Sachverhalt:
A. Die 3 Plus Group AG ist Veranstalterin des Fernsehprogramms TV 3+. Der Bundesrat erteilte ihr (damals noch als "Elevator TV AG") am 11. Januar 2006 die Konzession für die Dauer von zehn Jahren. Er ermächtigte sie darin, "nach den Vorschriften des RTVG und der RTVV ein deutschsprachiges Fernseh- und Radioangebot national zu veranstalten" (Art. 1 Abs. 1 der Konzession; BBl 2006 2679 ff.), welches "aus einem analogen und zwei digital verbreiteten TV-Programmen sowie aus einem Radioprogramm, das identisch ist mit der Tonspur des analogen Fernsehprogramms", besteht (Art. 1 Abs. 2 der Konzession). Am 9. November 2006 informierte die 3 Plus Group AG das Bundesamt für Kommunikation (BAKOM), dass sie am 31. August 2006 den Betrieb des analogen Fernsehprogramms aufgenommen habe und darauf verzichte, das bewilligte Radioprogramm zu realisieren. Am 5. Januar 2007 verlängerte das BAKOM der 3 Plus Group AG die Frist für die Inbetriebnahme der digitalen Fernsehprogramme bis zum 11. Januar 2008.
B. Am 3. April 2008 wies das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) ein Gesuch der 3 Plus Group AG vom 10. Dezember 2007 ab, ihr die Frist für die beiden digitalen Fernsehprogramme um ein weiteres Jahr zu verlängern; gleichzeitig beschränkte es die Konzession vom 11. Januar 2006 auf ein analog verbreitetes Fernsehprogramm. Das UVEK begründete seinen Entscheid im Wesentlichen damit, dass die 3 Plus Group AG seit der Erteilung der Konzession keine erkennbaren, Erfolg versprechenden Schritte unternommen habe, um die beiden digitalen Programme zu realisieren, weshalb sich ein erneutes Erstrecken der Inbetriebnahmefrist nicht rechtfertige. Die 3 Plus Group AG gelangte hiergegen erfolglos an das Bundesverwaltungsgericht.
C. Die 3 Plus Group AG beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 25. März 2009 aufzuheben und das UVEK anzuweisen, das Aufsichtsverfahren gegen sie einzustellen; allenfalls sei die Sache unter Wahrung des rechtlichen Gehörs neu zu beurteilen; eventuell sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und das UVEK anzuhalten, ihr eine angemessene Frist zur Aufnahme des Betriebs zweier digital verbreiteter TV-Programme anzusetzen. Die 3 Plus AG macht geltend, sie komme ihrer Pflicht zur Verbreitung digitaler Programme insofern bereits nach, als sie ein identisches Programm im analogen und digitalen Kabelnetz und (inzwischen) ein weiteres digitales Programm über Internet verbreite. Der angefochtene Entscheid greife in ihre Programmautonomie ein und sei unverhältnismässig. Mit der Einschränkung des Angebots auf die analoge Verbreitung werde sie auf einen Verbreitungsweg verpflichtet, der in naher Zukunft bedeutungslos sein werde. Das UVEK beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen.
D. Mit Verfügung vom 29. Mai 2009 hat der Abteilungspräsident das mit der Beschwerde verbundene Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts bezüglich rundfunkrechtlicher Aufsichtsentscheide kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden (vgl. Art. 99 des Bundesgesetzes vom 24. März 2006 über Radio und Fernsehen [RTVG 2006; SR 784.40] i.V.m. Art. 82 ff. BGG). Dies gilt indessen nicht, wenn sie sich auf Konzessionen beziehen, die Gegenstand einer "öffentlichen Ausschreibung" gebildet haben (Art. 83 lit. p Ziff. 1 BGG). Der Ausschlussgrund erstreckt sich auf alle Belange im Zusammenhang mit der Konzession. Im Unterschied zu Art. 99 Abs. 1 lit. d OG entfällt der Rechtsweg an das Bundesgericht somit nicht nur, wenn es um die Erteilung oder Verweigerung der Konzession als solcher geht, sondern bei allen diese berührenden Fragen. Die Regelung in Art. 83 lit. p Ziff. 1 BGG erfasst sämtliche Vorgänge, die nach Erteilung der Konzession diese betreffen (z.B. Erhöhung der Konzessionsgebühren, Erneuerung der Konzession usw.: Urteil 2C_679/2008 vom 27. Mai 2009 E. 4 mit Hinweisen auf die Doktrin).
1.2 Zwar beruht die Konzession der Beschwerdeführerin noch auf dem Bundesgesetz vom 21. Juni 1991 über Radio und Fernsehen (RTVG 1991, AS 1992 601) bzw. der Verordnung zu dieser (RTVV 1997, AS 1997 2903); sie wurde deshalb nicht öffentlich ausgeschrieben, doch ist der Ausschlussgrund von Art. 83 Abs. 1 lit. p Ziff. 1 BGG vorliegend auf sie dennoch anwendbar: Er ist als Teil des Bundesgesetzes vom 24. März 2006 über Radio und Fernsehen auf den 1. April 2007 zur Entlastung des Bundesgerichts in das Bundesgerichtsgesetz aufgenommen worden (Urteil 2C_679/2008 vom 27. Mai 2009 E. 4; Art. 106 RTVG 2006 [AS 2007 776]). Altrechtliche Konzessionen gelten bis zu ihrem Ablauf weiter (Art. 107 Abs. 1 RTVG 2006), doch sind übergangsrechtlich auf sie die Bestimmungen über Konzessionen mit Leistungsauftrag nach Art. 22 sowie die Konzessionsvorschriften des neuen Rechts (Art. 44 - 50) "sinngemäss" anzuwenden (vgl. BGE 2C_899/2008 vom 18. Juni 2009 E. 3). Im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängige Aufsichtsverfahren werden durch die nach neuem Recht zuständige Behörde beurteilt, wobei das neue Verfahrensrecht zur Anwendung kommt (Art. 113 Abs. 1 RTVG 2006; vgl. das Urteil 2A.73/2007 vom 30. Juli 2007 E. 2). Art. 83 Abs. 1 lit. p Ziff. 1 BGG gilt damit - allgemeinen Grundsätzen entsprechend (vgl. TSCHANNEN/ZIMMERLI/MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., 2009, § 24 N. 15 ff.; BGE 129 V 113 E. 2.2; 115 II 97 E. 2c S.101) - als verfahrensrechtliche Bestimmung demnach auch für aufsichtsrechtliche Verfahren, die sich (noch) auf eine altrechtliche Konzession stützen. Auf die vorliegende Beschwerde ist deshalb nicht einzutreten.
2. 2.1 Dasselbe gilt gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG: Danach ist vor Bundesgericht beschwerdebefugt, wer am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen hat oder daran nicht teilnehmen konnte, durch den angefochtenen Akt besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat. Dieses muss nicht nur bei der Beschwerdeeinreichung, sondern auch noch im Urteilszeitpunkt aktuell und praktisch sein (BGE 123 II 285 E. 4). Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Urteils, da die von ihr verlangten Filmförderungsbeiträge nach Art. 7 Abs. 2 RTVG 2006 gegenüber Art. 6 Abs. 1 ihrer Konzession verdoppelt würden, was die Deckung ihrer Betriebskosten erschwere. Zudem seien die Verwendungsmöglichkeiten der Filmförderungsbeiträge in Art. 6 Abs. 1 ihrer Konzession weiter gefasst und umfassten auch die Vermittlung von Filmen und die Förderung der Medienkunst allgemein.
2.2 Sie übersieht, dass die Frage der Filmförderungsbeiträge nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids bildet und somit im vorliegenden Verfahren nicht zu beurteilen ist. Die entsprechende Problematik bildet Gegenstand einer separaten Verfügung, gegen die letztinstanzlich der Rechtsweg an das Bundesverwaltungsgericht offen stehen wird. Die vorliegend umstrittene Beschränkung der altrechtlichen Konzession auf ein analoges Programm hat keine Vorwirkungen bezüglich der Rechtsfrage, ob hinsichtlich der Filmförderungsabgabe altes Konzessionsrecht oder neues Gesetzesrecht anzuwenden sein wird, weshalb sich hieraus im vorliegenden Zusammenhang kein schutzwürdiges Interesse im Sinne von Art. 89 BGG ableiten lässt. Nach dem neuen Recht sind nur noch die Veranstalter mit Leistungsauftrag (mit oder ohne Gebührenanteil [Art. 38 und Art. 43 RTVG]) der Konzessionspflicht unterworfen (vgl. für die SRG Art. 25 RTVG; Urteil 2C_175/2009 vom 13. Juli 2009 E. 1.2). Andere private Anbieter bedürfen keiner Konzession mehr; für sie besteht lediglich eine allgemeine Meldepflicht (Art. 3 lit. a RTVG; BGE 2C_899/2008 vom 18. Juni 2009 E. 2.2.1). Die Beschränkung auf ein analog verbreitetes TV-Programm hat für die Beschwerdeführerin somit keine nachteiligen Folgen: Sie kann jederzeit auch ohne Konzession digitale Programme veranstalten. Sie hat deshalb kein Interesse daran, dass das Bundesgericht prüft, ob sie mit ihren inzwischen ausgestrahlten Digitalprogrammen die Voraussetzungen von Art. 1 Abs. 1 der Konzession erfüllt und das Departement diese gestützt auf Art. 12 lit. a der Konzession einschränken durfte, weil der Betrieb des Fernsehangebots nicht innert der zwölf Monate nach Erteilung der Konzession bzw. innerhalb der ihr bis zum 11. Januar 2008 gewährten Fristverlängerung konzessionskonform aufgenommen worden ist. Die Filmförderungsabgabe berechnet sich gemäss Art. 6 der Konzession nach den Bruttoeinnahmen der Beschwerdeführerin; diese ändern sich durch den angefochtenen Entscheid (auch indirekt) nicht, da die Beschwerdeführerin ihre Programmaktivitäten ohne Konzession im digitalen Bereich im heutigen oder in einem gegenüber der bisherigen Konzession gesteigerten Umfang aufrecht erhalten kann. Es bestand somit bereits bei Beschwerdeeinreichung kein schutzwürdiges Interesse an der Beurteilung der vorliegenden Eingabe. Ob unter diesen Umständen das Bundesverwaltungsgericht seinerseits zu Unrecht auf die bei ihm eingereichte Beschwerde eingetreten ist, kann dahingestellt bleiben, da die Beschwerdeführerin so (Prozessentscheid) oder anders (negativer Sachentscheid) vor der Vorinstanz nicht obsiegt hätte.
3. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu tragen (Art. 65 f. BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar