Faits:
A. Le 20 juin 2005, X._ SA a résilié le contrat de travail qui la liait à son employée Y._ pour le 31 août 2005. Par courrier du 31 janvier 2006, celle-là a informé celle-ci que la période de protection de six mois, qui suspendait le délai de congé, était arrivé à échéance le 10 février 2006 et que "le contrat prendra automatiquement fin le 28 février 2006". Dans une lettre du 24 février 2006, Y._ a fait savoir à X._ SA qu'elle était enceinte et que son incapacité de travail avait pris fin le 15 février 2006, offrant ses services pour reprendre son poste de travail ou tout autre poste équivalent. Par courrier du 3 mars 2006, l'employeuse a indiqué résilier avec effet immédiat le contrat de travail de l'employée pour abandon d'emploi et justes motifs.
B. Le 7 juillet 2006, Y._ a saisi la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois d'une demande tendant au paiement, par X._ SA, des sommes de 111'477 fr. 35 à titre de salaire pour les mois de mars 2006 à janvier 2007 et de 97'900 fr. à titre d'indemnité correspondant à six mois de salaire, de même que de différents montants notamment à titre de bonus, de frais, de vacances. Elle soutenait en particulier qu'elle avait été en incapacité de travail du 10 août 2005 au 14 février 2006 et invoquait, à cet égard, un document dans lequel son médecin traitant attestait une incapacité de travail à 100 % pour différentes périodes allant du 10 août 2005 au 14 février 2006, puis mentionnait une incapacité de travail de "0" depuis le 15 février 2006. Elle alléguait en outre avoir été victime, le 14 février 2006, d'un accident à la soude caustique, qui l'avait rendue incapable de travailler jusqu'au 1er mars 2006. Elle faisait donc valoir en procédure qu'il n'y avait pas eu d'abandon de son poste de travail et que le congé avec effet immédiat, signifié par lettre du 3 mars 2006, était mal fondé. Par ailleurs, elle soutenait que lors du licenciement du 20 juin 2005 pour le 31 août 2005, elle avait été libérée de son obligation de travailler. Pour prouver son incapacité de travail du 14 février au 1er mars 2006, elle a produit deux documents établis par son médecin traitant, à savoir un certificat médical daté du 13 mars 2006 et attestant d'une incapacité de travail du 15 février au 1er mars 2006, date de la reprise du travail, et une attestation du même médecin du 22 février 2007, disant que cette incapacité était due aux "suites d'un accident domestique".
Le 31 janvier 2007, X._ SA a déposé plainte pénale contre inconnu "avec soupçons portés" sur Y._ et son médecin traitant pour escroquerie, respectivement tentative d'escroquerie, et faux dans les titres ou dans les certificats, cette plainte visant le certificat médical du 13 mars 2006. Par ordonnance du 8 mai 2007, le Juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne a séquestré le dossier médical de Y._ auprès de son médecin traitant, interdisant à quiconque de consulter ledit dossier. X._ SA a recouru contre cette décision et par arrêt du 19 juin 2007, le Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois a invité le juge d'instruction à désigner un expert "afin qu'il consulte le dossier séquestré et détermine si l'état de santé découlant du dossier médical est compatible avec l'attestation médicale de l'incapacité de travail du 10 août 2005 au 14 février 2006 (...) et le certificat médical d'incapacité de travail du 15 au 28 février 2006".
Le 29 mai 2007, X._ SA a déposé devant la Cour civile une requête incidente dans laquelle elle a conclu à la suspension de la cause pendante devant ladite autorité jusqu'à droit connu sur la plainte pénale et à la fixation, à l'issue de cette procédure, d'un nouveau délai pour procéder sur la réplique de son adverse partie du 29 mars 2007. Par courrier du 1er juin 2007, le Juge instructeur de la Cour civile a refusé de faire droit à cette dernière réquisition. X._ SA a déposé sa duplique dans le délai imparti à cet effet. Par jugement incident du 20 août 2007, le Juge instructeur de la Cour civile a rejeté la requête incidente en suspension de cause; il a considéré que les conditions cumulatives prévues par l'art. 124 du code de procédure civile du canton de Vaud du 14 décembre 1966 (CPC/VD; RSV 270.11) pour admettre la suspension de l'instance n'étaient pas réalisées; quant à la deuxième conclusion de la requête incidente, il a retenu qu'elle était devenue sans objet, X._ SA ayant déposé sa duplique le 13 juillet 2007. Le 31 août 2007, le Juge instructeur de la Cour civile a tenu l'audience préliminaire. Le 5 novembre 2007, ce magistrat a rendu une ordonnance sur preuves, ordonnant une expertise sur différents allégués qui exposaient les propriétés de la soude caustique et les effets d'un accident avec ce produit. Saisie par X._ SA et statuant par arrêt du 12 mars 2008, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a confirmé le jugement incident du 20 août 2007.
C. X._ SA (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 12 mars 2008, concluant principalement à la réforme de cette décision en ce sens que la cause qui la divise de Y._ et la Caisse Z._ devant la Cour civile est suspendue jusqu'à droit connu, définitif et exécutoire, sur sa plainte/dénonciation pénale, subsidiairement à l'annulation dudit arrêt, avec suite de frais et dépens de toutes instances. Elle a également requis l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 16 juin 2008. Y._ (l'intimée) a proposé le rejet du recours, sous suite de frais et dépens. La Caisse Z._ (l'intervenante) ne s'est pas déterminée dans le délai qui lui avait été imparti à cette fin.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 III 629 consid. 2).
1.1 En l'occurrence, la cour cantonale a refusé de suspendre l'instance civile jusqu'à droit connu sur la poursuite pénale. Cette décision, qui ne met pas un terme à la procédure, est incidente (cf. arrêt P.464/1981 du 21 avril 1982, consid. 1a, non résumé sur ce point in SJ 1983 p. 58).
Le recours au Tribunal fédéral contre une décision incidente qui ne concerne ni la compétence, ni une demande de récusation (cf. art. 92 LTF) n'est recevable qu'aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF. Une telle décision ne peut être examinée par le Tribunal de céans que si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF). La seconde hypothèse n'entrant manifestement pas en considération dans la présente affaire, il convient uniquement d'examiner si le recours est recevable au regard de l'art. 93 al. 1 let. a LTF.
Selon la jurisprudence, un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable que s'il cause un inconvénient de nature juridique; tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable au recourant ne le ferait pas disparaître entièrement, en particulier lorsque la décision incidente contestée ne peut plus être attaquée avec la décision finale, rendant ainsi impossible le contrôle par le Tribunal fédéral; en revanche, un dommage de pur fait, tel que la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme un dommage irréparable de ce point de vue (ATF 133 III 629 consid. 2.3.1). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure; en tant que cour suprême, le Tribunal fédéral doit en principe ne s'occuper qu'une seule fois d'un procès, et cela seulement lorsqu'il est certain que le recourant subit effectivement un dommage définitif (ATF 134 IV 43 consid. 2.1 p. 45; 133 III 629 consid. 2.1 p. 631). Il appartient au recourant d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision préjudicielle ou incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 133 III 629 consid. 2.3.1).
La question de savoir si la décision refusant la suspension d'une cause civile jusqu'à droit connu sur le résultat d'une procédure pénale a été laissée indécise dans l'arrêt P.464/1981 du 21 avril 1982, consid. 1b, non résumé sur ce point in SJ 1983 p. 58.
1.2 En l'espèce, la cour cantonale a considéré ce qui suit:
L'enquête pénale tendait notamment à déterminer si le certificat médical du 13 mars 2006 était constitutif d'un faux dans les titres ou les certificats; l'issue pénale était ainsi susceptible de présenter un intérêt pour le sort de l'action civile, puisque si ledit certificat était un faux, un abandon d'emploi à compter du 15 février 2006 pourrait entrer dans le domaine du possible et la résiliation du contrat de travail avec effet immédiat donnée le 3 mars 2006 pourrait être fondée.
Cependant, il n'apparaissait pas que la suspension de la cause civile soit indispensable; en effet, la validité de la résiliation avec effet immédiat dépendait surtout de la réponse à donner aux questions de savoir si l'intimée n'avait pas été dispensée de reprendre le travail ou s'il n'était pas exigé de l'employeuse qu'elle somme sa collaboratrice de le faire, au point que l'existence d'un faux intellectuel n'était pas déterminante; même s'il s'avérait que l'intimée avait obtenu un certificat médical de complaisance, cela ne viderait pas le litige de son objet.
D'autre part, le procès civil avait dépassé le stade de l'audience préliminaire et la partie qui entendrait se prévaloir du résultat de la procédure pénale, en particulier de l'expertise suggérée par le Tribunal d'accusation dans son arrêt du 19 juin 2007, devrait donc de toute façon se réformer, que la cause soit suspendue ou non.
Par ailleurs, il résultait du procès-verbal des opérations qu'à ce jour-là, l'expertise ordonnée par le Juge instructeur de la Cour civile afin de répondre à certains allégués n'avait pas encore été réalisée; en outre, la procédure probatoire connaissait des difficultés et un recours non contentieux venait d'être déposé contre une décision du Juge instructeur de la Cour civile refusant d'ordonner la production de pièces; les témoins n'avaient pas encore été entendus; le délai pour le dépôt du mémoire de droit ne pourrait être fixé avant un laps de temps substantiel et l'on pouvait prévoir qu'entre-temps l'expertise pénale aurait été déposée, voire l'ordonnance de clôture définitive d'enquête rendue, étant rappelé qu'en principe la suspension n'était prononcée que jusqu'à la clôture de l'enquête; les résultats de la procédure pénale, en tant qu'ils étaient pertinents, pourraient ainsi être introduits en temps utile dans le cadre de la procédure civile.
Il convenait de rappeler que la preuve par expertise avait également été mise en oeuvre sur la question des effets de la soude caustique dans le cadre de la procédure civile, dont les réponses seraient aussi pertinentes sur la question de la capacité de travail de l'intimée; de ce point de vue également, il importait de ne pas se fonder sur les seuls résultats de la procédure pénale; les principes de célérité et d'économie de la procédure imposaient dès lors que les deux procédures avancent en parallèle et non successivement.
Au cas où l'expertise pénale devait ne pas être déposée le jour du dépôt du mémoire de droit, sans que cela ne soit imputable à la recourante (par exemple en raison d'un défaut de paiement de l'avance de frais), celle-ci aurait la faculté de déposer une nouvelle requête de suspension, si elle en estimait les conditions réalisées.
1.3 La recourante estime que la décision incidente litigieuse lui causerait un préjudice irréparable.
1.3.1 En premier lieu, elle soutient avoir perdu la possibilité d'introduire les nova qu'elle aurait été en droit de faire valoir si la suspension avait été accordée, faculté que le Juge instructeur de la Cour civile avait évoquée à l'appui de son refus du 1er juin 2007 d'assortir la requête en suspension de cause de l'effet suspensif; un recours dirigé contre le jugement final ne permettrait pas de la rétablir dans cette prérogative; la perte de son droit serait d'autant plus marquée que le procès civil avait dépassé le stade de l'audience préliminaire, si bien qu'elle devait désormais de toute façon se réformer, ce que la cour cantonale relevait d'ailleurs expressément dans l'arrêt entrepris, assertion qui consacrerait une attitude peu compatible avec les exigences de la bonne foi découlant de l'art. 2 CC.
Selon l'art. 153 CPC/VD, la partie qui désire corriger ou compléter sa procédure peut, jusqu'à la clôture de l'audience de jugement, demander l'autorisation de se réformer (al. 1). Aux termes de l'art. 279 CPC/VD, qui figure dans le chapitre consacré à l'audience préliminaire et porte le titre marginal "exclusion des nova", aucune des parties ne peut alléguer des faits nouveaux, ni soulever des exceptions nouvelles, ni produire des titres ou moyens de preuve nouveaux (al. 1). Il n'y a d'exception que s'il apparaît que la partie a été sans sa faute dans l'impossibilité de le faire dans sa dernière écriture ou n'a pas eu de raison de soulever de nouveaux moyens (al. 2). Ainsi, après la clôture de l'audience préliminaire, les parties ne peuvent modifier ou retirer leurs allégués et déterminations qu'en se réformant (arrêt de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois du 27 mars 1956, reproduit in JT 1956 III p. 123, spéc. p. 125).
En l'occurrence, il apparaît qu'au moment où l'arrêt litigieux a été rendu, le 12 mars 2008, l'audience préliminaire avait déjà eu lieu, le 31 août 2007, d'où la nécessité de se réformer pour présenter de nouveaux éléments de fait, quelle que soit l'issue de la procédure incidente. Or, la recourante, à laquelle il incombait d'établir que la décision incidente pouvait lui causer un dommage irréparable (cf. consid. 1.1), ne démontre pas en quoi l'étendue de la faculté d'introduire des faits nouveaux serait plus restreinte dans le cadre d'une réforme qu'indépendamment d'une telle procédure. Tout au plus pourrait-on songer à la problématique de la prolongation de la procédure ou d'un accroissement des frais, éléments qui ne constituent comme précédemment exposé pas des inconvénients de nature juridique, mais seulement de pur fait (cf. consid. 1.1.).
1.3.2 Invoquant l'art. 157 CPC/VD, qui dispose que la même partie ne peut se réformer que deux fois au plus dans la même instance, la recourante déplore la perte irrémédiable d'une possibilité de réforme.
Un tel inconvénient ne peut en aucun cas être considéré comme un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, ouvrant la voie du recours au Tribunal fédéral contre une décision incidente. Pour le surplus, dans la mesure où la recourante déplore le "cortège de conséquences financières" inhérent à l'obligation de se réformer, elle ne se prévaut comme déjà vu que d'un dommage de pur fait (cf. consid. 1.1. et 1.3.1).
1.3.3 La recourante critique ensuite l'argumentation de la cour cantonale en tant qu'elle relève la possibilité de déposer une nouvelle requête en suspension dans l'hypothèse où l'expertise pénale devait ne pas être rendue au jour du dépôt des mémoires de droit devant la Cour civile; elle relève le caractère aléatoire de cette faculté, tenant en particulier à l'incertitude sur le point de savoir si l'expertise en question, portant sur l'état de santé de l'intimée, sera effectivement mise en oeuvre, d'où "l'érosion graduelle et semble-t-il définitive du substrat probatoire" qui en découle.
Comme la recourante le mentionne d'ailleurs elle-même, ces considérations "n'ont à vrai dire plus grand chose à voir avec le strict respect de l'article 124 CPC/VD". En tout état, elles ne lui sont d'aucune aide pour convaincre de l'existence d'un préjudice irréparable causant un inconvénient de nature juridique, eu en particulier égard à la privation de la possibilité de faire valoir les griefs dirigés contre la décision incidente dans le cadre du recours contre la décision finale.
1.4 En résumé, la cour cantonale a confirmé le jugement incident rejetant la requête en suspension en particulier au motif que le résultat de la procédure pénale ne permettait pas à elle seule de sceller le sort de l'affaire civile, dans le cadre de laquelle d'autres mesures d'instructions devaient de toute façon être ordonnées, si bien que mener les deux procédures en parallèle faisait gagner du temps. Cela étant, la recourante conservait jusqu'à la fin de la procédure la faculté d'introduire des faits nouveaux en se réformant, étant encore précisé que si la procédure pénale n'était pas encore terminée à l'issue de la procédure probatoire au civil, il lui était loisible de déposer une nouvelle requête de suspension. Dans ces circonstances, l'on ne distingue pas en quoi la décision querellée pourrait causer à la recourante un préjudice irréparable, de sorte qu'elle ne pouvait pas faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral, d'où l'irrecevabilité du recours.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimée sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 LTF). Il n'y a en revanche pas lieu d'allouer de dépens à l'intervenante (art. 68 al. 3 LTF), qui ne s'est de toute façon pas déterminée.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 15 août 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant: La Greffière:
Klett Cornaz