Faits:
A. La société A._ SA, de siège social à B._, fondée en 1993, avait pour but l'exploitation d'un commerce de quincaillerie, d'articles ménagers, d'articles de loisir, de vente d'armes et d'explosifs ainsi que de tous autres articles à usage domestique et de consommation courante. Son capital-actions, entièrement libéré, était de 300'000 fr. et ses actionnaires étaient C._ pour 245 actions et D._ pour 55 actions. Selon modification de ses statuts du 1er décembre 2003, A._ SA a changé sa raison sociale, qui est devenue la X._ SA (ci-après: la Société), a transféré son siège social de B._ à E._, commune de D._, et a modifié son but, savoir l'exploitation d'une pharmacie à D._. Le montant du capital-actions et sa répartition n'ont pas été modifiés. La Société a repris, à la valeur comptable, les actifs et les passifs de la raison individuelle X._ SA, propriété de C._. A fin 2003, le montant des pertes reportées liées à l'exploitation de A._ SA et admises par le fisc vaudois s'élevait à 1'092'436 fr.
B. Dans ses déclarations d'impôts cantonal et communal ainsi que d'impôt fédéral direct 2004 et 2005, la Société a indiqué un bénéfice d'exploitation de 285'411 fr., respectivement de 289'992 fr., invoqué des pertes fiscales reportées à concurrence de 1'092'436 fr. et déclaré un résultat négatif de 807'025 fr., respectivement de 517'033 fr.
Par décisions de taxation du 15 décembre 2006, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal des contributions) a refusé la déduction des pertes reportées et fixé le bénéfice imposable à 285'411 fr. pour l'année 2004 et à 289'992 fr. pour l'année 2005. Il a en outre arrêté le capital imposable à 492'169 fr. pour l'année 2004 et à 497'629 fr. pour l'année 2005, la différence par rapport au capital-actions provenant essentiellement de reprises pour sous-capitalisation.
A la suite des réclamations élevées le 11 janvier 2007 par la Société, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais (ci-après: la Commission d'impôt) a confirmé, par décisions du 6 février 2007, les taxations litigieuses du 15 décembre 2006. Elle a considéré que les pertes reportées découlant de l'activité de la quincaillerie, exploitée jusqu'au printemps 2003, ne pouvaient pas être reportées sur les résultats provenant de l'activité de la Société. En effet, A._ SA était liquidée de fait, ou économiquement, lorsqu'elle avait repris l'exploitation de la pharmacie, de sorte que la reprise de ses dettes était constitutive d'évasion fiscale.
C. A l'encontre des décisions de la Commission d'impôt du 6 février 2007, la Société, représentée par la Fiduciaire D._ SA, a interjeté deux recours, l'un pour l'année fiscale 2004, l'autre pour l'année fiscale 2005. Statuant par décision unique du 23 septembre 2009, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours) a partiellement admis les recours. Admettant le report des pertes des exercices 1997 à 2003 à concurrence de 1'092'436 fr. en 2004 et 807'025 fr. en 2005, elle a fixé le bénéfice net imposable à zéro fr. pour chacune des années fiscales considérées; elle a en revanche rejeté les conclusions de la Société concernant l'impôt sur le capital. S'agissant de l'impôt sur le bénéfice, elle a retenu, en substance, qu'à l'occasion d'un entretien téléphonique du 22 mai 2003 entre D._ et un collaborateur du Service cantonal des contributions, F._, celui-ci avait donné l'assurance à son interlocuteur que les pertes reportées pouvaient être prises en considération et que toutes les conditions du droit à la protection de la bonne foi étaient réalisées.
D. Agissant séparément par la voie du recours en matière de droit public, le Service cantonal des contributions (2C_99/2010) et l'Administration fédérale des contributions (2C_107/2010) demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais, principalement, d'annuler la décision de la Commission cantonale de recours du 23 septembre 2009 dans la mesure où elle fixe le bénéfice imposable de la Société à zéro fr. pour les années 2004 et 2005 et admet le report des pertes des exercices 1997 à 2003, subsidiairement, de renvoyer la cause à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des recours. Ils se plaignent d'une mauvaise appréciation de faits essentiels, parce que le mécanisme mis en place par la Société aurait dû amener la Commission cantonale de recours à retenir un cas d'évasion fiscale, ainsi que d'un abus du pouvoir d'appréciation, en ce sens que toutes les conditions pour l'application du principe de la protection de la bonne foi n'étaient pas remplies.
La Société conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet des recours et à la confirmation de la décision attaquée. La Commission cantonale de recours conclut au rejet des recours avec suite de frais. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours formé par le Service cantonal des contributions. Celui-ci n'a pas déposé d'observations sur le recours interjeté par celle-là.
Considérant en droit:
1. Dirigés contre la même décision d'une instance cantonale de recours, les deux recours reposent sur le même état de fait, exposent une argumentation similaire et contiennent des conclusions identiques. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure et de statuer sur les deux recours dans un seul arrêt (art. 24 PCF, applicable en vertu du renvoi de l'art. 71 LTF).
2. Les recours sont dirigés contre une décision rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [RS VS 642.1]) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. La qualité pour agir du Service cantonal des contributions repose sur l'art. 73 al. 1 et 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14; ATF 134 II 186 consid. 1.4 p. 189), celle de l'Administration fédérale des contributions sur les art. 89 al. 2 let. a LTF et 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11).
3. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID. Il n'est limité ni par les arguments des parties ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut ainsi admettre un recours pour un autre motif que ceux invoqués devant lui ou rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de l'autorité attaquée (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254; 133 V 515 consid. 1.3 p. 519).
4. Les recourants font grief à la Commission cantonale de recours d'avoir ignoré des éléments de fait essentiels qui auraient dû l'amener à la conclusion que l'opération de restructuration effectuée par l'intimée constituait un cas d'évasion fiscale et d'avoir examiné en premier lieu si les conditions du droit à la protection de la bonne foi étaient réalisées sans se prononcer sur le fond de l'affaire. Ils soutiennent en outre que la Commission cantonale de recours a abusé de son pouvoir d'appréciation en retenant, sur la base de simples déclarations formulées en termes généraux, que les conditions de la protection de la bonne foi étaient remplies dans le cas d'espèce.
Le moyen tiré de la priorité donnée à l'examen de la question de la protection de la bonne foi est discutable. Dans la mesure où la Commission cantonale de recours était parvenue à la conclusion que la Société devait être traitée conformément aux renseignements fournis par le fisc, selon lesquels la déduction des pertes reportées pouvait être admise, il était superflu qu'elle se prononce sur l'existence ou non d'un cas d'évasion fiscale, le résultat d'un tel examen n'étant pas susceptible d'influer sur le sort des recours. Elle pouvait considérer que le principe d'économie de procédure l'autorisait à procéder de la sorte, même si l'on peut évidemment douter de la portée de cette économie dans l'hypothèse où sa décision serait (partiellement) annulée (cf. consid. 5, ci-après).
4.1 Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636; 130 I 26 consid. 8.1 p. 60). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (1) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (2) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (3) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore (4) qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et (5) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637 et les références, en particulier ATF 99 Ib 94 consid. 4 p. 101 s.).
Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables; le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité, de sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; DANIELLE YERSIN, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, Remarques préliminaires n° 77; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des Steuerrechts, 6ème éd. 2002, p. 28 et les références).
Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables; le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité, de sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; DANIELLE YERSIN, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, Remarques préliminaires n° 77; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des Steuerrechts, 6ème éd. 2002, p. 28 et les références).
4.2 4.2.1 L'intimée se prévaut du principe de la protection de la bonne foi en s'appuyant sur une brève note interne établie le 23 mai 2003 par D._ qui, sans faire état des questions posées, reproduit les réponses téléphoniques obtenues de la part de MM. F._, du Service cantonal des contributions, G._, de l'Administration fédérale des contributions (Impôt anticipé), et H._, de l'Administration cantonale vaudoise des impôts, au sujet de la déductibilité des pertes reportées. Elle fait valoir que les renseignements ainsi obtenus étaient convergents et confirmaient la possibilité de la déduction fiscale. Dans le cadre de l'instruction du recours cantonal, la Commission cantonale de recours s'est adressée par écrit le 6 mai 2009 à F._ pour qu'il se détermine sur le contenu de l'entretien téléphonique qu'il avait eu le 22 mai 2003 avec D._. Le fonctionnaire valaisan s'est prononcé par courrier du 8 mai 2009. Soumis aux parties, ce courrier n'a donné lieu à aucune observation de leur part.
4.2.2 Parmi les cinq conditions posées par la jurisprudence pour pouvoir se prévaloir du principe de la bonne foi (cf. consid. 4.1, ci-dessus) seules les conditions (1) (intervention de l'autorité dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées) et, accessoirement, (3) (prise de conscience par l'administré de l'inexactitude du renseignement fourni) méritent d'être examinées. En effet, la réalisation des conditions (4) (dispositions prises par l'administré) et (5) (absence de modification de la réglementation) n'est pas réellement mise en cause par les recourants et celle de la condition (2) (autorité agissant dans les limites de ses compétences) doit être d'emblée admise. Dans la mesure où l'actionnaire principal de A._ SA envisageait de modifier le but de sa société et d'en déplacer le siège social dans le canton du Valais, il était logique que les renseignements d'ordre fiscal concernant la possibilité de déduire les pertes reportées soient recueillis auprès du fisc du canton qui serait compétent pour la future taxation de cette société. Quant à l'objection du Service cantonal des contributions selon laquelle seule la Commission d'impôt était compétente, elle relève d'un formalisme excessif. C'est en règle générale aux taxateurs chargés de leur dossier que les contribuables ont l'habitude de s'adresser. En l'espèce, c'est d'ailleurs le taxateur qui a formulé à l'intention de la Commission d'impôt la proposition de décision que celle-ci a arrêtée dans sa séance du 31 janvier 2007. Au demeurant, F._ n'a pas indiqué à D._ qu'il n'était pas compétent et ne l'a pas invité à s'adresser à la Commission d'impôt.
4.2.3 S'agissant de l'exigence selon laquelle l'autorité doit s'être prononcée dans un cas concret à l'égard d'une personne déterminée, force est de constater que l'on ignore tout de l'étendue des faits communiqués par D._ à F._. Dans la mesure où la déductibilité des pertes n'est pas admise dans l'hypothèse d'une évasion fiscale, il importait pourtant, afin que le renseignement sollicité lie le fisc, que D._ fournisse tous les éléments de fait permettant à son interlocuteur d'apprécier la situation sous cet angle. Or, il résulte du témoignage écrit de F._ que les renseignements fournis étaient d'ordre général et ne concernaient pas un cas concret susceptible d'éveiller le soupçon d'évasion fiscale. Le fonctionnaire valaisan a en effet indiqué qu'il avait probablement dû répondre de manière générale et que l'absence de procès-verbal de l'entretien téléphonique signifiait qu'il n'avait été saisi que d'une demande générale de la part de D._. Il a donc vraisemblablement répondu que, d'une manière générale, la déductibilité des pertes était admise fiscalement dans l'hypothèse d'une société anonyme modifiant son but social et transférant son siège dans un autre canton. Et c'est probablement la même réponse d'ordre général qui a été communiquée à D._ par les deux autres fonctionnaires (fédéral et vaudois) qu'il a contactés. Il n'est ainsi pas établi que F._ ait été en possession de tous les éléments utiles (identité exacte de l'intimée, reprise d'une entreprise économiquement saine exploitée sous forme de raison individuelle par une société anonyme surendettée n'ayant plus réellement d'activité économique, montants en jeu, incidences fiscales de l'opération projetée) pour pouvoir se prononcer concrètement, en particulier sur le risque lié à l'existence d'un cas d'évasion fiscale. Il est d'ailleurs douteux que, dans une situation telle que celle de la présente espèce, des renseignements fournis puissent lier le fisc en l'absence de communication d'un certain nombre de documents lui permettant de saisir les tenants et les aboutissants de l'opération envisagée. En outre, c'est en vain que l'intimée soutient que F._ aurait dû agir avec plus de retenue, soit en refusant de répondre, soit en requérant lui-même certains renseignements complémentaires. Comme il l'a expliqué, le fonctionnaire valaisan est intervenu dans le cadre des contacts téléphoniques qu'il est amené à avoir régulièrement avec des fiduciaires sur des demandes d'ordre général et il ne lui appartenait pas de procéder à une forme d'instruction orale pour recueillir les éléments de fait qui ne lui étaient pas spontanément communiqués.
La règle de l'application limitée du principe de la bonne foi en droit fiscal implique que les conditions de la protection qu'il entraîne soient strictement réalisées. Or, il n'est pas possible de considérer qu'en l'espèce, le fisc valaisan est intervenu dans un cas concret à l'égard d'une personne déterminée, faute d'avoir été suffisamment nanti des éléments de fait qui l'auraient amené à s'écarter de la pratique consistant à ne communiquer par téléphone que des informations d'ordre général.
4.2.4 Compte tenu de ce qui précède, il est superflu d'examiner dans le détail la condition selon laquelle le contribuable n'a pas pu se rendre compte de l'inexactitude du renseignement obtenu. On relèvera toutefois, à ce sujet, que la remarque des recourants selon laquelle D._, en tant que mandataire professionnel qualifié et actionnaire de l'intimée, aurait dû faire en sorte d'obtenir une confirmation écrite de la part du fisc, est justifiée. Une telle précaution s'imposait pour des questions de preuve. A cet égard, il est indifférent que D._, qui est intervenu dans toutes les phases de la procédure et a cosigné les recours à l'intention de la Commission cantonale de recours, ne soit pas au bénéfice d'une large expérience des "rulings" fiscaux.
Si un bref entretien téléphonique avec le fisc peut suffire, au stade de la réflexion générale, quant à l'élaboration d'un projet de restructuration de société et à ses conséquences fiscales pour décider d'engager ou non l'opération projetée, il est manifestement insuffisant pour s'engager dans la phase d'exécution sans s'enquérir concrètement, par le biais d'assurances écrites, du détail de ses incidences fiscales.
Toutes les conditions liées à l'exercice du droit à la protection de la bonne foi n'étant pas réunies, c'est à tort que la Commission cantonale de recours a considéré sur cette base que l'intimée pouvait se prévaloir de garanties données quant à la déductibilité des pertes reportées.
5. Il résulte de ce qui précède que les recours doivent être admis.
Il y a lieu d'annuler partiellement la décision attaquée, soit les ch. 1a, 1b, 2 et 3 de son dispositif, le ch. 1c de son dispositif n'ayant pas été contesté devant l'Autorité de céans.
Comme la décision entreprise ne contient pas les éléments de fait suffisants pour pouvoir statuer, il convient de renvoyer la cause à la Commission cantonale de recours (art. 107 al. 2 LTF) afin qu'elle se prononce sur la déductibilité des pertes invoquées par l'intimée pour les périodes fiscales 2004 et 2005 en relation avec l'éventuelle existence d'un cas d'évasion fiscale (cf. supra, consid. 4) et qu'elle statue à nouveau sur le sort des frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF) - bien que les recourants n'aient pas pris de conclusions sur ce dernier point (cf. BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 9 ad art. 107 LTF).
Les frais judiciaires de la présente procédure sont mis à la charge de l'intimée (art. 66 al. 1 LTF), qui n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours 2C_99/2010 et 2C_107/2010 sont joints.
2. Les recours 2C_99/2010 et 2C_107/2010 sont admis et la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 23 septembre 2009 est partiellement (ch. 1a, 1b, 2 et 3 de son dispositif) annulée.
3. La cause est renvoyée à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais pour nouvelle décision dans le sens des considérants et pour qu'elle statue à nouveau sur le sort des frais et dépens de la procédure cantonale.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
5. Le présent arrêt est communiqué au Service cantonal des contributions du canton du Valais, à l'Administration fédérale des contributions, aux mandataires de l'intimée et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais.
Lausanne, le 6 septembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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