Sachverhalt:
A. Der 1981 geborene A._ absolvierte seit 1. August 1997 bei der Firma Q._ AG die Lehre als LKW-Monteur und war damit bei der SUVA obligatorisch unfallversichert. Am 12. Oktober 1999 stürzte er mit dem Motorrad, worauf er am 13. Oktober 1999 im Zentrum P._ operiert wurde (dorsale Spondylodese L1-L2). Dieses stellte am 2. November 1999 folgende Diagnosen: LWK1-Bodenplattenfraktur mit Listhesis, keine neurologischen Ausfälle, MCP Fraktur IV basisnah links, Kontusion Abdomen, Thoraxkontusion rechts mit Pleuraerguss. Die SUVA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Ende Juli 2000 schloss der Versicherte die Lehre erfolgreich ab. Am 3. Mai 2001 erfolgte im Zentrum P._ die operative Metallentfernung des Wirbelsäulenimplantats L1-L2. Am 13. Juni 2002 diagnostizierte dieses ein chronisch persistierendes lumbovertebrales Schmerzsyndrom. Mit die Verfügung vom 24. August 2005 bestätigendem Einspracheentscheid vom 1. Mai 2006 sprach die SUVA dem Versicherten für die Unfallfolgen ab 1. Juli 2005 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 10 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 5 % zu. Seine Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 19. März 2008 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht gut. Es hob diesen Entscheid und den Einspracheentscheid der SUVA auf und wies die Sache an diese zurück, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge (Urteil 8C_356/2008 vom 10. Dezember 2008). Die SUVA holte einen Bericht des den Versicherten behandelnden Psychotherapeuten Dr. W._ vom 8. November 2009 und eine Aktenstellungnahme des Dr. med. K._, Facharzt für Orthopädische Chirurgie FMH, SUVA Versicherungsmedizin, vom 9. Februar 2010 ein. Mit Verfügung vom 26. Februar 2010 sprach sie dem Versicherten ab 1. Juli 2005 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 14 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 % zu. Seine Einsprache wies sie mit Entscheid vom 10. September 2010 ab.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 26. August 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Anweisung, ein unabhängiges Gutachten sowie ergänzende Arztberichte einzuholen und anschliessend über seine Ansprüche (Taggeld bis zur Zusprechung einer Rente, Übernahme der Kosten für die Heilbehandlung sowie Reisekosten, Rente und Integritätsentschädigung) neu zu entscheiden; eventuell sei ihm eine wesentlich höhere Rente und Integritätsentschädigung zuzusprechen. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Immerhin prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Grundlagen über den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden im Allgemeinen (BGE 134 V 109 E. 2.1 S. 111 f.), die erforderliche adäquate Unfallkausalität psychischer Beschwerden im Besonderen (BGE 115 V 133), die Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit (Art. 6 f. ATSG) sowie den Anspruch auf Heilbehandlung (Art. 10 UVG), Reisekosten (Art. 13 UVG), Taggeld (Art. 16 UVG), Invalidenrente (Art. 18 f. UVG) und Integritätsentschädigung (Art. 24 UVG) richtig dargelegt. Gleiches gilt betreffend die Invaliditätsbemessung nach dem Einkommensvergleich (Art. 16 ATSG), den Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (BGE 134 V 109 E. 9.5 S. 125) und den Beweiswert von Arztberichten (BGE 134 V 231 E. 5.1. S. 232). Darauf wird verwiesen. Zu ergänzen ist, dass die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers bei organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen praktisch keine Rolle spielt, da sich hier adäquate und natürliche Kausalität weitgehend decken (BGE 134 V 109 E. 2 S. 112). Organisch objektiv ausgewiesen sind Beschwerden, die mit wissenschaftlich anerkannten apparativen/ bildgebenden Untersuchungsmethoden bestätigt wurden (nicht publ. E. 2 des Urteils BGE 135 V 465, in: SVR 2010 UV Nr. 6 S. 25 [8C_216/2009]).
3. Im Urteil 8C_356/2008 erwog das Bundesgericht, die Berichte des Zentrums P._ vom 2. März 2006 und des Prof. Dr. med. G._, Chefarzt Wirbelsäulenchirurgie, Klinik Y._ vom 19. September 2006 enthielten zur Frage der Unfallkausalität des Rücken-Schmerzsyndroms in dem beim Unfall vom 12. Oktober 1999 verletzten Bereich LWK1 und der daraus resultierenden Arbeits(un)fähigkeit nicht rechtsgenügliche Angaben. Die Feststellungen des Zentrums P._, eine Vollzeit-Berufstätigkeit sei dem Versicherten wegen den Schmerzen nicht möglich, sowie des Prof. Dr. med. G._, der zeitliche Ablauf spreche nicht zwingend gegen eine posttraumatische Genese und der Versicherte dürfte bei eigener Wahl der Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig sein, seien nicht hinreichend. Auf den Bericht des Kreisarztes Dr. med. B._, FMH-Chirurgie, vom 16. Februar 2005 und seine Stellungnahme vom 22. März 2006 könne ebenfalls nicht abgestellt werden. Weiter hätten SUVA und Vorinstanz keine Abklärungen zur im Bericht des Zentrums P._ vom 2. März 2006 festgestellten psychischen Problematik und deren allfälliger natürlicher sowie adäquater Unfallkausalität vorgenommen und hierzu auch nicht Stellung bezogen. Die SUVA habe demnach die erforderlichen Abklärungen in somatischer und psychischer Hinsicht durchzuführen und danach über den Leistungsanspruch neu zu befinden.
4. 4.1 In somatischer Hinsicht stützten sich SUVA und Vorinstanz auf die Aktenbeurteilung des Dr. med. K._ vom 9. Februar 2010, der als versicherungsinterner SUVA-Arzt Stellung genommen hat. Formelle Ausstandsgründe nach BGE 132 V 93 sind nicht schon deswegen gegeben, weil jemand Aufgaben für die Verwaltung erfüllt, sondern erst, wenn die Verwaltungsangestellten in der Sache persönlich befangen sind (SVR 2010 IV Nr. 66 S. 199 E. 2.1 f. [9C_304/2010]). Solche Befangenheitsvorwürfe werden gegen Dr. med. K._ nicht erhoben.
4.2 Im BGE 137 V 210 vom 28. Juni 2011 hat das Bundesgericht entschieden, die Beschaffung medizinischer Gutachten durch die IV-Stellen bei den MEDAS sowie deren Verwendung auch im Gerichtsverfahren sei verfassungs- und konventionskonform, wobei diverse verfahrensrechtliche Korrektive notwendig seien. Der Versicherte macht geltend, dieses Urteil sei auch im UVG-Bereich anwendbar. Demnach sei eine Begutachtung mittels anfechtbarer Verfügung anzuordnen und seien die erweiterten Mitwirkungsrechte der versicherten Person im Zusammenhang mit der ergänzenden Abklärung bei Dr. med. K._ zu beachten
Aus diesem Urteil kann der Versicherte nichts zu seinen Gunsten ableiten. Da die Aktenbeurteilung des Dr. med. K._ vom 9. Februar 2010 nicht im gesetzlich vorgesehenen Verfahren für die Einholung versicherungsexterner Gutachten eingeholt wurde, kann sie auch nicht als solches gewertet werden. Dieser Beurteilung kommt vielmehr der Beweiswert einer Stellungnahme einer versicherungsinternen Fachperson zu. Auch der Bericht des behandelnden Psychotherapeuten Dr. W._ vom 8. November 2009 stellt kein Gutachten im Sinne des genannten Grundsatzurteils dar.
5. Streitig und zu prüfen ist als Erstes die organische Problematik hinsichtlich des Lumbovertebralsyndroms des Versicherten.
5.1 Dr. med. K._ stützte sich in der Stellungnahme vom 9. Februar 2010 auf das Röntgenbild, das CT und das MRI der LWS vom 12. Oktober 1999 (Unfalltag), die Röntgenbilder der LWS vom 22. Oktober 1999 und 8. März 2001, das CT der LWS vom 29. Oktober 2001, das MRI der LWS vom 13. September 2002 und das Röntgenbild der LWS vom 27. März 2006. Er führte aus, die Tätigkeit als Lastwagenmonteur sei dem Versicherten nicht mehr zuzumuten. Zumutbar sei ihm aber eine körperlich wenig anstrengende Tätigkeit in wechselnder Körperposition, bei der die zu tragenden Lasten 10 kg nicht überschreiten sollten, wobei das Lastenheben und -tragen nicht regelmässig oder gar repetitiv erfolgen sollte. Er sollte sich bei der Arbeit im Stehen nicht regelmässig nach vorne bücken müssen, denn dies könnte zu Müdigkeitsgefühl und Schmerzen in der paravertebralen Muskulatur führen. Falls ein Alternieren der Körperposition möglich sei, sei es nicht notwendig, regelmässige kleine Pausen einzufügen; denn der Lagewechsel sei ein Garant für eine relative Indolenz. Der Versicherte könne stehen, gehen; eine Wechselbelastung wäre optimal; das Lastentragen und -heben sei einzuschränken, wobei die obere Grenze bei 10 kg einzusetzen sei; kauern, knien und Treppen steigen seien problemlos, Leitern steigen episodisch. Nicht zumutbar seien Tätigkeiten, die ein längeres Bücken erforderten, bzw. das Tragen von schweren Lasten. Der Versicherte könne in einem angepassten Rahmen ganztags berufstätig sein. Bei der Integritätsentschädigung gehe er von SUVA-Tabelle 7 Ziff. 2 aus, da sich nach der Fraktur eine Osteochondrose des Segments L1/L2 entwickelt habe. In der Schmerzfunktionsskala sei die Kolonne ++ zu berücksichtigen. Er beziffere den Integritätsschaden auf 10 %. Die vom Versicherten geschilderten Beschwerden seien chronischer Natur. Ihre Intensität lasse sich nicht durch die klinischen und radiologischen Befunde erklären. Beim Chronifizierungsprozess seien andere Faktoren als somatische Befunde involviert.
5.2 Dr. med. K._ kam zum Schluss, das Rückenschmerzsyndrom sei zum Teil unfallbedingt. Dies genügt für die Bejahung der natürlichen Unfallkausalität (BGE 134 V 109 E. 9.5 S. 125 f.). Hierauf stellten im Ergebnis auch SUVA und Vorinstanz ab, indem sie dem Versicherten aus somatischer Sicht ab 1. Juli 2005 eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung zusprachen. Auch bei der Bestimmung der Arbeitsfähigkeit und des Integritätsschadens folgten sie der Einschätzung des Dr. med. K._.
5.3 Dem vorinstanzlichen Ergebnis ist beizupflichten. Was dagegen in der Beschwerde vorgebracht wird, vermag hieran nichts zu ändern. Festzuhalten ist insbesondere Folgendes:
5.3.1 Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass die Stellungnahme des Dr. med. K._ die formellen Anforderungen an medizinische Aktenberichte erfüllt (vgl. SVR 2010 UV Nr. 17 S. 63 E. 7.2 [8C_239/2008]). Unbehelflich ist demnach der Einwand des Versicherten, Dr. med. K._ habe ihn zu keinem persönlichen Gespräch aufgeboten.
5.3.2 Der Versicherte setzt sich mit der Beurteilung des Dr. med. K._ hinsichtlich des Ausmasses der Arbeitsfähigkeit und des Integritätsschadens materiell nicht substanziiert auseinander. Er führt keine apparativen/bildgebenden Abklärungen auf, welche die Feststellungen des Dr. med. K._ in Frage stellen. Vielmehr ist ergänzend festzuhalten, dass die am 20. August 2004 in der Klinik Y._ vorgenommene Diskographie auf Höhe L2/L3 und L3/L4 und die am 28. Oktober 2004 im Spital Z._ durchgeführte Phasen-Skelettszintigrapie der LWS keinen pathologischen Befund zeigten.
Zudem wird die Auffassung des Dr. med. K._, wonach der Versicherte in leidensangepasster Tätigkeit ganztags arbeitsfähig sei, durch folgende Berichte bekräftigt: Die Klinik X._ führte am 1. Juli 2003 aufgrund einer stationären Abklärung vom 7. Mai bis 2. Juli 2003 aus, limitierend seien rückenbelastete Zwangshaltungen sowie Tätigkeiten mit Schlägen und Vibrationen auf die Wirbelsäule und Tätigkeiten in ungünstigen bzw. monotonen statischen Körperhaltungen, insbesondere in gebückter oder vorübergeneigter Stellung, die nicht mehr zumutbar seien. Eingeschränkt sei ebenso das Tragen von Gewichten über 15 - 20 kg, wobei günstige Hebelarme notwendig seien. Wechselbelastungen seien sinnvoll. In diesem Rahmen bestehe ganztägige Arbeitsfähigkeit. Diese Einschätzung bestätigte die Berufliche Abklärungsstelle (BEFAS) am 10. November 2003 nach einer vom 8. September bis 16. Oktober 2003 erfolgten Abklärung; die Tätigkeit als LKW-Monteur sei dem Versicherten nicht mehr möglich; bei einer geeigneten Tätigkeit sei er in der freien Wirtschaft ganztags erwerbsfähig. Dass seither eine Verschlechterung der Arbeitsfähigkeit eingetreten wäre, wird nicht geltend gemacht und ergibt sich aus nicht aus den Akten. Gestützt auf die Einschätzung des Dr. med. K._ ist indessen die Gewichtslimite für das Heben und Tragen von Lasten auf maximal 10 kg festzusetzen.
Unbehelflich ist in diesem Lichte das pauschale Vorbringen des Versicherten, es seien ergänzende Berichte des Dr. med. K._, des Prof. Dr. med. G._ und des Zentrums P._ einzuholen. Vielmehr ist von weiteren medizinischen Abklärungen abzusehen, da hievon keine neuen Erkenntnisse zu erwarten sind (antizipierte Beweiswürdigung; BGE 137 V 64 E. 5.2 S. 69, 136 I 229 E. 5.3 S. 236).
6. Aufgrund der Akten war hinsichtlich der körperlichen Beschwerden der Fallabschluss per Ende Juni 2005 unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung rechtmässig, da von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung überwiegend wahrscheinlich keine namhafte, ins Gewicht fallende Besserung des Gesundheitszustandes bzw. Steigerung der Arbeitsfähigkeit mehr zu erwarten war (Art. 19 Abs. 1 UVG; BGE 134 V 109 E. 4.3 S. 115). Substanziierte Einwände legt der Versicherte nicht dar. Unbehelflich ist sein blosses Vorbringen, er sei auch nach dem Einsprachentscheid weiter ärztlich und insbesondere psychotherapeutisch behandelt worden. Denn der Fallabschluss bedingt lediglich, dass von weiteren medizinischen Massnahmen keine erhebliche Verbesserung der gesundheitlichen Situation mehr erwartet werden kann, nicht aber, dass eine medizinische Behandlung nicht länger erforderlich ist (Urteil 8C_956/2009 vom 9. März 2010 E. 4.1.2). Soweit er vorbringt, die nach dem Fallabschluss erfolgte psychotherapeutische Behandlung bei Dr. W._ habe zu einer gewissen Verbesserung des psychischen Zustandes geführt, ist dies irrelevant (vgl. auch E. 7.1 hienach).
7. Streitig und zu prüfen ist weiter die psychische Problematik.
7.1 Die Vorinstanz liess offen, ob die von Dr. W._ im Bericht vom 8. November 2009 angegebenen psychischen Beschwerden natürlich unfallkausal seien, da die adäquate Unfallkausalität zu verneinen sei. Dieses Vorgehen ist nicht zu beanstanden. Anders wäre lediglich dann zu entscheiden, wenn der Sachverhalt für eine einwandfreie Adäquanzprüfung nicht hinreichend abgeklärt wäre (BGE 135 V 465 E. 5.1 S. 472). Dies trifft hier nicht zu. Denn die bei der Adäquanzprüfung einzig zu berücksichtigenden physischen Komponenten des Gesundheitsschadens lassen sich im Zeitpunkt, in dem von der Fortsetzung der auf die somatischen Leiden gerichteten ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung mehr erwartet werden konnte, zuverlässig beurteilen (BGE 134 V 109 E. 6.1 S. 116).
7.2 Die Unfallschwere ist im Rahmen einer objektivierten Betrachtungsweise aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen. Irrelevant sind die Kriterien, die bei der Adäquanzprüfung der Unfallfolgen bei mittelschweren Unfällen Beachtung finden (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1 [U 2/07]; Urteil 8C_198/2011 vom 9. August 2011 E. 7). Der Unfall vom 12. Oktober 1999 ereignete sich wie folgt: Bei der Fahrt mit einem Motorrad bremste der Versicherte ab und erwischte dabei die Grasnarbe. Dabei stellte es ihn quer, er stürzte und tangierte mit dem Rücken voran eine Siloballe. Dieser Unfall ist höchstens als mittelschweres Ereignis im mittleren Bereich einzustufen (vgl. die Übersicht zur Unfallschwere im Urteil 8C_595/2009 vom 17. November 2009 E. 7.1 f.). Die adäquate Unfallkausalität des psychischen Gesundheitsschadens kann somit nur bejaht werden, wenn drei der sieben Adäquanzkriterien erfüllt sind oder eines besonders ausgeprägt vorliegt (BGE 115 V 133 E. 6c/aa S. 140; SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100 E. 4.5 [8C_897/2009]).
7.3 Die Vorinstanz sah kein Adäquanzkriterium als erfüllt an. Zu den vom Versicherten angerufenen Kriterien ist Folgendes festzuhalten:
7.3.1 Das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls wird objektiv und nicht aufgrund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls des Versicherten beurteilt. Jedem mittelschweren Unfall ist eine gewisse Eindrücklichkeit eigen, die somit noch nicht für eine Bejahung des Kriteriums ausreichen kann (nicht publ. E. 3.5.1 des Urteils BGE 137 V 199). Es wird nur das Unfallgeschehen an sich und nicht die dabei erlittene Verletzung betrachtet. Der nachfolgende Heilungsprozess wird nicht bei diesem Kriterium berücksichtigt (Urteil 8C_721/2011 vom 11. November 2011 E. 5.1). Das Kriterium ist nicht erfüllt.
7.3.2 Zu verneinen ist das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen, insbesondere ihre erfahrungsgemässe Eignung, psychische Fehlentwicklungen auszulösen.
7.3.3 Das Kriterium der ungewöhnlich langen Dauer der ärztlichen Behandlung ist nicht allein nach einem zeitlichen Massstab zu beurteilen. Von Bedeutung sind auch Art und Intensität der Behandlung sowie der Umstand, inwieweit noch eine Besserung des Gesundheitszustandes zu erwarten ist. Es muss, gesamthaft betrachtet, eine kontinuierliche, mit einer gewissen Planmässigkeit auf die Verbesserung des Gesundheitszustandes gerichtete ärztliche Behandlung von ungewöhnlich langer Dauer vorliegen. Manualtherapeutische Massnahmen zur Erhaltung des Zustandes und medikamentöse Schmerzbekämpfung allein genügen diesen Anforderungen nicht. Auch kommt einzig der Abklärung des Beschwerdebildes dienenden Vorkehren nicht die Qualität einer Heilmethodik in diesem Sinne zu (Urteil 8C_198/2011 E. 8.3). Der Versicherte wurde am 13. Oktober 1999 im Zentrum P._ operiert (dorsale Spondylodese L1-L2), wobei er vom 12. bis 22. Oktober 1999 hospitalisiert war; am 3. Mai 2001 erfolgte die operative Metallentfernung mit Hospitalisation vom 2. bis 7. Mai 2001. Das Zentrum P._ führte am 23. August 2002 Fazetteninfiltrationen L1/2 und L2/3 beidseits und am 13. September 2002 eine Diskographie L3/4 durch. Vom 7. Mai bis 2. Juli 2003 weilte der Versicherte in der Klinik X._, wo Physiotherapie, psychotherapeutische Gespräche und eine Berufsabklärung erfolgten. Am 20. August 2004 wurde in der Klinik Y._ eine Diskographie L2/3 und L3/4 vorgenommen. Im Übrigen bestand die ambulante Behandlung in Fitnesstraining, Physioherapie, Akupunktur, Chiropraktik und Nervenstimulation. Insgesamt liegt das Kriterium jedenfalls nicht ausgeprägt vor.
7.3.4 Zu prüfen ist, ob körperliche Dauerschmerzen im Sinne von über den gesamten Zeitraum andauernden Beschwerden vorlagen (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 241 E. 5.2.6 [U 380/04]; Urteil 8C_996/2010 vom 14. März 2011 E. 9.2). Am 8. Dezember 1999 legte der Versicherte im Zentrum P._ dar, mit dem funktionellen Resultat der linken Hand sei er aktuell sehr zufrieden. Gemäss Bericht des Kreisarztes Dr. med. B._ vom 11. März 2002 waren die Thorax-/Abdomenkontusion und die Metacarpale IV-Fraktur links folgenlos abgeheilt. Aufgrund der medizinischen Akten waren die thorakolumbalen Schmerzen vor allem positions- bzw. bewegungs- und belastungsabhängig (Berichte des Zentrums P._ vom 13. November 2000 und 3. September 2002, des Dr. med. B._ vom 12. Februar 2001 und 11. März 2002, der Klinik X._ vom 1. Juli 2003, des Dr. med. R._, Arzt für Allg. Medizin FMH, vom 12. Juli 2004 und des Prof. Dr. med. G._ vom 19. September 2006). Laut Angaben des Versicherten vom 12. Februar 2001, 11. März 2002 und 16. Februar 2005 nahm er keine Medikamente ein; das Autofahren war ihm gut möglich. Am 16. Februar 2005 legte er zudem dar, er schlafe gut und könne durchschlafen; er nehme keine Schlafmittel. Insgesamt ist das Kriterium nicht besonders ausgeprägt gegeben (vgl. auch Urteile 8C_885/2011 vom 18. Januar 2012 E. 6.3 und 8C_92/2008 vom 4. August 2008 E. 10).
7.3.5 Aus der blossen Dauer der ärztlichen Behandlung und der geklagten Beschwerden darf nicht schon auf einen schwierigen Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Genesung bis zum Fallabschluss beeinträchtigt oder verzögert haben (SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5 [U 479/05]). Der Umstand, dass trotz verschiedener Therapien keine Beschwerdefreiheit erreicht werden kann, genügt allein nicht (Urteil 8C_198/2011 E. 8.6). Besondere Gründe für die Bejahung des Kriteriums sind weder konkret dargetan noch ersichtlich.
7.3.6 Das Kriterium des Grades und der Dauer der physisch bedingten Arbeitsunfähigkeit bezieht sich nicht allein auf das Leistungsvermögen im angestammten Beruf (RKUV 2001 Nr. U 442 S. 544 [U 56/00]; Urteil 8C_996/2010 E. 9.5). Nach dem Unfall vom 12. Oktober 1999 beendete der Versicherte am 31. Juli 2000 erfolgreich die Lehre als LKW-Monteur. Seit August 2000 arbeitete er im Sägereibetrieb seines Vaters, wo er einfache Arbeiten verrichtete. Gemäss dem Bericht des Zentrums P._ vom 13. November 2000 war er hierbei ab 16. August 2000 zu 100 % arbeitsfähig. Am 6. August 2001 begann er eine Elektrikerlehre, die er im November/Dezember 2001 wegen zunehmenden Schmerzen beim Bücken abbrach. Am 31. Januar 2002 gab er gegenüber dem Zentrum P._ an, bereits seit einem Jahr arbeite er nebenberuflich in einer Anlageberatung. Am 11. März 2002 vertrat der Versicherte gegenüber der SUVA die Auffassung, er wisse, dass er nicht zu 100 % arbeitsunfähig sei und in geeigneter Tätigkeit voll arbeiten könnte; z.B. als Lieferwagen-Chauffeur würde er sich sehen. Das Zentrum P._ führte im Bericht vom 3. September 2002 aus, eine für den Versicherten geeignete Tätigkeit sollte nicht mehr als 2 - 3 Stunden sitzend sein; anschliessend müsse er sich für 1/2 - 1 Stunden hinlegen; die Tätigkeit dürfe kein Heben und Bücken beinhalten; Stehen von 2 - 3 Stunden sei möglich. Ab Juli 2003 ist im Lichte der Berichte der Klinik X._ vom 1. Juli 2003 und der BEFAS vom 10. November 2003 von ganztägiger Arbeitsfähigkeit des Versicherten auszugehen, allerdings mit der von Dr. med. K._ angegebenen Gewichtslimite von 10 kg (E. 5.3.2 hievor). Unter diesen Umständen ist das Kriterium nicht erfüllt.
7.3.7 Nach dem Gesagten haben SUVA und Vorinstanz die adäquate Unfallkausalität des psychischen Gesundheitsschadens ab 1. Juli 2005 zu Recht verneint.
7.3.8 Da der Unfall vom 12. Oktober 1999 höchstens als mittelschwer im mittleren Bereich zu qualifizieren ist (E. 7.2 hievor), ist die Dauerhaftigkeit eines allfälligen psychischen Integritätsschadens und damit der Anspruch auf eine Integritätsentschädigung regelgemäss zu verneinen (BGE 124 V 29 E. 5c/bb S. 44 f., 209 S. 214; Urteil 8C_198/2011 E. 8.8).
8. Das von SUVA und Vorinstanz veranschlagte hypothetische, ohne Gesundheitsschaden erzielbare Valideneinkommen als LKW-Monteur (vgl. BGE 135 V 297 E. 5.1 S. 300) beanstandet der Versicherte nicht. Vor dem bundesgerichtlichen Rückweisungsurteil 8C_356/2008 hatten SUVA und Vorinstanz das trotz Gesundheitsschadens zumutbarerweise erzielbare Invalideneinkommen nicht gestützt auf die vom Bundesamt für Statistik herausgegebene Lohnstrukturerhebung (LSE), sondern aufgrund der Dokumentation von Arbeitsplätzen (DAP) der SUVA ermittelt (vgl. BGE 135 V 297 E. 5.2 S. 301). Das Bundesgericht beanstandete dies nicht, da der SUVA nicht vorgeschrieben werden könne, welche dieser Einkommensgrundlagen sie heranzuziehen habe; nach Ermittlung der Arbeitsfähigkeit des Versicherten werde sie sich zu seinen Einwänden gegen die konkrete DAP-Anwendung zu äussern haben. Im streitigen Einspracheentscheid vom 10. September 2010 berechnete die SUVA das Invalideneinkommen gestützt auf die LSE. Zur Begründung gab sie an, im Rahmen der von ihr aufgelegten DAP-Blätter sei der Arbeitsweg als zu lang beanstandet worden; DAP-Arbeitsplätze in der näheren Region bestünden nicht. Nicht stichhaltig ist der Einwand des Versicherten, es sei unzulässig, im Verlauf eines Verfahrens von einer Methode zur anderen zu wechseln, ohne triftige Gründe dafür anzuführen. Denn die Vorinstanz schützte das Vorgehen der SUVA, da diese ihre Motive dargelegt habe und nicht von einem opportunistischen Methodenwechsel gesprochen werden könne; dagegen bringt der Versicherte keine substanziierten Einwände vor. Unbehelflich ist schliesslich sein pauschaler Vorwurf, das Invalideneinkommen sei aufgrund seiner regelmässigen Schmerzen und psychischen Probleme zu hoch veranschlagt worden.
9. Der unterliegende Versicherte trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Februar 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Jancar