Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 16. Oktober 2006 beauftragte die IV-Stelle des Kantons Zürich die Ausgleichskasse für das schweizerische Bankgewerbe eine Viertelsrente von Dezember 2003 bis März 2004 und eine ganze Rente ab April 2004, befristet bis Juli 2004, zu verfügen. Am 18. November 2010 forderte die IV-Stelle zu viel bezahlte Leistungen im Betrage von Fr. 24'708.- zurück, da die ursprünglichen Leistungsverfügungen versehentlich unbefristet blieben. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
Mit Schreiben vom 7. Februar 2011 liess S._ um Erlass der Rückforderung ersuchen, da sie diese in gutem Glauben bezogen habe und eine Rückforderung für sie eine grosse Härte bedeute. Mit Verfügung vom 6. April 2011 lehnte die nunmehr zuständige IV-Stelle des Kantons Aargau das Gesuch ab, da die Voraussetzung des guten Glaubens nicht erfüllt sei.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 3. April 2012 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, der vorinstanzliche Entscheid und die ihr zugrunde liegende Verfügung seien aufzuheben, eventuell sei der Schutz des guten Glaubens zu bestätigen und die Sache zur Prüfung der Frage der grossen Härte an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. Die Rückerstattungsverfügung vom 18. November 2010 ist nicht angefochten worden und daher in Rechtskraft erwachsen. Nicht mehr Streitgegenstand bildet daher die Frage des Rückforderungsanspruchs. Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, dieser Anspruch sei verwirkt, ist darauf nicht einzutreten.
3. 3.1 Wie das kantonale Gericht zutreffend dargelegt hat, sind unrechtmässig bezogene Leistungen gemäss Art. 25 Abs. 1 ATSG zurückzuerstatten (Satz 1); wer Leistungen in gutem Glauben empfangen hat, muss sie nicht zurückerstatten, wenn eine grosse Härte vorliegt (Satz 2). Die nach Gesetz und Rechtsprechung bei der Prüfung der Erlassvoraussetzung der Gutgläubigkeit eines Leistungsbezügers im Sinne von Art. 25 Abs. 1 Satz 2 ATSG zu beachtenden Grundsätze sind im angefochtenen Entscheid richtig dargelegt worden. Darauf wird verwiesen.
3.2 Nach der Rechtsprechung ist bei der Frage nach der Gutgläubigkeit beim Leistungsbezug hinsichtlich der Überprüfungsbefugnis des Gerichts zu unterscheiden zwischen dem guten Glauben als fehlendem Unrechtsbewusstsein und der Frage, ob sich jemand unter den gegebenen Umständen auf den guten Glauben berufen kann oder ob er bei zumutbarer Aufmerksamkeit den bestehenden Rechtsmangel hätte erkennen sollen. Die Frage nach dem Unrechtsbewusstsein gehört zum inneren Tatbestand und wird daher als Tatfrage von der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich beurteilt. Demgegenüber gilt die Frage nach der gebotenen Aufmerksamkeit als frei überprüfbare Rechtsfrage, soweit es darum geht, festzustellen, ob sich jemand angesichts der jeweiligen tatsächlichen Verhältnisse auf den guten Glauben berufen kann (BGE 122 V 221 E. 3 S. 223).
4. 4.1 Die Vorinstanz hat den guten Glauben der Beschwerdeführerin im Wesentlichen gestützt auf die Tatsache, dass ihr nach Erhalt der Verfügungen vom 6. Februar 2008 ohne Zweifel bewusst war, dass sie über den 8. Juli 2004 hinaus keinen Anspruch auf Rentenleistungen mehr hatte, verneint. Dies habe sich unter anderem darin gezeigt, dass sie von sich aus auf die fehlerhafte Auszahlung hingewiesen hatte.
4.2 Das Vorliegen des Unrechtsbewusstseins der Versicherten hat das kantonale Gericht in für das Bundesgericht verbindlicher Weise bejaht. In der Beschwerde wird sodann nichts vorgebracht, was die Bundesrechtswidrigkeit des vorinstanzlich unter Berücksichtigung der tatsächlichen Verhältnisse angewandten Sorgfaltsmassstabes und der daraus gezogenen Schlussfolgerungen zu begründen vermöchte (Art. 95 BGG; zur Einstufung als Rechtsfrage: BGE 122 V 221 E. 3 S. 223; SVR 2007 EL Nr. 8 S. 19 E. 2.2, 8C_1/2007). Soweit die Beschwerdeführerin die verspätete Geltendmachung der Rückforderung anführt, ist darauf - wie in Erwägung 2 dargelegt - nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführerin war sich sofort nach Erhalt der der Anspruchsverfügung (sog. Verfügungsteil 2) der IV-Stelle widersprechenden Leistungsverfügung der Ausgleichskasse bewusst, dass Letztere auf einem Versehen beruhte. Bereits in der gegen die Verfügung gerichteten Beschwerde vom 10. März 2010 beantragte sie unter anderem "es sei festzustellen, dass sie lediglich im Umfang der ihr direkt von der Ausgleichskasse ausgerichteten Zahlung rückerstattungspflichtig werde". Damit erübrigen sich weitere Ausführungen zum Vorliegen des guten Glaubens bei der Entgegennahme der Zahlungen. Verwaltung und Vorinstanz haben ihn zu Recht verneint und damit den Erlass ausgeschlossen.
5. Da die Beschwerde offensichtlich unbegründet ist, wird sie im Verfahren nach Art. 109 BGG, d.h. ohne Durchführung eines Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung, erledigt.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Beschwerdeführerin hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. Oktober 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer