Sachverhalt:
A. Die X._ AG erwarb mit Kaufvertrag vom 6. März 2003 eine Liegenschaft in A._ (ZH), die sie am 9. November 2005 weiterveräusserte. Mit Verfügung vom 13. April 2006 veranlagte der Ausschuss für Grundsteuern der Gemeinde A._ einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 224'800.-- und auferlegte der Veräusserin eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 79'320.--. Eine hiergegen erhobene Einsprache wies der Ausschuss am 29. Juni 2006 ab. Er verweigerte die Anrechnung von Mäklerprovisionen an die Y._ AG, im Betrag von Fr. 67'000.-- für die Vermittlung des Erwerbs bzw. an die Z._ SA, in der Höhe von Fr. 72'000.-- für die Vermittlung der Veräusserung mit der Begründung, es handle sich um Mäklerverträge unter wirtschaftlich verbundenen Unternehmen.
B. Auf Rekurs hin bestätigte die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich am 13. Februar 2007 den Einspracheentscheid. Sie betrachtete zwar die Empfänger der Vergütungen als echte Dritte, erachtete aber nicht als erwiesen, dass den geltend gemachten Zahlungen echte Mäklerverträge zugrunde lagen. Dies erwog sie, nachdem sie die X._ AG mit Verfügung vom 25. Oktober 2006 u.a. aufgefordert hatte, die schriftlichen Mäklerverträge einzureichen bzw. - wenn keine schriftlichen Verträge abgeschlossen wurden - schriftlich darzulegen, "wer, wann, mit wem und mit welchem genauen Inhalt welchen Vertrag abgeschlossen hat" sowie Auskunft darüber zu erteilen, welche Personen der Mäklergesellschaften die entscheidenden, zum Ankauf und Verkauf führenden Tätigkeiten erbrachten und worin diese Tätigkeiten genau bestanden. Gegen den Rekursentscheid gelangte die X._ AG erfolglos an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses berücksichtigte in seinem Urteil vom 4. Juli 2007 die erstmals vor ihm bekannt gegebenen Tatsachen nicht.
C. Am 12. September 2007 hat die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, den angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 4. Juli 2007 aufzuheben, die Sache zur Neuveranlagung unter Berücksichtigung der Mäklerprovisionen an die Vorinstanz zurückzuweisen und der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während der Ausschuss für Grundsteuern der Gemeinde A._ (ZH) und die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) auf einen Antrag verzichten.
E. Mit Verfügung vom 20. September 2007 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 82 ff. des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (BGG, SR 173.110) in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) zulässig. Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 100 und Art. 42 BGG).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Der steuerbare Grundstückgewinn besteht gemäss Art. 12 Abs. 1 StHG aus der Differenz zwischen Erlös und Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen). Diese Begriffe werden im Steuerharmonisierungsgesetz zwar nicht näher definiert. Dem kantonalen Gesetzgeber bleibt trotzdem bei der Umschreibung des steuerbaren Gewinns nur ein beschränkter Spielraum. Nach Art. 12 Abs. 4 StHG können die Kantone die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie die genannten Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen. Das ist im Kanton Zürich der Fall (vgl. § 216 Abs. 1 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997, StG/ZH; dazu Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. Zürich 2006, Rz. 5 ff. der VB zu §§ 216-226a). Namentlich in diesem - sog. monistischen oder Zürcher - System sind Grundstückgewinn und Einkommens- oder Gewinnsteuer eng miteinander verbunden (vgl. BGE 131 II 722 E. 2.1 S. 723 f.). Dementsprechend müssen der Teil des Gewinns, welcher der Einkommens- oder Gewinnsteuer unterliegt, und derjenige Teil, welcher mit der Grundstückgewinnsteuer erfasst wird, genau abgegrenzt werden. Ob die Abgrenzung mit der Steuerharmonisierung übereinstimmt, prüft das Bundesgericht mit voller Kognition. Einzig in Bezug auf allfällige kantonale Besonderheiten, die den der Grundstückgewinnsteuer unterliegenden Teil betreffen, steht dem kantonalen Gesetzgeber ein gewisser Spielraum zu (vgl. BGE 131 II 722 E. 2.2 S. 724; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; StR 60 773 E. 2.3), z.B. ob er Aufwendungen, welche mit dem An- und Verkauf der Liegenschaft zusammenhängen wie Insertionskosten oder Mäklerprovisionen etc. anrechnen lassen will (vgl. Ferdinand Zuppinger, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, ASA 61 S. 322 f.).
2.2 Im Einklang mit Art. 12 Abs. 1 StHG definiert § 219 Abs. 1 StG/ZH den Grundstückgewinn als den Betrag, um welchen der Erlös die Anlagekosten übersteigt. Als Erwerbspreis gilt der Kaufpreis mit Einschluss aller weiteren Leistungen des Erwerbers (§ 220 Abs. 1). Hierzu sind die Aufwendungen gemäss § 221 zu rechnen, worunter gemäss lit. c auch die üblichen Mäklerprovisionen für Erwerb und Veräusserung fallen (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., Rz. 77 zu § 221), d.h. Leistungen des steuerpflichtigen Veräusserers an einen Dritten für den Nachweis (einer Gelegenheit zum Abschluss eines Vertrages) oder die Vermittlung eines Vertrages im Sinne von Art. 412 Abs. 1 OR. Die Anrechnung einer Mäklerprovision ist nach Zürcher Praxis (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N 79 zu § 221), die mit der bundesrechtlichen Regelung des Mäklervertrags und Art. 12 StHG übereinstimmt, möglich, wenn die folgenden fünf Voraussetzungen kumulativ erfüllt sind: Abschluss eines zivilrechtlich gültigen Mäklervertrags i.S. von Art. 412 OR; Abschluss des Vertrags mit einer Drittperson; Nachweis- oder Vermittlungstätigkeit des Mäklers, die in Erfüllung dieses Vertrags zum Grundstückskauf führt; Zahlung des geschuldeten Mäklerlohns; Beschränkung der Anrechnung der Mäklerprovision auf den üblichen Umfang. Sind die Voraussetzungen nicht erfüllt, so liegt keine nach § 221 Abs. 1 lit. c StG/ZH anrechenbare Aufwendung vor (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N 87 f. zu § 221). Als steuermindernde Tatsache trägt hierfür die steuerpflichtige Person die Beweislast (vgl. StE 2007 B 23.45.2 Nr. 7 E. 6.1).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin erblickt eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) darin, dass das Verwaltungsgericht ihre neuen Vorbringen nicht berücksichtigt hat, obschon die Steuerrekurskommission den Rekurs mit etwas anderer Begründung abgewiesen hat als die Veranlagungs- bzw. Einsprachebehörde.
Der Kanton Zürich kennt ein zweistufiges kantonales Rechtsmittelverfahren im Sinne von Art. 50 Abs. 3 StHG und beschränkt die Kognition der zweiten Instanz bzw. lässt bei ihr Noven grundsätzlich nicht mehr zu (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N 46 zu § 153). Diese Ordnung ist nicht zu beanstanden (vgl. Ulrich Cavelti, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. Basel/Genf/München 2002, N 22 zu Art. 50; Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Diss. SG 1994, S. 196; Michael Beusch, Auswirkungen der Rechtsweggarantie von Art. 29a BV auf den Rechtsschutz im Steuerrecht, ASA 73 S. 719), und deckt sich mit der Kognitionsbeschränkung und insbesondere dem Novenverbot, das im Kanton Zürich vor Verwaltungsgericht bei der direkten Bundessteuer ebenfalls gilt (vgl. BGE 131 II 548 E. 2.2 S. 550 f.).
Zwar müssen Nova insoweit berücksichtigt werden, als sie durch den angefochtenen Entscheid bedingt sind. Das behauptet die Beschwerdeführerin hier: Dadurch, dass die Steuerrekurskommission zivilrechtlich gültige Mäklerverträge verneint habe, habe sie eine völlig neue Begründung für die Nichtanrechenbarkeit der Provisionen geliefert. Dieser Auffassung kann jedoch nicht gefolgt werden. Schon das Gemeindesteueramt A._ hat (in seinem Schreiben vom 3. Februar 2006 und in seinem Einspracheentscheid) auf die fünf Voraussetzungen hingewiesen, welche für die Anrechnung einer Mäklerprovision erfüllt sein müssen (vgl. oben E. 2.2). Ebenso verlangte die Steuerrekurskommission in ihrer Verfügung vom 25. Oktober 2006 von der Beschwerdeführerin, sie habe sämtliche der erwähnten Punkte beweismässig darzutun. Die Vertreterin der Beschwerdeführerin (welche bei der Veräusserung der Liegenschaft selbst eine angebliche Mäklerprovision bezogen hat) wies in ihrem Antwortschreiben vom 13. November 2006 die Eigentumsverhältnisse der beteiligten Kapitalgesellschaften detailliert nach, begnügte sich aber bezüglich der anderen Punkte auf summarische Hinweise, ohne auf die präzisen Fragen in der Verfügung näher einzugehen. Damit kam sie ihrer Mitwirkungspflicht nur ungenügend nach und hat die sich daraus ergebenden nachteiligen Auswirkungen zu tragen. Sie konnte das Versäumte nicht vor Verwaltungsgericht nachholen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt ebenso wenig vor wie eine offensichtlich unzutreffende Sachverhaltsfeststellung.
3.2 Weiter argumentiert die Beschwerdeführerin, selbst ohne die dem Verwaltungsgericht unterbreiteten neuen Vorbringen sei der Nachweis bezahlter Mäklerprovisionen rechtsgenügend erfolgt. Das vermag ebenfalls nicht zu überzeugen. Wie die Vorinstanz zu Recht festgehalten hat, fehlte es an Angaben zum konkreten Zeitpunkt des Abschlusses der behaupteten Mäklerverträge und zum genauen Inhalt der Geschäftsbeziehungen. Die Pflichtige unterliess es, im Rekursverfahren auch nur ansatzweise darzutun, worin die behaupteten vertraglichen Leistungen bezüglich der beiden Liegenschaftengeschäfte konkret bestanden und inwiefern diese Leistungen für den Geschäftsabschluss kausal gewesen sein sollten. Aus den gelieferten Informationen ging insbesondere keineswegs hervor, wer, wann, mit wem und mit welchem genauen Inhalt welchen Vertrag abgeschlossen hatte; ebenso wenig gaben sie Auskunft darüber, worin die zum Ankauf führenden Tätigkeiten genau bestanden. Erst in der Beschwerde vor Verwaltungsgericht wurde hierzu etwas mehr ausgeführt.
Beim Erwerb der Liegenschaft hatte der angebliche Mäkler gar nicht Interessenten für einen Vertragsschluss nachzuweisen bzw. zusammenzubringen. Der Käufer (letztlich die Beschwerdeführerin) stand nämlich von Anfang an fest, und R._ (offenbar in seiner Eigenschaft als Organ der Z._ SA) hatte ein geeignetes Objekt mit den dazugehörigen Verkäufern zur Hand. Es ging damit nur noch darum, vom erwarteten Zwischengewinn möglichst wenig dem Fiskus zukommen zu lassen. So wurde S._ bzw. die Y._ AG, deren Verwaltungsrat wiederum R._ war, als "Mäkler" eingeschaltet. Im Antwortschreiben vom 13. November 2006 wird denn auch anerkannt, dass die Mäklertätigkeit gar nicht vom vorgeschobenen "Mäkler", sondern - wenn überhaupt - von anderer Seite erfolgte. Es ist offensichtlich, dass hier kein echter Mäklervertrag gemäss Art. 412 Abs. 1 OR vorliegt, und dies selbst dann nicht, wenn die vor der Vorinstanz beigebrachten Nova noch berücksichtigt würden.
Weniger einfach ist die Beurteilung der Verhältnisse beim Verkauf der Liegenschaft. Denn die Z._ SA hatte tatsächlich eine Käuferin zu suchen und damit eine eigentliche Mäklertätigkeit wahrzunehmen. Aber auch hier war unklar, wer, wann, mit wem und mit welchem genauen Inhalt welchen Vertrag abgeschlossen hatte; genauso wenig wurde (abgesehen vom Hinweis auf einen Internetauftritt) detailliert Auskunft darüber erteilt, worin die zum Verkauf führenden Tätigkeiten bestanden. Das war nicht weiter erstaunlich, sass doch R._ im Verwaltungsrat beider beteiligter Gesellschaften, d.h. nebst der Beschwerdeführerin (Veräusserin) ebenfalls in jenem der Z._ SA als Leistungsempfängerin beim Verkauf. Dass es angesichts einer solchen Personalunion schwierig sein mochte, die erforderlichen Angaben zu liefern, leuchtet ohne weiteres ein. Diesen Umstand - sowie den daraus folgenden Beweisnotstand - hatten aber die beteiligten Gesellschaften selbst zu vertreten und gegen sich gelten zu lassen.
3.3 Insgesamt kann von einer Verletzung von Art. 12 Abs. 1 StHG nicht die Rede sein. Die Vorinstanzen haben die behaupteten Provisionen zu Recht beim steuerbaren Grundstückgewinn aufgerechnet. Der angefochtene Entscheid hält vollumfänglich vor Bundesrecht stand. Eine Zurückweisung der Sache an das Verwaltungsgericht erübrigt sich.
4. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Es ist keine Parteientschädigung geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Matter