Erwägungen:
1. X._ wurde für die Staats- und Gemeindesteuer 2005 des Kantons Zürich rechtskräftig eingeschätzt. Am 10. November 2007 erklärte er, dass er in den Steuererklärungen der Jahre 2004 und 2005 irrtümlicherweise seinen Anteil an der Erbschaft seiner am 2. November 2004 verstorbenen Mutter nicht deklariert habe. Dazu legte er einen Bericht vor, wonach die Erbschaftsaktiven Aktien der nicht kotierten "A._ AG" enthielten. In der Folge eröffnete das Steueramt des Kantons Zürich ein Nachsteuerverfahren für die Staats- und Gemeindesteuern 2005. Mit Verfügung vom 24. Juni 2010 auferlegte es ihm eine Nachsteuer (samt Zins) von Fr. 6'617.90.
Die Einsprache mit diversen prozessualen Anträgen und dem Begehren, auf die Verzinsung der Nachsteuer zu verzichten, wies das Steueramt ab. Den Rekurs mit wiederum verschiedenen prozessualen Anträgen (Ausstand der Zürcher Gerichte und der Vertreter der kantonalen Steuerverwaltung, mündliche Anhörung, Verfahrensvereinigung, Akteneinsicht in die Unterlagen der "A._ AG", unentgeltliche Rechtspflege), mit einem Antrag auf Wiedergutmachung materieller und immaterieller Schäden, mit einer Verpflichtung des Gerichts, verschiedene Strafanzeigen einzureichen, und mit dem Begehren, die Nachsteuer zu senken (weder Besteuerung der Erträge aus den Aktien der "A._ AG" noch der Wert der Aktien selbst sowie Verzicht auf Zinsnachforderungen), hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich teilweise gut (Feststellung einer Verletzung des rechtlichen Gehörs: fehlende Bewertungsgrundlage der Aktien und fehlende Begründung) und wies die Sache zum Neuentscheid an das Steueramt zurück; auf die prozessualen Anträge trat es entweder nicht ein oder wies diese ab.
X._ beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. September 2011 aufzuheben, die bei der Vorinstanz eingereichten Anträge zu prüfen, festzustellen, dass ihm das rechtliche Gehör verweigert worden sei, eine Unbills- und Aufwandsentschädigung und für das Verfahren vor Bundesgericht eine mündliche Vorsprache.
2. Auf die Beschwerde, die offensichtlich unzulässig ist und auch offensichtlich keine hinreichende Begründung enthält, ist mit Entscheid des Einzelrichters in vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a und b BGG nicht einzutreten.
2.1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG), was beim angefochtenen Entscheid offensichtlich nicht der Fall ist, wird die Sache doch an das kantonale Steueramt zum Neuentscheid zurückgewiesen, das dadurch weder gebunden ist noch das Angeordnete lediglich rechnerisch umzusetzen hat (vgl. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Insofern handelt es sich um einen Zwischenentscheid nach Art. 93 BGG.
2.2 Danach ist die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden (rechtlichen: BGE 136 IV 95 E. 4 S. 95) Nachteil bewirken können (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
Auch wenn das Gericht die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen prüft, obliegt es dem Beschwerdeführer - gestützt auf Art. 42 Abs. 2 BGG - darzulegen, inwiefern eine der beiden Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG vorliegt (vgl. BGE 136 IV 92 E. 4 S. 95; vgl. auch LAURENT MERZ, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 76 ad Art. 42 BGG; BERNARD CORBOZ, in: Corboz/Wurzburger/Ferrari/Frésard/Aubry Girardin, Commentaire de la LTF, 2009, N. 18 ad Art. 93 LTF).
2.3 Der Beschwerdeführer legt zum Einen in keiner Art und Weise dar, inwiefern eine der Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sein sollte; seine Argumentation zielt vor allem auf die prozessualen Anträge. Insofern liegt offensichtlich keine hinreichende Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG) vor. Abgesehen davon, ist zum Anderen auch nicht erkennbar, inwiefern das angefochtene Urteil einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken oder der vorliegende Rechtsstreit trotz fehlender wesentlicher Sachverhaltselemente zu einem Endentscheid herbeigeführt werden könnte. Insofern sind auch beide Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG offensichtlich nicht erfüllt.
3. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig; eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (vgl. Art. 65 f., 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. März 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass