Sachverhalt:
A. Nach einer Anmeldung zur Frühintervention am 4. Juli 2008 meldete sich der 1966 geborene Z._ am 4. August 2008 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht, insbesondere eines Gutachtens der Abklärungsstelle vom 2. September 2010, sowie nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Thurgau mit zwei Verfügungen vom 13. Februar 2012 für die Dauer vom 1. Mai 2009 bis 31. März 2010 sowie vom 1. April bis 31. Oktober 2010 eine befristete ganze Rente der Invalidenversicherung zu.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 1. Juli 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt Z._ beantragen, unter Aufhebung der Verfügungen vom 13. Februar 2012 sei ihm ab 1. Mai 2009 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen und die Angelegenheit zur Vornahme weiterer Abklärungen im Hinblick auf die weitere Berentung zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG).
2. Streitig ist der Anspruch des Beschwerdeführers auf eine unbefristete Invalidenrente.
2.1 Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze zum Begriff der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), zum Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 2 IVG) und zur Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG in Verbindung mit Art. 28a Abs. 1 IVG) sowie zur Aufgabe medizinischer Fachleute bei der Invaliditätsbemessung (BGE 125 V 256 E. 4 S. 261) und zum Beweiswert und zur Würdigung medizinischer Unterlagen (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3a S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.2 Das kantonale Gericht hat die medizinischen Unterlagen sorgfältig und umfassend gewürdigt. Es hat dem Gutachten der Abklärungsstelle vom 2. September 2010 trotz gewisser Unsorgfältigkeiten insgesamt Beweiswert zuerkannt und gestützt darauf in tatsächlicher Hinsicht für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (E. 1) festgestellt, dass die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers ab November 2010 in einer körperlich adaptierten Tätigkeit 70% beträgt, wobei die Einschränkung von 30% psychisch bedingt ist.
2.3 Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was zur Bejahung einer Rechtsverletzung führen oder die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen als offensichtlich unrichtig oder als Ergebnis willkürlicher Beweiswürdigung oder als rechtsfehlerhaft nach Art. 95 BGG erscheinen liesse (vgl. E. 1 hievor). Seine Ausführungen stellen zum grössten Teil Wiederholungen dar und seine Rügen bleiben weitestgehend appellatorisch, was im Rahmen der gesetzlichen Kognition (E. 1) nicht ausreicht (vgl. Urteile 9C_706/2011 vom 26. September 2011 und 9C_366/2011 vom 31. Mai 2011). Dies gilt insbesondere für die Ausführungen zu den Unsorgfältigkeiten im Gutachten der Abklärungsstelle. Die Vorinstanz hat dazu einlässlich und nachvollziehbar dargelegt, weshalb weder die zum Teil nicht korrekten Datumsangaben, noch die erwähnten zwei nicht den Beschwerdeführer betreffenden Röntgenbilder den Beweiswert des Gutachtens zu schmälern vermögen.
Auch zum Einwand der mangelhaften Kommunikation zwischen Gutachter und Beschwerdeführer hat sich das kantonale Gericht bereits einlässlich geäussert. Die diesbezüglichen Vorbringen des Beschwerdeführers sind nicht stichhaltig. Wenn im Gutachten "trotz Unterstützung durch den Dolmetscher nicht richtig deutlich geworden" sei, womit sich der Explorand in den Jahren ohne reguläre berufliche Tätigkeit beschäftigt habe, so spricht dies entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht zum Vornherein für Verständigungsprobleme, zumal der Beschwerdeführer dort selbst angegeben hatte, er sei unter Zeitdruck wegen weiteren Terminen und deshalb zu näheren Angaben nicht bereit. Eine Bundesrechtsverletzung ist damit jedenfalls nicht dargetan.
Wenn der Beschwerdeführer sodann einen Widerspruch darin erblickt, dass im Gutachten im Ergebnis einzig auf das psychiatrische Konsiliargutachten abgestützt wird, obwohl erhebliche somatische Befunde vorliegen, was die Gutachter anerkannt, aber die Einschränkung nicht quantifiziert hätten, so übersieht er, dass Vorinstanz und Verwaltung aus somatischer Sicht von einer leidensangepassten Tätigkeit ausgehen (keine körperlich schweren oder häufig mittelschweren Tätigkeiten mit regelmässigem Heben und Tragen von Lasten über ca. 10 kg, häufig vornübergeneigter Zwangshaltung oder regelmässigem Bücken).
Schliesslich sind auch die Einwände betreffend die psychiatrische Teilbegutachtung als rein appellatorische Kritik zurückzuweisen. Das kantonale Gericht hat nachvollziehbar dargelegt, weshalb die Arbeitsfähigkeitsschätzung des Dr. med. B._ das psychiatrische Teilgutachten nicht in Zweifel zu ziehen vermag. Inwieweit der Gutachter wegen der Feststellung, der Beschwerdeführer sei wenig gesprächsbereit, als befangen zu qualifizieren ist, ist unter den gegebenen Umständen (siehe hievor zur Bereitschaft zur Auskunftserteilung) nicht ersichtlich.
3. Die im Sinne von Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG offensichtlich unbegründete Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren abzuweisen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. Dezember 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Helfenstein