Faits:
A. Du 8 septembre au 10 octobre 2003, le Département de l'équipement, de l'aménagement et du logement de la République et canton de Genève, devenu depuis lors le Département des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le Département), a mis en consultation publique le projet de plan directeur de quartier n° 29298- 529-543 ainsi que le projet de plan de modification des limites de zones n° 29299-529-543 en vue de l'urbanisation de quelque 25 hectares situés sur le territoire des communes de Lancy et de Plan-les-Ouates, entre le Bachet-de-Pesay et le village de Saconnex-d'Arve-Dessous, au lieu-dit "La Chapelle-Les Sciers". Ce site faisait partie des douze espaces stratégiques désignés comme périmètres d'aménagement coordonné dans le plan directeur cantonal adopté le 21 septembre 2001 par le Grand Conseil de la République et canton de Genève et approuvé par le Conseil fédéral le 14 mars 2003, en vue d'assurer le développement de l'agglomération genevoise.
Le projet de plan de modification des limites de zones représentait la première étape de la mise en œuvre du périmètre d'aménagement coordonné "La Chapelle-Les Sciers". Il devait permettre l'urbanisation de trois sous-périmètres par le biais de plans localisés de quartiers appropriés, consistant en la construction d'environ 700 logements dans le sous-périmètre 1, correspondant aux parcelles de C._ et de la Fondation B._, sur la commune de Lancy, en la réalisation, dans le sous-périmètre 2, d'une école et d'une place publique, appelées à devenir le cœur du nouveau quartier, et en l'édification de 370 logements supplémentaires dans le sous-périmètre 3. Le périmètre concerné par le plan comprend 35 parcelles sur le territoire de la commune de Plan-les-Ouates et 3 parcelles sur celui de la commune de Lancy. Il est situé principalement en zone agricole (163'000 m2), partiellement en zone villas (17'000 m2) et en zone de jardins familiaux (17'000 m2). Le projet vise à créer une zone de développement 3 d'une superficie d'environ 168'000 m2, dont 36'000 m2 affectés à de l'équipement public, quatre zones de verdure représentant une superficie totale de 14'000 m2, une zone de bois et forêts de 11'400 m2 et une zone de jardins familiaux de 3'300 m2.
Le 8 avril 2004, le Département a soumis aux communes territoriales concernées une copie des observations reçues durant l'enquête et des réponses données pour préavis.
Le Conseil municipal de la Commune de Lancy a formulé un préavis favorable au projet en date du 29 avril 2004. Le Conseil municipal de la Commune de Plan-les-Ouates a en revanche émis un préavis défavorable le 25 mai 2004 et voté une résolution dans laquelle il demandait que la limite de zones soit modifiée afin de préserver la zone occupée par des habitations individuelles le long de la route de Saconnex-d'Arve, depuis le carrefour de La Chapelle jusqu'au chemin de l'Essartage. Il sollicitait également le déclassement de la zone de jardins familiaux sise sur la commune en zone de développement 3 et leur déplacement dans le secteur sis au-delà du chemin de l'Essartage afin d'offrir une solution de replacement des jardins familiaux de Lancy supprimés par le projet.
Le 24 juin 2004, le Département a modifié le plan en retranchant du périmètre du plan de modification des limites de zones les terrains occupés par des villas sis en 5e zone le long de la route de Saconnex-d'Arve en limite avec la commune de Lancy.
Le 29 octobre 2004, le Conseil d'Etat a soumis au Grand Conseil le projet de loi n° 9415 modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de Lancy et de Plan-les-Ouates au lieu-dit "La Chapelle-Les Sciers". Ce projet de loi a été publié dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève du 6 décembre 2004.
La Commune de Plan-les-Ouates a fait opposition à ce projet de loi le 23 décembre 2004. A._ et consorts en ont fait de même le 4 janvier 2005. Ils demandaient en substance d'exclure du périmètre du plan l'intégralité de la zone occupée par des villas en bordure de la route de Saconnex-d'Arve, de déclasser en zone de développement 3 les jardins familiaux situés à l'ouest du périmètre sur la parcelle n° 5563 et de les déplacer au sud du chemin de l'Essartage en lieu et place de la zone agricole.
La Commission d'aménagement du canton chargée d'étudier ce projet de loi a rendu son rapport le 25 février 2005. Elle a approuvé une modification mineure du projet visant à exclure du périmètre du plan la parcelle n° 4335, affectée en zone de verdure, en raison de sa nature forestière. Elle rejetait en revanche la proposition de la Commune de Plan-les-Ouates et des opposants visant à maintenir ou à classer les parcelles bâties de villas en 5e zone, à déclasser les jardins familiaux en zone de développement 3 et à déplacer ceux-ci au sud du chemin de l'Essartage.
Le 18 mars 2005, le Grand Conseil a adopté la loi n° 9415 modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de Lancy et de Plan-les-Ouates au lieu-dit "La Chapelle-Les Sciers" et rejeté les oppositions dans la mesure où elles étaient recevables pour les motifs exposés dans le rapport de la commission. La loi a été promulguée par arrêté du Conseil d'Etat du 25 mai 2005 publié dans la Feuille d'avis officielle du 30 mai 2005.
La Commune de Plan-les-Ouates a recouru le 28 juin 2005 contre cette décision auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif ou la cour cantonale). A._ et consorts ainsi qu'une tierce personne en ont fait de même le 29 juin 2005. Les causes ont été jointes le 19 janvier 2006. La procédure a été suspendue le 5 juillet 2006 pour permettre au Conseil d'Etat de reprendre les discussions sur le projet de plan directeur de quartier refusé par la Commune de Plan-les-Ouates le 15 décembre 2004.
Le plan a été modifié et prévoit désormais la construction d'immeubles résidentiels sur la zone de jardins familiaux, à l'est du périmètre, et leur transfert sur les terrains sis en zone agricole au sud du chemin de l'Essartage. Les possibilités de construire sur les parcelles occupées par des villas le long de la route de Saconnex-d'Arve dans le secteur des Sciers ont en revanche été maintenues. Le Conseil municipal de Plan-les-Ouates a adopté le plan directeur de quartier ainsi modifié le 24 avril 2007. Le Conseil municipal de Lancy en a fait de même le 31 mai 2007, après une modification non litigieuse du plan concernant le périmètre sis sur son territoire. Par arrêté du 27 juin 2007, le Conseil d'Etat a approuvé le plan directeur de quartier n° 29'298-524- 543 "La Chapelle-Les Sciers" dans sa dernière version. La Commune de Plan-les-Ouates a retiré en date du 5 juillet 2007 le recours formé contre le plan de modification des limites de zones.
Le 25 juillet 2007, le Tribunal administratif a ordonné la reprise des causes encore pendantes qu'il a disjointes et invité les parties à se déterminer sur le plan directeur de quartier. Statuant par arrêt du 19 février 2008, il a rejeté le recours de A._ et consorts.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et consorts demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt ainsi que la loi n° 9415 du 18 mars 2005 modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de Lancy et de Plan-les-Ouates au lieu-dit "La Chapelle-Les Sciers" et de renvoyer le dossier au Grand Conseil pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A titre subsidiaire, ils concluent au renvoi de la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils se plaignent d'une violation de la garantie de la propriété et du principe de l'égalité de traitement ainsi que d'une constatation arbitraire des faits pertinents.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le Grand Conseil conclut au rejet du recours. C._ et la Fondation B._ proposent également de le rejeter dans la mesure où il est recevable.
C. Par ordonnance du 8 mai 2008, le Juge instructeur a rejeté la requête d'effet suspensif présentée par les recourants.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué a été rendu dans une cause de droit public, au sens de l'art. 82 let. a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), sans que l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est ouverte (ATF 133 II 353 consid. 3.3 p. 358). Les époux D._ et E._ sont propriétaires de parcelles bâties de villas, classées en 5e zone et comprises dans le périmètre du plan litigieux. A ce titre, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué qui confirme le déclassement de leurs biens-fonds en zone de développement 3 et peuvent se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation. Il en va de même et pour les mêmes raisons des recourants qui sont propriétaires de villas en zone agricole à l'intérieur du plan. La qualité pour agir des recourants dont les parcelles ont été exclues du périmètre du plan en cours de procédure ou qui se trouvent à l'extérieur de celui-ci est en revanche douteuse. Vu l'issue du recours, cette question peut rester indécise. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
2. Les recourants soutiennent qu'il serait possible de réaliser le même nombre de logements que celui prévu par le plan litigieux sans toucher l'affectation de leurs parcelles. Il suffirait pour cela de déclasser en zone de développement 3 les terrains prévus pour recevoir les jardins familiaux à l'est du périmètre et de déplacer ces derniers au sud du chemin de l'Essartage sur les terrains classés en zone agricole, comme le prévoit d'ailleurs le plan directeur de quartier adopté par le Conseil d'Etat le 27 juin 2007. Le refus de procéder à cette légère modification du projet reposerait sur des motifs qu'ils jugent arbitraires et porterait une atteinte disproportionnée à leur droit de propriété.
2.1 Les restrictions à la propriété que les plans d'affectation ont pour effet d'imposer doivent, pour être conformes à l'art. 26 Cst., reposer sur une base légale, se justifier par un intérêt public suffisant et respecter les principes de la proportionnalité et de l'égalité devant la loi (art. 36 al. 1 à 3 Cst.; ATF 129 I 337 consid. 4.1 p. 344 et les arrêts cités). Le premier principe suppose que la mesure de planification litigieuse soit apte à produire les résultats attendus et que ceux-ci ne puissent pas être atteints par des mesures moins restrictives. En outre, il interdit toute limitation qui irait au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics et privés qui sont compromis (ATF 132 I 49 consid. 7.2 p. 62 et les arrêts cités). Une décision viole le droit à l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances (ATF 131 V 107 consid. 3.4.2 p. 114; 129 I 113 consid. 5.1 p. 125, 346 consid. 6 p. 357 et les arrêts cités). Ce principe n'a qu'une portée réduite dans l'élaboration des plans d'affectation. Il est dans la nature même de l'aménagement local que la délimitation des zones créent des inégalités et que des terrains de même situation et de même nature puissent être traités différemment en ce qui concerne tant leur attribution à une zone déterminée que leur possibilité d'utilisation. Du point de vue constitutionnel, il suffit que la planification soit objectivement soutenable, c'est-à-dire qu'elle ne soit pas arbitraire (ATF 121 I 245 consid. 6e/bb p. 249 et les arrêts cités). Il incombe aux recourants d'établir les faits propres à étayer leurs allégations lorsque ceux-ci ne ressortent pas du dossier. En outre, dans la mesure où ils entendent se prévaloir d'une violation de leurs droits fondamentaux, il leur appartient de respecter les exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. De tels griefs doivent en effet être expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée dans le mémoire de recours. Les exigences de motivation sont à cet égard les mêmes que celles qui prévalaient sous l'ancien droit, dans le cadre du recours de droit public (ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254; Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 p. 4142).
2.2 Les recourants ne contestent pas la base légale du classement de leurs parcelles en zone de développement 3, de sorte qu'il n'y a pas lieu de qualifier l'atteinte portée en l'espèce à leur droit de propriété par cette affectation. Le Tribunal fédéral examine librement si une restriction de la propriété se justifie par un intérêt public suffisant et si cet intérêt l'emporte sur les intérêts privés auxquels il s'oppose; il jouit d'une même latitude lorsqu'il s'agit d'apprécier si une telle restriction viole le principe de la proportionnalité. Il s'impose en revanche une certaine retenue quand il convient de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 132 II 408 consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités). Tel est notamment le cas lorsque le litige porte sur la délimitation des zones d'affectation (ATF 113 Ia 444 consid. 4b/ba p. 448 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral n'est en effet pas l'autorité supérieure de planification et il n'a pas à substituer son appréciation à celle des autorités cantonales. Il doit néanmoins examiner, dans le cadre des griefs soulevés (art. 106 al. 2 LTF), si la décision attaquée se prononce de façon complète sur les motifs d'intérêt public invoqués pour justifier l'atteinte au droit de propriété et si, dans la pesée des intérêts, les intérêts privés ont été pris en considération de manière adéquate (cf. ATF 120 Ia 270 consid. 3b p. 275; 118 Ia 384 consid. 4b p. 388, 394 consid. 2b p. 397 et les arrêts cités). Sur ce point, la cognition de la cour de céans n'a pas été modifiée avec l'entrée en vigueur de la loi sur le Tribunal fédéral (cf. arrêt 1C_165/2007 du 5 novembre 2007 consid. 5.5).
2.3 La cour cantonale a estimé que la loi litigieuse répondait à un intérêt public évident et important lié à la création de logements. Elle a en outre considéré que les modifications des limites de zones étaient cohérentes et conformes aux objectifs d'urbanisme du plan directeur cantonal et qu'elles respectaient les principes de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire. Elle a jugé la solution proposée par les recourants inopportune. L'urbanisation de la zone de jardins familiaux, proche de l'autoroute, exposerait les futurs habitants à des nuisances sonores importantes. La présence d'un espace forestier dans cette zone ferait obstacle à la construction sur une distance de 30 mètres à compter de la lisière du secteur boisé. Le déplacement des jardins familiaux ne saurait enfin se faire sans coûts et sans opposition. Quant aux quatre parcelles bâties de villas bordant la route de Saconnex-d'Arve, la cour cantonale a admis que leur déclassement en zone de développement 3 était étroitement lié à la zone de développement 3 affectée à de l'équipement public prévue au centre du périmètre et qu'elles faisaient ainsi partie d'un ensemble constituant une seule unité d'aménagement à urbaniser et à desservir de façon cohérente.
2.4 Les recourants relèvent que le Conseil d'Etat aurait adhéré à leur point de vue en acceptant de déclasser, dans le plan directeur de quartier, les jardins familiaux en zone de développement 3 pour permettre l'urbanisation du secteur et de les déplacer au sud. Dans la version de ce plan mise en consultation publique en même temps que le plan de modification de zones litigieux, il était effectivement question de laisser intacte la zone de jardins familiaux sise sur la parcelle n° 5563 et de déclasser en zone de développement une partie des terrains sis en zone agricole au sud du chemin de l'Essartage dans le cadre de la seconde étape d'urbanisation du périmètre d'aménagement coordonné "La Chapelle-Les Sciers". Le plan directeur de quartier que le Conseil d'Etat a définitivement adopté le 27 juin 2007 prévoit au contraire d'urbaniser la parcelle n° 5563 et de classer l'ensemble de la zone inscrite au sud du chemin de l'Essartage en jardins familiaux et en espaces de détente. Le plan de modification des limites de zones s'agissant de l'affectation de ladite parcelle est donc en contradiction avec le plan directeur de quartier, tel qu'il a été adopté par le Conseil d'Etat. Ce dernier a donc admis que les nuisances sonores dues à la proximité de l'autoroute et les contraintes liées à la présence d'un espace forestier n'étaient pas telles qu'elles puissent faire obstacle à l'affectation de cette zone à la construction de logements. La question de savoir si ces objections demeurent pertinentes, comme l'affirme le Grand Conseil, sous prétexte que ce plan ne le lierait pas et qu'il pourrait s'en écarter dans le cadre de l'adoption d'un plan modifiant les limites de zones peut rester indécise.
En effet, dans le plan directeur de quartier finalement adopté par les communes de Lancy et de Plan-les-Ouates et approuvé par le Conseil d'Etat en juin 2007, l'affectation des parcelles des recourants inscrites en 5e zone ou en zone agricole et bâties de villas le long de la route de Saconnex-d'Arve dans le secteur des Sciers reste inchangée. Elles sont destinées à accueillir une aire d'implantation mixte, mêlant des logements, des activités et des équipements en rapport avec les espaces publics, avec un parking collectif enterré, et des immeubles résidentiels. La modification apportée au plan directeur de quartier quant à la destination de la parcelle n° 5563 est donc sans incidence sur l'affectation de ces terrains et ne remet pas en cause leur classement en zone de développement 3. Leur exclusion du périmètre du plan de modification de zones porterait une atteinte importante à l'économie du projet en empêchant la réalisation de l'espace public prévu à côté de l'école intercommunale, du parking collectif enterré destiné à desservir le quartier et de plusieurs immeubles résidentiels. La perte de potentiel constructible dans le secteur des Sciers ne serait pas compensée par la réalisation de logements sur la parcelle n° 5563 puisque les jardins familiaux prendraient place sur l'ensemble de la zone agricole située au sud du chemin de l'Essartage alors qu'une partie de celle-ci devait accueillir des logements dans la version initiale du plan directeur de quartier. La solution préconisée par les recourants entraînerait donc une diminution du nombre de logements prévus dans le périmètre d'aménagement coordonné "La Chapelle-Les Sciers". A tout le moins, les recourants ne démontrent pas, comme il leur appartenait de faire, qu'il en irait ou pourrait en aller autrement. Cela étant, la cour cantonale pouvait sans violer le droit fédéral admettre que l'intérêt public à la réalisation de logements dans un périmètre prévu à cet effet dans la planification directrice cantonale l'emportait sur celui des recourants à maintenir à long terme leurs parcelles en zone de villas.
Ces derniers n'expliquent d'ailleurs pas en quoi le déclassement de leurs parcelles en zone de développement 3 restreindrait de manière disproportionnée l'exercice de leurs droits de propriétaires fonciers. Cette mesure n'emporte en effet aucune interdiction de construire ou diminution du coefficient d'utilisation du sol. Au contraire, elle permet une occupation plus intense du sol que ne l'autorise la 5e zone. Cette densification du tissu bâti est conforme aux principes de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire et, en particulier, à l'obligation d'assurer une utilisation mesurée du sol (cf. ATF 119 Ia 300 consid. 3c p. 304; 113 Ia 266 consid. 3a p. 269; arrêt 1P.444/2001 du 29 novembre 2001 consid. 3b/bb in SJ 2002 I p. 318). Les recourants peuvent continuer à entretenir leur villa et ne sont nullement contraints de réaliser sur leurs parcelles des constructions conformes à la zone de développement.
En tant qu'il porte sur une violation de l'art. 26 al. 1 Cst., le recours est infondé.
3. Les recourants se disent également les victimes d'une inégalité de traitement par rapport aux propriétaires de villas qui ont été exclues du périmètre du plan et maintenues en 5e zone dans le secteur de "La Chappelle" alors même qu'elles se trouveraient dans une situation comparable aux leurs. Le motif retenu pour justifier cette différence de traitement serait arbitraire et en contradiction avec la réalité des faits.
Le Grand Conseil a maintenu en zone villas les cinq parcelles bordant la route de Saconnex-d'Arve sises un peu plus au nord car elles sont nettement séparées des grandes parcelles agricoles à urbaniser par un cordon boisé et constituent dès lors une entité à part. La cour cantonale a fait sienne cette motivation pour écarter le grief tiré d'une inégalité de traitement. Les recourants se plaignent à cet égard d'une constatation arbitraire des faits. Il n'y aurait aucun cordon boisé qui séparerait les parcelles nos 3138, 3233, 5036 et 5037 des terrains à urbaniser sur la commune de Lancy. Si l'on se réfère au plan directeur de quartier, cette armature boisée devrait au contraire être créée.
Le plan de synthèse du secteur de "La Chapelle" établi en juin 2002 et ayant servi de base au recensement du patrimoine architectural et des sites du canton de Genève ne mentionne effectivement aucun arbre, cordon boisé, boqueteau ou encore haie vive en limite de propriété des parcelles précitées qui mériterait d'être protégé. En revanche, des surfaces arborisées certes moins denses que celles qui prolongent au nord le bois existant sur la parcelle n° 4335 sont perceptibles à cet endroit sur la vue aérienne qui figure sur le plan directeur de quartier et inscrites comme armature boisée existante dans la version initiale de ce plan. Ces surfaces sont également mentionnées dans le plan directeur de quartier adopté par le Conseil d'Etat le 27 juin 2007 même s'il est prévu de les renforcer par une armature boisée à créer. Dans ces conditions, la cour cantonale n'a pas constaté les faits de manière arbitraire en relevant la présence d'un cordon boisé sur toute la longueur de la limite entre la 5e zone et les parcelles des intimés sur la commune de Lancy. La question de savoir si ce cordon boisé est en revanche suffisant pour l'assimiler à une limite naturelle propre à justifier l'exclusion des parcelles bâties de villas le long de la route de Saconnex-d'Arve du périmètre du plan peut rester ouverte.
Le maintien dans le périmètre du plan des parcelles occupées par des villas le long de la route de Saconnex-d'Arve et de part et d'autre du chemin des Sciers et leur déclassement en zone de développement 3 peuvent en effet se justifier pour des raisons de cohérence du plan. Le secteur bâti des Sciers est en effet étroitement lié à la zone de développement 3 affectée à de l'équipement public prévue au centre du périmètre et forme une unité d'aménagement avec les autres parcelles vierges de construction. Son exclusion du périmètre du plan remettrait en cause de manière importante l'économie du projet. Elle impliquerait une perte de logements bien plus importante que celle qui a prévalu lors du retrait des parcelles sises dans le secteur correspondant de La Chapelle.
Dans la mesure où l'intégration des parcelles bâties de villas dans le secteur des Sciers dans le périmètre constructible du plan se justifie par des arguments objectivement défendables, on ne saurait parler d'arbitraire. Partant, le grief d'inégalité de traitement doit être écarté.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure où il est recevable aux frais des recourants qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Ces derniers verseront une indemnité de dépens aux intimés qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Le Grand Conseil ne saurait en revanche prétendre à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Une indemnité de 2'000 fr. à payer aux intimés, créanciers solidaires, à titre de dépens est mise à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Grand Conseil et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 15 juillet 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Le Greffier:
Aemisegger Parmelin