Faits :
A.
A._ SA (ci-après: la Société), sise à U._ (GE) et inscrite au registre du commerce depuis 1994, a pour but les fabrication, assemblage, vente et commercialisation de produits horlogers, ainsi que l'application des techniques et des matériaux du domaine aéronautique pour l'industrie horlogère. Depuis le 1 er octobre 2005, elle est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: la TVA) tenu par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale).
Les 9 et 10 février 2012, l'Administration fédérale a procédé à un contrôle portant sur les périodes de décompte allant du 1 er trimestre 2007 au 4 ème trimestre 2009. Constatant que la Société avait omis de déclarer un chiffre d'affaires de 40'000 fr. et exonéré des prestations sans preuve de leur exportation vers l'étranger (à savoir les chiffres d'affaires comptabilisés sur le compte 3000 "ventes montres hors taxe" pour l'année 2007, ceux du compte 3400 "refacturation R&D" pour l'année 2008 et ceux du compte 3211 "ventes montres et accessoires (non soumis TVA) " pour l'année 2009), l'Administration fédérale, par courrier du 14 février 2012, a invité la Société à lui faire parvenir des preuves de l'exportation ainsi que des documents relatifs au chiffre d'affaires non déclaré. Dans sa lettre du 17 avril 2012, la Société n'a fourni aucune preuve et n'a donné aucune explication.
B.
Le 8 août 2012, l'Administration fédérale a adressé à la Société une notification d'estimation valant, selon elle, décision et confirmant les montants de la créance fiscale pour les périodes 2007 à 2009 pour un montant total de 61'285 fr. et de la correction d'impôt en sa faveur de 138'776 fr.
La Société a déposé réclamation contre cette notification d'estimation (concluant à son annulation partielle) par courrier du 13 septembre 2012. L'Administration fédérale a rejeté la réclamation le 10 décembre 2012, fixant la créance fiscale à 138'776 fr., plus intérêt moratoire. La Société a recouru contre la décision sur réclamation du 10 décembre 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, qui a rejeté le recours par arrêt du 23 juillet 2014.
C.
Contre l'arrêt du 23 juillet 2014, la Société interjette un "recours de droit public" [recte: un recours en matière de droit public] au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de dépens, principalement, à ce que l'arrêt entrepris soit annulé et déclaré nul et de nul effet, et que l'Administration fédérale soit déboutée de ses prétentions à hauteur de 133'278 fr. sur un total de 138'776 fr. "pour violation des règles procédurales fédérales relatives au fardeau de la preuve". Subsidiairement, elle demande que l'arrêt soit déclaré nul pour incompétence du Tribunal administratif fédéral.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. Dans sa réponse du 20 octobre 2014, à laquelle étaient jointes quatre pièces, l'Administration fédérale a conclu au rejet du recours.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) et ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF, si bien que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Déposé en temps utile compte tenu des féries judiciaires (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la Société directement touchée par la décision entreprise et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral (art. 106 al. 1 LTF), qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Toutefois, à moins que la décision attaquée ne contienne des vices juridiques manifestes, il s'en tient aux arguments juridiques soulevés dans le recours (cf. art. 42 al. 1 et 2 LTF; ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105; arrêt 2C_805/2013 du 21 mars 2014 consid. 2, non publié in ATF 140 II 202 mais in Pra 2014 n° 100 p. 785).
La recourante a déclaré renoncer "à argumenter pour ce qui a trait au poste des 40'000 fr. visé sous chiffre 6.1.1 de l'arrêt dont recours" (recours, p. 2). Le recours ne contenant ainsi aucun grief sur cet aspect, la Cour de céans ne le reverra pas.
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104; arrêt 2C_1100/2012 du 20 mai 2013 consid. 2, non publié in ATF 139 II 346).
La recourante considère comme manifestement inexact le constat du Tribunal administratif fédéral selon lequel elle n'aurait, dans sa lettre du 17 avril 2012, pas collaboré avec l'Administration fédérale. Or, dans la lettre précitée, la recourante soutient qu'elle avait fourni plusieurs renseignements utiles et produit la déclaration de sa fiduciaire, collaborant ainsi au mieux avec le fisc en dépit de la perte de ses dossiers TVA. Dès lors que l'absence de collaboration était susceptible d'influer sur l'appréciation des preuves au détriment de la recourante, elle demande la rectification de ce constat par le Tribunal fédéral.
S'il est vrai qu'à teneur de la lettre du 17 avril 2012, la Société avait concédé être "incapable de remettre la main sur ce dossier TVA", elle n'en a pas moins fourni quelques explications, certes très sommaires, et joint des déclarations écrites, dont la déclaration de la fiduciaire du 11 avril 2012 d'après laquelle elle aurait notamment fondé ses décomptes sur "la preuve d'exportation", pour tenter de répondre aux questions de l'Administration fédérale. Il était ainsi manifestement inexact pour le Tribunal administratif fédéral de retenir de façon catégorique que, dans le courrier précité, la Société "n'a fourni aucune preuve et n'a donné aucune explication" et de tirer, sur cette seule base, des conséquences par rapport à l'établissement et l'appréciation des preuves (arrêt attaqué, p. 2, 10 et 23). En application de l'art. 105 al. 2 LTF, il y a partant lieu de corriger d'office cette constatation en ce que la recourante a, quoique d'une façon très limitée, donné suite à la requête de collaboration à l'établissement des preuves que lui avait adressée l'Administration fédérale. Autre est la question des implications de ce fait erronément constaté sur l'issue du litige; ce point sera examiné en lien avec l'établissement et l'appréciation arbitraires des preuves dont se plaint la recourante.
2.3. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal de céans (art. 99 al. 1 LTF). En tant qu'il ressort du dossier transmis par le Tribunal administratif fédéral que la pièce n° 12 accompagnant la réponse de l'Administration fédérale, bien que remontant à l'année 2012, n'avait pas été versée à la procédure de recours, il s'agit d'une pièce nouvelle dont il ne sera pas tenu compte. Il en va de même des allégués y relatifs contenus dans la réponse du 20 octobre 2014.
Cela dit, l'on peut s'étonner de ce qu'en sa qualité de juridiction ordinaire précédant le Tribunal fédéral (cf. art. 1 al. 1 et 2 LTAF [RS 173.32]) qui revoit librement les faits (ATF 136 II 165 consid. 4.1 p. 173; arrêt 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3, Archives 77 p. 343; art. 49 PA [RS 172.021], sur renvoi de l'art. 37 LTAF), le Tribunal administratif fédéral se soit, en vue de l'examen de la cause, satisfait des pièces choisies que l'Administration fédérale lui a adressées à l'appui de sa réponse, sans requérir la transmission du dossier complet relatif à la recourante. Cette dernière ne reprochant toutefois pas à la précédente instance d'avoir, sur ce point, violé son droit d'être entendue ou un autre grief d'ordre constitutionnel (art. 106 al. 2 LTF), il n'y a pas lieu d'entrer plus avant sur cet aspect.
3.
3.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20) est entrée en vigueur le 1 er janvier 2010. En vertu de l'art. 112 al. 1 LTVA, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. En l'espèce, le litige porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2009 (1 er trimestre 2007 au 4 ème trimestre 2009). Sous réserve d'exceptions (cf. consid. 3.2 infra), la présente cause doit dès lors être examinée au regard des dispositions de l'ancienne loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi que de l'ancienne ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (aLTVA [RO 2000 1300 et les modifications ultérieures, en particulier in RO 2002 1480], respectivement aOLTVA [RO 2000 1347], en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009).
3.2. En dérogation au principe général interdisant l'application d'une norme à des faits entièrement révolus avant son entrée en vigueur (ATF 137 II 371 consid. 4.2 p. 373 s.), les nouvelles règles de procédure s'appliquent en principe pleinement dès leur entrée en vigueur aux causes qui sont encore pendantes. Cela correspond à la solution adoptée par l'art. 113 al. 3 LTVA, aux termes duquel, l'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi. Il s'ensuit que l'art. 81 al. 3 LTVA, qui consacre le principe procédural de la libre appréciation des preuves (cf., à ce propos, arrêt 2C_411/2014 du 15 septembre 2014 consid. 2.3.3), tandis que l'ancien droit n'admettait en principe que certaines preuves formelles précises, en particulier d'ordre documentaire (cf. art. 20 al. 1, 37 al. 1 et 38 al. 1 let. a aLTVA; art. 63 al. 2 aLTVA cum art. 2 al. 1 PA; voir ATF 131 II 185 consid. 5 p. 190; 2C_309/2009 du 1 er février 2010 consid. 6.7, résumé in RF 65/2010 p. 593; Message du Conseil fédéral du 25 juin 2008 sur la simplification de la TVA, in FF 2008 6277, p. 6395; FELIX GEIGER, ad art. 81 LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n. 11 p. 503 s.; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4 ème éd., 2012, n. 329 p. 435), devrait également s'appliquer à la présente cause ( GEIGER, ad art. 113 LTVA, in op. cit., n. 10 p. 594). Le Tribunal administratif fédéral, conformément à sa pratique, a toutefois exclu l'application de l'art. 81 LTVA, au motif (implicite) que cette disposition était étroitement rattachée au droit matériel. Bien que cette interprétation des art. 81 et 113 al. 3 LTVA apparaisse douteuse, ce point souffre de rester indécis, dès lors que, comme il le sera vu ultérieurement, l'application du principe de la libre appréciation des preuves ne serait pas à même de modifier l'issue du présent litige.
4.
Le litige soulevé devant la Cour de céans porte sur les deux points de savoir si, premièrement, le Tribunal administratif fédéral était compétent pour entrer en matière sur le recours de la Société devant lui, alors même que celle-ci n'avait pas expressément consenti à ce que sa contestation de la décision du 10 décembre 2012 fût assimilée à un recours omisso medio (consid. 5 infra). Secondement, il s'agira d'examiner si le Tribunal administratif fédéral a eu raison de considérer que la Société assujettie n'était pas parvenue à établir que les opérations de livraisons et de prestations de services figurant sur les comptes nos 3000 pour la période 2007, 3400 pour l'année 2008 et 3211 pour l'année 2009 avaient été réalisées à l'étranger ou exportées, de sorte que ces opérations ne pouvaient être exonérées de la TVA, et que l'Administration fédérale n'était pas tenue d'instruire plus avant cette question (consid. 6 infra).
5.
Dans un argument subsidiaire, qu'il sied toutefois de traiter d'emblée, dès lors que sa solution est susceptible de conduire immédiatement à l'admission du recours (cf. ATF 140 II 202), la recourante reproche en substance au Tribunal administratif fédéral d'avoir à tort considéré qu'elle avait implicitement accepté sa compétence fonctionnelle pour trancher le recours contre la décision de l'Administration fédérale du 10 décembre 2012. Or, dès lors que la notification d'estimation du 8 août 2012 ne pouvait techniquement valoir décision, la "réclamation" que la Société avait interjetée le 13 septembre 2012 aurait dû être traitée comme la demande d'une première décision formelle par l'assujettie et la "décision sur réclamation" comme une première décision sujette à réclamation, et non pas à recours devant le Tribunal administratif fédéral. En retenant que la recourante avait - sans acceptation expresse de sa part - consenti à former un recours omisso medio, les précédents juges l'auraient ainsi indûment privée d'un échelon de contestation.
5.1. En vertu de l'art. 7 al. 1 PA (sur renvoi de l'art. 37 LTAF), le Tribunal administratif fédéral examine d'office s'il est compétent. La compétence ne peut pas être créée par accord entre l'autorité et la partie (al. 2); demeure réservée une loi spéciale claire l'autorisant (Thomas Flückiger, ad art. 7 PA, in VwVG-Praxiskommentar, 2009, n. 51 p. 150). L'art. 8 al. 1 PA prévoit que l'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente. D'après l'art. 31 LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA. Le recours auprès de cette instance est toutefois irrecevable s'il vise une décision qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peut notamment faire l'objet d'une opposition (cf. art. 32 al. 2 let. a LTAF). Une telle exception est instaurée à l'art. 83 al. 1 LTVA, aux termes duquel "les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification"; en tant que disposition de procédure, l'art. 83 LTVA s'applique à la présente cause (cf. art. 113 al. 3 LTVA; consid. 3.2 supra). L'art. 83 LTVA connaît une contre-exception à son al. 4, qui prévoit que "si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral"; cette possibilité d'un recours omisso medio (également connu sous l'expression de "recours sautant", traduction littérale du terme allemand de "Sprungbeschwerde"; cf. arrêt 2A.719/2004 du 11 mai 2005 consid. 5) déroge aussi à l'interdiction générale de toute prorogation de compétence selon l'art. 7 al. 2 PA.
5.2. Dans un arrêt de principe du 21 mars 2014, le Tribunal fédéral a jugé que la notification d'estimation ne constituait pas en tant que telle une décision, mais précédait, sauf circonstances spécifiques (non pertinentes en l'espèce), la phase décisionnelle pour faciliter l'instauration d'un dialogue informel entre l'assujetti et l'administration fiscale, conformément au système de l'auto-taxation (ATF 140 II 202 consid. 5 p. 204 ss). Par ailleurs, la pratique instaurée par l'Administration fédérale, consistant à systématiquement coupler ses notifications d'estimation à des décisions administratives, sans pour autant examiner si les circonstances particulières du cas d'espèce justifiaient la prise d'une décision au sens de l'art. 82 LTVA, était contraire à la loi (ATF 140 II 202 consid. 6.4 p. 213). Cela étant, le prononcé par l'Administration fédérale, sans motifs particuliers, d'une notification d'estimation sous la forme d'une décision n'entraînait pas la nullité absolue de cet acte, mais uniquement son caractère annulable (arrêt 2C_805/2013 du 21 mars 2014 consid. 7.2, non publié in ATF 140 II 202 mais in RDAF 2014 II 389).
5.3. En l'occurrence et à l'aune de la jurisprudence qui précède, ni l'instance inférieure ni l'Administration fédérale ne contestent, à bon droit, que le courrier de la Société du 13 septembre 2012 ne pouvait être assimilé à une réclamation au sens de l'art. 83 LTVA, mais aurait dû être compris comme une demande de première décision, si bien que l'Administration fédérale ne pouvait, comme elle l'avait fait, qualifier de "décision sur réclamation" sa décision du 10 décembre 2012, que la Société aurait partant encore pu contester, avant de former recours auprès du Tribunal administratif fédéral, par la voie de la réclamation au sens propre du terme. A ce stade de la procédure, ledit tribunal était donc en principe incompétent pour connaître du litige. Cette conclusion conduit non pas au constat de nullité de l'arrêt querellé, mais à son annulation, à moins que l'on admette, comme l'a fait le Tribunal administratif fédéral, qu'en procédant sans réserve devant ladite instance, la recourante ait implicitement renoncé à une procédure de réclamation en bonne et due forme au profit d'un recours omisso medio selon l'art. 83 al. 4 LTVA par analogie (cf. consid. 5.4 s. infra).
5.4. Conformément à l'art. 83 al. 4 LTVA (cf. déjà art. 64 al. 2 aLTVA, toutefois jadis formulé en des termes potestatifs; FF 2008 6277, p. 6396), dont il a été vu qu'il forme une lex specialis par rapport aux règles de la PA qu'invoque la recourante, le traitement d'une réclamation en tant que recours omisso medio suppose que la décision entreprise soit motivée en détail ("einlässlich begründet"; "già esaustivamente motivata"; cf. arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.3, Archives 81 p. 665) et n'est possible qu'à la demande ("Antrag"; "richiesta") de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, c'est-à-dire - dans cette seconde hypothèse - à l'initiative de l'Administration fédérale (cf. Felix Geiger, ad art. 84 LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n. 18 p. 513 s.).
Le législateur n'a pas précisé la forme que doit ou peut prendre l'assentiment par l'assujetti, pas plus que le Conseil fédéral, qui a seulement exposé qu'en supprimant la décision sur réclamation, qui est prise par la même autorité que la décision, la procédure pouvait être menée plus rapidement et de manière plus efficace (FF 2008 6277, p. 6396; cf. aussi OTVA e contrario [RS 641.201]; arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.2, Archives 81 p. 665). Il s'ensuit qu'aucun indice ne permet de dire que l'art. 83 al. 4 LTVA s'opposerait au consentement tacite de l'assujetti à l'introduction d'un recours omisso medio devant le Tribunal administratif fédéral. La préoccupation de célérité mentionnée dans le Message précité tend plutôt à conforter cette possibilité, tout comme le sens étymologique du mot "assentiment" ("Zustimmung", cf. par exemple Duden - Das grosse Wörterbuch der deutschen Sprache in sechs Bänden, 1981, t. 6, p. 2977; "consenso", cf. par exemple GIOVANNI TORTORA, Dizionario Giuridico, 4 ème éd., 2010, p. 79), que le Grand Robert de la langue française (version électronique) définit comme "l'acte par lequel on acquiesce expressément ou tacitement à une décision, une opinion, une proposition; adhésion de l'esprit à une manière de voir". Il y a partant lieu d'admettre que le consentement au recours omisso medio puisse être implicite.
Déterminer ce qu'une partie savait ou voulait réellement relève du fait (s'agissant de la volonté de cocontractants: ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 413; arrêts 2C_589/2013 du 17 janvier 2014 consid. 8.1.2, RDAF 2014 II 78; 4A_429/2012 du 2 novembre 2012 consid. 4.2, SJ 2013 I 286), dont la constatation par l'instance inférieure lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF).
5.5. En l'occurrence, c'est à tort que la recourante fait valoir que "la décision d'estimation de l'administration n'était pas motivée en détail", tel que l'exige l'art. 83 al. 4 LTVA. Comme le rappelle à juste titre l'intimée, l'exigence de la motivation détaillée concerne non pas la notification d'estimation, mais bien la première décision au sens formel rendue par l'Administration fédérale, en l'occurrence la décision du 10 décembre 2012 qu'elle a erronément rendue "sur réclamation". Or, celle-ci s'étend sur sept pages, est structurée en fait, en droit avec plusieurs sous-rubriques, et comprend un dispositif numéroté; elle prend position par rapport aux critiques de l'assujettie et fonde son raisonnement sur plusieurs sources légales, jurisprudentielles et doctrinales (cf., e contrario, arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.3, RDAF 2013 II 257). Elle répond partant au critère de la motivation qualifiée de la décision.
5.6. S'agissant de la condition de l'assentiment, les précédents juges ont relevé que la recourante avait déféré la "décision sur réclamation" du 10 décembre 2012 directement et sans réserve au Tribunal administratif fédéral, ce dont on pouvait déduire qu'elle avait accepté, à tout le moins implicitement, d'avoir été privée de l'échelon de la réclamation. Cette appréciation des faits n'apparaît pas arbitraire. Il résulte de surcroît du dossier que la Société, dont l'un des administrateurs d'alors, en charge du "dossier TVA", était en même temps avocat au barreau genevois, avait entamé la procédure liée à la notification d'estimation du 8 août 2012 plus de deux ans après l'entrée en vigueur de la nouvelle LTVA; or, à ce moment, la nature décisionnelle de la notification d'estimation et la pratique de l'Administration fédérale y relative étaient déjà vivement débattues dans la doctrine juridique (cf. les sources citées in ATF 140 II 202). Ces critiques avaient en outre été abordées (mais non résolues) dans l'arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 (consid. 3.4, Archives 81 p. 665), qui avait été rendu quelques semaines avant que la recourante ne fît recours auprès du Tribunal administratif fédéral. La bonne foi dont se targue la recourante en rapport avec l'indication erronée des voies de droit accompagnant les diverses décisions ne saurait partant remettre en cause l'appréciation de la précédente instance selon laquelle la recourante s'était accommodée de la procédure écourtée figurant à l'art. 83 al. 4 LTVA par analogie; du reste, il aurait également été loisible à la recourante, une fois connue la jurisprudence du 21 mars 2014 (ATF 140 II 202), de s'en prévaloir aussitôt devant le Tribunal administratif fédéral. La recourante est partant forclose de se plaindre de l'incompétence du Tribunal administratif fédéral devant la Cour de céans.
5.7. En conséquence, l'admission par le Tribunal administratif fédéral de sa compétence fonctionnelle pour connaître du "recours" dirigé contre la "décision sur réclamation" du 14 septembre 2012 n'a violé ni la PA ni l'art. 83 al. 4 LTVA.
6.
La recourante reproche en substance au Tribunal administratif fédéral d'avoir procédé à une appréciation (anticipée) des preuves arbitraire et violé la maxime inquisitoire en refusant de considérer, à l'instar de l'autorité intimée, que la déclaration écrite du directeur de la fiduciaire en charge des décomptes TVA durant les périodes 2007 à 2009 (contenue dans un courriel du 11 avril 2012), selon laquelle les décomptes TVA avaient été établis sur la base des pièces justificatives attestant notamment de la vente ou exportation des biens et services vers l'étranger, constituait une preuve suffisante de l'exportation respectivement de la réalisation à l'étranger desdites opérations. Au cas où cette déclaration ne suffirait pas en tant que telle, les précédents juges auraient dû retenir que l'Administration fédérale n'avait pas satisfait à son devoir d'instruction en refusant de donner suite à l'invitation de la fiduciaire de venir consulter "certains documents justificatifs relatifs aux décomptes TVA" en ses bureaux (cf. courriel du 11 avril 2012 de la fiduciaire à l'ancien administrateur de la recourante).
6.1. Les principes qui régissent les griefs invoqués doivent être mis en relation avec les enjeux concrets du présent litige. En reprochant à la précédente instance d'avoir indûment écarté la déclaration de la fiduciaire du 11 avril 2012 et jugé que l'Administration fédérale avait renoncé à donner suite aux offres de preuves de ladite fiduciaire sans violer son devoir d'instruction d'office, la recourante entend établir que les chiffres d'affaires figurant dans les comptes n os 3000 (2007), 3400 (2008) et 3211 (2009) afférents à diverses prestations de services et livraisons de biens, que le fisc a considérés comme non déclarés dans le cadre du système de l'auto-taxation, auraient dû à la vérité être traités comme des biens ou services réalisés, respectivement exportés à l'étranger. Un tel constat aurait entraîné leur exonération de la TVA, dès lors que, selon l'art. 5 let. a et b aLTVA, sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément exclues du champ de l'impôt (art. 18 aLTVA), les livraisons de biens faites à titre onéreux sur le territoire suisseet les prestations de services fournies à titre onéreux sur ce même territoire. L'art. 19 al. 2 ch. 1 aLTVA précise que la livraison de biens transportés ou expédiés directement à l'étranger est exonérée de l'impôt.
6.2. Il n'y a arbitraire dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 138 I 305 consid. 4.3 p. 319; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560). L'autorité peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 138 III 374 consid. 4.3.2 p. 376; 137 III 208 consid. 2.2 p. 210).
Selon la maxime inquisitoire, qui prévaut en particulier en droit public, l'autorité définit les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés; elle oblige notamment les autorités compétentes à prendre en considération d'office l'ensemble des pièces pertinentes qui ont été versées au dossier. Elle ne dispense pas pour autant les parties de collaborer à l'établissement des faits; il leur incombe d'étayer leurs propres thèses, de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles, spécialement lorsqu'il s'agit d'élucider des faits qu'elles sont le mieux à même de connaître. En l'absence de collaboration de la partie concernée par de tels faits et d'éléments probants au dossier, l'autorité qui met fin à l'instruction du dossier en retenant qu'un fait ne peut être considéré comme établi, ne tombe ni dans l'arbitraire ni ne viole l'art. 8 CC relatif au fardeau de la preuve (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les références citées).
6.3. En l'occurrence, le Tribunal administratif fédéral n'a pas versé dans l'arbitraire ni violé la maxime d'instruction ou les règles sur le fardeau de la preuve en retenant que le courriel rédigé par la fiduciaire de la Société le 11 avril 2012 était impropre à établir l'exportation vers l'étranger et, partant, l'exonération fiscale des chiffres d'affaires litigieux afférents aux périodes 2007 à 2009.
6.3.1. En premier lieu, il sied de souligner qu'en assouplissant les exigences pour la preuve à travers l'instauration du principe de la libre appréciation des preuves (art. 81 al. 3 LTVA) - à supposer que celui-ci s'applique à la présente affaire (consid. 3.2 supra) -, le législateur n'a pas voulu dispenser l'assujetti de l'incombance de se procurer les documents requis par d'autres dispositions légales; tel est entre autres le cas du document d'exportation que l'Administration fédérale prescrit pour l'exportation de biens (cf. FF 2008 6277, p. 6395). L'art. 20 al. 1, première et dernière phrases, aLTVA constitue précisément une telle norme de droit matériel; il prévoit que l'exportation de biens ne donne droit à l'exonération fiscale que si elle est attestée par l'autorité douanière (...). Pour les prestations de services fournies à l'étranger, le droit à l'exonération doit être prouvé par des documents comptables et des pièces justificatives. Contrairement à ce que considère le Tribunal administratif fédéral, l'art. 20 al. 1 aLTVA n'exclut pas (en tant qu'applicable) l'application parallèle de l'art. 81 al. 3 LTVA, mais énonce les critères premiers que le fisc doit examiner lorsqu'un assujetti demande l'exonération fiscale d'une opération pour cause d'exportation à l'étranger (cf., dans ce sens, Geiger, ad art. 81 LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n. 11 p. 504). Or, il ressort du dossier que ni au cours de la procédure administrative devant l'Administration fédérale, ni dans la phase de recours devant le Tribunal administratif fédéral, l'assujettie n'est parvenue à produire un quelconque document douanier ou des documents comptables et/ou pièces justificatives attestant directement de l'exportation alléguée des biens et services vers l'étranger.
6.3.2. En deuxième lieu, concernant plus spécifiquement le respect de la maxime inquisitoire par les autorités précédentes, il ressort des faits établis dans l'arrêt entrepris que l'Administration fédérale avait en vain, par courrier du 14 février 2012, invité la recourante à lui faire parvenir des preuves de l'exportation des biens et services, ainsi que des documents relatifs au chiffre d'affaires non déclaré. Celle-ci a, dans une mesure limitée, déféré à cette invitation par courrier du 17 avril 2012 et donc collaboré avec le fisc (consid. 2.2 supra). Cette collaboration est toutefois fort restreinte, car, dans cette lettre, la recourante a concédé, via son administrateur de l'époque, être "incapable de remettre la main sur ce dossier TVA" (ad rubrique "2. Exonérations des chiffres d'affaires", joignant la déclaration de la fiduciaire précitée) et n'avoir "pas d'explications à fournir" (ad rubrique "3. Chiffres d'affaires non déclarés"). Il résulte en outre de l'arrêt attaqué et des explications fournies par la recourante, notamment dans ses recours au Tribunal administratif fédéral du 24 décembre 2012 et au Tribunal fédéral du 15 septembre 2014, que le dossier TVA de l'assujettie "n'a pas été retrouvé suite à une désorganisation de la société dès le printemps 2010" et à des "déménagements successifs". Or, face à ces indications confirmant la disparition du dossier TVA relatif aux années fiscales litigieuses, en violation des obligations de tenue et de conservation des pièces comptables et justificatives incombant à l'assujetti (cf. art. 58 al. 1 et 2 aLTVA), on ne voit pas quels autres actes d'instruction auraient pu être exigés de la part du fisc et en quoi l'instance précédente aurait violé la maxime d'instruction en retenant que l'Administration fédérale avait, dans de telles circonstances, correctement instruit la cause et recherché à établir les preuves utiles. Par ailleurs, il n'est en général pas possible pour le fisc d'effectuer un contrôle auprès du destinataire sis à l'étranger (ATF 133 II 153 consid. 7.2 p. 166). Il sera encore ajouté que la raison concrète pour laquelle l'assujettie ne se trouvait plus en possession des documents et pièces comptables indispensables à l'établissement de son droit allégué à exonération de l'impôt n'est pas pertinente (cf., mutatis mutandis, arrêt 2C_835/2011 du 4 juin 2012 consid. 2.3, résumé in RF 67/2012 p. 709, et les références citées sur la perte de données/documents ensuite de l'endommagement du disque dur de l'ordinateur de l'assujettie, le vol des documents, la non-conservation des pièces).
6.3.3. En troisième lieu, force est de conclure que le seul indice relatif à l'exportation à l'étranger et, par voie de conséquence, de l'éventuelle exonération des opérations litigieuses qu'a fourni la recourante est la déclaration écrite de la fiduciaire de la Société du 11 avril 2012, selon laquelle les décomptes TVA pour les années 2007 à 2009 avaient été établis sur la base des pièces justificatives. Or, même en appliquant le principe de la libre appréciation des preuves au présent cas (art. 81 al. 3 LTVA; cf. consid. 3.2 supra), les précédents juges n'ont pas commis d'arbitraire en considérant que ladite déclaration ne constituait pas per se une preuve suffisante de l'exportation, respectivement de la réalisation à l'étranger des opérations litigieuses. A bon droit, les précédents juges ont fortement relativisé la valeur probante de la déclaration de la fiduciaire de la recourante dès lors qu'elle a été établie au printemps 2012 et remontait donc à une période postérieure de plusieurs années à la période fiscale allant du 1 er trimestre 2007 au 4 ème trimestre 2009; sans que soit mise en doute la sincérité de la fiduciaire, une telle pièce, établie a posteriori à la demande expresse de la recourante, n'était en effet pas apte à prouver à elle seule l'existence des exportations alléguées par la recourante (cf. arrêts 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4, résumé in RF 63/2008 p. 553; 2A.546/2003 du 14 mars 2005 consid. 2.6 et 3.3, RDAF 2005 II 346). Au vu de ce qui précède, la question litigieuse de savoir si, comme l'ont admis les précédents juges, la valeur probante de la déclaration de la fiduciaire devait aussi être relativisée en raison des liens contractuels ayant existé entre celle-ci et la recourante, souffre partant de rester indécise.
6.3.4. En quatrième et dernier lieu, les précédents juges ont, de façon défendable, retenu que l'Administration fédérale pouvait, à la faveur d'une appréciation anticipée des preuves et en conformité avec la maxime inquisitoire, renoncer à se rendre auprès de la fiduciaire de la recourante pour y consulter "certains documents justificatifs relatifs aux décomptes TVA dans nos dossiers (normalement ceux qui vous ont été envoyés par e-mail) " évoqués dans le courriel de ladite fiduciaire du 11 avril 2012. Cette offre de preuves "médiate" de la recourante à l'attention des autorités doit se lire en conjonction avec la concession faite par l'administrateur de la Société quelques jours plus tard, le 17 avril 2012, selon laquelle celle-ci était "incapable de remettre la main sur ce dossier TVA", ce qui pouvait objectivement faire douter du caractère pertinent des documents justificatifs annoncés par la fiduciaire mandatée par la Société. On ajoutera que l'invitation de la fiduciaire concernant la possibilité de consulter des documents justificatifs est formulée de manière très vague (cf. courriel du 11 avril 2012: "certains documents", "relatifs aux décomptes TVA", "normalement"), et ne fournit pas d'explications sur la date des documents, leur nature et forme exactes, leur quantité ou les opérations TVA particulières avec lesquelles ces documents se seraient trouvés en lien. On ne saurait partant reprocher à l'Administration fédérale de ne pas en avoir fait cas, ni dépêché un inspecteur auprès de la fiduciaire pour en prendre connaissance. Finalement, il résulte de la chronologie de la procédure que le courriel de la fiduciaire contenant cette "offre de preuves" avait été expédié à la Société environ deux mois après que l'Administration fédérale eut invité l'assujettie à lui faire parvenir les preuves de l'exportation et près de quatre mois avant que le fisc adressât une notification d'estimation à l'assujettie. Dans l'hypothèse où la fiduciaire aurait disposé des documents probants relatifs aux années 2007 à 2009 et attestant de l'exportation de biens et services par la recourante, cette dernière aurait donc eu tout loisir d'obtenir de la fiduciaire qu'elle transmette sans délai lesdites pièces à l'autorité fiscale ou qu'elle les lui remette; comme l'Administration fédérale le fait remarquer à juste titre dans sa réponse du 20 octobre 2014, un déplacement d'un inspecteur dans les bureaux de la fiduciaire n'était ainsi pas nécessaire pour administrer les preuves alléguées, qui se seraient trouvées à portée de main de l'assujettie. En omettant de procéder de la sorte malgré la demande du fisc de lui remettre des preuves liées à l'exonération sollicitée, la recourante ne saurait de bonne foi se plaindre du refus par l'Administration fédérale, confirmé par le Tribunal administratif fédéral, de consulter les prétendus documents probants dans les locaux de la fiduciaire.
6.3.5. Au vu des éléments qui précèdent, le Tribunal administratif fédéral n'a pas versé dans l'arbitraire en retenant que l'Administration fédérale avait instruit la cause et apprécié les preuves de manière conforme à la procédure et que la recourante n'a pas prouvé l'exportation des biens et services dont elle requérait l'exonération de la TVA.
6.4. Quant aux conséquences de cette constatation, il est de jurisprudence constante que les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, impliquent que l'autorité fiscale doive établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256 s.; arrêts 2C_476/2014 du 21 novembre 2014 consid. 8.1; 2C_1081/2013 du 2 juin 2014 consid. 5.5, RF 69/2014 p. 720; 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 10.2.2, non publié in ATF 140 I 68 mais in RF 69/2014 p. 152; 2C_353/2013 du 23 octobre 2013 consid. 3.3, résumé in Archives 82 p. 369; cf. MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, 2009, n. 83 p. 704 et n. 290 p. 898). S'agissant de l'allégation par la recourante de faits propres à l'exonérer d'impôt sur certaines opérations entreprises entre 2007 et 2009, il aurait incombé à celle-ci d'établir la réalité de ses affirmations. Cette dernière n'y étant pas parvenue, le Tribunal administratif fédéral pouvait donc à bon droit retenir que les transactions litigieuses constituaient des opérations soumises à la TVA, qui n'avaient erronément pas été déclarées par la Société assujettie et devaient partant être reprises d'un point de vue fiscal.
Les considérants qui précèdent conduisent ainsi au rejet du recours.
7.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante qui succombe (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 17 février 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
Le Greffier : Chatton