Faits:
A. Dans le canton de Genève, il incombe au Conseil d'Etat de fixer, par voie réglementaire, les mesures nécessaires à la promotion de la qualité de la vendange et des appellations d'origine, après avoir consulté l'Interprofession (cf. art. 20 al. 1 de la loi genevoise du 17 mars 2000 sur la viticulture [LVit; RS/GE M 2 50]). Le Conseil d'Etat a ainsi édicté le règlement du 28 juin 2000 sur les vins genevois (RVins; RS/GE M 2 50.04).
Selon l'art. 2 RVins, le règlement s'applique à toute production issue de vignes à vocation vinicole commerciale, situées sur le territoire du canton et recensées dans le cadastre viticole. Aux termes de l'art. 27 RVins, seuls les vins issus des vignes destinées à la production vinicole commerciale et situées dans le cadastre viticole ont droit, lorsque la limitation de rendement à l'unité de surface et les conditions fixées dans le règlement sont respectées, aux appellations suivantes: a) AOC Premier Cru, b) AOC communale et régionale, c) AOC Genève. La disposition transitoire de l'art. 69 RVins règle notamment le cas des vignes situées en zone frontalière.
Par règlement du 2 juin 2008, publié dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève du 9 juin suivant, le Conseil d'Etat a modifié l'art. 69 al. 2 RVins. La nouvelle teneur de la disposition est la suivante:
" Vins issus de vignes situées en zone frontalière
2 Jusqu'au 31 décembre 2009, les vins issus des vignes situées dans la zone frontalière, dont les propriétaires ou usufruitiers sont domiciliés en Suisse, au sens de la loi fédérale sur les douanes, du 1er octobre 1925, peuvent :
a) bénéficier de l'appellation d'origine contrôlée Genève, pour autant qu'ils respectent, en particulier, les exigences prévues pour cette appellation figurant dans le titre III, chapitre I, du présent règlement, dont les autres dispositions sont applicables pour le surplus;
b) bénéficier d'une indication de provenance (catégorie II) ou d'une désignation vin blanc, vin rouge (catégorie III), pour autant qu'ils respectent, en particulier, les exigences prévues dans le titre III, chapitre II, du présent règlement, dont les autres dispositions sont applicables pour le surplus."
Dans l'exposé des motifs relatif à cette modification, le Conseil d'Etat a expliqué que les frontières du canton de Genève divisaient le bassin agricole naturel de la région genevoise et que, pour remédier à ce problème et assurer l'approvisionnement de Genève, la création d'une zone franche avait accompagné la délimitation des frontières de 1815. Les vignes de zone, appellation non officielle donnée aux vignes com- prises dans un périmètre de 10 km au-delà de la frontière suisse, représentaient une surface de vignes françaises d'environ 130 hectares, dont le raisin était vinifié en Suisse. Jusqu'au 31 décembre 2007, la production issue de ces vignes pouvait prétendre à l'appellation d'origine (AO) Genève dans la mesure où le propriétaire était domicilié en Suisse. Une remise en cause importante de ce statut était apparue à la suite de l'adoption en 1999 de l'Accord bilatéral entre la Suisse et la Communauté européenne. En effet, l'annexe consacrée aux produits viti-vinicoles prévoyait qu'un vin suisse devait résulter d'un processus de transformation réalisé sur territoire suisse à partir de raisins récoltés sur ce même territoire. La définition des vins français était fondée sur la même logique. En conséquence, les vins issus des vignes de zone et vinifiés en Suisse étaient devenus des vins apatrides, ni suisses ni français. De surcroît, le régime des AO avait été aboli en Suisse depuis le 1er janvier 2008. Un projet de modification de l'Accord bilatéral était en cours, qui permettrait d'étendre l'AOC Genève sur le territoire français. Dans l'attente de son entrée en vigueur, il s'imposait de prendre des mesures afin de préserver la viabilité économique de la production issue des vignes de ces zones. La seule solution, qui respectait le droit fédéral, consistait à faire bénéficier le vin en question d'une AOC.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B._ et C._, E._ et F._, G._, H._, I._, J._ et K._ ainsi que les sociétés A._ SA et D._ SA, demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler le règlement du Conseil d'Etat du 8 juin 2008. Ils concluent également à ce que le Tribunal fédéral dise, "qu'avec effet dès le 1er janvier 2008, le vin issu de vignes sises dans les zones franches de la Haute-Savoie et du Pays de Gex ne peut porter une indication de provenance telle que "appellation d'origine contrôlée Genève", "appellation d'origine contrôlée (suit le nom d'une commune genevoise)", "appellation d'origine Genève", "vin de Genève" ou toute autre indication donnant à penser aux consommateurs qu'il est issu de vignes sises dans le canton de Genève". Les recourants font valoir que le règlement attaqué viole le droit fédéral, en particulier les art. 63 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (LAgr; RS 910.1) et 21 de l'ordonnance du 14 novembre 2007 sur la viticulture et l'importation de vin (ordonnance sur le vin; RS 916.140), ainsi que le droit international, à savoir l'Accord conclu le 21 juin 1999 entre la Confédération suisse et la Communauté européenne relatif aux échanges de produits agricoles (ci-après: l'Accord bilatéral; RS 0.916.026.81), plus précisément les art. 5 et 6 de l'Annexe 7 dudit Accord.
Le Conseil d'Etat conclut, sous suite de frais et dépens, à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet.
Les parties ont maintenu leurs conclusions au terme d'un échange ultérieur d'écritures.
Invité à se prononcer sur le recours, l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après: l'Office fédéral) a indiqué qu'il approuvait et soutenait la démarche genevoise qui consiste à mettre en place une AOC transfrontalière et permet la continuité d'une pratique existant depuis plusieurs décennies.
C. Par ordonnance du 4 septembre 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté les requêtes d'effet suspensif et de mesures provisionnelles contenues dans le recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le règlement attaqué constitue un acte normatif cantonal et ne peut faire l'objet d'aucun recours dans le canton de Genève. Il est par conséquent directement attaquable par un recours en matière de droit public (art. 82 let. b et 87 al. 1 LTF), qui a par ailleurs été formé en temps utile (art. 101 LTF).
1.2 En vertu de l'art. 89 al. 1 LTF, peut former un recours en matière de droit public quiconque est particulièrement atteint par l'acte normatif attaqué (lettre b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (lettre c). Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre un acte normatif cantonal, la qualité pour recourir appartient à toute personne dont les intérêts sont effectivement touchés par l'acte attaqué ou pourront l'être un jour; une simple atteinte virtuelle suffit, à condition toutefois qu'il existe un minimum de vraisemblance que le recourant puisse un jour se voir appliquer les dispositions contestées (ATF 131 I 291 consid. 1.3 p. 296, 124 I 11 consid. 1b p. 13, 122 I 70 consid. 1b p. 73 et la jurisprudence citée). Quant à l'intérêt digne de protection, il n'est pas nécessaire qu'il soit de nature juridique, un intérêt de fait étant suffisant (ATF 133 I 286 consid. 2.2 p. 290).
En l'espèce, tous les recourants sont des vignerons ou des propriétaires-encaveurs, qui cultivent des vignes et produisent du vin sur le territoire cantonal genevois. De ce fait, ils sont soumis au règlement sur les vins genevois et leurs vins peuvent bénéficier - si les conditions fixées dans le règlement sont respectées - des appellations AOC Premier Cru, AOC communale et régionale ainsi qu'AOC Genève. Les intéressés sont touchés personnellement par la modification de l'art. 69 al. 2 RVins, dès lors que celui-ci permet également aux vins issus des vignes situées dans la zone frontalière de bénéficier de l'appellation d'origine contrôlée Genève. En effet, outre l'intérêt commercial des recourants à la crédibilité et à la transparence des indications géographiques d'origine, une plus grande quantité de vins "AOC Genève" ou autre indication de provenance tend à accroître l'offre des vins genevois et à rendre plus difficile l'écoulement des produits sur le marché. Partant, les recourants ont un intérêt digne de protection à contester le règlement litigieux qui les défavorise, à tout le moins virtuellement.
1.3 Les recourants demandent au Tribunal fédéral de "dire qu'avec effet dès le 1er janvier 2008, le vin issu de vignes sises dans les zones franches de la Haute-Savoie et du Pays de Gex ne peut porter une indication de provenance telle que «appellation d'origine contrôlée Genève», "appellation d'origine contrôlée (suit le nom d'une commune genevoise)", "appellation d'origine Genève", "vin de Genève" ou toute autre indication donnant à penser aux consommateurs qu'il est issu de vignes sises dans le canton de Genève". En tant qu'elle porte sur la vendange 2008, cette conclusion s'apparente à une requête d'effet suspensif ou de mesures provisionnelles. Or, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté, par ordonnance du 4 septembre 2008, les requêtes d'effet suspensif et de mesures provisionnelles des recourants. Partant, la conclusion précitée est irrecevable.
1.4 Au surplus, déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
2. Appelé à statuer sur un recours en matière de droit public dirigé contre un acte normatif cantonal, le Tribunal fédéral examine librement la conformité de cet acte au droit fédéral (art. 95 let. a LTF) et au droit international (art. 95 let. b LTF). Il n'annule toutefois les dispositions attaquées que si elles ne se prêtent à aucune interprétation conforme au droit invoqué ou si, en raison des circonstances, leur teneur fait craindre avec une certaine vraisemblance qu'elles soient interprétées de façon contraire au droit supérieur (cf. ATF 125 I 369 consid. 2; 119 Ia 321 consid. 4, 348 consid. 1d). En effet, dans le cadre d'un contrôle abstrait des normes, le Tribunal fédéral s'impose une certaine retenue eu égard notamment au principe découlant du fédéralisme et de la proportionnalité. Dans ce contexte, ce qui est décisif, c'est que la norme mise en cause puisse, d'après les principes d'interprétation reconnus, se voir attribuer un sens compatible avec les dispositions du droit supérieur. Pour en juger, il faut notamment tenir compte de la portée de l'atteinte aux droits en cause, de la possibilité d'obtenir ultérieurement, par un contrôle concret de la norme, une protection juridique suffisante, et des circonstances concrètes dans lesquelles ladite norme sera appliquée (cf. ATF 129 I 12 consid. 3.2 p. 15; 128 I 327 consid. 3.1 p. 334 s. et les arrêts cités).
3. Les recourants contestent la compatibilité du règlement attaqué avec le droit international et invoquent à l'appui de leur grief les art. 5 et 6 de l'Annexe 7 de l'Accord bilatéral. Ils font valoir que les pays parties à l'accord ont pris des engagements réciproques de respect du principe de la territorialité. Ainsi, l'art. 5 par. 2 de l'annexe prévoit que les dénominations protégées d'une partie sont réservées exclusivement aux produits originaires de la partie auxquels elles s'appliquent et ne peuvent être utilisées que sous les conditions prévues par les lois et réglementations de cette partie. Selon l'art. 6 de l'annexe, en relation avec l'appendice 2, sont des dénominations protégées notamment les indications géographiques et les appellations d'origine contrôlée. Le Conseil d'Etat est d'avis que les recourants ne peuvent se plaindre de la violation de l'Accord bilatéral et de son annexe, dès lors que ni l'un ni l'autre ne sont directement applicables.
3.1 La Suisse a conclu avec la Communauté européenne l'Accord bilatéral relatif aux échanges de produits agricoles. Cet accord a pour but de renforcer les relations de libre-échange entre les parties par une amélioration de leur accès au marché des produits agricoles de l'autre partie (art. 1 par. 1 de l'Accord). L'Annexe 7 prévoit notamment la reconnaissance mutuelle de l'équivalence des législations, la protection réciproque des désignations géographiques et mentions traditionnelles ainsi que l'assistance mutuelle entre autorités de contrôle (cf. Message du 23 juin 1999 relatif à l'approbation des accords sectoriels entre la Suisse et la CE, FF 1999 5440 ss, p. 5544).
En vertu de l'art. 5 al. 4 Cst., la Confédération et les cantons doivent respecter le droit international. Ainsi, la question de savoir si les dispositions topiques de l'Accord sont directement applicables n'est pas déterminante en l'espèce, car il ne s'agit pas de discuter de droits ou d'obligations que les recourants pourraient invoquer directement en justice, mais plutôt d'examiner un règlement cantonal à la lumière de l'Accord en question (cf. à propos des règles d'interprétation, Fabrice Filliez, Application des accords sectoriels par les juridictions suisses: quelques repères, in Felder/Kaddous, Accords bilatéraux Suisse - UE, p. 201 s.). Or, en ce qui concerne l'adoption de normes nouvelles, le principe de la primauté de droit international s'applique (cf. à ce sujet, Nicolas Michel, L'imprégnation du droit étatique par l'ordre juridique international, in Thürer/Aubert/Müller, Droit constitutionnel suisse, p. 69 s.). Le Tribunal fédéral peut donc vérifier que le droit cantonal adopté postérieurement à l'Accord est conforme à ce dernier.
3.2 L'extension d'une AOC au-delà des frontières nationales apparaît effectivement problématique au regard de l'Accord bilatéral, lequel circonscrit clairement les AOC à l'intérieur des limites des territoires nationaux des parties (principe de la territorialité). En effet, en vertu de l'art. 3 let. a de l'annexe 7 dudit accord, on entend par "produit viti-vinicole originaire de", suivi du nom de l'une des parties, un produit élaboré sur le territoire de ladite partie à partir de raisins entièrement récoltés sur ce même territoire. Selon cette définition dont le texte est clair, au sens des art. 31 ss de la Convention de Vienne du 23 mai 1969 sur le droit des traités (RS 0.111), les vins issus des vignes situées en France et vinifiés en Suisse ne peuvent pas être considérés comme du vin originaire de suisse et ne sauraient par conséquent bénéficier de l'AOC d'un canton suisse.
Depuis l'entrée en vigueur de l'Accord bilatéral, le 1er juin 2002, il existe un vide juridique à l'égard de ces "vins de zone" qui étaient considérés comme des vins genevois depuis plusieurs générations. Consciente de ce problème et de l'incompatibilité de la situation actuelle avec le droit international général (cf. consid. 3.3 ci-après) et conventionnel, la Suisse a entrepris des démarches, dès 2005, en vue de faire modifier l'Accord bilatéral, à savoir de compléter les définitions contenues dans l'Accord par une disposition pour les zones transfrontalières, ce qui permettrait d'adapter la réglementation genevoise des AOC en conformité avec le droit supérieur. La compétence de conclure des conventions internationales dans le domaine agricole appartient en principe au Conseil fédéral (art. 177a al. 1 LAgr; cf. art. 54 al. 1 Cst.); l'Office fédéral de l'agriculture peut, d'entente avec les autres offices et services fédéraux concernés, conclure avec des autorités agricoles étrangères, des instituts de recherches de droit public ou des organisations internationales, des conventions de nature technique portant notamment sur la reconnaissance d'appellations d'origine dans le domaine agricole (art. 177a al. 2 let. e LAgr). Il n'appartient dès lors pas aux cantons de conclure des traités avec l'étranger dans le domaine de la viti-viniculture et des AOC (art. 56 al. 1 Cst. a contrario) et encore moins de réglementer, dans leur législation interne, une question d'ordre international en relation avec ce domaine, comme c'est le cas en l'espèce.
Ainsi, tant que l'Accord bilatéral ne permet pas qu'un vin originaire d'un pays puisse être élaboré avec du raisin provenant d'une zone limitrophe d'un pays voisin, le règlement litigieux, qui adopte par anticipation un tel système, n'est pas conforme au droit international et empiète sur les compétences de la Confédération.
3.3 Au demeurant, l'interprétation proposée par le Conseil d'Etat ne va pas sans poser d'importants problèmes de droit international public. En effet, la souveraineté implique le droit exclusif de déployer les activités étatiques sur le territoire qui en fait l'objet, ce qui vise très concrètement le contrôle en principe exclusif des choses ou des personnes qui s'y localisent provisoirement ou définitivement (Joe Verhoeven, Droit international public, 2000, p. 486; Quoc Dinh Nguyen, Droit international public, 7e éd. 2002, p. 474 s.). On constate donc que la simple application des règles générales du droit international public consacrant le principe d'exclusivité de la souveraineté territoriale s'oppose déjà à la mise en place d'un système d'AOC intégrant une partie du territoire français, ne serait-ce qu'au regard des contrôles culturaux que l'autorité genevoise doit être à même d'effectuer dans les vignes ainsi situées à l'étranger. L'Accord bilatéral ne fait ainsi que réaffirmer le principe général en question et n'y déroge aucunement.
4. D'après les recourants, le règlement attaqué viole également le droit fédéral dans la mesure où il accorde la désignation AOC Genève à du vin issu de vignes situées en zone frontalière. Ils estiment que, d'une part, le droit fédéral ne permet pas aux cantons d'étendre une AOC au-delà des frontières nationales et, que, d'autre part, le vignoble considéré ne constitue pas une entité géographique bien déterminée puisque le régime prévu fait dépendre l'AOC du domicile en Suisse des propriétaires ou usufruitiers concernés. Le Conseil d'Etat fait valoir, pour sa part, que l'art. 21 al. 3 de l'ordonnance sur le vin ne vise pas que des situations "trans-cantonales" mais également des situations "trans-nationales". Par ailleurs, l'aire géographique de l'AOC serait bel et bien déterminée puisqu'elle correspond à la zone frontalière telle que définie dans la loi fédérale sur les douanes du 1er octobre 1925 (RS 6 469 et les modifications ultérieures), à savoir une zone limitrophe qui s'étend à 10 km de chaque côté de la frontière.
4.1 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu d'après sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique), du but poursuivi, de l'esprit de la règle, des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique). Le sens que prend la disposition dans son contexte est également important (ATF 132 III 18 consid. 4.1 p. 20/21; 131 II 361 consid. 4.2 p. 368 et les références citées dans ces arrêts).
4.2 L'art. 63 LAgr prévoit que les vins sont classés en vins d'appellation d'origine contrôlée, vins de pays et vins de table (al. 1). Le Conseil fédéral établit la liste des critères à prendre en compte pour les vins d'appellation d'origine contrôlée et les vins de pays (al. 2). Les cantons fixent au surplus pour chaque critère les exigences pour leurs vins d'appellation d'origine contrôlée et pour les vins de pays produits sur leur territoire sous une dénomination traditionnelle propre (al. 3).
L'art. 21 de l'ordonnance sur le vin, relatif aux vins d'appellation d'origine contrôlée, a la teneur suivante:
"1 Par vin d'appellation d'origine contrôlée (AOC) on entend un vin désigné par le nom d'un canton ou d'une aire géographique d'un canton.
2 Les cantons fixent les exigences applicables aux AOC; celles-ci doivent prévoir:
a. une délimitation de l'aire géographique dans laquelle le raisin au minimum est produit;
b. une liste des cépages autorisés;
c. une liste des méthodes de culture autorisées;
d. une teneur minimale naturelle en sucre par cépage autorisé;
e. un rendement maximum à l'unité de surface par cépage autorisé;
f. une liste des méthodes de vinification autorisées;
g. un système d'analyse et d'examen organoleptique du vin prêt à la vente.
3 Les cantons peuvent étendre une AOC au-delà de leurs frontières:
a. lorsque le vignoble constitue une entité géographique bien déter- minée, et
b. lorsque l'AOC commune est soumise aux mêmes exigences.
4 [...] 5 [...]"
La simple lecture de l'al. 3 précité ne semble pas de prime abord exclure l'extension d'une AOC au-delà des frontières cantonales se confondant avec des frontières nationales. Le texte italien ("al di là delle frontiere") n'est pas plus explicite à ce sujet, alors que la version allemande ("über die kantonalen Grenzen hinaus") précise qu'il s'agit des frontières cantonales. L'interprétation littérale de la disposition ne permet toutefois pas de trancher si la notion de frontière cantonale peut ou non se recouper avec celle de frontière nationale.
4.3 En revanche, le législateur a évoqué la possibilité d'étendre une appellation au-delà des frontières cantonales des "cantons concernés" (cf. art. 11 al. 3 de l'ordonnance sur le vin du 7 décembre 1998; consid. 4.4 ci-dessous), ce qui signifie qu'il envisageait uniquement les frontières intercantonales et permet de rejeter l'interprétation d'une appellation à vocation transnationale.
4.4 L'arrêté fédéral du 19 juin 1992 sur la viticulture (RO 1992 1986) établissait une classification des moûts et des vins en trois catégories (indication de provenance, appellation d'origine et appellation d'origine contrôlée) ainsi que la réglementation relative aux dénominations. Dans son message du 25 novembre 1991 relatif à cet arrêté (FF 1991 437), le Conseil fédéral est d'avis qu'il faut s'en tenir au principe selon lequel l'étendue d'une appellation d'origine devrait, sauf exceptions limitées, ne pas dépasser les frontières d'un canton (FF 1991 459); les cantons peuvent obtenir, sur demande, d'étendre l'appellation d'origine au-delà des frontières d'un canton, lorsque le vignoble en question constitue une entité géographique bien déterminée (région du Vully par exemple) (FF 1991 467).
La loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture, adoptée à la suite de la réforme de la politique agricole 2002, a notamment abrogé l'arrêté fédéral du 19 juin 1992. La protection de la désignation des vins est ainsi dorénavant fondée directement sur la loi sur l'agriculture. Les désignations correspondent en tous points aux notions fixées dans l'arrêté sur la viticulture et les cantons règlent comme auparavant les désignations qu'ils ont adoptées (Message du 26 juin 1996 concernant la réforme de la politique agricole, Deuxième étape [Politique agricole 2002], FF 1996 1, p. 196 et 199).
Sur la base de la nouvelle loi sur l'agriculture, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur la viticulture et l'importation de vin (ordonnance sur le vin; RO 1999 86), où il définit les notions d'appellation d'origine, appellation d'origine contrôlée et indication de provenance. Lors de la modification de l'ordonnance du 26 novembre 2003 (RO 2003 4915), il a ajouté, pour les appellations d'origine contrôlée, que "les cantons concernés peuvent étendre une AOC au-delà des frontières cantonales lorsque le vignoble constitue une entité géographique bien déterminée" (art. 11 al. 3 de l'ordonnance). L'ordonnance sur le vin du 7 décembre 1998 a été abrogée et remplacée par l'ordonnance du même nom du 14 novembre 2007, actuellement en vigueur.
Les messages relatifs à l'évolution de la législation sur l'agriculture et la viticulture en particulier (cf. Message du 27 juin 1995 concernant le paquet agricole 95, FF 1995 621; Message du 26 juin 1996 concernant la réforme de la politique agricole: Deuxième étape [Politique agricole 2002], FF 1996 1; Message du 17 mai 2006 concernant l'évolution future de la politique agricole [Politique agricole 2011], FF 2006 6027) ne contiennent aucun commentaire sur les frontières dans lesquelles l'AOC des vins devrait se circonscrire, ni sur la possibilité offerte aux cantons d'étendre une appellation au-delà de leurs frontières. Ce point n'a pas non plus suscité de discussions lors des débats aux Chambres fédérales.
Il ressort des interprétations littérale et historique que l'extension d'une AOC au-delà des frontières d'un canton ne doit, de façon générale, être admise que restrictivement, en répondant pour le moins aux exigences de l'art. 21 al. 3 de l'ordonnance sur le vin. La possibilité d'une approche transnationale de l'AOC ne trouve également aucun ancrage dans le texte de l'art. 11 al. 3 de l'ordonnance sur le vin du 7 décembre 1998 qui, de manière explicite, n'envisage que le cas de l'AOC intercantonale.
Finalement, l'éventualité d'une extension extranationale n'a jamais été mentionnée dans les travaux préparatoires. Une interprétation historique de la disposition amène ainsi à exclure la volonté du législateur de permettre aux cantons d'étendre une AOC au-delà des frontières nationales. Cette interprétation est au surplus conforme aux règles de droit international exposées au considérant précédent (cf. consid. 3 ci-dessus).
5. Il convient encore de procéder à une analyse systématique et téléologique de l'art. 21 al. 3 de l'ordonnance sur le vin pour déterminer dans quelle mesure l'extension d'une appellation au-delà de la frontière nationale serait compatible avec la législation fédérale en matière d'agriculture et de viniculture.
5.1 Le droit fédéral actuel prévoit trois classes de productions pour les vins suisses, à savoir les vins d'appellation d'origine contrôlée (classe supérieure), les vins de pays (classe médiane) et les vins de table (classe inférieure). S'agissant de cette dernière catégorie, l'ordonnance sur les vins précise que, "par vin de table suisse, on entend un vin issu de raisins récoltés en Suisse" (art. 24 al. 1 de l'ordonnance). A plus forte raison, le vin de qualité supérieure doit remplir ces exigences minimales et provenir de vignes sises en Suisse. Quant au vin de pays, il est par définition issu d'une région dont l'étendue dépasse celle d'un canton (cf. art. 22 al. 1 de l'ordonnance); pour ce motif, le Conseil fédéral a estimé que sa réglementation incombait à la Confédération (Message sur la Politique agricole 2011, op. cit., p. 6124). L'AOC au contraire se rapporte en principe à un vin produit à l'intérieur d'un canton (cf. art. 21 al. 1 de l'ordonnance) et est laissé à la compétence des cantons; ce n'est qu'exceptionnellement qu'elle peut s'étendre hors du territoire cantonal. Si la Confédération dispose de la compétence pour réglementer les appellations qui dépassent les frontières cantonales, il ne peut en aller que de même a fortiori lorsque l'appellation s'étend au-delà des frontières nationales, sous réserve des exigences explicites et contraignantes de l'art. 21 al. 3 de l'ordonnance sur le vin.
5.2 L'exécution du contrôle de la vendange incombe aux cantons (art. 64 al. 3 LAgr). Celui-ci doit porter sur toute la récolte de raisin destiné à la vinification, dans le but d'assurer le respect des dispositions de production (art. 28 al. 1 de l'ordonnance sur le vin). Les cantons doivent également contrôler la conformité des vins AOC aux exigences qu'ils ont fixées (art. 21 al. 4 de l'ordonnance); pour ces vins, l'art. 21 al. 6 de l'ordonnance fixe la limite des rendements à l'unité de surface que les cantons ne doivent pas excéder. Cela étant, on ne voit pas comment des autorités cantonales pourraient effectuer des contrôles de la vendange sur territoire étranger, notamment pour s'assurer que les limites à l'unité de surface sont respectées. Ces facteurs sont toutefois indispensables pour garantir la qualité des produits AOC, raison pour laquelle l'ordonnance ne permet l'extension d'une AOC hors d'un canton que "lorsque l'AOC commune est soumise aux mêmes exigences" (art. 21 al. 3 let. b de l'ordonnance). On peut relever à ce propos l'absence d'élément au dossier établissant que les exigences en matière d'AOC seraient les mêmes sur le territoire français que dans le canton de Genève ou qu'il existerait des accords à ce sujet entre les deux pays.
Dans l'ATF 109 Ia 116, le Tribunal fédéral - saisi d'un recours contre un arrêté cantonal exigeant que les vins commercialisés sous les appellations d'origine valaisanne soient vinifiés en Valais - a constaté que l'autorité cantonale compétente n'était pas en mesure de contrôler les vinifications opérées en dehors des limites du territoire valaisan; cela signifiait pratiquement que les autorités valaisannes étaient dans l'impossibilité de garantir l'appellation d'origine valaisanne de vins dont la fermentation n'avait pas été soumise à ce contrôle (consid. 5c p. 125). De même, on peut constater que la possibilité offerte aux cantons d'étendre une AOC à des vins issus de vignes situées à l'étranger ne leur permet pas de prévenir les risques d'abus ni de garantir la qualité de leurs vins; or, des mesures telles que le contrôle de la vendange visent aussi à protéger la bonne foi du consommateur qui doit pouvoir s'attendre à un produit d'une certaine qualité lorsqu'il achète un vin dont l'appellation d'origine est garantie (cf. ATF précité, consid. 4d p. 124). L'extension d'une appellation hors des frontières nationales apparaît ainsi incompatible avec le système des AOC.
5.3 Les prescriptions en matière d'AOC ont en effet pour but de garantir l'authenticité des produits, notamment leur qualité et leur provenance. Elles protègent ainsi les consommateurs en même temps qu'elles valorisent les ressources spécifiques d'une région. La loi fédérale du 9 octobre 1992 sur les denrées alimentaires et les objets usuels (LDAI; RS 817.0), qui tend à protéger les consommateurs contre les tromperies relatives aux denrées alimentaires (art. 1 let. c LDAI), s'applique également aux produits viticoles. Selon l'art. 18 al. 3 LDAI, sont réputées trompeuses notamment les indications propres à susciter chez le consommateur de fausses idées sur la provenance de la denrée alimentaire. De façon plus précise, l'ordonnance du DFI du 23 novembre 2005 sur les boissons alcooliques (RS 817.022.110) fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire ces boissons, vin y compris, et règle les modalités d'étiquetage (cf. art. 1 al. 1). L'art. 9 al. 2 de ladite ordonnance signale que sur les vins suisses de la classe "Appellation d'origine contrôlée" doit figurer en plus l'origine géographique correspondante. L'étiquette doit également mentionner le pays de production, pour autant qu'il ne soit pas identifiable d'après la dénomination spécifique, le nom ou la raison sociale et l'adresse du producteur (art. 10 al. 1 let. c). En outre, l'art. 13 interdit le coupage des vins suisses portant une AOC avec du vin étranger (al. 2); le coupage consiste à mélanger entre eux des raisins, des moûts de raisin ou des vins d'origines ou de provenances différentes (al. 1).
A lire ces dispositions, il ne fait pas de doute que la mention "AOC Genève" sur des bouteilles de vin dont une partie ou la totalité des raisins provient du sol français est propre à tromper les consommateurs. En effet, l'indication de la provenance n'est pas correcte, puisque par "Genève" on entend usuellement le canton de Genève - voire la ville de Genève - mais en aucun cas le territoire qui se trouve au-delà de la frontière (cantonale ou nationale). A cela s'ajoute que, au vu de la législation suisse, le consommateur ne peut pas s'attendre à ce que du vin suisse certifié AOC soit produit ou coupé avec du raisin cultivé en France.
6. Il découle ainsi de l'interprétation de l'art. 21 al. 3 de l'ordonnance sur le vin que l'extension de l'AOC Genève hors des frontières nationales, telle qu'elle est prévue par le règlement litigieux, est incompatible avec les exigences strictes du droit suisse en matière d'AOC. Cette interprétation est au demeurant conforme au principe de la territorialité découlant de l'Accord bilatéral et du droit international public général (cf. consid. 3 ci-dessus). Par conséquent, la nouvelle teneur de l'art. 69 al. 2 let. a RVins viole également le droit fédéral, sans qu'il soit besoin d'examiner le grief tiré de l'"entité géographique bien déterminée".
On peut néanmoins relever à cet égard qu'il apparaît problématique de faire dépendre l'attribution d'une AOC à des vignobles en fonction du domicile de leurs propriétaires. Ce critère est en effet totalement étranger à la notion d'entité géographique, déterminante en matière d'AOC et qui se rapporte à des données objectives telles que les spécificités d'un territoire particulier, à savoir la qualité du sol, l'exposition des terrains, les cépages utilisés, le climat, etc. Une appellation d'origine est en effet liée à un produit et non pas à une entreprise ou à une personne (Message du 25 novembre 1991 relatif à l'arrêté fédéral du 19 juin 1992 sur la viticulture, FF 1991 467; cf. également Yves Donzallaz, Le système d'appellation d'origine contrôlée dans le canton du Valais, in CdA 1991, p. 81 et 88; Boisseaux/ Barjolle, La bataille des A.O.C. en Suisse, 2004, p. 17 ss, qui mettent en évidence les spécificités des AOC viticoles en Suisse).
7. 7.1 Les recourants contestent également la nouvelle teneur de l'art. 69 al. 2 let. b RVins, selon lequel les vins de zone peuvent, si les conditions sont remplies, bénéficier d'une indication de provenance (catégorie II) ou d'une désignation vin blanc, vin rouge (catégorie III). Ils relèvent que ces notions ont été supprimées au niveau fédéral, depuis la modification de l'art. 63 LAgr, et que la disposition attaquée est par conséquent contraire au droit fédéral. Selon le Conseil d'Etat, la terminologie "indication de provenance" utilisée dans la disposition transitoire de l'art. 69 al. 2 let. b RVins a été gardée pour préserver la cohérence interne du règlement genevois.
7.2 Dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007 (RO 1998 3048), l'art. 63 en relation avec l'art. 64 LAgr prévoyait que les vins étaient classés en trois catégories, à savoir les vins avec appellation d'origine et appellation d'origine contrôlée (catégorie 1), les vins avec indication de provenance (catégorie 2) et les vins sans appellation d'origine ni indication de provenance (catégorie 3). La nouvelle teneur de l'art. 63 LAgr, introduite par la loi fédérale du 22 juin 2007 (RO 2007 6095 6107), classe les vins en vins d'appellation d'origine contrôlée, vins de pays et vins de table. En vertu de l'art. 187c LAgr, qui règle les dispositions transitoires relatives à la modification du 22 juin 2007, les vins des millésimes 2007 et antérieurs peuvent être élaborés et étiquetés selon l'ancien droit, et peuvent être remis au consommateurs jusqu'à épuisement des stocks. Dans le même sens, l'art. 48 de l'ordonnance sur le vin prévoit que les vins suisses issus des raisins des vendanges 2007 sont élaborés selon l'ancien droit (al. 1); les vins suisses d'appellation d'origine contrôlée issus des raisins de la vendange 2008 peuvent être élaborés conformément aux exigences fixées par les cantons selon l'ancien droit fédéral (al. 2) et les cantons doivent adapter leurs dispositions relatives aux vins d'appellation d'origine contrôlée le 1er juin 2009 au plus tard (al. 3). Ainsi, à partir des vendanges 2008, seuls les vins d'appellation d'origine contrôlée peuvent encore être soumis à l'ancien droit, les autres catégories devant être adaptées à la nouvelle législation. Il s'ensuit que dès le millésime 2008, les cantons ne peuvent plus élaborer et étiqueter des vins sous une dénomination inconnue du nouveau droit, telle que l'indication de provenance. A cela s'ajoute que l'ordonnance du DFI sur les boissons alcooliques interdit également le coupage des vins de pays suisses et des vins de table suisses avec du vin étranger (art. 13 al. 2). Pour ces motifs, la disposition litigieuse viole le droit fédéral et doit être annulée.
En outre, comme il a été vu ci-dessus, le canton de Genève n'a pas la compétence de légiférer dans un domaine qui relève de l'Accord bilatéral. La disposition contestée est également contraire au droit international.
8. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours dans la mesure où il est recevable et à l'annulation du règlement litigieux. Les recourants, qui obtiennent gain de cause, ont droit à des dépens, à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 2 LTF). Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable et le règlement du 2 juin 2008 modifiant le règlement du 28 juin 2000 sur les vins genevois est annulé.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 4'000 fr. est allouée aux recourants à titre de dépens, à la charge du canton du Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au mandataire du Conseil d'Etat du canton de Genève et à l'Office fédéral de l'agriculture.
Lausanne, le 2 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller F. Mabillard