Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1959), verheiratet mit Y._, ist von der Z._ AG (mit Hauptsitz in Bern und einer Zweigniederlassung in Freiburg [mit Sitz bei der A._ AG]) als eidg. Wirtschaftsprüferin angestellt. Die Z._ AG - sie erbringt u.a. Dienstleistungen in den Bereichen Treuhand, Revisionen, Expertisen und Buchführungen - war im Herbst 2000 von einer GmbH in eine Aktiengesellschaft umgewandelt worden. X._ war bereits Gesellschafterin bei der GmbH, und sie übernahm bei der Gründung der AG 45 Aktien im Nominalwert von je Fr. 1'000.--. Schon damals war sie sowohl bei der Z._ AG als auch bei der A._ AG als Angestellte tätig.
Mit Darlehensvertrag vom 8. September 2000 gewährte die Z._ AG X._ ein innerhalb von 6 Monaten beidseitig kündbares, jährlich mit 3,5 % zu verzinsendes Darlehen in der Höhe von Fr. 45'000.--. Dieses Darlehen deklarierten die Eheleute XY._ fortan regelmässig in ihren Steuererklärungen.
Im Übrigen schloss X._ mit der A._ AG eine Vereinbarung ab, wonach sie erklärte, sowohl Eigentümerin von 45 Aktien (mit einem Nominalwert von Fr. 1'000.--) der Z._ AG als auch deren Darlehensnehmerin (über Fr. 45'000.--) zu sein. Dabei verpflichtete sich die A._ AG, die genannten Aktien auf Verlangen, spätestens aber beim Austritt der Aktionärin aus den Diensten der Gesellschaft, zu einem Preis von Fr. 1'000.-- pro Stück zu erwerben und den Kaufpreis direkt an die Z._ AG zur Tilgung des Darlehens zu bezahlen. X._ verpflichtete sich ihrerseits, die genannten Aktien spätestens bei ihrem Austritt aus den Diensten der Gesellschaft zum selben Preis an die A._ AG zu verkaufen, wobei der Kaufpreis an die Z._ AG zur Tilgung des Darlehens bezahlt werden solle.
Die gleiche Vereinbarung betraf auch die beiden anderen Aktionäre der Z._ AG (B._, Bremgarten [Anzahl Aktien: 45 à Fr. 1'000.--, Darlehenssumme Fr. 45'000.--] und C._, Givisiez [Anzahl Aktien: 10 à Fr. 1'000.--, Darlehenssumme Fr. 10'000.--]).
Mit Verfügung vom 16. Dezember 2004 der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg wurde das steuerbare Einkommen von X._ für das Steuerjahr 2003 mit Fr. D.-- (betreffend die direkte Bundessteuer) bzw. mit Fr. E.-- (betreffend die Kantonssteuer) veranlagt. Diese Veranlagung blieb unangefochten.
B. Anfangs 2006 wurde die Z._ AG von der Steuerverwaltung des Kantons Bern für die Gewinn- und Kapitalsteuer der Steuerperiode 2003 veranlagt. Dabei wurde unter dem Titel "Simuliertes Darlehen X._" ein Betrag von Fr. 45'000.-- aufgerechnet. Entsprechende Aufrechnungen wurden auch bezüglich der übrigen Aktionärsdarlehen vorgenommen. Zur Begründung dieser Aufrechnungen führte die Steuerverwaltung des Kantons Bern aus:
"Stellt das simulierte Darlehen eine zivilrechtlich untersagte Einlagenrückgewähr dar, unterliegen die geldwerten Leistungen in vollem Umfang der Einkommenssteuer. Eine Rückleistung von Kapitalanteilen einer Aktiengesellschaft an den Anteilinhaber ist nur bei einer förmlichen Kapitalherabsetzung (Art. 732 OR) oder einer Liquidation (Art. 745 OR) steuerfrei (Bgr. in StE 1997 B 24.4 Nr. 43)".
Diese Veranlagung erwuchs in Rechtskraft.
C. Am 5. September 2006 informierte die Steuerverwaltung des Kantons Bern die freiburgischen Steuerbehörden über die Veranlagung der Z._ AG und insbesondere über die darin vorgenommene Aufrechnung simulierter Darlehen. Gestützt auf diese Meldung eröffnete die freiburgische Veranlagungsbehörde X._ am 21. September 2006 eine "berichtigte" Veranlagungsverfügung ("Taxation: Definitive Rectifiée") mit einer Aufrechnung von Fr. 45'000.-- für das Steuerjahr 2003, und zwar mit folgenden Bemerkungen ("Remarques"):
"Nous avons rajouté une somme de Fr. 45'000.-- sous code 3.41. Cette reprise est considérée comme répartition dissimulée de bénéfices suite au contrôle des comptes de la société A._ AG par le Service des personnes morales du canton de Berne".
Eine gegen diese Verfügung erhobene Einsprache von X._ wies die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg mit Entscheid vom 23. Januar 2007 sowohl hinsichtlich der Kantonssteuer als auch der direkten Bundessteuer ab, und mit Urteil vom 30. Mai 2008 wies das Kantonsgericht Freiburg (Steuergerichtshof) Rekurs und Beschwerde gegen den Einspracheentscheid ebenfalls ab.
D. Mit Eingabe vom 14. Juli 2008 führt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, den angefochtenen Entscheid sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer als auch hinsichtlich der Kantonssteuer aufzuheben, unter Verzicht auf die Aufrechnung von Fr. 45'000.-- und mit entsprechender Reduktion des steuerbaren Einkommens auf Fr. D.-- (im Bund) bzw. Fr. E.-- (im Kanton).
Die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht (Steuergerichtshof) des Kantons Freiburg schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt ebenfalls, die Beschwerde abzuweisen.
Mit Eingabe vom 6. Mai 2009 hat sich X._ noch einmal unaufgefordert an das Bundesgericht gewandt und neue Beweismittel eingereicht.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.3).
1.2 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG); neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Angefochten ist im vorliegenden Fall sowohl bei der direkten Bundessteuer als auch bei den Kantonssteuern die Veranlagung für die Steuerperiode 2003. Die Beschwerdeführerin bestreitet das Vorliegen einer verdeckten Gewinnausschüttung durch faktische Rückzahlung des Eigenkapitals mittels eines simulierten Darlehens (dazu unten E. 3). Zusätzlich macht sie geltend, diese - als solche vollumfänglich bestrittene - Eigenkapitalrückgewähr wäre - wenn schon - nicht im Jahre 2003, sondern im Jahre 2000 erfolgt. Die Aufrechnung von Fr. 45'000.-- im Jahre 2003 sei also schon allein deshalb aufzuheben, weil sie in der falschen Steuerperiode vorgenommen worden sei.
Das Kantonsgericht hat im angefochtenen Entscheid (E. 3d) festgehalten, der Zeitpunkt der Besteuerung der geldwerten Leistung nach Aufdeckung des simulierten Darlehens stehe "nicht zur Diskussion", so dass diesbezüglich kein Anlass zu einer näheren Überprüfung bestehe. Die Vorinstanz brachte auf diese Weise unmissverständlich zum Ausdruck, dass sie diese Frage aus prozessualen Gründen nicht als Streitgegenstand betrachtete. Mit dieser Argumentation des Kantonsgerichts setzt sich die Beschwerdeführerin nicht substantiiert auseinander, weshalb nach dem Gesagten insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
II. Direkte Bundessteuer
2. Die Beschwerdeführerin wendet zunächst ein, auf die ihr im Jahre 2004 eröffnete definitive Veranlagung für das Steuerjahr 2003 hätte nicht zurückgekommen werden dürfen. Die Berichtigungsveranlagung (Art. 150 DBG) sei rechtswidrig und deren Umdeutung in eine Nachsteuerveranlagung verletze den verfassungsrechtlichen Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Verwaltung bzw. den Grundsatz von Treu und Glauben sowie den Anspruch auf rechtliches Gehör. Die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg habe seit dem Jahre 2000 gewusst, dass die Beschwerdeführerin 10 (wohl: "45", vgl. S. 6 der Beschwerdeschrift) Aktien der Z._ AG (im Nennwert von Fr. 45'000.--) halte und ihr diese Gesellschaft ein verzinsliches Darlehen in eben dieser Höhe gewährt habe; von bisher nicht bekannten neuen Tatsachen oder Beweismitteln, wie es das Gesetz verlange, könne keine Rede sein.
Die Vorinstanz qualifizierte das Vorgehen der Steuerverwaltung inhaltlich als Nachsteuerveranlagung im Sinne von Art. 151 DBG, wonach eine nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert wird, wenn sich u.a. aufgrund von Tatsachen und Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, ergibt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
Die Einstufung als Nachsteuerveranlagung erscheint vorliegend nicht bundesrechtswidrig: Zwar ist die Veranlagungsverfügung vom 21. September 2006 ausdrücklich mit dem Titel "Taxation: Definitive Rectifiée" versehen worden (womit an sich die Berichtigung von eigentlichen Rechnungsfehlern und Schreibversehen erfasst wird, vgl. Art. 150 DBG), doch begründete die Steuerverwaltung in den beigefügten Bemerkungen ("Remarques" vgl. vorne lit. C) unmissverständlich, dass und weshalb sie die Voraussetzungen für die Erhebung einer Nachsteuer für erfüllt hielt. Dies zu Recht: Der simulierte Charakter des Darlehens, auf den es ankommt (vgl. nachfolgend E. 3), ist aus den Angaben der Beschwerdeführerin in der Steuererklärung nicht oder jedenfalls nicht ohne weiteres ersichtlich. Es mag sein, dass die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg aufgrund der deklarierten Beteiligungs- und Darlehensverhältnisse einen entsprechenden Verdacht hätte schöpfen können, aber zwingend ist eine solche Folgerung nicht. Die Verwaltung durfte daher die Meldung der bernischen Steuerbehörden als neue Tatsache im Sinne von Art. 151 DBG einstufen und auf die ursprüngliche Veranlagung zurückkommen; die Voraussetzungen für ein Nachsteuerverfahren waren erfüllt. Zwar hätte die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens der Beschwerdeführerin zuerst angezeigt werden müssen (vgl. Art. 153 Abs. 1 DBG), doch ist das Vorgehen der Steuerverwaltung nach dem Gesagten - mit Ausnahme der unterlassenen Mitteilung - nicht zu beanstanden, auch wenn die definitive Veranlagung nicht im eigentlichen Sinne - gemäss Art. 150 DBG - "berichtigt" wurde. Was die geltend gemachte Gehörsverweigerung betrifft, so wurde diese im Rahmen des Rechtsmittelverfahrens geheilt (vgl. auch Urteil 2A. 508/2004 vom 11. Februar 2005, E. 6.2).
3. 3.1 Nach Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderen auch die so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten, denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Bei diesem Drittvergleich sind in jedem Einzelfall alle konkreten Umstände des zwischen der Gesellschaft und dem Anteilseigner abgeschlossenen Geschäfts zu berücksichtigen, und es muss davon ausgehend bestimmt werden, ob das Geschäft in gleicher Weise mit einem mit der Gesellschaft nicht Verbundenen auch abgeschlossen worden wäre (Urteil 2C_72/2007 vom 23. August 2007, E. 2.1, mit Hinweisen). Als Kriterien, die dafür sprechen, dass ein Dritter das Darlehen nicht gewährt hätte und damit ein simuliertes Darlehensverhältnis vorliegt, fallen unter anderen in Betracht die Höhe der Darlehenssumme im Verhältnis zu den eigenen Mitteln des Darlehensnehmers, die fehlende Bonität der Schuldnerin, das Fehlen von Sicherheiten und von Bestimmungen über die Rückzahlung des Darlehens, ebenso die tatsächlich fehlende Rückzahlung, das Fehlen eines schriftlichen Darlehensvertrages, ein Klumpenrisiko bei der darlehensgebenden Gesellschaft sowie die Tatsache, dass die Darlehenszinsen nicht bezahlt bzw. zum Kapital geschlagen werden und die Gewährung des Darlehens mit dem statutarischen Zweck der darlehensgebenden Gesellschaft in keinerlei Zusammenhang steht (Urteile 2C_461/2008 vom 23. Dezember 2008, E. 2.1; 2C_72/ 2007 vom 23. August 2007, E. 2.1; 2A.475/2001 vom 30. April 2002, E. 3.2.1, StR 57, 558 S. 561 f.).
In dem Sinne stellt das Darlehen einer Aktiengesellschaft an ihren Aktionär eine gemäss Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG dessen steuerbarem Einkommen zuzurechnende geldwerte Leistung dar, wenn die Gesellschaft das betreffende Darlehen nur aus dem Grund überhaupt bzw. jedenfalls nur deshalb in einer bestimmten Höhe und zu den konkreten Bedingungen gewährt, weil der Darlehensnehmer Beteiligungsinhaber ist (StE 2001 B.24.2 Nr. 58, E. 2, und ASA 66 554, E. 3c, S. 559; ferner Urteil A.124/1982 vom 25. November 1983, ASA 53 54, E. 3 und folgende, S. 58 ff.).
3.2 Als Sonderfall einer geldwerten Leistung gilt ein simuliertes Darlehen, mit dem einem Aktionär faktisch (Aktien- bzw. Grund-)Kapital der Aktiengesellschaft zurückbezahlt wird (Eigenkapitalrückgewähr, vgl. Art. 680 Abs. 2 OR). Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist die Rückleistung von Kapitalanteilen einer Aktiengesellschaft an die Anteilsinhaber nur bei einer förmlichen Kapitalherabsetzung (Art. 732 OR) oder Liquidation (Art. 745 OR) steuerfrei; nicht dagegen die faktische Rückzahlung des Aktienkapitals durch ein simuliertes Darlehen (StE 1997 B. 24.4 Nr. 43 E. 5a).
Bei einer Scheinliberierung mittels eines simulierten Darlehens ("Gründungsdarlehen", vgl. Louis Bochud, Darlehen an Aktionäre aus wirtschaftlicher, zivil- und steuerrechtlicher Sicht, Diss. Bern 1991 S. 124) liegt eine solche - zivilrechtlich verpönte - Eigenkapitalrückgewähr vor. Indizien hierfür sind u.a. (vgl. Bochud, a.a.O):
- Gewährung von Mitteln, die zeitlich eng mit der Entstehung der Darlehensgeberin zusammenhängen;
- weitgehende Übereinstimmung von Grundkapital und Darlehenshöhe;
- Gründung der Gesellschaft für eine hinter dem Aktionär stehende Person, die auch den Drittkredit gewährt und später die Titel übernehmen soll;
- die von der Gesellschaft erhaltenen Mittel werden zur Tilgung des Drittkredites verwendet.
3.3 Das Kantonsgericht hat im Wesentlichen erwogen, nach dem aufgedeckten Stand der Erkenntnisse dränge sich vorliegend die Annahme einer Einlagenrückgewähr mittels eines fingierten Darlehens geradezu auf. Die Darlehen seien den drei Aktionären anlässlich der Umwandlung der Z_ GmbH in eine Aktiengesellschaft gewährt worden und sie deckten sich betragsmässig mit den jeweiligen Anteilen am Gründungskapital. Sodann sei im Nachhinein die Vereinbarung zwischen den drei Aktionären und Darlehensnehmern einerseits und der A._ AG andererseits aufgetaucht, welche deutlich zeige, dass die Gesellschaftsgründung weitgehend für eine dahinter stehende, mit den Aktionären liierte juristische Person vorgenommen worden sei.
3.4 Die Beurteilung der Vorinstanz ist zutreffend. Sie durfte aufgrund der vorhandenen steuerlichen Unterlagen bei der gegebenen Indizienlage ohne Verletzung von Bundesrecht eine Scheinliberierung der Aktien der Z._ AG annehmen und auf eine verdeckte Gewinnausschüttung durch faktische Rückzahlung des Eigenkapitals durch simulierte Darlehen an die Aktionäre schliessen. Insbesondere die Zusatzvereinbarung zwischen der Beschwerdeführerin, den anderen beiden Aktionären und der A._ AG (vgl. vorne lit. A) zeigt, dass die Z._ AG der Beschwerdeführerin das Darlehen über Fr. 45'000.-- nur deshalb gewährt hat, weil sie als Darlehensnehmerin 45 Aktien im Nennwert von Fr. 1'000.- übernommen hatte. Diese Aktien sollten zudem später - spätestens beim Austritt der Beschwerdeführerin aus den Diensten der A._ AG - von dieser Gesellschaft übernommen werden, um mit dem Kaufpreis die Tilgung des Darlehens vorzunehmen. Damit ging es klarerweise um die Errichtung einer Gesellschaft - der Z._ AG - ohne eigene Mittel des Aktionärs (Bochud, a.a.O., S. 124) bzw. um eine faktische Rückzahlung des Eigenkapitals mittels eines simulierten Darlehens. Dass das Darlehen verzinst und nicht kapitalisiert wurde und dass die Beschwerdeführerin, wie sie geltend macht, angesichts ihrer Einkommens- und Vermögensverhältnisse jederzeit rückzahlungsfähig und rückzahlungswillig gewesen wäre, ändert an dieser Beurteilung nichts, ebensowenig der aufgrund des grundsätzlichen Novenverbotes (vorne E. 1.2) an sich unzulässige, nachträglich erhobene Einwand, die Steuerverwaltung des Kantons Bern habe in der Taxationsberechnung für das Steuerjahr 2006 betreffend die Z._ AG die 2003 gebildete Minusreserve storniert und halte damit offensichtlich an der Qualifikation des Darlehens als verdeckte Gewinnausschüttung nicht mehr fest. Jedenfalls liesse sich für sich allein auch aus diesem Umstand nichts zu Gunsten der Beschwerdeführerin ableiten, die - wie sie dartut (S. 3 der Beschwerde) - das Darlehen in eben diesem Jahr 2006 zurückbezahlt hat (was zur Stornierung der genannten Minusreserve geführt haben dürfte).
Damit ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer unbegründet und abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
III. Kantonssteuern
4. 4.1 Art. 21 Abs. 1 lit. c Satz 1 des freiburgischen Gesetzes vom 6. Juni 2000 über die direkten Kantonssteuern (DStG) harmoniert mit Art. 7 Abs. 1 StHG und entspricht vollständig Art. 20 Abs. 1 lit. c Satz 1 DBG. Mit Art. 150 Abs. 1 und Art. 151 Abs. 1 DBG harmonisiert sind auch die entsprechenden freiburgischen Bestimmungen zur Berichtigung von Rechnungsfehlern und Schreibversehen (Art. 191 Abs. 1 DStG) bzw. zu den Voraussetzungen zur Erhebung einer Nachsteuer (Art. 192 Abs. 1 DStG). Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer für die kantonalen Steuern analog massgebend sind, und es ergibt sich dasselbe Ergebnis.
4.2 Demnach erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantonssteuern gleichermassen als unbegründet und ist ebenfalls abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
IV. Kosten und Entschädigung
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Beschwerde betreffend die Kantonssteuer wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung und dem Kantonsgericht Freiburg (Steuergerichtshof) und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller R. Klopfenstein