Sachverhalt:
A. A.a Das Bezirksgericht Zürich erklärte mit Urteil vom 1. September 2005 X._ und Y._ des gewerbsmässigen Betruges, der Geldwäscherei, des Vergehens gegen das Bundesgesetz gegen den unlauteren Wettbewerb im Sinne von Art. 23 i.V. mit Art. 3 lit. a UWG sowie des wirtschaftlichen Nachrichtendienstes und Z._ des gewerbsmässigen Betruges sowie der Geldwäscherei schuldig und verurteilte sie zu unbedingten Freiheitsstrafen.
A.b Auf Appellation der Beurteilten sowie zwei Geschädigter hin sprach das Obergericht des Kantons Zürich X._, Y._ und Z._ mit Urteil vom 19. Dezember 2007 von der Anklage des gewerbsmässigen Betruges (evtl. der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung) sowie der Geldwäscherei frei. Die gegen X._ und Y._ ergangenen Schuldsprüche wegen Vergehens gegen das UWG sowie des wirtschaftlichen Nachrichtendienstes bestätigte es, und verurteilte diese zu unbedingten (X._) bzw. bedingten (Z._) Geldstrafen.
Ferner beschlossen die kantonalen Instanzen, dass die X._ mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich vom 27. Mai 2003 auferlegte Kaution von US$ 100'000.-- nach Antritt der Strafe bzw. nach Bezahlung der Geldstrafe freigegeben, sogleich beschlagnahmt und zur Deckung der den Beurteilten auferlegten Kosten herangezogen wird; ein allfälliger Restbetrag sollte X._ nach Ablauf der Rechtsmittelfrist bzw. nach Erledigung allfälliger Rechtsmittel herausgegeben werden.
B. C._ führt als Insolvenzverwalter der D._ AG, welche die Sicherheitsleistung X._ als Darlehen zur Verfügung gestellt hatte, Beschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, es sei der angefochtene Beschluss aufzuheben und es sei die geleistete Kaution von US$ 100'000.-- nach Antritt der Strafe bzw. Bezahlung der Geldstrafe durch X._ an den Beschwerdeführer freizugeben. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich beantragt in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Zürich hat auf Stellungnahme verzichtet.
D. Mit Entscheid vom heutigen Datum hat das Bundesgericht eine von der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich gegen das Urteil des Obergerichts vom 19. Dezember 2007 eingereichte Beschwerde gutgeheissen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (Art. 80 Abs. 1 BGG) gefällten Endentscheid (Art. 90 BGG) in Strafsachen (Art. 78 Abs. 1 BGG).
1.1.1 Der Beschwerdeführer ist Insolvenzverwalter der D._ AG. Diese hatte dem Beurteilten X._ für die Leistung der Kaution ein Darlehen gewährt und den Betrag direkt an die Strafverfolgungsbehörde überwiesen. Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und ein rechtliches Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Das Bezirksgericht Zürich ordnete eine Mitteilung des Entscheids an den Beschwerdeführer erst nach Eintritt der Rechtskraft an (erstinstanzliches Urteil S. 184). Der Beschwerdeführer hatte daher von dem angefochtenen Beschluss keine Kenntnis. Dementsprechend hatte er auch keine Möglichkeit erhalten, am vorinstanzlichen Verfahren teilzunehmen. Die Konkursmasse der D._ AG, welche X._ den Betrag für die Kaution zur Verfügung gestellt hat, ist durch den angefochtenen Beschluss in ihren rechtlich geschützten Interessen betroffen.
1.1.2 Im vorliegenden Fall führt der Beschwerdeführer als Insolvenzverwalter der D._ AG in eigenem Namen Beschwerde. Die Prozessstandschaft als Berechtigung, fremde Interessen in eigenem Namen geltend zu machen, ergibt sich nach den Regeln des internationalen Privatrechts aus derjenigen Rechtsordnung, welche über die Prozessfähigkeit der in Frage stehenden Person entscheidet (IVO SCHWANDER, Einführung in das Internationale Privatrecht, 1. Band, Allgemeiner Teil, 3. Aufl., St.Gallen 2000, N 667). Im vorliegenden Fall ist sie am Konkursrecht anzuknüpfen (KURT SIEHR, Das Internationale Privatrecht der Schweiz, Zürich 2002, S. 654). Gemäss Art. 166 Abs. 1 IPRG wird ein ausländisches Konkursdekret, das am Wohnsitz des Schuldners ergangen ist, u.a. auf Antrag der ausländischen Konkursverwaltung anerkannt. Unter den Begriff der Konkursverwaltung fallen Institutionen oder Personen, die nach dem ausländischen Recht des Hauptkonkurses zur Anhebung, Leitung und Durchführung des Verfahrens zuständig sind (PAUL VOLKEN, Zürcher Kommentar zum IPRG, 2. Aufl., Zürich 2004, N 65 zu Art. 166 IPRG; STEPHEN V. BERTI, Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 2. Aufl., Basel 2007, N 20 zu Art. 166 IPRG). Nach deutschem Recht geht das Recht des Schuldners, das zur Insolvenzmasse gehörende Vermögen zu verwalten und über es zu verfügen, durch die Eröffnung des Insolvenzverfahrens auf den Insolvenzverwalter über (§ 80 der deutschen Insolvenzordnung [InsO], vgl. auch §§ 56 ff. InsO). Der Insolvenzverwalter gilt im deutschen Zivilverfahren kraft seines Amtes als Partei. Er kann mithin an Stelle des Berechtigten oder Verpflichteten im eigenen Namen den Prozess führen (BAUMBACH/LAUTERBACH/ ALBERS/HARTMANN, Zivilprozessordnung, 66. Aufl., München 2008, Grdz § 50 N 11 und 27; STEIN/JONAS, Kommentar zur Zivilprozessordnung, 22. Aufl., Tübingen 2004, vor § 50 N 28).
Das Bundesgericht hat allerdings entschieden, dass über die Anerkennung eines ausländischen Konkursdekrets nicht vorfrageweise bei Erhebung einer Klage der Konkursmasse entschieden werden kann, weshalb es dieser die Prozessführungsbefugnis abgesprochen hat (BGE 134 III 366 E. 9; vgl. auch BGE 5A_222/2008 vom 23.9.2008 E.2). Aus diesem Entscheid lässt sich indes nichts für die hier zu beurteilende Konstellation ableiten, bei der die Freigabe und Rückzahlung einer Kaution in Frage steht, welche aus öffentlich-rechtlichen Gründen dem Berechtigten herauszugeben ist, sofern sie nicht dem Staat verfällt. Die Legitimation des Beschwerdeführers ist daher anzuerkennen, ohne dass es der vorgängigen Durchführung eines selbständigen Anerkennungsverfahrens bedürfte und in der Schweiz ein Anschlusskonkurs gemäss Art. 166 ff. IPRG (inländischer Hilfskonkurs) angehoben werden müsste. Damit ist der Beschwerdeführer als Insolvenzverwalter der in Konkurs gefallenen D._ AG auch zur Erhebung der Beschwerde an das Bundesgericht in eigenem Namen legitimiert.
1.2 Die Beschwerde an das Bundesgericht kann wegen Rechtsverletzungen im Sinne der Art. 95 und 96 BGG geführt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). In der Begründung der Beschwerde ist gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde explizit vorgebracht und begründet worden ist. Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung besteht eine qualifizierte Rügepflicht. Es gelten insoweit die gleichen Begründungsanforderungen wie unter der Geltung des früheren Rechts bei der staatsrechtlichen Beschwerde (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; BGE 133 III 589 E. 2 S. 591 f.; 133 IV 286 E. 1.4).
1.3 Gemäss Art. 100 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde gegen einen Entscheid innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen (vgl. auch Art. 112 Abs. 1 und 2 BGG). Die durch die Eröffnung oder Zustellung ausgelöste Frist beginnt am folgenden Tag zu laufen (Art. 44 Abs. 1 BGG).
Die Vorinstanz beschloss, der angefochtene Entscheid sei dem Beschwerdeführer als Insolvenzverwalter der D._ AG erst nach Eintritt der Rechtskraft bzw. Erledigung allfälliger Rechtsmittel im Dispositiv mitzuteilen (angefochtenes Urteil S. 221). Der angefochtene Beschluss ist dem Beschwerdeführer formell mithin noch nicht eröffnet worden, so dass die Beschwerdefrist für diesen noch nicht zu laufen begonnen hat. Indes macht der Beschwerdeführer geltend, er habe über einen anderen Geschädigten, der ebenfalls Gläubiger der DG D._ AG sei, mit dessen Rechtsvertreter im Strafverfahren Kontakt aufgenommen und dabei vom angefochtenen Beschluss Kenntnis erlangt. Da die Beschwerde insofern unter Einhaltung der gesetzlichen Frist erhoben und hinreichend begründet worden ist (Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG), kann auf sie eingetreten werden.
2. Dem angefochtenen Urteil liegt folgender Sachverhalt zugrunde: Gegen X._, Y._ und Z._ wurde seit 1999 im Zusammenhang mit deren Tätigkeit als Geschäftsführer der Firmen E._ AG bzw. F._ AG von den zuständigen Strafverfolgungsbehörden des Kantons Zürich ein Strafverfahren u.a. wegen gewerbsmässigen Betruges geführt. Mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich vom 27. Mai 2003 wurde X._ gegen Leistung einer Sicherheit in der Höhe von US$ 100'000.-- aus der Einvernahme entlassen. Dabei informierte ihn die Untersuchungsbehörde darüber, dass die Kautionsleistung bei einer allfälligen Kostenauflage zur Deckung der Untersuchungskosten herangezogen werden könne. Der als Sicherheit geleistete Betrag wurde ihm von der D._ AG als Darlehen zur Verfügung gestellt, was der Untersuchungsbehörde gegenüber offen gelegt worden war. Mit Valuta vom 2. Juni 2003 ging der direkt von der D._ AG überwiesene Betrag auf dem Konto der Bezirksanwaltschaften I-V für den Kanton Zürich ein (erstinstanzliches Urteil S. 178; Untersuchungsakten Ordner 40 act. 3.1 und 3.3). X._ hielt sich in der Folge den Strafbehörden weisungsgemäss zur Verfügung.
3. Die Beschwerde richtet sich gegen die Verrechnung der Fluchtkaution von US$ 100'000.-- mit den Verfahrenskosten.
3.1 Die kantonalen Instanzen nehmen an, nach der Praxis sei es zulässig, die nicht verfallene Kaution in analoger Anwendung von § 83 StPO/ZH zu beschlagnahmen und zur Deckung der dem Beurteilten auferlegten Verfahrenskosten zu verwenden. Sie beschlossen daher, die für X._ geleistete Kaution von US$ 100'000.-- nach Bezahlung der Geldstrafe zur Deckung der den drei Beurteilten anteilsmässig unter solidarischer Haftung für den gesamten Betrag auferlegten Verfahrenskosten heranzuziehen (angefochtenes Urteil S. 206 f., 220; erstinstanzliches Urteil S. 177 f., 183).
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe mit Faxschreiben vom 16. August 2004 an die Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich die Aus- bzw. Rückzahlung der Kaution an die D._ AG für den Fall verlangt, dass sie frei werde (Untersuchungsakten Ordner 40 act. 3.4). Über die Anklageschrift sowie die Urteile und Beschlüsse der kantonalen Gerichte sei er in der Folge nicht informiert worden (Beschwerde S. 5 f.). Er macht geltend, die Sicherheitsleistung für den Angeschuldigten sei von einer Drittperson gestellt worden. Dieser stehe daher der Rückforderungsanspruch gegenüber dem Staat zu, sobald jener die Strafe angetreten habe. Eine Verrechnung des der Drittperson zustehenden Rückforderungsanspruchs mit einer Forderung des Staates gegenüber dem Beurteilten sei unhaltbar. Ebenso unzulässig sei es, die geleistete Kaution gemäss § 83 StPO/ZH zur Deckung der Prozesskosten zu beschlagnahmen. Gemäss dieser Bestimmung könne die Untersuchungsbehörde nur Vermögen des Angeschuldigten beschlagnahmen. Die Kaution sei daher nach Antritt der Strafe dem Beschwerdeführer als Insolvenzverwalter der D._ AG zurückzuerstatten (Beschwerde S. 6 ff.).
4. 4.1 Die Sicherheitsleistung ist eine Ersatzanordnung für die Untersuchungshaft. Sie kommt beim Haftgrund der Fluchtgefahr in Betracht und soll sicherstellen, dass sich der Beschuldigte dem Strafverfahren unterzieht und gegebenenfalls die Strafe antritt. Der Sicherstellung anderer Verpflichtungen, etwa der Sicherung des gesamten Strafvollzuges oder staatlicher Forderungen, dient sie nicht (BGE 107 Ia 206 E. 2b; DONATSCH/SCHMID, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, § 73 N 41; SCHMID, Strafprozessrecht, 4. Aufl. Zürich 2004, N 719 f.). Nach der Rechtsprechung kann die Sicherheitsleistung auch von einer Drittperson geleistet werden, wenn der Beschuldigte nicht in der Lage ist, sie aus eigenen Mitteln aufzubringen und soweit zu erwarten ist, die von jener geleistete Kaution werde den Beschuldigten von einer Flucht abhalten (Urteil der I. Öffentlichrechtlichen Abteilung 1P.197/2004 vom 21.4.2004 E. 2.4).
4.2 Nach dem Strafprozessrecht des Kantons Zürich kann die Untersuchungsbehörde dem Angeschuldigten eine Sicherheitsleistung dafür auferlegen, dass er sich jederzeit zu Prozesshandlungen sowie zum Antritt einer allfälligen Strafe oder Massnahme stellen werde (§ 73 Abs. 1 StPO/ZH; vgl. auch Art. 5 Ziff. 3 EMRK; Art. 9 Ziff. 3 IPBPR). Gemäss § 73 Abs. 3 StPO/ZH wird die Sicherheit als verfallen erklärt, wenn der Angeschuldigte einer ordnungsgemässen Vorladung zu einer Prozesshandlung oder zum Vollzug einer Strafe oder Massnahme ohne genügende Entschuldigung keine Folge geleistet hat. Die nicht verfallene Sicherheit wird bei rechtskräftiger Erledigung des Verfahrens, im Falle der Verurteilung des Angeschuldigten zu einer unbedingt zu vollziehenden Strafe oder zu einer Massnahme nach deren Antritt, freigegeben. Gemäss Abs. 4 der genannten Bestimmung entscheidet über Freigabe oder Verfall der Sicherheit die Behörde, bei welcher das Verfahren anhängig war. Sie befindet auch darüber, ob und in welchem Masse eine verfallene Sicherheit zur Deckung des gerichtlich zugesprochenen Schadenersatzes, der Verfahrenskosten, einer Geldstrafe oder einer Busse verwendet wird.
Nach § 83 StPO/ZH kann die Untersuchungsbehörde, wenn sich ein Angeschuldigter, der keine Sicherheit geleistet hat, der Untersuchung durch die Flucht entzieht oder es zur Sicherung der künftigen Vollstreckung eines Strafurteils aus andern Gründen als geboten erscheint, von dessen Vermögen soviel mit Beschlag belegen, als zur Deckung der Prozesskosten, einer allfälligen Geldstrafe oder Busse, des verursachten Schadens und der Strafvollzugskosten voraussichtlich erforderlich ist.
4.3 Nach der Rechtsprechung des Kantons Zürich kann die frei gegebene Sicherheit nach der rechtskräftigen Erledigung des Verfahrens mit den der angeschuldigten Person auferlegten Bussen, Geldstrafen, Ersatzforderungen und Verfahrenskosten verrechnet werden, soweit sie von diesem selbst gestellt wurde (ZR 78/1979 Nr. 72 E. 3; SJZ 88/1992 Nr. 36 S. 240; SCHMID, a.a.O., N 719a; vgl. auch Art. 239 Abs. 2 der Schweizerischen Strafprozessordnung). Der Kaution kommt in diesem Fall die Bedeutung einer Beschlagnahme von Vermögenswerten zur Sicherung der Verfahrenskosten zu (vgl. BGE 115 III 1 E. 3a; ferner HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Auflage, Basel 2005, § 69 N 22 ff./25; OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 2. Auflage, Bern 2005, N 1174; SCHMID, a.a.O., N 752; vgl. auch PIQUEREZ, Traité de procédure pénale suisse, 2. Aufl., Zürich 2006, § 112 N 874 2°).
4.4 In dem zu beurteilenden Fall wurde, wie die Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich in ihrer Verfügung der vom 27. Mai 2003 feststellt, die zur Deckung der Verfahrenskosten herangezogene Kaution dem Beschuldigten X._ von einer Drittperson, der D._ AG, als Darlehen zur Verfügung gestellt. Von dieser wurde sie in der Folge direkt auf das Konto der Bezirksanwaltschaften überwiesen (vgl. E. 2). Den Strafverfolgungsbehörden war somit bekannt, dass die Sicherheit nicht von X._, sondern von der D._ AG geleistet wurde. Diese hat somit den Betrag nicht bloss intern dem Beschuldigten als Darlehen zur Leistung der Sicherheit gewährt, sondern ist gegenüber den Strafverfolgungsbehörden selbst als Kautionsstellerin in Erscheinung getreten. Bei dieser Sachlage gilt gegenüber den Strafverfolgungsbehörden nicht der Angeschuldigte als Einleger der Kaution, wie die Oberstaatsanwaltschaft in ihrer Vernehmlassung geltend macht, sondern allein die Drittperson. Ausschliesslich dieser steht demnach der Rückforderungsanspruch hinsichtlich der nicht verfallenen Kaution zu (Urteil des Bundesgerichts 6B_277/2007 vom 8.1.2008 E. 7.4).
Die D._ AG musste nicht damit rechnen, dass die freizugebende Kaution zur Deckung der den Beurteilten auferlegten Verfahrenskosten verwendet würde. Sie wurde von den Untersuchungsbehörden auch nicht entsprechend informiert. Eine Verrechnung ihres Rückforderungsanspruchs mit den den Beurteilten auferlegten Verfahrenskosten wäre ohnehin ausgeschlossen, da dem Staat aus dem gegen jene geführten Strafverfahren keine Forderungen gegenüber der D._ AG bzw. dem Beschwerdeführer zustehen (Art. 120 Abs. 1 OR). Nichts anderes ergibt sich aus § 83 StPO/ZH, auf welchen sich die Vorinstanz beruft. Wie der Beschwerdeführer zu Recht einwendet, erlaubt diese Bestimmung lediglich die Beschlagnahme von Vermögenswerten des Angeschuldigten, falls dieser sich der Untersuchung durch Flucht entzogen hat oder es zur Sicherung der künftigen Vollstreckung eines Strafurteils aus anderen Gründen als geboten erscheint. Für die Beschlagnahme von Vermögen von Drittpersonen bietet die Bestimmung keine Grundlage. Eine analoge Anwendung von § 83 StPO/ZH auf von Dritten zur Verfügung gestellte frei gewordene Sicherheitsleistungen scheidet daher aus.
Die Heranziehung der von der D._ AG zur Verfügung gestellten Kaution zur Deckung der Kosten des Strafverfahrens ist mit sachlichen Gründen nicht haltbar und verletzt die in Art. 9 BV verankerte Garantie des Schutzes vor Willkür und der Wahrung von Treu und Glauben. Die Beschwerde erweist sich als begründet. Die Vorinstanz wird bei ihrer neuen Beurteilung der Sache infolge Gutheissung der Beschwerde der Oberstaatsanwaltschaft Zürich im Verfahren 6B_466/2008 die Kaution, soweit sie freizugeben sein wird, nicht zur Deckung der den Beurteilten aufzuerlegenden Verfahrenskosten heranziehen können. Damit kann offen bleiben, ob im vorliegenden Fall auch der Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör verletzt worden ist.
5. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde gutzuheissen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 19. Dezember 2007 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Dezember 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Boog