Faits:
A. L'Agefi, société de l'agence économique et financière SA (ci-après: l'Agefi SA), créée en 1976 et dont le siège est à Lausanne, a pour but statutaire l'"édition et la publication du journal financier Agefi et [la] publication d'autres périodiques économiques".
Le 29 novembre 2007, l'Agefi SA a fait parvenir à la Poste Suisse (ci-après: la Poste), sur demande de cette dernière, le formulaire de déclaration spontanée "Presse régionale et locale" pour le titre L'Agefi. Il y est notamment précisé que l'édition en abonnement légalisée s'élève à 2'913 exemplaires.
Le 13 décembre 2007, la Poste a indiqué à l'Agefi SA que son journal ne remplissait pas tous les critères fixés par l'art. 15 de la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste (LPO; RS 783.0) et que le tarif normal, sans le rabais accordé au titre d'aide indirecte à la presse, lui serait désormais applicable. Le 19 décembre 2007, l'Agefi a répondu qu'elle contestait ce point de vue.
Le 8 août 2008, La Poste a décidé que L'Agefi ne remplissait pas les conditions d'octroi des tarifs préférentiels pour le transport des journaux et périodiques prévus par l'art. 15 LPO et qu'à compter du 1er janvier 2008, aucun rabais ne serait accordé à ce titre.
Par mémoire du 25 août 2008, l'Agefi SA a recouru contre la décision du 8 août 2008 auprès du Tribunal administratif fédéral, en concluant, sous suite de frais et dépens, principalement à l'octroi du rabais pour le transport du titre L'Agefi à compter du 1er janvier 2008, et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la Poste pour nouvelle décision au sens des considérants.
B. Par arrêt du 30 juin 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours. L'interprétation de la notion de "presse régionale ou locale" de l'art. 15 al. 2 LPO semblait exclure de la presse régionale et locale L'Agefi, qui n'était distribué qu'en Suisse romande essentiellement dans les cantons de Genève et de Vaud. Cette question pouvait demeurer ouverte du moment que L'Agefi devait être qualifié de presse spécialisée visant des lecteurs dont les centres d'intérêts sont tournés vers l'économie et la finance.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Agefi SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 30 juin 2009 par le Tribunal administratif fédéral et d'accorder au journal L'Agefi un rabais au sens de l'art. 15 al. 2 LPO dès le 1er janvier 2008, subsidiairement de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle se plaint de la violation de l'art. 15 LPO.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. La Poste conclut au rejet du recours. Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication renonce à prendre position.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre a LTF). Il ne tombe pas sous le coup de l'art. 83 let. k LTF, du moment que l'art. 15 LPO donne droit aux rabais respectivement contraint la Poste à accorder de tels rabais, lorsque les conditions légales sont réunies (ATF 129 III 35 consid. 4.1 p. 37 s. pour l'ancien droit). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
2. 2.1 La Poste transporte les journaux et les périodiques en abonnement selon les mêmes principes, à des prix indépendants de la distance (art. 15 al. 1 LPO). Ce principe est assorti des exceptions prévues par les al. 2 et 3:
2 Afin de maintenir une presse régionale et locale diversifiée, la Poste octroie des rabais aux quotidiens et aux hebdomadaires en abonnement dont elle assure la distribution régulière et qui
a) sont principalement diffusés en Suisse;
b) paraissent au moins une fois par semaine;
c) ne servent pas de manière prépondérante des fins commerciales ou la promotion de produits ou de prestations;
d) comprennent une partie rédactionnelle moyenne représentant 50 % au moins de l'ensemble de la publication;
e) ne font pas partie de la presse associative ni de la presse spécialisée;
f) ne relèvent pas du domaine public ni ne sont publiés par une autorité étatique;
g) ne sont pas des publications gratuites;
h) ont un tirage compris entre 1000 et 40 000 exemplaires par édition, certifié par un office de contrôle indépendant et reconnu;
i) ne sont pas détenus majoritairement, ni directement, ni indirectement, que ce soit du point de vue du capital ou du point de vue des voix, par l'éditeur du titre principal, s'ils paraissent en tant que têtières;
j) ne pèsent pas plus d'un kilo, encarts compris.
3 La Poste octroie des rabais aux journaux et périodiques d'organisations à but non lucratif (presse associative) dont elle assure la distribution régulière et qui:
a) paraissent au moins une fois par trimestre;
b) ne pèsent pas plus d'un kilo, encarts compris;
c) ne servent pas de manière prépondérante des fins commerciales ou la promotion de produits ou de prestations;
d) comprennent une partie rédactionnelle moyenne représentant 50 % au moins de l'ensemble de la publication;
e) ont un tirage compris entre 1000 et 300 000 exemplaires par édition, certifié par un office de contrôle indépendant et reconnu."
D'après l'art. 15 al. 5 et 6 LPO, la Confédération verse à la Poste une indemnité annuelle de 20 millions de francs pour l'octroi des rabais prévus à l'al. 2 et de 10 millions de francs pour l'octroi des rabais prévus à l'al. 3. L'ordonnance du 26 novembre 2003 sur la poste (OPO; RS 783.01) ne contient pas de disposition sur l'aide indirecte à la presse.
2.2 La notion de "presse spécialisée" n'apparaît pas dans la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007. Les travaux parlementaires à l'origine de l'art. 15 al. 2 LPO (dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2008; cf. BO 2007 CE 430) n'en définissent pas la portée ni le contenu. Il convient par conséquent de dégager une définition de la "presse spécialisée". Les exemples fournis par les parlementaires pour illustrer leurs interventions aux Chambres à propos de l'art. 15 al. 2 LPO permettent d'en donner une définition a contrario.
En effet, ces derniers ont fait état de journaux tels que Le Temps et Le Nouvelliste (VS) - exclus de l'aide indirecte en raison du nombre d'exemplaires et non pas de la matière traitée - ou encore La Liberté, La Gruyère, les Freiburger Nachrichten, qui devaient en bénéficier (BO 2007 CE 426, CN 850). Ces exemples donnent une idée de ce que les parlementaires avaient à l'esprit lorsqu'ils ont édicté les conditions de l'art. 15 al. 2 LPO, pour assurer la diversité médiatique nécessaire au libre déroulement du débat démocratique, mise en péril par la difficulté au niveau régional et local des petits éditeurs d'engranger suffisamment de lecteurs et surtout d'argent pour survivre (parmi d'autres interventions, celle de Maria Roth-Bernasconi, BO 2007 CN 508). Il s'agit de journaux dont le dénominateur commun est d'exposer à un large public l'actualité internationale, suisse, cantonale et régionale dans les domaines les plus divers tels que la politique, l'économie, la finance, la culture, la sociologie, l'éducation, la nature, la technologie, l'environnement et le sport ainsi que des commentaires et analyses généralistes accessibles à ce même large public cible, de sorte que ce sont ces journaux qui, avant toute autre publication, fondent le débat démocratiques dont les parlementaires ont voulu assurer l'existence, par opposition à la "presse spécialisée".
Par conséquent, a contrario, par "presse spécialisée" au sens de l'art. 15 al. 2 let. e LPO, il faut entendre une presse qui présente un ensemble d'informations, de connaissances et d'opinions approfondies sur un objet d'étude limité qui visent un nombre limité de lecteurs reliés entre eux par des centres d'intérêts particuliers.
La question de savoir si un journal fait partie de la presse spécialisée doit s'analyser en fonction des circonstances du cas d'espèce et finalement sur l'impression générale qui se dégage du journal (ATF 120 Ib 150 consid. 2c p. 152 s.).
2.3 Dans son arrêt, le Tribunal administratif fédéral a constaté que L'Agefi a une orientation économique et financière marquée, même si quelques articles traitent de divers thèmes de politique nationale et internationale. Selon lui, il vise dans son ensemble des lecteurs ayant des centres d'intérêts tournés vers l'économie et la finance, comme cela ressort de son en-tête, ce qui permet de le qualifier de "presse spécialisée".
Dans son mémoire de recours, pour démontrer que L'Agefi ne saurait être considéré comme de la presse spécialisée, la recourante met en exergue le fait qu'elle emploie quatre journalistes politiques à plein temps, dont deux basés à Berne, que son journal traite de manière approfondie de politique internationale et nationale et qu'il ne s'agit pas d'un bulletin d'information destiné à des analystes financiers. Ces objections sont insuffisantes. La qualification d'un journal de "presse spécialisée" ne dépend pas en premier lieu du nombre de journalistes employés ni de leur lieu de travail, mais bien du contenu des articles publiés et de l'impression d'ensemble qui résulte du journal. A cet égard, le premier des deux cahiers de L'Agefi est fondamentalement axé sur l'économie tandis que le second contient uniquement des données d'ordre financier. Cela a pour effet de conférer à l'ensemble du journal le caractère de "presse spécialisée" ayant une orientation très spécifique comme cela ressort également du but statutaire de la recourante qui comprend en particulier la publication du journal "financier" L'Agefi.
En confirmant la décision de la Poste de refuser à la recourante l'octroi de rabais pour le titre L'Agefi, le Tribunal administratif fédéral a correctement appliqué le droit fédéral.
3. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication.
Lausanne, le 21 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey