Sachverhalt:
A. Der mit Y._, verheiratete X._ ist Inhaber der Einzelfirma E._ und zusammen mit seinem Bruder Z._ hälftig an der Kollektivgesellschaft K._ & Co beteiligt. Dieser ist ebenfalls Inhaber einer Einzelfirma. Im Geschäftsvermögen entweder einer der beiden Einzelfirmen oder der Kollektivgesellschaft befinden sich ein Dutzend Mietliegenschaften in verschiedenen Zürcher Gemeinden. Mit im Januar 2002 öffentlich beurkundeten Verträgen wurden an diesen Liegenschaften selbständige und dauernde Baurechte für die Dauer von 99 Jahren zugunsten der A._ AG oder der B._ AG begründet und im Grundbuch eingetragen. Als Entgelt wurden für jede Liegenschaft Einmalentschädigungen für den Eigentumswechsel am Gebäude vereinbart, die insgesamt Fr. 92'680'000.-- betrugen. Neben diesen Einmalentschädigungen ist während der gesamten Baurechtsdauer ein jährlicher, indexierter Baurechtszins geschuldet. Sämtliche Entschädigungen wurden (und werden) zwischen X._ und Z._ ungeachtet der Eigentumsverhältnisse je hälftig aufgeteilt.
B. Das kantonale Steueramt Zürich veranlagte X._ und Y._ für die Steuerperiode 2002 am 19. April 2007 mit einem bei der direkten Bundessteuer steuerbaren Einkommen von Fr. 8'662'600.-- (satzbestimmend Fr. 9'424'300.--). Dabei ging das kantonale Steueramt davon aus, dass sich der Bruttoerlös aus dem Verkauf der Gebäude für jeden Bruder auf Fr. 13'684'000.-- belaufen habe. Daneben seien in den Einmalentschädigungen kapitalisierte Baurechtszinsen von je Fr. 11'386'000.-- enthalten. Diese stellten Vorauszahlungen dar, für welche eine gleich hohe Schuld zu bilden und jährlich ein entsprechender Anteil erfolgswirksam aufzulösen sei. Die dagegen erhobene Beschwerde wies die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich am 24. Februar 2009 ab und nahm eine reformatio in peius vor, indem sie X._ und Y._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 18'933'000.-- (zum Satz von Fr. 19'695'300.--) veranlagte. Sie ging davon aus, dass die Einmalentschädigungen einzig für die Übertragung des Eigentums an den Bauten geleistet wurden. Sie unterliegen im Zeitpunkt des Zuflusses als Ertrag aus selbständiger Erwerbstätigkeit vollumfänglich der Einkommenssteuer. Eine Beschwerde hiergegen hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 16. Dezember 2009 teilweise gut. Nach Auffassung des Gerichts stellten die Einmalentschädigungen nicht Entgelt für einen Kapitalgewinn, sondern Ertrag aus unbeweglichem Vermögen dar, der aber im Unternehmensgewinn enthalten sei. Davon seien die für die Erstellung der Bauten entstandenen Anlagekosten abzuziehen, und die Restanz sei auf 99 Jahre zu verteilen, weshalb 2002 nur ein entsprechender Anteil zu erfassen sei. Im Weiteren seien die auf den im Baurecht abgegebenen Liegenschaften ruhenden stillen Reserven festzustellen und dieser Betrag sei ebenfalls zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit hinzuzurechnen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies daher die Sache an die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen zurück.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 16. Dezember 2009 (versandt am 17. Februar 2010) erhebt die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Eingabe vom 24. März 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 16. Dezember 2009 aufzuheben sowie X._ und Y._ gemäss Entscheid der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich vom 24. Februar 2009 für die Steuerperiode 2002 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 18'933'000.-- (zum Satz von Fr. 19'695'300.--) zu veranlagen. Sie rügt eine unrichtige Anwendung von Bundesrecht.
D. Das kantonale Steueramt Zürich (sinngemäss), das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie X._ und Y._ schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 Abs. 1 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG).
1.2 Der angefochtene Entscheid beendet das Verfahren zwar nicht, sondern die Sache geht zu neuem Entscheid an die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich zurück (Rückweisungsentscheid). Solche Entscheide werden ausnahmsweise dann wie Endentscheide behandelt, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Hier hat die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich zunächst die Differenz zwischen dem Anlagewert der sich auf den baurechtsbelasteten Grundstücken befindlichen Bauten und der anteiligen Einmalentschädigung zu ermitteln. Im Weiteren hat sie die auf den im Baurecht abgegebenen Liegenschaften ruhenden stillen Reserven festzustellen und diesen Betrag ebenfalls, weil der Vorgang "zur Aufhebung der fiskalischen Verknüpfung der stillen Reserven" führt, zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit hinzuzurechnen. Damit hat die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich ergänzende Sachverhaltsabklärungen vorzunehmen. Diese erfordern eine Würdigung und Subsumtion unter die einschlägigen Normen (Urteil 2C_814/2009 vom 6. April 2010 E. 2.2; Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.3, in: StE 2009 B 96.21 Nr. 14). Damit stellt der Rückweisungsentscheid entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin keinen (Quasi)-Endentscheid, sondern einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar.
2. Ein Zwischenentscheid ist einerseits anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder andererseits, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
2.1 Einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nimmt das Bundesgericht an, wenn eine beschwerdebefugte Behörde durch einen Rückweisungsentscheid gezwungen wird, eine ihrer Ansicht nach rechtswidrige Verfügung zu erlassen. Da sie ihren eigenen Entscheid nicht anfechten kann, könnte dieser rechtskräftig werden, ohne dass er einmal dem Bundesgericht unterbreitet werden konnte. Um dies zu vermeiden, darf eine beschwerdebefugte Behörde unter Berufung auf Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG bereits gegen den Rückweisungsentscheid oder einen ihn bestätigenden Entscheid an das Bundesgericht gelangen (Urteil 2C_420/2008 vom 3. Februar 2009 E. 4.5.1 mit Hinweisen, in: StE 2010 A 23.21 Nr. 2 [mit falschem Urteilsdatum]). Einen solchen Nachteil erleidet jedoch die Beschwerdeführerin nicht, ist sie doch - namentlich bei der direkten Bundessteuer - für den gesamten, dem bundesgerichtlichen Verfahren vorgelagerten Instanzenzug zur Beschwerdeführung befugt, so dass ihr kein Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG entstehen kann. Dies gilt jedenfalls in einem Fall wie hier, wo die Beschwerdeführerin am vorinstanzlichen Verfahren nicht teilgenommen hat (Urteil 2C_420/2008 vom 3. Februar 2009 E. 4.5.3 und 4.6 mit Hinweisen, in: StE 2010 A 23.21 Nr. 2 [mit falschem Urteilsdatum]).
2.2 Ein Zwischenentscheid ist sodann anfechtbar, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Hilfsweise stützt sich denn die Beschwerdeführerin auch auf diese Bestimmung. Allerdings legt sie nicht näher dar, weshalb diese gesetzlichen Voraussetzungen gerade hier erfüllt sein sollen. Die gemäss Rückweisungsentscheid vorzunehmende Sachverhaltsabklärung erfordert kein weitläufiges Beweisverfahren, welches mit einem bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten verbunden wäre. Kommt hinzu, dass der Entscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern offenbar nicht angefochten wurde. Deshalb muss die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich die angeordneten Sachverhaltsabklärungen in jedem Fall vornehmen. Damit fehlt es ebenso an den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG (Urteil 2C_814/2009 vom 6. April 2010 E. 2.3).
3. Angesichts dieser Ausführungen kann die Frage offenbleiben, ob die Beschwerdefrist - wie die Beschwerdegegner bezweifeln - überhaupt eingehalten ist.
4. 4.1 Nach dem Gesagten kann die Beschwerdeführerin im jetzigen Stadium noch nicht ans Bundesgericht gelangen. Auf ihre Beschwerde ist daher nicht einzutreten.
4.2 Diesem Ausgang entsprechend hat die die Vermögensinteressen des Bundes wahrnehmende Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 f. BGG). Sie hat den Beschwerdegegnern zudem eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. August 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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