Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête dirigée contre B._, C._, D._ et autres pour blanchiment d'argent, faux dans les titres et les certificats notamment, le Ministère public de la Confédération (MPC) a procédé, le 3 septembre 2009, au blocage d'un compte bancaire détenu par la société fiduciaire A._ auprès de la banque X._. Un refus de lever ce séquestre a été confirmé le 14 janvier 2011 par la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral, puis par le Tribunal fédéral (arrêt 1B_60/2011 du 1er avril 2011): D._ était soupçonné d'escroqueries aux Etats-Unis et il existait des indices d'actes de blanchiment. L'identité de l'ayant droit du compte et l'origine des fonds n'avaient pas été suffisamment établies.
Par décision du 16 mai 2012, le MPC a à nouveau refusé de lever le séquestre, décision contre laquelle A._ a recouru. Le 18 juin 2012, le MPC a également refusé de libérer 500 fr. du compte séquestré afin de permettre le financement de cartes d'admission à deux assemblées générales auxquelles A._ voulait participer. Celle-ci a à nouveau recouru.
B. Par arrêt du 17 octobre 2012, la Cour des plaintes a rejeté les deux recours. La recourante avait donné des renseignements contradictoires sur l'identité de l'ayant droit économique du compte. Elle évoquait une vente de titres "Y._" en faveur de l'ayant droit, mais cette vente était intervenue en 2007, soit antérieurement à l'opération de mars 2009 à l'origine des fonds qui se trouvaient sur le compte. D'autres opérations suspectes, de débit ou de crédit, donnaient à penser qu'il pouvait s'agir d'un compte de passage en faveur de plusieurs ayants droit ou de B._ lui-même.
C. A._ forme un recours en matière pénale contre ce dernier arrêt. Elle conclut à ce que l'état de fait soit complété et à ce que l'arrêt soit réformé en ce sens que le séquestre de son compte est levé. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause au TPF pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Le MPC conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contrainte. Les décisions relatives au séquestre d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (ATF 136 IV 92 consid. 2.2 p. 94).
1.1 La décision ordonnant ou maintenant un séquestre pénal constitue une décision incidente (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, car le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131). La société recourante, titulaire du compte séquestré, a qualité pour agir au sens de l'art. 81 al. 1 LTF.
1.2 Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation et l'application des conditions posées par le droit fédéral pour les atteintes aux droits fondamentaux (art. 95 let. a LTF; cf. ATF 128 II 259 consid. 3.3 p. 269). La décision relative aux mesures de contrainte ne constitue pas une décision sur mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF. La limitation des griefs prévue par cette disposition, de même que le principe d'allégation au sens de l'art. 106 al. 2 LTF ne s'appliquent donc pas. Cela vaut également pour le séquestre d'objets ou de valeurs patrimoniales (ATF 129 I 103 consid. 2 p. 105 ss). Dans la mesure où les conditions de l'art. 93 al. 1 LTF sont réunies pour statuer à propos d'une décision incidente, le Tribunal fédéral examine librement l'admissibilité de la mesure malgré son caractère provisoire compte tenu de la gravité de l'atteinte et afin d'assurer le respect des garanties de la CEDH (art. 36 et 190 Cst.; cf. ATF 131 I 333 consid. 4 p. 339; 425 consid. 6.1 p. 434 et les références). S'agissant en revanche de l'application de notions juridiques indéterminées, le Tribunal fédéral respecte la marge d'appréciation qui appartient aux autorités compétentes (cf. ATF 136 IV 97 consid. 4 p. 100 et les références).
2. Se plaignant d'une violation de son droit d'être entendue, la recourante entend compléter les faits retenus par la Cour des plaintes, s'agissant des versements opérés par D._ en faveur de la société soeur E._. Au 1er mai 2008 (soit avant les versements suspects sur son propre compte), ces avoirs ne s'y trouvaient plus, de sorte qu'il n'y aurait aucun lien possible avec le compte de la recourante. Ces affirmations n'ont toutefois pas été méconnues par la Cour des plaintes, qui les a rappelées au consid. 3.3 de son arrêt et en a tenu compte en relevant que le lien direct avec les fonds de D._ apparaissait à ce jour "moins évident" (consid. 4.3). Par ailleurs, la recourante perd de vue que les transferts entre les comptes de E._ et le sien ne sont pas les seuls motifs du maintien du séquestre. L'autorité d'instruction considère en effet que l'identité de l'ayant droit économique n'est pas suffisamment établie, que les allégations quant à la vente des actions Y._ ne sont pas prouvées et que d'autres opérations suspectes auraient été effectuées sur le même compte. Les faits allégués ne sauraient dès lors être tenus pour déterminants au sens de l'art. 105 al. 2 LTF. La recourante estime aussi que la provenance illicite des fonds de D._ ne serait pas prouvée, mais il ressort du dossier que celui-ci est mis en cause par les autorités américaines, pour des transactions frauduleuses commises entre 2005 et 2007 sous la forme d'une manipulation de cours boursiers au détriment d'investisseurs. Ces renseignements peuvent constituer, au stade du séquestre, des soupçons suffisants.
3. La recourante se plaint d'une application arbitraire des art. 197 et 263 ss CPP. Elle relève que les 8,6 millions d'euros parvenus sur le compte de E._ en juin et juillet 2007 ne s'y trouvaient plus lors du virement en sa faveur de 4,6 millions d'USD intervenu entre avril et juin 2009. Il n'y aurait dès lors aucun lien possible entre ces fonds et les agissements reprochés à D._. Après plus de trois ans d'enquête, il n'existerait que des soupçons d'ordre général, et aucune vraisemblance. La recourante conteste l'existence d'une infraction préalable, ainsi que d'actes de blanchiment.
3.1 Le séquestre pénal au sens de l'art. 263 CPP est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. Une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des valeurs dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront faire l'objet d'une créance compensatrice en application du droit pénal fédéral (ATF 126 I 97 consid. 3d/aa p. 107 et les références citées). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation, respectivement de créance compensatrice (SJ 1994 p. 90 et 102).
3.2 La recourante conteste en vain l'existence d'infractions préalables. En effet, D._ est clairement mis en cause par les autorités américaines, en particulier la SEC, et l'on ne voit pas en quoi sa simple réputation d'homme d'affaires - ou l'absence de condamnation à ce jour - permettrait de contester ces soupçons (cf. arrêt 1B_716/2011 du 9 février 2012, consid. 2.1.1). La recourante méconnaît que les soupçons de l'autorité d'instruction reposent également sur les incertitudes quant à l'ayant droit économique du compte: selon le formulaire A, il s'agissant de A._ elle-même, mais, par la suite, la recourante a indiqué une autre personne et fourni un nouveau formulaire A correspondant (puis un document indiquant la même personne par l'intermédiaire d'un trust) sans expliquer les raisons de ces modifications. Se fondant sur le rapport du CCEF du 13 septembre 2012, la Cour des plaintes a encore relevé qu'une vente des actions Y._ au bénéfice de l'ayant droit économique avait déjà eu lieu vers le mois de décembre 2007, de sorte qu'il était douteux que la transaction intervenue en mars 2009, justifiant le crédit de 4,6 millions d'USD, porte sur les mêmes titres. Enfin, le compte séquestré aurait connu plusieurs opérations (retraits en espèces et achat d'or) au sujet desquelles aucune explication n'aurait été donnée. Ces incertitudes viennent confirmer les soupçons et justifient ainsi le maintien du séquestre.
3.3 La recourante invoque incidemment le principe de proportionnalité. Elle se contente toutefois d'affirmer que le séquestre a été ordonné il y a plus de trois ans et qu'il porte sur des sommes considérables. Sa propre viabilité serait mise en péril si elle était appelée à restituer les avoirs à l'ayant droit. Même avéré, un tel risque ne saurait faire échec à une mesure de contrainte dont le bien-fondé est par ailleurs reconnu. La recourante ne prétend pas que l'enquête aurait connu des retards inadmissibles et, compte tenu des soupçons et incertitudes relevés ci-dessus, on ne saurait qualifier d'investigatoires les recherches du MPC.
3.4 Enfin, la recourante ne conteste pas l'arrêt attaqué en tant qu'il confirme le refus de libérer un montant de 500 fr. Selon la Cour des plaintes en effet, la recourante dispose d'autres avoirs disponibles, pour plusieurs millions de francs.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Cour des plaintes.
Lausanne, le 16 janvier 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz