Faits:
A. Dans le cadre d'une enquête dirigée notamment contre A._ pour blanchiment d'argent et gestion déloyale des intérêts publics, le Ministère public de la Confédération (MPC) a rendu, le 16 janvier 2009, une ordonnance de séquestre de documents relatifs à trois comptes bancaires détenus auprès de la banque X._ de Zurich par B._ et C._.
B. Par arrêt du 24 juin 2009, la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par A._, B._ et C._. Selon la Cour des plaintes, les soupçons de gestion déloyale - infraction préalable au blanchiment d'argent -, jugés insuffisants dans une précédente décision, étaient désormais suffisamment étayés. Les pièces séquestrées pouvaient être maintenues au dossier afin de permettre au MPC d'instruire plus avant. Les plaignants pourraient solliciter une nouvelle décision à ce sujet dès le mois de septembre 2009.
C. Par acte du 27 juillet 2009, A._ et les deux sociétés précitées forment un recours en matière pénale. Ils demandent l'effet suspensif et concluent, sur le fond, à l'annulation de la décision de séquestre du 16 janvier 2009.
L'effet suspensif a été refusé par ordonnance présidentielle du 19 août 2009.
Le Tribunal pénal fédéral se réfère à son arrêt. Le MPC conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. Les recourants ont répliqué.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale est formé par les sociétés titulaires des comptes bancaires dont la documentation a été saisie, ainsi que par l'inculpé, également ayant droit économique de certains de ces comptes. Dans son arrêt, la Cour des plaintes a retenu que l'inculpé, qui n'était pas titulaire des comptes ni détenteur des documents, n'était pas personnellement et directement lésé par la mesure contestée, et n'avait donc pas qualité pour agir. Les recourants ne reviennent pas sur cette appréciation, de sorte que le recours est irrecevable pour ce motif déjà en tant qu'il est formé par A._.
2. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est irrecevable contre les décisions rendues par la Cour des plaintes, sauf si elles portent sur des mesures de contrainte.
2.1 La notion de mesures de contrainte, au sens des art. 79 LTF et 28 al. 1 let. b LTPF, se réfère selon la jurisprudence aux mesures investigatrices ou coercitives prises, à titre incident, au cours du procès pénal, telles que l'arrestation, la détention, le séquestre, la fouille, la perquisition (cf. art. 45 ss DPA; ATF 133 IV 278 consid. 1.2.2 p. 281; 131 I 52 consid. 1.2.3 p. 55; 120 IV 260 consid. 3b p. 262). Le législateur a ainsi désiré éviter que l'effet de décharge voulu par le transfert des compétences au TPF ne soit réduit à néant par l'ouverture systématique du recours au Tribunal fédéral (Message LTF, FF 2001 p. 4030). Ainsi, seules les mesures de contrainte telles que la mise et le maintien en détention provisoire et la saisie de biens peuvent faire l'objet d'un recours car il s'agit là de mesures graves qui portent atteinte aux droits fondamentaux (FF 2001 p. 4030/4031).
2.2 En l'occurrence, le recours porte sur le séquestre de documents bancaires relatifs à trois comptes détenus par B._ et C._ auprès d'une banque de Zurich, ces documents étant susceptibles de servir de moyens de preuve. Il s'agit là en soi d'une mesure de contrainte (cf. l'arrêt 1B_174/2007 du 12 novembre 2007 rendu dans le cadre de la même procédure).
3. Il y a toutefois lieu de se demander si, en tant que décision incidente, une telle mesure ne doit pas être soumise à la disposition restrictive de l'art. 93 LTF, selon laquelle le recours n'est recevable qu'en présence d'un préjudice irréparable (al. 1 let. a) ou si son admission est susceptible de conduire immédiatement à une décision finale permettant d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
3.1 Certains auteurs considèrent le recours selon l'art. 79 LTF comme une voie de droit sui generis comportant des exigences propres (existence d'une mesure de contrainte), pour laquelle l'art. 93 LTF ne s'appliquerait pas. Cela était déjà le cas selon l'ancien droit, et le législateur n'aurait pas entendu modifier la réglementation sur ce point. Le recours spécial prévu, en matière d'entraide judiciaire, à l'art. 84 LTF fait l'objet d'une disposition particulière à l'art. 93 al. 2 LTF et rien de tel n'est mentionné pour le recours selon l'art. 79 LTF (AEMISEGGER/FORSTER, Basler Kommentar BGG, Bâle 2006, n° 4-6 ad art. 79).
3.2 L'art. 79 LTF a pour seul but de décharger le Tribunal fédéral, en laissant en principe à la seule Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral le soin de statuer sur la légalité des mesures visées à l'art. 28 LTPF (Message LTF, FF 2001 p. 4030). Le recours contre les mesures de contrainte fait ainsi figure d'exception, et l'effet de décharge voulu par le législateur se trouverait fortement réduit si l'art. 93 LTF ne devait pas s'appliquer dans ce cadre. Les art. 90 ss LTF constituent des dispositions générales de procédure, destinées à s'appliquer à l'ensemble des recours prévus par la LTF (UHLMANN, Basler Kommentar BGG, n° 3 ad art. 90). L'adjonction d'une disposition spécifique au recours en matière d'entraide judiciaire (art. 93 al. 2 LTF) s'explique par la nécessité d'une réglementation plus restrictive encore dans ce domaine particulier (cf. art. 80e al. 2 EIMP). Dès lors, à défaut d'indication contraire dans la loi - et dans les travaux préparatoires -, il n'y a pas de raison de soustraire le recours prévu à l'art. 79 LTF du régime ordinaire. On ne voit pas, enfin, pourquoi le recours devrait être exclu lorsqu'il est dirigé contre des décisions incidentes confirmées par les instances cantonales, et admis lorsque ces mêmes mesures ont été confirmées par la Cour des plaintes, alors que cette dernière est déjà censée assurer une application uniforme du droit fédéral (cf. Message LTF, FF 2001 4031, selon lequel les mesures visées à l'art. 79 LTF doivent pouvoir être contrôlées par le Tribunal fédéral "au même titre" que les décisions cantonales similaires).
3.3 L'art. 93 LTF doit par conséquent trouver application dans le cas d'espèce. Il y a donc lieu de rechercher si la décision attaquée est susceptible de causer un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF. La clause prévue à l'art. 93 al. 1 let. b LTF (lorsque l'admission du recours est susceptible de conduire immédiatement à une décision finale) n'entre pas en considération en l'occurrence, s'agissant d'une simple mesure d'administration de preuves.
4. L'exigence d'un préjudice irréparable correspond à celle que posait l'art. 87 al. 2 OJ pour le recours de droit public contre une décision incidente (ATF 135 III 129 consid. 1.2.1). Le préjudice encouru doit être de nature juridique (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36 et la jurisprudence citée), c'est-à-dire qu'il ne doit pas pouvoir être réparé par une décision finale ultérieure favorable au recourant. Un dommage de pur fait, comme la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme irréparable (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36; 134 III 188 consid. 2.1 p. 190; 133 IV 139 consid. 4 p. 141 et les arrêts cités).
Quand bien même le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis, il appartient au recourant d'indiquer en quoi la décision préjudicielle ou incidente est susceptible de lui causer un dommage irréparable (ATF 134 III 426 consid. 1.2 p. 429), à moins que cela ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 133 III 629 consid. 2.3.1 p. 632; MERZ, Basler Kommentar BGG, n° 76 ad art. 42; CORBOZ, Commentaire LTF, Berne 2009, n° 18 ad art. 93).
4.1 Selon la jurisprudence, les mesures relatives à l'administration des preuves - telle la saisie probatoire de documents bancaires - ne causent en principe pas au titulaire du compte un préjudice irréparable (ATF 134 III 188). Si les recourants obtiennent ultérieurement raison sur le fond, ou si les pièces saisies sont écartées du dossier et leur sont restituées, les effets de la mesure attaquée auront entièrement cessé. Il n'y a, en particulier, pas d'atteinte au pouvoir de disposer des fonds, et la saisie de la documentation n'empêche pas, en soi, la gestion des comptes bancaires.
4.2 En l'absence d'un préjudice irréparable évident, il appartiendrait aux recourants de démontrer que les conditions de recevabilité posées à l'art. 93 LTF sont réunies. Or, le recours est totalement muet sur cette question. Les recourants se contentent de relever qu'il y aurait lieu de mettre un terme aux longues et coûteuses investigations menées par le MPC. A l'appui de leur demande d'effet suspensif, ils se plaignent aussi d'un dommage irréparable, du fait que la procédure, fortement médiatisée en République Tchèque, les empêcherait de poursuivre leurs affaires dans ce pays. Ces inconvénients ne découlent pas de la mesure de saisie de la documentation bancaire, mais sont simplement liés à l'existence et à la prolongation de l'enquête pénale dans son ensemble. Ils ne sauraient dès lors constituer un préjudice irréparable, selon la jurisprudence rappelée ci-dessus.
5. Sur le vu de ce qui précède, le recours est irrecevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge solidaire des recourants. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 fr., sont mis à la charge solidaire des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Ire Cour des plaintes.
Lausanne, le 13 janvier 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz