Faits:
A. Au mois de mars 2010, le Groupement pour la défense de la faune vaudoise (GDFV) a déposé plainte pénale contre inconnu pour importation illicite d'un animal protégé au sens de l'art. 17 al. 1 let. c LChP, en raison de l'importation d'un loup par héliportage au mois d'octobre 2008. Au mois de juin 2010, E._, A._, B._, C._ et D._, éleveurs, ont également déposé plainte pénale pour dommages à la propriété après avoir perdu plusieurs bêtes victimes d'un loup.
Par ordonnance du 10 juin 2011, le Procureur de l'Etat de Fribourg a classé la première plainte. Le recours cantonal formé par le GDFV a été déclaré irrecevable, décision confirmée par le Tribunal fédéral (arrêt 1B_556/2011 du 3 janvier 2012).
Par une seconde ordonnance du 10 juin 2011, le même Procureur a refusé d'entrer en matière sur la plainte déposée par les éleveurs, considérant qu'une base légale autorisait la présence du loup en Suisse et que l'éventuel importateur illicite de l'animal n'avait pas agi pour porter atteinte aux biens de tiers. Le 29 juillet 2011, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois a confirmé cette décision. Toutefois, par arrêt du 3 janvier 2012, le Tribunal fédéral a admis le recours formé par les éleveurs: le Procureur avait rendu sa décision sans communiquer aux plaignants la prise de position du Chef du Service cantonal des forêts et de la faune, en violation du droit d'être entendu. Sur le vu de cet arrêt, la cour cantonale a renvoyé la cause au Procureur, le 22 juin 2012, pour ouverture d'une instruction. Le 4 juillet 2012. le Procureur a demandé aux plaignants de produire des documents relatifs à leur indemnisation pour perte de bétail.
B. Le 23 juillet 2012, A._, B._, C._ et D._ ont demandé la récusation du Procureur, considérant que ses précédentes interventions et sa façon de reprendre l'instruction démontraient qu'il ne rédigerait pas un acte d'accusation dans une perspective de condamnation.
Par arrêt du 14 septembre 2012, la Chambre pénale de recours a rejeté la demande de récusation. Les griefs soulevés en rapport avec la procédure parallèle n'étaient pas pertinents puisque cette procédure avait été classée et que les requérants n'y étaient pas parties. L'autorité de récusation n'avait pas à se prononcer sur la manière de mener l'instruction. La demande de production adressée aux plaignants n'apparaissait pas comme une erreur de procédure propre à fonder une récusation.
C. A._, B._, C._ et D._ forment un recours en matière pénale. Ils demandent l'annulation de l'arrêt attaqué, l'admission de la demande de récusation et le renvoi de la cause à l'instance inférieure afin que cette dernière agisse avec célérité.
La Chambre pénale et le Procureur ont renoncé à formuler des observations. Les recourants ont produit des pièces complémentaires le 28 novembre 2012.
Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision incidente relative à la récusation d'un magistrat dans la procédure pénale peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale. L'auteur de la demande de récusation a qualité pour agir (art. 81 al. 1 LTF). La décision attaquée est rendue en dernière instance cantonale, au sens de l'art. 80 LTF. Le recours a été déposé dans le délai de trente jours prescrit à l'art. 100 al. 1 LTF et les conclusions présentées (y compris l'admission de la demande de récusation) sont recevables au regard de l'art. 107 LTF.
2. Les recourants se plaignent, de manière générale, du traitement de leur plainte, tout d'abord par l'OFAC et l'OFEV. Ces griefs généraux sont toutefois sans rapport avec la présente demande de récusation. A l'égard du Procureur, les recourants reprennent leurs motifs de récusation. Ils lui reprochent d'avoir d'abord dénié aux dénonciateurs le droit d'intervenir dans la procédure et de consulter le dossier, puis d'avoir ouvert un dossier distinct de celui relatif à la plainte déposée par le GDVF. L'ordonnance de non-entrée en matière, rendue une année plus tard en se fondant sur l'avis - lui aussi partial - du Chef du Service cantonal de la faune et des forêts, démontrerait la prévention du magistrat à l'encontre des plaignants. Après l'admission du recours par le Tribunal fédéral et le renvoi de la cause, au lieu d'ouvrir immédiatement une enquête et de donner aux plaignants l'occasion de s'exprimer sur le rapport du 3 décembre 2010, le Procureur aurait tenté de gagner du temps en se livrant à des vérifications sur le dommage subi par les plaignants.
2.1 Selon l'art. 56 CPP, un magistrat est récusable "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention". Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes. Elle correspond à la garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 Cst. et 6 CEDH. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du magistrat est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération. Les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (ATF 138 IV 142 consid. 2.1 p. 144 et les arrêt cités)
2.2 Dans la phase de l'enquête préliminaire et de l'instruction, les principes applicables à la récusation du ministère public sont ceux qui ont été dégagés à l'égard des juges d'instruction, avant l'introduction du CPP. Selon l'art. 61 CPP, le ministère public est l'autorité investie de la direction de la procédure jusqu'à la mise en accusation. A ce titre, il doit veiller au bon déroulement et à la légalité de la procédure (art. 62 ss CPP). Durant l'instruction il doit établir, d'office et avec un soin égal, les faits à charge et à décharge (art. 6 CPP); il doit statuer sur les réquisitions de preuves et peut rendre des décisions quant à la suite de la procédure (non-entrée en matière, classement ou mise en accusation), voire rendre une ordonnance pénale pour laquelle il assume une fonction juridictionnelle (ATF 124 I 76 consid. 2; 112 Ia 142 consid. 2b p. 144 ss). Dans ce cadre, le ministère public est tenu à une certaine impartialité même s'il peut être amené, provisoirement du moins, à adopter une attitude plus orientée ou à faire état de ses convictions à un moment donné de l'enquête. Cela est en particulier le cas lorsqu'il décide - ou non - de l'ouverture d'une instruction (qui suppose l'existence de soupçons suffisants au sens de l'art. 309 al. 1 CPP) ou lorsqu'il ordonne des mesures de contrainte. Tout en disposant, dans le cadre de ses investigations, d'une certaine liberté, le magistrat reste tenu à un devoir de réserve. Il doit s'abstenir de tout procédé déloyal, instruire tant à charge qu'à décharge et ne point avantager une partie au détriment d'une autre (ATF 138 IV 142 consid. 2.2 p. 145).
2.3 La jurisprudence considère en outre que l'on ne saurait admettre systématiquement la récusation d'un procureur au motif qu'il aurait déjà rendu dans la même cause une ordonnance de non-entrée en matière ou de classement annulée par l'autorité de recours. D'une part en effet, des décisions ou des actes de procédure qui se révèlent par la suite erronés ne fondent pas en soi une apparence objective de prévention; seules des erreurs particulièrement lourdes ou répétées, constitutives de violations graves des devoirs du magistrat, peuvent fonder une suspicion de partialité, pour autant que les circonstances dénotent que le procureur est prévenu ou justifient à tout le moins objectivement l'apparence de prévention (ATF 116 Ia 14 consid. 5a p. 19, 135 consid. 3a p. 138; 114 Ia 153 consid. 3b/bb p. 158; 113 Ia 407 consid. 2b p. 409/410; 111 Ia 259 consid. 3b/aa in fine p. 264). D'autre part, la jurisprudence considère que le magistrat appelé à statuer à nouveau après l'annulation d'une de ses décisions est en général à même de tenir compte de l'avis exprimé par l'instance supérieure et de s'adapter aux injonctions qui lui sont faites (ATF 113 Ia 407 consid. 2b p. 410). Seules des circonstances exceptionnelles permettent dès lors de justifier une récusation dans de tels cas, lorsque, par son attitude et ses déclarations précédentes, le magistrat a clairement fait apparaître qu'il ne sera pas capable de revoir sa position et de reprendre la cause en faisant abstraction des opinions qu'il a précédemment émises.
2.4 Les recourants admettent que le refus de reconnaître aux dénonciateurs le droit de consulter le dossier est conforme à la pratique. Les recourant critiquent certes cette pratique (argument sans pertinence dans le présent contexte), mais on ne saurait reprocher au magistrat de s'y être tenu. De même ne saurait-on lui reprocher d'avoir ouvert deux procédures séparées puisque les plaignants et les infractions dénoncées n'étaient pas les mêmes. Le Procureur a certes attendu près d'une année pour rendre son ordonnance de non-entrée en matière. Toutefois, aucune disposition du CPP ne fixe de délai impératif pour ce faire, le critère déterminant étant l'absence d'ouverture formelle d'une instruction au sens de l'art. 309 CPP. L'on ne saurait non plus faire grief au magistrat instructeur d'avoir requis l'avis du Chef du Service cantonal des forêts et de la faune: les recourants contestent le contenu et la validité du rapport du 3 septembre 2010, mais ne sauraient nier la pertinence d'un avis spécialisé. La violation du droit d'être entendu, constatée dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 3 janvier 2012, ne constitue pas une erreur à ce point grave qu'elle justifierait une récusation. Le 14 juillet 2010, le magistrat instructeur a d'ailleurs informé l'avocat des plaignants des actes d'enquêtes effectués, et l'a autorisé à consulter le dossier. Cette autorisation valait sans doute aussi pour le rapport reçu ultérieurement; le défaut d'information sur ce point procède dès lors davantage d'une inadvertance que d'un acte délibéré tendant à nuire aux plaignants.
L'attitude du Procureur après le renvoi de la cause ne procède pas non plus d'un parti pris critiquable: la Chambre pénale a finalement admis le recours cantonal le 22 juin 2012 et ordonné une reprise ab ovo de la procédure. Le Procureur a réagi en demandant le 4 juillet suivant aux plaignants de justifier leur dommage. On ne saurait y voir un acte totalement inopportun, puisqu'il s'agit de vérifier préalablement la qualité de lésé au sens de l'art. 115 CP.
Enfin, les recourants se plaignent de la lenteur de l'instruction (tout en admettant que le délai de prescription n'est pas encore près d'être atteint), mais celle-ci est en grande partie explicable par la succession des instances intervenues jusque-là. Si les parties entendent contester les décisions du magistrat instructeur ou se plaindre d'un déni de justice, elles doivent agir par la voie des recours ordinaires, et non par le biais d'une demande de récusation.
2.5 En définitive, aucun des motifs invoqués par les recourants, pris séparément ou dans leur ensemble, ne permet d'admettre l'existence de circonstances exceptionnelles justifiant une récusation du Procureur (ATF 138 IV 142 consid. 2.3 in fine p. 146).
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais des recourants (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Chambre pénale.
Lausanne, le 6 décembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz