Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegner) arbeitete ab dem 1. April 1999 beim Architekturbüro X._ Immobilien AG (Beschwerdeführerin), welches B. Y._ und dessen Sohn C. Y._ gehörte. Auf eine genaue Festlegung der Arbeitszeiten wurde verzichtet. Im Jahre 2003 verwarnte die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegner, weil er täglich während der Arbeitszeit private Börsengeschäfte getätigt hatte. In den folgenden Jahren war die Beschwerdeführerin mit der Arbeit des Beschwerdegegners zufrieden und gewährte ihm namhafte Lohnerhöhungen. Wegen einer auf Ende 2006 geplanten Umstrukturierung wollte sie den Beschwerdegegner nicht mehr beschäftigen. Die Parteien kamen überein, das Arbeitsverhältnis zu beenden. Am 28. November 2006 sprach die Beschwerdeführerin die Kündigung per 31. Dezember 2006 aus, wobei das Kündigungsschreiben im Einverständnis mit dem Beschwerdegegner auf den 27. Oktober 2006 zurückdatiert wurde.
B. Mit Schreiben vom 30. November 2006 kündigte die Beschwerdeführerin das Arbeitsverhältnis fristlos, weil der Beschwerdegegner während der Arbeitszeit ohne ihr Wissen an eigenen Projekten gearbeitet und sie dadurch konkurrenziert habe. Diese Kündigung akzeptierte der Beschwerdegegner nicht und verlangte vor dem Kreisgericht Rorschach nebst der Ausstellung eines Zeugnisses Fr. 15'971.40 brutto zuzüglich einer Entschädigung gemäss Art. 337c Abs. 3 OR in der Höhe von Fr. 25'500.--, alles nebst Zins. Die Beschwerdeführerin beantragte, es sei Vormerk davon zu nehmen, dass dem Beschwerdegegner ein wahrheitsgemässes Arbeitszeugnis ausgestellt werde, bestritt im Übrigen seine Forderungen und machte widerklageweise Fr. 58'653.15.-- geltend. Das Kreisgericht verpflichtete die Beschwerdeführerin zur Ausstellung des Zeugnisses, hiess die Klage bezüglich des Lohnes und Lohnersatzes gut (Fr. 15'590.--) und sprach eine Entschädigung wegen fristloser Kündigung von zwei Monatslöhnen zu (Fr. 17'000.--). Die Berufung der Beschwerdeführerin und die Anschlussberufung des Beschwerdegegners wies das Kantonsgericht St. Gallen im Wesentlichen ab. Einzig bezüglich der vom Beschwerdegegner verlangten Kinderzulagen von Fr. 340.-- trat es auf die Klage im Gegensatz zum Kreisgericht nicht ein und sprach dem Beschwerdegegner nur Fr. 15'250.-- brutto nebst der Entschädigung nach Art. 337c Abs. 3 OR von Fr. 17'000.-- und Zins zu.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts mit Ausnahme des Nichteintretens betreffend die Kinderzulagen aufzuheben und ihr einen nach Ausgang des Beweisverfahrens zu beziffernden Betrag von mindestens Fr. 58'653.15 zuzusprechen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, während das Kantonsgericht auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hielt die von der Beschwerdeführerin erhobenen Vorwürfe weitgehend für nicht erwiesen.
1.1 Als erwiesen erachtete die Vorinstanz, dass der Beschwerdegegner nach seiner Verwarnung im Jahre 2003 in den Jahren 2004 und 2005 auf der EDV-Anlage der Beschwerdeführerin ausserhalb der Arbeitszeiten für Freunde gegen eine bloss symbolische Entschädigung kleinere Pläne erstellt hatte. Sie ging aber davon aus, dass der Beschwerdeführerin dadurch kein Geschäft entgangen sei, da der Beschwerdegegner von seinen Bekannten als Privatperson angegangen worden sei und nicht als Arbeitnehmer und Architekt. Insoweit war nach Auffassung der Vorinstanz keine unzulässige Konkurrenzierung gegeben.
1.2 Die Vorinstanz erkannte sodann, im Jahre 2006 habe der Beschwerdegegner auf einem ihm und seiner Ehefrau gehörenden Grundstück ein Eigenheim geplant. Es sei davon auszugehen, seine Arbeitsleistung sei dadurch nicht beeinträchtigt worden und die Beschwerdeführerin habe von dieser Tätigkeit gewusst. Dass die Arbeiten heimlich durchgeführt worden seien, habe die Beschwerdeführerin nicht beweisen können. Es sei unwahrscheinlich, dass ein Architekt im Raum, in dem auch sein Chef arbeite, unbemerkt ein Einfamilienhausprojekt ausarbeiten könne. Im Juni 2007 sei dann das Bauland samt bewilligtem Einfamilienhausprojekt verkauft worden. Auch die Behauptung, der Beschwerdegegner habe nie vorgehabt, das Haus selbst zu bewohnen, sondern spekulative Zwecke verfolgt, erachtete die Vorinstanz nicht für erwiesen. Auf die Einvernahme der Käufer des Grundstücks als Zeugen verzichtete sie, da diese über die Absichten des Beschwerdegegners ein Jahr vor dem Verkauf nichts aussagen könnten.
1.3 Gemäss dem angefochtenen Entscheid hat der Beschwerdegegner sodann erste Pläne für ein Doppeleinfamilienhaus auf einer benachbarten Parzelle erstellt. Am 20. November 2006 hätten sich der Beschwerdegegner und C. Y._ mit den am Bauprojekt interessierten Ehepaaren getroffen. Aufgrund der Rückdatierung des Kündigungsschreibens schenkte die Vorinstanz der Behauptung des Beschwerdegegners, C. Y._ habe ihm am 27. November 2006 vorgeschlagen, sich mit dem Überbauungsprojekt selbständig zu machen, Glauben. Am 28. November 2006 zeichnete der Beschwerdegegner für dieses Projekt einen weiteren Plan, auf welchem er seine Privatadresse anführte. Nach der fristlosen Entlassung vom 30. November 2006 machte sich der Beschwerdegegner selbständig und schloss anfangs 2007 mit den beiden am Projekt interessierten Familien Architekturverträge ab.
1.4 Im Übrigen hat der Beschwerdegegner nach dem angefochtenen Entscheid ausserhalb der Arbeitszeit auf der EDV-Anlage der Beschwerdeführerin kleinere Grafiken für private Zwecke sowie ein eigenes Logo entworfen.
1.5 Die Vorinstanz erachtete die private Nutzung der EDV-Anlage auch ohne Berücksichtigung der ihrer Ansicht nach von der Beschwerdeführerin tolerierten Arbeiten für das Eigenheim als exzessiv. Insoweit habe der Beschwerdegegner seine Treuepflicht verletzt. Diese Pflichtverletzung wiege aber nicht schwer. Dass der Beschwerdegegner sein Stundensoll nicht erfüllt hätte, habe die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich behauptet. Auch eine unzulässige Konkurrenzierung liege nicht vor, zumal nach der Überzeugung der Vorinstanz C. Y._ zum Schritt der Selbständigkeit geraten und die Beschwerdeführerin von der diesbezüglichen Tätigkeit gewusst habe. Aus diesen Gründen sei auch der Entwurf eines Firmenlogos zulässig gewesen. Auch das Leisten von Freundschaftsdiensten im üblichen geringfügigen Umfang erachtete die Vorinstanz als zulässig, sofern dem Arbeitgeber dadurch keine Geschäfte entgingen. Die einzige Pflichtverletzung, die erhebliche private Nutzung der EDV-Anlage, genügte nach Auffassung der Vorinstanz nicht, um die Weiterführung des Arbeitsverhältnisses um einen weiteren Monat bis zum Ablauf der Kündigungsfrist als unzumutbar erscheinen zu lassen. Daran änderte die im Jahre 2003 erfolgte Verwarnung nichts, da das damals beanstandetet Verhalten nach Auffassung der Vorinstanz anders geartet war als die neuerliche Pflichtverletzung. Bei der Höhe der Entschädigung berücksichtigte die Vorinstanz neben den persönlichen Umständen und der Dauer des Arbeitsverhältnisses, dass die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegner zunächst ermuntert habe, sich mit dem Überbauungsprojekt selbständig zu machen, um dann aus diesem Grund die fristlose Kündigung auszusprechen. Da keine unerlaubte Konkurrenzierung nachgewiesen war, wies die Vorinstanz die Widerklage ab.
2. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, die Vorinstanz habe in wesentlichen Punkten den Sachverhalt unrichtig festgestellt und ihren Anspruch auf Beweisführung (Art. 8 ZGB) verletzt.
2.1 Die dem Bundesgericht gestellten Rechtsbegehren sind nach ständiger Rechtsprechung zu beziffern (BGE 134 III 235 E. 2 S. 236 f. mit Hinweisen). Der Antrag auf Zusprechung eines nach Ausgang des Beweisverfahrens zu beziffernden Betrages genügt diesen Anforderungen nicht. Nur bezüglich des im Rechtsbegehren genannten Mindestbetrages erweist sich der Antrag als rechtsgenüglich.
2.2 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von Art. 106 Abs. 2 BGG zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
2.3 Das Bundesgericht ist keine letzte Appellationsinstanz, die von den Parteien mit vollkommenen Rechtsmitteln angerufen werden könnte (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4342 Ziff. 4.1.4.5 zu Art. 97 E-BGG). Es genügt nicht, dem Bundesgericht, ohne eine substanziierte Sachverhaltsrüge zu erheben, unter gelegentlichem Hinweis auf die Akten und der Anrufung von Beweismitteln einfach einen von den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweichenden Sachverhalt zu unterbreiten, daraus vom angefochtenen Urteil abweichende Schlüsse zu ziehen und dieses als willkürlich zu bezeichnen oder eine Verletzung von Art. 8 ZGB zu rügen. Ein derartiges Vorgehen verkennt die grundsätzliche Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid (Art. 97 und 105 BGG). Es geht nicht an, in einer Beschwerde in Zivilsachen appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts zu üben und Ergänzungen bezüglich der tatsächlichen Feststellungen vorzunehmen, als ob dem Bundesgericht im Beschwerdeverfahren die freie Prüfung aller Tatfragen zukäme (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; je mit Hinweisen).
2.4 Nach Art. 75 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde zudem nur zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Dabei knüpft der Begriff der Letztinstanzlichkeit an jenen von Art. 86 Abs. 1 OG an. Letztinstanzlichkeit gemäss Art. 75 Abs. 1 BGG bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (BGE 134 III 524 E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen).
2.5 Gemäss Rechtsmittelbelehrung können bei einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Streitwert mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht die Verletzungen des kantonalen Rechts und willkürliche tatsächliche Feststellungen gerügt werden (Art. 237 ff. des Zivilprozessgesetzes vom 20. Dezember 1990, ZPO/SG; sGS 961.2). Dieser Streitwert ist erreicht. Da bereits der erstinstanzlich vom Beschwerdegegner eingeklagte Betrag Fr. 30'000.-- überstieg, ist von Bundesrecht kein einfaches und rasches Verfahren vorgeschrieben (Art. 343 Abs. 2 OR), bei welchem die Nichtigkeitsbeschwerde nicht gegeben wäre (Art. 238 Abs. 1 lit. c ZPO/SG). Damit ist auf die Beschwerde schon mangels Ausschöpfung des Instanzenzuges nicht einzutreten, soweit die Beschwerdeführerin die Beweiswürdigung der Vorinstanz kritisiert. Aber auch davon abgesehen verfehlt sie mit ihrer appellatorischen Kritik die Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge offensichtlich. Da Willkür in der Beweiswürdigung nicht schon dargetan ist, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, kann sich die Beschwerdeführerin nicht damit begnügen darzulegen, wie die Beweismittel ihrer Meinung nach zu würdigen gewesen wären, und dem Bundesgericht in tatsächlicher Hinsicht einfach ihre eigene Version der Geschehnisse zu unterbreiten. Sie müsste vielmehr im Einzelnen aufzeigen, inwiefern die Beweiswürdigung der Vorinstanz auch im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist (BGE 134 II 124 E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen). Diesen Anforderungen genügt die Beschwerde nicht, weshalb auf die Rügen der fehlerhaften Beweiswürdigung nicht einzutreten ist.
2.6 Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung von Art. 8 ZGB rügt, verkennt sie, dass diese Bestimmung einer antizipierten Beweiswürdigung nicht entgegensteht (BGE 130 III 591 E. 5.4 S. 601 f.; 122 III 219 E. 3c S. 223 f.; je mit Hinweisen). Diese Beweiswürdigung kann das Bundesgericht, wie dargelegt, nicht überprüfen (E. 2.5 hiervor). Um antizipierte Beweiswürdigung handelt es sich, wenn die Vorinstanz zum Schluss kommt, ein Beweismittel sei nicht tauglich, den angestrebten Beweis zu erbringen. Zudem besteht nach Art. 8 ZGB ein Anspruch auf Beweisabnahme nur, wenn der Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht (BGE 133 III 295 E. 7.1 S. 299 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin macht vor Bundesgericht geltend, es sei davon auszugehen, die Käufer des als Eigenheim gedachten Grundstücks seien über die tatsächlichen Absichten des Beschwerdegegners schon vor Abschluss des Kaufvertrages informiert gewesen, was die Zeugenbefragung hätte ans Tageslicht bringen können. Die Beschwerdeführerin zeigt aber nicht mit Aktenhinweis auf, woraus die Vorinstanz hätte schliessen müssen, dass die angerufenen Zeugen auch über die Absichten des Beschwerdegegners vor dem Verkaufszeitpunkt informiert gewesen wären. Damit liegt im Verzicht auf die Einvernahme der Zeugen keine Bundesrechtsverletzung. Zu beachten ist zudem, dass, soweit keine bundesrechtlichen Spezialbestimmungen greifen und solange die Schweizerische Zivilprozessordnung noch nicht zur Anwendung gelangt, grundsätzlich das kantonale Prozessrecht regelt, welche Beweismittel zulässig sind (BGE 98 II 325 E. 5b S. 333). Ob ein Beweismittel hinreichend bezeichnet ist, oder ob es sich um einen unzulässigen Suchbeweis handelt, bestimmt sich daher primär nach kantonalem Recht. Inwiefern die Vorinstanz bei dessen Anwendung Bundesrecht verletzt haben soll, legt die Beschwerdeführerin wiederum nicht hinreichend dar. Es verletzt Art. 8 ZGB nicht, wenn die Vorinstanz auf die Abnahme von Beweisen verzichtet, die sie nach kantonalem Recht als unzulässige Suchbeweise taxiert, namentlich im Zusammenhang der von der Beschwerdeführerin für die Freundschaftsdienste des Beschwerdegegners behaupteten Bezahlung.
2.7 Nicht zu hören ist die Beschwerdeführerin auch, soweit sie geltend macht, ihr dürfe das Wissen von C. Y._ nicht zugerechnet werden, da dieser gemäss Handelsregisterauszug weder an der Beschwerdeführerin beteiligt noch Vorgesetzter des Beschwerdegegners gewesen sei. Der Handelsregisterauszug genügt nicht, um die Feststellung, dass die Beschwerdeführerin Vater und Sohn Y._ gehörte, als willkürlich auszuweisen, soweit die Rüge überhaupt zulässig wäre. Inwiefern C. Y._ als Vorgesetzter zu betrachten oder sein Wissen der Beschwerdeführerin anzurechnen ist, bestimmt sich nach der internen Organisation, wie sie dem Beschwerdegegner gegenüber gehandhabt wurde, und gründet auf der tatsächlichen Würdigung der konkreten Umstände, welche das Bundesgericht mangels Erschöpfung des Instanzenzuges wie auch mangels hinreichend begründeter Rügen nicht überprüfen kann. Auch soweit die Beschwerdeführerin versucht, unter dem Titel des Beweismasses die Beweiswürdigung der Vorinstanz zu kritisieren, ist die Beschwerde zum Scheitern verurteilt.
3. Zu prüfen bleibt damit lediglich, ob die fristlose Kündigung gestützt auf die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz gerechtfertigt erscheint.
3.1 Nach Art. 337 OR kann der Arbeitgeber wie der Arbeitnehmer das Arbeitsverhältnis aus wichtigen Gründen jederzeit fristlos auflösen (Abs. 1). Als wichtiger Grund gilt jeder Umstand, bei dessen Vorhandensein dem Kündigenden nach Treu und Glauben die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses nicht mehr zugemutet werden darf (Abs. 2). Über das Vorhandensein solcher Umstände entscheidet das Gericht nach seinem Ermessen (Art. 337 Abs. 3 OR). Derartige Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (BGE 130 III 28 E. 4.1 S. 32, 213 E. 3.1 S. 220).
3.2 Nach der Rechtsprechung zu Art. 337 OR ist eine fristlose Entlassung nur bei besonders schweren Verfehlungen des Arbeitnehmers gerechtfertigt. Diese müssen einerseits objektiv geeignet sein, die für das Arbeitsverhältnis wesentliche Vertrauensgrundlage zu zerstören oder zumindest so tiefgreifend zu erschüttern, dass dem Arbeitgeber die Fortsetzung des Vertrags nicht mehr zuzumuten ist, und anderseits auch tatsächlich zu einer derartigen Zerstörung oder Erschütterung des gegenseitigen Vertrauens geführt haben. Sind die Verfehlungen weniger schwerwiegend, so müssen sie trotz Verwarnung wiederholt vorgekommen sein (BGE 130 III 28 E. 4.1 S. 31, 213 E. 3.1 S. 220 f.; 129 III 380 E. 2.1 S. 382 mit Hinweisen). Ob die dem Arbeitnehmer vorgeworfene Pflichtverletzung die erforderliche Schwere erreicht, lässt sich nicht allgemein sagen, sondern hängt von den konkreten Umständen des Einzelfalles ab (BGE 127 III 153 E. 1a S. 155; 116 II 145 E. 6a S. 150).
3.3 In tatsächlicher Hinsicht erachtete es die Vorinstanz lediglich für erwiesen, dass der Beschwerdegegner die EDV-Anlage der Beschwerdeführerin übermässig für private Zwecke benutzt hat, ohne dass dies seine Arbeitsleistung beeinträchtigt oder sonst zu einer merklichen Schädigung der Beschwerdeführerin geführt hätte. Wenn sie diese Pflichtverletzung trotz der erfolgten Verwarnung betreffend die Börsengeschäfte während der Arbeitszeit nicht für ausreichend erachtete, um eine fristlose Kündigung zu rechtfertigen, ist dies bundesrechtlich nicht zu beanstanden, zumal die pflichtwidrige Benutzung der EDV-Anlage ausserhalb der Arbeitszeit erfolgte, und somit die neue Pflichtverletzung nicht von der Verwarnung abgedeckt war. Hinzu kommt, dass die Beschwerdeführerin nach den Feststellungen der Vorinstanz eine private Nutzung für die Planung des Eigenheims duldete, was unterstreicht, dass die private Nutzung der EDV-Anlage für die Beschwerdeführerin nicht mit gravierenden Konsequenzen verbunden war, die in einem bereits gekündigten Arbeitsverhältnis eine fristlose Kündigung zu rechtfertigen vermöchten. Die Beschwerdeführerin geht davon aus, die private Nutzung sei (auch betreffend das Eigenheim) ohne ihr Wissen und während der Arbeitszeit erfolgt, der Beschwerdegegner habe das Eigenheim nie selbst bewohnen wollen und der Beschwerdeführerin durch sein Verhalten Kunden abspenstig gemacht. Dieser Sachverhalt ist aber nicht festgestellt und kann nicht berücksichtigt werden.
3.4 Auch bezüglich der Höhe der Pönalentschädigung besteht entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin kein Anlass, in das Ermessen der Vorinstanz einzugreifen. Gestützt auf die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil kann nur auf eine leichte Pflichtverletzung des Beschwerdegegners geschlossen werden. Die Beschwerdeführerin kündigte das mit Rückdatierung bereits gekündigte Arbeitsverhältnis fristlos. Den Vorwurf der unzulässigen Konkurrenzierung stützte sie unter anderem auf Arbeiten für ein Projekt, mit dem sich der Beschwerdegegner auf Vorschlag von C. Y._ selbständig machen sollte. Namentlich mit Blick auf dieses widersprüchliche Verhalten erscheint die Strafzahlung nicht unangemessen.
4. Auch für die Widerklage stützt sich die Beschwerdeführerin auf ihre von den tatsächlichen Feststellungen abweichende Sachverhaltsvariante. Darauf ist nicht einzutreten. Soweit sie dem Vorwurf der mangelnden Substanziierung des durch die private Benutzung der EDV-Anlage entstandenen Schadens entgegenhält, sie habe die Anordnung eines Gutachtens beantragt, welches die Schadenshöhe beweisen würde, verkennt sie zudem, dass diesbezüglich die Behauptungen massgeblich sind und es kein Bundesrecht verletzt, wenn das kantonale Prozessrecht deren Ergänzung und Substanziierung im Beweisverfahren nicht zulässt (BGE 108 II 337 E. 3 S. 341 f.).
5. Insgesamt erweist sich die Beschwerde als unbegründet, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Die Kostenverteilung folgt diesem Prozessausgang.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Dezember 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak