Sachverhalt:
A. Der 1963 geborene S._ meldete sich am 21. November 2006 unter Hinweis auf ein Schleudertrauma und eine Depression bei der IV-Stelle Basel-Landschaft zum Leistungsbezug an und beantragte unter anderem eine Rente. Nach medizinischen Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidsverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 22. März 2011 einen Rentenanspruch des Versicherten.
B. Gegen diese Verfügung erhob S._ Beschwerde beim Kantonsgericht Basel-Landschaft. Mit Beschluss vom 27. Oktober 2011 holte das kantonale Gericht ein psychiatrisches Gerichtsgutachten bei Dr. med. H._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, ein (Gutachten vom 13. März 2012). In der Folge wies es die Beschwerde des Versicherten mit Entscheid vom 30. August 2012 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt S._, die Sache sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig stellt er ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
2. 2.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss Art. 8 Abs. 1 ATSG die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
2.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG Rechtsfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
2.3 Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG sind Noven im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig. Die Voraussetzungen, unter denen der vom Versicherten neu eingereichte Bericht des behandelnden Psychiaters Prof. Dr. med. B._ vom 6. November 2012 ausnahmsweise zulässig wäre, sind vorliegend nicht erfüllt, so dass dieser unbeachtet bleiben muss.
2.4 Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht gegen Bundesrecht verstossen hat, als es einen Rentenanspruch des Versicherten verneint hat.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere gestützt auf das Gerichtsgutachten der Dr. med. H._ vom 13. März 2012, für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdeführer aus medizinischer Sicht nicht in seiner Erwerbsfähigkeit eingeschränkt ist. Was der Versicherte gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Rechtsprechungsgemäss weicht ein Gericht bei Vorliegen eines Gerichtsgutachtens "nicht ohne zwingende Gründe" von den Einschätzungen des medizinischen Experten ab (BGE 135 V 465 E. 4.4 S. 469). Solche zwingende Gründe sind vorliegend nicht ersichtlich. Aus dem Umstand, dass Dr. med. H._ trotz Hinweise auf eine akzentuierte Persönlichkeit oder auf eine Persönlichkeitsstörung auf eine weitere Exploration dieser Störungen verzichtet hat, kann willkürfrei geschlossen werden, eine solche wäre nach Einschätzung der Gutachterin im vorliegenden Fall für die Frage der Erwerbsfähigkeit nicht relevant. Daran vermag auch das Schreiben des Prof. Dr. med. B._ vom 5. April 2012 nichts zu ändern, in welchem dieser dem Versicherten nach Vorliegen des Gerichtsgutachtens und im Unterschied zu früheren Stellungnahmen neu eine Persönlichkeitsstörung attestiert und daraus eine Arbeitsunfähigkeit ableitet.
3.2 Ist die Erwerbsfähigkeit des Versicherten nicht aus medizinischen Gründen eingeschränkt, so kann ein Anspruch auf eine Invalidenrente ohne weiteres verneint werden. Die Beschwerde des Versicherten ist somit abzuweisen.
4. Da die Beschwerde offensichtlich unbegründet ist, wird sie im Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG erledigt. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung im bundesgerichtlichen Verfahren ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdeführer sind demnach die Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. Dezember 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer