Sachverhalt:
A. Der kosovarische Staatsangehörige X._ (geb. 1980) reiste am 23. April 1990 im Rahmen des Familiennachzugs in die Schweiz ein und erhielt zunächst die Aufenthaltsbewilligung. Am 28. Juli 2000 wurde ihm die Niederlassungsbewilligung erteilt und am 29. Mai 2006 heiratete er die - ebenfalls aus dem Kosovo stammende - Schweizer Staatsangehörige Y._ (geb. 1985). Die beiden der Ehe entsprossenen Töchter A._ (geb. 2007) und B._ (geb. 2009) verfügen ebenfalls über das Schweizer Bürgerrecht.
X._ trat mehrfach strafrechtlich in Erscheinung. So hat er zwischen 2000 und 2010 folgende Verurteilungen wegen SVG-Delikten erwirkt: Strafbefehl des Einzelrichteramts des Kantons Zug vom 16. Dezember 2000 über eine Busse von Fr. 150.--, Strafmandat der Staatsanwaltschaft Uri vom 14. August 2002 über eine Busse von Fr. 1'000.--, Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Hochdorf vom 13. März 2006 über eine Geldbusse von Fr. 360.--, Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern vom 31. Mai 2010 über eine Busse von Fr. 100.-- sowie Strafbefehl des Verhöramtes des Kantons Obwalden vom 20. Juli 2010 über eine Geldstrafe von 10 Tagessätzen à Fr. 70.-- sowie einer Busse von Fr. 800.--. Das Bezirksgericht Hinwil verurteilte X._ am 6. November 2008 wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3-5 i.V.m. Art. 19 Ziff. 2 lit. a und b sowie Art. 19a Ziff. 1) und wegen Vergehens gegen Art. 23 Abs. 1 al. 5 ANAG zu einer Freiheitsstrafe von fünf Jahren. Das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte mit Urteil vom 27. Januar 2010 den erstinstanzlichen Schuldspruch und legte die Freiheitsstrafe auf vier Jahre und sechs Monate fest. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil 6B_268/2010 vom 28. Juni 2010 ab, soweit es darauf eintrat. Seit dem 27. September 2010 befindet sich X._ im Strafvollzug.
B. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs widerrief das Amt für Arbeit und Migration des Kantons Uri mit Verfügung vom 24. Januar 2011 die Niederlassungsbewilligung von X._ per sofort und wies diesen auf Ende des Strafvollzugs aus der Schweiz und dem Schengenraum weg. Eine dagegen erhobene Einsprache wies das Amt für Arbeit und Migration mit Entscheid vom 9. August 2011 ab und bestätigte die Verfügung vom 24. Januar 2011. Das Obergericht des Kantons Uri wies eine dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 4. November 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Eingabe vom 14. Dezember 2011 führen X._, seine Ehefrau und seine beiden Töchter Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung des Urteils des Obergerichts des Kantons Uri vom 4. November 2011 sowie des Einspracheentscheides vom 9. August 2011 bzw. der Verfügung vom 24. Januar 2011 des Amtes für Arbeit und Migration. Weiter sei die Niederlassungsbewilligung des Beschwerdeführers 1 nicht zu widerrufen, von seiner Wegweisung sei abzusehen und er sei unter Androhung des Widerrufs der Niederlassungsbewilligung zu verwarnen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Das Obergericht und das Amt für Arbeit und Migration verzichten auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Migration schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Verfügung vom 4. Januar 2012 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Nach Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet des Ausländerrechts unzulässig gegen Entscheide betreffend Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt. Vorliegend geht es nicht um die erstmalige Erteilung oder die Verlängerung, sondern um den Widerruf einer bereits gewährten Bewilligung. Die Beschwerde bleibt in diesem Zusammenhang zulässig, soweit die Bewilligung - wäre sie nicht widerrufen worden - nach wie vor Rechtswirkungen entfalten würde. Dies ist bei der unbefristeten Niederlassungsbewilligung der Fall (vgl. BGE 135 II 1 E. 1.2.1 S. 4). Die Zulässigkeit des Rechtsmittels beruht auf dem schutzwürdigen Vertrauen, dass eine einmal erteilte Bewilligung für die Dauer ihrer Gültigkeit fortbesteht und grundsätzlich nicht in die entsprechende Rechtsposition eingegriffen wird (vgl. Urteil 2C_515/2009 vom 27. Januar 2010 E. 1.1 mit Hinweisen).
1.1.1 Als Adressat des angefochtenen, kantonal letztinstanzlichen Urteils (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) ist der Beschwerdeführer 1 ohne Weiteres zur Beschwerdeführung legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf das im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Rechtsmittel (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG) ist daher grundsätzlich einzutreten (unter Vorbehalt von E. 1.1.3, 1.2 und 1.3 hiernach).
1.1.2 Hingegen haben die Beschwerdeführerinnen 2 bis 4 nicht vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen und legen auch nicht rechtsgenüglich dar, warum sie keine Möglichkeit zu Teilnahme erhalten haben sollen (vgl. Art. 89 Abs. 1 lit. a BGG). Sie führen dazu bloss aus, die Vorinstanzen hätten ihnen keine Gelegenheit geboten, sich am Verfahren zu beteiligen bzw. der vormalige Rechtsvertreter habe nicht auf diese Möglichkeit hingewiesen (Ziff. 9.1 und 10.1 der Beschwerde). Praxisgemäss verzichtet das Bundesgericht nur auf die Voraussetzung der Teilnahme am vorinstanzlichen Verfahren, wenn eine Partei - ohne Verschulden - nicht in der Lage war, sich an jenem Verfahren zu beteiligen bzw. wenn die konkrete Verfahrensordnung eine Teilnahme nicht gebietet (BGE 135 II 172 E. 2.2.1 S. 175; 133 II 181 E. 3.2 S. 187 mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall bestand jedoch kein objektiver Grund, der die Beschwerdeführerinnen 2 bis 4 hinderte, ihre Anliegen bereits in den vorinstanzlichen Verfahren einzubringen. Die Durchführung des Verfahrens war ihnen offensichtlich bekannt und sie haben freiwillig auf eine Teilnahme an den vorinstanzlichen Einsprache- und Beschwerdeverfahren verzichtet. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer braucht es hier weder eine Aufforderung der Vorinstanz noch einen Hinweis des damaligen Rechtsvertreters des Beschwerdeführers 1 auf die Möglichkeit der Teilnahme am Verfahren. Auf die Beschwerde der Beschwerdeführerinnen 2 bis 4 kann somit mangels formeller Beschwer nicht eingetreten werden.
1.1.3 Als unzulässig erweist sich das Rechtsmittel zudem, soweit es sich gegen die kantonal vorinstanzlichen Entscheide richtet, da diese durch das obergerichtliche Urteil ersetzt worden sind und als mit angefochten gelten (sog. Devolutiveffekt; vgl. BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144; 129 II 438 E. 1 S. 441).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Mit einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur dann gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252; 133 III 393 E. 7.1 S. 398) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Zudem ist vom Beschwerdeführer aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Vorbringen von neuen Tatsachen oder Beweismitteln ist nur insofern möglich, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gegeben hat (Art. 99 Abs. 1 BGG). Neue Begehren sind unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG).
1.3 Die Beschwerdeschrift hat gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insoweit, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Nach Art. 63 Abs. 1 lit. a (in Verbindung mit Art. 62 lit. b) und Art. 63 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20) kann die Niederlassungsbewilligung auch nach einem - wie hier - länger als 15 Jahre dauernden ununterbrochenen und ordnungsgemässen Aufenthalt in der Schweiz widerrufen werden, wenn der Ausländer zu einer längerfristigen Freiheitsstrafe verurteilt wurde. Als längerfristig gilt eine Freiheitsstrafe von mehr als einem Jahr (BGE 135 II 377 E. 4.2 S. 379 ff.).
2.2 Ebenso ist ein Bewilligungswiderruf gemäss Art. 63 Abs. 1 lit. b und Art. 63 Abs. 2 AuG u.a. dann möglich, wenn der Ausländer in schwerwiegender Weise gegen die öffentliche Sicherheit und Ordnung verstossen oder diese gefährdet hat. Dabei ist in erster Linie auf den Stellenwert des beeinträchtigten Rechtsguts abzustellen; wenn die ausländische Person durch ihre Handlungen besonders hochwertige Rechtsgüter wie namentlich die körperliche, psychische und sexuelle Integrität eines Menschen verletzt oder gefährdet hat, sind die Tatbestandsvoraussetzungen von Art. 63 Abs. 1 lit. b AuG zumeist erfüllt. Indes können auch vergleichsweise weniger gravierende Pflichtverletzungen als "schwerwiegend" im Sinne von Art. 63 Abs. 1 lit. b AuG bezeichnet werden: Ein Widerruf der Niederlassungsbewilligung ist namentlich auch dann möglich, wenn sich eine ausländische Person von strafrechtlichen Massnahmen nicht beeindrucken lässt und damit zeigt, dass sie auch zukünftig weder gewillt noch fähig ist, sich an die Rechtsordnung zu halten. Ob der Ausländer willens und in der Lage ist, sich in die hier geltende Ordnung einzufügen, kann nur anhand einer Gesamtbetrachtung seines Verhaltens beurteilt werden; auch eine Summierung von Verstössen, die für sich genommen für einen Widerruf nicht ausreichen würden, können deshalb einen Bewilligungsentzug rechtfertigen, und sogar das Bestehen von privatrechtlichen Schulden kann gegebenenfalls einen schwerwiegenden Verstoss gegen die öffentliche Sicherheit und Ordnung darstellen, wenn die Verschuldung mutwillig erfolgt ist (BGE 137 II 297 E. 3 S. 302 ff. mit Hinweisen).
2.3 Wenn ein Ausländer durch sein Verhalten einen Widerrufsgrund gesetzt hat, bleibt zu prüfen, ob diese Massnahme auch als verhältnismässig erscheint. Dabei sind namentlich die Schwere des Verschuldens, der Grad der Integration sowie die dem Betroffenen drohenden Nachteile zu berücksichtigen (BGE 135 II 377 E. 4.3 ff. S. 381 ff.; vgl. auch Art. 96 Abs. 1 AuG). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu dieser gesetzlichen Regelung und zu den analogen früheren Bestimmungen (Art. 10 Abs. 1 lit. a und Art. 11 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer [ANAG; in Kraft gewesen bis zum 31. Dezember 2007]) sind umso strengere Anforderungen an eine fremdenpolizeiliche Massnahme zu stellen, je länger ein Ausländer in der Schweiz anwesend war. Selbst bei einem Ausländer, der bereits hier geboren ist und sein ganzes bisheriges Leben in der Schweiz verbracht hat (Ausländer der zweiten Generation), sind fremdenpolizeiliche Massnahmen aber nicht ausgeschlossen; bei schweren bzw. wiederholten Straftaten, insbesondere bei Gewalt- und Betäubungsmitteldelikten, besteht hieran ein wesentliches öffentliches Interesse (BGE 122 II 433 E. 2c S. 436; 130 II 176 E. 4.4.2 S. 190).
2.4 Die Notwendigkeit einer Verhältnismässigkeitsprüfung ergibt sich auch aus Art. 8 Ziff. 2 EMRK: Danach ist ein Eingriff in das von Art. 8 Ziff. 1 EMRK geschützte Privat- und Familienleben dann statthaft, wenn er gesetzlich vorgesehen ist und eine Massnahme darstellt, die in einer demokratischen Gesellschaft für die nationale Sicherheit, die öffentliche Ordnung, das wirtschaftliche Wohl des Landes, die Verteidigung der Ordnung oder zur Verhinderung von strafbaren Handlungen, zum Schutz der Gesundheit und Moral sowie der Rechte und Freiheiten anderer notwendig erscheint. Bei der Interessenabwägung im Rahmen von Art. 8 Ziff. 2 EMRK sind - wie früher bei jener nach Art. 11 Abs. 3 ANAG - die Schwere des begangenen Delikts, der seit der Tat vergangene Zeitraum, das Verhalten des Ausländers während dieser Periode, die Auswirkungen auf die primär betroffene Person sowie deren familiäre Situation zu berücksichtigen (BGE 135 II 377 E. 4.3 S. 381).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wurde unter anderem rechtskräftig zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und sechs Monaten verurteilt, womit er einen Widerrufsgrund im Sinne der oben genannten Bestimmungen gesetzt hat. Ob das Verhalten des Beschwerdeführers zugleich als schwerwiegender Verstoss gegen die öffentliche Sicherheit und Ordnung im Sinne von Art. 63 Abs. 1 lit. b AuG zu werten ist, bedarf somit keiner näheren Betrachtung, weil dieser Widerrufsgrund in der vorliegenden Konstellation ohnehin nur subsidiär zur Anwendung kommt, wenn es an den Voraussetzungen für einen Widerruf in Anwendung von Art. 62 lit. b (in Verbindung mit Art. 63 Abs. 1 lit. a) AuG gebricht (vgl. BGE 135 II 377 E. 4.2 S. 381).
3.2 Der Beschwerdeführer rügt vorab eine unrichtige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts durch die Vorinstanz. Die gerügte unrichtige Feststellung des Sachverhalts wird mit einer Verletzung von Art. 3 KRK bzw. Art. 8 EMRK begründet. Der Beschwerdeführer führt dazu aus, die Vorinstanz hätte bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Ausweisung das Wohl seiner Kinder, das vorrangig zu berücksichtigen sei, überhaupt nicht geprüft, womit ein Verstoss gegen Art. 3 KRK vorliege. Weiter hätten die Vorinstanzen den Sachverhalt in Hinblick auf die Frage, ob eine Notwendigkeit bestehe, die Niederlassungsbewilligung des Beschwerdeführers zu widerrufen, ungenügend festgestellt, was eine Verletzung von Art. 8 EMRK darstelle. Schliesslich habe die Vorinstanz den Sachverhalt in Bezug auf die Lebensverhältnisse im Kosovo und die Verbundenheit der Ehefrau des Beschwerdeführers mit ihrem Heimatland offensichtlich unrichtig festgestellt.
Diese Einwände gehen alle fehl: Die Vorinstanz hat im angefochtenen Urteil (E. 6 bis 9) eine umfassende Interessenabwägung - insbesondere unter dem Aspekt von Art. 8 EMRK - vorgenommen und dabei die öffentlichen Interessen an der Fernhaltung des Beschwerdeführers gegen dessen private Interessen abgewogen. Dabei hat sie insbesondere auch die Nachteile für die Ehefrau und die Kinder des Beschwerdeführers mitberücksichtigt und festgestellt, die schwierigen Lebensverhältnisse im Kosovo würden eine Rückkehr für den Beschwerdeführer und seine Familie nicht verunmöglichen (vgl. angefochtener Entscheid E. 8c). Von einer offensichtlich unrichtigen und damit willkürlichen Sachverhaltsfeststellung kann hier keine Rede sein. Sämtliche vom Beschwerdeführer aufgeworfenen Fragen stellen nicht ein Problem der Sachverhaltsermittlung dar, sondern beschlagen die im Rahmen der Rechtsanwendung vorzunehmende Interessenabwägung (vgl. E. 3.3 hiernach).
Daraus ergibt sich, dass der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt für das Bundesgericht verbindlich ist (Art. 105 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG e contrario). Dementsprechend erweisen sich auch die vom Beschwerdeführer offerierten Beweismittel (persönliche Befragung des Beschwerdeführers und seiner Ehefrau, Einholen von Amtsberichten bei der Gefängnisverwaltung der Strafanstalt Wauwilermoos bzw. der kantonalen Ausländerbehörde des Kantons Aargau) zwecks Feststellung des Sachverhalts als unnötig; die entsprechenden Beweisanträge sind demnach abzuweisen, soweit diese ohnehin nicht unter das Novenverbot von Art. 99 Abs. 1 BGG fallen (vgl. E. 1.2 hiervor).
3.3 Der Widerruf der Niederlassungsbewilligung muss - wie in E. 2.3 bzw. 2.4 hiervor erwähnt - verhältnismässig sein. Es ist eine sorgfältige Prüfung des Einzelfalles vorzunehmen. Insoweit haben die zuständigen Behörden namentlich die öffentlichen Interessen und die persönlichen Verhältnisse sowie den Grad der Integration der betroffenen Ausländer zu berücksichtigen (Art. 96 AuG).
3.3.1 Die Vorinstanz hat richtig festgestellt, dass Ausgangspunkt und Massstab der fremdenpolizeilichen Güterabwägung in erster Linie die Schwere des Verschuldens ist, das sich in der Dauer der Freiheitsstrafe niederschlägt. Sie hat zudem mit überzeugender Begründung, auf welche verwiesen werden kann, dargelegt, dass die begangenen Straftaten (mehrfache qualifizierte Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz) und die Schuld des Beschwerdeführers - angesichts der hohen Menge umgesetzten Heroins (fünf Kilogramm) - als schwer zu erachten sind. Straferhöhend wirkte sich zudem das bandenmässige Handeln aus. Die Vorinstanz führte zu Recht aus, dass der Beschwerdeführer mit seinen Handlungen eine Gefahr für die Gesundheit vieler Menschen in Kauf nahm. Zu Lasten des Beschwerdeführers fällt namentlich ins Gewicht, dass bei schwerwiegenden Drogendelikten das Bundesgericht eine strenge Praxis verfolgt: Gemäss ständiger Rechtsprechung besteht ein erhebliches öffentliches Interesse an der Fernhaltung ausländischer Drogenhändler (Urteil 2A.582/2006 vom 26. Februar 2007 E. 3.4 und 3.5; vgl. BGE 125 II 521 E. 4a/aa und E. 4a/bb S. 526 ff.).
Nichts zu seinen Gunsten kann der Beschwerdeführer aus seinem Verhalten in der Zeit nach der (letzten) Tat ableiten: Insbesondere wird eine gute Führung im Strafvollzug vom Strafgefangenen generell erwartet und lässt - wie bereits von der Vorinstanz festgehalten - angesichts der dort vorhandenen, verhältnismässig engmaschigen Betreuung keine verlässlichen Rückschlüsse auf das künftige Verhalten in Freiheit zu.
Gesamthaft betrachtet ist der Schluss der Vorinstanz somit nicht zu beanstanden, an der Fernhaltung des Beschwerdeführers bestehe ein gewichtiges ordnungs- oder sicherheitspolizeiliches Interesse.
3.3.2 Die gegenläufigen privaten Interessen des Beschwerdeführers am Verbleib in der Schweiz fallen demgegenüber - wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat - weniger ins Gewicht. Gegen seine Ausweisung spricht zwar der Umstand, dass der Beschwerdeführer, welcher im Familiennachzug in die Schweiz kam, bereits seit seinem 9. Altersjahr, d.h. im Zeitpunkt des angefochtenen Urteils seit über 21 Jahren und damit den grösseren Teil seines Lebens hier weilt. Er ist jedoch kein Ausländer der zweiten Generation. Trotz langer Aufenthaltsdauer kann auch nicht von einer besonders guten Integration des Beschwerdeführers und schon gar nicht von einer Verwurzelung in der Schweiz gesprochen werden. In sozialer Hinsicht lässt der Beschwerdeführer keine Verbundenheit mit der schweizerischen Gesellschaft erkennen. In diesem Zusammenhang fällt auf, dass er die erwähnten Straftaten mit aus dem Kosovo stammenden Kollegen beging und keine Hinweise auf einen schweizerischen Bekanntenkreis ersichtlich sind. Die Beziehungen zu seinen in der Schweiz lebenden Familienangehörigen vermochten ihn nicht davon abzuhalten, immer wieder Delikte zu begehen. Im Übrigen ist davon auszugehen, dass ihm Kultur und Gepflogenheiten seines Heimatlandes durch sein Elternhaus vermittelt worden und somit nicht gänzlich unvertraut sind. Der blosse Umstand, dass die allgemeinen und wirtschaftlichen Lebensverhältnisse im Kosovo weniger günstig sein mögen als in der Schweiz, macht eine Rückreise nicht unzumutbar (Urteile 2A.469/2005 vom 28. November 2005 E. 2.3; 2A.157/1998 vom 17. Juni 1998 E. 3c; 2A.355/2002 vom 29. Oktober 2002 E. 5.2). Dem Beschwerdeführer ist folglich zuzumuten, dorthin auszureisen.
3.3.3 Zu prüfen bleiben die Auswirkungen des angefochtenen Entscheids auf die familiären Beziehungen: Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 8 EMRK (Recht auf Achtung des Privat- und Familienlebens). Zwar fallen die Beziehungen des Beschwerdeführers zu seiner Ehefrau und seinen Kindern zweifellos in den Schutzbereich von Art. 8 EMRK (vgl. E. 2.4 hiervor). Die Vorinstanz hat dazu festgehalten, dass die Ehefrau im Kosovo geboren ist, aber seit über 21 Jahren in der Schweiz lebt. Die beiden Kinder werden bei effektivem Strafende im Jahr 2014 sieben bzw. fünf Jahre alt sein und befinden sich damit noch in einem anpassungsfähigen Alter. Die Vorinstanz hat daraus zu Recht geschlossen, die Ausreise wäre für die Ehefrau und Kinder mit Nachteilen verbunden. Ob sie auch zumutbar ist, kann hier letztlich offen bleiben: Wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, steht es Ehefrau und Kindern frei, ob sie in der Schweiz verbleiben oder ihrem Ehemann und Vater in den Kosovo folgen wollen. Zudem würde selbst die Unzumutbarkeit der Ausreise für die Angehörigen nicht notwendigerweise zur Unzulässigkeit des Widerrufs führen: Bei einem mit einer Schweizerin verheirateten Ausländer geht die Rechtsprechung davon aus, dass die Grenze, von der an in der Regel auch dann keine Bewilligung mehr erteilt wird, wenn der Ehefrau die Ausreise aus der Schweiz unzumutbar oder nur schwer zumutbar ist, bei zwei Jahren Freiheitsstrafe liegt (vgl. BGE 135 II 377 E. 4.4 S. 382 mit Hinweisen; sog. "Reneja-Praxis"). Zwar bildet diese "Zwei-Jahres-Regel" keine starre Grenze, sondern ist im Sinne einer Vergleichsgrösse bzw. eines Richtwertes in die Verhältnismässigkeitsprüfung miteinzubeziehen (vgl. Urteile 2C_264/2011 vom 15. November 2011 E. 5.3; 2C_825/2008 vom 7. Mai 2009 E. 3.3); entscheidend sind stets die Umstände des Einzelfalls (BGE 120 Ib 6 E. 4b S. 14; 135 II 377 E. 4.4 S. 383). Im vorliegenden Fall gilt es zu beachten, dass die ausgesprochene Strafe die Zweijahresregel um mehr als das Doppelte überschreitet. Dagegen kann der Beschwerdeführer eine verhältnismässig lange Aufenthaltsdauer in der Schweiz vorweisen.
Gesamthaft betrachtet ist der Schluss der Vorinstanz nicht zu beanstanden, wonach die ordnungs- und sicherheitspolizeilichen Interessen an der Fernhaltung des Ausländers die privaten Interessen der Beteiligten überwiegen. Daraus ergibt sich, dass der angefochtene Entscheid Art. 8 EMRK nicht verletzt.
3.3.4 Im Weiteren ist zwar ebenfalls das Wohl des Kindes zu berücksichtigen, wie sich namentlich aus Art. 3 des von den Beschwerdeführern angerufenen Übereinkommens vom 20. November 1989 über die Rechte des Kindes (UNO-KRK; SR 0.107) ergibt (vgl. BGE 136 II 78 E. 4.8 S. 87). Über Art. 8 EMRK hinaus gehende Ansprüche auf Bewilligung ergeben sich aus der Kinderrechtskonvention jedoch nicht (vgl. BGE 124 II 361 E. 3b S. 367 f.; Urteile 2C_578/2011 vom 1. Dezember 2011 E. 3.4.7; 2C_62/2010 vom 30. August 2010 E. 2.3).
Nichts anderes ergibt sich aus der in der Beschwerde ebenfalls angerufenen Bestimmung von Art. 14 EMRK. Dem in Art. 14 EMRK verankerten Diskriminierungsverbot kommt vorab kein selbständiger Charakter zu, sondern es setzt die Anwendbarkeit einer anderen Grundrechtsgarantie der EMRK voraus (BGE 134 I 257 E. 3 S. 260; 130 II 137 E. 4.2 S. 146; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer bringt vor, die Ausländergesetzgebung in der Schweiz diskriminiere Ausländer aus Drittstaaten gegenüber Bürgern aus EU- oder EFTA-Ländern. Damit verkennt der Beschwerdeführer jedoch, dass eine privilegierte Behandlung der eigenen Staatsangehörigen sowie der Staatsangehörigen von Staaten, mit denen enge Beziehungen gepflegt werden, mit Art. 14 EMRK grundsätzlich vereinbar ist (BGE 136 II 120 E. 3.3.3 S. 128).
Aus den gleichen Überlegungen kann der Beschwerdeführer auch aus Art. 8 BV (Rechtsgleichheit und Diskriminierungsverbot) nichts zu seinen Gunsten ableiten. Der Hinweis auf einen anderen verurteilten Kosovo-Albaner, dessen Aufenthaltsbewilligung trotz Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe von sechs Jahren angeblich verlängert worden sein soll, wird erstmals vorgebracht und ist deshalb als Novum nicht zu beachten (Art. 99 Abs. 1 BGG; vgl. E. 1.2 hiervor).
Soweit sich der Beschwerdeführer schliesslich auf die Verfassungsnorm von Art. 5 Abs. 2 BV (Verhältnismässigkeitsprinzip) beruft, kann auf die vorstehenden Erwägungen betreffend Verhältnismässigkeitsprüfung verwiesen werden. Art. 5 Abs. 2 BV ist kein verfassungsmässiges Recht, sondern lediglich ein verfassungsmässiges Prinzip, das im Zusammenhang mit Grundrechtseingriffen angerufen werden kann (BGE 135 V 172 E. 7.3.2 S. 182; 131 I 91 E. 3.3 S. 99).
4. 4.1 Nach dem Dargelegten ist der Widerruf der Niederlassungsbewilligung bundesrechts- und konventionskonform. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ergebnis besteht auch kein Anlass, dem Eventualantrag (Rückweisung an Vorinstanz zur Neubeurteilung) stattzugeben.
4.2 Diesem Ausgang entsprechend haben die Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 f. BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger