Faits:
A. Dame X._, née en 1958, et X._, né en 1957, se sont mariés en 1988. Trois enfants sont issus de cette union : A._, née en 1991 et des jumeaux, B._ et C._, nés en 1994.
Les époux se sont séparés en janvier 2005.
B. Le 12 mai 2005, X._ a ouvert action en divorce.
Par ordonnance de mesures provisionnelles du 23 mai 2005, le Président du Tribunal d'arrondissement de La Côte a attribué la garde des enfants à la mère en fixant les modalités du droit de visite du père et condamné celui-ci à verser pour l'entretien de la famille une contribution composée d'un montant mensuel fixe de 10'900 fr. payable dès le 1er août 2005 et d'un montant correspondant aux 64 % du bonus qu'il perçoit une fois par an de son employeur, payable le premier du mois suivant son versement effectif, la première fois en 2006.
A la suite de l'appel formé par l'épouse, les parties ont signé le 28 novembre 2005 une convention ratifiée par le Président du Tribunal d'arrondissement pour valoir jugement sur appel. Cette convention prévoyait que la contribution d'entretien s'élèverait à 10'900 fr. par mois, complétée par 50 % du bonus annuel du mari.
C. Statuant sur nouvelle requête déposée par le mari, le Président du Tribunal d'arrondissement a, le 12 janvier 2009, attribué la garde sur l'enfant A._ à X._ dès le 1er octobre 2008 et arrêté la contribution à l'entretien de la famille à un unique montant fixe de 15'000 fr. par mois, payable dès le 1er septembre 2008.
Par jugement du 25 février 2009, le Tribunal d'arrondissement de La Côte a rejeté l'appel interjeté par l'épouse.
D. Celle-ci forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. A titre principal, elle conclut à la réforme du jugement attaqué en ce sens que le mari est condamné à contribuer à son entretien et à celui des enfants B._ et C._ par le versement, d'une part d'un montant fixe de 11'000 fr. et, d'autre part, par le paiement d'un montant correspondant à la moitié du bonus et des gratifications particulières qu'il a reçus dès le 1er janvier 2009 et ultérieurement, à charge pour le débirentier de la renseigner immédiatement et spontanément sur le montant du bonus encaissé et de lui fournir toutes les pièces justificatives. Subsidiairement, elle demande le versement d'une contribution mensuelle d'entretien de 21'000 fr. A titre encore plus subsidiaire, elle demande l'annulation du jugement cantonal et le renvoi de la cause à l'autorité précédente.
E. Le 1er mai 2009, la Présidente de la Cour de céans a suspendu l'instruction de la cause jusqu'à droit connu sur le recours en nullité cantonal déposé simultanément par l'épouse.
Par arrêt du 27 mai 2009, le Président de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a pris acte du retrait du recours en nullité et rayé l'affaire du rôle.
Considérant en droit:
1. 1.1 La décision de mesures provisoires selon l'art. 137 al. 2 CC est une décision en matière civile au sens de l'art. 72 al. 1 LTF. Bien qu'elle soit prise alors qu'une procédure (principale) de divorce est pendante, elle est finale au sens de l'art. 90 LTF, car son objet est différent de celui de la procédure au fond et elle met fin à l'instance sous l'angle procédural (ATF 134 III 426 consid. 2.2 et les arrêts cités). Comme le litige porte uniquement sur la contribution d'entretien, le recours a pour objet une décision rendue dans une affaire pécuniaire (ATF 133 III 393 consid. 2), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, art. 74 al. 1 let. b LTF). Le recours a en outre été interjeté dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Dès lors que la décision attaquée porte sur des mesures provisionnelles (ATF 133 III 393 consid. 5.1 in fine), seule peut être dénoncée la violation des droits constitutionnels (art. 98 LTF). Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de ces droits que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (ATF 134 I 83 consid. 3.2 et les arrêts cités).
1.3 Selon l'art. 75 al. 1 LTF, le recours n'est recevable qu'à l'encontre des décisions prises en dernière instance cantonale, ce qui signifie que le recourant doit avoir épuisé toutes les voies de droit cantonales, ordinaires ou extraordinaires, pour les griefs qu'il entend soulever devant le Tribunal fédéral (ATF 134 III 524 consid. 1.3; Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, in : FF 2001 p. 4000 ss, p. 4115, ch. 4.1.3.2). Dans le canton de Vaud, l'arrêt sur appel en matière de mesures provisionnelles peut faire de l'objet d'un recours en nullité pour tous les motifs prévus par l'art. 444 al. 1 ch. 3 CPC/VD, à savoir pour déni de justice formel, ainsi que pour arbitraire dans l'appréciation des preuves (cf. notamment : arrêt 5A_826/2008 du 5 juin 2009 consid. 1.4). En tant qu'il est interjeté, non pour ces motifs, mais pour arbitraire dans l'application du droit civil fédéral, le recours est recevable.
2. La recourante s'en prend à la fixation de la contribution d'entretien qui lui a été allouée. Elle estime que la méthode utilisée par l'autorité précédente procède d'une application arbitraire du droit fédéral. Il y avait lieu selon elle de calculer les revenus et charges des parties, en particulier le coût d'entretien de chacun des enfants et d'appliquer ensuite la méthode du minimum vital.
2.1 Une nouvelle décision en matière de mesures provisoires (art. 137 CC) n'est possible que si, depuis l'entrée en force des mesures protectrices ou provisoires prononcées précédemment, les circonstances de fait ont changé d'une manière essentielle et durable, notamment en matière de revenus, ou si le juge a ignoré des éléments essentiels ou a mal apprécié les circonstances (ATF 129 III 60 consid. 2; Urs Gloor, Commentaire bâlois, 3e éd. 2006, n. 4 ad art. 137 CC).
D'après l'art. 176 al. 1 ch. 1 CC applicable par analogie aux mesures provisoires (art. 137 al. 2 CC), le juge fixe la contribution pécuniaire à verser par l'une des parties à l'autre. Tant que dure le mariage, les conjoints doivent donc contribuer, chacun selon ses facultés (art. 163 al. 2 CC), aux frais supplémentaires engendrés par l'existence parallèle de deux ménages. Chaque époux peut prétendre à participer d'une manière identique au train de vie antérieur (ATF 119 II 314 consid. 4b/aa). Le montant de la contribution d'entretien se détermine en fonction des facultés économiques et des besoins respectifs des époux. Le législateur n'a pas arrêté de mode de calcul à cette fin. L'une des méthodes préconisées par la doctrine et considérée comme conforme au droit fédéral en cas de situations financières moyennes et tant que dure le mariage (art. 176 al. 1 ch. 1 et 137 al. 2 CC en relation avec l'art. 163 al. 1 CC), est celle dite du minimum vital, avec répartition de l'excédent. En cas de situation financière favorable, la comparaison des revenus et des minima vitaux est alors inopportune; il convient plutôt de se fonder sur les dépenses indispensables au maintien des conditions de vie antérieures (ATF 115 II 424; arrêts 5A_515/2008 du 1er décembre 2008 consid. 2.1; arrêts 5A_732/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2; 5P.138/2001 du 10 juillet 2001 consid. 2a/bb, in FamPra.ch 2002 p. 333). Le train de vie mené jusqu'à la cessation de la vie commune constitue la limite supérieure du droit à l'entretien (ATF 121 I 97 consid. 3b; 118 II 376 consid. 20b). Il incombe au créancier de la contribution d'entretien de préciser les dépenses nécessaires à son train de vie et de les rendre vraisemblables (ATF 115 II 424 consid. 2; arrêt 5A_732/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2).
2.1 Le Tribunal d'arrondissement a confirmé le jugement de première instance duquel il ressort que le recourant a établi l'existence de faits nouveaux essentiels et durables qui justifient la modification de la contribution d'entretien. Il s'agit du transfert de la garde de A._ à son père et de la possibilité pour l'épouse de réaliser un revenu mensuel de 3'000 fr. composé d'un revenu hypothétique de 2'000 fr. et d'un revenu effectif de 1'000 fr. qu'elle reçoit de Y._ SA à titre de location d'un emplacement pour une antenne de téléphonie mobile.
Pour arrêter la nouvelle contribution d'entretien, l'autorité précédente a pris comme point de départ la contribution telle qu'elle avait été arrêtée dans la procédure de mesures provisionnelles datant de 2005 à un montant fixe de 10'900 fr., complété par 50 % du bonus annuel de l'époux, ce qui portait à l'époque la contribution mensuelle globale à 18'400 fr. par mois. Le Tribunal d'arrondissement a observé que ce mode de calcul a conduit à une augmentation sensible de la contribution d'entretien au fil du temps puisque les bonus du mari se sont accrus entre 2005 et 2008. Au moment où il a statué, soit en janvier 2009, l'épouse recevait ainsi une contribution de 21'000 fr. par mois pour subvenir à son entretien et à celui des trois enfants. Le Tribunal d'arrondissement a déduit de cette contribution de 21'000 fr. un montant de 3'000 fr. correspondant aux frais de l'enfant A._, ainsi que les montants de 2'000 fr. et 1'000 fr. provenant des revenus effectif et hypothétique de l'épouse. La nouvelle contribution a ainsi été fixée à 15'000 fr. [21'000 fr. - (3'000 fr. + 2'000 fr. + 1'000 fr.)].
2.2 Dans la procédure de mesures provisionnelles de 2005, les parties ont convenu que la contribution augmenterait progressivement au fur et à mesure que la part variable du revenu de l'époux augmentait. Ils ont ainsi choisi de ne pas tenir compte de la limite supérieure du droit à l'entretien constitué par le train de vie des époux durant la vie commune.
Dans la procédure de modification de mesures provisionnelles, il appartenait aux autorités saisies de faits nouveaux de recalculer la contribution d'entretien due à l'épouse et aux enfants sur la base des critères légaux. Le tribunal d'arrondissement a ainsi versé dans l'arbitraire dans la mesure où il a pris pour base la contribution telle qu'elle a été fixée dans la procédure de 2005, en déduisant ensuite le coût de l'entretien de l'enfant A._ et les montants provenant des nouveaux revenus de l'épouse. S'agissant d'une famille qui bénéficiait de revenus élevés, il y avait lieu de se fonder non sur la méthode du minimum vital comme le prétend la recourante, mais sur les dépenses nécessaires au maintien de ce train de vie. L'arrêt entrepris apparaît ainsi arbitraire dans sa motivation. Encore faut-il qu'il soit arbitraire dans son résultat. Tel serait le cas en particulier si la contribution allouée ne permettait plus de couvrir le coût d'entretien des enfants et de maintenir pour l'épouse le niveau de vie qui était le sien durant la vie commune ou, à tout le moins, un niveau de vie équivalent à celui du mari. Or, la recourante ne prétend rien de tel. Elle n'a du reste jamais rien allégué durant la procédure cantonale au sujet des dépenses nécessaires au maintien du train de vie déterminant. Elle échoue ainsi à démontrer que la contribution d'entretien arrêtée par l'autorité précédente est arbitraire dans son résultat. Le grief doit par conséquent être rejeté.
3. Dès lors que la méthode du minimum vital n'était pas applicable au cas d'espèce, les griefs relatifs à l'absence de prise en compte du concubinage et à l'augmentation de revenu de l'époux sont dépourvus de portée.
La prise en compte d'une communauté de toit et de table que formerait l'intimé avec sa compagne aurait en effet pour conséquence une diminution des charges de l'époux correspondant aux avantages économiques qu'il retirerait de ce concubinage (arrêt 5A_625/2007 du 26 mars 2008 consid. 2.3 et les réf. citées). Cela n'aurait toutefois d'incidence qu'en cas d'application de la méthode du minimum vital. Dès lors qu'en l'espèce, vu la situation matérielle très favorable des parties, il y avait lieu de se fonder sur le principe du maintien du train de vie antérieur à la séparation, seules étaient déterminantes les dépenses nécessaires à la créancière de la contribution pour maintenir ce niveau de vie. Une diminution des charges du débiteur de la contribution, de même qu'une augmentation de ses revenus ne sont dès lors pas déterminantes. L'arrêt attaqué n'est ainsi pas arbitraire sur ces points.
4. La recourante estime que vu son absence de formation professionnelle, sa mise à l'écart de la vie active pendant les vingt ans de mariage conformément à la répartition des rôles convenue entre les époux, son âge au moment de la séparation (47 ans), sa dyslexie et ses recherches d'emploi restées vaines, il est arbitraire de lui imposer une entrée dans la vie active.
4.1 Selon la jurisprudence, lorsqu'une reprise de la vie commune n'est plus guère envisageable après le dépôt d'une demande de divorce, l'objectif pour le conjoint de reprendre ou d'étendre son activité lucrative et d'assurer ainsi son indépendance financière doit déjà être pris en considération dans le cadre des mesures provisoires de l'art. 137 al. 2 CC; les principes jurisprudentiels sur l'entretien après le divorce peuvent y être pris en compte, par analogie, dans une proportion plus étendue que dans le cadre des mesures de protection de l'union conjugale (ATF 130 III 537 consid. 3.2; arrêt 5P.189/2002 du 17 juillet 2002, consid. 2, publié in : FamPra 2002 p. 836).
Un conjoint peut ainsi se voir imputer un revenu hypothétique supérieur à celui qu'il obtient effectivement de son travail, pour autant qu'une augmentation correspondante de revenu soit effectivement possible et qu'elle puisse raisonnablement être exigée de lui. Dans chaque cas concret, il s'agit d'examiner si et dans quelle mesure on peut exiger de l'épouse qu'elle prenne une activité lucrative, ou augmente celle qu'elle exerce déjà, compte tenu de son âge, de son état de santé, de sa formation et, cas échéant, du temps plus ou moins long durant lequel elle a été éloignée de la vie professionnelle (ATF 128 III 4 consid. 4c/bb; cf. ATF 114 II 13 consid. 5, 301 consid. 3a). Selon la jurisprudence, en cas de mariage de longue durée, on présume qu'il est déraisonnable d'exiger d'un époux qui a renoncé à exercer une activité lucrative pendant le mariage et qui a atteint l'âge de 45 ans au moment de la séparation, de reprendre un travail; cette limite d'âge ne doit toutefois pas être considérée comme une règle stricte (ATF 115 II 6 consid. 5a; arrêts 5A_76/2009 du 4 mai 2009 consid. 6.2.3, 5C.320/2006 du consid. 5.6.2.2). Il s'agit d'une présomption qui peut être renversée, en fonction d'autres éléments qui parleraient en faveur de la prise ou de l'augmentation d'une activité lucrative (cf. arrêt 5A_6/2009 du 30 avril 2009 consid. 2.2).
4.2 Le tribunal d'arrondissement constate que la recourante est âgée de 50 ans, n'a aucune formation et souffre de dyslexie. Elle a la garde de ses deux fils cadets, âgés de 15 ans. Durant la vie commune, elle s'est consacrée à l'éducation des enfants et à la tenue du ménage. Au moment de la séparation, en janvier 2005, elle était âgée de près de 47 ans et n'a pas cherché à intégrer la vie professionnelle. Elle a certes commencé une formation en sophrologie mais a échoué aux examens. Ce n'est qu'au mois de janvier 2009, soit juste un mois avant l'audience d'appel que la recourante a entrepris des recherches d'emploi. Les juges précédents ont considéré que son âge, son absence de formation et la dyslexie n'excluaient pas qu'on puisse exiger de la recourante qu'elle trouve un emploi à temps partiel. S'agissant du revenu que l'intéressée était apte à réaliser, ils ont retenu que, compte tenu de ces circonstances, elle ne pourrait vraisemblablement pas obtenir un revenu plus élevé que 2'000 fr.
4.3 En l'espèce, une procédure de divorce ayant été ouverte en mai 2005 et une reprise de la vie commune n'apparaissant guère vraisemblable, il était correct d'examiner s'il pouvait être exigé de l'épouse qu'elle reprenne une activité lucrative. La conclusion à laquelle a abouti l'autorité précédente est toutefois arbitraire. Il s'agit en l'occurrence d'un mariage de longue durée (17 ans jusqu'à la séparation) pendant lequel l'épouse n'a pas exercé d'activité lucrative conformément à la répartition des rôles convenus par les parties. Au moment de la séparation, elle avait 47 ans. Dans une telle situation, conformément à la jurisprudence, il n'y a en principe pas lieu, sauf cas exceptionnels, d'imposer à l'intéressée de prendre un emploi (ATF 135 III 158 consid. 3.1 et 3.2; exceptions: cf. arrêt 5A_6/2009 consid. 2.2 et 2.3). Or, la cour cantonale n'a fait état d'aucun élément qui parlerait en particulier en faveur de la prise d'une activité lucrative. Au contraire, les circonstances qui ressortent du dossier sont plutôt défavorables à une insertion de l'intéressée dans la vie professionnelle. L'épouse n'a aucune formation et souffre de dyslexie. Elle a encore trois enfants à charge qui étaient âgés de 14 et 11 ans au moment de la séparation. En outre, s'agissant d'un mariage de longue durée durant lequel elle n'a jamais travaillé hors du foyer conjugal, elle peut se prévaloir d'une situation de confiance qui a été créée par le mariage et qui mérite d'être protégée. Cette protection s'étend aussi à la continuité de la répartition des rôles qui avait été convenue par les parties (Hausheer/Geiser, Scheidungsunterhalt bei ausreichenden Mitteln Bemerkungen zu BGE 127 III 136 ss, in : Festschrift für Jean-Nicolas Druey, p. 155/167; PICHONNAZ/RUMO JUNGO, Evolutions récentes des fondements de l'octroi de l'entretien après divorce, SJ 2004 II 45/52; INGEBORG SCHWENZER, FamKommentar Scheidung, 2ème éd., 2005, n. 51 ad art 125 CC). En l'absence de tout élément susceptible de renverser la présomption posée au consid. 5a de l'ATF 115 II 6, il était arbitraire d'imposer à l'épouse la reprise d'une activité lucrative.
Pour conduire à une modification de l'arrêt attaqué, il faudrait toutefois que la contribution mensuelle de 15'000 fr. ajoutée au revenu locatif de 1'000 fr. qu'elle reçoit de Y._ ne lui permettent pas de maintenir le train de vie dont elle bénéficiait durant le mariage. La recourante ne propose aucune démonstration en ce sens. Comme on l'a vu, elle n'a pas jugé utile durant la procédure cantonale d'alléguer et d'établir les dépenses nécessaires au maintien de son niveau de vie antérieur puisqu'elle est partie du principe qu'elle avait droit à la moitié de l'excédent de revenu disponible après couverture des charges des parties. Avec des ressources mensuelles de 16'000 fr. (15'000 fr. + 1'000 fr.), rien n'indique d'ailleurs qu'elle ne soit pas en mesure de pourvoir à son entretien convenable et à l'entretien des deux enfants dont elle a la garde. Dans ces conditions, faute d'avoir démontré que la contribution mensuelle de 15'000 fr. conduit à un résultat arbitraire, il n'y a pas lieu de modifier l'arrêt attaqué.
5. Le recours doit ainsi être rejeté. Les frais seront mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à répondre sur le fond.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'arrondissement de La Côte.
Lausanne, le 16 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet