Faits:
A. Par décision du 15 mai 2003, l'Office central USA est entré en matière sur des demandes d'entraide judiciaire formées les 27 septembre et 10 décembre 2002 par le Département américain de la Justice, pour les besoins d'une enquête menée par le Procureur des Etats-Unis pour l'Arrondissement Est de la Virginie. Enquêtant au sujet du groupe X._, soupçonné de financement du terrorisme, l'autorité requérante désirait notamment connaître l'auteur d'un versement de 53'697,48 USD opéré depuis la banque Y._ le 11 juillet 2001 sur un compte détenu par une entité du groupe X._.
Le 7 mai 2007, l'autorité requérante indiqua que la date du versement était le 11 juillet 2000 et non 2001. Cette information a été transmise à la banque Y._ le 14 mai 2004. Il est alors apparu que le compte visé était détenu par A._. Celui-ci s'est opposé à l'entraide, par lettre 30 juin 2004. Dans son mémoire motivé, il contestait tout financement d'activité illégale; il estimait que la demande d'entraide était insuffisamment motivée et que les conditions de double incrimination et de proportionnalité n'étaient pas satisfaites.
B. Par décision du 17 août 2007, l'Office central a déclaré l'opposition irrecevable. La banque avait été informée le 14 mai 2004 des mesures d'entraide prises au sujet du compte concerné. Selon les instructions du titulaire du compte, la correspondance devait être envoyée à B._, à Londres, ce qui avait été fait le 4 juin 2004. L'opposition, du 30 juin 2004, avait donc été formée en dehors du délai de dix jours prévu à l'art. 16 al. 1 aLTEJUS. Subsidiairement, l'Office central a également écarté les arguments soulevés sur le fond.
C. A._ a formé un recours auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral. Il conclut, en substance, au refus de l'entraide judiciaire. Le recours a été transmis au Tribunal fédéral.
L'Office fédéral de la justice conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 37b de la loi fédérale relative au traité conclu avec les Etats-Unis d'Amérique sur l'entraide judiciaire en matière pénale (LTEJUS, RS 351.93), les procédures d'opposition et de recours contre les décisions rendues en première instance avant l'entrée en vigueur de la modification du 17 juin 2005 (laquelle ouvre en particulier le recours devant le Tribunal pénal fédéral; art. 17 LTEJUS) sont régies par l'ancien droit. Tel est le cas en l'occurrence, la décision d'entrée en matière ayant été rendue par l'Office central le 15 mai 2003.
1.1 La décision par laquelle l'Office central suisse octroie l'entraide judiciaire en vertu de l'art. 5 let. b LTEJUS et rejette - ou déclare irrecevable - une opposition selon l'art. 16 aLTEJUS, peut être attaquée par la voie du recours de droit administratif prévue à l'art. 17 al. 1 aLTEJUS (ATF 124 II 124 consid. 1b p. 126).
1.2 Le recourant, dont l'opposition a été déclarée tardive, a qualité pour contester ce prononcé (ATF 122 II 130 consid. 1 p. 132).
2. Le recourant reproche à l'OFJ d'avoir omis de notifier sa décision d'admissibilité au domicile élu en Suisse auprès de son avocat; par ailleurs la notification à B._ ne lui serait pas opposable, car celui-ci ne disposait que d'une procuration sur le compte, sans être habilité à recevoir les notifications destinées au titulaire. Au cours d'une conversation téléphonique du 8 juillet 2004, l'OFJ avait d'ailleurs admis que l'opposition avait été formée en temps utile; il s'agirait là d'une décision, confirmée par la fixation d'un délai pour présenter un mémoire motivé; le 2 mai 2007, l'OFJ avait encore invité le recourant à se déterminer sur la transmission envisagée. La décision d'irrecevabilité, après avoir permis au recourant de présenter deux mémoires motivés, violerait le principe de la bonne foi.
2.1 Selon l'art. 80m EIMP, les décisions de l'autorité d'exécution sont notifiées à l'ayant droit domicilié ou ayant élu domicile en Suisse. Lorsque le titulaire d'un compte bancaire est domicilié à l'étranger, c'est à la banque qu'il appartient d'informer son client afin de permettre à celui-ci d'élire domicile (art. 9 OEIMP).
2.2 L'élection de domicile effectuée le 19 septembre 2003 a eu lieu dans le cadre d'une autre procédure d'entraide se rapportant certes également au financement d'activités terroristes, mais impliquant une entité distincte; cela est du reste précisé dans la lettre de constitution. L'OFJ pouvait donc considérer, sans violer le droit fédéral ni commettre un abus de formalisme, que cette élection de domicile n'était pas valable pour l'ensemble des décisions d'entraide judiciaire concernant la même personne. Admettre le contraire forcerait l'autorité d'exécution, lors de la notification de ses décisions, à des vérifications systématiques qui ne peuvent raisonnablement être exigées d'elle. C'est par conséquent à bon droit que l'Office central a notifié sa décision au seul établissement bancaire, conformément aux art. 80m al. 1 let. a EIMP et 9 OEIMP.
2.3 Le recourant prétend que B._ serait au bénéfice d'une simple procuration, ce qui n'autorisait pas la banque à lui notifier les décisions. Il ressort toutefois des documents d'ouverture, du 11 février 2000, que la correspondance devait être adressée non pas au titulaire du compte mais à B._, domicilié à Londres. Contrairement à ce que soutient le recourant - lequel fait uniquement référence à la procuration sur le compte -, il s'agit bien d'une instruction donnée à la banque. Ultérieurement, le recourant a signé, le 27 avril 2001, une convention de "banque restante" ("Hold Mail"), sans préciser si cette nouvelle instruction annulait les précédentes. Par conséquent, le délai d'opposition commençait à courir soit au moment de la réception de la décision par la banque dans le dossier "banque restante" (ATF 124 II 124), soit lors de sa réception par B._. Or, il n'est pas contesté que la première a reçu la décision avant le 1er juin 2004, et le second le 4 juin 2004. L'opposition, formée le 30 juin 2004, était donc tardive.
2.4 Le recourant prétend que l'OFJ aurait, à l'occasion d'une conversation téléphonique du 8 juillet 2004, admis la recevabilité de l'opposition. Il s'agirait d'une décision qui lierait l'autorité. L'OFJ conteste toutefois l'existence d'une telle conversation, dont la trace ne figure pas au dossier. Le courrier échangé avec l'autorité fait certes ressortir que des délais ont été accordés pour motiver l'opposition, mais pas qu'une assurance particulière aurait été donnée concernant sa recevabilité. Le recourant ne saurait arguer de sa bonne foi, et affirmer que les diverses occasions qui lui ont été données pour présenter ses observations impliquaient nécessairement que celles-ci seraient traitées sur le fond: la question ne pouvait être résolue de manière définitive qu'à l'occasion de la décision formelle sur opposition. Le recourant ne saurait ainsi se prévaloir ni d'une décision formelle préalable, ni d'une assurance de l'autorité quant à la recevabilité de son opposition.
2.5 La décision du 17 août 2007 ne prête donc pas le flanc à la critique, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner les griefs soulevés sur le fond et examinés, à titre subsidiaire, par l'Office central.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. Conformément à l'art. 156 al. 1 OJ, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 3000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Office fédéral de la justice, Office central USA, et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 20 décembre 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz