Faits:
A. La société à responsabilité limitée de droit néerlandais X._ (ci-après: X._ ou la Société), dont le but est l'achat, la vente, la commercialisation et le courtage de matières premières, en particulier le pétrole brut, le gaz naturel et leurs dérivés, a son siège social à Rotterdam, aux Pays-Bas. Depuis le 23 mai 2003, elle a transféré ses bureaux à Curaçao. X._ est détenue par la société X._ Trading Group (Curaçao), elle-même détenue par le groupe X._, dont le siège social se trouve à Tortola (Îles Vierges britanniques) et qui comprend quelque 120 sociétés actives sur trois continents.
En juin 1989, X._ a fait inscrire au registre du commerce de Genève une succursale sous le nom de "X._, Rotterdam, succursale de Genève" (ci-après: X._, succursale de Genève ou la Succursale), dont le but était d'acheter, vendre, échanger dans le domaine des matières premières, en particulier en rapport avec l'énergie, notamment du pétrole brut, du gaz et tous les produits dérivés. Jusqu'en 1999, X._, succursale de Genève a fourni en fait des services aux sociétés membres du groupe X._. En mai 2003, elle a changé sa raison sociale en "X._, Curaçao, succursale de Genève". Conformément au courrier de l'Administration fiscale genevoise du 26 février 2001, depuis la période fiscale 2001 et pour une durée de cinq ans, X._, succursale de Genève est au bénéfice des règles d'imposition cantonales relatives aux sociétés auxiliaires, de sorte que les dividendes et autres produits de participations qui ont nature de distribution de bénéfices sont exemptés de l'impôt sur le bénéfice.
La société U._ SA à Genève a été créée en 1986. En 1988, elle a été achetée par X._, grâce à un prêt du groupe X._, pour le prix - correspondant aux fonds propres de U._ SA à l'époque - de 1'324'514 fr.; elle a été inscrite au registre du commerce sous le nom de S._ SA (ci-après: S._ ou la Filiale). Par décision du 4 mars 1997, le conseil d'administration de X._ a attribué l'entier du capital-actions de S._ à X._, succursale de Genève. La participation apparaît dans les bilans de X._, succursale de Genève depuis cette date. De 1989 à 1999, ayant transféré ses activités de services et son personnel à X._, succursale de Genève, S._ a eu pour seule activité l'octroi d'un prêt à celle-ci, qui s'élevait au 31 décembre 1999 au moment de son remboursement à 2'789'425 fr. Les intérêts de ce prêt s'élevaient à 76'260 fr. en 1996, 65'570 fr. en 1997, à 72'180 fr. en 1998 et à 61'065 fr. en 1999. Elle a ainsi réalisé un chiffre d'affaires de 77'810 fr. en 1997, de 82'421 fr. en 1998 et de 91'065 fr. en 1999. Son bénéfice reporté s'élevait à 2'059'701 fr. au 31 décembre 1997, à 2'119'676 fr. au 31 décembre 1998, à 2'155'718 fr. au 31 décembre 1999, à 2'512'324 fr. au 31 décembre 2000. X._, succursale de Genève a été assujettie aux impôts directs cantonal et communal.
Par convention du 31 décembre 1999, S._ a repris une partie des activités et du personnel de X._, succursale de Genève. Depuis cette date, S._, qui s'est installée dans les locaux de X._, succursale de Genève, qu'elle lui loue, rend des prestations de services internes (en matière comptable, fiscale, informatique, légale, d'audit et de gestion des ressources humaines) aux sociétés membres du groupe X._ (selon nouvelle inscription au registre du commerce), en particulier à X._, succursale de Genève.
B. Par décision du 23 décembre 2002, l'Assemblée générale de S._ a distribué à X._, succursale de Genève un dividende brut de 2'155'000 fr., échu à la même date, qu'elle a déclaré le 10 janvier 2003 à l'Administration fédérale des contributions au moyen du formulaire n° 103. Le montant de l'impôt anticipé s'élevait à 754'250 fr. Le solde de 1'400'750 fr. a été versé sur le compte de X._, succursale de Genève.
Le 15 janvier 2003, X._, succursale de Genève a adressé à l'Administration fédérale des contributions le formulaire n° 25 sollicitant le remboursement de l'impôt anticipé de 754'250 fr.
Par courrier du 12 mai 2003, l'Administration fédérale des contributions a refusé le remboursement. Il appartenait à X._ d'exercer le droit au remboursement, la participation dans S._ n'étant pas objectivement attribuable à la succursale de Genève. Par décision du 6 avril 2004, après un important échange de correspondances avec X._, succursale de Genève, l'Administration fédérale des contributions a rejeté la demande de remboursement de l'impôt anticipé; les conditions de l'art. 24 al. 2 et 3 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21) n'étaient remplies.
Le 14 mai 2004, X._, succursale de Genève a déposé une réclamation contre la décision rendue le 6 avril 2004. Elle fondait son droit au remboursement de l'impôt anticipé sur les art. 9 al. 1, 24 al. 2 et 3 LIA, l'absence d'intention d'éluder l'impôt au sens de l'art. 21 al. 2 LIA et la clause de non discrimination de l'art. 10 § 3 de la convention du 12 novembre 1951 entre la Confédération suisse et le Royaume des Pays-Bas en vue d'éviter les doubles impositions dans le domaine des impôts sur le revenu et la fortune (convention de double imposition avec les Pays-bas ou CDI-NL; RS 0.672.963.61).
Par décision du 28 octobre 2005, l'Administration fédérale des contributions a rejeté la réclamation. La question de l'existence d'une activité au siège de X._ aux Pays-Bas pouvait demeurer ouverte (décision sur réclamation, consid. 7.1). Dans l'application de l'art. 24 al. 3 LIA, il suffisait de constater que la participation dans S._ n'était pas objectivement attribuable à X._, succursale de Genève et que cette dernière voulait éluder l'impôt, ce qui justifiait le refus de remboursement.
Le 30 novembre 2005, X._, succursale de Genève a interjeté recours contre la décision du 28 octobre 2005 auprès de la Commission fédérale de recours en matière d'impôts. Elle fondait à nouveau son droit au remboursement de l'impôt anticipé de 754'250 fr. sur les art. 24 al. 2 et 3 LIA et l'absence d'intention d'éluder l'impôt.
C. Par arrêt du 5 juin 2007, le Tribunal administratif fédéral, qui a succédé à la Commission fédérale de recours en matière d'impôts dès le 1er janvier 2007, a jugé que "le recours formé par X._, Curaçao (anciennement X._, Rotterdam), représentée par la succursale X._, Curaçao, succursale de Genève (X._, Rotterdam, succursale de Genève) était partiellement admis au sens des considérants, la cause étant renvoyée à l'Administration fédérale des contributions pour nouvelle décision"; il a en outre mis 6'000 fr. de frais de procédure à la charge de la recourante et lui a alloué une indemnité à titre de dépens de 3'500 fr. à charge de l'Administration fédérale des contributions.
Il a laissé ouverte la question de la qualité pour recourir de X._, succursale de Genève , considérant qu'elle pouvait recourir pour le compte de X._. Sur le fond, X._ ne pouvait être assimilée à une société ayant son siège en Suisse au sens de l'art. 24 al. 2 LIA. Les conditions du remboursement prévues par l'art. 24 al. 3 LIA n'étaient pas remplies. S._ ayant rendu des services non seulement à X._, succursale de Genève mais également à des tiers et aux sociétés membres du groupe X._, la participation dans S._ ne pouvait pas être considérée comme appartenant à la fortune d'exploitation de la Succursale. L'opération constituait en outre une évasion fiscale. Enfin, même si l'intéressée n'avait déposé que le formulaire n° 25 (pour requérants domiciliés en Suisse), l'Administration fédérale des contributions avait fait preuve de formalisme excessif en limitant son examen au droit interne. Elle aurait dû examiner d'office si le remboursement pouvait être accordé en application de la convention de double imposition avec les Pays-bas. Il convenait donc de renvoyer l'affaire à l'Administration fédérale des contributions afin qu'elle examine cet aspect et rende une nouvelle décision.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public (2C_333/2007) du 6 juillet 2007, l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt du 5 juin 2007 en tant qu'il lui renvoie la cause pour nouvelle décision au sens des considérants et met une indemnité de partie de 3'500 fr. à sa charge. Elle se plaint de la constatation inexacte et incomplète des faits, ce qui aurait conduit le Tribunal administratif fédéral à considérer que X._ n'avait pas renoncé à se prévaloir de la convention de double imposition avec les Pays-bas pour obtenir le remboursement de l'impôt anticipé. Un renvoi du dossier ne se justifiait donc pas.
Agissant également par la voie du recours en matière de droit public (2C_407/2007) du 16 août 2007, X._, représentée par sa succursale X._, succursale de Genève, demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, en premier lieu, d'annuler l'arrêt rendu le 5 juin 2007 par le Tribunal administratif fédéral en tant qu'il refuse le remboursement de l'impôt anticipé et constate l'intention d'éluder l'impôt puis d'ordonner le remboursement de 754'250 fr. Elle se plaint de la violation des art. 21 al. 2 et 24 al. 3 LIA ainsi que de l'art. 10 al. 3 CDI-NL.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours n° 2C_407/2007 sous suite de frais. X._, représentée par X._, succursale de Genève, conclut sous suite de frais et dépens, à la jonction des causes 2C_333/2007 et 2C_407/2007, au rejet du recours 2C_333/2007 et au remboursement de 754'250 fr.
Considérant en droit:
1. Les recours ont été déposés contre le même arrêt. Par économie de procédure, il convient de prononcer la jonction des causes et de statuer sur les mérites des deux recours dans un seul et même arrêt (art. 24 PCF et 71 LTF).
I. Recours 2C_333/2007
2. 2.1 D'après la loi sur le Tribunal fédéral, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF) ou contre les décisions partielles (art. 91 LTF), notamment qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (lettre a). En revanche, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 LTF).
Le Tribunal administratif fédéral a renvoyé la cause à l'Administration fédérale des contributions pour qu'elle rende une nouvelle décision tenant compte de la convention de double imposition avec les Pays-Bas. Dans la mesure où il ne décide pas du remboursement au regard de la convention, son arrêt a le caractère d'une décision incidente. En principe, une telle décision ne cause pas de dommage irréparable (ATF 133 V 477 consid. 4.2 p. 481 s.; Archives 62, p. 491 consid. 1b p. 493). En revanche, tel est le cas dès lors qu'il invite de manière contraignante l'autorité fiscale à instruire une nouvelle fois l'affaire et à rendre une nouvelle décision en application de la convention de double imposition avec les Pays-Bas, qu'elle ne pourrait attaquer ensuite (ATF 133 V 477 consid. 5.2 p. 483). Par conséquent, les griefs de l'Administration fédérale des contributions, qui recourt contre le renvoi de la cause pour nouvelle décision en application de la convention de double imposition avec les Pays-Bas, sont en principe recevables.
2.2 Déposé en temps utile et dans les formes prévues par la loi (art. 100 al. 1 et 106 al. 2 LTF) par l'Administration fédérale des contributions (art. 89 al. 2 lettre a LTF) contre un arrêt rendu par le Tribunal administratif fédéral (art. 85 al. 1 lettre a LTF) en matière d'impôt anticipé qui échappe aux exceptions de l'art. 83 LTF (art. 56 LIA), le recours est recevable pour violation du droit fédéral (cf. art. 95 lettre a LTF).
2.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF) et applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). D'après l'art. 105 al. 2 LTF, il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3. D'après l'Administration fédérale des contributions, le Tribunal administratif fédéral a violé le droit fédéral en lui renvoyant la cause pour nouvelle décision tenant compte de la convention de double imposition avec les Pays-Bas.
3.1 D'après les art. 29 al. 1 et 30 al. 2 LIA, la personne morale qui veut demander le remboursement de l'impôt anticipé doit présenter une demande écrite à l'Administration fédérale des contributions. Cette demande peut être présentée, au plus tôt après l'expiration de l'année civile au cours de laquelle la prestation imposable est échue (art. 29 al. 2 LIA). Le droit au remboursement s'éteint si la demande n'est pas présentée dans les trois ans après l'expiration de l'année civile au cours de laquelle la prestation est échue (art. 32 al. 1 LIA). Celui qui demande le remboursement de l'impôt anticipé doit renseigner en conscience l'autorité compétente sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour déterminer le droit au remboursement; il doit en particulier remplir complètement et exactement les formules de demandes et les questionnaires et fournir, à la requête de l'autorité, les attestations concernant la déduction de l'impôt et produire les livres, pièces justificatives et autres documents (art. 48 LIA). L'administration fédérale des contributions arrête toutes les instructions et prend toutes les décisions qui ne sont pas réservées à une autre autorité (art. 41 LIA). En particulier, elle arrête les instructions générales et prend les décisions particulières nécessaires au remboursement de l'impôt anticipé par la Confédération; elle fixe la forme et le contenu des formules de demandes en remboursement et des questionnaires et désigne les pièces justificatives qui doivent être jointes aux demandes (art. 63 al. 1 de l'ordonnance du 19 décembre 1966 d'exécution de la loi fédérale sur l'impôt anticipé [OIA; RS 642.211]). La demande en remboursement doit être adressée à l'Administration fédérale des contributions sur formule officielle (art. 64 al. 1 OIA).
D'après l'art. 3 de l'arrêté du Conseil fédéral du 28 mars 1952 concernant l'exécution de la convention entre la Confédération suisse et le Royaume des Pays-Bas en vue d'éviter les doubles impositions dans le domaine des impôts sur le revenu et sur la fortune (Remboursement des impôts à la source sur les rendements de capitaux; arrêté CDI-NL; RS 672.963.61), l'ayant droit au remboursement doit exercer ce droit devant l'autorité fiscale centrale de l'Etat où il était domicilié au moment de l'échéance du rendement imposé, à l'intention de l'autorité fiscale, désignée à l'art. 5, al. 2, de l'Etat qui a perçu l'impôt à la source, dans les deux ans après l'expiration de l'année civile en laquelle est échu le rendement imposé. L'autorité fiscale centrale est, en Suisse, l'Administration fédérale des contributions, à Berne, et, aux Pays-Bas, le directeur général des affaires fiscales, à La Haye (art. 3 al. 2 de l'arrêté CDI-NL). La demande doit être remise en trois exemplaires sur formule R-NL 1 pour le remboursement de l'impôt néerlandais sur les dividendes, à l'Administration fédérale des contributions, à Berne, sur formule V. S. 160/R 81 pour le remboursement de l'impôt anticipé suisse, à l'inspecteur de l'impôt des sociétés («Inspecteur der vennootschapsbelasting»), à Amsterdam.
3.2 Il résulte de ces dispositions que le remboursement de l'impôt anticipé est une faculté de l'ayant droit: ni la loi sur l'impôt anticipé, ni la convention de double imposition avec les Pays-Bas, ni son arrêté d'exécution ne contraignent un ayant droit à faire usage de son droit au remboursement. Si celui-ci entend obtenir le remboursement ou le dégrèvement de l'impôt anticipé, il est alors tenu de déposer une demande écrite, dont le contenu formel et matériel ainsi que les destinataires diffèrent selon que la demande se fonde sur le droit interne ou sur la convention de double imposition, les conditions du remboursement n'étant dans les deux cas pas similaires. En imposant aux ayants droit qui demandent le remboursement de l'impôt anticipé l'utilisation de formulaires différents, l'Administration fédérale des contributions pose des exigences formelles qui correspondent dans chaque hypothèse aux conditions matérielles du remboursement. On ne saurait par conséquent qualifier ces exigences de formalisme excessif ni d'excès ou d'abus du pouvoir d'appréciation (cf. aussi arrêt 2A.313/1994 du 3 novembre 1995, consid. 4, in: Archives 65, p. 64).
3.3 Par conséquent, en jugeant que l'Administration fédérale des contributions avait fait preuve de formalisme excessif en n'examinant la demande que sous l'angle de droit interne suisse, le Tribunal administratif fédéral a violé le droit fédéral. Il était en effet conforme aux dispositions légales décrites ci-dessus que l'Administration fédérale des contributions ne se saisisse pas d'office d'une demande de remboursement de l'impôt anticipé sur la base de la convention de double imposition avec les Pays-Bas.
A supposer que la bonne foi ou l'interdiction du formalisme excessif commandât à l'Administration fédérale des contributions de signaler l'existence d'un droit au dégrèvement fondé sur la convention de double imposition avec les Pays-Bas, le Tribunal administratif fédéral aurait dû constater que, dans sa lettre du 12 mai 2003, l'Administration fédérale des contributions avait précisé en temps utile qu'il incombait à l'entreprise étrangère du siège principal d'établir et d'exercer son droit au remboursement de l'impôt anticipé. Le recours de l'Administration fédérale des contributions est par conséquent admis. Il s'ensuit que l'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il renvoie la cause pour nouvelle décision à l'Administration fédérale des contributions. L'arrêt attaqué ayant au surplus confirmé le refus de rembourser l'impôt anticipé fondé sur l'application du droit interne uniquement, l'issue du recours déposé par l'Administration fédérale des contributions ne rend pas sans objet le recours 2C_407/2007.
II. Recours 2C_407/2007
4. 4.1 Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions incidentes notifiées séparément si elles peuvent causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 lettre a LTF; cf. ci-dessus: consid. 2.1).
4.2 En renvoyant la cause à l'Administration fédérale des contributions pour qu'elle rende une nouvelle décision tenant compte de la convention de double imposition avec les Pays-Bas, le Tribunal administratif fédéral a rendu une décision incidente, qui ne cause en principe pas de dommage irréparable. Toutefois, comme le renvoi de la cause à l'Administration fédérale des contributions a été jugé contraire au droit fédéral et annulé, une déclaration d'irrecevabilité du présent recours empêcherait définitivement X._ de faire valoir ses griefs contre l'application du droit interne suisse. Dans ces conditions, déposé en temps utile et dans les formes prévues par la loi (art. 100 al. 1 et 106 al. 2 LTF) contre un arrêt rendu par le Tribunal administratif fédéral (art. 85 al. 1 lettre a LTF) en matière d'impôt anticipé qui échappe aux exceptions de l'art. 83 LTF (art. 56 LIA), le recours en matière de droit public en tant qu'il est déposé par X._, représentée par X._, succursale de Genève est en principe recevable.
Faute de jouir de la personnalité juridique, X._, succursale de Genève, qui est une succursale de X._, est dépourvue de la capacité d'être partie en justice en son propre nom (ATF 120 III 11 consid. 1a p. 13).
5. 5.1 La Confédération perçoit un impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers (art. 1 LIA), en particulier les distributions de dividendes aux actionnaires (art. 4 al. 1 lettre b LIA), qui est remboursé pour autant que les conditions légales (art. 21 ss LIA) soient remplies. L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable (art. 10 al. 1 LIA) et elle est exécutée soit par le paiement de l'impôt soit par la déclaration de la prestation imposable (art. 11 LIA). Pour les revenus de capitaux mobiliers, la créance fiscale prend naissance au moment où échoit la prestation imposable (art. 12 al. 1 LIA) et l'impôt s'élève à 35% (art 13 al. 1 lettre a LIA). Le contribuable doit, en versant, virant, créditant ou imputant la prestation imposable, en déduire le montant de l'impôt anticipé, sans avoir égard à la personne du créancier et doit donner au bénéficiaire de la prestation imposable les indications nécessaires pour faire valoir le droit au remboursement et, à sa demande, lui délivrer une attestation (art. 14 LIA).
5.2 D'après l'art. 21 al. 1 lettre a LIA, l'ayant droit au sens des art. 22 à 28 peut demander le remboursement de l'impôt anticipé retenu à sa charge par le débiteur pour l'impôt sur les revenus de capitaux mobiliers, s'il avait au moment de l'échéance de la prestation imposable le droit de jouissance sur les valeurs qui ont produit le rendement soumis à l'impôt et pour autant que le remboursement ne permette pas d'éluder l'impôt (art. 21 al. 2 LIA). Parmi les ayants droit figurent notamment les personnes morales qui avaient leur siège en Suisse à l'échéance de la prestation imposable (art. 24 al. 2 LIA) ainsi que les entreprises étrangères qui sont tenues de payer des impôts cantonaux ou communaux sur leurs revenus provenant d'un établissement stable en Suisse, ou sur la fortune d'exploitation de cet établissement (art. 24 al. 3 LIA).
5.3 En l'espèce, la recourante ne met à juste titre plus en cause l'interprétation et l'application par le Tribunal administratif fédéral des art. 9 al. 1 et 24 al. 2 LIA. En effet, l'art. 9 al. 1 LIA ne concerne que les conditions de la perception de l'impôt anticipé et non pas les conditions de son remboursement, tandis que l'art. 24 al. 2 LIA ne concerne que les personnes morales dont le siège est en Suisse, ce qui n'est pas le cas de la recourante. Seul reste litigieux par conséquent le droit au remboursement fondé sur l'art. 24 al. 3 LIA.
6. 6.1 D'après l'art. 24 al. 3 LIA, pour avoir droit au remboursement de l'impôt anticipé, l'entreprise doit a) être étrangère, b) disposer d'un établissement stable en Suisse, c) être tenue de payer des impôts cantonaux et communaux d) sur les revenus provenant de cet établissement stable ou sur la fortune d'exploitation de cet établissement et enfin e) demander le remboursement de l'impôt anticipé prélevé sur le rendement de cette fortune ("von den Einkünften aus diesem Betriebs-vermögen abgezogenen Verrechnungssteuer").
6.2 Le Tribunal administratif fédéral a confirmé la pratique de l'Administration fédérale des contributions relative à l'art. 24 al. 3 LIA. Cette pratique est en substance la suivante. Une participation est rattachée à l'établissement stable en Suisse si elle sert directement et exclusivement l'activité de l'établissement stable constituant ainsi une part du capital d'exploitation et un actif nécessaire à l'exploitation de l'établissement ("upstream") ou si l'activité de l'établissement stable a contribué pour une part essentielle à l'acquisition des revenus de participation ("downstream"). Tel n'est pas le cas si la participation est détenue dans l'intérêt de l'ensemble de l'entreprise étrangère ou profite à l'ensemble de cette dernière. L'attribution d'une participation à la fortune d'exploitation de l'établissement stable d'une société étrangère doit répondre à des critères objectifs et ne peut dépendre du libre arbitre de l'entreprise étrangère.
Selon X._ en revanche, la pratique de l'Administration fédérale des contributions est dénuée de base légale. Il suffirait que l'établissement stable paie des impôts cantonaux ou communaux sur une participation ou sur ses revenus pour que la condition du rattachement à l'établissement stable soit remplie.
7. 7.1 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si plusieurs interprétations sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique; ATF 131 III 623 consid. 2.4.4 p. 630, 314 consid. 2.2). Le sens que prend la disposition dans son contexte est également important (ATF 131 II 361 consid. 4.2 p. 368; 130 II 65 consid. 4.2 p. 71). Lorsqu'il est appelé à interpréter une loi, le Tribunal fédéral adopte une position pragmatique en suivant une pluralité de méthodes, sans soumettre les différents éléments d'interprétation à un ordre de priorité (ATF 133 III 257 consid. 2.4 p. 265 s.; 131 III 623 consid. 2.4.4 p. 630 et les arrêts cités).
7.2 D'après le message du Conseil fédéral (Message du 18 octobre 1963 à l'appui d'un projet de loi sur l'impôt anticipé; FF 1963 II 937 ss, p. 963), la lettre de l'art. 24 al. 3 LIA correspond avec quelques modifications rédactionnelles à celle de l'art. 1 al. 1 lettre i de l'ordonnance n° 1a du 20 novembre 1944 du Département fédéral des finances et des douanes concernant l'impôt anticipé (droit à l'imputation et au remboursement), qui exigeait également, pour accorder le droit au remboursement, que l'impôt anticipé ait été retenu sur le rendement de la fortune d'exploitation de l'établissement stable en Suisse (RO 60 742 ss, p. 743). Toutefois, ni le Rapport du Conseil fédéral relatif à l'arrêté sur l'impôt anticipé (FF 1943 721 ss), ni le Message à l'appui d'un projet de loi sur l'impôt anticipé (FF 1963 II 937 ss), ni l'ordonnance n° 1a du 20 décembre 1944 ne donnent de précisions sur les conditions autorisant à considérer une participation comme appartenant à la fortune d'exploitation d'un établissement stable.
7.3 L'impôt anticipé poursuit des buts différents selon que le destinataire de la prestation imposable est, ou non, domicilié (ou y a, ou non, son siège) en Suisse. Dans le premier cas, l'impôt anticipé est remboursé aux contribuables qui déclarent les rendements soumis à l'impôt ordinaire, il a alors un but de garantie parce qu'il tend à décourager le contribuable de soustraire à l'impôt ordinaire les montants frappés par l'impôt anticipé; dans le deuxième cas, il poursuit un but fiscal, puisque les bénéficiaires de prestations imposables qui résident à l'étranger sont privés du droit au remboursement de l'impôt, qui devient en principe définitif. En accordant, sous conditions, un droit au remboursement limité de l'impôt anticipé aux entreprises étrangères qui ont un établissement stable en Suisse, l'art. 24 al. 3 LIA institue par conséquent une exception au prélèvement définitif de l'impôt anticipé, qui repose sur la fiction que l'établissement stable peut être assimilé à un contribuable domicilié ou qui a son siège en Suisse. Dès lors, on ne saurait admettre, comme le soutient X._, qu'il suffit qu'un "établissement stable d'une entreprise étrangère paie des impôts cantonaux ou communaux sur une participation ou sur ses revenus pour que la condition du rattachement à l'établissement stable" soit remplie. En effet, l'art. 24 al. 3 LIA exige non seulement que l'entreprise étrangère soit tenue de payer des impôts cantonaux et communaux sur le revenu soumis à l'impôt anticipé, mais encore que celui-ci provienne de la fortune d'exploitation de l'établissement stable. L'appartenance à la fortune d'exploitation constitue par conséquent une condition supplémentaire et distincte qui limite le droit au remboursement de l'impôt anticipé d'une entreprise étrangère fondé sur l'établissement suisse (cf. W. Robert Pfund/Bernhard Zwahlen, Die eidgenössische Verrechnungssteuer, Bâle 1985, IIème partie, n° 6.13 ad art. 24 al. 3 LIA). En outre, contrairement à ce qu'affirme X._, en tant qu'elle résulte de la lettre de l'art. 24 al. 3 LIA, cette condition repose clairement sur une base légale.
7.4 Les règles de répartition des actifs développées en matière de double imposition intercantonale sont en principe également applicables en matière de double imposition internationale (cf. art. 52 al. 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]). En matière de double imposition intercantonale, le Tribunal fédéral a jugé que les participations devaient être attribuées au siège principal de l'entreprise, sauf si elles appartenaient au capital d'exploitation (Betriebskapital) d'une succursale (cf. Locher/Locher, Die Praxis der Bundessteuern, IIIème partie, La double imposition intercantonale, Therwil, § 8, IIB, 2a et 2d et les références qui y sont citées). L'art. 10 paragraphe 4 du modèle de convention fiscale concernant le revenu et la fortune de l'OCDE contient également une règle de localisation, selon laquelle la participation génératrice des dividendes doit "être effectivement rattachée à l'établissement stable" pour éviter des cas d'abus sous la forme de transfert d'actions à des établissements stables constitués uniquement à cette fin dans des pays réservant un traitement préférentiel aux dividendes (OCDE, op. cit., n° 32 ad art. 10 paragraphe 4, p. 159). Dans l'un et l'autre cas, il apparaît que, pour être admis, le rattachement à l'établissement stable doit répondre à un critère objectif. Il est par conséquent exclu, comme le souhaite à tort X._, que l'attribution d'une participation résulte d'une simple décision unilatérale du conseil d'administration ou de l'assemblée générale de l'entreprise étrangère ou de la simple comptabilisation au bilan de l'établissement stable.
7.5 La notion de fortune d'exploitation de l'art. 24 al. 3 LIA étant une notion à contenu économique, l'Administration fédérale des contributions peut se laisser guider par des considérations économiques et rechercher si la participation en cause sert directement et exclusivement l'activité de l'établissement stable, constituant ainsi une part du capital d'exploitation et un actif nécessaire à l'exploitation de l'établissement ou si l'activité de l'établissement stable a contribué pour une part essentielle à l'acquisition des bénéfices de la filiale dont la participation est en cause (cf. Bernhard Zwahlen, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, II/2 n° 56 ad art. 24 LIA; W. Robert Pfund/Bernhard Zwahlen, Die eidgenössische Verrechnungssteuer, Bâle 1985, IIème partie, n° 6.15 ad art. 24 al. 3 LIA, spécialement p. 125; Bauer-Balmelli/Küpfer/Hochreutener, Die Praxis des Bundessteuern, II/2, n° 4 ad art. 24 al. 3 LIA). En effet, pareil examen a précisément pour but d'éviter qu'une entreprise étrangère ne transfère une participation dans les comptes de sa succursale suisse que pour des motifs fiscaux, notamment le remboursement de l'impôt anticipé, et non pas pour des motifs commerciaux.
7.6 En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a constaté, sans être critiqué sur ce point, que S._ a facturé à X._, succursale de Genève environ 2,3 millions de francs de prestations de services sur un chiffre d'affaires de 6,5 millions (soit 35,6%), en 2001, 2,8 millions sur un chiffre d'affaires de 13,4 millions (soit 21,15%) et, en 2002, 4,2 millions sur un chiffre d'affaires de 13 millions (soit 39,2%), le reste de ses activités ayant été facturées aux autres sociétés du groupe X._. Dans ces conditions, en jugeant qu'avec une part au chiffre d'affaires de S._ de 40% au mieux, la Succursale n'avait pas contribué pour une part essentielle à l'acquisition des revenus de la Filiale, le Tribunal administratif fédéral a correctement appliqué l'art. 24 al. 3 LIA. Il n'est par conséquent pas nécessaire d'examiner la portée de l'exemption de l'impôt sur le bénéfice accordé à la Succursale pour les dividendes et autres produits de participation qui ont nature de distribution de bénéfice selon la lettre du Service cantonal des contributions du canton de Genève du 26 février 2001, ni la portée de la décision rendue le 5 novembre 1984 par l'Administration fédérale des contributions en la cause T. GmbH; dans ce dernier cas, la société, dont la participation était en cause, n'avait au demeurant fourni aucun service à l'établissement stable en Suisse de l'entreprise étrangère.
7.7 Par conséquent, en application du droit interne suisse, la recourante ne dispose d'aucun droit au remboursement de l'impôt anticipé perçu sur la distribution le 23 décembre 2002 d'un dividende de 2'155'000 fr.
8. Les arguments que X._ oppose à cette interprétation de l'art. 24 al. 3 LIA ne sont pas convaincants.
8.1 Se référant à une décision étrangère (citée in: Locher/Meier/Von Siebenthal/Kolb, Doppelbesteuerungsabkommen Schweiz-Deutschland, B 7.2, n° 6), X._ propose de remplacer les critères de l'Administration fédérale des contributions par un autre: feraient partie de la fortune de l'établissement stable les actifs dont une entreprise indépendante, exerçant son activité au même endroit et dans des conditions semblables, doit disposer pour atteindre le même but. Elle n'explique pas ce qu'elle entend par entreprise indépendante. Dans la mesure où elle comprend par là une société jouissant de la personnalité morale dans le canton de Genève, elle perd de vue qu'ayant son siège en Suisse, une telle société est soumise d'une manière générale à un statut légal et fiscal qui n'autorise pas la comparaison avec une succursale.
8.2 X._ soutient également en vain que la pratique de l'Administration fédérale des contributions dans l'application de l'art. 24 al. 3 LIA serait contraire au principe de l'interdiction de discrimination prévu par l'art. 10 al. 3 CDI-NL et l'art. 24 paragraphe 3 de la Convention modèle de l'OCDE. Toutefois, comme la demande de remboursement se fondait uniquement sur l'application de l'art. 24 al. 3 LIA et non pas sur la convention de double imposition avec les Pays-Bas, l'Administration fédérale des contributions était en droit de n'examiner la demande que sous l'angle du droit interne suisse (cf. ci-dessus: consid. 3.3) et le grief doit être rejeté, car un contribuable ne peut choisir de se soumettre seulement partiellement à une convention de double imposition selon son intérêt.
8.3 X._ n'ayant pas droit au remboursement de l'impôt anticipé en l'espèce, il n'y a pas lieu d'examiner si la demande de remboursement litigieuse devrait être refusée parce qu'elle constituerait au surplus une évasion fiscale au sens de l'art. 21 al. 2 LIA.
9. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours 2C_333/2007 et au rejet du recours 2C_407/2007. L'arrêt rendu le 5 juin 2007 par le Tribunal administratif fédéral est annulé. La décision sur réclamation rendue le 28 octobre 2005 par l'Administration fédérale des contributions est confirmée. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision sur les frais et dépens.
Succombant, X._ doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF). Bien qu'ayant obtenu gain de cause, l'Administration fédérale des contributions, qui agissait dans l'exercice de ses attributions officielles, n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_333/2007 et 2C_407/2007 sont jointes.
2. Le recours 2C_333/2007 est admis.
3. Le recours 2C_407/2007 est rejeté.
4. L'arrêt rendu le 5 juin 2007 par le Tribunal administratif fédéral est annulé. La décision sur réclamation rendue le 28 octobre 2005 par l'Administration fédérale des contributions est confirmée.
5. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision sur les frais et dépens.
6. Un émolument judiciaire de 15'000 fr. est mis à la charge de la société X._, Curaçao, (anciennement X._, Rotterdam).
7. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 22 février 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey