Sachverhalt:
A. Das Strafdreiergericht Basel-Stadt erklärte Y._ mit Urteil vom 14. September 2005 der Veruntreuung, der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung, der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung, der mehrfachen Urkundenfälschung, der mehrfachen Urkundenunterdrückung sowie der Misswirtschaft schuldig und verurteilte ihn zu 2 1⁄2 Jahren Gefängnis. Ferner erklärte es die am 4. Juni 1996 vom Strafdreiergericht Basel-Stadt gegen ihn mit einer Probezeit von 3 Jahren bedingt ausgesprochene Strafe von 18 Monaten Gefängnis für vollziehbar.
Auf Appellation von Y._ hin, bestätigte der Ausschuss des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt das erstinstanzliche Urteil im Schuldpunkt und verurteilte Y._ zu 2 1⁄2 Jahren Freiheitsstrafe. Von der Vollstreckung der am 4. Juni 1996 vom Strafdreiergericht Basel-Stadt bedingt ausgesprochenen Vorstrafe sah es in Abänderung des erstinstanzlichen Urteils ab.
B. Y._ führt Beschwerde beim Bundesgericht, mit der er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei er von der Anklage der Misswirtschaft sowie der ungetreuen Geschäftsbesorgung zu Lasten der A._ Group AG freizusprechen. In den übrigen Punkten sei er schuldig zu erklären und zu einer Freiheitsstrafe von maximal 24 Monaten unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs bei einer Probezeit von 5 Jahren zu verurteilen. Bezüglich der Nichtvollziehbarkeitserklärung der Vorstrafe sei das angefochtene Urteil zu bestätigen. Ferner ersucht Y._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
C. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen.
Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung der kantonalen Ausstandsbestimmungen und sinngemäss der verfassungsmässigen Garantie des unabhängigen und unparteiischen Gerichts im Sinne von Art. 30 Abs. 1 BV. Er macht geltend, beim angefochtenen Urteil habe als Ersatzrichter lic. iur. P._ mitgewirkt. Dieser sei im Hauptberuf Rechtsanwalt und führe unter anderem zusammen mit O._ ein Advokaturbüro in Basel. Sein Büropartner habe mit Schreiben vom 27. August 2002 gegen ihn (den Beschwerdeführer) die Strafanzeige eingereicht, welche Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bilde. Die Beteiligung von Ersatzrichter lic. iur. P._ verletze daher § 42 Ziff. 6 des Gesetzes betreffend Wahl und Organisation der Gerichte sowie der Arbeitsverhältnisse des Gerichtspersonals und der Staatsanwaltschaft (Gerichtsorganisationsgesetz, GOG; Beschwerde S. 3 f.).
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung der kantonalen Ausstandsbestimmungen und sinngemäss der verfassungsmässigen Garantie des unabhängigen und unparteiischen Gerichts im Sinne von Art. 30 Abs. 1 BV. Er macht geltend, beim angefochtenen Urteil habe als Ersatzrichter lic. iur. P._ mitgewirkt. Dieser sei im Hauptberuf Rechtsanwalt und führe unter anderem zusammen mit O._ ein Advokaturbüro in Basel. Sein Büropartner habe mit Schreiben vom 27. August 2002 gegen ihn (den Beschwerdeführer) die Strafanzeige eingereicht, welche Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bilde. Die Beteiligung von Ersatzrichter lic. iur. P._ verletze daher § 42 Ziff. 6 des Gesetzes betreffend Wahl und Organisation der Gerichte sowie der Arbeitsverhältnisse des Gerichtspersonals und der Staatsanwaltschaft (Gerichtsorganisationsgesetz, GOG; Beschwerde S. 3 f.).
1.2 1.2.1 Nach der in Art. 30 Abs. 1 BV festgeschriebenen Garantie des verfassungsmässigen Richters hat jede Person, deren Sache in einem gerichtlichen Verfahren beurteilt werden muss, u.a. Anspruch auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht (vgl. auch Art. 58 Abs. 1 aBV; Art. 6 Ziff. 1 EMRK). Die Garantie stellt sicher, dass keine sachfremden, ausserhalb des Prozesses liegenden Umstände in sachwidriger Weise zugunsten oder zulasten einer Partei auf das gerichtliche Urteil einwirken.
Die Befangenheit bezeichnet einen inneren Zustand, der einem Beweis kaum zugänglich ist. Dass die Gerichtsperson tatsächlich befangen ist, ist auch gar nicht erforderlich. Die Ablehnung eines Richters setzt daher nicht den tatsächlichen Nachweis seiner Befangenheit voraus. Die Garantie ist schon verletzt, wenn bei objektiver Betrachtungsweise Umstände vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Tatsachen, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit eines Richters zu erwecken, können entweder in einem bestimmten persönlichen Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äusseren Gegebenheiten, wozu auch funktionelle oder verfahrensorganisatorische Gesichtspunkte gehören, begründet sein (BGE 134 I 20 E. 4.2 und 238 E. 2.1; 133 I 1 E. 6.2; 131 I 24 E. 1 und 113 E. 3.4 je mit weiteren Hinweisen).
1.2.2 Gemäss § 74 i.V.m. § 42 Abs. 1 Ziff. 6 GOG/BS ist ein Richter, Ersatzrichter und Mitarbeiter der Gerichte bei Behandlung und Entscheidung einer Sache im Austritt, wenn eine Person, mit welcher er gemeinschaftlich ein Geschäft betreibt oder in deren Lohn oder Dienst er steht, beteiligt ist.
1.3 Ein als nebenamtlicher Richter amtierender Anwalt erscheint nach der Rechtsprechung objektiv als befangen, wenn er für eine Partei ein noch offenes Mandat führt bzw. ein solches erst vor kurzem abgeschlossen hat (BGE 116 Ia 485 E. 3b) oder wenn er für eine Partei mehrmals anwaltlich tätig geworden ist, so dass zwischen ihm und seinem Mandanten eine Dauerbeziehung besteht (BGE 116 Ia 135 E. 3c). Dasselbe gilt, wenn ein solches Vertretungsverhältnis zu der Gegenpartei im anderen Verfahren besteht bzw. bestand (BGE 135 I 14 E. 4.3). Ferner hat das Bundesgericht Befangenheit auch im Fall eines nebenamtlichen Richters bejaht, wenn dieser an einem Urteil mitwirkt, das sich in einem anderen, noch hängigen Verfahren, in welchem er als Parteivertreter auftritt, als Präjudiz zugunsten seines Klienten auswirken kann (BGE 124 I 121 E. 3b und c; vgl. zum Ganzen Müller/Schefer, Grundrechte in der Schweiz, 4. Aufl., Bern 2008, S. 945 ff.; Steinmann, in: Ehrenzeller/Mastronardi/Schweizer/Vallender, Die Schweizerische Bundesverfassung - Kommentar, 2. Auflage, 2008, Art. 30 BV N 10).
Für die Frage der Unparteilichkeit des Gerichts ist nicht nur das Verhältnis zur Partei selber, sondern auch dasjenige zum Parteivertreter zu prüfen (vgl. BGE 92 I 271 E. 4). Nach der Rechtsprechung des EGMR erscheint ein nebenamtlicher Richter, der als Anwalt zusammen mit einem vorinstanzlichen Richter eine Bürogemeinschaft betreibt, noch nicht als befangen, solange jedenfalls im Rahmen der betreffenden Anwaltsgemeinschaft weder eine finanzielle Abhängigkeit noch eine enge Freundschaft besteht (BGE 133 I 1 E. 6.4 mit Hinweis auf das Urteil i.S. Steck-Risch u.a. gegen Liechtenstein vom 19. Mai 2005, Ziff. 46; Sutter, Der Anwalt als Richter, die Richterin als Anwältin - Probleme mit der richterlichen Unabhängigkeit und den anwaltlichen Berufsregeln, AJP 2006, S. 35; Breitenmoser/Spori Fedail, in: Waldmann/Weissenberger, Praxiskommentar VwVG, Art. 10 N 67).
1.4 Der Umstand, dass ein im Hauptberuf als Anwalt tätiger Ersatzrichter in einem Strafverfahren mitwirkt, welches durch eine von seinem Büropartner eingereichte Strafanzeige eingeleitet worden ist, erscheint im Lichte der verfassungsmässigen Garantie auf einen unbefangenen Richter nicht von vornherein als unproblematisch. Dabei ist ohne Bedeutung, dass der Büropartner nicht in eigenem Namen, sondern als Rechtsvertreter der Geschädigten Anzeige stellt, zumal der anwaltliche Vertreter der Gegenpartei für viele Parteien oftmals ebenso als Gegner wahrgenommen wird wie die Gegenpartei selbst (BGE 135 I 14 E. 4.3). Doch vermag der Umstand, dass der Ersatzrichter mit dem Rechtsvertreter der Anzeigestellerin eine Bürogemeinschaft führt, für sich allein noch keine Besorgnis der Befangenheit zu begründen. Der Anschein der Unparteilichkeit ist erst zu bejahen, wenn weitere Anhaltspunkte hinzutreten. Solche sind im zu beurteilenden Fall nicht ersichtlich.
Der Verurteilung des Beschwerdeführers liegen drei Sachverhalte zugrunde. Hinsichtlich des ersten dieser Sachverhalte hat der Büropartner des Ersatzrichters lic. iur. P._ im Auftrag der Geschädigten gegen den Beschwerdeführer Strafanzeige wegen Urkundenfälschung, qualifizierter Veruntreuung und ungetreuer Geschäftsbesorgung erhoben (Untersuchungsakten S. 410 ff.). In Bezug auf diesen Tatkomplex hat der Beschwerdeführer den vom Strafgericht erstellten Sachverhalt und die erstinstanzlichen Schuldsprüche der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung, der ungetreuen Geschäftsbesorgung sowie der Urkundenfälschung im vorinstanzlichen Verfahren anerkannt. Die von ihm geführte Appellation richtete sich in diesem Punkt lediglich noch gegen den Schuldspruch der mehrfachen Urkundenunterdrückung, wobei er geltend macht, dieser Tatbestand werde durch denjenigen der Urkundenfälschung konsumiert (angefochtenes Urteil S. 3 f.; Vernehmlassung des Appellationsgerichts S. 2 f.). Da mithin im zweitinstanzlichen Verfahren nurmehr die Rechtsfrage der Konkurrenz zwischen den beiden Urkundendelikten zur Beurteilung stand, kann angenommen werden, der Ersatzrichter sei in dieser Hinsicht trotz des Umstands, dass sein Büropartner Strafanzeige eingereicht hat, in der Lage gewesen, in der Strafsache gegen den Beschwerdeführer unvoreingenommen zu urteilen, zumal in der Strafanzeige eine Beurteilung des Sachverhalts unter dem Gesichtspunkt der Urkundenunterdrückung nicht beantragt wurde. Zudem weist die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung darauf hin, dass der Ersatzrichter lic. iur. P._ und der Vertreter der Anzeigestellerin lediglich eine Bürogemeinschaft auf der Basis einer Unkostengemeinschaft bilden, so dass zwischen ihnen weder in beruflicher noch in finanzieller Hinsicht eine Abhängigkeit besteht (Vernehmlassung des Appellationsgerichts, S. 2). Aus einer derart organisierten Bürogemeinschaft lässt sich auch noch nicht auf eine besonders enge Freundschaft zwischen den beiden Partnern schliessen, welche allenfalls Zweifel an der Unbefangenheit zu erwecken vermöchte. Die vorliegende Konstellation ist somit nicht geeignet, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Ersatzrichters zu begründen, so dass der Anschein der Befangenheit verneint werden kann.
Bei dieser Sachlage kommt dem Umstand, dass die Anzeigestellerin zum Zeitpunkt des vorinstanzlichen Verfahrens von Amtes wegen aufgelöst war, so dass weder sie noch ihr damaliger Vertreter ein eigenes Interesse am Strafverfahren gehabt haben, entgegen der Auffassung der Vorinstanz (Vernehmlassung des Appellationsgerichts, S. 2), keine Bedeutung zu.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet. Damit kann offen bleiben, ob dem Beschwerdeführer bzw. seinem Verteidiger anlässlich der vorinstanzlichen Hauptverhandlung der gerügte Sachverhalt vollumfänglich hat bewusst sein müssen (Vernehmlassung des Appellationsgerichts, S. 3) und dass das Ausstandsgesuch mithin rechtzeitig gestellt worden ist.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer wendet sich im Weiteren gegen die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz. Jene kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV (BGE 133 II 249 E. 1.2.2) ist oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG). Dabei liegt Willkür nach ständiger Rechtsprechung nicht schon vor, wenn eine andere Lösung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen ist, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 134 I 140 E. 5.4; 132 I 175 E. 1.2 mit weiteren Hinweisen). Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts prüft das Bundesgericht gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 134 II 244 E. 2.2; 133 II 249 E. 1.4.3; 130 I 258 E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2.2 Die Vorinstanz stellt in tatsächlicher Hinsicht fest, der Beschwerdeführer sei kollektiv zeichnungsberechtigter Vizepräsident des Verwaltungsrats der A._ Group AG mit Sitz in Emmeten/NW (im Folgenden A._ AG), der Tochterfirma einer finanzstarken türkischen Holding Gesellschaft gewesen. Am 21. Mai 2001 hätten er zusammen mit den Mitangeklagten X._ und Z._ die B._ AG in der Hoffnung gegründet, die A._ AG werde als Investor in die Firma einsteigen. Verwaltungsratpräsident der B._ AG sei der Beschwerdeführer geworden. Der Zweck und das Ziel der Gründung der B._ AG seien die ausschliessliche Geschäftstätigkeit für die A._ AG gewesen, wofür ein Softwareprogramm habe entwickelt werden sollen. Die Mitangeklagten X._ und Z._ hätten hiefür ihre bisherigen, erfolgreichen beruflichen Tätigkeiten aufgegeben. Sie hätten Büroräumlichkeiten an der F._-Strasse 50/52 in Basel gemietet und Personal eingestellt. Der Beschwerdeführer habe in der Folge zwar kleinere Zahlungen über insgesamt Fr. 130'000.-- an die B._ AG geleistet, wofür er unrechtmässig Mittel einer anderen Gesellschaft, deren Verwaltungsrat und Geschäftsführer er war, verwendet habe. Der von ihm in Aussicht gestellte Betrag über mehrere Millionen Franken sei jedoch ausgeblieben.
In der Folge habe der Beschwerdeführer zwei Dokumente mit der gefälschten Unterschrift des Verwaltungsratspräsidenten der A._ AG unterzeichnet. Laut einem Krediteröffnungsvertrag vom 20. August 2001 habe sich die Gesellschaft verpflichtet, der B._ AG einen Kredit bis zur Höhe von 3 Millionen Franken zu gewähren, der halbjährlich mit 9 % p.a. zu verzinsen gewesen wäre. Mit der Auftragserteilung/Bestellung vom 3. Dezember 2001 habe die A._ AG sodann bestätigt, von der B._ Leistungen im Wert von über Fr. 8'285'000.-- beziehen zu wollen. Als Sicherheit für den pränumerando zu erfüllenden Auftrag habe ein notariell beglaubigtes Grundpfand auf der Beteiligung der A._ AG an zwei Schlachthöfen ihrer Tochtergesellschaften E._ Belgien und E._ Frankreich dienen sollen, wobei sich nach einer Inspektion durch die Mitangeklagten X._ und Z._ im Januar 2002 herausgestellt habe, dass sich das geplante Vorgehen nicht verwirklichen liess (Anklageschrift Ziff. I.2.1.2).
In der Folge habe der Beschwerdeführer zwei Dokumente mit der gefälschten Unterschrift des Verwaltungsratspräsidenten der A._ AG unterzeichnet. Laut einem Krediteröffnungsvertrag vom 20. August 2001 habe sich die Gesellschaft verpflichtet, der B._ AG einen Kredit bis zur Höhe von 3 Millionen Franken zu gewähren, der halbjährlich mit 9 % p.a. zu verzinsen gewesen wäre. Mit der Auftragserteilung/Bestellung vom 3. Dezember 2001 habe die A._ AG sodann bestätigt, von der B._ Leistungen im Wert von über Fr. 8'285'000.-- beziehen zu wollen. Als Sicherheit für den pränumerando zu erfüllenden Auftrag habe ein notariell beglaubigtes Grundpfand auf der Beteiligung der A._ AG an zwei Schlachthöfen ihrer Tochtergesellschaften E._ Belgien und E._ Frankreich dienen sollen, wobei sich nach einer Inspektion durch die Mitangeklagten X._ und Z._ im Januar 2002 herausgestellt habe, dass sich das geplante Vorgehen nicht verwirklichen liess (Anklageschrift Ziff. I.2.1.2).
2.3 2.3.1 Der Beschwerdeführer wendet sich zunächst gegen den Schuldspruch der ungetreuen Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ AG. Er bringt vor, das bei der Migrosbank neu eröffnete Konto hätte auf die A._ AG lauten sollen. Er habe keine Kenntnis davon gehabt, dass der Mitangeklagte X._ ein Konto für die B._ AG und nicht wie vereinbart für die A._ AG eröffnet habe. Es habe keinerlei Grund dafür bestanden, für die B._ AG ein weiteres Euro-Konto bei der Migrosbank zu eröffnen, da diese Gesellschaft bei der Migrosbank bereits über ein solches verfügt habe. Er habe daher nicht wissen können, dass der A._ AG in Folge seines durch ihn erteilten Überweisungsauftrages Geld entzogen würde (Beschwerde S. 4 f.).
2.3.2 Die Vorinstanz stellt in tatsächlicher Hinsicht fest, die A._ AG habe auf Ende Januar 2002 die Rückzahlung von DEM 1 Mio. auf ihr Konto bei der Crédit Lyonnais in Basel erwartet. Der Beschwerdeführer habe darauf den Mitangeklagten X._ veranlasst, für die A._ AG bei der Migrosbank, bei welcher die B._ AG bereits Kundin gewesen sei, ein Konto zu eröffnen. In der Folge habe er die zuständige Bank Austria in Wien angewiesen, den Betrag auf das Konto bei der Migrosbank zugunsten der A._ AG zu überweisen. Das vom Mitangeklagten X._ eröffnete Konto habe in Wirklichkeit indes auf die B._ AG gelautet und habe lediglich den Untertitel "A._ Group AG" getragen. In der Folge sei der eingegangene Betrag von ? 511'291.88 auf Weisung des Mitangeklagten X._ nicht dem neu eröffneten Konto, sondern dem regulären Eurokonto der B._ AG gutgeschrieben worden, für welches der Beschwerdeführer keine Unterschriftsberechtigung gehabt habe. Die Mitangeklagten Z._ und X._ hätten in der Folge bis zum 30. Januar 2002 ? 273'950.69 für Zahlungen zugunsten der B._ AG abgezogen (angefochtenes Urteil S. 14).
Die Vorinstanz nimmt in Übereinstimmung mit der ersten Instanz an, die Behauptung des Beschwerdeführers, wonach er den Mitangeklagten X._ angewiesen habe, ein Konto für die A._ AG zu eröffnen, dieser aber eigenmächtig und verabredungswidrig ein Konto für die B._ AG eröffnet habe, sei eine reine Schutzbehauptung. Der Mitangeklagte X._ habe gar keine Möglichkeit gehabt, für die A._ AG, in welcher er keinerlei Funktion bekleidet und weder über eine Unterschriftsberechtigung noch über eine Handlungsbevollmächtigung verfügt habe, ein Konto bei der Migrosbank zu eröffnen. Dies habe dem Beschwerdeführer mit seiner Berufserfahrung bewusst sein müssen. Im Weiteren stützt sich die Vorinstanz auf die Aussagen des Verwaltungsratspräsidenten sowie des Verwaltungsrats der A._ AG und nimmt an, die Mitangeklagten Z._ und X._ hätten aus anderem Zusammenhang Kenntnis von der erwarteten Zahlung aus Österreich gehabt und den Beschwerdeführer unter Druck gesetzt, dass dieses Geld endlich in die B._ AG fliessen solle. Aufgrund dieser Umstände kommt sie zum Schluss, der Beschwerdeführer habe dem Mitangeklagten X._ die Anweisung erteilt, das der A._ AG zustehende Geld auf ein Konto der B._ AG umzuleiten (angefochtenes Urteil S. 15 f.; erstinstanzliches Urteil S. 19 f.).
2.3.3 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten (BGE 134 II 244 E. 2.1). Nach den strengeren Begründungsanforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG muss die Beschwerdeschrift die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2).
Der Beschwerdeführer setzt sich mit der Begründung der Vorinstanz nicht auseinander. Er hätte darlegen müssen, inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unhaltbar sein und die vorhandenen Beweise andere Schlussfolgerungen geradezu aufdrängen sollen. Dies hat er indes nicht getan. Er beschränkt sich darauf, seine schon in der schriftlichen Appellationsbegründung zu den angefochtenen Punkten vorgetragene Sichtweise der Verhältnisse zu wiederholen (vgl. Akten App.Ger. act. 807 f.) und auf die Aussagen der Beteiligten in den Verfahrensakten zu verweisen. Damit erschöpfen sich seine Ausführungen weitgehend in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil. Es mag zutreffen, dass eine Würdigung der Beweise, wie sie der Beschwerdeführer als richtig ansieht, ebenso in Betracht gezogen werden könnte oder gar vorzuziehen wäre, doch genügt dies - wie ausgeführt - nicht, um Willkür darzutun.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet, soweit sie überhaupt den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG genügt.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet, soweit sie überhaupt den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG genügt.
2.4 2.4.1 Der Beschwerdeführer beanstandet sodann den Schuldspruch wegen Misswirtschaft. Er sei für die Geschäftsführung der B._ AG nicht zuständig gewesen. Das Anmieten von repräsentativen Geschäftsräumlichkeiten und die Anstellung von Personal habe nicht in seinem Aufgabenbereich als Verwaltungsratspräsident der B._ AG gelegen. Über die Entscheidungen der Geschäftsleitung in diesem Bereich sei er jeweils erst nachträglich informiert worden. Zudem gehe die Vorinstanz zu Unrecht davon aus, es habe lediglich die A._ AG als potentielle und aus seiner Sicht gar erfundene Kundin gegeben. In den Businessplänen der B._ AG hätten zahlreiche Kunden figuriert. In der Übersicht der offenen Aufträge vom 7. September 2001 sei die A._ AG nicht einmal aufgeführt (Beschwerde S. 5).
2.4.2 Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer sei zugleich Verwaltungsratspräsident der B._ AG wie auch Verwaltungsratsvizepräsident der A._ AG gewesen und habe gewusst, dass die A._ AG keinerlei Interesse an der von der B._ AG entwickelten Software gehabt habe. Trotzdem habe er die B._ AG mitgegründet und mit einem absolut unverhältnismässigen Aufwand die Zahlungsunfähigkeit der Gesellschaft herbeigeführt. Das Strafgericht habe ihn daher zu Recht der Misswirtschaft im Sinne von Art. 164 StGB schuldig gesprochen (angefochtenes Urteil S. 20).
2.4.3 Der Beschwerdeführer setzt sich auch in diesem Punkt nicht mit der Begründung des angefochtenen Urteils auseinander. Dass die A._ AG nicht die einzige Kundin der B._ AG gewesen sein soll, ändert an den Ausführungen der Vorinstanz nichts. Im Übrigen beschränkt sich der Beschwerdeführer in diesem Punkt darauf, pauschal auf die Akten zu verweisen. Es ist indes nicht Sache des Bundesgerichts, selbst in den Akten nach den entsprechenden Belegen zu forschen.
Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet, soweit auf sie eingetreten werde kann.
Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet, soweit auf sie eingetreten werde kann.
2.5 2.5.1 Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, aufgrund seiner Erkrankung habe er seine berufliche Tätigkeit weitgehend eingestellt. Er sei zu 100 % arbeitsunfähig. Es lägen daher besonders günstige Umstände gemäss Art. 42 Abs. 2 StGB vor, so dass ihm für die ausgesprochene Strafe der bedingte Strafvollzug zu gewähren sei (Beschwerde S. 5).
2.5.2 Wie sich aus den vorstehenden Erwägungen ergibt, vermindert sich der den Beschwerdeführer treffende Schuldvorwurf nicht. Es besteht daher kein Anlass, von dem von der Vorinstanz für die Freiheitsstrafe festgelegten Strafmass von 2 1⁄2 Jahren abzuweichen, zumal sich der Beschwerdeführer hiegegen auch nicht explizit wendet. Damit fällt die Gewährung des vollumfänglich bedingten Strafvollzuges, den Art. 42 Abs. 1 StGB nur für den Vollzug von Freiheitsstrafen bis zu höchstens zwei Jahren erlaubt, von vornherein ausser Betracht. Einen teilweisen Aufschub des Vollzugs im Sinne von Art. 43 Abs. 1 StGB schliesst die Vorinstanz aus. Dem Beschwerdeführer müsse aufgrund des Umstands, dass er bereits im Zeitraum von 1987 bis 1992 einschlägig delinquiert habe und nur ein Jahr nach dem Urteilsspruch wieder rückfällig geworden sei, eine schlechte Prognose gestellt werden. Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers führe auch der Umstand, dass er aus gesundheitlichen Gründen nicht mehr in der Lage sei, einer Erwerbstätigkeit nachzugehen, nicht zu einer günstigen Prognose, was sich daraus ergebe, dass zum Zeitpunkt der zweitinstanzlichen Verhandlung gegen ihn eine weitere Anklage wegen Betruges und Urkundenfälschung vorgelegen habe (angefochtenes Urteil S. 22).
2.5.3 Mit dieser Begründung setzt sich der Beschwerdeführer ebenfalls nicht auseinander. Die Vorinstanz hat in diesem Punkt die wesentlichen Komponenten zutreffend gewürdigt. Dass sie dabei von rechtlich nicht massgeblichen Gesichtspunkten ausgegangen wäre oder wesentliche Gesichtspunkte nicht berücksichtigt hätte, ist nicht ersichtlich. Zu Recht verneint hat sie das Vorliegen besonders günstiger Umstände gemäss Art. 42 Abs. 2 StGB, zumal das zu beurteilende strafbare Verhalten kein anderes Muster zeigt, als dasjenige, welches zur früheren Verurteilung geführt hat. Ausserdem kann hier ganz offensichtlich auch in der zum Zeitpunkt des vorinstanzlichen Urteils eingetretenen Erwerbsunfähigkeit des Beschwerdeführers nicht ein besonders günstiger Umstand erblickt werden, welcher trotz der früheren Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe von mehr als 6 Monaten die Gewährung des bedingten Strafvollzuges erlauben würde.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet, soweit auf sie einzutreten ist.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet, soweit auf sie einzutreten ist.
2.6 2.6.1 Zuletzt wendet sich der Beschwerdeführer gegen die Verlegung der zweitinstanzlichen Verfahrenskosten. Die Abänderung des erstinstanzlichen Urteils in Bezug auf den Vollzug der Vorstrafe durch die Vorinstanz müsse bei der Kostenverteilung berücksichtigt werden (Beschwerde S. 6).
2.6.2 Die Verlegung der Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens bestimmt sich nach den Regeln des kantonalen Strafprozessrechts. Gemäss Art. 95 BGG ist die Anwendung einfachen kantonalen Rechts von der Überprüfung durch das Bundesgericht ausgenommen. Sie kann im Verfahren der Beschwerde an das Bundesgericht nur gerügt werden, wenn geltend gemacht wird, sie verletze gleichzeitig das Willkürverbot von Art. 9 BV.
Der Beschwerdeführer legt auch in diesem Punkt nicht dar, welche Rechtssätze in welcher Hinsicht durch das angefochtene Urteil verletzt worden sind. Auf die Beschwerde kann insofern nicht eingetreten werden.
3. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gemäss Art. 64 Abs. 1 BGG kann teilweise bewilligt werden, da von seiner Bedürftigkeit auszugehen und diese ausreichend belegt ist (vgl. BGE 125 IV 161 E. 4) und seine Beschwerde hinsichtlich der Ausstandsfrage nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG; vgl. BGE 124 I 304 E. 2 mit Hinweisen). Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird in diesem Umfang aus der Bundesgerichtskasse eine angemessene Entschädigung ausgerichtet (Art. 64 Abs. 2 BGG). Im Übrigen ist das Gesuch abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens mit einer reduzierten Gebühr (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seinen eingeschränkten finanziellen Verhältnissen kann bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr Rechnung getragen werden (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird teilweise gutgeheissen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Boog