Sachverhalt:
A. X._ ist zu einem Drittel beteiligter Teilhaber einer Kollektivgesellschaft, die im Jahr 2001 ein Hotel in Zermatt veräusserte. Die Steuerverwaltung des Kantons Wallis erfasste den Gewinnanteil von X._ für die Staats- und Bundessteuer 2003 als Liquidationsgewinn und unterwarf diesen als ausserordentliches Einkommen der Sondersteuer beim Übergang zum System der Gegenwartsbemessung. Dagegen erhob der Betroffene erfolglos Einsprache und danach Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission; er machte geltend, sein Gewinnanteil müsse unversteuert bleiben.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30./31. Dezember 2007 beantragt X._ sinngemäss, den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis vom 19. September 2007 aufzuheben. Er führt im Wesentlichen aus, bei seinem Gewinnanteil handle es sich um einen privaten Kapitalgewinn, eventuell um ordentliches Einkommen in der Bemessungslücke; auf jeden Fall sei die Sondersteuer nach dem Übergangsrecht nicht geschuldet.
Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
C. Mit instruktionsrichterlicher Verfügung vom 15. Oktober 2008 ist ein Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen worden.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Die Eingabe richtet sich gegen einen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor. Aufgrund der geänderten Bestimmungen über die Rechtspflege im Kanton Wallis entscheidet die Steuerrekurskommission über Beschwerden in Sachen der Staatssteuer und der direkten Bundessteuer als letzte kantonale Instanz (Art. 150 Abs. 2 des Steuergesetzes vom 10. März 1976 sowie Art. 8 Abs. 3 des Ausführungsgesetzes zum DBG vom 24. September 1997, in der Fassung gemäss Gesetz betreffend die Änderung der Rechtspflegeordnung vom 9. November 2006). Die Verfahrensänderungen finden mit Inkraftsetzung des Gesetzes auf den 1. Juli 2007 auf hängige Verfahren sofort Anwendung (IX. Abschnitt Ziff. 7 des Gesetzes vom 9. November 2006). Der angefochtene Entscheid erweist sich daher als letztinstanzlich und unterliegt demzufolge sowohl hinsichtlich der Staats- als auch der Bundessteuer der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (vgl. Art. 82 Abs. 1 lit. a und 86 Abs. 1 lit. d BGG, siehe auch Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der Kanton Wallis hat mit dem Inkrafttreten der Änderung seines Steuergesetzes (StG) vom 13. September 2001 per 1. Januar 2003 vom System der zweijährigen Veranlagung mit Vergangenheitsbemessung zu demjenigen mit einjähriger Gegenwartsbesteuerung gewechselt. Dieses System gilt seither auch für die direkte Bundessteuer (vgl. Art. 41 DBG). Der Systemwechsel hat zur Folge, dass die Jahre 2001 und 2002 in die Bemessungslücke fallen. Deshalb bestimmt Art. 218 Abs. 2 DBG für die direkte Bundessteuer, dass ausserordentliche Einkünfte in der Bemessungslücke für das Steuerjahr, in dem sie zugeflossen sind, einer vollen Jahressteuer unterliegen zum Satz, der sich für diese Einkünfte allein ergibt. Aufwendungen, die mit der Erzielung dieser Einkünfte zusammenhängen, können abgezogen werden (Art. 218 Abs. 2 DBG in fine).
2.2 Als ausserordentliche, der Jahressteuer nach Art. 218 Abs. 2 DBG unterliegende Einkünfte nennt der Absatz 3 dieser Vorschrift Kapitalleistungen, aperiodische Vermögenserträge, Lotteriegewinne sowie ausserordentliche Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinne von Art. 206 Abs. 3 DBG. Die Aufzählung ist nicht abschliessend, sondern hat beispielhaften Charakter, wie sich aus dem Wortlaut ergibt ("insbesondere").
Ausserordentlich sind Einkünfte, die im Lichte des Prinzips der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu keiner adäquaten Steuerbelastung führen, wenn sie nicht gesondert der Besteuerung unterworfen werden. Art. 218 DBG will verhindern, dass beim Wechsel des Systems der zeitlichen Bemessung ungerechtfertigte Steuervorteile entstehen. Für die Ausserordentlichkeit von Einkünften nach Art. 218 Abs. 3 DBG hat das Bundesgericht Kriterien aufgestellt (vgl. ASA 72 663 E. 2.1 in Anlehnung an das Kreisschreiben Nr. 6 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 20. August 1999, Ziff. 252, in ASA 68 384). Danach kann sich der ausserordentliche Charakter einer Leistung namentlich aus deren Einmaligkeit ergeben, wie das etwa beim Lotteriegewinn oder bei der Entschädigung für die Aufgabe oder die Nichtausübung einer Tätigkeit der Fall ist. Die Nichtberücksichtigung solcher Leistungen hätte zur Folge, dass sie nie besteuert werden könnten. Ausserordentlich sind auch Einkünfte, die zwar regelmässig fliessen, aber im Vergleich zu den sonstigen Jahren ungewöhnlich hoch scheinen und sich dadurch vom Üblichen abheben. So kann es sich bei Abfindungen für spezielle Leistungen oder bei ausserordentlichen Gratifikationen verhalten. Schliesslich können auch Änderungen in der Verbuchung der Einkommensquelle zu ausserordentlichen Einkünften führen, etwa dann, wenn Rückstellungen aufgelöst oder geschäftsmässig begründete Abschreibungen unterlassen werden. Es handelt sich um Einkünfte, die in der Übergangsperiode nicht unbesteuert gelassen werden können, weil sich sonst eine Disparität zwischen Leistungsfähigkeit und effektiver Steuerbelastung ergäbe. Ihr Merkmal ist, dass die steuerpflichtige Person ihr Einkommen gewöhnlich nicht oder nicht in dieser Art und Weise schöpft. Dabei müssen die gesamten Umstände berücksichtigt werden. Pauschale Abgrenzungen verbieten sich in der Regel (vgl. zum Ganzen u.a. ASA 73 133 E. 3.1; 73 140 E. 2.1; 73, 545 E. 5.2-5.3; 72 663 E. 2.1, mit Hinweisen).
2.3 Art. 206 Abs. 3 DBG lautet: "Als ausserordentliche Erträge gelten erzielte Kapitalgewinne, buchmässige Aufwertungen von Vermögensgegenständen, die Auflösung von Rückstellungen und die Unterlassung geschäftsmässig begründeter Abschreibungen und Rückstellungen." Aus dem Wortlaut dieser Bestimmung könnte geschlossen werden, dass Kapitalgewinne immer ausserordentlich sind, gleichgültig ob sie häufig oder selten, regelmässig oder unregelmässig, in gleichbleibender oder in unterschiedlicher Höhe anfallen. In Wirklichkeit unterliegen aber nur eigentliche Kapital- und Wertzuwachsgewinne der Sondersteuer, nicht dagegen ordentliche Betriebsgewinne, d.h. Einkünfte, wie sie im Rahmen von regelmässigen Geschäftsvorfällen erzielt werden. Diese bilden Gegenstand der laufenden Einkommens- oder Gewinnbesteuerung, weshalb es sich nicht rechtfertigt, sie der Jahressteuer zu unterstellen.
Gleichzeitig muss Folgendes gelten: Wenn es bei der Regelung von Art. 218 Abs. 2 und 3 sowie Art. 206 Abs. 3 DBG systemgemäss darum geht, die ordentlichen von den ausserordentlichen Einkünften zu trennen und nur letztere der Sondersteuer zuzuführen, dann ist damit ebenfalls zu verhindern, dass bei Beendigung der Steuerpflicht bzw. beim Wechsel des Systems der zeitlichen Bemessung ungerechtfertigte Steuervorteile entstehen. Der Jahressteuer unterliegen demgemäss nicht nur Liquidationsgewinne, die bei der Aufgabe oder Veräusserung des Unternehmens oder der (buchführungspflichtigen) Einzelfirma erzielt werden, sondern alle in der Berechnungs- und Veranlagungsperiode realisierten Reserven, die sonst wegen der Bemessungslücke unbesteuert blieben. Ebenfalls erfasst werden somit Reserven, die mit der Liquidation nicht unmittelbar zusammenhängen (unter Ausschluss - wie erwähnt - des ordentlichen Betriebsgewinns). Betroffen sind dabei Wertzuwachsgewinne (Kapital- und Aufwertungsgewinne), die in der Berechnungsperiode durch Veräusserung, Verwertung oder Aufwertung von Geschäftsaktiven oder durch Auflösung von Geschäftsverbindlichkeiten wie Rückstellungen erzielt werden, sei es auf Anlage- oder auf Umlaufvermögen (vgl. zum Ganzen u.a. StE 2007 B 65.4 Nr. 23 E. 3.2-3.4, ASA 69 797 E. 3d-3f, mit Hinweisen).
2.4 Die Jahressteuer nach Art. 218 Abs. 2 und 3 DBG in Verbindung mit Art. 206 Abs. 3 DBG erfasst grundsätzlich auch alle Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Liegenschaften durch einen Immobilienhändler. Solche Gewinne fallen nicht regelmässig an und sind starken Schwankungen unterworfen, weshalb von einem regelmässigen Betriebsergebnis nicht ausgegangen werden kann. Dazu kommt, dass Liegenschaftenhandel mitunter im Rahmen einer Nebenerwerbstätigkeit oder einmalig ausgeübt wird. Es liegt daher nahe, Gewinne aus dem Immobilienhandel unter dem Gesichtswinkel von Art. 218 Abs. 2 und 3 DBG grundsätzlich als ausserordentliche Einkünfte zu betrachten. Allerdings ist nicht von vornherein auszuschliessen, dass ausnahmsweise - bei Vorliegen besonderer Umstände - ordentlicher Gewinn oder eine Komponente ordentlicher Einkünfte vorliegen kann. In diesem Sinne muss dem Steuerpflichtigen der Nachweis vorbehalten bleiben, dass solche Gewinne der ordentlichen Betriebstätigkeit entspringen (vgl. StE 2007 B 65.4 Nr. 23 E. 3.5).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat festgehalten, dass der streitige Veräusserungsertrag keinen privaten Kapitalgewinn darstelle. Dagegen wendet der Beschwerdeführer ein, die (Beteiligung an der) Hotelliegenschaft sei schon im Jahr 1980 vom Geschäfts- ins Privatvermögen verschoben worden, als die zuvor mit den gleichen Teilhabern und Beteiligungsverhältnissen tätige Aktiengesellschaft in die seither bestehende Kollektivgesellschaft umgewandelt worden sei.
3.1.1 Diese Sichtweise verkennt zum einen, dass eine Kollektivgesellschaft nur Geschäftsvermögen aufweisen kann: Bei buchführungspflichtigen Personengesellschaften gibt es die Unterscheidung von Privat- und Geschäftsvermögen nicht; sie besitzen nur ein Gesellschaftsvermögen, das Geschäftsvermögen ist (vgl. dazu u.a. ASA 62 409 E. 3d). Es ist somit unzutreffend, wenn der Beschwerdeführer behauptet, es gehe um das "Privatvermögen einer nichtkaufmännischen Gesellschaft". Seine Auffassung überzeugt umso weniger, als die Gesellschaft nach der Umwandlung auf der Liegenschaft die bestehenden Gebäude abreissen und ein neues Hotel errichten liess, verschiedene Wohnungen veräusserte und den Hotelbetrieb verpachtete. Auch wenn sie danach nicht das Hotelgeschäft übernahm und ihr Einkommen nur in der Einnahme der Pachtzinse bestand, war sie im Liegenschaftenhandel tätig. Sogar nach der Verpachtung kann nicht davon ausgegangen werden, dass die Gesellschaft nur privates Vermögen verwaltet habe. Die Beurteilung, ob Liegenschaftenhandel bzw. Geschäfts- oder Privatvermögen vorliegt, darf sich nach der Praxis ohnehin nicht auf die Ereignisse und Umstände der streitbezogenen Steuerperiode beschränken, sondern muss frühere Begebenheiten mit einbeziehen, soweit sie sich als entscheidwesentlich erweisen. Insbesondere steht eine lange Besitzesdauer einer Qualifikation als Geschäftsvermögen und Liegenschaftenhandel nicht zwingend entgegen (so schon ASA 47 209 E. b; vgl. auch BGE 125 II 113 E. 6c S. 125 ff. sowie die Beispiele in StR 58/2003 129 E. 3.4-3.6; RDAF 2006 II 221 E. 3.5, StE 2006 B 23.2 Nr. 33 E. 3.1, RDAF 2001 II 41 E. 3c/bb; im gleichen Sinn das unveröffentlichte Urteil 2A.125/2007 vom 14.4.2008, E. 3.2.1). Das wird hier noch dadurch bekräftigt, dass die Gesellschaft sogar nach der Verpachtung des Hotels darauf Abschreibungen vornahm und die Liegenschaft somit selber weiter als Geschäftsvermögen einstufte.
3.1.2 Zum anderen hat der Beschwerdeführer seine Beteiligung an der Kollektivgesellschaft ebenfalls in seinem Geschäfts- und nicht in seinem Privatvermögen gehalten. Unbestrittenermassen war er im hier massgeblichen Zeitpunkt wohl nicht im Hotelgeschäft tätig, aber selber gewerbsmässiger Liegenschaftenhändler, so dass er im gleichen Bereich erwerbstätig war wie die von ihm mitbeherrschte Gesellschaft. Deshalb ist die Beteiligung ohnehin der Einzelfirma bzw. dem Geschäftsvermögen des Beschwerdeführers zuzuordnen (vgl. dazu u.a. StE 2004 B 91.3 Nr. 4 E. 3.4; 2006 B 23.2 Nr. 31 E. 3.2 und StR 60/2005 489 E. 3.3).
Gegen die vom Beschwerdeführer geltend gemachte Überführung ins Privatvermögen spricht noch ein weiterer Punkt: Eine Privatentnahme wird grundsätzlich auf jenen Zeitpunkt hin angenommen, in dem gegenüber der Steuerbehörde der eindeutige Wille geäussert wird, den fraglichen Gegenstand dem Geschäftsvermögen zu entziehen. Die Besteuerung eines Kapitalgewinnes soll erst dann Platz greifen, wenn unumstösslich feststeht, dass der Liquidationsfall tatsächlich eingetreten ist. Wenn ein Steuerpflichtiger über die stillen Reserven auf einer zum Geschäftsvermögen gehörenden Liegenschaft mit den Steuerbehörden bei der Geschäftsaufgabe nicht abrechnet, ist grundsätzlich davon auszugehen, dass die Immobilie im Geschäftsvermögen verbleibt; durch den blossen Zeitablauf kann sie nicht in das Privatvermögen übergehen. Die Steuerbehörden üben deshalb bei der steuerlichen Beurteilung solcher Vorgänge Zurückhaltung. Das darf indessen nicht zum Nachteil des Fiskus ausschlagen, wenn der Steuerpflichtige später behauptet, die Realisation des Gewinnes sei schon früher eingetreten und steuerlich nicht rechtzeitig erfasst worden (vgl. zum Ganzen: BGE 125 II 113 E. 6c/bb, StE 1996 B 23.2 Nr. 16 E. 3, StR 55/2000 S. 723 E. 2f; je mit Hinweisen; siehe auch unten E. 4.2). Hier hat der Beschwerdeführer gegenüber den Steuerbehörden nie erklärt, den Geschäftsbetrieb definitiv aufgeben zu wollen, und nie eine entsprechende Zwischenveranlagung bzw. eine Abrechnung über die stillen Reserven verlangt. Er hat im Gegenteil am 25. Juli 1985, im Zusammenhang mit der Verpachtung, eine Revers-Erklärung unterschrieben, wonach damals gerade kein Übergang der Liegenschaft in das Privatvermögen stattfand. Was er im Nachhinein gegen diesen Revers vorbringt, ist nicht stichhaltig; namentlich ist nicht ersichtlich, inwiefern der Erklärung ein unzutreffender Sachverhalt zugrunde liegen würde.
3.2 Zutreffend hat die Vorinstanz im Übrigen den hier massgeblichen Gewinnanteil nicht dem ordentlichen Einkommen des Beschwerdeführer für das Jahr 2001 zugerechnet. Die von der Praxis festgehaltenen Gründe, um Liegenschaftengewinne von Immobilienhändlern im Prinzip als ausserordentliche Einkünfte zu qualifizieren (vgl. oben E. 2.4) sind hier beispielhaft erfüllt. Besondere Umstände, die dafür sprechen würden, dass ausnahmsweise ordentlicher Gewinn oder eine Komponente ordentlicher Einkünfte vorliegen könnte, hat der Beschwerdeführer nicht namhaft gemacht und sind auch nicht erkennbar. Er wäre hier im Gegenteil durch nichts gerechtfertigt, wenn der beachtliche Gewinn durch Verlegung des Verkaufs in die Bemessungslücke jeglicher Besteuerung hätte entzogen werden können. Ob der Beschwerdeführer als Liegenschaftenhändler im engeren Sinn zu qualifizieren ist oder als Quasi-Liegenschaftenhändler, ist in diesem Zusammenhang nicht von Belang und ändert nichts an der Ausserordentlichkeit des Gewinns.
III. Staats- und Gemeindesteuer
4. 4.1 In Art. 247 Abs. 2 StG/VS werden die ausserordentlichen Einkünfte, für die gegebenenfalls eine Jahressteuer zu erheben ist, im Wesentlichen gleich umschrieben wie in Art. 218 Abs. 3 sowie in Art. 69 Abs. 3 StHG. Im Interesse der vertikalen Steuerharmonisierung (vgl. dazu BGE 133 II 114 E. 3.2 S. 116) sind diese Bestimmungen gleich auszulegen. Soweit die Beschwerde die Staats- und Gemeindesteuer betrifft, ist daher im gleichen Sinn zu entscheiden wie bezüglich der direkten Bundessteuer.
4.2 Daran ändert entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers auch nichts, dass anlässlich der Umwandlung der Aktien- in die Kollektivgesellschaft für die Staatssteuer - im Gegensatz zur direkten Bundessteuer - über die damals bestehenden stillen Reserven überhaupt nicht abgerechnet worden war. Deswegen haben die Behörden in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern nicht ihren Besteuerungsanspruch verwirkt (vgl. dazu auch das oben in E. 3.1.2 zur notwendigen Zurückhaltung der Steuerbehörden Gesagte). Vielmehr ist auch der für die Staatssteuer massgebliche Gewinn(anteil) erst im Jahr 2001 realisiert worden. Der unterschiedlichen steuerlichen Behandlung der Gesellschaftsumwandlung ist zutreffend dadurch Rechnung getragen worden, dass bei der Erhebung der Jahressteuer 2001 gemäss Art. 218 Abs. 2 und 3 sowie Art. 206 Abs. 3 DBG über die zuvor schon berücksichtigten stillen Reserven nicht noch ein zweites Mal abgerechnet worden ist.
IV. Kostenfolgen
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung und der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Januar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter