Fatti:
A. A.a La A._ SA, impresa che si occupa pure di pavimentazioni e manutenzioni stradali, ha assunto quale macchinista a partire dal 1° giugno 2000 B._. Il 17 aprile 2008 la A._ SA ha licenziato con effetto al 31 dicembre 2008 il lavoratore.
A.b Il 22 dicembre 2008 B._ ha convenuto in giudizio innanzi al Pretore della giurisdizione di Mendrisio sud la A._ SA, chiedendo che quest'ultima sia obbligata a versargli fr. 15'042.--, aumentati in sede di conclusioni a fr. 29'818.--, a titolo di indennità per licenziamento abusivo (fr. 20'776.--) e "per intemperie" (fr. 9'042.--). Il Pretore aggiunto ha, con pronunzia del 25 marzo 2011, parzialmente accolto l'istanza e ha condannato la convenuta a versare all'attore fr. 5'672.90, oltre interessi. Quest'ultimo è stato obbligato a rifondere all'ex datrice di lavoro fr. 1'600.-- a titolo di ripetibili.
B. Entrambe le parti hanno impugnato la decisione di primo grado con parziale successo. Con sentenza del 20 marzo 2012 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha accolto l'appello della datrice di lavoro per quanto concerne la richiesta di un'indennità per licenziamento abusivo, che ha respinto. Ha invece accolto l'appello del lavoratore limitatamente alla domanda di rimunerare le ore lavorative eccedenti le 1942 ore annuali per gli anni 2003-2005. I Giudici di appello hanno quindi riformato la sentenza pretorile condannando la A._ SA a versare a B._ fr. 8'947.20 e riducendo a fr. 1'030.-- l'importo delle ripetibili dovute da quest'ultimo alla convenuta. Ha pure condannato il lavoratore a corrispondere ripetibili alla A._ SA per la procedura di appello.
C. Con atto del 20 aprile 2012, che racchiude un ricorso in materia civile e in - via subordinata - un ricorso sussidiario in materia costituzionale, la A._ SA postula la riforma della sentenza di appello nel senso di essere condannata a pagare a B._ unicamente fr. 478.90, oltre interessi. Chiede altresì che quest'ultimo venga obbligato a rifonderle complessivi fr. 6'500.-- a titolo di ripetibili per le procedure di prima e seconda istanza. La ricorrente sostiene in sostanza che il salario concordato retribuiva 2064 ore di lavoro annue, motivo per cui l'attore avrebbe solo diritto ad ottenere un ulteriore pagamento di fr. 478.90 per il 2005, unico anno in cui il predetto tempo di lavoro è stato superato.
Con osservazioni 27 giugno 2012 B._ propone la reiezione dei ricorsi.
Diritto:
1. La tempestiva (art. 100 cpv. 1 LTF) impugnativa è stata proposta dalla parte - parzialmente - soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata su ricorso dall'autorità di ultima istanza del Cantone Ticino (art. 75 LTF) in una causa civile in materia di diritto del lavoro. Il valore litigioso supera la soglia di fr. 15'000.-- prevista dall'art. 74 cpv. 1 lett. a LTF, atteso che determinanti sono tutte le conclusioni ricevibili rimaste controverse innanzi all'ultima istanza cantonale (art. 51 cpv. 1 lett. a LTF), senza riguardo a quanto questa ha aggiudicato (sentenza 4A_629/2009 del 10 agosto 2010 consid. 1.2.1, in RtiD 2011 I 648). La via del ricorso in materia civile è pertanto - contrariamente a quanto ritiene l'opponente - aperta. In queste circostanze, vista la proponibilità di tale rimedio, il ricorso sussidiario in materia costituzionale si rivela di primo acchito inammissibile (DTF 133 III 545 consid. 5 pag. 552).
2. In concreto è incontestato che sia la ricorrente che l'attore erano vincolati dal contratto collettivo di lavoro nel ramo delle pavimentazioni stradali in vigore dal 1° gennaio 1999 al 31 dicembre 2005 (in seguito CCL 1999). Tale contratto collettivo prevedeva un sistema di salario costante, con il pagamento di un salario mensile minimo che veniva poi conguagliato a fine anno con le ore effettivamente lavorate. All'art. 17 n. 1 fissava le ore annuali contrattuali in 2064, le ore minime garantite ed esigibili erano - comprese le vacanze - 1942 e quelle di calendario ammontavano per effetto della flessibilità a 2109. Giusta l'art. 17 n. 4 le 167 ore flessibili - e cioè quelle ore fra le ore minime garantite e quelle di calendario - potevano essere compensate sia con le ore non fatturate alla Cassa di disoccupazione (ad eccezione delle ore di carenza e a condizione che il lavoratore avesse potuto disporre liberamente di queste ore) sia con quelle non lavorate a seguito di esigenze di flessibilità aziendale e dovevano essere pagate a salario normale. Le ore lavorative che superavano le 2109 ore annuali dovevano di regola essere compensate in tempo libero con una maggiorazione del 12.5 % o in casi eccezionali essere retribuite con una compensazione del 25 %.
Pacifico è pure il sistema retributivo adottato sin dal 1993 dalla convenuta, che è denominato nella sentenza impugnata "salario vero" e in base al quale è stato pagato l'attore. Esso prevede un salario fisso - che non varia quindi a causa delle intemperie - calcolato inizialmente sulla base di un'occupazione annuale di 2109 ore, ridotte con il 1° gennaio 1999 a 2064.
3. 3.1 Poiché le parti sono vincolate da un contratto collettivo di lavoro, la Corte cantonale ha considerato che sono unicamente valide deroghe a quest'ultimo in favore del lavoratore (art. 357 cpv. 2 CO) e ha ritenuto che alla fattispecie va quindi applicato il CCL 1999. I Giudici cantonali sono in sostanza giunti a tale conclusione in base al seguente ragionamento. Il sistema denominato "salario vero" praticato dalla convenuta non era in tutti casi più favorevole al lavoratore di quello previsto dal CCL valido dal 1° gennaio 1995 al 31 dicembre 1998 (in seguito CCL 1995), in cui agli operai pagati a ore veniva corrisposto per ogni ora retribuita un supplemento del 6.25 % quale indennità per le ore perse a causa delle intemperie: infatti, se un anno regnava il bel tempo e le ore lavorate erano molte, il salario dei dipendenti retribuiti in virtù del CCL 1995 si rivelava più elevato di quello invariabile versato dalla convenuta. Secondo i giudici cantonali con l'adozione del CCL 1999, che ha introdotto un salario minimo fisso, il sistema salariale sarebbe stato ulteriormente migliorato per i lavoratori, atteso che il rischio delle intemperie è stato integralmente trasferito sui datori di lavoro. Per questo motivo non sarebbe possibile affermare che il contratto individuale stipulato dalle parti contenga una deroga al contratto collettivo in favore del lavoratore. La Corte cantonale ha quindi reputato che in applicazione del CCL 1999 la convenuta deve pagare all'attore le ore totalizzate negli anni 2003, 2004 e 2005 che superano le 1942 ore annuali.
3.2 La ricorrente sostiene che la sentenza impugnata viola il diritto federale (art. 18 e 319 cpv. 1 CO), perché dover ulteriormente rimunerare all'opponente le ore lavorative che superano le 1942 ore annuali significherebbe pagare tale tempo di lavoro due volte. Infatti, soggiunge la ricorrente, con il sistema del "salario vero" essa già versava ai suoi dipendenti uno stipendio che retribuiva 2064 ore annuali. L'opponente ritiene invece che in base al CCL 1999 i lavoratori avrebbero dovuto svolgere almeno 1942 ore l'anno, ma che qualora ne avessero fatte di più, queste andavano in ogni caso rimunerate in aggiunta allo stipendio mensile (fino a 2109 ore a salario normale e dopo tale soglia con uno stipendio maggiorato).
3.3 Per determinare la liceità di una deroga contenuta in un contratto di lavoro individuale alle disposizioni normative di un contratto collettivo di lavoro occorre procedere secondo il principio della clausola più favorevole, non limitandosi a paragonare singole clausole o l'intero contratto individuale con l'insieme del CCL, ma effettuando una valutazione oggettiva dei trattamenti desumibili fra le due regolamentazioni in conflitto (DTF 134 III 399 consid. 3.2.4.3 con rinvii).
Nella fattispecie giova innanzi tutto rilevare che con il CCL 1999, in concreto applicabile, i lavoratori hanno avuto diritto a una retribuzione garantita per un orario minimo annuale anche qualora questo non fosse stato raggiunto a causa delle intemperie. Con riferimento a tale aspetto il sistema del cosiddetto "salario vero" adottato dalla ricorrente già nel 1993 non si differenzia dalla regolamentazione del CCL. Il fatto che la ricorrente abbia poi garantito al lavoratore il pagamento di 2064 ore annuali - e quindi di tutte le ore contrattuali previste dal CCL 1999 - e non solo di quelle minime esigibili (1942) appare essere una deroga alla disciplina contrattuale collettiva favorevole al dipendente. Del resto il lavoratore non pretende, né risulta dagli accertamenti della sentenza impugnata, che il salario fissato contrattualmente fra le parti per 2064 ore annuali non fosse conforme al salario orario previsto dal CCL. L'opponente sembra inoltre implicitamente riconoscere che, interpretando il CCL nel modo da lui proposto, "le ore lavorate oltre le 1942 fino alle 2064 venivano pagate due volte". Nelle disposizioni del contratto collettivo non vi è tuttavia alcun elemento che permetterebbe di dedurre l'esistenza di un tale incremento dello stipendio per questa fascia di ore. Ne discende che non vi è motivo di fare astrazione da quanto concordato nel contratto individuale.
Così stando le cose, la ricorrente afferma a giusta ragione di aver già retribuito l'opponente per un tempo di lavoro che raggiunge le 2064 ore annuali e a quest'ultimo non è dovuta alcuna rimunerazione supplementare per gli anni 2003 e 2004, nei quali le ore lavorative computate erano inferiori a 2064. Egli ha invece diritto di ricevere una retribuzione aggiuntiva per il 2005, anno in cui ha totalizzato 2079 ore. In base agli incontestati accertamenti di fatto contenuti nella sentenza impugnata di queste 15 ore la ricorrente ha già pagato una mezz'ora all'ex dipendente, motivo per cui essa dovrà - ritenuto la pacifica tariffa oraria lorda di fr. 33.03 - ancora versargli fr. 478.95 lordi, oltre interessi.
4. Da quanto precede discende che il ricorso in materia civile va accolto e la sentenza impugnata riformata con riferimento all'azione dell'opponente. La sentenza cantonale va invece annullata per quanto attiene al dispositivo sulle ripetibili di prima e seconda istanza e rinviata al Tribunale di appello del Cantone Ticino per nuovo giudizio. Le spese giudiziarie e le ripetibili per la procedura federale seguono la soccombenza (art. 65 cpv. 4 lett. c, 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
2. Il ricorso in materia civile è accolto. La sentenza impugnata è annullata e riformata nel senso che l'istanza è parzialmente accolta e la ricorrente è condannata a versare all'opponente l'importo lordo di fr. 478.95, oltre interessi dal 1° gennaio 2006.
3. La causa è rinviata al Tribunale di appello del Cantone Ticino per nuova fissazione delle ripetibili della procedura cantonale.
4. Le spese giudiziarie di fr. 600.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà alla ricorrente fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
5. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.