Faits:
A. A._ a été arrêté le 19 juin 2011 et mis en prévention de vol, recel et infraction à la LEtr. Par décision du 21 juin 2011, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Genève (Tmc) a prolongé la détention jusqu'au 21 septembre 2011. Le 19 septembre 2011, le Ministère public a demandé au Tmc une nouvelle prolongation de la détention. Le prévenu a été invité à se déterminer, dans les trois jours. Dans l'attente de ces déterminations, le Tmc a prolongé temporairement la détention par ordonnance du 21 septembre 2011, assortie de 50 fr. de frais. Les déterminations du détenu sont parvenues au Tmc le 22 septembre 2011 et celui-ci a, par décision du 23 septembre 2011, prolongé la détention jusqu'au 23 novembre 2011, en mettant 50 fr. de frais à la charge de A._.
B. Ce dernier a recouru auprès de la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève en lui demandant de constater une violation du principe de la célérité, d'annuler les frais mis à sa charge et de lui allouer une indemnité de procédure.
Par arrêt du 14 octobre 2011, la Chambre pénale de recours a admis partiellement le recours et réformé l'ordonnance de prolongation de la détention du 23 septembre 2011, en y ajoutant la constatation que le Ministère public n'avait pas respecté le délai de quatre jours prévu à l'art. 227 al. 2 CPP. Selon la jurisprudence, une violation du principe de célérité pouvait être réparée par un jugement de constatation et une mise des frais à la charge de l'Etat lorsque la procédure de détention provisoire avait connu une durée excessive, soit dans les cas de violation des délais légaux ou des règles posées en matière de détention préventive. En l'occurrence, le non-respect par le Ministère public du délai de quatre jours pour demander la prolongation de la détention n'avait eu aucun effet sur la légalité formelle ou matérielle de celle-ci, car même en cas de respect de ce délai, le Tmc disposait de cinq jours pour statuer en vertu de l'art. 227 al. 5 CPP, et aurait donc pu rendre sa décision jusqu'au 25 septembre 2011. Les frais des décisions de première instance ont été maintenus, le recourant n'obtenant gain de cause que sur un point très secondaire. Pour la même raison, les frais de la procédure de recours, soit 660 fr., ont été mis à la charge du recourant.
C. Par acte du 17 novembre 2011, A._ forme un recours en matière pénale assorti d'une demande d'assistance judiciaire. Il demande l'annulation de l'arrêt cantonal et sa réforme en ce sens que les frais de première et de seconde instances cantonales sont laissés à la charge de l'Etat et que 1'500 fr. de dépens lui sont alloués.
La Chambre pénale de recours conclut à l'irrecevabilité du recours. Le Ministère public se réfère à l'arrêt cantonal.
Considérant en droit:
1. L'arrêt cantonal se rapporte à la procédure de prolongation de la détention provisoire. Quand bien même la contestation ne porte pas sur les conditions de fond à la détention préventive, il s'agit d'une décision en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF.
1.1 Le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 80 al. 1 LTF).
1.2 La recevabilité du recours en matière pénale dépend notamment de l'existence d'un intérêt juridique actuel à l'annulation de la décision entreprise (art. 81 al. 1 let. b LTF). En l'occurrence, le recourant ne conteste pas son maintien en détention. Il demande une réforme de l'arrêt cantonal en tant que les frais de procédure de première et de seconde instance doivent être mis à la charge de l'Etat, et que 1'500 fr. de dépens doivent lui être alloués. Comme le relève la cour cantonale, le recourant plaide au bénéfice de l'assistance juridique cantonale, de sorte que les frais mis à sa charge ne lui seront pas réclamés, et que les honoraires de son avocat seront payés par l'Etat. Un remboursement de ces prestations pourrait certes être exigé en cas d'amélioration de la situation patrimoniale de l'intéressé, mais la pratique, à Genève, serait d'y renoncer si l'intéressé est de nationalité étrangère et frappé d'une expulsion, comme cela est le cas en l'espèce. Le recourant n'en dispose pas moins d'un intérêt juridique à ce qu'il soit définitivement exempté des frais de justice, et à ce qu'il soit statué sur la question des dépens pour la procédure cantonale.
2. Le recourant se plaint en premier lieu d'un déni de justice formel. Il reproche à la cour cantonale d'avoir omis de se prononcer sur ses conclusions tendant à l'allocation de dépens, alors qu'il avait obtenu partiellement gain de cause.
2.1 Selon la jurisprudence, une autorité cantonale de recours commet un déni de justice formel et viole l'art. 29 al. 1 Cst. si elle omet de statuer sur une conclusion du recours dont elle est saisie alors qu'elle est compétente pour le faire (ATF 117 Ia 116 consid. 3a p. 117/118 et les arrêts cités). En outre, le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. impose à l'autorité de jugement l'obligation de motiver ses décisions. Pour satisfaire cette exigence, il suffit que celle-ci mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision (ATF 130 II 530 consid. 4.3 p. 540 et les arrêts cités).
2.2 Dans son recours cantonal, le recourant concluait à l'octroi d'une indemnité équitable "pour les frais engagés dans la procédure de recours". La cour cantonale n'a pas pris position sur cette conclusion. On ignore ainsi si les dépens ont été refusés parce que le recourant bénéficiait de l'assistance judiciaire, ou parce que le recours cantonal a été, pour l'essentiel, rejeté. Le grief doit par conséquent être admis et la cause renvoyée à la Chambre de recours afin qu'elle se détermine sur la question des dépens. Le cas échéant, la cour cantonale devra tenir compte de l'issue de la cause, telle qu'elle résulte des considérants qui suivent.
3. Invoquant le principe de célérité et l'art. 227 al. 2 CPP, le recourant estime que la cour cantonale ne pouvait se limiter à constater une violation de cette disposition tout en mettant les frais de première et de seconde instance à sa charge.
3.1 Selon la jurisprudence, une violation des règles de procédure relative à la détention préventive, et en particulier du principe de célérité consacré à l'art. 5 CPP, peut être réparée d'emblée, indépendamment de la procédure d'indemnisation prévue à l'art. 431 CPP, par une constatation d'une violation du principe de célérité, une admission partielle du recours sur ce point et la mise à la charge de l'Etat des frais de justice (ATF 137 IV 92 consid. 3 p. 96; arrêt 1B_173/2011 du 17 mai 2011; ATF 136 I 274 consid. 2.3 p. 278).
3.2 La cour cantonale a retenu que si le Ministère public avait dépassé d'un jour le délai fixé à l'art. 227 al. 2 CPP pour présenter sa demande de prolongation de la détention, cette irrégularité ne constituait pas une violation du principe de la célérité car elle était sans effet sur la légalité de la détention du recourant. En effet, même si le Ministère public avait demandé la prolongation de la détention en temps utile, soit le 17 septembre 2011, le Tmc pouvait, compte tenu des autres délais légaux, rendre sa décision jusqu'au 25 septembre 2011. Or, il avait statué deux jours avant cette échéance. Dès lors, ni la détention, ni la procédure y relative ne s'étaient trouvées indument prolongées.
3.3 Il n'en demeure pas moins que la procédure de prolongation de la détention a été entachée d'une irrégularité formelle reconnue par la cour cantonale, soit le dépassement du terme pour présenter une demande de prolongation de la détention, quatre jours avant l'échéance de la période de détention. Contrairement à ce que soutient la cour cantonale, la réparation d'une irrégularité par le biais d'un jugement de constatation assorti d'une dispense des frais, n'est pas limitée aux cas de violation caractérisée du principe de la célérité. Cela peut aussi s'imposer en cas de violation d'un simple délai d'ordre, comme le délai prévu à l'art. 224 al. 2 CPP dont le but est essentiellement, à l'instar du délai de l'art. 227 al. 2 CPP, de donner suffisamment de temps au juge de la détention pour examiner la cause (arrêt 1B_173/2011 du 17 mai 2011, consid. 2.2). Dès lors, même si la procédure de détention et la détention elle-même respectent en soi le principe de la célérité, le recourant n'en a pas moins un droit à ce que l'irrégularité dont il se plaint soit constatée et réparée par le biais d'une dispense des frais de justice. Cette dispense doit s'étendre à l'ensemble de la procédure de prolongation de la détention, soit à l'arrêt cantonal, à l'ordonnance du Tmc du 23 septembre 2011, ainsi qu'à la décision de prolongation temporaire du 21 septembre 2011.
4. Le recours doit par conséquent être admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que l'ensemble des frais de première et de seconde instance est laissé à la charge de l'Etat. La cause doit par ailleurs être renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les dépens. Le recourant, qui obtient gain de cause, a droit à des dépens, mis à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Cela rend sans objet la demande d'assistance judiciaire. Il n'est pas perçu de frais de justice (art. 66 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que les frais des ordonnances du Tmc des 21 et 23 septembre 2011 sont laissés à la charge de l'Etat, de même que les frais de la procédure de recours cantonale. La cause est renvoyée à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève pour nouvelle décision sur les dépens.
2. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée au recourant, à la charge du canton de Genève.
3. La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
4. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 19 décembre 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz