Sachverhalt:
A. Die Aktiengesellschaft H._ (H._ AG), war bis 31. Dezember 2006 der Ausgleichskasse X._ (X._) angeschlossen. Mit Fragebogen zur Anmeldung eines Betriebes vom 14. Dezember 2009 ersuchte sie die Stiftung A._ (Auffangeinrichtung), um Aufnahme in die Versicherung per 1. Januar 2010 und reichte am 21. Januar 2010 entsprechende Unterlagen ein. Die Auffangeinrichtung teilte der H._ AG am 14. April 2010 mit, ein Anschluss - rückwirkend per 1. Januar 2007 - sei auf freiwilliger Basis nicht mehr möglich, weil bereits mehrere Mitarbeiter ausgetreten und Freizügigkeitsleistungen geschuldet seien. Mit Verfügung vom 16. Juli 2010 schloss sie die H._ AG zur Durchführung der obligatorischen beruflichen Vorsorge rückwirkend ab 1. Januar 2007 zwangsweise an (Ziffer 1 Dispositiv) und stellte ihr Verfügungskosten (Fr. 450.-), Gebühren für die Durchführung des Zwangsanschlusses (Fr. 375.-) sowie Kosten für die rückwirkende Rechnungsstellung gemäss Kostenreglement in Rechnung (Fr. 100.- pro Person und Jahr, im Minimum Fr. 200.-; Ziffer 2 Dispositiv).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der H._ AG hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 1. März 2012 teilweise gut und änderte Dispositivziffer 2 der Verfügung vom 16. Juli 2010 insofern, als es die H._ AG verpflichtete, die Verfügungskosten in Höhe von Fr. 450.- und die Gebühren für die Durchführung des Zwangsanschlusses (Fr. 375.-) zu bezahlen. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C. Die H._ AG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt sinngemäss, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sowie der Verfügung vom 16. Juli 2010 seien ihr die Kosten für den Zwangsanschluss zu erlassen. Weiter seien entweder die Anschlussbedingungen der Auffangeinrichtung an die zwingenden Bedingungen des Gesamtarbeitsvertrages für das Gastgewerbe (L-GAV) anzupassen oder die Kontrollstelle des L-GAV sei zu verpflichten, die Bedingungen der Auffangeinrichtung zu akzeptieren. Auf die Erhebung von Gerichtskosten sei zu verzichten, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen und es sei ein zweiter Schriftenwechsel durchzuführen.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Streitig und zu prüfen ist, ob der Zwangsanschluss an die Beschwerdegegnerin rückwirkend ab 1. Februar 2007 - mit den entsprechenden Kostenfolgen - zu Recht erfolgt ist. Soweit die Beschwerdeführerin beantragt, es seien entweder die Anschlussbedingungen an den L-GAV anzupassen oder die Kontrollstelle des L-GAV sei zu verpflichten, die Bedingungen der Beschwerdegegnerin zu akzeptieren, ist darauf bereits deshalb nicht einzutreten, weil die Verfügung vom 16. Juli 2010 einzig den Zwangsanschluss als solchen betrifft und die soeben angeführten Rügen nicht zum massgebenden Anfechtungsgegenstand gehören (BGE 131 V 164 E. 2.1 S. 164 f., 130 V 501 E. 1.1 S. 502 mit Hinweisen).
2.2 Das Bundesverwaltungsgericht führte die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze zur obligatorischen Versicherung (Art. 2 Abs. 1 und Art. 5 Abs. 1 BVG) und zum Anschluss an eine Vorsorgeeinrichtung (Art. 11 BVG) zutreffend an. Darauf kann verwiesen werden. Zu ergänzen ist, dass in erster Linie der Arbeitgeber, der den obligatorisch zu versichernden Arbeitnehmer beschäftigt, für den Anschluss an eine Vorsorgeeinrichtung zu sorgen hat, weshalb dieser sich selbst dann nicht aus der Verantwortung ziehen kann, wenn es die Ausgleichskasse unterlässt, ihn (rechtzeitig) auf die Anschlusspflicht aufmerksam zu machen (Urteil 2A_461/2006 vom 2. März 2007 E. 4.5 mit Hinweis).
3. Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdeführerin sei bis 31. Dezember 2006 bei der X._ berufsvorsorgeversichert, in den Jahren 2007 bis und mit 2009 keiner Versicherung angeschlossen gewesen und habe sich erst mit Wirkung ab 1. Januar 2010 bei der Auffangeinrichtung angemeldet, obwohl auch in der dazwischen liegenden Zeitspanne BVG-pflichtige Arbeitnehmer beschäftigt worden seien. Sie erwog, bereits aus diesem Grund sei ein Zwangsanschluss gerechtfertigt, ohne dass geprüft werden müsste, ob schon Leistungsfälle eingetreten wären und daher ein freiwilliger Anschluss ausser Betracht falle. Die Beschwerdegegnerin habe den Zwangsanschluss in Ausübung ihres gesetzlichen Auftrages vollzogen, im Einklang mit den Anschlussbedingungen, welche intergrierenden Bestandteil der Verfügung bildeten sowie mit dem angehängten Kostenreglement. Die damit verbundenen, der Beschwerdeführerin auferlegten Kosten seien nicht zu beanstanden. Nicht korrekt sei hingegen die Auferlegung der Kosten für die rückwirkende Rechnungsstellung, diese könnten erst im Rahmen der (Beitrags-) Rechnungsstellung erhoben werden.
4. Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin in den Jahren 2007 bis und mit 2009 keiner Vorsorgeeinrichtung angeschlossen war, obwohl sie BVG-pflichtige Arbeitnehmer beschäftigte. Zwar brachte sie vor, sich verschiedentlich um Anschluss an eine Vorsorgeeinrichtung bemüht, ohne jedoch eine Einrichtung gefunden zu haben, welche die zwingenden Anforderungen des L-GAV erfüllt habe und bereit gewesen wäre, sie anzuschliessen. Davon abgesehen, dass diese Bemühungen gänzlich unbelegt geblieben sind, kam es jedenfalls nicht zum Abschluss einer Anschlussvereinbarung. Dass die Vorinstanz den von der Beschwerdegegnerin verfügten Zwangsanschluss unter diesen Umständen schützte, verletzt Bundesrecht nicht. Der Beschwerdeführerin mussten die Schwierigkeiten, eine Vorsorgeeinrichtung zu finden, deren Anschlussbedingungen den zwingenden Vorgaben des L-GAV entsprechen, bereits kurze Zeit nach der Auflösung des Anschlussvertrages mit der X._ bewusst sein und sie hätte jedenfalls nicht rund drei Jahre zuwarten dürfen, bevor sie sich um einen Anschluss bei der Beschwerdegegnerin bemühte. Das Beitrittsgesuch (oder - alternativ - die Errichtung einer eigenen Vorsorgeeinrichtung; vgl. Art. 11 Abs. 1 BVG) hätte keinen Aufschub geduldet, sondern unverzüglich erfolgen müssen. Daran vermögen allfällige Diskrepanzen zwischen den Anschlussbedingungen der Beschwerdegegnerin (oder anderer Vorsorgeeinrichtungen) und den Vorgaben des L-GAV nichts zu ändern. Für die daraus resultierenden Schwierigkeiten hätte nach Abschluss einer Anschlussvereinbarung immer noch mit den Verantwortlichen (der Kontrollstelle L-GAV, der Beschwerdegegnerin und allfälliger weiterer betroffener Stellen) eine Lösung gesucht werden können (wie dies auch nach dem nun verfügten Zwangsanschluss wohl erforderlich sein dürfte). Dass die Beschwerdeführerin nach einer Versicherungslücke von annähernd drei Jahren selbst um Aufnahme bei der Beschwerdegegnerin ersucht hatte, ändert - auch mit Blick auf die unbestritten gebliebenen zwischenzeitlich eingetretenen Vorsorgefälle - nichts an der Rechtmässigkeit des verfügten Zwangsanschlusses (vgl. Art. 2 der Verordnung über die Ansprüche der Auffangeinrichtung der beruflichen Vorsorge vom 28. August 1985; SR 831.434). Ein Schriftenwechsel ist nicht erforderlich (Art. 102 Abs. 1 BGG).
5. Die offensichtlich unbegründete Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG abzuweisen. Für einen Verzicht auf die Erhebung von Gerichtskosten besteht kein Anlass. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
6. Mit dem sofortigen Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos geworden.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Juli 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle