Sachverhalt:
A. Mit Veranlagungsverfügung Nr. 12796199 der Oberzolldirektion (OZD) vom 17. August 2007 wurde eine rund 1'100 Tonnen schwere Sendung ägyptischer Bruchreis zu Futterzwecken, importiert durch die X._ AG, Z._/LU, mit dem Gesamtbetrag von Fr. 42'195.40 definitiv zur Einfuhr veranlagt. Diese Veranlagung erwuchs in Rechtskraft.
Am 17. Januar 2008 stellte die X._ AG ein Wiedererwägungsgesuch. Sie beantragte, es sei für die in Frage stehende Lieferung noch die per 1. August 2007 aufgehobene Zollpräferenzierung für Ägypten massgebend, womit sich der Zoll für die Reislieferung auf Fr. 10'548.85 reduziere. Die OZD trat mit Verfügung vom 27. Februar 2008 auf das Gesuch nicht ein. Zur Begründung wurde vorgebracht, das Instrument der Wiedererwägung sei weder im Zollrecht vorgesehen noch bestehe dazu eine entsprechende zollrechtliche Verwaltungspraxis. Eine gegen diese Verfügung der OZD erhobene Beschwerde der X._ AG vom 14. April 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 22. März 2010 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Mai 2010 (und Ergänzung vom 12. Mai 2010) beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und die OZD zu verpflichten, auf das Gesuch um Wiedererwägung einzutreten. Weiter sei die Veranlagungsverfügung der OZD vom 17. August 2007 aufzuheben und der Zoll für die gelieferten 1'054'884.40 kg Bruchreis auf Fr. 10'548.85 festzulegen.
C. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Oberzolldirektion beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. Soweit sich die Beschwerde auch gegen die Verfügung der Oberzolldirektion richtet, ist diese durch das angefochtene Urteil ersetzt worden (Devolutiveffekt), weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten ist (vgl. BGE 129 II 438 E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
2. 2.1 Am 1. Mai 2007 sind das Zollgesetz vom 18. März 2005 (ZG; SR 631.0) sowie die dazugehörige Zollverordnung vom 1. November 2006 (ZV; SR 631.01) in Kraft getreten. Die vorliegend in Frage stehende Einfuhr erfolgte im August 2007. Die Vorinstanz hat daher zu Recht das neue Recht angewendet. Gemäss Art. 116 Abs. 4 ZG richtet sich das Beschwerdeverfahren betreffend zollrechtliche Verfügungen nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.
2.2 Der angefochtene Entscheid stützt sich auf öffentliches Recht des Bundes und unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 82 ff. BGG. Dabei ist insbesondere der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. l BGG nicht erfüllt, wonach die Beschwerde gegen Entscheide über die Zollveranlagung unzulässig ist, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt. Das Bundesgericht ist schon unter der Geltung des altrechtlichen Art. 100 Abs. 1 lit. h OG in einer langjährigen Rechtsprechung davon ausgegangen, dass Streitigkeiten über Rechtsfragen, wie zum Beispiel die Gewährung von Zollpräferenzen, im Gegensatz zu rein technischen Tariffragen, nicht unter die fragliche Ausnahmebestimmung fallen (vgl. BGE 119 Ib 103 E. 1b S. 107; 106 Ib 218 E. 1 S. 219 f.). Diese Rechtsprechung ist unter dem inhaltlich gleichen neuen Verfahrensrecht weiterzuführen (Urteile 2C_355/2007 vom 19. November 2007 E. 1.3; 2C_276/2008 vom 27. Juni 2008 E. 1.2).
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Mit einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur dann gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252; 133 III 393 E. 7.1 S. 398) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Zudem ist vom Beschwerdeführer aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2.4 Die Beschwerdeschrift hat gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, mit dem Nichteintreten auf das Wiedererwägungsgesuch vom 17. Januar 2008 liege eine Verletzung von Art. 29 Abs. 1 BV vor. Sie habe vor der OZD erhebliche Tatsachen geltend gemacht, welche einen Eintretensanspruch begründet hätten. Sie rügt weiter eine Verletzung des Rückwirkungsverbots, da zum Zeitpunkt des Vertragsabschlusses über die Lieferung von Bruchreis im Februar 2007 die Änderung der Rechtslage (Wegfall der Zollpräferenz für Ägypten) per 1. August 2007 nicht vorhersehbar gewesen sei. Schliesslich wird eine rechtsungleiche Behandlung im Vergleich mit anderen Mitkonkurrenten geltend gemacht.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt nicht, dass die Regelung des VwVG (SR 172.021) über die Wiederaufnahme eines Verfahrens oder Bestimmungen des Zollgesetzes verfassungswidrig angewendet worden wären. Daher ist hier nur zu prüfen, ob unmittelbar von Verfassungs wegen (Art. 29 BV) die Pflicht bestand, auf das Wiedererwägungsgesuch einzutreten.
3.2.1 Die Vorinstanz hat die Voraussetzungen, unter denen aufgrund von Art. 29 BV (bzw. Art. 4 aBV) ein Anspruch auf Wiedererwägung besteht, korrekt dargelegt. Danach besteht eine behördliche Pflicht, auf ein entsprechendes Gesuch einzutreten, wenn die Umstände sich seit dem ersten Entscheid wesentlich geändert haben oder wenn die Gesuchstellerin erhebliche Tatsachen und Beweismittel namhaft macht, die ihr im früheren Verfahren nicht bekannt waren oder die schon damals geltend zu machen für sie rechtlich oder tatsächlich unmöglich war oder keine Veranlassung bestand (BGE 136 II 177 E. 2.1 S. 181 mit Hinweis; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl. 2006, Rz. 1042 und 1833; vgl. auch BGE 127 I 133 E. 6 S. 137). Die erste dieser Voraussetzungen betrifft die nachträgliche Fehlerhaftigkeit einer Verfügung. Bei der zweiten Voraussetzung geht es um einen ursprünglichen Fehler der Verfügung; hier besteht kein grundsätzlicher Unterschied mehr zwischen Revisionsbegehren und Wiedererwägungsgesuch (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., Rz. 1043; vgl. auch Urteil 1P.563/2002 vom 18. Dezember 2002 E. 2 mit Hinweis). Die Wiedererwägung von Verwaltungsentscheiden, die in Rechtskraft erwachsen sind, ist nicht beliebig zulässig. Sie darf namentlich nicht bloss dazu dienen, rechtskräftige Verwaltungsentscheide immer wieder infrage zu stellen oder die Fristen für das Ergreifen von Rechtsmitteln zu umgehen (BGE 136 II 177 E. 2.1 S. 181; 120 Ib 42 E. 2b S. 47 mit Hinweisen).
3.2.2 Die Vorinstanz hat zutreffend festgestellt, dass die Verfügung vom 17. August 2007 unangefochten in Rechtskraft erwachsen und die Frist zur Berichtigung der Zollanmeldung gemäss Art. 34 Abs. 3 ZG nicht eingehalten worden ist. Weiter hat sie richtig erkannt, dass keine wesentliche Änderung der Verhältnisse vorliegt und die Beschwerdeführerin keine neuen erheblichen Tatsachen oder Beweismittel präsentiert: Der Einwand, die Aufhebung der Präferenz-Zollansätze für Ägypten per 1. August 2007 kollidiere mit dem Prinzip des Vertrauensschutzes, da der Vertrag über die Reislieferung zu einem Zeitpunkt (Februar 2007), in welchem die Präferenzierung noch in Kraft war, abgeschlossen worden sei, hätte bereits im ordentlichen Beschwerdeverfahren vorgebracht werden können; es ist weder ersichtlich noch dargelegt worden, warum die Beschwerdeführerin die Verfügung vom 17. August 2007 nicht innerhalb der gesetzlichen Beschwerdefrist angefochten hat.
Soweit die Beschwerdeführerin neu erstmals vorbringt, sie habe mit der Mailanfrage vom 28. August 2007 an das SECO (Ziff. 15 der Beschwerdeschrift) innerhalb der dreissigtägigen Frist gemäss Art. 34 Abs. 3 ZG um eine Änderung der Veranlagung nachgesucht, ist ihr entgegenzuhalten, dass dieses Schreiben - sofern es sich hier ohnehin nicht um ein unzulässiges Novum (Art. 99 Abs. 1 BGG; vgl. E. 2.3 hiervor) handelt - keine (formellen) Merkmale eines Änderungsgesuch oder gar einer Beschwerde aufweist; es handelt sich vielmehr um eine einfache schriftliche Anfrage an eine Behörde, welche im Übrigen nicht als Beschwerdeinstanz vorgesehen ist (vgl. zum Beschwerdeweg Art. 116 ZG).
3.3 Die Beschwerdeführerin führt weiter aus, die Verfügung vom 17. August 2007 sei widerrechtlich, da im vorliegenden Fall eine unzulässige Rückwirkung vorliege. Sie habe im Februar 2007 einen Kaufvertrag über die Lieferung von Bruchreis mit der ägyptischen Verkäuferin abgeschlossen. Die Rechnungen seien vor der Änderung der Zollpräferenzenverordnung per 1. August 2007 bezahlt worden, womit nach wie vor ein Anspruch auf die Zollpräferenz bestehe. Schliesslich macht die Beschwerdeführerin geltend, es liege eine rechtsungleiche Behandlung mit Importeuren von Zucker vor: Gemäss der am 1. September 2007 in Kraft getretenen und am 1. Juni 2008 wieder aufgehobenen Verordnung vom 4. Juli 2007 zur vorübergehenden Aussetzung von Zollpräferenzen für Zucker (AS 2007 3531) würden für Einfuhren, welche in Ausführung von Lieferverträgen erfolgten, die vor dem 30. Juni 2007 abgeschlossen worden seien, auf Antrag die Differenz zwischen Normalansatz und Präferenzzollansatz rückerstattet.
Diese beiden Rügen vermögen jedoch keinen Anspruch auf eine Wiedererwägung der Veranlagungsverfügung vom 17. August 2007 zu verschaffen: Eine wesentliche Änderung der Umstände seit dem ersten Entscheid wird nicht geltend gemacht und die von der Beschwerdeführerin namhaft gemachten Tatsachen oder Beweismittel waren ihr auch schon im früheren Verfahren bekannt. Die Beschwerdeführerin hätte diese somit damals vorbringen müssen, da nicht ersichtlich ist, dass die Geltendmachung für sie rechtlich oder tatsächlich unmöglich gewesen sein soll.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Oberzolldirektion und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. September 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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