Faits:
A. A._ était propriétaire de deux vignes de 2'024 et 814 m2 situées en zone à bâtir au ... (canton de Neuchâtel); depuis 1988, B._ était au bénéfice d'un bail à ferme de durée indéterminée avec un loyer annuel d'environ 1'000 fr. En novembre 1998, ce dernier a décidé d'arrêter l'exploitation dès novembre 1999. Comme il n'était pas licite de laisser des vignes en friche, le propriétaire, qui souffrait à l'époque d'une dépression, lui a alors demandé de chercher quelqu'un prêt à continuer l'exploitation, tout en précisant qu'il ne voulait pas se lier "pour trop longtemps" vu la nature constructible des terrains. B._ a trouvé Y._. Celui-ci s'est occupé de la taille des vignes dès la fin 1999 et a par la suite investi plusieurs milliers de francs pour planter de nouveaux ceps. Y._ a été inscrit au registre cantonal comme exploitant des vignes de A._. Le 21 juillet 2003, après avoir été informé de la vente prochaine d'une des parcelles par l'office des poursuites, il a pour la première fois versé un montant de 3'135 fr. à A._.
Les deux parcelles ont été acquises aux enchères forcées par la société X._ SA en 2003 et 2006, la seconde dans le cadre de la liquidation de la succession répudiée de A._, décédé en 2004; les procès-verbaux des deux ventes mentionnaient l'existence d'un bail en faveur de Y._. X._ SA a contesté l'existence d'un contrat de bail à ferme entre Y._ et A._; le 15 juin 2006, elle a résilié à toutes fins utiles un éventuel bail à ferme agricole pour le 31 décembre 2006.
B. En 2006, Y._ a ouvert action devant le Tribunal civil du district de Neuchâtel en constatation de l'existence de baux à ferme sur les deux parcelles ainsi qu'en dommages-intérêts et réparation de tort moral. En cours de procédure, Y._ et X._ SA ont passé un accord partiel en vertu duquel le premier acceptait que la vigne soit entièrement arrachée et le terrain laissé à la libre disposition de la seconde, moyennant consignation par cette dernière d'un montant de l'ordre de 26'000 fr.; l'accord fixait les bases de calcul des dommages-intérêts pour le cas où l'existence d'un bail devrait être admise.
Par jugement du 28 février 2008, le Tribunal civil a admis qu'un nouveau bail venant à échéance en novembre 2014 avait été conclu entre Y._ et A._ en novembre 1999, et il a condamné X._ SA au paiement de dommages-intérêts à concurrence de 43'413 fr. pour la perte de production et la valeur des plantations après amortissement. Par arrêt du 1er septembre 2009, la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a cassé ce jugement.
Statuant à nouveau le 14 juin 2010, le Tribunal civil a jugé que Y._ avait repris le bail en cours conclu en 1988 avec B._ et que ce contrat, suite à une reconduction tacite pour six ans, était venu à échéance en 2009. Il a dès lors condamné X._ SA à payer à Y._ la somme de 25'300 fr. à titre de dommages-intérêts.
Les deux parties ont recouru à la Cour de cassation civile. Y._ soutenait avoir passé avec A._ un nouveau contrat d'une durée de quinze ans, valable jusqu'en 2014, et concluait au paiement de 43'413 fr. X._ SA pour sa part contestait l'existence même d'un bail et concluait en conséquence au rejet de l'action. Par arrêt du 8 décembre 2010, la Cour de cassation civile a rejeté les deux recours.
C. X._ SA (ci-après: la recourante) interjette un recours constitutionnel subsidiaire auprès du Tribunal fédéral, concluant au rejet à tous égards des conclusions de Y._ (ci-après: l'intimé) et à la libération de montants par elle consignés. L'intimé conclut au rejet du recours.
L'autorité précédente se réfère à son arrêt.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1).
Le recours en matière civile est recevable si la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). La valeur litigieuse en cas de recours est déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF) et non pas par celles encore litigieuses devant le Tribunal fédéral, comme semble le penser la recourante.
La valeur litigieuse déterminante en l'espèce correspond ainsi aux conclusions que l'intimé avait prises devant la Cour de cassation civile et dont la recourante demandait le rejet intégral, à savoir 43'413 fr. Il s'ensuit que la voie du recours en matière civile est ouverte, comme la Cour de cassation civile le relève d'ailleurs expressément dans l'arrêt attaqué, et celle du recours constitutionnel subsidiaire en conséquence fermée (art. 113 LTF).
La recourante n'en subit toutefois pas de conséquences. Son recours peut être converti (cf. ATF 134 III 379 consid. 1.2).
2. Pour admettre que l'intimé était au bénéfice d'un contrat de bail à ferme, la Cour de cassation s'est fondée sur le fait que le propriétaire des vignes de l'époque était d'accord que l'ancien fermier trouve une personne pour reprendre et perpétuer le bail en cours. Ce faisant, la Cour a procédé à une constatation de fait.
La recourante se plaint à cet égard d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire. En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables, ou encore s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée (ATF 129 I 8 consid. 2.1).
La recourante reproche à la Cour de cassation de ne pas avoir tenu compte du courrier du 6 [recte: 11] novembre 1998 que l'ancien fermier a envoyé au propriétaire de l'époque et de ne pas en avoir déduit que le bail liant ces deux parties avait été résilié. Le grief est infondé. D'une part, la Cour n'a pas ignoré ce courrier; elle l'évoque à deux endroits de l'arrêt. D'autre part, ce courrier n'implique pas nécessairement une résiliation du bail. Certes, l'ancien fermier, qui voulait soit obtenir un nouveau bail pour une durée de dix-sept ans, soit acheter les parcelles au prix du terrain de vignes, informait le propriétaire que si une solution satisfaisante n'était pas trouvée, il confirmait sa dédite pour le 11 novembre 1999. A ce stade, rien n'était encore définitivement acquis. L'ancien fermier envisageait encore de trouver une solution pour lui satisfaisante. Ce n'est qu'à défaut d'une telle solution qu'il entendait renoncer à affermer les vignes. Cette intention n'excluait pas un transfert du bail à un tiers, acte qui mettait fin à son activité de fermier au même titre qu'une résiliation pure et simple.
La recourante objecte ensuite que les trois personnes concernées par la reprise de bail ne se sont jamais rencontrées. Ce fait n'est toutefois pas déterminant dès lors que le transfert, d'un point de vue juridique, ne nécessitait pas la présence simultanée des trois intéressés. Il ressort des faits constatés que l'ancien fermier a cherché un successeur sur demande et pour le compte du propriétaire; en outre, le transfert n'exige pas de forme et pouvait même être accepté tacitement par le propriétaire. La recourante elle-même déduit tout au plus de l'absence de rencontre qu'elle est propre à faire douter qu'un accord sur le transfert du bail ait pu intervenir dans ces circonstances; or une déduction douteuse n'est pas encore une déduction insoutenable. Par ailleurs, il ne ressort pas des constatations cantonales que l'ancien fermier n'a pas pu rencontrer le propriétaire après son courrier du 11 novembre 1998, comme le soutient la recourante; tout au plus est-il précisé que le propriétaire n'a pas donné de réponse formelle audit courrier, ce qui est nullement incompatible avec le fait que le propriétaire a chargé le fermier de trouver une personne pour lui succéder, que celui-ci s'est exécuté et qu'il s'en est suivi une reprise de bail.
La recourante objecte aussi que le propriétaire de l'époque était dépressif; mais cela ne signifie pas qu'il était incapable de discernement et partant incapable d'accepter, serait-ce tacitement, un transfert du bail. De même, le fait que ses intérêts et ceux de l'intimé quant à la durée du bail pouvaient diverger n'exclut pas un transfert du bail avec possibilité pour les parties de le résilier ou de le prolonger à l'échéance. Le fait de ne pas payer le loyer durant trois ans n'exclut pas qu'un loyer était dû. Enfin, la recourante objecte que la mention du bail en faveur de l'intimé aux procès-verbaux des ventes aux enchères serait sans pertinence, du fait que l'information provenait très certainement de l'intimé, A._ étant alors incapable de fournir un quelconque renseignement à l'office; il s'agit là d'une pure conjecture dont le bien-fondé n'est en aucune façon démontré par la recourante et qui ne trouve aucun fondement dans les constatations cantonales.
La recourante objecte enfin que l'intimé a réclamé la contre-valeur de ses investissements dans la faillite du propriétaire de l'époque. Un tel fait ne ressort ni de l'arrêt attaqué, ni des décisions qui l'ont précédé; il ne saurait en conséquence être pris en compte (art. 105 al. 1 LTF; ATF 135 III 127 consid. 1.5).
Des décisions cantonales, il ressort ce qui suit: Agissant au nom du propriétaire de l'époque, l'ancien fermier a requis l'intimé de reprendre l'exploitation des vignes; ce dernier l'a fait sans que le propriétaire n'y fasse objection, et il a été inscrit au registre cantonal en qualité d'exploitant; lors de la première vente aux enchères des vignes intervenue du vivant du propriétaire, le bail en faveur de l'intimé a été mentionné dans les actes sans que celui-là ou une autre personne ne proteste. Déduire de ces circonstances que le propriétaire de l'époque a accepté l'intimé comme fermier n'est pas arbitraire.
3. A titre subsidiaire, la recourante estime arbitraire d'admettre que le contrat de bail repris par l'intimé, qui venait à échéance en 2003, a été prolongé de six ans jusqu'en 2009. Or la recourante n'allègue ni à fortiori ne démontre que le propriétaire de l'époque a résilié le bail pour la fin 2003, ce qu'il aurait au demeurant dû faire par écrit à fin 2002 (cf. art. 16 LBFA - RS 221.213.2). Le bail a ainsi automatiquement été reconduit pour six années (art. 8 LBFA). Pour le surplus, la recourante critique à tort l'application de cette disposition en faisant valoir que la volonté des parties ne doit pas s'interpréter à la lumière du droit objectif et que les parties ignoraient une telle disposition; ce faisant, la recourante méconnaît le principe selon lequel le régime légal dispositif est applicable à défaut de volonté contraire des parties, laquelle n'a en l'occurrence pas été établie. Le grief est infondé.
4. La recourante se plaint d'une violation du droit d'être entendu. Les éléments qu'elle invoque dans ce cadre se recoupent pour l'essentiel avec ceux soulevés dans les griefs déjà traités. Ils ont été examinés par la Cour de cassation ou sont sans pertinence pour le sort de la cause; il peut être renvoyé aux considérants ci-dessus. En outre, le droit d'être entendu exigeait de la Cour de cassation qu'elle indique les motifs essentiels de sa décision, mais non pas qu'elle discute et rejette d'autres hypothèses envisageables.
5. La recourante succombe. Elle supporte les frais et dépens de la procédure de recours (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est converti en recours en matière civile.
2. Le recours en matière civile est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 7 mars 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Monti