Fatti:
A. Con decisione del 17 gennaio 2012, sostanzialmente confermata il 26 aprile 2012 anche in seguito all'opposizione dell'interessato, la Cassa di disoccupazione UNIA ha chiesto a G._ la restituzione dell'importo relativo alle indennità di disoccupazione versategli di troppo nei mesi di aprile, maggio, giugno, agosto e novembre 2010, cioè fr. 4'203.30.
B. Adito dall'interessato con il patrocinio dell'Organizzazione Cristiano-Sociale Ticinese (OCST), il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, statuendo per giudice unico, ha parzialmente accolto il ricorso, annullato la decisione su opposizione e rinviato gli atti all'amministrazione per nuovo computo dell'importo relativo alle indennità versate di troppo all'insorgente nei soli mesi di maggio, giugno, agosto e novembre 2010. Per il resto ha fatto obbligo all'amministrazione di rifondere all'assicurato fr. 500.- a titolo di ripetibili parziali (pronuncia del 15 ottobre 2012).
C. La Segreteria di Stato dell'economia (SECO) ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale, protestate spese e ripetibili, chiede, in accoglimento del gravame, di annullare il giudizio cantonale.
Sempre patrocinato dall'OCST, G._ propone la reiezione del gravame, mentre la Cassa di disoccupazione UNIA ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. 1.1 Considerando infondata la restituzione per il mese di aprile 2010, nonché perenta la parte delle indennità per i mesi di maggio, giugno, agosto e novembre in relazione alla correzione del guadagno intermedio, il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha parzialmente accolto il ricorso dell'assicurato nel senso che ha annullato la decisione su opposizione impugnata e rinviato gli atti all'amministrazione per nuovo computo dell'importo da restituire. In particolare, il primo giudice ha stabilito che l'interessato era tenuto a restituire unicamente la parte delle prestazioni dell'assicurazione disoccupazione percepite nei mesi di maggio, giugno, agosto e novembre 2010 a cui non aveva diritto a causa della riduzione del guadagno assicurato operata per tener conto del grado di invalidità del 14% accertato dal competente Ufficio dell'assicurazione invalidità (UAI).
1.2 Di principio, una decisione di rinvio costituisce formalmente una decisione incidentale, di per sé impugnabile soltanto alle condizioni poste dall'art. 93 cpv. 1 LTF, anche se con essa vengono decisi aspetti parziali materiali della causa (DTF 133 V 477 consid. 4.2 pag. 481). Se tuttavia - come in concreto - il rinvio serve unicamente a permettere l'esecuzione di quanto ordinato dall'istanza superiore, senza concedere all'autorità inferiore nessun potere e nessuna libertà decisionale, il giudizio va qualificato non già quale decisione incidentale, bensì quale decisione finale (cfr. sentenza 9C_684/2007 del 27 dicembre 2007 consid. 1.1, in SVR 2008 IV n. 39 pag. 131). Ne segue che il ricorso è ricevibile (art. 90 LTF).
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto conformemente agli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (DTF 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62), oppure in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF).
3. 3.1 L'art. 40b OADI - che regola il guadagno assicurato di persone handicappate - prevede che nel caso di assicurati che subiscono, a cagione del loro stato di salute, una menomazione della loro capacità lucrativa durante la disoccupazione o immediatamente prima, è determinante il guadagno che corrisponde alla capacità lucrativa rimanente. Una correzione del guadagno assicurato ai sensi di questo disposto deve di principio avere luogo anche in caso di invalidità non pensionabile (DTF 133 V 524 consid. 5 pag. 526).
3.2 Nel caso di specie, il primo giudice ha ritenuto che l'ordine di restituzione del 17 gennaio 2012, con cui l'amministrazione ha chiesto all'assicurato il rimborso di parte delle indennità di disoccupazione percepite nei mesi di aprile, maggio, giugno, agosto e novembre 2010, non risultava giustificato, dal punto di vista dell'adeguamento del guadagno assicurato, per il mese di aprile già per il fatto che se era vero che, come indicato dalle pertinenti direttive della SECO, andava tenuto conto di una decisione dell'assicurazione invalidità anche se non era ancora cresciuta in giudicato (cfr. Prassi LADI C29), era altrettanto vero che il progetto di decisione non costituiva ancora una decisione formale. Pertanto, l'adeguamento del guadagno assicurato per il mese di aprile 2010, precedente l'emissione della decisione 18 maggio 2010 dell'UAI, appariva prematuro.
3.3 La tesi del giudice cantonale merita di essere condivisa, essendo conforme alla giurisprudenza in materia. In effetti, il Tribunale federale ha già avuto modo di statuire, perlomeno implicitamente, nel senso esposto nel giudizio impugnato (cfr., tra le altre, sentenza 8C_40/2011 del 4 marzo 2011). L'argomentazione ricorsuale non permette di concludere diversamente. Su questo punto, in quanto infondato, il ricorso va pertanto respinto.
3.4 A titolo abbondanziale giova aggiungere che, a ben vedere, sempre dal punto di vista dell'adeguamento del guadagno assicurato causa l'invalidità, anche la richiesta di restituzione per il mese di maggio 2010 si avvera infondata. Le citate direttive dell'autorità ricorrente prevedono infatti che la cassa corregga il guadagno assicurato all'inizio del mese successivo alla decisione dell'assicurazione per l'invalidità (Prassi LADI C29), che in concreto, come visto, porta la data del 18 maggio 2010. Il Tribunale federale, tuttavia, non può andare oltre le conclusioni delle parti (art. 107 cpv. 1 LTF). Contrariamente a quanto disposto dal vecchio art. 114 OG, la legge non prevede eccezioni secondo cui il giudice sarebbe abilitato a statuire a pregiudizio dei ricorrenti (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, n. 2-7 ad art. 107 LTF).
4. 4.1 Nei considerandi dell'impugnato giudizio, l'autorità giudiziaria cantonale ha già esposto le norme disciplinanti il computo del guadagno intermedio ottenuto dal disoccupato entro il periodo di controllo ai fini del calcolo della perdita di guadagno indennizzabile (art. 24 cpv. 1 e 3 LADI). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
4.2 Giusta l'art. 25 LPGA, le prestazioni indebitamente riscosse devono essere restituite. La restituzione non deve essere chiesta se l'interessato era in buona fede e verrebbe a trovarsi in gravi difficoltà (cpv. 1). Il diritto di esigere la restituzione si estingue dopo un anno a decorrere dal momento in cui l'istituto d'assicurazione ha avuto conoscenza del fatto, ma al più tardi cinque anni dopo il versamento della prestazione. Se il credito deriva da un atto punibile per il quale il diritto penale prevede un termine di prescrizione più lungo, quest'ultimo è determinante (cpv. 2).
4.3 Il termine annuo di perenzione comincia normalmente a decorrere nel momento in cui l'amministrazione, usando l'attenzione da essa ragionevolmente esigibile e avuto riguardo alle circostanze, avrebbe dovuto rendersi conto dei fatti giustificanti la restituzione (DTF 119 V 431 consid. 3a pag. 433; 110 V 304). Se per l'accertamento e l'esame del diritto alla restituzione è necessaria la collaborazione tra più unità amministrative incaricate dell'attuazione dell'assicurazione, la conoscenza anche di una sola di esse è sufficiente a fare decorrere i termini (DTF 112 V 180 consid. 4c pag. 182 seg.; RCC 1989 pag. 558). Tuttavia, la conoscenza di un'autorità incompetente non è sufficiente in tal senso (cfr. sentenza 9C_276/2012 del 14 dicembre 2012 consid. 5.1 destinata alla pubblicazione nella Raccolta ufficiale).
4.4 Nella fattispecie, la Corte cantonale ha ritenuto che la Cassa di disoccupazione avrebbe dovuto notare l'errore di calcolo del guadagno intermedio al massimo in occasione del secondo periodo di controllo se avesse dato prova dell'attenzione da lei ragionevolmente esigibile. Infatti, dovendo essere ricalcolato ogni mese, l'errore non si sarebbe dovuto riprodurre nei periodi di controllo successivi. Pertanto, il primo giudice ha considerato l'inizio del termine di perenzione al 23 agosto 2010, cioè un mese dopo la notifica alla Cassa di disoccupazione dell'attestato di guadagno intermedio del mese di giugno 2010, ciò che rendeva perenta la domanda di restituzione emanata il 17 gennaio 2012.
4.5 La Segreteria ricorrente argomenta che se, a posteriori, è facile ritenere che la Cassa di disoccupazione avrebbe potuto constatare e correggere l'errore già in occasione di un ulteriore conteggio, sta di fatto che non vi erano motivi che avrebbero potuto indurla ad una verifica più approfondita dell'incarto, quali ad esempio l'apertura di un nuovo termine quadro. Pertanto, conformemente alla prassi costante del Tribunale federale, in assenza di una siffatta circostanza, il termine di perenzione non poteva che iniziare dal momento in cui l'amministrazione ha avuto conoscenza del rapporto di revisione della SECO (il Tribunale federale avrebbe statuito in tal senso segnatamente nella sentenza C 15/07 del 14 marzo 2007). Infatti, al di là dei criteri determinati dal Tribunale federale (segnatamente l'apertura di un nuovo termine quadro, il nuovo calcolo del guadagno assicurato, ecc.), apparirebbe impossibile specificare obiettivamente tutte le circostanze che dovrebbero permettere di affermare con certezza che l'amministrazione avrebbe potuto riconoscere ulteriormente il proprio errore. L'autorità ricorrente rileva infine che non per niente il legislatore avrebbe previsto un controllo dei pagamenti da parte dell'ufficio di compensazione dell'assicurazione disoccupazione (art. 83 cpv. 1 lett. d LADI; art. 110 OADI). Oltretutto, l'art. 113 cpv. 2 OADI prevederebbe che l'ufficio medesimo possa ordinare alla cassa di procedere alla richiesta di restituzione delle prestazioni versate a torto al beneficiario. Limitare pertanto la possibilità di esigere la restituzione delle prestazioni ai soli casi in cui è palese che la cassa non avrebbe potuto accorgersi dell'errore, costituirebbe, a mente della Segreteria ricorrente, un intralcio inammissibile alla corretta sorveglianza prevista dalla legge. Visto quanto precede, sarebbe d'uopo riconoscere che il termine di perenzione decorre in casu solamente a partire dal momento in cui la Cassa di disoccupazione ha preso conoscenza del rapporto di revisione allestito dalla SECO nel mese di ottobre 2011.
4.6 La tesi ricorsuale non può che essere condivisa. Essa non è in disaccordo con i principi sviluppati dalla più recente giurisprudenza in materia d'inizio del termine di perenzione (sentenza 9C_276/2012 del 14 dicembre 2012, già citata al consid. 4.3). Su questo punto il ricorso merita quindi accoglimento.
5. Ne segue che il ricorso dev'essere respinto nella misura in cui chiede l'annullamento integrale della pronuncia cantonale. Esso dev'essere per contro parzialmente accolto nel senso che l'assicurato, oltre alle indennità di disoccupazione versategli di troppo nei mesi di maggio (vedi comunque consid. 3.4), giugno, agosto e novembre 2010 in seguito al mancato adeguamento del guadagno assicurato all'invalidità accertata dall'assicurazione invalidità, è tenuto a restituire pure la parte di indennità per i mesi in questione relativa alla correzione del guadagno intermedio conseguito.
6. 6.1 Viste le particolarità del caso, si rinuncia eccezionalmente a prelevare spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 seconda frase LTF).
6.2 Nessun diritto a ripetibili può essere riconosciuto alla SECO (art. 68 cpv. 3 LTF; cfr. sentenza 8C_981/2010 del 23 agosto 2011 consid. 6.1). L'autorità ricorrente rifonderà invece all'assicurato opponente, assistito da un'organizzazione sindacale e pure parzialmente vittorioso in causa, un'indennità ridotta a titolo di ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è parzialmente accolto. Il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 15 ottobre 2012 è modificato nel senso che gli atti sono rinviati all'amministrazione per nuovo computo dell'importo da restituire, con adeguamento del guadagno assicurato e correzione del guadagno intermedio, relativo alle indennità di disoccupazione versate di troppo all'opponente nei mesi di maggio, giugno, agosto e novembre 2010.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. L'autorità ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 600.- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino statuirà di nuovo sulla questione delle spese ripetibili di prima istanza, tenuto conto dell'esito del procedimento in sede federale.
5. Comunicazione alle parti, alla Cassa di disoccupazione Unia e al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino.