Faits:
A. Le 5 juillet 1998, C._, ressortissante française domiciliée à Paris, a ouvert un compte (n° xxxx «...») auprès de la Société B._ SA, à Genève (ci-après: B._ SA; anciennement: Société D._). Elle confia d'abord à la banque précitée un mandat de gestion, qu'elle annula par la suite; du 17 novembre 2003 au 16 mars 2004, elle fit gérer son compte par un gestionnaire extérieur à la banque; ce compte n'a ensuite plus fait l'objet de mandats de gestion.
Dans le cadre d'une procédure pénale dirigée contre F._ - qui était soupçonné d'avoir détourné d'importants fonds au préjudice de ses clients dans son activité de gestion de fortune -, le juge d'instruction a ordonné, le 18 novembre 2005, le séquestre pénal des avoirs de C._ auprès de B._ SA à concurrence de xxxx fr.; par courrier du 7 décembre 2005, celle-ci a confirmé avoir bloqué le compte n° xxxx «...», lequel présentait un solde actif de xxxx fr. (valeur au 7 décembre 2005), réparti en liquidités, actions et obligations, et placé en différentes monnaies.
B. Le 25 juin 2010, la Cour correctionnelle sans jury de Genève, statuant dans la cause pénale dirigée contre F._, a en particulier ordonné «la restitution à A._ des avoirs au crédit du compte no xxxx "..." de C._ auprès de [B._ SA] à concurrence de la somme de xxxx fr., le solde revenant à la titulaire du compte, et la levée de la saisie ordonnée par le juge d'instruction».
Par lettre du 30 juin 2010, suivie d'un rappel du 27 juillet suivant, le conseil de A._ a informé la banque de la décision précitée, attirant son attention sur l'obligation de verser à son client le montant de xxxx fr. Le 10 août 2010, la banque s'est adressée au Procureur général de Genève quant au sort réservé au séquestre pénal qui avait frappé le compte de C._. Le 25 août suivant, ce magistrat a répondu que l'arrêt de la Cour correctionnelle n'avait été notifié aux parties que le 24 août 2010, de sorte qu'il n'était pas encore définitif et exécutoire.
Le 6 mai 2011, le Ministère public genevois a informé la banque que la partie du dispositif de la décision de la Cour correctionnelle sans jury qui ordonnait «la restitution à A._ des avoirs au crédit du compte no xxxx "..." de C._ auprès de B._ SA à concurrence de la somme de xxxx fr.[...]» était entrée en force, l'arrêt de la Cour de cassation du 28 février 2011 rejetant le recours de C._ étant devenu définitif sur ce point, faute de recours au Tribunal fédéral. Il invitait dès lors la banque à virer les fonds conformément aux instructions données par le mandataire de A._, la saisie étant levée pour le surplus.
C. Après y avoir été invitée par le conseil de A._, B._ SA a versé la somme de xxxx fr., représentant la contre-valeur du solde du compte en question. Le 1er juin 2011, ce mandataire a signalé à la banque qu'elle devait encore régler xxxx fr., à savoir la différence entre la somme acquittée et celle qu'elle avait été condamnée à payer par la Cour correctionnelle sans jury.
Le 10 octobre 2011, A._ a introduit contre B._ SA une poursuite en paiement de la somme de xxxx fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 16 mai 2011. La poursuivie ayant formé opposition totale au commandement de payer, le poursuivant a requis le 12 décembre 2011 la mainlevée définitive. Par jugement du 15 mars 2012, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté la requête; la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le 14 septembre 2012 le recours interjeté par le poursuivant.
D. Par mémoire du 18 octobre 2012, le poursuivant exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral; sur le fond, il conclut à la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de xxxx fr., plus intérêts à 5% l'an dès le 16 mai 2011.
Des observations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. Le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) à l'encontre d'une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 399 consid. 1.4) rendue en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF; ATF 134 III 520 consid. 1.1) par le tribunal supérieur du canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF); la valeur litigieuse est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF); le poursuivant, qui a été débouté de ses conclusions par la cour cantonale, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
2. En l'espèce, la juridiction précédente a retenu que la décision invoquée comme titre de mainlevée définitive souffrait «de plusieurs vices»:
- seul un extrait de ladite décision ayant été produit, il est impossible d'interpréter le dispositif partiel à la lumière des considérants de l'arrêt de la Cour correctionnelle et de déterminer clairement la somme que la banque intimée a été invitée à verser;
- la norme du Code pénal appliquée par le juge pénal ne ressort pas de la décision produite, en sorte qu'on ignore si la somme a été confisquée ou s'il s'agit d'une restitution au lésé ou encore d'une allocation au lésé fondée sur l'art. 73 CP;
- le jugement pénal a été prononcé sans que la banque intimée ne soit interpellée à ce sujet - étant d'ailleurs rappelé qu'elle n'était pas partie à la procédure pénale et que l'arrêt de la Cour correctionnelle ne lui a pas été communiqué -, si bien qu'elle a été privée de la faculté de faire valoir ses droits éventuels;
- le jugement pénal dont l'exécution est requise tombe sous le coup de l'art. 44 LP, ce qui exclut les règles du droit des poursuites et, partant, la compétence du juge de la mainlevée.
3. 3.1 A teneur de l'art. 44 LP, la réalisation d'objets confisqués en vertu des lois pénales et fiscales de la Confédération et des cantons s'opère en conformité des dispositions de ces lois. Le recourant ne conteste pas l'application de cette norme en l'espèce (art. 42 al. 2 LTF; ATF 134 II 244 consid. 2.1; cf. sur le sujet, parmi plusieurs: FRANÇOIS VOUILLOZ, Le séquestre pénal, in: PJA 11/2008 p. 1367 ss, spéc. 1375 ss, avec les références citées), mais bien l'incompétence du juge de la mainlevée pour connaître de la présente cause.
Cette question n'est pas résolue clairement par la jurisprudence et la doctrine. Le Tribunal fédéral a eu l'occasion de déclarer que, dans les domaines couverts par la norme précitée, «eine Betreibung im Sinne des Schuldbetreibungs- und Konkursrechtes [...] findet nicht statt» (ATF 108 III 105 consid. 2 p. 106; cf. arrêt 5A_238/2012 du 12 novembre 2012 consid. 3.2.1 in fine, destiné à la publication), ce qui exclurait en l'occurrence la procédure de mainlevée de l'opposition au profit de la procédure spéciale prévue par la loi pénale. L'argument tiré de l'art. 335 al. 2 CPC, en vertu duquel les décisions portant sur le versement d'une somme d'argent sont exécutées d'après les règles de la LP, n'est pas décisif, car l'art. 44 LP constitue précisément une exception au principe selon lequel l'exécution forcée des créances pécuniaires est régie par la LP (cf. DOMENICO ACOCELLA, in: Basler Kommentar, SchKG I, 2e éd., 2010, n° 1 ad art. 44 LP). Ce point n'a pas besoin d'être approfondi, le recours étant mal fondé pour le motif suivant (cf. infra, consid. 3.2).
3.2 Quoi qu'en dise le recourant, il ne «tombe» aucunement «sous le sens que la décision de la Cour correctionnelle est une décision finale en restitution (art. 70 al. 1 in fine CP)».
Comme l'a retenu l'autorité précédente, la lecture du seul dispositif ne permet pas de déterminer aisément si la restitution ordonnée en faveur du recourant se fonde sur l'art. 70 al. 1 in fine CP ou sur l'art. 73 al. 1 let. b CP, qui permet au juge pénal d'allouer au lésé «les objets ou les valeurs patrimoniales confisqués ou le produit de leur réalisation»; la seconde norme suppose une décision préalable de confiscation (arrêt 5A_893/2010 du 5 mai 2011 consid. 3.1 in fine), alors que la première autorise une restitution directe au lésé lorsque les valeurs patrimoniales acquises au moyen de l'infraction peuvent être clairement identifiées (arrêt 6S.819/1998 du 4 mai 1999 consid. 3a, in: SJ 1999 I 417 et les références; MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, in: Commentaire romand, CP I, 2009, n° 6 ad art. 73 CP), distinction qui peut s'avérer délicate (cf. DENIS PIOTET, Les effets civils de la confiscation pénale, 1995, nos 126 ss).
Cette distinction apparaît dénuée d'incidence en l'espèce. Dans l'arrêt 5A_893/2010 précité, où une décision préalable de confiscation faisait défaut (consid. 3.1 in fine), le Tribunal fédéral a dit que le juge pénal est tenu d'interpeller le tiers dont les intérêts peuvent être touchés par la mesure de confiscation ou de restitution, afin de garantir son droit d'être entendu (consid. 3.3, avec les citations). A ce propos, il ressort de l'arrêt attaqué (art. 105 al. 1 LTF) que l'intimée n'était pas partie à la procédure pénale, mais n'a «fait que recevoir du juge d'instruction une ordonnance de saisie conservatoire frappant les avoirs figurant au compte ouvert par l'une de ses clientes en son établissement». C'est à tort que le recourant reproche à la juridiction précédente de n'avoir pas tenu compte du fait que la banque pouvait recourir contre le séquestre pénal. La possibilité de déférer l'ordonnance de séquestre pénal à la Chambre d'accusation ne saurait pallier l'absence de participation aux débats sur le fond, étant par ailleurs relevé que c'est l'arrêt de la Cour correctionnelle, et non la décision du juge d'instruction, qui constitue le titre de mainlevée définitive invoqué à l'appui de la poursuite; au reste, l'ordonnance du juge d'instruction avait pour seule fin de mettre sous main de justice les valeurs patrimoniales litigieuses, mais sans statuer sur leur confiscation ou leur attribution au lésé (actuellement: art. 263 al. 1 let. c et d CPP).
Contrairement à ce qu'affirme le recourant, l'autorité cantonale n'a pas retenu que l'arrêt de la Cour correctionnelle était «nul»; elle a estimé que cette décision était inopposable à la banque intimée qui n'avait pas participé à la procédure (i.e. effet relatif de la chose jugée; cf. parmi plusieurs: FABIENNE HOHL, Procédure civile, t. I, 2001, n° 1315) et, par conséquent, n'était pas susceptible de valoir titre de mainlevée définitive à son endroit. Au regard des principes posés par l'arrêt 5A_893/2010 précité, une telle conclusion ne viole pas le droit fédéral.
3.3 L'autorité précédente a également considéré que l'arrêt de la Cour correctionnelle n'était pas une «décision condamnatoire» à l'égard de la banque intimée - qui n'était pas partie à la procédure - et que celle-ci n'était pas la débitrice du recourant, mais un tiers en mains duquel ont été saisis des avoirs appartenant au lésé ou dévolus à ce dernier par suite de l'une des mesures instituées aux art. 70 ou 73 CP; autrement dit, l'arrêt en cause ne comporte pas une condamnation au paiement d'une somme d'argent, mais «une injonction de faire s'adressant à un tiers séquestre auquel il est demandé de libérer les avoirs séquestrés et de les virer à l'ayant droit». Le recourant ne s'en prend pas à ce motif conformément aux exigences légales (art. 42 al. 2 LTF; ATF 134 II 244 consid. 2.1), de sorte que le recours est irrecevable sur ce point.
4. En conclusion, le présent recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 22 mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
Le Greffier: Braconi