Sachverhalt:
A. H._, geboren 1981, absolvierte ab 17. August 1998 eine Lehre als Polygraphin bei der Firma X._ und war in dieser Eigenschaft bei der Elvia Schweizerische Versicherungsgesellschaft Zürich (heute: Allianz Suisse Versicherungs Gesellschaft AG; nachfolgend: Allianz) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 20. Dezember 2001 war sie als Beifahrerin in einen Auffahrunfall verwickelt. Die Allianz erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Am 16. März 2002 war sie erneut als Beifahrerin in einen Auffahrunfall verwickelt. Die Allianz erbrachte wiederum die gesetzlichen Leistungen. Im Nachgang zu beiden Unfällen attestierten die behandelnden Ärzte keine Arbeitsunfähigkeit. Die ärztliche Behandlung nach dem zweiten Unfall war am 5. März 2003 abgeschlossen.
Nach Abschluss ihrer Lehre im Sommer 2002 arbeitete H._ an verschiedenen Stellen, unternahm eine längere Auslandreise und begann im April 2009 eine dreijährige Ausbildung zur Zen Shiatsu Therapeutin. Am 1. August 2011 trat sie eine Stelle bei der Schule Y._ zu einem 30%-Pensum an.
Gestützt auf die Behandlung bei Dr. med. A._, Facharzt für Neurologie, vom 13. Mai 2009 machte H._ erneut Leistungen in Zusammenhang mit den beiden Auffahrunfällen geltend. Die Allianz holte bei Frau Dr. med. B._, Fachärztin für Neurologie, einen Bericht vom 3. März 2010 sowie nach Einwänden von H._ eine weitere Stellungnahme vom 4. Oktober 2010 ein. Mit Verfügung vom 12. Mai 2011, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 14. Juli 2011, lehnte die Allianz die Ausrichtung weiterer Leistungen mangels natürlicher Kausalität ab.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 20. Januar 2012 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche und der Einspracheentscheid aufzuheben und die Allianz zu verpflichten, ihr bis zu einem allfälligen Rentenbeginn Taggelder zu erbringen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Leistungsvoraussetzungen des natürlichen (BGE 129 V 177 E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen), insbesondere bei Rückfällen und Spätfolgen (Urteil 8C_113/2010 vom 7. Juli 2010 E. 2.3; RKUV 1994 Nr. U 206 S. 328 E. 3b), und des adäquaten Kausalzusammenhangs (BGE 129 V 177 E. 3.2 S. 181 mit Hinweis), namentlich bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS (BGE 134 V 109), sowie die Voraussetzungen des Dahinfallens jeglicher kausaler Bedeutung von unfallbedingten Ursachen (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9 E. 2.2 [8C_354/2007]; RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45 E. 2) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat die massgeblichen ärztlichen Berichte in ihrem Entscheid einlässlich wiedergegeben, so dass darauf verwiesen wird.
4. Soweit die Versicherte eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs geltend macht, kann ihr nicht gefolgt werden. Denn die Vorinstanz war nach der Rechtsprechung weder verpflichtet, auf sämtliche Vorbringen der Versicherten einzugehen noch alle angebotenen Beweismittel abzunehmen, sondern durfte sich auf die nach ihrer Ansicht wesentlichen Punkte beschränken (vgl. statt vieler BGE 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188, 229 E. 5.2 S. 236). Auch die von der Vorinstanz ausgeübte und grundsätzlich zulässige antizipierte Beweiswürdigung (BGE 136 I 229 E. 5.3 S. 236; 124 V 90 E. 4b S. 94; 122 V 157 E. 1d S. 162) ist nicht zu beanstanden, da die angerufenen Zeugen als medizinische Laien nicht in der Lage gewesen wären, in rechtsgenüglicher Art den Beweis für die geltend gemachten Brückensymptome, welche in der Praxis gestützt auf ärztliche Aussagen beurteilt werden (vgl. etwa Urteil 8C_314/2012 vom 25. Mai 2012 E. 3.2 und Urteil 8C_113/2010 vom 7. Juli 2010 E. 5.1.2), zu erbringen.
5. 5.1 Unter den gegebenen Umständen (eher leichte Unfälle mit dannzumal günstigem Heilungsverlauf sowie gemäss ärztlichen Angaben weder eine ausgewiesene Arbeitsunfähigkeit noch weitere medizinische Behandlungen; vgl. den Bericht des Dr. med. R._, Facharzt für Allgemeine Medizin, vom 4. März, 3. Juli und 9. August 2002 sowie vom 30. Mai 2003) ist der (formlose) Fallabschluss im März 2003 nicht zu beanstanden, so dass die Vorinstanz den geltend gemachten Leistungsanspruch zu Recht als Rückfall betrachtet hat (vgl. dazu auch Urteil 8C_947/2009 vom 18. März 2010 E. 2.2). Entgegen der Ansicht der Versicherten ergeben sich die geltend gemachten Brückensymptome nicht in rechtsgenüglicher Weise aus den vorliegenden ärztlichen Berichten, woran auch eine nachträgliche weitere Begutachtung nichts ändern würde.
5.2 Hat die versicherte Person mehr als einen Unfall mit Schleudertrauma der HWS oder gleichgestellter Verletzung erlitten, ist die Adäquanz grundsätzlich für jeden Unfall gesondert zu beurteilen. In diesem Rahmen ist es nach der Rechtsprechung jedoch nicht generell ausgeschlossen, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzprüfung zu berücksichtigen. Letzteres ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Ereignisse auf gewisse Beschwerden und/oder auf Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit nicht von einander abgegrenzt werden können. Der hinreichend nachgewiesenen, durch einen früheren versicherten Unfall verursachten dauerhaften Vorschädigung der HWS kann diesfalls im Rahmen der Beurteilung der einzelnen Kriterien - beispielsweise der besonderen Art der Verletzung - Rechnung getragen werden (Urteil 8C_370/2007 vom 26. Juni 2008 E. 2.1 mit Hinweis auf SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1 E. 3.3.2 [U 39/04]).
Die von der Versicherten erlittenen Unfälle vom 20. Dezember 2001 und vom 16. März 2002 hatten beide eine Distorsion der HWS zur Folge. Da somit bei beiden Unfällen der gleiche Körperteil betroffen war und sie sich im Abstand von nur drei Monaten ereigneten, rechtfertigt es sich ausnahmsweise, eine gesamthafte Beurteilung vorzunehmen, weil sich in verschiedener Hinsicht kaum unterscheiden lässt, welche Beeinträchtigungen welchem Ereignis zuzuordnen sind.
5.3 Die Frage, ob die natürliche Kausalität gegeben ist, kann praxisgemäss offen bleiben (vgl. Urteil 8C_42/2007 vom 14. April 2008 E. 2 Ingress mit Hinweisen), da die Adäquanz - wie nachfolgend gezeigt wird - zu verneinen ist.
5.4 Die Frage, ob die Beurteilung der Adäquanz nach der Rechtsprechung von BGE 115 V 133 oder nach der Schleudertrauma-Praxis (BGE 134 V 109 E. 10 S. 126) vorzunehmen ist, braucht nicht abschliessend beantwortet zu werden, da selbst bei Anwendung der Schleudertrauma-Praxis der adäquate Kausalzusammenhang nicht gegeben ist.
Mit der Vorinstanz sind die beiden Unfälle unter Berücksichtigung des augenfälligen Geschehensablaufs rechtsprechungsgemäss als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen zu qualifizieren (statt vieler RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2 [U 380/04]); dies wird von der Versicherten nicht beanstandet. Somit müssten für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs die massgeblichen Kriterien gehäuft oder eines in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sein.
Es sind weder besonders dramatische Begleitumstände noch eine besondere Eindrücklichkeit gegeben. Hingegen kann das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der Verletzung angesichts der innert nur drei Monaten erfolgten zwei Auffahrunfälle und der durch den ersten Unfall bereits vorgeschädigten Wirbelsäule (vgl. etwa SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1 E. 3.4.2 [U 39/04] oder Urteile 8C_266/2008 vom 22. August 2008 E. 4.2.3 und 8C_447/2010 vom 1. Februar 2011 E. 6.2) bejaht werden, allerdings nicht in besonders ausgeprägter Weise. Mit der Vorinstanz ist angesichts der vornehmlich medikamentösen und physiotherapeutischen Behandlung, welche ein Jahr nach dem zweiten Unfall abgeschlossen war und erst fünf Jahre später wieder aufgenommen wurde, jedoch eine fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung zu verneinen (vgl. dazu etwa Urteil 8C_626/2009 vom 9. November 2009 E. 4.3 und Urteil 8C_447/2010 vom 1. Februar 2011 E. 6.2). Das Kriterium der erheblichen Beschwerden kann angesichts der Einschränkungen in der Haushaltsführung und des sozialen Rückzugs als gegeben betrachtet werden; es liegt aber nicht in besonders ausgeprägter Weise vor. Eine ärztliche Fehlbehandlung ist entgegen der Ansicht der Versicherten nicht ausgewiesen. Ebenso wenig ist das Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs oder erheblicher Komplikationen zu bejahen. Denn dazu genügt nicht, dass die geklagten Beschwerden andauern, sondern es werden besondere Gründe verlangt, die hier nicht ersichtlich sind (vgl. Urteil 8C_454/2009 vom 12. November 2009 E. 6.2.4, Urteil 8C_626/2009 vom 9. November 2009 E. 4.3 und Urteil 8C_413/2008 vom 5. Januar 2009 E. 6.3.5); daran ändert auch die geltend gemachte Sehstörung fünf Jahre nach dem zweiten Unfall nichts, da diese einerseits spontan remittierend war und andererseits nach Ansicht der behandelnden Ärztinnen auf ein White dot-Syndrom zurückzuführen war und damit nicht in Zusammenhang mit den beiden Unfällen stand (Bericht der Augenklinik, Spital Z._, vom 9. Oktober 2009). Ob schliesslich das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit erfüllt ist, ist angesichts der in den ersten Jahren nach den Unfällen fehlenden ärztlich attestierten Arbeitsunfähigkeit fraglich; mit der Vorinstanz wäre es jedenfalls nur in einfacher und nicht in besonders ausgeprägter Weise gegeben. Damit liegen höchstens drei Kriterien in nicht besonders ausgeprägter Weise vor, was für die Bejahung der Adäquanz bei einem mittelschweren Unfall an der Grenze zu den leichten Fällen nicht ausreicht (vgl. SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100 E. 4.5 [8C_897/2009]). Vorinstanz und Unfallversicherer haben demnach den Anspruch auf weitere Leistungen im Ergebnis zu Recht abgelehnt.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Juli 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold