Fatti:
A. L'8 maggio 2001 la Procura della Repubblica presso il Tribunale di Foggia aveva presentato alla Svizzera una domanda di assistenza giudiziaria in materia penale, completata nel 2001 e nel 2003, nell'ambito di un procedimento penale avviato nei confronti di A._ e altre persone per titolo di associazione a delinquere(art. 416 CP italiano), ricettazione (art. 648 CP italiano) e furto di beni culturali. Gli indagati avrebbero trafugato reperti archeologici da aree italiane protette, con conseguente occultamento e immissione sul mercato illecito nazionale e internazionale. Con decisioni del giugno e del luglio 2001, il Ministero pubblico del Cantone Ticino ha ammesso la domanda e ordinato il sequestro di documenti e di referti presso la B._AG e di reperti archeologici e di altri beni culturali individuati nell'ambito della procedura estradizionale a carico di A._.
B. Nel frattempo, con sentenza 1A.211/2002 del 31 gennaio 2003, il Tribunale federale, ritenuto che non si era in presenza di un'organizzazione criminale ai sensi dell'art. 260ter CP e che in relazione all'ipotesi del reato di ricettazione non era adempiuto il requisito della doppia punibilità in quanto non dimostrato, per il tramite di una perizia, che si trattasse di antichità di notevole pregio scientifico, aveva negato l'estradizione di A._.
Con decisione di chiusura del 4 febbraio 2008, il Ministero pubblico ha ordinato la trasmissione all'Italia delle risultanze di intercettazioni telefoniche, di documenti sequestrati nel quadro della procedura estradizionale e ha mantenuto il sequestro dei reperti archeologici.
C. La II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale, adita da A._ e dalla B._AG, con giudizio del 16 maggio 2008 ha respinto in quanto ammissibile un loro ricorso.
D. Avverso questa decisione A._ e la B._AG presentano un ricorso al Tribunale federale. Chiedono di essere poste al beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio e, in via provvisionale, dopo la relativa decisione, la restituzione per inosservanza del termine di ricorso, nonchè, nel merito, di annullare la decisione impugnata unitamente a quella del Ministero pubblico.
Non sono state chieste osservazioni.
Diritto:
1. 1.1 La presente decisione è redatta nella lingua della decisione impugnata, cioè in italiano (art. 54 cpv. 1 LTF).
1.2 In via preliminare le ricorrenti chiedono di restituire loro il termine di ricorso di 10 giorni (art. 100 cpv. 2 lett. b LTF) a far tempo dalla decisione sulla concessione dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio, allo scopo di motivare in maniera più approfondita il gravame. Ciò poiché l'attuale patrocinatore non le ha rappresentate dinanzi all'istanza inferiore e il legale precedente, contrariamente a un asserito accordo, avrebbe rinunciato a introdurre il gravame. La ricorrente avrebbe quindi contattato il legale soltanto l'ultimo giorno del termine ricorsuale: egli avrebbe pertanto avuto solo un giorno a disposizione per redigere il ricorso.
1.2.1 Con questa argomentazione le ricorrenti, che neppure richiamano l'art. 50 LTF relativo alla restituzione per inosservanza e la relativa severa prassi, non dimostrano affatto che sarebbero state impedite - senza loro colpa - di agire entro il termine ricorsuale. Esse hanno del resto presentato un ricorso di 22 pagine. D'altra parte, l'agire del precedente legale dev'essere ascritto alle ricorrenti (cfr. DTF 119 II 86 consid. 2a, relativo all'analogo, previgente art. 35 OG). Egli non aveva alcun impedimento ad agire e, tenuto conto del notorio breve termine di ricorso, occorreva adottare tempestivamente le necessarie misure (Kathrin Amstutz/Peter Arnold, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basilea 2008, n. 7 all'art. 50; cfr. sentenza 6S.54/2006 del 2 novembre 2006 consid. 2.2.1; DTF 114 II 181 consid. 2 pag. 183; 106 II 173 consid. 1).
1.2.2 Ciò vale a maggior ragione poiché nell'ambito dell'assistenza giudiziaria internazionale la facoltà di presentare una memoria integrativa ai sensi dell'art. 43 LTF - richiesta peraltro neppure formulata dalle ricorrenti - non costituisce la regola e viene concessa, di massima, soltanto eccezionalmente e non tanto in considerazione della mole dell'incarto, alla quale accennano le ricorrenti, ma piuttosto a causa della molteplicità e delle difficoltà delle questioni di fatto e di diritto che si pongono: condizioni non addotte e non adempiute nella fattispecie (DTF 133 IV 271 consid. 2.1). Ne segue che la domanda di restituzione per inosservanza dev'essere respinta.
1.3 Le ricorrenti chiedono di essere poste al beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio e postulano che detta decisione sia presa prima di procedere all'esame del ricorso, poiché non si potrebbe pretendere ch'esse si assumino ingenti spese prima di avere chiarezza in merito. Ora, ricordato che di massima le persone giuridiche non hanno diritto all'assistenza giudiziaria (DTF 131 II 306 consid. 5.2.1 e riferimenti), quesito sul quale le ricorrenti non si esprimono, dinanzi all'istanza precedente esse non l'hanno chiesta, sebbene, al loro dire, la loro indigenza già sussistesse all'epoca, e hanno versato (accennando in questa sede all'assunzione di un credito) l'anticipo richiesto di fr. 10'000.--: l'asserita indigenza, non parrebbe quindi manifesta. La questione non deve comunque essere esaminata oltre. La domanda dev'essere infatti respinta, già perché il ricorso non aveva chiaramente possibilità di successo (art. 64 cpv. 1 LTF), ritenuto che non è stato dimostrato l'adempimento delle condizioni previste dall'art. 84 LTF, norma neppure richiamata dalle ricorrenti.
2. 2.1 Infatti, secondo l'art. 84 LTF, contro le decisioni emanate nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale il ricorso è ammissibile soltanto se concerne, tra l'altro, un sequestro oppure la comunicazione di informazioni inerenti alla sfera segreta e si tratti di un caso particolarmente importante (cpv. 1). Si è segnatamente in presenza di un caso particolarmente importante laddove vi sono motivi per ritenere che sono stati violati elementari principi procedurali o che il procedimento all'estero presenta gravi lacune (cpv. 2). Questa disposizione persegue lo scopo di limitare efficacemente l'accesso al Tribunale federale nell'ambito dell'assistenza giudiziaria in materia penale (DTF 133 IV 131 consid. 3, 133 IV 132 consid. 1.3). Nella valutazione circa l'esistenza di un caso particolarmente importante giusta l'art. 84 LTF, condizione come si vedrà non realizzata in concreto, il Tribunale federale dispone di un ampio potere di apprezzamento (cfr. sentenza 1C_205/2007 del 18 dicembre 2007, consid. 1.3.1 e rinvio, destinata a pubblicazione).
2.2 Conformemente all'art. 109 cpv. 1 LTF, la Corte giudica nella composizione di tre giudici circa la non entrata nel merito su ricorsi soggetti alle condizioni dell'art. 84 LTF (DTF 133 IV 125 consid. 1.2). La decisione è motivata sommariamente (art. 109 cpv. 3 LTF).
2.3 Nel merito, le ricorrenti in sostanza fanno valere che, dopo il rifiuto dell'estradizione di A._ da parte del Tribunale federale (sentenza 1A.211/2002 del 31 gennaio 2003), i reperti litigiosi non avrebbero più potuto essere oggetto di una nuova decisione di sequestro, visto che, al loro dire, si tratterebbe della medesima procedura. La censura è imprecisa. In effetti, nell'invocata sentenza il Tribunale federale si era espresso unicamente sull'estradizione e non anche, in assenza di una siffatta decisione, sulla consegna degli oggetti sequestrati in tale ambito (vedi Fatti C della citata sentenza). Certo, il Tribunale federale aveva nondimeno ritenuto l'inadempimento del requisito della doppia punibilità sia riguardo al reato di organizzazione criminale sia a quello di ricettazione, poiché era dubbio che i reperti litigiosi provenissero, rispettivamente fossero stati importati illegalmente dall'Italia, dimostrazione che avrebbe potuto essere apportata per il tramite di una perizia. Ora, nella decisione impugnata, la II Corte dei reclami penali, contrariamente all'assunto ricorsuale, ha esaminato l'adempimento del requisito della doppia punibilità, tenendo conto delle considerazioni espresse dal Tribunale federale nel 2003, ritenendo in primo luogo, che sotto il profilo del diritto svizzero i fatti rimproverati agli accusati sarebbero punibili sulla base dell'art. 24 della legge federale del 20 giugno 2003 sul trasferimento internazionale di beni culturali (LTBC; RS 444.1; cfr. anche l'art. 23) e ricordando, rettamente, che nel quadro dell'assistenza la condizione della doppia punibilità va esaminata, secondo la costante prassi, sulla base delle norme vigenti al momento della decisione sull'assistenza (DTF 129 II 462 consid. 4.3 con riferimenti anche alla dottrina). L'accenno ricorsuale all'art. 33 LTBC, concernente l'irretroattività di questa legge agli acquisti effettuati prima della sua entrata in vigore non è quindi applicabile in materia di assistenza giudiziaria internazionale (in tal senso Giorgio Bomio, Le rôle de l'entraide pénale internationale dans le domaine des biens culturels, in: Marc-André Renold/Pierre Gabus/Jacques De Werra [ed.], Criminalité, blanchiment et nouvelles réglementations en matière de transfert de biens culturels, Ginevra 2006, pag. 101 segg., 116 in alto; in senso contrario, ma senza riferimento alla citata giurisprudenza, Pierre Gabus/Marc-André Renold, Commentaire LTBC, Ginevra 2006, n. 10 all'art. 23 e n. 26 all'art. 33).
2.4 Insistendo inoltre sul fatto che sarebbe stata disattesa una decisione del Tribunale federale passata in giudicato, le ricorrenti disattendono che in quell'ambito la consegna dei reperti in discussione esulava dall'oggetto del litigio, che nell'ambito dell'altra ("piccola") assistenza il requisito della doppia punibilità ha un'altra portata e che la forza di cosa giudicata nel quadro dell'assistenza è relativa (cfr. DTF 121 II 93; sentenza 1A.290/2000 del 20 febbraio 2001 consid. 2a).
Nella decisione del 31 gennaio 2003 il Tribunale federale aveva negato l'estradizione della ricorrente perché non era chiaro se si trattasse di reperti archeologici di grande valore scientifico provenienti dall'Italia, ciò che avrebbe potuto essere verificato sulla base di una perizia. Ora, nella decisione impugnata si sottolinea che nel frattempo è stata allestita una perizia, la quale ha accertato la sicura provenienza dal territorio italiano della maggior parte dei reperti sequestrati, in stragrande maggioranza poi dissequestrati proprio in seguito alle relative risultanze. Con le loro argomentazioni le ricorrenti parrebbero misconoscere che l'applicabilità del principio della doppia punibilità nell'ambito della cosiddetta altra assistenza, secondo gli art. 63 e segg. AIMP, si fonda su un concetto diverso da quello vigente per l'estradizione (sentenza 1C_138/2007 del 17 luglio 2007 consid. 2.3.2 e 2.3.4, apparsa parzialmente in SJ 2007 I pag. 576; DTF 124 II 184 consid. 4b/cc).
2.5 Ne segue che la decisione impugnata non riguarda un caso particolarmente importante. Le ricorrenti non spiegano infatti, come incombeva loro secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, per quali motivi la causa adempirebbe le condizioni di un caso particolarmente importante ai sensi dell'art. 84 LTF. Non sono d'altra parte ravvisabili motivi per ritenere che sarebbero stati violati elementari principi procedurali, né il giudizio impugnato si scosta dalla giurisprudenza costante né solleva una questione giuridica di principio (cfr. DTF 133 IV 131 consid. 3).
3. Ne segue che il ricorso è inammissibile. Le spese giudiziarie, la domanda di assistenza giudiziaria dovendo essere respinta, seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. La domanda di restituzione del termine è respinta.
2. Il ricorso è inammissibile.
3. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.--sono poste a carico delle ricorrenti.
4. Comunicazione al patrocinatore delle ricorrenti, al Ministero pubblico del Cantone Ticino, alla II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale e all'Ufficio federale di giustizia, Divisione assistenza giudiziaria internazionale.