Sachverhalt:
A. A. und B.X._ haben mit Schreiben vom 4. Oktober 2010 bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern Rekurs und Beschwerde gegen die Erlassentscheide 2008 erhoben. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern teilte der Steuerrekurskommission am 9. Mai 2011 mit, dass für das Jahr 2008 keine anfechtbare Erlassverfügung vorliege. In der Folge trat diese mangels anfechtbarer Verfügung auf den Rekurs und die Beschwerde nicht ein. Dagegen erhoben A. und B.X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern; dieses trat auf diese sowie auf die Gesuche um Revision bzw. Wiederaufnahme und Fristwiederherstellung nicht ein und wies das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung ab. Dagegen haben A. und B.X._ subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben. Das Bundesgericht ist darauf am 16. Februar 2012 nicht eingetreten (Verfahren 2D_55/2011).
B. Mit Eingabe vom 10. April 2012 stellen A. und B.X._ ein Revisionsgesuch. Sie beantragen implizit die Aufhebung der Ziff. 1 (Nichteintreten), der Ziff. 2 (Abweisung der unentgeltlichen Rechtspflege), der Ziff. 3 (Gerichtskosten) des Urteils vom 16. Februar 2012 (2D_55/2011), den Erlass der dort auferlegten Kosten sowie die erneute Überprüfung des Entscheids 2D_55/2011 mit Rückweisung an die kantonale Vorinstanz. Schliesslich beantragen sie, dass auf die Erhebung von Kosten im Revisionsverfahren zu verzichten sei. Mit E-Mail vom 11. April 2012 ersuchen sie um aufschiebende Wirkung.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen hat das Bundesgericht verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Gesuchsteller berufen sich einerseits auf Art. 124 Abs. 1 lit. b BGG, welcher auf Art. 121 lit. b-d BGG verweist, und andererseits auf Art. 123 BGG.
Die Revisionsfrist ist eingehalten (Art. 124 BGG). Die anderen Sachurteilsvoraussetzungen sind grundsätzlich gegeben (vgl. Art. 127 BGG und die Ausführungen dazu von ELISABETH ESCHER, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger (Hrsg.), Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011). Ob die Gesuchsteller die Anforderungen von Art. 42 BGG erfüllen, kann offengelassen werden, da das Revisionsgesuch ohnehin abzuweisen ist.
2. 2.1 Die Revision eines Entscheids des Bundesgerichts kann verlangt werden, wenn u.a. einzelne Anträge unbeurteilt geblieben sind (lit. c) und das Gericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat (Art. 121 lit. c und d BGG); nicht relevant ist hier in jedem Fall Art. 121 lit. b BGG. Nach Art. 123 Abs. 2 lit. a BGG kann die Revision zudem verlangt werden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, wenn die ersuchende Partei nachträglich erhebliche Tatsachen erfährt oder entscheidende Beweismittel auffindet, die sie im früheren Verfahren nicht beibringen konnte, unter Ausschluss der Tatsachen und Beweismittel, die erst nach dem Entscheid entstanden sind.
2.2 Die Gesuchsteller rügen ausführlich, dass das Bundesgericht im Entscheid vom 16. Februar 2012 (2D_55/2011) ihrer besonderen Situation nicht genügend Rechnung getragen habe und das Urteil aus ihrer Sicht gegen verschiedene Verfassungsnormen verstosse; sie verlangen eine Neubeurteilung der strittigen Angelegenheit. Voraussetzung dafür bildet allerdings das Vorliegen verschiedener, oben dargestellter Revisionsgründe.
Die Gesuchsteller unterlassen es, darzulegen, welche Anträge unbeurteilt geblieben oder welche in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt worden sind. Die Revisionsgründe von Art. 121 lit. c und d BGG liegen somit nicht vor.
Im Entscheid vom 16. Februar 2012 (2D_55/2011) ist das Bundesgericht auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht eingetreten, weil u.a. noch gar keine Verfügung ergangen und somit kein Anfechtungsgegenstand gegeben war. Die angerufenen Revisionsgründe müssen sich demzufolge auf diese Sachlage beziehen. Die von den Gesuchstellern als Nova bezeichnete Tatsachen (ausstehende Gerichtskosten von CHF 98'014.50; Steuerschuld einer ehemaligen bernischen Regierungsrätin) sind nicht geeignet, das Vorhandensein einer Verfügung zu belegen. Insofern ist auch der Revisionsgrund von Art. 123 Abs. 2 lit. a BGG nicht gegeben.
3. Das Revisionsgesuch ist nach dem Gesagten abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos, und die unterliegenden Gesuchsteller wären solidarisch kostenpflichtig; in Anbetracht der besonderen Umstände wird auf die Erhebung der Kosten verzichtet (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsgesuch wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass