Fatti:
A. Il 24 febbraio 1998, nell'ambito di un'operazione di risanamento, l'impresa svizzera A._AG (con sede prima a Mels e ora a Bissone) e la società italiana C._S.p.A., debitrice della prima di fr. 30'000'000.-- circa, hanno stipulato una convenzione con il consorzio delle banche creditrici, tra le quali vi era B._AG. La convenzione regolava non solo i rapporti delle banche consorziate con le due società ma anche la relazione particolare esistente tra A._AG e B._AG; quest'ultima aveva infatti concesso all'impresa svizzera un mutuo ipotecario garantito da una cartella ipotecaria in primo rango di fr. 17'500'000.-- e da un'ipoteca in secondo rango di fr. 2'500'000.--, gravanti cinque fondi di proprietà di A._AG nel Comune di Mels.
Nell'accordo appena menzionato C._S.p.A. s'impegnava a pagare al consorzio fr. 5'000'000.-- in quattro rate, da computarsi sul debito di A._AG, la quale autorizzava altresì le banche a vendere gli attivi, elencati separatamente, entro il 31 marzo 2000; dopo questa data il consorzio avrebbe avuto tre mesi di tempo per decidere se acquisire la proprietà dei beni oppure portarli all'asta, ritenuto che il diritto di realizzarli sarebbe decaduto il 31 dicembre 2000. Dal canto loro, le banche rinunciavano a tutti i crediti che sarebbero sussistiti dopo la fase di vendita, a condizione che l'accordo fosse stato rispettato e che C._S.p.A. avesse fatto fronte tempestivamente ai propri impegni di pagamento. In particolare, B._AG rinunciava all'importo del credito ipotecario che sarebbe rimasto scoperto dopo l'alienazione dei pegni; un'eventuale eccedenza sarebbe invece andata a favore del consorzio.
B. B.a Asseverando che il termine per la realizzazione degli attivi era trascorso e che le condizioni stabilite per la rinuncia dei crediti da parte del consorzio e di B._AG erano state adempiute, il 10 settembre 2001 A._AG ha promosso davanti al Tribunale commerciale del Canton San Gallo un'azione volta all'accertamento dell'inesistenza dei debiti nei confronti di B._AG derivanti dalla cartella ipotecaria e dall'ipoteca, delle quali ha peraltro chiesto la restituzione rispettivamente la cancellazione.
L'azione è stata respinta il 24 novembre 2003 siccome prematura (zur Zeit abgewiesen), non essendo ancora intervenuta l'alienazione dei pegni prevista nella convenzione. Contro questa decisione A._AG si è aggravata sino al Tribunale federale, senza successo (cfr. sentenza 4C.108/2004 del 29 agosto 2005).
B.b Parallelamente a quella appena descritta, il 22 marzo 2004 A._AG ha promosso una seconda causa davanti al Tribunale commerciale del Canton San Gallo, chiedendo, in via principale, di accertare che la procedura avviata il 10 settembre 2001 costituiva un'azione di disconoscimento giusta l'art. 83 cpv. 2 LEF, riferita al rigetto provvisorio dell'opposizione al precetto esecutivo fattole nel frattempo notificare da B._AG per fr. 17'500'000.--, e, subordinatamente, di disconoscere tale debito. Questa causa è poi stata ritirata il 18 ottobre 2005.
B.c Gli immobili gravati da pegno sono stati per finire realizzati dall'Ufficio di esecuzione di Mels il 15 giugno 2007, con un ricavo netto di fr. 9'862'133.65.
Per la somma scoperta di fr. 16'429'738.67 è stato rilasciato un attestato d'insufficienza di pegno a favore di B._AG, la quale poche settimane dopo ha chiesto il proseguimento della procedura esecutiva. Si è così giunti alla comminatoria di fallimento notificata a A._AG il 2 novembre 2007 dall'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Mendrisio, all'origine dell'attuale vertenza.
C. Richiamandosi all'art. 85a cpv. 1 LEF il 26 novembre 2007 A._AG ha adito la Pretura del Distretto di Lugano onde ottenere l'accertamento dell'inesistenza del debito nei confronti di B._AG e l'annullamento dell'esecuzione; in via cautelare ha chiesto di sospendere provvisoriamente la procedura esecutiva, giusta l'art. 85a cpv. 2 n. 2 LEF. Dinanzi all'autorità giudiziaria ticinese A._AG ha in sostanza riproposto le argomentazioni già fatte valere davanti al Tribunale commerciale del Canton San Gallo, rilevando che gli immobili erano stati nel frattempo realizzati, per cui era venuto a cadere il motivo che aveva indotto quell'autorità a giudicare l'azione prematura. B._AG si è opposta all'azione.
Il Pretore si è pronunciato sulla domanda cautelare il 27 marzo 2008, respingendola. L'impugnativa presentata dalla soccombente contro il decreto pretorile è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino con sentenza del 2 febbraio 2009.
D. Il 9 marzo 2009 A._AG è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, in via principale, la modifica della sentenza cantonale nel senso dell'accoglimento del suo appello e, di conseguenza, della sospensione provvisoria dell'esecuzione; in via subordinata ha postulato il semplice annullamento della pronunzia impugnata.
Nella risposta del 19 maggio 2009 B._AG ha proposto di dichiarare il ricorso irricevibile, in subordine di respingerlo.
Ambedue le parti hanno inoltrato un ulteriore allegato nel quale hanno in sostanza confermato le rispettive posizioni, mentre la Corte cantonale non si è determinata.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 Ill 1 consid. 1.1 pag. 3).
1.1 La decisione con la quale il giudice rifiuta la sospensione della procedura esecutiva secondo l'art. 85a cpv. 2 LEF è incidentale. Come pertinentemente affermato dalla ricorrente, essa può essere impugnata subito in forza dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, perché è suscettibile di causarle un pregiudizio irreparabile (sentenza 4D_68/2008 del 28 luglio 2008 consid. 1.1; sentenza 5P.69/2003 del 4 aprile 2003 consid. 4.1.2).
L'obiezione dell'opponente, secondo cui nel ricorso tale pregiudizio non sarebbe sostanziato né provato, non è fondata: d'un canto la ricorrente ha sostenuto più volte, nel suo allegato, che il proseguimento dell'esecuzione la condurrebbe inevitabilmente al fallimento; dall'altro proprio questo rischio evidenzia che è la natura stessa della decisione impugnata a comportare, se eseguita, un danno irreparabile, al quale la sentenza finale non potrebbe più porre rimedio (sentenza 5P.20/2005 del 12 maggio 2005 consid. 1.2 con rinvii).
1.2 Per il resto il ricorso, interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro la decisione dell'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), è di principio ricevibile.
2. La sospensione dell'esecuzione disposta dall'art. 85a cpv. 2 LEF è una misura cautelare nel senso dell'art. 98 LTF (sentenza 5A_712/2008 del 2 dicembre 2008 consid. 1.5; DTF 125 Ill 440 consid. 2c); l'opponente ha pertanto ragione laddove osserva che, in tal caso, motivo di ricorso può essere soltanto la violazione di diritti costituzionali.
2.1 Il Tribunale federale esamina queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.2), il cui campo di applicazione corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali: valgono pertanto le regole di motivazione che poneva l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (DTF 133 Ill 638 consid. 2). Ne discende che l'allegato ricorsuale deve indicare chiaramente i diritti che si pretendono violati e precisare altresì in che consista tale violazione (DTF 134 I 83 consid. 3.2 pag. 88 con rinvii); critiche appellatorie non sono ammissibili. In particolare, qualora sia lamentata la violazione del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.), non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata opponendovi semplicemente la propria opinione, come in una procedura d'appello, ma occorre dimostrare che essa è manifestamente insostenibile con un'argomentazione chiara e dettagliata (DTF 134 II 244 consid. 2.2).
2.2 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti effettuato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF).
Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (DTF 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF.
Nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere addotti soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF; cfr. DTF 133 III 393 consid. 3).
3. Nella prima parte della pronunzia qui contestata, il Tribunale di appello ha respinto l'eccezione di cosa giudicata riferita alle due azioni promosse dalla ricorrente davanti al Tribunale commerciale del Canton San Gallo, poiché in Ticino essa ha fatto valere un novum, ossia la rinuncia al credito da parte dell'opponente dopo la realizzazione degli immobili. In seguito, ammesso che secondo il senso oggettivo del contratto tale rinuncia sarebbe intervenuta in caso di vendita sia privata sia ai pubblici incanti, la Corte ticinese ha stabilito ch'essa presupponeva tuttavia l'adempimento delle medesime condizioni alle quali era subordinata la rinuncia delle banche consorziate al credito di ristrutturazione, segnatamente l'adempimento tempestivo degli impegni assunti da C._S.p.A., che non si è verificato. Infine, l'autorità cantonale ha negato di poter imputare all'opponente un abuso di diritto.
Sulla base di queste considerazioni, i giudici cantonali hanno concluso che le possibilità di successo della ricorrente con l'azione di merito non appaiono evidentemente maggiori di quelle della controparte, per cui i requisiti per la sospensione dell'esecuzione secondo l'art. 85a cpv. 2 n. 2 LEF non sono adempiuti.
4. Nell'allegato introdotto al Tribunale federale la ricorrente chiede preliminarmente la rettifica dell'accertamento di fatto secondo cui A._AG sarebbe "partecipata al 100% da C._S.p.A.", a suo dire manifestamente inesatto, perché quest'ultima avrebbe alienato le azioni nel 1997.
La censura si rivela d'acchito inammissibile, poiché la ricorrente non spiega l'influenza determinante che l'eliminazione del vizio potrebbe avere sull'esito del procedimento (cfr. consid. 2.2).
5. A norma dell'art. 85a cpv. 2 n. 2 LEF il giudice, sentite le parti e esaminati i documenti, può sospendere provvisoriamente l'esecuzione, dopo la notificazione della comminatoria di fallimento, se ritiene che la domanda volta all'accertamento dell'inesistenza del debito sia molto verosimilmente fondata (très vraisemblablement fondée, sehr wahrscheinlich begründet).
A mente della ricorrente, il Tribunale di appello avrebbe usato un metro di giudizio troppo severo nell'applicazione di questa norma, ciò che lo avrebbe portato a commettere un diniego di giustizia (art. 29 e 29a Cost.) e a cadere nell'arbitrio (art. 9 Cost.). L'apprezzamento dei giudici cantonali - spiega la ricorrente - avrebbe dovuto piuttosto essere guidato dalle circostanze concrete e considerare, in particolare, che il titolo sul quale è fondata l'esecuzione in corso, ossia la sentenza 24 novembre 2003 del Tribunale di Mels (recte: del Tribunale commerciale del Canton San Gallo), riservava espressamente il fatto nuovo dell'alienazione successiva dei fondi.
5.1 L'ammissibilità di questa censura sotto il profilo della motivazione è dubbia, dal momento che la ricorrente si limita a esporre il proprio punto di vista in modo informale, senza premurarsi di motivare in modo specifico la lesione dei suoi diritti costituzionali (cfr. consid. 2.1); la semplice conclusione secondo cui la sentenza cantonale è "costitutiva di un diniego di giustizia (art. 29 e 29a Cost.) e risulta arbitraria tanto nella motivazione quanto nel risultato (art. 9 Cost.)" parrebbe dunque non essere sufficiente.
Si può nondimeno concedere che la ricorrente, in sostanza, rimprovera all'autorità ticinese di avere interpretato in modo arbitrario la nozione di "domanda molto verosimilmente fondata" contenuta nell'art. 85a cpv. 2 n. 2 LEF.
5.2 La sentenza impugnata riporta che una domanda è "molto verosimilmente fondata" quando le possibilità di successo del debitore appaiono evidentemente maggiori di quelle del creditore. Questa interpretazione è conforme alla dottrina e alla giurisprudenza federale (sentenza 4D_68/2008 del 28 luglio 2008, consid. 2; AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8a ed., 2008, § 20 n. 25 pag. 169). Se la domanda appare invece manifestamente infondata o palesa scopi dilatori, la sospensione non può essere concessa (sentenza 5P.69/2003 del 4 aprile 2003 consid. 5.3.1).
Trattandosi di un rimedio estremo, il debitore deve contare su di un esame rigoroso dei requisiti posti dalla norma federale (JAEGER/ WALDER,/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4a ed., 1997, n. 22 ad art. 85a).
5.3 Essendo questi i dettami di prassi e dottrina, la Corte cantonale non è certamente caduta nell'arbitrio esaminando con severità l'adempimento delle condizioni che avrebbero potuto giustificare la sospensione della procedura esecutiva. Quanto al titolo dell'esecuzione, la ricorrente dimentica ch'esso è costituito dall'attestato d'insufficienza di pegno del 27 settembre 2007 dell'Ufficio di esecuzione di Mels e non dalla sentenza 24 novembre 2003 del Tribunale commerciale del Canton San Gallo.
Su questo punto il ricorso si avvera pertanto infondato.
6. Nella parte centrale del proprio gravame la ricorrente si propone di dimostrare che i giudici ticinesi hanno sbagliato considerando che ai rapporti con l'opponente si applicassero le condizioni pattuite per la rinuncia delle banche consorziate al credito di ristrutturazione; in particolare contesta che la rinuncia al credito ipotecario fosse subordinata all'adempimento tempestivo degli impegni di pagamento da parte di C._S.p.A.
6.1 L'unica censura di carattere costituzionale espressa correttamente attiene al diniego di giustizia formale. La ricorrente sostiene che la Corte ticinese l'avrebbe commesso laddove, invece di motivare autonomamente la propria decisione, ha rinviato alle sentenze del Tribunale di commercio del Canton San Gallo e del Tribunale federale, che non possono avere forza di cosa giudicata. In effetti al consid. 4.3.1 i giudici ticinesi hanno rinviato sia alla decisione 24 novembre 2003 del Tribunale commerciale del Canton San Gallo sia alla sentenza 29 agosto 2005 della I Corte civile del Tribunale federale.
6.1.1 Il diritto di essere sentito garantito dall'art. 29 cpv. 2 Cost. - che pone regole minime e sussidiarie rispetto al diritto cantonale, valide anche nelle procedure cautelari (DTF 134 I 83 consid. 4.1 pag. 88) - include il diritto di ricevere un giudizio motivato. Esso esige che la motivazione di una decisione sia formulata in modo tale da permettere alle parti di impugnarla con cognizione di causa. Una motivazione può essere ritenuta sufficiente quando l'autorità menziona, almeno brevemente, i motivi che l'hanno indotta a decidere in un senso piuttosto che nell'altro e pone quindi l'interessato nella condizione di rendersi conto della portata del giudizio e delle eventuali possibilità di impugnazione. L'autorità non deve tuttavia pronunciarsi su tutti gli argomenti sottopostile; è sufficiente che si occupi solo delle circostanze rilevanti per il giudizio (DTF 134 I 83 consid. 4.1 pag. 88 con rinvii).
La garanzia costituzionale non impone nemmeno che la motivazione scritta ed esauriente sia contenuta nella decisione medesima; l'istanza superiore può motivare la propria decisione tramite il rinvio ad altri documenti del procedimento, segnatamente alla decisione dell'istanza inferiore, a condizione che con l'impugnativa non siano stati sollevati temi importanti con i quali tale decisione non si era confrontata, suscettibili di metterla in discussione (DTF 123 I 31 consid. 2c, 111 la 2 consid. 4a; sentenza 5P.373/2005 del 31 maggio 2006 consid. 2.3.3).
6.1.2 Nel caso in esame va anzitutto rilevato che la Corte cantonale, contrariamente a quanto parrebbe ritenere la ricorrente, non ha attribuito forza di cosa giudicata alle sentenze del Tribunale commerciale del Canton San Gallo e del Tribunale federale: ha soltanto rinviato alle loro motivazioni, facendole sue.
Ha peraltro indicato in modo preciso i passaggi recepiti: d'un canto i capitoli 3c, 3e/aa, 3e/dd nonché 3f della decisione sangallese; dall'altro il considerando 4 della sentenza federale. In tali passaggi era stata affrontata e respinta la tesi principale della ricorrente, secondo cui le condizioni stabilite per la rinuncia al credito ipotecario dell'opponente sarebbero indipendenti da quelle pattuite per la rinuncia al credito di ristrutturazione del consorzio: autorità cantonale e federale hanno spiegato che la parificazione delle condizioni è suffragata dalla sistematica e dal tenore letterale degli accordi.
6.1.3 La ricorrente afferma che con il rinvio ad altre decisioni il Tribunale di appello si sarebbe precluso la possibilità di esaminare gli argomenti specifici addotti nella procedura ticinese. Non indica tuttavia quali siano le allegazioni dimenticate (cfr. sentenza 1P.69/2004 del 7 aprile 2004 consid. 1.1.4). L'unico accenno in questo senso è che l'autorità cantonale avrebbe omesso di esaminare che "già sin dai primi accordi tendenti a sistemare la situazione debitoria della ricorrente, il debito ipotecario è stato esplicitamente escluso dalle pattuizioni fra il consorzio di banche, da una parte, e A._AG, dall'altra parte".
Ora, sebbene non sia stato trattato espressamente, questo argomento va di pari passo con la sistematica e il testo degli accordi, il cui esame - motivato - è stato determinante per il giudizio di entrambe le istanze precedenti in merito alla relazione esistente fra credito ipotecario e credito di ristrutturazione.
6.1.4 Ne viene che la censura di violazione del diritto di essere sentiti è infondata, perché la ricorrente è stata informata, in modo compatibile con l'art. 29 cpv. 2 Cost., sulle ragioni decisive poste a fondamento della sentenza cantonale, così da permetterle d'impugnarla con conoscenza di causa. Nel gravame non sono invocate norme del diritto cantonale che potrebbero imporre esigenze di motivazione più severe.
6.2 Nel merito la lunga dissertazione non sostanzia affatto la violazione di diritti costituzionali, ad esempio dell'art. 9 Cost. per arbitrio nell'accertamento dei fatti o nell'applicazione del diritto. La ricorrente contrappone in modo appellatorio il proprio punto di vista alle considerazioni del Tribunale di appello, con le quali non si confronta in modo puntuale, evocando semplicemente, qua e là, alcuni principi interpretativi del diritto federale (in dubio contra stipulatorem - favor debitoris), dei quali non si sarebbe tenuto conto benché fossero applicabili d'ufficio; conclude per una violazione dell'art. 85a cpv. 2 LEF.
Critiche di questa natura non sono ammissibili in forza dell'art. 98 LTF (cfr. consid. 2).
7. La sezione successiva del gravame è volta a dimostrare, in subordine, che le condizioni pattuite per la rinuncia ai crediti delle banche consorziate sono state a ogni modo adempiute.
A questo proposito la Corte ticinese ha accertato la mora di C._S.p.A. nell'eseguire i pagamenti entro le scadenze, originarie e prorogate, e ha giudicato irrilevante il fatto che alla fine il consorzio abbia ricevuto l'intera somma concordata, ad eccezione di una trattenuta contestata di fr. 27'433.69 destinata al pagamento di un'imposta del 12,5 % sugli interessi, per la quale la ricorrente non ha saputo rendere verosimile l'obbligo contributivo del consorzio.
7.1 La ricorrente ammette il mancato rispetto delle scadenze di pagamento da parte di C._S.p.A.
Per gli aspetti fiscali invoca l'art. 11 della convenzione sulla doppia imposizione tra la Svizzera e l'Italia (RS 0.672.945.41), mentre per gli impegni di C._S.p.A. afferma che "si trattava pur sempre di una questione tra due società terze" e che, a prescindere dalle scadenze non rispettate, nel settembre 2001 il debito integrale è comunque stato pagato, con gli interessi di ritardo, a piena soddisfazione delle "altre banche". In circostanze simili, per la ricorrente la posizione dell'opponente, specialmente se messa in relazione con il "disastroso fallimento" incombente, lede il precetto della buona fede dell'art. 2 CC.
7.2 Come nel capitolo precedente, l'unico diritto costituzionale indicato è l'art. 29 Cost., che la Corte cantonale avrebbe leso per non avere motivato la reiezione dell'eccezione di abuso di diritto. La censura è manifestamente infondata, giacché nella sentenza impugnata il tema dell'abuso di diritto è sviscerato, e risolto per la negativa, nel considerando 4.3.3.
Per il resto, valgono le considerazioni esposte sopra quanto al carattere appellatorio del ricorso nel merito. Nemmeno in questo contesto la ricorrente menziona la violazione di diritti costituzionali. L'art. 2 CC, nella misura in cui protegge dall'abuso di diritto, non ha infatti il rango di diritto costituzionale.
8. Nel capitolo conclusivo - e riassuntivo - la ricorrente osserva che, qualora la sentenza cantonale fosse confermata, il fallimento sarebbe inevitabile con la conseguenza che, essendo l'opponente la sola creditrice, l'azione di disconoscimento decadrebbe. Tale situazione configurerebbe arbitrio (art. 9 Cost.) e diniego di giustizia (art. 29 Cost.) e lederebbe la garanzia della via giudiziaria (art. 29a Cost.) nonché il diritto al processo equo (art. 6 n. 1 CEDU).
Queste censure - ammissibili - sono infondate. L'eventualità che un debitore perda la possibilità di fare accertare l'inesistenza del debito, a seguito del rifiuto del giudice di sospendere l'esecuzione in via cautelare, è insita nel sistema istituito dall'art. 85a LEF (sulla natura e la portata dell'azione e della misura cautelare si vedano le sentenze 5A_712/2008 del 2 dicembre 2008 consid. 2.1-2.2 e 5P.69/2003 del 4 aprile 2003 consid. 4.1.2, 5.2.1-5.2.2). Non è evidentemente arbitraria, né può costituire diniego di giustizia, la sentenza cantonale che applica una norma del diritto federale.
Infine, il richiamo alle garanzie della via giudiziaria e del processo equo è palesemente fuori luogo. Basti osservare che la ricorrente ha avuto libero accesso a diversi tribunali svizzeri di vario grado, della cui dipendenza o parzialità non si duole.
9. In conclusione, il ricorso dev'essere respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 45'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 55'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.