A.- Par avis du 28 février 1997, le Service des contributions du canton du Jura (ci-après: Service des contributions) a notifié, selon ses déclarations, à BC._ et AC._ leur taxation pour la période fiscale 1995/1996, fixant un revenu déterminant pour l'impôt fédéral direct à zéro, BC._ n'ayant obtenu aucun revenu durant la période de calcul. La perte de 42'377 fr. 65 subie par son épouse AC._ dans l'exploitation d'une boutique d'habits (1er exercice commercial de septembre 1994 à décembre 1995) n'a pas été prise en considération. Cet avis de taxation n'a pas été contesté.
BC._ ayant dûment annoncé dans les déclarations d'impôt ultérieures l'obtention d'indemnités de chômage dès le 30 octobre 1995 et la reprise d'une activité indépendante dès le 8 juillet 1996, le Service des contributions a procédé à l'établissement de taxations intermédiaires et nouvellement fixé le revenu imposable des époux C._ par avis du 23 avril 1999 à 0 fr. pour 302 jours de 1995, à 41'017 fr. pour 63 jours de 1995 et 188 jours de 1996 et à 17'299 fr. pour 177 jours de 1996, sans tenir compte de la perte commerciale résultant de la comptabilité de AC._.
B.- Par réclamation du 21 mai 1999, les intéressés ont demandé la prise en considération dans l'établissement des taxations intermédiaires de la perte commerciale de AC._. Considérant qu'elle concernait un point de la taxation du 28 février 1997 déjà entré en force, le Service des contributions a déclaré la réclamation irrecevable pour tardiveté.
Cette dernière décision ayant été annulée par la Commission cantonale des recours du canton du Jura (ci-après:
Commission des recours) le 14 août 2000 et la cause renvoyée au Service des contributions afin qu'il entre en matière, le Service des contributions a rejeté la réclamation du 21 mai 1999 par décision du 29 septembre 2000. Il a considéré en substance que la taxation du 28 février 1997 était entrée en force, qu'une réclamation contre une taxation intermédiaire ne pouvait viser que les facteurs touchés par la taxation intermédiaire et que les taxations intermédiaires concernaient uniquement le versement d'une indemnité de chômage et la reprise d'une activité indépendante.
C.- Par décision du 31 août 2001, la Commission des recours a admis le recours de BC._ et AC._ contre la décision du Service des contributions du 29 septembre 2000 et lui a une nouvelle fois renvoyé la cause afin qu'il entre en matière sur la réclamation formée le 21 mai 1999. Le fait que les recourants n'aient pas recouru contre la décision de taxation du 30 mai (recte 28 février) 1997 ne les privait pas du droit de recourir et de faire valoir leurs arguments contre l'ensemble de la taxation du 23 avril 1999, d'autant que la taxation antérieure avait fixé à zéro le revenu déterminant pour l'impôt fédéral direct.
D.- Agissant par la voie du recours de droit administratif pour constatation inexacte et incomplète des faits pertinents et violation de l'art. 46 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642. 11), le Service des contributions demande au Tribunal fédéral, avec suite de frais, d'annuler la décision de la Commission des recours du 31 août 2001 et de confirmer la décision sur réclamation du 29 septembre 2000.
La Commission des recours ainsi que BC._ et AC._ concluent au rejet du recours sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions s'en remet à justice.
Le 21 décembre 2001, le Service des contributions a déposé, sans y avoir été invité, des observations sur les déterminations de l'Administration fédérale des contributions.
Considérant en droit :
1.- a) Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi contre une décision rendue par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale (cf. l'art. 7 de l'ordonnance jurassienne d'exécution du 6 décembre 1978 concernant l'impôt fédéral direct) et fondée sur le droit public fédéral, le présent recours est recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière de l'art. 146 LIFD.
b) Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 let. b et 105 al. 2 OJ; ATF 125 II 633 consid. 1c p. 635 s. et les références citées).
c) Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral, qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (ATF 125 III 209 consid. 2 p. 211; 122 IV 8 consid. 1b p. 11). L'appréciation juridique des faits relève également de l'application du droit (Archives 53 p. 54 consid. 4 p. 58 s. et les références citées). Le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent et peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; ATF 121 II 473 consid. 1b p. 477 et les arrêts cités). En outre, en matière de contributions publiques, il peut aller au-delà des conclusions des parties, à l'avantage ou au détriment de celles-ci, lorsque le droit fédéral est violé ou lorsque des faits ont été constatés de manière inexacte ou incomplète (art. 114 al. 1 OJ). En revanche, il ne peut pas revoir l'opportunité de la décision attaquée, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière.
d) Déposées après l'échéance du délai de recours (art. 106 OJ) et sans qu'un second échange d'écritures n'ait été ordonné (cf. art. 110 al. 4 OJ), les observations du recourant du 21 décembre 2001 ne peuvent être prises en considération.
2.- Le recourant reproche à la Commission des recours d'avoir retenu qu'il n'était pas entré en matière sur le fond de la réclamation du 21 mai 1999 et d'avoir ainsi constaté les faits de manière incomplète. Elle aurait perdu de vue qu'après lui avoir renvoyé le dossier de la cause par décision du 14 août 2000, il était effectivement entré en matière sur le fond et avait rejeté la réclamation le 29 septembre 2000.
En réalité, l'intéressé critique non pas l'établissement des faits par l'autorité intimée mais lui reproche uniquement d'avoir qualifié de manière erronée sa deuxième décision sur réclamation. Un tel grief est dénué de fondement.
En effet, la lecture des décisions sur réclamation en cause montre que seul leur dispositif diffère, le rejet de la réclamation se substituant à son irrecevabilité; en revanche, les motifs - relatifs à l'entrée en force de la décision du 28 février 1997 - sont identiques. Par conséquent, en considérant que la décision du 29 septembre 2000 n'examinait pas la déductibilité de la perte en cause sur le fond, la Commission des recours n'a pas constaté les faits de manière incomplète.
3.- a) En vertu de l'art. 46 al. 2 LIFD, la taxation intermédiaire est fondée sur la taxation ordinaire en vigueur, augmentée ou diminuée des éléments du revenu qui ont été modifiés. En règle générale, la taxation ordinaire sur laquelle se fonde une taxation intermédiaire est une décision entrée en force de chose jugée, sous réserve de réclamation ou de recours à son encontre (art. 132 ss et 140 ss LIFD) ou encore de modifications selon les art. 147 ss LIFD.
b) Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, une décision de taxation en matière d'impôts directs ne revêt l'autorité de la chose jugée que pour la période fiscale concernée; les circonstances de fait et de droit peuvent être appréciées différemment lors d'une période de taxation ultérieure. En outre, l'autorité de la chose jugée ne s'étend pas en principe aux motifs, mais seulement au dispositif:
ainsi, les considérants sur lesquels reposent les constatations de faits, qui ne revêtent que la qualité de motifs, ne participent pas à l'autorité de la chose jugée, à l'inverse des éléments imposables (revenu imposable, bénéfice net capital imposable), du taux de l'impôt et de son montant (cf. art. 131 al. 1 LIFD et arrêt du Tribunal fédéral du 9 mai 2001 en la cause X. SA in: RDAF 2001 2 p. 261 ss consid. 1 b)bb) p. 262 ainsi que les arrêts et les auteurs cités).
c) En l'espèce, la taxation ordinaire du 28 février 1997 a fixé à zéro le revenu déterminant pour l'impôt fédéral direct de la période 1995/1996, sans que l'on sache - les dossiers fiscaux produits ne donnant aucune précision à cet égard - quel traitement fiscal a été réservé au début de l'activité lucrative de AC._ en septembre 1994. Quoi qu'il en soit, il est douteux que la taxation du 28 février 1997 ait pu faire l'objet d'un recours tendant à faire constater la déductibilité de la perte subie par AC._ et, le cas échéant, son montant, puisque celui-ci n'aurait pu porter que sur le dispositif fixant le revenu imposable à zéro et que la perte commerciale en cause n'aurait eu, selon les déclarations concordantes des parties, aucune influence à cet égard.
En revanche, dès lors que les taxations intermédiaires subséquentes du 23 avril 1999 ont fixé un revenu déterminant pour l'impôt fédéral direct supérieur à zéro, la question de la déductibilité de la perte et de son montant est devenue actuelle, puisqu'elle revêtait une influence réelle sur le revenu imposable pour les 63 derniers jours de 1995 et 188 premiers jours de 1996 ainsi que pour les 177 derniers jours de 1996 (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 9 mai 2001 en la cause X. SA in: RDAF 2001 2 p. 261 ss consid. 1 b)cc) in fine p. 264). Dans cette mesure, AC._ et BC._ étaient autorisés à user des voies de droit ordinaires à leur disposition dans le but de faire examiner, pour la première fois, sur le fond et non pas seulement sous l'angle procédural, la déductibilité de la perte en cause et son montant.
Par conséquent, en jugeant que le Service des contributions devait entrer en matière sur la réclamation du 21 mai 1999, c'est-à-dire se prononcer, après examen de la comptabilité de AC._, sur la déductibilité de la perte invoquée par les époux intimés dans leur réclamation du 21 mai 1999, l'autorité intimée n'a pas violé l'art. 46 al. 2 LIFD ni constaté de manière inexacte ou incomplète les faits pertinents.
4.- Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Vu l'issue du recours, les frais judiciaires doivent être mis à la charge du Service des contributions qui succombe et qui défend un intérêt pécuniaire (art. 156 al. 1 et 156 al. 2 a contrario en relation avec les art. 153 et 153a OJ).
Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours.
2. Met un émolument judiciaire de 2'000 fr. à la charge du Service des contributions du canton du Jura.
3. Communique le présent arrêt en copie au Service des contributions du canton du Jura, à la Commission cantonale des recours en matière d'impôts du canton du Jura et AC._ et BC._, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
_
Lausanne, le 23 janvier 2002 DCE/elo
Au nom de la IIe Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,