Faits:
A. A.a X._ est propriétaire des immeubles feuillets n° 522, 825, 836, 851, 853, 863, 869, 874, 886, 1050 et 1773 du ban de Y._.
A.b Par jugement du 9 février 2007, le concordat par abandon d'actif proposé par la Masse en faillite de X._ a été homologué. Le 25 juin 2008, la Commission des créanciers a accepté la proposition de vendre de gré à gré à A._ l'ensemble des immeubles appartenant au débiteur pour le prix global de 1'430'000 fr. Le contrat de vente a été signé le 24 juillet 2008. A la suite d'un arrêt rendu le 9 février 2009 par le Tribunal fédéral, statuant sur recours du débiteur, cette vente est définitive.
B. B.a A la requête de Z._, agissant en qualité de liquidateur dans la procédure concordataire, le Tribunal de première instance du canton du Jura a, par jugement du 6 avril 2009, prononcé l'expulsion de X._ pour le 30 avril 2009 à 15 heures des locaux et/ou emplacements qu'il occupe sur l'immeuble feuillet n° 825 du ban de Y._, sous réserve du droit d'habitation en faveur de sa mère sur l'appartement du bâtiment n° 98, ainsi que des autres immeubles dont il est propriétaire à Y._, lui a fait interdiction, dès l'échéance précitée, d'exploiter les immeubles et lui a ordonné, dans le même délai, de libérer ses immeubles des objets et/ou animaux pouvant s'y trouver.
B.b Par arrêt du 8 juillet 2009, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté l'appel déposé par X._ et ordonné son expulsion pour le 31 août 2009.
C. X._ interjette le 28 juillet 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant principalement au rejet de la requête d'expulsion; subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de l'affaire à la cour cantonale "pour nouveau jugement à rendre au sens des considérants, éventuellement afin de suspension de la procédure d'expulsion du recourant jusqu'à droit connu sur la procédure administrative xxxx partant (sic) devant Mme la Juge administrative du Tribunal de Première Instance".
Par ordonnance du 25 août 2009, la Présidente de la IIe Cour de droit civil a admis la requête d'effet suspensif présentée par le recourant.
L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 p. 117).
1.1 Le recours est dirigé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision rendue en matière civile (art. 72 LTF), dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b), par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF). Que l'on qualifie la décision, comme l'a fait la cour cantonale, de décision sur mesures provisionnelles ou, comme le soutient la doctrine (JUNOD MOSER/GAILLARD, in Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, n° 10 ad art. 229 LP), de décision d'exécution forcée, elle est finale. En effet, également dans le premier cas de figure, la jurisprudence considère que la décision provisoire prise indépendamment d'une procédure principale, notamment en matière de protection de la possession, est finale (Message, in FF 2001 4000 ss, p. 4129; arrêt 5A_181/2007 du 26 juin 2007 consid. 1.2). Le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, a un intérêt juridique à sa modification (art. 76 al. 1 LTF). Partant, le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2 Les griefs qui peuvent être invoqués devant le Tribunal fédéral diffèrent selon qu'on est en présence d'une décision de mesures provisionnelles (cf. art. 98 LTF) ou non (cf. art. 95 et 96 LTF). En l'espèce, la question peut demeurer indécise, vu l'issue du recours.
2. La cour cantonale a retenu que, à teneur de l'art. 319 al. 1 LP, lorsque l'homologation du concordat par abandon d'actif est devenue définitive, le débiteur n'a plus le droit de disposer de ses biens; les liquidateurs accomplissent tous les actes nécessaires à la conservation et à la réalisation de la masse ou, s'il y a lieu, au transfert de propriété (al. 3). Le liquidateur doit prendre possession des biens du débiteur soumis au concordat par abandon d'actif au nom de la masse et veiller à ce qu'ils ne diminuent pas durant le sursis. Le débiteur est tenu de mettre les actifs à disposition des liquidateurs (art. 222 LP par analogie). Ceux-ci sont légitimés à agir en expulsion contre le débiteur qui occupe sans droit un immeuble appartenant à la masse; ils peuvent fixer les conditions auxquelles le débiteur peut rester dans son logement et la durée de ce séjour, par analogie avec l'art. 229 al. 3 LP. En l'espèce, l'homologation du concordat par abandon d'actif du recourant est définitive, de sorte que le liquidateur est légitimé, conformément à l'art. 319 LP, à requérir son expulsion; le recourant occupe sans droit les immeubles concernés, indépendamment du fait qu'il soit toujours inscrit au registre foncier comme propriétaire.
Les immeubles ont été vendus le 24 juillet 2008 à A._; cette vente est définitive, le recours dirigé contre celle-ci par le recourant auprès du Tribunal fédéral ayant été rejeté par arrêt du 9 février 2009 (arrêt 5A_611/2008). Selon la cour cantonale, le fait que l'intéressé soit toujours inscrit au registre foncier en tant que propriétaire, comme il le fait valoir, est sans incidence sur la légitimation du liquidateur à requérir son expulsion, vu l'art. 319 LP. En outre, le recourant ne peut tirer argument, pour s'opposer à son expulsion, du fait que l'acheteur ne disposerait pas encore de toutes les autorisations requises par la Loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (RS 211.412.11; LDFR) - et ne pourrait les obtenir en raison du fait qu'il n'exploiterait pas personnellement le domaine mais achèterait pour le compte d'autres personnes -, respectivement que l'acheteur n'aurait pas respecté le délai de 10 jours pour requérir l'autorisation d'acquérir au sens de l'art. 67 LDFR, si bien que l'office devrait révoquer la vente en faveur de A._. A cet égard, les juges précédents ont considéré, d'une part, que le recourant, en qualité de débiteur, n'a pas qualité pour intervenir dans la procédure LDFR consécutive à une vente forcée de son immeuble et, d'autre part, que dès l'entrée en force du concordat, le débiteur doit mettre à disposition du liquidateur les biens compris dans le concordat et cela même si les biens n'ont pas encore été réalisés; le fait que l'acheteur pourrait se voir refuser les autorisations administratives nécessaires à l'acquisition des immeubles du recourant n'est donc pas de nature à faire obstacle à son expulsion. Enfin, la cour cantonale a confirmé l'urgence de la mesure d'expulsion.
3. Le recourant soutient que son expulsion a été requise afin de permettre l'exécution de la vente du 24 juillet 2008, ce qui postule que cette vente puisse être inscrite au registre foncier. Or, selon lui, l'acquéreur n'aurait pas respecté l'art. 67 LDFR; dans ces circonstances, de nouvelles enchères devraient être ordonnées. De même, pour les parcelles vendues qui ne sont pas dans le périmètre du remaniement parcellaire de Y._, une autorisation LDFR devrait être demandée à la Commission foncière rurale du canton du Jura; or, aucune demande de ce type n'aurait été déposée par l'acquéreur dans le délai de l'art. 67 al. 1 LDFR. Le recourant fait grief à la cour cantonale de n'avoir pas examiné ces questions dans le cadre de la procédure d'expulsion, ce qui constituerait une violation de son droit d'être entendu; les juges précédents auraient également interprété de manière arbitraire l'art. 67 al. 1 LDFR et admis tout aussi arbitrairement que l'acte de vente du 24 juillet 2008 était valable et pouvait justifier son expulsion, car il s'agirait d'une vente fictive. En outre, ce serait à tort que la cour cantonale a considéré qu'il n'a pas la qualité pour intervenir dans le cadre de la procédure LDFR; il affirme avoir un intérêt digne de protection à l'annulation de la vente litigieuse, dans la mesure où il a une proposition d'achat venant de tiers disposés à acquérir une partie seulement de son domaine, ce qui lui permettrait de poursuivre son activité d'agriculteur et d'éleveur de chevaux.
4. Selon l'art. 319 al. 3 LP, les liquidateurs accomplissent tous les actes nécessaires à la conservation et à la réalisation de la masse ou, s'il y a lieu, au transfert des biens. Les tâches du liquidateur sont comparables à celles des administrateurs d'une faillite (JUNOD MOSER/GAILLARD, op. cit., n° 32 ad art. 319 LP; GILLIÉRON, Commentaire de la loi sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. 4, 2003, n° 6 ad art. 319 LP). Le liquidateur doit prendre possession des biens du débiteur soumis au concordat par abandon d'actif au nom de la masse et veiller à ce qu'ils ne diminuent pas déjà durant le sursis. Le débiteur est tenu de mettre les actifs à disposition du liquidateur (art. 222 LP par analogie). Celui-ci peut fixer les conditions auxquelles le débiteur peut rester dans son logement et la durée de ce séjour (art. 229 al. 3 LP par analogie; JUNOD Moser/Gaillard, op. cit., n° 33 ad art. 319 LP; WINKELMANN/LÉVY/JEANNERET/ MERKT/BIRCHLER, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. 3, 1998, n° 27 ad art. 319 LP). Il décide selon sa propre appréciation. La communication des conditions et de la durée pendant laquelle le débiteur et sa famille peuvent demeurer dans le logement, est une décision formelle, contre laquelle peut être déposée une plainte (art. 17ss LP). Cette décision, entrée en force, permet au liquidateur d'obtenir l'expulsion du débiteur, soit directement (avec l'intervention de la force publique si nécessaire), soit en suivant les règles du droit procédural cantonal (MOSER/GAILLARD, op. cit., n° 10 ad art. 229 LP; JAEGER/WALDER/ KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. 2, 4e éd. 1997/1999, n° 9 ad art. 229 LP; BlSchK 1952 p. 180 et 1956 p. 180).
5. En l'espèce, il résulte de l'arrêt attaqué que, préalablement à la signature de la vente, le recourant a été informé par courrier du liquidateur du 30 juin 2008 qu'il devait libérer l'ensemble des immeubles jusqu'au 30 septembre 2008, à l'exception de l'appartement occupé par sa mère au bénéfice d'un droit d'habitation. Le 20 octobre 2008, un délai de dix jours lui a été imparti pour libérer les immeubles et les locaux vendus. Enfin, suite au jugement rendu par le Tribunal fédéral le 9 février 2009, il a été prié de prendre position sur la libération des lieux. Le recourant n'a pas porté plainte contre la décision du liquidateur du 30 juin 2008, pas plus d'ailleurs que contre les mises en demeure subséquentes. Cette décision est ainsi en force et l'intéressé ne peut plus la remettre en question dans le cadre de l'exécution de l'expulsion. Il n'y a donc pas lieu d'examiner dans la présente procédure les griefs que le recourant tire du fait que la vente ne serait pas valable, dans la mesure où cela reviendrait à mettre en cause la décision du liquidateur. Il s'ensuit que le recours est irrecevable.
6. Enfin, en tant que le recourant semble diriger son recours également contre une ordonnance rendue le 2 juillet 2009 par la cour cantonale, aux termes de laquelle elle a rejeté la requête de l'intéressé tendant à la suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur celle l'opposant au Service de l'économie rurale, il est irrecevable pour les mêmes raisons.
7. Vu ce qui précède, le recours est irrecevable. Dans la mesure où l'effet suspensif a été accordé au recours, il convient d'ordonner à nouveau l'expulsion du recourant. Celui-ci, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. L'expulsion du recourant est ordonnée pour le 30 novembre 2009 à 15 heures, l'arrêt attaqué étant confirmé pour le surplus.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 24 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet