Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid festgestellt, dass der Beschwerdeführer in der Zeit vom 1. März 1996 bis 31. August 1997 drei Mitarbeiterinnen, darunter seine Ehefrau, beschäftigt hatte. Mit Schreiben vom 25. Mai 1998 habe ihn die Auffangeinrichtung aufgefordert, den Nachweis des Anschlusses an eine nach BVG registrierte Vorsorgeeinrichtung zu erbringen. Zu diesem Zeitpunkt sei er gehalten gewesen, die Auffangeinrichtung über die behauptete frühere Mitgliedschaft bei der Vorsorgestiftung Y._ zu orientieren und die ordnungsgemässe Abrechnung für seine früheren Mitarbeiterinnen zu belegen. Die gegenteilige Auffassung des Beschwerdeführers, er habe keine Veranlassung gesehen, sich im Zwangsanschlussverfahren zu äussern, gehe offenkundig fehl. Der Beschwerdeführer habe nicht reagiert, weshalb am 8. Juli 1998 der Zwangsanschluss verfügt worden sei. Auf die von ihm gegen die Zwangsanschlussverfügung erhobene Beschwerde sei die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge mit Entscheid vom 9. April 1999 nicht eingetreten, da er den eingeforderten Kostenvorschuss nicht geleistet habe. Die Zwangsanschlussverfügung sei somit in Rechtskraft erwachsen, was für ihn die von der Auffangeinrichtung geltend gemachten Beitragsfolgen zeitige. Die Prämienzahlungspflicht des Beschwerdeführers ergebe sich aus dem Gesetz (Art. 66 Abs. 2 erster Satz BVG) und den Anschlussbedingungen infolge Zwangsanschlusses, welche unter Art. 3 Abs. 1 die Zahlungspflichten des Arbeitgebers regeln. Demgemäss sei der Beschwerdeführer zu verpflichten, der Klägerin für die drei Arbeitnehmerinnen Personalvorsorgebeiträge für die Zeit vom 1. März 1996 bis 31. August 1997 in Höhe von Fr. 12'606.- zu bezahlen.
Dieser Betrachtungsweise des kantonalen Gerichts ist beizupflichten. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als mangelhaft im Sinne des Art. 105 Abs. 2 OG oder die rechtliche Würdigung als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Mit der Verfügung über den Zwangsanschluss vom 8. Juli 1998 wurde verbindlich festgestellt, dass sich der Beschwerdeführer als Arbeitgeber keiner in das Register für die berufliche Vorsorge eingetragenen Vorsorgeeinrichtung angeschlossen hatte, weshalb er rückwirkend ab 1. März 1996 der Auffangeinrichtung unterstellt wurde. Allfällige Einwände gegen den Zwangsanschluss hätte der Beschwerdeführer im damaligen Verfahren oder mit Beschwerde gegen die Anschlussverfügung vom 8. Juli 1998 geltend machen und seine diesbezüglichen Rechte wahren müssen. Dies gilt umso mehr, als die behauptete Bezahlung der Beiträge für zwei Arbeitnehmerinnen vor der Einleitung des Zwangsanschlussverfahrens erfolgt sein soll. Aufgrund des rechtskräftigen Zwangsanschlusses ist er gehalten, der Auffangeinrichtung für die Zeit ab 1. März 1996 die Beiträge für die drei von ihm beschäftigten Arbeitnehmerinnen zu entrichten, wobei er im vorliegenden Verfahren die Beitragspflicht für seine Ehefrau nicht mehr bestreitet. Selbst wenn der vom Beschwerdeführer erstmals im vorinstanzlichen Verfahren erhobene Einwand, für zwei seiner Arbeitnehmerinnen habe er bei der Vorsorgestiftung Y._ die Beiträge durch Verrechnung mit seinem Freizügigkeitsguthaben bezahlt, zutreffen sollte, ändert dies auch bei einer allfälligen Anerkennung seiner Sachdarstellung durch die Auffangeinrichtung in der vorinstanzlichen Replik angesichts des rechtskräftigen Zwangsanschlusses nichts an seiner Beitragspflicht.
Die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltend gemachte Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes und des Anspruchs auf rechtliches Gehör gehen daher ins Leere. Abgesehen davon hat er in beiden Verfahren mit der Auffangeinrichtung trotz mehrfach eingeräumter Gelegenheit keinen einzigen Beleg für seine Sachdarstellung eingereicht.
Er hätte mindestens die ihn betreffende Abrechnung des Freizügigkeitsguthabens zu den Akten geben können. Im Übrigen erhebt der Beschwerdeführer in betraglicher Hinsicht keine Einwendungen.
3.- Hinsichtlich der Auferlegung der Gerichts- und Parteikosten im kantonalen Verfahren wegen mutwilliger Prozessführung bringt der Beschwerdeführer nichts vor.
Gegen diese Kostenauflage liesse sich denn auch nichts einwenden. Der Beschwerdeführer hat trotz mehrmaliger Aufforderung nie auf die Schreiben der Auffangeinrichtung reagiert, sodass diese den Zwangsanschluss verfügen musste.
In der Folge bezahlte er die in Rechnung gestellten Beiträge trotz mehrmaliger Aufforderung nicht. Gegen die eingeleitete Betreibung erhob er ohne Grundangabe Rechtsvorschlag.
Bei dieser Sachlage und der Rechtsprechung zur Mutwilligkeit in BVG-Streitigkeiten (BGE 124 V 288 Erw. 4b; vgl. auch BGE 126 V 143) ist seine Beschwerdeführung als mutwillig zu taxieren. Dies gilt auch für das vorliegende Verfahren.
4.- Da die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offensichtlich unbegründet ist, wird sie im Verfahren nach Art. 36a OG erledigt unter Auferlegung der Gerichtskosten auf den Beschwerdeführer (Art. 156 Abs. 1 OG). Ferner ist er angesichts der mutwilligen Beschwerdeführung verpflichtet, der Beschwerdegegnerin eine Umtriebsentschädigung zu entrichten (BGE 126 V 143).
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von Fr. 1300.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Der Beschwerdeführer hat der Stiftung Auffangeinrichtung BVG für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Umtriebsentschädigung von
Fr. 200.- zu bezahlen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 3. April 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: