Sachverhalt:
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten richtet sich gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 15. Juli 2009 betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2002. Die Beschwerdeführer (Steuerpflichtige) beantragen:
"1. Es sei anzuerkennen, dass der Landwirtschaftsbetrieb der Erbengemeinschaft Z._ von X._ zum Kaufpreis von Fr. 300'000.-- übernommen wurde.
2. Entsprechend sei die Bilanz per 31.12.02 wie folgt festzulegen:
landwirtschaftliche Grundstücke Fr. 60'330
Wald Fr. 2'460
Gebäude, Zugang Fr. 237'210
Schlussbilanz Fr. 484'800
3. Es sei festzustellen, dass kein Steueraufschub Grundstückgewinnsteuer vorliegt."
Es wurden die Akten beigezogen und die beteiligten Behörden zur Vernehmlassungen eingeladen. Anwendung findet das Verfahren nach Art. 109 BGG.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts betreffend die Staats- und Gemeindesteuern. Gegen solche Entscheide kann grundsätzlich Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 lit. a, 86 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführer sind durch die Steuerauflage beschwert (Art. 89 Abs. 1 BGG), unter Vorbehalt des Feststellungsbegehrens (E. 1.2).
Das kantonale Steuerrekursgericht wies zwar die Angelegenheit hinsichtlich des von der Erbengemeinschaft dem Beschwerdeführer gewährten Schulderlasses an die Steuerkommission A._ zurück, damit diese abkläre, ob ein einkommenswirksamer Schulderlass oder eine Schenkung von Mitgliedern der Erbengemeinschaft vorliege. Insofern liegt ein nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 und 93 BGG anfechtbarer Zwischenentscheid vor. Das Steuerrekursgericht (Urteil E. I/2.1 S. 7) folgte aber der Darstellung der Beschwerdeführer, dass ein Schulderlass vorliege und keine Verrechnung der Schuld mit Ansprüchen des Beschwerdeführers in Rahmen der vorliegend streitigen Realteilung der Erbschaft. Da damit zu rechnen ist, dass die Beschwerdeführer hinsichtlich des hier allein umstrittenen Punktes (Fortführung der Buchwerte nach Realteilung der Erbschaft) erneut Beschwerde führen werden, und die Sache in diesem Punkt liquid ist, rechtfertigt es sich, die Beschwerde zu behandeln. Es kann damit zusätzlicher Aufwand vermieden werden (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
1.2 Die Beschwerdeführer beantragen, es sei "anzuerkennen", dass der Landwirtschaftsbetrieb von der Erbengemeinschaft zum Kaufpreis von Fr. 300'000.- übernommen wurde. Dieser in Form eines Feststellungsbegehrens gekleidete Antrag ist im Zusammenhang mit dem Beschwerdebegehren Ziffer 2 zu lesen, wonach die Werte der landwirtschaftlichen Grundstücke in der Bilanz per 31. Dezember 2002 in entsprechender Höhe festzulegen seien. Fraglich ist, ob ein schutzwürdiges Interesse im Sinne von Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG an einer solchen Feststellung besteht. Im Zusammenhang mit altrechtlichen Steueraufschüben nach dem Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG) kann es sich rechtfertigen, aus Beweisgründen die künftig zu berücksichtigenden Anlagekosten und Abschreibungen unter dem neuen Recht zu bereinigen, und wäre ein schutzwürdiges Interesse zu bejahen, wie das Bundesgericht erkannt hat (Urteil 2A.116/2007 vom 13. Juni 2008 E.1.3, dem Vertreter der Beschwerdeführer bekannt). Ob ein solches Interesse auch hier besteht, kann jedoch aus den nachfolgenden Gründen offen bleiben.
2. 2.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts (Art. 95 lit. a BGG), hier namentlich über die Steuerharmonisierung. Inwiefern das der Fall sein soll, ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Im Übrigen kann die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts lediglich im Lichte der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze, namentlich des Willkürverbots (Art. 9 BV), oder der kantonalen verfassungsmässigen Rechte (Art. 95 lit. c BGG) geprüft werden (BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158; 134 II 349 E. 3 S. 351). Solche Rügen sind ausdrücklich zu erheben (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 134 II 349 E. 3 S. 351 f.).
2.2 Die Beschwerdeführer wollen die aus der Erbteilung übernommenen Grundstücke bis zur Höhe des Kaufpreises aktivieren. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid demgegenüber ausführlich begründet, weshalb die Anlagekosten der Erbengemeinschaft, von welcher der Beschwerdeführer den landwirtschaftlichen Betrieb übernommen hat, buchmässig fortzuführen sind. Gewinne aus der Veräusserung von Grundstücken unterlägen grundsätzlich der Grundstückgewinnsteuer (§ 95 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Aargau [StG]), doch werde die Besteuerung insbesondere bei Erbgang aufgeschoben (97 Abs. 1 StG). In solchen Fällen sei auf den Erwerbspreis der letzten steuerbegründenden Veräusserung abzustellen (§ 103 Abs. 2 StG) und nicht auf den allenfalls höheren Preis, zu welchem der Erwerber den Betrieb übernommen habe. Aus diesem Grund seien die Anlagekosten der Erbengemeinschaft buchmässig fortzuführen. Die Anlagekosten lägen gemäss "Fragebogen Kapitalgewinn" bei Übernahme bei Fr. 68'700.--. Mit den zusätzlichen Verbuchungen im Konto "1330 Betriebsgebäude" ergäbe sich ein Buchwert von Fr. 316'290.-- statt Fr. 484'800.--:
Eröffnung Fr. 262'900.--
Anlagekosten Fr. 68'700.--
Investition Fr. 4'848.--
Abschreibungen Fr. 20'158.--
Schlusssaldo Fr. 316'290.--
2.3 Es ist nicht ersichtlich und geht aus der Beschwerde nicht hervor, inwiefern diese Erwägungen gegen Bundesrecht und namentlich Art. 11 StHG verstossen könnten. Mit der Begründung im angefochtenen Entscheid setzen sich die Beschwerdeführer nicht auseinander. Soweit die Beschwerdeführer sich auf eine vorgeblich abweichende Praxis des kantonalen Steueramtes berufen, hätten sie diese bereits gegenüber den Vorinstanzen anrufen können. Vor Bundesgericht sind sie mit diesbezüglich neuen Tatsachen und Beweismitteln nicht mehr zu hören (Art. 99 Abs. 1 BGG). Die Beschwerde ist insoweit unbegründet, soweit eine genügende Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG überhaupt zu erkennen ist.
3. Soweit die Beschwerdeführer geltend machen, es sei über die stillen Reserven im Rahmen der Grundstückgewinnsteuer abzurechnen und sie hätten mit der Steuerklärung einen entsprechenden Antrag gestellt (vgl. § 97 Abs. 2 StG), handelt sich um ein neues Vorbringen, zu welchem nicht erst der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts Anlass gab. Auf das Novum ist nicht einzutreten (Art. 99 Abs. 1 BGG).
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen; sie haften hierfür solidarisch (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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