Sachverhalt:
A. X._ und Y._ wurden am 11. August 2005 von der Steuerverwaltung des Kantons Bern für das Steuerjahr 2003 abweichend von ihrer Selbstdeklaration auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 192'700.-- (Kantons- und Gemeindesteuern) bzw. Fr. 200'300.-- (direkte Bundessteuer) veranlagt. Die Aufrechnungen erfolgten gestützt auf die Steuerveranlagungen 2003 der A._ AG, Thun; Verwaltungsratspräsident dieser Gesellschaft sowie Anteilsinhaber zu mindestens 50% war bis zur deren Auflösung am 20. April 2007 X._. Neben diversen Spesen qualifizierte die Steuerverwaltung eine Investition in den Umbau einer Privatliegenschaft von X._ in der Höhe von Fr. 69'099.-- als geldwerte Leistung der AG an X._ und Y._ und somit als steuerbares Einkommen.
B. X._ und Y._ erhoben hiergegen erfolglos Einsprache bei der Steuerverwaltung des Kantons Bern, welche die Veranlagungsverfügungen mit Entscheid von 20. Dezember 2005 bestätigte. Gegen diesen Einspracheentscheid gelangten X._ und Y._ mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern; diese wies am 17. April 2007 Rekurs und Beschwerde in Sachen Kantonssteuer wie auch in Sachen direkter Bundessteuer ab. Mit Urteil vom 12. Juni 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die gegen den Entscheid der Rekurskommission erhobenen Beschwerden ab.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern erheben X._ und Y._ mit Eingabe vom 16. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung des Entscheides der Vorinstanz "in Bezug auf die direkte Bundessteuer 2003" und machen geltend, die getätigte Investition in der Höhe von Fr. 69'099.-- könne nicht als geldwerte Leistung beim Einkommen des Beschwerdeführers angerechnet werden.
D. Die Steuerverwaltung sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern verzichtet auf eine Stellungnahme.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) bzw. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Beschwerdegegenstand bilden vorliegend nur die direkten Bundessteuern, da die Beschwerdeführer ihr Rechtsbegehren auf die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides "in Bezug auf die direkte Bundessteuer 2003" beschränken.
1.3 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten. Im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzen (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
2. Nach Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Zu den steuerbaren geldwerten Vorteilen zählen unter anderem auch die in Art. 58 Abs. 1 lit. b DBG bei der Unternehmensbesteuerung ausdrücklich erwähnten so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten, denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Beim Drittvergleich sind in jedem Einzelfall alle konkreten Umstände des zwischen der Gesellschaft und dem Anteilseigner abgeschlossenen Geschäfts zu berücksichtigen, und es muss davon ausgehend bestimmt werden, ob das Geschäft in gleicher Weise mit einem mit der Gesellschaft nicht Verbundenen auch abgeschlossen worden wäre. Voraussetzung für die Annahme einer verdeckten Gewinnausschüttung ist schliesslich, dass sich der Leistungserbringer des Charakters der Leistung bewusst ist (BGE 119 Ib 116 E. 2 S. 119 f.; Urteil 2P.129/2003 vom 13. August 2004 E. 3.1 mit Hinweisen, in: StR 60/2005 S. 24; vgl. auch PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I. Teil, 2001, N. 121 ff. zu Art. 20; MARKUS REICH, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 46 ff. zu Art. 20).
Bei von der Gesellschaft getätigten Ausgaben kann mitunter das Kriterium der geschäftsmässigen Begründetheit von Aufwendungen die Funktion des Drittvergleichs übernehmen. Grundsätzlich sind nur solche Aufwendungen abziehbar, die in einem wirtschaftlichen Zusammenhang mit dem Erwerbsprozess der Gesellschaft stehen (vgl. RETO HEUBERGER, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, 2001, S. 184; PETER BRÜLISAUER/ FLURIN POLTERA, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, a.a.O, N. 47 zu Art. 58 DBG).
3. 3.1 Der angefochtene Entscheid beruht auf folgender tatsächlicher Grundlage:
Die A._ AG war bis Ende 2003 Mieterin einer Bürofläche von 240m2 sowie von Arbeitsräumen (ebenfalls 240m2) in der Privatliegenschaft des Beschwerdeführers an der Zelglistrasse 2A in Thun. Nach einem Umbau wurden die bestehenden Büroräumlichkeiten von 240m2 auf 120m2 verkleinert und auf der nicht mehr von der A._ AG genutzten Fläche eine Wohnung sowie ein Büro mit Ausstellungsraum erstellt. Per 1. Januar 2004 schlossen die A._ AG sowie der Beschwerdeführer einen neuen Mietvertrag über die reduzierte Bürofläche sowie die Arbeitsräume ab. Die übrigen Räumlichkeiten vermietete der Beschwerdeführer an Drittpersonen. Die Umbaukosten von Fr. 69'099.-- bezahlte die A._ AG vollumfänglich; dieser Betrag wurde zunächst im Konto "Investitionen fremde Liegenschaft" verbucht, in der Steuerveranlagung 2003 der Gesellschaft jedoch als Gewinn qualifiziert und entsprechend aufgerechnet. Der negative Einspracheentscheid gegen diese Veranlagung wurde von der A._ AG nicht angefochten.
3.2 Die Vorinstanz hielt dazu fest, dass die A._ AG dem Beschwerdeführer im Jahr 2003 ohne entsprechende Gegenleistung nicht geschäftsmässig begründete Leistungen im Umfang von Fr. 69'099.-- habe zukommen lassen. Die entsprechende Einkommensaufrechnung in der Steuerveranlagung der Beschwerdeführer aufgrund erhaltener geldwerter Vorteile sei zu Recht erfolgt.
3.3 Was die Beschwerdeführer dagegen vorbringen, lässt die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen; die Beschwerdeführer legen im Übrigen auch nicht dar, inwiefern eine Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG vorliegen soll:
3.3.1 Vorab machen die Beschwerdeführer geltend, die A._ AG habe zwecks Sanierung der Gesellschaft ihren Mietaufwand reduzieren müssen und es seien keine Alternativen zum Umbau der Mietliegenschaft zwecks Verkleinerung der eigenen Mietfläche zur Verfügung gestanden. Die Investition sei ausschliesslich im Interesse der Gesellschaft erfolgt. Diese Ausführungen decken sich im Wesentlichen wörtlich mit der vor dem Verwaltungsgericht eingereichten Begründung. Insofern ist fraglich, ob die Beschwerdeschrift in diesem Punkt den Mindestanforderungen gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG genügt (vgl. E. 1.4). Die Frage kann indes offen gelassen werden, da sich die Beschwerde in der Sache ohnehin als unbegründet erweist. Auf jeden Fall gelingt den Beschwerdeführern der rechtsgenügliche Nachweis, bei der in Frage stehenden Investition handle es sich um eine "Sanierungsmassnahme", nicht.
3.3.2 Die schon vor der Vorinstanz gestellten Beweisanträge (Parteiverhör und Augenschein am damaligen Sitz der Gesellschaft) sind unter Hinweis auf das in den Erwägungen 1.3 und 3.3 (eingangs) hiervor Ausgeführte abzuweisen. Im Übrigen ist ihre Relevanz von den Beschwerdeführern nicht genügend substantiiert dargelegt worden.
3.3.3 Auch die weiteren Vorbringen vermögen nicht zu überzeugen: Den Beschwerdeführern sind durch den Umbau der Mietliegenschaft keinerlei Kosten entstanden; sie verfügen seit dem Umbau jedoch nicht nur über vermietbare Büroräumlichkeiten, sondern zusätzlich über eine Wohnung sowie ein Büro mit Ausstellungsraum. Sie sind Eigentümer der Liegenschaft und profitieren somit vom Ergebnis der baulichen Investitionen. Das von den Beschwerdeführern geltend gemachte Argument der tieferen Mietzinseinnahmen verliert damit seine Bedeutung, umso mehr, als es ohnehin nur um eine kleine Differenz geht.
3.3.4 Die Beschwerdeführer bringen vor, im Rahmen des Umbaus sei auch der von der A._ AG weiterhin genutzte Teil der Bürofläche angepasst worden; dieser Anteil der Umbaukosten stelle keinen geldwerten Vorteil für die Beschwerdeführer dar. Es handelt sich hier um ein erstmals vor dem Bundesgericht geltend gemachtes Vorbringen, das ein unzulässiges Novum darstellt (Art. 99 BGG, vgl. E. 1.3). In diesem Punkt kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
3.3.5 Die Argumentation der Beschwerdeführer, eine Investition müsse nicht zwingend die Möglichkeit zusätzlicher Gewinnerzielung bezwecken, damit sie als geschäftsmässig begründet gilt, geht fehl: Die A._ AG war gemäss Handelsregisterauszug im Handel mit Lebensmitteln jeglicher Art, insbesondere Import und Export von Frisch- und Tiefkühlprodukten, tätig. Ein Zusammenhang mit der Investition in die private Liegenschaft der Beschwerdeführer ist somit nicht ersichtlich.
3.3.6 Die Begründung der Beschwerdeführer für den Verzicht auf die Anfechtung des negativen Einspracheentscheids vom 10. Oktober 2005 betreffend die Veranlagung 2003 der A._ AG - mit welcher der Betrag von Fr. 69'099.-- als Gewinn qualifiziert und aufgerechnet wurde - vermag nicht zu überzeugen: Es ist nicht nachvollziehbar, warum der Entscheid als nicht zutreffend bezeichnet wird, aber die Beschwerdeführer resp. die Gesellschaft trotzdem auf eine Beschwerde verzichtet haben.
3.3.7 Zusammengefasst ergibt sich, dass die Schlussfolgerung der Vorinstanz, die A._ AG habe den Beschwerdeführern im Jahr 2003 ohne entsprechende Gegenleistung nicht geschäftsmässig begründete Leistungen im Umfang von Fr. 69'099.-- zukommen lassen, nicht zu beanstanden ist. Die Beschwerdeführer vermögen nicht darzulegen, inwiefern die entsprechende Aufrechnung als Einkommen in der Steuerveranlagung 2003 der Beschwerdeführer aufgrund erhaltener geldwerter Vorteile eine Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG darstellen soll.
4. Damit erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung, der Steuerrekurskommission und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger