Sachverhalt:
A. Das Gerichtspräsidium des Bezirksgerichts Bremgarten sprach X._ mit Urteil vom 24. November 2008 schuldig des Führens eines Motorfahrzeugs in fahrunfähigem Zustand (qualifizierte Blutalkoholkonzentration) gemäss Art. 91 Abs. 1 Satz 2 in Verbindung mit Art. 55 Abs. 6 SVG. Es verurteilte ihn zu einer bedingt vollziehbaren Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu Fr. 480.-- bei einer Probezeit von drei Jahren und zu einer Busse von Fr. 8'000.-- (Ersatzfreiheitsstrafe 17 Tage).
B. Auf Berufung von X._ hin bestätigte das Obergericht des Kantons Aargau am 26. März 2009 die Verurteilung im Schuldpunkt, hiess das Rechtsmittel des Betroffenen im Strafpunkt teilweise gut, reduzierte die ausgefällte Busse von Fr. 8'000.-- auf Fr. 4'000.-- und legte die Ersatzfreiheitsstrafe für den Fall der Nichtbezahlung der Busse auf neun Tage fest. Im Übrigen wies es die Berufung ab.
C. X._ wendet sich mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils und seine Freisprechung von Schuld und Strafe. Eventuell sei die Sache hierfür an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer sei am 20. Februar 2008 um 00.50 Uhr als Lenker eines Personenwagens von einer Patrouille der Mobilen Einsatzpolizei (MEPO) in Wohlen angehalten und kontrolliert worden. Er sei vom Restaurant Salmen bis zum Kirchplatz gefahren, was eine Strecke von rund 500 m ausmache. Bei der Kontrolle habe er Anzeichen von Trunkenheit gezeigt. Die Atemalkoholprobe habe 0.88 Promille ergeben. Um 01.45 Uhr sei ihm im Kantonsspital Baden zwecks Bestimmung der Blutalkoholkonzentration Blut abgenommen worden. Die Analyse durch das Institut für Rechtsmedizin der Universität Bern habe einen Mittelwert von 1.91 bei einem Vertrauensbereich von minimal 1.81 und maximal 2.01 Gewichtspromille ergeben. Weil der Beschwerdeführer folglich im Zeitpunkt der Fahrt, also kurz vor 00.50 Uhr, eine Alkoholmenge im Körper gehabt habe, die im Zeitpunkt der Blutentnahme zu einer qualifizierten Blutalkoholkonzentration von minimal 1.81 Gewichtspromille geführt habe, sei er im Tatzeitpunkt im Sinne von Art. 91 Abs. 1 Satz 2 SVG i.V.m. Art. 56 SVG i.V.m. Art. 1 Abs. 1 und 2 der Verordnung der Bundesversammlung über Blutalkoholgrenzwerte im Strassenverkehr nicht fahrfähig gewesen.
2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Behauptete Mängel in der Sachverhaltsfeststellung prüft es nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und substantiiert begründet wird (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 IV 286 E. 1).
3. Nach dem Dafürhalten des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz den Sachverhalt aktenwidrig und willkürlich festgestellt. Davon kann indessen keine Rede sein. Die in der Beschwerde erhobene Kritik ist über weite Teile rein appellatorischer Natur. Dies ist etwa der Fall, wenn der Beschwerdeführer ausführt, wie die Resorption des Alkohols erfolgte und welchen Alkoholgehalt er zur Fahrt- bzw. Tatzeit folglich im Blut hatte. Im Übrigen gehen die Ausführungen des Beschwerdeführers an der Sache vorbei. So trifft es nicht zu, dass die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid aktenwidrig annimmt, er habe anerkannt, um 00.50 Uhr mit 0.88 Promille Alkoholgehalt im Blut gefahren zu sein. Nicht anders verhält es sich mit dem Vorwurf, die Vorinstanz lege ihrem Entscheid entgegen der Aktenlage in unhaltbarer Weise zugrunde, dass er um 01.07 Uhr eine zweite Atemalkoholprobe mit einer Blutalkoholkonzentration von 0.97 Promille abgegeben habe. Mit seiner Kritik verliert sich der Beschwerdeführer in Nebensächlichkeiten und Unterstellungen, die - selbst wenn sie zuträfen - den angefochtenen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht nicht in einem willkürlichen Licht erscheinen liessen, zumal sie für die konkrete Fallbeurteilung in keiner Weise entscheidwesentlich sind. Denn es kommt - was der Beschwerdeführer wie bereits im kantonalen Verfahren offensichtlich zu verkennen scheint - vorliegend nicht darauf an, welche Art und Menge an Alkoholika er über welche Zeitspannen konsumierte, zu welchem Zeitpunkt er das Restaurant verliess, wie lange er für die Strecke zum Kirchplatz benötigte, wann genau die Atemalkoholproben stattfanden und welche Ergebnisse sie zeitigten, wie die Resorption von statten ging und wie das Ergebnis der rückgerechneten Blutalkoholkonzentration lautet. Massgeblich ist vielmehr, dass er - was vor Bundesgericht unangefochten blieb - um 00.50 Uhr von der Polizeipatrouille angehalten wurde, er zwischen der Anhaltung respektive schon zwanzig Minuten davor und der Blutentnahme keinen Alkohol mehr trank und diese Entnahme eine Blutalkoholkonzentration von minimal 1.81 Gewichtspromille ergab.
4. Ebenfalls ohne Erfolg rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 91 Abs. 1 SVG. Wie die Vorinstanz unter Verweis auf BGE 108 IV 107 und Art. 1 Abs. 1 und 2 der Verordnung der Bundesversammlung über Blutalkoholgrenzwerte im Strassenverkehr einlässlich ausführt, liegt Fahrunfähigkeit im Sinne der genannten Strafbestimmung des SVG entgegen der in der Beschwerde geäusserten Meinung bereits vor, wenn die einen bestimmten Grenzwert überschreitende Alkoholmenge, die nach der Blutalkoholkonzentration bemessen wird, im massgebenden Zeitpunkt konsumiert, also im Körper vorhanden, aber möglicherweise noch nicht ins Blut gelangt ist. Auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz kann in Anwendung von Art. 109 Abs. 3 BGG vollumfänglich verwiesen werden (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 8 f.). Diesen ist nichts beizufügen.
5. Die Beschwerde ist damit abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten ist. Die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill