Erwägungen:
1. Das Schweizer Fernsehen strahlt wöchentlich das Gesundheitsmagazin "Puls" auf SF 1 aus. In der Sendung vom 2. Juni 2008 wurde im Nachrichtenblock "PULSmix" u.a. der ca. 40 Sekunden dauernde Beitrag "Handystudie gefälscht" gezeigt. Die Moderatorin leitete die kurze Sendung mit folgenden Worten ein (aus Mundart übersetzt):
"Seit Jahren streiten sich Fachleute, ob Handy-Strahlen gefährlich seien oder nicht. Jetzt gibt es einen Rückschlag für Handy-Skeptiker".
Die eigentliche Nachricht wird durch Symbolbilder (mobiltelefonierende Personen etc.) visualisiert. Zusätzlich wird der folgende Text gesprochen:
"Das Handy am Ohr ist gefährlich. Das zumindest behaupteten zwei viel beachtete Studien aus Wien. Nun kam ans Licht: Die Labordaten waren reihenweise gefälscht, die Warnungen somit voreilig. Dass Strahlen aus dem Handy das Erbgut schädigen und so Krebs verursachen, war wissenschaftlicher Betrug. Doch Achtung: Dass Strahlen für Viel-Telefonierer deshalb harmlos sind, beweist der Wissenschaftsskandal ebenso wenig."
2. Nachdem der Verein X._ (vertreten durch A._ und B._) bei der zuständigen Ombudsstelle gegen diese Sendung ein Beanstandungsverfahren gemäss Art. 91 ff. des Bundesgesetzes vom 24. März 2006 über Radio und Fernsehen (RTVG; SR 784.40) angestrengt und die Ombudsstelle in ihrem Schlussbericht vom 12. Juli 2008 festgehalten hatte, eine Verletzung der geltenden Programmbestimmungen liege nicht vor, erhob der Verein X._ (vertreten durch die bereits genannten Privatpersonen) Beschwerde bei der Unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen (UBI).
Nach öffentlicher Beratung wies die UBI - in der Besetzung mit Präsident Blum und Vizepräsidentin Bähler sowie den Mitgliedern Caratti, Käppeli, Reichmuth Pfammatter, Schoch Zeller und Wallimann-Bornatico (im Ausstand: Egger Scholl) - die Beschwerde am 20. Februar 2009 ab, soweit sie darauf eintrat. Ihren begründeten Entscheid versandte sie am 22. Juli 2009.
Mit Eingabe vom 8. August 2009 führt der Verein X._ "Beschwerde" beim Bundesgericht und macht im Wesentlichen eine "schwerwiegende Konzessionsverletzung" geltend, zumal durch das "Verhalten der Redaktion der Sendung PULS (...) die journalistische Sorgfaltspflicht massiv verletzt" worden sei.
Die SRG SSR idée suisse beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, sie eventuell abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die UBI schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Mit Eingabe vom 10. Oktober 2009 hat sich der Verein X._ noch einmal unaufgefordert an das Bundesgericht gewandt.
3. 3.1 Entscheide der Unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen (UBI) über den Inhalt redaktioneller Sendungen können unmittelbar mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 86 Abs. 1 lit. c BGG; BGE 134 II 120 E. 2.1; 130 II 514 E. 1). Die Beschwerdebefugnis richtet sich dabei nach Art. 89 BGG und nicht nach Art. 94 RTVG bzw. Art. 63 des entsprechenden Gesetzes vom 21. Juni 1991 (RTVG 1991; AS 1992 S. 601 ff., vgl. das zur Publikation vorgesehene Urteil 2C_190/2009 vom 30. September 2009, E. 1.1).
3.2 Soweit sich der Verein X._ als gesamtschweizerisch tätige Umweltschutzorganisation versteht und eine so genannte "Verbandsbeschwerde" führen will, ist darauf von Vornherein nicht einzutreten: Zu einer solchen Beschwerde sind Organisationen berechtigt, denen ein anderes Bundesgesetz (als das BGG) dieses Recht einräumt (vgl. Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG). Zum einen sieht das RTVG ein solches Verbandsbeschwerderecht nicht vor; zum andern sind die gestützt auf Art. 55 USG, Art. 28 GTG und Art. 12 NHG beschwerdeberechtigten gesamtschweizerischen Organisationen in der Verordnung vom 27. Juni 1990 über die Bezeichnung der im Bereich des Umweltschutzes sowie des Natur- und Heimatschutzes beschwerdeberechtigten Organisationen (VBO, SR 814.076) abschliessend aufgeführt; der Beschwerdeführer gehört nicht dazu.
3.3 Soweit die Eingabe als "Laienbeschwerde" der Beschwerdeführer A._ und B._ verstanden werden soll (vgl. S. 2 der Eingabe vom 8. August 2009), richtet sich deren Beschwerdebefugnis allein nach Art. 89 Abs. 1 BGG: Im Radio- und Fernsehbereich besteht vor Bundesgericht kein Popularbeschwerderecht. Auch wer sich engagiert zu einer Frage in der Öffentlichkeit äussert, ist nicht bereits deswegen befugt, Darstellungen zur entsprechenden Thematik in Radio und Fernsehen vor Bundesgericht zu beanstanden (BGE 114 Ib 200 E. 2c S. 203). Ein besonderes persönliches oder berufliches Interesse an einem (oder spezifische Kenntnisse zu einem) bestimmten Thema verschaffen für sich allein keine legitimationsbegründende enge Beziehung zum Inhalt eines Beitrags (BGE 134 II 120 E. 2.2; 130 II 514 E. 2.2.1 mit Hinweisen auf Rechtsprechung und Doktrin).
Durch den angefochtenen Entscheid werden die Unterzeichner A._ und B._ rundfunkrechtlich nicht anders betroffen als irgendein anderer sensibilisierter, medienkritischer Zuschauer. Es fehlt ihnen somit die nach Art. 89 Abs. 1 BGG erforderliche Beziehungsnähe zum Sendethema, weshalb auf die Beschwerde in der Sache selber ebenfalls nicht einzutreten ist (vgl. das zur Publikation vorgesehene Urteil 2C_190/2009 vom 30. September 2009, E. 1.3). Es stand - unter den Voraussetzungen von Art. 94 RTVG - nur die Popularbeschwerde an die Unabhängige Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen (UBI) offen (BGE 134 II 120 E. 2.3).
3.4 Immerhin ist der Beschwerdeführer - seit der Revision des Radio- und Fernsehgesetzes vom 24. März 2006 (vgl. das bereits genannte, zur Publikation vorgesehene Urteil 2C_190/2009, E. 3.2) - befugt, vor Bundesgericht Verfahrensverletzungen geltend zu machen, deren Missachtung einer formellen Rechtsverweigerung gleichkommt ("Star-Praxis" analog, BGE 133 I 185 E. 6.2 S. 198). Unzulässig sind dabei aber Rügen, die im Ergebnis auf eine materielle Überprüfung des Programmentscheids abzielen, wie etwa der Vorwurf, die Begründung des angefochtenen Entscheids sei unvollständig oder zu wenig differenziert ausgefallen oder setze sich nicht mit sämtlichen von der Partei vorgetragenen Argumenten auseinander bzw. würdige die Parteivorbringen unzureichend. Ebenso wenig kann beanstandet werden, der Sachverhalt sei unvollständig abgeklärt oder sonstwie willkürlich ermittelt bzw. Beweisanträgen sei wegen willkürlicher antizipierter Beweiswürdigung keine Folge gegeben worden (vgl. BGE 114 Ia 307 E. 3c S. 313; 129 I 217 E. 1.4 S. 222; 126 I 81 E. 7b S. 94; 118 Ia 232 E. 1c S. 236; 117 Ia 90 E. 4a S. 95).
Bei der in diesem Zusammenhang einzig zulässigen Rüge, die Unabhängige Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen sei (wohl im Sinne von Art. 30 Abs. 1 BV) unrichtig zusammengesetzt gewesen, weil deren Präsident (als Unterzeichner des angefochtenen Entscheides) an der öffentlichen Beratung gar nicht anwesend gewesen sei, handelt es sich um eine unbewiesene Parteibehauptung, die nicht geeignet ist, die gegenteilige Sachdarstellung der UBI in ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht in Frage zu stellen, zumal diese Behauptung auch in den Akten keine Stütze findet (vgl. "Procès-verbal N° 181 de la délibération du 20 février 2009 à Berne").
4. Dies führt - im Verfahren nach Art. 109 BGG (summarische Begründung) - zur Abweisung der Beschwerde, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65/66 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und der Unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Januar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Klopfenstein