Faits:
A. A.a Depuis le 4 septembre 1991, X._ est propriétaire de la parcelle no 1324 sise sur le territoire de la commune de Z._. Cette parcelle bénéficie d'un droit de passage à pied et pour tous véhicules grevant la parcelle no 1323 de la même commune. La servitude a été inscrite au registre foncier le 14 septembre 1976.
La société Y._ SA a acquis la parcelle no 1323 le 4 janvier 2005.
Les parcelles nos 1323 et 1324 sont toutes deux entièrement entourées par des clôtures. La propriété de X._ est située dans l'enceinte du site industriel; elle appartenait auparavant à l'administrateur et directeur de l'usine exploitée sur la parcelle no 1323. Le portail permettant l'entrée se trouve placé en travers de l'assiette de la servitude d'accès dont bénéficie la parcelle no 1324. Ce portail existait déjà au moment de la constitution de la servitude.
A.b Au cours de l'année 2006, Y._ SA a informé X._ de son intention de sécuriser le site en le clôturant entièrement, ce pour des questions d'assurance et de sécurité.
Les parties sont alors entrées en pourparlers afin de trouver une solution satisfaisante pour l'exercice du droit de passage, Y._ SA proposant l'installation d'un portail électrique avec télécommande, voire le déplacement de l'assiette de la servitude. Les discussions entre les parties n'ont cependant pas abouti.
B. B.a Le 7 juin 2007, Y._ SA a ouvert action contre X._ devant le Président du Tribunal d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois (ci-après Tribunal d'arrondissement) en vue de déplacer, à ses frais, l'assiette de la servitude.
Le 26 octobre 2007, le Président du Tribunal d'arrondissement a prononcé le déclinatoire à raison de la valeur litigieuse et a transmis la cause à la Cour civile du Tribunal cantonal comme objet de sa compétence.
B.b Le 25 octobre 2007, Y._ SA a annoncé à X._ que le site serait fermé à clé dès le lendemain soir, toutes les fins de semaine et tous les soirs dès 18h. Trois clés lui permettant d'ouvrir le portail étaient à sa disposition au siège de l'entreprise.
Par requête de mesures provisionnelles déposée le 5 décembre 2007 devant la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud, X._ a déposé une action possessoire visant à ce qu'il soit donné ordre à Y._ SA de lui laisser libre accès à son fonds, notamment qu'interdiction lui soit faite de fermer à clé le portail existant. Elle a également conclu à ce qu'elle soit autorisée à faire appel à la force publique pour libérer le passage dans l'hypothèse où la clôture interviendrait néanmoins et a demandé qu'en cas de contravention, elle soit légitimée à procéder aux travaux nécessaires pour libérer la servitude des obstacles qui y seraient posés.
Par ordonnance de mesures provisionnelles du 16 janvier 2008, le juge instructeur de la Cour civile a rejeté la requête déposée par X._. Statuant sur appel de cette dernière, la Cour civile l'a rejeté le 20 novembre 2008. L'arrêt a été notifié aux parties le 27 janvier 2009.
C. Le 18 février 2009, X._ (ci-après le recourante) interjette un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral contre l'arrêt rendu par la Cour civile. Elle conclut à l'admission de son recours et à la réformation de l'arrêt attaqué dans le sens de ses conclusions prises en instance cantonale. La recourante invoque la violation des art. 737 et 738 CC, 10 et 13 Cst. et prétend que la décision attaquée serait entachée d'arbitraire selon l'art. 9 Cst.
Y._ SA (ci-après l'intimée) n'a pas été invitée à répondre.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1, 235 consid. 1, 379 consid. 1; 133 I 185 consid. 2 et les arrêts cités).
1.1 La décision entreprise confirme l'ordonnance de mesures provisionnelles rendue le 16 janvier 2008 par le juge instructeur de la Cour civile et rejette ainsi l'action possessoire intentée par la recourante. Il s'agit donc d'une décision rendue en matière civile au sens de l'art. 72 al. 1 LTF.
Les décisions de mesures provisionnelles sont finales si elles sont rendues dans une procédure indépendante dont l'objet est différent de la procédure au fond et met fin à l'instance sous l'angle procédural (ATF 134 IV 426 consid. 2.2).
Provisoire et sans effet sur le pétitoire, la décision entreprise est finale au regard de l'art. 90 LTF. Par le biais de sa requête de mesures provisionnelles, la recourante exerce en effet une action possessoire. Une telle action, fondée sur la vraisemblance du droit à la possession ou l'absence de vraisemblance d'un droit préférable, est susceptible d'être ouverte, et son sort tranché, par voie de mesures provisionnelles (JdT 1995 III 34 consid. 2a et la référence). L'objet de cette action est ainsi différent de celui de l'action pétitoire, qui ne doit d'ailleurs pas être obligatoirement introduite. En tant qu'il clôt la procédure initiée quant à la protection de la possession, l'arrêt attaqué met donc fin à l'instance sous l'angle procédural.
1.2 Selon l'art. 75 al. 1 LTF, le recours n'est recevable qu'à l'encontre des décisions prises en dernière instance cantonale, ce qui signifie que les griefs soulevés devant le Tribunal fédéral ne doivent plus pouvoir faire l'objet d'un recours ordinaire ou extraordinaire de droit cantonal (Message, p. 4115; cf. pour l'art. 86 al. 1 OJ: ATF 126 I 257 consid. 1a p. 258; 119 Ia 421 consid. 2b p. 422; 110 Ia 71 consid. 2 et les arrêts cités). Dans le canton de Vaud, l'arrêt sur appel en matière de mesures provisionnelles peut faire l'objet d'un recours en nullité pour les motifs prévus par l'art. 444 al. 1 ch. 3 CPC/VD, à savoir pour déni de justice formel, ainsi que pour arbitraire dans l'appréciation des preuves (ATF 126 I 257 consid. 1; arrêt 5A_390/2007 du 29 octobre 2007 consid. 2.2; 5A_87/2007 du 2 août 2007 consid. 2.3; JdT 2007 III 48 consid. 3a p. 49; JdT 2001 III 128; JEAN-FRANÇOIS POUDRET/JACQUES HALDY/DENISTAPPY, Procédure civile vaudoise, 3e éd., 2002, n. 1 ad art. 108, n. 1 ad art. 111 et n. 15 ad art. 444 CPC/VD; DENIS TAPPY, note ad JdT 2000 III 78).
En tant que la recourante se plaint d'arbitraire et de violation des art. 10 et 13 Cst., son recours est recevable. En revanche, en tant qu'elle soutient, s'agissant des motifs sécuritaires ayant entraîné la fermeture du portail, que l'existence d'un risque n'est pas prouvé, la recourante se plaint d'appréciation arbitraire des preuves. Son recours est donc irrecevable de ce chef, faute d'avoir épuisé toutes les instances cantonales.
1.3 Le recours en matière civile n'est ouvert que si la valeur litigieuse minimale fixée par la loi, en l'espèce 30'000 fr., est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF). C'est le montant encore litigieux devant la dernière instance cantonale qui est déterminant (art. 51 al. 1 let. a LTF). L'autorité cantonale de dernière instance doit mentionner la valeur litigieuse dans son arrêt (art. 112 al. 1 let. d LTF). La décision attaquée ne donne à cet égard aucune indication, tandis que la recourante affirme que la valeur litigieuse serait largement atteinte. La question peut toutefois demeurer ouverte dès lors que le Tribunal fédéral examine les griefs soulevés par la recourante (art. 9, 10 et 13 Cst.) avec le même pouvoir d'examen dans le recours en matière civile et le recours constitutionnel subsidiaire et que, dans le domaine des mesures provisionnelles - auxquelles appartient l'action possessoire (infra consid. 2) -, la cognition du Tribunal fédéral est limitée à la violation des droits constitutionnels (art. 98 LTF).
1.4 Pour ce qui est des autres conditions de recevabilité, le recours a été interjeté dans le délai prévu par la loi (art. 100 al. 1 LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant la dernière instance cantonale (art. 76 LTF), de sorte qu'il est en principe recevable.
2. 2.1 Les actions possessoires ne visent généralement qu'au rétablissement et au maintien d'un état de fait antérieur; sous réserve de l'art. 927 al. 2 CC, qui prévoit l'exception tirée du meilleur droit, elles ne conduisent pas à un jugement sur la conformité au droit de cet état de fait, mais n'assurent au demandeur qu'une protection provisoire, car une procédure engagée sur le terrain du droit peut mettre fin aux effets d'une décision portant sur la protection de la possession (ATF 133 III 638 consid. 2; 113 II 243 consid. 1b et les arrêts cités). Ces actions doivent dès lors être considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (ATF 133 III 638 consid. 2; Message, p. 4134), de sorte que seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels.
Ainsi, lorsque la recourante soutient que le libellé de la servitude dont son bien-fonds bénéficie serait clair et sans équivoque, de sorte que la mise en balance des intérêts des parties à laquelle a procédé la cour cantonale ne serait pas nécessaire, sa critique semble en réalité porter sur l'interprétation qu'ont donné les juges cantonaux à l'étendue de cette servitude, et, en conséquence, sur la mauvaise application des art. 737 et 738 CC. Elle est donc irrecevable dans le cadre du présent recours.
2.2 Le Tribunal fédéral ne sanctionne la violation de droits fondamentaux que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF; principe d'allégation, Rügeprinzip, principio dell'allegazione), les exigences de motivation de l'acte de recours correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4.1; 130 I 258 consid. 1.3 et les arrêts cités).
3. Examinant les griefs soulevés, la Cour civile a avant tout retenu que la recourante n'avait pas démontré avoir été empêchée d'exercer son droit de passage. On ne pouvait dès lors admettre qu'elle avait été dépossédée de l'usage effectif de la servitude dont bénéficiait sa parcelle, tout au plus cet usage était rendu moins commode par la fermeture du portail. Pour déterminer si la fermeture du portail tombait sous le coup de l'art. 737 al. 3 CC, la cour cantonale a avant tout procédé à une interprétation de la servitude. Elle a alors retenu que l'inscription au registre foncier ne permettait pas de déterminer précisément le contenu et l'étendue de cette servitude. Elle a retenu qu'il était établi que le portail existait lors de la constitution de la servitude et que la volonté de l'ancien propriétaire, administrateur et directeur de l'usine, était de fermer le portail la nuit et donc de clôturer le site, sans quoi le portail aurait été inutile. Toutefois, en l'absence de production du contrat constitutif et faute de pouvoir déterminer précisément l'étendue exacte de la servitude par référence à son exercice paisible et de bonne foi, elle a finalement comparé les intérêts respectifs des deux parties au litige, se fondant sur une jurisprudence publiée aux ATF 113 II 51. Elle en a conclu que le souci de l'intimée de sécuriser le site l'emportait sur l'intérêt de la recourante à exercer son droit de passage de la façon la plus commode possible.
4. Pour l'essentiel, l'argumentation de la recourante consiste en une suite d'allégations confuses et dépourvues de toute motivation.
4.1 La recourante retient que l'affirmation selon laquelle elle n'aurait pas été dépossédée de l'usage effectif de la servitude serait contraire aux faits retenus. Par sa critique, la recourante semble ainsi reprocher à la cour cantonale une appréciation arbitraire des faits. Dans la mesure toutefois où elle se contente d'alléguer toute une série de faits - par exemple le sentiment désagréable d'être enfermée ou l'impression donnée de ne plus souhaiter recevoir ses amis sans qu'ils s'annoncent -, la recourante ne s'en prend pas à la motivation cantonale. De même, lorsqu'elle affirme que la constatation de la Cour civile serait contraire à l'expérience générale de la vie, la recourante ne motive aucunement cette allégation. Insuffisamment motivées au regard des exigences posées ci-dessus (consid. 2 supra), ses critiques sont donc irrecevables.
La recourante prétend également qu'en considérant que la fermeture du portail constituait une restriction mineure, la décision de la cour cantonale serait arbitraire. A l'appui de son grief, la recourante se contente à nouveau d'une longue série d'allégations, insuffisantes à démontrer l'arbitraire de l'arrêt attaqué. Ainsi, ce serait lorsque le portail serait fermé, à savoir en dehors des heures d'exploitation de l'entreprise, que le droit de passage serait le plus utilisé; sa fille aurait en outre beaucoup de peine à manoeuvrer le portail, particulièrement lourd; ou enfin, la Cour civile aurait, par sa décision, souhaité la punir d'avoir refusé les propositions que lui aurait faites l'intimée pour trouver une issue au litige. Appellatoire (consid. 2 supra), le grief de la recourante doit être déclaré irrecevable sur ce point également.
4.2 La recourante se plaint enfin de la violation des art. 10 et 13 Cst. Se fondant sur son droit à disposer d'une vie sociale convenable, elle soutient que la fermeture du portail entrave la liberté de mouvement de toute sa famille (10 Cst.). Le portail entraînerait par ailleurs un trouble de la vie privée et familiale (13 Cst.) dans la mesure où ses belles-soeurs n'auraient pas le libre accès à sa villa. Simples allégations dépourvues de toute motivation, ses griefs sont tous irrecevables (consid. 2 supra).
5. Le recours en matière civile doit être déclaré irrecevable, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF). Aucun dépens n'est accordé à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 23 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret