Erwägungen:
1. X._ befindet sich in Untersuchungshaft. Nachdem er zweimal aus der Justizvollzugsanstalt Schöngrün entwichen ist, wird die Untersuchungshaft seit dem 23. April 2009 in der Justizvollzugsanstalt Lenzburg vollzogen. Mit Eingabe vom 21. September 2009 ersuchte X._ um Versetzung in die Strafvollzugsanstalt Wauwilermoos. Das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau wies mit Verfügung vom 22. September 2009 das Gesuch ab. Zur Begründung führte das Präsidium aus, dass der Vollzug der Untersuchungshaft in einer offenen Strafanstalt nach zweimaligem Entweichen aus einer entsprechenden Justizvollzugsanstalt ausgeschlossen sei und daher einzig der Vollzug in der Justizvollzugsanstalt Lenzburg als Möglichkeit zur Verfügung stehe. X._ habe keine Gründe geltend gemacht, die einen Abbruch des Vollzuges in der geschlossenen Anstalt notwendig erscheinen liessen.
2. X._ führt mit Eingabe vom 28. September 2009 (Postaufgabe 7. Oktober 2009) Beschwerde in Strafsachen gegen die Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer nennt keinen Beschwerdegrund und legt folglich nicht dar, inwiefern das Präsidium Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzt haben sollte, als es sein Gesuch um Versetzung in die offene Justizvollzugsanstalt Wauwilermoos abwies. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG). Damit wird das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gegenstandslos
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Oktober 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli