Sachverhalt:
A. Mit Mietvertrag vom 30. August 2001 mietete die X._ AG (Beschwerdeführerin) von A._ (Beschwerdegegnerin) eine Fabrikhalle mit Büros und Parkplätzen in Winterthur-Wülflingen. Der Vertrag wurde für eine Dauer von zehn Jahren abgeschlossen, mit einer Option zugunsten der Beschwerdeführerin für weitere fünf Jahre.
Im Laufe des Jahres 2003 entspann sich unter den Parteien eine Diskussion über die Zufahrt von Lastwagen zu der gemieteten Halle. Am 12./13. November 2003 schlossen die Parteien darüber eine Vereinbarung ab. Gegen Ende 2004 errichtete die Beschwerdegegnerin auf dem Grundstück ein neues Gebäude. In der Folge beanstandete die Beschwerdeführerin insbesondere, dass dieses Gebäude ihre Zufahrt erschwere. Die Beschwerdegegnerin wies die Vorwürfe schriftlich zurück. Die Beschwerdeführerin beharrte auf ihrem Standpunkt und erklärte nach Ansetzen einer Nachfrist am 5. August 2005 gestützt auf Art. 266g OR die Kündigung des Vertrages aus wichtigen Gründen per 6. Februar 2006. Ab September 2005 stellte sie die Mietzinszahlungen ein. Mit Schreiben vom 5. Oktober 2005 setzte die Beschwerdegegnerin eine Frist nach Art. 257d OR zur Bezahlung der rückständigen Mietzinse für die Monate September und Oktober 2005. Mit Schreiben vom 19. Oktober 2005 machte die Beschwerdeführerin geltend, es stünden ihr Schadenersatzansprüche zu, welche sie mit den bis zum Ende der Kündigungsfrist aufgelaufenen Mietzinsen verrechne. Am 15. November 2005 erklärte die Beschwerdegegnerin gestützt auf Art. 257d OR die Kündigung des Vertrages wegen Zahlungsverzugs per 31. Dezember 2005. Die Beschwerdeführerin räumte das Objekt am 6. Februar 2006.
B. Am 13. Dezember 2005 gelangte die Beschwerdeführerin an die Schlichtungsbehörde Winterthur und beantragte, die Kündigung der Beschwerdegegnerin sei für unwirksam zu erklären, es sei die Wirksamkeit der Kündigung der Beschwerdeführerin festzustellen und es sei der Beschwerdeführerin Schadenersatz in der Höhe von Fr. 177'835.-- zuzusprechen. Die Beschwerdegegnerin verlangte die Abweisung dieser Begehren und beantragte widerklageweise im Wesentlichen, die Beschwerdeführerin sei zur Bezahlung von Fr. 16'438.-- zuzüglich Zins sowie zur Herausgabe von zwei Schlüsseln zu verpflichten. Nachdem keine Einigung erzielt werden konnte, setzte die Schlichtungsbehörde den Parteien mit Beschluss vom 20. März 2006 eine Frist von 30 Tagen, um ihre Klagen beim Mietgericht Winterthur einzureichen.
In der Folge erhob die Beschwerdegegnerin am 27. April 2006 Klage beim Mietgericht Winterthur und stellte im Wesentlichen die Anträge, die Beschwerdeführerin sei zur Zahlung von Fr. 16'438.-- zuzüglich Zins und zur Herausgabe von zwei Schlüsseln zu verpflichten. Die Beschwerdeführerin beantragte dem Mietgericht Winterthur die Abweisung der Klage und verlangte widerklageweise, die Beschwerdegegnerin sei zur Zahlung von Fr. 100'000.-- zuzüglich Zins zu verpflichten. Mit Urteil vom 9. März 2007 verpflichtete das Mietgericht Winterthur die Beschwerdeführerin in teilweiser Gutheissung der Klage zur Bezahlung von Fr. 13'198.-- zuzüglich Zins (Ziff. 1), äusserte sich zu den Begehren über die Schlüssel (Ziff. 2) und Löschung des im Grundbuch eingetragenen Mietvertrages (Ziff. 3) und wies die Widerklage ab (Ziff. 4).
Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin Berufung ans Obergericht des Kantons Zürich und beantragte, das Urteil des Mietgerichts sei teilweise aufzuheben und ihre Widerklage sei vollumfänglich gutzuheissen. Mit Beschluss vom 17. Juli 2007 verpflichtete das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerdeführerin gleich wie das Mietgericht Winterthur zur Zahlung von Fr. 13'198.-- zuzüglich Zins (Ziff. 2) und wies die Widerklage ab (Ziff. 3).
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 12. September 2007 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, Ziff. 3 des Beschlusses des Obergerichts des Kantons Zürich vom 17. Juli 2007 sei aufzuheben; die Widerklage sei gutzuheissen und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, der Beschwerdeführerin einen Betrag von Fr. 100'000.-- zuzüglich Zins zu bezahlen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Das Obergericht hielt im angefochtenen Urteil fest, dass das Mietgericht zutreffend davon ausgegangen sei, die Kündigung der Beschwerdegegnerin wegen Zahlungsverzugs (Art. 257d OR) per 31. Dezember 2005 sei rechtens gewesen. Die Beschwerdeführerin habe von der Möglichkeit einer fristlosen Auflösung des Mietvertrages wegen Mängeln (Art. 259b OR) keinen Gebrauch gemacht, sondern eine Kündigung aus wichtigem Grund (Art. 266g OR) per 6. Februar 2006 ausgesprochen. Bis zum Zeitpunkt, auf den sie die Kündigung ausgesprochen habe (d.h. bis am 6. Februar 2006), habe sie das Objekt weiterhin genutzt und sei zur Zahlung des Mietzinses verpflichtet gewesen. Da die Beschwerdeführerin ab September 2005 den Mietzins jedoch nicht mehr bezahlt habe, sei die von der Beschwerdegegnerin ausgesprochene Kündigung wegen Zahlungsverzugs (Art. 257d OR) per 31. Dezember 2006 wirksam geworden. Daran ändere auch die von der Beschwerdeführerin erklärte Verrechnung nichts. Ein allfälliger Schadenersatzanspruch für nicht mehr mögliche Amortisation von Ausbauten sei erst beim Verlassen des Mietobjektes am 6. Februar 2006 fällig geworden, weshalb die ausstehenden Mietzinse mangels Fälligkeit der Verrechnungsforderung nicht getilgt worden seien; im Übrigen sei am neuen Standort in Wetzikon erst ab Oktober Mietzins bezahlt worden, weshalb auch insofern der für den Monat September 2005 ausstehende Mietzins nicht habe getilgt werden können. Wenn aber die auf den 31. Dezember 2005 ausgesprochene Zahlungsverzugskündigung (Art. 257d OR) zu Recht erfolgt sei, bleibe von Vornherein kein Raum für Schadenersatz als Folge der auf den 6. Februar 2006 ausgesprochenen Kündigung aus wichtigem Grund (Art. 266g OR). Es könne offen bleiben, ob sich die Beschwerdeführerin grundsätzlich im Rahmen von Art. 266g OR und im konkreten Fall auf Schadenersatz hätte berufen können, wenn diese Kündigung wirksam geworden wäre.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Mietverhältnis sei nicht zufolge der Kündigung der Beschwerdegegnerin wegen Zahlungsverzugs (Art. 257d OR) per 31. Dezember 2005, sondern aufgrund der von ihr ausgesprochenen Kündigung aus wichtigem Grund (Art. 266g OR) per 6. Februar 2006 aufgelöst worden, weil der ab September 2005 ausstehende Mietzins durch Verrechnung mit ihren Schadenersatzansprüchen getilgt worden sei; sie könne daher ihre weitergehenden - nicht durch Verrechnung untergegangenen - Schadenersatzansprüche gestützt auf Art. 266g Abs. 2 OR geltend machen. Selbst wenn die Kündigung wegen Zahlungsverzugs (Art. 257d OR) per 31. Dezember 2005 wirksam geworden sein sollte, habe sie die Möglichkeit, gestützt auf Art. 266g Abs. 2 OR den Kündigungsschaden (erhöhte Mietaufwendungen für das Ausweichobjekt und entgangene Erträge aus der Untermiete sowie Ersatz der nicht amortisierten Investitionen im ursprünglichen Mietobjekt) geltend zu machen.
2.2 Zunächst ist zu prüfen, durch welche Kündigung das Mietverhältnis beendet wurde. Das Obergericht führte aus, das Mietverhältnis sei wegen Zahlungsverzugs gestützt auf Art. 257d OR per 31. Dezember 2005 - und nicht aus wichtigen Gründen gemäss Art. 266g OR auf einen späteren Zeitpunkt - aufgelöst worden. In diesem Zusammenhang ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin ab September 2005 mit der Mietzinszahlung säumig war. Umstritten ist jedoch, ob die ausstehenden Mietzinse durch Verrechnung getilgt worden waren.
2.3 Nach Art. 120 Abs. 1 OR setzt Tilgung durch Verrechnung voraus, dass beide einander gegenüberstehenden Forderungen fällig sind, und zwar im Zeitpunkt der Verrechnungserklärung (Viktor Aepli, Zürcher Kommentar, Zürich 1991, N. 119 zu Art. 120 OR). Soweit die Beschwerdeführerin in ihrem Schreiben vom 19. Oktober 2005 ihre Mietaufwendungen für das Ausweichobjekt ab Oktober 2005 mit dem ausstehenden Mietzins verrechnete, nahm das Obergericht daher bundesrechtskonform an, dass die offenen Verpflichtungen ab September 2005 mit der Verrechnung hinsichtlich des am neuen Standort ab Oktober 2005 bezahlten Mietzinses nicht vollständig getilgt werden konnten. Desgleichen hielt das Obergericht zutreffend fest, dass ein allfälliger Anspruch im Zusammenhang mit nicht amortisierten Investitionen erst bei Beendigung des Mietverhältnisses fällig geworden sei. Mangels Fälligkeit der Verrechnungsforderung seien die ab September 2005 ausstehenden Mietzinse nicht getilgt worden. Die gegenteilige Auffassung der Beschwerdeführerin, der behauptete Ersatzanspruch für nicht amortisierte Investitionen werde bereits mit der schädigenden Handlung fällig, überzeugt nicht. Zu Recht weist die Beschwerdegegnerin in der Beschwerdeantwort darauf hin, dass für den analogen Fall von Art. 260a Abs. 3 OR, welche Bestimmung die Entschädigungspflicht des Vermieters für einen vom Mieter geschaffenen erheblichen Mehrwert der Mietsache regelt, ebenfalls die Beendigung des Mietverhältnisses der massgebende Zeitpunkt der Fälligkeit der Ersatzforderung sei (Peter Higi, Zürcher Kommentar, Zürich 1994, N. 73 zu Art. 260a OR). Solange das Mietverhältnis andauert, profitiert der Mieter von den getätigten Investitionen, so dass ein mit verunmöglichter Amortisation begründeter Ersatzanspruch in diesem Zeitpunkt noch nicht entstanden und somit nicht fällig ist. Die Verrechnungserklärung der Beschwerdeführerin vom 19. Oktober 2005 erwies sich somit auch insofern als unwirksam, als die angeblichen Ersatzansprüche für nicht amortisierte Investitionen im Zeitpunkt der Verrechnungserklärung noch nicht fällig waren und die ab September 2005 ausstehenden Mietzinse nicht getilgt werden konnten. Im Übrigen ist unbestritten, dass die formellen Voraussetzungen für eine Zahlungsverzugskündigung nach Art. 257d OR eingehalten waren. Das Obergericht ist daher zu Recht davon ausgegangen, dass das Mietverhältnis durch die Zahlungsverzugskündigung per 31. Dezember 2005 aufgelöst worden sei.
2.4 Wenn das Mietverhältnis aber zufolge Zahlungsverzugs der Beschwerdeführerin (Art. 257d OR) - und nicht wegen einer Kündigung aus wichtigem Grund (Art. 266g Abs. 2 OR) - aufgelöst wurde, ist das Fehlverhalten der Beschwerdeführerin (Zahlungsverzug) kausal für die vorzeitige Beendigung des Mietverhältnisses. Da die Beschwerdeführerin die Ursache (Zahlungsverzug) für den Eintritt des angeblichen Schadens (erhöhte Mietaufwendungen für das Ausweichobjekt und Ersatz für die nicht mehr mögliche Amortisation von Ausbauten) selbst gesetzt hat, erweist sich ihr Schadenersatzbegehren von Vornherein als unbegründet. Nicht überzeugend ist auch der Einwand der Beschwerdeführerin, die von ihr ausgesprochene Kündigung aus wichtigem Grund per 6. Februar 2006 sei unabhängig von der zwischenzeitlich von der Gegenpartei erklärten Zahlungsverzugskündigung per 31. Dezember 2005 berechtigt gewesen, so dass ihr Schadenersatzbegehren ausgewiesen sei. Wie erwähnt ist die von der Beschwerdeführerin ausgesprochene Kündigung aus wichtigem Grund per 6. Februar 2006 nicht ursächlich für die vorzeitige Auflösung des Mietverhältnisses; kausal dafür war die Zahlungsverzugskündigung der Beschwerdegegnerin per 31. Dezember 2005. Damit fehlt es aber an einer Grundlage für die Zusprechung von Schadenersatz im Zusammenhang mit der Kündigung aus wichtigem Grund (sog. "überholenden Kausalität" vgl. Roland Brehm, Berner Kommentar, 3. Auflage, Bern 2006, N. 147 ff. zu Art. 41 OR). Weiter ist darauf hinzuweisen, dass das Gesetz für den Fall des Vorliegens von Mängeln wirksame Mittel zugunsten des Mieters vorsähe (Art. 259a ff. OR). Wenn die Beschwerdeführerin von diesen Mitteln keinen Gebrauch macht, sondern durch Nichtbezahlen des Mietzinses - trotz der Möglichkeit der Mietzinshinterlegung (Art. 259g OR) - sich selbst ins Unrecht setzt und Anlass für eine Zahlungsverzugskündigung gibt, hat sie die vorzeitige Vertragsauflösung selbst zu verantworten und kann daraus keine Rechte ableiten. Im Übrigen ist das von der Beschwerdeführerin angeführte Beispiel mit dem hier zu beurteilenden Fall nicht vergleichbar.
2.5 Nur der Vollständigkeit halber ist abschliessend darauf hinzuweisen, dass die Ausführungen der Beschwerdeführerin in Bezug auf die Auslegung von Art. 266g Abs. 2 OR an der Sache vorbeigehen. Wie erwähnt ist nicht die Kündigung aus wichtigem Grund gemäss Art. 266g OR (per 6. Februar 2006), sondern die Zahlungsverzugskündigung gemäss Art. 257d OR (per 31. Dezember 2005) wirksam geworden. Ursache für die vorzeitige Auflösung des Mietvertrages ist der Zahlungsverzug der Beschwerdeführerin. Unabhängig von der Auslegung von Art. 266g Abs. 2 OR scheitern allfällige Schadenersatzforderungen jedenfalls daran, dass nicht eine Schädigung durch die Beschwerdegegnerin, sondern ein eigenes Fehlverhalten der Beschwerdeführerin (Zahlungsverzug) kausal für eine allfällige Schädigung war (vgl. E. 2.4).
3. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Mazan