Sachverhalt:
Mit Entscheid vom 25. September 2012 hat das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich eine Beschwerde des M._ vom 7. Oktober 2011 gegen den Einspracheentscheid der AXA Versicherungen AG (nachstehend: AXA) vom 8. September 2011 dahingehend gutgeheissen, dass der angefochtene Einspracheentscheid aufgehoben und die Sache an die AXA zurückgewiesen wurde, damit diese nach erfolgter Abklärung im Sinne von Erwägung 3.8 - namentlich Einholung eines Obergutachtens sowie Stellungnahme zur Frage der Integritätseinbusse - über den Leistungsanspruch des Versicherten neu entscheide (Dispos.-Ziff. 1); ferner wurde die AXA verpflichtet, dem Versicherten eine Prozessentschädigung von Fr. 2000.- (inkl. Barauslagen und MWSt) zu bezahlen (Dispos.-Ziff. 3).
Dagegen hat die AXA am 22. November 2012 (Poststempel) Beschwerde eingereicht mit den Anträgen, in Aufhebung der Dispos.-Ziff. 1 und 3 des vorinstanzlichen Entscheides sei der Einspracheentscheid vom 8. September 2011 zu bestätigen.
Die Verfahrensakten wurden beigezogen. Es wurde keine Vernehmlassung eingeholt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG). Nach Art. 93 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide (zu den letzten gehören namentlich Rückweisungsentscheide; BGE 133 V 477 E. 4.3 S. 482) zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Sind diese Voraussetzungen nicht erfüllt oder wurde keine Beschwerde erhoben, sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (Art. 93 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheides zu weiteren medizinischen Abklärungen (Einholung eines Obergutachtens) an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen. Praxisgemäss bewirkt ein solcher Rückweisungsentscheid in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG (vgl. statt vieler z.B. Urteile 8C_509/2012 vom 25. Juli 2012 und 8C_502/2012 vom 10. August 2012 sowie namentlich die Beschwerdeführerin betreffend 8C_896/2012 vom 7. Dezember 2012 und 8C_559/2012 vom 7. September 2012 mit Hinweisen); er führt in der Regel lediglich zu einer (dieses Kriterium nicht erfüllenden) Verlängerung des Verfahrens. Anderes gilt nur, wenn durch materiellrechtliche Anordnungen im Rückweisungsentscheid der Beurteilungsspielraum der unteren Instanz wesentlich eingeschränkt und sie gezwungen wird, eine ihres Erachtens rechtswidrige neue Verfügung zu erlassen (vgl. BGE 133 V 477 E. 5.2.4 S. 484 und vorerwähnte, auch die Beschwerdeführerin betreffenden Urteile). So verhält es sich hier - entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin - nicht, denn die AXA hat vorliegend nach Einholung eines medizinischen Gutachtens namentlich über die Kausalität der Labrumläsion sowie die Frage der Integritätsentschädigung zu befinden und hernach über den Leistungsanspruch des Beschwerdegegners neu zu entscheiden, ohne dass der angefochtene Entscheid präjudizierende Wirkung entfaltet (BGE 133 V 477 E. 5.2.4 S. 484).
Die Eintretensvoraussetzung des Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist damit nicht erfüllt. Dies gilt nach ständiger Rechtsprechung - im Gegensatz zu dem, was die Beschwerdeführerin anzunehmen scheint -, selbst wenn die vorinstanzliche Feststellung, der rechtserhebliche Sachverhalt sei nicht rechtsgenüglich abgeklärt, offensichtlich unrichtig wäre oder auf einer qualifiziert unrichtigen oder sogar willkürlichen Beweiswürdigung beruhte. Auch eine solche Rechtsverletzung (Art. 95 lit. a und Art. 97 BGG) vermöchte dem Nachteil an sich unnötiger Abklärungen nicht rechtlichen Charakter zu geben (statt vieler: Urteile 8C_78/2008 vom 9. Juli 2008, E. 2, und 9C_301/2007 vom 28. September 2007, E. 2.2). Daran ändert auch der Einwand betreffend der vom Beschwerdegegner verweigerten Begutachtung zum jetzigen Zeitpunkt nichts, weil vorerst nun gemäss vorinstanzlichem Entscheid lediglich die angeordnete Begutachtung zu erfolgen hat und die AXA gegebenenfalls im dannzumaligen Verfahren nach Massgabe des Art. 93 Abs. 3 BGG die geltend gemachten Verfahrensrügen (so u.a. bezüglich der allfälligen Verweigerung der Mitwirkungspflicht durch den Beschwerdegegner) wird vorbringen können. Von einer in diesem Zusammenhang gegebenen Rechtsverweigerung bzw. davon, dass der Versicherte durch sein Verhalten nun "belohnt" werde, kann - im Gegensatz zu den Vorbringen der Beschwerdeführerin - hier nicht die Rede sein. Auch die insoweit gerügte Zusprechung einer - nach Meinung der Beschwerdeführerin zu hohen - Prozessentschädigung kann später beim Bundesgericht u. a. mit dem Endentscheid noch angefochten werden (BGE 133 V 645 E. 2.1 f. S. 647 f.; vgl. statt vieler: Urteile 9C_720/2009 vom 29. September 2009 E. 1 und 9C_567/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 4.2 mit Literaturhinweis).
3. Eine Gutheissung der Beschwerde würde zwar - wie in der Beschwerde an sich zu Recht ausgeführt wird - einen sofortigen Endentscheid herbeiführen (vgl. Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG); mit der Aufhebung kantonaler Rückweisungsentscheide, welche einzig eine ergänzende Sachverhaltsabklärung anordnen, kann indessen praxisgemäss kein nach der Rechtsprechung bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren im Sinne der genannten Bestimmung erspart werden, zumal auch insoweit die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme darstellt, die restriktiv zu handhaben ist und die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, da sie auch insoweit die mit dem Zwischenentscheid zusammenhängenden Fragen mit dem Endentscheid anfechten können (dazu statt vieler nunmehr Urteile 8C_400/2012 vom 28. Juni 2012, 8C_302/2009 vom 24. April 2009 und 8C_1038/2008 vom 20. April 2009 E. 2.2 mit Hinweisen). Auch vorliegend ist - entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin - nicht ersichtlich, dass die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG erfüllt wären, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
4. Die - insgesamt offensichtlich unzulässige - Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren (Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG) ohne Schriftenwechsel (Art. 102 Abs. 1 BGG) zu erledigen. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Dezember 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Batz