Erwägungen:
1. Mit Verfügung vom 5. August 2009 ordnete die Dienststelle Landwirtschaft und Wald des Kantons Luzern den Abschuss eines Wolfes an, der im Laufe des Monats Juli 2009 27 Schafe gerissen hatte. Sie befristete die Abschussbewilligung bis zum 19. September 2009; einer allfälligen Beschwerde entzog sie die aufschiebende Wirkung. Der WWF Schweiz sowie Pro Natura fochten diese Verfügung am 7. September 2009 beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern an. Dieses wies das Gesuch um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung am 10. September 2009 ab. Die beschwerdeführenden Verbände beantragten sodann dem Verwaltungsgericht am 16. September 2009, es habe die Rechtslage auch dann noch zu klären, wenn der Wolf bis zum 19. September 2009 nicht abgeschossen werde. Da der Wolf bis dahin nicht abgeschossen werden konnte, erklärte das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern das Beschwerdeverfahren mit Verfügung vom 14. Oktober 2009 als erledigt. Es verneinte ein aktuelles Rechtsschutzinteresse und hielt dafür, die Voraussetzungen, um ausnahmsweise auf das Erfordernis eines solchen zu verzichten, seien nicht erfüllt.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. November 2009 beantragen der WWF Schweiz und Pro Natura dem Bundesgericht, die Verfügung des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und dieses sei anzuweisen, die bei ihm eingereichte Beschwerde vom 7. September 2009 materiell zu behandeln.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Gemäss Art. 42 BGG haben Rechtsschriften insbesondere die Begehren und deren Begründung zu enthalten (Abs. 1); in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze (Abs. 2). Es muss sich dabei um schweizerisches Recht im Sinne von Art. 95 BGG handeln (namentlich Bundesrecht einschliesslich Bundesverfassungsrecht, Völkerrecht und kantonale verfassungsmässige Rechte); unmittelbar die Verletzung von kantonalem Gesetzesrecht kann nicht gerügt werden. Beruht der angefochtene Entscheid, wie vorliegend, auf kantonalem Verfahrensrecht, kann daher im Wesentlichen bloss gerügt werden, dass dessen Anwendung die Verletzung verfassungsmässiger Rechte bewirke; die entsprechende Rüge bedarf spezieller Geltendmachung und Begründung (Art. 106 Abs. 2 BGG).
2.2 Das Verwaltungsgericht hat in E. 4 seiner Verfügung die allgemeinen Voraussetzungen dargelegt, die es einer Behörde gebieten, die in einem Rechtsmittel aufgeworfenen Rechtsfragen trotz Wegfalls des aktuellen Rechtsschutzinteresses zu prüfen. In E. 5 sodann hat es anhand dieser Kriterien geprüft, wie es sich angesichts der konkreten Umstände des vorliegenden Falles damit verhalte; es kam zum Schluss, dass kein Rechtsschutzinteresse an einer Behandlung der Beschwerde gegeben sei. Die Beschwerdeführer äussern sich zwar ausführlich zur Frage des Fortbestandes eines Rechtsschutzinteresses und zu den Erwägungen des angefochtenen Entscheids. Ihren Darlegungen lässt sich indessen nicht entnehmen, inwiefern das Verwaltungsgericht schweizerisches Recht verletzt haben könnte. Sie nennen keine Norm des Bundesrechts, aus welcher sich eine Pflicht zur Behandlung der Beschwerde durch das Verwaltungsgericht ergeben würde; namentlich wird nicht aufgezeigt, welche den Beschwerdeführern im vorliegenden Zusammenhang allenfalls zustehenden verfassungsmässigen Rechte durch die Vorgehensweise des Verwaltungsgerichts beeinträchtigt worden wären. Es fehlt offensichtlich an einer hinreichenden, den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art 106 Abs. 2 BGG genügenden Beschwerdebegründung (vgl. Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
2.3 Auf die Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Diesem Verfahrensausgang entsprechend haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 und Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden den Beschwerdeführern je zur Hälfte unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller