Faits:
A. Fondée en 1931, La Nation est publié par l'association du journal du même nom (ci-après: l'Association), qui est, selon son libellé, le bimensuel de la Ligue vaudoise, "mouvement politique hors partis voué au bien commun du Pays de Vaud".
Le 1er octobre 2007, l'Association a fait parvenir à la Poste Suisse (ci-après: la Poste), sur demande de cette dernière, le formulaire "Presse associative" dûment rempli et signé pour le titre La Nation. Par courrier du 7 décembre 2007, la Poste a refusé à l'Association l'octroi de l'aide indirecte à la presse.
Par décision du 15 septembre 2008, la Poste a confirmé qu'à compter du 1er janvier 2008, aucun rabais au sens de l'art. 15 al. 3 de la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste (LPO; RS 783.0) ne serait accordé au titre La Nation.
Par mémoire du 16 octobre 2008, l'Association a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre cette décision. Elle a conclu à la modification de la décision attaquée, en ce sens que le périodique La Nation restait au bénéfice du rabais octroyé par la Poste
B. Par arrêt du 2 juillet 2009, le Tribunal administratif fédéral a jugé que le journal La Nation dépendait bien d'une association, mais qu'il n'y avait en revanche aucun rapport corporatif entre cette dernière et les destinataires du journal distribué sur abonnement, la souscription d'un abonnement n'impliquant pas la qualité de membre. Il n'y avait en outre pas lieu de fournir à l'Association la liste des bénéficiaires de rabais au sens de l'art. 15 al. 3 LPO, du moment que celle-ci ne pouvait pas se prévaloir du droit à l'égalité dans l'illégalité.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Association demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 2 juillet 2009 par le Tribunal administratif fédéral en ce sens que le périodique La Nation reste au bénéfice du rabais octroyé par La Poste dès le 1er janvier 2008.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. La Poste conclut au rejet du recours. Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication renonce à prendre position.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre a LTF). Il ne tombe pas sous le coup de l'art. 83 let. k LTF, du moment que l'art. 15 LPO donne droit aux rabais respectivement contraint la Poste à accorder de tels rabais, lorsque les conditions légales sont réunies (ATF 129 III 35 consid. 4.1 p. 37 s. pour l'ancien droit). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 lettre a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 97 al. 1 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254/255; 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288; voir aussi arrêt 4A_326/2007 du 29 novembre 2007, consid. 4.1).
2.2 En l'espèce, invoquant l'art. 29 Cst., la recourante reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir violé son droit d'être entendue et d'avoir ainsi établi les faits de manière inexacte.
2.2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 I 187 consid. 2.2 p. 190; 133 I 270 consid. 3.1 p. 277 et la jurisprudence citée).
2.2.2 Dans un premier grief, la recourante soutient que le rapport du 15 février 2007 de la Commission des institutions politiques du Conseil national (FF 2007 1497) laisserait entendre que le système d'aide indirecte à la presse en vigueur jusqu'à fin 2007 devait être maintenu. Le Tribunal administratif fédéral n'aurait pas exposé pour quelle raison l'aide au journal La Nation ne se justifiait plus. Ce faisant, elle entend se plaindre d'un défaut de motivation.
Son grief doit être rejeté, du moment que l'arrêt attaqué expose de façon suffisamment claire pour quels motifs La Nation ne remplit pas les conditions de l'art. 15 al. 3 LPO et que l'art. 29 Cst. n'exige pas du Tribunal administratif qu'il tranche toutes les questions que se pose la recourante.
2.2.3 Dans un deuxième grief, la recourante est d'avis que le refus par le Tribunal administratif fédéral d'exiger la production par la Poste de la liste de toutes les publications bénéficiant des rabais de l'art. 15 al. 3 LPO viole son droit d'être entendue. Cette liste étant à disposition du public sur le site internet du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication, le droit d'être entendue de la recourante n'a pas été violé.
2.3 Les faits de l'arrêt attaqué n'ayant pas été établis en violation du droit d'être entendue de la recourante, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'arrêt attaqué.
3. 3.1 La Poste transporte les journaux et les périodiques en abonnement selon les mêmes principes, à des prix indépendants de la distance (art. 15 al. 1 LPO). Ce principe est assorti des exceptions prévues par les al. 2 et 3:
2 Afin de maintenir une presse régionale et locale diversifiée, la Poste octroie des rabais aux quotidiens et aux hebdomadaires en abonnement dont elle assure la distribution régulière et qui
a) sont principalement diffusés en Suisse;
b) paraissent au moins une fois par semaine;
c) ne servent pas de manière prépondérante des fins commerciales ou la promotion de produits ou de prestations;
d) comprennent une partie rédactionnelle moyenne représentant 50 % au moins de l'ensemble de la publication;
e) ne font pas partie de la presse associative ni de la presse spécialisée;
f) ne relèvent pas du domaine public ni ne sont publiés par une autorité étatique;
g) ne sont pas des publications gratuites;
h) ont un tirage compris entre 1000 et 40 000 exemplaires par édition, certifié par un office de contrôle indépendant et reconnu;
i) ne sont pas détenus majoritairement, ni directement, ni indirectement, que ce soit du point de vue du capital ou du point de vue des voix, par l'éditeur du titre principal, s'ils paraissent en tant que têtières;
j) ne pèsent pas plus d'un kilo, encarts compris.
3 La Poste octroie des rabais aux journaux et périodiques d'organisations à but non lucratif (presse associative) dont elle assure la distribution régulière et qui:
a) paraissent au moins une fois par trimestre;
b) ne pèsent pas plus d'un kilo, encarts compris;
c) ne servent pas de manière prépondérante des fins commerciales ou la promotion de produits ou de prestations;
d) comprennent une partie rédactionnelle moyenne représentant 50 % au moins de l'ensemble de la publication;
e) ont un tirage compris entre 1000 et 300 000 exemplaires par édition, certifié par un office de contrôle indépendant et reconnu."
D'après l'art. 15 al. 5 et 6, la Confédération verse à la Poste une indemnité annuelle de 20 millions de francs pour l'octroi des rabais prévus à l'al. 2 et de 10 millions de francs pour l'octroi des rabais prévus à l'al. 3. L'ordonnance du 26 novembre 2003 sur la poste (OPO; RS 783.01) ne contient pas de disposition sur l'aide indirecte à la presse.
3.2 L'art 15 LPO est le fruit du contre-projet du Conseil des Etats à l'initiative parlementaire de la Commission des institutions politiques du Conseil national proposant la modification de la loi sur la poste (FF 2007 1497) destinée à prolonger l'aide indirecte à la presse après le 31 décembre 2007, notamment à la presse associative.
4. 4.1 Ni la loi ni les travaux parlementaires ne définissent la notion de "presse associative". Selon les débats parlementaires, la petite presse associative, publiée par les organisations d'utilité publique et les principales organisations politiques, syndicales, les associations professionnelles et groupements sportifs, qui remplissait déjà les critères pour obtenir des rabais, devaient avec le nouvel art. 15 al. 3 LPO continuer à profiter de l'aide indirecte, à l'exclusion des gros éditeurs comme Coop, Migros et TCS (BO 2007 CN 509, Roth-Bernasconi; BO 2007 CE 422, 432 Heberlein; BO 2007 CE 422 s., Reimann et Gentil). Il convient donc de se référer à la situation qui prévalait sous l'empire de la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste, qui ne définit pas non plus cette notion. Il résulte toutefois de la jurisprudence (arrêt de la Commission de recours DETEC H-2001-148 du 26 mars 2002, in JAAC 2002 III 755 n° 66.63, consid. 7 p. 763 s.; H-2001-113 du 23 juin 2003, in JAAC 2003 IV 1318, consid. 5, p. 1321 ss) que le régime d'aide indirecte à la presse associative instauré par la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste ne s'est pas écarté des principes fixés par l'art. 20 de l'ancienne loi fédérale du 2 octobre 1924 sur le service des postes (LSP; RO 1925 333; 1967 1533; 1972 2720) et l'art. 58 de son ordonnance d'exécution I du 8 juin 1925 (OSP; RO 1925 357; 1967 1447; 1972 2727), dont la portée a été précisée par la jurisprudence (cf. notamment par les ATF 101 Ib 178 et 120 Ib 142).
4.2 Il est ainsi conforme à la volonté du législateur de 2007 de reprendre la définition donnée par la jurisprudence: compte également parmi les journaux et périodiques expédiés aux abonnés la presse associative, c'est-à-dire "les feuilles qu'une corporation fait parvenir à ses membres en vertu d'une décision de son organe compétent (ATF 101 Ib 178 consid. 1 p. 181). Selon la jurisprudence par conséquent, nonobstant les conditions résultant des lettres a à e de l'art. 15 al. 3 LPO, pour qu'un journal ou un périodique bénéfice de rabais de la part de la Poste, il faut qu'il parvienne aux membres d'une organisation à but non lucratif en vertu d'une décision de l'organe compétent de celle-ci.
4.3 La condition consistant à exiger en outre une distribution "en abonnement", qui ressort des versions en langue allemande et italienne de l'actuel art. 15 al. 3 LPO, doit également être remplie malgré son omission dans la version en langue française, parce qu'elle trouve son fondement historique directement dans les art. 20 LSP et 58 OSP ("aux abonnés") et n'a jamais été remise en discussion. Elle permet d'exclure de l'aide indirecte à la presse associative les journaux gratuits, notamment les tout-ménage (ATF 120 Ib 142 consid. 3c/cc p. 146 s.). D'après la jurisprudence, à défaut d'abonnement, le versement d'une cotisation de membre suffit (ATF 101 Ib 178 consid. 3b et 3c p. 182 s.). A défaut d'abonnement ou de cotisation des membres, la manifestation écrite d'adhésion à l'organisation doit indiquer la volonté du membre de recevoir la publication de celle-ci (ATF 101 Ib 178 consid. 3b et 3c p. 182 s. qui concernait les journaux de la Migros et de Coop).
4.4 En l'espèce, La Nation est certes éditée par une association. Toutefois, il n'apparaît nullement dans l'arrêt attaqué - et la recourante ne soutient pas sur ce point que les faits auraient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation de l'art. 95 LTF - que les organes compétents de cette dernières auraient décidé que le journal devait parvenir à ses membres. Le fait que certains des membres de l'association y soient abonnés ne change rien à la constatation qu'ils ne reçoivent pas ce journal sur décision de l'organe compétent de l'association. En l'absence de lien corporatif, comme l'a jugé à bon droit le Tribunal administratif fédéral, on ne saurait par conséquent parler de presse associative dans le cas de La Nation.
En refusant de considérer que le journal La Nation appartenait à la presse associative au sens de l'art. 15 al. 3 LPO, le Tribunal administratif a donc correctement appliqué le droit fédéral.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication.
Lausanne, le 21 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey