Sachverhalt:
A. A.a X._ ist Eigentümer des Grundstücks Parzelle A._ in der Industriezone IA der Gemeinde Wetzikon/ZH, auf welchem er eine Karosseriewerkstatt betreibt und das er von den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) mitsamt dem Miteigentumsanteil an der Zufahrtsparzelle B._ erworben hatte. Das Grundstück grenzt nördlich an das Grundstück Parzelle C._, östlich an den Fuss- und Radweg Parzelle D._, südlich an die Grubenstrasse und westlich an die in seinem Miteigentum stehende Zufahrtsparzelle B._. Der Verlauf des Fuss- und Radweges (Parzelle D._) beruht auf dem Entscheid der Baukommission Wetzikon vom 18. Mai 2005. Dieser Entscheid wurde von X._ durch alle Instanzen angefochten; letztinstanzlich wies das Bundesgericht eine entsprechende staatsrechtliche Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war (vgl. Urteil 1P.157/2006 vom 4. Dezember 2006).
A.b In der Folge wurden der Fuss- und Radweg auf der Parzelle D._ erstellt und an den Enden des Weges als Abschrankung Mittelpfosten gesetzt. Nachdem die Abschrankung und der Zaun bei der Einmündung des Weges in die Grubenstrasse entfernt worden waren, nützte X._ den Fuss- und Radweg als Zufahrt zu seinem Grundstück Parzelle A._. Ferner wurde darauf eine Aufschüttung vorgenommen. In einem zivilrechtlichen Verfahren wurde X._ untersagt, die Parzelle D._ als Zufahrt zu seiner Parzelle A._ zu benützen, was X._ ebenfalls erfolglos bis vor Bundesgericht anfocht (vgl. Urteil 5D_105/2010 vom 11. August 2010).
A.c Mit Beschluss vom 5. November 2008 befahl die Baukommission Wetzikon X._ unter Androhung von Straffolgen, die normaliengerechte Zugänglichkeit seines Grundstücks Parzelle A._ über die Parzelle B._ (von Westen her) zu ermöglichen und diesen Zustand bestehen zu lassen. Zugleich befahl sie ihm unter Androhung der Ersatzvornahme die Beseitigung der Aufschüttungen auf seinem Grundstück und die Wiederherstellung des ursprünglichen Geländeverlaufs innert drei Monaten. Erneut blieben sämtliche von X._ eingereichten Rechtsmittel bis hin zum Bundesgericht erfolglos (vgl. Urteil 1C_132/2010 vom 14. Juni 2010).
A.c Mit Beschluss vom 5. November 2008 befahl die Baukommission Wetzikon X._ unter Androhung von Straffolgen, die normaliengerechte Zugänglichkeit seines Grundstücks Parzelle A._ über die Parzelle B._ (von Westen her) zu ermöglichen und diesen Zustand bestehen zu lassen. Zugleich befahl sie ihm unter Androhung der Ersatzvornahme die Beseitigung der Aufschüttungen auf seinem Grundstück und die Wiederherstellung des ursprünglichen Geländeverlaufs innert drei Monaten. Erneut blieben sämtliche von X._ eingereichten Rechtsmittel bis hin zum Bundesgericht erfolglos (vgl. Urteil 1C_132/2010 vom 14. Juni 2010).
A.d
A.d
B. Im Oktober 2010 stellte X._ ein Gesuch um Einleitung eines amtlichen Quartierplanverfahrens, mit dem er zu erreichen versucht, die Zufahrt zu seiner Werkstatt wiederum von Osten (vom Fuss- und Radweg) her zu ermöglichen. Am 3. November 2010 lehnte der Gemeinderat Wetzikon das Gesuch ab. Mit Entscheid vom 10. Februar 2012 wies die Baudirektion des Kantons Zürich einen dagegen erhobenen Rekurs ab.
C. Am 26. Juni 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine dagegen eingereichte Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, das Grundstück des Beschwerdeführers sei auf der Grundlage rechtskräftiger Entscheide zur Genüge von Westen her über den von den Bundesbahnen erstellten Zufahrtsweg bzw. über die Parzelle B._ erschlossen und es obliege einzig dem Beschwerdeführer, die entsprechenden tatsächlichen Vorkehren zu treffen, um den Zugang auch zu seiner Werkstatt sicherzustellen.
D. Mit als Beschwerde bezeichneter Eingabe vom 3. September 2012 an das Bundesgericht stellt der Beschwerdeführer die folgenden Anträge:
"1. Das angefochtene Urteil VB 2012.00201 des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. Juni 2012 sei aufzuheben.
2. Der Gemeinderat Wetzikon sei anzuweisen, zur Wiederherstellung der Zufahrt zu den seit Bestehen des Werkstattgebäudes auf Grundstück Kat. Nr. A._ vorhanden gewesenen, östlich des Gebäudes liegenden Garagentore für Lastwagen samt Anhänger unverzüglich ein Quartierplanverfahren einzuleiten.
3. Eventualiter sei ein Teilquartierplan einzuleiten.
4. Es sei ein Augenschein an Ort und Stelle mit Testfahrten mit Lastwagen samt Anhänger auf dem Grundstück durchzuführen.
5. Die Gemeinde Wetzikon sei anzuweisen, für das Teilstück Rapperswilerstrasse - Grubenstrasse der (ehemaligen) Schöneichstrasse ein Entwidmungsverfahren einzuleiten.
6. Es sei die Rechtskraftbescheinigung für die Mutation Nr. 1047 einzuholen.
..."
Zur Begründung wird im Wesentlichen sinngemäss ausgeführt, für Lastwagen mit Anhänger sei die Zufahrt von Westen her um das vorhandene Werkstattgebäude herum zu den an der Ostseite desselben gelegenen Garagentoren gar nicht möglich, weshalb ein Zugang von Osten her unerlässlich sei. Das lasse sich nur noch über die Einleitung eines Quartier- oder allenfalls Teilquartierplanverfahrens erreichen.
E. Der Gemeinderat Wetzikon und die Baudirektion des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
F. X._ hat sich am 15. Dezember 2012 nochmals zur Sache geäussert, wobei er unter anderem neu geltend macht, die Gemeinde sei in den unterinstanzlichen Verfahren gar nie gehörig vertreten gewesen, da es an einer gültigen Vollmacht gefehlt habe.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Nach Art. 34 Abs. 1 RPG gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251; 133 II 409 E. 1.1 S. 411). Der Beschwerdeführer ist als Eigentümer des betroffenen Grundstücks und direkter Adressat des angefochtenen Entscheids gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert.
1.2 Von vornherein unzulässig ist die Beschwerde jedoch, soweit sie über den von den Vorinstanzen behandelten Streitgegenstand hinausreicht. Das trifft insbesondere insofern zu, als der Beschwerdeführer Anträge zur inhaltlichen Ausgestaltung des von ihm verlangten Quartier- oder Teilquartierplanes stellt. Das Verwaltungsgericht entschied einzig über die Einleitung eines solchen und trat auf die bereits vor ihm eingereichten inhaltlichen Begehren ausdrücklich nicht ein. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, dass dadurch massgebliches Recht (dazu unten E. 2.2) verletzt worden sein sollte. Da die inhaltliche Ausgestaltung des beantragten Planes mithin nicht Streitobjekt vor der Vorinstanz bildete, kann sie auch nicht vor Bundesgericht zum Prozessthema gemacht werden. Analoges gilt für die vom Beschwerdeführer gestellten Anträge und erhobenen Rügen, die sich gegen frühere Mutationen oder sonstige frühere behördliche Entscheide richten. Diese sind rechtskräftig erledigt und können hier nicht mehr angefochten oder zum Verfahrensgegenstand erhoben werden, zumal der Beschwerdeführer in keiner Weise dartut, dass sie geradezu nichtig wären. Schliesslich bildet auch die Frage der Entwidmung der ehemaligen Schöneichstrasse bzw. eines Teilstücks davon nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. In allen diesen Punkten kann auf die Beschwerde mithin nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten (vgl. Art. 95 lit. a-c BGG) sowie die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) gerügt werden.
2.2 Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Rein appellatorische Kritik ohne Bezug zum angefochtenen Entscheid genügt nicht. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
2.3 Die umfangreiche Beschwerdebegründung ist weitgehend appellatorischer Natur. Soweit der Beschwerdeführer insbesondere geltend macht, die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen seien falsch, legt er nicht in genügendem Masse dar, dass sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich erhoben worden sein sollten. Offensichtliche Sachverhaltsfehler sind auch nicht ersichtlich. Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz erweisen sich damit als für das Bundesgericht verbindlich (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Der Beschwerdeführer nennt überdies keine Bestimmungen des Bundesgesetzesrechts, die verletzt worden sein sollten. Teilweise rechtsgenüglich gerügt werden einzig ein Verstoss gegen das Willkürverbot gemäss Art. 9 BV und gegen das Verhältnismässigkeitsgebot nach Art. 5 Abs. 2 BV. Nur insofern kann mithin auf die Beschwerde eingetreten werden. Ob schliesslich der vom Beschwerdeführer behauptete Verstoss gegen das Rechtsgleichheitsgebot genügend begründet ist, erscheint fraglich, kann aber offen bleiben.
3. Der Beschwerdeführer beantragt die Durchführung eines bundesgerichtlichen Augenscheins. Er begründet dies im Wesentlichen damit, dass die Vorinstanz einem entsprechenden Antrag nicht stattgegeben habe und die tatsächlichen Verhältnisse nur vor Ort genau erkennbar seien. Das Verwaltungsgericht begründete den Verzicht auf einen Augenschein damit, aufgrund der bereits vorhandenen Unterlagen sei nicht davon auszugehen, dass ein Augenschein Wesentliches zur weiteren Erhellung der sachlichen Grundlagen des Rechtsstreites beitragen könne. Einerseits ist die Sachlage bereits in den früheren bundesgerichtlichen Verfahren umfassend abgeklärt worden. Andererseits und vor allem erweisen sich die tatsächlichen Umstände auch im vorliegenden Verfahren als in genügendem Umfange erstellt und aktenkundig. Weder ist demnach ein Augenschein durch das Bundesgericht erforderlich, noch verstiess das Verwaltungsgericht gegen die Verfahrensrechte des Beschwerdeführers, indem es auf einen solchen verzichtete.
4. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Beschwerdegegnerin sei vor der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht mangels Vollmacht nicht rechtsgültig vertreten gewesen. Dieser Vorwurf findet sich neu in der Replik des Beschwerdeführers an das Bundesgericht und wird von diesem einzig daraus abgeleitet, dass das Bundesgericht vom Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin die Nachreichung einer schriftlichen Vollmacht für das bundesgerichtliche Verfahren verlangt hatte. Weder in seiner Beschwerdeschrift an das Bundesgericht noch, soweit ersichtlich, vor den unteren Instanzen stellte der Beschwerdeführer das Vertretungsrecht des Anwaltes der Beschwerdegegnerin in Frage. Auch die Gemeinde stellte das Vertretungsverhältnis nie in Abrede, sondern hat es im Gegenteil durch die Unterzeichnung der nunmehr dem Bundesgericht nachgereichten Vollmacht durch die zuständigen Gemeindevertreter klar bestätigt. Die Beschwerdegegnerin genehmigte mithin durch ihr Verhalten ein entsprechendes Vertretungsverhältnis, selbst wenn früher keine schriftliche Vollmacht eingereicht worden sein sollte. Es kann damit kein Zweifel an einer rechtsgültigen Bevollmächtigung auch vor den Unterinstanzen bestehen.
5. 5.1 In der Sache ist lediglich zu prüfen, ob der angefochtene Entscheid willkürlich, d.h. unhaltbar, stossend oder in krassem Widerspruch zur tatsächlichen Situation, oder unverhältnismässig ist (vgl. oben E. 2.3).
5.2 Nach § 147 des zürcherischen Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht vom 7. September 1975 (Planungs- und Baugesetz, PBG) können Grundeigentümer den Gemeinderat um Einleitung eines Quartierplanverfahrens ersuchen. Gemäss § 149 Abs. 1 PBG und der im angefochtenen Urteil bestätigten Rechtsprechung der Vorinstanz zu dieser Bestimmung darf dies verweigert werden, wenn die Erschliessung und die Parzellenformen für eine Überbauung des Quartierplangebietes genügen und keine öffentlichen, sondern allenfalls bloss private Interessen für eine Änderung der planerischen Verhältnisse bestehen. Analoges gilt für die Einleitung eines Teilquartierplanes. Der Beschwerdeführer vermag nicht darzutun, dass diese Rechtsprechung an sich auf einer willkürlichen Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts beruhen würde. Er macht denn auch im Wesentlichen geltend, die Verweigerung des Quartier- bzw. Teilquartierplanverfahrens sei in seinem Fall aufgrund der besonderen Ausgangslage unhaltbar und unverhältnismässig.
5.3 Die heutige Erschliessung des Quartiers unter Einschluss des Grundstücks des Beschwerdeführers beruht auf einem privaten Erschliessungsplan, der von der Beschwerdegegnerin am 12. Februar 2003 genehmigt und dem Beschwerdeführer zugestellt worden war. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, das Gesetz sehe keinen solchen "superprivaten Quartierplan" vor, wie ihn das Verwaltungsgericht genannt habe. Allerdings erhob der Beschwerdeführer damals gegen den Genehmigungsentscheid kein Rechtsmittel, weshalb er darauf heute, unabhängig davon, mit welcher Fachbezeichnung der Erschliessungsplan zu versehen ist, nicht mehr zurückkommen kann. Die am 10. Dezember 2003 im Rahmen der späteren Neubildung der Parzellierung beschlossene Erstellung eines rückwärtigen Zufahrtsweges von Westen her wurde vom Beschwerdeführer zwar angefochten, mit dem Urteil des Bundesgerichts 1P.157/2006 vom 4. Dezember 2006 jedoch rechtskräftig. Wie das Verwaltungsgericht zu Recht festhält, hat es der Beschwerdeführer selbst in der Hand, die Zufahrt zu seiner Werkstatt von Westen her durch geeignete Massnahmen auf seiner Liegenschaft sowie auf der Wegparzelle B._, an der er Miteigentümer ist, zu ermöglichen. In diesen Zusammenhang ist auch die vom Beschwerdeführer als widersprüchlich bezeichnete unterschiedliche Verwendung des Begriffs der Erschliessung zu stellen. Er stösst sich daran, dass ihm von Behördenseite einerseits vorgehalten werde, sein Grundstück sei erschlossen, andererseits aber auch verlangt werde, er müsse dieses erschliessen. Gemeint ist dabei offensichtlich nicht dasselbe: Die Parzelle des Beschwerdeführers ist von aussen her über die Quartiererschliessungsstrasse und den Zufahrtsweg auf der Nachbarparzelle B._ zugänglich und damit im Sinne des Planungs- und Baurechts erschlossen. Den faktischen Zugang zur Werkstatt und damit die Erschliessung derselben auf der eigenen Parzelle und der Wegparzelle B._ muss er indessen selbst sicherstellen. Der Beschwerdeführer stösst sich überdies daran, dass die Parzelle B._ im Grundbuch zunächst mit der Bezeichnung "Wiese" versehen war, was später offenbar geändert wurde. Entscheidend für die Benutzbarkeit der Parzelle ist aber nicht diese vermutlich alte Bezeichnung als Wiese, sondern deren zonen- und baurechtliche Zuordnung. Dass die Verwendung als Zufahrtsweg insofern zulässig ist, steht ausser Frage.
5.4 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, ein Teil des Werkstattgebäudes habe bereits bei der Neuparzellierung in den Jahren 2002 und 2003 abgebrochen werden müssen. Neue bauliche Massnahmen seien ihm nicht mehr zumutbar. Diese alten Vorgänge sind im vorliegenden Verfahren indessen nicht mehr von Belang. Im Übrigen gehen sie zurück auf die Zeit, als der Vater des Beschwerdeführers lediglich über einen zehnjährigen Mietvertrag verfügte und mit einem möglichen Abriss nach Ablauf der Mietdauer rechnen musste. In der Folge konnte der Beschwerdeführer zwar mit Kaufvertrag vom 8. Februar 2005 das Grundstück erwerben, unterzog sich dabei aber auch der Neuparzellierung und der damit verbundenen Anpassung des Gebäudes und übernahm die parzelleninterne Erschliessung. Weshalb es trotz Angebots der Bundesbahnen, zumindest einen Teil der Kosten zu übernehmen, nicht zu einer Gebäudeverschiebung kam, ist nicht bekannt, aber auch nicht entscheidwesentlich. Die parzelleninterne Zugänglichkeit der Werkstatt in deren heutigen Ausgestaltung von rückwärts aus Westen her mag schwierig und eventuell, wie der Beschwerdeführer behauptet, für einen Lastwagen gewisser Grösse mit Anhänger sogar kaum oder nur erschwert möglich sein. Die Erschliessungslage war dem Beschwerdeführer bei Unterzeichnung des Erwerbsvertrags jedoch bekannt, und dieser blieb bis heute unangefochten. Wohl sind die erforderlichen Erschliessungsarbeiten auf den Parzellen des Beschwerdeführers mit einem gewissen Aufwand verbunden. Nötig sind eventuell sogar bauliche Anpassungen, etwa durch Neuorientierung des Gebäudezutritts bzw. Verlagerung der Garagentore. Die entsprechenden Eigenleistungen erscheinen unter den gegebenen Umständen aber nicht unzumutbar. Dass die baulichen Anpassungen, wie der Beschwerdeführer behauptet, aufgrund der örtlichen Voraussetzungen nur unter sehr hohen Kosten möglich sein sollten, ist nicht ersichtlich und steht auch in einem gewissen Widerspruch zu den tatsächlichen Verhältnissen, von denen das Verwaltungsgericht offensichtlich ausgegangen sein muss, auch wenn es insofern keine ausdrücklichen Feststellungen getroffen hat. Im Übrigen sah auch das Bundesgericht in seinen früheren Urteilen im vorliegenden Zusammenhang keinen Anlass, von der Unzumutbarkeit der dem Beschwerdeführer obliegenden Eigenleistungen auszugehen.
5.5 Schliesslich vermag der Beschwerdeführer aus der Verfügung des Einzelrichters in Strafsachen des Bezirks Hinwil vom 27. März 2007 nichts zu seinen Gunsten abzuleiten, wie bereits die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat. Ging es damals darum, ob auf eine strafrechtliche Anklage wegen Sachbeschädigung einzutreten war, so ist hier ein planungsrechtlicher Entscheid zu überprüfen, der anderen Rechtsregeln folgt. Dass der Strafrichter seine Zweifel an der öffentlich-rechtlichen Zulässigkeit der Erschliessungsregelung äusserte, bindet die öffentlich-rechtlichen Entscheidungsträger nicht.
5.6 Insgesamt erweist sich der angefochtene Entscheid demnach nicht als unhaltbar oder unverhältnismässig.
6. Ergänzend behauptet der Beschwerdeführer, im Vergleich zu mindestens einem anderen Grundeigentümer im Quartier in unzulässiger Weise benachteiligt zu werden, indem die Beschwerdegegnerin toleriere, dass dieser den Fuss- und Radweg als Zufahrt benütze. Die Beschwerdegegnerin bestreitet dies und verweist darauf, die angeblich bevorteilte Liegenschaft ebenfalls durch einen Zaun vom Fuss- und Radweg abgegrenzt zu haben. Eine massgebliche Ungleichbehandlung vermag der Beschwerdeführer denn auch nicht darzutun. Die in den Akten liegenden Dokumente sprechen vielmehr für das Gegenteil. Dass das Verwaltungsgericht eine Ungleichbehandlung verneinte, ist daher nicht zu beanstanden.
7. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (vgl. Art. 68 BGG sowie BGE 134 II 117 E. 7 S. 118 f.).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Wetzikon, der Baudirektion des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax