Faits:
Faits:
A. La société Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: la Société ou la recourante), sise à Renens, est immatriculée dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995.
Par courrier du 23 janvier 2001, la Société a demandé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale ou l'intimée) à pouvoir utiliser la méthode du taux forfaitaire de 2,7% applicable aux entreprises de transport concessionnaires pour déterminer la réduction de l'impôt préalable déductible. L'Administration fédérale l'a autorisée à le faire à partir du 1er janvier 2001.
Le 22 avril 2002, l'Administration fédérale a demandé à la Société de lui indiquer de manière détaillée comment elle avait calculé la réduction de la déduction de l'impôt préalable.
Par courrier du 13 mai 2002, la Société a répondu qu'elle avait appliqué le taux de 2,7% au montant de la subvention d'exploitation reçue pour l'année 2001, ce qui donnait 2'030'665 fr. 25 (= 2,7% de 75'209'824 fr.). L'impôt préalable sur les investissements avait été déduit intégralement, puisque ceux-ci n'avaient pas été financés par des subventions. En revanche, elle n'avait pas déduit l'impôt préalable sur les livraisons de biens et prestations de services (charges d'exploitation), car le montant de 2'030'665 fr. 25 était supérieur à celui-ci. Elle se demandait par ailleurs si elle était redevable du solde négatif.
Par courrier du 13 mai 2002, la Société a répondu qu'elle avait appliqué le taux de 2,7% au montant de la subvention d'exploitation reçue pour l'année 2001, ce qui donnait 2'030'665 fr. 25 (= 2,7% de 75'209'824 fr.). L'impôt préalable sur les investissements avait été déduit intégralement, puisque ceux-ci n'avaient pas été financés par des subventions. En revanche, elle n'avait pas déduit l'impôt préalable sur les livraisons de biens et prestations de services (charges d'exploitation), car le montant de 2'030'665 fr. 25 était supérieur à celui-ci. Elle se demandait par ailleurs si elle était redevable du solde négatif.
B. Le 20 juin 2003, l'Administration fédérale a adressé à la Société le décompte complémentaire no 153880, d'un montant de 746'587 fr., portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2002. Ce montant correspondait à la différence entre la réduction de la déduction de l'impôt préalable pratiquée par la Société et celle qui aurait dû être effectuée selon l'Administration fédérale (à savoir une réduction correspondant à 2,7% des subventions, sans limitation).
Le 26 août 2003, la Société a versé à l'Administration fédérale le montant de 746'587 fr.
Le 22 avril 2004, l'Administration fédérale a rendu une décision étendue à l'année 2003 - portant donc sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2003 -, par laquelle elle a confirmé le décompte complémentaire no 153880. Compte tenu de l'avis de crédit no 08640726 d'un montant de 122'493 fr., l'impôt dû pour ces périodes fiscales a été arrêté à 624'094 fr. (= 746'587 ./. 122'493). Pour l'année 2002, la réduction de l'impôt préalable déductible était supérieure à l'impôt préalable; il en résultait un solde négatif de 150'790 fr.
La réclamation formée contre ce prononcé a été rejetée par décision du 5 octobre 2004.
La décision sur réclamation a été déférée à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission fédérale ou l'autorité intimée) qui a rejeté le recours par décision du 13 septembre 2005. Cette autorité a considéré que, calculée selon la méthode forfaitaire, la réduction de la déduction de l'impôt préalable pouvait être supérieure à l'impôt préalable effectivement supporté. Cela était inhérent à la méthode de calcul forfaitaire, qui reposait sur une moyenne. Le contribuable qui optait pour la méthode en question devait prendre en compte cette éventualité.
La décision sur réclamation a été déférée à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission fédérale ou l'autorité intimée) qui a rejeté le recours par décision du 13 septembre 2005. Cette autorité a considéré que, calculée selon la méthode forfaitaire, la réduction de la déduction de l'impôt préalable pouvait être supérieure à l'impôt préalable effectivement supporté. Cela était inhérent à la méthode de calcul forfaitaire, qui reposait sur une moyenne. Le contribuable qui optait pour la méthode en question devait prendre en compte cette éventualité.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler la décision précitée, de dire que l'impôt préalable sur les investissements peut être déduit dans son intégralité et de condamner l'Administration fédérale à lui rembourser 629'636 fr. plus intérêts; subsidiairement, pour le cas où le Tribunal de céans devrait estimer que la réduction de l'impôt préalable calculée forfaitairement ne porte pas seulement sur l'impôt préalable frappant les charges d'exploitation, mais aussi sur celui grevant les investissements, elle lui demande de préciser que ladite réduction ne peut excéder l'impôt préalable acquitté durant les périodes fiscales en cause et de condamner l'Administration fédérale à lui rembourser 150'790 fr. plus intérêts, montant équivalant au solde négatif de l'année 2002.
La Commission de recours renonce à déposer des observations. L'intimée conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Dirigé contre une décision finale qui a été prise par une commission fédérale de recours (art. 98 lettre e OJ) et qui est fondée sur le droit public fédéral, le présent recours, qui a été déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi, est en principe recevable en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que de l'art. 66 al. 1 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 2001; RS 641.20).
1. Dirigé contre une décision finale qui a été prise par une commission fédérale de recours (art. 98 lettre e OJ) et qui est fondée sur le droit public fédéral, le présent recours, qui a été déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi, est en principe recevable en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que de l'art. 66 al. 1 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 2001; RS 641.20).
2. 2.1 L'impôt se calcule sur la contre-prestation (art. 33 al. 1 LTVA). Est réputé contre-prestation tout ce que le destinataire, ou un tiers à sa place, dépense en contrepartie de la livraison de biens ou de la prestation de services (art. 33 al. 2 LTVA). Les subventions et autres contributions des pouvoirs publics n'en font pas partie (art. 33 al. 6 lettre b LTVA). Elles ne sont donc pas soumises à la TVA.
L'assujetti peut déduire l'impôt préalable qui lui a été facturé par d'autres assujettis, s'il utilise les biens ou les services pour l'un des buts mentionnés à l'art. 38 al. 2 LTVA (art. 38 al. 1 LTVA). S'il reçoit des subventions ou d'autres contributions des pouvoirs publics, il doit réduire proportionnellement l'impôt préalable (art. 38 al. 8 LTVA).
Selon la jurisprudence rendue sous l'empire de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures) mais valant aussi pour les dispositions correspondantes de la loi du même nom, la réduction proportionnelle de la déduction de l'impôt préalable (art. 30 al. 6 OTVA, 38 al. 8 LTVA) tient compte du fait que, dans la mesure où leur prix est diminué par une subvention, la livraison de certains biens ou la fourniture de certaines prestations ne génèrent pas de contre-prestation imposable, donnant droit à la déduction de l'impôt préalable selon les art. 29 al. 1 OTVA et 38 al. 2 LTVA. A cet égard, les livraisons de biens et les prestations de services rendues moins chères par les subventions sont traitées de la même manière que les opérations exclues du champ de l'impôt (art. 14 OTVA, 18 LTVA), qui n'ouvrent pas non plus le droit à la déduction de l'impôt préalable (art. 13 OTVA, 17 LTVA). Autoriser la déduction de l'impôt préalable grevant les biens et les prestations de services acquis au moyen des subventions reviendrait de fait à créer un cas d'exonération proprement dite - en sus des exportations (art. 15 OTVA et 19 LTVA) -, qui ne reposerait sur aucune base légale. Il importe au contraire d'empêcher la récupération de cet impôt, afin d'éviter que les assujettis bénéficiant de subventions puissent inscrire un surplus d'impôt préalable dans chaque décompte et qu'ils soient ainsi mis au bénéfice d'un autre « subventionnement » indirect (ATF 126 II 443 consid. 6d p. 454; cf. aussi le rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national concernant l'initiative parlementaire « Loi fédérale sur la taxe sur la valeur ajoutée [Dettling] », FF 1996 V 701 ss, ad art. 36 al. 7).
Le cas des livraisons de biens et prestations de services rendues moins chères par des subventions est analogue à celui des biens et services qui sont utilisés aussi bien à des fins donnant droit à la déduction de l'impôt préalable qu'à d'autres fins et pour lesquels l'impôt préalable déductible doit aussi être réduit proportionnellement à l'utilisation (cas de double affectation; art. 32 al. 1 OTVA, 41 al. 1 LTVA; ATF 126 II 443 consid. 6d p. 454/455).
La jurisprudence précitée vaut également dans le domaine des transports (2A.111/1999, consid. 5), même si la règle de l'art. 38 al. 8 LTVA et la jurisprudence y relative font l'objet de critiques de la part de la doctrine (cf. Daniel Riedo, Problemfall Subvention im Mehrwertsteuerrecht, in Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 117 ss, 128 ss).
2.2 La réduction de l'impôt préalable déductible en présence de subventions est précisée dans les brochures éditées par l'Administration fédérale ainsi que dans une circulaire de l'Office fédéral des transports de décembre 1995, adressée aux entreprises de transports publics et intitulée « Subventions et TVA ».
La circulaire précitée prévoit que la réduction de l'impôt préalable déductible liée à l'octroi de subventions d'exploitation est calculée par approximation. Le montant de la réduction s'obtient en multipliant celui des subventions d'exploitation par un taux forfaitaire de 2,2% à l'origine (pour un taux de TVA de 6,5%). Ce taux a été augmenté à 2,7% lorsque le taux de TVA est passé à 7,6%, soit le 1er janvier 1999. Une nouvelle augmentation (à 3,5%) avec effet au 1er janvier 2004 a été décidée notamment pour tenir compte du fait que les réductions de personnel avec, comme corrélatif, le recours à l'externalisation (outsourcing) ont accru la part des charges grevées de TVA (communiqué du 30 janvier 2004, PJ no 21 à la réponse). S'agissant de l'impôt préalable grevant les investissements, la circulaire dispose qu'il peut être déduit en cas de financement à l'aide de fonds propres ou de fonds étrangers, alors qu'il ne peut être récupéré si les investissements ont été effectués grâce à des subventions (« contributions à fonds perdus »).
La brochure no 10 « Entreprises de transport concessionnaires (ETC), téléphériques et remontées mécaniques », valable à partir du 1er janvier 2001, distingue entre les contributions pour investissements (fréquemment appelées « contributions à fonds perdus ») et les contributions de fonctionnement (subventions d'exploitation). Si une entreprise de transport concessionnaire reçoit des contributions à fonds perdus, elle doit réduire proportionnellement l'impôt préalable afférent aux investissements en fonction de l'importance de ces contributions par rapport à l'investissement total - TVA incluse - (ch. 4.1.1 de la brochure précitée). Lorsqu'une telle entreprise bénéficie de contributions d'exploitation, la réduction de la déduction de l'impôt préalable s'effectue en principe au moyen du taux forfaitaire que l'Administration fédérale fixe en collaboration avec l'Office fédéral des transports (ch. 4.2).
Selon la brochure spéciale no 6 « Réduction de la déduction de l'impôt préalable en cas de double affectation », valable à partir du 1er janvier 2001, lorsque des subventions sont allouées pour couvrir le déficit d'exploitation, il y a lieu de réduire l'impôt préalable dans sa totalité, y compris celui afférent à des dépenses d'investissements. Si ces dépenses font l'objet de subventions particulières - en plus des contributions d'exploitation -, l'impôt préalable y afférent est réduit en proportion des subventions d'investissements perçues; s'il reste un solde d'impôt préalable déductible après cette opération, il peut être réduit au titre des contributions d'exploitation (ch. 1.1.4.1 et 1.1.4.3 de la brochure précitée).
Selon la brochure spéciale no 6 « Réduction de la déduction de l'impôt préalable en cas de double affectation », valable à partir du 1er janvier 2001, lorsque des subventions sont allouées pour couvrir le déficit d'exploitation, il y a lieu de réduire l'impôt préalable dans sa totalité, y compris celui afférent à des dépenses d'investissements. Si ces dépenses font l'objet de subventions particulières - en plus des contributions d'exploitation -, l'impôt préalable y afférent est réduit en proportion des subventions d'investissements perçues; s'il reste un solde d'impôt préalable déductible après cette opération, il peut être réduit au titre des contributions d'exploitation (ch. 1.1.4.1 et 1.1.4.3 de la brochure précitée).
3. 3.1 A l'appui de sa conclusion principale, la recourante relève que ni la brochure no 10 ni la circulaire précitée ne prévoit que la réduction (forfaitaire) de l'impôt préalable liée aux subventions d'exploitation porte également sur l'impôt grevant les investissements. Elle conteste l'argument avancé par l'Administration fédérale pour justifier une réduction forfaitaire étendue à l'impôt préalable sur les investissements, à savoir l'existence d'un lien économique entre la subvention d'exploitation et l'impôt grevant les investissements. De l'avis de l'Administration fédérale, en effet, un tel lien existe, du fait que les investissements doivent être régulièrement amortis et que ces amortissements accroissent le déficit d'exploitation que les subventions en cause doivent couvrir. La recourante nie l'existence de ce lien. Selon elle, les amortissements peuvent être financés aussi bien par du chiffre d'affaires imposable que par des subventions d'exploitation et il n'est pas possible de déterminer de façon analytique quelles recettes servent à leur financement. De plus, dans le cas particulier, les amortissements portent pour une grande partie (49% en 2001 et 39% en 2002) sur des investissements (bâtiments, matériel roulant) qui ne sont pas grevés d'impôt préalable, puisqu'ils ont été effectués avant l'introduction de la TVA le 1er janvier 1995. Enfin, la recourante soutient que, dans le cas où un investissement est financé à l'aide d'un prêt d'une collectivité, laquelle abandonne par la suite sa créance (abandon qui est considéré comme une subvention d'exploitation l'année où il a lieu), le raisonnement de l'Administration fédérale conduit à réduire deux fois l'impôt préalable grevant le même bien: une première fois par le biais de l'amortissement et une seconde lors de l'abandon. Les conséquences fiscales seraient très différentes du cas où le même bien est financé à l'aide d'une subvention d'investissement, ce qui serait contraire au principe de la neutralité de l'impôt.
A l'appui de sa conclusion subsidiaire, la recourante soutient que les effets de la réduction de la déduction de l'impôt préalable doivent être examinés annuellement et que la correction ne saurait excéder l'impôt préalable annuel. De son point de vue, le but de la réduction, à savoir d'éviter que l'assujetti qui perçoit une subvention bénéficie d'un avantage supplémentaire par le biais de la déduction de l'impôt préalable, est pleinement atteint lorsque l'impôt préalable a été entièrement réduit. Il serait pour le moins douteux que l'art. 38 al. 8 en relation avec l'art. 58 al. 3 LTVA constitue une base légale suffisante pour permettre un « impôt préalable négatif ». Admettre que la réduction de l'impôt préalable déductible puisse être supérieure à l'impôt préalable lui-même reviendrait à imposer la subvention au taux de 2,7%, en violation de l'art. 33 al. 6 lettre a LTVA. Cela serait de plus « difficilement compatible » avec le principe de neutralité de l'impôt.
3.2 La circulaire de l'Office fédéral des transports et la brochure no 10 n'envisagent pas - ni dans le texte ni dans les exemples chiffrés - le cas où la réduction de l'impôt préalable au titre de la subvention d'exploitation est supérieure à l'impôt préalable grevant les charges d'exploitation; elles ne tranchent par conséquent pas non plus la question de savoir si, dans la mesure où la réduction excède l'impôt acquitté sur les charges d'exploitation, elle doit porter également sur l'impôt grevant les investissements. Cette question est traitée en revanche dans la brochure spéciale no 6, qui la résout par l'affirmative (cf. consid. 2.2).
Dans l'intention du législateur, la réduction de l'impôt préalable déductible lorsque des subventions sont perçues doit éviter que les assujettis qui en bénéficient puissent annuler leur dette d'impôt voire faire valoir une créance à l'égard du fisc en portant en compte l'impôt préalable acquitté sur des biens et services acquis à l'aide des subventions, ce qui constituerait un autre « subventionnement » indirect. Pour que cet objectif soit pleinement atteint, il importe que la réduction soit entièrement effectuée. S'agissant d'une subvention d'exploitation, cela ne pose pas problème lorsque la réduction est calculée selon la méthode effective: l'impôt préalable acquitté est alors réduit dans la proportion existant entre le montant de la subvention et le chiffre d'affaires total (cf. la brochure spéciale no 6, précitée, ch. 1.1.4.3); la réduction est donc en principe inférieure ou égale au montant de l'impôt préalable. Il en va différemment lorsque la réduction au titre de la subvention d'exploitation est calculée selon la méthode forfaitaire: dans ce cas, la somme obtenue en multipliant le montant de la subvention par le taux forfaitaire peut être supérieure non seulement à l'impôt préalable acquitté sur les charges d'exploitation, mais aussi à l'impôt préalable global, grevant tant les charges d'exploitation que les investissements. Dans cette situation, il n'y a pas lieu de limiter la réduction à l'impôt préalable afférent aux charges d'exploitation ou à l'impôt préalable global: une telle limitation n'est pas prévue par la loi et serait contraire à l'objectif poursuivi par le législateur. Il en résulte un montant d'impôt préalable déductible négatif, c'est-à-dire un montant d'impôt à payer. Cela ne constitue pas, comme le prétend la recourante, un impôt sur la subvention, mais revient à anticiper la réduction de l'impôt préalable qui sera acquitté durant les périodes fiscales ultérieures, celui de la période en cause étant insuffisant pour effectuer la réduction dans son intégralité. Une autre solution - plus compliquée - consisterait à reporter le solde de la réduction de l'impôt préalable déductible d'une période à l'autre.
Limiter annuellement la réduction forfaitaire au montant de l'impôt préalable grevant les charges d'exploitation ou à la somme globale de l'impôt préalable - acquitté aussi bien sur les charges d'exploitation que sur les investissements -, comme le voudrait la recourante, reviendrait à la faire dépendre de certains aléas économiques (p. ex. l'importance des charges grevées d'impôt préalable durant l'exercice considéré), voire permettrait à l'assujetti d'éluder la réduction prévue par la loi en planifiant ses dépenses grevées d'impôt préalable. Il serait ainsi possible de limiter ces dépenses l'année où la subvention est perçue, de manière à réduire l'impact de la réduction. Les moyens mis à disposition sous forme de subvention seraient utilisés lors de l'exercice suivant, avec l'avantage de pouvoir déduire entièrement l'important impôt préalable qui serait alors acquitté.
Au demeurant, la méthode de calcul préconisée par la recourante mêle des éléments forfaitaires et des éléments effectifs, ce qui n'est pas admissible. Elle conduirait de plus à une inégalité de traitement des entreprises subventionnées entre elles - selon le type de subvention perçue - et par rapport aux autres contribuables.
Au vu de ce qui précède, il convient d'admettre que la réduction forfaitaire - au titre de la subvention d'exploitation - de l'impôt préalable déductible n'est limitée ni à l'impôt préalable grevant les charges d'exploitation de l'exercice considéré, ni à la somme globale de l'impôt préalable, acquitté aussi bien sur les charges d'exploitation que sur les investissements.
Il y a lieu finalement de rappeler que les résultats auxquels conduit la réduction forfaitaire doivent s'apprécier sur plusieurs années. En l'occurrence, l'intimée a démontré que, pour les périodes fiscales en cause, la réduction calculée selon la méthode approximative du forfait est inférieure à celle qui aurait résulté de l'application de la méthode effective (décision sur réclamation, consid. 5.1). Partant, la méthode forfaitaire est à l'avantage de la recourante. Si tel ne devait plus être le cas, celle-ci aurait du reste la faculté de revenir à la méthode effective, sous réserve d'un délai de 5 ans (décision entreprise, p. 7, avec référence au courrier de l'intimée du 10 janvier 2001).
Il y a lieu finalement de rappeler que les résultats auxquels conduit la réduction forfaitaire doivent s'apprécier sur plusieurs années. En l'occurrence, l'intimée a démontré que, pour les périodes fiscales en cause, la réduction calculée selon la méthode approximative du forfait est inférieure à celle qui aurait résulté de l'application de la méthode effective (décision sur réclamation, consid. 5.1). Partant, la méthode forfaitaire est à l'avantage de la recourante. Si tel ne devait plus être le cas, celle-ci aurait du reste la faculté de revenir à la méthode effective, sous réserve d'un délai de 5 ans (décision entreprise, p. 7, avec référence au courrier de l'intimée du 10 janvier 2001).
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, la recourante supporte les frais judiciaires (art. 156 al. 1 OJ) et n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 10'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
2. Un émolument judiciaire de 10'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie à la mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions et à la Commission fédérale de recours en matière de contributions.
Lausanne, le 20 juin 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: