Sachverhalt:
Das Kantonale Steueramt Zürich führte gegen die X._ AG ein Nachsteuerverfahren für die Steuerjahre 1989 bis 1993. Mit Einspracheentscheid vom 7. Juli 2005 stellte es das Nachsteuerverfahren betreffend das Steuerjahr 1989 wegen Verjährung ein. Einen ersten Rekurs der Steuerpflichtigen hiess das Verwaltungsgericht hinsichtlich der Steuerjahre 1990 bis 1992 gut und stellte fest, dass die Voraussetzungen für eine Nachsteuererhebung nicht erfüllt seien. In Bezug auf das Steuerjahr 1993 wies es die Sache hinsichtlich des Umbaus der Liegenschaft S._ in A._, welche die Steuerpflichtige für ihre drei Aktionäre finanziert haben soll (verdeckte Gewinnausschüttung), für weitere Abklärungen an das kantonale Steueramt zurück. Dieses holte in der Folge ein Gutachten ein und setzte mit Verfügung vom 14. Februar 2008 die Nachsteuer neu auf Fr. 132'306.45 fest. Mit Entscheid vom 3. September 2008 hiess das Verwaltungsgericht einen neuerlichen Rekurs gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung an das kantonale Steueramt zurück; eine verdeckte Gewinnausschüttung (in Form übersetzter Mietzinszahlungen) sei grundsätzlich zu bejahen, indessen habe das kantonale Steueramt noch abzuklären, inwieweit der Rekurrentin Mietzinsen von Untermietern zugeflossen seien.
Hiergegen richtet sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Die steuerpflichtige Gesellschaft beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell sei festzustellen, dass kein Endentscheid vorliege.
Auf die Einholung der Vernehmlassungen bei den beteiligten Behörden wurde verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist gemäss Art. 90 BGG zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Endentscheide). Rückweisungsentscheide, durch die eine kantonale Instanz die Sache zu neuer Behandlung an eine untere Instanz zurückweist, sind Zwischenentscheide, gegen die nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht Beschwerde erhoben werden kann. Das gilt auch dann, wenn über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden worden ist (vgl. BGE 133 V 477 E. 4.2 und 4.3 S. 481 f.). Wenn jedoch der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum verbleibt und die Rückweisung nur der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG. Das gilt auch im Bereich der Steuern (BGE 134 II 124 E. 1.3).
Im vorliegenden Fall hat das Verwaltungsgericht die Sache "zur weiteren Untersuchung und zur Ausfällung eines neuen Einspracheentscheids im Sinne der Erwägungen" an das kantonale Steueramt zurückgewiesen. In der Sache geht es im Wesentlichen darum, dass die Einsprachebehörde noch abklärt, ob und allenfalls in welchem Umfang der Beschwerdeführerin von Drittmietern (oder Untermietern) der fraglichen Liegenschaft Mietzinsen zugeflossen sind, weil solche Zahlungen geeignet sind, die Höhe der geldwerten Leistung zu beeinflussen. Dabei geht es nicht nur um eine rechnerische Ermittlung der Steuerfaktoren. Vielmehr hat das Steueramt diesbezüglich Abklärungen zu treffen und den Sachverhalt zu vervollständigen. Es liegt daher in dieser Frage kein Endentscheid, sondern lediglich ein Zwischenentscheid vor. Daran ändert nichts, dass das Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid hinsichtlich der weiteren Aufrechnungen für die Renovations- und Umbaukosten (Fr. 208'610.--), die mit dem Erwerb der Liegenschaft verbundenen Kosten (Fr. 19'595.--) und für die private Benutzung von Geschäftsautos (Fr. 9'000.--) definitiv entschieden hat.
Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich folglich um einen Zwischenentscheid. Eine Ausnahme nach Art. 92 und 93 und namentlich Art. 93 Abs. 1 BGG liegt nicht vor. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verlegen (Art. 66 Abs. 1). Die Beschwerdeführerin anerkennt zwar, dass nach ihrer Ansicht ein nicht mit Beschwerde nach Art. 82 ff. BGG anfechtbarer Zwischenentscheid vorliegt. Sie macht jedoch geltend, sie führe gezwungenermassen Beschwerde, weil das Verwaltungsgericht sein Urteil als Endentscheid betrachte. Woraus die Beschwerdeführer diese Erkenntnis nimmt, legt sie nicht dar. Allein aufgrund der Rechtsmittelbelehrung kann jedenfalls nicht auf eine solche Ansicht des Verwaltungsgerichts geschlossen werden. Wenn gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts überhaupt ein Rechtsmittel zulässig ist, dann die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Ob die Parteien trotz Zwischenentscheid diese ergreifen wollen, um sich keinem Prozessrisiko auszusetzen, muss ihnen überlassen bleiben. Die Rechtsmittelbelehrung des Verwaltungsgerichts ist daher nicht überflüssig oder gar falsch.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind daher die unterliegenden Beschwerdeführer kostenpflichtig. Es liegen keine Gründe für eine abweichende Verlegung der Kosten vor (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. November 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann