Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug führt auf Privatklage von Y._ hin eine Strafuntersuchung gegen Unbekannt bzw. gegen die Verantwortlichen der X._ AG. Der Privatkläger machte geltend, ein Arbeitszeugnis von ihm sei vernichtet oder beiseite geschafft worden. Dies sei in der Absicht geschehen, ihm eine allfällige Beweisführung mit dieser Urkunde zu verunmöglichen. Das Verhalten erfülle den Tatbestand der Unterdrückung von Urkunden (Art. 254 Abs. 1 StGB). Zudem sei ihm von seiner ehemaligen Arbeitgeberin nur in ungenügender Weise Einsicht in sein Personaldossier gewährt worden, was eine Verletzung der Auskunftspflicht gemäss Art. 34 des Bundesgesetzes vom 19. Juni 1992 über den Datenschutz (DSG; SR 235.1) darstelle.
Die Zuger Polizei stellte am 19. August 2011 im Auftrag der Staatsanwaltschaft bei der X._ AG verschiedene Unterlagen sicher, worauf diese eine umfassende Siegelung verlangte. Am 2. September 2011 beantragte die Staatsanwaltschaft die Entsiegelung. Das Zwangsmassnahmengericht sistierte in der Folge auf Gesuch der X._ AG das Verfahren, bis über deren Antrag auf Sicherheitsleistung rechtskräftig entschieden worden war (Urteil des Bundesgerichts 1B_548/2011 vom 27. April 2012). Daraufhin nahm das Zwangsmassnahmengericht das Verfahren wieder auf und hiess mit Verfügung vom 10. August 2012 den Antrag der Staatsanwaltschaft auf Entsiegelung gut.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 22. August 2012 beantragt die X._ AG, die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts sei aufzuheben und die Sache sei zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Eventualiter sei das Entsiegelungsgesuch abzuweisen, subeventualiter mit Ausnahme des vom 30. September 2009 datierenden und unterschriebenen Arbeitszeugnis-Entwurfs sowie des betreffenden Ausdrucks. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung beizulegen.
Das Zwangsmassnahmengericht und die Staatsanwaltschaft haben auf eine Stellungnahme in der Sache verzichtet. In Bezug auf das Gesuch um aufschiebende Wirkung beantragt die Staatsanwaltschaft die Abweisung.
Mit Präsidialverfügung vom 3. Oktober 2012 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Entsiegelungsentscheide ist die Beschwerde in Strafsachen das zutreffende Rechtsmittel (Art. 78 ff. BGG). Gegen den Entscheid des Zwangsmassnahmegerichts steht direkt die Beschwerde ans Bundesgericht offen (Art. 80 BGG, Art. 248 Abs. 3 lit. a und Art. 380 StPO; Urteil 1B_27/2012 vom 27. Juni 2012 E. 2 mit Hinweis).
1.2 Angefochten ist ein Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG. Dieser ist der Beschwerde ans Bundesgericht nur dann zugänglich, wenn er entweder einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b). Es obliegt der Beschwerdeführerin detailliert darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit dies nicht offensichtlich der Fall ist (BGE 137 III 324 E. 1.1 S. 328 f.; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2 S. 632 f.; je mit Hinweisen).
1.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der angefochtene Entscheid könnte einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken und beruft sich in diesem Zusammenhang auf den Schutz ihrer Privatsphäre gemäss Art. 13 BV. Überwiegende Geheimhaltungsinteressen seien insbesondere dann zu beachten, wenn es an einem konkreten Deliktskontext fehle.
Vorliegend bestehen die sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenstände aus einem blauen Ordner (Sicherstellungsposition Nr. 1), einem schwarzen Ordner (Sicherstellungsposition Nr. 2) und zwei Kuverts mit je einem Arbeitszeugnis (Sicherstellungspositionen Nr. 3 und 4). Im angefochtenen Entscheid wird ausgeführt, beim blauen Ordner handle es sich um eine Art Personaldossier des Privatklägers und es sei in keinerlei Weise ein Geheimhaltungsinteresse ersichtlich noch werde ein solches geltend gemacht. Im schwarzen Ordner würden verschiedene Unterlagen aufbewahrt, welche die Beschwerdeführerin offenbar im Zusammenhang mit dem Rechtsstreit zwischen ihr selbst und dem Privatkläger gesammelt habe. Neben der ohnehin aktenkundigen Korrespondenz befänden sich weitere Dokumente darin, welche teils eher ins normale Personaldossier gehörten, hinsichtlich welcher jedenfalls aber auch weder ein schützenswertes Geheimhaltungsinteresse geltend gemacht werde noch erkennbar sei.
Angesichts des Inhalts der vier Sicherstellungspositionen ist nicht offensichtlich, inwiefern der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte. Auch wenn bei Entsiegelungsentscheiden in der Regel von einem drohenden nicht wieder gutzumachenden Nachteil ausgegangen werden kann (vgl. Urteil 1B_27/2012 vom 27. Juni 2012 E. 1 und die dort zitierten Urteile), trifft dies nicht in jedem Fall zu. Nach den Ausführungen der Vorinstanz betreffen die Unterlagen in erster Linie den Privatkläger, auf dessen Geheimhaltungsinteressen sich die Beschwerdeführerin allerdings nicht berufen kann, oder sind als Korrespondenz ohnehin bereits aktenkundig.
Vor diesem Hintergrund ist es an der Beschwerdeführerin darzutun, inwiefern ihre eigenen Geheimhaltungsinteressen (etwa Geschäftsgeheimnisse) berührt sind. Dies hat sie jedoch nicht getan, weder im Verfahren vor dem Zwangsmassnahmengericht noch im bundesgerichtlichen Verfahren. Im Ergebnis ist deshalb ein schützenswertes Geheimhaltungsinteresse an den versiegelten Aufzeichnungen und Gegenständen nicht ersichtlich und es kann nicht davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführerin wegen der Entsiegelung ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht. Unter diesen Voraussetzungen ist auf ihre Beschwerde nicht einzutreten.
2. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug und dem Strafgericht des Kantons Zug, Zwangsmassnahmengericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold