Fatti:
A. A._ è proprietario di un giardino terrazzato di circa 200 m2 situato nel Comune di X._, in zona agricola. Il fondo, sorretto a valle da un muro con scala in sasso, è in gran parte coperto da prato: una porzione più piccola, circa un terzo, è adibita a orto. Nel giardino si trova una baracca con pareti in lamiera. Con licenza edilizia del 19 maggio 2003, previa semplice procedura di notifica, il Municipio ha permesso al proprietario di posare una recinzione metallica, con rete e pali zincati aventi un'altezza da 1.50 m a oltre 2.00 m. La recinzione sconfina parzialmente sul fondo del vicino, consenziente.
B. Nel 2007, a seguito di una decisione del Consiglio di Stato del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza sui comuni, per l'opera di cinta in questione è stata avviata una procedura ordinaria di rilascio di un permesso in sanatoria. Fatto proprio il preavviso negativo vincolante del Dipartimento del territorio, con decisione dell'11 giugno 2007 il Municipio ha respinto la domanda di costruzione. La decisione è cresciuta in giudicato. Il 26 febbraio 2008 il Municipio, preso atto dell'avviso favorevole del citato Dipartimento, ha ordinato al proprietario di rimuovere la recinzione entro il 30 giugno 2008.
C. Adito dall'interessato, il Consiglio di Stato ne ha respinto il ricorso con decisione del 13 maggio 2008, ritenendo che, di fronte a una licenza edilizia nulla, l'insorgente non poteva prevalersi dei principi della sicurezza del diritto e della buona fede. Anche il Tribunale cantonale amministrativo, statuendo il 30 luglio 2008, ha respinto il relativo ricorso del proprietario.
D. Avverso questo giudizio A._ presenta un ricorso ("Beschwerde") al Tribunale federale. Chiede di concedere l'effetto sospensivo al gravame, di annullare la decisione impugnata, di addossare le spese della procedura federale e di quella cantonale allo Stato del Cantone Ticino, di porlo al beneficio dell'assistenza giudiziaria e di riconoscergli un'indennità di fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 133 II 400 consid. 2).
1.2 La presente decisione è redatta nella lingua della decisione impugnata, ossia l'italiano (art. 54 cpv. 1 LTF).
1.3 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha confermato l'ordine, fondato sul diritto pubblico, di demolire una recinzione, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF, visto che nell'ambito del diritto pianificatorio ed edilizio non si è in presenza di nessuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF (DTF 133 II 409 consid. 1.1, 353 consid. 2). Il criticato ordine di demolizione si fonda sull'art. 24 LPT (DTF 129 II 321 consid. 1.1 e rinvii).
1.4 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (cpv. 2; DTF 133 II 249 consid. 1.4.1; 133 IV 286 consid. 1.4). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono presentate nella sede federale (DTF 134 IV 36; 133 II 249 consid. 1.4.1). Inoltre, quando, come in concreto, il ricorrente invoca la violazione di diritti costituzionali, giusta l'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina le censure soltanto se sono state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla severa prassi, fondata sull'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, applicabile nel quadro del previgente ricorso di diritto pubblico (DTF 133 II 249 consid. 1.4.2; 133 III 638 consid. 2).
2. 2.1 La Corte cantonale ha rilevato che nella decisione dell'11 giugno 2007, con la quale il Municipio ha respinto la domanda di costruzione, è stata definitivamente accertata l'esistenza di una violazione materiale del diritto, ossia che la recinzione litigiosa non può beneficiare di un permesso in sanatoria. Questa decisione, non impugnata, è quindi cresciuta in giudicato e non può più essere rimessa in discussione nell'ambito della procedura in esame concernente l'ordine di demolizione. Nella misura in cui il ricorrente si diffonde ad addurre perché la recinzione litigiosa dovrebbe poter essere eccezionalmente autorizzata, il ricorso è pertanto inammissibile.
2.2 Su questo punto esso sarebbe comunque infondato, poiché secondo la costante prassi è manifesto che una cinta metallica realizzata fuori della zona edificabile è soggetta a un'autorizzazione ai sensi dell'art. 24 LPT (DTF 118 Ib 49 consid. 2a e b e rinvii ). D'altra parte, la non conformità di una recinzione nella zona agricola e l'impossibilità, di massima, di autorizzarla eccezionalmente sulla base della legislazione federale è notoria (sentenza 1A.196/2003 del 10 febbraio 2004 consid. 4 apparsa nella RtiD II-2004 n. 18 pag. 70). Del resto, la realizzazione di una siffatta opera potrebbe fondarsi soltanto su criteri oggettivi e non su motivi puramente finanziari, personali o di comodità (DTF 129 II 63 consid. 3.1; 124 II 252 consid. 4a; sentenza 1A.287/2004 del 2 settembre 2005 consid. 4.3 apparsa nella RtiD I-2006 n. 47 pag. 183).
2.3 Il ricorrente insiste sull'asserita preminenza dei suoi interessi privati su quelli pubblici, ritenuto che il fondo confinante non sarebbe utilizzato a scopi agricoli. La recinzione servirebbe in effetti a migliorare la coltivazione del suo orto e del giardino, proteggendoli dalle incursioni della selvaggina (cinghiali, lepri, caprioli, cervi, ecc.), che negli ultimi anni avrebbe causato danni sempre maggiori, in particolare alle piantagioni di verdure. Ciò gli avrebbe imposto di rafforzare in maniera appropriata, segnatamente per il tramite dell'opera di cinta litigiosa, il muro esistente.
2.4 Con questa argomentazione, sulla quale è incentrato il gravame, il ricorrente disattende che secondo la costante prassi, rettamente applicata dalla Corte cantonale, la recinzione di particelle non è conforme alla destinazione agricola dei fondi. Ciò vale, in particolare, quando la coltivazione non è esercitata in funzione di un raccolto e l'attività del coltivatore non appaia, almeno in una certa misura economicamente redditizia: quando la coltivazione è praticata infatti solo per hobby, per svago, a titolo ricreativo o per comodità, essa non costituisce chiaramente un'utilizzazione agricola, né il ricorrente, a ragione, lo pretende (DTF 112 Ib 404 consid. 3; sentenze 1A.196/2003, citata, 1A.104/2002 del 20 settembre 2002 consid. 2.2 apparsa nella RDAT I-2003 n. 58 pag. 206; sul divieto, di massima, di recingere i boschi cfr. DTF 114 Ib 238).
2.5 Questa conclusione non muta per gli accenni secondo i quali il ricorrente è affetto dal 2000 da depressione, ha perso la sua capacità lavorativa rimunerata ed è colpito da una malattia richiedente, come risulterebbe da un'attestazione medica da lui prodotta, un'attività regolare nel suo giardino. Invero, da detta attestazione risulta come importante che il ricorrente svolga una adeguata regolare attività fisica, anche nel giardino, e sportiva, nonché esercizi, che comporterebbero un importante effetto terapeutico. È quindi manifesto, che dette attività possono chiaramente aver luogo altrove e comunque anche in assenza della recinzione litigiosa. D'altra parte, come si è visto, le concezioni e i desideri meramente personali dell'interessato non sono decisivi (cfr. pure DTF 121 II 67 consid. 3c dove si rileva che motivi sociali, rispettivamente socioterapeutici, non implicano la conformità alla zona agricola di determinate costruzioni). Del resto, il ricorrente potrà continuare ad occuparsi del suo orto anche senza la recinzione litigiosa, come peraltro avviene per le altre colture situate fuori della zona edificabile: situazioni con le quali i proprietari dei relativi fondi devono convivere.
3. 3.1 Il Tribunale cantonale amministrativo ha stabilito che il ricorrente non può prevalersi della licenza rilasciatagli dal Municipio nel 2003, poiché nulla in quanto sprovvista del necessario avviso imposto dall'art. 25 cpv. 2 LPT secondo cui per tutti i progetti edilizi fuori delle zone edificabili spetta all'autorità cantonale competente decidere se siano conformi alla zona o se possano essere eccezionalmente autorizzati. La Corte cantonale ha accertato, a ragione come si vedrà, che, con la dovuta diligenza, l'incompetenza del Municipio era chiaramente riconoscibile e pertanto anche il carattere illecito dell'opera litigiosa.
3.2 Al riguardo, il ricorrente si limita ad addurre che la decisione impugnata sarebbe lesiva dei principi della buona fede e della proporzionalità, in particolare perché la Corte cantonale non avrebbe correttamente ponderato gli interessi pubblici e quelli privati. Egli insiste sul fatto che il Municipio gli aveva rilasciato una licenza edilizia, che, come già rilevato, in seguito è stata dichiarata nulla poiché rilasciata senza il necessario preavviso dell'autorità cantonale competente. Ne deduce ch'egli non dovrebbe subire alcun pregiudizio da questo errore procedurale commesso dall'autorità comunale. Sostiene poi, in maniera del tutto generica, che non ogni violazione di una norma procedurale comporterebbe la nullità del relativo atto amministrativo.
3.3 Come a ragione ritenuto dai giudici cantonali, secondo la costante giurisprudenza, un'autorizzazione eccezionale ai sensi dell'art. 24 LPT rilasciata dal municipio senza l'approvazione (costitutiva) della competente autorità cantonale è nulla, per lo meno quando, come nella fattispecie, la violazione materiale del diritto è chiara (art. 25 cpv. 2 LPT; DTF 128 I 254 consid. 3.1 con numerosi riferimenti anche alla dottrina; 132 II 21 consid. 3.2.1 e 3.2.2; 113 Ib 213 consid. 5; BERNHARD WALDMANN/PETER HÄNNI, Raumplanungsgesetz, Berna 2006, n. 37 all'art. 25).
Da decenni la giurisprudenza federale sottolinea che il cittadino dev'essere a conoscenza del fatto che l'autorizzazione comunale a costruire fuori della zona edificabile è subordinata all'approvazione della competente autorità cantonale: l'interessato, come fa il ricorrente anche nel caso di specie, non può pertanto validamente invocare il principio della buona fede o di altre assicurazioni fornite dall'autorità comunale (DTF 111 Ib 213 consid. 5; sentenze 1P.443/1998 del 18 agosto 1999 consid. 3c apparsa nella RDAT II-2000 n. 41 pag. 140; 1A.77/1994 dell'8 maggio 1995 consid. 5c apparsa nella RDAT I-1996 n. 59 pag. 171). Del resto, addirittura convenzioni mediante le quali le parti prevedono la conservazione parziale dell'opera, concluse tra rappresentanti dell'ente pubblico e il proprietario di una costruzione oggetto di un ordine di demolizione, sarebbero prive di portata giuridica, anche sotto il profilo del principio della buona fede (sentenza 1A.77/2005 del 6 giugno 2005 consid. 2 apparsa nella RtiD II-2005 n. 18 pag. 107). Ne segue, che la tesi della buona fede, sulla quale è imperniato il ricorso, non regge.
3.4 I generici accenni addotti dal ricorrente a sostegno della sua tesi non inducono a scostarsi da questa prassi invalsa. La giurisprudenza rifiuta infatti la protezione della buona fede nel caso di un ordine di demolizione di un'opera costruita fuori della zona edificabile solo sulla base di un'autorizzazione comunale (sentenze 1P.443/1998 del 18 agosto 1999 consid. 3 apparsa nella RDAT II-2000 n. 41 pag. 140; 1A.77/1994 dell'8 maggio 1995 consid. 5c apparsa nella RDAT 1-1996 n. 59 pag. 171; cfr, anche DTF 132 II 21 consid. 6 e 6.4). Il principio dell'uguaglianza di trattamento impone di non scostarsi da questa giurisprudenza anche nel caso concreto.
4. 4.1 Si è quindi di fronte a una fattispecie in cui, nella ponderazione dei contrapposti interessi, l'autorità può attribuire un peso accresciuto al ripristino di una situazione conforme al diritto e trascurare, o considerare solo parzialmente, gli inconvenienti meramente personali, quali segnatamente eventuali incursioni di animali nell'orto del ricorrente e le spese di demolizione che gli derivano dall'ordine litigioso. Nella fattispecie non sussistono quindi, conformemente alla giurisprudenza citata, motivi dedotti dalla buona fede che ostino al ripristino di una situazione conforme al diritto.
4.2 In concreto, l'ordine di demolizione neppure viola il principio di proporzionalità, visto che, come accertato dalla Corte cantonale, il ricorrente non fa valere problemi di ordine tecnico, che osterebbero all'abbattimento della recinzione metallica. D'altra parte, la posa di un pastore elettrico, come rilevato dal Tribunale amministrativo, potrà impedire l'accesso all'orto da parte degli animali maggiormente indesiderati. Il semplice accenno del ricorrente, secondo cui questa misura sarebbe meno efficace della recinzione litigiosa, non si presta a dimostrare che detto accertamento di fatto sia addirittura insostenibile e quindi arbitrario (sulla nozione di arbitrio vedi DTF 132 III 209 consid. 2.1; 132 I 175 consid. 1.2).
4.3 L'invocato principio non è d'altra parte disatteso, se si considera, come accertato dalla Corte cantonale e non criticato dal ricorrente, che la recinzione serve solo in minima parte a proteggere l'orto, che costituisce unicamente circa un terzo del fondo in questione, mentre il resto è prato. Ora, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene solo qualora l'accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF, cioè in maniera arbitraria (art. 105 cpv. 2 LTF, disciplina analoga a quella dell'art. 97 cpv. 1 LTF; DTF 133 II 249 consid. 1.2.2). La parte ricorrente che intende contestare i fatti accertati dall'autorità inferiore deve quindi spiegare in maniera circostanziata per quale motivo ritiene che le condizioni di una delle eccezioni previste dall'art. 105 cpv. 2 LTF sarebbero realizzate; in caso contrario, come in concreto, non si può tener conto di uno stato di fatto diverso da quello posto a fondamento della decisione impugnata (DTF 133 II 249 consid. 1.4.3; 133 IV 286 consid. 6.2).
5. 5.1 Ne segue, che il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere respinto.
5.2 La domanda di assistenza giudiziaria, considerato che il ricorso era privo di probabilità di successo fin dall'inizio, di massima, dovrebbe essere respinta. D'altra parte, il ricorrente era patrocinato da un legale nella sede cantonale e per sua stessa dichiarazione assistito davanti al Tribunale federale da un altro giurista, che non ha tuttavia firmato l'atto di ricorso in esame da lui redatto: neppure il presupposto dell'indigenza è pertanto manifesto. Tenuto nondimeno conto della situazione economica del ricorrente, che percepisce una rendita di invalidità, e dell'insieme delle circostanze si può eccezionalmente rinunciare a prelevare le spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 secondo periodo LTF). Visto l'esito della causa e accertato che il ricorso non è stato firmato da un legale, la domanda ricorsuale di attribuire fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale dev'essere respinta.
5.3 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie e non si assegnano ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione al ricorrente, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.