Sachverhalt:
A. Mit Entscheid vom 30. Januar 2008 sprach die Strafkammer des Bundesstrafgerichts T._ von den Vorwürfen des Bestechens (Ziffer 3.1.1 der Anklageschrift), der Anstiftung zu ungetreuer Amtsführung (Ziffer 3.1.4 der Anklageschrift) und des Betrugs (Ziffer 3.1.5 der Anklageschrift) frei. Hingegen erklärte es ihn der mehrfachen Anstiftung zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB i.V.m. Art. 24 und 26 StGB) schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von 18 Monaten (unter Anrechnung der erstandenen Untersuchungshaft von 98 Tagen) und einer Geldstrafe von 180 Tagessätzen à Fr. 3'000.--. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es bedingt auf, unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren.
B. T._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2008 sei im Schuld- und Strafpunkt aufzuheben, und er sei der mehrfachen Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB i.V.m. Art. 25 und 26 StGB) schuldig zu sprechen und mit einer Freiheitsstrafe von nicht mehr als 18 Monaten zu bestrafen; eventualiter sei er zusätzlich mit einer Geldstrafe von nicht mehr als 10 Tagessätzen à Fr. 3'000.-- zu bestrafen. Für die Freiheitsstrafe sei ihm der bedingte Strafvollzug zu gewähren mit einer Probezeit von zwei Jahren. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde im Strafpunkt gutzuheissen und diesbezüglich neu zu entscheiden. Im Schuldpunkt beantragt sie die Abweisung der Beschwerde, soweit auf diese eingetreten werden könne. Die SUVA hat auf Anmerkungen zur Beschwerde verzichtet und stellt Antrag auf Bestätigung des angefochtenen Urteils. Die Bundesanwaltschaft hat auf Bemerkungen zur Beschwerde verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht zusammenfassend von folgendem Sachverhalt aus:
1.1 Die Beschwerdegegnerin 1 verfügte über ein Immobilien-Portefeuille im Wert von rund 3 Milliarden Franken. Ab dem Jahre 2000 setzte sie sich zum Ziel, die internen Verfahrensabläufe und Zuständigkeiten im Immobilienwesen neu zu definieren, das Immobilien-Anlage-Portefeuille aktiver zu bewirtschaften und suboptimale Immobilien zu verkaufen. Sie engagierte im Jahre 2002 W._ als Verantwortlichen für die Erarbeitung einer neuen Immobilienstrategie. Im Jahr 2003 wurde dieser zudem zum Bereichsleiter Immobilien innerhalb der Finanzabteilung ernannt. In dieser Funktion beantragte er im Immobilien-Anlageausschuss (nachfolgend: IAA) den Kauf oder Verkauf von Liegenschaften. Im Zuge des Devestitionsprozesses im Immobilienbereich kam es zum Verkauf von diversen Liegenschaften der Beschwerdegegnerin 1. Ein Verdacht auf Unregelmässigkeiten beim Verkauf von acht Immobilien, die im Zeitraum vom Frühjahr 2004 bis zum Sommer 2005 veräussert wurden und mehrheitlich im Kanton Tessin liegen, führte zur Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen mehrere Angestellte der Beschwerdegegnerin 1 und weitere Beteiligte. Diese acht Liegenschaftsverkäufe betreffen in chronologischer Reihenfolge die folgenden Immobilien: 1) Wohnüberbauung Via la Santa 7-11 in Lugano-Viganello, Parzelle Nr. 4 GB Lugano-Viganello (nachfolgend: Liegenschaft Viganello). 2) Wohnüberbauung Via Zorzi 19a in Lugano-Paradiso, Parzelle Nr. 349 sowie die Einstellhallenplätze auf der Parzelle Nr. 338, beide GB Lugano-Paradiso (nachfolgend: Liegenschaft Paradiso). 3) Wohn- und Geschäftshaus Via Vela 1 in Bellinzona, Parzelle Nr. 2640 GB Bellinzona (nachfolgend: Liegenschaft Bellinzona). 4) Wohn- und Geschäftshaus Via Pontico Virunio 5-7 in Mendrisio, Parzelle Nr. 1053 GB Mendrisio (nachfolgend: Liegenschaft Pontico Virunio). 5) Wohnüberbauung Castello Piana in Lugano-Davesco, Parzelle Nr. 346 GB Lugano-Davesco/Soragno (nachfolgend: Liegenschaft Casteldavesco). 6) Wohn- und Geschäftsüberbauung Wichlernweg 12-16 in Kriens, Parzelle Nr. 4155 GB Kriens (nachfolgend: Liegenschaft Kriens). 7) Wohnüberbauung Vogelsangweg 33-37 in Herzogenbuchsee, Parzelle Nr. 1880 GB Herzogenbuchsee (nachfolgend: Liegenschaft Herzogenbuchsee). 8) Wohn- und Geschäftsüberbauung Via L. Lavizzari 2 und 6-10 in Mendrisio, Parzellen Nr. 2937/2961/3112 und 3120 GB Mendrisio (nachfolgend: Liegenschaft Piazzale alla Valle).
W._ war als Bereichsleiter Immobilien bei der Beschwerdegegnerin 1 am Verkauf aller inkriminierten Liegenschaften direkt oder indirekt beteiligt. Er bezeichnete die zu verkaufenden Liegenschaften, setzte für den grössten Teil der betroffenen Liegenschaften unter Beizug externer Schätzer deren Verkehrswert fest und stellte Antrag an den für den Verkaufsentscheid zuständigen IAA. Letztlich ist der IAA in all seinen Entscheiden bezüglich Verkauf und Verkaufspreis den von W._ oder seinem Mitarbeiter V._ gestellten Anträgen gefolgt. Letzterer war als zuständiger Portfoliomanager im Immobilienbereich bei der Beschwerdegegnerin 1 und späterer Nachfolger von W._ an den Verkäufen der Liegenschaften Kriens und Piazzale alla Valle beteiligt.
1.2 Sämtliche der in Frage stehenden Liegenschaften wurden vom Beschwerdeführer oder von den von ihm ganz oder teilweise beherrschten Aktiengesellschaften P._ SA, Q._ SA und R._ AG erworben.
Die Liegenschaftsverkäufe lassen sich in zwei Gruppen unterteilen: Während die zuerst verkauften Liegenschaften Viganello, Paradiso, Bellinzona und Pontico Virunio einzig vom Beschwerdeführer oder von der durch ihn gänzlich beherrschten P._ SA gekauft wurden, kaufte die R._ AG die später veräusserten Liegenschaften Casteldavesco, Kriens und Herzogenbuchsee. An dieser Gesellschaft waren der Beschwerdeführer und W._ zu je 50% beteiligt, weshalb Letzterer sowohl seitens der Käufer- als auch der Verkäuferschaft an diesen Rechtsgeschäften mitwirkte. Die Liegenschaft Piazzale alla Valle wurde durch die Q._ SA erworben. Der Beschwerdeführer war bei sämtlichen Liegenschaftskäufen für die Verhandlungen mit den kreditgebenden Banken und die Sicherstellung der Finanzierung verantwortlich. Die Banken überwiesen in der Regel die Kreditsumme auf Geschäftskonten der Erwerbergesellschaften. Im Rahmen des Liegenschaftserwerbs richtete der Beschwerdeführer in mehreren Tranchen Geldbeträge an W._ aus. Hierbei handelte es sich um Beträge, welche er in bar von den erwähnten Geschäftskonten bezog. Zwecks Rechtfertigung der hohen Barbezüge gegenüber den Banken wies der Beschwerdeführer verschiedentlich simulierte Vermittlerverträge vor.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Beweiswürdigung, welche im Ergebnis dazu geführt habe, dass ihn die Vorinstanz fälschlicherweise als Anstifter statt als blossen Gehilfen von W._ eingestuft habe. So sei die Annahme der Vorinstanz, wonach er W._ bereits im Jahr 2003 Fr. 100'000.-- habe zukommen lassen, willkürlich. Zwar habe W._ dies in der Voruntersuchung wiederholt behauptet, seine Aussagen jedoch zu Beginn der Hauptverhandlung vor der Vorinstanz widerrufen. Ebenso wenig sei es haltbar, davon auszugehen, er habe W._ die Provisionen beziehungsweise eine Beteiligung insbesondere an den Immobiliengesellschaften, welche gegenüber der Beschwerdegegnerin 1 als Käuferinnen aufgetreten seien, in Aussicht gestellt. Nicht vertretbar sei schliesslich die Annahme im angefochtenen Urteil, dass er die Kaufpreise der Liegenschaften festgesetzt habe. Vielmehr habe er W._ einzig jeweils eine Offerte gemacht. Zusammenfassend sei er daher nicht als Anstifter, sondern als Gehilfe zur ungetreuen Geschäftsbesorgung zu verurteilen, sei er doch lediglich dem Wunsch W._s auf Ausrichtung von Provisionen beziehungsweise auf Beteiligung an den Immobiliengesellschaften nachgekommen. Als Gehilfe sei er gestützt auf Art. 25 StGB milder zu bestrafen (Beschwerde S. 4-17).
2.2 Die Vorinstanz hat es gestützt auf die (mehrfachen) Aussagen von W._ im Untersuchungsverfahren als erwiesen erachtet, dass der Beschwerdeführer "zur Bekräftigung seines Interesses" diesem im Hinblick auf einen allfälligen Kauf von "Basler Liegenschaften" im Herbst 2003 Fr. 100'000.-- in bar übergeben hat. Zwar habe W._ seine Aussagen anlässlich der Hauptverhandlung widerrufen, dieser Widerruf sei jedoch unglaubwürdig. Mit seinem Geständnis im Untersuchungsverfahren habe sich W._ selber schwer belastet. Zudem machten dessen damalige Aussagen im Gesamtkontext durchaus Sinn und sein späteres Verhalten nachvollziehbar. Ferner ergäbe sich aus den übereinstimmenden Aussagen der beiden Beteiligten, dass der Beschwerdeführer im Kontext der im Sommer und Herbst 2004 vorgenommenen Liegenschaftstransaktionen Viganello, Paradiso, Bellinzona und Pontico Virunio jeweils nach dem erfolgten Verkauf und der Verurkundung einer Liegenschaft W._ tranchenweise insgesamt mindestens Fr. 1'000'000.-- übergeben habe (angefochtenes Urteil S. 22 f.).
Überdies sei gestützt auf die Aussagen des Beschwerdeführers davon auszugehen, dass dieser selbst bestimmt habe, welchen Preis er für die Liegenschaften zu bezahlen bereit sei. Da diese Preise vorliegend mit den später erstellten Schätzungen der von W._ eingesetzten Gutachter übereingestimmt hätten, könne es nur der Beschwerdeführer gewesen sein, der seine Preisvorstellungen gegenüber W._ kommuniziert habe. Der Beschwerdeführer habe mit anderen Worten die Verkaufspreise für die Liegenschaften zum vornherein fixiert. Zudem könnten seine Geldzahlungen an W._ einzig als Gegenleistung dafür verstanden werden, dass dieser gestützt auf die von ihm beeinflussten Verkehrswertschätzungen den Preisvorstellungen des Beschwerdeführers entsprechende Verkaufsanträge an den IAA gestellt und in diesem Gremium auch durchgebracht habe (angefochtenes Urteil S. 40).
Die Vorinstanz betont weiter, ursächlich für den Tatentschluss von W._ seien im Wesentlichen zwei Faktoren gewesen: Zum einen habe der Beschwerdeführer W._ bereits im Zusammenhang mit dem nicht zustande gekommenen Verkauf von "Basler Liegenschaften" im Herbst 2003 Fr. 100'000.- zukommen lassen, ohne hierfür eine konkrete Gegenleistung einzufordern. Damit habe der Beschwerdeführer W._ bereits vor dem Kauf der vorliegend in Frage stehenden Liegenschaften in der Hand gehabt. Zum andern habe der Beschwerdeführer auf W._ Einfluss genommen, als er sich mit seinen konkreten Kaufpreisvorstellungen an diesen gewandt habe. Damit sei erstellt, dass der Beschwerdeführer den Tatentschluss bei W._ hervorgerufen habe. Der Beschwerdeführer habe zudem gewusst, dass W._ als Bereichsleiter Liegenschaften in einer Kaderposition bei der Beschwerdegegnerin 1 beschäftigt war und die Möglichkeiten besass, die Entscheidorgane der Beschwerdegegnerin 1 in seinem Sinn zu beeinflussen. Als erfahrener Immobilienhändler sei sich der Beschwerdeführer schliesslich bewusst gewesen, dass für die Liegenschaften auf dem freien Markt ein höherer Verkaufserlös zu erwarten gewesen wäre. Damit sei es für ihn vorhersehbar gewesen, dass W._ beim Verkauf der Liegenschaften an ihn die Beschwerdegegnerin 1 wissentlich und willentlich in ihrem Vermögen schädigte. Der Beschwerdeführer habe somit um die deliktische Qualität der Handlung, zu welcher er angestiftet habe, gewusst. Er habe damit im Fall des Verkaufs der Liegenschaften Viganello, Paradiso, Bellinzona und Pontico Virunio den Tatbestand der Anstiftung zu ungetreuer Geschäftsbesorgung sowohl in objektiver als auch in subjektiver Hinsicht erfüllt (angefochtenes Urteil S. 47 f.).
2.3 Die Vorinstanz betont, aktenmässig sei erstellt, dass der Beschwerdeführer auch die künftigen Kaufpreise der Liegenschaften Casteldavesco, Kriens und Piazzale alla Valle festgesetzt habe, bevor der IAA über deren Verkauf und den Mindestverkaufserlös entschieden habe (angefochtenes Urteil S. 57 f.). Indem der Beschwerdeführer W._ an der R._ AG beteiligt beziehungsweise ihm die Beteiligung an der Q._ SA in Aussicht gestellt und die Verkaufspreise vorgegeben habe, habe er diesen zu seinen Tathandlungen bestimmt. Der Beschwerdeführer sei sich schliesslich insoweit auch bewusst gewesen, dass für diese Liegenschaften auf dem freien Markt ein wesentlich höherer Verkaufspreis hätte gelöst werden können. Zusammenfassend habe der Beschwerdeführer somit den Tatbestand der Anstiftung zur qualifiziert ungetreuen Geschäftsbesorgung erfüllt (angefochtenes Urteil S. 61 f.).
2.4 Art. 9 BV gewährleistet den Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Auf dem Gebiet der Beweiswürdigung ist die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür beschränkt. Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (BGE 134 I 140 E. 5.4). Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (BGE 131 IV 100 nicht publ. E. 4.1; 127 I 54 E. 2b).
Wird eine willkürliche Beweiswürdigung gerügt, reicht es nicht aus, wenn der Beschwerdeführer zum Beweisergebnis frei plädiert und darlegt, wie seiner Auffassung nach die vorhandenen Beweise richtigerweise zu würdigen gewesen wären, wie er dies in einem appellatorischen Verfahren mit freier Rechts- und Tatsachenüberprüfung tun könnte. Er muss gemäss ständiger Rechtsprechung vielmehr aufzeigen, inwiefern die angefochtene Beweiswürdigung die Verfassung dadurch verletzen sollte, dass sie im Ergebnis offensichtlich unhaltbar wäre (vgl. BGE 129 I 49 E. 4; 128 I 81 E. 2; 127 I 38 E. 3c).
2.5 Was der Beschwerdeführer gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz vorbringt, ist nicht geeignet, Willkür respektive eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" darzutun.
Der Beschwerdeführer stellt der vorinstanzlichen Begründung lediglich seine eigene Sicht der Dinge gegenüber, ohne näher zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte. Vielmehr hat die Vorinstanz eingehend und willkürfrei begründet, weshalb sie insbesondere gestützt auf die Aussagen von W._ im Untersuchungsverfahren geschlossen hat, der Beschwerdeführer habe diesem bereits im Jahr 2003 Fr. 100'000.-- übergeben. Insbesondere konnte die Vorinstanz insoweit, ohne in Willkür zu verfallen, erwägen, W._s Widerruf seiner Aussagen aus der Voruntersuchung sei nicht glaubhaft. Des Weiteren konnte die Vorinstanz nach eingehender Beweiswürdigung folgern, der Beschwerdeführer habe W._ vorab mitgeteilt, welchen Kaufpreis er für die Liegenschaften zu zahlen bereit sei.
2.6 Gestützt auf den willkürfrei erstellten Sachverhalt hat die Vorinstanz den Beschwerdeführer zutreffend als Anstifter qualifiziert. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter, die unbedingte Verbindungsgeldstrafe in der Höhe von 180 Tagessätzen à Fr. 3'000.-- verletze Art. 42 Abs. 4 StGB, da dieser Geldstrafe gegenüber der bedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten nicht bloss untergeordnete beziehungsweise akzessorische Bedeutung zukomme. Sachgerechterweise sei von einer Verbindungsgeldstrafe ganz abzusehen, allenfalls sei eine Geldstrafe von maximal 10 Tagessätzen festzusetzen, wobei die Bemessung des Tagessatzes von Fr. 3'000.-- insoweit nicht angefochten werde. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Beschwerde S. 17-19).
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, insgesamt erscheine eine Freiheitsstrafe von 24 Monaten dem Verschulden des Beschwerdeführers angemessen. Nach geltendem Recht sei für Freiheitsstrafen bis zu zwei Jahren der bedingte Vollzug möglich und mit einer solchen Sanktion könne gestützt auf Art. 42 Abs. 4 StGB eine unbedingte Geldstrafe oder Busse verbunden werden. Die unbedingte Verbindungsstrafe trage dazu bei, das unter spezial- und generalpräventiven Gesichtspunkten eher geringe Drohpotenzial der bedingten Freiheitsstrafe zu erhöhen. Dem Verurteilten solle ein Denkzettel verpasst werden können, um ihm den Ernst der Lage vor Augen zu führen und zugleich zu demonstrieren, was bei Nichtbewährung drohe. Die kombinierte Strafe dürfe den Rahmen des dem Verschulden Angemessenen nicht überschreiten, welches hier einem Zeitäquivalent von 24 Monaten entspreche. Es rechtfertige sich unter diesen Gesichtspunkten eine Freiheitsstrafe von 18 Monaten, mangels negativer Legalprognose bedingt auf zwei Jahre, verbunden mit einer unbedingten Geldstrafe von 180 Tagessätzen auszusprechen. Der Tagessatz sei auf Fr. 3'000.-- festzusetzen (angefochtenes Urteil S. 77 f.).
3.3 Gestützt auf Art. 42 Abs. 4 StGB kann eine bedingte Strafe mit einer unbedingten Geldstrafe oder mit einer Busse nach Art. 106 StGB verbunden werden. Das Bundesgericht hat sich in zwei Grundsatzentscheiden zu den Verbindungsstrafen nach Art. 42 Abs. 4 StGB geäussert (BGE 134 IV 1 und 134 IV 60). Diese kommen insbesondere in Betracht, wenn man dem Täter den bedingten Vollzug einer Geld- oder Freiheitsstrafe gewähren möchte, ihm aber dennoch in gewissen Fällen mit der Auferlegung einer zu bezahlenden Geldstrafe oder Busse einen spürbaren Denkzettel verabreichen möchte. Die Strafenkombination dient hier spezialpräventiven Zwecken. Das Hauptgewicht liegt auf der bedingten Freiheits- oder Geldstrafe, während der unbedingten Verbindungsgeldstrafe beziehungsweise Busse nur untergeordnete Bedeutung zukommt. Dies ergibt sich aus der systematischen Einordnung von Art. 42 Abs. 4 StGB, welche die unbedingte Geldstrafe als bloss akzessorische Strafe ausweist. Die Verbindungsgeldstrafe soll nicht etwa zu einer Straferhöhung führen oder eine zusätzliche Strafe ermöglichen. Sie erlaubt lediglich innerhalb der schuldangemessenen Strafe eine täter- und tatangemessene Sanktion, wobei die an sich verwirkte Freiheitsstrafe und die damit verbundene Geldstrafe beziehungsweise Busse in ihrer Summe schuldangemessen sein müssen (BGE 134 IV 1 E. 4.5.2).
3.3 Gestützt auf Art. 42 Abs. 4 StGB kann eine bedingte Strafe mit einer unbedingten Geldstrafe oder mit einer Busse nach Art. 106 StGB verbunden werden. Das Bundesgericht hat sich in zwei Grundsatzentscheiden zu den Verbindungsstrafen nach Art. 42 Abs. 4 StGB geäussert (BGE 134 IV 1 und 134 IV 60). Diese kommen insbesondere in Betracht, wenn man dem Täter den bedingten Vollzug einer Geld- oder Freiheitsstrafe gewähren möchte, ihm aber dennoch in gewissen Fällen mit der Auferlegung einer zu bezahlenden Geldstrafe oder Busse einen spürbaren Denkzettel verabreichen möchte. Die Strafenkombination dient hier spezialpräventiven Zwecken. Das Hauptgewicht liegt auf der bedingten Freiheits- oder Geldstrafe, während der unbedingten Verbindungsgeldstrafe beziehungsweise Busse nur untergeordnete Bedeutung zukommt. Dies ergibt sich aus der systematischen Einordnung von Art. 42 Abs. 4 StGB, welche die unbedingte Geldstrafe als bloss akzessorische Strafe ausweist. Die Verbindungsgeldstrafe soll nicht etwa zu einer Straferhöhung führen oder eine zusätzliche Strafe ermöglichen. Sie erlaubt lediglich innerhalb der schuldangemessenen Strafe eine täter- und tatangemessene Sanktion, wobei die an sich verwirkte Freiheitsstrafe und die damit verbundene Geldstrafe beziehungsweise Busse in ihrer Summe schuldangemessen sein müssen (BGE 134 IV 1 E. 4.5.2).
3.4 3.4.1 Die Vorinstanz führt aus, insgesamt sei eine Strafe mit einem "Zeitäquivalenz" von 24 Monaten dem Verschulden des Beschwerdeführers angemessen. In Würdigung der gesamten Umstände erscheint diese Strafe mild, jedenfalls aber hat die Vorinstanz hierdurch das ihr bei der Strafzumessung zustehende Ermessen nicht verletzt. Des Weiteren hat die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung gefolgert, es erscheine angebracht, gestützt auf Art. 42 Abs. 4 StGB eine unbedingte Verbindungsgeldstrafe auszusprechen, um dem Beschwerdeführer den Ernst der Lage vor Augen zu führen.
3.4.2 Allerdings widerspricht ein Verhältnis von drei Vierteln zu einem Viertel, d.h. eine bedingte Freiheitsstrafe von 18 Monaten verbunden mit einer unbedingten Geldstrafe von 180 Tagessätzen, der dargestellten bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 42 Abs. 4 StGB, wonach die unbedingte Verbindungsstrafe nur untergeordnete Bedeutung haben darf. So erwog das Bundesgericht in BGE 134 IV 1 E. 6.2, mit der Verhängung einer unbedingten Geldstrafe in der Höhe von 180 Tagessätzen respektive eines Viertels der schuldangemessenen Gesamtstrafe werde der Verbindungsstrafe ein zu gewichtiger Stellenwert eingeräumt und damit Art. 42 Abs. 4 StGB unrichtig angewendet. Gleiches hat im zu beurteilenden Fall zu gelten.
3.4.3 Auf der anderen Seite wäre eine Erhöhung der ausgesprochenen bedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten zulasten der unbedingten Geldstrafe von 180 Tagessätzen - unter Beibehaltung des Zeitäquivalents der Strafe von 24 Monaten - im zu beurteilenden Fall zwar durchaus sachgerecht. Ihr steht jedoch das "Verbot der reformatio in peius" (Schlechterstellungsverbot) entgegen, denn eine Geldstrafe ist unabhängig von der Vollzugsform in jedem Fall als milder einzustufen als eine Freiheitsstrafe (BGE 134 IV 82 E. 7.2.2).
3.4.4 Um Art. 42 Abs. 4 StGB nicht zu missachten und das Schlechterstellungsverbot zu befolgen, ist daher die neben der bedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten verhängte unbedingte Geldstrafe von 180 Tagessätzen auf das zulässige Mass herabzusetzen.
Die Frage, wie hoch eine Verbindungsstrafe im Regelfall maximal angesetzt werden darf, damit dieser noch untergeordnete Bedeutung im Sinne von Art. 42 Abs. 4 StGB beigemessen werden kann, wurde weder in der Botschaft noch in den parlamentarischen Beratungen thematisiert, und auch in der Lehre finden sich insoweit keine näheren Ausführungen.
Um dem akzessorischen Charakter der Verbindungsstrafe gerecht zu werden, erscheint es sachgerecht, die Obergrenze grundsätzlich auf einen Fünftel beziehungsweise 20% festzulegen. Abweichungen von dieser Regel sind im Bereich tiefer Strafen denkbar, um sicherzustellen, dass der Verbindungsstrafe nicht eine lediglich symbolische Bedeutung zukommt (vgl. zur ähnlich gelagerten Problematik bei der Berechnung des Tagessatzes von Geldstrafen BGE 134 IV 60 E. 6.5.2 und BGE 6B_769/2008 vom 18. Juni 2009 E. 1).
Diese Gefahr besteht im zu beurteilenden Fall nicht. Die unbedingte Verbindungsgeldstrafe könnte folglich vorliegend auf maximal 135 Tagessätze à Fr. 3'000.-- festgesetzt werden.
Ob die Vorinstanz den ihr bei der Strafzumessung zukommenden Spielraum auszuschöpfen gedenkt, steht in ihrem Ermessen, weshalb die Sache in teilweiser Gutheissung der Beschwerde zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen ist.
4. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass der Beschwerdeführer unterliegt, soweit er eine willkürliche Beweiswürdigung geltend macht und sich gegen die Qualifikation seines Handelns als Anstiftung wendet (E. 2). Hingegen obsiegt er, soweit er eine Verletzung von Art. 42 Abs. 4 StGB rügt (E. 3).
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig. Der Beschwerdegegnerin 1 sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 BGG). Sie und die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) haben jedoch den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2008 aufgehoben, und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Die SUVA und die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) haben den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren je mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner