Sachverhalt:
A. Der 1955 geborene K._ meldete sich im April 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich nahm erwerbliche und medizinische Abklärungen vor und sprach K._ mit Wirkung ab April 2005 eine ganze Invalidenrente zu (Verfügungen vom 18. Juni [Leistungszeitraum ab Juli 2007] und 17. Juli 2007 [Leistungszeitraum April 2005 bis Juni 2007]).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde, mit welcher eine Ausrichtung der Leistung bereits ab April 2001 verlangt wurde, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 19. Dezember 2008).
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, die ganze Invalidenrente sei ihm mit Wirkung ab April 2001 zuzusprechen; insoweit seien der angefochtene Entscheid und die strittige Verfügung aufzuheben. Eventuell sei die Sache zur ergänzenden medizinischen Abklärung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat eine Verwaltungsverfügung bestätigt, wonach der Beginn der einjährigen Wartezeit zum Anspruchsbeginn (Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG [in Kraft bis Ende 2007]) zwar auf den 1. April 1999 falle, da die Arbeitsfähigkeit seit diesem Datum erheblich eingeschränkt sei; die Leistungen könnten indessen nur für die der Anmeldung vorangehenden zwölf Monate gewährt werden. Angesichts der am 4. April 2006 eingereichten Anmeldung erfolge die Auszahlung der Rentenleistungen ab April 2005.
2.2 Der Anspruch auf Nachzahlung erlischt fünf Jahre nach dem Ende des Monats, für welchen die Leistung geschuldet war (Art. 48 Abs. 1 IVG [in Kraft bis Ende 2007] in Verbindung mit Art. 24 Abs. 1 ATSG). Soweit statuiert das Gesetz eine absolute Verwirkungsfrist, welche rückwärts ab dem Zeitpunkt der Neuanmeldung berechnet wird (BGE 121 V 195 S. 202; Urteil I 71/00 vom 29. März 2001 E. 3b). Meldet sich ein Versicherter mehr als zwölf Monate nach Entstehen des Anspruchs an, so werden die Leistungen in Abweichung von Art. 24 Abs. 1 ATSG lediglich für die zwölf der Anmeldung vorangehenden Monate ausgerichtet. Weitergehende Nachzahlungen werden erbracht, wenn der Versicherte den anspruchsbegründenden Sachverhalt nicht kennen konnte und die Anmeldung innert zwölf Monaten nach Kenntnisnahme vornimmt (aArt. 48 Abs. 2 IVG). Das Auszahlungserfordernis der rechtzeitigen Anmeldung hat keinen Einfluss auf den Beginn des Rentenanspruchs mit Ablauf des Wartejahrs (aArt. 29 Abs. 1 lit. b IVG; Urteil I 476/99 vom 20. Juli 2001 E. 1 und 2).
2.3 Der Beschwerdeführer lässt geltend machen, die Vorinstanz habe nicht berücksichtigt, dass es ihm wegen leidensbedingt fehlender Krankheitseinsicht respektive dadurch beeinträchtigtem Willen zur Geltendmachung des Anspruchs verwehrt gewesen sei, die Arbeitsunfähigkeit als solche wahrzunehmen. Dies habe sich erst geändert, als er sich im Oktober 2005 in psychotherapeutische Behandlung begeben habe. Die Anmeldung bei der Invalidenversicherung im April 2006 sei somit innerhalb von zwölf Monaten seit Kenntnis des anspruchsbegründenden Sachverhalts erfolgt. Es bestehe Anspruch auf weitergehende Nachzahlungen gemäss aArt. 48 Abs. 2 IVG. Da die Nachzahlung vom Monat der Anmeldung an maximal auf fünf Jahre zurück erfolgen könne, seien die Rentenbetreffnisse mit Wirkung ab April 2001 auszubezahlen.
3. Der entscheidungserhebliche Sachverhalt, wie er aus dem kantonalen Beschwerdeentscheid hervorgeht, ist prinzipiell auch Grundlage der bundesgerichtlichen Beurteilung (oben E. 1).
3.1 Das kantonale Gericht hat gestützt auf die Berichte des Gutachters Dr. S._ vom 22. November 2006 sowie des behandelnden Arztes Dr. W._ vom 11. Mai 2006 festgestellt, das diagnostizierte psychische Leiden einer Borderline-Persönlichkeitsstörung respektive einer kombinierten Persönlichkeitsstörung entspreche nicht einer dauerhaften Bewusstseinsstörung und damit einer Geisteskrankheit, -schwäche oder einem vergleichbaren Zustand mit erheblichen Auswirkungen auf die Wahrnehmungsfähigkeit. Im Vordergrund stünden eine emotionale Instabilität sowie unreife, abhängige, zwanghafte, ängstlich vermeidende, paranoide und histrionische Züge der Persönlichkeit. Der Administrativgutachter beschreibe den Versicherten als rigide, perfektionistisch, dadurch blockiert, umständlich, langsam, beinahe unfähig, Neues aufzunehmen, zudem emotional instabil, kränk- und reizbar mit der Neigung zu Impulsdurchbrüchen. Die psychischen Grundfunktionen wie das Bewusstsein, die Orientierung, das Gedächtnis, der Gedankengang, die Aufmerksamkeit sowie die Konzentration seien indessen nach ärztlicher Feststellung nicht grob gestört.
3.2 Vollständigkeit und Richtigkeit dieser Tatsachenfeststellungen sind nicht in Zweifel zu ziehen. Der Untersuchungsgrundsatz (Art. 61 lit. c ATSG) ist nicht verletzt; die getroffenen Feststellungen taugen als Grundlage für eine Beurteilung der Streitfrage (unten E. 4.4.2). Damit erübrigen sich die beschwerdeweise beantragten näheren Abklärungen (vgl. Urteil 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.2).
4. 4.1 Bundesgerichtlich frei überprüfbare Rechtsfrage ist, unter welchen Voraussetzungen ein Ausnahmegrund im Sinne von aArt. 48 Abs. 2 Satz 2 IVG angenommen werden darf, das heisst wie ausgeprägt eine Einschränkung gewesen sein muss, damit sich die versicherte Person die unterlassene Anmeldung bei der Invalidenversicherung nicht zuzurechnen lassen braucht.
4.2 Namentlich für urteilsunfähige Versicherte kann der anspruchsbegründende Sachverhalt - nämlich der Gesundheitsschaden, der eine voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde Erwerbsunfähigkeit verursacht - im Einzelfall nicht erkennbar sein. Gemäss Art. 16 ZGB ist urteilsfähig, wem nicht wegen seines Kindesalters oder infolge von Geisteskrankheit oder Geistesschwäche, Trunkenheit oder ähnlichen Zuständen die Fähigkeit mangelt, vernunftgemäss zu handeln. Der Begriff der Urteilsfähigkeit enthält zwei Elemente: einerseits eine intellektuelle Komponente, nämlich die Fähigkeit, Sinn, Zweckmässigkeit und Wirkungen einer bestimmten Handlung zu erkennen, anderseits ein Willens- bzw. Charakterelement, nämlich die Fähigkeit, gemäss der vernünftigen Erkenntnis nach seinem freien Willen zu handeln. Die Urteilsfähigkeit ist nicht abstrakt festzustellen, sondern in Bezug auf eine bestimmte Handlung je nach deren Schwierigkeit und Tragweite zu beurteilen. Es ist daher denkbar, dass eine Person trotz allgemeiner Beeinträchtigung der Urteilsfähigkeit zwar gewisse Alltagsgeschäfte noch besorgen kann und diesbezüglich urteilsfähig ist, während ihr für anspruchsvollere Geschäfte die Urteilsfähigkeit abzusprechen ist. Die Urteilsfähigkeit ist die Regel und wird auf Grund allgemeiner Lebenserfahrung vermutet. Damit hinsichtlich des anspruchsbegründenden Sachverhalts im Sinne von aArt. 48 Abs. 2 IVG Urteilsunfähigkeit bejaht werden kann, muss somit eine Geisteskrankheit, Geistesschwäche oder ein ähnlicher Zustand nachgewiesen sein, welcher im fraglichen Zeitraum die Fähigkeit der versicherten Person, die Art und Schwere ihres Gesundheitsschadens sowie dessen erwerbliche Auswirkungen abzuschätzen und gemäss dieser Einsicht zu handeln, dauernd aufgehoben oder zumindest stark beeinträchtigt hat (Urteile I 71/00 vom 29. März 2001 E. 2 und I 149/99 vom 16. März 2000 E. 1c, je mit Hinweisen).
4.3 Das kantonale Gericht hat dazu festgehalten, der Umstand, dass der Beschwerdeführer sich einer Aufforderung des Sozialamtes der Stadt Zürich, einen Arzt aufzusuchen, widersetzt und er stattdessen die Aufnahme in ein Arbeitsprogramm beantragt hat (Schreiben vom 5. Juli 2004), lasse eine Urteilsunfähigkeit oder eine Unfähigkeit, einsichtsgemäss zu handeln, nicht als überwiegend wahrscheinlich gegeben erscheinen. Vor dem Hintergrund seines beruflichen Werdegangs könne dem Versicherten die Fähigkeit, Sinn, Nutzen und Tragweite einer bestimmten Handlung zu erkennen und zu würdigen sowie gemäss vernünftiger Erkenntnis nach freiem Willen zu handeln, nicht abgesprochen werden. Dieser Schluss gelte auch für die Zeit ab 1999: Bei der Arbeitslosenversicherung sei er damals für vollständig vermittelbar gehalten worden. Zudem habe er - wenn auch auf Drängen seiner Ehefrau - ohne Zwang einen Psychiater aufgesucht und sich eigenständig bei der Invalidenversicherung angemeldet.
4.3 Das kantonale Gericht hat dazu festgehalten, der Umstand, dass der Beschwerdeführer sich einer Aufforderung des Sozialamtes der Stadt Zürich, einen Arzt aufzusuchen, widersetzt und er stattdessen die Aufnahme in ein Arbeitsprogramm beantragt hat (Schreiben vom 5. Juli 2004), lasse eine Urteilsunfähigkeit oder eine Unfähigkeit, einsichtsgemäss zu handeln, nicht als überwiegend wahrscheinlich gegeben erscheinen. Vor dem Hintergrund seines beruflichen Werdegangs könne dem Versicherten die Fähigkeit, Sinn, Nutzen und Tragweite einer bestimmten Handlung zu erkennen und zu würdigen sowie gemäss vernünftiger Erkenntnis nach freiem Willen zu handeln, nicht abgesprochen werden. Dieser Schluss gelte auch für die Zeit ab 1999: Bei der Arbeitslosenversicherung sei er damals für vollständig vermittelbar gehalten worden. Zudem habe er - wenn auch auf Drängen seiner Ehefrau - ohne Zwang einen Psychiater aufgesucht und sich eigenständig bei der Invalidenversicherung angemeldet.
4.4 4.4.1 Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat im Urteil I 149/99 vom 16. März 2000 ausgeführt, Persönlichkeitsstörungen, welche mit einer erhöhten Kränkbarkeit sowie übertriebenen Erwartungen an die eigene Leistungsfähigkeit verbunden seien, könnten dazu führen, dass die anspruchsberechtigte Person Sozialversicherungsleistungen ablehne, weil "das Eingestehen der eigenen Grenzen, Probleme und Miseren (...) für solche Patienten kaum zu ertragen" sei (E. 3b). Es wurde daher nicht ausgeschlossen, dass in einem solchen Fall die Einsichts- und Handlungsfähigkeit im Hinblick auf das förmliche Geltendmachen des Sozialversicherungsanspruchs fehlen könnte.
4.4.2 Eine mit dem zitierten Präjudiz vergleichbare Ausgangslage ist hier nicht gegeben. Die nachvollziehbaren ärztlichen Darstellungen von Symptomatik und Krankheitsdynamik der Borderline- respektive kombinierten Persönlichkeitsstörung (vgl. oben E. 3.1) lassen nicht darauf schliessen, der Beschwerdeführer sei nach Eintritt des Gesundheitsschadens (spätestens im Jahr 1999) andauernd unfähig gewesen, das Notwendige zur Anspruchswahrung gegenüber der Invalidenversicherung vorzukehren. Insbesondere kann aus der Aussage des Psychotherapeuten, "jede kleine Herausforderung (wie die IV-Anmeldung)" werde "für ihn zu einer Bewährungsprobe, bei der es um Leben oder Tod zu gehen scheint" (Bericht vom 11. Mai 2006), nicht abgeleitet werden, es sei ihm aus medizinischen Gründen geradezu verwehrt gewesen, sich mit dem Faktum einer entsprechenden Gesundheitsstörung überhaupt auseinanderzusetzen und - gegebenenfalls mit Hilfe Dritter - administrative Schritte zum Erhalt von Erwerbsersatz zu unternehmen. Aus den ärztlichen Stellungnahmen wird denn auch nicht ersichtlich, dass die im Oktober 2005 aufgenommene Psychotherapie gleichsam innerpsychische Schranken einschlägigen Handelns beseitigt habe. Der Umstand einer gesundheitsschadensbedingten Erschwernis, die aber nicht mit Unzumutbarkeit oder gar Unmöglichkeit von Erkenntnis und Handlung gleichgesetzt werden kann, bildet keinen Ausnahmegrund im Sinne von Art. 48 Abs. 2 Satz 2 IVG, der es verbieten würde, die Anmeldung zum Leistungsbezug in die Eigenverantwortung des Beschwerdeführers zu stellen.
5. Zusammengefasst hat bereits vor Beginn der Psychotherapie im Herbst 2005 anrechenbare Kenntnis des anspruchsbegründenden Sachverhalts im Sinne von aArt. 48 Abs. 2 Satz 2 IVG bestanden. Denn die psychische Gesundheitsbeeinträchtigung des Beschwerdeführers hat die diesbezügliche Einsichts- und Handlungsfähigkeit auch bis dahin nicht in dem von der Rechtsprechung geforderten weitgehenden Ausmass eingeschränkt. Der vorinstanzliche Entscheid ist daher bundesrechtskonform.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Aargauischen Pensionskasse schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Traub