Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1940, im Folgenden auch: "Der Steuerpflichtige" bzw. zusammen mit seiner Ehefrau Y._: "Die Steuerpflichtigen") betrieb als Einzelunternehmer ein B._unternehmen. In einem Erbteilungsprozess über den Nachlass seines Vaters schloss er 1993 mit seinen beiden Schwestern einen Vergleich, wonach sich diese verpflichteten, ein von ihnen als Erbvorbezug empfangenes Grundstück in A._ in die Erbengemeinschaft einzuwerfen. Gegen eine Ausgleichszahlung von insgesamt Fr. 570'000.-- (je Fr. 285'000.--) ihres Bruders schieden die beiden Schwestern gleichzeitig aus der Erbengemeinschaft aus und X._ übernahm den gesamten Nachlass seines Vaters. Auf das damit ebenfalls in sein Alleineigentum fallende Grundstück entfiel dabei ein Betrag von Fr. 500'000.-- (der Rest betraf den übrigen Nachlass), da die drei Geschwister in den Vergleichsverhandlungen des Erbteilungsprozesses von einem Übernahme- bzw. Anrechnungswert von Fr. 750'000.-- ausgegangen waren.
B. X._ buchte in der Folge das genannte Grundstück zu einem Buchwert von Fr. 500'000.-- in seine Geschäftsbuchhaltung ein und nahm darauf über Jahre sich die Waage haltende Abschreibungen und Aufwertungen vor. Im Rahmen eines Quartierplanverfahrens wurde das Grundstück im Jahre 2000 ausserdem mit einem anderen abgetauscht, wobei beide Grundstücke durchgehend geschäftlich genutzt wurden.
Im Jahre 2004 gab X._ seine Tätigkeit als B._-unternehmer auf. 2006 verkaufte er das Grundstück in A._ zum Preis von Fr. 1'935'600.--.
C. In der Veranlagungsverfügung für die direkte Bundessteuer 2006 vom 8. August 2008 erfasste die Veranlagungsbehörde (Steuerkommissär) den bei der Veräusserung der Liegenschaft erzielten Kapitalgewinn als steuerbares Einkommen. Für die Bemessung des steuerbaren Gewinns ging der Steuerkommissär von der Differenz zwischen dem Veräusserungserlös und dem Buchwert der Liegenschaft von Fr. 500'000.-- aus. X._ und Y._ wurden - unter Einbezug aller anderen, hier nicht interessierenden Faktoren - mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'524'200.-- veranlagt.
D. Die von den Steuerpflichtigen hiegegen erhobene Einsprache wurde im Einverständnis aller Antragsteller im Sinne von Art. 132 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) als Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Zürich überwiesen und von dieser mit Entscheid vom 4. Dezember 2008 gutgeheissen. Die Rekurskommission erwog im Wesentlichen, vorliegend hätte das in Frage stehende Grundstück, dessen Wert im Moment der Einbuchung unbestrittenermassen Fr. 750'000.-- betragen habe, vom Steuerpflichtigen im Jahre 1993 mindestens zu diesem Wert eingebucht werden müssen. Die Einbuchung mit Fr. 500'000.-- sei von vornherein als handelsrechtswidrig zu betrachten. Der damit bestehende Bilanzierungsfehler sei gravierend, von den Steuerpflichtigen nachgewiesen und erfolgsneutral zu korrigieren, womit Anfang 2006 von einem handelsrechtskonformen (korrigierten) Buchwert von Fr. 750'000.-- auszugehen sei. Damit reduziere sich der steuerbare Kapitalgewinn unter Berücksichtigung der AHV-Beiträge auf selbständiger Erwerbstätigkeit entsprechend um Fr. 225'500.--. Die Steuerrekurskommission veranlagte die Eheleute X._ und Y._ betreffend die direkte Bundessteuer (Steuerperiode 2006) daher mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'298'700.--.
E. Gegen diesen Entscheid führte die Eidgenössische Steuerverwaltung Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Urteil vom 31. März 2010 hiess dieses die Beschwerde im Umfang von 9/10 des gestellten Antrages teilweise gut und veranlagte die Eheleute X._ und Y._ betreffend die genannte Steuerperiode mit einem steuerbaren Einkommen von - wiederum - Fr. 1'524'000.--.
F. Mit - gemeinsamer - Eingabe vom 11. Juni 2010 führen X._ und Y._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das letztgenannte Urteil aufzuheben und sie - die Steuerpflichtigen - betreffend die direkte Bundessteuer (2006) mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'298'700.-- zu veranlagen.
Das Kantonale Steueramt Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Steuerrekurskommission des Kantons Zürich schliesst auf Gutheissung. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerdeführer sind hierzu legitimiert (Art. 89 BGG).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, soweit er nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte unterliegen der Einkommenssteuer (Art. 16 Abs. 1 DBG). Steuerbar sind u.a. alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit (Art. 18 Abs. 1 DBG). Zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen (Art. 18 Abs. 2 DBG). Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Art. 58 DBG, wonach u. a. der steuerbare Reingewinn auf dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres beruht (Art. 58 Abs. 1 lit. a DBG), sinngemäss (Art. 18 Abs. 3 DBG).
Der Beschwerdeführer hat unbestrittenermassen insgesamt eine ordnungsgemässe Buchhaltung geführt. Diese bildet daher gemäss den vorgenannten gesetzlichen Bestimmungen die Grundlage für die steuerliche Gewinnermittlung.
2.2 Die schweizerische Steuerpraxis knüpft dabei an die handelsrechtliche Bilanz an, welche auch steuerrechtlich verbindlich ist (Massgeblichkeitsprinzip der Handelsbilanz), wenn bei deren Errichtung nicht gegen zwingende Bestimmungen des Handelsrechts verstossen wurde und sofern nicht spezielle steuerrechtliche Vorschriften für die Gewinnermittlung zu beachten sind (statt vieler BGE 133 I 19 E. 6.3 S. 26 sowie Urteil 2A.275/1998 vom 6. März 2000 E. 3a, mit Hinweisen). Dies wirkt sich für den Steuerpflichtigen auch in verfahrensrechtlicher Hinsicht aus: Der Steuerpflichtige muss sich nach diesen Vorschriften grundsätzlich bei der von ihm in seinen ordnungsgemäss geführten Büchern erscheinenden Darstellung der Vermögenslage und des Jahresergebnisses behaften lassen (vgl. Urteile 2A.475/2006 vom 26. März 2007, E. 6, in: RDAF 2007 II p. 278, sowie Urteil 2A.577/ 1997 vom 7. Oktober 1997, E. 2a). Wurden offensichtlich handelsrechtswidrige Ansätze gewählt, ist eine Korrektur bis zum Eintritt der Rechtskraft der Veranlagung zulässig (so genannte Bilanzberichtigung); demgegenüber sind blosse Bilanzänderungen, bei denen ein handelsrechtskonformer Wertansatz durch eine andere, ebenfalls handelsrechtskonforme Bewertung ersetzt wird, nur bis zur Einreichung der Steuererklärung zulässig. Ab dann besteht für den Steuerpflichtigen ein Änderungsverbot (vgl. letztgenanntes Urteil, a.a.O.).
2.3 Die geltenden Bewertungsvorschriften des Handelsrechts sind Höchstbewertungsvorschriften, die primär zum Schutz der Gläubiger verhindern wollen, dass die Ertrags- und Vermögenslage zu günstig ausgewiesen wird. Die steuerrechtlichen Korrekturvorschriften dagegen wollen erreichen, dass die Ertrags- und Vermögenslage entsprechend der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV), d.h. nicht zu ungünstig ausgewiesen wird (letztgenanntes Urteil, E. 3c). Die Steuerbehörden haben die Handelsbilanz, die ihnen zwecks Veranlagung eingereicht wird, somit unter zwei Gesichtspunkten zu überprüfen: Zum einen ist diese zu berichtigen, wenn einzelne Buchwerte die nach Handelsrecht zulässigen Höchstwerte übersteigen, zum anderen, wenn die bilanzierten Werte die steuerrechtlich zulässige Wertgrenze unterschreiten (Urteil 2A.458/2002 vom 15. Oktober 2004 E. 4.1, StE 2005 B.72.15.2 Nr. 6).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer hat eine Liegenschaft des Geschäftsvermögens veräussert. Die Steuerbarkeit des bei der Veräusserung dieses Grundstücks erzielten Gewinnes ist unbestritten. Es geht darum, ob bei der Berechnung des steuerbaren Kapitalgewinnes der Buchwert in Abzug zu bringen ist (so das Verwaltungsgericht), oder ob der (teilweise verdeckt eingebrachte) Einbringungswert des Grundstücks abzuziehen ist (so der Beschwerdeführer).
3.2 Das Anknüpfen an die ordnungsgemässe Buchhaltung und damit an die vom Steuerpflichtigen gewählten Werte (vorne E. 2.2) kann tatsächlich dazu führen, dass bei einer Veräusserung von Objekten des Geschäftsvermögens allfällige bereits bei der Einbringung des Gegenstandes darauf bestehende stille Reserven zur Besteuerung kommen. Das heisst, es werden Werte besteuert, welche grundsätzlich nicht im Rahmen der Geschäftstätigkeit entstanden sind. Dies scheint im Widerspruch zu stehen zu dem von der Rechtsprechung wiederholt geäusserten Grundsatz, dass ein durch Verkauf realisierter Wertzuwachs auf einem Gegenstand des Geschäftsvermögens nur insoweit zu versteuern ist, als er seit Aufnahme der Erwerbstätigkeit entstanden ist (so schon BGE 96 I 655 E. 4, vgl. auch Urteil 2A.156/2002 vom 2. September 2002, E. 3.3). Entscheidend ist jedoch, dass aufgrund des Massgeblichkeitsprinzips buchführenden Steuerpflichtigen innerhalb des Handelsrechts ein weiter betriebswirtschaftlicher Ermessensspielraum eingeräumt wird und sie - soweit nicht handelsrechtliche oder steuerrechtliche Bestimmungen entgegenstehen - selber festlegen können, welche Werte sie als sachgerecht annehmen wollen. Kehrseite dieses eingeräumten weiten Ermessensspielraumes ist, dass sich die Steuerpflichtigen bei den von ihnen gewählten Buchansätzen - und damit auch bei allfälligen Unterbewertungen - behaften lassen müssen (vorne E. 2.2). Dies gilt nicht nur in Bezug auf juristische Personen, sondern in identischer Weise auch für buchführende Selbständigerwerbende (vgl. zur Anwendung des Massgeblichkeitsprinzips bei natürlichen Personen Urteile 2A.475/ 2006 vom 26. März 2007 und 2A.570/1998 vom 17. September 1999).
3.3 Wie das Verwaltungsgericht zutreffend erwogen hat, handelte es sich bei der vorliegend zur Diskussion stehenden Unterbewertung nicht um einen offenkundigen, ins Auge springenden Verstoss gegen zwingendes Handelsrecht oder einen Wertansatz, der die zuverlässige Beurteilung der Vermögenslage geradezu vereiteln würde. Die vom Beschwerdeführer vorgenommene Einbuchung mit Fr. 500'000.-- lag angesichts der regelmässig mit Unschärfen verbundenen Bewertung von Grundstücken noch innerhalb des ihm zustehenden Ermessensspielraums, weshalb für eine Abweichung vom Massgeblichkeitsprinzip kein Grund besteht und er nach dem Gesagten auf dem sich aus seinen Büchern ergebenden Wert zu behaften ist.
3.4 Die Beschwerdeführer berufen sich ferner auf Art. 60 lit. a DBG, wonach durch Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu kein steuerbarer Gewinn entsteht. Diese Regel müsse in analoger Weise auch für Kapital- bzw. Vermögenseinlagen eines selbständigen Einzelunternehmers gelten.
Es kann hier offen bleiben, ob die Auffassung des Verwaltungsgerichts zutreffend ist, welche auf einer wörtlichen Auslegung von Art. 18 Abs. 3 DBG beruht und wonach bei der Veranlagung von Selbständigerwerbenden kein Raum dafür bleibt, die weiteren Regelungen betreffend die Berechnung des Reingewinnes - allenfalls analog - heranzuziehen. Zwar sind aufgrund von Art. 60 lit. a DBG sowohl offene wie auch verdeckte Kapitalzuschüsse bei der Ermittlung des steuerbaren Gewinns auszuklammern (vgl. PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, N 39 zu Art. 60 DBG). Massgebend ist vorliegend jedoch, dass gemäss geltender Praxis bei verdeckten Kapitalzuschüssen deren Offenlegung grundsätzlich spätestens im Einbringungsjahr erfolgen muss (vgl. PETER BRÜLISAUER/ANDREAS HELBING in: Martin Zweifel/ Peter Athanas (Hrsg), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2. Auflage, N 31 f zu Art. 60 DBG mit weiteren Hinweisen, vgl. auch LOCHER, a.a.O., N 40 zu Art. 60 DBG sowie ROBERT DANON, Commentaire Romand, N 35 ff zu Art. 60 LIFD). Eine analoge Anwendung von Art. 60 lit. a DBG hilft den Beschwerdeführern schon deshalb nicht, weil sich diese Bestimmung auf offene oder jedenfalls offengelegte Einlagen bezieht.
3.5 Die Rüge, wonach die vorgenommene Besteuerung den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV) verletze, geht fehl: Steht wie vorliegend eine nicht offenkundige Unterbewertung eines eingebrachten Vermögenswertes zur Diskussion, so ist der Steuerpflichtige bei seiner Verbuchung zu behaften und bleibt kein Raum für eine Korrektur seiner Bewertung aufgrund von Leistungsfähigkeitsüberlegungen (BGE 85 I 243 E. 4 S. 251 f.; vgl. auch BGE 83 I 337 E. 3 S. 345 f. betreffend offensichtliche Unterbewertung). Soweit der Beschwerdeführer sich auf die abweichende Literaturmeinung von Känzig (vgl. ERNST KÄNZIG, Kommentar zur Wehrsteuer [direkte Bundessteuer], I. Teil, 2. Auflage 1982, N. 214 zu Art. 21 BdBSt) beruft, ist zu beachten, dass diese - sowie die dort zitierte Rechtsprechung - sich auf den Bundesratsbeschluss vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt, BS 6 350) bezieht, welcher - anders als nun das Gesetz über die direkte Bundessteuer in Art. 18 Abs. 3 durch Verweis auf Art. 58 - keine explizite Regelung darüber enthielt, wie die Kapitalgewinne bei natürlichen Personen zu bestimmen sind. Die Beschwerdeführer können daher daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten.
4. Dies führt zur Abweisung der Beschwerde. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 und Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteienschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Mit dem Entscheid in der Hauptsache wird das gestellte Gesuch um aufschiebende Wirkung hinfällig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Eidgenössischen Steuerverwaltung, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Steuerrekursgericht des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein