Faits:
A. La loi vaudoise du 5 décembre 1978 sur la planification et le financement des établissements sanitaires d'intérêt public (LPFES; RS/VD 810.01) fait une distinction entre les établissements sanitaires privés selon qu'ils sont reconnus d'intérêt public ou non. Seuls les premiers peuvent bénéficier d'une participation financière de l'Etat. Pour être reconnu d'intérêt public, un établissement sanitaire privé doit, selon la LPFES, satisfaire à différentes exigences notamment en ce qui concerne les conditions d'engagement et de travail de son personnel ainsi que la distribution du bénéfice.
Le 8 octobre 2008, le Conseil d'Etat du canton de Vaud (ci-après: le Conseil d'Etat) a édicté un règlement (RCLPFES; RS/VD 810.01.3) précisant les conditions à remplir par les établissements sanitaires privés pour être reconnus d'intérêt public au sens de la LPFES. Ce texte contient en particulier un barème de rémunération des directeurs d'établissements médico-sociaux (ci-après: EMS) et il détaille les conditions à respecter notamment par les EMS privés pour être reconnus d'intérêt public.
Le RCLPFES a été édicté sur la base entre autres des art. 4b et 4d LPFES, qui sont entrés en vigueur le 1er avril 2007, sans avoir été contestés devant la Cour constitutionnelle du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal), et qui ont la teneur suivante:
Art. 4b Conditions d'engagement et de travail
1 En l'absence de conventions collectives de travail de force obligatoire, le Conseil d'Etat peut poser des exigences en matière de conditions d'engagement et de travail pour l'ensemble du personnel travaillant dans les établissements sanitaires d'intérêt public.
2 Dans tous les cas, après consultation des associations faîtières, il fixe un barème de rémunération pour les fonctions directoriales et administratives de ces établissements, qui tient compte de leurs spécificités, en particulier de leur taille, de leurs missions et des responsabilités dévolues à ces fonctions.
Art. 4d Distribution du bénéfice
1 Le Conseil d'Etat peut poser des limites à la distribution du bénéfice réalisé par les établissements sanitaires d'intérêt public. Ces limites garantissent un rendement suffisant des fonds propres investis et tiennent compte, notamment, des montants perçus, cas échéant, au titre de la rémunération d'une fonction au sein de l'établissement concerné.
Le RCLPFES contient notamment les dispositions suivantes:
Art. 3 Définition
1 Au sens du présent règlement, on entend par "directeur" ou "directeur général" la personne chargée de diriger l'établissement conformément à ses statuts et titulaire d'une autorisation de diriger conformément à la loi sur la santé publique.
Art. 4 Barème applicable aux EMS
1 Le barème de rémunération des directeurs d'EMS est établi sur la base de la taille de l'établissement (nombre de lits) et figure en annexe I, qui fait partie intégrante du présent arrêté.
Art. 6 Supplément temporaire pour tâche spéciale
1 L'établissement peut octroyer au directeur ou au directeur général un supplément temporaire de rémunération aux conditions suivantes:
a. le montant du supplément ne peut pas dépasser de plus de 10% le plafond du barème applicable à l'établissement concerné;
b. l'octroi est lié à l'exécution d'une tâche spéciale, telle que la mise en oeuvre d'une restructuration ou la gestion de difficultés institutionnelles majeures;
c. le supplément est accordé pour une durée limitée en principe à 6 mois;
d. l'octroi est soumis à l'autorisation du département.
Art. 7 Indexation
1 Les barèmes des annexes I et III sont indexés pour autant, et dans la même mesure, que les salaires des collaborateurs soumis à la loi du 12 novembre 2001 sur le personnel de l'Etat de Vaud le soient.
Art. 9 Fonctions administratives (art. 4b de la loi)
a) Définition
1 Au sens du présent règlement, on entend par "fonction administrative" toute fonction autre que celle du directeur chargée au sens de l'EMS de tâches de direction ou de gestion administratives de l'établissement.
Art. 10 b) Rémunération
1 La rémunération des fonctions administratives (y compris les charges patronales) fait partie intégrante des charges administratives au même titre que les honoraires pour sous-traitance administrative et les frais de bureau et d'administration (hors versement aux fonds conventionnels).
2 Le département veille à ce que le taux effectif de ces charges corresponde au taux prévu par l'outil d'évaluation des prestations socio-hôtelières.
3 On entend par taux de charges administratives le rapport entre le total des charges administratives et le total des charges d'exploitation.
4 Aucune fonction administrative ne peut être rémunérée au-delà du barème maximum applicable au directeur de l'EMS concerné en vertu de l'annexe I.
Art. 11 Distribution du bénéfice (art. 4d de la loi)
1 La distribution du bénéfice réalisé par les EMS exploités sous la forme d'une raison individuelle, d'une société de personnes physiques ou d'une société de capitaux est limitée conformément aux alinéas ci-après.
2 Au sens du présent règlement, il faut entendre par bénéfice réalisé les résultats nets d'exploitation et d'investissements après salaire de l'exploitant et impôts mais avant répartition légale obligatoire, ceci en conformité avec les directives comptables fixées par le département.
3 Le bénéfice réalisé doit être affecté à une réserve spéciale au titre de fonds propres complémentaires à raison de 5/6ème par la raison individuelle ou la société de personnes physiques et à raison de 2/3 par la société de capitaux. En tous les cas, la part résiduelle non affectée du bénéfice ne peut dépasser le 1,5% du total des produits d'exploitation; si tel est le cas, la part résiduelle qui dépasse 1,5% doit être affectée conformément à la première phrase du présent alinéa.
4 Toute dérogation à ces règles d'affectation est soumise à l'accord exprès du département, sur demande motivée de l'établissement, cas échéant sur préavis du contrôleur des comptes.
5 Le solde de la réserve spéciale est limité à hauteur de 25% de la moyenne des recettes d'exploitation des trois dernières années.
6 L'établissement doit veiller à ce que la réserve spéciale soit mobilisable afin de couvrir des pertes d'exploitation ou permettre le financement de mesures d'exploitation d'ordre général ainsi que celui de l'investissement, ceci conformément à la mission de l'établissement.
Art. 16 Dispositions transitoires
a) barème de rémunération
1 Les établissements appliquent les barèmes de rémunération des annexes I et III pour tout engagement de directeur ou de directeur général postérieur à l'entrée en vigueur du présent règlement.
2 Ils l'appliquent dès le 1er janvier 2012 aux directeurs et directeurs généraux engagés avant cette entrée en vigueur. Toutefois, si la rémunération de ces directeurs est supérieure de plus de 20% au maximum fixé pour la catégorie les concernant, les établissements l'adaptent d'ici au 1er juillet 2009 afin qu'elle ne dépasse pas ce maximum de plus de 20%. Les établissements peuvent solliciter une exception à une telle adaptation au 1er juillet 2009 en faisant valoir l'expérience ou l'ancienneté du directeur ou du directeur général; le département statue.
Art. 17 b) distribution du bénéfice
1 Les règles sur la distribution du bénéfice réalisé mentionnées à l'article 11 sont applicables dès l'exercice 2009. Toute convention ou tout contrat de société contraire aux dispositions prévues par cet article doit être mis en conformité par les établissements au plus tard le 1er juillet 2009.
Les délais contenus dans les dispositions transitoires et finales du RCLPFES, notamment dans ses art. 16 et 17, ont tous été reportés d'une année, par un règlement du 11 novembre 2009 (cf. Feuille des avis officiels du canton de Vaud du 20 novembre 2009 p. 5).
B. La Fédération patronale des EMS vaudois (FEDEREMS), l'Association romande et tessinoise des directeurs de maisons pour personnes âgées (ARODEMS) et 41 EMS ont adressé au Tribunal cantonal une requête tendant à l'annulation du RCLPFES dans sa globalité.
Par arrêt du 4 septembre 2009, le Tribunal cantonal a rejeté la requête, en tant qu'elle était recevable.
C. Le 7 octobre 2009, la FEDEREMS, l'ARODEMS et les 41 EMS dont la liste figure en tête du présent arrêt ont interjeté au Tribunal fédéral un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 4 septembre 2009. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et du RCLPFES et, subsidiairement, au renvoi du dossier de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils font valoir que le RCLPFES sort du cadre de la délégation législative contenue dans la LPFES, notamment en matière de rémunération des fonctions directoriales et administratives ainsi que d'utilisation du bénéfice généré. Ils soutiennent aussi que le RCLPFES viole la liberté économique des propriétaires des établissements concernés, la garantie de la propriété, la "force dérogatoire" du droit fédéral ainsi que les principes de la proportionnalité, de l'égalité et de l'interdiction de l'arbitraire.
Le Tribunal cantonal a renoncé à répondre au recours. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours.
Les parties ont confirmé leurs conclusions lors d'un second échange d'écritures.
D. Par ordonnance du 4 novembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la demande d'effet suspensif présentée par les recourants.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 II 94 consid. 1 p. 96).
Les recourants ont interjeté, en un seul acte conformément à l'art. 119 al. 1 LTF, un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire. Le second étant irrecevable en cas de recevabilité du premier (art. 113 LTF), il convient d'examiner si la voie du recours en matière de droit public est ouverte.
1.1 D'après l'art. 87 al. 1 LTF, le recours en matière de droit public est directement recevable contre les actes normatifs cantonaux qui ne peuvent faire l'objet d'un recours cantonal. En revanche, lorsque le droit cantonal prévoit un recours contre les actes normatifs, l'art. 86 LTF, qui dispose que le recours est recevable contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance (al. 1 let. d), est applicable (art. 87 al. 2 LTF).
L'arrêt attaqué a été rendu par le Tribunal cantonal statuant en dernière instance cantonale. Par conséquent, le présent recours est en principe recevable pour violation du droit fédéral et de droits constitutionnels cantonaux (art. 95 let. a et c LTF).
1.2 L'art. 89 al. 1 LTF confère la qualité pour former un recours en matière de droit public à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Lorsque le recours est dirigé contre un acte normatif cantonal, la qualité pour recourir appartient à toute personne dont les intérêts sont effectivement touchés par l'acte attaqué ou pourront l'être un jour; une simple atteinte virtuelle suffit, à condition toutefois qu'il existe un minimum de vraisemblance que le recourant puisse un jour se voir appliquer les dispositions contestées (ATF 135 II 243 consid. 1.2 p. 246 s. et la jurisprudence citée). Quant à l'intérêt digne de protection, il n'est pas nécessaire qu'il soit de nature juridique, un intérêt de fait étant suffisant (ATF 135 I 43 consid. 1.4 p. 47; 135 II 243 consid. 1.2 p. 247). Une association ayant la personnalité juridique est habilitée à recourir soit lorsqu'elle est intéressée elle-même à l'issue de la procédure, soit lorsqu'elle sauvegarde les intérêts de ses membres. Dans le second cas, il faut que la défense des intérêts de ses membres figure parmi ses buts statutaires et que la majorité de ses membres, ou du moins une grande partie de ceux-ci, soit personnellement touchée par l'acte attaqué (ATF 131 I 198 consid. 2.1 p. 200; 130 I 26 consid. 1.2.1 p. 30, 82 consid. 1.3 p. 85; arrêt 8C_184/2008 du 3 octobre 2008 consid. 2.1, non publié in ATF 134 I 269).
D'après l'art. 2 de ses statuts, la FEDEREMS a pour but de promouvoir une unité de politique et d'action entre EMS vaudois de statuts juridiques différents, dans le respect de leurs particularités (al. 1), de veiller aux intérêts généraux de ses membres et des établissements qui les composent (al. 2) et d'offrir toutes les prestations requises par ses membres notamment dans le domaine de la défense juridique (al. 3). Quant à l'ARODEMS, elle a pour but de regrouper en association des directeurs(trices) de maisons pour personnes âgées et elle s'est notamment fixé comme objectif la sauvegarde des intérêts professionnels de ses membres (art. 2 let. d de ses statuts). Par conséquent, en tant que le RCLPFES établit en particulier les conditions que les EMS doivent remplir pour être reconnus d'intérêt public et bénéficier ainsi d'une participation financière de l'Etat, il touche directement les 41 EMS recourants et, par leurs membres, la FEDEREMS et l'ARODEMS. Dès lors, il y a lieu de reconnaître la qualité pour agir aux recourants, qui ont pris part à la procédure devant le Tribunal cantonal.
1.3 Les recourants concluent à l'annulation du RCLPFES dans son entier. On peut se demander si une telle conclusion est recevable, dès lors que les recourants ne s'en prennent pas à certaines dispositions du RCLPFES et que l'on peut douter qu'ils soient légitimés à requérir l'annulation de cet acte en tant qu'il concerne les hôpitaux privés reconnus d'intérêt public. Compte tenu de l'issue du litige, la question peut demeurer indécise.
1.4 Au surplus, déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public; il est, par conséquent, irrecevable comme recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF).
2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Dans le cadre d'un contrôle abstrait, il s'impose une certaine retenue eu égard notamment aux principes découlant du fédéralisme et de la proportionnalité. Dans ce contexte, il est décisif que la norme mise en cause puisse, d'après les principes d'interprétation reconnus, se voir attribuer un sens compatible avec les dispositions du droit supérieur. Pour en juger, il faut notamment tenir compte de la portée de l'atteinte aux droits en cause, de la possibilité d'obtenir ultérieurement, par un contrôle concret de la norme, une protection juridique suffisante, et des circonstances dans lesquelles ladite norme sera appliquée (ATF 135 I 233 consid. 3.2 p. 246; 135 II 243 consid. 2 p. 248 et la jurisprudence citée). Le Tribunal fédéral n'annule les dispositions attaquées que si elles ne se prêtent à aucune interprétation conforme au droit constitutionnel ou si, en raison des circonstances, leur teneur fait craindre avec une certaine vraisemblance qu'elles soient interprétées de façon inconstitutionnelle (ATF 135 I 233 consid. 3.2 p. 246; 134 I 293 consid. 2 p. 295 et la jurisprudence citée). Le Tribunal fédéral fait aussi preuve de retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 135 I 233 consid. 3.2 p. 246; 120 Ia 74 consid. 5 p. 79).
3. Il convient tout d'abord de préciser que le litige porte uniquement sur le RCLPFES et que la LPFES ne peut plus être attaquée comme telle, le délai pour recourir auprès du Tribunal cantonal contre ses dispositions, notamment contre les art. 4b et 4d LPFES, étant arrivé à échéance sans avoir été utilisé. C'est par conséquent à juste titre que l'arrêt entrepris a affirmé que la LPFES ne pouvait pas faire l'objet d'un contrôle abstrait à l'occasion d'un recours portant sur un de ses règlements d'application.
Certes, les recourants prétendent qu'il leur était impossible, à la lecture de la LPFES, de se rendre compte des facultés dont disposait le Conseil d'Etat pour s'ingérer dans la gestion des EMS. Ils font valoir que la LPFES "se limite à prévoir, de façon bien trop générale, le principe d'une intervention de l'Etat", notamment pour fixer un barème de rémunération pour les fonctions directoriales et administratives des EMS qui entrent dans la catégorie des établissements sanitaires d'intérêt public (art. 4b LPFES) ou pour poser des limites à la distribution du bénéfice réalisé par ces mêmes établissements (art. 4d LPFES). Cette argumentation ne peut être suivie. Comme l'a retenu l'arrêt attaqué, si les recourants estimaient que les art. 4b et 4d LPFES contenaient des délégations de compétence trop étendues, il leur appartenait de les contester en temps utile auprès du Tribunal cantonal, ce qu'ils n'ont pas fait. Ils ne peuvent donc remettre en cause ces dispositions dans la présente procédure. Il n'en reste pas moins que, si une norme légale attributive de compétence est inconstitutionnelle, par exemple parce qu'elle va trop loin, la réglementation d'application fondée sur elle sera aussi inconstitutionnelle. Dans cette hypothèse, il est possible non seulement de se plaindre que cette réglementation d'application sort du cadre de la délégation prévue par la loi, mais encore de faire valoir que la compétence réglementaire déléguée va trop loin, qu'elle est incompatible avec la liberté économique ou qu'elle empiète sur le domaine réservé à la loi au sens strict et n'est donc pas conforme à la hiérarchie des normes. De tels moyens sont, le cas échéant, à disposition des recourants pour contester le RCLPFES. En revanche, c'est à juste titre que les griefs concernant directement la LPFES que les intéressés ont soulevés devant le Tribunal cantonal ont été considérés comme irrecevables. L'arrêt entrepris n'est pas critiquable à cet égard.
4. Les recourants invoquent avant tout la liberté économique se fondant sur les art. 27 Cst. et 26 Cst.-VD (RS/VD 101.01). Ils font valoir que le RCLPFES restreint de façon choquante la liberté économique, puisqu'il revient à admettre "le principe d'une ingérence d'envergure de l'Etat dans la gestion des établissements sanitaires dits «d'intérêt public»", en matière de budget, de recrutement et de rémunération des cadres ainsi que d'utilisation du bénéfice global générés par leurs activités.
4.1 L'art. 26 Cst.-VD a une teneur identique à celle de l'art. 27 Cst. Dès lors que les recourants n'indiquent pas que le droit cantonal irait au-delà des garanties découlant de la Constitution fédérale, l'examen de l'Autorité de céans se fera uniquement sous l'angle de celle-ci.
4.2 Selon l'art. 27 al. 1 Cst., la liberté économique est garantie. Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (art. 27 al. 2 Cst.). Cette liberté protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (ATF 134 I 214 consid. 3 p. 215 s.; 132 I 97 consid. 2.1 p. 99). Elle peut être invoquée tant par les personnes physiques que par les personnes morales (ATF 135 I 130 consid. 4.2 p. 135).
Comme tout droit fondamental, la liberté économique peut être restreinte, pour autant qu'une telle restriction soit fondée sur une base légale (art. 36 al. 1 Cst.), repose sur un intérêt public ou sur la protection d'un droit fondamental d'autrui (art. 36 al. 2 Cst.) et soit proportionnée au but visé (art. 36 al. 3 Cst.). Le Tribunal fédéral examine librement si une mesure portant atteinte à un droit fondamental est justifiée par un intérêt public ou les droits de tiers (ATF 130 I 65 consid. 3.3 p. 68) et si elle est conforme au principe de la proportionnalité (cf. ATF 134 I 153 consid. 4.2.1 et 4.2.2 p. 157 s.).
D'après le principe de l'égalité de traitement entre personnes appartenant à la même branche économique, sont interdites les mesures qui causent une distorsion de la compétition entre concurrents directs, c'est-à-dire celles qui ne sont pas neutres sur le plan de la concurrence. On entend par concurrents directs les membres de la même branche qui s'adressent avec les mêmes offres au même public pour satisfaire les mêmes besoins (ATF 132 I 97 consid. 2.1 p. 100). A cet égard, la garantie de la liberté économique offre une protection plus étendue que celle de l'art. 8 Cst. (arrêts 2C_467/2008 du 10 juillet 2009 consid. 7.1 et 2P.94/2005 du 25 octobre 2006 consid. 4.2).
Certes, appelé à statuer sur un litige en matière de planification hospitalière, le Tribunal fédéral a relevé que les tâches publiques ne sont pas soumises à la liberté économique, en ce sens que l'Etat peut alors poser des conditions et que l'on ne peut invoquer une égalité de traitement entre les hôpitaux publics ou les hôpitaux subventionnés par des fonds publics, d'une part, et les hôpitaux privés, d'autre part (ATF 132 V 6 consid. 2.5.4 p. 16; cf. aussi arrêts 2P.94/2005 du 25 octobre 2006 consid. 4.2 et 2P.294/2004 du 20 septembre 2005 consid.1.4; THOMAS EICHENBERGER, Wettbewerb aus der Sicht der Spitäler, in Privatisierung und Wettbewerb im Gesundheitsrecht, 2000, p. 140). Cela ne signifie cependant pas qu'entre les établissements subventionnés, l'Etat ne doive pas respecter l'égalité de traitement ou que les conditions posées à l'octroi de la subvention ne doivent pas être justifiées et proportionnées.
4.3 Les recourants sont des EMS organisés en institutions privées à but lucratif ou des associations défendant les intérêts d'EMS de ce type ou de leurs dirigeants. Comme tels, ils bénéficient de la liberté économique ou défendent les intérêts de leurs membres (personnes physiques ou morales) qui en bénéficient. Ils peuvent se prévaloir de ce droit fondamental à l'encontre des mesures étatiques qui les entravent directement ou indirectement (par l'intermédiaire de leurs membres) dans l'exercice de leur activité. En revanche, ils ne peuvent l'invoquer pour contester que la reconnaissance d'un statut "d'intérêt public" - dont dépend l'octroi de subventions - soit soumise à des conditions, mais ils peuvent faire valoir que celles-ci violent la liberté économique. Tel est le cas si ces conditions ne poursuivent pas un but légitime d'intérêt public ou ne respectent pas le principe de la proportionnalité. Au demeurant, le principe de l'égalité de traitement entre concurrents doit aussi être pris en considération dans l'établissement de ces conditions.
Il ne faut du reste pas perdre de vue que les recourants peuvent choisir entre le plein exercice de leur liberté économique et l'aide de subventions impliquant le respect de certaines conditions imposées par l'Etat. Toutefois, on ne saurait quantifier ce contrôle au pro rata des subventions versées. Il est nécessaire de créer un système qui garantisse l'affectation des deniers publics au but de santé publique poursuivi par l'Etat quand il subventionne des EMS. Ledit système doit notamment éviter que les fonds ainsi versés par l'Etat ne servent à payer des rémunérations excessives ou n'encouragent à distribuer une trop grande partie du bénéfice réalisé, sans prévoir des réserves suffisantes. Il conviendra donc de vérifier entre autres si, dans les domaines de la rémunération du personnel et de la distribution du bénéfice traités dans les considérants qui suivent, les restrictions imposées à la liberté économique reposent bien sur des motifs d'intérêt public et respectent le principe de la proportionnalité.
5. Les recourants critiquent l'intervention de l'Etat dans la rémunération des fonctions directoriales et administratives, estimant que le RCLPFES outrepasse la délégation de compétence contenue à l'art. 4b LPFES et enfreint le principe de la proportionnalité. Se référant en particulier aux art. 9 et 10 RCLPFES ainsi qu'à l'annexe I RCLPFES contenant le barème de rémunération des EMS privés reconnus d'intérêt public - qui prévoit un salaire minimum et un salaire maximum pour le directeur de chacune des trois catégories d'EMS répertoriées -, ils se plaignent notamment de l'établissement d'une véritable grille de salaires pour les fonctions directoriales et administratives. Ils soutiennent que le RCLPFES viole également le principe de la primauté du droit fédéral (art. 49 Cst.) par rapport à la liberté contractuelle (art. 1 et 19 CO), dans la mesure où un supplément temporaire de rémunération est soumis à une décision administrative (art. 6 RCLPFES), où l'indexation des barèmes dépend de l'indexation par l'Etat des salaires de son personnel (art. 7 RCLPFES) et où le droit transitoire prévoit, le cas échéant, la réduction de ces rémunérations pour éviter de dépasser un certain maximum (art. 16 RCLPFES). Les recourants y voient aussi une atteinte disproportionnée et non justifiée par un intérêt public à la liberté économique. Ils se plaignent enfin d'inégalité de traitement et d'arbitraire, soit d'une violation des art. 8 et 9 Cst., du fait que le Conseil d'Etat n'a pas tenu compte des différences de structure juridique des EMS concernés en prévoyant l'application du même barème à tous les EMS privés reconnus d'intérêt public.
5.1 Le Tribunal fédéral entrera en matière sur les griefs des recourants relatifs à de prétendues violations des principes de l'égalité et de l'interdiction de l'arbitraire dans la mesure seulement où ils satisfont aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF.
5.2 L'art. 4b al. 2 LPFES prescrit au Conseil d'Etat de consulter les associations faîtières, puis de fixer un barème de rémunération pour les fonctions directoriales et administratives des établissements sanitaires d'intérêt public qui tienne compte des spécificités de ces derniers (taille, missions, responsabilités dévolues aux fonctions concernées). Sur cette base, le Conseil d'Etat a défini la notion de "fonction administrative" (art. 9 RCLPFES). Il a ensuite établi, à l'art. 10 RCLPFES, des règles relatives à la proportion de la rémunération des fonctions administratives par rapport aux charges d'exploitation; il a précisé qu'aucune fonction administrative ne pouvait être rémunérée au-delà du barème maximum applicable au directeur de l'EMS concerné en vertu de l'annexe I RCLPFES.
Il ressort des déterminations du Conseil d'Etat et des pièces versées au dossier que la rémunération des directeurs des EMS privés reconnus d'intérêt public a été discutée dans des séances auxquelles ont participé notamment des représentants de la FEDEREMS et de l'Association vaudoise des établissements médico-sociaux (AVDEMS). En outre, pour établir le barème de l'annexe I RCLPFES, le Conseil d'Etat s'est fondé sur "la seule grille salariale existante", soit celle de l'AVDEMS, en l'indexant de 1,3% pour tenir compte de la variation de l'indice des prix à la consommation d'octobre 2006 à octobre 2007 et en lui appliquant une majoration de 10% prévue par la grille de l'AVDEMS "selon l'importance de l'institution" (arrêt attaqué p. 12 consid. 4b). On ne voit pas en quoi, ce faisant, le Conseil d'Etat aurait outrepassé les compétences que l'art. 4b al. 2 LPFES lui a attribuées. Dès lors, la façon dont il a procédé n'a rien à voir avec la démarche unilatérale et arbitraire que lui reprochent les recourants.
Les recourants contestent l'intervention de l'Etat dans l'octroi de suppléments temporaires de rémunération ("soumis à l'autorisation du département" compétent, cf. art. 6 al. 1 let. d RCLPFES) ainsi que dans l'indexation de barèmes (qui dépend de l'indexation des salaires des collaborateurs soumis à la loi du 12 novembre 2001 sur le personnel de l'Etat de Vaud [LPers-VD; RS/VD 172.31], cf. art. 7 RCLPFES). La compétence du Conseil d'Etat d'établir un barème de rémunération pour les fonctions directoriales et administratives implique la compétence de fixer les conditions auxquelles est subordonné un supplément temporaire de rémunération, c'est-à-dire une dérogation au maximum prévu par ledit barème, ainsi que la compétence indirecte d'indexer ce barème. Sans cela, la compétence d'établir ledit barème pourrait être vidée de sa substance par un recours exagéré à l'octroi de suppléments temporaires ou par une politique d'indexation trop généreuse. Il en va donc de la cohérence du système.
Le Conseil d'Etat s'est contenté de diviser les EMS privés reconnus d'intérêt public en trois catégories en fonction de leur nombre de lits puis d'établir, à l'annexe I RCLPFES, un barème de rémunération des directeurs desdits EMS correspondant à cette classification. Ces trois catégories d'EMS confondues, les directeurs touchent ainsi un salaire compris entre 110'355 fr. et 197'718 fr.; plus précisément, leur salaire est compris entre 110'355 fr. et 134'992 fr. s'ils dirigent un petit EMS, entre 121'527 fr. et 164'127 fr. s'ils dirigent un EMS moyen et entre 144'377 fr. et 197'718 fr. s'ils dirigent un grand EMS. A l'intérieur de ces fourchettes, les EMS peuvent octroyer et indexer librement les salaires de leurs directeurs. En outre, un EMS ne peut rétribuer aucune fonction administrative davantage que le maximum prévu pour son directeur; il est libre pour le surplus. C'est donc à tort que les recourants soutiennent que le Conseil d'Etat a établi une véritable grille de salaires fixant de façon rigide les rémunérations des fonctions directoriales et administratives des EMS privés reconnus d'intérêt public et ainsi violé le principe de la proportionnalité. Au demeurant, ces rémunérations ne paraissent pas, à première vue, si misérables qu'elles devraient entraîner un exode des cadres compétents, comme le prédisent les recourants.
5.3 Les recourants fustigent l'interventionnisme de l'Etat qui a des répercussions non seulement sur l'engagement des nouveaux dirigeants des EMS concernés, mais encore sur les rapports de travail existant déjà, puisque l'art. 16 al. 2 RCLPFES fixe des délais pour adapter les salaires en cours ou, le cas échéant, demander une dérogation au système prévu par le RCLPFES. Comme le relève le Tribunal cantonal, le RCLPFES n'a pas d'effets directs sur les rapports contractuels entre les EMS intéressés et leurs dirigeants. Toutefois, on l'a dit plus haut, ces EMS doivent choisir entre une totale liberté contractuelle en matière de salaires de leurs dirigeants et une aide étatique qui implique le respect du barème prévu. Dans ces conditions, on ne peut pas parler de violation de la primauté du droit fédéral. A partir du moment où les EMS veulent bénéficier des subventions découlant de la reconnaissance du statut d'intérêt public, ils doivent admettre que l'Etat joue un rôle dans l'utilisation des moyens qu'il met à leur disposition et qu'il contrôle si ces subventions sont employées à bon escient, comme il y est d'ailleurs obligé par l'art. 27 de la loi vaudoise du 22 février 2005 sur les subventions (LSubv; RS/VD 610.15). Le système mis sur pied à cette fin par le RCLPFES repose sur un intérêt public et il serait sérieusement compromis si des salaires dépassant le barème de l'annexe I RCLPFES pouvaient perdurer. Le Conseil d'Etat a prévu des délais - courant jusqu'au 1er juillet 2009, avec possibilité de dérogation, pour que ces rémunérations ne dépassent plus que de 20% le maximum prévu dans le barème et jusqu'au 1er janvier 2012 pour que ledit barème soit appliqué strictement -, qui ont du reste été reportés d'un an par un règlement du 11 novembre 2009, afin que les EMS puissent adapter leur politique salariale aux exigences inhérentes à une implication de l'Etat dans leur financement, de sorte que le principe de la proportionnalité a été respecté à cet égard. Enfin, au vu de ce qui précède, l'ensemble de cette réglementation n'est pas critiquable au regard de la liberté économique.
En conclusion, les griefs que les recourants font valoir à l'encontre des dispositions du RCLPFES ayant trait à la rémunération des fonctions directoriales et administratives des EMS privés reconnus d'intérêt public sont dénués de fondement.
6. 6.1 Les recourants soutiennent que l'art. 11 RCLPFES relatif à la distribution du bénéfice sort du cadre posé par l'art. 4d LPFES, dans la mesure où il prévoit l'affectation d'une part prépondérante du bénéfice à une réserve spéciale ainsi qu'une limitation chiffrée en pourcentage de la distribution possible du bénéfice réalisé sans assurer un rendement suffisant. Ils y voient non seulement une violation du principe de la légalité, mais encore une atteinte au principe de la primauté du droit fédéral dès lors que l'art. 11 RCLPFES irait à l'encontre de l'art. 698 al. 2 ch. 4 CO. Ils se plaignent également que cette disposition réglementaire viole le principe de la proportionnalité, la liberté économique ainsi que la garantie de la propriété privée (cf. art. 26 Cst.) et redoutent qu'elle ait un impact fiscal négatif.
6.2 Les recourants soulèvent le grief de violation de la garantie de la propriété. Toutefois, procédant par affirmations, ils ne démontrent pas dans une argumentation claire en quoi la distribution du bénéfice selon l'art. 11 RCLPFES porterait atteinte à l'art. 26 Cst. Sur ce point, leur motivation ne satisfait pas aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF et n'est donc pas recevable. Quant à leur argumentation au sujet de l'impact fiscal de l'art. 11 RCLPFES sur la propriété privée, il est incompréhensible et, par conséquent, irrecevable au regard des art. 42 et 106 al. 2 LTF.
6.3 A titre préliminaire, on rappellera qu'en vertu du principe de la primauté du droit fédéral consacré à l'art. 49 al. 1 Cst., les cantons ne sont pas autorisés à légiférer dans les matières exhaustivement réglementées par le droit fédéral. Dans les autres domaines, ils peuvent édicter des règles de droit pour autant qu'elles ne violent ni le sens ni l'esprit du droit fédéral, et qu'elles n'en compromettent pas la réalisation (ATF 134 I 125 consid. 2.1 p. 128; 133 I 286 consid. 3.1 p. 290 et la jurisprudence citée). Cela concerne en particulier les règles de droit public cantonal qui sont en concours avec le droit civil fédéral, dans leurs rapports avec ce droit; de telles règles, que les cantons peuvent édicter en vertu de l'art. 6 CC, ne sont admissibles qu'à la triple condition que le législateur fédéral n'ait pas entendu réglementer la matière de manière exhaustive, que les règles cantonales soient justifiées par un intérêt public pertinent et, enfin, qu'elles n'éludent pas le droit civil fédéral ni n'en contredisent le sens ou l'esprit (ATF 135 I 233 consid. 8.2 p. 253; 131 I 333 consid. 2.1 p. 336 et la jurisprudence citée).
L'existence ou l'absence d'une législation fédérale exhaustive constitue donc le premier critère pour déterminer s'il y a conflit avec une règle cantonale. Toutefois, même si la législation fédérale est considérée comme exhaustive dans un domaine donné, une loi cantonale peut subsister dans le même domaine si elle a un autre objectif que le but poursuivi par le droit fédéral (ATF 133 I 110 consid. 4.1 p. 116; cf. aussi arrêt 1C_357/2009 du 8 avril 2010 consid. 2.1). Ce n'est que lorsque la législation fédérale exclut toute réglementation dans un domaine particulier que le canton perd la compétence d'adopter des dispositions complétives, quand bien même celles-ci ne contrediraient
pas le droit fédéral ou seraient même en accord avec lui (ATF 133 I 110 consid. 4.1 p. 116 et la jurisprudence citée; cf aussi arrêt 1C_357/2009 du 8 avril 2010 consid. 2.1).
6.4 L'art. 11 RCLPFES se fonde sur l'art. 4d LPFES qui donne au Conseil d'Etat la faculté de poser des limites à la distribution du bénéfice réalisé par les EMS privés reconnus d'intérêt public en garantissant un rendement suffisant des fonds propres investis, mais sans définir ces notions. Pour respecter une égalité de traitement entre les différents EMS privés reconnus d'intérêt public, quelle que soit leur structure juridique, le Conseil d'Etat s'est attaché à établir, à l'art. 11 RCLPFES, la part du bénéfice qui doit rester mobilisable dans le cadre de la mission d'intérêt public des EMS en cause (affectation à une réserve spéciale destinée à couvrir des pertes d'exploitation ou permettre le financement de mesures d'exploitation d'ordre général ainsi que celui de l'investissement conformément à la mission de l'EMS). Il a estimé que cette approche permettait de garantir de manière indirecte un rendement suffisant des fonds propres investis (cf. déterminations du Conseil d'Etat du 12 novembre 2009 p. 11 ch. 4c in fine). Il a en outre prévu la possibilité pour ces EMS de déroger aux règles d'affectation du bénéfice en présentant une demande motivée à l'autorité compétente, le cas échéant sur préavis du contrôleur des comptes (art. 11 al. 4 RCLPFES). On ne voit pas que ce système sorte du cadre légal de l'art. 4d LPFES.
Il existe en outre un intérêt public à ce que le bénéfice réalisé par un EMS subventionné soit affecté partiellement à un fonds destiné à assurer la réalisation de tâches liées à la mission dudit EMS. C'est ce but que poursuit l'art. 11 RCLPFES, sans pour autant contrevenir à l'art. 698 al. 2 ch. 4 CO qui dispose que l'assemblée générale des actionnaires d'une société anonyme a le droit inaliénable d'approuver les comptes annuels et de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan, en particulier de fixer le dividende et les tantièmes. L'art. 698 CO fait partie des dispositions visant à répartir les compétences entre les différents organes de la société anonyme qui sont contenues dans un chapitre consacré à l'organisation de la société anonyme. Il n'exclut pas qu'une disposition de droit public cantonal impose l'affectation d'une part déterminée du bénéfice à une réserve spéciale et l'on ne voit pas que cette affectation contrevienne à l'esprit du droit civil fédéral. Par conséquent, l'argument que les recourants tirent d'une prétendue violation de la primauté du droit fédéral n'est pas pertinent. En outre, contrairement à ce qu'affirment les recourants, l'Etat ne contrôle pas l'affectation de l'entier du bénéfice; il se contente de préciser les modalités selon lesquelles une part du bénéfice doit être consacrée à une réserve spéciale mobilisable dans le cadre de la mission d'intérêt public de l'EMS concerné, ce qui reste conforme au principe de la proportionnalité. Par ailleurs, dans la mesure où les recourants s'en prennent à la fixation des taux d'affectation du bénéfice prévus par l'art. 11 RCLPFES, ils se contentent d'affirmer que ces taux ont été fixés arbitrairement et qu'ils violent la garantie de la propriété, la liberté économique ainsi que les dispositions du droit privé fédéral relatives à l'utilisation du bénéfice. Ils ne démontrent nullement en quoi consistent ces prétendues violations, de sorte que leur motivation ne satisfait pas aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, ce qui rend leur grief irrecevable. Enfin, le but d'intérêt public poursuivi par l'art. 11 RCLPFES et le respect du principe de la proportionnalité résultant de son libellé permettent de considérer que cette disposition n'est pas contestable au regard de la liberté économique.
Les recourants se reportent par ailleurs à leur argumentation relative à l'ingérence de l'Etat dans la fixation de la rémunération des fonctions directoriales et administratives, en prétendant qu'elle s'applique "mutatis mutandis" à propos des restrictions d'utilisation du bénéfice généré par les EMS privés reconnus d'intérêt public. On peut donc se référer sur ce point à ce qui a été dit ci-dessus, au consid. 5.2.
En résumé, les reproches que les recourants adressent à la réglementation portant sur l'utilisation du bénéfice des EMS privés reconnus d'intérêt public ne sont pas fondés.
7. Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être rejeté dans la mesure où il est recevable et le recours constitutionnel subsidiaire doit être déclaré irrecevable.
Succombant, les recourants doivent supporter solidairement les frais judiciaires (art. 65 ainsi que 66 al. 1 et 5 LTF) et n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Conseil d'Etat et à la Cour constitutionnelle du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 24 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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