Faits:
A. Par avis de taxation du 30 août 2002 - communiqué sous pli simple -, le Service des contributions de la République et canton du Jura a fixé, pour la période fiscale 2001, le revenu imposable de X._ à 43'550 fr. pour l'impôt d'Etat (impôt cantonal, communal et ecclésiastique) et à 44'450 fr. (arrondi à 44'400 fr.) pour l'impôt fédéral direct.
Le 27 février 2003, le contribuable a déposé une réclamation contre l'avis de taxation du 30 août 2002, en indiquant qu'il n'avait reçu celui-ci qu'à fin janvier ou début février 2003. Par décision du 4 mars 2003, le Service des contributions n'est pas entré en matière sur cette réclamation, jugée tardive.
B. Par décision du 4 juillet 2003, la Commission cantonale des recours du canton du Jura a admis le recours formé par le contribuable contre la décision sur réclamation et renvoyé la cause à l'autorité inférieure, qui était invitée à traiter la réclamation du 27 février 2003; elle précisait que sa décision pouvait être attaquée devant la Cour administrative du Tribunal cantonal jurassien s'agissant de l'impôt d'Etat et directement devant le Tribunal fédéral en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, le Service des contributions demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision sur recours du 4 juillet 2003, de confirmer la décision de non-entrée en matière du 4 mars 2003 et de dire que la taxation communiquée le 30 août 2002 fixant le revenu du contribuable à 44'400 fr. pour l'impôt fédéral direct de 2001 est entrée en force.
Le même jour, le Service des contributions a déposé un recours parallèle contre la même décision auprès de la Cour administrative du Tribunal cantonal pour ce qui concerne l'impôt d'Etat de 2001.
D. Par lettre du 26 août 2003, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a relevé en substance que la voie du recours de droit administratif était ouverte non seulement en matière d'impôt fédéral direct, mais également contre les décisions cantonales de dernière instance concernant les impôts cantonaux lorsqu'elles portaient - comme en l'espèce - sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14; ci-après: loi fédérale d'harmonisation). Il se posait dès lors la question de savoir si la loi fédérale d'harmonisation n'imposait pas un parallélisme des voies de recours cantonales. Vu la double instance de recours prévue par le droit jurassien en matière d'impôt d'Etat, on pouvait sérieusement se demander si les décisions prises par la Commission cantonale des recours en matière d'impôt fédéral direct ne devaient pas aussi faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal cantonal avant d'être attaquées devant le Tribunal fédéral. En pareil cas, la décision attaquée en l'espèce ne pourrait pas être considérée comme rendue en dernière instance cantonale.
Le contribuable et les diverses autorités concernées ont été invités à s'exprimer sur ces questions.
E. Le Service des contributions est d'avis que le Tribunal cantonal est effectivement compétent pour connaître du présent litige et demande que le recours soit transmis à cette juridiction comme objet de sa compétence.
La Commission cantonale des recours a constaté que la loi jurassienne prévoit deux dernières instances cantonales différentes selon qu'il s'agit de questions d'ordre cantonal ou fédéral et que, suivant l'arrêt du Tribunal fédéral, le Parlement devra en débattre. Par acte séparé, elle a conclu au rejet du recours.
Le Tribunal cantonal a notamment proposé diverses solutions susceptibles d'assurer le parallélisme des procédures de recours, tout en précisant que celui-ci n'était pas expressément prévu par la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale et que la doctrine était partagée sur cette question.
Le contribuable s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours, en concluant implicitement à son rejet.
L'Administration fédérale des contributions à constaté qu'une double instance cantonale présente également des inconvénients et que la dissymétrie des voies de recours a été tolérée jusqu'à aujourd'hui; il ne semblerait pas que le législateur ait voulu obliger les cantons qui connaissent cette dissymétrie à modifier leur procédure en l'état actuel du droit. L'administration fédérale s'en remet à justice sur la question de la recevabilité du recours. Pour le reste, elle propose d'admettre le recours dans la mesure où il est recevable.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 129 II 225 consid. 1; 129 IV 216 consid. 1 et les arrêts cités).
2. 2.1 Selon l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), entrée en vigueur le 1er janvier 1995, la décision de la commission cantonale de recours ou celle d'une autre instance de recours au sens de l'art. 145 LFID peut faire l'objet d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral, dans les 30 jours dès sa notification. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir. L'art. 145 LIFD précise que, dans la mesure où le droit cantonal le prévoit, la décision sur recours peut encore être portée devant une autre instance cantonale, indépendante de l'administration (al. 1); dans ce cas, les art. 140 à 144 LIFD concernant la procédure devant la commission cantonale de recours s'appliquent par analogie (al. 2).
La possibilité pour les cantons d'instituer une seconde instance de recours pour les impôts directs cantonaux soumis à la loi fédérale d'harmonisation est expressément prévue par l'art. 50 LHID. D'après cette disposition légale, le contribuable peut interjeter un recours contre la décision sur réclamation devant une commission de recours indépendante des autorités fiscales (al. 1); le contribuable et l'administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'administration, à condition que le droit cantonal le prévoie (al. 3). Aux termes de l'art. 73 LHID, les décisions cantonales de dernière instance (relatives aux impôts directs cantonaux) peuvent aussi faire l'objet d'un recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral, lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1 de cette loi (al. 1); le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir (al. 2).
2.2 En vertu de l'art. 14 de l'ordonnance jurassienne du 19 décembre 2000 d'exécution concernant l'impôt fédéral direct (ci-après: Ordonnance jurassienne d'exécution IFD), la Commission cantonale des recours est l'autorité de recours compétente au sens de l'art. 104 al. 3 LIFD, prévoyant que chaque canton institue une commission cantonale de recours en matière d'impôt fédéral direct.
Le législateur jurassien n'a pas fait usage de la compétence prévue à l'art. 145 LIFD: il n'a pas instauré une double instance cantonale de recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
Il en va différemment pour les impôts directs cantonaux et communaux. Les décisions sur recours prises par la Commission cantonale des recours en cette matière peuvent encore faire l'objet d'un recours auprès de la Cour administrative du Tribunal cantonal (art. 165 de la loi d'impôt jurassienne du 26 mai 1988; ci-après: Loi d'impôt/JU) et, le cas échéant, devant le Tribunal fédéral lorsque les conditions d'application de l'art. 73 al. 1 LHID sont réalisées (art. 168a Loi d'impôt/JU).
2.3 En l'occurrence, la décision attaquée du 4 juillet 2003 concerne à la fois l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux pour la période fiscale 2001. Le présent recours de droit administratif ne porte que sur l'impôt fédéral direct. En tant qu'elle a trait aux impôts cantonaux, la décision querellée a été portée devant la Cour administrative du Tribunal cantonal, conformément au droit cantonal de procédure.
Comme la décision attaquée porte sur l'une des matières mentionnées à l'art. 73 al. 1 LHID et concerne l'année 2001, soit une période fiscale suivant l'échéance du délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la loi fédérale d'harmonisation le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux diverses dispositions de la loi (art. 72 al. 1 LHID), l'arrêt qui sera rendu par la Cour administrative du Tribunal cantonal en matière d'impôts directs cantonaux pourra, le cas échéant, aussi être attaqué par la voie du recours de droit administratif auprès du Tribunal fédéral pour violation du droit fiscal harmonisé (cf. art. 73 al. 1 LHID; ATF 128 II 56 consid. 1 p. 58 s. et les références citées).
Dès lors, la question se pose de savoir si les mêmes voies de droit ne devraient pas être ouvertes contre la décision querellée, qu'elle porte sur l'impôt fédéral direct ou sur les impôts cantonaux. S'agissant de l'impôt fédéral direct, il faut déterminer en particulier si cette décision a été, ou non, prise par une autorité cantonale statuant en dernière instance au sens des art. 98 let. g et 98a OJ.
2.4 Au surplus, déposé en temps utile et dans les formes légales par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct contre un arrêt fondé sur le droit public fédéral, le présent recours est recevable sous cet angle tant en vertu des art. 97 ss OJ que de la règle particulière de l'art. 146 LIFD.
3. 3.1 La loi fédérale d'harmonisation règle de manière sommaire la procédure de recours (art. 50 LHID), de sorte que les cantons ont gardé une certaine autonomie dans l'aménagement des voies de droit. Ils peuvent choisir en particulier s'ils entendent avoir une ou deux instances judiciaires au sens de l'art. 98a OJ. L'art. 145 LIFD n'indique pas expressément si, lorsqu'ils adoptent une double instance de recours pour les impôts directs cantonaux (comme c'est le cas dans le canton du Jura notamment), ils doivent - ou simplement s'ils peuvent - faire de même pour l'impôt fédéral direct. Autrement dit, on peut se demander si le parallélisme des procédures de recours s'impose aux cantons ou si ceux-ci sont libres de prévoir des voies de recours différentes pour l'impôt fédéral direct et les impôts directs cantonaux.
3.2 Dans une affaire valaisanne concernant la voie à suivre en matière d'entraide fiscale au sens de l'art. 112 LIFD (correspondant à l'art. 39 al. 3 LHID qui règle la collaboration d'autres autorités de manière analogue sur le plan cantonal), le Tribunal fédéral a jugé que, dans les cantons qui n'ont pas défini de procédure déterminée dans le domaine en cause, le refus ou l'octroi de l'entraide en matière fiscale par des autorités autres que fiscales peut être attaqué selon les mêmes voies que les décisions sur le fond (soit par la procédure de recours auprès des autorités judiciaires cantonales compétentes en matière d'impôts). A cette occasion, le Tribunal fédéral a constaté, de manière générale, que l'art. 145 LIFD, comme l'art. 50 LHID, donnait aux cantons la possibilité de prévoir une double instance judiciaire cantonale (par exemple la Commission cantonale de recours, puis le Tribunal administratif). Cela pouvait supposer un parallélisme des voies de recours, la voie à deux instances s'appliquant (dès la période fiscale 2001) également en ce qui concerne l'impôt fédéral direct dans les cantons qui connaissaient déjà ce système sur le plan cantonal. La Commission cantonale de recours valaisanne (ou une autre autorité judiciaire au sens de l'art. 98a OJ qui restait à désigner) devrait donc veiller à indiquer, dans sa décision, une éventuelle voie de recours à une seconde instance cantonale, le cas échéant également en matière d'impôt fédéral direct (ATF 128 II 311 consid. 6.4 p. 323 s.). La question, laissée indécise dans l'arrêt en cause, doit être tranchée ici.
4. 4.1 Selon l'art. 145 LIFD, dans la mesure où le droit cantonal le prévoit, la décision sur recours (concernant l'impôt fédéral direct) peut encore être portée devant une autre instance cantonale, indépendante de l'administration. Cette disposition renvoie implicitement à l'art. 50 al. 3 LHID, sans indiquer expressément toutefois si les cantons sont tenus d'instaurer des autorités et des instances de recours rigoureusement identiques dans le domaine du droit fiscal harmonisé. La lettre de ces normes n'exclut pas non plus que la volonté du législateur fédéral était d'obliger les cantons à adopter des voies de recours semblables. En particulier, la mention que "la décision peut encore être portée (...)" indique simplement que la voie de recours auprès de la seconde instance est ouverte lorsque le canton a prévu une double instance de recours; on ne saurait déduire du terme "peut" que le législateur fédéral autorise le canton à adopter pour l'impôt fédéral direct une procédure différente de celle des impôts cantonaux harmonisés. Deux interprétations sont donc possibles. A cet égard, le silence de la loi fédérale d'harmonisation ne saurait, à lui seul, être compris comme conférant une marge d'autonomie aux cantons, en particulier lorsqu'il porte sur un point relevant d'un domaine dont l'harmonisation est expressément prévue par la Constitution fédérale, tel que la procédure (ATF 128 II 56 consid. 4 p. 62). Il faut dans ce cas aussi rechercher le sens véritable des dispositions en cause, afin de déterminer l'étendue de l'autonomie dont dispose le législateur cantonal pour aménager les voies de droit internes au vu de la loi fédérale d'harmonisation.
4.2 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Le sens que prend la disposition dans son contexte est également important (ATF 129 II 114 consid. 3.1 p. 118; 129 III 55 consid. 3.1.1 p. 56/57; 128 II 56 consid. 4 p. 62; 125 II 480 consid. 4 p. 484, 238 consid. 5a p. 244, 192 consid. 3a p. 196, 183 consid. 4 p. 185, 177 consid. 3 p. 179 et la jurisprudence citée).
Si plusieurs interprétations sont admissibles, il convient de choisir celle qui est conforme à la Constitution fédérale. En effet, même s'il ne peut pas examiner la constitutionnalité des lois fédérales (art. 191 Cst. et art. 113 al. 3 aCst.), le Tribunal fédéral part de l'idée que le législateur fédéral ne propose pas de solution incompatible avec la Constitution fédérale, à moins que le contraire ne résulte clairement de la lettre ou de l'esprit de la loi (ATF 122 III 469 consid. 5a p. 474; 119 Ia 241 consid. 7a p. 248 et les références citées).
De surcroît, le Tribunal fédéral ne peut, sous peine de violer le principe de la séparation des pouvoirs, s'écarter d'une interprétation qui correspond à l'évidence à la volonté du législateur, en se fondant, le cas échéant, sur des considérations relevant du droit désirable (de lege ferenda); autrement dit, le juge ne saurait se substituer au législateur par le biais d'une interprétation extensive (ou restrictive) des dispositions légales en cause (ATF 127 V 75 consid. 3 p. 79; 105 Ib 49 consid. 5b p. 62 et les arrêts cités).
5. 5.1 Il convient d'abord de situer l'art. 145 LIFD dans son contexte constitutionnel.
La Constitution fédérale garantit aux cantons une large autonomie en matière d'organisation et de procédure. Ceux-ci sont en principe libres de s'organiser comme ils l'entendent et de répartir le pouvoir cantonal entre les organes qu'ils instituent (art. 1, 3 et 47 Cst.). L'autonomie constitutionnelle des cantons n'est cependant pas absolue. Elle est limitée par la Constitution fédérale elle-même, les lois fédérales et la jurisprudence. S'agissant de la mise en oeuvre du droit fédéral, la Confédération doit certes laisser aux cantons "une marge de manoeuvre aussi large que possible" et tenir compte de "leurs particularités" (art. 46 al. 2 Cst.): elle ne doit pas limiter sans nécessité la liberté d'action des cantons et, partant, restreindre leur souveraineté. Toutefois, lorsque les cantons sont chargés de l'exécution de la législation fédérale, celle-ci leur indique souvent quels organes et quelles procédures sont nécessaires à son exécution. C'est dire que, dans le domaine du fédéralisme d'exécution - tel que la perception de l'impôt fédéral direct -, la législation intervient souvent dans l'organisation administrative et judiciaire des cantons (cf. notamment art. 104 al. 3 LIFD qui oblige les cantons à prévoir au moins une commission de recours en matière d'impôt fédéral direct). La législation fédérale (art. 98a OJ) oblige également tous les cantons à instituer une juridiction administrative indépendante au moins pour les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral (sur toutes ces questions, Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. I, Berne 2000, p. 59-66, 72-75; Message du Conseil fédéral du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle Constitution fédérale, FF 1997 I 1 ss, p. 209-215).
5.2 L'art. 129 Cst. (qui correspond matériellement à l'art. 42quinquies aCst.) consacre le principe de l'harmonisation fiscale. Selon cette disposition constitutionnelle, la Confédération fixe les principes de l'harmonisation des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes (...) (al. 1); l'harmonisation s'étend à l'assujettissement, à l'objet et à la période de calcul de l'impôt, à la procédure (...) (al. 2). La procédure fait donc elle-même partie des domaines qui doivent être harmonisés.
Le constituant a prévu une harmonisation tant sur le plan horizontal (entre les cantons eux-mêmes, d'une part, et, dans le canton, entre les communes elles-mêmes, d'autre part) que sur le plan vertical (entre la Confédération et les cantons, respectivement entre les cantons et les communes). Le législateur fédéral, qui a pour mandat constitutionnel de mettre en oeuvre l'harmonisation fiscale, doit ainsi veiller à ce que la réglementation concernant l'impôt fédéral direct et les lois fiscales cantonales concordent entre elles (F. Cagianut, Commentaire de la Constitution fédérale [ci-après: Commentaire], état avril 1986, n. 5 ad art. 42quinquies aCst.; Rapport du groupe d'experts Cagianut sur l'harmonisation fiscale, Publications de la Chambre fiduciaire, Zurich 1994, [ci-après: Rapport Cagianut], vol. 128 p. 71). Il doit user de sa compétence législative dans le domaine de l'impôt fédéral direct de telle manière que son propre régime fiscal soit en accord avec les règles contenues dans la loi fédérale d'harmonisation (cf. Cagianut, Commentaire., n. 8 ad art. 42quinquies aCst.).
L'harmonisation fiscale vise à un ajustement réciproque des impôts directs de la Confédération et des cantons, une plus grande transparence du système fiscal suisse et une simplification de la taxation en particulier dans l'intérêt des contribuables, tout en ménageant le plus possible l'autonomie - en particulier financière - des cantons (Rapport Cagianut, p. 73; Markus Reich, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht [ci-après: Kommentar StHG], Bâle 2002, 2e éd., n. 29 Vorbemerkungen ad art. 1/2 LHID, p. 10 s.; Urs R. Behnisch, Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar [St. Galler Kommentar], Zurich 2002, n. 7 et 23 ad art. 129 Cst.). Elle ne doit pas conduire à une uniformisation des systèmes fiscaux, mais à leur coordination sur la base du principe de subsidiarité (art. 46 al. 2 Cst.). Toutefois, dans les domaines où il n'existe pas ou plus de besoin de régime cantonal différent, il se justifie d'admettre une harmonisation plus poussée sur la base du droit fédéral, même si cela ne ressort pas clairement de la lettre de la loi. En effet, le champ d'autonomie cantonale doit avoir une fonction claire et déterminée et n'est pas un but en soi (ATF 128 II 56 consid. 6a p. 64 s.; Reich, Kommentar StHG, n. 34 et 39 ad art. 1 LHID). Au demeurant, la cohérence du système juridique suisse exige, en matière d'impôts, la cohérence des normes fiscales, fédérales et cantonales, ainsi que celle de leur interprétation. En effet, l'harmonisation fiscale a pour but de mettre sur pied un système fiscal cohérent de manière à permettre une vue d'ensemble de la législation fiscale. Cela exige des cantons qu'ils se conforment aux règles et à l'esprit de l'harmonisation. Le principe de cohérence veut également que l'on interprète le droit de l'impôt fédéral direct et le droit cantonal qui règle la même matière de manière à réaliser une "harmonisation de la jurisprudence", ce que le législateur fédéral a réalisé en prévoyant que les décisions cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral lorsqu'elles portent sur une matière qui fait l'objet de l'harmonisation (art. 73 al. 1 LHID; Jean-Marc Rivier, La relation entre le droit fédéral et le droit cantonal en matière d'impôts directs: harmonisation et uniformisation, in Problèmes actuels de droit fiscal, Mélanges en l'honneur du Professeur Raoul Oberson, Bâle 1995, p. 157 ss, 166 ss).
En l'espèce, ces principes valent aussi pour la procédure cantonale en matière d'impôt fédéral direct dont le constituant a expressément prévu l'harmonisation. Dans ce domaine, la compétence des cantons se limite à l'exécution du droit fédéral et leur autonomie est de toute manière restreinte. La question ne se pose donc pas dans les mêmes termes que s'il s'agissait de leur imposer une organisation judiciaire particulière en matière d'impôts cantonaux (en particulier non harmonisés) en dérogation à l'autonomie cantonale généralement admise dans ce domaine.
5.3 En Suisse, la majorité des cantons et demi-cantons (dix-sept) ont adopté une législation prévoyant un parallélisme des voies de droit en ce qui concerne les impôts directs cantonaux et fédéral (Genève, Argovie, Appenzell Rh.-Int. et Rh.-Ext., Nidwald, Vaud, Tessin, Fribourg, Zoug, Grisons, Soleure, Schwyz, Uri, Lucerne, Schaffhouse, Neuchâtel et Glaris). A l'exception de Genève et d'Argovie qui ont instauré une double instance de recours pour ces deux types d'impôts, ces cantons et demi-cantons disposent d'une seule et même instance cantonale de recours commune.
Neuf cantons et demi-cantons (Berne, Valais, Thurgovie, Saint-Gall, Obwald, Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Jura et Zurich) prévoient des voies de recours internes différentes pour les impôts directs cantonaux et l'impôt fédéral direct. En règle générale, c'est la même commission cantonale de recours qui statue respectivement en première ou dernière instance cantonale, selon qu'il s'agit de litiges relatifs aux impôts directs cantonaux ou à l'impôt fédéral direct. Ses décisions peuvent faire l'objet d'un recours cantonal auprès du Tribunal cantonal (en principe le Tribunal administratif) en matière d'impôts cantonaux et, le cas échéant, d'un recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral (art. 73 LHID), tandis qu'elles peuvent être attaquées directement auprès du Tribunal fédéral pour ce qui est de l'impôt fédéral direct (art. 146 LIFD en relation avec l'art. 73 LHID). Le canton de Zurich a institué plusieurs commissions cantonales de recours différentes et indépendantes les unes des autres, dont les commissions cantonales de recours ("Rekurskommissionen"; cf. § 112 de la loi cantonale d'impôt du 8 juin 1997) pour les impôts cantonaux et la Commission cantonale de recours en matière d'impôt fédéral qui statue dans ce domaine en unique et dernière instance cantonale de recours ("Bundessteuer-Rekurskommission", cf. § 3 let. c et § 13 al. 1 de l'ordonnance cantonale du 4 novembre 1998 d'exécution de l'impôt fédéral direct). Seules les décisions rendues par les commissions cantonales de recours en matière d'impôts cantonaux sont sujettes à recours auprès du Tribunal administratif (cf. § 153 de la loi cantonale d'impôt du 8 juin 1997) avant d'être attaquées, le cas échéant, par la voie du recours de droit administratif auprès du Tribunal fédéral (art. 73 LHID).
6. 6.1 Dans son Message du 25 mai 1983 concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral (ci-après: Message sur l'harmonisation fiscale; FF 1983 III 1 ss, p. 224), le Conseil fédéral relève à propos de l'art. 152 du projet de la loi sur l'impôt fédéral direct (actuellement art. 145 LIFD) que l'art. 54 al. 3 du projet de la loi d'harmonisation (qui correspond à l'art. 50 al. 3 LHID) "donne aux cantons la possibilité d'aménager une voie de recours à deux instances dans la procédure de recours en matière d'impôts directs cantonaux. Compte tenu de cette disposition, la voie de recours à deux instances doit désormais également pouvoir être appliquée en ce qui concerne l'impôt fédéral direct dans les cantons qui connaissent déjà ce système ou dans ceux qui désirent l'introduire". Le Conseil fédéral souligne que "ce parallélisme dans la procédure de recours est nécessaire" (dans la version allemande, le verbe 's'imposer' est même utilisé: "Diese Parallelität des Beschwerdeverfahrens drängt sich auf", FF 1983 III 213 s.); "en effet, dans le nouveau droit, les motifs des recours de droit administratif au Tribunal fédéral ayant trait à l'application de la LHID seront, dans la plupart des cas, les mêmes que pour ceux qui concerneront l'application de la LIFD. On contribue ainsi également à décharger le Tribunal fédéral".
Toujours selon le Conseil fédéral, la question s'est posée de savoir si les cantons qui connaissent, dans leur droit actuel, deux instances de recours au niveau cantonal (commission de recours et tribunal administratif, comme p. ex. Berne et Zurich) seraient autorisés à conserver ce système après l'entrée en vigueur de la loi fédérale d'harmonisation. Cette question a été réglée expressément par l'affirmative (art. 50 al. 3 LHID). Le maintien d'une voie de recours cantonale à deux instances a été considéré comme étant dans l'intérêt des parties. De plus, les charges supplémentaires imposées au Tribunal fédéral ensuite de l'élargissement du champ d'application du recours de droit administratif (art. 73 LHID) seraient moins lourdes que si la deuxième instance cantonale était supprimée, la seconde instance cantonale, comme la première, devant être indépendante de l'administration (FF 1983 III 143 s., ad art. 54 du projet de loi d'harmonisation).
Lors des débats parlementaires, l'art. 152 du projet de loi sur l'impôt fédéral direct (qui correspondait exactement à l'art. 145 LIFD) et l'art. 54 du projet de loi d'harmonisation du Conseil fédéral (dont la teneur a été reprise à l'art. 50 LHID sous réserve d'une modification rédactionnelle minime) n'ont pas suscité de discussions et ont été adoptés par les Chambres fédérales sur proposition de leur commission d'adhérer au projet du Conseil fédéral (à propos de l'art. 152 de la loi sur l'impôt fédéral direct: BO 1986 CE 207 et BO 1988 CN 71; à propos de l'art. 54 de la loi sur l'harmonisation: BO 1986 CE 155; BO 1989 CN 85).
Il ressort donc des travaux préparatoires que le législateur fédéral a admis que, grâce à l'adoption de l'art. 145 LIFD, les cantons - du moins ceux qui connaissaient deux instances de recours pour les impôts directs cantonaux, mais une seule pour l'impôt fédéral direct - introduiraient nécessairement une seconde instance de recours également pour l'impôt fédéral direct, ce qui n'était en principe pas possible sous l'empire de l'ancien arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD), en vigueur jusqu'au 31 décembre 1994 (cf. Heinz Masshardt, Kommentar zur direkten Bundessteuer, 2e éd., Zurich 1985, ad art. 69 AIFD, p. 385).
6.2 Cette interprétation est partagée par la doctrine majoritaire. Certains auteurs considèrent que l'art. 145 LIFD (en relation avec l'art. 50 LHID) doit être interprété en ce sens que les cantons sont tenus, lorsqu'ils instituent une double instance judiciaire de recours pour les impôts cantonaux, de prévoir les mêmes voies de recours en matière d'impôt fédéral direct; ils se fondent principalement sur les travaux préparatoires relatifs à la disposition légale en cause, ainsi que sur l'art. 129 Cst. (art. 42quinquies aCst.) qui impose une harmonisation verticale de l'impôt fédéral direct et des impôts directs cantonaux, notamment en matière de procédure (Danielle Yersin, Harmonisation fiscale: La dernière ligne droite, in Archives 69 p. 305 ss, 323 s.; du même auteur, Harmonisation fiscale: procédure, interprétation et droit transitoire, in RDAF 2003 II p. 1 ss, 7; Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, thèse Saint-Gall 1994, p. 167 s., 207 ss; Hugo Casanova, Rekursverfahren, in Archives 61 p. 441 s.; Peter Agner/Beat Jund/Gotthard Steinmann, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Zurich 2001, ad art. 145 LIFD, p. 436 s.).
Un auteur estime au contraire qu'à défaut d'une règle fédérale expresse, les cantons - qui jouissent d'une très grande autonomie en matière d'organisation et de procédure - sont libres de prévoir des voies de recours différentes pour les impôts directs - fédéral et cantonal. Le parallélisme des voies de droit ne saurait donc leur être imposé. L'harmonisation verticale de l'impôt fédéral direct et des impôts directs cantonaux ne signifie pas que la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale doive, sur tous les points, être interprétée exactement de la même façon que la loi sur l'impôt fédéral direct de manière à aboutir forcément au même résultat. A cela s'ajoute que la création d'une seconde instance de recours cantonale pour l'impôt fédéral direct ne ferait que rallonger et renchérir encore la procédure de recours (Ulrich Cavelti, Kommentar StHG, n. 22 et 23 ad art. 50 LHID; du même auteur, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], vol. I/2b, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bâle 2000 [ci-après cité: Kommentar DBG], n. 1 ad art. 145 LIFD, où l'auteur semble admettre ici que le parallélisme des voies de droit a été voulu par le législateur fédéral). Quant à Walter Ryser/Bernard Rolli (Précis de droit fiscal suisse, 4e éd., Berne 2002, p. 471 et 474), ils sont d'avis qu'un parallélisme entre les deux procédures est certainement souhaitable, mais qu'il ne s'impose pas de manière contraignante aux cantons, vu que la loi sur l'impôt fédéral direct et la loi fédérale d'harmonisation sont muettes sur les règles de procédure applicables à l'éventuelle seconde instance de recours (ce qui n'est que partiellement exact car l'art. 145 LIFD prévoit expressément que les art. 140 à 144 s'appliquent par analogie à la seconde instance de recours cantonale).
6.3 Une interprétation de l'art. 145 LIFD, en relation avec l'art. 50 al. 3 LHID, dans le sens des travaux préparatoires et de la doctrine majoritaire apparaît conforme au but et à l'esprit de la législation fédérale sur l'harmonisation fiscale. Le maintien de la dissymétrie des voies de droit entre les impôts directs cantonaux et fédéral - telle que prévue dans le canton du Jura - aurait pour effet de rendre plus difficile la réalisation des objectifs fixés par la Constitution (art. 129 Cst.) et concrétisés par la loi fédérale d'harmonisation, à savoir une meilleure concordance et coordination entre les impôts directs de la Confédération et des cantons, une plus grande transparence et cohérence du système fiscal suisse - qui comprend la procédure - ainsi qu'une simplification de la taxation notamment dans l'intérêt des contribuables. Le souci d'assurer une application et une interprétation uniforme et cohérente de la loi sur l'impôt fédéral direct et du droit cantonal déjà sur le plan cantonal plaide pour un parallélisme des voies de droit. Plus il existe, à l'intérieur d'un même canton, d'autorités différentes appelées par des procédures différentes à se prononcer sur des taxations relevant du droit fiscal harmonisé, plus grand sera le risque d'aboutir à des interprétations divergentes et donc à des décisions contradictoires.
6.4 En ouvrant le recours de droit administratif au Tribunal fédéral aussi contre les décisions cantonales de dernière instance (art. 73 LHID), le législateur a voulu assurer une harmonisation approfondie du droit de fond cantonal et fédéral (y compris de leur interprétation) dans les domaines harmonisés. Il a aussi voulu obtenir une certaine simplicité et économie de procédure et permettre le choix de la voie de droit adéquate avec sécurité. L'introduction d'un tel recours n'aurait pas grand sens si les décisions attaquées n'émanent pas d'une même autorité de recours en dernière instance cantonale. Il appartient d'abord aux cantons d'instaurer une procédure qui garantisse l'harmonisation fiscale, qui pourra, le cas échéant, être contrôlée en dernier lieu par le Tribunal fédéral.
Le maintien de procédures de recours différentes sur le plan cantonal comporte le risque que les autorités cantonales jugent différemment en matière d'impôt cantonal et d'impôt fédéral direct et que, sous réserve de la suspension de l'une des procédures et de l'adoption ultérieure par l'autorité cantonale de seconde instance d'une solution semblable à celle du Tribunal fédéral, celui-ci doive trancher deux fois la même question litigieuse, soit d'abord dans le cadre du recours de droit administratif interjeté directement contre la décision de la Commission cantonale des recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, puis à l'occasion d'un éventuel recours de droit administratif déposé contre l'arrêt de la Cour administrative du Tribunal cantonal en matière d'impôts cantonaux.
Il existe également un risque de décisions contradictoires entre l'une ou l'autre des instances de recours cantonales et le Tribunal fédéral. En particulier, ce risque peut résulter de ce que ces autorités disposent de pouvoirs d'appréciation différents, qui peuvent être plus ou moins larges quant aux constatations de fait, et d'une cognition plus ou moins libre sur le plan juridique. Ainsi, dans le canton du Jura, la Cour administrative du Tribunal cantonal jouit, en matière de constatations de fait, d'un plus large pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral. Elle peut en effet revoir d'office les constatations inexactes ou incomplètes des faits pertinents tels qu'établis par la Commission cantonale des recours (art. 166 al. 3 let. b Loi d'impôt/JU). En revanche, lorsque le recours de droit administratif est dirigé - comme c'est le cas en l'espèce - contre la décision émanant d'une autorité judiciaire - ce qu'est la Commission cantonale des recours, comme le Tribunal cantonal - le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 let. b et art. 105 al. 2 OJ; ATF 128 II 145 consid. 1.2.1). Il est donc possible que la Cour administrative du Tribunal cantonal et le Tribunal fédéral tranchent une même question juridique de manière différente sur la base d'autres états de fait. A noter que, si l'art. 98a al. 3 OJ prescrit que les motifs de recours (devant la juridiction cantonale de dernière instance) doivent être admis au moins aussi largement que pour le recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral, cette disposition légale n'interdit cependant au législateur cantonal ni d'introduire des règles de procédure qui vont au-delà de ces exigences minimales, ni de prévoir un pouvoir d'appréciation différent selon les autorités dans les limites de l'art. 98a OJ.
D'autres incohérences peuvent également surgir. Tel est le cas notamment de la question de la reformatio in peius vel melius qui n'est pas nécessairement prévue pour les impôts cantonaux (p. ex. en droit bernois), alors qu'elle l'est expressément par l'art. 143 LIFD pour la Commission de recours et la seconde instance (par renvoi de l'art. 145 al. 2 LIFD) et par l'art. 114 OJ pour le Tribunal fédéral (Ryser/Rolli, op. cit., note de bas de page 129, p. 474).
6.5 Quant aux inconvénients relevés par la doctrine minoritaire (renchérissement et allongement de la procédure; cf. consid. 6.2), ils sont compensés par d'autres avantages, selon le Message du Conseil fédéral (cf. consid. 6.1). De toute manière, ils justifieraient, le cas échéant, le choix d'une procédure réduite à une instance, mais non un système dissymétrique qui cumule les inconvénients à la fois de l'instance unique et de la double instance.
6.6 En résumé, il convient d'interpréter l'art. 145 LIFD (en relation avec l'art. 50 LHID) en ce sens que, lorsqu'un canton a instauré une double instance de recours en matière d'impôts directs cantonaux, il doit également prévoir ce système pour l'impôt fédéral direct afin que les objectifs poursuivis par la loi fédérale d'harmonisation puissent être réalisés au mieux. Une telle interprétation - qui résulte de la volonté du législateur fédéral - ne viole pas l'autonomie cantonale en matière de procédure. Le canton reste libre d'adopter une seule instance dans les deux cas pour tout le droit harmonisé, soit une commission de recours, soit un Tribunal administratif (ou cantonal).
Il s'ensuit que l'art. 14 de l'Ordonnance jurassienne d'exécution IFD - prévoyant que la Commission cantonale des recours statue en dernière instance cantonale en matière d'impôt fédéral direct - est contraire à l'art. 145 LIFD.
7. 7.1 Il résulte de ce qui précède que la décision attaquée n'a pas été rendue par une autorité statuant en dernière instance cantonale (art. 98 let. g OJ) pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct. Partant, le présent recours s'avère irrecevable, les instances de recours cantonales n'ayant pas été épuisées.
7.2 Lorsque la réglementation sur les voies de droit est peu claire ou contradictoire, il se justifie, selon le principe de la bonne foi, de transmettre l'affaire à l'autorité compétente, quand bien même le recours de droit administratif est déclaré irrecevable par le Tribunal fédéral (cf. ATF 123 II 231 consid. 8 b/c p. 239 s.).
La présente affaire doit ainsi être transmise à la Cour administrative du Tribunal cantonal jurassien dont la compétence est probable, du moins provisoirement, étant précisé que ce tribunal est déjà saisi d'un recours dirigé contre la même décision pour ce qui concerne les impôts directs cantonaux. Cette juridiction cantonale devra néanmoins examiner préalablement sa compétence et, le cas échéant, transmettre l'affaire à l'autorité qui sera finalement désignée par le canton après avoir tenu compte de la situation juridique créée par le présent arrêt. Il n'appartient en effet pas au Tribunal fédéral de désigner lui-même définitivement l'autorité cantonale compétente, cette question relevant de l'autonomie cantonale du moment que les règles fixées par les lois fédérales sur l'impôt fédéral direct et d'harmonisation (cf. art. 145 LIFD et art. 50 LHID) se bornent à prévoir le parallélisme des procédures et laissent aux cantons le choix entre une instance unique ou une double instance.
A cet égard, lorsque le canton a choisi d'instaurer une double instance de recours, il est pour le moins douteux que les autorités cantonales de recours de première instance puissent être différentes pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux (comme p. ex. dans le canton de Zurich), surtout s'il n'existe aucune coordination entre elles. Quoi qu'il en soit, la seconde instance cantonale de recours doit nécessairement être commune, afin que le droit fiscal harmonisé puisse être appliqué et interprété de manière uniforme déjà sur le plan cantonal. Il va sans dire que si une seule instance de recours cantonale est prévue, la même autorité devra connaître des litiges en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt direct cantonal.
7.3 Cela dit, l'arrêt du Tribunal fédéral qui prononce l'irrecevabilité du recours de droit administratif en raison d'une incompétence fonctionnelle n'empêche pas l'autorité cantonale à laquelle l'affaire a été renvoyée (ou celle qui est finalement désignée) de se prononcer le cas échéant sur les moyens de fond du recourant, ou comme en l'espèce de l'autorité recourante. L'autorité de la chose jugée se limite à l'objet du présent arrêt, à savoir la question de la recevabilité, à ce stade, du recours de droit administratif au regard notamment de l'art. 145 LIFD en relation avec l'art. 50 al. 3 LHID (cf. ATF 123 II 231 consid. 8d p. 240). En d'autres termes, comme l'affaire est renvoyée à la Cour administrative du Tribunal cantonal, le présent arrêt d'irrecevabilité n'a pas pour conséquence de rendre directement exécutoire la décision attaquée prise par la Commission cantonale de recours. Il importe par ailleurs que la procédure cantonale se déroule dans un délai raisonnable (art. 29 al. 1 Cst.).
8. Au vu de ce qui précède, le présent recours est irrecevable pour défaut d'épuisement des instances cantonales, la cause étant renvoyée à la Cour administrative du Tribunal cantonal dans le sens des considérants. Compte tenu de l'ensemble des circonstances, il se justifie de statuer sans frais.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La cause est renvoyée à la Cour administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura dans le sens des considérants.
3. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties et à la Commission cantonale des recours en matière d'impôts du canton du Jura, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 19 décembre 2003
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: