Sachverhalt:
A. Am 19. Dezember 2006 leitete die X._ AG (Beschwerdeführerin) gegen die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) Betreibung ein für einen Betrag von Fr. 999'000.00 nebst Zins und Betreibungskosten in der Betreibung Nr. 20672363 des Betreibungsamtes Bern-Mittelland. Als Forderungsgrund wurde angegeben: "Schadenersatz; Genugtuung; Dient zur Unterbrechung der Verjährungsfrist". Die Beschwerdegegnerin erhob Rechtsvorschlag und am 26. bzw. 30. Januar 2007 Klage gegen die Beschwerdeführerin mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass die in Betreibung gesetzte Forderung nicht bestehe und das Betreibungsamt Bern-Mittelland sei anzuweisen, die erwähnte Betreibung aus dem Register zu löschen. Die Beschwerdeführerin erhob die Prozesseinrede des mangelnden Rechtsschutzinteresses, welche das Richteramt Solothurn-Lebern in einem formellen Urteil am 20. Februar 2008 kostenfällig abwies und anordnete, dass sich die Beklagte auf die negative Feststellungsklage vom 30. Januar 2007 einzulassen und innert 30 Tagen nach Rechtskraft des die Prozesseinrede abweisenden Entscheides eine einlässliche Klageantwort einzureichen habe. Auf Appellation der Beschwerdeführerin entschied das Obergericht des Kantons Solothurn am 4. Februar 2009 gleich wie die erste Instanz.
B. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und auf die Klage nicht einzutreten. Die Beschwerdegegnerin schliesst im Wesentlichen auf Abweisung der Beschwerde. Denselben Antrag stellt das Obergericht unter Hinweis auf seine Urteilsbegründung. Mit Verfügung vom 20. April 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 134 III 235 E. 1; 133 III 629 E. 2 S. 630).
1.1 Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig gegen Endentscheide, mithin solche, die das Verfahren abschliessen (vgl. dazu BGE 134 III 426 E. 1.1 S. 428), sei es insgesamt (Art. 90 BGG), sei es hinsichtlich eines Teils der gestellten, unabhängig von den anderen beurteilbaren Begehren oder für einen Teil der Streitgenossen (Art. 91 BGG). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn eine der folgenden alternativen Voraussetzungen erfüllt ist: Erstens, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Zweitens, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die selbständige Anfechtbarkeit von Vor- und Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (BGE 134 III 188 E. 2.2 S. 191; 133 III 629 E. 2.1 S. 631). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Vor- bzw. Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG). Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (vgl. dazu BGE 134 III 426 E. 1.2 S. 429 in fine; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2).
1.2 Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, da im angefochtenen Urteil über die zugesprochenen Verfahrenskosten endgültig entschieden werde, handle es sich dabei um einen Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz im Sinne von Art. 90 und Art. 75 BGG. Für den Fall, dass angenommen werden sollte, es liege kein Endentscheid vor, sind nach Ansicht der Beschwerdeführerin mindestens die Voraussetzungen gemäss Art. 91 lit. a BGG erfüllt, so dass ein beschwerdefähiger Teilentscheid gegeben sei.
1.3 Mit dem angefochtenen Urteil vom 4. Februar 2009 bejahte die Vorinstanz das Rechtsschutzinteresse der Beschwerdegegnerin an der Klage und ordnete sinngemäss die Fortsetzung des Verfahrens an. Dieser Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab und stellt daher keinen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG dar. Auch ein Teilentscheid im Sinne von Art. 91 lit. a BGG liegt nicht vor, da die behandelten Begehren nicht unabhängig von den anderen beurteilt werden können. Mit dem Entscheid über die Tragung der Gerichts- und Parteikosten werden die Nebenfolgen in Abhängigkeit vom Sachurteil geregelt (vgl. Art. 51 Abs. 3 BGG). Ein das Rechtsschutzinteresse der Beschwerdegegnerin verneinendes Urteil des Bundesgerichts würde demnach notwendigerweise bewirken, dass auch der im angefochtenen Zwischenentscheid gefällte Entscheid über die Kosten- und Entschädigungsfolgen aufgehoben würde. Nimmt das kantonale Verfahren seinen Fortgang und kommt es in der Sache kantonal letztinstanzlich zu einem abweisenden Urteil, wobei die Regelung der Kostenfolgen gemäss dem angefochtenen Entscheid bestehen bleibt, ist die Beschwerdeführerin entsprechend der Rechtsprechung zum alten Recht berechtigt, die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im Rückweisungsurteil als Zwischenentscheid noch nach Ergehen des Endentscheids anzufechten, auch wenn sich die Nebenfolgen des Zwischenentscheides im Grunde nicht auf den Inhalt des Endentscheides auswirken, was nach dem Wortlaut von Art. 93 Abs. 3 BGG an sich erforderlich wäre (vgl. BGE 135 III 329 E. 1.2 S. 331 ff. mit Hinweisen). Trotz der Ausstattung mit Kostenfolgen bleibt es somit dabei, dass die Vorinstanz mit dem Urteil über das Rechtsschutzinteresse der Beschwerdegegnerin erst eine Eintretensvoraussetzung geprüft und mit deren Bejahung den Weg für die Fortsetzung des Verfahrens geebnet hat. Am Vorliegen eines Zwischenentscheides kann daher kein Zweifel bestehen.
1.4 Über die Frage, inwiefern bei Gutheissung der Beschwerde ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitschweifiges Beweisverfahren erspart würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG), verliert die Beschwerdeführerin kein Wort, und dass ihr durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil entstehen könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), ist mit Blick auf die spätere Anfechtbarkeit des Endentscheides wie auch des blossen vorinstanzlichen Kostenentscheides (E. 1.3 hiervor) auszuschliessen. Damit sind die Voraussetzungen für die Anfechtbarkeit eines Zwischenentscheides nicht gegeben, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
2. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig. Angesichts des geringen Aufwands erscheint es gerechtfertigt, die Gerichtskosten zu reduzieren.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Solothurn, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juli 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak