Sachverhalt:
A. Gegenüber X._ und Y._ erfassten die Steuerbehörden des Kantons Aargau für die Staatssteuer ausserordentliche Einnahmen beim Übergang von der zweijährigen Vergangenheits- zur einjährigen Gegenwartsbemessung. Besteuert wurde für 1999 der Erlös aus dem Verkauf von drei Grundstücken, für 2000 der Gewinn aus der Veräusserung des Bauernhofes an den Sohn. Kantonal letztinstanzlich legte das Aargauer Verwaltungsgericht das ausserordentliche Einkommen aus selbständiger landwirtschaftlicher Erwerbstätigkeit für 1999 auf Fr. 326'079.-- und für 2000 auf Fr. 1'343'187.-- fest.
B. Am 17. September 2009 hat X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Im Wesentlichen beantragt er sinngemäss, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 15. Juli 2009 aufzuheben. Er bestreitet die Erfassung mit der Sondersteuer und macht geltend, es gehe um gewerbsmässigen Liegenschaftenhandel und somit um ordentliches Einkommen.
Die zur Vernehmlassung eingeladenen Behörden haben auf eine solche verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die rechtzeitig eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d; Art. 89; Art. 90, Art. 100 BGG).
1.2 Es ist jedoch zweifelhaft, ob die Beschwerde den gesetzlichen Begründungserfordernissen gerecht zu werden vermag: Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Das setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das ist aber erst dann möglich, wenn wenigstens den minimalen Begründungsanforderungen Genüge getan wird und somit auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann (vgl. u.a. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Vorliegend erscheint selbst die Erfüllung dieser Minimalanforderungen als problematisch. Die Beschwerdeschrift setzt sich (abgesehen von zwei kaum gehaltvollen Ausnahmen, Ziff. 4 u. 6) nicht konkret mit dem angefochtenen Urteil auseinander, sondern macht allgemein Argumente geltend, die sozusagen nur das schon in früheren Verfahrensstadien Vorgebrachte wiederholen. Ob bzw. in welchem Umfang eine solche Eingabe zulässig ist, kann mit Blick auf den Verfahrensausgang offen bleiben.
1.3 Auf jeden Fall nicht einzutreten ist auf die Beschwerde insoweit, als neben einem Sachurteil noch die Feststellung verlangt wird, der Beschwerdeführer sei gewerbsmässiger Liegenschaftshändler; diesbezüglich besteht kein schutzwürdiges Interesse (vgl. statt vieler BGE 126 II 300 E. 2c S. 303 f.). Ausserdem sind die erst nach Ablauf der Beschwerdefrist eingereichten Beweismittel, mit denen ohnehin gegen das Novenverbot (Art. 99 BGG) verstossen würde, aus dem Recht zu weisen.
2. 2.1 Für die aargauischen Staats- und Gemeindesteuern 1999 und 2000 ist grundsätzlich noch nicht das ab 1. Januar 2001 gültige Steuergesetz vom 15. Januar 1998 (StG; SAR 651.100) anwendbar, sondern dasjenige vom 13. Dezember 1983 (aStG). Nach § 22 Abs. 1 lit. b aStG waren alle Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit, einschliesslich der Gewinne aus der Veräusserung von Geschäftsvermögen, steuerbar. Ausserordentliche Einkünfte, die in den beiden Jahren vor dem Wechsel zur jährlichen Gegenwartsbemessung erzielt wurden, unterliegen dagegen der Übergangsbestimmung von § 263 StG. Dessen Abs. 2 legt fest, dass u.a. Kapital- bzw. Liquidationsgewinne der Jahre 1999 und 2000 mit einer gesonderten Jahressteuer für das Steuerjahr, in dem sie zugeflossen sind, zu erfassen sind. Diese Regelung stimmt mit dem seit 1999 verbindlichen Bundesrecht (vgl. Art. 69 Abs. 1 u. 7 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]) überein.
2.2 Der Beschwerdeführer beanstandet die Sondersteuer 1999, weil er gewerbsmässiger Liegenschaftshändler sei und es sich somit bei den aus den Verkäufen 1999 erzielten Gewinnen um ordentliche Einkünfte gehandelt habe. Dagegen hat die Vorinstanz zutreffend erwogen, dass der Beschwerdeführer vor 1999 keine Immobilienverkäufe auswies, was gegen einen gewerbsmässigen Liegenschaftshandel spricht. Zudem beanspruchte er selbst den maximalen Besitzesdauerabzug von 50%, der nur auf Anlagevermögen zulässig war (vgl. E. 3.1 des angefochtenen Urteils). Damit betrachtete er sich selbst nicht als gewerbsmässigen Liegenschaftshändler. Mit diesen überzeugenden Argumenten der Vorinstanz setzt sich die Beschwerdeschrift überhaupt nicht auseinander. Deshalb erübrigen sich dazu weitere Ausführungen.
2.3 Weiter bestreitet der Beschwerdeführer, dass er seine übrigen Grundstücke im Jahre 2000 ins Privatvermögen übergeführt habe. Seine Tätigkeit als Landwirt habe er erst mit dem Verkauf des Heimwesens an seinen Sohn am 9. Januar 2001 aufgegeben, und im Übrigen sei er vorher und nachher gewerbsmässiger Liegenschaftshändler gewesen. Sein Grundeigentum habe daher gar nicht vom Geschäfts- ins Privatvermögen übergehen können.
Nachdem er 1999 noch nicht gewerbsmässiger Liegenschaftshändler war (vgl. oben E. 2.2) und er 2000 keine Verkäufe tätigte, konnte er in diesem zweiten Jahr ebenfalls nicht gewerbsmässiger Immobilienhändler sein. Er führte im Jahresabschluss 2000 selbst die den Landwirtschaftsbetrieb betreffenden Grundstücke nicht mehr auf, deklarierte in der Übergangs-Steuererklärung für Landwirte (Bemessungsperiode 1999/2000) einen Überführungsgewinn für 2000 und liess im Kaufvertrag vom 9. Januar 2001 mit seinem Sohn feststellen, Nutzen und Schaden seien am 1. Januar 2001 auf den Käufer übergegangen. Deshalb ist die Annahme der Vorinstanz nicht zu beanstanden, der Beschwerdeführer habe seine Tätigkeit als Landwirt per Ende 2000 aufgegeben und das restliche Grundeigentum sei damit ins Privatvermögen übergegangen. Der Beschwerdeführer ist bei den eigenen Willenskundgebungen zu behaften. Der Umstand, dass der Verkauf des Bauernhofes erst am 9. Januar 2001 verurkundet werden konnte (vgl. Ziff. 4 u. 6 der Beschwerdeschrift), mag wohl für die Grundstückgewinnsteuer relevant sein, nicht aber für die Privatentnahme. Die Gewinnbemessung als solche ist in der (einzig zulässigen, vgl. oben E. 1.3) Beschwerdeschrift nicht bestritten.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit überhaupt auf sie eingetreten werden kann. Demzufolge sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerde führenden Partei aufzuerlegen. Hier ist fraglich, ob das nur der Ehemann oder auch seine - soweit ersichtlich nun von ihm getrennt lebende - Gemahlin ist. In den massgeblichen Jahren 1999 und 2000 war die Ehe noch rechtlich und tatsächlich ungetrennt, weshalb beide Gatten für die Sondersteuer gemeinsam veranlagt wurden, das angefochtene Urteil sich ebenfalls an beide richtet und die Ehefrau hier im Rubrum aufgeführt wird. Diese hat sich aber schon vor dem Verwaltungsgericht durch einen eigenen Rechtsanwalt vertreten lassen, der davon abgesehen hat, das vorinstanzliche Urteil vor Bundesgericht anzufechten. Der Gatte behauptet zwar, die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sei mit dem Einverständnis seiner Frau eingereicht worden. Er hat aber, trotz entsprechender ausdrücklicher Aufforderung seitens des Bundesgerichts, keine Vollmacht vorlegen können. Unter den gegebenen Umständen scheint es angemessen, Fragen der Ehegattenhaftung bzw. -vertretung offen zu lassen und insbesondere nicht zu prüfen, ob bzw. inwiefern der Gemahlin hier überhaupt Parteistellung zukommt. Einzig zu entscheiden ist, dass die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens nicht beiden Eheleuten unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen sind, sondern nur dem Gatten. Das am 4. März 2010 verschickte Urteilsdispositiv, welches versehentlich noch eine solche Solidarhaft festgehalten hat, ist von Amtes wegen in diesem Sinne zu korrigieren (Art. 129 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Ehefrau Y._, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. März 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter