Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer wendet sich dagegen, dass auf eine Strafanzeige gegen zwei Beamte einer Strafanstalt wegen Unterdrückung von Urkunden und eventueller Verletzung des Post- und Fernmeldegeheimnisses nicht eingetreten wurde. Da die Staatsanwaltschaft am kantonalen Verfahren beteiligt war, ist der Beschwerdeführer indessen nicht Privatstrafkläger im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 BGG. Er wurde durch das angezeigte Verhalten auch nicht in seiner körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar beeinträchtigt und ist deshalb kein Opfer im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG in Verbindung mit Art. 2 Abs. 1 OHG. Als Geschädigter, der nicht Opfer ist, ist er jedoch zur vorliegenden Beschwerde nicht legitimiert (BGE 133 IV 228). Darauf ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Nachdem er aufgefordert wurde, dem Bundesgericht einen Kostenvorschuss zu bezahlen, teilte er mit, er sei dazu aus finanziellen Gründen nicht in der Lage. Die Eingabe ist als Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege entgegenzunehmen. Dieses ist indessen in Anwendung von Art. 64 BGG abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos waren, auf welche Möglichkeit der Beschwerdeführer in der Kostenvorschussverfügung im Übrigen hingewiesen wurde. Seiner finanziellen Lage ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Monn