Faits:
A. B.X._, né en 1948, exerce à titre indépendant une activité de technicien dentiste. En raison de problèmes de santé, il a été mis au bénéfice d'une rente AI depuis le 1er février 1999. Il a néanmoins continué à exercer sa profession de manière très réduite. Après un délai d'attente de 720 jours, il a reçu des rentes de deux assurances privées (C._ et D._).
Dans leur déclaration pour la période fiscale 2005, B.X._ et A.X._ (ci-après: les intéressés) ont indiqué que l'activité indépendante s'était soldée par une perte de 6'503 fr. et que B.X._ avait reçu 64'000 fr. provenant d'assurances privées. Sur ce montant, ils faisaient valoir une réduction de 12'800 fr. (20%) en matière d'impôt cantonaux et communaux et de 25'600 fr. (40%) en matière d'impôt fédéral direct.
Par décision de taxation du 14 octobre 2006, la Commission d'impôt de district de la commune de Monthey a arrêté le revenu de l'activité indépendante à 3 fr. après reprises de frais de véhicule, de téléphone et de publicité. Les rentes ont en outre été pleinement imposées, ce que les intéressés ont vainement contesté par la voie de la réclamation.
Par mémoire du 5 juin 2007, les intéressés ont recouru contre la décision sur réclamation du 7 mai 2007 auprès de la Commission de recours en matière fiscale. Ils ont contesté les reprises et soutenu que les rentes devaient être partiellement exonérées du moment que les primes n'avaient pu être que partiellement déduites du revenu imposable.
B. Par arrêt du 20 février 2008, la Commission de recours en matière fiscale a partiellement admis le recours. Elle a confirmé les reprises sur les frais de véhicule et de téléphone et annulé celles qui concernaient les frais de publicité (500 fr.). Constatant que les rentes n'avaient pas commencé à courir avant le 1er janvier 2002 et qu'elles avaient été versées par des assurances privées et non pas par des institutions de prévoyance professionnelle, elle a jugé que de telles rentes ne tombaient pas dans le champ d'application de l'art. 204 de la loi fédérale 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) ni dans celui de l'art. 18 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LF/VS; RSVS 642.1), dont la teneur correspondait à celles des art. 204 LIFD et 7 de la loi fédéral du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14).
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B.X._ et A.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 20 février 2008 par la Commission de recours en matière fiscale et de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants, subsidiairement de réformer l'arrêt en ce sens qu'une déduction de 40% est admise sur les rentes litigieuses en matière d'impôt fédéral, cantonal et communal. Ils se plaignent de la violation de l'art. 22 al. 3 LIFD
La Commission de recours en matière fiscale, le Département des finances du canton du Valais ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours sous suite de frais.
Considérant en droit:
1. Interjeté par B.X._ et A.X._ (ci-après: les recourants) qui sont directement touchés par la décision attaquée et qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (art. 89 LTF), le recours, dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF et art. 150 al. 2 LF/VS), est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prescrits (art. 42 LTF). Il ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83 LTF.
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 ainsi que 42 al. 1 et 2 LTF). Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
2.2 A teneur de l'art. 112 al. 1 let. b LTF, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral doivent contenir les motifs déterminants de fait et de droit. Il résulte de cette norme que ces décisions doivent indiquer clairement les faits qui sont établis et les déductions juridiques qui sont tirées de l'état de fait déterminant. Savoir quels sont les faits déterminants revêt une importance particulière dans la mesure où le Tribunal fédéral est en principe lié par ceux arrêtés par la dernière instance cantonale. Un état de fait insuffisant empêche l'application des règles de droit pertinentes à la cause. Un tel manquement constitue donc une violation du droit. Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'art. 112 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (art. 112 al. 3 LTF; arrêt 2C_504/2008 du 28 janvier 2009, consid. 8.2, destiné à la publication).
3. 3.1 D'après l'art. 22 al. 1 LIFD, sont imposables tous les revenus provenant de l'assurance-vieillesse et survivants, de l'assurance-invalidité ainsi que tous ceux provenant d'institutions de prévoyance professionnelle ou fournis selon des formes reconnues de prévoyance individuelle liée, y compris les prestations en capital et le remboursement des versements, primes et cotisations. Sont notamment considérés comme revenus provenant d'institutions de prévoyance professionnelle les prestations des caisses de prévoyance, des assurances d'épargne et de groupe ainsi que des polices de libre-passage (art. 22 al. 2 LIFD). En revanche, aux termes de l'art. 22 al. 3 LIFD, les rentes viagères et les revenus provenant de contrats d'entretien viager sont imposables à raison de 40 %, tandis que les versements provenant d'assurances de capitaux privées susceptibles de rachat, à l'exception des polices de libre-passage sont en principe exonérés (art. 24 lettre b LIFD).
L'art. 204 LIFD prévoit à titre de disposition transitoire que les rentes et prestations en capital provenant de la prévoyance professionnelle, qui commençaient à courir ou devenaient exigibles avant le 1er janvier 1987 ou qui reposaient sur un rapport de prévoyance existant déjà au 31 décembre 1986 et commencent à courir ou deviennent exigibles avant le 1er janvier 2002, sont imposables comme il suit: à raison de trois cinquièmes, si les prestations (telles que dépôts, cotisations, primes) sur lesquelles se fonde la prétention du contribuable ont été faites exclusivement par le contribuable; à raison de quatre cinquièmes, si les prestations sur lesquelles se fonde la prétention du contribuable n'ont été faites qu'en partie par le contribuable, mais que cette partie forme au moins 20 % des prestations; entièrement, dans les autres cas.
3.2 Conformément à l'art. 7 al. 1 et 2 LHID, l'art. 18 al. 1 LF/VS prévoit que tous les revenus provenant de l'assurance vieillesse et survivants, de l'assurance invalidité, de la prévoyance professionnelle ou fournis selon les formes reconnues de prévoyance individuelle liée, ainsi que de contrats de rentes viagères ou d'entretien viager y compris les indemnités en capital et les remboursements de mises de fonds, primes et cotisations, et les prestations d'assurances risque pur sont imposables, tandis que, selon l'art. 18 al. 4 LF/VS, les rentes viagères et les revenus provenant de contrats d'entretien viager sont imposables à raison de 40 pour cent si les prestations sur lesquelles se fonde la prétention ont été fournies exclusivement par la personne contribuable. L'art. 18 al. 3 LF/VS met sur pied un régime d'exonération partielle des anciennes rentes, en substance comparable à celui de l'art. 204 LIFD, en exécution de l'art. 98 al. 4 de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle (LPP; RS 831.40).
3.3 Pour juger du régime fiscal des rentes déclarées par les recourants, l'instance précédente s'est bornée à indiquer le nom des compagnies d'assurances - qualifiées de privées - à l'origine des versements ainsi que leur montant total. Elle a ensuite écarté l'application de l'art. 204 LIFD en constatant que le moment où les rentes avaient commencé à courir n'était pas établi. Elle n'a en revanche en aucune manière décrit le nom des polices d'assurances, la date à laquelle elles avaient été contractées, le contenu des prestations stipulées, leur exigibilité, leur échéance, les conditions régissant leur versement, les risques couverts, le montant des cotisations, leur mode de financement, les délais d'attente etc... ni les circonstances relatives à la réalisation du risque dans le chef de B.X._ qui ont provoqué un délai d'attente de 720 jours puis le versement des rentes litigieuses.
Ainsi, l'arrêt attaqué ne contient pas un état de fait qui permette au Tribunal fédéral d'appliquer les art. 22 et 204 LIFD ainsi que 18 LF/VS et 7 LHID et de statuer sur la qualification des rentes versées aux recourants durant l'année 2005. Comme il n'est pas possible de déterminer les faits nécessaires à l'application de ces dispositions, l'arrêt attaqué doit être annulé en application de l'art. 112 al. 3 LTF et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle rende une décision qui réponde aux exigences de l'art. 112 al. 1 LTF.
4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'annulation partielle de l'arrêt rendu le 20 février 2008 en tant qu'il concerne le régime d'imposition fédéral, cantonal et communal des rentes déclarées par les recourants pour un montant de 64'000 fr. L'affaire est renvoyée pour une nouvelle décision à la Commission cantonale de recours en matière fiscale (art. 112 al. 3 LTF), qui réglera également à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).
Les vices de la décision étant imputables à la Commission cantonale de recours en matière fiscale, il convient de rendre l'arrêt sans frais (art. 66 al. 1 in fine LTF). En revanche, il y a lieu d'allouer au mandataire des recourants une indemnité à titre de dépens à charge du canton du Valais (art. 68 LTF; ATF 123 II 49, consid. 7 non publié).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. L'arrêt rendu le 20 février 2008 est partiellement annulé en tant qu'il concerne le régime d'imposition fédéral, cantonal et communal des rentes déclarées par les recourants pour un montant de 64'000 fr.
2. La cause est renvoyée à la Commission cantonale de recours en matière fiscale pour une nouvelle décision dans le sens des considérants.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaire
4. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. à charge du canton du Valais est allouée aux recourants.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Service cantonal des contributions, CID de Monthey, et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 31 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey