Sachverhalt:
A. Im Jahre 1981 eröffnete H._ (Beschwerdeführer) bei der Rechtsvorgängerin der X._ AG (Beschwerdegegnerin) ein Kontokorrentkonto in USD unter der Nummer yyy._. Die damals geltenden allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB) der Beschwerdegegnerin wurden zur Vertragsgrundlage erhoben. Ab April 1982 wurden bei der Konto führenden Bank zudem Treuhanddepots für das Vermögen auf dem Kontokorrent unterhalten und in diesem Rahmen für den Beschwerdeführer Festgeldanlagen getätigt. Der Beschwerdeführer äufnete sein Kontokorrentkonto unter anderem mittels Überweisungen und nahm andererseits Checkbezüge vor. Am 12. Januar 1985 erteilte er Instruktionen bezüglich der Anlage der Gelder auf den Treuhanddepots und verlangte die banklagernde Aufbewahrung sämtlicher Korrespondenzen.
B. Am 29. März 1985 wurde dem Kontokorrent ein Check mit Nr. 46687 über USD 40'000.-- bzw. Fr. 45'658.10 belastet, das Konto auf Ende des ersten Quartals 1985 geschlossen, der Saldo per 31. März 1985 gezogen und über die betreffende Kontokorrentperiode ein Kontoauszug erstellt, der auch den Checkbezug vom 29. März 1985 auswies. Der Kontoauszug wurde instruktionsgemäss banklagernd aufbewahrt.
C. Am 23. Februar 1997 erteilte der Beschwerdeführer per Fax einen Überweisungsauftrag über USD 16'600.-- zugunsten seines Kontos bei der Bank Q._ in P._, wobei er damals wusste, dass sein Guthaben auf dem Kontokorrentkonto noch rund USD 17'000.-- betrug. Das Kontokorrent wurde am 5. März 1997 saldiert und am 7. März 1997 geschlossen. Der nach Abzug von Spesen und Gebühren auf dem Kontokorrent noch vorhandene Restbetrag von USD 17'082.36 wurde dem Beschwerdeführer am 4. März 1997 überwiesen. Weitere Konten des Beschwerdeführers unter dem Stamm yyy._ waren damals nicht mehr vorhanden.
D. Frühestens im Oktober 2004, rund siebeneinhalb Jahre nach Erteilung des letzten Überweisungsauftrags, nahm der Beschwerdeführer wieder Kontakt mit der Beschwerdegegnerin auf. Am 24. Mai 2007 liess er sie zwecks Unterbrechung der Verjährung betreiben. Er reichte am 12. August 2009 beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm USD 40'000.-- bzw. Fr. 45'685.10 nebst Zins zu bezahlen. Er ist der Ansicht, bei Saldierung des Kontokorrents hätten sich noch drei Depots bei der Beschwerdegegnerin in der Höhe von insgesamt ca. USD 3'180'000.-- bei der Beschwerdegegnerin befunden. Im Oktober 2004 habe er sich danach erkundigt und vom Verschwinden der Gelder auf seinen Depots erfahren. Er geht davon aus, dass Checks mit ihm unbekannten Nummern, die keinesfalls aus der Serie stammten, die er von der Beschwerdegegnerin erhalten hatte, von einer unbekannten Drittperson im Gesamtbetrag von USD 1'325'996 seinem Kontokorrentkonto belastet worden seien. Es sei zwingend davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin zur Deckung derartiger Checkbezüge Gelder aus seinen Depots auf das Kontokorrentkonto transferiert habe. Mit der Klage verlangt er die Rückerstattung der Belastung seines Kontokorrentkontos vom 29. März 1985 aufgrund des Checkbezugs in der Höhe von USD 40'000.-- bzw. Fr. 45'658.10 (Check Nr. 46687). Das Handelsgericht wies die Klage am 28. März 2011 wegen Verjährung des geltend gemachten Anspruchs ab.
E. Mt Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das handelsgerichtliche Urteil aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm USD 40'000.-- bzw. Fr. 45'658.10 nebst Zins zu bezahlen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Handelsgericht auf Vernehmlassung verzichtet hat.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz prüfte die Streitsache, die aufgrund des Wohnsitzes des Beschwerdeführers im Ausland einen internationalen Bezug aufweist, zutreffend im Lichte der auftragsrechtlichen Regeln (Art. 394 ff. OR) nach schweizerischem Recht. Dass dieses zur Anwendung kommt, ergibt sich, ungeachtet der Frage, ob die AGB eine entsprechende Rechtswahl enthalten, bereits aufgrund von Art. 117 IPRG, da die Beschwerdegegnerin mit Sitz in der Schweiz die charakteristische Dienstleistung im Vertrag erbringt, so dass dieser mit dem schweizerischen Recht den engsten Zusammenhang aufweist.
2. Im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 135 III 397 E. 1.4 S. 400). Beruht ein Entscheid auf mehreren selbstständigen alternativen Begründungen, ist für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt; denn soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbstständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen (BGE 133 IV 119 E. 6.3 S. 120 f.; vgl. auch BGE 132 III 555 E. 3.2 S. 560; je mit Hinweisen).
2.1 Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie Art. 106 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Es genügt nicht, die im kantonalen Verfahren eingenommenen Rechtsstandpunkte zu bekräftigen und den angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen. Vielmehr ist mit der Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz anzusetzen. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.; 116 II 745 E. 3 S. 749).
2.2 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von Art. 106 Abs. 2 BGG zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
3. Die Vorinstanz hielt fest, da ein höherer Betrag überwiesen worden sei als vom Beschwerdeführer im März 1997 angefordert, habe dieser als erfahrener Geschäftsmann zur Kenntnis genommen, dass die Beschwerdegegnerin das Vertragsverhältnis mit ihm beendet hatte. Wenn er damit nicht einverstanden gewesen wäre, hätte er nach Treu und Glauben dagegen remonstrieren müssen. Dies habe er nicht getan, sondern sich erst im Oktober 2004, also nach rund siebeneinhalb Jahren bei der Beschwerdegegnerin gemeldet. Mit diesem Verhalten habe er die Kontoschliessung konkludent akzeptiert. Die zehnjährige Verjährungsfrist nach Art. 127 OR habe im zu beurteilenden Auftragsverhältnis bei dessen Beendigung zu laufen begonnen (BGE 133 III 37 E. 3.2 mit Hinweisen) und somit spätestens am 7. März 2007 geendet. Dass der Beschwerdeführer bis zu diesem Zeitpunkt keine verjährungsunterbrechende Handlung vorgenommen habe, sei unbestritten. Ob die Beschwerdegegnerin dem Beschwerdeführer die Kontoschliessung auch noch explizit mitgeteilt hat, wie sie im Verfahren behauptet hatte, liess die Vorinstanz offen.
3.1 Die auf Beweiswürdigung beruhende Feststellung, dass der Beschwerdeführer die Beendigung des Kontokorrentverhältnisses zur Kenntnis genommen hat, ist für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (Art. 105 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer hält dieser Feststellung zwar seine eigene, abweichende Darstellung der Ereignisse entgegen. Da er damit aber keine Willkür in der Beweiswürdigung (Art. 105 Abs. 2 BGG) aufzeigt, ist seine Behauptung, ihm sei die Kontoschliessung im Jahre 2004, als er sich bei der Filiale der Beschwerdegegnerin in P._ gemeldet habe, nicht bewusst gewesen sei, nicht zu hören.
3.2 Der Beschwerdeführer wendet ein, aus den Vorgängen vom März 1997 habe er nicht schliessen müssen, dass auch keine Depots mehr bestünden. Jedenfalls dazu habe er durch sein Schweigen seine Zustimmung nicht erteilt. Die Beschwerdegegnerin hätte ihm in jenem Zeitpunkt eine Mitteilung bezüglich der Kontoschliessung zukommen lassen müssen unter gleichzeitigem Hinweis, dass auch seine Depots nicht mehr bestünden. Dies sei jedoch nicht geschehen.
3.3 Damit vermag der Beschwerdeführer für die Frage der Verjährung nichts zu seinen Gunsten abzuleiten, denn die Kündigungserklärung ist nicht an eine bestimmte Form gebunden (Art. 404 Abs. 1 OR; FELLMANN, Berner Kommentar, N. 33 f. zu Art. 404 OR mit Hinweis) und kann auch konkludent erfolgen. Sie ist wirksam, sofern der Auflösungswille erkennbar wird (WEBER, in: Basler Kommentar, 5. Aufl. 2011, N. 6 zu Art. 404 OR; vgl. BGE 57 II 187 E. 1). Da der Beschwerdeführer die Beendigung des Kontokorrentverhältnisses durch die Beschwerdegegnerin nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz im März 1997 zur Kenntnis nahm, setzte damit der Lauf der Verjährungsfrist für vertragliche Ansprüche aus dem Kontokorrentkonto ein. Diese Frist lief im März 2007 ab. Bei Einleitung der Betreibung im Mai 2007 waren somit allfällige Forderungen gestützt auf den Kontokorrentvertrag verjährt. Das angefochtene Urteil ist insoweit nicht zu beanstanden. Ob bei Auflösung des Kontos noch Depots bestanden oder hätten bestehen müssen und in welcher Form die Schliessung der Depots dem daran Berechtigten anzuzeigen ist, bleibt für die Verjährung der Kontokorrentansprüche ohne Einfluss. Diese Frage könnte lediglich für die Verjährung allfälliger aus der Führung der Depots entstandener Ansprüche Bedeutung erlangen. Aus einer allenfalls weisungswidrigen Depotführung kann der Beschwerdeführer den eingeklagten Anspruch aber nicht ableiten, da er selbst ausführt, das behauptete weisungswidrige Transferieren von Geldern von den Depots auf das Kontokorrent habe im Januar 1986 stattgefunden, also lange nach der am 29. März 1985 erfolgten Belastung des Kontokorrents mit dem vom Beschwerdeführer beanstandeten Check. Für diese waren allfällige Fehler bei der Depotführung nicht ursächlich.
3.4 Auch die Ausführungen des Beschwerdeführers zu nachrichtenlosen Konten sind unbehelflich. Sie gründen im Wesentlichen auf der Annahme, er sei sich über die Schliessung des Kontokorrentkontos nicht im Klaren gewesen. Damit missachtet er wiederum die Bindung des Bundesgerichts an die Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz. Auf seine darauf aufbauenden Ausführungen ist nicht einzutreten. Auf einverständlich aufgelöste Bankverbindungen sind die Richtlinien über nachrichtenlose Vermögen ohnehin nicht zugeschnitten.
4. Unter dem Titel "Rechtsmissbräuchlichkeit der Verjährungseinrede" bringt der Beschwerdeführer schliesslich vor, er habe entgegen den Ausführungen im angefochtenen Urteil dargetan, worin diese bestehe, nämlich in der fehlenden Kontrolle des Kundenberaters und in krasser Widerhandlung gegen seine bestätigten Instruktionen. Damit umschreibt er aber bloss die Handlungen, mit denen er seinen Anspruch zu begründen sucht. Er zeigt nicht auf, welches Verhalten der Beschwerdegegnerin dazu beitrug, dass er länger als 10 Jahre seit der Auflösung des Kontokorrentkontos, die ihm nach den Feststellungen der Vorinstanz bekannt war, mit der Geltendmachung seines mit diesem Konto zusammenhängenden Anspruchs zuwartete. Auch insoweit hält das angefochtene Urteil vor Bundesrecht stand. Auf die Ausführungen des Beschwerdeführers zur Aktenaufbewahrungspflicht der Bank braucht bei dieser Sachlage nicht eingegangen zu werden, ebenso wenig wie auf die Vorbringen, mit denen er die weiteren Begründungen der Vorinstanz insbesondere zur Frage der Verjährung durch Novation anficht.
5. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. September 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak