Sachverhalt:
A. A.a Am 24. Juli 2006 eröffnete das Sekretariat der Wettbewerbskommission gegen die Telekurs Multipay AG wegen des Verdachts des Missbrauchs einer marktbeherrschenden Stellung im Zusammenhang mit der Währungsumrechnungsfunktion in Kreditkartenterminals ("Dynamic Currency Conversion, DCC") eine Vorabklärung. Gestützt auf den Schlussbericht vom 10. Januar 2007 leitete sie am 17. Januar 2007 im Einverständnis mit dem Präsidenten der Wettbewerbskommission (WEKO) eine kartellrechtliche Untersuchung gegen die Telekurs Multipay AG und die Telekurs Card Solutions AG ein (Verfahren 32-0205). Die Verfahrensaufsicht oblag Olivier Schaller als zuständigem Vizedirektor.
A.b Am 14. Mai 2007 orientierte der gemeinsame Rechtsvertreter der SWX Group (SWX), der SIS Swiss Financial Services Group (SIS) und der Telekurs Holding AG das Sekretariat der WEKO telefonisch darüber, dass die drei Unternehmen einen Zusammenschluss planten. Am 11. Juni 2007 präsentierten Vertreter der Fusionspartner an einer Besprechung in Bern ihr Projekt. Bei dieser Gelegenheit legte Vizedirektor Schaller dem General Counsel der Telekurs Holding AG einen Vorschlag für eine einvernehmliche Lösung in Sachen "Telekurs/Terminals mit DCC" vor, wogegen sich dieser verwahrte. Am 14. Juni 2007 beschwerte sich der Rechtsvertreter der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG beim Kommissionspräsidenten der WEKO über dieses Vorgehen: Olivier Schaller erscheine als befangen, weil er versucht habe, zwei Verfahren, die nichts miteinander zu tun hätten, in einen Zusammenhang zu rücken.
A.c Mit Schreiben vom 15. Juni 2007 an den Rechtsvertreter der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG teilte Vizedirektor Schaller mit, in Sachen "Telekurs/Terminals DCC" sowie "Zusammenschluss SWX, SIS und Telekurs Holding AG" in den Ausstand zu treten; an der Sitzung vom 11. Juni 2007 habe der missverständliche Eindruck entstehen können, dass zwischen den beiden Verfahren ein Sachzusammenhang bestehe, was nicht der Fall sei. Gleichentags informierte der Direktor des Sekretariats der WEKO darüber, dass die beiden umstrittenen Geschäfte ab sofort von ihm in Zusammenarbeit mit den bisher zuständigen Dossierverantwortlichen weitergeführt würden.
B. B.a Mit Schreiben vom 19. Juni 2007 forderte der Rechtsvertreter der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG das Sekretariat der WEKO auf, alle Verfahrenshandlungen in Sachen "Telekurs/ Terminals mit DCC" zu wiederholen, an denen Olivier Schaller mitgewirkt habe, was dieses am 12. Juli 2007 ablehnte. Auf Gesuch der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG hin bestätigte das Sekretariat zusammen mit einem Mitglied des Präsidiums der WEKO am 5. November 2007 seine Auffassung im Rahmen einer Zwischenverfügung.
B.b Das Bundesverwaltungsgericht hiess die gegen diesen Entscheid gerichtete Beschwerde der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG am 1. September 2008 im Sinne der Erwägungen teilweise gut: Im Verfahren "Telekurs/Terminals mit DCC" sei Olivier Schaller frühstens am 14. Mai 2007 ausstandspflichtig geworden, weshalb die Verfahrenshandlungen, an denen er ab diesem Zeitpunkt mitgewirkt habe, aufgehoben werden müssten; sein Vorschlag für eine einvernehmliche Lösung vom 11. Juni 2007 sei deshalb aus den Akten zu entfernen. Ergänzend hielt es allgemein fest, dass die WEKO bzw. ihr Sekretariat bei der Weiterführung der Untersuchung werde "sicherstellen müssen, dass darauf keine Personen Einfluss nehmen, welche bereits an der Formulierung des umstrittenen Vorschlags mitwirkten".
C. C.a Hiergegen sind die SIX Multipay AG und die SIX Card Solutions AG als Rechtsnachfolgerinnen der Telekurs Multipay AG bzw. der Telekurs Card Solutions AG am 6. Oktober 2008 mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, die Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. November 2007 aufzuheben und diese anzuweisen, "alle Verfahrenshandlungen des Verfahrens 32-0205, an denen Vizedirektor Dr. Olivier Schaller bis zum 14. Mai 2007 formell oder materiell mitgewirkt" habe, "zu wiederholen und die diesen Verfahrensschritten zugehörigen Akten aus dem Recht zu weisen". Die SIX Multipay AG und die SIX Card Solutions AG machen geltend, es bestehe die Möglichkeit, dass Vizedirektor Schaller bereits zu Beginn des Verfahrens befangen gewesen sei, weshalb die vor dem 14. Mai 2007 vorgenommenen Verfahrenshandlungen an einem Mangel litten, welcher sich "mit grosser Wahrscheinlichkeit" auf den Endentscheid auswirke.
C.b Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich zur Beschwerde zu äussern. Die Wettbewerbskommission beantragt, diese abzuweisen; sie regt an, klarzustellen, dass der Ausstand nicht "ansteckend" wirke, d.h. nicht die blosse Mitarbeit in einem Team, aus dessen Kreis eine Person in den Ausstand trete, per se zum Anschein der Befangenheit aller Teammitglieder führen müsse, wie dies die Begründung des Bundesverwaltungsgerichts nahelegen könnte.
C.c Mit Verfügung vom 4. November 2008 hat der Abteilungspräsident der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung beigelegt.
Erwägungen:
1. 1.1 Selbständig eröffnete, durch das Bundesverwaltungsgericht bestätigte Vor- und Zwischenentscheide der Wettbewerbskommission über Ausstandsbegehren können mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (vgl. Art. 31 ff. VGG; Art. 82 ff. und Art. 92 BGG). Verfahrensgegenstand bildet vorliegend zwar nicht das Ausstandsgesuch gegen Vizedirektor Schaller als solches, da dieser am 15. Juni 2007 von sich aus auf eine weitere Teilnahme an den umstrittenen Verfahren verzichtet hat, jedoch die damit eng verknüpfte Frage, welche Wirkungen bzw. Rechtsfolgen mit diesem Ausstand verbunden sind. Auf die Beschwerde ist deshalb einzutreten.
1.2 Als unzulässig erweist sich der Antrag der Beschwerdeführerinnen, die Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. November 2007 aufzuheben: Anfechtungsobjekt vor Bundesgericht bildet nur der diese schützende Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (Devolutiveffekt; vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die ursprüngliche Verfügung gilt lediglich inhaltlich als mitangefochten (vgl. BGE 129 II 438 E. 1 S. 441; 125 II 29 E. 1c S. 33). Nicht weiter einzugehen ist auch auf die Ausführungen der Beschwerdeführerinnen bezüglich der straf- oder disziplinarrechtlichen Relevanz des am Gespräch vom 11. Juni 2007 Vorgefallenen: Hierzu liegt kein anfechtbarer Entscheid vor; die entsprechenden Fragen bilden nicht Verfahrensgegenstand.
2. 2.1 Nach Art. 39 des Bundesgesetzes vom 6. Oktober 1995 über Kartelle und andere Wettbewerbsbeschränkungen (Kartellgesetz, KG; SR 251) finden auf die wettbewerbsrechtlichen Verfahren die Bestimmungen des Verwaltungsverfahrensgesetzes (VwVG; SR 172.021) Anwendung, soweit die Spezialgesetzgebung nichts anderes vorsieht. Art. 22 KG regelt lediglich den Ausstand von Kommissionsmitgliedern; für die Angehörigen des Sekretariats richtet sich dieser in Konkretisierung von Art. 29 Abs. 1 BV (vgl. RETO FELLER, in: Auer/Müller/Schindler, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], Zürich/St. Gallen 2008, Rz. 1 zu Art. 10 VwVG; zur verfassungsrechtlichen Dimension: GEROLD STEINMANN, in: Ehrenzeller/Mastronardi/Schweizer/Vallender, Die schweizerische Bundesverfassung, 2. Aufl., Zürich/St.Gallen 2008, Bd. 1, Rz. 18 zu Art. 29 BV) nach den allgemeinen Regeln des Verwaltungsverfahrensgesetzes (ROMINA CARCAGNI, in: Baker&McKenzie, Kartellgesetz, Bern 2007, Rz. 35 zu Art. 22 KG; JÜRG BORER, Kartellgesetz, Zürich 2005, Rz. 23 zu Art. 39 KG).
2. 2.1 Nach Art. 39 des Bundesgesetzes vom 6. Oktober 1995 über Kartelle und andere Wettbewerbsbeschränkungen (Kartellgesetz, KG; SR 251) finden auf die wettbewerbsrechtlichen Verfahren die Bestimmungen des Verwaltungsverfahrensgesetzes (VwVG; SR 172.021) Anwendung, soweit die Spezialgesetzgebung nichts anderes vorsieht. Art. 22 KG regelt lediglich den Ausstand von Kommissionsmitgliedern; für die Angehörigen des Sekretariats richtet sich dieser in Konkretisierung von Art. 29 Abs. 1 BV (vgl. RETO FELLER, in: Auer/Müller/Schindler, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], Zürich/St. Gallen 2008, Rz. 1 zu Art. 10 VwVG; zur verfassungsrechtlichen Dimension: GEROLD STEINMANN, in: Ehrenzeller/Mastronardi/Schweizer/Vallender, Die schweizerische Bundesverfassung, 2. Aufl., Zürich/St.Gallen 2008, Bd. 1, Rz. 18 zu Art. 29 BV) nach den allgemeinen Regeln des Verwaltungsverfahrensgesetzes (ROMINA CARCAGNI, in: Baker&McKenzie, Kartellgesetz, Bern 2007, Rz. 35 zu Art. 22 KG; JÜRG BORER, Kartellgesetz, Zürich 2005, Rz. 23 zu Art. 39 KG).
2.2 2.2.1 Danach müssen Personen bei der Vorbereitung und dem Erlass einer Verfügung in den Ausstand treten, die an der Sache ein persönliches Interesse haben (Art. 10 Abs. 1 lit. a VwVG), mit einer Partei verwandtschaftlich besonders verbunden sind (Art. 10 Abs. 1 lit. b und bbis VwVG), sich mit der Sache als Parteivertreter bereits beschäftigt haben (Art. 10 Abs. 1 lit. c VwVG) oder aus anderen Gründen in der Sache befangen sein könnten (Art. 10 Abs. 1 lit. d VwVG). Die Generalklausel von Art. 10 Abs. 1 lit. d VwVG gilt als erfüllt, wenn Tatsachen vorliegen, die das Misstrauen in die Unbefangenheit und damit in die Unparteilichkeit des Amtswalters objektiv rechtfertigen. Auf das subjektive Empfinden der Partei, welche die Befangenheit behauptet, kommt es dabei ebensowenig an (BGE 111 Ia 259 E. 3a S. 263, 97 I 91 E. 2 S. 94) wie darauf, ob tatsächlich eine Befangenheit besteht (BGE 97 I 91 E. 3 S. 94 f.; 120 IV 226 E. 4b S. 236 f.). Es genügt, dass der Anschein einer solchen durch objektive Umstände und vernünftige Gründe glaubhaft dargetan erscheint (BGE 133 I 89 E. 3.2 S. 92 mit Hinweisen; vgl. Art. 36 Abs. 1 Satz 2 BGG; FELLER, a.a.O., Rz. 15 zu Art. 10 VwVG). Für verwaltungsinterne Verfahren gilt dabei nicht der gleich strenge Massstab wie gemäss Art. 30 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK für unabhängige richterliche Behörden (vgl. BGE 125 I 209 E. 8; 112 Ia 142 E. 2d S. 147; FELLER, a.a.O., Rz. 1 zu Art. 10 VwVG; STEINMANN, a.a.O., Rz. 18 zu Art. 29 BV; KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, Rz. 3 zu § 5a VRPG/ZH); gerade die systembedingten Unzulänglichkeiten des verwaltungsinternen Verfahrens haben zur Schaffung unabhängiger richterlicher Instanzen geführt. Im Interesse einer beförderlichen Rechtspflege sind Ablehnungs- und Ausstandsbegehren gegen nicht richterliche Justizpersonen bzw. gegen Personen, die an einem Verwaltungsentscheid in irgendeiner Form beratend oder instruierend mitwirken, nicht leichthin gutzuheissen (Urteil 1B_22/2007 vom 29. Mai 2007 E. 3.3; KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, a.a.O., Rz. 6 zu § 5a VRPG/ZH). Die für den Anschein der Befangenheit sprechenden Umstände müssen jeweils im Einzelfall unter Berücksichtigung der Funktion und der Organisation der betroffenen Verwaltungsbehörde gewichtet werden (BGE 127 I 196 E. 2b; BREITENMOSER/SPORI FEDAIL, in: Waldmann/Weissenberger, VwVG, Praxiskommentar, Zürich/Basel/ Genf 2009, Rz. 8 ff. zu Art. 10 VwVG; FELLER, a.a.O., Rz. 1 zu Art. 10 VwVG). Ein Ausstandsbegehren ist zwar grundsätzlich in jedem Verfahrensabschnitt zulässig; nach Kenntnis des entsprechenden Grunds ist es jedoch unverzüglich einzureichen; wird hiermit grundlos zugewartet, verstösst dies gegen den Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 BV) und gilt der Anspruch auf den Ausstand des betreffenden Behördemitglieds oder Sachbearbeiters praxisgemäss als verwirkt (vgl. BGE 134 I 20 E. 4.3.1; 132 II 485 E. 4.3 mit Hinweisen; FELLER, a.a.O., Rz. 35 zu Art. 10 VwVG).
2.2.2 Weder dem Kartellgesetz noch dem Verwaltungsverfahrensgesetz kann entnommen werden, welche Konsequenzen bei der Mitwirkung einer ausstandspflichtigen Person in sachlicher oder zeitlicher Hinsicht zu ziehen sind. Die geeigneten Rechtsfolgen müssen deshalb im Einzelfall aufgrund der konkreten Umstände bestimmt werden, wobei es gilt, einen möglichst sachgerechten Ausgleich zwischen der Verfahrensgerechtigkeit einerseits und der Verwaltungseffizienz andererseits zu schaffen (vgl. TANJA MAIER, Befangenheit im Verwaltungsverfahren, Die Regelungen der EU-Mitgliedstaaten im Rechtsvergleich, Berlin 2001, S. 254 ff.). Grundsätzlich ist der Anspruch auf eine unbefangene Entscheidinstanz formeller Natur; eine Verfügung, die in Missachtung der Ausstandsvorschriften getroffen wurde, ist deshalb regelmässig unabhängig von den Erfolgsaussichten in der Sache selber aufzuheben. Die bundesgerichtliche Praxis lässt eine Heilung in-dessen zu und sieht im Interesse der Verwaltungseffizienz von einer Aufhebung ausnahmsweise dann ab, wenn die Ausstandspflichtsverletzung im Verwaltungsverfahren nicht schwer wiegt und ein Einfluss auf den Inhalt der Entscheidung praktisch ausgeschlossen werden kann (Urteil 1C_378/2008 vom 27. Januar 2009 E. 2.7 unter Hinweis auf die Urteile 1A.160/2004 vom 10. März 2005 E. 2, 2P.152/2002 vom 12. Dezember 2002 E. 3.2, 2A.364/1995 vom 14. Februar 1997 E. 4, in: ZBl 99/1998 S. 289; BENJAMIN SCHINDLER, Die Befangenheit der Verwaltung, Zürich 2002, S. 215 ff.; BREITENMOSER/SPORI FEDAIL, a.a.O., Rz. 103 zu Art. 10 VwVG; FELLER, a.a.O., Rz. 34 zu Art. 10 VwVG). Unter Verletzung der Ausstandspflicht vorgenommene Amtshandlungen im Vorfeld des Entscheids, die sich auf diesen auswirken können, sind zu wiederholen, soweit dies möglich ist (BREITENMOSER/SPORI FEDAIL, a.a.O., Rz. 102; KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, a.a.O., Rz. 7 zu § 5a VRPG/ZH; REGINA KIENER, Richterliche Unabhängigkeit, Bern 2001, S. 369); nicht erforderlich erscheint dies mangels Relevanz bei einem von einer ausstandspflichtigen Person korrekt durchgeführten Schriftenwechsel, hingegen allenfalls bei einem für den Entscheid wesentlichen Augenschein (so MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, Bern 1997, Rz. 8 zu Art. 9 VRPG/BE). Die im Ausstand befindliche Person ist auf jeden Fall vom weiteren Meinungsbildungs- und Entscheidungsprozess ausgeschlossen; sie darf an Beratungen und Abstimmungen über den konkreten Fall nicht mehr aktiv teilnehmen oder dabei auch nur anwesend sein; zudem ist ihr Aktenzugang zu beschränken (vgl. CARCAGNI, in: Baker&McKenzie, a.a.O., Rz. 30 zu Art. 22 KG; BREITENMOSER/SPORI FEDAIL, a.a.O., Rz. 31 zu Art. 10 VwVG; FELLER, a.a.O., Rz. 32 zu Art. 10 VwVG; ALESSANDRO BIZZOZERO, in: Tercier/Bovet, Droit de la concurrence, Genf/Basel/München 2002, Rz. 22 zu Art. 22 KG).
2.2.2 Weder dem Kartellgesetz noch dem Verwaltungsverfahrensgesetz kann entnommen werden, welche Konsequenzen bei der Mitwirkung einer ausstandspflichtigen Person in sachlicher oder zeitlicher Hinsicht zu ziehen sind. Die geeigneten Rechtsfolgen müssen deshalb im Einzelfall aufgrund der konkreten Umstände bestimmt werden, wobei es gilt, einen möglichst sachgerechten Ausgleich zwischen der Verfahrensgerechtigkeit einerseits und der Verwaltungseffizienz andererseits zu schaffen (vgl. TANJA MAIER, Befangenheit im Verwaltungsverfahren, Die Regelungen der EU-Mitgliedstaaten im Rechtsvergleich, Berlin 2001, S. 254 ff.). Grundsätzlich ist der Anspruch auf eine unbefangene Entscheidinstanz formeller Natur; eine Verfügung, die in Missachtung der Ausstandsvorschriften getroffen wurde, ist deshalb regelmässig unabhängig von den Erfolgsaussichten in der Sache selber aufzuheben. Die bundesgerichtliche Praxis lässt eine Heilung in-dessen zu und sieht im Interesse der Verwaltungseffizienz von einer Aufhebung ausnahmsweise dann ab, wenn die Ausstandspflichtsverletzung im Verwaltungsverfahren nicht schwer wiegt und ein Einfluss auf den Inhalt der Entscheidung praktisch ausgeschlossen werden kann (Urteil 1C_378/2008 vom 27. Januar 2009 E. 2.7 unter Hinweis auf die Urteile 1A.160/2004 vom 10. März 2005 E. 2, 2P.152/2002 vom 12. Dezember 2002 E. 3.2, 2A.364/1995 vom 14. Februar 1997 E. 4, in: ZBl 99/1998 S. 289; BENJAMIN SCHINDLER, Die Befangenheit der Verwaltung, Zürich 2002, S. 215 ff.; BREITENMOSER/SPORI FEDAIL, a.a.O., Rz. 103 zu Art. 10 VwVG; FELLER, a.a.O., Rz. 34 zu Art. 10 VwVG). Unter Verletzung der Ausstandspflicht vorgenommene Amtshandlungen im Vorfeld des Entscheids, die sich auf diesen auswirken können, sind zu wiederholen, soweit dies möglich ist (BREITENMOSER/SPORI FEDAIL, a.a.O., Rz. 102; KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, a.a.O., Rz. 7 zu § 5a VRPG/ZH; REGINA KIENER, Richterliche Unabhängigkeit, Bern 2001, S. 369); nicht erforderlich erscheint dies mangels Relevanz bei einem von einer ausstandspflichtigen Person korrekt durchgeführten Schriftenwechsel, hingegen allenfalls bei einem für den Entscheid wesentlichen Augenschein (so MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, Bern 1997, Rz. 8 zu Art. 9 VRPG/BE). Die im Ausstand befindliche Person ist auf jeden Fall vom weiteren Meinungsbildungs- und Entscheidungsprozess ausgeschlossen; sie darf an Beratungen und Abstimmungen über den konkreten Fall nicht mehr aktiv teilnehmen oder dabei auch nur anwesend sein; zudem ist ihr Aktenzugang zu beschränken (vgl. CARCAGNI, in: Baker&McKenzie, a.a.O., Rz. 30 zu Art. 22 KG; BREITENMOSER/SPORI FEDAIL, a.a.O., Rz. 31 zu Art. 10 VwVG; FELLER, a.a.O., Rz. 32 zu Art. 10 VwVG; ALESSANDRO BIZZOZERO, in: Tercier/Bovet, Droit de la concurrence, Genf/Basel/München 2002, Rz. 22 zu Art. 22 KG).
2.3 2.3.1 Wenn das Bundesverwaltungsgericht bzw. die Wettbewerbskommission davon ausgegangen sind, dass es sich im vorliegenden Fall erübrigte, sämtliche bisherigen Instruktionshandlungen zu wiederholen, an denen Vizedirektor Schaller beteiligt war bzw. für die er die Verantwortung zu übernehmen hatte, ist dies nicht zu beanstanden: Die Beschwerdeführerinnen haben erst gestützt auf den nicht traktandierten und in Abwesenheit des Rechtsvertreters der Telekurs Multipay AG bzw. der Telekurs Card Solutions AG an der Sitzung vom 11. Juni 2007 erfolgten Vorschlag für eine einvernehmliche Lösung im Verfahren "Telekurs/Terminals mit DCC" auf eine mögliche Befangenheit des zuständigen Vizedirektors geschlossen. Der von ihnen gerügte, nicht bestehende Konnex zwischen dem Untersuchungs- und Fusionsverfahren konnte vom betroffenen Vizedirektor frühstens ab Kenntnis des Zusammenschlussvorhabens, d.h. ab der Information vom 14. Mai 2007, gemacht worden sein, weshalb die Amtshandlungen vor diesem Datum an keinem ausstandsrechtlichen Mangel leiden. Die Beschwerdeführerinnen behaupten selber nicht, dass bereits zuvor ein anderer Ausstandsgrund bestanden hätte; ein solcher wäre von ihnen - wie dargelegt - im Übrigen sofort geltend zu machen gewesen, was sie nicht getan haben; im Gegenteil: Bis zum 7. Februar 2007 haben alle im Rahmen der Vorabklärungen Beteiligten - auch die Beschwerdeführerinnen - ausdrücklich ihr Einverständnis zur Übernahme der Akten der Vorabklärungen in die Untersuchung gegeben. Die weiteren Instruktionshandlungen vom 16. März bzw. 2. April 2007 lassen weder ihrem Inhalt noch ihrer Form nach in irgendeiner Weise auf eine Befangenheit des zuständigen Vizedirektors oder der beteiligten Sachbearbeiter schliessen. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern diesbezüglich die Korrektheit der Verfahrensführung zu bezweifeln wäre und der Ausgang des Untersuchungsverfahrens nicht mehr als offen gelten könnte.
2.3.2 Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerinnen genügt die rein hypothetische Möglichkeit, dass ein während des Verfahrens zu einem bestimmten bzw. bestimmbaren Zeitpunkt eingetretener Ausstandsgrund sich bereits früher auf das Verfahren ausgewirkt haben könnte, nicht dazu, sämtliche Verfahrensschritte wiederholen zu lassen. Diese Massnahme erwiese sich nur als verhältnismässig, wenn objektive, nachvollziehbare Umstände für einen Anschein der Befangenheit im Zeitpunkt der Vornahme der jeweiligen Instruktionshandlungen selber bestünden. Richtig ist, dass Art. 10 Abs. 1 lit. d VwVG zwar keine tatsächliche Befangenheit voraussetzt, sondern für die Aus-standspflicht bereits den Anschein einer solchen genügen lässt; dieser muss jedoch seinerseits auf Tatsachen beruhen, welche ein Misstrauen in die befangenheitsrechtliche Korrektheit der jeweiligen Amtshandlung konkret nahezulegen vermögen. Soweit die Beschwerdeführerinnen beiläufig auch darauf hinweisen, dass Vizedirektor Schaller "aufgrund der früher" mit ihnen "geführten Untersuchungen" befangen sein könnte, verkennen sie, dass allein die Teilnahme an anderen, allenfalls zu ihren Ungunsten entschiedenen Verfahren keinen entsprechenden Anschein zu begründen vermag (vgl. BGE 114 Ia 278 E. 1).
2.3.3 Gegen eine Wiederholung sämtlicher Instruktionshandlungen spricht schliesslich auch der Ablauf des wettbewerbsrechtlichen Verfahrens: Der Gesetzgeber hat mit der Vorabklärung (Art. 26 KG) und der Untersuchung (Art. 27 - 30 KG) im Wettbewerbsrecht bewusst weitgehend spezialgesetzlich geregelte Verfahren geschaffen; weder die Eröffnung noch die Nichteröffnung einer Vorabklärung oder Untersuchung bilden eine anfechtbare Verfügung; die materiellrechtliche Frage der Zulässigkeit bzw. direkten Sanktionierbarkeit einer Verhaltensweise wird - kommt es zu keiner einvernehmlichen Regelung im Vorverfahren - durch die Wettbewerbskommission und nicht deren Sekretariat entschieden (BGE 2C_292/2008 vom 12. Dezember 2008, E. 3.1.3). Die am Verfahren Beteiligten können vor dem Entscheid zum Antrag des Sekretariats Stellung nehmen (Art. 30 Abs. 2 KG). Die Verfahrensherrschaft liegt in diesem Moment ausschliesslich bei der Kommission als solcher, welche korrigierend in die Untersuchung des Sekretariats eingreifen und eine direkte Anhörung der Beteiligten beschliessen oder das Sekretariat anhalten kann, weitere Untersuchungshandlungen vorzukehren (Art. 30 Abs. 2 KG; ROMINA CARCAGNI, a.a.O., Rz. 8 ff. zu Art. 30 KG). Besteht somit eine weitreichende Korrekturmöglichkeit seitens der abschliessend verfügenden Wettbewerbskommission selber, rechtfertigt es sich nicht, ohne konkrete Anhaltspunkte für eine Befangenheit bei den einzelnen Instruktionshandlungen des Sekretariats diese auf Vorrat wiederholen zu lassen. Das gilt um so mehr, als es gerade der gesetzlichen Rolle des Sekretariats entspricht, den Betroffenen einvernehmliche Lösungen vorzuschlagen (vgl. Art. 26 Abs. 2 und Art. 29 KG), weshalb bereits die Entfernung der diesbezüglichen (internen) Aktennotiz vom 11. Juni 2007 relativ weit geht. Auf das weitere Verfahren darf zwar keine Person Einfluss nehmen, welche an einer ausstandsbegründenden konkreten Amtshandlung mitgewirkt hat; dies bedeutet vorliegend indessen auch aus der Sicht der Beschwerdeführerinnen, welche ausdrücklich nur die Wiederholung der Amtshandlungen beantragen, an denen Vizedirektor Schaller beteiligt war, nicht, dass neben diesem auch dessen direkten oder indirekten Mitarbeiter am Verfahren nicht mehr mitwirken dürften: Ausstandsrechtlich problematisch ist und war nicht der Vorschlag zu einer einvernehmlichen Lösung von Vizedirektor Schaller als solcher, sondern die von ihm gewählte Art und Weise, welche den Eindruck entstehen lassen konnte, dass ein positiver Entscheid im Fusionsdossier von der Annahme der vorgeschlagenen einvernehmlichen Lösung im bereits hängigen Verfahren wegen Marktbeherrschung abhängen könnte. Da für diese (unglückliche) Vorgehensweise allein der zuständige Vizedirektor verantwortlich zeichnete, ist nicht erforderlich, dass nunmehr auch sämtliche Sachbearbeiter im Verfahren 32-0205 ausgewechselt werden müssten. Es genügt, dass diese ihre Arbeit unter der Verantwortung und Weisungsgebundenheit gegenüber einem anderen Direktionsmitglied fortsetzen.
3. Die Beschwerde ist somit unbegründet und deshalb abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend werden die unterliegenden Beschwerdeführerinnen kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG); es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, und dem Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar