Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. 1.1 Nella procedura di fallimento aperta nei confronti dell'eredità giacente fu B._, l'amministrazione speciale ha depositato la graduatoria una prima volta dall'11 al 30 novembre 1998. I crediti insinuati da C._ e da D._ (che aveva preteso il collocamento in prima classe) sono stati ammessi in terza classe per fr. 266'920,60, rispettivamente per fr. 397'507,90. La graduatoria, in cui i predetti crediti sono stati nuovamente iscritti in terza classe per i medesimi importi, è stata depositata una seconda volta dal 12 al 31 agosto 2005.
1.2 Il 16 gennaio 2006 A._ ha comunicato all'amministrazione speciale che i menzionati crediti gli sono stati ceduti. Il 26 settembre 2008, dopo aver ricevuto il 7 gennaio 2008 copia del rapporto intermedio, A._ ha preannunciato un'insinuazione tardiva, effettivamente effettuata l'11 novembre 2008, in cui chiedeva l'iscrizione dei citati crediti in prima classe. Dopo uno scambio di corrispondenza l'amministrazione speciale ha comunicato ad A._ di non dare seguito all'insinuazione tardiva.
2. Con sentenza 28 dicembre 2009 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto, quale autorità di vigilanza, un ricorso inoltrato da A._ contro la predetta decisione. L'autorità di vigilanza ha ritenuto che l'amministrazione ha preso una decisione sulle insinuazioni, collocando i crediti in terza classe, e ha accertato che le graduatorie sono state regolarmente depositate e i creditori avvisati. La Camera ha poi reputato che l'amministrazione aveva violato l'art. 248 LEF, omettendo di indicare esplicitamente di non riconoscere il privilegio di prima classe e i motivi per questa decisione, ma ha considerato che tale circostanza, in assenza di una tempestiva contestazione, non ha impedito alle collocazioni di diventare definitive. Essa ha pure indicato che nemmeno l'assenza degli avvisi speciali - previsti dall'art. 249 cpv. 3 LEF - ai creditori la cui pretesa non è stata interamente ammessa ha impedito la crescita in giudicato delle graduatorie, atteso che la predetta norma contiene una mera prescrizione d'ordine. Ha infine ritenuto che non erano nemmeno adempiuti i presupposti sviluppati da giurisprudenza e dottrina che permettono di nuovamente introdurre un credito già prodotto.
3. Con ricorso in materia civile del 25 gennaio 2010 A._ chiede al Tribunale federale di annullare la decisione dell'autorità di vigilanza e, in via principale, di ordinare all'amministrazione speciale di depositare una graduatoria complementare in cui vengono collocate in prima classe le summenzionate pretese. In via subordinata domanda che venga ordinato all'amministrazione speciale di determinarsi, nel rispetto degli art. 248 e 249 LEF, sulle insinuazioni concernenti i predetti crediti. Dei motivi del ricorso si dirà nei considerandi che seguono.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.
4. La decisione impugnata, emanata dall'autorità di vigilanza su ricorso di un creditore la cui insinuazione tardiva non è stata ammessa, è finale (art. 90 LTF) e suscettiva di un ricorso in materia civile ai sensi dell'art. 72 cpv. 2 lett. a LTF, indipendentemente dal valore di lite (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF). Il ricorso, consegnato alla posta svizzera entro il termine di 10 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione impugnata (art. 48 cpv. 1 e 100 cpv. 2 lett. a LTF), è pertanto in linea di principio ammissibile.
5. Il ricorrente sostiene che - contrariamente a quanto indicato nella sentenza impugnata - non era in grado di riconoscere che l'amministrazione speciale del fallimento ha - erroneamente - collocato i suoi crediti in terza classe e rimprovera all'autorità di vigilanza di non aver esaminato gli art. 248 e 249 cpv. 3 LEF insieme, ma di aver effettuato una disamina dei singoli aspetti della procedura avulsi "dal contesto della presente fattispecie". Afferma che la possibilità di impugnare la graduatoria sarebbe stata vanificata dall'amministrazione speciale, la quale non solo ha omesso di menzionare il credito rigettato e i motivi per il rigetto, ma ha pure omesso di inviare l'avviso speciale. Assevera che lo scopo delle citate norme, la cui violazione è in concreto pacifica, sarebbe quello di assicurare mediante una doppia comunicazione che il creditore sia "informato in merito all'esito del proprio credito" e ritiene che la graduatoria non sia cresciuta in giudicato nei suoi confronti.
In concreto occorre rilevare che è pacifico che la graduatoria è stata regolarmente depositata due volte (la prima volta nel 1998 e la seconda nel 2005) e che nemmeno il ricorrente afferma che i crediti in discussione non vi fossero stati iscritti in terza classe. Ciò significa che l'amministrazione del fallimento ha preso una decisione sulle insinuazioni e che il termine di ricorso di 10 giorni per lamentarsi di errori avvenuti nella procedura di allestimento della graduatoria era ampiamente scaduto quando è stata adita l'autorità di vigilanza con il ricorso deciso nella sentenza impugnata. Infatti il termine per attaccare la graduatoria, sia mediante un'azione (giudiziaria) di contestazione che con un ricorso nel senso dell'art. 17 cpv. 2 LEF, inizia a decorrere dalla pubblicazione del suo - effettivo (DTF 112 III 42) - deposito per i creditori i cui crediti vi sono stati menzionati (DTF 135 III 545 consid. 2; 93 III 84 consid. 1 pag. 87; per la differenza fra i due rimedi: DTF 119 III 84). Ciò significa che al creditore spetta la consultazione degli organi (Foglio ufficiale svizzero di commercio e Foglio ufficiale del Cantone interessato) in cui viene pubblicato il deposito per sapere quando questo avviene e verificare se la collocazione del suo credito corrisponde alla sua insinuazione, rispettivamente se nella procedura di allestimento della graduatoria sono state rispettate le disposizioni previste dal diritto esecutivo. Nel corso di tale esame, egli può prendere conoscenza dei motivi per cui il suo credito non è stato inserito nella graduatoria nel modo desiderato, rispettivamente lamentarsi dell'assenza della menzione di tali motivi prevista dall'art. 248 LEF con un ricorso all'autorità di vigilanza. Se egli omette di adire tempestivamente l'autorità di vigilanza, la graduatoria diviene definitiva. Come rettamente già indicato dall'istanza inferiore, nemmeno l'omissione dell'avviso speciale previsto dall'art. 249 cpv. 3 LEF, norma contenente una mera prescrizione d'ordine, impedisce secondo costante giurisprudenza la crescita in giudicato della graduatoria (DTF 85 III 93 consid. 2, con rinvii). Ne segue che l'argomentazione ricorsuale si rivela infondata.
6. Il ricorrente non può nemmeno essere seguito laddove afferma che sarebbero adempiuti i presupposti per un'insinuazione tardiva nel senso dell'art. 251 LEF, perché, a causa degli errori commessi dall'amministrazione speciale, non sarebbe stato in grado di far valere le proprie pretese. Infatti, come già rilevato dall'autorità di vigilanza, la giurisprudenza ha previsto per motivi attinenti alla sicurezza del diritto e per garantire un decorso ordinato della procedura, una limitazione che non risulta dal testo di legge: l'insinuazione tardiva non può semplicemente avere per fine la modifica di una graduatoria cresciuta in giudicato, ma deve concernere una pretesa fatta valere per la prima volta, condizione che viene ritenuta soddisfatta anche quando la pretesa è fondata su altre circostanze di fatto e di diritto rispetto ad una precedente insinuazione o, nell'eventualità in cui il creditore si prevalga di un importo maggiore o di un altro rango, si basi su fatti nuovi di cui non era ancora possibile prevalersi nell'ambito della prima insinuazione (DTF 115 III 71 consid. 1). Ora, i lamentati errori dell'amministrazione speciale non rientrano nelle predette fattispecie, atteso che il ricorrente si è limitato a nuovamente produrre le sue pretese per far correggere una collocazione ritenuta errata.
7. Da quanto precede discende che il ricorso si appalesa infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF), mentre non si giustifica assegnare ripetibili all'opponente, che non è stata invitata a determinarsi sul rimedio e non è così incorsa in spese per la sede federale.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Ticino, quale autorità di vigilanza.