Sachverhalt:
A. A.a X._ reichte am 14. Juni 2002 ein Baugesuch für ein Wohn- und Geschäftshaus ein, das Bestandteil einer grösseren Überbauung mit Einstellhalle bildete und auf seinem Grundstück Nr. 48 in Hünenberg/ZG errichtet wurde. Mit Verfügung vom 15. Juli 2002 erteilte das Tiefbauamt des Kantons Zug die Bewilligung für die Erstellung einer - der Gesamtüberbauung dienenden - Einmündung in die Kantonsstrasse zwecks Zufahrt zu den Grundstücken, worunter zu demjenigen von X._. Am 6. Oktober 2003 bewilligte die Abteilung Bau und Planung der Gemeinde Hünenberg einen nachträglich eingereichten Umgebungsplan, auf dem unter anderem nördlich des Wohn- und Geschäftshauses von X._ angrenzend an die Kantonsstrasse ein Schotterrasenplatz eingezeichnet war. Dieser wurde später als Parkplatz genutzt bzw. zeitweise als solcher vermietet.
A.b Mit Schreiben vom 9. Mai 2011 teilte die Abteilung Bau und Planung der Gemeinde Hünenberg X._ mit, festgestellt zu haben, dass die Fläche des ursprünglichen Schotterrasenplatzes eingekiest und teilweise mit Gittersteinen belegt worden sei. Dadurch bestehe die Möglichkeit der Nutzung als Parkplatz, was bewilligungspflichtig sei und der Zustimmung des Kantons bedürfe. Am 16. Mai 2011 reichte X._ eine entsprechende Bauanzeige für einen bereits erstellten Aussenparkplatz ein. Mit Schreiben vom 26. Mai 2011 teilte das kantonale Tiefbauamt der Gemeinde mit Blick auf die als gefährlich beurteilte Einmündung auf die Kantonsstrasse einen negativen Vorentscheid mit. In der Folge verweigerte der Gemeinderat Hünenberg am 4. Oktober 2011 die beantragte Baubewilligung und ordnete an, den widerrechtlich erstellten Aussenparkplatz innert sechs Monaten nach Rechtskraft des Baubewilligungsentscheides zu entfernen bzw. ihn baulich so umzugestalten, dass er nicht mehr angefahren werden könne.
A.c Mit Beschluss vom 31. Januar 2011 wies der Regierungsrat des Kantons Zug eine dagegen erhobene Beschwerde ab.
B. X._ führte dagegen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug, dessen verwaltungsrechtliche Kammer die Beschwerde am 31. Mai 2012 abwies.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 17. August 2012 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben; eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen; subeventuell sei zumindest die Auflage betreffend Verbauung der Zufahrt aufzuheben. Zur Begründung wird im Wesentlichen eine Gehörsverletzung wegen ungenügender Begründung des verwaltungsgerichtlichen Urteils sowie die Unverhältnismässigkeit der Anordnung über die Verbauung der Zufahrt geltend gemacht.
D. Der Gemeinderat Hünenberg beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Baudirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
E. X._ hat sich am 14. Januar 2013 nochmals zur Sache geäussert.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Nach Art. 34 Abs. 1 RPG gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (BGE 133 II 249 E. 1.2 S. 251; 133 II 409 E. 1.1 S. 411). Der Beschwerdeführer ist als Eigentümer des betroffenen Grundstücks und direkter Adressat des angefochtenen Entscheids gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert.
1.2 Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten (vgl. Art. 95 lit. a-c BGG) sowie die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) gerügt werden.
1.3 Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
2. 2.1 Entgegen der Auffassung des Gemeinderates rügt der Beschwerdeführer nicht die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts. Seine Darstellung der tatsächlichen Verhältnisse weicht denn auch nicht wesentlich von derjenigen der Vorinstanz ab. Der Beschwerdeführer ist jedoch der Ansicht, das Verwaltungsgericht habe seinen verfassungsrechtlichen Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV verletzt, indem es sich in seiner Urteilsbegründung nicht genügend detailliert mit seinen Rügen auseinander gesetzt habe. Insbesondere habe sich die Vorinstanz nicht genügend deutlich zu seinem Argument geäussert, auf dem am 6. Oktober 2003 behördlich bewilligten Umgebungsplan sei offensichtlich erkennbar gewesen, dass der Schotterrasenplatz von Anfang an als Parkplatz geplant gewesen sei und habe genutzt werden sollen. Diese Rüge erfüllt die Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG und ist demnach rechtsgenüglich erhoben.
2.2 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV folgt die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Das bedeutet indessen nicht, dass sich die Behörde mit jeder tatbestandlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand eingehend auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Rechtsuchenden sollen wissen, warum die Behörde gegen ihren Antrag entschieden hat, damit sie gegebenenfalls den Entscheid sachgerecht anfechten können (BGE 134 I 83 E. 4.1 S. 88; 133 I 270 E. 3.1 S. 277 mit Hinweisen).
2.3 Die Argumentation des Beschwerdeführers ist spitzfindig. In der Erwägung 2c des angefochtenen Entscheids setzt sich das Verwaltungsgericht in einem ganzen Abschnitt eingehend mit den Bauplänen von 2002 und dem Umgebungsplan von 2003 auseinander. Es führt dazu insbesondere aus, auf der Südostseite des Gebäudes seien die fünf Parkplätze eingezeichnet und als solche gekennzeichnet gewesen, währenddessen auf der Nordseite lediglich eine Fläche mit Schotterrasen eingezeichnet gewesen sei. Das Verwaltungsgericht hält weiter fest, es sei nicht nur kein Parkplatz auf der Nordseite des Gebäudes bewilligt worden, sondern es hätten aufgrund der Pläne auch keine Hinweise bestanden, dass die Bauherrschaft dort einen Parkplatz habe erstellen wollen. Damit gab es zumindest sinngemäss klar zum Ausdruck, den Einwand des Beschwerdeführers zu verwerfen, wonach offensichtlich erkennbar gewesen sei, dass der Schotterrasenplatz von Anfang an als Parkplatz geplant gewesen sei und habe genutzt werden sollen. Die Ausführungen des Beschwerdeführers zur Definition und Aussagekraft eines Planes, die so gar nicht umstritten sind, gehen insofern an der Sache vorbei. Überdies argumentiert er widersprüchlich, wenn er einerseits im Zusammenhang mit der Gehörsrüge geltend macht, der Schotterrasenplatz habe offensichtlich nur als Parkplatz dienen können, in seiner Replikschrift zur Frage der Verhältnismässigkeit aber ausführt, es seien verschiedene Nutzungen denkbar, die keiner Einmündungsbewilligung durch das kantonale Tiefbauamt bedürften. Damit räumt er implizit selbst ein, dass der Nutzungszweck nicht eindeutig war. Eine weitergehende Begründung im fraglichen Punkt erweist sich daher nicht als erforderlich, und der Beschwerdeführer wurde durchaus in die Lage versetzt, das verwaltungsgerichtliche Urteil sachgerecht anzufechten. Das Verwaltungsgericht hat demnach nicht gegen Art. 29 Abs. 2 BV verstossen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter, der angefochtene Entscheid sei insoweit unverhältnismässig, als ihm die Pflicht auferlegt werde, die Zufahrt zum Schotterrasenplatz von der Kantonsstrasse her mit Blumentrögen oder ähnlichen Massnahmen zu versperren. Er stösst sich dabei insbesondere daran, dass ihm die Behörden grundlos nicht vertrauen würden, sich an ein Parkverbot als mildere Massnahme zu halten.
3.2 Der Beschwerdeführer macht insoweit keinen Grundrechtsverstoss geltend, weshalb der angefochtene Entscheid lediglich auf Vereinbarkeit mit dem allgemeinen rechtsstaatlichen Prinzip nach Art. 5 Abs. 2 BV, wonach staatliches Handeln verhältnismässig sein muss, zu überprüfen ist. Das Gebot der Verhältnismässigkeit verlangt, dass eine behördliche Massnahme für das Erreichen des im öffentlichen oder privaten Interesse liegenden Zieles geeignet und erforderlich ist und sich für die Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Massnahme zumutbar und verhältnismässig erweist. Eine solche ist namentlich unverhältnismässig, wenn das Ziel mit einem weniger schweren staatlichen Eingriff erreicht werden kann (BGE 133 I 77 E. 4.1 S. 81; 132 I 49 E. 7.2 mit Hinweisen).
3.3 Das Verwaltungsgericht begründet seinen Entscheid damit, der Beschwerdeführer habe die fragliche Grundstückfläche schon seit geraumer Zeit unerlaubterweise als Parkplatz genutzt und ein blosses Parkverbot sei mit einem unnötigen Kontrollaufwand verbunden. Allerdings geht das Verwaltungsgericht zum Einen nicht ausdrücklich davon aus, dem Beschwerdeführer könne für die bisherige Nutzung ein Vorwurf gemacht bzw. sein entsprechender guter Glauben in Zweifel gezogen werden. Zum Andern gibt es, wie der Beschwerdeführer nicht ohne Grund geltend macht, etliche Parkverbote, die mit einem gewissen Kontrollaufwand verbunden sind. Dennoch erweist sich die angeordnete Massnahme nicht als unzulässig. Der Beschwerdeführer hatte jedenfalls gegenüber den Behörden sein ursprüngliches Vorhaben nicht völlig offen gelegt; auch wenn er es nicht eigentlich verschleierte oder darüber täuschte, so liess er es, ob gutgläubig oder nicht, doch an der üblichen und nötigen Transparenz darüber missen, dass er eine Nutzung als Parkplatz vorsah. Sodann bezweckt die angeordnete Massnahme die Gewährleistung der öffentlichen Sicherheit im Strassenverkehr, indem sie gefährliche Ein- oder Ausfahrten von bzw. auf die Kantonsstrasse verhindert. Dabei geht es nicht nur um den Beschwerdeführer, sondern auch darum, ebenfalls Dritte in geeigneter Form von der Benutzung der fraglichen Fläche als Park- oder Anhalteplatz abzuhalten. Überdies handelt es sich nicht um feste und damit auf Dauer angelegte immobile, sondern um bewegliche Einrichtungen, die kostengünstig aufgestellt und im Bedarfsfall mit geringem Aufwand auch wieder entfernt werden können. Schliesslich wird es dem Beschwerdeführer jederzeit frei stehen, bei der Gemeinde ein Gesuch um Änderung bzw. Anpassung der Massnahme zu stellen, wenn er belegen kann, dass sie für eine geplante zulässige Nutzung des strittigen Grundstücksteils hinderlich ist. Insgesamt erscheint die verfügte Massnahme demnach geeignet, erforderlich und zumutbar, mithin verhältnismässig.
4. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (vgl. Art. 68 BGG sowie BGE 134 II 117 E. 7 S. 118 f.).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Hünenberg, dem Regierungsrat des Kantons Zug und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Verwaltungsrechtliche Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax