Sachverhalt:
A. X._ befindet sich seit dem 31. August 2009 in Untersuchungshaft. Es wird ihm vorgeworfen, am Samstag, 29. August 2009, um circa 03.00 Uhr, vor der A._-Bar am Limmatquai ... in 8001 Zürich, dem Geschädigten B._ im Anschluss an einen verbalen Streit mit einem Messer eine insgesamt 20 cm lange und über eine Strecke von rund 4 cm eine circa 0,5 mm tiefe Schnittwunde am Hals zugefügt zu haben. Der Tatverdacht stützt sich insbesondere auf die Aussagen des Geschädigten sowie diverser Zeugen.
Mit Verfügung vom 27. November 2009 verlängerte der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich die Untersuchungshaft bis zum 27. Februar 2010 wegen Kollusionsgefahr.
X._ erhob gegen die Haftverlängerungsverfügung vom 27. November 2009 Beschwerde in Strafsachen. Mit Urteil vom 21. Dezember 2009 (1B_356/2009) hiess das Bundesgericht die Beschwerde wegen Verletzung der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör fliessenden Begründungspflicht gut und wies die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurück. Das Haftentlassungsgesuch wies es ab.
Mit Verfügung vom 30. Dezember 2009 entschied die Haftrichterin des Bezirksgerichts Zürich unter Nachholung der Begründungspflicht, dass die Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr bis zum 27. Februar 2010 fortgesetzt werde.
B. Gegen die Haftverfügung vom 30. Dezember 2009 hat X._ erneut Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt deren Aufhebung und die unverzügliche Entlassung aus der Untersuchungshaft.
C. Die Haftrichterin und der zuständige Staatsanwalt der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich haben auf Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hat nicht repliziert.
Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. 2.1 Die verfassungsrechtlichen und strafprozessualen Voraussetzungen zur Anordnung und Fortsetzung von Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr sind im angefochtenen Urteil (E. 6-7.1) zutreffend dargestellt. Darauf wird verwiesen.
2.2 Die Haftrichterin begründet die Kollusionsgefahr als Erstes mit der Schwere der Straftat und der Höhe der zu erwartenden Strafe, was den Beschwerdeführer dazu verleiten könnte, die Zeugen zu seinen Gunsten zu beeinflussen. Die Gefahr einer Beeinflussung müsse - gerade bei der Schwere des Tatvorwurfs und der allenfalls in Aussicht stehenden Strafe - unter allen Umständen unterbunden werden.
Der Beschwerdeführer könne sich nicht mehr an das Zufügen der Schnittverletzung erinnern. Auch zu seiner Stimmung im Tatzeitpunkt mache er lediglich unbestimmte Aussagen. Es werde von entscheidender Bedeutung sein, wie der Geschädigte und die übrigen Beteiligten die Situation, den Ablauf, die Stimmung und das genaue Vorgehen des Beschwerdeführers schildern.
Eine besondere Gefahr der Zeugenbeeinflussung sei auch deshalb gegeben, weil der Zeuge C._ beim Beschwerdeführer angestellt sei und die Zeuginnen D._ und E._ mit diesem bekannt seien. Alle drei Zeugen hätten zuungunsten des Beschwerdeführers ausgesagt, dieser sei anlässlich des Geschehens der vorgeworfenen Tat sehr aggressiv gewesen.
Dass der Beschwerdeführer den Zeugenaussagen nicht widersprochen habe, wie dies die Verteidigung geltend mache, könne den Akten nicht entnommen werden. Der Beschwerdeführer habe dazu nämlich gar keine Stellung genommen.
2.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Zeugenbefragungen durch die Untersuchungsbehörden seien abgeschlossen. Bereits in der Stellungnahme vom 26. November 2009 wie auch in der Beschwerde vom 2. Dezember 2009 habe sein Verteidiger ausgeführt, dass der Verzicht auf eine Stellungnahme als Bestätigung der Zeugenaussagen aufzufassen sei. Der Beschwerdeführer reichte dem Bundesgericht zur Klärung dieses Punktes eine handschriftlich verfasste, persönliche Bestätigung ein, wonach er die Zeugenaussagen anerkenne.
2.4 In Anbetracht dessen, dass nicht bloss der Verteidiger, sondern der Beschwerdeführer persönlich den Verzicht auf eine Stellungnahme als Anerkennung der Richtigkeit der belastenden Zeugenaussagen anerkennt, kann eine Verdunkelungsgefahr ausgeschlossen werden.
Weiter ergibt sich aus den Akten, dass die beiden Zeuginnen zwar angaben, den Beschwerdeführer zu kennen, diese Bekanntschaft aber nur vom Besuch der vom Beschwerdeführer betriebenen Bar her besteht. Auch dieser Umstand lässt die Gefahr, dass es dem Beschwerdeführer gelingen könnte, die beiden Zeuginnen zu seinen Gunsten zu beeinflussen, als wenig wahrscheinlich erscheinen. Jedenfalls gaben die Zueginnen nicht an, mit dem Beschwerdeführer befreundet zu sein.
Schliesslich ist zu berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer vorstrafenfrei ist, was sich auf die Höhe der zu erwartenden Strafe zu seinen Gunsten auswirken wird.
Aufgrund der geschilderten Sachlage hält die Anordnung der Fortsetzung der Untersuchungshaft im jetzigen Verfahrenszeitpunkt - die Zeugenbefragung durch die Strafuntersuchungsbehörden ist wie gesagt abgeschlossen und es steht lediglich die Einholung eines psychiatrischen Gutachtens aus - vor der Verfassung nicht stand. Die Beschwerde erweist sich damit als begründet.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen, die angefochtene Verfügung aufzuheben und der Beschwerdeführer aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Ausgangsgemäss werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und die angefochtene Verfügung der Haftrichterin des Bezirksgerichts Zürich vom 30. Dezember 2009 aufgehoben.
2. Der Beschwerdeführer ist sofort aus der Untersuchungshaft zu entlassen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder