Faits:
A. Par feuille d'envoi du 29 septembre 2008, il était reproché à X._ d'avoir, en juin et octobre 2005, changé ou accepté que toute autre personne instruite par lui change, de manière illicite, les serrures des logements occupés par Y._ et B._, et déménage ou accepte que toute autre personne instruite par lui déménage les meubles et affaires personnelles des prénommés, les empêchant de la sorte de retourner dans leur logement et les contraignant à les quitter. Il lui était également fait grief d'avoir, en juin 2005, pénétré ou d'avoir accepté que toute autre personne instruite par lui pénètre dans le logement occupé par Y._ contre sa volonté.
B. Par jugement du 11 février 2009, le Tribunal de police genevois a condamné X._, pour contrainte et violation de domicile, à une peine pécuniaire de 60 jours-amende à 1'200 fr. par jour, avec sursis pendant trois ans. Il l'a également condamné à verser à Y._ 2'000 fr. à titre de tort moral.
Par arrêt du 16 novembre 2009, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement précité, acquitté X._ pour les faits commis à l'encontre de B._ et l'a condamné, pour contrainte et violation de domicile, à une peine pécuniaire de 40 jours-amende à 1'200 fr. par jour, avec sursis pendant deux ans. Pour le surplus, elle a confirmé le jugement de première instance.
C. X._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, une violation de son droit d'être entendu et des art. 13, 21, 181 et 186 CP, il a conclu, principalement, à son acquittement des infractions de contrainte et de violation de domicile.
Considérant en droit:
1. Le recourant conteste sa condamnation pour violation de domicile au sens de l'art. 186 CP.
1.1 Il se plaint d'une constatation incomplète des faits pertinents. Il reproche à la Chambre pénale de ne pas avoir mentionné l'identité de C._, ni précisé dans quelles circonstances ce dernier avait été amené à pénétrer dans l'appartement litigieux et à débarrasser les affaires de Y._. Il lui fait également grief de ne pas avoir retenu que celui-ci disposait d'une villa, destinée à l'habitation, qu'il ne s'était dès lors pas retrouvé à la rue et que lui-même était copossesseur des locaux, étant donné qu'il avait conservé une clé de l'appartement remis à l'intimé.
1.1.1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF). A contrario, cette disposition n'interdit pas une argumentation juridique nouvelle, pour autant que celle-ci repose sur les constatations de fait de la décision attaquée (ATF 4A_28/2007 du 30 mai 2007 consid. 1.3). Il n'est toutefois, en principe, pas possible, au regard du principe de l'épuisement des instances précédentes, de soulever pour la première fois devant le Tribunal fédéral une question que l'autorité précédente ne pouvait pas examiner, parce qu'elle ne lui avait pas été soumise (ATF 2C_161/2007 du 5 octobre 2007 consid. 2.2).
1.1.2 Dans son argumentation, le recourant se contente d'alléguer des faits nouveaux, sans prétendre les avoir vainement invoqués dans le cadre de son appel cantonal, alors qu'il aurait été en mesure de le faire. Or, les éléments qui n'ont pas été invoqués conformément aux règles de la procédure cantonale doivent être assimilés à des faits nouveaux irrecevables devant le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 1.1.1).
1.2 Le recourant conteste la qualification d'auteur médiat et estime avoir agi en qualité de coauteur, compte tenu du rôle joué par C._.
1.2.1 L'auteur médiat est celui qui se sert d'une autre personne comme d'un instrument dénué de volonté ou du moins agissant sans intention coupable, afin de lui faire exécuter l'infraction projetée. L'auteur médiat est punissable comme s'il avait accompli lui-même les actes qu'il a fait exécuter par le tiers agissant comme instrument. En revanche, le coauteur est celui qui collabore intentionnellement et de manière déterminante avec d'autres personnes dans la décision de commettre une infraction, dans son organisation ou son exécution, au point d'apparaître comme l'un des participants principaux. La coactivité suppose une décision commune, mais qui n'est pas nécessairement expresse; elle peut aussi résulter d'actes concluants et le dol éventuel quant au résultat suffit (ATF 120 IV 17 consid. 2d p. 23).
1.2.2 Selon les faits retenus, au sujet desquels aucun arbitraire n'est allégué ni démontré, le recourant est notamment locataire d'un appartement situé place des XXII-Cantons, à Genève. Y._, au bénéfice d'un permis C en Suisse, est domicilié dans le canton d'Argovie. A compter de 2002, il a logé dans l'appartement précité. Selon lui, la raison en était un contrat de bail oral, sans paiement de loyer, lié à ses relations d'affaires avec le recourant. Selon ce dernier, il s'agissait d'un prêt. En juin 2005, le recourant a donné l'ordre à un de ses employés de changer la serrure de l'appartement et de débarrasser les affaires de Y._. Lors de son retour de vacances, le 20 juin 2005, ce dernier s'est retrouvé dans l'impossibilité de pénétrer dans son logement. Il a alors appelé le recourant, qui lui a répondu qu'il avait lui-même donné l'ordre de modifier les serrures et de vider entièrement l'appartement.
Ainsi, l'homme, qui a changé les serrures, travaillait pour le recourant et a simplement obéi aux ordres qui lui étaient donnés par son supérieur. Dans ces conditions, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en admettant que l'intéressé avait agi en qualité d'auteur médiat, dès lors qu'il s'est servi de l'un de ses employés pour réaliser l'infraction litigieuse. Le grief doit donc être rejeté.
1.3 Se plaignant d'une violation du principe de l'indivisibilité de la plainte pénale, le recourant reproche à l'intimé de ne pas avoir dirigé sa plainte contre C._ également.
1.3.1 Aux termes de l'art. 32 CP, si un ayant droit a porté plainte contre un des participants à l'infraction, tous les participants doivent être poursuivis.
Une plainte pénale déposée volontairement contre certains seulement des participants d'une infraction contient en soi une contradiction au regard du principe de l'indivisibilité et des conséquences de la violation de celui-ci. Dans une telle hypothèse, l'autorité doit informer le plaignant de ce que, conformément à la loi, tous les participants doivent être poursuivis ou aucun, et elle doit déterminer quelles sont ses intentions. Lorsqu'il est patent que le plaignant entend épargner ceux qui ne sont pas désignés dans la plainte, celle-ci doit être déclarée non valable (ATF 121 IV 150 consid. 3a/bb p. 152 s.).
1.3.2 En l'espèce, le recourant a agi en qualité d'auteur médiat. Son employé, qui a été instrumentalisé et s'est contenté d'exécuter l'infraction sur ordre de son chef, ne saurait être considéré comme un participant au sens de l'art. 32 CP, faute d'intention coupable (cf. supra consid. 1.2). Le grief est donc vain.
1.4 Invoquant une violation de l'art. 13 CP, le recourant se prévaut d'une erreur sur les faits. Il explique qu'il estimait ne pas commettre de violation de domicile, dès lors qu'il était lui-même copossesseur de l'appartement remis gracieusement à Y._, qu'il avait un double des clés et que le prénommé, domicilié officiellement en Argovie, était aussi locataire d'une villa, exclusivement destinée à l'habitation.
1.4.1 Selon l'art. 13 CP, quiconque agit sous l'influence d'une appréciation erronée des faits est jugé d'après cette appréciation si elle lui est favorable (al. 1). Quiconque pouvait éviter l'erreur en usant des précautions voulues est punissable pour négligence si la loi réprime son acte comme infraction par négligence (al. 2).
L'erreur peut porter sur un élément constitutif objectif de l'infraction. Elle influe alors sur la question de l'intention de l'auteur (ATF 129 IV 238 consid. 3.1, p. 240). Elle peut cependant aussi porter sur un fait justificatif, tel le cas de l'état de nécessité ou de la légitime défense putatifs (ATF 125 IV 49) ou encore sur un autre élément qui peut avoir pour effet d'atténuer ou d'exclure la peine (ATF 117 IV 270 consid. 2b, p. 272 s.).
1.4.2 Dans la mesure où elle repose sur des faits nouveaux, l'argumentation de l'intéressé est irrecevable (cf. supra consid. 1.1.1). Pour le reste, il résulte des constatations cantonales, qui lient l'autorité de céans (cf. art. 105 al. 1 LTF), que le recourant savait que les locaux étaient à disposition de l'intimé, puisqu'il les lui avait lui-même remis. Celui-ci en avait dès lors la maîtrise de fait, ce que démontre précisément l'acte ordonné par l'intéressé de changer la serrure. Au regard de ces éléments, l'erreur de fait ne saurait être valablement invoquée par le recourant, celui-ci ayant volontairement pénétré dans l'appartement qu'il avait remis à l'intimé et ce contre la volonté de ce dernier, qui était, à l'époque des faits, en vacances. La critique doit par conséquent être rejetée dans la mesure de sa recevabilité.
1.5 Invoquant l'art. 17 CP et se prévalant d'une jurisprudence publiée à la SJZ 1991 p. 341, le recourant se prévaut de l'état de nécessité. Il relève qu'il a cru, de bonne foi, que Y._ avait disparu.
La décision attaquée ne contient aucune constatation de fait relative à une éventuelle fuite ou disparition du prénommé. Le grief repose ainsi sur des faits nouveaux de sorte qu'il n'est pas possible d'entrer en matière (cf. supra consid. 1.1.1).
2. Le recourant conteste sa condamnation pour contrainte au sens de l'art. 181 CP.
2.1 Se rend coupable de contrainte au sens de la disposition précitée, celui qui, en usant de violence envers une personne ou en la menaçant d'un dommage sérieux ou en l'entravant de quelque autre manière dans sa liberté d'action, l'aura obligée à faire, à ne pas faire ou à laisser faire un acte.
Il peut y avoir contrainte lorsque l'auteur entrave sa victime "de quelque autre manière" dans sa liberté d'action; cette formule générale doit être interprétée de manière restrictive; n'importe quelle pression de peu d'importance ne suffit pas; il faut que le moyen de contrainte utilisé soit, comme pour la violence ou la menace d'un dommage sérieux, propre à impressionner une personne de sensibilité moyenne et à l'entraver d'une manière substantielle dans sa liberté de décision ou d'action; il s'agit donc de moyens de contrainte qui, par leur intensité et leur effet, sont analogues à ceux qui sont cités expressément par la loi (ATF 134 IV 216 consid. 4.1 p. 218).
La contrainte n'est contraire au droit que si elle est illicite. Tel est notamment le cas lorsqu'un moyen conforme au droit, utilisé pour atteindre un but légitime, constitue, au vu des circonstances, un moyen de pression abusif ou contraire aux moeurs (ATF 134 IV 216 consid. 4.1 p. 218).
Sur le plan subjectif, il faut que l'auteur ait agi avec conscience et volonté, soit au moins qu'il ait accepté l'éventualité que le procédé illicite employé entrave le destinataire dans sa liberté de décision (ATF 120 IV 17 consid. 2c p. 22).
2.2 Se plaignant d'une motivation insuffisante, le recourant reproche à l'autorité cantonale de ne pas avoir examiné la question du lien de causalité entre le moyen de contrainte et le comportement adopté par l'intimé, ni l'aspect intentionnel de l'infraction.
2.2.1 Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu donne notamment à l'intéressé le droit de recevoir une décision suffisamment motivée pour qu'il puisse la comprendre et l'attaquer utilement, s'il le souhaite, et pour que l'autorité de recours soit en mesure, le cas échéant, d'exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, même brièvement, les raisons qui l'ont guidée et sur lesquelles elle a fondé sa décision, de façon que l'intéressé puisse en apprécier la portée et, éventuellement, l'attaquer en connaissance de cause (ATF 122 IV 8 consid. 2c p. 14; 121 I 54 consid. 2c p. 57). Il n'est donc pas nécessaire que les motifs portent sur tous les moyens des parties; ils peuvent être limités aux questions décisives (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445).
2.2.2 En l'espèce, la Chambre pénale a exposé qu'en changeant les serrures de l'appartement de la place des XXII-Cantons, alors que l'intimé était absent, le recourant avait entravé ce dernier dans l'exercice de sa possession, et l'avait conduit, contre son gré, à loger ailleurs. En outre, comme l'intimé avait la maîtrise effective de l'appartement, le recourant ne pouvait pas procéder comme il l'avait fait, sans régler auparavant la situation juridique conformément au droit, ainsi que l'avait d'ailleurs retenu la Cour de justice au terme de la procédure civile intentée par l'intimé.
Ce faisant, l'autorité inférieure a expressément mentionné les raisons pour lesquelles elle considérait que les conditions de la contrainte illicite étaient réunies et a admis implicitement que le lien de causalité entre la contrainte et le comportement de l'intimé et l'aspect subjectif de l'infraction étaient également réalisées. Cette motivation, bien que succincte, était suffisante pour permettre au recourant de comprendre les bases sur lesquelles repose sa condamnation et donc pour l'attaquer utilement. La critique est par conséquent rejetée.
2.3 Le recourant nie qu'il y ait eu une contrainte illicite et se plaint d'une constatation incomplète des faits pertinents dans la mesure où l'arrêt entrepris ne contient aucun élément permettant d'examiner ses intentions.
Dans la mesure où l'argumentation du recourant repose sur des faits nouveaux, celle-ci est irrecevable (cf. supra consid. 1.1.1). Tel est notamment le cas lorsque l'intéressé affirme qu'il croyait l'intimé en fuite, que ce dernier a commis de nombreuses irrégularités et a modifié les serrures de l'appartement à son insu ou encore que de nombreux voisins se sont plaints de son comportement.
Pour le reste, il résulte des constatations cantonales telles qu'exposées ci-dessus (cf. supra consid. 2.2.2), que les conditions objectives de la contrainte sont réalisées. Par ailleurs, en faisant changer les serrures de l'appartement qu'il avait mis à la disposition de l'intimé, alors que ce dernier était absent, le recourant voulait, ou à tout le moins acceptait, que le procédé employé entravât le lésé dans sa liberté de décision. Dans ces circonstances, l'arrêt attaqué ne viole pas le droit fédéral en tant qu'il condamne le recourant pour contrainte au sens de l'art. 181 CP.
2.4 Invoquant une violation de l'art. 17 CP, le recourant se prévaut de l'état de nécessité. Il relève qu'il a cru, de bonne foi, que Y._ avait disparu.
La décision attaquée ne contient aucune constatation de fait relative à une éventuelle fuite ou disparition du prénommé, la Chambre pénale relevant uniquement que les affirmations du recourant selon lesquelles celui-ci ne parvenait pas à entrer en contact avec Y._ ne trouve pas d'assise dans la procédure. Le grief repose ainsi sur des faits nouveaux qui ne résultent aucunement de la procédure, de sorte qu'il n'est pas possible d'entrer en matière (cf. supra consid. 1.1.1).
2.5 Invoquant une violation de l'art. 21 CP, le recourant se prévaut d'une erreur de droit. Il relève qu'il n'était pas conscient de l'illicéité de son comportement.
En l'espèce, il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que le recourant, qui n'établit pas l'avoir fait, se serait plaint en instance cantonale d'une violation de la disposition précitée. De plus, son argumentation relative à l'erreur de droit repose sur des faits nouveaux (cf. supra consid. 1.1.1). Ce grief est par conséquent irrecevable.
3. Se plaignant d'une violation de l'art. 49 CO, le recourant conteste que l'intimé ait subi un tort moral, dès lors qu'il n'a récupéré ses meubles que plusieurs mois après et qu'il disposait en réalité d'un domicile dans le canton d'Argovie et d'une maison à Onex.
Il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que ce grief, qui repose également sur des faits nouveaux, aurait été soulevé devant l'autorité précédente. Du moins cette dernière ne l'a-t-elle pas examiné, sans que le recourant ne s'en plaigne, ni ne prétende et moins encore ne démontre qu'il n'aurait pas pu l'invoquer en vertu du droit cantonal de procédure. Le moyen est donc nouveau et, partant irrecevable, faute d'épuisement des instances cantonales (cf. art. 80 al. 1 LTF).
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de justice (cf. art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 29 mars 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani