Faits:
A. Par décision du 17 mars 2011 notifiée le 11 avril 2011, l'Association des communes de D._ a adjugé les travaux de construction relatifs au centre E._ sis à F._ à Y._ au détriment notamment de l'offre de la société simple formée par X._, A.X._ SA, B.X._ SA et C.X._ Sàrl.
Le 21 avril 2011, sur papier à lettre de A.X._ SA, G._ a déposé un recours contre la décision d'adjudication auprès du Tribunal cantonal du canton du Valais. L'effet suspensif au recours a été accordé à titre pré-provisoire. Dans sa réponse au recours, l'Association des communes a proposé de déclarer le recours irrecevable car il avait été formé uniquement par A.X._ SA et non pas par la société simple. Invité à se déterminer sur la recevabilité du recours, G._, sur papier à en-tête de A.X._ SA, a déclaré avoir agi au nom de tous les membres du consortium, ce que les autorités avaient toujours admis et a produit deux procurations signées par H._ et I._, chargeant A.X._ SA, par G._ de les représenter "pour le recours que nous désirons déposer".
B. Par arrêt du 9 juin 2011, le Tribunal cantonal a déclaré irrecevable le recours déposé par A.X._ SA contre la décision rendue le 17 mars 2011, parce que cette dernière n'avait pas qualité pour recourir seule et que la société simple n'avait pas déposé de recours dans le délai légal.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ SA, B.X._ SA et C.X._ Sàrl demandent au Tribunal fédéral sous suite de frais de déclarer le recours du 21 avril 2011 recevable. Invoquant l'art. 9 Cst., ils se plaignent d'arbitraire dans la constatation des faits et de formalisme excessif. Ils sollicitent l'octroi de l'effet suspensif, qui a été accordé à titre superprovisoire par ordonnance du 19 juillet 2011.
D. L'association des communes et Y._ concluent au rejet du recours. Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer des observations.
Considérant en droit:
1. 1.1 La cause relève du droit public (art. 82 let. a LTF). L'arrêt attaqué émane d'un tribunal cantonal supérieur statuant en dernière instance, sans qu'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral ne soit ouvert (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il peut donc en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, à condition qu'il ne tombe pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, en particulier l'art. 83 let. f LTF. Selon cette disposition, le recours en matière de droit public n'est recevable contre les décisions en matière de marchés publics qu'à deux conditions, soit si la valeur du mandat à attribuer est supérieure ou égale aux seuils déterminants prévus à cet effet et si, cumulativement, la décision attaquée soulève une question juridique de principe (ATF 134 II 192 consid. 1.2 p. 194 s.). Il incombe à la partie recourante, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de ces deux conditions (art. 42 al. 2 LTF; cf. ATF 133 II 396 consid. 2.2 p. 398 s.), ce que les recourantes n'ont pas fait, de sorte que leur recours en matière de droit public est irrecevable. En revanche, leur mémoire est en principe recevable comme recours constitutionnel subsidiaire aux conditions des art. 113 ss LTF.
1.2 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF par renvoi de l'art. 117 LTF). Pour le surplus, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 116 LTF (art. 118 al. 2 LTF).
2. Invoquant l'art. 29 al. 1 Cst., les recourantes se plaignent de formalisme excessif.
2.1 La jurisprudence a tiré de l'art. 29 al. 1 Cst. le principe de l'interdiction du déni de justice formel qui comprend la prohibition de tout formalisme excessif. Un tel formalisme existe lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux. L'excès de formalisme peut résider soit dans la règle de comportement imposée au justiciable par le droit cantonal, soit dans la sanction qui lui est attachée. Le Tribunal fédéral examine librement ce grief (ATF 130 V 177 consid. 5.4.1 p. 183/184; 128 II 139 consid. 2a p. 142 et les arrêts cités). En tant qu'il sanctionne un comportement répréhensible de l'autorité dans ses relations avec le justiciable, l'interdiction du formalisme excessif poursuit le même but que le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.). A cet égard, il commande à l'autorité d'éviter de sanctionner par l'irrecevabilité les vices de procédure aisément reconnaissables qui auraient pu être redressés à temps, lorsque celle-ci pouvait s'en rendre compte assez tôt et les signaler utilement au plaideur (ATF 125 I 166 consid. 3a p. 170; 124 II 265 consid. 4a p. 270 et la jurisprudence citée).
2.2 Les recourantes se plaignent de formalisme excessif dans l'application des art. 48 et 49 de la loi valaisanne du 6 octobre 1976 sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA/VS; RSVS 172.6). L'art. 48 LPJA/VS prévoit que le recours est adressé par écrit à l'autorité compétente en autant de doubles qu'il y a d'intéressés, que le mémoire contient un exposé concis des faits, des motifs accompagnés des moyens de preuve, ainsi que des conclusions. Il est daté et signé par le recourant ou son mandataire. La décision attaquée et les documents servant de moyens de preuve, en possession du recourant, sont joints au mémoire. L'art. 49 LPJA/VS prévoit quant à lui que, si le recours ne satisfait pas aux exigences qui précèdent, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité impartit au recourant un court délai supplémentaire pour rectifier son mémoire.
2.3 Elles soutiennent qu'en accordant l'effet suspensif le 27 avril 2011 et en demandant des précisions supplémentaires sur la recevabilité du recours, le Tribunal cantonal a considéré que le recours n'était pas manifestement irrecevable et qu'il avait tout au plus un doute sur la désignation de la partie recourante. Dans ces conditions, il aurait dû impartir un court délai supplémentaire pour rectifier le mémoire qui était au surplus dûment signé comme l'exigeait l'art. 48 al. 2 LPJA/VS.
2.4 En l'espèce, la question de savoir si l'instance précédente devait impartir un délai supplémentaire peut demeurer ouverte du moment que les recourantes ont produit par retour du courrier les invitant à se prononcer sur la recevabilité de leur recours deux procurations signées par H._ et I._, chargeant A.X._ SA, de les représenter "pour le recours que nous désirons déposer". Le doute sur la désignation des recourantes, qui n'était pas manifeste au vu des actes de procédure effectués par l'instance précédente, étant levé, celle-ci ne pouvait pas, sans tomber dans un formalisme excessif, déclarer irrecevable le recours déposé par A.X._ SA contre la décision d'adjudication du 17 mars 2011.
3. Le recours considéré comme recours constitutionnel subsidiaire est admis. En application des art. 107 al. 2 et 117 LTF, le Tribunal fédéral annule l'arrêt rendu le 9 juin 2011 par le Tribunal cantonal, déclare recevable le recours interjeté le 21 avril 2011 contre la décision d'adjudication du 17 mars 2011 et renvoie la cause à l'instance précédente pour examen sur le fond. La requête d'effet suspensif est devenue sans objet.
Succombant, A.Y._ Sàrl, B.Y._ SA et C.Y._ SA, ainsi que l'Association des communes de D._, en tant qu'entité adjudicatrice dont l'intérêt patrimonial est en cause, doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). N'étant pas représentés par un mandataire professionnel, les recourants, qui ont gain de cause, n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours, considéré comme recours constitutionnel subsidiaire est admis et l'arrêt rendu le 9 juin 2011 par le Tribunal cantonal est annulé.
2. Le recours interjeté le 21 avril 2011 contre la décision d'adjudication du 17 mars 2011 est recevable et la cause renvoyée à l'instance précédente pour examen sur le fond.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'Association des communes de Crans-Montana à raison de 1'000 fr. et à la charge de A.Y._ Sàrl, B.Y._ SA et C.Y._ à raison de 1'000 fr. solidairement entre elles.
4. Le présent arrêt est communiqué aux recourants, aux mandataires des parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public.
Lausanne, le 20 septembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey