert werden, namentlich wegen der Herkunft, der Rasse oder des Geschlechts oder wegen einer körperlichen, geistigen oder psychischen Behinderung. Art. 8 Abs. 3, erster Satz, BV statuiert die Gleichberechtigung von Mann und Frau. Zudem gilt nach dem zweiten Satz von Art. 8 Abs. 3 BV ein Gleichstellungsgebot.
Die Bundesverfassung sieht eine allgemeine Pflicht zur Leistung von Militärdienst nur für Männer vor (Art. 59 Abs. 1 BV). Für Frauen ist der Militärdienst freiwillig (Art. 59 Abs. 3 BV). Wehrpflichtige Männer, die weder Militär- noch Ersatzdienst leisten, schulden nach Art. 59 Abs. 3 BV die Ersatzabgabe. Die unterschiedliche Behandlung von Männern und Frauen hinsichtlich der Militärdienstpflicht und der Pflicht zur Bezahlung einer Ersatzabgabe ist daher bereits in der Verfassung angelegt. Wie das Bundesgericht wiederholt entschieden hat, geht Art. 59 BV als lex specialis dem allgemeinen Gleichbehandlungsgrundsatz und dem Gleichstellungsgebot des Artikels 8 BV vor. Dass nur Männer zum Wehrpflichtersatz herangezogen werden, ist daher verfassungskonform (Urteil 2A.47/2002 vom 23. Mai 2002 E. 2.2, in: ASA 71 S. 576; Urteil 2A.433/1990 vom 17. September 1991 E. 3, in: ASA 60 S. 566).
3. Art. 14 EMRK enthält ebenfalls ein Diskriminierungsverbot. Untersagt ist nach dieser Vorschrift die Diskriminierung u.a. wegen des Geschlechts, der Geburt oder eines sonstigen Status. Art. 14 EMRK gilt nicht wie Art. 8 Abs. 1 BV umfassend, sondern setzt die Anwendbarkeit eines anderen durch die Konvention garantierten Grundrechts voraus (vgl. BGE 134 I 257 E. 3 S. 260; 130 II 137 E. 4.2 S. 146).
3.1 Der Beschwerdeführer beruft sich auf den Schutzbereich von Art. 14 EMRK in Verbindung mit dem Verbot von Zwangsarbeit gemäss Art. 4 Abs. 2 und 3 (lit. b und d) EMRK. Dienstleistungen militärischer Art fallen gemäss dem Ausschlusskatalog in Art. 4 Abs. 3 EMRK nicht unter das Verbot der Zwangsarbeit (Art. 4 Abs. 3 lit. b EMRK). Wegen der engen Verbindung zwischen Primär- und Sekundärpflicht gilt das auch für die Ersatzabgabe, die der Nichtdienstleistende zu bezahlen hat (Europäischer Gerichtshof für Menschenrechte [EGMR], Urteil Karlheinz Schmidt gegen Deutschland vom 18. Juli 1994, Serie A Bd. 291-B, § 23, auch in: EuGRZ 1995 S. 392, für die Feuerwehrersatzabgabe nach dem Gesetz des Bundeslandes Baden-Württemberg).
Auch wenn eine Dienstleistung unter den Ausschlusskatalog von Art. 4 Abs. 3 EMRK fällt, bleibt aber Art. 14 EMRK dennoch anwendbar, wie der EGMR entschieden hat (Urteil Schmidt, a.a.O, § 22; vgl. hierzu Rolf Birk in: Internationaler Kommentar zur Europäischen Menschenrechtskonvention, 2009, Art. 4 Rz. 68 f.).
Die vorliegende Beschwerde ist daher unter dem Gesichtswinkel von Art. 14 in Verbindung mit Art. 4 EMRK zu prüfen.
3.2 Im Urteil G._ gegen die Schweiz vom 30. April 2009, Rechtssache 13444/04, erkannte der EGMR in Bezug auf die schweizerische Wehrpflichtersatzabgabe überdies, dass eine Taxe, die von demjenigen erhoben wird, der wegen einer Krankheit nicht in der Lage ist, in der Armee zu dienen, unter das Recht auf Achtung des Privat- und Familienlebens gemäss Art. 8 EMRK fällt (Urteil G._, a.a.O., § 46 und 54). Im vorliegenden Fall braucht die Diskriminierungsrüge (Art. 14 EMRK) dennoch nicht im Lichte von Art. 8 EMRK geprüft zu werden. Dem Beschwerdeführer ist das Urteil G._ bekannt (vgl. die Eingabe vom 28. Mai 2009). Er macht nicht geltend, dass er behindert sei oder dass er darum ersucht hätte, einen zivilen Ersatzdienst zu leisten, und ihm dies verweigert worden sei. Es fehlt damit an der Voraussetzung, um die Beschwerde auch unter dem Gesichtswinkel von Art. 14 in Verbindung mit Art. 8 EMRK prüfen zu können (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG und vorstehende E. 1.3).
4. 4.1 Schweizer Bürger, die ihre Wehrpflicht nicht oder nur teilweise durch persönliche Dienstleistung im Militär oder im zivilen Ersatzdienst (Zivildienst) erfüllen, haben einen Ersatz in Geld zu leisten (Art. 59 Abs. 3 BV). Gemäss Art. 11 des Bundesgesetzes vom 12. Juni 1959 über die Wehrpflichtersatzabgabe [WPEG, SR 661] in der Fassung vom 17. Juni 1994 wird die Ersatzabgabe nach der Gesetzgebung über die direkte Bundessteuer auf dem gesamten Reineinkommen erhoben, das der Ersatzpflichtige im In- und Ausland erzielt. Die Ersatzabgabe beträgt drei Franken je 100 Franken des taxpflichtigen Einkommens, mindestens aber 200 Franken (Art. 13 Abs. 1 WPEG in der Fassung vom 4. Oktober 2002). Ist der Ersatzpflichtige im Zivilschutz eingeteilt, so ermässigt sich die Ersatzabgabe für jeden Tag Schutzdienst, den er im Ersatzjahr geleistet hat, um 4 Prozent (Art. 5a der Verordnung über die Wehrpflichtersatzabgabe vom 30. August 1995, Fassung vom 3. September 2003 [WPEV; SR 661.1]).
4.2 Der Wehrpflichtersatz gehört nach einhelliger Lehre und Praxis nicht zu den Steuern, sondern zu den Ersatzabgaben. Die Ersatzabgabe ist eine finanzielle Abgeltung und tritt an die Stelle einer nicht erfüllten Naturallast, hier der Pflicht zur persönlichen Dienstleistung. Ihre Höhe wird somit massgeblich durch den Umfang der Primärpflicht bestimmt (Ernst Höhn, in: Kommentar zur Schweizerischen Bundesverfassung vom 29. Mai 1874, N. 10 zu Art. 18 Abs. 4 aBV; Klaus A. Vallender, Grundzüge des Kausalabgabenrechts, 1976 S. 125 f.; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl. 2002, S. 4; BGE 113 Ib 206 E. 3a s. 208). Mit dem Wehrpflichtersatz soll ein angemessener Lastenausgleich gefunden werden zwischen denjenigen, die den Militärdienst (oder an dessen Stelle den zivilen Ersatzdienst) leisten, und denjenigen, die von der persönlichen Dienstleistungspflicht befreit sind (Vallender, a.a.O., S. 127 f.; Höhn, a.a.O., N. 12 zu Art. 18 Abs. 4 aBV; Peter Rudolf Walti, Der schweizerische Militärpflichtersatz, 1979, S. 56 ff.). Für fiskalische Zwecke bleibt die Ersatzabgabe ungeeignet und unergiebig (Botschaft über die Neuordnung des Militärpflichtersatzes vom 11. Juli 1958, BBl 1958 II S. 340 Ziff. III/2). Im Jahr 2008 betrug der Gesamtertrag aus dem Wehrpflichtersatz rund 140 Millionen Franken oder 0,239 Prozent der gesamten Fiskaleinnahmen des Bundes (von 58'752 Millionen Franken, Eidgenössisches Finanzdepartement, Fiskaleinnahmen des Bundes 2008, S. 5 und 25, «http://www.estv.admin.ch/» unter: Dokumentation/ Zahlen und Fakten/Statistiken/Fiskaleinnahmen).
5. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführer durch die Verpflichtung zur Bezahlung des Wehrpflichtersatzes gegenüber denjenigen, die den Militär- oder Zivildienst leisten, diskriminiert oder rechtsungleich behandelt werden könnte.
Wie gesagt soll die Ersatzabgabe im Interesse der Wehrgerechtigkeit einen gewissen Lastenausgleich zwischen Schweizern, die Militär- oder Zivildienst leisten, und Schweizern, die weder Militär- noch Zivildienst leisten, bewirken. Sie ist nicht sehr einschneidend und zeitlich auf die Dauer der normalen Militärdienstpflicht beschränkt. Sie wird nach einem proportionalen (linearen) Tarif in Prozenten des taxpflichtigen Einkommens festgesetzt und trägt damit der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit des Ersatzpflichtigen Rechnung. Der Ansatz des Proportionaltarifs wurde zwar mit der Revision vom 4. Oktober 2002 mit Wirkung ab 1. Januar 2004 von zwei Franken auf drei Franken je 100 Franken des taxpflichtigen Einkommens erhöht. Dabei ist jedoch zu berücksichtigen, dass sich die Dauer der Ersatzpflicht nach der Dauer der Militärdienstpflicht richtet und sich Letztere mit dem Übergang zur Armee XXI um mehr als die Hälfte reduziert hat. Sie beträgt für Angehörige der Mannschaft und für Unteroffiziere 11 Jahre gegenüber bisher 23 Jahren (vgl. Art. 13 Abs. 2 lit. a des Militärgesetzes vom 3. Februar 1995 [MG; SR 510.10], alte und neue Fassung, AS 1995 4093 und 2003 3957). Trotz der viel kürzeren Dauer der Militärdienstpflicht blieb aber die Gesamtdienstleistungspflicht gegenüber der Armee 95 praktisch gleich. Sie beläuft sich für Angehörige der Mannschaft auf 260 Diensttage (bisher 300 Tage, vgl. Art. 9 der Verordnung über die Militärdienstpflicht vom 19. November 2003, MDV, SR 512.21, und Art. 4 Abs. 3 der Verordnung über die Ausbildungsdienste vom 31. August 1994, VAD, AS 1994 2907). Im Sinne der Wehrgerechtigkeit bzw. des Ausgleichs zwischen Dienstleistenden und Nichtdienstleistenden musste daher der Ansatz für den Wehrpflichtersatz auf den 1. Januar 2004 angehoben werden (Botschaft zur Armeereform XXI vom 24. Oktober 2001, BBl 2002 S. 863 Ziff. 1.3.1, S. 886 f. Ziff. 2.4). Die Gesamtbelastung mit der Wehrpflichtersatzabgabe nahm mit Blick auf die verkürzte Leistungsdauer dennoch deutlich ab.
Ein völliger Verzicht auf die Ersatzabgabe - wie der Beschwerdeführer verlangt - würde zu einer Ungleichheit zwischen Dienstleistenden und Nichtdienstleistenden führen, die stossend wäre und unter dem Gesichtswinkel der Rechtsgleichheit nach Art. 8 Abs. 1 BV nicht hingenommen werden könnte.
6. Zu prüfen bleibt, ob der Beschwerdeführer infolge des Geschlechts diskriminiert wird. Er beruft sich auf den Grundsatz der Nichtdiskriminierung wegen des Geschlechts nach Art. 14 EMRK und verlangt, vom Wehrpflichtersatz ebenso freigestellt zu werden wie Frauen, welche keinen Militärdienst leisten.
Der Beschwerdeführer verkennt dabei, dass der Wehrpflichtersatz die Ersatzleistung für die nicht durch persönliche Dienstleistung erfüllten Militärdienst oder Zivildienst darstellt. Von der Militärdienstpflicht zu unterscheiden ist indes die Wehrpflicht. Letztere umfasst nicht nur die Militärdienstpflicht, sondern auch die Zivildienstpflicht und die Ersatzpflicht (vgl. Art. 2 Abs. 2 des Militärgesetzes vom 3. Februar 1995; MG, SR 510.10). Frauen sind nicht wehrpflichtig. Sie schulden daher auch keinen Wehrpflichtersatz. Sie können freiwillig Militärdienst leisten und stehen dann in den gleichen Rechten und Pflichten wie die männlichen Armeeangehörigen. Sie werden mit der Aushebung militärdienstpflichtig aber nicht wehrpflichtig. Sie schulden daher den Wehrpflichtersatz auch dann nicht, wenn sie den Dienst nicht leisten oder versäumen.
Wenn der Beschwerdeführer sich auf eine Geschlechterdiskriminierung berufen will, kann er sich folglich nicht damit begnügen, sich über die Militärdienstpflicht und die entsprechende Ersatzabgabe zu beschweren. Er muss vielmehr bei der Wehrpflicht anknüpfen und darlegen, weshalb die allgemeine Wehrpflicht für Männer, welche nebst der Militärdienstpflicht und Zivildienstpflicht auch die Ersatzabgabepflicht bei Befreiung von der persönlichen Dienstleistung erfasst, geschlechterdiskriminierend sein soll. Diesbezüglich enthält die Beschwerde nur eine summarische Begründung. Ob diese der Rügepflicht nach Art. 106 Abs. 2 BGG genügt (vgl. vorn E. 1.3), scheint fraglich, kann hier aber offen bleiben, wie die nachfolgenden Ausführungen zeigen.
7. 7.1 Die EMRK schreibt nicht vor, wie die Vertragsstaaten ihre Wehrbereitschaft aufrecht zu erhalten haben. Es ist Aufgabe und Pflicht eines demokratischen und dem Recht verpflichteten Staates, seine Unabhängigkeit zu wahren, Bedrohungen der inneren Sicherheit abzuwehren und die staatlichen Institutionen zu schützen. Dazu dient unter anderem die Armee. Der Kernauftrag der Schweizer Armee besteht in der Verteidigung des Landes und der Bevölkerung (Art. 58 Abs. 2 BV). Sie unterscheidet sich darin nicht von den Armeen anderer in der EMRK zusammengeschlossener Staaten. Zulässig ist sowohl eine Berufsarmee wie auch eine auf einer allgemeinen Wehrpflicht beruhende Milizarmee (zu den Begriffen, s. Hansjörg Meyer in: Die schweizerische Bundesverfassung, 2. Aufl. 2008, N. 2 zu Art. 58 BV). Der Entscheid über die Organisation als Miliz- oder als Berufsarmee ist ein politischer und durch die Konventionsorgane zu respektieren. Auch das Gemeinschaftsrecht verbietet den Mitgliedstaaten nicht, ihre Verteidigung mit einer auf dem Milizsystem beruhenden Wehrpflicht zu sichern (Urteil des Europäischen Gerichtshofs [EuGH] in der Rechtssache C-186/01 vom 11. März 2003 Alexander Dory gegen Bundesrepublik Deutschland, Ziff. 35, 39). In der Schweiz ist das Milizprinzip verfassungsmässig verankert (Art. 58 Abs. 1 BV). Es hat förderalistische und staatspolitische Wurzeln und rechtfertigt sich heute vor allem aus Kostengründen (Botschaft über eine neue Bundesverfassung vom 20. November 1996, BBl 1997 I 237 f. ad Art. 54 E-BV). Die Schweizer Armee ist zudem nicht für Angriffskriege konzipiert, sondern als Armee eines neutralen Kleinstaates steht sie für den Verteidigungskrieg und für Sicherheit durch Kooperation zur Verfügung (Meyer, a.a.O., N. 14 zu Art. 58 BV). Ohne die allgemeine Wehrpflicht - allein auf Freiwilligkeit - liesse sich das Milizprinzip nicht durchführen. Die allgemeine Wehrpflicht für Männer ist daher die notwendige Ergänzung zum Milizprinzip (s. auch Meyer, a.a.O., N. 8 f. zu Art. 59 BV).
Das schweizerische Wehrwesen beruht aber nicht nur rechtlich, sondern auch faktisch auf dem Milizsystem, selbst wenn mit der Armee XXI vermehrt berufliche Elemente eingeführt wurden (Botschaft zur Armeereform XXI vom 24. Oktober 2001, BBl 2002 895 Ziff. 6.1.1). Der Anteil der Milizoffiziere bei den Truppenkommandanten im hier fraglichen Ersatzjahr betrug immerhin 80 Prozent (Pressemitteilung VBS vom 29. April 2005, «http://www.admin.ch/cp/» unter: Pressemitteilungen/Archiv).
Daraus folgt indessen nicht, dass eine allgemeine Wehrpflicht auch für Frauen vorzusehen wäre. Die Einführung einer allgemeinen Wehrpflicht und Militärdienstpflicht für Frauen in der Schweiz wurde soweit ersichtlich nie erwogen (s. auch Bericht des Bundesrates über die Sicherheitspolitik der Schweiz vom 7. Juni 1999 [SIPOL B 2000], BBl 1999 7716 Ziff. 71). Das hängt vor allem damit zusammen, dass Frauen aufgrund physiologischer und biologischer Unterschiede im Durchschnitt für den Militärdienst als weniger gut geeignet erachtet werden als der Durchschnitt der Männer.
7.2 Das sind - entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers - gewichtige Gründe, die allgemeine Wehrpflicht auf Männer zu beschränken und einen freiwilligen Militärdienst für Frauen vorzusehen. Eine allgemeine Wehrpflicht für Frauen scheint denn auch in keinem westlichen demokratischen Staat mit Ausnahme Israels verwirklicht zu sein. Auch das Gemeinschaftsrecht verbietet den Mitgliedstaaten nicht, eine allein auf Männer bezogene Wehrpflicht vorzusehen. Soweit Frauen in der Armee Dienst leisten, kann zwar vor allem im Zusammenhang mit Arbeitsverhältnissen und mit dem Zugang zu militärischen Berufen der Grundsatz der Gleichbehandlung von Mann und Frau nicht unbeachtet bleiben. Daraus folgt jedoch nicht, dass die Mitgliedstaaten nicht frei wären, die geeigneten Massnahmen zur Gewährleistung ihrer inneren und äusseren Sicherheit zu ergreifen, und die Beschränkung der Wehrpflicht auf Männer mit dem Grundsatz der Gleichbehandlung von Mann und Frau mit dem Gemeinschaftsrecht unvereinbar wäre (EuGH, Urteil Dory, a.a.O., Ziff. 29 ff.).
Wenn der Beschwerdeführer sich auf die Gleichheit der Geschlechter beruft und geltend macht, er sei von der Ersatzabgabe zu befreien, verkennt er folglich das Wesen der Wehrpflichtersatzabgabe als ein Mittel zur Herstellung von Rechtsgleichheit zwischen persönlich Dienstleistenden und Nichtdienstleistenden. Es wäre rechtsungleich und würde die Wehrgerechtigkeit in Frage stellen, wenn nur ein Teil der männlichen schweizerischen Bevölkerung Dienst leisten müsste und der andere Teil von jeglicher Ersatzleistung entbunden wäre. Art. 14 EMRK verbietet im Anwendungsbereich der durch die Konvention garantierten Rechte und Freiheiten alle ungerechtfertigten Diskriminierungen und nicht nur diejenige, die sich auf das Geschlecht bezieht.
8. Die Rechtsprechung des EGMR im Urteil Karlheinz Schmidt gegen Deutschland (a.a.O.), auf welche der Beschwerdeführer sich beruft, steht dieser Betrachtungsweise nicht entgegen. In jenem Entscheid ging es um die Feuerwehrabgabe des Bundeslandes Baden-Württemberg, die gesetzlich für Männer vorgesehen war. Der damalige Beschwerdeführer machte geltend, die Regelung verstosse gegen den Grundsatz der Gleichheit von Mann und Frau. Der Gerichtshof bejahte eine Diskriminierung gestützt auf Art. 14 EMRK in Verbindung mit Art. 4 Abs. 3 lit. d EMRK, weil in der Praxis keine Personen männlichen Geschlechts verpflichtet werden, Dienst in der Feuerwehr zu leisten, und die Feuerwehrabgabe ihren Ausgleichscharakter verloren hatte und zur eigentlichen Verpflichtung geworden war (Urteil Schmidt, a.a.O., Ziff. 23-28).
Demgegenüber besteht die schweizerische Militärdienstpflicht für Männer nicht nur rechtlich und theoretisch, sondern sie wird tatsächlich eingefordert. Ohne Wehrpflicht, auf rein freiwilliger Basis, hätte der Bestand von 220'000 Armeeangehörigen, darunter 120'000 Aktive, 80'000 in der Reserve und 20'000 Rekruten, im Ersatzjahr 2005 offensichtlich nicht gewährleistet werden können (Zahlen gemäss der Pressemitteilung des VBS vom 29. April 2005, a.a.O.). Der schweizerische Wehrpflichtersatz dient daher dem Ausgleich und nicht als Steuer.
Es ist auch keine Rede davon, dass aufgrund der Ausmusterungspraxis die Pflicht zur persönlichen Dienstleistung nur für einige Wenige besteht, wie der Beschwerdeführer vermutet. Wie der Bundesrat in der Antwort vom 10. Juni 2005 auf eine parlamentarische Anfrage zur Zunahme der Militärdienstuntauglichkeit feststellte, beenden 60 Prozent der Stellungspflichtigen die Rekrutenschule. Sie werden in die Armee eingeteilt oder erfüllen ihre Dienstpflicht im Rahmen des zivilen Ersatzdienstes. 15 bis 20 Prozent der Stellungspflichtigen werden als militärdienstuntauglich befunden, sind aber schutzdiensttauglich. Es verbleiben rund 20 Prozent der Stellungspflichtigen, die keinen Dienst leisten, aber den Wehrpflichtersatz zahlen, sofern sie davon nicht befreit sind wie namentlich bei Invalidität. Diese Tauglichkeitsrate entspricht jener anderer Länder mit allgemeiner Wehrpflicht oder liegt sogar darüber (Antwort des Bundesrates vom 10. Juni 2005 auf die parlamentarische Anfrage von Nationalrat Baumann vom 18. März 2005, Anfrage 05.1047, «http://www.parlament.ch» unter: Curia Vista Geschäftsdatenbank). Von einer Freiwilligkeit kann in der schweizerischen Armee offensichtlich keine Rede sein.
9. Der Beschwerdeführer wird nach dem Gesagten zu Recht zum Wehrpflichtersatz herangezogen. Betragsmässig ist die Abgabefestsetzung für das in Frage stehende Ersatzjahr 2005 nicht umstritten und zu bestätigen. Aus den gleichen Erwägungen erweist sich auch das Rechtsbegehren, Ziffer 2, es sei künftig auf eine Ersatzabgabe zu verzichten, da auch Frauen keine Ersatzabgabe zahlen würden, als unbegründet.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Wehrpflichtersatzverwaltung des Kantons Aargau, dem Steuerrekursgericht des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Januar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann