Sachverhalt:
A. Am 18. Mai 2011 stellte die Schweizerische Eidgenossenschaft, vertreten durch das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO), Strafantrag gegen die Verantwortlichen der Firma Y._ GmbH wegen des Verdachts von Widerhandlungen gegen das Bundesgesetz gegen den unlauteren Wettbewerb (UWG). In der Folge eröffnete die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts des gewerbsmässigen Betruges und von Widerhandlungen gegen das UWG.
B. Gestützt auf zwei Durchsuchungsbefehle der Staatsanwaltschaft vom 5. Juli 2011 wurden in den Geschäftsräumlichkeiten der Firma Y._ GmbH sowie in den privaten Wohnräumen des Beschuldigten und seiner Ehefrau Haus- und Fahrzeugdurchsuchungen vorgenommen und diverse Gegenstände vorläufig beschlagnahmt, deren Inhaber bzw. Eigentümer teilweise die Firma Y._ GmbH, teilweise die Ehefrau des Beschuldigten und teilweise der Beschuldigte selbst sind. Der Beschuldigte verlangte die Siegelung aller sichergestellten Objekte.
C. Am 8. Juli 2011 stellte die Staatsanwaltschaft beim Zwangsmassnahmengericht des Kantons St. Gallen (am Kreisgericht Toggenburg) das Gesuch, alle beschlagnahmten Gegenstände seien zu entsiegeln (zur weiteren Durchsuchung durch die Staatsanwaltschaft freizugeben). Zur faktischen Durchführbarkeit der Durchsuchung der sichergestellten Mobiltelefone sei ihr, der Staatsanwaltschaft, die Ermächtigung zu erteilen, bei der zuständigen Behörde die betreffenden PUK-Codes einzuholen.
D. Mit Entscheid vom 31. August 2011 bewilligte das Zwangsmassnahmengericht die beantragte Entsiegelung und Freigabe sämtlicher Gegenstände und Aufzeichnungen zur Durchsuchung. Gleichzeitig wurde der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung erteilt, die PUK-Codes der sichergestellten Mobiltelefone einzuholen.
E. Gegen den Entsiegelungsentscheid des Zwangsmassnahmengerichtes vom 31. August 2011 gelangte X._ mit Beschwerde vom 15. September 2011 an das Bundesgericht. Er beantragt zur Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Entscheides.
Die Staatsanwaltschaft und das Zwangsmassnahmengericht beantragen je die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer replizierte am 26. Oktober 2011. Die Staatsanwaltschaft reichte am 31. Oktober 2011 (unaufgefordert) eine Stellungnahme zur Replik ein. Der Beschwerdeführer antwortete darauf am 11. November 2011.
Erwägungen:
1. Gemäss Art. 80 BGG ist die Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesstrafgerichts (Abs. 1). Die Kantone setzen als letzte kantonale Instanzen obere Gerichte ein. Diese entscheiden als Rechtsmittelinstanzen. Ausgenommen sind die Fälle, in denen nach der StPO ein Zwangsmassnahmengericht oder ein anderes Gericht als einzige kantonale Instanz entscheidet (Abs. 2; dritter Satz eingefügt durch Anhang Ziff. II/5 des Bundesgesetzes vom 19. März 2010 über die Organisation der Strafbehörden des Bundes [Strafbehördenorganisationsgesetz, StBOG; SR 173.71]).
1.1 Vorliegend hat die Vorinstanz (in Anwendung von Art. 248 Abs. 3 StPO) als einzige kantonale Instanz entschieden. Stellt die Staatsanwaltschaft im Vorverfahren ein Entsiegelungsgesuch, so entscheidet darüber das Zwangsmassnahmengericht innerhalb eines Monats endgültig (Art. 248 Abs. 3 lit. a StPO). Art. 380 StPO stellt klar, dass in den Fällen, in denen die StPO einen Entscheid als endgültig oder nicht anfechtbar bezeichnet, kein Rechtsmittel nach diesem Gesetz zulässig ist. Damit übereinstimmend bestimmt Art. 393 Abs. 1 lit. c StPO, dass die Beschwerde zulässig ist gegen Entscheide des Zwangsmassnahmengerichts in den in diesem Gesetz vorgesehenen Fällen.
1.2 Wie das Bundesgericht schon in seinem Urteil 1B_516/2011 vom 17. November 2011 erwogen hat, drängt sich allerdings die Frage auf, ob der sich aus dem Gesetzeswortlaut ergebende Ausschluss der StPO-Beschwerde in Entsiegelungsangelegenheiten den gesetzgeberischen Willen korrekt zum Ausdruck bringt. Eine direkte Anfechtungsmöglichkeit beim Bundesgericht widerspricht wichtigen Reformzielen, nämlich der Schaffung des zweistufigen kantonalen Rechtsmittelzugs ("double instance") sowie der Entlastung des Höchstgerichts, ohne dass erkennbar wäre, weshalb der Gesetzgeber von der bisherigen bewährten Ordnung, welche die Beschwerde in Strafsachen nur gegen entsprechende Rechtsmittelentscheide oberer kantonaler Gerichte und (bei Bundesgerichtsbarkeit) der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes zuliess (Art. 78 und Art. 79 i.V.m. aArt. 80 BGG), bewusst hätte abweichen wollen. Entsiegelungen betreffen nicht selten sehr komplexe Wirtschaftsstraffälle mit grossen Mengen zu sichtender Dokumente und elektronischer Dateien (vgl. BGE 137 IV 189). Art. 248 Abs. 3 StPO sieht eine kurze Entscheidungsfrist vor. Um die richterliche Triage vornehmen zu können, ist bei den zuständigen Gerichtsbehörden in der Regel der Aufbau einer aufwändigen und spezialisierten Infrastruktur notwendig (vgl. Heinz Aemisegger/Marc Forster, Basler Kommentar BGG, 2. Aufl., 2011, Art. 79 N. 31). In schwierigen Entsiegelungsfällen ist oft sehr umfangreiches Material zu sichten und zu bewerten, was gegen einen direkten Weiterzug ans Bundesgericht spricht. Dieses ist nicht dotiert zur umfassenden und entsprechend zeitraubenden Überprüfung komplexer Untersuchungshandlungen, die regelmässig im Beisein und unter Mitwirkung der betroffenen Parteien und nötigenfalls von Experten (vgl. Art. 248 Abs. 4 StPO) vorgenommen werden müssen. Seine primären Aufgaben als Höchstgericht liegen in der letztinstanzlichen Beantwortung von Rechtsfragen und in der Gewährleistung einer einheitlichen Anwendung des Bundesrechts. Die direkte Anfechtbarkeit von Entsiegelungsentscheiden beim Bundesgericht erscheint deshalb - zumindest in sehr komplexen und schwierigen Fällen - nicht stufen- und sachgerecht (Urteil 1B_516/ 2011 vom 17. November 2011 E. 1.1).
1.3 Auch im Vergleich mit dem Beschwerdeweg bei rechtshilfeweisen Entsiegelungen erweist sich ein vollständiger Ausschluss der StPO-Beschwerde als inkohärent bzw. systemwidrig: Bei allen rechtshilferechtlichen Entsiegelungsentscheiden der Zwangsmassnahmengerichte besteht grundsätzlich eine Beschwerdemöglichkeit nach IRSG, und zwar sowohl bei rechtshilferechtlicher Zuständigkeit der Bundesanwaltschaft als ausführende Behörde, als auch bei Zuständigkeit kantonaler Staatsanwaltschaften (Art. 80e Abs. 2 IRSG i.V.m. Art. 54 StPO; Urteil des Bundesgerichtes 1B_563/2011 vom 16. Januar 2012 E. 2; vgl. auch zur amtl. Publikation bestimmtes Urteil 1C_365+371/2011 vom 6. Januar 2012 E. 2.2-2.3). Es wäre nur schwer einzusehen, weshalb bei Entsiegelungsentscheiden der Zwangsmassnahmengerichte im Rahmen von inländischen (schweizerischen) Strafverfahren der Rechtsschutz insofern eingeschränkter sein sollte als in Rechtshilfeverfahren. Dies umso weniger, als bei strafprozessualen Entsiegelungen bereits direkt die Freigabe an die Staatsanwaltschaft zur Durchsuchung und weiteren Verwendung zu Strafverfolgungszwecken verfügt wird, während rechtshilfeweise beschlagnahmte und entsiegelte Gegenstände erst gestützt auf eine weitere rechtskräftige Schlussverfügung (Art. 80d IRSG) der untersuchenden ausländischen Behörde allenfalls zur Verfügung gestellt werden können. Insoweit greift der strafprozessuale Entsiegelungsentscheid bereits deutlich stärker in die Rechte der Betroffenen ein als der rechtshilferechtliche (vgl. Aemisegger/Forster, a.a.O., Art. 79 Fussnote 85).
1.4 Da die Beschwerde im Fall 1B_516/2011 ohnehin abzuweisen war und es sich nicht um einen sehr komplexen Entsiegelungsfall handelte, liess das Bundesgericht (im Urteil 1B_516/2011 vom 17. November 2011) die Frage der Zulässigkeit der Beschwerde unter dem Gesichtspunkt von Art. 80 BGG noch ausdrücklich offen.
1.5 Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, braucht diese Problematik auch im vorliegenden Fall nicht abschliessend geprüft zu werden.
2. Es stellt sich die Frage, inwiefern der Beschwerdeführer zur Anfechtung der Entsiegelung legitimiert ist (vgl. Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG).
2.1 Der Beschwerdeführer ist grundsätzlich nicht befugt, allfällige Rechte von dritten Personen, insbesondere Kunden und "Drittfirmen", als verletzt anzurufen, die von der Entsiegelung bloss indirekt mitbetroffen sind.
2.2 Ob bei den erfolgten Haus- und Fahrzeugdurchsuchungen und vorläufigen Sicherstellungen allenfalls Rechte des Beschuldigten oder von Drittbetroffenen verletzt worden sein könnten, ist im hier streitigen (gemäss Art. 248 StPO separaten) Entsiegelungsverfahren grundsätzlich nicht zu prüfen, da die betreffenden Zwangsmassnahmenbefehle mit StPO-Beschwerde selbständig anfechtbar sind (vgl. Art. 244 ff. und Art. 263 ff. i.V.m. Art. 198 Abs. 1 und Art. 393 Abs. 1 lit. a StPO). Der Beschwerdeführer hat auf eine Anfechtung der Durchsuchungsbefehle nach eigener Darstellung verzichtet. Weitere direkt oder indirekt betroffene Personen (bzw. Inhaber von vorläufig beschlagnahmten Aufzeichnungen und Gegenständen) haben keine Siegelung beantragt. Die Frage einer allfälligen Verwertbarkeit von sogenannten "Zufallsfunden" gegen Dritte nach erfolgter Durchsuchung entsiegelter Akten (Art. 141 StPO) bildet nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheides.
2.3 Versiegelungsgesuche sind von der Inhaberin bzw. vom Inhaber der sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenstände zu stellen (Art. 248 Abs. 1 StPO). Der streitige Entsiegelungsentscheid erstreckt sich auf vorläufig sichergestellte Objekte, die gemäss den vorliegenden Akten verschiedenen Personen gehören. Die Beschlagnahme-Positionen A1-A18, M20, A21-27 und A29-30 betreffen die Firma Y._ GmbH sowie die Ehefrau des Beschwerdeführers als jeweilige Inhaberinnen bzw. Eigentümerinnen. Der Beschwerdeführer ist grundsätzlich nicht legitimiert, für diese Personen im eigenen Namen (und in deren Interesse) selbständig Beschwerde zu führen. Auch diese Inhaberinnen haben im Übrigen unbestrittenermassen keine Siegelung von sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenständen beantragt.
2.4 Wie sich aus den nachfolgenden materiellen Erwägungen ergibt, braucht die Frage, in welchem Umfang der Beschwerdeführer zur Anfechtung der Entsiegelung legitimiert ist, über das bereits Dargelegte hinaus nicht weiter vertieft zu werden.
3. Art. 98 BGG gelangt im vorliegenden Fall nicht zur Anwendung. Bei Entsiegelungen handelt es sich zwar um strafprozessuale Zwischenentscheide, nicht aber um "vorsorgliche Massnahmen" im Sinne von Art. 98 BGG (Urteile des Bundesgerichtes 1B_232+233/2009 vom 25. Februar 2009 E 1.3; 1B_277/2011 vom 28. Juni 2011 E. 1; vgl. Aemisegger/Forster, a.a.O., Art. 79 N. 44).
4. Der Beschwerdeführer macht (zusammengefasst) Folgendes geltend: Die Rechtmässigkeit der Haus- und Fahrzeugdurchsuchungen werde nicht angefochten. Auch das Vorliegen eines hinreichenden Tatverdachtes sei unbestritten. Entgegen der geltenden Praxis habe die Vorinstanz jedoch keine "Vortriage" der versiegelten Gegenstände vorgenommen, sondern "unbesehen" die Entsiegelung bzw. Freigabe zur Durchsuchung verfügt. Dies ergebe sich aus der Erwägung des angefochtenen Entscheides, wonach der Entsiegelungsrichter nicht bei jedem einzelnen versiegelten Gegenstand von sich aus zu prüfen habe, ob dieser für die Untersuchung relevant ist. Der angefochtene Entscheid verletze damit Art. 248 StPO, Art. 9 und Art. 29 Abs. 2 BV (Willkürverbot; rechtliches Gehör, Begründungsgebot) sowie Art. 13 BV und Art. 8 EMRK (Privat- und Familienleben, Verhältnismässigkeit).
5. 5.1 Aufzeichnungen und Gegenstände, die nach Angaben der Inhaberin oder des Inhabers wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts oder aus anderen Gründen nicht durchsucht oder beschlagnahmt werden dürfen, sind zu versiegeln und dürfen von den Strafbehörden weder eingesehen noch verwendet werden (Art. 248 Abs. 1 StPO). Stellt die Staatsanwaltschaft im Vorverfahren (innert 20 Tagen nach der Versiegelung) ein Entsiegelungsgesuch, so entscheidet darüber innerhalb eines Monats (endgültig) das Zwangsmassnahmengericht (Art. 248 Abs. 2-3 StPO).
5.2 Wenn die Staatsanwaltschaft das Entsiegelungsgesuch stellt, hat das Zwangsmassnahmengericht nach der Praxis des Bundesgerichtes das richterliche Entsiegelungsverfahren einzuleiten (vgl. BGE 137 IV 189 E. 4.2-4.3 S. 194 f. mit Hinweisen). Falls eine richterliche Durchsicht als grundsätzlich zulässig erachtet wird, entfernt der zuständige Richter das Siegel, und es erfolgt eine Sichtung der Aufzeichnungen und Gegenstände (sog. richterliche Triage). Der Entsiegelungsrichter hat zu prüfen, was für eine Durchsuchung und weitere Verwendung durch die Strafverfolgungsbehörden in Frage kommt und welche Gegenstände ausscheiden. Betroffene Inhaber von Aufzeichnungen und Gegenständen welche die Versiegelung beantragen bzw. Durchsuchungshindernisse geltend machen, haben allerdings die prozessuale Obliegenheit, den Entsiegelungsrichter bei der Sichtung und Klassifizierung von Dokumenten zu unterstützen. Auch haben sie jene Dateien zu benennen, die ihrer Ansicht nach der Geheimhaltung unterliegen oder offensichtlich keinen Sachzusammenhang mit der Strafuntersuchung aufweisen. Gestützt darauf entscheidet das Zwangsmassnahmengericht verfahrensabschliessend über den konkreten Umfang der Aufzeichnungen und Gegenstände, die der Staatsanwaltschaft zur Durchsuchung und weiteren prozessualen Verwendung überlassen werden können (vgl. BGE 137 IV 189 E. 4.2-4.3 S. 194 f. mit Hinweisen).
6. 6.1 Aus den Vorbringen des Beschwerdeführers und den vorliegenden Akten lässt sich nicht ableiten, dass das Zwangsmassnahmengericht das Entsiegelungsverfahren auf bundesrechtswidrige Weise durchgeführt hätte. Gemäss der dargelegten Rechtsprechung hat eine detaillierte (dokumentenbezogene) Einzeltriage durch den Entsiegelungsrichter nur zu erfolgen, soweit betroffene Inhaber, welche die Versiegelung verlangt haben, substanziierte Einwände gegen die Entsiegelung und Durchsuchung von konkreten sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenständen erheben. Dabei handelt es sich um eine prozessuale Obliegenheit der rechtsuchenden Partei, besonders bei umfangreichen Datenmengen (BGE 137 IV 189 E. 4.3 S. 195 mit Hinweisen, E. 5.1.2 S. 197, E. 5.3.1-5.3.3 S. 198 f.). Sowohl im Entsiegelungsverfahren vor dem Zwangsmassnahmengericht als auch im Rechtsmittelverfahren vor Bundesgericht erhielt der Beschwerdeführer ausreichend Gelegenheit, solche substanziierten Einwendungen (betreffend Geheimnisschutz bzw. Untersuchungsrelevanz) zu erheben.
6.2 Die vom Beschwerdeführer beanstandete Erwägung der Vorinstanz, wonach der Entsiegelungsrichter (jedenfalls bei umfangreichem Datenmaterial wie hier) nicht bei jedem einzelnen versiegelten Gegenstand von Amtes wegen zu prüfen habe, inwiefern dieser für die Untersuchung relevant sein könnte, steht nach dem Gesagten im Einklang mit der bundesgerichtlichen Praxis und mit Art. 248 StPO. Auch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV), des Privat- und Familienlebens (Art. 13 BV und Art. 8 EMRK) oder des Willkürverbots (Art. 9 BV) ist im vorliegenden Zusammenhang nicht ersichtlich. Zwar macht der Beschwerdeführer pauschal geltend, es seien auch ihm gehörende private Akten mit "höchstpersönlichem Inhalt" sowie Anwaltskorrespondenz betroffen. Er legt jedoch (auch vor Bundesgericht) weiterhin nicht substanziiert dar, um welche konkreten versiegelten Dokumente es sich dabei handeln würde und inwiefern geschützte private Geheimnisinteressen tangiert wären, die dem Interesse an der Aufklärung der untersuchten Delikte vorgingen. Ebenso wenig führt er aus, welche sichergestellten Gegenstände für die Strafuntersuchung offensichtlich unerheblich seien. Dass im Entsiegelungsgesuch nicht ausdrücklich auf sämtliche involvierten Firmen und Gesellschaften Bezug genommen worden sei, von denen sich Schriftstücke in den versiegelten Akten befinden, lässt die fraglichen Unterlagen nicht ohne Weiteres als irrelevant und die Entsiegelung nicht als unverhältnismässig erscheinen (vgl. BGE 137 IV 189 E. 4.3 S. 195 mit Hinweisen, E. 5.1.2 S. 197, E. 5.3.1-5.3.3 S. 198 f.).
6.3 Die allgemeinen gesetzlichen Entsiegelungsvoraussetzungen (nämlich ein hinreichender Tatverdacht, hier von gewerbsmässigem Betrug, das Fehlen absoluter Geheimnisschutzgründe und die grundsätzliche Untersuchungsrelevanz der entsiegelten Objekte) hat die Vorinstanz von Amtes wegen geprüft und bundesrechtskonform begründet. Angesichts des relativ grossen Umfangs der Aufzeichnungen, Dokumente und Datenträger (darunter diverse Personalcomputer, Notebooks, Smartphones und weitere elektronische Dateien sowie mehrere Dutzend Bundesordner Dokumente) und angesichts des Fehlens substanziierter Einwendungen des Beschwerdeführers durfte sich die Vorinstanz auf die Prüfung beschränken, ob absolute Geheimnisschutzgründe vorliegen und ob die versiegelten Gegenstände und Aufzeichnungen als mögliche Beweismittel bzw. Beschlagnahmegegenstände nicht offensichtlich unerheblich erscheinen (BGE 137 IV 189 E. 5.1.2 S. 197, E. 5.3.1-5.3.3 S. 198 f.).
7. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend, sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung bzw. vorsorgliche Massnahmen wird mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache hinfällig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft, Kantonales Untersuchungsamt, und dem Zwangsmassnahmengericht des Kantons St. Gallen, Kreisgericht Toggenburg, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Februar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster