Fatti:
A. A._, cittadina bosniaca, si è sposata il 16 dicembre 2000 nel suo paese d'origine con C._, di nazionalità elvetica. Per tal motivo è stata autorizzata, il 15 gennaio 2001, a entrare in Svizzera ed è stata posta al beneficio di un permesso di dimora annuale, regolarmente rinnovato, l'ultima volta fino al 14 gennaio 2006. Il 26 aprile 2002 è stata raggiunta dal figlio B._, nato da un precedente matrimonio; al bambino è stato rilasciato un permesso di identica natura e scadenza di quello della madre.
B. Il 7 dicembre 2005, A._ ha chiesto il rilascio di un permesso di domicilio per sé e per il figlio B._. Invitata dalla Sezione dei permessi e dell'immigrazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino a fornire delucidazioni sulla sua situazione matrimoniale, l'interessata le ha comunicato, il 19 gennaio 2006, che dal 4 aprile 2002 suo marito si trovava in carcere in Ecuador, ove stava scontando una pena di otto anni di reclusione per traffico di stupefacenti. Il 26 luglio 2006 l'autorità ha rifiutato di rilasciare i permessi di domicilio, rispettivamente di rinnovare i permessi di dimora e ha fissato a A._ e al figlio B._ un termine con scadenza al 30 settembre 2006 per lasciare il Cantone. A sostegno del suo rifiuto ha rilevato che la richiedente le aveva sottaciuto fatti essenziali per il mantenimento delle autorizzazioni di soggiorno e che commetteva un abuso di diritto, essendo venuto a mancare lo scopo per il quale il permesso di dimora era stato accordato.
C. Detta decisione è stata confermata su ricorso dapprima dal Consiglio di Stato, il 10 ottobre 2006, e poi dal Tribunale cantonale amministrativo, con sentenza del 7 luglio 2007. La Corte ticinese ha rilevato in primo luogo che l'insorgente non aveva mai segnalato, nelle successive domande di rinnovo del permesso di dimora e nella richiesta di rilascio dell'autorizzazione di domicilio, che il consorte era incarcerato all'estero, ledendo in tal modo l'art. 3 cpv. 2 LDDS. A prescindere da ciò, ha giudicato che ella commetteva un chiaro abuso di diritto nel richiamarsi ad un matrimonio contratto per vivere in Svizzera, allorché il proprio coniuge si era durevolmente stabilito all'estero, aggiungendo che i motivi che avevano condotto alla loro separazione non erano determinanti. Riguardo all'annunciato trasferimento del marito in Svizzera al fine di scontarvi il residuo della pena, ha obiettato che, a prescindere dall'effettività del trasferimento, non si poteva pretendere che sospendesse la propria decisione, facendola dipendere da tale circostanza. Rilevato poi che la separazione di fatto dei coniugi si era verificata prima della scadenza del termine quinquennale previsto dalla legge per poter richiedere un permesso di domicilio, la Corte cantonale ha confermato anche il rifiuto di rilasciarle questo tipo di permesso. Infine ha giudicato esigibile il rientro in patria sia dell'interessata sia del figlio, precisando che il bambino, anche se affetto da emofilia A con fattore VIII nella sua forma più grave, vi avrebbe comunque beneficiato di un'assistenza medica e non era in concreto in pericolo di vita.
D. Il 14 settembre 2007 A._, per sé e in rappresentanza del figlio B._, ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata e gli atti rinviati all'autorità inferiore affinché giudichi nuovamente ed ordini all'autorità di prime cure di rilasciare loro un permesso di dimora, rispettivamente di domicilio. Adduce, in sostanza, un accertamento ed un apprezzamento manifestamente errati dei fatti, una violazione del principio della buona fede e di quello della proporzionalità, la disattenzione degli art. 7, 9, 10, 11 LDDS, 7, 8, 9, 10, 13 Cost., 8 CEDU e, infine, degli art. 3 e 24 della Convenzione sui diritti del fanciullo. Allega inoltre diversi documenti al suo gravame, segnatamente due rapporti medici datati 24 agosto 2007 e 7 settembre 2007 relativi alla malattia del figlio e alla situazione medica nel proprio paese nonché copia di una lettera del marito del 26 agosto 2007 con annessa la decisione di rimpatrio della polizia nazionale dell'Ecuador.
Chiamati ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è limitato a riconfermarsi nella propria decisione, mentre il Consiglio di Stato si è rimesso al giudizio di questa Corte. L'Ufficio federale della migrazione, allineandosi ai considerandi della sentenza impugnata, postula la reiezione del gravame.
E. Con decreto presidenziale del 20 settembre 2007 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel ricorso.
F. Il 12 dicembre 2007 la ricorrente ha comunicato al Tribunale federale che, come preannunciato, il marito era stato trasferito in Svizzera il 14 settembre 2007 ove beneficiava di un regime di semilibertà. Egli aveva trovato un posto di lavoro e ottenuto un congedo di alcune ore che aveva trascorso con lei; inoltre avevano assieme sottoscritto un contratto di locazione per un nuovo appartamento.
Il 5 maggio 2008 la ricorrente ha trasmesso ulteriori documenti a questa Corte, segnatamente copia della decisione 23 aprile 2008 con cui la Sezione dell'esecuzione delle pene e delle misure del Dipartimento delle istituzioni ha concesso al marito il beneficio dell'alloggio esterno dal 28 aprile 2008 nonché la dichiarazione sottoscritta da quest'ultimo di vivere con la moglie nell'appartamento coniugale da tale data.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 134 IV 36 consid. 1; 133 II 249 consid. 1.1; 133 I 185 consid. 2 e rispettivi riferimenti).
2. 2.1 Giusta l'art. 83 lett. c n. 2 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto.
2.2 Conformemente all'art. 7 cpv. 1 prima frase LDDS, applicabile alla presente fattispecie (cfr. consid. 3.1), il coniuge straniero di un cittadino svizzero ha diritto al rilascio e alla proroga del permesso di dimora. Ai fini dell'ammissibilità del presente ricorso è quindi determinante soltanto la questione se, formalmente, vi sia matrimonio (cfr. DTF 126 II 265 consid. 1b). Infatti, sapere se il menzionato diritto sussista ancora o sia invece decaduto in virtù delle eccezioni o delle restrizioni che discendono dall'art. 7 cpv. 2 LDDS e dall'abuso di diritto è un problema di merito, non di ammissibilità (DTF 128 II 145 consid. 1.1.2 e rinvii). In concreto la ricorrente è tuttora sposata con un cittadino svizzero: il gravame è quindi ricevibile dal profilo dell'art. 83 lett. c n. 2 LTF.
2.3 Visto quanto precede, la questione di sapere se il gravame sia ammissibile anche dal profilo dell'art. 8 CEDU (sui relativi requisiti, cfr. DTF 130 II 281 consid. 3.1; 129 II 193 consid. 5.3.1, 215 consid. 4.1), a cui la ricorrente fa pure riferimento, può restare indecisa, potendo questa Corte entrare nel merito del medesimo già in virtù dei motivi che precedono.
2.4 Mediante il ricorso ordinario, la ricorrente può in particolare censurare la violazione del diritto federale, che comprende i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 346 consid. 3.1), e del diritto internazionale (art. 95 lett. a e b LTF). Il Tribunale federale applica in ogni caso il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF) e può quindi accogliere o respingere un ricorso anche per motivi diversi da quelli invocati o su cui si è fondata l'autorità precedente. Fondamentale rimane comunque la motivazione del gravame (cfr. art. 42 cpv. 1 e 2 LTF; DTF 133 II 249 consid. 1.4.1). La ricorrente può inoltre contestare l'accertamento dei fatti, ma solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 LTF). In assenza di simili presupposti, che possono anche portare a rettificare o completare d'ufficio gli accertamenti (art. 105 cpv. 2 OG), il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti appurati dall'istanza inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF; DTF 133 II 249 consid. 1.4.3).
2.5 Nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere addotti soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (art. 99 cpv. 1 LTF; cfr. anche DTF 129 I 49 consid. 3; 128 I 354 consid. 6c). La memoria ricorsuale deve esporre le ragioni per cui questa condizione risulterebbe adempiuta (DTF 133 III 393 consid. 3). Le prove documentali devono inoltre essere prodotte entro la scadenza del termine di ricorso o del termine eventualmente assegnato per la presentazione di un atto di replica (art. 42 cpv. 3 e 102 cpv. 3 LTF; cfr. anche DTF 113 Ia 407 consid. 1). È comunque esclusa l'allegazione di fatti accaduti dopo la pronuncia del giudizio impugnato così come di prove non ancora esistenti a tale momento (cosiddetti veri nova; DTF 133 IV 342 consid. 2.1; cfr. anche DTF 130 II 493 consid. 2; 128 II 145 consid. 1.2.1).
La ricorrente ha allegato al gravame due nuovi certificati medici datati 24 agosto 2007 e 7 settembre 2007. Oltre al fatto che ella non indica perché la loro presentazione sarebbe stata indotta solo dalla sentenza impugnata (art. 99 cpv. 1 LTF), le informazioni e ragguagli contenuti negli stessi (salute del bambino; possibilità di cure nel proprio paese), avrebbero potuto essere forniti già in sede cantonale: gli stessi non vanno pertanto considerati. Lo stesso dicasi della lettera del marito trasmessa via fax il 26 agosto 2007. Per quanto concerne invece tutti gli altri documenti concernenti il coniuge (trasferimento in Svizzera; concessione del regime della semilibertà e poi dell'alloggio esterno), gli stessi si riferiscono a fatti accaduti dopo la pronuncia della decisione querelata (cosiddetti veri nova) e vanno pertanto estromessi dall'incarto.
3. 3.1 Il 1° gennaio 2008 è entrata in vigore la legge federale sugli stranieri, del 16 dicembre 2005 (LStr; RS 142.20; RU 2007 5487). Giusta l'art. 126 cpv. 1 LStr, alla presente procedura rimane tuttavia ancora applicabile la - di per sé abrogata (cfr. cifra I dell'Allegato all'art. 125 LStr) - legge federale concernente la dimora ed il domicilio degli stranieri, del 26 marzo 1931 (LDDS; CS 1 177 e modifiche seguenti).
3.2 Giusta l'art. 7 cpv. 1 LDDS, il coniuge straniero di un cittadino svizzero ha diritto al rilascio e alla proroga del permesso di dimora. Dopo una dimora regolare e ininterrotta di cinque anni, ha diritto al permesso di domicilio. Questo diritto si estingue, tra l'altro, se il matrimonio è stato contratto per eludere le prescrizioni in materia di dimora e di domicilio degli stranieri (cpv. 2) oppure in caso di abuso di diritto (DTF 131 II 265 consid. 4.1). Per costante prassi vi è abuso di diritto laddove un determinato istituto giuridico viene invocato per realizzare degli interessi che il medesimo non si prefigge di tutelare. In relazione all'art. 7 LDDS, ciò è il caso allorquando il coniuge straniero di un cittadino svizzero si richiama ad un matrimonio che sussiste solo a livello formale, unicamente per ottenere il rilascio o il rinnovo di un permesso di soggiorno: un simile scopo non risulta in effetti tra quelli contemplati dalla norma in questione per cui sfugge a qualsiasi tutela sul piano giuridico. Secondo giurisprudenza, l'esistenza di una situazione di abuso non deve tuttavia essere ammessa con eccessiva facilità: in particolare non vi è abuso di diritto già per il fatto che i coniugi vivono separati o perché tra loro è pendente una procedura di divorzio. Nel formulare l'art. 7 LDDS, il legislatore ha infatti volutamente omesso di far dipendere il diritto del coniuge straniero di un cittadino svizzero all'ottenimento di un permesso di soggiorno dall'esistenza di una comunione matrimoniale di fatto (DTF 121 II 97 segg.). È per contro necessario che vi siano concreti indizi tali da indurre a ritenere che vi è una rottura definitiva dell'unione coniugale, ossia che non vi è più alcuna possibilità di riconciliazione, i coniugi non essendo (più) intenzionati a condurre una vita comune; le cause e i motivi all'origine di questa rottura non sono determinanti (DTF 130 II 113 consid. 4.2; 128 II 145 consid. 2.2; 127 II 49 consid. 5a e 5d).
4. 4.1 Il Tribunale amministrativo ha rilevato in primo luogo che l'interessata, non informando la Sezione dei permessi e dell'immigrazione del fatto che suo marito era incarcerato dal 4 aprile 2002 in Ecuador, aveva disatteso l'obbligo previsto dall'art. 3 cpv. 2 LDDS d'informare l'autorità su tutte le circostanze determinanti per la concessione di un'autorizzazione di soggiorno. Quand'anche si volesse da ciò prescindere ha poi spiegato che lo scopo dell'art. 7 LDDS consisteva innanzitutto nel permettere e nell'assicurare la conduzione di una vita familiare in Svizzera: la ricorrente commetteva pertanto un abuso di diritto nel richiamarsi ad un matrimonio contratto per vivere nel nostro paese allorché il proprio coniuge si era durevolmente stabilito all'estero. Al riguardo ha aggiunto che i motivi che avevano condotto alla separazione, cioè la carcerazione del marito, non erano in concreto determinanti. Infine, riguardo al trasferimento, annunciato per il 3 agosto 2007, del marito in Svizzera al fine di scontarvi il residuo di pena e ove avrebbe, secondo la ricorrente, verosimilmente beneficiato di una libertà anticipata ciò che avrebbe permesso la ripresa della vita coniugale, la Corte cantonale ha osservato che, a parte il fatto che non era dato a sapere se il consorte sarebbe stato effettivamente trasferito per quella data, non si poteva pretendere che sospendesse la propria decisione, facendola dipendere da tale circostanza.
4.2 L'argomentazione della Corte cantonale, la quale parte dal presupposto che il marito della ricorrente si è stabilito durevolmente all'estero, non può essere condivisa. Conformemente all'art. 23 cpv. 1 CC, il domicilio di una persona è nel luogo ove dimora con l'intenzione di stabilirvisi durevolmente. Il concetto di domicilio è dunque legato a due condizioni che devono essere adempiute cumulativamente: l'una, di natura oggettiva, che consiste nella residenza effettiva in un luogo determinato, l'altra, di natura soggettiva, che è data dall'intenzione di stabilirsi durevolmente. In altre parole l'interessato, in maniera riconoscibile per terzi, deve fare del luogo in questione il centro dei suoi interessi, personali, familiari e professionali ciò che va stabilito in base a circostanze oggettive e riconoscibili e non semplicemente in funzione dei suoi propositi (DTF 133 V 309 consid. 3.1 e richiami; Daniel Staehelin, in: Basler Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht, Zivilgesetzbuch I, 2a ed., Basilea 2002, n. 5 ad art. 23). L'art. 24 cpv. 1 CC prevede poi che il domicilio di una persona, stabilito che sia, continua a sussistere fino a che essa non ne abbia acquistato un altro e l'art. 26 CC sancisce che la dimora in un luogo allo scopo di frequentarvi le scuole e il collocamento in un istituto di educazione, in un ospizio od asilo, in una casa di salute, di pena o correzione, non costituiscono domicilio. Nel caso concreto non è manifestamente data la seconda delle due condizioni cumulative a cui si è accennato in precedenza, cioè l'intenzione di crearsi una residenza in Ecuador. Anche se, come emerge dagli atti di causa, il marito vi ha effettuato un primo soggiorno da fine luglio 2001 agli inizi di marzo 2002, si trattava comunque, come è stato documentato in sede cantonale e non contestato dalle autorità ticinesi, di un soggiorno a fini professionali limitato nel tempo; inoltre all'epoca egli aveva dichiarato, senza essere contraddetto, che era intenzionato di tornare in Ticino presso la moglie. Va poi rilevato che sebbene non si sappia per quale motivo è poi ritornato in Ecuador verso la fine del mese di marzo 2002, la circostanza che sia stato immediatamente arrestato e incarcerato impedisce che si possa considerare che vi abbia costituito il proprio (nuovo) domicilio, rispettivamente che vi si sia stabilito, senza poi dimenticare il chiaro tenore dell'art. 26 CC. Discende da quanto precede che il domicilio del marito della ricorrente era ed è rimasto quello che aveva in Ticino prima dell'arresto e dell'incarcerazione, ossia quello coniugale. In queste condizioni, non si poteva rimproverare alla ricorrente di avere deliberatamente disatteso il suo dovere d'informazione di cui all'art. 3 cpv. 2 LDDS in quanto ella ha compilato in modo corretto i formulari relativi al rinnovo dei permessi di dimora: nelle apposite caselle concernenti lo stato civile ella ha infatti indicato che era sposata; con un cittadino svizzero; che avevano un domicilio comune e che l'indirizzo del coniuge era lo stesso del suo. Comunque sia, quand'anche si volesse ritenere in concreto una violazione del menzionato dovere d'informazione, tale inadempienza non avrebbe tuttavia costituito, di per sé, un motivo sufficiente per rifiutare di prorogare le sue autorizzazioni di soggiorno. Infatti, come già spiegato dal Tribunale federale, l'interruzione della vita comune a causa di una condanna penale non giustifica forzatamente il rifiuto di rinnovare un'autorizzazione di soggiorno del coniuge straniero (DTF 131 II 265 consid. 4.3 e riferimento).
4.3 Esaminando ora la fattispecie dal profilo dell'abuso di diritto va ricordato che, per consolidata prassi (cfr. consid. 3.2), si è in presenza di un abuso quando vi sono concreti indizi di una rottura definitiva dell'unione coniugale, ossia del fatto che i coniugi non sono (più) intenzionati a condurre una vita comune. Sennonché negli atti di causa nulla figura che possa convalidare questa tesi. Al contrario. La ricorrente infatti nel corso della procedura cantonale ha sempre affermato che manteneva stretti contatti telefonici ed epistolari con il marito e che lo aiutava finanziariamente, inviandogli regolarmente del denaro; ella ha anche prodotto vari documenti (copie delle lettere del marito e delle ricevute di invio di denaro, dichiarazione della suocera del 21 agosto 2006), per provare le proprie dichiarazioni. Orbene il Tribunale amministrativo non si è espresso in proposito, segnatamente non ha spiegato perché considerava detti mezzi di prova irrilevanti ai fini di giudizio; esso infatti ha fondato il suo giudizio unicamente sul fatto che il marito della ricorrente si era stabilito durevolmente all'estero. Un tal accertamento manifestamente incompleto dei fatti non può essere tutelato, in quanto la Corte cantonale non poteva basarsi su di un unico criterio, rivelatosi poi errato, ma doveva esaminare tutti gli elementi a sua disposizione, ciò che non ha fatto.
Lo stesso dicasi, infine, per quanto riguarda l'annunciato trasferimento - attestato da documenti ufficiali - del marito in Svizzera per scontarvi il residuo di pena. La Corte cantonale invece di pronunciarsi sulla portata e/o importanza che poteva assumere, nella valutazione della sussistenza dell'unione coniugale, il fatto che la ricorrente era informata delle pratiche intraprese dal marito e che, apparentemente, riceveva informazioni dalle autorità federali incaricate dell'organizzazione del trasferimento, si è limitata a dubitare dell'effettività della data indicata per il medesimo. Ciò che è manifestamente insufficiente.
La Corte cantonale doveva procedere ad un'istruttoria più approfondita, volta a determinare come erano evoluti i rapporti tra i coniugi dopo l'incarcerazione del marito e a tal fine doveva esaminare tutti gli elementi a sua disposizione e non fondarsi su di un unico criterio. La causa va pertanto rinviata al Tribunale cantonale amministrativo affinché proceda ad un esame completo della situazione nonché emani in seguito un nuovo giudizio.
4.4 Sulla base delle considerazioni che precedono il ricorso, in quanto ammissibile, è accolto e la sentenza impugnata dev'essere annullata. In queste condizioni, non occorre pronunciarsi ancora sulle altre censure sollevate dalla ricorrente.
5. Visto l'esito del gravame, si prescinde dal prelievo delle spese giudiziarie (art. 66 cpv. 4 LTF). Lo Stato del Cantone Ticino dovrà comunque corrispondere alla ricorrente, assistita da un avvocato, un'indennità a titolo di ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. In quanto ammissibile, il ricorso è accolto e la decisione impugnata è annullata. Gli atti vengono rinviati al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino per nuovo giudizio ai sensi dei considerandi.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà alla ricorrente un'indennità di fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale della migrazione.