Sachverhalt:
A. A.a Der 1960 geborene K._ war seit Februar 1998 als Leiter der Debitorenbuchhaltung bei der O._ AG angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 23. November 2003 zog er sich bei einem Sturz Frakturen am linken Handgelenk und Ellbogen zu. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung, Taggeld). Mit Taggeldabrechnung vom 15. Februar 2005 ging sie für die Periode vom 26. November 2003 bis 8. Februar 2004 von 100%iger Arbeitsunfähigkeit und für diejenige vom 9. Februar 2004 bis 18. Januar 2005 von 50%iger Arbeitsunfähigkeit aus. Mit Verfügung vom 18. Januar 2005 und Einspracheentscheid vom 31. August 2005 setzte sie die Arbeitsfähigkeit ab 19. Januar 2005 auf 80 % fest. Mit Verfügung vom 16. März 2005 und Einspracheentscheid vom 17. Oktober 2005 verneinte sie einen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den geklagten Rückenbeschwerden. Die gegen diese Einspracheentscheide eingereichten Beschwerden wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 3. November 2006). Die dagegen eingereichte Beschwerde hiess das Bundesgericht in dem Sinne teilweise gut, dass es den kantonalen Entscheid und den Einspracheentscheid vom 31. August 2005 aufhob und die Sache an die SUVA zurückwies, damit sie im Sinne der E. 4.2 verfahre (Urteil U 602/06 vom 30. Mai 2007). Die SUVA holte in der Folge ein Gutachten des arbeitsmedizinischen Zentrums X._ vom 15. November 2007 ein. Mit Verfügung vom 8. September 2008 sprach sie dem Versicherten ab 1. September 2008 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 30 % und einem versicherten Jahresverdienst von Fr. 99'803.- zu. Seine Einsprache wies sie ab, soweit sie darauf eintrat (Entscheid vom 22. April 2009). Hiegegen erhob der Versicherte beim kantonalen Gericht Beschwerde. Mit Schreiben vom 8. Februar 2010 verlangte er von der SUVA die Rückzahlung eines Guthabens von Fr. 40'000.-; sie leitete das Schreiben an das kantonale Gericht weiter. Dieses retournierte es am 18. Februar 2010 an die SUVA mit der Bitte, die Angelegenheit selber an die Hand zu nehmen. Die gegen den Einspracheentscheid vom 22. April 2009 erhobene Beschwerde wies das kantonale Gericht ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 13. Dezember 2010). Die hiegegen vom Versicherten geführte Beschwerde wies das Bundesgericht ab; es überwies die Sache an die SUVA, damit sie hinsichtlich der Forderung von Fr. 40'000.- im Sinne der Erwägung 7.3 verfahre und eine Verfügung erlasse (Urteil 8C_131/2011 vom 5. Juli 2011).
A.b Mit Verfügung vom 3. November 2011 eröffnete die SUVA dem Versicherten, sie sei ihrer Leistungspflicht vollumfänglich nachgekommen. Eine darüber hinaus bestehende Leistungspflicht bestehe nicht. Auf seine Forderung von Fr. 40'000.- könne sie daher nicht eintreten. Dagegen erhob er Einsprache und beantragte, das Taggeld sei aufgrund des Maximallohnes von Fr. 106'800.- zu berechnen und rückwirkend mit einem Verzugszins von 5 % nachzuzahlen; es seien ihm Fr. 40'382.25 und Fr. 20'191.10 zuzüglich 5 % Zins ab 15. Februar 2005 auszuzahlen. Mit Entscheid vom 30. Januar 2012 wies die SUVA die Einsprache ab.
B. Die gegen den letztgenannten Einspracheentscheid geführte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 29. Juni 2012).
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die SUVA-Rente aufgrund des Maximallohnes von Fr. 106'800.- zu berechnen; die Rente sei entsprechend und rückwirkend nachzuzahlen. Es seien ihm Fr. 40'382.25, eventuell Fr. 20'191.10, je zuzüglich 5 % Zins ab 15. Februar 2005 auszuzahlen. Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Trotzdem obliegt es dem Beschwerdeführer, sich sachbezogen mit den Darlegungen im angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Das Bundesgericht prüft unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das Bundesgericht entschied im rechtskräftigen Urteil 8C_131/2011 E. 11.2, dass der versicherte Verdienst für die Berechnung der Invalidenrente des Beschwerdeführers Fr. 99'803.- beträgt. Insofern liegt eine abgeurteilte Sache (res iudicata) vor. Demnach trat die Vorinstanz auf seine Anträge, dieser Verdienst sei auf Fr. 106'800.- festzusetzen und es habe eine entsprechende Nachzahlung zu erfolgen, zu Recht nicht ein (BGE 136 V 369 E. 3.1.1 S. 373; Urteil 9C_367/2010 vom 29. Dezember 2010 E. 2.3); in diesem Punkt ist die Beschwerde demnach abzuweisen. Soweit der Versicherte letztinstanzlich wiederum die Neufestsetzung des versicherten Verdienstes verlangt, ist darauf somit nicht einzutreten. Seine Einwände vermögen an diesem Ergebnis nichts zu ändern.
3. 3.1 Umstritten ist weiter die Abrechnung der SUVA vom 15. Februar 2005, worin sie folgenden Taggeldanspruch des Versicherten ermittelte: für die Periode vom 26. November 2003 bis 8. Februar 2004 Fr. 17'557.50 basierend auf einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit; für die Periode vom 9. Februar 2004 bis 18. Januar 2005 Fr. 40'382.25 basierend auf einer 50%igen Arbeitsunfähigkeit. Der Versicherte wendet im Wesentlichen ein, die SUVA habe sich mit der Arbeitgeberin entgegen seiner ärztlich attestierten höheren Arbeitsunfähigkeit auf eine solche von 50 % geeinigt. Somit habe die SUVA ihre Leistungen zu seinen Lasten um Fr. 40'382.25 reduziert. Da diese Vereinbarung zwischen der SUVA und der Arbeitgeberin ohne sein Wissen getroffen worden sei, sei sie ihm gegenüber rechtsunwirksam.
3.2 Der Vorinstanz ist beizupflichten, dass die Taggeldabrechnung vom 15. Februar 2005 rechtsbeständig wurde, da der Versicherte nicht innert 90 Tagen ab deren Eröffnung eine anfechtbare Verfügung verlangte (vgl. BGE 134 V 145 E. 5.3.1 S. 151 f.; Urteil 8C_14/2011 vom 13. April 2011 E. 5).
In diesem Sinne argumentierte bereits die SUVA im streitigen Einspracheentscheid vom 30. Januar 2012. Im vorinstanzlichen Verfahren machte der Versicherte nicht geltend, die Taggeldabrechnung vom 15. Februar 2005 und das darin festgelegte Taggeld nie erhalten zu haben. Wenn er dies erstmals letztinstanzlich vorbringt, handelt es sich um eine unzulässige neue Tatsachenbehauptung, da er nicht darlegt, inwiefern der vorinstanzliche Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 135 V 194; nicht publ. E. 2.3 des Urteils BGE 135 V 163, in SVR 2009 BVG Nr. 30 S. 109 [9C_920/2008]; SVR 2010 UV Nr. 17 S. 63 E. 4 [8C_239/2008]). Hievon abgesehen geht aus der Verfügung der SUVA vom 3. November 2011 hervor, dass sie die Taggelder bis 31. Dezember 2006 an die Arbeitgeberin des Versicherten ausbezahlte, was auch im Rahmen der Taggeldverfügung vom 15. Februar 2005 geschah (Betriebszahlung). Dass dieses Vorgehen unzulässig gewesen wäre, wird nicht geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich (vgl. Art. 19 Abs. 2 ATSG; Art. 49 UVG).
4. Der Beschwerdeführer bringt vor, die SUVA habe seinen Verdienst (von Fr. 40'382.25) einbehalten. Dieses Geld habe er erarbeiten müssen, wofür sie ihm die Aufwandspesen von Fr. 20'191.10 zu vergüten habe. Für diese Forderung, die nicht rechtsgenüglich substanziiert wird, ist keine Rechtsgrundlage ersichtlich.
5. Der Vorinstanz ist beizupflichten, dass die Anträge des Versicherten betreffend die Neufestsetzung des versicherten Verdienstes für die Rentenberechnung mit Blick auf das Urteil 8C_131/2011 als mutwillig zu qualifizieren sind (vgl. E. 2 hievor). Deshalb hat sie ihm zu Recht Gerichtskosten im Umfang von Fr. 500.- auferlegt (vgl. Art. 61 lit. a ATSG; § 33 des Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht vom 7. März 1993 [GSVGer]; zum Begriff der mutwilligen oder leichtsinnigen Prozessführung siehe BGE 128 V 323 f.; SVR 2007 IV Nr. 19 S. 68 E. 2.2 [I 252/06]). Der Versicherte erhebt keine stichhaltigen Einwände.
6. Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Verfahrenkosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 13. Dezember 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Jancar