Faits:
A. X._ s'est présentée à la session d'été 2007 des examens de fin d'apprentissage de la formation de réparateur automobile. Le 22 juin 2007, la Commission d'examens de fin d'apprentissage (ci-après: la Commission d'examens) lui a communiqué son échec à ses examens, sa moyenne de 3,9 points étant insuffisante. Saisi d'un recours contre ce résultat d'examen, la Direction de l'instruction publique du canton de Berne (ci-après: la Direction de l'instruction publique) l'a rejeté, par décision du 25 février 2008.
B. X._ a recouru contre cette dernière décision.
Par jugement du 24 novembre 2008, le Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a admis partiellement le recours, annulé la décision attaquée et renvoyé la cause à la Direction de l'instruction publique, afin qu'elle offre à la recourante la possibilité de répéter une branche d'examen où elle avait obtenu la note de 2,7. Les juges ont considéré en substance que la recourante n'avait pas pu contester utilement l'évaluation de cette note, car ses travaux d'examen dans cette branche avaient été détruits par inadvertance. Ils invitaient dès lors la Commission d'examens à permettre à la recourante de répéter son examen dans la branche en question, puis de se prononcer à nouveau sur le résultat global de la session d'examens en tenant compte de la nouvelle note obtenue dans la branche litigieuse. Dans la mesure où la recourante contestait également les notes décernées dans les autres matières, le recours était rejeté.
C. X._ dépose un recours constitutionnel subsidiaire contre le jugement précité du Tribunal administratif. Elle conclut à l'annulation de ce prononcé en raison de l'absence de motivation sur certains griefs qu'elle avait soulevés en procédure cantonale, et au renvoi de la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision tenant compte des griefs litigieux non examinés.
La Direction de l'instruction publique a, dans un premier temps, renoncé à se prononcer, puis a conclu au rejet du recours.
Le Tribunal administratif, tout en laissant à la Cour de céans le soin d'apprécier la recevabilité du recours, a admis avoir omis de se prononcer sur une partie des griefs formés par la recourante dans son écriture cantonale et a fourni une motivation à ce sujet.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 29 al. 1 LTF; ATF 135 III 1 p. 3 et les arrêts cités).
1.1 Le jugement attaqué a été rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF). Il porte sur le résultat des examens de fin d'apprentissage de la recourante, plus particulièrement sur l'évaluation de ses capacités. Dans cette mesure, la voie du recours en matière de droit public n'est pas ouverte (art. 83 let. f LTF) et c'est à juste titre que la recourante a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire, le jugement attaqué émanant d'une autorité cantonale de dernière instance au sens de l'art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF (art. 113 LTF).
1.2 Comme pour tous les recours au Tribunal fédéral, cette voie de droit suppose, par renvoi de l'art. 117 LTF, que l'on soit en présence d'une décision sujette à recours au sens des art. 90 ss LTF. En principe, les décisions de renvoi à l'autorité inférieure, sous réserve des cas où elles ne laissent à cette dernière plus aucune marge de manoeuvre (ATF 134 II 126 consid. 1.3 p. 127 et les arrêts cités), ne sont pas considérées comme des décisions finales au sens de l'art. 90 LTF. Elles n'entrent pas davantage dans la catégorie des décisions partielles visées à l'art. 91 LTF, à moins que, parallèlement au renvoi, elles statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (sur la notion de décision partielle, cf. ATF 133 V 477 consid. 4.1.2 p. 480 s.; 133 III 629 consid. 2.1 p. 630). Elles ont généralement les caractéristiques de décisions incidentes, qui ne peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral qu'aux conditions des art. 92 ou 93 LTF (ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 127; 133 II 409 consid. 1.2 p. 411 s.).
Le jugement entrepris ne met pas fin à la procédure, mais renvoie la cause à la Commission d'examens pour qu'elle rende une nouvelle décision sur le résultat final de la session d'examens, après avoir permis à la recourante de répéter une branche d'examen. Le sort du litige demeure donc dans son ensemble indécis, car il n'est pas exclu qu'en fonction de cette nouvelle tentative, la recourante, qui avait échoué pour 0,1 point, obtienne finalement une moyenne de 4 lui permettant d'obtenir son CFC. Que l'arrêt attaqué confirme les notes décernées à la recourante dans les autres branches d'examen ne lui confère pas le caractère d'une décision partielle: ces notes ne sont en effet pas dissociables de la nouvelle note qu'obtiendra la recourante dans la branche d'examen qu'elle va repasser, en ce sens qu'elles forment ensemble la moyenne. L'arrêt attaqué entre donc dans la catégorie des décisions incidentes.
1.3 Dès l'instant où, comme décision incidente, le jugement attaqué ne porte pas sur la compétence ou sur une demande de récusation (cf. art. 92 LTF), il ne peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si l'une des deux conditions posées par l'art. 93 al. 1 LTF est réalisée. En d'autres termes, il faut soit que le jugement attaqué cause un préjudice irréparable (let. a; cf. ATF 133 III 629 consid. 2.3 p. 632 s.), soit que l'admission du recours conduise immédiatement à une décision finale qui permette d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b; cf. ATF 133 III 629 consid. 2.4 p. 633 s.).
1.3.1 En l'espèce, le renvoi se limite à permettre à la recourante de repasser une matière de son examen de fin d'apprentissage, sans qu'une procédure probatoire longue et coûteuse soit en jeu, ce qui exclut d'emblée l'hypothèse visée à l'art. 93 al. 1 let. b LTF.
1.3.2 Reste l'éventualité d'un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF. Pour être qualifié de tel, le préjudice doit causer un inconvénient de nature juridique. Tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable au recourant ne le ferait pas disparaître entièrement. En revanche, un dommage de pur fait, tel un prolongement de la procédure, n'est pas considéré comme un dommage irréparable (ATF 133 V 645 consid. 2.1 p. 647). Le renvoi à l'autorité précédente pour qu'elle complète ou précise sa position et rende une nouvelle décision ne cause en principe pas non plus de préjudice irréparable (ATF 133 V 477 consid. 5.2.2 p. 483, 645 consid. 2.1 p. 647; 133 IV 139 consid. 4 p. 141; 133 III 188 consid. 2.2 p. 191). Il appartient au recourant, sous peine d'irrecevabilité, d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision préjudicielle ou incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 134 III 188 consid. 2.1 p. 190; 133 III 629 consid. 2.3.1).
En l'espèce, la recourante soutient que, comme le renvoi ne porte que sur la possibilité de repasser une branche d'examen, elle est définitivement empêchée de faire valoir les griefs soulevés en procédure cantonale, en particulier ceux sur lesquels le Tribunal administratif a omis de se prononcer en violation de son droit d'être entendue. Une telle position ne peut être suivie. En effet, dans le cadre d'un recours contre une décision finale, il est possible, en vertu de l'art. 93 al. 3 LTF, de remettre en cause les décisions incidentes prises précédemment, en particulier les décisions de renvoi statuant sur des griefs invoqués par la partie recourante (ATF 134 III 188 consid. 2.2 p. 191; arrêt 2C_420/2008 du 3 février 2009 consid. 4.4). Les griefs litigieux pourront donc, si nécessaire, ultérieurement être soumis au Tribunal fédéral. Toutefois, il est possible que le moyen tiré de la violation du droit d'être entendu perde tout objet si le Tribunal administratif, amené à rendre une décision finale, devait prendre position sur l'ensemble des arguments de la recourante, y compris sur ceux qu'il avait omis d'examiner dans sa première décision (incidente). En outre, la recourante semble perdre de vue que, selon la note qu'elle réalisera à la branche d'examen qu'elle va refaire, il n'est pas exclu qu'elle obtienne son CFC à l'issue de la procédure de renvoi, ce qui mettrait alors fin à la procédure, sans que le Tribunal fédéral n'ait à en connaître. La condition du préjudice irréparable n'est ainsi pas réalisée.
Il en découle que le jugement attaqué ne remplit pas les conditions posées à l'art. 93 al. 1 LTF pour ouvrir le recours au Tribunal fédéral contre une décision incidente.
1.4 La recourante invoque encore l'art. 94 LTF, qui permet de recourir au Tribunal fédéral pour déni de justice et retard injustifié. Cette disposition suppose toutefois que la juridiction saisie ne se soit pas prononcée. Elle n'est pas applicable dès qu'une décision a été rendue (cf. arrêt 1B_32/2007 du 18 juin 2007 consid. 1). L'art. 94 LTF ne permet ainsi pas de se plaindre du défaut de motivation d'une décision judiciaire existante. La recourante ne peut donc fonder son recours sur l'art. 94 LTF pour s'en prendre à la motivation du jugement incident du 24 novembre 2008.
Dans ces circonstances, le recours doit être déclaré irrecevable.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les frais seront mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Commission cantonale des examens de fin d'apprentissage, à la Direction de l'instruction publique et à la Cour des affaires de langue française du Tribunal administratif du canton de Berne.
Lausanne, le 18 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Addy