Faits:
A. Dans le cadre de poursuites exercées contre X._, notamment par B._ SA et A._, l'Office des poursuites de Genève a saisi en mains de Me C._, le 17 septembre 2004 (séries n° xxx), puis à nouveau le 28 juillet 2005 (séries n° yyy), le capital-actions de D._ SA, représentant 25'000 actions au porteur de 1'000 fr. chacune.
Le 14 novembre 2005, l'épouse du débiteur, dame X._, a revendiqué la propriété de la moitié des actions (12'500). Après avoir vainement contesté auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève, puis auprès du Tribunal fédéral, la répartition par l'office du rôle des parties dans le procès en revendication (cf. arrêt 7B.105/2006 du 13 octobre 2006), elle a introduit ce procès devant le Tribunal de première instance de Genève le 6 décembre 2006. Déboutée des fins de son action par jugement du 13 septembre 2007, elle a fait appel auprès de la Cour de justice du canton de Genève qui, par arrêt du 14 novembre 2008, a confirmé le rejet de l'action.
B. B.a La cour cantonale s'est fondée notamment sur les faits suivants:
Les époux X._ se seraient mariés le 30 juin 1946 en Egypte. Leur régime matrimonial n'a pas été précisé.
D._ SA a été constituée en 1957 avec un capital-actions initial de 300'000 fr., divisé en 600 actions au porteur de 500 fr. chacune, dont 242 avaient alors été souscrites par l'épouse et 6 par le mari. Par la suite, le capital-actions a été porté à 25'000'000 fr. Il est actuellement divisé en 25'000 actions au porteur de 1'000 fr. chacune, regroupées dans 7 certificats, dont 6 n'incorporent qu'une seule action et le 7ème 24'994 actions. En septembre 1995, X._ a remis les 7 certificats représentant la totalité du capital-actions à Me C._, désigné en qualité de curateur de D._ SA, qui les détient depuis lors pour le compte exclusif de X._.
Dans un organigramme du groupe D._ établi en 1997, X._ apparaît seul tout en haut du tableau, avec la mention « Actionnaire principal ». S'ensuit une cascade de sociétés dont il est le plus souvent actionnaire à 100 %, dont notamment D._ SA. Son épouse n'apparaît pas comme actionnaire de l'une ou l'autre de ces sociétés.
Dans leur déclaration d'impôts 2002, établie en novembre 2003, les époux X._, comme pour tous les exercices fiscaux des années précédentes, ont indiqué que la totalité du capital-actions de D._ SA appartenait à X._.
Lors de l'exécution de la saisie des 7 certificats d'actions, en septembre 2004, ni le poursuivi X._ ni son épouse dame X._ n'en ont contesté le principe et n'ont fait valoir, de quelque manière que ce soit, que tout ou partie des biens saisis aurait appartenu à cette dernière.
Dans leur déclaration d'impôts 2003, signée le 24 septembre 2004, les époux X._ ont indiqué, pour la première fois, que dame X._ était propriétaire de la moitié du capital-actions de D._ SA, soit de 12'500 actions. X._ n'apparaissait plus alors que comme propriétaire de 12'496 actions.
Le 4 novembre 2004, X._ a formé une plainte LP contre le procès-verbal de la saisie précitée, dans le cadre de laquelle il s'est présenté comme « l'actionnaire principal de D._ SA », sans toutefois préciser que tout ou partie des actions de D._ SA serait propriété de son épouse. A cette occasion, il a contesté la saisie des actions de D._ SA, car « la réalisation forcée du capital [...] aurait un effet désastreux sur l'ensemble [de son] patrimoine [...] ».
Lors de la notification d'un second procès-verbal dans le cadre de la même saisie, le 11 novembre 2004, X._ n'a pas non plus contesté la saisie pratiquée sur l'intégralité du capital-actions de D._ SA au motif que son épouse aurait été propriétaire de la moitié des actions saisies.
B.b En droit, la cour cantonale a tout d'abord rejeté le grief de violation du droit d'être entendu formulé par l'appelante et considéré que c'était à juste titre que le juge de première instance avait, par appréciation anticipée des preuves, refusé d'ordonner des enquêtes, notamment des auditions de témoins. Quant au fond, elle a considéré que, faute pour l'appelante d'avoir apporté la preuve de son droit de propriété sur les biens saisis, les présomptions instituées par l'art. 930 CC demeuraient pleinement applicables, X._ étant le possesseur des certificats d'actions saisis au sens de l'art. 919 CC.
C. Contre l'arrêt de la cour cantonale, qui lui a été notifié le 21 novembre 2008, dame X._ a interjeté, le 6 janvier 2009, un recours en matière civile avec requête préalable d'effet suspensif. Elle invoque la violation de son droit d'être entendue (refus de l'autorité cantonale de donner suite aux preuves régulièrement offertes) et du principe de la répartition du fardeau de la preuve (art. 8 CC).
Le dépôt de réponses n'a pas été requis.
L'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 23 janvier 2009.
Considérant en droit:
1. Les contestations relevant du droit de la poursuite qui ont des répercussions ou effets réflexes sur le droit matériel, tels les différends judiciaires sur la revendication (art. 106 ss et 242 LP), sont justiciables du recours en matière civile (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale; FF 2001 ch. 4.1.3.1 p. 4105). Dirigé contre l'arrêt d'une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) statuant sur une telle contestation, dont la valeur litigieuse dépasse manifestement le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), et interjeté, par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF), dans le délai (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF) et la forme prévus par la loi (art. 42 LTF), le recours est en principe recevable.
2. A l'appui de son grief de violation du droit d'être entendu, la recourante fait valoir que la cour cantonale l'a injustement privée de la possibilité d'établir son droit de propriété sur les actions revendiquées en refusant d'ouvrir des enquêtes et d'administrer des preuves, plus précisément d'entendre les autres participants aux assemblées générales d'augmentation du capital, en particulier le notaire qui en avait instrumenté les procès-verbaux, le débiteur, le quart détenteur, voire elle-même. Elle se réfère aux dispositions de la loi de procédure civile genevoise sur la preuve en général, notamment aux art. 193 et 195 LPC/GE.
2.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., notamment, le droit pour le justiciable de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision et d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (ATF 126 I 15 consid. 2a/aa; 124 I 49 consid. 3a, 241 consid. 2). La portée du droit d'être entendu est déterminée en premier lieu par le droit cantonal, dont le Tribunal fédéral n'examine l'application que sous l'angle restreint de l'arbitraire. Dans le cas où la protection que ce droit accorde se révèle insuffisante, l'intéressé peut invoquer directement l'art. 29 al. 2 Cst., qui constitue ainsi une garantie subsidiaire et minimale. Le Tribunal fédéral examine alors librement si les exigences de cette disposition ont été respectées (ATF 127 III 193 consid. 3 p. 194 et les arrêts cités).
En l'espèce, outre qu'elle ne se prévaut pas de violation de l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante ne soutient pas - et ne démontre de toute façon pas - que l'application non arbitraire des dispositions du droit de procédure cantonal invoquées par elle ne suffisait pas à la faire bénéficier des garanties procédurales minimales prévues par la norme constitutionnelle en question. Par conséquent, il convient d'examiner uniquement si la Cour de justice a fait une application arbitraire des dispositions de droit cantonal invoquées.
2.2 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, qu'elle méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (ATF 131 I 57 consid. 2; 129 I 8 consid. 2.1). Arbitraire et violation de la loi ne sauraient être confondus; une violation doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à examiner quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement dire si l'interprétation qui a été retenue est défendable. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire préférable (ATF 131 I 57 consid. 2; 129 I 8 consid. 2.1). En outre, pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 129 I 173 consid. 3.1 p. 178; 127 I 38 consid. 2a p. 41, 54 consid. 2b). Dans un tel contexte, le recourant ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où la juridiction supérieure jouit d'une libre cognition; en particulier, il ne saurait se limiter à opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, mais il doit démontrer par une argumentation précise que cette décision se fonde sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (cf. ATF 129 I 113 consid. 2.1 p. 120; 128 I 295 consid. 7a p. 312; 125 I 492 consid. 1b p. 495 et les arrêts cités).
2.3 Prenant appui sur la jurisprudence et la doctrine, la recourante fait valoir qu'en droit genevois les parties ont le droit de rapporter, par les moyens légaux, la preuve des faits qu'elles ont allégués régulièrement et qui sont pertinents pour trancher le litige, qu'elles ne peuvent être empêchées de rapporter la preuve contraire des faits allégués par leur adversaire (art. 195 LPC/GE), que si le juge omet de faire administrer des preuves sur des faits pertinents ou retient comme établis, sans recourir à des mesures probatoires, des faits contestés, il viole le droit à la preuve, et qu'il a donc l'obligation de permettre aux plaideurs d'établir la réalité des faits pertinents qu'ils allèguent régulièrement, sous réserve de son pouvoir d'apprécier les preuves de manière anticipée et de son droit de refuser l'apport de moyens dilatoires (art. 193 LPC/GE), faculté qu'il doit utiliser avec prudence et réserve.
2.4 L'application de ces règles par la cour cantonale, qui les a elle-même rappelées dans son arrêt, l'a conduite à considérer que la recourante avait sollicité l'audition de témoins sans toutefois indiquer en quoi ils auraient pu étayer sa thèse et qu'à défaut d'allégués de fait précis sur lesquels ils auraient pu déposer utilement pour établir son droit de propriété sur les actions, il n'était pas possible de discerner en quoi leur audition aurait été pertinente; ces témoignages auraient pu tout au plus confirmer que la recourante était active au sein de D._ SA aux côtés de son époux, mais n'auraient pas suffi à eux seuls à établir son droit de propriété sur les actions, ce qui relevait de la production de pièces écrites, telles que bulletins de souscription ou feuilles de présence aux assemblées générales; or, la recourante n'avait joint à ses écritures aucun de ces documents et n'avait pas allégué avoir été privée du droit de le faire. La cour cantonale a considéré par ailleurs que l'intérêt évident de l'époux de la recourante à soustraire une partie de ses actifs aux saisies dont il faisait l'objet rendait son audition à titre de renseignements inutile. Elle a enfin estimé que les chargés de pièces produits par les parties étaient complets et suffisaient pour établir les faits. Dans ces circonstances, a conclu la cour, le droit d'être entendu de la recourante avait été respecté et c'était à juste titre que le premier juge avait, par appréciation anticipée des preuves, refusé d'ordonner des enquêtes.
2.5 La recourante se contente de prétendre qu'il aurait été utile ou indispensable, voire plus juste de procéder aux auditions qu'elle avait requises, mais ne démontre pas que l'autorité cantonale a arbitrairement refusé d'y donner suite.
Elle n'indique notamment pas en quoi il était arbitraire de retenir que l'établissement de son droit de propriété relevait avant tout de la production de pièces écrites, qu'elle n'avait pas fournies. Selon la cour cantonale, le seul élément de la souscription par la recourante de 242 actions sur 600 en 1957 permettait tout au plus de retenir que celle-ci était à l'époque au bénéfice d'un droit de propriété sur des actions, à tout le moins que son époux n'en était pas le possesseur exclusif et l'unique propriétaire présumé, mais pas qu'elle avait participé à l'augmentation du capital-actions de la société et encore moins qu'elle en était aujourd'hui propriétaire de la moitié. La recourante ne tente aucunement de démontrer en quoi ce point de vue serait insoutenable.
Il en va de même en ce qui concerne le refus d'entendre le quart possesseur (Me Kaufmann). Selon l'arrêt attaqué, les déclarations de celui-ci n'étaient pas contestées et ne permettaient pas d'établir que les certificats d'actions litigieux lui avaient été remis pour le compte d'une autre personne que le débiteur. Lesdits certificats lui avaient d'ailleurs été remis en mains propres par ce dernier; en outre, aucun d'eux n'incorporait les 12'500 actions dont la recourante se prétendait propriétaire. La recourante n'indique pas en quoi il était insoutenable de considérer qu'une audition de l'intéressé dans ces circonstances ne se justifiait pas.
Quant à l'audition de l'époux de la recourante, il n'était à l'évidence pas arbitraire de considérer qu'elle était inutile, vu l'intérêt de cette personne à soustraire une partie de ses actifs aux saisies dont il faisait l'objet.
Par ailleurs, la recourante ne reproche pas à la cour cantonale d'avoir retenu arbitrairement que les chargés de pièces produits par les parties étaient complets et suffisants pour établir les faits. C'est dès lors en vain qu'elle lui fait néanmoins grief de n'avoir pas entendu la fiduciaire à propos d'une déclaration fiscale versée au dossier.
Enfin, quant à sa propre audition, la recourante n'établit pas qu'elle aurait été indûment empêchée de faire valoir ses arguments par écrit et de déposer les pièces nécessaires à l'instruction de la cause, ni que la cour cantonale aurait été dans l'obligation de l'entendre encore davantage ou oralement.
2.6 Dans la mesure où il est recevable, le grief de violation du droit d'être entendu est donc mal fondé.
3. A teneur de l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. Ce principe fondamental de la répartition du fardeau de la preuve est énoncé de la même manière à l'art. 186 LPC/GE. Quant à l'art. 196 LPC/GE, il consacre le principe de la libre appréciation des preuves par le juge.
L'art. 8 CC ne prescrit pas quelles sont les mesures probatoires qui doivent être ordonnées et ne dicte pas au juge comment il doit former sa conviction; ainsi, lorsque l'appréciation des preuves le convainc de la réalité ou de l'inexistence d'un fait, la question de la répartition du fardeau de la preuve ne se pose plus (ATF 128 III 271 consid. 2b/aa p. 277) et seul le moyen tiré d'une appréciation arbitraire des preuves est alors recevable.
Tel étant le cas en l'espèce, le second grief de la recourante est irrecevable.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 31 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Fellay