Erwägungen:
1. Die Wehrpflichtersatzverwaltung des Kantons Zürich lehnte ein Begehren von X._ um Befreiung vom Wehrpflichtersatz ab 2007 ab. Er gelangte mit Schreiben vom 20. Oktober 2009 an die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich. Mit Einzelrichterverfügung ihres Präsidenten vom 6. November 2009 schrieb diese die Beschwerde ab. Zur Begründung wurde festgestellt, dass X._ mündlich und anschliessend mit schriftlicher Bestätigung erklärt habe, dass er keine Beschwerde habe erheben wollen, womit das Beschwerdeverfahren gegenstandslos geworden sei. X._ gelangte hierauf mit vom 8. Dezember 2009 datiertem, als Rekurs gegen die Wehrpflichtersatzabgabe betiteltem Schreiben an die Steuerrekurskommission. Auf Anfrage hin bestätigte er der Kanzlei der Rekurskommission, dass er das Verfahren ans Bundesgericht weiterziehen wolle. Die Kanzlei der Rekurskommission leitete die Sache am 18. Dezember 2009 ans Bundesgericht weiter, wo gestützt auf das Schreiben vom 8. Dezember 2009 ein Verfahren eröffnet worden ist.
2. Gemäss Art. 42 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten (Abs. 1). Dabei ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Abs. 2). Die Begründung muss sachbezogen sein, d.h. sich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids, die für dessen Ergebnis ausschlaggebend sind, auseinandersetzen. Wird ein rein prozessualer Entscheid, wie ein Nichteintretensentscheid oder - wie vorliegend - eine Abschreibungsverfügung angefochten, hat sich die Beschwerdebegründung auf den von der Vorinstanz herangezogenen Nichteintretens- bzw. Abschreibungsgrund zu beziehen, ansonsten wegen offensichtlichen Fehlens einer hinreichen-den Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG) auf die Beschwerde nicht eingetreten wird.
In seinem Schreiben, das er als Beschwerde verstanden wissen will, beantragt der Beschwerdeführer, von der Wehrpflichtersatzabgabe befreit zu werden. Auch die Beschwerdebegründung betrifft allein die materiellrechtliche Frage der Befreiung vom Wehrpflichtersatz. Mit keinem Wort geht der Beschwerdeführer auf den Grund ein, den die Vorinstanz zum Anlass für ihre Abschreibungsverfügung nahm, nämlich auf die Feststellung, dass er mit seinem Schreiben vom 20. Oktober 2009 keine Beschwerde habe erheben wollen. Es fehlt mithin an einer sachbezogenen Begründung, und auf die Beschwerde ist, ohne Schriftenwechsel oder andere Instruktionsmassnahmen, im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller