Sachverhalt:
A.
Die Gemeinde Rudolfstetten schloss sich 1962 zur Durchführung der beruflichen Vorsorge ihres Personals der Aargauischen Beamtenpensionskasse (heute: Aargauische Pensionskasse [APK]) an. Mit Anschlussvereinbarung vom 22. August/3. Oktober 1994 regelten die Parteien "die Versicherung des anschliessenden Personals des Arbeitgebers im Rahmen der beruflichen Vorsorge" für die Zeit ab 1. Januar 1995 neu. Mit Schreiben vom 26. September 2007 kündigte die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg das Anschlussverhältnis auf den 31. Dezember 2007. Mit Schreiben vom 30. Juni 2009 informierte die Aargauische Pensionskasse die Gemeinde u.a. über ihre Nachschusspflicht. Ausgehend vom versicherungstechnischen Fehlbetrag, berechnet mit dem APK-Deckungsgrad von 73,9 % (Fr. 1'637'352.70), abzüglich der zur Verrechnung gebrachten Arbeitgeberreserve (Fr. 522'035.-) zuzüglich Zins von 5 % (Fr. 83'648.80) ergab sich der Betrag von Fr. 1'198'966.50. Mit Zahlungserinnerung vom 24. Februar 2010 ersuchte die Pensionskasse um Begleichung der Forderung.
B.
Am 6. Dezember 2010 erhob die Aargauische Pensionskasse beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau Klage gegen die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg mit dem Rechtsbegehren, die Beklagte sei zu verurteilen, ihr den Betrag von Fr. 1'115'317.70 nebst Zins zu 5 % seit 1. Januar 2008 zu bezahlen, unter Kosten und Entschädigungsfolge.
Das kantonale Berufsvorsorgegericht holte die Klageantwort ein, führte einen zweiten Schriftenwechsel und - nach Sistierung des Verfahrens bis zum Urteil des Bundesgerichts 9C_500/2012 vom 28. Februar 2013 (BGE 139 V 72) - am 29. Oktober 2013 eine öffentliche Verhandlung durch.
Mit Entscheid vom 29. Oktober 2013 verpflichtete das kantonale Gericht in teilweiser Gutheissung der Klage die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg, der Aargauischen Pensionskasse Fr. 103'483.90 zu bezahlen zuzüglich Zins zu 2,75 % vom 1. bis 30. Januar 2008, 3,75 % vom 31. Januar bis 31. Dezember 2008, 3 % vom 1. Januar bis 27. Februar 2009 sowie 5 % ab 28. Februar 2009.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Aargauische Pensionskasse, der Entscheid vom 29. Oktober 2013 sei aufzuheben und in vollumfänglicher Gutheissung der Klage die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg zu verpflichten, die Differenz zwischen der eingeklagten Forderung von Fr. 1'115'317.70 nebst Zins zu 5 % seit 1. Januar 2008 und der von der Vorinstanz zugesprochenen Summe zu bezahlen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg ersucht um Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1.
Die von Amtes wegen zu prüfenden Sachurteilsvoraussetzungen (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 139 III 133 E. 1 S. 133; 139 V 42 E. 1 S. 44) sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin ist eine öffentlich-rechtliche Vorsorgeeinrichtung, die bis 31. Dezember 2007 mit Zustimmung der Aufsichtsbehörde vom Grundsatz der Bilanzierung in geschlossener Kasse abwich (aArt. 69 Abs. 2 BVG i.V.m. aArt. 45 BVV 2, je in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2011). Der Kanton garantierte bis Ende 2007 die versicherten Leistungen und haftete für die versicherungstechnischen Fehlbeträge; die angeschlossenen Gemeinden übernahmen die Garantie für ihr Versichertenkollektiv und die ihnen nahestehenden Institutionen (§ 6 Abs. 1 und Abs. 2 Satz 1 des Dekrets vom 13. Mai 2003 über die Überführung der Personalvorsorge für Lehrpersonen an der Volksschule in die Aargauische Pensionskasse [Überführungs-Dekret]; SAR 413.310). 1990 hatte sie einen Zieldeckungsgrad von 70 % der versicherungstechnisch berechneten Verpflichtungen gegenüber den aktiven Versicherten und Rentenbezügern festgelegt. In dem Ausmass, in welchem das verfügbare Vermögen am Bilanzstichtag zu einem höheren Deckungsgrad führte, war die Bildung einer Wertschwankungsreserve gestattet; bei Unterschreiten dieses Wertes mussten vom Vorstand Sanierungsmassnahmen eingeleitet werden. Diese Ordnung wurde in § 2 lit. d des Reglements vom 22. Februar 2006 über Rückstellungen und Reserven (erlassen u.a. gestützt auf Art. 65b lit. c BVG und Art. 48e BVV 2) verankert. Im Bericht zum Geschäftsjahr 2003 wurde erstmals zwischen dem BVG-Deckungsgrad, berechnet nach Art. 44 BVV 2 resp. nach Auflösung der Wertschwankungsreserve, und dem APK-Deckungsgrad, berechnet ohne Berücksichtigung resp. ohne Auflösung der Wertschwankungsreserve, unterschieden. Beide Deckungsgrade wurden in diesem Sinne in § 2 lit. b und c des Reglements über Rückstellungen und Reserven definiert.
Die Jahresrechnung 2007 wies eine Wertschwankungsreserve von Fr. 1'126'456'300.- aus, was 15 % der vorhandenen Vermögensanlagen (ohne Forderungen) ausmachte. Der versicherungstechnische Fehlbetrag belief sich auf Fr. 1'821'882'045.-, entsprechend einem APK-Deckungsgrad von 73,9 %. Der BVG-Deckungsgrad (nach Auflösung der Wertschwankungsreserve) betrug 90,0 %, was einer Unterdeckung von Fr. 695'425'745.- entsprach.
2.2. Die Beschwerdegegnerin hatte das Anschlussverhältnis rechtsgültig auf den 31. Dezember 2007 aufgelöst. Das Gesetz sagt nicht, ob und gegebenenfalls unter welchen Voraussetzungen ein Arbeitgeber, der aus einer öffentlich-rechtlichen Vorsorgeeinrichtung mit Staatsgarantie austritt, einen allfälligen versicherungstechnischen Fehlbetrag zu übernehmen hat (Urteil 9C_10/2013 vom 4. März 2014 E. 1.2; vgl. auch Botschaft vom 19. September 2008 zur Änderung des Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [Finanzierung von Vorsorgeeinrichtungen öffentlich-rechtlicher Körperschaften], BBl 2008 8411 ff., 8425, unten, Ziff. 1.1.10). Massgebend ist daher - in den Schranken zwingenden Bundesrechts (Art. 50 Abs. 3 Satz 1 BVG; BGE 120 V 319 E. 7a und 7b S. 327 f.) - der Anschlussvertrag und, soweit darin als anwendbar erklärt, das Recht des betreffenden Gemeinwesens.
Es ist unter den Verfahrensbeteiligten unbestritten, dass nach Ziff. 6 der Anschlussvereinbarung vom 22. August/3. Oktober 1994 sowie gestützt auf §§ 11 Abs. 1, 13 und 14 Abs. 1 des Reglements über den Anschluss und Austritt von Arbeitgebenden vom 24. April 2002 die Beschwerdegegnerin eine Nachschusspflicht trifft (vgl. BGE 139 V 72 E. 3.2 S. 80). Deren Höhe berechnet sich nach der Formel " (100 % - Deckungsgrad bei Austritt) x Deckungskapital". Die Meinungen gehen darüber auseinander, ob der APK-Deckungsgrad von 73,9 % oder aber der BVG-Deckungsgrad von 90,0 % massgebend ist bzw. ob die Wertschwankungsreserve bei der Berechnung des Deckungsgrades in Form zusätzlichen Deckungskapitals zu berücksichtigen ist oder nicht, mit anderen Worten die Beschwerdegegnerin sich am versicherungstechnischen Fehlbetrag oder lediglich an der Unterdeckung gemäss Art. 44 BVV 2 zu beteiligen hat. Je nachdem beläuft sich der von ihr zu bezahlende Betrag (nach Abzug der Arbeitgeberreserve [Fr. 522'035.-] und ohne Verzugszinsen) auf Fr. 1'115'317.70 bzw. Fr. 103'483.90.
3.
Die Vorinstanz hat offengelassen, ob in der Formel " (100 % - Deckungsgrad bei Austritt) x Deckungskapital" für die Berechnung der Höhe der Nachschusspflicht der Beschwerdegegnerin der APK-Deckungsgrad oder der BVG-Deckungsgrad einzusetzen ist. Zur Begründung hat sie im Wesentlichen angeführt, eine Abrede, wonach bei einer Teilliquidation mit Austritt eines Arbeitgebers die Wertschwankungsreserven nicht aufzulösen seien mit der Folge, dass der tiefere APK-Deckungsgrad massgebend sei, wäre ungültig. Die Bildung von Wertschwankungsreserven bei Unterdeckung nach Art. 44 BVV 2 verstosse gegen die Fachempfehlungen zur Rechnungslegung Swiss GAAP FER 26 in der Fassung vom 1. Januar 2004, welche in aArt. 47 Abs. 2 BVV 2 (in der seit 1. April 2004 geltenden Fassung) für anwendbar erklärt würden. Diese seien auch für öffentlich-rechtliche Vorsorgeeinrichtungen verbindlich, welche mit Zustimmung der Aufsichtsbehörde vom Grundsatz der Bilanzierung in geschlossener Kasse abweichen dürften. Die Bemessung der Nachschusspflicht des abgehenden Arbeitgebers ohne Auflösung der Wertschwankungsreserven verstosse sodann auch gegen das verfassungsrechtliche Rechtsgleichheitsgebot nach Art. 8 Abs. 1 BV, das bei öffentlich-rechtlichen Anschlussverträgen im Verhältnis zwischen den austretenden und den verbleibenden Arbeitgebenden analog Art. 53d Abs. 1 BVG bzw. in Bezug auf Fehlbeträge analog Art. 53d Abs. 3 BVG einzuhalten sei. Die Anwendung des APK-Deckungsgrades führe dazu, dass der austretende Arbeitgeber Barmittel für die Äufnung von Wertschwankungsreserven der abgebenden Vorsorgeeinrichtung zu erbringen habe, was faktisch lediglich der rechnerischen Erhöhung des geltend gemachten Fehlbetrages diene und wovon einzig die verbleibenden Arbeitgeber und deren Versicherte profitierten.
Die Beschwerdeführerin rügt, die vorinstanzliche Auffassung, wonach sich aus aArt. 47 Abs. 2 BVV 2 (in der vom 1. April 2004 bis 31. Dezember 2013 geltenden Fassung) ergebe, dass (auch) öffentlich-rechtliche Vorsorgeeinrichtungen mit Bilanzierung in offener Kasse bei Unterdeckung im Sinne von Art. 44 BVV 2 keine Wertschwankungsreserven haben könnten, verletze u.a. Art. 65 Abs. 1 und 2 BVG, Art. 65a Abs. 1 und Abs. 2 lit. a und b sowie Art. 65a Abs. 5 und Art. 71 Abs. 1 BVG. Im Rahmen der Freiheit der Ausgestaltung ihres Finanzierungssystems habe sie einen Zieldeckungsgrad definieren und bei dessen Überschreitung zur Absicherung der Investitionen in volatile Anlagen Wertschwankungsreserven bilden dürfen. Dies verstosse auch bei Unterdeckung nach Art. 44 BVV 2 nicht gegen Swiss GAAP FER 26 in der Fassung vom 1. Januar 2004.
4.
4.1. Nach aArt. 47 Abs. 2 BVV 2 (in der hier anwendbaren, vom 1. April 2004 bis 31. Dezember 2013 geltenden Fassung) haben die Vorsorgeeinrichtungen die Jahresrechnung nach den Fachempfehlungen zur Rechnungslegung Swiss GAAP FER 26 in der Fassung vom 1. Januar 2004 aufzustellen und zu gliedern (Satz 1). Ziff. 2 der erwähnten Empfehlung hält u.a. fest: "Der Abschluss einer Personalvorsorgeeinrichtung nach Swiss GAAP FER 26 (...) stellt insbesondere den Umfang der Wertschwankungsreserve und der Freien Mittel bzw. die Unterdeckung sowie den Ertrags- bzw. Aufwandüberschuss der Periode dar. (...) Der Ausweis einer Unterdeckung kann nur erfolgen, wenn die Wertschwankungsreserve vollständig aufgelöst ist." Erläuternd dazu wird unter Ziff. 13 ausgeführt: "Aufgrund der vorgegebenen Reihenfolge der Bildung und Auflösung von Wertschwankungsreserven kann der unter den Freien Mitteln ausgewiesene Betrag erst dann negativ werden, wenn keine Wertschwankungsreserve mehr vorhanden ist. Ein negativer Betrag entspricht deshalb gleichzeitig der Unterdeckung im Sinne von Art. 44 BVV 2. (...) Vorsorgeeinrichtungen mit Garantiezusagen von öffentlich-rechtlichen Körperschaften dürfen aufgrund des vorgegebenen Konzepts im Falle eines Fehlbetrags (Unterdeckung) keine Wertschwankungsreserve in der Bilanz bilden (...)."
Gemäss Art. 44 Abs. 1 BVV 2 besteht eine Unterdeckung, wenn am Bilanzstichtag das nach anerkannten Grundsätzen durch den Experten für berufliche Vorsorge berechnete versicherungstechnisch notwendige Vorsorgekapital nicht durch das dafür verfügbare Vorsorgevermögen gedeckt ist.
4.2. aArt. 47 Abs. 2 BVV 2 und damit auch die Fachempfehlungen zur Rechnungslegung Swiss GAAP FER 26 in der Fassung vom 1. Januar 2004, welchen kraft Verweisung ebenfalls Verordnungscharakter zukommt, stützen sich auf Art. 65a Abs. 5 sowie Art. 71 Abs. 1 BVG und gelten somit auch für die weitergehende Vorsorge (Art. 49 Abs. 2 Ziff. 17 und 21 BVG). Sie können im Rahmen inzidenter Normenkontrolle auf ihre Gesetz- und Verfassungsmässigkeit hin überprüft werden (BGE 139 II 460 E. 2.3 S. 463 mit Hinweisen).
4.2.1. Nach Art. 65a BVG haben die Vorsorgeeinrichtungen bei der Regelung des Beitragssystems, der Finanzierung, der Kapitalanlagen und bei der Rechnungslegung den Grundsatz der Transparenz zu beachten (Abs. 1). Mit der Transparenz soll u.a. sichergestellt werden, dass die tatsächliche finanzielle Lage der Vorsorgeeinrichtung ersichtlich wird und die Sicherheit der Erfüllung der Vorsorgezwecke belegt werden kann (Abs. 2 lit. a und b). Der Bundesrat erlässt Bestimmungen über die Art und Weise, wie die Transparenz gewährleistet werden muss. Er erlässt dafür Rechnungslegungsvorschriften und legt die Anforderungen an die Kosten- und Ertragstransparenz fest (Abs. 5). Die Fachempfehlungen zur Rechnungslegung Swiss GAAP FER 26 dienen unzweifelhaft dem Grundsatz der Transparenz. Insoweit fällt aArt. 47 Abs. 2 BVV 2 nicht aus dem Delegationsrahmen von Art. 65a Abs. 5 BVG. Im Übrigen ergeben sich aus der Entstehungsgeschichte von Art. 65a BVG keine Hinweise darauf, dass in Bezug auf die Rechnungslegungsvorschriften öffentlich-rechtlicher Vorsorgeeinrichtungen, die als offene Kassen geführt werden können (BBl 1976 I 266 f.), eine andere Regelung gelten sollte (vgl. AB 2002 N 556 ff.; 2002 S 1051 f.).
Gemäss Art. 71 Abs. 1 BVG verwalten die Vorsorgeeinrichtungen ihr Vermögen so, dass Sicherheit und genügender Ertrag der Anlagen, eine angemessene Verteilung der Risiken sowie die Deckung des voraussehbaren Bedarfes an flüssigen Mitteln gewährleistet sind. Dabei handelt es sich um eine Konkretisierung von Art. 65 Abs. 1 BVG, wonach die Vorsorgeeinrichtungen jederzeit Sicherheit dafür bieten müssen, dass sie die übernommenen Verpflichtungen erfüllen können (für die weitergehende Vorsorge vgl. Art. 49 Abs. 2 Ziff. 16 BVG). Dieser oberste, allgemeine Grundsatz (Urteil 2A.562/2006 vom 28. Juni 2006 E. 3.1 und E. 4; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, 2. Aufl. 2012, S. 653 Rz. 1725) gilt für alle Vorsorgeeinrichtungen, privatrechtliche wie öffentlich-rechtliche (BBl 1976 I 264, unten, zu Art. 63 E-BVG). Insbesondere befreit die Garantie des Gemeinwesens für die Ausrichtung der Leistungen nach aArt. 45 Abs. 1 BVV 2 das zuständige Organ nicht von der Beachtung anerkannter fachlicher Grundsätze bei der Bewirtschaftung des Vermögens; sie ist kein Freipass für eine Anlagestrategie, die den Anlagerisiken ungenügend Rechnung trägt, und verschafft der betreffenden Vorsorgeeinrichtung keine unbeschränkte Risikofähigkeit (BBl 2008 8423, unten, Ziff. 1.1.8.1).
4.2.2. Nach dem Wortlaut von Ziff. 13 der Erläuterungen zu Ziff. 2 der Fachempfehlungen Swiss GAAP FER 26 in der Fassung vom 1. Januar 2004 dürfen auch Vorsorgeeinrichtungen mit Garantiezusagen von öffentlich-rechtlichen Körperschaften aufgrund des vorgegebenen Konzepts im Falle eines Fehlbetrags (Unterdeckung) keine Wertschwankungsreserve in der Bilanz bilden. Bei der Auslegung dieser Vorschrift ist die Rechtsprechung zu beachten, wonach eine Staatsgarantie Sanierungsmassnahmen nicht in jedem Fall ausschliesst. Entscheidend ist, ob gemäss dem Recht des betreffenden Gemeinwesens (Bund, Kanton, Gemeinde) sich die Abgabe der Garantie lediglich auf die Ausrichtung der Leistung bezieht, was Gegenstand von aArt. 45 Abs. 1 BVV 2 ist, oder auch eine Deckungszusage enthält. Während im zweiten Fall das garantierende Gemeinwesen jederzeit dafür sorgt, dass eine allfällige Unterdeckung ausgeglichen wird, was Sanierungsmassnahmen überflüssig macht, kann bei einer blossen Leistungsgarantie eine Sanierungspflicht gegeben sein (Urteil 9C_10/2013 vom 4. März 2014 E. 6.1).
Die Beschwerdeführerin verfügte bis Ende 2007 lediglich über eine Leistungsgarantie (vorne E. 2.1; vgl. auch Botschaft des Regierungsrates des Kantons Aargau vom 18. Dezember 2002 zum Überführungsdekret [02.439] S. 15 zu § 6). Entsprechend sieht § 2 lit. d des Reglements vom 22. Februar 2006 über Rückstellungen und Reserven vor, dass bei Unterschreitung des Zieldeckungsgrades von 70 % Sanierungsmassnahmen eingeleitet werden müssen. Die Bildung von Wertschwankungsreserven beugt diesem Umstand vor (vgl. auch Botschaft vom 19. September 2003 über Massnahmen zur Behebung von Unterdeckungen in der beruflichen Vorsorge [Änderung des Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge], BBl 2003 6399 ff., 6406 f. Ziff. 1.3.3.2) und hilft, den Zieldeckungsgrad ausgeglichen zu halten. Insoweit erfolgt die Sicherung des finanziellen Gleichgewichts durch die Vorsorgeeinrichtung selbst. Mit anderen Worten hängt (auch) bei öffentlich-rechtlichen Vorsorgeeinrichtungen, die in offener Kasse bilanzieren, die Notwendigkeit zur Bildung von Wertschwankungsreserven mit der allfälligen Sanierungspflicht zusammen. Der Wortlaut von Ziff. 13 der Erläuterungen zu Ziff. 2 der Fachempfehlungen Swiss GAAP FER 26 in der Fassung vom 1. Januar 2004 ist denn auch unmissverständlich in der Mehrzahl gehalten ("Garantiezusagen "). E contrario ergibt sich daraus, dass Vorsorgeeinrichtungen, die nur über eine Leistungsgarantie (und nicht auch Deckungsgarantie) verfügen, nicht vom Verbot der Bildung von Wertschwankungsreserven erfasst sind. Die bis Ende 2007 geltende Ordnung nach § 2 lit. d des Reglements vom 22. Februar 2006 über Rückstellungen und Reserven, wonach bei Überschreiten des Zieldeckungsgrades von 70 % die Bildung einer Wertschwankungsreserve gestattet war (und bei dessen Unterschreitung Sanierungsmassnahmen eingeleitet werden mussten), ist daher gesetzeskonform.
4.2.3. Die Swiss GAAP FER 26 in Kraft seit 1. Januar 2014 stellen keine Neuerung dar. Wohl halten sie in Ziff. 12 der Erläuterungen zu Ziff. 2 nunmehr ausdrücklich fest, dass öffentlich-rechtliche Vorsorgeeinrichtungen im System der Teilkapitalisierung so weit eine Wertschwankungsreserve bilden dürfen, als der im Finanzierungsplan festgelegte Zieldeckungsgrad am Bilanzstichtag überschritten wird. Indes haben auch die (gesetzlichen) Gegebenheiten geändert. Seit dem 1. Januar 2012 gilt eine einheitliche und vordefinierte Staatsgarantie. Ihr Wesen, Umfang und Anwendungsbereich ist auf Gesetzesstufe geregelt (vgl. Art. 72c Abs. 1 BVG; BBl 2008 8470 unten). Gleichzeitig können allfällige Fehlbeträge nicht mehr im Rahmen der Staatsgarantie gedeckt werden. Wird der Ausgangsdeckungsgrad im Verlauf der Auskapitalisierungsphase unterschritten, sind zwingend Sanierungsmassnahmen an die Hand zu nehmen (Art. 72e BVG; BBl 2008 8471). Die Befugnis öffentlich-rechtlicher Vorsorgeeinrichtungen, Wertschwankungsreserven zu bilden, gründet somit auf dem gleichen Zusammenhang, wie er in der voranstehenden Erwägung 4.2.2 aufgezeigt wurde.
5.
5.1. Unter dem Gesichtspunkt des Gleichbehandlungsgebotes steht fest, dass im Sinne der Rechtsprechung zu aArt. 27h Abs. 1 BVV 2 (in der bis 31. Mai 2009 geltenden Fassung; BGE 131 II 525) den wegziehenden aktiven Versicherten und Rentnern der Beschwerdegegnerin keine Wertschwankungsreserven mitgegeben wurden, da die Beschwerdeführerin die Austrittsleistung mit Barmitteln erbrachte. Umgekehrt durften von den (individuellen) Austrittsleistungen keine Abzüge für versicherungstechnische Fehlbeträge vorgenommen werden (aArt. 19 FZG und aArt. 53d Abs. 3 BVG i.V.m. aArt. 23 Abs. 2 FZG, je in der bis 31. Dezember 2011 geltenden Fassung; Urteil 9C_10/2013 vom 4. März 2014 E. 1.2 mit Hinweisen; BBl 2008 8423, unten, Ziff. 1.1.8.1).
5.2. Im Weiteren kann offenbleiben, ob die bei einer Teil- oder Gesamtliquidation im Verhältnis zwischen Abgangsbestand und Fortbestand geltenden Art. 53d Abs. 1 und 3 BVG (vgl. BGE 140 V 22 E. 6.4.1 und 6.4.2 S. 36 f.; 138 V 303 E. 3.4 S. 309) sinngemäss auch im Verhältnis zwischen austretenden und verbleibenden Arbeitgebern gelten, wie die Vorinstanz erwogen hat, bzw. ob - mit den Worten der Beschwerdegegnerin - das Gleichbehandlungsgebot von einer öffentlich-rechtlichen Vorsorgeeinrichtung "jederzeit gegenüber jedermann" einzuhalten ist. Fest steht, dass die Situation bei der aufnehmenden Vorsorgeeinrichtung (allfälliger Einkauf in deren Wertschwankungsreserven) nicht Vergleichsgrösse darstellt.
5.3. Das kantonale Berufsvorsorgegericht hat richtig erkannt, dass es hier nicht darum geht, ob zulässigerweise gebildete Wertschwankungsreserven den wegziehenden Versicherten mitzugeben sind, was Gegenstand der Rechtsprechung gemäss BGE 131 II 525 ist. Entgegen seiner Auffassung kann jedoch nicht gesagt werden, bei Bemessung der Nachschusspflicht mit dem APK-Deckungsgrad habe der austretende Arbeitgeber an die Äufnung von Wertschwankungsreserven der abgebenden Vorsorgeeinrichtung beizutragen, wovon einzig die verbleibenden Arbeitgeber und deren Versicherte profitierten. Versicherungstechnisch fällt die Wertschwankungsreserve wohl in die Deckungslücke. Da diese bilanzmässig als Eigenkapital zu betrachtenden Mittel (Carl Helbling, Personalvorsorge und BVG, 8. Aufl. 2006, S. 513) das Risiko von Wertschwankungen auf den Vermögensanlagen absichern, sind sie jedoch an jene Aktiven gebunden, für die sie gebildet wurden (BGE 131 II 525 E. 6.2 S. 531). Folgerichtig bleiben sie unangetastet bzw. unverändert, wenn die Austrittsleistungen des Abgangsbestandes - wie hier - ausschliesslich mit Barmitteln bezahlt werden. Die Nachschusspflicht bezieht sich somit - nachdem die Bildung einer Wertschwankungsreserve gestattet war (vgl. E. 4.2 vorne) - allein auf den (APK-) Fehlbetrag, worin keine Ungleichbehandlung gegenüber den verbleibenden Arbeitgebern erblickt werden kann. Insbesondere bleibt sich die anteilsmässige Nachschusspflicht des austretenden und der verbleibenden Arbeitgeber gleich. Würde demgegenüber die Wertschwankungsreserve - bei Rechtmässigkeit ihrer Bildung - rein rechnerisch "aufgelöst" und entsprechend dem austretenden Kapital "mitgegeben", würde die rechnerische Nachschusspflicht der verbleibenden Arbeitgeber proportional anwachsen. Denn ohne Ausfinanzierung dieses Teils durch den austretenden Arbeitgeber sinkt der rechnerische BVG-Deckungsgrad in der Vorsorgeeinrichtung zu Lasten der anderen Arbeitgeber. Dass der BVG-Deckungsgrad nicht zu Lasten der verbleibenden Arbeitgeber sinkt, wenn der vom austretenden Arbeitgeber zu übernehmende Anteil am Fehlbetrag - anders als gemäss E. 4.2 vorne - effektiv mit diesem berechnet wird, versteht sich von selbst.
Nach dem Gesagten lässt sich keine Ungleichbehandlung zwischen verbleibenden und austretenden Arbeitgebern ausmachen.
6.
Es ist somit zu prüfen, ob bei der Berechnung der Höhe der Nachschusspflicht der Beschwerdegegnerin in der Formel " (100 % - Deckungsgrad bei Austritt) x Deckungskapital" (§ 14 Abs. 1 des Reglements vom 24. April 2002 über den Anschluss und Austritt von Arbeitgebenden) der APK- oder der BVG-Deckungsgrad einzusetzen ist. Die Vorinstanz hat die Frage zwar offengelassen (vgl. E. 3 in initio), jedoch die ihres Erachtens massgebenden Argumente für und gegen diese oder jene Lösung dargelegt. Ebenfalls haben sich die Parteien auch in diesem Verfahren ausführlich dazu geäussert.
6.1. Die Vorinstanz hat erwogen, aufgrund der Definitionen des versicherungstechnischen Fehlbetrags in den Reglementen, die aufgrund des Änderungsvorbehalts zu Gunsten der Klägerin in Ziff. 2 der Anschlussvereinbarung vom 22. August/3. Oktober 1994 Gültigkeit hätten, müsste an sich gefolgert werden, eine Auflösung der Wertschwankungsreserve sei nicht vereinbart worden, mithin sei der tiefere Deckungsgrad von 73,9 % Ende Dezember 2007 massgebend. Dieses Verständnis werde indessen durch Ziff. 6 der Anschlussvereinbarung in Frage gestellt, welche den Arbeitgeber verpflichte, "dem in der geschuldeten Austrittsleistung der Kasse enthaltenen versicherungstechnischen Fehlbetrag [...] zurückzuerstatten". Damit sei ein direkter Konnex zwischen der Höhe der Austrittsleistung (= die den wegziehenden aktiven Versicherten und Rentenbezügern mitzugebenden Vorsorgekapitalien) und dem von den Arbeitgebern zu entrichtenden Fehlbetrag hergestellt worden. Da die Klägerin in ihrer Austrittsleistung keine Wertschwankungsreserven an die Versicherten mitgegeben habe, müssten nach diesem Verständnis auch die Beklagte und die übrigen auf denselben Zeitpunkt ausgetretenen Arbeitgeber keine solchen zurückerstatten.
6.2. Nach Ziff. 6 der Anschlussvereinbarung vom 22. August/3. Oktober 1994 verpflichtet sich der Arbeitgeber, "im Falle eines Kollektiv-Austritts (...) den in der geschuldeten Austrittsleistung der Kasse enthaltenen versicherungstechnischen Fehlbetrag (...) zurückzuerstatten". Soweit aufgrund des Zusatzes "in der geschuldeten Austrittsleistung (...) enthalten" unklar sein könnte, was unter dem versicherungstechnischen Fehlbetrag zu verstehen ist, schafft das bei der Auslegung von Ziff. 6 der Anschlussvereinbarung nach dem Vertrauensprinzip (Urteil 9C_554/2011 vom 12. September 2011 E. 3.1, in: SVR 2012 BVG Nr. 8 S. 34; BGE 120 V 448 E. 5a S. 452) ebenfalls zu beachtende Begleitschreiben vom 25. Juli 1994 Klarheit. Darin wurde ausdrücklich festgehalten, per Ende 1993 bestehe ein Deckungsgrad von 73,8 %, d.h. 73,8 % der zu erbringenden Versicherungsleistungen seien direkt durch das vorhandene Deckungskapital sichergestellt. Die restlichen 26,2 % würden als versicherungstechnischer Fehlbetrag bezeichnet, was nichts anderes bedeute, als dass 26,2 % der zu erbringenden Versicherungsleistungen im Umlageverfahren aufgebracht würden. Der Deckungsgrad von 73,8 % in der Jahresrechnung 1993 war ohne Auflösung der Wertschwankungsreserven berechnet worden, wie aus dieser leicht ersichtlich ist. Die später erlassenen Reglemente, insbesondere diejenigen vom 6. Dezember 1995/19. März 1997 über den Austritt angeschlossener Arbeitgeber und vom 24. April 2002 über den Anschluss und Austritt von Arbeitgebenden gingen gemäss Vorinstanz klar und übereinstimmend von diesem Begriffsverständnis aus, wobei seit 2003 die Bezeichnung APK-Deckungsgrad im Unterschied zum BVG-Deckungsgrad nach Art. 44 BVV 2 verwendet wurde. Diese Reglemente blieben unbestritten und wurden daher gestützt auf den Änderungsvorbehalt in Ziff. 2 der Anschlussvereinbarung ("Die gegenwärtig und zukünftig geltenden Statuten und Versicherungsbedingungen sowie allfällige weitere Reglemente und Weisungen der Kasse werden einschliesslich daraus folgenden, nachträglich erweiterten Rechten und Pflichten ausdrücklich anerkannt") für die Beschwerdegegnerin verbindlicher Bestandteil der vorsorgerechtlichen Rechtsbeziehungen mit der Beschwerdeführerin (Urteil des Bundesgerichts 2A.609/2004 vom 13. Mai 2005 E. 2.3; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts B 20/97 vom 24. August 1999 E. 5c, in: SVR 2000 BVG Nr. 1 S. 1; vgl. auch BBl 2003 6409, oben, Ziff. 1.3.4; ferner Kurt C. Schweizer, Vertragsrechtliche Gedanken zur Änderbarkeit von Vorsorge- und Anschlussverhältnissen, in: Berufliche Vorsorge, Stellwerk der Sozialen Sicherheit, 2013, S. 221 ff.). Die Beschwerdegegnerin bestreitet dieses Auslegungsergebnis, wobei sie jedoch den Inhalt des Begleitschreibens vom 25. Juli 1994 nicht erwähnt und den Text des Änderungsvorbehalts nur unvollständig wiedergibt.
7.
In masslicher Hinsicht ist unbestritten, dass der APK-Deckungsgrad im Zeitpunkt des Austritts der Beschwerdegegnerin Ende 2007 73,9 % betrug und sich der versicherungstechnische Fehlbetrag auf Fr. 1'637'352.70 belief. Nach Abzug der Arbeitgeberreserve von Fr. 522'035.- verblieben Fr. 1'115'317.70, welche Summe (nebst Zins zu 5 % seit 1. Januar 2008) die Beschwerdeführerin klageweise geltend machte. Nicht von Relevanz ist die Bemessung der Nachschusspflicht der verbleibenden Arbeitgeber per 1. Januar 2008, ab welchem Zeitpunkt die Beschwerdeführerin neu in geschlossener Kasse bilanziert. Sie erfolgte nicht nach den hier massgebenden Grundlagen (vgl. E. 2.2 vorne), sondern nach dem am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Dekret vom 5. Dezember 2006 über die Aargauische Pensionskasse (Pensionskassendekret; AR 163.120; vgl. insbesondere § 19).
Den Verzugszinssatz hat die Vorinstanz gestützt auf bzw. nach Massgabe von § 15 des Reglements vom 24. April 2002 über den Anschluss und Austritt von Arbeitgebenden festgelegt. Für die Zeit ab 28. Februar 2009 (ein Tag nach der definitiven Schlussabrechnung) hat sie in analoger Anwendung von Art. 104 Abs. 1 OR einen Zinssatz von 5 % angenommen (vgl. Urteil 9C_10/2013 vom 4. März 2014 E. 7). Die Beschwerdeführerin bestreitet die Anwendbarkeit von § 15 Abs. 3 des Reglements vom 24. April 2002, ohne sich indessen substanziiert mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinanderzusetzen. Insbesondere vermag sie mit dem Hinweis darauf, in der ersten und zweiten Akontorechnung vom 14. Dezember 2007 und 22. Juli 2008 ausdrücklich auf die Verzugszinspflicht ab 1. Januar 2008 aufmerksam gemacht zu haben, nicht darzutun, inwiefern die Vorinstanz die erwähnte Reglementsbestimmung bundesrechtswidrig angewendet hat. Auf ihre Vorbringen ist daher nicht weiter einzugehen (Art. 42 Abs. 2 BGG; Urteil 2C_413/2014 vom 11. Mai 2014 E. 2.1 mit Hinweis).
8.
Die Beschwerdegegnerin ist weitgehend unterlegen, weshalb ihr die gesamten Gerichtskosten aufzuerlegen sind (Art. 66 Abs. 1 BGG). Aus demselben Grund ist ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen. Die Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. In Aufhebung des Entscheids des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 29. Oktober 2013 wird die Klage teilweise gutgeheissen. Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin Fr. 1'115'317.70 zu bezahlen nebst Zins zu 2,75 % vom 1. bis 30. Januar 2008, 3,75 % vom 31. Januar bis 31. Dezember 2008, 3 % vom 1. Januar bis 27. Februar 2009 sowie 5 % ab 28. Februar 2009.
2.
Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 15'000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Juli 2014
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Fessler