Sachverhalt:
A.
Die Pensionskasse A._, im Dezember 2010 in Liquidation versetzt (nachfolgend: Pensionskasse), war bis Ende 2005 eine Gemeinschaftsstiftung mit 182 angeschlossenen Arbeitgebern. Per 1. Januar 2006 wurde sie neu strukturiert, indem sie von einer Gemeinschafts- in eine Sammelstiftung umgewandelt wurde und den Wechsel vom Leistungs- ins Beitragsprimat vollzog.
Am 22. Juni 2005 verabschiedete der Stiftungsrat der Pensionskasse das "Reglement Teilliquidation 2005", gültig vom 1. Januar bis 31. Dezember 2005 (nachfolgend: Teilliquidationsreglement 2005). Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) genehmigte es am 1. September 2005.
Mit Schreiben vom 28. Juli 2005 informierte die Pensionskasse die angeschlossenen Unternehmungen über das weitere Vorgehen, insbesondere über die Möglichkeit, den Anschlussvertrag bis 30. September 2005 ausserordentlich per Ende 2005 zu kündigen. Sie wies u.a. darauf hin, dass sich der Austritt per 31. Dezember 2005 nach dem Teilliquidationsreglement 2005 richte.
Die Q._ AG (heute [und nachfolgend]: X._ AG) und die R._ AG (heute [und nachfolgend]: Y._ AG) machten am 22. September 2005 von ihrem ausserordentlichen Kündigungsrecht Gebrauch. In der Folge kam es zwischen ihnen und der Pensionskasse zu Differenzen betreffend die anwendbare Rechtsgrundlage sowie betreffend die Berechnung des zu übertragenden Kapitals. Beide Unternehmungen sowie ihre aktiv und passiv Versicherten fochten am 16. Oktober 2006 den Verteilungsplan vom 14. September 2006 beim BSV an. Dieses wies die Beschwerden ab und verfügte am 6. resp. 7. Mai 2009 in materieller Hinsicht, dass die Pensionskasse zu Recht das Teilliquidationsreglement 2005 angewendet (Dispositiv-Ziff. 2) sowie die Bilanz und den einheitlichen Deckungsgrad per 31. Dezember 2005 korrekt ermittelt habe (Dispositiv-Ziff. 3). Ferner genehmigte es den Verteilungsplan im Sinne der Erwägungen (Dispositiv-Ziff. 4).
B.
Das Bundesverwaltungsgericht hiess die Beschwerden, welche die X._ AG und ihre Versicherten resp. Leistungsbezüger einerseits sowie die Y._ AG und ihre Versicherten resp. Leistungsbezüger andererseits gegen die Verfügungen des BSV vom 6. resp. 7. Mai 2009 eingereicht hatten, teilweise gut und änderte deren Dispositiv-Ziff. 2 dahin gehend ab, dass für die Abwicklung der Teilliquidation das Teilliquidationsreglement 2005 mit Ausnahme von dessen Art. 2.3.3 Abs. 3 anzuwenden sei. Gleichzeitig hob es Dipositiv-Ziff. 4 auf und wies die Sache an die - seit Juni 2012 zuständige - Bernische BVG- und Stiftungsaufsicht (BBSA) zurück, damit sie nach Erwägung 10.1 vorgehe und die Pensionskasse dazu anhalte, einen neuen Verteilungsplan zur Genehmigung vorzulegen. Die Dispositiv-Ziff. 1 (Abweisung eines Ausstandsbegehrens gegen zwei Mitarbeiter des BSV), 3 (korrekte Ermittlung von Bilanz und Deckungsgrad) und 5 (keine Zusprache einer Parteientschädigung) bestätigte es (Entscheide vom 11. Januar 2013). In der (jeweiligen) Verweisungserwägung 10.1 findet sich der Schluss, dass das Rentendeckungskapital vollumfänglich mitzugeben ist, welche Vorgabe es bei der Überarbeitung des Verteilungsplans zu berücksichtigen gelte.
C.
Sowohl die Pensionskasse als auch die X._ AG samt 17 aktiv Versicherten resp. Leistungsbezügern sowie die Y._ AG samt 91 aktiv Versicherten resp. Leistungsbezügern (nachfolgend vereinfachend nurmehr X._ AG und Y._ AG oder Arbeitgeberfirmen genannt) gelangen an das Bundesgericht:
C.a. Die Pensionskasse beantragt in ihren Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (zum einen gegen die X._ AG [Verfahren 9C_135/2013], zum andern gegen die Y._ AG [Verfahren 9C_136/2013]), es sei der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Januar 2013 aufzuheben, soweit es die Beschwerde an es teilweise gutgeheissen habe, und es sei diese vollumfänglich abzuweisen.
Die X._ AG und Y._ AG beantragen in der Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerden, soweit darauf einzutreten sei, während die BBSA und das BSV auf deren Gutheissung schliessen.
C.b. In ihren Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die X._ AG (Verfahren 9C_147/2013) und die Y._ AG (Verfahren 9C_148/2013) - separat, aber identisch -, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Januar 2013 sei insoweit abzuändern, als Dispositiv-Ziff. 2-5 der Verfügung des BSV vom 6. resp. 7. Mai 2009 aufzuheben seien und bei der Neuerstellung des Verteilungsplans zu beachten sei, dass die Deckungslücke gemäss Art. 7 Ziff. 3 der Allgemeinen Bestimmungen über den Ein- und Austritt eines Versicherungsnehmers nur auf einer Deckung von 95 % zu berechnen sei und dass die Bilanzposition "nicht-technische Rückstellungen" und die beiden Wertberichtigungen in der Jahresrechnung 2005 wegen Überschreitens der gesetzlichen und/oder reglementarischen Belehnungsgrenzen - die (aktivseitigen) Hypothekardarlehen und gesicherten Anlagen beim Arbeitgeber betreffend - aufzulösen seien; eventualiter sei den austretenden Vorsorgeeinrichtungen ein Anteil an den "nicht-technischen Rückstellungen" bzw. an den vorgenommenen Wertberichtigungen im Verhältnis zum Deckungskapital mitzugeben. In Bezug auf die Pflicht zur vollumfänglichen Mitgabe des Rentendeckungskapitals sei der vorinstanzliche Entscheid vom 11. Januar 2013 zu bestätigen.
Die Pensionskasse beantragt in ihren Vernehmlassungen sinngemäss die Abweisung der Beschwerden, soweit darauf einzutreten sei. Die BBSA schliesst auf deren Abweisung. Das BSV verzichtet auf eine Vernehmlassung.
C.c. Die Pensionskasse reicht am 2. September 2013 weitere Bemerkungen zur Vernehmlassung der Beschwerdegegner in den Verfahren 9C_135/2013 und 9C_136/2013 ein.
Erwägungen:
1.
Da allen vier Beschwerden derselbe Sachverhalt zugrunde liegt, sich Rechtsfragen stellen, die sich auf die anhängig gemachten Fälle in gleichem Mass auswirken, sowie die angefochtenen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts materiell deckungsgleich sind, rechtfertigt es sich, die Verfahren 9C_135/2013, 9C_136/2013, 9C_147/2013 und 9C_148/2013 zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (BGE 128 V 124 E. 1 S. 126 mit Hinweisen).
2.
Der angefochtene Gerichtsentscheid setzt sich aus einem Teil-Endentscheid und einem Teil-Rückweisungsentscheid zusammen. Der Teil-Endentscheid ist letztinstanzlich anfechtbar (vgl. Art. 90 f. BGG). Die teilweise Rückweisung dient einzig der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten, weshalb sie ebenfalls als Endentscheid behandelt wird (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen).
3.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist - wozu auch Unvollständigkeit gehört (Urteil 9C_395/2009 vom 16. März 2010 E. 2.4) - oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Folglich ist das Bundesgericht weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 134 V 250 E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; 133 III 545 E. 2.2 S. 550; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
4.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die (weiteren) Eintretensvoraussetzungen sowie diejenigen des vorinstanzlichen Verfahrens von Amtes wegen und mit freier Kognition (Urteil 9C_500/2012 vom 28. Februar 2013 E. 1, nicht publ. in: BGE 139 V 72; BGE 138 V 339 E. 1 S. 340; 136 V 7 E. 2 S. 9). Im Blickpunkt steht die Beschwerdebefugnis der X._ AG und der Y._ AG als Arbeitgeberfirmen.
4.1. Gemäss Art. 53d Abs. 6 Satz 1 BVG haben die Versicherten und die Rentnerinnen und Rentner das Recht, die Voraussetzungen, das Verfahren und den Verteilungsplan bei der zuständigen Aufsichtsbehörde überprüfen und entscheiden zu lassen. Das Gesetz äussert sich nicht, ob im konkreten Teilliquidationsfall weiteren Personen die Legitimation zukommen kann, die Aufsichtsbehörde anzurufen. Indes regelt Art. 48 Abs. 1 VwVG (SR 172.021) die Beschwerdelegitimation vor dem Bundesverwaltungsgericht (Art. 37 VGG [SR 173.32]). Massgebend ist u.a. ein Berührtsein und ein schutzwürdiges Interesse (Art. 48 Abs. 1 lit. b und c VwVG; sogenannte materielle Beschwer). Da die Legitimation im Verfahren vor der Aufsichtsbehörde nicht enger umschrieben sein kann als im Verfahren vor oberer Instanz (Einheit des Verfahrens; vgl. BGE 135 V 382 E. 4.2 S. 389), lässt sich nicht ausschliessen, dass neben Versicherten und Rentnern auch Arbeitgeber befugt sind, den Verteilungsplan anzufechten ( UELI KIESER, in: BVG und FZG, 2010, N. 65 zu Art. 53d BVG; MARTINA STOCKER, Die Teilliquidation von Vorsorgeeinrichtungen, 2012, S. 179).
4.2. Der Arbeitgeber hat keinen Anspruch auf Vorsorgeleistungen, aber einen vertraglichen Anspruch darauf, dass die Vorsorgeeinrichtung die ihr obliegenden Vorsorgepflichten gegenüber den bei ihr versicherten Arbeitnehmern korrekt wahrnimmt. Der vertragliche Anspruch umfasst auch, dass die bisherige Vorsorgeeinrichtung die Rechtsfolgen korrekt abwickelt, die sich aus der Kündigung des Anschlussvertrags ergeben. Dazu gehört, dass im Rahmen einer Teilliquidation das zu übertragende Kapital richtig berechnet und wie allenfalls vorhandenes weiteres Vorsorgevermögen zu Gunsten der Arbeitnehmer weitergegeben wird. Im Weiteren ist der Arbeitgeber aufgrund von Art. 331 Abs. 4 OR verpflichtet, dem Arbeitnehmer über die Forderungsrechte, die ihm gegen eine Vorsorgeeinrichtung zustehen, Aufschluss zu erteilen. Aus diesen Gründen hat das Bundesgericht bereits in einem Urteil vom 11. Februar 1998, in welchem es ebenfalls um eine konkrete Teilliquidation ging, festgehalten, dass der Arbeitgeber aus eigenem Recht ein aktuelles schutzwürdiges Interesse daran hat, den Erlass einer aufsichtsrechtlichen Verfügung zu erwirken (Pra 1998 Nr. 70 S. 435, 2A.185/1997 E. 3d; vgl. auch SZS 2006 S. 463, 2A.162/2005 E. 4.1.3). Es besteht kein Anlass, diese Rechtsprechung in Frage zu stellen. Zwar erging sie noch unter altem Regime zur Teilliquidation. Mit der 1. BVG-Revision, die am 1. Januar 2005 in Kraft getreten ist (AS 2004 1677 ff.), wurde die Teilliquidation jedoch allein verfahrensrechtlich neu geregelt. Materiell blieb ihr Gehalt unverändert (BGE 139 V 72 E. 3.1.2 S. 78; 138 V 346 E. 6.3.3 S. 363).
4.3. Mithin ist die Beschwerdelegitimation der X._ AG und der Y._ AG zu bejahen. Soweit sie jedoch im vorliegenden Verfahren beantragen, es sei zu bestätigen, dass das Rentendeckungskapital vollumfänglich mitzugeben ist, fehlt ihnen das Rechtsschutzinteresse, was im Übrigen auch auf die Aktiven und Rentner zutrifft. Diesbezüglich ist auf die Beschwerden nicht einzutreten.
5.
Zu prüfen ist sodann die prinzipielle Anwendbarkeit des Teilliquidationsreglements 2005.
5.1. Der Gesetzgeber hat im Rahmen der 1. BVG-Revision die Gesetzesbestimmungen zur Teilliquidation aus dem Freizügigkeitsgesetz (vgl. aArt. 23 FZG) in das Bundesgesetz über die berufliche Vorsorge (vgl. Art. 53b-53d BVG) überführt und mit einer Bestimmung zur Gesamtliquidation ergänzt (vgl. E. 4.2 in fine). Eine diesbezügliche Übergangsbestimmung erliess er nicht. Mit anderen Worten waren die hier einschlägigen Art. 53b-53d BVG ab 1. Januar 2005 zu beachten. Der Bundesrat statuierte sodann in lit. d der Schlussbestimmungen der Änderung vom 18. August 2004 der Verordnung vom 18. April 1984 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVV 2 [SR 831.441.1]; in Kraft seit 1. Januar 2005), dass die Anpassung der Reglemente und Verträge spätestens drei Jahre nach Inkrafttreten der Verordnungsänderung - also Ende 2007 - abgeschlossen sein muss (AS 2004 4279 und 4653 [Berichtigung]). Dies ändert jedoch nichts daran, dass die gesetzlichen und Verordnungs-Bestimmungen bereits anzuwenden waren. Die besagte lit. d hat ausschliesslich die formelle Umsetzung zum Inhalt (Erläuterungen des BSV zu den Änderungen der BVV 2 vom 1. Juli 2004 S. 50, abrufbar unter: http://www.bsv.admin.ch/themen/vorsorge/00039/02608/index.html?lang=de, 1. BVG-Revision/2. Paket; besucht am 16. Dezember 2013) und stellt demnach - in Übereinstimmung mit der Vorinstanz - bloss eine Ordnungsfrist dar. Dies heisst, dass die Vorsorgeeinrichtungen - unabhängig von der dreijährigen Zeitspanne - verpflichtet sind, vor Durchführung einer Teilliquidation das entsprechende Reglement zu erstellen.
5.2. Der aufsichtsrechtlichen Genehmigung des Teilliquidationsreglements 2005 kommt konstitutive Wirkung zu (BGE 139 V 72 E. 2.1 S. 74 f.). Das heisst, dieses erlangt grundsätzlich erst mit der Genehmigungsverfügung, welche hier vom 1. September 2005 datiert und unangefochten in Rechtskraft erwuchs, Gültigkeit. Soweit das Bundesgericht in E. 2.2.2 in fine des zitierten Urteils festgehalten hat, "die konstitutive Wirkung bleibt dabei bedeutungslos", so lässt sich daraus nicht ableiten, dass das Teilliquidationsreglement 2005 mit dem Erlass durch den Stiftungsrat in Rechtskraft erwachsen ist, wie die Pensionskasse meint (missdeutend auch CHRISTINA RUGGLI-WÜEST, Aufsichtsbehördliche Tätigkeiten bei der Teil- und Gesamtliquidation in der Praxis, in: Gesamt- und Teilliquidation von Pensionskassen, GEWOS Schriftenreihe, Bd. 5, 2013, S. 38 Fn. 25). Der wiedergegebene Satz steht im ausschliesslichen Zusammenhang mit der Frage nach der Qualifikation der aufsichtsrechtlichen Genehmigung entweder als Rechtssetzungsakt oder als Einzelakt im Sinne einer Feststellungsverfügung und bringt zum Ausdruck, dass die konstitutive Wirkung auf ihre Beantwortung keinen Einfluss hat. Dieses Verständnis ergibt sich klar auch aus der in BGE 139 V 72 E. 2.2.2 S. 76 f. in fine aufgeführten Lehrmeinung.
5.3. Die Voraussetzungen der Teilliquidation sind von vornherein spezifiziert. Raum für einen Entscheid im konkreten Einzelfall besteht nicht (Art. 53b Abs. 1 BVG; BGE 138 V 346 E. 6.3 S. 363). Mit diesem fixen Rahmen geht einher, dass sich der Stichtag für die Teilliquidation prinzipiell nach dem die Liquidation auslösenden Ereignis bestimmt (BGE 139 V 407 E. 4.1.1 S. 411). In concreto wurden die Anschlussverträge per 31. Dezember 2005 aufgelöst. Die Vorsorgeeinrichtung hat den Stichtag (sowohl für die Festlegung des Kreises der Betroffenen als auch für die Beurteilung der tatsächlichen Vermögenslage) auf dieses Datum gelegt, was - zu Recht - nie Anlass zu Diskussionen gegeben hat. Dabei hat es sein Bewenden (vgl. BGE 139 V 407 E. 4.1.2 S. 411). Mithin liegen Tatbestandserfüllung (Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG resp. Art. 2.2 Abs. 1 des Teilliquidationsreglements 2005) und Stichtag nach der Genehmigung des Teilliquidationsreglements 2005 am 1. September 2005. Der Moment der Kündigung des Anschlussvertrages spielt keine Rolle. Vielmehr muss deren Konsequenz - dass das Vertragsverhältnis aufgelöst wird, wie der Wortlaut von Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG unmissverständlich normiert - eingetreten sein, damit eine Teilliquidation durchgeführt werden kann ( STOCKER, a.a.O., S. 110). Von einer Rückwirkung kann im vorliegenden Fall nicht gesprochen werden. In zeitlicher Hinsicht sind regelmässig diejenigen Rechtssätze massgebend, die bei der Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes Geltung haben (BGE 130 V 445 E. 1.2.1 S. 447; 127 V 466 E. 1 S. 467).
5.4. Eine andere Frage ist, ob und inwieweit die Vorsorgeeinrichtung - als Adressatin der Genehmigungsverfügung (vgl. E. 5.4.1 nachfolgend) - das genehmigte Teilliquidationsreglement 2005 den (aktiv und passiv) Versicherten bekannt zu machen hatte, damit es überhaupt verbindlich ist.
5.4.1. Wie das Bundesgericht kürzlich in BGE 139 V 72 entschieden hat, handelt es sich bei der aufsichtsrechtlichen Genehmigung des Teilliquidationsreglements einer Vorsorgeeinrichtung gemäss Art. 53b Abs. 2 BVG nicht um einen Rechtssetzungsakt, sondern um einen Einzelakt im Sinne einer Feststellungsverfügung (BGE, a.a.O., E. 2.2.2 S. 76 f.), die primär an die Vorsorgeeinrichtung adressiert ist (BGE, a.a.O., E. 3.1.1 S. 77). Das Gesetz sieht für die Destinatäre bei der Erstellung und rechtsbegründenden Genehmigung des Teilliquidationsreglements, welches Verfahren zwingend und in sich abgeschlossen ist, keine Rolle vor. Erst im Rahmen der Durchführung einer konkreten Teilliquidation wird ihnen Parteistellung zuerkannt, indem sie das Recht haben, die Voraussetzungen, das Verfahren und den Verteilungsplan bei der zuständigen Aufsichtsbehörde überprüfen zu lassen (BGE, a.a.O., E. 3.1.2 S. 78; vgl. auch E. 4.1). Ebenso wenig verleiht ihnen das abstrakte Prüfungsverfahren vor der Aufsichtsbehörde in der Regel eine materielle Beschwer (BGE, a.a.O., E. 3.1.4 S. 80). Die Aufsichtsbehörde ist daher nicht gehalten, die Genehmigungsverfügung betreffend das Teilliquidationsreglement auch den Destinatären zuzustellen (vgl. auch HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl. 2010, S. 377 f. Rz. 1638). Ein solcher - unterbliebener - Akt hat keinen Einfluss auf die Rechtswirkung des Teilliquidationsreglements.
5.4.2. Bei einer Teilliquidation besteht neben dem Anspruch auf die Austrittsleistung ein individueller oder kollektiver Anspruch auf freie Mittel (Art. 27g Abs. 1 BVV 2). Ebenso besteht ein kollektiver Anspruch auf Rückstellungen und Schwankungsreserven (Art. 27h Abs. 1 BVV 2). Art. 2.1 des Teilliquidationsreglements 2005 wiederholt diese Grundsätze. Die gesetzlichen bzw. reglementarischen Bestimmungen verleihen somit den (aktiv und passiv) Versicherten einen Rechtsanspruch auf einen - noch aufzuschlüsselnden - Teil am Teilliquidationsergebnis, falls sie (dereinst) von einem Teilliquidationstatbestand tatsächlich betroffen sind. Gleichermassen ist für sie von vorsorgerechtlicher Relevanz, wie im Falle einer Teilliquidation mit einem allfälligen versicherungstechnischen Fehlbetrag verfahren wird (vgl. dazu E. 6.2 hinten). Da Art. 53b Abs. 1 BVG, wonach die Vorsorgeeinrichtungen in ihren Reglementen u.a. die Voraussetzungen zur Teilliquidation regeln, keinen Raum für einen Entscheid im konkreten Einzelfall belässt, sondern verlangt, dass die einzelnen Voraussetzungen präventiv spezifiziert werden (vgl. E. 5.3), liegt auf der Hand, dass die Versicherten ihre Ansprüche nur durchsetzen können, wenn sie die (vor-) definierten Grundlagen kennen.
5.4.3. Nach der Aktenlage steht fest, dass die Arbeitgeberfirmen seit Ende Juli 2005 über den genauen Inhalt des Teilliquidationsreglements 2005 Bescheid wussten. Die Pensionskasse teilte ihnen in ihrem Schreiben vom 28. Juli 2005, dem das Teilliquidationsreglement 2005 beigelegt war, mit, dass dieses gegenwärtig bei der Aufsichtsbehörde zur Genehmigung vorliege; sofern sich entgegen den Erwartungen noch Änderungen ergeben sollten, werde dies zur Kenntnis gebracht. Der Empfang ist von keiner Seite bestritten. Nachdem das Teilliquidationsreglement 2005 tel quel genehmigt worden war, erübrigten sich weitere Informationen gegenüber den Arbeitgebern.
5.4.4. Art. 86b Abs. 1 BVG, der auch im überobligatorischen Bereich gilt (Art. 49 Abs. 2 Ziff. 26 BVG), handelt von der jährlichen Informationspflicht der Vorsorgeeinrichtung gegenüber den Versicherten. Diesbezügliche Themen sind die Leistungsansprüche, der koordinierte Lohn, der Beitragssatz und das Altersguthaben (lit. a), kurz: die individuelle Versicherungssituation und die zu erwartenden Leistungen; die Organisation und Finanzierung der Vorsorgeeinrichtung (lit. b), zwecks Erhellung ihres Systems (z.B. Beitrags- oder Leistungsprimat) und ihrer Tätigkeit; sowie die Zusammensetzung des paritätischen Organs (lit. c), um bei Problemen einen ersten Ansprechpartner zu haben (Botschaft zur Revision des Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [1. BVG-Revision] vom 1. März 2000, BBl 2000 2637, 2701 f.; KURT PÄRLI, in: BVG und FZG, 2010, N. 5 zu Art. 86b BVG). Die Verabschiedung eines Teilliquidationsreglements fällt zweifellos unter die Informationspflicht gemäss Art. 86b Abs. 1 lit. a BVG (vgl. E. 5.4.2; vgl. auch ISABELLE VETTER-SCHREIBER, Berufliche Vorsorge, 3. Aufl. 2013, N. 25 zu Art. 53b BVG). In der Praxis der Aufsichtsbehörden ist es denn auch üblich, dass sie die Vorsorgeeinrichtungen in der Genehmigungsverfügung verpflichten, diese und das Teilliquidationsreglement sämtlichen Destinatären mitzuteilen (vgl. BGE 139 V 72 E. 3.1.1 S. 77 und E. 3.1.3 S. 79).
Wohl ist gemäss Pensionskassenreglement (Leistungs- und Beitragsprimat), gültig ab 1. Januar 2002 (nachfolgend: Reglemente 2002), der Arbeitgeber als Versicherungsnehmer - gemeinsam mit der Geschäftsstelle - verpflichtet, seine Versicherten über deren individuelle Vorsorgeverhältnisse und sämtliche Erlasse der Kasse sowie deren allfällige Änderung zu informieren (Art. 73 Ziff. 5 in Verbindung mit Art. 72 Ziff. 1 lit. h). Ob und inwieweit eine solche Delegation dem Gehalt von Art. 86b Abs. 1 BVG genügt, kann jedoch (weiterhin) offenbleiben (vgl. BGE 136 V 331 E. 4.2.3.2 S. 337). Selbst wenn die Vorsorgeeinrichtung selber für die Weitergabe vorsorgerechtlich relevanter Informationen an die Versicherten verantwortlich ist, ergibt sich in concreto daraus nichts zu deren Gunsten, wie die nachfolgende Erwägung zeigt:
5.4.5. Folge der Verletzung von Art. 86b Abs. 1 BVG ist nicht automatisch Unverbindlichkeit. Vielmehr ist die fehlende Information gleich wie eine zu Unrecht unterlassene behördliche Auskunft im Sinne des öffentlich-rechtlichen Vertrauensschutzes zu betrachten (BGE 136 V 331 E. 4.3 S. 338). Es stellt sich deshalb die Frage, ob die notwendige Mehrheit von aktiven und passiven Versicherten auch für die (ausserordentliche) Auflösung des Anschlussvertrages votiert hätte (vgl. Art. 74 Ziff. 1 der Reglemente 2002), wenn ihnen die Regeln für die Abwicklung eines Wechsels der Vorsorgeeinrichtung "schwarz auf weiss" vorgelegen hätten. Die Vorinstanz hat diesbezüglich keine Feststellungen getroffen. Da die Akten insoweit liquid sind, kann das Bundesgericht den Sachverhalt selber ergänzen (vgl. E. 3; BGE 136 V 362 E. 4.1 S. 366).
Dazu ist vorab festzuhalten, dass die Pensionskasse das ausserordentliche Kündigungsrecht nicht im Zusammenhang mit den Art. 53b-53d BVG, die seit 1. Januar 2005 zwingend zu beachten sind (vgl. E. 5.1), eingeräumt hat. Vielmehr bilden die grundsätzlichen Änderungen im System und in der Form - Primatwechsel und Umwandlung in eine Sammelstiftung - Hintergrund für die Gewährung des frühzeitigen Kündigungsrechts. Dabei standen aufgrund der massiven Unterdeckung (76.5 % per 31. Dezember 2004) einschneidende Sanierungsmassnahmen ab 1. Januar 2006 bevor, die auf einen Zeithorizont von 15 Jahren angelegt waren: Die aktiv Versicherten hatten einen Sanierungsbeitrag von drei Lohnprozenten zu entrichten, das Alterskapital wurde nurmehr zum gesetzlichen Mindestzins verzinst, der technische Zinssatz für das Rentendeckungskapital von 4,5 auf drei Prozent gesenkt, Invalidenrenten wurden nur noch gemäss den Bestimmungen der staatlichen Invalidenversicherung gewährt und AHV-Überbrückungsrenten mussten von den Betroffenen oder ihren Unternehmen versicherungsmathematisch voll finanziert sein. Zwar hatte die Pensionskasse - wegen der gegebenen gesetzlichen Grundlagen, des grossen administrativen Aufwands und des geringen Ertrags - auf einen Einbezug der Rentnerinnen und Rentner in die Sanierung verzichtet. Indes war vorgesehen, dass in den nächsten Jahren die Renten nicht der Teuerung angepasst werden sollten. Insgesamt zeichnete sich somit ein beschwerlicher Weg aus einer misslichen (Vorsorge-) Situation ab, der allen Versicherten Opfer abverlangte. Der Erfolg war nicht garantiert, zumal die für die Sanierung der Pensionskasse notwendige durchschnittliche Rendite von fünf Prozent pro Jahr nicht mit einer risikolosen Anlagestrategie erreichbar war. Unter diesen Umständen - zusammen mit der gemachten Erfahrung der beschränkten Einflussmöglichkeit (vgl. Art. 75-77 der Reglemente 2002) - lag das Ziehen eines Schlussstrichs weit näher als die Fortsetzung des Vorsorgeverhältnisses mit der Pensionskasse. Abgesehen davon, dass angesichts des soeben Dargelegten nicht ersichtlich ist, inwieweit den Versicherten durch die Kündigungen ein Nachteil erwachsen sein soll (vgl. zu den Voraussetzungen des Vertrauensschutzes SVR 2013 BVG Nr. 12 S. 47, 9C_419/2011 E. 4.2.1), behaupten sie in ihren Beschwerdeschriften lediglich, den Wortlaut des Teilliquidationsreglements 2005 im Kündigungszeitpunkt nicht gekannt zu haben. E contrario hatten sie also - augenscheinlich via den Arbeitgeber (vgl. E. 5.4.3) - vom Inhalt Kenntnis, was erst recht überwiegend wahrscheinlich macht, dass sie sich auch bei unmittelbarer Information durch die Pensionskasse (mittels Abgabe der Reglementsbestimmungen samt Hinweis auf die wesentlichen Neuerungen [vgl. BGE 136 V 331 E. 4.2.3.1 S. 336 f.]) nicht anders verhalten hätten.
5.4.6. Zusammenfassend steht hier eine (allfällig) mangelnde Bekanntmachung des Teilliquidationsreglements 2005 dessen grundsätzlicher Anwendung nicht entgegen.
5.5. Soweit die Arbeitgeberfirmen schliesslich vorbringen, ein (allgemeiner) Abänderungsvorbehalt wie derjenige von Art. 72 Ziff. 1 lit. h der Reglemente 2002 sei unzulässig - oder anders gesagt, das Teilliquidationsreglement 2005 stelle eine unzulässige einseitige Vertragsänderung dar -, so kann dem nicht gefolgt werden: Das Reglement einer Vorsorgeeinrichtung kann im weitergehenden Bereich - in welchem die Pensionskasse unstreitig tätig war - dann einseitig, ohne Einverständnis des Destinatärs, abgeändert werden, wenn sie sich diese Möglichkeit in einer Klausel vorbehält, die vom Destinatär bei Abschluss des Vorsorgevertrags ausdrücklich oder stillschweigend gebilligt worden ist. Eine Änderung von Statuten oder Reglement ist grundsätzlich zulässig, soweit die neue Regelung mit dem Gesetz vereinbar und nicht willkürlich ist, nicht zu einer ungleichen Behandlung der versicherten Personen führt sowie deren wohlerworbene Rechte nicht beeinträchtigt (BGE 137 V 105 E. 6.1 S. 109 mit Hinweisen). Dazu kommt, dass die Erstellung eines Teilliquidationsreglements auch für umhüllende Vorsorgeeinrichtungen obligatorisch ist (vgl. Art. 49 Abs. 2 Ziff. 11 BVG; vgl. auch E. 5.1).
Die Arbeitgeberfirmen bezweifeln weder die grundsätzliche Qualität von Art. 72 Ziff. 1 lit. h der Reglemente 2002, wonach sämtliche Erlasse der Kasse sowie allfällige Änderungen dieser Erlasse integrierender Bestandteil des Anschlussvertrages sind, als Abänderungsvorbehalt, noch machen sie geltend, die Kompetenzordnung sei nicht eingehalten worden. Ob und inwieweit das Teilliquidationsreglement 2005 integral gesetzes- und verfassungsmässig ist, ist hier nicht Thema (vgl. E. 5.4.1). Betreffend die Gesetzes- und Verfassungsmässigkeit von Art. 2.3.3 Abs. 3 des Teilliquidationsreglements 2005 wird auf die nachfolgende Erwägung 6 verwiesen.
5.6. Bei dieser Sach- und Rechtslage steht fest, dass das Teilliquidationsreglement 2005 an und für sich anwendbar ist. Die altrechtliche Regelung, wonach ein Deckungsgrad von mindestens 95 % als Deckungsgrad von 100 % betrachtet wird, wie die Arbeitgeberfirmen beantragen, ist überholt (vgl. dazu Art. 7 Ziff. 2 und Art. 8 der Allgemeinen Bestimmungen über den Ein- und Austritt eines Versicherungsnehmers, gültig ab 1. Januar 2003).
6.
(Ursprüngliches) Anfechtungsobjekt ist die Schlussabrechnung der Pensionskasse vom 14. September 2006, in welcher - gestützt auf Art. 2.3.3 Abs. 3 des Teilliquidationsreglements 2005 - eine Kürzung des Deckungskapitals der Rentenbezüger enthalten ist. Dabei ist streitig, ob die besagte Norm, die vorsieht, dass ein versicherungstechnischer Fehlbetrag anteilmässig beim Deckungskapital jedes austretenden Rentenbezügers in Abzug gebracht wird, im vorliegenden Anwendungsfall rechtmässig ist.
6.1. Es gibt hinsichtlich des Teilliquidationsreglements, im Zuge seiner Genehmigung bzw. im Anschluss daran, kein abstraktes Normenkontrollverfahren (vgl. E. 5.4.1). Die Überprüfung des Teilliquidationsregelments vorfrageweise im Rahmen des konkreten Anwendungsfalles (Inzidenzkontrolle) auf seine Übereinstimmung mit höherrangigem Recht ist und bleibt - entgegen der Ansicht der Pensionskasse - in jedem Fall zulässig (BGE 139 V 72 E. 4 S. 81; vgl. auch E. 5.4.1).
6.2. Die Auflösung der jeweiligen Anschlussverträge umfasste den gesamten Bestand, mithin Aktive und Rentenbezüger (vgl. Art. 74 Ziff. 3 lit. a der Reglemente 2002). Entsprechend verliessen sämtliche über die X._ AG bzw. die Y._ AG (aktiven und passiven) Versicherten die Pensionskasse (vgl. Art. 53e Abs. 4 BVG, für die hier zu beurteilende Konstellation bis Ende April 2007 massgebend). Die Frage nach den Übertragungswerten bei Vorliegen einer Unterdeckung wird im Falle einer Teilliquidation allein in Bezug auf die aktiven Versicherten beantwortet (Art. 19 FZG [SR 831.42] in Verbindung mit Art. 53d Abs. 3 BVG und Art. 27g Abs. 3 BVV 2, je in den bis Ende 2011 gültigen Fassungen). Für die Rentenbezüger finden sich keine konkreten gesetzlichen Vorgaben. Zwar ist seit 1. Mai 2007 die Regelung in Kraft, dass der Arbeitgeber den Anschlussvertrag - soweit darin vorgesehen ist, dass die Rentenbezüger bei dessen Auflösung die bisherige Vorsorgeeinrichtung verlassen - erst auflösen kann, wenn eine neue Vorsorgeeinrichtung schriftlich bestätigt hat, dass sie die Rentenbezüger zu den gleichen Bedingungen übernimmt (Art. 53e Abs. 4 bis in Verbindung mit Art. 49 Abs. 2 Ziff. 12 BVG). Diese Neuerung läuft darauf hinaus, dass kaum eine Vorsorgeeinrichtung Rentner übernehmen wird, wenn das notwendige Deckungskapital nicht vorgängig gesichert ist. Indes schreibt auch sie - anders als Art. 16a Abs. 1 BVV 2, der das sogenannte Drehtürprinzip verankert, aber nur für Verträge zwischen Vorsorgeeinrichtungen und Versicherungsgesellschaften gilt (vgl. Art. 53e Abs. 1-3 BVG; KIESER, a.a.O., N. 31 zu Art. 53e BVG; HANS-ULRICH STAUFFER, Berufliche Vorsorge, 2. Aufl. 2012, S. 549 Rz. 1476 f.) - keinen festen Übertragungswert vor, den die bisherige Vorsorgeeinrichtung den Rentnern mitzugeben hat. Art. 53e Abs. 4 bis BVG soll in erster Linie verhindern, dass die Rentner bei einem Wechsel der Vorsorgeeinrichtung plötzlich "auf der Strasse" stehen und die Auffangeinrichtung dann als Auffangbecken für Risikoselektion missbraucht wird. Dabei nimmt der Gesetzgeber in Kauf, dass ein Arbeitgeber, auch wenn er die Bedingungen der bisherigen Vorsorgeeinrichtung als unbefriedigend betrachtet, unter Umständen bei dieser Vorsorgeeinrichtung verbleiben muss (Bericht der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates vom 26. Mai 2005 zur parlamentarischen Initiative "Wechsel der Vorsorgeeinrichtung", BBl 2005 5941, 5944 Ziff. 2.2). Der nachträglich in Art. 53e BVG eingefügte Abs. 4 bis kann somit - wenn überhaupt (vgl. Urteil 5A_793/2011 vom 3. Februar 2012 E. 6.8.3) - nicht als Massstab herangezogen werden.
6.3. Eine ausgerichtete Altersrente der beruflichen Vorsorge hat grundsätzlich den Charakter eines wohlerworbenen Rechts. Wohl darf sie im Rahmen von Sanierungen eingeschränkt werden, aber nur äusserst restriktiv (vgl. Art. 65d Abs. 3 lit. b in Verbindung mit Art. 49 Abs. 2 Ziff. 16 BVG; vgl. auch BGE 138 V 366). Das heisst, die Höhe der Rente bei deren Entstehung ist prinzipiell lebenslänglich gewährleistet. Der blosse Wechsel einer Vorsorgeeinrichtung stellt keinen rechtsgenüglichen Grund dar, sie zu schmälern. Andernfalls würde es sich um eine Neufestsetzung des Rentenanspruchs handeln. Es wird denn auch nicht geltend gemacht und ist auch nicht aktenkundig, dass die Altersrenten der austretenden Passiven (dauernd) gekürzt werden.
Von diesem Leistungsanspruch bzw. von dieser - aus Sicht der Vorsorgeeinrichtung - Leistungspflicht ist seine resp. ihre finanzielle Sicherstellung zu unterscheiden. Eine zugesicherte Rentenleistung bedarf wohl eines notwendigen Deckungskapitals. Daraus lässt sich jedoch nicht ableiten, dieses sei in jedem Fall von der Vorsorgeeinrichtung garantiert.
6.4. Die Teilliquidation muss unter Berücksichtigung des Gleichbehandlungsgrundsatzes durchgeführt werden (Art. 53d Abs. 1 BVG). Entgegen der Ansicht der Vorinstanz bilden hier die austretenden Versicherten als Ganzes und die verbleibenden aktiven wie passiven Versicherten die beiden Vergleichsgrössen.
6.4.1. Die Pensionskasse stellte im hier fraglichen Zeitpunkt eine Gemeinschaftseinrichtung im engeren Sinne des Wortes dar. Sie zeichnete sich dadurch aus, dass sie keine getrennte Rechnung je angeschlossenen Arbeitgeber führte sowie über ein gemeinsames Reglement und ein gemeinsames Vorsorgevermögen verfügte (vgl. Art. 72 Ziff. 1 lit. a und Art. 73 Ziff. 3 der Reglemente 2002 sowie die Jahresrechnung 2005). Die Vertragskündigung seitens eines Arbeitgebers konnte einzig unter Einbezug aller seiner Versicherten erfolgen, indem sie die Zustimmung von zwei Dritteln der Aktiven und Rentner erforderte (Art. 74 Ziff. 1 der Reglemente 2002). Die Versicherten einer Arbeitgeberfirma konstituieren sich demnach mit Blick auf ihren Austritt zwingend als ein Kollektiv (so auch E. 8.7 in fine des vorinstanzlichen Entscheids). Das verfügbare Vorsorgevermögen ist zwischen ihnen und den verbleibenden Versicherten aufzuteilen. Zeigt die Bilanz zum Teilungsstichtag eine Unterdeckung, so kann von einer Gleichbehandlung der austretenden und der verbleibenden Versicherten ausgegangen werden, wenn nach dem Ausscheiden der austretenden Versicherten die Bilanz der verbleibenden Versicherten den gleichen Deckungsgrad wie die Bilanz zur Feststellung des tatsächlichen Vermögens vor der Teilung aufweist. Dieser in BGE 138 V 303 E. 3.4 S. 309 statuierte Grundsatz hat allgemeine Gültigkeit, unabhängig davon, ob lediglich die Aktivversicherten oder ob sie wie in concreto zusammen mit den Rentnern als ganzes Kollektiv die Vorsorgeeinrichtung verlassen. Zum einen berechnet sich der Deckungsgrad unter Berücksichtigung des Sparkapitals der Aktivversicherten als auch des Deckungskapitals der Passivversicherten (vgl. Art. 44 Abs. 1 BVV 2). Zum andern kommt es bei einer rechnerischen Gleichung zwischen Abgangs- und Fortbestand nicht auf den Versichertenstatus als Aktiver oder Passiver an.
6.4.2. Der Umstand, dass das Spar- bzw. Deckungskapital eine individuelle Grösse ist, während die freien Mittel eine kollektive Grösse darstellen (BGE 138 V 303 E. 3.3 S. 308), spricht nicht für eine andere Lösung. Im Gegenteil wird damit bestätigt, dass nicht in jedem Fall eine Garantie für die finanzielle Sicherheit der subjektiven Rechtsansprüche der Rentner besteht (vgl. E. 6.3). Während sich in Bezug auf die freien Mittel die Frage stellt, wie der Überschuss unter allen Destinatären (Arbeitnehmer, Rentner, Invalide und Ehemalige) zu verteilen ist, stellt sich in Bezug auf die Unterdeckung die Frage nach der Finanzierung des individuellen Spar- bzw. Deckungskapitals (BGE 138 V 303 E. 3.3 S. 308). Hätte den Rentnern das ungekürzte Deckungskapital mitgegeben werden müssen, wäre der Deckungsgrad der Pensionskasse weiter gesunken. Aufgrund der beschränkten Möglichkeit, Rentenbezüger in die Sanierung einzubinden (vgl. E. 6.3), hätten vor allem die verbleibenden Aktiven eine zusätzliche Mehrlast auferlegt bekommen. Denn die Gründe, die gegen den Einbezug der verbleibenden Rentner in das umfassende Sanierungspaket sprachen (vgl. E. 5.4.5 Abs. 2), blieben nach Durchführung der Teilliquidation die gleichen. Damit wären die verbleibenden Aktiven klar schlechtergestellt als die austretenden, da sie für die Ausfinanzierung aller Renten, (indirekt) auch derjenigen der austretenden Rentner, aufzukommen hätten.
6.4.3. Soweit das Bundesverwaltungsgericht die verbleibenden und austretenden Rentenbezüger als Vergleichsgrössen heranzieht, basiert diese Überlegung auf der Annahme, dass keine Teilliquidation stattgefunden hat, was hier nicht die Problemstellung ist.
6.5. Im Ergebnis ist festzuhalten, dass Art. 2.3.3 Abs. 3 des Teilliquidationsreglements 2005 sich im vorliegenden Anwendungsfall als rechtmässig erweist. Weder lässt sich eine Gesetzesverletzung noch eine Verletzung des verfassungsmässigen Gleichbehandlungsgebots ausmachen.
Die Frage, wer das fehlende Deckungskapital der austretenden Rentner letztlich sicherzustellen resp. auszufinanzieren hat - nach dem Gesagten nicht die bisherige Vorsorgeeinrichtung -, insbesondere ob und inwieweit die Arbeitgeberfirmen nachschusspflichtig sind, braucht nicht im vorliegenden Verfahren beurteilt zu werden, da sie über den Streitgegenstand hinausgeht.
7.
Abschliessend ist über die Bilanzposition "nicht-technische Rückstellungen" und die Wertberichtigungen in Bezug auf die Hypothekardarlehen (an Dritte) und die gesicherten Anlagen beim Arbeitgeber (in Form von Hypotheken auf deren Betriebsliegenschaften) zu befinden.
7.1. Die Vorinstanz hat die von den Arbeitgeberfirmen beantragte Auflösung resp. teilweise Mitgabe der Bilanzposition "nicht-technische Rückstellungen" abgelehnt, weil sich diese nachvollziehbar und schlüssig erklären lassen würden und sich für den gestellten Antrag in der Beschwerde keine Begründung finde. Insbesondere stellte sie für das Bundesgericht verbindlich fest (vgl. E. 3), dass die fraglichen Mittel zweckgebunden sind und den austretenden Unternehmungen entsprechend ihrem (geäufneten) Guthaben mitgegeben werden. Soweit die X._ AG und die Y._ AG vor Bundesgericht vorbringen, sie hätten im vorliegenden Punkt auf die ausführliche Begründung in der Einsprache vom 19. Juli 2006 an die Pensionskasse verwiesen, um unnötige Wiederholungen zu vermeiden, so lassen sie ausser Acht, dass eine rein globale Verweisung der Begründungsanforderung an die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht (Art. 37 VGG in Verbindung mit Art. 52 Abs. 1 VwVG) nicht gerecht wird. Die Begründung muss zumindest sachbezogen sein und sich mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzen. Ein Verweis auf eine andere Eingabe sollte deshalb so spezifiziert werden, dass ein gegen die angefochtene Verfügung weitergeltendes Vorbringen erkennbar ist ( STEINHALTER/BOCHSLER, in: Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, N. 72 f. zu Art. 52 VwVG; RHINOW/KOLLER/KISS/THURNHERR/BRÜHL-MOSER, Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl. 2010, S. 436 Rz. 1614).
Ebenso wenig hilft weiter, dass die Arbeitgeberfirmen ihre Ausführungen in der genannten Eingabe vom 19. Juli 2006 nunmehr vor Bundesgericht (fast) wortwörtlich wiedergeben. Anfechtungsgegenstand bilden die Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Januar 2013. Die Begründung der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 42 Abs. 2 BGG) hat sich - genauso wie die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht - mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinanderzusetzen. Daran fehlt es regelmässig, wenn bloss der Inhalt von Rechtsschriften wiederholt wird, die bei den vorherigen Instanzen eingereicht wurden. Auch genügt es nicht, bloss die eigene Sicht der Dinge darzutun, ohne dass ein Bezug zu einer Rechtsverletzung hergestellt und aufgezeigt wird, worin diese angeblich liegen soll ( LAURENT MERZ, in: Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 52 zu Art. 42 BGG mit zahlreichen Hinweisen auf die Rechtsprechung). Insoweit ist daher auf die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht einzutreten.
7.2. Gleiches gilt hinsichtlich der streitigen Wertberichtigung bei den gesicherten Arbeitgeberanlagen. Die Arbeitgeberfirmen wiederholen diesbezüglich vor Vorinstanz Gesagtes, ohne dass sie sich mit den konkreten Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Im Übrigen kann auf die nachfolgende E. 7.3 verwiesen werden.
7.3.
7.3.1. Was die Hypothekardarlehen betrifft, so stellte das Bundesverwaltungsgericht in seiner E. 9.3.2.2 fest, dass die darauf vorgenommene Wertberichtigung auf der Neubewertung gewisser Immobilien mittels einer Schätzungsmethode, die von der bisherigen abweicht, und einer daraus resultierenden Überbelehnung in der Höhe von 5,95 Mio. Fr. (zuzüglich Rückstellung für Zahlungsverzug von 0,23 Mio. Fr.) gründet. Insoweit die Arbeitgeberfirmen vorbringen, die Wertberichtigung basiere auf der Verletzung von Anlagevorschriften resp. des Pensionskassenreglements, so erläutern sie mit keinem Wort, weshalb die vorinstanzliche Feststellung offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich (BGE 135 II 145 E. 8.1 S. 153) sein soll. Eine allfällige Bundesrechtswidrigkeit springt nicht geradezu ins Auge (vgl. E. 3). Wohl hat die Kontrollstelle in ihrem Bericht an den Stiftungsrat vom 5. Mai 2006 vermerkt, "für die entsprechenden Überschreitungen (der gesetzlichen und/oder reglementarischen Belehnungsgrenzen) sind in der vorliegenden Jahresrechnung Wertberichtigungen von rund CHF (...) enthalten". Im Anhang zur geprüften und zur Genehmigung empfohlenen Jahresrechnung 2005 ist jedoch unmissverständlich dargelegt, dass die Hypotheken zum "Nominalwert abzüglich betriebswirtschaftlich notwendige Wertberichtigungen" verbucht sind. "Betriebswirtschaftlich" bedeutet, dass die Wertberichtigungen im Sinne einer - von der Rechnungslegung geforderten - Anpassung an die Marktverhältnisse (vgl. E. 7.3.4 hinten) und nicht an eine gesetzliche oder reglementarische Anlagevorgabe erfolgten. Dass die Neubewertung und die mit ihr einhergehenden Wertberichtigungen (gleichzeitig) zu einer Überschreitung der gesetzlichen bzw. reglementarischen Belehnungsgrenzen führen können, ist denkbar. Wenn die Vorinstanz dies nicht "überbewertet" wissen wollte, so ist daran nichts zu bemängeln, weil der entsprechende Handlungsbedarf und die vorliegend zur Diskussion stehende Teilliquidation zwei voneinander zu unterscheidende Angelegenheiten sind (vgl. E. 7.3.4 hinten).
7.3.2. Durch Bewertungsansätze für gleiche Bilanzpositionen, die sich von Stichtag zu Stichtag unterscheiden, können Glättungseffekte entstehen, welche gemäss Empfehlung 3 von Swiss GAAP FER 26 nicht eingebaut werden dürfen (vgl. auch Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, Bd. 4, 2009, S. 190 ganz oben). Indes sind Änderungen in den Bewertungs- und Berechnungsgrundlagen nicht per se ausgeschlossen (Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, a.a.O., S. 191 Abs. 2). Dies gilt hier umso mehr, als weder aktenkundig ist noch geltend gemacht wird, die Bewertungsmethode sei wiederholt und gezielt mit der Absicht gewechselt worden, einen Aufwand- oder Ertragsausgleich zu erreichen. Vielmehr erhellt aus den unbestritten gebliebenen Ausführungen der Vorinstanz, dass die Vergabe des zuvor selber verwalteten Hypothekenportfolios an einen (professionellen) Dritten sachlicher Hintergrund für die Neubewertung bildet. Zudem lässt sich ihnen entnehmen, dass lediglich ein Teil der Immobilien neu bewertet wurde.
7.3.3. Es gibt zahlreiche Möglichkeiten, den aktuellen Wert einer Immobilie zu errechnen. Die Anwendung der von der Vorinstanz erwähnten ökonometrischen oder hedonischen Methode ist nicht bestritten (vgl. E. 3 in fine). Auf jeden Fall nicht zugelassen ist die Methode, von den Anschaffungswerten auszugehen und Abschreibungen in Abzug zu bringen (Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, a.a.O., S. 190 Abs. 2). Indem das Bundesverwaltungsgericht in seiner bereits erwähnten E. 9.3.2.2 ausgeführt hat, es handle sich bei der fraglichen Wertberichtigung nicht um eine "Abschreibung von vorhandenem Vermögen", brachte es treffend zum Ausdruck, dass sich der hier streitige Wert - anders als im Steuerrecht - nicht etwa linear entwickelt, sondern Schwankungen per jeweiligem Bilanzstichtag unterliegt (vgl. E. 7.3.4 nachfolgend).
7.3.4. Soweit die Arbeitgeberfirmen meinen, die Bonität des Schuldners und nicht der Wert der belasteten Liegenschaften müsse für die Bewertung einer Forderung massgebend sein, ist darauf hinzuweisen, dass ein Hypothekardarlehen dem Schuldner mit Blick auf die Sicherheit, das heisst auf die Immobilie gewährt wird, die letztlich beim Ausfall des Schuldners zum Tragen kommt. Die Sicherheit der Vermögensanlage steht für Vorsorgeeinrichtungen an erster Stelle. Dabei ist die Bonität des Schuldners nur eines von mehreren zu beachtenden Elementen (Art. 71 Abs. 1 BVG; Art. 50 Abs. 2 und 3 BVV 2). Sofern die Sicherheit an Wert verliert, muss folgerichtig auch das Hypothekardarlehen entsprechend wertberichtigt werden. Diese Reflexwirkung zwischen dem Wert der Immobilie und dem Wert des Hypothekardarlehens besteht losgelöst von der Verletzung gesetzlicher oder reglementarischer Anlagegrenzen. Sie ist Ausfluss der - auch im Rahmen einer Teilliquidation (vgl. Art. 27g Abs. 1bis BVV 2 in der vom 1. Januar 2005 bis 31. Dezember 2011 geltenden Fassung) - anzuwendenden Rechnungslegungsprinzipien gemäss Swiss GAAP FER 26, wonach die Bewertung der Aktiven zu den tatsächlichen Werten, d.h. Marktwerten, am Bilanzstichtag erfolgt (Art. 48 BVV 2; Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, a.a.O., S. 189 f.). Dass die Werte schwanken, liegt in der Natur der Sache, ohne dass deswegen von systematischer Ungleichbehandlung der austretenden Versicherten gesprochen werden kann. Je nach Wertberichtigung - ob nach unten oder oben - liegt der "Profit" bei den verbleibenden Versicherten (Wertberichtigung nach unten: noch keine Realisierung des Verlustes) oder bei den austretenden Versicherten (Wertberichtigung nach oben: Realisierung des Gewinns).
7.3.5. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, im Vorgehen der Pensionskasse (betreffend die Hypothekardarlehen) könne keine unrechtmässige Bildung von Rückstellungen erblickt werden, erweist sich demnach als bundesrechtskonform. Mit dem Hinweis, dass auch der Pensionsversicherungsexperte nach den internen Einspracheverfahren keinen Anstoss daran gefunden habe, hat das Bundesverwaltungsgericht seine - grundsätzlich volle - Kognition (vgl. Art. 49 VwVG) nicht eingeschränkt oder abgetreten.
8.
Damit sind die Beschwerden der Pensionskasse (Verfahren 9C_135/2013 und 9C_136/2013) gutzuheissen. Die Beschwerden der X._ AG sowie ihrer 17 aktiv Versicherten und Leistungsbezüger (Verfahren 9C_147/2013) als auch der Y._ AG sowie ihrer 91 aktiv Versicherten und Leistungsbezüger (Verfahren 9C_148/2013) sind dagegen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Sie haben als unterliegende Parteien die Gerichtskosten hälftig zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Pensionskasse hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 9C_135/2013, 9C_136/2013, 9C_147/2013 und 9C_148/2013 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden der Pensionskasse in den Verfahren 9C_135/2013 und 9C_136/2013 werden gutgeheissen. Die Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Januar 2013 werden aufgehoben und die Verfügungen des Bundesamtes für Sozialversicherungen vom 6. resp. 7. Mai 2009 werden bestätigt.
3.
Die Beschwerden der X._ AG und ihrer 17 aktiv Versicherten und Leistungsbezüger (Verfahren 9C_147/2013) sowie der Y._ AG und ihrer 91 aktiv Versicherten und Leistungsbezüger (Verfahren 9C_148/2013) werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 18'000.- werden der X._ AG und ihren 17 aktiv Versicherten und Leistungsbezügern einerseits sowie der Y._ AG und ihren 91 aktiv Versicherten und Leistungsbezügern andererseits je zur Hälfte auferlegt.
5.
Die Sache wird an das Bundesverwaltungsgericht zwecks Neuverlegung der vorinstanzlichen Gerichtskosten und Parteientschädigungen zurückgewiesen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Bernischen BVG- und Stiftungsaufsicht (BBSA), dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Dezember 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Die Gerichtsschreiberin: Dormann