Faits:
A. Le 12 décembre 2004, X._ a frappé violemment son amie, Y._, lui a craché au visage et lui a asséné des coups de poing sur la tête, qui ont occasionné une ecchymose de 8 x 6 centimètres au niveau de la pommette et de la tempe gauche, selon un constat médical du 14 décembre 2004.
Dans la nuit du 24 au 25 janvier 2005, X._ a tenté d'étrangler Y._, qui a subi diverses lésions attestées médicalement par constat du 25 janvier 2005.
B. Par jugement du 27 novembre 2008, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._, pour lésions corporelles simples, à une peine pécuniaire de 30 jours-amende à 100 fr./j., assortie d'un sursis de deux ans.
Par arrêt du 22 juin 2009, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a reconnu X._ coupable de lésions corporelles simples et confirmé le jugement précédent.
C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de son droit d'être entendu et du principe in dubio pro reo, une application arbitraire du droit cantonal et une appréciation arbitraire des preuves, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à son acquittement.
Considérant en droit:
1. Le recours au Tribunal fédéral s'exerce par le dépôt d'un mémoire motivé, dans un délai de trente jours dès la notification de la décision attaquée (cf. art. 42 et 100 LTF). Les écritures déposées après l'échéance de ce délai sont irrecevables.
En l'espèce, le recourant a produit une écriture complémentaire datée du 30 septembre 2009. Les motifs développés dans ce courrier sont toutefois tardifs et par conséquent irrecevables, l'arrêt attaqué ayant été notifié à l'intéressé le 26 juin 2009.
2. Invoquant une violation de son droit d'être entendu au sens des art. 29 al. 2 Cst. et une application arbitraire de l'art. 65 CPP/GE, le recourant reproche aux autorités genevoises de ne pas avoir ordonné d'expertise relative aux lésions subies par la victime.
Il ne ressort pas de l'arrêt entrepris, ni de la déclaration d'appel de l'intéressé du 5 février 2009, que celui-ci aurait requis l'administration de ce moyen devant la Chambre pénale. Dès lors, il ne saurait reprocher à l'autorité cantonale de recours de ne pas avoir ordonné l'expertise judiciaire, un tel comportement étant contraire au principe de la bonne foi et partant abusif (cf. ATF 121 I 30 consid. 5f p. 38; 111 Ia 161 consid. 1a p. 162). Le grief est par conséquent irrecevable.
3. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et d'une violation de la présomption d'innocence.
3.1 Tel qu'il est soulevé, le grief revient à invoquer une violation du principe in dubio pro reo comme règle de l'appréciation des preuves, donc, en définitive, à se plaindre de ce que cette appréciation serait arbitraire (ATF 127 I 38 consid. 2 p. 40 ss; 124 IV 86 consid. 2a p. 87 s.). Cette notion, de jurisprudence constante, n'est pas synonyme de discutable, ni même de critiquable. Pour être qualifiée d'arbitraire, une appréciation doit se révéler manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153). Le Tribunal fédéral, qui n'administre pas lui-même les preuves, ne saurait en effet en revoir librement l'appréciation et substituer la sienne, supposée différente, à celle du juge du fait. Il ne peut s'écarter de la solution retenue que s'il est amené à constater qu'elle s'avère absolument inadmissible. Il ne peut au demeurant entrer en matière sur l'arbitraire allégué que si ce dernier est démontré dans le recours conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
3.2 Le recourant conteste sa culpabilité relative à l'épisode du 12 décembre 2004. Il soutient tout d'abord que ses déclarations concordent avec celles des témoins, B._ et C._, pour établir qu'il n'était pas à Genève, soit au domicile de la plaignante, le soir des événements. Il relève ensuite les contradictions entre les affirmations de la victime et celles de D._.
3.2.1 S'agissant des incidents du 12 décembre 2004, la Chambre pénale a considéré qu'ils étaient survenus de la manière décrite par la partie civile. En effet, les déclarations de la victime étaient demeurées constantes tout au long de la procédure et étaient confirmées par celles de F._, sous réserve d'une confusion temporelle, n'affectant toutefois ni le déroulement ni la nature des faits dénoncés. Par ailleurs, aucun élément ne permettait de douter de la présence du recourant chez la partie civile au cours de la soirée du 12 décembre 2004. A cet égard, les déclarations de B._ et de C._, en sus d'être contradictoires, n'étaient pas confirmées par le recourant lui-même, qui alléguait avoir passé la soirée au chevet de son père mourant, en compagnie de son frère, ce dont ce dernier ne se souvenait pas, évoquant un dimanche sans particularité à défaut de souvenirs précis. Enfin, la lésion subie par la victime, soit un hématome de 8 x 6 centimètres, attestée médicalement le surlendemain, était compatible avec les coups qu'elle déclarait avoir reçus sur la tête.
3.2.2 Comme cela ressort de son argumentation, le recourant se borne, sur plusieurs pages, à présenter sa propre version des faits et à rediscuter la manière dont l'autorité cantonale a apprécié les preuves. Il ne démontre toutefois pas en quoi cette appréciation serait non seulement discutable ou critiquable, mais manifestement insoutenable. Affirmer simplement que les faits se sont déroulés autrement que de la manière retenue et proposer sa propre appréciation des preuves ne suffit pas à faire admettre l'arbitraire allégué. Le grief, parce qu'insuffisamment motivé au regard des exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, est par conséquent irrecevable.
3.3 Le recourant conteste sa culpabilité s'agissant des événements du mois de janvier 2005. Il estime que le laps de temps écoulé entre le départ de la police du domicile de la victime et l'arrivée de celle-ci à l'hôpital était suffisant pour se mutiler soi-même ou appeler un tiers pour ce faire. Il fait également grief aux autorités d'avoir mal apprécié les déclarations du Professeur G._. Il nie enfin l'état de panique de la plaignante au regard des éléments du dossier.
3.3.1 S'agissant de l'altercation survenue dans la nuit du 24 au 25 janvier 2005, la Cour cantonale a considéré que les lésions subies par la partie civile étaient le fait du recourant et non celui d'un tiers ou de la victime elle-même, ce que confirmaient la chronologie et le déroulement des événements. En effet, la plaignante avait été admise aux hôpitaux universitaires à 05 heures 27, soit seulement un peu plus d'une heure après le départ de la police de son domicile, ce qui permettait d'exclure l'intervention d'un tiers, vu le faible laps de temps écoulé. Par ailleurs, la partie civile avait fait à sa voisine de palier et aux policiers un récit identique des violences subies, leur montrant son cou et sa langue, zones qui avaient effectivement été lésées selon les constatations médicales du docteur H._. Le fait que ces lésions n'eussent pas été préalablement constatées par la police et J._ n'apparaissait pas invraisemblable, dès lors que la morsure de la langue ne saignait pas et que les hématomes présents sur le cou, au demeurant très légers, avaient pu apparaître quelques heures après les faits, de l'aveu même du spécialiste mandaté par le recourant. Il n'était dès lors pas exclu que ces lésions n'eussent pu être constatées que lors de l'examen médical approfondi pratiqué aux hôpitaux universitaires.
La Chambre pénale a également relevé qu'il existait une distorsion importante entre les lésions décrites par la partie civile dans sa plainte pénale et celles constatées médicalement, admettant que celle-ci s'expliquait sans doute par l'état de panique, au demeurant observé par les docteurs H._ et K._, dans lequel elle s'était trouvée immédiatement après l'agression, état qui avait pu altérer sa perception des lésions. Par ailleurs, la plaignante avait nuancé ses propos ultérieurement, faisant état d'un visage boursouflé et de vaisseaux sanguins rompus. Aucun élément ne permettait en outre de considérer que la partie civile avait volontairement exagéré la nature des lésions qu'elle avait subies par esprit de vengeance, en réaction à la décision du recourant, annoncée le soir même, de mettre un terme à leur relation. Cela étant, ces différences n'avaient que peu de portée puisque seules avaient été retenues à charge du recourant les lésions subies par la partie civile attestées médicalement. Enfin, l'expertise privée, dont la valeur probante était limitée faute d'avoir été ordonnée par une autorité judiciaire, elle ne contenait aucune critique des divers constats médicaux, seuls pertinents, établis le 25 janvier 2005 et les jours qui avaient suivi. Elle concluait par ailleurs que les lésions constatées médicalement étaient compatibles avec un phénomène d'étranglement, sans toutefois se prononcer sur l'identité de leur auteur.
3.3.2 En l'espèce, l'argumentation du recourant se réduit à une pure critique appellatoire. En effet, il se borne à proposer sa propre appréciation des preuves, sans aucunement établir en quoi il était manifestement insoutenable de déduire des éléments retenus qu'il était bel et bien responsable des lésions constatées sur la plaignante. Insuffisamment motivée au regard des exigences posées par l'art. 106 al. 2 LTF, sa critique est donc irrecevable.
4. En conclusion, le recours est irrecevable et l'intéressé, qui succombe, supportera les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 13 novembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani