Sachverhalt:
A. Die Aargauische Pensionskasse (APK) ist eine selbstständige öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit im Sinne von Art. 48 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831.40). Sie versichert im Rahmen der bundesrechtlichen Vorschriften die Mitglieder des Obergerichts, die Angestellten und Beamten des Kantons und seiner selbstständigen Anstalten sowie die Angestellten der Gemeinden, deren Lohn direkt durch den Kanton ausgerichtet wird, gegen die wirtschaftlichen Folgen von Alter, Tod und Invalidität (§ 1 Abs. 1 und § 2 Abs. 1 des Dekrets vom 5. Dezember 2006 über die Aargauische Pensionskasse [Pensionskassendekret; SAR 163.120]).
Vor dem Hintergrund einer Ausfinanzierung durch den Kanton Aargau mit Übergang zum Beitragsprimat per 1. Januar 2008 verabschiedete der Vorstand der APK am 27. August 2008 das Reglement über die Durchführung einer Teilliquidation (Voraussetzungen und Verfahren bei einem Stichtag zwischen 1. Januar 2005 und 31. Dezember 2007). Am 17. Oktober 2008 genehmigte das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht des Kantons Aargau (heute: BVG- und Stiftungsaufsicht des Kantons Aargau; nachfolgend: Aufsichtsbehörde) das Teilliquidationsreglement.
B. Dagegen erhoben mehrere bis Ende Dezember 2007 angeschlossene Arbeitgeber sowie einzelne bis zu diesem Zeitpunkt aktive Versicherte und Rentner der APK Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht und beantragten, die Verfügung vom 17. Oktober 2008 sei aufzuheben. Zur Begründung brachten sie hauptsächlich vor, das Teilliquidationsreglement verstosse als Ganzes und in seinen wesentlichen Teilen gegen Bundesrecht und die Statuten der APK.
Mit Entscheid vom 8. Mai 2012 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Unter anderem hatte es die Beschwerdelegitimation der Arbeitgeber verneint.
C. Die am Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht beteiligten Arbeitgeber, aktiv Versicherten und Rentner - mit vier Ausnahmen - haben Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben und beantragt, der Entscheid vom 8. Mai 2012 und die Verfügung der Aufsichtsbehörde vom 17. Oktober 2008 seien aufzuheben, und es sei die APK anzuweisen, ein neues Teilliquidationsreglement zur Genehmigung einzureichen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die APK schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Die Aufsichtsbehörde, das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) und das Bundesverwaltungsgericht verzichten auf eine Stellungnahme.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer rügen, das Bundesverwaltungsgericht habe zu Unrecht die Beschwerdelegitimation der bis Ende 2007 der APK angeschlossenen Arbeitgeber verneint. Diese wiederum bestreitet in ihrer Vernehmlassung nicht nur die Beschwerdelegitimation der betreffenden Arbeitgeber, sondern auch diejenige der ehemaligen aktiven Versicherten und Rentner der Vorsorgeeinrichtung.
Im Verfahren vor Bundesgericht gibt es keine Anschlussbeschwerde. Verzichtet eine Partei darauf, das Bundesgericht innerhalb der ordentlichen Beschwerdefrist anzurufen, hat sie sich damit zu begnügen, gegebenenfalls zur Beschwerde der Gegenpartei Stellung zu nehmen (BGE 134 III 332 E. 2.5 S. 335). Indes prüft das Bundesgericht seine Zuständigkeit und die (weiteren) Eintretensvoraussetzungen sowie diejenigen des vorinstanzlichen Verfahrens von Amtes wegen und mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 138 V 339 E. 1 S. 340; 136 V 7 E. 2 S. 9; SVR 2012 BVG Nr. 29 S. 119, 9C_815/2011 E. 1).
2. 2.1 Gemäss Art. 53b Abs. 2 BVG müssen die reglementarischen Vorschriften über die Voraussetzungen und das Verfahren der Teilliquidation von der Aufsichtsbehörde genehmigt werden. Diese hat präventiv darüber zu befinden, ob die massgebenden Bestimmungen gesetzeskonform ins Reglement transponiert worden sind. Der entsprechenden Genehmigung kommt konstitutive Wirkung zu (Botschaft vom 1. März 2000 zur Revision des Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [1. BVG-Revision], BBl 2000 2637 ff., 2674 und 2697). Insoweit übernimmt die Aufsichtsbehörde auch die abstrakte Normenkontrolle von öffentlich-rechtlichen Erlassen, die von den zuständigen legislativen oder exekutiven Behörden als reglementarische Vorschriften öffentlich-rechtlicher Vorsorgeeinrichtungen ergangen sind (BGE 135 I 28 E. 3.2.1 S. 32).
2.2 Verfügungen der Aufsichtsbehörde können mit Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht angefochten werden (Art. 74 Abs. 1 BVG). Demgegenüber ist die Anfechtbarkeit von Erlassen nicht vorgesehen. Das nach Art. 37 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG) massgebende Verwaltungsverfahrensgesetz des Bundes findet Anwendung in Verwaltungssachen, die durch Verfügungen von Bundesverwaltungsbehörden in erster Instanz oder auf Beschwerde zu erledigen sind (Art. 1 Abs. 1 VwVG). Für die Zulässigkeit der Anfechtung des Genehmigungsentscheids vom 17. Oktober 2008 ist zunächst also entscheidend, ob er als Akt der Verwaltung (Verfügung gemäss Art. 5 Abs. 1 VwVG) oder als Akt der Rechtsetzung zu qualifizieren ist.
Diese Klärung ist auch deshalb von Relevanz, weil die Legitimation zur Anfechtung einer Verfügung an das Erfordernis eines aktuellen schutzwürdigen Interesses an deren Aufhebung oder Änderung anknüpft (Art. 48 Abs. 1 lit. c VwVG; Urteil 2C_11/2012 vom 25. April 2012 E. 2.1; vgl. E. 3 hinten), während bei der Anfechtung eines Erlasses ein virtuelles Interesse genügt in dem Sinne, dass der Beschwerdeführer von der angefochtenen Regelung früher oder später einmal mit einer minimalen Wahrscheinlichkeit unmittelbar betroffen ist (BGE 136 I 17 E. 2.1 S. 21; 135 II 243 E. 1.2 S. 246; 133 I 206 E. 2.1 S. 210).
2.2.1 Nach Art. 5 Abs. 1 VwVG gelten als Verfügungen Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben: Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten (lit. a); Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten und Pflichten (lit. b); Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten und Pflichten oder das Nichteintreten auf ein solches Begehren (lit. c). Als Verfügungen gelten mithin autoritative, einseitige, individuell-konkrete Anordnungen der Behörde, die in Anwendung von Verwaltungsrecht ergangen, auf Rechtswirkungen ausgerichtet sowie verbindlich und erzwingbar sind. Demgegenüber sind Erlasse (Rechtssätze) Anordnungen genereller und abstrakter Natur, die für eine unbestimmte Vielzahl von Menschen gelten und eine unbestimmte Vielheit von Tatbeständen regeln ohne Rücksicht auf einen bestimmten Einzelfall oder auf eine einzelne Person, d.h. die letztlich Allgemeinverbindlichkeit beanspruchen (BGE 135 II 38 E. 4.3 S. 44 f. mit Hinweisen auf die Lehre).
2.2.2 Das BSV ist im Rahmen seiner aufsichtsrechtlichen Befugnisse (vgl. Art. 3 f. der Verordnung vom 29. Juni 1983 über die Beaufsichtigung und Registrierung der Vorsorgeeinrichtungen [BVV 1], in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2011) davon ausgegangen, dass die Genehmigung oder Nichtgenehmigung des Teilliquidationsreglements in Form einer verwaltungsrechtlichen Verfügung zu erfolgen hat (Mitteilungen über die berufliche Vorsorge Nr. 100 vom 19. Juli 2007 Rz. 589). Die gegenteilige Auffassung, dass die Genehmigung Teil des Erlasses der (generell-abstrakten) Regelung von Teilliquidationen ist (Art. 53b Abs. 1 BVG), bedeutete, dass der Aufsichtsbehörde diesbezüglich rechtsetzende Befugnisse zukommen würden. Solche sind hier nicht gewollt. In der Botschaft des Bundesrats zur 1. BVG-Revision ist klar von einer präventiven Prüfung die Rede (vorne E. 2.1). Mit anderen Worten dient die Genehmigung der Vorbeugung offensichtlicher Verstösse; ihre Funktion besteht allein in der Kontrolle der Übereinstimmung des zu prüfenden Erlasses u.a. mit dem Recht der beruflichen Vorsorge und auch mit höherem Recht (vgl. CHRISTINA RUGGLI, in: Handkommentar zum BVG und FZG, 2010, N. 5 zu Art. 62 BVG). Die Ermächtigung, im Rahmen des Genehmigungsverfahrens das vorgelegte Teilliquidationsreglement selber abzuändern und sich damit gleichsam an der Inhaltsgebung zu beteiligen, stellt demgegenüber eine repressive Aufsichtstätigkeit dar. Weder aus den Protokollen der parlamentarischen Kommissionssitzungen noch aus denjenigen zur Debatte in den beiden Räten ergibt sich, dass der Aufsichtsbehörde im Rahmen von bzw. gestützt auf Art. 53b Abs. 2 BVG eine derartige legislative Befugnis zukommen sollte. Die Genehmigung ist kein Schritt der Mitwirkung beim Erlass des Teilliquidationsreglements, sondern das Produkt desselben. Diese Erkenntnisse machen deutlich, dass es sich bei der aufsichtsrechtlichen Genehmigung vom 17. Oktober 2008 nicht um einen Akt handelt, der Recht setzt. Vielmehr ist die Genehmigung als Einzelakt im Sinne einer Feststellungsverfügung zu qualifizieren. Die konstitutive Wirkung bleibt dabei bedeutungslos (ATTILIO R. GADOLA, Der Genehmigungsentscheid als Anfechtungsobjekt in der Staats- und Verwaltungsrechtspflege, in: AJP 1993 S. 293 und 295).
3. Zur Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht ist berechtigt, wer (kumulativ) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat (Art. 48 Abs. 1 lit. a-c VwVG in Verbindung mit Art. 37 VGG).
3. Zur Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht ist berechtigt, wer (kumulativ) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat (Art. 48 Abs. 1 lit. a-c VwVG in Verbindung mit Art. 37 VGG).
3.1 3.1.1 Das Teilliquidationsreglement vom 27. August 2008 war vom Vorstand der APK erlassen worden, wozu er befugt war (§ 16 Abs. 4 lit. b Pensionskassendekret und § 40 der vom Grossen Rat des Kantons Aargau genehmigten Statuten und Versicherungsbedingungen [übergeordnete Führung] in Verbindung mit Art. 51a Abs. 2 lit. c und Art. 53b Abs. 1 erster Satz BVG). Er war somit in erster Linie Adressat der aufsichtsbehördlichen Genehmigung vom 17. Oktober 2008, die denn auch ausschliesslich ihm zugestellt wurde. Die Verpflichtung, das Reglement sowie die Genehmigung sämtlichen Destinatären (aktive Versicherte und Rentner) schriftlich zu eröffnen, ist vor dem Hintergrund der Informationspflicht der Vorsorgeeinrichtungen zu sehen (vgl. Art. 86b Abs. 1 BVG und BGE 136 V 331 E. 4.2.3.1 S. 336). Die Genehmigung des Teilliquidationsreglements vom 17. Oktober 2008 wurde auch im Amtsblatt des Kantons Aargau vom 19. Januar 2009 publiziert, wobei auf die Möglichkeit der Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht nach Art. 74 Abs. 1 BVG hingewiesen wurde. Dadurch mutierte dieser Entscheid jedoch nicht zu einer Allgemeinverfügung, wie die Aufsichtsbehörde darin anzunehmen schien. Eine Allgemeinverfügung zeichnet sich dadurch aus, dass sie sich einerseits an einen (relativ) unbestimmten Personenkreis richtet, also genereller Natur ist, anderseits einen konkreten Tatbestand regelt (statt vieler BGE 134 II 272 E. 3.2 S. 280). Abgesehen davon, dass die Genehmigung des Teilliquidationsreglements hinsichtlich einer namentlich bezeichneten Vorsorgeeinrichtung erging und die Destinatäre diesbezüglich nicht primäre Verfügungsadressaten waren, mangelte es vor allem an der Erfüllung der zweiten Voraussetzung. Die Genehmigung liess sich ihnen gegenüber nicht ohne konkretisierende Anordnung unmittelbar anwenden und vollziehen (vgl. E. 3.1.2 nachfolgend).
3.1.2 Die in Art. 53b Abs. 2 BVG statuierte Vorgehensweise (vgl. E. 2.1) ist von der Konstellation zu unterscheiden, dass die Aufsichtsbehörde auf Beschwerde eines Destinatärs hin die (allgemeinen) reglementarischen Bestimmungen der Vorsorgeeinrichtung auf ihre Übereinstimmung mit den gesetzlichen Vorschriften des privaten und öffentlichen Rechts prüft und einen entsprechenden Entscheid erlässt (vgl. BGE 112 Ia 180 E. 3e S. 191). Das Gesetz sieht für die Destinatäre bei der Erstellung und rechtsbegründenden Genehmigung des Teilliquidationsreglements, welches Verfahren zwingend und in sich abgeschlossen ist, keine Rolle vor. Erst im Rahmen der Durchführung einer konkreten Teilliquidation wird ihnen Parteistellung zuerkannt, indem sie das Recht haben, die Voraussetzungen, das Verfahren und den Verteilungsplan bei der zuständigen Aufsichtsbehörde überprüfen und entscheiden zu lassen (Art. 53d Abs. 6 Satz 1 BVG). Diese zweistufige Regelung ist im Rahmen der 1. BVG-Revision gemäss Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 (AS 2004 1677 ff.) eingeführt worden. Davor waren die Vorschriften über die Teil- (wie auch Gesamt-)Liquidation in Art. 23 FZG integriert. Seine Formulierung wurde im neuen Art. 53b Abs. 1 Satz 2 BVG übernommen. Der Botschaft lässt sich nicht entnehmen, dass der Gesetzgeber beabsichtigte, die Teilliquidation materiell neu zu regeln. Ziel der Revision war in erster Linie die Änderung des Verfahrens. Die Aufsichtsbehörden sollten von der Prüfung der Voraussetzungen einer Teilliquidation im konkreten Einzelfall entlastet werden. So beschliesst und vollzieht die Vorsorgeeinrichtung die Teilliquidation neu autonom, ohne deren Mitwirkung. Die Aufsichtsbehörde wird nur dann eingeschaltet, wenn die Destinatäre an sie gelangen und eine Überprüfung der Voraussetzungen, des Verfahrens oder des Verteilungsplans verlangen (BGE 138 V 346 E. 6.3.3 S. 363). Die Botschaft äussert sich dazu unmissverständlich: "Erst in diesem Fall setzt sich die Aufsichtsbehörde mit dem konkreten Einzelfall auseinander und erlässt eine Verfügung" (BBl 2000 2674). Die Eidgenössischen Räte sind nicht darüber hinausgegangen. Es finden sich in den Materialien keine Anhaltspunkte dafür, dass die Destinatäre bereits in der ersten Phase der abstrakten Normenkontrolle (vgl. E. 2.1) miteinzubeziehen sind.
3.1.3 Das Bundesverwaltungsgericht verweist bei der Begründung, weshalb die aktiv Versicherten und Rentner ein schutzwürdiges Interesse an der Anfechtung der aufsichtsrechtlichen Genehmigung haben (können), auf UELI KIESER (in: Handkommentar zum BVG und FZG, 2010, N. 36 zu Art. 53b BVG). An besagter Stelle hält dieser Autor - ohne sich weiter mit Adressat und Charakter der Genehmigung auseinanderzusetzen - fest, dass den Destinatären prinzipiell eine Rechtsmittelbefugnis gegen die Genehmigungsverfügung zustehe. Dabei zitiert er ISABELLE VETTER-SCHREIBER (in: Schweizer Personalvorsorge [SPV] 7/2007 S. 77), deren Überlegungen sich wiederum entnehmen lässt, dass die eingeräumte Rechtsmittelbefugnis auf die "Richtlinie Genehmigung Teilliquidationsreglement" der BVG- und Stiftungsaufsicht des Kantons Zürich vom Juli 2007/Juni 2010 (www.bvs.zh.ch unter: Berufliche Vorsorge/Formulare und Merkblätter) zurückzuführen ist. Darin findet sich folgender Passus (Rz. 24): "Mit der Genehmigungsverfügung wird die Vorsorgeeinrichtung angewiesen, den Destinatären das Teilliquidationsreglement und den Inhalt der Genehmigungsverfügung (insbesondere Rechtsmittelbelehrung) zur Kenntnis zu bringen. Die Genehmigungsverfügung gilt dann als eröffnet. Nach Ablauf der Rechtsmittelfrist bestätigt die Vorsorgeeinrichtung, dass die Destinatäre informiert wurden, so dass anschliessend die Rechtskraft der Genehmigungsverfügung bescheinigt werden kann." Eine Begründung, weshalb den Destinatären bereits im Zeitpunkt der Genehmigung die Möglichkeit zur Erhebung eines Rechtsmittels gegen das Teilliquidationsreglement zu geben ist - was im Übrigen auch für die betreffende Autorin nicht nachvollziehbar ist -, fehlt. So oder anders ist die Richtlinie, die einer Verwaltungsweisung gleichkommt, für das Bundesgericht nicht verbindlich (vgl. BGE 133 V 450 E. 2.2.4 S. 455). Anzufügen bleibt, dass auch das BSV in seinem Schreiben "Anpassung der Teilliquidationsreglemente - Revision der BVV 2" vom 20. Juli 2009 an die seiner Aufsicht unterstellten Vorsorgeeinrichtungen (vgl. Art. 3 BVV 1, in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2011; vorne E. 2.2.2) davon ausging, "dass die Versicherten und Rentenbeziehenden nicht bereits bei der Genehmigung des Teilliquidationsreglements eine Frist zur Einsprache erhalten müssen, da sie im konkreten Teilliquidationsfall das Reglement überprüfen lassen können".
3.1.4 Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Destinatäre durch die Genehmigung des Teilliquidationsreglements vom 27. August 2008 nicht formell beschwert sind. Weder haben sie am abstrakten Prüfungsverfahren vor der Aufsichtsbehörde teilgenommen noch sind sie befugt, sich diesbezüglich als Partei zu konstituieren. Gemäss der klaren gesetzlichen Konzeption können sie erst im Rahmen des konkreten Teilliquidationsfalls formell beschwert (BGE 121 II 359 E. 1b/aa S. 362) sein. Ebenso wenig besteht eine hinreichende materielle Beschwer, die Raum für eine sogenannte Drittbeschwerde "contra Adressat" (vgl. dazu BGE 134 V 153 E. 5.1 S. 156) liesse: Die Vorsorgenehmer (aktive Versicherte und Rentner) verfügen über kein aktuelles Rechtsschutzinteresse. Daran ändert die rückwirkende Geltung des Teilliquidationsreglements (mögliche Stichtage für die Vornahme einer Teilliquidation sind der 1. Januar 2005 bis 31. Dezember 2007; BGE 131 II 533 E. 6.2 S. 539) nichts. Wohl ist unbestritten, dass infolge der grundlegenden Neuordnung der APK per 1. Januar 2008 eine grössere Anzahl Arbeitgeber ihre Anschlussvereinbarungen auf Ende Dezember 2007 kündigten. Nach verbindlicher Feststellung der Vorinstanz war zum Zeitpunkt der aufsichtsrechtlichen Genehmigung des Teilliquidationsreglements jedoch noch keine Teilliquidation durchgeführt worden.
Soweit dem Urteil 9C_434/2009 vom 6. Oktober 2010 E. 5 (nicht publ. in: BGE 136 V 322, aber in: SVR 2012 BVG Nr. 43 S. 153) dem Vorstehenden Widersprechendes entnommen werden kann, ist daran nicht festzuhalten. Zu keinem anderen Ergebnis vermag auch das in BGE 110 II 436 E. 2 S. 440 Gesagte zu führen. Darin umschrieb das Bundesgericht in einem Fall, in dem die Aufsichtsbehörde von Amtes wegen gestützt auf Art. 84 ff. ZGB eine Verfügung erlassen hatte, die Legitimation zur Beschwerdeführung an die nächsthöhere Instanz ebenso weit wie bei der Aufsichtsbeschwerde (vgl. Urteil 9C_823/2011 vom 23. März 2012 E. 2.1). Indes betraf das besagte Urteil, das lange vor Inkrafttreten der 1. BVG-Revision am 1. Januar 2005 erging, eine konkrete Teilliquidation. Im Rahmen einer solchen bleibt die inzidente oder akzessorische Normenkontrolle möglich (vgl. dazu AEMISEGGER/SCHERRER REBER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 25 zu Art. 82 BGG).
3.2 Mit Bezug auf die Beschwerdelegitimation der angeschlossenen Arbeitgeber steht nach verbindlicher Feststellung der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) deren Nachschusspflicht im Vordergrund. Eine solche Pflicht lässt sich nicht aus dem Teilliquidationsreglement ableiten. Diesbezügliche Grundlage bildet das vom Vorstand der APK gestützt auf § 3 Abs. 5 Statuten und Versicherungsbedingungen erlassene "Reglement über den Anschluss und Austritt von Arbeitgebenden" vom 24. April 2002. Darin werden auch die Folgen der Auflösung der Anschlussvereinbarung geregelt (§§ 9-14), u.a. die freien Mittel (§ 10), den von den Arbeitgebenden zu ersetzenden versicherungstechnischen Fehlbetrag und dessen Berechnung (§§ 11, 12 und 14) sowie die Teilliquidationsbilanz (§ 13). Unter diesen Umständen ist keine besondere Beziehungsnähe zum Streitgegenstand oder sogar eine direkte Beeinträchtigung auszumachen. Selbst wenn sich für die Arbeitgeber "Folgen" aus dem Teilliquidationsreglement ergeben sollten, wie in der Beschwerde geltend gemacht wird, so manifestieren sich diese frühestens im Falle einer konkreten Teilliquidation. Es fehlt somit (auch) den am Recht stehenden Arbeitgebern an einem aktuellen Rechtsschutzinteresse. Daran vermag die rückwirkende Geltung des (genehmigten) Teilliquidationsreglements vom 27. August 2008 nichts zu ändern (vorne E. 3.1.4). Im Übrigen können die Arbeitgeber unabhängig von der Frage, ob und inwieweit sie gesetzlich verpflichtet sind, die vorsorgerechtlichen Interessen ihrer Arbeitnehmer zu wahren (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts C-5329/2010 vom 14. März 2012 E. 2.2), über keine weiter gehende Beschwerdebefugnis verfügen, als sie jedem einzelnen Destinatär zukommt.
4. Zusammenfassend ist festzuhalten: Gegen die Genehmigung des Teilliquidationsreglements einer Vorsorgeeinrichtung durch die Aufsichtsbehörde als Verfügung im Sinne von Art. 5 VwVG ist die Beschwerdelegitimation von Arbeitgebern und Destinatären (aktive und passive Versicherte) nur gegeben, soweit sie durch eine sich daraus aktuell ergebende Verpflichtung beschwert sind, was in casu nicht zutrifft. Es gibt hinsichtlich des Teilliquidationsreglements und im Zuge seiner bzw. im Anschluss an seine Genehmigung kein abstraktes Normenkontrollverfahren. Die Überprüfung des Teilliquidationsreglements vorfrageweise im Rahmen des konkreten Anwendungsfalles (Inzidenzkontrolle) auf seine Übereinstimmung mit höherrangigem Recht ist und bleibt in jedem Fall zulässig. Der Ausschluss der abstrakten Normenkontrolle hinsichtlich des Teilliquidationsreglements berührt die im Aufsichtsrechtsverfahren nach Art. 74 BVG zulässige abstrakte Normenkontrolle der Regelungen des Vorsorgeverhältnisses gemäss bestehender und zu bestätigender Rechtsprechung nicht.
Das Bundesverwaltungsgericht hätte somit vollumfänglich nicht auf die Beschwerde gegen die Genehmigung des Teilliquidationsreglements der APK vom 27. August 2008 durch die Beschwerdegegnerin (Verfügung vom 17. Oktober 2008) eintreten dürfen. Von einer förmlichen Aufhebung des angefochtenen Entscheides wird indessen abgesehen, auch aus prozessualen Gründen (vgl. Urteil 9C_194/2009 vom 15. Dezember 2009 E. 2.5 in fine, nicht publ. in: BGE 136 V 7, aber in: SVR 2010 IV Nr. 34 S. 107). Bei diesem Ergebnis braucht nicht auf die materiellen Vorbringen und die in diesem Zusammenhang erhobenen Rügen eingegangen zu werden.
5. Die unterliegenden Beschwerdeführer haben die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die obsiegende Aufsichtsbehörde hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG; SVR 2011 BVG Nr. 39 S. 145, 9C_954/2010 E. 10).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, der BVG- und Stiftungsaufsicht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Februar 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Fessler