Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts von Steuerbetrug. In diesem Zusammenhang stellte die Staatsanwaltschaft am 16. März 2012 in den Räumlichkeiten von Z._, dem ehemaligen Revisor der Y._ AG, diverse Aufzeichnungen und Gegenstände sicher, welche versiegelt wurden. Am 2. April 2012 stellte die Staatsanwaltschaft das Entsiegelungsgesuch.
B. Mit prozessleitender Verfügung vom 4. April 2012 stellte das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau Z._ das Entsiegelungsgesuch zu und räumte ihm Gelegenheit zur Stellungnahme ein. Mit Schreiben vom 12. April 2012 beantragten die Y._ AG bzw. X._ (als Alleinaktionär, einziger Verwaltungsrat und Geschäftsführer der AG) beim Zwangsmassnahmengericht die wiedererwägungsweise Aufhebung der Verfügung vom 4. April 2012 und die Einräumung von Parteirechten (auch an sie) im hängigen Entsiegelungsverfahren. Mit Antwortschreiben vom 12. April 2012 verfügte das Zwangsmassnahmengericht Folgendes:
"Es mag umstritten sein, ob und welche Rechte Ihrem Mandanten im Entsiegelungsverfahren zustehen. Selbst unter der Annahme, dass er die Siegelung verlangen kann, steht ihm aber im besten Falle das Recht zu, allfällige Entsiegelungshindernisse geltend zu machen. Dies kann er im Verfahren, das bereits eröffnet wurde, ebenfalls tun. Genau aus diesem Grunde wurde Ihnen sicherheitshalber eine Kopie der Verfügung zugestellt. (...) Herr Z._ hat eine Fristerstreckung bis 15. Mai 2012 zur Einreichung der Stellungnahme beantragt. Diese ist ihm einmalig bewilligt worden. Sie haben die Möglichkeit, Ihre Stellungnahme innert der gleichen Frist einzureichen."
C. Gegen die Verfügungen des Zwangsmassnahmengerichts vom 4. April bzw. 12. April 2012 gelangten die Y._ AG und X._ mit Beschwerde vom 7. Mai 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung der angefochtenen Entscheide.
Die Staatsanwaltschaft und das Zwangsmassnahmengericht beantragen je mit Vernehmlassungen vom 14. bzw. 16. Mai 2012, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Die Beschwerdeführer replizierten am 4. Juni 2012.
Erwägungen:
1. Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um prozessleitende Zwischenverfügungen im Entsiegelungsverfahren, welche weder das Straf-, noch das Zwangsmassnahmenverfahren abschliessen. Zu prüfen ist, ob die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG erfüllt sind.
1.1 Als oberste rechtsprechende Behörde des Bundes soll sich das Bundesgericht in der Regel nur einmal mit der gleichen Streitsache befassen müssen. Nach ständiger Praxis zu Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist ein Vor- oder Zwischenentscheid daher nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen (für die rechtsuchende Partei günstigen) Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 135 I 261 E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). Zwischenentscheide sind grundsätzlich mit Beschwerde gegen den Endentscheid anzufechten, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (Art. 93 Abs. 3 BGG). Sofern die Sachurteilsvoraussetzungen nicht ohne Weiteres aus den Akten ersichtlich werden, obliegt es grundsätzlich der beschwerdeführenden Partei darzulegen, inwiefern sie gegeben sind (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356).
1.2 Prozessleitende Verfügungen im Entsiegelungsverfahren sind unter dem Gesichtspunkt des drohenden nicht wieder gutzumachenden Nachteils grundsätzlich nicht anfechtbar (vgl. BGE 137 IV 189, 190 mit Hinweis auf Urteil 1B_200/2007 vom 15. Januar 2007 E. 2.3; Urteile 1B_108/2011 vom 6. Juni 2011 E. 1-2; 1B_351/2010 vom 14. Januar 2011 E. 1.2-1.3; zur betreffenden Praxis s. auch Heinz Aemisegger/Marc Forster, Basler Kommentar BGG, 2. Aufl., Basel 2011, Art. 79 N. 40).
1.3 Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer wird in den angefochtenen Entscheiden noch nicht über die "Kenntnisnahme geschützter Informationen durch die Strafbehörde" entschieden. Zwar wurde in den prozessleitenden Verfügungen die Frage aufgeworfen, ob und inwiefern die Beschwerdeführer im hängigen Entsiegelungsverfahren Parteirechte beanspruchen können. Diese Frage wurde jedoch vom Zwangsmassnahmengericht in der Hauptsache ausdrücklich noch offen gelassen. Sie wird im Entsiegelungsentscheid abschliessend zu beurteilen sein. Das Bundesgericht hat sich damit nicht jetzt schon auseinanderzusetzen. Die Beschwerdeführer können ihre Beanstandungen nötigenfalls im Rahmen einer Anfechtung des Entsiegelungsentscheides vorbringen (vgl. auch die mit dem vorliegenden Verfahren konnexen Urteile des Bundesgerichtes 1B_215/2011 vom 6. September 2011 E. 1 und 1B_351+353/2010 vom 14. Januar 2011 E. 1, betreffend separate prozessleitende Verfügungen in Entsiegelungsverfahren). Im Übrigen hat das Zwangsmassnahmengericht in der angefochtenen Verfügung vom 12. April 2012 auch den Beschwerdeführern ausdrücklich Gelegenheit zur Stellungnahme bis am 15. Mai 2012 eingeräumt. Sie bestätigen zudem, dass sie am 19. April 2012 "teilweise Akteneinsicht" erhalten haben, insbesondere in das Entsiegelungsgesuch. Nach dem Gesagten ist hier kein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil im Sinne der dargelegten Praxis erkennbar.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Mit diesem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde (bzw. Anordnung der einstweiligen Sistierung des Entsiegelungsverfahrens) hinfällig.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (vgl. Art. 66 Abs. 1 und Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität und dem Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juli 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster