Faits:
A. L'art. 51 de la loi valaisanne sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA; RS/VS 172.6), relatif aux effets des recours devant les autorités administratives, avait la teneur suivante:
Art. 51 Effet suspensif
1 Le recours a effet suspensif.
2 Sauf si elle porte sur une prestation pécuniaire, la décision de l'autorité inférieure peut, pour de justes motifs, retirer totalement ou partiellement l'effet suspensif d'un éventuel recours. L'autorité de recours, ou son président s'il s'agit d'un collège, a le même droit après le dépôt du recours.
3 L'autorité de recours, ou son président, peut restituer l'effet suspensif à un recours auquel l'autorité inférieure l'avait retiré. La demande de restitution de l'effet suspensif est traitée sans délai.
4 Dans tous les cas, le retrait de l'effet suspensif n'interviendra qu'au terme du délai pour en demander la restitution. Si une telle demande est formulée, et jusqu'à son traitement, la décision attaquée bénéficiera de l'effet suspensif.
5 Si l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si une demande de restitution de l'effet suspensif est arbitrairement rejetée ou accordée tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte.
Le 13 mars 2008, le Grand Conseil du canton du Valais a modifié comme suit les alinéas 3 à 5 de cette disposition:
3 L'autorité de recours, ou son président, peut d'office ou sur demande restituer l'effet suspensif à un recours auquel l'autorité inférieure l'avait retiré.
4 Lorsque le retrait de l'effet suspensif résulte de la décision au fond, la demande de restitution ne peut être formulée qu'avec le recours contre cette décision ou postérieurement. Cette demande ou le recours séparé contre la décision incidente de refus ou de retrait de l'effet suspensif n'ont pas d'effet suspensif et doivent être traités sans délai.
5 Si, d'une part, l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si, d'autre part, une demande d'effet suspensif ou un recours séparé contre la décision incidente de refus ou de retrait de l'effet suspensif sont arbitrairement rejetés ou traités tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte.
B. Par acte du 25 septembre 2008, complété le 29 septembre suivant, A._, B._ et C._, tous trois domiciliés dans le canton du Valais, forment un recours en matière de droit public. Ils concluent à l'annulation de la modification législative du 13 mars 2008, dont la promulgation a été publiée le 27 août 2008 au Bulletin officiel. Ils demandent l'effet suspensif, qui a été refusé par ordonnance du 30 septembre 2008.
Le Grand conseil conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 82 let. b LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours en matière de droit public contre les actes normatifs cantonaux.
1.1 Les recourants ont agi dans le délai prévu à l'art. 101 LTF. La loi attaquée ne peut faire l'objet d'aucun recours cantonal, de sorte que le recours est directement recevable (art. 87 al. 1 LTF).
1.2 En vertu de l'art. 89 al. 1 LTF, peut former un recours en matière de droit public quiconque est particulièrement atteint par l'acte normatif attaqué (lettre b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (lettre c). Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre un acte normatif cantonal, la qualité pour recourir appartient à toute personne dont les intérêts sont effectivement touchés par l'acte attaqué ou pourront l'être un jour; une simple atteinte virtuelle suffit, à condition toutefois qu'il existe un minimum de vraisemblance que le recourant puisse un jour se voir appliquer les dispositions contestées (ATF 131 I 291 consid. 1.3 p. 296, 124 I 11 consid. 1b p. 13, 122 I 70 consid. 1b p. 73 et la jurisprudence citée). Il suffit en outre que l'intérêt digne de protection soit factuel, à la différence de ce qui prévalait sous l'empire de l'art. 88 OJ (ATF 133 I 286 consid. 2.2 p. 289-290).
En l'occurrence, les recourants sont tous domiciliés dans le canton du Valais. Ils sont susceptibles d'être atteints par la réglementation attaquée, au cas notamment où ils déposeraient un recours administratif auquel l'effet suspensif serait retiré. La condition de l'atteinte virtuelle apparaît réalisée.
2. Les recourants estiment que la nouvelle réglementation, selon laquelle une requête en restitution de l'effet suspensif serait dépourvue d'un tel effet, priverait les justiciables d'un contrôle judiciaire effectif tel qu'exigé par les art. 29a Cst., 6 et 13 CEDH. Ils prennent pour exemples les décisions d'abattage d'animaux ou de déboisement (les cas d'ordres de démolition étant réglés de manière satisfaisante dans une loi spéciale), dont l'exécution immédiate rendrait tout recours sans objet.
2.1 Dans le cadre d'un contrôle abstrait des normes, le Tribunal fédéral examine librement la conformité d'un acte normatif au droit constitutionnel; il s'impose cependant une certaine retenue eu égard notamment au principe découlant du fédéralisme et de la proportionnalité. Dans ce contexte, ce qui est décisif, c'est que la norme mise en cause puisse, d'après les principes d'interprétation reconnus, se voir attribuer un sens compatible avec les droits fondamentaux invoqués. Le Tribunal fédéral n'annule dès lors une norme cantonale que lorsque celle-ci ne se prête à aucune interprétation conforme à la Constitution fédérale ou à la Convention européenne des droits de l'homme. Pour en juger, il faut notamment tenir compte de la portée de l'atteinte aux droits fondamentaux en cause, de la possibilité d'obtenir ultérieurement, par un contrôle concret de la norme, une protection juridique suffisante, et des circonstances concrètes dans lesquelles ladite norme sera appliquée (ATF 134 I 293 consid. 2 p. 295; 129 I 12 consid. 3.2 p. 15; 128 I 327 consid. 3.1 p. 334/335 et les arrêts cités).
2.2 Les décisions relatives à l'effet suspensif font partie des mesures provisionnelles. Elles n'ont d'effet ni sur l'existence d'une voie de recours sur le fond, ni sur les conditions de recevabilité de celle-ci, et sont par ailleurs en principe soustraites au champ d'application de la CEDH (ATF 129 I 103 consid. 2.1 p. 105 et la jurisprudence citée; 118 Ia 473 consid. 5a p. 478). En ce sens déjà, l'argumentation des recourants, fondée sur les différentes dispositions relatives au droit d'accès à une autorité judiciaire, apparaît sans fondement.
2.3 Selon l'art. 51 al. 1 LPJA, le recours administratif bénéficie en principe de l'effet suspensif; celui-ci peut cependant être retiré "pour de justes motifs", puis restitué - d'office ou sur requête - par l'autorité de recours (art. 51 al. 2 et 3 LPJA; cf. également l'art. 55 al. 1 à 3 PA). Dans cette hypothèse, l'autorité de recours doit examiner si les raisons pour exécuter immédiatement la décision entreprise sont plus importantes que celles justifiant le report de son exécution. Elle dispose d'un large pouvoir d'appréciation qui varie selon la nature de l'affaire. Pour effectuer la pesée des intérêts en présence, elle n'est pas tenue de procéder à des investigations supplémentaires, mais peut statuer sur la base des pièces en sa possession (ATF 117 V 185 consid. 2b p. 191; 110 V 40 consid. 5b p. 45; 106 Ib 115 consid. 2a p. 116), et tenir compte de l'issue probable de la cause si celle-ci est clairement prévisible (ATF 129 II 286 consid. 3 p. 289; 106 Ib 115 consid. 2a p. 116).
Les "justes motifs" au sens de l'art. 51 LPJA sont des raisons convaincantes qui découlent d'une soigneuse pesée des intérêts publics et privés en présence, en tenant compte en particulier du principe de la proportionnalité. L'exécution de la décision entreprise ne peut être ordonnée, en dérogation à la règle générale de l'art. 51 al. 1 LPJA, qu'après une appréciation consciencieuse des circonstances de la cause. Quant à l'art. 51 al. 2 LPJA, il doit être interprété de manière à tenir compte, si nécessaire, des spécificités du domaine de droit public concerné (arrêt 2C_490/2007 du 15 octobre 2007). La nouvelle réglementation n'apporte pas de changement sur ce point.
2.4 Les recourants craignent qu'un recours ne devienne sans objet au cas où la décision attaquée aurait déjà été exécutée. Cela serait rendu possible par le fait que la demande de restitution de l'effet suspensif n'est plus elle-même assortie d'un effet suspensif automatique. Le législateur a toutefois tenu compte de ce risque en exigeant que la demande de restitution soit traitée sans délai. Il est par ailleurs possible à l'autorité saisie de pallier cette absence d'effet suspensif, lorsque cela apparaît nécessaire, en ordonnant, d'office ou sur requête, les mesures provisionnelles nécessaires au maintien de la situation ou à la sauvegarde des intérêts compromis (art. 28a LPJA). La loi cantonale confère ainsi à l'autorité de recours un pouvoir de décision suffisant pour permettre d'éviter, lorsqu'il y a lieu, qu'un recours ne devienne sans objet en raison de l'exécution prématurée de la décision attaquée. La responsabilité qu'encourt une autorité qui retire arbitrairement l'effet suspensif, qui refuse arbitrairement de le restituer ou tarde à le faire (art. 51 al. 5 LPJA), constitue également une protection contre les abus que les recourants semblent redouter.
La modification législative est ainsi susceptible d'une interprétation et d'une application conformes au droit supérieur.
3. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, aux frais de ses auteurs (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants et au Grand Conseil du canton du Valais.
Lausanne, le 6 février 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz