Sachverhalt:
A. X._ ist seit Oktober 1974 bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV), Hauptabteilung Mehrwertsteuer, angestellt. Seit 30. Januar 2006 ist er krankgeschrieben.
Auf sein Verlangen wurde ihm Ende März 2006 bzw. Ende Mai 2006 ein Zwischenzeugnis ausgestellt. In der Folge wurden Änderungsvorschläge teilweise übernommen und am 4. September 2006 ein überarbeitetes Zeugnis (datiert vom 31. Oktober 2006) ausgestellt.
X._ gelangte mit Schreiben vom 12. Oktober 2006 erneut an die ESTV und stellte den Antrag auf Vervollständigung und Berichtigung des Zeugnisses sowie, für den Fall der Abweisung, den Antrag auf Erlass einer anfechtbaren Verfügung. Mit Verfügung vom 3. November 2006 wies die ESTV das Änderungsbegehren ab.
X._ focht diese Verfügung an. Das Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) wies die Beschwerde mit Entscheid vom 25. September 2007 ab.
Das Bundesverwaltungsgericht wies die Beschwerde von X._ mit Urteil vom 17. März 2008 ab.
B. X._ führt mit Eingabe vom 21. April 2008 Beschwerde an das Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Zwischenzeugnis vom 31. Oktober 2006 sei wie folgt abzuändern bzw. zu ergänzen: Ersetzung des beanstandeten Satzes "Als Vorgesetzter und gegenüber Kunden pflegt er einen direkten Umgang" durch eine von keinerlei Zweideutigkeit belastete Formulierung, beispielsweise den Satz "Als Vorgesetzter und gegenüber Kunden verhält er sich offen, ehrlich und feedbackorientiert".
In der Vernehmlassung beantragt das EFD Beschwerdeabweisung. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet. X._ hat mit Eingabe vom 12. Juni 2008 repliziert.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 109 des Bundesgerichtsgesetzes (BGG, SR 173.110) entscheiden die Abteilungen des Bundesgerichts in Dreierbesetzung bei Einstimmigkeit über die Abweisung offensichtlich unbegründeter Beschwerden (Abs. 2 lit. a). Der Entscheid wird summarisch begründet. Es kann ganz oder teilweise auf den angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Abs. 3).
2. Der Beschwerdeführer verlangt die Umformulierung des Zwischenzeugnisses. Die Aussage "einen direkten Umgang pflegen" sei vieldeutig und erfasse auch grobes und massiv verletzendes Verhalten. Einige mögliche Deutungen seien offensichtlich ungünstig und von den Personalbeurteilungen nicht gedeckt. Den Personalbeurteilungen liessen sich mit Blick auf die ganze Dauer des Arbeitsverhältnisses keine schwerwiegenden Vorbehalte zum Sozial- und Führungsverhalten des Beschwerdeführers entnehmen. Der Beschwerdeführer habe die Kritik der Jahre 2002 und 2003 ernst genommen, an seinem Verhalten gearbeitet und die Leistungsvorgaben erfüllt. Die Mitarbeiterbeurteilungen der Jahre 2004 und 2005 enthielten keine Hinweise mehr auf ein mangelhaftes Verhalten gegenüber Vorgesetzten, Mitarbeitenden und Kunden. Auf weitere Akten, die nicht im Zusammenhang mit dem Mitarbeitergespräch und der Personalbeurteilung stünden, dürfe nicht abgestellt werden.
3. Das Bundesverwaltungsgericht hat erwogen, das Zwischenzeugnis sei insgesamt gut ausgefallen, es sei namentlich wohlwollend und wahrheitsgemäss formuliert. Der Wortlaut eines Arbeitszeugnisses stehe im Ermessen des Arbeitgebers; der Angestellte habe grundsätzlich keinen Anspruch auf die Wahl bestimmter Formulierungen. Die beanstandete Aussage könne - je nach Verwendung - positive und negative Nuancen enthalten, sie erfasse jedoch kein massiv unkorrektes Verhalten. Sie sei zulässig, weil das Verhalten des Beschwerdeführers im Umgang mit Vorgesetzten und Kunden unbestrittenerweise mehrfach Anlass zu Diskussionen gegeben habe.
4. Der Ermessensspielraum des Arbeitgebers bei der Beurteilung des Verhaltens eines Angestellten ist im vorliegenden Fall offensichtlich eingehalten. Es kann auf die Beurteilung des Bundesverwaltungsgerichts verwiesen werden, wonach insgesamt ein gutes Arbeitszeugnis vorliege und die beanstandete Formulierung zwar auch negative Nuancen enthalte, aber wegen des anerkanntermassen brüsken, bisweilen gar schroffen Verhaltens des Beschwerdeführers angebracht sei. Diese Rechtsansicht trifft offensichtlich zu. Die Einwände gegen die Formulierung des Zwischenzeugnisses liegen unterhalb der Schwelle dessen, was das Bundesgericht im Rahmen einer Rechtskontrolle (Art. 95 BGG) überhaupt beurteilen kann.
5. Demnach ist die Beschwerde im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang kann offen bleiben, ob der Streitwert für Arbeitsstreitigkeiten von Fr. 15'000.-- gemäss Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG erreicht ist. Der Beschwerdeführer hat die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG), dabei ist der Kostenrahmen gemäss Art. 65 Abs. 4 lit. c BGG zu berücksichtigen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Eidgenössischen Finanzdepartement und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juli 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Aemisegger Thönen