Faits:
A. Dans le cadre d'une procédure pénale ouverte contre A._ et B._ pour importation, acquisition, mise en circulation de fausse monnaie et escroquerie, le Président de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral Jean-Luc Bacher a rendu, le 18 août 2008, une décision de mise en liberté des deux accusés. Il a considéré que ceux-ci encouraient une peine privative de liberté de douze à seize mois et demi, ajoutant: "au vu des infractions commises et des montants en jeu, sans toutefois prendre en considération l'ensemble des circonstances du cas d'espèce ni vouloir d'aucune manière préjuger, une peine de quatorze mois de privation de liberté peut raisonnablement être envisagée". Au 5 septembre 2008, la durée de la détention préventive serait des deux tiers de la peine envisagée; la libération devait prendre effet dès cette date, moyennant engagement écrit des accusés d'obtempérer à tout mandat de comparution et de mettre leurs défenseurs en position de pouvoir les joindre en tout temps dans un délai de 24 heures. Cette décision a été notifiée au Ministère public de la Confédération (MPC) le 21 août 2008.
B. Par lettre du 19 septembre 2008, le MPC a requis la récusation des auteurs (juge et greffière) de la décision du 18 août 2008: en évoquant une peine de quatorze mois de privation de liberté, la Cour avait préjugé de la culpabilité des accusés, ainsi que du type et de la quotité de la peine à prononcer à leur encontre.
Par décision du 2 octobre 2008, la Cour des affaires pénales a considéré que la demande, formée près d'un mois après que le MPC ait eu connaissance de la cause de récusation, était tardive et donc irrecevable.
C. Par acte du 14 octobre 2008, le MPC forme un recours en matière pénale; il conclut à l'annulation de la décision du 2 octobre 2008 en tant qu'elle déclare irrecevable la demande de récusation, et au renvoi de la cause à la Cour des affaires pénales pour nouvelle décision sur le fond.
La Cour des affaires pénales persiste dans sa décision. Le président et la greffière se réfèrent à leurs déterminations devant l'instance précédente.
Considérant en droit:
1. Le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision de la Cour des affaires pénales (art. 79 a contrario et 80 al. 1 LTF) relative à une demande de récusation (art. 92 LTF). Le MPC a qualité pour agir (art. 81 al. 2 LTF).
2. Le MPC conteste avoir requis tardivement la récusation des membres du Tribunal. Selon lui, la péremption du droit de récuser viserait à éviter les comportements dilatoires et contraires à la bonne foi. En l'occurrence, la décision du 18 août 2008 a été notifiée le 21 août suivant et la récusation a été requise quatre semaines plus tard, le 19 septembre 2008. Durant ce délai, aucun acte d'instruction n'a été accompli; les débats, fixés au 19 novembre 2008, ont été reportés au 3 février 2009 pour d'autres raisons; la demande n'avait par conséquent aucun effet dilatoire et ne comportait pas le risque d'annulation d'un acte de procédure.
2.1 Selon l'art. 36 al. 1 LTF, applicable devant le TPF en vertu de l'art. 99 al. 1 PPF, la partie qui sollicite la récusation d'un juge ou d'un greffier doit présenter une demande écrite "dès qu'elle a connaissance du motif de récusation". Selon l'art. 38 al.1 LTF, les opérations auxquelles a participé une personne tenue de se récuser sont annulées si une partie le demande au plus tard cinq jours après avoir eu connaissance du motif de récusation.
2.2 L'art. 36 LTF correspond pour l'essentiel à l'art. 25 al. 1 et 2 de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire (OJ). Cette disposition comprenait aussi un al. 3 selon lequel la personne qui présentait tardivement une demande de récusation pouvait être condamnée au paiement des frais ainsi occasionnés. La conséquence d'une demande de récusation tardive n'était donc pas l'irrecevabilité de la demande. Cette disposition n'a pas été reprise dans la LTF; on pourrait en déduire que le droit de demander la récusation est désormais soumis à péremption (cf. SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Bundesgerichtsgesetz, 2007, n° 3 ad art. 36). Par ailleurs, le délai de trente jours pour exiger l'annulation des actes de procédure antérieurs à la récusation (art. 28 al. 1 OJ) a été ramené à cinq jours (art. 38 al. 1 LTF), ce qui démontre que le législateur a voulu se montrer plus exigeant quant à la diligence dont doit faire preuve l'auteur d'une demande de récusation.
2.3 Selon le message relatif à la LTF (FF 2001 p. 4090 s.), la sanction en cas de récusation tardive ne serait pas l'irrecevabilité de la demande, mais la limitation de ses effets: si le requérant n'agit pas dans les cinq jours mentionnés à l'art. 38 al. 1 LTF, il perd son droit d'exiger l'annulation d'actes de procédure antérieurs, "de sorte que la récusation n'a d'effet que pour le futur".
On ne saurait toutefois en déduire que le droit de récuser pourrait être exercé sans aucune limite de temps, et indépendamment des règles de la bonne foi (cf. I. HÄNER, in Basler Kommentar zum BGG, n° 1 ad art. 36). Il découle au contraire du texte légal que la partie doit agir sans délai dès qu'elle a en main tous les éléments propres à fonder une demande de récusation. En effet, selon la pratique constante, celui qui omet de se plaindre immédiatement de la prévention d'un magistrat et laisse le procès se dérouler sans intervenir, agit contrairement à la bonne foi et voit son droit se périmer (ATF 134 I 20 consid. 4.3.1; 132 II 485 consid. 4.3 p. 496; 130 III 66 consid. 4.3 p. 75; 126 III 249 consid. 3c p. 253/254; 124 I 121 consid. 2 p. 122). Ce principe, qui s'applique de manière générale en matière de récusation, doit valoir également dans le cadre de la LTF. Dès lors, même si la loi ne prévoit aucun délai particulier, il y a lieu d'admettre que la récusation doit être formée aussitôt, c'est-à-dire dans les jours qui suivent la connaissance de la cause de récusation.
2.4 En l'occurrence, le MPC admet avoir attendu quelque quatre semaines après avoir eu connaissance de la cause de récusation, soit après la notification de la décision présidentielle du 18 août 2008. La cause de récusation alléguée ressortait pourtant de la simple lecture de cette décision; elle ne nécessitait aucun renseignement ou vérification complémentaires et on ne comprend pas, dès lors, pourquoi l'autorité a tardé près d'un mois avant d'agir. On ne saurait certes prêter à l'autorité recourante des intentions dilatoires ou abusives. On peut toutefois attendre du MPC, en tant qu'autorité chargée de la poursuite pénale et partie au procès, une vigilance particulière quant au déroulement de la procédure. Par ailleurs, sous peine de violer le principe d'égalité des armes, il n'y a pas lieu de se montrer moins rigoureux à l'égard de l'accusateur public qu'à l'égard de l'inculpé, dont une demande de récusation, déposée dans des circonstances identiques, aurait été jugée manifestement tardive.
De ce point de vue, l'arrêt attaqué ne viole pas le droit fédéral.
2.5 Sur le fond, la demande de récusation apparaissait d'ailleurs manifestement mal fondée. Dans sa décision du 18 août 2008, le Président a cherché à déterminer, comme il y était tenu en vertu du principe de la proportionnalité de la détention, la durée d'une éventuelle peine privative qui pourrait être prononcée contre les accusés. Ayant fixé les minimum et maximum légaux à douze et seize mois et demi de détention (ce que le MPC ne conteste pas), il s'en est tenu à une durée moyenne, faisant preuve de la prudence requise dans cette évaluation (ATF 133 I 168 consid. 4.1; 116 Ia 143 consid. 5a p. 147). Il a encore pris soin de préciser qu'il évitait de préjuger la cause, et qu'il ne prenait pas en considération l'ensemble des circonstances du cas d'espèce. Rien ne permet donc de mettre en doute l'aptitude de la cour d'apprécier la cause de manière impartiale lors des débats.
3. Le recours doit dès lors être rejeté, sans frais (art. 66 al. 4 LTF) ni dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires, ni alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 13 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz