Faits:
A. X._, née en 1974, ressortissante égyptienne, a épousé à Tunis le 5 juin 2003 Y._, ressortissant tunisien titulaire d'une autorisation d'établissement. De cette union est né A._ en 2003. En février 2004, X._ et son fils A._ ont rejoint Y._ à Genève. Ils avaient obtenu respectivement une autorisation de séjour et une autorisation d'établissement.
Par jugement du 29 novembre 2005, le Tribunal de première instance du canton de Genève, statuant sur une requête en mesures protectrices de l'union conjugale déposée par X._, a autorisé les intéressés à vivre séparément, a attribué à X._ la garde de A._ et a réservé à Y._ un droit de visite à raison d'une demi-journée par semaine.
B. Le 6 février 2007, l'Office cantonal de la population du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal de la population) a refusé de renouveler l'autorisation de séjour de X._. Un délai au 6 mai 2007 lui a été imparti, ainsi qu'à son fils, pour quitter la Suisse.
Le 10 août 2007, X._ a donné naissance à B._ dont le père serait Z._, ressortissant tunisien né en 1962, qui serait au bénéfice d'un permis N.
C. La Commission cantonale de recours de police des étrangers du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) a rejeté le recours de X._ par décision du 18 mars 2008. Il apparaissait en effet que le mariage de X._ et Y._ n'existait plus que formellement et que l'intéressée n'avait donc plus de droit au renouvellement de son autorisation de séjour. La Commission cantonale de recours a ensuite jugé que même en usant de son large pouvoir d'appréciation il ne se justifiait pas de renouveler ladite autorisation. En effet, la vie commune des intéressés n'avait duré que quelques mois et X._ ne résidait en Suisse que depuis quatre ans. Celle-ci ne pouvait en outre se prévaloir d'une bonne intégration sociale ou professionnelle. Quant au fils de X._, il allait avoir cinq ans en juin 2008 et pourrait vraisemblablement s'adapter à un retour en Egypte. Y._ n'avait pas développé des liens particulièrement fort avec son fils.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et par celle du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler la décision du 18 mars 2008 de la Commission cantonale de recours, de lui accorder, ainsi qu'à ses deux enfants, le renouvellement de son permis de séjour et, subsidairement, de lui accorder un permis humanitaire. Elle estime que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte et que l'art. 8 CEDH a été violé. A l'appui de son recours constitutionnel subsidiaire, elle fait valoir une violation des art. 8 CEDH, 11 et 13 Cst., 13 lettre f de l'ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers (OLE; RO 1986 p. 1791), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007, et 31 de l'ordonnance du 24 octobre 2007 relative à l'admission, au séjour et à l'exercice d'une activité lucrative (OASA; RS 142.201), entrée en vigueur le 1er janvier 2008. Elle requiert l'assistance judiciaire.
Le Tribunal fédéral n'a pas procédé à un échange d'écritures. Il a requis le dossier à l'Office cantonal de la population.
E. Par ordonnance du 9 mai 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif contenue dans le recours.
Considérant en droit:
1. La recourante a formé en un seul acte (art. 119 LTF), un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire. Le second étant irrecevable en cas de recevabilité du premier (art. 113 LTF), il convient d'examiner en priorité si la voie du recours en matière de droit public est ouverte.
2. Selon l'art. 89 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (lettre a); est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué (lettre b), et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (lettre c).
Le recours a été déposé par X._ qui demande, dans ses conclusions, le renouvellement du permis de séjour pour elle-même, ainsi que pour ses deux enfants A._ et B._. Le recours devant la Commission cantonale de recours n'avait été formé que par X._ et les deux enfants n'étaient pas mentionnés, dans la décision du 18 mars 2008, comme parties à la procédure devant cette instance. Toutefois, ladite décision concernait matériellement A._ puisque son cas a été examiné par la Commission cantonale de recours et que celle-ci a confirmé la décision de l'Office cantonal de la population du 6 février 2007 qui refusait la demande de renouvellement de l'autorisation de séjour de sa mère et qui mentionnait qu'elle "concernait également l'enfant A._". La question de savoir si la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 lettre a LTF) doit lui être reconnue peut être laissée ouverte puisque le recours doit de toute façon être rejeté (cf. consid. 4 infra).
Il en va différemment de B._. Elle n'était en aucune manière partie à la procédure; la décision attaquée ne la mentionne pas et ne la concerne pas (art. 89 al. 1 LTF). Le recours n'est dès lors pas recevable en ce qui la concerne.
3. Selon l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit.
3.1 Le litige porte sur le droit de la recourante d'obtenir le renouvellement de son autorisation de séjour. La demande ayant été déposée avant le 1er janvier 2008, date de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20), le cas doit être examiné à la lumière de l'ancien droit (art. 126 al. 1 LEtr.), à savoir de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 p. 113).
3.2 En vertu de l'art. 17 al. 2 LSEE, le conjoint d'un étranger titulaire d'une autorisation d'établissement a droit à une autorisation de séjour aussi longtemps que les époux vivent ensemble (1ère phrase). Après un séjour régulier et ininterrompu de cinq ans, le conjoint a lui aussi droit à une autorisation d'établissement (2ème phrase). Les enfants célibataires âgés de moins de dix-huit ans ont le droit d'être inclus dans l'autorisation d'établissement aussi longtemps qu'ils vivent auprès de leurs parents (3ème phrase).
X._ et Y._ sont séparés depuis fin 2004. En outre, la recourante ne peut se prévaloir d'un séjour régulier et ininterrompu de cinq ans et ce pour deux motifs: d'une part, cela fait moins de cinq ans qu'elle séjourne en Suisse où elle ne vit que depuis le mois de février 2004. D'autre part, seules les années de vie commune sont prises en compte de ce chef (ATF 130 II 113 consid. 4.1 p. 116), de sorte que seule la période écoulée entre le mois de février 2004 et la fin 2004 peut être prise en considération. Dès lors, les dispositions de l'art. 17 al. 2 LSEE ne confèrent pas un droit à une autorisation de séjour en faveur de la recourante. Le recours n'est donc pas recevable sous cet angle au regard de l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF.
Au surplus, les art. 13 lettre f OLE et 31 OASA, invoqués par la recourante, ne donnent pas droit à une autorisation de séjour au sens de l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF.
3.3 Un étranger peut, selon les circonstances, se prévaloir du droit au respect de sa vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH pour s'opposer à l'éventuelle séparation de sa famille. Encore faut-il, pour pouvoir invoquer cette disposition, que la relation entre l'étranger et une personne de sa famille ayant le droit de résider durablement en Suisse (nationalité suisse, autorisation d'établissement ou droit certain à une autorisation de séjour) soit étroite et effective (ATF 130 II 281 consid. 3.1 p. 285). D'après la jurisprudence, les relations familiales qui peuvent fonder, en vertu de l'art. 8 CEDH, un droit à une autorisation de police des étrangers sont avant tout les rapports entre époux ainsi qu'entre parents et enfants mineurs vivant ensemble (ATF 120 Ib 257 consid. 1d p. 261).
Le fils de la recourante, A._, est au bénéfice d'une autorisation d'établissement. Par conséquent, la recourante, qui a l'autorité parentale, peut exciper des relations étroites qu'elle entretient avec lui pour solliciter la prolongation de son autorisation de séjour en Suisse. Le recours est donc recevable sous cet angle.
3.4 La voie du recours en matière de droit public étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
4. 4.1 La recourante invoque l'art. 8 CEDH par rapport à son fils. A._ détient en effet une autorisation d'établissement et a donc un droit à rester en Suisse. Toutefois, si sa mère est contrainte à quitter la Suisse, il devra la suivre étant donné qu'elle a l'autorité parentale, ce qui aura pour conséquence de le priver de ses relations avec son père. Il s'agit donc d'examiner si A._ a des relations étroites et effectives avec celui-ci, lesquelles seraient protégées par l'art. 8 CEDH et le droit au respect de la vie familiale. La recourante reproche à cet égard à la Commission cantonale de recours de n'avoir pas suffisamment pris en considération les relations qui se sont nouées entre A._ et son père.
4.2 D'après la jurisprudence, la Convention européenne des droits de l'homme ne garantit pas le droit de séjourner dans un Etat partie à ladite convention. Le droit au respect de la vie familiale consacré à l'art. 8 CEDH ne peut être invoqué que si une mesure étatique d'éloignement aboutit à la séparation des membres d'une famille. Il n'y a pas atteinte à la vie familiale si l'on peut attendre des membres de la famille qu'ils réalisent leur vie de famille à l'étranger; l'art. 8 CEDH n'est pas a priori violé, si le membre de la famille jouissant d'un droit de présence en Suisse peut ainsi quitter ce pays avec l'étranger auquel a été refusée une autorisation de séjour. A cette condition, on peut renoncer à effectuer la pesée des intérêts exigée par l'art. 8 par. 2 CEDH (ATF 122 II 289 consid. 3b p. 297). Le Tribunal fédéral a déjà admis qu'on pouvait exiger d'un enfant suisse qu'il suive à l'étranger ses parents, respectivement le parent qui s'occupe de lui, lorsqu'il est à un âge où il peut encore s'adapter, ce qui est le cas d'un petit enfant (ATF 122 II 289 consid. 3c p. 298). Cette jurisprudence a été confirmée à plusieurs reprises, notamment dans le cas d'un enfant de six ans né d'une mère ressortissante du Cap-Vert (arrêt 2C_118/2007 du 27 juillet 2007).
4.3 Lorsque l'arrêt attaqué est intervenu, A._, né le 6 juin 2003, avait quatre ans et demi et dépendait entièrement de sa mère. Agé actuellement de cinq ans, il n'est vraisemblablement pas scolarisé depuis longtemps et, à part son autorisation d'établissement, ne peut pas faire valoir de liens particulièrement étroits avec la Suisse. Son père, qu'il n'a rejoint en Suisse qu'en février 2004 et avec lequel il n'a vécu que quelques mois, puisque ses parents se sont séparés à la fin de l'année 2004, n'a que très peu exercé son droit de visite. Ce n'est que depuis une année qu'il voit son fils, au mieux, à raison d'une fois tous les mois, voire tous les deux mois, dans un lieu public et en compagnie de X._. En outre, il apparaît que le père de A._, s'il lui offre des cadeaux, des habits et donne de temps en temps un peu d'argent à recourante, ne paie pas de contributions d'entretien. Dans ces conditions, on ne peut qualifier les relations entre A._ et son père d'étroites et effectives. Au surplus, Y._ a déclaré que, si son fils devait retourner en Egypte, il pourrait se rendre dans ce pays afin de l'y rencontrer. Il serait également à même de l'accueillir en Suisse durant les vacances. Il ne s'est ainsi pas opposé à ce que son fils quitte la Suisse.
Il faut ainsi constater qu'il n'existe aucun obstacle à ce que la relation entre la mère et l'enfant soit vécue à l'étranger, de sorte que le respect des garanties découlant de l'art. 8 CEDH n'implique nullement la prolongation de l'autorisation de séjour sollicitée. En effet, on ne saurait considérer que A._ est à ce point intégré en Suisse que le respect de sa vie privée l'empêcherait de suivre sa mère à l'étranger, compte tenu de son jeune âge qui devrait lui permettre de s'adapter à un nouvel environnement. Comme le départ de A._ pour l'étranger avec sa mère apparaît possible "sans difficultés", il n'y a pas lieu de procéder à une pesée des intérêts en présence.
Au surplus, la recourante a notamment une soeur en Egypte, pays où elle est retournée a deux reprises depuis son arrivée en Suisse, alors qu'elle n'a aucune attache en Suisse, ni sociale ni professionnelle. Elle invoque sa précarité économique qui, selon elle, la conduirait avec son fils à la rue de retour dans son pays. Toutefois, l'intérêt à bénéficier en Suisse de perspectives de vie, d'éducation et d'avantages économiques plus favorables qu'en Egypte ne peut pas être décisif dans l'examen ici en cause (arrêt 2C_490/2008 du 22 juillet 2008, consid. 2.4). Ainsi, l'avantage économique à rester en Suisse ne peut pas entraîner l'octroi de la prolongation de l'autorisation de séjour. En outre, la recourante avait elle-même déclaré, lors d'une comparution personnelle, qu'elle avait une bonne situation en Egypte avant son mariage (décision attaquée consid. 7 p. 7). Quant à l'éventuelle procédure de divorce et à celle d'action en désaveu de paternité entre B._ et Y._, celle-ci ne nécessitera pas la présence de la recourante en Suisse, cette dernière pouvant mandater un avocat qui défendra ses intérêts. L'intéressée pourrait toujours, le cas échéant, revenir en Suisse pour les besoins de la procédure.
4.4 Ainsi, c'est à juste titre que la Commission cantonale de recours a confirmé le refus de prolonger l'autorisation de séjour de X._.
5. Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
Les conclusions de la recourante apparaissant d'emblée dénuées de toute chance de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF a contrario). Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
6. Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Un émolument judiciaire de 800 fr. est mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, à l'Office cantonal de la population et à la Commission cantonale de recours de police des étrangers du canton de Genève ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 22 août 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
T. Merkli E. Kurtoglu-Jolidon