Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft (bzw. zu Beginn des Verfahrens bis Ende 2010: das Kantonale Untersuchungsrichteramt) des Kantons Thurgau führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Urkundendelikten, Geldwäscherei und Veruntreuung.
Am 30. August 2010 verfügte das Kantonale Untersuchungsrichteramt,
die Bank M._ habe ihm Kopien von Unterlagen von verschiedenen Konti und Geschäftsvorfällen zuzustellen und Auskünfte zu bestimmten Zahlungseingängen zu erteilen. Am 1. September 2010 wurden auf Anordnung des Kantonalen Untersuchungsrichteramts die Büroräumlichkeiten von X._ durchsucht und verschiedene Unterlagen, ein Personalcomputer und Sicherungen von Serverfestplatten sichergestellt.
Am 6. September 2010 teilte die Bank M._ dem Präsidenten der Anklagekammer mit, sie habe dem Kantonalen Untersuchungsrichteramt die verlangten Unterlagen geschickt und verlange deren Siegelung.
Am 8. Oktober 2010 beantragte das Kantonale Untersuchungsrichteramt die Entsiegelung und Durchsuchung der bei der Bank M._ beschlagnahmten Kontounterlagen und verlangte, verschiedene Bankunterlagen zu den Untersuchungsakten zu nehmen.
Am 25. Oktober 2010 ordnete der Präsident der Anklagekammer in zwei separaten Entscheiden eine Sichtung und vorübergehende Entsiegelung der Akten zur Durchführung einer Triage an. X._ beantragte einerseits den Beizug von Prof. Dr. A._ zur Entsiegelung und anderseits, die Verfügungen vom 25. Oktober 2010 wiedererwägungsweise aufzuheben.
X._ erhob gegen die Verfügungen des Anklagekammerpräsidenten vom 25. Oktober 2010 zwei separate Beschwerden, auf welche das Bundesgericht mit Urteil vom 14. Januar 2011 nicht eintrat.
Am 31. Januar 2011 teilte das Zwangsmassnahmengericht, an welches das Verfahren zuständigkeitshalber übergegangen war, X._ mit, das Entsiegelungsverfahren würde nach Massgabe der neuen eidgenössischen Strafprozessordnung wieder aufgenommen, wobei als erstes über die grundsätzliche Zulässigkeit der Entsiegelung entschieden werde. Am 2. Februar 2011 ergänzte die Staatsanwaltschaft ihr Entsiegelungsgesuch.
Am 29. März 2011 verfügte der Zwangsmassnahmenrichter, die von der Bank M._ der Staatsanwaltschaft zugestellten Unterlagen (Dispositiv-Ziff. 1) sowie die bei der Hausdurchsuchung vom 1. September 2010 sichergestellten Unterlagen inkl. der Daten der elektronischen Datenverarbeitungsanlage (Dispositiv-Ziff. 2) blieben beschlagnahmt. Das Gesuch von X._ um unbelastete Herausgabe der beschlagnahmten Unterlagen, Anwaltsakten und elektronischen Datenverarbeitungsanlagen wies es ab (Dispositiv-Ziff. 3). Es werde eine Entsiegelungsverfahren durchgeführt; die gesiegelten Bankunterlagen, physischen und elektronischen Daten würden vom Zwangsmassnahmengericht im Beisein der Parteien daraufhin geprüft, ob schützenswerte Geheimhaltungsinteressen einer Weitergabe an die Strafuntersuchungsbehörden entgegenstünden (Dispositiv-Ziff. 4).
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Zwangsmassnahmenrichters aufzuheben, das Entsiegelungsgesuch vom 8. Oktober 2010 abzuweisen, auf das Entsiegelungsgesuch vom 2. Februar 2011 nicht einzutreten und ihm die gesamten Papiere, elektronischen Datenträger und Daten in versiegeltem Zustand auszuhändigen.
C. Der Zwangsmassnahmenrichter beantragt in seiner Vernehmlassung, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Staatsanwalt Wiedemann schliesst sich der Vernehmlassung des Zwangsmassnahmenrichters an.
X._ hält in der Replik an der Beschwerde fest.
Erwägungen:
1. Mit dem angefochtenen Entscheid hat der Zwangsmassnahmenrichter die umstrittenen Beschlagnahmen als rechtmässig anerkannt und die Durchführung des Entsiegelungsverfahrens angeordnet, in welchem geprüft werden soll, ob schützenswerte Geheimhaltungsinteressen einer Weitergabe der beschlagnahmten Unterlagen und Daten an die Strafverfolgungsbehörden entgegenstehen. Er schliesst das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab. Es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid in einer Strafsache, der vom Zwangsmassnahmenrichter als einziger kantonaler Instanz getroffen wurde (Art. 80 Abs. 2 BGG). Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn - was hier ausser Betracht fällt - die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
1.1 Mit dem angefochtenen Entscheid hält der Zwangsmassnahmenrichter einerseits die Beschlagnahme vorläufig aufrecht. Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht dargelegt, inwiefern er dadurch einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil erleiden könnte. Damit ist die Beschwerde gegen die Aufrechterhaltung der Beschlagnahme bis zur Durchführung des Entsiegelungsverfahrens unzulässig.
1.2 Im vom Zwangsmassnahmenrichter angeordneten Entsiegelungsverfahren wird nur geprüft, ob an den beschlagnahmten Akten und Daten oder einem Teil von ihnen möglicherweise schützenswerte Geheimhaltungsinteressen bestehen, die einer Aushändigung an die Staatsanwaltschaft zum Zwecke der Strafverfolgung entgegenstehen. Dabei erhalten der Zwangsmassnahmenrichter und die Gegenpartei - hier die Staatsanwaltschaft - vom Inhalt der zu prüfenden Akten und Daten nur summarisch Kenntnis, soweit dies für die Durchführung der Triage unumgänglich ist. Gerichtlich verwertet werden dürfen diese Beweismittel und allfällig darauf beruhende Erkenntnisse ohnehin nur, wenn und soweit das von der Staatsanwaltschaft eingeleitete Entsiegelungsverfahren abgeschlossen und über die der Staatsanwaltschaft konkret auszuhändigen Akten und Daten entschieden sein wird. Es ist damit nicht ersichtlich, dass der Beschwerdeführer bereits durch die Durchführung des Entsiegelungsverfahrens einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil erleiden könnte.
2. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000 werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi