Faits:
A.
A.a. Dans le courant de l'année 2009, Y._, qui désirait acquérir un établissement public, est entrée en contact avec Z._, qui exploitait en raison individuelle l'établissement à l'enseigne " A._ ", à B._.
Le 16 septembre 2009 Y._ et Z._ ont signé devant notaire une " promesse conditionnée de cession de droit de superficie et de cession de matériel, de mobilier et d'installation d'exploitation " . Le prix du droit de superficie supportant l'établissement public " A._ ", constitué en droit distinct et permanent inscrit au Registre foncier, était fixé à 5'5000'000 fr. Celui du matériel, du mobilier et des installations s'élevait à 1'000'000 fr. L'acte ne mentionnait pas de " nommable " et sa validité était subordonnée à la renonciation par la commune de B._ à son droit de préemption d'ici au 31 décembre 2009 et à l'obtention par Y._ du financement nécessaire. La validité de l'acte du 16 septembre 2009, initialement fixée au 31 décembre 2009, a été prorogée une première fois jusqu'au 15 février 2010, puis une seconde fois jusqu'au 31 mars 2010, date considérée comme une date butoir par Z._ dans son courrier du 19 janvier 2010 adressé à Y._. En cas d'inexécution, une peine conventionnelle égale au 10% du prix global des cessions était fixée. La Commune de B._ a renoncé à l'exercice de son droit de préemption le 6 novembre 2009. L'acte de cession du droit de superficie a été instrumenté devant notaire le 31 mars 2010. Y._ a été inscrite comme propriétaire au Registre foncier de la commune de B._ le 14 avril 2010 et les droits de mutation relatifs à ce transfert ont été mis à sa charge par décision de taxation du 15 décembre 2010, entrée en force.
A.b. Dans le courant de mois de mars 2010, Y._ a créé la société anonyme X._ SA en vue de l'exploitation d'établissements publics et tous autres immeubles commerciaux dont elle pourrait devenir propriétaire. Cette société a été inscrite au Registre du commerce le 1 er avril 2010. Son capital-actions de 100'000 fr. est entièrement détenu par Y._.
Le 31 mai 2010, la fiduciaire mandatée par Y._ a informé l'Administration fédérale des contributions que l'exploitation de l'établissement public "A._ ", assurée jusqu'au 31 mars 2010 par Z._, était immédiatement poursuivie par la société X._ SA. Le même jour, la Banque C._ SA a adressé à la société X._ une convention de crédit-cadre, d'un montant maximum de 3'000'000 fr., en vue de financer des objets immobiliers.
Après avoir exigé, le 29 septembre 2010, que Y._ s'engage à demeurer codébitrice solidaire de la société X._ SA pour le paiement de la redevance liée au droit de superficie, la Municipalité de B._ a signé la déclaration de renonciation à l'exercice de son droit de préemption le 15 octobre 2010.
Le 13 octobre 2010, Y._ et la société X._ SA ont passé devant notaire un contrat de transfert de patrimoine à terme, portant sur la cession du droit de superficie pour un montant de 5'000'000 fr. et la vente du matériel, du mobilier et des installations d'exploitation de l'établissement " A._ " pour un prix de 1'000'000 fr. La société X._ SA a été inscrite comme nouveau propriétaire au Registre foncier de la commune de B._, le 4 février 2011.
B.
Par décision du 24 juin 2011, l'Administration cantonale vaudoise des impôts a fixé à 214'500 fr. l'impôt cantonal et communal dû au titre de droit de mutation par X._ SA, à la suite du transfert immobilier du 13 octobre 2010.
La société X._ SA a déposé une réclamation contre cette décision, qui a été rejetée par l'Administration cantonale des impôts le 30 mars 2012, au motif qu'aucune disposition légale ne permettait l'exonération du transfert de patrimoine du 13 octobre 2010.
C.
X._ SA a recouru auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public (ci-après: le Tribunal cantonal), contre la décision du 30 mars 2012, en demandant principalement qu'aucun droit de mutation ne soit prélevé consécutivement à l'acte de transfert du 13 octobre 2010.
Par arrêt du 15 novembre 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision de l'Administration cantonale des impôts du 30 mars 2012. Il a retenu en bref que les formes juridiques choisies pour mener à terme le droit de superficie étaient claires et imposaient à l'autorité intimée de soumettre les deux opérations au droit de mutation.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA conclut, sous suite de frais et dépens, principalement à la réforme de l'arrêt du Tribunal cantonal du 15 novembre 2012, en ce sens que la décision sur réclamation du 30 mars 2012 est annulée, l'acte de transfert du 13 octobre 2010 n'étant pas soumis à la perception d'un droit de mutation et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué, la cause étant renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle instruction et nouveau jugement dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt. Au terme de ses déterminations, l'Administration cantonale des impôts conclut, sous suite de frais, au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'Administration fédérale des contributions a renoncé à se déterminer, dans la mesure où la perception du droit de mutation relevait uniquement du droit cantonal.
La recourante a encore présenté des observations le 15 mars 2013.
E.
Par ordonnance présidentielle du 18 décembre 2012, la demande d'effet suspensif présentée par la recourante a été rejetée.
Considérant en droit:
1.
1.1. Le présent recours en matière de droit public est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et art. 100 al. 1 LTF), le recours est par conséquent recevable.
1.2. Les droits de mutation sont des impôts perçus par les cantons sur les transferts de propriété immobilière. Il s'agit d'impôts indirects qui n'entrent pas dans le mandat d'harmonisation fiscale de la Confédération de l'art. 129 Cst. et qui relèvent exclusivement du droit cantonal (ATF 138 II 557 consid. 4.1 p. 559; 127 II 1 consid. 2b/aa p. 4). Sous réserve d'exceptions (cf. art. 95 let. c et d LTF) non réalisées en l'espèce, le Tribunal fédéral ne contrôle pas l'application du droit cantonal en tant que tel, mais examine uniquement si celle-ci viole le droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, qui comprend les droits constitutionnels des citoyens, dont la prohibition de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Lorsque, comme en l'occurrence, il est question de la violation de droits fondamentaux, le Tribunal fédéral n'examine pas le droit d'office, mais se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de façon suffisante par le recourant (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 23 consid. 5.2 p. 30 ss; 133 II 249 consid. 1.4 p. 254; arrêts 2C_753/2010 du 23 mars 2011 consid. 1.2 et 2C_713/2010 du 11 février 2011 consid. 1.3).
2.
Le présent litige porte sur la question de savoir si le transfert d'immeubles intervenu par contrat du 13 octobre 2010 entre Y._ et la recourante peut bénéficier d'une exonération des droits de mutation.
2.1. La recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir appliqué arbitrairement l'art. 2 al. 2 de la loi vaudoise concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations du 27 février 1963 (LMSD; RS/VD 648.11) en retenant que le droit de superficie avait été transféré à titre onéreux de Y._ à X._. Cela constituerait également une violation des principes de la légalité de l'impôt (art. 127 al. 1 Cst.) et de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.).
2.2. Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. S'agissant de l'application du droit cantonal, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité de dernière instance cantonale que si la décision attaquée apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain (ATF 139 I 57 consid. 5.2 p. 61). Ainsi, pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51 et les arrêts cités).
Dans la mesure où le prélèvement d'une contribution de droit exclusivement cantonal repose sur une interprétation et une application dénuée d'arbitraire de ce dernier, le grief de violation du principe de la légalité tiré de l'art. 127 al. 1 Cst. s'épuise dans l'examen du grief d'arbitraire (arrêt 2C_126/2010 du 22 juin 2010, consid. 2).
La garantie de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.) et la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.) sont étroitement liées. Une décision viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et lorsque ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 136 II 120 consid. 3.3.2 p. 127; 133 I 249 consid. 3.3 p. 254 s.; 131 I 1 consid. 4.2 p. 6 ss).
2.3. Intitulé "Objet du droit", l'art. 2 LMSD dispose que:
" 1. Le droit de mutation est perçu en cas de transfert entre vifs à titre onéreux de la propriété d'un immeuble ou d'une part d'immeuble situé dans le canton.
2. Est également considérée comme un transfert immobilier soumis au droit de mutation la cession du droit d'acquérir un immeuble ou une part d'immeuble situé dans le canton. Il en va de même de la renonciation à ce droit, lorsqu'elle a fait l'objet d'une contre-prestation en faveur du renonçant.
3. Le droit de mutation est perçu en outre sur les actes suivants, lorsqu'ils interviennent à titre onéreux:
a) en cas de constitution, de transfert ou d'extinction d'un droit réel restreint (droit de superficie, servitude, usufruit, droit d'habitation, charge foncière droit à une source etc.), à l'exception du gage immobilier;
.... "
Dans un arrêt du 20 avril 1999 (2P.31/1999 consid. 5a/bb, in RDAF 1999 II p. 527), confirmé dans l'arrêt du 8 juin 2009 (2C_145/2009 consid. 4.2, in RF 64/2009 p. 765), le Tribunal fédéral a précisé que le texte de l'art. 2 al. 2 LMSD ne reflétait pas exactement la volonté du législateur qui, d'après les travaux préparatoires, était de frapper de manière plus large que dans l'ancienne loi les transferts économiques, selon la tendance de la jurisprudence qui avait déjà assimilé le droit d'emption à une promesse de vente. Cette imposition se justifiait par le fait que le bénéficiaire d'une promesse de vente ou d'un pacte d'emption pouvait, par la cession de son droit, tirer profit de l'immeuble comme s'il en était juridiquement propriétaire. C'est donc pour éviter que le droit afférent à la cession ne soit éludé, que l'imposition de la renonciation au droit d'acquérir un immeuble a été prévue, lorsqu'elle intervient à titre onéreux (cf. Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud, printemps 1963, p. 1035 s.). Dès que le renonçant a bénéficié de quelque manière de l'opération, on est en présence d'une cession indirecte ou déguisée qui devra être imposée, sous peine de permettre d'éluder l'impôt (cf. Bulletin précité, p. 1122). En revanche, l'abandon pur et simple du droit d'acquérir un immeuble ne tombe pas sous le coup du droit de mutation, car il ne s'agit pas d'un droit onéreux (Bulletin précité, p. 1036).
Contrairement à ce que soutient la recourante, il n'y a pas eu abandon du droit d'acquérir en sa faveur de la part de Y._ dans le cas d'espèce. Celle-ci est en effet bien entrée en possession de l'immeuble en cause à la suite de l'acte du 31 mars 2010 par lequel Z._ lui transférait le droit de superficie supportant l'établissement public " A._ ". Il faut rappeler que l'instrumentation de cet acte devant notaire résultait d'une promesse conditionnée de cession signée le 16 septembre 2009 déjà, et prolongée à deux reprises, sans qu'un " nommable " ne soit désigné. C'est donc sans arbitraire que le Tribunal cantonal n'a pas retenu que que Y._avait eu d'emblée l'intention de créer une société pour exploiter " A._ ", mais qu'elle avait estimé préférable que la commune de B._ renonce d'abord à son droit de préemption, ce qu'elle a fait le 6 novembre 2009. L'intéressée aurait eu en effet assez de temps, avant le 31 mars 2010, pour entamer les démarches visant à créer sa société ou, à tout le moins la faire apparaître comme société en constitution dans le premier acte de transfert du droit de superficie du 31 mars 2010. Sur ce point, les premiers juges ont considéré à juste titre que c'est seulement cinq mois après la conclusion de la promesse de cession, en février 2010, que Y._ a examiné avec son banquier la question de la constitution d'une société qui deviendrait cessionnaire du droit de superficie et le 8 juin 2010, que la commune de B._ a de nouveau été inter-pellée pour savoir si elle acceptait de renoncer à son droit de préemption légal dans le cadre de ce second transfert. Même si l'exploitation de l'établissement public " A._ " a passé directement de Z._ à X._ SA, ainsi que l'a déclaré la fiduciaire mandatée par Y._ à l'administration fiscale dans son courrier du 31 mai 2010, c'est bien un second acte de vente qui a été conclu le 13 octobre 2010 entre la recourante et Y._. Lors de ce second transfert, le versement du prix de vente devait s'effectuer pour une partie en espèces à la Banque C._ et pour l'autre partie par la constitution d'une créance en faveur de Y._, créance portée au crédit du compte courant de la prénommée dans le comptabilité de X._ SA (cf. ch. II du contrat de transfert de patrimoine du 13 octobre 2010). A cet égard, l'Administration fiscale cantonale relève dans ses déterminations sur le recours qu'un transfert de patrimoine intervient soit à titre onéreux, soit à titre gratuit, auquel cas il est frappé d'un impôt de donation. Dans le premier cas, l'acquéreur peut éteindre son obligation par n'importe quel mode de paiement.
Dans ces conditions, on ne saurait admettre, comme le soutient la recourante, que l'acte du 13 octobre 2010 aurait dû être considéré comme une promesse de vente susceptible d'être cédée à un tiers, qui n'aurait pas déployé d'effets réels et serait soustraite au droit de mutation, ainsi que le permet l'art. 2 al. 2 LMSD, lorsque le renonçant au droit d'acquérir n'a pas touché de contre-prestation. Il s'agissait au contraire d'un contrat de vente ferme passé entre la nouvelle propriétaire de l'immeuble, inscrite au Registre foncier depuis le 14 avril 2010, et la recourante, transfert qui a eu lieu à titre onéreux et était donc en principe imposable selon l'art. 2 al. 3 let. a LMSD.
2.4. La recourante soutient également que Y._ agissait en tant que représentante indirecte de la société X._ SA, à tout le moins lors de la signature de l'acte du 31 mars 2010. Elle en déduit que le deuxième transfert, de régularisation, devait être exempté du droit de mutation, car il n'avait eu pour effet que de faire passer à la recourante des droits déjà acquis pour son compte. Conformément à l'art. 32 al. 3 CO, Y._ a dû en effet procéder à un transfert de propriété selon les droits réels pour permettre à la société de devenir propriétaire.
Sur ce point, le Tribunal cantonal a retenu qu'il n'avait jamais été question d'un rapport de représentation lors de la promesse du 16 septembre 2009. La conclusion de l'acte du 31 mars 2010 n'avait pas fait naître une relation contractuelle entre Z._ et la recourante, dans la mesure où rien ne permettait d'admettre l'existence d'un pouvoir de représentation entre Y._ et la recourante. Celle-là avait acquis un droit propre sur l'immeuble et n'avait pas cédé ses droits découlant de l'acte du 31 mars 2010, contrairement à ce que prévoit l'art. 32 al. 3 CO. Il n'était pas non plus établi que Z._ ait eu connaissance de la constitution de la société en devenir, ni qu'elle aurait accepté de traiter avec elle, de sorte que l'art. 32 al. 2 CO n'était pas applicable, pas plus que l'art. 645 al. 2 CO qui ne trouve application que si les obligations contractées avant l'inscription de la société anonyme l'ont été expressément pour le compte et au nom de la future société. Cette condition n'était pas réalisée en l'espèce, dès lors que Y._ n'avait fourni aucun élément pour démontrer qu'elle aurait agi en qualité de fondatrice de la recourante. Elle n'avait d'ailleurs pas contesté le droit de mutation perçu auprès d'elle à la suite du transfert du 31 mars 2010.
Ce raisonnement ne prête pas flanc à la critique et le Tribunal fédéral peut s'y référer. Il ne révèle aucune violation du droit fédéral en relation avec les règles de représentation. Le Tribunal cantonal pouvait ainsi retenir que Y._ n'avait pas agi comme représentante de la recourante lors de l'acte de transfert du 31 mars 2010. Quant au second acte de transfert conclu le 13 octobre 2010, il se distinguait du premier, intitulé " cession de droit de superficie et cession de matériel, de mobilier et d'installations d'exploitation ", tant pas sa forme de " contrat de transfert de patrimoine à terme "que par les parties signataires. Comme l'a constaté la juridiction cantonale, l'acte du 13 octobre 2010 a bien été passé par deux personnes juridiquement différentes. A cet égard, on ne saurait en effet suivre les arguments de la recourante sur l'identité économique des deux parties à l'acte, fondés sur le fait que Y._ est également unique actionnaire de X._ SA.
2.5. Pour les mêmes motifs, il n'y a pas lieu de remettre en cause la validité du droit de mutation au regard des art. 127 al. 2 Cst. et 167 al. 2 Cst.VD (principe de l'imposition selon la capacité contributive) que la recourante invoque en soutenant qu'il ne se justifie pas d'imposer à deux reprises une seule et même transaction sous l'angle économique. Dans la mesure où l'acte du 31 mars 2010 et celui du 13 octobre 2010 constituent des transferts de propriété distincts inscrits au Registre foncier, il n'est pas arbitraire de les soumettre chacun au droit de mutation qui est un impôt formel et respecte au demeurant la capacité contributive du contribuable, puisqu'il se calcule selon la valeur de l'immeuble transféré (art. 6 al. 1 LMSD).
2.6. La recourante se plaint aussi d'une violation du principe de l'égalité de traitement, en alléguant qu'il n'existe " aucun motif valable de traiter différemment, sous l'angle du droit fiscal, le représentant qui cède son droit d'acquérir au représenté antérieurement ou postérieurement à la conclusion de l'acte de vente de la propriété foncière, qui fait suite à la promesse de vente conclue entre le vendeur et le représentant, si le représentant n'a tiré aucun profit de l'opération" (all. 48, recours p. 15).
Dès lors qu'il est admis que le transfert de patrimoine du 13 octobre 2010 a eu lieu à titre onéreux et que Y._ n'a pas représenté la recourante lors de la signature de l'acte du 31 mars 2010, le grief de violation du principe de l'égalité de traitement doit être rejeté comme étant manifestement mal fondé.
3.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté avec suite de frais à la charge de la recourante (art. 65 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 12 août 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Rochat