Erwägungen:
1. X._ und Y._ erhoben mit Eingabe vom 15. September 2008 (Poststempel) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 7. April 2008. Dieses Urteil wurde am 8. Juli 2008 mittels Gerichtsurkunde dem Vertreter der Steuerpflichtigen, Herrn Urs Vögele, dipl. Ing. agr. HTL/SLT, zugestellt. Unter dem 9. Juli 2008 wurde dessen Empfang bestätigt.
In ihrer Beschwerde geben X._ und Y._ an: "Infolge Gerichtsferien gilt der Entscheid als am 16. August 2008 zugestellt." Ginge es nach den Gerichtsferien des kantonalen Rechts, welche sich u.a. vom 1. Juli bis am 15. August erstrecken (Martin Schade, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, Band 2, Muri/Bern 2004, N 13 zu § 186 StG AG), wäre diese Aussage zutreffend: Weil der letzte Tag der dreissigtägigen Beschwerdefrist von Art. 100 Abs. 1 BGG ein Sonntag war, wäre die am 15. September 2008 der Post aufgegebene Beschwerde rechtzeitig eingereicht. Für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind aber die Gerichtsferien von Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG massgebend, die sich vom 15. Juli bis und mit dem 15. August erstrecken. Damit gehen die fünf Tage vor dem 15. Juli 2008 (10.-14. Juli) auch schon zulasten der Beschwerdefrist. Die - ab dem 15. August 2008 berechnet - gerade noch gewahrte Frist ist unter Berücksichtigung der fünf Tage im Monat Juli nicht mehr eingehalten. Die Eingabe ist demnach verspätet.
2. Auf die Beschwerde ist mithin gestützt auf Art. 48 Abs. 1 BGG im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 109 BGG nicht einzutreten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter