Faits:
A. X._ (ci-après: l'intéressé), ancien sportif professionnel, était domicilié à D._ (VS) du 5 avril 1996 au 20 janvier 1998, puis, dès cette date, à A._ (VD).
Le 18 septembre 1996, a été constituée, avec siège social à A._, la société immobilière B._ SA dont le capital-actions de 100'000 fr est détenu en plus grande partie par l'intéressé. Le 18 décembre 1996, l'intéressé a acquis la totalité du capital-actions de la société immobilière C._ en liquidation à Lausanne pour le prix de 1'800'000 fr. Cette société est propriétaire d'un immeuble à Genève. Le même jour, il a revendu la totalité du capital-actions de cette société à B._ SA pour le prix de 2'400'000 fr. Le 14 février 1997, les statuts de la B._ SA ont été modifiés et son capital-actions augmenté de 100'000 fr. à 500'000 fr. par compensation de créances dues par la société à l'intéressé.
B. Par décision de taxation du 18 juin 2001, les autorités fiscales genevoises ont soumis à l'impôt sur les gains immobiliers la différence entre le prix de vente de 2'400'000 des actions de la SI C._ SA cédées à B._ SA et le prix d'achat de 1'800'000.- soit un montant de 398'000 fr. compte tenu des impenses de 202'000 fr. Cette taxation est entrée en force.
Par décision du 7 septembre 2004, l'Office d'impôt de district de Vevey a imposé comme rendement de participation la différence entre le prix de vente des actions de la SI C._ SA et leur valeur nominale, soit 2'350'000 fr. Par décision sur réclamation du 2 mai 2006, cette taxation a été annulée, la compétence d'imposer revenant d'après l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud au canton du Valais.
Le 26 juin 2006, après avoir pris connaissance de la décision sur réclamation rendue le 2 mai 2006 par l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, la Commission d'impôt du district de E._ (VS) a ouvert une procédure de rappel d'impôts fédéral, cantonal et communal pour la période fiscale 1997/1998. Par décision du 2 novembre 2006, la Commission d'impôt a procédé au rappel d'impôts fédéral, cantonal et communal à l'encontre de X._ en taxant un montant complémentaire de 2'350'000 fr. Cette décision a été confirmée par décision sur réclamation du 27 juillet 2007.
Par mémoire du 23 août 2007, l'intéressé a interjeté recours contre la décision sur réclamation du 27 juillet 2007 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du canton du Valais. Durant l'échange des écritures, par courrier du 27 mars 2008, cette dernière a informé l'intéressé qu'en matière d'impôts cantonal et communal se posait encore la question de l'imposition au titre de fortune des actions de B._ SA.
C. Par décision du 21 mai 2008, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours en tant qu'il concernait l'impôt fédéral direct et l'a partiellement admis dans le sens des considérants en tant qu'il concernait les impôts cantonal et communal. Pour ces impôts, le rappel d'impôt sur le revenu était annulé tandis que, pour la période du 1er janvier 2007 (sic) au 20 janvier 2008 (sic), un rappel d'impôt sur la fortune était effectué, portant la fortune imposable à 456'000 fr. à laquelle devait être appliqué un taux correspondant à 2'228'000 fr.
En substance, le délai pour procéder à un rappel d'impôt fédéral direct était respecté. L'opération immobilière devait être qualifiée de transposition, l'intéressé ayant transféré à B._ SA, dont il est l'actionnaire majoritaire, la totalité du capital-actions de la SI C._ à Genève pour une valeur de 2'400'000 fr., supérieure à la valeur nominale des actions arrêtée à 50'000 fr. La différence constituait un rendement de participation imposable. La perception de l'impôt fédéral direct sur ce rendement et celle d'un impôt sur les gains immobiliers par les autorités fiscales genevoises sur la différence entre le prix de vente des actions et leur prix d'achat sous déduction des impenses ne constituaient pas une double imposition prohibée. Le délai pour procéder à un rappel d'impôts cantonal et communal avait été respecté par l'ouverture de la procédure de rappel le 26 juin 2006. En revanche, le droit d'imposer l'opération immobilière échappait au canton du Valais, qui conservait néanmoins le droit d'imposer la fortune privée du contribuable, domicilié à D._ le 1er janvier 1997 jusqu'à son départ le 20 janvier 1998. Les actions de B._ SA devaient être estimées sur la base des fonds propres existant à la fin du premier exercice soit à 127'000 fr.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer la décision rendue le 21 mai 2008 par la Commission cantonale de recours en matière d'impôt, l'impôt fédéral direct et l'impôt sur la fortune fixés par cette décision étant annulés. Invoquant l'art. 9 Cst., il soutient que la décision est arbitraire en tant qu'elle qualifie l'opération litigieuse de gain immobilier pour les impôts cantonal et communal et de rendement de participation pour l'impôt fédéral direct. Subsidiairement, il soutient qu'il n'y pas de fait de nouveaux justifiant une procédure de rappel d'impôt et que la prescription est acquise.
L'Administration fédérale des contributions, la Commission cantonale de recours en matière fiscale et le service cantonal des contributions du canton du Valais concluent au rejet du recours sous suite de frais.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF; art. 105 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RSVS 642.1]), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
1.2 La conclusion du recourant tendant à l'annulation du chiffre 2 du dispositif attaqué est rejetée. Selon son propre aveu, l'indication de "la période reprise est inexacte (2007-2008 en lieu et place de 1997-1998)". Il s'agit d'une inadvertance qu'il y a lieu de corriger d'office. Cette inadvertance aurait d'ailleurs pu et dû être rectifiée par l'autorité précédente sur demande du recourant en application de l'art. 64 al. 3 de la loi valaisanne du 6 octobre 1976 sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA/VS; RSVS 172.6).
2. 2.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398). Enfin, selon l'art. 99 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2.2 Dans la décision attaquée, l'autorité précédente a constaté que le recourant "a pris domicile à D._ sur la commune de E._, le 5 avril 1996, en provenance du canton de F._. Le 20 janvier 1998, il a quitté la commune de E._ pour s'établir à A._".
Dans son recours (mémoire, chiffre 2.3), le recourant "souligne que l'autorité de taxation elle-même n'avait pas à ce jour fait grief [au recourant] de ne pas avoir déclaré ses actions de la société B._ SA, probablement en raison de l'incertitude qui avait plané à l'époque sur le domicile [de l'intéressé]". Il aurait contesté avoir fait de D._ son domicile fiscal principal. A cet effet, il produit pour la première fois devant le Tribunal fédéral un courrier de sa fiduciaire du 19 novembre 1997 affirmant qu'il n'avait pas de domicile fiscal principal à D._ et un courrier du Service cantonal des contributions du 16 mars 1998 le sommant de produire dans les 20 jours les "éléments confirmant ses dires" ainsi qu' "une déclaration complète et en bonne et due forme". Comme le 10 octobre 1998, l'autorité de taxation avait notifié un avis de taxation 1997/1998 sans mention aucune d'autres revenus ou éléments de fortune que ceux portés dans la déclaration, cette dernière aurait ainsi admis qu'il ne devait déclarer que les éléments sis en Valais. A son avis, l'autorité précédente ne pouvait par conséquent pas lui faire grief de l'omission de déclarer les actions litigieuses sans violer de manière flagrante le principe de la bonne foi qui préside aux relations entre l'Etat et ses administrés.
En tant qu'ils concernent le domicile fiscal principal du recourant, les courriers de la fiduciaire du 19 novembre 1997 et celui lui répondant du Service cantonal des contributions du 16 mars 1998 sont nouveaux et ne résultent pas de la décision attaquée mais déjà de la décision de taxation du 2 novembre 2006 ainsi que de la décision sur réclamation du 27 juillet 2006, de sorte qu'ils sont irrecevables (art. 99 LTF). Il n'est par conséquent pas nécessaire d'examiner si les faits qui fondent le domicile fiscal principal du recourant ont été constatés en violation du droit au sens de l'art. 95 lettre a LTF (art. 97 al. 1 LTF). En effet, la violation alléguée du principe de la bonne foi, qui entacherait selon le recourant, ces constatations de fait, repose sur les éléments nouveaux et par conséquent irrecevables que le recourant a produits en annexe au présent recours. Au demeurant, la violation du principe - constitutionnel - de protection de la bonne foi n'a pas été motivée conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. En effet, à supposer qu'un avis de taxation resté incomplet à l'insu d'une autorité de taxation puisse constituer une promesse, ce qui est pour le moins douteux, le recourant n'indique pas qu'il se serait fondé sur ce fait pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice.
3. Le recours en matière de droit public peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (art. 95 let. b LTF). Il doit être motivé (art. 42 al. 1 LTF) et sa motivation doit exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Selon l'art. 106 al. 2 LTF en outre, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) et n'est donc limité ni par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation prévue par les art. 42 al. 1 et 2 ainsi que 106 al. 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs invoqués et n'est dès lors pas tenu de traiter des questions qui ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF).
I. Impôt fédéral direct
4. 4.1 D'après l'art. 105 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton au début de la période fiscale ou de l'assujettissement (art. 107 al. 1 lettre b LIFD).
4.2 Dans la décision attaquée, l'autorité précédente a constaté que le recourant était domicilié à D._ dans le canton du Valais du 5 avril 1996 au 20 janvier 1998. Comme le recourant a échoué dans la démonstration tendant à établir que l'instance précédente a constaté les faits de manière contraire au droit au sens de l'art. 95 lettre a LTF, il n'est pas possible de tenir compte sur la question du domicile fiscal principal du recourant d'un état de fait qui diverge de celui retenu dans la décision attaquée. Dans ces conditions, c'est à bon droit que l'instance précédente a jugé, au moins implicitement, que les autorités fiscales du canton du Valais étaient chargées de percevoir l'impôt fédéral direct pour la période fiscale 1997/1998 au sens de l'art. 105 al. 1 LIFD.
5. Le recourant se plaint de la violation des art. 120 et 151 al. 1 LIFD. Il soutient que les conditions d'un rappel d'impôt fédéral direct ne sont pas réunies, de sorte que le droit de procéder à la taxation litigieuse est prescrit.
5.1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD), il doit remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2 LIFD) et la remettre à l'autorité compétente (cf. art. 105 al. 1 LIFD). Lorsque le contribuable se heurte à une incertitude quant à un élément de fait, il ne doit pas la dissimuler mais bien la signaler dans sa déclaration. Dans tous les cas, il doit décrire les faits de manière complète et objective (arrêt 2C_26/2007 du 10 octobre 2007, consid. 3.2.1; 2A.502/2005, in : RF 61/2006 p. 442, consid. 2 ; arrêt 2A.182/2002, in : Archives 73, p. 482, consid. 3.1.1; cf. M. Zweifel/H. Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Bundessteuern, Schulthess 2008, p. 169).
5.2 D'après l'art. 151 LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il suppose qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale; il implique aussi l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque là, soit les faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute (arrêt 2C_104/2008 du 20 juin 2008, consid. 3.3; 2A.300/2006 du 27 février 2007, in RF 62/2007 p. 369, consid. 3.3 et les références citées).
5.3 En l'espèce, l'instance précédente a constaté que la déclaration d'impôt adressée aux autorités de taxation du canton du Valais n'indiquait pas "les rendements de l'opération immobilière" en cause. Le recourant ne conteste pas que la déclaration d'impôt qu'il a déposée auprès des autorités fiscales valaisannes ne mentionnait pas les faits relatifs à la vente des actions de la SI C._ à B._ SA. Il est en revanche de l'avis que "rien n'a été caché à l'autorité fiscale compétente, soit l'autorité genevoise". Cette objection ne saurait être retenue. En effet, il est établi que le recourant avait son domicile fiscal principal à D._ en Valais. Les autorités fiscales valaisannes étaient par conséquent désignées par l'art. 105 al. 1 LIFD comme autorité fiscale cantonale compétente pour percevoir l'impôt fédéral direct de la période fiscale 1997/1998 auprès du recourant. C'est à l'adresse de ces dernières qu'il devait déposer une déclaration d'impôt complète et conforme à la vérité pour la période fiscale 1997/1998. C'est à leur attention qu'il devait décrire l'opération immobilière qu'il a effectuée le 18 décembre 1996. Au demeurant, il n'est pas nécessaire de "faire grief au recourant d'avoir omis de déclarer" (cf. ci-dessus, consid. 2.2) l'opération en cause pour que les conditions d'un rappel d'impôt soient réalisées.
A supposer que ce dernier ait eu, comme il le laisse entendre, un doute sur son véritable domicile fiscal principal ainsi que sur la qualification fiscale des bénéfices provenant de la vente des actions à laquelle il avait procédé le 18 décembre 1996, il devait aussi, dans tous les cas - nonobstant sa déclaration auprès des autorités fiscales genevoises - décrire les faits de manière complète et objective dans la déclaration fiscale destinée aux autorités fiscales valaisannes conformément aux obligations qui lui incombent en vertu des art. 105 et 126 LIFD. La déclaration d'impôt pour la période fiscale 1997/1998 ne faisant en aucune manière mention de la vente d'action du 18 décembre 1996, l'instance précédente pouvait à bon droit juger que les conditions pour ouvrir une procédure de rappel d'impôt fédéral direct étaient remplies. Il n'y a par conséquent pas lieu de faire application du délai de prescription ordinaire prévu par l'art. 120 al. 1 LIFD (Lydia Masmejan-Fey, Commentaire romand LIFD, n° 6 ad art. 120 LIFD). Le recours est rejeté sur ce point.
6. 6.1 Aux termes de l'art. 20 al. 1 lettre c LIFD, le rendement de la fortune mobilière est imposable, en particulier les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.). En revanche, les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée ne sont pas imposables (art. 16 al. 3 LIFD). L'art. 20 al.1 lettre c LIFD est une norme fiscale avec des points de rattachement économiques, qui doit être interprétée selon une appréciation économique. L'appréciation économique des faits ne dépend pas dans cette hypothèse de la réalisation des conditions d'une évasion fiscale (ATF 115 Ib 238 consid. 3b p. 241, 249 cons. 2b p. 252).
Selon la jurisprudence, maintes fois confirmée, lorsqu'un actionnaire cède à une société anonyme lui appartenant des participations à une valeur supérieure à leur valeur nominale en se faisant créditer le montant sur un compte d'actionnaire ou en tant qu'apport en nature contre remise de nouvelles actions dont la valeur nominale correspond à la valeur intrinsèque des actions cédées, un tel transfert d'actions ne doit pas être considéré comme une aliénation par laquelle l'actionnaire obtiendrait un gain en capital privé. Par cette opération en effet, l'actionnaire n'abandonne pas son pouvoir de disposition du point de vue économique; il le garde sous la forme de sa participation dans la société qui a acquis les participations. Comme le remboursement du capital social (à sa valeur nominale) ou celui d'un prêt ne constitue pas un revenu imposable de l'actionnaire, la charge fiscale latente sur les répartitions de bénéfices est éliminée. Il y a alors une "transposition". La société cessionnaire accorde par conséquent à l'actionnaire une prestation appréciable en argent imposable selon l'art. 20 al. 1 lettre c LIFD (2P.140/2004 du 9 décembre 2004 in RF 60/2005 p. 429 ainsi que 2A.331/2003 du 11 juin 2004 consid. 3.1; arrêt 2A.53/2000 in Archives 70, p. 289; ATF 115 Ib 238; 101 Ib).
6.2 Dans la décision attaquée, l'instance précédente a jugé, eu égard à la théorie dite de la transposition, que le bénéfice provenant de la vente d'actions du 18 décembre 1996 constituait un rendement de la fortune mobilière imposable en vertu de l'art. 20 al. 1 lettre c LIFD.
Le recourant n'expose pas, même de manière succincte, en quoi l'autorité précédente aurait mal appliqué l'art. 20 al. 1 lettre c LIFD. Tout au plus fait-il référence à l'art. 16 al. 3 LIFD, pour rappeler que si l'instance précédente avait jugé la cause différemment, l'art. 16 al. 3 LIFD aurait impliqué l'exonération de son gain. Il n'indique toutefois pas non plus en quoi cette dernière disposition aurait mal été appliquée, ce que l'on ne discerne pas du reste, la théorie de la transposition conduisant à une imposition fondée sur l'art. 20 al. 1 lettre c LIFD. Le grief du recourant se confond en définitive, sur ce point, avec celui tiré de la violation de l'art. 9 Cst.
7. Invoquant l'art. 9 Cst., le recourant se plaint de la violation de l'interdiction du comportement contradictoire
7.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211). En matière fiscale, la protection contre l'arbitraire interdit notamment à l'autorité fiscale d'invoquer selon son intérêt tantôt la réalité économique, tantôt l'apparence juridique de l'opération considérée (Archives 57 p. 267, consid. 2b; ATF 109 Ib 110 consid. 3 p. 112 s. et les références citées).
7.2 Le recourant reproche à l'instance précédente d'avoir adopté un comportement contradictoire en invoquant la réalité économique de l'opération du 18 décembre 1996 pour qualifier le gain litigieux de rendement de fortune mobilière imposable en matière d'impôt fédéral direct et la réalité juridique s'agissant des impôts cantonal et communal pour assimiler à l'aliénation d'un immeuble l'aliénation d'une participation à une société immobilière de sorte que le même gain soit soumis à l'impôt genevois sur les gains immobiliers.
Ce grief doit être rejeté, non seulement parce qu'il n'y a pas identité entre les autorités fiscales impliquées mais encore parce que celles-ci n'ont pas appliqué le même droit. C'est en effet l'autorité fiscale genevoise, et non pas l'instance précédente, qui a taxé l'opération du recourant pour ce qui concernait le canton de Genève et perçu un impôt sur les gains immobiliers en application de son droit cantonal. A cela s'ajoute que les deux autorités, genevoise et valaisanne, n'ont pas fait application du même droit, l'autorité genevoise ayant appliqué le droit fiscal cantonal, dans sa version antérieure à l'échéance du délai de huit ans prévu par l'art. 72 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), tandis que l'autorité valaisanne a appliqué la loi sur l'impôt fédéral direct ainsi que les règles de conflit en matière d'interdiction de la double imposition intercantonale. Elle a sur ce point jugé que le canton du Valais n'était pas compétent pour percevoir un impôt cantonal sur l'opération en cause. Dans ces conditions, on ne saurait faire grief à l'instance précédente d'avoir adopté un comportement contradictoire. Dans l'application du droit fédéral, l'instance précédente n'était pas tenue par la qualification juridique de l'opération du recourant telle qu'elle résultait de l'application du droit cantonal genevois par les autorités de ce canton.
II. Impôt cantonal et communal
8. 8.1 D'après l'art. 72 LHID, les cantons avaient huit ans pour adapter leur législation aux dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale à compter de son entrée en vigueur le 1er janvier 1993.
8.2 En l'espèce, le recours concerne notamment l'imposition de la recourante pour la période fiscale 1997/1998, de sorte que la loi sur l'harmonisation fiscale ne s'applique pas. En tant qu'elle concerne l'impôt cantonal sur la fortune pour la période du 1er janvier 1997 au 20 janvier 1998, la décision attaquée repose sur du droit cantonal, dont la violation ne peut être invoquée par la voie du recours en matière de droit public qu'en relation avec l'interdiction de l'arbitraire ancrée à l'art. 9 Cst.
9. Le recourant soutient que le droit de procéder à un rappel d'impôt sur la fortune est prescrit pour la période fiscale 1997/1998. A son avis, l'autorité de taxation n'aurait pas interrompu la prescription dont l'échéance tombait au 31 décembre 2006.
Faute d'être motivé conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, ce grief est irrecevable. En effet, le recourant n'expose pas en quoi il serait arbitraire de considérer que l'acte d'ouverture de la procédure en rappel d'impôt qui lui a été adressé le 26 juin 2006 par les autorités fiscales valaisannes n'a pas interrompu le délai de prescription du droit de taxer l'impôt cantonal sur la fortune.
10. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct pour la période fiscale 1997/1998 dans la mesure où il est recevable et à son irrecevabilité en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal de la période fiscale 1997/1998.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct pour la période fiscale 1997/1998, dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours en matière de droit public est irrecevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal pour la période fiscale 1997/1998.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 20 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey