Sachverhalt:
A. Aufgrund einer öffentlichen Ausschreibung der Gemeinde A._ (Beschwerdegegnerin) unterbreitete die X._ AG (Beschwerdeführerin) am 22. April 1998 eine drei Teile umfassende Eingabe mit Offertsummen von Fr. 87'595.-- für die Vermarkung (Teil A), bzw. Fr. 73'529.-- für die Ersterhebung (Teil B) und mit einer Kostenschätzung der Regiearbeiten auf netto Fr. 8'321.50 für die öffentliche Auflage und Einspracheerledigung nach der Grenzfeststellung (Teil C). Am 17. Dezember 1998 schloss die Gemeinde Steinhaus einen Werkvertrag mit der Beschwerdeführerin, gemäss welchem die Honorierung nach der Offerte vom 22. April 1998 erfolgen sollte. Für die Einspracheerledigungen gegen die Vermarkung stellte die Beschwerdeführerin für das Jahr 2000 Regiearbeiten im Betrage von Fr. 41'755.95 und für das Jahr 2001 Fr. 17'618.95 in Rechnung sowie Fr. 12'940.-- für Parzellenzusammenlegungen. Insgesamt ergaben sich abzüglich der Guthaben aus Akontozahlungen Fr. 63'062.15, welche die Gemeinde Steinhaus der Beschwerdeführerin am 11. August 2004 überwies.
B. Mit Klage vom 11. Juni 2007 verlangte die Beschwerdegegnerin die Rückerstattung von Fr. 53'864.65 nebst Zins. Diesen Betrag erhöhte sie in ihrem Schlussbegehren auf Fr. 54'740.65 nebst Zins. Am 19. November 2010 verpflichtete das Kantonsgericht des Kantons Wallis die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin Fr. 37'501.25 nebst 5 % Zins seit dem 13. Juni 2007 zu bezahlen. Es erachtete diese für berechtigt, nach Art. 375 Abs. 2 OR eine angemessene Herabsetzung des Lohnes zu verlangen. Die Beschwerdeführerin gelangte ans Bundesgericht, worauf dieses erkannte, die Frage der Herabsetzung stelle sich nur, wenn ein den Kostenvoranschlag übersteigender Aufwand nachgewiesen sei. Dieser bilde auch Ausgangspunkt einer allfälligen Herabsetzung. Sodann führte das Bundesgericht aus, nach welchen Gesichtspunkten eine allfällige Herabsetzung zu erfolgen hätte (Urteil des Bundesgerichts 4A_15/2011 vom 3. Mai 2011).
C. Da aus prozessualen Gründen nach der Rückweisung durch das Bundesgericht eine Abänderung des ursprünglichen Entscheides zu Ungunsten der Beschwerdeführerin ausser Betracht fiel, kam das Kantonsgericht mit Urteil vom 3. Oktober 2012 wieder zum selben Ergebnis. Es erkannte, die Beschwerdeführerin habe den geltend gemachten Aufwand trotz Bestreitung der Gegenpartei nicht prozesskonform hinreichend substanziiert behauptet. Sodann erwog es, selbst wenn der Aufwand nachgewiesen wäre, sei eine Reduktion über das im ursprünglichen Urteil angenommene Mass hinaus gerechtfertigt.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, den Entscheid des Kantonsgerichts vom 3. September 2012 aufzuheben und das Kantonsgericht zu verpflichten, ein neues Urteil unter Berücksichtigung des tatsächlichen Mehraufwandes von Fr. 59'374.90 zu fällen. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 107 Abs. 2 BGG), darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (BGE 133 III 489 E. 3.1 mit Hinweisen). Ob diese Voraussetzung gegeben ist, scheint fraglich, zumal der Beschwerde nicht zu entnehmen ist, welche Sachverhaltsergänzungen die Vorinstanz vorzunehmen hätte. Die Beschwerdeführerin behauptet vielmehr, aus den Akten ergebe sich, dass ein Aufwand von Fr. 59'394.90 ausgewiesen sei, weshalb an sich eine Ergänzung des Sachverhalts durch das Bundesgericht denkbar wäre (Art. 105 Abs. 2 BGG). Ob die Anträge genügen, kann indessen offenbleiben, da auf die Beschwerde ohnehin nicht einzutreten ist.
1.1 Nach einem Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts sind sowohl dieses selbst als auch die kantonalen Instanzen an die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wurde, gebunden. Wegen dieser Bindung der Gerichte ist es ihnen wie auch den Parteien, abgesehen von allenfalls zulässigen Noven, verwehrt, der Beurteilung des Rechtsstreits einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zu unterstellen oder die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden waren (BGE 135 III 334 E. 2 und 2.1 S. 335 mit Hinweisen).
1.2 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung der Anträge in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Soweit das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet (Art. 106 BGG), ist zwar eine ausdrückliche Nennung bestimmter Gesetzesartikel nicht erforderlich, falls aus den Vorbringen hervorgeht, gegen welche Regeln des Bundesrechts die Vorinstanz verstossen haben soll. Unerlässlich ist aber, dass auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingegangen und im Einzelnen dargetan wird, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 246; 134 V 53 E. 3.3 S. 60). Soweit eine Verletzung von Grundrechten und kantonalem oder interkantonalem Recht geltend gemacht wird, gilt das Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG). Es ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte missachtet wurden oder der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist: das Gericht untersucht den angefochtenen Entscheid nicht von sich aus umfassend auf seine Verfassungsmässigkeit, sondern beschränkt sich auf die Prüfung der in der Beschwerde rechtsgenüglich vorgebrachten Rügen (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 393 E. 6 S. 397 mit Hinweis). Soweit ein Entscheid auf mehreren selbständigen alternativen Begründungen beruht, ist für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt; denn soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen (BGE 133 IV 119 E. 6.3 S. 120 f.; vgl. auch BGE 132 III 555 E. 3.2 S. 560; je mit Hinweisen).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile des Bundesgerichts 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: BGE 137 III 539; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 134 III 570). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 136 III 123 E. 4.4.3 S. 129 mit Hinweisen), was in der Beschwerde ebenfalls näher darzulegen ist (BGE 133 III 393 E. 3 S. 395).
1.4 Die Vorinstanz hat ihr Urteil auf zwei selbständige Begründungen abgestützt. Sie erkannte einerseits, die Beschwerdeführerin habe den geltend gemachten Aufwand trotz Bestreitung der Gegenpartei nicht prozesskonform substanziiert, und erachtete andererseits die Reduktion des Lohnes, selbst wenn der Aufwand nachgewiesen wäre, mit Blick auf die von der Beschwerdeführerin zu verantwortende zu tiefe Kostenschätzung für gerechtfertigt. Die Beschwerdeführerin ficht beide Begründungen an.
1.4.1 Die Beschwerdeführerin behauptet, sie habe dem Gericht die von der kantonalen Dienststelle korrigierte Rechnung für Regiearbeiten sowie die der Rechnung zugrunde liegenden Regierapporte eingereicht. Diese seien vom Gerichtsexperten überprüft und für in Ordnung befunden worden. Der Oberexperte gehe von totalen Nettoregiearbeitskosten von Fr. 59'394.90 aus. Die Beschwerdeführerin habe immer behauptet, einen grossen Mehraufwand beim Einspracheverfahren gehabt zu haben. Mit der Argumentation der Vorinstanz, angesichts der Bestreitung der Gegenpartei genügten die korrigierte Rechnung und die Einreichung der Regierapporte mit Blick auf das kantonale Prozessrecht nicht zur prozesskonformen Substanziierung des Aufwands, setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Sie zeigt auch nicht mit Aktenhinweisen auf, wo sie im kantonalen Verfahren den entstandenen Aufwand prozesskonform hinreichend substanziiert behauptet hätte. Insoweit ist die Beschwerde nicht hinreichend begründet.
1.4.2 Bezüglich der zweiten Argumentationslinie der Vorinstanz macht die Beschwerdeführerin geltend, es sei offensichtlich falsch, wenn die Vorinstanz von Durchschnittswerten von Fr. 290.-- respektive Fr. 407.-- pro Einspracheverfahren ausgehe, da erwiesenermassen zur Behandlung der Einsprachen ein Aufwand von Fr. 59'374.90 erforderlich gewesen sei. Sie verkennt, dass sich die beanstandeten Durchschnittswerte nicht auf den tatsächlichen Aufwand beziehen, den die Vorinstanz in dieser Begründung als nachgewiesen unterstellt, sondern auf Durchschnittswerte, die sich unter Berücksichtigung der zu tiefen Kostenschätzung der Beschwerdeführerin ergeben würden. Auch auf diese Ausführungen geht die Beschwerdeführerin nicht ein. Damit genügt die Beschwerde auch insoweit den Begründungsanforderungen nicht (Art. 42 Abs. 2 BGG).
2. Mangels hinreichender Begründung ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig. Da keine Vernehmlassung eingeholt wurde, ist keine Parteientschädigung geschuldet.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Wallis, I. zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Januar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak