Sachverhalt:
A. In einem von der X._ AG (Beschwerdeführerin) gegen die Y._ GmbH (Beschwerdegegnerin) sowie A._ (Beschwerdegegner) eingereichten Forderungsprozess über Fr. 1'149'562.50 nebst Zins gemäss Kaufvertrag über die Marke B._ sowie Fr. 23'386.-- Aufwendungen und Kosten für das Rechtsöffnungsverfahren trat das Handelsgericht des Kantons Zürich auf die Klage im Umfang von Fr. 23'386.- nicht ein, wies die Hauptklage ab, stellte in teilweiser Gutheissung der Widerklage fest, dass die auf die X._ AG eingetragene Marke B._ nichtig sei und verpflichtete die Beschwerdeführerin zur Zahlung von Fr. 82'169.30 nebst Zins an die Beschwerdegegnerin. Die Beschwerdeführerin legte kantonale Nichtigkeitsbeschwerde ein mit den Anträgen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung der Klage bzw. Widerklage zurückzuweisen. Zur Begründung machte sie im Wesentlichen geltend, die Feststellung der Nichtigkeit ihrer Marke beruhe auf fehlerhafter Würdigung des Sachverhalts und nicht haltbarer Auslegung gesetzlicher Bestimmungen. Die Beschwerdeführerin wurde mit Präsidialverfügung vom 25. Juni 2009 unter der Androhung des Nichteintretens zur Leistung einer Prozesskaution von Fr. 55'000.-- aufgefordert. Gegen diesen Entscheid erhob sie Einsprache mit dem Antrag, die Prozesskaution auf höchstens Fr. 30'000.-- festzusetzen. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies die Einsprache mit Zwischenbeschluss vom 7. Oktober 2009 ab.
B. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung des angefochtenen Beschlusses, eventuell die Festsetzung der Prozesskaution auf Fr. 30'000.--. Der Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung erteilt. Vernehmlassungen zur Beschwerde wurden nicht eingeholt.
Erwägungen:
1. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend anführt, handelt es sich beim angefochtenen um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG, gegen welchen die Beschwerde in Zivilsachen - abgesehen vom hier nicht gegebenen Ausnahmefall gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG - nur zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Dabei muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte (BGE 134 III 188 E. 2.1 S. 190 f. mit Hinweisen). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist anzunehmen, die Aufforderung zur Leistung eines Kostenvorschusses verbunden mit der Androhung, dass im Säumnisfall auf die Klage bzw. das Rechtsmittel nicht eingetreten wird, führe zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG (Urteil des Bundesgerichts 4A_100/2009 vom 15. September 2009 E. 1.3 mit Hinweisen, nicht publ. in BGE 135 III 106). Der Streitwert bestimmt sich bei Beschwerden gegen Vor- und Zwischenentscheide nach den Begehren, die vor der Instanz streitig sind, wo die Hauptsache hängig ist (Art. 51 Abs. 1 lit. c BGG). Das Rechtsbegehren in der Hauptsache vor dem Sachgericht lautet auf Bezahlung von knapp Fr. 1'255'117.80, womit der erforderliche Streitwert von Fr. 30'000.-- erreicht wird (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
1.1 Mit der Beschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Soweit sich der angefochtene Entscheid auf Quellen des kantonalen Rechts stützt, welche nicht in Art. 95 lit. c-e BGG genannt werden, beschränkt sich die Überprüfung durch das Bundesgericht demgegenüber auf die Frage, ob die Anwendung des kantonalen Rechts zu einer Bundesrechtswidrigkeit führt. Im Vordergrund steht dabei eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte, insbesondere des Willkürverbots nach Art. 9 BV (BGE 133 I 201 E. 1 S. 203 mit Hinweisen; zum Begriff der Willkür BGE 132 III 209 E. 2.1 S. 211 mit Hinweisen). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 393 E. 6 S. 397; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Soweit die Beschwerdeführerin diese Anforderungen nicht erfüllt, ist auf ihr Rechtsmittel nicht einzutreten.
1.2 Vor Bundesgericht wehrt sich die Beschwerdeführerin nicht mehr gegen die Bezifferung des massgeblichen Streitwerts auf Fr. 1'255'117.80. Vielmehr rügt sie, die Vorinstanz habe mit der Bemessung der Kaution auf Fr. 55'000.-- das ihr zustehende Ermessen überschritten. Sie habe missachtet, dass gemäss § 2 Abs. 3 der Verordnung des Obergerichts über die Anwaltsgebühren vom 21. Juni 2006 (AnwGebV; LS 215.3) bei einem offensichtlichen Missverhältnis zwischen dem Streitwert und dem notwendigen Zeitaufwand des Anwalts eine entsprechende Herabsetzung der Anwaltsgebühr zu erfolgen habe und dass gemäss § 2 Abs. 1 der Verordnung des Obergerichts über die Gerichtsgebühren vom 4. April 2007 (GebV; LS 211.11) nebst dem Streitwert der Zeitaufwand des Gerichts und die Schwierigkeit des Falles als Grundlagen für die Bemessung der Gebühr zu beachten seien. Aufgrund der Schwierigkeit und des Umfangs der zu beantwortenden Fragen ist nach Auffassung der Beschwerdeführerin eine Entschädigung an das Gericht im Umfang von rund Fr. 30'000.-- und für die Anwaltskosten von Fr. 20'000.-- übersetzt. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf den verfassungsmässig garantierten Zugang zu Gerichten und weist darauf hin, das Handelsgericht habe als erste und einzige kantonale Instanz mit umfassender Kognition geurteilt. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Einzelkostendeckungs- und des Äquivalenzprinzips und ist der Auffassung, der zu erwartende Zeitaufwand rechtfertige höchstens eine Prozesskaution von Fr. 30'000.--.
1.3 Die Vorinstanz legte indessen dar, dass ihre beschränkte Kognition nicht einen kleineren gerichtlichen Aufwand bedeutet, da jede Rüge danach zu untersuchen sei, ob sie nach § 288 Abs. 1 Ziff. 3 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 (ZPO/ZH, LS 271) hinreichend begründet sei und ob sie unter dem Aspekt von § 285 ZPO/ZH überhaupt geprüft werden könne. Die Beschwerdeführerin berufe sich auf Aktenwidrigkeit, Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör, auf ihr Recht auf Beweis, Beweisverfahren und Urteilsbegründung, auf Willkür sowie auf Verletzung der Verhandlungsmaxime. Der angefochtene Entscheid umfasse 20 und die Kassationsbeschwerde 27 Seiten. Unter diesen Umständen könne von einem zu erwartenden geringen Aufwand des Kassationsgerichts für die Behandlung der Nichtigkeitsbeschwerde nicht die Rede sein. Dass der Aufwand der Beschwerdegegner in einem Missverhältnis zu der nach dem Streitwert von Fr. 1'255'117.80 zu berechnenden Anwaltsgebühr stünde, mache die Beschwerdeführerin nicht geltend. Dies sei mit Blick darauf, dass sich die Beschwerdegegner in einer allfälligen Beschwerdeantwort mit der Beschwerde und dem angefochtenen Urteil auseinander zu setzen hätten, auch nicht ersichtlich.
1.4 Mit diesen Erwägungen setzt sich die Beschwerdeführerin in keiner Weise auseinander. Sie behauptet schlicht, es liege ein Missverhältnis zwischen Streitwert und Aufwand des Gerichts und des Anwalts vor und schliesst daraus auf die Übermässigkeit der Prozesskaution. Damit kommt sie ihrer Begründungsobliegenheit (Art. 42 Abs. 2 BGG) nicht nach, weshalb auf ihre Beschwerde nicht einzutreten ist.
2. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kostenpflichtig. Dagegen ist den Beschwerdegegnern, die nicht zur Stellungnahme in der Sache aufgefordert wurden und mit ihrem Antrag auf Abweisung des Gesuchs um aufschiebende Wirkung unterlegen sind, keine Parteientschädigung zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Januar 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak