Fatti:
A. Con risoluzione dell'8 maggio 2009 la Sezione della circolazione ha inflitto a A._ una multa di fr. 200.--, perché il 5 dicembre 2008 a Lugano, alla guida della vettura targata xxx, non ha osservato una segnalazione semaforica rossa indicante "fermata", si è inoltrato in un'intersezione e ha colliso con un autoveicolo sopraggiungente da destra.
B. Adito da A._, con sentenza del 21 novembre 2011 il Presidente della Pretura penale ne ha respinto il ricorso. Dopo aver ritenuto accertata la mancata osservanza della segnalazione semaforica da parte dell'imputato, il giudice ha rifiutato di riconoscergli il beneficio della giustificazione dell'art. 100 n. 4 LCStr, in quanto, malgrado si trattasse di una corsa ufficiale urgente, il conducente A._ non aveva usato la prudenza imposta dalle circostanze.
C. Con sentenza 6B_6/2012 del 31 maggio 2012, il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile il ricorso in materia penale con cui A._ impugnava la decisione del Presidente della Pretura penale, siccome questa autorità non costituiva un tribunale superiore ai sensi dell'art. 80 cpv. 2 LTF.
D. Dopo aver ottenuto una restituzione del termine ricorsuale, A._ è insorto innanzi alla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino (CARP). Con giudizio del 10 ottobre 2012, la CARP ha respinto l'appello e confermato la condanna dell'appellante alla multa di fr. 200.-- per infrazione alle norme della circolazione stradale.
E. A._ si aggrava al Tribunale federale con ricorso in materia penale, postulando l'annullamento della sentenza dell'ultima autorità cantonale.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.
Diritto:
1. Secondo il ricorrente, i fatti alla base del giudizio impugnato sarebbero stati accertati in modo manifestamente inesatto e in violazione del principio in dubio pro reo. L'accertamento relativo alla mancata osservanza da parte dell'insorgente della segnalazione semaforica rossa si fonderebbe sulla dichiarazione del conducente dell'altro veicolo coinvolto nella collisione, che non sarebbe però suffragata da altri elementi oggettivi. In assenza di ulteriori prove o indizi concreti, non sarebbe pertanto possibile ascrivere l'infrazione al ricorrente senza violare il principio in dubio pro reo.
1.1 Nella misura in cui suddetto principio è invocato quale regola di valutazione delle prove, la censura non ha portata distinta da quella di arbitrio (v. DTF 138 V 74 consid. 7).
1.2 Giova premettere che qualora, come in concreto, la procedura dibattimentale di primo grado concerna esclusivamente contravvenzioni, nell'ambito dell'appello i fatti possono essere censurati solo se il loro accertamento risulta manifestamente inesatto o si fonda su una violazione del diritto (art. 398 cpv. 4 CPP). Trattasi delle medesime condizioni poste dall'art. 97 cpv. 1 LTF per i ricorsi al Tribunale federale (sentenza 6B_362/2012 del 29 ottobre 2012 consid. 5.2). La nozione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrio (v. DTF 137 II 353 consid. 5.1; sulla nozione di arbitrio v. DTF 137 I 58 consid. 4.1.2). La CARP dispone dunque di un potere d'esame analogo a quello del Tribunale federale chiamato a statuire su di un ricorso per violazione del divieto dell'arbitrio. Secondo costante giurisprudenza, adito con un gravame fondato sull'art. 9 Cost. e avente per oggetto la decisione di un'autorità di ultima istanza che pure fruisce di una cognizione ristretta, il Tribunale federale non si limita a esaminare sotto l'aspetto dell'arbitrio se l'autorità di ricorso lo abbia commesso; in altri termini, non vi è la cosiddetta duplice limitazione del potere di esame (Willkür im Quadrat). Il Tribunale federale esamina liberamente la questione di sapere se l'autorità cantonale ha ammesso, rispettivamente negato a torto una violazione del divieto dell'arbitrio (DTF 125 I 492 consid. 1a/cc; 116 III 70 consid. 2b).
Ciò non toglie che spetta alla parte ricorrente dimostrare, con un'argomentazione conforme ai dettami dell'art. 106 cpv. 2 LTF (sugli stessi v. DTF 137 V 57 consid. 1.3 pag. 60), che le motivazioni addotte dall'autorità cantonale per ammettere, rispettivamente negare il carattere arbitrario del giudizio di primo grado sono sbagliate. Essa non può limitarsi a ripetere quanto già esposto in sede cantonale, bensì deve confrontarsi criticamente con la motivazione della decisione impugnata, pena l'inammissibilità del gravame per carente motivazione (sentenza 6B_696/2011 del 6 marzo 2012 consid. 2.1).
1.3 La CARP non ha ravvisato arbitrio nella valutazione delle prove operata dal giudice di prima istanza, che ha dato credito alla versione dei fatti fornita dall'altro conducente. Essa ha in particolare spiegato che il grado di alcolemia su questi riscontrata non ne inficiava le dichiarazioni, perché non era tale da impedirgli di riconoscere e distinguere i segnali luminosi e che alla sua affermazione perentoria di essere transitato con il semaforo indicante luce verde, si opponeva la semplice supposizione del ricorrente di aver impegnato l'intersezione ancora con luce semaforica gialla.
Sulla scorta di questi elementi è a ragione che la CARP ha negato l'arbitrio. Benché entrambi siano stati interrogati una sola volta, le affermazioni dell'altro protagonista della collisione sono state effettivamente univoche e sicure, contrariamente a quelle dell'insorgente. Quest'ultimo in un primo tempo si è detto convinto che giunto all'incrocio il semaforo era sull'arancione per poi, poco dopo, nel corso del medesimo interrogatorio, affermare di non saper con che colore è transitato. Sicché, è in modo sostenibile che il primo giudice ha concluso che se il semaforo poteva essere su luce gialla quando il ricorrente l'ha guardato avvicinandosi al crocevia, lo stesso era commutato sul rosso al momento in cui, alcuni secondi dopo, egli si è immesso nell'intersezione. L'accertamento della mancata osservanza della segnalazione semaforica da parte del ricorrente non poggia dunque in modo acritico sulla sola dichiarazione dell'altro protagonista della collisione, ma anche su quelle del ricorrente stesso. Ininfluente al riguardo appare l'obiezione ricorsuale secondo cui, anche volendo seguire questa conclusione, sarebbe poco probabile che l'altro conducente sia passato con luce semaforica verde alla velocità dichiarata di 40/45 km/h, atteso che di regola occorrono alcuni secondi prima che il semaforo dell'altra corsia passi sul verde. L'insorgente disattende così che in materia penale ognuno risponde delle proprie azioni e omissioni: l'eventuale comportamento antigiuridico altrui non discrimina, né attenua la responsabilità per una violazione di prescrizioni imputabili a propria colpa.
In simili circostanze, malgrado il tasso alcolemico riscontrato sull'altro conducente, il giudice poteva ritenere sufficienti gli indizi disponibili per accertare che l'insorgente non ha osservato la segnalazione semaforica rossa e ha quindi violato l'art. 27 cpv. 1 LCStr.
2. Il ricorrente lamenta una violazione dell'art. 100 n. 4 LCStr, nella misura in cui la CARP non ha ritenuto adempiuti i presupposti per una sua applicazione.
2.1 Giusta l'art. 100 n. 4 LCStr, che costituisce una lex specialis per rapporto all'art. 14 CP (sentenza 6B_288/2009 del 13 agosto 2009 consid. 3.3), nei viaggi ufficiali urgenti, il conducente di un veicolo del servizio antincendio, del servizio sanitario, della polizia o delle dogane che ha usato gli speciali segnalatori prescritti e la prudenza imposta dalle particolari circostanze non è punibile per avere violato le norme e le misure speciali concernenti la circolazione. Affinché sia esclusa l'illiceità della violazione delle norme della circolazione stradale (v. sentenza 6S.162/2003 del 4 agosto 2003 consid. 3.1), devono essere riunite quattro condizioni cumulative: l'ufficialità del viaggio, l'urgenza, l'utilizzo degli speciali segnalatori e il rispetto della prudenza imposta dalle circostanze.
Secondo la giurisprudenza, il viaggio ufficiale è definito urgente (cosiddetta corsa d'emergenza) se effettuato per permettere l'intervento il più rapido possibile del servizio antincendio, di quello sanitario, della polizia o delle dogane, al fine di salvare vite umane, scongiurare un pericolo per la sicurezza o l'ordine pubblico, preservare importanti beni materiali o inseguire fuggitivi. La nozione di urgenza va interpretata in modo restrittivo. Decisiva al riguardo è la possibilità che già una minima perdita di tempo rischi di aumentare sensibilmente lesioni a beni giuridicamente protetti, esposti a pericolo (sentenza 6B_20/2009 del 14 aprile 2009 consid. 4.4.1; v. pure Promemoria del DATEC del 6 giugno 2005 sull'uso delle luci blu e degli avvisatori a due suoni alternati, n. 1, http://www.astra.admin.ch).
2.2 In concreto, dopo aver rilevato che il ricorrente stava effettuando una corsa ufficiale con gli speciali segnalatori azionati, la CARP ne ha negato il carattere urgente. La centrale d'intervento aveva comunicato all'insorgente la segnalazione della gerente di un bar relativa a un furto subito, i cui probabili autori potevano ancora trovarsi nell'esercizio pubblico. Per i giudici cantonali, essendo il reato già consumato, l'arrivo degli agenti della polizia nulla avrebbe potuto al riguardo. Nemmeno appariva urgente l'intervento per fermare gli autori sia perché l'entità della refurtiva non poteva che ritenersi ridotta, trattandosi di un furto in un bar, sia perché la possibile presenza in loco degli autori era del tutto teorica e ipotetica, atteso che nulla si sapeva della loro identità. Sicché, conclude la CARP, non solo non c'erano dei ladri in fuga, ma essi neanche erano stati identificati.
2.3 Poiché occorre mostrarsi rigorosi nell'ammettere l'urgenza (v. supra consid. 2.1), la conclusione dei giudici cantonali non viola l'art. 100 n. 4 LCStr. L'intervento della polizia non poteva infatti preservare un bene giuridicamente protetto, a prescindere dalla sua importanza, che già risultava leso, come peraltro nemmeno il ricorrente pretende. Egli tuttavia sostiene che l'urgenza fosse riconducibile alla possibile presenza in loco degli autori, al rischio che commettessero altri reati e all'eventualità concreta di poterli individuare e fermare. Come già osservato dalla CARP, anche in quest'ambito occorre però rispettare il principio della proporzionalità (v. sentenza 6S.162/2003 del 4 agosto 2003 consid. 3.1). Atteso che in concreto non sussistevano rischi per la vita umana, né per la sicurezza e l'ordine pubblico e considerato che la presenza dei ladri nel bar, di cui non si conoscevano il numero e i connotati, fosse solo ipotetica, la corsa ufficiale non poteva definirsi urgente.
Non essendo adempiuto il presupposto dell'urgenza, necessario all'applicazione dell'art. 100 n. 4 LCStr, risulta superfluo esaminare le censure ricorsuali relative al rispetto della prudenza imposta dalle circostanze, già negato dal giudice di prime cure. Al proposito, è il caso di rilevare che, contrariamente a quanto preteso nel ricorso, la conclusione del Presidente della Pretura penale non è riconducibile unicamente al contestato ritardo nell'azionare gli avvisatori acustici, ma anche e soprattutto, tenuto conto del fondo bagnato, della pioggia e della scarsa visibilità, all'eccessiva velocità (40 km/h) al momento di impegnare l'intersezione.
2.4 Giova ancora esaminare se il comportamento del ricorrente non possa ricadere sotto l'art. 14 CP. Difatti, qualora l'urgenza ai sensi dell'art. 100 n. 4 LCStr non sia data, l'accusato può ancora invocare il motivo giustificativo generale dell'atto permesso dalla legge giusta l'art. 14 CP. Tuttavia, l'agente di polizia che nell'ambito dell'esercizio delle sue funzioni viola la legge può avvalersi di questa norma, solo se ha agito nel rispetto del principio della proporzionalità. In altre parole, il suo comportamento dev'essere idoneo nonché necessario a raggiungere lo scopo perseguito e tra quest'ultimo, da un lato, e il bene giuridico toccato nonché l'entità della sua lesione, dall'altro, deve sussistere un rapporto ragionevole (sentenza 6B_20/2009 del 14 aprile 2009 consid. 4.4.2).
Nella fattispecie, tra la violazione della norma della circolazione commessa e lo scopo perseguito non sussiste un rapporto ragionevole. Infatti, il rispetto della segnalazione semaforica costituisce, sotto il profilo della sicurezza, una regola cardinale della circolazione stradale (sentenza 6S.162/2003 del 4 agosto 2003 consid. 3.2). Il ricorrente ha omesso di osservare una segnalazione semaforica rossa, per rendersi più rapidamente sul luogo di un'infrazione. Poiché non si trattava di una rapina, ma di un furto, per di più già consumato, e tenuto conto dell'elevato pericolo che comporta il mancato rispetto delle regole ordinarie di precedenza, il comportamento dell'insorgente si appalesa sproporzionato allo scopo perseguito e meglio all'eventuale identificazione e al possibile fermo degli autori, ipoteticamente ancora in loco, del furto.
3. Il ricorrente sostiene poi che al momento dei fatti fosse fermamente convinto che le condizioni per una corsa urgente fossero riunite.
Senza menzionarlo espressamente, egli invoca un errore indiretto sull'illiceità ai sensi dell'art. 21 CP (v. al riguardo sentenza 6B_430/2007 del 17 marzo 2008 consid. 5.5). La censura, che già pone problemi di ammissibilità in ragione della lacunosa motivazione (v. art. 42 cpv. 2 LTF), appare d'acchito infondata nella misura in cui di questa convinzione non v'è traccia negli accertamenti cantonali che vincolano questo Tribunale (v. art. 105 cpv. 1 LTF).
4. L'insorgente chiede infine, in modo invero apodittico, di essere esentato da pena in applicazione dell'art. 100 n. 1 LCStr.
Questa disposizione prevede l'esenzione da qualsiasi pena nei casi particolarmente lievi. Secondo la giurisprudenza, che pone esigenze molto elevate al riguardo, trattasi dei cosiddetti casi bagattella, in cui anche una minima sanzione risulterebbe scioccante e inappropriata rispetto alla colpa dell'autore (DTF 135 IV 130 consid. 5.3.4). Di regola, questa condizione non è realizzata in presenza di una violazione di una regola fondamentale per la sicurezza stradale (v. sentenza 6S.219/2005 del 24 giugno 2005 consid. 3), come lo è il mancato rispetto della segnalazione semaforica (v. supra consid. 2.4).
A questo riguardo, benché la CARP abbia confermato il giudizio di prime cure in punto alla condanna del ricorrente per una contravvenzione ai sensi dell'art. 90 cpv. 1 LCStr in combinazione con gli art. 27 cpv. 1 e 68 cpv. 1bis OSStr, ha rilevato che la qualifica giuridica dei fatti peccasse di generosità, pur rinunciando a un rinvio degli atti in considerazione del tempo trascorso e con riferimento al divieto previsto dall'art. 391 cpv. 2 CPP.
Non si giustifica quindi esentare il ricorrente da pena.
5. Ne segue che il gravame dev'essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF) e sono quindi poste a carico del ricorrente.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino.