Faits:
A. B._, née en 1954, a exercé divers emplois. Elle a bénéficié de la part de l'assurance-invalidité d'un reclassement professionnel dans la formation d'employée de bureau, dont elle est titulaire du certificat fédéral de capacité depuis 1994. Le 1er octobre 1994, elle a été engagée en cette qualité par la société X._ SA. Les rapports de travail avec l'employeur ayant pris fin le 31 août 2003, elle a émargé à l'assurance-chômage et suivi une formation de secrétaire médicale. Dès le 17 mai 2005, elle a travaillé à 50 % en qualité d'employée de secrétariat au service de Y._.
Le 24 mars 2004, B._ a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité, en requérant l'octroi d'une rente d'invalidité. Dans un rapport du 27 juillet 2004, le docteur C._, spécialiste FMH en médecine générale, a posé les diagnostics ayant des répercussions sur la capacité de travail de dystrophie ostéochondrale à transmission autosomique dominante et de coxarthrose bilatérale. Il relevait que l'on pouvait exiger de la patiente, qui présentait une incapacité de travail de 50 % depuis le 1er septembre 2003, qu'elle exerce une activité professionnelle assise, avec des déplacements ponctuels sans port de charges, au maximum à 50 %. Le 20 mai 2005, le docteur S._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et médecin du Service médical régional AI, a effectué un examen clinique. Dans un rapport du 31 mai 2005, il a posé les diagnostics avec répercussion sur la capacité de travail de coxarthrose secondaire bilatérale (M16.6) et de dystrophie ostéochondrale à transmission autosomique dominante qui se manifestait au niveau des deux hanches, cheville gauche et épaule droite (M78.9). Il indiquait que la capacité de travail exigible était de 100 % dans l'activité habituelle - laquelle était une activité adaptée - et dans une activité adaptée aux limitations fonctionnelles, en relevant qu'une diminution de rendement de l'ordre de 20 % était due à la lenteur dans les déplacements. Le docteur N._ a conclu à une capacité de travail exigible de 80 % (plein temps avec diminution de rendement de 20 %) dans l'activité habituelle et dans une activité adaptée (rapport d'examen SMR du 15 juin 2005).
Dans un préavis de refus de rente du 12 septembre 2007, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud a informé B._ qu'il était raisonnablement exigible de sa part qu'elle exerce à 80 % son activité actuelle, où elle pourrait réaliser un revenu annuel de 51'706 fr., et qu'elle ne subissait dès lors aucun préjudice économique. Le 22 octobre 2007, l'assurée a fait part à l'office AI de ses observations, en indiquant qu'elle avait consulté au mois d'août 2007 le docteur D._, chef de clinique de l'Hôpital Z._. Dans un rapport du 11 mars 2008, ce médecin a posé le diagnostic avec effet sur la capacité de travail de choriorétinopathie de type birdshot bilatérale. A la question de savoir si l'activité de secrétaire à Y._ était encore exigible d'un point de vue médical, il a répondu par l'affirmative, en précisant qu'elle pouvait être exercée à 50 %, sans que le rendement soit réduit. Dans un avis médical SMR du 9 avril 2008, le docteur N._, tout en relevant que l'assurée ne pouvait travailler qu'à 50 % dans son activité habituelle d'employée de secrétariat pour le compte de Y._, a maintenu ses conclusions du 15 juin 2005 selon lesquelles la capacité de travail exigible était de 80 % dans une activité adaptée. Par décision du 30 octobre 2008, l'office AI, rejetant la demande, a nié tout droit de B._ à une rente d'invalidité.
B. Le 1er décembre 2008, B._ a formé recours contre cette décision devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud - aujourd'hui: la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois -, en concluant, sous suite de frais et dépens, à la réforme de celle-ci en ce sens qu'elle avait droit à une demi-rente d'invalidité dès le 1er septembre 2004. Elle a produit un certificat du 14 janvier 2009 du docteur L._, médecin adjoint du Service d'orthopédie et de traumatologie de l'Hôpital V._, indiquant que la patiente, en tant que secrétaire, supportait difficilement les positions assises prolongées, devait changer de position et ne pouvait pas travailler plus qu'à mi-temps "égale 50 %", ceci uniquement en raison du problème des hanches, et qu'un problème oculaire compliquait la situation.
Dans sa réponse du 9 février 2009, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud a conclu au rejet du recours. Après discussion avec le Service de réadaptation et au vu de la situation, il était de l'avis que l'activité habituelle d'employée de bureau était la plus adaptée aux (deux) atteintes à la santé de l'assurée et proposait de mettre sur pied des mesures professionnelles et de l'accompagner en vue d'une éventuelle validation de ses acquis professionnels.
Par arrêt du 1er février 2010, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation, la cause étant renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle apprécie la capacité résiduelle de travail après avoir pris en considération les rapports de ses médecins traitants, à titre subsidiaire pour qu'elle mette en oeuvre une expertise sur la question de sa capacité résiduelle de travail.
L'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud déclare que le recours n'est pas de nature à remettre en cause le jugement entrepris. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), que le Tribunal fédéral applique d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'étant ainsi limité ni par les arguments du recourant, ni par la motivation de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p.140). Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF). Il examine sur la base des griefs soulevés dans le recours si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (art. 95 let. a LTF) y compris une éventuelle constatation des faits manifestement inexacte ou en violation du droit (art. 97 al. 1, art. 105 al. 2 LTF).
1.2 Les principes relatifs au pouvoir d'examen développés dans l'ATF 132 V 393 consid. 3 p. 397 s. (en relation avec l'art. 132 OJ dans sa version en vigueur du 1er juillet au 31 décembre 2006) continuent à s'appliquer pour distinguer les constatations de fait de l'autorité précédente (qui lient en principe le Tribunal fédéral) de l'application du droit par cette dernière (question qui peut être examinée librement en instance fédérale). Conformément à ces principes, les constatations de l'autorité cantonale de recours sur l'atteinte à la santé, la capacité de travail de l'assuré et l'exigibilité - dans la mesure où elle dépend d'une évaluation de la personne concrète, de son état de santé et de ses capacités fonctionnelles - relèvent d'une question de fait et ne peuvent être contrôlées que sous un angle restreint (ATF 132 V 393 consid. 3.2 p. 398). Dans la mesure cependant où il en va de l'évaluation de l'exigibilité d'une activité professionnelle au regard de l'expérience de la vie, il s'agit d'une question de droit qui peut être examinée librement en instance fédérale.
2. Il est constant que le statut de la recourante est celui d'une personne exerçant une activité lucrative.
2.1 Le litige, relatif au droit de la recourante à une rente d'invalidité, porte sur l'incidence de l'atteinte à la santé sur sa capacité de travail et de gain, singulièrement a trait à la capacité de travail exigible dans une activité adaptée.
2.2 Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales relatives aux notions d'incapacité de gain (art. 7 LPGA jusqu'au 31 décembre 2007; art. 7 al. 1 et 2 LPGA depuis le 1er janvier 2008) et d'invalidité (art. 4 al. 1 LAI et art. 8 al. 1 LPGA), ainsi que les règles régissant l'évaluation de l'invalidité des assurés exerçant une activité lucrative (art. 16 LPGA en corrélation avec l'art. 28 al. 2 LAI jusqu'au 31 décembre 2007 et avec l'art. 28a al. 1 LAI depuis le 1er janvier 2008) et les principes jurisprudentiels y relatifs, lesquels continuent à s'appliquer après l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la novelle du 6 octobre 2006 [5e révision de l'AI] (arrêt 8C_373/2008 du 28 août 2008, consid. 2.1). On peut ainsi y renvoyer.
2.3 En cas de divergence d'opinion entre experts et médecins traitants, il n'est pas, de manière générale, nécessaire de mettre en oeuvre une nouvelle expertise. La valeur probante des rapports médicaux des uns et des autres doit bien plutôt s'apprécier au regard des critères jurisprudentiels (ATF 125 V 351 consid. 3a p. 352) qui permettent de leur reconnaître pleine valeur probante. A cet égard, il convient de rappeler qu'au vu de la divergence consacrée par la jurisprudence entre un mandat thérapeutique et un mandat d'expertise (ATF 124 I 170 consid. 4 p. 175; arrêt I 514/06 du 25 mai 2007 consid. 2.2.1, in SVR 2008 IV Nr. 15 p. 43), on ne saurait remettre en cause une expertise ordonnée par l'administration ou le juge et procéder à de nouvelles investigations du seul fait qu'un ou plusieurs médecins traitants ont une opinion contradictoire. Il n'en va différemment que si ces médecins traitants font état d'éléments objectivement vérifiables ayant été ignorés dans le cadre de l'expertise et qui sont suffisamment pertinents pour remettre en cause les conclusions de l'expert.
3. Du jugement entrepris, il résulte que la recourante est atteinte de coxarthrose secondaire bilatérale et de dystrophie ostéochondrale à transmission autosomique dominante se manifestant au niveau des deux hanches, cheville gauche et épaule droite, et qu'elle présente des limitations fonctionnelles en raison des troubles articulaires des membres inférieurs l'obligeant à avoir un travail sédentaire ou semi-sédentaire qui privilégie la position assise dans lequel elle puisse alterner les positions (éviter le port d'objets d'un poids supérieur à 5 kg et les travaux en porte-à-faux) et au niveau des membres supérieurs (éviter les mouvements au-delà de l'horizontale). Il en ressort également qu'elle est atteinte d'une choriorétinopathie de type birdshot bilatérale et que ses performances visuelles sont subjectivement restreintes, ce qui se manifeste par une capacité de concentration limitée et une fatigabilité accrue lors du travail sur écran qui requiert une interruption transitoire de celui-ci de manière à reposer les yeux.
3.1 Les premiers juges ont constaté que dans son activité habituelle de secrétaire dans le domaine social, la recourante était en réalité occupée à 10 % au service des repas (un véhicule professionnel étant mis à sa disposition à cet effet) et à 40 % au secrétariat. A l'instar des docteurs D._ et N._, ils ont admis que cette activité était compatible avec les limitations fonctionnelles précitées. Ils ont relevé qu'une activité de secrétaire ne se résumait pas à l'utilisation d'un écran d'ordinateur, mais demandait également l'accomplissement d'autres travaux tels que le traitement du courrier, le classement, le téléphone, la réception, la prise de rendez-vous, etc. (soit typiquement l'activité de secrétaire médicale pour laquelle l'intéressée avait bénéficié d'une formation par le biais de l'assurance-chômage), et que des activités industrielles légères paraissaient également compatibles avec les limitations fonctionnelles. Pour ces motifs, ils ont fait leurs les conclusions des médecins du SMR dans leurs rapports des 31 mai 2005 et 8 (recte: 9) avril 2008 en ce qui concerne la capacité de travail exigible de 80 % dans une activité adaptée, tout en relevant que ces possibilités d'emploi étaient réalistes et correspondaient à l'offre de la main-d'oeuvre sur le marché du travail.
3.2 La recourante reproche à l'autorité précédente de n'avoir rien dit sur les motifs pour lesquels elle écartait les avis des docteurs C._, D._ et L._ et d'avoir ainsi procédé à une appréciation arbitraire des faits en ce qui concerne la capacité de travail dans une activité adaptée.
3.3 L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité, ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables (ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148, 134 V 53 consid. 4.3 p. 62 et les références). Il appartient au recourant de démontrer le caractère arbitraire par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 135 III 127 consid. 1.6 p. 130 et l'arrêt cité, 134 II 244 consid. 2.2 p. 246, 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.).
3.4 La recourante ne démontre nullement que l'appréciation des preuves par l'autorité précédente soit manifestement insoutenable. On ne voit pas que les premiers juges, en retenant que la capacité de travail exigible était de 80 % dans une activité adaptée - soit une activité compatible avec les limitations fonctionnelles, qui puisse être exercée sans usage prolongé de l'ordinateur et sans sollicitation intensive de la vue (rapport du docteur N._ du 9 avril 2008) -, aient établi les faits de façon manifestement inexacte ou en violation du droit (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62). Dans son rapport du 11 mars 2008, le docteur D._ a indiqué qu'une activité de secrétaire à 50 % (quatre heures par jour) était adaptée, compte tenu des limitations dues à l'état de santé. De l'avis de ce spécialiste, on peut encore exiger de l'intéressée qu'elle travaille en cette qualité, mais à un taux de 50 % en raison de la capacité de concentration limitée et de la fatigabilité oculaire lors du travail sur ordinateur. Sur ce point, le docteur N._ ne s'écarte pas des conclusions du docteur D._. En effet, dans l'avis médical SMR du 9 avril 2008, il considère que l'assurée ne peut travailler qu'à 50 % dans son activité habituelle d'employée de secrétariat pour le compte de Y._. Le fait que l'office AI, dans sa réponse du 9 février 2009 en procédure cantonale, a admis que l'activité habituelle d'employée de bureau était la plus adaptée aux atteintes à la santé (orthopédique et oculaire), ne remet toutefois pas en cause les conclusions du docteur N._ selon lesquelles la capacité de travail de la recourante est de 80 % dans une activité pouvant être exercée sans usage prolongé de l'ordinateur et sans sollicitation intensive de la vue. Ainsi que l'ont relevé les premiers juges, ces possibilités d'emploi sont réalistes et correspondent à l'offre de la main-d'oeuvre sur le marché du travail, qu'il s'agisse d'une activité de secrétaire ou d'une activité légère dans l'industrie. On ne se trouve pas non plus dans la situation de l'arrêt 8C_216/2009 du 28 octobre 2009, publié aux ATF 135 V 465. Que ce soit le docteur C._ dans son rapport du 27 juillet 2004 ou le docteur L._ dans son certificat du 14 janvier 2009, ces médecins n'ont fait état d'aucun élément objectivement vérifiable qui aurait été ignoré par les médecins du SMR et qui soit suffisamment pertinent pour remettre en cause leurs conclusions (supra, consid. 2.3). Le recours est mal fondé de ce chef.
3.5 Les premiers juges, se fondant sur l'enquête suisse sur la structure des salaires (ESS), ont calculé le revenu d'invalide sur la base du salaire auquel pouvaient prétendre, en 2004, les femmes effectuant des activités simples et répétitives (tableau TA1, niveau de qualification 4), et compte tenu d'une capacité résiduelle de travail de 80 %. Il résultait de la comparaison des revenus une invalidité de 16,95 %, taux qui ne confère aucun droit à une rente d'invalidité. La recourante ne conteste ni les paramètres dans l'ESS sur lesquels se sont fondés les premiers juges, ni les chiffres qu'ils ont retenus. On relèvera que même si l'on calculait le revenu d'invalide en effectuant un abattement supplémentaire de 10 % (compte tenu du taux d'occupation et de l'activité légère seule possible), l'invalidité pourrait être de 25,25 %, taux qui ne donne pas droit à une rente. Les conclusions tirées de la comparaison des revenus, à savoir que la recourante n'a pas droit à une rente d'invalidité, sont conformes au droit fédéral (art. 28 al. 2 LAI, teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2008). Le recours est dès lors mal fondé.
4. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Elle ne saurait prétendre une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 7 septembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner