Sachverhalt:
A. A._ (Arbeitnehmer) war ab dem 15. April 2000 in der Zweigniederlassung Zürich der X._ (Arbeitgeberin), mit Sitz in Frankreich, als Senior Analyst und Sektorkoordinator im Bereich Pharma tätig.
Der auf Englisch verfasste Arbeitsvertrag vom 23. Dezember 1999 sah in § 4 betreffend die Entlöhnung dem Sinne nach vor, der Vertrag solle zwei Jahre gelten und der jährliche Fixlohn von Fr. 270'000.-- sei nach der zweijährigen Vertragsdauer als Minimum zu betrachten, wenn keine Partei den Vertrag kündige. Die Arbeitgeberin verpflichtete sich, dem Arbeitnehmer für den Verlust des Bonus für das Jahr 1999 bei seinem aktuellen Arbeitgeber eine Entschädigung von Fr. 850'000.-- und für das Jahr 2000 einen minimalen Bonus von Fr. 800'000.-- zu bezahlen. Dieser war Ende März 2001 fällig, jedoch nur, wenn das Arbeitsverhältnis zu diesem Zeitpunkt noch andauert und es der Arbeitnehmer auch nicht gekündigt hat und/oder die Arbeitgeberin keine Kündigung aus wichtigem Grund ("dismissal notice for cause") ausgesprochen hat. Unter den gleichen Bedingungen sicherte die Arbeitgeberin dem Arbeitnehmer für das Jahr 2001 einen zumindest gleich hohen Bonus zu, wenn das Umfeld des europäischen Aktienmarktes demjenigen in den Jahren 1999 und 2000 entspricht.
In § 9 unter dem Titel "Entire Agreement" sah der Vertrag ferner vor:
"This Agreement supersedes all previous written or oral agreements between the parties. Any amendment or alteration of this Agreement must be in writing."
Die Arbeitgeberin bezahlte dem Arbeitnehmer für den ihm im Jahr 1999 entgangenen Bonus eine Entschädigung von Fr. 850'000.--, für das Jahr 2000 einen Bonus von Fr. 880'000.-- und für das Jahr 2001 einen solchen von Fr. 800'000.--. Mit Schreiben vom 14. März 2003 kündigte die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis per 30. September 2003 und stellte den Arbeitnehmer frei. Für das Jahr 2002 bezahlte sie ihm keinen Bonus.
B. Mit Klage vom 4. März 2004 belangte der Arbeitnehmer (Kläger) die Arbeitgeberin (Beklagte) beim Arbeitsgericht des Kantons Zürich auf Zahlung eines Bonus von Fr. 560'000.-- für das Jahr 2002 zuzüglich Zins von 5 % seit 1. April 2003 und auf Zahlung einer Ferienentschädigung von brutto Fr. 28'124.-- nebst Zins seit 4. April 2003. Das Arbeitsgericht hiess die Klage am 4. Juli 2005 betreffend die von der Beklagten anerkannte Ferienentschädigung gut und wies die Klage im Übrigen ab. Nach Rückweisung der Sache durch das Obergericht des Kantons Zürich verpflichtete das Arbeitsgericht die Beklagte mit Urteil vom 15. Dezember 2009, dem Kläger für das Jahr 2002 einen Bonus von Fr. 100'000.-- nebst 5 % Zins seit 1. April 2003 zu bezahlen und wies die Bonusforderung im Mehrbetrag ab. Auf Berufung des Klägers und Anschlussberufung der Beklagten verpflichtete das Obergericht die Beklagte am 20. April 2011, dem Kläger als Bonus für das Jahr 2002 Fr. 267'000.-- brutto zuzüglich Zins von 5 % ab 1. April 2003 zu bezahlen.
C. Die Beklagte (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil des Obergerichts vom 20. April 2011 aufzuheben und die Klage betreffend den Bonus für das Jahr 2002 abzuweisen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit Präsidialverfügung vom 5. Juli 2011 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.
Das Obergericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Der Kläger (Beschwerdegegner) schliesst auf Abweisung der Beschwerde und stellt darüber hinaus die Begehren, das Urteil des Obergerichts vom 20. April 2011 aufzuheben und die Klage betreffend den Bonus für das Jahr 2002 im Umfang von Fr. 560'000.-- zuzüglich Zins gutzuheissen.
In ihrer Replik beantragt die Beschwerdeführerin, auf das Begehren des Beschwerdegegners um vollumfängliche Gutheissung der Klage nicht einzutreten. Der Beschwerdegegner hält in einer Duplik an seinen ursprünglich gestellten Anträgen fest. In ihren weiteren Eingaben stellten die Parteien keine neuen Anträge.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in Zivilsachen ist insoweit zulässig, als sie unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) von der mit ihren Anträgen unterliegenden Partei (Art. 76 Abs. 1 BGG) eingereicht wurde und eine arbeitsrechtliche Zivilstreitigkeit mit einem Streitwert von mindestens Fr. 15'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG) betrifft. Auch das Erfordernis der Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Urteils ist gegeben, da insoweit die Schweizerische Zivilprozessordnung (ZPO) anwendbar ist (Art. 405 Abs. 1 ZPO), welche kein weiteres kantonales Rechtsmittel vorsieht. Demnach ist auf die Beschwerde vorbehaltlich rechtsgenüglich begründeter Rügen einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft jedoch die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer muss demnach klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darlegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (BGE 136 I 332 E. 2.1; 134 I 83 E. 3.2). Macht er beispielsweise eine Verletzung des Willkürverbots gemäss Art. 9 BV geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (BGE 134 II 244 E. 2.2, 349 E. 3 S. 352). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 134 V 138 E. 2.1; 133 II 396 E. 3.1 S. 399).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 135 III 397 E. 1.5). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 134 III 570; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2).
2. Der Beschwerdegegner hat innert der Beschwerdefrist von Art. 100 Abs. 1 BGG keine Beschwerde erhoben. In seiner Vernehmlassung zur Beschwerde der Beschwerdeführerin stellt er die Anträge, das angefochtenen Urteil aufzuheben und die Klage im Umfang von Fr. 560'000.-- gutzuheissen. Auf diese Anträge ist nicht einzutreten, weil das BGG eine Anschlussbeschwerde nicht zulässt (Art. 90 ff. BGG; BGE 134 III 332 E. 2.5 S. 335; Urteil 4A_347/2009 vom 16. November 2009 E. 1.2).
3. Die vorliegende Streitigkeit betrifft aufgrund des Sitzes der Beschwerdeführerin in Frankreich ein internationales Privatrechtsverhältnis, bei dem das Bundesgericht das anwendbare Recht von Amtes wegen prüft (BGE 131 III 153 E. 3; 118 II 83 E. 2b). Die Vorinstanz geht zutreffend von der Anwendung schweizerischen Rechts aus, da die Parteien in § 11 des Arbeitsvertrages eine entsprechende Rechtswahl getroffen haben (Art. 116 IPRG).
4. 4.1 Eine Vertragslücke liegt vor, wenn die Parteien eine Rechtsfrage, die den Vertragsinhalt betrifft, nicht oder nicht vollständig geregelt haben. Ob der Vertrag in diesem Sinn einer Ergänzung bedarf, ist vorerst durch subjektive (empirische), bei deren Ergebnislosigkeit durch objektive (normative) Auslegung zu ermitteln (BGE 115 II 484 E. 4 S. 487 mit Hinweisen). Der Richter hat somit in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen zu ermitteln (Art. 18 Abs. 1 OR). Nur wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (BGE 133 III 406 E. 2.2. S. 409; Urteil 5A_122/2008 vom 30. Juli 2008 E. 3.1, in: Pra 2009 Nr. 42 S. 269).
4.2 Das Obergericht kam zum Ergebnis, die Beschwerdeführerin habe nicht beweisen können, dass die Parteien einen klagbaren Gratifikationsanspruch des Beschwerdeführers für das Geschäftsjahr 2002 hätten ausschliessen wollen. Der Zeuge B._ (Direktor bei der Beschwerdeführerin) habe einräumen müssen, dass er sich nicht mehr daran erinnere, was beim Abschluss des Arbeitsvertrages mit dem Beschwerdegegner konkret diskutiert worden sei. Er habe betont, dass es für die Jahre 2000 und 2001 einen garantierten Bonus und einen garantierten Lohn gegeben habe. Er habe nie gesagt, dass der Beschwerdegegner kein Recht mehr auf einen Bonus gehabt hätte. Tatsächlich hätten sie ihm auch CHF oder EUR 1'000.-- (für das Jahr 2002) vorgeschlagen. Der Zeuge habe also nicht bestätigt, dass mit dem Beschwerdeführer abgemacht worden sei, er habe für das Jahr 2002 keinen Anspruch auf einen Bonus und dass deshalb im Arbeitsvertrag nichts darüber geschrieben worden sei.
4.3 Die Beschwerdeführerin rügt, diese Feststellung sei willkürlich, da der Zeuge B._ in der Einvernahme vom 7. April 2009 ausgeführt habe, für die Zeit danach (d.h. nach 2000 und 2001) sei dem Beschwerdegegner ein Lohn garantiert worden, aber kein Bonus.
4.4 Auch im Hinblick auf diese Aussage erscheint die vorinstanzliche Beweiswürdigung nicht als unhaltbar, zumal unbestritten ist, dass ein Bonus für das Jahr 2002 nicht ausdrücklich zugesichert wurde. Dies muss indessen keineswegs bedeuten, dass dem Beschwerdegegner nicht dennoch für dieses Jahr ein Anspruch auf einen Bonus zusteht. Hinzu kommt, dass sich der Zeuge B._ nach eigenen Angaben nicht mehr daran zu erinnern vermochte, was im konkreten Fall diskutiert wurde. Er musste zur Auffrischung des Gedächtnisses den Vertrag zur Hand nehmen, um darin zu lesen, was vereinbart worden war (Prot. S. 35). Der Zeuge konnte also bezüglich des damaligen tatsächlichen Vertragswillens der Parteien ohnehin keine verlässlichen Angaben machen.
4.5 Die Beschwerdeführerin beanstandet, das Obergericht habe bei der Feststellung des wirklichen Willens der Parteien den Wortlaut des Arbeitsvertrages ausser Acht gelassen, der ein qualifiziertes Schweigen (zusätzlich) hätte unterstreichen können. In diesem Zusammenhang habe das Obergericht ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, weil es ihre Vorbringen nicht tatsächlich gehört, geprüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt habe.
4.6 Die Beschwerdeführerin legt weder dar, inwiefern das Obergericht in Willkür verfallen sein soll, wenn es aus dem Wortlaut des Arbeitsvertrages nicht auf ein qualifiziertes Schweigen schloss, noch welche Vorbringen das Obergericht nicht gehört haben soll. Auf die Rügen ist daher mangels rechtsgenügender Begründung nicht einzutreten.
5. 5.1 Das Obergericht lehnte bezüglich der Frage, ob die Parteien einen klagbaren Bonusanspruch des Beschwerdegegners für 2002 bewusst ausgeschlossen haben, die Einholung eines Gutachtens zu den Gepflogenheiten in der Bankenbranche ab, da ein solches Gutachten die Frage nicht beantworten könne.
5.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, das beantragte Gutachten hätte belegen können, dass ein qualifiziertes Schweigen bezüglich eines Bonusanspruches des Beschwerdegegners für 2002 vorliege. Das Obergericht habe damit ohne sachlichen Grund ein wichtiges Beweismittel unberücksichtigt gelassen und damit gegen das Willkürverbot gemäss Art. 9 BV verstossen und den Anspruch auf rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt.
5.3 Inwiefern ein Gutachten zu den Gepflogenheiten in der Bankenbranche die Frage nach dem konkreten Parteiwillen soll beantworten und Aufschluss darüber geben können, ob die Parteien dem Beschwerdegegner einen klagbaren Bonusanspruch auch ab dem Jahr 2002 einräumen wollten oder nicht, ist nicht ersichtlich. Das Obergericht hat daher mit der Ablehnung dieses Beweisantrags kein Verfassungsrecht verletzt.
5.4 Aus dem Gesagten folgt, dass das Obergericht kein Bundesrecht verletzte, wenn es einen tatsächlichen übereinstimmenden Vertragswillen der Parteien bezüglich der Regelung des Bonus für das Jahr 2002 für unbewiesen hielt.
6. 6.1 Im Rückweisungsbeschluss vom 14. März 2007 qualifizierte das Obergericht die Bonuszahlungen der Jahre 2000 und 2001 als Gratifikationen und erwog, die Regelung der Bonuszahlungen in § 4 des Vertrages beziehe sich nur auf die zunächst fest vereinbarte Vertragsdauer von zwei Jahren. Aus dieser Regelung könne daher für Bonuszahlungen in einem weitergeführten unbefristeten Arbeitsvertrag nichts abgeleitet werden. Gemäss § 9 der Vereinbarung hätte jede Änderung, Ergänzung oder jeder Zusatz (amendment, alteration) in schriftlicher Form erfolgen müssen. Da für die Zeit nach Ablauf der zwei Jahre keine Regelung betreffend Bonuszahlungen vorliege, und die Parteien nachträglich keine schriftliche Ergänzung der Vereinbarung getroffen hätten, könne hier eine Lücke im Vertrag bestehen.
6.2 Im angefochtenen Urteil bestätigte das Obergericht diese Erwägungen und kam zum Ergebnis, es bestehe eine Vertragslücke. Beide Parteien hätten die vertraglich vereinbarten Boni für die Jahre 2000 und 2001 damit begründet, dass die Zweigniederlassung der Beschwerdeführerin in der Schweiz (im Dezember 1999) neu gegründet worden sei und ihre wirtschaftliche Zukunft ungewiss gewesen sei. Dem Beschwerdegegner sei es darum gegangen, mit dem Wechsel zur Beschwerdeführerin keine Verminderung der Einkünfte im Vergleich zu seiner vorherigen Anstellung zu riskieren, bei der er im Jahre 1998 einen Fixlohn von etwa 150'000.-- und einen Bonus von ca. 600'000.-- erzielt habe. Mit der Garantie der Boni für die Jahre 2000 und 2001 habe die Beschwerdeführerin ihr hohes Interesse daran gezeigt, den Beschwerdegegner als Mitarbeiter zu gewinnen. Längerfristig hätten die Parteien daran interessiert sein müssen, das Vertragsverhältnis unter marktkonformer Entlöhnung des Beschwerdegegners weiterzuführen. Gemäss seinen Parteiaussagen hätte die Höhe der ab 2002 nicht festgelegten Boni von der Marktsituation abhängen sollen. Zur allgemeinen Bonuspolitik der Beschwerdeführerin habe der Zeuge B._ ausgeführt, es sei allen Frontoffice-Angestellten ein Lohn und ein Bonus ausbezahlt worden. 25 % der von den Kunden erhaltenen Kommissionen nach Abzug der Kosten seien als Lohnhöhe und - falls ein Rest verblieben sei - als Boni ausbezahlt worden. Die Boni seien individuell und nach Ermessen des Managements zugeteilt worden. Ab 2002 hätte dieses System für die Zweigniederlassung in der Schweiz übernommen werden sollen. Aus diesen Äusserungen sei zu schliessen, dass beide Parteien für die Zeit ab 2002 wenigstens grundsätzlich von Bonuszahlungen ausgegangen seien. Da der Vertrag aber diesbezüglich keine Regelung enthalte, erweise er sich als lückenhaft.
6.3 Die Beschwerdeführerin vertritt den Standpunkt, es bestehe keine Vertragslücke. Der Arbeitsvertrag regle den Bonusanspruch nur für die feste Vertragsdauer 2000-2001. Für die Zeit danach enthalte er keine Bonusreglung. Daraus habe nach Treu und Glauben geschlossen werden müssen, dass für diese Zeit die Auszahlung eines Bonus allein auf freiwilliger Basis beruhe, zumal der vom Beschwerdegegner verlangte Bonus sich in einer Grössenordnung bewege, die klar hätte formuliert sein müssen. Das Fehlen einer vertraglichen Regelung eines Bonusanspruchs für diese Zeit sei daher als qualifiziertes Schweigen zu verstehen. Dies ergebe sich auch aus der Vollständigkeitsklausel in § 9 des Arbeitsvertrages. Das Obergericht habe nur dessen zweiten Satz, wonach jede Änderung, Ergänzung oder Zusatz der Vereinbarung in schriftlicher Form erfolgen müsse, berücksichtigt. Den ersten Satz von § 9, der besage, dass die Vereinbarung alle vorgängigen schriftlichen oder mündlichen Abreden zwischen den Parteien ersetze, habe es dagegen nicht gewürdigt. Vernünftige Parteien hätten ihm entnehmen müssen, dass der Arbeitsvertrag die gesamte Vereinbarung der Parteien umfasse, dass mit anderen Worten eine Berufung darauf, die Parteien hätten etwas vereinbart, was nicht explizit im Vertrag niedergeschrieben war, ausgeschlossen sei.
6.4 Der erste Satz von § 9 des Arbeitsvertrages betrifft die weitere Gültigkeit früherer Parteivereinbarungen. Da die Parteien bezüglich des Bonus für das Jahr 2002 jedoch keine Vereinbarung getroffen haben, kommt diesem Satz keine entscheiderhebliche Bedeutung zu. Inwiefern der zweite Satz von § 9 entgegen der Ansicht des Obergerichts eine Vertragslücke ausschliessen soll, ist nicht ersichtlich, da die Vollständigkeitsklausel - wie ihr Name besagt - von der Vollständigkeit des Vertrages ausgeht, was bei einem lückenhaften Vertrag gerade nicht zutrifft.
6.5 Sodann wendet die Beschwerdeführerin ein, unter Berücksichtigung des Parteiverhaltens, der Interessenlage der Parteien, des dispositiven Rechts und der Usanzen im Bankbereich hätte der Arbeitsvertrag so verstanden werden müssen, dass eine Gratifikation ab dem Jahr 2002 freiwillig gewesen sei, was eine Lücke ausschliesse. Zudem liege keine Lücke vor, weil eine solche meist dadurch entstehe, dass die Parteien im Zeitpunkt des Vertragsschlusses eine sich nachträglich stellende Frage nicht gesehen und deshalb nicht geregelt hätten. Vorliegend hätte den Parteien jedoch bereits bei Vertragsschluss klar sein müssen, dass sich die Bonusfrage spätestens ab 2002 stellen würde, weil diesbezüglich keine vertragliche Reglung bestand.
6.6 Mit dieser Argumentation stellt die Beschwerdeführerin im Ergebnis nicht das Vorliegen einer Vertragslücke zufolge fehlender Reglung des Bonus für das Jahr 2002 in Abrede, sondern legt dar, wie diese ihrer Ansicht nach zu füllen sei. Auf diese Frage ist nachstehend einzugehen. Jedenfalls hat das Obergericht kein Bundesrecht verletzt, wenn es annahm, die fehlende vertragliche Reglung bezüglich des Anspruchs auf einen Bonus für das Jahr 2002 bilde eine Lücke im Rechtssinne.
7. 7.1 Ist ein lückenhafter Vertrag zu ergänzen, so hat der Richter - falls dispositive Gesetzesbestimmungen fehlen - zu ermitteln, was die Parteien nach dem Grundsatz von Treu und Glauben vereinbart hätten, wenn sie den nicht geregelten Punkt in Betracht gezogen hätten. Bei der Feststellung dieses hypothetischen Parteiwillens hat er sich am Denken und Handeln vernünftiger und redlicher Vertragspartner sowie an Wesen und Zweck des Vertrages zu orientieren. Die richterliche Vertragsgestaltung ist eine normative Tätigkeit, die regelmässig mit Ermessen verbunden ist (BGE 115 II 484 E. 4b S. 488; Urteil 5A_122/2008 vom 30. Juli 2008 E. 3.4, in: Pra 2009 Nr. 42 S. 275; Urteil 4C.286/2005 vom 18. Januar 2006 E. 2.2 mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft derartige Ermessensentscheide mit Zurückhaltung und greift nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (BGE 136 III 278 E. 2.2.1 S. 279; 135 III 121 E. 2 S. 123 f. mit Hinweisen).
7.2 Das Obergericht ging bei der Lückenfüllung davon aus, die Beschwerdeführerin habe sich einem vertraglichen Anspruch auf Bonuszahlung angesichts der für die ersten beiden Jahre vereinbarten Boni in beträchtlicher Höhe kaum widersetzen können. Ihr Interesse habe darin gelegen, die Höhe des Anspruchs von Bedingungen abhängig zu machen. Nach Auffassung beider Parteien hätten der Geschäftsgang und die persönliche Leistung des Beschwerdeführers beachtliche Kriterien für die Festlegung des Bonus dargestellt. Der Vertrag sei daher dahin zu ergänzen, dass dem Beschwerdeführer grundsätzlich ein Bonusanspruch zustand, dieser jedoch von den genannten Kriterien abhing und allenfalls auch Null ein konnte (sog. unechte Gratifikation).
7.3 Die Beschwerdeführerin wirft dem Obergericht vor, in Willkür verfallen zu sein, wenn es annimmt, sie - die Beschwerdeführerin - hätte sich angesichts der für die ersten beiden Jahre vereinbarten Boni einem Begehren des Beschwerdegegners nach einem vertraglichen Anspruch auf Ausrichtung von Boni nicht widersetzen können. Die beiden ersten Boni hätten anerkanntermassen die Absicherung des Beschwerdegegners bezweckt, weil er für eine neu gegründete Zweigniederlassung gearbeitet habe, deren wirtschaftliche Zukunft ungewiss gewesen sei. Dieser spezielle Zweck sei nach 2001 entfallen. Hinzu komme, dass Boni in der Bankenbranche grundsätzlich als freiwillige Leistungen konzipiert seien. Würde die Argumentation des Obergerichts verallgemeinert, wären freiwillige Boni ausgeschlossen, wenn bereits zwei garantierte Boni in "beträchtlicher" Höhe zugesichert wurden. Das Obergericht argumentiere widersprüchlich, wenn es bei der Vertragsauslegung einerseits annehme, aus den während der festen Vertragsdauer garantierten Boni könne nichts für die Weitergeltung von Bonuszahlungen in einem unbefristeten Vertragsverhältnis abgeleitet werden und andererseits im Rahmen der Vertragsergänzung aus den zugesicherten Boni auf einen hypothetischen Parteiwillen zur grundsätzlichen Einräumung eines Bonusanspruchs ab 2002 schliesse. Indem das Obergericht im Rahmen der Vertragsergänzung die Vereinbarung einer unechten, d.h. grundsätzlich geschuldeten, Gratifikation annehme, verletze es ebenfalls Art. 18 OR, da vom dispositiven Recht auszugehen sei, welches in Art. 322d Abs. 1 OR vorsehe, dass grundsätzlich kein Anspruch auf eine Gratifikation bestehe.
7.4 Das Bundesgericht hat erkannt, die Verweigerung einer Gratifikationszahlung könne gegen das individuelle Diskriminierungsverbot verstossen, wenn damit ein Arbeitnehmer gegenüber einer Vielzahl von anderen Arbeitnehmern deutlich ungünstiger gestellt wird (BGE 129 III 276 E. 3.1. S. 282 f.). Entsprechend wird in der Lehre postuliert, ein Arbeitnehmer könne nach dem Vertrauensprinzip eine betriebliche Übung hinsichtlich der Ausrichtung von Gratifikationen auch für sich in Anspruch nehmen, sofern der Einzelarbeitsvertrag die Ausrichtung einer Gratifikation nicht ausdrücklich ausschliesse (ADRIAN STAEHELIN, Zürcher Kommentar, 4. Aufl. 2006, N. 11 zu Art. 322d OR; REHBINDER/STÖCKLI, in: Berner Kommentar, 2010, N. 9 zu Art. 322d OR; CHRISTIANE BRUNNER UND ANDERE, Kommentar zum Arbeitsvertragsrecht, 3. Aufl. 2005, S. 73; vgl. auch: WOLFGANG PORTMANN, in: Basler Kommentar, OR I, 4. Aufl. 2007, N. 6 und 13 zu Art. 322d OR).
7.5 Gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen entspricht es der Bonuspolitik der Beschwerdeführerin, allen Frontoffice-Angestellen einen Bonus auszubezahlen. Entsprechend haben mit einer Ausnahme alle Mitarbeiter der Filiale Zürich für das Jahr 2002 einen Bonus erhalten. Bei der Beschwerdeführerin war somit die Ausrichtung von Boni bzw. Gratifikationen üblich. Das Obergericht hat demnach das ihm bei der Vertragsergänzung zustehende Ermessen nicht überschritten, wenn es annahm, die Parteien hätten gemäss dieser Übung für den Fall der Weiterführung des Vertrages nach zwei Jahren dem Grundsatz nach einen weiteren Anspruch auf Bonuszahlungen vorgesehen, welche jedoch der Höhe nach nicht mehr zugesichert sind.
8. 8.1 Weiter erwog das Obergericht, die Kündigung nach Ablauf des Jahres 2002 hätte den Anspruch auf einen Bonus für dieses Jahr nicht grundsätzlich hinfällig werden lassen, sei er doch Entgelt für gute Leistungen und einen erfolgreichen Geschäftsgang.
8.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, gemäss § 4 des Arbeitsvertrages seien die zur der Absicherung des Risikos des Stellenwechsels garantierten Boni für die Jahre 2000 und 2001 von der ungekündigten Stellung des Arbeitnehmers abhängig gemacht worden. Diese Voraussetzung müsse um so mehr auch für allfällige Boni ab 2002 gelten, da diese nicht garantiert wurden und auch nicht mehr die Funktion der Risikoabsicherung haben konnten. Zudem sei in der Bankenpraxis üblich, dass Arbeitnehmer in gekündigter Stellung keinen Bonus erhielten. Die Eigennormen der Parteien und die Verkehrsübung wiesen somit darauf hin, dass die Parteien gemäss ihrem hypothetischen Vertragswillen einen allfälligen Bonusanspruch ab dem Jahr 2002 an die Bedingung der ungekündigten Stelle geknüpft hätten. Da die Kündigung vor Ende März 2003 ausgesprochen worden sei und nicht gegen das Rechtsmissbrauchsverbot verstossen habe, sei die Bonusklage für das Jahr 2002 vollumfänglich abzuweisen.
8.3 Bei der Vertragsergänzung ist hinsichtlich der Ausrichtung von Boni gemäss dem Gleichbehandlungsgrundsatz auf die Übung bei der Arbeitgeberin und nicht auf eine mögliche allgemeine Branchenübung abzustellen (vgl. E. 7.4 hiervor).
8.4 Dass bei der Beschwerdeführerin üblicherweise auch eine durch sie ausgesprochene Kündigung den Wegfall des Bonus bewirkt hätte, geht aus dem angefochtenen Urteil nicht hervor. Dies musste der Beschwerdegegner auch nicht aus seinem Arbeitsvertrag ableiten, da dieser den Wegfall des Bonus nicht allgemein bei gekündigtem Arbeitsverhältnis, sondern nur bei Kündigung durch den Arbeitnehmer oder bei Kündigung des Arbeitgebers "for cause", d.h. aus wichtigem Grund vorsah (vgl. KARIN LINHART, Wörterbuch Recht, Englisch-Deutsch, Deutsch-Englisch, Manz 2010, S. 26; Online Wörterbuch der Leo GmbH, München [dict.leo.org], das "to terminate a contract for cause", mit "aus wichtigem Grund kündigen" übersetzt; ebenso: dict.cc Englisch-Deutsch-Wörterbuch [www.dict.cc]). Im vorliegenden Fall hat die Beschwerdeführerin den Arbeitsvertrag gekündigt, weil sie beabsichtigte, den Beschwerdegegner künftig in London einzusetzen, eine Einigung jedoch aufgrund unterschiedlicher Verhandlungspositionen, die den Wechsel des Arbeitsortes betrafen, nicht zustande kam. Dies konnte dem Beschwerdegegner nicht als Pflichtverletzung bzw. als wichtiger Grund zur Kündigung angelastet werden, da die Beschwerdeführerin nicht geltend macht, er sei vertraglich verpflichtet gewesen, eine Versetzung zu akzeptieren. Die Vorinstanz hat ihr Ermessen damit auch mit der Verneinung des Vorbehalts der ungekündigten Stellung im Zeitpunkt der Fälligkeit des Bonus nicht überschritten. Damit kann offen bleiben, ob ein solcher Vorbehalt in Anbetracht des Umstandes, dass dem Beschwerdegegner in den Jahren 2000 und 2001 den Fixlohn bei weitem übersteigende Boni bezahlt wurden, zulässig gewesen wäre (vgl. BGE 129 III 276 E. 2.1 S. 279 f.; 131 III 615 E. 5.2 S. 621).
9. 9.1 Das Obergericht erwog, die Beschwerdeführerin hätte die Höhe des Bonus des Beschwerdegegners für das Jahr 2002 trotz weitgehender Bemessungsfreiheit auf die Bonuszahlungen an andere Arbeitnehmer in der Zweigniederlassung Zürich abgestimmt. Eine Differenzierung der Boni aufgrund des Arbeitsortes, des Geschäftsgangs der Filiale und des Umstandes, dass sich diese im Aufbau befand, sei zulässig. Demnach sei zu berücksichtigen, dass die Zweigniederlassung auch im Jahr 2002 Verluste erlitt. Der Beschwerdegegner anerkenne, dass sich das Marktumfeld im Jahr 2002 verschlechterte und die Aktienmärkte deutliche Verluste erlitten, weshalb er eine Reduktion des Bonus um 30 % akzeptiere. Gemäss einer Zusammenstellung der Beschwerdeführerin über die Mindest-, Höchst- und Durchschnittsboni ihrer Mitarbeiter in der Schweiz für die Jahre 1999-2003 habe der Beschwerdegegner in den Jahren 2000 und 2001 mit Fr. 880'000.-- und 800'000.-- jeweils den höchsten Bonus erhalten. Im Jahr 2002 habe der höchste Bonus Fr. 400'000.-- betragen. Daher und aufgrund seiner Stellung als Senior Analyst und Sektorkoordinator liege nahe, dass der Bonusanspruch des Beschwerdegegners in dieser Grössenordnung anzusiedeln sei, sofern keine bei ihm liegenden Umstände eine Abweichung rechtfertigten. Der sinngemäss erhobene Einwand der Beschwerdeführerin, der Bonus von Fr. 400'000.-- sei zugesichert gewesen, sei verspätet vorgebracht worden (§ 267 Abs. 1 der Zürcher Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 [aZPO/ZH]). Der Zeuge B._ habe lediglich gesagt, falls er sich richtig erinnere, habe es eine oder zwei Personen gegeben, die einen garantierten Bonus gehabt hätten, weil sie frisch rekrutiert worden seien.
9.2 Die Beschwerdeführerin erblickt darin eine willkürliche Anwendung kantonalen Prozessrechts. Gemäss § 267 Abs. 1 in Verbindung mit § 115 Abs. 2 aZPO/ZH dürften im Berufungsverfahren Behauptungen vorgebracht werden, welche durch neu eingereichte Urkunden sofort bewiesen werden können. Diese Voraussetzung habe vorgelegen, da die Beschwerdeführerin durch eine mit der Berufungsantwort eingereichte Zusammenstellung die Berechnung des Höchst- und Durchschnittsbonus unter Ausklammerung der garantierten Boni für das Jahr 2002 präzisiert und sofort bewiesen habe. Diese Zusammenstellung sei beweistauglich gewesen, da das Arbeitsgericht bereits die ursprüngliche Zusammenstellung als taugliches Beweismittel erachtet habe.
9.3 Nach § 267 Abs. 1 aZPO/ZH ist vor der Berufungsinstanz neues Vorbringen unter den Voraussetzungen von §§ 115 und 138 zulässig. § 115 Ziff. 2 aZPOZH lässt neue Behauptungen zu, deren Richtigkeit durch neu eingereichte Urkunden sofort bewiesen werden können.
9.4 Die von der Beschwerdeführerin eingereichte Zusammenstellung wurde offensichtlich von ihr für den Prozess verfasst und ist daher als blosse Parteibehauptung ohne Beweiswert zu qualifizieren. Das Obergericht ist demnach nicht in Willkür verfallen, wenn es diese Zusammenstellung nicht als taugliche Beweisurkunde im Sinne von § 115 Ziff. 2 aZPO/ZH qualifizierte. Daran vermag entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin nichts zu ändern, dass ihre erste Aufstellungen vom Arbeitsgericht anerkannt wurde und die Aussage des Zeugen B._ ein Indiz dafür bildete, dass diese Liste auch garantierte Boni enthielt. Demnach hat das Obergericht auch den aus Art. 8 ZGB abgeleiteten Beweisführungsanspruch nicht verletzt, wenn es die zweite Zusammenstellung als nicht beweistauglich ansah.
9.5 Weiter wendet die Beschwerdeführerin ein, entgegen der Annahme des Obergerichts hätte eine Vereinbarung, wonach sich der Bonus für die Jahre nach der festen Vertragsdauer jeweils nach dem höchsten in der Zweigniederlassung Zürich ausbezahlten richte, nicht dem hypothetischen Willen der Parteien entsprochen. Eine solche Vereinbarung sei unüblich. Sie widerspreche dem Umstand, dass der Beschwerdegegner in der Zweigniederlassung Zürich bloss in der zweithöchsten hierarchischen Position angestellt gewesen sei. Hinzu komme, dass die Boni für 2000 und 2001 garantierte Boni, d.h. von der persönlichen Leistung und Marktumfeld sowie Geschäftsgang unabhängig gewesen seien. Das Obergericht sei jedoch selber davon ausgegangen, der Bonus für das Jahr 2002 solle vom Geschäftsgang und von der persönlichen Leistung abhängig sein. Aufgrund seiner Stellung als Senior Analyst und Sektorkoordinator sei der Beschwerdegegner für den Erfolg der Zweigniederlassung Zürich mitverantwortlich gewesen und habe sich einen grösseren Teil des unternehmerischen Risikos anrechnen zu lassen als Arbeitnehmer der Basis. Deshalb sei anzunehmen, die Parteien hätten hypothetisch vereinbart, der Beschwerdegegner werde bei Misserfolg einen massiv gekürzten oder keinen Bonus erhalten. C._, dem Hauptverantwortlichen der Zweigniederlassung Zürich, sei denn für das Jahr 2002 auch kein Bonus ausbezahlt worden, obwohl die meisten anderen Mitarbeiter einen solchen erhalten hätten. Das Obergericht habe das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt, indem es diese Tatsache nicht gewürdigt habe, obwohl die Beschwerdeführerin mehrfach darauf hingewiesen habe.
9.6 Hat sich ein Arbeitgeber dem Grundsatz nach zur Ausrichtung einer Gratifikation vertraglich verpflichtet, muss ihm bei der Bemessung des Gratifikationsbetrages ein gewisses Ermessen eingeräumt werden. Dabei darf er jedoch nicht willkürlich, d.h. aus sachfremden Gründen, einen Arbeitnehmer schlechter stellen als die übrigen. Insoweit besteht ein Anspruch auf Gleichbehandlung (Urteil 4C.364/2004 vom 1. Juli 2005 E. 3.1 mit Hinweisen). Demnach sind bei der richterlichen Bestimmung der Höhe der bloss dem Grundsatz nach zugesicherten Gratifikationen die bisherigen Zahlungen an den betroffenen Mitarbeiter in früheren Jahren und die generelle Anpassung der Gratifikation der Mitarbeiter im Betrieb zu berücksichtigen (PETER REINERT, Variable Gehaltsysteme aus arbeitsrechtlicher Sicht, AJP 1999, S. 3 ff.,11). Das Bundesgericht hat zur Bestimmung der Höhe eines dem Grundsatz nach zugesicherten Bonus eines Vizepräsidenten bzw. Direktors einer Bank für das Jahr 2002 auf den ihm für das Jahr 2001 bezahlten Bonus abgestellt und diesen um die im Betrieb für Direktoren (fr. directeur de service) durchschnittlich vorgenommenen Bonuskürzungen herabgesetzt (Urteil 4C.475/2005 vom 30. Mai 2005 E. 3.1 und 3.2).
9.7 Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner für das Jahr 2000 einen Bonus ausbezahlt, der die Zusicherung um Fr. 80'000.-- übersteigt. Dies widerlegt, dass es sich dabei um einen garantierten Bonus handelte, sondern weist darauf hin, dass die Beschwerdeführerin diesen Betrag als durch die Leistungen des Beschwerdegegners und das wirtschaftliche Umfeld gerechtfertigt erachtete. Aus dem angefochtenen Urteil ergibt sich auch nicht, dass die Beschwerdeführerin den gegenüber dem Jahr 2000 gekürzten Bonus für das Jahr 2002 nur gestützt auf die abgegebene Zusicherung und nicht aufgrund der Leistungen des Beschwerdegegners bezahlte. Unter diesen Umständen hat das Obergericht kein Bundesrecht verletzt, wenn es gemäss dem Gleichbehandlungsgebot als Vergleichswerte auf den jeweils höchsten in der Zweigniederlassung Zürich ausbezahlten Bonus abstellte, wie ihn der Beschwerdegegner in den Jahren 2000 und 2001 bezog. Dabei wird die Stellung des Arbeitnehmers im Betrieb berücksichtigt, ist doch nach allgemeiner Lebenserfahrung anzunehmen, die höchsten Boni würden nur an hierarchisch hochgestellte Angestellte mit guten Leistungen bezahlt. Da diese Voraussetzungen für den Beschwerdegegner auch im Jahr 2002 zutrafen (vgl. betreffend die Qualität der Arbeitsleistung E. 10 hiernach), konnte das Obergericht im Rahmen des ihm insoweit zustehenden Ermessens bei der Festsetzung der Höhe des Bonus für das Jahr 2002 vom Grundsatz ausgehen, dem Beschwerdegegner wäre auch in diesem Jahr ein Bonus in der Grössenordnung des höchsten Bonus ausgerichtet worden. Dagegen ist die Verweigerung der Zahlung eines Bonus an eine bestimmte Person unter dem Gesichtspunkt der Gleichbehandlung nur dann relevant, wenn gleiche Umstände vorliegen. Dass C._ der Bonus trotz gleichwertiger Stellung im Betrieb und trotz guten Leistungen verweigert wurde, stellte das Obergericht nicht fest, und die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dies im kantonalen Verfahren rechtskonform vorgebracht zu haben. Die Behauptung, C._ sei für das Jahr 2002 kein Bonus bezahlt worden, ist daher nicht rechtserheblich, weshalb das Obergericht nicht darauf einzugehen hatte. Damit ist in diesem Zusammenhang auch keine Verletzung des rechtliche Gehörs der Beschwerdeführerin dargetan.
10.
10.1 Das Obergericht kam zum Ergebnis, die Beschwerdeführerin habe den ihr obliegenden Beweis, dass eine schlechte Arbeitsleistung eine Kürzung des Bonus gerechtfertigt hätte, nicht erbracht. Sie habe zwar behauptet, das vom Beschwerdegegner geleitete Team sei im Vergleich zu den anderen Teams europäischer Investmentbanken im Jahr 2002 im Ranking abgesackt. Sie habe jedoch die Erklärung des Beschwerdegegners, das schlechte Abschneiden des Teams im Jahr 2002 sei durch den Verlust von drei Mitarbeitern verursacht gewesen, nicht bestritten. Die pauschalen Vorwürfe der Beschwerdeführerin hinsichtlich der Leistungen des Beschwerdegegners im Jahr 2002 würden eine Bonuskürzung nicht rechtfertigen. Die Beschwerdeführerin habe nicht behauptet, mit dem Beschwerdegegner Leistungsziele vereinbart zu haben, die er nicht erreicht habe. Nicht einmal B._, Direktor bei der Beschwerdeführerin, habe eindeutig sagen können, dass der Beschwerdegegner aufgrund seiner Leistungen (im Jahr 2002) keinen oder nur einen gekürzten Bonus erhalten hätte.
10.2 Die Beschwerdeführerin rügt, das Obergericht habe von der Beschwerdeführerin zu Unrecht den strikten Nachweis einer schlechten Leistung verlangt. Da die Höhe einer bloss dem Grundsatz nach vereinbarte Gratifikation von subjektiven Einschätzung der persönlichen Arbeitsleistung durch die Arbeitgeberin abhänge und ihr insoweit ein grosser Ermessenspielraum zustehe, müsse genügen, dass diese ihre Einschätzung der ungenügenden Arbeitsleistung des Angestellten glaubhaft mache. Dies sei der Beschwerdeführerin gelungen, wenn berücksichtigt werde, dass das vom Beschwerdegegner geleitete pan-europäische Team sich im Jahr 2002 gemäss dem Reuters Ranking vom 14. auf den 19. Rang verschlechtert habe und die Arbeitszeugnisse dem Beschwerdegegner weder ausgezeichnete noch sehr gute Leistungen attestierten und keine Steigerung wie "very" oder "great" enthielten.
10.3 Ob für den Nachweis der schlechten Arbeitsleistungen das Beweismass des Glaubhaftmachens genügen soll, ist fragwürdig, kann aber offen bleiben. Nach dem angefochtenen Urteil erachtete das Obergericht ungenügende Leistungen des Beschwerdegegners auch nicht als glaubhaft, wenn es ausführt, das schlechte Abschneiden des Teams des Beschwerdegegners sei unbestrittenermassen auf den Verlust von drei Mitarbeitern zurückzuführen gewesen, und nicht einmal der Direktor der Beschwerdeführerin sagen könne, der Beschwerdegegner hätte aufgrund seiner Leistungen bei weiterer Tätigkeit für die Beschwerdeführerin keinen oder nur einen gekürzten Bonus erhalten. Inwiefern diese Beweiswürdigung unhaltbar sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar.
11.
11.1 Verschiedene kantonale Gerichte haben in Bezug auf eine der Höhe nach nicht bestimmte Gratifikation aufgrund des gekündigten Arbeitsverhältnisses einen Abzug von einem Drittel und zum Teil auch von der Hälfte zugelassen (vgl. REHBINDER/STÖCKLI, a.a.O., N. 14 zu Art. 322d OR; STREIFF/VON KAENEL, Arbeitsvertrag, 6. Aufl. 2006, N. 6 zu Art. 322d OR S. 234; STAEHELIN, a.a.O., N. 18 zu Art. 322d OR; PORTMANN, a.a.O., N. 8 zu Art. 322d OR; REINERT, a.a.O., S. 11; je mit Hinweisen).
11.2 Unter Hinweis auf diese kantonale Praxis kürzte das Obergericht die Gratifikation des Beschwerdegegners aufgrund der gekündigten Stellung bei Fälligkeit des Anspruchs um einen Drittel.
11.3 Die Beschwerdeführerin rügt, das Obergericht hätte den Bonus aufgrund des gekündigten Arbeitsverhältnisses um die Hälfte kürzen müssen. Eine solche Kürzung würde in der Lehre als zulässig erachtet, namentlich, wenn der Arbeitgeber in einem Schreiben an die Mitarbeiter unterstreiche, dass die Gratifikation Ansporn für einen künftigen Sondereinsatz sei.
11.4 Mit diesen Ausführungen legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern das Obergericht den ihm bei der Kürzung des Bonus aufgrund der gekündigten Stellung im Zeitpunkt der Fälligkeit des Bonusanspruchs zustehenden Ermessenspielraum überschritten haben soll, zumal eine Kürzung um einen Drittel durchaus üblich ist (vgl. E. 11.1).
12. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Auf das Begehren des Beschwerdegegners, die zugesprochene Entschädigung auf Fr. 560'000.-- zu erhöhen, ist nicht einzutreten, weil damit eine unzulässige Anschlussberufung erhoben wird (vgl. E. 2 hiervor). Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Auf das Begehren des Beschwerdegegners, die zugesprochene Entschädigung auf Fr. 560'000.-- zu erhöhen, wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
4. Die Parteikosten werden wettgeschlagen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. November 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer