Faits:
A. Le 9 juillet 2008, Y._ Sàrl a fait notifier à X._ Sàrl un commandement de payer la somme de 49'380 fr. 50 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er mai 2008. La poursuivie n'ayant pas fait opposition, la poursuivante a requis la continuation de la poursuite le 18 août 2008. Après que la commination de faillite a été notifiée à la poursuivie le 21 août 2008, la poursuivante a requis sa faillite. Par avis du 18 septembre 2008, l'audience de faillite a été fixée au 21 octobre 2008.
B. Le 7 octobre 2008, X._ Sàrl a déposé devant le Tribunal d'arrondissement de La Côte une action en annulation de la poursuite, assortie d'une requête de mesures préprovisionnelles et provisionnelles tendant à la suspension de la poursuite.
Par avis du 8 octobre 2008, l'audience de mesures provisionnelles a été fixée au 29 octobre 2008. La demanderesse a alors réitéré sa requête de mesures d'extrême urgence, demandant principalement que la poursuite soit suspendue et l'audience de faillite annulée, et subsidiairement que l'audience soit renvoyée sans réappointement. La Présidente du Tribunal d'arrondissement de La Côte a rejeté cette requête le 14 octobre 2008.
Contre cette décision, la demanderesse a formé un appel auprès du Tribunal d'arrondissement de La Côte, assortissant sa procédure d'une requête d'effet suspensif et de mesures préprovisionnelles. Statuant le 17 octobre 2008, la Présidente a rejeté celle-ci.
C. Le 17 octobre 2008, la demanderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à la réforme de la décision attaquée en ce sens que la poursuite est suspendue à titre préprovisoire et, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. A titre préprovisionnel et provisionnel, elle a requis la suspension de la poursuite jusqu'à droit connu sur le recours ou la requête de mesures provisionnelles, l'audience de faillite du 21 octobre 2008 étant renvoyée sans réappointement. L'intimée a proposé le refus de ces mesures préprovisionnelles et provisionnelles.
Par ordonnance du 20 octobre 2008, le Président de la IIe Cour de droit civil a annulé l'audience de faillite du 21 octobre 2008 et ordonné à titre superprovisoire qu'aucun acte d'exécution ne soit entrepris dans la poursuite litigieuse jusqu'à droit connu sur la requête d'effet suspensif et de mesures provisionnelles. Le 18 novembre 2008, il a admis la requête de mesures provisionnelles et suspendu la poursuite, sans fixation d'une nouvelle audience de faillite, jusqu'à droit connu sur le présent recours.
Dans l'intervalle, l'audience de mesures provisionnelles de première instance s'est tenue le 29 octobre 2008 devant la Présidente du Tribunal d'arrondissement de La Côte. Par ordonnance du même jour, notifiée le 13 novembre 2008, celle-ci a rejeté la requête de la demanderesse, les parties pouvant requérir la motivation dans un délai de dix jours.
L'intimée propose le rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 Le présent recours est dirigé contre la décision de l'autorité d'appel cantonale refusant la suspension de la poursuite à titre préprovisoire.
La décision de mesures préprovisionnelles étant l'accessoire de la procédure de mesures provisionnelles, elle est incidente au sens de l'art. 93 LTF. Dès lors que l'audience de faillite a été fixée au 21 octobre 2008, cette décision est susceptible de causer un préjudice irréparable au demandeur à l'action en annulation de l'art. 85a al. 1 LP (art. 93 al. 1 let. a LTF): le prononcé de la faillite rendrait en effet sans objet, non seulement la présente procédure de mesures provisionnelles, mais également celle en annulation de la poursuite.
1.2 En vertu de l'art. 75 al. 1 LTF, le recours en matière civile est recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance. Cette exigence vise aussi bien les décisions finales (art. 90 LTF) que les décisions préjudicielles ou incidentes (art. 93 LTF). La décision de mesures préprovisionnelles n'est généralement pas prise en dernière instance cantonale lorsque les parties peuvent requérir une décision de mesures provisionnelles ou que le juge doit rendre une ordonnance confirmant, modifiant ou supprimant les mesures préprovisionnelles; la possibilité de requérir une décision de mesures provisionnelles qui se substitue au prononcé d'extrême urgence est, en effet, un moyen de droit cantonal avant l'épuisement duquel le recours au Tribunal fédéral est irrecevable (arrêt 5A_678/2007 du 8 janvier 2008 consid. 3 et les arrêts cités). Tel n'est pas le cas de la décision de mesures préprovisionnelles en matière de suspension de la poursuite, car si le juge a rejeté la requête d'extrême urgence et que la faillite du poursuivi est prononcée, aucune décision de mesures provisionnelles ne pourra se substituer à celle refusant la suspension à titre préprovisoire.
1.3 Interjeté pour le surplus en temps utile, contre une décision incidente en matière de poursuite pour dettes et de faillite (art. 72 al. 2 let. a LTF), dans une affaire dont la valeur litigieuse au fond est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. c et 74 al. 2 let. b LTF), le présent recours est recevable.
1.4 Bien que la Présidente du tribunal d'arrondissement ait statué dans l'intervalle sur la requête de mesures provisionnelles tendant à la suspension provisoire de la poursuite (art. 85a al. 2 LP) - qu'elle a rejetée -, le présent recours conserve son intérêt, dès lors que cette décision n'est pas encore motivée et qu'elle n'est donc pas entrée en force.
1.5 S'agissant d'une décision portant sur des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF, seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88).
2. La décision attaquée rejette la requête de mesures préprovisionnelles, sans aucune motivation. La recourante se plaint d'un déni de justice formel et d'une violation de l'art. 29 Cst., qui garantit à toute personne un traitement équitable de sa cause et un jugement dans un délai raisonnable. Elle fait valoir que si sa faillite est prononcée, sa requête de suspension provisoire fondée sur l'art. 85a al. 2 LP deviendra sans objet et qu'elle aura été privée du droit à l'examen de la vraisemblance de celle-ci et de sa demande d'annulation au fond.
2.1 L'art. 85a al. 1 LP permet au débiteur poursuivi d'agir en annulation ou en suspension de la poursuite. Cette action n'est ouverte que si la poursuite est pendante, à savoir jusqu'à la distribution des deniers ou l'ouverture de la faillite (ATF 129 III 197 consid. 2.1 p. 198; 127 III 41 consid. 4c p. 43; 125 III 149 consid. 2c p. 153); il s'agit là d'une condition de recevabilité qui doit encore exister au moment du jugement, et dont l'absence fait obstacle à l'examen du fondement matériel de la demande (ATF 127 III 41 consid. 4c et d p. 43 ss). La déclaration de faillite empêchant l'examen du mérite de l'action en annulation et le juge de la faillite n'ayant pas la compétence de surseoir à statuer en raison du dépôt d'une telle procédure (cf. art. 173 al. 1 et 3 LP), l'art. 85a al. 2 LP prévoit la possibilité de suspendre provisoirement la poursuite.
En vertu de l'art. 85a al. 2 ch. 2 LP, en cas de poursuite par voie de faillite, le juge ordonne la suspension provisoire de la poursuite après la commination de faillite si, après avoir entendu les parties et examiné les pièces produites, il estime que la demande est très vraisemblablement fondée. L'action en annulation ou en suspension de la poursuite n'étant plus recevable une fois la faillite déclarée, l'octroi de la suspension provisoire constitue donc le seul moyen dont dispose le poursuivi pour sauvegarder son droit à l'examen au fond de la demande. La problématique se pose dans les mêmes termes pour la suspension à titre préprovisoire, lorsque le juge n'est pas en mesure de statuer en contradictoire avant l'audience de faillite. En toute hypothèse, ce droit n'est pas inconditionnel (art. 85a al. 2 LP).
2.2 Le législateur a introduit l'art. 85a LP pour éviter que le poursuivi ne soit soumis à l'exécution forcée sur son patrimoine à raison d'une dette inexistante ou inexigible; il a voulu offrir un moyen de défense supplémentaire à celui qui a omis de former opposition et ne peut ni solliciter la restitution du délai d'opposition (cf. art. 33 al. 4 LP), ni prouver par titre l'extinction de sa dette (cf. art. 85 LP), afin de lui épargner la voie de l'action en répétition de l'indu (ATF 125 III 149 consid. 2c p. 151/152 et les références). Le juge n'ordonne la suspen-sion provisoire de la poursuite que si la demande "est très vraisem-blablement fondée" (art. 85a al. 2 LP); il en va de même pour la sus-pension à titre préprovisoire. Lorsque la demande apparaît manifes-tement mal fondée ou dilatoire, le poursuivi ne saurait donc bénéficier d'une suspension, ni provisoire ni préprovisoire (arrêt 5P.69/2003 du 4 avril 2003 consid. 5.3.1).
2.3 En l'espèce, la décision attaquée ne contient pas la moindre motivation. Le Tribunal fédéral n'est donc pas en mesure de contrôler si c'est à tort ou à raison que l'autorité précédente a considéré que la demande ne remplissait pas les conditions de l'art. 85a al. 2 LP et, partant, refusé d'ordonner la suspension à titre préprovisoire de la poursuite. La recourante ayant invoqué la violation de l'art. 29 Cst., le recours sera donc admis à ce titre, pour défaut de motivation, et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
3. L'issue de la procédure étant incertaine, les frais judiciaires doivent être répartis par moitié entre les parties et les dépens compensés.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, la décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais de la procédure, arrêtés à 2'000 fr., sont mis par moitié à la charge de chacune des parties.
3. Les dépens sont compensés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Présidente du Tribunal d'arrondissement de La Côte et à l'Office des poursuites et faillites de Cossonay.
Lausanne, le 2 décembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli Aguet