Faits:
A. Le 26 février 2006, D.X._, détenu aux prisons de La Chaux-de-Fonds, y est décédé. Le lendemain, dans la même prison, un autre détenu, Y._, a été retrouvé mort dans sa cellule. Le 28 février 2008, Z._, emprisonné dans le même établissement, a été victime d'un grave malaise.
B. Des enquêtes préalables ont été ouvertes afin de découvrir les causes et circonstances des événements précités. Les rapports d'autopsie de D.X._ et Y._, ainsi que le dossier médical de Z._, ont permis de conclure que les deux décès et le malaise avaient été causés par des intoxications médicamenteuses. A ce propos, l'expertise requise auprès de l'Institut universitaire de médecine légale à Lausanne a laissé apparaître un certain nombre de lacunes dans l'organisation du suivi médical des détenus aux prisons de La Chaux-de-Fonds.
Le 19 novembre 2008, le juge d'instruction a clos les enquêtes préalables et remis le dossier au ministère public en proposant le classement des trois procédures, subsidiairement, dans le cas de D.X._, le renvoi des médecins A._ et B._ devant le Tribunal de police.
C. Par ordonnance du 24 novembre 2008, le ministère public a classé les trois procédures pour insuffisance de charges. En bref, il a estimé que les lacunes dans l'organisation du suivi médical n'étaient pas suffisantes pour fonder une responsabilité du médecin A._, du psychiatre B._, de l'infirmière C._ et des geôliers de l'établissement et que les manquements constatés ne pouvaient être mis en rapport de causalité avec les deux décès et le malaise survenus.
D. Par arrêt du 16 février 2009, la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le recours interjeté par les héritiers de feu D.X._, à savoir son épouse A.X._ et ses deux enfants B.X._ et C.X._, confirmant que le renvoi de quiconque devant un tribunal ne pouvait indiscutablement aboutir qu'à un acquittement.
E. A.X._ et ses deux enfants déposent un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire et une violation de l'art. 117 CP, ils concluent à l'annulation de l'arrêt précité et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Considérant en droit:
1. L'art. 81 al. 1 LTF confère la qualité pour former un recours en matière pénale à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, comme par exemple la victime, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5).
1.1 Constituent des prétentions civiles au sens de cette norme celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et en tort moral au sens des art. 41 ss CO. Les prétentions de droit public, à plus forte raison lorsqu'elles ne peuvent être dirigées contre l'auteur lui-même mais uniquement contre la collectivité, et ne peuvent en conséquence pas être invoquées dans le procès pénal par voie d'adhésion, ne constituent, en revanche, pas des prétentions civiles au sens de ces dispositions (ATF 133 IV 228 consid. 2.3.3 p. 234).
1.2 Selon l'arrêté concernant l'assistance médicale aux personnes privées de leur liberté du canton de Neuchâtel du 7 novembre 1984, toute personne privée de sa liberté doit pouvoir, dès le moment où elle est appréhendée et jusqu'à sa relaxation, bénéficier, s'il y a lieu, d'une assistance médicale adéquate (art. 1 al. 1; RSN 352.2). Le Département de la santé et des affaires sociales, par son service de la santé publique, pourvoit, en collaboration avec le Département de la justice, de la sécurité et des finances, les médecins, les directeurs d'hôpitaux et les geôliers, à l'organisation des services médicaux et hospitaliers indispensables aux buts définis par le présent arrêté (art. 2). Ainsi, les soins en milieu carcéral relèvent de l'accomplissement d'une tâche de droit public.
Selon la loi neuchâteloise sur la responsabilité des collectivités publiques et de leurs agents du 26 juin 1989 (RSN 150.10), la collectivité publique répond du dommage causé sans droit à un tiers par ses agents dans l'exercice de leurs fonctions, sans égard à la faute de ces derniers (art. 5 al. 1). Par agent, on entend toute personne chargée de l'accomplissement d'une tâche de droit public (art. 1 al. 3). Le lésé n'a aucune action contre l'agent responsable (art. 9).
1.3 Les recourants reprochent aux autorités cantonales d'avoir violé le droit fédéral, soit l'art. 117 CP, et procédé à une constatation erronée des faits en niant que le Docteur A._ avait eu un comportement fautif propre à favoriser le résultat qui s'était produit. Or, sur le vu de ce qui précède, ils ne peuvent faire valoir aucune prétention civile à l'encontre du personnel des services médicaux et hospitaliers soignant les détenus, dès lors que celui-ci doit être considéré comme un agent de l'Etat. Par conséquent, les recourants n'ont pas qualité de victime au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF.
2. Le lésé qui ne peut se prévaloir de la qualité de victime n'a en principe pas qualité pour former un recours en matière pénale. Il peut uniquement se plaindre d'une violation de ses droits de partie à la procédure, qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou constitutionnel, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (ATF 133 IV 228 consid. 2.3.2 p. 232 s.). Il peut aussi agir par la même voie pour faire sanctionner une violation de son droit procédural à une enquête officielle approfondie et effective, au sens de la jurisprudence européenne relative à l'art. 3 CEDH (arrêt 6B_319/2007 du 19 septembre 2007, consid. 2), ou pour faire valoir qu'on aurait nié à tort la validité de sa plainte (art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF).
En l'occurrence, les recourants se plaignent d'arbitraire dans les constatations de faits et d'une violation de l'art. 117 CP. Or, ils sont irrecevables à faire valoir de tels griefs en qualité de simples lésés.
3. En conclusion, le recours est irrecevable. Les recourants, qui succombent, supporteront les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), solidairement entre eux (art. 66 al. 5 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 800 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 29 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani