Sachverhalt:
A. A.a Die Schweizerische Post (Beschwerdeführerin) ist eine öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes. Die von ihr erbrachten Dienstleistungen im Post- und Zahlungsverkehr werden im Postgesetz vom 30. April 1997 (PG; SR 783.0) geregelt. Dieses Gesetz bezweckt die Sicherstellung der landesweiten Versorgung mit Dienstleistungen im Post- und Zahlungsverkehr.
Die A._ GmbH (Beschwerdegegnerin 1) beschäftigt sich mit der Führung von Dienstleistungsregistern und Datenbanken. Sie erbringt auch Dienstleistungen im Onlinebereich. Die B._ GmbH (Beschwerdegegnerin 2) bietet ihren Kunden Dienstleistungen im Bereich Debitorenmanagement und Inkassi an. Die C._ GmbH (Beschwerdegegnerin 3) bezweckt insbesondere die Übernahme von betriebswirtschaftlichen Beratungen aller Art im Onlinebereich. Die D._ AG, die E._ GmbH und die F._ ag, (Beschwerdegegnerinnen 4-6) vermitteln vorwiegend Geschäfte im Finanzbereich. Die X._ GmbH (heute G._ AG; Beschwerdegegnerin 7) bot unter anderem ihre Dienstleistungen im Bereich Organisation, Übernahme und Vermittlung von Akquisitions- und Verkaufsmandaten aller Art an. Die H._ AG (Beschwerdegegnerin 8) bezweckt die Durchführung und Vermittlung von allen Geschäften im Publikationsbereich im In- und Ausland, den Handel mit sowie den Import und Export von Zeitschriften und Büchern aller Art.
A.b Die Beschwerdegegnerinnen sind geschäfts- und personenmässig eng miteinander verbunden. Sie bzw. ihre Geschäftspraktiken werden in der Öffentlichkeit stark kritisiert, und es finden vermehrt Gerichtsprozesse statt. Dabei steht meistens die Frage im Zentrum, ob die Beschwerdegegnerinnen ihre Kunden zivilrechtlich durch Täuschung oder erweckten Irrtum zu einem Vertragsabschluss verleiteten und ob die dabei verwendeten allgemeinen Vertragsbedingungen sachgerecht seien.
A.c Zwischen den Beschwerdegegnerinnen und der Beschwerdeführerin bestehen Vertragsverhältnisse betreffend Finanzdienstleistungen. Die Beschwerdeführerin führt für jede Beschwerdegegnerin ein Konto, über das die Beschwerdegegnerinnen ihren Zahlungsverkehr abwickeln. Im August 2007 teilte die Beschwerdeführerin allen Beschwerdegegnerinnen den Abbruch der Geschäftsbeziehungen mit und begründete dies wie folgt: "Eine Analyse Ihres Kundendossiers hat ergeben, dass sich unsere Ausrichtung nicht mit Ihrem Profil und Ihren Geschäftsaktivitäten deckt und / oder dass wir unsere Sorgfaltspflicht nicht mehr wahrnehmen können." Die Beschwerdegegnerinnen erkundigten sich nach den konkreten Gründen der Kündigung. Im Verlauf eines darauf folgenden umfangreichen Briefverkehrs berief sich die Beschwerdeführerin hauptsächlich auf ihr Kündigungsrecht nach Art. 17 der Allgemeinen Geschäftsbedingungen der PostFinance (nachfolgend AGB), während sich die Beschwerdegegnerinnen auf den Standpunkt stellten, nach Art. 3 lit. e der Postverordnung vom 26. November 2003 (VPG; SR 783.01) gehöre der Zahlungsverkehr zu den Universaldiensten der Beschwerdeführerin und erfolge somit nicht auf freiwilliger Basis. Im April 2008 setzte die Beschwerdeführerin den Auflösungstermin der Konti auf Ende Mai 2008 fest.
A.d Ein von dritter Seite eingeleitetes Strafverfahren gegen die beiden Hauptexponenten der Beschwerdegegnerinnen wegen Verstosses gegen das UWG und Betrugs wurde von der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl eingestellt. Das Obergericht des Kantons Zürich wies einen dagegen erhobenen Rekurs ab. Das Bezirksgericht Zürich entschied, die gesamten Kosten würden auf die Staatskasse genommen mit der Begründung, W._ und V._ hätten nicht widerrechtlich gehandelt und es könne ihnen auch nicht ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen angelastet werden.
B. Im August 2008 reichten die Beschwerdegegnerinnen beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage ein und präzisierten ihre Rechtsbegehren dahingehend, die Beschwerdeführerin sei anzuweisen, im Rahmen und Umfang des Universaldiensts die Postkonti der Beschwerdegegnerinnen aufrechtzuerhalten und weiterzuführen; eventualiter sei die Nichtigkeit der Kündigungen festzustellen. Mit Urteil vom 7. Juli 2009 hiess das Handelsgericht die Klage gemäss Hauptantrag gut.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerden, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat unter Hinweis auf die Urteilsbegründung auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Post ist eine selbständige Anstalt des öffentlichen Rechts. Streitigkeiten mit der Kundschaft werden durch die Zivilgerichte beurteilt (Art. 17 PG). Die Vorinstanz hat als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten die Klage als einzige kantonale Instanz (Art. 75 Abs. 2 lit. b BGG) gutgeheissen und damit einen Endentscheid gefällt, gegen den die Beschwerde zulässig ist (Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen im kantonalen Verfahren unterlegen (Art. 76 BGG). Da das Begehren nicht auf Bezahlung einer bestimmten Geldsumme lautet, setzt das Bundesgericht den Streitwert nach Ermessen fest (Art. 51 Abs. 2 BGG). Die Vorinstanz hat den Streitwert auf Fr. 100'000.-- geschätzt, und es besteht kein Anlass, davon abzuweichen. Damit ist die Streitwertgrenze von Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG überschritten, so dass offen gelassen werden kann, ob sich eine Frage von grundsätzlicher Bedeutung stellt. Die fristgerecht (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG) eingereichte Beschwerde in Zivilsachen ist somit grundsätzlich zulässig, weshalb auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht einzutreten ist (Art. 113 BGG).
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 134 II 235 E. 4.3.4 S. 241). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 134 III 102 E. 1.1 S. 105; 133 III 545 E. 2.2 S. 550). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die Beschwerdeführerin soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.; 121 III 397 E. 2a S. 400). Soweit die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht ohne Bezug zum angefochtenen Urteil ihre eigene Sicht der Dinge unterbreitet, genügt sie den Begründungsanforderungen nicht und ist auf ihre Ausführungen nicht einzutreten.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. BGE 133 III 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
3. Umstritten ist, ob im Bereich des Zahlungsverkehrs eine absolute Kontrahierungspflicht der Post besteht.
3.1 Die Vorinstanz hielt fest, Art. 17 der AGB der Beschwerdeführerin sehe vor, der Basisvertrag sowie die Vereinbarung für die Benutzung der Zusatzleistungen dauerten auf unbestimmte Zeit und könnten von beiden Parteien jederzeit schriftlich gekündigt werden, sofern nicht etwas anderes vereinbart worden sei. Diese Bestimmung verstosse gegen Art. 2 Abs. 2 PG, mithin gegen zwingendes Recht, und sei nichtig, da für die Post auch bei den so genannten nicht reservierten Universaldiensten ein Kontrahierungszwang bestehe. Die anderen Bestimmungen der AGB seien von der Teilnichtigkeit nicht betroffen und behielten ihre Gültigkeit.
3.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet die Nichtigkeit von Art. 17 der AGB. Sie macht geltend, sie sei nach Art. 10 f. PG ermächtigt, das Angebot ihrer Dienstleistungen im Einzelnen festzulegen. Dabei könne sie die Bedingungen für die Inanspruchnahme ihrer Dienstleistungen selbständig in Allgemeinen Geschäftsbedingungen regeln, wobei die Bedürfnisse der Bevölkerung und der Wirtschaft sowie die technischen Entwicklungen zu berücksichtigen seien. Von dieser Kompetenz habe sie Gebrauch gemacht durch den Erlass von dienstleistungsbezogenen AGB wie diejenigen der PostFinance, die integrierenden Bestandteil der im Einzelfall geschlossenen Kundenverträge bildeten. Im Vertrag über den Abschluss eines Postkontos seien die AGB zum Geschäftsinhalt gemacht worden. Die Möglichkeit einer Kündigung sei im Übrigen auch nicht ungewöhnlich. Im Gegenteil müssten Verträge gemäss allgemeinem Vertragsrecht kündbar sein, da sie sonst nach Art. 27 ZGB infolge übermässiger Bindung unzulässig seien. Zudem könne jeder zeitlich unbefristete Vertrag aus wichtigen Gründen aufgelöst werden. Die Ungewöhnlichkeitsregel gelange nicht zur Anwendung; es wäre vielmehr ungewöhnlich, wenn ein Vertrag nicht gekündigt werden könnte.
Die Beschwerdeführerin versteht die zwingende Natur von Art. 2 Abs. 2 PG und den daraus abgeleiteten Kontrahierungszwang nicht als absolut. Vielmehr ist sie der Auffassung, eine Kündigung aus wichtigem Grund müsse auch im Service Public möglich sein. Im Rahmen der Interessenabwägung sei eine Unterscheidung der reservierten und nicht reservierten Universaldiensten gerechtfertigt. Bei Letzteren müsse den Interessen der Vertragspartner der Post insofern weniger Rechnung getragen werden, als diese Dienstleistungen auch bei einem Konkurrenzunternehmen bezogen werden können.
3.3 Die Privatrechtsordnung beruht auf der Privatautonomie, die im Schuldrecht durch die Vertragsfreiheit konkretisiert wird. Diese hat verschiedene Aspekte, nämlich die Abschlussfreiheit, Partnerwahlfreiheit, Inhaltsfreiheit, Formfreiheit und Aufhebungsfreiheit. Die Abschluss-, Partnerwahl- und Aufhebungsfreiheit als Teilaspekte der Vertragsfreiheit können ausnahmsweise durch Kontrahierungspflichten eingeschränkt werden. Solche Kontrahierungspflichten beruhen entweder auf Vertrag (in der Regel einem Vorvertrag) oder gesetzlicher Grundlage. Allgemein anerkannt ist, dass sich eine Kontrahierungspflicht aufgrund einer ausdrücklichen Gesetzesbestimmung ergeben kann (BGE 129 III 35 E. 6.1 und E. 6.2 S. 42 mit Hinweisen).
3.4 Neben den Bereichen, in welchen die Post in Konkurrenz zu Dritten wie ein Privater auftritt (so genannte Wettbewerbsdienste, vgl. Art. 9 PG und BGE 129 III 35 E. 4.1 S. 37 f.), ist die Post nach Art. 2 Abs. 1 PG als öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes verpflichtet, eine flächendeckende Grundversorgung mit Post- und Zahlungsverkehrsdienstleistungen sicherzustellen (BGE 129 III 35 E. 4.1 S. 37). Die Post gewährleistet den freien Zugang zu den Dienstleistungen dieses Universaldiensts, der in allen Landesteilen nach gleichen Grundsätzen, in guter Qualität und zu angemessenen Preisen angeboten werden muss (Art. 2 Abs. 2 PG). Der Universaldienst wird mit Dienstleistungen sichergestellt, die entweder ausschliesslich der Post als Monopolanbieterin vorbehalten sind ("reservierte Dienste" [Art. 3 Abs. 1 PG und Art. 2 VPG]) oder von der Post in Konkurrenz zu privaten Anbietern im ganzen Land erbracht werden müssen ("nicht reservierte Dienste" [Art. 4 Abs. 1 PG; Art. 1 lit. c und Art. 3 VPG]; vgl. BGE 129 III 35 E. 4.1 S. 37). Die Einzahlung, die Auszahlung und die Überweisung, mithin der Zahlungsverkehr, gehört unbestrittenermassen zu den nicht reservierten Universaldiensten (Art. 4 Abs. 2 PG i.V.m. Art. 3 lit. e VPG), welche die Post zwar in Konkurrenz mit anderen Anbietern erbringt, zu deren Erbringung sie aber verpflichtet ist (Art. 4 Abs. 1 PG und Art. 1 lit. c VPG). Die Post ist somit zum Führen von Postkonti bzw. Zahlungsverkehr nicht nur berechtigt, sondern verpflichtet, und es besteht diesbezüglich ein Kontrahierungszwang, der in Art. 2 PG statuiert ist (vgl. auch BGE 129 III 35 E. 6.2 S. 42). Vor diesem Hintergrund ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den von diesem Kontrahierungszwang abweichenden Art. 17 AGB, der ein jederzeitiges Kündigungsrecht vorsieht, als gesetzwidrig einstufte. Zu prüfen bleibt, ob eine Kündigung aus wichtigem Grund entgegen dem Gesetzeswortlaut zuzulassen ist.
3.5 Die Vorinstanz liess die Frage offen, ob wichtige Gründe eine Kündigung rechtfertigen könnten, da solche nicht vorlägen. Den Beschwerdegegnerinnen könne kein strafrechtlich relevantes Verhalten vorgeworfen werden. In den zivilrechtlichen Gerichtsverfahren gegen die Beschwerdegegnerinnen gebe es mit verschiedenen Begründungen sowohl Entscheide zu Gunsten als auch solche zu Ungunsten der Beschwerdegegnerinnen, so dass aus den von diesen eingereichten Entscheiden keine wichtigen Gründe für eine Kündigung abgeleitet werden könnten. Die Vorinstanz verneinte auch einen durch die mediale Präsenz der Beschwerdegegnerinnen ausgelösten Reputationsschaden der Beschwerdeführerin. Es sei allgemein bekannt, dass sich die Leistungen der Post auf den Zahlungsverkehr beschränkten und in keinem Zusammenhang mit der Tätigkeit ihrer Kunden stehe. Die Vorinstanz erachtete die Behauptung, andere Kunden würden wegen der Führung der Konti der Beschwerdegegnerinnen ihre Geschäftsbeziehungen mit der Post in Frage stellen, als unzutreffend, zumal die beiden eingereichten Kundenreklamationen im Verhältnis zum gesamten Kundenstamm marginal seien und keine repräsentative Bedeutung hätten.
3.6 Die Beschwerdeführerin macht geltend, entgegen den Feststellungen der Vorinstanz seien sämtliche Zivilurteile in materiellrechtlichen Punkten zu Ungunsten der Beschwerdegegnerinnen ausgefällt worden. Das im angefochtenen Entscheid erwähnte Urteil des Bezirksgerichts Zürich betreffe lediglich die Kostenfolgen des eingestellten Strafverfahrens und beinhalte keine zivilrechtlich materiellen Erwägungen. Sodann hält die Beschwerdeführerin dafür, ein wichtiger Grund für die Vertragsauflösung müsse gegeben sein, wenn die Post durch die Erfüllung ihrer vertraglichen Verpflichtungen selber geltendes Recht, namentlich strafrechtliche Bestimmungen (Geldwäscherei) verletze. Zu den Geschäftstätigkeiten der Beschwerdegegnerinnen gehöre unter anderem das Angebot von kostenpflichtigen Internet-Branchenverzeichnissen. Potentielle Kunden würden von der Beschwerdegegnerin 1 angeschrieben und gebeten, die Angaben auf einem zum Teil bereits ausgefüllten Formular zu überprüfen, gegebenenfalls zu ergänzen und anschliessend zu retournieren. Dabei werde der Anschein erweckt, es handle sich um einen Gratiseintrag in das offizielle Telefonbuch oder in ein anderes allgemein anerkanntes Adressregister. Lediglich im "Kleingedruckten" werde auf die Kosten eines solchen Eintrags hingewiesen. Wer die Zahlung verweigere, werde von der Beschwerdegegnerin 2 betrieben. Eine solche Geschäftstätigkeit könne allenfalls gar als unlauter bezeichnet werden und sollte keinesfalls unterstützt werden. Zudem sei davon auszugehen, dass sich andere Bankinstitute geweigert hätten, mit den Beschwerdegegnerinnen eine vertragliche Beziehung einzugehen, weil sie einen Imageschaden befürchteten. Es bestehe die dringliche und realistische Gefahr eines Reputationsschadens, wenn bekannt werde, dass die Post ihre Dienstleistungen auch starker öffentlicher Kritik ausgesetzten Firmen mit undurchsichtigen Geschäftspraktiken anbiete. Selbst wenn die zivilrechtlichen Verurteilungen allein noch keine Rechtswidrigkeit im Sinne des Strafrechts zu begründen vermöchten, führten sie zur Ungültigkeit des Vertrags. Die Zivilrechtswidrigkeit einer solchen Täuschung sei erstellt und das Risiko der Strafrechtswidrigkeit nicht von der Hand zu weisen. Die rechtskräftige Feststellung, dass die Beschwerdegegnerinnen (offenbar planmässig) fragliche Geschäftspraktiken pflegten in Verbindung mit dem drohenden Imageschaden mache der Post die Fortführung der Geschäftsbeziehung unzumutbar und stelle einen wichtigen Grund für die Vertragsauflösung dar. Die Unzumutbarkeit ergebe sich auch aus dem Umstand, dass sich andere, mit ähnlich fragwürdigen Geschäftstätigkeiten operierende Kunden zur PostFinance hingezogen fühlten. Bei fehlender Kündigungsmöglichkeit bestünde die Gefahr, dass die Post zum Auffangbecken solcher Marktteilnehmer werde, was der Reputation zusätzlich abträglich wäre und zu vermehrter Kundenkritik und -abwanderung führen würde.
3.7 Vorab ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin in keiner Weise aufzeigt, inwiefern das Verhalten der Beschwerdegegnerinnen 3-8 einen wichtigen Grund für die Auflösung der Postkonti gebildet und ein Abweichen vom Kontrahierungszwang gerechtfertigt haben soll. Die blosse Feststellung, die Beschwerdegegnerinnen seien geschäfts- und personenmässig eng miteinander verbunden, genügt dazu offensichtlich nicht. Soweit sich die Beschwerde demnach auf die Beschwerdegegnerinnen 3-8 bezieht, ist darauf mangels hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG) nicht einzutreten.
3.8 Die gegen die Beschwerdegegnerinnen durchgeführten Verfahren hatten keine strafrechtliche Verurteilung zur Folge. Soweit die Beschwerdeführerin sinngemäss einen Verstoss gegen Art. 2 UWG (SR 241) rügt, ist zu beachten, dass ein Verstoss gegen diese Generalklausel für unlauteres Verhalten für sich allein noch keine Strafbarkeit begründet (Art. 23 UWG) und der Entwurf einer Konkretisierung dieser Generalklausel für Angebote von Registereinträgen noch nicht zum Gesetz erhoben wurde (vgl. Art. 3a E-UWG - Angebote für Registereinträge und Erläuternder Bericht zur Änderung des Bundesgesetzes gegen den unlauteren Wettbewerb [UWG] vom 6. Juni 2008, S. 9, abrufbar unter
http://www.seco.admin.ch/aktuell/00277/01164/01980/index.html?lang =de&msg-id=19191 [zuletzt besucht am 26. März 2010]). Die Frage, ob ein strafbares Verhalten eine Kündigung aus wichtigem Grund rechtfertigt, kann somit offen gelassen werden.
3.9 Soweit kein strafbares Verhalten vorliegt, wäre eine Durchbrechung des gesetzlichen Kontrahierungszwangs - wenn überhaupt - nur zurückhaltend anzunehmen. Allein die Tatsche, dass die Beschwerdegegnerinnen ein Geschäftsgebaren an den Tag legen, das öffentlicher Kritik ausgesetzt ist, würde für die Annahme eines wichtigen Grundes jedenfalls nicht ausreichen, selbst wenn die Kritik zutreffen sollte. Aufgrund der Gesetzesbestimmungen ist klar, dass sich die Post ihre Kunden im Zahlungsverkehr nicht aussuchen kann, weshalb ihr dubiose Geschäftspraktiken von Klienten nicht angelastet werden können. Damit ist nicht massgeblich, ob und in welchem Ausmass die Zivilurteile zu Gunsten oder zu Ungunsten der Beschwerdegegnerinnen entschieden wurden. Die Vorinstanz hat die Kündigung im Ergebnis jedenfalls zu Recht als bundesrechtswidrig erachtet.
4. Insgesamt ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann