Fatti:
A. A.a Con contratto di cessione di azioni 30 gennaio 2007, A._SA ha acquistato da B._ al prezzo di Euro 1,7 milioni - regolarmente corrisposti - il 100 % del pacchetto azionario di C._AG. C._AG detiene a sua volta il 97 % del capitale azionario della società moldava D._SA. D._SA è attiva nella lavorazione di tessili ed è proprietaria degli stabili nei quali esercita la propria attività.
A.b Secondo le premesse del contratto 30 gennaio 2007, detti immobili sono stati finanziati da C._AG; a garanzia del proprio credito, essa avrebbe iscritto nel registro fondiario moldavo un'ipoteca di Euro 2 milioni. Il contratto 30 gennaio 2007 prevedeva che A._SA acquistasse da B._ anche il credito da lui vantato nei confronti di C._AG di fr. 2'941'010.-- al prezzo di Euro 2 milioni. Senonché A._SA ha versato unicamente la prima tranche di Euro 1 milione, ma non la seconda, dovuta entro fine 2009; in mora, A._SA dovrebbe a B._ anche l'importo di Euro 500'000.-- a titolo di penale.
A.c Con precetto esecutivo del 13/16 agosto 2010 dell'Ufficio esecuzione di Lugano, B._ ha escusso A._SA appunto per l'importo di Euro 1,5 milioni, convertiti in fr. 2'054'450.--, oltre interessi al 6 % dal 1° gennaio 2009.
A.d A._SA ha interposto opposizione; B._ ne ha chiesto il rigetto provvisorio al Pretore del Distretto di Lugano. Con sentenza 7 novembre 2011 il Pretore ha accolto l'istanza di rigetto provvisorio dell'opposizione.
B. Adita con reclamo 18 novembre 2011 da A._SA, la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha accolto il gravame con riferimento agli interessi, riconosciuti unicamente sulla quota di prezzo non ancora soluto, ma non sulla penale; per il rimanente, la Corte cantonale ha respinto il gravame con la qui impugnata sentenza 20 febbraio 2012.
C. Contro di essa, A._SA (qui di seguito: ricorrente) ha inoltrato in data 27 febbraio 2012 un ricorso in materia civile, in accoglimento del quale essa chiede che l'istanza di rigetto provvisorio dell'opposizione sia integralmente respinta.
Con decreto presidenziale 13 marzo 2012 al ricorso è stato concesso l'effetto sospensivo. Non sono state chieste determinazioni nel merito.
Diritto:
1. 1.1 La sentenza impugnata, emanata in materia di rigetto provvisorio dell'opposizione, costituisce una decisione finale ai sensi dell'art. 90 LTF (DTF 134 III 141 consid. 2 con rinvio) ed è stata pronunciata su ricorso dall'autorità di ultima istanza del Cantone Ticino (art. 75 cpv. 1 e 2 LTF) in una causa che supera il valore di lite minimo di fr. 30'000.-- previsto dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF. Inoltrato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) quale ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF) da un ricorrente che ha già partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) risultando parzialmente soccombente e dunque particolarmente toccato dalla decisione impugnata (art. 76 cpv. 1 lett. b LTF), il gravame all'esame si rivela pertanto in linea di principio ammissibile.
La decisione impugnata non concerne misure provvisionali ai sensi dell'art. 98 LTF. La cognizione del Tribunale federale non è di conseguenza limitata alla lesione di diritti costituzionali (DTF 133 III 399 consid. 1.5; 135 III 670 consid. 1.3.1).
1.2 Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Ciò nondimeno, giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF, nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Ciò significa che il ricorrente deve almeno confrontarsi brevemente con i considerandi della sentenza impugnata pena l'inammissibilità del gravame (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Inoltre, il Tribunale federale esamina la violazione di diritti fondamentali soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Il ricorrente deve pertanto spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che modo sarebbero stati violati diritti costituzionali (DTF 135 III 232 consid. 1.2 in fine con rinvii).
1.3 In linea di massima il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene o completarlo soltanto se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
2. 2.1 Il Tribunale di appello ha chiarito che, secondo il testo del contratto 30 gennaio 2007, gli interessi di ritardo sono dovuti unicamente sull'importo di Euro 1 milione non ancora soluto da A._SA per la cessione del credito, non invece per quanto dovuto a titolo di penale; ha inoltre sciolto la contraddizione al n. 3.1 del contratto, ove il tasso di interesse è espresso in cifre al 5 % ed in parole al sei per cento, optando - in analogia con quanto pattuito per il caso di ritardo nel pagamento delle azioni - per un tasso del 6 %. Questi punti non sono più controversi.
2.2 Rimane contestata, per contro, la qualità di titolo esecutivo del contratto di compravendita azionaria del 30 gennaio 2007. In particolare la ricorrente persevera nel ritenere che il creditore procedente non abbia correttamente adempito i suoi doveri contrattuali.
3. 3.1 Giusta l'art. 82 cpv. 1 LEF, il creditore può chiedere il rigetto provvisorio dell'opposizione se il credito si fonda sopra un riconoscimento di debito constatato mediante atto pubblico o scrittura privata. Al fine di poter essere considerata un riconoscimento di debito, una scrittura privata deve essere firmata dall'escusso - o da un suo rappresentante - e deve contenere la volontà di pagare al creditore procedente, senza riserve o condizioni, un importo di denaro determinato o facilmente determinabile. Il riconoscimento di debito può anche essere dedotto da un insieme di documenti, se da essi risultano gli elementi necessari (DTF 132 III 480 consid. 4.1; 136 III 624 consid. 4.2.2 con rinvio; sentenza 5A_630/2010 del 1° settembre 2011 consid. 2.1, in Pra 2012 n. 32 pag. 221).
3.2 In linea di principio un contratto scritto giustifica il rigetto provvisorio dell'opposizione per il montante che deve prestare il debitore contro cui è promossa l'esecuzione, a patto che le condizioni d'esigibilità siano stabilite in base agli atti; il creditore procedente deve in particolare provare di aver fornito le prestazioni dalle quali dipende l'esigibilità della prestazione posta in esecuzione (PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la pousuite pour dettes et la faillite, 1999, n. 44 seg. ad art. 82 LEF; JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4a ed. 1997, n. 10 ad art. 82 LEF).
3.3 Conformemente all'art. 82 cpv. 2 LEF, il giudice pronuncia il rigetto provvisorio dell'opposizione (in procedura sommaria; v. vecchio art. 25 n. 2 lett. a LEF applicabile alla fattispecie, ora art. 251 lett. a del codice di diritto processuale civile svizzero del 19 dicembre 2008 [CPC; RS 272] entrato in vigore il 1° gennaio 2011) se il debitore non rende immediatamente verosimili (v. sul concetto di verosimiglianza DTF 132 III 140 consid. 4.1.2; DANIEL STAEHELIN, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. I, 2a ed. 2010, n. 87 segg. ad art. 82 LEF con rinvii) eccezioni che infirmano il riconoscimento di debito. Egli può a tale titolo avvalersi di tutti i rimedi di diritto civile, eccezioni o obiezioni, quali ad esempio i vizi della volontà ai sensi degli art. 23 segg. CO (sentenza 5A_652/2011 del 28 febbraio 2012 consid. 3.2.2 con rinvii) oppure l'eccezione di inadempimento rispettivamente di non corretto adempimento della controprestazione (sentenza 5A_630/2010 del 1° settembre 2011 consid. 2.2, in Pra 2012 n. 32 pag. 221; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, op. cit., n. 45 ad art. 82 LEF).
3.4 La procedura di rigetto provvisorio (come la procedura di rigetto definitivo) dell'opposizione è una procedura basata su prove documentali, il cui scopo non è di constatare l'esistenza del credito posto in esecuzione, ma l'esistenza di un titolo esecutivo (DTF 136 III 583 consid. 2.3 con rinvii): il creditore procedente può semplicemente motivare la sua richiesta producendo tale titolo e la produzione di questo documento, considerato in virtù del suo contenuto, della sua origine e delle sue caratteristiche esteriori, basta a far pronunciare il rigetto. Di converso il debitore ha la facoltà di opporre e rendere verosimili delle eccezioni (DTF 132 III 140 consid. 4.1.1 con rinvio), anch'egli basandosi su prove documentali (sentenze 5A_365/2012 del 17 agosto 2012 consid. 4.3.2, destinato alla pubblicazione; 5D_147/2011 del 10 novembre 2011 consid. 3; 5A_83/2011 del 2 settembre 2011 consid. 6.1; 5A_630/2010 del 1° settembre 2011 consid. 2.2, in Pra 2012 n. 32 pag. 221).
4. 4.1 Il Tribunale di appello ha constatato che il contratto 30 gennaio 2007 prevede inequivocabilmente ed incontestatamente la cessione a A._SA del pacchetto azionario di C._AG, per un prezzo di Euro 1,7 milioni, soluto, nonché la cessione - al prezzo di Euro 2 milioni - del credito di fr. 2'941'010.-- vantato da B._ nei confronti di C._AG. La ricorrente ha versato soltanto la metà del prezzo pattuito per la cessione del credito, ciò che non è contestato. I Giudici cantonali hanno pertanto considerato che il contratto 30 gennaio 2007 costituisce, in linea di principio, valido riconoscimento di debito ex art. 82 cpv. 1 LEF per la somma di Euro 1 milione, nonché per ulteriori Euro 500'000.-- dovuti a titolo di penale in seguito all'inadempienza.
Chiamato ad esprimersi sull'exceptio non adimpleti contractus sollevata da A._SA a giustificazione del mancato pagamento di Euro 1 milione, il Tribunale di appello l'ha respinta: rispondendo alle corrispondenti obiezioni di A._SA, ha spiegato il mancato trasferimento del possesso delle azioni di C._AG alla ricorrente con il contenuto del n. 3.2 del contratto, ove sarebbe pattuito che le azioni rimangono all'escrow agent fino ad avvenuto completo versamento degli importi per l'acquisto delle azioni e del credito. Il mancato rilascio di una dichiarazione scritta da parte di B._ attestante che la ricorrente è subentrata nella parte di credito vantato nei confronti di C._AG per un importo equivalente alla o alle rate versate sarebbe dovuto al fatto che la ricorrente non avrebbe mai richiesto il rilascio di una tale dichiarazione. Il mancato frazionamento del mutuo sarebbe invece dovuto al fatto che la ricorrente non avrebbe preso posizione circa tale facoltà conformemente al n. 3.3.2 del contratto. Con riferimento alla decisione di D._SA di interrompere la fornitura di energia a E._SA, all'origine di una vertenza giudiziaria pendente fra le due società in Moldavia, ed alla sua eventuale natura di misura di straordinaria amministrazione che avrebbe dovuto essere approvata dalla totalità dei membri del consiglio di amministrazione e degli azionisti di D._SA (e quindi anche dalla ricorrente) giusta il n. 4.2 del contratto 30 gennaio 2007, i Giudici cantonali hanno ammesso la necessità di un esame più approfondito del contratto, esame che tuttavia spetterebbe al giudice ordinario e non a quello dell'opposizione, limitato nel proprio esame dalla natura sommaria del procedimento di rigetto. Essi hanno infine respinto l'ultima censura sollevata dalla ricorrente e relativa alla garanzia, da parte di B._, dell'assenza - sugli immobili di proprietà di D._SA - di altri diritti o gravami a favore di terzi: hanno infatti rilevato che, indipendentemente dalla natura dei diritti che fa giudizialmente valere E._SA contro D._SA in Moldavia, la semplice chiamata in causa di D._SA non significa ancora che tali diritti esistano effettivamente.
4.2 La ricorrente si limita, avanti al Tribunale federale, a reiterare le obiezioni già sollevate in sede cantonale. Così, essa ribadisce il mancato trasferimento delle azioni C._AG, il mancato rilascio di una dichiarazione scritta da parte di B._ attestante il suo subentro nella parte di credito vantato nei confronti di C._AG ed il mancato frazionamento del mutuo, ma non prende posizione sulle ragioni che hanno spinto il Tribunale di appello a ritenere che siffatte obiezioni non assurgano ad inadempimento contrattuale. Ridiscute poi la natura degli oneri oggetto della lite giudiziaria che oppone D._SA a E._SA in Moldavia, ribadendo la loro natura reale; ma si limita ad affermare apoditticamente che a torto il Tribunale di appello abbia lasciata indecisa la questione, senza prendere posizione sull'affermazione della Corte cantonale secondo la quale la mera citazione in giudizio di D._SA non equivale ad una condanna cresciuta in giudicato e non permette ancora di stabilire se le garanzie fornite da B._ siano davvero state disattese. La ricorrente, infine, non si esprime neppure sull'impossibilità - allegata dai Giudici cantonali - di esaminare la natura della decisione di interrompere la fornitura energetica ai beneficiari di tali diritti nel quadro di una procedura sommaria.
Nella misura appena esposta, il ricorso è motivato in modo manifestamente carente e va respinto in ordine.
4.3 La ricorrente obietta poi che il suo riconoscimento di debito insito nella firma del contratto 30 gennaio 2007 non può essere ritenuto vincolante poiché essa riceverebbe una controprestazione diversa da quella originariamente pattuita, unilateralmente modificata da controparte e di valore manifestamente inferiore.
Che le prestazioni che B._ si è contrattualmente impegnato a fornire alla ricorrente siano diverse da quelle pattuite, siano state da lui unilateralmente modificate ed abbiano un valore manifestamente inferiore, sono mere supposizioni della ricorrente. Nulla di ciò emerge dalla decisione impugnata, né conclusioni vincolanti potevano farsi in quella sede - trattandosi del giudizio in procedura sommaria sull'opposizione al precetto esecutivo (sulla fondamentalmente differente finalità di azioni in procedura sommaria ed azioni ordinarie v. sentenza 5A_365/2012 del 17 agosto 2012 consid. 4.3.2, destinato alla pubblicazione; FABIENNE HOHL, Procédure civile, vol. II, 2a ed. 2010, n. 1566 e 1568). Fondata su elementi di fatto non constatati dall'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF; DTF 136 V 362 consid. 3.3.1; 136 III 209 consid. 6.1) la censura deve dunque essere dichiarata inammissibile (DTF 134 III 643 consid. 5.3.2 con rinvii).
Che le prestazioni che B._ si è contrattualmente impegnato a fornire alla ricorrente siano diverse da quelle pattuite, siano state da lui unilateralmente modificate ed abbiano un valore manifestamente inferiore, sono mere supposizioni della ricorrente. Nulla di ciò emerge dalla decisione impugnata, né conclusioni vincolanti potevano farsi in quella sede - trattandosi del giudizio in procedura sommaria sull'opposizione al precetto esecutivo (sulla fondamentalmente differente finalità di azioni in procedura sommaria ed azioni ordinarie v. sentenza 5A_365/2012 del 17 agosto 2012 consid. 4.3.2, destinato alla pubblicazione; FABIENNE HOHL, Procédure civile, vol. II, 2a ed. 2010, n. 1566 e 1568). Fondata su elementi di fatto non constatati dall'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF; DTF 136 V 362 consid. 3.3.1; 136 III 209 consid. 6.1) la censura deve dunque essere dichiarata inammissibile (DTF 134 III 643 consid. 5.3.2 con rinvii).
4.4 4.4.1 La ricorrente ripropone infine l'eccezione fondata sulla clausola rebus sic stantibus già formulata in appello. Quale motivazione ribadisce che "il contratto sottoscritto contempla situazioni e circostanze diverse da quelle in essere, e quindi deve venir obbligatoriamente adeguato a quelle reali". Così facendo si fonda, come esposto al considerando precedente, su fatti non accertati dalla Corte cantonale; ciò rende la censura inammissibile.
4.4.2 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di non aver trattato la questione. Vi ravvede una violazione dell'obbligo di motivazione. Ora, è vero che nella sentenza impugnata il Tribunale di appello si è in sostanza limitato a stabilire "l'inapplicabilità alla fattispecie della clausula rebus sic stantibus". Tuttavia, va rammentato che per ossequiare il diritto delle parti di essere sentite, qui concretato nella forma di una motivazione sufficiente (art. 29 cpv. 2 Cost.), il giudice è tenuto sì a motivare le proprie decisioni al fine di permettere al cittadino di comprenderle ed esercitare il suo diritto di ricorso con cognizione di causa, menzionando anche solo brevemente i motivi che l'hanno guidato, ma non ha l'obbligo di discutere tutti gli argomenti sollevati dalle parti (DTF 138 IV 81 consid. 2.2; 134 I 83 consid. 4.1). Ciò vale, nel caso di specie, per l'eccezione della clausola rebus sic stantibus. Peraltro, tale argomento venne discusso dal Pretore, che lo scartò in quanto argomento di merito esulante dal potere cognitivo del giudice del rigetto dell'opposizione. La ricorrente non afferma se abbia o meno criticato avanti al Tribunale di appello in modo circostanziato la ragione addotta dal Pretore per non esaminare nel merito la sua eccezione (e comunque non indica dove lo avrebbe fatto), o se si sia invece limitata a ribadirla.
Ciò conduce alla reiezione della sua censura relativa alla pretesa violazione del proprio diritto di essere sentita.
5. In conclusione il ricorso va respinto nella ridottissima misura in cui si rivela ammissibile. Tassa e spese di giustizia vanno poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non sono dovute ripetibili, poiché l'opponente non è stato invitato ad esprimersi nel merito avanti al Tribunale federale, mentre la sua opposizione contro la concessione dell'effetto sospensivo - con contestuale domanda di prestazione di garanzie - è stata respinta.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 12'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.