Faits:
A. X._ est avocat à Genève, associé au sein de l'étude A._, B._, C._ X._ et Associés (ci-après: l'étude ABCX). Le 13 décembre 2001, il a reçu de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) un bordereau rectificatif d'impôts cantonal et communal pour la période fiscale 2000. Sa réclamation à l'encontre de ce bordereau ayant été rejetée, puis son recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts (ci-après: la Commission cantonale de recours) n'ayant été que partiellement admis, X._, représenté par un avocat de l'étude ABCX, a interjeté recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) par acte daté du 14 juin 2006. Le 31 août 2006, le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable pour tardiveté. Le délai arrivait à échéance le 14 juin 2006. Or le timbre humide de la Poste figurant sur l'enveloppe portait la date du 16 juin 2006.
Par arrêt du 18 avril 2007, le Tribunal fédéral a admis le recours de X._ et annulé l'arrêt du 31 août 2006 du Tribunal administratif. Il a jugé que le droit d'être entendu de ce dernier avait été violé, le recourant n'ayant pas eu l'opportunité de se prononcer sur une erreur d'acheminement du courrier en cause. En effet, la Poste avait fait parvenir par erreur l'enveloppe du recourant dans la case postale de la librairie Y._ sise à Z._. Après avoir procédé à une instruction complémentaire de la cause, le Tribunal administratif a, par arrêt du 23 septembre 2008, déclaré le recours irrecevable car tardif. Il a entendu l'employée de la librairie Y._ qui relevait la case postale tous les matins. Cette personne avait ramené le soir même la lettre au guichet de la Poste, laquelle avait finalement été distribuée au Tribunal administratif. Ledit Tribunal a également entendu deux collaboratrices de l'étude ABCX. Un de ces témoins a notamment fait mention du rôle de l'étude sur lequel tout courrier quittant l'étude était inscrit. Or, le recours en cause figurait sur la liste des courriers expédiés le 14 juin 2006.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 23 septembre 2008, de déclarer recevable le recours interjeté le 14 juin 2006 à l'encontre de la décision de la Commission cantonale de recours et de renvoyer la cause au Tribunal administratif afin qu'il statue sur le fond, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il statue à nouveau dans le sens des considérants. Il invoque une constatation et appréciation arbitraire des faits et des preuves. Il soutient, en outre, que le Tribunal administratif a violé son droit d'être entendu, le principe de la bonne foi et a fait preuve de formalisme excessif.
Il n'a pas été procédé à un échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit suisse tel qu'il est délimité à l'art. 95 LTF, soit, notamment, le droit fédéral (let. a), y compris le droit constitutionnel.
1.2 D'après l'art. 42 al. 1 LTF, le mémoire de recours doit notamment indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF).
Aux termes de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (ATF 134 I 20 consid. 5.2 p. 30; 133 II 249 consid. 1.4 p. 254 et la jurisprudence citée). En conséquence, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi, de manière claire et circonstanciée, consiste la violation. Le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel si le grief n'a pas été invoqué et motivé de façon précise par la partie recourante.
Cela vaut, notamment, pour le grief d'arbitraire dans la constatation des faits, respectivement l'appréciation des preuves, dès lors qu'il revient à soutenir que les faits ont été établis en violation de l'art. 9 Cst. (cf. art. 97 LTF; ATF 133 IV 288 consid. 1.4 p. 287/288). Selon la jurisprudence, l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits est arbitraire (art. 9 Cst.; pour une définition de l'arbitraire cf. ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153) lorsque l'autorité n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, si elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision ou lorsqu'elle tire des constatations insoutenables des éléments recueillis (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 127 I 38 consid. 2a p. 41).
2. 2.1 Selon le recourant, son droit d'être entendu a été violé par le Tribunal administratif. Ce Tribunal aurait omis de lui transmettre "la prise de position de l'Administration fiscale suite au courrier de la Poste du 18 août 2008. En effet, ce n'est qu'en se rendant au Tribunal administratif que le recourant a appris que l'Administration fiscale avait produit un courrier constituant une pièce de procédure à laquelle il avait droit (pièce C)."
2.2 La pièce C qui aurait permis de déterminer quel document n'avait pas été communiqué au recourant par le Tribunal administratif figure parmi les pièces annexées au recours, mais il s'agit d'un article de journal et non d'une lettre de l'Administration fiscale cantonale. Aucune des trois pièces fournies n'est un courrier de ladite Administration. En outre, le recourant ne donne pas la date de la lettre en cause ce qui aurait permis, le cas échéant, de l'identifier. Or, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de compulser le dossier cantonal afin de vérifier s'il contient effectivement une lettre de l'Administration fiscale cantonale qui n'aurait pas été transmise au recourant.
Au vu de ce qui précède, le grief n'étant pas formulé de manière suffisamment précise, il est irrecevable.
3. Le recourant estime que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte. Il mentionne plusieurs éléments qui n'auraient pas été repris par le Tribunal administratif dans son arrêt et qui seraient déterminants. L'intéressé ne fait toutefois qu'énumérer les faits en cause (recours p. 7). Il ne tente même pas de démontrer que ces faits auraient été établis de façon arbitraire. Dès lors, n'étant pas motivé conformément aux exigences susmentionnées (cf. supra consid. 1.2), ce grief est irrecevable.
4. 4.1 l'intéressé, les preuves ont été appréciées de façon arbitraire.
Il reproche au Tribunal administratif de n'avoir pas tenu compte de la liste produite mentionnant tous les courriers expédiés par l'étude. Or, le recours en cause se trouvait sur la liste des envois du 14 juin 2006. Le recourant estime également qu'il est "choquant" que ledit Tribunal ait réfuté le caractère probant du témoignage de la secrétaire qui a décrit la façon dont les collaborateurs de l'étude procédaient pour affranchir et poster le courrier. Il lui reproche aussi de n'avoir pas retenu la déclaration du représentant de la poste selon laquelle, premièrement, il arrive qu'un courrier, déposé dans une boîte ou à la poste, ne soit pas oblitéré lorsqu'il passe dans une machine automatique à affranchir et, deuxièmement, qu'il est possible qu'un courrier posté le 14 juin 2006 ne soit distribué que le 22 juin suivant. Au vu de ces éléments, il serait arbitraire de déclarer le recours en cause irrecevable au motif que l'enveloppe ne comportait pas l'oblitération du jour de remise à la poste, soit le 14 juin 2006.
4.2 Les arguments du recourant sont essentiellement appellatoires de sorte que l'on peut douter de leur recevabilité. La question de la recevabilité peut rester ouverte, le grief devant de toute façon être rejeté pour les motifs qui suivent.
En jugeant que le recours était tardif, le Tribunal cantonal s'est basé sur les témoignages des collaboratrices de l'étude, de l'employée de la librairie Y._ qui levait le courrier et des explications de représentants de la Poste sur le mode de fonctionnement interne de celle-ci. Ledit Tribunal a retenu que le délai de recours venait à échéance le 14 juin 2006. Or, l'oblitération postale figurant sur la lettre, apposée par le bureau de poste "1200 Genève 2", indiquait le 16 juin 2006. Il a récapitulé la procédure appliquée dans l'étude du recourant pour l'envoi du courrier et mentionné l'existence de la liste sur laquelle tous les courriers envoyés par l'étude sont inscrits et sur laquelle figurait le recours parmi les plis ayant quitté l'étude le 14 juin 2006. Il a encore rappelé que deux témoins travaillant dans l'étude à l'époque des faits avaient confirmé que le courrier figurant sur cette liste quittait normalement les locaux le jour même et était déposé, soit à la poste de D._, soit dans une boîte aux lettres. Il n'avait toutefois pas été possible d'établir qui avait pris en charge le courrier en cause, de sorte que personne n'avait pu affirmer l'avoir effectivement remis à la poste ou dans une boîte aux lettres le 14 juin 2006. Le Tribunal administratif a retenu que, selon les indications fournies par les représentants de la poste, un pli posté le 14 juin 2006 aurait été oblitéré soit du jour même, soit du 15 juin 2006. En outre, une mauvaise adresse de destination - le numéro de la rue était manquant sur l'enveloppe contenant le recours -, n'a aucune influence sur l'oblitération. De plus, un envoi n'est pas oblitéré à nouveau lorsque la poste doit compléter une adresse incomplète. Le Tribunal administratif a conclu de ces éléments que le recours portant un timbre humide du 16 juin 2006 n'avait pas été posté le 14 juin 2006 mais le 15 juin 2006 au plus tôt. Partant, il était tardif.
Les éléments susmentionnés démontrent qu'il n'est pas insoutenable d'estimer que le recours n'a pas été posté le 14 juin 2006. En effet, la preuve qu'un recours a été déposé en temps utile résulte en principe de la date de l'oblitération postale (ATF 109 Ia 183 consid. 3 b p. 184; arrêt 2C_711/2008 du 7 novembre 2008 consid. 3.1) même s'il est possible de l'établir par d'autres moyens de preuves, notamment en faisant appel à des témoins (ATF 109 Ib 343 consid. 2b p. 345; arrêt 2C_711/2008 du 7 novembre 2008 consid. 3.1). Le recourant, auquel il incombe d'apporter la preuve que le recours a été déposé en temps utile (ATF 119 V 7 consid. 3c/bb et cc p. 10), a expliqué en détail la façon dont l'étude procède en ce qui concerne le courrier devant être posté. Toutefois, s'il n'est pas exclu que le pli en cause ait quitté l'étude le 14 juin 2006, l'intéressé n'a pas apporté la preuve que, dans le cas particulier, il avait été déposé dans une boîte à cette même date. Or, il s'agit du seul acte déterminant pour le sort de la cause. A cet égard, les explications des employés de la poste relatives au temps que peut mettre un envoi pour arriver à destination sont de peu d'intérêt. Le seul point pertinent est de déterminer si le tampon humide du 16 juin 2006 a été apposé après que le recourant a déposé son recours dans une boîte ou si, le courrier ayant échappé à l'oblitération à ce moment-là, il ne l'a été que lorsque l'employée de Y._ l'a remis au guichet de la poste, après que l'enveloppe ait été mise par erreur dans la boîte postale de cette entreprise. Le Tribunal administratif a retenu la première hypothèse. Cette appréciation ne peut être qualifiée d'insoutenable. En effet, un courrier déposé dans une boîte postale est, dans la grande majorité des cas, timbré une fois la boîte levée et le courrier acheminé à la Poste. Seule une infime part des plis échappe à la machine d'oblitération automatique. De plus, l'employée de Y._ a déclaré que, lorsqu'elle avait ramené le pli en cause à un guichet postal, la personne qui l'avait pris ne l'avait pas timbré.
Contrairement à ce qu'il demande, il ne s'agit pas d'apprécier la bonne foi du recourant ou celle qu'il place dans les services de la poste, mais de s'assurer du respect des principes touchant au délai de recours. En ce qui concerne les services de la poste, c'est notamment dans le but de prouver la date à laquelle a été envoyé un pli que le courrier par recommandé est utilisé. Il est d'ailleurs singulier que le recourant, avocat lui-même, n'ait pas recouru à ce moyen usuel s'agissant de se mettre en position d'établir le respect d'un délai légal.
4.3 Ainsi, le timbre postal portant la date du 16 juin 2006 et aucun témoin n'ayant vu le recours être déposé dans une boîte le 14 juin 2006, la conclusion du Tribunal administratif estimant que le recours était tardif ne peut être qualifiée d'arbitraire. Le grief doit être rejeté.
5. Selon le recourant, considérer le témoignage de la collaboratrice ayant posté le courrier le soir du 14 juin 2006 comme n'étant pas suffisamment catégorique, alors qu'elle a été entendue par le Tribunal administratif plus de vingt mois après cette date, et déclarer le recours irrecevable dans ces circonstances, relèverait d'un formalisme excessif.
Selon la jurisprudence, il y a formalisme excessif, constitutif d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst., lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux. L'excès de formalisme peut résider soit dans la règle de comportement imposée au justiciable par le droit cantonal, soit dans la sanction qui lui est attachée (ATF 130 V 177 consid. 5.4.1 p. 183; 128 II 139 consid. 2a p. 142 et les références citées).
Il est douteux qu'un fait non prouvé puisse être constitutif d'un grief relevant du formalisme excessif. Il semble bien plus qu'un tel grief se confonde avec celui d'appréciation arbitraire des preuves, déjà examiné. Au demeurant, l'autorité qui sanctionne d'irrecevabilité une écriture de recours déposée après l'expiration du délai de recours ne fait pas preuve de formalisme excessif au sens de la jurisprudence précitée. En effet, une stricte application des règles relatives aux délais est justifiée par des motifs d'égalité de traitement et par un intérêt public lié à une bonne administration de la justice et à la sécurité du droit (cf. ATF 104 Ia 4 consid. 3 p. 5; arrêt 1C_85/2007 du 6 septembre 2007 consid. 3.2). Le grief doit être rejeté.
6. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 18 décembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Kurtoglu-Jolidon