Faits:
A. A et B X._ ont une fille, C X._, née polyhandicapée le 18 novembre 1985.
Par décision du 17 mars 1992, la Direction de l'instruction publique et des affaires culturelles (actuellement, la Direction de l'instruction publique, de la culture et du sport; ci-après: la Direction) a autorisé B X._ à dispenser un enseignement spécialisé à domicile à C._. Dès 1998, C._ a pu suivre une classe de 2ème primaire, puis de 3ème primaire deux après-midis par mois. Elle a suivi ensuite une classe de 4ème primaire un demi après-midi par semaine, puis une classe de 5ème primaire un après-midi par semaine, et enfin une classe de 6ème primaire, deux après-midis par semaine, mais seulement une partie de l'après-midi. Le 28 août 2000, l'inspectrice des classes spécialisée a préavisé favorablement une première prolongation de la scolarité de C._ jusqu'en été 2003. Dans un courrier du 4 septembre 2002, l'inspectrice des classes spécialisées a précisé que l'affiliation dans une classe de 6ème primaire était autorisée pour la dernière fois, puisque C._ atteindrait sa majorité en novembre 2003.
Le 28 mars 2003, B X._ a sollicité de la Direction une deuxième prolongation de la scolarité de sa fille jusqu'à l'âge de 20 ans. A l'appui de sa demande, elle expliquait que l'intégration dans les classes primaires avait été très bénéfique et souhaitait que cette intégration se poursuive par une affiliation au cycle d'orientation.
Par décision du 20 juin 2003, le Service de l'enseignement obligatoire de langue française (ci-après: le Service) a refusé de prolonger la scolarité obligatoire de C._.
Le 21 juin 2003, A et B X._ ont interjeté recours contre cette décision auprès de la Direction. Ils ont fait valoir que le directeur du cycle d'orientation était d'accord, que la loi prévoyait cette possibilité jusqu'à l'âge de 20 ans, que le service de la prévoyance sociale était disposé à continuer à verser un subside, à condition que l'assurance-invalidité accepte de renouveler jusqu'à l'âge de 20 ans les mesures de formation scolaire spéciale (contributions) échéant au 31 juillet 2003 et que le psychologue de C._ y était favorable.
Par décision du 9 octobre 2003, la Direction a refusé de prolonger la scolarité obligatoire et mis un terme à l'affiliation de C._ à l'école primaire de F._. Elle a considéré qu'il n'y avait pas de droit à obtenir une prolongation de la scolarité obligatoire. Il n'était pas possible d'envisager une affiliation au cycle d'orientation de la Glâne à Romont pour des raisons d'effectif de classes, de structures, d'âge des élèves, de la multiplicité des enseignants et du fait que C._ était entrée dans l'âge adulte. Celle-ci pouvait en revanche, à bien plaire, suivre le cours de religion dispensé dans ce cycle d'orientation.
Par mémoire du 10 novembre 2003, A et B X._ ont recouru auprès du Tribunal administratif contre la décision du 9 octobre 2003. Ils ont soutenu que le passage à la majorité ne constituait pas un motif suffisant pour refuser la prolongation; seul un âge limite fixé à 20 ans mettait un cadre à la scolarité des enfants handicapés. La loi sur l'assurance-invalidité allait dans ce sens en usant des termes "assurés éducables qui n'ont pas atteint l'âge de 20 ans". L'affiliation de C._ à une école ordinaire avait au surplus démontré que cela constituait un enrichissement pour elle et pour les élèves des classes concernées. Un double échange d'écritures a été ordonné par le Tribunal administratif, qui n'a prononcé aucune mesure provisoire.
Par courrier du 2 février 2007 adressé au mandataire de A et B X._, le Tribunal administratif a constaté que le recours était devenu sans objet en raison de l'écoulement du temps depuis le dépôt du recours. Ces derniers s'y sont opposés en soulignant qu'ils bénéficiaient d'une contribution aux frais scolaires accordée par l'assurance-invalidité de 44 fr. par jour d'école facturé et d'un subside alloué par le canton de 30 fr. par jour d'école facturé. Ces contributions et subsides avaient cessé le 31 juillet 2003. L'Office de l'assurance-invalidité ayant rejeté une demande de prolongation du paiement des contributions, les intéressés avaient formé opposition à cette décision. Le 20 janvier 2004, l'Office de l'assurance-invalidité avait suspendu la procédure jusqu'à droit connu sur le recours déposé auprès du Tribunal administratif. Le versement ultérieur des contributions et subsides dépendaient ainsi d'une décision formelle de prolongation de la scolarité obligatoire. Par conséquent, ils maintenaient leur recours.
B. Par arrêt du 15 novembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il a jugé en substance que les dispositions de la loi sur l'assurance-invalidité n'imposaient aux cantons aucune règle particulière en ce qui concerne l'organisation de la scolarité ordinaire ou spéciale. L'art. 62 al. 3 Cst., selon lequel les cantons pourvoient à une formation spéciale suffisante pour les enfants et adolescents handicapés, au plus tard jusqu'à leur 20e anniversaire, n'entrait en vigueur qu'au 1er janvier 2008 et n'était donc pas applicable. Au demeurant, il ne concrétisait pas un droit absolu de scolarisation jusqu'à l'âge de 20 ans, la seule exigence à respecter étant que la formation soit suffisante. Il n'existait aucun droit à obtenir une prolongation de la scolarité spécialisée. Les circonstances particulières qui justifiaient une dérogation à la durée légale de scolarisation n'étaient pas réunies. La scolarité de C._ avait commencé non pas en 1996, mais bien en 1992 déjà, de sorte qu'elle avait déjà duré 11 ans. Une prolongation n'était envisageable qu'en lien avec un projet éducatif, constitué en l'espèce par l'affiliation de C._ dans une classe ordinaire du cycle d'orientation, ce que ni l'inspectrice des classes spécialisées ni la conseillère pédagogique de C._, citée par la première, ne considéraient comme judicieux vu le grand décalage d'âge entre celle-ci et les autres élèves. Les parents n'avaient au surplus pas produit de rapport établissant l'avis contraire du psychologue de C._.
C. Par mémoire du 23 décembre 2007, A et B X._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 15 novembre 2007 par le Tribunal administratif et de confirmer la prolongation de la scolarité de C._, selon des modalités adaptées à son âge; ils proposent que ces modalités fassent l'objet d'une recherche entre eux et les opposants. Ils se plaignent essentiellement de la constatation inexacte et incomplète des faits.
Le Tribunal cantonal et le Tribunal administratif du canton de Fribourg ayant fusionné depuis le 1er janvier 2008, c'est la 1ère Cour administrative du Tribunal cantonal qui a conclu au rejet du recours sous suite de frais et dépens. La Direction conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Les recourants n'ont pas indiqué par quelle voie de recours ils procèdent auprès du Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait leur nuire si leur recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte.
1.1 Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions sur les résultats d'examens ou d'autres évaluations des capacités en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession (art. 83 let. t LTF).
En l'espèce, les recourants se plaignent de n'avoir pas obtenu de dérogation à la durée de la scolarisation et à l'âge d'entrée dans le cycle d'orientation conformément à l'art. 3 al. 3 de la loi du 23 mai 1985 sur l'école enfantine, l'école primaire et l'école du cycle d'orientation (loi scolaire, LS; RSF 411.0.1; entrée en vigueur le 1er août 1987), notamment parce que la Direction a estimé d'une part que C._ avait atteint l'âge adulte et d'autre part que l'organisation des écoles de cycle d'orientation et l'intérêt des autres élèves ne permettaient pas son affiliation à l'une de celles-ci. Ces questions concernent l'organisation de la scolarisation des handicapés et ne portent par sur l'évaluation globale de la capacité de C._ au sens de l'art. 83 lettre t LTF, de sorte que le recours en matière de droit public est ouvert.
1.2 D'après l'art. 89 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire, est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Cette disposition reprend en particulier les exigences qui prévalaient sous l'empire de l'art. 103 lettre a OJ pour le recours de droit administratif (cf. Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4126). Selon la jurisprudence applicable au recours de droit administratif, dont il n'y a pas lieu de s'écarter, le droit de recours suppose l'existence d'un intérêt actuel à obtenir l'annulation ou la modification de la décision attaquée. En principe, l'intérêt digne de protection doit exister non seulement au moment du dépôt du recours mais encore au moment où le jugement est rendu (cf. ATF 128 II 34 consid. 1b p. 36; 123 II 285 ss; 118 Ib 356 consid. 1a; 111 Ib 56 consid. 2a avec références).
En l'espèce, les recourants n'exposent pas en quoi ils disposent encore d'un intérêt actuel à demander l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif refusant de prolonger la scolarité obligatoire de leur fille et son affiliation à une école de cycle d'orientation. C._ étant née le 18 novembre 1985, cela exclut un intérêt actuel à bénéficier pour l'avenir d'une affiliation dans une école du cycle d'orientation. En revanche, il se peut que les recourants disposent encore d'un intérêt actuel à faire constater que la scolarité obligatoire de C._ devait être prolongée jusqu'à ce qu'elle atteigne l'âge de 20 ans du moment que l'Office de l'assurance-invalidité a suspendu la procédure jusqu'à droit connu sur cette question pour décider de l'éventuel versement de contributions pour sa formation. Cette question peut toutefois demeurer ouverte au vu du sort du recours sur le fond.
1.3 Déposé au surplus en temps utile et dans les formes prévues par la loi (art. 100 al. 1 et 106 al. 2 LTF) par les destinataires de la décision attaquée (art. 89 al. 1 LTF) contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut pas être attaquée devant le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. d LTF; art. 33 let. i LTAF), le présent recours en matière de droit public est en principe recevable dans ces limites.
1.4 Aux termes de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de dispositions de droit cantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par les recourants. Cette disposition reprend le principe du grief (Rügeprinzip) que la pratique relative au recours de droit public avait établi en relation avec l'art. 90 OJ (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 133 III 393 consid. 6 p. 397). Selon cette pratique, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., les intéressés ne peuvent se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme ils le feraient dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Ils doivent préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 128 I 295 consid. 7a p. 312; 125 I 492 consid. 1b p. 495 et la jurisprudence citée).
C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciées les critiques formulées par les recourants.
2. Dans le canton de Fribourg, les parents ont le droit d'envoyer leurs enfants en âge de scolarité obligatoire dans une école publique ou privée ou de leur dispenser un enseignement à domicile. La scolarité obligatoire dure neuf ans et comprend l'école primaire et l'école de cycle d'orientation (art. 4 LS). Elle commence à l'âge de six ans révolus à une date fixée par le Conseil d'Etat (art. 5 al. 1 LS). Des dérogations peuvent être octroyées lorsque des circonstances spéciales le justifient (art. 5 al. 2 LS). L'école primaire comporte six degrés et a une durée normale de six ans (art. 15 LS). L'école du cycle d'orientation comporte trois degré et a une durée normale de trois ans (art. 17 LS).
Lorsque les conditions le permettent, l'élève handicapé est intégré dans une classe ordinaire, moyennant, au besoin, une aide appropriée (art. 20a LS). L'inspecteur scolaire décide de l'intégration de l'élève en classe ordinaire. Préalablement, il s'en entretient avec les parents, le maître ou le directeur de l'école du cycle d'orientation, les services auxiliaires concernés et, le cas échéant, l'inspecteur de l'enseignement spécialisé et le médecin concerné (art. 20b LS). L'élève qui ne peut manifestement pas fréquenter l'école ordinaire en raison d'un handicap physique, psychique, mental ou d'un comportement gravement perturbé est scolarisé en classe spéciale. Dans ce cas, l'inspecteur scolaire transmet le dossier de l'élève concerné à l'inspecteur de l'enseignement spécialisé compétent (art. 20c LS). D'après les art. 20c al. 3 et 20d LS, le placement, la scolarisation en classe spéciale, l'organisation, le fonctionnement et la surveillance de l'enseignement spécialisé sont régis par la loi du 22 septembre 1994 sur l'enseignement spécialisé (LES; RSF 411.5.1).
D'après l'art. 3 LES, l'enseignement spécialisé est obligatoire. La scolarité obligatoire dure neuf ans et commence à l'âge de 6 ans révolus. Des dérogations à la durée de la scolarisation et à l'âge d'entrée peuvent être octroyées lorsque des circonstances spéciales le justifient.
3. Les recourants se plaignent, au moins implicitement, d'une constatation inexacte et incomplète des faits.
3.1 Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que les recourants doivent rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 255).
3.2 Les recourants reprochent au Tribunal administratif d'avoir désigné les personnes consultées par la Direction comme "l'ensemble des spécialistes", ce qui ne permettrait pas d'identifier ces spécialistes et favoriserait une généralisation abusive des avis négatifs. Dans ces conditions, le Tribunal administratif ne pouvait pas affirmer que le refus de prolonger la scolarité de C._ était fondé sur des avis d'experts. Le directeur du cycle d'orientation appartenait également à "l'ensemble des spécialistes" et s'était clairement exprimé en faveur de la poursuite de la scolarisation de C._.
Il ressort de l'arrêt attaqué (consid. 5d, p. 10 s.) que le Tribunal administratif s'est fondé sur l'avis de Suzanne Gremaud, inspectrice des classes spécialisées, ainsi que sur celui d'Evelyne Badoud, conseillère pédagogique de l'enseignement spécialisé, qui s'occupait plus particulièrement de C._, pour qui cette dernière devait poursuivre son intégration et sa formation soit à la maison, dans la mesure des possibilités de la maman, soit dans une institution pour adultes. Le Tribunal administratif pouvait privilégier l'avis des spécialistes les plus proches de C._ - experts en enseignement spécialisé - au détriment de l'avis du directeur de l'école du cycle d'orientation ordinaire, sans violer de dispositions constitutionnelles ou légales. Mal fondé, leur grief doit être rejeté.
4. Les recourants formulent encore divers motifs à l'appui de leur conclusions.
4.1 Dans un premier motif, les recourants affirment, à l'instar du Tribunal administratif, que "C._ a bénéficié d'un total de 11 ans de scolarisation", mais ils précisent que seuls 5 de ces 11 années ont pu être suivies au sein des classes primaires et soulignent à quel point ces années ont été effectuées dans des conditions difficiles.
Dans un deuxième motif, rappelant que le Tribunal administratif a refusé de prolonger la durée de la scolarité obligatoire de C._ notamment en raison de l'absence de projet pédagogique, les recourants exposent qu'une idée de projet cadre, constituant un "projet pédagogique", avait été formulée dans un courrier du 21 décembre 2001. A ce propos, ils renvoient au fait qu'un membre de la Conférence suisse des directeurs cantonaux de l'instruction publique les avait rendus attentifs au risque de cloisonnement inhérent à la scolarisation à domicile. Selon eux, leur projet pédagogique, qui consistait précisément à éviter l'écueil de l'isolement en permettant à leur fille de fréquenter l'école publique, aurait été ignoré par le Tribunal administratif.
Les recourants précisent encore que C._ a suivi le cours de philosophie dispensé par M. Georges Savoy au sein du Collège St-Michel et rendu ses devoirs faits à la maison. Contrairement à ce qu'aurait retenu à tort le Tribunal administratif, C._ aurait commencé à suivre ce cours non pas parce que son frère fréquentait ce cours, mais parce qu'un étudiant aurait présenté un travail de maturité ayant pour thème le handicap.
Ils affirment aussi qu'en rappelant que le but de l'affiliation de C._ dans une classe d'école primaire de son village était d'avoir des contacts avec des enfants de son âge et de son cercle scolaire, l'inspectrice aurait fortement limité l'idée qu'ils poursuivaient par l'affiliation, qui était aussi de lui permettre d'acquérir un bagage scolaire et de lui ouvrir un accès à la vie professionnelle.
4.2 Tous ces motifs, formulés sur le mode du commentaire, ne conduisent pas à considérer que la solution retenue par les autorités cantonales procéderait d'une application arbitraire du droit cantonal ou résulterait d'un établissement des faits ou d'une appréciation des preuves insoutenables. Au demeurant les recourants se bornant à opposer leur conception de l'enseignement que devrait recevoir leur fille à celle des autorités, qui tiennent compte de ses besoins mais aussi de ceux des autres élèves et de l'organisation scolaire en général, leur recours est irrecevable sur ce point.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). IIs n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 1'500 fr. est mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, 1ère Cour administrative.
Lausanne, le 3 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey