Faits:
A. X._, domicilié à A._, exerce une activité salariée d'expert-comptable auprès d'une étude d'avocats à Genève. Il séjourne la semaine à B._ où il loue une chambre et rentre régulièrement en Valais en fin de semaine.
Dans sa déclaration d'impôt datée du 31 juillet 2005, X._ a fait valoir en déduction, à titre de dépenses professionnelles, notamment 4'758 fr. pour les trajets hebdomadaires en voiture entre B._ et A._ ainsi que 12'733 fr. pour les trajets quotidiens en voiture entre B._ et Genève.
Dans sa taxation, la Commission d'impôt de district pour la commune de A._ a admis en déduction 2'900 fr. pour l'abonnement général et 5'434 fr. pour les trajets journaliers en voiture entre B._ et C._ (gare la plus proche).
A l'encontre de cette décision, X._ a formé une réclamation qui a été rejetée par prononcé du 21 avril 2006.
X._ a déféré cette décision à la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours).
Par décision du 26 mars 2008, la Commission de recours a partiellement admis le recours sur le point des frais professionnels, en admettant une déduction supplémentaire de 1'200 fr. à titre de coût d'une place de parc près de la gare de C._. De son point de vue, en effet, "le principe de l'utilisation d'un véhicule automobile en semaine pour les trajets entre B._ et C._ étant reconnu, doivent logiquement être admis tous les frais en relation avec cette utilisation". Au nombre de ces frais figurerait le loyer d'une place de parc à proximité de la gare en question, loyer que la Commission de recours a estimé à 1'200 fr. par année "selon les données de l'expérience".
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé et des droits de timbre (ci-après: l'Administration fédérale ou la recourante) demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler la décision du 26 mars 2008 en tant qu'elle admet, pour l'impôt fédéral direct, une déduction supplémentaire de 1'200 fr. pour le loyer d'une place de parc et de confirmer sur ce point la décision de la Commission de district du 21 avril 2006.
La Commission de recours renonce à prendre position. Le Service cantonal des contributions du canton du Valais propose d'admettre le recours. L'intimé n'a pas produit de détermination.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 lettre d LTF et art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [RS/VS 642.1]).
En vertu de l'art. 5 de l'ordonnance du 11 décembre 2000 sur l'organisation du Département fédéral des finances (Org DFF; RS 172.215.1), l'Administration fédérale des contributions a qualité pour recourir en matière d'impôt fédéral direct (cf. art. 89 al. 2 lettre a LTF).
Déposé dans le délai (cf. art. 100 al. 1 LTF) et la forme (cf. art. 42 LTF) prévus par la loi et ne tombant sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83 LTF, le recours est en principe recevable.
2. En vertu de l'art. 26 al. 1 lettre a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), celui qui exerce une activité lucrative dépendante peut déduire, à titre de frais professionnels, les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail. L'art. 26 al. 2 LIFD précise que ces frais de déplacement sont estimés forfaitairement, mais que le contribuable peut justifier des frais plus élevés.
La réglementation de détail est contenue dans l'ordonnance du Département fédéral des finances du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct (RS 642.118.1; ci-après: l'ordonnance).
Intitulé "Séjour hors du domicile", l'art. 9 de l'ordonnance dispose que le contribuable qui, pendant les jours de travail, séjourne là où il travaille et qui doit par conséquent y passer la nuit, mais qui, les jours fériés, regagne régulièrement son domicile fiscal, peut déduire le surplus de dépenses résultant de son séjour hors du lieu de domicile (al. 1). Au titre des frais nécessaires de déplacement, le contribuable peut déduire les dépenses résultant du retour régulier au domicile fiscal ainsi que les frais nécessités au lieu de séjour par le déplacement entre le logement et le lieu de travail, conformément à l'article 5.
Intitulé "Frais de déplacement", l'art. 5 de l'ordonnance prévoit qu'au titre des frais nécessaires de déplacement entre le domicile et le lieu de travail, le contribuable qui utilise les transports publics peut déduire ses dépenses effectives (al. 1). En cas d'utilisation d'un véhicule privé, il peut déduire les dépenses qu'il aurait eues en utilisant les transports publics (al. 2). S'il n'existe pas de transports publics ou si l'on ne peut raisonnablement exiger du contribuable qu'il les utilise, ce dernier peut déduire les frais d'utilisation d'un véhicule privé d'après les forfaits de l'art. 3; la justification de frais plus élevés, conformément à l'art. 4 de l'ordonnance, est réservée (al. 3).
En vertu de l'art. 3 de l'ordonnance, le Département fédéral des finances fixe les déductions forfaitaires pour chaque année de calcul et les publie dans un appendice joint à l'ordonnance. Pour la période fiscale 2004, la déduction forfaitaire pour les frais de déplacement avec une voiture privée s'élevait à 65 ct. par kilomètre parcouru (appendice dans sa teneur modifiée par l'ordonnance du 21 août 2003; RO 2003 p. 3309). Ce montant forfaitaire comprend les frais fixes annuels, dont le loyer du garage ou d'une place de parc, estimé à 1'200 fr. par année (cf. mémoire de recours, p. 4 et le tableau produit comme pièce jointe no 6; cf. aussi arrêt 2A.262/2006 du 6 novembre 2006, RDAF 2006 II p. 430, StE 2007 B 23.45.2 no 7, consid. 6.3).
Sous le titre "Justification des frais excédant les déductions forfaitaires", l'art. 4 de l'ordonnance dispose que si, au lieu de la déduction forfaitaire mentionnée notamment à l'art. 5 al. 3 de l'ordonnance, le contribuable fait valoir des frais plus élevés, il doit justifier la totalité des dépenses effectives ainsi que leur nécessité sur le plan professionnel.
3. En l'occurrence, l'autorité précédente a admis en déduction les frais - estimés forfaitairement - d'utilisation durant la semaine d'un véhicule privé entre le lieu de séjour (B._) et la gare la plus proche (C._). La recourante relève que l'intimé pourrait utiliser les transports publics pour ce déplacement. Elle renonce toutefois à remettre en cause dans son principe l'utilisation d'un véhicule privé pour ce trajet, en considérant qu'il s'agit là d'une question relevant du "pouvoir d'appréciation" de l'autorité précédente. Cette question ne fait donc pas partie de l'objet du litige - le Tribunal de céans ne pouvant aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Seule est donc en cause la déduction supplémentaire de 1'200 fr. accordée par l'autorité précédente au titre du loyer pour la place de parc louée à proximité de la gare de C._.
Au titre des frais d'utilisation d'un véhicule privé, l'art. 5 al. 3 de l'ordonnance autorise seulement - sous réserve de la justification de frais effectifs plus élevés - la déduction du forfait prévu à l'art. 3 de l'ordonnance. Il n'y a donc en principe pas lieu d'admettre en déduction d'autres montants (forfaitaires) à ce titre. Dans le cas particulier, cela vaut d'autant plus que le forfait de 65 ct par kilomètre intègre déjà le loyer d'une place de parc. Dans la mesure où elle admet, en plus de ce montant forfaitaire, une déduction de 1'200 fr. à titre de loyer d'une place de parc à proximité de la gare de C._, la décision entreprise contrevient donc aux art. 3 et 5 al. 3 de l'ordonnance et doit être annulée.
4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de la décision attaquée en tant qu'elle admet en déduction, pour l'impôt fédéral direct, 1'200 fr. à titre de loyer pour une place de parc. La cause est renvoyée à la Commission d'impôt de district pour nouveau calcul dans le sens des considérants.
Succombant, l'intimé doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), même s'il n'a pas déposé d'observations devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 123 V 156 consid. 3b p. 158, jurisprudence rendue sous l'empire de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 [OJ; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006], mais confirmée sous l'angle de la loi sur le Tribunal fédéral [cf. arrêt 5A_697/2007 du 3 juillet 2008, consid. 3]).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. En tant qu'elle admet en déduction, pour l'impôt fédéral direct, 1'200 fr. à titre de loyer pour une place de parc, la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 26 mars 2008 est annulée.
2. La cause est renvoyée à la Commission d'impôt de district pour nouveau calcul dans le sens des considérants.
3. Des frais judiciaires de 800 fr. sont mis à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission d'impôt de district pour la commune de A._ et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais.
Lausanne, le 24 octobre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Vianin