Fatti:
A. A.a C.A._ e B._, gestori di aziende agricole, sono comproprietari del fondo xxx RFD di X._. Su questo, in prevalenza prativo, è costruita una stalla. Il 14 maggio 2004 C.A._ ha segnalato alla Sezione dell'agricoltura della Divisione dell'economia del Cantone Ticino che dal 1° gennaio 2004 suo nipote A.A._ faceva parte della gestione dell'azienda e il 12 maggio 2005 ha comunicato la cessione della sua azienda a quest'ultimo. Il 26 giugno 2007 la menzionata autorità ha indicato, in risposta alla relativa domanda di C.A._, che il fitto annuo massimo per il fondo in discussione ammonta a fr. 42.-- per il prato e a fr. 4'959.-- per l'edificio.
Nella primavera del 2008 A.A._, a cui veniva segnatamente rimproverata l'impossibilità di "trovare un affitto equo" e il comportamento nei confronti di B._, è stato più volte invitato a lasciare il predetto fondo: C.A._ e B._ gli hanno in particolare notificato il 30 aprile 2008 su modulo ufficiale la disdetta per "i locali commerciali 1⁄2 stalla" con effetto dal 1° giugno 2008.
A.b Il 22 settembre 2008 i proprietari del predetto fondo hanno incoato innanzi al Pretore del distretto di Vallemaggia una procedura di sfratto nei confronti di A.A._, che è stata sospesa in seguito all'inoltro dell'azione 14 ottobre 2008 con cui quest'ultimo ha in particolare postulato "di dichiarare nulla e inefficace la disdetta del contratto di affitto stipulato fra le parti e di dichiarare la durata del medesimo fino all'11 novembre 2014". Con sentenza 23 marzo 2011 il Pretore ha respinto la petizione "e ha accertato che il 'rapporto locativo' è terminato il 30 novembre 2008".
B. La II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto, in quanto ricevibile, un appello di A.A._ con sentenza 30 gennaio 2012. Accertata l'applicabilità del Codice di diritto processuale civile svizzero (RS 272; CPC), ha ritenuto irricevibili i nuovi documenti prodotti dall'insorgente con l'appello, perché non ha reputato adempiuti i presupposti dell'art. 317 cpv. 1 lett. b di tale legge. La Corte cantonale ha poi indicato, citando la DTF 119 II 347, che l'ammontare del corrispettivo è un elemento essenziale del contratto di affitto e ha quindi considerato che, nell'eventualità in cui le parti si siano solo accordate sul principio dell'onerosità, non è venuto in essere un affitto agricolo. Per questo motivo ha ritenuto ininfluenti ai fini del giudizio le allegazioni con cui l'appellante pretendeva che le parti avessero convenuto un uso del fondo dietro pagamento e ha considerato che, come già stabilito dal Pretore, nella fattispecie è stato stipulato un comodato a cui non è applicabile la legge federale del 4 ottobre 1985 sull'affitto agricolo (RS 221.213.2; LAAgr).
C. Con ricorso in materia civile e ricorso sussidiario in materia costituzionale del 2 marzo 2012 A.A._ postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, l'annullamento della sentenza di appello e, in via principale, l'accoglimento della sua petizione. In via subordinata domanda il rinvio degli atti alla Corte cantonale o al Pretore. Ritiene che nella fattispecie il ricorso in materia civile sia ammissibile, poiché la controversia riguarda una questione di diritto di importanza fondamentale. Lamenta un accertamento manifestamente inesatto dei fatti, perché la Corte cantonale - omettendo di confrontarsi con i suoi argomenti - non ha riconosciuto che le parti hanno stipulato un contratto a titolo oneroso. Contesta poi che il contratto in discussione possa costituire un comodato, atteso che quest'ultimo dev'essere gratuito, e ritiene che in ogni caso il negozio giuridico va, in applicazione dell'art. 1 cpv. 2 LAAgr, sottoposto a tale legge. Sostiene infine che si tratterebbe di una procedura in cui vige il principio inquisitorio e che la Corte cantonale avrebbe violato il suo diritto di essere sentito e sarebbe incorsa in un eccesso di formalismo per aver ritenuto irricevibili i documenti prodotti con l'appello.
La Presidente della I Corte di diritto civile ha accordato effetto sospensivo all'impugnativa con decreto del 30 marzo 2012.
Con risposta 20 aprile 2012 C.A._ e B._ propongono la reiezione del ricorso. Ritengono la LAAgr inapplicabile alla fattispecie perché la metà del fondo in questione utilizzata dal ricorrente non raggiunge la superficie minima richiesta dall'art. 2 cpv. 1 lett. b di tale legge. Affermano inoltre che lo scopo dell'operazione era quello di trasmettere l'azienda al nipote, il cui comportamento irrispettoso avrebbe in ogni caso giustificato una disdetta - per altro regolarmente notificata per raccomandata e non contestata tempestivamente dal destinatario - in virtù dell'art. 17 cpv. 1 LAAgr.
Le parti hanno spontaneamente proceduto a un secondo scambio di scritti.
Diritto:
1. 1.1 La sentenza impugnata è stata emanata su ricorso dal tribunale di ultima istanza del Cantone Ticino in una causa civile. Nella fattispecie è pacifico che il valore litigioso non raggiunge la soglia di fr. 30'000.-- prevista dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF per l'inoltro di un ricorso in materia civile. Il ricorrente ritiene tuttavia ammissibile tale rimedio perché il litigio concernerebbe una questione di diritto di importanza fondamentale nel senso dell'art. 74 cpv. 2 lett. a LTF, "ovvero quella di sapere se il principio secondo cui l'ammontare della pigione è un elemento essenziale del contratto di fitto agricolo tale da escludere l'applicazione della Legge sull'affitto agricolo".
Ora con il quesito appena esposto, il ricorrente parte dal presupposto che le parti abbiano effettivamente concluso un contratto a titolo oneroso in cui esse hanno unicamente tralasciato di fissare il corrispettivo dovuto per la concessione del fondo. Sennonché nella sentenza impugnata non vi sono accertamenti in tal senso e lo stesso ricorrente lamenta che la Corte cantonale ha omesso di esaminare le sue allegazioni sull'onerosità del contratto. Per tale motivo, ricordato che il Tribunale federale basa la sua sentenza sull'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 e art. 118 cpv. 1 LTF), il quesito che dev'essere in concreto risolto prima di quello succitato attiene - in base alla stessa argomentazione ricorsuale - alla predetta omissione e può unicamente portare, in caso di accoglimento del ricorso, al rinvio della causa all'autorità cantonale per nuova decisione. Esso non costituisce però una questione di diritto di importanza fondamentale, atteso che non si tratta di decidere una questione di diritto che dà luogo a un'incertezza che richiede in maniera impellente un chiarimento da parte del Tribunale federale quale autorità giudiziaria suprema incaricata di assicurare un'interpretazione uniforme del diritto federale (DTF 137 III 580 consid. 1.1). Ne segue che il ricorso in materia civile si rivela inammissibile.
2. Giusta l'art. 116 LTF con un ricorso sussidiario in materia costituzionale può unicamente essere censurata la violazione di diritti costituzionali. Il Tribunale federale esamina la violazione di questi diritti soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF a cui rinvia l'art. 117 LTF). Ciò significa che il ricorrente deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che modo sarebbero stati violati i suoi diritti costituzionali (DTF 135 III 232 consid. 1.2, con rinvii).
2.1 La Corte cantonale ha negato, rifacendosi alla giurisprudenza in materia di contratto di locazione (DTF 119 II 347), che nella fattispecie sia sorto un affitto agricolo, perché le parti non si sono accordate sull'ammontare del corrispettivo. Essa ha escluso che il versamento effettuato con valuta 30 dicembre 2008 possa dimostrare la conclusione a partire da tale data di un contratto di affitto sia perché da una lettera del 2 gennaio 2009 emerge che lo stesso appellante era conscio che tale pagamento non equivaleva alla stipulazione di un contratto, sia perché i convenuti non lo hanno affatto accettato senza riserve, atteso che poco dopo hanno domandato la riattivazione della procedura con l'assegnazione del termine per la risposta nella quale hanno poi anche chiesto l'accertamento della validità della disdetta.
2.2 Il ricorrente afferma invece che le parti hanno concluso un affitto agricolo perché, sebbene non si siano subito accordate sul fitto, esse lo hanno convenuto a posteriori per atti concludenti. Sostiene che il contratto di affitto sarebbe sorto al più tardi con l'accettazione del pagamento di fr. 2'500.-- del 30 dicembre 2008.
2.3 In concreto la critica ricorsuale si rivela di natura meramente appellatoria e non soddisfa così le predette esigenze di motivazione, il ricorrente limitandosi in sostanza a ripresentare una propria versione della fattispecie, del tutto inidonea a far apparire arbitraria (v. per la definizione di arbitrio il consid. 3.3 qui sotto) la sentenza impugnata laddove questa indica che nel caso in esame le parti non hanno stipulato un contratto di affitto agricolo.
3. 3.1 L'art. 1 cpv. 2 LAAgr prevede che tale legge si applica altresì ai negozi giuridici che perseguono lo stesso scopo dell'affitto agricolo e che, se non le fossero sottoposti, renderebbero vana la protezione. La Corte d'appello ha escluso l'applicabilità di tale norma alla fattispecie, perché ha ritenuto che le parti abbiano concluso un contratto di comodato, il quale - come indicato dal Pretore con riferimento al Messaggio del Consiglio federale - non rientra nel campo di applicazione della predetta legge. I Giudici cantonali hanno considerato, in ragione della mancata conclusione di un contratto di affitto, irrilevanti ai fini del giudizio le allegazioni dell'appellante sull'esistenza di un accordo delle parti sul principio dell'onerosità del rapporto contrattuale.
3.2 Il ricorrente asserisce di aver stipulato un contratto a titolo oneroso e sostiene che la Corte cantonale ha violato il divieto dell'arbitrio perché ha ritenuto, come prima il Pretore, che le parti avessero concluso un comodato e quindi un contratto con cui il comodante si obbliga a concedere al comodatario l'uso gratuito della cosa. Lamenta pure che i giudici d'appello non si sono in alcun modo chinati sulle sue argomentazioni attinenti all'onerosità del contratto.
3.3 Una decisione è arbitraria nel senso dell'art. 9 Cost., se è manifestamente insostenibile, perché contraddice in modo manifesto la situazione di fatto, viola in modo palese una norma o un principio giuridico indiscusso o è in urto palese con il senso di giustizia ed equità (DTF 138 V 74 consid. 7; 136 III 552 consid. 4.2, con rinvii). Commette poi un diniego di giustizia formale proibito dagli art. 29 e 30 Cost., l'autorità di ricorso che non tratta una censura il cui esame rientra nella sua competenza, motivata in modo sufficiente e pertinente per l'esito del litigio (cfr. con riferimento al vecchio art. 4 Cost. DTF 113 Ib 376 consid. 6b; sentenza 4P.227/1999 del 6 dicembre 1999 consid. 4b).
Giusta l'art. 305 CO il comodato è un contratto per cui il comodante si obbliga a concedere al comodatario l'uso gratuito di una cosa, e questi a restituirgli la cosa stessa dopo l'uso. La gratuità del contratto è, come giustamente rilevato dal ricorrente, una sua condizione costitutiva (BOVET/RICHA, Commentaire Romand, Code des obligations I, 2a ed. 2012, n. 9 ad art. 305 CO; SCHÄRER/MAURENBRECHER, Commento basilese, Obligationenrecht I, 5a ed. 2011, n. 2 ad art. 305 CO). Per tale motivo risulta lesivo delle summenzionate garanzie costituzionali ritenere che il negozio giuridico stipulato nella fattispecie sia un comodato senza però accertare se, nonostante le contestazioni concernenti l'esistenza di tale requisito, le parti abbiano pattuito una concessione gratuita del fondo. Il mancato accordo sull'ammontare del fitto non può supplire all'assenza di una constatazione sulla gratuità. Il ricorso va quindi accolto, la sentenza impugnata annullata affinché l'autorità cantonale completi gli accertamenti di fatto su questo punto vagliando le allegazioni del qui ricorrente e una volta determinato il negozio giuridico concluso dalle parti esamini se esso va sottoposto alla LAAgr in virtù dell'art. 1 cpv. 2 e in caso di risposta affermativa quali sarebbero le conseguenze di tale circostanza nella presente vertenza. Giova a questo proposito osservare che l'applicazione di tale legge non può essere esclusa, come invece sostenuto dagli opponenti, per le dimensioni del fondo: l'eccezione all'applicabilità di tale legge prevista dall'art. 2 cpv. 1 lett. b LAAgr vale - come già emerge dal tenore letterale della norma - unicamente per i fondi non edificati, mentre su quello in discussione sorge una stalla.
4. Con riferimento all'esame che dovrà essere fatto dalla Corte cantonale, è opportuno rilevare che nella procedura di appello la ricevibilità di nuovi documenti è, contrariamente a quanto sostiene il ricorrente, esclusivamente retta dall'art. 317 cpv. 1 CPC e ciò anche nelle procedure in cui è applicabile l'art. 247 cpv. 2 CPC, che impone al giudice di accertare d'ufficio i fatti (sentenza 4A_228/2012 del 28 agosto 2012 consid. 2, destinata alla pubblicazione). Nel ricorso in esame il ricorrente non formula poi alcuna censura che faccia apparire lesiva dei suoi diritti costituzionali l'applicazione dell'art. 317 cpv. 1 CPC in concreto già effettuata dalla Corte cantonale, non bastando a tal fine asseverare di non essere rappresentato da un legale e rimproverare per questo motivo all'ultima istanza cantonale di essere incorsa in un formalismo eccessivo e in una violazione del suo diritto di essere sentito per non aver ritenuto ammissibile la produzione di una serie di documenti in appello. La Corte cantonale dovrà quindi unicamente basarsi sui documenti regolarmente prodotti innanzi al Pretore.
5. Da quanto precede discende che il ricorso sussidiario in materia costituzionale va accolto, la sentenza impugnata annullata e la causa rinviata all'autorità cantonale per nuova decisione nel senso dei considerandi. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), mentre non si giustifica assegnare ripetibili al ricorrente: questi non è patrocinato da un avvocato e non sussistono quelle particolari condizioni, per altro nemmeno invocate, che giustificherebbero nondimeno l'assegnazione di un'indennità (DTF 135 III 127 consid. 4; 125 II 518 consid. 5b).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile è inammissibile.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è accolto, la decisione impugnata è annullata e la causa è rinviata all'autorità cantonale per nuova decisione nel senso dei considerandi.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico degli opponenti.
4. Comunicazione alle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.