Sachverhalt:
A. A.a Der 1979 geborene X._ war in der Zeit von März 2001 bis Mai 2009 aufgrund fürsorgerischer Freiheitsentziehung mehrmals in der Psychiatrischen Klinik A._ bzw. in der Kantonalen Psychiatrischen Klinik (KPK) B._ interniert; die Diagnose der Klinik lautete auf paranoide Schizophrenie. Der Beschwerdeführer ist arbeitsunfähig und bezieht seit dem 1. März 2002 eine ganze IV-Rente.
A.b Im Hinblick auf die Prüfung vormundschaftlicher Massnahmen beauftrage die Vormundschaftsbehörde Y._ am 13. Mai 2008 den forensischen Dienst der KPK B._ mit einer weiteren Begutachtung von X._. In ihrem Gutachten vom 30. Juni 2008 stellten Dr. med. C._ und Dr. med. D._ fest, X._ leide an einer Geisteskrankheit in Form einer chronischen Psychose, sei infolge dieser Störung dauernd nicht in der Lage, einen Grossteil seiner Angelegenheiten selbst zu besorgen, und bedürfe daher zu seinem Schutz dauernd des Beistandes und der Fürsorge im Rahmen einer Vormundschaft.
B. Nach Anhörung des Betroffenen durch den Präsidenten und den Sekretär entmündigte die Vormundschaftsbehörde Y._ am 5./8. September 2008 X._ gestützt auf Art. 369 ZGB und bestellte ihm einen Vormund. Die gegen diesen Beschluss eingereichte öffentlich-rechtliche Klage wies die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 17. August 2009 ab (Ziff. 1), auferlegte X._ die Verfahrenskosten, wobei auf deren Erhebung infolge der unentgeltlichen Rechtspflege verzichtet wurde (Ziff. 2). Ferner setzte diese Instanz die Entschädigung des am 16. September 2008 bestellten amtlichen Rechtsbeistands fest (Ziff. 3).
C. X._ gelangt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. September 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt zur Hauptsache, die Ziffern 1 und 2 des Entscheides der Verwaltungsrekurskommission vom 17. August 2009 und den Beschluss der Vormundschaftsbehörde Y._ vom 5./8. September 2008 aufzuheben; von der Entmündigung sei abzusehen, eventuell eine mildere Massnahme anzuordnen. Eventuell seien die Ziffern 1 und 2 des Entscheides der Verwaltungsrekurskommission sowie der Beschluss der Vormundschaftsbehörde aufzuheben und sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Zur Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
D. Das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung ist mit Präsidialverfügung vom 22. September 2009 abgewiesen worden.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonaler Endentscheid über die Entmündigung einer erwachsenen Person (Art. 90 BGG). Dabei handelt es sich um eine Zivilsache im Sinn von Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG nicht vermögensrechtlicher Natur. Der angefochtene Entscheid ist kantonal letztinstanzlich (Art. 75 Abs. 1 BGG). Dass es sich bei der letzten kantonalen Instanz, der Verwaltungsrekurskommission, nicht um ein oberes kantonales Gericht gemäss Art. 75 Abs. 2 BGG handelt, schadet nicht, zumal die eidgenössische Zivilprozessordnung noch nicht in Kraft getreten ist (Art. 130 Abs. 2 BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen ist damit grundsätzlich zulässig.
1.2 Mit der Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonaler verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (Art. 95 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist (BGE 133 II 249 E. 1.2.2) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG, vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft die Anwendung von schweizerischem Recht (Art. 95 BGG) frei.
1.3 Die Beschwerde hat einen Antrag zu enthalten, wobei neue Begehren unzulässig sind (Art. 99 Abs. 2 BGG). Die Beschwerde ist zu begründen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, welche Vorschriften und warum sie vom Obergericht verletzt worden sein sollen. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen vorgebracht werden, genügen nicht (BGE 116 II 745 E. 3 S. 749; 5A_92/2008 vom 25. Juni 2008 E. 2.3). Verfassungsverletzungen werden nur geprüft, wenn sie gerügt und gehörig begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 IV 286 E. 1.4 S. 287; BGE 134 I 83 E. 3.2. S. 88 mit Hinweisen). Aufgrund des für behauptete Verfassungsverletzungen geltenden Rügeprinzips sind neue rechtliche Vorbringen unzulässig (BGE 133 III 638 E. 2 S. 640). Wird eine Sachverhaltsfeststellung beanstandet, muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern diese Feststellung willkürlich oder durch eine andere Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG (z.B. Art. 29 Abs. 2 BV oder Art. 8 ZGB) zustande gekommen ist (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2.2 und 1.4.3 S. 255) und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in fine BGG; BGE 135 I 19 E. 2.2.2 S. 22). Auf rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein. In der Beschwerde in Zivilsachen dürfen überdies keine neuen Tatsachen und Beweismittel vorgebracht werden, es sei denn, erst der Entscheid der Vorinstanz habe dazu Anlass gegeben (Art. 99 Abs. 1 BGG). In der Beschwerde ist darzutun, inwiefern die Voraussetzung für eine nachträgliche Einreichung von Tatsachen und Beweismitteln erfüllt sein soll (BGE 133 III 393 E. 3 S. 395).
2. Unter Vormundschaft gehört eine mündige Person, die infolge Geisteskrankheit oder Geistesschwäche ihre Angelegenheiten nicht zu besorgen vermag, zu ihrem Schutze dauernd des Beistandes und der Fürsorge bedarf oder die Sicherheit anderer gefährdet (Art. 369 Abs. 1 ZGB). In welchem Zustand sich eine Person befindet und wie sich dieser Zustand auf ihr Denken, Wollen und Handeln auswirkt, sind Tatfragen (Schnyder/Murer, Berner Kommentar, 1984, N. 91 zu Art. 369 ZGB). Ob ein ärztlich festgestellter Zustand unter den Begriff der Geisteskrankheit oder -schwäche im Sinne des Gesetzes fällt und ob die Vorinstanz von einem zutreffenden Begriff der besonderen Schutzbedürftigkeit ausgegangen ist, stellen demgegenüber Rechtsfragen dar (BGE 81 II 263; 82 II 274 E. 2; Schnyder/Murer, a.a.O., N. 93 zu Art. 369 ZGB), die grundsätzlich der freien Prüfung durch das Bundesgericht unterliegen. Indessen beruht die Antwort auf die Fragen, ob bei einer Person die für eine Entmündigung vorausgesetzte besondere Schutzbedürftigkeit gegeben ist und ob die Entmündigung als verhältnismässig im Sinne der Zwecktauglichkeit und der Zweckangemessenheit erscheint, letztlich auf gerichtlichem Ermessen, zumal die einzelnen Schutzbedürfnisse im Gesetz nur unbestimmt umschrieben sind (Schnyder/ Murer, a.a.O., N. 264 des System. Teils vor Art. 360-397 ZGB) und die Verhältnismässigkeit der vormundschaftlichen Massnahme nur in Würdigung der gesamten Umstände des konkreten Einzelfalls beurteilt werden kann (Martin Stettler, Droit civil I, Représentation et protection de l'adulte, 4. Aufl. 1997, N. 80 S. 44).
Ermessensentscheide kantonaler Instanzen überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen ist, wenn sie Gesichtspunkte berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätten spielen dürfen, oder aber wenn Umstände nicht in Betracht gezogen worden sind, die hätten beachtet werden müssen. Das Bundesgericht greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (BGE 128 III 428 E. 4 S. 432; Urteil 5C.23/2001 vom 19. Juni 2001, E. 4a und 4b, betreffend Schutzbedürfnis und Verhältnismässigkeit).
3. 3.1 Dem angefochtenen Entscheid lässt sich in tatsächlicher Hinsicht entnehmen, dass der Beschwerdeführer laut dem im Hinblick auf die Anordnung vormundschaftlicher Massnahmen in Auftrag gegebenen Gutachten vom 30. Juni 2008 an einer chronischen Psychose leidet. Die Verwaltungsrekurskommission hält im Weiteren dafür, der Beschwerdeführer habe im Untersuchungsgespräch zwar die Fragen korrekt aufgefasst, diese aber eigenlogisch und umschweifig beantwortet, wobei die Inhalte seiner Antworten durch paranoides Erleben geprägt gewesen seien. Er habe die Umstände, die zur Klinikeinweisung geführt hätten, derart diffus geschildert, dass sie kaum zu verwerten gewesen seien. Nach Aussagen des Beschwerdeführers habe ein Nachbar behauptet, er habe dessen Parkett gestohlen. Der Beschwerdeführer bezeichnete sich als Supermann, da er ein auf dem Kopf stehendes Dreieck auf der Brust trage. Befremdend wirke das Verhalten des Beschwerdeführers auch deshalb, weil er am 18. Februar 2009 eine rund 22 kg schwere Steinkugel aus seiner im achten Stock gelegenen Wohnung auf die Strasse geworfen habe. Von der Polizei zu diesem Vorfall befragt, habe er angegeben, die Steinkugel geworfen zu haben, weil andere immer wieder die Türen zugeschlagen oder gehämmert hätten. Die Kommission gelangte zum Schluss, der Beschwerdeführer zeige psychische Störungszeichen, die auch für den besonnenen Laien grob befremdend wirkten und ein erhebliches Ausmass aufwiesen, weshalb von einer Geisteskrankheit im Sinn von Art. 369 ZGB auszugehen sei.
3.2 Die Kommission hat damit den relevanten Begriff der Geisteskrankheit zutreffend umschrieben und den Gesundheitszustand des Beschwerdeführers bundesrechtskonform gewürdigt (dazu: BGE 118 II 254 E. 4a S. 261). Der Beschwerdeführer bestreitet weder den festgestellten Gesundheitszustand noch den von der Kommission verwendeten Begriff der Geisteskrankheit. Auf diese Punkte ist daher nicht weiter einzugehen. Er macht aber zusammengefasst geltend, die Kommission gehe willkürlich davon aus, er besitze keine Krankheitseinsicht und die Krankheit werde nicht hinreichend beherrscht. Mit diesen Ausführungen kritisiert er jedoch im Ergebnis nicht den Krankheitsbegriff und die Schlussfolgerung, es liege eine Geisteskrankheit im Sinn von Art. 369 ZGB vor. Vielmehr wird damit darzulegen versucht, das Krankheitsbild sei nicht derart, dass eine Schutzbedürftigkeit im Sinn von Art. 369 ZGB anzunehmen sei. Darauf ist Rahmen der Behandlung dieses Punktes zurückzukommen.
4. 4.1 Die Kommission hat im weiteren erwogen, der psychische Gesundheitszustand des Beschwerdeführers bedürfe einer ständigen Beobachtung, gelte es doch sicherzustellen, dass er die begonnene psychiatrische Behandlung mit Medikation weiterführe, auf die er wegen des chronischen Verlaufs seiner schweren psychischen Krankheit angewiesen sei und mit der künftige Zwangseinweisungen des Beschwerdeführers und eine soziale Isolation verhindert werden könnten. Andernfalls müsse mit einer Zunahme der Frequenz und Schwere seiner psychotischen Schübe gerechnet werden, die das Verhalten des Beschwerdeführers gegenüber der Umgebung untragbar mache. Bei ungenügender Medikamenteneinnahme bestehe die Gefahr einer Verschlechterung des Gesundheitszustands. Um dies zu verhindern, bedürfe der Beschwerdeführer einer Bezugs- und Ansprechperson, die seine Gesundheit im Auge behalte und überwache und ihm mit Rat und Tat zur Seite stehe, durch regelmässige Kontakte einen Rückfall in einen psychotischen Schub rechtzeitig erkennen und entsprechend auf den Beschwerdeführer einwirken könne.
Der Beschwerdeführer weise laut einem Auszug aus dem Betreibungsregister 26 offene Verlustscheine im Betrag von Fr. 40'976.10 auf, womit sich auch nicht sagen lasse, er habe seine Finanzen im Griff, sodass er auch in finanzieller Hinsicht auf Unterstützung angewiesen sei. Schliesslich sei dem Beschwerdeführer aufgrund seines von der Krankheit geprägten Verhaltens die Wohnung gekündigt worden; er wohne nunmehr wieder bei seiner Mutter. Der Beschwerdeführer sei demnach nicht in der Lage, längerfristig allein in einer Wohnung zu bestehen, und verfüge überdies über kein tragfähiges soziales Netz, zumal ihn laut den Akten weder seine Mutter noch sein Bruder unterstützen könnten. Eine soziale Integration und eine sinnvolle Beschäftigung fehlten. Da die chronische Erkrankung laut Gutachten bereits seit 13 Jahren bestehe und keine Heilungsaussichten bestünden, liege eine dauernde Schutzbedürftigkeit vor.
5. 5.1.1 Der Beschwerdeführer macht zusammengefasst geltend, die Kommission gehe willkürlich davon aus, er besitze keine Krankheitseinsicht und die Krankheit werde nicht hinreichend beherrscht. Die intensive stationäre Behandlung habe Früchte getragen; er werde überdies stationär mit Fluanxol (Depotspritze) behandelt und komme der Behandlungspflicht freiwillig nach und es sei nicht davon auszugehen, dass er das Medikament absetze. Schliesslich sei er mit dem erreichten 30. Altersjahr vernünftiger und einsichtiger geworden. Der Beschwerdeführer ersucht in diesem Zusammenhang um Abnahme weiterer Beweise, namentlich um Einvernahme des behandelnden Arztes.
Aus dem beigezogenen Gutachten ergibt sich, dass die vom Beschwerdeführer nunmehr behauptete Krankheitseinsicht nicht gegeben ist, hat doch der Beschwerdeführer gegenüber dem Gutachter erklärt, er werde die Medikation später wieder absetzen. Die Kommission hat das Gutachten als glaubwürdig und schlüssig erachtet. Dass der Beschwerdeführer derzeit infolge der durchgeführten Behandlung gesundheitlich stabil ist, belegt die Krankheitseinsicht noch keineswegs, zumal die Behandlung erst seit Juni 2009 andauert und der Beschwerdeführer anlässlich früherer Behandlungen das Medikament nach einer gewissen Zeit absetzte. Dass die Krankheit derzeit beherrscht wird, ist somit Folge der Medikamenteneinnahme und trifft dann nicht mehr zu, wenn das Medikament abgesetzt wird. Der Beschwerdeführer beantragt in diesem Zusammenhang die Abnahme weiterer Beweise. Dabei verkennt er jedoch, dass das Bundesgericht nicht selbst Beweise abnimmt, um den Sachverhalt festzustellen oder den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt zu ergänzen (BGE 133 IV 293 E. 3.4). Auf den offensichtlich unzulässigen Beweisantrag ist somit nicht einzutreten.
5.1.2 Mit Bezug auf das von der Vorinstanz festgestellte Bedürfnis nach einer Beobachtung seines Gesundheitszustands führt der Beschwerdeführer aus, er habe mit dem ihn ambulant behandelnden Arzt eine vertauensvolle Beziehung aufgebaut. Durch die Behandlung mit Fluanxol durch Abgabe einer Depotspritze habe man einen für ihn gut verträglichen Weg gefunden und die Kooperation mit dem Arzt verlaufe gut. Die von der Vorinstanz erwähnten Verlustscheine seien älteren Datums. Er habe seine finanziellen Verhältnisse nun im Griff und es seien keine neuen Schulden entstanden. Sodann sei er auch in der Lage, seine Wohnungssituation selber zu lösen, wie er dies bereits früher getan habe. Ferner unternehme er Wanderungen in der Natur und gehe daher einer sinnvollen Beschäftigung nach. Schliesslich liege auch keine dauernde Schutzbedürftigkeit vor.
5.1.3 Der Beschwerdeführer setzt sich in seinen Ausführungen zu diesem Punkt über weite Strecken nicht mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinander, sondern zeigt aufgrund eigener Tatsachenbehauptungen auf, weshalb seiner Ansicht nach keine dauernde Schutzbedürftigkeit gegeben ist. Darauf ist von vornherein nicht einzutreten (E. 1.3). Im Übrigen aber sind die Vorbringen des Beschwerdeführers nicht geeignet aufzuzeigen, dass die von der Vorinstanz bejahte Schutzbedürftigkeit nicht gegeben sei:
Im vorliegenden Fall trifft zwar zu, dass der Beschwerdeführer sich nunmehr ambulant mit einer Depotmedikation behandeln lässt. Abgesehen davon, dass die Behandlung erst seit dem 3. Juni 2009 und somit erst eine relativ kurze Zeit dauert, darf nicht ausser Acht gelassen werden, dass der Beschwerdeführer nach dem im laufenden Verfahren eingeholten Gutachten als krankheits- und behandlungsuneinsichtig gilt und aufgrund seines Gesundheitszustandes nicht in der Lage ist, die an ihn gestellten Forderungen zu erfüllen. Insbesondere hat er anlässlich früherer Behandlungen die Medikamente eigenwillig abgesetzt. Daran ändert nichts, dass der Beschwerdeführer nunmehr 30 Jahre alt geworden ist. Es besteht mit anderen Worten die Gefahr, dass er in Krisensituationen die erforderliche Behandlung aus eigenen Stücken absetzt und so wieder zwangsweise in eine Anstalt eingewiesen werden muss. Insoweit kann nicht gesagt werden, es liege keine Schutzbedürftigkeit vor.
Im angefochtenen Entscheid wird nicht verhehlt, dass der Beschwerdeführer in letzter Zeit recht sorgfältig mit seinem Geld umgegangen ist. Dennoch geht das Gutachten davon aus, dass er zur Besorgung seiner finanziellen Verhältnisse der Hilfe bedarf, zumal er dazu neigt, seinen Verwandten Geld abzugeben, obwohl er selbst Mühe bekundet, die anfallenden Rechnungen zu begleichen und sein tägliches Leben zu finanzieren. Schliesslich braucht der Beschwerdeführer auch Unterstützung in der Suche nach einer passenden Wohnung. Die gegenteilige Behauptung des Beschwerdeführers erschöpft sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik an den Sachverhaltsfeststellungen des angefochtenen Urteils. Was die Dauer der Schutzbedürftigkeit anbelangt, geht der Beschwerdeführer nicht auf die Argumentation der Vorinstanz ein, wonach die psychische Störung bereits 13 Jahre andauert. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Insgesamt kann der Kommission somit nicht vorgeworfen werden, sie habe in Verletzung von Bundesrecht eine dauernde Schutzbedürftigkeit des Beschwerdeführers bejaht.
6. 6.1 Die Kommission hat im Weiteren dafürgehalten, es bestünden konkrete Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdeführer eine Gefährdung der Sicherheit anderer darstelle. Er habe am 18. Februar 2009 eine 22 kg schwere Steinkugel vom Balkon im achten Stock auf den Hausvorplatz geworfen und damit zwei auf der Strasse stehende Personen gefährdet. Bei der Hausdurchsuchung seien eine weitere Steinkugel und ein Samuraischwert sichergestellt worden. Im Gutachten werde festgehalten, dass der Beschwerdeführer ausserhalb eines Krankheitsschubes die Sicherheit anderer nicht gefährde. Bei einem entsprechende Schub könne es aber aufgrund von wahnhaftem Erleben zu einer Gefährdung anderer Personen kommen. Da er jeweils früher die Medikamente abgesetzt habe und ein entsprechendes Verhalten nicht ausgeschlossen werden könne, sei die Gefährdung Dritter bzw. ein entsprechendes Schutzbedürfnis Dritter gegeben.
6.2 Der Beschwerdeführer begnügt sich in seiner Eingabe im Wesentlichen, in unzulässiger Weise eine andere Sicht der Ereignisse zu schildern. Darauf ist nicht einzutreten. Die Kommission ist aufgrund des Gutachtens, das sie als glaubwürdig und schlüssig betrachtet hat, zum Ergebnis gelangt, es liege eine entsprechende Drittgefährdung vor. Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang die Abnahme weiterer Beweise beantragt, kann auf bereits Gesagtes (E. 4.2.1 hiervor) verwiesen werden. Auf die unzulässigen Beweisanträge ist nicht einzutreten. Im Übrigen bleibt es dabei, dass der Beschwerdeführer schutzbedürftig ist und deswegen der persönlichen Fürsorge bedarf (E. 4). Ein Grund für die Anordnung einer vormundschaftlichen Massnahme ist damit ungeachtet des Umstandes gegeben, ob einer Gefährdung Dritter besteht oder nicht.
7. 7.1 Was die Verhältnismässigkeit der angeordneten Massnahme anbelangt, so bringt der Beschwerdeführer im Wesentlichen vor, die Entmündigung gestalte sich als zweckuntaugliche Massnahme, um der Hilfsbedürftigkeit des Beschwerdeführers und der Sicherheitsbedürfnis Dritter zu entsprechen. Hierfür genüge eine fürsorgerische Freiheitsentziehung.
7.2 Der Beschwerdeführer übersieht, dass es sich bei der fürsorgerischen Freiheitsentziehung um die schwerste vormundschaftliche Massnahme handelt, da sie die persönliche Freiheit des Betroffenen besonders stark tangiert. Art. 397a Abs. 1 ZGB schreibt vor, dass diese Massnahme nur angeordnet werden darf, wenn die erforderliche persönliche Fürsorge nicht anders als durch eine Unterbringung in einer Anstalt gewährt werden kann. Im vorliegenden Fall kann nach bundesrechtskonformer Auffassung der Vorinstanz mit einer angepassten Betreuung im Rahmen einer Entmündigung nach Art. 369 ZGB weitgehend sichergestellt werden, dass der Beschwerdeführer gar nicht mehr in eine gesundheitliche Lage gerät, die eine Einweisung unausweichlich erfordert. Der Beschwerdeführer behauptet denn auch nicht substanziiert, mit einer angepassten persönlichen Betreuung durch einen Vormund lasse sich die Gefahr der Absetzung der medizinischen Behandlung und damit ein erneuter fürsorgerischer Freiheitsentzug sowie die daraus resultierende Drittgefährdung nicht verhindern bzw. vermindern. Im Übrigen geht der Beschwerdeführer nicht substanziiert auf die Erwägungen der Vorinstanz ein, wonach eine mildere Massnahme (Beistandschaft [Art. 392 ff. ZGB] und Beiratschaft [Art. 395 ZGB]) in seinem Fall nicht infrage kommt. Auf die diesbezüglichen allgemeinen, sich nicht mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzenden Ausführungen des Beschwerdeführers ist nicht einzutreten.
8. Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der am Verfahren beteiligten Vormundschaftsbehörde ist keine Entschädigung zu entrichten.
9. Der Beschwerdeführer ersucht um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Die Beschwerde hat sich von vornherein als aussichtslos erwiesen, zumal der Beschwerdeführer über weite Strecken unzulässige Rügen erhoben und auch sonst nichts Wesentliches vorgebracht hat, was den gut begründeten Entscheid von Anfang an als bundesrechtswidrig erscheinen liess. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist daher abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Mitbeteiligten und der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen, Abteilung V, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden