Sachverhalt:
A.
Die A._ AG erwarb am 29. Juli 1982 durch Kauf das damals noch unbebaute, heute als "Zentrum C._" bekannte Grundstück an der Stelzenstrasse 2 in B._/ZH (Grundbuch-Blatt ...., Kataster-Nr. ....). Ein Teil des Grundstücks wurde abparzelliert und am 11. Juli 1984 veräussert. Im Jahr 1986 überbaute die A._ AG den restlichen Teil des Grundstücks. Mit Kaufvertrag vom 9. Juni 2008 und Grundbucheintrag vom 30. Juni 2008 verkaufte sie das bebaute Grundstück zum Preis von Fr. 77'500'000.--.
Die Stadt B._/ZH veranlagte am 19. Februar 2009 zunächst eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 1'366'480.--, sodann mit Einspracheentscheid vom 11. Februar 2010 eine solche von Fr. 2'370'480.--. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich hiess den dagegen erhobenen Rekurs mit Urteil vom 6. Mai 2013 teilweise gut und setzte die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 1'666'480.-- herab.
B.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies mit Urteil vom 9. Dezember 2013 eine dagegen erhobene Beschwerde ab.
C.
Die A._ AG (nachfolgend: die Steuerpflichtige) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, die Grundstückgewinnsteuer sei auf Fr. 190'480.-- herabzusetzen; eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung "in unbefangener anderer personeller Besetzung" an das Steuerrekursgericht zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht und die Finanzdirektion des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Stadt B._/ZH schliesst auf Abweisung. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG; Art. 73 Abs. 1 StHG) und die Steuerpflichtige ist dazu legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2.
1.2.1. Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen gleich wie das Bundesrecht mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG). In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_941/2012 / 2C_942/2012 vom 9. November 2013 E. 1.6 mit Hinweisen). Mit freier Kognition ist aber zu untersuchen, ob die kantonale Lösung, die einen kantonalen Freiraum betrifft, mit dem Bundesrecht, namentlich dem StHG, vereinbar ist (Urteil 2C_337/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 1.4, in: StR 68/2013 S. 368, StE 2013 B 42.38 Nr. 36, RDAF 2013 II 350).
1.2.2. Ein Grundstückgewinn im Sinne von Art. 12 StHG ergibt sich, soweit der bei Veräusserung eines Grundstücks erzielte Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt. Die massgebenden Rechtsbegriffe - "Erlös", "Anlagekosten" und "Ersatzwert" - führt Art. 12 StHG nicht näher aus. Insofern überlässt der Bund den Kantonen bei der Umschreibung des steuerbaren Gewinns einen, wenn auch beschränkten Spielraum (BGE 131 II 722 E. 2.1 S. 723 f. [Kanton SZ]; zitiertes Urteil 2C_337/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 2.3 [Kantone LU/NW]; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.3 und 4.3.2 [Kanton ZH], in: ASA 82 S. 163, StE 2012 B 44.12.3 Nr. 6, StR 67/2012 S. 522).
1.2.3. Gemäss Art. 12 Abs. 4 StHG können die Kantone die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens der steuerpflichtigen Person erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen (monistisches System; zum Kanton Zürich nachfolgend).
1.2.4. Die politischen Gemeinden des Kantons Zürich erheben eine Grundstückgewinnsteuer auf den Gewinnen, die sich bei Handänderungen an Grundstücken oder Anteilen von solchen ergeben (§ 205 i. V. m. § 216 Abs. 1 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 [LS 631.1; nachfolgend StG/ZH]). Die Steuer fällt ungeachtet dessen an, ob es sich um Privat- oder Geschäftsvermögen handelt (monistisches System). Grundstückgewinn ist der Betrag, um welchen der Erlös die Anlagekosten übersteigt (§ 219 Abs. 1 StG). Als Erwerbspreis gilt der Kaufpreis mit Einschluss aller weiteren Leistungen des Erwerbers (§ 220 Abs. 1 StG). Im Anschluss an Art. 12 Abs. 1 StHG ("Ersatzwert") und für den Fall, dass die massgebende Handänderung mehr als zwanzig Jahre zurückliegt, bestimmt § 220 Abs. 2 StG/ZH, dass die steuerpflichtige Person als Gestehungskosten den Verkehrswert des Grundstücks in Anschlag bringen darf, der ihm zwanzig Jahre zuvor zukam (sog. "Verkehrswert vor zwanzig Jahren"; zum Ganzen BGE 140 I 114 E. 2.2.1 S. 117). Was unter dem Begriff des Verkehrswerts zu verstehen ist, stellt eine Rechtsfrage dar, während der Preis, der tatsächlich erzielt wird, eine Tatfrage ist (Urteil 2C_1273/2012 vom 13. Juni 2013 E. 2.4, in: ASA 82 S. 72, StE 2013 B 23.1 Nr. 79).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf entsprechende Rüge hin berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.
2.1. Die Vorinstanz hat den Anlagewert des bebauten Grundstücks wie folgt errechnet:
Verkehrswert vor 20 Jahren (30. Juni 1988) Fr. 63'900'000.-- Wertvermehrende Aufwendungen der Jahre 1992-94 Fr. 4'719'236.-- Mäklerprovision beim Verkauf Fr. 376'600.-- Rechnung D._ Partner Fr. 6'563.-- Handänderungsabgaben beim Verkauf Fr. 138'606.-- Anlagewert Fr. 69'141'005.--
Bei einem Verkaufspreis von Fr. 77'500'000.-- ergab sich somit ein steuerbarer Grundstückgewinn von Fr. 8'358'995.--, woraus der Steuerbetrag von Fr. 1'666'480.-- resultierte. Umstritten ist einzig der Verkehrswert vor zwanzig Jahren.
2.2. Nach den Feststellungen der Vorinstanz hatte die Steuerpflichtige die Liegenschaft vermietet, wobei sie nicht nur als Vermieterin, sondern auch als Werkunternehmerin der von den Mietern bestellten Mieterausbauten auftrat. Die Steuerpflichtige gewährte zudem den Mietern Darlehen, was diesen erlaubte, die Mieterausbauten vorzunehmen. Die Werkpreise entsprachen weitgehend den verzinsten Darlehen. Die Mietereinbauten wurden vor dem massgeblichen Stichtag (30. Juni 1988) erstellt. Sie bildeten gemäss Kaufvertrag vom 9. Juni 2008 keinen Bestandteil des Verkaufsobjekts und waren nicht im damals vereinbarten Kaufpreis enthalten.
2.3. Teilweise aus den Feststellungen der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG), teilweise ergänzend aus den Akten (Art. 105 Abs. 2 BGG) ergibt sich sodann:
2.3.1. Das Steuerrekursgericht hatte mit Verfügungen vom 9. Juni 2010 und 12. Juli 2010 bei dipl. Arch. ETH E._ ein Gutachten über den Verkehrswert der Liegenschaft vor zwanzig Jahren (30. Juni 1988) in Auftrag gegeben. Der Experte kam mit Hauptgutachten vom 8. März 2011 zum Ergebnis, der Verkehrswert habe Fr. 63'900'000.-- betragen. Der Gutachter wandte hierfür das "Discounted Cash Flow"-Verfahren an (DCF; Urteil 2C_309/2013 / 2C_310/2013 vom 18. September 2013 E. 3.6, in: ASA 82 S. 305, StE 2013 B 72.14.2 Nr. 42, StR 69/2014 S. 222), dessen Grundlage die vertragsgemässen Mietzinse bildeten.
2.3.2. Mit Verfügung vom 17. Mai 2011 ordnete das Steuerrekursgericht beim selben Experten ein Nachtragsgutachten an. Die Steuerpflichtige hatte beanstandet, das Gutachten habe zu hohe Rückstellungen berücksichtigt. Für die Mietereinbauten hätten, so die Steuerpflichtige, vertragsgemäss die Mieter aufzukommen, weshalb sie als Eigentümerin und Vermieterin dafür keine Rückstellungen zu bilden habe. Auszugehen sei richtigerweise von einem Verkehrswert von 67 Mio. Franken. Im (ersten) Nachtragsgutachten vom 13. September 2011 gelangte der Experte alsdann zu einem Verkehrswert per 30. Juni 1988 von Fr. 71'280'000.--. Er ging dabei davon aus, dass die Mieterausbauten Teil des Gebäudes seien. Die jährlichen Ratenzahlungen für den vom Vermieter vorfinanzierten Ausbau hätten daher in die Ertragsberechnung einzufliessen. Dadurch erhöhe sich der Bruttoertrag und folglich auch der Ertragswert.
2.3.3. Mit Verfügung vom 15. Mai 2012 forderte das Steuerrekursgericht beim Experten ein zweites Nachtragsgutachten an, wobei es die Vorgabe machte, dass die Einnahmen aus den Werkverträgen bzw. die ratenweise Amortisation der Darlehen keinen Liegenschaftsertrag darstellten und beim Mietertrag nicht zu berücksichtigen seien. Mit Blick darauf gelangte der Experte in seinem zweiten Nachtragsgutachten vom 27. Juli 2012 wiederum zu einem Verkehrswert per 30. Juni 1988 von Fr. 63'900'000.--.
2.4. In rechtlicher Hinsicht haben die Vorinstanzen erwogen, für den Ertragswert seien nur die Erträge zu berücksichtigen, die dem Eigentümer als Vermieter zufliessen, nicht aber die Darlehenszinse. Diese hätten keinen Einfluss auf den Ertragswert der Liegenschaft zum Stichtag gehabt. Die Mieterausbauten fielen nicht unter die wertvermehrenden Aufwendungen, da sie durch die Mieter bezahlt und bereits vor dem Stichtag vorgenommen worden seien. Auf dieser Grundlage übernahmen die Vorinstanzen den vom Experten im zweiten Nachtragsgutachten errechneten Verkehrswert von Fr. 63'900'000.--.
3.
3.1. Die Steuerpflichtige rügt, entgegen der Darstellung der Vorinstanz hätten die Mieterausbauten Bestandteil der verkauften Liegenschaft gebildet und seien im Kaufpreis enthalten gewesen. Die Vorinstanz hat sich bei ihren Erwägungen auf Ziff. 8 Abs. 1 des Kaufvertrags gestützt, wonach der erwerbenden Partei bekannt ist, "dass verschiedene Mieterausbauten aller Art (Einbauten, Installationen etc.) nicht Bestandteil des Vertragsobjektes bilden und somit auch nicht im vereinbarten Kaufpreis enthalten sind". Die Steuerpflichtige entgegnet, im nachfolgenden Satz werde auf die Mietverträge verwiesen, wonach die Ausbauten Bestandteil des Grundstücks bildeten.
3.2. Der Satz, auf den sich die Steuerpflichtige stützt, lautet aber in vollständiger Fassung: "Die Parteien verzichten darauf, diese Mieterausbauten an dieser Stelle zu spezifizieren; stattdessen verweisen sie auf den Inhalt der entsprechenden Mietverträge". Diese Wendung ist eher in der Weise zu verstehen, dass die Parteien des Kaufvertrags bloss für die Bezeichnung der Mieterausbauten auf die Mietverträge verweisen, nicht aber in Bezug auf das rechtliche Schicksal. Jedenfalls lässt dieser Satz die Feststellung der Vorinstanz nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen. Sie ist deshalb für das Bundesgericht verbindlich (vorne E. 1.3).
4.
4.1. Die Steuerpflichtige rügt, wie schon vor der Vorinstanz, eine Befangenheit der Instruktionsrichterin oder des gesamten Spruchkörpers des Steuerrekursgerichts sowie des Experten. Die Instruktionsrichterin habe mit der Verfügung, mit welcher sie das zweite Nachtragsgutachten eingeholt habe, inhaltliche Vorgaben gemacht und damit auf das Ergebnis des Gutachtens Einfluss genommen. Sie und der ganze Spruchkörper des Steuerrekursgerichts hätten daher das Gutachten nicht mehr unbefangen würdigen können. Auch sei der Experte damit nicht mehr unvoreingenommen gewesen. Zudem rügt die Steuerpflichtige in diesem Zusammenhang eine Gehörsverletzung, weil die Vorinstanz den Sachverhalt betreffend diese Befangenheitsrüge verkürzt dargestellt habe.
4.2. Es trifft zwar zu, dass die Vorinstanz den Prozessverlauf vor Steuerrekursgericht und damit die Entstehung der Gutachten nur zusammenfassend wiedergegeben hat. Der Ablauf der Geschehnisse war den Parteien aber bekannt, sodass die Steuerpflichtige ohne weiteres in der Lage war, ihre Rüge zu begründen. Eine Gehörsverletzung liegt nicht vor. Das Bundesgericht seinerseits kann den Sachverhalt aus den Akten ergänzen (vorne E. 2.3) und damit die Rüge beurteilen.
4.3. In der Sache ist der Vorwurf der Befangenheit unbegründet. Es ist Aufgabe des Experten, Tatfragen zu beantworten, und Aufgabe des Gerichts, Rechtsfragen zu beantworten. Da der Begriff des Verkehrswerts ein Rechtsbegriff ist (vorne E. 1.2.4), ist auch nicht zu beanstanden, wenn das Gericht dem Experten rechtliche Vorgaben für die Beantwortung der Tatfragen macht. Eine Befangenheit des Experten entsteht daraus nicht. Sodann muss die Instruktionsrichterin, um einen Gutachtensauftrag zu formulieren, zwangsläufig bereits eine Vorstellung davon haben, welche Tatfragen rechtserheblich sind. Auch dies begründet keine Befangenheit der Instruktionsrichterin und umso weniger des übrigen Spruchkörpers. Ob das Gericht in der Lage gewesen wäre, bereits aufgrund des ersten Gutachtens selber zu entscheiden, wie die Steuerpflichtige dies vorbringt, ist unerheblich: Selbst wenn davon auszugehen wäre, könnte die Einholung der Nachtragsgutachten sich gegebenenfalls als überflüssig erweisen, doch setzte auch dies keinen Befangenheitsgrund. Schliesslich ist es auch nicht unzulässig, den gleichen Experten mit Nachtrags- oder Ergänzungsgutachten zu beauftragen.
5.
5.1. Zu prüfen bleibt, ob die Vorinstanz von einem zutreffenden Begriff des Verkehrswerts ausgegangen ist. Die Steuerpflichtige rügt hierzu, die Vorinstanz habe stillschweigend eine Praxisänderung vorgenommen. Entgegen ihrer jahrzehntealten Praxis stelle sie nunmehr darauf ab, ob der Veräusserer die Mieterausbauten selber bezahlt hat. Diese Auffassung widerspreche auch dem klaren Wortlaut von § 221 Abs. 1 lit. a StG/ZH.
5.2. Die Steuerpflichtige vermengt damit den Verkehrswert und die Aufwendungen. Grundsätzlich zählen die (wertvermehrenden) Aufwendungen, die in § 221 StG/ZH umschrieben werden, zu den Anlagekosten. Wird indessen gemäss § 220 Abs. 2 StG/ZH der Verkehrswert vor zwanzig Jahren in Anschlag gebracht, so sind darin die bis zu diesem Zeitpunkt erfolgten Aufwendungen inbegriffen. Es können bloss die später erfolgten Aufwendungen zusätzlich berücksichtigt werden. Die vorinstanzliche Argumentation, Mieterausbauten seien nur anrechenbar, wenn sie der Veräusserer selber vorgenommen habe, erfolgt im Zusammenhang mit den Aufwendungen zunächst in den allgemeinen rechtlichen Erwägungen (Urteil E. 2.1) und sodann in E. 2.6 des Urteils, wo die Vorinstanz das Vorliegen wertvermehrender Aufwendungen verneint. Die Vorinstanz begründet dies aber auch damit, die Mieterausbauten seien bereits vor dem massgeblichen Stichtag vorgenommen worden und könnten schon aus diesem Grund nicht berücksichtigt werden. Auch die Steuerpflichtige behauptet nicht, die Mieterausbauten seien tatsächlich erst nach dem Stichtag vorgenommen worden. Demnach sind die Ausbauten richtigerweise von vornherein nicht als Aufwendungen anrechenbar, unabhängig davon, wer sie bezahlt hat. Die beanstandete Argumentation der Vorinstanz ist daher nicht entscheiderheblich.
5.3.
5.3.1. Strittig und zu prüfen ist aber, wie der Verkehrswert am Stichtag zu berechnen ist. Der Verkehrswert im Sinne von § 220 Abs. 2 StG/ZH ist der Wert bzw. Preis, zu welchem ein Vermögenswert am freien Markt zu einem bestimmten Zeitpunkt veräussert werden kann (Urteile 2C_1273/2012 vom 13. Juni 2013 E. 2.4; 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 4.3.5). Der Gutachter und ihm folgend auch die Vorinstanz haben den Verkehrswert auf der Grundlage des Mietwerts berechnet, was die Steuerpflichtige nicht grundsätzlich in Frage stellt. Umstritten ist jedoch, wie die Mieterausbauten im Zusammenhang mit den Mietwert zu berücksichtigen sind.
5.3.2. Zu den tatsächlichen Gegebenheiten ergibt sich aus den Akten Folgendes: Die Mieter hatten auf eigene Kosten verhältnismässig grosse Mieterausbauten à fonds perdu vorgenommen (total rund 11 Mio. Franken), was sich durch die recht lange feste Mietdauer erklären lässt. Die Mieterausbauten galten gemäss Mietvertrag als ursprünglicher Zustand, weshalb bei Beendigung des Mietverhältnisses keine Wiederherstellungsarbeiten angefallen wären. Sachenrechtlich bildeten sie an sich Bestandteile des Gebäudes und wären grundsätzlich in die Bemessung des (Markt-) Mietzinses und damit auch des Mietwerts bzw. des Verkehrswerts eingeflossen. Da die Mieter aber die Ausbauten selber finanziert hatten, entrichteten sie zwangsläufig darauf keinen Mietzins. Aus diesem Grund lagen die vertraglich vereinbarten Mietzinse unterhalb des Marktmietwerts für ein vergleichbares Objekt (inkl. Ausbauten). Infolge der ausgedehnten Mietvertragsdauer war der höhere Marktmietwert am Stichtag für die Steuerpflichtige als Vermieterin nicht realisierbar.
5.3.3. Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, sind zur Berechnung des Mietwerts nur Erträge zu berücksichtigen, die der Eigentümerin als Vermieterin zufliessen, nicht aber solche, die ihr in anderer Eigenschaft - wenn auch von den gleichen Schuldnern - zukommen. Die Steuerpflichtige hatte ihren Mietern Darlehen gewährt, was diesen ermöglichte, die Mieterausbauten zu finanzieren. Die Mieter bezahlten die Darlehen mit ratenweisen Amortisationen zurück. Amortisationen fallen nicht unter die Mietzinse und fliessen demnach weder in den Mietwert noch in den Verkehrswert ein. Dadurch, dass der Gutachter in seinem ersten Nachtragsgutachten die ratenweisen Amortisationen dennoch berücksichtigte (vorne E. 2.3.2), ging er von einem unzutreffenden Begriff des Mietwerts aus.
5.3.4. Soweit werthaltige Ausbauten zu einem Gebäude gehören, wird grundsätzlich ein Marktmietzins unter Berücksichtigung dieser Ausbauten zu bemessen sein. Insoweit ist die Überlegung des Gutachters wirtschaftlich zwar nachvollziehbar. Indessen gehören einerseits nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz die Mieterausbauten nicht zum Verkaufsobjekt (vorne E. 3.1). Zum andern führt die Vorinstanz aus, ein Liegenschaftsverkauf oder Mieterwechsel hätte nichts daran geändert, dass die bisherigen Mieter ihre Stellung als Borger und die Steuerpflichtige als Darleiherin beibehalten hätten. Bei dieser tatsächlichen Ausgangslage, die von der Steuerpflichtigen nicht substantiiert bestritten wird und damit für das Bundesgericht verbindlich ist (Art. 105 Abs. 1 BGG; vorne E. 1.3), gehörten die ratenweisen Amortisationen nicht zum Mietertrag. Ein Kaufinteressent hätte bei der Kalkulation seines Angebots die Amortisationen auf jeden Fall unberücksichtigt gelassen. Die Vorinstanz hat daher die Amortisationen mit Recht bei der Berechnung des Verkehrswerts nicht berücksichtigt. Dass die Darlehen dazu dienten, die Mieterausbauten zu finanzieren, ändert daran nichts.
6.
Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet. Die Steuerpflichtige trägt die Gerichtskosten (Art. 65 Abs. 1-3 sowie Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt B._/ZH, vertreten durch den Finanzausschuss, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juli 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher