Faits:
A. X._, ressortissant sri lankais, a vu sa demande d'asile rejetée par décision de l'Office fédéral des migrations du 29 juin 2012 et son renvoi de Suisse ordonné. Par arrêt du 16 juillet 2012, le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours tardif déposé contre cette décision. Le 5 août 2012, l'intéressé s'est opposé à son renvoi vers la Turquie par un vol de ligne.
Par décision de l'officier de police du canton de Genève du 9 août 2012, l'intéressé a été placé en détention en vue du renvoi pour trois mois. Le 13 août 2012, le Tribunal administratif de première instance a confirmé le maintien en détention en vue du renvoi après avoir entendu l'intéressé, qui a réitéré son opposition à un retour vers le Sri Lanka.
Par arrêt du 31 août 2012, la Cour de justice a rejeté le recours de l'intéressé contre la décision du Tribunal administratif de première instance.
Par décision du 31 août 2012 également, l'Office fédéral des migrations a rejeté la demande de reconsidération déposée par l'intéressé. Il a considéré que le conflit entre le gouvernement sri lankais et les Tigres de libération de l'Ilam tamoul était terminé depuis 2009 et que la situation générale s'était nettement améliorée. Par arrêt du 31 octobre 2012, le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours déposé contre cette décision pour défaut de versement de l'avance de frais dans le délai.
Le 8 novembre 2012, le Tribunal administratif de première instance a admis la requête de l'Office cantonal de la population de prolonger pour un mois la détention en vue du renvoi.
Le 6 décembre 2012, le Tribunal administratif de première instance a admis la requête de l'Office cantonal de la population de prolonger pour deux mois la détention en vue du renvoi jusqu'au 8 février 2013. Par arrêt du 20 décembre 2012, la Cour de justice a rejeté le recours de l'intéressé contre la décision du 6 décembre 2012 du Tribunal administratif de première instance.
Le 17 décembre 2012, l'intéressé s'est violemment opposé à son refoulement à destination de Colombo. Le 16 janvier 2013, une inscription pour le prochain vol spécial à destination du Sri Lanka a été effectuée et une nouvelle tentative de renvoi par vol avec escorte policière prévue pour le 20 février 2013.
Le 7 février 2013, le Tribunal administratif de première instance a admis la requête de l'Office cantonal de la population de prolonger pour un mois la détention en vue du renvoi jusqu'au 4 mars 2013.
B. Par arrêt du 18 février 2013, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours de l'intéressé contre la décision du 7 février 2013 du Tribunal administratif de première instance. Ce dernier avait bien compris que l'intéressé invoquait l'impossibilité matérielle de son renvoi en raison de son inaptitude médicale à prendre l'avion mais avait jugé que l'impossibilité de l'exécution du renvoi n'était pas prouvée. Le principe de célérité avait été respecté. Les conditions de l'art. 80 al. 6 LEtr n'étaient pas réalisées ni quant aux risques qu'il encourrait au Sri Lanka, comme l'avait déjà décidé l'Office fédéral des migrations sur deux demandes de réexamen par l'intéressé de la décision lui refusant l'asile, ni quant à son inaptitude à voyager au vu du contenu des certificats médicaux produits.
La tentative de renvoi par vol du 20 février 2013 a échoué en raison de l'attitude d'opposition de l'intéressé.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de constater la violation du principe de motivation, d'annuler l'arrêt rendu le 18 février 2013 par la Cour de justice ainsi que celui rendu le 7 février 2013 par le Tribunal administratif de première instance et d'ordonner sa libération immédiate. Il se plaint de la violation des art. 29 al. 2 Cst., 80 al. 6 et 83 al. 4 LEtr, ainsi que des principes de proportionnalité et de célérité. Il demande l'effet suspensif à l'exécution du renvoi et le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Par ordonnance du 19 février 2013, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif à l'exécution du renvoi.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. 1.1 En matière de mesures de contrainte, le recours en matière de droit public est en principe ouvert (art. 82 ss LTF; arrêt 2C_624/2011 consid. 1.1 et la jurisprudence citée). Il est en revanche irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent le renvoi (art. 83 let. c ch. 4 in fine LTF).
1.2 La conclusion tendant à l'annulation de l'arrêt du 18 février 2013 du Tribunal administratif de première instance est irrecevable en rai-son de l'effet dévolutif du recours auprès de la Cour de justice du canton de Genève.
1.3 La conclusion tendant à ce que le Tribunal fédéral constate la violation du principe de motivation n'est pas une conclusion constatatoire, mais une conclusion "préparatoire" ou "préjudicielle", autrement dit un grief qui pourrait constituer un motif d'annulation de l'arrêt entrepris. En tant que telle, elle est irrecevable. Considérée comme une conclusion en constatation, elle serait également irrecevable, du moment que l'instance précédente a rendu une décision formatrice (cf. sur ces questions. arrêt 2C_162/2010 du 21 juillet 2010 consid. 2 et la jurisprudence citée).
2. 2.1 Lorsqu'une décision de renvoi ou d'expulsion de première instance a été notifiée, l'autorité compétente peut, afin d'en assurer l'exécution, mettre en détention la personne concernée si des éléments concrets font craindre que la personne concernée entende se soustraire au renvoi ou à l'expulsion, en particulier parce qu'elle ne se soumet pas à son obligation de collaborer en vertu de l'art. 90 de la présente loi ou de l'art. 8, al. 1, let. a, ou al. 4, LAsi ou si son comportement permet de conclure qu'elle se refuse à obtempérer aux instructions des autorités (art. 76 al. 1 let. b ch. 3 et 4 LEtr).
Le recourant ne conteste pas qu'il fait l'objet d'une décision de renvoi exécutoire ni que les conditions de la détention telles qu'énoncées par les art. 76 al. 1 let. b ch. 3 et 4 LEtr sont réunies.
3. 3.1 Selon l'art. 79 LEtr, la détention en vue du renvoi ne peut excéder six mois au total. La durée maximale peut être prolongée de 12 mois au plus, notamment si la personne concernée ne coopère pas avec l'autorité compétente. S'il s'avère en particulier que l'exécution du renvoi ou de l'expulsion est impossible pour des raisons juridiques ou matérielles, la détention doit être levée (cf. art. 80 al. 6 let. a LEtr), respectivement la prolongation refusée. La jurisprudence a récemment rappelé que ces raisons doivent être importantes ("triftige Gründe") et qu'il ne suffit pas que l'exécution du renvoi soit momentanément impossible (par exemple faute de papiers d'identité), tout en restant envisageable dans un délai prévisible; l'exécution du renvoi doit être qualifiée d'impossible lorsque le rapatriement est pratiquement exclu, même si l'identité et la nationalité de l'étranger sont connues et que les papiers voulus peuvent être obtenus (arrêts 2C_538/2010 du 19 juillet 2010 consid. 3.1; 2C_386/2010 du 1er juin 2010 consid. 4 et 2C_473/2010 du 25 juin 2010 consid. 4.1).
3.2 En l'espèce, le recourant fait valoir que le Tribunal administratif de première instance n'a pas examiné sa situation médicale sous l'angle de l'art. 80 al. 6 LEtr et se plaint à cet égard d'une violation de son droit à une décision motivée tiré de l'art. 29 al. 2 Cst. Ce grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable (cf. consid. 1.2 ci-dessus). En effet, l'instance précédente a exposé en détail les motifs pour lesquels le syndrome de stress post-traumatique lié à un état dépressif sévère, à des idées suicidaires et des angoisses allant jusqu'à des hallucinations visuelles et cénesthésiques ne rendaient pas matériellement impossible l'exécution du renvoi, contrairement à ce qu'affirmaient les certificats médicaux produits en procédure cantonale selon lesquels le recourant était inapte au vol. Le recourant l'a bien compris puisqu'il réitère le grief d'impossibilité matérielle d'exécuter le renvoi.
Ce grief doit être rejeté. Il peut à cet égard être renvoyé aux considérants de l'arrêt attaqué (art. 109 al. 3 LTF). Au surplus, les certificats médicaux produits à l'appui de la situation de santé psychique du recourant font état d'un suivi médicamenteux. Dans ces conditions, rien ne s'oppose à ce que le renvoi soit effectué par vol spécial sous surveillance médicale et contrôle par un organisme indépendant durant le vol de rapatriement (cf. à ce sujet arrêt 2C_332/2012 du 3 mai 2012, consid. 2.2.2) lorsque, comme en l'espèce, il est établi, par avis médical, que l'étranger souffre de troubles dans sa santé physique ou mentale et qu'il faut s'attendre à des complications d'ordre médical en cours de vol. Il n'est en effet pas établi par les certificats en cause que la médication actuellement administrée n'atteindrait pas les effets stabilisateurs escomptés ni l'impossibilité qu'il y aurait d'augmenter les prescriptions déjà mises en place par les médecins traitants en cas d'aggravation prévisible et temporaire - la durée du vol - des troubles en cause. Le recours est par conséquent rejeté sur ce point.
4. 4.1 Selon le principe de célérité, les démarches nécessaires à l'exécution du renvoi ou de l'expulsion doivent être entreprises sans tarder (art. 76 al. 4 LEtr). Dans tous les cas, la durée de la détention, envisagée dans son ensemble, doit apparaître proportionnée (ATF 133 II 97 consid. 2.2 p. 100; 130 II 56 consid. 1 p. 58). Il convient en particulier d'examiner, en fonction des circonstances concrètes, si la détention en vue d'assurer l'exécution d'un renvoi au sens de l'art. 5 par. 1 let. f CEDH est (encore) adaptée et nécessaire (cf. arrêt 2C_756/2009 du 15 décembre 2009 consid. 2.1; ATF 134 I 92 consid. 2.3.1 p. 96 s.).
4.2 En l'espèce, il ressort de l'arrêt attaqué que le recourant n'a jamais interjeté de recours recevable auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions qui ont été rendues à son égard en matière d'asile, qu'en revanche, il a multiplié les demandes de reconsidération de la décision de refus d'asile (23 août 2012, 10 décembre 2012) et qu'il s'est lui-même opposé plusieurs fois à son renvoi par les vols des 16 novembre 2012, 17 décembre 2012 et 20 février 2013 déjà réservé le 16 janvier 2013. Il résulte de ces circonstances que ni le principe de célérité ni le principe de proportionnalité n'ont été violés, les autorités ayant agi avec diligence, compte tenu de l'attitude du recourant qui ne peut s'en prendre qu'à lui-même s'agissant de la durée des procédures qu'il a lui-même engagées en vain.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, sans échange d'écritures (art. 102 al. 1 LTF). Le recourant sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire. Si ce dernier est certes dépourvu de toutes ressources financières, son recours était en revanche dénué de chances de succès, de sorte que la requête est rejetée. Il se justifie en revanche de ne pas percevoir de frais de justice (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Il n'est pas perçu de frais de justice.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office cantonal de la population du canton de Genève, au Tribunal administratif de première instance du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, en section, et à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 26 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey