Sachverhalt:
A. A._ (geboren 1972) war seit August 1993 bei der F._ AG in der Lehre und bei der "Zürich" Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 2. Januar 1994 erlitt sie einen Autounfall. Die Zürich erbrachte die gesetzlichen Leistungen. In der Folge absolvierte A._ im Rahmen einer Umschulung zu Lasten der Invalidenversicherung die KV-Lehre, welche sie 1999 abschloss. Mit Verfügung vom 22. September 2000 sprach ihr die Zürich eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 20 % zu. Ab Januar 2001 arbeitete A._ als Wertschriftensachbearbeiterin. Am 10. September 2002 meldete sie der Zürich einen Rückfall. A._ erlitt am 18. Juni 2004 sowie am 30. Januar 2006 erneut Autounfälle. Die Zürich stellte am 28. Juni 2005 ihre Leistungen in Zusammenhang mit dem Unfall von 2004 ein. In der Folge sistierte sie das Einspracheverfahren wegen Einholung eines medizinischen Gutachtens und lehnte am 18. Januar 2006 die Leistung von Taggeldern während des Einspracheverfahrens ab; dies wurde vom Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 17. März 2006 sowie vom damaligen Eidgenössischen Versicherungsgericht mit Urteil U 190/06 vom 13. Juni 2006 bestätigt. Mit Verfügung vom 23. Januar 2007, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 28. März 2007, stellte die Zürich ihre Leistungen für den Unfall von 2006 auf den 31. Januar 2007 ein. Am 12. April 2007 verfügte die Zürich die Einstellung der bisher erbrachten Taggelder und Heilbehandlungen für den Unfall von 1994 per 31. Januar 2007 und sprach A._ ab 1. Februar 2007 eine Invalidenrente von 10 % zu; dies bestätigte die Zürich mit Einspracheentscheid vom 29. August 2007.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vereinigte die beiden gegen die Einspracheentscheide vom 28. März 2007 und vom 29. August 2007 erhobenen Beschwerden und wies diese mit Entscheid vom 12. Februar 2009 ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der kantonale Entscheid aufzuheben, ihr auch nach dem 31. Januar 2007 Taggelder und Heilbehandlungen zu bezahlen und die Sache bezüglich der Rente zu neuem Entscheid an die Zürich zurückzuweisen. Zudem sei die Zürich zu verpflichten, ihr die Kosten für das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 von Fr. 14'890.-, eventualiter von Fr. 7445.-, zu erstatten. Die Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Stellungnahme.
Erwägungen:
1. Vor Bundesgericht ist - wie schon vor der Vorinstanz - insbesondere die Massgeblichkeit des Gutachtens des medizinischen Zentrums X._ vom 23. Oktober 2006 resp. des Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 strittig. Die Vorinstanz stellte in ihrem Entscheid vom 12. Februar 2009 auf das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ ab. Die Versicherte hingegen erachtet das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ als einzig richtig.
2. 2.1 Das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 23. Oktober 2006 ist polydisziplinär und umfasst nebst der Zusammenfassung der relevanten Vorakten, den subjektiven Angaben der Versicherten und einer objektiven Befundaufnahme im Rahmen eines internistischen Untersuchs (einschliesslich Allgemeinstatus und Labor), je ein Teilgutachten eines Neurologen, Psychiaters und Rheumatologen sowie eine interdisziplinäre Beurteilung. Die Experten diagnostizierten mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit ein chronisches cervikospondylogenes und cervikocephales Syndrom mit/bei Status nach Schleuderunfall vom 2. Januar 1994 sowie Auffahrunfälle vom 18. Juni 2004 und 30. Januar 2006, deutlicher Funktionsstörung am craniocervikalen Übergang, reaktiven Tendomyosen im linken Schultergürtel mit referred-pain Symptomatik, Fehlhaltung der HWS und radiologisch Kyphosestellung C4 bis C6 ohne wesentlich reaktive generative Veränderungen, ein Lumbovertebralsyndrom mit/bei Fehlhaltung, Beckentorsion und ISG-Blockierung links, altersnormalem Röntgenbild ohne degenerativ-reaktive Veränderungen und radiologisch unklarem Befund linkes Illium (DD: aneurysmatische Knochenzyste, ossifizierendes Fibrom, Enchondrom). Das ebenfalls festgestellte Untergewicht mit/bei einem Body Mass Index von 17 kg/m2 und Status nach psychogener Essstörung (Bulimia nervosa) erachteten sie ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit. Neurologische oder neuropsychologische Defizite bestünden keine und eine psychische Komorbidität sei nicht ausgewiesen. Es sei von einem Endzustand auszugehen und die vorhandenen gesundheitlichen Beschwerden seien mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zu 50 % Unfallfolgen. Der Versicherten sei ihr angestammter Beruf zu 50 % und eine besser angepasste Tätigkeit unter Berücksichtigung ungünstiger unergonomischer Arbeitshaltungen zu 80 % zumutbar.
2.2 Das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 beinhaltet eine Zusammenfassung der Vorakten, je ein rheumatologisches, psychiatrisches und neurologisches Teilgutachten sowie eine interdisziplinäre Beurteilung. Bei der interdisziplinären Beurteilung war auch die Neuropsychologin beteiligt, welche im Vorgang zum Gutachten die Versicherte untersucht hatte. Die Experten diagnostizierten eine mittelgradige depressive Episode (ICD-10: F 32.0) mit Angststörung, ein cervikovertebrales und cervikospondylogenes Syndrom (cervikobrachial und cervikocephal) bei Status nach drei Unfällen (1994, 2004, 2006), ein chronisch rezidivierendes Lumbovertebralsyndrom bei Status nach Unfall 1994, eine posttraumatische Migräne seit dem Unfall von 2004 sowie eine leichte neuropsychologische Funktionsstörung als Folge der Schmerz- und depressiven Symptomatik. Es lägen keine relevanten neurologischen oder spezifischen neuropsychologischen Störungen vor. Für die Schmerzproblematik und die Depression seien die drei Unfälle in den Jahren 1994, 2004 und 2006 verantwortlich und es fänden sich keine erheblichen unfallunabhängigen Faktoren. Im Rahmen der Teilgutachten nahmen die Experten Stellung zum Gutachten des medizinischen Zentrums X._. Aktuell bestehe bekanntlich seit Januar 2006 eine volle Arbeitsunfähigkeit. Da bezüglich der Depression noch ein gewisses Erholungspotenzial gegeben sei, sei der Endzustand noch nicht erreicht; eine adäquate antidepressive Therapie lasse eine relevante Besserung erhoffen. Die zumutbare Arbeitsfähigkeit betrage bei optimal angepasstem Arbeitsplatz im kaufmännischen Bereich aktuell 20 %. Alternative Tätigkeiten würden infolge der andauernden Schmerzproblematik nicht zu einer höheren Arbeitsfähigkeit führen, weshalb sich eine Umschulung nicht empfehle.
3. 3.1 Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichts ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis).
3.2 Beim Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 23. Oktober 2006 und dem Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 handelt es sich um zwei formell gleichwertige Gutachten. Sie unterscheiden sich jedoch inhaltlich sowohl bezüglich der Diagnosen, indem das medizinische Zentrum X._ keine psychiatrische Erkrankung, die medizinische Gutachtenstelle Y._ hingegen eine mittelgradige depressive Episode mit Angststörung feststellt, als auch bezüglich der zumutbaren Arbeitsfähigkeit, welche das medizinische Zentrum X._ mit 80 % einer angepassten Tätigkeit, die medizinische Gutachtenstelle Y._ jedoch mit maximal 20 % veranschlagt, sowie bezüglich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen den geklagten Leiden und den Unfällen.
3.3 Soweit die Versicherte geltend macht, das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ sei überzeugender, weil es mehr Akten als jenes des medizinischen Zentrums X._ berücksichtigt habe, kann ihr nicht gefolgt werden. Aus dem Aktenauszug im Gutachten des medizinischen Zentrums X._ ergibt sich nicht, dass dem medizinischen Zentrum X._ die von der Versicherten aufgeführten Berichte nicht zur Verfügung standen; vielmehr hält das medizinische Zentrum X._ explizit fest, dass es nur die relevanten Akten zusammenfasse. Die Versicherte legt denn auch nicht substantiiert dar, inwiefern die angeblich nicht berücksichtigten Akten für die Beurteilung ihrer gesundheitlichen Situation wesentlich sein sollen. Überdies gibt es auch Berichte, welche das medizinische Zentrum X._ aufführt, die medizinische Gutachtenstelle Y._ hingegen nicht (z.B. die Stellungnahme des Prof. Dr. med. K._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 17. Mai 2000). Ebenfalls unzutreffend ist, dass das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ den Unfall vom 30. Januar 2006 nicht in die Beurteilung miteinbeziehe. Da dieser dritte Unfall sich zwischen Auftragserteilung und Erstattung des Gutachtens ereignete, beziehen sich die gestellten Fragen nur auf die bis zur Auftragserteilung vorgefallenen ersten beiden Unfallereignisse. Das Gutachten beurteilt jedoch die Situation unter Berücksichtigung aller drei Unfälle (vgl. dazu auch die Mitteilung des dritten Unfalles durch den Unfallversicherer mit Schreiben vom 13. März 2006). Auch der Einwand, das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ sei überzeugender, weil es die Unterschriften aller beteiligten Experten aufweise, ist unbehelflich. Massgebend ist vielmehr, dass die verschiedenen Teilgutachter bei der Gesamtbeurteilung mitgewirkt haben. Dies ist auch beim Gutachten des medizinischen Zentrums X._ der Fall. Anhaltspunkte, dass diese Aussage des federführenden Gutachters nicht zutreffend sein soll, bestehen keine und werden auch nicht geltend gemacht. Schliesslich fällt auf, dass im Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ die Experten im Rahmen ihres Teilgutachtens einen Befund erheben, doch fehlt es an einer allgemeinen objektiven Befundaufnahme im Sinne eines Allgemeinstatus und allfälliger Laborwerte. So ist etwa nicht nachvollziehbar, dass sich die Gutachter der medizinischen Gutachtenstelle Y._ angesichts des Status nach Bulimie mit der subjektiven Gewichtsangabe durch die Versicherte begnügten, obwohl sie vom Psychiater als "schlank bis mager" beurteilt wird.
Die Frage, welches der beiden Gutachten inhaltlich massgebend ist, kann jedoch nicht abschliessend beurteilt werden. Während die Experten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ in ihrem Gutachten sich mit der Einschätzung der Begutachter des medizinischen Zentrums X._ auseinandersetzen konnten, findet sich bei den Akten keinerlei Stellungnahme des medizinischen Zentrums X._ zum Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._; im Rahmen des unfallversicherungsrechtlichen Verfahrens hatte die Vorinstanz das medizinische Zentrum X._ lediglich aufgefordert, sich zur Aufteilung der Unfallfolgen auf die drei Unfälle zu äussern. Es ist nicht ersichtlich, weshalb das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ aus fachlicher Sicht nicht überzeugt. Somit ist die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese den Experten des medizinischen Zentrums X._ Gelegenheit zur Stellungnahme zum Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ gewährt und hernach über die Massgeblichkeit der beiden Gutachten entscheidet oder allenfalls ein Obergutachten in Auftrag gibt. Denn die Beantwortung der Frage nach der zumutbaren Arbeitsfähigkeit ist relevant für die Beurteilung der Folgen aus dem Unfall von 1994 und der daraus abgeleiteten Leistungen nach dem 1. Februar 2007.
3.4 Bezüglich der strittigen Fragen des zu frühen Fallabschlusses sowie der Leistungspflicht für die Unfälle von 2004 und 2006 kann offenbleiben, welchem Gutachten zu folgen ist, da - wie nachfolgend dargelegt wird - selbst bei Abstellen auf das für die Versicherte milder ausfallende Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ der Fallabschluss nicht zu früh erfolgte und die Adäquanz bezüglich der Unfälle in den Jahren 2004 und 2006 verneint werden muss.
4. Indem die Versicherte die weitere Ausrichtung von vorübergehenden Leistungen (Taggelder und Heilbehandlung) verlangt, rügt sie implizit einen zu frühen Fallabschluss.
4.1 Nach konstanter Rechtsprechung hat ein Versicherer - sofern allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind - die Heilbehandlung (und das Taggeld) nur solange zu gewähren, als von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung erwartet werden kann. Trifft dies nicht mehr zu, ist der Fall unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung abzuschliessen (BGE 134 V 109 E. 4.1 S. 114 mit Hinweisen). Ist von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten mehr zu erwarten und wird der Entscheid der IV-Stelle über die berufliche Eingliederung erst später gefällt, so hat die versicherte Person Anspruch auf eine Übergangsrente (Art. 19 Abs. 3 UVG in Verbindung mit Art. 30 Abs. 1 UVV). Wie jede Leistung der Unfallversicherung müssen für die Ausrichtung einer Übergangsrente der natürliche und adäquate Kausalzusammenhang gegeben sein. Der Voraussetzung des adäquaten Kausalzusammenhangs kommt dabei die Funktion einer Haftungsbegrenzung zu (BGE 129 V 177 E. 3.3 S. 182 mit Hinweisen).
4.2 Nach den Experten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ ist eine antidepressive Therapie, die Wiederaufnahme eines allgemeinen Muskeltrainings sowie die Anpassung der Schmerzmedikation zu empfehlen. Zwar erhoffen sie sich aus der antidepressiven Therapie eine relevante Besserung, doch geht aus ihrem Gutachten vom 21. November 2007 nicht hervor, dass sich damit eine wesentliche Steigerung der Arbeitsfähigkeit erreichen lässt. Vielmehr wird eine höhere Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit verneint und von einer Umschulung abgeraten. Daran ändern auch die beiden letztinstanzlich erstmals eingereichten Berichte des Dr. med. Z._, Facharzt für Neurologie sowie Physikalische Medizin und Rehabilitation, vom 13. März 2009 und des Dr. med. D._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 17. März 2009 nichts. Denn dabei handelt es sich um Stellungnahmen der am Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ beteiligten Experten zum vorinstanzlichen Entscheid. Diese stellen unzulässige Noven dar (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 135 V 194), da die Gutachter sich zu Fragen äussern, welche nicht erst der vorinstanzliche Entscheid aufgeworfen hat, sondern sie präzisieren ihre Aussagen im Rahmen des Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007. Damit ist nicht zu beanstanden, dass Vorinstanz und Verwaltung einen Fallabschluss vorgenommen, die vorübergehenden Leistungen (Taggeld, Heilbehandlung) eingestellt und den Anspruch auf eine Invalidenrente geprüft haben.
5. Zu prüfen bleibt die Leistungspflicht bezüglich der Unfälle von 2004 und 2006. Diese kann ungeachtet der Frage nach dem massgeblichen Gutachten beurteilt werden (E. 3.4).
5.1 In BGE 134 V 109 hat das Bundesgericht die Praxis zur Kausalitätsprüfung bei Unfall mit Schleudertrauma, äquivalenter Verletzung der HWS oder Schädel-Hirntrauma ohne organisch objektiv ausgewiesene Beschwerden (sog. Schleudertrauma-Praxis) in mehrfacher Hinsicht präzisiert. Gemäss diesem Urteil ist am Erfordernis einer besonderen Adäquanzprüfung bei Unfällen mit solchen Verletzungen festzuhalten (E. 7-9 des erwähnten Urteils). Auch besteht keine Veranlassung, die bewährten Grundsätze über die bei dieser Prüfung vorzunehmende Einteilung der Unfälle nach deren Schweregrad und den abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls erforderlichen Einbezug weiterer Kriterien in die Adäquanzbeurteilung zu ändern (E. 10.1). Das Bundesgericht hat aber die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung der Schleudertrauma-Praxis rechtfertigt, erhöht (E. 9) und die adäquanzrelevanten Kriterien teilweise modifiziert (E. 10).
5.2 Nach der Praxis ist für die Bejahung der Adäquanz im Einzelfall zu verlangen, dass dem Unfall eine massgebende Bedeutung für die Entstehung der Arbeits- resp. Erwerbsunfähigkeit zukommt. Dies trifft dann zu, wenn er eine gewisse Schwere aufweist oder mit anderen Worten ernsthaft ins Gewicht fällt. Für die Beurteilung dieser Frage ist an das Unfallereignis anzuknüpfen, wobei - ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf - zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen andererseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne weiteres bejaht und bei leichten Unfällen aus verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht auf Grund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche mit dem Unfall unmittelbar in Zusammenhang stehen oder als direkte bzw. indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere herangezogen werden (BGE 134 V 109 E. 10.1 S. 126 mit Hinweisen).
Im Rahmen der Beurteilung der Adäquanz von Unfällen mit Schleudertraumen der Halswirbelsäule ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle oder ähnlichen Verletzungsmechanismen sowie bei Unfällen mit Schädel-Hirntraumen sind dies folgende Kriterien: besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls, Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen, fortgesetzte spezifische und belastende ärztliche Behandlung, erhebliche Beschwerden, eine ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert, ein schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen sowie eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz nachgewiesener Anstrengungen (BGE 134 V 109 E. 10.2 und 10.3 S. 127).
5.3 Mit der Vorinstanz sind die beiden Auffahrunfälle vom 18. Juni 2004 und 30. Januar 2006 rechtsprechungsgemäss als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Fällen zu qualifizieren (vgl. RKUV 2005 U Nr. 549 S. 236 [U 380/04], 2003 U Nr. 489 S. 357 E. 4.2 [U 193/01], je mit Hinweisen). Dies wird von der Versicherten ebenso wenig beanstandet wie die Beurteilung der einzelnen Kriterien. Das kantonale Gericht hat zu Recht - für jeden Unfall einzeln - die Kriterien der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit, der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung sowie der ärztlichen Fehlbehandlung wie auch des schwierigen Heilungsverlaufs und erheblicher Komplikationen verneint, hingegen das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen infolge des Unfalls vom 2. Januar 1994 bejaht. Beim Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen ist festzuhalten, dass gemäss Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit ausgewiesen wäre, doch sind - abgesehen von einem einwöchigen Arbeitsversuch am bisherigen Arbeitsplatz nach dem Unfall von 2004 - keinerlei Anstrengungen der Versicherten ersichtlich, in den Arbeitsprozess ihres angestammten Berufes (oder einer anderen Tätigkeit) zurückzukehren. Die Verneinung dieses Kriteriums ist demnach im Ergebnis nicht zu beanstanden. Nicht geäussert hat sich die Vorinstanz zum Kriterium der erheblichen Beschwerden. Wie es sich damit verhält, kann offenbleiben, da es jedenfalls nicht in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist. Damit sind für jeden Unfall höchstens zwei der Kriterien zu bejahen. Nach dem Gesagten liegen die massgebenden Kriterien weder gehäuft vor noch ist eines davon in ausgeprägter Weise gegeben. Die Vorinstanz hat damit den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den Unfällen vom 18. Juni 2004 resp. vom 30. Januar 2006 und den in diesem Zusammenhang geklagten Leiden im Ergebnis zu Recht verneint.
6. Die Kosten eines von der versicherten Person veranlassten Gutachtens sind vom Versicherungsträger dann zu übernehmen, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst auf Grund des neu beigebrachten Untersuchungsergebnisses schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186 [U 282/00] und Urteil 8C_542/2008 vom 20. November 2008, E. 6.1).
Wie es sich damit verhält, kann im jetzigen Zeitpunkt noch nicht gesagt werden (vgl. E. 3.3). Somit ist die Sache auch in diesem Punkt an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie nach Abklärung im Sinne der Erwägungen über dieses Begehren erneut entscheide.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Parteien haben die Gerichtskosten im Masse ihres Unterliegens zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Versicherte hat Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Februar 2009 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 29. August 2007 neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden den Parteien je hälftig auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1400.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Oktober 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold