Faits:
A. Le 27 septembre 2010, X._ a fait l'objet d'un rapport de dénonciation de la police municipale de Nyon pour ne pas avoir accordé la priorité à un piéton déjà engagé sur le passage protégé et pour avoir utilisé en roulant un téléphone portable sans le dispositif "mains libres". Par prononcé sans citation du 29 octobre 2010, le Préfet de Nyon a, en raison des faits dénoncés dans le rapport de police, condamné la prénommée à 300 francs d'amende pour infraction simple à la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01).
L'intéressée a demandé le réexamen du prononcé préfectoral. Lors de son audition du 21 décembre 2010 devant le Préfet, X._ a confirmé ne pas avoir vu qu'un piéton était engagé sur le passage clouté, précisant qu'un "petit camion" - en position de présélection pour se diriger vers la rue Perdtemps - lui obstruait la vue. Elle a en revanche contesté la dénonciation quant à l'utilisation d'un téléphone portable; elle a en substance précisé que lorsqu'elle s'est engagée dans le trafic, son téléphone portable, posé sur le tableau de bord, s'est mis à se "balader" et elle s'en est saisie pour le mettre sur le siège passager. Le 22 décembre 2010, le Préfet a reconnu l'intéressée coupable d'une violation simple de la LCR pour ne pas s'être arrêtée à un passage pour piétons et l'a condamnée au paiement d'une amende de 200 francs, en application de l'art. 90 ch. 1 LCR. Cette décision est entrée en force.
B. Le 15 mars 2011, le Service vaudois des automobiles et de la navigation (SAN) a informé X._ qu'il envisageait une mesure de retrait du permis de conduire. Dans ses déterminations du 29 mars 2011, celle-ci a fait valoir que l'infraction commise n'avait mis personne en danger et que, de ce fait, elle devait être qualifiée de légère.
Par décision du 1er avril 2011, le SAN a ordonné le retrait du permis de conduire de l'intéressée pour une durée d'un mois, l'infraction étant qualifiée de moyennement grave au sens de l'art. 16b al. 1 let. a LCR. Cette décision a été maintenue le 1er juin 2011, sur réclamation.
C. Par arrêt du 6 octobre 2011, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: la CDAP) a rejeté le recours de X._ contre la décision précitée. Les juges cantonaux ont considéré en substance que le comportement de l'intéressée constituait une infraction moyennement grave au sens de l'art. 16b al. 1 let. a LCR, la mise en danger de la sécurité du piéton ne pouvant être en l'espèce qualifiée de légère.
Par acte du 4 novembre 2011, X._ forme un recours contre l'arrêt cantonal en concluant à ce qu'aucune mesure administrative ne soit prononcée à son encontre.
La CDAP et l'Office fédéral des routes se réfèrent à l'arrêt attaqué. Le SAN renonce à formuler des observations et s'en remet à justice.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale relative à une mesure administrative de retrait du permis de conduire. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable.
2. Selon la recourante, l'existence d'une mise en danger du piéton a été admise à tort par l'autorité administrative. Celle-ci ne pouvait s'écarter des faits retenus par le Préfet qui a considéré qu'il n'y avait pas eu de mise en danger d'une personne. L'infraction devrait par conséquent être qualifiée de particulièrement légère, ce qui devrait entraîner une renonciation à toute mesure en vertu de l'art. 16a al. 4 LCR. Si une mise en danger devait néanmoins être reconnue, l'autorité administrative aurait dû, selon la recourante, prononcer un simple avertissement, compte tenu des circonstances (vitesse très basse, danger potentiel faible) et en application du principe de proportionnalité.
2.1 En principe, l'autorité administrative statuant sur un retrait du permis de conduire ne peut pas s'écarter des constatations de fait d'un jugement pénal entré en force. La sécurité du droit commande en effet d'éviter que l'indépendance du juge pénal et du juge administratif ne conduise à des jugements opposés, rendus sur la base des mêmes faits (ATF 137 I 363 consid. 2.3.2 p. 368 et les références).
L'autorité administrative ne peut s'écarter du jugement pénal que si elle est en mesure de fonder sa décision sur des constatations de fait inconnues du juge pénal ou qui n'ont pas été prises en considération par celui-ci, s'il existe des preuves nouvelles dont l'appréciation conduit à un autre résultat, si l'appréciation à laquelle s'est livré le juge pénal se heurte clairement aux faits constatés, ou si le juge pénal n'a pas élucidé toutes les questions de droit, en particulier celles qui touchent à la violation des règles de la circulation (ATF 136 II 447 consid. 3.1 p. 451; 129 II 312 consid. 2.4 p. 315; 123 II 97 consid. 3c/aa p. 104; 105 Ib 18 consid. 1a et les références). Si les faits retenus au pénal lient donc en principe l'autorité et le juge administratifs, il en va différemment des questions de droit, en particulier de l'appréciation de la faute et de la mise en danger (arrêt 1C_353/2010 du 12 janvier 2011 consid. 2.1 et les références).
2.2 En l'espèce, après avoir entendu personnellement l'intéressée, le juge pénal a rendu une décision sur réexamen aux termes de laquelle il confirmait l'infraction à la LCR commise par la recourante pour ne pas s'être arrêtée à un passage pour piétons en se fondant sur les faits constatés par les deux agents de la police municipale dans leur rapport de dénonciation. Contrairement à ce que soutient la recourante, la cour cantonale ne s'est en rien écartée des faits constatés au pénal. La décision préfectorale fait en effet état d'un piéton engagé sur le passage protégé et précise, en se référant au rapport de police, que le piéton s'est certainement méfié de la visibilité limitée derrière le "petit camion" et a, dans ce cas, pris toutes les mesures de précaution en traversant le passage. L'intéressée ne conteste pas ces éléments, tout au plus se contente-t-elle de relever que le piéton n'a pas pu être identifié, ni retrouvé par la police. En revanche, elle estime que l'autorité administrative ne pouvait s'écarter de l'appréciation du Préfet qui a considéré - en se rapportant à la dénonciation de la police municipale - qu'elle n'avait mis personne en danger. Ce faisant, la recourante conteste en réalité l'appréciation juridique de la mise en danger du piéton traversant la chaussée telle que retenue par l'autorité administrative. Dans la mesure où il n'y a pas de circonstances importantes dont le juge pénal aurait une connaissance plus approfondie que l'autorité administrative, le SAN et la CDAP étaient libres de procéder à leur propre appréciation juridique des faits pertinents, tels qu'ils résultent du dossier, en particulier du rapport de la police municipale, sans être liés par les conclusions du juge pénal.
2.3 La LCR distingue les infractions légères, moyennement graves et graves (art. 16a - c LCR). Selon l'art. 16a al. 1 let. a LCR, commet une infraction légère la personne qui, en violant les règles de la circulation, met légèrement en danger la sécurité d'autrui et à laquelle seule une faute bénigne peut être imputée. En cas d'infraction particulièrement légère, il est renoncé à toute mesure administrative (art. 16a al. 3 LCR). Dans les autres cas, il ne peut être renoncé au retrait du permis du conducteur fautif au profit d'un avertissement seulement si, au cours des deux dernières années, le permis ne lui a pas été retiré et qu'aucune autre mesure administrative n'a été prononcée (art. 16a al. 2 et 3 LCR). Commet une infraction moyennement grave selon l'art. 16b al. 1 let. a LCR la personne qui, en violant les règles de la circulation, crée un danger pour la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Dans cette hypothèse, le permis est retiré pour un mois au minimum (art. 16b al. 2 let. a LCR). Commet une infraction grave selon l'art. 16c al. 1 let. a LCR la personne qui, en violant gravement les règles de la circulation, met sérieusement en danger la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Conformément à l'art. 16c al. 2 let. a LCR, le permis de conduire est retiré pour trois mois au minimum après une infraction grave.
Le législateur conçoit l'art. 16b al. 1 let. a LCR comme l'élément dit de regroupement. Cette disposition n'est ainsi pas applicable aux infractions qui tombent sous le coup des art. 16a al. 1 let. a et 16c al. 1 let. a LCR. Dès lors, l'infraction est toujours considérée comme moyennement grave lorsque tous les éléments constitutifs qui permettent de la privilégier comme légère ou au contraire de la qualifier de grave ne sont pas réunis. Tel est par exemple le cas lorsque la faute est grave et la mise en danger bénigne ou, inversement, si la faute est légère et la mise en danger grave (ATF 135 II 138 consid. 2.2.2 p. 141; arrêt 6A.16/2006 du 6 avril 2006 consid. 2.1.1 in JdT 2006 I 442).
2.4 En vertu de l'art. 33 LCR, le conducteur facilitera aux piétons la traversée de la chaussée (al. 1). Avant les passages pour piétons, le conducteur circulera avec une prudence particulière et, au besoin, s'arrêtera pour laisser la priorité aux piétons qui se trouvent déjà sur le passage ou s'y engagent (al. 2). Le conducteur doit vouer à la route et au trafic toute l'attention possible, le degré de cette attention devant être apprécié au regard de toutes les circonstances, telles que la densité du trafic, la configuration des lieux, l'heure, la visibilité et les sources de danger prévisibles (ATF 103 IV 101 consid. 2b p. 104). La "prudence particulière" avant les passages pour piétons que doit adopter le conducteur selon l'art. 33 al. 2 LCR signifie qu'il doit porter une attention accrue à ces passages protégés et à leurs abords par rapport au reste du trafic et être prêt à s'arrêter à temps si un piéton traverse la chaussée ou en manifeste la volonté (arrêt 1C_87/2009 du 11 août 2009 consid. 3.2 in JdT 2009 I 512; arrêt 6S.96/2006 du 3 avril 2006 consid. 2.2 in JdT 2006 I 439; cf. ATF 121 IV 286 consid. 4b p. 291 s.; 115 II 283 consid. 1a p. 285). Normalement, le conducteur n'est toutefois pas obligé de réduire sa vitesse à l'approche d'un passage pour piétons lorsque personne ne se trouve à proximité, s'il peut admettre qu'aucun piéton ne va surgir à l'improviste ou encore si on lui fait clairement comprendre qu'il a la priorité. La visibilité du conducteur doit néanmoins porter sur toute la chaussée et sur le trottoir à proximité du passage. Si le conducteur ne bénéficie pas d'une telle visibilité, il doit ralentir de manière à pouvoir accorder la priorité aux piétons dissimulés derrière l'obstacle (cf. arrêt 6S.96/2006 du 3 avril 2006 consid. 2.2 in JdT 2006 I 439; arrêt du 11 octobre 1991 du Tribunal cantonal zurichois in Blätter für Zürcherische Rechtsprechung [ZR] 1991 p. 250 n° 78 résumé in JdT 1993 I 710).
2.5 Il ressort des constatations de fait de l'instance précédente que la recourante - dont la visibilité sur le passage protégé était gênée par la présence d'un "petit camion" - n'a pas laissé la priorité à un piéton déjà engagé sur ledit passage. Dans la mesure où un véhicule masquait partiellement la visibilité de la recourante, celle-ci devait, à l'approche du passage clouté, redoubler de prudence et s'assurer qu'aucun piéton n'était engagé. Le devoir de prudence lui imposait d'apercevoir le piéton engagé sur le passage protégé et de s'arrêter pour lui laisser la priorité. La CDAP a estimé que, par son comportement fautif, l'intéressée a mis en danger la sécurité du piéton qui traversait; l'instance précédente se basait sur le rapport de la police municipale qui mentionne que le piéton a dû reculer afin d'éviter d'être heurté par le véhicule de la recourante. En l'occurrence, à l'égard d'un piéton - qui ne bénéficie pas de la sécurité relative à un habitacle protégé et qui sera presque nécessairement blessé en cas de collision -, la jurisprudence considère qu'une mise en danger abstraite accrue est déjà réalisée lorsqu'un véhicule passe relativement près d'un piéton engagé (cf. arrêt 6A.40/2001 du 26 juin 2001 consid. 3a et b; arrêt 6A.50/2000 du 5 septembre 2000 consid. 3c/bb; cf. également CÉDRIC MIZEL, Les nouvelles dispositions légales sur le retrait du permis de conduire, in RDAF 2004 I 361, p. 371). Au vu de cette jurisprudence, c'est à juste titre que l'instance précédente a estimé que la mise en danger de la sécurité du piéton ne pouvait en l'espèce être qualifiée de légère. Dans ces circonstances, l'admission d'une infraction légère au sens de l'art. 16a al. 1 LCR - qui permettrait en l'espèce de prononcer un avertissement en lieu et place du retrait de permis de conduire - est exclue.
La CDAP n'a donc pas violé le droit fédéral en confirmant que les éléments constitutifs d'une infraction moyennement grave au sens de l'art. 16b al. 1 let. a LCR étaient réunis.
2.6 La durée du retrait de permis a été fixée au minimum légal d'un mois prévu par l'art. 16b al. 2 let. a LCR. Aussi, c'est en vain que la recourante se prévaut de ses bons antécédents et du fait que, sans son permis, elle se retrouverait "en isolement sur la montagne". De telles circonstances ne permettent en effet pas de déroger à la règle de l'art. 16 al. 3 LCR, qui confère aux durées de retrait minimales prévues par la loi un caractère incompressible (ATF 132 II 234 consid. 2.3 p. 236 s.).
3. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Eu égard à la situation financière difficile de la recourante, il sera exceptionnellement statué sans frais (art. 66 al. 1 deuxième phrase LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Service des automobiles et de la navigation et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 17 avril 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn