Faits:
A. M._, né le 26 avril 1958, titulaire d'un certificat d'aptitude agricole, est arrivé en Suisse en 1986, où il a travaillé en qualité d'aide-jardinier.
En 2000, l'assuré s'est mis à son compte en qualité de jardinier paysagiste, en exploitant l'entreprise «M._» en raison individuelle. Le 25 août 2004, il a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité, en requérant l'octroi d'une rente. Il indiquait qu'il avait dû engager un ouvrier pour le remplacer, qu'il s'occupait tant bien que mal de la partie administrative et qu'il n'avait jamais été à l'arrêt de travail à 100 % du fait de son obstination à se maintenir en activité.
Dans un rapport du 29 novembre 2004, le docteur O._, spécialiste FMH en médecine interne et rhumatologie, a posé les diagnostics de cervicalgies chroniques - canal cervical rétréci de C3 à C7 - et discopathies étagées avec hernie discale surtout C6-C7 à droite, de douleurs chroniques de l'épaule droite - conflit sous-acromial et arthrose acromio-claviculaire - et de lombalgies. Le patient avait présenté en qualité de jardinier indépendant une incapacité de travail de 50 % du 21 octobre 2002 au 3 avril 2003, de 80 % du 4 avril 2003 au 4 janvier 2004 et de 50 % dès le 5 janvier 2004, d'une durée indéterminée. Dans un rapport du 30 mai 2005, le professeur H._, médecin-chef du Service de chirurgie orthopédique et traumatologie de l'appareil moteur des Hôpitaux Universitaires X._ a posé le diagnostic ayant des répercussions sur la capacité de travail de rupture de la coiffe des rotateurs lombalgies, cervicalgies. M._ avait subi une intervention le 12 avril 2005 pour une rupture du sus-épineux transfixiante de l'épaule droite et était à l'arrêt de travail à 100 %. Il y avait une répercussion importante de l'atteinte à la santé sur l'activité exercée jusque-là, en ce sens qu'il ne pouvait plus exercer le travail de jardinier, où la diminution de rendement était de 100 %. Aucune autre activité n'était exigible de sa part "actuellement", en raison de la rééducation. Il était difficile de se déterminer sur la capacité de travail raisonnablement exigible dans une autre profession.
Le docteur O._, après avoir consigné ses conclusions dans un rapport intermédiaire du 25 août 2005, a précisé dans un document du 21 octobre 2005 qu'"actuellement", la capacité de travail du patient restait nulle, même dans une activité professionnelle «adaptée».
L'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève a confié une expertise médicale au docteur G._, spécialiste FMH en rhumatologie et médecine interne et spécialiste en médecine du sport. Dans un rapport du 21 avril 2006, ce médecin a posé les diagnostics de cervico-brachialgies bilatérales et lombalgies chroniques, de troubles dégénératifs cervicaux sévères et hernie discale cervicale pluri-étagée de C3 à D1, de status après suture de la coiffe des rotateurs et acromioplastie de l'épaule droite le 12 avril 2005 et d'hypercholestérolémie. La capacité de travail de l'assuré était de 75 % dans une activité légère, excluant les travaux lourds, les ports de charge au-delà de 15 kg, les mouvements répétitifs de la nuque, les mouvements répétitifs et de force avec le membre supérieur droit, principalement au-dessus de l'horizontale, ceci en tenant compte de sa diminution de rendement. Dans un rapport d'examen SMR du 24 mai 2006, le docteur C._ a conclu à une capacité de travail exigible nulle dans l'activité habituelle et de 75 % dans une activité adaptée.
Le 13 novembre 2006, l'office AI a procédé à une enquête pour activité professionnelle indépendante. Dans un rapport daté du même jour, l'enquêtrice a relevé que depuis mars 2000, l'assuré exploitait l'entreprise «M._» en raison individuelle et qu'il travaillait seul en faisant appel à de la sous-traitance pour les travaux spécifiques (petits travaux de maçonnerie). Suite à l'atteinte à la santé, il avait fait appel à un jardinier dès 2003 car il ne pouvait plus assumer les travaux lourds. Dès 2005, il avait gardé uniquement ses mandats d'entretien avec les régies mais ne pouvant plus les assumer, il avait fait appel à de la sous-traitance. Depuis avril 2005, il n'effectuait plus aucun travail physique au sein de l'entreprise. Son épouse était salariée de l'entreprise depuis 2000 et percevait un revenu de 25'000 fr. environ par an pour un travail administratif à 50 %.
Suite à un rapport du docteur O._ du 18 janvier 2007 qui relevait que la souffrance du patient n'était pas seulement due à l'arthrose, mais également à des compressions nerveuses étagées, l'office AI a mis en oeuvre une nouvelle expertise médicale, qu'il a confiée à la doctoresse A._, spécialiste FMH en médecine interne-rhumatologie. Dans un rapport du 22 mars 2007, ce médecin a posé les diagnostics ayant une répercussion sur la capacité de travail de cervico-dorso-lombalgies sur spondylarthrose évolutive avec radiculopathies modérées (cervicales, membres supérieurs) sans myélopathie (M47.2) - sur troubles statiques, spondylodiscarthrose cervicale avec bloc vertébral congénital postérieur C2-C3, spondylodiscarthrose lombaire avec anomalie de transition lombo-sacrée et discrètes séquelles d'ostéodystrophie de croissance - et de status après acromioplastie droite et réinsertion du sus-épineux le 12 avril 2005 avec périarthropathie résiduelle (M75.0). Les atteintes rachidiennes et la fragilité de la coiffe des rotateurs des épaules empêchaient M._ d'exercer sa profession de jardinier paysagiste ainsi que toute activité professionnelle physiquement lourde. Dans une activité plus légère, semi-sédentaire, sans charges supérieures à 15 kg de manière répétée, sans nécessité de lever les bras au-dessus de l'horizontale, sans utilisation d'engins à vibrations, sans devoir être constamment exposé au froid ou à l'humidité, la capacité de travail au plan médico-théorique était entière.
Dans un avis médical SMR du 13 août 2007, confirmé le 25 septembre 2007 à la suite des renseignements communiqués par la doctoresse A._ dans un rapport complémentaire du 15 août 2007, la doctoresse U._ a relevé que l'expertise de ce médecin confirmait celle du docteur G._, qu'elle ne montrait pas d'évolution objective de l'état de santé, contrairement aux affirmations de l'assuré, et qu'elle ne retenait pas le diagnostic de fibromyalgie, aucun élément n'évoquant une pathologie psychiatrique invalidante, en l'absence de suivi spécialisé et de traitement médicamenteux psychotrope. Les conclusions de la doctoresse A._ ne différaient que très légèrement de celles du premier expert, en ce sens qu'elle n'admettait même pas de légère diminution de rendement dans une activité adaptée, sans apporter cependant d'argument nouveau pour justifier cette divergence. La doctoresse U._ admettait donc tout de même une diminution de rendement de 25 %, maintenant ainsi la position du SMR (cf. le rapport d'examen du 24 mai 2006).
Dans un préavis du 17 janvier 2008, l'office AI a informé l'assuré qu'il avait présenté une invalidité de 80 % du 21 octobre 2003 au 31 mars 2004, de 50 % du 1er avril 2004 au 30 juin 2005, de 100 % du 1er juillet au 30 novembre 2005 et de 42 % (compte tenu d'un revenu sans invalidité de 67'092 fr. et d'un revenu d'invalide de 38'649 fr. par année) dès le 1er décembre 2005. Le 13 février 2008, M._, produisant copie d'un rapport du 4 février 2008 et d'une lettre du 18 janvier 2007 (recte: 2008) du docteur O._ et d'un document du 7 février 2008 de la doctoresse J._, spécialiste FMH en allergologie et immunologie, a fait part à l'office AI de ses observations. La doctoresse J._ a consigné ses observations dans un rapport du 21 février 2008. Dans un rapport du 25 avril 2008, le docteur B._, spécialiste FMH ORL chirurgie cervico-faciale, a conclu qu'il n'y avait pas d'incapacité de travail sur le plan ORL. Dans un avis SMR du 6 mai 2008, la doctoresse N._ a relevé que les conclusions des médecins du SMR des 13 août et 25 septembre 2007 étaient toujours valables.
Par décisions du 6 juin 2008, l'office AI a alloué à M._ une rente entière d'invalidité du 1er octobre 2003 au 31 mars 2004, une demi-rente du 1er avril 2004 au 30 juin 2005, une rente entière du 1er juillet au 30 novembre 2005 et un quart de rente dès le 1er décembre 2005.
B. M._ a formé recours devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève contre les décisions lui octroyant une demi-rente d'invalidité du 1er avril 2004 au 30 juin 2005 et un quart de rente dès le 1er décembre 2005, en concluant, sous suite de dépens, à leur annulation et à l'octroi d'une rente entière d'invalidité du 1er avril 2004 au 30 juin 2005 et dès le 1er décembre 2005, cas échéant la cause étant renvoyée à l'office AI pour décision lui allouant une rente entière. Produisant un rapport du docteur O._ du 4 février 2008 et une lettre de la doctoresse T._ du 26 juin 2008, il requérait à titre subsidiaire la mise en oeuvre d'une expertise judiciaire et l'audition de ses médecins traitants. Il a produit une lettre du 20 juin 2008 du docteur S._, spécialiste FMH ORL et spécialiste des maladies allergiques.
Dans une communication du 24 février 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales a informé M._ qu'il avait décidé de réformer la décision attaquée à son détriment (reformatio in pejus), en raison de la prise en compte d'une capacité résiduelle de travail et des résultats issus de la comparaison des revenus avant et après invalidité. Par lettre du 4 mai 2009, M._ l'a avisé qu'il maintenait son recours, tout en sollicitant derechef une expertise judiciaire et l'audition de ses médecins traitants. Il produisait une attestation médicale du docteur O._ du 28 avril 2009 et une lettre de la doctoresse T._ du 20 avril 2009.
Par jugement du 2 juin 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales a annulé la décision du 6 juin 2008 en tant qu'elle octroyait à M._ un quart de rente dès le 1er décembre 2005 (ch. 2 du dispositif), l'a confirmée pour le surplus (ch. 3 du dispositif), a constaté que M._ n'avait pas droit à une rente d'invalidité dès le 1er décembre 2005 (ch. 4 du dispositif) et mis à sa charge un émolument de 200 fr. (ch. 5 du dispositif).
C. M._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant, sous suite de dépens, à son annulation, le Tribunal fédéral étant invité à dire et prononcer qu'il a droit à une rente entière d'invalidité du 1er avril 2004 au 30 juin 2005 et dès le 1er décembre 2005. A titre préjudiciel, il demande qu'une expertise judiciaire soit ordonnée aux fins de déterminer le taux de son invalidité pendant la période du 1er avril 2004 au 30 juin 2005 et dès le 1er décembre 2005 et requiert l'audition de témoins, cas échéant la cause étant renvoyée à la juridiction cantonale afin qu'elle procède à ces actes d'instruction. Il produit une lettre du 7 juillet 2009 du docteur I._, spécialiste FMH en médecine générale.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), que le Tribunal fédéral applique d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'étant ainsi limité ni par les arguments du recourant, ni par la motivation de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p.140). Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF). Il examine sur la base des griefs soulevés dans le recours si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (art. 95 let. a LTF) y compris une éventuelle constatation des faits manifestement inexacte ou en violation du droit (art. 97 al. 1, art. 105 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.2 Devant la Cour de céans, le recourant produit une lettre du docteur I._ du 7 juillet 2009 et requiert l'audition de ses médecins traitants en qualité de témoins.
Toutefois, le jugement attaqué du 2 juin 2009 ne justifie pas pour la première fois de soulever ces moyens et le recourant ne montre pas en quoi les conditions d'une exception à l'interdiction des faits ou moyens de preuve nouveaux selon l'art. 99 al. 1 LTF sont remplies (Ulrich Meyer, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Basler Kommentar zum BGG, Basel 2008, N. 44 à 47 ad Art. 99 BGG; Bernard Corboz, in: Commentaire de la LTF, Berne 2009, N. 19 ad Art. 99 LTF). Ces moyens ne sont dès lors pas admissibles.
2. Le litige porte sur le droit du recourant à une rente d'invalidité du 1er avril 2004 au 30 juin 2005 et dès le 1er décembre 2005, singulièrement sur l'incidence de son état de santé sur sa capacité de travail pendant la période du 5 janvier 2004 au 11 avril 2005 et à partir du 1er septembre 2005 et sur le taux d'invalidité fondant le droit à la prestation pendant la période du 1er avril 2004 au 30 juin 2005 et à partir du 1er décembre 2005.
2.1 Le jugement attaqué expose correctement les dispositions légales relatives aux notions d'incapacité de gain (art. 7 LPGA) et d'invalidité (art. 8 al. 1 LPGA), ainsi que les règles et principes jurisprudentiels sur la révision du droit à une rente d'invalidité (art. 17 al. 1 LPGA; ATF 130 V 343 consid. 3.5 p. 349 s.), applicables lorsque la décision de l'assurance-invalidité accordant une rente avec effet rétroactif prévoit en même temps la réduction ou la suppression de cette rente (ATF 131 V 164 consid. 2.2 p. 165, 125 V 413 consid. 2d p. 417 s. et les références). On peut ainsi y renvoyer.
On ajoutera qu'en cas de divergence d'opinion entre experts et médecins traitants, il n'est pas, de manière générale, nécessaire de mettre en oeuvre une nouvelle expertise. La valeur probante des rapports médicaux des uns et des autres doit bien plutôt s'apprécier au regard des critères jurisprudentiels (ATF 125 V 351 consid. 3a p. 352) qui permettent de leur reconnaître pleine valeur probante. A cet égard, il convient de rappeler qu'au vu de la divergence consacrée par la jurisprudence entre un mandat thérapeutique et un mandat d'expertise (ATF 124 I 170 consid. 4 p. 175; arrêt I 514/06 du 25 mai 2007 consid. 2.2.1, in SVR 2008 IV Nr. 15 p. 43), on ne saurait remettre en cause une expertise ordonnée par l'administration ou le juge et procéder à de nouvelles investigations du seul fait qu'un ou plusieurs médecins traitants ont une opinion contradictoire. Il n'en va différemment que si ces médecins traitants font état d'éléments objectivement vérifiables ayant été ignorés dans le cadre de l'expertise et qui sont suffisamment pertinents pour remettre en cause les conclusions de l'expert.
2.2 Les principes relatifs au pouvoir d'examen développés dans l'ATF 132 V 393 consid. 3 p. 397 s. (en relation avec l'art. 132 OJ dans sa version en vigueur du 1er juillet au 31 décembre 2006) continuent à s'appliquer pour distinguer les constatations de fait de l'autorité précédente (qui lient en principe le Tribunal fédéral) de l'application qu'elle fait du droit (question qui peut être examinée librement en instance fédérale). Conformément à ces principes, les constatations de l'autorité cantonale de recours sur l'atteinte à la santé, la capacité de travail de l'assuré et l'exigibilité - dans la mesure où elle dépend d'une évaluation de la personne concrète, de son état de santé et de ses capacités fonctionnelles - relèvent d'une question de fait et ne peuvent être contrôlées que sous un angle restreint (ATF 132 V 393 consid. 3.2 p. 398). Dans la mesure cependant où il en va de l'évaluation de l'exigibilité d'une activité professionnelle au regard de l'expérience de la vie, il s'agit d'une question de droit qui peut être examinée librement en instance fédérale. Ces principes s'appliquent également en ce qui concerne la question de savoir si la capacité de travail, respectivement l'incapacité de travail, de l'assuré s'est modifiée d'une manière déterminante sous l'angle de la révision au cours d'une certaine période (arrêts 9C_413/2008 du 14 novembre 2008 et 9C_270/2008 du 12 août 2008).
3. Les premiers juges ont relevé que les expertises des docteurs G._ et A._ des 21 avril 2006 et 22 mars 2007 étaient complètes et avaient pleine valeur probante et que les experts étaient arrivés à des conclusions très similaires, le premier admettant une capacité de travail de 75 % dans une activité professionnelle légère, excluant le port de charges au-delà de 15 kilos, les mouvements répétitifs de la nuque et les travaux de force répétitifs impliquant le membre supérieur droit au-dessus de l'horizontale, ceci pour tenir compte d'une diminution de rendement, et la seconde estimant la capacité de travail complète dans une activité adaptée, compte tenu des mêmes limitations. Ils ont fait leurs les conclusions des experts, lesquelles étaient motivées et convaincantes et confirmées par les médecins du SMR. Ainsi, le recourant présentait une capacité résiduelle de travail de 75 % dans les activités adaptées à ses limitations fonctionnelles. En effet, les appréciations des médecins traitants ne permettaient pas de mettre en doute les conclusions des deux experts. Les médecins ORL et allergologue indiquaient qu'il n'y avait pas de diminution de la capacité de travail par rapport à ces affections. Le docteur O._ relevait uniquement, suite aux expertises, qu'il était convaincu, sans aucune complaisance, qu'"actuellement" l'assuré était incapable de travailler dans quelque profession que ce soit et incapable de bénéficier d'une rééducation professionnelle, n'apportant par là aucune précision à même de remettre en cause les conclusions des experts. La doctoresse T._, généraliste et non rhumatologue, n'évoquait quant à elle pas non plus d'éléments nouveaux permettant de contrer les conclusions des experts, se bornant à mentionner qu'elle pensait que le patient ne simulait pas. A cet égard, la doctoresse A._ ne s'expliquait pas comment la musculature de celui-ci était conservée, alors qu'il soutenait qu'il restait toute la journée couché dans un état grabataire. Les deux experts avaient relevé en outre un manque complet de motivation pour une reprise de travail. Partant, il y avait lieu de considérer que le recourant présentait une capacité résiduelle de travail de 75 % dans une activité adaptée. Au vu des deux expertises probantes et motivées, l'audition des médecins traitants, qui s'étaient exprimés par écrit, se révélait inutile.
3.1 Le recourant reproche à la juridiction cantonale d'avoir écarté arbitrairement toutes les attestations médicales qu'il a produites au seul profit des expertises établies à la requête unilatérale de l'office AI, sans qu'il s'agisse d'expertises judiciaires.
On ne peut en aucune manière déduire de ce reproche d'ordre général que le recourant discute les motifs du jugement attaqué. Ses griefs contre le jugement cantonal, déjà formulés devant la juridiction inférieure, reprennent seulement, sans la démontrer, l'affirmation selon laquelle les médecins qu'il a consultés ont tous admis une invalidité totale et que seule une expertise judiciaire serait de nature à faire toute la lumière sur son cas. Le grief d'arbitraire n'est donc pas motivé de manière suffisante pour que le Tribunal fédéral puisse l'examiner (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 127 consid. 1.6 p. 130 et l'arrêt cité, 134 II 244 consid. 2.2 p. 246).
3.2 En ce qui concerne l'incidence de l'état de santé du recourant sur sa capacité de travail pendant la période litigieuse du 5 janvier 2004 au 11 avril 2005, l'office AI, se fondant sur le rapport d'examen SMR du docteur C._ du 24 mai 2006, a relevé dans son préavis du 17 janvier 2008 et dans les décisions du 6 juin 2008 que l'état de santé s'était amélioré dès le 5 janvier 2004 et que l'assuré avait présenté une capacité de travail de 50 % du 5 janvier 2004 au 11 avril 2005, jour ayant précédé l'intervention du 12 avril 2005. Ces faits sont corroborés par les conclusions du docteur G._ dans son rapport du 21 avril 2006 en ce qui concerne l'évolution de la capacité de travail durant cette période. Le recourant ne démontre pas que des éléments objectivement vérifiables et suffisamment pertinents auraient été ignorés par ce médecin dans le cadre de son expertise (supra, consid. 2.1).
En ce qui concerne l'incidence de son état de santé sur sa capacité de travail à partir du 1er septembre 2005, les premiers juges ont expliqué de manière convaincante les raisons qui les avaient amenés à retenir une capacité résiduelle de travail de 75 % dans une activité adaptée aux limitations fonctionnelles, à laquelle avait conclu le docteur G._ dans son expertise du 21 avril 2006. Relevant que dans son expertise du 22 mars 2007, la doctoresse A._ avait conclu à une capacité de travail complète dans une activité adaptée, ils ont confirmé le point de vue de l'office AI selon lequel le recourant présentait une capacité résiduelle de travail de 75 %, compte tenu d'une diminution de rendement en raison des limitations fonctionnelles. Sur le vu du rapport d'examen SMR du docteur C._ du 24 mai 2006 concluant à une capacité de travail exigible de 75 % dans une activité adaptée depuis le 1er septembre 2005, confirmé par l'avis médical SMR de la doctoresse U._ du 13 août 2007 qui admet une diminution de rendement de 25 %, il n'apparaît pas que les constatations de fait des premiers juges soient manifestement inexactes ou qu'elles aient été établies de manière contraire au droit. La juridiction cantonale n'a nullement violé les règles sur l'appréciation des preuves médicales en faisant siennes les conclusions, dûment motivées, des experts. Celles-ci suffisaient à statuer en pleine connaissance de cause, de sorte que les premiers juges pouvaient se dispenser d'administrer d'autres preuves (appréciation anticipée des preuves; ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157, 125 I 127 consid. 6c/cc p. 135). Les médecins traitants n'ont fait état d'aucun élément objectivement vérifiable qui aurait été ignoré dans le cadre des expertises et qui soit suffisamment pertinent pour remettre en cause les conclusions des experts (supra, consid. 2.1). Le recours est mal fondé de ce chef.
3.3 S'agissant de l'évaluation de l'invalidité en ce qui concerne la période du 1er avril 2004 au 30 juin 2005, l'office AI, se fondant sur une capacité de travail de 50 % dès le 5 janvier 2004, a retenu une invalidité de 50 % à partir du 1er avril 2004, dès lors que l'amélioration de la capacité de travail avait duré trois mois. Cela n'est pas discuté par le recourant. Le jugement attaqué, qui confirme l'octroi d'une demi-rente d'invalidité pour la période du 1er avril 2004 au 30 juin 2005, est conforme au droit fédéral (art. 28 al. 1 LAI, teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007). Le recours est mal fondé sur ce point.
3.4 En ce qui concerne l'évaluation de l'invalidité du recourant à partir du 1er décembre 2005 effectuée par les premiers juges sur la base de l'enquête suisse sur la structure des salaires (ESS), ceux-ci ont calculé le revenu sans invalidité en se fondant sur le salaire pour les hommes dans l'horticulture figurant dans le tableau TA1, niveau de qualification 3, et le revenu d'invalide sur la base du salaire pour les hommes dans des activités simples et répétitives figurant dans le tableau TA1, niveau de qualification 4, et compte tenu d'une capacité résiduelle de travail de 75 %. Il résultait ainsi de la comparaison des revenus une invalidité de 21,70 %, taux qui ne confère aucun droit à une rente d'invalidité, étant relevé que même si l'on se fondait dans le calcul du revenu sans invalidité sur le niveau de qualification 1 et 2 pour l'horticulture et que l'on calculait le revenu d'invalide en tenant compte, comme l'avait fait l'office AI, d'un abattement supplémentaire de 10 %, l'invalidité pourrait être de 38,95 %, taux qui ne donne pas droit à une rente. Le recourant ne conteste ni la méthode d'évaluation de son invalidité, ni les paramètres dans l'ESS sur lesquels se sont fondés les premiers juges ni les chiffres qu'ils ont retenus. Les conclusions tirées de la comparaison des revenus, à savoir qu'il n'a plus droit à une rente d'invalidité depuis le 1er décembre 2005, sont conformes au droit fédéral (art. 17 al. 1 LPGA; art. 28 al. 1 LAI, teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007). Le recours est dès lors mal fondé.
4. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il ne saurait prétendre une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, à l'Office fédéral des assurances sociales et à la Caisse cantonale genevoise de compensation.
Lucerne, le 22 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner