Faits:
A. D.X._, de nationalité dominicaine, est décédé en avril 2002 à Saint-Domingue en République Dominicaine, où il était domicilié, laissant son frère E.X._, son épouse, C.X._, avec laquelle il avait eu une fille, B.X._, ainsi qu'une fille d'un précédent mariage, A.X._.
Par jugement du 24 mars 2004, le Tribunal de première instance de Saint-Domingue a déclaré que les seules personnes habilitées à recueillir les biens laissés par le de cujus étaient C.X._, B.X._, née en 1999, ainsi qu'une fille née d'un précédent mariage, A.X._.
Le 14 décembre 2005, les filles du de cujus ont déposé la déclaration d'impôt sur les successions auprès de l'Administration fiscale du canton de Genève grevant quatre immeubles sis à Meyrin d'une valeur de 8'450'000 fr. Elles ont fait état de dettes pour un montant de 5'533'168 fr. comprenant des dettes hypothécaires, des intérêts courus sur les crédits hypothécaires et une dette d'honoraires en faveur du mandataire chargé d'établir la déclaration d'impôt sur les successions.
Par décision du 22 mai 2006, l'Administration fiscale cantonale a arrêté l'impôt sur les successions à 1'362'827 fr. 80 dû à concurrence d'un quart par B.X._, d'un quart par A.X._ et d'un demi par E.X._. L'impôt a été calculé sur une valeur des immeubles de 8'620'000 fr. et les dettes n'ont pas été admises.
Par décision du 24 juillet 2007, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation dirigée contre la décision du 22 mai 2006 par C.X._, agissant pour elle-même et pour sa fille, B.X._, ainsi que par A.X._, qui ont saisi la Commission cantonale de recours en matière d'impôts. Durant la procédure de recours, l'Administration fiscale cantonale a admis que E.X._ n'était pas héritier du de cujus et accepté de corriger la taxation litigieuse en ce sens.
Par décision du 3 novembre 2008, la Commission de recours en matière d'impôts a rejeté le recours tendant à la déduction des dettes déclarées.
Par mémoire du 17 décembre 2008, C.X._, agissant pour elle-même et pour sa fille, B.X._ ainsi que A.X._ ont interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève.
B. Par arrêt du 17 mars 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il a jugé en substance que le droit cantonal n'autorisait pas la déduction des dettes, ce qui n'était pas contraire à l'art. 127 al. 2 et 3 Cst.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, C.X._, agissant pour elle-même et pour sa fille, B.X._ ainsi que A.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 17 mars 2009 par le Tribunal administratif, de dire que les dettes de la succession doivent être admises dans le calcul de l'impôt sur les successions, à tout le moins dans la proportion des actifs genevois par rapport à la totalité des actifs de la succession et de renvoyer la cause à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle émette un nouveau bordereau tenant compte des dettes de la succession. Elles se plaignent de la violation de l'art. 127 al. 2 et 3 Cst. et invoquent l'interdiction de l'arbitraire et la garantie de la propriété.
L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours sous suite de frais. Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par des parties directement touchées par la décision et qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF). Il est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai, la forme et le respect des exigences de motivation prévus par la loi (cf. art. 42, 100 al. 1 et 106 al. 2 LTF) et que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'art. 83 LTF.
2. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral. D'après l'art. 106 al. 2 LTF en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. L'acte de recours doit contenir, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).
Les recourantes se plaignent de la violation de la garantie de la propriété. Elles n'exposent pas de manière qui respecte les exigences de l'art. 106 al. 2 LTF en quoi cette garantie est violée. Ce grief est par conséquent irrecevable. Le grief de violation de l'interdiction de l'arbitraire se confond avec celui de violation de l'art. 127 al. 2 Cst.
3. 3.1 En application de sa loi du 26 novembre 1960 sur les droits de succession (LDS; RS GE D 3 25), le canton de Genève perçoit un impôt qui frappe notamment toute transmission de biens résultant d'un décès ou d'une déclaration d'absence, à quelque titre que cette transmission ait lieu (art. 1 al. 2 lettre a LDS). Il est dû par ceux qui, à la suite d'un décès ou d'une déclaration d'absence, acquièrent des biens ou en sont bénéficiaires, le domicile et la nationalité de l'ayant droit étant sans effet sur cette obligation (art. 2 LDS). L'art. 4 al. 5 lettre a LDS prévoit que, pour les successions ouvertes à l'étranger, les droits sont dus sur les immeubles situés dans le canton de Genève. L'art. 4 al. 6 LDS dispose qu'en cette hypothèse notamment, aucune dette n'est déductible des actifs, sous réserve des dispositions des conventions internationales en matière de double imposition. Le taux de l'impôt est progressif (art. 19 à 21 LDS) et le droit est calculé sur la part successorale nette revenant à l'héritier (art. 16 lettre a LDS).
Il n'existe aucune convention entre la Suisse et la République Dominicaine en vue d'éviter les doubles impositions en matière d'impôt sur les successions.
3.2 En application de ces dispositions, le Tribunal administratif a confirmé que la dévolution par voie successorale aux recourantes des immeubles sis dans le canton de Genève était soumise à la perception de droits de succession, du moment que le de cujus était domicilié à l'étranger au moment de son décès et que sa succession y avait été ouverte. Il a constaté que le texte clair de l'art. 4 al. 6 LDS excluait en pareille hypothèse de défalquer les dettes dont les héritières ont demandé la prise en compte dans leur déclaration d'impôt. Il a encore jugé que cette disposition n'était pas contraire à l'art. 127 al. 2 et 3 Cst., ce que les recourantes contestent.
3.3 Le grief d'inconstitutionnalité d'une loi peut être invoqué en rapport avec un acte d'application concret (contrôle accessoire des lois). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas la constitutionnalité des dispositions légales contestées au regard de toutes les situations envisageables mais uniquement en relation avec le litige pour lequel il est saisi. Si le grief est admis, il annule la décision litigieuse, mais non la disposition contestée (ATF 128 I 102 consid 3 p. 105 s.)
4. Invoquant l'art. 127 al. 3 Cst., les recourantes reprochent au Tribunal administratif d'avoir violé le principe de répartition des dettes d'une succession proportionnellement à la localisation des actifs, que le Tribunal fédéral aurait appliqué sous certaines conditions en matière de double imposition internationale.
4.1 Le principe de l'interdiction de la double imposition déduit de l'art. 127 al. 3, 1ère phrase de la Constitution fédérale s'oppose à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet, pendant la même période, à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle). En outre, le Tribunal fédéral a déduit des dispositions précitées le principe selon lequel un canton ne peut pas imposer plus lourdement un contribuable du fait qu'il est assujetti aux impôts dans un autre canton (ATF 134 I 303 consid. 2.1 p. 306 s. et les références citées).
Le Tribunal fédéral a exceptionnellement aussi appliqué l'art. 46 al. 2 aCst. (art. 127 al. 3 Cst.) en matière de double imposition internationale, dont il a uniquement déduit l'interdiction d'imposer un contribuable assujetti à l'impôt en Suisse sur les propriétés foncières qu'il détient à l'étranger et qui y sont effectivement imposées (ATF 86 I 10 consid. 2 p. 13 et les références citées; cf. sur ces questions: Locher/ Locher, La double imposition intercantonale, Therwil, § 2 III C, 2a; ).
4.2 En l'espèce, comme les immeubles qui ont été soumis à l'impôt genevois sur les successions sont sis dans le canton de Genève et non pas à l'étranger, que le de cujus est décédé en République dominicaine et en l'absence de convention de double imposition avec cet Etat, les recourantes ne peuvent pas se prévaloir des règles établies par le Tribunal fédéral en matière de double imposition intercantonale pour obtenir la déduction de leurs dettes dans le calcul de l'assiette de l'impôt genevois sur les successions.
Mal fondé, ce grief doit être rejeté.
5. Invoquant les art. 8 et 127 al. 2 Cst., les recourantes soutiennent que l'impossibilité de défalquer leurs dettes viole le droit à l'égalité ainsi que le principe de l'imposition selon la capacité économique.
5.1 En matière fiscale, l'art. 8 al. 1 Cst. est concrétisé par les principes de la généralité et de l'égalité de l'imposition ainsi que par celui de l'imposition selon la capacité économique. Le principe de la généralité de l'impôt exige que toute personne ou groupe de personnes soit imposé selon la même réglementation juridique: les exceptions qui ne reposent sur aucun motif objectif sont inadmissibles. D'après le principe d'imposition selon la capacité économique de l'art. 127 al. 2 Cst., toute personne doit contribuer à la couverture des dépenses publiques, compte tenu de sa situation personnelle et en proportion de ses moyens; la charge fiscale doit être adaptée à la substance économique à la disposition du contribuable (ATF 133 I 206 consid. 6 et 7 p. 215 ss; 99 Ia 638 consid. 9 p. 652 s.; Kathrin Klett, Der Gleichheitssatz im Steuerrecht, RDS III/1992 II p. 92 s.).
Les principes de l'art. 127 Cst., qui constituent une reprise des développements de la doctrine et de la jurisprudence concernant le droit à l'égalité tirés de l'art. 4 aCst., sont des droits fondamentaux au même titre que le droit général à l'égalité (art. 8 Cst.). Le législateur cantonal est par conséquent aussi tenu de respecter les principes de l'art. 127 Cst. dans l'aménagement de son système fiscal, en particulier dans celui des impôts directs. En matière d'impôts indirects et d'impôts réels, il convient en revanche de décider de cas en cas dans quelle mesure il se justifie de les appliquer. En effet, les principes de l'art. 127 al. 2 Cst. ne trouvent alors à s'appliquer que "dans la mesure où la nature de l'impôt le permet" (cf. aussi ATF 133 I 206 consid. 6 et 7 p. 215 ss et les nombreuses références citées).
5.2 Les auteurs s'accordent pour dire que la capacité contributive ne se mesure pas seulement à l'aune du revenu ou du bénéfice global net, mais aussi d'après des facteurs tels que la fortune, la propriété foncière, la dépense ou les successions et donations (Danielle Yersin, L'égalité de traitement en droit fiscal, RDS 111 (1992)145, p. 170 s.; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, p. 33 s., n° 27). Le Tribunal fédéral a jugé dans ce sens que l'impôt sur les successions concrétise, avec l'impôt sur le revenu et l'impôt sur les donations, le principe de l'imposition selon la capacité économique en frappant le contribuable sur l'ensemble des valeurs qui lui sont transmises (arrêt 2P.168/2002 du 25 novembre 2002 in Archives 72 p. 504, consid. 5.2 et les références citées; cf. également: Yvo Hangartner, Verfassungsrechtliche Fragen der Erbschafts- und Schenkungssteuern, in Steuerrecht im Rechtsstaat, Festschrift Cagianut, IFF Berne 1990, p. 69 ss, 71). En la matière par conséquent, le respect du principe de l'imposition selon la capacité économique exclut non seulement d'imposer intégralement aussi bien l'héritier grevé que l'héritier appelé en cas de substitution fidéicommissaire (arrêt 2P.168/2002 précité), mais exige encore, à l'instar de l'opinion de la doctrine majoritaire, que l'impôt sur les successions frappe la succession nette, c'est-à-dire après déductions des dettes (Victor Monteil, Das Objekt der Erbschafts- und Schenkungssteuern in der Schweiz, Thèse Berne, 1949, p. 191 qui jugeait déjà qu'un impôt sur les successions frappant la fortune brute serait contraire à l'art. 4 aCst.; Claude Bovon, Les conventions suisses de double imposition en matière d'impôt sur les successions, Thèse Lausanne 1960, p. 162 s.; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6ème éd., Zurich 2002, p. 238; Jean-Marc Rivier, La succession en droit fiscal international, RDAF 1997 p. 673, 683; Le même, L'impôt sur les successions et les donations: ses caractéristiques, sa nature et son champs d'application, RF 1996, p. 149 ss, 158).
Dans un arrêt très ancien du 18 mai 1928, le Tribunal fédéral avait jugé compatible avec les art. 4 et 46 al. 2 aCst une disposition du canton d'Uri qui autorisait l'imposition des immeubles sis dans le canton sans déduction des dettes pour autant que leur propriétaire soit domicilié à l'étranger. L'imposition sur la valeur brute était justifiée par le fait que le canton d'Uri ne pouvait savoir si l'état de domicile du contribuable offrait la réciprocité, question qui ne se posait en revanche pas dans les relations intercantonales (ATF 54 I 75 consid. 2 p. 77).
5.3 Ces constatations générales valent également pour l'impôt sur les successions prélevé par le canton de Genève. En effet, le passif est en principe distrait de toute succession ouverte dans le canton de Genève ou dans un autre canton (art. 4 al. 3 et 14 al.1 LDS), le taux de l'impôt est progressif (art. 19 à 21 LDS) et le droit est calculé sur la part successorale nette revenant à l'héritier (art. 16 lettre a LDS). Pareils aménagements du droit sur les successions genevois permettent d'affirmer qu'il est conçu comme un impôt (cf. d'ailleurs art. 1 al. 1 LDS) frappant la capacité économique des héritiers et non pas seulement comme un droit sur la mutation du patrimoine du de cujus (Gregor T. Chatton, Quelques réflexions au sujet du nouvel article 8A de la loi genevoise sur les droits d'enregistrement et de sa constitutionnalité, in RDAF 2005 p. 1 ss, 5 s.).
Cela dit, la solution retenue par l'arrêt du 18 mai 1928 garde également toute sa valeur dans la présente cause. En effet, en l'espèce, en l'absence de convention de double imposition entre la Suisse et la République dominicaine, non seulement le canton de Genève comme canton de situation des immeubles ne peut s'assurer de la réciprocité accordée par le pays du dernier domicile du de cujus, mais encore il ignore tout de la fortune de ce dernier et par voie de conséquence de l'ensemble des valeurs qui ont été transmises pour cause de mort à ses héritières. Il ignore ainsi leur capacité économique globale. Du moment qu'il ne connaît que l'existence des immeubles sis sur son territoire et par conséquent, qu'une partie non exhaustive de la capacité économique transmise aux recourantes, le canton de Genève ne viole ni l'art. 8 ni l'art. 127 al. 2 Cst. en appliquant en l'espèce l'art. 4 al. 6 LDS selon lequel aucune dette n'est déductible des actifs.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, les recourantes doivent supporter un émolument judiciaire solidairement entre elles (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'500 fr., sont mis à la charge de des recourantes, solidairement entre elles.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section.
Lausanne, le 23 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey