Fatti:
A. A.a La procedura fallimentare avviata da B._ con istanza 9 luglio 2010 nei confronti di A._AG è stata sospesa il 16 marzo 2011 dal competente Pretore del Distretto di Lugano nell'ambito della causa di accertamento dell'inesistenza del debito posto in esecuzione.
A.b Con istanza 19 dicembre 2011 B._ ha chiesto al Pretore l'allestimento dell'inventario dei beni di A._AG quale provvedimento conservativo ex art. 170 LEF; lo stesso giorno il Pretore ha respinto l'istanza. A seguito del parziale accoglimento di un reclamo dell'istante e di un fatto nuovo (modifica dell'amministratore unico di A._AG), il Pretore è tornato sui suoi passi: con decisione 5 giugno 2012 ha dato seguito favorevole all'istanza e ha ordinato l'erezione dell'inventario preventivo di A._AG, delegandone la messa in atto all'Ufficio di esecuzione di Lugano (qui di seguito: UE). L'operato dell'UE, ed in particolare l'ordine di produzione del bilancio di A._AG al 31 dicembre 2011, ha fatto oggetto di impugnazione avanti al Tribunale di appello del Cantone Ticino (sentenza 12 luglio 2012) e avanti questa Corte (sentenza 5A_548/2012 del 28 settembre 2012).
B. La decisione pretorile di erezione dell'inventario 5 giugno 2012, dal canto suo, è stata impugnata avanti al Tribunale di appello del Cantone Ticino con reclamo 18 giugno 2012 e forma l'oggetto della presente procedura. Con la qui avversata sentenza 30 luglio 2012, il Tribunale di appello ha respinto il gravame, con conseguenza di tassa, spese e ripetibili a carico di A._AG.
C. Con ricorso in materia civile 10 settembre 2012, A._AG (ricorrente) chiede l'annullamento della sentenza 30 luglio 2012 e la reiezione dell'istanza di erezione dell'inventario preventivo; subordinatamente postula il rinvio dell'incarto all'istanza precedente perché questa la rinvii a sua volta al primo giudice per nuovi accertamenti.
Non sono state chieste determinazioni.
Diritto:
1. Il ricorso è stato interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 LTF) contro una decisione pronunciata su ricorso dall'autorità giudiziaria ticinese di ultima istanza (art. 75 LTF) in materia di esecuzione e fallimento (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF). Trattandosi di una decisione del giudice del fallimento, il valore di causa è irrilevante (art. 74 cpv. 2 lett. d LTF; PHILIPPE NORDMANN, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. II, 2a ed. 2010, n. 12 ad art. 170 LEF). Nell'ottica dei criteri menzionati il ricorso in materia civile appare pertanto ammissibile.
2. La decisione impugnata concerne misure cautelari prese in applicazione dell'art. 170 LEF.
2.1 Decisioni concernenti misure cautelari sono decisioni finali ai sensi dell'art. 90 LTF se sono emanate in una procedura a se stante (DTF 138 III 76 consid. 1.2; 137 III 324 consid. 1.1; 134 I 83 consid. 3.1; v. anche sentenza 5A_340/2010 del 19 ottobre 2010 consid. 1.1, non pubblicato in DTF 137 III 143, riferito al diniego di un inventario dei beni ai sensi dell'art. 162 LEF; di opinione apparentemente divergente OTTOMANN/MARKUS, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. II, 2a ed. 2010, n. 18 ad art. 162 LEF, che non distinguono fra casi di concessione e casi di diniego dell'inventario dei beni). Decisioni cautelari notificate separatamente che vengono emanate prima o durante la procedura principale e che rimangono in vigore unicamente per la durata di questa, rispettivamente a condizione che una procedura principale venga incoata, sono invece decisioni incidentali ai sensi dell'art. 93 LTF (DTF 138 III 76 consid. 1.2; 137 III 324 consid. 1.1; 134 I 83 consid. 3.1). In concreto, la decisione impugnata costituisce una decisione incidentale atteso che l'ordine del giudice di erigere un inventario preventivo ex art. 170 LEF vale soltanto per la durata della procedura (principale) di fallimento.
2.2 Il ricorso in materia civile contro decisioni incidentali concernenti misure cautelari e notificate separatamente è ammissibile se esse possono causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF; sentenza 4A_36/2012 del 26 giugno 2012 consid. 1.1). È tale unicamente quel pregiudizio che nemmeno una decisione favorevole nel merito riesce a cancellare completamente. Tale pregiudizio deve inoltre essere di natura giuridica; un inconveniente semplicemente di fatto o economico come l'estensione della durata della procedura o dei suoi costi, è insufficiente (DTF 138 III 190 consid. 6 con rinvii; 137 III 380 consid. 1.2.1 con rinvii). Incombe al ricorrente dimostrare perché la decisione impugnata sia atta a causargli un pregiudizio irreparabile, a meno che ciò non appaia con evidenza dalla sentenza impugnata o non sia insito nella natura medesima della vertenza (DTF 137 III 324 consid. 1.1; 134 III 426 consid. 1.2; 133 III 629 consid. 2.3.1).
2.3 La ricorrente non si pone la domanda del pregiudizio suo irreparabile, bensì parte dall'errato presupposto che si sia in presenza di una decisione finale. In proposito, non si esprime dunque del tutto.
Un pregiudizio irreparabile non emerge nemmeno con evidenza dalla decisione impugnata: in particolare non risulta che i beni della ricorrente abbiano fatto oggetto di blocco. Il Tribunale di appello ha anzi considerato la misura in discussione "relativamente poco invasiva". Del tutto privo di motivazione circa il pregiudizio irreparabile, il gravame non può che essere dichiarato inammissibile.
3. Tassa e spese di giustizia vanno poste a carico della ricorrente soccombente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non sono dovute ripetibili all'opponente, non invitato ad esprimersi e dunque non incorso in spese della sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF e contrario).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.