A.- a) S._, né en 1966, a travaillé en Suisse comme manoeuvre dans la bâtiment depuis 1989. Le 18 mai 1994, il est tombé sur le dos après une glissade alors qu'il portait une charge, ce qui lui a occasionné de fortes douleurs dans la colonne cervicale et le dos. Par la suite, les médecins ont diagnostiqué une hernie discale C6-C7 avec canal cervical étroit, ainsi qu'une dégénérescence discale C5-C6 et C6-C7.
Le cas a été pris en charge par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: la CNA).
Celle-ci a mis fin à ses prestations par décision du 8 février 1995 avec effet au 28 février 1995. A la suite du rejet de l'opposition de l'assuré, cette décision est entrée en force (décision sur opposition du 2 août 1995).
Par décision du 12 février 1997, la CNA a refusé d'intervenir à la suite de la rechute qui serait survenue le 30 août 1996, date à laquelle l'assuré a cessé de travailler.
b) Le 30 janvier 1996, le cas avait été annoncé à la Caisse-maladie suisse pour les industries du bois et du bâtiment et branches annexes (CMBB), auprès de laquelle S._ est assuré. Par décision du 6 février 1996, la CMBB a refusé d'intervenir pour la période comprise entre le 1er mars et le 12 décembre 1995 au motif que ni la CNA ni la Dresse Z._, médecin traitant, n'avaient annoncé de maladie en temps utile pour cette période.
L'assuré s'est opposé à cette décision.
La CMBB a mis en oeuvre plusieurs expertises. Selon les conclusions du docteur Y._, spécialiste en médecine interne et médecin-conseil de la caisse, l'assuré est pleinement capable de travailler (rapport du 30 avril 1997). Pour le docteur X._, spécialiste en neurologie, une intervention neurochirurgicale - dont l'idée a été ultérieurement abandonnée - aurait pu se justifier (rapport du 25 mars 1997). Quant au docteur W._, spécialiste en neurologie, il considère que l'assuré est parfaitement apte à travailler à 100 % dans un travail un peu plus léger que le sien précédemment (rapport du 18 avril 1997).
Sur la base de ces avis médicaux, la CMBB a, par décision du 30 avril 1997, admis la "prise en charge de la compensation de la perte de salaire avec effet au 30 août 1996, dans la mesure où une intervention est faite immédiatemment auprès de l'assurance-invalidité fédérale, avec à l'appui une demande insistante de formation ou de reclassement professionnel". L'assuré a fait opposition à cette décision.
La CMBB a rejeté l'opposition par décision du 17 juillet 1997.
c) Par ailleurs, S._ a déposé une demande de prestations AI le 6 février 1997. A la suite de l'opposition de l'assuré au projet de décision négative de l'OCAI, une expertise médicale pluridisciplinaire a été effectuée par le MEDAS. Du rapport de ces médecins rendu le 22 novembre 2000, ressortent les diagnostics de cervico-brachialgies à gauche avec protrusion discale C5-C6 et hernie discale C6-C7 sans déficit radiculaire; syndrome lombalgique avec hernie discale L5-S1 à gauche sans déficit radiculaire; troubles somatoformes douloureux persistants; légers épisodes dépressifs avec suspicion d'une structure personnelle histrionique. En raison de ces affections, la capacité de travail comme manoeuvre était inférieure à un tiers. Dans une activité adaptée, elle est de 100 %, une diminution de 20 % étant cependant justifiée par les problèmes psychiques.
Par décision du 18 juin 2001, l'OCAI a rejeté la demande de prestations, estimant à 32,1 % le degré d'invalidité de l'assuré. Celui-ci a recouru contre cette décision.
B.- S._ a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision sur opposition de la CMBB du 17 juillet 1997.
Par jugement du 15 janvier 2002, son recours a été partiellement admis dans la mesure où la CMBB a été astreinte à verser ses prestations pour la période du 28 février au 12 décembre 1995.
C.- L'intéressé interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont il demande l'annulation, sous suite de dépens, dans la mesure où la juridiction cantonale n'a pas admis le droit aux prestations de l'assurance-maladie au-delà du 30 août 1996.
Par écriture séparée, il a sollicité l'assistance judiciaire.
La CMBB a conclu au rejet du recours alors que l'Office fédéral des assurances sociales n'a pas déposé de déterminations.
Considérant en droit :
1.- Le litige porte sur le droit de l'assuré aux indemnités journalières de la CMBB au-delà du 30 août 1996, jusqu'à extinction du droit.
Le recourant soutient que l'intimée avait admis le principe de la prise en charge de la perte de gain au-delà du 30 août 1996 et que c'est à tort que les juges cantonaux auraient nié son droit à des prestations au-delà de cette date. Il se plaint ensuite d'une mauvaise application des règles de droit dans la mesure où l'octroi d'indemnités journalières dès le 30 août 1996 a été refusé sans qu'un délai lui ait été imparti pour trouver un emploi adapté.
Enfin il invoque également la constatation inexacte des faits pertinents, reprochant aux premiers juges d'avoir fondé leur appréciation de son état de santé sur l'expertise du MEDAS.
2.- a) Selon l'art. 72 al. 2 LAMal, le droit à l'indemnité journalière prend naissance lorsque l'assuré a une capacité de travail réduite au moins de moitié. Le versement d'une indemnité journalière d'assurance-maladie suppose une incapacité de travail. Est considéré comme incapable de travailler l'assuré qui, à la suite d'une atteinte à la santé, ne peut plus exercer son activité habituelle ou ne peut l'exercer que d'une manière limitée ou encore avec le risque d'aggraver son état. Pour déterminer le taux de l'incapacité de travail, il faut, selon la jurisprudence, établir dans quelle mesure l'assuré ne peut plus, en raison de l'atteinte à la santé, exercer son activité antérieure, compte tenu de sa productivité effective et de l'effort que l'on peut raisonnablement exiger de lui. En revanche, l'estimation médico-théorique de l'incapacité de travail n'est pas déterminante. Ces principes, développés sous l'empire de la LAMA, sont également applicables sous le nouveau régime de la LAMal (VSI 2000 156 consid. 3; consid. 2 non publié de l'ATF 127 V 154 et les références).
b) L'obligation pour l'assuré de diminuer le dommage est un principe général du droit des assurances sociales (ATF 123 V 96 consid. 4c, 117 V 400 consid. 4b; cf. Meyer-Blaser, Zum Verhältnismässigkeitsgrundsatz im staatlichen Leistungsrecht, th. Berne 1985, p. 131; Eugster, Zum Leistungsrecht der Taggeldversicherung nach KVG, recueil de travaux de la SSDA, IRAL, Lausanne 1997 p. 518). Ainsi lorsque l'assuré est empêché par la maladie de continuer la profession qu'il exerçait précédemment et que l'on peut exiger de lui qu'il emploie dans une autre branche professionnelle sa capacité de travail, un laps de temps suffisant - en général de trois à cinq mois - doit lui être accordé avant que l'indemnité journalière ne soit suspendue, pour lui permettre de trouver un travail adapté à son état de santé (ATF 114 V 289 consid. 5b, 111 V 239 consid. 2a et les références; RAMA 1989 no K 812 p. 256 consid. 2b, 1987 no K 720 p. 108 consid. 3).
c) Selon la jurisprudence, le droit à un reclassement aux frais de l'assurance-invalidité n'exclut pas la possibilité de bénéficier simultanément de l'indemnité journalière d'une caisse-maladie. Sous réserve de l'interdiction de la surassurance (art. 26 al. 1 LAMA, actuellement art. 78 al. 2 LAMal), l'octroi d'une indemnité journalière de l'assurance-invalidité durant la mise en oeuvre d'une mesure de réadaptation ne supprime en effet pas le droit à une indemnité journalière de l'assurance-maladie si l'atteinte à la santé entraîne une incapacité de travail et l'assuré est au bénéfice d'une assurance couvrant la perte de gain qui en découle. Lorsque le droit de l'assuré à un reclassement de l'assurance-invalidité est en concurrence avec son obligation de diminuer le dommage à l'égard de l'assurance-maladie, le droit au reclassement l'emporte, en ce sens que le droit à l'indemnité journalière allouée par la caisse-maladie ne doit, en principe, pas être soumis à réduction (ATF 111 V 241 consid. 2c).
d) Pour le surplus, les juges cantonaux ont rappelé les règles applicables en matière d'appréciation des preuves. On peut sur ce point renvoyer à leur jugement.
3.- a) Selon l'expertise réalisée par le MEDAS (rapport du 22 novembre 2000), le recourant n'est pas à même, en raison de ses atteintes à la santé, d'exercer comme antérieurement, son activité de manoeuvre dans le bâtiment.
Sa capacité de travail dans cette profession est inférieure à un tiers. Comme l'ont retenu à juste titre les premiers juges, les conclusions de ces médecins, données aux termes d'examens complets, sont pleinement convaincantes. Contrairement à ce que soutient le recourant, le fait que l'expertise a été réalisée en 2000 ne joue pas de rôle pour apprécier son état de santé en août 1996. En effet, aucune amélioration, ni d'ailleurs aucune détérioration de celle-ci, n'a jamais été constatée depuis cette date; la situation est restée totalement stable notamment en raison de l'échec de toutes les tentatives thérapeutiques. Au demeurant, les médecins du MEDAS, qui ont pris en compte l'ensemble des documents médicaux au dossier de cet assuré, ont posé leur diagnostic et apprécié les conséquences sur la capacité de travail, en réalité, à partir de l'arrêt de travail du 30 août 1996. Tout au plus pourrait-on envisager que le diagnostic du médecin psychiatre n'eût pu être pris en ces termes quatre ans plus tôt. Cette question peut cependant demeurer ouverte car qu'elle est sans influence sur l'issue du présent litige.
Par ailleurs, les constatations des médecins du MEDAS rejoignent celles du docteur W._ ainsi que, dans une certaine mesure et avec les réserves mentionnées par la juridiction cantonale, celles de la Dresse Z._. Dans ces conditions, le fait d'écarter l'opinion isolée du docteur Y._, médecin-conseil de la caisse, qui estimait entière la capacité de travail de l'assuré dans sa profession, n'est pas critiquable, d'autant moins que l'assurance-maladie en avait déjà fait de même dans sa décision du 30 avril 1997.
La capacité de travail dans l'activité antérieure étant inférieure à 50 % depuis l'interruption du travail le 30 août 1996, le recourant peut, en conséquence, prétendre des indemnités journalières à partir de cette date, soit le troisième jour qui suit le début de la maladie à défaut d'accord contraire (art. 72 al. 2, 2e phrase LAMal).
Le jugement cantonal qui lui en dénie le droit doit ainsi être annulé sur ce point.
b) Alors que la CMBB avait fait dépendre son intervention à partir du 30 août 1996 des mesures ordonnées par l'AI, la juridiction cantonale n'a pas tenu compte du fait qu'une demande de prestations avait été déposée et que la décision négative de l'OCAI faisait l'objet d'un recours.
Or, une telle procédure n'est pas manifestement dépourvue de chance de succès puisque, à la différence du droit à une rente AI, le droit à des mesures de réadaptation n'est pas subordonné par la loi à l'existence d'un degré d'invalidité minimal (VSI 2000 p. 72 consid. 1a); l'importance de l'invalidité qui ouvre un tel droit dépend, en effet, du genre de mesures de réadaptation professionnelle en cause parmi celles que prévoient les art. 15 à 18 LAI. Plus les mesures envisagées sont simples et moins les exigences quant à l'importance de l'invalidité sont élevées.
En l'espèce, le recourant qui est dans l'incapacité de travailler dans sa profession antérieure de manoeuvre dans le bâtiment, est en mesure d'exercer, au moins à 80 %, une activité adaptée à son handicap. Sans qualification professionnelle particulière, il accomplissait, au service de son employeur, des travaux de manoeuvre qui n'exigent pas de connaissances spécifiques. Il n'est donc pas d'emblée certain qu'il serait à même, sans un reclassement approprié de l'assurance-invalidité et pour autant que les conditions d'octroi d'une telle mesure soient données, de trouver un emploi adapté à son état de santé ni, en cas de succès, qu'il ne subisse pas une perte de gain d'une certaine importance dans cette nouvelle activité.
Dans ces circonstances et en attendant l'issue de la procédure en matière d'assurance-invalidité, il y a lieu de renvoyer la cause à l'intimée pour nouvelle décision. En cas d'octroi d'une mesure de reclassement, la caisse sera tenue d'allouer l'indemnité journalière jusqu'à épuisement du droit, tandis qu'en cas de confirmation du refus de l'OCAI, elle pourra limiter à trois mois le droit à l'indemnité journalière, conformément aux règles rappelées ci-dessus.
4.- Le recourant, qui obtient gain de cause, a droit à une indemnité de dépens à charge de la caisse intimée (art. 159 al. 1 OJ). Dans cette mesure, sa requête d'assistance judiciaire est sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est admis et le jugement du 15 janvier 2002
du Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi
que la décision sur opposition de la CMBB du 17 juillet
1997, sont annulés dans le mesure où tout droit à
des indemnités journalières à partir du 30 août 1996 y
est refusé.
II. Le dossier est renvoyé à l'intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
III. Il n'est pas perçu de frais de justice.
IV. La CMBB versera au recourant une indemnité de 2500 fr.
(y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de
dépens pour la procédure fédérale.
V. Le Tribunal administratif du canton de Genève statuera
sur les dépens de la procédure cantonale au regard de
l'issue du procès en dernière instance.
VI. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal administratif de la République et du canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances
sociales.
Lucerne, le 27 août 2002
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
La Présidente de la IVe Chambre :
Le Greffier :