Erwägungen:
1. Die Gemeindeversammlung Bauma beschloss am 10. Dezember 2007 eine Teilrevision der Ortsplanung, welche Änderungen der Bau- und Zonenordnung (BZO) und die Festsetzung von Waldabstandslinien umfasst. Dabei entschied sie u.a., dass der in der Landwirtschaftszone gelegene Teil des Grundstücks Kat.-Nr. 6212, der östliche Teil des Grundstücks Kat.-Nr. 5444 sowie das gesamte Grundstück Kat.-Nr. 6467 der Kernzone K1 von Bliggenswil zugewiesen werden. Gegen diese Festlegung wurde kein Rechtsmittel eingelegt.
2. Der Regierungsrat des Kantons Zürich genehmigte die Teilrevision der Ortsplanung am 5. November 2008, nahm aber u.a. die Einzonung der genannten Grundstücke in die Kernzone K1 von der Genehmigung aus. Gegen diesen Entscheid erhob X._ am 9. Dezember 2008 Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies mit Entscheid vom 19. März 2009 die Beschwerde ab. Zur Begründung führte es zusammenfassend aus, dass die Kernzonengrenze der Aussenwacht Bliggenswil bislang eng entlang des bestehenden Siedlungsgebiets führte. Durch die von der Gemeindeversammlung beschlossene Einzonung des streitbetroffenen Gebiets würde die Kernzone im Südosten um gut 3'500 m2 erweitert. Bei der Frage der Zulässigkeit einer solchen Einzonung komme der Tatsache, dass das Gebiet nicht mehr landwirtschaftlich genutzt werde, entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers keine wesentliche Bedeutung zu. Auch aus dem Umstand, dass ein Teil des Grundstücks Kat.-Nr. 6212 bereits in der Kernzone liege, vermöge der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten abzuleiten. Entscheidend sei vielmehr, dass durch die Einzonung eine Bautätigkeit in einem bisher nur durch vereinzelte landwirtschaftliche Bauten überstellten Gebiet ermöglicht würde. Dies wiederspreche jedoch offensichtlich dem kantonalen Richtplan, wonach Erweiterungen des Siedlungsumfangs bei Kleinsiedlungen unzulässig sind. Daneben würde die Einzonung auch Bundesrecht verletzen, welches vorschreibe, dass Siedlungen in ihrer Ausdehnung zu begrenzen sind (Art. 3 Abs. 3 RPG). Für die Gemeinde habe daher kein Anordnungsspielraum bestanden. Der Nichtgenehmigungsentscheid des Regierungsrats erweise sich daher als rechtmässig.
3. X._ führt mit Eingabe vom 7. Mai 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 19. März 2009.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer legt mit seinen Ausführungen nicht dar, inwiefern die entscheidwesentlichen Ausführungen des Verwaltungsgerichts, wonach die Einzonung offensichtlich dem kantonalen Richtplan widerspreche und Art. 3 Abs. 3 RPG verletze, Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzen sollte. Da die vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen des angefochtenen Entscheids darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG)
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gemeinde Bauma sowie dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli