Faits:
A. Placée par l'Office régional de placement de H._, Y._ a effectué, du 25 juillet au 12 août 2005, un stage d'orientation auprès de la station-service A._ exploitée par la société X._ Sàrl (ci-après: X._ Sàrl). Le dernier jour du stage, les époux H.X. et F.X._, associés gérants de la Sàrl, ont proposé à Y._ de l'engager dès le 1er septembre 2005, ce qu'elle a accepté. Aucun contrat écrit n'a été établi et aucun témoin neutre n'a assisté à cet entretien. Il n'a pas été prouvé que Y._ savait, au moment de la conclusion du contrat, que X._ Sàrl devait cesser l'exploitation de la station-service au 28 février 2006.
Par lettre du 30 août 2005, A._ a résilié le contrat de franchise qui le liait à X._ Sàrl pour le 28 février 2006, en se référant à un entretien du 1er juillet 2005 concernant la gestion de la station-service.
Par lettre signature du 29 novembre 2005, X._ Sàrl a donné à Y._ son congé pour le 28 février 2006.
Y._ s'est trouvée enceinte dès le 20 janvier 2006.
Le 1er mars 2006, Y._ s'est inscrite au chômage auprès de la Caisse publique cantonale valaisanne de chômage, qui se trouve donc subrogée dans les droits de l'employée à concurrence de ses prestations. En remplissant, le 3 mars 2006, la formule "Attestation de l'employeur" pour l'assurance chômage, H.X._, agissant pour X._ Sàrl, n'a pas indiqué, à l'emplacement réservé à cet effet, que le rapport de travail aurait été de durée déterminée.
B. Soutenant que l'échéance du contrat était reportée en raison de sa grossesse, Y._ a réclamé le paiement de son salaire pour les mois postérieurs au 28 février 2006, mais en limitant ses prétentions au 31 août 2006; la Caisse de chômage pour sa part a fait valoir les droits subrogés.
X._ Sàrl s'est opposée à la demande, en soutenant que le contrat était conclu pour une durée déterminée, ce que l'employée a contesté. Statuant par jugement du 27 mars 2007, le Tribunal du travail du canton du Valais a condamné X._ Sàrl à payer à Y._ la somme nette de 8'272 fr.70, charges sociales à verser par la défenderesse aux caisses sociales afférentes; il a également condamné X._ Sàrl à payer à la Caisse publique cantonale valaisanne de chômage la somme nette de 8'307 fr.70; en compensation, il a condamné Y._ à payer à la défenderesse la somme nette de 626 fr.40.
Statuant sur appel le 20 octobre 2008, le juge de la Cour civile II du Tribunal cantonal valaisan a entièrement confirmé cette décision, mais formulé de manière différente le dispositif, de manière à déduire la créance compensatoire. Il a ainsi condamné X._ Sàrl à verser 8'307 fr.70 à la Caisse publique cantonale valaisanne de chômage et le montant net de 7'646 fr.30 à Y._, en précisant que la défenderesse versera aux organes concernés les charges sociales calculées sur le montant brut de 9'273 fr.40.
C. X._ Sàrl a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement du 20 octobre 2008. La recourante soutient que le contrat était conclu pour une durée déterminée, de sorte que la grossesse ne peut pas en reporter l'échéance. Elle fait valoir que la station-service a été reprise par un nouvel exploitant et qu'il faudrait admettre, en application de l'art. 333 al. 1 CO, que le contrat lui a été transféré. Elle soutient enfin que Y._ n'a pas offert de travailler après le 28 février 2006. X._ Sàrl conclut à l'annulation du jugement attaqué et au rejet des deux demandes avec suite de dépens.
Y._ et la Caisse publique cantonale valaisanne de chômage n'ont pas pris part à la procédure devant le Tribunal fédéral.
Considérant en droit:
1. 1.1 La demande de l'employée et celle de la Caisse de chômage, qui ne s'excluent pas l'une l'autre, ont été jointes, de sorte que leur montant en capital doit être additionné pour déterminer la valeur litigieuse (art. 52 LTF). Comme la totalité des montants alloués en première instance restaient litigieux devant l'autorité précédente (cf. art. 51 al. 1 let. a LTF), il en résulte que la valeur minimale requise pour un recours en matière civile dans le domaine du droit du travail est atteinte (art. 74 al. 1 let. a LTF).
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 63 - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 La principale question litigieuse est de savoir si le contrat était conclu pour une durée déterminée ou pour une durée indéterminée.
Selon l'art. 334 al. 1 CO, le contrat de durée déterminée se définit comme celui qui prend fin sans qu'il soit nécessaire de donner congé. La durée du contrat doit être fixée par la loi, la convention des parties ou la nature de l'affaire. Ainsi, dans tous les cas où l'on ne peut pas constater la fixation d'une échéance, le contrat est considéré comme de durée indéterminée et un congé est alors nécessaire pour y mettre fin ; c'est pourquoi la doctrine et la jurisprudence admettent qu'il faut présumer l'existence d'un contrat de durée indéterminée et qu'il incombe à la partie qui soutient le contraire d'apporter la preuve qu'une échéance a été fixée (arrêt B 90/2000 du 26 novembre 2001, consid. 4c publié in RSAS 2003, p. 503 s.; Staehelin, Zürcher Kommentar, n. 23 ad art. 334 CO; Brühwiler, Kommentar zum Einzelarbeitsvertrag, 2e éd. 1996, art. 334 CO p. 291; Wyler, Droit du travail, 2e éd., 2008, p. 436).
En cas de litige sur l'interprétation d'un contrat, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, ce qui relève de l'établissement des faits et se trouve en principe soustrait au contrôle du Tribunal fédéral; s'il n'y parvient pas, il doit interpréter les déclarations et les comportements selon la théorie de la confiance. Il doit rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances, ce qui constitue une question de droit; toutefois, pour mener cette analyse, le juge doit tenir compte des déclarations des parties et des circonstances, dont l'établissement relève du fait (ATF 133 III 675 consid. 3.3 p. 681; 132 III 626 consid. 3.1 p. 632).
En l'espèce, il n'y a pas eu de contrat écrit ni aucun témoin neutre de l'accord verbal. Il n'a pas été établi que l'employée savait, au moment de la conclusion du contrat, que l'employeur cessait son exploitation au 28 février 2006. Que l'employeur ait donné un congé (ce qui n'est certes pas exclu pour un contrat de durée déterminée: Vischer, Der Arbeitsvertrag, TDPS vol. VII/4, 2005, p. 226) et qu'il n'ait pas mentionné l'existence d'un contrat de durée déterminée sur la formule d'inscription au chômage sont plutôt des indices en faveur d'un contrat de durée indéterminée. Tenant compte de l'ensemble de ces circonstances, la cour cantonale est parvenue à la conclusion que la recourante n'était pas parvenue à prouver qu'une échéance avait été convenue.
Déterminer ce que l'employée savait ou ignorait au moment de la conclusion du contrat (ATF 124 III 182 consid. 3 p. 184) et savoir ce qu'elles se sont dit en cette occasion relève de l'établissement des faits. Comme la recourante n'a pas invoqué la violation d'un droit constitutionnel (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral ne peut revenir sur l'appréciation des preuves. Il est lié par l'état de fait contenu dans le jugement attaqué (art. 105 al. 1 LTF), dès lors qu'il n'apparaît pas d'emblée - en l'absence d'un grief précis - qu'il serait établi de façon manifestement inexacte ou en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF).
Comme il n'a été constaté aucun accord réel des parties fixant une échéance au contrat et qu'il n'a été établi aucune attitude de l'employée dont on pourrait inférer, selon la théorie de la confiance, qu'elle acceptait une telle limitation, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en concluant qu'il n'y avait pas de convention des parties fixant une durée déterminée à leurs relations de travail. En conséquence, le contrat ne pouvait prendre fin que par résiliation (art. 335 al. 1 CO) et l'employée pouvait se prévaloir de l'art. 336c CO pour reporter le terme de congé en raison de sa grossesse. La détermination des sommes dues par la cour cantonale n'étant plus discutée, il n'y a pas lieu d'y revenir.
2.2 Comme la station-service a été reprise par un nouvel exploitant, la recourante soutient qu'il s'agit d'un cas de transfert d'entreprise au sens de l'art. 333 al. 1 CO.
On pourrait lui objecter que cette argumentation juridique nouvelle repose sur des faits (l'achat du fonds de commerce et du carburant) qui ne sont pas constatés dans le jugement cantonal, ce qui n'est pas admissible (art. 99 al. 1 LTF).
Quoi qu'il en soit, le grief est d'emblée mal fondé. Certes, un changement de gérant peut constituer un transfert d'entreprise au sens de l'art. 333 al. 1 CO, même s'il n'y a pas de rapport contractuel direct entre le précédent exploitant et le repreneur (ATF 123 III 466 consid. 3 p. 468). Cependant, le précédent employeur reste tenu solidairement jusqu'à l'échéance du contrat pour lui, c'est-à-dire en l'occurrence l'échéance reportée par la grossesse (art. 333 al. 3 CO; Wyler, op. cit., p. 414). La recourante ne peut donc pas tirer prétexte d'un transfert d'entreprise pour se soustraire à son obligation de payer le salaire jusqu'à l'expiration du contrat qui la lie.
2.3 La recourante reproche à l'intimée de ne pas avoir offert son travail pendant la période de protection, soit plus précisément après le 28 février 2006 (sur cette obligation: cf. Wyler, op. cit., p. 578).
D'abord, il faut observer que l'employée ne pouvait pas offrir ses services à la recourante, puisque celle-ci avait cessé son exploitation au 28 février 2006. De ce point de vue, l'argument présenté relève de la mauvaise foi (art. 2 al. 2 CC). En ce qui concerne le repreneur, l'employée a affirmé devant le Tribunal du travail, lors de l'audience du 27 mars 2007, qu'elle lui avait offert ses services et qu'il avait refusé. Il ne semble pas que la recourante ait contesté avec précision cette affirmation. Quoi qu'il en soit, il est exclu d'entrer en matière sur un argument qui repose sur des faits qui ne trouvent aucun point d'appui dans les constatations contenues dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 et 99 al. 1 LTF; ATF 129 III 135 consid. 2.3.1 p. 144).
3. Un émolument réduit selon la règle de l'art. 65 al. 4 let. c LTF sera mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux parties adverses qui n'ont pas pris part à la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour civile II.
Lausanne, le 4 février 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget