Sachverhalt:
A. A.a Die 1962 geborene B._ meldete sich am 24. Februar 1994 erstmals wegen Schwierigkeiten bei der Nahrungsaufnahme (chronische Magen-Darmkrämpfe) zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Seitens ihres Arztes, Dr. med. D._, Chirurgie FMH, wurde ihr eine volle Arbeitsunfähigkeit seit dem 8. November 1993 attestiert. Das Begehren wurde mit der Begründung abgewiesen, es bestehe noch nicht während eines vollen Jahres eine langandauernde Arbeitsunfähigkeit; gegebenenfalls könne sich die Versicherte im November 1994 wieder melden (Verfügung vom 24. Februar 1994). Die Neuanmeldung erfolgte am 24. Oktober 1994. Die IV-Stelle klärte den medizinischen Sachverhalt mittels Beizug von Berichten der behandelnden Ärzte und je eines psychiatrischen (Dr. med. I._; 7. Mai 1995) und eines internistischen (Spital X._; 4. September 1995) Gutachtens ab. Mit Verfügung vom 18. Juni 1996 teilte die Invalidenversicherung B._ mit, gemäss ihren Abklärungen könne von der Versicherten erwartet werden, dass sie sich mit ihrem Leiden auseinandersetze und therapeutische Anstrengungen auf sich nehme, die ihre Erwerbsfähigkeit erhöhen könnten. Bevor diese Möglichkeiten nicht ausgeschöpft seien, könne nicht geprüft werden, ob eine bleibende oder längerdauernde Erwerbsunfähigkeit vorliege, weshalb ihr Leistungsbegehren abgewiesen werde.
A.b Am 4. Dezember 2002 meldete sich B._ wiederum bei der Invalidenversicherung an und ersuchte um Arbeitsvermittlung, medizinische Eingliederungsmassnahmen und eine Rente. Die IV-Stelle nahm wiederum verschiedene medizinische Berichte zu den Akten und liess die Versicherte unter anderem durch die MEDAS des Spitals X._ polydisziplinär begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 24. Oktober 2003 und weiterer medizinischer Berichte ermittelte die IV-Stelle einen Invaliditätsgrad von 30 % und wies das Rentenbegehren mit Verfügung vom 15. November 2005 ab. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin und unter Beizug weiterer Arztberichte fest (Entscheid vom 17. Januar 2007).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 24. Juli 2007 ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten ihr eine Rente zuzüglich Verzugszins auf den nachzuzahlenden Leistungen auszurichten, eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Gleichzeitig ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen zum Invaliditätsbegriff (Art. 8 ATSG), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 IVG) sowie zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16 ATSG) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die Ausführungen über die Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (BGE 125 V 256 E. 4 S. 261) sowie über den Beweiswert und die Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung.
3.1 Die Beschwerdegegnerin ermittelte einen Invaliditätsgrad von 30 %, wobei sie sowohl für das Valideneinkommen als auch für das Invalideneinkommen auf identische hypothetische statistische Werte abstellte und beim Invalideneinkommen die im MEDAS-Gutachten vom 24. Oktober 2003 genannte Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit von 30 % berücksichtigte.
Das kantonale Gericht hat unter Hinweis auf die rechtskräftige Abweisung eines Rentenanspruchs mit der Verfügung vom 18. Juni 1996 lediglich geprüft, ob sich in medizinischer oder erwerblicher Hinsicht seit diesem Zeitpunkt eine wesentliche Veränderung ergeben habe. Unter Hinweis auf BGE 130 V 71 führt die Vorinstanz aus, bei einer Neuanmeldung kämen die Regeln zur Rentenrevision analog zur Anwendung. Gemäss ihren Sachverhaltsfeststellungen hätten sich keine massgeblichen Änderungen ergeben, weshalb die Beschwerde abgewiesen wurde, ohne den Invaliditätsgrad und die diesem zu Grunde liegenden Sachverhaltselemente wie insbesondere das Valideneinkommen, die Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit oder das zumutbare Invalideneinkommen zu überprüfen.
3.2 In dem von der Vorinstanz als Entscheidgrundlage herangezogenen Urteil (BGE 130 V 71) geht es um die Frage, ob die IV-Stelle auf eine Neuanmeldung eines Versicherten einzutreten habe. Die Analogie zwischen Rentenrevisions- und Neuanmeldungsverfahren bezieht sich auf die für die Glaubhaftmachung einer anspruchsbeeinflussenden Tatsachenänderung massgebenden zeitlichen Vergleichsbasen. Die Diskussion dreht sich dabei um die Frage, ob als Vergleichsbasis die ursprüngliche Abweisungsverfügung gelte, oder ob auf seitherige Abweisungen von Neuanmeldungen abzustellen sei (BGE 130 V 71 E. 3 S. 73 ff.). Dieses Problem stellt sich hier nicht.
In BGE 133 V 108 hat das Bundesgericht festgestellt, dass es sich bei der Neuanmeldung und der Rentenrevision zwar nicht um identische, wohl aber insofern um ähnliche Rechtsinstitute handelt, als beide auf eine erneute Prüfung eines Leistungsanspruchs aufgrund veränderter Verhältnisse zielen (E. 5.2 S. 111). Referenzpunkt für die Prüfung einer anspruchserheblichen Änderung bildet dabei aber lediglich eine rechtskräftige Verfügung, welche auf einer materiellen Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung, Beweiswürdigung und Durchführung eines Einkommensvergleichs beruht (BGE 133 V 108 E. 5.4 S. 114). Liegt keine entsprechende Verfügung vor, fehlt es an einem Vergleichsobjekt.
4. Mit der rechtskräftigen Verfügung vom 18. Juni 1996 wurde das Leistungsbegehren der Beschwerdeführerin zwar abgewiesen. Hingegen beruht diese Abweisung nicht auf einer umfassenden materiellen Prüfung. Insbesondere fehlt es an einem Einkommensvergleich. Der Invaliditätsgrad wurde nicht ermittelt. Begründet wurde die Abweisung damit, dass sich die Versicherte mit ihrem Leiden auseinandersetzen und therapeutische Anstrengungen unternehmen solle, um die Erwerbsfähigkeit zu verbessern. Welche konkreten Anstrengungen damit gemeint waren, ist der Verfügung nicht zu entnehmen. Da erstmals in der streitgegenständlichen Verfügung vom 15. November 2005 ein Invaliditätsgrad ermittelt worden war, können die revisionsrechtlichen Regeln nicht für deren Beurteilung herangezogen werden. Es gibt nichts, womit der heutige Gesundheitszustand und der ermittelte Invaliditätsgrad verglichen werden kann. Die Vorinstanz durfte sich daher in ihrem Entscheid nicht darauf beschränken zu prüfen, ob veränderte Verhältnisse vorliegen. Der Entscheid ist daher rechtsfehlerhaft.
5. Damit ist der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit dieses den angefochtenen Einspracheentscheid umfassend prüfe. Das kantonale Gericht wird festzustellen haben, welche Tätigkeiten der Beschwerdeführerin in welchem zeitlichen und prozentualen Umfang zumutbar sind, wie hoch das Validen- und das Invalideneinkommen ist und ob der Invaliditätsgrad von der IV-Stelle richtig ermittelt wurde.
Das kantonale Gericht wird überdies erneut über die Verfahrenskosten zu befinden haben, weshalb sich zur Zeit ein Entscheid über die unentgeltliche Verbeiständung im kantonalen Verfahren erübrigt.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 24. Juli 2007 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. September 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer