Sachverhalt:
A. Der Gerichtspräsident 13 des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen sprach X._ mit Urteil vom 23. April 2008 der Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz (SVG) wegen Führens eines überladenen Lieferwagens, Missachtens einer mit dem Fahrzeugausweis verbundenen Auflage durch Überschreiten der zulässigen Achslasten sowie wegen Führens eines nicht betriebssicheren Lieferwagens durch Überschreiten der maximalen Reifentragkraft schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 1'800.--. Die von X._ dagegen erhobene Appellation wies das Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, mit Urteil vom 24. Dezember 2008 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und er sei von den genannten Vorwürfen freizusprechen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Das Obergericht hält folgenden Sachverhalt als erwiesen (s. angefochtenes Urteil S. 21):
Der Beschwerdeführer fuhr am 30. September 2007 mit seinem Lieferwagen auf der Autobahn A1/Ost Richtung Schönbühl-Wankdorf. Er hatte zuvor mit seinen zwei Beifahrern in Delsberg Brennholz aufgeladen und beabsichtigte, damit auf der Autobahn via Bern nach Bulle zu fahren. Der ihn mit einem Einsatzwagen überholende Polizist A._ stellte zusammen mit seinem Beifahrer fest, dass der Beschwerdeführer lediglich mit ca. 60 km/h fuhr und sein Lieferwagen über extremen Pneu- und Federdruck verfügte. Beim nächsten Autobahnrastplatz (Grauholz Nord) hielt er deshalb den Beschwerdeführer zur Kontrolle an und führte eine Kontrollwägung durch. Gemäss dem Messergebnis wurde das Gesamtgewicht um 2'456 kg (70,17%) überschritten. Auch die zulässigen Achsenbelastungen sowie die maximale Reifentragkraft wurden massiv überschritten. Nachdem der Beschwerdeführer ca. zwei Drittel des geladenen Brennholzes abgeladen hatte, wurde ihm die Weiterfahrt gestattet.
2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Willkürverbots und des Grundsatzes "in dubio pro reo". Er bestreitet die Messergebnisse.
2.1 Die Vorinstanz führt aus, gemäss Aussage des Zeugen A._ sei der Lieferwagen voll mit Brennholz gewesen, wobei es sich um ein Gemisch zwischen Hart- und Tannenholz, aber mehrheitlich Hartholz gehandelt habe, welches pro Kubikmeter ca. 900 kg wiege. Diese Gewichtsangabe von A._ sei allgemeiner Natur. Dieser habe ausgesagt, dass vor der Weiterfahrt ca. zwei Drittel des Holzes abgeladen worden sei. Seine Angabe, wonach bei der Wegfahrt nur noch ein "bescheidenes Häufchen" Holz im Fahrzeug gewesen sei, sei angesichts der Grösse des zur Verfügung stehenden Laderaums zu relativieren. Da bei der Weiterfahrt die zulässige Last von 1'225 kg nicht überschritten worden sei, sei es durchaus realistisch, dass die Waage vor der Wegfahrt ein Gewicht von ca. 3'785 kg angezeigt habe. Davon ausgehend, dass zwei Drittel des Holzes abgeladen wurde, gelte dies auch für das erste Messergebnis von 3'396 kg geladenem Holz. Selbst wenn die Messung vor der Wegfahrt falsch gewesen sein sollte, liesse dies nicht zwingend auf die Untauglichkeit der ersten Messung schliessen. Zudem sei A._ glaubwürdig, und seine Aussagen würden durch die Beobachtungen während der Fahrt bestätigt. Demgegenüber seien die Aussagen des Beschwerdeführers nicht konstant. Weiter hält die Vorinstanz fest, dass am 9. Februar 2008 eine Nachmessung durchgeführt wurde, von welcher es kein Messprotokoll gebe. Die erste Instanz habe in Anwendung der Grundsätze der freien und der antizipierten Beweiswürdigung auf die Berücksichtigung dieser Messung verzichten dürfen.
2.2 Der Beschwerdeführer wendet ein, eine Kontrolle der Richtigkeit der Messungen könne nur aufgrund der Angaben von A._ vor der Weiterfahrt vorgenommen werden. Seine Gewichtsangabe von 900 kg pro Kubikmeter Holz sei nicht allgemeiner Natur gewesen, sondern habe sich auf das Holz auf der Ladefläche bezogen. Die Vorinstanz anerkenne, dass es sich nicht um Schicht-, sondern um Schüttholz handelte, so dass das Gewicht um rund 30% zu verringern sei. Ein Kubikmeter Schüttholz wiege bei Hartholz 400 kg und bei Tannenholz 330 kg, was einen Mittelwert zwischen 330 und 400 kg ergebe. Das Messergebnis von 3'785 kg vor der Wegfahrt erweise sich klarerweise als fehlerhaft. Da die Wägungen ohne Unterbruch vorgenommen worden seien, seien auch die zuvor vorgenommenen Wägungen fehlerhaft. Weiter verletze die Vorinstanz den Grundsatz "in dubio pro reo". Sie gehe "grösstenteils" von Hartholz aus, obschon A._ von einem "Gemisch zwischen Tannenholz, aber mehrheitlich Hartholz" gesprochen habe. Die Vorinstanz könne nicht in antizipierter Beweiswürdigung auf die Berücksichtigung der Nachmessung vom 9. Februar 2008 verzichten, weil sie aufgrund der Messergebnisse vom 30. September 2007 erhebliche Zweifel an der objektiven Sachlage hätte haben müssen. Zudem habe er an der Verhandlung A._ keine weiteren Fragen zur Nachmessung stellen dürfen. Diese Einschränkung der Beschuldigtenrechte verletze Art. 6 Ziff. 3 EMRK.
2.3 Aus der in Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Unschuldsvermutung wird die Rechtsregel "in dubio pro reo" abgeleitet. Als Beweiswürdigungsregel besagt sie, dass sich der Strafrichter nicht von einem für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalt überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Bei der Frage, ob angesichts des willkürfreien Beweisergebnisses erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel hätten bejaht werden müssen und sich der Sachrichter von dem für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalt nicht hätte überzeugt erklären dürfen, steht der Vorinstanz ein weiter Ermessensspielraum zu. Willkür liegt einzig vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dabei genügt es nicht, wenn sich der angefochtene Entscheid lediglich in der Begründung als unhaltbar erweist; eine Aufhebung rechtfertigt sich erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (BGE 129 I 173 E. 3.1 S. 178 mit Hinweisen).
2.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde zu begründen. Die Begründung hat in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG, BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254).
Vorab ist festzuhalten, dass sich der Beschwerdeführer grösstenteils nicht mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinandersetzt, sondern seine Ausführungen wiederholt, welche er in der Appellation vorgebracht hat. Soweit seine Rügen deshalb den Begründungsanforderungen nicht genügen, ist darauf nicht einzutreten.
2.5 Gemäss vorinstanzlicher Feststellung befand sich bei der Weiterfahrt des Beschwerdeführers noch ca. ein Drittel des Holzes auf dem Lieferwagen, welches die zulässige Last von maximal 1'225 kg nicht überschritt. Aufgerechnet auf die gesamte Menge des Holzes ergibt dies ein Ergebnis von 3'675 kg, welches nur gering vom ursprünglichen Messwert von 3'396 kg abweicht. Die Gewichtsangabe des Zeugen von 900 kg pro Kubikmeter Holz konnte nur allgemeiner Natur sein, ansonsten aufgrund der Grösse der Ladefläche ein viel höherer Wert resultieren würde. Aufgrund der Schätzungsmethode der Vorinstanz erweisen sich die Ausführungen des Beschwerdeführers zum Gewicht eines Kubikmeters pro geladenem Holz und seine darauf basierenden Rechnungen von vornherein als unbehelflich. Weiter würdigt die Vorinstanz nicht nur die Messresultate, sondern auch die Glaubwürdigkeit des Zeugen und des Beschwerdeführers und die Beobachtungen des Zeugen während der Fahrt. Nach dem Gesagten verfällt sie nicht in Willkür, wenn sie das erste Messergebnis von 3'396 kg geladenem Holz nicht als offensichtlich falsch und demnach als erstellt hält. Somit liegt auch keine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" vor, weil es für die Schätzungsmethode der Vorinstanz irrelevant ist, von welchem Verhältnis zwischen Hart- und Tannenholz sie ausgeht. Zudem durfte die Vorinstanz in vorweggenommener Beweiswürdigung auf die Berücksichtigung der Nachmessung verzichten, weil sie aufgrund bereits abgenommener Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür annehmen konnte, ihre Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (BGE 134 I 140 5.3 S. 148 mit Hinweisen). Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, konnte sie dem Beschwerdeführer das Fragerecht zur Nachmessung verweigern, weil diese keine für die Verurteilung wesentliche Tatsache darstellt. Demnach liegt keine Verletzung von Art. 6 Ziff. 3 EMRK vor. Im Übrigen wird dies vom Beschwerdeführer auch nicht rechtsgenügend dargetan (Art. 106 Abs. 2 BGG).
3. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz