Faits:
A. A._, né en 1951, dispose d'un CFC de boulanger-pâtissier acquis en 1969. Dès 1980, il a travaillé en qualité de maître d'atelier protégé auprès de Y._. Souffrant de troubles psychiques invalidants, il a été mis au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité à partir du 1er avril 1999, puis d'une rente entière à compter du 1er juillet 1999, fondées sur un degré d'invalidité de 64 %, respectivement de 100 %. Depuis lors, il a travaillé à temps partiel (50 à 60 %) à titre bénévole comme aide de cuisine et aide de maison auprès d'un foyer (centre de conférences).
Dans le cadre d'une révision du droit à la rente, initiée en 2002, l'assuré a été soumis à une expertise psychiatrique effectuée par le docteur K._, chef de clinique au Service de psychiatrie pour adultes à l'Hôpital X._. Ce médecin a attesté, dans un rapport du 14 février 2008, que l'assuré n'était plus atteint dans sa santé psychique et que sa capacité de travail était entière sur ce plan.
Pour ce motif, sans procéder à une comparaison de revenus, l'Office cantonal de l'assurance-invalidité du canton de Genève a supprimé la rente par décision du 14 mai 2008.
B. A._ a déféré cette décision au Tribunal des assurances sociales de la République et canton de Genève.
Par jugement du 17 décembre 2008, la juridiction cantonale a admis partiellement le recours et lui a alloué un quart de rente d'invalidité à partir du 1er juillet 2008, fondé sur un degré d'invalidité de 46 %.
C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant à la confirmation de sa décision du 14 mai 2008.
L'assuré intimé conclut implicitement au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Par ordonnance du 23 mars 2009, le Juge instructeur a admis la requête d'effet suspensif au recours présentée par l'office AI.
Considérant en droit:
1. Le litige porte sur le taux d'invalidité du recourant. La juridiction cantonale a exposé correctement les règles légales applicables à la solution du litige, si bien qu'il suffit de renvoyer au jugement attaqué.
2. Se fondant sur le rapport d'expertise du docteur K._ du 14 février 2008, les premiers juges ont constaté que l'intimé avait recouvré une pleine capacité de travail.
Le tribunal des assurances a arrêté le revenu sans invalidité à 114'805 fr. 20, représentant le salaire annuel dont l'intimé aurait disposé en octobre 2008 s'il avait conservé son emploi chez Y._. Pour déterminer le revenu d'invalide, le tribunal s'est fondé sur les statistiques salariales tirées de l'Enquête suisse sur la structure des salaires; singulièrement, la table TA3_SP ainsi qu'un niveau de qualification 3 (hommes avec des connaissances professionnelles spécialisées) ont été pris en considération, tandis que l'abattement a été porté à 15 %, aboutissant à un gain annuel de 62'201 fr. 80 (soit un taux d'invalidité de 46 %).
3. Dans son recours, l'office AI rappelle que l'activité de l'intimé auprès de Y._ était rémunérée selon la classe 15 à l'Etat de Genève. Il estime dès lors qu'en raison du niveau de qualification de l'intimé, de ses connaissances professionnelles et de son cursus, le tribunal cantonal n'aurait pas dû tenir compte d'un niveau de qualification 3 pour déterminer le gain d'invalide, mais d'un niveau de qualification 2 (travail indépendant très qualifié). A son avis, le revenu annuel d'invalide devrait être fixé à 79'460 fr. après déduction de 15 % (table TA7, pour un homme exerçant une activité de niveau 2, dans le domaine des professions sociales), de sorte que la comparaison des revenus (le gain sans invalidité de 114'805 fr. 20 n'étant pas contesté) aboutirait à un taux de 31 %, insuffisant pour justifier un droit à la rente.
4. 4.1 Les premiers juges ont retenu que l'état de santé de l'intimé s'était amélioré et qu'il avait recouvré une capacité de travail entière dans toute activité, y compris celle exercée avant la survenance de l'invalidité (consid. 9 in fine, consid. 10 in initio du jugement).
Ce constat de fait doit être rectifié dans la mesure où il concerne la capacité de travail (art. 105 al. 2 LTF). En effet, dès lors que les juges cantonaux ont reconnu que l'intimé présentait une fragilité psychique certaine (consid. 12b in fine du jugement attaqué), on doit considérer que l'exercice de l'ancienne activité le confronterait à nouveau à ses difficultés psychiques. Si une capacité de travail entière dans la profession de maître d'atelier protégé ne peut ainsi être retenue, on doit néanmoins admettre avec la juridiction cantonale que l'intimé a bien recouvré une capacité de travail totale dans une activité adaptée.
4.2 La fixation du revenu sans invalidité de l'intimé relève d'une question de fait (arrêt 9C_24/2009 consid. 1.2, publié in SVR 2009 IV n° 34 p. 95) qui n'est pas litigieuse dans le cas d'espèce. En revanche, le choix du niveau de qualification professionnelle (1+2, 3 ou 4), en tant que facteur entrant dans la détermination du gain d'invalide sur la base des statistiques salariales (cf. ATF 124 V 321), se fonde sur l'expérience générale de la vie et constitue dès lors une question de droit que le Tribunal fédéral peut revoir librement (arrêt 9C_24/2009 précité; arrêt I 732/06 du 2 mai 2007, consid. 4.2.2, publié in SVR 2008 IV n° 4 p. 9).
Il s'agit de déterminer si la juridiction cantonale de recours aurait dû tenir compte d'un niveau de qualification 2 lorsqu'elle a arrêté le gain d'invalide sur la base des statistiques salariales, comme l'office recourant le soutient. A supposer que l'on puisse se fonder sur un tel niveau de qualification (correspondant à un travail indépendant et très qualifié) lorsqu'il s'agit de fixer le salaire d'invalide d'un maître d'atelier protégé qui vient d'interrompre son activité professionnelle, il n'en va plus de même lorsque l'intéressé est resté éloigné de sa profession depuis de nombreuses années. Dans le cas d'espèce, neuf ans se sont écoulés entre le moment où l'intimé a quitté sa fonction et celui où il a été reconnu à nouveau entièrement apte à travailler par l'AI. Durant cette période, l'intimé a travaillé à temps partiel bénévolement comme aide de cuisine et aide de maison dans un foyer, si bien qu'on peut raisonnablement admettre qu'il n'a aujourd'hui plus guère d'expérience professionnelle en tant que maître d'atelier protégé. Au demeurant, on relèvera qu'à la lumière des pièces du dossier l'activité de maître d'atelier protégé a été exercée sans titre professionnel spécifique, l'intimé n'étant au bénéfice que d'un CFC de boulanger-pâtissier, et que l'activité en tant que telle est particulière et peu répandue sur le marché du travail même équilibré.
En tenant compte d'un niveau de qualification 3 (connaissances professionnelles spécialisées) pour déterminer le gain d'invalide, la juridiction cantonale n'a donc pas violé le droit fédéral.
On précisera que le recours à la table TA7 (mémoire de recours) plutôt qu'à la table TA3_SP (jugement attaqué) ou TA1 pour déterminer le gain d'invalide n'a pas d'incidence sur l'issue du litige. Le recours est mal fondé.
5. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de procédure (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, à l'Office fédéral des assurances sociales et à la Caisse cantonale genevoise de compensation.
Lucerne, le 23 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Berthoud