Erwägungen:
1. X._ und Y._, die in R._ eine Praxis für Zahnprothetik betreiben, sind von der Eidgenössischen Steuerverwaltung zur Bezahlung von Mehrwertsteuern verpflichtet worden. Die entsprechenden Einspracheentscheide fochten sie am 25. Juni 2008 beim Bundesverwaltungsgericht an, welches zwei Verfahren eröffnete und mit Zwischenverfügungen vom 3. Juli 2008 von X._ und Y._ je einen Kostenvorschuss von 2'500 Franken verlangte.
2. 2.1 Am 3. Juli 2008 haben X._ und Y._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht mit dem sinngemässen Antrag, sie je von der Kostenvorschusspflicht zu befreien, eventuell den zu leistenden Kostenvorschuss auf insgesamt 600 Franken zu reduzieren.
2.2 Zwischenentscheide, die einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können, sind selbständig mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anfechtbar (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Die Aufforderung zur Leistung eines Kostenvorschusses kann einen solchen Nachteil zur Folge haben, wenn die angerufene Behörde - wie hier - androht, auf die Eingabe nicht einzutreten, falls der Vorschuss nicht (rechtzeitig) bezahlt werde (BGE 128 V 199 E. 2 S. 201 ff.). Die vorliegende Beschwerde ist daher zulässig. Allerdings ist für eine rechtsgenügliche Beschwerdeeinreichung erforderlich, dass im Rahmen der Begründung in gedrängter Form dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die entsprechenden Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Ob die vorliegende Eingabe diesen Anforderungen genügt, ist fraglich, kann aber offen bleiben, zumal sich die Beschwerde als offensichtlich unbegründet erweist und im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG (mit summarischer Begründung und unter Verzicht auf Einholung von Akten und Vernehmlassungen) abgewiesen werden kann.
3. Die Beschwerdeführer scheinen zu verkennen, dass das Bundesverwaltungsgericht nicht frei darüber befinden kann, ob es einen Kostenvorschuss erheben will. Vielmehr ist es gemäss Art. 63 Abs. 4 VwVG gehalten, grundsätzlich von allen Beschwerdeführern einen Vorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten zu erheben. Es kann nur dann ganz oder teilweise auf einen Vorschuss verzichten, "wenn besondere Gründe vorliegen" (Satz 3), wobei die speziellen Gegebenheiten in Bezug auf die Leistung des Kostenvorschusses darzutun sind und einen Verzicht auf dessen Erhebung angezeigt erscheinen lassen müssen (vgl. Urteil 2A.536/2005 vom 16. September 2005, E. 3). Derartige Gründe sind vorliegend weder ersichtlich noch geltend gemacht.
Die Vorschussleistung dient im Übrigen allein dazu, für den Fall, dass die Beschwerdeführer mit ihren Anträgen unterliegen und deshalb kostenpflichtig werden (vgl. Art. 63 Abs. 1 VwVG), die Abgeltung jenes Aufwands sicherzustellen, der dem Gericht durch das betreffende Verfahren entstanden ist. Weshalb diese allgemeine Pflicht zur Vorschussleistung im Fall der Beschwerdeführer eine "ungerechte Bestrafung" darstellen sollte, ist nicht nachvollziehbar. Schliesslich liegt die Höhe des Kostenvorschusses mit insgesamt 5'000 Franken zwar am oberen Rand des Zulässigen; dieser Betrag hält sich aber - angesichts eines Streitwerts von 70'000 Franken (Auskunft des Bundesverwaltungsgerichts vom 16. Juli 2008) - an den vorgegebenen Rahmen und ist insofern noch bundesrechtskonform (Art. 4 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [SR 173.320.2] sieht für Verfahren mit einem Streitwert zwischen 50'000 und 100'000 Franken eine Gerichtsgebühr von 1'500 bis 5'000 Franken vor). Aus dem Umstand, dass die Beschwerdeführer in einem früheren (noch von der Eidgenössischen Steuerrekurskommission geführten) Verfahren einen geringeren Kostenvorschuss von offenbar bloss 600 Franken bezahlen mussten, können sie schon deshalb nichts für sich ableiten, weil der Streitwert damals bloss 6'000 Franken betragen hatte.
4. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG). Parteientschädigung ist keine auszurichten (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juli 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Hungerbühler Häberli