Faits:
A. B._ a été affilié dès 1995 à la Caisse cantonale genevoise de compensation (ci-après: la CCGC ou la caisse) pour son activité accessoire de traducteur indépendant. A ce titre, il s'est acquitté de cotisations à l'assurance-vieillesse et survivants (AVS), à l'assurance-invalidité (AI) et à l'assurance perte de gain (APG) et de contributions aux allocations familiales (AF). Dès le 13 novembre 2000, il a travaillé en qualité de juriste au service de X._.
Suite à la demande de la CCGC, B._ a communiqué à cette dernière, le 11 février 2008, la liste des gains de son activité indépendante de traducteur pour les années 2003, 2004 et 2006. Il a rappelé à cette occasion qu'il était au bénéfice d'un contrat de travail avec X._.
Dans le courant de l'année 2008, la CCGC a constaté qu'à partir du mois de décembre 2000, c'était à tort que l'intéressé avait été affilié à la CCGC, vu l'exemption dont il faisait l'objet en sa qualité de fonctionnaire international.
Par attestation du 13 octobre 2008, le Secrétaire du Comité des pensions du personnel de Y._ a certifié que B._ était affilié à la Caisse commune des pensions du personnel de Z._ depuis le 13 novembre 2000 jusqu'à ce jour, avec plusieurs interruptions du contrat de travail d'une durée de 4 jours à 4 mois et demi.
Par courrier du 5 décembre 2008, la CCGC a reconsidéré les décisions de taxation et de cotisations rendues dès décembre 2000 et restitué à l'assuré les cotisations et contributions acquittées de décembre 2000 à décembre 2007.
Le 15 décembre 2008, B._ a pris note de la détermination de la caisse et contesté l'effet rétroactif porté à la radiation de son affiliation. Il arguait avoir régulièrement informé la caisse de son statut de salarié de X._ sans qu'aucune réserve n'ait été préalablement émise à ce sujet.
Par décision sur opposition du 17 février 2009, la caisse a rejeté l'opposition et maintenu sa décision de radiation du 5 décembre 2008.
B. Le 17 mars 2009, B._ a recouru contre cette décision sur opposition devant le Tribunal cantonal des assurances sociales du canton de Genève.
Dans sa réponse du 28 avril 2009, la CCGC a rappelé que B._ ne devait pas être assuré à l'AVS/AI/APG et à l'assurance-chômage (AC) en raison de sa qualité de fonctionnaire international auprès de X._. Toutefois, elle a dit être «en mesure de proposer à Monsieur B._ la solution suivante, afin de lui donner éventuellement satisfaction et de mettre fin au litige:
- la CCGC accepte son affiliation volontaire en tant que fonctionnaire international de nationalité suisse à compter du mois de décembre 2000;
- Monsieur B._ restitue les cotisations AVS/AI/APG qui lui ont d'ores et déjà été remboursées de décembre 2000 à décembre 2007;
- Monsieur B._ accepte de s'acquitter des cotisations AC pour la période précitée;
- Monsieur B._ accepte de poursuivre le paiement des cotisations AVS/AI/APG et AC pour les périodes postérieures dès janvier 2008 pour toute la durée de son engagement auprès de l'organisation internationale».
Par courriers des 15 mai et 8 juin 2009, B._ a informé le tribunal cantonal de son accord avec la proposition faite par la CCGC mais a tenu à préciser que le paiement de la cotisation AC ne devait être effectué que sur la base de son gain accessoire de traducteur.
Statuant d'accord entre les parties, le Tribunal cantonal des assurances sociales a, par arrêt du 17 septembre 2009, rendu le dispositif suivant:
«1. Donne acte à la CCGC de sa proposition d'accepter l'affiliation volontaire du recourant en tant que fonctionnaire international de nationalité suisse à compter du mois de décembre 2000.
2. L'y condamne en tant que de besoin.
3. Donne acte au recourant de son engagement à restituer les cotisations AVS/AI/APG qui lui ont d'ores et déjà été remboursées de décembre 2000 à décembre 2007, de s'acquitter des cotisations AC pour la période précitée et de poursuivre le paiement des cotisations AVS/AI/APG et AC pour les périodes postérieures à décembre 2007 pour toute la durée de son engagement auprès de l'organisation internationale.
4. L'y condamne en tant que de besoin.
5. Dit que la procédure est gratuite».
C. B._ et l'OFAS interjettent l'un et l'autre un recours en matière de droit public contre ce jugement. B._ conclut principalement à l'annulation du jugement et de la décision sur opposition du 17 février 2009 en tant qu'elle ordonne la radiation avec effet rétroactif de son affiliation à la CCGC; subsidiairement, il demande qu'il soit ordonné à la CCGC d'accepter la radiation de son affiliation à partir du 5 décembre 2008. De son côté, l'OFAS conclut à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle rende un nouveau jugement conformément aux considérants; subsidiairement, il demande la confirmation de la décision sur opposition du 17 février 2009.
B._ conclut à l'admission de la conclusion principale de l'OFAS mais rejette sa conclusion subsidiaire, tandis que l'administration n'a pas pris position sur le recours de B._. La CCGC a quant à elle conclu à l'admission du recours de l'OFAS.
Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre le même jugement, opposent les mêmes parties et concernent le même complexe de faits, de sorte qu'il se justifie de les réunir et de les liquider dans un seul arrêt (ATF 131 V 59 consid. 1 p. 60, 128 V 192 consid. 1 p. 194, 123 V 214 consid. 1 p. 215).
2. 2.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
3. 3.1 Dans un arrêt récent (ATF 135 V 65), le Tribunal fédéral a précisé et développé sa jurisprudence relative au contrôle, par le juge appelé à se prononcer sur une transaction, de la conformité de la convention avec l'état de fait et la loi. Il a ainsi jugé que la décision par laquelle le juge raye la cause du rôle à la suite d'une transaction judiciaire doit contenir à tout le moins une motivation sommaire qui explique en quoi la transaction est conforme à l'état de fait et de droit (ATF 135 V 65 consid. 2.1 à 2.6 p. 71 ss).
Ces exigences déduites du devoir de contrôle du juge et de son corrélat, le devoir de motivation de la décision tiré du droit d'être entendu (ATF 135 V 65 consid. 2.4 p. 72), s'appliquent également - comme c'est le cas en l'espèce - lorsque le juge ne rend pas une décision de radiation du rôle, mais un jugement au fond qui a pour objet la ratification de la transaction et dont le dispositif reprend les termes de celle-ci afin de donner à la décision un caractère exécutoire (voir aussi le consid. 2.7 p. 73 de l'ATF 135 V 65).
3.2 A l'instar des recourants, le Tribunal fédéral considère en l'espèce que le jugement entrepris ne satisfait pas aux exigences de motivation précitées. En effet, dans son arrêt du 17 septembre 2009, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales se réfère simplement aux différentes étapes de la procédure, sans même constater l'absence de motifs s'opposant à l'homologation de l'accord intervenu entre les parties. Ces considérations ne permettent pas d'expliquer en quoi la transaction est conforme à l'état de fait et au droit ni, surtout, au regard des réserves émises par B._ quant au paiement des cotisations AC à la suite de la proposition de la caisse, de s'assurer qu'un accord avait réellement été trouvé entre les parties. Le jugement attaqué se révèle par conséquent contraire au droit, de sorte qu'il y a lieu de l'annuler et de renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision conforme à l'obligation de motivation dégagée par la jurisprudence, ce d'autant plus que l'OFAS conteste la conformité au droit d'une transaction en matière d'affiliation.
4. Compte tenu des circonstances, il convient de renoncer à percevoir des frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à B._ qui n'est pas représenté par un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF; cf. aussi BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 15 ad art. 68 LTF). Il n'est pas non plus alloué de dépens à l'Office fédéral des assurances sociales qui obtient gain de cause dans l'exercice de ses attributions officielles (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 9C_905/2009 et 9C_920/2009 sont jointes.
2. Les recours sont admis et l'arrêt du Tribunal cantonal des assurances sociales du canton de Genève du 17 septembre 2009 est annulé, la cause étant renvoyée à l'autorité judiciaire de première instance pour qu'elle procède dans le sens des considérants.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires ni alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, Chambre 8, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 28 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz