Erwägungen:
1. Die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm führt gegen X._ ein Strafverfahren wegen des Verdachts der Veruntreuung, der ungetreuen Geschäftsbesorgung, des Betrugs und der Urkundenfälschung. Mit Verfügung vom 23. August 2012 entsprach das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Aargau dem Antrag der Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm und verlängerte die Untersuchungshaft um drei Monate bis zum 22. November 2012. Am 31. August erhob X._ eigenhändig Beschwerde gegen die ihm direkt eröffnete Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts. Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau wies mit Entscheid vom 20. September 2012 die Beschwerde ab, soweit sie darauf eintrat. Zur Begründung führte die Beschwerdekammer zusammenfassend aus, dass die Beschwerdefrist von 10 Tagen als gesetzliche Frist nicht erstreckt werden könne. Dem Gesuch um Fristerstreckung für die Einreichung einer Beschwerdebegründung könne deshalb nicht entsprochen werden. Auf die Beschwerde vom 31. August 2012 sei mangels einer rechtsgenügenden Begründung nicht einzutreten.
2. X._ führt mit Eingabe vom 12. Oktober 2012 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer nennt keinen zulässigen Beschwerdegrund. Aus seinen Ausführungen ergibt sich nicht, inwiefern die Beschwerdekammer in verfassungswidriger Weise davon ausgegangen sein soll, seine Beschwerde vom 31. August 2012 enthalte keine rechtsgenügende Begründung. Im Weiteren beanstandet er die Abweisung seines Fristerstreckungsgesuchs nicht. Er legt somit nicht dar, inwiefern die dem Entscheid zugrunde liegende Erwägung bzw. der Entscheid selber im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. in diesem Zusammenhang BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen) nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli