Faits:
A. A.a Par jugement du 13 février 2007, le Tribunal pénal économique du canton de Fribourg a condamné X._ pour complicité de gestion fautive à une peine pécuniaire de 90 jours-amende, à 250 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans. Il l'a acquitté des chefs d'accusation de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et de gestion déloyale.
A.b Par arrêt du 4 juin 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a admis le recours de X._ et l'a totalement acquitté.
A.c Par arrêt 6B_657/2009 du 18 février 2010, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a partiellement admis le recours formé par le Ministère public, annulé l'arrêt du 4 juin 2009 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
En bref, elle a confirmé la violation retenue par l'autorité cantonale du principe d'accusation et du droit d'être entendu de X._, ce dernier n'ayant pas été renvoyé devant la justice comme complice de gestion fautive mais uniquement comme auteur de cette infraction. Elle a toutefois considéré que l'acquittement prononcé reposait sur une application arbitraire du droit de procédure cantonal alors applicable.
B. B.a Par arrêt du 9 mars 2010, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a renvoyé la cause au Tribunal pénal économique du canton de Fribourg pour nouveau jugement.
B.b Par ordonnance de renvoi du 4 août 2010, complémentaire à celle du 20 décembre 2004, X._ a été renvoyé devant l'autorité de répression pour complicité de gestion fautive.
B.c Par jugement du 11 février 2011, le Tribunal pénal économique a condamné X._ pour complicité de gestion fautive (art. 25, 26 et 165 ch. 1 CP) à une peine pécuniaire de 60 jours-amende, à 250 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans. Il a notamment rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, la requête d'indemnité déposée par X._ et fondée sur l'art. 429 CPP.
B.d Par jugement du 20 septembre 2012, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours formé par X._ et confirmé le jugement du 11 février 2011.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation du jugement du 20 septembre 2012, au classement de la procédure intentée contre lui, subsidiairement à ce qu'une ordonnance de non-lieu soit rendue compte tenu de la violation du principe de célérité, encore plus subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour la réouverture de la procédure probatoire et pour nouveau jugement. Il requiert le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'il soit statué sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
Considérant en droit:
1. Le recourant sollicite la constatation de la nullité de l'ordonnance de renvoi du 20 décembre 2004 pour le motif que cette décision se fonderait sur deux expertises que l'autorité de première instance a écartées. Il invoque une violation des art. 9 et 325 CPP, 32 al. 2 Cst. et 6 par. 3 let. a CEDH.
1.1 La nullité absolue d'une décision peut être invoquée en tout temps devant toute autorité et doit être constatée d'office. Elle ne frappe que les décisions affectées des vices les plus graves, manifestes ou du moins facilement décelables et pour autant que sa constatation ne mette pas sérieusement en danger la sécurité du droit. Sauf dans les cas expressément prévus par la loi, il ne faut admettre la nullité qu'à titre exceptionnel, lorsque les circonstances sont telles que le système d'annulabilité n'offre manifestement pas la protection nécessaire (ATF 130 II 249 consid. 2.4 p. 257).
Composant du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), le principe de l'accusation est aussi garanti à l'art. 32 al. 2 Cst., qui a la même portée que l'art. 6 § 3 let. a CEDH. Il implique que le prévenu connaisse exactement les faits qui lui sont imputés (ATF 133 IV 235 consid. 6.3 p. 245; 126 I 19 consid. 2a p. 21). Le principe d'accusation n'impose en revanche pas la désignation dans l'acte d'accusation des moyens de preuve sur lesquels repose l'accusation (arrêt 6B_655/2011 du 20 février 2012 consid. 2.1).
1.2 L'obligation pour l'autorité d'enquête d'indiquer dans l'ordonnance de renvoi les moyens de preuve sur lesquels cette décision repose et pour l'autorité de jugement de s'en tenir ensuite à ces moyens de preuve ne résulte ni de l'ancien droit de procédure pénal cantonal, en vigueur lorsque l'ordonnance litigieuse a été rendue, ni du CPP (a contrario art. 165 aCPP/FR et art. 9 al. 1 et 325 CPP). Au contraire, ces codes imposent au tribunal saisi d'apprécier librement les preuves (art. 4 al. 2 let. c aCPP/FR et art. 10 al. 2 CPP), ce qui implique la possibilité pour l'autorité de jugement de ne pas tenir compte de preuves se trouvant au dossier.
Que l'autorité de jugement ait décidé d'écarter les expertises mentionnées dans l'ordonnance de renvoi ne constitue dès lors pas un motif de nullité de celle-ci. Un classement de la procédure pénale pour cette raison n'entre pas en considération.
2. Le recourant reproche aux autorités précédentes d'avoir refusé d'écarter du dossier des documents et déclarations liés selon lui aux expertises jugées non exploitables par l'autorité de première instance. Il y voit une violation de l'art. 141 CPP.
2.1 Aux termes de l'art. 141 al. 2 CPP, les preuves qui ont été administrées d'une manière illicite ou en violation de règles de validité par les autorités pénales ne sont pas exploitables, à moins que leur exploitation soit indispensable pour élucider des infractions graves. Si un moyen de preuve est recueilli grâce à une preuve non exploitable au sens de l'art. 141 al. 2 CPP, il n'est pas exploitable lorsqu'il n'aurait pas pu être recueilli sans l'administration de la première preuve (art. 141 al. 4 CPP). Tel n'est pas le cas lorsque la seconde preuve aurait aussi pu être obtenue sans la première preuve illicite, avec une grande vraisemblance, compte tenu d'un déroulement hypothétique des investigations. Les circonstances concrètes sont déterminantes. La simple possibilité théorique d'obtenir la preuve de manière licite ne suffit pas (ATF 138 IV 169 consid. 3.3.3 p. 173).
2.2 L'autorité de première instance a considéré que les deux expertises comptables devaient être retirées du dossier, la première parce que l'impartialité de l'expert était douteuse, la seconde parce qu'une société anonyme et non une personne physique avait été désignée comme expert. Cette autorité a en revanche estimé que les documents comptables et pièces bancaires avaient été valablement produits, respectivement séquestrés. Quant aux déclarations liées aux expertises, elles ont également été recueillies conformément à l'ancien droit alors applicable (jugement du 11 février 2011, p. 9 et 10). La cour cantonale a quant à elle jugé que la non-prise en compte des expertises n'invalidait pas l'ensemble des autres éléments présents au dossier, dont les déclarations des protagonistes, les bilans comptables des sociétés et les pièces bancaires (arrêt entrepris, p. 8).
2.3 Le recourant se borne à affirmer que les moyens de preuve dont il demande le retrait seraient étroitement liés aux expertises écartées et n'auraient pu être récoltés sans elles. Il ne l'établit toutefois pas, ne donnant notamment aucun détail quant à l'un ou l'autre de ces moyens de preuve. On ne voit pas ce qui aurait empêché le juge, sans les expertises écartées, d'obtenir les pièces comptables des sociétés concernées notamment, ni d'entendre ensuite les parties sur ces pièces ou l'activité du recourant. Le grief de violation de l'art. 141 CPP, en particulier al. 4, est infondé.
2.4 Dans le cadre de cette question, le recourant semble se plaindre que l'autorité cantonale n'ait pas repris dans l'arrêt attaqué son argumentation. Il y voit une violation de son droit d'être entendu et invoque l'arbitraire.
Le grief de violation de droits fondamentaux doit être invoqué et motivé de manière précise sous peine d'irrecevabilité (art. 106 al. 2 LTF; ATF 138 V 67 consid. 2.2 p. 69). Tel qu'il est motivé, le moyen ne répond pas à ces exigences. Il est par conséquent irrecevable.
3. Le recourant estime que le refus des autorités cantonales d'entendre A._ viole son droit d'être entendu garanti par les art. 32 al. 2 Cst., 6 par. 3 CEDH et 14 ch. 3 Pacte ONU II.
3.1 Tel qu'il est prévu notamment par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend celui de faire administrer des preuves, à condition qu'elles soient pertinentes (ATF 135 I 187 consid. 2.2 p. 190; 135 II 286 consid. 5.1 p. 293). Il n'empêche en revanche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de se forger une conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (ATF 136 I 229 consid. 5.3 p. 236). L'appréciation (anticipée) des preuves ne peut être revue par le Tribunal fédéral que sous l'angle restreint de l'arbitraire (cf. ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148; sur cette notion v. ATF 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.).
3.2 A._ a été longuement entendu durant l'enquête et la première procédure. Durant le deuxième procès, l'autorité de première instance a donné suite à la requête du recourant en citant à comparaître A._, le 4 février 2011. Celui-ci s'est toutefois refusé à témoigner, en dépit d'une amende d'ordre et de la menace de la peine prévue par l'art. 292 CP.
La cour cantonale a refusé de réentendre ce témoin, estimant que cette preuve n'était pas nécessaire au vu du dossier ou servait à élucider des questions non pertinentes. Elle a de plus relevé que A._ avait déjà été entendu et qu'il s'était constamment refusé, en tant que témoin et malgré le prononcé d'une amende et la menace de la peine prévue par l'art. 292 CP, à déposer. La cour cantonale ne voyait pas au stade de l'appel en quoi il serait plus disposé à le faire (arrêt entrepris, p. 6 let. e). Reprenant ces motifs, elle a également rejeté le grief de violation du droit d'être entendu formé contre le refus de l'autorité de première instance de réentendre ce témoin (arrêt entrepris, p. 10 let. c).
3.3 Le recourant invoque que le statut de A._ a changé depuis que la condamnation de celui-ci est devenue définitive, le 18 février 2010. Depuis cet instant, il pouvait être entendu non plus comme prévenu mais comme témoin. Le recourant aurait dû pouvoir lui poser des questions en tant que témoin, la procédure prévue par l'art. 292 CP aurait dû être ouverte et celle contre le recourant suspendue. Ce faisant, le recourant n'explique pas dans quelle mesure l'appréciation anticipée de la preuve à laquelle ont procédé les autorités cantonales - estimant l'audition de ce témoin non nécessaire, respectivement non pertinente - serait arbitraire. Son grief est irrecevable.
4. Le recourant invoque une violation du principe de célérité au sens des art. 5 CPP, 29 al. 1 Cst., 6 ch. 1 CEDH et 14 al. 3 Pacte ONU II.
4.1 L'art. 29 al. 1 Cst. garantit à toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. A l'instar de l'art. 6 par. 1 CEDH, qui n'offre à cet égard pas une protection plus étendue, cette disposition consacre le principe de la célérité, en ce sens qu'elle prohibe le retard injustifié à statuer. Aux termes de l'art. 5 al. 1 CPP, les autorités pénales engagent les procédures pénales sans délai et les mènent à terme sans retard injustifié.
L'autorité viole cette garantie lorsqu'elle ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable (cf. ATF 130 I 312 consid. 5.1 p. 331). Le caractère raisonnable du délai s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard notamment à la complexité de l'affaire, à l'enjeu du litige pour l'intéressé, à son comportement ainsi qu'à celui des autorités compétentes (ATF 135 I 265 consid. 4.4 p. 277; 130 I 312 consid. 5.1 p. 331). A cet égard, il appartient au justiciable d'entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence, que ce soit en l'invitant à accélérer la procédure ou en recourant, le cas échéant, pour retard injustifié (ATF 130 I 312 consid. 5.2 p. 332). Enfin, on ne saurait reprocher à l'autorité quelques temps morts, qui sont inévitables dans une procédure. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut. Des périodes d'activité intense peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires (ATF 130 IV 54 consid. 3.3.3 p. 56 s.; 130 I 312 consid. 5.2 p. 332).
4.2 La cour cantonale a examiné en détail le déroulement de la procédure, à l'exception des deux procédures d'appel qu'elle a menées. On peut ici renvoyer aux considérants détaillés de l'arrêt entrepris, p. 12 à 15. En substance, l'autorité précédente a considéré que l'affaire était complexe (7 prévenus, 4 sociétés et 3 grandes banques parties plaignantes impliquées, 7'000'000 fr. de découvert total, nombreuses pièces comptables séquestrées et analysées, dossier pénal constitué de 17 classeurs) et que la multiplication des incidents de procédure avait grandement contribué à l'allongement du traitement du dossier, sans que l'on puisse discerner de temps morts. Les autorités judiciaires avaient ainsi travaillé sans désemparer et aucun manquement grave ne pouvait leur être imputé. Le principe de célérité avait dès lors été respecté.
4.3 S'agissant des étapes de procédure analysées par l'autorité cantonale, le recourant se borne, après avoir cité plusieurs jurisprudences et commentaires de doctrine, à reprendre quasiment mot à mot la critique présentée en appel dans ses notes de plaidoirie. Il ne discute en revanche pas les motifs de la décision entreprise, ni n'indique en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Une telle motivation n'est pas conforme aux exigences minimales fixées à l'art. 42 al. 2 LTF et est dès lors irrecevable (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.1 à 2.3 p. 245 ss.).
4.4 Le jugement sur appel rendu le 4 juin 2009 est intervenu 27 mois après celui de première instance, le 13 février 2007, dans les circonstances suivantes: affaire complexe; dépôt de cinq recours et d'un appel joint civil au sens de l'ancienne procédure cantonale contre le jugement du 4 juin 2009; procédure d'indemnisation initiée par l'un des coprévenus acquitté auprès de l'autorité de première instance (demande rejetée par cette autorité et refus confirmé successivement par l'autorité de recours cantonale [qui a également rejeté une demande de récusation] puis par le Tribunal fédéral par arrêt 6B_400/2008 du 7 octobre 2008); requête de récusation d'un autre condamné le 6 mars 2009, rejetée le 9 avril 2009. A cela s'ajoute le comportement du recourant, qui bien qu'ayant expressément invoqué une violation du principe de célérité dans son premier recours cantonal, ne semble pas s'être manifesté de quelque manière que ce soit afin que sa cause soit jugée avec plus de diligence. Au vu de l'ensemble de ces éléments, le laps de temps écoulé entre les deux décisions cantonales lors du premier procès, bien que long, ne viole pas le principe de célérité.
4.5 L'arrêt entrepris a quant à lui été rendu 19 mois après le jugement de première instance prononcé le 11 février 2011. La procédure concernait quatre appels. De nombreuses mesures d'instruction ont été requises par le recourant dont la production du dossier civil et une nouvelle expertise. Le recourant a formé une demande de récusation de plusieurs membres de l'autorité de première instance, recouru contre le rejet de cette demande jusqu'au Tribunal fédéral, qui a écarté son recours par arrêt 1B_101/2011 du 4 mai 2011. Le 10 juin 2011, le Ministère public a indiqué ne pas présenter de demande de non-entrée en matière ou d'appel joint. Par écrit du 4 août 2011, les trois banques se sont retirées de la procédure en tant que parties pénales et civiles. Le 25 avril 2012, le recourant a été cité à comparaître aux débats d'appel fixés aux 6 et 20 septembre 2012. Le 20 août 2012, les moyens de preuves requis par lui ont été rejetés. Le recourant a invoqué une violation du principe de célérité dans ses notes de plaidoiries datées du 6 septembre 2012. Il n'apparaît en revanche pas qu'il soit intervenu antérieurement dans la procédure d'appel afin de requérir que l'affaire soit traitée avec la célérité qu'il invoque aujourd'hui. Au contraire, lors de l'audience du 6 septembre 2012, il a déclaré, par le biais de son conseil, qu'il avait songé à atteindre la prescription par des artifices procéduraux ou des moyens dilatoires (arrêt entrepris, p. 15). Dans ces circonstances, et malgré une inaction de plusieurs mois, l'autorité précédente ne saurait être considérée comme ayant violé le principe de célérité en rendant son arrêt sur appel le 20 septembre 2012.
5. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité et aux frais du recourant (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 10 mai 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod