Faits:
A. I.Y._ est décédé à ... le 5 avril 2004.
Par testament public du 22 mars 2001, il avait institué comme héritière unique son épouse, F.Y._, et prévu une substitution fidéicommissaire réduite au solde en faveur de sa soeur, J.X._, qui décédera le 18 août 2008, et des descendants de celle-ci, à savoir A.X_, B.X._, C.X._ et D.X._. Il avait désigné Me H._ en qualité d'exécuteur testamentaire. Ce testament est l'objet d'une action en annulation introduite par la s?ur du défunt le 28 mai 2004, pendante devant le Tribunal de première instance du canton de Genève.
B. Par ordonnance du 19 avril 2004, le Juge de paix a ordonné, sur requête de la s?ur du défunt, l'inventaire conservatoire de la succession au sens de l'art. 553 al. 1 ch. 3 CC et commis le notaire Me G._, à cette fin.
B.a Le 22 janvier 2009, le Juge de paix, constatant que le notaire commis n'avait pas dressé d'inventaire, a renoncé à cette procédure. Cette décision a été annulée par "l'Autorité de surveillance des tutelles" le 7 mai 2009, faute de motivation suffisante.
Le 20 juillet 2009, le Juge de paix a invité le notaire à terminer l'inventaire conservatoire dans un délai fixé au 21 septembre 2009. L'inventaire n'a pas été établi dans ce délai.
B.b Le 19 janvier 2012, le notaire a sollicité l'intervention du Juge de paix, ne parvenant pas à obtenir les renseignements requis de la veuve ou de son avocat.
Statuant par ordonnance du 26 janvier 2012, le Juge de paix a invité la veuve à communiquer au notaire des informations concernant la succession de son époux défunt.
Sur appel de la veuve, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 3 mai 2012, annulé l'ordonnance du Juge de paix du 26 janvier 2012, déclaré sans objet la mesure ordonnée le 19 avril 2004 en établissement d'un inventaire conservatoire dans la succession de feu I.Y._ et relevé le notaire Me G._ de sa mission.
C. Par acte du 6 juin 2012, l'hoirie de feu J.X._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et principalement à sa réforme en ce sens que l'appel de la veuve contre l'ordonnance du Juge de paix est irrecevable et au renvoi de la procédure à la Justice de paix pour la suite de la procédure, subsidiairement à sa réforme en ce sens que l'appel de la veuve contre l'ordonnance du Juge de paix est mal fondé et au renvoi de la procédure à la Justice de paix pour la suite de la procédure. Au préalable, l'hoirie recourante requiert l'octroi de l'effet suspensif au recours.
Invitées à se déterminer sur la requête d'effet suspensif, la veuve et l'autorité précédente s'en sont remises à justice.
D. Par ordonnance du 28 juin 2012, la Présidente de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a octroyé l'effet suspensif au recours.
Des réponses au fond n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. 1.1 La décision attaquée, qui annule l'ordonnance du Juge de paix invitant l'héritière unique à fournir des informations au notaire chargé d'établir un inventaire de la succession et déclare sans objet la mesure en établissement d'un inventaire conservatoire, est une décision finale au sens de l'art. 90 LTF (arrêt 5A_892/2011 du 21 juin 2012 consid. 1), qui tranche une cause civile (art. 72 al. 1 LTF; arrêt 5A_686/2011 du 28 novembre 2011 consid. 1), relevant de la juridiction gracieuse (arrêt 5A_892/2011 du 21 juin 2012 consid. 1). Il n'est pas nécessaire d'examiner si le caractère gracieux de la procédure ayant abouti à la décision entreprise (ATF 118 II 108 consid. 1 p. 110; 98 II 148 p. 149; arrêts 5A_184/2012 du 6 juillet 2012 consid. 1.3; 5A_713/2011 du 2 février 2012 consid. 1) a pour effet de soustraire le recours en matière civile à l'exigence d'une valeur litigieuse minimale, le seuil de 30'000 fr. fixé à l'art. 74 al. 1 let. b LTF étant de toute façon atteint en l'espèce, selon les constatations de l'arrêt entrepris. L'arrêt attaqué a en outre été rendu sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Enfin, le présent recours en matière civile a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (art. 42 LTF); il est ainsi en principe recevable au regard de ces dispositions.
1.2 La communauté héréditaire n'a pas la personnalité morale et n'a pas la capacité d'ester en justice (STEINAUER, Le droit des successions, 2006, n° 1194 p. 559; ANTOINETTE ET JACQUES HALDY, L'hoirie et les héritiers en procédure civile, in: L'arbre de la méthode et ses fruits civils : recueil de travaux en l'honneur du professeur Suzette Sandoz, 2006, p. 371). L'hoirie étant un ensemble de sujets de droit, dans un procès impliquant une communauté héréditaire, toutes les personnes qui en sont membres doivent être mentionnées (PAUL PIOTET, Droit successoral, Traité de droit privé suisse IV, 2ème éd., 1988, § 84 p. 583).
En l'occurrence, la recourante a interjeté recours, sans désigner chacun des membres qui la composent. Néanmoins, il ressort du rapprochement du mémoire de recours et de l'arrêt entrepris, qui les désigne nommément, que l'hoirie de feu J.X._ est composée de ses quatre enfants, lesquels sont co-appelés avec celle-ci de la substitution fidéicommissaire instituée par feu I.Y._ dans son testament du 22 mars 2001. Pour le surplus, les héritiers formant l'hoirie de feu J.X._ ont participé à la procédure devant l'autorité précédente et ont un intérêt à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris. Les membres de l'hoirie désignée comme étant la recourante ont donc la qualité pour recourir en matière civile au sens de l'art. 76 al. 1 LTF. Le recours est recevable de ce chef et le rubrum est modifié en ce sens.
2. Le recours a pour objet l'établissement d'un inventaire dans la succession de feu I.Y._.
2.1 La décision refusant l'établissement d'un inventaire civil conservatoire de la succession, en raison de la désignation dans l'intervalle d'un administrateur officiel, ne préjuge pas la question de l'existence des droits que les parties intéressées pourraient avoir sur les biens de la succession (PHILIPPIN, Réflexions autour de l'inventaire successoral conservatoire (art. 553 CC), in: L'arbre de la méthode et ses fruits civils : recueil de travaux en l'honneur du professeur Suzette Sandoz, 2006, p. 385 s.). L'arrêt entrepris portant sur le refus d'une mesure visant à faire établir un inventaire civil constitue donc une décision de mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (ATF 94 II 55 consid. 2 p. 57 s.; arrêts 5A_892/2011 du 21 juin 2012 consid. 2.1; 5A_171/2010 du 19 avril 2010 consid. 2.1), de sorte que seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine la violation de tels droits que s'ils ont été invoqués et motivés par la partie recourante ("principe d'allégation", art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88 et les arrêts cités). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 p. 591 s. et les arrêts cités).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Dans le contexte d'un recours soumis à l'art. 98 LTF, les art. 95, 97 et 105 al. 2 LTF ne s'appliquent pas directement (ATF 133 III 393 consid. 7.1; 133 III 585 consid. 4.1); toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision (arrêts 5A_567/2011 du 10 février 2012 consid. 2.2; 5A_909/2010 du 4 avril 2011 consid. 2.2).
3. Dans leur recours, les membres de la communauté héréditaire se plaignent de la violation des art. 68 et 132 CPC en relation avec la procuration produite par le conseil de la veuve pour justifier de ses pouvoirs, singulièrement pour recourir contre l'ordonnance du Juge de paix du 26 janvier 2012, ainsi que des art. 553 et 595 CC qui concernent l'établissement d'un inventaire successoral. Ces griefs sont d'emblée irrecevables, aucun droit fondamental susceptible d'être invoqué dans le cadre d'un recours soumis à l'art. 98 LTF n'étant soulevé (cf. supra consid. 2.1, art. 106 al. 2 LTF).
Les recourants font également grief à la cour cantonale de "relate[r] de manière erronée les faits", dès lors qu'ils considèrent que ce n'est pas un inventaire conservatoire qui avait été requis, mais un inventaire civil. Autant que les membres de l'hoirie critiquent l'établissement des faits, ils se méprennent sur ce point quant à l'objet de leur grief, qui porte en réalité sur une question de droit, à savoir la qualification de l'inventaire en fonction de la base légale en vertu de laquelle il a été ordonné. Les recourants dressent ensuite une liste des faits que l'autorité précédente auraient méconnus. Cela étant, les recourants ne soulèvent quoi qu'il en soit pas - même de manière implicite - le grief d'appréciation arbitraire des faits et preuves (art. 9 Cst., cf. supra consid. 2.1 et 2.2), ni celui d'application arbitraire de l'art. 595 al. 2 CC en relation avec l'art. 553 CC, ni aucun autre droit constitutionnel qui aurait été, selon eux, transgressé par l'autorité cantonale. Faute de satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid 2.1; art. 106 al. 2 LTF), cette critique est également d'emblée irrecevable.
4. En définitive, le recours est irrecevable. Les membres de l'hoirie, qui succombent, supporteront les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer une indemnité de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond et qui s'en est remise à justice quant à l'octroi de l'effet suspensif.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à Me G._, à Me H._ et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 1er novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin