Sachverhalt:
A. A.a Am 21. Juni 2012 ersuchte A._ (Gesuchsteller, Beschwerdeführer) das Kreisgericht St. Gallen um vorsorgliche Beweisführung in der Form eines Gutachtens zu seinem Valideneinkommen. Zur Begründung brachte er vor, er sei unfallbedingt invalid und für die Unfallfolgen würden unbestrittenermassen die Versicherung X._ AG (Gesuchsgegnerin 1, Beschwerdegegnerin 1) und die Versicherung Y._ AG (Gesuchsgegnerin 2, Beschwerdegegnerin 2) als Motorfahrzeughaftpflichtversicherer haften. Einer gütlichen Einigung stehe vor allem die unterschiedliche Beurteilung des Valideneinkommens im Weg. Während nach Ansicht der Gesuchsgegnerinnen die Leistungen der Sozialversicherer von aktuell jährlich Fr. 64'526.40 seine Erwerbseinbusse decken würden, gehe er von einem hypothetischen Valideneinkommen von jährlich Fr. 162'907.-- aus. Dies ergebe eine Deckungslücke von rund Fr. 100'000.--. Das beantragte Gerichtsgutachten sei geeignet, die Beweis- und Prozessaussichten zu klären und damit einen langwierigen Prozess zu vermeiden.
A.b Mit Entscheid vom 30. Oktober 2012 wies der Einzelrichter des Kreisgerichts St. Gallen das Gesuch ab (Dispositiv-Ziff. 1), auferlegte A._ die Gerichtskosten (Dispositiv-Ziff. 2) und verurteilte ihn zur Zahlung einer Parteientschädigung (Dispositiv-Ziff. 3).
B. B.a Dagegen erhob A._ beim Kantonsgericht St. Gallen Berufung mit dem Antrag, der Entscheid des Einzelrichters des Kreisgerichts St. Gallen sei aufzuheben und es sei ein Gutachten zu seinem Valideneinkommen in Auftrag zu geben.
B.b Mit Entscheid vom 22. Januar 2013 hob der Einzelrichter im Obligationenrecht des Kantonsgerichts St. Gallen Dispositiv-Ziff. 3 des Entscheides des Kreisgerichts auf und wies die Berufung im Übrigen ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 13. Februar 2013 beantragt A._ dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben und der Einzelrichter des Kreisgerichts St. Gallen anzuweisen, ein Gutachten zum Valideneinkommen des Beschwerdeführers in Auftrag zu geben. Eventuell sei der Einzelrichter des Kreisgerichts St. Gallen anzuweisen, zum Beweis dafür, dass sich das Geschäft des Beschwerdeführers 2001 in der Aufbauphase befand, der Beschwerdeführer seinen Betrieb sukzessive auf 10-15 Mitarbeiter zu erweitern beabsichtigte und diese Mitarbeiter wie er selbst vor Ort beschäftigt waren bzw. wären, den Beschwerdeführer und seine Frau sowie 7 Zeugen zu befragen. Der Beschwerdeführer beantragt zudem, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die Beschwerdegegnerinnen beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien reichten unaufgefordert Replik und Dupliken ein.
D. Mit Präsidialverfügung vom 8. April 2013 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 137 III 417 E. 1 mit Hinweisen).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. Art. 72 BGG), die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (Art. 76 Abs. 1 BGG), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 BGG).
1.2 Der angefochtene Entscheid betrifft ein Gesuch um vorsorgliche Beweisführung, auf das die Bestimmungen über die vorsorglichen Massnahmen Anwendung finden (Art. 158 Abs. 2 ZPO). Massnahmenentscheide gelten nur dann als Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmenentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, stellen Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG dar (BGE 138 III 76 E. 1.2; 134 I 83 E. 3.1 S. 86 f.).
Der vorliegend angefochtene Entscheid ist in einem Gesuchsverfahren betreffend vorsorgliche Beweisführung ergangen, das von der Einleitung eines ordentlichen Hauptverfahrens unabhängig und damit eigenständig ist. Mit dem angefochtenen Entscheid wurde das Gesuch abgewiesen und damit das Gesuchsverfahren zum Abschluss gebracht. Es handelt sich folglich um einen Endentscheid i.S. von Art. 90 BGG (BGE 138 III 76 E. 1.2 S. 79; 138 III 46 E. 1.1 S. 46 f.). Dagegen ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig.
2. 2.1 Bei einem Entscheid über vorsorgliche Beweisführung handelt es sich um einen Entscheid i.S. von Art. 98 BGG (BGE 138 III 46 E. 1.1 S. 46; 133 III 638 E. 2 S. 639). Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers gilt dies nicht nur bei Gefährdung der Beweismittel, sondern auch, wenn um vorsorgliche Beweisführung zur Abklärung der Beweis- und Prozessaussichten ersucht wird (vgl. Urteil 4A_532/2011 vom 31. Januar 2012 Sachverhalt B.a und E. 1.4, nicht publ. in: BGE 138 III 76). Mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann nach Art. 98 BGG nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden.
Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das bedeutet, dass klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (BGE 134 I 83 E. 3.2; 134 II 244 E. 2.2; 133 III 439 E. 3.2 S. 444 f.; je mit Hinweisen).
2.2 Solche Rügen bringt der Beschwerdeführer nicht vor. Er rügt lediglich, die Vorinstanz habe Art. 8 ZGB sowie Art. 158 und 221 ZPO verletzt. In seiner Replik macht er zwar geltend, er habe die Verletzung von Art. 9 und 29 BV substanziiert behauptet. Diese Rügen sind in der Beschwerdeschrift indessen nicht zu finden. Die Replik darf ihrerseits nicht dazu verwendet werden, die Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. BGE 135 I 19 E. 2.2; 132 I 42 E. 3.3.4). Da der Beschwerdeführer keine zulässigen Rügen gegen den angefochtenen Entscheid vorbringt, kann auf seine Beschwerde nicht eingetreten werden.
3. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter im Obligationenrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Mai 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier