Sachverhalt:
A. Die Politische Gemeinde Bottighofen erteilte der A._ AG am 18. Dezember 2006 die Baubewilligung zur Errichtung einer Wohnüberbauung auf den in der Wohnzone W2 liegenden Parzellen Nrn. 244, 246, 497 und 780 (heute Nrn. 241, 244, 497, 780 und 867). Eine von Y._, Eigentümer eines benachbarten Landwirtschaftsbetriebs, gegen das Bauvorhaben eingereichte Einsprache wies die Gemeinde ab. Das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau wies am 5. Juni 2007 einen gegen die kommunalen Entscheide gerichteten Rekurs von Y._ ab, soweit es darauf eintrat. Das daraufhin von Y._ angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies dessen Beschwerde mit Urteil vom 24. Oktober 2007 ab, soweit es darauf eintreten konnte. Mit Urteil 1C_23/2008 vom 28. Mai 2008 trat das Bundesgericht auf eine gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid gerichtete Beschwerde nicht ein.
B. Im Juli 2009 reichte die Bauherrschaft (neu: X._ AG) ein weiteres Baugesuch für ein geändertes Bauvorhaben ein, gegen welches Y._ erneut Einsprache erhob. Nach Beginn der Bauarbeiten im Herbst 2009 ersuchte Y._ um einen Baustopp, den die Gemeinde Bottighofen verweigerte. Gegen diese Verweigerung eines Baustopps beim Departement für Bau und Umwelt und beim Verwaltungsgericht erhobene Rechtsmittel blieben erfolglos.
Am 18. Dezember 2009 bewilligte die Gemeinde Bottighofen das geänderte Vorhaben und wies gleichzeitig die Einsprache von Y._ ab. Im Rahmen eines von Y._ gegen den Entscheid der Gemeinde erhobenen Rekurses erliess das Departement für Bau und Umwelt am 24. Juni 2010 einen partiellen Baustopp. Mit Entscheid vom 6. September 2010 hiess das Departement für Bau und Umwelt den Rekurs teilweise gut. Es hob die Baubewilligung vom 18. Dezember 2009 auf und wies die Streitsache zur Sachverhaltsergänzung und zum Neuentscheid an die Politische Gemeinde Bottighofen zurück.
Mit Beschwerde gegen diesen Entscheid an das Verwaltungsgericht verlangte Y._ insbesondere die Durchführung eines neuen Bewilligungsverfahrens über das gesamte Bauvorhaben. Das Verwaltungsgericht hiess diese Beschwerde mit Urteil vom 2. März 2011 gut, soweit es darauf eintrat und hob den Rekursentscheid des Departements für Bau und Umwelt vom 6. September 2010 und die Baubewilligung der Gemeinde Bottighofen vom 18. Dezember 2009 auf. Es wies die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen an die Politische Gemeinde Bottighofen zur Durchführung eines neuen Baubewilligungsverfahrens zurück. Aus den Erwägungen des Verwaltungsgerichts ergibt sich, dass die Bauherrschaft derart erhebliche Änderungen des 2006 bewilligten Projekts anstrebe, dass sich eine gesamthafte Überprüfung des ganzen Vorhabens inklusive der bereits erstellten Projektteile aufdränge. Die Bauherrschaft müsse für das gesamte Vorhaben aktuelle und vollständige Baugesuchsunterlagen einreichen, und die Gemeinde habe darüber ein ordentliches Baubewilligungsverfahren mit öffentlicher Auflage durchzuführen.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. April 2011 beantragt die X._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 2. März 2011 sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass das Baubewilligungsverfahren gemäss erteilter Baubewilligung vom 18. Dezember 2009 sowie die entsprechenden Rechtsmittelverfahren gegenstandslos seien. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen mit der Auflage, dass kein neues Bewilligungsverfahren über die gesamte Überbauung durchzuführen sei.
Zur Begründung führt die Beschwerdeführerin aus, sie habe ihr Projektänderungsgesuch aus dem Jahr 2009 mit schriftlicher Mitteilung an die Gemeinde Bottighofen vom 8. April 2011 zurückgezogen. Die diesbezüglichen Rechtsmittelverfahren seien somit gegenstandslos und es bestehe kein Grund, das gesamte Bauvorhaben einem neuen Baubewilligungsverfahren zu unterwerfen.
D. Das Verwaltungsgericht beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Das Departement für Bau und Umwelt und Y._ stellen den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Bottighofen verlangt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei wegen Rückzugs des Projektänderungsgesuchs durch die Bauherrschaft aufzuheben und die Sache sei an die Vorinstanz zur Neubeurteilung bezüglich der am 14. Dezember 2006 bewilligten Bauten zurückzuweisen. In ihrer Replik vom 6. Juli 2011 hält die Beschwerdeführerin an der Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der Beschwerden von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 135 II 30 E. 1).
1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 82 lit. a i.V.m. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über ein Baugesuch und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund (BGE 135 II 30 E. 1.1).
1.2 Mit dem angefochtenen Entscheid wird die Baubewilligung vom 18. Dezember 2009 aufgehoben und die Angelegenheit an die Gemeinde zur Durchführung eines neuen Baubewilligungsverfahrens über das gesamte Vorhaben zurückgewiesen. Mit diesem Entscheid wird das Verfahren nicht abgeschlossen. Es liegt somit kein Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG, sondern ein Zwischenentscheid (Art. 93 BGG) vor.
1.2.1 Gegen selbstständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (BGE 135 I 261 E. 1.2; 134 III 188 E. 2.2; 133 III 629 E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keine Rechte verlieren, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbstständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG; BGE 133 IV 288 E. 3.2). Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer, detailliert darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist (vgl. dazu BGE 134 III 426 E. 1.2 in fine; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2).
1.2.2 Die Beschwerdeführerin setzt sich mit den Voraussetzungen von Art. 93 BGG nicht auseinander und zeigt nicht auf, inwiefern die gesetzlichen Voraussetzungen für die Anfechtung des Zwischenentscheids gegeben sind. Deren Vorliegen ist denn auch nicht offensichtlich, weshalb auf die Beschwerde bereits aus diesem Grund nicht eingetreten werden kann.
1.3 Soweit sich die Beschwerdeführerin auf die Gegenstandslosigkeit des Verfahrens der Projektänderung beruft, ist zu beachten, dass für das bundesgerichtliche Verfahren grundsätzlich der Sachverhalt massgebend ist, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Neue Begehren sind unzulässig (Art. 99 BGG).
Die Beschwerdeführerin legt dar, sie habe das Gesuch um Projektänderung aus dem Jahr 2009 am 8. April 2011 zurückgezogen, weshalb nun die Gegenstandslosigkeit der diesbezüglichen Baubewilligung und Rechtsmittelentscheide festzustellen sei. Damit hat die Beschwerdeführerin den Sachverhalt und den Streitgegenstand nach Kenntnis des angefochtenen Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 2. März 2011 aus eigener Initiative massgeblich verändert. Welchen Einfluss der Verzicht auf die Projektänderung auf das gesamte Bauvorhaben hat, hat nicht das Bundesgericht als erste und einzige Instanz zu beurteilen. Das bundesgerichtliche Verfahren wird durch den Rückzug des Projektänderungsgesuchs vor Einreichung der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auch nicht gegenstandslos, da der Grund für die behauptete Gegenstandslosigkeit bereits vor Einreichung der Beschwerde beim Bundesgericht eintrat (vgl. Art. 72 BZP i.V.m. Art. 71 BGG). Die Beschwerdeführerin beruft sich diesbezüglich zu Unrecht auf das Urteil des Bundesgerichts 1C_300/2008 vom 26. Oktober 2009, in welchem eine Beschwerde wegen Rückzugs eines Baugesuchs während des bundesgerichtlichen Verfahrens als gegenstandslos abgeschrieben wurde.
1.4 Mit dem Rückzug des Gesuchs für die Projektänderung hat die Beschwerdeführerin den vom Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid beurteilten Sachverhalt derart verändert, dass ein Rechtsschutzinteresse an der Überprüfung des Urteils des Verwaltungsgerichts, welches den Einfluss des Projektänderungsgesuchs auf das gesamte Baubewilligungsverfahren zum Gegenstand hatte, verneint werden muss. Es besteht eine neue tatsächliche Situation, welche zunächst von den zuständigen Behörden beurteilt werden muss. Namentlich wird zu prüfen sein, inwieweit gestützt auf die Baubewilligung vom 18. Dezember 2009, auf welche die Beschwerdeführerin nun nachträglich verzichtet, bauliche Vorkehren getroffen wurden, die von der Baubewilligung vom 18. Dezember 2006 abweichen. Sollten diesbezüglich baubewilligungspflichtige Projektanpassungen nötig sein, wie dies das Departement für Bau und Umwelt in seiner Stellungnahme an das Bundesgericht ausführt, so wäre die Bauherrschaft verpflichtet, bei der Baubehörde ein entsprechendes nachträgliches Baugesuch einzureichen.
2. Es ergibt sich, dass auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann. Die Baubehörde der Gemeinde Bottighofen wird die nach dem Rückzug des Projektänderungsgesuchs vorliegende neue tatsächliche Situation zu beurteilen und das einzuschlagende Verfahren zu bestimmen haben.
Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat den privaten Beschwerdegegner angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Den in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegenden Behörden ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Bottighofen, dem Departement für Bau und Umwelt sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Haag