Faits:
A. A.a C._, épouse de A._ détenait l'intégralité du capital-actions de D._ SA, société de droit suisse ayant pour but la prise de participations financières en tant que holding dans toutes sociétés industrielles, financières, commerciales et immobilières.
A ce titre, D._ SA disposait intégralement du capital-actions de E._ SA, devenue en 2005 B._ SA, société qui avait pour but la recherche, la conception, le développement et la fabrication de mécanismes d'horlogerie spéciaux et compliqués. Elle détenait également l'intégralité du capital-actions de F._ SA, dont l'objectif était la commercialisation de tous produits manufacturés ou non dans le domaine de l'horlogerie.
De juin 1994 à janvier 2004, A._ était l'administrateur unique avec signature individuelle de E._ SA; de septembre 1989 à janvier 2004, il était en outre l'administrateur unique avec signature individuelle de F._ SA.
Initialement domiciliées rue ..., B._ et F._ SA ont emménagé rue ... à X._ en février 2004. A compter du mois de septembre 2004 et jusqu'à la fin de l'année 2007, elles ont loué ensemble des locaux sis à cette adresse.
Le 24 août 2001, C._ et un groupe d'investisseurs ont conclu un contrat aux termes duquel la première vendait au second le capital-actions de D._ SA, ce à raison de 40% cédés immédiatement, 40% faisant l'objet d'un droit d'achat ultérieur échelonné et les 20% restants d'un droit de préemption. Le contrat s'est concrétisé par une dernière vente conclue le 29 juin 2006, A._ et le groupe d'investisseurs réglant dans une convention du même jour divers points les opposant encore.
A.b En 2003, ayant traité avec A._ et sur ses indications, G._ SA a livré trois machines Tornos M7 ainsi que diverses fournitures à la rue ... à X._.
Quatre factures ont été établies au nom de F._ SA et adressées à l'adresse précitée, pour le montant total de 163'207 fr. 70. Ce montant a été payé par acomptes successifs versés de main à main par A._ à un représentant de la venderesse.
Par courrier du 11 mai 2005, A._ a informé B._ SA de son intention de récupérer - sic - les machines et outillages livrés par G._ SA en 2003. Cette démarche est restée sans suite.
B. Par demande déposée le 30 novembre 2007 devant l'une des Cours civiles du Tribunal cantonal de Neuchâtel, A._ a ouvert action à l'encontre de B._ SA, concluant à ce que celle-ci soit condamnée à lui restituer les machines et l'outillage objets de sa revendication du 11 mai 2005, sous commination des suites pénales prévues en cas d'insoumission par l'art. 291 (recte: 292) CP.
Sa demande a été rejetée par jugement du 24 août 2011.
Statuant par arrêt du 12 juin 2012, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal a rejeté l'appel interjeté par A._ et confirmé le jugement de première instance.
C. Agissant le 15 août 2012 par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, A._ conclut à l'annulation de l'arrêt querellé, à sa réforme dans le sens des conclusions de sa demande ou au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision au sens des motifs.
Des déterminations n'ont pas été demandées.
Considérant en droit:
1. L'arrêt entrepris rejette l'action en revendication (art. 641 al. 2 CC) introduite par le recourant et tranche ainsi une contestation de nature civile (art. 72 al. 1 LTF). Il s'agit d'une décision finale (art. 90 LTF), prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Neuchâtel (art. 75 LTF), dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant, qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF); il a en outre agi dans le délai légal (art. 100 al. 1 et art. 46 al. 1 let. b LTF), de sorte que le recours en matière civile est en principe recevable.
2. Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 134 IV 36 consid. 1.4.1; 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF; ATF 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Il ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 et les arrêts cités).
3. Dans un premier grief, le recourant soutient que les principes liés à la possession et au droit de propriété auraient été faussement appliqués.
3. Dans un premier grief, le recourant soutient que les principes liés à la possession et au droit de propriété auraient été faussement appliqués.
3.1 3.1.1 L'action en revendication fondée sur l'art. 641 al. 2 CC vise à permettre au propriétaire dépossédé d'une chose d'en obtenir la restitution contre quiconque la détient sans droit. Elle ne peut être intentée que contre celui qui possède l'objet au moment de l'ouverture de l'action, le demandeur pouvant agir, en cas de possession multiple, contre le possesseur médiat, le possesseur immédiat ou contre les deux (notamment: PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, tome I, 5e éd. 2012, n. 1020 s. [cité: STEINAUER I]; ARTHUR MEIER-HAYOZ, Berner Kommentar, 5e éd. 1981, n. 60 ad art. 641 CC).
Le possesseur d'une chose en est présumé propriétaire (art. 930 al. 1 CC); celui qui, sans la volonté d'en être propriétaire, possède une chose mobilière, peut invoquer la présomption de propriété de la personne dont il tient cette chose de bonne foi (art. 931 al. 1 CC). Le possesseur d'une chose mobilière peut ainsi opposer à toute action dirigée contre lui la présomption qu'il est au bénéfice d'un droit préférable (art. 932 CC). Le possesseur étant présumé titulaire du droit qu'il prétend avoir, il peut donc se limiter, dans un premier temps, à invoquer sa possession s'il est actionné en restitution de l'objet. C'est alors au demandeur d'établir que ce droit n'existe pas (STEINAUER I, n. 452).
3.1.2 L'acquisition dérivée de la propriété mobilière suppose un titre d'acquisition valable, suivi d'une opération d'acquisition, à savoir un acte de disposition et un transfert de possession, quel qu'en soit le mode (STEINAUER, Les droits réels, tome II, 4e éd. 2012, n. 2008 ss [cité: STEINAUER II]). L'acquisition est parfaite lorsque le transfert de la possession à l'acquéreur complète l'opération d'acquisition par laquelle l'aliénateur exécute l'obligation résultant pour lui du titre d'acquisition (art. 714 al. 1 CC; ATF 131 III 217 consid. 4.1; arrêts 5C.182/2005 du 2 décembre 2005 consid. 3 non publié aux ATF 132 III 155; 5C.170/2005 du 7 décembre 2005 consid. 2.2 publié in: SJ 2006 I 265). Conformément au principe de la publicité des droits réels, le transfert de la possession est ainsi l'acte matériel propre à produire les effets voulus par le contrat réel, à savoir le transfert de la propriété à l'acquéreur (arrêt 5C.170/2005 précité et la référence).
L'acquisition dérivée de la propriété mobilière peut toutefois s'opérer indépendamment d'un transfert de possession, de par la loi. Il s'agit généralement d'acquisitions qui se produisent à l'occasion d'une succession universelle ou suite à des enchères volontaires (STEINAUER II, n. 2062 ss).
L'acquisition dérivée de la propriété mobilière peut toutefois s'opérer indépendamment d'un transfert de possession, de par la loi. Il s'agit généralement d'acquisitions qui se produisent à l'occasion d'une succession universelle ou suite à des enchères volontaires (STEINAUER II, n. 2062 ss).
3.2 3.2.1 Il sied avant tout de relever en l'espèce que le Tribunal cantonal a confirmé la qualité pour défendre de l'intimée en rappelant que, dans la mesure où elle partageait les même locaux que F._ SA au moment de l'introduction de l'action et que les machines litigieuses se trouvaient dans lesdits locaux, les deux sociétés pouvaient apparaître comme possesseur des objets revendiqués par le recourant. Celui-ci était ainsi fondé à agir contre l'intimée.
3.2.2 La cour cantonale a ensuite relevé que l'instruction de la cause avait permis d'établir que des contrats de vente avaient été conclus entre la société G._ SA, en qualité de venderesse, et F._ SA, en qualité d'acheteuse, contrats portant sur l'acquisition des machines et de l'outillage objets de la revendication. Les circonstances de la conclusion des contrats permettaient de surcroît de retenir que le recourant avait traité avec la venderesse à titre d'administrateur unique avec signature individuelle de F._ SA (livraison auprès du siège de la société, factures libellées à son nom, absence de protestation du recourant). Dès lors que les machines avaient été livrées à l'adresse occupée par cette dernière société, leur possession était ainsi passée de la venderesse à celle-ci en parfaite exécution des règles découlant du contrat de vente. Que l'opération eût été mal comptabilisée auprès de la société intéressée ne changeait rien aux effets de droits réels découlant des achats successifs. Il s'ensuivait que l'intimée, en tant que copossesseur des machines objets de la revendication, pouvait opposer avec succès la propriété de cette société à la revendication introduite par le recourant. Ce dernier échouait quant à lui à apporter la preuve d'un droit préférable à celui de F._ SA: il n'avait jamais été possesseur des machines litigieuses, ni n'avait démontré ou offert de prouver qu'il se serait trouvé dans la situation d'acquérir la possession sans remise de la chose; enfin, le fait que le recourant eût prétendument payé le prix des machines de ses propres deniers était insuffisant à lui conférer, sur le vu des circonstances de l'espèce, un titre de propriété préférable à celui de F._ SA.
3.3 Le recourant ne conteste pas ne jamais s'être trouvé en possession des machines, ni ne démontre avoir pu les acquérir sans transfert de possession. Pour l'essentiel, il fonde ses prétentions sur des éléments purement factuels.
3.3.1 Le recourant affirme d'abord que ce serait lui, et non F._ SA, qui aurait conclu le contrat de vente des machines avec la société venderesse et reproche ainsi à la cour cantonale d'avoir arbitrairement retenu que ledit contrat aurait été passé avec F._ SA, lui-même intervenant en qualité d'administrateur de la société. Il soutient notamment à ce propos qu'il aurait personnellement traité avec la venderesse, qu'il ne se serait d'ailleurs pas permis d'engager la société sans l'avertir ou de débiter ses comptes deux ans après la vente des actions de l'entreprise, que ce serait en réalité l'employé de la société venderesse, qui, de sa propre initiative, aurait libellé les factures au nom de F._ SA ou encore que, contrairement à ce qui ressortait des faits cantonaux, il n'était pas partie à la convention du 29 juin 2006 portant sur la vente du solde des actions, raison pour laquelle il n'aurait émis aucune prétention au moment où les dernières actions du groupe avaient été vendues. Les critiques du recourant se fondent essentiellement sur sa propre appréciation des faits, voire sur des circonstances qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué et dont il ne démontre pas, conformément au principe d'allégation, qu'elles auraient été arbitrairement établies (consid. 2 supra). Elles sont en conséquence irrecevables.
3.3.2 Le recourant affirme ensuite s'être acquitté du prix de vente des machines lui-même, au moyen de ses propres deniers. La cour cantonale a jugé que ce fait n'avait pas été indubitablement démontré et les arguments qu'avance à ce propos l'intéressé sont à nouveau insuffisants à faire apparaître l'arbitraire d'une telle conclusion. Qu'il se fût prétendument acquitté du prix de vente de mains à mains n'est en effet pas déterminant; s'agissant ensuite de la supposée comptabilité lacunaire de F._ SA, la motivation du recourant est peu compréhensible: il reproche en effet à la cour cantonale de ne pas avoir requis la production de la comptabilité de l'intimée, à savoir B._ SA; or, comme l'a à juste titre relevé la cour cantonale, seule la comptabilité de F._ SA aurait pu fournir des indications à ce propos, comptabilité dont le recourant n'a cependant jamais réclamé la production.
3.3.3 Enfin, le recourant assure que la cour cantonale aurait éludé un fait essentiel, à savoir l'allégation de l'intimée selon laquelle elle lui aurait remis des fournitures, en contrepartie des machines revendiquées. Même si l'on admettait que ce fait soit avéré, il permettrait certes d'appuyer les allégations du recourant selon lesquelles il se serait lui-même acquitté du prix de vente; il confirmerait toutefois que, dès lors que l'intéressé aurait perçu une contrepartie, les machines ne lui appartiendraient pas.
4. Dans un second grief, le recourant critique la répartition des frais et dépens telle qu'opérée par la cour cantonale.
4.1 Le recourant soutient en substance que le défaut de qualité pour défendre, soulevé par l'intimée et rejeté par le Tribunal cantonal, aurait pu être traité de façon incidentielle et conduire ainsi à en mettre à charge de l'intéressée les frais et dépens, dit incident ayant en effet entraîné une instruction non négligeable.
S'appuyant sur l'art. 106 CPC, la cour cantonale a considéré qu'indépendamment du fait que l'un des moyens avancés par l'intimée n'avait pas été retenu, l'intégralité des frais et dépens devait être mise à la charge du recourant, sa demande étant intégralement rejetée.
4.2 Le demandeur succombe lorsque sa demande est rejetée (notamment ADRIAN URWYLER, in: BRUNNER ET AL. (ÉD.), ZPO Kommentar 2011, n. 2 ad art. 106). Ainsi que l'a relevé à juste titre la juridiction cantonale, peu importe à cet égard que certains de ses arguments juridiques aient été admis (DENIS TAPPY, in: FRANÇOIS BORNET ET AL. (ÉD.), Code de procédure civile commenté, 2011, n. 15 ad art. 106 CPC; DAVID JENNY in: SUTTER-SOMM ET AL. (ÉD.), Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO), 2010, n. 6 ad art. 106 CPC); que la question de la qualité pour défendre eût pu faire l'objet d'un jugement sur incident n'est pas non plus déterminant dès lors qu'une telle procédure n'a pas été ouverte, la problématique de la qualité pour défendre étant développée dans l'arrêt final.
Partant, le grief est infondé.
5. En définitive, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF); l'intimée ne peut prétendre à aucune indemnité de dépens dès lors qu'elle n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 6 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso