Faits:
A. Le 25 août 2008, X._ a adressé, au procureur général du canton de Neuchâtel, une plainte pénale contre Y._ pour calomnie, diffamation, injure et violation du secret de fonction au regard du contexte ayant présidé à sa non-réélection comme juge du Tribunal civil du district de Neuchâtel. Par ordonnance du 5 septembre 2008, le procureur général a classé la plainte faute de préventions.
B. Le plaignant a recouru contre l'ordonnance de classement, faisant notamment valoir que le procureur général, qui était simultanément secrétaire du Conseil de la magistrature, aurait dû se récuser. Par arrêt du 14 mai 2009, la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal a rejeté le recours, considérant que la demande de récusation était tardive et, de surcroît, infondée; en outre, les faits dénoncés n'étaient pas constitutifs d'infractions pénales.
C. X._ interjette un recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire contre cet arrêt. Sous suite de frais et dépens, il conclut à l'annulation de la décision cantonale et au renvoi de la cause au procureur général pour nouvelle instruction.
Il n'a pas été ouvert d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 1 consid. 1.1 p. 3).
1.1 Le jugement attaqué a été rendu, en dernière instance cantonale, dans une cause de droit pénal. Il peut donc faire l'objet d'un recours en matière pénale au sens des art. 78 ss LTF, ce qui exclut le recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF) dont la teneur sera traitée comme faisant partie intégrante du recours en matière pénale (cf. ATF 131 I 291 consid. 1.3 p. 296; 126 II 506 consid. 1b p. 509 et les arrêts cités).
1.2 Selon la jurisprudence déduite de l'art. 81 LTF, le lésé, qui -comme en l'espèce- n'est pas une victime au sens de la LAVI, n'a en principe pas qualité pour former un recours en matière pénale contre le refus des autorités de poursuite ou de jugement d'exercer ou d'admettre l'action pénale. Il peut recourir exclusivement pour faire valoir que ces autorités lui auraient dénié à tort le droit de porter plainte ou violé un droit formel, entièrement séparé du fond, que lui attribue la loi de procédure applicable ou qui découle directement de la Constitution fédérale ou de la CEDH (ATF 133 IV 228). En tant que partie au procès pénal (art. 46 du code de procédure pénale neuchâtelois [CPPN RS/NE 322.0]), le plaignant, qui dénonce une violation de ses droits procéduraux au motif que la décision de classement a été rendue par le procureur général qui aurait dû se récuser, a qualité pour déposer le présent recours. Dans cette mesure, ce dernier est recevable.
2. Saisi du grief de la violation du droit à un juge indépendant et impartial, le Tribunal fédéral n'examine l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst.; pour la définition de l'arbitraire, cf. ATF 134 I 23 consid. 8 p. 42 et les arrêts cités). Il apprécie en revanche librement la compatibilité de la procédure suivie avec les garanties constitutionnelles offertes en cette matière (ATF 126 I 68 consid. 3b p. 73 et la jurisprudence cités).
3. 3.1 La garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 § 1 CDEH -qui ont, de ce point de vue, la même portée- permet, indépendamment du droit de procédure cantonal, de demander la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à faire susciter des doutes quant à son impartialité. Elle vise à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective est établie, car une disposition interne de la part du juge ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence d'une prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Cependant, seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en compte, les impressions purement individuelles n'étant pas décisives (ATF 134 I 20 consid. 4.2 p. 21; 133 I 1 consid. 5.2 p. 3).
S'agissant d'un représentant du Ministère public, les exigences d'impartialité ne sont en principe pas les mêmes que pour les autorités judiciaires proprement dites. En effet, ni les art. 29 et 30 Cst., ni l'art. 6 par. 1 CEDH ne confèrent à l'accusé une protection particulière à l'égard d'un magistrat dont le rôle essentiel est de soutenir l'accusation au cours de l'instruction et devant les juridictions pénales, en tant que partie à la procédure (ATF 124 I 76 consid. 2 p. 77 ss; 118 Ia 95 consid. 3b p. 98; 112 Ia 142 consid. 2a p. 143 s. et les arrêts cités). Les circonstances sont toutefois différentes lorsque le procureur sort de son rôle d'accusateur public pour assumer des fonctions d'ordre juridictionnel, par exemple lorsqu'il rend une ordonnance pénale qui devient exécutoire faute d'opposition (ATF 124 I 76 consid. 2; 112 Ia 142 consid. 2b p. 144 ss). Certes, la décision de classement rendue en application de l'art. 8 CPPN n'est-elle pas -au contraire d'une décision de non-lieu- revêtue de l'autorité de la chose jugée et ne met-elle donc pas un terme définitif à la poursuite pénale. Il n'en demeure pas moins que le procureur général s'est livré dans ce cadre à un examen de la culpabilité de la personne dénoncée et a mis fin, au moins provisoirement, à la procédure pénale par une décision sur laquelle il ne peut être revenu qu'en présence d'éléments nouveaux (cf. ALAIN BAUER/PIERRE CORNU, Code de procédure pénale neuchâtelois annoté, n. 23 ad art. 8 CPPN). Il s'agit donc d'une activité de type juridictionnel pour laquelle le justiciable concerné est légitimé à exiger un surcroît d'impartialité et d'indépendance, comme c'est le cas pour les autorités judiciaires proprement dites (ATF 112 Ia 142 consid. 2 p. 143).
3.2 Les règles cantonales édictées en matière d'organisation judiciaire doivent répondre à ces exigences minimales, ce qui est le cas en l'occurrence.
3.2.1 Selon l'art. 47 CPPN, les fonctions du ministère public sont exercées par le procureur général et des procureurs (al. 1). Le procureur général dirige le ministère public (al. 3). Les articles 35 et 36 sont applicables à la récusation des officiers du ministère public (al. 4). Ainsi, les juges, les jurés et les greffiers ne peuvent exercer leurs fonctions dans une cause en laquelle ils ont agi précédemment à un autre titre, soit comme membre d'une autorité administrative ou judiciaire, soit comme fonctionnaires judiciaires, soit comme conseils, mandataires ou avocats d'une partie, soit comme experts ou témoins (art. 35 al. 1 ch. 2 CPPN) ou s'ils se trouvent avec l'une des parties en cause dans un rapport d'amitié étroite ou d'inimitié personnelle, d'obligation ou de dépendance particulière, ou s'il existe des circonstances de nature à leur donner l'apparence de partialité dans le procès (art. 35 al. 1 ch. 3 CPPN).
3.2.2 La récusation doit être proposée par les parties, aussitôt qu'elles ont connaissance du motif de récusation. Elle est faite par écrit et communiquée aussitôt aux intéressés, en les invitant à faire leurs observations (art. 36 al. 1 CPPN). De manière plus générale et selon une jurisprudence constante, le motif de récusation doit être invoqué aussitôt que l'intéressé en a eu connaissance, sous peine d'être déchu du droit de s'en prévaloir ultérieurement. En particulier, il est contraire à la bonne foi d'attendre l'issue d'une procédure pour tirer ensuite argument, à l'occasion d'un recours, de la composition incorrecte de l'autorité qui a statué, alors que le motif de récusation était déjà connu auparavant (ATF 134 I 20 consid. 4.3.1 p. 21; 132 II 485 consid. 4.3 p. 496). Cela ne signifie toutefois pas que l'identité des juges appelés à statuer doive nécessairement être communiquée de manière expresse au justiciable; il suffit en effet que le nom de ceux-ci ressorte d'une publication générale facilement accessible, par exemple l'annuaire officiel. La partie assistée d'un avocat est en tout cas présumée connaître la composition régulière du tribunal (ATF 128 V 82 consid. 2b p. 85).
3.3 Dans le cas particulier, le recourant a déposé sa plainte/dénonciation auprès du procureur général du canton, suivant l'art. 5 al. 2 CPPN. C'est dès lors naturellement ce magistrat, auquel l'écriture était adressée, qui a rendu l'ordonnance de classement du 5 septembre 2008 (art. 8 CPPN). Or, lorsque dans son mémoire, le recourant énonce différents motifs de récusation à l'encontre de ce magistrat, il ne fait pas valoir que ces motifs seraient apparus postérieurement au dépôt de sa plainte/dénonciation ou de l'ordonnance de classement. C'est dire que ces motifs, dont il n'y a au demeurant pas lieu d'examiner ici la pertinence, lui étaient connus lorsque, le 25 août 2008, il a adressé son écriture au procureur général du canton. Conformément aux règles ci-dessus, il lui incombait -à peine de péremption du droit de récuser- de soulever le ou les motifs de récusation avec son écriture du 25 août 2008 ou parallèlement à celle-ci. Contrairement à ce qu'il soutient de manière peu crédible, le recourant pouvait et devait s'attendre à ce que le procureur général du canton décide de la suite à donner à son écriture pour deux motifs au moins: d'une part, et principalement, ce magistrat était le destinataire de la plainte/dénonciation qu'il lui avait adressée; d'autre part, s'agissant d'une plainte/dénonciation émanant d'un membre de l'ordre judiciaire cantonal, il appartenait, au regard du statut du plaignant, au procureur général de s'en saisir, sans la déléguer à l'un ou l'autre de ses substituts ou suppléants.
Le rejet de sa demande de récusation déposée seulement avec son recours au Tribunal cantonal au premier motif qu'elle était tardive ne viole dès lors pas les garanties constitutionnelles de procédure judiciaire. Il ne procède pas davantage d'une application arbitraire du droit cantonal de procédure. Partant, il n'y a pas lieu d'examiner le bien-fondé des motifs de récusation allégués.
4. Le recourant, qui succombe, devra supporter les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 25 août 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le juge présidant: La Greffière:
Schneider Gehring