Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 X._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht gegen einen Entscheid der Rekurskommission des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements vom 20. Juni 2002. Dieses hatte eine Beschwerde gegen ein Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 30. März 2001 abgewiesen. Damit war der Entscheid der zuständigen kantonalen Behörden geschützt worden, X._ für das Jahr 1999 wegen Verletzung von Tierschutzvorschriften keine tierbezogenen Beiträge auszubezahlen. X._ beantragt dem Bundesgericht sinngemäss, den angefochtenen Entscheid der Rekurskommission aufzuheben und die Nachzahlung der Direktzahlungen für das Jahr 1999 anzuordnen.
1.2 Der Regierungsrat und das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz sowie die Rekurskommission des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements und das Departement selber haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
1.2 Der Regierungsrat und das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz sowie die Rekurskommission des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements und das Departement selber haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
2. 2.1 Angefochten ist ein Entscheid über die Kürzung bzw. Verweigerung von Direktzahlungen nach Art. 70 ff., insbesondere Art. 73 und 74 des Bundesgesetzes vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG; SR 910.1) in Anwendung von Art. 170 LwG. Auf diese bundesrechtlich geregelten Beiträge besteht grundsätzlich Anspruch und es gilt insofern kein gesetzlicher Ausschlussgrund, weshalb sich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht im Anwendungsfall als zulässig erweist (vgl. Art. 97 ff. OG, insbesondere Art. 99 Abs. 1 lit. h sowie Art. 100 Abs. 1 lit. m OG).
2.2 Grundlage des angefochtenen Entscheids bildet ein weiteres Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 24. August 2000, mit welchem soweit dies hier interessiert, die Feststellung des Regierungsrates des Kantons Schwyz geschützt wurde, X._ habe die Tierschutzbestimmungen insofern nicht eingehalten, als der Nährzustand einiger Kühe nicht genügend gewesen sei. Dieses Urteil ist unabhängig vom vorliegend angefochtenen in Rechtskraft erwachsen, weshalb die darin enthaltene tatsächliche Feststellung nicht mehr Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet und als zutreffend zu gelten hat. Wie die Vorinstanz richtig festhält, ist nur noch Streitgegenstand, ob die getroffene Massnahme der Streichung der tierbezogenen Beiträge für das Jahr 1999 vor Bundesrecht standhält.
2.3 Im Übrigen ist das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen gebunden, wenn - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erhoben hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.3 Im Übrigen ist das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen gebunden, wenn - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erhoben hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
3. 3.1 Nach Art. 170 Abs. 1 LwG können die gemäss dem Landwirtschaftsgesetz zu entrichtenden Beiträge gekürzt oder verweigert werden, wenn der Gesuchsteller dieses Gesetz, die Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verletzt. Nach Art. 70 Abs. 2 lit. a LwG ist unter anderem Voraussetzung jeglicher Direktzahlungen, dass eine tiergerechte Haltung der Nutztiere nachgewiesen wird. Gemäss Art. 70 Abs. 4 LwG ist die Einhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgeblichen Bestimmungen der Gewässerschutz-, der Umweltschutz- und der Tierschutzgesetzgebung Voraussetzung und Auflage für die Ausrichtung von Direktzahlungen.
Da rechtskräftig festgestellt wurde, dass der Beschwerdeführer die Anforderungen an eine tiergerechte Haltung nicht eingehalten hat, erweist sich die Voraussetzung der Streichung bzw. Kürzung seiner tierbezogenen Beiträge nach Art. 73 und 74 LwG grundsätzlich als erfüllt.
3.2 Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, es sei für ein im April 1999 festgestelltes Vergehen Recht angewendet worden, das erst ab Juli 1999 gegolten habe. Die hier massgeblichen Bestimmungen des Landwirtschaftsgesetzes sind indessen am 1. Januar 1999 in Kraft getreten (vgl. den entsprechenden Bundesratsbeschluss vom 7. Dezember 1998; AS 1998 3082). Der Beschwerdeführer bezieht sich wahrscheinlich auf die Richtlinien des Bundesamts für Landwirtschaft vom 2. Juli 1999. Dabei verkennt er jedoch, dass solche Richtlinien als verwaltungsinterne Weisungen die Behörden nicht davon dispensieren, das Gesetzesrecht dem Einzelfall angepasst anzuwenden. Es ist auch nicht unzulässig, erst nachträglich schriftlich in Richtlinien festgehaltene Kriterien, die dem schon vorher in Kraft getretenen Gesetzesrecht entsprechen, bereits auf Sachverhalte anzuwenden, die vor Abfassung der Richtlinien eingetreten sind. Im Übrigen hat die Vorinstanz die fraglichen Richtlinien nicht unbesehen übernommen, sondern ist davon in sachgerechter Prüfung des vorliegenden Einzelfalles zumindest teilweise abgewichen.
3.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, es würden ihm wiederholte Verstösse vorgeworfen und beruft sich dafür auf verschiedene Beanstandungen, die er im Zusammenhang mit der vorliegend fraglichen Sachlage erhalten habe. Anfechtungsobjekt vor Bundesgericht bildet aber lediglich der Entscheid der Rekurskommission vom 20. Juni 2002. In der darin enthaltenen ausführlichen Begründung wird dem Beschwerdeführer nicht ein wiederholter Verstoss vorgeworfen, sondern es wird einzig auf den rechtskräftig festgestellten und im Übrigen nicht mehr bestrittenen ungenügenden Nährzustand von zwei Tieren abgestellt. Dies ist unter dem beschränkten Gesichtswinkel von Art. 105 Abs. 2 OG (vgl. E. 2.3) genausowenig zu beanstanden wie die übrigen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz.
3.4 Der Beschwerdeführer beruft sich sodann auf angebliche Verfehlungen anderer Landwirte. Die Rekurskommission hat dazu zutreffend ausgeführt, dass er keinen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht hat und dass eine ständige flächendeckende Kontrolle bei allen Landwirten auch nicht möglich erscheint.
3.5 Schliesslich stört sich der Beschwerdeführer an angeblichen formellen Mängeln bei der tierärztlichen Kontrolle (namentlich Eindringen in den Stall ohne vorgängige Erlaubnis), bei welcher der ungenügende Nährzustand zweier seiner Kühe festgestellt worden ist. Erstens muss auch insofern in Betracht gezogen werden, dass das entsprechende Feststellungsverfahren rechtskräftig abgeschlossen worden ist, und zweitens ändert sich daran am Umstand nichts, dass der Beschwerdeführer gegen Tierschutzbestimmungen verstossen hat.
3.6 Insgesamt hat die Vorinstanz festgehalten, dass die Bestimmungen über die Tierhaltung einen Kernpunkt der Tierschutzgesetzgebung bildeten und der Verstoss des Beschwerdeführers daher schwer wiege, weshalb sich die angeordnete Streichung bzw. Kürzung der Direktzahlungen auch im verfügten Umfang rechtfertige und als verhältnismässig erweise. Diese Beurteilung hält vor Bundesrecht stand.
3.6 Insgesamt hat die Vorinstanz festgehalten, dass die Bestimmungen über die Tierhaltung einen Kernpunkt der Tierschutzgesetzgebung bildeten und der Verstoss des Beschwerdeführers daher schwer wiege, weshalb sich die angeordnete Streichung bzw. Kürzung der Direktzahlungen auch im verfügten Umfang rechtfertige und als verhältnismässig erweise. Diese Beurteilung hält vor Bundesrecht stand.
4. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet und ist im vereinfachten Verfahren nach Art. 36a OG abzuweisen. Ergänzend kann auf die umfassenden Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Art. 36a Abs. 3 OG).
Das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege muss wegen Aussichtslosigkeit seiner Begehren abgewiesen werden (Art. 152 Abs. 1 OG). Unter diesen Umständen wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG), wobei seinen angespannten finanziellen Verhältnissen bei der Festlegung der Gerichtsgebühr Rechnung getragen werden kann (Art. 153a Abs. 1 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz sowie der Rekurskommission des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements und dem Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2002
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: