Faits:
A. A.a Z._ SA est propriétaire de l'immeuble sis rue T._, à Genève. Le 13 septembre 2002, cette société a signé un contrat de bail à loyer avec l'Association V._, représentée par son président A._. Le bail, conclu pour une durée de 5 ans, prenait effet au 1er novembre 2002 et portait sur des locaux destinés à la vente d'objets d'art et une petite restauration, pour un loyer annuel de 14'400 fr., charges non comprises. Un avenant au contrat a été signé le 26 novembre 2003, lequel avenant prévoyait l'aménagement de l'arcade commerciale en bar-restaurant.
Le contrat de bail liant les parties a été résilié le 22 juillet 2004 pour le 31 août 2004 par Z._ SA, en raison d'un arriéré de loyers s'élevant à 5'200 fr. au jour de la résiliation.
Les parties sont convenues devant la Commission de conciliation, saisie d'une requête en évacuation, que le congé du 22 juillet 2004, de même que la requête en évacuation, étaient retirées, le bail étant réputé entrer à nouveau en vigueur aux mêmes conditions dès le 1er septembre 2005.
A.b Le 21 septembre 2004, le Tribunal de première instance a prononcé la faillite de l'Association V._, qui a entraîné la dissolution de la société. La procédure de faillite a été suspendue faute d'actif et clôturée par jugement du 26 avril 2005; le 8 août 2005, l'Association a été radiée d'office du Registre du commerce et le 15 août 2005, la Feuille d'avis officielle a publié la radiation.
A.c Un restaurant africain à l'enseigne « ... » a été ouvert le 20 janvier 2005, dans l'arcade rue T._. Y._ et X._ Sàrl, inscrite au Registre du commerce le 13 juin 2005, ont occupé les locaux litigieux.
B. Le 28 janvier 2006, X._ Sàrl et Y._ ont saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève d'une action en constatation de droit tendant à faire constater l'existence d'un contrat de bail les liant à Z._ SA.
Les procédures ouvertes parallèlement à l'action en constatation de droit, à savoir l'action en revendication formée le 16 janvier 2006 par Z._ SA et l'action en validation de consignation de loyers et en réduction de loyer formée le 24 mars 2007 par X._ Sàrl et Y._, ont été suspendues jusqu'à droit jugé dans la procédure en constatation de droit.
Par jugement du 10 septembre 2007, le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève a statué sur l'action en constatation de droit ouverte par X._ Sàrl et Y._ contre Z._ SA et constaté que cette dernière et les prénommées sont liées, depuis le 18 juillet 2005, par un contrat de bail à loyer portant sur des locaux commerciaux situés au rez-de-chaussée de l'immeuble sis rue T._, à Genève. En substance, le Tribunal des baux et loyers a tranché en faveur d'un transfert de bail, par actes concluants, entre les parties à la procédure.
Sur appel de Z._ SA, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève a, par arrêt du 2 février 2009, annulé le jugement précédent et déclaré irrecevable la demande formée par X._ Sàrl et Y._. La Chambre d'appel a nié l'existence d'un transfert valable de bail et retenu que les parties ne sont pas liées par un contrat de bail, raisons pour lesquelles elle a constaté son incompétence à raison de la matière et déclaré la demande irrecevable.
C. C.a Le 9 mars 2009, X._ Sàrl et Y._ ont interjeté un recours en matière civile contre l'arrêt d'irrecevabilité rendu par la Chambre d'appel. Elles concluent principalement à l'annulation et la mise à néant de l'arrêt entrepris; à ce qu'il soit dit et constaté que X._ Sàrl et Z._ SA sont liées par un contrat de bail à loyer portant sur l'arcade se trouvant au rez-de-chaussée de l'immeuble sis rue T._, à Genève avec arrière et local en sous-sol; à ce qu'il soit dit et constaté que le loyer mensuel afférent à cette arcade s'élève à 1'300 fr. charges comprises; au déboutement de Z._ SA de toute autre ou contraire conclusion et à la condamnation de cette société en tous les dépens de procédure.
A titre subsidiaire, les recourantes requièrent qu'il soit dit et constaté que X._ Sàrl et/ou Mme Y._ d'une part, et Z._ SA, d'autre part, sont liées par un contrat de bail à loyer, en reprenant, pour le surplus, les mêmes conclusions que celles formulées à titre principal.
Plus subsidiairement encore, les recourantes demandent l'annulation et la mise à néant de l'arrêt attaqué, le renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants et la condamnation de Z._ SA en tous les dépens de procédure.
Z._ SA s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours; au fond, elle conclut à la confirmation de l'arrêt attaqué, au déboutement de X._ Sàrl et Y._ de toutes autres ou contraires conclusions, sous suite de dépens.
La cour cantonale invite le Tribunal fédéral à rejeter le recours et à confirmer la décision entreprise.
La cour cantonale invite le Tribunal fédéral à rejeter le recours et à confirmer la décision entreprise.
C.b Par ordonnance présidentielle du 6 avril 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 1 consid. 1.1 p. 3; 134 III 235 consid. 1 p. 236).
2. La Chambre d'appel en matière de baux et loyers a nié sa compétence à raison de la matière pour trancher le litige et a déclaré la demande irrecevable. Dans le cadre de l'analyse de sa compétence, l'autorité cantonale a examiné s'il existe ou non un contrat de bail à loyer entre les parties à la procédure et n'a pas retenu l'existence d'un tel contrat.
Le droit fédéral n'impose pas aux cantons d'attribuer le contentieux du bail à loyer ou du bail à ferme non agricole à une juridiction distincte de celles compétentes dans d'autres domaines (cf. art. 274 al. 1 CO).
A Genève, la compétence ratione materiae de la juridiction genevoise des baux et loyers est définie par la loi cantonale sur l'organisation judiciaire (ci-après: LOJ/GE; RS/GE E 2 05). Aux termes de l'art. 56M LOJ/GE, le Tribunal des baux et loyers est compétent pour statuer sur tout litige relatif au contrat de bail à loyer ou au contrat de bail à ferme non agricole au sens des titres VIIIe et VIIIe bis du code des obligations, portant sur une chose immobilière, ainsi que sur les litiges relevant de la loi protégeant les garanties fournies par les locataires, du 18 avril 1975.
En l'espèce, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers a constaté que les parties ne sont pas liées par une relation de bail et donc, implicitement, qu'elles ne sont pas soumises aux dispositions - de droit fédéral - régissant le contrat de bail à loyer. Elle a tranché cette question à titre préjudiciel, soit en tant que condition à la compétence du Tribunal des baux et loyers au sens de l'art. 56M LOJ/GE. Or, si le droit cantonal, dans un domaine de son ressort exclusif, déclare applicable une règle du droit fédéral, utilise une notion du droit fédéral ou pose une question préalable de droit fédéral, cela n'a pas pour effet de transformer la question de droit cantonal en une question de droit fédéral; lorsque la question principale relève du droit cantonal, les questions préalables qu'il pose et les notions auxquelles il se réfère sont également considérées comme relevant du droit cantonal (ATF 128 III 76 consid. 1a p. 80; 125 III 461 consid. 2 p. 463 s.).
Par conséquent, la question tranchée par les magistrats cantonaux est une pure question de droit cantonal.
Le recours en matière civile ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel (cf. art. 95 et 96 LTF). Il est en revanche possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 s.). Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal (au sens de l'art. 95 let. c, d et e LTF) que si ce grief a été invoqué et motivé de manière précise (art. 106 al. 2 LTF; ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466).
En l'occurrence, les recourantes reprochent à la cour cantonale d'avoir dressé arbitrairement l'état de fait et d'avoir violé le droit fédéral, en particulier les art. 18 et 253 CO.
Elles n'invoquent cependant pas la violation d'un droit constitutionnel en relation avec l'application de l'art. 56M LOJ/GE, qui a seul fondé la décision d'irrecevabilité basée sur l'incompétence ratione materiae de l'autorité cantonale, de sorte que le recours est irrecevable.
3. Compte tenu de l'issue du recours, il convient de mettre les frais judiciaires à la charge des recourantes et de les condamner à verser à l'intimée une indemnité à titre de dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3. Une indemnité de 3'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 9 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin