Sachverhalt:
A. X._ wurde für die direkte Bundessteuer 2005 rechtskräftig eingeschätzt. Am 10. November 2007 erklärte er, dass er in den Steuererklärungen der Jahre 2004 und 2005 irrtümlicherweise seinen Anteil an der Erbschaft seiner am 2. November 2004 verstorbenen Mutter nicht deklariert habe. Dazu legte er einen Bericht vor, wonach die Erbschaftsaktiven Aktien der nicht kotierten "A._ AG" enthielten. In der Folge eröffnete das Steueramt des Kantons Zürich ein Nachsteuerverfahren für die direkte Bundessteuer 2005. Mit Verfügung vom 24. Juni 2010 auferlegte es ihm eine Nachsteuer (samt Zins) von Fr. 342.15.
Die Einsprache mit diversen prozessualen Anträgen und dem Begehren, auf die Verzinsung der Nachsteuer zu verzichten, wies das Steueramt ab. Auf die Beschwerde mit wiederum verschiedenen prozessualen Anträgen (Ausstand der Zürcher Gerichte und der Vertreter der kantonalen Steuerverwaltung, mündliche Anhörung, Verfahrensvereinigung, Akteneinsicht in die Unterlagen der "A._ AG", unentgeltliche Rechtspflege), mit einem Antrag auf Wiedergutmachung materieller und immaterieller Schäden, mit einer Verpflichtung des Gerichts, verschiedene Strafanzeigen einzureichen, und mit dem Begehren, die Nachsteuer zu senken (weder Besteuerung der Erträge aus den Aktien der "A._ AG" noch der Wert der Aktien selbst sowie Verzicht auf Zinsnachforderungen), trat das Verwaltungsgericht nicht ein, da der Rekurs nicht rechtzeitig erfolgt sei.
B. X._ beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. September 2011 aufzuheben, die bei der Vorinstanz eingereichten Anträge zu prüfen, festzustellen, dass ihm das rechtliche Gehör verweigert worden sei, eine Unbills- und Aufwandsentschädigung und für das Verfahren vor Bundesgericht eine mündliche Vorsprache.
Das Bundesgericht hat die vorinstanzlichen Akten beigezogen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Sachurteilsvoraussetzungen (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90, 95 lit. a und Art. 100 Abs. 1 BGG; Art. 146 DBG) sind erfüllt; auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
Nicht einzutreten ist indes auf die materielle Behandlung der Nachsteuer. Streitgegenstand bildet nur die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht bzw. zu Unrecht auf die Beschwerde nicht eingetreten ist.
1.2 Der Antrag, vor Bundesgericht sich mündlich zu äussern, ist abzuweisen. Mündlich bzw. öffentlich verhandelt oder berät das Bundesgericht nur in den vom Gesetz vorgesehenen Fällen (vgl. Art. 57 ff. BGG); dazu gehört ein mündlicher Parteivortrag auf Parteiantrag hin nicht.
2. 2.1 Die Erhebung der Nachsteuern der direkten Bundessteuer unterliegt den Art. 151 ff. DBG. Das Verfahren richtet sich nach Art. 153 DBG. Hier ist Abs. 3 relevant, wonach für die Nachsteuern im Übrigen die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und das Beschwerdeverfahren sinngemäss anwendbar sind. Für das Beschwerdeverfahren vor der kantonalen Beschwerdeinstanz sind somit die Vorschriften nach Art. 140 - 144 DBG einschlägig.
2.2 Nach Art. 140 Abs. 1 DBG kann der Steuerpflichtige gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission Beschwerde erheben. In Abs. 2 werden die Anforderungen an die Beschwerde umschrieben und in Abs. 4 wird auf die sinngemässe Geltung von Art. 133 DBG verwiesen. Nach Art. 133 Abs. 1 DBG beginnt die Frist mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab. Auch wenn der Vollzug des DBG den kantonalen Organen obliegt, hat der Bundesgesetzgeber detailliert das kantonale Verfahren, insbesondere den Fristenstillstand an speziellen Tagen (Samstag, Sonntag und Feiertag), geregelt. Das Bundesgericht hat dazu in mehreren Entscheiden festgehalten, dass deshalb kein Raum für kantonale Bestimmungen über den Fristenstillstand besteht (vgl. etwa 2C_503/2010 vom 11. November 2010 E. 2.1 mit weiteren Hinweisen).
Der Beschwerdeführer hat sich nicht an die Fristregelung nach Art. 153 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 133 Abs. 1 DBG gehalten und seine Beschwerde offensichtlich zu spät eingereicht.
2.3 Er vertritt allerdings die Auffassung, dass mit der Zusammenlegung des Nachsteuerverfahrens für die direkte Bundessteuer mit demjenigen für die kantonalen und kommunalen Steuern das kantonale Steueramt die Federführung übernommen habe, weshalb er in guten Treuen habe davon ausgehen dürfen, dass die Eingabefrist sich nach dem kantonalen Recht richte. Er bezieht sich dabei auf den mittlerweile aufgehobenen § 13 der kantonalen Verordnung zum Steuergesetz vom 1. April 1998 (LS 631.11).
Die Rechtsmittelbelehrung sowohl für die kantonale und kommunale Steuer als auch für die direkte Bundessteuer nimmt keinen Bezug auf einen Fristenstillstand. Hätte der Beschwerdeführer sich danach gerichtet, wäre seine Beschwerde rechtzeitig eingegangen. Der Beschwerdeführer hat sich indes selber kundig gemacht und trägt insofern das Risiko, nicht alle relevanten Gesetzesbestimmungen ausfindig gemacht zu haben. § 13 der kantonalen Verordnung zum Steuergesetz vom 1. April 1998 betrifft nur die im kantonalen Steuergesetz geregelten Staats- und Gemeindesteuern. Die direkte Bundessteuer ist nicht Gegenstand dieser Verordnung. Diesbezügliche notwendige kantonale Konkretisierungen wären in der Verordnung über die Durchführung des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 4. November 1998 (LS 634.1) enthalten, wo u.a. auch die Beschwerdeinstanz für die Nachsteuer der direkten Bundessteuer aufgeführt ist (§ 14). Ein Fristenstillstand findet sich darin nicht.
In jedem Fall hätte dem Beschwerdeführer aufgrund des letzten Satzes der Rechtsmittelbelehrung für die direkte Bundessteuer aber auffallen müssen, dass das DBG die massgebenden Regelungen enthalten muss. In diesem Satz wird für die Aufsichtsbehörden auf Art. 141 DBG verwiesen. Ein Blick in das Kapitel, worin die erwähnte Bestimmung enthalten ist, hätte dem Beschwerdeführer die "Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen" (Sachüberschrift von Art. 140 DBG) gezeigt.
Die Vorinstanz hat insofern kein Bundesrecht verletzt, wenn sie auf die verspätete Beschwerde nicht eintrat.
2.4 Keine Gründe führt der Beschwerdeführer für eine Wiederherstellung der Frist an, weshalb darauf nicht näher einzugehen ist.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Entschädigungen für Aufwendungen vor Vorinstanz und für sonstige Unbill sind nicht geschuldet; dies gilt auch für Parteientschädigungen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. März 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass