Faits:
A. A.a Le 29 juin 2000, la Banque X._ (poursuivante) a fait notifier à A._ (poursuivi) un commandement de payer la somme de xxxx fr. avec intérêts à 7,25% l'an dès le 16 juin 2000 (poursuite n° xxxx de l'Office des poursuites de Genève), auquel le poursuivi a formé opposition totale. Statuant le 13 septembre 2001, le Tribunal de première instance de Genève a condamné le poursuivi à payer à la poursuivante la somme de xxxx fr. plus intérêts à 7,25% l'an dès le 15 juin 2000; ce jugement a été confirmé le 13 septembre 2002 par la Cour de justice du canton de Genève, dont la décision a été confirmée le 3 mars 2003 par le Tribunal fédéral (4C.345/2002).
A.b Le 8 décembre 2003, le poursuivi a assigné devant le Tribunal de première instance de Genève plusieurs défendeurs en paiement de la somme de xxxx fr.; il a notamment conclu à ce que B._, C._ et la masse en faillite de la succession répudiée de Y._ (représentée par l'Office des faillites de Genève) soient condamnés à lui verser chacun la somme de xxxx fr. avec intérêts à 6% l'an dès le 13 janvier 2003.
B. B.a Dans le cadre de la continuation de la poursuite, l'office a exécuté le 12 juin 2003 une saisie de gains en mains du poursuivi; le procès-verbal de saisie, communiqué à celui-ci le 25 septembre 2003, indique que «Vu l'insuffisance de la saisie, le présent procès-verbal vaut acte de défaut de biens provisoire au sens de l'art. 115 al. 2 LP et confère au créancier les droits mentionnés aux art. 271 ch. 5 et 285 LP». Cet acte précise que le montant à recouvrer est de xxxx fr.
B.b Le 17 février 2004, l'office a procédé à une saisie complémentaire au sens de l'art. 145 LP portant sur les créances litigieuses du poursuivi à l'encontre des trois défendeurs précités (cf. supra, let. A.b). Le 7 avril 2005, il a remis à l'encaissement à la poursuivante, conformément à l'art. 131 al. 2 LP, les trois créances saisies (xxxx fr. chacune); le poursuivi n'a pas contesté cette mesure. Dans le délai fixé par l'office, la poursuivante a formé une demande d'intervention au procès ouvert le 8 décembre 2003; elle a conclu principalement à ce que chacun des défendeurs lui verse la somme de xxxx fr. avec intérêts à 6% l'an dès le 13 janvier 2003. Dans le cadre de cette procédure, le Tribunal de première instance de Genève a, lors de son audience du 19 janvier 2006, ordonné la substitution de partie, en ce sens que la poursuivante s'est substituée au poursuivi.
Par jugement du 9 décembre 2010, le Tribunal de première instance de Genève a condamné chacun des défendeurs à payer à la poursuivante la somme de xxxx fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 3 février 2003; il les a aussi condamnés, conjointement et solidairement, aux dépens, qui comprennent une indemnité de procédure de 10'000 fr. à titre de participation aux honoraires d'avocat de la poursuivante.
Contrairement à ses codéfendeurs, l'office des faillites - en qualité de représentant de la succession répudiée de Y._ - n'a pas fait appel de cette décision; le 4 mars 2012, il a versé à la poursuivante la somme de xxxx fr. (i.e. xxxx fr. + xxxx fr. + xxxx fr. + xxxx fr.). Le 12 avril suivant, la poursuivante a adressé à l'office un décompte relatif à ses frais (xxxx fr.) et à l'affectation des sommes précitées: la créance en capital s'élève à xxxx fr., le solde de la créance d'intérêts est de xxxx fr. (intérêts à 7,25% l'an du 15 juin 2000 au 4 mars 2012 = xxxx fr., sous déduction des montants obtenus à la suite de la remise à l'encaissement) et le solde des frais de recouvrement est de xxxx fr. (xxxx fr. - xxxx fr.).
C. Par décision mise à la poste le 22 juin 2012, l'office a avisé le poursuivi qu'il allait affecter de la manière suivante les montants acquittés par la masse en faillite de la succession répudiée de Y._:
- xxxx fr. à déduire du montant (capitalisé) des intérêts à 7,25% qui ont courus du 15 juin 2000 au 4 mars 2012 (xxxx fr.);
- 10'000 fr. (dépens de la procédure judiciaire) à déduire des frais de la poursuivante (xxxx fr.), calculés du 7 avril 2005 (date de la remise à l'encaissement) au 4 mars 2012 (jour du paiement).
Statuant le 25 octobre 2012, la Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites du canton de Genève a déclaré irrecevable la plainte formée par le poursuivi à l'encontre de cette décision.
D. Par acte du 2 novembre 2012, le poursuivi exerce un «recours de droit civil et un recours constitutionnel subsidiaire»; il demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision cantonale précitée, de dire que la plainte était recevable - subsidiairement qu'elle devait être traitée comme une demande de restitution de délai -, que le montant en capital et intérêts dû à la poursuivante en vertu du procès-verbal de saisie du 12 juin 2003 est arrêté à xxxx fr. et que le montant reçu par la poursuivante le 4 mars 2012 (xxxx fr.) doit s'imputer sur ce montant.
Des observations n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le présent recours a été déposé dans le délai légal (art. 100 al. 2 let. a LTF) à l'encontre d'une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 350 consid. 1.2) prise en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité de surveillance ayant statué en dernière (unique) instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF; MARCO Levante, in: Basler Kommentar, SchKG I, 2e éd., 2010, n° 19 ad art. 19 LP). Le poursuivi, dont les conclusions ont été rejetées par l'autorité précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
Le recours étant ouvert indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF), le recours constitutionnel subsidiaire est exclu dans ce domaine (arrêt 5D_13-14/2012 du 21 août 2012 consid. 2.1, avec les citations). Il s'ensuit que la présente écriture doit être traitée dans son ensemble comme un recours en matière civile selon les art. 72 ss LTF; une fausse dénomination du mémoire ne porte pas préjudice à la partie recourante (ATF 138 I 367 consid. 1.1; 137 IV 269 consid. 1.6).
1.2 En l'espèce, la juridiction précédente a retenu que la plainte était tardive (cf. infra, consid. 2); elle a considéré que, même recevable, elle aurait dû être rejetée. Le recourant s'en prend à chacun des motifs de la décision entreprise, comme l'exige la jurisprudence (ATF 133 IV 119 consid. 6.3; 138 I 97 consid. 4.1.4).
2. La juridiction précédente a constaté que l'office avait communiqué sa décision au recourant par pli recommandé à l'adresse «rue ..., Z._», à savoir à son domicile inscrit à l'Office cantonal de la population; ce pli n'a pas été retourné à l'expéditeur avec la mention que son destinataire n'était pas domicilié à cette adresse, mais bien avec la mention qu'il n'avait pas été réclamé. L'adresse susmentionnée correspond en outre à celle qui figure sur la réquisition de poursuite et à laquelle le procès-verbal de saisie ainsi que la décision de remise à l'encaissement ont été transmises (respectivement les 25 septembre 2003 et 7 avril 2005). Il appartenait dès lors au recourant, qui admet par ailleurs que la poursuite que l'intimée a dirigée à son encontre est toujours pendante, d'informer l'office de son changement d'adresse, à tout le moins de prendre les dispositions nécessaires à la sauvegarde de ses intérêts, soit en désignant une personne habilitée à recevoir les communications de l'office, soit en faisant suivre son courrier, à son domicile professionnel en l'occurrence. A cet égard, c'est en vain que le recourant se prévaut des art. 64 ss LP, car ces dispositions ne visent que les actes de poursuite, c'est-à-dire le commandement de payer et la commination de faillite.
L'autorité de surveillance a retenu que le pli (recommandé) contenant la décision de l'office a été mis à la poste le 22 juin 2012 et qu'un avis de retrait a été déposé dans la boîte aux lettres du recourant le 26 juin suivant; non réclamé dans le délai de garde de sept jours, ce pli a été retourné à l'office, qui l'a alors retourné à son destinataire par courrier simple le 17 juillet 2012: la décision est donc censée avoir été notifiée le septième jour après la tentative infructueuse de notification. Cette fiction n'intervient cependant que si le destinataire devait s'attendre à recevoir une communication. Tel est le cas en l'espèce: le recourant a été informé le 7 avril 2005 - par pli recommandé - de la décision de remise à l'encaissement et n'ignorait pas que l'intimée avait procédé; il a eu connaissance du jugement du Tribunal de première instance du 9 décembre 2010 et de l'arrêt de la Cour de justice du 24 février 2012, au plus tard le 27 mars 2012. Par conséquent, force est d'admettre que l'intéressé - titulaire du brevet d'avocat - devait s'attendre à ce que l'office des faillites verse à l'intimée les sommes auxquelles la masse en faillite de la succession répudiée de Y._ avait été astreinte, que l'intimée en informe l'office et lui transmette un décompte de frais, puis que l'office lui communique la décision querellée. Il s'ensuit que la plainte formée le 31 juillet 2012 apparaît tardive et doit être déclarée irrecevable. Vu les considérations précédentes, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur la requête en restitution de délai (cf. art. 33 al. 4 LP), la condition de l'empêchement non fautif n'étant pas réalisée.
2.1 La juridiction précédente a correctement rappelé les principes qui régissent la communication des décisions, en sorte qu'il n'y a pas lieu d'y revenir. Il convient néanmoins de rappeler, à la suite de l'autorité cantonale, que la décision de l'office ne devait pas être «notifiée» selon les art. 64 ss LP, mais bien communiquée «par lettre recommandée ou par remise directe contre reçu», conformément à l'art. 34 LP (cf. sur cette distinction: arrêt 7B.143/2002 du 25 septembre 2002, in: Pra 2002 n° 198, avec les nombreuses références).
2.2 Le point de savoir si le recourant «devait s'attendre» à recevoir la décision de l'office - comme l'a admis l'autorité précédente - est, en revanche, plus sujet à caution.
La fiction de communication ne joue que dans le cadre d'une procédure en cours; le Tribunal fédéral a jugé, par exemple, qu'elle ne vaut pas à l'égard du prononcé de la mainlevée (définitive) de l'opposition par une caisse-maladie, car cette décision ouvre une nouvelle procédure (ATF 130 III 396). En l'espèce, il est exact que la décision de l'office s'inscrit dans une procédure de remise à l'encaissement d'une créance saisie du recourant, celui-ci ayant été de surcroît informé des décisions prises par l'office ou les tribunaux saisis du litige. Cette procédure présente cependant une particularité. Comme l'a dit le Tribunal fédéral dans le contexte de la présente affaire, le poursuivant qui a été autorisé par l'office, en application de l'art. 131 al. 2 LP, à faire valoir en justice en son propre nom la créance litigieuse du poursuivi possède «la faculté de conduire le procès comme partie à la place du titulaire de la créance saisie»; en conséquence, l'intimée «a acquis la faculté de conduire le procès introduit le 8 décembre 2003 par le demandeur [recourant]», cette substitution de partie s'étant «opérée de plein droit en vertu du droit fédéral» (arrêt 4A_215/2009 du 6 août 2009 consid. 3.2; dans le même sens, pour le CPC actuel: Jeandin, in: Code de procédure civile commenté, 2011, n° 31 ad art. 83). Il n'y a pas lieu de rechercher plus avant si cet élément - la perte de la qualité de partie du recourant, à la différence de sa légitimation active (cf. Jeandin, loc. cit.) - influe ou non sur la régularité de la communication; en effet, le recours apparaît de toute façon voué à l'échec.
3. Sur le fond, l'autorité de surveillance a rappelé que le procès-verbal de saisie énonce, entre autres points, le montant de la créance, à savoir le montant à recouvrer en capital et, approximativement, en intérêts; lorsqu'il dresse cet acte, l'office ignore la date de la distribution des deniers, de sorte qu'il ne peut que se limiter à arrêter le montant des intérêts dus au jour de la saisie; le plaignant, qui relève que le montant de xxxx fr. correspond à la créance en capital, augmentée des intérêts au 15 juin 2000 (date de la saisie), l'admet expressément. C'est donc à tort que l'intéressé se prévaut du principe de la «bonne foi» pour soutenir qu'il ne pouvait supputer que des intérêts continueraient à courir sur la créance constatée dans le procès-verbal de saisie. Au surplus, le procès-verbal dressé par l'office valant «acte de défaut de biens provisoire au sens de l'art. 115 al. 2 LP», l'art. 149 al. 4 LP - aux termes duquel le créancier ne peut réclamer au débiteur des intérêts pour la créance constatée par un acte de défaut de biens (définitif) - ne s'applique pas à l'acte de défaut de biens provisoire.
S'agissant du grief relatif à la «déductibilité des frais du créancier», la juridiction précédente a retenu que le poursuivant autorisé à faire valoir la créance saisie du poursuivi a un droit de préférence sur le produit de la réalisation pour couvrir les frais qu'il a encourus, sous déduction des dépens qui lui ont été alloués et qu'il a pu percevoir. Il appartient à l'office d'exiger du poursuivant des justificatifs et de vérifier sa créance, mais il n'est pas compétent pour apprécier l'opportunité et la valeur des opérations portées au compte des frais; la plainte n'est ouverte que s'il a admis une prétention manifestement exagérée sur la seule affirmation du poursuivant qu'elle correspond effectivement aux frais du procès, mais non si la note de frais a déjà été soumise au juge compétent pour la taxer ou la modérer. En l'espèce, l'intimée n'a pas perdu son procès contre l'un des trois débiteurs du plaignant, car la masse en faillite de la succession répudiée de Y._ a été condamnée à lui payer la somme de xxxx fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 3 février 2003 et n'a pas appelé de ce jugement; elle a également été astreinte aux dépens, qui comprennent une indemnité de procédure de 10'000 fr. à titre de participation aux honoraires d'avocat de l'intimée.
En définitive, l'autorité précédente a estimé que la décision de l'office, qui a imputé le montant perçu par l'intimée sur les intérêts ayant courus entre le 15 juin 2000 et le 4 mars 2012 - par application analogique de l'art. 85 al. 1 CO (avec référence à l'ATF 121 III 432 consid. 2b) - et déduit la somme de 10'000 fr. de ses frais de recouvrement, ne prêtait pas le flanc à la critique.
3.1 Les considérations de l'autorité précédente sur les intérêts - autant qu'elles sont critiquées régulièrement (art. 42 al. 2 LTF; ATF 134 II 244 consid. 2.1) - ne peuvent qu'être approuvées.
Comme l'a rappelé la juridiction précédente, la délivrance d'un acte de défaut de biens provisoire au sens de l'art. 115 al. 2 LP, contrairement à l'acte de défaut de biens définitif (art. 149 al. 4 LP), n'arrête pas le cours des intérêts (Affolter, Der Verlustschein in der Betreibung auf Pfändung, 1978, p. 100; Jeandin, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, n° 9 ad art. 115 LP; Idem, Actes de défaut de biens et certificat d'insuffisance de gage, in: FJS n° 990 [état: 1998] p. 5). Cet effet se produit même si le procès-verbal de saisie ne le mentionne pas expressément (ATF 55 III 30 consid. 3). Les explications du recourant sur sa «bonne foi» apparaissent ainsi dépourvues de pertinence; au demeurant, l'intéressé - titulaire du brevet d'avocat - est mal venu de soulever un pareil argument pour se soustraire aux effets de l'acte en question.
3.2 Quant à l'imputation des frais de procès, le recourant ne réfute pas les motifs de la juridiction précédente, mais se borne, pour l'essentiel, à reprendre l'argumentation développée en instance cantonale - fondée sur l'arrêt Keller du 11 mai 1963 (ATF 89 III 36) -, ce qui ne satisfait pas aux exigences légales de motivation (ATF 134 II 244 consid. 2.1 et 2.3; arrêt 5A_19/2013 du 28 janvier 2013 consid. 1.3). Le grief est dès lors irrecevable (art. 42 al. 2 LTF).
Au demeurant, la jurisprudence invoquée n'est pas pertinente ici. Dans cet arrêt, la poursuivante prétendait déduire de la somme versée par la tierce débitrice l'entier des frais de justice et d'avocat allégués (ATF 89 III 36 sous let. A), le produit du procès (2'243 fr.70) étant ainsi presque entièrement absorbé par ces frais (1'903 fr.90). Or, dans le cas présent, la décision de l'office tient uniquement compte des dépens qui ont été alloués à la poursuivante à teneur du jugement du Tribunal de première instance du 9 décembre 2010 et payés par la succession répudiée de Y._ (cf. aussi le ch. 5 du Form. 34 [Remise à l'encaissement d'une créance saisie], qui prévoit expressément que les «créanciers produiront à l'office les pièces nécessaires pour la justification de leurs frais» et que l'«indemnité qui pourrait leur être allouée contre la partie adverse, à titre de dépens du procès, doit être déduite [...]»). Pour le surplus, le recourant ne remet pas en cause la constatation de l'autorité précédente selon laquelle il n'a pas soutenu dans sa plainte que l'office aurait admis des frais manifestement exagérés; il ne le prétend pas non plus en instance fédérale (art. 42 al. 2 LTF).
4. En conclusion, le présent recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'accorder des dépens à la poursuivante qui n'a pas été invitée à répondre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office des poursuites de Genève et à la Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 20 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
Le Greffier: Braconi