Faits:
A. Le 30 novembre 2001, X._, qui travaillait en qualité de convoyeur de fonds pour Y._ SA, a été blessé grièvement notamment au thorax par un tir d'arme automatique lors de l'attaque de son fourgon blindé. Les auteurs de l'agression n'ayant pu être retrouvés, le Procureur général a classé l'affaire le 26 mai 2006. Par courrier du 9 octobre 2008, X._ s'est encore enquis de l'avancement de la procédure d'instruction, dont il demandait qu'elle soit complétée, en indiquant qu'il reprochait aussi aux responsables de Y._ SA de n'avoir pas équipé leurs employés de gilets pare-balles. Par décision du 31 octobre 2008, le Procureur général a informé X._ qu'il n'entendait pas donner suite à sa requête d'ouvrir une information sur ce point, faute de prévention suffisante.
B. Par ordonnance du 14 janvier 2009, la Chambre d'accusation de la république et canton de Genève a rejeté le recours formé par X._ contre cette décision et confirmé cette dernière, avec suite de frais.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision cantonale et au renvoi de la cause à la Chambre d'accusation pour nouvelle décision.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. L'art. 81 al. 1 LTF confère la qualité pour former un recours en matière pénale à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. La lettre b de cette disposition dresse une liste de personnes auxquelles cette qualité est expressément reconnue, à savoir l'accusé (ch. 1), le représentant légal de l'accusé (ch. 2), l'accusateur public (ch. 3), l'accusateur privé, si, conformément au droit cantonal, il a soutenu l'accusation sans l'intervention de l'accusateur public (ch. 4), la victime, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5) et le plaignant, pour autant que la contestation porte sur le droit de porter plainte (ch. 6). Cette liste, comme cela résulte déjà des termes "en particulier", n'est pas exhaustive.
1.1 En l'espèce, le recourant fonde sa qualité pour recourir sur la plainte qu'il a déposée et le fait qu'il était partie à la procédure cantonale. Il n'expose toutefois pas en quoi les autorités cantonales auraient violé ses droits formels, son droit de porter plainte en particulier, qui n'apparaissent dès lors pas être l'objet de la contestation. Le recourant n'a dès lors pas qualité pour recourir de ce chef.
1.2 Le lésé a également qualité pour contester le bien-fondé du refus de suivre, du non-lieu ou de l'acquittement s'il allègue, de manière recevable au regard des art. 97 al. 1, 105 al. 2 et 106 al. 2 LTF, que l'infraction dénoncée l'a directement atteint dans son intégrité corporelle, sexuelle ou psychique et démontre que le refus de suivre litigieux peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (art. 1 al. 1 LAVI dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2009 ainsi que l'ancien art. 2 LAVI dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2008; art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF; cf. aussi ATF 126 IV 147 consid. 1 p. 149; 125 IV 79 consid. 1c p. 81/82). En principe, cette dernière condition n'est remplie que si le plaignant a pris des conclusions civiles. En cas contraire, il lui incombe d'expliquer quelles prétentions il entend faire valoir, dans quelle mesure le refus de suivre attaqué a une incidence sur leur jugement et pourquoi il n'a pas été en mesure de les exercer dans le cadre de la procédure pénale. Mais il peut s'en dispenser dans les cas évidents (cf. ATF 127 IV 185 consid. 1a p. 187 et les arrêts cités).
1.3 Le recourant soutient tout d'abord que les faits qu'il reproche à divers organes de son employeur seraient constitutifs du délit réprimé par l'art. 129 CP. Cette infraction de mise en danger (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, 2002, art. 129 n. 3) ne fonde pas la qualité de victime, faute de pouvoir être la cause directe de l'atteinte à l'intégrité (ATF 122 IV 71 consid. 3a, p. 76). Le recourant n'a dès lors pas qualité pour recourir sur ce point.
1.4 Selon le recourant, les personnes qu'il estime responsables se seraient, par ailleurs, rendues coupables de lésions corporelles graves (art. 122 CP) ou de lésions corporelles par négligence (art. 125 CP). Il ressort de l'état de fait de la décision entreprise que le recourant a subi lors de l'agression du 30 novembre 2001 une atteinte grave et directe à son intégrité physique au sens de la loi sur l'aide aux victimes d'infractions (ancien art. 2 et nouvel art. 1 al. 1 LAVI), qu'il impute à l'insuffisance des mesures de protection prises par son employeur. Il ne ressort en revanche pas des écritures du recourant en quoi le refus de suivre litigieux pourrait avoir une incidence sur le jugement de prétentions civiles qu'il n'allègue pas vouloir élever contre les personnes qu'il estime responsables, ni ne chiffre ou évalue. La recevabilité du recours sur ce point est douteuse. Pour les motifs qui suivent, cette question peut toutefois demeurer indécise.
2. Quant aux lésions corporelles graves (art. 122 CP), la cour cantonale a rejeté le recours au double motif que le comportement de Y._ SA n'avait pas causé les lésions corporelles subies par le recourant et qu'il n'était pas vraisemblable que Y._ SA, en ne fournissant pas de gilets pare-balles à ses employés, ait voulu causer des lésions corporelles graves ou accepté cette éventualité (arrêt entrepris, consid. 3.2, p. 4/7). Ce faisant, la cour cantonale s'est prononcée, d'une part, sur la question de l'intention et, d'autre part, sur la causalité, qui constituent des conditions cumulatives et indépendantes de la punissabilité.
Le recourant reproche, en bref, à l'autorité cantonale d'avoir nié à tort la réalisation de la condition subjective qui serait, selon lui, donnée au moins au stade du dol éventuel. Il reproche en particulier à l'autorité cantonale d'avoir tranché cette question sans avoir entendu préalablement les responsables de Y._. Il ne soulève en revanche aucun grief sur la constatation de la cour cantonale selon laquelle le comportement de Y._ n'était pas causal, de sorte qu'il n'attaque que l'une des deux motivations indépendantes et suffisant chacune à sceller le sort de la cause en ce qui concerne l'art. 122 CP. Le recours est irrecevable dans cette mesure (ATF 133 IV 119 consid. 6.3, p. 120 s.).
3. En ce qui concerne, enfin, les lésions corporelles par négligence (art. 125 CP), l'autorité cantonale a jugé le refus de suivre fondé au motif que l'infraction était prescrite. Le recourant ne soulève aucun grief sur cette conclusion, qui n'apparaît au demeurant pas contestable.
Conformément au système de la prescription en vigueur au moment des faits, soit le 30 novembre 2001, la prescription absolue d'une infraction passible d'une peine d'emprisonnement de trois ans au plus était acquise après sept ans et demi (anciens art. 70 et 72 ch. 2 al. 2 CP dans leur teneur en vigueur jusqu'au 30 septembre 2002). Depuis le 1er octobre 2002, la loi ne distingue plus entre délais relatif et absolu de prescription. Elle fixe, dans la même hypothèse, un délai unique légèrement plus court de sept ans (cf. l'ancien art. 70 al. 1 let. c CP, dans sa teneur en vigueur depuis le 1er octobre 2002 [RO 2002 2996] et l'art. 97 al. 1 let. c CP en vigueur depuis le 1er janvier 2007). Ce délai n'est interrompu que par un jugement de première instance (ancien art. 70 al. 3 CP et art. 97 al. 3 CP). Il était, en l'espèce, atteint au moment où l'autorité cantonale a statué, le 14 janvier 2009 et s'applique à l'auteur à titre de droit plus favorable (art. 2 al. 2 CP et ancien art. 337 CP; v. aussi ATF 129 IV 49 consid. 5.1 p. 51 et les arrêts cités).
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais de la cause (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à procéder (art. 68 al. 1 LTF) et ne peut au demeurant y prétendre (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 2 juin 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat