Faits :
A.
Le 2 juin 1986, le Conseil d'Etat du canton de Genève a adopté le plan localisé de quartier n° 27770-540 (ci-après: le PLQ) couvrant un périmètre traversé par le chemin de Blandonnet, situé entre les routes de Pré-Bois et de Meyrin et les voies de chemin de fer Genève-Aéroport et Genève-La Plaine, dans la commune de Vernier. Situé en zone de développement 3, à proximité des citernes de stockage d'hydrocarbures de la société C._ SA, le PLQ prévoyait la réalisation successive de plusieurs bâtiments destinés à des activités de services avec un hôtel, un centre commercial et un parking souterrain. La réalisation de ce PLQ a donné lieu à la construction, entre 1995 et 2010, de trois immeubles par la société A._ SA. Le premier (immeuble DEF), propriété de D._; le second (immeuble ABC), propriété de B._ SA; le troisième (immeuble GHI) a fait l'objet de plusieurs autorisations. Le 2 juillet 2004, l'Etat de Genève et A._ SA ont passé une convention permettant de transférer, en faveur des deux parcelles concernées par l'immeuble GHI, une partie (soit 8'500 à 10'500 m2) des droits à bâtir des parcelles n° 3600 et 4618, situées à l'extrémité sud-est du secteur.
Le 1er mars 2011, A._ SA a déposé une demande préalable d'autorisation de construire un immeuble (ci-après: l'immeuble J) comprenant des locaux administratifs, une zone d'activité, un parking souterrain, une halte CFF, la couverture des voies ainsi qu'un hôtel sur les parcelles n° 3600 et 4618. Le projet, qui constitue la dernière phase de réalisation du PLQ, a par la suite été modifié notamment par la suppression de l'hôtel et de la halte CFF et la modification de l'accès au parking. Il comprend onze étages sur rez et rez supérieur. Le 27 avril 2012, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève (ci-après: le DALE) a accordé l'autorisation préalable.
B.
Cette autorisation a fait l'objet de recours de la part de D._, de B._ SA et de C._ SA. Par jugement du 30 janvier 2014, le Tribunal administratif de première instance (TAPI) a admis les recours et annulé l'autorisation de construire. Sous déduction de l'ensemble des surfaces brutes de plancher (SBP) déjà réalisées dans le PLQ, il restait un solde de 5'030 m2 sur les deux parcelles en cause, augmenté de 10% de bonus Minergie pour le bâtiment prévu et pour le bâtiment GHI (bonus non pris en compte lors de sa réalisation), soit 8'486 m2 au total alors que le bâtiment prévu était de 10'552 m2. En outre, l'affectation (commerciale au lieu d'hôtelière) et l'implantation différaient de celles prévues par le PLQ. Le projet ne pourrait être réalisé qu'après modification du PLQ, en tenant compte des exigences de l'ordonnance sur les accidents majeurs (OPAM, RS 814.012) et des directives du Conseil d'Etat sur les distances de sécurité avec les réserves d'hydrocarbures de C._ SA.
C.
Par arrêt du 16 décembre 2014, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours formé par A._ SA. Le projet présenté était suffisamment précis pour déterminer les SBP utilisées; cette question, qui concernait la conformité du projet au PLQ, devait donc être examinée au stade de la demande préalable. Considérant que la notion de SBP devait être définie par référence à la norme ORL 514 420 de l'Institut pour la planification locale, régionale et nationale de l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich, la cour cantonale a considéré que les façades "double peau" devaient être prises en compte, de même que l'ensemble des locaux affectés à l'habitation ou au travail. Contrairement au TAPI, la cour cantonale n'a pas pris en compte l'ensemble des droits à bâtir sur le périmètre, mais seuls ceux qui demeuraient après les transferts affectant les deux parcelles en cause. Lors de la réalisation de l'immeuble GHI, 11'449 m2 avaient été transférés de ces deux parcelles, de sorte que, sur les 16'300 m2 disponibles à l'origine, il ne restait que 4'851 m2. Le bonus Minergie permettait une augmentation de 10%, limitée aux parcelles en cause (le bonus relatif à l'immeuble GHI ne pouvait être transféré après coup), ce qui portait le total disponible à 5'336 m2. Le bâtiment prévu comptait 10552 m2, soit un dépassement de près de 100% qui ne pouvait être qualifié de modification mineure. Un nouveau projet devait donc être établi; si l'abandon de l'affectation hôtelière prévue dans le PLQ était admissible au regard des changements de circonstances, le nouveau projet devrait respecter les dispositions de l'OPAM et tenir compte du périmètre de sécurité de 100 m autour des dépôts pétroliers de C._ SA, ce qui pourrait nécessiter une révision du PLQ.
D.
Par acte du 30 janvier 2015, A._ SA forme un recours en matière de droit public. Elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et du jugement du TAPI et le rétablissement de l'autorisation de construire du 27 avril 2012.
La Chambre administrative se réfère à son arrêt, tout en contestant le grief de composition incorrecte soulevé à son égard. C._ SA, D._ et B._ SA concluent au rejet du recours.
Le DALE conclut à l'admission du recours en considérant que la question des surfaces brutes de plancher n'avait pas à être examinée dans le cadre d'une demande préalable.
Se prononçant sur l'application de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01) et de l'OPAM, l'Office fédéral de l'environnement relève que l'arrêt cantonal n'est pas fondé sur ces dispositions, le considérant rendu à ce propos étant de nature subsidiaire.
Les parties ayant été invitées à déposer des observations complémentaires, la recourante a persisté dans ses conclusions. C._ SA, D._ et le DALE en ont fait de même. La recourante s'est encore référée à un arrêt du Tribunal fédéral relatif à l'application de l'OPAM.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF. La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui annule, à l'instar du tribunal de première instance, une autorisation préalable qui lui avait été accordée. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que cette décision soit annulée et à ce que le permis soit rétabli. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF, et ses conclusions sont recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF.
2.
Sauf dans les cas cités expressément à l'art. 95 LTF, le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 V 143 consid. 1.2 p. 145).
2.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560). En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 141 I 49 consid. 3.4 p. 53 et les arrêts cités).
2.2. Les griefs de violation des droits fondamentaux et des dispositions de droit cantonal sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF). La partie recourante doit alors indiquer les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, elle doit citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 399).
3.
Dans un premier grief de nature formelle, la recourante invoque l'art. 30 al. 1 Cst. Elle relève que l'arrêt cantonal a été été rendu dans une composition à trois juges alors que, statuant sur la notion de SBP à laquelle elle entendait donner une définition jurisprudentielle, elle se serait prononcée sur une question de principe et devait ainsi statuer à cinq juges comme l'exige l'art. 131 al. 2 let. a de la loi genevoise d'organisation judiciaire (OJ/GE).
3.1. L'art. 30 al. 1 Cst. confère à toute personne le droit à un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant, impartial. Ces garanties n'imposent pas aux cantons une organisation judiciaire ou une procédure particulières, mais exigent notamment que la loi formelle pose de manière générale les règles de compétence, de composition et d'organisation des tribunaux (ATF 129 V 335 consid. 1.3.1 p. 338).
3.2. Selon l'art. 131 OJ/GE, la Chambre administrative siège dans la composition de 3 juges (al. 1). Elle siège dans la composition de 5 juges (al. 2) notamment lorsqu'elle entend se prononcer sur une question de principe ou modifier la jurisprudence (let. a) ou lorsque le règlement de la juridiction le prévoit (let. d). Le règlement interne de la Chambre administrative permet à chaque juge de demander qu'une affaire soit délibérée par le plénum dans une composition à cinq juges, tous les projets d'arrêt et de décision étant remis à l'ensemble des membres de la juridiction (art. 5 ch. 3 et 5). La juridiction dispose ainsi d'une certaine autonomie pour décider de sa composition dans une cause particulière.
3.3. La notion de surface brute de plancher (Bruttogeschossfläche) se retrouve dans de très nombreux textes du droit cantonal genevois, énumérés par la recourante, notamment en rapport avec les dispositions relatives à l'indice d'utilisation du sol. Elle figure également dans certaines dispositions du droit fédéral (cf. art. 42 al. 3 let. a et b de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire (OAT, RS 700.1). Il s'agit dès lors d'une notion couramment appliquée par les autorités genevoises (cf. arrêts 1C_429/2014 du 17 juillet 2015, consid. 3.3 cité par la recourante elle-même dans ses observations du 3 août 2015; 1C_248/2008 du 25 septembre 2008); on ne saurait ainsi prétendre que la cour cantonale a ainsi tranché une question totalement nouvelle. Pour la résoudre, la Chambre administrative a renvoyé à la norme ORL 514 420, ce qui constitue une pratique courante qui n'est d'ailleurs pas contestée par la recourante.
Dès lors, si l'arrêt cantonal prétend remédier à une insécurité juridique, il n'est en rien arbitraire de ne pas y voir une question de principe imposant une composition à cinq juges. Le grief doit être écarté.
4.
Dans sa réponse au recours, le DALE estime que l'arrêt attaqué appliquerait arbitrairement l'art. 5 al. 1 de la loi genevoise sur les constructions et installations diverses (LCI), disposition consacrée à la demande préalable. Le DALE estime qu'une telle procédure devrait être limitée aux aspects essentiels du projet, dont la question des SBP ne ferait pas partie. Un tel grief ne figure toutefois pas dans le recours; la recourante revient en effet sur la question des SBP (définition, solde disponible, bonus Minergie), sans plus prétendre que la question devrait être reportée au stade de l'autorisation définitive de construire. L'autorité qui n'a pas recouru elle-même mais est appelée à se prononcer sur le recours d'un tiers ne peut qu'appuyer ou contester l'argumentation soulevée. Elle ne peut faire valoir ses propres griefs, en particulier quand ceux-ci sont d'ordre constitutionnel et ne font donc pas l'objet d'un examen d'office (art. 106 al. 2 LTF). La question soulevée par le DALE n'a ainsi pas à être examinée.
Au demeurant, il n'y a rien d'arbitraire à vérifier le respect des SBP disponibles au stade de la demande préalable, dans la mesure où le projet présenté est, comme en l'espèce, suffisamment précis pour cela, et en particulier lorsqu'il constitue l'ultime étape de réalisation d'un plan de quartier nécessitant de prendre en compte l'ensemble des transferts réalisés jusque-là.
5.
Relevant qu'il n'existe pas de définition légale de la surface brute de plancher, la recourante se réfère à la norme ORL 514 420 et estime que les façades "double peau" ne devraient pas en faire partie puisqu'il s'agit d'un espace totalement inutilisable; la cour cantonale avait d'ailleurs admis que les vides d'étage ne doivent pas être comptabilisés. Il en irait de même de l'atrium, intégré à tort dans la SBP. Quant aux sous-sols, ils seraient inutilisables de par la loi.
5.1. La cour cantonale s'est référée - ce que la recourante ne critique pas - à la norme ORL 514 420 dont la teneur est la suivante:
"La surface brute de plancher utile se compose de la somme de toutes les surfaces d'étages en dessous et en dessus du sol, y compris les surfaces des murs et des parois dans leur section horizontale.
N'entrent toutefois pas en considération: toutes les surfaces non utilisées ou non utilisables pour l'habitation ou le travail, telles que par exemple les caves, les greniers, les séchoirs et les buanderies des logements; les locaux pour le chauffage, les soutes à charbon ou à mazout; les locaux pour la machinerie des ascenseurs, des installations de ventilation et de climatisation; les locaux communs de bricolage dans les immeubles à logements multiples; les garages pour véhicules à moteur, vélos et voitures d'enfants, non utilisés pour le travail; les couloirs, escaliers et ascenseurs desservant exclusivement des surfaces non directement utiles; les portiques d'entrée ouverts; les terrasses d'attique, couvertes et ouvertes; les balcons et les loggias ouverts pour autant qu'ils ne servent pas de coursives".
5.2. Selon la définition - non contestée - qu'en donne l'arrêt attaqué, une façade "double peau" est constituée d'une façade simple traditionnelle, doublée sur l'extérieur d'une façade essentiellement vitrée dont le but est une meilleure isolation thermique et phonique, une meilleure ventilation et un chauffage par effet de serre. Selon la norme ORL précitée, l'épaisseur des murs doit être prise en considération pour le calcul de la SBP, quand bien même il s'agit de surfaces en soi inutilisables. Il n'y a donc rien d'arbitraire à prendre également en compte le vide séparant les deux façades, celles-ci devant être considérées comme un tout. La comparaison avec le "vide d'étage" est sans pertinence, la recourante ne précisant d'ailleurs pas ce que cette expression est censée recouvrir.
5.3. La recourante relève ensuite que l'atrium serait une cour intérieure ouverte au centre du bâtiment, couverte par une verrière permettant l'apport de lumière naturelle à chaque étage. Il n'est toutefois pas contesté qu'il s'agit d'un espace totalement accessible et utilisable, donnant accès aux parties rentables de l'immeuble. L'intégration de cet élément aux SBP ne prête dès lors pas le flanc à la critique.
5.4. Enfin, la référence de la recourante à l'art. 127 al. 1 LCI, qui interdit d'habiter les locaux en sous-sol, est sans pertinence puisque cette disposition n'empêche pas une utilisation autre que l'habitation. Or, la recourante ne tente pas de démontrer que les sous-sols auxquels elle fait référence ne pourraient en aucune façon être exploités conformément à la destination du bâtiment. Insuffisamment motivé, le grief doit être écarté.
6.
Se plaignant ensuite d'une inégalité de traitement, la recourante relève que les immeubles réalisés précédemment avaient bénéficié de dépassements des droits à bâtir (1'180 m2 au total), et qu'elle devrait aussi pouvoir en bénéficier. Au lieu de cela, la cour cantonale aurait déduit les transferts opérés précédemment en faveur des bâtiments ABC et GHI.
6.1. La cour cantonale a tenu compte du principe d'égalité de traitement en considérant que le solde disponible pour le dernier bâtiment ne devait pas se déterminer par simple soustraction des surfaces construites sur l'ensemble du PLQ, mais en tenant compte des droits à bâtir revenant aux deux parcelles en cause, déduction faite des transferts effectivement réalisés à partir de ces parcelles.
6.2. Si la recourante soutient que certains immeubles auraient bénéficié de dépassements, elle ne prétend pas que ces dépassements auraient été dûment autorisés par le département compétent ni même que ce dernier aurait délibérément violé la réglementation avec l'intention de poursuivre une telle pratique. Or, c'est à ces seules conditions que la recourante pourrait invoquer l'égalité dans l'illégalité (ATF 136 I 65 consid. 5.6 p. 78).
6.3. La recourante ne conteste pas la réalité des transferts de droits à bâtir en faveur notamment du bâtiment GHI (11'449 m2). Ayant réalisé les précédentes étapes du PLQ, elle a elle-même bénéficié des transferts autorisés par convention avec l'Etat et peut d'autant moins se plaindre d'une inégalité de traitement. Le grief apparaît ainsi manifestement mal fondé.
7.
La recourante estime qu'elle devrait pouvoir bénéficier du bonus Minergie (10% d'augmentation de la SBP) non seulement pour l'immeuble J, mais aussi pour l'immeuble GHI qui n'en avait pas bénéficié au moment de sa construction. Une telle prise en compte aurait en effet permis de réduire de 2'955 m2 le transfert convenu au détriment des parcelles 3600 et 4618.
La cour cantonale a considéré que le bonus Minergie ne pouvait pas être calculé sur l'ensemble de la surface constructible du PLQ, mais uniquement pour les immeubles concernés. En outre, elle a estimé qu'un transfert de ce bonus sur une autre parcelle n'apparaissait pas justifiable juridiquement, compte tenu de la finalité poursuivie, de l'absence de base légale et de la possibilité qui en résulterait de bénéficier, pour certaines parcelles, d'une double majoration. Ces considérations n'ont rien d'insoutenable. La recourante perd en outre de vue que ses prétentions tendent à revenir sur les conditions de l'autorisation de construire relative à l'immeuble GHI, laquelle est entrée en force et a été utilisée. Elle ne saurait dès lors remettre en cause après coup le contenu de cette autorisation en y ajoutant un bonus qui, à tort ou à raison, n'y figure pas.
8.
La recourante ne parvient dès lors pas à démontrer que l'arrêt attaqué serait arbitraire dans sa motivation. Il ne l'est d'ailleurs pas non plus dans son résultat. En effet, la cour cantonale a considéré que, selon une pratique constante tenant compte de l'imprécision inhérente au calcul des SBP, une marge d'erreur de 3% au maximum était tolérable. Or, selon le tableau récapitulatif dressé par la recourante, ses propres calculs aboutissent à une surface à bâtir disponible de 9'885 m2, alors que le bâtiment comporterait 10'552 m2 de SBP, soit 667 m2 supplémentaires. Ce dépassement, calculé sur la surface des deux parcelles concernées (et non sur l'ensemble du PLQ, contrairement à ce que soutient la recourante), apparaît ainsi nettement supérieur aux 3% admissibles.
9.
La recourante revient enfin sur la question de la proximité des citernes d'hydrocarbures. Elle estime qu'en vertu du principe de causalité, elle ne pourrait être sanctionnée en raison du risque présenté par l'installation d'un tiers. La recourante perd de vue que les considérations de la cour cantonale ont été formulées non pas pour confirmer l'annulation de l'autorisation de construire, mais dans la perspective d'un nouveau projet de construction. La question n'a donc pas à être examinée à ce stade. Au demeurant, selon la jurisprudence, le respect des périmètres de sécurité doit s'imposer tant aux détenteurs des installations dangereuses et aux autorités de planification qu'aux propriétaires voisins (arrêts 1C_252/2011 du 22 février 2012 consid. 4.1; 1C_403/2009 du 8 juin 2010 consid. 6.1).
10.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, de même que les indemnités de dépens allouées aux trois intimés qui obtiennent gain de cause en étant représentés pas des mandataires professionnels.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les indemnités de dépens suivantes sont mises à la charge de la recourante:
- 4'000 fr. en faveur de B._ SA;
- 4'000 fr. en faveur de C._ SA;
- 4'000 fr. en faveur de D._.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 12 novembre 2015
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
Le Greffier : Kurz