Sachverhalt:
A. B.X._ war Alleinaktionärin der Z._ AG. Mit Vertrag vom 21. Mai 1999 verkaufte sie sämtliche Aktien an eine ausländische Käuferin. Anlässlich dieses Verkaufs wurden ihr die Vertriebsrechte an fünf Kollektionen unentgeltlich übertragen, wobei sie die Verpflichtung übernahm, bis spätestens Ende 2001 "geeignete Nachfolger" zu finden. Bis zum Weiterverkauf wurden die Kollektionen wie bis anhin von der Z._ AG angeboten und vertrieben, und dieser standen so lange auch die Provisionseinnahmen zu. Am 1. und am 8. November 2001 verkaufte B.X._ diese Vertriebsrechte an zwei verschiedene Erwerber zum Gesamtpreis von Fr. 425'500.--.
B. A._ und B.X._ wurden in der Steuerperiode 1999 für ein steuerbares Einkommen von Fr. 68'913.-- (Staats- und Gemeindesteuern) bzw. von Fr. 68'613.-- (direkte Bundessteuer) sowie ein steuerbares Vermögen von Fr. 122'000.-- veranlagt. Diese Einschätzung blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft.
C. Aufgrund einer Meldung vom April 2004 eröffnete das kantonale Steueramt am 27. Juni 2005 ein Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren. Nach durchgeführter Untersuchung verfügte es am 28. September 2006 Nachsteuern (inklusive Zins) für die Steuerjahre 1999-2001 von Fr. 122'598.15 (Staats- und Gemeindesteuern) bzw. von Fr. 64'471.60 (direkte Bundessteuer). Daneben auferlegte es B.X._ eine Busse in der Höhe von 50% des hinterzogenen Betrages, d.h. von Fr. 53'791.90 (Staats- und Gemeindesteuern) bzw. von Fr. 25'767.-- (direkte Bundessteuer). Das kantonale Steueramt ging von einer im Jahre 1999 zugeflossenen geldwerten Leistung aus, die es in der Höhe des im Jahre 2001 realisierten Erlöses von Fr. 425'500.-- bemass und denselben Betrag zum steuerbaren Vermögen hinzurechnete.
Im Einspracheverfahren wurde das Hinterziehungsverfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des Nachsteuerverfahrens sistiert. Die festgesetzten Nachsteuern (inklusive Zinsen) wurden in den Einspracheentscheiden vom 27. April 2007 sowie in den Rekurs- bzw. Beschwerdeentscheiden des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 24. Oktober 2007 bestätigt.
D. Gegen die Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 24. Oktober 2007 (versandt am 21. November 2007) erheben A._ und B.X._ mit Eingaben vom 7. Januar 2008 Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, die angefochtenen Entscheide aufzuheben und die Nachsteuerverfahren einzustellen. Sie rügen eine willkürliche Feststellung bzw. unrichtige Subsumtion des Sachverhalts und damit eine Verletzung von Bundesrecht.
E. Während das Kantonale Steueramt Zürich auf eine Vernehmlassung verzichtet, beantragt das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, die Beschwerden abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schliesst auf Abweisung der Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer und verzichtet auf eine Stellungnahme betreffend die Staats- und Gemeindesteuern.
Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu behandeln (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 128 V 192 E. 1 S. 194 mit Hinweisen).
1.2 Betreffend die direkte Bundessteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11), in der Fassung gemäss Anhang Nr. 57 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32), zulässig. Bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern richtet sich die Eingabe gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist mithin auch diesbezüglich zulässig, selbst wenn das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) hier noch nicht anwendbar ist. Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichten Beschwerden ist einzutreten (Art. 100 BGG).
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Vorausgesetzt wird zudem, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweisen kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG).
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert (Art. 151 Abs. 1 DBG). Bei der Beantwortung der Frage, ob neue Tatsachen oder Beweismittel schon im Zeitpunkt der Veranlagung vorlagen, ist der Aktenstand in diesem Zeitpunkt massgeblich (Urteil 2A.502/2005 vom 2. Februar 2006 E. 2, in: StR 61/2006 442 S. 444 mit Hinweis). Ein Verschulden des Steuerpflichtigen ist nicht erforderlich, vielmehr kommt es auf die Würdigung der jeweiligen Pflichten des Steuerpflichtigen und der Steuerbehörde bei der Veranlagung an.
2.2 Nach Artikel 123 Absatz 1 DBG stellen die Veranlagungsbehörden zusammen mit dem Steuerpflichtigen die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest. Daraus geht zunächst hervor, dass Behörden und Steuerpflichtiger grundsätzlich gemeinsam auf eine richtige und vollständige Veranlagung hin arbeiten. Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 126 Abs. 1 DBG). Insbesondere muss er das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen (Art. 124 Abs. 2 DBG); dazu hat er bestimmte Beilagen einzureichen, und er trägt die Verantwortung für die Richtigkeit und Vollständigkeit der Steuererklärung. Ist er sich über die steuerrechtliche Bedeutung einer Tatsache im Unklaren, darf er diese nicht einfach verschweigen, sondern hat er auf die Unsicherheit hinzuweisen. Jedenfalls muss er die Tatsache als solche vollständig und zutreffend darlegen (Urteil 2A.182/2002 vom 25. April 2003, E. 3.3.1, in: ASA 73 S. 482, 487 f.).
2.3 Demgegenüber prüft die Veranlagungsbehörde die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor (Art. 130 Abs. 1 DBG). Die Steuerbehörde darf sich jedoch grundsätzlich darauf verlassen, dass die Steuererklärung richtig und vollständig ist. Sie ist nicht verpflichtet, ohne besonderen Anlass Quervergleiche mit Akten anderer Steuerpflichtiger vorzunehmen oder im Steuerdossier nach ergänzenden Unterlagen zu suchen. Die Steuerbehörde darf freilich auch nicht unbesehen auf die Steuererklärung abstellen, wie wenn es sich um eine Selbstveranlagung handeln würde. Sie muss insbesondere berücksichtigen, dass in den Steuererklärungsformularen nicht nur Tatschen einzutragen sind, sondern sich dabei auch eigentliche Rechtsfragen stellen. Eine Pflicht zu ergänzender Untersuchung besteht für die Steuerbehörden aber nur dann, wenn die Steuererklärung Fehler enthält, die klar ersichtlich bzw. offensichtlich sind. Bloss erkennbare Mängel genügen nicht, um davon auszugehen, bestimmte Tatsachen oder Beweismittel seien den Behörden schon zur Zeit der Veranlagung bekannt gewesen bzw. es müsse diesen ein entsprechendes Wissen angerechnet werden (Urteil 2A.182/2002 vom 25. April 2003, E. 3.3.2 bzw. 3.3.3, in: ASA 73 S. 482, 488).
3. 3.1 Vorliegend haben die Beschwerdeführer ihre persönliche Steuererklärung 1999 für die Steuerperiode 1999 am 21. Februar 2000 eingereicht. Die Entgegennahme der Vertriebsrechte ist darin nicht erwähnt, und der für die Veranlagung zuständige Kommissär hatte keinen Anlass, an der Vollständigkeit der Steuererklärung zu zweifeln, weshalb die Einschätzung am 3. Januar 2001 ohne diesen Zufluss erfolgte. Erst im Verlaufe des gestützt auf eine Meldung vom April 2004 eröffneten Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahrens kam der hier zu beurteilende Sachverhalt ans Licht. Damit liegt hier offensichtlich eine neue Tatsache im Sinne von Art. 151 Abs. 1 DBG vor. Dies ist an sich auch gar nicht bestritten.
3.2 Die Beschwerdeführer rügen jedoch, die von der Vorinstanz vorgenommene Beweislastverteilung sei willkürlich. Das Verwaltungsgericht erwog, wenn der von der Behörde angenommene Sachverhalt aufgrund bestimmter Anhaltspunkte sehr wahrscheinlich sei, lasse es sich rechtfertigen, dem Steuerpflichtigen für die behauptete gegenteilige Tatsache den Gegenbeweis zu überbinden (Urteil vom 8. Februar 1991 E. 2b, in: ASA 60 S. 404, 408). Dieses Vorgehen ist hier nicht zu beanstanden, zumal es sich nicht um eine eigentliche Beweislastumkehr handelt. Aufgrund der Tatsache, dass für den Verkauf der Vertriebsrechte Ende 2001 Fr. 425'500.-- bezahlt wurden, darf ohne weiteres angenommen werden, dass diese Rechte auch schon anlässlich deren "unentgeltlicher" Überlassung rund zweieinhalb Jahre früher einen gewissen Wert hatten. Jedenfalls erscheint die Behauptung, damals habe es sich noch um reine Nonvaleurs gehandelt, als unglaubwürdig.
Nach Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderem auch die so genannten verdeckten Gewinnausschüttungen. Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten, denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft (oder Genossenschaft) nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Beim Drittvergleich sind in jedem Einzelfall alle konkreten Umstände des zwischen der Gesellschaft und dem Anteilseigner abgeschlossenen Geschäfts zu berücksichtigen, und es muss davon ausgehend bestimmt werden, ob das Geschäft in gleicher Weise mit einem mit der Gesellschaft nicht Verbundenen auch abgeschlossen worden wäre. Voraussetzung für die Annahme einer verdeckten Gewinnausschüttung ist schliesslich, dass sich der Leistungserbringer des Charakters der Leistung bewusst ist (Urteil 2P.128/2003 vom 13. August 2004 E. 3.1, in: StE 2004 B. 24.4 Nr. 71 mit Hinweisen und unter Bezugnahme auf PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, Therwil/Basel 2001, Rz. 121 ff. zu Art. 20 DBG; MARKUS REICH, in: Zweifel Martin/Athanas Peter, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht Bd. I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Basel/Genf/München 2000, Rz. 46 ff. zu Art. 20 DBG).
Sämtliche Voraussetzungen einer verdeckten Gewinnausschüttung sind vorliegend erfüllt. Es handelte sich bei den abgegebenen Vertriebsrechten um eine Leistung der Gesellschaft, die im Zuge des Verkaufs der Beteiligungsrechte noch an die bisherige Aktieninhaberin erbracht wurde. Dieser Leistung stand keine Gegenleistung der Empfängerin gegenüber, und der in der Modebranche aktiven Z._ AG musste ohne weiteres klar sein, dass diesen Vertriebsrechten ein gewisser Wert zukam. Die Behauptung der Beschwerdeführer, sie wären bereit gewesen, sämtliche Aktien der Z._ AG auch inklusive die fraglichen Vertriebsrechte zum unveränderten Preis von Fr. 120'000.-- abzugeben, stellt eine reine Behauptung dar, die durch nichts belegt ist und im Nachhinein auch nicht mehr belegt werden kann. Dass hier dem Grundsatz nach eine verdeckte Gewinnausschüttung vorliegt, wurde mithin zu Recht bejaht.
3.3 Fraglich ist deshalb nur, ob die weitere Annahme der Vorinstanz, für die Bemessung der verdeckten Gewinnausschüttung im Jahre 1999 könne auf den Verkaufserlös für die Vertriebsrechte Ende 2001 abgestellt werden, ebenfalls zulässig ist. Dieser weitere Schluss überzeugt indessen nicht. Die Beschwerdeführer weisen mit Recht darauf hin, dass der "Nutzen" der Vertriebsrechte bis zu ihrem Verkauf Ende 2001 bei der Z._ AG verblieben war. Die Kollektionen wurden nämlich weiterhin von der Z._ AG angeboten und vertrieben, und ihr standen die Provisionseinnahmen zu. So besehen erscheint der Einwand als gerechtfertigt, der Wert der damals übertragenen blossen Rechte ("nuda proprietas") sei 1999 wesentlich tiefer gewesen als der Ende 2001 erzielte Verkaufserlös für die Substanz inklusive das Recht auf die künftigen Erträge. Im Übrigen weisen die Beschwerdeführer glaubhaft darauf hin, dass die Erwerber die Kollektionen ohne nähere Prüfung, insbesondere ohne irgendwelche Renditenberechnungen oder andere Kalkulationen, erstanden hatten. Sie waren offenbar bereit, einen (subjektiv gefärbten) Preis zu bezahlen, der vom objektiven Marktpreis erheblich abweichen kann (vgl. auch BGE 120 II 259 E. 2b S. 260 ff. zur Unterscheidung von objektivem Wert und subjektiven, persönlichen Interessen). Dass diese Annahme nicht von der Hand zu weisen ist, zeigt auch die seitherige Entwicklung: Der eine Erwerber vermochte den vereinbarten Preis noch nach sechs Jahren nicht ganz zu begleichen, und der andere hat die Beschwerdeführerin - offenbar aus Enttäuschung über das aus seiner Sicht unvorteilhafte Geschäft - bei der Steuerbehörde denunziert. Wenn daher die Vorinstanz diese unbedingt notwendigen Differenzierungen hier nicht gemacht hat, ist sie in Willkür verfallen.
3.4 Es ist aber nicht Sache des Bundesgerichts, diesen Wert der 1999 übertragenen Vertriebsrechte (ohne das Recht auf die Erträge) selbst zu schätzen. Hierzu sind weitere Sachverhaltsabklärungen erforderlich und ist möglicherweise ein Experte zu befragen. Der angefochtene Entscheid ist deshalb aufzuheben, und die Sache ist an die Veranlagungsbehörde zurückzuweisen zwecks Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen.
4. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer zum Teil als begründet und ist teilweise gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist diesbezüglich aufzuheben, und die Sache ist an die kantonalen Behörden zurückzuweisen, an das Verwaltungsgericht zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens und an das Kantonale Steueramt zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen.
II. Staats- und Gemeindesteuern
5. § 132 ff., § 160 ff. sowie § 20 Abs. 1 lit. c des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) entsprechen den Art. 123 ff., Art. 151 ff. und Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG. Daraus folgt, dass die zum DBG ergangene Doktrin und Judikatur ebenfalls für die kantonalen Steuern massgebend sind. Dies führt für die Staats- und Gemeindesteuern zum gleichen Ergebnis wie bei der direkten Bundessteuer.
6. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern zum Teil als begründet und ist teilweise gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist diesbezüglich aufzuheben, und die Sache ist an die kantonalen Behörden zurückzuweisen, an das Verwaltungsgericht zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens und an das Kantonale Steueramt zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen.
III. Kosten und Entschädigung
7. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens auf die Beschwerdeführer (unter Solidarhaft) und den Kanton Zürich, der Vermögensinteressen verfolgt, je hälftig aufzuteilen (Art. 65 f. BGG). Die Beschwerdeführer haben Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_21/2008 und 2C_22/2008 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer (2C_22/2008) wird teilweise gutgeheissen, und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 24. Oktober 2007 wird aufgehoben. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an das Verwaltungsgericht und zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an das Kantonale Steueramt zurückgewiesen.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuer (2C_21/2008) wird teilweise gutgeheissen, und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 24. Oktober 2007 wird aufgehoben. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an das Verwaltungsgericht und zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an das Kantonale Steueramt zurückgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden zur Hälfte den Beschwerdeführern unter Solidarhaft und zur Hälfte dem Kanton Zürich auferlegt.
5. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von Fr 3'500.-- auszurichten.
6. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Merkli Dubs