Faits:
A. X._, né en Belgique en 1947, et dame X._, née en République démocratique du Congo en 1953, tous deux de nationalité belge, se sont mariés le 28 juin 1976 en Espagne. Trois enfants, aujourd'hui majeurs, sont issus de cette union.
Selon contrat de mariage conclu le 21 juin 1976, ils ont soumis leur régime matrimonial au droit belge en y apportant les aménagements suivants :
"Article quatrième
Les époux déclarent adopter pour base de leur union le régime de la communauté légale, tel qu'il est établi par les articles 1400 et suivants du Code civil belge. Ils étendent cette communauté à tous les biens meubles et immeubles qu'ils possèdent actuellement et à tous ceux qui pourront leur advenir au cours du mariage à quelque titre que ce soit, sans préjudice des dispositions des articles cinquième et septième ci-dessous. La communauté sera tenue de toutes dettes personnelles des époux, tant de celles qui seraient antérieures au mariage, que de celles qui grèveront les biens par eux recueillis au cours du mariage et, par la suite, il n'y aura lieu ni à reprise ou à récompense pour quelque titre que ce soit."
(...)
"Article septième
En cas de dissolution de la communauté pour toute autre cause que le décès, à savoir pour cause de divorce, de séparation de corps, ou séparation de biens, chaque époux fera la reprise des apports et capitaux tombés dans la communauté de son chef, et le solde de la communauté, s'il échet, reviendra par parts égales à chaque conjoint."
Les époux se sont séparés au mois d'août 2001.
B. Par jugement du 14 septembre 2006, le Tribunal de première instance du canton de Genève a notamment prononcé le divorce des époux et condamné X._ à payer à dame X._ le montant de 145'437 fr. 50 découlant de la liquidation du régime matrimonial.
Statuant le 14 septembre 2007 sur l'appel déposé par l'époux, la Cour de justice du canton de Genève a réduit le montant dû à ce titre par X._ à 28'649 fr.
C. X._ forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Il conclut à sa réforme en ce sens que le régime matrimonial doit être considéré comme liquidé entre les parties moyennant le paiement en sa faveur par dame X._ du montant de 116'028 fr. 25. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente ou de première instance pour nouvelle décision.
L'intimée n'a pas été invitée à répondre.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 III 489 consid. 3; 133 III 462 consid. 2).
2. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par l'autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), dans une contestation civile (art. 72 al. 1 LTF) de nature pécuniaire dont la valeur litigieuse (cf. art. 51 al. 1 let. a LTF) est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le présent recours est recevable au regard de ces dispositions.
3. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), il n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. De surcroît, il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF); dans ces cas, les exigences de motivation correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (ATF 133 III 639 consid. 2; 133 III 393 consid. 6).
4. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La notion de « manifestement inexacte » correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2). En matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît aux autorités cantonales dans ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b). La partie recourante doit ainsi démontrer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, s'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, s'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore si, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1).
5. Le recourant conteste devoir à son épouse un quelconque montant découlant de la liquidation du régime matrimonial. Il estime que l'intimée lui doit 116'028 fr. 25 à ce titre. Dans la mesure où il s'était contenté de conclure en instance cantonale à l'annulation du premier jugement, sa conclusion tendant au paiement par l'intimée du montant précité est nouvelle et, partant, irrecevable (art. 99 al. 2 LTF; Ulrich Meyer, Basler Kommentar BGG, n. 61 ad art. 99 LTF).
6. En premier lieu, il soutient que la cour cantonale a constaté les faits de manière arbitraire en ce sens qu'elle n'a pas tenu compte de tous les éléments d'actifs et de passifs.
6.1 Selon lui, l'instance précédente aurait dû inclure dans le patrimoine commun les meubles de la villa conjugale, dont il estime la valeur à 350'000 fr. Il expose qu'il avait allégué dans sa demande du 22 juin 2005 l'existence de ces meubles acquis durant le mariage pour une valeur de 350'000 fr., ce que son épouse aurait admis. Il en déduit que ce montant était ainsi établi.
6.1.1 En l'espèce, les juges précédents n'ont pas tenu compte de la valeur alléguée du mobilier dans la liquidation du régime matrimonial; ils ont rejeté préalablement la conclusion prise par le recourant qui tendait à ordonner une expertise des meubles de la villa. Ils ont exposé qu'alors qu'il avait allégué que la valeur de ce mobilier était de 350'000 fr., ce que son épouse contestait, il s'était abstenu de demander en première instance une expertise des biens de la villa. Cas échéant, ce moyen de preuve aurait dû être refusé, car selon le droit de procédure cantonal (art. 126, 186, 192, 197, 215 de la loi de procédure civile du 10 avril 1987 du canton de Genève; ci-après : LPC/GE), une expertise ne pouvait être ordonnée que sur des faits qui avaient notamment été allégués avec précision pour que la preuve puisse être administrée avec efficacité. Or, le recourant n'avait même pas détaillé les biens mobiliers en établissant un inventaire descriptif. L'autorité cantonale a donc rejeté sa demande tendant à l'administration d'une expertise et, partant, n'a pas tenu compte des meubles, leur valeur n'ayant pas été établie.
6.1.2 Contrairement à ce qu'affirme le recourant, son épouse a formellement contesté devant les instances cantonales le montant de 350'000 fr., qui lui apparaissait disproportionné. En ajoutant que faute de disposer d'une estimation précise de la valeur des meubles, elle se fonderait néanmoins sur cette valeur pour les calculs relatifs à la liquidation du régime matrimonial, elle n'admettait pas pour autant le montant allégué. Le recourant était d'ailleurs parfaitement conscient que l'intimée contestait cette question, puisqu'il a sollicité devant l'autorité précédente une expertise tendant à établir la valeur du mobilier. Il ne remet d'ailleurs pas en cause le refus de ce moyen de preuve par les magistrats cantonaux, ne se plaignant à cet égard ni d'une violation du droit de procédure cantonal, ni d'une violation de l'art. 138 al. 1 CC. Il n'était par conséquent pas arbitraire de ne pas inclure le mobilier dans la liquidation du régime matrimonial.
6.2 L'autorité cantonale aurait encore omis de manière arbitraire de tenir compte d'une dette de 175'617 fr. correspondant à un emprunt sur une assurance-vie auprès de Swiss Life.
6.2.1 Les juges précédents ont retenu que le recourant n'avait pas établi l'existence de cette dette, qui était contestée par l'intimée. Lors de l'audience de plaidoirie, ils ont rejeté sa demande de production des pièces tendant notamment à établir la dette en relevant qu'à défaut de l'original du contrat de prêt, le recourant aurait pu produire en temps utile une copie, ce qu'il avait négligé de faire. Ils en ont déduit que seule l'inexistence de la dette expliquait cette passivité.
6.2.2 Le recourant précise que l'original de l'attestation était en possession de son épouse et qu'il avait sollicité une copie auprès de Swiss Life qu'il n'a pu déposer lors de l'audience de plaidoiries devant la Cour de Justice. Selon lui, il appartenait toutefois à l'autorité cantonale de faire produire cette pièce car elle était essentielle pour déterminer le passif commun des époux.
L'art. 138 CC garantit certes un standard minimal en ce sens que les parties ont le droit de présenter au moins une fois devant la juridiction supérieure des faits et moyens de preuve nouveaux; il est cependant loisible aux cantons de prescrire que les faits nouveaux ne peuvent être présentés en instance de recours que jusqu'à un moment déterminé (ATF 131 III 189 consid. 2). A supposer que la cour cantonale ait refusé le dépôt de cette pièce en audience de plaidoiries - ce qui ne ressort pas clairement de l'arrêt attaqué -, le recourant ne démontre pas en quoi le droit de procédure cantonal aurait été arbitrairement appliqué. Au vu des exigences accrues de motivation pour les griefs d'ordre constitutionnel, son grief est irrecevable sous cet angle. On ne discerne par ailleurs aucune violation du droit fédéral. Enfin, contrairement à ce que soutient le recourant, les juges précédents n'avaient pas à administrer d'office le moyen de preuve en question, dès lors que la liquidation du régime matrimonial est soumise à la maxime des débats (arrêt 5C.215/2002 du 30 janvier 2003 consid. 3).
6.3 Le recourant prétend que l'instance précédente aurait omis, au titre de passif grevant le patrimoine commun, les arriérés d'impôts du couple, soit 24'653 fr. pour l'année 2003, 10'708 fr. 70 pour l'année 2004 et 72'315 fr. pour 2005.
Les magistrats cantonaux ont fait état d'allégués non documentés du recourant concernant des arriérés d'impôts de 24'653 fr. 45 pour l'année 2003 et de 10'798 fr. 70 pour 2004. Ils n'exposent toutefois pas les raisons pour lesquelles ils ont écarté ces allégations dans la liquidation du régime matrimonial. Dans ces conditions, le Tribunal fédéral n'est pas en mesure d'examiner si l'instance précédente a correctement appliqué le droit. Comme le recourant ne se plaint pas du défaut de motivation de l'arrêt cantonal, son grief est irrecevable sur ce point. Concernant les impôts 2005 dont il n'est pas fait mention dans l'arrêt attaqué, il prétend que les juges cantonaux ont refusé lors de l'audience d'appel les pièces qu'il a offert de déposer. Ces affirmations se heurtent cependant aux constatations de l'arrêt cantonal desquelles il ressort qu'en audience du 6 mars 2007, le mandataire du recourant a sollicité un délai pour produire des pièces dont la nature et la teneur ne sont toutefois pas précisées. Le recourant ne prétend pas que son offre de preuve résulterait d'un procès-verbal. Faute d'établir qu'il a produit les pièces en question, le grief relatif à la prise en compte des dettes fiscales de l'année 2005 doit être déclaré irrecevable.
7. Le recourant reproche enfin à la cour cantonale d'avoir fait une application arbitraire du droit belge en considérant que, bien que le montant de 853'671,78 Euros déposé sur un compte ouvert auprès de la Kredietbank au Luxembourg appartienne au patrimoine commun des époux, le débit par l'intimée de 400'000 Euros ne doit pas donner lieu à l'inscription d'une créance de récompense en faveur de ce patrimoine.
7.1 Il ressort de l'arrêt attaqué que, par contrat de mariage du 21 juin 1976, les parties, qui sont toutes deux de nationalité belge, ont soumis leur régime matrimonial au droit belge, qui régit ainsi cette question (art. 52 LDIP). La présente cause étant de nature pécuniaire, le Tribunal fédéral ne peut pas examiner si la cour cantonale a fait une application erronée du droit étranger (art. 96 let. b LTF a contrario), mais uniquement si elle en a fait une application qui viole la protection contre l'arbitraire assurée par l'art. 9 Cst. (cf. art. 95 let. a LTF; ATF 133 III 446 consid. 3.1). Il ne procédera à un tel examen que dans les limites des griefs invoqués et motivés par le recourant (art. 106 al. 2 LTF).
7.2 Selon l'avis de droit versé au dossier, les parties ont dérogé au régime légal de la communauté réduite aux acquêts et adopté le régime de la communauté universelle des biens prévu par l'art. 1453 du Code civil belge (ci-après : CCB). Ce régime a pour conséquence que, durant le mariage, tous les biens des époux tombent dans un seul patrimoine commun qui supporte toutes les dettes. En vertu de l'art. 7 de leur contrat de mariage, les époux ont convenu toutefois qu'en cas de divorce, le régime était ramené à la communauté réduite aux acquêts. Chacun des époux reprend ainsi ses biens propres, ceux-ci étant cependant limités aux apports et capitaux tombés dans la communauté du chef de chacun des conjoints. Quant au solde de la communauté constitué du patrimoine commun formé par les revenus de chacun des époux, des biens acquis au moyen de ces revenus et des biens dont il n'est pas prouvé qu'ils sont propres, il doit être partagé par moitié entre les époux. S'agissant des dettes, chaque conjoint reprend les dettes afférentes à ses propres, les dettes communes restant supportées par le patrimoine commun.
A la dissolution du régime, il est établi un compte de récompense entre le patrimoine commun et le patrimoine propre de chaque époux. Chacun d'eux doit au patrimoine commun une récompense à concurrence des sommes qu'il a prélevées sur le patrimoine commun pour acquitter une dette propre ainsi que pour chaque profit personnel qu'il a tiré du patrimoine commun. Inversément, le patrimoine commun doit une récompense au patrimoine propre s'il a tiré profit des biens propres des époux (art. 1432 ss CCB).
7.3 Appliquant ces règles, la cour cantonale, qui a constaté l'existence du montant de 853'671,78 Euros sur le compte bancaire, a retenu qu'il s'agissait d'un compte joint dont les époux étaient copropriétaires par moitié, ce qui autorisait chacun d'eux à retirer librement des fonds. Elle a ensuite retenu que l'épouse avait opéré, le 22 mai 2003, un prélèvement de 400'000 Euros. Le recourant n'ayant pas établi qu'il s'était opposé à ce retrait ni que son épouse ait prélevé, sur l'ensemble des opérations du compte, un montant excédant sa part, elle a rejeté la prétention en remboursement du recourant. En d'autres termes, elle a refusé d'inscrire une créance de récompense en faveur du patrimoine commun. Elle a en outre estimé que, dans ces conditions, la question de savoir si les honoraires d'avocat prétendument acquittés par le recourant avec le solde du compte constituent des dettes grevant le patrimoine commun pouvait rester ouverte. Au demeurant, le recourant n'avait pas établi s'être acquitté des dettes qu'il alléguait.
Le recourant se borne à objecter que la cour cantonale n'aurait dû prendre en compte que le dernier relevé qui attestait d'un montant de 853'671,78 Euros sur lequel l'intimée avait prélevé le 22 mai 2003 un montant de 605'400 fr. Par cette affirmation, il ne démontre pas en quoi il était arbitraire de considérer qu'en l'absence des relevés montrant l'ensemble des opérations du compte et d'opposition du recourant après le prélèvement fait par l'intimée, on pouvait partir du principe que les époux s'étaient de facto partagés le compte, qui pouvait ainsi être soustrait du solde du patrimoine commun. Sa critique est donc également irrecevable lorsqu'il qualifie d'incompréhensible le raisonnement de la cour cantonale concernant la prise en compte des honoraires d'avocat qu'il aurait payés avec le solde du compte.
8. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée n'ayant pas été invitée à répondre, il ne lui sera pas alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 17 décembre 2007
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli Rey-Mermet