Faits:
A. Le 24 avril 2009, le Juge d'instruction du canton de Genève a inculpé B._, ainsi que quatre autres administrateurs de la société de gestion de fortune X._ (ci-après: la société), de gestion déloyale. Il leur est reproché d'avoir porté atteinte à leurs clients en plaçant l'essentiel de leurs avoirs dans des "fonds Madoff", sans contrôler la réalité de ces placements et en percevant des rémunérations anormalement élevées.
Dans le cadre de cette enquête, le Juge d'instruction avait précédemment ordonné la saisie d'avoirs bancaires et d'immeubles appartenant aux inculpés et à leur famille. En particulier, par ordonnance du 3 mars 2009, il a ordonné la production des documents bancaires relatifs à deux comptes bancaires détenus par A._ (épouse de B._) auprès de la banque Y._ de Genève, ainsi que la saisie conservatoire de ces avoirs.
Par acte du 17 mars 2009, A._ a déclaré recourir auprès de la Chambre d'accusation genevoise contre cette décision, qu'elle estimait insuffisamment motivée. Elle précisait que le premier compte servait à l'encaissement d'une contribution d'entretien de 4000 fr. par mois, versée par son ex-mari pour ses deux enfants, ainsi qu'au versement d'un montant de 9000 fr. versé chaque mois par son époux actuel pour son entretien; le second compte était un compte d'épargne où étaient versées les prestations du Service cantonal genevois d'allocations familiales.
B. Par ordonnance du 6 mai 2009, statuant sur de nombreux recours dirigés contre des saisies de comptes bancaires, la Chambre d'accusation a rejeté celui de A._. L'ordonnance attaquée était succinctement motivée, mais il en ressortait suffisamment clairement que les biens avaient été saisis à titre de produit de l'infraction. Les inculpés avaient retiré, pour eux et leur famille, d'importants bénéfices de leur activité, durant environ dix ans. Pour la seule année 2007, ils avaient reçu entre 25 et 28 millions de francs. Après l'arrestation de Bernard Madoff le 11 décembre 2008, il était apparu que la valeur des investissements était nulle, et les inculpés n'avaient eu comme seul souci que celui de préserver leurs avoirs en retirant et en transférant d'importants montants. On ne pouvait exclure, à ce stade, que les fonds saisis constituent, en tout cas pour partie, des "producta sceleris". Les recourants ne prétendaient pas subir un dommage irréparable; le juge d'instruction avait d'ailleurs consenti à la libération des montants nécessaires aux besoins urgents. Les cinq inculpés semblaient disposer des avoirs très substantiels qu'ils avaient transférés à l'étranger.
C. A._ forme un recours en matière pénale. Elle conclut à l'annulation de cette dernière ordonnance, à l'annulation de la décision de saisie du Juge d'instruction du 3 mars 2009 et à la levée de la saisie de ses avoirs auprès de la banque Y._.
La Chambre d'accusation se réfère à sa décision. Le Ministère public conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision de saisie prise au cours de la procédure pénale, et confirmée en dernière instance cantonale (art. 80 LTF).
1.1 Le recours est dirigé contre l'ordonnance de la Chambre d'accusation, en tant que cette dernière confirme la saisie ordonnée le 3 mars 2009. Dans la mesure où la recourante est titulaire des comptes concernés, elle a qualité pour recourir.
1.2 La décision par laquelle le juge prononce, maintient ou refuse un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Conformément à l'art. 93 al. 1 let. a LTF, une telle décision ne peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable. Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 89 I 185 consid. 4 p. 187 et les références).
2. Invoquant notamment son droit d'être entendue, la recourante reproche à la Chambre d'accusation de n'avoir pas indiqué pour quelles causes ses comptes avaient été saisis, les motifs retenus s'appliquant exclusivement aux cinq inculpés. Elle estime arbitraire de soutenir que ses comptes pourraient faire l'objet d'une confiscation ou d'une créance compensatrice.
2.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu consacré à l'article 29 al. 2 Cst. le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre et la contester utilement s'il y a lieu, et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision; elle n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les arguments invoqués par les parties. Il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner les problèmes pertinents (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540).
2.2 Dans son recours cantonal, la recourante a clairement expliqué que ses deux comptes bancaires étaient selon elle sans rapport avec les faits poursuivis, puisqu'ils servaient à recevoir des pensions, des montants d'entretien et des allocations familiales. Il est vrai que le compte xxx est alimenté par une contribution d'entretien versé par l'ex-mari de la recourante. Y sont toutefois également versés quelque 9000 fr. par mois provenant de l'inculpé B._, à titre d'entretien de la recourante. Or, l'ordonnance attaquée explique clairement que les rétributions excessives qu'auraient perçues les inculpés auraient pu profiter à leur famille également; on ne saurait dès lors exclure que les sommes versées par B._ sur le compte de la recourante soient d'origine délictueuse, ce qui peut justifier la mesure attaquée. Certes, l'ex-mari de la recourante est apparemment sans rapport avec l'infraction poursuivie. Si tel était le cas, la recourante pourrait demander du Juge d'instruction une levée partielle du séquestre, à concurrence des montants dont l'origine délictueuse peut être d'emblée exclue. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de décider si et dans quelle mesure une telle levée se justifie. Toutefois, compte tenu du renvoi à la cour cantonale qui doit être prononcé pour les motifs qui suivent, la Chambre d'accusation pourrait examiner la question, si elle estime en particulier que le recours cantonal est suffisamment motivé sur ce point.
2.3 La recourante a également clairement expliqué que le compte yyy servait à recevoir les prestations du Service cantonal genevois d'allocations familiales. Force est de constater que l'ordonnance attaquée est totalement muette à ce propos, alors même que l'argument n'était pas dénué de pertinence. Il y a lieu, par conséquent, d'admettre le recours sur ce point et de renvoyer la cause à la Chambre d'accusation pour qu'il soit statué sur cette question.
3. Le recours est admis et la cause est renvoyée à la Chambre d'accusation pour nouvelle décision au sens des considérants. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est par perçu de frais judiciaires. La recourante a droit à des dépens, à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'ordonnance attaquée est annulée en ce qui concerne la recourante et la cause est renvoyée à la Chambre d'accusation pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 1000 fr., est allouée à la recourante, à titre de dépens, à la charge du canton de Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Procureur général et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 26 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz