Faits :
A.
A.a. La Coopérative B._ (ci-après: la coopérative), inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 25 juin 2003, a notamment pour but de gérer et administrer les unités locatives du site B._ et de les mettre à disposition des coopérateurs exerçant des activités industrielles et/ou artisanales. Selon l'art. 47 des statuts de la coopérative, un coopérateur n'a pas le droit de sous-louer les locaux.
A._ a été administrateur et membre du comité de direction, avec pouvoir de signature collective à deux dès la création de la coopérative.
A.b. Par contrat du 2 juin 2004, la coopérative, représentée par A._ et C._, avait remis à bail à A._ un dépôt-atelier d'une surface totale de 122,31 m2, situé dans la halle nord du bâtiment " B._ ", pour une durée de cinq ans, du 1er juillet 2004 au 31 mai 2009. Le loyer mensuel, indexable, avait été fixé à 600 fr. 55, plus 74 fr. 40 de charges. Toute modification du contrat était soumise à la forme écrite.
D'autres locaux, à savoir une mezzanine de 96 m2 pour un loyer de 400 fr. plus charges et un restaurant situé au sous-sol d'une surface de 195 m2 dont le loyer a été augmenté à 2'000 fr. plus charges en 2008, lui avaient également été loués.
Seul le bail du dépôt-atelier demeure litigieux devant le Tribunal fédéral.
A.c. N'exerçant plus son activité professionnelle de monteur de stores - ce qu'il conteste dans la présente procédure -, A._ aurait envisagé de collaborer ou de s'associer avec D._, associé gérant de la société à responsabilité limitée E._ Sàrl (ci-après: E._).
Par contrat du 2 septembre 2005, la coopérative, représentée par A._ et F._, a remis à bail à E._ et D._ le dépôt-atelier pour une durée de 4 ans et 5 mois, soit du 1er août 2005 au 31 décembre 2009. Le loyer a été fixé à 1'161 fr. par mois (1'090 fr. + 71 fr. de charges).
A.d. E._ a quitté les locaux à fin 2007. Selon inventaire de reprise de matériel du 31 janvier 2008 et décompte de compensation du 21 février 2008, la coopérative (représentée par A._) a racheté le matériel de E._ d'une valeur de 25'000 fr. pour le prix de 10'000 fr.
Depuis début 2008, A._ occupe à nouveau le dépôt-atelier. Il estime avoir payé le loyer en 2008, ce qui est contesté. Aucun contrat de bail n'a été signé.
A._ allègue, qu'à compter du début 2009, il a remis le dépôt-atelier à la disposition de la bailleresse, raison pour laquelle il n'avait plus à payer de loyer.
Le 26 mars 2012, alors que son contrat de travail en tant que directeur de la coopérative, qui venait à échéance à fin mai 2012, n'avait pas été renouvelé, A._ a mis en demeure la coopérative de lui remettre immédiatement à disposition le dépôt-atelier, ainsi que les machines lui appartenant.
A.e. Les parties sont en litige au sujet du droit de A._ d'utiliser le dépôt-atelier.
Celui-ci soutient que le dépôt-atelier lui a été loué par contrat du 2 juin 2004, que ce contrat a été suspendu lorsque le nouveau bail a été conclu avec E._ le 2 septembre 2005, puis qu'il a récupéré les locaux en janvier 2008 lorsque E._ les a quittés, qu'il les a ensuite, à compter de janvier 2009, prêtés à la bailleresse elle-même tant que durait son contrat de travail et que la résiliation de celui-ci à fin mai 2012 a entraîné la fin du prêt, de sorte que la défenderesse est tenue de lui restituer les locaux pour exercer sa profession de monteur en stores.
De son côté, la coopérative soutient que le contrat de bail du 2 juin 2004 a été " résilié " au moment de la conclusion du bail avec E._ le 2 septembre 2005 (avec effet au 1er août 2005) et que A._ a profité de sa fonction de directeur de la coopérative, chargé de la gestion des locaux, pour se réattribuer les locaux, sans contrat.
A.f. Le 7 novembre 2012, le conseil d'administration de la coopérative a en outre prononcé l'exclusion de A._ en tant que coopérateur.
B.
Par requête du 6 juillet 2012, adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève, A._ a conclu à la condamnation de la coopérative à débarrasser et à lui restituer immédiatement le dépôt-atelier et à respecter les clauses du bail à loyer y relatif du 2 juin 2004, sous menace des peines prévues aux art. 292 ss CP.
Autorisé à procéder à la suite de l'échec de la conciliation, A._ a déposé sa demande contre la coopérative devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 19 octobre 2012. Il y a repris notamment les conclusions qu'il avait présentées devant la Commission.
Par jugement du 28 janvier 2014, le Tribunal a notamment condamné la coopérative à restituer immédiatement à A._ le dépôt-atelier et à débarrasser celui-ci de tous les biens lui appartenant (ch. 1 du dispositif). Il a considéré que le contrat de bail du 2 juin 2004 portant sur le dépôt-atelier n'avait pas été résilié en dépit du fait qu'un autre contrat portant sur les mêmes locaux avait été conclu avec E._ et que le locataire avait démontré avoir payé le loyer en 2008.
La Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 17 décembre 2014, admis l'appel de la coopérative sur ce point, annulé le ch. 1 du dispositif du premier jugement et rejeté les conclusions de A._ en restitution du dépôt-atelier. En substance, elle a considéré, s'agissant du sort du contrat du 2 juin 2004, principalement, que A._ a restitué les locaux de manière anticipée en présentant un locataire de remplacement, la coopérative ayant signé un nouveau contrat de bail avec ce dernier; subsidiairement, elle a jugé que la construction juridique d'un transfert du bail à E._ aboutirait au même résultat. Puis, s'agissant de l'occupation des locaux dès début 2008 après leur restitution par E._, la cour cantonale a nié la conclusion d'un bail tacite avec A._.
C.
Le 2 février 2015, A._ a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, formulant à titre principal et subsidiaire neuf chefs de conclusions différents, mais concluant en réalité à la réforme de l'arrêt attaqué concernant le ch. 1 du premier jugement en ce sens que la coopérative est condamnée à lui restituer le dépôt-atelier, avec suite de frais et dépens. Plus subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint d'établissement inexact des faits sur quatre points et de violation des art. 18, 16, 1 al. 2 et 263 CO.
L'intimée conclut au rejet du recours. Les parties ont encore déposé chacune des observations.
Considérant en droit :
1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1, 46 al. 1 let. c et 45 al. 1 LTF), par la partie demanderesse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en matière de bail à loyer (art. 72 al. 1 LTF) dans une cause dont la valeur litigieuse dépasse 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF) et rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF), le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. Lorsqu'il est saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire (art. 9 Cst.) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatation de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (ATF 120 Ia 31 consid. 4b; 104 Ia 381 consid. 9 et les références). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 137 III 226 consid. 4.2; 136 III 552 consid. 4.2; 134 V 53 consid. 4.3; 133 II 249 consid. 1.4.3; 129 I 8 consid. 2.1). La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (ATF 135 III 232 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables.
2.2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'art. 42 al. 2 LTF, le recourant doit discuter les motifs de droit de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il n'est pas indispensable qu'il indique expressément les dispositions légales - le numéro des articles de loi - ou qu'il désigne expressément les principes non écrits de droit qui auraient été violés; il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (ATF 140 III 86 consid. 2; arrêt 5A_129/2007 du 28 juin 2008 consid. 1.4; ATF 133 IV 286 consid. 1.4; cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ, les ATF 121 III 397 consid. 2a p. 400; 116 II 745 consid. 3 p. 748 et les arrêts cités). Dès lors qu'une question est discutée, le Tribunal fédéral n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 140 III 86 consid. 2; 135 III 397 consid. 1.4; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104; 133 III 545 consid. 2.2; pour l'ancienne OJ, cf. ATF 130 III 297 consid. 3.1 p. 298 s.; 127 III 248 consid. 2c p. 252 s.).
3.
Il s'impose d'examiner tout d'abord ce qu'il est advenu du contrat du 2 juin 2004 lorsqu'a été conclu le nouveau contrat avec E._ le 2 septembre 2005 (avec effet au 1er août 2005). La cour cantonale a admis principalement une restitution anticipée de la chose louée au sens de l'art. 264 CO. Le recourant le conteste, estimant que son contrat a été suspendu, puisque seule une résiliation par écrit aurait pu y mettre fin. Quant à l'intimée, elle estime qu'il y a eu transfert du bail, lequel ne nécessite pas de résiliation de la part de l'ancien locataire; subsidiairement, puisqu'elle n'était plus en mesure de mettre les locaux à disposition de l'ancien locataire, son obligation serait devenue impossible et, partant, le contrat de bail initial se serait éteint.
3.1.
3.1.1. Le contrat par lequel une personne (le bailleur) s'oblige à céder à une autre (le locataire) l'usage d'une chose pour une certaine durée, à charge pour celle-ci de lui verser une rémunération (loyer) est un contrat de bail à loyer au sens des art. 253 ss CO. Il peut porter notamment sur une chose immobilière affectée à un usage de local commercial.
Le bail se conclut par l'échange de manifestations de volonté réciproques et concordantes portant sur tous les éléments essentiels du contrat (art. 1 CO). Il n'est pas soumis à une forme spéciale. Les rapports entre bailleur et locataire sont régis en premier lieu par leur contrat (clauses particulières et/ou conditions générales); à défaut, ils sont régis par les règles légales (dispositives). La liberté contractuelle des parties en matière de bail (d'habitations et) de locaux commerciaux est toutefois limitée par des dispositions légales impératives - auxquelles il n'est absolument pas possible de déroger - ou relativement impératives - auxquelles il n'est pas possible de déroger au détriment du locataire (David Lachat, Le bail à loyer, 2008, p. 95 ss [ci-après: Le bail]).
Ainsi, l'art. 262 CO, relatif à la sous-location, est de droit relativement impératif (ATF 134 III 300 consid. 3; David Lachat, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2e éd. 2012, no 9 ad art. 262 CO [ci-après: CoRo]). Le bailleur ne peut refuser son consentement à la sous-location si les conditions de l'art. 262 al. 2 CO sont remplies. La clause d'un contrat de bail interdisant la sous-location est donc nulle (Lachat, Le bail, p. 582). Le bail de sous-location est passé entre le locataire et le sous-locataire. Il se superpose au contrat de bail principal (Lachat, CoRo, no 1 ad art. 262 CO). Indépendant de celui-ci, il est soumis aux règles des art. 253 ss CO (Lachat, CoRo no 6 ad art. 262 CO).
L'art. 263 al. 1, 2, 3 et 4 1ère phr. CO, relatif au transfert du bail commercial, est absolument impératif (Lachat, CoRo, no 10 ad art. 263 CO) : le bailleur ne peut refuser son consentement au transfert du bail que pour de justes motifs (art. 263 al. 2 CO). Une clause du contrat de bail interdisant le transfert du bail ou le limitant au-delà des justes motifs est nulle (Lachat, loc. cit.). Le transfert du bail commercial est un accord tripartite dès lors qu'une fois que le bailleur a consenti au transfert, le bénéficiaire du transfert (le nouveau locataire) est subrogé aux droits du transférant (le locataire sortant) (art. 263 al. 3 CO); il reprend l'ensemble des droits et obligations du locataire sortant, c'est-à-dire prend sa place dans le contrat initial (cf. arrêt 4A_87/2013 du 22 janvier 2014 consid. 2.1 publié in SJ 2014 I 388). L'art. 263 al. 4 2e phr. CO est, lui, relativement impératif: si le transférant reste en principe solidairement responsable des obligations du contrat jusqu'à son échéance, mais au plus tard durant deux ans, les parties peuvent libérer de suite le transférant de cette responsabilité (Lachat, CoRo, n. 11 ad art. 263 CO). Le transfert du bail est surtout adapté en cas de location de locaux commerciaux, lorsque le locataire entend remettre son commerce à un tiers (Lachat, Le bail, p. 583).
L'art. 264 CO, relatif à la restitution anticipée des locaux, est relativement impératif: est nulle toute clause prévoyant le paiement, par le locataire, d'une indemnité forfaitaire en cas de restitution anticipée (Lachat, CoRo, no 1 ad art. 264 CO). Il s'agit d'un mode de fin prématurée du contrat, sans résiliation: le locataire est libéré de ses obligations s'il manifeste son intention de restituer la chose avant terme et présente au bailleur un candidat objectivement acceptable (Lachat, CoRo, nos 3 s. ad art. 264 CO). Dans ce cas, le candidat pressenti est prêt à reprendre le bail, mais contrairement au transfert du bail de l'art. 263 CO, le locataire sortant n'a pas d'intérêt particulier à ce que le successeur soit accepté et le bailleur demeure libre d'accepter ou non le candidat proposé (Lachat, Le bail, p. 566); s'il n'a pas de commerce à remettre, le locataire a plutôt intérêt à restituer les locaux de manière anticipée plutôt qu'à transférer le bail, car il n'a pas à obtenir le consentement écrit du bailleur (Lachat, Le bail, p. 583). Si le candidat est accepté par le bailleur, il reprend le bail, c'est-à-dire prend la place du locataire sortant dans la relation contractuelle; le locataire sortant est libéré de ses obligations dès l'entrée du candidat dans le bail. Si le bailleur veut imposer au candidat de nouvelles conditions contractuelles (majoration du loyer par exemple), il doit conclure un nouveau bail (Lachat, CoRo, no 8 ad art. 264 CO; cf. arrêt 5A_504/2009 du 6 janvier 2010, publié in SJ 2010 I p. 491).
La loi ne prévoit pas la cession de l'usage du bail à un tiers avec suspension du bail principal.
3.1.2. Savoir ce que les parties au contrat de bail ont voulu est affaire d'interprétation de leur volonté - réelle ou, à défaut, objective -. Déterminer laquelle des solutions légales susmentionnées correspond à leur volonté relève de l'application du droit.
3.2.
3.2.1. En l'espèce, il ne ressort pas des constatations de fait de l'arrêt attaqué que, lors de la conclusion du contrat de bail avec E._ le 2 septembre 2005 - conclu par A._ et F._ au nom de la coopérative -, les parties auraient voulu superposer deux contrats de bail et donc suspendre le contrat de bail initial du locataire A._ pour une période indéterminée.
Lorsque le recourant soutient que c'est à tort que la cour cantonale a retenu qu'il n'exerçait plus d'activité de monteur de stores, qu'il n'avait plus l'usage de son atelier, raison pour laquelle il a présenté un nouveau locataire, qu'au contraire, il n'a jamais souhaité renoncer à ces locaux, mais s'est installé en haut dans la mezzanine et qu'il n'avait donc plus besoin des locaux que " pendant cette période ", il se borne à opposer sa volonté interne. Ce faisant, il ne démontre pas en quoi l'appréciation de la cour cantonale serait arbitraire.
3.2.2. Il résulte du texte du contrat de bail commercial du 2 septembre 2005 qu'il a été passé entre la coopérative et E._, que le loyer a été fixé à 1'161 fr. par mois, soit un loyer plus élevé que celui payé précédemment par A._, et que l'échéance ordinaire du contrat est différente. Il ne s'agit donc clairement pas d'une sous-location. La question de savoir si la sous-location peut être interdite par les statuts de la coopérative n'a donc pas à être examinée en l'espèce.
Il n'y a pas non plus d'indice dans les constatations de fait en faveur d'un transfert du bail, aucun accord tripartite ne résultant de ce contrat ou du comportement des parties constaté dans l'arrêt attaqué, et le locataire sortant n'ayant pas remis son commerce à E._, ce que d'ailleurs le recourant admet expressément.
On doit donc déduire des constatations relatives aux manifestations de volonté des parties que la bailleresse a accepté la restitution anticipée des locaux et la présentation d'un locataire de remplacement, conformément à l'art. 264 CO.
En tant qu'il insiste sur l'absence de constatation d'une résiliation par écrit de son contrat de bail, le recourant méconnaît qu'en cas de restitution anticipée, comme d'ailleurs en cas de transfert du bail, le bail précédent n'a pas à être résilié. C'est improprement que la cour cantonale parle à ce propos de " résiliation ". Le locataire est libéré de ses droits et obligations découlant du bail de par l'effet de l'art. 264 CO. Les griefs du recourant sur la nécessité d'une résiliation écrite - en relation avec les art. 18 et 16 CO - sont donc infondés.
4.
Le bail du 2 juin 2004 ayant pris fin avec effet au 31 juillet 2005, il s'impose d'examiner encore si le demandeur peut se prévaloir d'un bail tacite en raison de son occupation des locaux à partir du début de l'année 2008.
4.1. En principe, le silence ne vaut pas acceptation de l'offre et n'entraîne pas la conclusion tacite, c'est-à-dire par actes concluants (art. 1 al. 2 CO), d'un contrat de bail (cf. arrêt 4A_231/2010 du 10 août 2010 consid. 2.4.1 publié in SJ 2010 I p. 497). L'art. 6 al. 1 CO n'est applicable que très exceptionnellement, ne serait-ce que parce qu'il est d'usage que le contrat de bail soit conclu par écrit (Lachat, Le bail, p. 185 et la référence à l'ATF 100 II 18 consid. 3; cf. ATF 30 II 298 consid. 3 p. 301 s.).
Selon la jurisprudence, il y a par exemple conclusion d'un nouveau bail par actes concluants lorsque, à la suite d'une résiliation, le bailleur s'abstient, durant une période assez longue, de faire valoir le congé et d'exiger la restitution de la chose louée et qu'il continue à encaisser régulièrement le loyer sans formuler aucune réserve. L'élément temporel n'est pas seul déterminant pour décider s'il y a bail tacite; il faut prendre en compte l'ensemble des circonstances du cas. La conclusion tacite d'un bail ne doit toutefois être admise qu'avec prudence (arrêts 4A_499/2013 du 4 février 2014 consid. 3.3.1 et les arrêts cités).
4.2. En espèce, il ressort des constatations de fait que A._ a occupé les locaux au départ de E._, soit depuis le début de l'année 2008. La cour cantonale a toutefois nié la conclusion d'un bail tacite pour trois motifs.
4.2.1. Tout d'abord, la cour cantonale a retenu que A._ a occupé les locaux sans être au bénéfice d'un contrat de bail et qu'il n'a pas non plus démontré avoir payé un loyer déterminé, de manière régulière et durable. En effet, s'il a procédé à des versements en 2008, il n'est pas possible de déterminer à quoi ils étaient destinés, étant admis qu'il n'a pas payé les loyers de tous les objets qui lui étaient loués.
Le recourant qualifie d'arbitraire cette appréciation de la cour cantonale. Il affirme avoir prouvé avoir versé différentes sommes à titre de loyer dans le courant de l'année 2008, même si le fondement de ces versements n'a pas été précisé systématiquement. Il soutient que le nier signifierait qu'il aurait fait durant l'année 2008 des dons successifs d'un montant de près de 40'000 fr. à la bailleresse. Par cette critique, le recourant oppose sa propre version des faits, sans offrir la moindre preuve de ce qu'il avance. Sa critique, purement appellatoire, est irrecevable.
4.2.2. Ensuite, la cour cantonale a retenu que, depuis 2009, le demandeur n'a rien payé et que son allégation d'un prêt des locaux à la bailleresse elle-même n'est pas convaincante. Elle a donc considéré qu'en réalité, celui-ci s'est totalement désintéressé des locaux, ayant renoncé à son activité de monteur de stores, et ce jusqu'à ce que son contrat de travail soit résilié.
Le recourant ne s'en prend pas à cette appréciation.
4.2.3. Enfin, la cour cantonale a constaté que la bailleresse ne s'est pas opposée formellement à la présence du demandeur dans les locaux en 2008. Elle a toutefois estimé que l'on ne saurait reprocher à celle-ci son silence dès lors que le demandeur était son directeur et était en charge de la gestion des locaux; le demandeur ne saurait se prévaloir de ce silence, sans commettre d'abus de droit.
Le recourant ne s'en prend pas à cette appréciation, se contentant d'objecter que les statuts de la coopérative prévoient que l'activité du directeur est surveillée par le comité de direction, qu'il n'était pas seul en charge et que l'encaissement des loyers n'était pas de sa responsabilité, mais de celle de l'administration.
4.3. Lorsqu'il soutient qu'il y a violation de l'art. 1 al. 2 CO parce qu'il a payé le loyer en 2008, et ce jusqu'au début de l'année 2009, le recourant se fonde sur des faits non constatés et laisse sans réponse le non-paiement depuis cette date et jusqu'à ce jour. Il ne tente même pas de démontrer la validité de sa thèse d'un prêt à la bailleresse.
On relève en outre que c'est la bailleresse qui a racheté le mobilier de E._.
5.
Le recours doit donc être rejeté, dans la mesure où il est recevable, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF). Celui-ci devra également verser une indemnité de dépens à l'intimée (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 9 juin 2015
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget