Sachverhalt:
A. Die BVG-Stiftung X._ in Liquidation erhob am 30. Dezember 2003 beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen Schadenersatzklage nach Art. 52 BVG gegen ihre ehemaligen Stiftungsräte W._, F._ (bzw. dessen Erben N._ [jun.] und M._) und A._ sowie gegen die Firma B._ und die V._ AG in Liquidation als Kontrollstelle. Am 16. Juni 2004 lud das Versicherungsgericht die T._ AG zum Verfahren bei. Mit unangefochten gebliebenem Entscheid vom 11. Juli 2005 trat es auf die Klage mangels örtlicher Zuständigkeit nicht ein und überwies sie samt den seit der Einreichung produzierten Akten dem Versicherungsgericht (recte: Verwaltungsgericht) von Appenzell Ausserrhoden.
B. Mit Urteil vom 27. September 2006 trat das Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden auf die Klage mangels örtlicher Zuständigkeit nicht ein.
C. Die BVG-Stiftung X._ hat Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben mit dem Begehren, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei das Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden zu verpflichten, auf die Klage einzutreten; das Verfahren sei zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell sei festzustellen, dass das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zur materiellen Beurteilung der Klage zuständig sei. Subeventuell sei festzustellen, welches Gericht zur materiellen Beurteilung der Klage gegen welche Beklagte örtlich zuständig sei.
Das Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden und A._ beantragen Abweisung der Beschwerde. F._ jun. (als Erbe von N._ sen. sowie M._), W._, die V._ AG, die Firma B._ und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf einen Antrag. Die T._ AG teilt mit, dass sie sich am Verfahren nicht beteilige. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen äussert sich, ohne einen Antrag zu stellen.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (Art. 132 Abs. 1 BGG; BGE 132 V 393 E. 1.2 S. 395).
2. Streitig ist einzig, ob die Vorinstanz zu Recht auf die Klage nicht eingetreten ist.
2.1 Die Beschwerdeführerin hat eine Klage auf Schadenersatz gemäss Art. 52 BVG erhoben. Zuständig für solche Klagen sind die Gerichte gemäss Art. 73 BVG (Art. 73 Abs. 1 Satz 2 BVG in der bis Ende 2004 geltenden Fassung; Art. 73 Abs. 1 lit. c BVG in der ab 1. Januar 2005 geltenden Fassung). Der Gerichtsstand ist gemäss Art. 73 Abs. 3 BVG der schweizerische Sitz oder Wohnsitz des Beklagten oder der Ort des Betriebes, bei dem der Versicherte angestellt wurde. Diese Bestimmung räumt der klagenden Partei für den örtlichen Gerichtsstand eine Wahlmöglichkeit ein (Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 9. August 2005, B 93/04; publiziert in SVR 2006 BVG Nr. 17 S. 61). Entschliesst sich der Kläger, am Wohnsitz des Beklagten zu klagen, so kann die örtliche Zuständigkeit grundsätzlich nicht mit dem Argument verneint werden, der Gerichtsstand am Ort des Betriebes wäre auch möglich gewesen.
2.2 Die Beschwerdeführerin hat ursprünglich in St. Gallen geklagt, aber in der Folge den Nichteintretensentscheid des Versicherungsgerichts St. Gallen vom 11. Juli 2005 nicht angefochten und die Überweisung an das Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden ausdrücklich akzeptiert. Die Klage gilt damit als dort eingereicht. Zu entscheiden ist deshalb einzig, ob die Klage beim Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden zulässig ist. Ist dies zu bejahen, ist der Nichteintretensentscheid aufzuheben, unabhängig davon, ob - was die Vorinstanz gestützt auf das erwähnte Urteil vom 9. August 2005 (B 93/04) annimmt - daneben der Gerichtsstand St. Gallen (auch) möglich und zulässig gewesen wäre.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin hat ihren Sitz im Kanton St. Gallen. Stifterfirmen und angeschlossene Arbeitgeber waren verschiedene Firmen mit Sitz in den Kantonen St. Gallen und Appenzell Ausserrhoden. Die Beklagten F._ und A._ haben Wohnsitz im Kanton Appenzell Ausserrhoden, der Beklagte W._ im Kanton Zürich. Die Firma B._ und die V._ AG haben ihren Sitz im Kanton Zürich. Die beigeladene T._ AG hat ihren Sitz im Kanton St. Gallen.
3.2 Demnach haben zwei der Beklagten ihren Wohnsitz im Kanton Appenzell Ausserrhoden. Für diese beiden ist der dortige Gerichtsstand aufgrund von Art. 73 Abs. 3 BVG grundsätzlich gegeben.
3.3 Die Vorinstanz hat jedoch erwogen, die Statuten der Beschwerdeführerin sähen deren Sitz (also St. Gallen) als Gerichtsstand vor. Da gemäss dem inzwischen ergangenen, bereits erwähnten Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 9. August 2005 (B 93/04) eine Klage am Sitz des Betriebs (also St. Gallen) zulässig gewesen wäre, sei diese reglementarische Gerichtsstandsklausel gesetzeskonform. Sie schliesse den Gerichtsstand Appenzell Ausserrhoden in Bezug auf alle Beklagten aus.
3.4 Die von der Vorinstanz zitierten Gerichtsstandsbestimmungen befinden sich entgegen der vorinstanzlichen Darstellung nicht in den Statuten der Beschwerdeführerin, sondern in den Reglementen und beziehen sich nach Wortlaut und Sinn einzig auf Streitigkeiten über die in den Reglementen geregelten Leistungen, nicht jedoch auf die gesetzlichen Verantwortlichkeitsansprüche der Stiftung gegen ihre Organe. Eine Gerichtsstandsvereinbarung, welche für die vorliegend zu beurteilende Verantwortlichkeitsklage den Gerichtsstand Appenzell Ausserrhoden ausschliessen würde, liegt damit nicht vor. Es braucht daher nicht weiter auf die Frage eingegangen zu werden, ob die Reglementsbestimmungen die an eine Gerichtsstandsklausel gestellten Anforderungen erfüllen würden und ob eine solche überhaupt zulässig wäre. Immerhin ist darauf hinzuweisen, dass Lehre und Rechtsprechung die Rechtsprechungszuständigkeiten nach Art. 73 BVG mit Einschluss der Gerichtsstandsvorschriften nach Abs. 3 im Allgemeinen als zwingend erachten (erwähntes Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 9. August 2005 [B 93/04, E. 2.3]; Urteile vom 24. Mai 2006 [B 126/05, E. 3.3], und vom 13. Oktober 1992 [B 18/91, E. 3b; publiziert in SZS 1994 S. 58]; Jürg Brühwiler, Obligatorische berufliche Vorsorge, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2. Aufl. 2007, S. 2071 Rz 189 und S. 2075 Rz 202; Ulrich Meyer, Die Rechtswege nach dem Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG), ZSR 1987 I 601 ff., 617; ders., 1990-1994: Die Rechtsprechung von Eidgenössischem Versicherungsgericht und Bundesgericht zum BVG, SZS 1995 S. 81 ff., 110; Hans-Ulrich Stauffer, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Sozialversicherungsrecht: Die berufliche Vorsorge, 2. Aufl. Zürich 2006, S. 201; Riemer/Riemer-Kafka, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl. Bern 2006, S. 166 f. Rz 17).
3.5 In Bezug auf die im Kanton Appenzell Ausserrhoden wohnhaften Beschwerdegegner F._ und A._ ist daher die Beschwerde gutzuheissen.
4. Zu prüfen bleibt, ob auch für die übrigen Beklagten der Gerichtsstand Appenzell Ausserrhoden gegeben ist.
4.1 Eine solche Zuständigkeit ergibt sich aus Art. 73 Abs. 3 BVG jedenfalls nicht ausdrücklich. Die Beschwerdeführerin ist jedoch der Ansicht, sie ergebe sich aus dem direkt oder durch Lückenfüllung anwendbaren Art. 7 des Bundesgesetzes über den Gerichtsstand in Zivilsachen vom 24. März 2000 (Gerichtsstandsgesetz [GestG]; SR 272).
4.2 Richtet sich die Klage gegen mehrere Streitgenossen, so ist gemäss Art. 7 Abs. 1 GestG das für eine beklagte Partei zuständige Gericht für alle beklagten Parteien zuständig. Diese subjektive Klagenhäufung gilt nicht nur bei notwendiger, sondern auch bei einfacher passiver Streitgenossenschaft, sofern sich die Ansprüche gegen die verschiedenen Beklagten im Wesentlichen auf die gleichen Tatsachen und Rechtsgründe stützen (Botschaft des Bundesrates vom 18. November 1998 zum Gerichtsstandsgesetz, BBl 1999 2848; BGE 129 III 80 E. 2.2 S. 83 mit weiteren Hinweisen).
4.3 Die letztere Voraussetzung ist erfüllt. Die Klage stützt sich darauf, dass die Beklagten bei der Geschäftsführung und Kontrolle der Beschwerdeführerin und ihrer Rechtsvorgängerin rechtswidrig Schaden zugefügt haben sollen. Rechtliches Klagefundament ist Art. 52 BVG.
4.4 Fraglich ist indessen, ob das GestG auf die Klagen im Verfahren gemäss Art. 73 in Verbindung mit Art. 52 BVG anwendbar ist.
4.4.1 Das GestG regelt gemäss seinem Art. 1 Abs. 1 die örtliche Zuständigkeit in Zivilsachen, wenn kein internationales Verhältnis vorliegt. Der Begriff der Zivilsache ist nach den üblichen Kriterien zur Unterscheidung von Zivil- und öffentlichem Recht zu verstehen, wobei auch die Rechtsprechung des Bundesgerichts zu der Abgrenzung der Rechtsmittel (früher: Berufung und Nichtigkeitsbeschwerde vs. Verwaltungsgerichtsbeschwerde; heute: Beschwerde in Zivilsachen vs. Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten) heranzuziehen ist (Felix Dasser, in Müller/Wirth [Hrsg.], Kommentar Gerichtsstandsgesetz, Zürich 2001, N 17 f. zu Art. 1; Yves Donzallaz, Commentaire de la loi fédérale sur les fors en matière civile, Bern 2001, S. 107 ff.). Sozialversicherungssachen sind grundsätzlich nicht Zivilsachen im Sinne des GestG (Donzallaz, a.a.O., N 5 zu Art. 1).
4.4.2 Vor dem Inkrafttreten des BVG war die berufliche Vorsorge für die Arbeitnehmer in der Privatwirtschaft zivilrechtlich, für diejenigen im öffentlichen Dienstrecht verwaltungsrechtlich geregelt. Entsprechend waren auch die verfahrensrechtlichen Regelungen. Das BVG hat eine grundsätzlich für privatwirtschaftliche und öffentlich-rechtliche Vorsorgeeinrichtungen einheitliche Regelung aufgestellt. Dementsprechend wurden auch die früher privatrechtlichen Klageverfahren aus der Personalvorsorge durch ein spezielles sozialversicherungsrechtliches Klageverfahren abgelöst (Meyer, a.a.O. [ZSR 1987], S. 623 f.). Im Sinne der bundesrechtlichen Rechtsmittelordnung gilt das Recht der beruflichen Vorsorge als öffentliches Recht, obwohl es teilweise privatautonome Züge enthält (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum BGG, Bern 2007, N 35 zu Art. 82).
4.4.3 Die Verantwortlichkeitsansprüche gemäss Art. 52 BVG nehmen allerdings eine Sonderstellung ein: Die Stiftungsorgane haften grundsätzlich nach Privatrecht (Auftrags- oder Arbeitsvertragsrecht) für den Schaden, den sie der Stiftung verursachen (in SZS 1990 S. 193 publizierte E. 6b von BGE 115 II 415; Riemer/Riemer-Kafka, a.a.O., S. 57; Martin Th. Maria Eisenring, Die Verantwortlichkeit für Vermögensanlagen von Vorsorgeeinrichtungen, Zürich 1999, S. 173). Das BVG hat mit seinem Art. 52 zwar diese Verantwortlichkeit spezialgesetzlich geregelt. Dabei handelt es sich um eine unmittelbar gesetzliche Haftung, die über Vertragsverletzungen hinausgeht (Eisenring, a.a.O., S. 175). Die Lehre geht aber mehrheitlich davon aus, dass die Verantwortlichkeit nach Art. 52 BVG nur die vorher aufgrund des OR geltende Rechtslage kodifizieren will und nach wie vor eine vertragliche oder privatrechtliche ist (Hans Michael Riemer, Urteilsanmerkung zu BGE 128 V 124-134, SZS 2003 S. 368 f.; Brühwiler, a.a.O., S. 2015 Rz 41; Domenico Gullo, Die Verantwortlichkeit des Stiftungsrats in der Vorsorgeeinrichtung und die Delegation von Aufgaben, SZS 2001 S. 40 ff., 42; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zürich 2005, S. 535; Roland A. Müller, Die Haftung der Stiftungsräte in der Vorsorgeeinrichtung, in: Aktuelle Aspekte des Schuld- und Sachenrechts, Festschrift für Heinz Rey zum 60. Geburtstag, Zürich 2003, S. 265 ff., 267; Isabelle Vetter-Schreiber, Berufliche Vorsorge, Zürich 2005, S. 169) oder jedenfalls derjenigen nach Art. 754 bzw. 755 OR gleichkommt (Rita Trigo Trindade, Fondations de prévoyance et responsabilité: développements récents, in: Trigo Trindade/Anderson [Hrsg.], Institutions de prévoyance: devoirs et responsabilité civile, Zürich 2006, S. 141 ff., 149).
4.4.4 Dementsprechend galt auch nach dem Inkrafttreten des BVG für Verantwortlichkeitsansprüche nach dessen Art. 52 bis Ende 1996 der Zivilrechtsweg (BGE 128 V 124 E. 2 S. 126; Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 27. April 2004 [B 93/03, E. 2.3]; Brühwiler, a.a.O., S. 2073 Rz 196; Eisenring, a.a.O., S. 220 f.; Marco Lanter, Die Verantwortlichkeit von Stiftungsorganen, Diss. Zürich 1984, S. 236). Erst mit der per 1. Januar 1997 in Kraft getretenen Ergänzung von Art. 73 BVG wurde die Zuständigkeit der BVG-Gerichte auf die Verantwortlichkeitsansprüche gemäss Art. 52 BVG ausgedehnt. Diese prozessuale Regelung bedeutet aber nicht zwangsläufig, dass damit auch die Rechtsnatur der Verantwortlichkeitsansprüche geändert hat. Im Allgemeinen richtet sich die Abgrenzung zwischen Zivil- und öffentlichem Recht nicht oder jedenfalls nicht in erster Linie nach den anwendbaren Verfahrensregelungen; im Gegenteil richten sich diese grundsätzlich nach der Rechtsnatur der Rechtsverhältnisse. Doch sind materiellrechtliche und verfahrensrechtliche Regelungen nicht zwingend kongruent: So gelten gewisse Staatshaftungsklagen als zivilrechtlich im Sinne des GestG (Dasser, a.a.O., N 20 zu Art. 1), unabhängig davon, ob dafür nach kantonalem Recht Zivil- oder Verwaltungsgerichte zuständig sind. Umgekehrt gelten gewisse andere Ansprüche als öffentlich-rechtlich (Dasser, a.a.O., N 19 zu Art. 1), auch wenn sie vor Zivilgerichten verfolgt werden. Dass die Verantwortlichkeitsansprüche nach Art. 52 BVG heute im Verfahren nach Art. 73 BVG geltend zu machen sind, schliesst daher nicht aus, sie als zivilrechtlich im Sinne von Art. 1 GestG zu betrachten.
4.4.5 Die Rechtspflegebestimmungen des Art. 73 BVG beruhen auf dem Gedanken, eine Aufsplitterung des Rechtsweges nach Möglichkeit zu vermeiden (Meyer, a.a.O. [ZSR 1987], S. 629 f.). Insbesondere hatte auch die Zuständigkeitsübertragung der Verantwortlichkeitsklagen von den Zivilgerichten zu den Gerichten gemäss Art. 73 BVG zum Ziel, die Durchsetzung von Verantwortlichkeitsansprüchen gegenüber haftpflichtigen Organen der Vorsorgeeinrichtungen prozessual zu vereinfachen (Bericht der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates vom 24. August 1995 zur parlamentarischen Initiative Verbesserung der Insolvenzdeckung in der beruflichen Vorsorge [Initiative Rechsteiner ], BBl 1996 I 576; BGE 128 V 124 E. 2 S. 126; Brühwiler, a.a.O., S. 2073 Rz 196). Dass damit auch die Rechtsnatur der Ansprüche hätte geändert werden sollen, lässt sich den Materialien nicht entnehmen.
4.4.6 Weiter ist entstehungsgeschichtlich zu beachten, dass Art. 73 Abs. 3 BVG auf die ursprüngliche Fassung von Art. 73 Abs. 1 BVG zugeschnitten war, welche erst die Streitigkeiten zwischen Vorsorgeeinrichtungen, Arbeitgebern und Anspruchsberechtigten enthielt. Als auch die Schadenersatzansprüche nach Art. 52 BVG in Art. 73 BVG aufgenommen wurden, wurde dessen Abs. 3 nicht angepasst. Der Gesetzgeber hat offensichtlich nicht bedacht, dass die dort enthaltene Gerichtsstandsregelung jedenfalls in der Variante "Ort des Betriebes, bei dem der Versicherte angestellt wurde", für Verantwortlichkeitsklagen der Vorsorgeeinrichtung gegen ihre Organe nicht passend ist, hat doch der Ort des Betriebes oft überhaupt keinen Bezug zum Sitz der Vorsorgeeinrichtung oder zum Wohnsitz der beklagten Organe. Die Nichtanpassung der Gerichtsstandsbestimmungen an die neu auch die Ansprüche nach Art. 52 BVG umfassende Zuständigkeitsregelung stellt ein offensichtliches gesetzgeberisches Versehen dar, das auf dem Wege der Lückenfüllung korrigiert werden kann.
4.4.7 Die Zielsetzung der Verfahrensvereinfachung spricht klar dafür, auf die vorliegenden Ansprüche Art. 7 GestG anzuwenden: Die Durchsetzung von Verantwortlichkeitsansprüchen wird wesentlich vereinfacht, wenn eine subjektive Klagenhäufung für alle Beklagten möglich ist. Dies war im Zivilprozess vor Inkrafttreten des GestG im interkantonalen Verhältnis für nicht notwendige passive Streitgenossen grundsätzlich nicht möglich (Art. 30 Abs. 2 BV bzw. 59 aBV und Hinweise auf die Praxis dazu bei Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Kommentar zur ZPO des Kantons Bern, 5. Aufl. 2000, S. 100 f.). Mit Art. 7 GestG sollte diese Erleichterung ermöglicht werden. Wären für Verantwortlichkeitsprozesse gemäss Art. 52 BVG weiterhin - wie bis Ende 1996 - die Zivilgerichte zuständig, wäre heute die passive Klagenhäufung am Gerichtsstand eines der beklagten Streitgenossen ohne weiteres zulässig. Es wäre nun sinnwidrig, wenn die zwecks Verfahrensvereinfachung ab 1997 erfolgte Zuständigkeitsübertragung auf die BVG-Gerichte sich dahingehend auswirken würde, dass eine Prozessvereinfachung nicht besteht, die heute bestünde, wenn diese Kompetenzübertragung nicht erfolgt wäre.
4.4.8 Auch in anderen Konstellationen war für die Rechtsprechung das Anliegen wegleitend, wenn möglich Verfahren zu konzentrieren und unnötige Verzögerungen oder widersprüchliche Urteile zu verhindern. So wurde auch unter dem früheren Recht, als Schadenersatzansprüche gemäss Art. 52 AHVG noch auf dem Klageweg geltend zu machen waren, ein einheitlicher Gerichtsstand für alle Beklagten angenommen; dies wurde begründet mit dem Anliegen, widersprüchliche Urteile zu vermeiden, und mit der Analogie zu aArt. 761 OR (in der bis zum Inkrafttreten des GestG geltenden Fassung), wonach für Schadenersatzklagen nach Art. 754 OR ein einheitlicher Gerichtsstand am Sitz der Gesellschaft galt (BGE 109 V 97 E. 3b S. 100; Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 18. Dezember 2001 [H 110/01, E. 1d]). Auch im Rahmen der Staatshaftung nach dem Bundesgesetz vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten (VG; SR 170.32) hat das Bundesgericht unter der früheren Rechtslage, wonach der Anspruch gegen den Bund mit verwaltungsrechtlicher Klage geltend zu machen war, in Ausfüllung einer Gesetzeslücke angenommen, dass auch die Klage gegen eine nach Art. 19 VG haftende Drittorganisation beim Bundesgericht anzuheben sei; das ergebe sich aus dem Sachzusammenhang, aus prozessökonomischen Gründen und aus dem Anliegen, widersprechende Urteile zu vermeiden (BGE 94 I 628 E. 1 S. 637; 108 Ib 389 E. 1 S. 390; vgl. freilich zur heutigen Rechtslage, welche diese Lösung nicht mehr zulässt, Urteil der II. Öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 13. November 2002 [2A.253/2002, E. 2.3]).
4.4.9 Diese Überlegungen sprechen dafür, auch im Rahmen der Gerichtsstandsregelung von Art. 73 Abs. 3 BVG die Klagenhäufung gemäss Art. 7 GestG zuzulassen. In der Literatur wird zwar die Anwendung von Art. 7 GestG verneint, wenn für einen der objektiv oder subjektiv zu häufenden Ansprüche eine andere zwingende Zuständigkeitsregelung besteht (Thomas Müller, in Müller/Wirth, a.a.O., N 47 zu Art. 7; Donzallaz, a.a.O., N 15 zu Art. 7). Daraus wird gefolgert, dass für Schadenersatzansprüche nach Art. 52 BVG Art. 7 GestG nicht anwendbar sei, da Art. 73 Abs. 3 BVG dem GestG vorgehe (Dasser, a.a.O., N 45 zu Art. 1; Edith Blunschi, in Müller/Wirth, a.a.O., N 10 Fn 14 zu Art. 29; Riemer/Riemer-Kafka, a.a.O., S. 166 Rz 16). Da sich aber die Zulässigkeit der Klagenhäufung bereits aus der Auslegung von Art. 73 BVG ergibt, entsteht hier kein Normenwiderspruch. Aus dem gleichen Grund kann auch offen bleiben, ob die Bestimmungen des GestG integral anwendbar sind, was auch z.B. die Zulässigkeit einer Gerichtsstandsvereinbarung (Art. 9 GestG) zur Folge hätte.
4.5 Der Gerichtsstand Appenzell Ausserrhoden ist somit für sämtliche Beklagten gegeben.
5. 5.1 Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt die Beschwerdeführerin. Von den Beschwerdegegnern hat A._ die Abweisung der Beschwerde beantragt; er gilt als unterliegend und schuldet damit die Gerichtsgebühren (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 134 OG) und eine Parteientschädigung an die Beschwerdeführerin (Art. 159 Abs. 2 OG; BGE 128 V 124 E. 5b S. 133). Die übrigen Beschwerdegegner haben sich - wie bereits im vorinstanzlichen Verfahren - nicht gegen die Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts von Appenzell Ausserrhoden gewehrt. Zwar bemisst sich das Obsiegen und Unterliegen grundsätzlich nach den Anträgen der Beschwerde führenden Partei (BGE 123 V 156). In Fällen wie dem vorliegenden, in welchem die Vorinstanz ohne entsprechenden Antrag aufgrund der von Amtes wegen vorzunehmenden Prüfung der Zuständigkeit nicht eingetreten ist, wäre es jedoch unbillig, die Beschwerdegegner, die der Zuständigkeit nicht opponiert haben, als unterliegend zu betrachten. Denn es kann ihnen nicht zugemutet werden, dass sie als Beklagte, die sich materiell der Klage widersetzt haben, einen Nichteintretensentscheid anfechten, der im wirtschaftlichen Ergebnis ihrem Standpunkt entspricht, so dass sogar ihre formelle Beschwer als Voraussetzung der Beschwerdelegitimation fraglich wäre. Es sind ihnen daher keine Kosten aufzuerlegen. Sie obsiegen aber auch nicht und haben daher keinen Anspruch auf Parteientschädigung.
5.2 Die obsiegende Beschwerdeführerin beantragt eine Parteientschädigung von Fr. 12'000.-. Nach Art. 2 Abs. 2 in Verbindung mit Abs. 1 des - hier noch anwendbaren (vgl. E. 1 hievor) - Tarifs über die Entschädigungen an die Gegenpartei für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht vom 16. November 1992 (SR 173.119.2) wird das Anwaltshonorar nach dem Streitwert bemessen unter Berücksichtigung der Wichtigkeit der Streitsache, ihrer Schwierigkeit sowie dem Umfang der Arbeitsleistung und dem Zeitaufwand des Anwalts, wobei Art. 4 Absätze 2, 3 und 4 des bundesgerichtlichen Tarifs vom 9. November 1978 (SR 173.119.1) sinngemäss anwendbar ist. Für Verwaltungsgerichtsbeschwerden gilt dabei ein Entschädigungsrahmen von Fr. 500.- bis Fr. 15'000.- (Art. 2 Abs. 2 in Verbindung mit Abs. 1 lit. a).
Zieht man in Betracht, dass hier lediglich über die prozessuale Frage der Zuständigkeit zu entscheiden ist, der Tarif aber grundsätzlich materielle Urteile in der Sache betrifft, keine spezifizierte Kostennote vorliegt und der Aufwand sowie die Abklärungen zur Frage der örtlichen Zuständigkeit weitgehend bereits für das Verfahren vor dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und für das vorinstanzliche Verfahren getätigt werden mussten, rechtfertigt sich eine Parteientschädigung von Fr. 6000.- (Mehrwertsteuer eingeschlossen; BGE 122 V 77).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts von Appenzell Ausserrhoden vom 27. September 2006 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie über die Klage materiell entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4000.- werden dem Beschwerdegegner A._ auferlegt.
3. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 500.- wird der Beschwerdeführerin zurückerstattet.
4. A._ hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 6000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der T._ AG zugestellt.
Luzern, 28. Juni 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: