Erwägungen:
1. Mit Urteil vom 22. Dezember 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern eine Beschwerde von X._ betreffend die Staats-, Gemeinde- und direkte Bundessteuer 2004 teilweise gut und setzte die Steuerfaktoren neu fest. Im Übrigen gab es der Beschwerde nicht statt und auferlegte dem Beschwerdeführer die amtlichen Kosten im Betrag von Fr. 7'836.--.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht:
"1. dass das Urteil vom 22. Dezember 2008 aufgehoben und der Vorinstanz zurückgegeben wird um den groben Verfahrensmangel zu beheben.
2. dass, sollte der Antrag wie vorstehend abgewiesen werden, es dagegen keine Rechtsmittel gibt, in der Hauptsache eine angemessene Frist zur Einreichung einer ausführlichen Begründung angesetzt wird."
Der Beschwerdeführer beruft sich auf die Präsidialverfügung vom 30. Oktober 2008, wonach ihm der geleistete Kostenvorschuss teilweise zurückerstattet worden sei, da das Einspracheverfahren an einem schweren Mangel leide. Das habe Rückweisung der Sache an die Einsprachebehörde zur Folge und schliesse eine Kostenauflage aus.
Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
2. 2.1 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Nach Absatz 2 dieser Vorschrift ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Das Bundesgericht wendet zwar das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 2 BGG), doch gilt der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nur insoweit, als auf die Beschwerde eingetreten werden kann, diese also die minimalen Begründungsanforderungen nach Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG erfüllt. Eine hinreichende Begründung ist somit Gültigkeitserfordernis.
An die Begründung werden im Übrigen keine strengen Anforderungen gestellt. Die Begründung muss auch nicht zutreffen. Sie muss aber sachbezogen sein. Das heisst, sie muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid auseinandersetzen, damit ersichtlich wird, welche Punkte beanstandet werden und aus welchem Grund. Alsdann kann auch geprüft werden, ob der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt (BGE 134 V 60 E. 3.; so bereits 131 II 449 E. 1.3 S. 452, 118 Ib 134 E. 2 S. 136 für die frühere Verwaltungsgerichtsbeschwerde). Strengere Begründungsanforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten gerügt wird. Diese überprüft das Bundesgericht nur, wenn dies ausdrücklich gerügt wird (Art. 106 Abs. 2 BGG).
2.2 Angefochten war beim Verwaltungsgericht der Einspracheentscheid der Steuerkommission für Unselbständigerwerbende betreffend die Staats-, Gemeinde- und direkte Bundessteuer 2004. Dem Gesuch des Beschwerdeführers, es sei ihm der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 10'000.-- zurückzuerstatten, gab der Präsident der abgaberechtlichen Abteilung des Verwaltungsgerichts mit prozessleitender Verfügung vom 30. Oktober 2008 teilweise statt und ordnete an, dass dem Beschwerdeführer der Betrag von Fr. 8'000.-- zurückbezahlt werde. Der Präsident ging davon aus, dass die Einsprachebehörde entgegen dem ausdrücklichen Antrag des Beschwerdeführers keine Einspracheverhandlung durchgeführt habe und das Einspracheverfahren an einem schweren Verfahrensmangel leide.
Im hier angefochtenen Urteil kam indessen das Gericht zu einem anderen Schluss und befand, dass der Verfahrensmangel als geheilt betrachtet werden könne (was es ausführlich begründete). Es auferlegte zudem dem Beschwerdeführer die Verfahrenskosten von Fr. 7'863.--. Für eine weitere Reduktion wegen Verletzung von Verfahrensvorschriften sah das Gericht keinen Grund, da das Beschwerdeverfahren letztendlich nicht wegen eines Verfahrensmangels notwendig geworden sei, sondern vielmehr der materiellen Prüfung der Veranlagung diente.
Mit dieser Begründung im angefochtenen Entscheid setzt sich der Beschwerdeführer mit keinem Wort auseinander. Damit ist weder der mit der vorliegenden Beschwerde gestellte Antrag auf Rückweisung der Sache zur Behebung des "groben Verfahrensmangels" noch die Anfechtung des Kostenentscheides begründet worden. Auch wenn es sich beim Beschwerdeführer um einen Laien handelt, wie er geltend macht, hätte er zu den Erwägungen des Verwaltungsgerichts dennoch (aus Laiensicht) kurz Stellung nehmen und auf die seines Erachtens problematischen Punkte hinweisen können, so dass ersichtlich wird, was der Beschwerdeführer genau beanstandet. Dem Bundesgericht ist nicht zuzumuten, den angefochtenen Entscheid auf alle vom Beschwerdeführer möglicherweise anvisierten Eventualitäten hin zu prüfen. Auf die Beschwerde, die offensichtlich keine hinreichende Begründung enthält, ist nicht einzutreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
2.3 Eine Frist zur Einreichung der ausführlichen Begründung, wie der Beschwerdeführer beantragt für den Fall, dass eine Rückweisung der Sache nicht erfolgt, kann nicht gewährt werden. Die Beschwerdefrist ist eine gesetzliche Frist und kann nicht erstreckt werden (Art. 47 Abs. 1 BGG). Innerhalb der Beschwerdefrist sind daher nicht nur die Anträge zu stellen, sondern sind diese auch zu begründen. Die Rechtsmittelbelehrung im angefochtenen Entscheid ist diesbezüglich klar.
3. Die Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG zu erledigen. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerkommission für Unselbständigerwerbende und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann