Sachverhalt:
A. Die X._ AG bezweckt gemäss Eintrag im Handelsregister "...". 2007 hatte sie ihren Sitz an der A._strasse in Zürich, wo sie auch über gemietete Verkaufs-, Lager- und Büroräume verfügte. Das Mietverhältnis für diese Räume beruhte auf einem schriftlichen Mietvertrag aus dem Jahr 1990, zu welchem drei Zusätze vereinbart wurden. In Zusatz III wurde das Mietverhältnis um fünf Jahre ab 31. März 2005 fest verlängert, verbunden mit einer Option auf das Mietobjekt für weitere fünf Jahre. Dazu wurde festgehalten, dass die feste Mietdauer bis 31. März 2010 wie auch die eingeräumte weitere Option nur solange gelte, als "Frau X._ die aktive und/oder leitende Geschäftstätigkeit in den Mieträumlichkeiten ausübt". Für den Fall, dass diese Voraussetzungen nicht mehr erfüllt sein sollten, vereinbarten die Parteien, dass auch "die feste Vertragsdauer als per sofort erloschen [gilt] und [...] bezüglich Mietdauer und Kündigung die allgemeinen Vertragsbestimmungen" gelten. In diesem Fall hätte damit die einjährige, vertraglich vereinbarte Kündigungsfrist auf die ortsüblichen Kündigungstermine (31. März und 30. September) Anwendung gefunden.
Am 20. November 2007 wurden folgende Vereinbarungen abgeschlossen:
einen Kaufvertrag zwischen der B._ SA und X._, Alleinaktionärin der X._ AG, betreffend die Übertragung sämtlicher Aktien dieser Gesellschaft zum Preis von Fr. 4'410'000.--;
eine Vereinbarung zwischen der Vermieterin der Lokalitäten A._strasse (C._ AG) und der X._ AG betreffend die Aufhebung des Mietverhältnisses per 30. Juni 2008;
einen Untermietvertrag zwischen der X._ AG und der B._ SA betreffend die Lokalitäten A._strasse für die Periode 1. Februar 2008 bis zum Ende des Mietvertrags der X._ AG für das Mietobjekt (30. Juni 2008);
einen Verkaufsvertrag zwischen der B._ SA und einem Dritten (D._) betreffend die Übertragung sämtlicher Aktien der X._ AG zum Preis von Fr. 400'000.--.
B. Für die Steuerperiode 2007 deklarierte die X._ AG einen Verlust von Fr. 554'169.-- bei einem Eigenkapital von Fr. 971'725.--. Nach Vornahme einer Bücherrevision schätzte das kantonale Steueramt die X._ AG mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 2'419'000.-- (Eigenkapital Fr. 971'000.--) ein. Dabei rechnete es ihr den Betrag von Fr. 4'010'000.-- (nämlich die Differenz zwischen den beiden Kaufserlösen von Fr. 4'410'000.-- bzw. Fr. 400'000.--) als Entschädigung für die vorzeitige Auflösung des Mietvertrags (sog. Schlüsselgeld) auf und hielt daran auch in den Einspracheentscheiden vom 28. Mai 2008 fest. Einen Rekurs bzw. eine Beschwerde hiergegen hiess die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich mit Entscheiden vom 10. November 2010 gut und setzte den steuerbaren Gewinn auf Fr. 0 fest (Eigenkapital Fr. 971'000.--). Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die vom kantonalen Steueramt Zürich erhobenen Beschwerden gut und stellte wieder die Steuerfaktoren gemäss den Einspracheentscheiden her.
C. Vor Bundesgericht beantragt die X._ AG, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2011 aufzuheben und den steuerbaren Gewinn mit Fr. 0 zu veranlagen (Eigenkapital Fr. 971'000.--).
D. Das kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung (betreffend die direkte Bundessteuer) beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um kantonale letztinstanzliche Entscheide über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerden der gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführerin ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Diesen Begründungsanforderungen genügt die Beschwerdeschrift nur teilweise. Soweit sie nicht erfüllt sind, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss Art. 58 DBG (SR 642.11) zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c). Zum steuerbaren Reingewinn gehören namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Masse gewährt würden. Solche geldwerte Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn (a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahe stehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (BGE 131 II 593 E. 5.1 S. 607; Urteil 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.1, in: StR 64, S. 915, 916; je mit Hinweisen). Als geldwerte Leistungen gelten insbesondere Ertragsverzichte zugunsten des Aktionärs oder einer ihm nahe stehenden Person, die bei der Gesellschaft zu einer entsprechenden Kürzung des in der Erfolgsrechnung ausgewiesenen Gewinnes führen. Diese Form der geldwerten Leistung wird irreführend als "Gewinnvorwegnahme" bezeichnet, obwohl handelsrechtlich gar keine Gewinne "vorweggenommen" werden können (Urteil 2C_335/2008 vom 13. Oktober 2008 E. 2.2, in: RtiD 2009 I 492 S. 494). Solche Ertragsverzichte liegen vor, wenn die Gesellschaft auf ihr zustehende Einnahmen ganz oder teilweise zugunsten des Aktionärs oder diesem nahestehenden Personen verzichtet bzw. wenn diese nicht jene Gegenleistung erbringen, welche die Gesellschaft von einem unbeteiligten Dritten fordern würde (Urteil 2C_180/2011, 2C_181/2011 vom 22. September 2011 E. 3.2).
2.2 Nach der Vorinstanz wäre der Mietvertrag zwischen der Beschwerdeführerin und ihrer Vermieterin unter unbeteiligten Dritten nicht entschädigungslos aufgehoben worden. Mit dem gewählten Vorgehen sei die Entschädigung für die Aufhebung des Mietvertrags und seiner Zusätze in Form eines überhöhten Kaufpreises für die Aktien der X._ AG direkt der Alleinaktionärin zugeflossen. Es liege mithin ein Ertragsverzicht im Sinne von Art. 58 Abs. 1 lit. c DBG vor.
Dabei stützt sich die Vorinstanz im Wesentlichen auf eine Anfrage der B._ SA vom 10. Dezember 2007, wo sie vom kantonalen Steueramt die Zusicherung einholte und auch erlangte, den "Verlust" von Fr. 4'010'000.-- aus dem An- und Verkauf der Aktien der Beschwerdeführerin als "Zusatzkosten für den Abschluss eines Mietvertrags" zu aktivieren und über die mutmassliche Mietdauer linear abschreiben zu dürfen. Diese im Namen der B._ SA erfolgte Anfrage hatte noch der heutige Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin für die E._ AG mitunterzeichnet und dabei die Ausgangslage wie folgt geschildert: "B._ SA beabsichtigte schon seit geraumer Zeit in Zürich eine Boutique an einer Toplage zu eröffnen. Dabei ist sie auch auf die Räumlichkeiten der A._strasse aufmerksam geworden, welche damals noch an die X._ AG vermietet waren. Die Vermieterin dieser Räumlichkeiten, die C._ AG in Zürich, erklärte sich unter der Voraussetzung bereit, mit B._ SA einen Mietvertrag einzugehen, dass die X._ AG ihrerseits von ihrem Vertrag zurücktrete. Die X._ AG betreibt die Fabrikation und den Vertrieb von Koffern und Lederwaren im gehobenen Preissegment, weshalb die Aufgabe ihres Standortes für sie eine völlige geschäftliche Neupositionierung bedeutet hätte. Aus diesem Grund war sie auch gegen eine Entschädigung nicht bereit, ihren langjährigen Mietvertrag aufzugeben. Hingegen erklärte sich die Aktionärin der X._ AG bereit, der B._ SA ihre Aktien zu verkaufen. Obwohl eigentlich nur an den Räumlichkeiten am F._platz interessiert, war der Kauf der Beteiligungen X._ aus Sicht der B._ SA deshalb die einzige Möglichkeit, zu einem Mietvertrag über die Räumlichkeiten an der A._strasse zu gelangen". Unter dem Titel "wirtschaftliche Betrachtungsweise" wird sodann in der Anfrage ausgeführt: "Tatsächlich ist dieser Verlust jedoch in Kauf genommen worden, um einen Mietvertrag über Räumlichkeiten an der A._strasse abschliessen zu können. Wirtschaftlich betrachtet stellen diese Kosten damit Zusatzkosten im Zusammenhang mit einem Mietvertrag dar, weshalb sie zu aktivieren und steuerlich über die Laufzeit des Mietvertrags abzuschreiben sind".
Daraus leitet die Vorinstanz folgerichtig ab, der auf dem freien Markt erzielbare Verkehrswert der Aktien der Beschwerdeführerin (ohne Verbindung zum Mietverhältnis) habe Fr. 400'000.-- betragen, und der Mehrerlös sei als Entschädigung für die vorzeitige Auflösung des Mietverhältnisses zu qualifizieren. Diese habe aber der Beschwerdeführerin als Mieterin - und nicht ihrer Alleinaktionärin - zugestanden.
3. Was die Beschwerdeführerin gegen diese Schlussfolgerungen einwendet, widerspricht den Angaben in der Anfrage an das kantonale Steueramt vom 10. Dezember 2007, die nota bene gerade vom Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin stammen, und vermag auch sonst nicht zu überzeugen.
3.1 Zunächst behauptet die Beschwerdeführerin, der Kaufpreis von Fr. 4'410'000.-- für ihre Aktien sei unter Berücksichtigung des wertvollen Mietverhältnisses keineswegs überhöht gewesen. Dabei lässt sie ausser Acht, dass es ja gerade darum gegangen ist, dieses wertvolle Mietverhältnis aufzugeben, damit sich neu die B._ SA in den Räumlichkeiten an der Toplage A._strasse einmieten konnte. Ohne diesen Mietvertrag als wesentlichen Trumpf sackte der Wert der Beschwerdeführerin und damit ihrer Aktien in der Tat auf rund einen Zehntel zusammen. Dieses Ergebnis wird im Übrigen durch den gleichzeitigen Verkauf der Aktien an einen unabhängigen Dritten für Fr. 400'000.-- bestätigt.
3.2 Weiter behauptet die Beschwerdeführerin, bei "Entflechtung" der vertraglichen Beziehungen im Sinne der Vorinstanz hätte die B._ SA die Entschädigung zweimal entrichten müssen, nämlich ein erstes Mal an die Beschwerdeführerin direkt und ein zweites Mal an deren Aktionärin in Form eines übersetzten Kaufpreises. Auch diese Argumentation verfängt nicht. Denn wäre die Entschädigung direkt an die Beschwerdeführerin gegangen, indem diese auf das Mietverhältnis verzichtet hätte, wäre die B._ SA an den Aktien nicht mehr interessiert gewesen. Dafür hätte die Aktionärin die Entschädigung - einkommenswirksam - der Gesellschaft entnehmen müssen. Gerade diese wirtschaftliche Doppelbelastung der Entschädigung (Gewinnsteuer bei der Beschwerdeführerin, Einkommenssteuer bei der Alleinaktionärin) hoffte man auf diese Weise vermeiden zu können.
3.3 Es mag zwar zutreffen, dass die X._ AG wegen des schlechten Geschäftsganges in der Vergangenheit und aufgrund des Alters und des Gesundheitszustands der Alleinaktionärin das Mietverhältnis so oder so vorzeitig aufgegeben hätte. Aber wie die B._ SA in der Anfrage vom 10. Dezember 2007 ausgeführt hatte, wollte sie sich möglichst bald an der Toplage (A._strasse) etablieren. Nur dank dieser millionenschweren Ablösesumme liess sich die Alleinaktionärin bzw. - formell - die Beschwerdeführerin zu raschem Einlenken überreden.
3.4 Zusammenfassend ist an den Schlussfolgerungen der Vorinstanz nichts auszusetzen, zumal nur auf diese Weise die Entschädigung von Fr. 4'010'000.-- bei der leistenden B._ SA und bei der Beschwerdeführerin korrespondierend behandelt wird. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer ist damit unbegründet und abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
II. Staats- und Gemeindesteuern
4. 4.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss § 64 des zürcherischen Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG; LS 631.1) zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (1), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (2), sowie der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen (3). Zum steuerbaren Reingewinn gehören namentlich die offenen und verdeckten Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte. Diese Bestimmungen entsprechen mithin Art. 58 Abs. 1 DBG bzw. Art. 24 Abs. 1 StHG. Das zum DBG Festgestellte gilt damit ebenfalls für die kantonalen Steuern.
4.2 Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern ist damit ebenso unbegründet und abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
III. Kosten und Entschädigung
5. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_680/2011 und 2C_681/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer (2C_680/2011) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_681/2011) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 7000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass