Faits :
A.
X._ SA est une société anonyme dont le siège est à Genève. Elle est inscrite au registre du commerce de ce canton depuis septembre 2000. Son but statutaire est: " opérations financières, commerciales et immobilières, ainsi que promotion, gestion et mise en valeur d'immeubles ".
Cette société a été taxée pour les années fiscales 2001 à 2007 par l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale). Les décisions de taxation, rendues ensuite de procédures de taxation ordinaire, de réclamation ou de rappel d'impôt, sont toutes entrées en force.
Ensuite du décès du principal animateur et actionnaire de la société intéressée, celle-ci, par courriers des 17 novembre 2009 et 2 février 2010, a informé l'Administration fiscale que trois créanciers figurant à son bilan pour un montant total de 4'431'818 fr. 50, étaient des personnes fictives.
B.
Suite à cette annonce, l'Administration fiscale a ouvert une procédure de rappel d'impôt ainsi qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt, aussi bien en ce qui concerne l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), que les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC). La société s'étant dénoncée spontanément, l'Administration fiscale a renoncé à toute poursuite pénale. Dans une décision du 2 décembre 2011, elle a par contre procédé à la taxation définitive de la société pour l'IFD et l'ICC des années 2001 à 2007, intérêts moratoires compris. Par décisions du même jour, elle a également communiqué à l'intéressée sa taxation pour les années fiscales 2008 et 2009. Cette dernière a élevé réclamation contre les décisions de taxation 2001 à 2009. Par quatre décisions sur réclamation du 10 février 2012, l'Administration fiscale a rejeté les réclamations. Le 6 mai 2013, ces décisions ont été confirmées sur recours par le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance). Le 18 juin 2013, la société a contesté ce prononcé devant la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).
Par arrêt du 12 juin 2014, la Cour de justice a rejeté le recours de l'intéressée. Elle a jugé que la procédure de rappel d'impôt, même si elle avait été initiée ensuite d'une dénonciation spontanée de la société, constituait le résultat d'une soustraction fiscale intentionnelle et réalisée, si bien que tout ajustement du bilan commercial de la société intéressée, par un nouveau calcul de la provision pour impôts des exercices concernés, était exclu.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'effet suspensif, de réformer l'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2014 et d'annuler le jugement du Tribunal administratif de première instance, la décision sur réclamation de l'Administration fiscale et les bordereaux d'impôts de l'Administration fiscale, puis de renvoyer la cause à cette dernière pour qu'elle effectue un nouveau calcul de l'IFD et l'ICC en procédant à la correction de la provision pour impôts pour chaque exercice concerné. Elle se plaint de violation du droit fédéral.
Par ordonnance du 1er septembre 2014, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Dans des observations finales, X._ SA a confirmé ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal (2C_662/2014) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C_663/2014). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
2.1. Dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, le recours en matière de droit public est en principe ouvert conformément aux art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors qu'il porte sur la correction du bilan commercial de la recourante, par la prise en compte de provisions pour impôts dans le cadre d'une procédure de rappel d'impôt, soit une matière harmonisée figurant aux art. 25 et 53 LHID. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est par conséquent recevable, sous réserve de ce qui suit.
2.2. Dans la mesure où la recourante demande le renvoi de la cause à l'Administration fiscale pour nouvelle décision, ses conclusions ont un caractère réformatoire. Le Tribunal fédéral a jugé que de telles conclusions étaient recevables également en ce qui concerne le droit cantonal harmonisé, car l'art. 73 al. 3 LHID, qui prévoit qu'en cas d'acceptation du recours, le Tribunal fédéral annule la décision attaquée et renvoie l'affaire pour nouvelle décision à l'autorité inférieure, doit céder le pas devant l'art. 107 al. 2 LTF qui confère au Tribunal fédéral un pouvoir général de réforme quel que soit le recours interjeté devant lui (ATF 134 II 207 consid. 1 p. 209; arrêt 2C_291/2013 du 26 novembre 2013 consid. 2.4, non publié in ATF 140 II 88).
2.3. En revanche, dans la mesure où la recourante demande l'annulation du jugement du Tribunal administratif de première instance, l'annulation de la décision sur réclamation de l'Administration fiscale et l'annulation des bordereaux d'impôts de cette dernière, ses conclusions sont irrecevables en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès de la Cour de justice (ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543; concernant spécifiquement Genève, arrêts 8C_47/2013 du 28 octobre 2013 consid. 4.2; 2C_886/2012 du 29 juin 2013 consid. 1, non publié in ATF 139 II 529).
3.
3.1. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF) doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
3.2. Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Cependant, il ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été invoqué et motivé par le recourant, selon le principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF; ATF 137 II 305 consid. 3.3 p. 310 s.; 134 I 83 consid. 3.2 p. 88). En revanche, sauf exceptions non pertinentes en l'espèce (cf. art. 95 let. c, d et e LTF), l'on ne peut invoquer la violation du droit cantonal ou communal en tant que tel devant le Tribunal fédéral (art. 95 LTF e contrario). Il est néanmoins possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.) ou la garantie d'autres droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine alors de tels moyens que s'ils sont formulés conformément aux exigences de motivation qualifiée prévues à l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 136 II 304 consid. 2.5 p. 314; arrêt 2C_668/2013 du 19 juin 2014 consid. 2.1).
4.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (cf. arrêts 2C_620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.1, in RDAF 2013 II 197; 2A.209/2005 du 3 novembre 2005 consid. 3.2). Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (cf. arrêts 2C_620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.1, in RDAF 2013 II 197; 2P.411/1998 du 31 janvier 2000 consid. 10a et 10d/aa). Le présent litige porte sur les périodes fiscales 2001 à 2009. C'est par conséquent le droit comptable antérieur à la révision du 23 décembre 2011 (RO 2012 6679) qui est applicable.
5.
En 2009, la recourante a annoncé à l'Administration fiscale avoir faussement inscrit dans ses comptes des opérations impliquant trois personnes qui, à fin 2008, auraient été créancières de la société à concurrence de 4'431'818 fr. 50 et avoir ainsi engendré des opérations comptables sans lien avec la réalité. Par conséquent, l'Administration fiscale a notamment engagé une procédure de rappel d'impôt et effectué des reprises de bénéfices pour les années 2001 à 2009. La recourante ne conteste pas la procédure de rappel d'impôt sur son principe. Elle est cependant d'avis que l'Administration fiscale, en corrigeant son bilan pour les années en cause, afin de procéder aux reprises de bénéfices, aurait également dû constituer des provisions pour impôts et ainsi diminuer les montants des bénéfices repris. Elle invoque à ce propos le fait de s'être dénoncée spontanément et l'absence de sanction qui devrait en découler (art. 181a LIFD et 57b LHID). Elle fait en outre valoir la violation des principes de l'égalité de l'imposition et de la capacité contributive.
Le présent litige porte donc sur la procédure de rappel d'impôt pour l'IFD et l'ICC 2001 à 2009 et en particulier sur le point de savoir si, lorsqu'une telle procédure fait suite à une dénonciation spontanée du contribuable, l'Administration fiscale, en corrigeant le bilan de celui-ci, doit également modifier la provision pour impôts à l'avantage de ce dernier.
I. Impôt fédéral direct
6.
6.1. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a) et tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let b). L'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ("Mass-geblichkeitsprinzip"), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut donc s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; 132 I 175; arrêts 2C_1218/2013 du 19 décembre 2014 consid. 3.1, destiné à la publication; 2C_911/2013 du 26 août 2014 consid. 6.1.1; 2C_787/2012 du 15 janvier 2013 consid. 2.2, in StE 2013 B 72.11 n° 23 et RDAF 2013 II 380). Selon ce principe, le contribuable est lié à la situation patrimoniale de la période fiscale, telle qu'elle ressort des livres de compte régulièrement établis.
6.2. Si la comptabilisation se fait de manière contraire au droit commercial, une correction de bilan ("Bilanzberichtigung") est possible jusqu'à l'entrée en force de la déclaration d'impôt (arrêts 2C_1218/2013 précité consid. 3.3; 2C_911/2013 précité consid. 6.1.2; 2C_787/2012 ibidem; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, n° 21 ad art. 58 LIFD). La correction de bilan peut intervenir en faveur ou en défaveur de la personne morale contribuable (Peter Locher, op. cit., n° 18 ss ad art. 58 LIFD). Une fois que la taxation est entrée en force, une correction de bilan en raison d'une violation d'une disposition impérative du droit commercial n'est envisageable que dans les cas de révision au sens des art. 147 ss LIFD (en faveur du contribuable), respectivement de rappel d'impôt au sens des art. 151 ss LIFD (en défaveur du contribuable) (arrêts 2C_1218/2013 ibidem; 2C_911/2013 ibidem; 2A.370/2004 du 11 novembre 2005 consid. 4.2, in Archives 77 p. 257; Peter Locher, op. cit., n° 21 ad art. 58 LIFD; Danielle Yersin, Les corrections et modifications apportées par une entreprise à sa comptabilité et leurs conséquences fiscales, RDAF 1977 p. 371, p. 377; Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 38 ad art. 57-58 LIFD; Markus Berger, Probleme der Bilanzberichtigung, Archives 70 p. 539, p. 554 ss).
6.3. D'après l'art. 151 LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il implique qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale; il suppose aussi l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque-là, soit des faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute (arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1, non publié in ATF 140 I 68; 2C_104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.3; 2A.300/2006 du 27 février 2007 consid. 3.3 et les références citées, RF 62/2007 p. 369).
Le rappel d'impôt ne représente pas une prétention fiscale de nature différente de la créance primitive d'impôt. En outre, la fixation de ce montant ne se fait pas selon des critères de calcul particuliers et ne fait pas l'objet d'une majoration. Le contribuable doit ainsi s'acquitter de l'impôt primitivement dû qui n'a pas été taxé correctement ou qui n'a pas été taxé du tout. Le rappel d'impôt n'a donc pas de caractère pénal ou de réparation; il porte uniquement sur l'obligation fiscale primitive qui ne s'est pas encore éteinte (ATF 121 II 257 consid. 4b p. 264 s. et les références citées; Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II p. 3, p. 9). Les droits et les obligations du contribuable sont les mêmes que lors de la procédure de taxation (art. 153 al. 3 LIFD). Les contribuables doivent notamment faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 3 LIFD). En d'autres termes, la procédure de rappel d'impôt sert à mettre le contribuable dans la situation qui aurait dû être la sienne si, lors de la procédure de taxation ordinaire, l'autorité avait eu connaissance de tous les faits et moyens de preuve pertinents.
6.4. Il n'est en l'occurrence pas contesté et il n'y a pas lieu de douter que les conditions fondant un rappel d'impôt sont données, la recourante ayant volontairement tu certains faits pertinents en incluant dans ses comptes de fausses indications visant à réduire artificiellement son bénéfice. Ce faisant, elle a au moins violé une règle impérative du droit commercial (cf. ancien art. 959 CO qui fonde le principe de la sincérité du bilan), permettant ainsi à l'Administration fiscale de s'écarter du principe de l'autorité du bilan commercial. Cette dernière, en présence d'un cas de rappel d'impôt, pouvait donc corriger le bilan commercial de la recourante, malgré le fait que les taxations en cause étaient déjà entrées en force.
6.5. Le Tribunal fédéral, dans une jurisprudence de principe récente destinée à la publication, s'est demandé si des provisions pour impôts pouvaient être prises en compte postérieurement à la clôture du bilan (cf. arrêt 2C_1218/2013 précité consid. 5). Après une étude approfondie de la question, il a jugé que, dans le système postnumerando, pour chaque cas de reprise de bénéfice fondé sur l'art. 58 al. 1 let. b ou c LIFD, il convenait d'augmenter en conséquence la provision pour les impôts y relatifs, ceux-ci constituant une charge justifiée par l'usage commercial (cf. art. 59 al. 1 let. a LIFD). Il a considéré que ce procédé résultait non seulement d'une disposition impérative du droit commercial, mais également d'une norme de droit fiscal (en l'occurrence de l'art. 58 al. 1 let. b ou c LIFD en relation avec l'art. 59 al. 1 let. a LIFD). Le Tribunal fédéral a ainsi conclu que le principe de l'autorité du bilan commercial ne s'opposait pas à une correction d'office du bilan et que les dispositions fiscales précitées ne nécessitaient pas de déterminer pour quels motifs le contribuable n'avait pas tenu compte de la provision dans son bilan ou s'il aurait pu être attendu de celui-ci qu'il le fasse.
En l'espèce, il n'y a pas à s'écarter de la solution développée dans cette jurisprudence de principe, même si celle-ci n'avait pas trait à un cas de rappel d'impôt. Lors d'une reprise de bénéfice effectuée dans le cadre d'une correction de bilan, l'autorité fiscale doit donc également corriger d'office les montants de provision pour impôts des années en cause, cette correction devant au demeurant intervenir indépendamment de la volonté du contribuable et du fait qu'il ait ou non pu reconnaître l'erreur figurant dans son bilan commercial. Cela revient à admettre qu'il n'est pas pertinent de savoir si le rappel d'impôt est la conséquence d'une soustraction fiscale, pour déterminer s'il y a lieu de prendre en compte a posteriori une provision pour impôts lors d'une correction de bilan. Cette solution est au demeurant en accord avec les principes du rappel d'impôt qui doivent conduire à taxer le contribuable conformément à la situation qui aurait dû être la sienne en procédure ordinaire.
Certes, la Cour de justice fonde son raisonnement sur l'arrêt 2C_651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 4.2.3. Toutefois, et pour autant que cette décision exclue effectivement la correction d'une provision pour impôts lors d'un rappel d'impôt intervenant ensuite d'une soustraction fiscale, une telle pratique ne saurait être confirmée au vu de la jurisprudence récente du Tribunal fédéral rendue postérieurement à l'arrêt entrepris. Comme on l'a vu précédemment, il n'est en effet pas admissible de prendre en compte l'intention du contribuable, élément subjectif, pour exclure une correction de bilan exigée par une norme fiscale correctrice. Cet aspect subjectif ne doit en définitive intervenir que dans la procédure pénale (pour soustraction fiscale par exemple), qui ne fait en l'occurrence pas partie de l'objet de la contestation. Le fait que la recourante ait procédé à une dénonciation spontanée est donc sans importance pour la présente procédure.
L'autorité précédente ne pouvait par conséquent pas confirmer le refus de prendre en compte, respectivement de modifier, le montant des provisions et ainsi augmenter faussement la charge fiscale de la recourante. En procédant de la sorte, elle a sciemment exclu de déduire des charges justifiées par l'usage commercial (art. 59 al. 1 let. a LIFD) et pénalisé sans raison la recourante.
6.6. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'Administration fiscale afin qu'elle procède au rappel d'impôt pour les années 2001 à 2009 en corrigeant les bilans de la recourante pour ces années, dans le sens où elle y inscrira notamment des provisions pour impôts correspondant aux engagements fiscaux des différentes périodes litigieuses.
Au vu de l'issue du recours, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs de la recourante.
II. Impôts cantonal et communal
7.
Les principes juridiques précités, qui concernent la correction du bilan commercial, la déduction des charges justifiées par l'usage commercial et la procédure de rappel d'impôt, trouvent leur parallèle en matière d'impôts cantonal et communal (cf. art. 25 et 53 LHID; art. 13 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales [LIPM/GE; D 3 15] et 59 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale [LPFisc/GE; D 3 17]). Il peut donc être renvoyé à ce qui précède s'agissant de la correction des bilans 2001 à 2009 dans la procédure de rappel d'impôt.
Partant, le recours doit également être admis dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. L'arrêt attaqué sera aussi annulé en ce qu'il concerne cet impôt et la cause renvoyée à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants (cf. consid. 6.5 ci-dessus).
8.
Dans ces conditions, les frais judiciaires sont mis à la charge de la République et canton de Genève, dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1 et 4 LTF). La République et canton de Genève doit en outre verser à la recourante une indemnité à titre de dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF). La recourante ayant été considérée comme succombant entièrement devant l'autorité précédente, il y a lieu de renvoyer la cause à cette dernière pour qu'elle procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle (art. 67 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_662/2014 et 2C_663/2014 sont jointes.
2.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
4.
L'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2014 est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève pour nouvelles décision dans le sens des considérants.
5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis sont mis à la charge de la République et canton de Genève.
6.
La République et canton de Genève versera à la recourante une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens.
7.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
8.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 25 avril 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
Le Greffier : Tissot-Daguette