Erwägungen:
1. Das Kantonale Steueramt Zürich entschied am 15. Juni 2012 über die Einsprache von X._ gegen die Einschätzung zu den Staats- und Gemeindesteuern 2009. Mit Eingabe vom 12. August 2012 reichte X._ beim Kantonalen Steueramt selber "Einsprache" gegen dessen Einspracheentscheid ein. Das Steueramt überwies die Sache zuständigkeitshalber an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich. Dieses trat mit Verfügung des Einzelrichters vom 25. Oktober 2012 auf den Rekurs infolge Verspätung nicht ein. Die gegen diesen Rekursentscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 17. April 2013 ab. X._ ficht dieses Urteil mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. Mai 2013 beim Bundesgericht an.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein; die Beschwerde führende Partei hat sich gezielt mit dem Gegenstand des angefochtenen Entscheids und mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz auseinanderzusetzen.
2.2 Gegenstand des verwaltungsgerichtlichen Urteils bildet einzig die Frage, ob der Beschwerdeführer rechtzeitig Rekurs gegen den Einspracheentscheid vom 15. Juni 2012 erhoben habe. Das Verwaltungsgericht bestätigt den Entscheid des Steuerrekursgerichts, das auf den Rekurs wegen Verspätung nicht eingetreten ist. Der Beschwerdeführer diskutiert im Wesentlichen materiellrechtliche Veranlagungsfragen. Soweit er sich zum (einzig einschlägigen) Thema Fristwahrung äussert, macht er geltend, er habe mehrfach Einsprache erhoben; zur Frage der Rechtzeitigkeit der Anfechtung des Einspracheentscheids vom 15. Juni 2012 bzw. den diesbezüglichen Erwägungen des Verwaltungsgerichts lässt sich seiner Beschwerde hingegen nichts Substanzielles entnehmen. Diese enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
2.3 Der Beschwerdeführer hat seiner Beschwerdeschrift nebst dem Urteil betreffend Staats- und Gemeindesteuern 2009 (SB.2012.00174) auch das Urteil des Verwaltungsgerichts vom gleichen Tag betreffend direkte Bundessteuer 2009 (SB.2012.00175) beigelegt. In der Rechtsschrift wird allerdings nur das erstgenannte Urteil erwähnt. Sollte auch hinsichtlich der direkten Bundessteuer Beschwerde erhoben werden, könnte auf die Beschwerde auch diesbezüglich nicht eingetreten werden, verhält es sich doch nicht anders als für die Staats- und Gemeindesteuern; es wäre dazu auf E. 2.2 zu verweisen.
2.4 Auf die Beschwerde ist mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2.5 Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller