Faits:
A. Par jugement du 9 décembre 2008, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._, pour faux dans les titres, à une peine pécuniaire de 60 jours-amende à 200 fr. le jour, avec sursis pendant trois ans.
B. Cette condamnation repose, en bref, sur les faits suivants:
- le 19 juin 1998, à Genève, X._ a rempli et signé un formulaire A destiné à la banque G._ & Cie désignant fallacieusement B._ comme l'ayant droit économique du compte 172'408 dont le titulaire était C._ LTD;
- le 10 janvier 2000, à Préverenges, il a rempli et signé un formulaire A destiné à la banque D._ Co se désignant fallacieusement comme l'ayant droit économique du compte 800'279 dont le titulaire était F._ LTD;
- le 22 novembre 2000, à Préverenges, il a rempli et signé un formulaire A destiné à la banque D._ Co désignant fallacieusement B._ comme l'ayant droit économique du compte 800'338 dont le titulaire était C._ LTD;
- le 30 avril 2001, à Genève, il a rempli et signé un formulaire A destiné à la banque G._ & Cie se désignant fallacieusement comme l'ayant droit économique du compte 131'504 dont le titulaire était F._ LTD.
C. Par arrêt du 22 juin 2009 et statuant sur un appel interjeté par X._, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement de première instance.
D. X._ a déposé un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, une violation du principe « in dubio pro reo » et de l'art. 251 CP, il a conclu, principalement, à sa libération des fins de la poursuite pénale.
Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint, sur plusieurs points, d'arbitraire dans l'établissement des faits.
1.1 Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable. Il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4/5; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153). Sous peine d'irrecevabilité, l'arbitraire allégué doit par ailleurs être démontré conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
1.2 Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir repris une description, à charge, de l'évolution de la procédure, au lieu de présenter un état de fait chronologique avec un exposé objectif des événements et de ne pas avoir constaté la situation par rapport aux contacts établis entre lui-même et H._, le but recherché par ce dernier lors de la mise en place des trusts et l'état d'esprit des intervenants lorsque les documents litigieux ont été signés. Il lui fait également grief d'avoir repris certains allégués de la plainte pénale, sans signaler que celle-ci a été retirée, et d'avoir tenu pour acquis que l'activité déclarée de la société américaine I._ a été largement factice, que les cours des actions de cette entreprise ont été manipulés et que c'était le produit d'infractions qui a transité sur les comptes détenus en Suisse, alors que ces éléments n'ont jamais été établis et sont d'ailleurs totalement étrangers aux actes qui lui sont finalement reprochés.
1.2.1 Dans la partie « en fait » de son arrêt, la Chambre pénale a tout d'abord exposé le déroulement et les motifs de la procédure fédérale ouverte à l'encontre du recourant pour blanchiment d'argent, à la suite d'une plainte déposée le 7 juillet 2004 par I._ Liquidating Trust. Elle a ainsi retenu que de nombreux investisseurs avaient acquis, entre avril 1999 et juillet 2001, des actions de la société américaine I._, active dans le domaine des services informatiques et cotée au Nasdaq, dont l'activité déclarée était largement factice et dont les cours avaient été manipulés. I._ avait atteint une valeur capitalisée de plus de 1 milliard de USD, valeur qui n'était plus que de 26 millions de USD lorsque la société avait déposé son bilan le 15 mars 2002. Les investisseurs avaient subi des pertes d'au moins 565 millions de USD et des procédure pénales et civiles, notamment des « class actions », avaient été intentées aux Etats-Unis, à Chypre et à l'Ile de Man à l'encontre des administrateurs de la société dont H._, pour escroquerie, blanchiment d'argent et participation à une organisation criminelle. Le produit des infractions avait transité par les comptes détenus en Suisse par des sociétés dont les réels bénéficiaires étaient les auteurs de ces infractions et leurs proches et qui désignaient des tiers comme ayants droits économiques. X._, par l'intermédiaire de sa société J._ SA, avait ouvert des comptes pour lesdites sociétés dans les banques G._ & Cie à Genève, D._ Co à Zurich, K._ & Cie à Lausanne et UBS SA à Genève, sur lesquels il possédait la signature individuelle en sa qualité d'administrateur. Les fonds avaient par la suite été transférés à l'Ile de Man durant l'été 2001.
La Chambre pénale a ensuite mentionné diverses déclarations faites par le recourant dans le cadre de cette procédure fédérale et explicité les suites de cette dernière. Ainsi, les poursuites intentées dans le cadre de l'affaire I._ se sont soldées, pour la plupart, par des transactions qui ont permis d'indemniser les victimes à hauteur de 28% de leur préjudice. X._ a également transigé dans le cadre de la remise aux liquidateurs de fonds destinés à indemniser les victimes et, le 20 septembre 2005, I._ Liquidating trust a retiré sa plainte à l'encontre de l'intéressé. Le 2 novembre 2005, le Ministère public de la Confédération a renoncé à poursuivre ce dernier pour blanchiment d'argent, mais l'a inculpé pour avoir rempli et signé des formulaires A, désignant fallacieusement lui-même ou B._ comme ayant droit économique des valeurs déposées sur des comptes ouverts auprès de G._ & Cie et D._ Co.
La Chambre pénale a enfin constaté les faits en relation avec l'établissement des formulaires précités et, dans ce cadre, a notamment mentionné les explications du recourant au sujet de ces documents.
1.2.2 Dans son argumentation, le recourant conteste les éléments en relation avec la procédure de blanchiment qui a été ouverte à son encontre. En revanche, il ne démontre pas, conformément aux exigences légales (cf. supra consid. 1.1), en quoi les éléments qu'il conteste ou qu'il invoque seraient susceptibles de le disculper s'agissant de la seule infraction de faux dans les titres retenue à son encontre en relation avec les formulaires A ou même de diminuer sa peine. Les contestations de l'intéressé ne concernent finalement que les éléments en relation avec la procédure de blanchiment et ne sont pas propres à influencer le jugement, ce que le recourant admet d'ailleurs en confirmant que les faits retenus qu'il conteste sont totalement étrangers aux actes qui lui sont reprochés. Le grief est par conséquent irrecevable.
1.3 Le recourant reproche à la Cour de justice d'avoir ignoré les rapports des experts financiers du MPC et de l'organisme d'autorégulation OAR-G attestant que les erreurs par rapport aux formulaires A étaient purement formelles et que les banques étaient parfaitement au courant de la situation pour les ouvertures des comptes qui lui sont reprochées. Il lui fait également grief de ne pas avoir constaté que R._ avait rencontré les représentants des banques pour leur expliquer la situation en ce qui concernait les ayants droits économiques des comptes et que celles-ci savaient que les fonds devaient finalement échoir à la famille de H._.
Certes, la Chambre pénale n'a pas mentionné, dans son arrêt, le contenu des rapports des experts financiers du MPC et de l'organisme d'autorégulation OAR-G, ni précisé que R._ avait rencontré les représentants des établissements bancaires concernés. Reste qu'elle n'a pas contesté que, conformément aux allégations du recourant, les banques connaissaient la véritable identité de l'ayant droit économique des comptes en question. Elle a toutefois considéré que les interlocuteurs de l'intéressé dans les banques concernées ne pouvaient pas non plus décider de renoncer à l'indication du nom du véritable ayant droit économique sur le formulaire A même s'ils le connaissaient. En effet, les banques ne pouvaient tolérer une indication fausse dans la mesure où, dans ce cadre, elles accomplissaient une mission d'intérêt public et où la désignation de l'ayant droit économique ne devait pas uniquement servir à les informer, elles, de la véritable identité de celui-ci. Le grief est donc vain.
1.4 Le recourant explique que H._ a créé une structure de trusts dans le but d'assurer l'avenir financier de sa famille et non dans celui de cacher le produit d'une prétendue infraction. Il allègue que les deux personnes inscrites en tant qu'ayants droits économiques sur les formulaires litigieux l'ont été transitoirement, soit jusqu'à ce que la structure voulue par H._ soit définitivement mise en place, sans pour autant que les véritables ayants droits économiques aient été dissimulés aux banques, et que H._ avait également mis ces deux personnes de confiance pour qu'elles puissent, en cas de malheur, répartir ses biens conformément à sa volonté et non dans le but d'en obtenir un avantage illicite. Le recourant relève que les intentions de tromper autrui et d'obtenir un avantage illicite ne sauraient lui être reprochées, dès lors que les banques étaient parfaitement au courant des réels ayants droits économiques des comptes qu'il avait ouverts.
1.4.1 Selon les constatations cantonales, l'intention du recourant doit être retenue, puisque c'est en toute connaissance de cause, comme il l'a d'ailleurs admis, qu'il n'a pas mentionné le nom du véritable ayant droit économique en désignant B._, ni corrigé cette situation qui ne devait pourtant être, selon lui, que temporaire. En outre, la mention « as trustee of the H._ estate » est particulièrement vague et ne permettait pas d'identifier le véritable ayant droit économique, ce que le recourant, en sa qualité de professionnel de la finance, ne pouvait ignorer. Il savait par ailleurs que les trusts L._ et M._ avaient déjà été constitués lorsqu'il a signé le formulaire A, le 30 avril 2001.
D'après les faits retenus, le recourant a également cherché à obtenir un avantage illicite. En effet, H._ était un client important que l'intéressé souhaitait conserver, puisque le premier permettait à la société du second d'encaisser des sommes importantes en rétrocessions ou commissions. Le recourant ne pouvait par ailleurs ignorer qu'en ne désignant pas les véritables ayants droits économiques, son client cherchait à se procurer un avantage qu'il n'aurait pu obtenir autrement, ne serait-ce que d'un point de vue strictement successoral, puisque l'indication de B._ devait permettre à celui-ci de continuer à disposer des avoirs et donner des instructions si H._ devait décéder, ce qui n'aurait pas été possible si celui-ci avait été désigné comme ayant droit économique des valeurs déposées.
1.4.2 L'argumentation du recourant repose sur de simples allégations, qui, pour certaines, n'ont pas été ignorées par la Chambre pénale, et, pour d'autres, contredisent simplement les constatations cantonales, sans toutefois aucune démonstration d'arbitraire au sens défini ci-dessus (cf. supra consid. 1.1). La critique est par conséquent irrecevable.
1.5 Le recourant reproche à l'autorité précédente de ne pas avoir constaté qu'en annexe au formulaire A du 30 avril 2001 se trouvait l'identité et même une photo de passeport du véritable ayant droit économique du compte, soit R._, et qu'il s'était lui-même uniquement inscrit comme représentant de la famille.
1.5.1 Selon l'arrêt entrepris, le recourant a déclaré, s'agissant du compte ouvert le 30 avril 2001 au nom de F._ LTD auprès de la banque G._ & Cie, qu'il considérait la désignation de l'ayant droit économique comme correcte, car elle visait la famille H._ (« X._ as trustee of the H._ estate »), ce dernier terme signifiant selon lui « trust en formation », étant toutefois relevé que les trusts en question (L._ et M._) étaient constitués depuis la fin de l'année 2000. H._ ne voulait pas que le trust apparaisse comme titulaire d'un compte, mais que ce soit une société sous-jacente. Tel était le cas avec F._ LTD, laquelle n'était toutefois pas la société sous-jacente voulue, selon le recourant, puisque cette fonction devait plutôt revenir à N._ Inc. ou à P._ Inc. Il n'était pas en mesure de dire si le représentant d'un trust pouvait se déclarer personnellement ayant droit économique. Il ne se souvenait pas s'il avait communiqué à la banque la liste des membres de la famille H._.
La Chambre pénale a considéré que la qualité de « trustee » du recourant ne l'autorisait pas à indiquer son propre nom comme ayant droit économique, puisque c'était le nom du settlor ou du bénéficiaire qui devait être indiqué, selon la nature du trust concerné. De plus, la mention litigieuse n'indiquait nullement l'existence d'un trust, alors que les trusts L._ et M._ avaient pourtant déjà été constitués à cette date.
1.5.2 D'une part, le recourant ne conteste pas, conformément aux exigences légales (cf. art. 106 al. 2 et 42 al. 2 LTF), les constatations précitées, ni l'argumentation cantonale y relative. D'autre part, il se prévaut d'un élément nouveau en se référant à l'annexe au formulaire A signé le 30 avril 2001, démarche irrecevable (cf. art. 99 al. 1 LTF).
2. Invoquant les art. 6 CEDH et 32 Cst., le recourant invoque une violation de la présomption d'innocence.
2.1 Tel qu'il est motivé dans le recours, le grief ainsi soulevé revient exclusivement à invoquer une violation du principe « in dubio pro reo » en tant que règle de l'appréciation des preuves, donc, en définitive, à se plaindre d'arbitraire dans l'appréciation des preuves (cf. ATF 127 I 38 consid. 2 p. 40 ss; 124 IV 86 consid. 2a p. 87 s).
2.2 Le recourant soutient tout d'abord que la Cour cantonale ne pouvait considérer qu'il ne voulait pas perdre son client, ce qui constituerait le dessein d'un avantage illicite retenu à son encontre. Il estime que les éléments ne permettent pas d'aboutir à cette conclusion. Il explique que sa seule volonté était d'assurer à son client un service professionnel et diligent pour la création de trusts en faveur de sa famille et d'organiser une structure provisoire avant que tout soit en place. En définitive, il reproche aux autorités de ne pas avoir retenu sa version des faits, qui a pourtant toujours été constante.
Selon l'arrêt entrepris, le recourant a déclaré, dans le cadre de l'instruction, qu'il était vraiment désireux de conserver H._ comme client. Par ailleurs, J._ SA, société dont il avait détenu d'abord 50%, puis 60% des actions et dont il était administrateur, avait été rémunérée pour son activité au profit de la famille H._ au moyen de rétrocessions versées par les banques G._ & Cie et D._ Co et d'honoraires forfaitaires, que l'intéressé évaluait à environ 750'000 USD entre 1999 et 2001. Au regard de ces éléments, les autorités cantonales pouvaient, sans arbitraire ni violation du principe « in dubio pro reo », s'écarter de la version du recourant et admettre que ce dernier, en remplissant les formulaires A comme le souhaitait simplement son client et non comme il le devait conformément à la loi, avait notamment cherché à se procurer un avantage illicite. Le grief est donc vain.
2.3 Le recourant conteste ensuite qu'il ait également eu pour dessein d'accorder à H._ un avantage illicite, en lui permettant en cas de décès, de pouvoir donner aux personnes indiquées comme ayants droits économiques sur les formulaires A des instructions post-mortem contraires au droit successoral.
En l'espèce, le fait de vouloir cacher le véritable ayant droit économique sur le formulaire A ne pouvait que représenter différents avantages, notamment successoraux, pour H._. A défaut de poursuivre de tels avantages ou de se créer à toutes fins utiles la possibilité d'en bénéficier éventuellement plus tard, on ne voit pas de motif d'indiquer des faux ayants droits sur les documents en question, alors que les intermédiaires financiers ont précisément l'obligation légale de les déterminer (cf. art. 305ter al. 1 CP). Le grief est donc vain.
3. Le recourant invoque une violation de l'art. 251 CP. Il conteste la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction, expliquant ne jamais avoir eu la volonté de créer un faux, ni d'obtenir un avantage illicite, ni de tromper les destinataires des titres, soit les banques, celles-ci ayant d'ailleurs été informées de la situation réelle et de la finalité des opérations effectuées.
3.1 L'infraction de faux dans les titres est intentionnelle, mais le dol éventuel suffit. Bien que l'art. 251 CP ne le dise qu'au sujet de l'usage de faux, la jurisprudence admet que l'élément subjectif de l'infraction requiert, dans tous les cas, l'intention de tromper autrui (ATF 101 IV 59 consid. a). Cette disposition exige de surcroît un dessein spécial, soit celui de nuire ou celui d'obtenir un avantage illicite.
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention, notamment de dol éventuel, et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (ATF 133 IV 1 consid. 4.1 p. 4).
3.2 L'application de la loi matérielle s'examine sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 2 LTF). Or, le recourant n'indique pas en quoi, fondée sur les faits qu'elle a retenus (cf. supra consid. 1.4.1), la Chambre pénale aurait fait une fausse application de la notion d'intention. L'argumentation qu'il présente n'est, dans une très large mesure, qu'une longue rediscussion de l'appréciation des preuves, dont il n'a pas établi à satisfaction de droit (cf. supra consid. 1 et 2) et pas davantage dans le cadre du présent grief, qu'elle serait arbitraire, au sens défini par la jurisprudence (cf. supra consid. 1.1). Le moyen est par conséquent irrecevable.
Au demeurant, on ne saurait exclure l'intention du recourant de tromper, au motif que les banques connaissaient les véritables ayants droits économiques des comptes en question, dès lors que celles-ci ne sont pas les seules destinataires des documents litigieux. En effet, aux termes de l'art. 7 de la loi fédérale sur le blanchiment d'argent (LBA; RS 955.0), l'intermédiaire financier doit établir des documents relatifs aux transactions effectuées ainsi qu'aux clarifications requises en vertu de la présente loi de façon à ce que des tiers experts en la matière puissent se faire une idée objective sur les transactions et les relations d'affaires ainsi que sur le respect des dispositions de la présente loi (al. 1). Il conserve les documents afin de pouvoir satisfaire, dans un délai raisonnable, aux éventuelles demandes d'informations ou de séquestre présentées par les autorités de poursuite pénale (al. 2). Ainsi, l'identification des ayants droits économiques a pour but de lutter contre le blanchiment. L'établissement des documents requis par la loi doit permettre aux tiers compétents, notamment aux autorités de surveillance, aux réviseurs externes ou aux autorités de poursuite pénale, d'apprécier objectivement les opérations réalisées et la façon dont l'intermédiaire financier respecte la LBA (cf. Message relatif à la loi fédérale concernant la lutte contre le blanchiment d'argent dans le secteur financier, FF 1996 III p. 1084). Or, le recourant, de par sa profession, ne pouvait ignorer que les formulaires A, qu'il a complétés de manière erronée, étaient susceptibles de tromper autrui, dont notamment les autorités susmentionnées.
Enfin, sur la base des faits pertinents qu'elle a tenus pour établis au terme de son appréciation des preuves (cf. supra consid. 1.4.1), la Cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en admettant que les éléments subjectifs de l'infraction visée par l'art. 251 CP étaient réalisés.
4. Le recours doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 LTF). Vu l'issue de la procédure, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 10 mars 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani