Erwägungen:
1.
1.1. Mit Urteil vom 26. Juni 2014 ist das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau auf eine Beschwerde der X._ SA betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2005 sowie 2006 mangels schutzwürdigen Interesses bzw. wegen eines fehlenden Feststellungsinteresses nicht eingetreten.
1.2. Am 1. September 2014 hat die X._ SA Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt im Wesentlichen, das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben.
1.3. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
2.
2.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid betreffend die direkten Steuern des Kantons. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 ff. des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf das grundsätzlich form- und fristgerecht eingereichte Rechtsmittel der gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführerin ist - unter dem folgenden wesentlichen Vorbehalt (vgl. unten E. 2.2) - einzutreten.
2.2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2.2.1. Unerlässlich ist u.a., dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin Bundesrecht verletzt wird. Die Beschwerdeschrift soll vor Bundesgericht z.B. nicht bloss die Rechtsstandpunkte und Argumente wiederholen, wie sie im kantonalen Verfahren vorgebracht worden sind, sondern muss sich konkret und spezifisch mit den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.; 121 III 397 E. 2a S. 400; 116 II 745 E. 3 S. 749).
2.2.2. Eine den gesetzlichen Anforderungen genügende Begründung liegt hier nur sehr teilweise vor. Der grösste Teil der Beschwerdeschrift gibt die Auffassung der Beschwerdeführerin hinsichtlich der für die Veranlagungen 2005 und 2006 massgeblichen materiellrechtlichen Probleme wieder und setzt sich überhaupt nicht mit dem vorinstanzlichen Nichteintretensentscheid auseinander. Insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
3.
3.1. Das Verwaltungsgericht verneint ein schutzwürdiges Interesse der Beschwerdeführerin auf Höherveranlagung; ein solches Interesse sei nur ausnahmsweise gegeben, nicht aber unter den hier zu beurteilenden Umständen (vgl. E. 2.1 des angefochtenen Urteils). Genauso wenig bestehe ein Feststellungsinteresse in Bezug auf einen Verlustvortrag.
3.2. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin vor, die von ihr in den Jahren 2005 und 2006 gewährten Darlehenserhöhungen seien nicht als simuliert einzustufen; sie seien keine geldwerten Leistungen an den Darlehensempfänger, welche das Kapital der Kreditgeberin dementsprechend mindern würden. Werde ihr Kapital nicht nach oben korrigiert, so erwachse ihr eine Schadenersatzpflicht gegenüber dem Darlehensempfänger wegen höherer Einkommensbesteuerung; zudem wären zusätzliche AHV-Beiträge zu leisten; unter Umständen müsste sogar der Kauf von Aktien einer anderen Gesellschaft rückabgewickelt werden.
Die Einkommensbesteuerung des Darlehensempfängers wird jedoch nicht durch die Veranlagung der Beschwerdeführerin präjudiziert; vielmehr kann der Darlehensempfänger bei seiner Veranlagung und allenfalls mit Beschwerde gegen diese geltend machen, das Darlehen sei nicht simuliert und stelle keine geldwerte Leistung dar. Ebenso wenig wird in diesem Verfahren über die AHV-Beitragspflicht entschieden. Wenn schliesslich das Verwaltungsgericht die Prüfung unterlässt, ob es sich tatsächlich um eine geldwerte Leistung handelt, wird damit die Beschwerdeführerin nicht verpflichtet, die Übernahme von Aktien einer anderen Gesellschaft vom Darlehensempfänger bzw. dessen Ehefrau zur Darlehenstilgung rückabzuwickeln. Auch daraus folgt kein schutzwürdiges Interesse, die Veranlagung anzufechten.
3.3. Mit den Ausführungen des Verwaltungsgerichts zur Frage, ob hinsichtlich eines Verlustvortrags ein Feststellungsinteresse bestehe (vgl. E. 2.2 des angefochtenen Urteils), setzt sich die Beschwerdeführerin überhaupt nicht auseinander (vgl. oben E. 2.2). Es erübrigt sich also, darauf näher einzugehen. Die genannten Ausführungen stimmen im übrigen mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung überein.
3.4. Inwiefern der Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör verletzen oder gegen den Treu- und Glaubensschutz verstossen würde, ist nicht erkennbar.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Oktober 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter