Sachverhalt:
A. Das kantonale Steueramt Zürich schätzte am 20. Oktober 2006 die X._ AG für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 nach pflichtgemässem Ermessen ein, da diese trotz Mahnung keine Steuererklärung eingereicht hatte. Auf die von der Steuerpflichtigen dagegen erhobene Einsprache trat das kantonale Steueramt am 30. August 2007 mangels gleichzeitiger Einreichung der vollständigen Steuererklärung nicht ein. Die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich hiess am 18. Dezember 2007 das von der X._ AG gegen diesen Entscheid ergriffene Rechtsmittel gut und wies die Sache zur weiteren Behandlung und zum Neuentscheid im Einspracheverfahren an das kantonale Steueramt zurück. Letzteres wandte sich dagegen an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das die Beschwerde am 11. Juni 2008 abwies.
B. Das kantonale Steueramt Zürich beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 11. Juni 2008 aufzuheben und seinen Einspracheentscheid vom 30. April 2007 zu bestätigen.
Die Beschwerdegegnerin und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ersuchen um Abweisung der Beschwerde.
Die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Eidgenössische Steuerverwaltung stellt Antrag auf Gutheissung des Rechtsmittels.
Erwägungen:
1. 1.1 Streitgegenstand bildet die Frage, ob die Einsprache der Beschwerdegegnerin vom 17. November 2006 eine genügende Begründung enthält und das kantonale Steueramt darauf eintreten muss.
1.2 Die Vorinstanz stützt ihren bejahenden Entscheid auf § 140 Abs. 2 des zürcherischen Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG/ZH). Diese Norm stimmt wörtlich mit Art. 48 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und ausserdem - mit dem hier allerdings nicht anwendbaren - Art. 132 Abs. 3 DBG (SR 642.11) überein. Danach kann der Steuerpflichtige eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
1.3 Nach Ansicht der Vorinstanz dürfen die Anforderungen an die Begründung einer Einsprache gegen eine pflichtgemässe Einschätzung nicht überspannt werden. Es genüge, dass die vom Steuerpflichtigen verlangte Einschätzung nachvollzogen und beweismässig überprüft werden könne. Dagegen sei nicht ein Unrichtigkeitsnachweis zu verlangen, denn es bilde Gegenstand der materiellen Prüfung, ob der Beweis der offensichtlichen Unrichtigkeit der nach pflichtgemässem Ermessen erfolgten Einschätzung erbracht sei. Die Beschwerdegegnerin habe unter Verweis auf den in der Jahresrechnung 2004 ausgewiesenen Verlust von Fr. 45'123.18 klar zum Ausdruck gebracht, dass sie statt mit dem ermessensweise festgesetzten Reingewinn von Fr. 100'000.-- mit einem solchen von Fr. 0.-- eingeschätzt werden wolle. Die Einsprache sei damit hinreichend begründet.
1.4 Der Beschwerdeführer macht demgegenüber geltend, eine genügende Begründung setze namentlich bei juristischen Personen regelmässig voraus, dass eine vollständig ausgefüllte Steuererklärung mit einer lückenlosen und nicht offensichtlich fehlerhaften Jahresrechnung eingereicht werde. Andernfalls bleibe der Sachverhalt mangels ausreichender Angaben weiterhin derart unklar, dass von vornherein keine offensichtliche Unrichtigkeit der Ermessensveranlagung nachgewiesen werden könne. Die Beschwerdegegnerin verweise lediglich auf ihre Jahresrechnung, die dazu noch an offensichtlichen Mängeln leide. Eine Steuererklärung habe sie nicht nachgereicht. Ihre Einsprache erlaube keine Nachprüfung der Ermessenseinschätzung und sei deshalb ungenügend begründet.
2. 2.1 Art. 48 Abs. 2 StHG und der damit übereinstimmende § 140 Abs. 2 StG/ZH verlangen bei der Anfechtung von Ermessenseinschätzungen eine Begründung und die Nennung der Beweismittel. Diese Regelung unterscheidet sich von der ordentlichen Einsprache, bei der keine Begründung und nicht einmal ein Antrag nötig sind (Art. 48 Abs. 1 StHG; § 140 Abs. 1 StG/ZH). Die Erfordernisse der Begründung und der Nennung der Beweismittel stellen bei Einsprachen, die gegen eine Ermessenseinschätzung erhoben werden, Prozessvoraussetzungen dar (BGE 131 II 548 E. 2.3 S. 551; 123 II 552 E. 4c S. 557 f.).
Die genannten erhöhten prozessualen Anforderungen finden ihre Erklärung in der besonderen Natur der Ermessensveranlagung. Da die Steuerbehörde mangels genügender Unterlagen nicht alle Steuerfaktoren genau ermitteln kann, muss sie diese schätzen. Dabei hat sie notwendigerweise auf Annahmen und Vermutungen abzustellen. Weil eine Ermessenseinschätzung somit naturgemäss eine gewisse Unschärfe aufweist, ist die Möglichkeit, sie anzufechten, entsprechend eingeschränkt. Der Steuerpflichtige kann sie nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit in Frage stellen. Er hat nachzuweisen, dass die Ermessensveranlagung den tatsächlichen Verhältnissen nicht entspricht. Mittels umfassendem Unrichtigkeitsnachweis hat er die bisher vorhandene Ungewissheit bezüglich des Sachverhalts zu beseitigen; blosse Teilnachweise genügen nicht. In der Begründung der Einsprache ist daher der Sachverhalt in substanziierter Weise darzulegen, und es sind die Beweismittel für diese Sachverhaltsdarstellung zu nennen. Es reicht nicht aus, die Einschätzung bloss in pauschaler Weise zu bestreiten oder lediglich einzelne Positionen der Einschätzung als zu hoch zu bezeichnen. Vielmehr wird der Steuerpflichtige, der seine Mitwirkungspflichten im Veranlagungsverfahren nicht erfüllt und dadurch eine Ermessensveranlagung bewirkt hat, in der Regel die versäumten Mitwirkungshandlungen nachholen - also eine bisher nicht vorgelegte Steuererklärung nachträglich einreichen - müssen, um die Einsprache genügend begründen zu können (Urteile des Bundesgerichts 2A.72/2004 vom 4. Juli 2005 E. 5, in: StR 60/2005 973, und 2C_620/2007 vom 2. Juli 2008 E. 2.1).
2.2 Die erwähnten gesetzlichen Bestimmungen schreiben indessen nicht vor, dass eine Einsprache gegen eine Ermessenseinschätzung wegen versäumter Mitwirkungshandlungen nur gültig ist, wenn damit gleichzeitig das Versäumte nachgeholt wird. Nach der Rechtsprechung ist daher das Nachreichen einer bisher nicht vorgelegten Steuererklärung nicht Gültigkeitsvoraussetzung der Einsprache (Urteile des Bundesgerichts 2A.72/2004 vom 4. Juli 2005 E. 6, in: StR 60/2005 973, und 2C_620/2007 vom 2. Juli 2008 E. 3.2; ebenso Martin Zweifel, in: Martin Zweifel/Peter Athanas (Hrsg.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2. Aufl. 2008, Art. 132 DBG N. 35a). Auch der Beschwerdeführer räumt ein, dass der Steuerpflichtige unter Umständen auch ohne Nachholung der versäumten Mitwirkungshandlung die offensichtliche Unrichtigkeit einer Ermessenseinschätzung substanziiert begründen und mit anderen Beweismitteln belegen kann.
2.3 Die Vorinstanz entnimmt dem Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 17. November 2008 eine genügende Einsprachebegründung. Es gehe daraus hervor, dass Letztere eine Einschätzung des Reingewinns mit Fr. 0.-- verlange und zum Beleg auf die eingereichte Jahresrechnung verweise. Tatsächlich erscheint das Begehren der Beschwerdegegnerin klar. Es handelt sich dabei nicht um eine blosse pauschale Infragestellung der Ermessenseinschätzung, sondern um die Beanstandung eines Steuerfaktors, der offensichtlich unrichtig sein soll. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, leitet die Beschwerdegegnerin die Unrichtigkeit daraus ab, dass die Jahresrechnung keinen Gewinn, sondern einen Verlust von Fr. 45'123.18 ausweise.
2.4 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass die von der Beschwerdegegnerin vorgebrachte Begründung verständlich ist, auch wenn nicht gleichzeitig die Steuererklärung nachgereicht wurde. Er hält die Begründung jedoch für unzutreffend, da der blosse Verweis auf eine - erst noch unvollständige - Jahresrechnung die offensichtliche Unrichtigkeit der Ermessensveranlagung in keiner Weise belege. Dafür hätte eine Steuererklärung vorgelegt werden müssen. Wie es sich damit verhält, ist jedoch - wie die Vorinstanz zu Recht darlegt - eine materielle Frage und berührt nicht die Begründungspflicht. Das Bundesgericht hat seine frühere - nicht immer einheitliche - Rechtsprechung in diesem Sinne verdeutlicht (Urteil 2A.72/2004 vom 4. Juli 2005 E. 6, in: StR 60/2005 973). Der Beschwerdeführer befürchtet zu Unrecht, dass er infolge dieser Praxis auch dann zu weiteren Untersuchungshandlungen verpflichtet ist, wenn eine Einsprachebegründung formell zwar ausreichend erscheint, materiell aber unzutreffend ist, weil sie die offensichtliche Unrichtigkeit der Ermessenseinschätzung von vornherein nicht nachzuweisen vermag. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung lebt die Untersuchungspflicht der Steuerbehörde erst wieder auf, wenn die Ungewissheit des Sachverhalts, die zur ermessensweisen Einschätzung geführt hat, durch den Steuerpflichtigen beseitigt worden ist (Urteil 2A.39/2004 vom 29. März 2005 E. 5.1, in: StR 60/2005 520).
3. Die Beschwerde erweist sich aus diesen Erwägungen als unbegründet und ist abzuweisen.
Die bundesgerichtlichen Kosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen, da er unterliegt und seine Vermögensinteressen auf dem Spiel stehen (Art. 66 Abs. 3 BGG). Der nicht anwaltschaftlich vertretenen Beschwerdegegnerin ist praxisgemäss keine Parteientschädigung zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng