Faits:
A. A.a X._, de nationalité russe, est l'épouse de Y._.
Z._ est une société incorporée aux Iles Vierges Britanniques.
Par billet à ordre du 28 novembre 2006, que X._ a avalisé, Y._ s'est engagé inconditionnellement à payer la somme de 3'800'000 euros à A._, somme payable à vue, mais pas avant le 1er mars 2010, le paiement se faisant en roubles.
Le billet à ordre a été endossé en faveur de Z._ Incorp., puis de Z._.
A.b Faute de paiement, Z._ a déposé en Russie le 12 juillet 2010 une demande en paiement contre X._ et Y._, portant sur un montant de 144'514'000 RUB et a requis la saisie conservatoire de leurs biens immobiliers.
Par jugement du 29 juillet 2010, le Juge du Tribunal du district Khamovniki de la ville de Moscou a admis la saisie conservatoire.
Par jugement du 14 avril 2011, confirmé par le Tribunal de Moscou le 10 octobre 2011, le Tribunal du district Khamovnitcheskiy de la ville de Moscou a condamné X._ et Y._ à verser à Z._ la somme de 3'986'633 euros 33, ainsi que celle de 100'000 RUB au total correspondant à d'autres frais.
Le Tribunal de district Khamovnitcheskiy de la ville de Moscou a délivré un acte exécutoire le 27 octobre 2011.
A.c Par jugement du 27 mars 2012, le Tribunal du quartier Khamovniki de la ville de Moscou a décidé de recouvrer auprès de X._, en faveur de Z._, la somme de 196'966 euros 66 en roubles, au taux de la Banque centrale de la Fédération de Russie au jour de l'exécution du jugement de la cour, représentant les intérêts dus pour la période du 26 mars 2011 au 6 février 2012, de même que les frais de paiement du taux d'Etat au montant de 47'339 RUB 74.
Ce jugement a acquis force exécutoire le 28 avril 2012.
A.d Par jugement du 6 avril 2012, la valeur du bien immobilier saisi dans le cadre de la procédure susmentionnée, à savoir un appartement de 10 pièces et d'une superficie de 710 m2, sis à Moscou, a été fixée à 401'033'333 RUB au prix du marché.
B.a B.a.a Par requête du 23 décembre 2011, Z._ a requis du Tribunal de première instance de Genève, sur la base du jugement rendu le 14 avril 2011 par le Tribunal du district de Khamovnitcheskiy (cf. art. 271 al. 1 ch. 6 LP), le séquestre, à concurrence de 4'871'148 fr. (soit la contre-valeur de 3'986'633 euros 33 au taux de change du jour du dépôt de la requête, plus intérêts à 5% dès le 10 octobre 2011), et de 2'964 fr. (soit la contre-valeur de 100'000 RUB au taux de change du jour du dépôt de la requête, plus intérêts à 5% dès le 10 octobre 2011), en mains de la Banque B._, de tous avoirs, espèces, titres, valeurs, créances, objets, droits et autres biens de quelque nature et en quelque monnaie qu'ils soient, en compte, placement, dépôt, coffre-fort, et autres biens de quelque nature et en quelque monnaie qu'ils soient, sous désignation conventionnelle, fiduciaire, numérique ou pseudonyme, appartenant à X._, et en particulier de toute relation liée au numéro de client n° xxx, ainsi que le coffre-fort n° yyy.
Le même jour, le tribunal a ordonné le séquestre requis (séquestre n° zzz). Celui-ci a porté sur des avoirs en compte et en dépôt appartenant à X._, dont la valeur d'estimation au jour de l'exécution était de 928'426 GBP 67, ainsi que sur le contenu d'un compartiment de coffre-fort.
B.a.b Le 30 avril 2012, X._ a formé opposition devant le Tribunal de première instance de Genève contre l'ordonnance de séquestre, concluant principalement à son annulation et subsidiairement à la condamnation de Z._ à des sûretés de 136'204 fr.
Z._ a conclu principalement à l'irrecevabilité de l'opposition, subsidiairement à son rejet. Elle a exposé que le grief de l'opposante selon lequel la créance serait déjà couverte par la saisie en Russie devait être soulevé par le biais d'une plainte, et non d'une opposition.
Par jugement du 3 septembre 2012, le tribunal a rejeté l'opposition.
B.b Le 14 septembre 2012, X._ a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice du canton de Genève, concluant principalement à la révocation de l'ordonnance de séquestre et subsidiairement au renvoi de la cause en première instance.
Z._ a conclu principalement à la confirmation du jugement entrepris, subsidiairement, à l'irrecevabilité de l'opposition au séquestre.
Par arrêt du 23 novembre 2012, la cour a déclaré le recours recevable, mais l'a rejeté au fond.
C. Par acte posté le 19 décembre 2012, X._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme, en ce sens que l'ordonnance de séquestre du 23 décembre 2011 est annulée, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants et, encore plus subsidiairement, à être acheminée à prouver par toutes voies de droit les faits allégués dans ses écritures. En substance, elle se plaint de la violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et de la violation de l'art. 9 Cst. dans l'établissement des faits et dans l'application de l'interdiction de l'abus de droit.
Des observations n'ont pas été requises.
D. La requête en restitution d'effet suspensif déposée par la recourante a été refusée le 20 décembre 2012.
E. Par courrier du 7 mai 2013, X._ a informé le Tribunal fédéral que la dette à l'origine du séquestre n° zzz et de la poursuite en validation du séquestre n° bbb, introduite le 12 décembre 2012, avait été intégralement payée, de sorte que la mainlevée requise par Z._ n'avait été accordée qu'à concurrence des montants de 32'500 fr. au total, correspondant aux frais de justice alloués à la créancière.
Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) à l'encontre d'une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale supérieure statuant sur recours (art. 75 LTF). La valeur litigieuse atteint au moins 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). La recourante, qui a été déboutée de ses conclusions par l'autorité précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
2. 2.1 L'arrêt sur opposition au séquestre rendu par l'autorité judiciaire supérieure (art. 278 al. 3 LP) porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (ATF 135 III 232 consid. 1.2; arrêt 5A_59/2012 du 26 avril 2012 consid. 1.2, non publié in ATF 138 III 382); la partie recourante ne peut donc se plaindre que d'une violation de ses droits constitutionnels (ATF 134 II 349 consid. 3; 133 III 638 consid. 2). Le Tribunal fédéral n'examine un tel grief que si, conformément au principe d'allégation, il a été invoqué et motivé (art. 106 al. 2 LTF), à savoir expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2; 132 II 342 consid. 3 et les références).
2.2 En vertu des principes de la bonne foi et de l'épuisement des griefs (art. 75 al. 1 LTF), tous les moyens nouveaux sont exclus dans le recours en matière civile au sens de l'art. 98 LTF, que ceux-ci relèvent du fait ou du droit, sauf dans les cas où seule la motivation de la décision attaquée donne l'occasion de les soulever (ATF 133 III 639 consid. 2; arrêts 5A_577/2010 du 18 octobre 2010 consid. 1.2 publié in SJ 2011 I p. 101; 5A_871/2009 du 2 juin 2010 consid. 2).
Il y a donc lieu d'emblée de déclarer irrecevables le courrier du 7 mai 2013, ainsi que les pièces qui y sont jointes.
3. 3.1 En substance, se plaignant de l'application arbitraire (art. 9 Cst.) du principe de l'interdiction de l'abus de droit en lien avec l'art. 97 al. 2 LP, la recourante considère qu'en requérant le séquestre de ses biens meubles en mains d'une banque sise en Suisse, l'intimée abuse manifestement de son droit, au motif que sa créance est déjà couverte par la saisie immobilière préalablement exécutée en Russie, la valeur du bien immobilier excédant largement le montant de la créance invoquée en justice.
3.2 L'autorité cantonale s'est tout d'abord penchée sur la question de la voie de droit choisie par la recourante. Se fondant sur les arrêts publiés aux ATF 120 III 42 et 129 III 203 ainsi que sur l'arrêt 5A_225/2009, elle a considéré que, lorsque plusieurs séquestres permettent ensemble d'obtenir une garantie notablement supérieure à celle nécessaire pour satisfaire le créancier séquestrant, l'abus de droit qui résulte de ce cumul ne peut être constaté qu'a posteriori, une fois qu'on sait si et dans quelle mesure les séquestres ont porté. Pour cette raison, la question doit être tranchée après l'exécution des séquestres multiples, dans le cadre d'une plainte auprès des autorités de surveillance (art. 17 LP). En revanche, lorsque l'abus de droit du créancier est déjà manifeste lors de la requête de séquestre, la question doit être examinée dans le cadre de l'opposition au séquestre (art. 278 LP). Elle a alors jugé que, en l'espèce, l'opposition au séquestre était recevable, puisque la recourante reprochait à l'intimée d'avoir sollicité le séquestre de biens meubles en Suisse alors que le recouvrement de sa créance était déjà manifestement garantie par la saisie immobilière en Russie.
Ensuite, quant au grief de l'abus de droit, l'autorité cantonale a considéré en substance que cet abus n'était pas réalisé, étant donné que les difficultés accrues de réaliser le bien immobilier invoquées par l'intimée paraissaient suffisamment vraisemblables, notamment au regard de l'ordre légal des saisies et séquestres en Suisse consacré à l'art. 95 LP. Elle a alors rejeté le recours.
4. Saisi d'un recours en matière civile au sens de l'art. 98 LTF, le Tribunal fédéral ne peut procéder à une substitution de motifs que pour autant que la nouvelle motivation, conforme à la Constitution, n'ait pas expressément été réfutée par l'autorité cantonale (arrêt 5A_591/2011 du 7 décembre 2011 consid. 3.1; ATF 128 III 4 consid. 4c/aa).
4.1 L'ordonnance de séquestre est rendue sur la base de la seule requête du créancier (art. 272 LP). Elle doit être entreprise par la voie de l'opposition (art. 278 al. 1 LP), dont le but est de permettre au juge de vérifier le bien-fondé du séquestre après avoir entendu le débiteur. De son côté, l'office des poursuites exécute l'ordonnance de séquestre (art. 275 LP). Sa décision doit être entreprise par la voie de la plainte (art. 17 LP) auprès de l'autorité de surveillance, qui contrôle la régularité formelle de l'ordonnance de séquestre ainsi que celle des mesures proprement dites d'exécution du séquestre prévues aux art. 92 à 109 LP, applicables par analogie en vertu du renvoi prévu à l'art. 275 LP. Les griefs concernant les conditions de fond du séquestre doivent donc être soulevés dans la procédure d'opposition et ceux concernant l'exécution du séquestre dans la procédure de plainte (ATF 129 III 203 consid. 2.2 et 2.3; arrêts 5A_925/2012 du 5 avril 2013 consid. 4.2 et 4.3; 5A_812/2010 du 24 novembre 2011 consid. 3.2.2, publié in Pra 2012 (78) p. 531; 7B.207/2005 du 29 novembre 2005 consid. 2.3.3).
Plus précisément, s'agissant du grief de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC), il faut distinguer si cet abus est soulevé en lien avec l'institution-même du séquestre et les conditions de celui-ci, ou avec son exécution. Dans le premier cas, il faut le faire valoir dans l'opposition, dans le second, dans la plainte.
Ainsi, l'abus de droit en lien avec la propriété des biens à séquestrer (ATF 129 III 203 consid. 2.4; arrêts 5A_925/2012 du 5 avril 2013 consid. 9.1; 5A_629/2011 du 26 avril 2012 consid. 5.1, publié in Pra 2013 (17) p. 146; 5A_871/2009 du 2 juin 2010 consid. 7.1), avec le séquestre successif des mêmes biens pour garantir la même créance (arrêt 5A_925/2012 du 5 avril 2013 consid. 6.2), avec l'immunité d'une organisation internationale (ATF 136 III 379 consid. 4.4) ou, plus largement, avec le but poursuivi par le séquestre, en ce sens que l'institution-même du séquestre est détournée de sa finalité (ATF 137 III 625 consid. 4.3; arrêts 5A_306/2010 du 9 août 2010 consid. 8, publié in recht 2011 p. 141; 5D_112/2007 du 11 février 2008 consid. 4.3), notamment le séquestre investigatoire (ATF 125 III 391 consid. 2d/cc; arrêt 5A_812/2010 du 24 novembre 2011 consid. 3.2.2, publié in Pra 2012 (78) p. 531), doit être soulevé dans l'opposition.
En revanche, l'abus de droit en lien avec la saisissabilité d'un compte de libre passage (art. 92 al. 1 ch. 10 LP; arrêt 7B.22/2005 du 21 avril 2005 consid. 3.3, publié in JdT 2006 II p. 149) ou l'étendue du séquestre notablement supérieure à la créance à garantir, doit être soulevé dans la plainte. Cet abus a trait à l'exécution du séquestre, dont le principe n'est en revanche pas remis en cause (arrêt 5A_225/2009 du 10 septembre 2009 consid. 6.2; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Art. 271-352, 2003, n° 34 ad art. 271 LP; HANS REISER, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs II, Art. 159-352 SchKG, 2ème éd., 2010, n° 71 s. ad art. 275 LP; WALTER STOFFEL/ISABALLE CHABLOZ, in Commentaire romand, Poursuite et faillites, 2005, n° 20 ad art. 275 LP). En effet, bien qu'on reproche un abus de droit au créancier, l'interdiction de séquestrer plus de biens que nécessaire ("Verbot der Überarrestierung") s'adresse en réalité au préposé de l'office des poursuites; il ne fonde directement aucun devoir à charge du créancier, raison pour laquelle le débiteur doit se plaindre auprès des autorités de surveillance de l'étendue excessive du séquestre, même si le créancier se trouve, par sa requête, à l'origine du comportement de l'office (arrêt 4C.62/1999 du 14 juillet 1999 consid. 3a et 3b). C'est pourquoi, une ordonnance de séquestre ne doit pas être exécutée si, par le cumul de séquestres, notablement plus de biens sont bloqués qu'il n'est nécessaire pour éteindre la créance que le séquestrant fait valoir (ATF 120 III 49 consid. 2a; dans le même sens, cf. REISER, op. cit., n° 13 ad art. 275 LP, selon lequel l'office n'a pas à exécuter l'ordonnance de séquestre conduisant à un abus de droit manifeste).
4.2 En l'espèce, la recourante fait valoir une violation de l'art. 97 al. 2 LP en tant que l'exécution du séquestre conduit à procurer à l'intimée notablement plus de biens que nécessaire à garantir sa créance, en raison de la saisie immobilière déjà opérée en Russie. Ce grief devait être soulevé par la voie de la plainte à l'autorité de surveillance, laquelle est compétente notamment pour décider si l'ordre légal de saisie (art. 95 LP) est indépendant de l'application de l'art. 97 al. 2 LP et, à supposer que tel ne soit pas le cas, si, dans l'exécution de l'ordonnance de séquestre en Suisse, l'office doit prendre en considération, dans l'estimation de l'art. 97 al. 2 LP, un séquestre exécuté à l'étranger.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté par substitution de motifs.
5. En conclusion, le recours est rejeté aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LP). Aucun dépens n'est dû, l'intimée n'ayant pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 14 mai 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Achtari