Erwägungen:
1. X._ erhob mit Schreiben vom 28. September 2010 Strafanzeige gegen A._ wegen Verdachts der Veruntreuung. Das Untersuchungsrichteramt des Kantons Schaffhausen stellte das Untersuchungsverfahren am 24. November 2010 ein. Auf eine dagegen erhobene Einsprache von X._ trat die Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 17. Januar 2011 wegen Verspätung nicht ein. Gegen diesen Entscheid erhob X._ Beschwerde beim Obergericht des Kantons Schaffhausen. Dieses trat mit Verfügung vom 1. April 2011 auf die Beschwerde nicht ein. Das Obergericht führte zusammenfassend aus, Beschwerden gegen Entscheide der Staatsanwaltschaft seien innert 10 Tagen beim Obergericht zu erheben. Der Einspracheentscheid vom 17. Januar 2011 sei dem Beschwerdeführer am 21. Januar 2011 zugestellt worden. Seine Beschwerde vom 22. März 2011 sei somit klar verspätet.
2. X._ erhob am 21. April 2011 Beschwerde in Strafsachen gegen die Verfügung des Obergerichts des Kantons Schaffhausen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer nennt keinen zulässigen Beschwerdegrund und legt nicht dar, inwiefern die Nichteintretensverfügung des Obergerichts rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Mai 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Pfäffli