Faits:
A. A.a Statuant sur demande des enfants A._, né en 1992, et B._, née en 1993, le Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a, par jugement du 10 octobre 2008, modifié le jugement de divorce des époux X._, rendu le 27 février 2006 par le Juge de district de l'Entremont, en ce sens notamment que l'autorité parentale et la garde sur les enfants sont attribués au père, et arrêté les frais et émoluments du Tribunal à 1'300 fr. à la charge de A._ et B._, à 1'025 fr. à la charge de X._ et à 775 fr. à la charge de dame X._.
A.b Le 14 octobre 2008, A._ et B._, agissant par leur curatrice, ont recouru au Tribunal cantonal du canton de Vaud contre ce jugement; ils contestent uniquement le fait que des frais aient été mis à leur charge.
Par lettre recommandée du 12 janvier 2009, A._ et B._ ont été invités à effectuer jusqu'au 2 février 2009 l'avance des frais du recours, par 100 fr., faute de quoi celui-ci serait considéré comme non avenu.
B. Par arrêt du 10 février 2009, la Présidente du Tribunal cantonal du canton de Vaud a constaté que l'avance de frais n'avait pas été effectuée, dit que le recours est considéré comme non avenu, et rayé l'affaire du rôle.
C. Contre cet arrêt, A._ et B._ interjettent le 13 mars 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral, subsidiairement un recours constitutionnel, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue sur le fond de leur recours sans requérir d'avance de frais. Ils se plaignent d'une violation des art. 147 al. 3 CC et 29 Cst., ainsi que d'une application arbitraire du droit cantonal et d'une violation du principe de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 8 et 49 Cst.).
X._ ne s'est pas déterminé dans le délai qui lui a été imparti à cet effet. Dame X._ conclut à ce que les frais mis à la charge des enfants soient assumés par leur père. La Présidente du Tribunal cantonal du canton de Vaud considère le recours comme bien fondé.
Considérant en droit:
1. L'arrêt entrepris est une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF). Les recourants soutiennent qu'il s'agit d'une décision rendue dans une affaire familiale concernant les enfants, à savoir dans une affaire non pécuniaire; subsidiairement, si la cause devait être considérée comme étant de nature pécuniaire, ils font valoir que l'on serait en présence d'une question juridique de principe (art. 72 al. 2 let. a LTF). Plus subsidiairement, ils requièrent que leur recours soit traité comme un recours constitutionnel. La nature de la décision attaquée peut demeurer indécise en l'espèce. En effet, le recours doit être admis pour violation d'un droit constitutionnel, laquelle peut être invoquée tant dans le cadre d'un recours en matière civile, ouvert pour violation du droit fédéral, lequel comprend les droits constitutionnels (art. 95 let. a LTF; ATF 133 III 446 consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3 p. 466), que dans le cadre d'un recours constitutionnel subsidiaire (art. 116 LTF). Déposé pour le surplus en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), le présent recours est recevable.
2. 2.1 Les recourants soutiennent en substance que l'art. 147 al. 3 CC s'applique également à la procédure en modification du jugement de divorce et que, représentés par un curateur, aucuns frais ne pouvaient être mis à leur charge, respectivement qu'aucune avance de frais ne pouvait leur être réclamée. A réception de la demande d'avance de frais requise par la Présidente du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ils s'y sont immédiatement opposés, par courrier du 13 janvier 2009, et ont demandé son annulation. Se plaignant d'une violation de l'art. 29 Cst., ils font grief à la juge précédente d'avoir considéré leur recours comme non avenu en raison du non-paiement de l'avance de frais nonobstant ce courrier et sans même s'y référer; à tout le moins devait-elle leur impartir un délai pour requérir l'assistance judiciaire.
2.2 La Présidente du Tribunal cantonal du canton de Vaud admet, dans ses déterminations du 1er avril 2009, que la lettre des recourants du 13 janvier 2009 ne lui a pas été soumise; si elle avait eu connaissance de cette correspondance, qui appelait effectivement une réponse de sa part, elle n'aurait pas considéré le recours comme non avenu.
2.3 En jugeant le recours comme non avenu en raison du non-paiement de l'avance de frais, sans statuer sur la requête des recourants tendant à sa dispense, la juge précédente a, comme elle l'admet, commis un déni de justice (art. 29 al. 2 Cst.). La violation de ce principe de nature formelle entraîne l'annulation de la décision attaquée, sans qu'il y ait lieu d'entrer en matière sur la question de la prétendue violation de l'art. 147 al. 3 CC, qu'il appartiendra, le cas échéant, à l'autorité cantonale de trancher.
3. Vu ce qui précède, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé. Le dossier sera renvoyé à la Présidente du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour qu'elle statue sur la requête de dispense d'avance de frais. Le présent arrêt sera rendu sans frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Les recourants, représentés par un avocat, ont été contraints de recourir au Tribunal fédéral en raison de la carence de l'autorité cantonale. Dans ces circonstances, il sied de leur allouer des dépens à la charge de l'État de Vaud (arrêt 4A_252/2007 du 15 novembre 2007 consid. 3.2; ATF 129 V 335 consid. 4 p. 342).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la Présidente du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 500 fr., à payer solidairement aux recourants à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Vaud.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Présidente du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 18 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet