Erwägungen:
1. Mit Urteil vom 6. Juli 2011 hiess das Bundesgericht die Beschwerde von A.X. und B.X._ gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 23. Februar 2010 betreffend die direkte Bundessteuer und die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 und 2002 teilweise gut, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Es ging um die Besteuerung von Gewinngutschriften und -auszahlungen der Y._ AG, die ein schneeballähnliches System betrieben hatte. Das Bundesgericht befand, soweit die Auszahlungen von der Konkursmasse der Y._ AG in Liq. gegenüber A.X._ gestützt auf die paulianische Anfechtung nach Art. 288 SchKG erfolgreich zurückverlangt worden seien, könnten diese nicht als einkommensbildend betrachtet werden. Das gelte auch für die innerhalb der Verdachtsperiode erteilten Gewinngutschriften. Soweit hingegen A.X._ die Gewinnauszahlungen nicht mehr habe zurückerstatten müssen (etwa wegen Zahlungsunfähigkeit), seien diese als einkommenssteuerlich realisiert zu betrachten.
Mit Revisionsgesuch vom 13. September 2011 beantragen A.X. und B.X._ (Gesuchsteller), das Bundesgerichtsurteil sei aufzuheben. Im neuen Entscheid seien (nebst den nicht ausbezahlten) auch die ausbezahlten Gewinngutschriften nicht zu besteuern.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Entscheide des Bundesgerichts erwachsen am Tag ihrer Ausfällung in Rechtskraft (Art. 61 BGG). Das Bundesgericht kann darauf nur zurückkommen, wenn ein im Gesetz (Art. 121 und 123 BGG) aufgezählter Revisionsgrund vorliegt. Es obliegt nach Art. 42 Abs. 2 BGG den Gesuchstellern, den Revisionsgrund aufzuzeigen. Das vorliegende Revisionsgesuch ist weitgehend beschwerdemässig abgefasst. Soweit es den Begründungsanforderungen nicht genügt, ist darauf nicht einzutreten.
2.2 Näherer Betrachtung bedürfen nur die Buchstaben f und g des Revisionsgesuchs. Die Gesuchsteller berufen sich sinngemäss auf den Revisionsgrund von Art. 121 lit. d BGG. Danach kann Revision eines Entscheids des Bundesgerichts verlangt werden, wenn das Gericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat. Die Gesuchsteller erblicken das Aktenversehen darin, dass das Bundesgericht die "indirekte Rückzahlungsandrohung" in Ziffer 2 des zwischen der Konkursmasse der Y._ AG in Liq. und den Gesuchstellern geschlossenen aussergerichtlichen Vergleichs vom 3./6. Juni 2006 übersehen habe. Die Gesuchsteller hätten in ihrer Beschwerde (Seite 10 Ziffer 6) ausdrücklich darauf hingewiesen.
Die Rüge ist unbegründet: Eingeklagt wurden von der Konkursmasse mit der Anfechtungsklage Gewinnauszahlungen in Höhe von Fr. 987'411.90. Gemäss Ziffer 1 des in der Verfügung des Einzelrichters des Bezirksgerichts Schwyz vom 8. Juni 2006 zitierten aussergerichtlichen Vergleichs verpflichtete sich der Gesuchsteller zur Bezahlung von pauschal Fr. 240'000.--; zugleich erklärte die Konkursmasse Verzicht auf weitere Rückforderungsansprüche. Ziffer 2 des Vergleichs lautet:
"Der Beklagte bestätigt ausdrücklich, dass er in den Schreiben seines Vertreters vom 04., 16. und 18. Mai 2006 sowie in den Beilagen dazu seine Einkommens- und Vermögensverhältnisse vollständig offen gelegt habe. Für die Klägerin ist diese Bestätigung wesentliche Grundlage dieses Vergleichs."
Inwiefern darin eine ("indirekte") Rückzahlungsandrohung gesehen werden kann, ist unerfindlich und wird im Revisionsgesuch nicht erläutert. Die Gesuchsteller machen nicht geltend, dass der Gesuchsteller seine Vermögensverhältnisse gegenüber der Konkursmasse unrichtig oder unvollständig angegeben hätte. Nur unter dieser Voraussetzung könnte sich überhaupt die Frage stellen, ob mit weiteren Rückzahlungen konkret zu rechnen ist.
3. Das Revisionsgesuch erweist sich demzufolge als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Die Kosten des Verfahrens sind den Gesuchstellern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Bei der Bemessung der Gerichtsgebühr ist einerseits dem Streitwert, andererseits dem geringen Umfang der Sache und der angespannten finanziellen Lage der Beschwerdeführer Rechnung zu tragen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Gesuch um Revision des bundesgerichtlichen Urteils vom 6. Juli 2011 wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Gesuchstellern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Steuerkommission Schwyz, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und dem Schweizerischen Bundesgericht, II. öffentlich-rechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Oktober 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann