Sachverhalt:
A. Der 1962 geborene T._ war vom Oktober 2003 bis Oktober 2006 als Call Center Agent bei der Firma B._ AG in X._ angestellt. Am 7. Juli 2007 meldete er sich wegen eines Bandscheibenschadens bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Vom 13. August 2007 bis Juli 2008 war er zwischenzeitlich bei der Firma S._ AG in Y._ arbeitstätig. Am 2. August 2010 erstattete die Medizinische Begutachtungsstelle Z._ im Auftrag der IV-Stelle des Kantons Thurgau ein interdisziplinäres Gutachten. Mit Verfügung vom 24. März 2011 verneinte diese bei einem Invaliditätsgrad von 4 % einen Rentenanspruch.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. Juli 2011 ab.
C. Mit Beschwerde lässt T._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Zusprache einer Rente beantragen. Eventualiter sei ihm eine befristete Rente von März 2009 bis September 2010 zuzusprechen.
Die IV-Stelle und die Vorinstanz schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Mit Eingabe vom 24. Oktober 2011 lässt der Beschwerdeführer ein medizinisches Gutachten des Dr. med. F._, vom 13. Juli 2011 zuhanden der Deutschen Rentenversicherung, nachreichen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG sind neue Tatsachen und Beweismittel (Noven) im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig. Die Versicherte reicht mit Eingabe vom 24. Oktober 2011 neu ein Gutachten von Dr. med. F._ zuhanden der Deutschen Rentenversicherung nach. Dieses datiert vom 13. Juli 2011. Die Voraussetzungen, unter denen das neu eingereichte Gutachten ausnahmsweise zulässig wäre, sind vorliegend nicht erfüllt, sodass es unbeachtet bleiben muss (vgl. Urteil 2C_761/2009 vom 18. Mai 2010 E. 4). Gleiches gilt für den nachgereichten Rentenbescheid der deutschen Rentenversicherung vom 26. Oktober 2011.
3. Streitig ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie den Anspruch des Versicherten auf eine Rente der Invalidenversicherung verneinte. Dabei ist insbesondere die Einschränkung in einer leidensangepassten Tätigkeit sowie das Invalideneinkommen und der Abzug vom Tabellenlohn im Sinne von BGE 126 V 75 E. 5 S. 78 umstritten und zu prüfen.
3.1 Nach umfassender Würdigung der medizinischen Aktenlage, insbesondere des interdisziplinären Gutachtens vom 2. August 2010, kam die Vorinstanz zum Schluss, der Beschwerdeführer sei in einer leidensangepassten Tätigkeit voll arbeitsfähig. Wie sie zu Recht feststellte, erscheint dieses Gutachten als schlüssig und nachvollziehbar. Ihm kommt Beweiswert zu. In der Beschwerde wird nichts vorgebracht, das dem entgegen stünde. Entgegen dem Einwand in der Beschwerde haben sich die Ärzte im Abschnitt "Kritische Würdigung vorhandener Arztberichte" des Gutachtens auch mit abweichenden früheren medizinischen Einschätzungen auseinandergesetzt. Bei der rheumatologischen Untersuchung im Rahmen des Gutachtens zeigte sich eine erhebliche Selbstlimitation und ein sehr demonstratives Schmerzverhalten des Beschwerdeführers. Die auffallenden Diskrepanzen zwischen den objektivierbaren klinischen und radiologischen Befunden im Vergleich zu den vom Beschwerdeführer demonstrierten Beschwerden und Schmerzen werden im Gutachten detailliert und eindrücklich anhand der konkreten Untersuchungssituation dargelegt und begründet. Das kantonale Gericht ging auch auf die versicherungsmedizinische Beurteilung des Dr. med. G._, Facharzt für Innere Medizin vom medizinischen Dienst der AXA Winterthur, vom 15. Dezember 2008 ein und verwies unter anderem auf den Umstand, dass diese Beurteilung keine konkreten Angaben in Bezug auf die Arbeitsfähigkeit in einer adaptierten Tätigkeit enthielt und sich nicht mit den im Gutachten festgestellten auffallenden Diskrepanzen auseinandersetzte. Auch aus dem Belastbarkeitstraining vom 6. April bis 26. Juni 2009 bei der A._ Arbeitsintegration in C._ kann nichts anderes gefolgert werden. Die Leistungsfähigkeit dort hing einzig von der subjektiven Leistungsbereitschaft des Beschwerdeführers ab. Die Sozialarbeiter, die den Arbeitseinsatz begleiteten, waren aufgrund ihres fehlenden medizinischen Fachwissens nicht in der Lage, die Diskrepanzen zwischen den demonstrierten Beschwerden und den objektiven Befunden zu erkennen.
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, auch wenn auf die Einschätzung des Gutachtens abgestellt würde, müsste ihm zumindest eine befristete Rente für die Zeit von März 2009 bis September 2010 zugesprochen werden. Diesem Einwand kann nicht gefolgt werden, denn die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit für diesen Zeitraum beruht, entgegen der Annahme des Beschwerdeführers, nicht nur auf der Einschätzung des RAD-Arztes, sondern ist im Gutachten selber enthalten. Darauf verwies bereits die Vorinstanz. Die Gutachter gaben zwar an, aufgrund der Inkonsistenz der vorliegenden ärztlichen Atteste sei ihnen die (rückwirkende) Beurteilung des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit in der zuletzt ausgeübten Tätigkeit als Automatiker und PC-Supporter nicht möglich. Daher gelte ihre Einschätzung ab sofort. Bezüglich einer optimal dem Leiden angepasste Tätigkeit bestehe hingegen auch im retrospektiven Längsschnitt zu keinem Zeitpunkt ein Gesundheitsschaden, der versicherungsmedizinisch betrachtet eine dauerhafte Einschränkung der Arbeitsfähigkeit begründen könnte. Damit lag die von den Gutachtern ermittelte Arbeitsfähigkeit von 100 % in einer leidensangepassten Tätigkeit bereits ab März 2009 vor. Nichts anderes lässt sich aus der versicherungsmedizinischen Beurteilung von Dr. med. G._ schliessen, dessen Bescheinigung einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % sich auf die zuletzt ausgeübte, nicht leidensangepasste Tätigkeit bezog. Zur Einschätzung der Arbeitsfähigkeit durch den behandelnden Arzt Dr. med. M._ nahmen die Gutachter umfassend Stellung und legten schlüssig dar, weshalb dieser nicht gefolgt werden kann. Den begründeten Ausführungen der Vorinstanz folgend ist daher von einer vollen Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers bereits ab März 2009 in einer leidensangepassten Tätigkeit auszugehen.
4. Bei der Bestimmung des Invaliditätsgrades durch das kantonale Gericht rügt der Versicherte die Ermittlung des Invalidenkommens. Er macht insbesondere geltend, es sei auf den konkreten Lohn der A._ Arbeitsintegration abzustellen, wo er jetzt in einem Pensum zu 50 % angestellt sei und dabei ein Einkommen von brutto Fr. 2'500.- erziele.
Für die Bestimmung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch realisierbaren Invalideneinkommens ist dann von der konkreten beruflich-erwerblichen Situation auszugehen, wenn kumulativ besonders stabile Arbeitsverhältnisse eine Bezugnahme auf den allgemeinen Arbeitsmarkt praktisch erübrigen, wenn die versicherte Person eine Tätigkeit ausübt, bei der anzunehmen ist, dass sie die ihr verbliebene Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft, und wenn das Einkommen aus der Arbeitsleistung als angemessen und nicht als Soziallohn erscheint. Wenn alle drei Voraussetzungen erfüllt sind, gilt der tatsächlich erzielte Verdienst als Invalidenlohn (BGE 135 V 297 E. 5.2 S. 301).
Da dem Beschwerdeführer eine leidensangepasste Tätigkeit zu 100 % zumutbar ist, schöpft er mit seiner 50 % Tätigkeit bei der A._ Arbeitsintegration seine verbliebene Arbeitsfähigkeit nicht voll aus. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz einerseits das erzielte Einkommen bei der A._ Arbeitsintegration auf ein 100 % Pensum aufrechnete, soweit eine solche Pensumserhöhung möglich ist, und andererseits Tabellenlöhne der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) heranzog. Bei Erhöhung auf ein 100 % Pensum in der Tätigkeit bei der A._ Arbeitsintegration würde unbestritten ein Invaliditätsgrad von 26 % resultieren. Wird von LSE-Tabellenlöhnen ausgegangen, würde der an die durchschnittliche wöchentliche Arbeitszeit von 41.6 Stunden angepasste Bruttolohn für eine zumutbare leichte repetitive Tätigkeit (Anforderungsniveau 4; Wert für Männer gemäss LSE 2008, Tabelle TA 1, Total, S. 11) für das Jahr 2009 ein der Nominallohnentwicklung für Männer angepasstes Jahresgehalt von Fr. 61'240.- ergeben (Fr. 4'806.- x 41.6/40 x 12 Monate x 2136/2092; Die Volkswirtschaft, 11/2011, Tabelle 9.2 und B 10.3, S. 94 f.). Die Beschwerdegegnerin nahm von diesem Einkommen einen Abzug von 5 % im Sinn von BGE 126 V 75 vor, der von der Vorinstanz bestätigt wurde. Damit ergibt sich verglichen mit dem unbestrittenen Valideneinkommen von Fr. 73'003.80 ein Invaliditätsgrad von 20 % (abgerundet von 20.31 % gemäss BGE 130 V 121 E. 3.2 S. 122 f.). Der Beschwerdeführer macht einen Abzug von mindestens 15 % geltend. Die Reduktion des Invalideneinkommens beschlägt eine typische Ermessensfrage, welche angesichts der dem Bundesgericht zukommenden Kognition letztinstanzlicher Korrektur nur dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht sein Rechtsermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (BGE 132 V 393 E. 2.2 S. 396 und E. 3.3 S. 399). Die Beschwerde lässt eine schlüssige Begründung vermissen, weshalb der vorinstanzlich auf 5 % veranschlagte behinderungsbedingte Abzug geradezu missbräuchlich erscheinen soll. Im Übrigen würde auch bei einem maximal möglichen Abzug von 25 % kein rentenbegründender Invaliditätsgrad von mindestens 40 % erreicht. Die Vorinstanz bestätigte die Verneinung eines Rentenanspruchs somit zu Recht. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
5. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Dezember 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Kathriner