Faits:
A.
Le docteur X._ exploite depuis 1993 un cabinet de médecine générale et radiologie à N._. Par lettre du 12 novembre 1998, la Commission mixte de l'Association des médecins du canton de Genève (AMG) et de la Fédération genevoise des assureurs-maladie (FGAM; aujourd'hui: Santésuisse) a informé le praticien que ses factures d'honoraires dépassaient très sensiblement les valeurs moyennes de celles de ses confrères de même spécialité et lui a réclamé le remboursement de montants facturés en 1996 et 1997, jugés excessifs.
B.
B.a. Après un échange de correspondances entre la Commission mixte et le médecin qui n'a abouti à aucun accord, vingt-trois caisses-maladie, toutes regroupées au sein de la FGAM, ont saisi le Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève (ci-après: tribunal arbitral) et conclu au paiement, par le docteur X._, de 488'701 fr. avec intérêts à 5 % dès le 17 avril 2000 (pour 1998) et de 347'805 fr. avec intérêts dès le 5 septembre 2000 (pour 1999). Leur demande était fondée sur la différence entre les honoraires moyens tels qu'ils ressortaient des statistiques annuelles 1998 et 1999 du Concordat des assureurs-maladie suisses (CAMS) et la moyenne des honoraires facturés par le médecin au cours de ces deux années.
Après qu'un premier jugement du tribunal arbitral (du 16 septembre 2004) a été annulé par le Tribunal fédéral des assurances (arrêt K 148/04 du 2 décembre 2005), qui lui a renvoyé la cause pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants, le tribunal arbitral a rendu un deuxième jugement, le 21 novembre 2006. Celui-ci a également été annulé par le Tribunal fédéral, qui lui a derechef renvoyé la cause pour qu'il procède conformément aux considérants (arrêt K 5/07 du 23 juillet 2007). Le tribunal arbitral a repris l'instruction de la cause, enregistrée sous la référence A/30/2006.
B.b. Entre-temps, le 28 juillet 2006, vingt-trois caisses-maladie, représentées par Santésuisse, ont également ouvert action contre le docteur X._ devant le tribunal arbitral, en concluant au paiement de la somme de 276'179 fr., correspondant à la différence de coûts causée par sa pratique non économique en 2004. La cause a été enregistrée sous la référence A/2828/2006.
Le 2 juillet 2007, le tribunal arbitral a été saisi d'une nouvelle demande présentée par trente-deux caisses-maladie, toutes représentées par Santésuisse, à l'encontre du docteur X._. Celles-ci requéraient qu'il soit condamné à leur verser le montant de 259'800 fr., représentant la différence de coûts causée par sa pratique non économique en 2005. Le tribunal arbitral a enregistré la cause sous la référence A/2626/2007.
Le 23 juillet 2008, vingt-deux caisses-maladie, représentées par Santésuisse, ont ouvert action contre le docteur X._ devant le tribunal arbitral, en concluant au paiement de la somme de 967'775 fr., subsidiairement 950'365 fr. Cette prétention correspondait, selon elles, à la différence de coûts causée par la pratique non économique du médecin pour l'année 2006. La cause a été enregistrée sous la référence A/2791/2008.
B.c. Après avoir joint les quatre causes, le tribunal arbitral a, entre autres mesures d'instruction, requis la production de différents documents des parties et décidé de mettre en oeuvre une expertise analytique de la pratique médicale du docteur X._. A cette fin, il a mandaté la doctoresse Z._, spécialiste FMH en médecine interne générale, avec formation complémentaire en homéopathie et en pratique du laboratoire au cabinet médical, et l'a chargée de déterminer notamment si l'examen des dossiers sélectionnés par le tribunal et fournis par le médecin en cause révélait une pratique non économique constitutive de polypragmasie. La doctoresse Z._ a rendu son rapport le 1 er mars 2010, avant de le compléter, le 23 avril suivant. Les parties se sont déterminées sur l'expertise. A la requête du tribunal arbitral, les caisses-maladie ont par ailleurs produit la liste des médecins composant le groupe de comparaison du praticien pour les années statistiques 2004 à 2006, ainsi que pour l'année 1999, en précisant qu'elles n'étaient pas en mesure de produire la liste pour l'année 1998, celle-ci n'étant plus disponible.
Statuant le 8 mars 2013, le tribunal arbitral a rectifié la qualité des parties défenderesses, débouté certaines des caisses-maladie des fins de leur demande du 28 juillet 2006, respectivement du 2 juillet 2007 et du 23 juillet 2008, pour défaut de légitimation active. Admettant partiellement les demandes dans le sens des considérants, il a condamné le docteur X._ à payer à Santésuisse, à charge pour elle de répartir les montants en faveur des caisses-maladie admises à la procédure, les sommes de 482'977 fr. 20 pour l'année 1998, de 347'805 fr. pour l'année 1999, de 276'179 pour l'année 2004, de 259'800 pour l'année 2005 et de 405'212 fr. 30 pour l'année 2006.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le docteur X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler le jugement arbitral. Sous suite de dépens, il conclut principalement à ce qu'il soit constaté que "les statistiques de SANTESUISSE ne sont pas fiables" et qu'en conséquence "la méthode statistique ne peut servir comme moyen de preuve permettant d'établir le caractère économique ou non des traitements prodigués par un médecin donné", ainsi qu'à ce que les assureurs-maladie représentés par Santésuisse soient déboutés de toutes leurs conclusions. A titre subsidiaire, il requiert qu'une contre-expertise de sa pratique médicale soit ordonnée et confiée à "une personne ayant une pratique privée orientée vers la diététique lipidologue et la médecine interne liée aux pathologies métaboliques et nutritionnelles". Plus subsidiairement encore, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouvelle décision "dans le sens des considérants du Tribunal fédéral".
Dans leur écriture datée du 7 juin 2013, les intimées se sont exprimées uniquement sur la requête d'effet suspensif, sans prendre de conclusions sur le fond. X._ a répondu le 20 juin suivant, ce qui a suscité une détermination de la part des intimées, le 28 juin 2013. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.
Par ordonnance du 27 juin 2013, le Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif présentée par X._.
Considérant en droit:
1.
1.1. Le recours en matière de droit public est dirigé contre l'ensemble des caisses-maladie qui figuraient au rubrum du jugement du 8 mars 2013. Ce faisant, le recourant ne tient pas compte du dispositif de ce prononcé, par lequel le tribunal arbitral a, d'une part, rectifié la qualité de certaines parties demanderesses et, d'autre part, en a déboutées d'autres pour défaut de légitimation active. Au regard des motifs et conclusions du recours, le recourant ne remet en cause ni les rectifications opérées, ni le rejet de la demande des caisses-maladie concernées en raison de l'absence de qualité pour agir. Seules ont dès lors qualité de parties intimées au litige en instance fédérale les caisses-maladie mentionnées au rubrum du présent arrêt.
1.2. Des conclusions en constatation ne sont admissibles que s'il existe un intérêt juridique ou de fait digne de protection à ce qu'elles soient accordées qui ne saurait être pleinement sauvegardé par une conclusion tendant à obtenir une décision formatrice (ATF 126 II 300 consid. 2c p. 303 et les références; arrêt 2C_199/2010 du 12 avril 2011 consid. 3.3, non publié in ATF 137 II 383). La décision entreprise étant de nature condamnatoire, les conclusions tendant à ce qu'il soit constaté que les statistiques de Santésuisse ne sont pas fiables et que la méthode y relative ne peut servir de moyen de preuve du caractère économique (ou non) de traitements médicaux sont irrecevables.
2.
Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'examine en principe que les griefs invoqués (art. 42 al. 2 LTF) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (art. 105 al. 2 LTF).
3.
Le litige porte sur le point de savoir si la restitution par le recourant d'un montant total de 1'771'993 fr. 50 aux différentes caisses-maladie concernées par les années considérées, à raison de traitements jugés non économiques prodigués par le médecin et remboursés par l'assurance obligatoire des soins en 1998, 1999 et de 2004 à 2006 est fondée. Le jugement entrepris expose correctement et de manière complète les règles légales et la jurisprudence applicables au présent litige, de sorte qu'il suffit d'y renvoyer.
4.
Dans un premier grief tiré de la violation de son droit d'être entendu, le recourant se plaint de ce que les données afférentes aux médecins du groupe auquel sa pratique, singulièrement les frais moyens causés par sa pratique, a été comparée par le tribunal arbitral en application de la méthode statistique, font défaut. Il se réfère à cet égard à la jurisprudence du Tribunal fédéral (arrêt 9C_968/2009 du 15 décembre 2010, publié aux ATF 136 V 415).
4.1. Dans l'arrêt cité, le Tribunal fédéral a reconnu que lorsque la méthode statistique est appliquée - comme en l'espèce - pour établir le caractère économique ou non des traitements prodigués par un médecin donné, celui-ci doit, en raison de la garantie du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), avoir la possibilité de prendre connaissance non seulement de ses propres données traitées par Santésuisse, mais également de certaines données afférentes aux membres du groupe de comparaison, soit le nom des médecins composant le groupe de référence et, sous forme anonymisée, la répartition des coûts pour chaque médecin du groupe de comparaison, à savoir les mêmes données anonymisées que celles produites par Santésuisse le concernant pour chacun des médecins du groupe mentionné ("données du pool de données Santésuisse") (ATF 136 V 415 consid. 6.3.2 et 6.3.3 p. 418; voir aussi SVR 2011 KV n° 15 p. 57 [arrêt 9C_732/210 du 7 avril 2011]).
4.2. En tant qu'il se plaint de n'avoir pas eu accès aux données anonymisées relatives aux médecins du groupe de comparaison 53 (médecins praticiens sans spécialisation FMH) pour les années 1999 et 2004 et suivantes, le recourant ne peut rien tirer en sa faveur de cette jurisprudence. Sur requête du Tribunal arbitral, les intimées ont en effet produit la liste des médecins composant le groupe de comparaison pour les années 2004 à 2006 (courrier du 23 juillet 2012), puis 1999 (courrier du 28 août 2012), sur lesquelles le recourant a été invité à se déterminer, ce qu'il a fait par écriture du 12 octobre 2012.
Le Tribunal arbitral n'a en revanche pas demandé aux intimées qu'elles produisent les données relatives à la répartition des coûts pour chaque médecin du groupe de comparaison. Le recourant n'a cependant pas réagi à l'absence d'instruction sur ce point et n'a pas, en particulier, sollicité de l'autorité de première instance qu'elle réclamât les données en question, après qu'il a reçu la liste des médecins du groupe de comparaison. Dès lors que l'accès à la liste nominative des médecins figurant dans le groupe de comparaison et aux "données du pool de données santésuisse" (anonymisées) afférentes à chaque membre du groupe de référence a avant tout pour but de permettre au médecin concerné de se situer concrètement par rapport à ses confrères et de préparer une défense ciblée et pertinente, il lui appartient d'intervenir (au plus tard) en procédure cantonale pour obtenir l'ensemble des documents en cause si les assureurs-maladie ne les produisent pas d'emblée, ou sur requête du tribunal arbitral. Or, le recourant se plaint pour la première fois en instance fédérale de l'absence de certaines données - et ce, au demeurant, de façon relativement vague ("[...] de telles données font défaut, de sorte que le droit d'être entendu du recourant a été violé") -, alors qu'il lui incombait, en vertu de son devoir de collaboration en procédure, de relever l'absence d'une preuve déterminante à ses yeux, devant les juges arbitres déjà. Son grief relève par conséquent d'un comportement qui contrevient aux règles de la bonne foi en procédure administrative et doit être rejeté.
4.3. En ce qui concerne les données afférentes à l'année 1998, il ressort des constatations de l'autorité de première instance que Santésuisse n'a pas été en mesure de fournir la liste des médecins du groupe de comparaison pour l'année 1998 (parce que les données antérieures à 1999 n'étaient plus disponibles; courrier de Santésuisse du 28 août 2012). Selon le tribunal arbitral, la fiabilité des statistiques pour 1998 n'en était cependant pas affectée, dès lors qu'il n'y avait pas lieu de revenir sur l'échantillon comparatif pour cette année, le Tribunal fédéral des assurances ayant jugé dans son arrêt K 5/07 que le recourant devait être comparé au groupe des médecins généralistes avec radiologie (groupe 50).
A juste titre, le recourant conteste ce raisonnement. Il y a en effet lieu de distinguer le point de savoir à quel groupe de comparaison présentant des caractéristiques similaires à celles du médecin concerné ce dernier doit être attribué - question sur laquelle il n'y a plus lieu de revenir pour les années 1998 et 1999 compte tenu des considérants de l'arrêt K 5/07 de l'ancien Tribunal fédéral des assurances -, de celui de l'identité et des caractéristiques pertinentes des membres du groupe en cause. Selon les principes dégagés dans l'ATF 136 V 415, lequel constitue une précision de la jurisprudence qui s'applique immédiatement aux affaires pendantes au moment où il est prononcé (cf. ATF 135 II 78 consid. 3.2 p. 85), seule la connaissance du nom des médecins composant le groupe de référence permet effectivement de vérifier si des praticiens particuliers figurent dans la liste alors qu'ils appartiennent à un autre groupe ou si d'autres praticiens ne figurent pas dans la liste alors qu'ils devraient s'y trouver. Si une telle liste fait défaut, le médecin en cause n'est plus en mesure de procéder à de telles vérifications - dont une partie de la doctrine relativise certes l'importance (Gebhard Eugster, KVG: Statistische Wirtschaftlichkeitsprüfung im Wandel, in: Jusletter du 25 juin 2012, p. 9; cf. aussi, Valérie Junod, Wirtschaftlichkeitsverfahren: endlich eine gute Nachricht, BMS 92/2011, p. 337) -, de sorte que le moyen de preuve que constitue le recours à la méthode statistique a été recueilli en violation du droit d'être entendu de l'intéressé. En l'occurrence, dès lors que la liste nominative des médecins figurant dans le groupe de comparaison pour l'année 1998 n'a pas pu être fournie par les intimées, alors qu'elle avait été requise par le tribunal arbitral, les conditions de validité au recours à la méthode statistique ne sont pas réalisées et ce moyen de preuve ne pouvait être utilisé valablement pour fonder le caractère non économique des traitements prodigués par le recourant en 1998.
En conséquence, la demande en restitution pour l'année 1998, admise par le tribunal arbitral à hauteur de 482'977 fr. 20, n'était pas fondée et les intimées concernées devaient être déboutées de leurs conclusions. Le jugement entrepris doit dès lors être modifié sur ce point.
4.4. Le recourant invoque encore la violation de son droit d'être entendu en se plaignant du refus du tribunal arbitral d'ordonner une "expertise analytique des statistiques de SANTÉSUISSE", ainsi qu'une contre-expertise analytique.
La violation du droit d'être entendu dans le sens invoqué par le recourant est une question qui n'a pas de portée propre par rapport au grief tiré d'une mauvaise appréciation des preuves, également soulevé dans le recours. Lorsque les preuves administrées lui permettent de se forger une conviction et que, procédant d'une façon non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, l'autorité a la certitude que ces dernières ne pourraient plus l'amener à modifier son opinion, elle peut mettre un terme à l'instruction sans violer le droit d'être entendu du justiciable (ATF 136 I 229 consid. 5.3 p. 236; 134 I 140 consid. 5.3 p. 148). Il s'agit-là d'un grief qu'il convient d'examiner avec le fond du litige.
5.
Dans une série de griefs tirés de la violation du principe de l'égalité de traitement, d'une constatation et appréciation manifestement inexacte et arbitraire des faits, ainsi que d'une violation de l'art. 56 LAMal, le recourant reproche en substance aux juges arbitres d'avoir appliqué la méthode statistique pour établir l'existence d'une polypragmasie, alors qu'ils n'auraient pas examiné l'adéquation du groupe de médecins avec lequel sa pratique a été comparée et auraient remis en cause cette méthode dans une autre cause. Il leur fait aussi grief d'avoir suivi les conclusions de l'experte, alors qu'elles seraient dénuées de valeur probante pour différents motifs.
5.1. Les arguments que soulève tout d'abord le recourant quant au groupe de comparaison pour les années 2004 et suivantes, en soutenant notamment que sa situation a passablement évolué depuis 1999 et justifierait qu'il soit comparé non pas aux médecins du groupe 53 (médecins praticiens sans spécialisation FMH), mais au groupe de médecins endocrinologues et diabétologues, sont mal fondés.
Le fait que le recourant disposerait d'une formation solide et "unique" en maladies du métabolisme et de la nutrition et que ses spécialisations seraient reconnues en Suisse ne change rien à la circonstance qu'il n'est pas porteur d'un titre de spécialisation de la Fédération des médecins suisse (FMH), comme l'ont constaté les juges arbitres, de sorte que le groupe de comparaison déterminé correspond à son statut effectif. Les pièces qu'il a produites en première instance n'établissent pas, à l'inverse de ce qu'il prétend, que la FMH aurait reconnu ses "titres". Le premier document (relatif à une base de données de l'AMG et daté du 8 octobre 2007) met précisément en évidence que le recourant ne peut se prévaloir d'un titre FMH, puisqu'il n'y est fait mention d'aucune "Date FMH", de sorte que l'indication d'une spécialité "Médecine générale Endocrinologie-diabétologie" ne se réfère pas à un titre reconnu par la FMH. Quant à l'"attestation de valeur intrinsèque" de la FMH (imprimée le 21 novembre 2006), elle repose, comme le précise la pièce en cause, d'une auto-déclaration du médecin, de sorte que la seule indication sous "Titre de spécialiste" des termes "endocrinologie/diabétologie" ne correspond pas non plus à une reconnaissance par la FMH du titre de spécialiste dans ces domaines. A cet égard, le recourant ne peut rien tirer en sa faveur de "droits acquis" apparemment définis par la FMH au moment de l'entrée en vigueur de la Convention TARMED, dès lors que ceux-ci concernent les modalités de facturation des médecins et non l'attribution d'un titre professionnel. Au demeurant, il ressort des constatations de l'autorité de première instance, fondées sur l'expertise qu'elle a mise en oeuvre (sur la valeur probante de celle-ci, consid. 5.3 infra ), que le recourant ne présente pas de spécificités dans sa pratique relative au traitement du diabète, puisqu'il suivait un nombre de patients diabétiques de type II et souffrant de dyslipidémies légèrement supérieur à la moyenne de son groupe de comparaison.
Pour le reste, le tribunal arbitral n'avait pas, quoi qu'en dise le recourant, à vérifier de manière plus précise la composition du groupe de comparaison, dès lors que la seule affirmation de l'intéressé selon laquelle ce groupe comprendrait des médecins ayant une pratique "extrêmement hétérogène" n'est pas susceptible de mettre en doute son insertion dans le groupe 53. Le fait que ce groupe comprend aussi des praticiens ayant bénéficié d'une formation spécifique dans un domaine médical particulier et qui prennent en conséquence en charge une catégorie de patients nécessitant des mesures diagnostiques et thérapeutiques s'écartant de celles prodiguées en règle générale par un médecin généraliste montre précisément que le groupe de comparaison est adéquat. Quant aux autres conditions posées par la jurisprudence relatives au groupe de comparaison (cf. ATF 119 V 448 consid. 4b p. 448; arrêt K 6/06 du 9 octobre 2006 consid. 4.2 non publié in ATF 133 V 37 et les arrêts cités), elles sont réalisées puisque le groupe en question comporte suffisamment de médecins, que les éléments statistiques ont été rassemblés d'une manière analogue (données fournies par le biais du registre des codes créanciers [RCC] et le pool de données de Santésuisse) et que la comparaison s'est étendue sur plusieurs années. Les doutes exprimés par le recourant à cet égard, à supposer qu'ils puissent être considérés comme un grief suffisant, ne sont dès lors pas fondés.
5.2. Dans la mesure où le recourant conteste ensuite l'utilisation même de la méthode statistique pour démontrer l'existence d'une polypragmasie, il se heurte à la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, qui a toujours admis le recours à une telle méthode (cf. ATF 136 V 415 consid. 6.2 p. 416 s.; arrêt 9C_260/2010 du 27 décembre 2011 consid. 4.2 in SVR 2012 KV n° 12 p. 43 et les références).
C'est en vain que le recourant se réfère à cet égard à un jugement du Tribunal arbitral genevois des assurances du 31 août 2012, en se plaignant d'une violation du principe de l'égalité de traitement. Dans ce prononcé, le tribunal arbitral n'a pas, contrairement à ce que prétend le recourant, "constaté l'inanité des statistiques de SANTÉSUISSE et, partant, remis en cause la méthode elle-même". Mais, il a retenu que dans le cas particulier qu'il était alors appelé à trancher, le groupe de comparaison établi par les assureurs-maladie n'était pas adéquat, faute, entre autres éléments, de comprendre un nombre suffisant de médecins avec une pratique similaire à celle du médecin en cause. Selon lui, les statistiques n'étaient pas suffisamment fiables, parce qu'elles ne comportaient pas, dans la situation d'espèce, tous les actes médicaux effectués. Les juges arbitraux sont arrivés à la conclusion que les statistiques ne permettaient pas, "dans le cas particulier", d'examiner la pratique du médecin concerné, de sorte qu'il fallait recourir à la méthode analytique.
En reprenant cette conclusion pour son propre cas, tout en omettant d'indiquer que les considérations du tribunal arbitral se rapportaient spécifiquement au litige qui lui était alors soumis, le recourant n'établit pas en quoi sa situation serait semblable à celle jugée le 31 août 2012 et impliquerait un traitement identique. La simple mention que "seuls 6 à 8% des médecins inclus dans son groupe de comparaison pratiquent des examens radiologiques, les autres n'ayant pas le matériel nécessaire à leur cabinet" n'est pas suffisante pour démontrer que la méthode statistique n'aurait pas dû être appliquée dans son cas, de la même manière que le tribunal arbitral y avait renoncé dans la cause jugée le 31 août 2012.
Dans ces circonstances, le tribunal arbitral n'avait pas à ordonner une "expertise analytique des statistiques de SANTÉSUISSE" comme le sollicitait le recourant en première instance.
5.3. En ce qui concerne les critiques du recourant à l'encontre de l'expertise de la doctoresse Z._ du 1er mars 2010, sur laquelle s'est fondé le tribunal arbitral pour confirmer les conclusions de la méthode statistique sur l'existence de polypragmasie, elles doivent également être rejetées.
En plus des considérations convaincantes du tribunal arbitral, qui a répondu de manière circonstanciée aux griefs du recourant sur ce point et auxquelles il convient de renvoyer, on relèvera que le choix de l'experte opéré par les juges arbitres n'apparaît pas arbitraire. A leur suite, on peut retenir qu'en sa qualité de médecin généraliste, l'experte disposait des compétences nécessaires pour examiner la pratique du recourant au regard de celle du groupe de référence et d'en relever, le cas échéant, certaines particularités. Quoi qu'en dise le recourant, le profil de l'expert n'avait pas à correspondre à celui d'un praticien "résolument orienté vers la diététique lipidologue et la médecine interne liée aux pathologies métaboliques et nutritionnelles", puisqu'il ne s'agissait pas, en l'espèce, de se prononcer sur un problème médical lié à de telles pathologies, mais d'examiner la pratique du médecin généraliste qu'est le recourant.
Celui-ci se limite ensuite à affirmer de manière générale que l'experte aurait "tranch[é] des questions qui ne lui étaient pas soumises, systématiquement en défaveur du recourant", tout en "se dispens[ant] d'examiner un certain nombre des sujets essentiels qui lui étaient soumis". Faute d'exposer concrètement quels éléments essentiels manqueraient dans l'expertise pour en entacher la valeur probante - étant précisé que le renvoi à des écritures antérieures ne remplit pas les conditions de motivation du recours de l'art. 42 al. 2 LTF (arrêt 9C_331/2010 du 15 octobre 2010 consid. 1.4) -, l'argumentation du recourant n'est pas convaincante. En particulier, on ne voit pas en quoi il appartenait à l'experte de prendre en considération les "conclusions et chiffres CTESIAS", lesquels ont dûment été examinés par le tribunal arbitral pour constater que le recourant avait des indices de coûts largement supérieurs aux membres du collectif des endocrinologues-diabétologue, dans lequel il avait été classé. Le recourant n'explique pas non plus pour quel motif l'examen des "régimes alimentaires" qu'il avait établis était indispensable à l'experte pour accomplir son mandat, ni pourquoi elle aurait été tenue de requérir des conseils auprès d'un spécialiste en diététique lipidologue. Contrairement à ce que soutient à tort le recourant, la mission d'expertise donnée par le tribunal arbitral laissait la possibilité à la doctoresse Z._ de s'adjoindre l'aide d'un confrère "au besoin", si bien qu'on ne saurait déduire du fait qu'elle a rendu ses conclusions sans requérir l'assistance d'un autre médecin que celles-ci ne seraient pas probantes. Le grief de "violation du droit d'être entendu" que le recourant entend par ailleurs tirer du fait que l'experte ne l'a pas invité à un entretien pour qu'il puisse fournir certaines explications n'est pas davantage fondé. Il suffit en effet que le recourant ait pu s'exprimer sur les conclusions de l'expertise devant le tribunal arbitral, sans qu'il puisse se prévaloir d'un droit d'être entendu par l'expert (le recourant ne mentionne du reste aucune disposition légale à ce sujet).
Enfin, le recourant qualifie en vain d'arbitraires les considérations des juges arbitraux selon lesquelles ils n'avaient pas à trancher des controverses médicales sur la nécessité des dosages demandés par le recourant pour ses patients. Le tribunal arbitral a en effet constaté qu'indépendamment des avis de la doctrine médicale produits par le recourant, celui-ci n'avait pas contesté avoir pratiqué des dosages systématiques chez certains de ses patients, sans justification médicale, comme l'avait mis en évidence l'experte.
Finalement, la juridiction de première instance pouvait, sans arbitraire, renoncer à ordonner une "contre-expertise analytique", puisqu'elle n'avait aucun motif, au regard des arguments du recourant, de s'écarter des conclusions de l'expertise du 1er mars 2010. La référence que fait le recourant aux principes régissant l'appréciation des preuves en matière d'expertise (judiciaire) ne lui est d'aucun secours. En effet, aucun "autre spécialiste" n'a émis dans son cas "des opinions contraires aptes à mettre sérieusement en doute la pertinence des déductions par l'expert", le recourant n'ayant produit aucun avis d'un tiers expert sur les conclusions de la doctoresse Z._.
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours est en tout point mal fondé en ce qui concerne les années 1999, et 2004 à 2006, mais bien fondé en relation avec l'année 1998. Le recours doit dès lors être partiellement admis et le ch. 7 du dispositif du jugement entrepris réformé en ce sens que le docteur X._ est condamné à payer à Santésuisse, à charge pour elle de répartir les montants en faveur des demanderesses admises à la procédure, les sommes de 347'805 fr. pour l'année 1999, de 276'179 fr. pour l'année 2004, de 259'800 fr. pour l'année 2005 et de 405'212 fr. 30 pour l'année 2006. Le recours est rejeté pour le surplus.
7.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais de justice doivent être mis à la charge du recourant pour trois quarts et à la charge des intimées pour un quart (art. 66 al. 1 LTF). Celles-ci supporteront également l'indemnité réduite de dépens à laquelle a droit le recourant (art. 68 al. 1 LTF). Même si les caisses-maladie ont en principe droit à une indemnité de dépens lorsqu'elles confient la défense de leurs intérêts devant l'instance fédérale à un mandataire indépendant dans une procédure de polypragmasie et obtiennent gain de cause (cf. ATF 119 V 448 consid. 6 p. 456), les intimées ne sauraient y prétendre, puisqu'elles ne se sont pas exprimées sur le fond du litige.
L'issue de la procédure n'a en revanche pas d'incidence sur la répartition des dépens de première instance, au regard des conclusions des intimées qui n'ont été que partiellement admises.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. Le ch. 7 du dispositif de la décision du Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève du 8 mars 2013 est réformé en ce sens que le docteur X._ est condamné à payer à Santésuisse, à charge pour elle de répartir les montants en faveur des demanderesses admises à la procédure, les sommes de 347'805 fr. pour l'année 1999, de 276'179 fr. pour l'année 2004, de 259'800 fr. pour l'année 2005 et de 405'212 fr. 30 pour l'année 2006. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 18'000 fr., sont mis pour 13'500 fr. à la charge du recourant et pour 4500 fr à la charge des intimées.
3.
Les intimées verseront au recourant la somme de 1000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 31 août 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
La Greffière: Moser-Szeless