Erwägungen:
1. Im Rahmen eines Strafverfahrens wegen versuchtem Versicherungsbetrug in Verbindung mit Urkundenfälschung und Nötigung reichte der Angeschuldigte X._ am 2. Mai 2009 24 Anträge gemäss Art. 249 Abs. 2 des Strafverfahrensgesetzes des Kantons Bern vom 15. März 1995 (StrV) ein. Am 9. Juni 2009 wies der a.o. Untersuchungsrichter 5 des Untersuchungsrichteramtes II Emmental-Oberaargau alle gestellten Beweisanträge ab. Dagegen rekurrierte X._ und stellte dabei ein Ablehnungsgesuch gegen den Untersuchungsrichter.
Die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern trat mit Beschluss vom 13. Juli 2009 auf den Rekurs nicht ein und wies das Ablehnungsgesuch ab. Zur Begründung führte sie zusammenfassend aus, dass der Untersuchungsrichter die Parteien gestützt auf Art. 249 Abs. 2 StrV aufgefordert habe, weitere Untersuchungshandlungen zu beantragen, Ergänzungsfragen oder Konfrontationsanträge zu stellen und sich zum Ausgang des Verfahrens zu äussern. Der Beschwerdeführer könne lediglich Anträge gemäss Art. 249 Abs. 2 StrV stellen. Andere Anträge zum Verfahren seien nicht zulässig und damit nicht rekursfähig. Hinsichtlich der abgelehnten Beweisanträge sei die Rekursbegründung ungenügend und das Ablehnungsgesuch erweise sich als offensichtlich unbegründet.
2. X._ führt mit Eingabe vom 18. August 2009 (Postaufgabe 7. September 2009) Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Soweit der Beschwerdeführer Rechtsbegehren stellt, die ausserhalb des Anfechtungsgegenstandes liegen, kann darauf von vornherein nicht eingetreten werden.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Ausführungen der Anklagekammer, die zum Nichteintreten auf seinen Rekurs und zur Abweisung des Ablehnungsgesuchs führten, nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern die Anklagekammer dabei Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzt haben sollte. Da die vorgebrachten Ausführungen keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen des angefochtenen Beschlusses darstellen, ist mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem a.o. Untersuchungsrichter 5 des Untersuchungsrichteramtes II Emmental-Oberaargau und dem Obergericht des Kantons Bern, Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli