Fatti:
A. Informata a due riprese nel corso del 2009 dalla B._ che la copertura RC di un'autovettura intestata alla A._SA era decaduta, la Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino ha ogni volta ingiunto alla società di regolarizzare la situazione, avvisandola che in caso di inottemperanza sarebbero state sequestrate le targhe e la licenza nonché prelevate delle spese. Scaduto infruttuoso il termine fissato, l'autorità ha quindi provveduto ad emanare gli ordini di sequestro, i quali non hanno potuto essere attuati, mentre le spese esatte (fr. 400.--) sono state saldate.
B. L'8 marzo 2010 la A._SA ha chiesto, tra l'altro, alla Sezione della circolazione la restituzione della somma versata a titolo di spese (fr. 400.--) per gli ordini di sequestro non eseguiti. La richiesta è stata respinta il 12 marzo successivo. Il gravame esperito tempestivamente dalla A._SA al Consiglio di Stato contro questa pronuncia è stato dichiarato inammissibile l'8 giugno 2010 e trasmesso alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello per competenza. Il Tribunale cantonale amministrativo dinanzi al quale la società si è aggravata il 16 giugno 2010 ha respinto il 6 ottobre 2010 l'impugnativa e confermato la decisione governativa d'inammissibilità.
C. Il 4 novembre 2010 la A._SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso con cui chiede, in sintesi, che la sentenza cantonale sia annullata e che vengano ammesse "in toto" tutte le sue richieste.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 135 II 22 consid. 1 pag. 24; 135 III 1 consid. 1.2.1 pag. 4; 134 IV 36 consid. 1 pag. 37 con rispettivi rinvii).
2. 2.1 Conformemente all'art. 42 LTF il ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova (cpv. 1) e dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (cpv. 2; DTF 134 II 244 consid. 2.1 pag. 245; 133 II 249 consid. 1.4.1 pag. 254). Nell'allegato ricorsuale occorre quindi indicare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto federale; la motivazione deve essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (DTF 134 II 244 consid. 2.1 pag. 245.). Ciò significa che la parte ricorrente non può limitarsi a riproporre genericamente argomenti giuridici già esposti dinanzi alle autorità cantonali, bensì deve confrontarsi criticamente con i considerandi della decisione dell'autorità inferiore che reputa lesivi del diritto (cfr. DTF 121 III 397 consid. 2a pag. 400).
2.2 Nel caso concreto, l'atto di ricorso non adempie manifestamente queste esigenze di motivazione. La ricorrente infatti si limita ad esprimere il suo malcontento nei confronti dell'amministrazione, rispettivamente delle autorità giudiziarie ticinesi nonché a ridiscutere della fondatezza delle spese prelevate e del loro rimborso. Essa non si esprime invece sull'oggetto del contendere, la questione cioè di sapere se è a torto o a ragione che il Tribunale cantonale amministrativo ha confermato la decisione d'inammissibilità per difetto di competenza emessa dal Consiglio di Stato, e non si confronta con l'esauriente argomentazione sviluppata al riguardo dalla Corte cantonale (cfr. sentenza impugnata pag. 4 e 5), segnatamente non sostanzia una qualsiasi violazione del diritto (art. 95 segg. LTF). L'impugnativa, manifestamente non motivata in modo sufficiente, si rivela quindi inammissibile.
3. 3.1 Per quanto precede, il gravame va dichiarato inammissibile secondo la procedura semplificata dell'art. 108 cpv. 1 lett. b LTF.
3.2 Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 800.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al rappresentante della ricorrente, alla Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (per informazione).