Sachverhalt:
A. Die IV-Stelle des Kantons Zürich sprach der 1957 geborenen R._ mit Verfügung vom 3. Juni 2011 rückwirkend vom 1. April 2009 bis zum 31. August 2009 eine ganze Invalidenrente, vom 1. September 2009 bis zum 31. Januar 2011 eine halbe Invalidenrente sowie ab 1. Februar 2011 eine Viertelsrente zu.
B. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. August 2012 ab.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem sinngemässen Antrag, ihr sei in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und in Abänderung der Verfügung der IV-Stelle über den 31. August 2009 hinaus eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Prozessual wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten ersucht.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dabei prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), an sich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft es nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellungen binden das Bundesgericht (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, diese seien offensichtlich unrichtig (Art. 97 Abs. 1 BGG), was nicht schon dann der Fall ist, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn die Sachverhaltsfeststellung eindeutig und augenfällig unzutreffend, mithin willkürlich ist (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 und E. 1.4.3, S. 252 und 255; siehe auch BGE 135 III 397 E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (BGE 134 V 223 E. 2.2.1 S. 226; 133 III 393 E. 3 S. 395).
2. Die Beschwerdeführerin bemängelt einzig ihre von der Vorinstanz auf der Grundlage des Gutachtens des Instituts X._ vom 2. Dezember 2010 bestimmte Restarbeitsfähigkeit in einer leidensadaptierten Tätigkeit. Dabei macht sie im Wesentlichen geltend, die Schlussfolgerung des Instituts X._, wonach sie eine solche Tätigkeit spätestens ab Juni 2009 im Ausmass von 50 % und ab November 2010 zu 70 % der Norm bewältigen könne, überzeuge primär aus psychiatrischer Sicht nicht; dies weil damit den erkannten schweren traumatischen Erlebnissen während der neunmonatigen Gefangenschaft mit zahlreichen Misshandlungen, darunter auch Vergewaltigungen - wovon sie bis heute ihrem Ehemann nicht erzählt habe -, wie auch der aus ihrer Heirat als Muselmanin mit einem Christen entstandenen und fortbestehenden belastenden Situation wegen familiärer Zerwürfnisse zu wenig Gewicht beigemessen worden sei.
2.1 Wie bereits ausgeführt, überprüft das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid abgesehen von ins Auge springenden Rechtsmängeln einzig noch unter dem Blickwinkel vorgebrachter Rügen; dabei ist eine Sachverhaltsfeststellung wie etwa jener zur verbleibenden Arbeitsfähigkeit nur dann einer Korrektur zugänglich, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer (anderen) Rechtsverletzung beruht. Lediglich das Behaupten eines solchen Fehlers oder das Kritisieren von Sachverhaltsfeststellungen in rein appellatorischer Weise genügt den Anforderungen an eine Beschwerdebegründung nach Art. 42 Abs. 2 BGG nicht (zur Begründungspflicht von Sachverhaltsrügen siehe BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
2.2 Ob die Vorbringen über eine rein appellatorische Kritik hinausgehen, ist fraglich, kann aber offen bleiben. Denn die Gutachter des Instituts X._ hatten die von der Beschwerdeführerin aufgeworfenen Umstände bis auf jene der familiären Zerwürfnisse anamnestisch erfasst (insbesondere Ziff. 4.1.1, Psychiatrische Anamnese, und 4.1.2, Psychopathologische Befunde, des Abschlussberichtes) und in die Einschätzung der Restarbeitsfähigkeit mit einfliessen lassen. Dabei ist insbesondere (auch) der untersuchende Psychiater in durchaus nachvollziehbarer Weise zum Schluss gelangt, der Beschwerdeführerin könne trotz des Erlebten eine leichte, nicht belastende Tätigkeit zugemutet werden; er erörterte insbesondere auch die Gründe für das Abweichen von den zeitlich vorgelagerten Einschätzungen des Dr. med. D._, FMH Psychiatrie, zur Restarbeitsfähigkeit (vor allem in den Ziff. 4.1.4 und 4.1.8 des Berichtes). Dass die Heirat des aus einer orthodoxen Familie stammenden Ehegatten zu einem familiären Zerwürfnis mit anhaltender besonderer Belastungssituation geführt haben soll, ist ein neues, unzulässiges Vorbringen (Art. 99 Abs. 1 BGG), für welches sich in den vorinstanzlichen Akten keinerlei Anhaltspunkte finden, insbesondere auch nicht in den Berichten der von der Beschwerdeführerin angerufenen Ärzte. Insgesamt kann nicht von einer rechtsfehlerhaften Sachverhaltsfeststellung gesprochen werden. Da überdies die Berechnung der erwerblichen Auswirkungen (Invaliditätsgrad) der dergestalt festgelegten Arbeitsfähigkeit nicht näher beanstandet wird, hat es damit sein Bewenden. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten ist.
3. Mit Blick auf die gesamten Umstände ist auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Das Gesuch um Befreiung von der Bezahlung der Kosten erweist sich damit als gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Januar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Grünvogel