Sachverhalt:
A. Am 26. April 2007 reichte X._ bei der Gemeinde Niederrohrdorf ein nachträgliches Baugesuch für die Bewilligung einer auf der Parzelle Nr. 63 im Lauf des Jahres 2003 erstellten Remise ein. Das Gebäude weist eine Grundfläche von 65,34 m2 (10,8 m x 6,05 m) auf, ist auf allen vier Seiten mit Wänden versehen und mit einem schwach geneigten Pultdach gedeckt. Eine zuvor bestehende Remise wurde 2003 vollständig abgerissen. Die Parzelle Nr. 63 liegt gemäss dem Kulturlandplan der Gemeinde Niederrohrdorf vom 26. November 1999/5. März 2002 in der Landwirtschaftszone mit überlagerter Weilerzone "Holzrüti". Gegen das vom 16. Mai bis zum 5. Juni 2007 öffentlich aufgelegte Baugesuch gingen keine Einsprachen ein.
Mit Verfügung vom 18. Juni 2007 wies das Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau das Baugesuch ab und setzte für den Rückbau der bereits erstellten Baute eine dreimonatige Frist ab Rechtskraft des Entscheids an. Diese Verfügung wurde X._ vom Gemeinderat Niederrohrdorf mit Beschluss vom 16. Juli 2007 eröffnet.
B. In der Folge reichte X._ Beschwerde beim Regierungsrat des Kantons Aargau ein. Er verlangte die Erteilung der ersuchten Baubewilligung und die Aufhebung der Rückbauverfügung. Der Regierungsrat wies die Beschwerde mit Entscheid vom 23. April 2008 ab.
Gegen diesen Entscheid erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Er beantragte die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und verlangte die Feststellung, dass die Baubewilligung für die Renovation und Ersatzbaute der Remise Nr. 14.1 zu erteilen und die Rückbauverfügung aufzuheben sei. Mit Urteil vom 2. März 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. Es erwog, die fragliche Baute könne weder gestützt auf Art. 16a, noch gestützt auf Art. 24 oder 24c RPG bewilligt werden und sei daher materiell rechtswidrig. Die streitige Rückbauanordnung beurteilte es als verhältnismässig.
C. Mit Eingabe vom 30. April 2009 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG). Er beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 2. März 2009 und die Feststellung, dass die ersatzweise erstellte Remise zonenkonform sei. Ferner sei zu überprüfen, ob nicht der Gemeinderat Niederrohrdorf anstelle des Departements Bau, Verkehr und Umwelt BVU für die Behandlung des nachträglichen Baugesuchs zuständig gewesen wäre. Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss eine Verletzung der Rechtsgleichheit (Art. 8 Abs. 1 BV), des Willkürverbots (Art. 9 BV), des Grundsatzes von Treu und Glauben (Art. 9 BV), des Verhältnismässigkeitsprinzips (Art. 5 Abs. 2 und Art. 36 Abs. 3 BV), des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) sowie von Bestimmungen des Raumplanungsgesetzes. Zudem macht er geltend, der Sachverhalt sei unrichtig festgestellt worden (Art. 97 Abs. 1 BGG).
D. Der Gemeinderat Niederohrdorf hält in seiner Vernehmlassung an seinen bisherigen Erwägungen und Beschlüssen fest, stellt jedoch keinen Antrag. Das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Raumentwicklung verzichten ausdrücklich auf eine Stellungnahme. Vom Regierungsrat und vom Departement Bau, Verkehr und Umwelt sind keine Vernehmlassungen eingegangen.
Mit Eingabe vom 28. Juli 2009 liess der Beschwerdeführer dem Bundesgericht unaufgefordert weitere Dokumente zukommen.
Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zugrunde. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251, 409 E. 1.1 S. 411). Der Beschwerdeführer ist als Baugesuchsteller mit Blick auf Art. 89 Abs. 1 BGG ohne Weiteres legitimiert, die vom Verwaltungsgericht bestätigte Rückbauanordnung mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anzufechten. Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind grundsätzlich erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Vorbehältlich genügend begründeter Rügen (vgl. E. 2 und 8) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 bzw. Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge, die rechtsgenüglich substanziiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2 bzw. 106 Abs. 2 BGG), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe sowohl die von ihm beantragte Durchführung eines Augenscheins als auch die Anordnung einer Expertise in willkürlicher Weise abgelehnt.
Der Beschwerdeführer legt in keiner Weise dar, welcher entscheiderhebliche Sachverhalt mit den beantragten Beweismitteln hätte bewiesen werden sollen. Seine entsprechenden Vorbringen sind daher nicht hinreichend begründet (Art. 42 Abs. 2 BGG), weshalb darauf nicht einzutreten ist.
3. Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, die streitbetroffene Remise befinde sich in einer Weilerzone gemäss kommunaler Nutzungsordnung. Deshalb sei zu überprüfen, ob das Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) für die Verfügung vom 18. Juni 2007 zuständig gewesen sei.
3.1 Mit diesem Vorbringen verlangt der Beschwerdeführer sinngemäss die Überprüfung, ob kantonale Zuständigkeitsvorschriften verletzt worden seien. Da die Verletzung kantonalen Rechts keinen zulässigen Beschwerdegrund nach Art. 95 BGG darstellt, kann das Bundesgericht die aufgeworfene Rechtsfrage lediglich unter dem Gesichtswinkel der Willkür überprüfen (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2.1 S. 251 f.).
3.2 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass sich die streitige Remise ausserhalb der Bauzonen befindet. Angesichts der Bestimmung von § 63 lit. e des Gesetzes des Kantons Aargau über Raumplanung, Umweltschutz und Bauwesen vom 19. Januar 1993 (Baugesetz, BauG; SAR 713.100), wonach der Gemeinderat Gesuche, die Bauten ausserhalb von Bauzonen zum Gegenstand haben, vor seinem Entscheid dem zuständigen kantonalen Departement vorzulegen hat, ist nicht ersichtlich, weshalb das Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) für die Verfügung vom 18. Juni 2007 nicht zuständig gewesen sein soll. Der angefochtene Entscheid bietet demnach keinen Anlass für eine diesbezügliche Beanstandung.
4. Nach Art. 22 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG; SR 700) dürfen Bauten und Anlagen nur mit behördlicher Bewilligung errichtet oder geändert werden. Voraussetzung einer Bewilligung ist u.a., dass die Baute dem Zweck der jeweiligen Nutzungszone entspricht (vgl. Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG). In der Landwirtschaftszone sind nach Art. 16a Abs. 1 RPG Bauten und Anlagen zonenkonform, die zur landwirtschaftlichen Bewirtschaftung oder für den produzierenden Gartenbau nötig sind. Der Begriff der Zonenkonformität in der Landwirtschaftszone wird in Art. 34 ff. der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV; SR 700.1) näher ausgeführt. Nach Art. 34 Abs. 4 RPV ist u.a. vorausgesetzt, dass die Baute oder Anlage für die in Frage stehende Bewirtschaftung nötig ist (lit. a), dass der Baute oder Anlage am vorgesehenen Standort keine überwiegenden Interessen entgegenstehen (lit. b), und dass der Betrieb voraussichtlich längerfristig bestehen kann (lit. c). Nach Art. 34 Abs. 5 RPV gelten Bauten und Anlagen für die Freizeitlandwirtschaft nicht als zonenkonform.
4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, seinen Landwirtschaftsbetrieb immer als Nebenerwerbsbetrieb geführt zu haben. Die aktuelle Einstellung der Landwirtschaft habe vorübergehenden Charakter, was daran ersichtlich sei, dass an den bestehenden Stallungen nichts geändert worden sei. Das Eigenland betrage nach wie vor 753 Aren und es werde immer noch Wald bewirtschaftet. Langjährige Pachtverträge seien keine abgeschlossen worden. Die streitige Remise, die dem Unterbringen der für Ackerbau, Heuernte und Forstwirtschaft nötigen Maschinen diene, sei demnach zonenkonform; es handle sich bei ihr nicht um eine Baute für die Freizeitlandwirtschaft.
4.2 Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer habe den Betrieb im Jahr 2003 noch mit 0,348 Standardarbeitskräften bewirtschaftet. Jüngere Betriebsdaten lägen bei der Abteilung für Landwirtschaft des Departements Finanzen und Ressourcen nicht vor. Der Beschwerdeführer habe die landwirtschaftlichen Grundstücke vorübergehend verpachtet, während er den Wald noch selbst bewirtschafte. Somit liege weder ein Haupt- noch ein Nebenerwerbsbetrieb vor. Die Möglichkeit einer Wiederaufnahme des landwirtschaftlichen Betriebs in Zukunft stelle eine hypothetische Veränderung dar, auf die vorliegend nicht abgestellt werden könne. Die streitige Remise gelte daher als Baute für die Freizeitlandwirtschaft und sei nach Art. 34 Abs. 5 RPV nicht zonenkonform. Auch unter der Annahme, dass die Remise noch kurz vor der Aufgabe des landwirtschaftlichen Betriebs erstellt worden sei, könne sie nicht als zonenkonform bezeichnet werden. Bei dieser Ausgangslage müsste die Voraussetzung gemäss Art. 34 Abs. 4 lit. c RPV, wonach der Betrieb voraussichtlich längerfristig bestehen kann, verneint werden.
4.3 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, seinen ehemals im Nebenerwerb geführten Landwirtschaftsbetrieb inzwischen aufgegeben zu haben. Er bringt zudem nichts vor, was geeignet wäre, die Annahme der Vorinstanz, dass die Möglichkeit der Wiederaufnahme des Betriebs in Zukunft lediglich eine hypothetische Veränderung darstelle, als offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG erscheinen zu lassen. Weiter vermag er auch nicht darzutun, dass im Zeitpunkt der Erstellung der fraglichen Baute die Voraussetzung nach Art. 34 Abs. 4 lit. c RPV (voraussichtlich längerfristiger Bestand des Betriebs) erfüllt gewesen wäre. Der knappe Hinweis, er habe für die Besteuerung eine Buchhaltung eingereicht und die ganze Liegenschaft stelle landwirtschaftliches Geschäftsvermögen dar, genügt hierfür jedenfalls nicht. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, die streitige Remise sei keine Baute für einen Haupt- oder Nebenlandwirtschaftsbetrieb, sondern eine solche für die Freizeitlandwirtschaft und gelte daher nach Art. 34 Abs. 5 RPV nicht als zonenkonform, ist daher nicht zu beanstanden.
4.4 Hinsichtlich der Bedeutung der Bestimmungen der Gemeinde Niederrohrdorf über die Weilerzonen (§ 15 der Nutzungsordnung) kann auf die Erwägungen der Vorinstanz (E. 3.2) verwiesen werden. Daraus geht hervor, dass der Beschwerdeführer aus diesen Vorschriften nichts zu seinen Gunsten ableiten kann, zumal vorliegend weder die Umnutzung eines im kommunalen Kulturlandplan besonders bezeichneten Gebäudes zur Diskussion steht, noch ein Gestaltungsplan vorliegt, aufgrund dessen die Erstellung der streitigen Remise zulässig gewesen wäre.
5. Da die Zonenkonformität der neu erstellten Remise nicht bejaht werden kann, ist zu prüfen, ob sie gestützt auf Art. 24c RPG bewilligt werden kann. Nach Art. 24c Abs. 1 RPG werden bestimmungsgemäss nutzbare Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen, die nicht mehr zonenkonform sind, in ihrem Bestand grundsätzlich geschützt. Solche Bauten und Anlagen können mit Bewilligung der zuständigen Behörde erneuert, teilweise geändert, massvoll erweitert oder wiederaufgebaut werden, sofern sie rechtmässig erstellt oder geändert worden sind. In jedem Fall bleibt die Vereinbarkeit mit den wichtigen Anliegen der Raumplanung vorbehalten (Art. 24c Abs. 2 RPG). Der Bundesrat hat die nach Art. 24c Abs. 2 RPG zulässigen Änderungen in Art. 42 RPV näher umschrieben. Nach Art. 42 Abs. 1 RPV sind Änderungen bestehender Bauten und Anlagen zulässig, wenn die Identität der Baute oder Anlage einschliesslich ihrer Umgebung in den wesentlichen Zügen gewahrt bleibt. Verbesserungen gestalterischer Art sind zulässig. Ob die Identität der Baute im Wesentlichen gewahrt bleibt, ist gemäss Art. 42 Abs. 3 RPV unter Würdigung der gesamten Umstände zu beurteilen. Sie ist jedenfalls dann nicht mehr gewahrt, wenn die zonenwidrig genutzte Fläche um mehr als 30 % erweitert wird, wobei Erweiterungen innerhalb des bestehenden Gebäudes nur zur Hälfte angerechnet werden (lit. a), oder wenn die zonenwidrig genutzte Fläche innerhalb oder ausserhalb des bestehenden Gebäudevolumens um insgesamt mehr als 100 m2 erweitert wird (lit. b). Nach Art. 42 Abs. 4 RPV darf eine Baute nur wieder aufgebaut werden, wenn sie im Zeitpunkt der Zerstörung oder des Abbruchs noch bestimmungsgemäss nutzbar war und an ihrer Nutzung ein ununterbrochenes Interesse besteht. Das Gebäudevolumen darf nur so weit wieder aufgebaut werden, dass es die nach Abs. 3 zulässige Fläche umfassen kann. Art. 42 Abs. 3 lit. a RPV ist nicht anwendbar (vgl. auch BGE 127 II 215 E. 3b S. 219 f.).
5.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, die alte, inzwischen abgebrochene Remise sei vor über 50 bis 60 Jahren rechtmässig erstellt worden. Sie sei 7,6 m breit und 6,05 m tief gewesen. Schon vor 1970 sei seitlich an die Remise ein Silo mit einem Durchmesser von 3 m und einem Fundament aus Beton angebaut worden. Auf der Nordseite des Silos sei zudem ein offener Unterstand mit einer Breite von 3,2 m erstellt worden. Das Silo sei schon vor 1970 wieder abgebaut und der ehemalige Silostandort, eine Fläche von 3 m x 3,2 m, sei danach überdacht worden. Schon vor 1970 sei somit eine Fläche von insgesamt 65,34 m2 (10,8 m x 6,05 m) überdacht und mit befestigtem Boden versehen gewesen. Da die neu erstellte Remise eben diese Ausmasse aufweise, sei sie als Ersatzbaute zu qualifizieren und daher aufgrund der Besitzstandsgarantie zu bewilligen.
5.2 Die Vorinstanz erwägt, massgeblicher Vergleichszustand für die Beurteilung nach Art. 42 RPV sei der Zustand der alten Remise im Jahr 1972. Später erfolgte Erweiterungen seien nie bewilligt worden und gälten daher nicht als rechtmässig erstellt. Ferner seien die Ausführungen des Beschwerdeführers nicht belegt, wonach die Remise bereits vor dem Jahr 1970 mit einem Dach im Ausmass von 3 m x 3,2 m erweitert worden sei. Bei einer solchen Erweiterung handelte es sich im Übrigen lediglich um eine Dachverlängerung und nicht um eine Erweiterung des Gebäudevolumens der Remise. Folge man den Angaben des Beschwerdeführers, habe die alte Remise eine Fläche von 45,98 m2 (7,6 m x 6,05 m) umfasst. Demgegenüber umfasse die neu erstellte Remise eine Fläche von 65,34 m2 (10,8 m x 6,05 m). Dies entspreche einer Erweiterung um 42 %, womit selbst die nach Art. 42 Abs. 3 lit. b RPV zulässigen 30 % überschritten würden.
5.3 Die Erwägungen der Vorinstanz sind nicht zu beanstanden. Nach den Ausführungen des Beschwerdeführers wurde der anstelle des Si-los erstellte Unterstand an die alte Remise angebaut. Im Unterschied zur geschlossenen Remise sei dieser Anbau offen gewesen. Bei dieser Sachlage ist der Unterstand als weitgehend eigenständige Baute zu qualifizieren, die mit dem Remisengebäude in keinem engen funktionalen Zusammenhang stand. Die Vorinstanz hat daher zu Recht die vom Unterstand überstellte Fläche der Grundfläche der alten Remise nicht hinzugerechnet und den Schluss gezogen, dass die Grundfläche der neuen Remise gegenüber derjenigen der alten Remise um 42 % erweitert und das zulässige Mass von 30 % somit überschritten worden sei. Unter diesen Umständen kann nicht mehr gesagt werden, dass mit dem Neubau der Remise die Identität der Baute im Wesentlichen gewahrt blieb. Die neu erstellte Remise kann daher weder als massvolle Erweiterung noch als Wiederaufbau der alten Remise bezeichnet werden. Eine Bewilligung gemäss Art. 24c RPG fällt daher bereits aus diesem Grund ausser Betracht.
6. Da die streitige Remise auch nicht nach Art. 24c RPG bewilligt werden kann, ist zu prüfen, ob eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 RPG in Frage kommt. Diesbezüglich kann auf die Erwägungen der Vorinstanz (E. 4) verwiesen werden, zumal sich der Beschwerdeführer in der Beschwerdeschrift zu diesem Punkt nicht äussert. Die Vorinstanz hat die Standortgebundenheit der streitigen Remise im Sinne von Art. 24 lit. a RPG zu Recht verneint. Diese kann daher auch nicht gestützt auf Art. 24 RPG bewilligt werden.
7. Für die neu erstellte Remise kommt somit weder eine Bewilligung nach Art. 16a, noch eine solche nach Art. 24c oder Art. 24 RPG in Betracht. Sie erweist sich daher als materiell widerrechtlich. Dieser grundlegende Rechtsmangel kann durch eine angeblich gute Einordnung der Baute in das bestehende Weilerbild nicht behoben werden, weshalb auf das entsprechende Vorbringen des Beschwerdeführers nicht weiter einzugehen ist. Es bleibt somit zu prüfen, ob die Rückbauanordnung verfassungskonform ist.
7.1 Bei der Beurteilung materiell rechtswidriger Bauten sind unter anderem die allgemeinen verfassungs- und verwaltungsrechtlichen Prinzipien des Bundesrechts zu berücksichtigen. Zu ihnen gehören namentlich die Grundsätze der Verhältnismässigkeit und des Schutzes des guten Glaubens. So kann der Abbruch der streitigen Baute unterbleiben, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend ist oder der Abbruch nicht im öffentlichen Interesse liegt, ebenso, wenn der Bauherr in gutem Glauben angenommen hat, er sei zur Bauausführung ermächtigt, und der Beibehaltung des ungesetzlichen Zustands nicht schwerwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (BGE 132 II 21 E. 6 S. 35; 111 Ib 213 E. 6 S. 221 mit Hinweisen).
7.2 Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, es sei ihm als Laien nicht bekannt gewesen, dass er für eine Ersatzbaute eine Baubewilligung einreichen müsse, kann auf die Erwägungen der Vorinstanz (E. 7.2) verwiesen werden. Sie führt zu Recht aus, es sei hinlänglich bekannt, dass für den Bau einer Remise, auch wenn sie als Ersatzbaute gedacht sei, eine Baubewilligung erforderlich sei. Dies habe auch dem Beschwerdeführer klar sein müssen. Wenn er sich trotzdem und ohne sich vorgängig bei der zuständigen Behörde zu informieren, über die Bewilligungsbedürftigkeit seines Bauvorhabens hinweggesetzt habe, könne ihm kein guter Glaube attestiert werden.
Indessen muss auch bei einem Abbruchbefehl gegenüber einem Bauherrn, der sich nicht auf den Gutglaubensschutz berufen kann, der Verhältnismässigkeitsgrundsatz beachtet werden. Er muss aber in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, nämlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baurechtlichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beilegen und die dem Bauherrn allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen (BGE 132 II 21 E. 6.4 S. 39 f.; 123 II 248 E. 4a S. 255; 111 Ib 213 E. 6b S. 224).
Die fragliche Baute widerspricht den materiellen Bauvorschriften; von einer bloss geringfügigen Missachtung der Vorschriften kann nicht gesprochen werden, zumal beim Neubau der Remise die Identität der Baute nicht mehr gewahrt blieb (siehe E. 5.3 hiervor). Dementsprechend ist das öffentliche Interesse an der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands gross. Inwiefern dem Ortsbild bei einem Rückbau der streitigen Remise wie vom Beschwerdeführer behauptet ein irreversibler Schaden zugefügt würde, wird von ihm nicht näher ausgeführt und ist auch nicht ersichtlich. Den gewichtigen öffentlichen Interessen stehen an privaten Interessen im Wesentlichen Vermögensinteressen des Beschwerdeführers entgegen. Gestützt auf dessen Angaben wurden im angefochtenen Entscheid die Kosten, die ihm bei einem Abbruch der Remise entstehen, mit insgesamt rund Fr. 32'000.-- bis 34'000.-- beziffert (Erstellungskosten: Fr. 20'000.-- bis Fr. 22'000.-- [inkl. Eigenleistungen], Rückbaukosten: Fr. 12'000.--). Die privaten Interessen wiegen somit nicht leicht. Da es vorliegend jedoch nicht mehr nur um eine geringfügige Abweichung vom Erlaubten geht und dem Beschwerdeführer zudem kein Gutglaubensschutz zukommt, ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz dem öffentlichen Durchsetzungsinteresse an der baurechtlichen Ordnung gegenüber den geltend gemachten privaten Interessen ein überwiegendes Gewicht eingeräumt hat. Der angefochtene Entscheid erweist sich daher auch insofern als verfassungskonform, als der Rückbaubefehl bestätigt wird.
8. Der Beschwerdeführer rügt schliesslich, er werde rechtsungleich behandelt. Inwiefern dies der Fall sein soll, führt er jedoch nicht aus. Die Rüge ist somit nicht hinreichend begründet, weshalb darauf nicht einzutreten ist (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG).
9. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gemeinde Niederrohrdorf, dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Oktober 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler