Faits:
A. Par arrêts des 9 août 2006 et 27 avril 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève a confirmé le classement des immeubles du complexe Mont-Blanc Centre, propriété de la société Mont-Blanc Centre SA.
Le Tribunal fédéral a rejeté le recours de Mont-Blanc Centre SA contre ces décisions, au terme d'un arrêt du 7 septembre 2012 (arrêt 1C_32/2012).
B. Dans une demande de révision du 15 octobre 2012, Mont-Blanc Centre SA requiert du Tribunal fédéral qu'il annule son arrêt du 7 septembre 2012 et, statuant à nouveau, qu'il donne suite aux conclusions prises dans son recours du 16 janvier 2012.
La Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève, qui a succédé au Tribunal administratif, renonce à se déterminer. Le Département cantonal de l'urbanisme conclut au rejet de la demande de révision et, en tant que de besoin, à la confirmation de l'arrêt attaqué. La requérante a répliqué le 10 décembre 2012.
Considérant en droit:
1. La révision d'un arrêt du Tribunal fédéral peut être demandée pour les motifs mentionnés aux art. 121 à 123 LTF. Le délai de 30 jours pour invoquer de tels motifs a été respecté (art. 124 al. 1 let. b LTF).
2. 2.1 En vertu de l'art. 121 LTF, la révision d'un arrêt du Tribunal fédéral peut être demandée si, par inadvertance, le tribunal n'a pas pris en considération des faits pertinents qui ressortent du dossier (let. d). Le motif de révision prévu par cette disposition vise le cas où le Tribunal fédéral a statué en se fondant sur un état de fait incomplet ou différent de celui qui résultait du dossier. L'inadvertance implique une erreur et consiste soit à méconnaître soit à déformer un fait ou une pièce. Elle doit se rapporter au contenu même du fait, à sa perception par le tribunal, mais non pas à son appréciation juridique. Les faits doivent ressortir du dossier, soit non seulement de la décision attaquée, mais aussi de l'ensemble des actes de procédure comprenant le dossier complet de l'autorité cantonale ou inférieure et les mémoires et pièces adressés au Tribunal fédéral dans la mesure où ils sont recevables (arrêts 5F_3/2009 du 21 octobre 2009 consid. 3.1; 1F_10/2007 du 2 octobre 2007 consid. 4.1 et les références citées). L'inadvertance doit en outre porter sur un fait susceptible d'entraîner une décision différente, plus favorable à la partie requérante (arrêts 1F_12/2009 du 23 août 2010 consid. 2; 4F_8/2007 du 26 février 2008 consid. 2.3.1; cf. ATF 122 II 17 consid. 3 p. 19; 115 II 399 consid. 2a p. 400). La révision n'entre pas en considération lorsque le juge a sciemment refusé de tenir compte d'un certain fait, parce qu'il le tenait pour non décisif; dans ce cas, le refus relève en effet du droit (arrêt 1F_16/2008 du 11 août 2008 consid. 3, in SJ 2008 I p. 465).
2.2 En l'espèce, la requérante reproche au Tribunal fédéral d'avoir omis d'intégrer à son raisonnement le contenu des diverses expertises versées au dossier, à savoir celles réalisées par François Hiltbrand, la société Engel & Völkers et Pierre-Alain Rieben. Les juges fédéraux auraient également omis de tenir compte des aveux du Conseil d'Etat relatifs à certaines de ces pièces, aveux confirmés implicitement par l'absence de duplique au cours de la procédure devant le Tribunal fédéral. Elle fait valoir que ces expertises et aveux fournissaient des données précises sur les contraintes architecturales et techniques engendrées par la procédure de classement ainsi que sur les conséquences quant au rendement des immeubles visés.
Comme le souligne elle-même la requérante, le Tribunal fédéral a eu connaissance des expertises précitées, puisqu'il les cite à plusieurs reprises dans l'arrêt attaqué (cf. consid. 2.2 et 7.2). Il ne s'agit dès lors pas de faits qui auraient été omis par inadvertance. La requérante critique en réalité la pondération des intérêts effectuée par le Tribunal fédéral et tente à nouveau de démontrer que la mesure de classement litigieuse violerait le principe de la proportionnalité. La voie de la révision prévue par l'art. 121 let. d LTF ne permet toutefois pas de remettre en question l'appréciation juridique des faits telle qu'elle ressort de l'arrêt du 7 septembre 2012.
3. Il s'ensuit que la demande de révision doit être rejetée dans la mesure où elle est recevable, aux frais de la requérante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. La demande de révision est rejetée dans la mesure où elle est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la requérante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la requérante, au Département des constructions et des technologies de l'information et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 20 décembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard