Faits:
A. Par jugement du 8 juin 2009, le Tribunal de première instance du canton de Genève a ordonné en faveur de A._ SA, l'inscription définitive de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs inscrite provisoirement sur la parcelle n° 7023 de la commune de X._, propriété de B._, à concurrence de 61'882 fr. 51 avec intérêt à 5 % l'an dès le 5 juillet 2007.
La Cour de justice du canton de Genève a confirmé ce jugement le 12 février 2010.
B. Le 3 juin 2010, A._ SA a introduit une poursuite en réalisation de gage immobilier tendant au paiement de la somme de 44'000 fr. (61'882 fr. 51 sous déduction de 17'882 fr. 51), avec intérêts à 5% l'an dès le 5 juillet 2007; elle a invoqué, comme cause de l'obligation, le jugement du 8 juin 2009 ordonnant l'inscription définitive d'une hypothèque légale sur l'immeuble du poursuivi. Celui-ci a formé opposition totale au commandement de payer.
Statuant le 17 novembre 2010 sur la requête de mainlevée définitive formée par la poursuivante, le Tribunal de première instance a levé définitivement l'opposition au commandement de payer, à hauteur de 44'000 fr., plus intérêts à 5 % l'an dès le 5 juillet 2007.
Sur appel du poursuivi, la Cour de justice a, par arrêt du 10 février 2011, expédié aux parties le 14 février 2011, annulé le jugement du 17 novembre 2010 et rejeté la requête de mainlevée définitive.
C. Par acte du 17 mars 2011, la poursuivante interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et, principalement, à la confirmation du jugement rendu le 17 novembre 2010 par le Tribunal de première instance, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente. A l'appui de son recours, elle se plaint de la violation de l'art. 80 al. 1 LP.
Invités à se déterminer, l'intimé a conclu au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité et l'autorité précédente a renvoyé aux considérants de son arrêt. La poursuivie a encore déposé des observations sur la réponse, confirmant les conclusions de son recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 La décision refusant la mainlevée définitive de l'opposition est une décision finale au sens de l'art. 90 LTF puisqu'elle met fin à l'instance (ATF 134 III 115 consid. 1.1 p. 117; 133 III 399 consid. 1.2 p. 399). Elle peut faire l'objet du recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF) lorsque la valeur litigieuse atteint, comme en l'espèce, au moins 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (art. 42 LTF), par la partie qui a succombé en instance cantonale (art. 76 al. 1 LTF) à l'encontre d'une telle décision prise sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), le présent recours est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral, lequel comprend les droits constitutionnels (art. 95 let. a LTF; ATF 133 III 446 consid. 3.1, 462 consid. 2.3). La décision en matière de mainlevée, définitive ou provisoire, n'est en effet pas une décision de mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF, contre laquelle seule la violation des droits constitutionnels peut être invoquée (ATF 133 III 399 consid. 1.5 p. 400).
1.3 Le recours en matière civile des art. 72 ss LTF est une voie de réforme (art. 107 al. 2 LTF). Si le Tribunal fédéral admet le recours, il peut en principe statuer lui-même sur le fond (art. 107 al. 2 LTF). La partie recourante ne peut dès lors se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, mais elle doit également, en principe, prendre des conclusions sur le fond du litige (arrêt 5A_835/2010 du 1er juin 2011 consid. 1.2). Il n'est fait exception à cette règle que lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait de toute manière pas en situation de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (ATF 134 III 379 consid. 1.3 p. 383; 133 III 489 consid. 3.1 p. 489 s.; 130 III 136 consid. 1.2 p. 139).
Les conclusions réformatoires doivent en outre être déterminées et précises, c'est-à-dire indiquer exactement quelles modifications sont demandées (HOHL, Procédure civile, tome II, 2ème éd., 2010, n° 2871 p. 510); ainsi, celles qui portent sur une somme d'argent doivent être chiffrées (ATF 134 III 235 consid. 2 p. 237). Exceptionnellement, des conclusions non chiffrées sont admissibles pour autant que la somme à allouer soit d'emblée reconnaissable au regard de la motivation du recours ou de la décision attaquée (ATF 134 III 235 consid. 2 p. 236 s., 379 consid. 1.3 p. 383; arrêt 5A_359/2011 du 7 septembre 2011 consid. 1.2.1 et les références).
En l'occurrence, la recourante invite le Tribunal fédéral à annuler l'arrêt attaqué et à "confirmer le jugement n° JTPI/20180/2010 rendu par le Tribunal de première instance le 17 septembre 2010". Le jugement auquel elle fait référence - en se méprenant par ailleurs sur la date - prononce en substance la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer à hauteur de 44'000 fr., plus intérêts à 5 % l'an dès le 5 juillet 2007. Aussi ressort-il immédiatement du rapprochement du mémoire de recours, de l'arrêt attaqué et du jugement de première instance que la recourante demande au Tribunal fédéral d'admettre sa requête de mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de 44'000 fr., plus intérêts à 5 % l'an dès le 5 juillet 2007. Sa conclusion sur le fond apparaît dès lors recevable.
2. Le Tribunal de première instance a considéré que le jugement du 8 juin 2009 ordonnant l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur la parcelle du poursuivi en faveur de la poursuivante constituait un titre de mainlevée définitive de l'opposition. Il a également estimé que le poursuivi n'avait pas démontré avoir éteint sa dette. En définitive, il a jugé que la mainlevée définitive devait être prononcée.
En appel, la Cour de justice a annulé le jugement de première instance et rejeté la requête de mainlevée définitive. Elle a considéré que le jugement d'inscription définitive d'une hypothèque légale ne détermine que le montant maximal garanti par gage (Pfandsumme), mais non la créance (Schuldsumme); le jugement du 8 juin 2009 ne saurait dès lors valoir titre de mainlevée définitive.
3. De jurisprudence constante, la procédure de mainlevée définitive est un incident de la poursuite. La décision qui accorde ou refuse la mainlevée est une pure décision d'exécution forcée dont le seul objet est de dire si la poursuite peut continuer ou si le créancier est renvoyé à agir par la voie d'un procès ordinaire. Le juge de la mainlevée définitive examine seulement la force probante du titre produit par le créancier, sa nature formelle, non la validité de la créance (5A_427/2011 du 10 octobre 2011 consid. 2). Dans la procédure de mainlevée définitive, le juge ne statue que sur la base des pièces produites, en l'occurrence un jugement exécutoire ou un titre assimilé à un tel jugement; il n'a ni à revoir ni à interpréter le titre de mainlevée qui est produit (124 III 501 consid. 3a p. 503; 113 III 6 consid. 1b p. 9s.).
4. Invoquant, en qualité de titre au sens de l'art. 80 al. 1 LP, le jugement ordonnant l'inscription définitive d'une hypothèque légale sur la parcelle de l'intimé, rendu en sa faveur le 8 juin 2009, la poursuivante requiert le prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition à la poursuite en réalisation de gage immobilier qu'elle a ouverte contre l'intimé.
Il s'impose donc d'examiner si la créancière poursuivante est au bénéfice d'un jugement exécutoire lui permettant de requérir du juge la mainlevée définitive de l'opposition en vertu de l'art. 80 al. 1 LP.
4.1 Le créancier au bénéfice d'un gage immobilier agissant à l'encontre de son débiteur par la voie de la poursuite en réalisation de gage (art. 41 al. 1 LP) engage une procédure régie par des dispositions particulières. Dans la poursuite en réalisation de gage immobilier, l'objet de la poursuite est la créance garantie par un gage immobilier (art. 151 al. 1 LP). L'art. 85 ORFI prévoit que, lorsque le débiteur fait opposition à un commandement de payer dans une poursuite en réalisation de gage, cette opposition est, sauf mention contraire, censée se rapporter tant au droit de gage qu'à la créance (arrêt 5A_366/2007 du 7 décembre 2007 consid. 4.1). En conséquence, le Tribunal fédéral a opéré une distinction entre les notions de "Pfandsumme" (montant du gage) et de "Schuldsumme" (montant de la créance; ATF 126 III 467 consid. 3b/cc p. 472 pour la mainlevée définitive; ATF 111 III 8 consid. 3b p. 10 ss dans un cas de mainlevée provisoire). Si opposition est formée, le créancier peut requérir la mainlevée ou ouvrir action en constatation de la créance ou du droit de gage (art. 153a al. 1 LP). Si le créancier poursuivant n'obtient pas gain de cause dans la procédure de mainlevée, il peut encore ouvrir action en constatation de la créance et/ou du gage dans les dix jours dès notification de la décision de mainlevée (art. 153a al. 2 LP). Le jugement qui prononce la mainlevée de l'opposition sans précision sur sa portée, est présumé se rapporter tant à la créance qu'au droit de gage; cependant, la mainlevée de l'opposition peut être levée pour le montant de la créance indépendamment du gage (ATF 71 III 15 in: JdT 1945 II 12 consid. 2a p. 16; arrêt OberG. Zurich du 23 mars 1994, in: RSJ 1944 n°119 p. 193 s., commenté par USTERI; PANCHAUD/CAPREZ, La mainlevée d'opposition, 2e éd., 1980, n° 20 p. 126).
4.2 Le poursuivi ayant fait opposition totale, la créancière poursuivante ne pourra faire écarter l'opposition que si elle est au bénéfice d'un titre de mainlevée non seulement pour le gage, mais aussi pour le montant de la créance (VALLAT, L'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs et l'exécution forcée, 1998, p. 160 s., spéc. n° 186 p. 163 ss).
L'objet de l'action en inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs est de confirmer l'hypothèque légale annotée provisoirement (respect des conditions du droit à l'inscription et de l'inscription elle-même) ainsi que la somme garantie par le gage (arrêt du 5 juin 1984 du Tribunal cantonal du canton du Tessin, in: DC 1986 p. 69, commenté par STEINAUER).
4.2.1 Le jugement ordonnant l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs ne constitue pas à lui seul un titre de mainlevée définitive pour le gage (Pfandsumme), car il n'apporte pas la preuve que celui-ci a effectivement été constitué (STAEHELIN, Basler Kommentar, 2e éd., 2010, n° 57 ad art. 80 LP; VALLAT, op. cit., n° 186 p. 165. Contra, SCHUMACHER, Das Bauhandwerkerpfandrecht, 3e éd., 2008, n° 1632 p. 600 in fine). En effet, l'hypothèque légale de l'art. 837 CC est dite "indirecte"; le gage n'existe que par l'inscription constitutive au Registre foncier (art. 22 ORF; STEINAUER; L'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs, in: Journées suisses du droit de la construction 2005, p. 227 s.; LE MÊME; Les droits réels I, 4e éd., 2007, n° 698a, p. 251; ZOBL, Das Bauhandwerkerpfandrecht de lege lata und de lege ferenda, in: FSJ 1/1982, p. 57 et 76; DE HALLER, L'hypothèque légale de l'entrepreneur, in: FSJ 2/1982, p. 285). En d'autres termes, en cas d'opposition au droit de gage, l'artisan ou l'entrepreneur ne peut se contenter de produire le jugement ordonnant l'inscription définitive de l'hypothèque légale à l'appui de sa requête de mainlevée définitive pour le gage; le poursuivant doit démontrer l'existence du droit de gage en produisant l'extrait du Registre foncier prouvant qu'il a effectivement été inscrit définitivement dans le registre (ATF 125 III 248 consid. 2 p. 249 s.; STAEHELIN, op. cit., n° 57 ad art. 80 LP).
4.2.2 Le juge saisi de l'action en inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs n'a pas à reconnaître, respectivement à fixer la créance en paiement des prestations de l'artisan et de l'entrepreneur (Schuldsumme); il fixe uniquement le montant à concurrence duquel l'immeuble devra répondre. Cette action n'a pas pour but de déterminer la créance en tant que telle, mais le montant du gage ou, en d'autres termes, l'étendue de la garantie hypothécaire (ATF 126 III 467 consid. 4d p. 474; STEINAUER, Les droits réels III, 3e éd., 2003, n° 2888, p. 287). Le juge examine certes la créance personnelle de l'artisan ou de l'entrepreneur (Schuldsumme), mais uniquement à titre préjudiciel et à seule fin de déterminer la somme garantie par gage. Dès lors, même si l'action a été dirigée contre le propriétaire de l'immeuble qui est simultanément le débiteur de la créance, le jugement ordonnant l'inscription définitive de l'hypothèque légale ne constitue pas un titre de mainlevée définitive pour la créance garantie au sens de l'art. 80 al. 1 LP (SCHUMACHER, op. cit., n° 1630 p. 599). Le créancier ne peut donc pas obtenir la mainlevée de l'opposition en ce qui concerne la créance garantie sur la base d'un seul jugement d'inscription définitive d'une hypothèque légale. En général, l'artisan ou l'entrepreneur aura donc intérêt à intenter parallèlement à son action en inscription définitive d'une hypothèque légale, une action condamnatoire en paiement de sa créance (ATF 105 II 149 consid. 2b p. 152 s.; SCHUMACHER, op. cit., n° 1630 s. p. 600), le jugement condamnant le débiteur à payer une somme déterminée valant titre de mainlevée au sens de l'art. 80 al. 1 LP (VALLAT, op. cit., n° 195 p. 170).
4.3 En l'occurrence, la recourante fonde sa requête de mainlevée définitive sur le jugement du 8 juin 2009 du Tribunal de première instance du canton de Genève ordonnant l'inscription définitive en sa faveur d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur la parcelle dont le poursuivi est le propriétaire, à concurrence de 61'882 fr. 51, intérêts en sus. Le point de savoir si le jugement du 8 juin 2009 constitue en l'espèce un titre à la mainlevée définitive doit être examiné par rapport au montant du droit de gage (Pfandsumme), d'une part, et à la créance en poursuite (Schuldsumme), d'autre part (ATF 126 III 467 consid. 3b/cc p. 472).
4.3.1 Le créancier poursuivant s'est limité en l'espèce à produire le jugement ordonnant l'inscription définitive de l'hypothèque légale, sans démontrer l'existence de l'inscription définitive du droit de gage sur l'immeuble du poursuivi par la production d'un extrait du Registre foncier. En conséquence, la mainlevée de l'opposition à la poursuite en réalisation de gage immobilier doit, en ce qui concerne le droit de gage (Pfandsumme), être refusée.
4.3.2 Le jugement du 8 juin 2009 ne constitue pas non plus un titre de mainlevée de l'opposition pour la créance (Schuldsumme). Il ressort en effet du dispositif du jugement produit pour valoir titre de mainlevée définitive que le Tribunal de première instance a "ordonn[é] l'inscription définitive, à concurrence de Frs 61'882,51 avec intérêts à 5% dès le 5 juillet 2007, de l'hypothèque légale provisoire inscrite sur la parcelle n° 7023 de la commune de X._ propriété de B._ suite à l'ordonnance du Tribunal du 2 octobre 2007" et réglé le sort des frais liés à la procédure. Il résulte des conclusions prises par la demanderesse à l'action, des motifs et du dispositif du jugement du 8 juin 2009 que la décision a pour seul objet d'ordonner une inscription définitive d'hypothèque légale, à l'exclusion de toute condamnation du poursuivi au paiement de la créance garantie par le droit de gage. Le Tribunal de première instance n'a examiné qu'à titre préjudiciel les prétentions pécuniaires de la demanderesse à l'action en inscription de l'hypothèque légale, afin de déterminer l'étendue de la garantie offerte par l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs. Le premier juge de la mainlevée a d'ailleurs constaté que le montant de la créance "ne figure pas au dispositif du prononcé" et la Cour de justice a retenu que la poursuivante est titulaire "a priori" d'une créance de 61'882 fr. 51. La poursuivante l'admet également puisqu'elle indique dans son recours que le "[j]ugement pris à l'appui de la requête de mainlevée définitive [...] tend bel et bien à l'établissement du montant garanti par l'hypothèque légale". On ne peut, dans de telles circonstances, considérer que le jugement du 8 juin 2009 - dont le dispositif ne condamne pas expressément l'intimé à payer une somme d'argent à la poursuivante - constitue un titre de mainlevée définitive pour la créance en poursuite (Schuldsumme) au sens de l'art. 80 al. 1 LP. Par conséquent, la requête de mainlevée de l'opposition doit être rejetée en ce qui concerne la créance également.
5. Vu ce qui précède, le recours est rejeté, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Une indemnité de dépens allouée à l'intimé qui a déposé des observations, est mise à la charge de la recourante (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 25 novembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin