Erwägungen:
1. Mit Schreiben vom 21. Mai 2012 liess die X._ AG Strafanzeige gegen Gerhard Koller, Ersatzrichter am Bezirksgericht Zürich, erheben; dieser sei in der sie, die Anzeigerin, betreffenden Angelegenheit FV120053 strafrechtlich zu verfolgen. Zugrunde liegt eine von der X._ AG angestrengte Strafuntersuchung gegen B._ und Mitbeteiligte, wobei die X._ AG auch Zivilansprüche erhebt.
Die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich überwies die Anzeige via Oberstaatsanwaltschaft an das Obergericht des Kantons Zürich zur weiteren Behandlung, dies mit dem Antrag, die Ermächtigung zur Strafverfolgung gegen Gerhard Koller sei nicht zu erteilen.
Am 28. September 2012 hat die III. Strafkammer des Obergerichts beschlossen, die gemäss Anzeige verlangte Ermächtigung zur Strafverfolgung (Untersuchungseröffnung/Nichtanhandnahme) nicht zu erteilen.
2. Gegen diesen obergerichtlichen Beschluss führt die X._ AG mit Eingabe vom 15. November 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten.
Das Bundesgericht hat davon abgesehen, Stellungnahmen einzuholen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung - unabhängig von der Art des nach BGG offen stehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. auch Art. 106 Abs. 2 BGG; zudem BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53 und 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Die Beschwerdeführerin beanstandet den angefochtenen obergerichtlichen Beschluss sowie die Strafverfolgungsbehörden ganz allgemein, wobei sie verschiedene Rechtsverletzungen behauptet und eine Vielzahl von Straftatbeständen nennt, welche vom Beschuldigten B._ und von dessen Mittätern erfüllt worden sein sollen. Dabei setzt sie sich nicht mit den dem Beschluss zugrunde liegenden rechtlichen Erwägungen in Bezug auf das Gerhard Koller betreffende Ermächtigungsverfahren auseinander. Insbesondere legt sie nicht im Einzelnen dar, inwiefern durch den Beschluss Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG verletzt worden sein soll.
Auf die Beschwerde ist daher schon aus diesem Grund nicht einzutreten, weshalb es sich erübrigt, auch noch die weiteren Eintretensvoraussetzungen zu erörtern.
Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die vorliegende Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Dem Beschwerdegegner ist durch das vorliegende Verfahren kein Aufwand entstanden. Es ist ihm daher keine Parteientschädigung zuzusprechen.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Bopp