Faits:
A. Inscrite depuis 2006 au registre du commerce du canton de Genève, X._ Sàrl a pour but l'exploitation de A._ et l'organisation de diverses activités sportives, culturelles et sociales. Depuis le 1er janvier 2006, elle est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA). Avant la constitution de la société, la buvette avait été exploitée par une société simple également assujettie à la TVA.
B. Lors d'un contrôle externe portant sur la période du 1er janvier 2004 au 31 décembre 2008, et suivi d'un rapport du 16 février 2010, l'Administration fédérale a constaté que la comptabilité de l'assujettie était lacunaire. Par notification d'estimation du 9 septembre 2010, elle lui a réclamé un montant d'impôt TVA de 92'752 fr., pour la période du 1er janvier 2006 (1er trimestre 2006) au 31 décembre 2008 (4ème trimestre 2008), dont 26'760 fr. 65 en raison de chiffres d'affaires non comptabilisés et non décomptés pour les années 2006, 2007 et 2008.
La réclamation par laquelle X._ Sàrl s'est contentée de contester la reprise précitée de 26'760 fr. 65, a été rejetée par décision sur réclamation de l'Administration fédérale du 16 septembre 2011. Par arrêt du 29 mai 2012, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours que X._ Sàrl a formé contre la décision sur réclamation susmentionnée.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ Sàrl demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du 29 mai 2012 et, subsidiairement, d'annuler ledit arrêt et de renvoyer la cause auprès de l'Administration fédérale pour compléments d'instruction dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer sur le recours; l'Administration fédérale en propose le rejet, avec suite de frais. La recourante a répliqué par courrier du 17 septembre 2012.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable.
1.2 L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (cf. ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal de céans (art. 99 al. 1 LTF). Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104).
En tant qu'elle ne ressortirait pas déjà des faits retenus dans l'arrêt entrepris, il ne sera pas tenu compte de la version des faits que la recourante présente, de manière appellatoire, en début de son mémoire. En tant qu'elles ne ressortiraient pas déjà du dossier constitué par les autorités précédentes, les pièces annexées au mémoire de recours constituent des moyens nouveaux irrecevables (art. 99 al. 1 LTF).
2. Le présent litige a pour objet le bien-fondé de la taxation par estimation de la société recourante en matière de taxe sur la valeur ajoutée, pour les périodes allant du 1er trimestre 2006 au 4ème trimestre 2008.
2.1 Selon l'art. 112 al. 1 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20), entrée en vigueur le 1er janvier 2010 (RO 2009 5203, p. 5256), les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (...). Fait exception le nouveau droit de procédure stricto sensu, qui est applicable aux causes pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA, en vertu de son art. 113 al. 3. L'institution de la taxation par estimation (art. 60 aLTVA) relève du droit de fond (cf. arrêts 2C_835/2011 du 4 juin 2012 consid. 1.5; 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 2). Etant donné que l'état de fait litigieux a trait aux périodes allant du 1er trimestre 2006 au 4ème trimestre 2008, la cause est gouvernée par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée, entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (aLTVA; RO 2000 1300, p. 1346).
2.2 Selon l'art. 46 aLTVA, qui succède à l'art. 37 de l'ordonnance fédérale du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA; RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures), l'assujetti est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable, en la forme prescrite, à l'Administration fédérale. A cet effet, il doit renseigner en conscience celle-ci sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour la constatation de l'assujettissement ou pour le calcul de l'impôt (art. 57 al. 1 aLTVA; cf. art. 46 aOTVA). Il doit également tenir ses livres comptables de manière à ce que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent être constatés aisément et de manière sûre (art. 58 al. 1 aLTVA; cf. art. 47 al. 1 aOTVA).
Aux termes de l'art. 60 aLTVA (cf. aussi art. 48 aOTVA), "si les documents comptables font défaut ou s'ils sont incomplets, ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale des contributions procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une estimation". Il convient en effet d'éviter que les cas où le contribuable se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants, voire inexistants, ne se soldent par une perte d'impôt (arrêt 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, in: RF 66/2011 p. 799).
Lorsqu'elle procède à une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, ce que prescrit l'art. 60 aLTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède "dans les limites de son pouvoir d'appréciation". Le contribuable qui a présenté une comptabilité non conforme aux exigences légales et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspondrait manifestement pas à la réalité doit supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêts 2C_59/2011 précité, consid. 3.2; 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3; 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2, in: RDAF 2008 II 20; Archives 77 p. 343; 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.2, in: Archives 76 p. 773; RF 61/2006 p. 819).
2.3 Lors de l'examen d'une taxation par estimation en matière de TVA, le contribuable peut uniquement faire valoir devant le Tribunal fédéral que les conditions d'une telle taxation n'étaient pas remplies ou qu'il y aurait abus du pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral n'annule pareille taxation que si des fautes ou des erreurs manifestes ont échappé à l'autorité inférieure et que celle-ci a procédé à une estimation manifestement erronée. Est manifestement erronée toute appréciation qui n'a pas pris en considération des points de vue essentiels ou les a interprétés de manière inexacte. Le Tribunal fédéral est donc lié par la taxation d'office lorsqu'elle repose sur une constatation des faits correcte et complète et sur une prise en considération objective de l'ensemble des circonstances déterminantes pour la taxation. A cet égard, les autorités compétentes disposent d'une certaine marge dans l'évaluation chiffrée du résultat de leur instruction (arrêts 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 1.3, in: RF 66/2011 p. 799; 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 1.4; 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 1.3, in: RDAF 2008 II 20; RF 63/2008 p. 289, et les arrêts et références cités).
3. Dans son recours, la société ne conteste pas les constats de l'Administration fédérale relatifs au caractère déficient de sa comptabilité au cours de la période fiscale considérée. Les conditions pour une taxation par estimation selon l'art. 60 aLTVA sont donc à l'évidence remplies, ce que ne remet pas en cause, à juste titre, la recourante. Celle-ci se plaint en revanche de la manière dont la taxation par estimation a été effectuée, affirmant que l'Administration fédérale aurait abusé de son pouvoir d'appréciation en modifiant, en cours de procédure, son mode d'évaluation. En partant du prix de revient des marchandises ressortant de la comptabilité de la recourante, l'Administration fédérale lui aurait en effet indiqué recourir tantôt à des chiffres d'expérience, tantôt utiliser ces derniers aux seules fins d'échantillonage ou de contrôle, de sorte à entretenir un doute quant aux calculs qui lui ont en définitive permis d'aboutir aux marges de bénéfice brut contestées.
3.1 Doctrine et jurisprudence identifient deux principaux groupes de méthodes de taxation par estimation, auxquelles l'Administration fédérale a recours: d'une part, les méthodes reconstructives, qui visent à compléter ou reconstituer une comptabilité déficiente; l'administration peut notamment, dans ce but, opérer une reprise d'impôt, présumer de l'exactitude d'une pièce justificative (par exemple, d'une liste d'offres de ventes ou de factures des achats de marchandises de revente de l'assujetti) ou encore établir le chiffre d'affaires pour une brève période, puis appliquer le résultat ainsi obtenu à une période plus longue (extrapolation). D'autre part, la méthode des chiffres d'expérience ou coefficients expérimentaux, qui consiste à "partir de résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité du contribuable, auxquels on ajoute des suppléments en pour cent, dictés par les chiffres d'expérience"; l'Administration fédérale obtient ces derniers, et peut ainsi définir la marge de bénéfice brut moyenne, en analysant les autres entreprises de la même branche, par le biais d'enquêtes statistiques menées lors des contrôles fondés sur l'art. 62 al. 2 aLTVA (cf., pour ces développements, PASCAL MOLLARD, TVA et taxation par estimation, in: Archives 69 p. 511 ss, 550 à 554, et les références citées; PASCAL MOLLARD/XAVIER OBERSON/ANNE TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Bâle 2009, p. 878 ss).
3.2 Il résulte des constats des premiers juges que l'Administration fédérale avait effectué une analyse en deux temps. Elle était d'abord partie du coût de revient d'achat des marchandises et avait pris en considération, comme critère d'estimation, les marges de bénéfice brut réalisées par la recourante avant la période fiscale litigieuse. C'est ainsi que l'intimée s'était, pour les années 2004 et 2005, fondée sur les marges de 57%, avant de retenir une marge de 56% pour les années 2006 et 2007, et de 52% pour l'année 2008. Forte des résultats de la méthode reconstructive employée (cf. consid. 3.1 supra), l'Administration fédérale les avait ensuite comparés avec les chiffres d'expérience à sa disposition pour les buvettes de piscine, pour vérifier que les marges retenues n'excédaient pas celles d'entreprises similaires. Par rapport aux marges découlant des chiffres d'expérience (soit 61,21% en moyenne, dans une fourchette se situant entre 55,45% et 70,89%), celles appliquées à la recourante (56% pour 2006 et 2007; 52% pour 2008) restaient même en-deçà du coefficient expérimental le plus bas. La marge inférieure à la moyenne expérimentale que l'Administration fédérale avait retenue en faveur de la recourante s'expliquait notamment par le souci de l'autorité de tenir compte des spécificités de l'assujettie (par exemple, charges liées à son activité), ainsi que de l'augmentation des prix d'achat.
3.3 L'approche reconstructive adoptée par l'Administration fédérale et confirmée par le Tribunal administratif fédéral, de même que sa comparaison, aux seules fins de contrôle, avec les chiffres d'expérience, ne prêtent pas le flanc à la critique.
3.3.1 Contrairement à ce que prétend la recourante, et compte tenu des éléments qui précèdent (cf. consid. 3.2 supra), la méthode appliquée par les autorités inférieures n'était nullement inintelligible ou arbitraire. Elle peut d'ailleurs passer pour d'autant plus fiable que l'Administration fédérale a, du constat des premiers juges, procédé à un double contrôle. Elle a, premièrement, opté pour la méthode reconstructive sur la base des éléments comptables qu'elle avait notamment recueillis par le passé, en s'efforçant ainsi de tenir compte de toutes les conditions particulières prévalant dans l'entreprise et de s'approcher le plus possible de la réalité commerciale, en s'appuyant sur les données considérées comme plausibles (cf. arrêt 2C_426/2007 précité, consid. 3.2). Secondement, l'Administration fédérale a vérifié le résultat ainsi obtenu au moyen des coefficients expérimentaux, de manière à s'assurer, dans l'intérêt de l'assujettie, que le résultat extrapolé n'excède pas la moyenne statistique.
3.3.2 En tant que la recourante se plaint du défaut de représentativité des chiffres d'expérience en matière de buvettes de piscines utilisés par l'Administration fédérale, elle perd de vue que, comme il ressort de l'arrêt querellé, l'autorité fiscale s'en est servie dans le seul but de vérifier que les montants qu'elle avait retenus en appliquant la méthode reconstructive se situaient approximativement dans la fourchette des marges retenues pour des entreprises similaires. Comme relevé par le Tribunal administratif fédéral, l'Administration fédérale avait d'ailleurs indiqué que l'échantillon relatif aux buvettes de piscines ne pouvait constituer un coefficient d'expérience suffisant en raison de sa taille trop petite. Dès lors que les chiffres expérimentaux relatifs à des entreprises déployant une activité économique comparable n'ont servi qu'à contrôler les résultats obtenus sur la base de la méthode reconstructive, l'on ne voit pas - et la recourante ne le démontre pas - en quoi cette façon de procéder aurait été arbitraire.
S'agissant des coefficients d'expérience des restaurants de quartier, il résulte de l'arrêt attaqué (consid. 6.3.1) que la recourante ne se les était pas vu appliquer par l'Administration fédérale, en raison de l'absence de comparaison possible. Les arguments contradictoires de la recourante à ce sujet tombent ainsi à faux.
3.3.3 La recourante s'en prend également à la méthode reconstructive qui a été appliquée par l'Administration fédérale et confirmée dans l'arrêt querellé. La prise en compte des marges de bénéfice antérieures à la constitution de l'exploitation de la buvette en une société à responsabilité limitée, en 2006, ne serait, selon elle, pas admissible, dès lors que ces marges auraient été réalisées dans des circonstances différentes. De plus, l'Administration fédérale n'aurait pas pris en considération que son activité était tributaire des conditions météorologiques et que l'Association B._ (ci-après: l'Association) avait, pour des motifs sociaux, imposé la pratique de tarifs contractuels modiques à la recourante, ce que tendrait à démontrer l'examen comparatif des prix auquel celle-ci avait procédé en 2011 et dont il résultait une marge bénéficiaire fortement réduite en sa faveur. En outre, la recourante reproche aux autorités précédentes de n'avoir tenu compte que partiellement de la hausse des prix de revient des marchandises pour l'année 2008, tandis que sa politique des prix n'avait pas changé. En écartant systématiquement les éléments et pièces que la recourante avait produits, l'Administration fédérale aurait ainsi disposé d'un blanc-seing, cautionné par l'arrêt entrepris, en matière de taxation par estimation.
Tel que l'ont à juste titre retenu les juges de première instance, l'autorité fiscale a, en procédant aux diverses extrapolations susmentionnées et en évaluant la marge de bénéfice brut de l'assujettie, dûment tenu compte des spécificités liées, notamment, à l'activité à l'air libre de la recourante, aux prix réduits pratiqués et à l'évolution défavorable des prix d'achat des marchandises, ces deux derniers éléments ayant été du reste expressément constatés dans le résultat du contrôle de l'Administration fédérale du 16 février 2010 (p. 2 ch. 3) et repris dans la notification d'estimation du 9 septembre 2010 (voir, au sujet de la prise en compte de facteurs spécifiques, l'arrêt 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3). Ainsi, le Tribunal administratif fédéral a constaté que l'Administration fédérale avait, à la suite de la détermination du prix de revient d'achat des marchandises vendues sur la base des informations disponibles, admis que ce montant représentait, pour 2006 et 2007, le 44% du chiffre d'affaires net, de sorte à aboutir à une marge de bénéfice brut de 56%. Il ressort également de l'arrêt attaqué, qui s'est fondé in extenso sur les explications détaillées de l'Administration fédérale que, pour tenir compte de l'augmentation des prix d'achat durant l'année 2008, cette dernière avait considéré que le montant des achats représentait le 48% du chiffre d'affaires net, ceci conduisant à une baisse du bénéfice brut de 4%. Or, le taux de ces marges se situait à la limite inférieure, voire en deçà des marges d'entreprises comparables, et était donc délibérément favorable à l'assujettie pour prendre en compte sa situation particulière.
Les considérations motivées et les calculs de l'intimée sont, comme il résulte de ce qui précède, partis d'éléments concrets recueillis dans la comptabilité lacunaire de l'assujettie, dans le but d'aboutir à une estimation aussi plausible et aussi proche que possible de la réalité commerciale de l'assujettie (cf., à ce titre, MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., p. 875 n. 263, et les références citées). La société se contente d'y opposer, dans son recours et dans sa réplique, les arguments déjà présentés précédemment au sujet des facteurs qui seraient responsables de sa situation particulière et leur prise en compte insuffisante, au regard du chiffre d'affaires fiscalement pertinent, par l'Administration fédérale et le Tribunal administratif fédéral. De même, la recourante n'a nullement motivé en quoi la situation fiscale de la buvette avant sa constitution en société à responsabilité limitée aurait été à tel point différente de celle prévalant durant la période fiscale litigieuse, que l'Administration fédérale et le Tribunal administratif fédéral ne pouvaient, sans commettre d'arbitraire, s'y référer. Partant, les arguments, en tant qu'ils ont été motivés, sont bien trop vagues pour permettre à la recourante de démontrer (s'agissant du fardeau de la preuve pesant sur l'assujettie, cf. notamment les arrêts 2C_429/2009 précité, consid. 3; 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 5.2, in: RF 64/2009 p. 35; 2A.437/2005 précité, consid. 4.3.2) que les autorités inférieures auraient commis de très importantes erreurs d'appréciation de sorte à ébranler l'estimation effectuée par l'Administration fédérale. Ceci est d'autant plus vrai que la recourante a dû elle-même concéder dans son recours (p. 14) que la différence entre les marges retenues par l'Administration fédérale et ses propres calculs serait "apparemment de peu d'importance".
3.4 Par conséquent, il appartient à la recourante de s'accommoder de l'imprécision ou de l'approximation qui résulte nécessairement d'une estimation fiscale, laquelle a elle-même été déclenchée à cause d'une tenue lacunaire de sa comptabilité (cf. MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., p. 876 n. 264).
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, en tant qu'il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Aucun dépens ne sera alloué (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 9 octobre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Chatton