Sachverhalt:
Gegen den Einspracheentscheid betreffend die Kantons-, Gemeinde- und direkte Bundessteuer 2006 der Bezirkssteuerkommission für die Gemeinde Zermatt vom 6. Juni 2008 führte X._ Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis. Er beanstandete, dass der Fahrtkostenabzug für die wöchentlichen Fahrten von und nach Zürich, wo sich sein Arbeitsort befindet, lediglich für die Teilstrecke Zermatt-Visp gewährt wurde. Er verlangte, dass der Fahrtkostenabzug für das Privatfahrzeug - wie bereits in der Steuerperiode 2006 - für die gesamte Strecke Zermatt-Zürich anerkannt werde. In der Beschwerde wies er darauf hin, es sei sein Ziel, im Kanton Wallis seine Steuern zu bezahlen. Allerdings wolle er für seinen "Goodwill ... nicht plötzlich teuer zur Kasse gebeten bzw. übers Ohr gehauen (werden)". Es wäre im Übrigen zu prüfen, ob sich sein Wohnsitz noch in Zermatt befinde, "denn seit meinem Wegzug von Zermatt befindet sich mein Lebensmittelpunkt wahrscheinlich eher in Zürich".
Die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis nahm eine reformatio in melius vor, indem sie für das Zimmer in Zürich einen monatlichen Abzug von Fr. 700.-- (statt 500.--) gewährte. In Bezug auf den Fahrtkostenabzug wies die Steuerrekurskommission die Beschwerde ab.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass der Beschwerdeführer in der Steuerperiode 2006 keinen Wohnsitz im Kanton Wallis hatte; eventualiter sei die Sache zur Beurteilung der Wohnsitzfrage des Jahres 2006 an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt. Es findet das Verfahren nach Art. 109 BGG Anwendung.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und frei, ob auf die Beschwerde einzutreten ist (BGE 132 III 291 E. 1).
1.1 Im Verfahren der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Neue Begehren sind unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG). Ob ein Begehren neu ist, beurteilt sich danach, was in der Vorinstanz beantragt wurde. Kein neues Rechtsbegehren liegt in der Einschränkung eines Begehrens. Ein neues Begehren liegt jedoch vor, wenn mehr oder wenn etwas anderes als in der Vorinstanz verlangt wird oder wenn das Begehren ausserhalb des Streitgegenstandes liegt (vgl. Ulrich Meyer in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, N. 58 ff. zu Art. 99 BGG). Schon im bisherigen Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach dem alten OG wurden neue Begehren im Grundsatze nicht zugelassen (BGE 124 II 361 E. 1c S. 364; 122 V 34 E. 2a mit Hinweisen; s. auch Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 1983 S. 256 ff.). Art. 99 Abs. 2 BGG führt diese Praxis fort.
1.2 Der Beschwerdeführer beantragt, es sei festzustellen, dass sich sein Wohnsitz während der Steuerperiode 2006 nicht im Kanton Wallis befunden habe. Mit Beschwerde vom 25. Juni 2008 und Replik vom 1. November 2008 an die Vorinstanz stellte der Beschwerdeführer die Höhe des Abzuges der Fahrtkosten für die Benutzung des Privatfahrzeuges für die Fahrten nach und von Zürich in Frage. Der Beschwerdeführer verlangte den vollumfänglichen Abzug für die Kosten auf der gesamten Strecke Zermatt-Zürich. Er begründete das mit seinem Status als Wochenaufenthalter in Zürich (welcher ihm keinerlei steuerliche Vorteile bringe) und dem grossen Ermessensspielraum, den die Wegleitung der Steuerbehörde bei der Frage der Abzüge zugestehe.
Wenn daher der Beschwerdeführer mit seinem Hauptantrag vor Bundesgericht nunmehr verlangt, es sei festzustellen, dass im Steuerjahr 2006 im Kanton Wallis kein Wohnsitz bestanden habe, liegt darin ein neues Begehren und ein Austausch des Streitgegenstandes. Die zur Begründung herangezogenen Tatsachen, wonach er seinen Lebensmittelpunkt im Kanton Zürich habe, scheinen zudem neu. Auf die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht allerdings auch geltend, er habe der Vorinstanz beantragt, die Frage des steuerlichen Wohnsitzes zu prüfen. Indem die Vorinstanz die Frage nicht geprüft, sondern den Wohnsitz im Sachverhalt als gegeben hingenommen habe, sei sie ihrer Pflicht zur Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht nachgekommen (Beschwerde S. 4 Ziff. 8). Der Entscheid der Steuerrekurskommission sei aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, über die Wohnsitzfrage im Steuerjahr 2006 zu entscheiden. Hinsichtlich dieses Antrags und dieser Begründung ist die Beschwerde zulässig.
2.2 In der vorinstanzlichen Beschwerde (Rekurs vom 25. Juni 2008) legte der Beschwerdeführer ausführlich dar, weshalb der Fahrtkostenabzug für die gesamte Strecke zu gewähren sei. In der Replik vom 1. November 2008 bezeichnete er es als reinen Sympathieentscheid, wenn er weiterhin im Kanton Wallis Steuern bezahle. Allerdings sei Voraussetzung, dass die Steuerbelastung durch Zulassung von Abzügen einigermassen egalisiert werde. Für seinen "Goodwill", weiterhin im Wallis Steuern zu bezahlen, wolle er "nicht als 'Depp' hingestellt werden". Weiter fügte er an:
"Der Schlusshinweis aus meiner Beschwerde vom 25. Juni 2008 sei hier wiederholt: Es stellt sich ganz grundsätzlich die Frage, ob mein steuerlich effektiv relevanter Wohnsitz und damit die Steuerhoheit überhaupt im Wallis liegt, denn seit meinem Wegzug von Zermatt befindet sich mein Lebensmittelpunkt wahrscheinlich eher in Zürich."
2.3 Rechtsbegehren sind im Lichte der dazu gegebenen Begründung nach Treu und Glauben auszulegen (vgl. BGE 123 IV 125 E. 1; 115 Ia 107 E. 2b S. 109; 114 II 329 E. 1; 105 II 149 E. 2a). Es steht fest, dass der Beschwerdeführer seine Schriften in Zermatt deponiert hatte; im Kanton Zürich scheint er sich als Wochenaufenthalter gemeldet zu haben (vorinstanzliche Beschwerde S. 1, 2, Replik S. 2).Wenn der Beschwerdeführer sich auf die Veranlagung im Kanton Wallis vorbehaltlos einliess, er in der Gemeinde Zermatt die Schriften deponiert hatte, Bezug nimmt auf den Wochenaufenthalterstatus im Kanton Zürich (Replik S. 2), in der Beschwerde und Replik zum Fahrtkostenabzug argumentiert und geltend macht, diese seien für die gesamte Strecke zu bewilligen, so kann das nach Treu und Glauben nur dahingehend interpretiert werden, dass er sich grundsätzlich als in Zermatt steuerpflichtig betrachtete und die materielle Seite der Veranlagung überprüft haben wollte. Wohl bemerkte er, dass es fraglich sei, ob sich sein Steuerwohnsitz noch in Zermatt befinde. Er liess aber keinen Zweifel daran, dass es ihm primär um die Fahrtkosten ging. Um seiner Forderung Nachdruck zu verleihen, wies er darauf hin, dass es ihm durchaus möglich wäre, die Steuern stattdessen im Kanton Zürich zu bezahlen.
Wollte der Beschwerdeführer tatsächlich seinen Steuerwohnsitz in Zermatt überprüft haben, hätte er bei dieser Sachlage das klar ausdrücken und einen entsprechenden Antrag stellen müssen. Der Hinweis, sein Lebensmittelpunkt befinde sich heute "wahrscheinlich eher" in Zürich, kann unter den gegebenen Umständen nach Treu und Glauben nicht als Antrag verstanden werden. Der Beschwerdeführer verhält sich auch widersprüchlich, wenn er vor der Steuerrekurskommission mit "Nachdruck" den Fahrtkostenabzug verficht und nach dem negativen Entscheid seine Argumentation ändert und ausschliesslich die Feststellung des Steuerdomizils verlangt, welches sich nicht mehr im Wallis befinden soll. Indem die Vorinstanz die Wohnsitzfrage nicht speziell prüfte, hat sie weder Verfahrensgarantien missachtet noch den Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3, Art. 9 BV) verletzt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
3. Damit kann offenbleiben, ob der Beschwerdeführer dadurch, dass er sich auf das Veranlagungsverfahren einliess, sein Recht zur Bestreitung des Steueranspruchs des Kantons Wallis verwirkt hat (Locher/ Locher, Die Praxis der Bundessteuern, Interkantonale Doppelbesteuerung, § 12, III D, 2 Nr. 14, 15, 17). Ohnehin handelt es sich bei der Verwirkung um eine Frage des materiellen Rechts und wäre diese nur auf Einrede des betroffenen Kantons zu beachten (BGE 123 I 264 E. 2d; Locher/Locher, a.a.O., § 12, III D, 2 Nr. 16).
Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann