Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl stellte am 1. September 2011 die aufgrund eines Strafantrags von Y._ gegen Rechtsanwalt X._ angehobene Strafuntersuchung wegen Verletzung des Berufsgeheimnisses ein.
Das Obergericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde von Y._ gegen diese Einstellungsverfügung am 1. September 2011 gut, hob sie auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen an die Staatsanwaltschaft zurück.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt Rechtsanwalt X._, diesen Beschluss des Obergerichts aufzuheben und den Strafantrag für verspätet zu erklären. Ausserdem ersucht er, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
C. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung. Y._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
D. Am 3. November 2011 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
E. Rechtsanwalt X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Mit dem angefochtenen Beschluss des Obergerichts wurde die Einstellungsverfügung der Staatsanwalt Zürich-Sihl aufgehoben mit der Folge, dass sie das Verfahren weiterführen muss. Dieser Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab, es handelt sich um einen Zwischenentscheid. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach den Art. 78 ff. BGG zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (BGE 133 IV 139 E. 4) bewirken könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Es ist Sache des Beschwerdeführers nachzuweisen, dass die Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, sofern sich das nicht ohne Weiteres aus den Akten ergibt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 133 III 629 E. 2.3.1; 133 II 249 E. 1.1, 353 E. 1; Urteil 1B_265/2011 vom 22. Juli 2011 E. 1.2). Der Beschwerdeführer begründet mit keinem Wort, inwiefern die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sein könnten, und das ergibt sich auch nicht ohne Weiteres aus den Akten. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
1.2 Die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG wären im Übrigen ohnehin nicht erfüllt. Die Durchführung eines Strafverfahrens begründet nach konstanter Rechtsprechung keinen Nachteil rechtlicher Natur, der mit einem für den Angeschuldigten günstigen Entscheid nicht behoben werden könnte (BGE 133 IV 139 E. 4), und die Anwendung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG fällt in der vorliegenden Konstellation ausser Betracht (vgl. die Urteile 6B_782/2008 vom 12. Mai 2009 E. 1.4 in Pra 2009 Nr. 115 S. 787; 1B_155/2011 vom 14. Juni 2011 E. 1.4 und 1B_314/2011 vom 20. September 2011 E. 4).
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat ausserdem dem obsiegenden Beschwerdegegner eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat dem Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi