Faits:
A. Par acte authentique du 10 octobre 2005, B._ a vendu à A._ la parcelle n° 448 de la commune de Vernier, pour le prix de 820'000 fr. D'une surface de 1236 m2, la parcelle est située à l'angle entre l'avenue Henry-Golay et le chemin du Croissant, en zone 5 de développement.
Le 20 décembre 2005, le Conseil municipal de Vernier a décidé d'exercer, aux conditions fixées dans l'acte de vente, son droit de préemption au sens de l'art. 3 de la loi générale sur le logement et la protection des locataires (LGL, RS/GE I 4 05), afin de réaliser des logements d'utilité publique. Un crédit de 920'000 fr. a été ouvert pour couvrir les frais d'acquisition et d'actes, les intérêts et les frais de l'acheteur évincé. A._ en a été informée par lettre du 23 décembre 2005.
B. A._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif genevois, en faisant valoir que la Commune n'indiquait pas pour quel projet concret elle entendait préempter; son droit d'être entendue était violé, de même que le principe de la proportionnalité; l'acquisition de A._ avait pour but la construction de logements.
Par arrêt du 20 novembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours. A._ avait pu prendre connaissance des raisons concrètes qui justifiaient l'exercice du droit de préemption, et avait été invitée à s'exprimer. Compte tenu du large pouvoir d'examen du Tribunal administratif, une éventuelle violation du droit d'être entendu aurait été réparée dans la procédure de recours. La parcelle était comprise dans un plan localisé de quartier (PLQ) prévoyant la construction de quatre immeubles de cinq étages destinés à des logements sociaux; la commune possédait d'ailleurs d'autres parcelles dans ce périmètre. Même si la recourante était à même de construire des logements du même type, il y avait lieu de coordonner l'ensemble des constructions.
C. A._ forme un recours en matière de droit public; elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif et de la décision municipale du 20 décembre 2005. Elle demande l'effet suspensif.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt.
La demande d'effet suspensif a été admise par ordonnance du 14 février 2008. La cause a été suspendue, puis reprise, le 1er septembre 2008.
La Commune de Vernier conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué a été rendu, en dernière instance cantonale, dans une cause de droit public. Il peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public au sens des art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d LTF. La recourante a qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
2. La recourante produit un courrier du 3 décembre 2007 aux termes duquel la commune aurait renoncé à exercer son droit de préemption sur une parcelle adjacente à celle concernée par la présente cause; cela remettrait en cause l'urbanisation coordonnée dont se prévaut la commune de Vernier.
Selon l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Cette dernière condition n'étant pas réalisée, l'allégué de la recourante est irrecevable, de même que le moyen de preuve qui s'y rapporte.
3. La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 3 LGL. Selon le Tribunal administratif, l'exercice du droit de préemption avait pour but premier non pas de construire des logements, comme le prévoit la loi, mais de coordonner l'urbanisation du quartier. Un tel objectif devrait être atteint par les moyens de planification ordinaires. La recourante serait prête à construire un immeuble de 12 logements de type HM (habitation mixte); son plan financier aurait déjà été avalisé par la Direction générale du logement et l'autorisation de construire serait sur le point d'être délivrée. Pour sa part, la commune n'aurait pas les moyens nécessaires pour réaliser sa politique d'acquisitions et de coordination.
3.1 Il y a arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsque la décision attaquée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indiscuté ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Par ailleurs, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 131 I 57 consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée), ce qu'il appartient au recourant de démontrer en vertu de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et la jurisprudence citée).
3.2 La LGL a pour but de permettre à l'Etat d'encourager la construction de logements d'utilité publique et d'améliorer la qualité de l'habitat, par le biais d'acquisitions de terrains, de financements de projets de constructions et de contrôle des loyers (art. 1 LGL). La loi instaure à cet effet un droit de préemption et d'expropriation en faveur de l'Etat et des communes (art. 2 LGL). Ce droit s'applique notamment aux biens-fonds situés, comme en l'espèce, en zone de développement (art. 4 LGL). Selon l'art. 4 LGL, le propriétaire qui aliène ou promet d'aliéner avec droit d'emption soumis au droit de préemption de l'Etat doit en aviser immédiatement le Conseil d'Etat et la commune lors de la passation de l'acte notarié; le propriétaire et l'acquéreur sont entendus. Conformément à l'art. 5 LGL, le Conseil d'Etat décide, dans les 60 jours, s'il renonce à exercer son droit, s'il entend acquérir le bien-fonds aux prix et conditions fixés dans l'acte, ou s'il offre de l'acquérir aux prix et conditions fixés par lui; dans ce dernier cas, si l'offre n'est pas acceptée, il peut recourir à la procédure d'expropriation conformément à l'art. 6 LGL. Si le Conseil d'Etat renonce à exercer son droit de préemption, la commune dispose ensuite des mêmes prérogatives.
3.3 D'une manière générale, la jurisprudence a admis la constitutionnalité du droit de préemption des art. 3 ss LGL (ATF 88 I 248 consid. III/1 p. 258; arrêts non publiés P.673/83 du 23 janvier 1985 consid. 5a; 1P.339/1990 du 25 mai 1991 dans la cause F., consid. 3a, in RDAF 1992 p. 51; 1P.676/1990 du 3 juin 1991 consid. 5a; 1P.534/1991 du 11 mars 1992 consid. 2). Lorsque la contestation porte sur l'exercice du droit de préemption de l'Etat dans un cas particulier, le Tribunal fédéral examine en principe librement si cette mesure répond à l'intérêt public et respecte le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 129 I 337 consid. 4.1 p. 344; 126 I 219 consid. 2c p. 222 et les arrêts cités).
3.4 Selon l'art. 3 LGL, le droit de préemption ne peut s'exercer "qu'aux fins de construction de logements au sens de la présente loi". Cela ne signifie pas que l'autorité doit être à même de réaliser immédiatement des logements d'utilité publique sur la parcelle qu'elle entend acquérir. Les art. 3 ss LGL, qui s'inscrivent dans la politique définie à l'art. 1 LGL, confèrent au contraire un large pouvoir d'appréciation à la collectivité. Lors de chaque vente immobilière permettant l'exercice du droit de préemption, l'autorité doit déterminer si l'acquisition du terrain concerné est opportune du point de vue de sa politique en faveur de la construction de logements. Ce choix ne saurait obéir à des critères définis à l'avance et de manière précise: il convient de tenir compte de la situation concrète et des caractéristiques particulières du terrain concerné et de ses environs, et d'établir un pronostic sur les possibilités de bâtir, à moyen terme, des logements à l'emplacement considéré, en prenant en considération et éventuellement en anticipant les facteurs propres à influencer le développement du secteur (ATF 114 Ia 14 consid. 2b p. 17; arrêt 1P.639/2004 précité, consid. 4.2, SJ 2005 I p. 555-556). Au stade de l'exercice du droit de préemption, l'autorité n'a donc pas besoin de justifier son intervention par la présentation d'un projet détaillé. Elle doit toutefois rendre plausible l'existence d'un besoin précis, et tenir compte des possibilités réelles d'y satisfaire à l'emplacement envisagé, dans un avenir pas trop éloigné (arrêt 1P.552/1998 du 9 février 1999, et la référence à l'ATF 114 Ia 335 consid. 2d p. 339).
3.5 Ces conditions sont manifestement réunies en l'occurrence. En effet, la parcelle n° 448 se trouve dans le périmètre du PLQ n° 29'461 adopté le 27 juin 2007 par le Conseil d'Etat. Ce plan prévoit, dans un secteur compris entre le chemin du Croissant, l'avenue Henri-Golay et la rue Jean-Simonet, l'implantation de quatre immeubles de cinq étages sur rez, comprenant environ 165 logements. La parcelle n° 448 est destinée à accueillir, avec les parcelles n° 446 et 447, le plus grand des bâtiments, le long du chemin du Croissant. L'indice d'utilisation du sol est de 1,3 pour l'ensemble du périmètre. Le projet correspond à la démarche de densification de la couronne suburbaine, soit des zones de développement 3 et 4a situées sur le pourtour de l'agglomération genevoise, pour lesquelles le plan directeur cantonal prévoit une densification différenciée: dans la zone 3 de développement, l'objectif est d'appliquer une densification de 1,2 voire plus dans les sites qui s'y prêtent. Le but poursuivi par la commune est donc bien la construction de logements d'utilité publique, conformément au rôle de l'Etat défini à l'art. 1 LGL.
La recourante soutient que la commune n'aurait pas les moyens de réaliser sa politique d'acquisition et de coordination de l'urbanisation du quartier. L'argument est mal fondé: la commune est déjà propriétaire dans le secteur de deux autres parcelles nécessaires à la construction du bâtiment principal. Elle dispose donc non seulement d'un projet précis, mais aussi d'une possibilité réelle de réalisation à moyen terme. Cela suffit à l'exercice de son droit de préemption.
4. La recourante invoque ensuite la garantie de la propriété (art. 26 Cst.).
4.1 Dans la mesure où elle prétend que l'acquisition par la commune ne servirait qu'un objectif de planification, et non une volonté de construire des logements répondant aux besoins de la population, son grief se recoupe toutefois avec le précédent, et doit pareillement être rejeté.
4.2 Invoquant les principes d'intérêt public et de proportionnalité, la recourante soutient qu'elle serait en mesure de réaliser elle-même de tels logements; son plan financier serait approuvé sur le principe, et son projet serait sur le point d'être autorisé. La recourante méconnaît ainsi que l'existence d'un projet privé ne fait pas échec à l'exercice du droit de préemption prévu par la LGL, à moins que le projet en question présente des avantages évidents, au regard des buts poursuivis par la loi. Tel n'est pas le cas en l'occurrence: la réalisation par la commune de l'ensemble du projet, et l'octroi d'un droit de superficie en faveur de la Fondation des maisons communales de Vernier, permettra la construction de logements "à but non lucratif" (art. 1 al. 2 let. b LGL), en évitant notamment le paiement des honoraires des promoteurs privés, ainsi que des droits de mutation lors du transfert ultérieur à une société coopérative. L'intimée envisage également un contrôle des loyers au-delà de la période légale de vingt ans, ce que n'est pas en mesure de garantir la recourante.
5. La recourante invoquent enfin la liberté économique (art. 27 Cst.). L'intimée conteste la recevabilité du grief, en relevant que celui-ci pouvait être soulevé devant la cour cantonale. La recourante relève que la décision de préemption ne comportait pas de motivation, mais on ne voit pas en quoi cela l'empêchait de se prévaloir dans son recours cantonal de la liberté économique, alors qu'elle n'a pas manqué de faire valoir la garantie de la propriété. A supposer qu'il soit recevable, le grief devrait de toute manière être écarté.
En effet, la recourante prétend à tort que l'intervention de la commune constituerait une mesure de politique économique. Sur ce point également, elle part de la prémisse que le droit de préemption servirait uniquement à planifier les acquisitions et à coordonner les constructions; comme cela est relevé ci-dessus, l'exercice du droit de préemption s'inscrit au contraire dans le cadre d'un projet précis de construction de logements d'utilité publique. Or, selon la jurisprudence, les mesures de lutte contre la pénurie de logements poursuivent un but de politique sociale admissible au regard de la liberté économique (ATF 131 I 133 consid. 4.1; 116 Ia 401 consid. 9c p. 414 et les arrêts cités). Le grief doit par conséquent être, lui aussi, rejeté.
6. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, conformément à l'art. 66 al. 1 LTF; il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 24 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz