Sachverhalt:
A. A.a A._ wurde 1972 in Kolumbien geboren und reiste 1981 zur Adoption in die Schweiz ein. Von Mai 1982 bis Juni 1989 besuchte er die Kleinklasse im Schulheim C._. Ab August 1989 absolvierte er in der Ausbildungsstätte D._ die Schreiner-Anlehre (nach der Einbürgerung 1990 im Rahmen einer Eingliederungsmassnahme der Invalidenversicherung). Im August 1992 trat A._ eine Stelle als Hilfsschreiner in der Möbelfabrik E._ AG an. Mit Verfügung vom 10. September 1992 sprach ihm die Ausgleichskasse des Kantons Bern ab 1. August 1992 bei einem Invaliditätsgrad von 42 % eine Viertelsrente zu; mit Verfügung vom 8. Februar 1993 hob sie diese auf Ende März 1993 auf, weil der Versicherte ab 1. Januar 1993 ein höheres Einkommen erzielte.
Mit Schreiben vom 3. Februar 2000 wurde A._ die Stelle in der Möbelfabrik fristlos auf Ende Januar 2000 gekündigt. Im IV-Fragebogen für den Arbeitgeber (vom 10. Januar 2003) wurden als Gründe für die Entlassung "psychische Probleme" und "Arbeitsverweigerung" angegeben. A._ arbeitete danach als Officemitarbeiter bei der M._ AG (vom 1. bis 30. November 2001) und dann in befristeter Anstellung als Betriebsmitarbeiter in der Abwaschküche des Betriebes U._ (vom 11. März bis 31. Mai 2002 mit vollem Pensum und vom 29. Oktober 2002 bis 7. Februar 2003 drei Stunden täglich).
A.b Am 13. Dezember 2002 stellte A._ Antrag auf Ausrichtung einer Invalidenrente. Die IV-Stelle Bern lehnte dies mit Verfügung vom 16. April 2003 ab, weil eine Invalidität nicht ausgewiesen sei. Mit Einspracheentscheid vom 17. November 2003 beschloss sie weitere Abklärungen. Sie beauftragte Dr. phil. S._, Neuropsychologie und Psychotherapie FSP, mit einer neuropsychologischen Untersuchung und Beurteilung (Gutachten und Ergänzung vom 15. März 2004 und 11. Mai 2004).
A.c Mit Verfügung vom 19. Mai 2004 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren bei einem Invaliditätsgrad von 20 % erneut ab, beschloss jedoch mit Einspracheentscheid vom 10. August 2004 weitere Abklärungen über die berufliche Kompetenz und Eingliederungsmassnahmen.
A.d Vom 4. Juli 2005 bis 3. Oktober 2005 fand in der Stiftung G._ eine berufliche Abklärung statt. Aufgrund einer Empfehlung der Stiftung G._ und auf entsprechenden Antrag der IV-Abteilung für berufliche Eingliederung schloss sich ein 3-monatiges Arbeitstraining mit externem Praktikum in der Kantine des Pflegezentrums I._ an (Berichte Stiftung G._ vom 14. September 2005 und 15. Dezember 2005). Am 6. Februar 2006 trat A._ in der Arbeits- und Wohngemeinschaft K._ eine 70 %-Stelle mit Wirkungsfeld "Reinigungsarbeiten in und ums Haus, Abwaschen und Mitarbeit beim Kochen" an. Die IV-Stelle ermittelte nun einen Invaliditätsgrad von 32 % und wies das Rentenbegehren mit Verfügung vom 7. April 2006 und Einspracheentscheid vom 25. April 2007 erneut ab.
B. Die von A._ erhobene Beschwerde mit dem Antrag auf Rückweisung der Sache zur Vornahme medizinischer Abklärungen und zum Neuentscheid über den Rentenanspruch wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 11. Juli 2008 ab.
C. A._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und ersucht um Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab Dezember 2001; ferner beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege.
Die Verwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde; Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht, wozu auch die unvollständige Tatsachenermittlung zählt.
2. Streitig ist der Anspruch auf eine Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt.
3. Es steht fest, dass der Beschwerdeführer nicht an einem körperlichen Gebrechen leidet; umstritten ist, ob ein eingeschränktes geistiges Leistungsvermögen die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit in einer für den Rentenanspruch erheblichen Weise beeinträchtigt.
3.1 Die Vorinstanz verneint dies mit der Begründung, die festgestellte Leistungsschwäche habe keinen Krankheitswert. Sie stützt sich auf den Experten Dr. phil. S._, der beim Beschwerdeführer eine leichte Intelligenzminderung diagnostizierte und die Leistungsfähigkeit auf 80-90 % (bei einem 100 %-Pensum) festlegte, wobei er zunächst bemerkte, ein solcher Arbeitsplatz könne nur in geschütztem Rahmen realisiert werden. Nach der Intervention des IV-Stellen-Arztes, wonach die Leistungsschwäche die Folge soziokultureller Umstände sei, relativierte Dr. phil. S._ seine ursprüngliche Aussage und räumte ein, es seien hier nicht zu berücksichtigende Gründe (mangelhafte Sprachkenntnisse; schlechte Integration), die einen geschützten Arbeitsplatz indizierten.
3.2 Der Beschwerdeführer hält dagegen, er sei in seiner Leistungsfähigkeit keineswegs durch invaliditätsfremde Gründe eingeschränkt, da er seit dem 10. Altersjahr in der Schweiz lebe und hier integriert sei; wenn er trotzdem nicht in der Lage sei, einen Test in deutscher Sprache zu absolvieren, müsse dies mit krankheitswertigen Beeinträchtigungen zu tun haben. In der Tat ist die Sachlage unklar. Zwar liegt mit den beiden Berichten der Stiftung G._ die gemäss Rz. 1011 des Kreisschreibens über Invalidität und Hilflosigkeit [KSIH] erforderliche objektive Beschreibung der Auswirkungen der Intelligenzminderung des Versicherten auf sein Verhalten, auf die berufliche Tätigkeit, die normalen Tätigkeiten des täglichen Lebens und das soziale Umfeld vor (vgl. Urteil I 775/06 vom 14. August 2007, E. 5.2). Die eingeschränkte geistig-psychische Leistungsfähigkeit ist jedoch medizinisch nicht genügend abgeklärt. Angesichts der in früher Kindes- und Jugendzeit erlittenen traumatisierenden Erlebnisse und den offensichtlich eingeschränkten psychischen Ressourcen in Verbindung mit der aktenmässig belegten Tatsache, dass der Beschwerdeführer nach erfolgter beruflicher Eingliederung in der Arbeitswelt mit den Anforderungen nur knapp Schritt halten konnte, haben Verwaltung und Vorinstanz durch die Unterlassung der Einholung eines psychiatrischen Fachgutachtens den Sachverhalt unvollständig festgestellt (E. 1). Die Sicht des IV-Arztes, der Beschwerdeführer habe mit der Störung sieben Jahre gut gearbeitet, lässt ausser Acht, dass es bei dieser Anstellung immer wieder zu kritischen Situationen kam und dass an deren Ende die Entlassung wegen psychischer Probleme und Arbeitsverweigerung stand. In allen späteren Anstellungen hat er jeweils von Beginn weg oder nach kurzer Zeit das Pensum reduziert oder reduzieren müssen, wobei nicht geklärt ist, wieweit dafür gesundheitliche Gründe verantwortlich sind. Die Sache ist zur Einholung eines unabhängigen psychiatrischen Administrativgutachtens an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und dem Beschwerdeführer die Parteikosten zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist demzufolge gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 11. Juli 2008 und der Einspracheentscheid der IV-Stelle Bern vom 25. April 2008 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle Bern zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz