Faits:
A. Le 25 mai 2008, X._, en détention préventive à Champ-Dollon, a eu une altercation avec un autre détenu. Le personnel de surveillance a dû intervenir pour séparer les deux hommes et maîtriser X._, qui a été conduit, sous la contrainte, en cellule forte. Le même jour, celui-ci a été présenté à l'unité médicale de la prison, laquelle a constaté des lésions qui ont nécessité la pose de quatre points de suture sur le visage.
Le lendemain, la Direction générale de l'office pénitentiaire a décidé de placer X._ en cellule forte pour une durée de dix jours, cette punition étant toutefois suspendue pendant le séjour de l'intéressé à l'unité carcérale psychiatrique.
B. Par courrier du 29 août 2008, complété encore ultérieurement, X._ a déposé, auprès du Procureur général du canton de Genève, une plainte pénale en raison des menaces et injures dont il dit avoir été l'objet de la part des gardiens de la prison, ainsi qu'en raison des violences subies le 25 mai 2008.
C. Par décision du 18 septembre 2008, le Procureur général a classé la plainte déposée pour lésions corporelles simples, menaces et injures dirigées contre les gardiens de la prison de Champ-Dollon. Il a estimé que la plainte était tardive et que le comportement particulièrement violent du plaignant avait nécessité l'usage de la force dans le respect des principes d'adéquation, de subsidiarité et de nécessité.
Par ordonnance du 8 octobre 2008, la Chambre d'accusation genevoise a déclaré irrecevable le recours de X._.
D. Ce dernier dépose un recours en matière pénale et conclut notamment à l'annulation de la décision précitée. Il requiert également la désignation d'un avocat et d'un traducteur pour préparer et compléter ses écritures.
Considérant en droit:
1. L'art. 81 al. 1 LTF confère la qualité pour former un recours en matière pénale à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, comme par exemple la victime, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5) et le plaignant, pour autant que la contestation porte sur le droit de porter plainte (ch. 6).
1.1 Constituent des prétentions civiles au sens de l'art. 81 al. 1 ch. 5 LTF celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et en tort moral au sens des art. 41 ss CO. Les prétentions de droit public, à plus forte raison lorsqu'elles ne peuvent être dirigées contre l'auteur lui-même mais uniquement contre la collectivité, et ne peuvent en conséquence être invoquées dans le procès pénal par voie d'adhésion, ne constituent, en revanche, pas des prétentions civiles au sens de ces dispositions (ATF 133 IV 228 consid. 2.3.3 p. 234).
1.1.1 En droit genevois, la responsabilité civile du personnel de la prison est régie par la loi sur la responsabilité de l'Etat et des communes du 24 février 1989 (RSG A 2 40 auquel renvoient l'art. 29 let. d du règlement sur l'organisation et le personnel de la prison RSG F 50.01 et l'art. 13 du règlement d'application de la loi générale relative au personnel de l'administration cantonale et des établissements publics médicaux RSG B 5 05.01). Selon l'art. 2 de cette loi, l'Etat de Genève et les communes du canton sont tenus de réparer le dommage résultant pour des tiers d'actes illicites commis soit intentionnellement, soit par négligence ou imprudence, par leurs fonctionnaires ou agents dans l'accomplissement de leur travail (al. 1). Les lésés n'ont aucune action directe envers les fonctionnaires ou les agents (al. 2).
1.1.2 La plainte du recourant a été classée en tant qu'elle était dirigée conte les gardiens de la prison de Champ-Dollon. Or, sur le vu de ce qui précède, l'intéressé ne peut faire valoir aucune prétention civile à l'encontre du personnel de cet établissement, de sorte qu'il n'a pas la qualité de victime au sens de l'art. 81 al. 1 ch. 5 LTF.
1.2 Le lésé qui ne peut se prévaloir de la qualité de victime LAVI n'a en principe pas qualité pour former un recours en matière pénale. Il peut uniquement se plaindre d'une violation de ses droits de partie à la procédure, qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou constitutionnel, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (ATF 133 IV 228 consid. 2.3.2 p. 232 s.). Il peut aussi agir par la même voie pour faire sanctionner une violation de son droit procédural à une enquête officielle approfondie et effective, au sens de la jurisprudence européenne relative à l'art. 3 CEDH (arrêt 6B_319/2007 du 19 septembre 2007, consid. 2), ou pour faire valoir qu'on aurait nié à tort la validité de sa plainte (art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF).
Dès lors, seuls sont recevables les griefs qui portent sur le droit d'être entendu et le droit de porter plainte du recourant.
2. 2.1 En vertu de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le recourant doit, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b et 117 LTF), motiver son recours en exposant succinctement en quoi la décision attaquée viole le droit. Lorsque celle-ci comporte plusieurs motivations indépendantes et suffisantes à sceller le sort du litige, il incombe dès lors au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer que chacune d'elles est contraire au droit (ATF 133 IV 119 consid. 6.3 p. 120 s.).
2.2 Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF). Il peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes ou établies en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 LTF).
3. Invoquant une violation de son droit d'être entendu, le recourant se plaint de ne pas avoir pu s'exprimer sur sa situation, ni expliquer les motifs de la tardiveté de sa plainte. A ce sujet, il expose que son avocat n'a finalement pas envoyé le courrier qu'il avait préparé et qu'il lui avait d'ailleurs fait signer.
3.1 La Chambre d'accusation a déclaré irrecevable le recours, celui-ci étant insuffisamment motivé. Elle l'a également jugé infondé en raison de la tardiveté de la plainte, celle-ci ayant été déposée le 29 août 2008 et les faits dénoncés s'étant déroulés le 25 mai 2008.
L'arrêt attaqué repose ainsi sur une double motivation. Or, le recourant n'attaque pas la première d'entre elles, dans la mesure où il n'allègue, ni ne démontre avoir suffisamment motivé son acte cantonal (cf. supra consid. 2.1). S'agissant de la seconde argumentation, les faits qu'il invoque et le document qu'il produit pour justifier la tardiveté de sa plainte, à savoir que son avocat n'aurait finalement pas envoyé le document nécessaire, sont nouveaux et donc irrecevables (cf. supra consid. 2.2). En outre, ce dernier moyen est de toute manière vain, dès lors que la faute du mandataire est imputable à la partie elle-même (arrêt 1P.829/2005 du 1er mai 2006, consid. 3.3 publié in SJ 2006 I p. 449). Enfin, vu l'issue de la procédure, la Chambre d'accusation n'avait pas à entendre le recourant, dans le cadre de débats, comme cela ressort de l'art. 193B CPP/GE. Dans ces conditions, les critiques du recourant sont irrecevables.
3.2 Les griefs relatifs à la tardiveté de la plainte étaient dénués de toute chance de succès, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de désigner préalablement un avocat à l'intéressé pour développer de tels moyens (art. 64 al. 1 LTF a contrario).
4. Le recours est irrecevable. Comme il était voué à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 CP). Le recourant devra donc supporter les frais (art. 66 al. 1 CP), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais de justice, fixés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 13 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani