Sachverhalt:
A. S._, geboren 1960, arbeitete zuletzt im Strassenbau in der Firma P._ AG. Am 24. August 2009 meldete er sich unter Hinweis auf einen am 30. April 2009 erlittenen Herzinfarkt, eine chronisch obstruktive Lungenerkrankung, eine arterielle Hypertonie, einen Diabetes mellitus Typ II, eine Diskushernie C6/C7 und eine Refluxösophagitis bei der IV-Stelle Basel-Stadt zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle klärte die medizinischen und wirtschaftlichen Verhältnisse ab und gab bei der X._, Spital Y._, eine polydisziplinäre MEDAS-Expertise (Gutachten vom 26. August 2010 und Stellungnahme vom 3. Mai 2011) in Auftrag. Mit Vorbescheid vom 27. Januar 2011 und Verfügung vom 7. September 2011 sprach sie S._ ab 1. April 2010 eine Viertels-Invalidenrente zu (Invaliditätsgrad von 44 %).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt mit Entscheid vom 13. Juni 2012 ab (Invaliditätsgrad von 47 %).
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen. Er beantragt, der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts sei aufzuheben und es sei ihm mindestens eine halbe Invalidenrente zuzusprechen; zur Frage der Arbeitsfähigkeit sei ein umfassendes medizinisches Gutachten bei einer unabhängigen Fachstelle in Auftrag zu geben.
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Seinem Urteil legt es den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz, auf Rüge hin oder von Amtes wegen, berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig (dazu E. 1.2) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Vorliegen dieser Voraussetzungen hat die Beschwerde führende Person genau darzulegen. Dazu genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten oder die eigene Beweiswürdigung zu erläutern (BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356; SVR 2012 BVG Nr. 11 S. 44, 9C_779/2010 E. 1.1.2 [nicht publiziert in BGE 137 V 446]).
Eine Sachverhaltsfeststellung ist nicht schon dann offensichtlich unrichtig, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (BGE 132 I 42 E. 3.1 S. 44). Es liegt noch keine offensichtliche Unrichtigkeit vor, nur weil eine andere Lösung ebenfalls in Betracht fällt, selbst wenn diese als die plausiblere erschiene (vgl. BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; Urteil 9C_967/2008 vom 5. Januar 2009 E. 5.1). Diese Grundsätze gelten auch in Bezug auf die konkrete Beweiswürdigung (Urteile 9C_999/2010 vom 14. Februar 2011 E. 1 und 9C_734/2010 vom 21. Oktober 2010 E. 3; SVR 2012 BVG Nr. 11 S. 44, 9C_779/2010 E. 1.1.1 [nicht publiziert in: BGE 137 V 446]).
1.2 Dem kantonalen Versicherungsgericht steht als Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zu (vgl. BGE 120 Ia 31 E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (BGE 132 III 209 E. 2.1 S. 211; zum Begriff der Willkür BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE 130 I 258 E. 1.3 S. 261). Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweis).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und die von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze, namentlich über die Begriffe der Invalidität, Arbeitsunfähigkeit und Erwerbsfähigkeit, den Umfang des Rentenanspruchs, die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Der Beschwerdeführer rügt, obwohl sich die gesundheitlichen Verhältnisse nach Abschluss der Begutachtung der X._ bis zum Erlass der Verfügung verschlechtert hätten, habe die Vorinstanz dem begründeten Antrag auf Einholung eines neuen Gutachtens nicht entsprochen.
3.1 Das polydisziplinäre (internistisch-rheumatologisch-neurologisch-psychosomatische) Gutachten der X._ vom 26. August 2010 attestierte dem Beschwerdeführer mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit ein zervikonuchales und zervikobrachiales rechtsbetontes Schmerzsyndrom (ICD-10 M53.0, M53.1), ein unspezifisches lumbovertebrales Schmerzsyndrom (ICD-10 M54.5), eine koronare 2-Ast-Erkrankung, eine chronisch-obstruktive Lungenerkrankung (COPD), Spannungskopfschmerzen im Rahmen eines chronischen zervikozephalen Schmerzsyndroms (ICD-10 G44.2/M53.0) sowie eine depressive Anpassungsstörung (ICD-10 F43.22) bei koronarer 2-Ast-Erkrankung. Als Diagnosen ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit waren eine diskrete Hypästhesie am rechten Arm sowie anamnestisch eine Refluxösophagitis angegeben. Nach Einschätzung der Experten bestand für eine Tätigkeit im Strassenbau sowie für sämtliche körperlich schweren und mittelschweren Tätigkeiten bleibend keine zumutbare Arbeitsfähigkeit mehr. Für körperlich leichte bis intermittierend mittelschwere Tätigkeiten in Wechselbelastung, welche rückenadaptiert ausgeübt werden können, sahen sie eine ganztags verwertbare Arbeitsfähigkeit von 70 % als gegeben. Die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit von 30 % sollte regelmässige Entlastungspausen ermöglichen. Die durch die depressive Anpassungsstörung bedingte Minderung betrachteten sie bei einer Änderung der Tagesstruktur als verbesserungsfähig.
3.2 Die Vorinstanz sah in somatischer Hinsicht die vom Beschwerdeführer vorgebrachten gesundheitlichen Beeinträchtigungen durch das Gutachten der X._ und die ergänzende Stellungnahme vom 3. Mai 2011 genügend berücksichtigt. Sie hielt eine bessere Compliance bei der Behandlung des Diabetes und das richtige Einstellen der Blutzuckerwerte im Rahmen der Schadenmilderungspflicht für zumutbar. Es sei nicht anzunehmen, dass die Erkrankung bei richtiger Einstellung der Blutzuckerwerte die Arbeitsfähigkeit zusätzlich einschränke. Was die Hepatopathie (Leberleiden) anbelange, sei diese bei der Erstellung des Gutachtens bekannt gewesen und führe zu keiner zusätzlichen Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Vor dem Hintergrund der rund ein halbes Jahr nach der Stellungnahme der X._ festgestellten Ischämie im Bereich der Vorderwand und der Koronarangiographie (vom 24. Januar 2012) sei zwar davon auszugehen, dass die Herzproblematik allenfalls vorübergehend zu einer Verschlechterung des Gesundheitszustandes geführt habe, sie habe indessen keine längerfristigen Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit gehabt. In psychischer Hinsicht lasse sich kein seit der Begutachtung wesentlich verschlechtertes Beschwerdebild feststellen. Im Hinblick darauf, dass der Gutachter und der behandelnde Arzt grundsätzlich gleiche Befunde beschreiben und auch in der Diagnosestellung nicht wesentlich voneinander abweichen würden, sei anzunehmen, dass sich hier der Gesundheitszustand bis zum Verfügungszeitpunkt nicht erheblich verändert habe, weshalb sich weitere Abklärungen dazu erübrigen würden. Somit könne der Arbeitsunfähigkeitseinschätzung im psychosomatischen Gutachten gefolgt werden, das auf schlüssigen und überzeugenden medizinischen Darlegungen beruhe. Zusammenfassend sei die Beschwerdegegnerin zu Recht von einer Arbeitsfähigkeit von 70 % in einer leidensangepassten Tätigkeit ausgegangen. Von weiteren medizinischen Abklärungen könne abgesehen werden.
3.3 Die praktisch ausschliesslich Tatsächliches, vorab den medizinischen Sachverhalt beschlagenden Vorbringen des Beschwerdeführers gegen eine Beurteilung auf der Basis der Erkenntnisse der Experten der X._ hat das kantonale Gericht hinreichend geprüft. Soweit die letztinstanzliche Argumentation sich nicht in ohnehin unzulässiger appellatorischer Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung erschöpft, vermag sie keine Bundesrechtswidrigkeit darzutun.
4. Schliesslich kann die in der Beschwerde in Frage gestellte Höhe des Abzuges vom Tabellenlohn - mindestens 15 - 20 % statt wie berücksichtigt 10 % - vom Bundesgericht nur im Hinblick auf Ermessensüberschreitung oder -missbrauch als Formen rechtsfehlerhafter Ermessensbetätigung (BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399) geprüft werden (E. 1.2). Ein solcher Mangel wird hier nicht gerügt.
5. Zusammenfassend hat die Vorinstanz ohne Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes in zulässiger antizipierender Beweiswürdigung (vgl. BGE 137 V 64 E. 5.2 S. 69; 136 I 229 E. 5.3 S. 236) auf weitere medizinische Abklärungen verzichtet. Nach der nicht offensichtlich unrichtigen und somit für das Bundesgericht verbindlichen Feststellung einer Restarbeitsfähigkeit von 70 % und der Gewährung eines Abzuges vom Tabellenlohn von 10 % resultiert der von der Vorinstanz festgelegte Invaliditätsgrad von 47 %, was nach dem Gesagten vor Bundesrecht standhält (E. 1).
6. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG ohne Durchführung des Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung erledigt wird.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. Januar 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Schmutz