Faits:
A. A.a Le 26 janvier 2009, la société X._ SA a requis le Président du Tribunal de première instance de Genève d'ordonner un séquestre sur les avoirs de l'Etat de Libye ou sur ceux de Y._ en main de A._ SA à hauteur de 3'990'313 fr. 39. Cette mesure a été autorisée le 3 février 2009 sur les seuls biens de l'Etat de Libye; elle n'a pas "porté".
A.b Le 20 février 2009, X._ SA a déposé une nouvelle requête de séquestre, accompagnée de pièces complémentaires.
Par ordonnance du 25 février 2009 (C/2549/2009-DSQ), le Président du Tribunal de première instance de Genève a autorisé le séquestre des avoirs de l'Etat de Libye (ch. I) et de ceux de Y._, mais appartenant en réalité à l'Etat de Libye (ch. II), à concurrence de 2'000'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 26 janvier 2009 (prétention réduite pour obtenir une diminution des sûretés à 200'000 fr.).
B. Le 11 mars 2009, Y._ a formé opposition au second séquestre, faisant valoir que les biens séquestrés "lui appartiennent en pleine propriété".
Par jugement du 14 juillet 2009, le Tribunal de première instance de Genève a, notamment, déclaré recevable l'opposition (ch. 1), révoqué l'ordonnance de séquestre (ch. 3) et ordonné la restitution des sûretés fournies par la requérante (ch. 4).
Statuant le 26 novembre 2009 sur recours de la requérante, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement entrepris.
C. Par mémoire du 28 décembre 2009, X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral; sur le fond, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué ainsi qu'à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet, de l'opposition au séquestre formée par Y._.
L'autorité précédente se réfère aux considérants de son arrêt; l'intimée propose le rejet du recours et la confirmation de l'arrêt attaqué.
D. Par ordonnance du 13 janvier 2010, la Présidente de la Cour de céans a attribué l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance ayant statué sur recours (art. 75 LTF); la valeur litigieuse est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF); la recourante, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
1.2 L'arrêt sur opposition au séquestre (cf. art. 278 al. 3 LP) porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (ATF 135 III 232 consid. 1.2 p. 234; arrêts 5D_112/2007 du 11 février 2008 consid. 1.2 et 5A_218/2007 du 7 août 2007 consid. 3.2, publié in: Pra 2007 n° 138); dès lors, la partie recourante ne peut dénoncer qu'une violation de ses droits constitutionnels (cf. par exemple: ATF 134 II 349 consid. 3 p. 351 et les arrêts cités [séquestre fiscal]).
1.3 Se référant à l'"art. 99 al. 1 LTF", la recourante a produit diverses pièces, en particulier une ordonnance du Tribunal de première instance de Genève du 3 décembre 2009 ainsi qu'une décision de l'Office des poursuites de Genève du 23 décembre suivant; il s'agit là de pièces établies postérieurement à l'arrêt déféré (vrais nova), de sorte qu'elles sont d'emblée irrecevables (ATF 133 IV 342 consid. 2.1 p. 343/344 et les citations).
2. Sous réserve d'exceptions non réalisées en l'occurrence, l'invocation de moyens de droit nouveaux est irrecevable à l'appui d'un recours fondé sur l'art. 98 LTF (ATF 133 III 638 consid. 2 p. 640; arrêt 5A_261/2009 du 1er septembre 2009 consid. 1.3, non publié aux ATF 135 III 608).
La recourante se plaint - sous l'angle du déni de justice formel (art. 29 al. 1 Cst.) et de l'arbitraire (art. 9 Cst.) - de ce que l'ordonnance a été entièrement révoquée, et non seulement en ce qui concerne les avoirs de l'intimée, alors même qu'il est constant que l'Etat de Libye n'a pas formé opposition au séquestre. Ce moyen n'a toutefois pas été soumis à l'autorité précédente; sa présentation en instance fédérale n'est pas non plus provoquée par l'arrêt attaqué, puisque l'intéressée elle-même estime que c'est le "juge de première instance [qui] a levé un séquestre frappant les avoirs [de] l'Etat de Libye et les avoirs [de] Y._". De plus, la recourante n'a pas formulé de chef de conclusions tendant au maintien du séquestre quant aux biens de l'Etat de Libye. Il s'ensuit que le grief est irrecevable.
Au demeurant, l'argumentation - passablement absconse - relative à la "mise en cause du débiteur [i.e. l'Etat de Libye] ayant pour résultat une consorité nécessaire, matérielle et formelle entre l'Etat de Libye et Y._", procédé qui n'aurait pas de "base légale en droit cantonal genevois", apparaît manifestement mal fondée. L'intimée a formé opposition pour obtenir la levée d'un séquestre frappant, non pas des avoirs "appartenant en réalité à l'Etat de Libye", mais bien ses propres avoirs, revendiquant sur eux un droit de propriété; dans cette mesure, elle a qualité d'opposante (cf. parmi plusieurs: MEIER-DIETERLE, in: Kurzkommentar SchKG, 2009, n° 2 ad art. 278 LP; REISER, in: Basler Kommentar, SchKG III, 1998, n° 22 ad art. 278 LP).
Pour le même motif, est nouveau - partant irrecevable - le moyen tiré d'une violation de la "liberté économique" (art. 27 al. 1 Cst.), garantie dont la recourante ne démontre pas, de surcroît, l'application dans les rapports horizontaux (cf. sur l'ensemble du sujet: T. ZIMMERMANN, L'effet horizontal des droits fondamentaux ou le garant de la dignité humaine, in: Enseignement de 3e cycle de droit, 2009, p. 27-53, 33 ss, avec de nombreuses citations).
3. Dans la mesure où il n'est pas nouveau (supra, consid. 2), le grief pris d'une application arbitraire de l'art. 272 LP n'a pas de portée propre. Il s'appuie derechef sur la prémisse erronée d'une "consorité nécessaire, matérielle et formelle" entre l'Etat de Libye (débiteur) et l'intimée.
4. La recourante se prévaut, à plusieurs reprises, du droit à une décision motivée.
4.1 Le Tribunal fédéral a déduit du droit d'être entendu, consacré par l'art. 29 al. 2 Cst., le devoir pour le juge de motiver sa décision afin que le justiciable puisse en saisir la portée et, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause; pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'est cependant pas tenu de discuter tous les moyens soulevés par les parties, mais peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 et les arrêts cités).
4.1 Le Tribunal fédéral a déduit du droit d'être entendu, consacré par l'art. 29 al. 2 Cst., le devoir pour le juge de motiver sa décision afin que le justiciable puisse en saisir la portée et, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause; pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'est cependant pas tenu de discuter tous les moyens soulevés par les parties, mais peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 et les arrêts cités).
4.2 4.2.1 Faute d'être personnellement lésée, la recourante n'a pas qualité pour reprocher à l'autorité précédente de n'avoir pas entendu l'Etat de Libye en instance d'appel, "malgré la teneur des conclusions" prises par l'intimée (art. 76 al. 1 let. b LTF); ce grief est ainsi irrecevable. Au reste, il repose sur une prémisse erronée, à savoir la "mise en cause [de l'Etat libyen] en tant que consort nécessaire, matériel et formel aux côtés de l'opposante" (supra, consid. 2 et 3).
4.2.2 Il est vrai que, dans ses considérants en droit, la cour cantonale n'a pas pris expressément position sur l'argument tiré de la présence de l'intimée sur une liste des autorités américaines en qualité d'entité assimilable au "Gouvernement de Libye". Il est toutefois erroné de dire qu'il n'a pas été examiné. La juridiction précédente a considéré que des "circonstances particulières dénotant l'existence d'un abus" n'avaient pas été rendues vraisemblables, puisque l'Etat de Libye n'avait pas mis en place une structure comprenant des banques publiques dans le but d'éluder ses obligations contractuelles à l'égard de la recourante; elle a donc implicitement nié que l'intimée s'identifiait à l'Etat de Libye. De surcroît, cette liste est établie "lors de la prise de sanctions contre des pays qui mettent en danger la sécurité [des Etats-Unis]", considération politique qui est étrangère à la présente cause.
4.2.3 Enfin, le reproche adressé à l'autorité précédente de n'avoir pas expliqué les motifs pour lesquels elle n'a pas "examin[é] la nature des actes jure imperii de la Banque Centrale de Libye" est injustifié. Outre le fait que cette critique s'écarte des constatations de la cour cantonale (art. 105 al. 1 LTF), l'ordonnance de séquestre a été révoquée par le motif que l'opposante et la Banque Centrale de Libye "jouissent d'une indépendance juridique suffisante du point de vue du droit libyen" et que, en l'absence d'abus, il s'impose "de respecter la dualité juridique de chacune des banques publiques envers l'Etat". Dans ces conditions, il n'y avait pas lieu de s'interroger sur le point de savoir si la banque précitée avait ou non agi jure imperii.
5. La recourante fait grief à la juridiction précédente d'avoir apprécié les preuves d'une manière arbitraire; elle soutient que, contrairement à ce que l'intimée a affirmé dans son opposition au séquestre, elle n'opérait pas de paiements au moyen de lettres de crédit (cf. art. 407 CO).
D'emblée, il faut souligner que l'intimée n'a pas déclaré avoir procédé à des versements en faveur de la recourante "en vertu d'une lettre de crédit", mais qu'il est "probable que tel ait été le cas". Au surplus, on ne discerne pas en quoi le mode de règlement serait pertinent dans le cas présent, la cour cantonale ayant admis que les "paiements étaient effectués par l'intermédiaire" de l'intimée. Que les "comptes séquestrés [soient] ceux utilisés par l'Etat de Libye pour l'exécution [du] contrat" à l'origine du litige n'autorise pas la recourante à en déduire que tous les biens de l'intimée mis sous main de justice "appartiennent en réalité" à l'Etat de Libye.
6. Il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que la recourante aurait invoqué en instance cantonale les art. 53 et 177 du Code civil libyen et l'art. 514 du Code commercial libyen, à savoir les "règles de perçage de la voile sociale en Libye". Il s'ensuit que le grief tiré d'une application arbitraire du droit étranger est nouveau, donc irrecevable (supra, consid. 2). Pour le surplus, la recourante ne prétend pas que l'analyse des dispositions statutaires topiques des banques impliquées serait arbitraire (cf. infra, consid. 7.2), de sorte qu'il n'y a pas lieu d'aborder ce point.
7. Enfin, la recourante dénonce une violation arbitraire des principes de la bonne foi (art. 2 al. 1 CC) et de l'interdiction de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC).
7.1 Conformément à l'art. 271 al. 1 LP, un séquestre ne peut frapper que les "biens du débiteur". Doivent être considérés comme biens de tiers tous ceux qui, en vertu des règles du droit civil, appartiennent à une personne physique ou morale autre que le débiteur; en principe, seule l'identité juridique est ainsi déterminante en matière d'exécution forcée (ATF 107 III 103 consid. 1 p. 104; 105 III 107 consid. 3a p. 112 et les citations). Ce n'est que dans des circonstances exceptionnelles qu'un tiers peut être tenu des engagements d'un débiteur avec lequel il forme une identité économique; tel est le cas si l'identité économique absolue entre le débiteur et le tiers n'est ni contestable ni sérieusement contestée et que la dualité des sujets n'est invoquée qu'aux fins de se soustraire abusivement à l'exécution forcée (ATF 105 III 107 consid. 3a p. 113 et la jurisprudence citée). Il appartient au séquestrant de rendre vraisemblable que, malgré notamment la possession, l'inscription dans un registre public ou l'intitulé du compte bancaire, les avoirs à mettre sous main de justice appartiennent au débiteur (art. 272 al. 1 ch. 3 LP; ATF 107 III 33 consid. 2 p. 35/36; 126 III 95 consid. 4a p. 97, avec les nombreuses citations); de simples allégations sont insuffisantes (arrêt 5P.1/2007 du 20 avril 2007 consid. 3.2 et les arrêts cités).
7.2 Après avoir longuement rappelé les normes statutaires topiques de l'intimée et de la Banque Centrale de Libye, la juridiction précédente a constaté que la première est une société par actions de droit libyen, formellement indépendante de la seconde, qui est aussi pourvue d'une personnalité juridique distincte de celle de l'Etat libyen. Du point de vue économique, la Banque Centrale de Libye est alimentée par des fonds étatiques et détient à 100% le capital-actions de l'intimée. Ces deux instituts disposent d'une autonomie "décisionnelle, organisationnelle et financière" particulièrement restreinte dans leurs domaines d'activités respectifs, dès lors qu'ils sont placés "sous la tutelle de l'Etat", mais ils profitent d'un degré d'autonomie vraisemblablement supérieur à celui d'un ministère gouvernemental. En tout état de cause, on peut affirmer qu'ils bénéficient d'une indépendance juridique suffisante au regard du droit libyen; c'est ce que confirme un arrêt de l'Obergericht du canton de Zurich du 28 septembre 1990 - sur lequel s'est appuyé le premier juge -, dont la solution paraît encore conforme à la législation libyenne actuelle (i.e. loi n° 1 de 2005 sur les banques), si l'on en croit un avis de droit d'un avocat libyen, du 5 juillet 2009, produit par l'intimée.
La juridiction précédente s'est en outre fondée sur un arrêt du Tribunal fédéral, d'après lequel on ne peut faire abstraction de la personnalité juridique formelle d'une banque centrale étrangère qu'en présence de "circonstances particulières dénotant l'existence d'un abus" (5P.1/2007 du 20 avril 2007). De pareilles circonstances n'ont cependant pas été rendues vraisemblables, puisque l'Etat libyen n'a pas mis en place une structure comprenant des banques publiques dans le dessein d'éluder ses engagements à l'endroit de la recourante, mais pour assumer ses obligations financières au sens large; cette structure n'a pas non plus été utilisée à des fins contraires à son but. L'absence d'abus impose, en conséquence, de respecter la dualité juridique de chacune de ces banques vis-à-vis de l'Etat.
7.3 La recourante ne réfute aucunement ces motifs, mais se borne à exposer sa propre argumentation, qui plus est confuse; manifestement appellatoire, le recours s'avère irrecevable à cet égard (ATF 134 II 349 consid. 3 p. 351/352). À toutes fins utiles, il convient de signaler que l'autorité précédente ne s'est jamais exprimée sur le cas de séquestre réalisé en l'occurrence, de sorte que tous les développements au sujet de l'art. 271 al. 1 ch. 2 LP (i.e. cas du débiteur qui, dans l'intention de se soustraire à ses engagements, fait disparaître ses biens, s'enfuit ou prépare sa fuite) sont hors de propos.
8. En conclusion, le présent recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, avec suite de frais et dépens à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 5'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 2 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Braconi