Sachverhalt:
A. X._ wurde erstinstanzlich der einfachen Körperverletzung und der mehrfachen Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes (Art. 19a Ziff. 1 BetmG) schuldig gesprochen und zu einer bedingten Freiheitsstrafe von acht Monaten sowie einer Busse von Fr. 200.-- verurteilt. Dagegen erhoben der Verurteilte und die Staatsanwaltschaft die Berufung. Das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte mit Urteil vom 17. März 2009 den Schuldpunkt. Es bestrafte X._ mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 111⁄2 Monaten, als Zusatzstrafe zum Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat vom 18. September 2008.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, Ziffer 2 (Schuldspruch) des Urteils des Obergerichts sei aufzuheben, und er sei mit einer Geldstrafe von 345 Tagessätzen à Fr. 30.-- zu bestrafen. Zudem ersucht X._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen die Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe.
1.1 Die Vorinstanz führt aus, die finanziellen Verhältnisse des Beschwerdeführers seien sehr knapp. Es erscheine wenig sinnvoll, wenn faktisch eine Geldstrafe mit Unterhaltsverpflichtungen für die getrennt lebende Ehefrau bzw. für das Kind konkurrenziere und darüber hinaus der eigene Lebensunterhalt aus einer Arbeitslosenentschädigung bzw. Einkünften aus letztlich eher unsicheren Temporärstellen nur knapp bezahlt werden könnten. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung dürfe der Tagessatz nicht so weit herabgesetzt werden, dass er lediglich symbolischen Wert habe. Vorliegend errechne sich für den Beschwerdeführer ein Tagessatz in der Grössenordnung von ca. Fr. 10.--. Entscheidend sei jedoch, dass eine Geldstrafe bei Delikten gegen Leib und Leben, welche mit einer Freiheitsstrafe von deutlich über sechs Monaten zu ahnden seien, und welche wegen der gefährlichen Vorgehensweise eher zufällig nicht zu einer schweren Körperverletzung geführt hätten, bei einem mehrfach vorbestraften Täter nicht mehr tat- und verschuldensangemessen sei. Zudem habe der Beschwerdeführer während des Berufungsverfahrens wiederum delinquiert. Deshalb stelle eine Freiheitsstrafe auch aufgrund seines bisherigen Verhaltens im Hinblick auf die Prävention eine deutlichere und somit zweckmässigere Sanktion dar als eine Geldstrafe (angefochtenes Urteil E. 6 S. 20 f.).
1.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, bei der Wahl der Sanktion seien nicht die finanziellen Verhältnisse als ausschlaggebender Grund zu berücksichtigen. Personen mit sehr geringen oder gar keinen Einkünften würden mit einer solchen Rechtsprechung diskriminiert. Nach dem Anliegen des neuen Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches seien die kurzen Freiheitsstrafen zurückzudrängen. Die Geldstrafe als weniger einschneidende Sanktion stelle die Hauptstrafe dar. Er hätte einen Tagessatz von Fr. 30.-- akzeptiert, was sehr wohl mehr als nur symbolischen Wert hätte und ihn in seiner Lebensgestaltung recht schwer belasten würde. Die Vorinstanz gehe fälschlicherweise von einer unregelmässigen temporären Arbeit mit unsicheren Erwerbseinkünften aus. Die Geldstrafe wäre durchaus vollstreckbar. Die Verschuldensfrage könne nicht als Argumentation für die Wahl der Strafart aufgeführt werden.
1.3 Bei der Wahl der Sanktionsart ist als wichtiges Kriterium die Zweckmässigkeit einer bestimmten Sanktion, ihre Auswirkungen auf den Täter und sein soziales Umfeld sowie ihre präventive Effizienz zu berücksichtigen. Nach der Konzeption des neuen Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches stellt die Geldstrafe die Hauptsanktion dar. Freiheitsstrafen sollen nur verhängt werden, wenn der Staat keine anderen Mittel hat, die öffentliche Sicherheit zu gewährleisten, und die gemeinnützige Arbeit bedarf der Zustimmung des Täters. Nach dem Prinzip der Verhältnismässigkeit soll bei alternativ zur Verfügung stehenden und hinsichtlich des Schuldausgleichs äquivalenten Sanktionen im Regelfall diejenige gewählt werden, die weniger stark in die persönliche Freiheit des Betroffenen eingreift bzw. die ihn am wenigsten hart trifft (BGE 134 IV 97 E. 4.2 und 4.2.2 S. 100 f. mit Hinweisen).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde zu begründen. Die Begründung hat in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Soweit der Beschwerdeführer die Verletzung von Art. 5 Abs. 2 sowie Art. 8 BV rügt, ist darauf mangels rechtsgenügender Begründung nicht einzutreten (Art. 106 Abs. 2 BGG, BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254).
1.5 Vorab ist festzuhalten, dass die Vorinstanz im Rahmen der Strafzumessung über ein weites Ermessen verfügt (s. BGE 6B_112/2009 vom 16. Juli 2009 E. 3; 134 IV 17 E. 2.1 S. 19 f.; je mit Hinweisen). Auf die Vorbringen des Beschwerdeführers, welche sich gegen die von der Vorinstanz verbindlich festgestellten finanziellen Verhältnisse richten, ist nicht einzutreten (Art. 105 Abs. 1 BGG). Hinsichtlich der Wahl der Sanktionsart hat die Vorinstanz ausdrücklich ausgeführt, dass die finanziellen Verhältnisse "nicht ausschlaggebend, aber doch nicht unerheblich" seien. Abschliessend hat sie offen gelassen, ob "mit einer solchen Geldstrafe eine Einschränkung im Sinne einer fühlbaren Herabsetzung des Lebensstandards erzielt" werden könne (angefochtenes Urteil E. 6.3 S. 20). Die Vorinstanz hat dargelegt, dass im Gegensatz zu dem BGE 134 IV 97 zugrunde liegenden Fall nicht eine kurze, sondern eine Freiheitsstrafe von über sechs Monaten (Art. 40 StGB) als alternative Sanktionsart zur Geldstrafe zur Auswahl steht. Weiter hat sie die Vorstrafen des Beschwerdeführers und sein Delinquieren während des Berufungsverfahrens erwähnt und somit auch die präventive Effizienz der Sanktion berücksichtigt (vgl. E. 1.3 hiervor). Vor diesem Hintergrund durfte die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung davon ausgehen, dass nicht eine Geldstrafe, sondern ausschliesslich eine Freiheitsstrafe als angemessene und zweckmässige Sanktion in Frage kommt. Die Rüge des Beschwerdeführers erweist sich als unbegründet.
2. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers erschienen von vornherein aussichtslos, weshalb sein Ersuchen um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung abzuweisen ist. Seiner finanziellen Lage ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz