Fatti:
A. In seguito a una segnalazione dell'Ufficio di comunicazione in materia di riciclaggio di denaro, il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha aperto, con decisione del 5 luglio 2007 e successiva estensione del 1° luglio 2008, un'indagine preliminare di polizia giudiziaria nei confronti segnatamente di A._, per i titoli di riciclaggio di denaro e di falsità in documenti.
B. Con decisione del 21 dicembre 2009 il MPC ha deciso di sospendere le indagini e ha contestualmente ordinato la confisca, giusta l'art. 72 CP, dei valori patrimoniali presenti su un conto intestato a A._ presso la banca B._. Il magistrato inquirente ha ritenuto che questi valori patrimoniali rientravano nella facoltà di disporre dell'organizzazione criminale "Cosa Nostra".
C. Adita da A._, con sentenza del 6 maggio 2010 la I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (TPF) ha respinto il gravame e confermato la confisca dei citati valori patrimoniali.
D. A._ impugna con un ricorso in materia penale al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo di annullarlo e di liberare a suo favore i valori patrimoniali posti sotto sequestro. Il ricorrente fa in particolare valere la violazione dell'art. 6 n. 1 CEDU.
E. La I Corte dei reclami penali del TPF e il MPC chiedono di respingere il ricorso.
Con decreto del 1° luglio 2010 è stata respinta la domanda di effetto sospensivo contenuta nel ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) contro una decisione di natura finale (art. 90 LTF) della Corte dei reclami penali del TPF concernente una decisione di confisca, il ricorso in materia penale è di principio ammissibile (DTF 133 IV 278 consid. 1.1-1.2.2).
1.2 Il ricorrente ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore. In quanto titolare del conto oggetto della contestata confisca, egli ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata. La sua legittimazione a ricorrere ai sensi dell'art. 81 cpv. 1 LTF è quindi data.
2. 2.1 Il ricorrente rimprovera alla precedente istanza di avere violato l'art. 6 n. 1 CEDU, per non avere indetto un pubblico dibattimento prima di pronunciare il suo giudizio.
2.2 Secondo l'art. 72 CP, il giudice ordina la confisca di tutti i valori patrimoniali di cui un'organizzazione criminale ha facoltà di disporre. I valori appartenenti a una persona che abbia partecipato o sostenuto un'organizzazione criminale (art. 260ter) sono presunti sottoposti, fino a prova del contrario, alla facoltà di disporre dell'organizzazione.
Le decisioni in materia di confisca concernono contestazioni di carattere civile ai sensi dell'art. 6 n. 1 CEDU (DTF 133 IV 278 consid. 2.2; 125 II 417 consid. 4b; sentenza della Corte europea dei diritti dell'uomo nella causa Raimondo contro Italia del 22 febbraio 1994, n. 43). Esse devono quindi essere rese da un tribunale indipendente e imparziale, dinanzi al quale la persona interessata ha diritto a un'udienza pubblica (orale) giusta la citata disposizione. Invero, ciò non esclude che un organo non giurisdizionale, che non soddisfa di principio le citate esigenze convenzionali, renda una decisione di confisca. In una simile evenienza, l'interessato deve però poter disporre di un ricorso dinanzi a un organo giudiziario indipendente conforme all'art. 6 n. 1 CEDU, che benefici di piena cognizione in fatto e in diritto (DTF 133 IV 278 consid. 2.2).
2.3 Nella fattispecie, il MPC, quale autorità sottoposta amministrativamente alla vigilanza del Consiglio federale (art. 14 cpv. 1 PP), incaricata di dirigere le indagini della polizia giudiziaria (art. 15 PP) e che riveste il ruolo di parte nella procedura (art. 34 PP), non può essere assimilato a un giudice ai sensi degli art. 72 CP e 6 n. 1 CEDU (DTF 133 IV 278 consid. 2.2.1). Spettava quindi alla I Corte dei reclami penali del TPF rispettare le esigenze dell'art. 6 n. 1 CEDU, svolgendo in particolare l'udienza pubblica prevista da questa disposizione. Nel gravame dinanzi ad essa, il ricorrente aveva infatti esplicitamente richiamato tale norma convenzionale e la necessità di rispettarne le condizioni, indicando segnatamente anche quella della pubblicità. Non può quindi essere dedotto che il ricorrente abbia implicitamente rinunciato a un'udienza pubblica e orale o che ricorrano dei motivi per eccezionalmente soprassedervi (cfr. DTF 134 I 331 consid. 2.1; 122 V 47 consid. 3b).
2.4 Contrariamente alla concezione della precedente istanza, il fatto ch'essa disponga di un pieno potere cognitivo in quest'ambito e che il MPC, prima di emanare l'ordine di confisca, abbia concesso al ricorrente la facoltà di esprimersi al riguardo, non consente di per sé di prescindere dall'applicazione dell'art. 6 n. 1 CEDU. Questa disposizione in concreto è pertanto stata disattesa e, trattandosi della violazione di un diritto di natura formale, l'accoglimento del gravame su questo punto comporta l'annullamento della decisione impugnata, indipendentemente dalla fondatezza delle argomentazioni di merito (DTF 121 I 30 consid. 5j).
In tali circostanze, non occorre nemmeno esaminare specificatamente la portata degli art. 29a e 30 seg. Cost., peraltro semplicemente invocati dal ricorrente in relazione con l'art. 6 n. 1 CEDU.
3. Ne segue che il ricorso deve essere accolto. La sentenza impugnata è annullata e la causa è rinviata alla precedente autorità per una nuova decisione dopo lo svolgimento dell'udienza pubblica. Non si prelevano spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 LTF) e la Confederazione verserà al ricorrente un'indennità a titolo di ripetibili (art. 68 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto. La decisione impugnata è annullata e la causa è rinviata al Tribunale penale federale per una nuova decisione.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. La Confederazione verserà al ricorrente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili.
4. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.