Sachverhalt:
A. A._, geboren 1953, war vom 18. Februar 1991 bis 30. April 1999 bei der zur Nestlé Suisse SA gehörenden Firma X._ als Verkaufschauffeur tätig und beim Fonds de Pensions Nestlé, Vevey, berufsvorsorgeversichert. Bereits am 18. September 1998 meldete er sich unter Hinweis auf eine Diskushernie sowie Beschwerden im linken Bein und "Nerven" bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Wiedereinschulung in die bisherige Tätigkeit, Arbeitsvermittlung) an. Die Stadt Y._, von der A._ ab 1. Juni 2001 Sozialhilfe bezog, ersuchte den Fonds de Pensions Nestlé mit Schreiben vom 16. Februar 2005 um "Prüfung und Erbringung der reglementarischen Leistungen", weil die zur Invalidität führende Arbeitsunfähigkeit während des Anstellungsverhältnisses bei der Nestlé SA eingetreten sei. Mit Verfügung vom 13. April 2006 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich A._ eine ganze Invalidenrente zu bei einem Invaliditätsgrad von 67 % ab 1. September 1998 sowie Zusatzrenten für die damalige Ehefrau und vier seiner sechs Kinder (geboren in den Jahren 1981, 1983, 1986 und 1995).
Der Fond de Pensions Nestlé teilte A._ am 19. Februar 2007 mit, als Folge der IV-Verfügung vom 13. April 2006 stehe ihm unter Berücksichtigung der Verjährungsfrist von fünf Jahren ab 1. April 2001 eine Invalidenpension zu nebst Kinderrenten für die Tochter I._ (geboren am 30. Juni 1983) vom 1. April bis 30. Juni 2001, für die Tochter P._ (geboren am 20. September 1986) vom 1. April 2001 bis 30. September 2004 sowie für den Sohn A._ (geboren 8. Juni 1995). Zugleich ersuchte die Vorsorgeeinrichtung um Zustellung entsprechender Studienbescheinigungen, sofern sich die Töchter über das 18. Altersjahr hinaus in Ausbildung befunden haben sollten. A._ liess mit Schreiben vom 20. März 2007 geltend machen, der Fonds de Pensions Nestlé berufe sich zu Unrecht auf die Verjährung der Leistungen für die Zeit vor dem 1. April 2001. Weiter reichte er diverse Bescheinigungen ein betreffend die Ausbildung seiner Töchter Z._ (geboren 1973), S._ (geboren 1981), P._ und I._. Die Vorsorgeeinrichtung hielt in der Folge an ihrer Haltung fest.
B. A._ liess beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage gegen den Fond de Pensions Nestlé erheben und die Zusprechung einer Invalidenrente entsprechend einem Invaliditätsgrad von 100 % ab 1. Januar 1999 nebst Zins beantragen sowie von Kinderrenten für die Töchter I._, P._, S._ und Z._ "gemäss den anwendbaren, reglementarischen Bestimmungen", nebst Zins, ebenfalls seit 1. Januar 1999. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Klage mit Entscheid vom 26. März 2009 teilweise gut und verpflichtete die Vorsorgeeinrichtung - zusätzlich zur ganzen obligatorischen und überobligatorischen Invalidenpension ab 1. April 2001 - zur Bezahlung von Kinderrenten, für die Tochter I._ vom 1. April 2001 bis 31. Oktober 2007 und für die Tochter P._ sowie den Sohn A._ vom 1. April 2001 bis auf Weiteres, wobei für die bis 16. November 2007 fällig gewordenen Rentenbetreffnisse Verzugszinse von 5 % und für übrigen Leistungen ab dem jeweiligen Fälligkeitsdatum zuzusprechen seien. Im Übrigen wies es die Klage und gleichzeitig auch das Gesuch des A._ um unentgeltliche Rechtsverbeiständung wegen Aussichtslosigkeit und fehlender Notwendigkeit ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung eine Invalidenrente entsprechend einem Invaliditätsgrad von 100 % ab 1. Januar 1999 "gemäss den anwendbaren, reglementarischen Bestimmungen", zuzüglich Zins von 5 % seit Klageeinleitung, sowie die Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung für das vorinstanzliche Verfahren beantragen. Gleichzeitig ersucht er um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung für das Verfahren vor dem Bundesgericht.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG hat die Beschwerde die Begehren und deren Begründung zu enthalten, d.h. es ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Grundlagen und die Rechtsprechung zum Beginn des Anspruchs auf eine Invalidenrente der obligatorischen Berufsvorsorgeversicherung (Art. 26 Abs. 1 BVG in Verbindung mit Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG) und zur Verjährung der Leistungsansprüche in der obligatorischen und überobligatorischen Berufsvorsorgeversicherung (Art. 41 Abs. 1 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung; Art. 41 Abs. 1 und 2 sowie Art. 49 Abs. 2 Ziff. 6 BVG in der seit 1. Januar 2005 geltenden Fassung) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog, der damalige Rechtsvertreter des Beschwerdeführers habe sich im Frühjahr 1999 nicht an die Beschwerdegegnerin gewandt, sondern an einen Mitarbeiter der ehemaligen Arbeitgeberin, welcher zur Abgabe einer Schuldanerkennung für die Beschwerdegegnerin nicht bevollmächtigt gewesen sei. Weil die Auskunft vom April 1999 demzufolge bereits aus diesem Grund, aber auch ausgehend von der gewählten Formulierung der Beschwerdegegnerin, nicht als (verjährungsunterbrechende) Schuldanerkennung der Beschwerdegegnerin aufgefasst werden könne und der Beschwerdeführer keine verjährungsunterbrechenden Handlungen unternommen habe, seien die periodischen Leistungen grundsätzlich bis fünf Jahre vor der Klageeinleitung am 16. November 2007 verjährt, wobei davon Vormerk zu nehmen sei, dass die Beschwerdegegnerin eine Leistungspflicht bereits ab 1. April 2001 anerkenne.
3.2 Der Beschwerdeführer wendet ein, im Schreiben seines damaligen Rechtsvertreters vom 23. April 1999 werde ausdrücklich festgehalten, dass die Beschwerdegegnerin im Falle der Zusprechung von Unfall- oder Invalidenrentenleistungen auch nachträglich ihre Leistungspflicht anerkennen bzw. Leistungen erbringen würde. Die Vorinstanz habe dieses Schreiben zu Unrecht als Schuldanerkennung angesehen (eine solche wäre mangels Forderung zum damaligen Zeitpunkt gar nicht möglich gewesen). Vielmehr sei die Auskunft der Beschwerdegegnerin als "Offerte zur Verlängerung der Verjährungsfrist" zu sehen, welche er über seinen Rechtsanwalt angenommen habe. Nach dem klaren Wortlaut des Schreibens vom 23. April 2009 (recte: 1999) habe eine mündliche Verjährungsverzichtserklärung bestanden.
4. 4.1 Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer seit 1. September 1997 in seiner Arbeitsfähigkeit erheblich eingeschränkt ist (Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 13. April 2006). Die Invalidenrente der beruflichen Vorsorge wurde - nach Ablauf der Wartezeit gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG (in Verbindung mit Art. 26 Abs. 1 BVG) - somit am 1. September 1998 fällig (BGE 132 V 159 E. 4.4.2 S. 164; SVR 2007 BVG Nr. 22 E. 3.2; vgl. auch Urteile B 91/02 vom 24. April 2003, E. 3.1 [mit Zusammenfassung in SZS 2004 S. 454], und B 9/99 vom 4. August 2000, E. 3c [mit Zusammenfassung in SZS 2003 S. 48]); damit begann auch die Verjährungsfrist zu laufen (vgl. Urteil B 44 + 45/06 vom 26. Februar 2007 E. 6.2).
4.2 Soweit der Beschwerdeführer argumentiert, die Beschwerdegegnerin habe ihm durch den von seinem damaligen Rechtsvertreter kontaktierten Mitarbeiter der Nestlé Suisse SA die Verlängerung der Verjährungsfrist "offeriert", hat die Vorinstanz letztinstanzlich verbindlich festgestellt, dass der angefragte Mitarbeiter der Personalabteilung der Nestlé Suisse SA nicht ermächtigt gewesen war, einen Verjährungsverzicht zu Lasten der Beschwerdegegnerin abzugeben. Im Übrigen würde selbst eine entsprechende Vollmacht nichts daran ändern, dass die erteilte Auskunft, wonach ein rückwirkender Anspruch auf Rentenleistungen der Pensionskasse bestünde, wenn die IV einen Rentenanspruch anerkenne und diesfalls "die ganze Angelegenheit neu aufgerollt werden" müsste, nicht als Verjährungsverzicht bzw. "Offerte zur Verlängerung der Verjährungsfrist" interpretiert werden könnte, zumal der angefragte (Personaldienst-) Mitarbeiter lediglich die in Art. 23 lit. a und Art. 26 BVG verankerte gesetzliche Regelung bestätigte. Die Beschwerdegegnerin, welcher der damalige Rechtsvertreter des Beschwerdeführers den Brief vom 23. April 1999 in Kopie zugestellt hatte, sah sich demzufolge nicht veranlasst, darauf zu reagieren. Die Verjährung der einzelnen Rentenbetreffnisse wurde somit nach der zutreffenden Erwägung im angefochtenen Entscheid erst mit Anhebung der Klage im vorinstanzlichen Verfahren am 16. November 2007 unterbrochen, so dass der vorinstanzliche Entscheid nicht zu beanstanden ist, soweit darin die von der Beschwerdegegnerin ab 1. April 2001 anerkannte Leistungspflicht geschützt wird.
5. 5.1 Die Vorinstanz wies das Begehren des Versicherten um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung mit der Begründung ab, die Beschwerdegegnerin habe ihre grundsätzliche Leistungspflicht ab 1. April 2001 anerkannt. Was die Verjährung der Leistungen vor diesem Zeitpunkt anbelange, behaupte der Beschwerdeführer weder verjährungsunterbrechende Handlungen noch "eine ernsthafte Schuldanerkennung und gültiger Verzicht auf die Verjährungseinrede" durch die Beschwerdegegnerin. Die entsprechenden Begehren seien somit aussichtslos. Hinsichtlich der Kinderrenten habe die Beschwerdegegnerin bei Nachweis einer Ausbildung von Anfang an ihre grundsätzliche Leistungspflicht anerkannt. Dass dem Beschwerdeführer dieser erst im Klageverfahren gelungen sei, habe einzig er selber zu vertreten. Für das Beibringen der notwendigen Bescheinigungen sei eine rechtskundige Vertretung kaum erforderlich und eine Klage auf Zusprechung von Kinderrenten offensichtlich nicht notwendig gewesen. Eine solche grenze an Mutwilligkeit, weshalb sich weder die Zusprechung einer Parteientschädigung (soweit der Beschwerdeführer formell geringfügig obsiege) noch die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtsvertretung rechtfertige.
5.2 Nach den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint und, soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, auf unentgeltlichen Rechtsbeistand (Art. 29 Abs. 3 BV; vgl. auch BGE 130 I 180 E. 2.2 S. 182, 129 I 129 E. 2.3.1 S. 135, je mit Hinweisen; Urteil 8C_710/2007 vom 10. März 2008, E. 2.1). Welche Umstände bei der Beurteilung der Prozessaussichten in Betracht fallen und ob sie für oder gegen eine hinreichende Erfolgsaussicht sprechen, ist Rechtsfrage. Tatfrage ist, ob und wieweit einzelne Tatumstände erstellt sind (BGE 124 I 304 E. 2c S. 307).
5.3 Nach dem Gesagten (E. 4.2 hievor) hat die Vorinstanz das Schreiben vom 23. April 1999 zu Recht nicht als Verjährungsverzicht qualifiziert. Wenn der vom damaligen Rechtsvertreter angefragte Personaldienstmitarbeiter der Nestlé Suisse SA sich am 23. April 1999 darauf beschränkte, die gesetzliche Regelung zum Leistungsanspruch auf Invalidenleistungen in der beruflichen Vorsorge zu bestätigen, durften diese Auskünfte jedenfalls von einem Anwalt nicht dahingehend verstanden werden, dass die Beschwerdegegnerin damit einen Verjährungsverzicht abgegeben hätte. Soweit das kantonale Gericht den Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung im vorinstanzlichen Verfahren wegen Aussichtslosigkeit verneint hat, hält dies somit vor Bundesrecht stand. Hinsichtlich der zusätzlich anbegehrten Kinderrenten war nach den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid keine anwaltliche Verbeiständung erforderlich, zumal die Beschwerdegegnerin ihre Leistungspflicht bei entsprechendem Beleg der Ausbildungen ausdrücklich anerkannt hatte.
6. Auch die letztinstanzliche Beschwerde hatte von vornherein keine Aussicht auf Erfolg, weshalb die Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung nicht gegeben sind.
7. Das Verfahren ist grundsätzlich kostenpflichtig. Angesichts der speziellen Umstände des Einzelfalls wird ausnahmsweise auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet (Art. 66 Abs. 1 BGG; vgl. Urteil 8C_253/2007 vom 23. Januar 2008, E. 4).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung vor Bundesgericht wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle