Sachverhalt:
A. Die X._ AG (nachfolgend die Steuerpflichtige) wurde am 11. November 1999 als Auffanggesellschaft der konkursiten und inzwischen liquidierten Betreiberin der A._ Bar und des gleichnamigen Dancings in B._ gegründet. Sie wird zu 99.8 % von Rechtsanwalt Y._ beherrscht, der auch ihr einziger Verwaltungsrat und Geschäftsführer ist. Ihr erstes Geschäftsjahr dauerte vom 11. November 1999 bis 31. Dezember 2000.
Am 9. Januar 2008 erliess der Steuerkommissär für die Steuerperioden 2000 (11.11.1999 - 31.12.2000) und 2001 (1.1. - 31.12.2001) nach Rückweisung der Sache durch die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich (Entscheid vom 14. September 2005, 1. Rechtsgang) abgeänderte und verbesserte Einschätzungsentscheide. Diese Veranlagungen ergingen teilweise nach pflichtgemässem Ermessen. Gleichzeitig erliess er erstmals die Einschätzungen für die Steuerperioden 2002 (1.1. - 31.12.2002) und 2003 (1.1. - 31.12.2003) global nach pflichtgemässem Ermessen.
Die Steuerpflichtige führte gegen die Einschätzungen der vier Perioden je Einsprache, auf die das Kantonale Steueramt Zürich jedoch nicht eintrat, da die Einsprachen gegen die Ermessensveranlagungen nicht rechtsgenügend begründet seien.
Die Steuerpflichtige erhob Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission I (2. bzw. 1 Rechtsgang) und sodann Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Entscheid vom 21. Januar 2009 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerden für die vier Perioden der Staats- und Gemeindesteuern und der direkten Bundessteuer teilweise gut, soweit es darauf eintrat, und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zu neuem Entscheid im Einspracheverfahren an das Kantonale Steueramt zurück. Abweichend von der Rekurskommission erkannte es, dass auf die Einsprachen gegen die Ermessensveranlagungen einzutreten sei, da "das Nachholen der versäumten Mitwirkungshandlung nach der differenzierten bundesgerichtlichen Praxis keine Gültigkeitsvoraussetzung der Einsprache ist" (mit Hinweis auf das Urteil 2C_620/2007 und 621/2007 vom 2. Juli 2008).
B. Das Kantonale Steueramt Zürich wies am 6. Juli 2009 die Einsprachen hinsichtlich aller vier Steuerperioden in zwei separaten Entscheiden für die Staats- und Gemeindesteuern und für die direkte Bundessteuer ab.
Auf Rekurs der Steuerpflichtigen hin schätzte die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich (3. resp. 2. Rechtsgang) die Steuerpflichtige für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 beim steuerbaren Kapital geringfügig niedriger ein. Im Übrigen bestätigte sie die Einschätzungen für die Staats- und Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer 2000-2003 gemäss den neuen Einspracheentscheiden (Entscheid vom 13. April 2010).
Das von der Steuerpflichtigen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies in der Folge mit Entscheid vom 8. Dezember 2010 die Beschwerde hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern und der direkten Bundessteuer für alle vier Perioden ab und auferlegte die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG, "die Anfechtungsobjekte (gemeint ist der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Dezember 2010) seien vollumfänglich aufzuheben".
Das Kantonale Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen (soweit darauf einzutreten sei). Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit sie die direkte Bundssteuer betrifft.
Mit Verfügung vom 28. März 2011 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann im Wesentlichen geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts, hier namentlich über die Steuerharmonisierung (Art. 95 lit. a BGG), oder gegen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze (BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351; 134 III 379 E. 1.2 S. 382 f.).
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, diese habe im angefochtenen Entscheid zur Begründung insgesamt acht Mal auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen, statt sich mit den Rügen der Beschwerdeführerin vertieft auseinanderzusetzen (Beschwerde Ziff. 7). Die Beschwerdeführerin erblickt darin eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV. (Der ebenfalls angerufene Art. 6 Abs. 1 EMRK findet nur auf Verfahren über "zivilrechtliche Ansprüche und Verpflichtungen" Anwendung, zu denen das vorliegende Steuerverfahren nicht zählt.) Das Verfahren vor der kantonalen Rekurskommission und einer allfälligen zweiten kantonalen Instanz (vgl. Art. 146 DBG; SR 642.11) wird auch in Sachen der direkten Bundessteuer im Wesentlichen durch das kantonale Prozessrecht geregelt. Gemäss dem hier noch anwendbaren Art. 161 des zürcherischen Gerichtsverfassungsgesetzes vom 13. Juni 1976 (GVG) kann in Rechtsmittelentscheiden das Gericht auf die Sachdarstellung und die Entscheidgründe der Vorinstanz verweisen, soweit es ihnen beipflichtet. In Anwendung dieser Bestimmung hat die Vorinstanz in den Erwägungen 3.6, 4.1, 4.2.2, 4.3 und 5 auf die Ausführungen im Entscheid der kantonalen Rekurskommission verwiesen, denen sie sich anschloss. Zur Begründung führte sie aus, dass die Ausführungen der Rekurskommission zutreffend seien und die Vorbringen der Beschwerdeführerin in Rekurs und Beschwerde sich in Wiederholungen, pauschalen Vorwürfen, nicht näher substantiierten Rügen und in der Wiederholung solcher Rügen erschöpften. Diese Verweisung ist nach Art. 161 GVG zulässig und nicht willkürlich. Die Beschwerdeführerin kann aber mit der vorliegenden Beschwerde rügen, dass die Begründung der Rekurskommission, welche die Vorinstanz zu ihrer eigenen gemacht hat, das Bundesrecht einschliesslich die verfassungsmässigen Rechte verletzt. Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist hingegen nicht verletzt.
3. Die Beschwerdeführerin beanstandet sodann, dass die Rekurskommission den Bericht des Revisors des Kantonalen Steueramts vom 4. März 2004 ihr erst im 3. (resp. 2.) Rechtsgang zugestellt habe und sie hierzu nicht umfassend, sondern nur im Quantitativen habe Stellung nehmen dürfen. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass gemäss Art. 29 Abs. 2 BV, der durch § 124 Abs. 2 und 3 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG) konkretisiert werde, ihr die gesamten Akten spätestens nach Abschluss der Sachverhaltsermittlungen hätten offen stehen müssen; der Revisionsbericht hätte ihr daher bereits vor Erlass der Einschätzungsentscheide (vom 9. Januar 2008) eröffnet werden müssen; tatsächlich habe sie bis am 10. Dezember 2009 von der Existenz dieses Berichtes keine Kenntnis gehabt.
Nach den Feststellungen der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin im Verfahren vor der Rekurskommission (3. resp. 2. Rechtsgang) erstmals Antrag auf Einsicht in den Revisionsbericht gestellt und auch erhalten; dass die Beschwerdeführerin von dessen Vorhandensein nichts gewusst haben will, sei aber klar aktenwidrig, habe diese doch mit der Abteilung Bücherrevision von Beginn an korrespondiert (vgl. Urteil E. 3.5). Inwiefern diese Sachverhaltsfeststellungen offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sein sollen, wird in der Beschwerde nicht dargelegt (Art. 97 Abs. 1 BGG). Dazu kommt, dass der Revisionsbericht vom 4. März 2004 bereits im Urteil der Steuerrekurskommission I vom 14. September 2005 (1. Rechtsgang) erwähnt wurde (vgl. Urteil A.2. und E. 3a, b) und dort auch auf die Einschätzungsempfehlungen des Revisors hingewiesen wurde. Die Beschwerdeführerin war schon damals durch ihren Verwaltungsrat, Rechtsanwalt Y._, vertreten. Geht aber die Rüge wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör von vornherein von unzutreffenden Tatsachen aus, so kann darauf nicht eingetreten werden.
4. Die Beschwerdeführerin machte bereits im kantonalen Verfahren geltend, dass die Einspracheentscheide vom 6. Juli 2009 nicht rechtsgenügend begründet seien. Die Steuerrekurskommission nahm in ihrem Entscheid vom 13. April 2010 zu dieser Rüge Stellung und legte dar, dass für die Begründung von Einspracheentscheiden geringere Anforderungen gelten würden als für Entscheide von Rechtsmittelinstanzen; die Einspracheentscheide seien überdies im Lichte des Revisionsberichts der Abteilung für Bücherrevisionen des Kantonalen Steueramtes vom 4. März 2004 zu lesen; auch wäre der Mangel einer allenfalls ungenügenden Begründung durch den Entscheid der Rekurskommission geheilt worden. Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Urteil (E. 3.6) mit Verweisung auf § 161 GVG dieser Begründung vollumfänglich beigepflichtet. Die Beschwerdeführerin erblickt darin eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör und verlangt, im Sinne von Art. 9 BV willkürfrei und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Was die Verweisung auf die Begründung im Entscheid der Rekurskommission betrifft, ist diese nach Art. 161 GVG zulässig (oben E. 2). Dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts denjenigen der Rekurskommission ersetzt hat, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, ändert nichts an der Zulässigkeit der Verweisung. Der Einwand der Beschwerdeführerin, dass sie zum Revisionsbericht nicht habe Stellung nehmen können, beruht, wie ebenfalls bereits dargelegt worden ist, auf falschen Tatsachen (oben E. 3). Schliesslich ist auch nicht ersichtlich und wird in der Beschwerde nicht begründet, inwiefern das Verbot von Willkür und der Grundsatz des Verhaltens nach Treu und Glauben im Sinne von Art. 9 BV verletzt sein könnte. Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
5. Die Rekurskommission, auf deren Begründung das Verwaltungsgericht (Urteil E. 4.1) verwiesen hat, legte zutreffend dar, weshalb die Beschwerdeführerin verpflichtet war, über ihre Geschäftsbeziehungen zu den liechtensteinischen Körperschaften C._ Anstalt und D._ Establishment und deren wirtschaftlich Berechtigten Auskunft zu geben (Urteile der Steuerrekurskommission vom 14. September 2005 E. 3 und vom 13. April 2010 E. 3b). Dabei dürfen qualifizierte Anforderungen an die Auskunftspflicht gestellt werden, wenn es - wie vorliegend - um Rechtsgeschäfte mit juristischen Personen mit Sitz in Staaten geht, welche die Bildung von fiktiven Domizilen begünstigen (grundlegend Urteil vom 21. März 1985, ASA 55 S. 137 E. 3; Urteil 2C_340/2007 vom 22. Januar 2008, in RtiD 2008 II S. 537 E. 3.3 mit weiteren Hinweisen). Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Steuerbehörden die Beschwerdeführerin zur Offenlegung ihrer Geschäftsbeziehungen mit den liechtensteinischen privaten Anstalten und zur Bekanntgabe der daran wirtschaftlich berechtigen Personen verpflichteten. Die diesbezüglichen Auflagen waren entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin rechtmässig. Der liechtensteinische Verwaltungsrat der beiden Anstalten, E._, hat zwar mit Berufung auf die treuhänderische Schweigepflicht jegliche Auskünfte verweigert. Doch hätte die Beschwerdeführerin, die mit den beiden Körperschaften Geschäftsbeziehungen unterhielt, die ökonomischen Hintergründe der Beziehungen aufdecken können. Darauf zielten die Fragen der Steuerbehörden ab, wie auch die Beschwerdeführerin unschwer erkennen konnte. Da sie trotz den wiederholten Mahnungen keine Auskünfte erteilte, gingen die Steuerbehörden von Domizilgesellschaften aus und nahmen den Durchgriff auf die Beschwerdeführerin vor, das heisst, sie rechnete die Betriebsgewinne der Beschwerdeführerin zu (s. auch den Revisionsbericht S. 3). Das betraf die Reingewinne aus den Barbetrieben in B._ und F._, welche von den liechtensteinischen Anstalten vereinnahmt wurden und für welche diese im Gegenzug der Beschwerdeführerin Miet- und Pachtzinsen entrichteten, sowie die Mieteinnahmen aus vier Wohnungen der Beschwerdeführerin in G._, die ebenfalls an diese Anstalten flossen.
6. Die Veranlagungsbehörde nimmt die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor, wenn der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt hat oder die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden können (Art. 130 Abs. 2 DBG).
Die Vorinstanz hat mit zutreffender Begründung, auf die verwiesen werden darf (Art. 109 Abs. 3 BGG), die Voraussetzungen für die Vornahme einer Ermessensveranlagung nach Art. 130 Abs. 2 DBG dargelegt und in haltbarer Weise erwogen, dass mangels Unterlagen die Betriebsgewinne nach pflichtgemässem Ermessen zu schätzen waren. Unerheblich ist, aus welchen Gründen die Beschwerdeführerin - trotz Mahnungen - die Jahresrechnungen der liechtensteinischen Anstalten nicht vorlegen konnte oder wollte. Für die Vornahme einer Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen genügt es, dass die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden können; ein Verschulden ist nicht erforderlich (Art. 130 Abs. 2 DBG). Eine vergleichbare Regelung besteht nach dem harmonisierten Steuerrecht (Art. 46 Abs. 3 und Art. 48 Abs. 2 StHG) auch für die Staats- und Gemeindesteuern (vgl. § 139 Abs. 2 und § 140 Abs. 2 StG).
7. Eine solche Ermessensveranlagung kann nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden, wobei der Beweis bereits in der Einsprache angetreten werden muss (Art. 132 Abs. 3 DBG, Art. 48 Abs. 2 StHG, § 140 Abs. 2 StG). Diesen Nachweis hat die Beschwerdeführerin nicht erbracht. Sie beruft sich auf die von ihr ausgewiesenen Reingewinnzahlen, die jedoch bei einem Durchgriff nicht massgebend sein können. Ferner verlangt sie einen Vergleich mit bestehenden Betrieben, legt jedoch mit keinem Wort dar, worin die offensichtliche Unrichtigkeit der Veranlagung liegen soll (Beschwerde Ziff. 10 b S. 11). Dabei hätte dieser Unrichtigkeitsnachweis bereits in den Einsprachen vom 18. Februar 2008 angetreten werden müssen (vgl. Urteil 2C_620/2007 vom 2. Juli 2008, in StE 2009 B 95.1 Nr. 13 E. 2.1 mit weiteren Hinweisen). Auf die Beschwerde ist insoweit nicht einzutreten.
8. Die Vorinstanz (Urteil E. 5) hat die nicht nach Ermessen vorgenommenen Aufrechnungen bestätigt. Es handelt sich um Aufrechnungen beim Reingewinn für Zinsen auf dem verdeckten Eigenkapital und für die Abschreibungen auf dem Aktivdarlehen H._ und auf dem vom D._ Establishment erworbenen Mobiliar; ferner ging es um die Festlegung des steuerbaren Eigenkapitals. Die Beschwerdeführerin rügt den angefochtenen Entscheid in dieser Hinsicht nicht als bundesrechtswidrig oder willkürlich.
9. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend diesem Verfahrensausgang ist die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65, 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird hinsichtlich der direkten Bundessteuer abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Beschwerde wird hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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