Faits :
A. Par arrêt du 7 mars 2005, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a condamné X._, pour faux dans les titres et gestion déloyale aggravée, à 10 mois d'emprisonnement avec sursis pendant 3 ans, l'acquittant en revanche du chef d'accusation d'escroquerie. Elle a par ailleurs condamné un coaccusé, Y._, pour des infractions similaires, à la peine complémentaire de 14 mois et 10 jours d'emprisonnement avec sursis pendant 5 ans, le libérant également du chef d'accusation d'escroquerie. Elle a encore statué sur une créance compensatrice.
B. Les condamnés et les parties civiles, B._ SA et C._ SA, se sont pourvus en cassation. Les deux premiers concluaient principalement à leur acquittement et les secondes à l'annulation du jugement attaqué, B._ SA en ce qui concerne la créance compensatrice et C._ SA en contestant l'acquittement des condamnés du chef d'escroquerie.
Par arrêt du 26 janvier 2007, la Cour de cassation genevoise a admis les pourvois des accusés en tant qu'ils portaient sur la gestion déloyale, renvoyant la cause en première instance sur ce point. Elle les a en revanche rejetés en tant qu'ils portaient sur l'infraction de faux dans les titres et, s'agissant de celui de Y._, en tant que ce dernier contestait le refus de tenir compte de circonstances atténuantes. Elle a par ailleurs admis le pourvoi de C._ SA et renvoyé la cause en première instance pour nouvelle décision sur l'accusation d'escroquerie et ses suites civiles et, le nouveau jugement à rendre impliquant le réexamen de la question de la créance compensatrice, a déclaré sans objet le pourvoi de B._ SA.
C. X._ et Y._ forment chacun un recours en matière pénale au Tribunal fédéral, pour violation de l'art. 251 CP et arbitraire, Y._ invoquant en outre une violation de son droit d'être entendu. X._ conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et Y._ à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause à la Cour correctionnelle, plus subsidiairement à son renvoi à la Cour de cassation. Tous deux sollicitent l'effet suspensif. Y._ demande en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire. Une réponse n'a pas été requise.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Les deux recours, qui contiennent des griefs largement similaires, sont dirigés contre le même arrêt, en tant qu'il confirme, pour les deux recourants et à raison de faits semblables, l'infraction de faux dans les titres. Il se justifie donc de statuer sur ceux-ci par un seul arrêt.
2. La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit pénal (art. 78 al. 1 LTF), par une autorité cantonale statuant en dernière instance (art. 80 al. 1 LTF). Il convient cependant d'examiner si, de par sa nature, elle peut faire l'objet d'un recours.
2.1 La décision attaquée n'est pas une décision finale, puisqu'elle ne met pas un terme à la procédure pénale ouverte contre les recourants (cf. art. 90 LTF).
2.2 Constitue une décision partielle, celle qui statue sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause ou qui met fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts (cf. art. 91 LTF; également Hans Peter Walter, in Neue Bundesrechtspflege, Auswirkungen der Totalrevision auf den kantonalen und eidgenössischen Rechtsschutz, édité par Pierre Tschannen, BTJP 2006, p. 132/133).
La décision attaquée met fin à la procédure sur un chef d'accusation, à savoir celui de faux dans les titres, et renvoie la cause en première instance pour nouvelle décision sur les autres chefs d'accusation, soit ceux de gestion déloyale et d'escroquerie, et, par voie de conséquence, sur la peine. Or, la question qu'elle tranche ne peut faire l'objet d'une procédure distincte de celle des questions qui demeurent ouvertes. Son sort n'est dès lors pas indépendant de celui qui reste en cause (cf. Message du 28 février 2001 relatif à la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale; FF 2001, 4000 ss, 4130). Quant à la seconde hypothèse prévue par l'art. 91 LTF, elle n'entre manifestement pas en considération en l'espèce. Subséquemment, la décision attaquée ne constitue pas une décision partielle.
2.3 Il pourrait s'agir d'une décision préjudicielle ou incidente au sens de l'art. 93 LTF. Elle ne cause toutefois pas de préjudice irréparable aux recourants, par quoi on entend un préjudice juridique, c'est-à-dire qui ne puisse être réparé ultérieurement, notamment par un jugement final (cf. ATF 131 I 57 consid. 1 p. 59; 127 I 92 consid. 1c p. 94; 126 I 207 consid. 2 p. 210 et les arrêts cités). Par ailleurs, on ne se trouve pas dans un cas où l'admission du recours pourrait conduire immédiatement à une décision finale qui permettrait d'éviter une procédure longue et coûteuse. Ainsi, aucune des deux conditions alternatives auxquelles une décision préjudicielle ou incidente peut faire l'objet d'un recours (cf. art. 93 al. 1 let. a et b LTF) n'est réalisée.
2.4 Il découle de ce qui précède que la décision attaquée ne peut faire l'objet d'un recours.
3. Les deux recours doivent ainsi être déclarés irrecevables.
La question qui se posait étant nouvelle, il ne sera pas perçu de frais. L'indigence du recourant Y._ étant par ailleurs suffisamment établie, sa requête d'assistance judiciaire sera admise et une indemnité de dépens sera allouée à son mandataire.
Les causes étant tranchées, les requêtes d'effet suspensif deviennent sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours sont déclarés irrecevables.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant Y._ est admise.
3. Il n'est pas perçu de frais.
4. La Caisse du Tribunal fédéral versera au mandataire du recourant Y._ une indemnité de dépens de 3000 fr.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des recourants, au Procureur général du canton de Genève et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 31 mai 2007
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: