Erwägungen:
1. X._ (geb. 1980), indonesischer Staatsangehöriger, reiste am 15. Juli 2008 mit einem Touristenvisum in die Schweiz. Am 17. September 2008 ging er mit dem Schweizer Y._ eine registrierte Partnerschaft ein und erhielt in der Folge eine - letztmals bis 16. September 2010 verlängerte - Aufenthaltsbewilligung. Am 30. Januar 2010 verstarb Y._ (Suizid). Mit Verfügung vom 30. Juli 2010 widerrief das Migrationsamt des Kantons Zürich die Aufenthaltsbewilligung. Rekurs an die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich und die anschliessende Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich blieben erfolglos.
Vor Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2011 aufzuheben und ihm die Aufenthaltsbewilligung zu verlängern.
Mit Verfügung vom 15. September 2011 erkannte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich verzichtet auf einen Antrag und eine Vernehmlassung; das Bundesamt für Migration beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
2. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG mit summarischer Begründung abgewiesen wird.
2.1 Anfechtungsobjekt bildet die Widerrufsverfügung (Scheinpartnerschaft) einer bereits gewährten Aufenthaltsbewilligung. Eine Beschwerde dagegen ist nicht mehr zulässig (Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG), da die widerrufene Aufenthaltsbewilligung inzwischen abgelaufen ist (vgl. BGE 136 II 497 E. 3.3 i.f. S. 501 f.). Allerdings haben bereits die Sicherheitsdirektion und das Verwaltungsgericht ihre Entscheide mit fehlenden Voraussetzungen für eine Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung begründet und demnach das ursprüngliche Anfechtungsobjekt ersetzt.
2.2 Ausländische gleichgeschlechtliche eingetragene Lebenspartner von Schweizer Bürgern haben unter Vorbehalt von Art. 51 Abs. 1 AuG Anspruch auf Erteilung und Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit ihrem Partner zusammenwohnen (Art. 42 Abs. 1 i.V.m. Art. 52 AuG). Der Lebenspartner des Beschwerdeführers ist verstorben. Es kann sich daher nur noch fragen, ob ihm gestützt auf Art. 50 Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 2 (i.V.m. Art. 52) AuG eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen ist; ein Anspruch nach Art. 50 Abs. 1 lit. a (i.V.m. Art. 52) AuG besteht nicht, da die Lebensgemeinschaft weniger als drei Jahre gedauert hat.
2.3 In Art. 50 Abs. 1 lit. b (i.V.m. Art. 52) AuG hat der Gesetzgeber den nach"ehelichen" ausländerrechtlichen Härtefall geregelt: Danach besteht nach Auflösung der Lebensgemeinschaft ein Rechtsanspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung für den Fall, dass "wichtige persönliche Gründe" einen "weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen" (dazu jüngst BGE 137 II 345 E. 3.2.1 S. 348 m.w.H.). Da Art. 50 Abs. 1 AuG von einem Weiterbestehen des Anspruchs nach Art. 42 und 43 AuG spricht, muss der Härtefall sich auf die Ehe bzw. die eingetragene Partnerschaft und den damit verbundenen Aufenthalt beziehen (vgl. BGE 137 II 345 E. 3.2.3 S. 350).
Zwar ist der Tod des Beschwerdeführers Lebenspartners ein einschneidendes Ereignis, doch vermag dies nicht ohne Weiteres einen Härtefallgrund darzustellen (vgl. BGE 137 II 1 E. 3.1 S. 3 ff., insbes. S. 5). Massgebend sind die gesamten Umstände des Einzelfalles, welche hier nicht für einen wichtigen Grund sprechen: Der Beschwerdeführer kannte seinen Lebenspartner - entsprechend dem für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhalt (Art. 105 Abs. 1 BGG) - nur kurze Zeit vor der Eintragung der gleichgeschlechtlichen Lebenspartnerschaft; die Beziehung hat insgesamt weniger als zwei Jahre gedauert. Der Beschwerdeführer ist zudem erst im Alter von 28 Jahren in die Schweiz eingereist, verbrachte seine prägenden Jahre in seiner Heimat Indonesien und war im Zeitpunkt des Widerrufs bzw. der Nichtverlängerung der Aufenthaltsbewilligung erst zwei Jahre in der Schweiz. Massgebend ist auch nicht, dass er in der Schweiz Arbeit und einen Bekanntenkreis aufgebaut hat, sich auf Deutsch verständigen kann und sich weiter integrieren will; entscheidend ist, ob die persönliche, berufliche und familiäre Wiedereingliederung der betroffenen ausländischen Person bei einer Rückkehr in ihre Heimat als stark gefährdet zu gelten hat und nicht, ob ein Leben in der Schweiz einfacher wäre und von ihr bevorzugt würde (vgl. BGE 137 II 345 E. 3.2.3 S. 350). Daran ändert auch nichts, dass er vorbringt, dass er als Homosexueller in Indonesien nicht bzw. kaum leben könne. Abgesehen davon, dass sich dieser "Härtefall" nicht auf die in der Schweiz eingetragene Lebenspartnerschaft und den damit verbundenen Aufenthalt bezieht (siehe oben), bestand doch seine Homosexualität bereits vor seiner Einreise in die Schweiz (vgl. dazu auch Urteil 2C_647/2010 vom 10. Februar 2011 E. 3.7 Abs. 2 i.f.), hat die Vorinstanz im Übrigen gestützt auf die Ausführungen des Bundesamtes für Migration überzeugend dargelegt, dass ein Homosexueller auch in Indonesien unbehelligt, allerdings kaum so wie in der Schweiz, leben könne; es kann deshalb diesbezüglich auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG).
2.4 Der Beschwerdeführer bringt sodann vor, dass ihm eine Gleichbehandlung mit EU-Bürgern gestützt auf Art. 8 Abs. 1 BV i.V.m. Art. 4 Anhang I des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit (FZA; SR 0.142.112.681) zustünde. Art. 4 Anh. I FZA nimmt Bezug auf die Verordnung (EWG) Nr. 1251/70 vom 29. Juni 1970 (ABl. L 142 vom 30. Juni 1970 S. 24) und auf die Richtlinie 75/34/EWG vom 17. Dezember 1974 (ABl. L 14 vom 20. Januar 1975 S. 10) über das Recht der Arbeitnehmer und selbständig Erwerbstätigen nach Beendigung ihrer Beschäftigung bzw. Tätigkeit im Hoheitsgebiet eines Vertragsstaates zu bleiben (dazu BGE 137 II 1 E. 3.2 S. 5 f.). Beim Todesfall eines EU-Bürgers könnten die Angehörigen in der Schweiz bleiben, wenn sich der verstorbene Arbeitnehmende mindestens zwei Jahre ständig in der Schweiz aufgehalten habe. Wenn er mit einem EU-Bürger somit eine gleichgeschlechtliche eingetragene Lebenspartnerschaft eingegangen wäre, stünde ihm nach zwei Jahren ein Verbleiberecht zu. Insofern stelle die Rechtsanwendung gestützt auf das AuG eine nach Art. 8 Abs. 1 BV verpönte Diskriminierung dar.
Die vom Beschwerdeführer ebenfalls angerufene Richtlinie 2004/38/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 29. April 2004 über das Recht der Unionsbürger und ihrer Familienangehörigen, sich im Hoheitsgebiet der Mitgliedstaaten frei zu bewegen und aufzuhalten, zur Änderung der Verordnung (EWG) Nr. 1612/68 und zur Aufhebung der Richtlinien 64/221/EWG, 68/360/EWG, 72/194/EWG, 73/148/EWG, 75/34/EWG, 75/35/EWG, 90/364/EWG, 90/365/EWG und 93/96/EWG (vgl. ABl. L 158 vom 30. April 2004 S. 77; geändert vgl. ABl. L 141 vom 27. Mai 2011 S. 1) ist nicht relevant: Die Verweise in Art. 4 Abs. 2 Anh. I FZA sind statische (vgl. die Fussnoten zu diesem Artikel); massgebend ist somit die Fassung der erwähnten EU-Erlasse im Zeitpunkt der Unterzeichnung und nicht eine durch jene Richtlinie geänderte inhaltliche Fassung.
Ob eine Diskriminierung vorliegt und falls ja, ob bzw. wie diese zu beheben wäre, kann offengelassen werden. Der Beschwerdeführer übersieht, dass er weniger als zwei Jahre Aufenthalt als Familienangehöriger des verstorbenen Schweizers hatte, weshalb eine Diskussion einer analogen Anwendung von vornherein nicht in Betracht fällt (vgl. auch MARC SPESCHA/ANTONIA KERLAND/PETER BOLZLI, Handbuch zum Migrationsrecht, 2010, S. 175 f.).
3. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Februar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass