Sachverhalt:
A. S._ ist Mitarbeiter des Spitals X._. Er arbeitet im Fixzeitenmodell mit unterschiedlichen Arbeitszeiten, weshalb er für Nacht-, Samstags-, Sonntags- und Feiertagsarbeit Anspruch auf Inkonvenienzzulagen hat. Am 25. November 2010 stellte S._ Antrag auf rückwirkende Auszahlung der Inkonvenienzzulagen auf den Ferienlohn für die Zeit vom 1. Januar 2004 bis zum 31. Dezember 2008. Mit Verfügung vom 30. November 2010 - bestätigt durch Regierungsratsbeschluss vom 8. November 2011 - wies das Spital X._ das Gesuch des S._ ab.
B. Gegen den Regierungsratsbeschluss vom 8. November 2011 erhob S._ am 18. November 2011 Beschwerde vor dem Kantonsgericht Basel-Landschaft. Im Verlaufe dieses Verfahrens erhielt er Kenntnis davon, dass Dr. iur. V._ am 14. Mai 2008 zu Handen des Regierungsrates eine Stellungnahme zur damals geplanten Änderung der Verordnung zur Arbeitszeit betreffend Inkonvenienzzulagen verfasst hat. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft lehnte das Gesuch des S._, diese Stellungnahme zu den Akten zu nehmen und ihm Einsicht darin zu gewähren, mit Verfügung vom 19. Juni 2012 ab. Mit Entscheid vom 4. Juli 2012 wies das kantonale Gericht zudem die Beschwerde des S._ vollumfänglich ab.
C. Mit Beschwerde beantragt S._, die Sache sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese die Frage, ob ihm für die Zeit vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2008 die Schichtzulagen auf dem Ferienlohn im Umfang von Fr. 3000.- nebst 5 % Zins ab dem 1. Januar 2009 zustehe, materiell beurteile.
In seiner Vernehmlassung vom 23. November 2012 schliesst der Kanton Basel-Landschaft auf Abweisung der Beschwerde, soweit auf diese einzutreten ist.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG) und betrifft ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von Art. 82 lit. a BGG. Es handelt sich um eine vermögensrechtliche Streitigkeit, weshalb der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. g BGG nicht gegeben ist (vgl. auch Urteil 8C_649/2010 vom 1. März 2011 E. 1.1). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit zulässig, wenn der Streitwert wenigstens Fr. 15'000.- beträgt (Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG) oder wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (Art. 85 Abs. 2 BGG).
1.2 Der Streitwert bestimmt sich gemäss Art. 51 Abs. 1 lit. a BGG nach den Begehren, welche vor Vorinstanz streitig geblieben sind. Da eine Entschädigung von Fr. 3000.- im Streit liegt, ist die Streitwertgrenze nicht erreicht. Ob sich tatsächlich, wie vom Beschwerdeführer geltend gemacht, eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, kann vorliegend offenbleiben: Ist dieses Erfordernis nicht erfüllt, wäre zwar auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht einzutreten, diese jedoch als subsidiäre Verfassungsbeschwerde im Sinne der Art. 113 ff. BGG entgegenzunehmen. Da der Beschwerdeführer ausschliesslich Verfassungsrügen erhebt, kann somit offenbleiben, ob auf sie als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten oder als subsidiäre Verfassungsbeschwerde einzutreten ist (vgl. auch Urteil 8C_758/2012 vom 6. Dezember 2012 E. 1.3).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe gegen den Untersuchungsgrundsatz verstossen und damit kantonales Prozessrecht willkürlich angewandt, als sie es ablehnte, das Gutachten des Dr. iur. V._ vom 14. Mai 2008 zu den Akten zu nehmen. Diese Stellungnahme wurde vom Regierungsrat nicht im Zusammenhang mit dem vorliegenden Verfahren, sondern im Vorfeld zur Änderung der Verordnung zur Arbeitszeit betreffend Inkonvenienzzulagen eingeholt. Da der Sachverhalt - mithin namentlich die Tatsache, dass der Beschwerdeführer zwischen dem 1. Januar 2004 und dem 31. Dezember 2008 im Spital X._ beschäftigt war, wobei er grundsätzlich regelmässig Anspruch auf Inkonvenienzzulagen hatte - unbestritten ist und nicht ersichtlich ist, welche Sachverhaltselemente durch das streitige Schriftstück bewiesen werden könnten, hat das kantonale Gericht nicht gegen Bundesrecht verstossen, als es den vom Beschwerdeführer geforderten Beizug dieses Schriftstückes als Beweismittel ablehnte. Nicht im vorliegenden Verfahren zu prüfen ist die Frage, ob der Beschwerdeführer allenfalls gestützt auf das kantonale Recht einen Anspruch darauf hätte, losgelöst vom hängigen Prozess Einblick in dieses Schriftstück nehmen zu können.
2.2 Da die Vorinstanz somit erlaubterweise auf den Beizug der streitigen Stellungnahme verzichtet hat, hat sie auch nicht dadurch den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör verletzt, dass sie ihm keinen Einblick in diese Stellungnahme verschaffte.
3. Das kantonale Gericht hat erwogen, der Beschwerdeführer habe spätestens mit Inkraftsetzung der revidierten Bestimmungen der Verordnung der Arbeitszeit am 1. Januar 2009 - mit welchen ausdrücklich geregelt wurde, dass Inkonvenienzzulagen bei der Berechnung des Ferienlohns zu berücksichtigen sind - von der Möglichkeit eines allfälligen Anspruchs für die Zeit vor dem Inkrafttreten dieser Bestimmungen Kenntnis gehabt. Da er jedoch erst am 25. November 2010 und damit mehr als ein Jahr nach Kenntnis seine Forderung geltend gemacht habe, sei ein allfälliger Anspruch in Anwendung von § 56 Abs. 1 des kantonalen Dekrets zum Personalgesetz vom 8. Juni 2000 (Personaldekret) verwirkt. Was der Beschwerdeführer gegen diese Erwägungen vorbringt, vermag sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen: Der Umstand, dass das Personalrecht anderer Kantone eine Frage abweichend von den anwendbaren Bestimmungen regelt, verstösst nicht gegen die Rechtsgleichheit (vgl. auch Urteil 8C_196/2010 vom 19. Juli 2010 E. 5.3). Kenntnis von einem möglichen Anspruch kann der Gläubiger einer Forderung auch dann haben, wenn der Schuldner deren Bestand bestreitet. Ob es sich bei den in § 56 des Personaldekretes statuierten Fristen um Verwirkungs- oder um Verjährungsfristen handelt, kann offenbleiben. Selbst wenn man mit dem Beschwerdeführer von einer Verjährungsfrist ausgehen würde, die grundsätzlich unterbrochen werden könnte, so legt er doch nicht dar, mit welchen Handlungen er die Frist während dem Jahr, welches auf den 1. Januar 2009 folgte, unterbrochen hätte. Die vom Beschwerdeführer erwähnten Gespräche zwischen den Personalverbänden und dem Regierungsrat haben vor dem 1. Januar 2009 stattgefunden, wobei es mit Blick auf die Rechtsprechung zweifelhaft erscheint, ob solche Gespräche den Lauf der Frist für den einzelnen Arbeitnehmer unterbrechen könnten (vgl. auch BGE 138 II 1 E. 4.3 S. 4). Die Folgerung des kantonalen Gerichts, ein allfälliger Anspruch sei am 25. November 2010 bereits untergegangen gewesen, verstösst somit nicht gegen Bundesrecht; die Beschwerde ist demnach abzuweisen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Nabold