Faits:
A. Par contrat du 16 octobre 2003, X._ SA, en sa qualité de maître d'ouvrage, a confié à l'entreprise Y._, des travaux d'étanchéité sur les immeubles dont elle est propriétaire à Rolle.
Le 4 avril 2006, les parties ont conclu la convention suivante:
« Art. 1 La facture de l'Entreprise est ramenée au montant final de CHF 500'000.-,
Ce qui nous donne, après déduction des acomptes versés, un solde de CHF 125'000.-.
Cette somme s'entend nette TTC, toutes déductions déjà effectuées (prorata, rabais, escompte, etc.).
Art. 2 L'Entreprise fera parvenir au Promoteur la garantie de travaux sur la base du montant final ci-dessus, sauf si celle-ci est déjà en possession de l'Architecte (...).
Art. 3 A réception de la présente convention originale, dûment signée par l'Entreprise ainsi que la garantie mentionnée à l'Art. 2, le Promoteur s'engage à verser immédiatement à l'Entreprise le montant convenu, soit CHF 125'000.- pour solde de compte.
Etant donné les circonstances, la dite convention ainsi que la garantie de travaux doivent être remises, contre signature, en mains propres du soussigné, Monsieur M._, représen- tant valablement le Promoteur. (...) ».
Le même jour, l'entreprise Y._ a fait parvenir à X._ SA une garantie, établie en mars 2005 et valable dix ans, concernant le matériel d'étanchéité.
X._ SA a versé un acompte de 75'000 fr., le 12 avril 2006.
Le 12 octobre suivant, l'entreprise Y._ a fourni un « Acte de cautionnement - assurance garantie de construction - garantie d'ouvrage » établi par une compagnie d'assurance, pour le prix de 521'803 fr. Ce document indiquait que ne tombaient pas sous l'obligation de garantie les éventuels défauts connus ou perceptibles au moment de la remise de l'engagement de cautionnement au bénéficiaire.
L'entreprise Y._ a réclamé en vain le paiement du solde de sa facture, soit 50'000 fr.
B. A la requête de l'entreprise Y._, l'Office des poursuites de Morges-Aubonne a notifié, le 3 janvier 2007, à X._ SA un commandement de payer (poursuite no xxxx) le montant de 50'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 5 avril 2006. Il était indiqué comme titre de créance: « convention du 04 avril 2006, sous déduction du paiement du 12 avril 2006 ».
Par décision du 18 mai 2007, le Juge de paix des districts de Morges et Aubonne a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition formée par la poursuivie à concurrence de 50'000 fr., plus intérêts à 5% dès le 17 octobre 2006.
Statuant le 5 octobre 2007, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours interjeté par X._ SA contre ce prononcé. A l'instar du premier juge, elle a considéré en bref que la convention signée le 4 avril 2006 valait reconnaissance de dette au sens de l'art. 82 LP pour la somme de 125'000 fr., que le poursuivant avait exécuté son obligation de délivrer une garantie, qu'il disposait ainsi d'un titre de mainlevée et que, partant, l'opposition formée par la poursuivie devait être écartée pour le solde de la créance reconnue. Plus précisément, elle a jugé que la reconnaissance de dette ne comprenait aucune indication sur le contenu de cette garantie, hormis celle relative au montant des travaux, ni sur la date à laquelle celle-là devait être établie; ainsi les objections de la poursuivie fondées sur la remise tardive de la garantie et les éventuelles restrictions qu'elle contenait ne pouvaient être prises en considération.
C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, au rejet de la requête de mainlevée provisoire et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause pour nouvelle décision.
L'intimée n'a pas été invitée à répondre.
D. Par ordonnance du 19 novembre 2007, le Président de la cour de céans a accordé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 III 462 consid. 2 p. 465).
1.1 La décision prise en matière de mainlevée provisoire de l'opposition est sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF) lorsque, comme en l'espèce, la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF) (FF 2001 p. 4105; ATF 133 III 399 consid. 1.4 p. 400). Elle est finale au sens de l'art. 90 LTF puisqu'elle met fin à la procédure (ATF 133 III 399 consid. 1.4 p. 400). Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la partie qui a succombé en instance cantonale (art. 76 al. 1 LTF) à l'encontre d'une telle décision prise sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF), le présent recours est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), qui comprend les droits constitutionnels (FF 2001 p. 4000 ss, 4132; ATF 133 I 201 consid. 1 p. 203). La décision en matière de mainlevée - définitive ou provisoire - n'est en effet pas une décision de «mesures provisionnelles» au sens de l'art. 98 LTF, contre laquelle seule la violation des droits constitutionnels - notamment la prohibition de l'arbitraire (art. 9 Cst.) - peut être soulevée. Il en résulte que le Tribunal fédéral examine librement si le droit fédéral a été violé (ATF 133 III 399 consid. 1.5 p. 400).
1.3 Lorsqu'il admet un recours, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond (art. 107 al. 2 LTF), et donc prononcer la mainlevée de l'opposition, sans qu'il soit nécessaire d'examiner si les conditions posées par la jurisprudence en application de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire (OJ) sont réalisées (cf. ATF 120 Ia 256 consid. 1b p. 257/258); en effet, contrairement au recours de droit public, sous l'empire duquel cette jurisprudence a été rendue (cf. arrêt 5P.134/2004 du 19 mai 2004, consid. 2), les recours unifiés prévus par les art. 72 ss LTF ne sont pas purement cassatoires (FF 2001, p. 4143).
2. En vertu de l'art. 82 LP, le créancier dont la poursuite se fonde sur une reconnaissance de dette constatée par acte authentique ou sous seing privé peut requérir la mainlevée provisoire (al. 1 ); le juge la prononce si le débiteur ne rend pas immédiatement vraisemblable sa libération (al. 2).
Selon la jurisprudence, la procédure de mainlevée provisoire, comme la procédure de mainlevée définitive, est une procédure sur pièces (Urkundenprozess), dont le but n'est pas de constater la réalité de la créance en poursuite, mais l'existence d'un titre exécutoire: le créancier ne peut motiver sa requête qu'en produisant le titre et la production de cette pièce, considérée en vertu de son contenu, de son origine et des caractéristiques extérieures comme un tel titre, suffit pour que la mainlevée soit prononcée si le débiteur n'oppose pas et ne rend pas immédiatement vraisemblables des moyens libératoires. Le juge de la mainlevée provisoire examine donc seulement la force probante du titre produit par le créancier, sa nature formelle - et non la validité de la créance - et lui attribue force exécutoire si le débiteur ne rend pas immédiatement vraisemblables ses moyens libératoires. Le débiteur n'a donc pas à apporter la preuve absolue (ou stricte) de ses moyens libératoires, mais seulement leur simple vraisemblance (ATF 130 III 321 consid. 3.3. p. 325; 132 III 140 consid. 4.1.1 p. 142).
3. En l'espèce, la recourante a objecté que la garantie que devait lui fournir l'intimée lui était parvenue tardivement et contenait des restrictions, de telle sorte qu'elle n'avait pu s'en prévaloir pour les défauts qui étaient apparus dans l'intervalle. La Cour des poursuites et faillites a refusé de prendre en considération ces objections, motif pris que la reconnaissance de dette, soit la convention du 4 avril 2006, ne contenait aucune indication sur le contenu de la garantie, hormis celle relative au montant des travaux, ni sur la date à laquelle celle-là devait être établie.
3.1 Dans un premier moyen, la recourante reproche à l'autorité cantonale de s'être arbitrairement écartée du texte de la convention du 4 avril 2006 et d'avoir ainsi constaté de manière manifestement inexacte que ce titre valant reconnaissance de dette ne contenait pas d'indication sur la date à laquelle la garantie devait être établie. Elle soutient qu'une lecture attentive du texte précité devait conduire à la conclusion que l'obligation de remise d'une garantie était conditionnée dans le temps.
3.1.1 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF); il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252), doit démontrer, par une argumentation précise en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF: principe d'allégation), les exigences de motivation correspondant à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 et 1.4.3 p. 254-255 et les références citées).
En ce qui concerne l'établissement des faits et l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux juridictions cantonales (ATF 104 Ia 381 consid. 9 p. 399 et les citations). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables; encore faut-il que la décision attaquée en soit viciée dans son résultat (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 127 I 38 consid. 2a p. 41; cf. aussi ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254/255).
3.1.2 Quoi qu'en pense la recourante, le texte de la convention du 4 avril 2006 ne contient pas expressément de terme précisant le moment où la garantie devait être remise au maître de l'ouvrage, terme qui aurait manifestement échappé à la cour cantonale ou dont elle aurait arbitrairement omis de tenir compte. Sous l'angle d'une constatation arbitraire des faits, le grief est dès lors mal fondé. En réalité, la recourante s'en prend à la façon dont l'autorité cantonale a interprété le texte litigieux, critique qui fait d'ailleurs l'objet de son deuxième moyen.
3.2 Selon la recourante, interpréter - même sous l'angle de la vraisemblance - la convention du 4 avril 2006 en ce sens que la garantie pouvait être remise en tout temps est insoutenable et viole l'art. 18 CO. Elle soutient que seule serait compatible avec la volonté des parties l'interprétation selon laquelle la remise de la garantie devait avoir lieu au moment de la signature de la convention. Admettre la possibilité d'une remise ultérieure viderait la notion de garantie de son sens pour deux motifs. D'une part, s'agissant d'une garantie sous forme d'un cautionnement solidaire pour les défauts, l'écoulement du temps entraînait la péremption des droits de garantie du maître de l'ouvrage. D'autre part, la garantie émise ne couvrant pas les défauts connus ou perceptibles au moment de sa délivrance, le promoteur se privait de la possibilité de faire valoir les défauts apparus entre la signature de la convention et la délivrance de la garantie.
3.2.1 Ce faisant, la recourante remet en cause l'interprétation objective (ou normative) de la convention litigieuse, question qui ressortit au droit. Pour interpréter une clause contractuelle selon le principe de la confiance, il faut rechercher le sens que chacune des parties pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre, en tenant compte des termes utilisés ainsi que du contexte et de l'ensemble des circonstances dans lesquelles elles ont été émises (ATF 131 III 586 consid. 4.2.3.1 p. 592; 128 III 265 consid. 3a p. 267; 127 III 444 consid. 1b p. 445).
3.2.2 En l'espèce, comme on l'a vu ci-dessus (consid. 3.1.2), le texte de la convention du 4 avril 2006, pas plus au demeurant que celui de la garantie établie le 12 octobre 2006 en faveur de la recourante, ne mentionnent le moment où la garantie devait être remise au promoteur. Il y est seulement spécifié que ce n'est qu'à réception de ladite garantie que la recourante est tenue de verser à l'entrepreneur le montant convenu de 125'000 fr. pour solde de compte. Il est certes précisé, dans l'avant-dernier alinéa de la convention, que celle-ci, ainsi que la garantie doivent être remises, contre signature, en mains propres du représentant du promoteur. On ne saurait toutefois en déduire que la garantie devait être remise au moment de la signature de la convention. La signature dont il est ici question peut aussi simplement avoir été prévue pour faciliter la preuve de la remise de la garantie au promoteur, le paiement du solde lui étant subordonné. S'agissant de l'argument selon lequel la garantie ne couvre pas les défauts connus au moment de sa remise au bénéficiaire, il se fonde sur l'existence de défauts qui seraient apparus entre la signature de la convention et la remise de la garantie, circonstances qui ne ressortent pas de l'état de fait retenu par la cour cantonale (art. 105 al. 2 LTF), sans que la recourante ne se plaigne à cet égard d'une constatation arbitraire des faits (cf. supra, consid. 3.1.1).
-:-
-:-
Dans ces conditions, la cour cantonale pouvait considérer qu'il ne résultait pas de la convention du 4 avril 2006 que la garantie promise devait être remise le jour même de la signature de ladite convention et, partant, que la recourante n'avait pas rendu vraisemblable son moyen libératoire.
3.3 Dans un troisième moyen, la recourante se plaint d'une violation des art. 82 CO et 8 CC. Elle reproche à l'autorité cantonale de n'avoir pas pris en considération l'exception d'inexécution du contrat qu'elle avait soulevée. Elle soutient que la convention du 4 avril 2006 prévoyait que la garantie serait remise au moment de la signature de ladite convention. Il s'agissait là d'une contre-prestation que le poursuivant se devait d'accomplir s'il entendait exiger le paiement du solde qui lui était dû. Or, celui-là n'avait pas prouvé avoir fourni la garantie en temps utile. Il était au contraire établi que le document requis avait été remis avec plus de six mois de retard.
Fondé sur la prémisse selon laquelle la garantie devait être délivrée le jour de la signature de la convention, le grief est mal fondé autant qu'il est recevable. Ainsi qu'il a été dit ci-devant, cette circonstance n'est pas établie, la cour cantonale ayant considéré à juste titre que le moment de la remise de la garantie n'était pas fixé dans la convention.
3.4 Pour les mêmes motifs, le moyen pris de la violation des art. 82 LP et 8 CC doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, la recourante faisant reposer derechef sa critique sur le fait que l'intimée aurait délivré tardivement la garantie requise.
4. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond et s'est opposée à tort à l'attribution de l'effet suspensif (arrêt 5P.291/2004 du 22 septembre 2004, consid. 6, reproduit in: ZZZ 2004 p. 428 et les arrêts cités).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 6 février 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli Jordan