Fatti:
A. La A._, impresa d'impianti sanitari e di riscaldamenti, ha effettuato una serie di lavori per l'architetto B._, per i quali ha emesso, tra l'altro, 13 fatture, rimaste scoperte per un importo complessivo di fr. 210'143.95.
B. Il 5 febbraio 2004 la A._ ha promosso causa dinanzi alla Pretura della giurisdizione di Mendrisio-Nord chiedendo a B._ il pagamento dell'importo di fr. 210'143.95 oltre accessori nonché il rigetto dell'opposizione interposta dal convenuto al precetto esecutivo n. 608296 dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Mendrisio.
L'attrice sosteneva di aver eseguito correttamente i lavori commissionatile, che non avrebbero mai dato adito a contestazioni da parte del convenuto. Questi ha chiesto il rigetto della petizione sollevando l'eccezione di prescrizione, eccependo la difettosità dell'opera e contestando genericamente l'ammontare di tutte le fatture.
Con le sue conclusioni l'attrice, dato atto dell'intervenuta prescrizione di alcune pretese, ha ridotto la propria domanda a fr. 158'886.55.
C. C.a Statuendo il 5 maggio 2008 il Pretore ha accolto la petizione.
Ritenute applicabili le norme sul contratto d'appalto, il primo giudice ha rilevato che la contestazione verteva sull'ammontare della mercede e sull'esistenza di difetti. In merito all'ammontare della remunerazione, rilevato che l'attrice non ne aveva fornito la prova diretta, il Pretore ha esaminato l'atteggiamento del convenuto alla luce delle regole della buona fede, evidenziando che prima dell'avvio della procedura giudiziaria egli non aveva mai sollevato contestazioni, riconoscendo quindi le pretese dell'attrice. Quanto ai difetti, il primo giudice ha constatato che gli stessi mai erano stati notificati.
C.b Adita da B._, il 30 luglio 2009 la II Camera civile del Tribunale d'appello ha accolto l'appello contro la decisione pretorile e respinto la petizione.
D. Il 7 settembre 2009 la A._ è insorta davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile. Essa postula la riforma della sentenza impugnata nel senso di confermare la decisione emanata in prima istanza.
Con osservazioni del 5 ottobre 2009 B._ ha proposto di respingere il ricorso. L'autorità cantonale non ha presentato osservazioni.
La richiesta di concessione dell'effetto sospensivo al gravame formulata contestualmente al ricorso è stata accolta con decreto presidenziale del 12 ottobre 2009.
Diritto:
1. Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. b LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso è ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
2. Il contenuto del gravame impone di ricordare preliminarmente alla ricorrente alcune regole fondamentali della procedura di ricorso.
2.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF), tenuto però conto dell'obbligo minimo di allegazione e motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (DTF 134 III 102 consid. 1.1 pag. 104). Le esigenze sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale. Il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.2).
2.2 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene o completarlo solo se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Spetta alla parte che si prevale di una fattispecie diversa da quella accertata in sede cantonale il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni e di indicare che il procedimento avrebbe avuto un esito diverso qualora i fatti fossero stati accertati in maniera conforme al diritto.
Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (DTF 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (art. 9 Cost.; DTF 134 IV 36 consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF. Qualora venga lamentata la violazione del divieto d'arbitrio nell'apprezzamento delle prove e nell'accertamento dei fatti (art. 9 Cost.) non ci si può pertanto limitare a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì si deve dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che il giudizio impugnato è manifestamente insostenibile (DTF 134 II 244 consid. 2.2; 133 III 638). Una critica degli accertamenti di fatto eseguiti dall'autorità cantonale che non ossequia i requisiti appena esposti non è esaminata nel merito: è dichiarata inammissibile (DTF 133 III 350 consid. 1.3, 393 consid. 7.1, 462 consid. 2.4).
3. La ricorrente lamenta la non applicazione a suo favore del "principio dell'affidamento", ancorato nella giurisprudenza cantonale: a suo dire, dal momento che il convenuto ha mosso contestazioni solo in sede giudiziaria, ha versato acconti pari ai tre quarti della totalità della pretesa e ha persino ammesso che i ritardi nei pagamenti erano imputabili a problemi di liquidità, la Corte cantonale avrebbe dovuto riconoscere "l'incondizionata accettazione" di tutte le pretese.
3.1 La ricorrente ripropone semplicemente la propria versione dei fatti in modo appellatorio, senza dimostrare la manifesta inesattezza del giudizio impugnato. Non prende nemmeno in considerazione gli elementi che sono stati determinanti per i giudici cantonali, i quali hanno valutato l'assenza di contestazioni delle fatturazioni da parte del convenuto alla luce della "situazione concreta, caratterizzata da una gestione informale delle pendenze - dovuta ai buoni rapporti interpersonali in essere tra il convenuto e il defunto C._, allora responsabile dell'attrice"; tant'è che anch'essa non aveva "formalmente sollecitato il pagamento delle fatture prima del decesso di C._".
3.2 Nella misura in cui le censure sono volte contro l'accertamento dei fatti, esse sono pertanto inammissibili per motivazione carente. E se la situazione di fatto concreta è quella evidenziata nella sentenza impugnata, la conclusione dei giudici cantonali, secondo cui l'assenza di contestazione delle fatture non vale ammissione della pretesa dell'appaltatrice, rispetta il diritto federale (cfr. DTF 112 II 500 consid. 3a, pag. 502, citata con pertinenza dal convenuto nella risposta al ricorso).
4. La ricorrente rimprovera poi all'autorità cantonale di avere ignorato che le contestazioni formulate in causa dal convenuto erano rivolte solo contro le fatture documenti L e M, non invece contro le fatture E, F, G, H, I, N, O, che espongono un totale di fr. 45'295.25. Anche a questo proposito il gravame è però privo di una spiegazione precisa riferita agli atti di causa. Non basta affermare che una sentenza contiene una "monumentale lacuna" per sostanziare l'arbitrio.
5. La ricorrente si prevale anche degli art. 8 CC nonché 367 e 368 CO in relazione con la "tardività nella segnalazione dei difetti" e, a questo proposito, accenna al rapporto del perito giudiziario. Questi argomenti divengono privi di rilievo, dal momento che l'attrice - secondo gli accertamenti di fatto vincolanti e le considerazioni di diritto corrette della Corte ticinese - ha comunque fallito "la prova in merito all'ammontare della mercede".
6. Ne segue che il ricorso, per quanto ammissibile, va respinto.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza: esse sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 6'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Seconda Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.