Sachverhalt:
A. Die Y._ AG war bis zur Hausdurchsuchung durch die Kantonspolizei Zürich am 4. Dezember 2002 als Anlageberaterin tätig. Sie nahm in den Jahren 2001 und 2002 Kundengelder im Betrag von über Fr. 100 Mio. entgegen, die sie im Devisenhandel einzusetzen versprach. Wie sich später ergab, führte die Y._ AG wohl Devisenoperationen über einen Broker in London durch, jedoch nicht in dem Ausmass, wie sie es gegenüber ihren Kunden auswies. Die Abwicklung der Ein- und Auszahlungen gegenüber den rund 1'400 Kunden erfolgte nach einem schneeballähnlichen System. Die Y._ AG stellte ihren Kunden monatliche Kontoauszüge mit Gewinnausweisen zu, die jedoch nur zum Teil auf erwirtschafteten Gewinnen beruhten. Die von den Kunden verlangten Auszahlungen (Erträge, Kapital) finanzierte die Y._ AG aus akkumulierten Anlagegeldern und Geldern neu beigetretener Personen. Am 24. November 2003 wurde über die Y._ AG der Konkurs eröffnet.
B. X._ investierte vom 18. März 2002 bis 26. Juni 2002 bei der Y._ AG ein Kapital von Fr. 315'000.--. Der entsprechende Vertrag zwischen ihm und der Y._ AG datiert vom 16. März 2002 und ist als "Devisenhandel Investment Vereinbarung" bezeichnet. Es wurde im Wesentlichen vereinbart, dass die Y._ AG das Geld im Devisenhandel anlegt und für den Anleger ein Rubrikenkonto führt, welches monatlich abzurechnen ist. Die Y._ AG verpflichtete sich, den Guthabensaldo auf Verlangen innerhalb einer Arbeitswoche auszuzahlen. Gemäss Kontoauszug der Y._ AG vom 31. Oktober 2002 belief sich das Guthaben von X._ per 31. Oktober 2002 auf Fr. 463'243.20. Abzüglich des investierten Kapitals von Fr. 315'000.-- wurden ihm somit Erträge im Umfang von Fr. 148'243.20 gutgeschrieben.
Am 21. Oktober 2004 eröffnete das Kantonale Steueramt Zürich gegen X._ ein Nachsteuer- und Steuerstrafverfahren betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1994 bis 2002 und die direkte Bundessteuer 1995/96 bis 2002. Es bestand u.a. der Verdacht, dass Anlagewerte und Erträge aus Investitionen bei der Y._ AG nicht korrekt deklariert worden sind.
Am 21. Februar 2005 verfügte das kantonale Steueramt für die direkte Bundessteuer 2002 eine Nachsteuer samt Zins von Fr. 19'533.20 sowie eine Busse von Fr. 6'091.50. In der gleichen Verfügung wurden X._ sodann auch für die Staats- und Gemeindesteuern der Perioden 1997 und 2002 eine Nachsteuer von Fr. 39'657.45 und eine Busse von Fr. 12'575.20 auferlegt. Es geht im Wesentlichen um die nicht deklarierten Erträge und Guthaben aus den Investitionen bei der Y._ AG. Hinsichtlich der übrigen Steuerperioden wurden die Nachsteuer- und Bussenverfahren eingestellt.
Eine Einsprache wies das Kantonale Steueramt Zürich am 16. August 2005 bezüglich der direkten Bundessteuer und der Staats- und Gemeindesteuern ab.
C. Gegen die Einspracheverfügung erhob der Steuerpflichtige Rekurs und Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Er stellte zudem ein Ausstandsbegehren gegenüber den Mitgliedern der 2. Abteilung des Verwaltungsgerichts.
Mit Entscheid vom 23. August 2006 betreffend die direkte Bundessteuer (SR.2005.00014) trat das Verwaltungsgericht auf das Ausstandsbegehren nicht ein. Bezüglich der Busse resp. Strafsteuer für Hinterziehung der direkten Bundessteuer verwies das Verwaltungsgericht den Beschwerdeführer auf ein vom Nachsteuerverfahren getrennt laufendes Steuerstrafverfahren. Diesbezüglich trat das Gericht auf die Beschwerde nicht ein. Hinsichtlich der Nachsteuer wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
In einem weiteren Entscheid ebenfalls vom 23. August 2006 (SR.2005.00013) befand das Verwaltungsgericht über den Rekurs betreffend die Staats- und Gemeindesteuern im gleichen Sinn.
D. Hiergegen erhebt X._ in getrennten Eingaben Verwaltungsgerichtsbeschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer sowie der Staats- und Gemeindesteuern. Er beantragt, die auf den Ertrag aus den Anlagen bei der Y._ AG entfallenden Nachsteuern seien aufzuheben.
Das Kantonale Steueramt Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerden abzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerden, soweit darauf einzutreten ist.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) in Kraft getreten. Da der angefochtene Entscheid vor dessen Inkrafttreten erging, findet auf das Verfahren noch das Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 BGG).
1.2 Verfahrensgegenstand sind allein die Nachsteuerforderungen. Streitig ist die Besteuerung von Erträgen aus Investitionen bei der Y._ AG im Jahre 2002. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer wie auch der Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2002 zulässig (Art. 146 und 153 Abs. 3 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990, DBG, SR 642.11, in Verbindung mit Art. 97 ff. OG; Art. 73 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990, StHG, SR 642.14). Die Legitimation des Beschwerdeführers zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde steht ausser Frage (Art. 103 lit. a OG).
1.3 Die beiden Beschwerden betreffen den gleichen Steuersachverhalt und die gleichen Parteien. Es rechtfertigt sich daher, die beiden Verfahren zu vereinigen.
I. Direkte Bundessteuer
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie im angefochtenen Entscheid weder auf seine "treffenden Vorbringen bezüglich der Rechtslage hinsichtlich der fiktiven Gewinngutschriften" noch auf die dienlichen Informationen der Konkursverwaltung eingetreten sei und sich auch über die mögliche paulianische Anfechtung der fiktiven Gewinne hinweggesetzt habe.
Der Anspruch auf rechtliches Gehör, wie er sich aus Art. 29 Abs. 2 BV ergibt, verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Das bedeutet indessen nicht, dass sich diese mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Der Bürger soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat, damit er den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann (grundlegend BGE 112 Ia 107 E. 2b S. 110, ferner 129 I 232 E. 3.2).
Diesen Anforderungen genügt der angefochtene Entscheid. Es geht daraus hervor, dass und weshalb die Einkünfte des Beschwerdeführers aus dem schneeballähnlichen System der Y._ AG als realisiert zu betrachten waren. Soweit die Ausführungen des Beschwerdeführers sich als relevant erwiesen, nahm die Vorinstanz dazu Stellung. Der Entscheid enthält auch alle nötigen Erwägungen, damit der Beschwerdeführer diesen sachgerecht anfechten konnte. Die Vorinstanz musste aber nicht zu allen möglichen Vorbringen, auch solchen, die mit den zu entscheidenden Rechtsfragen nichts zu tun haben, Stellung nehmen. Eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör durch ungenügende Begründung des angefochtenen Entscheides ist unter diesen Umständen nicht zu sehen.
3. Ergibt sich, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, ist nach Art. 151 DBG die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer einzufordern. Sollten die Gutschriften der Y._ AG beim Beschwerdeführer steuerbares Einkommen bilden, sind sie daher bei der direkten Bundessteuer zu erfassen. Soweit das nicht im Rahmen der ordentlichen Veranlagung erfolgte, ist es im Nachsteuerverfahren nachzuholen. Die Voraussetzungen und gesetzlichen Grundlagen für die Vornahme einer Nachbesteuerung sind nicht umstritten. Streitig ist allein, ob die Gutschriften der Y._ AG beim Beschwerdeführer steuerbares Einkommen bilden.
3.1 Die Y._ AG, die als Vermögensverwalterin auftrat, fasste die ihr anvertrauten Kundengelder in einem Pool zusammen. Sie wies gegenüber ihren Kunden überhöhte Gewinne aus, die nicht (oder nur marginal) aus Devisenhandel stammten. Die von den Kunden verlangten Auszahlungen finanzierte die Y._ AG hauptsächlich aus den akkumulierten Anlagegeldern der bisherigen und neu beigetretenen Anleger.
Solche Gewinngutschriften unterliegen, wie das Bundesgericht wiederholt erkannt hat, als Vermögensertrag der Einkommenssteuer (Art. 16 Abs. 1 und 20 Abs. 1 DBG). Voraussetzung ist, dass sich der Vermögensertrag effektiv realisiert hat. Das ist dann der Fall, wenn die Leistung zufliesst oder eine entsprechende Gutschrift erfolgt, sofern die Forderung einbringlich ist. An der Steuerbarkeit ändert nichts, dass das den Gewinnausweisen zugrunde liegende Umverteilungsprinzip (Schneeballsystem) nichts mit den vereinbarten Anlagerichtlinien zu tun hat und widerrechtlich ist. An dieser Rechtsprechung hat das Bundesgericht trotz Kritik festgehalten (Urteile 2A.114/2001 vom 10. Juli 2001, in: StE 2001 B 21.1 Nr. 10 = Pra 2001 Nr. 172 S. 1044; 2A.181/2002 vom 27. Januar 2003, in: StE 2003 B 21.1. Nr. 11; 2P.208/2002 vom 6. Februar 2003, in: StR 58/2003 S. 359 E. 2.2; 2P.300/2003 vom 14. Januar 2005 E. 2, nicht publ.).
Dem Vertreter des Beschwerdeführers ist diese Rechtsprechung hinlänglich bekannt, wie er selber einräumt. Eine erneute Auseinandersetzung erübrigt sich daher. Zu prüfen ist einzig, ob bezüglich der Einkommensrealisation sich eine besondere Unsicherheit ergibt, die den Zufluss im Zeitpunkt des Forderungserwerbs zu verhindern vermochte, wie der Beschwerdeführer geltend macht.
3.2 Der Beschwerdeführer investierte vom 18. März 2002 bis 26. Juni 2002 bei der Y._ AG ein Kapital von Fr. 315'000.--. Gemäss Kontoauszug der Y._ AG vom 31. Oktober 2002 belief sich sein Guthaben in diesem Zeitpunkt auf Fr. 463'243.20. Abzüglich des investierten Kapitals wurden ihm Erträge im Umfang von Fr. 148'243.20 gutgeschrieben. Wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, wäre die Realisierung dieses Einkommens dann fraglich, wenn die Leistung der Rückforderung durch die Konkursmasse unterliegen würden. Der Rückforderung gemäss den Bestimmungen von Art. 286 und 287 des Bundesgesetzes über Schuldbetreibung und Konkurs vom 11. April 1989 (SchKG; SR 281.1) unterliegen Leistungen des Schuldners, welche dieser innerhalb des letzten Jahres vor der Konkurseröffnung vorgenommen hat.
Über die Y._ AG wurde am 24. November 2003 der Konkurs eröffnet. Die Jahresfrist begann daher am 24. November 2002 zu laufen. In den Akten deutet nichts darauf hin, dass die Y._ AG bis zu diesem Datum keine Auszahlungen vorgenommen hätte, zumal Z._ erst am 2. Dezember 2002 verhaftet wurde. Aus dem bei den Akten liegenden Zusammenfassenden Bericht der Kantonspolizei Zürich vom 16. Dezember 2003 ergibt sich, dass die Y._ AG Auszahlungen vornahm, wenn Investoren das verlangten. Noch am 19. Juni 2002 teilte der Verein zur Qualitätssicherung im Bereich der Finanzdienstleistungen (VQF) Z._ den Beschluss über die Aufnahme in die Selbstregulierungsorganisation mit. Erst die Kontrollen vom 23. Oktober 2002 und insbesondere jene vom 31. Oktober 2002 brachten verschiedene gravierende Verletzungen der statutarischen Anforderungen an die Vereinsmitgliedschaft zutage. Den allenfalls ab diesem Zeitpunkt, d.h. im Monat November 2002, bestehenden Unsicherheiten über die Zahlungsbereitschaft der Y._ AG trug das kantonale Steueramt dadurch Rechnung, dass es nur Leistungen bis zum 31. Oktober 2002 erfasste.
Bis zu diesem Zeitpunkt hätte die Y._ AG auch dann über genügend liquide Mittel verfügt, wenn eine Mehrheit von Anlegern gleichzeitig Rück- oder Auszahlung verlangt hätte. Wie die Vorinstanz in diesem Zusammenhang ausführte, dürfte sich die Konkursdividende auf über 60 Prozent belaufen. Dass die Forderungen damals nicht unsicher waren, ergibt sich auch aus den Angaben im erwähnten Polizeibericht, wonach im Zeitpunkt der Stilllegung der Y._ AG diese noch über längere Zeit in der Lage gewesen wäre, aus den thesaurierten Kundenguthaben Rückzahlungen vorzunehmen. Vor diesem Hintergrund ist der Einwand des Beschwerdeführers, die voraussichtliche Konkursdividende betrage lediglich 50-60 Prozent, nicht geeignet, die verwaltungsgerichtlichen Sachverhaltsfeststellungen als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen (Art. 105 Abs. 2 OG).
3.3 Bei dieser Sachlage stellen die monatlichen Gutschriften und Überweisungen steuerbaren Vermögensertrag im Sinne von Art. 16 Abs. 1 und 20 Abs. 1 DBG dar. Es handelt sich nicht um (steuerfreie) Kapitalgewinne im Sinne von Art. 16 Abs. 3 DBG. Es ist nicht nachgewiesen, dass die Y._ AG Anlagen direkt im Namen und auf Rechnung des Beschwerdeführers oder zumindest treuhänderisch für dessen Rechnung getätigt hätte. Nur unter diesen Umständen könnten allfällige Kapitalgewinne aus Devisenhandel dem Beschwerdeführer zugerechnet werden (ASA 66 377 E. 2b; Urteil 2A.114/2001 vom 10. Juli 2001, E. 1, in StE 2001 B 21.1 Nr. 10). Wie die polizeilichen Ermittlungen vielmehr ergaben und auch die Vorinstanz feststellte, wurden die Kundengelder durch die Y._ AG auf insgesamt sechs Brokerkonten gepoolt. Eine Zuordnung der Investitionen auf die einzelnen Kunden war nicht möglich. Richtet die Gesellschaft aufgrund von Wertschriftengewinnen, die sie erzielt, Leistungen an die Anleger aus, gelangt deshalb nicht (steuerfreier) Kapitalgewinn an die Anleger, sondern (steuerbarer) Vermögensertrag, wie die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid zu Recht ausführt.
Wenn daher die Vorinstanz von der Steuerbarkeit der fraglichen Gewinngutschriften ausging, ist das bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer ist abzuweisen.
II. Staats- und Gemeindesteuern
4. Ergibt sich auf Grund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Einschätzung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, so ist gemäss § 160 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer einzufordern. Nach § 16 Abs. 1 unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte. Dazu gehören auch alle Erträge aus beweglichem Vermögen (vgl. § 20 StG/ZH). Steuerfrei sind die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen (§ 16 Abs. 3 StG/ZH).
Das Zürcher Steuergesetz umschreibt damit den Begriff der Einkünfte aus beweglichem Vermögen und die Voraussetzungen für die Erhebung einer Nachsteuer im Ergebnis gleich wie Art. 7 Abs. 1 und 4 lit. b und Art. 53 Abs. 1 StHG. Die genannten Vorschriften des Zürcher Steuergesetzes stimmen zudem mit den entsprechenden Bestimmungen des DBG fast wörtlich überein (vgl. Art. 16 Abs. 1 und 3, 20 und 151 Abs. 1 DBG).
Bei dieser gesetzlichen Ausgangslage rechtfertigt es sich nicht, den genannten Bestimmungen des Steuerharmonisierungsgesetzes und insbesondere dem Begriff der steuerbaren Einkünfte aus beweglichem Vermögen einen anderen Sinn beizulegen als den entsprechenden Vorschriften des DBG. Etwas anderes liesse sich mit dem Harmonisierungsauftrag (Art. 129 Abs. 1 und 2 der Bundesverfassung, BV) nicht vereinbaren. Des Weiteren ist es bundesrechtlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz gestützt auf das kantonale Recht die Gewinngutschriften der Y._ AG gleich beurteilte wie bei der direkten Bundessteuer und diese als Einkünfte des Beschwerdeführers mit der Einkommenssteuer (Nachsteuer) erfasste. Der angefochtene Entscheid verletzt daher Bundesrecht nicht.
5. Die beiden Beschwerden sind abzuweisen. Entsprechend diesem Verfahrensausgang ist der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 153, 153a und 156 Abs. 1 OG). Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2A.613/2006 und 2A.614/2006 werden vereinigt.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde 2A.614/2006 betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
3. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde 2A.613/2006 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern wird abgewiesen.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. August 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: