Faits:
A. A.a O._, employé auprès de C._, a heurté une marche d'escalier avec le pied gauche le 7 juin 1995. Le cas a été pris en charge comme accident par la «Suisse» Assurances. Le 14 août 1995, O._ a été bousculé par une voiture roulant à faible vitesse, lui occasionnant des contusions au genou et au poignet droits. Le cas a également été pris en charge par «La Suisse» Assurances. Aucun des deux accidents n'a donné lieu à une incapacité de travail et l'assurance a mis fin à ses prestations pour les 1er août, respectivement 1er octobre 1995 (décisions du 25 février 2003).
Le 8 mars 2002, O._ a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité tendant à l'octroi d'une rente. Dans le cadre de l'instruction du dossier, il a produit une expertise établie le 8 avril 2003 par le docteur W._, spécialiste en chirurgie orthopédique, qui a retenu divers diagnostics au niveau du poignet droit, du genou droit et du pied gauche. Le docteur W._ a estimé que la capacité de travail de O._ était de 50% dans son occupation habituelle. Dans un rapport complémentaire du 25 avril 2003, ce médecin a précisé que la capacité de travail de O._ dans une activité adaptée ne pouvait pas être déterminée avant que les traitements proposés aient été appliqués et leur efficacité appréciée.
L'office cantonal AI du Valais (ci-après: l'office AI) a demandé une expertise psychiatrique au docteur A._, spécialiste en psychiatrie transculturelle, psychiatre et psychothérapeute, qui a diagnostiqué, dans son rapport du 17 juin 2003, un état de stress post-traumatique et retenu une incapacité de travail de 50%. Sur la base de ces deux avis, le docteur D._, médecin-conseil de l'office AI, a estimé que les renseignements médicaux étaient suffisants et que la capacité de travail était de 50% dans toute activité sans possibilité d'augmentation par des mesures d'ordre professionnel.
Dans un prononcé du 23 septembre 2003, l'office AI a retenu un degré d'invalidité de 50% et, par décisions des 10 novembre et 15 décembre 2003, il a octroyé à l'assuré une demi-rente dès le 1er janvier 2003.
A.b Le 2 mars 2004, l'office AI a initié une révision du droit de O._ à une demi-rente d'invalidité.
Dans un rapport médical du 5 avril 2004, le docteur I._, médecin traitant, a diagnostiqué un état de santé stationnaire. Le 10 février 2005, O._ a demandé à être mis au bénéfice d'une rente entière fondée sur une incapacité de travail de 100%. Cette demande était basée sur l'avis de son médecin traitant, le docteur I._, retenant une incapacité de travail de 100 % depuis le 28 avril 2004, et sur un entretien avec le médecin mandaté par son employeur, le docteur E._.
L'office AI a demandé une expertise pluridisciplinaire au COMAI. Celle-ci a été confiée au docteur Joliat, spécialiste en rhumatologie, et à la doctoresse L._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie. Dans un rapport du Centre Y._ du 21 février 2006, ces médecins ont diagnostiqué, avec répercussion sur la capacité de travail, une personnalité sensitive ([CIM-10] F60.0) et, sans répercussion sur la capacité de travail, une lombalgie chronique, un syndrome douloureux fémoro-patellaire droit, une hypermobilité du poignet droit, un status après résection de la tête du 2ème métatarsien gauche, pour troubles dégénératifs consécutifs à une ostéonécrose, et un syndrome douloureux somatoforme persistant ([CIM-10] F45.4) présent depuis août 1995. S'agissant de l'influence de l'atteinte à la santé sur la capacité de travail dans l'activité habituelle, les experts n'ont retenu aucune limitation sur le plan somatique et des limitations quantitatives au plan psychique et mental entraînant une réduction de l'activité à 6 heures par jour. Pour les experts, la capacité résiduelle de travail était d'au moins 70% depuis 1995.
Réexaminant le cas, le docteur T._, médecin responsable du SMR à Z._, a fait siennes les conclusions des experts du COMAI, en se référant également aux expertises faites par le docteur R._ le 21 novembre 2002 pour la «Suisse» Assurances, qui étaient arrivées à la conclusion qu'en l'absence de séquelles anatomiques imputables aux accidents des 7 juin et 14 août 1995, aucune incapacité de travail y relative n'était justifiée.
Par décision du 4 mai 2006, l'office AI a reconsidéré ses décisions des 10 novembre et 15 décembre 2003 et a supprimé la rente d'invalidité de O._ avec effet au 30 juin 2006.
Le 2 juin 2006, celui-ci a formé opposition contre cette décision, en concluant à l'annulation de celle-ci et au maintien de son droit à une demi-rente.
Par décision du 8 juin 2007, l'office AI a rejeté l'opposition au motif que les décisions initiales de rente étaient manifestement fausses et que les conditions étaient remplies pour procéder à une reconsidération.
B. Par jugement du 3 mars 2008, le Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais a rejeté le recours, estimant que l'office AI était en droit de reconsidérer ses décisions et partant de supprimer la rente. Il a également refusé l'octroi du reclassement professionnel demandé.
C. O._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant principalement à son annulation et au maintien de son droit à une rente selon décisions des 10 novembre et 15 décembre 2003, ainsi qu'à l'octroi d'un reclassement professionnel et, subsidiairement, à la mise sur pied d'une expertise pluridisciplinaire, le tout sous suite des frais et dépens.
L'office AI conclut au rejet du recours et à la confirmation de sa décision sur opposition. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (art. 82 s. LTF) peut être formé pour violation du droit selon l'art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF) et peut rectifier ou compléter d'office les constatations de celle-ci si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
Au regard de la réglementation sur le pouvoir d'examen prévue par la LTF, il convient d'examiner sur la base des griefs soulevés dans le recours formé devant le Tribunal fédéral si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (art. 95 let. a LTF) y compris une éventuelle constatation des faits contraire au droit (art. 97 al. 1, art. 105 al. 2 LTF).
2. Selon l'art. 53 al. 2 LPGA, l'assureur peut revenir sur les décisions formellement passées en force lorsqu'elles sont manifestement erronées et que leur rectification revêt une importance notable.
Pour juger s'il est admissible de reconsidérer une décision pour le motif qu'elle est sans nul doute erronée, il faut se fonder sur les faits et la situation juridique existant au moment où cette décision a été rendue, compte tenu de la pratique en vigueur à l'époque (ATF 125 V 383 consid. 3 p. 389 et les références). Par le biais de la reconsidération, on corrigera une application initiale erronée du droit, de même qu'une constatation erronée résultant de l'appréciation des faits. Un changement de pratique ou de jurisprudence ne saurait en principe justifier une reconsidération (ATF 117 V 8 consid. 2c p. 17, 115 V 308 consid. 4a/cc p. 314). Pour des motifs de sécurité juridique, l'irrégularité doit être manifeste, de manière à éviter que la reconsidération devienne un instrument autorisant sans autre limitation un nouvel examen des conditions à la base des prestations de longue durée. En particulier, les organes d'application ne sauraient procéder en tout temps à une nouvelle appréciation de la situation après un examen plus approfondi des faits. Ainsi, une inexactitude manifeste ne saurait être admise lorsque l'octroi de la prestation dépend de conditions matérielles dont l'examen suppose un pouvoir d'appréciation, quant à certains de leurs aspects ou de leurs éléments, et que la décision initiale parait admissible compte tenu de la situation antérieure de fait ou de droit. S'il subsiste des doutes raisonnables sur le caractère erroné de la décision initiale, les conditions de la reconsidération ne sont pas remplies (arrêts 9C_221/2008 du 14 janvier 2009 consid. 2.2, 9C_71/2008 du 14 mars 2008 consid. 2, 9C_575/2007 du 18 octobre 2007 consid. 2.2, I 907/06 du 7 mai 2007 consid. 3.2.1, I 338/06 du 30 janvier 2007 consid. 3).
3. 3.1 Selon le jugement cantonal, l'office AI a essentiellement fondé ses premières décisions sur l'expertise du docteur A._, psychiatre et sur l'avis du docteur E._, médecin-conseil de l'employeur du recourant. Le docteur A._ avait diagnostiqué un état de stress post-traumatique entraînant une incapacité de gain de 50%. Pour les juges cantonaux, ce diagnostic était incontestablement erroné et a induit l'office AI en erreur. Quant à l'avis du docteur E._, l'autorité cantonale a considéré qu'il était fondé sur des certificats médicaux et des rapports succincts du médecin traitant, si bien qu'il n'avait pas le poids et la valeur probante des expertises du docteur R._. Elle a donc considéré que les décisions initiales étaient manifestement erronées et que la rectification revêtait une importance notable. En conséquence, elle a admis que les conditions d'une reconsidération étaient réalisées.
3.2 Selon le recourant, les décisions de l'office AI des 10 novembre et 15 décembre 2003 ne sont pas entachées d'erreur manifeste. Il a estimé d'une part que l'expertise du Centre Y._, qui a nié l'existence d'un stress post-traumatique, était tendancieuse et, d'autre part, qu'elle minimisait l'aspect somatique des atteintes.
3.3 S'agissant d'apprécier les circonstances de fait qui ont fondé les décisions initiales de l'office AI, il faut relever que celles-ci ont été prises sur la base de l'avis du docteur D._, médecin-conseil (rapport du 15 septembre 2003). Pour se prononcer, ce dernier s'est fondé sur les rapports des docteurs W._ et A._, dont il a admis les conclusions et dont il a estimé qu'ils étaient suffisants pour se déterminer. Le docteur W._, qui a fait son expertise sur la base de ses propres constatations et de l'expertise du docteur R._, était arrivé à la conclusion que le recourant souffrait d'atteintes somatiques au poignet droit, au genou droit et au pied gauche, entraînant des limitations fonctionnelles, en particulier l'obligation d'éviter les marches, les escaliers et une limitation des accroupissements, des ports de charges et des mouvements répétés. En conclusion, le docteur W._ avait retenu que le recourant pouvait exercer son activité habituelle à mi-temps et qu'aucune autre activité n'était exigible. Enfin, il avait proposé une approche psychiatrique du cas. Sur la base de cette suggestion, l'office AI avait demandé une expertise au docteur A._, qui, dans son rapport du 17 juin 2003, a diagnostiqué un état de stress post-traumatique et a retenu une incapacité de travail à 50% dans l'activité habituelle. Puis, à la question de savoir si «les singularités psychiques constatées limitent la capacité de travail de façon permanente ou de longue durée», le docteur A._ répond négativement pour autant que l'on puisse combiner un soutien par des traitements psychiques et un suivi en psychothérapie.
Il ressort de l'expertise psychiatrique que l'incapacité de travail retenue par le docteur A._ est de nature essentiellement physique et qu'elle recouvre celle déjà relevée par le docteur W._. Cette appréciation est partagée par l'«Unité aspects médicaux» de l'Office fédéral des assurances sociales (note du 18 janvier 2006) dans laquelle il est précisé que l'incapacité de travail est de 50% dans la profession actuelle sur la base des atteintes orthopédiques. Quant à l'expertise du docteur R._, le même service a estimé que «l'expertise du docteur W._ ainsi que son complément démontre avec brio les atteintes dont l'assuré souffre. Le docteur W._ explique et démontre qu'il existe des atteintes objectives invalidantes contrairement au docteur R._ qui passe à côté de certains diagnostics».
Au vu de ces éléments, il y a lieu de retenir que, contrairement à ce qu'ont admis les juges cantonaux, les décisions de l'office AI prenaient en compte des atteintes physiques qui s'étaient révélées invalidantes aux yeux de plusieurs médecins et que l'état de stress post-traumatique diagnostiqué par le docteur A._ n'a pas eu une influence déterminante pour calculer le taux d'invalidité.
Même en admettant que les premiers juges étaient en droit de retenir l'expertise du Centre Y._ du 21 février 2006 au titre des éléments ayant amené l'office AI à reconnaître au recourant une invalidité de 50 % par décisions des 10 novembre et 15 décembre 2003, la confrontation de ce rapport aux autres pièces du dossier ne permet pas de considérer que les décisions initiales de rente étaient manifestement erronées. En effet, les conclusions de l'expertise sur le plan psychiatrique - à savoir l'absence d'état de stress post-traumatique mais une diminution de la capacité de travail d'environ 30% en raison de limitations quantitatives sur le plan psychique et mental -, n'excluent pas toute incapacité de travail. De plus, sur le plan physique, les experts retiennent les mêmes atteintes que celles ayant conduit à l'octroi d'une demi-rente mais nient toute influence sur la capacité de travail. Il s'agit d'une appréciation médicale différente de celles des docteurs W._ et A._ que les experts du Centre Y._ n'ont par ailleurs pas justifiée.
Enfin, même si la fixation du taux d'invalidité sur une simple évaluation médico-théorique de la capacité de travail n'est pas conforme à la loi (ATF 114 V 281 consid. 1c p. 283 et 310 consid. 3c p. 314), cela ne permet pas encore de qualifier les décisions initiales de manifestement erronées (arrêt 9C_575/2007 du 18 octobre 2007 consid. 3.3).
Le caractère manifestement erroné des décisions de rente des 10 novembre et 15 décembre 2003 n'étant pas donné, l'office AI n'avait pas la possibilité de procéder à leur reconsidération. Le jugement attaqué et la décision sur opposition du 8 juin 2007 sont dès lors erronés.
4. Le litige a pour objet la suppression du droit à la rente sous le seul angle de la reconsidération des décisions initiales des 10 novembre et 15 décembre 2003. La question d'une éventuelle révision au sens de l'art. 17 LPGA, au regard des éléments de fait retenus par la juridiction cantonale, appartient cependant à l'administration.
5. Le recourant obtient gain de cause. Les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé (art. 66 al. 1 LTF). Le recourant a droit à une indemnité de dépens pour l'instance fédérale à la charge de l'intimé (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement du Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais du 3 mars 2008 et la décision de l'Office cantonal AI du Valais du 8 juin 2007 sont annulés.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera au recourant la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner