Faits:
A. Par contrat du 9 décembre 1996, X._, né en 1952, a été engagé par Y._SA - société dont A._ a été la présidente et la directrice jusqu'au 30 juin 2006, et qui est également le siège européen de la société-mère Y.Y._ Corporation - en tant que directeur financier pour l'international, avec un salaire annuel de 264'000 fr. Auparavant, X._ avait travaillé pour Y.Y.Y._ Europe GmbH du 1er janvier 1996 au 31 octobre 1996. Le 18 avril 2000, le contrat de travail liant les parties a été résilié d'un commun accord, avec effet au 31 décembre 2001. Par lettre du 9 octobre 2001, les parties ont convenu de reconduire le contrat de travail initial pour une durée indéterminée. A cette occasion, X._ a été promu au poste de directeur administratif, soit une position de numéro deux dans le groupe pour l'Europe. Son salaire annuel brut s'est alors élevé à 324'000 fr. Il devait en outre bénéficier d'un bonus de 20 % et il disposait d'une voiture de fonction haut de gamme. Le dernier salaire mensuel brut de X._ était de 28'133 fr. 35, sans la participation au bonus. Dès 2001, X._, en tant que directeur, a assumé la fonction d'organe au sein de plusieurs sociétés du groupe. Par contrat du 25 août 2003, il a été nommé directeur général administratif, subordonné à A._. Il ressort des lettres de démission que X._ a dû signer à la suite de son licenciement survenu au début 2004 qu'il était engagé dans douze sociétés du groupe. A ce titre, il voyageait fréquemment.
En 2001, Y.Y._ Corporation a connu des difficultés conjoncturelles qui ont nécessité plusieurs restructurations et engendré une importante réduction des effectifs. Dans ce contexte, Y._ SA a élaboré son propre plan social devant s'appliquer à près d'un quart du personnel en Suisse pour des licenciements intervenant entre le 30 juillet et le 31 décembre 2001. La mise en oeuvre du plan social a été confiée à B._, lui-même touché par la restructuration. Pour éviter tout conflit d'intérêt, Y._ SA a conclu avec ce collaborateur une convention particulière le 31 juillet 2001, soumettant son licenciement à des conditions spécifiques.
Aux termes de l'évaluation de ses performances pour l'année 2002, effectuée par A._, X._ a reçu la note générale de 3.3 sur 5, celle de 3 étant considérée comme suffisante. Il a reçu une appréciation négative (note de 2.8) pour les résultats du département "installations" dont il était en charge, principalement en raison de son incapacité à trouver un repreneur pour les locaux de Dublin. Sa communication a également été critiquée (note de 2.5). Sinon, sa notation en tant que responsable des "ressources humaines", des "opérations" et de l'"administration générale" était plutôt bonne, puisqu'elle oscillait entre 3.5 et 4. Compte tenu de sa position hiérarchique, il est admis que X._ était une personne très importante dans la société, et était impliqué dans un grand nombre de décisions. Les divers bonus et récompenses reçus jusqu'en mars 2003 démontrent que ses performances donnaient pleinement satisfaction.
Les difficultés conjoncturelles rencontrées par Y.Y._ Corporation en 2003 ont à nouveau nécessité une réduction drastique des effectifs. Un nouveau plan social a été élaboré en juin 2003 par X._ et A._, sur la base de celui de 2001 et d'une étude comparative effectuée par deux collaboratrices du département des ressources humaines. Aucune convention particulière n'a été conclue entre les parties pour l'occasion, dans la mesure où il n'était nullement question que X._ soit touché par la restructuration. Le plan spécifiait être applicable à chaque employé recevant un salaire de Y._ SA, sur une base permanente, et étant licencié pour des raisons de restructuration d'août au 31 décembre 2003. La finalisation du projet a été conduite par X._, sous le contrôle hiérarchique de A._. Retenue pour des raisons familiales, celle-ci a chargé celui-là de se coordonner directement avec C._, responsable des ressources humaines pour le groupe, afin d'obtenir sa confirmation. Conformément à ces instructions, X._ a envoyé le 26 juin 2003 un courrier électronique à C._, avec copie à A._, afin de lui transmettre les détails du plan social. Il y exposait également les motifs et les caractéristiques, sans toutefois mentionner que les personnes ayant son profil bénéficieraient d'une augmentation sensible de leurs prestations par rapport à 2001. Une feuille de calcul permettant de procéder à des simulations était annexée au plan, au demeurant simple et parfaitement lisible. X._ n'a reçu aucun commentaire. Le 11 juillet 2003, A._ a informé X._ que C._, pour Y.Y._ Corporation, avait donné son accord formel à la mise en oeuvre du plan social tel que présenté dans sa version finale. Par courrier électronique du 23 juillet 2003, X._ a adressé à C._, avec copie à A._, la liste des employés susceptibles d'être licenciés. Le surlendemain, C._ a remercié X._ pour le travail accompli et lui a demandé une liste réactualisée des employés de Y._ SA, afin de mettre à jour l'organigramme de la société. Ce dernier s'est exécuté le 22 septembre 2003, en lui transmettant la liste définitive des personnes incluses dans le plan social 2003. Le plan finalisé en juillet 2003 prévoyait trente-huit licenciements pour une réduction de la masse salariale de l'ordre de 3,9 millions US$. La majorité des résiliations a été annoncée fin août-début septembre 2003.
D._, née en 1955, responsable des services "informatique" et "relation avec la clientèle", a été licenciée en août 2003, dans le cadre de cette restructuration, alors qu'elle travaillait au service de Y._ SA depuis 1997. Il était prévu qu'elle reste en place jusqu'au 31 décembre 2003. Ses fonctions ont alors été attribuées à X._, qui devenait ainsi directeur de deux départements supplémentaires, en sus de ses autres responsabilités. A la mi-octobre 2003, X._ a été élu au conseil d'administration de Y._ SA, sur proposition de A._.
Par courrier électronique du 26 octobre 2003, soit plus de trois mois après l'élaboration du plan social, A._ a reproché à X._ de ne pas s'être coordonné avec C._ pour la finalisation du projet de plan social et de ne pas s'être assuré de l'approbation de cette dernière sur les spécificités du plan 2003, par rapport à la version 2001. Elle concluait en qualifiant le problème de sérieux, car en cas d'application du plan à X._, les modifications apportées engendreraient une augmentation substantielle de ses prestations, puisqu'elles s'élèveraient alors à 13.6 mois de salaire.
Le 10 novembre 2003, X._ a reçu un avertissement écrit de A._, lui reprochant formellement premièrement d'avoir omis de mentionner expressément qu'une application du plan social 2003 à son cas lui serait particulièrement favorable, compte tenu des changements opérés par rapport à la version 2001, deuxièmement d'avoir fait croire que le plan était comparable à celui de 2001 et à l'offre d'entreprises similaires, alors qu'il accordait des bénéfices particulièrement généreux pour une personne de son profil, et troisièmement de n'avoir pas eu une relation constructive, interactive et confiante avec C._ et, plus généralement, d'avoir une communication déficiente, comme l'avait déjà d'ailleurs souligné son évaluation en 2002.
Par courrier électronique du 7 janvier 2004, A._ a convié les cadres de Y._ SA, dont X._, à un séjour festif à la montagne prévu du 20 janvier au soir au 22 janvier 2004 vers 15h30-16h00.
Le 14 janvier 2004, soit huit jours ouvrables après l'expiration du plan social 2003 et deux jours après son retour du siège mondial, A._ a licencié X._ avec effet au 30 avril 2004; les documents relatifs au licenciement avaient été préparés et rédigés aux USA. Lors de cet entretien, A._ a informé oralement X._ des raisons justifiant une telle décision et l'a libéré de son obligation de venir travailler.
Les fonctions de X._ ont alors été réparties entre trois personnes. D._ a été réengagée pour prendre la direction de la "relation avec la clientèle" et de la "chaîne des fournisseurs", qui englobait la logistique et les opérations. Cette collaboratrice prenait également en charge la sous-traitance du processus informatique; son salaire annuel était fixé à 306'000 fr. Quant à la responsabilité du département juridique, elle était désormais confiée à E._, tandis que A._ prenait la tête des ressources humaines. Il n'est pas allégué que ces deux dernières personnes auraient connu une modification de leur rémunération du fait de ces affectations complémentaires.
X._ ayant été en incapacité de travail, son contrat a pris fin le 31 octobre 2004.
Par courrier du 11 mars 2004, Y._ SA a transmis à X._ les motifs de son licenciement, qui résidaient globalement dans la baisse de son engagement pour les tâches managériales, dans ses déficiences en matière de suivi des subordonnés et de communication interne, ainsi que dans son manque de disponibilité aux périodes critiques. A titre exemplatif, il avait été introuvable le 12 décembre 2003 pour l'approbation des commandes. Ont également été relevés ses résultats insuffisants dans la gestion de plusieurs dossiers.
Le 10 mai 2004, X._ s'est opposé à son congé.
B. Par demande du 7 décembre 2004, X._ a assigné Y._ SA devant la juridiction des prud'hommes du canton de Genève en paiement de 706'065 fr. 40 nets et 80'631 fr. 75 bruts à titre d'application du plan social 2003, d'indemnités pour licenciement abusif, pour tort moral et pour vacances non prises en nature, de salaire pour les mois de novembre et décembre 2004 et de remboursement de ses frais de fiduciaire. Il alléguait en particulier que son licenciement avait été dicté par des impératifs essentiellement économiques et décidé dès novembre 2003, mais donné après l'expiration du plan social 2003, pour éviter le paiement d'une indemnité, de sorte qu'en vertu des principes de l'égalité de traitement et de la bonne foi, il réclamait l'application du plan social à son cas; en outre, le procédé de Y._ SA violant l'interdiction de l'abus de droit, son licenciement devait être qualifié d'abusif; il exigeait également une indemnité pour tort moral, dans la mesure où les circonstances entourant son licenciement l'avaient plongé dans une profonde dépression.
Par jugement du 7 août 2006, le Tribunal des prud'hommes a condamné Y._ SA à payer à X._ 35'570 fr. 90 bruts avec intérêt à 5 % l'an dès le 7 décembre 2004 à titre d'indemnité pour vacances non prises en nature.
Le 10 novembre 2006, la Caisse Z._ de Chômage (ci-après: la caisse de chômage) a déclaré intervenir à la procédure en vertu de sa subrogation légale dans les droits de X._ pour une somme totale de 54'863 fr. 45 correspondant aux indemnités versées à celui-ci de janvier à novembre 2005.
Saisie par X._ et statuant par arrêt du 14 mars 2007, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé le jugement du 7 août 2006 et condamné Y._ SA à verser à X._ 382'613 fr. 55 bruts avec intérêt à 5 % dès le 31 décembre 2003 à titre d'indemnité de 13.6 mois de salaire à titre d'application du plan social 2003, sous déduction de la somme de 54'863 fr. 45 due à l'intervenante, avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2005. Au contraire du Tribunal des prud'hommes, elle a en particulier considéré que les motifs économiques de licenciement devaient à l'évidence être considérés comme prépondérants; en outre, Y._ SA avait indûment attendu l'expiration du plan social pour se séparer de X._; par conséquent, il y avait lieu d'accorder à ce dernier les indemnités auxquelles il aurait eu droit si le plan social lui avait été appliqué; le licenciement revêtait un caractère abusif résultant de la manière dont Y._ SA avait exercé son droit de donner le congé, mais ne donnait toutefois pas lieu à l'allocation d'une indemnité fondée sur l'art. 336a CO, dont la double finalité avait déjà été atteinte par le biais du versement de l'indemnité découlant du plan social; X._ n'avait pas démontré avoir été victime d'une atteinte suffisamment grave pour justifier une indemnité pour tort moral en supplément de celle octroyée par le plan social. Par ailleurs, il convenait de réformer le jugement de première instance en ce sens que X._ ne pouvait prétendre à aucune indemnité pour vacances non prises en nature, dès lors qu'il avait pu prendre ses jours pendant le délai de congé.
Saisie par les deux parties et jugeant par arrêt du 13 septembre 2007, la Cour de céans a partiellement admis les deux recours, annulé l'arrêt du 14 mars 2007 dans cette mesure, renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants et confirmé l'arrêt attaqué pour le surplus. Elle a en particulier considéré que la cour cantonale avait négligé de discuter la question du rapport entre le salaire annuel brut précédemment versé à X._, par (28'133 fr. 35 x 12 =) 337'600 fr. 20, et celui pour lequel D._ avait été réengagée, dont il résultait effectivement du dossier qu'il s'élevait à 306'000 fr.; le fait que la diminution de la masse salariale ainsi obtenue apparaisse, à première vue, très modeste, était un argument sérieux permettant de mettre en doute la qualification du licenciement de X._ comme économique; en tout état, la cour cantonale se devait de discuter cette question; en ne le faisant pas, elle avait omis de prendre en compte un élément de preuve susceptible de modifier sa décision, procédant ainsi à une appréciation arbitraire des preuves.
Répondant, sur injonction de la cour cantonale, aux questions restées en suspens après la décision de renvoi du Tribunal fédéral, X._ a en particulier soutenu, s'agissant de l'application du plan social, que Y._ SA, en le licenciant en dehors de l'application de ce plan et en réengageant D._, qui devait en bénéficier, économisait en réalité environ 900'000 fr., en tenant compte notamment des bonus contractuels et des charges sociales; ainsi, la deuxième condition d'application du plan était réalisée et le licenciement était abusif, de sorte qu'il avait bien droit à la somme arrêtée par la cour cantonale dans son arrêt du 14 mars 2007. En raison du caractère abusif du licenciement, il avait aussi droit à une indemnité que le plan social ne pouvait satisfaire; il sollicitait pour ce poste 56'266 fr. 70 nets correspondant à deux mois de salaire.
Pour sa part, Y._ SA, se fondant sur deux certificats de salaire nouvellement produits dans la procédure après renvoi, a considéré que le salaire de X._ correspondait à 255 fr. près à celui de D._, de sorte qu'elle n'avait réalisé aucune économie en le licenciant, ce qui entraînait l'inapplicabilité du plan social et l'absence de licenciement abusif.
Par arrêt du 8 avril 2008, la cour cantonale a condamné Y._ SA a payer à X._ 382'613 fr. 55 bruts avec intérêt à 5 % dès le 31 octobre 2003 à titre d'indemnité de 13.6 mois de salaire à titre d'application du plan social 2003, sous déduction de la somme de 41'764 fr. 40 due à la caisse de chômage, avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2005, et 37'731 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 31 octobre 2004 à titre d'indemnité pour vacances non prises en nature.
C. Y._ SA (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 8 avril 2008 et à la confirmation du jugement du 7 août 2006 sous réserve d'augmenter de 35'570 fr. 90 à 37'731 fr. sa condamnation à payer à X._ les vacances non prises, avec suite de dépens. X._ (l'intimé) propose le déboutement de Y._ SA de toutes ses conclusions, sous suite de frais et dépens. La caisse de chômage (l'intervenante) confirme que sa production pour les montants subrogés s'élève à 41'764 fr. 40 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2005 si la date retenue par le Tribunal fédéral pour le terme du contrat de X._ est le 31 octobre 2004 et renonce à se déterminer pour le surplus.
Considérant en droit:
1. Interjeté par la recourante qui a partiellement succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. déterminant dans les causes de droit du travail (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (ATF 133 III 446 consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), que la partie recourante ne peut critiquer que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 LTF), ce qu'il lui appartient d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée. La correction du vice doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Le Tribunal fédéral n'est lié ni par les moyens invoqués par les parties ni par l'argumentation juridique retenue par la juridiction cantonale; il peut dès lors admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par la partie recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104).
3. Dans la présente procédure, seule la question de l'application du plan social demeure litigieuse, la recourante reprochant à la cour cantonale d'avoir considéré, en vertu du principe de la confiance, que ses deuxième (licenciement en raison du processus de restructuration 2003) et troisième (licenciement pendant la période d'août au 31 décembre 2003) conditions d'application étaient réalisées.
4. La recourante conteste que le licenciement litigieux ait été donné pour des motifs économiques.
4.1 Dans une argumentation à laquelle il peut être renvoyé dans son intégralité (art. 109 al. 3 LTF), la cour cantonale a d'abord repris sans modifications les développements de son arrêt du 14 mars 2007, aux termes desquels elle avait en substance considéré que les griefs inhérents à la personne de l'intimé qui pouvait finalement être retenus comme pertinents apparaissaient somme toute assez faibles, compte tenu de l'ensemble des fonctions et des tâches dévolues à celui-ci, tandis que plusieurs éléments venaient appuyer la thèse de l'intimé selon laquelle son licenciement serait de nature essentiellement économique, à savoir premièrement le contexte de restructuration qui touchait le groupe de la recourante depuis 2001, deuxièmement les circonstances dans lesquelles l'intimé avait été licencié et troisièmement le fait que les fonctions de celui-ci avaient été réparties entre trois personnes suite à son licenciement.
S'agissant plus particulièrement de ce dernier point, sur lequel ils devaient statuer à nouveau conformément à l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, les juges cantonaux ont examiné les conséquences financières directes du départ de l'intimé, qu'ils ont appréciées globalement, par rapport à la finalité du plan social, qui était de réduire la masse salariale globale; à cet égard, ils ont en résumé considéré qu'il était particulièrement étonnant que la recourante décide, les tous premiers jours ouvrables faisant suite à l'échéance du plan social, de signifier son licenciement à un employé susceptible d'en bénéficier, et de "réengager" D._ qui, de fait, n'avait pratiquement jamais cessé son activité à son service; en agissant ainsi, la recourante diminuait sa masse salariale, dans la mesure arrêtée en juillet 2003, et évitait qu'un bénéficiaire potentiel important puisse en profiter; dans ce sens, il s'agissait réellement d'un licenciement économique; c'était également de ce point de vue qu'il y avait lieu de considérer la différence de gain réalisée par la recourante du fait de ce départ, en comparaison avec le réengagement de D._; l'économie réalisée était, certes, peu importante, pouvant être évaluée, objectivement et prima facie, à 30'000 fr.; toutefois, ce montant était nécessairement plus élevé, en ce sens qu'il fallait lui ajouter des charges sociales inférieures et, vraisemblablement, des avantages annexes également moins importants pour D._ que pour l'intimé, affectant notamment les frais de déplacement ou de représentation, ainsi que les bonus; au surplus, en maintenant le contrat de D._, la recourante économisait le bénéfice que cette employée devait retirer de l'application du plan social, compte tenu de son âge et de ses années de service, soit plusieurs dizaines de milliers de francs, et en licenciant l'intimé immédiatement après l'échéance du plan social, elle économisait également ce qu'elle aurait dû lui verser quelques jours plus tôt. Cela étant, la cour cantonale a en définitive persisté à considérer que la deuxième condition d'application du plan social était réalisée.
4.2 En rapport avec plusieurs de ses griefs d'arbitraire, la recourante affirme avoir été obligée de verser à D._ l'indemnité due selon le plan social. Il apparaît ainsi qu'elle reproche implicitement aux précédents juges d'avoir arbitrairement retenu qu'elle avait économisé le bénéfice que cette employée devait retirer de l'application dudit plan.
A cet égard, il sied de relever que, dans le cadre de la procédure de renvoi de la cause à la cour cantonale pour qu'elle examine les incidences du licenciement de l'intimé sur l'état de la masse salariale de la recourante, l'intimé a allégué des faits nouveaux, notamment celui qu'en "repêchant" D._, la recourante avait économisé le montant de l'indemnité qui aurait résulté de l'application du plan social si son licenciement n'avait pas été annulé. Pour sa part, la recourante a produit deux pièces nouvelles, à savoir un certificat de salaire de l'intimé pour l'année 2003 et un autre de D._ pour l'année 2004. Dans leur arrêt du 8 avril 2008, les juges cantonaux ont exposé, référence à l'appui, que l'autorité cantonale à laquelle une affaire est renvoyée peut tenir compte de nouveaux allégués en tant que la procédure civile cantonale le permet. Cela étant, ils ont implicitement tenu compte des nouvelles allégations que l'intimé avait présentées dans une argumentation que la recourante avait considérée, dans ses déterminations, comme infondée, contestée et irrecevable. Il n'apparaît pas que, ce faisant, les précédents juges aient contrevenu aux principes de droit fédéral relatifs à l'effet du renvoi à l'autorité cantonale (cf. ATF 131 III 91 consid. 5). Par ailleurs, devant la Cour de céans, la recourante ne soutient pas que, de la sorte, la cour cantonale aurait fait une application arbitraire du droit de procédure cantonal. Quant à savoir si les juges cantonaux ont erré en tenant l'allégation de l'intimé pour établie, il convient de relever que, s'agissant de la preuve par l'intimé d'un fait négatif, à savoir l'absence de versement, la bonne foi obligeait la recourante à coopérer à la procédure probatoire, notamment en offrant la preuve du contraire (art. 2 CC; ATF 119 II 305 consid. 1b/aa p. 306). Si elle avait réellement payé à D._ une indemnité découlant de l'application du plan social, elle en aurait assurément gardé une trace écrite, telle qu'une quittance ou un document bancaire, qu'il lui aurait été aisé de produire. A ce défaut, l'on ne voit pas que les précédents juges aient commis arbitraire en retenant que la recourante avait fait l'économie de l'indemnité initialement prévue pour être versée à D._. Au demeurant, il est dans l'ordre des choses qu'un employé qui ne quitte finalement pas son employeuse ne se voie pas verser d'indemnité découlant d'un plan social.
Cela étant, il découle du raisonnement de la cour cantonale que, dans son appréciation globale de l'étendue de la diminution de la masse salariale obtenue du fait du licenciement de l'intimé et du réengagement de D._, le poste le plus important était celui lié à l'économie de l'indemnité de départ, de plusieurs dizaines de milliers de francs, qui n'avait pas dû être versée à celle-ci. Sur cette base, c'est à bon droit qu'elle a considéré que le licenciement de l'intimé reposait sur des motifs économiques et, partant, admis que la deuxième condition d'application du plan social était remplie, étant au demeurant rappelé qu'elle avait en outre relevé le peu de consistance des reproches liés à la personne de l'intimé et l'existence d'autres éléments appuyant la thèse du licenciement de nature essentiellement économique. Dans ces circonstances, les autres points pris en considération, concernant en particulier le montant de la différence des salaires annuels bruts de l'intimé et de D._ et des charges sociales y relatives, le bonus et les frais de déplacement, n'étaient que secondaires, raison pour laquelle il n'est pas nécessaire d'examiner la recevabilité et la pertinence des griefs soulevés par la recourant, sous l'angle d'un établissement prétendument manifestement inexact des faits ou de la prohibition de l'arbitraire, en rapport avec ces éléments. En effet, même si certains d'entre eux s'avéraient fondés, cela n'aurait pas d'influence sur le sort du litige.
5. La recourante soutient que la troisième condition, temporelle, d'application du plan social n'est pas remplie, le licenciement étant intervenu le 14 janvier 2004.
5.1 Sur ce point, les juges cantonaux ont déclaré reprendre la motivation de leur arrêt du 14 mars 2007, tout en précisant que la nature du litige imposait d'examiner cette condition en même temps que celles liées au licenciement abusif.
Cela étant, comme la recourante le relève à juste titre, la cour cantonale n'a en réalité pas formellement reproduit les développements théoriques relatifs à la condition temporelle d'application du plan social exposés dans son arrêt du 14 mars 2007, se limitant à recopier celles concernant la problématique du licenciement abusif, sous l'angle plus particulier d'une application inégalitaire du plan social, respectivement d'une manoeuvre de détournement des termes du plan social pour en exclure l'un de ses bénéficiaires, commandant de se fonder sur le principe général de la prohibition de l'abus de droit concrétisé par l'art. 336 CO, voire sur l'art. 336 al. 1 let. a CO sanctionnant le congé-discriminatoire.
Ainsi, après avoir considéré que le licenciement litigieux était motivé par des considérations essentiellement économiques et que le congé donné en raison d'une restructuration de l'entreprise n'était pas considéré comme abusif, elle s'est fondée sur l'interprétation extensive de l'art. 336 CO, soit le principe selon lequel le caractère abusif peut également résulter de la manière dont une partie exerce son droit, pour considérer le congé de l'intimé comme abusif. En effet, la recourante avait contrevenu de manière grossière au principe de la bonne foi, en envisageant dès octobre 2003 le licenciement pour des raisons de restructuration, mais en attendant, pour cela, l'expiration du plan social, puis en s'en prenant, pour justifier le congé, aux prestations de l'intimé de manière infondée, et cela uniquement pour s'épargner le paiement d'indemnités jugées trop généreuses à ses yeux, bien qu'approuvées par elle quelques mois auparavant.
En définitive, elle a considéré que le caractère abusif du licenciement impliquait nécessairement l'admission du fait que la recourante avait agi ainsi pour éviter maladroitement l'échéance du plan social. En conséquence de cet abus, il y avait lieu de retenir qu'elle avait obvié à cette condition temporelle de telle manière que son comportement devait lui être opposé et que la troisième condition d'application du plan social devait être considérée comme réalisée.
5.2 En dépit du fait que les précédents juges aient omis, manifestement en raison d'une erreur de manipulation informatique, de reproduire textuellement, dans leur arrêt du 8 avril 2008, les considérants 3.4, 3.4.1, 3.4.2 et 3.4.3 de l'arrêt du 14 mars 2007, et considéré que la nature du litige imposait d'examiner cette condition en même temps que celle liée au licenciement abusif, la lecture de l'arrêt entrepris permet de comprendre que la cour cantonale a en réalité considéré que la condition temporelle d'application du plan social devait être tenue pour réalisée par application des principes de l'égalité de traitement et de l'interdiction de l'abus de droit, sur la base de l'appréciation des preuves et de l'examen des circonstances de l'espèce, comme elle l'avait fait dans son arrêt du 14 mars 2007. La recourante ne semble d'ailleurs pas le contester, puisqu'elle-même reprend quasiment mot à mot la motivation qu'elle avait développée à l'encontre du premier arrêt, que la Cour de céans avait renoncé à examiner dans son arrêt de renvoi, compte tenu du caractère superflu de la démarche pour le cas où la cour cantonale parvenait en définitive à la conclusion que les motifs de licenciement de l'intimé n'étaient pas économiques. Dans ces circonstances, la critique de la recourante selon laquelle la cour cantonale aurait violé les art. 336 ss, dès lors que la réalisation de la troisième condition d'application du plan social traite du moment et non du motif de licenciement, de sorte que la cour cantonale ne pouvait pas assimiler la réalisation de cette condition à celle du licenciement abusif sans méconnaître la portée des art. 336 ss, ne résiste pas à l'examen.
5.3 La recourante reproche en substance à la cour cantonale d'avoir appliqué à tort l'art. 2 al. 2 CC, au motif qu'il ne saurait être question d'abus manifeste d'un droit puisque l'employeur aurait droit d'échelonner les licenciements et de limiter un plan social dans le temps. En outre, les conséquences de l'application de l'art. 2 al. 2 CC seraient incompatibles avec la constatation selon laquelle la résiliation avait déployé ses effets. Enfin, l'art. 156 CO, que la cour cantonale avait évoqué dans sa précédente motivation sans toutefois la reprendre expressément dans la présente cause, ne s'accommoderait pas davantage de la situation d'espèce. En définitive, la recourante est d'avis qu'il serait "contraire aux art. 156 CO et 2 CC de (lui) reprocher d'avoir enfreint les règles de la bonne foi, même à supposer par pure hypothèse qu'elle ait délibérément attendu le 14 janvier 2004 pour licencier l'intimé, ce qui n'est de toute façon pas le cas.
Se limitant pour l'essentiel à une affirmation de son propre point de vue, l'argumentation de la recourante ne répond pas aux exigences de motivation applicables en la matière et ne saurait emporter la conviction. Pour le surplus, l'on ne voit pas en quoi la cour cantonale aurait violé le droit fédéral. Par conséquent, le grief doit être écarté.
5.4 Si la recourante conteste le principe de l'application du plan social à l'intimé, elle ne critique pas, à titre subsidiaire, la quotité de l'indemnité qui a été allouée à celui-ci de ce chef, de sorte que le Tribunal de céans n'a pas à y revenir.
6. La recourante reproche enfin aux juges cantonaux d'avoir violé l'art. 336a CO en allouant à son ancien collaborateur une indemnité découlant de l'application du plan social, dont le montant excède les six mois de salaire prévus par l'art. 336a al. 2 CO.
6.1 S'agissant en l'espèce du point de savoir si une indemnité devait être accordée au demandeur en supplément de celle résultant du plan social, les précédents juges ont considéré que la violation de l'interdiction de l'abus de droit avait déjà été sanctionnée et réparée par l'allocation au demandeur des prestations prévues par le plan social et la défenderesse condamnée à lui verser des indemnités correspondant à 13.6 mois de salaire. La double finalité, punitive et réparatrice, de l'art. 336a CO avait donc déjà été atteinte par un autre biais. Par conséquent, le cumul des indemnités prévues par le plan social et à l'art. 336a CO devait être refusé.
6.2 Force est de constater que la thèse de la recourante ne résiste pas à l'examen, dès lors que l'allocation d'une indemnité en application du plan social n'était pas fondée sur le caractère abusif du licenciement, mais qu'il s'agit de deux questions distinctes.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
8. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (ATF 115 II 30 consid. 5b p. 41), dépasse le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif ordinaire (art. 65 al. 3 let. b LTF) et non réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimé seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 LTF). Il n'y a en revanche pas lieu d'allouer de dépens à l'intervenante (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 7'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 12 août 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant: La Greffière:
Klett Cornaz