Erwägungen:
1. Die Baubewilligungskommission der Stadt St. Gallen trat am 11. Januar 2008 auf die Einsprache von X._ mangels Legitimation nicht ein. Dagegen erhob X._ Rekurs beim Baudepartement des Kantons St. Gallen. Nachdem er zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 1'000.-- aufgefordert wurde, stellte X._ ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung. Das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen wies das Gesuch mit Verfügung vom 27. März 2008 wegen Aussichtslosigkeit des Rechtsmittels ab. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 13. Mai 2008 ab, worauf X._ den verlangten Kostenvorschuss leistete.
Mit Entscheid vom 18. Juni 2009 wies das Baudepartement den Rekurs von X._ gegen den Nichteintretensentscheid der Baubewilligungskommission ab. Dagegen erhob X._ am 3. Juli 2009 Beschwerde beim Verwaltungsgericht und ersuchte u.a. um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. Das Verwaltungsgericht wies das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung mit Verfügung vom 6. Juli 2009 ab und forderte den Beschwerdeführer zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 2'000.-- auf. Zur Begründung führte es zusammenfassend aus, dass die Beschwerde gegen den Rekursentscheid als aussichtslos zu qualifizieren sei.
2. X._ führt mit Eingabe vom 7. August 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die Verfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 6. Juli 2009. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte, wie etwa das Willkürverbot oder den Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 I 313 E. 2 S. 315; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer nennt keinen Beschwerdegrund. Folglich ergibt sich aus der Beschwerde nicht, inwiefern das Verwaltungsgericht in verfassungswidriger Weise das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung abgewiesen haben sollte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um unentgeltliche Prozessführung wird dadurch gegenstandslos.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. August 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli