Faits:
A. Par décision du 3 février 2012, l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger a rejeté la demande de prestations de l'assurance-invalidité suisse déposée par C._, au motif que celui-ci ne présentait pas un degré d'invalidité suffisant pour ouvrir le droit à une rente.
B. C._ a formé un recours contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral. Il a aussi requis l'octroi de l'assistance judiciaire afin d'être dispensé du paiement des frais judiciaires.
Par décision incidente du 31 juillet 2012, la juridiction a rejeté la requête d'assistance judiciaire, au motif que le recourant possédait une fortune immobilière supérieure à la "réserve de secours", et a imparti à ce dernier un délai au 17 septembre 2012 pour verser une avance de frais de 400 fr., sous peine d'irrecevabilité du recours.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre cette décision dont il demande l'annulation. Il produit, entre autres documents, deux nouvelles pièces attestant l'existence de dettes en lien avec ses biens immobiliers pour le mois d'août 2013.
Considérant en droit:
1. 1.1 La décision entreprise est une décision incidente de nature procédurale au sens de l'art. 93 LTF qui - abstraction faite de la seconde exception prévue à l'art. 93 al. 1 let. b LTF, non pertinente en l'espèce - ne peut faire l'objet d'un recours que si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF; sur la notion de préjudice irréparable, voir ATF 134 I 83 consid. 3.1 p. 87, 134 III 188 consid. 2.1 p. 190, 133 V 477 consid. 5.2.1 p. 483, 645 consid. 2.1 p. 647). En tant qu'elle refuse l'assistance judiciaire pour la procédure de recours de première instance, la décision entreprise remplit cette exigence (arrêt 8C_530/2008 du 25 septembre 2008 consid. 2; cf. aussi ATF 133 IV 335 consid. 4 p. 338). Les autres conditions de recevabilité étant par ailleurs remplies (notamment l'exigence que le litige au fond soit également susceptible d'être déféré au Tribunal fédéral par un recours en matière de droit public, cf. ATF 134 V 138 consid. 3 p. 144), il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
1.2 Selon l'art. 65 PA (applicable en vertu du renvoi opéré à l'art. 37 LTAF), l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur peut, après le dépôt du recours, dispenser du paiement des frais de procédure la partie qui le demande, qui ne dispose pas des ressources suffisantes et dont les conclusions ne paraissent pas d'emblée vouées à l'échec (al. 1).
La décision entreprise expose correctement la jurisprudence applicable en matière d'assistance judiciaire, notamment celle relative à la notion d'indigence et à la prise en considération de la fortune immobilière du requérant. Il suffit d'y renvoyer.
2. 2.1 Les premiers juges se sont fondés sur le formulaire de demande d'assistance judiciaire rempli par le recourant et ont constaté que celui-ci disposait d'une fortune mobilière de 4'200 euros et d'une fortune immobilière non grevée de 194'038 euros. Cette dernière était constituée d'un terrain et d'une maison, dont la valeur totale se montait à 285'000 euros, grevés d'une hypothèque d'un montant total de 96'961 euros. La fortune immobilière étant supérieure à la "réserve de secours", la juridiction a conclu qu'elle permettait au recourant d'obtenir un crédit pour assumer les frais judiciaires estimés à 400 fr.
2.2 Le recourant soutient ne percevoir aucun revenu et se trouver dans l'impossibilité de rembourser notamment ses intérêts hypothécaires et son emprunt, de sorte qu'aucun établissement bancaire ne serait disposé à lui octroyer un prêt. Il critique aussi la juridiction d'avoir méconnu les lois espagnoles en matière d'hypothèque.
2.3 En l'espèce, le recourant ne démontre pas qu'il lui est impossible d'obtenir un prêt ou de se procurer le montant des frais de procédure présumés sur la base des éléments de fortune dont il est propriétaire. Il se limite, au contraire, à exposer sa situation financière qu'il considère comme précaire et les risques encourus en cas de non-paiement des dettes hypothécaires en vertu de la législation espagnole. Les pièces produites pour la première fois en instance fédérale et attestant de montants impayés en relation avec ses biens immobiliers ne lui sont par conséquent d'aucune utilité, ce d'autant moins qu'aucune preuve nouvelle ne peut être présentée à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Le montant de la fortune immobilière disponible, arrêté à 194'038 euros par les premiers juges et non contesté par le recourant, étant largement supérieur à celui reconnu par la jurisprudence au titre de la "réserve de secours", on peut exiger de ce dernier qu'il supporte personnellement les frais judiciaires. A cet égard, les premiers juges lui impartiront un nouveau délai pour s'exécuter.
3. Manifestement infondé, le recours doit être rejeté selon la procédure simplifiée de l'art. 109 al. 2 let. a LTF, sans qu'il y ait lieu d'ordonner un échange d'écritures. Vu les circonstances et la nature du litige, il est renoncé à la perception de frais judiciaires (art. 66 al. 1, 2ème phr., LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office AI pour les assurés résidant à l'étranger et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 25 mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Hichri