Sachverhalt:
A. Y._ (Beschwerdegegnerin) war bei der X._ AG (Beschwerdeführerin) für ihre Tätigkeit als Pflegehelferin im Rahmen einer Kollektiv-Krankentaggeldversicherung nach VVG für ein Taggeld von 80 % des versicherten Lohnes versichert. Da seit dem 13. August 2009 wegen eines Rückenleidens eine volle Arbeitsunfähigkeit bestand, richtete die Beschwerdeführerin Krankentaggelder aus. Am 25. Mai 2010 eröffnete sie der Beschwerdegegnerin, es sei nicht davon auszugehen, dass diese in ihrem angestammten Beruf als Pflegehelferin eine 100%ige Arbeitsfähigkeit erlangen werde. Im Rahmen einer leidensangepassten Tätigkeit sei eine 100%ige Arbeitsleistung aber möglich und zumutbar. Die Beschwerdegegnerin sei aufgrund ihrer Pflicht zur Schadensminderung gehalten, innert nützlicher Frist auf einem anderen Erwerbszweig eine Arbeit zu suchen und anzunehmen.
B. Nachdem sich die Beschwerdeführerin in einem vor dem Vermittleramt See am 22. Juli 2010 geschlossenen Vergleich verpflichtet hatte, für die Zeit vom 1. April bis 31. August 2010 Taggeldzahlungen zu erbringen (die Beschwerdegegnerin behielt ihr Nachklagerecht vor) und mit Schreiben vom 30. Dezember 2010 ihre Leistungspflicht für einen Spitalaufenthalt vom 8. bis zum 26. November 2010 anerkannt hatte, reichte die Beschwerdegegnerin am 24. Mai 2011 Klage ein und verlangte Fr. 23'222.70 brutto abzüglich Quellensteuer vom 1. September 2010 bis 7. November 2010 sowie vom 27. November 2010 bis 28. Februar 2011 nebst Zins unter Vorbehalt des Nachklagerechts. Am 24. Februar 2012 hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Klage in dem Sinne gut, dass es die Beschwerdeführerin verpflichtete, für die Zeit vom 1. September 2010 bis 7. November 2010 und vom 27. November 2010 bis 28. Februar 2011 Taggeldleistungen auf der Basis einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % zuzüglich Zins auszurichten.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, den Entscheid des Versicherungsgerichts aufzuheben und die Sache an dieses zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit überhaupt darauf einzutreten ist. Zudem sucht sie für das Verfahren vor Bundesgericht wie schon im kantonalen Verfahren um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege nach. Das Versicherungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat die Streitsache als einzige kantonale Instanz nach Art. 7 ZPO entschieden. Damit ist die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig vom Streitwert zulässig (Art. 74 Abs. 2 lit b BGG). Soweit die Beschwerdeführerin allerdings unter Angabe von Beweismitteln den Sachverhalt schildert, verkennt sie, dass das Bundesgericht die Sachverhaltsfeststellung im angefochtenen Entscheid nur berichtigen und ergänzen kann, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 BGG), was eine entsprechende, hinreichend begründete Rüge voraussetzt (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 462 E. 2.4 S. 466 f.).
2. Die Vorinstanz ging in Würdigung der Akten, insbesondere eines Gutachtens, davon aus, der Beschwerdegegnerin sei die Ausübung einer angepassten Tätigkeit im Umfang von 80 % seit dem 26. November 2010 zumutbar. Unter Berücksichtigung des bei einer leidensadaptierten Tätigkeit erzielbaren Einkommens verbleibe eine Arbeitsunfähigkeit von 36 % ab dem 26. November 2010. Jedoch sei der Beschwerdegegnerin jedenfalls bis Ende Februar 2011 eine Anpassungsfrist zur Stellensuche und Neuorientierung einzuräumen, weshalb bis zu diesem Zeitpunkt gestützt auf die volle Arbeitsunfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit Anspruch auf die vollen Taggeldleistungen bestehe.
2.1 Die von der Beschwerdeführerin behauptete 100%ige Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit erachtete die Vorinstanz nicht für nachgewiesen. Sie stützte sich dabei auf das Gutachten, welches interdisziplinär eine somatisch/psychiatrisch begründete Einschränkung der Arbeitsfähigkeit von 20 % bescheinigt hatte. Der Einwand der Beschwerdeführerin, eine diagnostizierte anhaltende somatoforme Schmerzstörung als solche begründe nach der Rechtsprechung (BGE 130 V 352) noch keine Invalidität, sei unbehelflich, da konkret einzig die Frage der Arbeitsfähigkeit zur Diskussion stehe. Eine analoge Anwendung der von der Beschwerdeführerin zitierten Rechtsprechung erscheine schon deshalb nicht gerechtfertigt, weil diese auf mehrjährige chronifizierte Krankheitsverläufe und dauerhafte Einschränkungen (Invalidität) zugeschnitten sei und nicht auf solche für einen begrenzten Zeitraum (Arbeitsunfähigkeit) bzw. auf Versicherungsleistungen mit zum vornherein begrenzter Dauer. Die Frage der Überwindbarkeit einer Einschränkung im Sinne dieser Rechtsprechung stehe mithin nicht zur Debatte.
2.2 Die Beschwerdeführerin beanstandet, die Vorinstanz übersehe, dass das Bundesgericht in seinem Urteil 4A_5/2011 vom 24. März 2011 E. 4.3.2.1 ausdrücklich festgehalten habe, dass die in BGE 130 V 352 begründete Rechtsprechung zum Einfluss einer somatoformen Schmerzstörung auf die Arbeitsunfähigkeit auch beizuziehen sei, wenn Krankentaggelder nach VVG zu beurteilen seien. Die Krankentaggeldversicherung habe sich im Rahmen der Schadenminderung nicht auf die Arbeitsunfähigkeit, sondern auf die Erwerbsunfähigkeit abzustützen, womit sich eine ungleiche Anwendung der Rechtsprechung nicht rechtfertige. Gemäss dem Gutachten sei die diagnostizierte somatoforme Schmerzstörung überwindbar. Damit stehe fest, dass die Beschwerdegegnerin aus somatischer Sicht in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig sei. Ebenso stellten soziokulturelle und psychosoziale Einflüsse invaliditätsfremde Gründe dar, die nach Art. 7 Abs. 2 ATSG ausser Acht zu bleiben hätten. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, die Vorinstanz hätte das Gutachten mit Bezug auf die Überwindbarkeit würdigen und diesen Aspekt bei der Entscheidfindung berücksichtigen müssen.
2.3 Die Beschwerdegegnerin macht dagegen geltend, eine pauschale Anwendung der Überwindbarkeitspraxis sei im von der Beschwerdeführerin zitierten Bundesgerichtsurteil 4A_5/2011 nicht postuliert und schon gar nicht begründet worden. Insoweit komme dem Entscheid keine praxisbegründende Bedeutung zu. Demgegenüber habe sich das Bundesgericht in einer publizierten Entscheidung (BGE 137 V 199 E. 2.2.2.1) ausdrücklich gegen eine analoge Anwendung der Praxis auf kurzfristige Leistungen wie Heilbehandlungen und (UVG)-Taggelder ausgesprochen.
2.4 Auf die von den Parteien aufgeworfene Frage braucht nicht eingegangen zu werden. Die Vorinstanz ging davon aus, für die Zeitspanne, für welche Leistungen eingeklagt wurden, bestehe lediglich eine Arbeitsunfähigkeit von 36 %. Sie sprach dennoch die vollen Taggeldleistungen zu, um der Beschwerdegegnerin eine Frist zur Stellensuche und Neuorientierung einzuräumen, jedenfalls bis Ende Februar 2011. Dass der angefochtene Entscheid mit Bezug auf die Anpassungsfrist Bundesrecht verletzt, wird in der Beschwerde nicht rechtsgenüglich dargelegt (Art. 42 Abs. 2 BGG), so dass er insoweit nicht zu überprüfen ist (BGE 135 III 397 E. 1.4 S. 400; 134 III 102 E. 1.1 S. 105). Selbst wenn die Beschwerdegegnerin ihr Leiden überwinden könnte und dies bei der Festsetzung der für die Leistungen massgebenden Arbeits- bzw. Erwerbsfähigkeit zu berücksichtigen wäre, vermöchte dies die Anpassungsfrist zur Stellensuche und Neuorientierung nicht zu verkürzen, zumal die Beschwerdegegnerin diesfalls nicht nur eine angepasste Stelle suchen, sondern zusätzlich noch die Schmerzproblematik überwinden müsste. Die Frage der Überwindbarkeit bleibt mithin ohne Einfluss auf das Dispositiv des angefochtenen Entscheides. Da nur dieses in Rechtskraft erwächst, würde die Beschwerde auf einen blossen Streit über Entscheidungsgründe hinauslaufen, die für sich allein keine Beschwer bedeuten (vgl. BGE 111 II 398 E. 2b S. 400 mit Hinweis). Daran besteht kein Rechtsschutzinteresse (Art. 76 Abs. 1 lit b BGG).
3. Auf die Beschwerde ist mangels Rechtsschutzinteresses nicht einzutreten. Damit kann offen bleiben, ob der blosse Rückweisungsantrag überhaupt genügt, was nur der Fall wäre, wenn das Bundesgericht die Sache, sollte es der Auffassung der Beschwerdeführerin folgen, nicht selbst entscheiden könnte (BGE 133 III 489 E. 3.1 mit Hinweisen). Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig. Da nicht von der Uneinbringlichkeit der Parteientschädigung auszugehen ist, wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, Abteilung III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. August 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak