Erwägungen:
1. Mit Urteil A-1525/2006 vom 28. Januar 2008 bestätigte das Bundesverwaltungsgericht die Ermessenstaxation der Eidgenössischen Steuerverwaltung betreffend den von X._ im Zeitraum 1995 - 2000 erzielten Umsatz und wies dessen Beschwerde in Bezug auf diesen Streitpunkt ab. Gleichzeitig hiess es die Beschwerde von X._ in einem anderen Punkt gut und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zur neuen Beurteilung an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück; dieser Streitpunkt betraf die Frage von Steuerbefreiungen aus dem Export von Uhren. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hiess danach am 21. Juli 2008 die Einsprache von X._ gestützt auf die Erwägungen des Bundesverwaltungsgerichts teilweise gut; sie stellte fest, dass dieser ihr noch Fr. 164'358.-- an Mehrwertsteuern schulde.
Am 15. September 2008 gelangte X._ mit Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht. Er stellte das Begehren, der ermessensweise veranlagte Steuerbetrag sei von Fr. 262'136.-- um insgesamt Fr. 49'275.-- auf Fr. 212'861.-- zu reduzieren, womit die von ihm noch zu bezahlende Steuer noch Fr. 115'083.-- betrage.
Das Bundesverwaltungsgericht hielt mit Urteil vom 6. Januar 2009 fest, dass X._ mit seinen Vorbringen allein die Ermessenseinschätzung der Eidgenössischen Steuerverwaltung für die Jahre 1999 und 2000 zum Streitgegenstand gemacht habe; diesbezüglich sei mit dem unangefochten gebliebenen Urteil vom 28. Januar 2008 rechtskräftig entschieden worden, und darauf könne nicht mehr zurückgekommen werden; Streitgegenstand des neuen Einspracheentscheids der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 21. Juli 2008 seien nur noch die (korrekten) Ausfuhrdeklarationen und die entsprechenden Steuerbefreiungen gewesen, wogegen X._ nichts vorbringe. Soweit die Eingabe von X._ vom 15. September 2008 als Beschwerde zu betrachten sei, trat das Bundesverwaltungsgericht daher darauf nicht ein. Soweit die Eingabe als Revisionsgesuch zu betrachten sei, trat es darauf ebenfalls nicht ein; es erachtete dieses als unzulässig, weil mit den Vorbringen keine nachträglich erfahrenen Tatsachen oder aufgefundenen Beweismittel geltend gemacht würden, die - bei gehöriger Sorgfalt - nicht schon im früheren Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht (bzw. spätestens mit einer Beschwerde gegen dessen Urteil vom 28. Januar 2008) hätten geltend gemacht werden können (Art. 123 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 45 VGG). Zusätzlich hielt das Bundesverwaltungsgericht fest, dass das Revisionsgesuch abzuweisen wäre, wenn es zulässig wäre.
2. Rechtsschriften haben die Begehren und deren Begründung zu enthalten, wobei in der Begründung in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Die Begründung muss sachbezogen sein; bei der Anfechtung eines Nichteintretensentscheids muss sich der Beschwerdeführer mit den von der Vorinstanz angeführten Nichteintretensgründen befassen. Fehlt es an einer entsprechenden Beschwerdebegründung, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (vgl. Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
Beim angefochtenen Urteil vom 6. Januar 2009 handelt es sich um einen Nichteintretensentscheid. Der Beschwerdeführer begnügt sich damit, auf Mängel des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 28. Januar 2008 hinzuweisen. Diese Vorbringen betreffen nicht die allein Gegenstand der vorliegenden Beschwerde darstellende verfahrensrechtliche Frage, ob das Bundesverwaltungsgericht auf die Eingabe vom 15. September 2008 - unter dem Titel Beschwerde oder Revisionsgesuch - hätte eintreten müssen. (Einzig) in Ziff. 4 seiner Beschwerdebegründung geht der Beschwerdeführer sachbezogen auf eine Erwägung des Bundesverwaltungsgerichts ein. Dabei handelt es sich indessen um eine Erwägung, die das Bundesverwaltungsgericht im Sinne eines obiter dictum angestellt hat, um ihm aufzuzeigen, dass sein Revisionsgesuch keinen Erfolg gehabt hätte, wenn es zulässig gewesen wäre.
Auf die Beschwerde ist mangels hinreichender Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller