Faits:
A. Le 18 janvier 2011, l'Etat de Vaud et la Commune de Pully, représentés par l'Office d'impôt du district de la Riviera-Pays-d'Enhaut, ont fait notifier à A._ un commandement de payer la somme de 96'957 fr. 65 avec intérêts à 4% l'an dès le 25 octobre 2009, sous déduction de 56'248 fr. 85, valeur au 28 octobre 2009, invoquant comme titre de la créance: "Impôt sur les gains immobiliers 2008, selon décision de taxation du 24.09.2009 et du décompte final du 24.09.2009; sommation adressée le 15.09.2010".
B. Par prononcé du 25 mars 2011, le Juge de Paix du district de Lavaux-Oron a accordé la mainlevée définitive. Statuant sur recours de la poursuivie, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a confirmé cette décision par arrêt du 30 septembre 2011.
C. Par acte du 1er novembre 2011, la poursuivie interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et à sa réforme en ce sens que "le montant d'impôts dû [est] recalculé en tenant compte des déductions afin de ne pas créer une double imposition et en tenant compte du montant de 60'000 fr. versé par le notaire après la vente de l'immeuble concerné par cette affaire et en indiquant la date de ce versement afin que le calcul des intérêts soit juste lui aussi".
Des réponses n'ont pas été requises.
Considérant en droit:
1. La décision prononçant la mainlevée définitive de l'opposition est une décision finale au sens de l'art. 90 LTF puisqu'elle met fin à l'instance (ATF 134 III 115 consid. 1.1 p. 117; 133 III 399 consid. 1.2 p. 399). Elle peut faire l'objet du recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF) lorsque la valeur litigieuse atteint, comme en l'espèce, le seuil minimal de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (art. 42 LTF), par la partie qui a succombé en instance cantonale (art. 76 al. 1 LTF), à l'encontre d'une telle décision prise sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), le présent recours en matière civile est en principe recevable de ce chef.
2. La décision en matière de mainlevée, définitive ou provisoire, n'est pas une décision de mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF, contre laquelle seule la violation des droits constitutionnels peut être invoquée (ATF 133 III 399 consid. 1.5 p. 400). Le recours en matière civile peut ainsi être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue dans la décision déférée (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400 s. ; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Cependant, compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400 s.; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Par conséquent, le recourant doit, dans son mémoire, exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit, c'est-à-dire discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287 s.). En particulier, la motivation doit se rapporter à l'objet du litige tel qu'il est circonscrit par la décision attaquée (ATF 133 IV 119 consid. 6.6 p. 120 s.). Par ailleurs, en vertu de l'art. 75 al. 1 LTF, la partie recourante doit avoir épuisé toutes les voies de droit quant aux griefs qu'elle entend soumettre au Tribunal fédéral, le recours n'étant ouvert qu'à l'encontre des décisions rendues par une autorité cantonale de dernière instance (ATF 135 III 1 consid. 1.2 p. 3 s., 424 consid. 3.2 p. 429; 134 III 524 consid. 1.3 p. 527).
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3. Appelée à statuer sur la requête de mainlevée définitive de l'opposition, la cour cantonale a fait porter son examen sur les deux seules questions pertinentes, à savoir, d'une part, si la poursuite en cause se fondait sur un jugement exécutoire au sens de l'art. 80 LP, et, d'autre part, si l'opposante avait prouvé par titre l'existence d'un moyen libératoire (art. 81 al. 1 LP). La Cour des poursuites et faillites a d'abord constaté que la décision d'imposition et le décompte final du 24 septembre 2009 constituaient des décisions, assimilées à des jugements, au sens de l'art. 80 al. 2 ch. 2 LP et que celles-ci étaient exécutoires, par conséquent qu'elles valaient titre de mainlevée définitive pour le montant en poursuite ainsi que pour l'intérêt moratoire. Les juges précédents ont ensuite relevé que la poursuivie n'avait pas établi, par titre, qu'elle avait obtenu un sursis, ni que la dette était éteinte ou prescrite. Ils ont constaté que l'opposante faisait valoir des arguments de fond qu'elle aurait dû soulever dans le cadre d'un recours contre la décision de taxation, le juge de la mainlevée n'étant pas compétent pour revoir le bien-fondé des décisions invoquées.
4. De jurisprudence constante, la procédure de mainlevée, provisoire ou définitive, est un incident de la poursuite. La décision qui accorde ou refuse la mainlevée est une pure décision d'exécution forcée dont le seul objet est de dire si la poursuite peut continuer ou si le créancier est renvoyé à agir par la voie d'un procès ordinaire. Le juge de la mainlevée examine seulement la force probante du titre produit par le créancier, sa nature formelle - et non la validité de la créance - et il lui attribue force exécutoire si le débiteur n'oppose pas immédiatement des exceptions (ATF 136 III 583 consid. 2.3 p. 586 s., 132 III 140 consid. 4.1.1 p. 141 s.).
4.1 Le créancier qui est au bénéfice d'un jugement exécutoire peut requérir du juge la mainlevée définitive de l'opposition en vertu de l'art. 80 al. 1 LP. Les décisions des autorités administratives suisses, fondées sur le droit fédéral, cantonal ou communal et passées en force sont assimilées à des jugements exécutoires aux termes de l'art. 80 al. 2 ch. 2 LP. L'autorité fiscale est une autorité administrative cantonale au sens de la disposition précitée et ses décisions sont en conséquence exécutoires sur tout le territoire suisse (STAEHELIN, Basler Kommentar, 2ème éd., 2010, n° 102 ad art. 80 SchKG). Dans la procédure de mainlevée définitive, le juge n'a ni à revoir, ni à interpréter le titre de mainlevée qui est produit (ATF 124 III 501 consid. 3a p. 503; 113 III 6 consid. 1b p. 8 ss).
L'art. 81 LP exige, pour maintenir l'opposition formée par la partie poursuivie, la preuve par titre de l'extinction - totale ou partielle - de la dette; il appartient au poursuivi d'établir non seulement par titre la cause de l'extinction, mais aussi le montant exact à concurrence duquel la dette est éteinte (ATF 124 III 501 consid. 3b p. 503 s.).
4.2 En substance, la recourante se plaint de ce que le versement sur son compte d'impôts de la somme de 60'000 fr. par le notaire, le 13 mai 2008 à la suite d'une vente immobilière, a été mal, voire jamais comptabilisé et qu'elle souffre d'un "grave problème de double imposition". Elle reproche aussi au service des impôts de ne pas avoir donné de réponse à une lettre du 25 septembre 2009 et à un courrier recommandé du 21 octobre 2009 au sujet du calcul de l'impôt de sa taxation du 24 septembre 2009. La recourante soutient encore qu'il est anormal qu'elle ait reçu par la suite, sans explication, le 15 septembre 2010, une sommation de paiement contre laquelle elle ne pouvait pas recourir. Enfin, elle fait valoir que le premier juge de la mainlevée et l'autorité précédente "savaient aussi que le montant de la poursuite est de 40'000 fr. et non de 100'000 fr.".
4.3 A l'instar de la cour précédente (cf. supra consid. 3), il faut admettre que l'examen de la requête de mainlevée définitive ne requérait nullement la prise en compte des faits concernant la "problématique de fond" - touchant à la validité et au montant de la créance (cf. supra consid. 4) -, à savoir les considérations de la poursuivie relatives au contenu de la taxation de l'impôt sur le gain immobilier. La pièce nouvelle produite à ce sujet - le décompte final du 2 juin 2009 de son impôt sur le revenu et la fortune 2007 -, outre qu'elle est irrecevable en vertu de l'art. 99 al. 1 LTF (cf. supra consid. 2 in fine), est dénuée de pertinence car elle concerne un autre objet. De même, les griefs de la recourante touchant à la manière de déterminer le montant de l'impôt sur le gain immobilier et à la sommation sans délai de recours sont étrangers à l'objet du litige circonscrit par la décision attaquée en matière de poursuite pour dettes et donc irrecevables de ce chef (cf. supra consid. 2).
En ce qui concerne l'absence de réponse au courrier recommandé de la recourante du 21 octobre 2009, l'on peut à la rigueur envisager que, lorsqu'elle demande qu'il soit "accepté", elle entend en réalité se plaindre du fait que son courrier devait être qualifié d'opposition à la taxation du 24 septembre 2009, que son recours serait resté sans suite et que la décision de taxation sur laquelle se fonde la requête de mainlevée de l'opposition ne serait pas exécutoire. A supposer qu'il soit effectivement soulevé à suffisance de droit (art. 42 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2), ce moyen est de toute manière irrecevable, faute d'épuisement des instances cantonales, la recourante n'ayant pas soulevé ce grief devant l'autorité cantonale de recours avant de le soumettre au Tribunal fédéral (art. 75 al. 1 LTF; cf. supra consid. 2).
En ce qui concerne la prise en considération d'un versement de 60'000 fr. sur le compte d'impôt de la poursuivie, que celle-ci fait valoir à titre de moyen libératoire, il apparaît que la recourante se limite à affirmer que le notaire a versé cette somme aux autorités fiscales après la vente de l'immeuble et que les autorités cantonales de poursuite avaient connaissance de ce fait. La recourante ne démontre nullement par titre le versement d'un quelconque montant, admettant elle-même ne disposer d'aucune preuve à cet égard. En conséquence, l'extinction, à tout le moins partielle, de la dette en poursuite n'a pas été démontrée par titre conformément aux exigences de l'art. 81 al. 1 LP et le moyen libératoire dont se prévaut la recourante doit être écarté (cf. supra consid. 4.1). Au demeurant, la recourante paraît occulter le fait qu'un montant de 56'248 fr. 85, valeur au 28 octobre 2009 a déjà été porté en déduction, par les poursuivants, du montant de l'impôt dû à titre de gain immobilier 2008 et, partant, du montant en poursuite. La somme qui a fait l'objet du commandement de payer du 7 janvier 2011 (96'957 fr. 65 - 56'248 fr. 85 = 40'708 fr. 80) présente en effet l'état du compte de l'impôt sur les gains immobiliers 2008 de la recourante et correspond au montant de l'impôt dû qui résulte du dossier de la cause (100'723 fr. 85 [impôt total dû selon la taxation définitive du 24 septembre 2009] - 5 ct. [intérêt rémunératoires] - 60'015 fr. 00 [comptabilisé en deux fois: 3'766 fr. 15 valeur au 21 mai 2008 + 56'248 fr. 85 valeur au 28 octobre 2009] = 40'708 fr. 80). Il s'ensuit que ce grief, autant qu'il est suffisamment motivé (art. 42 al. 2 LTF), est mal fondé.
5. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens aux collectivités intimées, qui n'ont au demeurant pas été invitées à répondre (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 23 janvier 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin