Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête dirigée contre B._, C._, D._, E._ et autres pour blanchiment d'argent, faux dans les titres et les certificats et corruption d'agents étrangers, le Ministère public de la Confédération (MPC) a ordonné, le 15 mai 2011, le séquestre d'un compte bancaire détenu par F._ auprès de la banque Y._ à Genève. B._, administrateur de la fiduciaire A._ AG, est soupçonné d'avoir prêté son concours notamment à D._ pour fournir de fausses identités à des bénéficiaires de comptes, et d'avoir dissimulé en Suisse des fonds provenant d'escroqueries commises aux Etats-Unis.
B. Par arrêt du 25 octobre 2011, la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) a rejeté le recours formé par F._ contre la décision de séquestre, et l'a déclaré irrecevable en tant qu'il concernait l'ordre de produire la documentation bancaire. B._ aurait ouvert de nombreux comptes sans en indiquer le véritable ayant droit économique, en faisant usage de faux passeports. Il n'avait pas donné d'indications satisfaisantes au sujet de l'ayant droit du compte bloqué. Ce dernier faisait partie des comptes gérés par B._ qui auraient pu servir au blanchiment du produit des escroqueries commises par D._, en particulier par le biais d'une vente d'or. Les affirmations de l'ayant droit du compte, prétendant avoir participé licitement à cette vente, n'étaient pas suffisamment étayées.
C. Par acte du 24 novembre 2011, F._ forme un recours en matière pénale par lequel elle demande préalablement de compléter l'état de fait, et principalement d'annuler l'arrêt de la Cour des plaintes et de lever le séquestre de son compte.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Le MPC conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. La recourante a répliqué.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contrainte. Les décisions relatives au séquestre d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (ATF 136 IV 92 consid. 2.2 p. 94).
1.1 La décision ordonnant un séquestre pénal constitue une décision incidente (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Selon la jurisprudence (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les références), le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, car le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131).
1.2 La société recourante, titulaire du compte séquestré, a qualité pour agir au sens de l'art. 81 al. 1 LTF.
1.3 Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation et l'application des conditions posées par le droit fédéral pour les atteintes aux droits fondamentaux (art. 95 let. a LTF; cf. ATF 128 II 259 consid. 3.3 p. 269). La décision relative aux mesures de contrainte ne constitue pas une décision sur mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF. La limitation des griefs prévue par cette disposition, de même que le principe d'allégation au sens de l'art. 106 al. 2 LTF (qui va au-delà de l'obligation de motiver posée à l'art. 42 al. 2 LTF), ne s'appliquent donc pas. Cela vaut également pour le séquestre d'objets ou de valeurs patrimoniales (ATF 129 I 103 consid. 2 p. 105 ss). Dès lors que le sort des biens saisis n'est décidé définitivement qu'à l'issue de la procédure pénale, et dans la mesure où les conditions de l'art. 93 al. 1 LTF sont réunies pour statuer à propos d'une décision incidente, le Tribunal fédéral examine librement l'admissibilité de la mesure malgré son caractère provisoire compte tenu de la gravité de l'atteinte et afin d'assurer le respect des garanties de la CEDH (art. 36 et 190 Cst.; cf. ATF 131 I 333 consid. 4 p. 339; 425 consid. 6.1 p. 434 et les références). S'agissant en revanche de l'application de notions juridiques indéterminées, le Tribunal fédéral respecte la marge d'appréciation qui appartient aux autorités compétentes (cf. ATF 136 IV 97 consid. 4 p. 100 et les références).
2. Le séquestre pénal ordonné par une autorité d'instruction est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, le séquestre est fondé sur l'art. 263 CPP, disposition selon laquelle les objets et les valeurs patrimoniales appartenant au prévenu ou à des tiers peuvent être séquestrés notamment lorsqu'il est probable qu'ils devront être confisqués (let. d).
Une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets ou valeurs dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral (ATF 126 I 97 consid. 3d/aa p. 107 et les références citées). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre pénal se justifie aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102).
2.1 Invoquant l'art. 97 LTF, la recourante énonce une série d'allégués (concernant l'identité de l'ayant droit économique du compte et la possibilité que des fonds appartenant à D._ y aient été versés), dont certains ont d'ailleurs été retenus dans l'arrêt attaqué. Elle ne précise pas s'il s'agit de faits nouveaux ou si ceux-ci ont été ignorés par la Cour des plaintes, ni, pour chacun d'entre eux, en quoi ils seraient déterminants pour l'issue de la cause. La recourante entend en réalité faire valoir sa propre version des faits, sans satisfaire aux exigences d'allégation qui découlent de l'art. 97 LTF. Telle qu'elle est présentée dans la partie en fait du recours, cette argumentation est irrecevable.
2.2 La recourante se plaint ensuite d'arbitraire. Elle estime qu'à un stade avancé de la procédure d'instruction, la preuve de la provenance criminelle des fonds saisis devrait pouvoir être rapportée. Or, jusqu'à ce jour, il n'aurait pas été démontré que les fonds versés sur le compte bloqué proviendraient de D._. En se contentant de suppositions à ce sujet et en exigeant de la recourante la preuve du contraire, le TPF aurait violé la présomption d'innocence. Il y aurait par ailleurs arbitraire dans l'appréciation des preuves car il serait démontré que les fonds de D._ ne sont pas arrivés sur le compte de A._ Ltd auprès d'une banque australienne, et que les achats d'or n'ont pas été effectués au moyen de ces fonds. En définitive, la thèse de la recourante serait au moins aussi vraisemblable que celle du MPC.
2.3 La recourante méconnaît que selon les principes rappelés ci-dessus, le séquestre doit être maintenu, quel que soit le stade de la procédure pénale, tant qu'il subsiste une possibilité de confiscation. Sur ce point, la présomption d'innocence n'est d'aucune aide à la recourante puisqu'il ne s'agit pas de s'interroger définitivement sur sa culpabilité, mais seulement sur une vraisemblance quand à la provenance délictueuse des fonds saisis. Or, en dépit des arguments à décharge présentés par la recourante, une telle vraisemblance subsiste. Comme le relève le TPF, les activités illicites reprochées à D._ résultent en particulier d'une plainte adressée par la SEC aux autorités américaines, faisant état de manipulations de marchés au détriment de hedge funds. Le MPC estime avoir pu établir, par l'examen des relevés bancaires, qu'une grande partie des fonds aurait été transférée sur des comptes contrôlés par B._, en particulier celui de A._ Ltd auprès d'une banque australienne.
Dans la mesure où B._ est soupçonné de blanchiment d'argent par le biais des comptes qu'il contrôlait et dont il ne mentionnait pas les véritables ayants droit, il est légitime que l'autorité d'instruction porte ses soupçons sur le compte de la recourante, dont l'identité de l'ayant droit paraissait au demeurant suspecte. Ces soupçons sont renforcés par le fait que le produit d'une vente d'or - acquis par des fonds de A._ Ltd - aurait également été versé sur le compte de la recourante. A ce stade, la recourante n'est pas parvenue à démontrer que tous les fonds ayant permis la transaction d'or seraient étrangers aux revenus illicites de D._. Comme l'a relevé la Cour des plaintes, seule la suite de l'instruction permettra de confirmer ou d'infirmer les soupçons de l'autorité d'instruction, non seulement quant à l'existence d'un crime préalable mais aussi s'agissant de l'origine des fonds séquestrés.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Ire Cour des plaintes.
Lausanne, le 9 février 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz