Fatti:
A. Il 21 novembre 2006 la Procura della Repubblica presso il Tribunale ordinario di Milano ha presentato alla Svizzera una domanda di assistenza giudiziaria nell'ambito del procedimento penale aperto nei confronti di B._, indagato per diffamazione per aver diffuso, tramite Internet, notizie che avrebbero offeso l'onore della Libera Università degli Studi di Scienze Umane e Tecnologiche di Lugano, affermando che non era riconosciuta nel sistema universitario svizzero. L'autorità estera ha chiesto l'identificazione di due indirizzi IP su Internet attribuiti da Ticinocom e da Swisscom.
B. Il Ministero pubblico del Cantone Ticino, con decisione di chiusura del 16 febbraio 2007, ha ordinato la trasmissione all'Italia di un'informazione del Servizio federale per compiti speciali indicante il nominativo di A._SA e del suo amministratore unico B._, residente nel Canton Ticino. Contro questa decisione gli interessati hanno interposto un ricorso alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), respinto in quanto ricevibile con sentenza del 18 aprile 2007, e uno alla Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale che, statuendo il 18 giugno 2007, ha dichiarato il gravame inammissibile per carenza di legittimazione.
C. Avverso questo giudizio la A._SA e B._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono, in ordine, di dichiarare ammissibile il ricorso e di assegnare loro un termine di 30 giorni per depositare una memoria integrativa secondo l'art. 43 lett. a LTF e, nel merito, di annullare la pronunzia impugnata e di rinviare l'incarto all'autorità inferiore affinché decida nel merito il loro ricorso.
Non sono state chieste osservazioni all'impugnativa, ma è stato assunto l'incarto del Tribunale penale federale nel quale figura anche la decisione della CRP, non prodotta dai ricorrenti.
Diritto:
1. 1.1 Secondo l'art. 84 LTF, contro le decisioni emanate nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile soltanto se concerne, tra l'altro, la comunicazione di informazioni inerenti alla sfera segreta e si tratti di un caso particolarmente importante (cpv. 1). Si è segnatamente in presenza di un caso particolarmente importante laddove vi sono motivi per ritenere che sono stati violati elementari principi procedurali o che il procedimento all'estero presenta gravi lacune (cpv. 2). L'uso dell'avverbio "segnatamente" indica che questi motivi di entrata nel merito non sono esaustivi. In effetti, il Tribunale federale può intervenire quando si tratti di decidere una questione giuridica di principio o quando l'istanza precedente si è scostata dalla giurisprudenza fino allora seguita (sentenza 1C_126/2007 dell'11 luglio 2007, consid. 1.2, destinata a pubblicazione).
1.2 Contrariamente all'assunto ricorsuale, non si è chiaramente in presenza di un caso particolarmente importante sotto il profilo soggettivo, vista la natura del procedimento penale posto a fondamento della rogatoria (al riguardo cfr. DTF 128 I 19; sentenza 2P.88/2006 e 2P.97/2006 del 30 marzo 2007).
1.3 Per contro, la questione di sapere se la trasmissione delle informazioni litigiose debba aver luogo nel quadro dell'assistenza giudiziaria costituisce un quesito giuridico di principio, che giustifica l'intervento del Tribunale federale, secondo la procedura dell'art. 20 cpv. 2 LTF (sentenza 1C_125/2007 del 30 maggio 2007 consid. 1.2). I ricorrenti sono abilitati a far valere che l'istanza precedente avrebbe negato a torto la loro legittimazione a ricorrere. Gli altri requisiti formali sono adempiuti.
2. 2.1 I ricorrenti si sono riservati di esprimersi più dettagliatamente nel merito della vertenza nel quadro dell'inoltro, da loro postulato, di una memoria integrativa ai sensi dell'art. 43 lett. a LTF. Questa richiesta dev'essere respinta, ritenuto che si è in presenza di una mera questione di diritto, sollevata già dinanzi alla CRP e all'istanza precedente e sulla quale i ricorrenti, senza grande dispendio di tempo, potevano e dovevano esprimersi compiutamente nell'atto di ricorso. D'altra parte, la facoltà di presentare una memoria integrativa non costituisce la regola, essendo concessa, su richiesta motivata, solo eccezionalmente, in presenza, come recita l'art. 43 lett. b LTF, di casi di straordinaria estensione o di particolare difficoltà, per i quali il termine di ricorso di 10 giorni di cui all'art. 100 cpv. 2 lett. b LTF non è sufficiente per motivare compiutamente tutte le censure. Ciò non tanto in considerazione della mole dell'incarto quanto per la molteplicità e la difficoltà delle questioni di fatto o di diritto che si pongono.
2.2 Le critiche ricorsuali concernono in larga misura le modalità della contestata sorveglianza e l'ammissibilità della stessa. Secondo i ricorrenti, il reato perseguito all'estero non rientrerebbe infatti tra quelli previsti dall'art. 3 della legge federale del 6 ottobre 2000 sulla sorveglianza della corrispondenza postale e del traffico delle telecomunicazioni (RS 780.1; LSCPT), la sorveglianza non sarebbe stata approvata dal Giudice ticinese dell'istruzione e dell'arresto e la richiesta, postulando informazioni risalenti a più di sei mesi prima della domanda, sarebbe illegale.
2.2.1 Ora, le censure inerenti all'asserita carenza di legalità e proporzionalità sono state esaminate e respinte dalla CRP: esse esulano quindi dall'oggetto del litigio e sono inammissibili (art. 10 cpv. 5 LSCPT; sull'esistenza di questi due rimedi di diritto cfr. Robert Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 2a ed., Berna 2004, n. 246-16 pag. 285). La Corte cantonale ha inoltre ritenuto che le informazioni litigiose, non protette dal segreto, potevano essere assunte mediante la procedura semplificata dell'art. 14 LSCPT.
2.2.2 D'altra parte, adducendo che l'esclusione del doppio grado di giurisdizione non potrebbe precludere l'esame giudiziario di merito e un ricorso effettivo secondo l'art. 13 CEDU, i ricorrenti, ricordato che di massima l'art. 6 CEDU non è applicabile nell'ambito dell'assistenza (DTF 131 II 169 consid. 2.2.3), disattendono che scopo dell'art. 84 LTF non è di garantire sistematicamente un doppio grado di giurisdizione, ma di limitare fortemente l'accesso al Tribunale federale negli ambiti dell'assistenza e dell'estradizione, consentendo di ricorrere soltanto in un numero limitato di casi, ritenuti particolarmente importanti (sentenza 1C_111/2007 del 25 maggio 2007 consid. 2.2). Per di più, essi hanno potuto esercitare il loro diritto a un ricorso effettivo dinanzi alla CRP (DTF 130 II 249 consid. 2.2.3 pag. 256).
Del resto, le asserite irregolarità della procedura secondo la LSCPT non potrebbero essere assimilate a gravi lacune del procedimento estero, quest'ultima espressione dovendo essere interpretata in maniera restrittiva (DTF 133 IV 131 consid. 3).
2.3 Oltre alla CRP e al Ministero pubblico ticinese, anche l'Ufficio federale di giustizia (UFG), nella risposta presentata dinanzi all'istanza inferiore, ha ritenuto che l'identificazione di un indirizzo IP è prevista dall'art. 14 cpv. 4 LSCPT, secondo cui se un reato è commesso mediante Internet, l'offerente Internet è tenuto a fornire all'autorità competente tutte le indicazioni che consentono di identificarne l'autore. Gli offerenti di prestazioni di telecomunicazioni forniscono al servizio di sorveglianza i dati concernenti determinati collegamenti, segnatamente il nome, l'indirizzo e, se disponibile, la professione dell'utente (cpv. 1 lett. a): questi dati sono forniti, tra l'altro, all'ufficio federale di polizia e ai comandi di polizia cantonali e delle città (cpv. 2 lett. b; sulla sorveglianza dell'accesso a Internet v. gli art. 23 e segg., 27 dell'omonima ordinanza).
2.4 La II Corte dei reclami penali, come la CRP e l'UFG, ha ritenuto che la trasmissione di dati concernenti soltanto l'appartenenza di un indirizzo IP non costituisce una misura di assistenza giudiziaria, ma rientra nell'ambito della collaborazione di polizia, per cui non si è in presenza di una decisione di chiusura secondo l'art. 80e della legge federale del 20 marzo 1981 sull'assistenza internazionale in materia penale (AIMP; RS 351.1): agli insorgenti è stata quindi negata la legittimazione a ricorrere in tale ambito. Essa ha stabilito che la semplice richiesta di informazioni concernenti collegamenti di telecomunicazione ai sensi dell'art. 14 LSCPT, il cui contenuto è assimilabile a informazioni sull'identità di una persona (generalità, impronte digitali, fotografie, ecc.), e pertanto a un atto di collaborazione di polizia ai sensi dell'art. 75a AIMP, non presuppone l'avvio di una domanda di assistenza giudiziaria e l'emanazione di una decisione di chiusura (cfr. al riguardo sentenze 1A.265/2004 del 12 settembre 2005 consid. 2.3 apparsa in RtiD I-2006 n. 44, 1A.314/2000 del 5 marzo 2001 consid. 3b, 1A.131/2000 del 7 agosto 2001 consid. 2a; cfr. pure l'Accordo tra la Confederazione Svizzera e la Repubblica italiana relativo alla cooperazione tra le autorità di polizia e doganali, concluso il 10 settembre 1998, RS 0.360.454.1, in particolare l'art. 11 n.1 e l'art. 12).
2.5 Queste conclusioni sono corrette, l'accenno ricorsuale secondo cui le informazioni litigiose non sono pubblicate da nessuna parte, non è decisivo (sull'iscrizione negli elenchi dei servizi di telecomunicazioni e sul loro accesso cfr. l'art. 21 della legge del 30 aprile 1997 sulle telecomunicazioni, LTC; RS 784.10). In effetti, l'istanza precedente ha rilevato che è stata ordinata solo la trasmissione del nominativo dell'utente, il suo numero di telefono principale e secondario nonché l'indirizzo, informazioni che non sono coperte dal segreto delle telecomunicazioni e che le autorità di polizia, federali cantonali e delle città, possono richiedere mediante procedura semplificata o senza formalità, quindi senza previa autorizzazione giudiziaria.
La comunicazione di elementi di indirizzo, e non di tutti i cosiddetti dati marginali ad autorità estere, non costituisce, sebbene l'identificazione degli utenti rappresenti un intervento rilevante nella sfera personale, una misura di assistenza in materia penale, ma una modalità di cooperazione di polizia (Messaggio del Consiglio federale del 1° luglio 1998 sulla LSCPT, FF 1998 III 3319, 3354 seg.: sulla distinzione tra "dati marginali" e "elementi di indirizzo" ai sensi dell'art. 3 lett. f LTC, questi ultimi non soggetti al segreto delle telecomunicazioni e che possono quindi essere rivelati in forma estesa, vedi il citato messaggio pag. 3335 seg., 3344 seg.; Thomas Hansjakob, Kommentar zum Bundesgesetz und zur Verordnung über die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs, 2a ed., San Gallo 2006, n. 3, 4 e 23 e 25 all'art. 14, che indica il caso di un delitto contro l'onore commesso per il tramite di Internet; Jürg Schneider, Internet Service Provider im Spannungsfeld zwischen Fernmeldegeheimnis und Mitwirkungspflichten bei der Überwachung des E-Mail-Verkehrs über das Internet, in: AJP 2005 pag. 179 segg., 189; Niklaus Oberholzer, Das neue Bundesgesetz über die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs (BÜPF), in ZGRG 2002, pag. 3 segg., 4 seg.; cfr. tuttavia Stefan Heimgartner, Die internationale Dimension von Internetstraffällen - Strafhoheit und internationale Rechtshilfe in Strafsachen, in: Internet-Recht und Strafrecht, Berna 2005, pag. 117 segg., 135 seg.; cfr. pure Laurent Moreillon, La surveillance policière et judiciaire des communications par Internet, in: Medialex 2004, pag. 81 segg., che si esprime sulla convenzione del Consiglio d'Europa sulla cibercriminalità, sottoscritta il 23 novembre 2001 ma non ancora ratificata dalla Svizzera; sulla sorveglianza del traffico delle telecomunicazioni cfr. Andreas Donatsch/Albert Schmid, Der Zugriff auf E-Mails im Strafverfahren - Überwachung (BÜPF) oder Beschlagnahme? in: Internet-Recht und Strafrecht, Berna 2005, pag. 151 segg.; per la disciplina previgente cfr. DTF 126 I 50).
2.6 Ulteriori dati, in particolare quelli inerenti al contenuto delle comunicazioni, non potevano infatti essere raccolti, dato che il reato di diffamazione secondo l'art. 173 CP (corrispondente all'art. 595 CP italiano) non è compreso nel catalogo dei reati per i quali può essere ordinata la sorveglianza (art. 3 cpv. 2 LSCPT).
Giova precisare nondimeno che la circostanza secondo cui la legittimazione dei ricorrenti non sarebbe data poiché, come addotto nella citata risposta dell'UFG, le informazioni litigiose erano detenute presso terzi, non sarebbe determinante qualora si trattasse di informazioni relative al contenuto delle telecomunicazioni e soggette quindi, di massima, al segreto delle comunicazioni (sulla carenza di legittimazione a ricorrere degli offerenti di prestazioni di telecomunicazioni v. DTF 130 II 249 consid. 2.2). La sorveglianza del traffico delle telecomunicazioni, in particolare del loro contenuto è infatti espressamente disciplinata dagli art. 18a AIMP e 1 cpv. 1 lett. b LSCPT (cfr. al riguardo DTF 132 II 1 consid. 3.1 e 3.2).
3. 3.1 Ne segue che nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
3.2 I ricorrenti adducono che il Ministero pubblico ticinese ha emanato una decisione di chiusura secondo l'art. 80d AIMP, indicando ch'essa era impugnabile dinanzi all'istanza precedente, la quale ha accollato loro una tassa di giustizia di fr. 500.--, di cui chiedono l'annullamento. Ora, secondo l'art. 67 LTF, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore solo quando modifica la decisione impugnata, fattispecie non realizzata in concreto (DTF 126 II 54 consid. 8 pag. 61 concernente l'art. 157 OG corrispondente nella sostanza alla citata norma).
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti in solido.
3. Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, al Ministero pubblico del Cantone Ticino, alla II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale e all'Ufficio federale di giustizia, Divisione assistenza giudiziaria internazionale.