Faits:
A. A.a X._, né en 1924, et dame Y._, née en 1926, se sont mariés le 9 septembre 1949. Ils ont eu deux fils, B._, né en 1950, et A._, né en 1955. N'ayant pas conclu de contrat de mariage, ils ont été soumis au régime de l'union des biens de l'ancien droit.
A.b Les époux X._ étaient propriétaires uniques ou copropriétaires de nombreux immeubles. En 1959, le mari était ainsi notamment propriétaire de la parcelle n° 6037 et de la moitié de la parcelle n° 6141 (donnant droit à la jouissance exclusive de l'appartement du rez-de-chaussée) de la commune de C._; il avait vendu l'autre moitié de dite parcelle (donnant droit à la jouissance exclusive de l'appartement du 1er étage) à un tiers.
Le 28 août 1964, les époux X._ ont signé une convention de "reconnaissance d'apports et cession" devant notaire, aux termes de laquelle ils ont, d'une part, reconnu que l'épouse avait apporté en mariage 42'000 fr. (en espèces et en immeubles qui ont été vendus) et, d'autre part, convenu que X._ cédait à dame Y._, afin de compenser ces apports, la propriété de plusieurs immeubles, dont la parcelle n° 6037 et sa moitié de la parcelle n° 6141.
A.c En 1978, dame Y._ a requis des mesures protectrices de l'union conjugale; les époux ont vécu séparés une année. Par la suite, leurs relations ne se sont pas améliorées et ils ont habité chacun de leur côté dans la maison. Le 11 décembre 1979, X._ a racheté l'autre moitié de la parcelle n° 6141. Dès 1988, dame Y._ a occupé l'appartement du premier étage quitté par son fils A._, et ce jusqu'à son décès, le 24 juin 1995.
A.d Le 6 janvier 1989, dame Y._ a fait un testament olographe, par lequel elle a exhérédé son mari "en raison de tous ses actes contraires aux devoirs conjugaux et de famille", et institué héritiers ses deux fils, chacun pour moitié.
A son décès, elle était notamment propriétaire, selon le registre foncier, de la parcelle n° 6037 et de la moitié de la parcelle n° 6141 de la commune de C._. Son testament a été ouvert le 21 février 1996.
A.e X._ s'est remarié le 9 août 1996 avec dame X._. Il lui a donné sa part de copropriété de la parcelle n° 6141, conservant un droit d'usufruit. Les époux habitent la totalité de la maison située sur la parcelle n° 6141 et jouissent de la parcelle n° 6037 depuis 1995 pour lui et depuis 1996 pour elle. La valeur locative de la maison sise sur la parcelle n° 6141 a été estimée par un expert entre 1'300 et 1'500 fr. par mois et celle des constructions de la parcelle n° 6037 à 320 fr.
A.f Le 5 mars 1997, A._ et B._ ont requis le registre foncier de Martigny d'inscrire à leur nom, en copropriété par moitié, notamment les parcelles n° 6037 et 6141 (quote-part de moitié) ayant appartenu à leur défunte mère.
B. B.a Par acte du 28 mai 1997, X._ a vendu à ses deux fils sa part de copropriété d'un tiers de la parcelle n° 2565 de la commune de C._, pour la somme de 54'583 fr. En raison du non-paiement du prix de vente, il a mis en poursuite ses fils, chacun pour la moitié de ce montant; ceux-ci ont fait opposition aux commandements de payer.
Le 2 novembre 1998, la mainlevée provisoire ayant été prononcée, les poursuivis ont ouvert contre leur père et sa nouvelle épouse une action en libération de dette, en partage et en paiement d'un loyer pour l'utilisation de la moitié de la parcelle n° 6141 et de la parcelle n° 6037.
Après relief d'un premier jugement contumacial du 9 octobre 2007, X._ et dame X._ ont sollicité, par écriture du 5 avril 2008, l'administration de nouveaux moyens de preuve et pris de nouvelles conclusions, qu'ils ont encore modifiées lors du débat final qui a eu lieu le 24 avril 2008. Par décision incidente du 18 avril 2008, le Tribunal cantonal du canton du Valais a rejeté leurs offres de preuve.
B.b Par jugement du 26 mai 2008, ce tribunal a admis l'action en libération de dette, procédé à la liquidation du régime matrimonial ainsi qu'au partage, et arrêté à 67'638 fr., sous déduction de 54'583 fr., avec intérêts, le montant dû par le père à ses fils. Il a également fixé à 28'453 fr. avec intérêts le montant dû solidairement par le père et sa nouvelle épouse pour l'utilisation de la moitié de la parcelle n° 6141 et de la parcelle n° 6037.
C. Contre ce jugement, X._ et dame X._ interjettent un recours en matière civile au Tribunal fédéral, dont les conclusions sont les suivantes:
"I. Le recours est admis.
II. Les chiffres 1 à 5 du dispositif du jugement rendu par la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du Valais sont remplacés par les chiffres suivants:
1. L'action en libération de dette est rejetée.
2. L'opposition aux commandements de payer, poursuites xxx et yyy de l'Office des poursuites de Martigny est définitivement levée.
3. Le régime matrimonial est dissous et liquidé selon le nouveau droit matrimonial de la participation aux acquêts qui rétroagit au moment du mariage et rend la convention de reconnaissance d'apport sans objet par conséquent nulle en tant qu'elle porte sur les acquêts de X._ en vertu du nouveau droit.
4. Le logement conjugal composé des parcelles 6037 et 6141, est attribué à X._ conformément à l'art. 219 CC, soit sous forme de propriété ou sous la forme d'un usufruit à vie, le financement étant assuré par compensation sur le droit de X._ résultant de la liquidation du régime matrimonial et de la succession de feue dame Y._.
5. L'exception de nullité du testament est admise, de sorte que X._ a droit à la moitié de l'héritage de feue dame Y._, droit opposé en compensation à l'attribution du domicile conjugal sa vie durant, à charge pour lui de procéder à l'entretien courant et de payer les charges, et à toutes autres prétentions que font valoir à son encontre B._ et A._ dans le cadre de cette procédure.
6. Toutes les autres conclusions de B._ et A._ sont écartées.
III. Les frais et dépens de l'instance cantonale sont mis à la charge de B._ et A._, solidairement entre eux."
Le 22 décembre 2008, le recourant a produit de nouvelles pièces.
Des déterminations n'ont pas été sollicitées.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale par le tribunal supérieur du canton du Valais (art. 75 LTF) dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
Le courrier, avec annexes, que le recourant a adressé au Tribunal fédéral le 22 décembre 2008, est irrecevable dès lors qu'il a été déposé après l'échéance du délai de recours.
1.2 Le montant de 54'583 fr. avec intérêts à 5% dès le 29 juin 1997 correspondant au prix de vente de la part de copropriété de la parcelle n° 2565 - objet de l'action en libération de dette - n'est plus contesté, mais doit être pris en considération dans le décompte final entre les parties.
Seuls demeurent litigieux la liquidation du régime matrimonial - qui pose la question de la validité de la convention de reconnaissance d'apports et cession du 28 août 1964 -, quelques postes des acquêts du recourant, la validité du testament de la défunte - dont le recourant invoque la nullité -, l'attribution du logement conjugal au conjoint survivant, et le montant dû pour l'occupation par les recourants de la moitié de la parcelle n° 6141 et de la parcelle n° 6037 qui appartenaient à la défunte. Ces points seront examinés successivement ci-après (cf. infra, consid. 2-6).
S'agissant de la liquidation du régime matrimonial et du partage de la succession, seul le recourant a la qualité pour recourir. La recourante n'a cette qualité qu'en ce qui concerne l'indemnité pour occupation des immeubles sus-mentionnés.
1.3 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (art. 105 al. 1 LTF), à moins que le recourant ne démontre que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF). Le recourant qui soutient que les faits sont arbitraires doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF; ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). Il ne rectifie ou complète d'office l'état de fait que si, en examinant les griefs soulevés, il constate une inexactitude ou un défaut manifeste dans l'état de fait de l'autorité précédente (cf. ATF 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288).
Pour les griefs de violation du droit fédéral - à l'exclusion des droits constitutionnels - (art. 95 let. a LTF), l'exigence de motivation résultant de l'art. 42 al. 2 LTF correspond à celle qui valait pour le recours en réforme (cf. art. 55 al. 1 let. c OJ; ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). Il ne suffit donc pas que le recours soit motivé, mais il faut qu'il comporte des moyens à l'appui de chacune des conclusions formulées. Même s'il n'est pas indispensable que le recourant indique expressément les dispositions légales ou désigne les principes non écrits de droit qui auraient été violés, il faut que, à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été transgressées par l'autorité cantonale (cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ: ATF 121 III 397 consid. 2a p. 400; 116 II 745 consid. 3 p. 748/749 et les références citées).
En revanche, pour les griefs de violation des droits constitutionnels et du droit cantonal, les exigences de motivation sont accrues. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF (principe d'allégation), ceux-ci ne peuvent être examinés que s'ils sont invoqués et motivés par le recourant; l'exigence de motivation correspond à celle qui résultait de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (ATF 133 III 393 consid. 6 p. 397; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
En ce qui concerne la façon dont le droit cantonal a été appliqué, il ne faut pas confondre arbitraire et violation de la loi; une violation doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à examiner quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement dire si l'interprétation qui a été faite est défendable (ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17; 131 I 217 consid. 2.1 p. 219).
2. La cour cantonale a procédé à la liquidation du régime matrimonial du recourant et de sa défunte épouse selon les règles de la participation aux acquêts, tout en admettant que les actes juridiques accomplis sous l'ancien droit de l'union des biens - en l'occurrence la convention du 28 août 1964 - demeuraient valables: elle a donc inclus les immeubles cédés, d'une valeur de 382'450 fr., dans les biens propres de l'épouse.
2.1 Le recourant admet que le nouveau droit de la participation aux acquêts est applicable, mais il fait valoir que la convention du 28 août 1964 est nulle: si, en instance cantonale, il soutenait que les immeubles cédés faisaient partie de ses acquêts, il conclut désormais à ce qu'ils soient attribués aux acquêts de sa défunte épouse pour 342'450 fr. et aux biens propres de celle-ci pour 40'000 fr.
2.2 Sauf déclaration contraire des époux (art. 9e Tit. fin. CC) ou exception de l'art. 11a Tit. fin. CC, non réalisées en l'espèce, les époux qui étaient soumis au régime de l'union des biens ont passé de par la loi sous le régime de la participation aux acquêts dans leurs rapports entre eux et avec les tiers au 1er janvier 1988 (art. 9b al. 1 Tit. fin. CC). Les biens de chacun des époux sont attribués aux masses du nouveau régime selon le caractère que leur attribuent les règles de la nouvelle loi (art. 9b al. 2 1ère phrase Tit. fin. CC).
En l'occurrence, les immeubles litigieux étaient inscrits au registre foncier au nom de l'épouse. Elle en était devenue propriétaire par suite de "cession" selon la convention du 28 août 1964. Contrairement aux termes ambigus utilisés par l'arrêt cantonal ("elle les a reçus pendant le mariage"), il ne s'agit pas de biens reçus à titre gratuit, mais de biens acquis à titre onéreux, que son mari lui a transférés en remplacement de ses apports, de valeur équivalente, à savoir 42'000 fr. Certes, comme le soutient le recourant, la "reconnaissance d'apports" n'avait de sens que sous l'ancien droit de l'union des biens. La convention du 28 août 1964 comporte toutefois également une cession de biens; or, celle-ci conserve tout son sens sous le nouveau droit: en effet, par cette cession, le recourant a remis en propriété à sa femme des immeubles pour le prix de 42'000 fr. Dès lors que ceux-ci ont été acquis en remplacement d'apports, qui avaient été apportés en mariage par l'épouse et qui avaient passé dans la propriété du mari (art. 201 al. 3 aCC) sous le régime de l'union des biens, les immeubles litigieux doivent être attribués à la masse des biens propres de l'épouse dans le régime de la participation aux acquêts (DESCHENAUX/STEINAUER /BADDELEY, Les effets du mariage, 2000, p. 766, n° 2027), comme l'a admis à juste titre la cour cantonale.
Lorsque le recourant affirme que la convention avait pour but de sauvegarder les apports de sa femme s'il tombait en faillite, ce qu'il craignait puisque son associé était en mauvaise situation, qu'elle a pour seule portée de fixer les apports de l'épouse, à hauteur de 40'000 fr., et que le solde de 342'450 fr. fait partie des acquêts de celle-ci, son grief est irrecevable, car il ne trouve aucun appui dans les constatations de fait. De même, lorsqu'il soutient que la convention doit être interprétée selon la volonté des parties au moment de sa conclusion et selon les règles de la bonne foi, parce qu'il serait inéquitable et contraire à la volonté des parties d'attribuer à l'épouse 382'450 fr. alors que ses apports n'étaient que de 40'000 fr., le recourant ne se fonde sur aucun fait constaté quant à la volonté des parties. Par ailleurs, il ne critique pas le fait que la valeur des immeubles qu'il a remis à sa femme à titre compensatoire en 1964 n'excédait pas la valeur des biens apportés en mariage par l'épouse en 1949. Par conséquent, si l'épouse a acquis en remplacement d'apports (biens propres) des immeubles en 1964, et que la valeur de ceux-ci a augmenté depuis lors, ils font partie, avec la plus-value qu'ils ont enregistrée, de ses biens propres.
Le droit d'un époux de participer à la plus-value conjoncturelle des immeubles faisant partie des biens propres de son conjoint ne peut être déduite que de l'art. 206 CC (DESCHENAUX/STEINAUER/BADDELEY, op. cit., p. 514 ss n. 1261 ss), et non de l'art. 209 CC, qui vise les récompenses entre les acquêts et les biens propres d'un même époux. Ainsi, lorsque le recourant fait valoir qu'il aurait le droit de participer à la plus-value parce qu'il aurait entretenu ces immeubles durant le mariage et qu'ils auraient pris beaucoup de valeur en raison de leur transfert en zone à bâtir, il ne peut invoquer que l'art. 206 CC. L'intéressé se borne toutefois à alléguer l'existence d'impenses de sa part, sans même les chiffrer. Or, celles-ci ne ressortent pas des constatations de fait du jugement attaqué. Partant, faute d'avoir démontré qu'il a contribué à l'amélioration ou à la conservation des immeubles litigieux, le recourant ne peut donc prétendre à aucune part à la plus-value conjoncturelle de ceux-ci.
3. Le recourant conteste ensuite différents postes de ses propres acquêts, critiquant l'estimation de la parcelle n° 557 de la commune de C._, ainsi que celle de sa fortune bancaire.
3.1 La cour cantonale a retenu comme valeur de la parcelle n° 577 la somme de 175'700 fr., refusant de tenir compte de la taxe cadastrale de 91'990 fr. Le recourant estime qu'il n'y a aucune raison de s'écarter de cette valeur. Il relève que, puisque le bâtiment était en rénovation au jour du décès de son épouse, il est arbitraire de tenir compte de la valeur rénovée à fin 1995 et simultanément de sa fortune - qui a servi à payer la rénovation - à sa valeur au 24 juin 1995; une part de sa fortune au jour du décès a été investie pour terminer la transformation du bâtiment dans la seconde partie de l'année 1995. Dès lors qu'il ne chiffre même pas "quelle part de sa fortune" aurait été investie dans des travaux de rénovation, et qu'il se borne à invoquer la taxe cadastrale, son grief est irrecevable, faute de motivation suffisante (cf. supra, consid. 1.3).
3.2 Le recourant critique également le calcul de sa fortune bancaire, notamment les extrapolations faites pour estimer la valeur des dépôts-titres, estimant qu'il n'y a pas lieu de prendre en considération les comptes dont la valeur n'est pas expressément attestée par pièces au 24 juin 1995. Une telle critique ne démontre toutefois pas l'arbitraire des constatations de fait de la cour cantonale, conformément aux exigences de l'art. 97 al. 1 LTF. Partant, elle est irrecevable.
S'agissant de son compte dépôts-titres UBS n° xxx, la cour cantonale a constaté sa valeur de 142'336 fr. à fin décembre 1994 et en a déduit les titres remboursés et les intérêts courus qui ont été versés - et qu'elle détaille - jusqu'au 24 juin 1995, pour arriver à la valeur de 92'926 fr. à cette dernière date, jour du décès de l'épouse. Le recourant qualifie ce calcul d'incompréhensible, alors qu'il est correct. Dans la mesure où il ne démontre pas que d'autres sommes auraient été remboursées et créditées sur d'autres comptes et auraient ainsi déjà été prises en considération, sa critique est insuffisante et, donc, irrecevable.
4. Le recourant soutient ensuite que le testament n'aurait pas été écrit par sa défunte épouse, parce qu'elle n'avait pas de formation, que, souffrant de graves problèmes oculaires, elle était incapable d'écrire de manière régulière et qu'elle ne connaissait pas les termes juridiques utilisés dans cet acte. La cour cantonale a refusé d'examiner le grief de nullité du testament, pour deux motifs que l'intéressé critique.
4.1 Tout d'abord, dans leur décision incidente du 18 avril 2008, se fondant sur l'art. 145 du Code de procédure civile valaisan du 24 mars 1998 (RSV 270.1; ci-après: CPC/VS) et l'art. 29 al. 2 Cst., les juges précédents ont refusé les nouvelles preuves que le recourant proposait (interrogatoire, nouvelles pièces, expertise), pour les motifs que les faits sur lesquels elles portaient n'avaient pas été régulièrement introduits en cause - puisqu'ils n'avaient été allégués que quelques jours avant le débat final -, et que, au demeurant, l'appréciation anticipée de ces moyens de preuve permettait de les qualifier de non pertinents.
En vertu de l'art. 145 CPC/VS, les parties ne peuvent plus faire valoir de nouveaux moyens de preuve après le débat préliminaire (al. 1); le juge peut toutefois d'office ou sur requête faire administrer des preuves non proposées lors du débat préliminaire s'il résulte des actes que ces preuves sont nécessaires pour établir dans leur intégrité et leur vérité les faits allégués sur lesquels reposent les droits et prétentions des parties (al. 2); en outre, il peut d'office ou sur requête, refuser l'administration de preuves qui ne lui apparaissent pas pertinentes ou sont sans rapport avec les faits allégués ou qui entraîneraient des longueurs excessives et hors de proportion avec leur importance (al. 3). La cour cantonale en a déduit, en se référant à sa jurisprudence, que cette réglementation ne vaut que pour les preuves décisives ou déterminantes, qu'elle n'institue aucune obligation pour le juge et que, en définitive, des moyens de preuve présentés postérieurement au débat préliminaire ne sont en général administrés que de manière exceptionnelle et si le tribunal les estime nécessaires à la manifestation de la vérité.
Les juges précédents ont considéré que, en l'espèce, le recourant avait obtenu une copie du testament, qu'il avait admis l'allégué de la demande en vertu duquel celui-ci, n'ayant pas été attaqué, était "entré en force", qu'il n'avait jamais invoqué en cours de procédure que son épouse était incapable de rédiger un tel testament en 1989 ou que le document aurait été écrit en partie ou en totalité par un tiers, de sorte que l'allégation litigieuse n'avait pas été régulièrement introduite en cause. Ils ont estimé ne pas devoir administrer des preuves d'office, car, sur la base des éléments figurant au dossier, il leur semblait peu crédible que l'acte ait été écrit en tout ou partie par une tierce personne, que les explications du recourant, fondées notamment sur des comparaisons d'écritures, leur paraissaient peu convaincantes et que, sur la base d'une appréciation anticipée, ils qualifiaient les moyens de preuve de non pertinents.
4.1.1 Le recourant soutient que la cour cantonale a fait une application arbitraire de l'art. 145 al. 2 CPC/VS, qui constituerait aussi une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.). Il lui reproche d'avoir refusé ses offres de preuve complémentaires destinées à établir que la testatrice n'aurait pas écrit elle-même son testament; même si l'art. 145 al. 2 CPC/VS donne un pouvoir potestatif au juge, elle devait faire administrer les preuves requises par une partie peu avant le débat final dans la mesure où celles-ci étaient nécessaires pour établir la vérité des faits allégués.
Par cette seule affirmation, le recourant ne s'en prend pas à la motivation de la cour cantonale et ne démontre donc pas en quoi celle-ci aurait appliqué arbitrairement l'art. 145 al. 2 CPC/VS. Son grief est par conséquent irrecevable.
4.1.2 Lorsqu'il soutient qu'une expertise était pertinente, dans la mesure où il aurait relevé des indices qui prouvent que le testament n'a pas été entièrement écrit par la même personne, le recourant ne démontre pas non plus que l'appréciation contraire de la cour cantonale - qui se fonde non seulement sur sa propre évaluation du manuscrit, mais aussi sur l'attitude du recourant - pour refuser, par appréciation anticipée, une administration de preuves d'office au sens de l'art. 145 al. 3 CPC/VS, serait arbitraire.
4.2 Cela étant, la cour cantonale a considéré que, contrairement à ce qu'avait invoqué le recourant seulement au débat final, l'allégation que le testament n'aurait pas été écrit par la testatrice ne découlait pas déjà de son allégué n° 158; celui-ci ne permettait nullement de retenir qu'il entendait soutenir que son épouse n'avait pas écrit le testament litigieux de sa propre main, mais seulement que le texte lui avait été dicté par son fils.
Dans la mesure où le recourant reconnaît lui-même que, dans cet allégué, il a seulement "insinué" que son fils A._ aurait rédigé le modèle pour sa mère et que celle-ci aurait elle-même recopié le texte, on ne voit pas en quoi la cour cantonale serait tombée dans un formalisme excessif - constitutif d'arbitraire - en retenant qu'il n'avait pas allégué dans son mémoire que le testament n'aurait pas été écrit par son épouse.
5. La cour cantonale a ensuite examiné la demande du recourant tendant à l'attribution de la parcelle n° 6037 et de la moitié de la parcelle n° 6141 à titre de logement. Elle a considéré que cette prétention, implicitement fondée sur les art. 219 et 612a CC, présentée seulement quelques jours avant le débat final, était irrecevable, parce que tardive. Au demeurant, elle devrait être rejetée, car les conditions du droit à l'attribution ne sont pas remplies: d'une part, il n'est pas établi que les immeubles en question formaient la maison ou l'appartement conjugal qu'occupaient les époux; d'autre part, le recourant, conjoint survivant, n'est titulaire d'aucune créance de participation au bénéfice justifiant l'application de l'art. 219 CC, et sa part réservataire est inférieure à sa dette envers ses cohéritiers.
5.1 Le recourant soutient tout d'abord que la cour a procédé à une constatation manifestement inexacte des faits - dont il demande la rectification en application de l'art. 105 al. 2 LTF -, en retenant qu'on ignore si les immeubles formaient l'appartement conjugal. Il soutient que cette appréciation est en contradiction avec l'allégué n° 64 de son mémoire-réponse ("A ce jour, X._ a toujours la possession de la quote-part de demi au feuillet No 6141 plan No 8, constituant la moitié du bâtiment qu'il habite depuis sa construction, à C._, ainsi que du feuillet No 6037 plan No 8 comprenant le jardin et la remise attenants, immeubles transcrits au chapitre des demandeurs à son insu") et la réponse à cet allégué ("admis pour la possession"), ainsi qu'avec l'expertise.
5.2 Lorsque la décision attaquée comporte plusieurs motivations indépendantes et suffisantes pour sceller le sort de la cause, il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer que chacune d'entre elles est contraire au droit (ATF 133 IV 119 consid. 6.3 p. 120).
En l'espèce, le recourant n'émet aucune critique contre le motif principal tiré de l'irrecevabilité de sa prétention en vertu du droit cantonal. Partant, son grief est irrecevable. A supposer qu'il soit recevable, l'intéressé ne démontre pas l'arbitraire de la constatation incriminée. On ne peut, en effet, rien déduire d'autre de la réponse à l'allégué n° 64 que l'admission du fait que le recourant exerce actuellement la possession des immeubles. Quant à l'expert, il a estimé la valeur du logement de X._ et dame X._, et non de X._ et dame Y._; partant, il n'est pas possible d'en conclure que ces derniers occupaient les immeubles litigieux.
Comme il ne résulte pas des constatations de fait que, au moment du décès, dame Y._ et X._ occupaient ensemble, comme logement conjugal, les deux appartements du rez-de-chaussée et du 1er étage auxquels donnent droit les deux parts de copropriété de la parcelle n° 6141, ni qu'ils jouissaient ensemble de la parcelle n° 6037, on peut se dispenser d'examiner si le recourant a tacitement conclu à l'attribution du logement conjugal, comme il le fait valoir.
5.3 Le recourant prétend également que, tant que le régime matrimonial n'est pas formellement liquidé, il a le droit d'occuper le logement conjugal, que si ses fils voulaient l'expulser, ils auraient dû demander plus rapidement la liquidation du régime matrimonial et qu'une éventuelle indemnité pour son occupation ne peut être due que selon le droit matrimonial et successoral. Il estime avoir droit à une part à la liquidation du régime matrimonial et au partage successoral qu'il peut opposer en compensation d'un usufruit ou d'une indemnité d'occupation jusqu'à la fin de sa vie.
Le sort de ce grief sera examiné ci-après (consid. 6).
6. La cour cantonale a constaté que le recourant et sa nouvelle épouse occupent la totalité de la parcelle n° 6141 et la parcelle n° 6037 depuis le mois de juin 1995 pour lui et depuis le mois d'août 1996 pour elle. Elle a donc mis à leur charge, comme débiteurs solidaires, une indemnité de 28'453 fr. avec intérêts (650 fr. + 320 fr. = 970 fr. par mois) pour leur utilisation durant les périodes du 10 juillet 1997 au 2 novembre 1998 et du 10 mai 2006 au 1er juillet 2007, seules périodes dont les créances relatives ne sont pas prescrites.
Les juges précédents ont considéré que les héritiers peuvent convenir entre eux, avant le partage, de l'usage et de la jouissance des biens héréditaires et qu'à défaut d'accord, une dette naît à la charge de l'héritier qui use ou jouit seul d'un bien. Comme aucun accord n'a été passé en l'espèce, ils ont jugé que les recourants n'ont aucun droit à occuper la part de copropriété de la parcelle n° 6141 et la parcelle n° 6037, qu'ils savaient qu'ils ne pouvaient en user et en jouir et qu'ils doivent donc une indemnité en tant que possesseurs de mauvaise foi au sens de l'art. 940 CC. Ils ont fixé cette indemnité au montant du loyer que le propriétaire aurait pu facturer pour la période pendant laquelle les intéressés ont occupé les lieux sans droit.
6.1 La recourante, qui est propriétaire de la moitié de la parcelle n° 6141, conteste sa qualité de débitrice solidaire. Elle expose que l'immeuble n'est pas constitué en propriété par étages et que chaque copropriétaire a le droit de l'utiliser en entier. Elle base son argumentation sur l'ancien règlement qui donnait au tiers propriétaire le droit d'occuper le premier étage, sur la convention de mesures protectrices de l'union conjugale qui accordait à la défunte le droit de percevoir le loyer de cet appartement et sur le fait que les recourants réclament le rez-de-chaussée pour tenter de démontrer que les conjoints ont vécu dans la totalité de la maison et que le règlement n'a plus été appliqué, requérant de la cour de céans qu'elle complète les faits sur ce point. Elle en déduit que, puisque l'on ne sait plus aujourd'hui quel appartement elle peut utiliser comme propriétaire pour la part qu'elle a reçu de son mari, elle peut jouir de l'entier de la maison; le cas échéant, seule une indemnité sur la base des règles de la copropriété serait due, mais non sur celle de la possession (de mauvaise foi).
La cour cantonale a constaté que le recourant et sa première femme ont vécu chacun de leur côté dans la maison et que, après le départ de son fils A._ en 1988, l'épouse a occupé seule l'appartement du premier étage, et ce jusqu'à son décès le 24 juin 1995. Par sa critique, la recourante ne démontre pas en quoi l'appréciation de la cour cantonale relative à l'absence de logement conjugal serait arbitraire. Le fait qu'il y ait eu une modification dans l'utilisation des deux étages de la maison par rapport au règlement initial ne fait pas apparaître la constatation précitée comme étant arbitraire. On ne saurait donc en déduire que la recourante pourrait utiliser la totalité de la maison, alors que sa quote-part ne lui donne le droit de jouir que d'un seul appartement. Enfin, on ne voit pas en quoi une indemnité fondée sur les règles de la copropriété aboutirait à un résultat différent de celui auquel est parvenu la cour cantonale; faute de motivation, cette critique est irrecevable (cf. consid. 1.3).
6.2 Pour sa part, le recourant soutient qu'il n'est pas débiteur d'un loyer, car il était en droit de continuer à occuper le logement conjugal jusqu'à la liquidation du régime matrimonial, que l'art. 219 CC lui donne droit à l'attribution de ce logement et que, avant cette liquidation et l'attribution du logement, il ne peut pas y avoir d'occupation illicite; il n'y aurait donc pas de place pour une action possessoire - qui serait prescrite faute d'avoir été introduite dans le délai d'un an après le décès - mais tout au plus pour une "indemnité aux héritiers conformément au droit successoral et au droit de la copropriété", à calculer en tenant compte des frais d'entretien et des impôts payés, laquelle tomberait en outre dans la masse, de sorte qu'il aurait lui-même droit au quart de celle-ci.
Dans la mesure où le grief du recourant repose sur le fait que la totalité de la maison constituait le logement conjugal, il est irrecevable, puisqu'il se fonde sur un fait qui a été nié par la cour cantonale.
Quant à l'argumentation selon laquelle l'indemnité serait due non selon les règles de la possession, mais selon "celles du droit successoral et du droit de la copropriété", et qu'il aurait droit au quart de celle-ci, elle ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'art. 42 al. 2 LTF (cf. consid. 1.3). Le recourant se borne, en effet, à affirmer péremptoirement ce qui précède, sans s'en prendre aux considérants topiques de l'arrêt attaqué; en particulier, il n'expose pas quelles seraient les règles du droit successoral ou du droit de la copropriété dont il réclame l'application, ni pour quelle raison l'indemnité à payer devrait entrer dans la masse successorale plutôt qu'être versée aux intimés comme l'a considéré la cour cantonale. A cet égard, il ne remet pas en cause le fait que les immeubles ont été estimés au jour du décès de sa première épouse, que les intimés ont requis leur inscription au registre foncier en qualité de propriétaires des immeubles litigieux en mars 1997 et que les périodes pour lesquelles l'indemnité est due sont postérieures. Partant, son grief est irrecevable.
6.3 Enfin, les recourants soutiennent avoir le droit d'opposer en compensation, à une éventuelle indemnité qu'ils devraient, les travaux d'entretien et de rénovation qu'ils ont effectués et les charges qu'ils ont payées; ils reprochent à la cour cantonale une violation de l'art. 649 al. 2 CC.
6.3.1 Dans sa décision du 18 avril 2008, l'autorité cantonale a relevé que le recourant a déposé deux séries de pièces pour des travaux de rénovation effectués avant et après le décès de son épouse, mais que tous ces documents se réfèrent à des faits qui n'ont jamais été allégués en procédure et sur lesquels la partie adverse n'a pu se déterminer; elle a par conséquent retiré ces pièces du dossier. Dans son jugement final, elle a estimé que les travaux de rénovation, les travaux d'entretien et les taxes payées depuis le décès de l'épouse ont été allégués pour la première fois quelques jours avant le débat final et qu'ils ne pouvaient donc être pris en compte, puisqu'ils étaient tardifs; au demeurant, la quotité des sommes prétendument engagées n'était nullement établie.
6.3.2 Dans la mesure où ils se limitent à affirmer que la cour cantonale a appliqué arbitrairement l'art. 145 al. 2 CPC/VS et violé leur droit d'être entendu lorsqu'elle a refusé leurs offres de preuves quant aux frais de rénovation, sans démontrer que son appréciation serait insoutenable, les recourants ne satisfont pas aux exigences de motivation applicables aux violations du droit cantonal et du droit constitutionnel (cf. consid. 1.3).
Dès lors que les frais invoqués n'ont pas été allégués et qu'ils ne pouvaient donc être prouvés, la cour cantonale ne saurait avoir violé le droit fédéral en refusant de tenir compte d'une créance compensante.
7. Vu le sort du recours, les frais de la procédure doivent être mis solidairement à la charge des recourants (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens, les intimés n'ayant pas été invités à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 5 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet