Fatti:
A. Il 10 ottobre 2008 l'ing. B._ ha presentato al Municipio di Collina d'Oro una domanda di costruzione per edificare uno stabile di sette appartamenti sul fondo part. n. 888 situato a Montagnola nella zona residenziale.
A._, proprietaria di un fondo confinante, si è opposta alla domanda, contestando il progetto in particolare per quanto concerne l'altezza dell'edificio e la superficie utile lorda (SUL). Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 3 aprile 2009 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo nel contempo l'opposizione della vicina.
B. L'opponente ha allora impugnato la risoluzione municipale dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, che con decisione del 1° luglio 2009 ha parzialmente accolto il ricorso, confermando la licenza edilizia alle condizioni che fosse eliminato il servizio igienico situato a pianterreno e che la SUL dell'appartamento monolocale previsto a quello stesso livello fosse ridotta di un metro quadrato. Ciò allo scopo di fare rientrare l'indice di sfruttamento entro il limite prescritto.
C. Con sentenza del 3 febbraio 2010, il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto un ricorso dell'opponente contro la decisione governativa, subordinando la licenza edilizia ad ulteriori condizioni. La Corte cantonale ha imposto in aggiunta la soppressione del parapetto previsto sul tetto, con l'obbligo di permetterne l'accessibilità solo per i lavori di manutenzione, e la riduzione a m 0,60 x 0,30, rispettivamente m 0,90 x 0,30, delle dimensioni delle finestre della cantina prevista nell'angolo nord-est a pianterreno, escludendovi inoltre qualsiasi impianto di riscaldamento.
D. A._ impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo in via principale di annullare la licenza edilizia e, in via subordinata, di rinviare la causa alla Corte cantonale affinché pronunci una nuova decisione nel senso dei considerandi. La ricorrente fa valere la violazione del divieto dell'arbitrio, lamentando essenzialmente il mancato rispetto dell'indice di sfruttamento, riferito al mancato computo nella SUL della citata cantina e di un locale hobby-fitness che potrebbero essere resi abitabili con pochi accorgimenti.
E. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Municipio di Collina d'Oro e B._ chiedono di respingere il gravame.
Con decreto presidenziale del 30 aprile 2010 è stata respinta la domanda di effetto sospensivo contenuta nel ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha confermato, a determinate condizioni, il rilascio di una licenza edilizia fondata sul diritto pubblico, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.2 La ricorrente ha partecipato al procedimento in sede cantonale. Quale proprietaria di un fondo confinante con quello oggetto dell'intervento edilizio è particolarmente toccata dalla decisione impugnata ed ha un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica. La legittimazione a ricorrere giusta l'art. 89 cpv. 1 LTF è pertanto data (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.3).
2. 2.1 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere disatteso le disposizioni sull'indice di sfruttamento, in particolare di avere applicato in modo arbitrario l'art. 38 della legge edilizia cantonale, del 13 marzo 1991 (LE), omettendo di computare nella SUL la superficie occupata da una cantina e dal locale hobby-fitness previsti a pianterreno. Sostiene che questi locali potrebbero essere resi abitabili con pochi accorgimenti, integrandoli nell'appartamento monolocale contiguo, sicché la loro superficie dovrebbe essere considerata ai fini del calcolo dell'indice di sfruttamento, che risulterebbe quindi superato.
2.2 L'arbitrio, vietato dall'art. 9 Cost., è ravvisabile quando la decisione impugnata risulta manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesiva di una norma o di un chiaro principio giuridico, o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità. La decisione deve inoltre essere arbitraria nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (DTF 135 V 2 consid. 1.3; 134 II 124 consid. 4.1; 133 II 257 consid. 5.1; 132 I 175 consid. 1.2).
2.3 Giusta l'art. 37 cpv. 1 LE l'indice di sfruttamento è il rapporto tra la SUL degli edifici e la superficie edificabile del fondo. Secondo l'art. 38 cpv. 1 prima frase LE, quale SUL si considera la somma della superficie dei piani sopra e sotto terra degli edifici, incluse le superfici dei muri e delle pareti nella loro sezione orizzontale. Non vengono computate tutte le superfici non utilizzate o non utilizzabili per l'abitazione o il lavoro come: le cantine, i solai, gli essiccatoi e le lavanderie delle abitazioni; i locali per il riscaldamento, per il combustibile, per i serbatoi; i locali per i macchinari degli ascensori, della ventilazione o della climatizzazione; i locali comuni per lo svago nelle abitazioni plurifamiliari; i vani destinati al deposito di biciclette e carrozzine per bambini, al posteggio anche sotterraneo di veicoli a motore, ecc.; i corridoi, le scale e gli ascensori che servono unicamente all'accesso di locali non calcolabili nella SUL; i porticati aperti, le terrazze dei tetti coperte, ma non chiuse lateralmente, i balconi e le logge aperte che non servono come ballatoi (art. 38 cpv. 1 seconda frase LE).
2.4 La Corte cantonale ha accertato che il progetto prevede di realizzare a pianterreno un piccolo appartamento monolocale di una trentina di metri quadrati, dotato di un locale WC/doccia di 2,40 m2 e di una piccola cucina. L'appartamento non è accessibile dal corridoio interno dell'edificio, ma direttamente dal giardino. Accanto a questo appartamento sono previsti un ampio locale comune ad uso hobby-fitness, una spaziosa cantina e un altro locale WC/doccia, che il Consiglio di Stato ha imposto di sopprimere allo scopo di ridurre la SUL entro i limiti dell'indice di sfruttamento prescritto. Ai piani superiori, gli spazi corrispondenti ai citati vani, costituiscono parte integrante degli appartamenti di 3 1⁄2 locali previsti in quell'ala dell'immobile. Questi accertamenti, non censurati d'arbitrio dalla ricorrente, risultano conformi agli atti.
La Corte cantonale ha ritenuto che l'ingresso dell'appartamento in questione, privo di qualsiasi atrio e direttamente collegato al giardino attraverso una porta-finestra, è poco usuale e che la particolare organizzazione degli spazi previsti a pianterreno fa apparire "tutt'altro che remota" l'ipotesi di una possibile trasformazione del locale hobby-fitness e della cantina in locali abitabili integrati nel previsto monolocale. Ha nondimeno stabilito che occorre attenersi alla destinazione d'uso indicata nei piani, che porta ad escluderli dal computo della SUL. I giudici cantonali hanno infatti considerato che il locale adibito a cantina si presta tutto sommato a tale utilizzazione, che occorreva comunque meglio assicurare imponendo la riduzione delle dimensioni delle finestre e l'esclusione di qualsiasi impianto di riscaldamento. Hanno inoltre ritenuto che il locale hobby-fitness non rientra nella SUL in quanto messo a disposizione di tutti gli appartamenti.
2.5 La ricorrente sostiene che sia la cantina sia il locale hobby-fitness andrebbero computati nella SUL, siccome potrebbero essere resi abitabili con pochi accorgimenti: solo questo criterio sarebbe a suo dire decisivo. Reputa irrilevante che il vano cantina può prestarsi a questo uso, tanto più che la riduzione delle finestre imposta dalla Corte cantonale sarebbe insufficiente ad impedirne l'abitabilità e l'esclusione di qualsiasi impianto di riscaldamento potrebbe essere facilmente aggirata mediante l'impiego di apparecchi trasportabili, quali stufe elettriche. La ricorrente adduce poi che la destinazione comune del locale hobby-fitness risulterebbe soltanto dalle indicazioni dell'istante, mentre sarebbe presumibile che egli in futuro lo convertirà in un locale abitabile, integrandolo nell'adiacente appartamento monolocale, verosimilmente quale camera da letto, analogamente agli spazi corrispondenti ai piani superiori, che presentano finestre uguali per caratteristiche e dimensioni.
La "conversione" in locali abitabili prospettata dalla ricorrente presuppone tuttavia che il progetto, approvato secondo la decisione impugnata, venga modificato. Conformemente alla licenza edilizia, confermata dalla Corte cantonale con l'aggiunta delle citate condizioni, la cantina e il locale hobby-fitness non sono infatti collegati all'appartamento monolocale. Una loro eventuale integrazione nello stesso comporta modifiche costruttive ed esula dalla procedura edilizia in esame. I giudici cantonali hanno del resto imposto al Municipio di vigilare attentamente affinché la destinazione d'uso di questi vani che risulta dal progetto non venga modificata. Nella situazione attuale, senza ulteriori interventi edilizi, gli spazi in questione, separati dall'appartamento, non sono oggettivamente utilizzabili ai fini abitativi o lavorativi, sicché è senza incorrere nell'arbitrio che la Corte cantonale non li ha computati nella SUL. La cantina e il locale hobby-fitness, quest'ultimo in quanto locale comune per lo svago in un'abitazione plurifamiliare, sono esplicitamente escluse dalla SUL dall'art. 38 cpv. 1 LE. Non vi sono quindi ragioni, a questo stadio della procedura, per ritenere che non siano adibiti a tali destinazioni e non può pertanto essere rimproverato alla precedente istanza di avere applicato in modo manifestamente insostenibile l'invocata disposizione cantonale.
3. 3.1 Secondo la ricorrente, imponendo per il locale cantina la riduzione delle dimensioni delle finestre e l'esclusione di un impianto di riscaldamento, onde meglio assicurare la destinazione di cantina, la Corte cantonale avrebbe applicato arbitrariamente l'art. 2 LE, poiché non aveva la facoltà di modificare il progetto su un aspetto d'importanza decisiva, apportando una modifica del tutto insufficiente per risolvere il contrasto con il diritto.
3.2 Giusta l'art. 2 cpv. 1 LE, la licenza edilizia deve essere concessa se i progetti sono conformi alle disposizioni legali in materia di polizia delle costruzioni e di pianificazione del territorio, come pure alle altre prescrizioni legali del diritto pubblico applicabili nel quadro della procedura della licenza edilizia.
Questa disposizione non vieta esplicitamente alla Corte cantonale di imporre direttamente oneri o condizioni al rilascio della licenza edilizia al fine di sanare eventuali carenze del progetto. D'altra parte, contrariamente all'opinione della ricorrente e alla fattispecie della sentenza da lei citata, la Corte cantonale non ha ravvisato carenze importanti del progetto, né lo ha modificato su punti decisivi. Ha infatti rilevato che il locale cantina si prestava tutto sommato a una simile utilizzazione, occorrendo unicamente meglio assicurare tale destinazione mediante le citate condizioni. Certo, la Corte cantonale avrebbe anche potuto adottare altre soluzioni o limitarsi ad esaminare la legalità della licenza edilizia. Tuttavia, considerato il tenore della norma, ciò non comporta di per sé l'arbitrio nella sua applicazione.
4. La ricorrente non sostiene infine che l'indice di sfruttamento prescritto dalle norme di attuazione del piano regolatore sarebbe superato anche escludendo dalla SUL le superfici della cantina e del locale hobby-fitness. La censura di violazione della norma sull'indice di sfruttamento non ha quindi portata propria e non deve essere esaminata oltre. La ricorrente non ne censura d'altra parte l'applicazione arbitraria con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF.
5. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro patrocinatore, al Municipio di Collina d'Oro, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.