Sachverhalt:
A.
Die B._AG reichte im Dezember 2005 bei der damaligen Gemeinde Jona (heute: Gemeinde Rapperswil-Jona) das Gesuch ein, in Kempraten auf dem Grundstück Nr. 711J den Neubau einer Mobilfunkanlage zu bewilligen. Diese sollte wenige Meter vom Perron der SBB-Haltestelle Kempraten entfernt in einer relativ steilen Böschung errichtet werden und ab der Oberkante des Bahngeleises eine Höhe von 20,14 m erreichen. Die schmale im Wesentlichen mit Geleisen und Fahrleitungen überbaute Bauparzelle steht im Eigentum der SBB und ist im kommunalen Nutzungsplan keiner Nutzungszone zugeteilt. Gegen das Bauprojekt gingen zahlreiche Einsprachen ein. Mit Entscheid vom 4. September 2006 erteilte der Gemeinderat die Baubewilligung und wies die öffentlich-rechtlichen Einsprachen sowie die Einsprachen nach Art. 684 ZGB ab. Die übrigen privatrechtlichen Einsprachen verwies der Gemeinderat auf den Zivilrechtsweg.
Gegen diesen Beschluss rekurrierten die Katholische Kirchgemeinde Rapperswil und 148 Personen an das Baudepartement des Kantons St. Gallen (nachstehend: Baudepartement). Dieses lud die Eidgenössische Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) ein, zu den denkmalpflegerischen Auswirkungen des Bauvorhabens Stellung zu nehmen. In ihrem Gutachten vom 13. November 2007 kam die ENHK zum Schluss, das Ortsbild der Stadt Rapperswil und die umliegenden kommunalen Schutzgegenstände würden durch die Mobilfunkanlage nur geringfügig beeinträchtigt. Mit Entscheid vom 15. August 2008 wies das Baudepartement den Rekurs ab, soweit es darauf eintrat.
Das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen wies eine dagegen namentlich von rund 100 Anwohnern erhobene Beschwerde mit Urteil vom 11. Mai/22. September 2009 ab und ergänzte die Baubewilligung mit der Auflage, dass der Gemeinderat Rapperswil-Jona die Strahlenbelastung des benachbarten Grundstücks Nr. 4572J im Fall einer Überbauung überprüfen müsse. Das Bundesgericht hiess mit Urteil 1C_484/2009 vom 21. Mai 2010 eine dagegen erhobene Beschwerde gut, weil es verlangte, dass die Strahlenbelastung auf dem Grundstück Nr. 4572J bereits vor seiner Überbauung überprüft wird. Im gleichen Entscheid kam das Bundesgericht zum Ergebnis, das Verwaltungsgericht habe eine erhebliche Beeinträchtigung des Landschafts- und Ortschaftsbilds in verfassungs- und bundesrechtskonformer Weise verneint.
B.
Am 27. September 2010 reichte die B._ AG bezüglich des Baus einer gleich dimensionierten Mobilfunkanlage am selben Ort ein neues Baugesuch ein, das die beim ersten Gesuch fehlende Berechnung der Strahlenbelastung für die Parzelle Nr. 4572J (OMEN Nr. 10) aufwies. Gegen dieses Baugesuch erhob die Katholische Kirchgemeinde Rapperswil-Jona (nachstehend: Kirchgemeinde) zusammen mit über 100 Personen Einsprache.
Die Bau- und Umweltkommission (BUK) der neuen Politischen Gemeinde Rapperswil-Jona ging davon aus, die geplante Antenne beeinträchtige die Sicht auf vier nördlich und östlich der geplanten Mobilfunkanlage gelegene Schutzobjekte und störe den landschaftlich empfindlichen Hang westlich der geschützten Liegenschaft "Rebhaus" und verweigerte mit Beschluss vom 30. Januar 2012 die Baubewilligung.
Diesen Beschluss hob das Baudepartement des Kantons St. Gallen in in Gutheissung eines dagegen gerichteten Rekurses der B._ AG am 15. Oktober auf und wies die Streitsache zur unverzüglichen Erteilung der Baubewilligung an die BUK zurück, da es gestützt auf den Bericht des Amts für Kultur vom 11. Juni 2012 und den Augenschein vom 12. Juli 2012 zum Ergebnis kam, die geplante Mobilfunkantenne sei mit den Interessen des Heimat- und Denkmalschutzes vereinbar.
Das Verwaltungsgericht wies eine dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 8. November 2013 ab, soweit sie nicht zufolge Rückzugs gegenstandslos geworden war.
C.
Am 16. Dezember 2013 erhoben A._ und 95 weitere Personen beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 8. November 2013 sei aufzuheben.
Mit Schreiben vom 17. Januar 2014 teilte der Rechtsanwalt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht mit, 16 der in der Beschwerde angeführten Personen hätten nachträglich erklärt, sie wollten sich nicht am Verfahren vor dem Bundesgericht beteiligen.
Mit Präsidialverfügung vom 29. Januar 2014 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Das Baudepartement des Kantons St. Gallen und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die B._ AG beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Umwelt verweist in seiner Stellungnahme auf den Bundesgerichtsentscheid betreffend das erste Baugesuch und verzichtet auf weitere Ausführungen. Das Bundesamt für Kultur erklärt, die Antenne könne als geringfügige Beeinträchtigung des Ortsbildes in Kauf genommen werden. Die BUK liess sich nicht vernehmen.
Die Beschwerdeführer halten in ihrer Replik an ihren Beschwerdeanträgen fest. Die B._ AG reichte eine Duplik ein, zu der die Beschwerdeführer Stellung nahmen.
Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid der Vorinstanz steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG). Die Beschwerdeführer besitzen Grundeigentum oder wohnen innerhalb des Einspracheperimeters (vgl. BGE 128 II 168 E. 2.3 und 2.4 S. 171 f.). Sie haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und sind grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2. Der bloss kassatorische Antrag der Beschwerdeführer auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids ist im Rahmen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich zulässig (BGE 133 II 409 E. 1.4 S. 414 f. mit Hinweisen). Zudem ergibt sich aus der Begründung der Beschwerde, dass die Beschwerdeführer die Verweigerung der Baubewilligung anstreben, weshalb insoweit ein Antrag in der Sache vorliegt.
Der angefochtene Entscheid bestätigt die vom Baudepartement zur Erteilung der Baubewilligung angeordnete Rückweisung der Sache an die BUK. Dieser Rückweisungsentscheid räumt der BUK keinen Entscheidungsspielraum ein und ist daher als Endentscheid zu qualifizieren (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 95 lit. a, b und c BGG). Die Verletzung des übrigen kantonalen Rechts kann abgesehen von hier nicht relevanten Ausnahmen gemäss Art. 95 lit. c und d BGG vor Bundesgericht nicht gerügt werden; zulässig ist jedoch die Rüge, die Anwendung dieses Rechts führe zu einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des verfassungsmässigen Willkürverbots (BGE 138 I 143 E. 2 S. 149 f.). Nach der Praxis des Bundesgerichts verstösst ein Entscheid gegen dieses Verbot, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, weil er zum Beispiel eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 137 I 1 E. 2.4 S. 5; 138 I 49 E. 7.1; je mit Hinweisen).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung ist offensichtlich unrichtig, wenn sie willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist (BGE 137 III 226 E. 4.2 mit Hinweisen).
1.5. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 135 III 127 E. 1.6 S. 130). Wird eine Verletzung des Willkürverbots gemäss Art. 9 BV geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 137 IV 1 E. 4.2.3; 136 II 489 E. 2.8; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es auf Grund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und es in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen darf, seine Überzeugung könne durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert werden (BGE 136 I 229 E. 5.3 S. 236).
2.2. Das Verwaltungsgericht führte aus, nachdem es im ersten Bewilligungsverfahren hinsichtlich der gleich dimensionierten Antennenanlage bereits einen Augenschein vorgenommen habe, sei ein nochmaliger Augenschein nicht nötig.Daran ändere nichts, dass die Gemeinde das kommunale Baureglement geändert, eine neue Natur- und Denkmalverordnung erlassen und darin neue Schutzgegenstände aufgenommen habe, da sich gemäss dem Bericht des Amtes für Kultur vom 11. Juni 2012 trotz dieser Änderungen in Bezug auf die im Umfeld der geplanten Antenne liegenden und allenfalls betroffenen Schutzobjekte keine entscheidend neue Situation ergeben habe.
2.3. Die Beschwerdeführer rügen, der vorinstanzliche Verzicht auf die Durchführung eines Augenscheins bezüglich des zweiten Bauprojekts beruhe auf einer falschen antizipierten Beweiswürdigung, da die Auswirkungen des Bauvorhabens im vorliegenden Verfahren gemäss den neu in Kraft getretenen Beschränkungen von Mobilfunkanlagen in der Natur- und Denkmalschutzverordnung der Gemeinde Rapperswil-Jona und Art. 21 des neuen Baureglements zu prüfen seien. Die Beschwerdeführer gehen jedoch auf die Erwägungen, mit denen die Vorinstanz einlässlich begründete, weshalb die geänderten rechtlichen Grundlagen keinen neuen Augenschein erforderten, nicht ein und zeigen nicht auf, inwiefern diese Erwägungen unzutreffend sein sollen. Dies ist auch nicht ersichtlich, weshalb sich die Rüge der willkürlichen antizipierten Beweiswürdigung als unbegründet erweist, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann.
3.
3.1. Gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. a des Baureglements der Gemeinde Rapperswil-Jona vom 9. März 2011 (BauR) ist die Erstellung von Mobilfunkanlagen innerhalb sowie im unmittelbaren Sichtfeld auf das landschaftlich empfindliche Siedlungsgebiet nicht gestattet.
Die am 16. Juli 2010 in Kraft getretene Natur- und Denkmalschutzverordnung der Gemeinde Rapperswil-Jona (NDV) enthält folgende Bestimmungen:
Art. 5
In der unmittelbaren Umgebung der von dieser Verordnung erfassten Schutzgegenstände sind alle Massnahmen, welche die Schutzgegenstände beeinträchtigen, untersagt.
Art. 6
1 Innerhalb sowie im unmittelbaren Sichtfeld auf Schutzgebiete und Schutzobjekte ist die Erstellung von Mobilfunkanlagen nicht gestattet.
2 [...]
3.2. Das Verwaltungsgericht erwog, der Standort der geplanten Antenne befinde sich mitten im Siedlungsraum ausserhalb der ausgeschiedenen Schutzgebiete. Die Antenne solle im Einschnitt des Bahntrassees platziert werden und werde somit nur verhältnismässig niedrig in Erscheinung treten. Das Gebiet um den Standort der geplanten Mobilfunkantenne sei von sehr heterogenen Überbauungen mit unterschiedlicher Qualität geprägt. In diesem uneinheitlichen neuzeitlichen Umfeld werde allein dadurch, dass von zahlreichen Standorten aus nebst der geplanten Antenne auch verschiedene, nicht unmittelbar angrenzende landschaftlich empfindliche Siedlungsgebiete gesehen werden könnten, Art. 21 Abs. 1 lit. a BauR und Art. 6 Abs. 1 NDV nicht verletzt. Der Schutz dieser Gebiete greife bloss innerhalb und in ihrem unmittelbaren Bereich, zumal auch der Umgebungsschutz gemäss Art. 5 NDV bloss die unmittelbare Umgebung eines Schutzgegenstandes erfasse. Eine extensivere Auslegung von Art. 21 Abs. 1 lit. a BauR und Art. 6 NDV würde Bundesrecht widersprechen, weil in Kempraten dann selbst zwischen den geschützten Gebieten keine Mobilfunkantennen mehr errichtet werden dürften, weil diese wegen ihrer technisch notwendigen Höhe immer im Sichtfeld auf eines der zahlreichen Schutzgebiete zu stehen kämen.
3.3. Die Beschwerdeführer machen geltend, die vorinstanzliche Annahme, die geplante Antenne befinde sich nicht im unmittelbaren Sichtfeld auf landschaftlich empfindliche Siedlungsgebiete im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. b BauR und Art. 6 Abs. 1 NDV, sei willkürlich. Die Beschwerdeführer üben in diesem Zusammenhang an der Anwendung kommunalen Rechts jedoch bloss appellatorische Kritik, auf die nicht einzutreten ist (vgl. E. 1.5 hiervor).
4.
4.1. Die Eidgenössische Kommission für Denkmalpflege (EKD) stellte in ihrem Grundsatzpapier vom 23. Juli 2002 in der revidierten Fassung vom 12. März 2008 betreffend Mobilfunkantennen an Baudenkmälern namentlich den Grundsatz auf, dass in der massgeblichen Umgebung von Baudenkmälern Mobilfunkantennen nur errichtet werden dürfen, wenn sie die relevanten Blickrichtungen vom Denkmal aus und die relevanten Blickrichtungen vom öffentlichen Raum auf das Denkmal nicht stören. Sodann empfiehlt die EKD, bei der Beurteilung der Frage, ob eine Antenne diesen Anforderungen genüge, frühzeitig die kantonalen bzw. kommunalen Denkmalpflege-Fachstellen beizuziehen.
4.2. Das Verwaltungsgericht führte aus, den Grundsätzen der EKD sei mit der Beurteilung durch den kantonalen Denkmalpfleger Rechnung getragen worden. An dessen Schlussfolgerung, dass die Antenne insbesondere die "Villa Seetal" als neues Schutzobjekt nicht unzulässig beeinträchtige, ändere nichts, dass es weniger als 100 m entfernt stehe, zumal die Entfernung beachtlich sei und die Antenne und das weit unten liegende Schutzobjekt nicht auf der gleichen Ebene lägen und die Antenne den Blick auf das Schutzobjekt nur in einem eingeschränkten Bereich unmittelbar störe. Weiter liege die Antenne in einem grossräumigen Siedlungsgebiet, das bereits heute neuzeitlich und heterogen überbaut sei. Der Standort der Antenne liege klar ausserhalb jener Umgrenzung, welche die Umgebung der "Villa Seetal" markiere. Nicht entscheidend sei, ob die Sicht aus dieser Villa nördlich durch die Antenne beeinträchtigt würde. Eine Beeinträchtigung der Aussensicht auf die Villa liege auf Grund der Topografie und des heterogenen Siedlungsraums nicht vor. Zusammenfassend ergebe sich, dass die geplante Anlage zwar das Landschaftsbild in einem gewissen Umfang beeinträchtige, aber weder den zusätzlich aufgenommenen Schutzgegenstand "Villa Seetal" samt Kutscherhaus in relevantem Ausmass störe noch mit dem Schutz der übrigen Schutzobjekte unvereinbar sei. Das Baudepartement habe damit sein Ermessen nicht überschritten, wenn es mit dem Amtsbericht der kantonalen Denkmalpflege eine Verletzung von Art. 21 Abs. 1 lit. a BauR und Art. 6 Abs. 1 NDV verneint habe.
4.3. Die Beschwerdeführer rügen, das Verwaltungsgericht habe Art. 5 und 6 Abs. 1 NDV entgegen dem klaren und eindeutigen Wortlaut und damit willkürlich angewandt. Nach dem Wortlaut von Art. 6 Abs. 1 NDV sei im "unmittelbaren Sichtfeld" und somit in einer massgeblichen Sichtbeziehung von Schutzgebieten und Schutzobjekten die Erstellung von Mobilfunkanlagen nicht gestattet. Mit dieser Regelung sei im Sinne einer Negativplanung bezweckt worden, den Bau von Mobilfunkanlegen, in diesen Gebieten nicht mehr zuzulassen. Nach der Feststellung der ENHK werde das geschützte Wohnhaus "Walder" mit Scheune an der Zürcherstrasse 130 (Schutzobjekt 8) durch die Antenne beeinträchtigt. Diese Beeinträchtigung gelte gemäss der Annahme des Verwaltungsgerichts auch für die neu unter Schutz gestellte "Villa Seetal". So werde der Blick auf diese Villa gemäss der vorinstanzlichen Feststellung durch die Antenne in einem eingeschränkten Bereich unmittelbar gestört. Obwohl Art. 5 NDV Massnahmen untersage, die Schutzgegenstände beeinträchtigen, und solche Beeinträchtigungen durch die ENHK festgestellt und durch das Verwaltungsgericht selbst bestätigt worden seien, verneine dieses eine Verletzung von Art. 5 und 6 NDV, weil es die Beeinträchtigungen als nicht "übermässig" bezeichne. Damit würden diese Bestimmungen krass verletzt.
4.4. Gemäss seinem Wortlaut untersagt Art. 5 NDV nur Massnahmen, die erfasste Schutzgegenstände in deren "unmittelbaren" Umgebung beeinträchtigen. Unter dieser Umgebung wird nach dem allgemeinen Sprachgebrauch die distanzmässig sehr nahe Umgebung verstanden (vgl. Urteil 1B_28/2013 vom 28. Mai 2013 E. 2.2.2). Die "nähere" Umgebung umfasst bereits grössere Gebiete (vgl. BGE 136 I 395 E. 4.3.4 S. 402). Art. 6 Abs. 1 NDV verbietet die Erstellung von Mobilfunkanlagen nur im unmittelbaren Sichtfeld auf Schutzobjekte. Es ist durchaus vertretbar, die damit verlangte Unmittelbarkeit des Sichtfeldes so zu verstehen, dass die Distanz zwischen der Mobilfunkanlage und dem Schutzobjekt gering bzw. der optische Zusammenhang erheblich sein muss. So hat das Bundesgericht angenommen, der Umstand, dass aus gewissen Perspektiven ein geschütztes Objekt zusammen mit einer Antenne wahrgenommen werde, bedeute noch nicht, dass diese das Schutzobjekt massgeblich beeinträchtige (Urteil 1C_492/2009 vom 20. Juli 2010 E. 5.5). Diese Annahme steht nicht im Widerspruch zu den von der EKD formulierten Grundsätzen, zumal diese die Beeinträchtigung von Baudenkmälern nur in deren "massgeblichen" Umgebung ausschliessen möchten. Diese Umgebung beschränkt sich zwar nicht zwingend auf die unmittelbar angrenzenden Flächen, sie kann jedoch weiter entfernte Gebiete nur umfassen, wenn diese für die Fernwirkung des Denkmals besonders wichtig sind (vgl. Urteil 1A.30/2007 vom 9. Oktober 2007 E. 4.5 mit Hinweis). Demnach hat das Verwaltungsgericht Art. 5 und 6 NDV nicht willkürlich angewendet, wenn es nicht jede Sichtbeziehung der geplanten Mobilfunkanlage zu Schutzobjekten und jede damit verbundene geringfügige Beeinträchtigung der Wahrnehmung von Schutzobjekten als unzulässig qualifizierte, sondern es diesbezüglich distanzmässig und bezüglich des optischen Zusammenhangs erhöhte Anforderungen stellte.
4.5. Weiter bringen die Beschwerdeführer vor, die vorinstanzliche Annahme, die Sicht vom Schutzgegenstand auf die Umgebung werde durch Art. 6 NDV nicht geschützt, vermöge nicht zu überzeugen. Sie üben dabei unzulässige appellatorische Kritik an der Anwendung kommunalen Rechts (Vgl. E. 1.5 hiervor). Im Übrigen ist entgegen der Meinung der Beschwerdeführer ein Widerspruch zum Gutachten der ENHK vom 13. November 2007 nicht erkennbar, da diese die Beeinträchtigung der südlich der geplanten Antenne gelegenen Schutzobjekte von der Zürcherstrasse her gesehen beurteilte und zum Ergebnis kam, die Auswirkungen auf die lokalen Schutzobjekte seien insgesamt gering.
5.
5.1. In einer Eventualerwägung führte das Verwaltungsgericht aus, das Baudepartement habe - gleich wie das Bundesgericht im Urteil 1C_484/2009 vom 21. Mai 2009 in E. 3.6 - bei der Beurteilung der Auswirkung der geplanten Antenne auf die Umgebung die künftige bauliche Entwicklung mitberücksichtigen dürfen.
5.2. Da das Verwaltungsgericht davon ausging, die geplante Antenne würde bereits heute die umliegenden Schutzobjekte nicht in unzulässiger Weise stören, kommt dieser Eventualerwägung keine entscheiderhebliche Bedeutung zu. Auf die dagegen gerichtete Kritik der Beschwerdeführer ist daher mangels Rechtsschutzinteresses nicht einzutreten.
6.
6.1. Schliesslich machen die Beschwerdeführer geltend, den kommunalen Baubehörden komme in Fragen der Ästhetik und des Ortsbildschutzes ein erheblicher Beurteilungsspielraum und damit Autonomie zu. Das Baudepartement habe als Rekursinstanz in diesen Spielraum nur eingreifen dürfen, wenn die ästhetische Würdigung der kommunalen Baubehörde nicht mehr vertretbar gewesen wäre. Das Baudepartement habe sich nicht zum Ermessen geäussert. Das Verwaltungsgericht begnüge sich mit dem Hinweis, das Baudepartement habe sein Ermessen nicht überschritten. Dies hätte jedoch nur zutreffen können, wenn die Würdigung der kommunalen Behörde sachlich nicht mehr vertretbar gewesen wäre, was nicht zutreffe.
6.2. Mit diesen Ausführungen machen die Beschwerdeführer eine Verletzung der Gemeindeautonomie geltend. Dazu sind sie befugt, da eine solche Verletzung eine Auswirkung auf ihre rechtliche oder tatsächliche Stellung haben könnte (Urteil 1C_53/2013 vom 7. Mai 2013 E. 1.1).
6.3. Das Baudepartement hatte bei der Überprüfung des Entscheids der BUK volle Kognition und konnte namentlich die Unangemessenheit des Inhaltes überprüfen (Art. 46 Abs. 1 des St. Galler Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 16. Mai 1965). Gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts steht den kommunalen Baubehörden bei der Anwendung kantonaler Ästhetikvorschriften ein von der Gemeindeautonomie geschützter besonderer Ermessensspielraum zu, der im Rechtsmittelverfahren zu beachten ist. Bei der Überprüfung solcher Entscheide haben sich die kantonalen Instanzen deshalb trotz ihrer grundsätzlich umfassenden Kognition Zurückhaltung aufzuerlegen. Ist der Einordnungsentscheid einer kommunalen Baubehörde nachvollziehbar, das heisst, beruht er auf einer vertretbaren Würdigung der massgebenden Sachumstände, so haben die kantonalen Instanzen diesen zu respektieren und dürfen das Ermessen der kommunalen Behörde nicht durch ihr eigenes ersetzen (Urteile 1C_728/2013 vom 30. Januar 2014 E. 3.3; 1C_434/2012 vom 28. März 2013 E. 3.3, in: ZBl 2014 S. 443 f.; je mit Hinweisen).
6.4. Bei der Anwendung des unbestimmten Rechtsbegriffs des "unmittelbaren Sichtfeldes" im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. a BauR und Art. 6 Abs. 1 NDV kommt der BUK als kommunalen Baubehörde ein gewisser Beurteilungsspielraum und damit Autonomie zu. Das Verwaltungsgericht führte zusammenfassend aus, das Baudepartement habe sein Ermessen nicht überschritten, indem es keine Verletzung dieser Regelungen festgestellt habe. Diese Formulierung könnte darauf schliessen lassen, das Verwaltungsgericht habe die Rechtsanwendung des Baudepartements nur eingeschränkt geprüft und damit den Beurteilungsspielraum bzw. die Autonomie der BUK missachtet. Die materiellen Erwägungen des Verwaltungsgerichts zeigen jedoch, dass dies nicht zutrifft. So legte es einlässlich dar, weshalb es die Annahme der BUK, die Mobilfunkanlage käme im unmittelbaren Sichtfeld auf landschaftlich empfindliche Siedlungsgebiete im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. a BauR zu stehen, als unzutreffend und bundesrechtswidrig erachtete (vgl. E. 3.2 hiervor). Damit brachte das Verwaltungsgericht zum Ausdruck, dass die BUK den ihr bei der Anwendung von Art. 21 Abs. 1 lit. a BauR zustehenden Beurteilungsspielraum überschritten hatte. Inwiefern diese vorinstanzliche Annahme unzutreffend sein soll ist nicht ersichtlich und wird von den Beschwerdeführer auch nicht dargelegt. Sie machen in diesem Zusammenhang bloss unsubstanziiert geltend, die Auslegung der BUK sei nachvollziehbar.
Die BUK begründete die Verweigerung der Baubewilligung in ihrem Beschluss vom 30. Januar 2012 und anlässlich des Augenscheins vom 12. Juli 2012 (Protokoll, S. 6 f.) weiter damit, dass die vier nördlich und östlich der geplanten Mobilfunkanlage gelegenen Schutzobjekte Weinhalde, Rebhaus, Altes Siechenhaus und Leder- und Riemenfabrik durch die Mobilfunkanlage deutlich beeinträchtigt würden. Dies verneinte das Baudepartement in seinem Entscheid vom 15. Oktober 2012. Zur Begründung verwies es auf das Gutachten der ENHK und machte geltend, die Antenne liege von diesen Objekten mindestens 80 m entfernt. Die Beschwerdeführer wendeten in ihrer Beschwerde an das Verwaltungsgericht ein, die Distanzen von den Schutzobjekten zur Antenne betrage teilweise weniger als 100 m, weshalb sie innerhalb eines "Respektabstandes" lägen, der eine Rücksichtnahme von geschützten Objekten auf deren Umgebung zwingend verlange. Das Verwaltungsgericht hielt dieser Argumentation entgegen, neben der Distanz zum Schutzgegenstand sei bezüglich deren Wahrnehmung der Charakter der angrenzenden Umgebung samt den dort befindlichen Bauten und Anlagen und die Topografie des umliegenden Geländes zu berücksichtigen. Die Beschwerdeführer würden weder vorbringen und noch sei ersichtlich, inwiefern die Schutzgegenstände verletzt würden, indem das Baudepartement die von der BUK ohne Begründung angenommenen "Respektabstände" nicht übernommen habe. Diese vorinstanzliche Erwägung, die von einer Überschreitung des Beurteilungsspielraums der BUK ausgeht, wird von den Beschwerdeführern nicht widerlegt. Sie machen bloss geltend, die Liegenschaften Leder- und Riemenfabrik, Altes Siechenhaus und Rebhaus lägen auf der gleichen Ebenen und in näherer Distanz als die Liegenschaft "Walder". Damit legen die Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern diese Liegenschaften trotz ihrer heterogen überbauten Umgebung und der erheblichen Distanz zur geplante Mobilfunkanlage durch diese beeinträchtigt werden sollen. Demnach hat das Verwaltungsgericht hinsichtlich der Beeinträchtigung dieser Schutzobjekte die Gemeindeautonomie nicht verletzt. Die BUK verzichtete auf eine Stellungnahme zum Rekurs der B._ AG an das Baudepartement und machte weder in ihrem Beschluss vom 30. Januar 2012 noch am Rekursaugenschein vom 12. Juli 2012 eine Beeinträchtigung der südlich des Antennenstandorts gelegenen Schutzobjekte geltend. Bezüglich dieser Objekte vertrat die BUK somit im vorliegenden Verfahren keine eigene Auslegung von Art. 5 und 6 Abs. 1 NDV, sondern überliess deren Anwendung den kantonalen Rechtsmittelinstanzen. Die Gemeindeautonomie kommt daher insoweit nicht zum Tragen (Urteile 1C_567/2012 vom 16. August 2013 E. 2; 1C_53/2013 vom 7. Mai 2013 E. 5.4).Nach dem Gesagten erweist sich die Rüge der Verletzung der Gemeindeautonomie als unbegründet.
7.
Gemäss den vorstehenden Erwägungen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten sind den unterliegenden Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese haben die obsiegende, anwaltlich vertretene private Beschwerdegegnerin unter solidarischer Haftbarkeit zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1, 2 und 4 BGG). Die Entschädigung wird als Gesamtbetrag festgesetzt, in dem auch die Mehrwertsteuer enthalten ist (Art. 12 des Parteientschädigungsreglements vom 31. März 2006, SR 173.110.210.3).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführer haben die private Beschwerdegegnerin unter solidarischer Haftbarkeit für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Rapperswil-Jona, dem Baudepartement des Kantons St. Gallen, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, dem Bundesamt für Umwelt und dem Bundesamt für Kultur schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Gelzer