Sachverhalt:
A. Am 1. März 1997 verursachte ein bei der X._ Versicherungen AG (Beschwerdegegnerin) versicherter Lenker einen Unfall, bei welchem A._ (Beschwerdeführerin) als Beifahrerin Verletzungen erlitt. Ein im Auftrag der SUVA erstelltes Abschlussgutachten vom 15. Juni 2000 über den Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin gelangte zum Endergebnis einer Erwerbsunfähigkeit von 70 % und einer noch vorhandenen Restarbeitsfähigkeit von 30 %, wobei medizinisch ein Endzustand erreicht sei. Am 9. Mai 2007 erhob die Beschwerdeführerin Klage beim Handelsgericht Zürich und verlangte schliesslich im Sinne einer Teilklage Fr. 1'000'000.-- nebst Zins. Die Beschwerdegegnerin verkündete der Y._ und den Z._ (Streitberufene) den Streit. Das Verfahren wurde auf die Frage der Verjährung beschränkt. Mit Urteil vom 19. März 2008 wies das Handelsgericht die Klage infolge Verjährung ab.
B. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei festzustellen, dass die Klage nicht verjährt sei, und die Sache zur Feststellung der Haftung und des Schadens an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Handelsgericht auf Vernehmlassung verzichtet. Die Streitberufenen haben sich nicht vernehmen lassen.
Erwägungen:
1. Nach Art. 99 Abs. 2 BGG sind neue Begehren im Beschwerdeverfahren unzulässig. Unter diesem Gesichtspunkt ist das von der Beschwerdeführerin erstmals vor Bundesgericht erhobene Feststellungsbegehren problematisch. Es ist indessen davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin darin lediglich die Vorgaben umschreibt, nach welchen die Vorinstanz nach der ebenfalls beantragten Rückweisung vorzugehen hätte. Da diese bei Gutheissung der Beschwerde ohnehin notwendig würde, um die weiteren Voraussetzungen der Haftbarkeit abzuklären, genügt der Rückweisungsantrag den vom Bundesgericht gestellten Anforderungen (BGE 133 III 489 E. 3.1 mit Hinweisen).
2. Nach Art. 75 BGG ist die Beschwerde in Zivilsachen nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig. Daraus folgt, dass das Bundesgericht auf Rügen, die vor einer weiteren kantonalen Instanz hätten vorgebracht werden können, mangels materieller Ausschöpfung des Instanzenzuges nicht eintritt (Urteil des Bundesgerichts 4A_112/2007 vom 3. August 2007, E. 2.1 mit Hinweis). Daher kann der Beschwerdeführer mit der Beschwerde in Zivilsachen gegen ein Urteil des Handelsgerichts nur Rügen vorbringen, die von der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde ausgeschlossen sind (Peter Reetz, Das neue Bundesgerichtsgesetz unter besonderer Berücksichtigung der Beschwerde in Zivilsachen, Auswirkungen auf die Anfechtung von Entscheiden des Zürcher Obergerichts und Handelsgerichts, SJZ 103 [2007] S. 29 ff., S. 37). Die Beschwerdeführerin hat keine Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht erhoben, obwohl diese gemäss Rechtsmittelbelehrung zulässig gewesen wäre. Mit dieser hätte sie die willkürliche und damit offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts rügen können (Art. 97 und Art. 105 BGG). In tatsächlicher Hinsicht hat das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid mithin nicht zu überprüfen.
3. Die Beschwerdeführerin erhält sowohl von der AHV/IV, als auch der SUVA und der Pensionskasse Renten aufgrund einer Beeinträchtigung von 70 %. Das Verfahren gegen die Pensionskasse fand erst am 2. November 2004 vor dem eidgenössischen Versicherungsgericht seinen Abschluss. Die Beschwerdegegnerin leistete der Beschwerdeführerin in den Jahren 1997 - 1999 Zahlungen für Behandlungskosten, den Haushaltschaden während bestimmter Zeiträume und Fr. 10'000.-- Akonto Gesamtschaden. Mit Schreiben vom 17. Dezember 2001 verlangte der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin vorsorglich einen schriftlichen Verzicht auf die Einrede der Verjährung bis zum 31. Dezember 2003, da er der Beschwerdegegnerin noch keine abschliessende Schadenersatzforderung zustellen könne. Im Übrigen ersuchte er die Beschwerdegegnerin mit Blick auf die im Gutachten festgehaltene Erwerbsunfähigkeit von 70 % um einen Betrag von Fr. 100'000.-- Akonto Gesamtschaden. Mit Schreiben vom 27. Dezember 2001 antwortete die Beschwerdegegnerin, sie werde veranlassen, dass Fr. 100'000.-- als Akonto-Zahlung überwiesen würden. Im Weiteren sei die Beschwerdegegnerin bereit, auf die Einrede der Verjährung bis zum 31. Dezember 2003 zu verzichten. Alle übrigen Rechte und Einwendungen müsse sie sich aber vorbehalten. Am 11. Januar 2002 erfolgte die Überweisung der Fr. 100'000.--. Die Beschwerdegegnerin verlängerte ihren Verjährungsverzicht am 5. Dezember 2003 bis zum 31. Dezember 2005 und verzichtete am 6. Februar 2006 bis zum 1. März 2007 erneut auf die Erhebung der Einrede der Verjährung, soweit diese noch nicht eingetreten war. Am 6. September 2006 überwies sie im Sinne einer Schlusszahlung nochmals Fr. 100'000.--. Zwischen den Parteien ist umstritten, ob die Verjährung im Zeitraum, der durch keine Verzichtserklärung gedeckt ist, eingetreten ist.
4. Nach Art. 83 Abs. 1 SVG verjähren Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche aus Motorfahrzeugunfällen in zwei Jahren vom Tag hinweg, an dem der Geschädigte Kenntnis vom Schaden und von der Person des Ersatzpflichtigen erlangt hat, jedenfalls aber mit dem Ablauf von zehn Jahren vom Tag des Unfalles an. Die Vorinstanz ging davon aus, die Beschwerdegegnerin habe im Juni 2000 Kenntnis über das Ausmass ihres aus dem Unfall herrührenden Schadens gehabt, weshalb die Verjährungsfrist in diesem Moment zu laufen begonnen habe. Die Beschwerdeführerin ist demgegenüber der Auffassung, für den Beginn der Verjährung sei nicht auf den Zeitpunkt der medizinisch theoretischen Expertise, sondern auf den Rentenentscheid des Sozialversicherers abzustellen, also auf die Zustellung des Urteils des eidgenössischen Versicherungsgerichts am 15. November 2004. Sie beruft sich dafür auf zwei Entscheide des Bundesgerichts. Im ersten hält das Bundesgericht fest, für die Annahme einer fristauslösenden Schadenskenntnis des Geschädigten reiche es aus, wenn nach Auffassung eines Experten der medizinische Sachverhalt stabilisiert und der Grad der verbleibenden Arbeitsunfähigkeit mindestens annäherungsweise bestimmt sei und der Geschädigte aufgrund der medizinischen Berichte wisse, welchen weiteren Verlauf sein Zustand nehmen könne (Urteil des Bundesgerichts 4C.151/1999 vom 1. September 1999 E. 2 mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen sind gemäss Abschlussgutachten vom 15. Juni 2000 erfüllt, so dass der angefochtene Entscheid insoweit nicht zu beanstanden ist. Im anderen von der Beschwerdeführerin zitierten Bundesgerichtsentscheid wird ausdrücklich festgehalten, Kenntnis über die Höhe der vom Sozialversicherer zu erbringenden Leistungen, die einen Teil des Schadens decken, sei nicht notwendig. Abzustellen sei auf die Kenntnis des Gesamtschadens inklusive der von den Sozialversicherern gedeckten Teile (Urteil des Bundesgerichts 2C.1/1999 vom 12. September 2000 E. 3c). Vor diesem Hintergrund sind die Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht nachvollziehbar. Die Vorinstanz ging mit Recht davon aus, dass die zweijährige Verjährungsfrist nach Art. 83 Abs. 1 SVG unter Vorbehalt einer verjährungsunterbrechenden Handlung im Juni 2002 abgelaufen ist.
5. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf die für fahrlässige Körperverletzungen im Zeitpunkt des Unfalls vorgesehene strafrechtliche Verjährung von fünf Jahren, welche nach Art. 83 Abs. 1 SVG zu beachten ist, da sie die nach SVG vorgesehene Verjährungsfrist übersteigt (vgl. BGE 112 II 79 E. 4a S. 83 ff.). Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, diese Verjährungsfrist sei mit der Zahlung vom 11. Januar 2002 unterbrochen worden und ihre Forderung daher nicht verjährt.
5.1 Die Vorinstanz ging davon aus, unterbrechende Wirkung könne der Überweisung vom 11. Januar 2002 nur zukommen, wenn sie als Schuldanerkennung, respektive Abschlagszahlung im Sinne von Art. 135 Ziff. 1 OR qualifiziert werden könne. Als Abschlagszahlung gelte jede Teilzahlung, bei welcher der Schuldner zu erkennen gebe, dass eine Restschuld übrigbleiben soll. Sofern eine Abschlagszahlung unter Vorbehalt erfolge, liege darin keine Anerkennung der Schuld. Von der Abschlagszahlung zu unterscheiden sei die Akontozahlung. Dieser Begriff meine nicht eine Teil- oder eben Abschlagszahlung, sondern wolle zum Ausdruck bringen, dass bei definitiv feststehenden Ansprüchen (sei dies durch Übereinkunft oder Gerichtsurteil) die Zahlung in Anrechnung zu bringen ist. Ob allerdings Ansprüche bestehen und in welcher Höhe, darüber sage der Begriff nichts aus. Er habe auch die Bedeutung, dass für den Fall, dass der Anspruch nicht oder nur tiefer bestehe, ein vertraglicher Rückforderungsanspruch geltend gemacht werden könne. Wenn bereits eine unter Vorbehalt erbrachte Abschlagszahlung die Verjährung nicht unterbreche, so komme einer Akontozahlung umso weniger verjährungsunterbrechende Wirkung zu.
5.2 Die Vorinstanz betrachtete die Überweisung im Gesamtzusammenhang der Schreiben, die dieser vorangegangen waren, und kam zum Schluss, die Parteien hätten sowohl tatsächlich als auch im Rahmen der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip eine Akontozahlung und nicht eine Abschlagszahlung vereinbart. Sie hält mit Blick auf die Verjährungsverzichtserklärung fest, der Beschwerdeführerin sei bewusst gewesen, dass mit der Überweisung keine verjährungsunterbrechende Schuldanerkennung einhergehe. Aber auch zu diesem Schluss gelangt die Vorinstanz unter der Prämisse, eine Akontozahlung sei zur Unterbrechung der Verjährung nicht geeignet. Die Beschwerdeführerin stellt dies in Abrede. Dabei handelt es sich um eine Rechtsfrage, welche das Bundesgericht im Gegensatz zu den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz überprüfen kann.
5.2.1 Gemäss Art. 135 Ziff. 1 OR wird die Verjährung durch Anerkennung der Forderung von Seiten des Schuldners unterbrochen. Eine Anerkennungshandlung nach Art. 135 Ziff. 1 OR setzt keinen auf Unterbrechung der Verjährung gerichteten Willen voraus. Als Anerkennung mit Unterbrechungswirkung gilt jedes Verhalten des Schuldners, das vom Gläubiger nach Treu und Glauben im Verkehr als Bestätigung seiner rechtlichen Verpflichtung aufgefasst werden darf (BGE 119 II 368 E. 7b S. 378 f.; 110 II 176 E. 3 S. 180 f.). Die Anerkennungserklärung muss sich an den Gläubiger richten (BGE 90 II 428 E. 11 S. 442). Für die Unterbrechung der Verjährung genügt es, dass der Schuldner erklärt, unter gewissen Voraussetzungen zur Leistung weiterer Zahlungen bereit zu sein und somit das Bestehen einer Restschuld nicht ausschliesst. Dass er über deren Höhe im Ungewissen ist, schadet nicht, denn die Anerkennung der grundsätzlichen Schuldpflicht genügt. Sie braucht sich nicht auf einen bestimmten Betrag zu beziehen (BGE 110 II 176 E. 3 S. 181 mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 E. 4).
5.2.2 Dass der tatsächlich geschuldete Betrag noch nicht feststeht oder strittig ist, steht einer Anerkennung nicht entgegen. Auch eine grundsätzliche Anerkennung der Schuld unter gleichzeitiger Bestreitung eines bestimmten Betrages wirkt als verjährungsunterbrechende Schuldanerkennung (Grämiger, Der Einfluss des schuldnerischen Verhaltens auf Verjährungsablauf und Verjährungseinrede, 1934, S. 25; Krauskopf, Der Begriff, die Erscheinungsformen und die Bedeutung der Schuldanerkennung im Obligationenrecht, recht 23/2005 S. 169 ff., 181 f.). Die Wirkung der Unterbrechungshandlung tritt (im Gegensatz zum Verjährungsverzicht) unabhängig vom Willen des Gläubigers und des Schuldners ein (Bucher, Verjährung: gute Schritte in guter Richtung, recht 24/2006 S. 186 ff., 195; vgl. auch Grämiger, a.a.O., S. 30).
5.2.3 Mit "Akontozahlung" wird gemeinhin eine vorläufige Zahlung bezeichnet, wobei der Umfang der definitiv geschuldeten Leistung noch zu ermitteln ist. Akontozahlungen werden insbesondere vereinbart, wenn Einigkeit über den Grundsatz der Zahlungspflicht und Ungewissheit über die Höhe des tatsächlich geschuldeten Betrags besteht, wobei eine allfällige Differenz nachzuzahlen beziehungsweise zurückzuerstatten ist (vgl. BGE 126 III 119 E. 2b S. 120). Mit einer Akontozahlung bringt der Schuldner daher in der Regel zum Ausdruck, dass er seine Verpflichtung grundsätzlich anerkennt, unter gewissen Voraussetzungen zur Leistung weiterer Zahlungen bereit ist und somit das Bestehen einer Restschuld nicht ausschliesst. Dies genügt zur Unterbrechung der Verjährung (BGE 110 II 176 E. 3 S. 181 mit Hinweisen). Dass dem Gläubiger bei hinreichender Akontozahlung eventuell gar keine weiteren Ansprüche mehr zustehen, vermag daran nichts zu ändern, da dies lediglich eine Folge der Ungewissheit über die Höhe der Forderung ist (zit. Urteil 4A_276/2008 E. 4.6). Allfällige Vorbehalte, die nicht den Grundsatz der Zahlungspflicht, sondern die Höhe der Forderung betreffen, stehen einer Unterbrechung der Verjährung nicht entgegen. Auch eine bedingte Anerkennung kann verjährungsunterbrechend wirken (SPIRO, Die Begrenzung privater Rechte durch Verjährungs-, Verwirkungs- und Fatalfristen, 1975, Band I, S. 374). So verhielt es sich vorliegend, zumal die Höhe der Forderung der Beschwerdeführerin nicht feststand, solange über die Höhe der von den Sozialversicherungen übernommenen Leistungen nicht entschieden war.
5.2.4 Davon zu unterscheiden ist der Fall, in welchem der Schuldner anlässlich der Akontozahlung zu erkennen gibt, nach dieser Zahlung bestehe jedenfalls kein Anspruch des Gläubigers mehr, also eine Restforderung nicht für möglich hält, sondern bestreitet (vgl. schon BGE 17 S. 745 E. 4 S. 748; Berti, Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 2002, N. 25 zu Art. 135 OR; Gauch/Schluep/Schmid/Emmenegger, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, 9. Aufl. 2008, Bd. II, S. 228 Rz. 3343). Von vornherein nicht zur Unterbrechung der Verjährung geeignet ist daher der von der Beschwerdegegnerin am 6. September 2006 im Sinne einer Schlusszahlung geleistete Betrag. Diese Bezeichnung erhellt, dass die Beschwerdegegnerin das Bestehen einer Restschuld ausschliesst.
5.2.5 Mit Bezug auf die Zahlung vom 11. Januar 2002 geht aus dem vorhergehenden Schreiben der Versicherung nichts Entsprechendes hervor. Die sowohl vor als auch nach dem 11. Januar 2002 erbrachten Leistungen belegen, dass die Beschwerdegegnerin ihre Zahlungspflicht aus dem Schadensfall grundsätzlich anerkennt und sich die im Schreiben geäusserten Vorbehalte auf die Höhe der Forderung beziehen. Dies steht der Unterbrechung der Verjährung nicht entgegen. Die Beschwerdegegnerin betrachtete bei der Zahlung den Schadenfall noch nicht als abgeschlossen, sondern ging vom Bestehen eines der Bereinigung bedürftigen Forderungsverhältnisses aus (zit. Urteil 4A_276/2008 E. 4.5 mit Hinweis). Dies erkennt auch die Vorinstanz, wenn sie ausführt, die Parteien hätten eine Akontozahlung vereinbart und mit Bezug auf diese auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung verweist, wonach es sich um eine vorläufige Zahlung handle, die einer Abrechnungspflicht unterliege, wobei die Differenz zwischen den geleisteten Akontozahlungen und dem später festgestellten tatsächlichen Anspruch auszugleichen sei. Nach den Feststellungen der Vorinstanz war der Beschwerdeführerin zwar bewusst, dass es sich bei der Zahlung vom 11. Januar 2002 nicht um eine "Abschlagszahlung", d. h. gemäss vorinstanzlicher Definition um eine Teilzahlung handelt, bei welcher der Schuldner zu erkennen gibt, dass eine Restschuld übrig bleiben soll. Die Beschwerdegegnerin hat demnach nicht anerkannt, dass zwingend ein über die Akontozahlung hinausgehender Anspruch besteht. Dies ist entgegen der Auffassung der Vorinstanz aber auch nicht nötig, wenn aus dem Verhalten der Schuldnerin hervorgeht, dass sie das Bestehen einer Restschuld nicht ausschliesst und dass sie gegebenenfalls zu deren Zahlung bereit ist (BGE 110 II 176 E. 3 S. 181 mit Hinweisen). Indem die Vorinstanz dies verkennt, verletzt sie Bundesrecht. Dass die Beschwerdegegnerin gleichzeitig eine Verjährungsverzichtserklärung abgegeben hat, ändert daran nichts, da die Verjährungsunterbrechung vom Schuldner nicht gewollt sein muss und selbst dann eintreten kann, wenn der Schuldner mit der verjährungsunterbrechenden Handlung ausdrücklich damit droht, sich auf die Verjährung zu berufen (GRÄMIGER, a.a.O., S. 36; vgl. auch SPIRO, a.a.O., S. 353, Fn. 3). Da die Aufzählung der Unterbrechungshandlungen in Art. 135 Ziff. 1 OR nicht abschliessend ist, kommt der Frage, ob der Begriff "Abschlagszahlung" grundsätzlich auch Akontozahlungen umfasst, wie die Beschwerdeführerin unter Hinweis auf den französischen und italienischen Gesetzestext darlegt, oder vielmehr das sichere Bestehen einer Restschuld voraussetzt, wie die Vorinstanz annimmt, keine Bedeutung zu.
5.3 Mit dem Einwand, die strafrechtliche Verjährung komme nicht zur Anwendung, weil alle Beteiligten auf die Stellung eines Strafantrages verzichtet hätten und die Strafverfolgung damit nicht mehr offen sei, dringt die Beschwerdegegnerin nicht durch. Da der Strafantrag keine Strafbarkeitsbedingung, sondern eine Prozessvoraussetzung darstellt (vgl. schon BGE 69 IV 69 E. 5 S. 72 ff.; Riedo, in: Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 20 ff. vor Art. 30 StGB), kommen die strafrechtlichen Verjährungsfristen nach konstanter Rechtsprechung auch dann zur Anwendung, wenn binnen der gesetzlichen Frist kein Strafantrag gestellt wurde (so schon BGE 77 II 314 E. 3a S. 317; 112 II 79 E. 4a S. 86 mit Hinweisen). Von dieser Rechtsprechung abzuweichen, besteht kein Anlass. Der Antragsberechtigte soll nicht gezwungen sein, einen an sich nicht gewünschten Strafantrag zu stellen, damit er sich auf die längere Verjährungsfrist berufen kann.
6. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als begründet. Die Sache ist zur materiellen Behandlung der Klage an die Vorinstanz zurückzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das angefochtene Urteil aufgehoben und die Sache zur materiellen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak