Faits:
A. M. A.X._, né en 1954, et Mme B.X._, née en 1953, se sont mariés le 23 janvier 1975 à Conthey. Deux enfants sont issus de cette union: C._, né en 1975, et D._, né en 1980.
B. Saisi d'une demande unilatérale du mari datée du 3 juillet 2005, le Juge III du district de Sion a, par jugement du 5 décembre 2012, prononcé le divorce des époux X._. Il a notamment condamné le mari à contribuer à l'entretien de son épouse par le versement d'une pension mensuelle de 2'300 fr. jusqu'au 31 juillet 2017 et de 2'550 fr. au-delà, ainsi qu'à lui verser plusieurs sommes au titre de la liquidation des rapports patrimoniaux entre époux. La notification du jugement est intervenue le lendemain.
Le 24 janvier 2013, M. A.X._ a interjeté appel contre ce jugement, remettant notamment en cause le montant de la contribution d'entretien ainsi que plusieurs sommes allouées à l'épouse au titre de la liquidation des rapports patrimoniaux entre époux. Par décision du 4 février 2013, le Juge de la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais a déclaré l'appel irrecevable pour cause de tardiveté.
C. Le 11 mars 2013, M. A.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette décision concluant à son annulation.
Des réponses n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté dans le délai prévu par la loi (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton du Valais (art. 75 al. 1 LTF), dans une affaire matrimoniale (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant a par ailleurs pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt digne de protection à la modification de la décision attaquée (art. 76 al. 1 LTF), de sorte que le recours en matière civile est en principe recevable.
2. La cour cantonale a considéré que, en vertu de l'art. 405 al. 1 CPC, le jugement de divorce ne pouvait être attaqué que selon les voies de droit instituées par le CPC et que le délai d'appel était suspendu selon les féries de l'art. 145 al. 1 let. c CPC. Elle a donc jugé que, le jugement de première instance ayant été notifié le 6 décembre 2012, le délai était arrivé à échéance le 21 janvier 2013 et que l'appel du 24 janvier 2013 était tardif.
3. En substance, le recourant prétend que, en l'espèce, la computation du délai de recours, y compris sa suspension durant les féries, est régie, en ce qui concerne le droit transitoire, par l'art. 404 al. 1 CPC, l'art. 405 al. 1 CPC déterminant uniquement la voie de droit. Il en déduit que, computé en tenant compte des féries du droit de procédure valaisan, le délai n'était pas échu au moment du dépôt de l'appel.
3.1 Les règles de droit transitoire du CPC prévoient que les procédures en cours au moment de son entrée en vigueur, à savoir le 1er janvier 2011, sont régies par l'ancien droit de procédure jusqu'à la clôture de l'instance (art. 404 al. 1 CPC). Quant aux recours, ils sont régis par le droit en vigueur au moment de la communication de la décision aux parties (art. 405 al. 1 CPC; ATF 137 III 130 consid. 2).
Lorsque le CPC s'applique à la procédure de recours, le délai d'appel se détermine ainsi exclusivement selon cette loi afin de garantir une application uniforme du nouveau droit de procédure (ATF 138 I 49 consid. 7.3 et les références citées). Cela vaut également pour les féries judiciaires (cf. TAPPY, in Code de procédure civile commenté, 2011, n° 12 ad art. 405 CPC; SCHWANDER, in: Schweizerische Zivilprozessordnung, Kommentar, 2011, n° 2 ad art. 404 CPC; cf. également s'agissant de la computation du délai l'art. 209 al. 3 CPC: arrêt 5A_306/2012 du 14 novembre 2012 consid. 3).
3.2 En l'espèce, la procédure de divorce a été introduite en 2005; le tribunal de première instance a rendu et communiqué sa décision aux parties après le 1er janvier 2011. Aussi, la procédure de première instance était soumise à l'ancien droit cantonal de procédure (art. 404 al. 1 CPC); en revanche, la procédure d'appel est régie, y compris la computation du délai d'appel et sa suspension durant les féries judiciaires, par le CPC (art. 405 al. 1 CPC).
Il s'ensuit que le délai pour former appel contre le jugement de divorce notifié le 6 décembre 2012 est arrivé à échéance, en tenant compte d'une suspension du 18 décembre 2012 au 2 janvier 2013 (art. 145 al. 1 let. c CPC), le 21 janvier 2013 et que l'écriture du recourant du 24 janvier 2013 est tardive. Mal fondé, le recours doit être rejeté.
4. En définitive, le recours doit être rejeté aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF), ceux-ci étant arrêtés à 2'000 fr. Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens, des réponses n'ayant pas été requises (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge de la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 15 avril 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
Le Greffier: Richard