Faits:
A. Le 29 octobre 2007, le Service vaudois des automobiles et de la navigation a retiré pour trois mois le permis de conduire de A._, pour perte de maîtrise du véhicule avec accident. Le 9 juin 2007, alors qu'elle circulait au volant d'une voiture sur la voie de dépassement de l'autoroute A1, entre Ecublens et Morges, A._ s'était penchée pour ramasser un document qui se trouvait dans son sac à main, sur le sol côté passager. Son véhicule avait dévié sur la gauche et heurté la glissière centrale. Après un tête-à-queue et un nouveau choc sur la glissière centrale, le véhicule avait traversé les voies de circulation, avait quitté la chaussée et s'était immobilisé en contrebas.
B. Sur recours de l'intéressée, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a réformé la décision du SAN et ramené la durée du retrait à un mois. Le comportement de l'intéressée avait mis gravement en danger la sécurité routière. Toutefois, la faute n'était pas assez grave pour tomber sous le coup de l'art. 16c LCR, car elle n'était pas intentionnelle et ne relevait pas d'un manque de scrupules. Le cas était de moyenne gravité (art. 16b LCR) et impliquait un retrait de permis d'un mois, soit le minimum légal en l'absence d'antécédents.
C. Par acte du 14 février 2008, le SAN forme un recours en matière de droit public assorti d'une demande d'effet suspensif. Il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au prononcé d'un retrait de permis d'une durée de trois mois.
La cour cantonale se réfère à son arrêt. A._ conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'Office fédéral des routes (OFROU) conclut à l'admission du recours.
Par ordonnance du 7 mars 2008, l'effet suspensif a été refusé.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale au sujet d'une mesure administrative de retrait du permis de conduire.
1.1 Selon l'art. 89 al. 2 let. d LTF, ont qualité pour recourir les personnes, organisation et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours. L'art. 24 al. 2 let. a LCR permet à l'autorité qui a pris la décision de première instance de recourir contre la décision de l'autorité cantonale de recours indépendante de l'administration. Le SAN a donc qualité pour recourir.
1.2 Le recours est formé en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral; il est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
1.3 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que le recourant ne démontre que ces faits ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de façon manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135; ATF 133 I 201 consid. 1 p. 203).
2. Le SAN estime que l'attitude de l'intimée serait constitutive d'une faute grave, car le fait de quitter la route des yeux et de se baisser pour ramasser un objet impliquait un risque que le véhicule dévie de sa trajectoire. Le SAN se réfère en particulier à l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_299/2007 du 11 janvier 2008, qui impute une faute grave à l'automobiliste ayant laissé son véhicule dévier sur la droite en ramassant son téléphone portable.
L'intimée estime n'avoir commis qu'une inadvertance; elle se réfère à la jurisprudence cantonale constante selon laquelle une perte de maîtrise sur autoroute ne constitue en principe qu'une faute moyennement grave; elle relève que dans la cause 1C_299/2007 précitée, l'intéressé avait bu de l'alcool, avait des antécédents pour faute grave et avait percuté des véhicules arrivant en sens inverse.
2.1 L'arrêt cantonal retient que dans son prononcé pénal du 19 octobre 2007, le Préfet avait appliqué l'art. 90 ch. 1 LCR, sans retenir de faute grave. Toutefois, si les faits retenus au pénal lient en principe le juge administratif (ATF 121 II 214 consid. 3a p. 217/218), il n'en va pas de même pour les questions de droit, en particulier l'appréciation de la faute.
2.2 En l'occurrence, selon les faits établis et non contestés, l'intimée circulait à une vitesse d'environ 120 km/h sur la voie de dépassement de l'autoroute. Elle s'est alors baissée pour prendre des documents qui se trouvaient dans son sac à main, sur le sol du côté passager. Ce geste a manifestement duré un certain temps, puisque le témoin qui suivait le véhicule a déclaré que celui-ci avait dévié "à plusieurs reprises" avant l'accident. Ce faisant, l'intimée a détourné son attention du trafic et perdu de vue la route pendant un moment, ce qui implique un risque évident pour la sécurité du trafic. Ce risque était d'autant plus grand qu'elle circulait sur la voie de dépassement - ce qui en principe nécessite une attention accrue -, au maximum de la vitesse autorisée. L'intimée a donc délibérément adopté un comportement dont le caractère manifestement dangereux ne pouvait lui échapper. Il y a là, à tout le moins, une négligence grossière.
L'intimée conteste l'analogie faite par le SAN avec le cas jugé dans l'affaire 1C_299/2007 du 11 janvier 2008, car l'intéressé présentait un taux d'alcool de 0,74‰ et avait connu des antécédents pour faute grave. Il n'en demeure pas moins que le comportement de l'intéressé, consistant à ramasser son appareil portable tombé à ses pieds, avait été jugé comme justifiant l'application de l'art. 16c al. 2 let. c LCR. Il doit en aller de même en l'espèce: la gravité de la faute, ainsi que la mise en danger sérieuse de la sécurité d'autrui (reconnue par la cour cantonale) font que les conditions d'application de l'art. 16c al. 1 let. a LCR sont réunies. L'absence d'antécédent justifie l'application du minimum légal, soit trois mois.
3. Le recours est par conséquent admis. L'arrêt attaqué est annulé et la décision du SAN du 29 octobre 2007 est confirmée. L'intimée, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la décision du Service des automobiles et de la navigation du 29 octobre 2007 est confirmée.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1500 fr., sont mis à la charge de l'intimée A._.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 31 mars 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz