Fatti:
A. Nell'ambito di denunce penali presentate da tre ex clienti nei confronti della loro legale A._, il Ministero pubblico del Cantone Ticino ha aperto tre procedimenti penali (n. 2010.10322, 2010.10723 e 2010.10727). In seguito a un'ulteriore querela del 2 maggio 2012 è stato aperto un nuovo procedimento nei confronti della legale per titolo di diffamazione, calunnia, ingiuria, abuso di impianti di telecomunicazione, minaccia e coazione (incarto n. 2012.9602). Nell'ambito di quest'ultima procedura, la denunciata è stata interrogata l'8 ottobre 2012 dal Procuratore pubblico (PP) C._. Lo stesso giorno la querelata ha inviato una segnalazione "della inaccettabile condotta dei pm della Procura di Lugano" al Consiglio della magistratura e al Dipartimento federale di giustizia e polizia.
B. Con istanza del 29 ottobre 2012 A._ ha poi chiesto la ricusazione del Procuratore generale (PG) B._ e del PP C._, chiedendo il trasferimento dei procedimenti a suo carico a una procura di un altro Cantone. Con la medesima domanda, l'istante ha postulato pure la ricusazione del Presidente della Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), istanza respinta con sentenza del 13 dicembre 2012 dalla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino (CARP). Con giudizio del 21 gennaio 2013 la CRP ha dichiarato irricevibile l'istanza di ricusazione, siccome tardiva.
C. Avverso questa pronunzia A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di accertarne la nullità rispettivamente di annullarla.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 137 I 371 consid. 1).
1.2 Diretto contro una decisione incidentale, e non finale come a torto addotto dalla ricorrente, notificata separatamente e riguardante una domanda di ricusazione, il ricorso concernente una causa in materia penale è, di massima, ammissibile (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'art. 92 cpv. 1 LTF). Esso è tempestivo e la legittimazione dell'imputata è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 1 LTF). La CRP, quale autorità di reclamo, è competente per statuire su una domanda di ricusazione nei confronti di un PP e il gravame è diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (DTF 138 IV 142; sentenze 1B_385/2012 del 4 ottobre 2012 consid. 1.1-1.2 destinata a pubblicazione, 1B_488/2011 del 2 dicembre 2011 consid. 1.1 e 1B_712/2012 del 18 febbraio 2013 consid. 1).
1.3 La ricorrente, insistendo sui motivi che al suo dire giustificherebbero la domanda di ricusazione e quindi inerenti al merito del litigio, disattende che, quando un ricorso è dichiarato irricevibile come in concreto per la tardività dell'istanza di ricusazione, l'insorgente può far valere soltanto che la domanda a torto non sarebbe stata esaminata nel merito e, semmai, una violazione dei suoi diritti di parte: non può per contro censurare il merito della vertenza (DTF 135 II 145 consid. 4). Nella misura in cui si diffonde su censure di merito, segnatamente sull'organizzazione del Ministero pubblico (art. 65 e segg. della legge sull'organizzazione giudiziaria del 10 maggio 2006) e sui pretesi motivi che fonderebbero la ricusazione dei citati magistrati, dette critiche sono inammissibili (sulla ricusazione di un procuratore pubblico vedi DTF 138 IV 142 consid. 2.1-2.3; sentenza 1B_598/2012 dell'11 dicembre 2012 consid. 3.2 e 3.3).
Gli accenni di critica, che si limitano in sostanza a riprendere le norme sull'organizzazione e sulle competenze del Ministero pubblico e del PG, sarebbero del resto in gran parte inammissibili per carenza di motivazione (art. 42 cpv. 2 LTF; DTF 136 I 49 consid. 1.4.1 e 1.4.2). Infatti, quando è invocata la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale secondo l'art. 106 cpv. 2 LTF, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (DTF 138 I 171 consid. 1.4; 136 II 304 consid. 2.4 e 2.5). In larga misura, le critiche addotte dalla ricorrente non adempiono queste esigenze di motivazione.
1.4 La ricorrente, accennando al fatto che la CRP "avrebbe quantomeno potuto ordinare uno scambio ulteriore di allegati, utopistico pensare a un'udienza con un minimo di istruttoria o amministrazione di prove", adduce una violazione del diritto di essere sentito richiamando gli art. 29 cpv. 2 e 6 CEDU. L'asserita lesione di diritti di parte è infondata. In effetti, dai fatti descritti nella decisione impugnata, vincolanti per il Tribunale federale perché la ricorrente non dimostra che sarebbero stati accertati in maniera arbitraria (art. 97 cpv. 1 in relazione con l'art. 105 cpv. 1 e 2 LTF; DTF 136 I 184 consid. 1.2), risulta ch'ella ha potuto replicare alle osservazioni delle parti; d'altra parte, la ricorrente non sostiene e tanto meno dimostra di aver espressamente chiesto che fosse organizzato un dibattimento in una seduta pubblica.
2. La ricorrente adduce una "nuova aggiuntiva ed emblematica" lesione delle norme sulla ricusazione da parte del Presidente della CRP, da lei già ricusato nel quadro di una precedente procedura. Rilevato che detta istanza è stata respinta dalla CARP, aggiunge che il Presidente avrebbe dovuto nondimeno ricusarsi spontaneamente ai sensi dell'art. 57 CPP, accennando, peraltro in maniera del tutto generica e limitandosi ad addurre mere congetture, ch'egli sarebbe molto amico di un suo ex difensore. Ora, la ricorrente non sostiene d'aver impugnato la decisione della CARP, per cui, in tale misura, il ricorso non diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza è inammissibile (art. 80 LTF). Del resto, in seguito alla decisione della CARP, il Presidente della CRP non era tenuto a escludersi.
3. 3.1 La ricorrente non si confronta, se non in maniera del tutto generica e quindi inammissbile (art. 42 cpv. 2 LTF; DTF 136 I 229 consid. 4.1), con la tesi posta a fondamento del giudizio impugnato, ossia la tardività della sua istanza di ricusa. Al riguardo la CRP ha stabilito che, nell'istanza del 29 ottobre 2012, la ricorrente adduceva che i procedimenti penali nei suoi confronti sarebbero formalmente condotti dal citato PP, che eseguirebbe tuttavia materialmente gli ordini del PG, suo superiore diretto. L'istante in quella sede sosteneva che avrebbe "scoperto proprio da un paio di giorni che il PP C._ continua a coadiuvare il PG B._ (...). E questa circostanza è manifesta, stante soltanto la posizione istituzionale e di ruolo in punto al rapporto di subordinazione che contraddistingue i due Magistrati. Come noto, l'avv. B._ è stato il mio legale proprio per i tre clienti di D._ (...). Il periodo del rapporto di mandato tra l'avv. B._ e chi scrive è durato dalla primavera 2009 fino a giugno/luglio 2010 quando è terminato in ragione della sua nomina a PG con inizio in autunno del 2010. In perfetta concertazione e coincidenza con questo fatto i tre clienti (...) mi hanno denunciata proprio in corrispondenza dell'entrata in carica di PG da parte dell'avv. B._, ovvero nel corso di novembre 2010 (...). Ora nel caso concreto, l'avv. B._, già mio difensore e consulente (...) è manifestamente ora il mio accusatore effettivo, perché anche qui occorre considerare chi comanda e non chi appare formalmente"
3.2 La Corte cantonale ha ricordato che, secondo l'art. 58 cpv. 1 CPP, la parte che intende chiedere la ricusazione deve presentare senza indugio la relativa domanda non appena è a conoscenza del motivo di ricusazione, rendendo verosimili i fatti su cui fonda la domanda. Richiamando la prassi e la dottrina, la CRP ha ritenuto che l'istanza va inoltrata nei giorni successivi la conoscenza del motivo di ricusazione, che dev'essere addotto prima dell'esecuzione del prossimo atto processuale allo scopo di escludere tatticismi. Ha poi stabilito che in concreto la ricorrente, sostenendo d'aver scoperto "da un paio di giorni" che la conduzione del procedimento a suo carico sarebbe assegnata solo formalmente al menzionato PP, mentre al suo dire l'inchiesta sarebbe effettivamente portata avanti dal PG, non precisa con elementi precisi di tempo, di modo e di luogo, tale "scoperta".
3.3 Nemmeno nel gravame in esame la ricorrente, che non dimostra affatto la mancata conformità al diritto federale di tale conclusione conforme alla prassi e alla dottrina citata dalla CRP, con la quale ella non si confronta (vedi inoltre sentenza 1B_277/2008 del 13 novembre 2008 consid. 2.1-2.3; MARKUS BOOG, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 5 e 7 ad art. 58) precisa quando e in che circostanze avrebbe avuto conoscenza dell'asserito motivo di ricusazione. Sostiene che quantomeno fino al 1° gennaio 2011, quando ancora vigeva la funzione di sostituto procuratore pubblico, il ricusato PP era formalmente e materialmente legato in un rapporto di "subordinazione" con il PG e ricorda poi che i suoi ex tre clienti l'hanno denunciata in concomitanza con l'entrata in carica, nell'autunno del 2010, dell'allora suo legale quale PG. Anche questi rilievi militano chiaramente a favore della tardività della domanda di ricusazione. Al proposito l'assunto secondo cui i due magistrati avrebbero dovuto ricusarsi d'ufficio, nulla muta al fatto ch'ella non poteva aspettare più mesi per inoltrare l'istanza litigiosa (DTF 138 I 1 consid. 2.2 in fine pag. 4).
4. 4.1 Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
4.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda d'effetto sospensivo.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alla ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.