Sachverhalt:
A. Im Streit betreffend Forderungen aus einem Werkvertrag über den Einbau von Fenstern verlangte die X._ GmbH (Klägerin und Beschwerdegegnerin) von A._ (Beklagter und Beschwerdeführer) mit Prozesseingabe vom 12. Januar 2011 vor dem Bezirksgericht Maloja EUR 30'352.59 nebst Zins. Am 11. Oktober 2011 verpflichtete das Bezirksgericht den Beklagten, der Klägerin EUR 9'977.38 nebst Zins zu bezahlen (Dispositivziffer 1). Gegen dieses Urteil erhob die Klägerin Berufung beim Kantonsgericht von Graubünden. Sie beantragte, in Abänderung von Ziff. 1 des Urteils des Bezirksgerichts den Beklagten zur Zahlung von EUR 28'726.22 nebst Zins zu verpflichten. Der Beklagte beantragte die Abweisung der Berufung. Mit Urteil vom 29. Juni 2012 sprach das Kantonsgericht der Klägerin EUR 19'444.45 nebst Zins zu.
B. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beklagte dem Bundesgericht, ihn entsprechend dem erstinstanzlichen Urteil zur Bezahlung von EUR 9'977.38 nebst Zins zu verpflichten. Seinem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht am 26. Oktober 2012 statt. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, und eventuell, diese abzuweisen. Das Kantonsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Obwohl kein weiterer Schriftenwechsel angeordnet wurde, hält der Beschwerdeführer in einer Eingabe zur Beschwerdeantwort fest, zusätzliche Ausführungen erübrigten sich und die Eintretensvoraussetzungen seien zweifelsfrei gegeben.
Erwägungen:
1. Da der Beschwerdeführer nicht geltend macht, eine der Ausnahmen nach Art. 74 Abs. 2 BGG sei gegeben, ist die Beschwerde in Zivilsachen nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 30'000.-- beträgt (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
1.1 Nach Art. 51 Abs. 1 lit. a BGG bestimmt sich der Streitwert bei Beschwerden gegen Endentscheide nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren. Zinsen, Früchte, Gerichtskosten und Parteientschädigungen, die als Nebenrechte geltend gemacht werden, sowie Vorbehalte und die Kosten der Urteilsveröffentlichung fallen bei der Bestimmung des Streitwerts nicht in Betracht (Art. 51 Abs. 3 BGG). Für die Streitwertberechnung bei Klagebegehren in fremder Währung ist mit Blick auf die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen auf den Kurs am Tag der Klageanhebung abzustellen (BGE 63 II 34 S. 35 mit Hinweisen; Urteile des Bundesgerichts 4A_274/2011 vom 3. November 2011 E. 1, teilw. publ. in SJ 2012 I S. 160 f.; 4A_267/2012 vom 17. Oktober 2012 E. 1).
1.2 Das Bezirksgericht sprach der Beschwerdegegnerin EUR 9'977.38 zu. Diese verlangte vor der Vorinstanz EUR 28'726.22, während der Beschwerdeführer die Abweisung der Berufung beantragte. Der Beschwerdeführer geht für die Frage der Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen von einem Streitwert von EUR 28'726.22 aus. Dass er im Rechtsmittelverfahren vor der Vorinstanz die Abänderung des erstinstanzlichen Urteils im Sinne einer Klageabweisung beantragt hätte, ergibt sich aus dem angefochtenen Urteil aber nicht (Art. 105 BGG). Daher wäre es auch bei Abweisung der Berufung beim erstinstanzlich zugesprochenen Betrag geblieben. Vor der Vorinstanz war nur noch die Differenz von EUR 18'748.84 streitig. Dies ergibt nach dem vom Beschwerdeführer selbst angenommenen Umrechnungskurs von 1.34351 einen Streitwert von Fr. 25'189.25. Damit wird die Streitwertgrenze für eine Beschwerde in Zivilsachen (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) nicht erreicht, was auch aus der Rechtsmittelbelehrung der Vorinstanz hervorgeht.
1.3 Die Entgegennahme der Beschwerde als subsidiäre Verfassungsbeschwerde (Art. 113 ff. BGG), für die kein Streitwerterfordernis gilt, kommt nicht in Betracht, da mit dieser nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (Art. 116 BGG). Der Beschwerdeführer rügt aber einzig die Verletzung von Bundesgesetzesrecht (Art. 1 Abs. 1, Art. 18, Art. 33 Abs. 3 und Art. 396 Abs. 3 OR). Eine hinreichend begründete (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. Art. 117 BGG) Rüge der Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts enthält die Beschwerdeschrift nicht.
2. Da die Streitwertgrenze für eine Beschwerde in Zivilsachen nicht erreicht wird und die Beschwerdeschrift keine Rüge enthält, die der Verfassungsbeschwerde zugänglich wäre, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Januar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak