Faits:
A. Le 28 avril 2009, X._, né en 1977, ressortissant français domicilié en France, a déposé une demande d'immatriculation auprès de l'Université de Genève et d'inscription auprès de l'institut universitaire de formation des enseignants (ci-après: IUFE) afin de suivre l'enseignement du certificat complémentaire en didactique de la discipline et en sciences de l'éducation (ci-après: le certificat). Il a joint à cette demande notamment copie des diplômes obtenus en France, soit un baccalauréat scientifique en 1995, un diplôme d'études universitaires générales (ci-après: DEUG) en sciences humaines et sociales, mention géographie en 1999, une licence en géographie en 2000, une maîtrise en géographie en 2001 ainsi qu'une licence en droit, science politique, mention administration publique, en 2007. Il a également produit des relevés de notes des enseignements suivis durant une année à la haute école pédagogique du canton de Vaud, ainsi qu'une attestation du secrétariat de la cellule master de l'unité de formation et de recherche sciences humaines et sciences de l'environnement de l'université Paul Valéry à Montpellier (ci-après: l'université Paul Valéry) dont il ressortait qu'il avait validé deux séminaires de la maîtrise d'histoire en 2003/2004 et l'unité d'enseignement d'atelier de la 1ère année du master histoire militaire, défense et politique de sécurité en 2005/ 2006.
Le même jour, X._ a déposé une demande d'équivalence pour une maîtrise universitaire d'études avancées en enseignement secondaire (ci-après: MAS).
Le 3 juin 2009, le responsable de la formation des enseignants du secondaire de l'IUFE a informé X._ qu'aucun de ses diplômes n'était équivalent à une maîtrise, aux termes de l'accord-cadre franco-suisse entre la conférence des présidents d'université française, la conférence des directeurs des écoles françaises d'ingénieurs et la conférence des recteurs des universités suisses (ci-après: CRUS), la conférence des recteurs des hautes écoles spécialisées suisses et la conférence suisse des rectrices et recteurs des hautes écoles pédagogiques, sur la reconnaissance des diplômes du 10 septembre 2008 (ci-après: l'accord-cadre 2008). En conséquence, son inscription ne pouvait être retenue. Aucune voie ni délai de recours n'étaient indiqués.
Par décision du 6 juillet 2009, le responsable de formation a déclaré irrecevable l'opposition déposée par l'intéressé contre la décision du 3 juin 2009. Le 27 août 2009, le responsable de formation a informé l'intéressé qu'il retirait la décision du 6 juillet 2009.
Le 11 septembre 2009, le responsable de formation a rendu une nouvelle décision sur opposition et refusé à X._ l'admission au certificat. Par acte daté du 8 novembre 2009, remis au consulat général de Suisse à Marseille à une date inconnue et transmis le 16 novembre 2009 par cette représentation diplomatique au Tribunal administratif, X._ a recouru contre la décision du 11 septembre 2009.
B. Par arrêt du 18 janvier 2011, notifié en Suisse au mandataire de l'intéressé, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours. Au moment du dépôt de son dossier de candidature, le recourant n'était pas détenteur d'un diplôme de master au sens de l'art. 3.2 de l'accord-cadre, soit d'un diplôme délivré, pour la France, après un cursus sanctionnant 120 crédits, acquis après une licence et, pour la Suisse, après un cursus sanctionnant 90 ou 120 crédits, acquis après un bachelor. Il n'était pas non plus inscrit dans un tel cursus dans le cadre duquel il aurait déjà obtenu 45 crédits. Il ne remplissait ainsi pas les conditions d'admission.
C. Par mémoire du 28 février posté le 2 mars 2011, X._ demande en substance au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 18 janvier 2011 par la Cour de Justice, de prononcer son admission immédiate à l'IUFE pour la session de formation de 2012 et de lui indiquer l'instance compétente pour ouvrir une action en dommage et intérêts. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire ainsi que la désignation d'un défenseur d'office.
L'Université de Genève conclut au rejet du recours "constitutionnel subsidiaire" dans la mesure où il est recevable. La Cour de justice s'en tient aux considérants de l'arrêt attaqué.
Considérant en droit:
1. Le recourant n'a pas indiqué par quelle voie de recours il procède auprès du Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (ATF 133 I 300 consid. 1.2 p. 302 s.). Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui sont déposés devant lui (ATF 136 II 470 consid. 1 p. 472).
1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). D'après l'art. 83 let. t LTF, le recours en matière de droit public n'est pas ouvert à l'encontre des décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession. En l'espèce, il s'agit d'une décision relative à l'inscription dans un cursus d'étude qui ne tombe pas sous le coup de l'art. 83 let. t LTF. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.2 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF), en particulier en contrevenant à l'interdiction de l'arbitraire (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322).
1.3 Le recours déposé auprès de l'instance précédente à l'encontre de la décision du 6 juillet 2009 a été déclaré sans objet par l'arrêt attaqué. Hormis ce dernier point à propos duquel le recourant ne se plaint pas, la décision du 6 juillet 2009 ne peut plus faire l'objet de griefs dans la présente procédure.
2. Le recourant soutient que la Cour de justice aurait dû prononcer la nullité de la décision rendue le 11 septembre 2009 par le responsable de formation de l'IUFE qui lui a été notifiée en France par voie postale, ce qui constituerait un acte d'autorité publique sur territoire étranger.
2.1 De jurisprudence constante, le droit international coutumier exclut tout exercice de la puissance publique d'un Etat sur le territoire d'un autre Etat sans le consentement de ce dernier (arrêts 2C_197/2011 du 22 mars 2011, consid. 2; 2A.49/1992 du 26 novembre 1992, consid. 2b in RDAT 1993 I n° 68 p. 175; cf. également LUZIUS CAFLISCH, Pratique suisse 1986, in ASDI 1987, p. 175).
2.2 En l'espèce, il n'est pas établi que la décision de refuser l'inscription du recourant auprès de l'IUFE en cause constitue bien un acte de puissance publique selon le droit interne de la France, où la décision a été notifiée au recourant. Cette question peut demeurer indécise, du moment que l'éventuelle irrégularité de la notification de la décision du 11 septembre 2009 a été guérie par la notification en bonne et due forme au mandataire du recourant de l'arrêt rendu le 18 janvier 2011 par la Cour de justice du canton de Genève (cf. arrêt 2A.49/1992 du 26 novembre 1992, consid. 2d in RDAT 1993 I n° 68 p. 175), qui revoit librement les décisions dont est recours (art. 61 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA/GE; RSGE E 5 10]). Dans ces conditions, il ne saurait y avoir en outre violation des art. 14 et 6 CEDH.
Les griefs du recourant sur ce point doivent être rejetés.
3. Le recourant se plaint de ce que son opposition aurait dû être traitée par la commission de recours RIOR avant d'être examinée par l'instance précédente et de ce que le signataire du prononcé du 11 septembre 2009 n'avait pas la compétence de rendre pareille décision.
Ces griefs sont irrecevables, du moment que le recourant n'expose pas conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF quelles dispositions légales de droit cantonal de procédure l'instance précédente aurait appliquées de manière arbitraire.
4. Invoquant les art. 95, 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF, le recourant soutient que l'instance précédente a établi de manière inexacte et incomplète les faits et que la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause: Il aurait déposé non pas une mais deux inscriptions conjointes, l'une au certificat complémentaire en didactique de la discipline et en sciences de l'éducation et l'autre en maîtrise spécialisée en enseignement secondaire.
Le grief doit être rejeté. Il ressort en effet clairement du dossier que le recourant a déposé une demande d'immatriculation pour intégrer le cursus permettant l'obtention du certificat complémentaire en didactique de la discipline et en sciences de l'éducation et une demande d'équivalence, qui n'est pas assimilable à une demande d'immatriculation. Par conséquent, c'est à juste titre que l'arrêt attaqué n'a eu pour objet que la demande d'inscription du recourant au Certificat complémentaire en didactique de la discipline et en sciences de l'éducation auprès de l'IUFE.
5. 5.1 Dans l'arrêt attaqué, l'instance précédente a fait application de l'art. 4 al. 1 du règlement des études auprès de l'IUFE du canton de Genève. Selon cet article, peuvent être admis les candidats qui remplissent les conditions générales d'immatriculation à l'université, sont titulaires d'un baccalauréat universitaire, d'une licence ou diplôme d'une université suisse ou d'un titre jugé équivalent par le comité de programme, dans une branche d'études enseignée dans le secondaire, sont inscrits dans un cursus de maîtrise universitaire et ont obtenu un minimum de 45 crédits ou sont titulaires d'une maîtrise.
Elle s'est fondée également sur l'accord-cadre franco-suisse du 10 septembre 2008 entre la Conférence des Présidents d'Université française (CPU), la Conférence des Directeurs des Ecoles Françaises d'Ingénieurs (CDEFI) et la Conférence des recteurs des universités suisses (CRUS), la Conférence des recteurs des hautes écoles spécialisées suisses (KFH) et la Conférence suisse des rectrices et recteurs des hautes écoles pédagogiques (COHEP) sur la reconnaissance des diplômes, dont l'objet est en substance de définir les modalités de la reconnaissance des diplômes, sans toutefois primer sur les conditions spécifiques d'admission, lorsqu'elles existent (art. 1 de l'accord-cadre 2008). Cet accord a abrogé l'accord-cadre franco-suisse du 1er décembre 2000 entre la Conférence des Présidents d'Université (CPU) et la Conférence des recteurs des universités suisses (CRUS) sur la reconnaissance des diplômes et la validation des acquis (ci-après: accord-cadre 2000).
Elle a jugé qu'au moment du dépôt de son dossier de candidature, le recourant n'était pas détenteur d'un diplôme de master au sens de l'art. 3.2 de l'accord-cadre 2008, soit d'un diplôme délivré, pour la France, après un cursus sanctionnant 120 crédits, acquis après une licence et, pour la Suisse, après un cursus sanctionnant 90 ou 120 crédits, acquis après un bachelor.
5.2 Examiner la maîtrise en géographie obtenue par le recourant en France à la lumière de l'art. 3.2 de l'accord-cadre 2008 est manifestement insoutenable en ce que cela viole l'interdiction de la rétroactivité (sur la notion arrêt 2C_719/2010 du 27 mai 2011, consid. 4.2, destiné à la publication), dès lors que ce dernier accord concerne la reconnaissance de diplômes délivrés sous le régime de Bologne et que la maitrise de géographie produite par le recourant date de 2001 et est antérieure à l'entrée en vigueur du régime de Bologne après 2004, pour le canton de Genève (cf. ANDREAS AUER, La déclaration de Bologne, PJA 2004, 712, p. 723), et en avril 2002, pour la France (Décret n° 2002-482 du 8 avril 2002 portant application au système français d'enseignement supérieur de la construction de l'Espace européen de l'enseignement supérieur; JORF n° 84 du 10 avril 2002, p. 6324). Dans son résultat, l'arrêt est aussi insoutenable. Il n'est en effet pas exclu que la maîtrise française de géographie du recourant, dont l'établissement date étonnamment non pas de 2001 mais de 2004, soit équivalente à une licence délivrée en Suisse avant l'introduction de la réforme de Bologne au sens de l'art. 3 de l'accord-cadre 2000 et de l'art. 6a des Directives de la CUS pour le renouvellement coordonné de l'enseignement des hautes écoles universitaires suisses dans le cadre du processus de Bologne du 4 décembre 2003, ce que le Tribunal fédéral ne peut examiner en l'espèce, raison pour laquelle la cause est renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision en ce sens.
6. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours dans la mesure où il est recevable. La cause est renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La requête d'assistance judiciaire est devenue sans objet. Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 68 al. 4 LTF) ni alloué de dépens, le recourant ayant obtenu gain de cause sans l'aide d'un mandataire professionnel. Bien que dûment invité par courrier du 8 mars 2011 à indiquer le nom et l'adresse d'une personne en Suisse à laquelle les envois judiciaires pouvaient être notifiés conformément à l'art. 39 al. 3 LTF, le recourant n'a pas jugé utile de fournir les indications demandées. Dans ces conditions, le Tribunal fédéral s'abstiendra d'adresser le présent arrêt au recourant par voie de notification.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable.
2. L'arrêt rendu le 18 janvier 2011 par la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, est annulé. La cause est renvoyée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
3. Il n'est pas perçu de frais de justice ni alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est conservé auprès de la Chancellerie du Tribunal fédéral à disposition du recourant et communiqué à l'Institut universitaire de formation des enseignants, à l'Université de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 7 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey