Sachverhalt:
A. Zwischen A._ und B._ (Beschwerdeführer; Mieter) und der X._-genossenschaft (Beschwerdegegnerin; Vermieterin) bestanden zwei Mietverhältnisse betreffend eine 3.5-Zimmerwohnung und eine 1-Zimmerwohnung in der Liegenschaft D._-strasse 18 in E._. Das Mietverhältnis über die 3.5-Zimmerwohnung dauerte vom 1. Januar 1997 bis am 30. November 2006. Das Mietverhältnis über die 1-Zimmerwohnung bestand ursprünglich zwischen der Beschwerdegegnerin und dem Vormieter C._ und ging mittels Vertragsüberschreibung per 1. April 2004 auf die Beschwerdeführer über. Es endete ebenfalls am 30. November 2006. Die monatliche Miete für die 3.5-Zimmerwohnung betrug Fr. 1'350.--, zuzüglich Heiz- und Nebenkosten von Fr. 150.-- als Akontozahlung. Die monatliche Miete der 1-Zimmerwohnung belief sich auf Fr. 200.--, zuzüglich Heiz- und Nebenkosten von Fr. 50.-- als Akontozahlung.
B. Am 8. August 2007 belangten die Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin bei der kantonalen Schlichtungsstelle für Mietangelegenheiten auf Zahlung von Fr. 12'273.-- nebst Zins. Ausserdem begehrten sie die Edition der Nebenkostenabrechnungen für die Perioden 1. Januar 1997 bis 30. Juni 2004. Eine Einigung kam nicht zustande.
Mit Klage vom 19. November 2007 beantragten die Beschwerdeführer dem Bezirksgericht Arlesheim, die Beschwerdegegnerin sei zur Zahlung von Fr. 34'640.15 nebst Zins zu 5 % ab 1. Oktober 2001 (aufgrund zu viel bezahlter Nebenkosten) und zur Edition der Nebenkostenabrechnungen für die 1-Zimmerwohnung für die Perioden 1. Januar 1997 bis 30. Juni 2004 zu verurteilen. Ausserdem habe die Beschwerdegegnerin das Anteilsscheinkapital von Fr. 5'000.-- herauszugeben. Später reduzierten die Beschwerdeführer ihre Forderung von Fr. 34'640.15 auf Fr. 28'456.10, wovon sie zudem einen der Beschwerdegegnerin zustehenden Betrag von Fr. 3'730.-- in Abzug brachten. Die Beschwerdegegnerin beantragte die Abweisung der Klage, soweit darauf einzutreten sei. Mit Urteil vom 27. Juni 2008 hiess der Gerichtspräsident des Bezirksgerichts Arlesheim die Klage teilweise gut und verurteilte die Beschwerdegegnerin, den Beschwerdeführern Fr. 6'186.-- nebst Zins zu 5 % seit 19. November 2007 zu entrichten und ihnen das Anteilsscheinkapital von Fr. 5'000.-- zurückzubezahlen.
Gegen dieses Urteil appellierten die Beschwerdeführer an das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht. Sie beantragten, die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 24'726.10 nebst Zins zu 5 % ab dem 19. November 2007 und zur Rückzahlung des Anteilsscheinkapitals von Fr. 5'000.-- zu verpflichten. In der Appellationsbegründung reduzierten die Beschwerdeführer ihre Forderung auf Fr. 23'046.10 nebst Zins zu 5 % ab 19. November 2007. Die Beschwerdegegnerin erhob Anschlussappellation. Sie verlangte die vollumfängliche Abweisung der Klage, soweit sie von den Beschwerdeführern noch aufrecht erhalten werde und darauf überhaupt eingetreten werden könne. Mit Urteil vom 20. Januar 2009 hob das Kantonsgericht - in Abweisung der Appellation, soweit es auf diese eintrat, und in Gutheissung der Anschlussappellation - das Urteil des Bezirksgerichtspräsidiums auf und wies die Klage ab.
C. Die Beschwerdeführer beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 23'046.10 nebst Zins zu 5 % ab 19. November 2007 zu verurteilen. Die Beschwerdegegnerin habe ihnen zudem das Anteilsscheinkapital von Fr. 1'000.-- zurückzubezahlen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Beim im Rechtsbegehren genannten Betrag von Fr. 1'000.-- dürfte es sich um einen Verschrieb handeln, da sonst überall - namentlich auch in der Beschwerdebegründung - von einem Anteilsscheinkapital von Fr. 5'000.-- die Rede ist.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne, und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Die Vorinstanz schliesst, unter Hinweis auf die Begründung des angefochtenen Urteils, auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 BGG). Der Streitwert übersteigt die Grenze von Fr. 15'000.-- nach Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Beschwerdeführer sind der Auffassung, dass es bei beiden Mietverhältnissen an einer klaren und eindeutigen Ausscheidung der von ihnen zu tragenden Nebenkosten fehle. Daher hätten sie zu viel Nebenkosten bezahlt.
2.1 Nach Art. 257a Abs. 2 OR hat der Mieter die Nebenkosten nur zu bezahlen, wenn er dies mit dem Vermieter besonders vereinbart hat. Diese Bestimmung bringt zum Ausdruck, dass die Kosten grundsätzlich vom Vermieter zu tragen sind. Der Mieter hat nur für diejenigen Nebenkosten aufzukommen, die im Vertrag eindeutig und genau bezeichnet werden. Mangels einer speziellen Vereinbarung sind solche Kosten im Mietzins inbegriffen (BGE 121 III 460 E. 2a/aa S. 462; Urteil 4C.24/2002 vom 29. April 2002 E. 2.1, in: mp 2002 S. 164, je mit Hinweisen).
Die besondere Vereinbarung wird in aller Regel eine ausdrückliche, meist eine schriftliche sein, kann jedoch auch formfrei erfolgen und sich gegebenenfalls aus den Umständen ergeben. Es handelt sich bei Art. 257 Abs. 2 OR nicht um eine Vorschrift, die besondere Erfordernisse an die Art und Form der Vereinbarung aufstellt. Die Bestimmung statuiert nach einhelliger Lehre und Rechtsprechung vielmehr eine besondere Auslegungsregel, nach der alle Nebenkosten, die nicht eindeutig als vom Mieter zu tragen vereinbart worden sind, der Regel der Kostentragung durch den Vermieter entsprechend, vom Vermieter getragen werden (Urteil 4P.323/2006 vom 21. März 2007 E. 2.1 mit Hinweisen).
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung genügt der Hinweis auf einen standardisierten Vertragszusatz wie die "Allgemeinen Bedingungen zum Mietvertrag für Wohnräume" nicht. Dem Mieter kann nicht zugemutet werden, sich erst aufgrund einer sorgfältigen Konsultation der Vertragsbedingungen ein Bild zu machen, welche Nebenkosten von ihm zu tragen sind. Vielmehr hat er Anspruch darauf, dass ihm nur diejenigen Nebenkosten überbunden werden, die im Vertrag eindeutig und genau bezeichnet werden. Nur wenn die allgemeinen Vertragsbedingungen eine Konkretisierung der im Mietvertrag bereits zu Lasten des Mieters ausgeschiedenen Nebenkosten bedeuten, kann daraus unter Umständen auf deren Übernahme durch den Mieter geschlossen werden (Urteile 4A_397/2007 vom 6. Dezember 2007 E. 2.1; 4P.323/2006 vom 21. März 2007 E. 2.1; 4C.268/2006 vom 7. November 2006 E. 3.2; 4C.250/2006 vom 3. Oktober 2006 E. 1.1, in: mp 2006 S. 274).
2.2 Die Mietverträge der Parteien führen unter der Rubrik "Neben- und Betriebskosten monatlich" die Posten "Heizung", "Warmwasser", "Hauswart" und "Radio/TV" auf, wobei in den entsprechenden Feldern keine Geldbeträge eingesetzt sind. Erst in der letzten Zeile "HZ + Nebenkosten Akonto" ist der Gesamtbetrag von Fr. 150.-- (3.5-Zimmerwohnung) bzw. Fr. 50.-- (1-Zimmerwohnung) eingesetzt. Beide Mietverträge halten sodann fest: "Bestandteil dieses Mietvertrags sind ausserdem die Allgemeinen Bestimmungen zum Basler Mietvertrag (Ausgabe 1992) sowie ferner folgende, dem Mieter zusätzlich ausgehändigte Beilagen: Aufstellung der Heiz- und Nebenkosten, ...". Diese separate Aufstellung ist beim Mietvertrag über die 1-Zimmerwohnung direkt auf der Rückseite des Vertrags abgedruckt und wurde beim Mietvertrag über die 3.5-Zimmerwohnung als einseitiges Beiblatt abgegeben.
Bei beiden Mietverträgen ist die separate Aufstellung identisch und mit "Heiz- und Nebenkosten" überschrieben. Einleitend wird festgehalten, "mit der Grundmiete sind entsprechend den Bestimmungen des WEG (Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetz des Bundes) folgende Kosten abgedeckt: Kapitaldienst, Unterhalts- und Verwaltungskosten, Amortisation der zweiten Hypothek." Weiter ist Folgendes aufgeführt:
"Alle übrigen anfallenden Kosten werden getrennt als Heiz- und Nebenkosten verrechnet. Diese werden der Mieterschaft gesondert in Rechnung gestellt. Als Heiz- und Nebenkosten gelten insbesondere die Kosten für:
- Kosten im Zusammenhang mit Heizwärme und Warmwasseraufbereitung
- Wasserverbrauch und Abwasserreinigung
- Stromverbrauch für allgemeine Anlagen."
Nach zwei durchgestrichenen Positionen wird mit der Aufzählung wie folgt fortgefahren:
"- Betriebs- und Servicekosten von Gemeinschaftsanlagen (Gemeinschafts- raum, Lift, Strom Steckdose Einstellhalle, etc.)
- Service an Waschmaschinen, Secomaten, Geschirrspüler
- Betriebskosten der Dachbegrünung und Reinigung von Dachkänel und Abwasserleitungen
- Betriebs- und Urheberrechtsgebühren von Radio und TV
- Kosten Siedlungsverein, sofern nicht direkt bezahlt wurde
- allfällig Hauswartung und technische Verwaltung
- allfällig extern zu vergebender Gartenunterhalt
- Verwaltungsaufwand der X._ für die Heiz- und Nebenkosten- abrechnung
- allgemeine Betriebskosten + Rückstellungen für periodische Service und Revision, die zurzeit noch nicht bekannt sind."
2.3 Nach Ansicht der Vorinstanz genügt diese Regelung dem Bestimmtheitserfordernis zur Ausscheidung der Nebenkosten. Die Spezifizierung der Nebenkosten erfolge nicht in den Allgemeinen Vertragsbedingungen. Vielmehr sei ein übersichtliches, einseitiges Beiblatt separat abgegeben bzw. auf der Rückseite des Mietvertrags abgedruckt worden, auf das im Mietvertrag verwiesen werde und das klar festhalte, welches die vom Mieter zu tragenden Nebenkosten seien. Dass dabei einzelne Positionen durchgestrichen seien, führe ebenso wenig zur Unbeachtlichkeit der gesamten Bestimmung wie die Verwendung der Begriffe "insbesondere" und "allfällig"; vielmehr bedeute dies, dass die durchgestrichenen Positionen von der Vermieterin nicht eingefordert werden könnten, ebenso wie die weiteren Nebenkosten, die nicht aufgeführt seien. Die Beschwerdeführer hätten überdies nicht geltend gemacht, dass "allfällige" Nebenkosten bzw. solche, die über die "insbesondere" aufgeführten hinausgingen, in Rechnung gestellt worden wären. Mit der getroffenen Regelung hätten die Mieter im Zeitpunkt des Vertragsschlusses ein hinreichend klares Bild darüber gehabt, welche Kosten von ihnen konkret zu übernehmen seien.
2.4 Die Beschwerdeführer halten die getroffene Ausscheidung der von ihnen zu tragenden Nebenkosten für nicht klar und eindeutig.
2.4.1 Im Mietvertrag werde unter der für die Nebenkosten vorgesehenen Rubrik lediglich "HZ und Nebenkosten Akonto" erwähnt. Die übrigen Rubriken wie "Warmwasser", "Hauswart" und "Radio/TV" seien leer gelassen worden. Der unbefangene Leser dürfe daher davon ausgehen, dass diese Posten nicht ausgeschieden würden. Im Widerspruch dazu erschienen diese Posten aber in der Liste der Aufstellung. Die Aufzählungen im Mietvertrag und in der Aufstellung seien widersprüchlich und verwirrend.
Dem kann nicht gefolgt werden. Im mit "Mietzins, Neben- und Betriebskosten" betitelten Feld der beiden Mietverträge geht es darum, die von den Mietern zu bezahlenden Geldbeträge festzulegen. Dabei ist für den Mietzins Fr. 1'350.-- (3.5-Zimmerwohnung) bzw. Fr. 200.-- (1-Zimmerwohnung) eingesetzt und für "HZ + Nebenkosten" zusammen ein einziger Akonto-Gesamtbetrag festgelegt, nämlich Fr. 150.-- (3.5-Zimmerwohnung) bzw. Fr. 50.-- (1-Zimmerwohnung). Dies ist zulässig. Der Vermieter ist nicht verpflichtet, für die einzelnen Posten separate Akontobeträge festzulegen. Dem Leser dieses Feldes wird ohne Weiteres klar, dass der für die Heiz- und Nebenkosten insgesamt geschuldete Akontobetrag bestimmt wird, nicht jedoch die einzelnen Positionen ausgeschieden werden, die zulasten des Mieters gehen. Über diese gibt die separate Aufstellung Auskunft. Da die separat ausgehändigte Beilage "Aufstellung der Heiz- und Nebenkosten" den gleichen Titel trägt wie die Akontorubrik "Heiz- und Nebenkosten" sieht der Mieter ohne grosse Denkanstrengung, dass er für die Heiz- und Nebenkosten einen Akontobetrag von Fr. 150.-- bzw. Fr. 50.-- zu bezahlen hat und die damit abgedeckten Heiz- und Nebenkosten-Positionen der gleichnamigen Aufstellung zu entnehmen sind. Dass die Heizkosten besonders erwähnt sind, obwohl es sich dabei auch um Nebenkosten handelt, kann - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer - nicht Verwirrung stiften, wird doch damit einfach die wichtigste Position der Nebenkosten schon mit dem Oberbegriff genannt.
2.4.2 Weil dem Vertrag zur Konkretisierung der "Heiz- und Nebenkosten" spezifisch die "Aufstellung der Heiz- und Nebenkosten" beiliegt bzw. dieselbe auf der Rückseite des Vertrags abgedruckt ist, musste den Beschwerdeführern nach Treu und Glauben auch ohne Weiteres klar sein, dass die Allgemeinen Bestimmungen zum Basler Mietvertrag, die zum Bestandteil des Mietvertrags erklärt wurden, insoweit nicht zum Tragen kommen. Es braucht daher nicht entschieden zu werden, ob die diesbezüglichen Regelungen der Allgemeinen Bestimmungen unklar und widersprüchlich seien, wie die Beschwerdeführer behaupten. Es trifft auch nicht zu, dass zwischen Vertrag, Aufstellung und Allgemeinen Bestimmungen "ein Durcheinander herrsche" und die Mieter sich in einem "dreistöckigen Labyrinth zwischen Vertrag, Aufstellung und Allgemeinen Bestimmungen" zurecht finden müssten. Vielmehr ist im Vertrag klar und eindeutig erwähnt, dass die Mieter für "Heiz- und Nebenkosten" eine Akontozahlung zu leisten haben, und eine entsprechende Aufstellung die "Heiz- und Nebenkosten" konkretisiert. Diese Regelung ist übersichtlich und leicht verständlich.
2.4.3 Schliesslich halten die Beschwerdeführer die in der Aufstellung getroffene Regelung für alles andere als klar. Der Katalog von Beispielen, der durch den Zusatz "insbesondere" erweitert werde, genüge dem Bestimmtheitserfordernis nicht. Auch der Zusatz am Schluss des Katalogs ("allgemeine Betriebskosten + Rückstellungen für periodische Service und Revision die zurzeit noch nicht bekannt sind") entbehre der Klarheit. "Allgemeine Betriebskosten" sei ein völlig uferloser Begriff und wenn darunter auch noch Kosten fallen sollen, die "zur Zeit noch nicht bekannt sind", so wolle sich die Beschwerdegegnerin nicht festlegen.
Der Umstand, dass die Aufzählung der zu Lasten der Mieter gehenden Nebenkosten-Positionen mit "insbesondere" eingeleitet wird, macht die Vereinbarung betreffend die explizit erwähnten Positionen nicht ungültig. Der Zusatz "insbesondere" vermag zwar die Belastung der Mieter mit einer Position, die nicht explizit aufgelistet wurde, nicht abzudecken. Er bleibt ohne Rechtswirkung, indem gestützt auf ihn keine Erweiterung der explizit aufgelisteten Positionen erfolgen kann. Umgekehrt hindert er aber die Belastung mit den präzise aufgeführten und damit gültig vereinbarten Positionen nicht. Es wäre mit einer Auslegung nach Treu und Glauben nicht zu vereinbaren, anzunehmen, die Mieter hätten wegen des rechtsunwirksamen Zusatzes "insbesondere" darauf vertrauen dürfen, auch die explizit und klar aufgeführten Positionen, wie etwa namentlich die Kosten für Heizung und Warmwasser, nicht bezahlen zu müssen.
Die zuletzt aufgeführte Position der Aufzählung enthält in der Tat Unsicherheiten ("..., die zur Zeit noch nicht bekannt sind"), was dadurch erklärt wird, dass mit dieser Position Rückstellungen gemacht werden sollen. Ob diese Position dem Bestimmtheitserfordernis genügt, kann offen bleiben, da die Beschwerdeführer nicht geltend machen, es seien ihnen unter diesem Titel je Kosten in Rechnung gestellt worden. Ohnehin gilt auch hier, dass die Beschwerdeführer nach Treu und Glauben nicht die ganze Liste als nicht gültig vereinbart betrachten durften, nur weil eine Position eine gewisse Unsicherheit beinhaltet.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer schadet schliesslich auch der Umstand nicht, dass in der Liste einige Positionen durchgestrichen sind. Denn es bleibt bei dieser Darstellung völlig klar, dass die durchgestrichenen Positionen nicht geschuldet sind. Daraus wird zudem ersichtlich, dass die Aufstellung individuell im Hinblick auf die streitigen Mietverhältnisse abgefasst wurde. Die Beschwerdeführer mussten nicht schwer verständliche, mehrseitige Allgemeine Bestimmungen durchforsten, sondern erhielten gezielt durch eine einseitige, übersichtliche Aufstellung Auskunft darüber, welche Positionen konkret als "Heiz- und Nebenkosten" gelten und ihnen belastet werden.
2.5 Mit der Vorinstanz ist demnach die vorliegende Nebenkostenabrede als klar und eindeutig zu betrachten. Damit ist sie gültig zustande gekommen. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet und die Vorinstanz hat die Klage insoweit zu Recht abgewiesen.
3. Die Beschwerdeführer verlangten mit ihrer Klage nicht nur die Rückzahlung der Nebenkosten sondern auch des Anteilsscheinkapitals von Fr. 5'000.--. Das Bezirksgerichtspräsidium hiess das Begehren betreffend das Anteilsscheinkapital gut und verpflichtete die Beschwerdegegnerin, den Beschwerdeführern Fr. 5'000.-- zurückzubezahlen. Die Vorinstanz trat insoweit mangels Beschwer zu Recht nicht auf die Appellation der Beschwerdeführer ein. Da jedoch die - demgegenüber insoweit beschwerte - Beschwerdegegnerin mit ihrer Anschlussappellation die vollumfängliche Abweisung der Klage beantragte, bildete die Rückzahlung des Anteilsscheinkapitals auch vor der Vorinstanz Streitgegenstand. Die Vorinstanz führte dazu lediglich aus, nachdem die Gutheissung der Anschlussappellation zur Abweisung der gesamten Klage führe, entfalle auch die Pflicht zur Rückerstattung des Anteilsscheinkapitals von Fr. 5'000.--. Weshalb aber die Anschlussappellation in diesem Punkt gutzuheissen und die Klage auch bezüglich des Anteilsscheinkapitals abzuweisen ist, begründete die Vorinstanz nicht. Der im Zusammenhang mit der Beschwer der Beschwerdegegnerin erwähnte Hinweis auf die geltend gemachte Verrechnung stellt ebenfalls keine Begründung dar, da nicht ausgeführt wird, mit welcher Forderung der Beschwerdegegnerin gegen die Beschwerdeführer verrechnet werde. Die Beschwerdeführer rügen in diesem Punkt zu Recht eine Verletzung der Begründungspflicht nach Art. 29 Abs. 2 BV.
Die Beschwerdegegnerin macht in ihrer Beschwerdeantwort geltend, es sei in den vorinstanzlichen Verfahren unbestritten geblieben, dass ihr die Beschwerdeführer Saldi aus den Heiz- und Nebenkostenabrechnungen 2003-2006 von Fr. 7'395.60 sowie Mietzinse im Gesamtbetrag von Fr. 3'730.-- schuldig geblieben seien. Sie verweist dafür auf ihr bei den Akten liegendes Schreiben an die Beschwerdeführer vom 5. Juni 2007. Das Bundesgericht kann diese Behauptungen jedoch nicht berücksichtigen, da es an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden ist (Art. 105 Abs. 1 BGG). Im angefochtenen Urteil ist diesbezüglich nichts festgestellt. Aus dem erstinstanzlichen Urteil, auf das die Vorinstanz teilweise verweist, geht lediglich hervor, dass die Beschwerdeführer von der eingeklagten Forderung einen der Beschwerdegegnerin zustehenden Betrag von Fr. 3'730.-- in Abzug gebracht hätten. Damit ist aber nicht erklärt, weshalb die Vorinstanz die Forderung um Rückerstattung des Anteilsscheinkapitals von Fr. 5'000.-- abgewiesen hat. Da das angefochtene Urteil in diesem Punkt ungenügend bzw. überhaupt nicht begründet ist, ist es aufzuheben. Die Sache ist bezüglich des Begehrens um Rückerstattung des Anteilsscheinkapitals von Fr. 5'000.-- und der Kostenfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zur Neubeurteilung bzw. Begründung zurückzuweisen.
4. Die Beschwerde erweist sich demnach betreffend die angeblich zu Unrecht bezahlten Nebenkosten von Fr. 23'046.10 als unbegründet. Die Beschwerdeführer obsiegen hingegen betreffend die Rückerstattung des Anteilsscheinkapitals von Fr. 5'000.-- insofern, als das angefochtene Urteil in diesem Punkt mangels Begründung aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten zu vier Fünfteln den Beschwerdeführern und zu einem Fünftel der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Die Beschwerdeführer haben der Beschwerdegegnerin zudem eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, vom 20. Januar 2009 wird aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden im Betrag von Fr. 1'600.-- den Beschwerdeführern, unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen, und im Betrag von Fr. 400.-- der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen, unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juli 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer