Sachverhalt:
A. Mit Entscheid vom 30. Januar 2008 sprach die Strafkammer des Bundesstrafgerichts V._ in je einem Fall vom Vorwurf des Betrugs (Ziffer 3.8.2 der Anklageschrift) und der ungetreuen Amtsführung (Ziffer 3.8.3 der Anklageschrift) frei. Hingegen erklärte es ihn des Sich-bestechen-Lassens (Art. 322quater StGB), der Vorteilsannahme (Art. 322sexies StGB), der ungetreuen Amtsführung (Art. 314 StGB) und der Urkundenfälschung im Amt (Art. 317 Ziff. 1 StGB) schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von 10 Monaten und einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen à Fr. 150.--. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es bedingt auf, unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren.
B. V._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2008 sei aufzuheben, und er sei vollumfänglich freizusprechen.
C. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die SUVA hat auf Anmerkungen zur Beschwerde verzichtet und stellt Antrag auf Bestätigung des angefochtenen Urteils. Die Bundesanwaltschaft hat Bemerkungen zur Beschwerde eingereicht, ohne jedoch Anträge zu stellen.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht zusammenfassend von folgendem Sachverhalt aus:
Die Beschwerdegegnerin 1 verfügte über ein Immobilien-Portefeuille im Wert von rund 3 Milliarden Franken. Ab dem Jahre 2000 setzte sie sich zum Ziel, die internen Verfahrensabläufe und Zuständigkeiten im Immobilienwesen neu zu definieren, das Immobilien-Anlage-Portefeuille aktiver zu bewirtschaften und suboptimale Immobilien zu verkaufen. Sie engagierte im Jahre 2002 W._ als Verantwortlichen für die Erarbeitung einer neuen Immobilienstrategie. Im Jahr 2003 wurde dieser zudem zum Bereichsleiter Immobilien innerhalb der Finanzabteilung ernannt. Der Beschwerdeführer amtete bei der Beschwerdegegnerin 1 als Immobilien-Portfoliomanager und war W._ unterstellt. W._ und der Beschwerdeführer bezeichneten die zu verkaufenden Liegenschaften, setzten für den grössten Teil der betroffenen Liegenschaften unter Beizug externer Schätzer deren Verkehrswert fest und stellten Antrag an den für den Verkaufsentscheid formell zuständigen Immobilien-Anlageausschuss (nachfolgend: IAA) der Beschwerdegegnerin 1. Letztlich ist der IAA in all seinen Entscheiden bezüglich Verkauf und Verkaufspreis den von W._ beziehungsweise vom Beschwerdeführer gestellten Anträgen gefolgt. Ein Verdacht auf Unregelmässigkeiten beim Verkauf von acht Immobilien, die im Zeitraum vom Frühjahr 2004 bis zum Sommer 2005 veräussert wurden und mehrheitlich im Kanton Tessin liegen, führte zur Eröffnung einer Strafuntersuchung insbesondere gegen W._ und den Beschwerdeführer, wobei Letzterer einzig in die Verkäufe zweier Liegenschaften involviert war (Wohn- und Geschäftsüberbauung Wichlernweg 12-16 in Kriens, Parzelle Nr. 4155 GB Kriens [nachfolgend: Liegenschaft Kriens] und Wohn- und Geschäftsüberbauung Via L. Lavizzari 2 und 6-10 in Mendrisio, Parzellen Nr. 2937/2961/3112 und 3120 GB Mendrisio [nachfolgend: Liegenschaft Piazzale alla Valle]). Die Liegenschaft Kriens wurde von O._ geschätzt, jene in Mendrisio von U._. Als Käufer der beiden Liegenschaften trat T._ respektive die von ihm ganz oder teilweise beherrschten Aktiengesellschaften R._ AG (Liegenschaft Kriens) und Q._ SA (Liegenschaft Piazzale alla Valle) auf. An der R._ AG waren T._ und W._ zu je 50% beteiligt, weshalb Letzterer sowohl seitens der Käufer- als auch der Verkäuferschaft an diesem Rechtsgeschäft mitwirkte. T._ war bei den Liegenschaftskäufen für die Verhandlungen mit den kreditgebenden Banken und die Sicherstellung der Finanzierung verantwortlich. Die Banken überwiesen die Kreditsumme auf Geschäftskonten der Erwerbergesellschaften. Im Rahmen des Liegenschaftserwerbs richtete T._ in mehreren Tranchen Geldbeträge an W._ aus. Hierbei handelte es sich um Beträge, welche er in bar von den erwähnten Geschäftskonten bezog.
2. Der Beschwerdeführer rügt in verschiedener Hinsicht eine aktenwidrige Sachverhaltsfeststellung und macht damit sinngemäss eine willkürliche Beweiswürdigung geltend.
2.1 Art. 9 BV gewährleistet den Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Auf dem Gebiet der Beweiswürdigung ist die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür beschränkt. Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (BGE 134 I 140 E. 5.4). Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (BGE 131 IV 100 nicht publ. E. 4.1; 127 I 54 E. 2b).
Wird eine willkürliche Beweiswürdigung gerügt, reicht es nicht aus, wenn der Beschwerdeführer zum Beweisergebnis frei plädiert und darlegt, wie seiner Auffassung nach die vorhandenen Beweise richtigerweise zu würdigen gewesen wären, wie er dies in einem appellatorischen Verfahren mit freier Rechts- und Tatsachenüberprüfung tun könnte. Er muss gemäss ständiger Rechtsprechung vielmehr aufzeigen, inwiefern die angefochtene Beweiswürdigung die Verfassung dadurch verletzen sollte, dass sie im Ergebnis offensichtlich unhaltbar wäre (vgl. BGE 129 I 49 E. 4; 128 I 81 E. 2; 127 I 38 E. 3c).
2.2 Was der Beschwerdeführer gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz vorbringt, ist nicht geeignet, Willkür darzutun. Der Beschwerdeführer bezeichnet in seiner Beschwerdeschrift die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung verschiedentlich pauschal als aktenwidrig, stellt aber der vorinstanzlichen Begründung lediglich seine eigene Sichtweise gegenüber, ohne näher zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte. Dies gilt etwa für sein Vorbringen, der Verkaufsantrag an den IAA betreffend die Liegenschaft Kriens sei nicht von ihm allein, sondern gemeinsam mit W._ und dem Sekretariat erstellt worden (Beschwerde S. 26).
Seine Ausführungen erschöpfen sich mithin in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil und genügen den Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Auffassung der Vorinstanz, dass er als Immobilien-Portfoliomanager der Beschwerdegegnerin 1 vom funktionellen Beamtenbegriff im Sinne von Art. 110 Ziff. 3 StGB erfasst werde, verstosse gegen Bundesrecht. Er sei zivilrechtlich angestellt gewesen, und im Bereich der Liegenschaftsverwaltung als Vermögensverwaltung übe die Beschwerdegegnerin 1 keine hoheitliche Funktion aus. Zudem stamme ein überwiegender Teil der von der Beschwerdegegnerin 1 verwalteten Versicherungsgelder aus nicht-obligatorischen Versicherungsbeiträgen. Zwar bestünden für die Anlage des Rentendeckungskapitals Vorschriften des Verwaltungsrats der Beschwerdegegnerin 1. Analoge Vorschriften gebe es jedoch auch bei privatrechtlich organisierten Unfallversicherungsgesellschaften. Ferner unterscheide sich ein Portfoliomanager der Beschwerdegegnerin 1 in seiner Funktion in keiner Weise von einem privatwirtschaftlichen Immobilienverwalter. Eine den staatlichen Aufgabenbereich kennzeichnende hoheitliche Beziehung zu den Bürgern fehle vollends, weshalb das von den Strafnormen des Korruptionsstrafrechts geschützte Vertrauen der Allgemeinheit in die Objektivität und Sachlichkeit amtlicher Tätigkeit nicht tangiert sei. Wer seine Tätigkeit im freien Wettbewerb mit der privaten Konkurrenz ausübe, könne nicht als Beamter qualifiziert werden. Zudem habe er die Geschenke "suvaintern" erhalten. Es stelle sich daher die Frage, ob ein "Beamter" einen anderen "Beamten" bestechen könne, wollten die Korruptionstatbestände doch Zahlungen von aussen abwenden (Beschwerde S. 5-9).
Selbst wenn er aber objektiv als Beamter qualifiziert werde, so sei er sich jedenfalls seines Beamtenstatus nicht bewusst gewesen, denn er habe sich einzig als Liegenschaftsverwalter, nicht aber als Vertreter des Staats gesehen (vgl. Beschwerde S. 29 f.).
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die Beschwerdegegnerin 1 sei eine selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes, welche der Oberaufsicht des Bundesrates unterstehe. Der Beschwerdegegnerin 1 stehe im öffentlichen Aufgabenbereich der obligatorischen Unfallversicherung ein Teilmonopol zu. Zu den öffentlichen Aufgaben zählten auch Tätigkeiten der Beschwerdegegnerin 1, die der gesetzlich vorgeschriebenen Sicherung des Rentendeckungskapitals dienten, was insbesondere auf die Kapitalanlage in Liegenschaften und alle damit zusammenhängenden Tätigkeiten zutreffe. Der Beschwerdeführer als Portfoliomanager für die Region Zentralschweiz und Graubünden habe damit öffentliche Funktionen wahrgenommen und werde folglich vom funktionellen Beamtenbegriff erfasst (angefochtenes Urteil S. 15).
Der Beschwerdeführer sei 15 Jahre - zuletzt in leitender Stellung - bei der Beschwerdegegnerin 1 angestellt gewesen. Es sei SUVA-intern bekannt, dass diese öffentliche Aufgaben einer Sozialversicherung wahrnehme. Als Portfoliomanager im Immobilienbereich habe der Beschwerdeführer gewusst, dass die von ihm betreuten Immobilien der langfristigen Anlage von Prämiengeldern dienten, weshalb ihm auch die zu wahrenden öffentlichen Interessen bekannt gewesen seien (angefochtenes Urteil S. 30 und S. 60).
3.3 Der strafrechtliche Beamtenbegriff im Sinne von Art. 110 Abs. 3 StGB erfasst sowohl institutionelle als auch funktionelle Beamte. Erstere sind die Beamten im öffentlichrechtlichen Sinn sowie Angestellte im öffentlichen Dienst. Bei Letzteren ist es nicht von Bedeutung, in welcher Rechtsform diese für das Gemeinwesen tätig sind. Das Verhältnis kann öffentlichrechtlich oder privatrechtlich sein. Entscheidend ist vielmehr die Funktion der Verrichtungen. Bestehen diese in der Erfüllung öffentlicher Aufgaben, so sind die Tätigkeiten amtlich und die sie verrichtenden Personen Beamte im Sinne des Strafrechts (Mark Pieth, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, 2. Aufl., 2007, Art. 322ter N. 4; Daniel Jositsch, Das Schweizerische Korruptionsstrafrecht Art. 322ter bis Art. 322octies StGB, 2004, S. 314 f.; Marco Balmelli, Die Bestechungstatbestände des schweizerischen Strafgesetzbuches, 1996, S. 103; Rolf Kaiser, Die Bestechung von Beamten unter Berücksichtigung des Vorentwurfs zur Revision des schweizerischen Korruptionsstrafrechts, Diss. Zürich 1999, S. 92 ff.).
In der Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes (Revision des Korruptionsstrafrechts) sowie über den Beitritt der Schweiz zum Übereinkommen über die Bekämpfung der Bestechung ausländischer Amtsträger im internationalen Geschäftsverkehr vom 19. April 1999 (Botschaft Korruptionsstrafrecht; BBl 1999 5497 ff.) wird zur Illustration des strafrechtlichen Beamtenbegriffs folgendes Beispiel angeführt (BBl 1999 5525): "Eine Beamtin der staatlichen Liegenschaftsverwaltung X nimmt ihr nicht gebührende Vorteile für Wohnungszuweisungen entgegen. Sie kontrahiert namens des Staates mit den jeweiligen Mietern privatrechtlich und unterscheidet sich in ihrer Tätigkeit an sich nicht vom Angestellten einer privaten Liegenschaftsverwaltung. Dennoch rechtfertigt die Tatsache, dass sie Angestellte der staatlichen Liegenschaftsverwaltung ist, den strafrechtlichen Schutz des Vertrauens der Allgemeinheit in die Objektivität ihrer Tätigkeit. Die Liegenschaftsverwalterin ist auf Grund ihrer eigenen institutionellen Einbindung in die staatliche Organisation in casu als Beamtin im Sinne von Artikel 110 Ziffer 4 Satz 1 StGB zu qualifizieren. Die privatrechtliche Natur der Kundenbeziehung ändert daran nichts."
In der Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes (Revision des Korruptionsstrafrechts) sowie über den Beitritt der Schweiz zum Übereinkommen über die Bekämpfung der Bestechung ausländischer Amtsträger im internationalen Geschäftsverkehr vom 19. April 1999 (Botschaft Korruptionsstrafrecht; BBl 1999 5497 ff.) wird zur Illustration des strafrechtlichen Beamtenbegriffs folgendes Beispiel angeführt (BBl 1999 5525): "Eine Beamtin der staatlichen Liegenschaftsverwaltung X nimmt ihr nicht gebührende Vorteile für Wohnungszuweisungen entgegen. Sie kontrahiert namens des Staates mit den jeweiligen Mietern privatrechtlich und unterscheidet sich in ihrer Tätigkeit an sich nicht vom Angestellten einer privaten Liegenschaftsverwaltung. Dennoch rechtfertigt die Tatsache, dass sie Angestellte der staatlichen Liegenschaftsverwaltung ist, den strafrechtlichen Schutz des Vertrauens der Allgemeinheit in die Objektivität ihrer Tätigkeit. Die Liegenschaftsverwalterin ist auf Grund ihrer eigenen institutionellen Einbindung in die staatliche Organisation in casu als Beamtin im Sinne von Artikel 110 Ziffer 4 Satz 1 StGB zu qualifizieren. Die privatrechtliche Natur der Kundenbeziehung ändert daran nichts."
3.4 3.4.1 Ausgehend von der dargestellten Rechtslage hat die Vorinstanz die (funktionelle) Beamteneigenschaft des Beschwerdeführers zutreffend bejaht. Entscheidend ist, dass die Beschwerdegegnerin 1 als selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes (vgl. Art. 61 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über die Unfallversicherung [UVG]; SR 832.20), welcher im Bereich der Unfallversicherung ein Teilmonopol zukommt, öffentliche Aufgaben ausübt, so dass sich der strafrechtliche Schutz des Vertrauens der Allgemeinheit in die Objektivität der Tätigkeit der Beschwerdegegnerin 1 rechtfertigt. Dies gilt insbesondere auch für den Bereich der Immobilienverwaltung, da diese der Sicherung der Renten der Versicherten dient. Dass ein Teil dieser Versicherungsgelder aus nichtobligatorischen Versicherungsbeiträgen stammte, ändert an der öffentlichen Funktion der Beschwerdegegnerin 1 nichts.
3.4.2 Zudem ist die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht willkürfrei davon ausgegangen, der Beschwerdeführer habe die nicht gebührenden Vorteile nicht "SUVA-intern" erhalten. Vielmehr hat sie T._ in diesem Zusammenhang der Bestechung für schuldig befunden.
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers würde sich im Ergebnis aber nichts ändern, wenn er die Geschenke "SUVA-intern" bekommen hätte, kann doch auch ein Amtsträger als Extraneus an der Tat mitwirken (Daniel Jositsch, a.a.O., S. 321 f.; Nicolas Queloz/Marco Borghi/Maria Luisa Cesoni, Processus de corruption en Suisse, Volume 1, 2000, S. 332).
3.4.3 Des Weiteren hat die Vorinstanz, ohne in Willkür zu verfallen, festgestellt, der Beschwerdeführer habe als Portfoliomanager um die öffentlichen Aufgaben der Beschwerdegegnerin 1 als Sozialversicherung gewusst und sei sich folglich bewusst gewesen, mit der von ihm getätigten Anlage der Prämiengelder in Immobilien als Beamter im strafrechtlichen Sinne zu handeln.
4. Der Beschwerdeführer bestreitet des Weiteren in Bezug auf sämtliche Verurteilungen generell jegliche Tatherrschaft und Tatbeteiligung. Er habe weder von den privaten Geschäften seines Vorgesetzten, W._, gewusst noch T._ gekannt. Er sei (allenfalls) vom mittelbaren Täter W._ als willenloses oder zumindest nicht vorsätzliches Werkzeug benutzt worden. Er scheide daher sowohl als Täter wie auch als Teilnehmer aus (vgl. Beschwerde S. 9-16). Auf diese Vorbringen wird, soweit erforderlich, bei den einzelnen Tatbeständen einzugehen sein (E. 5 - 9).
5. 5.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, seine Verurteilung wegen Sich-bestechen-Lassens in Bezug auf die Liegenschaft Kriens verletze Bundesrecht. Er habe die Uhr der Marke IWC und den Betrag von Fr. 15'000.-- als Anerkennung für seine Mitarbeit beim Verkauf der Liegenschaft Kriens erhalten. Im Zeitpunkt des Verkaufs habe er jedoch nicht gewusst, hierfür später beschenkt zu werden. Zudem habe er die Vermögenswerte den Untersuchungsbehörden in vollem Umfang ausgehändigt. Er habe das Geld somit nicht angenommen und folglich auch keinen nicht gebührenden Vorteil erhalten. Des Weiteren fehle es an einem pflichtwidrigen Verhalten seinerseits. Er habe beabsichtigt, die Liegenschaft für die Beschwerdegegnerin 1 bestmöglich zu verkaufen, und er habe durch den Verkauf keinen persönlichen Nutzen oder Gewinn erzielt. Insbesondere sei er sich nicht bewusst gewesen, dass die Geschenke einen ihm nicht gebührenden Vorteil darstellten (Beschwerde S. 16-33).
5.2 Die Vorinstanz hat erwogen, sämtliche Vorbereitungen zum Verkauf der Liegenschaft Kriens seien durch den Beschwerdeführer ausgeführt worden. Er habe dem von ihm ausgefüllten Verkaufsantrag an den IAA eine Verkehrswertschätzung zugrunde gelegt, auf welche er vorgängig Einfluss genommen habe. So habe er den Schätzer O._ dazu angehalten, einen nicht gerechtfertigten Abzug für anstehenden Unterhalt vorzunehmen. Der Beschwerdeführer habe mithin gemeinsam mit W._ dem IAA bewusst einen zu tiefen Mindestverkaufspreis vorgeschlagen und anschliessend in diesem Gremium auch durchgesetzt. Zudem habe er sein pflichtgemässes Ermessen überschritten, da er sich nicht bemüht habe, einen marktgerechten Preis für die Liegenschaft Kriens zu erzielen, sondern diese ausschliesslich der R._ AG beziehungsweise T._ und W._ zum Mindestverkaufspreis angeboten habe. Der Beschwerdeführer habe die IWC-Uhr sowie die Fr. 15'000.-- im Rahmen des Verkaufs der Liegenschaft Kriens entgegen genommen und damit den objektiven Tatbestand von Art. 322quater StGB erfüllt (angefochtenes Urteil S. 26 f.). Er sei sich dabei bewusst gewesen, die Vermögenswerte im Zusammenhang mit seiner amtlichen Tätigkeit angenommen zu haben, habe er doch ausdrücklich eingestanden, die Uhr und das Geld als Geschenk für seine Mitarbeit beim Verkauf der Liegenschaft Kriens erhalten zu haben. Da er selbst den Antrag an den IAA ausgefüllt und diesem die nachgewiesenermassen unzulängliche Schätzung von O._ zugrunde gelegt habe, sei er sich überdies der Pflichtwidrigkeit seines Handelns bewusst gewesen. Der Beschwerdeführer habe somit auch den subjektiven Tatbestand des Sich-bestechen-Lassens erfüllt (angefochtenes Urteil S. 30).
5.3 Gemäss Art. 322quater StGB wird mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer als Beamter im Zusammenhang mit seiner amtlichen Tätigkeit für eine pflichtwidrige oder eine im Ermessen stehende Handlung oder Unterlassung für sich oder einen Dritten einen nicht gebührenden Vorteil fordert, sich versprechen lässt oder annimmt. Unter "annehmen" wird die Entgegennahme des Vorteils zu eigener Verfügungsgewalt verstanden (Pieth, a.a.O., Art. 322quater N. 6). Subjektiv ist Vorsatz erforderlich.
5.4 Die Vorinstanz hat den Sachverhalt willkürfrei festgestellt und ihre rechtlichen Erwägungen sind zutreffend. Indem der Beschwerdeführer wissentlich und willentlich im Zusammenhang mit dem Verkauf der Liegenschaft Kriens zu einem deutlich unter dem Marktwert liegenden Verkaufspreis Fr. 15'000.-- und eine IWC-Uhr angenommen hat, hat er den Tatbestand von Art. 322quater StGB erfüllt. Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer somit zu Recht des Sich-bestechen-Lassens schuldig gesprochen.
6. 6.1 Betreffend den Schuldspruch wegen Vorteilsannahme in Bezug auf die Liegenschaft Piazzale alla Valle in Mendrisio bringt der Beschwerdeführer vor, er sei völlig überrascht gewesen, einen Barbetrag von Fr. 45'000.-- und eine Uhr der Marke Rolex geschenkt erhalten zu haben. Er habe das Geld nicht gewollt, einer physischen Rückgabe der Vermögenswerte an W._ sei aber dessen Verhaftung entgegengestanden. Er habe sich daher entschieden, das Geld für W._ aufzubewahren und es ihm nach dessen Entlassung zurückzugeben. Er habe mithin gar keinen Vorteil angenommen. Des Weiteren verlange der Tatbestand von Art. 322sexies StGB, dass die Vorteilsannahme zukunftsgerichtet sein müsse, blosse Belohnungen kämen daher im Gegensatz zum Tatbestand von Art. 322quater StGB nicht in Frage. Vorliegend sei das Geschenk aber erst im Nachgang zur Verurkundung und damit gerade nicht zukunftsgerichtet ausgerichtet worden (Beschwerde S. 34-39).
6.2 Die Vorinstanz hat erwogen, der Beschwerdeführer habe wissentlich im Zusammenhang mit dem Verkauf der Liegenschaft Piazzale alla Valle, für dessen Abwicklung er formell zuständig gewesen sei, beträchtliche und ihm nicht gebührende Vermögenswerte (in Form einer Rolex-Uhr und von Fr. 45'000.--) angenommen. Damit sei der erforderliche Konnex zwischen Vorteil und Amtsführung gegeben, und der Beschwerdeführer habe sich der Vorteilsannahme gemäss Art. 322sexies StGB schuldig gemacht (angefochtenes Urteil S. 27 f. und S. 30).
6.3 Wegen Vorteilsannahme ist gemäss Art 322sexies StGB namentlich strafbar, wer als Beamter im Hinblick auf die Amtsführung einen nicht gebührenden Vorteil fordert, sich versprechen lässt oder annimmt.
Als Vorteile im Sinne der Bestimmung gelten sämtliche unentgeltlichen Zuwendungen materieller und immaterieller Natur (Pieth, a.a.O., Art. 322quinquies N. 7 mit Verweisung auf Art. 322ter N. 21). Anders als bei den Bestechungstatbeständen steht die Vorteilszuwendung nicht im Zusammenhang mit einer konkreten, mindestens bestimmbaren Amtshandlung als Gegenleistung (Botschaft Korruptionsstrafrecht, BBl 1999 5533). Die Zuwendung muss aber im Hinblick auf die Amtsführung geschehen. Sie muss mithin geeignet sein, die Amtsführung des Empfängers zu beeinflussen und einen Bezug zum künftigen Verhalten im Amt schlechthin aufweisen. Die Vorteilszuwendung muss ihrer Natur nach somit zukunftsgerichtet sein (Botschaft Korruptionsstrafrecht BBl 1999 5509, 5535; Pieth, a.a.O., Art. 322quinques N. 9; Stefan Trechsel/Marc Jean-Richard-dit-Bressel, Schweizerisches Strafgesetzbuch Praxiskommentar, 2008, Art. 322sexies N. 2; Martin Arzethauser, Die Vorteilsgewährung bzw. die Vorteilsannahme nach dem revidierten Schweizerischen Korruptionsstrafrecht unter besonderer Berücksichtigung der unteren Begrenzung der Strafbarkeit im Rahmen der Sozialadäquanz und der freiwilligen Mitfinanzierung öffentlicher Aufgaben, Diss. Basel 2001, S. 154 f.; Andreas Donatsch/Wolfgang Wohlers, Strafrecht IV, 3. Aufl. 2004, S. 529; Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse II, 2002, Art. 322quinques N. 9; a.M. Günter Stratenwerth/Felix Bommer, Schweizerisches Strafrecht, Bes. Teil II, 6. Aufl. 2008, § 60 N. 30; Daniel Jositsch, a.a.O., S. 382 f.). Blosse Belohnungen und sozial übliche Geschenke scheiden daher aus, da ihnen eine solche Eignung von vornherein abgeht. Sie gelten nicht als ungebührende Vorteile (Pieth, a.a.O., Art. 322quinques N. 9; Botschaft Korruptionsstrafrecht BBl 1999 5528; vgl. auch Art 322octies Abs. 2 StGB).
Als Tathandlungen nennt Art. 322sexies StGB gleich dem Tatbestand des "Sich-bestechen-Lassens" nach Art. 322quater StGB das "fordern", "sich versprechen lassen" oder "annehmen" eines nicht gebührenden Vorteils. Zur Erfüllung der Tatbestandsvariante "fordern" genügt eine einseitige Willenserklärung des Beamten. Die Forderung muss den Adressaten erreichen; nicht notwendig ist, dass der Empfänger die Forderung erfüllt oder dies auch nur in Aussicht stellt. Unter "sich versprechen lassen" versteht man die ausdrückliche oder konkludente Annahme (im Gegensatz zur blossen Entgegennahme) eines Angebots eines späteren Vorteils. Unter "annehmen" wird, wie dargelegt, die Entgegennahme des Vorteils zu eigener Verfügungsgewalt verstanden (Pieth, a.a.O., Art. 322quater N. 4 ff.).
6.4 Die Vorinstanz hat in sachverhaltlicher Hinsicht einzig festgestellt, der Beschwerdeführer habe Fr. 45'000.-- und eine Rolex-Uhr "im Zusammenhang mit dem Verkauf der Liegenschaft Piazzale alla Valle" angenommen, weshalb "der erforderliche Konnex zwischen Vorteil und Amtsführung gegeben" sei.
Sie äussert sich jedoch nicht zum Zeitpunkt der Überreichung der Vermögenswerte und lässt - nach dem Gesagten zu Unrecht - offen, ob die Vorteilszuwendung zukunftsgerichtet war oder eine nachträgliche Belohnung darstellte. Die Sache ist daher insoweit zur ergänzenden Sachverhaltsfeststellung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Sollte die Vorinstanz bei ihrer Neubeurteilung in Übereinstimmung mit den Ausführungen des Beschwerdeführers davon ausgehen, dieser habe die Vermögenswerte erst im Anschluss an den Verkauf der Liegenschaft Piazzale alla Valle erhalten, entfiele zwar die Tatbestandsvariante des "Annehmens". Soweit mit dem Anklagegrundsatz vereinbar, wird die Vorinstanz jedoch zu prüfen haben, ob der Beschwerdeführer die ihm nicht gebührenden Vorteile gefordert hat oder sich diese hat versprechen lassen.
Die Beschwerde ist damit zusammenfassend in diesem Punkt gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7. 7.1 In Bezug auf die Verurteilung wegen ungetreuer Amtsführung im Zusammenhang mit dem Verkauf der Liegenschaft Kriens macht der Beschwerdeführer geltend, er habe auf den Verkaufsentscheid des IAA keinen konkreten Einfluss gehabt. Insbesondere sei er weder formell noch faktisch in der Position gewesen, Entscheidungen zu fällen. Vielmehr habe er dem IAA einzig Verkaufsempfehlungen abgegeben. Zudem habe er O._ nicht dazu aufgefordert, bei seiner Verkehrswertschätzung einen zusätzlichen Abzug von Fr. 2 Mio. für ausserordentliche Unterhaltskosten vorzunehmen. Insgesamt bestünden fünf Verkehrswertgutachten, und der von O._ geschätzte Verkehrswert der Liegenschaft Kriens von Fr. 5,2 Mio. entspreche der Marktlage. Im Übrigen habe das Gutachten von O._ ohnehin keinen adäquat kausalen Einfluss auf den Verkaufsentscheid des IAA gehabt. Im Ergebnis habe schliesslich der Verkauf der Liegenschaft zu einem Preis von Fr. 4,5 Mio. nicht zu einem Vermögensschaden für die Beschwerdegegnerin 1 geführt. Jedenfalls sei er überzeugt gewesen, der Verkauf sei für die Beschwerdegegnerin 1 vorteilhaft. Er habe mithin weder in Schädigungs- noch in Bereicherungsabsicht gehandelt (Beschwerde S. 39-52).
7.2 Die Vorinstanz hat ausgeführt, als Immobilienfachmann und späterer Nachfolger ad interim von W._ habe der Beschwerdeführer gewusst, dass er nicht den tatsächlichen Verkehrswert für die Liegenschaft Kriens erhalte, wenn er diese sehr kurzfristig und einzig T._ beziehungsweise der von diesem teilweise beherrschten R._ AG zum Kauf anbiete und auf eine öffentliche Ausschreibung verzichte. Dass er damit die von ihm zu wahrenden öffentlichen Interessen im Umfang des Mindererlöses geschädigt habe, sei offensichtlich. Des Weiteren habe der Beschwerdeführer für die Liegenschaft Kriens über zwei weitere externe Verkehrswertschätzungen verfügt, welche einen signifikant höheren Verkehrswert ausgewiesen hätten als den Kaufpreis, den ihm W._ vorgegeben habe. Indem er seinem Antrag an den IAA dennoch einzig das Kaufangebot der R._ AG zugrunde gelegt habe, habe er seinen Willen manifestiert, die von ihm zu wahrenden öffentlichen Interessen zu schädigen. Der Beschwerdeführer habe im Zusammenhang mit den Liegenschaftsgeschäften ihm nicht gebührende Vorteile überreicht erhalten, und die Liegenschaft Kriens sei aufgrund des Handelns des Beschwerdeführers zum Vorteil der R._ AG beziehungsweise von W._ unter dem tatsächlichen Verkehrswert verkauft worden. Damit sei die Vorteilsabsicht des Beschwerdeführers erstellt. Der Tatbestand der ungetreuen Amtsführung sei in Bezug auf das Liegenschaftsgeschäft Kriens sowohl in objektiver als auch in subjektiver Hinsicht erfüllt (angefochtenes Urteil S. 60).
7.3 Gemäss Art. 314 StGB mit der Marginalie "Ungetreue Amtsführung" werden Beamte, die bei einem Rechtsgeschäft die von ihnen zu wahrenden öffentlichen Interessen schädigen, um sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen, mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder mit Geldstrafe bestraft. Mit der Freiheitsstrafe ist eine Geldstrafe zu verbinden.
Subjektiv erfordert die ungetreue Amtsführung einerseits Vorsatz, d.h. das Wissen um die Schädigung öffentlicher Interessen sowie den Willen dazu, und andererseits die Absicht, sich oder einem anderen einen unrechtmässigen Vermögensvorteil zu verschaffen. Der Vorteil muss sich für einen Dritten aus dem Rechtsgeschäft selbst ergeben (Marcel Alexander Niggli, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, 2. Aufl., 2007, Art. 314 N. 26 ff.; vgl. auch Günter Stratenwerth/Felix Bommer, a.a.O., § 57 N. 29).
7.4 Soweit der Beschwerdeführer in tatsächlicher Hinsicht behauptet, der von O._ geschätzte Verkehrswert entspreche der Marktlage, kann ihm nicht gefolgt werden.
Die Vorinstanz hat willkürfrei dargelegt, weshalb sie auf die sich auf die Mischwertmethode (Mischwert zwischen Ertrags- und Sachwert) stützende Verkehrswertberechnung des vom Untersuchungsrichter eingesetzten Experten N._, welcher von einem Verkehrswert der Liegenschaft Kriens von Fr. 7,3 Mio. ausgeht, abgestellt und daher den Verkaufspreis der Liegenschaft Kriens von Fr. 4,5 Mio. als deutlich unter dem Verkehrswert liegend eingestuft hat. Des Weiteren hat die Vorinstanz, ohne in Willkür zu verfallen, erwogen, dass der IAA der Festlegung des Mindestverkaufspreises den auf dem Verkehrswertgutachten von O._ beziehungsweise dem Kaufangebot der R._ AG basierenden Antrag des Beschwerdeführers zugrunde gelegt hat. Gestützt auf den erstellten Sachverhalt verletzt der Schluss der Vorinstanz, der Beschwerdegegnerin 1 sei durch den Liegenschaftsverkauf ein Vermögensschaden erwachsen, kein Bundesrecht.
7.5 In BGE 114 IV 133 E. 1a hat das Bundesgericht erwogen, ein Beamter, welcher selbst zwar keine endgültigen Entscheidungen treffe, jedoch aufgrund seines Fachwissens und seiner Stellung faktische Entscheidungskompetenz habe, könne den Tatbestand von Art. 314 StGB erfüllen. Denn wer als Beamter einen Entscheid derart beeinflusse, könne die öffentlichen Interessen auch schädigen, wenn er nicht selbst formell entscheide.
An dieser Rechtsprechung ist - trotz Kritik in der Lehre (vgl. Niggli, a.a.O., Art. 314 N. 11) - festzuhalten. Der Unrechtsgehalt der ungetreuen Amtsführung besteht darin, dass der Beamte bei einem Rechtsgeschäft - hier beim Verkauf einer Liegenschaft - private Interessen auf Kosten der öffentlichen bevorzugt. Für die Schädigung der öffentlichen Interessen ist - wie der zu beurteilende Fall deutlich macht - aber keine formelle Entscheidungskompetenz erforderlich, sondern es reicht aus, dass der Beschwerdeführer aufgrund seines Fachwissens und seiner Position in dem Sinne Einfluss auf den IAA nehmen konnte, dass dieser dem Liegenschaftsverkauf zu einem deutlich unter dem Marktwert liegenden Verkaufspreis zugestimmt hat.
7.6 Wie die Vorinstanz ohne Verstoss gegen Art. 9 BV erwogen hat, wusste der Beschwerdeführer, dass er mit dem Verkauf der Liegenschaft an die R._ AG zu einem unter dem Verkehrswert liegenden Preis, die Käuferin zum Nachteil seiner Arbeitgeberin bevorteilte. Gestützt hierauf hat die Vorinstanz zu Recht gefolgert, der Beschwerdeführer habe vorsätzlich und in Vorteilsabsicht gegen die ihm als Portfoliomanager obliegenden Pflichten, die Liegenschaften im Interesse der Beschwerdegegnerin 1 zu verwalten, verstossen.
7.7 Die Vorinstanz hat somit hinsichtlich des Verkaufs der Liegenschaft Kriens zutreffend sowohl den Tatbestand des Sich-bestechen-Lassens als auch jenen der ungetreuen Amtsführung als erfüllt erachtet, aufgrund unechter Konkurrenz zwischen den beiden Bestimmungen den Beschwerdeführer aber einzig wegen Art. 322quater StGB verurteilt (angefochtenes Urteil S. 72).
8. 8.1 In Bezug auf seine Verurteilung wegen ungetreuer Amtsführung in der Sache "Provision Liegenschaft Kriens" stellt sich der Beschwerdeführer auf den Standpunkt, ihm seien die Machenschaften von W._ - insbesondere dessen Beteiligung an der R._ AG - nicht bekannt gewesen. Entgegen den Ausführungen im angefochtenen Urteil sei für ihn auch nicht ersichtlich gewesen, dass S._ angeblich gar keine Vermittlungstätigkeit ausgeübt habe. W._ habe ihn als willenloses Werkzeug benutzt. Ihn als Mittäter zu qualifizieren, gehe daher fehl (Beschwerde S. 53-60).
8.2 Die Vorinstanz hat erwogen, der Beschwerdeführer habe mit S._ das Provisionsgeschäft abgeschlossen und mittels seines Visums formell die Richtigkeit der Honorarnote von S._ bestätigt. Ohne gemeinschaftliches Zusammenwirken zwischen W._ und dem Beschwerdeführer hätte sich - so betont die Vorinstanz weiter - die Provisionszahlung an S._ nicht verwirklichen lassen. Dem Beschwerdeführer sei mithin Tatherrschaft zugekommen, weshalb er als Mittäter zu qualifizieren sei (angefochtenes Urteil S. 67).
Die Vorinstanz führt weiter aus, gestützt auf die Aussagen von W._ sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer um das Ansinnen von W._, die Liegenschaft Kriens für die R._ AG, an welcher er beteiligt gewesen sei, zu erwerben, gewusst habe. Des Weiteren habe W._ den Beschwerdeführer dazu aufgefordert, S._ eine Vermittlungsprovision zu offerieren, obwohl dieser gegenüber der Beschwerdegegnerin 1 keinerlei Vermittlungsnachweis erbracht, sondern einzig Rechnung gestellt habe. Der Beschwerdeführer habe im Übrigen S._ weder Verkaufsunterlagen zur Verfügung gestellt noch mit diesem einen schriftlichen Vermittlungsvertrag abgeschlossen, obgleich es um eine beträchtliche Geldsumme gegangen sei. Schliesslich habe der Beschwerdeführer den angeblichen Honoraranspruch von S._ in keiner Art und Weise hinterfragt. Zusammenfassend sei damit erstellt, dass der Beschwerdeführer im Wissen darum, dass die Vermittlungsprovision nicht geschuldet gewesen sei, durch seine Visierung der Honorarnote die Auszahlung ermöglicht habe. Durch sein Vorgehen habe er seine Vorteilsabsicht zugunsten von S._ manifestiert und folglich nicht nur den objektiven, sondern auch den subjektiven Tatbestand der ungetreuen Amtsführung erfüllt (angefochtenes Urteil S. 68).
8.3 Gestützt auf den von der Vorinstanz willkürfrei als nachgewiesen erachteten Sachverhalt sind die Vorbringen des Beschwerdeführers, er habe weder um die Machenschaften von W._ gewusst, noch habe er erkannt, dass S._ gar keine Vermittlungstätigkeit ausgeübt habe, als blosse Schutzbehauptungen zu qualifizieren. Die rechtlichen Erörterungen der Vorinstanz zum Tatbestand der ungetreuen Amtsführung sind zutreffend. Die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Verstosses gegen Art. 314 StGB verletzt kein Bundesrecht.
9. 9.1 Der Beschwerdeführer wendet sich ferner gegen seine Verurteilung wegen Urkundenfälschung. Er habe nicht vorsätzlich gehandelt und damit den subjektiven Tatbestand der Urkundenfälschung nicht erfüllt (Beschwerde S. 60 f.).
9.2 Die Vorinstanz hat ausgeführt, der Beschwerdeführer habe mit seiner Visierung des Stempels die Prüfung und damit die Echtheit und inhaltliche Richtigkeit der unwahren Honorarabrechnung von S._ bestätigt. Der Honorarnote mit angebrachtem Stempel, Visum und Unterschrift komme erhöhte Glaubwürdigkeit zu. Im Ergebnis sei der Beschwerdeführer daher der Urkundenfälschung im Amt (Art. 317 StGB) schuldig zu sprechen (angefochtenes Urteil S. 69 f.).
Die Vorinstanz hat weiter hervorgehoben, der Beschwerdeführer habe um die Tatsache gewusst, dass die von ihm visierte Honorarnote nicht mit den tatsächlichen Gegebenheiten übereinstimme. Da ihm selbst die Kompetenz zugekommen sei, solche Beträge zur Auszahlung frei zu geben, habe er auch gewusst, dass sein Visum und der Stempel die Richtigkeit der Honorarforderung bestätigen würden. Indem er dergestalt vorgegangen sei, habe er seinen Willen zur Täuschung der Beschwerdegegnerin 1 kundgetan, weshalb er den subjektiven Tatbestand der Urkundenfälschung im Amt erfüllt habe (angefochtenes Urteil S. 71).
9.3 Gemäss Art. 317 Ziff. 1 StGB werden Beamte oder Personen öffentlichen Glaubens, die vorsätzlich eine Urkunde fälschen oder verfälschen oder die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützen (Abs. 1), oder die vorsätzlich eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkunden, namentlich eine falsche Unterschrift oder ein falsches Handzeichen oder eine unrichtige Abschrift beglaubigen (Abs. 2), wegen Urkundenfälschung im Amt mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft. Handelt der Täter fahrlässig, so ist die Strafe Busse (Art. 317 Ziff. 2 StGB).
Bei der Urkundenfälschung handelt es sich um ein abstraktes Gefährdungsdelikt. Geschütztes Rechtsgut ist das besondere Vertrauen, welches im Rechtsverkehr einer Urkunde als Beweismittel entgegengebracht wird (BGE 129 IV 53 E. 3.2).
Die Tathandlungen gemäss Art. 317 Ziff. 1 StGB entsprechen der Urkundenfälschung im engeren Sinn (Abs. 1) und der Falschbeurkundung (Abs. 2) gemäss Art. 251 Ziff. 1 StGB (vgl. BGE 117 IV 286 E. 6b).
Die Urkundenfälschung im engeren Sinn erfasst das Herstellen einer unechten Urkunde, deren wirklicher Aussteller mit dem aus ihr ersichtlichen Urheber nicht identisch ist. Demgegenüber betrifft die Falschbeurkundung die Errichtung einer echten, aber unwahren Urkunde, bei der also der wirkliche und der in der Urkunde enthaltene Sachverhalt nicht übereinstimmen. Die Falschbeurkundung erfordert eine qualifizierte schriftliche Lüge. Eine solche wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung angenommen, wenn der Urkunde eine erhöhte Glaubwürdigkeit zukommt und der Adressat ihr daher ein besonderes Vertrauen entgegenbringt. Dies ist der Fall, wenn allgemein gültige objektive Garantien die Wahrheit der Erklärung gegenüber Dritten gewährleisten, wie sie unter anderem in gesetzlichen Vorschriften wie etwa den Bilanzvorschriften der Art. 662a ff. OR und Art. 958 ff. OR liegen, die gerade den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen (BGE 132 IV 12 E. 8.1 und 129 IV 130 E. 2.1, je mit Hinweisen).
9.4 Der subjektive Tatbestand der Urkundenfälschung verlangt Vorsatz hinsichtlich aller objektiven Tatbestandsmerkmale, wobei Eventualvorsatz genügt. Verlangt wird des Weiteren ein Handeln in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an anderen Rechten zu schädigen oder sich oder einem anderen einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Der erstrebte Vorteil beziehungsweise die Schädigung müssen sich aus der zumindest in Kauf genommenen Verwendung der unechten respektive unwahren Urkunde ergeben. Dies setzt eine Täuschungsabsicht voraus, die sich regelmässig aus dem Willen des Täters ergibt, die Urkunde als echt beziehungsweise wahr zu verwenden. Dass eine Person tatsächlich getäuscht wird, ist nicht erforderlich, denn es entspricht dem Wesen der abstrakten Gefährdungsdelikte, dass nicht von Anbeginn an ersichtlich ist, in welcher Weise - d.h. bei welchen Personen und in welchem konkreten Sachzusammenhang - die dem Delikt innewohnende Gefahr sich auswirken kann. Die Absichten der fälschenden Person können sich auf einen vom Gesetz nicht näher bestimmten "unrechtmässigen Vorteil" zugunsten des Täters oder eines Dritten richten. Dabei genügt grundsätzlich jede Besserstellung.
9.5 In BGE 131 IV 126, welchen die Vorinstanz in ihrer Urteilsbegründung anführt, hat das Bundesgericht Rechnungen, auf welchen zu Prüfzwecken sog. Kontierungsstempel angebracht beziehungsweise visierte Kontierungszettel angeheftet wurden, als (zusammengesetzte) Urkunden qualifiziert. Bezögen sich die Prüfvermerke auf die inhaltliche Überprüfung der Rechnungen und bescheinige die Visierung deren inhaltliche Richtigkeit, so komme diesen eine erhöhte Glaubwürdigkeit zu (131 IV 125 E. 4.5).
9.6 Vor diesem Hintergrund hat die Vorinstanz zutreffend erwogen, W._ und der Beschwerdeführer hätten mit ihrer Visierung des Stempels beziehungsweise mit ihrer Unterschrift die Prüfung und damit die Echtheit der inhaltlich unwahren Honorarrechnung bestätigt. Der Honorarnote von S._ mit angebrachtem Stempel, Visum und Unterschrift kommt damit erhöhte Glaubwürdigkeit und folglich Urkundenqualität zu.
Die Vorinstanz hat weiter willkürfrei festgestellt, der Beschwerdeführer habe um die inhaltliche Unrichtigkeit der Honorarnote von S._ gewusst. Indem er wider besseres Wissen die Korrektheit der Abrechnung bescheinigt hat, hat er seine Absicht manifestiert, seine Arbeitgeberin zu täuschen und in deren Vermögen zu schädigen beziehungsweise S._ einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen.
Die Vorinstanz hat demnach auch den subjektiven Tatbestand der Urkundenfälschung im Amt (Art. 317 StGB) zu Recht bejaht.
10. Da der Beschwerdeführer mit seiner Beschwerde teilweise durchdringt, erübrigt sich ein Eingehen auf die von ihm gegen die Bemessung der Strafe erhobenen Rügen. Die Vorinstanz wird bei ihrer Neubeurteilung zugleich auch die Strafe neu festzusetzen haben.
11. Zusammenfassend ist die Beschwerde somit gutzuheissen, soweit der Beschwerdeführer der Vorteilsannahme im Sinne von Art. 322sexies StGB schuldig gesprochen worden ist. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig. Der Beschwerdegegnerin 1 sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 BGG). Sie und die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) haben jedoch den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2008 aufgehoben, soweit der Beschwerdeführer der Vorteilsannahme im Sinne von Art. 322sexies StGB schuldig gesprochen wurde, und die Sache insoweit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Die SUVA und die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) haben den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren je mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner