Faits:
A. Parmi les différentes mesures arrêtées le 1er juillet 2009 par le Conseil fédéral et le Département fédéral de l'intérieur (DFI) pour réduire le coût des médicaments en Suisse, la prime relative au prix et la prime par emballage de tous les médicaments admis dans la liste des spécialités jusqu'au 1er octobre 2009 devaient être réexaminées avant le 1er janvier 2010 et adaptées le 1er mars 2010 (cf. art. 67 al. 1quater OAMal dans sa version en vigueur à partir du 1er octobre 2009 et al. 7 des dispositions transitoires de la modification de l'OAMal du 1er juillet 2009; RO 2009 4245 ss). Adaptée en conséquence, la liste des spécialités (ci-après: LS) a été publiée dans le Bulletin 8/10 du 22 février 2010 de l'Office fédéral de la santé publique (OFSP).
B. Entre-temps, par acte du 27 octobre 2009, S._, qui exploitait la Pharmacie X._ à L._, a saisi le Tribunal administratif fédéral d'un recours principalement contre "la LS établie par l'OFSP, en vigueur depuis le 1er octobre 2009 avec la modification des prix des médicaments intervenue en application des modifications du 1er juillet 2009 de l'OAMal et de l'OPAS"; il concluait à l'annulation de la LS et au renvoi de la cause à l'OFSP pour qu'il fixe à nouveau les prix des médicaments en cause sur la base de données corrigées de l'ordonnance du DFI du 29 septembre 1995 sur les prestations de l'assurance des soins (OPAS; RS 832.112.31) qui soient accessibles au public. A titre subsidiaire, il recourait contre "l'ensemble des positions qu[e la LS] contient", voire contre "chacune des positions qu[e la LS] contient" en ce qui concerne le calcul de la part du prix des médicaments destinée à couvrir les frais de distribution, en réitérant sa conclusion principale.
Après avoir requis de l'OFSP la production de diverses pièces, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours pour autant que recevable (ch. 1 du dispositif), par jugement du 19 août 2011.
C. S._ interjette un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre ce jugement, dont il demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, il conclut au renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral, afin que celui-ci statue à nouveau sur le fond après avoir complété l'instruction par la mise en oeuvre d'une expertise.
Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recourant s'en prend à un arrêt du Tribunal administratif fédéral. Au regard de l'objet attaqué, son recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable, dès lors que cette voie de droit n'est ouverte qu'à l'encontre des décisions des autorités cantonales de dernière instance (art. 113 LTF). Le recours en matière de droit public est en revanche recevable au regard, en particulier, des art. 82 let. a et 89 al. 1 LTF.
2. Le Tribunal fédéral examine d'office si les conditions de recevabilité étaient réunies devant l'instance précédente et si, partant, c'est à bon droit que celle-ci est entrée en matière (ATF 136 V 7 consid. 2 p. 9 et les arrêts cités).
2.1 La présente contestation porte sur la modification du prix des médicaments figurant dans la LS avec effet au 1er mars 2010, à la suite du réexamen par l'OFSP de la prime relative au prix et la prime par emballage (cf. art. 67 al. 1quater OAMal) de tous les médicaments admis dans la LS jusqu'au 1er octobre 2009 (cf. al. 7 des dispositions transitoires de la modification de l'OAMal du 1er juillet 2009). Le recourant se plaint de la manière dont a été fixée la part du prix relative à la distribution (composée de la prime relative au prix et la prime par emballage) qui aurait dû être déterminée de façon à couvrir au moins les frais de distribution du pharmacien.
Comme l'a retenu à juste titre le Tribunal administratif fédéral, la modification du prix des médicaments inscrits dans la LS constitue une décision que leur destinataire directement touché par l'acte administratif, soit le fabricant du médicament en question - voire éventuellement des tiers - peut contester par la voie d'un recours administratif (arrêt 9C_766/2008 du 15 juillet 2009 consid. 4, in SVR 2009 KV n° 12 p. 41). Aussi, les premiers juges ont-ils admis la recevabilité du recours quant à l'objet contesté, même s'il avait été interjeté prématurément, les modifications de la LS au 1er mars 2010 (publiées dans le Bulletin 8/10 du 22 février 2010 de l'OFSP) étant intervenues postérieurement au dépôt du recours.
2.2 Sous l'angle de l'intérêt digne de protection à recourir (art. 48 al. 1 let. c PA en relation avec l'art. 37 LTF), le Tribunal administratif fédéral ne s'est pas prononcé sur le point de savoir si le recourant disposait d'un intérêt suffisant au recours et, partant, avait qualité pour recourir. Laissant cette question ouverte, il a examiné le recours sur le fond et l'a rejeté.
2.2.1 Dans l'arrêt 9C_766/2008 du 15 juillet 2009, que les premiers juges ont cité sans en tirer les conséquences pour le cas d'espèce, le Tribunal fédéral a retenu qu'un pharmacien, en tant que distributeur de préparations figurant dans la LS dont les prix avaient été réduits, n'était pas le destinataire formel de la décision par laquelle les prix des médicaments avaient été modifiés. En tant que tierce personne, elle-même concernée par les décisions prises au détriment présumé de leur destinataire, il devait bénéficier d'un intérêt juridique propre à l'annulation ou à la modification de la décision, un intérêt économique de fait ne suffisant pas à fonder une relation suffisamment étroite avec le litige lorsque le tiers n'était atteint qu'indirectement.
Le Tribunal fédéral a nié l'existence d'un tel intérêt. Entre autres motifs, il a considéré que le pharmacien, dont l'activité consiste à remettre des médicaments aux particuliers (cf. art. 24 al. 1 let. a de la Loi sur les produits thérapeutiques, LPTh; RS 812.21), n'est pas habilité à initier la procédure visant à l'admission d'un médicament dans la LS, à défaut d'être titulaire d'une autorisation de mise sur le marché. Par conséquent, dès lors que le pharmacien n'intervenait pas dans la procédure portant sur l'admission d'un médicament dans la LS - et ne pouvait donc en influencer les conditions, notamment par rapport au prix proposé - initiée par le titulaire de l'autorisation de mise sur le marché, il n'y avait pas lieu de lui reconnaître un intérêt suffisant à prendre part, à un stade ultérieur, à la procédure qui ne visait pas l'admission en tant que telle d'un médicament, mais la modification des conditions de celle-ci (consid. 7 de l'arrêt 9C_766/2008 cité). Le Tribunal fédéral a également retenu que compte tenu du système et du but de la réglementation étatique du prix des médicaments à la charge de l'assurance obligatoire des soins (tel qu'exposés au consid. 8 de l'arrêt 9C_766/2008 cité) - qui n'assurait pas en soi aux distributeurs des médicaments la couverture des frais de distribution - on ne pouvait considérer qu'il existait pour un pharmacien un rapport suffisamment étroit et direct avec l'objet du litige, qui aurait été digne de protection au regard des exigences de recevabilité posées en matière de recours de tiers "pro destinataire".
2.2.2 Ces considérations sont entièrement applicables dans le cas d'espèce où le recourant s'en prend, en tant que distributeur de médicaments, à une modification de la LS relative au prix des médicaments. Que le pharmacien conteste le prix de fabrique des médicaments figurant dans la LS (art. 67 al. 1ter OAMal) ou la part relative à la distribution (art. 67 al. 1quater OAMal) n'est pas déterminant, contrairement à ce que semble croire la juridiction fédérale de première instance (consid. 1.3.6 du jugement entrepris). Dès lors qu'il ne peut pas s'opposer, faute d'être admis à participer à la procédure d'admission des médicaments dans la LS, à ce qu'un médicament ne soit pas du tout annoncé par le détenteur de l'autorisation de mise sur le marché ou à un prix inférieur à ce qu'il juge correct, on ne saurait reconnaître au pharmacien un intérêt suffisant à pouvoir contester la modification du prix des médicaments, que ce soit l'une ou l'autre des composantes du prix maximum (art. 67 al. 1bis OAMal) qui soit touchée.
2.3 En conséquence de ce qui précède, il n'y a pas lieu de reconnaître au recourant un intérêt digne de protection à recourir, ce qu'aurait déjà dû retenir les premiers juges. Le jugement entrepris doit dès lors être réformé en ce sens et le recours rejeté.
3. Vu l'issue du litige, les frais de justice seront supportés par le recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Le ch. 1 du dispositif du jugement du Tribunal administratif fédéral du 19 août 2011 est réformé en ce sens que le recours est irrecevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et au Département fédéral de l'intérieur.
Lucerne, le 4 mai 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
La Greffière: Moser-Szeless