Sachverhalt:
A. Die Y._ AG baut auf dem in einer Abbauzone gelegenen Grundstück GB Zell Nr. 1400 im Gebiet Zeller Allmend gestützt auf verschiedene bau- und waldrechtliche Bewilligungen Kies ab. Im Juli 2006 verlangte X._, Eigentümerin des angrenzenden Grundstücks GB Zell Nr. 434, beim Gemeinderat Zell unter anderem einen Baustopp und die Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands. Sie machte geltend, im Bereich ihrer Grundstücksgrenze habe die Y._ AG entlang des Abbaurands der Kiesgrube unrechtmässig einen Erdwall errichtet. Der Gemeinderat wies die Anträge mit Entscheid vom 27. Februar 2007 ab.
Eine von X._ gegen den Entscheid der Gemeinde vom 27. Februar 2007 erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 16. Oktober 2007 gut. Es hob den kommunalen Entscheid auf und wies die Sache zur Durchführung eines förmlichen Baubewilligungsverfahrens mit öffentlicher Auflage über den umstrittenen Erdwall an die Gemeinde zurück. Eine gegen dieses Urteil erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wies das Bundesgericht mit Urteil 1C_414/2007 vom 22. Februar 2008 ab.
Vom 2. bis 23. April 2007 wurde ein "Projektoptimierungsgesuch" der Y._ AG öffentlich aufgelegt, das unter anderem auf eine Anpassung der Endgestaltung der Kiesgrube abzielt und auch den genannten Erdwall betrifft. Mit Schreiben vom 26. Oktober 2009 teilt die Gemeinde Zell mit, dass sie das Gesuch am 20. Oktober 2009 unter Bedingungen und Auflagen bewilligt hat.
B. Mit Entscheid vom 12. August 2008 befand der Gemeinderat Zell über die Konsequenzen, die aus den Urteilen des Verwaltungsgerichts vom 16. Oktober 2007 und des Bundesgerichts vom 22. Februar 2008 zu treffen waren. Zudem entschied er über ein neues Gesuch von X._ vom 30. November 2007, mit dem sie einen Baustopp und ein vorsorgliches Nutzungsverbot sowohl über den südöstlichen Teilbereich des Abbauperimeters, in welchem der streitbetroffene Damm liegt, als auch über den gesamten Abbauperimeter verlangte. Mit Eingabe vom 17. Januar 2008 ersuchte X._ erneut um die umgehende Verfügung eines Baustopps. Diesem Begehren widersetzte sich die Y._ AG und machte unter anderem geltend, dass entsprechend dem Urteil des Verwaltungsgerichts im Bereich des Grundstücks Nr. 434 von X._ keine weiteren Aufschüttungen mehr stattgefunden hätten. Am 10. April 2008 führte der Gemeinderat Zell mit den Parteien einen Augenschein vor Ort durch. Die Y._ AG erklärte sich bereit, in dem an das Grundstück der Beschwerdeführerin angrenzenden Bereich dasjenige Material, das auf dem gewachsenen Terrain aufgeschüttet wurde, innert einer angemessenen Frist zu entfernen.
Das Dispositiv des Entscheids des Gemeinderats Zell vom 12. August 2008 hat folgenden Wortlaut:
"1. Die Y._ AG hat bis zum 30. September 2008 für den geschütteten Erdwall entlang der südöstlichen Grenze der Kiesgrube Zeller Allmend ein Baugesuch gemäss Ziff. 3 der Erwägungen einzureichen.
2. Für den Erdwall werden folgende vorläufige Anordnungen getroffen:
2.1 Die Fläche des Erdwalles entspricht der im Plan Nr. 514 "Situation 1:1000 Kubaturen und Abbaukontrolle Januar 2008" der Heini + Partner AG vom 28. Januar 2008 grün gekennzeichneten Fläche "Temporäres Materialdepot". Eine Verkleinerung dieses Plans ist dem Entscheid beigeheftet. Der Originalplan befindet sich auf der Gemeindekanzlei und kann dort eingesehen werden.
2.2 Bis auf weiteres ist es untersagt,
- beim Erdwall weitere Aufschüttungen vorzunehmen;
- das zur Zeit aufgeschüttete Material innerhalb des Perimeters des Erd- walls örtlich zu verschieben.
2.3 Gestattet bleibt das fachgerechte Abtragen des Erdwalls. Solche Arbeiten sind dem Bauamt Zell zwei Arbeitstage vor Beginn zu melden mit Angaben über Ort, Dauer und Zirka-Kubaturen. Eine einzelne Meldung kann höchstens Arbeiten für den Zeitraum eines Monats umfassen.
3. Über das Gesuch von X._ vom 30. November 2007 wird wie folgt entschieden:
3.1 Der Antrag auf Erlass eines Baustopps nach § 210 Abs. 1 PBG für den Bereich des Erdwalls wird abgewiesen.
3.2 Dem Antrag auf Erlass eines vorsorglichen Nutzungsverbots nach § 45 VRG für den Bereich des Erdwalls wird insoweit entsprochen, als die Anordnungen gemäss Ziff. 2 des Rechtsspruchs getroffen werden; im Übrigen wird der Antrag abgewiesen.
3.3 Auf den Antrag auf Erlass eines vorsorglichen Nutzungsverbots nach § 45 VRG und eines Baustopps nach § 210 Abs. 1 PBG für den gesamten Abbauperimeter wird nicht eingetreten.
4. Kosten...."
C. Gegen diesen Entscheid gelangte X._ wiederum mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Verwaltungsgericht und beantragte im Wesentlichen, die Ziff. 3.1 bis 3.3 des Rechtsspruchs seien aufzuheben und es sei sowohl über den Bereich des Erdwalls wie auch über den gesamten Abbauperimeter ein vorsorgliches Nutzungsverbot und ein Baustopp zu erlassen. Ziff. 3.2 sei insoweit aufzuheben, als dem Antrag auf Erlass eines vorsorglichen Nutzungsverbots nicht entsprochen worden sei. Namentlich sei auch das fachgerechte Abtragen solange zu verbieten, bis über den strittigen Erdwall in einem förmlichen Baubewilligungsverfahren entschieden worden sei. Eventualiter zu einem vorsorglichen Nutzungsverbot und einem Baustopp über den gesamten Abbauperimeter sei mindestens über die von der illegalen Höherschüttung betroffenen Grundstücke Nrn. 1400, 1404, 423, 424, 421 und 1399 ein vorsorgliches Nutzungsverbot und ein Baustopp zu verfügen. Im Übrigen sei eine Ungehorsamkeitsstrafe anzuordnen.
Mit Urteil vom 17. Februar 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Die Ziff. 1 und 2.3 des Dispositivs des Entscheids des Gemeinderats Zell vom 12. August 2008 fasste das Verwaltungsgericht wie folgt neu:
"1. Die Y._ AG hat bis zwei Monate nach Rechtskraft dieses Entschei- des für den geschütteten Erdwall entlang der südöstlichen Grenze der Kies grube Zeller Allmend ein Baugesuch gemäss Ziff. 3 der Erwägungen einzu reichen.
2.3 Gestattet bleibt das fachgerechte Abtragen des Erdwalls. Solche Arbeiten sind dem Bauamt Zell zwei Arbeitstage vor Beginn zu melden mit Angaben über Ort, Dauer und Zirka-Kubaturen. Eine einzelne Meldung kann höchs- tens Arbeiten für den Zeitraum eines Monats umfassen. Diese Abbauarbei- ten sind bis ein Jahr nach Rechtskraft dieses Entscheids abzuschliessen."
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. März 2009 beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 17. Februar 2009 sei aufzuheben. Auf die Anträge der Beschwerdeführerin in ihrer Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 29. August 2008 an die Vorinstanz sei vollumfänglich einzutreten und die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei gutzuheissen. Zudem stellt die Beschwerdeführerin zahlreiche Eventualanträge. In einer weiteren Eingabe vom 17. April 2009 bringt die Beschwerdeführerin vor, die Beschwerdegegnerin habe mit der Wiederaufforstung auf Parzelle Nr. 1400 begonnen.
E. Die Y._ AG stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Der Gemeinderat Zell beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. In einer weiteren Eingabe hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts, einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG), betrifft vorsorgliche Massnahmen (Baustopp und vorsorgliches Nutzungsverbot) in Bezug auf die Umsetzung der vom Bundesgericht im Urteil 1C_414/2007 vom 22. Februar 2008 bestätigten Baubewilligungspflicht für den umstrittenen Erdwall. Es liegt somit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG vor. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG besteht nicht (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251).
2. Mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 98 BGG). Nach Art. 106 Abs. 2 BGG prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Insoweit gelten die gleichen Begründungsanforderungen wie früher bei der staatsrechtlichen Beschwerde nach Art. 90 Abs. 1 lit. b OG. Danach muss ein Beschwerdeführer klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darlegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (BGE 135 III 232 E. 1.2 S. 234; 133 III 589 E. 2 S. 591 f.; 133 IV 286 E. 1.4).
Die Beschwerdeführerin beruft sich in ihrer Beschwerde auf keine verfassungsmässigen Rechte. Sie kritisiert lediglich die Anwendung des kantonalen Rechts, welches die Grundlage für die Anordnung eines Baustopps oder eines vorsorglichen Nutzungsverbots bildet (§ 210 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 7. März 1989 [PBG; SRL 735] sowie § 45 des kantonalen Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 3. Juli 1972 [VRG; SRL 40]). Diese Art der Beschwerdeführung genügt den Anforderungen von Art. 98 in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 BGG nicht, weshalb auf die Beschwerde bereits aus diesem Grund nicht eingetreten werden kann. Unter diesen Umständen braucht nicht geprüft zu werden, ob ein anfechtbarer Entscheid im Sinne der Art. 90 ff. BGG vorliegt und ob die Beschwerdeführerin über ein hinreichendes Rechtsschutzinteresse in Bezug auf ihre zahlreichen Anträge verfügt.
3. Die Gerichtskosten sind der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Zell und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag