Faits:
A. Depuis qu'il s'est fait retirer son permis de conduire en France en 2007, X._, ressortissant français, conduit sans permis. En Suisse, il a été condamné à deux reprises pour des infractions à la LCR, le 27 janvier 2012 pour conduite avec un taux d'alcoolémie qualifié, violation des devoirs en cas d'accident ainsi que circulation sans permis et le 16 mai 2012 pour conduite en dépit d'un retrait de permis. Le 14 novembre 2012, il a été interpellé alors qu'il circulait à bord de sa voiture sans être titulaire du permis de conduire, admettant alors se rendre assez régulièrement au travail au volant de sa voiture, faute de pouvoir bénéficier d'un autre moyen de locomotion. Le 22 janvier 2013, il a à nouveau été interpellé au volant de sa voiture, sans permis de conduire. Il a alors été soumis au test Cozart de détection des drogues dans la salive, lequel s'est révélé positif.
Le 23 janvier 2013, le Ministère public de l'Etat de Fribourg a ouvert une instruction pénale à l'encontre de X._ pour infractions de conduite d'un véhicule en état d'incapacité et sans permis de conduire, ainsi que contravention selon l'art. 19a LStup. Le même jour, il a ordonné les séquestres fondés sur l'art. 263 al. 1 let. d CPP de deux véhicules appartenant au prévenu, une voiture BMW 525Xi avec ses plaques d'immatriculation et son permis de circulation ainsi qu'une moto Triumph Trident 900Sprint et ses plaques d'immatriculation.
B. Par arrêt du 22 février 2013, la Chambre pénale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté les recours formés par le prévenu contre les ordonnances de séquestre précitées. Elle a considéré en substance que les séquestres reposaient sur une base légale et respectaient le principe de la proportionnalité.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, X._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du 22 février 2013 en ce sens que les ordonnances de séquestre du 23 janvier 2013 sont annulées et les objets séquestrés lui sont immédiatement restitués. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. Le Ministère public conclut au rejet du recours.
Par ordonnance du 18 avril 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif présentée par le recourant.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, est ouvert contre une décision de séquestre confiscatoire, prise au cours de la procédure pénale, et confirmée en dernière instance cantonale (art. 80 LTF). En tant que propriétaire des véhicules, le recourant a la qualité pour recourir (art. 81 al. 1 LTF).
La décision par laquelle le juge ordonne ou maintient un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131 et les références). Le recours devant le Tribunal fédéral n'est dès lors recevable qu'aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF, soit notamment en présence d'un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF; l'hypothèse prévue à l'art. 93 al. 1 let. b LTF est manifestement inapplicable). En droit pénal, il doit s'agir d'un préjudice de nature juridique, à savoir qu'il n'est pas susceptible d'être supprimé par une décision ultérieure favorable au recourant (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141). En l'espèce, le recourant subit un préjudice irréparable car il se trouve privé provisoirement de la libre disposition de ses véhicules (cf. ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131).
2. Le séquestre pénal est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, la décision litigieuse est fondée sur l'art. 263 al. 1 let. d CPP, disposition selon laquelle peuvent être séquestrés les objets et les valeurs patrimoniales "lorsqu'il est probable qu'ils devront être confisqués". Comme cela ressort du texte de cette disposition, une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral. Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102) et ne peut être levé que dans l'hypothèse où il est d'emblée manifeste et indubitable que les conditions matérielles d'une confiscation ne sont pas réalisées, et ne pourront l'être (arrêt du Tribunal fédéral 1S.8/2006 du 12 décembre 2006 consid. 6.1).
2.1 Conformément à l'art. 69 al. 1 CP, alors même qu'aucune personne déterminée n'est punissable, le juge prononce la confiscation des objets qui ont servi ou devaient servir à commettre une infraction ou qui sont le produit d'une infraction, si ces objets compromettent la sécurité des personnes, la morale ou l'ordre public. Selon la jurisprudence, la confiscation d'un véhicule comme objet dangereux au sens de l'art. 69 CP peut entrer en considération lorsqu'il appartient à un auteur d'infractions chroniques au Code de la route, dans la mesure où la confiscation permet de retarder ou d'entraver la commission de nouvelles infractions à la LCR (ATF 137 IV 249 consid. 4.5.2 p. 254). Un séquestre fondé sur l'art. 263 al. 1 let. d CPP et destiné à préparer une telle confiscation est dès lors admissible (arrêt 1B_168/2012 du 8 mai 2012 consid. 2).
Par ailleurs, l'art. 90a al. 1 LCR prévoit que le tribunal peut ordonner la confiscation d'un véhicule automobile lorsque les règles de la circulation ont été violées gravement et sans scrupules (let. a) et lorsque cette mesure peut empêcher l'auteur de commettre d'autres violations graves des règles de la circulation (let. b). Cette disposition, entrée en vigueur le 1er janvier 2013, a été édictée dans le cadre du programme d'action de la Confédération visant à renforcer la sécurité routière (Via sicura).
2.2 Le recourant se plaint d'une violation du principe de la lex mitior. Il prétend que la confiscation d'un véhicule dans le cadre d'une infraction à la circulation routière ne peut pas intervenir en application de l'art. 69 CP, mais en vertu de l'art. 90a al. 1 LCR, lex specialis entrée en vigueur le 1er janvier 2013. Il soutient ensuite que les conditions de l'art. 90a al. 1 LCR ne sont pas réalisées en l'espèce.
Partant, le recourant perd de vue qu'au contraire du juge du fond, le Tribunal de céans n'a pas à examiner, à ce stade de la procédure, si la confiscation des véhicules aura lieu sur la base de l'art. 90a LCR ou sur celle de l'art. 69 CP. Il n'appartient pas au juge du séquestre de trancher cette question délicate et complexe. En effet, en tant que simple mesure provisoire, le séquestre ne préjuge pas de la décision matérielle de confiscation, laquelle interviendra dans une phase ultérieure. A ce stade de la procédure, il suffit de déterminer si une mesure de confiscation ultérieure est probable. Or, il ressort du considérant précédent qu'une confiscation du véhicule ne peut pas être d'emblée exclue, qu'elle se fonde sur l'art. 69 CP ou sur l'art. 90a LCR.
Dès lors, les griefs qui se rapportent à la question de fond - laquelle ne fait pas l'objet du litige - tombent à faux.
3. Invoquant la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), la liberté économique (art. 27 Cst.), la liberté personnelle et la protection de la sphère privée (art. 10 al. 2 et 13 al. 1 Cst.; 8 par. 1 CEDH), le recourant prétend que les décisions de séquestre litigieuses ne reposent sur aucune base légale et violent le principe de la proportionnalité.
3.1 Le séquestre, comme mesure restreignant le droit de propriété (art. 26 Cst.), n'est compatible avec la Constitution que s'il repose sur une base légale, est justifié par un intérêt public suffisant et respecte le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 1 à 3 Cst.; ATF 129 I 337 consid. 4.1 p. 344 et les arrêts cités). Le principe de la proportionnalité exige que le séquestre soit apte à parvenir au but visé (règle de l'aptitude) et que celui-ci ne puisse être atteint par une mesure moins incisive (règle de la nécessité); en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit: ATF 132 I 49 consid. 7.2 p. 62 et les arrêts cités).
3.2 En l'occurrence, les séquestres reposent sur l'art. 263 al. 1 let. d CPP. L'exigence de l'art. 36 al. 1 Cst. est donc satisfaite.
En outre, les séquestres sont aptes à atteindre le but de sécurité poursuivi, dans la mesure où ils rendent plus difficile l'accès du recourant - faisant de surcroît valoir de faibles moyens financiers - à un véhicule, ce qui permet à tout le moins de retarder ou d'entraver la commission de nouvelles infractions à la LCR (ATF 137 IV 249 consid. 4 p. 254 ss).
La règle de la nécessité et le principe de la proportionnalité au sens étroit paraissent également respectés, dans la mesure où le recourant qui circule sans permis depuis de nombreuses années a été interpellé quatre fois en quatorze mois pour des faits de circulation routière. Comme l'a relevé le Tribunal cantonal, le prononcé d'une peine pécuniaire ferme en date du 16 mai 2012 ne l'a pas dissuadé. En outre, il a été interpellé le 22 janvier 2013 sans son permis, alors que la procédure consécutive à l'interpellation du 14 novembre 2012 était en cours. De surcroît, le recourant a acquis et immatriculé deux véhicules et s'est installé dans un hameau de montagne non desservi par les transports publics, alors qu'il s'est fait retirer son permis de conduire en France en 2007 et qu'il n'a jamais fait de demande de permis de conduire en Suisse. Dans ces circonstances, il faut craindre que l'intéressé continue à conduire malgré l'absence de permis. Le fait que le père du recourant soit venu s'installer au domicile de son fils afin de le conduire à son lieu de travail et la volonté de l'intéressé de suivre des cours de sensibilisation ne suffisent pas, vu ses antécédents, à écarter le risque que le prévenu commette de nouvelles infractions à la LCR.
Pour le reste, les difficultés dont se plaint le recourant découlent de ses propres choix, notamment celui de vivre dans un lieu non desservi par les transports publics alors qu'il est sous retrait de permis depuis plusieurs années.
3.3 Le recourant estime enfin qu'il y a une absence de connexité immédiate entre la moto et les infractions qui lui sont reprochées. S'il est vrai que le prévenu a uniquement été interpellé au volant de sa voiture, il y a lieu de considérer, à l'instar du Tribunal cantonal, que le fait que la moto est immatriculée suffit à rendre son utilisation plausible dès lors que la voiture n'est plus à disposition. La possibilité que la moto serve à la commission d'infractions est à ce stade suffisamment élevée pour justifier une mesure de séquestre pénal. Si le recourant fait part de son intention de vendre la moto pour rembourser ses dettes, il n'apporte toutefois aucun indice concret de vente ou de dépôt en consignation auprès d'un professionnel de la vente. Dans ces conditions, le grief doit être écarté.
4. Il s'ensuit que le recours est rejeté. Le recourant a demandé l'assistance judiciaire et les conditions en paraissent réunies (art. 64 al. 1 LTF). Il y a lieu de désigner Me Anne-Laure Simonet en qualité d'avocate d'office et de fixer ses honoraires, qui seront supportés par la Caisse du Tribunal fédéral (art. 64 al. 2 LTF). Le recourant est en outre dispensé des frais judiciaires (art. 64 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Anne-Laure Simonet est désignée comme avocate d'office du recourant et ses honoraires, supportés par la Caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 1'500 francs.
4. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, au Ministère public de l'Etat de Fribourg et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Chambre pénale.
Lausanne, le 1er mai 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller