Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Die Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut (im Folgenden: Stiftung) war eine Stiftung gemäss Art. 80 ZGB. Sie bezweckte die Unterstützung und Durchführung von wissenschaftlichen Arbeiten und Programmen - insbesondere im Bereich Pflanzenschutz und Saatgut - im Interesse der Z._ AG und ihrer Konzerngesellschaften. Zur Erreichung des Stiftungszwecks wurde ihr ein Anfangskapital von Fr. 3 Mio. gewidmet.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung führte in den Monaten September und November 1997 bei der Stiftung eine Kontrolle gemäss Art. 50 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuerverordnung; MWSTV; AS 1994 1464) durch. Damit wurde der Zeitraum vom 1. Januar 1995 bis zum 30. September 1997 geprüft. In der Folge erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Ergänzungsabrechnung über eine Nachbelastung von Fr. 468'808.--. Diese wurde damit begründet, dass entgeltlich erbrachte Forschungsarbeiten steuerbar seien. Für nicht entgeltlich erbrachte Leistungen, die aus dem Stiftungsvermögen bzw. aus Finanzerträgen finanziert werden, würden dagegen keine steuerbaren Umsätze resultieren, weshalb der Vorsteuerabzug hierfür ausgeschlossen sei. Bei gemischter Verwendung von Leistungen sei eine verhältnismässige Kürzung vorzunehmen. Dies treffe z.B. für Leistungen zu, welche durch Dritte erbracht und nicht wieder an Dritte weiterverrechnet würden.
Nachdem die Stiftung die Aufhebung der Nachbelastung verlangt hatte, bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung am 15. Januar 1999 den mit der Ergänzungsabrechnung nachgeforderten Betrag. Die dagegen erhobene Einsprache wurde mit Einspracheentscheid vom 30. Juni 2003 vollumfänglich abgewiesen und die Bezahlung von Fr. 468'808.-- nebst Verzugszins von 5% ab dem 15. August 1996 bestätigt.
Nachdem die Stiftung die Aufhebung der Nachbelastung verlangt hatte, bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung am 15. Januar 1999 den mit der Ergänzungsabrechnung nachgeforderten Betrag. Die dagegen erhobene Einsprache wurde mit Einspracheentscheid vom 30. Juni 2003 vollumfänglich abgewiesen und die Bezahlung von Fr. 468'808.-- nebst Verzugszins von 5% ab dem 15. August 1996 bestätigt.
B. Am 8. April 1999 verlangte die X._ Pharma AG, die Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut aus dem Register für Mehrwertsteuerpflichtige zu streichen, da diese aufgelöst und im Handelsregister gelöscht worden sei. Die Streichung wurde am 27. April 1999 mit Wirkung auf den 31. März 1999 vollzogen.
B. Am 8. April 1999 verlangte die X._ Pharma AG, die Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut aus dem Register für Mehrwertsteuerpflichtige zu streichen, da diese aufgelöst und im Handelsregister gelöscht worden sei. Die Streichung wurde am 27. April 1999 mit Wirkung auf den 31. März 1999 vollzogen.
C. Am 29. August 2003 wandte sich die gelöschte Stiftung an die Eidgenössische Steuerrekurskommission und beantragte die Feststellung der Nichtigkeit des Einspracheentscheides vom 30. Juni 2003, eventuell dessen Aufhebung.
Am 12. November 2003 erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung einen neuen Einspracheentscheid. Dieser richtete sich an die X._ Forschungsstiftung als Rechtsnachfolgerin der Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut und hob den Einspracheentscheid vom 30. Juni 2003 wiedererwägungsweise auf. Im Übrigen wurde die Bezahlung der bereits im ersten Einspracheentscheid bestätigten Mehrwertsteuer von Fr. 468'808.-- zuzüglich Verzugszins bestätigt.
Gegen den neuen Einspracheentscheid gelangte die X._ Forschungsstiftung an die Eidgenössische Steuerrekurskommission und verlangte im Hauptantrag die Nichtigkeit des Einspracheentscheides vom 12. November 2003 festzustellen, eventuell diesen aufzuheben. Die Beschwerde wurde am 12. Mai 2004 abgewiesen und der Einspracheentscheid bestätigt. Gleichzeitig wurde die Beschwerde der Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut vom 29. August 2003 bzw. das entsprechende Beschwerdeverfahren abgeschrieben.
Gegen den neuen Einspracheentscheid gelangte die X._ Forschungsstiftung an die Eidgenössische Steuerrekurskommission und verlangte im Hauptantrag die Nichtigkeit des Einspracheentscheides vom 12. November 2003 festzustellen, eventuell diesen aufzuheben. Die Beschwerde wurde am 12. Mai 2004 abgewiesen und der Einspracheentscheid bestätigt. Gleichzeitig wurde die Beschwerde der Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut vom 29. August 2003 bzw. das entsprechende Beschwerdeverfahren abgeschrieben.
D. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 14. Juni 2004 beantragt die X._ Forschungsstiftung Basel dem Bundesgericht, den Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 12. Mai 2004 aufzuheben.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Die Eidgenössische Steuerrekurskommission hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Beschwerdeentscheide der Eidgenössischen Steuerrekurskommission können nach den Artikeln 97 ff. OG mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 54 Abs. 1 MWSTV; Art. 66 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer [MWSTG; SR 641.20]). Die Beschwerdeführerin ist gemäss Art. 103 lit. a OG zur Beschwerde legitimiert. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nach Art. 104 lit. a OG die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht von Amtes wegen an, ohne an die Begründung der Parteibegehren gebunden zu sein (vgl. Art. 114 Abs. 1 OG). An die Sachverhaltsfeststellung ist es nicht gebunden, wenn - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
1.3 Die hier zur Beurteilung stehenden Sachverhalte wurden alle vor Inkrafttreten des Mehrwertsteuergesetzes (am 1. Januar 2001) verwirklicht. Auf das vorliegende Verfahren sind deshalb noch die Bestimmungen der Mehrwertsteuerverordnung von 1994 (MWSTV) anwendbar (vgl. Art. 93 f. MWSTG).
1.3 Die hier zur Beurteilung stehenden Sachverhalte wurden alle vor Inkrafttreten des Mehrwertsteuergesetzes (am 1. Januar 2001) verwirklicht. Auf das vorliegende Verfahren sind deshalb noch die Bestimmungen der Mehrwertsteuerverordnung von 1994 (MWSTV) anwendbar (vgl. Art. 93 f. MWSTG).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht zunächst geltend, der Z._ Forschungsstiftung fehle mit deren Auflösung die Rechts- und Parteifähigkeit, die Sachurteilsvoraussetzung bilde. Eine Steuersukzession im Sinne von Art. 23 Abs. 2 MWSTV habe nicht stattgefunden.
2.2 Wer ein Unternehmen mit Aktiven und Passiven übernimmt, tritt in die steuerlichen Rechte und Pflichten der übernommenen Unternehmung ein (Art. 23 MWSTV; ebenso Art. 30 Abs. 2 MWSTG). Aus den Materialien geht unmissverständlich hervor, dass der Verordnungsgeber (und auch der spätere Gesetzgeber) mit der Schaffung dieser Bestimmung über die für die Warenumsatzsteuer geltende Regelung (Art. 12 Abs. 3 des Bundesratsbeschlusses vom 29. Juli 1941 über die Warenumsatzsteuer; WUStB) hinausgehen wollte. Neu sollte eine Steuernachfolge nicht nur bei der Übertragung von Aktiven und Passiven auf eine andere juristische Person gelten, sondern eine generelle Regelung für die Steuernachfolge von Unternehmungen eingeführt werden (vgl. Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartements zur Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 zu Art. 23 Abs. 2 MWSTV und Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats vom 28. August 1996 zu Art. 28 Absatz 2 E-MWSTG, S. 53).
In Rechtsprechung und Lehre ist unbestritten, dass Steuernachfolge dann eintritt, wenn das bisherige Unternehmen wegfällt und eine Gesamt- oder Einzelnachfolge von Aktiven und Passiven einer Unternehmung erfolgt (vgl. Urteil 2A.66/1999 vom 22. März 1999; Gerhard Schafroth/Dominik Romang, in: mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel/Genf/München 2000, Rz 1 ff. zu Art. 30 MWSTG).
Rechtsfolge der Steuersukzession ist der Eintritt des Nachfolgers in alle Rechte und Pflichten des bisherigen Steuerpflichtigen. Dazu gehören neben der Haftung für die Steuerschulden sämtliche Verfahrens- und materiellen Rechte und Pflichten im Bereich der Mehrwertsteuer für die übernommene Unternehmung (Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2. Aufl., Rz 1146 ff., insb. Rz 1149).
2.3 Im vorliegenden Fall ist nicht bestritten, dass die Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut nach ihrer Auflösung und Löschung im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen nicht mehr bestand. Fest steht sodann, dass die aufgelöste Stiftung zuvor im Rahmen eines Zirkulationsbeschlusses am 5. Mai 1998 beschlossen hat, ihr Vermögen auf die X._ Forschungsstiftung zu übertragen. Mit dieser Zusammenlegung wurde u.a. die gemeinsame Leitung für alle Forschungsprojekte durch einen Stiftungsrat bezweckt. Im Weiteren bestätigte die Beschwerdeführerin - die X._ Forschungsstiftung - ausdrücklich, dass sie das Vermögen der aufgelösten Stiftung übernommen hat. Die Zusammenlegung ergibt sich auch unmissverständlich aus den "Bilanzen 31. Mai 1999 und 1998", bei denen es sich handelt um die:
"Vorjahreszahlen (31. Mai 1998) nach Zusammenlegung der drei Stiftungen infolge Aufhebung der Z._ Forschungsstiftung Ernährung sowie Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut und Übertragung deren Vermögen auf die X._ Forschungsstiftung gemäss Auflösungsbeschlüsse der Stiftungsräte der liquidierten Stiftungen vom 5. Mai 1998 sowie Zustimmungsbeschluss seitens der X._ Forschungsstiftung."
Aus diesen Unterlagen geht zweifelsfrei hervor, dass die Beschwerdeführerin die bisherige Stiftung mit Aktiven und Passiven übernommen hat. Dieser Umstand kann auf Grund der eingereichten Unterlagen auch rechnerisch nachvollzogen werden.
2.4 Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, trifft nicht zu. Auch wenn im vorliegenden Fall keine Universalsukzession stattgefunden hat und die von der Beschwerdeführerin für die Singularsukzession dargestellten Formalien möglicherweise nicht eingehalten wurden, muss sich die Beschwerdeführerin im konkreten Fall das tatsächliche Verhalten anrechnen lassen. Die obgenannten Beschlüsse und das tatsächliche Zusammenführen der Stiftungen kommen im Ergebnis einer Übernahme der Aktiven und Passiven gleich, weshalb diese nicht unter Berufung auf die allfällige Nichterfüllung von Formalien als nicht erfolgt gelten kann. Dies ergibt sich auch aus den eingereichten Bilanzen und Unterlagen, bei denen sich die Beschwerdeführerin behaften lassen muss. Die Bilanz der Z._ Forschungsstiftung vom 31. Mai 1998 weist Aktiven und Passiven von insgesamt Fr. 849'576'061.52 aus. Die damit verbundenen Bilanzpositionen sind, wie die Vorinstanz verbindlich festgestellt hat, mit denjenigen, wie sie aus der Zusammenfassung und der Konsolidierung der drei Stiftungsbilanzen hervorgehen, identisch. Diese wiederum stimmen mit denjenigen der Beschwerdeführerin überein. Hätte man im vorliegenden Fall lediglich eine Liquidation der Z._ Forschungsstiftung vorgenommen, ohne dass die Aktiven und Passiven übertragen worden wären, so würden die von der Beschwerdeführerin per 31. Mai 1998 erstellten Bilanzen nicht mit den konsolidierten Zahlen übereinstimmen.
Das Bundesgericht erachtet es deshalb in Übereinstimmung mit der Vorinstanz als erstellt, dass die Beschwerdeführerin die Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut mit Aktiven und Passiven übernommen hat und damit gemäss Art. 23 Abs. 2 MWSTV in ihre Rechte und Pflichten eingetreten ist. Die Beschwerde ist demnach in diesem Punkt abzuweisen.
Das Bundesgericht erachtet es deshalb in Übereinstimmung mit der Vorinstanz als erstellt, dass die Beschwerdeführerin die Z._ Forschungsstiftung Pflanzenschutz und Saatgut mit Aktiven und Passiven übernommen hat und damit gemäss Art. 23 Abs. 2 MWSTV in ihre Rechte und Pflichten eingetreten ist. Die Beschwerde ist demnach in diesem Punkt abzuweisen.
3. In materieller Hinsicht ist die Frage der Vorsteuerkürzung umstritten. Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich geltend, dass alle Voraussetzungen zur Gewährung des Vorsteuerabzugs erfüllt seien. Im Weiteren geht sie davon aus, dass von der Stiftung entgeltliche Leistungen erbracht würden und dies auch der Fall sei, wenn die Finanzierung der Forschungstätigkeit aus eigenen Mitteln erfolge. In ihrer Begründung weist sie weiter darauf hin, dass die Kürzung der Vorsteuern bei Begleichung vorsteuerbelasteter Aufwendungen aus dem Finanzertrag über keine Gesetzesgrundlage verfüge, mithin gegen das Legalitätsprinzip verstosse, von der Eidgenössischen Steuerverwaltung in der Praxis den Steuerpflichtigen nie mitgeteilt worden sei und auch einheitlicher Lehre und höchstrichterlicher Rechtsprechung widerspreche. Selbst wenn sie zulässig wäre, würde das Vorgehen der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu einer unzulässigen Praxisänderung führen.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hält dem entgegen, nach konstanter Rechtsprechung werde für die Abzugsfähigkeit der Vorsteuern ein objektiver wirtschaftlicher Zusammenhang zwischen Eingangs- und Ausgangsumsatz verlangt, was hier nicht der Fall sei. Es lägen auch keine Vorauszahlungen im Sinne von Art. 34 lit. a Ziff. 1 und 2 MWSTV vor und die Finanzierung sei zudem nicht aus dem Verzehr des Stiftungsvermögens erfolgt, wie die Beschwerdeführerin dartun wolle.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hält dem entgegen, nach konstanter Rechtsprechung werde für die Abzugsfähigkeit der Vorsteuern ein objektiver wirtschaftlicher Zusammenhang zwischen Eingangs- und Ausgangsumsatz verlangt, was hier nicht der Fall sei. Es lägen auch keine Vorauszahlungen im Sinne von Art. 34 lit. a Ziff. 1 und 2 MWSTV vor und die Finanzierung sei zudem nicht aus dem Verzehr des Stiftungsvermögens erfolgt, wie die Beschwerdeführerin dartun wolle.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Bundesrecht, d.h. der Mehrwertsteuerverordnung sowie eine direkte Verletzung der Verfassungsbestimmungen. Diese liege darin, dass sich die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgenommene Vorsteuerkürzung weder aus der Mehrwertsteuerverordnung noch aus Art. 41ter aBV oder den Übergangsbestimmungen von Art. 8 aBV ergebe.
4.2 Die in den Übergangsbestimmungen zur Bundesverfassung vorgesehene Regelung sieht eine mehrwertsteuerliche Erfassung der Inland- bzw. Einfuhrumsätze vor (vgl. Art. 8 Abs. 2 der Übergangsbestimmungen aBV bzw. Ziff. 14 Abs. 1 lit. a der Übergangsbestimmungen zu Art. 130 BV). Der Vorsteuerabzug ist in Art. 8 Abs. 2 lit. h aBV bzw. Ziffer 14 Abs. 1 lit. h BV der Übergangsbestimmungen geregelt. Danach ist die Gewährung des Vorsteuerabzugs für Leistungen vorgesehen, die im Zusammenhang mit den Ausgangsumsätzen stehen. Seine Konkretisierung erfährt der Vorsteuerabzug in Art. 29 MWSTV und mit Bezug auf die Grundzüge wortgleich in Art. 38 MWSTG (vgl. Art. 29 Abs. 1, 2 und 3 MWSTV bzw. Art. 38 Abs. 1, 2 und 3 MWSTG). Auf Grund dieser Bestimmungen, der Materialien (vgl. Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartements zur Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 zu Art. 29 Abs. 1 bis 3; Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats vom 28. August 1996 zu Art. 36 E-MWSTG) und der allgemeinen Grundsätze des Mehrwertsteuerrechts ist davon auszugehen, dass
a) der Vorsteuerabzug nur von Steuerpflichtigen geltend gemacht werden kann (Art. 29 Abs. 1 MWSTV);
b) ein Vorsteuerabzug nur für steuerbare Lieferungen und Dienstleistungen an ein Unternehmen und von solchen Leistungen in Frage kommt, die von einer anderen Unternehmung mit der Mehrwertsteuer belastet erbracht wurden (Art. 29 Abs. 1 und 2 MWSTV);
c) ein Vorsteuerabzug nur bei Verwendung der Leistung für einen geschäftlich begründeten Zweck oder für den Export zulässig ist (Art. 29 Abs. 2 MWSTV), wobei die zulässigen Zwecke in Art. 29 Abs. 2 und 3 MWSTV abschliessend umschrieben sind (Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartements zur Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 zu Art. 29 Abs. 2 MWSTV; ebenso Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats vom 28. August 1996 zu Art. 36 Abs. 2 und 3 E-MWSTG);
d) ein Vorsteuerabzug nur bei Vorliegen eines Ausweises in Form einer formal genügenden Rechnung gemacht werden kann (Art. 29 Abs. 1 lit. a in Verbindung mit Art. 28 MWSTV);
e) der Abzug nicht ausdrücklich ausgeschlossen sein (Art. 30 MWSTV) oder zur Erzielung eines von der Besteuerung ausgenommenen Umsatzes, eines Nichtumsatzes oder eines Umsatzes in Ausübung hoheitlicher Gewalt eingesetzt werden darf (Art. 38 Abs. 4 MWSTG).
Mit dieser sich aus dem Wortlaut und dem Sinn und Zweck der einschlägigen Verfassungs- und Verordnungsbestimmungen ergebenden Regelung des Vorsteuerabzuges wird sichergestellt, dass der betroffene Steuerpflichtige nur den Mehrwert (Nettoumsatz) versteuern muss und der eigentliche Endverbrauch steuerlich belastet wird (vgl. dazu den Überblick in Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender; Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2000, N 1360 ff., Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit Fiscal Suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, S. 129 ff., sowie die ausführliche Darstellung von Ivo P. Baumgartner, in: mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, Art. 38 MWSTG).
Mit dieser sich aus dem Wortlaut und dem Sinn und Zweck der einschlägigen Verfassungs- und Verordnungsbestimmungen ergebenden Regelung des Vorsteuerabzuges wird sichergestellt, dass der betroffene Steuerpflichtige nur den Mehrwert (Nettoumsatz) versteuern muss und der eigentliche Endverbrauch steuerlich belastet wird (vgl. dazu den Überblick in Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender; Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2000, N 1360 ff., Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit Fiscal Suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, S. 129 ff., sowie die ausführliche Darstellung von Ivo P. Baumgartner, in: mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, Art. 38 MWSTG).
4.3 4.3.1 Die Schweiz folgt in den Grundzügen dem System der Mehrwertsteuer, wie es in der Europäischen Union (EU) angewandt wird (vgl. dazu Art. 17 der 6. EG-Richtlinie und die Umsetzung in den nationalen Gesetzesbestimmungen z.B. für Deutschland, § 15 UstG-D). Die sich aus Gesetz und System des Umsatzsteuerrechts ergebenden subjektiven und objektiven Anforderungen an den Vorsteuerabzug sind mit denjenigen in der Schweiz vergleichbar, aber nicht in allen Teilen identisch (vgl. dazu u.a. für das deutsche Recht: Dieter Dziadkowski/Peter Walden, Umsatzsteuer, 4. Aufl., Oldenburg 1996, S. 219 ff.; Klaus Tipke/Joachim Lang, Steuerrecht, Köln 1998, 16. Aufl., S. 676 ff.; Dieter Völkel/Helmut Karg, Umsatzsteuer, 12. Aufl., Stuttgart 2002, S. 326 ff.; für das österreichische Recht: Hans Georg Ruppe, Kommentar zu § 12 UStG-A, Wien 1999, 2. Aufl., Rz 12 ff. und insbesondere Rz 85).
4.3.2 Für die Beurteilung des vorliegenden Falles ist das schweizerische Recht massgebend. Dieses verlangt gemäss Art. 29 Abs. 1 und 2 MWSTV bzw. Art. 38 Abs. 1 und 2 MWSTG, dass der Mehrwertsteuerpflichtige die Eingangsleistung "für steuerbare Lieferungen und Dienstleistungen" verwendet oder mit anderen Worten einen "objektiven wirtschaftlichen Zusammenhang zwischen den steuerbaren Eingangs- und Ausgangsleistungen". Auf Grund des Gesetzeswortlautes und der Materialien ist eine Verknüpfung bzw. ein Zusammenhang zwischen den steuerbaren Eingangs- und Ausgangsumsätzen zwingend erforderlich, wobei neben der unmittelbaren Verwendung der Eingangsleistung für den Ausgangsumsatz auch eine mittelbare Verwendung genügt, bei welcher die Eingangsleistung nur indirekt in den Ausgangsumsatz einfliesst (Urteile 2A.175/2002 vom 23. Dezember 2002 E. 5.2 am Ende, 2A.273/2002 vom 13. Januar 2003, E. 5.2 unter Hinweis auf BGE 123 II 295 E. 6a S. 303). Nicht genügend ist demnach eine lediglich für die Zukunft beabsichtigte Verwendung, weil das schweizerische Recht den Vorsteuerabzug an die tatsächliche Verwendung der Eingangsleistung für steuerbare Umsätze knüpft und nicht nur an die Unternehmenseigenschaft (vgl. dazu ausführlich Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer, Bern 1999, S. 257 ff). Damit verstösst die schweizerische Gesetzgebung nicht gegen den Grundsatz der Steuerneutralität der Mehrwertsteuer, weil diese in der Schweiz bewusst nur innerhalb der Unternehmenskette, d.h. sofern Leistungen für steuerbare Zwecke verwendet werden, sichergestellt werden soll. Verschiedene Autoren vertreten diesbezüglich eine andere Meinung. Diese geht dahin, dass zwischen sachlichem und zeitlichem Verwendungskonnex der Eingangs- und Ausgangsumsätze zu unterscheiden ist und dass in sachlicher Hinsicht auch eine beabsichtigte Verwendung genügt und in zeitlicher Hinsicht Unmittelbarkeit zwischen Eingangs- und Ausgangsleistung nicht gegeben sein muss (vgl. dazu die Zusammenfassung bei Ivo P. Baumgartner, a.a.O., N 43 und N 46 ff. zu Art. 38 MWSTG). Diese Lehrmeinungen sind auf Grund des Wortlautes, der Materialien sowie Sinn und Zweck der Verfassungs- und Verordnungsbestimmungen (vgl. insb. auch Art. 33 MWSTV und Art. 42 MWSTG) abzulehnen.
4.3.2 Für die Beurteilung des vorliegenden Falles ist das schweizerische Recht massgebend. Dieses verlangt gemäss Art. 29 Abs. 1 und 2 MWSTV bzw. Art. 38 Abs. 1 und 2 MWSTG, dass der Mehrwertsteuerpflichtige die Eingangsleistung "für steuerbare Lieferungen und Dienstleistungen" verwendet oder mit anderen Worten einen "objektiven wirtschaftlichen Zusammenhang zwischen den steuerbaren Eingangs- und Ausgangsleistungen". Auf Grund des Gesetzeswortlautes und der Materialien ist eine Verknüpfung bzw. ein Zusammenhang zwischen den steuerbaren Eingangs- und Ausgangsumsätzen zwingend erforderlich, wobei neben der unmittelbaren Verwendung der Eingangsleistung für den Ausgangsumsatz auch eine mittelbare Verwendung genügt, bei welcher die Eingangsleistung nur indirekt in den Ausgangsumsatz einfliesst (Urteile 2A.175/2002 vom 23. Dezember 2002 E. 5.2 am Ende, 2A.273/2002 vom 13. Januar 2003, E. 5.2 unter Hinweis auf BGE 123 II 295 E. 6a S. 303). Nicht genügend ist demnach eine lediglich für die Zukunft beabsichtigte Verwendung, weil das schweizerische Recht den Vorsteuerabzug an die tatsächliche Verwendung der Eingangsleistung für steuerbare Umsätze knüpft und nicht nur an die Unternehmenseigenschaft (vgl. dazu ausführlich Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer, Bern 1999, S. 257 ff). Damit verstösst die schweizerische Gesetzgebung nicht gegen den Grundsatz der Steuerneutralität der Mehrwertsteuer, weil diese in der Schweiz bewusst nur innerhalb der Unternehmenskette, d.h. sofern Leistungen für steuerbare Zwecke verwendet werden, sichergestellt werden soll. Verschiedene Autoren vertreten diesbezüglich eine andere Meinung. Diese geht dahin, dass zwischen sachlichem und zeitlichem Verwendungskonnex der Eingangs- und Ausgangsumsätze zu unterscheiden ist und dass in sachlicher Hinsicht auch eine beabsichtigte Verwendung genügt und in zeitlicher Hinsicht Unmittelbarkeit zwischen Eingangs- und Ausgangsleistung nicht gegeben sein muss (vgl. dazu die Zusammenfassung bei Ivo P. Baumgartner, a.a.O., N 43 und N 46 ff. zu Art. 38 MWSTG). Diese Lehrmeinungen sind auf Grund des Wortlautes, der Materialien sowie Sinn und Zweck der Verfassungs- und Verordnungsbestimmungen (vgl. insb. auch Art. 33 MWSTV und Art. 42 MWSTG) abzulehnen.
4.4 4.4.1 Die Beschwerdeführerin geht davon aus, dass die Voraussetzungen für die Vornahme des Vorsteuerabzuges erfüllt sind, weil sie Aufträge zur industriellen Forschung an Dritte erteilte und die dabei bezogenen Forschungsarbeiten entweder direkt für die Weiterfakturierung oder zur späteren Erzielung von Umsätzen aus Verkauf oder Lizenzierung verwendet. Entscheidend sei die Absicht, die erzielten Forschungsergebnisse künftig kommerziell zu nutzen. Dies sei aus der Stiftungsurkunde und den Stiftungsreglementen eindeutig erkennbar. Daran könne auch die Tatsache nichts ändern, dass die Stiftung die von ihr eingekaufte Forschung zum grösseren Teil aus eigenen Mitteln und nur zum kleineren Teil aus weiterbelasteten Aufwendungen finanziert habe.
4.4.2 Es steht, wie schon gesagt, fest, dass die Stiftung nach Art. 17 Abs. 1 MWSTV subjektiv mehrwertsteuerpflichtig ist. Im fraglichen Prüfungszeitraum hat die Beschwerdeführerin Vorsteuern von insgesamt Fr. 479'208.-- in Abzug gebracht. Hiervon hat die Eidgenössische Steuerverwaltung auf Grund vorliegender Rechnungen Fr. 10'400.-- zum Vorsteuerabzug zugelassen, sodass insgesamt ein Betrag von Fr. 468'808.-- verblieb, den die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Ergänzungsabrechnung (zuzüglich Verzugszinsen) nachbelastete.
4.4.3 Die Beschwerdeführerin hält fest, der Stiftungszweck bzw. das dazu gehörende Stiftungsreglement sehe eine kommerzielle Verwertung der Forschungsergebnisse durch direkte Veräusserung an Dritte oder durch Verwertung im Rahmen von Immaterialgüterrechten in Form von Lizenzen vor, womit die Absicht der künftigen kommerziellen Verwendung nachgewiesen sei. Dies genügt jedoch nicht. Erforderlich ist, dass die von der Stiftung bezogenen Eingangsumsätze tatsächlich, sei es unmittelbar oder mittelbar für Ausgangsumsätze, d.h. für steuerbare Lieferungen oder Dienstleistungen verwendet werden. Mit Ausnahme der sich bei den Akten befindlichen Rechnungen für Forschungskosten der Jahre 1995 und 1996 über je Fr. 80'000.-- (MWST-Betrag von Fr. 5'200.--), konnte dieser Nachweis im vorliegenden Fall nicht erbracht werden. Demnach haben die Eidgenössische Steuerverwaltung und die Vorinstanz den von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Vorsteuerabzug im Umfange von Fr. 479'208.-- zu Recht nicht anerkannt. Eine Verletzung von Bundesrecht liegt nicht vor.
Die Beschwerde ist schon aus diesem Grund abzuweisen.
Die Beschwerde ist schon aus diesem Grund abzuweisen.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin geht im Weiteren davon aus, es handle sich bei den von ihr erbrachten Leistungen nicht um unentgeltliche, denn diese würden dem Konzern und Dritten entgeltlich erbracht. Die Vorinstanz gehe daher zu Unrecht davon aus, der Vorsteuerabzug sei auch deshalb zu verweigern, weil bei einer Finanzierung aus eigenen Mitteln keine Entgeltlichkeit vorliege.
5.2 Auf Grund der dargestellten Regelung des Vorsteuerabzuges ist davon auszugehen, dass nur Vorsteuerabzüge zulässig sind, die in direktem oder indirektem Zusammenhang mit einem steuerbaren Ausgangsumsatz stehen. Kein Vorsteuerabzug ist demnach für Leistungen möglich, die unentgeltlich erfolgen, weil es in solchen Fällen an der Steuerbarkeit des Umsatzes fehlt (vgl. dazu Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartements zur Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 zu Art. 29 Abs. 1 MWSTV oder Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats vom 28. August 1996 zu Art. 36 Abs. 4 E-MWSTG). Das Entgelt stellt die Gegenleistung für eine Lieferung oder Dienstleistung dar. Entgeltlichkeit verlangt damit einen "ursächlichen Zusammenhang" zwischen der erbrachten Leistung und dem hierfür erbrachten Entgelt (Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, a.a.O., Rz 1162).
5.3 Mit Ausnahme der zuvor erwähnten Rechnungen erbringt die Beschwerdeführerin keinen Beweis dafür, dass sie in der geprüften Steuerperiode weitere Leistungen gegen Entgelt deklariert oder in Rechnung gestellt hat. Soweit von ihr ein Vorsteuerabzug geltend gemacht wird, der über den von der Eidgenössischen Steuerverwaltung bewilligten Betrag hinausgeht, wurde ihr dieser korrekterweise verweigert. Die Vorinstanz stellt demnach in ihrem Entscheid zu Recht fest, dass mit Ausnahme der beiden Rechnungen keine entgeltlichen Ausgangsumsätze vorliegen und die Beschwerde auch mangels Entgeltlichkeit abzuweisen sei.
5.4 Damit ist auch die Argumentation der Beschwerdeführerin abzulehnen, die von ihr erfolgte Finanzierung sei als Vorauszahlung für von der Stiftung künftig erbrachte Leistungen zu betrachten. Vorauszahlungen im Sinne von Art. 34 lit. a Ziff. 1 und 2 MWSTV liegen dann vor, wenn für eine bestimmte oder zumindest bestimmbare Leistung ein im Voraus bezahltes Entgelt geleistet wird. Dies setzt einen Leistungsaustausch, d.h. die Erbringung einer Leistung gegen Entgelt, zwischen Parteien voraus (Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, a.a.O., Rz 1563). Ein solcher liegt nicht vor, nachdem es an einem konkreten Austausch von Leistungen fehlt. Damit ein solcher bejaht werden kann, ist ein kausaler wirtschaftlicher Zusammenhang zwischen Leistung und Gegenleistung erforderlich (BGE 126 Il 443 E. 6a).
5.5 Soweit die Beschwerdeführerin einwendet, der umstrittene Vorsteuerabzug wäre zulässig, wenn der Konzern die Forschungsarbeiten nicht in eine Stiftung ausgelagert hätte, ist ihr entgegenzuhalten, dass es sich dabei um eine Hypothese handelt, die nicht zu beurteilen ist, und sie im Übrigen auf der von ihr gewählten Rechtsform zu behaften ist.
5.5 Soweit die Beschwerdeführerin einwendet, der umstrittene Vorsteuerabzug wäre zulässig, wenn der Konzern die Forschungsarbeiten nicht in eine Stiftung ausgelagert hätte, ist ihr entgegenzuhalten, dass es sich dabei um eine Hypothese handelt, die nicht zu beurteilen ist, und sie im Übrigen auf der von ihr gewählten Rechtsform zu behaften ist.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin macht auch eine Verletzung des Legalitätsprinzips geltend. Diese erblickt sie darin, dass die Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung zur Kürzung der Vorsteuern nicht der Mehrwertsteuerverordnung entnommen werden könne, auf keiner gesetzlichen Grundlage basiere und überdies Lehre und Rechtsprechung widerspreche. Sie sei damit verfassungswidrig. Im Weiteren sei die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung im vorliegenden Fall angewandte Praxis zur Kürzung der Vorsteuern bei Finanzerträgen noch nie angewandt, geschweige denn publiziert worden. Demnach handle es sich um eine unzulässige Praxisänderung.
6.2 Die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung angewandte Praxis im Zusammenhang mit der Zulässigkeit des Vorsteuerabzuges stützt sich, wie bereits ausgeführt (E. 3.2), auf die in den Übergangsbestimmungen zur BV festgelegten Grundsätze und die daraus abgeleiteten Verordnungsbestimmungen. Deren Verfassungsmässigkeit hat das Bundesgericht schon in früheren Urteilen bestätigt (vgl. BGE 123 II 295 E. 6a, S. 304). Eine Verletzung des Legalitätsprinzips liegt nicht vor.
6.3 Diese Praxis kann der Wegleitung für Mehrwertsteuerpflichtige vom Herbst 1994 (Rz 792 bis 859) entnommen werden. Daraus ist ersichtlich, dass der Vorsteuerabzug nur dann zulässig ist, wenn der Steuerpflichtige von Dritten bezogene Leistungen für steuerbare Lieferungen oder Dienstleistungen verwendet.
Nichts anderes ergibt sich auch aus der einschlägigen Branchenbroschüre Erziehung, Unterricht, Fortbildung, Forschung und Entwicklung vom April 1995 (610. 507-18, Ziffer 1.5). Die Vorbringen der Beschwerdeführerin beziehen sich auf Art. 30 MWSTV, der den Ausschluss des Vorsteuerabzugsrechts regelt. Ihr Argument, die im vorliegenden Fall vorgenommene Kürzung basiere nicht auf einem in der Verordnung genannten Ausschlussgrund, ist deshalb unzutreffend, weil diese Bestimmung nicht isoliert betrachtet werden darf und für die Geltendmachung des Vorsteuerabzuges nicht nur kein Ausschlussgrund gemäss Art. 30 MWSTV vorhanden sein darf, sondern auch die übrigen, vor allem in Art. 29 Abs. 1 und 2 MWSTV genannten subjektiven und objektiven Voraussetzungen erfüllt sein müssen. Im vorliegenden Fall fehlt es vor allem an der objektiven Voraussetzung eines entgeltlichen Ausgangsumsatzes im Sinne von Art. 29 Abs. 2 i.V.m. Abs. 1 MWSTV. Von einer Praxisänderung bzw. von einer unzulässigen Praxis kann deshalb nicht die Rede sein.
6.4 An der Sache vorbei geht auch der Einwand der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der Begleichung vorsteuerbelasteter Aufwendungen aus dem Finanzertrag und damit verbundener Vorsteuerkürzungen, ein solcher Kürzungsgrund sei in Art. 30 MWSTV nicht vorgesehen. Ob und wie die Finanzierung der von der Stiftung erbrachten Leistungen aus dem Stiftungsvermögen oder aus Spenden der Stifterin finanziert werden, ist hier nicht von Bedeutung, nachdem, wie oben dargelegt, eine wesentliche objektive Voraussetzung zur Geltendmachung des Vorsteuerabzuges nicht erfüllt ist.
Die Frage der Vorsteuerkürzung stellt sich deshalb nicht, bzw. kann offen gelassen werden, wenn es schon an einer wesentlichen, objektiven Voraussetzung zur Begründung des Vorsteuerabzugs fehlt.
Die Frage der Vorsteuerkürzung stellt sich deshalb nicht, bzw. kann offen gelassen werden, wenn es schon an einer wesentlichen, objektiven Voraussetzung zur Begründung des Vorsteuerabzugs fehlt.
7. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich somit in allen Teilen als unbegründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und der Eidgenössischen Steuerrekurskommission schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2004
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: