Sachverhalt:
A. Das Kantonsgericht St. Gallen verurteilte X._ am 19. Juni 2009 wegen Vergewaltigung, mehrfacher qualifizierter Vergewaltigung, Inzests, mehrfacher sexueller Nötigung und mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern zu einer Freiheitsstrafe von 6 Jahren, als Zusatzstrafe zum Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 16. September 1997.
B. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C. B._ und A._ beantragen in ihren Vernehmlassungen vom 10. Februar 2010 und 1. März 2010, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Beide stellen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Die Staatsanwaltschaft schliesst unter Verweis auf das angefochtene Urteil auf eine vollumfängliche Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Vorinstanz erachtet es als erstellt, dass der Beschwerdeführer zwischen dem 13. November 1990 und dem Frühjahr 1993 im Beisein von B._, geb. 18. März 1983, den Geschlechtsverkehr von hinten an seiner auf den Knien liegenden Tochter A._, geb. 15. Juli 1983, in seinem Büro vollzog.
1.2 Zudem habe er seine Tochter A._ und deren Freundin B._ im Frühjahr 1993 kurz vor der Erstkommunion im Keller der Familienwohnung in Sargans zwei weiteren Männern zum Geschlechtsverkehr zur Verfügung gestellt. Sie seien vor dem Geschlechtsverkehr auf eine am Boden liegende Matratze gefesselt worden. Die Täter hätten sich über die verängstigte B._ lustig gemacht.
1.3 Der Beschwerdeführer habe eine Vielzahl von sexuellen Handlungen begangen, welche sich während eines längeren Zeitabschnitts ereignet hätten, aber zeitlich nicht genau eingeordnet werden könnten. Die Handlungen seien im angeklagten Zeitraum erfolgt. A._ und B._ hätten ihn bis zum Samenerguss befriedigen müssen, er habe beide an der Scheide gestreichelt und den Finger in die Scheide von A._ eingeführt. Bei beiden Mädchen habe er Gegenstände (Barbiepuppe, Kugelschreiber, Bleistift, Kreide) in die Scheide bzw. anal eingeführt. B._ habe ihn oral befriedigen müssen, er habe sie anal und oral berührt. Er habe mit beiden Mädchen Pornofilme angeschaut. Dabei hätten sie ihn sexuell befriedigen müssen, während er sie teilweise auch zwischen den Beinen berührt habe. Er habe ihnen die sexuellen Handlungen, welche sich in regelmässigen Abständen ereigneten, befohlen. Die Mädchen hätten sich nicht freiwillig daran beteiligt.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze Art. 6 EMRK, indem sie für die Beurteilung, dass ihm sexuelle Handlungen mit Kindern nicht "persönlichkeitsfremd" seien, unter anderem auf die Aussage von C._, seiner Tochter, abstelle. Diese sei ohne seine Anwesenheit erfolgt. Sein Antrag auf eine Konfrontationseinvernahme sei zu Unrecht abgelehnt worden. In diesem Zusammenhang verletze die Vorinstanz auch Art. 369 Abs. 7 StGB. Sie stelle auf die Vorstrafe des Strafgerichts Nidwalden von 1977 ab, obwohl der Eintrag aus dem Strafregister gelöscht sei und ihm nicht mehr entgegengehalten werden dürfe.
2.2 Die Vorinstanz lehnte den Beweisantrag auf Befragung von C._ ab, weil ihrer Aussage keine ausschlaggebende oder alleinige Bedeutung zukomme. Die dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Handlungen erachtet die Vorinstanz aufgrund der Aussagen der Opfer, das darüber erstellte Glaubhaftigkeitsgutachten und den Detailreichtum als erstellt (angefochtenes Urteil S. 7). Die Äusserungen des Beschwerdeführers hingegen seien wenig ergiebig. Er streite hartnäckig selbst neutrale Vorgänge, z.B. die allgemeine Beziehung zu den Kindern, ab (angefochtenes Urteil S. 11). Die vorgeworfenen Taten seien ihm auch nicht persönlichkeitsfremd. Sowohl C._ als auch die erste Ehefrau berichteten von eigenen Erlebnissen, bei welchen der Beschwerdeführer sexuelle Handlungen mit Kindern vorgenommen habe. Zudem habe er im Jahr 1977 ein ihm unbekanntes vierjähriges Mädchen am Geschlechtsteil betastet, weswegen er verurteilt wurde (angefochtenes Urteil S. 11).
2.3 In der Begründung der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbständigen Begründungen, so hat der Beschwerdeführer darzulegen, dass jede von ihnen Recht verletzt, andernfalls ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (BGE 133 IV 119 E. 6.3 S. 120 f. mit Hinweisen).
2.4 Der Beschwerdeführer beanstandet nur zwei der drei Punkte, woraus die Vorinstanz schliesst, sexuelle Handlungen mit Kindern seien ihm nicht persönlichkeitsfremd. Die Aussage seiner ersten Ehefrau, wonach sie ihn ertappt habe, wie er in der Badewanne das gemeinsame Kind D._ aufgefordert habe, seinen erigierten Penis zu berühren, stellt er nicht in Abrede. Deshalb bleibt die vorinstanzliche Würdigung zu seinen persönlichen Neigungen, unabhängig von der Aussage von C._ und der Vorstrafe aus dem Jahr 1977, bestehen. Auf seine Rügen bezüglich der unterbliebenen Konfrontationseinvernahme mit C._ und der unzulässigen Berücksichtigung der Vorstrafe aus dem Jahr 1977 ist nicht einzutreten. Im Übrigen wertet die Vorinstanz die Vorstrafe von 1977 nicht im Rahmen der Strafzumessung sondern lediglich bei der Feststellung der Tatsachen zur Täterpersönlichkeit. Es ist nicht ersichtlich, weshalb dadurch Art. 369 Abs. 7 StGB verletzt wäre (vgl. BGE 135 IV 87 E. 2.4 S. 91 f. mit Hinweisen zum Verwertungsverbot gelöschter Strafregistereinträge bei der Strafzumessung und Prognosebeurteilung).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze Art. 9 und Art. 29 BV sowie Art. 6 EMRK, indem sie einen gerichtlichen Augenschein in den Kellerräumlichkeiten des ehemaligen E._gebäudes in F._ ablehne. Ein Augenschein habe nur in Anwesenheit der Strafuntersuchungsbehörden, seines Verteidigers und B._ stattgefunden.
3.2 Der Keller befindet sich nach den vorinstanzlichen Erwägungen heute in einem anderen Zustand. Es könne nicht mit dem Auffinden von Einrichtungsgegenständen gerechnet werden. Daher lehnt die Vorinstanz einen gerichtlichen Augenschein ab.
3.3 Der Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 29 Abs. 2 BV und das damit verbundene Recht, entlastende Beweismittel vorzubringen, verschafft dem Beschwerdeführer keinen Anspruch auf die Beweisabnahme in einem bestimmten Verfahrenszeitpunkt. Der von ihm beantragte Augenschein wurde von den Untersuchungsbehörden in Anwesenheit eines Opfers und seines Verteidigers durchgeführt. Die Vorinstanz durfte ohne Verletzung der vom Beschwerdeführer angerufenen Rechte die Abnahme eines weiteren Augenscheins in antizipierter Beweiswürdigung ablehnen, zumal das Ergebnis des ersten Augenscheins aktenkundig ist (vgl. BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148; 129 I 151 E. 3.1 S. 154; je mit Hinweisen). Seine in diesem Zusammenhang erhobene Rüge, die Vorinstanz setze sich nicht mit den Argumenten der Verteidigung auseinander, substanziiert er nicht näher. Darauf ist nicht einzutreten.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz lege die Tatzeitpunkte willkürlich und unter Verletzung von Art. 9 BV fest. Sinngemäss rügt er in diesem Zusammenhang auch die Verletzung des Anklageprinzips und des Grundsatzes in dubio pro reo. Nach den vorinstanzlichen Erwägungen seien Taten betreffend B._ vor dem 1. Oktober 1992 und betreffend A._ vor dem 1. September 1992 verjährt. Trotzdem gehe die Vorinstanz in willkürlicher Weise davon aus, dass es gegen Ende 1992 und Anfang 1993 zu einem strafbaren Verhalten zu Lasten der beiden Opfer gekommen sei.
Zudem sei eine zeitliche Einordnung nicht möglich beim von B._ beschriebenen Vorfall, wo er angeblich von hinten in die auf den Knien liegende A._ eingedrungen sei. B._ erinnere sich nicht klar und vermöge das Vorgefallene weder in zeitlicher noch in örtlicher Hinsicht zu spezifizieren. Sie beschreibe einen ersten Übergriff auf sich selbst im Jahr 1988 sowie einen zweiten kurz vor der ersten Klasse, d.h. zwischen 1989 und 1990. Der von ihr genannte Zeitraum von einigen Monaten bis zu einem Jahr beziehe sich auf den ersten und zweiten Übergriff. Aus den Aussagen zu ihren eigenen Erlebnissen könne nicht geschlossen werden, zwischen den einzelnen Übergriffen seien regelmässig mehrere Monate bzw. sogar ein Jahr vergangen. Die Annahme, A._ sei zwischen September 1992 und April 1993 von ihm vergewaltigt worden, sei willkürlich. Sinngemäss macht er zudem geltend, die Vorinstanz verletze damit den Grundsatz "in dubio pro reo".
4.2 Die Vorinstanz erwägt, der Übergriff auf A._ habe im Beisein von B._ stattgefunden. Aus ihren Angaben hinsichtlich ihres eigenen Missbrauchs ergebe sich, dass sich die Vergewaltigung im noch nicht verjährten Zeitraum, d.h. nach dem 13. November 1990 ereignet habe. Die ersten Vorfälle, bei welchen B._ missbraucht worden sei, hätten sich 1988/1989 im frühen Kindergartenalter zugetragen. Danach seien ein paar Monate bis zu einem Jahr Ruhe gewesen (angefochtenes Urteil S. 12). Sie verweist auf die glaubhaften Aussagen von B._.
4.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Feststellungen zum Sachverhalt prüft es nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (Art. 97 Abs. 1 BGG). Es hat die Voraussetzungen an die Begründungspflicht einer Willkürrüge und wann Willkür vorliegt, bereits mehrfach dargelegt. Darauf kann verwiesen werden (BGE 134 II 244 E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; 132 I 175 E. 1.2 S. 177; je mit Hinweisen). Auf die Rechtsprechung zum Anklagegrundsatz und zum Grundsatz in dubio pro reo kann ebenfalls verwiesen werden (zum Anklagegrundsatz: BGE 126 I 19 E. 2a S. 21; zu in dubio pro reo: BGE 127 I 38 E. 2a S. 40 f.; je mit Hinweisen).
4.4 4.4.1 Soweit der Beschwerdeführer pauschal die Festlegung der Tatzeitpunkte bzw. eine fehlende Übereinstimmung der Aussagen der beiden Opfer rügt, ohne auf die vorinstanzliche Würdigung der Aussagen der Opfer bzw. der einzelnen Tathandlungen und deren Zuordnung zu den Tatbeständen einzugehen bzw. von anderen Verjährungszeitpunkten ausgeht als die Vorinstanz, ohne eine Bundesrechtsverletzung vorzubringen und zu begründen, genügt er den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist nicht einzutreten.
4.4.2 Nicht willkürlich ist es, dass die Vorinstanz die durch B._ beschriebene Vergewaltigung von A._ in den Zeitraum zwischen dem 13. November 1990 und dem Frühjahr 1993 einordnet. B._, welche ab 1988 zwei Kindergartenjahre besuchte (vgl. Vorakten Doss. E act. 2/2 S. 4 und E 2/6 S. 4), erinnert sich detailliert an die ersten beiden Vorfälle, welche sie zeitlich klar abgrenzen kann. Nach ihren Aussagen ereignete sich der erste Vorfall ungefähr 1988 im frühen Kindergarten, der zweite Vorfall im Sommer kurz vor der ersten Klasse, d.h. 1990. Darauf seien immer wieder sexuelle Handlungen erfolgt. Erst bei diesen weiteren Vorfällen war nach ihren Aussagen A._ anwesend. Der Beschwerdeführer habe begonnen, Gegenstände in sie (B._) hineinzustecken. Die Handlungen seien immer schlimmer geworden. Die Vergewaltigung im Keller als letztes Delikt sei vor ihrer Erstkommunion 1993 geschehen (Vorakten E.2/2 S. 4 f.).
Die Vorinstanz durfte die zu beurteilende Handlung (Vergewaltigung von A._ durch den Beschwerdeführer) als äusserst massiven Eingriff ohne Willkür in den späteren Zeitraum der sexuellen Handlungen, d.h. nach dem 13. November 1990 ansiedeln. Denn die regelmässigen bzw. in Anwesenheit von A._ stattfindenden Übergriffe ereigneten sich erst ab dem Sommer 1990, intensivierten sich stetig und gipfelten in der Vergewaltigung durch Dritte vor der Erstkommunion im Frühjahr 1993. Die Beweiswürdigung der Vorinstanz verstösst weder gegen das Willkürverbot nach Art. 9 BV, noch gegen den Grundsatz in dubio pro reo nach Art. 32 Abs. 1 BV oder den Anklagegrundsatz nach Art. 29 Abs. 2 BV.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verletze Bundesrecht im Zusammenhang mit der ihm vorgeworfenen qualifizierten Vergewaltigung nach Art. 190 Ziff. 3 StGB. Der Begründung sei nicht zu entnehmen, dass der Geschlechtsverkehr unter Anwendung übermässiger Gewalt oder dergleichen erzwungen worden sei. Die vorübergehende Fesselung genüge nicht. Ebenso fehle eine Begründung, weshalb er als Mittäter zu qualifizieren sei.
5.2 Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe A._ und B._ in den Kellerräumen zwei Drittpersonen zum Geschlechtsverkehr zur Verfügung gestellt. Sie seien während des Akts auf den Boden gefesselt gewesen. Die Täter hätten sich über die verängstigte B._ lustig gemacht. Der Beschwerdeführer sei als Mittäter zu qualifizieren, da er die Tat organisiert habe (angefochtenes Urteil S. 14). Die Vorinstanz stellt vollumfänglich auf die Aussagen von B._ ab (angefochtenes Urteil S. 7 unten). Danach hätten sie draussen gespielt, worauf sie vom Beschwerdeführer und zwei seiner Kollegen in den Keller geholt worden seien. Der Beschwerdeführer habe sie (B._) dem blonden Kollegen zugewiesen, weil er gewusst habe, dass dieser auf Blonde stehe. Sie sei hinter einer Trennwand an Händen und Füssen auf eine Matratze gefesselt worden. Während des erzwungenen Geschlechtsverkehrs hätten sich die Männer über ihre Angst lustig gemacht. Der "Blonde" habe gesagt: "Jöh, schau mal, wie die grossen blauen Äuglein vor Angst zittern.". Darauf habe der Beschwerdeführer entgegnet, er wisse dies, es sei "richtig geil". Weil sie gezittert habe, habe der "Blonde" während des Eindringens dem Beschwerdeführer zugerufen, er habe doch gesagt, sie sei "eingeritten". Darauf habe der Beschwerdeführer geantwortet, er müsse sie halt nicht "zu Tode ficken". Nach dem Geschlechtsverkehr habe A._ mit dem anderen Kollegen des Beschwerdeführers hinter die Trennwand gehen müssen (angefochtenes Urteil S. 10). Nach den von der Vorinstanz infolge der Übereinstimmung mit den Aussagen von B._ als glaubhaft eingestuften Aussagen von A._ wurde sie ebenfalls nackt auf die Matratze gefesselt, worauf der Kollege den Geschlechtsverkehr mit ihr vollzogen habe (angefochtenes Urteil S. 8 f.).
5.2 Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe A._ und B._ in den Kellerräumen zwei Drittpersonen zum Geschlechtsverkehr zur Verfügung gestellt. Sie seien während des Akts auf den Boden gefesselt gewesen. Die Täter hätten sich über die verängstigte B._ lustig gemacht. Der Beschwerdeführer sei als Mittäter zu qualifizieren, da er die Tat organisiert habe (angefochtenes Urteil S. 14). Die Vorinstanz stellt vollumfänglich auf die Aussagen von B._ ab (angefochtenes Urteil S. 7 unten). Danach hätten sie draussen gespielt, worauf sie vom Beschwerdeführer und zwei seiner Kollegen in den Keller geholt worden seien. Der Beschwerdeführer habe sie (B._) dem blonden Kollegen zugewiesen, weil er gewusst habe, dass dieser auf Blonde stehe. Sie sei hinter einer Trennwand an Händen und Füssen auf eine Matratze gefesselt worden. Während des erzwungenen Geschlechtsverkehrs hätten sich die Männer über ihre Angst lustig gemacht. Der "Blonde" habe gesagt: "Jöh, schau mal, wie die grossen blauen Äuglein vor Angst zittern.". Darauf habe der Beschwerdeführer entgegnet, er wisse dies, es sei "richtig geil". Weil sie gezittert habe, habe der "Blonde" während des Eindringens dem Beschwerdeführer zugerufen, er habe doch gesagt, sie sei "eingeritten". Darauf habe der Beschwerdeführer geantwortet, er müsse sie halt nicht "zu Tode ficken". Nach dem Geschlechtsverkehr habe A._ mit dem anderen Kollegen des Beschwerdeführers hinter die Trennwand gehen müssen (angefochtenes Urteil S. 10). Nach den von der Vorinstanz infolge der Übereinstimmung mit den Aussagen von B._ als glaubhaft eingestuften Aussagen von A._ wurde sie ebenfalls nackt auf die Matratze gefesselt, worauf der Kollege den Geschlechtsverkehr mit ihr vollzogen habe (angefochtenes Urteil S. 8 f.).
5.3 5.3.1 Wer eine Person weiblichen Geschlechts zur Duldung des Beischlafs nötigt, namentlich indem er sie bedroht, Gewalt anwendet, sie unter psychischen Druck setzt oder zum Widerstand unfähig macht, wird mit Freiheitsstrafe von einem Jahr bis zu zehn Jahren bestraft (Art. 190 Abs. 1 StGB). Handelt der Täter grausam, verwendet er namentlich eine gefährliche Waffe oder einen anderen gefährlichen Gegenstand, so ist die Strafe Freiheitsstrafe nicht unter drei Jahren (Art. 190 Abs. 3 StGB). Die Verwendung von Gewalt, Drohung oder Zwang ist Teil des Grundtatbestandes der Vergewaltigung nach Art. 190 Abs. 1 StGB. Die Grausamkeit der Tatbegehung ist nur dann erschwerendes Element, wenn sie über das hinausgeht, was notwendig ist, um den Widerstand des Opfers zu brechen und das Grunddelikt auszuführen. Sie liegt vor, wenn das Opfer besondere Qualen erleidet, die jene der erzwungenen sexuellen Handlung übersteigen. Damit sind Leiden gemeint, welche der Täter dem Opfer aus Sadismus, Brutalität oder Gefühllosigkeit zufügt (vgl. BGE 119 IV 224 E. 3 S. 227 ff.).
5.3.2 Das Delikt der Vergewaltigung kann in Mittäterschaft begangen werden, auch wenn der Mittäter selbst keine Vergewaltigungshandlung vornimmt. Wer sich dem Entschluss des unmittelbaren Täters, das Opfer zu vergewaltigen, vollumfänglich und in genauer Kenntnis der Sachlage anschliesst, und ihn unter anderem durch sein Verhalten während der Vergewaltigung ermutigt, macht sich dieses Deliktes als Mittäter schuldig (BGE 125 IV 134 E. 2 und 3 S. 135 ff. mit Hinweisen).
5.3.2 Das Delikt der Vergewaltigung kann in Mittäterschaft begangen werden, auch wenn der Mittäter selbst keine Vergewaltigungshandlung vornimmt. Wer sich dem Entschluss des unmittelbaren Täters, das Opfer zu vergewaltigen, vollumfänglich und in genauer Kenntnis der Sachlage anschliesst, und ihn unter anderem durch sein Verhalten während der Vergewaltigung ermutigt, macht sich dieses Deliktes als Mittäter schuldig (BGE 125 IV 134 E. 2 und 3 S. 135 ff. mit Hinweisen).
5.4 5.4.1 Der Beschwerdeführer vermittelte nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz die beiden Opfer an die Täter. Er erteilte den unmittelbaren Tätern Auskünfte über den von ihm vorgenommenen vorgängigen sexuellen Missbrauch der Opfer (sie sei "eingeritten"). Zudem war er während der gesamten Vergewaltigungshandlung anwesend und ermunterte den einen Kollegen bei der Vergewaltigung von B._, ihre Angst sei "richtig geil" bzw. gab ihm Ratschläge, er solle nicht zu hart vorgehen ("sie nicht zu Tode ficken"). Daraus ergibt sich, dass sich der Beschwerdeführer vollumfänglich den Handlungen seiner Kollegen anschloss. Die Verurteilung wegen Mittäterschaft erweist sich als bundesrechtskonform.
5.4.2 Durch die Fesseln an Händen und Füssen und das Verbringen in die Kellerräumlichkeiten waren die im Tatzeitpunkt knapp zehn Jahre alten Opfer vollkommen widerstandsunfähig. Beide Handlungen gehen über das Mass hinaus, welches gegenüber den minderjährigen und den drei Männern kräftemässig massiv unterlegenen Opfern zum Vollzug des Geschlechtsverkehrs notwendig gewesen wäre. Dies ergibt sich daraus, dass der Beschwerdeführer als alleiniger Täter schon zuvor mit weniger massiven Mitteln durch blosses "Befehlen" gravierende sexuelle Handlungen mit den beiden Opfern erzwungen hatte (angefochtenes Urteil S. 14 f.). Darüber hinaus belustigten sich die Täter, insbesondere auch der Beschwerdeführer, an der Angst von B._ (angefochtenes Urteil S. 10 und 14). Der durch die Fesselung und das Verbringen in den Keller erhöhte physische und psychische Zwang erfüllt ohne Weiteres den qualifizierten Tatbestand von Art. 190 Ziff. 3 StGB.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz spreche ihn unter Verletzung von Art. 189 StGB der qualifizierten sexuellen Nötigung schuldig. Nach Aussagen von B._ sei sie von ihm nie geschlagen oder mit Gewalt zu den sexuellen Handlungen gezwungen worden. Sie sage auch nichts über eine allfällige Gewaltanwendung gegen A._ aus. Die eine aktenkundige Drohung sei im Zusammenhang mit dem verjährten Vorfall von 1988 erfolgt. Der Altersunterschied von Täter zu Opfer oder ein strukturelles Abhängigkeitsverhältnis genüge nicht, um den Tatbestand der sexuellen Nötigung zu erfüllen, ohne das Nötigungsmittel zu nennen. B._ sei auch immer wieder freiwillig in die Wohnung der Familie XAC._ gekommen und die Eltern von B._ bzw. die Schwester von A._ hätten nie Auffälligkeiten bei den Mädchen festgestellt.
6.2 Die Vorinstanz spricht den Beschwerdeführer der mehrfachen sexuellen Nötigung nach Art. 189 Abs. 1 StGB schuldig. Sie erwägt unter Hinweis auf die Aussagen der Opfer, er habe eine Vielzahl von ähnlichen sexuellen Nötigungshandlungen während eines längeren Zeitabschnitts begangen. Er habe den Kindern "befohlen", an seinem Glied herumzuspielen bzw. ihn zu befriedigen, er habe ihnen Gegenstände in die Scheide eingeführt, sie hätten mit ihm Pornofilme schauen und ihn dabei befriedigen müssen. Die beiden Opfer hätten sich nicht freiwillig beteiligt. Er habe an ihnen gewaltsam oder unter Anwendung psychischen Drucks sexuelle Handlungen vorgenommen (z.B. durch das Einführen von Gegenständen).
6.2 Die Vorinstanz spricht den Beschwerdeführer der mehrfachen sexuellen Nötigung nach Art. 189 Abs. 1 StGB schuldig. Sie erwägt unter Hinweis auf die Aussagen der Opfer, er habe eine Vielzahl von ähnlichen sexuellen Nötigungshandlungen während eines längeren Zeitabschnitts begangen. Er habe den Kindern "befohlen", an seinem Glied herumzuspielen bzw. ihn zu befriedigen, er habe ihnen Gegenstände in die Scheide eingeführt, sie hätten mit ihm Pornofilme schauen und ihn dabei befriedigen müssen. Die beiden Opfer hätten sich nicht freiwillig beteiligt. Er habe an ihnen gewaltsam oder unter Anwendung psychischen Drucks sexuelle Handlungen vorgenommen (z.B. durch das Einführen von Gegenständen).
6.3 6.3.1 Gemäss Art. 189 Abs. 1 StGB macht sich der sexuellen Nötigung schuldig, wer eine Person zur Duldung einer beischlafsähnlichen oder einer anderen sexuellen Handlung nötigt, namentlich indem er sie bedroht, Gewalt anwendet, sie unter psychischen Druck setzt oder zum Widerstand unfähig macht. Der Tatbestand erfasst auch solche Nötigungsmittel, die keinen unmittelbaren Bezug zur Gewalt aufweisen. Es sollen Opfer geschützt werden, die in eine ausweglose Situation geraten und denen es nicht zuzumuten ist, sich dem Vorhaben des gewaltfrei handelnden Täters zu widersetzen (vgl. BGE 131 IV 167 E. 3 S. 169 ff. mit Hinweisen). Der psychische Druck, welchen der Täter zur Schaffung einer Zwangslage erzeugen muss, hat die einer Gewaltanwendung oder Bedrohung vergleichbare Intensität zu erreichen, wobei Kindern eine weniger starke Gegenwehr zuzumuten ist (a.a.O. E. 3.1 S. 170 f.; BGE 131 IV 107 E. 2.4 S. 110 ff; vgl. zur strukturellen Gewalt BGE 128 IV 97 E. 2b S. 98 ff.; je mit Hinweisen). Ob strukturelle Verhältnisse, z.B. im Rahmen eines Erziehungsverhältnisses, als Nötigungsmittel für die sexuellen Ziele eingesetzt werden, ist anhand der konkreten Umstände zu entscheiden (BGE 131 IV 107 E. 2.4 S. 110 ff. mit Hinweisen).
6.3.2 Ist ein Sachverhalt lückenhaft, leidet die Entscheidung an derartigen Mängeln, dass die Gesetzesanwendung nicht nachgeprüft werden kann. Eine Verurteilung ohne die tatbestandsnotwendigen tatsächlichen Grundlagen ist bundesrechtswidrig. In einem solchen Fall ist das angefochtene Urteil auch unter neuem Recht aufzuheben und die Sache zur ergänzenden Tatsachenfeststellung und neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 BGG; BGE 133 IV 293 E. 3.4.2 S. 295 f. mit Hinweisen).
6.4 Nicht einzutreten ist auf die Rüge, soweit der Beschwerdeführer Ergänzungen zum Sachverhalt vorbringt, ohne die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung als willkürlich anzufechten (z.B. bezüglich Feststellungen der Eltern von B._; BGE 134 II 244 E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.). Unzutreffend ist im Übrigen seine Behauptung, er sei wegen qualifizierter sexueller Nötigung schuldig gesprochen worden. Hingegen ist ihm insoweit beizupflichten, als den vorinstanzlichen Erwägungen nicht entnommen werden kann, welches Mittel der Beschwerdeführer zur Nötigung eingesetzt haben soll. Die Vorinstanz legt entgegen den Ausführungen der Beschwerdegegnerinnen den relevanten Sachverhalt nicht dar (z.B. ob die Opfer vor den sexuellen Handlungen bedroht wurden, Gegenwehr leisteten, ob sie festgehalten wurden beim Akt, Verletzungen davontrugen, Schmerzen hatten etc.; vgl. z.B. Einvernahme betr. B._ vom 9. Januar 2007 Doss. E act. 2/6 S. 5 unten). Der allgemeine Hinweis auf die Tatbestandselemente von Art. 189 Abs. 1 StGB, der Beschwerdeführer habe psychischen Druck und Gewalt angewendet, genügt nicht. Insbesondere fehlt eine Differenzierung der einzelnen Tathandlungen und des dabei angewendeten Nötigungsmittels. Fehl geht die von der Beschwerdegegnerin B._ vertretene Auffassung, eine Nötigungshandlung sei zu bejahen, da nach den sexuellen Handlungen ihre Unterwäsche blutverschmiert gewesen sei bzw. der Beschwerdeführer der Drohungen ausgesprochen habe, falls sie nicht über den Vorfall schweige. Denn dabei handelt es sich um den ersten Vorfall im Kindergartenalter, welcher nach den unangefochtenen vorinstanzlichen Erwägungen verjährt ist. Die Vorinstanz wird sich bei der erneuten Befassung mit dem Fall im Einzelnen äussern müssen, worin die Gewalt bzw. der psychische Druck besteht und in welcher konkreten Handlung sie diese Elemente erblickt. Die Beschwerde ist in diesem Zusammenhang gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7. 7.1 Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Im Übrigen ist sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist im Umfang seines Obsiegens gegenstandslos. Soweit die Beschwerde abzuweisen ist, war sie von vornherein aussichtslos. Diesbezüglich ist sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Das von den Beschwerdegegnerinnen gestellte Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Rechtsbeistand ist zu bewilligen, soweit es infolge Obsiegens nicht gegenstandslos geworden ist (Art. 64 Abs. 1 und Abs. 2 BGG).
Die Parteien werden im Umfang ihres Unterliegens kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdegegnerinnen sind aufgrund der gewährten unentgeltlichen Rechtspflege von der Bezahlung der Gerichtskosten befreit (Art. 64 Abs. 1 BGG). Dem Kanton St. Gallen sind gemäss Art. 66 Abs. 4 BGG keine Kosten zu überbinden. Den angespannten finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.
7.2 Der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegner/innen (B._; A._ und der Kanton St. Gallen, vertreten durch die Staatsanwaltschaft) werden im Umfang des Unterliegens hinsichtlich der Parteikosten gegenseitig entschädigungspflichtig (Art. 68 Abs. 2 BGG), wobei die gegenseitigen Parteientschädigungen zu verrechnen sind. Der Staatsanwaltschaft ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Die volle Parteientschädigung ist für den Beschwerdeführer auf Fr. 3'000.-- und für die Beschwerdegegnerinnen auf je Fr. 2'000.-- festzusetzen.
Jede Partei obsiegt ungefähr zur Hälfte. Demzufolge haben die Beschwerdegegner/innen (B._; A._ und der Kanton St. Gallen, vertreten durch die Staatsanwaltschaft) dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen, d.h. es entfällt je Fr. 500.-- auf die einzelnen Beschwerdegegner/innen. Im Gegenzug ist den Beschwerdegegnerinnen B._ und A._ zu Lasten des Beschwerdeführers eine Parteientschädigung von je Fr. 1'000.-- zuzusprechen. Die Parteientschädigungen der Beschwerdegegnerinnen B._ und A._ sowie jene des Beschwerdeführers sind zu verrechnen, so dass der Beschwerdeführer ihnen je eine Parteientschädigung von Fr. 500.-- zu bezahlen hat.
Im Übrigen sind die Rechtsvertreterinnen der Beschwerdegegnerinnen aufgrund der bewilligten unentgeltlichen Rechtspflege mit Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (Art. 64 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 19. Juni 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
2.2 Das Gesuch der Beschwerdegegnerin B._ um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist. Für das bundesgerichtliche Verfahren wird ihr Rechtsanwältin Veronica Hälg als unentgeltliche Anwältin beigegeben.
2.3 Das Gesuch der Beschwerdegegnerin A._ um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist. Für das bundesgerichtliche Verfahren wird ihr Rechtsanwältin Franciska Hildebrand als unentgeltliche Anwältin beigegeben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. 4.1 Der Kanton St. Gallen hat den Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Max Birkenmaier, mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4.2 Der Beschwerdeführer hat die Vertreterin der Beschwerdegegnerin B._, Rechtsanwältin Veronica Hälg, mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4.3 Der Beschwerdeführer hat die Vertreterin der Beschwerdegegnerin A._, Rechtsanwältin Franciska Hildebrand, mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
5. 5.1 Der Vertreterin der Beschwerdegegnerin B._, Rechtsanwältin Veronica Hälg, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- ausgerichtet.
5.2 Der Vertreterin der Beschwerdegegnerin A._, Rechtsanwältin Franciska Hildebrand, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- ausgerichtet.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. März 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch