Sachverhalt:
A. Mit Baueingabe vom 15. Mai 2006 ersuchte X._ die Baukommission Oberglatt um einen Vorentscheid mit Verbindlichkeit gegenüber Dritten. Er wollte wissen, ob sein als Vorprojekt eingereichtes Bauvorhaben für ein Doppeleinfamilienhaus mit Garage auf der Parzelle Kat.-Nr. 1360 an der Bachstrasse in Oberglatt hinsichtlich Baureife und Lärmschutz bewilligungsfähig sei. Die Baukommission überwies das Gesuch zur Beurteilung des Fluglärms an die Baudirektion. Mit Verfügung vom 7. Januar 2007 beschied die Baudirektion, es könne für das Projekt aus lärmschutzrechtlicher Sicht keine Bewilligung in Aussicht gestellt werden. Die Baukommission Oberglatt beantwortete daraufhin die zum Vorentscheid gestellten Fragen in ihrem Beschluss vom 20. Februar 2007 dahingehend, dass eine baurechtliche Bewilligung mit Bezug auf die Kriterien Baureife und Lärm nicht in Aussicht gestellt werden könne, und übermittelte dem Gesuchsteller gleichzeitig den Entscheid der Baudirektion.
B. X._ und die Gemeinde Oberglatt gelangten gegen die Verfügung der Baudirektion an die Baurekurskommission I und beantragten, die Verfügung sei aufzuheben und die Baubewilligung zu erteilen. Am 18. Dezember 2007 wies die Baurekurskommission das Rechtsmittel ab.
C. Dagegen erhoben X._ und die Gemeinde Oberglatt Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheids forderten sie, das Bauvorhaben im Sinne des beantragten Vorentscheids hinsichtlich der planungsrechtlichen Baureife und der Belastung durch Fluglärm zu bewilligen. Eventualiter stellten sie den Antrag auf Rückweisung des Verfahrens an die "Entscheidbehörde", damit diese über eine ortsbaulich befriedigende Gestaltung des Siedlungsrandes im noch nicht überbauten Gebiet des Quartierplans "Sack" befinde.
Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde am 17. Juni 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
D. Mit Eingabe vom 10. Oktober 2009 erhebt die Gemeinde Oberglatt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils vom 17. Juni 2009 sowie die Feststellung, dass vorliegend ein konkretes Bauprojekt aus lärmrechtlicher Sicht bewilligungsfähig sei, soweit und sofern im baurechtlichen Bewilligungsverfahren der Nachweis erbracht werde, dass mit Massnahmen nach Art. 22 Abs. 2 USG in Verbindung mit Art. 31 Abs. 1 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) die Immissionsgrenzwerte eingehalten würden.
Der Bauherr hat ausdrücklich Abstand vom bundesgerichtlichen Verfahren erklärt. Die Baudirektion des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Desgleichen beantragt das Verwaltungsgericht, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hat sich zur Angelegenheit ebenfalls vernehmen lassen und gelangt zum Schluss, der angefochtene Entscheid stehe im Einklang mit der Lärmschutzgesetzgebung des Bundes.
Im Rahmen des weiteren Schriftenwechsels halten die Beteiligten sinngemäss an ihren Standpunkten und Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil beruht auf Umweltschutzrecht des Bundes. Es betrifft eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor.
Das Verwaltungsgericht setzt sich im angefochtenen Urteil mit einem Entscheid der Baurekurskommission auseinander, in welchem letztere einen abschlägigen Vorentscheid der Baudirektion zur lärmrechtlichen Situation auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1360 bestätigt hatte. § 323 Abs. 1 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) sieht vor, dass über Fragen, die für die spätere Bewilligungsfähigkeit eines Bauvorhabens grundlegend sind, Vorentscheide eingeholt werden können. Ein solcher Vorentscheid schliesst das baurechtliche Bewilligungsverfahren demzufolge im Grundsatz nicht ab. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts stellt ein positiv lautender baurechtlicher Vorentscheid grundsätzlich einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar (BGE 135 II 30 E. 1 S. 31 ff.). Anders verhält es sich beim negativen Vorentscheid. Lehnt die zuständige Behörde bzw. die letzte kantonale Instanz im Vorentscheid das in Frage stehende Bauvorhaben ab, so bewirkt dies für den Gesuchsteller eine rechtsverbindliche Ablehnung der baurechtlichen Bewilligung für das konkrete Projekt. Das Baubewilligungsverfahren wird damit abgeschlossen, denn der Bauherr wird ein von vornherein zum Scheitern verurteiltes Vorhaben nicht weiter verfolgen. Soweit der angefochtene Entscheid einen solchen Bauabschlag bestätigt, erweist er sich deshalb als Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG (Urteil 1C_263/2008 des Bundesgerichts vom 25. November 2008 E. 1.2 mit Hinweisen zur Rechtslage vor Inkrafttreten des BGG).
1.2 Die Beschwerdeberechtigung der Gemeinde Oberglatt ist gestützt auf Art. 57 USG und Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG zu bejahen (vgl. BGE 124 II 293 E. 3b S. 304 f.). Die Beschwerdeführerin setzt sich für den Immissionsschutz der Einwohner ein und wird durch den angefochtenen Entscheid in ihren hoheitlichen Befugnissen als Inhaberin der Baupolizeikompetenz und Trägerin der kommunalen Raumplanung betroffen. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten ist.
2. Streitgegenstand ist vorliegend nur noch der lärmschutzrechtliche Aspekt des Vorentscheids. Die Frage nach der Baureife der Parzelle steht nicht zur Diskussion.
Die Beschwerdeführerin erachtet das Vorgehen der Vorinstanzen bei der Ermittlung der Lärmsituation als falsch. Sie beanstandet insbesondere, dass sich die Berechnungen auf das vorläufige Betriebsreglement 2005 des Flughafen Zürichs (Betriebsreglement 2005) stützen, obwohl die effektive Lärmbelastung im betroffenen Gebiet abgenommen habe. Als "qualifiziert falsch" bezeichnet sie das Abstellen auf Werte aus dem Jahr 2000.
2.1 Art. 31 Abs. 1 LSV legt für den Fall, dass die Immissionsgrenzwerte überschritten sind, fest, dass Neubauten und wesentliche Änderungen von Gebäuden mit lärmempfindlichen Räumen nur bewilligt werden dürfen, wenn diese Werte eingehalten werden können durch die Anordnung der lärmempfindlichen Räume auf der dem Lärm abgewandten Seite des Gebäudes (lit. a) oder durch bauliche oder gestalterische Massnahmen, die das Gebäude gegen Lärm abschirmen (lit. b). Können die Immissionsgrenzwerte durch Massnahmen nach Abs. 1 nicht eingehalten werden, so darf die Baubewilligung nur erteilt werden, wenn an der Errichtung des Gebäudes ein überwiegendes Interesse besteht und die kantonale Behörde zustimmt (Art. 31 Abs. 2 LSV). Nach Meinung der kantonalen Behörden vermag das zum Vorentscheid vorgelegte Projekt weder den Anforderungen von Art. 31 Abs. 1 noch von Abs. 2 zu genügen.
2.2 Die Vollzugsbehörde ermittelt die Aussenlärmimmissionen ortsfester Anlagen oder ordnet deren Ermittlung an, wenn sie Grund zur Annahme hat, dass die massgebenden Belastungsgrenzwerte überschritten werden oder ihre Überschreitung zu erwarten ist (Art. 36 Abs. 1 LSV). Nach Art. 36 Abs. 2 LSV berücksichtigt die Behörde dabei die Zu- oder Abnahme der Lärmimmissionen, die zu erwarten ist wegen der Errichtung, Änderung oder Sanierung ortsfester Anlagen, insbesondere wenn entsprechende Projekte im Zeitpunkt der Ermittlung bereits bewilligt oder öffentlich aufgelegt worden sind (lit. a) und wegen der Errichtung, Änderung oder dem Abbruch anderer Bauten, wenn die Projekte im Zeitpunkt der Ermittlung bereits öffentlich aufgelegt sind (lit. b). Art. 38 Abs. 2 LSV legt für Fluglärmimmissionen fest, dass diese grundsätzlich durch Berechnungen ermittelt werden. Die Berechnungen sind nach dem anerkannten Stand der Technik durchzuführen. Das Bundesamt für Umwelt empfiehlt geeignete Berechnungsverfahren. Die Anforderungen an die Berechnungsverfahren und Messgeräte richten sich nach Anhang 2 der LSV (Art. 38 Abs. 3 LSV). Letzterer sieht u.a. in Ziff. 1 Abs. 1 lit. d vor, dass die Verfahren zur Berechnung der Lärmimmissionen die Auswirkungen von Bauten und natürlichen Hindernissen auf die Schallausbreitung (Hindernisdämpfung und Reflexionen) berücksichtigen müssen. Und schliesslich werden gemäss Art. 39 Abs. 1 LSV bei Gebäuden die Lärmimmissionen in der Mitte der offenen Fenster lärmempfindlicher Räume ermittelt. Fluglärmimmissionen können nach dieser Bestimmung auch in der Nähe der Gebäude ermittelt werden.
2.3 Die Vorinstanz nimmt in Anlehnung an den Entscheid der Baurekurskommission sowohl Bezug auf das Betriebsreglement 2005 als auch auf die tatsächliche nominelle Belastung des Jahres 2000 (NOM 2000). Entgegen des von der Beschwerdeführerin vermittelten Eindrucks stellt das Verwaltungsgericht aber nicht unbesehen auf die NOM 2000 ab, sondern lässt offen, ob diese Werte auch zu berücksichtigen seien. Der Argumentation der Beschwerdeführerin, wonach der Lärm in den letzten Jahren nachgelassen habe, hält es entgegen, die Belastungen durch den Fluglärm seien nicht nur von der technischen Entwicklung, sondern ebenso vom aktuellen Flugbetrieb der betreffenden Jahre abhängig. Tiefer gehende Abklärungen hält das Verwaltungsgericht nicht für nötig, denn der Bau von Wohnungen und lärmempfindlichen Bauten sei eine langfristige Investition, die nicht von kurzfristigen Schwankungen der Lärmbelastung abhängig gemacht werden dürfe. Die betrachteten Zeiträume - insbesondere seit der Ausarbeitung des Betriebsreglement 2005 - seien zu kurz, um eindeutige Schlüsse für die künftige Entwicklung zu ziehen. Insgesamt gelangt die Vorinstanz zum Schluss, bei der Ermittlung der Lärmbelastung sei nicht auf die momentane Nutzung der Pisten, sondern auf die mit dem Betriebsreglement 2005 zugelassene Nutzweise abzustellen.
2.4 Das BAFU zieht in seiner Vernehmlassung in Erwägung, bei der Ermittlung der Lärmimmissionen sei nicht nur die aktuelle Belastung zu berücksichtigen, sondern auch die Zu- oder Abnahme der Lärmimmissionen, die mit einiger Gewissheit zu erwarten sind. Der heute bestehende Betrieb auf dem Flughafen Zürich basiere weitgehend auf dem Betriebsreglement 2005. Da das definitive Reglement noch ausstehe, müsse heute dasjenige von 2005 als Grundlage für die Berechnung der Fluglärmimmissionen im Umfeld des Flughafens dienen. Zwar habe das Bundesverwaltungsgericht im Urteil A-1936/2006 die Beschwerden gegen das Betriebsreglement 2005 teilweise gutgeheissen und festgehalten, ohne das Objektblatt des Sachplans Infrastruktur Luft (SIL) nur die aufgrund der Einführung der Deutschen Durchführungsverordnung notwendigen Änderungen des Betriebsreglements zulässig seien. Die mit dem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts einher gehende Anpassung des Betriebsreglements 2005 führe vorliegend nur zu einer geringfügigen Änderung der Lärmbelastungssituation. Die Änderungen des Betriebsreglements 2005 bezögen sich vor allem auf die Tagesrandstunden und erfassten insgesamt nur wenige Flugbewegungen. Deshalb ändere sich nichts an den bestehenden Überschreitungen der Lärmbelastungsgrenzwerte.
Entgegen der Annahme der Beschwerdeführerin habe die Fluglärmbelastung im fraglichen Gebiet im Jahr 2008 insgesamt in der Nacht gegenüber den Vorgaben des Betriebsreglements 2005 sogar leicht zugenommen. Für die Ermittlung der Lärmbelastung nach Art. 36 LSV seien derartige kurzfristige Schwankungen aber unerheblich. Das Einschreiten der Vollzugsbehörde sei erst angezeigt, wenn sich abzeichnen würde, dass die Fluglärmbelastung auf Dauer wesentlich von der bewilligten Belastung abweiche.
Ausgehend vom Betriebsreglement 2005 würden die Immissionsgrenzwerte tags um 1 dB(A) und in der ersten Nachtstunde um 5 dB(A) überschritten.
2.5 Im Urteil 1A.34/2006 vom 13. November 2006 (publ. in: URP 2007 S. 201) hat das Bundesgericht bereits festgehalten, es sei rechtens, bei der Beurteilung der Frage, ob in einem bestimmten Gebiet die Planungswerte überschritten seien, auf die Lärmbelastung gemäss dem aktuellen Flughafen-Betriebsreglement abzustellen. So wenig beim Ausbau des Flughafens Zürich verlangt werden konnte, dass auch zukünftige, noch ungewisse Betriebsänderungen in die Umweltverträglichkeitsprüfung einbezogen würden, so wenig können heute die Vollzugsbehörden angehalten werden, künftige, noch ungewisse Änderungen des Flugbetriebes bei der Lärmermittlung mitzuberücksichtigen (Urteil 1A.34/2006 vom 13. November 2006 E. 4 mit Hinweis auf BGE 126 II 522 E. 11e S. 540). Da heute das Betriebsreglement 2005 gilt, durfte das Verwaltungsgericht die darauf beruhenden Werte beiziehen.
2.6 Die Rüge der Beschwerdeführerin, wonach sich das Verwaltungsgericht "qualifiziert falsch" auch auf die NOM 2000 gestützt habe, entbehrt einer Grundlage im angefochtenen Entscheid. Die Vorinstanz hat in erster Linie die Daten des Betriebsreglements 2005 als massgeblich erachtet. Dies hat sie in E. 5.3 (in fine) des angefochtenen Urteils unmissverständlich zum Ausdruck gebracht. Es ist ihr in diesem Zusammenhang nichts vorzuwerfen, wenn sie in E. 5.2 erklärt, in Anbetracht der geringen Differenzen zwischen den beiden Werten (NOM 2000 und Betriebsreglement 2005) sei die Frage, inwieweit auf die Belastung des Jahres 2000 abgestellt werden dürfe, nicht von Bedeutung. Mit Blick auf die Gesamtsituation und die deutliche Überschreitung der Belastungsgrenzwerte in der ersten Nachtstunde im einen wie im andern Fall, ist diese Aussage zulässig. Der Beschwerdeführerin ist zwar darin zuzustimmen, dass für die Wahrnehmung ein Unterschied von einem oder zwei dB(A) erheblich ist. Auch wenn man vom tieferen, auf der Basis des Betriebsreglements 2005 errechneten Wert ausgeht, ist die Überschreitung des Immissionsgrenzwertes jedoch offensichtlich.
2.7 In Übereinstimmung mit der eidgenössischen Fachstelle und dem Verwaltungsgericht ist darum festzuhalten, dass das Betriebsreglement 2005 als Grundlage für die Beurteilung der Lärmbelastung im fraglichen Gebiet heranzuziehen ist. Kurzfristige Schwankungen können nicht zu einer gänzlichen Abkehr von diesen Zahlen führen.
3. Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, der Fluglärm falle seitlich in das fragliche Grundstück ein, es werde nicht direkt überflogen. Aus ihrer Sicht könnten deshalb die lärmempfindlichen Räume der projektierten Baute so angeordnet werden, dass die Immissionsgrenzwerte an den Fenstern eingehalten würden.
3.1 Nach Auffassung des Verwaltungsgerichts sind die Möglichkeiten, geeignete Schutzmassnahmen zu treffen, beim Fluglärm gering, da dieser - im Gegensatz etwa zu Strassen- oder Industrielärm - zumeist nicht nur aus einer bestimmten Richtung eintreffe und sich daher nur schwer abschirmen lasse.
3.2 Auch das BAFU führt sinngemäss aus, bislang seien in Einklang mit Art. 38 Abs. 2 und Art. 39 Abs. 1 LSV in der Praxis weder eine abschirmende Wirkung noch Reflexionen von Bauten und Gebäuden berücksichtigt worden. Dies unter anderem deshalb, weil der Fluglärm grundsätzlich von oben komme und Abschirmungen und Reflexionen kaum Wirkung zeigten. Falle der Lärm wie im vorliegenden Fall seitlich ein, so genüge bereits eine im Verhältnis zum Gebäude relativ kleine Reflexionsfläche, damit der Effekt der Abschirmung durch Reflexionen wieder aufgehoben werde. Zudem entspreche die Berücksichtigung etwaiger derartiger Effekte bei der Fluglärmberechnung nicht dem Stand der Technik.
Wie aus den Akten hervorgehe, habe der Bauherr Pläne für ein Doppeleinfamilienhaus ausgearbeitet, welches sowohl im Erd- wie auch im Obergeschoss Wohnräume mit Fenstern in alle Himmelsrichtungen vorsehe. Selbst wenn der von der Beschwerdeführerin beschriebene Abschirmungs- bzw. Reflexionseffekt tatsächlich auftreten sollte, so würden auf den anderen drei Seiten des Gebäudes weiterhin erhebliche Grenzwertüberschreitungen bestehen.
3.3 Die kantonale Fachstelle Lärmschutz äussert sich im gleichen Sinn. Eine abschirmende Wirkung von Gebäuden werde aufgrund der speziellen, nicht gerichteten Charakteristik des Fluglärms grundsätzlich ausgeschlossen. Dementsprechend würden für Fluglärm keine Emissionskataster, sondern nur Immissionskataster publiziert und als Beurteilungsgrundlage angewandt. Art. 39 LSV sei ein klarer Hinweis dafür, dass die genaue Platzierung des Empfangspunktes von Fluglärm von geringer Bedeutung sei, da die Schirmwirkung von Gebäuden nicht erheblich sei und ausserdem durch andere akustische Phänomene - wie insbesondere Reflexionen und Beugungen - aufgehoben werde. Zudem seien die tatsächlichen Abschirmwirkungen im Rahmen der psychosozialen Befragung der Betroffenen zu ihrer individuellen Wohnsituation berücksichtigt worden und hätten so Eingang in die Festlegung der Grenzwerte gefunden.
3.4 Aus den Schilderungen der Fachstellen wird deutlich, dass dem Verwaltungsgericht keine Verletzung von Bundesrecht vorzuwerfen ist. Die einschlägigen Normen der LSV und damit der heutige Stand der Technik wurden beachtet. Mit ihren Ausführungen zu den angeblich relevanten abschirmenden und reflektierenden Gebäudewirkungen zeigt die Beschwerdeführerin ihre Sichtweise auf, ohne ernsthafte Zweifel an der Vorgehensweise der kantonalen Instanzen wecken zu können. Neue Messweisen und Erkenntnisse sind zwar nicht auszuschliessen. Im Rahmen des sogenannten "technischen Ermessens" aber gesteht das Bundesgericht Vorinstanzen mit besonderem Fachwissen bei der Prüfung des Einzelfalls und bei der Anwendung von unbestimmten Rechtsbegriffen einen gewissen Beurteilungsspielraum zu, soweit die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte geprüft und die erforderlichen Abklärungen sorgfältig und umfassend vorgenommen wurden (vgl. BGE 131 II 680 E. 2.3.2 S. 684 mit Hinweisen; Urteil 1C_544/2008 vom 27. August 2009 E. 8.6). Es ist nachvollziehbar, dass der Fluglärm keinen bestimmten Einfallswinkel hat, weshalb eine wirkungsvolle Abschirmung nicht wirklich möglich scheint. Und einleuchtend ist, dass die Richtung des Lärms zu unbestimmt ist, als dass dieser an einer Stelle punktgenau und massgeblich reflektiert bzw. abgeschirmt werden könnte. Wie die eidgenössische und die kantonale Fachstelle zu Recht argumentieren, legt dies schon Art. 39 LSV nahe, welcher die Möglichkeit eröffnet, den Fluglärm auch in der Nähe des Gebäudes zu messen, dies in Abweichung der Methode bei anderen Lärmarten.
4. Nicht durchzudringen vermag die Beschwerdeführerin mit ihrem Vorhalt, es gehe gar nicht um ein konkretes Bauvorhaben, sondern um die Beantwortung konkret gestellter Fragen. Die Behandlung derart allgemein gehaltener Fragen zum Lärmschutz ist nicht Sache des Verwaltungsgerichts. In zutreffender Weise hat es sich rechtsverbindlich nur zum umstrittenen Vorentscheid geäussert. Der Bauherr hatte einen solchen mit Rechtsverbindlichkeit gegenüber Dritten zu einem konkreten Projekt, nämlich einem Doppeleinfamilienhaus mit separaten Doppelgaragen auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1360, eingereicht (siehe Verfügung der Baukommission Oberglatt vom 20. Februar 2007 und die Verweigerung der Baudirektion vom 5. Januar 2007). Die angefragten Behörden hatten aufgrund der eingereichten Pläne zu entscheiden, ob eine Bewilligung unter dem Aspekt Baureife und Lärmbelastung in Aussicht gestellt werden könne. Im Rahmen dieser Überprüfung gelangten die zuständigen kantonalen Instanzen zum Schluss, in lärmschutzrechtlicher Hinsicht könne weder eine Bewilligung nach Art. 31 Abs. 1 LSV noch eine Ausnahmebewilligung gestützt auf Art. 31 Abs. 2 LSV in Aussicht gestellt werden. Das Verwaltungsgericht hat diese Auffassung geschützt. In allgemeiner Weise hat es dann aber den Vorbehalt angebracht, diese Beurteilung beziehe sich lediglich auf das konkrete zur Vorprüfung eingereichte Projekt. Falls die zum Vorentscheid gestellte Frage betreffend Lärmschutz allgemeiner gemeint gewesen sei, könne sie nicht umfassend beantwortet werden, da sie von der Anordnung der Räume abhängig sei. Es sei nicht Aufgabe der Baubehörde oder der Rechtsmittelinstanzen, dem Bauwilligen im Rahmen eines Vorentscheidverfahrens derart weit gehende Vorschläge für die Ausgestaltung seines Projekts zu machen. Diese Konkretisierung sei vielmehr Sache des Bauherrn, welcher mit dem konkreten Baugesuch angesichts der exponierten Lage überdies ein Lärmgutachten eines qualifizierten Experten zur Höhe der Lärmbelastung an den Fenstern der lärmempfindlichen Räume beizubringen hätte.
Diese Ausführungen des Verwaltungsgerichts sind nicht zu beanstanden. Damit schliesst es nicht grundsätzlich aus, dass allenfalls eine gesetzeskonforme Lösung für eine Baute auf der fraglichen Parzelle gefunden werden könnte. Es macht aber auch deutlich, dass seine Vorinstanzen eine Bewilligung unter den vorgegebenen Parametern nicht in Aussicht stellen durften. Willkür ist in diesem Vorgehen nicht zu erkennen.
5. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Praxisgemäss sind der Beschwerdeführerin keine Kosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 4 BGG). Parteientschädigungen sind ebenfalls keine zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. August 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Aemisegger Scherrer Reber