Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1935) führte mit seiner Ehefrau einen Landwirtschaftsbetrieb in A._. Nachdem er Ende Januar 2000 das AHV-Alter erreicht hatte, nahm die Steuerkommission auf den 1. Februar 2000 eine Zwischenveranlagung wegen Erwerbsaufgabe vor. Das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit entfiel, und das Renteneinkommen wurde neu besteuert (Verfügung vom 20. Juni 2003). X._ unterzeichnete einen Revers, wonach von der Erfassung eines Überführungsgewinnes vorläufig abgesehen werde. Die Mietzinseinkünfte machten Fr. 18'000.-- pro Jahr aus. X._ betrieb sein Gut in reduziertem Umfang weiter, wobei er durchwegs Verluste erzielte (2001: -Fr. 17'474.--; 2002: -Fr. 46'323.--; 2003: -Fr. 9'921.--; 2004: -Fr. 8'465.--; 2005: -Fr. 12'307.--; 2006: -Fr. 3'498.--).
B. Die Steuerkommission A._ veranlagte X._ und Y._ am 4. Dezember 2003 für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 37'400.--. Gleichzeitig bestimmte sie die Einkommenssteuerwerte (Buchwerte) der landwirtschaftlichen Grundstücke und Gebäude per 1. Januar 2001 und damit die dereinst steuerbaren (sog. kumulierten) Abschreibungen. Auf Einsprache hin setzte die Steuerkommission A._ das steuerbare Einkommen auf Fr. 21'400.-- herab; sie verweigert indessen (weiterhin) den Verlustabzug aus selbständiger Erwerbstätigkeit und hielt an den Einkommenssteuerwerten für Boden und Gebäude (Fr. 21'680.-- bzw. Fr. 416'187.--) und an den Anlagekosten (Fr. 1'013'150.--) fest. Den hiergegen erhobenen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 26. April 2007 teilweise gut (Rechnungsfehler), setzte den Einkommenssteuerwert des Gebäudes per 31. Dezember 2001 auf Fr. 412'313.-- fest und bestimmte die kumulierten Abschreibungen per 31. Dezember 2001 auf Fr. 607'396.--. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau bestätigte diesen Entscheid am 23. Oktober 2007. Es lehnte es ebenfalls ab, die entstandenen Verluste zur Verrechnung zuzulassen, erfasste die Mietzinseinnahmen und bestätigte, dass eine 1986 erhaltene Subvention von Fr. 101'500.-- zu den kumulierten Abschreibungen zu zählen sei.
C. X._ und Y._ beantragen mit Eingabe vom 3. Dezember 2007 sinngemäss, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 23. Oktober 2007 aufzuheben, die Verlustverrechnung zuzulassen und auf die Aufrechnung der Mietzinseinnahmen von Fr. 18'000.-- zu verzichten. Die Subvention von Fr. 101'500.-- und die aus Landverkäufen erfolgten Ersatzbeschaffungen seien als Anlagekostenminderungen anzuerkennen. Sie rügen eine Verletzung von kantonalem Recht und von Bundesrecht (Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden; StHG, SR 642.14) sowie einen Verstoss gegen das Gleichbehandlungsgebot (Art. 8 BV).
Das Steueramt des Kantons Aargau beantragt, die Beschwerde abzuweisen; das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf Anträge verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 trat das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht in Kraft (BGG, SR 173.110). Da der angefochtene Entscheid nach diesem Zeitpunkt ergangen ist, findet das neue Verfahrensrecht Anwendung (Art. 132 Abs. 1 BGG). Die Eingabe der Beschwerdeführer ist demnach als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen (Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 StHG; vgl. das zur Veröffentlichung bestimmte Urteil 2C_637/2007 vom 4. April 2008, E. 1.3).
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 trat das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht in Kraft (BGG, SR 173.110). Da der angefochtene Entscheid nach diesem Zeitpunkt ergangen ist, findet das neue Verfahrensrecht Anwendung (Art. 132 Abs. 1 BGG). Die Eingabe der Beschwerdeführer ist demnach als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen (Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 StHG; vgl. das zur Veröffentlichung bestimmte Urteil 2C_637/2007 vom 4. April 2008, E. 1.3).
1.2 Auf die grundsätzlich frist- und formgerecht eingereichte Eingabe ist unter folgenden Vorbehalten einzutreten:
1.2.1 Streitgegenstand der nachträglichen Verwaltungsrechtspflege bildet das durch die Verfügung geregelte Rechtsverhältnis. Objekt des Beschwerdeverfahrens vor Bundesgericht kann nur sein, was bereits im vorinstanzlichen Verfahren zu beurteilen war. Gegenstände, über welche die Vorinstanzen nicht entscheiden mussten, können aus Gründen der funktionellen Zuständigkeit auch durch die übergeordnete Rechtsmittelbehörde nicht geprüft werden (vgl. die Urteile 2A.706/2006 vom 1. März 2007, E. 1.3, 2A.121/2004 vom 16. März 2005, E. 2.1 mit Hinweisen, publ. in: RDAF 61 II 335 ff.; BGE 117 Ib 114 E. 5b S. 118 f.). Die Beschwerdeführer beantragen erstmals vor Bundesgericht, es seien die aus Landverkäufen erfolgten Ersatzbeschaffungen als Anlagekostenminderungen anzuerkennen und die Sofortabschreibungen der Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen. Ihr Antrag sprengt den Streitgegenstand; es ist auf die entsprechende Problematik nicht weiter einzugehen. Im Übrigen verletzt die aargauische Praxis zu dieser übergangsrechtlichen Frage weder das Steuerharmonisierungsgesetz noch Bundesverfassungsrecht (so die Urteile 2A.116/2007 und 2C_66/2007 vom 13. Juni 2008, welche dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführer bekannt sind).
1.2.2 Die Beschwerdeführer haben dem Bundesgericht am 10. April 2008 eine Replik zu den ihnen am 11. März 2008 zur Kenntnisnahme zugestellten Vernehmlassungen zukommen lassen. Auf ihre dortigen Ausführungen ist nicht weiter einzugehen, da das Bundesgericht am 8. April 2008 entschieden hat und kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet worden ist (vgl. Art. 102 Abs. 3 BGG). Ebenfalls unbeachtlich sind sämtliche Ausführungen, die den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG nicht genügen: Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur im Rahmen einer begründeten Rüge (Art. 106 Abs. 2 BGG); der Betroffene muss dartun, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid gegen Verfassungsrecht verstossen soll (BGE 133 IV 286 ff.); dies haben die Beschwerdeführer über weite Strecken unterlassen.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer beantragen, es sei der im Jahre 2001 aus ihrer landwirtschaftlichen Tätigkeit entstandene Verlust von Fr. 17'474.-- einkommensmindernd zu berücksichtigen. Zu Unrecht: Sie haben ihre bisherige Erwerbstätigkeit als Landwirte per 1. Februar 2000 aufgegeben, was durch die Zwischenveranlagung wegen Erwerbsaufgabe und durch die Revers-Erklärung belegt ist. Wenn sie seither in reduziertem Umfang weiter geschäftet haben, so handelte es sich hierbei nicht mehr um eine selbständige Erwerbstätigkeit im Sinne von § 27 Abs. 1 des aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG/AG, SAR 651.100) bzw. Art. 8 Abs. 1 StHG; nur im Rahmen einer solchen könnten die entsprechenden Verluste abgezogen werden (§ 36 Abs. 2 lit. c StG/AG bzw. Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG). Wer die Landwirtschaft hobbymässig betreibt, darf die damit verbundenen Einbussen nicht abziehen. Wird eine Tätigkeit - wie hier - auf Dauer mit Verlusten ausgeübt, stellt dies praxisgemäss ein deutliches Indiz dafür dar, dass sie aus anderen Motiven als dem Erwerbszweck wahrgenommen wird (Urteil 2A.68/2004 vom 4. Juni 2004, E. 3.2 mit Hinweisen, publ. in: StE 2004 B 23.1 Nr. 57). Daran ändert nichts, dass die Beschwerdeführer korrekt Bücher führen und für ihre Tätigkeit über anerkannte fachliche Qualitäten verfügen (vgl. das Urteil 2A.622/623/2006 vom 24. Oktober 2006, E. 3.3).
2.2 Weiter wenden die Beschwerdeführer ein, die Mietzinseinnahmen von Fr. 18'000.-- im Jahre 2001 seien zu Unrecht gesondert erfasst worden. Sie übersehen, dass es sich dabei um steuerbare Einkünfte aus unbeweglichem Vermögen im Sinne von § 30 Abs. 1 lit. a StG/AG bzw. Art. 7 Abs. 1 StHG handelt. Weil - wie dargelegt - keine selbständige Erwerbstätigkeit mehr gegeben ist, können sie die entsprechenden Einkünfte nicht mit Abschreibungen auf den Gebäuden kompensieren. Im Übrigen ist ihr Begehren in dieser Form neu und kann daher nicht gehört werden (Art. 99 Abs. 2 BGG).
2.3 Schliesslich beanstanden die Beschwerdeführer, dass die im Jahre 1986 für den Scheunenbau ausgerichtete Subvention von Fr. 101'500.-- zu den kumulierten Abschreibungen gerechnet wurde. Ihres Erachtens reduzierte dieser Beitrag der öffentlichen Hand die Anlagekosten, weshalb er im Falle der dereinstigen Erfassung des Überführungsgewinnes nicht zu den steuerbaren Abschreibungen gemäss § 27 Abs. 4 StG/AG zu rechnen sei. Auch dieser Einwand überzeugt nicht: Nach dem Kreisschreiben Nr. 3 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 25. November 1992 unterliegen die Kapitalgewinne auf landwirtschaftlichen Grundstücken nur bis zur Höhe der Anlagekosten der Besteuerung; dabei sind "allfällige Subventionen, welche die Anlagekosten gemindert haben, [...] ebenfalls zu erfassen" (Ziff. 1). Die Subventionen gelten mithin als Bestandteil der Anlagekosten und gehören damit zu dem nach Art. 18 Abs. 4 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) steuerbaren Kapital- oder Überführungsgewinn (vgl. auch den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 26. August 2003, E. 5, publ. in: StE 2004 B 26.45 Nr. 1). Diese Behandlung ist in der Lehre unbestritten (Hans-Ulrich Meuter, Die Besteuerung von Selbständigerwerbenden nach dem Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG] unter besonderer Berücksichtigung der Land- und Forstwirtschaft, ZStP 1993, S. 73 ff., insbesondere S. 83; Yves Noël, in: Yersin/Noël, Impôt fédéral direct, Commentaire romand, Basel 2008, N 90 zu Art. 18 LIFD; Markus Reich, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a] Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl., Basel 2008, N 66 zu Art. 18 DBG). Es ist nicht einzusehen, weshalb für den gleich lautenden § 27 Abs. 4 StG AG etwas anderes gelten sollte. Die Subvention von Fr. 101'500.-- wurde daher zu Recht zu den kumulierten Abschreibungen gerechnet.
3. 3.1 Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
3.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. April 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli i.V. Hugi Yar