Sachverhalt:
A. X._ besitzt gegen Z._ einen Pfändungsverlustschein über Fr. 223'177.--. In der gestützt hierauf eingeleiteten Betreibung erhob die Schuldnerin Rechtsvorschlag. Am 5. Juli 2006 erhielt X._ die provisorische Rechtsöffnung. Die Aberkennungsklage wies das Bezirksgericht Zürich am 8. Oktober 2010 ab. In der Zwischenzeit hatte X._ am 12. Januar 2007 die provisorische Pfändung verlangt. In der Pfändungsurkunde vom 17. April 2007 waren nebst einem Teil des damaligen Lohnes verschiedene Vermögensgegenstände im Betrag von rund Fr. 50'000.-- gepfändet worden. Nachdem die Pfändung definitiv geworden war, verlangte X._ am 15. November 2011 die Verwertung.
Zwischenzeitlich war Z._ am 2. August 2011 verstorben. Sie hinterliess als gesetzliche Erben die Mutter S._ und die Schwester T._, welche im Sinn von Art. 392 Ziff. 1 und Art. 393 Ziff. 2 aZGB verbeiständet ist.
Am 10. August 2011 wurde das Testament eröffnet. Mit Urteil vom 2. September 2011 stellte das Bezirksgericht Zürich den gesetzlichen Erben eine Kopie des Testaments zu. Mit Urteil vom 20. Dezember 2011 wurde zu Protokoll genommen, dass S._ mit Erklärung vom 1. Oktober 2011 das Erbe ausgeschlagen hatte. Zudem wurde gestützt auf Art. 553 Abs. 1 Ziff. 1 ZGB die Aufnahme eines Inventars über den Nachlass angeordnet.
Mit Beschluss vom 2. April 2012 nahm die Vormundschaftsbehörde der Stadt Zürich das Inventar im Namen der verbeiständeten T._ ab und leitete es an den Bezirksrat Zürich weiter. Am 7. Mai 2012 beantragte der Beistand bei der Vormundschaftsbehörde die Genehmigung zur Ausschlagung des Erbes. Am 21. Juni 2012 erklärte er beim Bezirksgericht Zürich für die Verbeiständete die Ausschlagung des Nachlasses, unter Vorbehalt der Genehmigung durch die Aufsichtsbehörde. Am 28. August 2012 beantragte die Vormundschaftsbehörde beim Bezirksrat die Genehmigung der Ausschlagung. Dieser stimmte mit Beschluss vom 20. September 2012 zu.
In der Folge nahm das Bezirksgericht Zürich mit Urteil vom 24. September 2012 im Sinn von Art. 570 Abs. 3 ZGB die Ausschlagung zu Protokoll. Es erwog, dass mit der Erklärung vom 21. Juni 2012 die ab Abnahme des Nachlassinventars am 2. April 2012 laufende dreimonatige Ausschlagungsfrist von Art. 568 ZGB eingehalten sei, und stellte fest, dass somit alle gesetzlichen Erben ausgeschlagen hätten, wovon dem Konkursrichter im Sinn der Erwägungen Kenntnis zu geben sei.
B. Gestützt hierauf ordnete das Konkursgericht Zürich mit Urteil vom 27. September 2012 die konkursamtliche Liquidation der Erbschaft an und beauftragte das Konkursamt Altstetten-Zürich mit dem Vollzug.
Gegen dieses Konkurserkenntnis erhob X._ am 22. Oktober 2012 Beschwerde beim Obergericht des Kantons Zürich mit dem Hauptbegehren, dass der Nachlass nicht konkursamtlich zu liquidieren sei.
Mit Urteil vom 29. November 2012 trat das Obergericht des Kantons Zürich auf die Beschwerde nicht ein. Es erwog, dass im Rahmen von Art. 174 i.V.m. 194 SchKG in erster Linie der Schuldner bzw. vorliegend die Erben zur Beschwerdeführung legitimiert seien und ferner ein Gläubiger, welcher das Konkursbegehren gestellt hat, nicht aber andere Gläubiger.
C. Gegen dieses Urteil hat X._ am 15. Januar 2013 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben, im Wesentlichen mit dem Begehren, dass der Nachlass nicht konkursamtlich zu liquidieren, eventualiter die Sache zur Abklärung der für die Konkurseröffnung massgeblichen Tatsachen an das Obergericht zurückzuweisen sei. Mit Präsidialverfügung vom 29. Januar 2013 wurde der Beschwerde in dem Sinn die aufschiebende Wirkung erteilt, dass konkursamtliche Vollstreckungsmassnahmen zu unterbleiben haben und die beim Betreibungsamt Zürich 3 hängige Betreibung gegen den Nachlass nicht eingestellt werden darf. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Mit paralleler Beschwerde, die Gegenstand des Verfahrens 5A_44/2012 bildet, hat X._ den weiteren Nichteintretensentscheid des Obergerichtes betreffend sein Rechtsmittel gegen das Urteil des Bezirksgerichts Zürich angefochten, mit welchem am 24. September 2012 die Ausschlagungserklärung protokolliert wurde.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein obergerichtlicher Entscheid betreffend Konkurseröffnung (Art. 174 i.V.m. 194 SchKG), welcher streitwertunabhängig in den Anwendungsbereich der Beschwerde in Zivilsachen fällt (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. d und Art. 75 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Entscheid teilgenommen (Art. 76 Abs. 1 lit. a BGG) und er hat ein schutzwürdiges Interesse an der Klärung der Frage, ob das Obergericht zu Recht auf sein kantonales Rechtsmittel nicht eingetreten ist oder ob es dieses materiell hätte prüfen müssen (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG; BGE 135 II 145 E. 3.1 S. 148; Urteile 5A_503/2010 vom 28. März 2011 E. 1.3; 5A_360/2011 vom 25. Januar 2012 E. 1.2).
2. Das Obergericht ist auf die kantonale Beschwerde nicht eingetreten mit der Erwägung, Drittgläubiger seien nicht zur Weiterziehung des Konkurserkenntnisses legitimiert.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Drittgläubiger (d.h. solche, die nicht selbst das Konkursbegehren gestellt haben) nicht zur Beschwerdeerhebung im Sinn von Art. 174 SchKG legitimiert, und zwar insbesondere auch nicht bei einer Konkurseröffnung auf eigenes Begehren (BGE 111 III 66; 123 III 402). Umso weniger können sie dort legitimiert sein, wo die Konkurseröffnung auf entsprechende Meldung der die Ausschlagung protokollierenden Behörde hin ergangen ist. Kern der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist, dass die Konkurseröffnung blosse Reflexwirkungen auf die Gläubigerrechte hat (BGE 111 III 66 E. 2 S. 68) und Art. 174 Abs. 1 SchKG, auf welchen Art. 194 SchKG verweist, ausdrücklich von den "Parteien" spricht (BGE 123 III 402 E. 3a S. 403). Gläubiger, welche nicht selbst das Konkursbegehren gestellt haben, nehmen nicht am Konkursverfahren teil; sie sind deshalb keine Parteien im Sinn von Art. 174 Abs. 1 SchKG. Im Übrigen haben Gläubiger keine geschützte Position mit Bezug auf eine bestimmte Art der Zwangsvollstreckung; vielmehr werden die Modalitäten der Forderungsdurchsetzung gerade durch das SchKG geregelt, nach dessen Bestimmungen es auch bei einem grundsätzlich nicht der Konkursbetreibung unterliegenden Schuldner (vgl. Art. 39 SchKG) zum Konkurs kommen kann. Dass die Eröffnung des Konkurses konkrete Auswirkungen auf die Gläubiger hat, liegt in der Natur der Sache; indes handelt es sich dabei nach dem Gesagten um Reflexwirkungen. Das Obergericht hat mithin kein Bundesrecht verletzt, wenn es auf die Beschwerde gegen das Konkurserkenntnis nicht eingetreten ist.
3. Der Vollständigkeit halber sei kurz dargestellt, dass nach den zutreffenden subsidiären Erwägungen des Obergerichts der Standpunkt des Beschwerdeführers ohnehin auch materiell nicht zutreffen könnte.
Sobald die zuständige Behörde das Konkursgericht benachrichtigt hat, dass sämtliche Erben ausgeschlagen haben (Art. 193 Abs. 1 Ziff. 1 SchKG), ordnet dieses die konkursamtliche Liquidation an (Art. 193 Abs. 2 SchKG). Lehre und Praxis billigen dem Konkursgericht mehrheitlich eine eingeschränkte Kognition dahingehend zu, dass es bei offensichtlich verspäteter Ausschlagung die Konkurseröffnung ablehnen darf (Appellationshof des Kantons Bern vom 26. Januar 2001, in: BlSchK 2002 S. 30; BRUNNER/BOLLER, in: Basler Kommentar, N. 14b zu Art. 193 SchKG; HUBER, in: Kurzkommentar SchKG, N. 10 zu Art. 193 SchKG; TUOR/PICENONI, in: Berner Kommentar, N. 8a zu Art. 571 ZGB; wohl auch ESCHER, in: Zürcher Kommentar, N. 19 zu Art. 571 ZGB).
Vorliegend hat sich das Konkursgericht auf das Urteil des Bezirksgerichts Zürich vom 24. September 2012 gestützt, bei welchem die dreimonatige Ausschlagungsfrist in den Erwägungen ausdrücklich thematisiert und deren Einhaltung bejaht worden war. Vor diesem Hintergrund ist nicht ersichtlich, inwiefern die vom Beschwerdeführer behauptete angebliche Verspätung augenfällig sein soll. Vor dem Hintergrund der vorerwähnten Kognition kann Art. 255 lit. a ZPO nicht verletzt sein. Im Übrigen stellt die Einhaltung der Frist gemäss Art. 567 Abs. 1 ZGB eine materielle Frage dar, welche grundsätzlich im ordentlichen Prozess zu klären ist (vgl. dazu E. 3 im Parallelentscheid 5A_44/2013 heutigen Datums).
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist. Die Gerichtskosten sind folglich dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Gegenpartei verlangt für die Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung keine Entschädigung und sie ist auch nicht anwaltlich vertreten, so dass sich die Zusprechung einer Entschädigung erübrigt.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungsamt Zürich 9, dem Betreibungsamt Zürich 3, dem Konkursamt Altstetten-Zürich, dem Handelsregisteramt des Kantons Zürich, der Vormundschaftsbehörde der Stadt Zürich (neu Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde) sowie dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. April 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli