Faits:
A. Mme A.X._ est l'épouse de feu M. E.X._, décédé le 3 septembre 2009. B.X._ et C.X._ sont les enfants du défunt, issus d'une précédente union.
Par testament authentique du 3 décembre 2007, feu M. E.X._ a notamment exhérédé son épouse et a désigné D._ en qualité d'exécuteur testamentaire.
B. Par requête de conciliation du 15 janvier 2010, Mme A.X._ a ouvert action en matière successorale devant la Justice de paix du cercle de la Sarine à l'encontre des enfants du défunt et de D._.
B.a A la suite de l'échec de la conciliation, Mme A.X._ a déposé le 24 janvier 2011 auprès du Tribunal civil de la Sarine une demande en annulation du testament public du 3 décembre 2007, en révocation d'actes accomplis du vivant du défunt, en réduction et en rapport de libéralités faites entre vifs, ainsi qu'en partage de la succession.
Par réponses et demandes reconventionnelles des 10 et 28 juin 2011, les enfants du défunt ont conclu au rejet de la demande et à la fixation de la créance de la veuve au titre de part à la liquidation du régime matrimonial à hauteur de 27'305 fr. 05 et à la condamnation de celle-ci à restituer à la succession les actions de Y._ SA, ou, à défaut, à rembourser la valeur de 972'695 fr., dès lors que ces actions auraient été acquises par le défunt au moyen de ses biens propres six mois après le mariage, la veuve apparaissant en qualité d'acquéreur fiduciaire.
Le 30 juin 2011, l'exécuteur testamentaire D._ a également conclu au rejet de la demande et requis, à titre de mesures provisionnelles, à ce qu'il soit ordonné à la veuve de déposer immédiatement au greffe du Tribunal civil de la Sarine la totalité des actions de Y._ SA, jusqu'à droit connu quant à leur propriétaire, alléguant que ces actions seraient des biens propres du défunt, respectivement de sa succession, détenues à titre fiduciaire par la veuve.
B.b Par requête de mesures provisionnelles conservatoires du 6 juin 2012, B.X._ a demandé le séquestre des actions de Y._, jusqu'à droit connu dans la procédure au fond, et l'annotation au Registre foncier d'une restriction du droit d'aliéner l'immeuble propriété de cette société.
Par déterminations des 28 juin et 30 juillet 2012, C.X._ et D._ ont conclu à l'admission de cette requête, alors que la veuve a conclut, dans ses observations du 16 juillet 2012, à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet, des requêtes de mesures provisoires déposées par D._ et B.X._.
B.c Statuant le 18 octobre 2012, le Président du Tribunal civil de la Sarine a ordonné à l'épouse de déposer les actions de Y._ SA au tribunal, jusqu'à droit connu sur leur propriété, et fait annoté au Registre foncier une restriction du droit d'aliéner.
La veuve a formé appel contre cette décision.
B.d Par arrêt du 15 janvier 2013, la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a partiellement admis l'appel et réformé la décision du 18 octobre 2012 en ce sens qu'il a été ordonné à la veuve de déposer immédiatement au greffe du Tribunal civil de la Sarine toutes les actions de Y._ SA, jusqu'à droit connu sur la propriété de ces actions, sous menace de la peine prévue à l'art. 292 CP (ch. 1), toutes autres ou plus amples conclusions étant rejetées, en particulier l'annotation au Registre foncier d'une restriction du droit d'aliéner l'immeuble (ch. 2).
C. Par acte du 15 février 2013, Mme A.X._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à la réforme de l'arrêt du 15 janvier 2013 en ce sens que la requête de mesures provisionnelles de B.X._ est déclarée irrecevable, subsidiairement à ce que cette requête soit intégralement rejetée. Subsidiairement à ses conclusions réformatoires, la recourante conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité précédente.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le présent recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (art. 42 LTF), par une partie qui a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), contre une décision rendue sur recours par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une cause en matière successorale (art. 72 al. 1 LTF), de nature pécuniaire (arrêts 5A_763/2012 du 18 mars 2013 consid. 1.2; 5A_395/2010 du 22 octobre 2010 consid. 1.2.2), dont la valeur litigieuse excède manifestement le seuil de 30'000 fr. fixé par l'art. 74 al. 1 let. b LTF. Le recours en matière civile est en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2. L'arrêt entrepris, qui ordonne le séquestre de biens jusqu'à droit connu sur leur propriétaire, dans le contexte d'un litige successoral, est une décision portant sur une mesure de sûreté de nature provisionnelle au sens de l'art. 98 LTF (ATF 133 III 393 consid. 5 p. 396 et 585 consid. 3.3 p. 587), de telle sorte que seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine la violation de tels droits que s'ils ont été invoqués et motivés par la partie recourante ("principe d'allégation", art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88 et les arrêts cités); les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 p. 591 s. et les arrêts cités).
Lorsque la partie recourante entend se plaindre d'arbitraire (art. 9 Cst.), elle ne peut se borner à critiquer la décision attaquée comme elle le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours dispose d'une libre cognition; elle ne saurait se contenter d'opposer son opinion à celle de la juridiction précédente, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une application du droit manifestement insoutenable (ATF 134 II 349 consid. 3 p. 351 s.; 133 II 396 consid. 3.2 p. 400). Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 I 316 consid. 2.2.2 p. 318 s.; arrêt 5A_634/2011 du 16 janvier 2012 consid. 2.1.1 dont la publication est prévue). Pour qu'une telle décision soit annulée, il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les références citées).
3. Le recours a pour objet le prononcé, à titre provisionnel, d'un séquestre d'actions, jusqu'à droit connu sur la propriété de ces biens, dans le contexte d'un litige successoral.
L'autorité précédente a constaté, sur appel de la veuve, que le premier juge avait retenu comme manifeste l'admission de la requête de mesures provisionnelles, dans l'intérêt de toutes les parties à la procédure, afin de maintenir le statu quo jusqu'à ce que le juge du fond détermine la propriété des actions de Y._ SA. La Cour d'appel a reconnu que la motivation du premier juge n'était pas fouillée, mais a jugé la motivation suffisante pour comprendre que le Président a tenu pour vraisemblable l'existence d'une prétention successorale sur ces actions, sans pour autant exclure l'inexistence de cette prétention, ce que la veuve avait également été en mesure de comprendre puisqu'elle a contesté ces éléments dans le cadre de son appel. L'autorité précédente a ainsi rejeté le grief de violation du droit d'être entendu en raison d'une motivation insuffisante.
S'agissant du grief de la veuve selon lequel la requête est irrecevable, faute d'avoir été introduite par l'hoirie représentée par l'exécuteur testamentaire, la Cour d'appel a relevé que l'autre héritière et l'exécuteur testamentaire avaient adhéré à la requête présentée par un seul hoir, en sorte qu'ils avaient fait valoir ensemble leurs droits sur la succession. Quant à son argument selon lequel la succession de son défunt époux ne disposerait que d'une action personnelle contre une propriétaire en fiducie, autrement dit une prétention en restitution en valeur, l'autorité précédente l'a également rejeté, reconnaissant que l'existence d'un contrat de fiducie, rendu en l'occurrence plausible dans le cadre des mesures provisionnelles, n'exclut pas en soi une prétention en restitution des actions, outre la créance équivalent à la contre-valeur en argent. La cour cantonale a reconnu que le risque imminent d'une atteinte grave aux intérêts des hoirs n'était a priori pas vraisemblable, mais a relevé que le fait que la veuve, qui possède la totalité des actions Y._ SA et est administratrice unique de la société, dispose des pouvoirs nécessaires pour se départir de ces titres ou les mettre en gage, en sorte qu'elle est en mesure de causer un préjudice difficilement réparable aux héritiers de feu M. E.X._. L'autorité d'appel a en outre précisé que la mesure provisionnelle requise ne présentait aucun inconvénient à la veuve au niveau de l'exercice de ses droits d'actionnaires, dès lors qu'elle n'entendait ni céder les actions, ni déménager, en sorte que la pesée des intérêts justifiait le prononcé du séquestre des actions. La cour cantonale a encore estimé qu'il n'y avait pas eu de retard pour requérir la mesure provisionnelle, l'exécuteur testamentaire ayant formulé sa requête en juin 2011 et l'héritier B.X._ ayant rendu vraisemblable avoir auparavant déjà invité l'épouse de son défunt père à restituer ou consigner les actions.
Enfin, la cour cantonale a admis que l'annotation au Registre foncier d'une restriction du droit d'aliéner l'immeuble ne pouvait être ordonnée, les hoirs ne pouvant faire valoir aucun droit personnel ou réel sur l'immeuble appartenant à Y._ SA.
4. La recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue consacré à l'art. 29 al. 2 Cst., estimant que le juge première instance n'a pas examiné tous ses griefs, notamment ceux formulés dans sa réplique ou ses déterminations, relatifs aux conditions de l'art. 261 CPC, et reprochant à l'autorité précédente d'avoir nié la violation de dit droit, partant de l'avoir ainsi privée du droit à un double degré de juridiction.
4.1 Le droit à une décision motivée participant de la nature formelle du droit d'être entendu (ATF 104 Ia 201 consid. 5g p. 212 ss), sa violation conduit à l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 p. 285; arrêt 5A_791/2010 du 23 mars 2011 consid. 2.2), en sorte que ce grief doit être examiné en premier (ATF 137 I 195 consid. 2.1 p. 197; 124 I 49 consid. 1 p. 50) et avec une pleine cognition (ATF 121 I 54 consid. 2a p. 56 s.).
La jurisprudence a notamment déduit du droit d'être entendu le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse en saisir la portée, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause, et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 s. et les arrêts cités). Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'est pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties, mais peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 136 I 229 consid. 5.2 p. 236; 136 V 351 consid. 4.2 p. 355 et les références).
4.2 En tant que la recourante s'en prend aux prétendues lacunes d'examen et au raisonnement du premier juge plutôt qu'à la motivation de l'arrêt attaqué, son grief de violation de l'art. 29 al. 2 Cst. est irrecevable, dès lors qu'il n'est pas dirigé contre l'arrêt entrepris (art. 42 al. 1 LTF).
Pour le surplus, l'acte de recours démontre à l'évidence que la recourante a saisi la justification de la cour cantonale - qui a admis que le premier juge n'avait pas explicité les éléments justifiant le prononcé d'une mesure provisionnelle les tenant pour manifestement satisfaits -, dès lors qu'elle se plaint de ce que l'autorité précédente a estimé à tort comme suffisant l'examen du premier juge sur ce point, et qu'elle requiert un double degré de juridiction quant à l'examen des conditions de l'art. 261 CPC. La recourante étant en mesure d'attaquer le raisonnement de l'arrêt attaqué, la violation de son droit d'être entendue sous l'angle d'une motivation lacunaire doit être exclue.
En ce qui concerne enfin la violation du double degré de juridiction, l'on ne comprend pas à la lecture de sa critique en quoi son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) aurait été violé sous cet aspect, dès lors qu'elle a eu la possibilité de présenter ses moyens successivement à deux autorités cantonales, ce qu'elle ne conteste au demeurant pas. La recourante ne se réfère en outre à aucun autre droit fondamental qui pourrait être invoqué dans le cadre d'un recours soumis à l'art. 98 LTF (cf. supra consid. 2.1), à la lumière de la violation de la double instance. Il s'ensuit que sa critique relative au double degré de juridiction est irrecevable (art. 98 et 106 al. 1 et 2 LTF).
5. La recourante fait ensuite valoir que les hoirs devaient agir ensemble et considère que la cour cantonale a fait preuve d'arbitraire (art. 9 Cst.) en admettant que la confirmation de la cohéritière et de l'exécuteur testamentaire suffisent. Elle tient ainsi la requête de mesures provisionnelles pour irrecevable.
5.1 La qualité de l'intimé B.X._ pour requérir seul des mesures provisionnelles dans le cadre d'un litige relatif à une succession non partagée et administrée par un exécuteur testamentaire pose les questions de la qualité pour agir (ou légitimation active) et pour défendre (ou légitimation passive), ainsi que de la consorité nécessaire.
5.1.1 Il y a consorité matérielle nécessaire lorsque l'action est formatrice et tend à la suppression d'un rapport de droit qui touche plusieurs personnes (ATF 86 II 451 consid. 3 p. 455; 100 II 440 consid. 1 p. 441). Fait exception l'action (formatrice) en nullité du testament des art. 519 ss CC; le jugement rendu dans une telle procédure n'a d'effets qu'entre les parties au procès (ATF 81 II 33 consid. 3 p. 36 et les autres arrêts cités). Il y a également consorité matérielle nécessaire en vertu du droit fédéral lorsque plusieurs personnes sont ensemble titulaire (consorité active) ou le sujet passif (consorité passive) d'un seul droit, de sorte que chaque cotitulaire ne peut pas l'exercer seul ou être actionné seul en justice (ATF 118 II 168 consid. 2b p. 169/170). Si les consorts matériels nécessaires doivent agir ensemble ou être mis en cause ensemble et qu'un ou plusieurs membres de la communauté héréditaire déclarent autoriser l'un d'eux à agir ou déclarent formellement se soumettre par avance à l'issue du procès, ou encore reconnaissent d'emblée formellement la demande, leur participation au procès n'est pas nécessaire (ATF 116 Ib 447 consid. 2a p. 449; 86 II 451 consid. 3 p. 455).
5.1.2 Dans un procès qui l'oppose à des tiers au sujet des actifs de la succession, l'exécuteur testamentaire ne fait pas valoir son propre droit matériel (ATF 84 II 324 p. 325 ss, 81 II 22 consid. 7 p. 31); il résulte cependant de sa situation légale (art. 518 CC en relation avec l'art. 596 al. 1 CC) qu'il doit sauvegarder les droits successoraux en son propre nom. Dans les litiges judiciaires, l'exécuteur testamentaire peut ainsi conduire un procès en son propre nom et en tant que partie à la place de celui qui est, quant au fond, le sujet actif ou passif du droit contesté ( "Prozessführungsbefugnis ", " Prozessstandschaft ", legitimatio ad causam; ATF 116 II 131 consid. 3a p. 134 et les références, arrêt 5C.116/2003 du 5 février 2004 consid. 2.2.2). L'exécuteur testamentaire doit alors se référer à son habilitation légale, fondée sur l'existence d'un patrimoine spécial qu'il doit administrer (ATF 116 II 131 consid. 3a p. 134).
5.2 En l'occurrence, la requête tend à la consignation en main de la justice d'un objet prétendument dépendant de la succession jusqu'à la détermination de son propriétaire. Il s'agit d'une mesure de sûreté destinée à garantir la dévolution de l'hérédité, au sens de l'art. 551 al. 2 CC. Une telle mesure est de nature conservatoire uniquement, ne produisant aucun effet matériel, ni quant aux personnes qui succèdent, ni quant à la composition de la succession (STEINAUER, Le droit des successions, 2006, § 862 p. 423), ce qui exclu la situation de consorité active nécessaire propre aux actions formatrices. En l'espèce, il ressort de la procédure que la seconde membre de l'hoirie a de toute manière adhéré aux conclusions du requérant, en sorte qu'elle a été en mesure de s'exprimer et de faire valoir ses droits sur cette question, ce qu'elle a fait en autorisant formellement son frère à agir au nom de la communauté héréditaire.
Nonobstant son droit d'agir en son propre nom et en tant que partie à la place de l'hoirie, dans le cadre de l'administration qui lui a été confiée et pour sauvegarder les biens de la succession - droit dont il a au demeurant fait usage en juin 2011 - l'exécuteur testamentaire a également pu se prononcer et a adhéré aux conclusions du requérant, admettant que l'un des cohéritiers agisse directement. Il découle de ce qui précède que la requête de mesures provisionnelles déposée par B.X._ est recevable et que la cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire en le constatant.
6. La recourante s'en prend également à l'établissement des faits, en soulevant le grief d'arbitraire (art. 9 Cst.), dès lors qu'elle considère que la cour cantonale ne pouvait pas retenir, singulièrement sans que le requérant l'ait allégué, que "la fiducie est en réalité hautement invraisemblable en l'espèce". Elle se réfère a cet égard à la procédure de divorce entre elle-même et le défunt au cours de laquelle la question de la propriété en fiducie n'aurait pas été établie. Critiquant également l'appréciation des preuves, la recourante reproche à la Cour d'appel de s'être fondée sur des documents produits par le requérant dans le cadre de la procédure au fond et non à l'appui de sa requête de mesures provisionnelles. La recourante expose ensuite les conséquences qu'elle tire de l'éventuelle existence d'un contrat de fiducie et l'incidence qu'il aurait eu sur la décision attaquée.
6.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (art. 105 al. 1 LTF) et se montre réservé en ce qui concerne l'appréciation des preuves et la constatation des faits, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière à l'autorité cantonale (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 118 Ia 28 consid. 1b p. 30 ss). Cette retenue est d'autant plus grande dans le domaine des mesures provisionnelles, ordonnées à la suite d'une procédure sommaire, avec administration restreinte des moyens de preuve et limitation du degré de la preuve à la simple vraisemblance. Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'art. 98 LTF, les art. 95, 97 et 105 al. 2 LTF ne s'appliquent pas directement (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398; 133 III 585 consid. 4.1 p. 588 s.), en sorte que le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre que celles-ci sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst., conformément au "principe d'allégation" (cf. supra consid. 2; ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252; arrêt 5A_338/2010 du 4 octobre 2010 consid. 3.2).
6.2 En l'occurrence, la recourante se limite à présenter sa propre version et l'oppose à l'appréciation et aux constatations de l'autorité précédente sans indiquer en quoi le raisonnement des juges précédents est arbitraire. S'agissant en particulier des pièces qui auraient été mal appréciées ou méconnues par la cour cantonale, elle se borne à indiquer que les juges ne pouvaient pas se baser sur les pièces de la procédure principale dans le cadre de laquelle les mesures provisionnelles ont été requises, sans exposer en quoi ce procédé serait arbitraire, tout en se référant à des pièces de la procédure de divorce qui l'a opposée au défunt, sans que l'on sache si ces pièces ont été produites dans le cadre du litige successoral, ce que la recourante ne prétend au demeurant pas. Dans de telles circonstances, le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'appréciation des preuves relatif à la constatation qu'un contrat de fiducie portant sur les actions de Y._ SA n'est pas exclu, est irrecevable.
7. Enfin, la recourante estime que l'autorité précédente a appliqué de manière arbitraire l'art. 261 CPC et ses éléments constitutifs, soutenant que la requête de mesures provisionnelles est tardive, en sorte que, en l'admettant, la cour cantonale a aboutit à un résultat arbitraire qui "revient à permettre à tout un chacun d'obtenir en tout temps, par pure chicane, des mesures intrusives sans avoir à justifier du temps écoulé". La recourante estime que l'autorité cantonale a arbitrairement retenu qu'elle avait été invitée par l'héritier requérant à restituer ou consigner les actions. Elle soutient que, dans la pesée des intérêts qui doit être opérée, la balance "doit nécessairement pencher en faveur d'une situation qui perdure depuis de nombreuses années", un autre résultat, tel que celui de la Cour d'appel heurtant le principe de proportionnalité.
A nouveau, la recourante expose sa propre appréciation de l'éventuelle mise en péril des biens dont la propriété est litigieuse et sa propre pesée des intérêts en présence, sans démontrer le caractère insoutenable des considérations de l'autorité cantonale. Or, pour démontrer la violation de ses droits constitutionnels, en particulier l'arbitraire (cf. supra consid. 2), elle ne peut se borner à critiquer la décision attaquée de manière appellatoire. Le grief d'application arbitraire de l'art. 261 CPC est donc irrecevable.
8. Vu ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à déposer une réponse (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal du canton de Fribourg et aux autres participants à la procédure.
Lausanne, le 23 mai 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Carlin