Sachverhalt:
A. Mit Vorbescheid vom 22. August 2007 teilte die IV-Stelle des Kantons Zürich V._ mit, dass sie ab 1. Juni 2005 Anspruch auf eine ganze Rente habe. Gleichzeitig stellte sie der Versicherten ein Schreiben vom 21. August 2007 zu, worin sie im Sinne der Schadenminderungspflicht einen stationären Aufenthalt zwecks intensiver Psychotherapie und eine Erhöhung der Psychopharmaka-Dosis ab sofort verlangte. Daraufhin gelangte der Rechtsvertreter von V._ an die IV-Stelle mit dem Begehren, es sei auf die auferlegten Anordnungen zu verzichten. Ferner beantragte er die unentgeltliche Verbeiständung für das Verwaltungsverfahren. Mit Verfügung vom 20. Dezember 2007 wies die IV-Stelle das Gesuch um unentgeltlichen Rechtsbeistand ab. Zur Begründung führte sie an, das Auferlegen der Schadenminderung stelle keine anfechtbare Verfügung dar. Zu einer solchen werde es erst kommen, falls sie eine Verletzung der Pflicht zur Selbsteingliederung feststellen und androhungsgemäss im Sinne von Art. 21 Abs. 4 ATSG die Rente entziehen oder herabsetzen sollte. Das Begehren sei somit als aussichtslos anzusehen, weshalb das Gesuch um unentgeltliche Rechtsverbeiständung abzuweisen sei.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher V._ die unentgeltliche Verbeiständung für das Verwaltungsverfahren, eventuell die Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zum Erlass einer Verfügung über die auferlegten Anordnungen, beantragte, wies der Einzelrichter der IV. Kammer des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich mit Entscheid vom 8. Februar 2008 ab. Auf Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hin hob das Bundesgericht mit Urteil vom 24. Juli 2008 (9C_275/2008) den vorinstanzlichen Entscheid auf und wies die Sache an das kantonale Gericht zurück, damit dieses in richtiger Besetzung über die Beschwerde vom 30. Januar 2008 neu entscheide.
Mit Entscheid vom 10. September 2008 wies die IV. Kammer des Sozialversicherungsgerichts die Beschwerde wiederum ab.
C. V._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese einen neuen, rechtsgenügend begründeten Entscheid fälle. Eventuell sei die IV-Stelle zu verpflichten, die der Beschwerdeführerin auferlegten Anordnungen in Form einer beschwerdefähigen Verfügung zu erlassen. Ferner sei ihr für das Verwaltungsverfahren, für das vorinstanzliche Beschwerdeverfahren und für das letztinstanzliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
D. Mit Verfügung vom 23. Oktober 2008 wies das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege mangels Bedürftigkeit ab.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97 BGG).
2. 2.1 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) folgt unter anderem die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Sie muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (BGE 133 III 439 E. 3.3 S. 445 mit Hinweisen). Ausgehend von diesen Grundsätzen sind die verfassungsmässigen Anforderungen an die Begründung mit Blick auf die konkrete materiell-, beweis- und verfahrensrechtliche Lage festzulegen (vgl. SVR 2006 IV Nr. 27 S. 92 E. 3.2, I 3/05; Isabelle Häner, Vorsorgliche Massnahmen im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, ZSR 1997 II 253 ff., 375 Rz. 163).
2.2 Die Beschwerdeführerin erblickt eine Verletzung der Begründungspflicht und des rechtlichen Gehörs darin, dass sich das kantonale Gericht nach der Rückweisung der Sache zu neuem Entscheid in richtiger Besetzung nicht mit den ausführlichen sachlichen Argumenten in der Beschwerde vom 3. April 2008 an das Bundesgericht auseinandergesetzt habe. Diese Rüge ist unbegründet. Mit Urteil vom 24. Juli 2008 (9C_275/2008) wies das Bundesgericht die Sache an das kantonale Gericht zurück, weil die Behandlung der Rechtsverweigerungsbeschwerde nicht einzelrichterlich, sondern durch das Kollegialgericht hätte erfolgen müssen. Die Vorinstanz musste aus diesem Grund in Dreierbesetzung nochmals über die Beschwerde vom 30. Januar 2008 befinden. Dabei durfte sie sich darauf beschränken, sich lediglich mit den in der vorinstanzlichen Beschwerde vom 30. Januar 2008 vorgebrachten Argumenten auseinanderzusetzen. Die Vorbringen in der Sache in der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 3. April 2008 an das Bundesgericht sind entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht Teil des vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens. Das kantonale Gericht hat daher die Begründungspflicht und den Anspruch auf rechtliches Gehör nicht verletzt, wenn es in seinem Entscheid nicht näher auf die Argumente in der bundesgerichtlichen Beschwerde vom 3. April 2008 eingegangen ist und praktisch wortwörtlich mit den gleichen Erwägungen zum selben Entscheid wie der Einzelrichter gelangt ist. Ebensowenig lässt sich unter den vorliegenden Umständen beanstanden, dass am angefochtenen Entscheid auch der Einzelrichter und der selbe Gerichtsschreiber wie beim ersten Entscheid vom 8. Februar 2008 mitgewirkt haben (vgl. BGE 131 I 113 E. 3.6 S. 120, 116 Ia 28 E. 2a S. 30, 114 Ia 50 E. 3d S. 58, 113 Ia 408 E. 2b S. 410; Pra 2006 Nr. 74 S. 526 E. 2).
3. 3.1 Die IV-Stelle hat der Beschwerdeführerin gleichzeitig mit dem Vorbescheid vom 22. August 2007 ein Schreiben vom 21. August 2007 zugestellt, worin sie von der Beschwerdeführerin im Sinne der Schadenminderungspflicht einen stationären Aufenthalt zwecks intensiver Psychotherapie und eine Erhöhung der Psychopharmaka-Dosis ab sofort verlangte. Der von der Beschwerdeführerin beigezogene Rechtsvertreter verlangte in der Folge von der IV-Stelle, dass sie über die Schadenminderungspflicht eine anfechtbare Verfügung erlasse. Mit Verfügung vom 20. Dezember 2007 wies die IV-Stelle das Gesuch um unentgeltlichen Rechtsbeistand ab und führte in der Begründung u.a. an, das Auferlegen der Schadenminderung stelle keine anfechtbare Verfügung dar. Zu einer anfechtbaren Verfügung werde es erst kommen, falls die IV-Stelle eine Verletzung der Pflicht zur Selbsteingliederung feststellen und androhungsgemäss im Sinne von Art. 21 Abs. 4 ATSG die Rente entziehen oder herabsetzen sollte. Das Begehren könne somit als aussichtslos angesehen werden, weshalb das Gesuch um unentgeltliche Rechtsverbeiständung abzuweisen sei. In der daraufhin erhobenen Beschwerde an die Vorinstanz machte die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der Schadenminderungspflicht eine Rechtsverweigerung durch die IV-Stelle geltend.
3.2 Das kantonale Gericht stellt sich auf den Standpunkt, die Schadenminderungspflicht werde nicht in Art. 43 Abs. 3, sondern in Art. 21 Abs. 4 ATSG geregelt. Die Abmahnung der Schadenminderungspflicht nach Art. 21 Abs. 4 ATSG - auch wenn sie als "Auflage" formuliert werde - stelle gemäss ständiger Rechtsprechung keine Auflage im rechtstechnischen Sinne dar und habe nicht in Form einer Verfügung zu ergehen (Hinweis auf BGE 125 V 401 E. 4b, 108 V 215; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts vom 6. Juni 2006 [I 22/05], E. 7.2.1; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. Dezember 2007 in Sachen G., C-2795/2006).
3.3 Nach Art. 49 Abs. 1 ATSG hat der Versicherungsträger über Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die erheblich sind oder mit denen die betroffene Person nicht einverstanden ist, schriftlich Verfügungen zu erlassen.
Entzieht oder widersetzt sich eine versicherte Person einer zumutbaren Behandlung oder Eingliederung ins Erwerbsleben, die eine wesentliche Verbesserung der Erwerbsfähigkeit oder eine neue Erwerbsmöglichkeit verspricht, oder trägt sie nicht aus eigenem Antrieb das ihr Zumutbare dazu bei, so können ihr gemäss Art. 21 Abs. 4 ATSG die Leistungen vorübergehend oder dauernd gekürzt oder verweigert werden. Sie muss vorher schriftlich gemahnt und auf die Rechtsfolgen hingewiesen werden; ihr ist eine angemessene Bedenkzeit einzuräumen. Behandlungs- oder Eingliederungsmassnahmen, die eine Gefahr für Leben und Gesundheit darstellen, sind nicht zumutbar.
Streitig ist, ob es sich beim Inhalt des Schreibens vom 21. August 2007, worin die IV-Stelle im Sinne der Schadenminderungspflicht einen stationären Aufenthalt zwecks intensiver Psychotherapie und eine Erhöhung der Psychopharmaka-Dosis ab sofort verlangte, um eine Anordnung im Sinne von Art. 49 Abs. 1 ATSG handelt. Diese Frage ist zu verneinen. Mit Art. 21 Abs. 4 ATSG ist das Verfahren im Zusammenhang mit der vorübergehenden oder dauernden Kürzung und Verweigerung von Leistungen speziell geregelt, indem ein Mahn- und Bedenkzeitverfahren vorgeschrieben ist (vgl. nunmehr auch Art. 7b Abs. 2 IVG, in Kraft seit 1. Januar 2008, welcher Ausnahmen vom Mahn- und Bedenkzeitverfahren vorsieht). Frühestens mit der schriftlichen Mahnung und dem Hinweis auf die Rechtsfolgen sowie mit der Einräumung einer angemessenen Bedenkzeit könnte - was hier offenbleiben kann - eine Anordnung im Sinne von Art. 49 Abs. 1 ATSG vorliegen. Beim Schreiben vom 21. August 2007 handelt es sich klarerweise nicht um eine Anordnung im Sinne von Art. 49 Abs. 1 ATSG, weil darin keine Sanktionen angedroht sind und letztlich lediglich die der Beschwerdeführerin obliegende Schadenminderungspflicht konkretisiert wird. Vielmehr müsste die IV-Stelle für eine vorübergehende oder dauernde Herabsetzung oder Aufhebung der ganzen Invalidenrente zunächst das Mahn- und Bedenkzeitverfahren einschlagen (Art. 21 Abs. 4 ATSG, Art. 7b Abs. 1 IVG). Sie war daher nicht verpflichtet, über die mit Schreiben vom 21. August 2007 auferlegte Schadenminderungspflicht eine Verfügung zu erlassen. Von einer Rechtsverweigerung durch die IV-Stelle kann daher nicht gesprochen werden. Zu Recht hat daher das kantonale Gericht die Beschwerde, soweit es diese als Rechtsverweigerungsbeschwerde betrachtete, abgewiesen.
4. 4.1 Nach der Rechtsprechung zu Art. 37 Abs. 4 ATSG (BGE 132 V 200 E. 4.1 S. 200 f.; vgl. zur Rechtslage vor Inkrafttreten des ATSG BGE 125 V 32 E. 2 S. 34, 114 V 228; AHI 2000 S. 162) besteht unter engen sachlichen und zeitlichen Voraussetzungen ein Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung im Sozialversicherungsverfahren, weil heikle Rechts- oder Abklärungsfragen oder schwierige Verfahrenssituationen denkbar sind, die es erfordern können, dass unbemittelte Versicherte gegenüber der Verwaltung durch eine Anwältin oder einen Anwalt verbeiständet sind. Dabei ist es allerdings mit den sachlichen Voraussetzungen (Bedürftigkeit, fehlende Aussichtslosigkeit, erhebliche Tragweite der Sache, Schwierigkeit der aufgeworfenen Fragen, mangelnde Rechtskenntnisse des Versicherten) streng zu nehmen. Ein strenger Massstab ist insbesondere an die Notwendigkeit der Verbeiständung zu legen. Eine anwaltliche Verbeiständung drängt sich nur in Ausnahmefällen auf, in denen ein Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin beigezogen wird, weil schwierige rechtliche oder tatsächliche Fragen dies als notwendig erscheinen lassen und eine Verbeiständung durch Verbandsvertreter, Fürsorger oder andere Fach- und Vertrauensleute sozialer Institutionen nicht in Betracht fällt.
4.2 Im Lichte dieser Rechtsprechung ist die Notwendigkeit der Verbeiständung durch einen Rechtsanwalt zu verneinen. Gleichzeitig mit dem Schreiben betreffend Schadenminderungspflicht hat die IV-Stelle der Beschwerdeführerin den Vorbescheid zugestellt, mit welchem sie der Versicherten mitteilte, dass sie ab 1. Juni 2005 Anspruch auf eine ganze Invalidenrente habe. Selbst wenn berücksichtigt wird, dass es sich bei den von der IV-Stelle im Rahmen der Schadenminderungspflicht verlangten Vorkehren um einen heiklen Aspekt der persönlichen Integrität handelt, ist entscheidend, dass die Beschwerdeführerin eine ganze Invalidenrente zugesprochen erhielt und die auferlegte Schadenminderungspflicht mit keinerlei Androhung von Rechtsnachteilen verbunden war. Unter diesen Umständen war die Vertretung durch einen Rechtsbeistand angesichts des anzulegenden strengen Massstabes sachlich nicht geboten. Die IV-Stelle hat daher zu Recht das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung für das Verwaltungsverfahren abgelehnt.
5. 5.1 Nach Art. 61 lit. f ATSG wird der Beschwerde führenden Person ein unentgeltlicher Rechtsbeistand bewilligt, wo die Verhältnisse es rechtfertigen. Aus den im letztinstanzlichen Verfahren eingereichten Unterlagen (Erhebungsbogen vom 18. April 2008) geht hervor, dass die Beschwerdeführerin über einen monatlichen Überschuss von rund Fr. 1078.- verfügen kann (vgl. Verfügung vom 23. Oktober 2008). Damit ist sie in der Lage, die Prozesskosten sowohl für das mit Beschwerde vom 30. Januar 2008 eingeleitete erst- wie auch für das zweitinstanzliche Verfahren zu bezahlen. Somit sind die Voraussetzungen für die unentgeltliche Verbeiständung für das kantonale Verfahren nicht erfüllt. Der angefochtene Entscheid des kantonalen Gerichts erweist sich daher auch in diesem Punkt mindestens im Ergebnis als richtig. Es kann daher offen bleiben, ob die vorinstanzliche Beschwerde als aussichtslos zu taxieren ist, wie dies das kantonale Gericht angenommen hat.
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens und infolge Ablehnung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege gemäss Verfügung vom 23. Oktober 2008 hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer