Fatti:
A. Nell'ambito delle esecuzioni in via di realizzazione del pegno immobiliare promosse da B._SA nei confronti di A._ e di C._ (quali debitori solidali) e che vedono quale terza comproprietaria del pegno la D._Sagl, l'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Bellinzona ha iscritto nell'elenco oneri concernente le PPP xxx a yyy del fondo base zzz di W._ un credito da pagare in contanti di fr. 3'608'886.13 ("credito di valuta") garantito da quattro cartelle ipotecarie per un importo complessivo e già comprensivo degli accessori di fr. 2'984'983.33 ("credito di cartella") in favore di B._SA. Il 17 marzo 2009 l'Ufficio ha notificato agli interessati il relativo elenco oneri.
B. Nel quadro di un'azione di contestazione di tale elenco oneri A._ ha chiesto al Pretore del distretto di Bellinzona di rettificare la posizione di B._SA nel senso che le fosse riconosciuto un solo importo totale di complessivi fr. 2'345'000.--.
C. Con decisione 24 settembre 2009 il Pretore ha ordinato all'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Bellinzona di rettificare l'elenco oneri "ammettendo un valore del credito di cartella pari a fr. 2'903'983.33" in favore di B._SA.
D. Con appello 8 ottobre 2009 A._ ha chiesto la riforma della decisione pretorile nel senso che nell'elenco oneri fosse ammesso in favore di B._SA un credito da pagare in contanti di fr. 2'351'900.--.
E. Con sentenza 24 febbraio 2011 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha parzialmente accolto l'appello e ha riformato la sentenza pretorile rettificando in fr. 2'789'964.14 l'importo da inserire nel contestato elenco oneri quale valore del "credito di cartella" in favore di B._SA.
F. Con ricorso in materia civile del 31 marzo 2011 A._ chiede al Tribunale federale, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, di riformare la sentenza cantonale nel senso che il suo appello 8 ottobre 2009 sia integralmente accolto e la decisione 24 settembre 2009 del Pretore del distretto di Bellinzona sia modificata ammettendo in favore di B._SA un credito da pagare in contanti di fr. 2'351'900.--. Il ricorrente lamenta segnatamente la violazione dell'art. 140 LEF e dell'art. 818 CC.
Con decreto 19 aprile 2011 la Presidente della Corte adita ha accolto la richiesta di conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio.
Non sono state chieste risposte al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 La sentenza impugnata è una decisione finale (art. 90 LTF) che è stata emanata dall'ultima istanza cantonale (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa che verte sull'estensione di una pretesa civile iscritta nell'elenco oneri (art. 140 LEF applicabile nell'esecuzione in via di realizzazione del pegno su rinvio dell'art. 156 cpv. 1 LEF; art. 37 cpv. 2 et 39 del regolamento del Tribunale federale del 23 aprile 1920 concernente la realizzazione forzata di fondi [RFF; RS 281.42] applicabili su rinvio dell'art. 102 RFF), ossia in una causa civile (art. 72 cpv. 1 LTF; sentenza del Tribunale federale 5A_122/2009 del 2 febbraio 2010 consid. 1.1, non pubblicato in DTF 136 III 288), con un valore di lite superiore al limite di fr. 30'000.-- previsto dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF. Inoltrato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) da un ricorrente che ha già partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF), uscendone parzialmente soccombente (art. 76 cpv. 1 lett. b LTF), il presente gravame si rivela pertanto in linea di principio ammissibile.
1.2 Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Ciò nondimeno, giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF, nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Ciò significa che il ricorrente deve almeno confrontarsi brevemente con i considerandi della sentenza impugnata pena l'inammissibilità del gravame (DTF 134 II 244 consid. 2.1).
2. 2.1 Nella fattispecie, la Corte cantonale ha giudicato che a necessitare dell'iscrizione nell'elenco oneri era unicamente il credito incorporato nelle cartelle ipotecarie, chiaramente inferiore al credito causale, ma che l'indicazione di un credito da pagare di un importo specificato quale "credito di valuta", ritenuto che nel contempo l'elenco oneri indica con precisione e dettaglio pure il "credito di cartella", non danneggia il ricorrente e non necessitava pertanto di una rettifica da parte del Pretore. Ha in ogni modo osservato che il giudice civile non deve esaminare la validità formale del procedimento che ha preceduto l'azione di cui all'art. 140 LEF e che eventuali carenze formali riscontrate nell'elenco oneri, come quella sollevata dal ricorrente nella misura in cui considera problematico che seppur distinto dal "credito di cartella" tale documento rechi un "credito di valuta" da pagare di importo superiore, devono invece essere fatte valere con ricorso ex art. 17 LEF, ciò che il ricorrente non ha fatto.
2.2 Il ricorrente lamenta la violazione dell'art. 140 LEF. Ritiene di essere danneggiato dall'elenco oneri allestito dall'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Bellinzona in quanto questo documento indica quale importo da pagare in contanti il "credito di valuta" che è decisamente superiore al "credito di cartella". A suo dire, nell'elenco oneri dovrebbe unicamente essere iscritto il "credito di cartella". Egli rimprovera inoltre all'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Bellinzona di non aver messo a disposizione di B._SA le pigioni incassate nel tempo e che ammonterebbero a fr. 250'000.-- e un indennizzo versato da E._ pari a fr. 200'000.--, impedendo così la diminuzione del debito e dei relativi interessi.
2.3 Il ricorrente si limita a ribadire la propria lagnanza già esposta dinanzi all'autorità inferiore e si confronta solo parzialmente con i considerandi della sentenza impugnata (supra consid. 1.2). In modo particolare egli non spende una parola per discutere la motivazione alternativa della Corte cantonale secondo la quale si sarebbe dovuto lamentare dell'iscrizione del "credito di valuta" nell'elenco oneri con ricorso all'autorità di vigilanza ai sensi dell'art. 17 LEF. Così facendo il ricorrente si scontra con la giurisprudenza che vuole che qualora la sentenza impugnata si fondi su due motivazioni alternative e indipendenti occorre confrontarsi con entrambe, sotto pena dell'inammissibilità; infatti, se una delle motivazioni reggesse, le contestazioni dell'altra si ridurrebbero a semplici critiche volte contro i motivi, i quali, da soli, non ledono mai la parte ricorrente (DTF 133 IV 119 consid. 6; 132 III 555 consid. 3.2; 132 I 13 consid. 3). La censura del ricorrente non è sufficientemente motivata ai sensi dell'art. 42 cpv. 2 LTF e si rivela pertanto inammissibile.
Oltre a ciò, nella misura in cui il ricorrente si riferisce alla mancata presa in considerazione delle pigioni e dell'indennizzo assicurativo, egli si avvale di fatti nuovi e pertanto inammissibili in questa sede (art. 99 cpv. 1 LTF).
3. 3.1 Per quanto attiene all'ammontare del "credito di cartella" ed in particolare all'estensione della garanzia offerta dal pegno immobiliare ai sensi dell'art. 818 CC, i Giudici cantonali hanno unicamente ammesso un importo di fr. 22'800.-- a titolo di spese dell'esecuzione (art. 818 cpv. 1 n. 2 CC), corrispondenti ai costi dei precetti esecutivi ed ai costi delle procedure di rigetto delle opposizioni, ripetibili incluse. La Corte cantonale ha invece rifiutato di riconoscere a tale titolo i costi dell'opponente riconducibili alle azioni di disconoscimento di debito promosse dalla D._Sagl, trattandosi di cause ordinarie, e ha quindi ridotto il "credito di cartella" fissato nella sentenza pretorile di fr. 73'850.--. I Giudici cantonali hanno poi respinto la censura del ricorrente secondo la quale il tasso di interesse per il computo dei tre interessi annuali scaduti giusta l'art. 818 cpv. 1 n. 3 CC sarebbe il tasso pattuito per il credito causale (nella fattispecie il 5,75 %), confermando l'applicazione dei tassi fissati nelle cartelle ipotecarie (il 7 % rispettivamente il 10 %). Ciò posto, la Corte cantonale ha osservato che il Pretore avrebbe dovuto applicare questi tassi non solo agli interessi scaduti ma anche agli interessi correnti decorsi dall'ultima scadenza (art. 818 cpv. 1 n. 3 in fine CC) e ha così ridotto il "credito di cartella" di ulteriori fr. 40'169.19.
3.2 Per quanto concerne le spese dell'esecuzione ammesse dalla Corte cantonale (fr. 22'800.--), il ricorrente ritiene che non siano state provate dall'opponente e lamenta così la violazione dell'art. 8 CC.
In merito al tasso di interesse applicabile ai sensi dell'art. 818 cpv. 1 n. 3 CC, il ricorrente ripropone la tesi secondo la quale andrebbe utilizzato il tasso pattuito per il credito causale, in quanto inferiore al tasso fissato nelle cartelle ipotecarie. Afferma inoltre che il tasso preteso dall'opponente non è giustificato a fronte dell'evoluzione dei saggi d'interesse dei crediti di costruzione sul mercato svizzero negli ultimi anni e a fronte del rifiuto dell'opponente di consolidare le quattro cartelle ipotecarie a fine costruzione, ciò che avrebbe permesso di ridurre il tasso d'interesse delle stesse.
Il ricorrente sostiene infine che l'art. 818 cpv. 1 n. 3 CC non prevede l'estensione della garanzia offerta dal pegno immobiliare anche agli interessi correnti e che comunque essi non sono stati sufficientemente documentati dall'opponente.
3.3 La censura attinente alle spese dell'esecuzione è priva di fondamento, la sentenza impugnata contiene infatti un chiaro rinvio ai documenti del fascicolo processuale mediante i quali l'opponente ha documentato la sua pretesa.
La giurisprudenza ha già avuto modo di precisare che, quando il credito causale (capitale e interessi) è superiore al credito incorporato nelle cartelle ipotecarie (capitale e interessi giusta l'art. 818 cpv. 1 n. 3 CC), quale tasso d'interesse per il computo dei tre interessi annuali scaduti e degli interessi decorsi dall'ultima scadenza ai sensi dell'art. 818 cpv. 1 n. 3 CC occorre utilizzare il tasso fissato nel contratto fiduciario (DTF 136 III 288 consid. 3.2; sentenza del Tribunale federale 4A_451/2009 del 25 febbraio 2010 consid. 5.1). L'evoluzione dei saggi d'interesse dei crediti sul mercato svizzero ed il mancato consolidamento delle cartelle ipotecarie non hanno alcuna rilevanza in proposito. In concreto la convenzione del 9 agosto 1996, mediante la quale le cartelle ipotecarie sono state cedute fiduciariamente in proprietà all'opponente, prevede che quale tasso d'interesse annuo vale quello massimo stabilito nei titoli ipotecari, in sua mancanza vale il 10 %. A giusta ragione la Corte cantonale ha pertanto applicato il tasso stabilito nelle cartelle ipotecarie (rispettivamente il 7 % ed il 10 %).
Infine, contrariamente a quanto sostenuto dal ricorrente, gli interessi correnti, decorsi dall'ultima scadenza, sono chiaramente contemplati dall'art. 818 cpv. 1 n. 3 in fine CC. Reclamati e quantificati dall'opponente al momento dell'insinuazione delle sue pretese per l'iscrizione nell'elenco oneri (v. art. 138 cpv. 2 n. 3 LEF applicabile alla fattispecie su rinvio dell'art. 156 cpv. 1 LEF; sentenza del Tribunale federale 4A_451/2009 del 25 febbraio 2010 consid. 5.2), tali interessi correnti sono quindi rettamente stati presi in considerazione dall'autorità inferiore.
La censura del ricorrente si appalesa pertanto infondata.
4. Da quanto precede discende che il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, si rivela infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Per quanto riguarda le ripetibili occorre rilevare che l'opponente ha unicamente dovuto pronunciarsi sulla domanda di conferimento dell'effetto sospensivo, risultando soccombente. Non si giustifica pertanto assegnarle ripetibili per la sede federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.