Fatti:
A. L'8 settembre 1999 è stato dichiarato il fallimento della A._AG di Lachen. Fra gli attivi della fallita risultavano anche 16 appartamenti (unità di proprietà per piani) siti ad Ascona. Il 23 settembre 1999 l'Ufficio fallimenti di March ha quindi incaricato l'Ufficio di esecuzione e fallimenti (UEF) di Locarno di procedere all'inventario, alla stima e all'amministrazione di tali proprietà immobiliari. L'8 gennaio 2001 una banca creditrice della fallita ha ceduto i propri crediti a B._ e C._ e l'11 giugno 2001 l'UEF ha affidato l'amministrazione dei predetti appartamenti all'Immobiliare e fiduciaria B._. Nel luglio 2001 l'azionista e già amministratore unico della debitrice ha concluso una convenzione con B._ e C._, la quale prevedeva segnatamente la cessione dei predetti crediti vantati verso la fallita e l'impegno di acquistare i summenzionati appartamenti entro una settimana dalla revoca del fallimento. Il fallimento è stato revocato il 23 aprile 2002 e 4 giorni dopo la A._AG ha venduto le 16 unità di proprietà per piani a B._ e C._.
B. Il 28 luglio 2003 la A._AG ha convenuto in giudizio la Repubblica e Cantone Ticino, chiedendo il risarcimento del danno di fr. 96'362.15 che avrebbe subito durante la procedura di fallimento, perché un funzionario dell'UEF ha autorizzato, su richiesta di B._, l'esecuzione di interventi per fr. 100'000.-- concernenti lavori di manutenzione degli appartamenti poi acquistati da quest'ultimo e da C._. Il 16 marzo 2007 il Pretore del distretto di Bellinzona ha respinto l'azione: egli ha in via principale accolto l'eccezione di prescrizione sollevata dalla convenuta e in via abbondanziale non ha ritenuto provato il verificarsi di un danno.
C. Con sentenza 20 maggio 2008, la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto in quanto ricevibile un rimedio della A._AG. La Corte cantonale ha lasciato aperta la questione della prescrizione, ma ha ritenuto che non risultava che il funzionario dell'UEF o il suo ausiliario B._ avessero commesso un atto illecito, abusando od eccedendo nel loro potere di apprezzamento. I Giudici cantonali hanno altresì considerato che la nomina, quale amministratrice del condominio, della Fiduciaria B._ era, vista la posizione del suo titolare, per certi versi inopportuna, ma che ciò non basta per riconoscere che sia stato commesso un atto illecito. Essi hanno infine a titolo del tutto abbondanziale neppure ritenuto provata l'esistenza di un danno.
D. Con ricorso in materia civile del 20 giugno 2008 la A._AG chiede al Tribunale federale di annullare la sentenza di appello e di condannare la Repubblica e Cantone Ticino al pagamento di fr. 96'362.15, oltre interessi. La ricorrente nega che la sua pretesa sia prescritta. Essa afferma di aver provato il danno, che risulterebbe in modo evidente "da una semplice analisi delle risultanze probatorie", e sostiene che il comportamento - ingannevole - del funzionario dell'UEF e dell'amministratore dell'immobile costituiva senz'altro un atto illecito.
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Diritto:
1. Le sentenze concernenti la responsabilità di un Cantone in virtù dell'art. 5 cpv. 1 LEF soggiacciono al ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF). Atteso che il valore di lite è palesemente superiore a fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. b LTF), il tempestivo ricorso (art. 100 cpv. 1 LTF), diretto contro una sentenza emanata dall'ultima istanza cantonale (art. 75 cpv. 1 LTF), si rivela in linea di principio ammissibile.
2. 2.1 Il Tribunale federale fonda la propria sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). L'accertamento dei fatti può essere censurato unicamente se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF oppure in maniera manifestamente inesatta (art. 97 cpv. 1 LTF); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio vigente sotto l'egida dell'abrogata legge sull'organizzazione giudiziaria (art. 90 cpv. 1 lett. b OG; DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta una violazione del diritto (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39). Poiché il divieto d'arbitrio rientra fra i diritti fondamentali, la censura relativa ad una sua violazione va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (art. 106 cpv. 2 LTF; in proposito, v. consid. 2.3 infra). Inoltre, la censura di arbitrio nell'accertamento dei fatti è ammissibile unicamente qualora l'eliminazione del vizio possa essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 LTF), ciò che il ricorrente deve puntualmente allegare e dimostrare.
2.2 Con ricorso in materia civile il ricorrente può far valere la violazione del diritto svizzero rispettivamente estero ai sensi degli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Non è limitato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dalla motivazione dell'istanza inferiore. Può pertanto accogliere il gravame per un motivo diverso da quelli invocati, ma pure respingerlo con una motivazione diversa da quella adottata nella decisione impugnata (DTF 130 III 136 consid. 1.4 in fine, 297 consid. 3.1). In considerazione delle esigenze di motivazione esposte all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (DTF 134 II 244 consid. 2.1), il Tribunale federale esamina tuttavia di principio unicamente le censure sollevate; non è tenuto, come lo è invece un'autorità di prima istanza, ad esaminare tutte le questioni giuridiche possibili, se queste non gli vengono (più) riproposte (DTF 133 II 249 consid. 1.4.1, 545 consid. 2.2).
2.3 In applicazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF, il Tribunale federale esamina la pretesa violazione di diritti fondamentali soltanto se tale censura è stata espressamente invocata e motivata dal ricorrente. Come già sotto l'egida dell'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, le cui esigenze restano determinanti per le censure sottoposte al principio dell'allegazione secondo l'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.1; 133 III 638 consid. 2 pag. 639), il ricorrente che lamenta una violazione del divieto d'arbitrio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale (DTF 133 III 585 consid. 4.1 pag. 589; 130 I 258 consid. 1.3 pag. 262), bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione precisa, che la decisione impugnata si fonda su un'applicazione della legge od un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (DTF 134 II 349 consid. 3; 133 III 638 consid. 2 pag. 639; 133 IV 286 consid. 1.4). Non basta, in particolare, che il ricorrente affermi l'arbitrarietà della decisione impugnata adducendo considerazioni generiche (DTF 133 III 589 consid. 2 pag. 591 seg.; 125 I 492 consid. 1b). Il mancato rispetto di queste esigenze di motivazione conduce all'inammissibilità della censura (DTF 133 III 589 consid. 2 pag. 591 seg.).
3. Giusta l'art. 5 cpv. 1 LEF, il Cantone è responsabile del danno cagionato illecitamente segnatamente dai funzionari, dagli impiegati e dai loro ausiliari nell'adempimento dei compiti loro assegnati dalla presente legge. Un atto di un'autorità è illecito se è avvenuto in violazione dell'ordinamento legale (AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8a ed. 2008, § 5 n. 14). Come tutti i presupposti che reggono la corresponsione di un'indennità sulla base della citata norma, l'esistenza di un atto illecito dev'essere provata dal danneggiato.
4. 4.1 Nella decisione attaccata la Corte cantonale ha in sostanza accertato sulla base dei documenti e delle deposizioni agli atti che l'amministratrice dell'immobile - che aveva premesso di essere dovuta intervenire in seguito a problemi con le tubazioni delle acque luride - aveva poi chiesto l'autorizzazione all'UEF di eseguire lavori preventivati in fr. 151'705.--, di cui fr. 82'371.08 per lavori interni (pittura, pavimenti, cucine) e fr. 55'543.20 per lavori esterni (risanamento gronde e balconi), e che il giurista dell'UEF che si occupava della pratica, constatato il cattivo stato di manutenzione degli appartamenti, ha autorizzato i lavori affinché questi potessero essere locati in modo permanente e non solo per brevi periodi di vacanza. I Giudici cantonali hanno altresì indicato che nella sua deposizione il tecnico indipendente incaricato della locazione degli appartamenti ha confermato l'esistenza di uno stato precario e che i lavori erano necessari per procedere a delle locazioni più lunghe.
4.2 Nel caso in esame nemmeno la ricorrente contesta - a giusta ragione - che fra gli obblighi dell'UEF vi fosse anche quello di effettuare gli interventi necessari al mantenimento - anche del valore - dell'immobile. Essa afferma invece di essere stata ingannata sui lavori che venivano effettuati, che non concernevano, come le sarebbe stato indicato, il risanamento delle tubazioni, ma riguardavano invece interventi nei singoli appartamenti il cui costo ammontava per le 16 unità di proprietà per piani acquistate da B._ e C._ a fr. 96'362.15. Sostiene che tali interventi non sarebbero stati necessari per la locazione degli appartamenti, atteso che gli stessi sarebbero stati in precedenza senza problemi affittati quali abitazioni di vacanza: i lavori effettuati sarebbero invece stati parte di un'operazione orchestrata al fine di investire poco prima della revoca del fallimento un ingente importo negli appartamenti che l'amministratrice dello stabile sapeva di poter presto acquistare. La ricorrente afferma pure che il documento da cui risultavano gli interventi nell'immobile non era mai stato mostrato né al suo azionista, né al suo patrocinatore.
4.3 Con la propria critica la ricorrente, che peraltro nemmeno esplicitamente pretende che le constatazioni dei giudici cantonali fossero arbitrarie, si limita a presentare una propria versione dei fatti, rispettivamente a contestare in maniera del tutto appellatoria gli accertamenti contenuti nella sentenza impugnata: un tale modo di procedere si rivela insufficiente dal profilo delle esigenze di motivazione poste dalla LTF (supra, consid. 2.3). Per soddisfare tali esigenze di motivazione non basta, ad esempio, semplicemente affermare - come invece fatto dalla ricorrente - che dal profilo degli introiti i lavori effettuati sarebbero stati del tutto inutili, senza nemmeno indicare quali sarebbero state le entrate conseguite locando gli appartamenti a dei vacanzieri, per poi paragonarle a quelle risultanti da una loro locazione permanente.
Si può inoltre osservare che la ricorrente non spiega, né si capisce, perché gli interventi dell'UEF avrebbero unicamente potuto concernere parti comuni e non anche singoli appartamenti. Infine, essa nemmeno pretende che nella lettera, scritta dal suo patrocinatore dopo l'incontro avuto all'UEF e in cui è stata ritirata la precedente opposizione all'intenzione di destinare fr. 100'000.-- a interventi nell'immobile, sarebbe stato specificato che l'assenso dato si riferirebbe unicamente al ripristino di tubazioni. Sarebbe invece stata quella l'occasione per riassumere con chiarezza quanto discusso durante il predetto incontro e formulare eventuali obiezioni a interventi ritenuti inutili, al fine di impedire il verificarsi di un eventuale danno.
5. Poiché la sentenza impugnata non viola il diritto negando che in concreto vi sia stato un atto illecito, non occorre esaminare se gli altri presupposti previsti dall'art. 5 cpv. 1 LEF sarebbero invece adempiuti. Giova infine rilevare che l'amministratrice dello stabile era stata nominata prima della conclusione della convenzione che prevedeva la vendita dei 16 appartamenti; la del tutto inopportuna commistione di ruoli era poi nota a tutti i protagonisti del presente contenzioso, che non avevano espresso lamentele, e non ha in quanto tale causato alcun danno.
6. Da quanto precede discende che il ricorso si fonda su un'inammissibile critica degli accertamenti di fatto effettuati dalla Corte cantonale. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), mentre non occorre assegnare ripetibili all'opponente, che non dovendosi determinare sul ricorso non è incorsa in spese.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.