Faits:
A. Par décision du 15 août 2006, le Juge d'instruction du canton de Vaud a ordonné la confiscation pénale des valeurs déposées sur un compte au nom de B._ et sur deux comptes au nom de C._, auprès de la banque X._ à Lausanne. Le magistrat a considéré que les fonds - soit NZ$ 160'791 et £ 82'636 - provenaient de comportements relevant de la soustraction de données, de la concurrence déloyale et de la violation du droit d'auteur, voire de l'escroquerie. Les auteurs avaient copié sans droit des bases de données des registres Internet de leurs concurrents et démarché auprès de leurs clients en exploitant la confusion avec les détenteurs des bases de données. Les éventuels lésés ou tiers devraient faire valoir leurs prétentions dans les cinq ans dès la publication officielle de la décision.
Par acte du 12 janvier 2009, B._, C._ et leur ayant droit A._ ont formé une opposition (avec demande de restitution de délai) contre la décision du Juge d'instruction, dont ils disaient avoir pris connaissance le 7 janvier précédent. Ils estimaient qu'il n'y avait ni condamnation pénale, ni constat d'infraction.
B. Par arrêt du 12 mars 2009, le Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois a écarté l'opposition et maintenu l'ordonnance de confiscation. Les deux sociétés titulaires des comptes bancaires avaient été mises en liquidation le 10 mai 2005 par un tribunal australien, puis liquidées au 14 août 2007 et radiées du Registre du commerce. Un liquidateur officiel avait été désigné et s'était manifesté dans la procédure de confiscation. Une procédure de réinscription était prévue en droit australien, en cas d'actifs ou de dettes découverts après la liquidation. A._, déclaré en faillite en octobre 2005, ne prétendait pas avoir racheté les actions des sociétés; il ne disposait pas des pouvoirs pour agir en leur nom.
C. Par acte du 7 mai 2009, A._ forme un recours en matière pénale. Il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal, à la recevabilité de son opposition, à l'admission de celle-ci et à l'annulation de l'ordonnance de confiscation, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle statue au fond.
Le Tribunal d'accusation et le Ministère public se réfèrent à l'arrêt attaqué.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 78 LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours contre les décisions rendues en matière pénale. La notion de «décisions en matière pénale» comprend toutes les décisions qui se fondent sur le droit pénal matériel ou le droit de procédure pénale. Tel est le cas d'une confiscation prononcée en application de l'art. 70 CP. La décision prise à ce sujet revêt un caractère final, et l'arrêt attaqué émane d'une autorité cantonale de dernière instance (art. 80 LTF). Conformément à l'art. 81 al. 1 let. a LTF, le recourant, dont la qualité pour agir a été niée par le Tribunal d'accusation, a qualité pour contester ce prononcé.
2. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des faits. Il reproche au Tribunal d'accusation d'avoir considéré que l'une des sociétés avait un autre créancier que lui-même car elle avait été condamnée à des frais de justice selon un jugement du 7 décembre 2005. Le recourant relève que cette condamnation est solidaire avec d'autres défendeurs, lesquels auraient désintéressé le créancier. Il serait dès lors l'unique créancier des sociétés, en tant que bénéficiaire des dividendes de liquidation. Par ailleurs, rien ne permettrait de retenir, comme l'a fait la cour cantonale, que le recourant ne serait plus titulaire des actions des deux sociétés.
Le recourant invoque ensuite l'art. 59 aCP, en relevant qu'il serait le seul à pouvoir faire valoir ses prétentions sur les biens des sociétés dissoutes; le titulaire d'un compte bancaire ayant qualité pour s'opposer à la confiscation, il devrait en aller de même pour un créancier.
2.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les faits constatés de façon manifestement inexacte (soit arbitraire; ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398) ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant peut soulever de tels vices relatifs à la constatation des faits si leur correction est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 2 LTF); toutefois, il est tenu de se conformer aux exigences de motivation prévues à l'art. 106 al. 2 LTF, soit d'exposer d'une manière circonstanciée ses griefs (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 ss).
2.2 Les conditions de recevabilité d'un recours cantonal sont fixées en premier lieu par le droit cantonal, dont le Tribunal fédéral examine l'application sous l'angle de l'arbitraire. Or, le recourant omet d'indiquer quelle disposition aurait été violée par l'arrêt d'irrecevabilité, alors que l'art. 106 al. 2 LTF lui impose une telle démonstration. Il invoque sur le fond l'ancien art. 59 CP relatif à la confiscation, sans toutefois prétendre que cette norme de droit fédéral aurait une influence sur la recevabilité des moyens de droit cantonaux. La recevabilité du recours apparaît dès lors douteuse.
2.3 En l'occurrence, la cour cantonale a essentiellement retenu que seules les sociétés titulaires des avoirs bancaires subissaient une atteinte directe du fait de la confiscation, et que le recourant ne pouvait prétendre agir au nom des deux sociétés, celles-ci ayant été liquidées et radiées. Les arguments de fait soulevés par le recourant ne sont pas propres à remettre en cause cette appréciation. Celle-ci n'a d'ailleurs rien d'arbitraire.
2.4 On peut certes s'interroger sur le droit d'opposition de l'ayant droit d'une société lorsque celle-ci a été dissoute et ne peut plus agir elle-même par le biais de ses liquidateurs ou de ses repreneurs (cf. en matière d'entraide judiciaire, arrêt 1P.631/1998 du 8 mars 1999 publié in SJ 1999 I 427; consid. 1 non publié de l'ATF 129 II 484). En l'occurrence, la question ne se pose pas, puisque les deux sociétés existaient encore au moment où a été prise la décision de confiscation. En effet, le liquidateur des deux sociétés en Australie s'est manifesté auprès du Juge d'instruction au mois de juillet 2005. Le Juge d'instruction l'a informé, le 29 juillet 2005, qu'il le considérait comme représentant des sociétés, l'invitant à mandater un avocat ou à élire domicile dans le canton de Vaud. Aucune suite n'a été donnée à cet avis. Au mois de janvier 2006, ayant appris la condamnation du recourant en Australie, le Juge d'instruction a informé le liquidateur que les chances de récupérer les fonds étaient ainsi compromises, compte tenu d'une probable confiscation. La décision de confiscation a été publiée au mois de septembre 2006. Il résulte de ce qui précède que le liquidateur des sociétés titulaires des comptes bancaires a été informé d'une probable confiscation; invité à intervenir en Suisse, il y a manifestement renoncé.
Les sociétés concernées ayant eu l'occasion de s'opposer à la confiscation, le recourant ne saurait soutenir qu'il était le seul à pouvoir faire valoir des prétentions sur les fonds saisis. Il ne démontre pas que, dans de telles circonstances, il serait arbitraire de dénier à l'ayant droit la qualité pour intervenir après coup.
3. Le recours doit par conséquent être rejeté, les frais judiciaires étant à la charge du recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 1er septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz