Faits:
A. A.a Par lettre du 11 août 1992, contresignée pour accord par Z._ et Y._, la Banque X._ a accordé aux prénommés, solidairement, un prêt hypothécaire en premier rang de 450'000 fr., aux conditions suivantes notamment:
"3. Garantie
Reprise de :
Fr. 150'000.- cédule hypothécaire du 19 octobre 1972, contre la société A._ SA, grevant en 1er rang l'article PPE 20179, soit 358 o/oo de l'article 424 de la commune de B._, propriété de A._ SA.
Fr. 50'000.- cédule hypothécaire du 22 janvier 1975, contre la même société, en notre faveur, grevant en 2ème rang après fr. 150'000.- le même article précité.
Ces titres se trouvent déjà en notre possession.
Remise de :
Fr. 250'000.- cédule hypothécaire à constituer contre vous-mêmes, Messieurs, en notre faveur, grevant en 3ème rang après fr. 200'000.- le même article ci-dessus.
(...)".
Sous chiffre 7 intitulé "Mise en vigueur", il était prévu que le prêt entrerait en vigueur dès que les emprunteurs auraient confirmé leur accord avec les conditions ci-dessus et que la Banque X._ serait en possession, notamment, de la déclaration de mise en garantie relative aux cédules hypothécaires de 150'000 fr. et 50'000 fr. dûment signée, ainsi que de l'avis d'instrumentation du notaire relatif à la constitution de la nouvelle cédule hypothécaire.
A.b Le 22 septembre 1992, A._ SA, Z._ et Y._ ont constitué, en tant que codébiteurs solidaires, une cédule hypothécaire de 250'000 fr. en faveur de la Banque X._ grevant la parcelle n° 20'179 de la commune de B._, propriété de A._ SA. Cette cédule a été remise à la Banque X._.
A.c Par courrier recommandé du 26 février 1997 adressé respectivement à Z._ et Y._, la Banque X._ a déclaré résilier ce prêt hypothécaire pour le 15 avril 1997. Le solde en faveur de la Banque X._ s'élevait, à cette date, à 456'340 fr. 70.
Le 29 juin 1998, la Banque X._ SA a repris par suite de fusion les actifs et passifs de la Banque X._.
B. B.a La faillite de A._ SA a été ouverte le 19 avril 2002. La créance de la Banque X._ SA résultant du prêt hypothécaire a été portée à l'état des charges comme créance garantie par gage immobilier pour un montant de 458'991 fr. 65. Dans le cadre du tableau de distribution relatif à la réalisation de la parcelle n° 20'179 du cadastre de la commune de B._, un montant de 243'350 fr. 05 a été attribué à la Banque X._ SA, laquelle a obtenu une attestation de découvert de 215'641 fr. 60.
B.b Le 4 avril 2006, à l'instance de la Banque X._ SA, Y._ s'est vu notifier un commandement de payer la somme de 215'641 fr. 60 avec intérêt à 5% dès le 19 février 2003; le poursuivi a fait opposition totale.
Après une première décision annulée par la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud, par arrêt du 20 septembre 2007, le Juge de paix du district de Vevey a prononcé le 9 mai 2008 la mainlevée provisoire de l'opposition à concurrence du montant requis.
B.c Par arrêt du 27 novembre 2008, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis le recours déposé par le poursuivi et réformé la décision attaquée en ce sens que l'opposition au commandement de payer est maintenue.
C. Contre cet arrêt, la Banque X._ SA interjette le 4 mai 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à sa réforme en ce sens que le prononcé de première instance est confirmé. Elle se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.), et d'une violation des art. 855 CC et 82 LP.
Dans le délai qui leur a été imparti pour se déterminer, Y._ a déclaré se référer à l'arrêt attaqué ainsi qu'à son mémoire de recours du 6 août 2008; la Cour des poursuites du Tribunal cantonal du canton du Vaud s'est également référée à son arrêt.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 La décision prise en matière de mainlevée provisoire de l'opposition est sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF) lorsque, comme en l'espèce, la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Elle est finale au sens de l'art. 90 LTF puisqu'elle met fin à la procédure (ATF 133 III 399 consid. 1.4 p. 400). Interjeté en temps utile (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF) par la partie qui a succombé en instance cantonale (art. 76 al. 1 LTF) à l'encontre d'une telle décision prise sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 LTF), le présent recours est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2 p. 550). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (ATF 133 IV 150 consid. 1.2 p. 152). Il ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), les exigences de motivation correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 133 III 393 consid. 6 p. 397).
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), à savoir que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation; ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
2. La cour cantonale a considéré que, conformément à l'art. 855 al. 1 CC, la remise de la cédule hypothécaire de 250'000 fr. constituée le 22 septembre 1992 a éteint par novation, à concurrence dudit montant, la créance causale issue du prêt. La poursuivante n'a pas produit de convention de fiducie et l'acte constitutif de la cédule ne contient pas de clause expresse d'exclusion de l'effet novatoire. En outre, il ne peut, selon elle, être déduit des pièces au dossier la volonté des parties d'écarter l'effet novatoire. A cet égard, les parties n'ont utilisé aucune des expressions constituant habituellement un indice en faveur d'un transfert fiduciaire à fin de garantie (remis à fin fiduciaire, afin de garantie, afin de sûreté, etc.). Il ne ressort par ailleurs ni du contrat de prêt hypothécaire ni des autres pièces du dossier un quelconque élément indiquant que les parties auraient entendu restreindre le pouvoir de disposition de la créancière sur la cédule. La poursuivante admet en procédure avoir reçu le titre "en pleine propriété". Selon le contrat de prêt hypothécaire, les intéressés devaient signer une "déclaration de mise en garantie" pour les deux autres cédules, mais non pour celle de 250'000 fr.; cette absence de déclaration de mise en garantie plaide également en faveur de la remise en pleine propriété du titre, donc de la novation.
3. 3.1 La recourante se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.). Elle reproche à la cour cantonale d'avoir omis de prendre en considération divers éléments et indices démontrant la volonté des parties d'exclure l'effet novatoire présumé de la constitution et de la remise d'une cédule hypothécaire. Ainsi, la lettre du 11 août 1992, par laquelle l'intimée a confirmé l'octroi d'un prêt hypothécaire, stipule expressément la remise de la cédule hypothécaire de 250'000 fr. à constituer au titre de "garantie"; cette mention indique clairement, selon elle, la volonté des parties de faire coexister la créance causale avec la créance cédulaire incorporée dans le titre à constituer. De même, les juges précédents ont négligé le fait que cette cédule de 250'000 fr. n'était pas la seule garantie du prêt hypothécaire, lequel devait en outre être garanti par deux autres cédules déjà existantes lors de la confirmation de l'octroi du prêt et dont la remise n'a par conséquent entraîné aucun effet novatoire. Il serait absurde de considérer que les parties auraient entendu nover partiellement la créance causale par la remise de la cédule de 250'000 fr. La cour cantonale aurait également perdu de vue que les débiteurs de la créance causale, à savoir Z._ et Y._, et de la créance cédulaire, à savoir A._ SA, Z._ et Y._, ne sont pas identiques; cette "non-identité" des parties aux deux rapports d'obligations causal et abstrait plaiderait elle aussi contre la novation. Enfin, la lettre du 11 août 1992 stipule que le prêt entrera en vigueur dès qu'un certain nombre de documents seront en possession de la banque, notamment l'avis d'instrumentation du notaire relatif à la constitution de la nouvelle cédule hypothécaire. Selon la recourante, cela exclut la novation, dès lors que la constitution de la cédule le 22 septembre 1992, et a fortiori l'avis d'instrumentation et sa remise à la banque, ne sont intervenus que postérieurement au contrat du 11 août 1992, soumis à conditions suspensives; or, seule une créance existante peut être remplacée par une nouvelle créance, de sorte que si la créance causale n'existe pas encore au moment de la constitution de la cédule hypothécaire, la novation ne se produit pas. La recourante reprend ce dernier raisonnement à l'appui de son grief relatif à la prétendue violation de l'art. 855 al. 1 CC.
3.2 La constitution d'une cédule hypothécaire donne naissance à une créance nouvelle, à savoir la créance résultant de la reconnaissance de dette exprimée dans le titre. Cette reconnaissance de dette est abstraite, en ce sens qu'elle n'énonce pas sa cause. Il n'est pas nécessaire que les parties soient liées par une obligation. Cependant, la cédule est souvent constituée alors que les parties sont déjà débitrice et créancière l'une de l'autre; il s'agit par exemple de garantir par la cédule le remboursement d'un prêt qui a déjà été contracté au moment de la constitution de celle-ci. L'art. 855 al. 1 CC prévoit pour ce second cas, que la constitution de la cédule éteint par novation l'obligation dont elle résulte; l'ancienne créance s'éteint par la création d'une nouvelle créance incorporée dans la cédule hypothécaire, qui prend alors sa place. La règle de l'art. 855 al. 1 CC est toutefois de droit dispositif (al. 2) et les parties peuvent convenir d'une juxtaposition des deux créances: la créance abstraite (garantie par gage immobilier) constatée dans la cédule vient alors doubler la créance causale aux fins d'en faciliter et d'en garantir le recouvrement (ATF 132 III 166 consid. 6.2 p. 169; 119 III 105 consid. 2a p. 106-107).
3.3 La novation est subordonnée à la condition de l'existence d'une créance originaire ou causale. Celle-ci doit être valable pour que la novation le soit aussi (ATF 107 II 440 consid. 1 p. 448). Selon certains auteurs, cette créance causale doit, pour que l'effet novatoire se produise, exister au moment de la naissance de la créance nouvelle; si la créance causale n'existe pas à cet instant, la novation ne se produit pas et la créance causale naîtra ultérieurement et subsistera parallèlement à la créance cédulaire (SYDNEY KAMERZIN, Le contrat constitutif de cédule hypothécaire, Fribourg 2003, n° 655 p. 268 et n° 672 p. 275; WIEGAND, Theorie und Praxis der Grundpfandrechte, Berne 1996, p. 90). Pour d'autres, la novation peut également se produire dans le cas où le débiteur garantit un nouveau prêt contre la remise de la cédule hypothécaire au créancier; dans cette situation, il ne se produit pas une novation à proprement parler, dans la mesure où il n'existe pas encore de créance qui puisse être novée. Cela suppose que le créancier qui octroie le prêt contre la remise de la cédule hypothécaire obtienne uniquement la créance découlant du titre, sans recevoir en plus la créance découlant du prêt (STAEHELIN, Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 3e éd. 2007, n° 5 ad art. 855 CC et les références; MÖCKLI, Das Eigentümergrundpfandrecht, Berne 2001, p. 53). Il n'est toutefois pas nécessaire en l'espèce de trancher cette controverse, dans la mesure où l'interprétation du contrat conclu par les parties impose dans tous les cas de conclure à la garantie fiduciaire (cf. infra, consid. 3.5).
3.4 Savoir si l'on est en présence d'une garantie directe ou d'une garantie fiduciaire dépend du contenu du contrat passé entre les parties.
Lorsque toutes les clauses obligationnelles relatives aux intérêts, au remboursement et à la dénonciation de la créance sont énoncées dans le titre que constitue la cédule, on est en présence d'une garantie directe. Lorsqu'une convention séparée contient des clauses obligationnelles, il faut la qualifier: si elle contient une mention qu'il s'agit-là de précisions de la cédule, celle-ci constitue alors une garantie directe; si, en revanche, elle est intitulée prêt, compte-courant ou contrat de crédit et renvoie à la cédule hypothécaire en tant que garantie, le rapport juridique de base subsiste et la cédule est remise à titre de garantie fiduciaire (STAEHELIN, Betreibung und Rechtsöffnung beim Schuldbrief, in AJP 10/94 p. 1258/1259) .
Lorsque le débiteur de la cédule, désigné sur le titre, et le débiteur de la créance de base n'est pas le même, il n'est guère possible que la présomption en faveur d'une garantie directe au détriment d'une garantie fiduciaire vaille; en effet, la remise d'une cédule hypothécaire pour la dette d'un tiers a lieu, en principe, en garantie et non en dation en paiement (STAEHELIN, ibidem). Le Tribunal fédéral a eu l'occasion de trancher que la constitution d'une cédule ne peut entraîner l'extinction d'une dette dont les débiteurs cédulaires ne sont pas eux-mêmes les débiteurs de l'obligation causale (arrêt 5C.28/1998 du 14 mai 1998, in SJ 1998 p. 549).
3.5 En l'espèce, il résulte des constatations de fait de l'autorité cantonale que les parties sont convenues de la conclusion d'un prêt sous conditions suspensives, à savoir notamment la signature de la déclaration de mise en garantie des deux cédules existantes et l'avis d'instrumentation de la constitution de la nouvelle cédule de 250'000 fr. Le même régime est prévu pour les trois cédules. La constitution de cette troisième cédule figure sous chiffre 3, intitulé "garantie", du contrat litigieux. Les débiteurs de cette cédule ne sont pas les mêmes que ceux de la créance causale et l'immeuble appartient à un seul des débiteurs mentionnés sur la cédule, à savoir A._ SA. L'interprétation objective de ces éléments impose de conclure à la garantie fiduciaire: contrairement à ce qu'ont retenu les juges précédents, il est précisé que la cédule est constituée en garantie du prêt; en outre, selon la volonté des parties, trois cédules ont été données en garantie du prêt, or il ne résulte pas du contrat que les cocontractants aient envisagé deux régimes de garantie différents et, partant, une novation partielle de la créance; enfin, il est manifeste que si le prêt était d'un montant inférieur aux cédules, par le biais de remboursement, les débiteurs auraient voulu s'en prévaloir.
4. Vu ce qui précède, le recours doit être admis et l'arrêt cantonal réformé en ce sens que le prononcé de première instance, admettant la requête de mainlevée, est confirmé. L'intimé, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 CC) et versera des dépens à la recourante (art. 68 al. 1 LTF). La cause sera renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt cantonal est réformé en ce sens que l'opposition formée par Y._ au commandement de payer n° 314'711 de l'Office des poursuites de C._ notifié le 4 avril 2006 est levée provisoirement à concurrence de 215'641 fr. 60 avec intérêts à 5 % l'an dès le 19 février 2003.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 4'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 5 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet