Faits:
A. A._ SA, à Martigny, active dans le domaine de l'immobilier, et la société B._ SA, active dans celui de la distribution, sont des filiales du groupe C._ Holding SA (ci-après aussi: le groupe); elles ont le même président et la même secrétaire.
En 2005, B._ SA a acquis certains actifs de la société D._, à l'exclusion de l'immeuble n° **** situé sur la commune de Bussigny-près-Lausanne, propriété de E._ Holding AG utilisé par D._ comme centrale de dépôt et de commande. B._ SA est ainsi devenue locataire de cet immeuble. Le groupe a rapidement considéré qu'il serait avantageux pour lui d'en faire également l'acquisition.
Par acte du 7 juillet 2005, E._ Holding AG a concédé à A._ SA un droit d'emption, cessible, dont la validité a été limitée au 30 octobre 2006. Le prix de vente de l'immeuble a été fixé a 21'600'000 fr. L'acte précisait que les frais de l'acte et ceux de l'inscription au Registre foncier étaient à la charge de A._ SA.
Selon les dires de A._ SA, C._ Holding SA a connu une extension importante en 2005 à la suite de nombreux investissements au point que le groupe s'est retrouvé dans l'impossibilité d'acquérir l'immeuble de Bussigny avec des fonds propres et qu'il a dû avoir recours à un financement étranger. Une banque belge aurait accepté de prêter les fonds nécessaires mais aurait exigé en contre-partie que l'immeuble soit propriété d'une nouvelle filiale à créer à cet effet dont il serait nanti de la totalité des actions au porteur à titre de garantie et qui aurait pour seul actif l'immeuble de Bussigny.
C._ Immobilier SA à Martigny a été fondée dans ce but le 26 juin 2006. Il ressort du Registre du commerce du Bas-Valais qu'une reprise de biens est envisagée, pour 22'908'340 fr. au maximum, de l'immeuble n° **** sur la commune de Bussigny-près-Lausanne.
Par réquisition de radiation de juillet 2006, A._ SA a renoncé à son droit d'emption. Cette réquisition a été signée par la société bénéficiaire le 5 juillet et par la société propriétaire des immeubles au plus tard le 18 juillet 2006. Selon le Registre foncier, ce droit d'emption a été radié le 19 juillet 2006.
Le 18 juillet 2006, un acte de vente conditionnelle a été passé entre E._ Holding AG d'une part et C._ Immobilier SA d'autre part portant sur l'immeuble n° **** de la commune de Bussigny-près-Lausanne. Le prix de vente a été fixé à 22'908'340 fr. dont 1'308'340 fr. de TVA soit un prix hors taxes de 21'600'000 fr. Ce montant devait être acquitté jusqu'au 19 juillet 2006, pour que le contrat devienne définitif. L'inscription de la vente est intervenue le 26 juillet 2006.
Le 4 mai 2007, sur demande de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'autorité fiscale), A._ SA a expliqué les modalités de l'opération et ses motifs et exposé que la renonciation du droit d'emption était intervenue sans aucune contre prestation en sa faveur.
B. Par bordereau définitif du 25 mai 2007, l'autorité fiscale a frappé l'opération d'un droit cantonal de mutation de 237'600 fr. et d'un droit communal de 118'800 fr. Le 27 juin 2007, A._ SA a déposé une réclamation contre cette décision, qui a été rejetée par décision du 4 mai 2009.
Par modification de ses statuts en octobre et novembre 2007, A._ SA est devenue X._ SA, qui, par modification de ses statuts en février 2008, est devenue X._ SA (ci-après: l'intéressée).
Le 10 juin 2009, l'intéressée a interjeté recours contre la décision du 4 mai 2009 auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Sur interpellation du juge instructeur, elle a produit des documents attestant que les frais d'acte ont été pris en charge respectivement par elle-même pour le pacte d'emption et par C._ Immobilier SA pour la vente conditionnelle.
C. Par arrêt du 5 janvier 2010, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. En substance, il a jugé que la renonciation au droit d'emption en cause avait donné lieu à contre-prestation, bien que l'intéressée n'ait pas été exposée à des dommages-intérêts ou à une peine conventionnelle. Sans la renonciation, le groupe C._ Holding SA, qui détenait les deux sociétés, avait pu bénéficier de l'avantage qui consistait non pas à louer l'immeuble en cause mais à l'acquérir d'une part et d'autre part l'intéressée avait pu utiliser ses fonds propres à d'autres fins. Ces avantages, bien qu'indirect pour le premier, pouvaient être attribués à l'intéressée et constituaient une contre-prestation à la renonciation du droit d'emption qui justifiait le prélèvement du droit de mutation. De surcroît, la renonciation à un droit d'emption, stipulé cessible, concomitante à la signature de l'acte de vente conditionnelle, organisée par les même personnes, organes à la fois de l'intéressée et de C._ Immobilier SA et décidée avant l'expiration du droit d'emption constituait sous l'angle économique une cession matérielle du droit d'acquérir un immeuble soumise au paiement d'un droit de mutation, la renonciation ayant, selon le Tribunal cantonal, pour unique but d'éluder l'impôt.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'intéressée demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 5 janvier 2010 par le Tribunal cantonal et de constater que le droit de mutation n'est pas dû. Elle se plaint de l'application arbitraire du droit cantonal et de la violation de l'art. 127 al. 1 Cst.
Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. L'Administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.
Considérant en droit:
1. L'imposition de la recourante repose sur la loi vaudoise du 27 février 1963 concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations (LMSD; RSVD 648.11). Il s'agit d'un impôt qui relève exclusivement du droit cantonal (cf. ATF 127 II 1 consid. 2b/aa p. 4).
Sous réserve d'exceptions (cf. art. 95 let. c et d LTF) non réalisées en l'espèce, le Tribunal fédéral ne contrôle pas l'application du droit cantonal en tant que tel, mais examine uniquement si celle-ci viole le droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, qui comprend les droits constitutionnels des citoyens. Lorsque, comme en l'espèce, il est question de la violation de droits fondamentaux et du droit cantonal, le Tribunal fédéral n'examine pas le droit d'office, mais se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de façon suffisante par la partie recourante (cf. art. 106 al. 2 LTF).
2. La recourante se plaint d'arbitraire dans l'application du droit cantonal ainsi que de la violation du principe de la légalité de l'impôt (art. 127 al. 1 Cst.).
Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211). A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (ATF 134 I 263 consid. 1 p. 265).
Dans la mesure où le prélèvement d'une contribution de droit exclusivement cantonal repose sur une interprétation et une application dénuée d'arbitraire de ce dernier, le grief de violation du principe de la légalité tiré de l'art. 127 al. 1 Cst. s'épuise dans l'examen du grief d'arbitraire.
3. L'art. 2 al. 1 LMSD prévoit que le droit de mutation est perçu en cas de transfert entre vifs à titre onéreux de la propriété d'un immeuble ou d'une part d'immeuble situé dans le canton.
Selon l'art. 2 al. 2 LSMD, est également considérée comme un transfert immobilier soumis au droit de mutation la cession du droit d'acquérir un immeuble ou une part d'immeuble situé dans le canton. Il en va de même de la renonciation à ce droit, lorsqu'elle a fait l'objet d'une contre-prestation en faveur du renonçant.
4. 4.1 Se fondant sur l'art. 2 al. 2, 1ère phr., LMSD, le Tribunal cantonal a jugé que la renonciation à un droit d'emption, stipulé cessible, concomitante à la signature de l'acte de vente conditionnelle, organisée par les même personnes, organes à la fois de l'intéressée et de C._ Immobilier SA et décidée avant l'expiration du droit d'emption, constituait sous l'angle économique une cession du droit d'acquérir un immeuble soumise au paiement d'un droit de mutation, la renonciation ayant pour unique but d'éluder l'impôt.
4.2 La recourante considère que le Tribunal cantonal est tombé dans l'arbitraire en assimilant la renonciation de son droit d'emption à une cession de celui-ci, qui n'aurait pas eu lieu formellement.
4.2.1 Selon la jurisprudence, le droit de mutation prévu par l'art. 2 al. 2 LSMD ne peut être perçu, en cas de renonciation au droit d'acquérir un immeuble, que lorsque celle-ci a fait l'objet d'une contre-prestation en faveur du renonçant; en revanche, une cession du droit d'acquérir un immeuble permet le prélèvement d'un droit de mutation, même sans contre-prestation. Toutefois en l'absence d'une cession formelle du droit d'emption de l'ayant-droit à un tiers, il est exclu de percevoir un droit de mutation en vertu de l'art. 2 al. 2, 1ère phr., LMSD (arrêt 2C_145/2009 du 8 juin 2009, consid. 4.2 et 4.3 in RF 64/2009 p. 765).
4.2.2 En l'espèce, il n'y a pas eu formellement de cession des droits de la recourante à La Valaisanne immobilière SA, ce qui exclut en principe la perception d'un droit de mutation en vertu de l'art. 2 al. 2, 1ère phr., LMSD. Sous cet angle, la recourante se plaindrait à juste titre d'arbitraire si le prélèvement du droit de mutation litigieux était directement fondé sur l'art. 2 al. 2, 1ère phr., LMSD. Tel n'est toutefois pas le cas, du moment que l'arrêt attaqué a expressément souligné qu'il n'y avait pas eu de cession formelle (arrêt attaqué, p. 10).
4.3 Le Tribunal cantonal a en revanche confirmé le prélèvement du droit de mutation en qualifiant le procédé choisi par la recourante de "cession matérielle" dans l'unique "but d'éluder l'impôt". Selon lui, le droit d'emption étant cessible et non échu, il devait "normalement" être cédé et non pas faire l'objet d'une renonciation, concomitante à la passation d'un nouvel acte de vente conditionnel, qui n'aurait d'ailleurs pu être menée à bien, selon lui, que parce qu'elle était organisée par les mêmes personnes physiques simultanément organes de la recourante et de C._ Immobilier SA.
4.3.1 En opposant le procédé de la recourante à celui qu'il estimait être normal et en ne trouvant de justification au premier que dans l'économie d'impôt réalisée, le Tribunal cantonal a implicitement fait référence à l'institution de l'évasion fiscale. Si une telle évasion est avérée, l'imposition doit se fonder, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, non pas sur la forme juridique choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait été appropriée au but économique poursuivi par celui-ci (ATF 135 I 198 consid. 7 non publié; 131 II 627 consid. 5.2 p. 635 s.).
En l'espèce, le Tribunal cantonal a jugé qu'il y avait lieu d'imposer la renonciation comme si une cession formelle du droit d'emption avait eu lieu (arrêt attaqué, p. 10), ce que conteste la recourante. Elle soutient que les conditions pour admettre une évasion fiscale ne sont pas remplies, notamment parce que l'opération n'avait rien d'insolite et qu'en principe, le justiciable a le droit de choisir la solution la plus avantageuse sur le plan fiscal, en l'espèce la renonciation à titre gratuit (mémoire, ch. 6).
4.3.2 Dans un arrêt du 20 avril 1999, confirmé par un arrêt récent (arrêt 2C_145/2009 du 8 juin 2009 consid. 4.2 et 4.3 in RF 64/2009 p. 765), le Tribunal fédéral a eu l'occasion de préciser que l'imposition du droit d'emption, assimilé à une promesse de vente, se justifiait parce que le bénéficiaire d'une promesse de vente ou d'un pacte d'emption pouvait, par la cession de son droit, tirer profit de l'immeuble comme s'il en était juridiquement propriétaire. C'était donc pour éviter que le droit afférent à la cession ne soit éludé que l'imposition de la renonciation au droit d'acquérir un immeuble avait été prévue, lorsqu'elle intervenait à titre onéreux (cf. Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud, Printemps 1963, p. 1035 s.). Dès que le renonçant a bénéficié de quelque manière de l'opération, on est en présence d'une cession indirecte ou déguisée qui devra être imposée, sous peine de permettre d'éluder l'impôt (cf. Bulletin précité, p. 1122; arrêt 2P.31/1999 du 20 avril 1999, consid. 5a/bb in RDAF 1999 II p. 527). En revanche, l'abandon pur et simple du droit d'acquérir un immeuble ne tombe pas sous le coup du droit de mutation, car il ne s'agit pas d'un droit onéreux (Bulletin précité, p. 1036).
Les travaux du Grand Conseil vaudois montrent qu'en adoptant l'art. 2 al. 2, 2e phr., LMSD, le législateur a sciemment choisi de régler lui-même dans quelles circonstances la renonciation au droit d'acquérir un immeuble doit être imposée pour éviter que ne soit éludé le droit afférent à la cession formelle: la renonciation n'est imposable qu'en présence d'une contre-prestation: Cette exigence n'existe pas dans le cas de la cession formelle, qui est toujours imposable. Il est par conséquent exclu d'imposer une renonciation pure et simple en la qualifiant de cession matérielle par le biais de l'institution de l'évasion fiscale. Cela reviendrait à s'écarter sans motif de la lettre de la loi, ce qui est arbitraire.
4.3.3 Au surplus, la nécessité de procéder au montage consistant à renoncer au droit d'emption de manière concomitante à la signature d'un nouveau contrat de vente conditionnelle pour pouvoir éviter de payer le droit de mutation afférent à la cession formelle n'est pas démontrée par le Tribunal cantonal. Non seulement rien au dossier ne permet de penser que le contrat de vente avec une autre société du groupe n'aurait pas eu lieu, mais encore le défaut dans l'exercice du droit d'emption n'était assorti ni d'une peine conventionnelle ni de dommages-intérêts. Enfin, l'existence du droit d'emption, qui est un droit personnel, n'empêchait pas la vente à un autre acquéreur que la recourante, son annotation ayant pour unique effet de le rendre opposable à tout droit postérieurement acquis (art. 959 al. 2 CC; ATF 128 III 124 consid. 2a p. 127). En l'espèce, cela signifiait que la recourante aurait pu, dans le bref délai qui subsistait avant l'échéance de son droit, le faire valoir contre C._ Immobilier SA. Il n'y avait évidemment aucun intérêt à cela.
Par conséquent, en confirmant l'imposition de la renonciation au titre de cession "matérielle" du droit d'emption sous l'angle de l'évasion fiscale, le Tribunal cantonal a procédé à une application arbitraire de l'art. 2 al. 2 LMSD.
5. La recourante reproche enfin au Tribunal cantonal d'être tombé dans l'arbitraire en admettant que la renonciation a eu lieu à titre onéreux.
5.1 Examinant les contrats passés ainsi que les déclarations de la recourante en procédure, le Tribunal cantonal a relevé que, de façon directe, celle-ci avait payé elle-même les frais d'acte et n'avait été exposée à aucune peine conventionnelle ni au paiement de dommages-intérêts en renonçant aux droits qu'elle détenait sur l'immeuble en cause. En revanche, elle avait bénéficié d'autres avantages: elle avait évité un accroissement notable de ses passifs. Elle avait pu bénéficier de ses fonds propres préservés à d'autres usages. Et enfin, elle avait pu profiter indirectement de l'avantage que représentait pour le groupe l'acquisition de l'immeuble grevé du droit d'emption par une société soeur.
5.2 La recourante objecte à juste titre que l'acquisition de l'immeuble en cause n'aurait pas modifié la balance de son bilan du moment que l'opération aurait été neutre sur le plan comptable: La diminution des fonds propres ainsi que l'augmentation des passifs résultant de l'emprunt bancaire auraient correspondu à l'inscription à l'actif du bilan de la valeur d'achat de l'immeuble.
Elle relève avec raison aussi qu'aux termes de l'art. 2 al. 2, 2e phr., c'est le renonçant qui doit bénéficier d'une contre-prestation. Il est vrai que les travaux du Grand Conseil ont précisé que "si le renonçant a bénéficié de quelque manière de l'opération", on est en présence d'une cession indirecte ou déguisée qui devra être imposée, sous peine de permettre d'élu-der l'impôt (ibidem, p. 1121 s.). Cette précision ne saurait toutefois être comprise comme autorisant une interprétation et une application extensive de l'art. 2 al. 2, 2e phr., LMSD à tous les avantages potentiels ou théoriques dont peuvent bénéficier les sociétés d'un même groupe du fait de la favorisation d'une seule d'entre elles. Une telle interprétation heurte le principe juridique clair et indiscuté selon lequel le droit fiscal suisse ne connaît pas de régime spécial pour les groupes de sociétés, sauf dispositions légales expresses (arrêt 2A.588/2006 du 19 avril 2007, consid. 4.2 et les nombreuses références citées). En 1963, lorsque le texte de l'art. 2 al. 2, 2e phr., LMSD a fait l'objet des délibérations du Grand Conseil vaudois, ce principe juridique n'avait en effet pas encore subi les premières exceptions résultant notamment de la législation sur les fusions (cf. la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine [loi sur la fusion, LFus; RS 221.301]), de sorte que, si le législateur vaudois avait voulu élargir la notion de contre-prestation aux avantages indirects dont peuvent éventuellement bénéficier les sociétés d'un groupe, il aurait dû le prévoir. Dans ces conditions, au sens de l'art. 2 al. 2, 2e phr., LMSD, un avantage indirect ne saurait être imputé au renonçant du simple fait de son appartenance à une groupe de société. En outre, au sein d'un groupe de sociétés, un avantage global peut fort bien s'avérer désavantageux pour l'une des sociétés de ce groupe, de sorte qu'il n'est pas possible d'établir avec certitude l'existence d'un lien indirect entre l'intérêt général du groupe et l'une de ses sociétés.
Par conséquent, l'avantage que le groupe, autrement dit C._ Holding SA, espérait, ne constitue pas une contre-prestation accordée à la recourante. Dans ces conditions, force est de constater que la recourante a renoncé à son droit d'emption sans contre-partie au sens de l'art. 2 al. 2, 2e phr., LMSD.
En jugeant que la recourante avait obtenu des contre-prestations lors de la renonciation aux droits qu'elle détenait sur l'immeuble en cause, le Tribunal cantonal a appliqué de manière arbitraire l'art. 2 al. 2, 2e phr., LMSD.
6. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt rendu le 5 janvier 2010 est annulé. La renonciation au droit d'emption concédé à la recourante par acte du 7 juillet 2005 n'est pas imposable.
Succombant, le canton de Vaud, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1 et 4 LTF) et versera une indemnité de dépens à la recourante (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. L'arrêt rendu le 5 janvier 2010 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud est annulé. La renonciation au droit d'emption concédé à la recourante par acte du 7 juillet 2005 n'est pas soumise à la perception d'un droit de mutation.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge du canton de Vaud.
4. Une indemnité de dépens de 6'000 fr. à charge du canton du Vaud est allouée à la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 22 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey