Faits:
A. A.a Le 4 octobre 2008, X._, né 13 février 1990, s'est rendu à la Foire du Valais à Martigny accompagné d'une douzaine d'amis alors mineurs. Il s'était entendu avec l'un d'eux dans l'après-midi pour que celui-ci prenne des armes, soit un couteau papillon, remis à X._, ainsi qu'une matraque télescopique et un pistolet à billes, afin de pouvoir se défendre en cas de bagarre.
A.b A la sortie de la Foire du Valais, entre 21h00 et 22h00, X._ et ses amis ont croisé un groupe composé de A._, B._, C._ et D._, qui marchaient sur le même trottoir, en sens inverse. Arrivé à leur hauteur, X._ - qui avait déjà eu, plutôt dans la soirée, une altercation avec un tiers auquel il avait essayé de donner un coup de couteau - a asséné un violent coup d'épaule à D._. Alors que celle-ci avait protesté, X._ et ses camarades se sont rués sur elle et ses trois amis. Chacun d'eux a reçu plusieurs coups de poing et de pied, certains violents, à la tête et au corps, alors qu'ils étaient debout ou couchés au sol. L'un des agresseurs a fait usage de la matraque télescopique et un autre a tiré à une dizaine de reprises avec le pistolet à billes, en l'air et sur les victimes, et a donné des coups de crosse. Les assaillants ont cessé leurs coups lorsqu'ils ont été informés de l'arrivée de la police et ils se sont enfuis.
A.c Les quatre victimes ont été emmenées dans les hôpitaux de Martigny et de Sion.
A._ présentait une hémorragie occipitale du cuir chevelu qui a nécessité la pose de trois points de suture. Il a consulté le Dr E._ le 13 octobre 2008 qui a constaté la présence d'une plaie occipitale du cuir chevelu d'une longueur de 4 centimètres ainsi qu'un hématome rétro-auriculaire gauche de la taille d'une pièce de 2 francs. A._ a expliqué, lors des débats de première instance, qu'il était beaucoup plus méfiant lorsqu'il sortait avec sa petite amie, éprouvant surtout de la crainte lorsqu'il fréquentait un établissement public.
B._ a souffert de contusions lombaires et d'un saignement discret de l'oreille gauche. Il a consulté le Dr F._ le 6 octobre 2008 qui a constaté un hématome de périosité sur le tibia gauche et des douleurs à la palpation para-lombaires gauches ainsi qu'à la pression de deux vertèbres thoraciques. Ces lésions ont entraîné une incapacité de travail de 100% du 4 au 9 octobre 2008 et de 50% du 10 au 19 octobre 2008. B._ a expliqué que depuis le 4 octobre 2008, il avait tout le temps peur lorsqu'il y avait du monde.
C._ a subi, à teneur du constat du Dr E._ du 6 octobre 2008, des contusions multiples au niveau du crâne, de l'omoplate gauche, du coude gauche et du poignet gauche ainsi qu'une plaie occipitale droite, un hématome au bras droit et à l'omoplate droite, un hématome en lunette marqué surtout sous l'?il gauche et un hématome pariéto-temporal gauche. En raison de céphalées d'intensité moyenne et de douleurs dorsales para-vértébrales, il a bénéficié d'un arrêt de travail du 4 au 20 octobre 2008. Il n'a pas conservé de séquelles physiques, mais souffre d'angoisse quand il sort.
D._ a souffert de contusions multiples, en particulier occipitales, dorsales et au poignet gauche. En formation d'ébéniste, elle a été en incapacité de travail du 4 octobre au 2 novembre 2008. Le 2 mars 2009, elle a subi une opération en raison de la lésion du ligament triangulaire du carpe gauche. Le Dr G._ a préconisé, aux termes de son rapport du 31 mai 2010, un reclassement professionnel dans une activité n'exigeant pas le port de charges supérieures à 10 kilos, ni de sollicitations soutenues de la main et du poignet gauche. D._ a renoncé à la profession d'ébéniste et a entrepris une réinsertion professionnelle avec le soutien de l'assurance invalidité. Elle porte en permanence une attelle au poignet gauche. Elle a en outre bénéficié d'un suivi de 3 séances chez un psychologue. Selon le rapport du 23 septembre 2010 du Dr H._, psychiatre, elle souffre d'un état de stress post-traumatique en rémission partielle.
B. Par jugement du 19 avril 2011, rendu sur opposition de X._ et du Ministère public à l'ordonnance pénale du Juge d'instruction du 15 janvier 2010, le Juge II des districts de Martigny et Saint-Maurice a reconnu l'intéressé coupable de lésions corporelles simples (art. 123 ch. 1 CP) et d'agression (art. 134 CP). Il l'a condamné à une peine privative de liberté de 12 mois, sous déduction de la détention subie avant jugement, avec sursis et délai d'épreuve de deux ans, et a rejeté les prétentions civiles de A._, B._ et C._, alors que celles de D._ ont été réservées et renvoyées au for civil.
C. La Cour d'appel II du Tribunal cantonal valaisan a, par jugement du 3 mai 2012, admis l'appel du Ministère public contre le jugement de première instance, a partiellement admis celui de A._, B._ et C._ et a rejeté celui de X._. Celui-ci a été condamné à une peine privative de liberté de 15 mois, sous déduction de la détention avant jugement, avec sursis et délai d'épreuve de trois ans, ainsi qu'à une amende de 5'000 francs, prononcée en vertu de l'art. 42 al. 4 CP, laquelle a toutefois été convertie, selon l'art. 107 al. 1 CP, en un travail d'intérêt général de 200 heures. X._ a par ailleurs été condamné à verser à A._, B._ et C._ une indemnité pour tort moral de 2'000 francs chacun avec intérêts à 5% dès le 4 octobre 2008, les droits des intéressés étant réservés pour le surplus, de même que les prétentions de D._.
D. X._ interjette un recours en matière pénale contre le jugement du 3 mai 2012. Il conclut, principalement, à la réforme de celui-ci en ce sens qu'il soit condamné à une peine clémente assortie du sursis, à ce que les prétentions de A._, B._ et C._ soient rejetées, et à ce qu'une équitable indemnité lui soit allouée à titre de dépens. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants et, en tout état de cause, à ce que les frais de justice ainsi qu'une équitable indemnité de dépens soient mis à la charge du "fisc". Il a en outre sollicité le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant conteste la quotité de la peine qui lui a été infligée à plusieurs égards.
1.1 Selon l'art. 47 CP, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
La culpabilité de l'auteur doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution (objektive Tatkomponente). Du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur (subjektive Tatkomponente). A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même (Täterkomponente), à savoir les antécédents, la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (ATF 134 IV 17 consid. 2.1 p. 19 s.; 129 IV 6 consid. 6.1 p. 20; arrêt 6B_759/2011 du 19 avril 2012 consid. 1.1).
L'art. 47 CP confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'art. 47 CP, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (ATF 136 IV 55 consid. 5.6 p. 61; 134 IV 17 consid. 2.1).
1.2 La cour cantonale a considéré que l'atteinte commise par le recourant était grave, qu'il avait agi de manière gratuite et que le mode d'exécution était brutal. Les victimes de l'agression n'avaient pas adopté une attitude hostile qui aurait pu expliquer ses agissements et le recourant avait pleinement le choix d'adopter un comportement licite. Précédemment, il n'avait pas hésité à s'en prendre à un tiers qu'il avait tenté de blesser avec son couteau papillon. Il avait violemment frappé deux victimes se trouvant à terre, sans aucune possibilité de se défendre, à coups de pied et de poing notamment. Certains de ses comparses avaient utilisé des armes, ce que le recourant savait pertinemment. Il n'avait cessé ses agissements que lorsqu'il avait été informé de l'arrivée de la police. Plusieurs agresseurs avaient reconnu la violence inouïe de leurs agissements. Le recourant était par ailleurs à l'origine de l'agression puisque c'est lui qui avait heurté l'épaule de D._, donnant le signal du début de l'assaut. Trois fois plus nombreux que leurs victimes, les assaillants avaient fait preuve d'une lâcheté crasse et d'un manque total de scrupules. Ils avaient frappé pour blesser et faire mal de manière totalement gratuite. Seul majeur de la bande au moment des faits, le recourant avait la réputation d'être celui qui cherchait le plus la bagarre de l'équipe. Il était considéré comme l'un des chefs de la bande car il était le plus courageux. Il avait d'abord nié les faits, qu'il n'avait admis que lors de son quatrième interrogatoire. Il était cependant revenu par la suite sur ses aveux partiels, reprochant à la police et au juge d'instruction de lui avoir escroqué certaines confessions. Le concours d'infraction devait également être retenu comme facteur d'augmentation de la peine. La cour cantonale relève toutefois également que le recourant avait agi sous l'emprise de l'alcool puisqu'une heure environ après les faits, son alcoolémie s'élevait à 1,63o/oo, que son casier judiciaire était vierge et qu'il s'était convenablement comporté depuis le mois d'octobre 2008.
1.2 La cour cantonale a considéré que l'atteinte commise par le recourant était grave, qu'il avait agi de manière gratuite et que le mode d'exécution était brutal. Les victimes de l'agression n'avaient pas adopté une attitude hostile qui aurait pu expliquer ses agissements et le recourant avait pleinement le choix d'adopter un comportement licite. Précédemment, il n'avait pas hésité à s'en prendre à un tiers qu'il avait tenté de blesser avec son couteau papillon. Il avait violemment frappé deux victimes se trouvant à terre, sans aucune possibilité de se défendre, à coups de pied et de poing notamment. Certains de ses comparses avaient utilisé des armes, ce que le recourant savait pertinemment. Il n'avait cessé ses agissements que lorsqu'il avait été informé de l'arrivée de la police. Plusieurs agresseurs avaient reconnu la violence inouïe de leurs agissements. Le recourant était par ailleurs à l'origine de l'agression puisque c'est lui qui avait heurté l'épaule de D._, donnant le signal du début de l'assaut. Trois fois plus nombreux que leurs victimes, les assaillants avaient fait preuve d'une lâcheté crasse et d'un manque total de scrupules. Ils avaient frappé pour blesser et faire mal de manière totalement gratuite. Seul majeur de la bande au moment des faits, le recourant avait la réputation d'être celui qui cherchait le plus la bagarre de l'équipe. Il était considéré comme l'un des chefs de la bande car il était le plus courageux. Il avait d'abord nié les faits, qu'il n'avait admis que lors de son quatrième interrogatoire. Il était cependant revenu par la suite sur ses aveux partiels, reprochant à la police et au juge d'instruction de lui avoir escroqué certaines confessions. Le concours d'infraction devait également être retenu comme facteur d'augmentation de la peine. La cour cantonale relève toutefois également que le recourant avait agi sous l'emprise de l'alcool puisqu'une heure environ après les faits, son alcoolémie s'élevait à 1,63o/oo, que son casier judiciaire était vierge et qu'il s'était convenablement comporté depuis le mois d'octobre 2008.
1.3 1.3.1 Le recourant fait valoir en premier lieu qu'il a été arbitrairement retenu qu'il était le chef de la bande formée avec ses amis et que la cour cantonale a violé l'art. 47 CP en retenant cet élément dans le cadre de la fixation de la peine. Il soutient qu'il n'avait pas de position de garant à l'égard des intimés et que le droit suisse ne connaît pas la responsabilité pénale pour le fait d'autrui. La cour cantonale avait ainsi considéré à tort qu'il était responsable des agissements de ses comparses et que sa peine devait être alourdie de ce fait. Il n'avait pas donné les coups de matraque, il n'était pas prouvé que les événements se seraient déroulés différemment s'il n'avait pas été là et il ne s'était pas particulièrement démarqué au cours de la bagarre.
1.3.2 La cour cantonale n'a pas constaté qu'il était le chef de la bande, mais uniquement qu'il était considéré comme l'un des chefs de celle-ci, ce qui est différent. La cour cantonale s'est fondée sur les déclarations du cousin du recourant, qui a indiqué qu'il était le plus courageux, mais également qu'il était "un peu le chef" (cf. jugement du 3 mai 2012 consid. 3b p. 11). Le recourant conteste que les dires de son cousin pouvaient être retenus au motif qu'il a également participé à la bagarre et avait intérêt à rejeter la faute sur lui. Une telle argumentation est purement appellatoire et, partant, irrecevable. Au demeurant, le rôle prépondérant joué par le recourant dans l'agression pouvait également être déduit du fait que c'est notamment lui qui a prévu, avec l'un des autres participants, d'être armé et qui a déclenché la bagarre en donnant un coup d'épaule à D._. A._ l'a par ailleurs décrit comme étant son principal agresseur et le témoin I._, comme étant "le pire chercheur de l'équipe" avec un autre.
Le fait que le recourant était considéré comme l'un des chefs de la bande qu'il formait avec ses comparses démontre l'implication particulière de l'intéressé dans la bagarre, ce qui constitue un élément pertinent dans le cadre de la fixation de la peine, dont la cour cantonale pouvait tenir compte sans violer l'art. 47 CP. La cour cantonale n'a par ailleurs nullement considéré que le recourant avait une position de garant à l'égard des intimés ou qu'il devait être tenu responsable des agissements des autres agresseurs. Elle n'a pas davantage tenu compte qu'il aurait lui-même causé l'ensemble des lésions corporelles subies par les intimés. Au surplus, le recourant ne peut soutenir que les événements ne se seraient pas produits de manière foncièrement différente s'il n'avait pas été présent le jour des faits puisque c'est lui qui a déclenché la bagarre et qu'il y a pris une part active, ce qu'il a d'ailleurs reconnu. Enfin, c'est de manière purement appellatoire que le recourant affirme que tout laisse à penser qu'il a payé pour les autres participants à la bagarre qui, du fait qu'ils étaient mineurs au moment des faits, ont été condamnés à de faibles peines. Le grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
1.4 Le recourant invoque qu'il a été jugé quatre ans après les faits et que la cour cantonale ne pouvait se prévaloir de l'immédiateté de la sanction qui permettait une prise de conscience chez lui pour justifier la lourdeur de la peine.
Il ne ressort pas de la décision attaquée que la cour cantonale aurait motivé la quotité de la peine prononcée par le fait qu'elle intervenait peu de temps après les faits. L'autorité précédente a uniquement indiqué que le prononcé d'une sanction ferme accompagnant la peine privative de liberté prononcée avec sursis devait amener le recourant à s'amender. Il n'avait pas véritablement pris conscience de la gravité de ses actes. Il en minimisait la portée et les reconnaissait à peine. En tant que le recourant conteste le prononcé même d'une amende en vertu de l'art. 42 al. 4 CP, il convient de relever ce qui suit.
Selon la jurisprudence, la combinaison de peines prévue par l'art. 42 al. 4 CP se justifie lorsque le sursis peut être octroyé, mais que, pour des motifs de prévention spéciale, une sanction ferme accompagnant la sanction avec sursis paraît mieux à même d'amener l'auteur à s'amender. Elle doit contribuer, dans l'optique de la prévention tant générale que spéciale, à renforcer le potentiel coercitif de la peine avec sursis. Cette forme d'admonestation adressée au condamné doit attirer son attention (et celle de tous) sur le sérieux de la situation en le sensibilisant à ce qui l'attend s'il ne s'amende pas (ATF 134 IV 60 consid. 7.3.1 p. 75). La motivation selon laquelle l'amende prononcée devait permettre au recourant de prendre conscience de la gravité de ses actes ne viole ainsi pas le droit fédéral. Il ne peut par ailleurs pas être déduit de la jurisprudence que le prononcé d'une amende en vertu de l'art. 42 al. 4 CP serait exclu si la condamnation n'intervient pas immédiatement après les faits. Enfin, la cour cantonale a justement indiqué que les peines combinées étaient adéquates pour réprimer les infractions commises par le recourant. L'amende, convertie en travail d'intérêt général, ne constitue donc pas une aggravation de la peine ou une peine supplémentaire (cf. ATF 134 IV 1 consid. 4.5.2 p. 8). Pour le surplus, le recourant ne critique pas le montant de l'amende prononcée, ni sa conversion en une peine de 200 heures de travaux d'intérêt général. Le grief doit être rejeté.
1.5 Le recourant soutient qu'il n'a pas été suffisamment tenu compte de sa situation personnelle. Son casier judiciaire était vierge avant les événements faisant l'objet de la présente procédure et il s'était bien comporté depuis. Il était désormais intégré professionnellement puisqu'il était employé dans l'entreprise dans laquelle il avait fait son apprentissage. La peine prononcée mettait clairement en péril son avenir professionnel.
La cour cantonale a déjà tenu compte du fait que le casier judiciaire du recourant était vierge, étant précisé que, selon la jurisprudence, cet élément a un effet neutre sur la fixation de la peine et n'a donc pas à être pris en considération dans un sens atténuant (ATF 136 IV 1). Elle a également relevé que celui-ci s'était convenablement comporté depuis le mois d'octobre 2008. Elle n'a donc pas omis cette circonstance, qui ne peut, en tout état de cause, avoir qu'une influence limitée dans le cadre de la fixation de la peine puisqu'il peut être attendu de tout citoyen qu'il ne commette pas d'infraction. Le recourant ne peut ainsi se prévaloir des éléments précités pour réclamer une réduction de sa peine. De plus, il est inévitable que l'exécution d'une peine ferme d'une certaine durée (un travail d'intérêt général en l'occurrence, la peine privative de liberté ayant été assortie du sursis) a des répercussions sur la vie professionnelle et familiale. Ces conséquences ne peuvent conduire à une réduction de la peine qu'en cas de circonstances extraordinaires (cf. arrêt 6B_488/2010 du 4 octobre 2010 consid. 2.2). Le recourant n'invoque toutefois en l'espèce aucune autre circonstance que le fait qu'il est employé. Sa situation ne diffère ainsi pas de celle de nombreux autres condamnés et ne peut justifier une réduction de la peine. Il a par ailleurs donné son accord pour effectuer un travail d'intérêt général, lequel peut, en principe, être effectué durant son temps libre, et ne menace donc pas son emploi. Le grief doit être rejeté.
1.6 En définitive, le recourant ne cite aucun élément important, propre à modifier la peine, qui aurait été omis ou pris en considération à tort par la cour cantonale. Il n'apparaît pas que la peine infligée soit exagérément sévère au point de constituer un abus du large pouvoir d'appréciation dont dispose le juge et ce, alors même que la peine prononcée par le Juge d'instruction aux termes de l'ordonnance pénale du 15 janvier 2010 n'était que de six mois, comme le relève le recourant qui ne développe toutefois aucune argumentation conforme aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF pour démontrer qu'une telle différence violerait le droit fédéral. Le grief de violation de l'art. 47 CP doit être rejeté.
2. Le recourant invoque une violation de l'art. 47 CO. Il conteste sa condamnation à payer aux intimés une indemnité à titre de réparation du tort moral. Les intéressés n'avaient produit aucun certificat médical attestant d'un état de stress post-traumatique et leurs seules déclarations n'étaient pas suffisantes à l'établir, comme ils en avaient l'obligation en vertu de l'art. 8 CC.
2.1 En vertu de l'art. 47 CO, le juge peut, en tenant compte de circonstances particulières, allouer à la victime de lésions corporelles une indemnité équitable à titre de réparation morale. Les circonstances particulières à prendre en compte se rapportent à l'importance de l'atteinte à la personnalité du lésé, l'art. 47 CO étant un cas d'application de l'art. 49 CO. Les lésions corporelles, qui englobent tant les atteintes physiques que psychiques, doivent donc en principe impliquer une importante douleur physique ou morale ou avoir causé une atteinte durable à la santé. Parmi les circonstances qui peuvent, selon les cas, justifier l'application de l'art. 47 CO, figurent une longue période de souffrance et d'incapacité de travail, de même que les préjudices psychiques importants (arrêt 4A_373/2007 du 8 janvier 2008 consid. 3.2, non publié in ATF 134 III 97; 132 II 117 consid. 2.2.2 p. 119; arrêt 6B_970/2010 du 23 mai 2011 consid. 1.1.2). Des lésions corporelles, même si elles sont objectivement de peu d'importance, justifient en principe l'allocation d'une indemnité pour tort moral lorsqu'elles ont été infligées de manière volontaire dans des circonstances traumatisantes. Cela est d'autant plus le cas lorsqu'elles ont des conséquences psychiques à long terme (arrêt 6S.334/2004 du 30 novembre 2004 consid. 4.2; 6S.28/2003 du 26 juin 2003 consid. 3.2).
L'art. 8 CC est applicable au lésé qui fait valoir des conclusions civiles déduites de l'infraction par adhésion à la procédure pénale (Anette Dolge, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2010, n. 25 ad art. 122 CPP; Nicolas Jeandin/Henry Matz in: Commentaire romand, Code de procédure pénale, 2010, n. 2 ad art. 123 CPP) dans la mesure où il s'agit d'un procès civil dans le procès pénal (Viktor Lieber, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, n. 3 ad art. 122 CPP; cf. aussi ATF 127 IV 215 consid. 2d p. 218). Cette disposition prévoit que chaque plaideur doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'il allègue pour en déduire son droit. Lorsque le juge ne parvient pas à constater un fait dont dépend le droit litigieux, il doit statuer au détriment de la partie qui aurait dû prouver ce même fait (ATF 126 III 189 consid. 2b p. 191/192; voir aussi ATF 132 III 689 consid. 4.5 p. 701/702; 129 III 18 consid. 2.6 p. 24). L'art. 8 CC ne définit en revanche pas comment le juge doit apprécier les preuves (ATF 128 III 22 consid. 2d p. 25; 127 III 248 consid. 3a p. 253, 519 consid. 2a p. 522).
2.2 La cour cantonale a indiqué que les douleurs physiques endurées par les intimés n'avaient été que passagères, mais qu'elles étaient d'autant moins supportables qu'elles provenaient d'un comportement particulièrement brutal d'une bande de jeunes qui avait fondu sur eux pour les frapper sans raison, de manière totalement gratuite. Les intimés conservaient des séquelles psychiques des événements survenus le 4 octobre 2008 puisqu'ils expliquaient de manière crédible avoir peur et souffrir d'angoisses lorsqu'ils sortaient de leur domicile pour se mêler à la foule ou pour fréquenter des établissements publics.
2.3 La cour cantonale a considéré que l'existence de séquelles étaient suffisamment établie sur la base des déclarations des intimés. Une telle appréciation ne relève pas de l'art. 8 CC, mais uniquement d'une éventuelle violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits (art. 9 Cst.; sur la notion d'arbitraire, cf. ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; 138 V 74 consid. 7 p. 82). Le recourant n'invoque toutefois pas un tel moyen. Il se borne à affirmer qu'il n'était pas tolérable de se fonder sur les dires des intimés. Une telle affirmation n'est pas suffisante pour démontrer de manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF - qui exige une argumentation claire et détaillée (ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287) - qu'au vu des circonstances dans lesquelles l'agression s'est produite, il serait manifestement insoutenable de retenir l'existence de séquelles psychiques chez les intimés, et cela même s'ils n'avaient pas été suivis sur le plan psychologique.
Dès lors, en se fondant sur la constatation selon laquelle les intimés souffraient de séquelles psychologiques découlant de l'agression commise par le recourant et compte tenu du fait que celle-ci a été particulièrement violente, purement gratuite et que ses conséquences physiques pour les intimés auraient pu être considérablement plus graves, la cour cantonale pouvait considérer, sans violer le droit fédéral, que les intéressés étaient fondés à réclamer une indemnité pour tort moral. Pour le surplus, le recourant ne conteste pas la quotité du montant alloué. Le grief doit être rejeté.
3. Le recourant réclame qu'un montant supérieur lui soit alloué à titre de dépens. Les intimés s'étaient vu allouer une somme de 10'000 francs alors que son conseil n'avait reçu que 4'100 francs pour une activité qui avait été similaire.
Le recourant n'a pas été défendu par un avocat de choix, mais a bénéficié de l'assistance judiciaire pour la procédure cantonale et par ce biais d'un défenseur d'office. Les frais afférents à la défense d'office sont en principe supportés par l'Etat (cf. art. 426 al. 1 CPP). Il apparaît dès lors que le recourant n'a pas lui-même supporté de frais pour sa défense. Il ne saurait donc prétendre personnellement à une indemnité à ce titre (cf. arrêt 6B_753/2011 du 14 août 2012, destiné à la publication, consid. 1). Selon le dispositif du jugement attaqué, l'indemnité à titre de dépens est d'ailleurs versée par l'Etat du Valais au conseil du recourant. Le recourant ne peut donc réclamer qu'un montant plus élevé lui soit alloué à titre de dépens.
En outre, selon l'art. 135 al. 3 CPP, le défenseur d'office peut recourir devant l'autorité de recours contre la décision du ministère public et du tribunal de première instance fixant l'indemnité (let. a) ou devant le Tribunal pénal fédéral, contre la décision de l'autorité de recours ou de la juridiction d'appel du canton fixant l'indemnité (let. b). Dans la mesure où le défenseur d'office est touché dans ses propres droits, il est seul légitimé à se plaindre du montant des honoraires qui lui sont alloués, et non pas le condamné (Niklaus Schmid, Schweizerische Prozessordnung, Praxiskommentar, 2009, n. 5 ad art. 135 CPP; Viktor Lieber, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO), 2010, n. 16 ad art. 135 CPP). Le recourant n'est dès lors pas recevable à se plaindre dans le cadre du présent recours du fait que le montant de l'indemnité allouée à son défenseur d'office par la cour cantonale est trop faible. Le grief est irrecevable.
4. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant a requis le bénéfice de l'assistance judiciaire. Comme ses conclusions étaient dépourvues de chance de succès, celle-ci ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant devra donc supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois arrêté en tenant compte de sa situation financière.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 26 septembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Schneider
Le Greffier: Rieben