Erwägungen:
1. 1.1 Mit Urteil vom 20. Mai 2009 befand das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau kantonal letztinstanzlich u.a. über ein Ausstandsbegehren gegen R._, Revisor des kantonalen Steueramtes, und wies es ab (Ziff. 1.2 des Urteilsdispositivs). Das Begehren war seinerzeit damit begründet worden, R._ sei befangen, weil er in einem Schreiben vom 23. Mai 2005 - nach Aufhebung eines Einspracheentscheides durch das Steuerrekursgericht und Rückweisung der Angelegenheit - die steuerpflichtige E._ AG zur Einreichung der notwendigen Unterlagen für eine Bücherrevision der Jahre 2000 und 2001 aufgefordert, widrigenfalls eine Ermessensveranlagung nach Art. 130 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) angedroht und im übrigen darauf hingewiesen hatte, diese Ermessensveranlagung könne gemäss Art. 135 Abs. 1 DBG auch zu Ungunsten der steuerpflichtigen Unternehmung ausfallen ("reformatio in peius").
1.2 Über die E._ AG wurde am 29. Januar 2007 der Konkurs eröffnet; seither befindet sie sich in Liquidation. Nachdem der Konkursverwalter auf den Rechtsanspruch der Masse, in den hängigen Prozess vor dem Steuerrekursgericht einzutreten, verzichtet hatte, liess sich X._ diesen Anspruch abtreten (vgl. Art. 260 SchKG) und zog das erwähnte Ausstandsbegehren durch alle kantonalen Instanzen bis vor Verwaltungsgericht (vgl. E. 1.1). Nebst diesem Begehren verlangte sie u.a., es sei ihr für das Verfahren vor dem Steuerrekursgericht eine Parteientschädigung von Fr. 9'348.30 zuzusprechen. Diesem Antrag gab das Verwaltungsgericht - welches wie in E. 1.1 erwähnt das Ausstandsbegehren abwies - im genannten Urteil vom 20. Mai 2009 teilweise statt und setzte die Parteientschädigung neu auf Fr. 4'674.15 fest (Ziff. 1.1. des Urteilsdispositives).
2. Gegen das Urteil vom 20. Mai 2009 führt X._ mit Eingabe vom 14. September 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit den Anträgen, das genannte Urteil aufzuheben und festzustellen, dass Revisor R._ wegen Befangenheit im vorliegenden Verfahren (Einsprache betreffend Direkte Bundessteuer 2001) hätte in den Ausstand treten sollen und bei der nochmaligen Durchführung des Einspracheverfahrens in den Ausstand treten müsse. Ferner macht X._ geltend, bei Gutheissung dieses Hauptantrages werde sie auch mit ihren Anträgen vor den Vorinstanzen geschützt, weshalb diesfalls für das Verfahren vor dem Steuerrekursgericht eine ungekürzte Parteientschädigung zuzusprechen wäre (vgl. S. 11 der Beschwerdeschrift). Sie verlangt eine solche von Fr. 9'348.30 (Ziff. 2 des Rechtsbegehrens).
Das Steueramt des Kantons Aargau beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung, ebenso die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3. 3.1 Das Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein selbständig eröffneter Zwischenentscheid über ein Ausstandsbegehren: Tritt er in Rechtskraft, wird das kantonale Steueramt als Einsprachebehörde - unter Mitwirkung von Revisor R._ - erneut über die Veranlagung der E._ AG befinden. Gegen einen solchen Entscheid ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (vgl. Art. 92 BGG).
3.2 Nach Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK, die in dieser Hinsicht dieselbe Tragweite besitzen, hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem durch Gesetz geschaffenen, zuständigen, unabhängigen und unparteiischen Gericht ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird (BGE 133 I 1 E. 5.2 S. 3, mit Hinweisen). Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK sind verletzt, wenn bei einem Richter - objektiv betrachtet - Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen (BGE 133 I 1 E. 6.2 S. 6; 131 I 113 E. 3.4 S. 116, mit Hinweisen). Solche Umstände können entweder in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Für den Ausstand wird nicht verlangt, dass der Richter tatsächlich befangen ist. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken (BGE 133 I 1 E. 6.2 S. 6; 131 I 24 E. 1.1 S. 25, mit Hinweisen).
Für nichtgerichtliche Behörden enthält Art. 29 Abs. 1 BV eine analoge Garantie. Die Rechtsprechung zur Unabhängigkeit und Unparteilichkeit von Gerichtsbehörden kann jedoch nicht ohne Weiteres auf erstinstanzliche Verwaltungsverfahren übertragen werden. Vielmehr müssen die Anforderungen an die Unparteilichkeit von Verwaltungs- und Exekutivbehörden unter Berücksichtigung ihrer gesetzlich vorgegebenen Funktion und Organisation ermittelt werden (BGE 125 I 119 E. 3f S. 124 f., 209 E. 8a S. 217 f.).
3.3 Wie das Verwaltungsgericht zutreffend festhält, beruht die vorne in E. 1.1 nachgezeichnete Vorgehensweise des Revisors R._ auf den gesetzlichen Bestimmungen (vgl. Art. 130 und Art. 135 Abs. 1 DBG) und ist deshalb nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführerin sieht eine Befangenheit des Steuerrevisors indessen auch darin, dass dieser ermessensweise eine um das Vielfache erhöhte Veranlagung in Aussicht genommen habe (nämlich einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 348'179.-- anstatt Fr. 50'946.-- gemäss der ersten, vom Steuerrekursgericht aufgehobenen Veranlagung). R._ habe sich darin verstiegen, ein Honorar von Fr. 350'000.-- vollumfänglich als verdeckte Gewinnausschüttung zu qualifizieren und sich damit "besserwisserisch" über ein Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts hinweggesetzt, das diese Zahlungen AHV-rechtlich als massgeblichen Lohn betrachtet habe (vgl. S. 8 der Beschwerdeschrift).
3.4 Nach der Rechtsprechung kann unter Umständen ein Ausstandsgrund gegeben sein, wenn eine so genannte Vorbefassung vorliegt, d.h. wenn sich der Richter - bzw. hier der Steuerrevisor - schon zu einem früheren Zeitpunkt mit der Angelegenheit befasst hat. Diesfalls kommt es darauf an, ob das Verfahren in Bezug auf den konkreten Sachverhalt und die konkret zu entscheidenden Rechtsfragen trotz der Vorbefassung als offen erscheint und nicht der Anschein der Vorbestimmtheit erweckt wird (BGE 131 I 113 E. 3.4, 120 Ia 82, Urteil 2A.584/1996 vom 11. Juli 1997. E. 2, in Pra 1998 Nr. 85 S. 509). Eine in den Augen des Betroffenen angeblich falsche Rechtsauffassung begründet indessen für sich allein noch keinen Anschein der Befangenheit (zur Publikation vorgesehenes Urteil 2C_190/2009 vom 10. September 2009, E.3.3.2, am Ende). Selbst prozessuale Fehler und materiell fehlerhafte Entscheide begründen nicht den Anschein der Befangenheit; sie sind in dem dazu vorgesehenen Rechtsmittelverfahren zu korrigieren. Anders kann es sich nur verhalten, wenn besonders krasse oder wiederholte Fehler vorliegen, die als eigentliche Amtspflichtverletzungen qualifiziert werden müssten und auf diese Weise auf Parteilichkeit schliessen liessen (BGE 115 Ia 400 E. 3b S. 404).
Vorliegend mag die Auffassung des Steuerrevisors unzutreffend sein und die in Aussicht genommene Ermessensveranlagung übertrieben hoch. Darüber ist nach dem Gesagten - mangels eines besonders krassen oder wiederholten, als eigentliche Amtspflichtverletzung einzustufenden Fehlers - aber nicht hier, sondern gegebenenfalls im dafür vorgesehenen Rechtsmittelverfahren zu befinden. Jedenfalls genügen diese Umstände nicht, den Steuerrevisor als befangen abzulehnen.
4. Dies führt zur Abweisung der Beschwerde.
Bei diesem Ergebnis besteht kein Anlass, die nicht selbständig angefochtene Neufestsetzung der Parteientschädigung für das Verfahren vor dem Steuerrekursgericht abzuändern.
Dem Ausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65/66 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau (2. Kammer) und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Klopfenstein