Faits:
A. A compter de novembre 2006, Y._ SA (ci-après: Y._), société anonyme active notamment dans l'étude de placements de capitaux avec siège dans le canton de Vaud, a engagé X._ en vue de l'implantation de la société en Italie.
Le 25 avril 2007, après avoir déjeuner avec A._, analyste financier chez Y._, à la demande de celui-ci, X._ s'est entretenue avec lui et B._, responsable des ventes au sein de Y._, dans les locaux genevois de la société. Au cours de cet entretien, B._ et A._ - sur requête de C._, directeur de Y._ - ont signifié oralement à l'employée son congé et lui en ont expliqué les motifs.
B.
Le matin du 25 avril 2007, X._ avait déjà consulté le Dr D._, médecin généraliste. Dans une attestation établie le 11 août 2007, ce dernier a écrit que X._ présentait alors une infection avec une altération de son état général importante, raison pour laquelle il lui avait prescrit une antibiothérapie et de la cortisone, mais que cette patiente avait toutefois refusé l'arrêt de travail qu'il voulait lui prescrire "car elle disait avoir des engagements professionnels importants ce jour-là (le 25 avril 2007)". Des certificats médicaux ont par la suite été rédigés par deux autres médecins, la date du début de l'arrêt de travail étant fixée rétroactivement. Le certificat établi par le Dr E._, à une date illisible, atteste en particulier de l'incapacité totale de travail de X._ pour cause de maladie, du 25 avril au 13 mai 2007.
Le 1er mai 2007, A._ a envoyé un courriel à X._, transmettant à celle-ci, en copie jointe, un courrier daté du 25 avril 2007 adressé à elle et signé par C._. Ce courrier confirme la teneur de l'entretien du 25 avril 2007 et précise que les relations contractuelles prendront fin le 31 mai 2007.
Dans un courriel adressé à son mandataire le 14 mai 2007, X._ signale que son licenciement a bien eu lieu "verbalement" le 25 avril 2007.
Dans le cadre d'une correspondance échangée entre les mandataires des parties du 9 mai au 5 septembre 2007, Y._ a expliqué que le licenciement avait été annoncé par B._ et A._, au cours de l'entretien du 25 avril 2007, étant donné que ces derniers avaient déjà recommandé X._ lors de son engagement par la société. X._ estime, pour sa part, que le congé est nul du fait qu'elle se trouvait en incapacité de travail pour cause de maladie lorsqu'elle a reçu la lettre datée du 25 avril 2007. Si elle admet que le courrier était explicite, elle considère que, lors de leur entretien, B._ et A._, qui ne disposaient pas des pouvoirs nécessaires pour la licencier, se sont limités à lui faire comprendre que Y._ ne poursuivrait pas sa collaboration avec elle, sans toutefois être plus précis. Elle se considère ainsi toujours comme employée de Y._ et lui réclame le versement de son salaire à partir de mai 2007.
Les parties se sont accordées sur une prorogation de for en faveur des juridictions prud'homales genevoises.
C. C.a Le 31 octobre 2007, X._ a déposé une demande au greffe de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève. Elle a conclu à ce que Y._ soit condamnée à lui payer 35'000 fr. bruts pour les salaires dus de mai à octobre 2007, plus intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 31 juillet 2007, ainsi qu'à lui verser le salaire brut convenu entre les parties de 7'000 fr. par mois jusqu'à ce qu'elle soit valablement licenciée. Elle a réclamé également 7'000 fr., plus intérêts, pour une partie du salaire non payé au début de son activité et 5'000 fr., plus intérêts, à titre d'indemnité pour tort moral.
C.b A la suite de l'échec de l'audience de conciliation, la cause a été renvoyée devant le Tribunal des prud'hommes.
Plusieurs personnes ont été entendues. C._, pour Y._, a admis devoir à X._ le seul salaire du mois de mai 2007. B._ a expliqué que, lors de l'entretien du 25 avril, X._ ne lui avait pas donné l'impression d'être malade. A._ a indiqué que, vu que X._ était venue travailler au sein de Y._ à sa demande, il était de son devoir de l'informer de son licenciement et que celui-ci a été fait sur demande de C._ et sur les avis émis par B._ et lui-même. F._, responsable du marketing chez Y._, a confirmé la teneur de son attestation écrite du 9 janvier 2008 établie à la demande de C._. Il ressort de l'attestation que le témoin F._ a ramené en voiture X._ après l'entretien de licenciement et que, durant le trajet, la précitée était particulièrement fâchée et qu'elle l'a exprimé de manière vindicative en affirmant son intention d'en découdre avec les collaborateurs de Y._, en particulier avec C._. Enfin, G._, ami intime de X._, s'est limité, pour l'essentiel, à confirmer ce que sa compagne lui avait confié s'agissant de la journée du 25 avril 2007.
Par jugement du 14 mai 2007, le Tribunal des prud'hommes a condamné Y._ à verser à X._ le montant de 7'000 fr. pour la partie du salaire non payé au début de l'activité de l'employée, mais rejeté la demande visant au paiement d'un tort moral. Concernant la question litigieuse de la nullité du congé, le Tribunal des prud'hommes a condamné Y._ à payer à son employée ses salaires pour la période de mai 2007 au 4 février 2008. Il a retenu que la société n'avait pas établi que le licenciement avait été clairement donné à l'employée par B._ et A._ lors de l'entretien du 25 avril 2007, que, de toute façon, ceux-ci ne disposaient pas des pouvoirs nécessaires pour engager la société dans le cadre de ce congé et que seule la lettre datée du 25 avril 2007 signée par C._ était de nature à fonder un licenciement; celui-ci était toutefois nul car reçu par l'employée par courrier électronique le 1er mai 2007, alors qu'elle se trouvait en incapacité totale de travail pour cause de maladie.
C.c Saisie d'un appel de Y._, la Cour d'appel des prud'hommes a admis le recours, par arrêt du 26 mars 2009, et annulé le jugement entrepris, considérant que le congé signifié oralement le 25 avril 2007 était valable. Elle a jugé que B._ et A._ avaient, tout comme cela avait été le cas au moment de l'engagement de X._, le pouvoir de représenter Y._ ce jour-là afin d'annoncer à l'employée son licenciement, que cette dernière avait parfaitement compris le contenu et la finalité de l'entretien du 25 avril 2007 et qu'elle avait pu inférer du comportement des deux représentants de Y._, ainsi que des relations de confiance dans lesquelles s'inscrivaient le rapport de travail en cause, que B._ et A._ agissaient pour le compte de Y._ (art. 32 al. 2 CO). En rapport avec la protection accordée par l'art. 336c CO, la cour cantonale a retenu, d'une part, que la maladie de l'employée était avérée, mais qu'elle ne l'a pas empêchée de travailler le 25 avril 2007, de sorte qu'elle ne pouvait être considérée en incapacité de travail au sens de l'art. 336c al. 1 let. b CO et, d'autre part, que l'infection dont elle souffrait était de nature à être guérie à l'échéance de son délai de congé au 31 mai 2007, soit environ cinq semaines après que le trouble se soit déclaré, voir même avant (ce qui a d'ailleurs été le cas puisque l'employée a retrouvé une capacité totale de travail le 15 mai 2007 [recte: 14 mai selon le certificat médical du Dr E._]). En conséquence, la cour cantonale a jugé que, cette maladie n'étant pas de nature à empêcher son engagement par un nouvel employeur à la fin du délai de congé, elle ne pouvait admettre la protection des art. 336c al. 1 let. b et al. 2 CO en faveur de X._.
La cour cantonale a par contre condamné Y._ a versé à X._ 7'000 fr. pour la partie du salaire non payé au début de l'activité de l'employée et 7'000 fr. au titre du salaire de mai 2007.
D. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 26 mars 2009. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir sombré plusieurs fois dans l'arbitraire en retenant qu'elle ne souffrait que d'une maladie insignifiante, qu'elle n'était pas en incapacité de travail, qu'elle a effectivement travaillé le 25 avril 2007, qu'elle avait été engagée par B._ et A._ et qu'elle a reçu une notification claire du congé par les précités. Invoquant également la violation des art. 32 et 336c CO, la recourante conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt entrepris et à ce que ses prétentions en salaires concernant la période de juin 2007 au mois de février 2008 soient reconnues et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité précédente, sous suite de dépens.
L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt querellé dans sa totalité.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé partiellement dans ses conclusions en paiement (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire en matière de droit du travail dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. a et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 63) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140). Une modification de l'état de fait ne peut cependant être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF).
2. La recourante étant domiciliée en Italie et ayant exercé son activité dans ce pays, la cause revêt un caractère international. Le Tribunal fédéral doit examiner d'office la question du droit applicable (ATF 132 III 609 consid. 4 p. 614, 626 consid. 2 p. 629; 131 III 511 consid. 2 p. 515). Celle-ci doit être tranchée à la lumière du droit international privé du for (ATF 132 III 661 consid. 2 p. 663 s.). L'arrêt cantonal mentionne une prorogation de for, mais pas une élection de droit. Se référant aux considérants du jugement de première instance, la cour cantonale a retenu que l'employée accomplissait son travail à Milan. A priori, le litige devrait donc relever du droit italien (art. 121 al. 1 LDIP). Les deux parties, qui sont chacune représentées par un avocat, se réfèrent cependant expressément au droit interne suisse, de même que les deux juridictions cantonales qui ont successivement examiné la cause; il est donc intervenu, à un certain moment, une élection de droit (art. 116 LDIP). A tout le moins peut-on déduire en l'occurrence de l'attitude des parties l'expression d'une élection de droit tacite, mais consciente (cf. ATF 130 III 417 consid. 2.2.1 p. 423 et les références; KNOEPFLER/SCHWEIZER/OTHENIN-GIRARD, Droit international privé suisse, 3e éd. 2005, n. 503a p. 256 s. et les références).
3. La recourante, qui mélange les critiques relevant du fait avec les arguments ressortant au droit, reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 336c al. 1 let. b CO en ne retenant pas la nullité du congé qui lui a été notifié oralement le 25 avril 2007.
3.1 Elle considère que c'est en établissant les faits de façon manifestement inexacte, donc en faisant preuve d'arbitraire (art. 9 Cst.), que l'autorité précédente est arrivée à la conclusion que la maladie de la recourante était insignifiante, qu'elle n'était pas incapable de travailler et qu'elle a travaillé le 25 avril 2007.
3.1.1 Il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits qui en découlent, lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9). La critique doit être formulée en respectant les exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.). Il incombe au recourant d'expliquer clairement et avec précision, en se référant aux pièces contenues dans le dossier, en quoi un point de fait serait établi de façon manifestement inexacte.
3.1.2 Dire si la maladie représente une atteinte à la santé insignifiante revient à décider si l'employé peut ou non bénéficier de la protection de l'art. 336c al. 1 let. b CO (cf. arrêt 4C.346/2004 du 15 février 2005 consid. 4.2). Il s'agit d'une question de droit soumise au libre examen du Tribunal fédéral (cf. consid. 3.2), étant toutefois souligné que l'existence de la maladie, sa nature et sa durée relèvent du fait. En l'espèce, la cour cantonale a reconnu que le trouble dont souffrait la recourante - que celle-ci a elle-même qualifiée d'angine - était avéré. Elle a retenu que cette infection était de nature à être guérie à l'échéance du délai de congé au 31 mai 2007, voire même avant, ce qui a d'ailleurs été le cas, puisque la recourante a retrouvé une capacité totale de travail à compter du 14 mai 2007. La cour cantonale s'est basée sur l'ensemble des éléments de preuve à sa disposition, soit trois certificats médicaux et les constatations du témoin A._ et on ne voit pas en quoi les faits seraient établis de façon arbitraire.
3.1.3 Lors de l'établissement des faits, il s'agit de déterminer si l'employée était apte à travailler et non de définir l'éventuelle incapacité de travail au sens de l'art. 336c al. 1 let. b CO (il s'agit là d'une question de droit). L'inaptitude au travail sera le plus souvent mise en évidence par un certificat médical, celui-ci ne constituant toutefois pas un moyen de preuve absolu (cf. arrêt 4C.346/2004 du 15 février 2005 consid. 4.1). En l'espèce, la critique de la recourante est inconsistante puisque l'autorité cantonale a tenu compte du certificat médical établi par le Dr E._ attestant de l'inaptitude au travail de la recourante du 25 avril 2007 au 13 mai 2007.
3.1.4 Enfin, la recourante insiste sur le fait que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en retenant qu'elle avait travaillé le 25 avril 2007 et en écartant ainsi toute incapacité de travail (au sens de l'art. 336c al. 1 let. b CO). Etant souligné que cette dernière conclusion est une question de droit (cf. consid. 3.2), on ne saurait reprocher à l'autorité précédente d'avoir retenu, au moment d'établir les faits, que l'employée n'a nullement été empêchée de travailler le 25 avril 2007. Le déroulement de cette journée, tel qu'il est présenté par la recourante, s'apparente à une journée de travail. En participant à un déjeuner avec A._ qui désirait l'entretenir de sa collaboration avec Y._, puis en demeurant dans les locaux de cette société pour discuter de son licenciement et des motifs ayant guidé celui-ci, il ne fait aucun doute que la recourante était au service de son employeur (pour le critère, cf. entre autres: Pierre Tercier/Pascal G. Favre, Les contrats spéciaux, 4e éd., Zurich 2009, n. 3263 p. 477) et qu'elle s'est déplacée suite à une instruction de celui-ci (en l'occurrence par l'entremise de A._ qui a pris contact avec elle par téléphone le 24 avril 2007). Il importe peu que ce témoin ait déclaré que l'employée s'était abstenue de boire du vin en raison de son traitement antibiotique. Ce constat permet tout au plus de confirmer que cette dernière se soignait d'une infection, mais nullement qu'elle était empêchée de travailler.
3.2 La cour cantonale a ainsi retenu que, bien que la recourante était au bénéfice d'un certificat médical (constatant son inaptitude au travail) depuis le 25 avril 2007, elle n'a nullement été empêchée de travailler ce jour-là. Le matin du jour en question, la recourante a d'ailleurs refusé l'arrêt de travail que le Dr D._ voulait lui prescrire, insistant sur le fait qu'elle avait des engagements professionnels importants.
Nonobstant la controverse doctrinale sur la question de savoir si un travailleur qui produit un certificat d'arrêt de travail mais qui continue à exercer son activité, peut bénéficier de la protection de l'art. 336c CO, le Tribunal fédéral a jugé que cette disposition s'appliquait, sauf si l'atteinte à la santé s'avère insignifiante au point de ne pas empêcher l'employé d'occuper, le cas échéant, un nouveau poste de travail (cf. arrêt 4C.346/2004 du 15 février 2005 consid. 4.2 et les références). Un engagement par un nouvel employeur à la fin du délai de congé ordinaire ne doit pas paraître hautement invraisemblable en raison de l'incertitude quant à la durée et au degré de l'incapacité de travail (cf. ATF 128 III 212 consid. 2c p. 217 qui se fonde sur le Message du Conseil fédéral du 9 mai 1984, FF 1984 II 628 ch. 620.9; Adrian Staehelin, Zürcher Kommentar, Obligationenrecht, 1996, no 8 ad art. 336c CO).
En l'occurrence, l'infection passablement banale dont souffrait la recourante, telle que constatée par la cour cantonale (art. 105 al. 1 LTF), n'était pas de nature à affecter sa faculté d'occuper un nouveau poste de travail à la fin de son délai de congé. D'ailleurs, la cour précédente a établi que la recourante a retrouvé une capacité totale de travail deux semaines avant la fin du délai, soit à compter du 14 mai 2007.
Le grief de violation de l'art. 336c al. 1 let. b CO est infondé.
4. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 32 CO en admettant que B._ et A._ ont agi en tant que représentants de l'intimée lorsqu'ils lui ont communiqué son congé.
4.1 Aux termes de l'art. 32 al. 1 CO, les droits et obligations dérivant d'un contrat fait au nom d'une autre personne par un représentant autorisé passent au représenté. Les effets de la représentation ne naissent que si le représentant dispose du pouvoir de représentation, c'est-à-dire s'il est habilité à faire naître des droits et des obligations directement en faveur et à la charge du représenté, et si le représentant a la volonté d'agir comme tel (ATF 126 III 59 consid. 1b p. 64 et les arrêts cités). La représentation directe suppose que le représentant agisse expressément ou tacitement au nom du représenté (cf. art. 32 al. 2 CO). L'application du principe de la confiance permettra de trancher la question de savoir si l'intéressé devait inférer des circonstances l'existence d'un rapport de représentation (ATF 120 II 197 consid. 2b/aa p. 200). La question ressortit au domaine des faits, et est donc soustraite à l'examen du Tribunal fédéral, sous réserve de l'arbitraire (art. 105 al. 2 LTF), dans la mesure où elle a trait aux différentes circonstances qui ont été retenues par les juges précédents; savoir quelles déductions le tiers pouvait tirer, de bonne foi, de pareilles circonstances est, en revanche, un point de droit que le Tribunal fédéral peut revoir librement (arrêt 4C.199/1991 du 25 octobre 1991, consid. 1 non publié à l'ATF 117 II 387).
4.2 La recourante ne conteste plus l'existence du pouvoir de représentation de B._ et de A._, admettant que l'acte de représentation a en tout cas été ratifié par C._ par son courrier daté du 25 avril 2007 et reçu par la recourante le 1er mai 2007. Elle considère par contre que B._ et A._ n'ont pas agi, de manière reconnaissable pour elle, au nom et pour le compte de l'intimée, soutenant que la cour cantonale est arrivée à la conclusion inverse en se basant sur des faits établis de façon arbitraire. En particulier, elle lui reproche d'avoir apprécié arbitrairement les preuves en retenant qu'elle a été engagée par B._ et A._. La critique tombe à faux. La cour cantonale n'a pas considéré que la recourante a été engagée par B._ et A._, mais bien expliqué que l'employée a été recommandée par ces derniers à C._, directeur de la société. Celui-ci a ensuite demandé expressément à ceux-là, alors investis d'un pouvoir de représentation ad hoc, de communiquer à la recourante son engagement.
Soulignant certaines affirmations des témoins B._ et A._, la recourante objecte que ces derniers se sont limités à lui expliquer les raisons pour lesquelles son travail au sein de l'intimée n'a pas été jugé satisfaisant et qu'ils n'ont jamais fait état d'un congé qui aurait été notifié par l'intimée. L'argumentation ne convainc pas. Le témoin B._ a expressément déclaré avoir fait part à la recourante de son licenciement. Les deux témoins présents lors de l'entretien du 25 avril 2007 ont expliqué ensuite les motifs du congé. La recourante l'avait d'ailleurs bien compris puisqu'elle a admis elle-même, dans un courriel envoyé le 14 mai à son mandataire, que son congé lui avait été annoncé "verbalement" lors de l'entretien du 25 avril 2007.
Le grief d'arbitraire est infondé.
4.3 Au regard des faits retenus par la cour cantonale (art. 105 al. 1 LTF), la recourante devait, de bonne foi, déduire un rapport de représentation. Elle a admis elle-même, dans un courriel du 14 mai 2007 adressé à son mandataire, que son congé lui avait été adressé verbalement. L'attitude vindicative, rapportée par le témoin F._, qu'elle a adoptée suite à l'entretien du 25 avril 2007, dépasse manifestement, en intensité, ce qu'aurait pu exprimer l'employée suite à une simple discussion entre collègues portant sur l'insatisfaction générée par son travail; son comportement confirme au contraire que la recourante, qui s'en prend d'ailleurs de façon particulière à C._, avait bien saisi le contenu et la finalité de l'entretien. Il a en outre été établi que B._ et A._ lui ont expliqué les motifs de son licenciement. On voit mal que la recourante n'ait pas compris qu'il s'agissait des motifs retenus par son employeur, soit par son directeur, C._. Enfin, l'esprit ayant présidé au licenciement de la recourante est très proche de celui qui avait conduit à son engagement. Or, il a été retenu que B._ et A._ ont proposé l'engagement de la recourante à C._, puis qu'ils ont eux-mêmes communiqué la décision du directeur à la recourante qui avait bien compris la portée de cette communication. Cette façon de faire, qui s'est répétée le 25 avril 2007 cette fois dans le contexte d'un licenciement, devait d'autant plus éveiller l'attention de la recourante quant au pouvoir de représentation de B._ et de A._.
Ainsi, c'est à bon droit que la cour cantonale a considéré que la recourante devait inférer des circonstances qu'il existait un rapport de représentation.
5. La recourante considère enfin que c'est de façon arbitraire que la cour cantonale a admis que B._ et A._ lui ont communiqué par oral une résiliation claire et précise.
Savoir si la résiliation a été communiquée de façon claire (cf. ATF 128 III 129 consid. 2b p. 135; Adrian Staehelin, op. cit., no 4 ad art. 335 CO et les références) est une question de droit. Celui qui reçoit le congé doit comprendre sans ambiguïté le sens de la déclaration (Brunner/Bühler/Waeber/Bruchez, Commentaire du contrat de travail, 3e éd. 2004, no 4 ad art. 335 CO).
En l'espèce, la cour cantonale a établi, sans tomber dans l'arbitraire (cf. consid. 4.2) que le licenciement a été communiqué à la recourante par B._ qui, avec A._, lui en ont expliqué les motifs. La recourante a ensuite admis elle-même avoir reçu son congé oralement lors de l'entretien avec les personnes précitées. La situation n'apparaissant donc pas comme incertaine du point de vue de l'employée congédiée, il convient d'admettre que la résiliation a été valablement communiquée (cf. 4C.151/2003 du 26 août 2008 consid. 4.3).
6. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours, mal fondé, doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 3'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 28 juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget