Sachverhalt:
A. A._ ist Eigentümerin der in der Bauzone gelegenen, 1'012 m2 grossen Parzelle Nr. 1058 im Gebiet Hehji der Gemeinde Zermatt. Das unverbaute Grundstück fällt von Osten nach Westen steil zum Uferweg (Vispastrasse) entlang der Mattervispa ab. Im Norden und Osten grenzt es an die Parzelle Nr. 1101, im Südosten an die unüberbaute Parzelle Nr. 1012, im Südwesten an die mit einem Restaurant überbaute Parzelle Nr. 1011 und im Westen an die Vispastrasse. Die Parzelle Nr. 1101 ist im Osten oberhalb der Parzelle Nr. 1058 mit dem Mehrfamilienhaus der Stockwerkeigentümergemeinschaft T._ (im Folgenden: Stockwerkeigentümergemeinschaft) überbaut, welches durch einen Schacht/Stollen entlang der Nordgrenze der Parzelle Nr. 1058 mit einem Portal zur Vispastrasse hin erschlossen ist.
A.a Die Einwohnergemeinde Zermatt liess im Jahre 1984 ein Waldkataster zur Festlegung der Waldgrenzen innerhalb der Bauzone auflegen. Das Verfahren wurde nicht abgeschlossen. In der Waldinventur von 1994 wurde die aus Lärchen bestehende Bestockung der Parzelle Nr. 1058 als Wald katastriert. Anlässlich einer Begehung am 13. Oktober 1994 sprach A._ dagegen ein, was zu einer Auszonung im Bereich des Portals führte; in Bezug auf die restliche, ca. 440 m2 grosse Bestockung wurde festgehalten, dass es sich um einen ge-schlossenen Hochwald aus über 50-jährigen Lärchen handle, welche vor allem für das Ortsbild Bedeutung habe. A._ wurde zugesichert, im Falle eines konkreten Bauprojektes die Walderhaltungsfrage neu zu prüfen.
Die Gemeinde Zermatt teilte der Stockwerkeigentümergemeinschaft auf deren Anfrage am 22. Juni 1999 mit, auf der Parzelle Nr. 1058 sei eine Bestockung unterhalb des Hauses T._ als Wald im Sinne der Forstgesetzgebung ausgeschieden worden. Für die Überbauung der Parzelle Nr. 1058 sei eine Rodungsbewilligung erforderlich. Die Gemeinde unterstütze das Vorprojekt zum Bau eines Wohnhauses. Die kantonale Dienststelle für Wald und Landschaft (im Folgenden: Dienststelle) bestätigte der Stockwerkeigentümergemeinschaft am 16. Juli 1999, die Überbauung der Parzelle Nr. 1058 setze eine Rodungsbewilligung voraus, ein entsprechendes Gesuch liege nicht vor. Die Dienststelle bestätigte der Stockwerkeigentümergemeinschaft am 11. Mai 2000 und am 10. Mai 2001, es sei kein Rodungsgesuch eingereicht worden.
A.b Am 29. Mai 2002 wurde der Stockwerkeigentümergemeinschaft mitgeteilt, die Bestockung auf der Parzelle Nr. 1058 sei bereits im Jahre 2000 aus dem Waldkataster gestrichen worden. Sie sprach am 12. August 2002 gegen das Waldkataster ein und beantragte, die Bestockungen der Parzelle Nr. 1058 und der Nachbarparzellen ins Waldkataster aufzunehmen.
Der Forstinspektor begründete die Streichung der Bestockung auf der Parzelle Nr. 1058 aus dem Waldkataster in einer Notiz vom 7. November 2002 zuhanden der Dienststelle. Die Bestockung erreiche mit 440 m2 die Mindestfläche der 1999 neu eingeführten kantonalen Waldverordnung nicht, sie habe keine Schutz- oder Wohlfahrtsfunktion, sondern gefährde wegen des felsigen, flachgründigen Untergrunds, der sie ungenügend stütze, bei Wind die Benützer der Uferstrasse. Zermatt verfüge zudem über genügend Wald, und für die Holzproduktion sei die Bestockung bedeutungslos.
Der Staatsrat schützte am 12. Mai 2004 die Streichung der Bestockung aus dem Waldkataster und wies die Einsprache der Stockwerkeigentümergemeinschaft ab.
Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde der Stockwerkeigentümergemeinschaft gegen diesen Staatsratsentscheid am 28. Januar 2005 ab.
Das Bundesgericht hiess am 22. August 2005 die Beschwerde der Stockwerkeigentümergemeinschaft gegen diesen Verwaltungsgerichtsentscheid gut und wies die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es erwog, das Kantonsgericht habe eine Rechtsverweigerung begangen, indem es das Waldfeststellungsverfahren auf die Parzelle Nr. 1058 beschränkt und die Bestockungen der Nachbarparzellen Nrn. 1012, 1101 und 907 nicht miteinbezogen habe. Das Kantonsgericht wies die Sache am 30. September 2005 seinerseits an den Staatsrat zur Neubeurteilung zurück.
A.c Der Staatsrat liess von der U._ SA eine unabhängige Waldfeststellung im Gebiet Hehji erstellen. In ihrem Kurzbericht vom 20. Juni 2006 kam sie zum Schluss, dass die Bestockungen der Parzelle Nr. 1058 und ihrer Nachbarparzellen Nrn. 3910, 907, 1101, 1012, 1011 und 468 ein zusammenhängendes Waldareal von insgesamt 1'954 m2 bilden. Auf der Parzelle Nr. 1058 stockt danach, abgesehen von einem schmalen Streifen entlang der Vispastrasse, Wald.
Am 1. Oktober 2008 erliess der Staatsrat gestützt auf das Gutachten einen Waldfeststellungsentscheid, den er am 28. Januar 2009 wiedererwägungsweise wieder aufhob. Im Wiedererwägungsentscheid nahm er die Parzelle Nr. 468 vom Waldfeststellungsverfahren aus und bestätigte im Übrigen die Waldgrenzen gemäss dem Gutachten der U._ SA.
Das Verwaltungsgericht wies am 29. Mai 2009 die Beschwerden von A._, der Gemeinde Zermatt und der Stockwerkeigentümergemeinschaft im Sinne der Erwägungen ab.
B. 1C_307/2009
Mit Beschwerde in öffentlichrechtlichen Angelegenheiten beantragt A._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass ihre Parzelle Nr. 1058 nicht Bestandteil des Waldkatasters sei. Subsidiär sei die Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht beantragt unter Verweis auf seinen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Die Einwohnergemeinde Zermatt verweist auf ihre Beschwerde in gleicher Angelegenheit und schliesst sich derjenigen von A._ "in jedem Punkt" an. Die Stockwerkeigentümergemeinschaft beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Der Staatsrat beantragt unter Verweis auf die vorinstanzlichen Entscheide, die Beschwerde abzuweisen.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) legt dar, dass die Bestockung aus seiner Sicht Wald darstelle und der Entscheid des Verwaltungsgerichts somit kein Bundesrecht verletze.
Die Einwohnergemeinde Zermatt hält in ihrer Replik an ihrem Standpunkt fest und verzichtet auf weitere Ausführungen. Der Staatsrat verzichtet auf weitere Stellungnahme. A._ repliziert auf die Eingabe des BAFU und hält an der Beschwerde fest.
C. 1C_309/2009
Die Einwohnergemeinde Zermatt beantragt in ihrer Beschwerde ans Bundesgericht:
"a.) Das Kantonsgerichtsurteil vom 29. Mai 2009 hinsichtlich des Staatsratsentscheids vom 28. Januar 2009 betreffend Waldfeststellungsentscheid auf Parzelle Nr. 1058 ist abzuweisen, da gemäss homologiertem Zonennutzungsplan die Parzelle Nr. 1058 bereits in die Bauzone (Kernzone K-B Vorbehalt Wald) aufgenommen wurde, die Bauzone bereits mit Staatsratsentscheid vom 12. Mai 2004 bestätigt wurde und weil eine Überbauung der Parzelle Nr. 1058 eine weitaus grössere Sicherheit für die Umgebung (Strasse etc.) darstellt als umsturzbedrohte Bäume und lockere Felsblöcke.
b.) Die Parzelle Nr. 1058 ist entgegen dem Staatsratsentscheid vom 28. Januar 2009 und dem Kantonsgerichtsentscheid vom 29. Mai 2009 wieder in die Bauzone zu entlassen."
Die Stockwerkeigentümergemeinschaft beantragt in ihrer Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen. Denselben Antrag stellt der Staatsrat. A._ geht mit den Ausführungen der Gemeinde Zermatt einig und verzichtet auf weitere Stellungnahme.
Das BAFU führt aus, die fragliche Bestockung stelle Wald im Rechtssinn dar.
Die Einwohnergemeinde Zermatt hält in der Replik an der Beschwerde fest und verzichtet ebenso wie der Staatsrat auf weitere Stellungnahme. A._ repliziert auf die Stellungnahme des BAFU und beharrt auf ihrem Standpunkt fest.
Erwägungen:
1. Beide Beschwerden richten sich gegen den gleichen Entscheid und stehen in engem sachlichem Zusammenhang, weshalb sie zu vereinigen sind.
2. 2.1 Das angefochtene Urteil des Kantonsgerichts ist kantonal letztinstanzlich (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Es hat mit ihm einen Waldfeststellungsentscheid des Staatsrats geschützt (Art. 10 Abs. 2 und Art. 13 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über den Wald, Waldgesetz, WaG, SR 921.0). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren ab, ist mithin ein Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit, die nicht von einem Ausschlussgrund von der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erfasst ist (Art. 82 lit. a, Art. 83 BGG). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht somit zur Verfügung.
2.2 Die Beschwerdeführerin im Verfahren 1C_307/2009 (im Folgenden: Beschwerdeführerin; im Gegensatz dazu wird die im Verfahren 1C_309/2009 beschwerdeführende Einwohnergemeinde Zermatt als solche bezeichnet) hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist als Eigentümerin eines der von der Waldfeststellung betroffenen Grundstücke vom angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat als im kantonalen Verfahren unterlegene Partei ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung, weshalb sie nach Art. 89 Abs. 1 BGG ohne Weiteres beschwerdebefugt ist.
2.3 Eine Gemeinde ist nach Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG zur Beschwerde befugt, wenn sie die Verletzung von Garantien rügt, die ihr die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt. Die Einwohnergemeinde Zermatt sieht durch den angefochtenen Entscheid ihre Befugnis zur Festsetzung der Nutzungsplanung verletzt. Sie habe in Absprache mit der Grundeigentümerin die Parzelle Nr. 1058 der Bauzone zugewiesen und dagegen zwei andere ihrer Grundstücke definitiv als Wald und Wiesland ausgeschieden; diese habe zudem zugesagt, der Gemeinde die Errichtung eines Buswendeplatzes und eines Lifts als öffentliche Erschliessung zum Riedweg hin über die Parzelle Nr. 1058 zu ermöglichen. Die Einwohnergemeinde Zermatt macht damit in ihrer Eigenschaft als Planungsträgerin geltend, die Waldfeststellung auf der von ihr der Bauzone zugewiesenen Parzelle Nr. 1058 laufe ihrer vom Staatsrat homologierten Nutzungsplanung zuwider, es sei planerisch nicht vertretbar, hier Wald auszuscheiden. Dazu ist sie befugt, auch wenn der Waldbegriff abschliessend vom eidgenössischen und kantonalen Recht geregelt ist und der Gemeinde bei der Waldfeststellung keine Autonomie zukommt (Entscheide des Bundesgerichts 1A.208/2001 vom 16. Juli 2002 E.1.1, in: Zbl 104/2003 S. 491 und 1A.141/2001 vom 20. März 2002 E. 2.3, in: Zbl 104/2003 S. 377 zur altrechtlichen Verwaltungsgerichtsbeschwerde).
2.4 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Anwendung der nach Art. 2 Abs. 4 WaG im kantonalen Recht festgelegten Kriterien kann im Beschwerdeverfahren aufgrund ihres Sachzusammenhangs mit dem anwendbaren Bundesrecht mitüberprüft werden (BGE 132 II 188 E. 1.1 S. 191; 131 II 470 E. 1.1 S. 474 mit Hinweisen). Tatsächliche Feststellungen überprüft das Bundesgericht nur auf Willkür (Art. 97 BGG; 133 II 249 E. 1.2.2).
2.5 Da in den vorliegenden Verfahren eine Waldfeststellung umstritten ist und das Bundesgericht nach Art.107 Abs. 2 BGG bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden kann, ist der Antrag auf Feststellung, dass die Bestockung auf der Parzelle Nr. 1058 nicht Wald im Rechtssinn sei, zulässig.
2.6 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (BGE 134 II 244 E. 2.1; 133 II 249 E. 1.4.1). Die Einwohnergemeinde Zermatt gibt in ihrer Beschwerde über weite Strecken ihre Sicht der Dinge wieder und und legt dar, weshalb auf der Parzelle Nr. 1058 kein Wald festgestellt werden sollte, ohne sich konkret mit den Erwägungen des Kantonsgerichts im angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen. Soweit im Folgenden auf ihre Ausführungen in der Beschwerdeschrift nicht eingegangen wird, genügen sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht.
3. Die Beschwerdeführerin wirft dem Kantonsgericht vor, ihr rechtliches Gehör verletzt zu haben, indem sie den von ihr wie auch der Einwohnergemeinde Zermatt gestellten Antrag auf Durchführung eines Augenscheins abgelehnt habe.
Nach den aus Art. 29 BV fliessenden Verfahrensgarantien sind alle Beweise abzunehmen, die sich auf Tatsachen beziehen, die für die Entscheidung erheblich sind (BGE 117 Ia 262 E. 4b; 106 Ia 161 E. 2b; 101 Ia 169 E. 1, zu Art. 4 aBV; je mit Hinweisen). Das hindert aber den Richter nicht, einen Beweisantrag abzulehnen, wenn er in willkürfreier Überzeugung der bereits abgenommenen Beweise zur Überzeugung gelangt, der rechtlich erhebliche Sachverhalt sei genügend abgeklärt, und er überdies in willkürfreier antizipierter Würdigung der zusätzlich beantragten Beweise annehmen kann, seine Überzeugung werde auch durch diese nicht mehr geändert (BGE 124 I 208 E. 4a; 122 V 157 E. 1d; 119 Ib 492 E. 5b/bb, zu Art. 4 aBV).
Das Kantonsgericht hat im angefochtenen Entscheid die Durchführung eines Augenscheins abgelehnt mit der Begründung, der massgebliche Sachverhalt gehe aus den Akten mit ausreichender Klarheit hervor, namentlich den Fotodokumentationen der beiden bereits durchgeführten Ortsschauen, dem Gutachten der U._ SA und der gutachterlichen Stellungnahme des Ingenieurs für Walderhaltung. Ein (erneuter) Augenschein sei daher nicht geeignet, das Beweisergebnis zu beeinflussen, zumal für die Waldfeststellung die tatsächlichen Verhältnisse des Jahres 1994 massgebend seien. Die Beschwerdeführerin legt unter Verletzung ihrer Begründungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 135 III 232 E. 1.2; 134 II 244 E. 2.2) mit keinem Wort dar, inwiefern diese antizipierte Beweiswürdigung willkürlich sein sollte, und das ist auch nicht ersichtlich. Auf die Gehörsverweigerungsrüge ist nicht einzutreten.
4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, in Bezug auf die Parzelle Nr. 1058 sei die Abgrenzung zwischen Wald und Nichtwald im Rahmen der Nutzungsplanung rechtskräftig vorgenommen und die fragliche Bestockung aus dem Waldkataster entfernt worden. Es liege damit eine res judicata vor, weshalb das Kantonsgericht die Bestockung gar nicht mehr neu hätte beurteilen dürfen.
4.1 Nach Art. 10 Abs. 2 WAG ist bei der Revision von Nutzungsplänen eine Waldfeststellung in jenem Bereich anzuordnen, wo Bauzonen an den Wald grenzen oder in Zukunft grenzen sollen. Rechtskräftige Waldfeststellungen nach dieser Bestimmung sind in den Bauzonen einzutragen. Innerhalb der Bauzonen neu entstehende Bestockungen gelten nicht als Wald (Art. 13 Abs. 1 und 2 WAG). Zu prüfen ist somit, ob im Zonennutzungsplan der Einwohnergemeinde Zermatt, welcher von der Urversammlung am 7./8. Juni 1997 angenommen und vom Staatsrat am 18. August 1999 genehmigt wurde, die Parzelle Nr. 1058 gestützt auf eine negative Waldfeststellung im Sinne von Art. 10 Abs. 2 WAG als waldfrei eingetragen wurde und damit allfällige Bestockungen auf der Parzelle definitiv vom Waldareal ausgeschlossen sind.
4.2 Im Zonennutzungsplan 1:2'000 Dorf ist die Parzelle Nr. 1058, auf welcher eine Bestockung graphisch dargestellt ist, der "Kernzone K-B (Vorbehalt Wald)" zugeteilt. Schon dieser ausdrückliche Vorbehalt zeigt, dass der Zonenplan in Bezug auf die Parzelle Nr. 1058 keine rechtskräftige Waldfeststellung enthält. Das Waldfeststellungsverfahren wurde denn auch mit der Auflage des Waldkatasters am 1. April 1994, in welchem auf der Parzelle Nr. 1058 Wald ausgeschieden war, eröffnet, und vom Staatsrat mit seinem Entscheid vom 12. Mai 2004 abgeschlossen, mit welchem er die Waldfeststellungen homologierte und dabei die Einsprache der Beschwerdeführerin, den Wald auf ihrer Parzelle zu streichen, guthiess und die Einsprache der Stockwerkeigentümergemeinschaft T._, die Bestockung auf der Parzelle Nr. 1058 als Wald festzustellen, abwies. Die Beschwerdeführerin (ebenso die Einwohnergemeinde Zermatt) musste somit wissen, dass zur Zeit des Erlasses des Zonennutzungsplans das Waldfeststellungsverfahren in Bezug auf ihre Parzelle noch nicht abgeschlossen war und dieser dementsprechend keine rechtskräftige Waldfeststellung enthalten kann. Der Einwand der res judicata ist offensichtlich unbegründet.
5. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe gestützt auf Treu und Glauben Anspruch darauf, dass die Bestockung auf der Parzelle Nr. 1058 entsprechend den Zusicherungen des zuständigen Forstamtes nicht als Wald gelte. Sie habe im Vertrauen darauf Dispositionen getroffen, indem sie auf die Einzonung von zwei anderen Parzellen im Umfang von 3'000 m2 verzichtet und mehrere Baugesuche eingereicht habe.
Das Kantonsgericht hat dazu erwogen, Zusicherungen seitens der Gemeinde und des Forstinspektors, die beide nicht zuständig seien, erstinstanzlich Wald festzustellen, könnten keine Vertrauensgrundlage schaffen, die Bestockung der Parzelle Nr. 1058 vom Waldareal auszunehmen (angefochtener Entscheid E. 7.3 und 7.4 S. 26 f.).
Unrichtige Zusicherungen, Auskünfte, Mitteilungen oder Empfehlungen von Behörden können nach dem Grundsatz von Treu und Glauben Rechtswirkungen entfalten, (1) wenn die Behörde in einer konkreten Situation mit Bezug auf bestimmte Personen gehandelt hat, (2) wenn die Behörde für die Erteilung der betreffenden Auskunft zuständig war oder wenn sie der Bürger aus zureichenden Gründen als zuständig betrachten konnte, (3) wenn der Bürger die Unrichtigkeit der Auskunft nicht ohne Weiteres erkennen konnte, (4) wenn er im Vertrauen auf die Richtigkeit der Auskunft Dispositionen getroffen hat, die nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden können, und (5) wenn die gesetzliche Ordnung seit der Auskunftserteilung keine Änderung erfahren hat (BGE 127 I 31 E. 3a S. 36; 121 II 473 E. 2c S. 479; 119 Ib 397 E. 6e S. 409).
Die Beschwerdeführerin kann aus Treu und Glauben keinen Anspruch ableiten, die Bestockung der Parzelle Nr. 1058 aus dem Waldareal zu entlassen. Weder die Einwohnergemeinde Zermatt noch der kantonale Forstinspektor sind für Waldfeststellungen zuständig, und der Beschwerdeführerin musste dies auch bewusst sein, da sie am ihre Parzelle betreffenden Waldfeststellungsverfahren als Einsprecherin selber beteiligt war. Es ist daher unerheblich, ob sie mit der Einwohnergemeinde Zermatt im Nutzungsplanverfahren eine Vereinbarung getroffen hat, bei einer Einzonung der Parzelle Nr. 1058 in die Bauzone auf die Einzonung zweier anderer Parzellen zu verzichten. Ein solcher "Handel", den auch die Einwohnergemeinde Zermatt bestätigt, die sich offenbar zudem die Mitbenutzung der Parzelle Nr. 1058 für die Erfüllung öffentlicher Erschliessungsaufgaben (Buswendeplatz, öffentlicher Lift zum Riedweg) ausbedungen hat, ist in einem Zonenplanverfahren nicht grundsätzlich ausgeschlossen, sofern das Ergebnis den Planungsgrundsätzen von Art. 3 RPG entspricht. In einem Waldfeststellungsverfahren ist hingegen die Berücksichtigung waldfremder Interessen gesetzlich ausgeschlossen, es gibt von vornherein keinen Spielraum, das Interesse an der Walderhaltung gegen private und andere öffentliche Interessen abzuwägen (BGE 124 II 85 E. 3e; 122 II 274 E. 2b; Entscheid 1A.100/2002 vom 10. Oktober 2002 E. 5, in: ZBGR 85/2004 S. 287 und ZBl 106/2005 S. 251). Auch für die Einwohnergemeinde Zermatt war zudem ersichtlich, dass der neue Zonenplan keine verbindlichen Waldfeststellungen enthalten konnte, weil der Staatsrat das Waldfeststellungsverfahren erst später abschloss. Dass dessen erster Genehmigungsentscheid vom 12. Mai 2004 mit dem von der Einwohnergemeinde Zermatt gewünschten Ergebnis nicht in Rechtskraft erwuchs, sondern nach der Rückweisung der Angelegenheit durch das Bundesgericht geändert wurde bzw. geändert werden musste, gehört zum normalen Ablauf eines Rechtsmittelverfahrens. Die Vorwürfe der Gemeinde an den Staatsrat und das Kantonsgericht, sie hätten ohne zureichenden Grund eine "Kehrtwende" vollzogen, ist unbegründet. Es ist zudem keineswegs erstellt, dass der Staatsrat, geschweige denn das Kantonsgericht, an der erwähnten Vereinbarung beteiligt waren und sie gutgeheissen hatten.
6. Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Bestockung komme entgegen der dem Waldfeststellungsentscheid vom 28. Januar 2009 zu Grunde liegenden Expertise weder Schutz- noch Wohlfahrtsfunktionen zu. Sie sei auf lange Sicht nicht überlebensfähig und habe, wie der Forstinspektor bereits in seiner Stellungnahme vom 7. November 2002 festgestellt habe, für die Holzproduktion keine Bedeutung und erfülle weder Schutz- noch Wohlfahrtsfunktionen.
6.1 Art. 2 WaG umschreibt den Begriff des Waldes. Gemäss Abs. 1 gilt als Wald jede Fläche, die mit Waldbäumen oder Waldsträuchern bestockt ist und Waldfunktionen erfüllen kann. Entstehung, Nutzungsart und Bezeichnung im Grundbuch sind nicht massgebend. Gemäss Art. 2 Abs. 4 Satz 1 WaG können die Kantone innerhalb des vom Bundesrat festgelegten Rahmens bestimmen, ab welcher Breite, welcher Fläche und welchem Alter eine einwachsende Fläche sowie ab welcher Breite und welcher Fläche eine andere Bestockung als Wald gilt. Diesen Rahmen legte der Bundesrat in Art. 1 Abs. 1 der Verordnung vom 30. November 1992 über den Wald (WaV, SR 921.01) fest. Nach Art. 1 Abs. 1 der Verordnung über den Waldbegriff vom 28. April 1999 des Kantons Wallis gelten als Wald die mit Waldbäumen oder Waldsträuchern bestockten Flächen, wenn folgende Minimalwerte erfüllt sind: 800 m2 Fläche inkl. 2 m Waldrand, 12 m Breite inkl. 2 m Waldrand und bei neuen Bestockungen ein Alter von 20 Jahren.
6.2 Nach der Auffassung des Kantonsgerichts im angefochtenen Entscheid (E. 6.2 S. 19f.) stockt auf den Parzellen Nrn. 1058, 1012, 907 und 1101 eine zusammenhängende Waldfläche von rund 2'000 m2, die im massgeblichen Zeitpunkt (1994) mit über 50-jährigen Waldbäumen bestockt war; nach der Beschreibung der Experten, auf die es sich abstützt, handelt es sich um einen "für das Gebiet typischen, geschlossenen Hochwald aus Lärchen" (angefochtener Entscheid E. 6.4 S. 22). Das Kantonsgericht geht zu Recht davon aus, dass eine Bestockung, welche die quantitativen Waldkriterien erfüllt, in aller Regel geeignet ist, Waldfunktionen auszufüllen und daher, aussergewöhnliche Verhältnisse vorbehalten, Wald im Rechtssinne darstellt (BGE 122 II 72 E. 3b; Entscheid 1A.141/2001 vom 20. März 2002, in: ZBl 104/2003 S. 377 E. 4.1). Es ist zum Schluss gekommen, dass die Bestockung Waldfunktionen erfüllt, z.B. einen gewissen Schutz vor Steinschlag biete und auch, jedenfalls in Teilen, für die Holzproduktion genutzt werde. Auch wenn einzelne Bäume selber ein gewisses Sicherheitsrisiko bilden würden - offenbar stürzte ein Baum auf den Uferweg und gefährdete Passanten - so sei nicht ersichtlich, dass die von der Bestockung ausgehende Gefahr das normale Mass an Naturgefahren, das jedem Wald inhärent sei, weit überwiege.
Die Beschwerdeführerin bringt im Wesentlichen nur ihre Sicht der Dinge vor und legt nicht dar, inwiefern diese Ausführungen des Kantonsgerichts - nur dessen Entscheid ist Anfechtungsobjekt, nicht derjenige des Staatsrats - bundesrechtswidrig sein sollten, und das ist auch nicht ersichtlich. Darauf ist nicht einzutreten.
7. 7.1 Nach dem Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts hatten die kantonalen Behörden nebst der Parzelle Nr. 1058 die Nrn. 1101, 1012 und 907 in das Waldfeststellungsverfahren miteinzubeziehen. Damit war der Gegenstand der Rückweisung verbindlich festgelegt, die Parzelle Nr. 468 gehörte damit nicht zum Gegenstand der Neubeurteilung. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern das Kantonsgericht Bundesrecht verletzt haben könnte, indem es diese Parzelle nicht miteinbezog. Auch wenn sich mit dem (wiedererwägungsweise erfolgten) Wegfall des bestockten Teils der Parzelle Nr. 468 aus dem Waldfeststellungsverfahren die von der U._ SA auf 1'954 m2 berechnete Waldfläche verringerte, so überschreitet die verbleibende Fläche die nach kantonalem Recht für geltende Mindestgrösse von 800 m2 (oben E. 6.1) jedenfalls bei Weitem; auch unter dem Gesichtspunkt der quantitativen Waldkriterien ist die Entlassung der Parzelle Nr. 468 aus dem Waldfeststellungsverfahren daher ohne erhebliche Bedeutung für die Beurteilung der restlichen Bestockung.
7.2 Unerheblich ist, ob im Portalbereich Waldflächen unrechtmässig gerodet wurden oder nicht, da diese gerade nicht mehr in das Waldkataster aufgenommen wurden (angefochtener Entscheid E. 8 S. 28 ff.) und auch nicht ersichtlich ist, inwiefern die Beschwerdeführerin dadurch beschwert wäre.
8. Beide Beschwerden sind somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Im Verfahren 1C_307/2009 wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig, und sie hat den Beschwerdegegnern eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 BGG). Im Verfahren 1C_309/2009 sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Hingegen hat die Einwohnergemeinde Zermatt die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1C_307/2009 und 1C_309/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden 1C_307/2009 und 1C_309/2009 werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. A._ werden Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- auferlegt.
4. A._ und die Einwohnergemeinde Zermatt haben die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 2'500.--, insgesamt Fr. 5'000.--, zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Staatsrat des Kantons Wallis, dem Kantonsgericht Wallis, Öffentlichrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi