A.- En 1992 et 1993, les sociétés Y._ SA et X._ SA ont déposé successivement plusieurs préavis de réduction de l'horaire de travail. A une exception près, la division du marché du travail de l'Office cantonal bernois de l'industrie, des arts et métiers et du travail (OCIAMT) ne s'est pas opposée à ces préavis.
A partir du 1er janvier 1993, la société X._ SA a repris l'ensemble du personnel de Y._ SA. Cette dernière a été déclarée en faillite le 8 novembre 1994.
L'administration de la faillite a été confiée à une administration spéciale.
L'ex-Office fédéral de l'industrie, des arts et métiers et du travail (OFIAMT) a pratiqué un contrôle des indemnités versées aux deux sociétés (rapports provisoire du 15 novembre 1993 et définitif du 6 janvier 1994). Se fondant sur les conclusions de ces rapports, la succursale de Z._ de la Caisse cantonale bernoise d'assurance-chômage a réclamé à X._ SA, par décision du 20 janvier 1994, la restitution d'un montant de 89'266 fr. 90, représentant des indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail payées en trop en 1992 et 1993.
X._ SA et Y._ SA, en faillite, représentée par son administrateur, ont recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif du canton de Berne.
Statuant le 12 février 1996, le tribunal administratif a partiellement admis le recours porté devant lui et il a annulé la décision litigieuse dans la mesure où elle fixait à 89'266 fr. 90 le montant que X._ SA était tenue de restituer. Il a renvoyé la cause à l'OCIAMT pour nouveau calcul, au sens des motifs, du montant exact que les sociétés recourantes étaient tenues de restituer et nouvelle décision.
Saisi d'un recours de l'OFIAMT, le Tribunal fédéral des assurances, par arrêt du 20 novembre 1997, a annulé le jugement attaqué (C 69/96).
B.- Le 2 novembre 1999, X._ SA a sollicité la remise de l'obligation de restituer la somme de 89'266 fr. 90.
Par décision du 22 janvier 2001, l'OCIAMT a rejeté la demande, au motif que la requérante ne pouvait se prévaloir de sa bonne foi.
C.- Par jugement du 8 novembre 2001, le Tribunal administratif du canton de Berne a rejeté le recours formé contre cette décision par X._ SA.
D.- X._ SA interjette un recours de droit administratif en concluant, avec suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement attaqué et, en conséquence, à l'admission de sa demande de remise. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'OCIAMT pour qu'il statue sur la question de la rigueur manifeste en rapport avec la demande de remise.
L'OCIAMT renonce à prendre position. Les premiers juges ont présenté des observations, tandis que le Secrétariat d'Etat à l'économie (seco) ne s'est pas déterminé sur le recours.
Considérant en droit :
1.- Le procès concernant la remise de l'obligation de restituer des prestations n'a pas pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance (ATF 122 V 136 consid. 1, 223 en haut). Dès lors, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si les premiers juges ont violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de leur pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
2.- a) Selon l'art. 95 al. 2 LACI, si le bénéficiaire était de bonne foi en acceptant des prestations indues et si leur restitution devait entraîner des rigueurs particulières, on y renoncera, sur demande, en tout ou partie. La possibilité d'une telle remise est également ouverte aux personnes morales (ATF 122 V 274 consid. 4 in fine).
En ce qui concerne la notion de bonne foi, la jurisprudence développée à propos de l'art. 47 al. 1 LAVS vaut par analogie en matière d'assurance-chômage (DTA 2001 n° 18 p. 162 consid. 3a). C'est ainsi que l'ignorance, par le bénéficiaire, du fait qu'il n'avait pas droit aux prestations ne suffit pas pour admettre qu'il était de bonne foi.
Il faut bien plutôt que le bénéficiaire des prestations ne se soit rendu coupable, non seulement d'aucune intention malicieuse, mais aussi d'aucune négligence grave. Il s'ensuit que la bonne foi, en tant que condition de la remise, est exclue d'emblée lorsque les faits qui conduisent à l'obligation de restituer (ou violation du devoir d'annoncer ou de renseigner) sont imputables à un comportement dolosif ou à une négligence grave. En revanche, l'intéressé peut invoquer sa bonne foi lorsque l'acte ou l'omission fautifs ne constituent qu'une violation légère de l'obligation d'annoncer ou de renseigner (ATF 112 V 103 consid. 2c, 110 V 180 consid. 3c; DTA 2001 n° 18 consid. 3a).
b) En matière d'indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail, c'est à l'employeur qu'il incombe de communiquer à l'administration, à la demande de celle-ci, tous les documents et informations nécessaires à un examen approfondi du droit à l'indemnité, lorsque des doutes apparaissent et qu'un tel examen se révèle après coup indispensable (ATF 124 V 385 consid. 2c). Récemment, le Tribunal fédéral des assurances a jugé qu'un dirigeant d'une société à responsabilité limitée manque gravement à son devoir de diligence, lorsqu'il conserve les documents nécessaires à un contrôle d'employeur avec d'autres papiers destinés à être éliminés; si par mégarde ceux-ci viennent à disparaître, l'employeur ne peut plus se prévaloir de sa bonne foi dans le cadre d'une demande de remise de l'obligation de restituer (DTA 2001 n° 18 p. 160).
De même, le Tribunal fédéral des assurances a jugé qu'une entreprise ne pouvait pas non plus se prévaloir de sa bonne foi quand elle ne disposait d'aucune pièce attestant les heures effectivement travaillées et celles qui étaient chômées. Dans cette affaire, la secrétaire de l'entreprise reportait simplement sur les formules de l'assurance-chômage l'horaire de présence manuscrit que le personnel concerné lui communiquait, ce document interne n'étant ensuite pas conservé. Une telle omission ne peut être qualifiée de négligence légère, car l'entreprise peut et doit se rendre compte que le simple report d'un horaire de présence manuscrit - suivi de son élimination - sur les formules de l'assurance-chômage n'était pas propre à établir la perte de travail indemnisable à teneur des conditions légales (arrêt A. Sàrl du 23 janvier 2002 [C 110/01]).
3.- Il ressort des constatations du jugement attaqué que tant Y._ SA que X._ SA n'ont tenu aucun contrôle du temps de travail de leurs employés durant la période pendant laquelle elles ont perçu des indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail. Pourtant, les formules de préavis de réduction de l'horaire de travail que les sociétés ont remplies et renvoyées à l'OCIAMT attiraient expressément l'attention des requérantes sur la nécessité de lire le mémento à l'intention des employeurs.
Cette brochure contenait notamment l'avertissement selon lequel les travailleurs dont la réduction de l'horaire de travail ne peut être déterminée ou dont l'horaire de travail n'est pas suffisamment contrôlable n'ont pas droit à l'indemnité. Elle insistait sur l'obligation de l'employeur d'instaurer un système de contrôle des temps de présence (par exemple au moyen de cartes de timbrage, de rapports des heures, etc.). De telles constatations lient le Tribunal fédéral des assurances (supra consid. 1) et ne sont au demeurant pas remises en cause par la recourante.
Les premiers juges en déduisent, à juste titre, que les deux sociétés intéressées ne pouvaient ignorer l'importance d'un contrôle fiable et précis du temps de travail de leurs employés, comme condition du droit à l'indemnité.
On doit donc admettre, au regard de la jurisprudence citée plus haut, que l'absence de tout contrôle des heures de travail chômées, en dépit des informations données aux employeurs concernés, est constitutive d'une négligence grave qui suffit à exclure la bonne foi.
4.- A titre subsidiaire, la recourante fait grief aux premiers juges de n'avoir pas opéré de distinction, dans l'appréciation de la bonne foi, entre les indemnités réclamées à Y._ SA (en faillite) et celles concernant X._ SA.
a) Dans la procédure précédente, concernant la restitution des prestations, il a été admis que la recourante répondait des prestations versées à tort à Y._ SA du fait qu'elle avait repris les actifs et passifs du Département d'architecture de cette société à partir du 1er janvier 1993 (jugement du tribunal administratif du 12 février 1996). Ce point n'a pas été remis en question dans la procédure de recours de droit administratif qui a conduit au prononcé de l'arrêt du 20 novembre 1997. Quoi qu'il en soit, la décision du 20 janvier 1994, par laquelle l'OCIAMT a réclamé à la seule recourante la restitution du montant de 89'266 fr. 90, est entrée en force à la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral des assurances du 20 novembre 1997.
Sous réserve d'une remise, X._ SA est donc tenue de restituer en totalité ce montant.
b) Il faut cependant admettre avec la recourante que la négligence grave commise par les organes de Y._ SA ne peut être imputée aux organes de X._ SA. La bonne foi est une condition de la remise qui se rattache à la personne (physique ou morale) du bénéficiaire de la prestation indue. La jurisprudence admet une exception à ce principe lorsqu'il existe un rapport de représentation légale ou contractuelle, la négligence du représentant pouvant en principe être imputée à la personne représentée (MEYER-BLASER, Die Rückerstattung von Sozialversicherungsleistungen, in RSJB 131/1995 p. 482; FRITZ WIDMER, Die Rückerstattung unrechtmässig bezogener Leistungen in den Sozialversicherungen, thèse Bâle 1984 p. 156 sv.). Dès lors, en l'absence d'un tel rapport de représentation, X._ SA ne répond pas de la négligence commise par les organes de Y._ SA. Peu importe qu'il y ait eu en l'occurrence cession d'actif et passif de Y._ SA en faveur de X._ SA au sens de l'art. 181 CO. Sous l'angle de la remise, une telle situation est comparable à celle qui prévaut s'agissant de l'obligation de restituer des héritiers à raison d'une dette du de cujus. Dans un tel cas et sauf répudiation de la succession, la dette de la personne tenue à restitution passe aux héritiers. Mais la remise de l'obligation de restituer doit être accordée aux héritiers s'ils étaient eux-mêmes de bonne foi et que la restitution les mette dans une situation difficile (ATF 105 V 84 consid. 4).
c) Selon les chiffres - non contestés - qui figurent dans la décision litigieuse du 22 janvier 2001 (cf. également le rapport concernant le contrôle auprès de l'employeur de l'ex-OFIAMT), la créance en restitution concernant Y._ SA est de 24'357 fr. 60 (période d'octobre à décembre 1992) tandis que la créance concernant X._ SA se monte à 64'909 fr. 30 (indemnités perçues dès janvier 1993), soit un total de 89'266 fr. 90. Sur le vu de ces chiffres, il y a lieu d'admettre que pour le montant de 64'909 fr. 30, la recourante ne peut prétendre une remise de son obligation de restituer, du moment que la bonne foi de ses organes ne peut pas être retenue.
En revanche, en ce qui concerne la somme de 24'357 fr. 60, la bonne foi de la recourante doit être admise, dès lors qu'elle ne saurait, comme on l'a vu, répondre de l'absence de contrôle du temps de travail des employés de Y._ SA. Pour ce montant, une remise dépend donc uniquement du point de savoir si la restitution entraîne pour la recourante des rigueurs particulières.
Compte tenu de la solution à laquelle elle est parvenue, la juridiction cantonale n'a pas examiné ce point. Le dossier, par ailleurs, ne permet pas de trancher la question. Celle-ci devra donc faire l'objet d'une instruction complémentaire de la part de l'OCIAMT.
En conclusion, le recours doit être partiellement admis et la cause doit être renvoyée à l'OCIAMT pour qu'il examine si la restitution du montant de 24'357 fr. 60 entraîne pour la recourante des rigueurs particulières.
5.- Vu la nature du litige, la procédure n'est pas gratuite (art. 134 OJ a contrario). Compte tenu de l'issue de la procédure il se justifie de répartir les frais de justice à raison de trois quarts à la charge de la recourante et d'un quart à la charge de l'intimé.
La recourante, qui obtient partiellement gain de cause, a droit à une une indemnité réduite de dépens pour la procédure fédérale (art. 159 al. 3 OJ).
Compte tenu de l'issue de la procédure cantonale, les premiers juges ont refusé d'accorder des dépens à la recourante (chiffre 2 du dispositif du jugement attaqué). Il n'appartient pas au Tribunal fédéral des assurances d'inviter l'autorité cantonale à statuer à nouveau sur cette question, attendu qu'en matière d'assurance-chômage, il n'existe pas de droit aux dépens fondé sur la législation fédérale au sens de l'art. 104 let. a OJ (cf. l'art. 103 LACI). Mais la recourante, qui a obtenu partiellement gain de cause en instance fédérale, a la faculté de demander aux premiers juges de se prononcer à nouveau sur ce point, au regard de l'issue définitive du litige.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est partiellement admis. Le jugement du
Tribunal administratif du canton de Berne du 8 novembre
2001, ainsi que la décision de l'OCIAMT du 22 janvier 2001 sont annulés dans la mesure où ils
refusent une remise de l'obligation de restituer le
montant de 24'357 fr. 60, relatif aux indemnités
versées à Y._ SA. Le recours est rejeté pour le
surplus.
II. La cause est renvoyée à l'OCIAMT pour qu'il rende, au sujet de ce montant, une nouvelle décision au sens des motifs.
III. Les frais de justice, consistant en un émolument de 4500 fr., seront supportés pour trois quarts par la recourante (3375 fr.) et pour un quart par l'intimé
(1125 fr.).
IV. Les frais de justice mis à la charge de la recourante sont couverts par l'avance de frais de 4500 fr.
qu'elle a versée; la différence, d'un montant de
1125 fr., lui est restituée.
V. L'OCIAMT versera à la recourante la somme de 1000 fr.
(y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de
dépens pour la procédure fédérale.
VI. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, et au Secrétariat d'Etat
à l'économie.
Lucerne, le 27 mars 2002
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIe Chambre :
Le Greffier :