Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Im angefochtenen Entscheid wurde festgestellt, das Rechtsmittel des Beschwerdeführers gelte als nicht eingelegt, weil er die Einschreibegebühr nicht entrichtet habe. Vor Bundesgericht beantragt der Beschwerdeführer, der Fall sei nun zu untersuchen und sein Gesuch um Erlass der Einschreibegebühr gutzuheissen. Über die Frage der Einschreibegebühr ist indessen bereits rechtskräftig entschieden worden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1B_7/2010 vom 14. Januar 2010). Darauf kann nicht mehr zurückgekommen werden. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Wegen seiner Art der Prozessführung kommt ein Verzicht auf eine Kostenauflage nicht in Betracht.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Präsidenten der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. April 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn