Faits:
A. Par contrat d'entreprise no 13 du 10 août 1999, signé par G._ et le bureau d'architecture I._, les travaux de maçonnerie du chantier G._ dit « ... - 1ère étape (PMU) » ont été adjugés au consortium d'entreprises J._ SA, A._ SA, K._ SA, L._ SA et C._ SA. En cours de procédure, B._ SA a pris la place de J._ SA et D._ SA celle de K._ SA et de L._ SA.
Dès l'adjudication des travaux, des offres complémentaires à l'offre de base ont été faites par les entrepreneurs, lesquelles offres ont abouti à des avenants formels, ainsi qu'à des contrats complémentaires non formels.
Dans le courant de l'année 2000 déjà, les membres du consortium ont formulé des revendications au sujet de paiements supplémentaires de la part du maître de l'ouvrage et un certain nombre de factures lui ont été présentées.
Certaines d'entre elles ont été acquittées par le maître de l'ouvrage et ne sont plus discutées par les parties, même si celles-ci divergent sur la somme des montants effectivement versés. Il s'agit notamment des factures relatives aux ascenseurs, au balisage des grues, aux têtes métalliques, à l'accès ambulances, aux travaux pour l'héliport, aux piliers préfabriqués, aux bandeaux de toiture et aux gaines préfabriquées. Plusieurs de ces factures ont fait l'objet d'une expertise hors procès, rendue le 30 septembre 2002 par les experts N._, du bureau O._ SA, et P._, architecte.
D'autres factures sont demeurées en suspens et ont fait l'objet de discussions. Ces factures se rapportent à des compléments d'installation (présence plus longue que prévu de deux grues sur le chantier), à des travaux complémentaires non compris dans le contrat de base (coffrages des murs et des puits de lumière, remboursement des sous-traitants Q._ SA et R._ SA, montant forfaitaire pour les piliers préfabriqués, pont pour ascenseur), à la réalisation d'escaliers secondaires et enfin à un complément de coffrage.
B. Le 19 mars 2002, A._ SA, K._ SA et C._ SA ont ouvert action contre X._ devant le Tribunal cantonal vaudois; elles demandaient que le défendeur soit condamné à payer la somme de 1'927'885 fr.25 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002. En cours de procédure, les demanderesses ont augmenté leurs conclusions, puis les ont réduites, à la suite de paiements effectués par la partie adverse. Ainsi, elles concluaient à l'audience de jugement au paiement de 201'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 24 octobre 2001, au titre des compléments d'installation, de 423'631 fr.75 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, sous déduction des 285'000 fr. payés le 1er juin 2007, au titre des travaux complémentaires, de 220'326 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, au titre des escaliers secondaires, et de 2'554 fr.90 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, au titre d'un complément de coffrage.
Le défendeur a conclu à libération des fins de la demande.
Désigné en qualité d'expert, l'ingénieur S._ a déposé un rapport principal le 17 décembre 2004 et un rapport complémentaire le 25 novembre 2005. L'expert a évalué le coût total justifié à 16'379'219 fr.60 et indiqué que, compte tenu des acomptes versés, à hauteur de 15'814'874 fr.65, il restait un solde dû de 564'344 fr.95, soit 175'006 fr.30 au titre de compléments d'installation, 346'783 fr.75, au titre de travaux complémentaires, 40'000 fr. pour les escaliers secondaires et 2'554 fr.90 pour les coffrages divers. L'expert a confirmé que les revendications relatives au balisage des grues, aux têtes métalliques, à l'accès ambulance, à l'héliport, aux piliers préfabriqués, aux bandeaux de toiture préfabriqués et aux gaines préfabriquées ont été réglées par le maître de l'ouvrage.
Le Tribunal cantonal s'est prononcé le 20 juin 2008. Il a condamné le défendeur à payer aux demanderesses le montant de 275'138 fr.15, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2003, dont à déduire 285'000 fr., valeur au 1er juin 2007, pour les travaux complémentaires, le montant de 237'070 fr.80, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2003, dont à déduire 58'950 fr., valeur au 29 septembre 2003, pour les escaliers secondaires, et le montant de 2'749 fr.05, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2003, pour le complément de coffrage. Toutes autres et plus amples conclusions ont été rejetées, dont celles relatives aux compléments d'installation. Les frais de justice ont été répartis à raison de 59'813 fr.25 à la charge des demanderesses et à raison de 53'455 fr.85 à la charge du défendeur, qui a été condamné à verser aux parties adverses, solidairement entre elles, le montant de 74'875 fr.15 à titre de dépens.
Les motifs de cet arrêt seront repris ci-dessous dans la mesure utile.
C. Les demanderesses exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 20 juin 2008. Sur l'ensemble des prétentions soulevées devant l'instance cantonale, seules demeurent litigieuses devant la Cour de céans celles relatives aux compléments d'installation et, s'agissant des travaux complémentaires, celles relatives aux coffrages des murs et des puits de lumière et au remboursement des sous-traitants. En outre, les recourantes contestent le calcul des intérêts de retard effectué par la cour cantonale et s'opposent à la répartition des dépens telle qu'arrêtée dans le jugement entrepris. Sur les questions litigieuses, les recourantes dénoncent une violation des art. 372 et 374 CO et 8 CC. Elles concluent à l'admission du recours et à la réforme du jugement entrepris, en ce sens que le défendeur X._ soit condamné à payer aux demanderesses solidairement entre elles la somme de 201'000 fr., plus 7,6% de TVA, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, et la somme de 423'631 fr.75, plus 7,6% de TVA, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, sous déduction de 285'000 fr. payés le 1er juin 2007, ainsi que de pleins dépens, arrêtés à 50'000 fr. à titre de participation aux honoraires de leur conseil, 1'666 fr.65 pour les débours de celui-ci et 39'875 fr.50 en remboursement de leur coupon de justice. Pour le surplus, les recourantes concluent au maintien des chiffres II, III sous réserve de l'allocation d'un intérêt moratoire de 5% l'an dès et y compris le 1er janvier 2002, IV et VI du dispositif du jugement cantonal.
A titre subsidiaire, les recourantes requièrent le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour complément de l'état de fait et nouveau jugement. Plus subsidiairement, elles demandent la réforme du jugement cantonal dans le sens des conclusions principales, sauf en ce qui concerne les dépens; sur ce point, elles demandent le renvoi de la cause au Tribunal cantonal vaudois pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
L'intimé invite le Tribunal fédéral à rejeter le recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a partiellement succombé dans ses conclusions condamnatoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Par exception à la règle selon laquelle le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF) et toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
1.4 En procédure civile vaudoise, le jugement rendu par la Cour civile du Tribunal cantonal peut faire l'objet d'un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal, en particulier pour violation des règles essentielles de la procédure (art. 444 al. 1 ch. 3 du Code de procédure civile du canton de Vaud du 14 décembre 1966; CPC/VD; RSV 270.11). A teneur de l'art. 444 al. 2 CPC/VD, le recours est toutefois irrecevable pour les griefs qui peuvent faire l'objet d'un recours en réforme au Tribunal fédéral. La jurisprudence cantonale en a déduit que dès lors que le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves ne pouvait pas être soulevé dans un recours en réforme (art. 43 aOJ), il pouvait l'être dans le recours en nullité cantonal (JdT 2001 III 128). Cette disposition cantonale n'a pas été modifiée avec l'introduction de la LTF et il faut en déduire que seuls les griefs qui pouvaient donner lieu à l'ancien recours en réforme sont exclus du recours en nullité. Il en découle que les griefs d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et de violation du droit de procédure cantonal demeurent recevables dans le cadre d'un recours en nullité cantonal (cf. arrêt 4A_17/2009 du 14 avril 2009 consid. 1.2; arrêt 4A_531/2007 du 5 mars 2008 consid. 2.2).
2. Il est constant que les parties sont liées par un contrat d'entreprise et que la rémunération des entrepreneurs est régie par l'art. 374 CO, soit d'après la valeur du travail et des dépenses.
Parmi les prétentions soulevées en instance cantonale, seules demeurent présentement litigieuses celles se rapportant aux compléments d'installation et aux travaux complémentaires.
3. La présence de deux grues sur le chantier a été plus longue que celle initialement prévue. En lien avec ce complément d'installation, les recourantes ont, en procédure cantonale, réclamé le paiement d'un montant arrêté à 201'000 fr., plus intérêts.
Cette prétention a été entièrement rejetée par l'instance cantonale.
Les magistrats vaudois ont constaté qu'il n'est pas possible, au vu des éléments allégués et de l'expertise, de déterminer avec précision la durée contractuelle relative à l'utilisation des grues et que, par conséquent, la preuve du dépassement de cette durée n'a pas été apportée. De même, ils ont arrêté que la valeur du travail complémentaire n'a pas été démontrée à satisfaction, puisque les éléments au dossier ne permettaient pas d'établir la quotité des coûts supplémentaires; les juges ont notamment considéré que l'évaluation de l'expert n'était pas probante sur ce point et qu'ils ne pouvaient donc la suivre.
Il s'agit là de questions d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, qui auraient dû être soulevées dans le cadre d'un recours en nullité cantonal, et non pas de questions relevant du droit fédéral. Il s'ensuit que, sur le sujet, les magistrats cantonaux ne sauraient avoir fait une application erronée de l'art. 374 CO. Il en va de même de l'art. 8 CC, également dénoncé par les recourantes, dès lors que cette disposition ne régit pas comment les preuves doivent être appréciées (ATF 131 III 222 consid. 4.3 p. 226; 129 III 18 consid. 2.6 p. 24 s.). Ainsi, l'argumentation des recourantes, qui consiste pour l'essentiel à soutenir, sous l'angle d'une violation du droit fédéral, que l'existence d'un dépassement dans la mise à disposition des installations de chantier et la valeur « contractuelle » de ce dépassement ont été établies à satisfaction et que, par conséquent, les magistrats cantonaux disposaient des éléments nécessaires pour fixer le coût des installations supplémentaires au sens de l'art. 374 CO, est vaine.
4. Le second point litigieux porte sur la fixation du prix dû aux entrepreneurs d'après la valeur du travail (art. 374 CO), en lien avec les travaux complémentaires qui ont trait au coffrage des murs. Ces travaux ont fait l'objet de factures de l'entrepreneur, à concurrence de 280'869 fr.15, sous déduction de 190'000 fr. d'acomptes, et de factures des sous-traitants Q._ SA (56'278 fr.) et R._ SA (20'570 fr.).
Selon l'art. 374 CO, si le prix n'a pas été fixé d'avance, ou s'il ne l'a été qu'approximativement, il doit être déterminé d'après la valeur du travail et les dépenses de l'entrepreneur.
En l'espèce, les recourantes ne prétendent pas que les parties seraient convenues d'une méthode de calcul des prix effectifs différente de celle prévue à l'art. 374 CO - qui est de droit dispositif (Peter Gauch, Le contrat d'entreprise, adaptation française par Benoît Carron, 1999, no 950, p. 280). Elles soutiennent que les juges cantonaux ont violé la disposition précitée, en ayant refusé de se référer aux prix usuels et aux degrés de difficulté des travaux effectués pour déterminer le prix dû aux entrepreneurs, contrairement à ce qui a été préconisé et appliqué par l'expert judiciaire. Les recourantes dénoncent également une violation de l'art. 8 CC, en affirmant avoir établi à satisfaction leur droit à une rémunération supplémentaire et son montant.
Comme mentionné au considérant précédent, il n'y a pas lieu en l'état de s'écarter des constatations de fait retenues par l'autorité cantonale, dès lors que les faits de la cause n'ont pas été critiqués dans le cadre d'un recours en nullité cantonal et que, par conséquent, la condition de l'épuisement des instances cantonales n'est sur ce point pas réalisée. En outre, aucune inexactitude manifeste des faits, que le Tribunal fédéral peut corriger d'office (art. 105 al. 2 LTF), n'est à relever.
Il appartient à l'entrepreneur d'établir l'existence des éléments nécessaires au juge pour fixer le montant de sa rémunération, soit notamment les prix qui s'appliquent aux prestations effectuées - qu'il s'agisse de prix convenus ou, à défaut d'accord, de prix usuels (PIERRE TERCIER/PASCAL G. FAVRE, Les contrats spéciaux, 2009, no 4726, p. 710; FRANÇOIS CHAIX, in Commentaire romand, 2003, no 15 ad art. 374 CO; BERNARD CORBOZ, Contrat d'entreprise IV, La rémunération de l'entrepreneur, Fiche juridique suisse no 461, p. 4). Dans l'examen de la fixation de la rémunération, les juges cantonaux vaudois ont retenu que le prix applicable aux travaux supplémentaires entrepris n'a pas été démontré; ils ont notamment considéré que le contenu de l'expertise judiciaire n'était pas probant à cet égard, arguant du fait que l'expert s'est fondé sur son expérience pour déterminer la valeur des coffrages réalisés.
Il s'agit là, une fois encore, d'appréciation des éléments de preuve à disposition, qui ne relève pas du droit fédéral. Cela scelle le sort du grief. Au demeurant, l'application d'une méthode de calcul sur la base des faits retenus relève du droit, et non du fait, de sorte qu'elle échappe à l'expertise judiciaire. Dès lors, sur cette question, les magistrats ne sauraient en aucun cas être liés par l'expertise judiciaire. C'est donc en vain que les recourantes affirment que les magistrats cantonaux auraient violé l'art. 374 CO en ayant écarté l'avis de l'expert, qui a appliqué un mode de calcul non exclu par la disposition incriminée.
En outre, les recourantes admettent s'être engagées à augmenter leur dotation en coffrage sans plus-value « pour une réalisation normale et traditionnelle des travaux », mais nient la réalisation de cette condition en faisant état des modifications, carences et planification aléatoire subies. Elles s'écartent toutefois des constatations souveraines, qui mentionnent que l'ensemble des contraintes pesant sur les travaux à effectuer était connu avant l'adjudication de ceux-ci et que la quantité plus importante des travaux effectués par rapport aux travaux initialement prévus était liée à une sous-estimation initiale des m2 de coffrage. Ainsi, les recourantes échouent à démontrer qu'elles pourraient prétendre, sur la base de leur engagement, à une plus-value et, encore moins, à une plus-value basée sur les tarifs usuels.
C'est donc à bon droit que la cour cantonale a jugé qu'aucune rémunération allant au-delà des montants déjà acquittés par le maître de l'ouvrage du chef des travaux de coffrage n'était due et qu'il n'y avait par conséquent pas lieu de condamner l'intimé au remboursement des factures portant sur ces travaux, que ces factures soient émises par les recourantes elles-mêmes ou par des entreprises sous-traitantes de ces dernières.
Enfin, on ne voit pas en quoi l'autorité cantonale aurait enfreint l'art. 8 CC, dès lors que les juges sont parvenus à une conviction sur la base de l'appréciation des preuves; ils ont en effet retenu, au regard des preuves versées au dossier, qu'il n'était pas établi que le coût des travaux de coffrage était supérieur aux montants reconnus par le maître de l'ouvrage. Pour le surplus, les recourantes ne prétendent pas qu'une mesure probatoire adéquate, régulièrement offerte, n'aurait pas été administrée et que leur droit à la preuve, déduit de l'art. 8 CC, aurait ainsi été violé.
5. En ce qui concerne le point de départ des intérêts de retard, les recourantes dénoncent une violation de l'art. 372 CO. Cette disposition prévoit que le prix de l'ouvrage est payable au moment de la livraison (al. 1).
Dans leur argumentation, les recourantes opposent les prestations liées au contrat de base aux prestations supplémentaires et prétendent que ces dernières, qui font l'objet du présent litige, ont été facturées entre mars et novembre 2001, soit avant le 31 décembre 2001. Elles en déduisent que le point de départ de l'exigibilité et des intérêts doit être calculé à partir de la date de facturation des prestations complémentaires, moyennant le délai de paiement de trente jours figurant sur ces factures. A titre subsidiaire, elles posent que la livraison date des 6 juin et 12 juillet 2002 au plus tard.
Ainsi, en guise de motivation, les recourantes se contentent d'affirmer que les prestations litigieuses ont été facturées antérieurement à la date de la facture finale, établie le 28 janvier 2003, sans indiquer - même succinctement - en quoi la décision attaquée viole l'unique disposition dénoncée (cf. art. 42 al. 2 LTF). En outre, l'argumentation se heurte aux constatations de fait souveraines, puisqu'il a été définitivement arrêté, en l'absence d'un quelconque recours en nullité déposé sur cette question de droit de procédure cantonal, que la date de la livraison de l'ouvrage n'a pas été alléguée. Cela étant, le grief paraît irrecevable.
Par ailleurs, on ne discerne pas que les juges cantonaux auraient enfreint l'art. 372 CO en ayant arrêté, au vu de la facture finale établie le 28 janvier 2003, que l'ouvrage était livré à cette date. On ne voit pas plus en quoi les magistrats auraient violé cette disposition en ayant fixé le point de départ des intérêts moratoires au terme du délai de trente jours imparti dans la facture finale du 28 janvier 2003, dès lors que l'art. 372 CO régit l'exigibilité du prix - et non pas la mise en demeure qui fait courir les intérêts moratoires (cf. art. 102 et 104 CO; Bernard Corboz, op. cit., p. 12; Stéphane Spahr, L'intérêt moratoire, conséquence de la demeure, in RVJ 2000 351 ss, p. 353 ss).
Les recourantes, qui ne contestent en définitive que le point de départ des intérêts moratoires, ne dénoncent sur la question aucune violation des art. 102 ss CO, en particulier de l'art. 104 CO. A défaut de toute motivation entreprise dans ce sens, il n'y a pas lieu d'examiner le grief sous cet angle (art. 42 al. 2 LTF).
6. Les magistrats cantonaux ont réduit d'un tiers les dépens alloués aux recourantes, motif pris qu'elles ne se sont pas vues allouer l'intégralité de leurs conclusions.
Les recourantes contestent la réduction opérée, en estimant que leurs conclusions étaient bien-fondées dans leur principe. La critique est irrecevable, car il appartenait aux recourantes de soulever ce moyen, qui ressortit au droit cantonal, dans le cadre d'un recours en nullité cantonal.
En outre, au regard du sort réservé au présent recours, il ne se justifie pas de réexaminer la décision sur les dépens prise par l'autorité précédente ou de renvoyer la cause à cette autorité pour nouvelle décision, comme le prévoit l'art. 68 al. 5 LTF (cf. BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, no 48 ad art. 68 LTF).
7. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 5 LTF).
Il n'est pas alloué de dépens à l'autorité intimée, qui n'a pas recouru aux services d'un avocat.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge des recourantes solidairement entre elles.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 25 septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin