Faits:
A. A.a L'immeuble sis rue A._ et rue B._ à C._ est constitué en propriété par étages depuis 1985.
X._ et Y._ sont copropriétaires pour moitié chacun de l'unité d'étage no xxx, située au rez-de-chaussée de cet immeuble, part de copropriété qu'ils ont respectivement acquise le 4 septembre 2000 et le 9 juin 2005.
Depuis 1998, la "Communauté des copropriétaires d'étages de l'immeuble sis rue A._," (ci-après CCE) est régie par le règlement d'administration et d'utilisation de la copropriété (ci-après RAUC) "type", édition 1997, élaboré par le Groupement des propriétaires d'appartement de la Chambre genevoise immobilière et la Société des régisseurs de Genève. Dit règlement a fait l'objet de modifications en 2010.
A.b D'après le registre foncier, le rez-de-chaussée de l'immeuble est destiné à l'activité commerciale et les étages à l'habitation.
Actuellement, le rez-de-chaussée de l'immeuble est occupé par une agence de location de voitures, un pressing, un magasin d'électroménager ainsi qu'un bar à café; la licéité de l'exploitation de ce dernier commerce au sein de l'unité d'étage appartenant à X._ et à Y._ fait l'objet du présent litige.
Un "faux trottoir", ou terrasse, partie commune de l'immeuble, longe les vitrines de ces différents commerces.
Jusqu'en 2007, les locaux de l'arcade commerciale constituée sous l'unité d'étage de X._ et de Y._ ont été loués à divers commerçants, lesquels y ont successivement exploité un magasin de chaussures, un magasin d'accessoires et une librairie-agence de voyage. Le "faux trottoir" était alors utilisé pour exposer une partie des marchandises à vendre.
A.c Au début de l'année 2008, les susnommés ont entrepris d'importants travaux dans l'arcade en vue de l'ouverture d'un café-bar.
Dès août 2008, D._ en a débuté l'exploitation, sous l'enseigne Z._. L'attention du nouveau locataire, au bénéfice d'un contrat de bail d'une durée de dix ans, a été attirée sur le fait qu'un changement d'affectation de l'arcade par rapport à l'agence de voyage qui y était exploitée auparavant nécessitait diverses autorisations, notamment celle de la CCE. Celle-ci n'a pas été requise.
D._ a également installé trois tables et neuf chaises sur le "faux trottoir" longeant la vitrine de l'arcade, constituant ainsi une terrasse pour le café-bar. L'établissement, ouvert du lundi au samedi de 7h00 à 02h00 et le dimanche de 08h00 à 02h00, propose des boissons et une petite restauration chaude (sandwiches et paninis).
A.d Dès le commencement des travaux précités, la CCE ainsi que divers copropriétaires ont manifesté leur désaccord au projet de X._ et Y._, en vain. Ils ont notamment requis la cessation des travaux, contraires, selon eux, au RAUC et à la volonté de la majorité des copropriétaires, lesquels avaient déjà eu l'occasion de s'exprimer contre le changement d'affectation des lots, quel qu'il soit, au cours de diverses assemblées générales, notamment les 18 septembre 2001 et 20 décembre 2006.
Le 19 juin 2008, l'assemblée générale a attiré l'attention de X._ sur le fait qu'il allait lui être prochainement demandé de remettre dans son état d'origine l'arcade dont elle était copropriétaire.
B. Le 27 août 2008, la CCE a assigné X._ et Y._ devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, concluant à ce qu'il soit notamment ordonné aux intéressés de "remettre en état" leur arcade commerciale dans un délai de 30 jours, ainsi que d'enlever la terrasse installée sur les parties communes dans un délai de 15 jours, le tout sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP.
Par jugement du 23 septembre 2010, le Tribunal de première instance a ordonné à X._ et Y._ de cesser, dans le délai d'un mois dès l'entrée en force du jugement, d'affecter leur arcade à l'exploitation d'un café-bar (ch. 1), dit que cette injonction était prononcée sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP (ch. 2), condamné les intéressés aux frais et dépens (ch. 3 et 4) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 5).
Statuant le 26 août 2011 sur appel de X._ et Y._, la Cour de justice a confirmé le jugement attaqué et débouté les parties de toutes autres conclusions. L'arrêt a néanmoins été annulé par le Tribunal de céans le 10 janvier 2012 et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision (arrêt 5A_690/2011).
Le 28 septembre 2012, sur renvoi du Tribunal fédéral, la Cour de justice a confirmé le jugement de première instance.
C. Agissant par les voies du recours en matière civile et du recours constitutionnel subsidiaire le 5 novembre 2012, X._ et Y._ (ci-après les recourants) concluent à l'annulation de l'arrêt cantonal et, principalement, à ce que la CCE (ci-après l'intimée) soit déboutée de l'intégralité des conclusions prises dans sa demande du 27 août 2008 et de toute autre ou contraire conclusion; subsidiairement les recourants sollicitent le renvoi de la cause à l'instance inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Des observations n'ont pas été demandées.
D. Par ordonnance présidentielle du 21 novembre 2012, les recourants ont obtenu le bénéfice de l'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 III 489 consid. 3, 462 consid. 2, p. 465).
1.1 La décision entreprise est une décision finale (art. 90 LTF), rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF).
Le recours en matière civile n'est ouvert que si la valeur litigieuse minimale fixée par la loi, en l'espèce 30'000 fr., est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF).
La Cour de justice n'a pas arrêté la valeur litigieuse, se limitant à observer qu'elle était indéterminée, mais à tout le moins supérieure à 8'000 fr. Les recourants affirment qu'elle serait supérieure à 30'000 fr. Ils soutiennent à cet égard que, dans l'hypothèse où leur recours serait rejeté, ils seraient contraints de mettre un terme prématuré au contrat de bail conclu avec l'exploitant du café-bar, démarche qui serait inévitablement accompagnée de pertes de loyers; les équipements spécifiques à l'exploitation d'un café-bar devraient en outre être démontés et l'interdiction en cause restreindrait les possibilités de relocation ultérieure. Les recourants remarquent enfin que les restrictions d'usage qu'entend imposer la CCE aux locaux commerciaux porteraient atteinte à la valeur vénale de leur unité d'étage.
Seuls sont chiffrés les coûts liés au réaménagement de la part d'étage, de sorte que seul cet élément peut être pris en considération. Dès lors que les travaux sont devisés entre 50'000 fr. et 60'000 fr., le Tribunal de céans admettra que la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte.
1.2 Pour le surplus, la décision entreprise a été rendue par le tribunal supérieur du canton de Genève (art. 75 LTF), statuant sur renvoi du Tribunal de céans, et le recours est interjeté, dans le délai prévu par la loi (art. 100 al. 1 LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente (art. 76 al. 1 LTF), de sorte que le recours en matière civile est ouvert aux mêmes conditions que sous l'empire de l'ancien art. 66 OJ (Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2011, FF 2001 p. 4000 ss, 4143; arrêts 4A_71/2007 du 19 octobre 2007 consid. 2.2 et 9C_522/2007 du 17 juin 2008 consid. 3.1).
2. Les articles réglementaires suivants sont utiles à la résolution du litige, qui porte sur le droit exclusif du propriétaire d'étage d'utiliser et d'aménager les parts qui lui appartiennent.
Art. 10 - Destination des locaux
Les parties privées et les parties communes ne peuvent servir qu'à l'usage auquel elles sont destinées (al. 1). Les changements d'affectation des parties privées doivent être autorisés par une décision de l'Assemblée des copropriétaires prise à la double majorité définie à l'article 37 du règlement (al. 2). Les changements d'affectation des parties communes doivent être autorisés par une décision de l'Assemblée générale prise à l'unanimité définie à l'art. 38 du règlement (al. 3, recte: 4).
Art. 11 - Comportement des copropriétaires
Toutes les activités susceptibles d'importuner ou de provoquer un désagrément pour les occupants de la copropriété à l'intérieur comme à l'extérieur des locaux sont interdites (al. 1).
Art. 37 - Décisions prises à la majorité double
Lorsqu'une double majorité est exigée par la loi ou les dispositions du présent règlement, les décisions ne peuvent être prises que si les copropriétaires formant la majorité des voix exprimées telle que prévue à l'article 35 al. 2 , possèdent en outre, leurs parts réunies, plus de la moitié de la chose (al. 1).
2.1 Interprétant l'art. 10 RAUC selon le principe de la confiance, la cour cantonale a avant tout relevé que, selon une interprétation littérale de cette disposition, seul un changement de destination nécessiterait une autorisation des copropriétaires, à l'exclusion d'un changement d'utilisation. En référence à l'art. 11 RAUC, les juges cantonaux ont néanmoins conclu que l'art. 10 al. 2 RAUC visait à assurer un certain contrôle par rapport aux changements d'activités pouvant avoir des inconvénients au regard de l'affectation principale. Les nuisances liées à l'exploitation d'une arcade en café-bar, ouvert sept jours sur sept jusque tard dans la nuit, différaient notablement par rapport à une activité commerciale traditionnelle, telle qu'un pressing, un magasin ou une librairie-agence de voyage, précédemment exercée dans l'arcade litigieuse. Nonobstant le fait qu'il ne s'agissait pas d'un changement de destination au sens strict du terme, le changement opéré par les recourants tombait ainsi sous le coup de l'art. 10 al. 2 RAU et nécessitait en conséquence l'approbation de l'assemblée des copropriétaires. Dite interprétation était par ailleurs corroborée par le comportement des propriétaires d'étages: ceux-ci avaient notamment refusé différentes installations dans les arcades du rez-de-chaussée (notamment un club privé) qui ne constituaient pas des changements de destination à proprement parler; quant aux recourants, ils avaient eux-mêmes attiré l'attention de leur locataire sur le fait que l'exploitation du café-bar nécessitait diverses autorisations, dont celle de l'intimée.
2.2 Les recourants affirment en substance que l'art. 10 RAUC ne contiendrait aucune restriction d'usage des unités d'étage destinées à l'activité commerciale, ce que confirmerait non seulement le registre foncier, mais également les auteurs du RAUC, lesquels indiquent que la norme n'a pas été conçue comme une réglementation restrictive s'agissant du type d'exploitation commerciale envisageable. Les recourants soutiennent également que les oppositions manifestées antérieurement par l'assemblée des copropriétaires quant à des changements d'affectation envisagés par d'autres propriétaires d'étages ne leur étaient nullement opposables; il était au demeurant abusif de considérer qu'en avisant leur locataire de la nécessité de solliciter l'avis de la copropriété, ils auraient admis la position de l'intimée.
2.2 Les recourants affirment en substance que l'art. 10 RAUC ne contiendrait aucune restriction d'usage des unités d'étage destinées à l'activité commerciale, ce que confirmerait non seulement le registre foncier, mais également les auteurs du RAUC, lesquels indiquent que la norme n'a pas été conçue comme une réglementation restrictive s'agissant du type d'exploitation commerciale envisageable. Les recourants soutiennent également que les oppositions manifestées antérieurement par l'assemblée des copropriétaires quant à des changements d'affectation envisagés par d'autres propriétaires d'étages ne leur étaient nullement opposables; il était au demeurant abusif de considérer qu'en avisant leur locataire de la nécessité de solliciter l'avis de la copropriété, ils auraient admis la position de l'intimée.
2.3 2.3.1 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués et le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 134 III 102 consid. 1.1; 130 III 297 consid. 3.1).
2.3.2 Aux termes de l'art. 712a CC, les parts de copropriété d'un immeuble peuvent être constituées en propriété par étages, de manière que chaque copropriétaire a le droit exclusif d'utiliser et d'aménager intérieurement des parties déterminées d'un bâtiment (al. 1); le copropriétaire a le pouvoir d'administrer, d'utiliser et d'aménager ses locaux dans la mesure où il ne restreint pas l'exercice du droit des autres copropriétaires, n'endommage pas les parties, ouvrages et installations communs du bâtiment, n'entrave pas leur utilisation ou n'en modifie pas l'aspect extérieur (al. 2).
Le droit d'utilisation conféré par l'art. 712a al. 2 CC permet au propriétaire d'utiliser ses parties exclusives comme il l'entend. Cette liberté est présumée. Elle peut toutefois être limitée par des restrictions légales et des restrictions conventionnelles (ATF 111 II 330 consid. 7; arrêts 5A_499/2010 du 20 décembre 2010 consid. 8.2 et les références; 5C.168/2003 du 17 février 2004 consid. 4.1 publié in: Revue du notariat et du registre foncier [RNRF] 2004 433 ss). Les propriétaires d'étages peuvent ainsi convenir de restrictions à leur liberté d'utilisation de leurs parties exclusives dans l'acte constitutif de la propriété par étages, dans le règlement prévu à l'art. 712g al. 3 CC, dans le règlement de maison ou dans une décision ad hoc de la communauté (ATF 111 II 330 consid. 7; arrêts 5A_499/2010 précité consid. 8.2; 5C.168/2003 précité consid. 4.2). Ils peuvent notamment prévoir que les locaux doivent être utilisés dans un certain but, par exemple qu'il est interdit d'y exploiter un commerce ou un restaurant (ATF 111 II 330 consid. 7; arrêts 5A_499/2010 précité consid. 8.2 et les références; 5C.252/2003 du 18 mars 2004 consid. 2.2).
2.3.3 Si les copropriétaires ont adopté des restrictions conventionnelles admissibles, en particulier s'ils sont convenus de soumettre l'immeuble à une certaine affectation, l'accord de tous les copropriétaires est nécessaire pour un changement dans la destination de l'immeuble (art. 648 al. 2 CC; ATF 111 II 330 consid. 2 i.f.; arrêt 5A_352/2012 du 27 novembre 2012 consid. 4.3.3 et les références). Le changement dans la destination de la chose doit néanmoins être distingué de son changement d'utilisation qui, selon l'art. 647b al. 1 CC, doit être pris à la majorité de tous les copropriétaires, représentant en outre, leurs parts réunies, plus de la moitié de la chose. Les art. 648 al. 2 et 647b al. 1 CC trouvent tous deux application dans le cadre de la propriété par étages en vertu de l'art. 712g al. 1 CC.
Il y a changement de destination lorsque, soit par des mesures de fait, soit par des mesures juridiques, l'usage et l'affectation économique de l'immeuble en propriété par étages sont modifiés de façon profonde et significative. La destination actuelle de l'objet est ainsi reléguée au second plan (arrêts 5A_428/2008, 5A_429/2008 du 19 mars 2009 consid. 4.5.2 publié in RNRF 2010 297 ss et les références; 5A_352/2012 précité consid. 4.3.3). L'affectation de l'immeuble détenu en copropriété est à cet égard déterminante: tant que subsiste le caractère global de l'immeuble, la transformation d'une seule unité d'étage ne conduit pas à un changement de sa destination au sens de l'art. 648 al. 2 CC (parmi plusieurs: ATF 130 III 441 consid. 2.3 et 2.4, 450 consid. 2.1), mais éventuellement à un changement d'utilisation au sens de l'art. 647 al. 2 CC.
2.3.4 En l'espèce, le règlement d'utilisation interdit les activités susceptibles d'importuner ou de provoquer un désagrément pour les occupants de la copropriété, à l'intérieur comme à l'extérieur des locaux (art. 11 RAU). La destination de l'immeuble est mixte, celui-ci étant affecté à l'habitation et, au rez-de-chaussée, à des activités de type commercial (cf. extrait du registre foncier); il n'est ici pas contesté que la part d'étage litigieuse est précisément affectée à un usage commercial. En l'aménageant en café-bar, alors qu'elle était auparavant utilisée comme librairie-agence de voyage, les recourants n'ont manifestement pas changé la destination de l'immeuble, qui reste destiné à un usage mixte; de même, leur part d'étage demeure toujours soumise à un usage commercial. Néanmoins, le café-bar ne respecte pas la restriction conventionnelle générale posée par l'art. 11 RAU: il reste en effet ouvert sept jours sur sept, toute la journée et jusque tard dans la nuit (2h00 du matin) et dispose d'une petite terrasse sur le trottoir qui le longe; il fournit également de la petite restauration aux clients, de sorte qu'outre les nuisances sonores évidentes, les odeurs incommodantes ne peuvent être exclues, situation manifestement propre à causer des désagréments aux propriétaires d'étages. Dans ces conditions, dès lors que l'exploitation du café-bar va au-delà de l'usage commercial autorisé par le règlement, la modification entreprise par les recourants constitue un changement d'utilisation au sens de l'art. 647b al. 1 CC, lequel nécessite ainsi la double majorité des propriétaires d'étages.
La question de savoir si l'art. 10 al. 2 RAU et l'exigence de la double majorité qu'il prévoit ne s'applique qu'aux seuls changements de " destination " des lots, à l'exclusion des changements d' "utilisation ", peut demeurer indécis: à supposer en effet que tel soit le cas, les changements d'utilisation demeurent soumis à l'exigence légale de la double majorité prévue par l'art. 647b al. 1 CC en tant qu'aucune disposition réglementaire particulière n'instaure un régime de majorité plus souple (art. 712g al. 1 et 2 CC).
3. Dans un dernier grief, les recourants invoquent la violation de la garantie de la propriété et de la liberté économique (art. 26 et s. Cst.): pour l'essentiel, les intéressés remarquent que la restriction d'utilisation ne reposerait sur aucune base légale et qu'au surplus, aucune décision de l'assemblée générale ne leur faisait interdiction d'affecter leur local à l'exploitation d'un café-bar.
3.1 Dès lors que la restriction contestée se fonde sur l'art. 647b al. 1 CC ainsi que sur l'art. 11 RAU, les recourants ne sauraient prétendre que l'interdiction d'exploiter un café-bar dans leur arcade ne reposerait sur aucune base légale.
3.2 Selon l'art. 712s al. 3 CC, l'administrateur exerce une fonction de surveillance: il doit ainsi veiller à ce que, dans l'exercice de leurs droits, les propriétaires d'étages observent la loi, le règlement d'administration et d'utilisation et le règlement de maison (PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, tome I, 5e éd. 2012, n. 1340; AMEDEO WERMELINGER, La propriété par étages, 2e éd. 2008, n. 50 ad art. 712s CC). En cas de besoin, il peut agir judiciairement (arrêt 5A_640/2012 du 13 novembre 2012 consid. 4.2). Dans ces conditions, une décision de l'assemblée générale interdisant aux recourants l'exploitation contestée n'était ainsi pas nécessaire.
4. En définitive, le recours constitutionnel est irrecevable et le recours en matière civile est rejeté, aux frais de ses auteurs (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond tout en concluant au rejet de la requête d'effet suspensif, finalement admise, n'a droit à aucune indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière civile est rejeté.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 15 avril 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: de Poret Bortolaso