Erwägungen:
1. Der Gemeinderat Y._ wies mit Beschluss vom 16. Juli 2010 das Baugesuch der X._ AG für die Errichtung einer UMTS/GSM-Mobilfunkanlage auf dem Silogebäude A._ ab. Der Regierungsrat des Kantons Aargau hiess am 11. Mai 2011 die von der X._ AG gegen den Beschluss des Gemeinderats erhobene Beschwerde teilweise gut, hob den Baubewilligungsentscheid des Gemeinderats vom 16. Juli 2010 auf, wies die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen zur Durchführung der Standortevaluation und Koordination und zur anschliessenden Neubeurteilung an den Gemeinderat Y._ zurück und wies im Übrigen die Beschwerde ab.
Die X._ AG erhob gegen den Entscheid des Regierungsrats Beschwerde, welche das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 28. November 2012 abwies.
2. Die X._ AG führt mit Eingabe vom 25. Februar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgericht des Kantons Aargau vom 28. November 2012. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Dem angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts liegt ein Entscheid des Regierungsrats zu Grunde, mit welchem die Angelegenheit zur Durchführung der Standortevaluation und Koordination und zur anschliessenden Neubeurteilung an den Gemeinderat zurückgewiesen wurde. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts schliesst somit das Baubewilligungsverfahren nicht ab. Es stellt einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar.
Der angefochtene Zwischenentscheid ist somit nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht anfechtbar. Da dieser weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betrifft (vgl. Art. 92 BGG), ist er nur anfechtbar, falls er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen kann und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
Nach konstanter Rechtsprechung hat die Beschwerdeführerin im Einzelnen darzulegen, inwiefern die Beschwerdevoraussetzungen nach Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten ist (BGE 137 III 324 E. 1.1; 136 IV 92 E. 4 je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin äussert sich vorliegend zu den Beschwerdevoraussetzungen von Art. 93 BGG überhaupt nicht. Auf die Beschwerde ist deshalb mangels einer hinreichenden Begründung im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG nicht einzutreten.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1 ́000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Y._, dem Regierungsrat des Kantons Aargau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli