Sachverhalt:
A. Die X._ AG ist eine Immobiliengesellschaft mit Sitz in Aarau. Ihr Hauptaktionär und einziger Verwaltungsrat ist Z._. Im Dezember 1998 beschloss die Gesellschaft, zu Lasten ihrer Jahresrechnung 1998 einen Betrag von Fr. 2'500'000.-- an die noch zu gründende "Z._ Stiftung" zu überweisen. Per Ende 1998 bildete sie ein antizipatives Passivum in dieser Höhe. Im Jahr 1999 wurde die Stiftung im Kanton Luzern errichtet und als steuerfrei erklärt. Im gleichen Jahr überwies ihr die X._ AG den Betrag von Fr. 2'500'000.-- und zudem Fr. 1'750'000.--, welche der Erfolgsrechnung 1999 der Gesellschaft belastet wurden.
B. Für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 machte die X._ AG im Zusammenhang mit dem genannten antizipativen Passivum und in der Höhe von Fr. 2'298'173.-- einen Verlustvortrag aus dem Jahr 1998 geltend (zusätzlich zu einem hier nicht mehr streitigen sonstigen Verlustvortrag in der Höhe von Fr. 134'076.--). Dieser zusätzliche Verlustvortrag wurde ihr von allen kantonalen Instanzen verweigert, zuletzt vom Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 1. Dezember 2010.
C. Am 28. Januar 2011 hat die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, das verwaltunsgerichtliche Urteil aufzuheben und bei den Kantons- und Gemeindesteuern 2001 den Verlustvortrag von Fr. 2'298'173.-- (zusätzlich) zu berücksichtigen.
D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerveraltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonale Steueramt Aargau stellt den Antrag, die Sache "zur abschliessenden materiellen Beurteilung" an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.2 Gemäss Art. 90 BGG ist die Beschwerde an das Bundesgericht zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (sog. Endentscheide). Das angefochtene Urteil hat im Zusammenhang mit Aspekten, die im vorliegenden Verfahren nicht mehr streitig sind, die Sache zur Neuberechnung des geschuldeten Steueraufwandes an das Kantonale Steueramt zurückgewiesen. Solche Rückweisungsentscheide, bei denen es nur noch um Berechnungsfragen geht und keine ergänzenden Sachverhaltsabklärungen bzw. Neubeurteilungen vorzunehmen sind, stellen praxisgemäss Endentscheide und keine Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG dar (vgl. u.a. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Auf die Beschwerde kann unter diesem Gesichtspunkt somit eingetreten werden.
1.3 Per 1. Januar 2001 ging der Kanton Aargau bei juristischen Personen vom System der zweijährigen Vergangenheitsbemessung auf dasjenige der einjährigen Gegenwartsbemessung über. Für die zwei Jahre vor dem Wechsel, nämlich 1999 und 2000, ergibt sich daraus eine Bemessungslücke und käme an sich gemäss Art. 77 StHG das sog. Differenzsteuerverfahren zur Anwendung.
Von dieser Regelung des Harmonisierungsrechts weicht jedoch § 268 des aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG/AG) insofern ab, als es das sog. dreijährige Durchschnittsmodell vorsieht. Darin liegt eine zwar harmonisierungswidrige, jedoch für die Steuerpflichtigen vorteilhafte Lösung, wird doch der ausserordentliche Ertrag 1999 durch drei und nicht nur durch zwei geteilt (vgl. § 268 Abs. 3 StG/AG in fine). Deshalb ist hier ausnahmsweise das kantonale Recht massgebend; für die Übergangsperiode (und namentlich den hier massgeblichen Verlustvortrag 1998) fällt eine direkte Anwendung des Bundesrechts (gemäss Art. 72 Abs. 2 StHG) ohnehin ausser Betracht.
Die unrichtige Anwendung von nicht harmonisiertem kantonalem Recht wird - ausserhalb von schweren Grundrechtseingriffen, die vorliegend nicht geltend gemacht werden - nur über das Willkürverbot erfasst (vgl. Art. 95 BGG e contrario sowie BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158). Damit steht im Einklang, dass insoweit der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG) nicht gilt, dafür aber die sog. qualifizierte Rügepflicht nach Art. 106 Abs. 2 BGG. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4 S. 254 f.; 133 III 393 E. 6 S. 397). Die Beschwerdeführer müssen - über die allgemeine Begründungspflicht hinaus - in Auseinandersetzung mit den Erwägungen der Vorinstanz im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid geradezu unhaltbar sein soll (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; 133 IV 286 E. 1.4 S. 287). Eine diesen strengen Anforderungen genügende Begründung ist hier (sogar in der sich spezifisch - wenn auch unter dem unzutreffenden Gesichtspunkt der subsidiären Verfassungsbeschwerde - mit dem Problem der Verfassungsmässigkeit auseinandersetzenden Ziff. 9 der Beschwerdeschrift) an sich nicht zu erkennen. Soweit ersichtlich wird nicht dargetan, inwiefern das angefochtene Urteil an einem geradezu offensichtlichen Mangel leiden soll (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen). In welchem Ausmass gegebenenfalls doch noch auf die Beschwerde eingetreten werden kann, muss schon deshalb nicht näher geprüft werden, weil sie sich auch unter materiellrechtlichen Gesichtspunkten klarerweise als unbegründet erweist. Die weiteren Erwägungen können sich somit auf zwei wesentliche Punkte beschränken (vgl. unten E. 2.1 u. 2.2).
2. Aufgrund von § 268 Abs. 3 StG/AG ist der Verlustvortrag 1998 bei der Berechnung des Gewinnes von 2001 an sich zu berücksichtigen. Im hier zu beurteilenden Fall hat das Verwaltungsgericht diese Bestimmung jedoch in dem Sinne ausgelegt, dass keine gerechtfertigte Rückstellung 1998 vorliege und der Verlustvortrag somit nicht gewährt werden könne:
2.1 Es erweist sich zwar nicht als zutreffend, wenn die Vorinstanz den fraglichen Rechnungsabgrenzungsposten als Rückstellung behandelt hat. Die echte Rückstellung ist ein Buchungsvorgang, mit dem unter den Passiven der Jahresbilanz zu Lasten der Erfolgsrechnung einer Verbindlichkeit Rechnung getragen wird, die am Ende des Geschäftsjahres zwar besteht, aber in Bestand oder Höhe nicht genau festgelegt werden kann (vgl. u.a. BGE 103 Ib 366 E. 4 S. 370 f. u. ASA 79 79 704 E. 2.3). Vorliegend stand indessen die Höhe der zugunsten der Stiftung eingegangenen Verpflichtung eindeutig fest, und auch über ihren Bestand war sich jedenfalls die Beschwerdeführerin sicher. In einem solchen Fall handelt es sich um ein sog. antizipatives Passivum, d.h. einen feststehenden Aufwand des alten Jahres (hier 1998), der erst im folgenden Jahr bezahlt wird (vgl. dazu auch: Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, Bd. 1 S. 192).
2.2 Das ändert indessen nichts daran, dass die vom Verwaltungsgericht vorgenommene Verweigerung des Verlustvortrags sich als willkürfrei erweist, soweit die dagegen vorgebrachten Rügen als rechtsgenüglich qualifiziert werden könnten (vgl. oben E. 1.3). Entscheidend ist, dass die Beschwerdeführerin das antizipative Passivum nur deshalb der Erfolgsrechnung 1998 belastete, weil sie sich daraus bedeutende und letztmalig derart umfangreiche Steuervorteile erhoffte: Solche Zuwendungen waren unter der Herrschaft des damals noch anwendbaren aargauischen Gesetzes über die Besteuerung der Kapitalgesellschaften und Genossenschaften vom 5. Oktober 1971 (AStG) noch ohne betragliche Begrenzung möglich (vgl. dort § 13 lit. c). Mit dem Inkrafttreten des neuen Steuergesetzes per 1999 wurde (im Bereich von § 268 StG/AG) eine Beschränkung auf 20% des steuerbaren Reingewinns eingeführt (vgl. § 69 Abs. 1 lit. c StG/AG). Dementsprechend konnte der zulasten der Erfolgsrechnung 1999 überwiesene Betrag von Fr. 1'750'000.-- nicht mehr vollumfänglich als Aufwand berücksichtigt werden.
Mit der schon in der Erfolgsrechnung 1998 verbuchten Zuwendung von Fr. 2'500'000.-- versuchte die Beschwerdeführerin, die ihr noch dargebotenen Möglichkeiten der Steuerminimierung ein letztes Mal und in beträchtlichem Ausmass zu nutzen. Das Bundesgericht hat aber mehrfach entschieden, dass dort, wo ein beherrschender Anteilsinhaber (und hier noch einziger Verwaltungsrat) die gesellschaftliche Beschlussfassung nach Belieben bestimmen kann, nicht auf den Zeitpunkt der Auszahlung der Gutschrift abzustellen ist, wenn dafür keine unternehmerischen Gründe geltend gemacht werden können (vgl. u.a. StR 64/2009 386 E. 2.1 mit weiteren Hinweisen). Das muss auch hier gelten: Wenn die Verbuchung und die Auszahlung auf zwei Jahre verteilt wurden, so sind für ein solches Vorgehen ausser dem genannten Zweck der Steuerminimierung keine plausiblen Gründe erkennbar, umso weniger als im Jahr 1998 noch gar keine Mittel verfügbar waren und nur der Verlustvortrag vergössert wurde. Erst 1999 erzielte die Beschwerdeführerin einen bedeutenden Ertrag aus einem Immobiliengeschäft, der es ihr ermöglichte, Zuwendungen an die inzwischen errichtete Stiftung zu machen. Die Vorinstanz hat den von der Beschwerdeführerin geltend gemachten (zusätzlichen) Verlustvortrag von Fr. 2'298'173.-- somit ohne jegliche Willkür verweigert, soweit das hier zu überprüfen war (vgl. oben E. 1.3).
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter