Faits:
A. Par jugement du 29 février 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._, pour abus de confiance et faux dans les titres, et Y._, pour complicité d'abus de confiance. Il a acquitté A._, B._, Z._ et W._. Il a mis une partie des frais judiciaires, d'un montant total de 207'980,95 fr., à la charge des deux condamnés, laissant le solde à la charge de l'Etat.
B. Le Ministère public, notamment, a recouru contre ce jugement. En ce qui concerne Z._ et W._, il concluait à ce qu'ils soient condamnés pour complicité de gestion déloyale et faux dans les titres et à ce qu'une partie des frais soit mise à leur charge.
Par arrêt du 29 avril 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a maintenu l'acquittement de Z._ et W._, qu'elle a néanmoins condamnés à supporter une partie des frais de première instance, mettant ces derniers à concurrence de 4000 fr. à la charge de chacun d'eux.
C. S'agissant des faits pertinents pour l'issue du présent recours, cet arrêt retient, en résumé, ce qui suit.
C.a De 1995 à 2001, la société T._ a été l'organe de révision externe de la Banque cantonale vaudoise (BCV), dont elle examinait les crédits et risques depuis 1993. Z._ a assumé le mandat de révision bancaire et statutaire de la BCV. W._ a dirigé l'exécution du mandat de révision.
C.b Dès 1994, la BCV a appliqué une nouvelle méthode de calcul des provisions, basée sur la détermination des risques techniques, soit des risques théoriques maximaux pondérés du taux correspondant à la probabilité de leur survenance.
C.c Au 31 décembre 1995, l'état des risques mentionnait un solde des débiteurs à risques de 3'888'652'000 fr., un risque technique de 1'770'016'000 fr. et un besoin de provisions de 1'157'000'000 fr. pour atteindre un taux de couverture de 65.3 %.
C.d Les rapports mensuels de la Centrale des risques de la BCV établis au cours de l'année 1996 ont fait apparaître que le solde des débiteurs à risques et le risque technique s'étaient considérablement accrus. Ainsi, au 30 septembre 1996, le solde des débiteurs à risques avait augmenté de 537'000'000 fr. depuis le début de l'année et le risque technique de 133'000'000 fr. durant la même période. Les provisions avaient diminué de 34'000'000 fr. et le taux de couverture était passé de 65.3 % à 59.0 %.
C.e Les chiffres susmentionnés ont fait l'objet de nombreuses discussions au sein des organes dirigeants de la banque. Le 19 septembre 1996, J._, directeur général en charge de la Division commerciale, a présenté au Comité de banque un rapport sur l'état des risques au 30 juin 1996, mettant en évidence l'augmentation du besoin de provisions constatée depuis le début de l'année. Il a fait de même à l'adresse du Conseil d'administration le 26 septembre suivant. Dans ce contexte, Y._ a suggéré un abaissement de l'ordre de 1 % du taux de capitalisation des immeubles, devant permettre une augmentation de la valeur des immeubles grevés d'hypothèques et une réduction proportionnelle du risque technique.
C.f Lors des discussions relatives au pré-bouclement, à fin décembre 1996 ou au début janvier 1997, J._ a annoncé à B._, chef du Département planification et contrôle, qu'il prévoyait un besoin supplémentaire de provisions de 21'000'000 fr.
En vue du bouclement, K._, responsable de la Centrale des risques, a préparé un tableau récapitulatif de l'état des risques au 31 décembre 1996. Le 18 janvier 1997, il a imprimé une première version de ce document, mentionnant un solde des débiteurs à risques de 4'524'059'000 fr., un risque technique de 1'960'243'000 fr., des provisions de 1'320'842'000 fr. et un taux de couverture du risque technique de 67.38 %.
Ce tableau a été remis le 20 janvier 1997 à X._, président de la Direction générale. Surpris par ces chiffres, qui ne correspondaient pas à ceux indiqués par J._, X._ a contacté W._, l'informant qu'avec la prise en compte du montant de provisions de 1'011'743'000 fr. annoncé par J._, le taux de couverture des risques techniques chuterait de 66 % à 50 %. Il a par ailleurs demandé à J._ de revoir ses évaluations sur la base d'un taux de capitalisation plus réaliste par rapport au marché, lequel a donné des instructions en ce sens à A._, directeur adjoint du Département direction des affaires spéciales.
C.g Lorsqu'il a ordonné d'abaisser le taux de capitalisation, J._ pensait que les chiffres de tous les immeubles pouvaient être modifiés en une seule opération informatique, ce qui n'était toutefois pas possible. Le laps de temps à disposition étant trop bref pour modifier le taux de capitalisation sur chaque fiche de risque, A._ a invité K._ à relever de 15 % la valeur des garanties immobilières. Cette augmentation devait permettre de surmonter la difficulté rencontrée, car elle était censée correspondre à l'abaissement du taux de capitalisation de 1 % qui avait été décidé. K._ a ainsi établi une deuxième version de l'état des risques, laquelle laissait apparaître un solde de débiteurs à risques de 4'528'893'000 fr., un risque technique de 1'607'945'000 fr., des provisions de 1'109'899'000 fr. et un taux de couverture du risque technique de 69.03 %.
C.h Le 21 janvier 1997, s'est tenue la séance de bouclement des comptes de la Direction générale. Outre X._, J._ et deux autres directeurs généraux, ont notamment participé à cette séance B._, D._, chef de la Révision interne, ainsi que W._ et L._, collaborateurs de T._. J._ a présenté la deuxième version de l'état des risques, en signalant que, sur la base de celle-ci, il manquait 91'000'000 fr. de provisions. Le montant des correctifs de valeurs et provisions pour risques de défaillance a été arrêté à 1'018'743'000 fr. et il a été pris acte de la diminution consécutive du taux de couverture technique, qui passait de 65.3 % à 63.2 %. A cet égard, la majorité des participants a estimé que la banque avait une couverture suffisante. Après cette séance, J._ et A._ ont constaté que, vu le montant des provisions retenu, un problème de cohérence arithmétique apparaissait dans l'état des risques, en lien avec le montant du risque technique, et ont convenu de réfléchir aux moyens d'y remédier.
C.i Le 30 janvier 1997, une délégation de la Direction générale a présenté au Comité de banque les comptes de l'exercice 1996, tels qu'arrêtés le 21 janvier 1997; aucun commentaire particulier n'a été émis au sujet des correctifs de valeurs et de provisions. Le 4 février 1997, s'est tenue une séance réunissant X._, A._, W._ et M._, aux fins de traiter de la différence de 91'000'000 fr. entre le montant des provisions figurant dans la deuxième version de l'état des risques et celui arrêté lors du bouclement des comptes.
C.j Dans une note du 16 février 1997, A._ et K._ ont exposé les différentes hypothèses envisageables pour faire coïncider les chiffres de l'état des risques avec le montant de provisions arrêté lors de la séance du 21 janvier 1997. Ils ont manifesté leur préférence pour la variante intitulée "variante 4.2", dont J._ a admis la pertinence, car l'abaissement du risque technique pouvait se justifier par la diminution du taux de capitalisation ayant provoqué une hausse des garanties immobilières de 15 % et par l'activation d'un certain nombre de garanties mentionnées jusqu'alors pro memoria dans les fiches de risques, qui représentait, selon son estimation, une diminution du risque technique de l'ordre de 10 %. Comme il n'était pas possible d'activer les garanties susmentionnées pour chacune des fiches de risque, A._ a procédé à la réduction linéaire, de quelque 25 %, du risque technique de différentes rubriques. Le risque technique a ainsi été arrêté à 1'494'089'000 fr.
C.k Au cours de la séance de la Direction générale du 25 février 1997, B._ a présenté le deuxième rapport du Comité Risk Management concernant la situation au 31 décembre 1996. S'agissant du risque technique, ce rapport reprenait le chiffre de la deuxième version de l'état des risques, alors que, pour les provisions, il reprenait celui arrêté lors de la séance de bouclement du 21 janvier 1997. Sur la base des explications fournies lors de cette séance, le Comité Risk Management a établi une nouvelle version de son rapport, dans laquelle était repris le risque technique qui avait été déterminé en application de la variante 4.2., soit 1'494'000'000 fr. en chiffres arrondis. Ce montant a ensuite été inséré dans le préavis sur la gestion du risque global, signé par X._ et B._, puis adressé au Comité de banque et, par lui, au Conseil d'administration.
Lors de la séance de la Direction générale du 11 mars 1997, J._ a présenté l'état des risques établi en application de la variante 4.2 et renseigné au sujet de la réduction linéaire opérée sur le risque technique. T._ a donné son accord à cet état des risques et les membres de la Direction générale l'ont accepté. L'état des risques ainsi adopté a été présenté à la séance du Comité de banque du 13 mars 1997, lors de laquelle il a été traité de l'abaissement du taux de capitalisation des immeubles, de l'accord de l'organe de révision interne avec cette mesure et de la provision pour risques bancaires généraux de 325'000'000 fr.
Le 20 mars 1997, le Conseil d'administration a examiné les comptes de l'exercice 1996 et pris connaissance du rapport de la Division commerciale dans lequel figurait l'état des risques adopté le 11 mars 1997. Z._ et W._, qui assistaient à cette séance, ont déclaré n'avoir aucun commentaire à faire.
C.l Le 27 mars 1997, la Révision interne et T._ ont reçu l'état des risques détaillé au 31 décembre 1996 et le tableau récapitulatif signé par la Direction générale le 11 mars 1997. D._, a alors chargé son collaborateur, N._, d'examiner ces documents. Celui-ci a consigné le résultat de ses investigations dans une note, qu'il a adressée à son supérieur le 11 avril 1997. Il y faisait notamment état d'un risque technique global sous-évalué de plus de 485 millions de francs et d'un manco total de provisions individuelles sur débiteurs de plus de 316 millions et demi de francs. Le même jour, D._ a renseigné Y._ sur les investigations effectuées et lui a remis une copie de la note de N._. Le 14 avril 1997, il a rencontré X._, avec lequel il a eu le même entretien qu'avec Y._, ainsi que Z._, avec lequel il n'a toutefois pas abordé la question.
Le 1er mai 1997, une séance réunissant X._, Y._, A._ et D._ a eu lieu afin d'évoquer la situation. Il a été décidé que D._ et A._ procéderaient à un examen par sondage des risques de crédit et remettraient leur rapport le 15 mai 1997.
Le 6 mai 1997, D._ et W._ se sont rencontrés pour une séance de coordination entre les révisions interne et externe. Ils se sont entretenus des problèmes liés aux risques, aux provisions et à l'abattement linéaire du risque technique.
C.m Le 15 mai 1997, D._ et A._ ont exposé qu'au terme de leurs recherches, ils estimaient qu'il manquait environ 780'000'000 fr. de provisions au 31 décembre 1996. Suite à cette présentation, X._ et Y._ ont constaté que, dans la mesure où il portait sur les crédits non garantis par gage, l'abattement linéaire était effectivement injustifié à concurrence de 100'000'000 fr. et devait être corrigé. S'agissant de l'abattement linéaire de 216'000'000 fr. portant sur les crédits couverts par un gage immobilier, dont la légitimité était contestée par D._ et A._, ils ont décidé que ce montant devait faire l'objet d'une analyse détaillée par T._, afin de vérifier la réalité de l'hypothèse avancée par ceux-ci. Z._ a été mandaté en ce sens le lendemain. Il a alors chargé W._ et M._ de vérifier les conclusions de D._ et A._.
C.n T._ a déposé, le 3 juin 1997, son rapport sur la révision des comptes annuels arrêtés au 31 décembre 1996 (rapport "long form"). Sous les signatures de W._, responsable du mandat, ainsi que de M._ et L._, responsables de la révision, ce document relevait que les blancs techniques avaient été déterminés par la banque de manière prudente et que les provisions constituées sur les positions à risques étaient suffisantes.
Le 6 juin 1997, W._ a soumis à Z._ une note interne qu'il avait rédigée avec M._, dont ressortait un besoin de provisions complémentaires de l'ordre de 154'000'000 fr. par rapport au risque technique finalement retenu par la banque.
Le 9 juin 1997, s'est déroulée une séance de coordination réunissant X._, B._, A._, N._, Z._ et W._. A l'issue de celle-ci, l'opinion défendue par les représentants de T._ a prévalu.
Suite à cette séance, T._ a confirmé, par courrier du 11 juin 1997 adressé à X._, que ses services avaient estimé à 154'000'000 fr. le besoin de provisions complémentaires au 31 décembre 1996, mais que ce montant était couvert par les provisions spécifiques de 1'018'000'000 fr. ainsi que par la provision pour autre risque bancaire de 325'000'000 fr.
Le 19 juin 1997, le préavis sur l'état des risques et les provisions au 31 décembre 1996, qui reprenait notamment l'évaluation de T._ quant à un besoin de provisions complémentaires de 154'000'000 fr., a été présenté au Comité de banque. Il a ensuite été soumis au Conseil d'administration le 26 juin 1997.
C.o En été 1997, la Direction générale a initié un processus visant à modifier les paramètres de provisionnement et de calcul du risque technique. A la fin octobre 1997, les principes de provisionnement suivant ont été retenus: le blanco technique constaté par la Division commerciale sert d'indicateur interne; le blanco technique admis par T._ permet la définition des provisions; la couverture de 60 % du blanco technique par des provisions est jugée acceptable, puisque T._ la considère comme telle. En outre, la Direction générale, ayant constaté que T._, au terme de travaux approfondis, déterminait un risque technique d'un montant inférieur de l'ordre de 10 %, a décidé de réduire systématiquement de ce pourcentage le risque technique déterminant pour le calcul des provisions.
C.p Le 7 novembre 1997, X._, B._, Z._ et W._ ont rencontré une délégation de la Commission fédérale des banques (CFB), afin d'examiner le rapport de révision relatif aux comptes annuels de la BCV au 31 décembre 1996 et de passer en revue l'exercice 1997. X._ a présenté les modifications que la BCV entendait apporter aux paramètres pris en compte pour déterminer les provisions et le risque technique. Il a expliqué que le taux de 60 % décidé était atteint par l'application d'un taux forfaitaire de 50 %, auquel s'ajoutait une réserve pour risques sur débiteurs de 250'000'000 fr., représentant le 1 % du total des prêts accordés à la clientèle. La CFB a donné son accord au procédé le 13 novembre 1997.
C.q Le 21 janvier 1998, la Direction générale a procédé au bouclement des comptes de l'exercice 1997, en présence de D._, Z._ et W._. A cette occasion, elle a pris acte de ce que les provisions pour risques de contrepartie atteignaient 965'000'000 fr., soit plus de 50 % du risque technique déterminant "selon méthode approuvée par T._".
Le 12 mai 1998, une séance réunissant A._, B._, Z._ et W._ a eu lieu, en vue de poser les principes quant au traitement du risque technique et d'en voir l'incidence sur les bouclements futurs. Diverses hypothèses et solutions ont été envisagées.
Le rapport "long form" sur les comptes annuels au 31 décembre 1997 de la BCV a été émis le 10 juin 1998 par T._. Ce document reprenait le taux de couverture des risques spécifiques de 50 %, couplé à la réserve de 250'000'000 fr. pour couverture des risques potentiels futurs. Il relevait que le risque technique avait été déterminé par la banque avec prudence et que le montant des provisions était suffisant.
Le 16 juin 1998, la Direction générale a consacré une séance à l'évaluation des risques et à leur couverture. La tendance des derniers mois indiquant que le taux de couverture de 50 % pourrait être insuffisant, deux solutions ont été envisagées. Après discussion, il a finalement été opté pour celle consistant à prendre en compte un chiffre de pertes sur cinq ans de 1,5 milliards de francs et à ne recourir qu'aux provisions pour risque de défaillance, totalisant 965'000'000 fr.
Le 5 novembre 1998, le Comité de banque a tenu une séance consacrée à la préparation du bouclement des comptes. X._ et B._ ont relevé que le taux de couverture du risque technique de 50 % n'apparaissait pas suffisant. En tenant compte de la provision générale de 250'000'000 fr. et de la réserve de 145'000'000 fr., il était de 70 %. Ces deux postes, s'ils étaient utilisés, devraient toutefois être reconstitués, car il s'agissait de fonds propres. Dès lors, la Direction générale préavisait une augmentation de capital. Au vu des explications données, le Comité de banque a donné son accord à la projection de bouclement, celle-ci ayant reçu l'aval de T._, et accepté d'augmenter le capital. Le Conseil d'administration a pris les mêmes décisions.
C.r Le 31 mai 1999, T._ a émis son rapport "long form" sur les comptes annuels au 31 décembre 1998. Ce document relevait que l'approche des risques par la banque n'avait pas évolué par rapport à l'exercice précédent, que le risque technique déterminé par celle-ci l'avait été de manière prudente et que le montant des provisions était suffisant.
D. Sur la base des faits sus-décrits, la cour cantonale a estimé qu'il se justifiait de mettre une partie des frais de première instance à la charge de Z._, en application de l'art. 158 CPP/VD.
E. Z._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral, pour arbitraire dans l'établissement des faits, application arbitraire du droit cantonal de procédure et violation de la présomption d'innocence. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à sa libération du paiement de frais.
Le Ministère public n'a pas déposé de réponse. L'autorité cantonale a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le recourant soutient que sa condamnation au paiement d'une partie des frais de première instance repose sur un état de fait établi de manière manifestement inexacte et en violation arbitraire de l'art. 447 al. 2 CPP/VD.
1.1 Le grief de constatation manifestement inexacte des faits, au sens de l'art. 97 al. 1 LTF, revient à se plaindre de ce que les faits ont été établis de manière arbitraire. Or, le recourant ne démontre nullement, ni même ne prétend, que les faits sur lesquels repose le prononcé litigieux auraient été retenus ensuite d'une appréciation arbitraire des preuves. Ce qu'il reproche à la cour cantonale, c'est de s'être fondée sur des faits qui ne ressortiraient pas du jugement de première instance, alors que, le Ministère public ayant recouru exclusivement en réforme, elle était, en vertu de l'art. 447 al. 2 CPP/VD, liée par les faits constatés dans ce jugement. Le moyen pris d'une constatation manifestement inexacte des faits se confond donc avec celui pris d'une violation arbitraire de cette disposition.
1.2 La cour cantonale a justifié son prononcé, sur le point litigieux, en observant que, à partir du moment où D._ s'est rendu compte des graves dysfonctionnements du début de l'année 1997, de l'étude confiée à celui-ci et A._, puis du mandat donné à T._ pour se pencher sur la problématique des provisions, le recourant a été tenu au courant de tout ce qui s'était passé. Il a assisté à différentes séances et était dès lors conscient qu'il existait un problème de provisions. Or, il a encouragé l'adoption de la nouvelle méthode de provisionnement ainsi que le fait de retenir le montant du risque technique T._, de 10 % inférieur à celui usuellement retenu par la banque. Il avait ainsi largement contribué à l'information tronquée donnée aux autres organes et aux actionnaires. Alors qu'il était au courant des modalités de fixation des provisions, il avait gardé un silence complet, y compris sur la non-mention de l'abattement de 10 % au cours de l'exercice 1997. Ce faisant, il avait adopté un comportement civilement répréhensible, justifiant de mettre à sa charge une partie des frais de la procédure.
1.3 Le recourant relève avec raison que, contrairement à ce qui est indiqué à la page 7 in fine de l'arrêt attaqué, il n'a pas assumé le mandat de révision bancaire et statutaire de la BCV jusqu'à la fin de l'exercice 2001. Il s'agit manifestement d'une erreur, comme cela ressort des pages 4 et 16 du jugement de première instance, où il est constaté que le recourant n'a assumé ce mandat que jusqu'à la mi-juin 1999, date à laquelle il a quitté T._ pour occuper un autre emploi. Quoiqu'il en soit, l'objection est dénuée de pertinence, dès lors que le prononcé litigieux ne tire aucun argument d'un comportement du recourant ultérieur à la mi-juin 1999.
1.4 Durant les derniers mois de l'année 1996, les problèmes de provisionnement qui étaient apparus ont fait l'objet de nombreuses discussions au sein des organes dirigeants de la BCV. Le 20 janvier 1997, W._ a été contacté personnellement par X._ à ce sujet et, depuis lors, il a été régulièrement associé au processus visant à résoudre les problèmes de provisionnement. Il a notamment participé à la séance de bouclement du 21 janvier 1997, qui a porté sur le manque de provisions de 91'000'000 fr., les correctifs de valeurs et provisions et la diminution consécutive du taux de couverture technique. Il a également participé à la séance du 4 février 1997, portant sur la différence de 91'000'000 fr. entre le montant de provisions figurant dans la deuxième version de l'état des risques et celui arrêté lors du bouclement des comptes et, au terme de cette entrevue, il a donné son accord à la révision de certains crédits immobiliers et à ce que leur soit appliqué un taux de capitalisation plus bas sur les revenus locatifs. Il a donné son aval à l'état des risques établi en application de la variante 4.2, qui a été adopté le 11 mars 1997 par la Direction générale.
Il est difficilement concevable que, durant toute cette période, le recourant n'ait jamais été informé par W._ des problèmes de provisionnement rencontrés par la banque, du contenu des discussions auxquelles ce dernier a participé et, partant, qu'il n'ait rien su de la situation. Dans tous les cas, le recourant a assisté, avec W._, à la séance du 20 mars 1997, lors de laquelle le Conseil d'administration de la banque a examiné les comptes de l'exercice 1996 et pris connaissance du rapport de la Division commerciale dans lequel figurait l'état des risques adopté le 11 mars 1997. Le 16 mai 1997, il s'est vu confier le mandat de procéder à une analyse détaillée visant à vérifier la réalité des hypothèses avancées par D._ et A._, qui, au terme de leurs recherches, avaient estimé qu'il manquait environ 780'000'000 fr. de provisions au 31 décembre 1996. En particulier, il avait mandat d'étudier la question de l'abattement linéaire de 216'000'000 fr. portant sur les crédits couverts par un gage immobilier. Le 6 juin 1997, W._ lui a soumis la note interne qu'il avait rédigée avec M._, dont ressortait un besoin de provisions complémentaires de l'ordre de 154'000'000 fr. par rapport au risque technique finalement retenu par la banque. Le recourant a ensuite participé à la séance de coordination du 9 juin 1997, à l'issue de laquelle l'opinion défendue par les représentants de T._ a prévalu sur les travaux de D._ et A._ et il n'a manifestement pas ignoré le contenu du courrier du 11 juin 1997 adressé à X._. Il a également participé à maintes autres séances depuis lors, notamment à la rencontre du 7 novembre 1997 avec la CFB, à la séance du 21 janvier 1998 lors de laquelle la Direction générale de la BCV a procédé au bouclement des comptes de l'exercice 1997 ainsi qu'à la séance qui s'est tenue le 12 mai 1998 en vue de poser les principes quant au traitement du risque technique et d'en voir l'incidence sur les bouclements futurs.
1.5 Les faits ainsi constatés dans l'arrêt attaqué ont tous été repris du jugement de première instance. La cour cantonale ne s'est donc pas écartée de l'état de fait de ce jugement en retenant, comme il en résulte, que, à partir du moment où D._ s'est rendu compte des graves dysfonctionnements du début de l'année 1997, de l'étude confiée à celui-ci et A._ et du mandat donné à T._ de se pencher sur la problématique des provisions, le recourant a été tenu au courant de tout ce qui s'est passé, qu'il a participé à différentes séances et qu'il était donc conscient de l'existence d'un problème de provisions. Elle ne s'en est pas plus écartée en retenant, comme cela en résulte également, que le recourant a néanmoins encouragé l'adoption de la nouvelle méthode de provisionnement ainsi que le fait de retenir le montant du risque technique T._, de 10 % inférieur à celui usuellement retenu par la banque. Au reste, en observant que le recourant a, de la sorte, contribué à l'information tronquée donnée aux autres organes et aux actionnaires et en relevant que, bien qu'au courant des modalités de fixation des provisions, il a gardé le silence, la cour cantonale n'a fait que tirer les conséquences des faits sur lesquels elle s'est fondée. Le grief de violation arbitraire de l'art. 447 al. 2 CPP/VD est ainsi dépourvu de fondement.
2. Le recourant se plaint d'une application arbitraire de l'art. 158 CPP/VD, reprochant à la cour cantonale d'avoir admis de manière insoutenable la réalisation des conditions prévues par cette disposition. Il invoque en outre une violation de la présomption d'innocence, au motif que la cour cantonale l'aurait condamné à supporter une partie des frais de première instance à raison de comportements dont elle a pourtant estimé qu'ils n'étaient pas constitutifs des infractions qui lui étaient reprochées.
2.1 A teneur de l'art. 158 CPP/VD, "lorsque le prévenu est libéré des fins de la poursuite pénale, il ne peut être condamné à tout ou partie des frais que si l'équité l'exige, notamment s'il a donné lieu à l'ouverture de l'action pénale ou s'il en a compliqué l'instruction". Cette disposition confère au juge un pouvoir d'appréciation étendu, qui est toutefois limité par les garanties découlant du droit constitutionnel.
Ainsi, la condamnation d'un prévenu acquitté à supporter tout ou partie des frais doit respecter la présomption d'innocence, consacrée par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 ch. 2 CEDH, qui interdit de rendre une décision défavorable au prévenu libéré en laissant entendre que ce dernier serait néanmoins coupable des infractions qui lui étaient reprochées. Elle n'est admissible que si le prévenu a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte (ATF 119 Ia 332 consid. 1b p. 334; 116 Ia 162 consid. 2c p. 168).
Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'art. 41 CO (ATF 119 Ia 332 consid. 1b p. 334; 116 Ia 162 consid. 2c p. 168 ss). La relation de causalité est réalisée lorsque, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, le comportement de la personne concernée était de nature à provoquer l'ouverture de la procédure pénale et le dommage ou les frais que celle-ci a entraînés. Le juge doit se référer aux principes généraux de la responsabilité délictuelle (ATF 116 Ia 162 consid. 2c p. 169) et fonder son prononcé sur des faits incontestés ou déjà clairement établis (ATF 112 Ia 371 consid. 2a in fine p. 374). Une condamnation aux frais ne peut se justifier que si, en raison du comportement illicite du prévenu, l'autorité était légitimement en droit d'ouvrir une enquête. Elle est en tout cas exclue lorsque l'autorité est intervenue par excès de zèle, ensuite d'une mauvaise analyse de la situation ou par précipitation (ATF 116 Ia 162 consid. 2c p. 171).
Le Tribunal fédéral examine sous l'angle de l'arbitraire l'appréciation de l'autorité cantonale selon laquelle le comportement du prévenu libéré des fins de la poursuite pénale serait répréhensible du point de vue civil, aurait provoqué la procédure pénale ou en aurait entravé le cours (ATF 116 Ia 162 consid. 2f p. 175). Il ne s'écarte donc pas de la solution retenue du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4/5; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148 et les arrêts cités).
2.2 En instance cantonale, le recourant a été mis en cause par le Ministère public pour faux dans les titres, d'une part au motif que le rapport de révision des comptes 1996 ne mentionnait pas le changement de méthode d'évaluation intervenu ni n'émettait de réserve quant au montant des provisions et, d'autre part, au motif que le rapport de révision des comptes 1997 n'indiquait pas que la provision de 250'000'000 fr. prévue au titre de "réserve pour risques potentiels futurs sur débiteurs" était destinée à couvrir des risques de débiteurs non déterminés.
La cour cantonale a écarté cette infraction en considérant que les premiers juges avaient retenu une modification d'un paramètre de provisionnement, et non un changement de méthode d'évaluation, et que cette modification n'avait pas à être mentionnée dans le rapport de révision 1996 ni même à faire l'objet d'une quelconque réserve dans ce rapport, qui n'était donc pas mensonger. Quant aux autres reproches adressés au recourant, elle les a écartés en observant que l'intitulé "réserve pour risques potentiels futurs sur débiteurs" indiquait que la provision de 250'000'000 fr. était affectée à la garantie de débiteurs "douteux", ce qui ne signifiait pas "indéterminés", de sorte que les rapports de révision n'étaient pas non plus mensongers sur ce point.
Le raisonnement par lequel la cour cantonale a justifié la condamnation du recourant à supporter une partie des frais de première instance (cf. supra, consid. 1.2) ne fait aucune allusion aux comportements dénoncés comme constitutifs de faux dans les titres. Il ne contient au demeurant rien qui donnerait à penser que le recourant se serait néanmoins rendu coupable de cette infraction. Ce dernier ne semble d'ailleurs pas réellement le soutenir.
2.3 En ce qui concerne l'infraction de complicité de gestion déloyale, le Ministère public faisait valoir que le recourant, bien qu'informé du manque de provisions, avait laissé entendre qu'il n'y avait pas de mesure d'assainissement à prendre, hormis de signaler que les "autres provisions" étaient suffisantes pour couvrir celles pour débiteurs, et qu'il n'avait pas procédé à l'opération comptable qui s'imposait.
Pour l'année 1996, la cour cantonale a nié la réalisation de cette infraction au motif qu'il n'était pas établi que le recourant, qui, en tant que réviseur, n'avait pas de pouvoir de gestion, cette responsabilité incombant aux organes de la banque, ait voulu que le problème de l'insuffisance de provisions soit complètement occulté par les dirigeants de la banque. Pour l'année 1997 et au-delà, elle a relevé que le recourant, bien qu'il était au courant du manque de provision, avait encouragé l'adoption de la nouvelle méthode de provisionnement ainsi que le fait de retenir le montant du risque technique T._, de 10 % inférieur à celui usuellement retenu par la banque; en outre, le rapport de révision 1997 ne faisait aucune mention de l'insuffisance constatée au mois de juin 1997. Elle a toutefois considéré que ces manquements, parce qu'ils étaient postérieurs, et non antérieurs ou simultanés, à l'acte qui eût été imputable à l'auteur principal, n'étaient pas constitutifs de complicité de gestion déloyale, de sorte que le recourant devait être libéré de cette infraction.
La cour cantonale a néanmoins estimé que les manquements relevés justifiaient de mettre partiellement les frais de première instance à la charge du recourant. C'est en effet essentiellement à raison de ces manquements qu'elle l'a condamné à en supporter une partie. A elle seule, cette similitude ne suffit cependant pas à fonder le grief de violation de la présomption d'innocence. La prévention de complicité de gestion déloyale a été abandonnée parce que la complicité constitue un acte de favorisation, qui doit nécessairement intervenir avant ou pendant l'acte principal, et que les manquements constatés lui étaient postérieurs. Cela ne change rien à l'existence de ces manquements, ni n'empêche qu'ils puissent justifier une condamnation à tout ou partie des frais, s'ils constituent un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés.
La question de savoir si ces conditions sont en l'occurrence réalisée ne peut être tranchée. La cour cantonale s'est en effet bornée à faire état des manquements reprochés et à affirmer qu'ils étaient constitutifs d'un comportement répréhensible, justifiant la condamnation du recourant à supporter une partie des frais. Elle n'a pas précisé à quelle règle de l'ordre juridique suisse le recourant aurait ainsi contrevenu de manière fautive, ni en quoi il aurait, de la sorte, provoqué l'ouverture de la procédure pénale et le dommage ou les frais que celle-ci a entraînés. Ainsi, le prononcé litigieux, faute d'être motivé de manière suffisante quant à la réalisation des conditions de l'art. 158 CPP/VD, ne permet pas de contrôler la conformité au droit constitutionnel de la condamnation du recourant à supporter une partie des frais de première instance. Le recours sur ce point est donc fondé.
3. En conclusion, le recours doit être partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le recourant n'obtient que partiellement gain de cause. Il devra donc supporter une partie des frais (art. 66 al. 1 LTF), le canton de Vaud étant dispensé d'en payer (art. 66 al. 4 LTF), et se verra allouer une indemnité de dépens réduite, à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Une part des frais judiciaires, arrêtée à 1000 fr., est mise à la charge du recourant.
3. Le canton de Vaud versera au recourant une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens réduits.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 23 avril 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Angéloz