Erwägungen:
1. Mit Beschluss vom 29. April 2009 erliess der Regierungsrat des Kantons Zürich die Verordnung über die Härtefallkommission. Aufgabe dieser Kommission ist es, zuhanden des kantonalen Migrationsamts zu Härtefallgesuchen von abgewiesenen Asylsuchenden und von papierlosen Ausländern Stellung zu nehmen. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eventuell Verfassungsbeschwerde vom 12. Juni 2009 ersucht X._ um Aufhebung dieses Beschlusses bzw. der Verordnung. Er rügt eine Verletzung des Grundsatzes der Gewaltentrennung sowie eine Verletzung von Art. 60 Abs. 2 der Verfassung des Kantons Zürich und des Willkürverbots.
Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich beantragt im Namen des Regierungsrats die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Migration hat auf Stellungnahme verzichtet. Mit Eingabe vom 22. Oktober 2009 äusserte sich der Beschwerdeführer unaufgefordert zur Vernehmlassung des Regierungsrats.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten richtet sich gegen einen kantonalen Erlass und ist daher grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. b BGG). Der Ausnahmekatalog von Art. 83 BGG betrifft nur Beschwerden gegen Entscheide und kommt bei der Anfechtung von Erlassen (abstrakte Normenkontrolle) nicht zur Anwendung. Gegen kantonale Erlasse kann unmittelbar Beschwerde an das Bundesgericht erhoben werden, sofern - wie hier - kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann (Art. 87 Abs. 1 BGG).
2.2 Indessen fehlt es dem Beschwerdeführer an der Legitimation zur Anfechtung der regierungsrätlichen Verordnung.
2.2.1 Gemäss Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG ist zur Anfechtung eines kantonalen Erlasses legitimiert, wer durch den Erlass aktuell oder virtuell besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Änderung oder Aufhebung hat. Das schutzwürdige Interesse kann rechtlicher oder tatsächlicher Natur sein (BGE 133 I 286 E. 2.2 S. 290). Virtuelles Berührtsein setzt voraus, dass der Beschwerdeführer von der angefochtenen Regelung früher oder später einmal mit einer minimalen Wahrscheinlichkeit unmittelbar betroffen ist (vgl. BGE 133 I 206 E. 2.1 S. 210).
2.2.2 Der Beschwerdeführer ist als Schweizer Bürger durch die Einsetzung der Härtefallkommission, die sich mit Härtefallgesuchen von Ausländern zu befassen hat, nicht persönlich betroffen, auch nicht virtuell. Er behauptet dies auch gar nicht, sondern will seine Beschwerdebefugnis aus seiner Eigenschaft als Mitglied des Zürcher Kantonsrats ableiten. Als solches sei er durch die Einsetzung der Härtefallkommission besonders berührt, da sich der Regierungsrat damit über einen gegenteiligen Beschluss des Kantonsrats hinweggesetzt habe.
Die blosse Mitgliedschaft in einer Behörde begründet jedoch noch keine hinreichende Beziehungsnähe zum Streitgegenstand und verschafft auch keine besondere Beschwerdelegitimation (vgl. Art. 89 Abs. 2 BGG). In seiner Rechtsprechung zum Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG; BS 3 S. 531) hatte das Bundesgericht den Beschwerdeführern in solchen Fällen jeweils ein rechtlich geschütztes Interesse im Sinne von Art. 88 OG abgesprochen (vgl. z.B. BGE 123 I 41 E. 5 c/ee S. 45; 112 Ia 174 E. 3a S. 177; 111 Ia 115 E. 1b S. 117; 108 Ia 281 E. 2c S. 284; 91 I 110 E. 2 S. 115).
Wohl genügt für die Legitimation zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein schutzwürdiges Interesse tatsächlicher Art, während die Befugnis zur staatsrechtlichen Beschwerde, welche altrechtlich zur Anfechtung kantonaler Erlasse einzig in Frage kam, noch die Betroffenheit in rechtlich geschützten Interessen voraussetzte. Unabhängig von dieser Unterscheidung kann jedoch so oder anders nur der durch den angefochtenen Hoheitsakt unmittelbar Betroffene das Recht zur Beschwerdeführung für sich in Anspruch nehmen. Diese Einschränkung der Beschwerdebefugnis galt bereits unter der Herrschaft des früheren Organisationsgesetzes (OG) und zwar nicht nur für die staatsrechtliche Beschwerde (vgl. BGE 119 Ia 214 E. 2b S. 217), sondern gleichermassen auch für das (ordentliche) Rechtsmittel der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, wiewohl dieses als Legitimationsvoraussetzung lediglich die Berührtheit in schutzwürdigen (tatsächlichen) Interessen verlangte (BGE 121 II 176 E. 2a S. 178; 120 Ib 48 E. 2a S. 51; vgl. auch Urteil 2P.42/2001 vom 8. Juni 2001, in: ZBl 103/2002 S. 146, E. 2e). Es besteht kein Anlass, von dieser Voraussetzung bei der Handhabung von Art. 89 Abs. 1 BGG abzusehen (vgl. BGE 133 II 400 E. 2.2 S. 404).
Weder die Eigenschaft als Mitglied einer Behörde noch ein besonderes persönliches oder berufliches Interesse an einer bestimmten Thematik verschaffen aber für sich allein eine legitimationsbegründende enge Beziehung zum Streitgegenstand (vgl. auch zur Publikation bestimmtes Urteil 2C_190/2009 vom 30. September 2009 E. 1.2). Da dem Beschwerdeführer somit die unmittelbare persönliche Betroffenheit fehlt, ist er zur Anfechtung des fraglichen Erlasses nicht befugt.
3. 3.1 Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten.
3.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 und Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Regierungsrat des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, den 5. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Müller Dubs