Sachverhalt:
A. X._, deren Fahreignung gemäss Verfügung des Strassenverkehrsamts des Kantons Zürich vom 3. November 2010 von der Einhaltung einer Alkoholfahrabstinenz abhängig war, unterzog sich am 28. Juli 2011 einer verkehrsmedizinischen Untersuchung am Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich (IRMZ). Laut Untersuchungsbericht vom 19. August 2011 ergab die Haaranalyse einen Wert von 120 pg/mg Ethylglucoronid im Haar. Es sei davon auszugehen, dass sie zwischen Mitte Januar und Mitte Juli 2011 einen "starken, chronischen Alkoholkonsum" betrieben habe, weswegen von einer verkehrsmedizinisch relevanten Alkoholproblematik ausgegangen werden müsse. Gestützt auf diesen Bericht entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich X._ am 5. Oktober 2011 den Führerausweis auf unbestimmte Zeit. Die Wiedererteilung machte es von einem günstigen verkehrsmedizinischen Gutachten abhängig. Einem allfälligen Rekurs entzog es die aufschiebende Wirkung.
B. X._ rekurrierte gegen diese Verfügung an die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich mit den Anträgen, sie aufzuheben und ihr den Führerausweis unter den Auflagen gemäss Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 3. November 2010 zu belassen. In prozessualer Hinsicht beantragte sie, dem Rekurs aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
B.a Am 13. Oktober 2011 wies die Sicherheitsdirektion das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab. Das Verwaltungsgericht schützte diesen Entscheid am 22. Dezember 2011.
B.b Am 8. März 2012 hiess die Sicherheitsdirektion den Rekurs, soweit er nicht gegenstandslos geworden war, gut und hob die angefochtene Verfügung auf. Sie beauftragte das Strassenverkehrsamt im Sinne der Erwägungen, X._ den Führerausweis umgehend und vorsorglich auf unbestimmte Zeit oder bis zur Abklärung von Ausschlussgründen zu entziehen.
B.c Am 16. März 2012 entzog das Strassenverkehrsamt X._ gestützt auf Art. 30 VZV den Führerausweis vorsorglich bis zur Abklärung von Ausschlussgründen. Diese rekurrierte gegen diese Verfügung an die Sicherheitsdirektion.
B.d Am 30. April 2012 erhob X._ gegen den Rekursentscheid der Sicherheitsdirektion vom 8. März 2012 Beschwerde ans Verwaltungsgericht mit den Anträgen, der Auftrag zum vorsorglichen Führerausweisentzug sei aufzuheben und der Führerausweis sei ihr herauszugeben.
B.e Am 15. Mai 2012 sistierte der Regierungsrat des Kantons Zürich den ihm von der Sicherheitsdirektion zuständigkeitshalber zur Behandlung überwiesenen Rekurs von X._ gegen die Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 16. März 2012.
B.f Am 22. August 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ gegen den Rekursentscheid der Sicherheitsdirektion vom 8. März 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben, die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 30. April 2012 gestellten Anträge gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung zurückzuweisen.
D. Das Verwaltungsgericht, die Sicherheitsdirektion und das Strassenverkehrsamt beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Umstritten ist, ob es sich beim angefochtenen Urteil um einen Zwischen- oder einen Endentscheid handelt.
Die Sicherheitsdirektion erwog in ihrem vom Verwaltungsgericht geschützten Rekursentscheid, ein Sicherungsentzug setze eine gründliche verkehrsmedizinische Begutachtung voraus. Das Ergebnis der Haaranalyse von 120 pg/mg Ethylglucoronid, wie er im Untersuchungsbericht vom 19. August 2011 festgestellt worden sei, erwecke zwar, jedenfalls bei der Vorgeschichte der Beschwerdeführerin, ernsthafte Zweifel an ihrer Fahrfähigkeit. Ohne zusätzliche verkehrsmedizinische Abklärung sei das Ergebnis aber nicht geeignet zu beweisen, dass ihr die Fahrfähigkeit abgehe. Diese Auffassung hätte die Sicherheitsdirektion im Dispositiv am einfachsten zum Ausdruck bringen können, indem sie den angefochtenen Sicherheitsentzug in einen vorsorglichen Entzug umgewandelt und die Sache zu neuem Entscheid ans Strassenverkehrsamt zurückgewiesen hätte. Dieses hätte diesfalls das von ihm angestrebte Entzugsverfahren im Sinne der Erwägungen der Sicherheitsdirektion weiterführen können bzw. müssen. Der Erlass einer zusätzlichen Verfügung zum vorsorglichen Entzug des Führerausweises im Sinn von Art. 30 VZG und damit die Eröffnung eines weiteren, nunmehr beim Regierungsrat hängigen Rechtsmittelverfahrens wäre überflüssig gewesen. Die Sicherheitsdirektion hat indessen formell keinen Rückweisungsentscheid gefällt und das Strassenverkehrsamt im Dispositiv angewiesen, den Führerschein der Beschwerdeführerin umgehend vorsorglich zu entziehen.
Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid erwogen, der Sache nach sei der Entscheid der Sicherheitsdirektion ein Rückweisungsentscheid und dementsprechend als solcher zu behandeln. Die Beschwerdeführerin hält dem entgegen, massgebend sei allein das Dispositiv. Dieses sei klar; es gehe daher nicht an, die Gutheissung auf dem Wege der Auslegung in eine Rückweisung umzuwandeln. Der Einwand ist unbegründet. Es trifft zwar zu, dass nur das Dispositiv eines Entscheids in Rechtskraft erwächst; zur Bestimmung seiner Tragweite sind indessen die Erwägungen heranzuziehen (BGE 121 III 474 E. 4a S. 478). Aus diesen ergibt sich vorliegend, dass die Sicherheitsdirektion das Entzugsverfahren mit ihrem Entscheid keineswegs beenden, sondern vielmehr erreichen wollte, dass es vom Strassenverkehrsamt im Sinn ihrer Erwägungen fortgesetzt würde. Insofern ist die Auffassung des Verwaltungsgerichts, beim Entscheid der Sicherheitsdirektion handle es sich der Sache nach um einen Rückweisungsentscheid, vertretbar.
1.2 Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid schliesst somit das Verfahren nicht ab; es handelt sich um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinn der Art. 82 ff. BGG zulässig ist, wenn er einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 BGG). Da es angesichts der Zweifel an der Fahrfähigkeit der Beschwerdeführerin sachlich geboten ist, dass ihr Führerausweis während der Dauer des Entzugsverfahrens eingezogen bleibt (vgl. BGE 122 II 359 E. 1b S. 362; Urteil 1C_233/2007 vom 4. Februar 2008 E. 1.1), kann davon ausgegangen werden, dass der Regierungsrat den bei ihm angefochtenen vorsorglichen Entzug bis dahin aufrechterhalten wird. Insofern kann der angefochtene Zwischenentscheid einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Das vorliegend zu beurteilende Entzugsverfahren hat folgende Vorgeschichte:
Am 3. Juni 2005 parkierte die Beschwerdeführerin verbotenerweise einen Personenwagen auf dem Lindenplatz in Zürich, nahm im nahegelegenen Restaurant alkoholische Getränke zu sich, rammte beim Wegfahren ein Schaufenster und verliess die Unfallstelle, um sich der absehbaren Blutprobe zu entziehen. Aufgrund dieses Vorfalls wurde der Beschwerdeführerin der Ausweis ab dem 18. November 2005 für sechs Monate entzogen.
Am 25. Oktober 2007 verursachte die Beschwerdeführerin mit einem Blutalkoholgehalt von mindestens 2,17 Promille einen Selbstunfall. Nach diesem Vorfall wurde ihr der Führerausweis vorsorglich auf unbestimmte Zeit entzogen. Nach bedingt günstigen verkehrspsychologischen und -medizinischen Gutachten wurde ihr der Ausweis am 13. Februar 2009 für die Dauer von 15 Monaten mit Wirkung ab dem 25. Oktober 2007 entzogen. Gleichzeitig wurde ihr eine Alkoholtotalabstinenz auferlegt. Nachdem sie diese Auflage ab Juli 2008 eingehalten hatte, wurde sie am 3. Oktober 2010 abgemildert. Die Beschwerdeführerin wurde neu verpflichtet, eine Alkoholfahrabstinenz einzuhalten und ihren Alkoholkonsum kontrollieren zu lassen. Gemäss Kurzgutachten des IRMZ vom 19. August 2011 ergab die am 28. Juli 2011 entnommene Haarprobe für den Zeitraum von Mitte Februar bis Mitte Juli einen EtG-Wert von 120 pg/mg Haar.
2.2 Nach der Auffassung des IRMZ deuten EtG-Werte bis 30 pg/mg im Haar auf einen sozialverträglichen, Werte darüber auf einen übermässigen Alkoholkonsum hin. Bei der Beschwerdeführerin wurde für einen Zeitraum von 5 Monaten ein EtG-Gehalt von 120 pg/mg Haar gemessen, mithin ein Wert, der die Grenze für ein sozialverträgliches Trinken um das Vierfache überschreitet. Auch wenn keine Hinweise darauf aktenkundig sind, dass die Beschwerdeführerin je gegen ihre Totalabstinenz- bzw. Alkoholfahrabstinenzauflage verstossen hat, erweckt dieses Testergebnis jedenfalls vor dem Hintergrund der beiden Vorfälle vom 3. Juni 2005 und vom 25. Oktober 2007 den ernsthaften Verdacht, dass ihre Fahreignung durch ein verkehrsrelevantes Alkoholproblem beeinträchtigt sein könnte. Gewissheit darüber besteht aber aufgrund dieses Testergebnisses allein nicht, wie die Sicherheitsdirektion und das Verwaltungsgericht zutreffend festgestellt haben.
2.3 Damit ergibt sich, dass das Strassenverkehrsamt am 5. Oktober 2011, als es einen unbefristeten Sicherungsentzug verfügte, zu weit ging. Das Ergebnis des Haargutachtens vermag nach dem Gesagten bloss einen vorsorglichen Führerausweisentzug für die Dauer des Entzugsverfahrens zu rechtfertigen. Es hätte mithin einen solchen anordnen und anschliessend das Entzugsverfahren regulär weiterführen müssen. Ein solches Vorgehen wollte offensichtlich auch die Sicherheitsdirektion in ihrem vom Verwaltungsgericht geschützten Entscheid anordnen. Das ist, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin, nicht zu beanstanden.
2.4 Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Um die prozessuale Situation des Verfahrens klar zu stellen, ist die Beschwerde abzuweisen und die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen ans Strassenverkehrsamt zurückzuweisen.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen und die Sache im Sinne der Erwägungen ans Strassenverkehrsamt zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich, der Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Strassen Sekretariat Administrativmassnahmen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi