Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Nötigung (Art. 181 StGB). Sie wirft ihm vor, als Geschäftsführer des "Restaurants A._" in Zürich seine ehemalige Mitarbeiterin B._ mehrmals zur Leistung von Blankounterschriften auf Arbeitszeitkontrollblättern aufgefordert und angedroht zu haben, ansonsten den ihr zustehenden Lohn nicht zu zahlen. Am 19. Juni 2012 wurde am Wohnort und am Arbeitsort von X._ eine Hausdurchsuchung durchgeführt. Dabei wurden diverse Geschäftsunterlagen und zwei PCs sichergestellt und versiegelt. Mit Eingabe vom 4. Juli 2012 stellte die Staatsanwaltschaft ein Gesuch um Entsiegelung und Durchsuchung. Mit Verfügung vom 26. Oktober 2012 hiess das Zwangsmassnahmengericht am Obergericht des Kantons Zürich das Entsiegelungsgesuch gut und überliess die Durchsuchung den Strafverfolgungsbehörden.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 29. November 2012 beantragt X._, die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts sei aufzuheben und die Gegenstände seien ihm unverzüglich und versiegelt zurückzugeben.
Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft hat sich nicht vernehmen lassen.
Erwägungen:
1. Gegen Entsiegelungsentscheide ist die Beschwerde in Strafsachen das zutreffende Rechtsmittel (Art. 78 ff. BGG). Die angefochtene Verfügung schliesst das Strafverfahren nicht ab (Art. 90 f. BGG); es liegt ein selbstständig eröffneter Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 Abs. 1 BGG vor. Die Entsiegelung der sichergestellten Unterlagen kann für den Beschwerdeführer einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zur Folge haben. Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und hat ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids (Art. 81 Abs. 1 BGG). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Gemäss Art. 197 Abs. 1 StPO können Zwangsmassnahmen nur ergriffen werden, wenn sie gesetzlich vorgesehen sind, ein hinreichender Tatverdacht vorliegt, die damit angestrebten Ziele nicht durch mildere Massnahmen erreicht werden können und die Bedeutung der Straftat die Zwangsmassnahme rechtfertigt. Die Hausdurchsuchung ohne Einwilligung der berechtigten Person und die Durchsuchung von Aufzeichnungen ist zulässig, wenn zu vermuten ist, dass zu beschlagnahmende Gegenstände bzw. Informationen vorhanden sind (Art. 244 Abs. 2 lit. b und Art. 246 StGB). Der Beschlagnahme unterliegen Gegenstände und Informationen insbesondere dann, wenn sie als Beweismittel gebraucht werden (Art. 263 Abs. 1 lit. a StGB).
3. Das Zwangsmassnahmengericht führte zur Begründung seines Entscheids im Wesentlichen aus, es bestehe der Verdacht, dass sich der Beschwerdeführer der Nötigung schuldig gemacht habe. Die Aussage der Geschädigten, sie sei vom Beschwerdeführer gezwungen worden, Blankounterschriften auf Arbeitszeitkontrollblättern zu leisten, sei glaubhaft. Es treffe zwar zu, dass sie Lohnforderungen geltend mache, doch falle auch auf, dass es ihr bei ihren Aussagen gegenüber der Polizei gar nicht so sehr darum gegangen sei. Vor allem habe sie sich nämlich zum drohenden und impulsiven Verhalten des Beschwerdeführers geäussert. Zudem habe ein weiterer Mitarbeiter des Beschwerdeführers ebenfalls angegeben, von diesem unter der Drohung des Lohnentzugs zur Leistung von Blankounterschriften genötigt worden zu sein. An der Glaubhaftigkeit von dessen Aussagen sei nicht zu zweifeln, habe er doch gemäss Polizeirapport seine Anzeige gegen den Beschwerdeführer wegen Drohung, Tätlichkeiten und Nötigung zurückgezogen. Es sei mithin kein Grund ersichtlich, weshalb er den Beschwerdeführer fälschlicherweise belasten sollte. Es treffe zu, dass sich die Einvernahme dieses Mitarbeiters nicht bei den Akten befinde, sondern lediglich im Polizeirapport zusammengefasst sei. Das reiche jedoch im Rahmen der Beurteilung des hinreichenden Tatverdachts aus.
Das Zwangsmassnahmengericht legte weiter dar, es sei zu vermuten, dass sich in den sichergestellten Unterlagen und auf den PCs Informationen über Arbeitszeiten von Mitarbeitern befinden, welche die belastenden Aussagen dokumentieren können. Auch sei wahrscheinlich, dass man auf Blankounterschriften stosse. Die Durchsuchung sei zudem verhältnismässig, zumal es sich bei der Nötigung um ein Delikt handle, dass mit bis zu drei Jahren Freiheitsstrafe bedroht sei.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das Zwangsmassnahmengericht habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Es sei willkürlich, die Glaubwürdigkeit des zweiten ihn belastenden Mitarbeiters daraus herzuleiten, dass dieser seine Anzeige nachträglich zurückgezogen habe. Es sei im Gegenteil zu vermuten, dass die Aussage gerade deshalb nicht wahr sei, zumal auch kein Vergleich geschlossen worden sei, der den Rückzug hätte motivieren können. Zu rügen sei auch, dass die betreffende Einvernahme nicht bei den Akten sei. Zudem sei der Rückzug der Anzeige offenbar schriftlich erfolgt. Es müsse vermutet werden, dass sich im betreffenden Schriftstück entlastende Angaben befinden. Dies verletze das rechtliche Gehör. Sämtliche Akten, auf die sich ein Entsiegelungsgesuch stütze, müssten ins Recht gelegt werden. Dazu komme, dass die Aussagen der Geschädigten widersprüchlich seien und vor dem Hintergrund der zivilrechtlichen Streitigkeit zu würdigen seien. Ein hinreichender Tatverdacht lasse sich deshalb nicht begründen.
4.2 Es trifft zu, dass der Rückzug einer Anzeige nicht in jedem Fall für die Glaubwürdigkeit des Anzeigers spricht. Es kommt entscheidend auf die Begründung für den Rückzug an. Aus dem in den Akten befindlichen Rapport der Stadtpolizei Zürich vom 7. Mai 2012 ergibt sich, dass der fragliche Mitarbeiter angegeben hatte, seine Anzeige zurückgezogen zu haben, weil er selbst keine Probleme wolle. Dies ist für einen Angestellten, der seinen Vorgesetzten angezeigt hat, eine nachvollziehbare Begründung. Die Glaubhaftigkeit der zuvor gemachten Aussagen wird dadurch nicht beeinträchtigt. Die Feststellung der Vorinstanz, an der Glaubhaftigkeit der Aussage sei nicht zu zweifeln, ist deshalb nicht willkürlich (Art. 97 Abs. 1 BGG).
4.3 Die Staatsanwaltschaft stützte sich in ihrem Entsiegelungsgesuch zur Begründung des Tatverdachts primär auf die Aussagen der Geschädigten, während das Zwangsmassnahmengericht zusätzlich auf die Aussage des erwähnten Mitarbeiters hinwies. Dies ist nicht zu beanstanden, zumal sich aus dem Polizeirapport, der jene Aussage zusammenfassend wiedergibt, keine Hinweise auf den Beschwerdeführer entlastende Momente ergeben. Mithin ist nicht ersichtlich, dass die Staatsanwaltschaft Aktenstücke, welche zur Beurteilung des hinreichenden Tatverdachts notwendig gewesen wären, ihrem Gesuch nicht beigelegt hätte. Zudem behauptet der Beschwerdeführer auch nicht, dass ein Gesuch um Akteneinsicht abgelehnt worden sei oder auch nur, dass er ein solches gestellt habe (Art. 107 Abs. 1 lit. a StPO). Unter diesen Umständen ist eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) zu verneinen.
4.4 Inwiefern die Aussagen der Geschädigten widersprüchlich sein sollten, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Darauf ist nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG).
5. 5.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung von Art. 241 Abs. 1 i.V.m. Art. 80 Abs. 2 StPO. Der Hausdurchsuchungsbefehl sei nicht hinreichend begründet gewesen, weil er nicht Ausführungen zu allen Tatbestandselementen enthalten habe. Angaben zum ernstlichen Nachteil im Sinne von Art. 181 StGB fehlten. Zudem treffe nicht zu, dass an die Begründung von Befehlen zur Hausdurchsuchung und an solche zur Durchsuchung von Aufzeichnungen unterschiedliche Anforderungen zu stellen seien, wie dies das Zwangsmassnahmengericht behaupte. Diese Auffassung verletze Art. 197 Abs. 1 StPO, weil sie keine gesetzliche Grundlage habe.
5.2 Gemäss Art. 241 Abs. 2 StPO bezeichnet der Befehl, mit welchem eine Durchsuchung angeordnet wird, die zu durchsuchenden Personen, Räumlichkeiten, Gegenstände oder Aufzeichnungen (lit. a), den Zweck der Massnahme (lit. b) und die mit der Durchführung beauftragten Behörden oder Personen (lit. c). Die Notwendigkeit inhaltlicher Mindestangaben erlaubt es, den Umfang der Zwangsmassnahme zu definieren. Sie bezweckt, eine Beweisausforschung (sogenannte "fishing expedition") zu verhindern, wo ohne hinreichenden Tatverdacht nach Beweisen für strafbares Verhalten gesucht wird (vgl. DIEGO R. GFELLER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 8 f. zu Art. 241 StPO; CATHERINE CHIRAZI, in: Commentaire Romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, N. 18 zu Art. 241 StPO; BGE 137 I 218 E. 2.3.2 S. 222 mit Hinweisen). Gemäss Art. 241 Abs. 2 lit. b ist deshalb insbesondere der Zweck der Massnahme anzugeben, was neben dem eigentlichen Legalzweck (Festnahme einer verdächtigten Person, Beweismittelbeschlagnahme, Einziehungsbeschlagnahme etc.) auch die Bezeichnung der verfolgten Straftat umfasst (GFELLER, a.a.O., N. 13-27 zu Art. 241 StPO). Der erforderliche Detaillierungsgrad der Angaben definiert sich nach der beschriebenen Begrenzungsfunktion und muss eine nachträgliche Überprüfung der Zwangsmassnahme erlauben. Er variiert von Fall zu Fall (NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, N. 4 zu Art. 241 StPO; vgl. auch das Beispiel bei GFELLER, a.a.O., N. 23 zu Art. 241 StPO).
5.3 Im beanstandeten Durchsuchungsbefehl vom 11. Juni 2012 führte die Staatsanwaltschaft aus, es sei zu vermuten, dass der Beschuldigte seine ehemalige Angestellte B._ genötigt habe, auf arbeitsrechtliche Forderungen zu verzichten. Weiter sei zu vermuten, dass in den zu durchsuchenden Räumen Tatspuren oder zu beschlagnahmende Gegenstände oder Vermögenswerte vorhanden seien und dass sich in den zu durchsuchenden Schriftstücken, Aufzeichnungen, Anlagen zur Verarbeitung und Speicherung von Informationen sowie Datenträgern Informationen befinden, welche ebenfalls der Beschlagnahme unterliegen. Die Staatsanwaltschaft bezeichnete die zu durchsuchenden Örtlichkeiten und ordnete an, es sei dort nach Arbeitszeitkontrollblättern, Quittungen, Kassenabrechnungen und weiteren sachdienlichen Hinweisen zu suchen. Zudem wies sie ausdrücklich auf den Tatbestand der Nötigung (Art. 181 StGB) hin.
Diese Angaben sind hinreichend detailliert. Entgegen der Kritik des Beschwerdeführers trifft nicht zu, dass der ernstliche Nachteil nicht umschrieben worden ist. Nach dem Gesagten wurde im Durchsuchungsbefehl diesbezüglich der Verzicht auf arbeitsrechtliche Forderungen genannt. Das Vorenthalten einer obligationenrechtlich geschuldeten Leistung kann durchaus den Tatbestand der Nötigung erfüllen (vgl. etwa BGE 115 IV 207 E. 2a S. 211 mit Hinweisen). Eine vertiefte Auseinandersetzung mit den einzelnen Tatbestandsmerkmalen ist im Durchsuchungsbefehl angesichts von dessen Zweck (vgl. E. 5.2 hiervor) nicht notwendig. Die Rüge des Beschwerdeführers ist deshalb unbegründet. Offen bleiben kann, inwiefern zwischen Hausdurchsuchungen und Durchsuchungen von Aufzeichnungen ein Unterschied zu machen ist. Dies ist vorliegend nicht entscheidrelevant.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht schliesslich geltend, der angefochtene Entscheid verletze das Verhältnismässigkeitsprinzip gemäss Art. 197 Abs. 1 lit. d StPO. Wenn überhaupt, so liege nur ein geringfügiger Gesetzesverstoss vor. Er kritisiert zudem, dass das Zwangsmassnahmengericht zur Beurteilung der Verhältnismässigkeit auf den abstrakten Strafrahmen abstellte.
6.2 Art. 197 Abs. 1 lit. d StPO verlangt, dass die Bedeutung der Straftat die Zwangsmassnahme rechtfertigt. Es ist abzuwägen zwischen den Strafverfolgungsinteressen und den Grundrechtseinschränkungen, die der Betroffene durch die Zwangsmassnahme erfährt. Der abstrakte Strafrahmen ist in dieser Hinsicht wesentlich zur Bestimmung der Schwere des Delikts, aus welcher sich das Interesse an der Strafverfolgung ergibt (vgl. etwa die Urteile 1P.519/2006 vom 19. Dezember 2006 E. 3.3.4 und 1P.501/2002 vom 17. Dezember 2002 E. 2.3). Zu Recht hat die Vorinstanz darauf hingewiesen, dass Nötigung mit Freiheitsstrafe von bis zu drei Jahren bestraft wird und es sich somit nicht um ein leichtes Delikt handelt. Das Interesse an dessen Verfolgung lässt die Hausdurchsuchung wie auch die Durchsuchung der versiegelten Aufzeichnungen vorliegend als zumutbar erscheinen, insbesondere auch da der Beschwerdeführer nicht geltend macht, unter den sichergestellten Aufzeichnungen befänden sich solche höchstpersönlicher Natur. Die Rüge ist unbegründet.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl und dem Obergericht des Kantons Zürich, Zwangsmassnahmengericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Dold