Sachverhalt:
A. Die Untersuchungsabteilung des Kreisgerichts Ljubljana führt unter anderem gegen X._, Y._, Z._ und die A._ AG, Zürich, ein Strafverfahren wegen Betrugs und Urkundenfälschung. X._ wird verdächtigt, seine Stellung als Aufsichtsratsvorsitzender der Firma B._ missbraucht zu haben. Er habe erreicht, dass die Firma C._, Ljubljana, eine Tochtergesellschaft der Firma B._, mit der A._ AG im September 2002 drei fiktive Dienstleistungsverträge abgeschlossen habe. Es bestehe der Verdacht, dass entsprechend dem von der Täterschaft von vornherein gefassten Plan die A._ AG die Verträge nicht erfüllt habe. Vielmehr habe die Vertragskonstruktion dazu gedient, die von der Firma C._ an die A._ AG entrichtete Summe über mutmasslich bei schweizerischen Banken geführte Geschäftsbeziehungen schliesslich zu Gunsten von X._ zu verwenden.
Mit Rechtshilfeersuchen vom 16. September 2005 - ergänzt am 21. September 2006, 12. Dezember 2006 und 1. August 2007 - ersuchte die Untersuchungsabteilung des Kreisgerichts Ljubljana die schweizerischen Behörden um die Herausgabe von Bankunterlagen; ausserdem um die untersuchungsrichterliche Einvernahme von Y._, Z._ sowie der verantwortlichen Person der A._ AG und die Übermittlung der entsprechenden Protokolle.
B. Mit Schlussverfügung vom 2. Juni 2008 entsprach die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich (im Folgenden: Staatsanwaltschaft) dem Rechtshilfeersuchen und ordnete die Herausgabe von Unterlagen betreffend Bankkonten der A._ AG an die ersuchende Behörde an; ebenso die Herausgabe der Protokolle der Einvernahmen von Y._ und Z._.
Dagegen erhoben Y._ und die A._ AG einerseits sowie Z._ anderseits je Beschwerde beim Bundesstrafgericht. Mit separaten Urteilen vom 20. November 2008 wies dieses (II. Beschwerdekammer) die Beschwerden ab, soweit es darauf eintrat.
C. Y._ und die A._ AG einerseits (1C_561/2008) sowie Z._ anderseits (1C_569/2008) führen je Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem übereinstimmenden Antrag, der vorliegende Fall sei als besonders bedeutend im Sinne von Art. 84 BGG einzustufen; die Entscheide des Bundesstrafgerichts und die Schlussverfügung seien aufzuheben; die Rechtshilfe sei zu verweigern; eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen.
D. Das Bundesstrafgericht und die Staatsanwaltschaft haben auf Gegenbemerkungen verzichtet.
Das Bundesamt für Justiz hat sich vernehmen lassen mit dem Antrag, auf die Beschwerden sei nicht einzutreten.
E. Y._ und die A._ AG einerseits sowie Z._ anderseits haben zur Vernehmlassung des Bundesamtes je eine Stellungnahme eingereicht mit den übereinstimmenden Anträgen, es sei auf ihre Beschwerden einzutreten; die darin formulierten Rechtsbegehren seien vollumfänglich zu schützen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer beantragen die Vereinigung der Beschwerdeverfahren.
Die angefochtenen Entscheide betreffen das gleiche Rechtshilfeersuchen und stimmen in der Sache überein. Die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind sodann mit Ausnahme von Randziffer 2 wörtlich identisch. Sie können, wie die folgenden Erwägungen zeigen werden, mit der gleichen Begründung erledigt werden.
Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren antragsgemäss zu vereinigen.
2. Gemäss Art. 84 BGG ist gegen einen Entscheid auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen die Beschwerde nur zulässig, wenn er eine Auslieferung, eine Beschlagnahme, eine Herausgabe von Gegenständen oder Vermögenswerten oder eine Übermittlung von Informationen aus dem Geheimbereich betrifft und es sich um einen besonders bedeutenden Fall handelt (Abs. 1). Ein besonders bedeutender Fall liegt insbesondere vor, wenn Gründe für die Annahme bestehen, dass elementare Verfahrensgrundsätze verletzt worden sind oder das Verfahren im Ausland schwere Mängel aufweist (Abs. 2).
Der Begriff des schweren Mangels des ausländischen Verfahrens ist restriktiv auszulegen (BGE 133 IV 271 E. 2.2.2 S. 274, mit Hinweis).
Art. 84 BGG bezweckt die wirksame Begrenzung des Zugangs zum Bundesgericht im Bereich der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen (BGE 134 IV 156 E. 1.3.1 S. 160, mit Hinweisen).
Bei der Beantwortung der Frage, ob ein besonders bedeutender Fall gegeben ist, steht dem Bundesgericht ein weiter Ermessensspielraum zu (BGE 134 IV 156 E. 1.3.1 S. 160, mit Hinweis).
Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung der Rechtsschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass ein besonders bedeutender Fall nach Artikel 84 vorliegt, so ist auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist.
Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen als unzulässig, so fällt es gemäss Art. 107 Abs. 3 BGG den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels.
Nach Art. 109 BGG entscheidet die Abteilung in Dreierbesetzung über Nichteintreten auf Beschwerden, bei denen kein besonders bedeutender Fall vorliegt (Abs. 1). Der Entscheid wird summarisch begründet. Es kann ganz oder teilweise auf den angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Abs. 3).
3. 3.1 Das Bundesamt hält dafür, auf die Beschwerden könne in Bezug auf die Beschwerdeführer Y._ und Z._ schon deshalb nicht eingetreten werden, weil es insoweit um kein Sachgebiet gehe, bei dem die Beschwerde nach Art. 84 Abs. 1 BGG zulässig sei.
Die beiden Beschwerdeführer haben die Aussage verweigert. Damit ist fraglich, ob es, soweit die Protokolle ihrer Einvernahmen an den ersuchenden Staat herausgegeben werden sollen, um die Übermittlung von Informationen aus dem Geheimbereich nach Art. 84 Abs. 1 BGG geht.
Wie es sich damit verhält, kann jedoch offen bleiben. Da Unterlagen in Bezug auf Bankkonten der Beschwerdeführerin A._ AG an den ersuchenden Staat herausgegeben werden sollen, handelt es sich jedenfalls insoweit um die Übermittlung von Informationen aus dem Geheimbereich und damit um ein Sachgebiet, bei dem die Beschwerde möglich ist. Das Bundesgericht hat deshalb ohnehin zu prüfen, ob ein besonders bedeutender Fall nach Art. 84 BGG gegeben sei. Wie die folgenden Erwägungen zeigen werden, ist Letzteres nicht der Fall, weshalb jedenfalls aus diesem Grund auch auf die Beschwerden der Beschwerdeführer Y._ und Z._ nicht eingetreten werden kann.
3.2 Die angefochtenen Entscheide sind überzeugend begründet. Was die Beschwerdeführer vorbringen, ist nicht geeignet, einen besonders bedeutenden Fall darzutun.
Soweit sie sich auf Affidavits vom 4. Dezember 2008 und 24. Januar 2009 berufen, handelt es sich um Schriftstücke, die nach den angefochtenen Entscheiden erstellt worden sind, und damit um unzulässige Noven (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 133 IV 342 E. 2.1).
3.2.1 Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe sich nicht hinreichend mit ihren Vorbringen zur Frage des politischen Charakters des slowenischen Strafverfahrens auseinander gesetzt. Damit habe sie ihren Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) sowie den Grundsatz des "fair trial" (Art. 6 EMRK), also elementare Verfahrensgrundsätze nach Art. 84 Abs. 2 BGG, verletzt.
Der Einwand ist unbegründet. Die Vorinstanz brauchte sich nicht ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand der Beschwerdeführer auseinander zu setzen. Wenn sie sich auf die für ihre Entscheide wesentlichen Gesichtspunkte beschränkt hat, ist das nicht zu beanstanden (vgl. BGE 134 I 83 E. 4.1 S. 88; 133 I 270 E. 3.1 S. 277, mit Hinweisen). Elementare Verfahrensgrundsätze hat sie nicht verletzt.
3.2.2 Die Beschwerdeführer machen geltend, das Verfahren in Slowenien leide an schweren Mängeln. Auch deshalb sei ein besonders bedeutender Fall nach Art. 84 Abs. 2 BGG gegeben. Das slowenische Verfahren sei politisch motiviert und die Verfahrensgarantien der EMRK und des UNO-Paktes II würden dort missachtet.
Die Vorinstanz hat dazu (je E. 8.4) Stellung genommen. Sie hat das Vorbringen als unbegründet beurteilt. Ihre Erwägungen, auf die verwiesen werden kann, lassen keine Bundesrechtsverletzung erkennen. Auch insoweit kann daher kein besonders bedeutender Fall angenommen werden.
3.2.3 Die Beschwerdeführer bringen vor, die Vorinstanz gehe mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung davon aus, bei der Herausgabe von Beweismitteln könne sich nicht auf Art. 2 IRSG berufen, wer sich nicht im ersuchenden Staat aufhalte oder sich dort befinde, ohne einer Gefahr ausgesetzt zu sein. Es bestehe Anlass, diese Rechtsprechung zu überprüfen.
Die Vorinstanz hat, wie dargelegt, die Rüge der Verletzung von Art. 2 IRSG behandelt. Sie erwägt (je E. 8.2), die Landesabwesenheit (mit Bezug auf den ersuchenden Staat) schütze vor einer Art. 3 EMRK widersprechenden unmenschlichen Behandlung und vor einer Verletzung der in Art. 5 EMRK garantierten Rechte im Zusammenhang mit der persönlichen Freiheit. Das Bundesgericht habe im Urteil 1A.212/2000 vom 19. September 2000 (E. 3a/cc) allerdings erkannt, dass ein ersuchender Staat die Verfahrensrechte eines Angeschuldigten gemäss Art. 6 EMRK unter Umständen auch dann verletzen könne, wenn sich dieser im Ausland aufhalte. Eine von einem Rechtshilfeersuchen betroffene Person, die im ersuchenden Staat angeschuldigt sei, müsse sich gemäss dieser bundesgerichtlichen Rechtsprechung daher grundsätzlich trotz ihrer Landesabwesenheit auf eine objektive und ernsthafte Gefahr einer schwerwiegenden Verletzung ihrer individuellen Verfahrensrechte im Abwesenheitsverfahren berufen können.
Ist die Vorinstanz auf die Rüge der Verletzung von Art. 2 IRSG eingetreten, sind die Beschwerdeführer insoweit nicht beschwert und haben kein Interesse an der Überprüfung der von ihnen kritisierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung.
Auch insoweit besteht daher kein Grund, die Sache an die Hand zu nehmen.
3.2.4 Die weiteren Vorbringen der Beschwerdeführer - zur Bedeutung des Falles für die Beschwerdeführer Y._ und Z._ selber, zur politischen Tragweite der Sache für Slowenien und der aus ihrer Sicht bestehenden Notwendigkeit einer zweiten gerichtlichen Instanz - rechtfertigen es ebenso wenig, den Fall als besonders bedeutend einzustufen.
4. Liegt danach kein besonders bedeutender Fall nach Art. 84 BGG vor, sind die Beschwerden unzulässig.
Bei diesem Ausgang der Verfahren tragen die Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerdeverfahren 1C_561/2008 und 1C_569/2008 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- je Beschwerdeverfahren werden den Beschwerdeführern, im Verfahren 1C_561/2008 je zur Hälfte, auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich, dem Bundesstrafgericht, II. Beschwerdekammer, und dem Bundesamt für Justiz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri