Sachverhalt:
A. Mit Verfügung des Friedensgerichts A._ vom 22. Dezember 2006 wurde Amtsbeistand Y._ in Anwendung von Art. 392 Abs. 2 und Art. 393 Abs. 2 ZGB zum Beistand von X._, geb. xxxx, ernannt. Dabei wurde ihm die Vertretung von X._ im Eheschutzverfahren sowie "die Besorgung und Verwaltung der finanziellen Belange, insbesondere die gemeinsame Liegenschaft in D._" übertragen.
B. Am 2. November 2009 reichte X._ gegen den Amtsbeistand eine Verantwortlichkeitsklage gemäss Art. 454 ff. ZGB ein mit dem Begehren um dessen Verurteilung zu einem gerichtlich zu bestimmenden, mindestens den Betrag von Fr. 100'000.-- übersteigenden Betrag. Geltend gemacht wurden Schadenspositionen im Zusammenhang mit der Kündigung der Krankenkassen-Zusatzversicherung, mit der Kündigung des Hypothekarvertrages und den Umständen des Hausverkaufes sowie der Höhe des Verkaufspreises, mit der Verfolgung von Rechtsansprüchen gegen die ehemaligen Mieter der Liegenschaft, mit der Miete von Geschäftsräumlichkeiten in B._, mit dem Verkauf des dortigen Maschinenparks und mit der Prämienbefreiung der Versicherung C._.
Nach Durchführung eines Beweisverfahrens wies das Kantonsgericht Freiburg die Klage mit Urteil vom 17. Januar 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen dieses Urteil hat X._ am 7. April 2011 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung und Verurteilung des Amtsbeistandes zu einem gerichtlich zu bestimmenden, mindestens den Betrag von Fr. 100'000.-- übersteigenden Betrages (in der Beschwerdebegründung wird ein Betrag von Fr. 157'200.-- aufgelistet). Ausserdem verlangt er die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Präsidialverfügung vom 4. Mai 2011 wurde der Beschwerde mit Bezug auf die kantonale Kostenfestsetzung die aufschiebende Wirkung erteilt. Mit Schreiben vom 26. August 2011 wurde mit dem Kantonsgericht Freiburg ein Meinungsaustausch eröffnet hinsichtlich der Weiterleitung der Eingabe vom 7. April 2011 an das Kantonsgericht zwecks Entgegennahme im Sinn einer Berufung gemäss ZPO (Art. 29 Abs. 2 BGG). Mit Schreiben vom 5. September 2011 erklärte sich das Kantonsgericht Freiburg zur Entgegennahme der Eingabe bereit und stellte in Aussicht, diese als kantonale Rechtsmittelinstanz und in anderer Besetzung zu beurteilen. Die Parteien liessen sich innert der gesetzten Frist nicht zur Weiterleitung der Eingabe vom 7. April 2011 vernehmen.
Erwägungen:
1. Wie die Aufsicht über die Vormundschaftsbehörden (dazu ausdrücklich Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 5 BGG) steht auch die Verantwortlichkeit des Beistandes in unmittelbarem Zusammenhang mit dem Zivilrecht, weshalb sie ebenfalls der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt (vgl. Urteil vom 5A_594/2008 vom 2. Dezember 2008 E. 1.2).
Mit Beschwerde in Zivilsachen anfechtbar sind nach Art. 75 Abs. 2 BGG jedoch nur solche Urteile, die von einem oberen kantonalen Gericht als Rechtsmittelinstanz entschieden wurden. Diese Anforderungen gelten für die nach dem 1. Januar 2011 eröffneten Urteile vollumfänglich, weil für diese der übergangsrechtliche Vorbehalt von Art. 130 Abs. 2 BGG keine Anwendung findet (vgl. BGE 137 III 127 E. 1 S. 128 f.).
Vorliegend war das Kantonsgericht bei Einleitung der Klage am 2. November 2009 gestützt auf Art. 149 GOG/FR als einzige kantonale Instanz entscheidzuständig. Der Entscheid wurde indes erst am 17. Januar 2011 gefällt und der Kanton Freiburg ist mithin verpflichtet, ein Rechtsmittel zur Verfügung zu stellen, wobei sich das betreffende Verfahren aufgrund von Art. 405 Abs. 1 ZPO/CH nach diesem Gesetz richtet und demgemäss die Berufung gemäss Art. 308 ff. ZPO/CH das gehörige Rechtsmittel ist (vgl. BGE 137 III 127 E. 1 S. 128 f.).
2. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass das Bundesgericht vorliegend zwar sachlich, nicht aber funktionell zuständig ist und deshalb auf die als Beschwerde in Zivilsachen eingereichte Eingabe vom 7. April 2011 nicht eingetreten werden kann. Diese ist an das Kantonsgericht Freiburg zu überweisen, welches sich im Rahmen des Meinungsaustausches zur materiellen Behandlung der Eingabe bereit erklärt hat (Art. 30 Abs. 2 BGG).
Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Kosten erhoben. Weil die Parteien betreffend Meinungsaustausch auf eine Vernehmlassung verzichtet haben, sind ihnen diesbezüglich keine Kosten entstanden, womit sich auch ein bundesgerichtlicher Entscheid über das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege erübrigt. Darüber sowie über die Kosten im Zusammenhang mit der Einreichung des Rechtsmittels wird im kantonsgerichtlichen Entscheid zu befinden sein.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die als Beschwerde in Zivilsachen bezeichnete Eingabe vom 7. April 2011 wird nicht eingetreten.
2. Die Eingabe wird zur weiteren Behandlung an das Kantonsgericht Freiburg überwiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, II. Zivilappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Oktober 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli