Faits:
A. La fondation "Stiftung X._" (ci-après la Fondation) est la fondation de prévoyance des entreprises du groupe A._ AG. Elle détenait l'ensemble des actions de la société immobilière B._ SA (ci-après la Société immobilière), propriétaire de cinq parcelles sises à C._ dont l'estimation fiscale était de CHF 14'843'000.-. Par expertise du 31 octobre 2009, la valeur vénale de ces immeubles a été fixée à CHF 17'400'000.-.
Par acte notarié du 6 mai 2010, la Société immobilière a transféré à la Fondation des actifs comprenant les cinq parcelles précitées pour CHF 17'451'842 et des passifs, à savoir une dette hypothécaire de CHF 16'091'354.60, soit un transfert net d'actifs de CHF 1'360'487.40. Il ressort du registre du commerce que la Société immobilière a fusionné avec effet au 31 décembre 2011 avec la société D._ AG et lui a transféré ses actifs et passifs restants, soit respectivement CHF 519'921.84 et CHF 0.00.
B. Par décision de taxation du 15 juillet 2010, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après l'Administration cantonale) a fixé le montant du droit de mutation en matière cantonale et communale découlant du transfert du 6 mai 2010 à CHF 574'000.-, sur la base d'éléments imposables arrêtés à CHF 17'400'000.-.
La Fondation a déposé une réclamation contre la décision de taxation du 15 juillet 2010, rejetée par l'Administration cantonale par décision du 10 février 2011.
Le 11 mars 2011, la Fondation a recouru contre la décision sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après le Tribunal cantonal). Par arrêt du 27 janvier 2012, le Tribunal cantonal a rejeté ce recours. Il a considéré en substance que le transfert de patrimoine entre la Société immobilière et la Fondation ne remplissait pas les conditions légales pour pouvoir bénéficier d'une exonération du droit de mutation, qui devait être calculé sur la base de la valeur vénale et non fiscale des immeubles.
C. Par acte du 28 février 2012, la Fondation dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du 27 janvier 2012. Elle conclut, principalement, à l'annulation de cet arrêt et à ce qu'il soit déclaré qu'elle est exonérée du droit de mutation fixé par décision de l'Administration cantonale du 15 juillet 2010, le tout sous suite de frais et dépens. Subsidiairement, elle requiert le renvoi de l'affaire à l'autorité de taxation pour qu'elle procède au dégrèvement des droits de mutation fixés dans la décision de taxation du 15 juillet 2010.
Le Tribunal cantonal s'est référé aux conclusions et au dispositif de l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours. L'Administration cantonale, aux termes d'une détermination substantielle, requiert le rejet du recours, à l'instar de l'Administration fédérale des contributions.
Le 23 novembre 2012, la Cour de céans a délibéré sur le présent recours en séance publique.
Considérant en droit:
1. Le présent recours en matière de droit public est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et art. 100 al. 1 LTF), le recours est par conséquent recevable.
2. 2.1 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est défini par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). S'agissant du droit fédéral, il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
2.2 Le Tribunal fédéral examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF.
3. 3.1 Le présent litige porte sur la question de savoir si le transfert d'immeubles intervenu par contrat du 6 mai 2010 entre la recourante, une fondation, et sa filiale, une société immobilière, peut bénéficier d'une exonération des droits de mutation. La recourante se plaint dans ce contexte d'une violation de l'art. 103 de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus; RS 221.301) par le Tribunal cantonal.
3.2 Dans l'arrêt attaqué, l'instance précédente a laissé ouverte la question de savoir si l'on était en présence d'une restructuration au sens des art. 24 al. 3 et 3quater LHID et 97 al. 1 et 3 de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 (LI/VD; RS/VD 642.11), condition préalable à l'application de l'art. 103 LFus et de l'art. 3 al. 1 let. i de la loi vaudoise concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations du 27 février 1963 (LMSD/VD; RS/VD 648.11). Les immeubles ayant été transférés à la recourante, soit une fondation de prévoyance qui bénéficie de l'exonération fiscale au plan cantonal, elle a estimé que, de ce fait, la condition du maintien de l'assujettissement en Suisse n'était pas réalisée, de sorte que le transfert de patrimoine litigieux ne pouvait bénéficier de l'exonération du droit de mutation selon les art. 3 al. 1 let. i LMSD/VD, 103 LFus, 97 al. 1 LI/VD et 24 al. 3 LHID. Le Tribunal cantonal a également retenu que, le transfert litigieux ayant eu lieu entre une société immobilière et une fondation exonérée d'impôt, il ne concernait pas des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses, ce qui excluait une exonération du droit de mutation fondée sur une restructuration au sens des art. 97 al. 3 LI/VD et 24 al. 3quater LHID. Enfin, à titre subsidiaire, il a relevé qu'aux termes de l'art. 6 LMSD/VD, le droit de mutation se calculait sur la valeur vénale de l'immeuble et non sur la valeur fiscale, comme allégué par la recourante.
4. 4.1 Les droits de mutation sont des impôts perçus par les cantons sur les transferts de propriété immobilière. Il s'agit d'impôts indirects qui n'entrent pas dans le mandat d'harmonisation fiscale de la Confédération de l'art. 129 Cst. et qui relèvent exclusivement du droit cantonal (cf. ATF 127 II 1 consid. 2b/aa p. 4; arrêts 2C_713/2010 du 11 février 2011 consid. 1.3 et 2C_753/2010 du 23 mars 2011 consid. 1.2). Le Parlement a adopté l'art. 103 LFus en se fondant sur l'art. 122 Cst., qui donne à la Confédération la compétence de légiférer en matière de droit civil et qui l'autorise à opérer sur cette base lorsque l'application du droit civil devient impossible ou excessivement compliquée (cf. BO 2003 N 248 ss).
4.2 L'art. 103 LFus se distingue des normes de la législation sur l'harmonisation fiscale, qui ne sont directement applicables que si les dispositions du droit fiscal cantonal s'en écartent (cf. art. 72 al. 2 LHID; STEFAN OESTERHELT, in ROLF WATTER/NEDIM VOGT/RUDOLF TSCHÄNI/DANIEL DAENIKER (ÉD.), Basler Kommentar zum Fusionsgesetz, 2005 [cité BK], n° 32 ad art. 103 LFus). L'art. 103 LFus est en effet une norme fédérale d'application directe, qui ne nécessite aucune concrétisation par le droit cantonal (cf. STEFAN OESTERHELT, Umsetzung von Art. 103 FusG durch die kantonalen Gesetzgeber, in RF 65/2010 p. 522; ERWIN R. GRIESSHAMMER, in FRANK VISCHER (ÉD.), Zürcher Kommentar zum Fusionsgesetz, 2e éd. 2012, n° 12 ad art. 103 LFus). Les cantons restent cependant libres de prévoir un allégement supplémentaire dès lors que les droits de mutation reposent en principe sur le droit cantonal. Lorsque les normes cantonales vont au-delà de l'art. 103 LFus, le contribuable peut ainsi se prévaloir tant du droit fédéral que du droit cantonal (cf. OESTERHELT, BK, n° 32 ad art. 103 LFus).
En revanche, tant que les dispositions cantonales se contentent de reprendre la teneur de l'art. 103 LFus, cela n'en fait pas du droit cantonal distinct. En effet, lorsqu'un canton, en dehors de sa compétence, reproduit dans sa législation, en termes identiques, une règle qui figure dans la législation fédérale, la règle cantonale n'a pas d'effet juridique propre, puisque cet effet est produit par la règle fédérale (cf. JEAN-FRANÇOIS AUBERT/PASCAL MAHON, Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, 2003, n° 6 ad art. 49 Cst.).
4.3 L'art. 103 LFus est entré en vigueur le 1er juillet 2009 et, depuis cette date, il fait obstacle à l'application de règles cantonales plus restrictives. Selon l'art. 3 al. 1 let. i LMSD/VD, le droit de mutation n'est pas perçu sur les transferts d'immeubles lors de restructurations au sens des art. 22 al. 1 et 3 et 97 al. 1 et 3 LI/VD. Cette dernière disposition, ainsi que le Tribunal cantonal l'a relevé à juste titre, reprend textuellement la teneur de l'art. 24 al. 3 et 3quater LHID. De son côté, l'art. 103 LFus prévoit que la perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3quater LHID. La teneur de l'art. 3 al. 1 let. i LMSD/VD est par conséquent identique à celle de l'art. 103 LFus. Dans ces conditions, la présente affaire doit être examinée exclusivement sous l'angle de l'art. 103 LFus et des dispositions de la LHID auxquelles il renvoie. Les art. 3 al. 1 let. i LMSD/VD et 97 al. 1 et 3 LI/VD, qui reprennent la teneur des dispositions fédérales, n'ont, dans ce contexte, aucune portée propre.
5. 5.1 Aux termes de l'art. 103 LFus, la perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens, notamment, de l'art. 24 al. 3 et 3quater LHID. Celui-ci a la teneur suivante:
3 Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a. en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b. en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c. en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d. en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.
3quater Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Sont réservés:
a. le transfert à une société fille selon l'art. 24, al. 3, let. d;
b. le transfert d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation à une société qui est imposée selon l'art. 28, al. 2 à 4.
5.2 L'application de l'art. 103 LFus suppose que l'on soit en présence d'une restructuration. Le Tribunal cantonal a laissé ouverte la question de savoir si tel était le cas en l'espèce au motif que les autres conditions posées par l'art. 24 al. 3 et 3quater LHID, en particulier le maintien de l'assujettissement en Suisse et la forme juridique des sociétés concernées, n'étaient de toute manière pas remplies (cf. supra consid. 3.1). La recourante conteste cette appréciation.
L'art. 103 LFus renvoie à la notion de restructuration au sens de l'art. 24 al. 3 et 3quater LHID - qui a par ailleurs la même teneur que l'art. 61 al. 1 et 3 LIFD (RS 642.11). Ce renvoi vise à réaliser un parallélisme des conséquences fiscales des restructurations (cf. OESTERHELT, BK, n° 16 ad art. 103 LFus) et à harmoniser les concepts de restructuration en droit fiscal avec ceux de la LFus (cf. MARC AMSTUTZ/RAMON MABILLARD, Fusionsgesetz, 2008, n° 3 ad art. 103 LFus). Ainsi que la doctrine le relève avec pertinence, en ce qui concerne le droit de mutation, ce renvoi est cependant maladroit (cf. OESTERHELT, BK, n° 16 ss ad art. 103 LFus; AMSTUTZ/MABILLARD, loc. cit.). En effet, le droit de mutation est un impôt indirect qui frappe les transactions juridiques et non un impôt sur le revenu ou le bénéfice. En outre, la base de calcul du droit de mutation est en règle générale le prix de vente intégral et non la plus-value réalisée comme en matière d'impôts directs. La condition de la reprise des éléments commerciaux à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, telle que prévue à l'art. 24 al. 3 LHID, ne saurait ainsi constituer une condition pour l'exonération du droit de mutation (cf. OESTERHELT, BK, n° 17 ad art. 103 LFus). De même, l'exonération du droit de mutation ne saurait dépendre du maintien de l'assujettissement de la société concernée à l'impôt en Suisse, comme le précise l'art. 24 al. 3 LHID. En ce qui concerne le droit de mutation, impôt sur les transactions juridiques perçu sur le prix de vente d'un immeuble, le substrat fiscal dépend en effet de l'immeuble et reste par conséquent toujours lié à celui-ci (cf. OESTERHELT, BK., n° 18 ad art. 103 LFus), situé en Suisse. Enfin, la question de savoir si la personne morale qui se prévaut de l'exonération du droit de mutation est assujettie à l'impôt sur le bénéfice ne saurait, pour les mêmes raisons, être déterminante non plus, quand bien même l'art. 24 LHID se trouve dans le chapitre consacré à cet impôt. Une institution exonérée des impôts directs peut donc également se prévaloir de l'exonération du droit de mutation (cf. OESTERHELT, BK, n° 19 ad art. 103 LFus). Le renvoi à l'art. 24 al. 3 et 3quater LHID contenu à l'art. 103 LFus doit par conséquent être interprété de telle manière à ce que seul le concept de "restructuration" doit être utilisé en matière de droit de mutation, à l'exclusion des autres conditions établies par la LHID pour permettre l'exonération des impôts directs (cf. AMSTUTZ/MABILLARD, loc. cit.), en particulier celle du maintien de l'assujettissement de la société concernée à l'impôt en Suisse.
5.3 Le Tribunal cantonal a retenu que les immeubles ayant été transférés à une fondation qui bénéficie de l'exonération fiscale, la condition du maintien de l'assujettissement en Suisse n'était pas réalisée, de sorte que le transfert de patrimoine ne pouvait bénéficier de l'exonération du droit de mutation. A la lumière de ce qui vient d'être exposé, cette opinion ne saurait être suivie. Cela ne signifie pas encore que le recours doive forcément être admis, si d'autres motifs permettent de justifier la solution retenue dans l'arrêt attaqué (cf. supra consid. 2.1).
6. Au vu de ce qui précède, il s'avère nécessaire d'examiner si l'opération intervenue entre la Fondation et la Société immobilière constitue une restructuration au sens de l'art. 103 LFus en relation avec l'art. 24 al. 3 LHID.
6.1 Au regard de l'art. 24 al. 3 LHID, la notion de restructuration recouvre en principe la fusion, la scission et la transformation (cf. OESTERHELT, BK, n° 15 ad art. 103 LFus). La notion de restructuration selon l'art. 24 al. 3 LHID ne comprend en revanche pas le transfert de patrimoine, raison pour laquelle un tel transfert ne peut être effectué en neutralité fiscale en application de cette disposition (cf. PETER RIEDWEG/DIETER GRÜNBLATT, in ROLF WATTER/NEDIM VOGT/RUDOLF TSCHÄNI/DANIEL DAENIKER (ÉD.), Basler Kommentar zum Fusionsgesetz, 2005, n° 158 et 71 ad Teil 1 vor Art. 69 LFus), à moins qu'il ne réalise simultanément l'état de fait de la fusion, de la transformation ou de la scission (cf. OESTERHELT, BK, n° 21 ad art. 103 LFus). Il convient d'examiner ces notions.
6.2 Le terme de fusion de la clause générale de l'art. 24 al. 3 LHID comprend les fusions proprement dites effectuées selon les modalités des art. 3 ss LFus ainsi que les fusions improprement dites, à savoir les opérations économiquement équivalentes à des fusions, réalisées par le biais de l'institution du transfert de patrimoine. Elles impliquent en tous les cas le transfert de l'intégralité des actifs et passifs et la dissolution de l'entité transférante (cf. PIERRE-MARIE GLAUSER/XAVIER OBERSON, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 18 ad art. 61 LIFD; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009, n° 42 ad art. 61 LIFD; MARKUS REICH, in MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS (ÉD.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2e éd. 2008, n° 23 ad art. 61 LIFD; HUBERTUS LUDWIG/NADIA TAROLLI SCHMIDT, in FRANK VISCHER (ÉD.), Zürcher Kommentar zum Fusionsgesetz, 2e éd. 2012, n° 2 ad Steuern [Fusion]).
En l'espèce, par acte notarié du 6 mai 2010, la Fondation a repris une partie du patrimoine de la Société immobilière, à savoir des actifs pour CHF 17'451'842.- et des passifs pour CHF 16'091'354.-. Selon les indications figurant au registre du commerce, accessibles par internet - qui sont des faits notoires que le Tribunal fédéral peut librement prendre en compte (cf. ATF 135 III 88 consid. 4.1 p. 89 s.; arrêt 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.4.2) -, les actifs et passifs restants ont été repris ultérieurement par une autre société, ce qui a entraîné la radiation de la Société immobilière au 31 décembre 2011 par suite de fusion avec cette dernière. Dès lors que l'opération de transfert de patrimoine à l'origine de la présente affaire ne portait pas sur l'intégralité des actifs et passifs de la Société immobilière et qu'elle n'a pas entraîné la dissolution de celle-ci, elle ne saurait être assimilée à une fusion au sens de l'art. 24 al. 3 LHID.
6.3 Lors de la transformation envisagée par l'art. 24 al. 3 let. a LHID, qui se réfère aux art. 53 ss LFus, l'élément caractéristique réside dans le fait qu'une personne morale change de forme juridique tout en maintenant son activité (cf. GLAUSER/OBERSON, op. cit., n° 35 ad art. 61 LIFD; REICH, op. cit., n° 72 ad art. 61 LIFD; EVELINE SAUPPER/PETER MÜLLER, in ROLF WATTER/NEDIM VOGT/RUDOLF TSCHÄNI/DANIEL DAENIKER (ÉD.), Basler Kommentar zum Fusionsgesetz, 2005, n° 1 ad vor art. 53 LFus; HUBERTUS LUDWIG/CHRISTOPH NIEDERER, in FRANK VISCHER (ÉD.), Zürcher Kommentar zum Fusionsgesetz, 2e éd. 2012, n° 2 ad Steuern [Umwandlung]).
Ce n'est pas une opération de ce type qui a eu lieu en l'espèce puisque le transfert de patrimoine concernait deux personnes morales qui ont conservé leur forme juridique respective. Dans ces conditions, on n'est pas en présence d'une restructuration au sens de l'art. 24 al. 3 let. a LHID.
6.4 En ce qui concerne la scission, elle est régie par l'art. 24 al. 3 let. b LHID en relation avec les art. 29 ss LFus. Une scission peut ainsi s'effectuer en neutralité fiscale pour autant qu'après l'opération les deux parties issues de la scission poursuivent une exploitation ou une partie d'exploitation (cf. arrêt 2C_784/2008 du 7 juillet 2009 consid. 3.5; GLAUSER/OBERSON, op. cit., n° 41 ad art. 61 LIFD; REICH, op. cit., n° 101 ad art. 61 LIFD; RIEDWEG/GRÜNBLATT, op. cit., n° 41 ad vor Art. 29 LFus; GRIESSHAMMER, op. cit., n° 3 ad Steuern [Spaltung]). Cette condition du maintien d'une double exploitation s'explique en particulier par le souci d'éviter des abus, notamment le transfert de toute une exploitation avec, chez le sujet transférant, seuls quelques actifs isolés qui resteraient et pourraient ensuite être vendus avec la société scindée (cf. GLAUSER/OBERSON, loc. cit.; RIEDWEG/GRÜNBLATT, op. cit., n° 44 ad vor Art. 29 LFus). L'exploitation se caractérise par un degré élevé d'autonomie et constitue une organisation capable de subsister par elle-même (cf. OLIVER KÜNZLER, Konzernübertragung im Privat- und Steuerrecht, 2006, p. 155; REICH, op. cit., n° 103 ad art. 61 LIFD et 60 ad art. 19 LIFD; RIEDWEG/GRÜNBLATT, op. cit., n° 48 ad vor Art. 29 LFus). La partie d'exploitation représente quant à elle la plus petite entité capable de subsister de manière autonome (cf. RIEDWEG/GRÜNBLATT, op. cit., n° 49 ad vor Art. 29 LFus; KÜNZLER, op. cit., p. 156).
En l'espèce, après la cession des immeubles et des dettes hypothécaires qui y étaient liées, la Société immobilière ne disposait plus que de quelques actifs circulants ainsi que de ses fonds propres. En effet, ainsi que cela ressort de l'extrait du registre du commerce relatif à la société qui a ultérieurement repris ses actifs et passifs restants, ceux-ci se montaient à respectivement CHF 519'921.84 et CHF 0.00. Dans ces conditions, on ne saurait admettre qu'elle représentait encore une exploitation ou partie d'exploitation au sens précité. On n'est par conséquent pas en présence d'une scission au sens de l'art. 24 al. 3 let. b LHID.
6.5 Le transfert de patrimoine intervenu entre la Fondation et la Société immobilière ne constitue par conséquent ni une fusion, ni une transformation, ni une scission, de sorte qu'on n'a pas affaire à une restructuration au sens de l'art. 24 al. 3 LHID. La recourante ne peut ainsi prétendre à être exonérée du droit de mutation conformément à l'art. 103 LFus en relation avec l'art. 24 al. 3 LHID.
7. La recourante estime qu'en dépit de son statut juridique de fondation, elle peut néanmoins se prévaloir de l'art. 24 al. 3quater LHID bien que le texte de cette disposition restreigne la neutralité fiscale du transfert de patrimoine entre des sociétés d'un même groupe aux transferts intervenant entre sociétés de capitaux et sociétés coopératives. Il convient d'examiner si tel est le cas.
7.1 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu d'après sa lettre. Si le texte légal n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il faut rechercher la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales, de son contexte, du but poursuivi, de son esprit ainsi que de la volonté du législateur, telle qu'elle résulte notamment des travaux préparatoires (cf. ATF 137 II 164 consid. 4.1 p. 170 s.). Lorsque le texte légal est clair, l'autorité qui applique le droit ne peut s'en écarter que s'il existe des motifs sérieux de penser que ce texte ne correspond pas en tous points au sens véritable de la disposition visée et conduit à des résultats que le législateur ne peut avoir voulus et qui heurtent le sentiment de la justice ou le principe de l'égalité de traitement. De tels motifs peuvent résulter des travaux préparatoires, du fondement et du but de la prescription en cause, ainsi que de sa relation avec d'autres dispositions (cf. ATF 137 II 246 consid. 6 p. 250 s.; 131 I 394 consid. 3.2 p. 396). L'art. 190 Cst., qui contraint le Tribunal fédéral à appliquer les lois fédérales, ne fait pas obstacle à une interprétation qui irait à l'encontre du texte de la disposition légale. S'il existe de bonnes raisons d'admettre que le texte de la disposition ne reproduit pas son vrai sens - la ratio legis - il est possible de s'en écarter afin d'interpréter la disposition selon son sens véritable, surtout si celui-ci apparaît plus conforme à la Constitution que son texte (cf. ATF 131 II 217 consid. 2.3 p. 221).
7.2 L'application de l'art. 24 al. 3 LHID n'est pas limitée aux seules sociétés de capitaux et sociétés coopératives, de sorte que toutes les personnes morales peuvent en bénéficier (cf. XAVIER OBERSON/PIERRE-MARIE GLAUSER, in HENRY PETER/RITA TRIGO TRINDADE (ÉD.), Commentaire LFus, 2005, n° 4 ad art. 61 LIFD). Le texte de l'art. 24 al. 3quater LHID prévoit en revanche que des éléments de patrimoine ne peuvent être transférés - en neutralité fiscale - qu'entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives qui sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Selon une interprétation littérale, le transfert d'éléments patrimoniaux au sein d'un groupe en faveur d'une fondation n'est par conséquent pas possible en neutralité fiscale puisqu'il ne s'agit pas d'une société de capitaux ou d'une société coopérative (cf. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, op. cit., n° 297 ad art. 61 LIFD; REICH, op. cit., n° 181 ad art. 61 LIFD). De même, le transfert de patrimoine au sein d'un groupe dominé par une fondation n'est pas possible pour les mêmes raisons (cf. PETER RIEDWEG/RETO HEUBERGER, in ROLF WATTER/NEDIM VOGT/RUDOLF TSCHÄNI/DANIEL DAENIKER (ÉD.), Basler Kommentar zum Fusionsgesetz, 2005, n° 20 ad Teil 2 vor art. 69 LFus; REICH, loc. cit.; HAROLD GRÜNINGER/RETO HEUBERGER, in ROLF WATTER/NEDIM VOGT/RUDOLF TSCHÄNI/DANIEL DAENIKER (ÉD.), Basler Kommentar zum Fusionsgesetz, 2005, n° 22 ad vor art. 78 LFus). Le texte de la disposition étant clair, il convient d'examiner si, comme l'allègue la recourante, il existe des motifs sérieux de penser que ce texte ne correspond pas en tous points au sens véritable de la disposition visée.
7.3 Le transfert de patrimoine constitue un institut juridique complémentaire aux états de fait spécifiques de la fusion, de la scission et de la transformation (cf. RALPH MALACRIDA, in ROLF WATTER/NEDIM VOGT/RUDOLF TSCHÄNI/DANIEL DAENIKER (ÉD.), Basler Kommentar zum Fusionsgesetz, 2005, n° 3 ad art. 69 LFus). Il représente un succédané pour les opérations de fusion et de transformation qui ne sont pas prévues par la LFus; il permet de réaliser de manière adéquate des opérations de modification des structures juridiques, notamment de transférer l'ensemble du patrimoine d'une société de capitaux à une société de personnes ou à une fondation, opérations qui ne sont pas prévues par la LFus en raison de l'incompatibilité des formes juridiques en cause (cf. Message 00.052 concernant la loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine du 13 juin 2000, FF 2000 3995, spéc. ch. 1.3.2.4.4 p. 4018). S'agissant d'un simple instrument de transfert des droits qui peut être utilisé pour atteindre différents objectifs économiques, le transfert de patrimoine ne peut être assimilé d'une manière générale à une fusion, une scission ou encore une transformation. Les restructurations qui s'appuient sur un transfert de patrimoine peuvent cependant être effectuées sans conséquences fiscales, pour autant que le procédé soit analogue, au plan économique, à une fusion, une scission ou une transformation (cf. Message 00.052 ch. 1.3.2.4.2 p. 4016 s.; RIEDWEG/GRÜNBLATT, op. cit., n° 6 ad Teil 1 vor Art. 69 LFus; LUDWIG/NIEDERER, op. cit., n° 3 ad Steuern [Vemögensübertragung]). L'utilisation du transfert de patrimoine n'est ainsi pas nécessaire pour opérer une restructuration en neutralité fiscale et, inversement, il n'entraîne pas ipso facto la neutralité fiscale (cf. GLAUSER/OBERSON, op. cit., n° 16 ad art. 61 LIFD). Il convient par conséquent d'examiner dans chaque cas de transfert de patrimoine si on est en présence d'une restructuration qui peut s'effectuer de manière neutre au plan fiscal (cf. LUDWIG/NIEDERER, op. cit., n° 4 ad Steuern [Vemögensübertragung]; PETER LOCHER/TONI AMONN, Vermögensübertragungen im Recht der direkten Steuern, in ASA 71 p. 763 ss, spéc. 768 s.). Lorsqu'une restructuration s'effectue par le biais d'un transfert de patrimoine, et qu'elle n'est pas analogue à une fusion, une scission ou une transformation, l'art. 24 al. 3 LHID n'est pas applicable et il est donc nécessaire d'examiner si on est en présence d'un groupe au sens de l'art. 24 al. 3quater LHID.
7.4 Selon le Message du Conseil fédéral, il convient de se fonder sur l'art. 663e al. 1 CO pour la notion de groupe (cf. Message 00.052 ch. 2.2.7 p. 4161). Selon cette disposition, l'obligation d'établir des états financiers consolidés concerne en premier lieu les groupes qui sont dominés par une société anonyme, mais également ceux dominés par une société ayant une autre forme juridique, dans la mesure où les règles comptables qui lui sont applicables sont celles de la société anonyme, soit la société en commandite par actions, la société à responsabilité limitée, les sociétés de crédit et les sociétés d'assurance concessionnaires (cf. HENRI TORRIONE, in PIERRE TERCIER/MARC AMSTUTZ (ÉD.), Commentaire romand du Code des obligations II, 2008, n° 10 ad art. 663e CO; MARKUS NEUHAUS/JÖRG BLÄTTLER, in HEINRICH HONSELL/NEDIM VOGT/ROLF WATTER (ÉD.), Basler Kommentar zum Obligationenrecht II, 4e éd. 2012, n° 5 ad art. 663e CO). Il n'y a en revanche pas d'exigences particulières concernant la forme juridique des filiales (cf. TORRIONE, op. cit., n° 12 ad art. 663e CO; NEUHAUS/BLÄTTLER, op. cit., n° 6 ad art. 663e CO). La notion de groupe selon l'art. 663e CO n'impose par conséquent pas l'application de l'art. 24 al. 3quater LHID aux seuls groupes composés de sociétés de capitaux ou de sociétés coopératives.
Différents auteurs critiquent la restriction de l'art. 24 al. 3quater LHID aux groupes dominés par une société de capitaux ou une société coopérative (cf. OBERSON/GLAUSER, op. cit., n° 42 ad art. 61 LIFD; GLAUSER/OBERSON, op. cit., n° 82 ad art. 61 LIFD; KÜNZLER, op. cit., p. 141 s.; RIEDWEG/HEUBERGER, loc. cit.; LUDWIG/NIEDERER, op. cit., n° 3 ad Steuern [Vemögensübertragung]). Selon ces auteurs, la référence à l'art. 663e CO renvoie en effet à la notion de groupe, soit à la définition de la direction unique, et non à l'obligation comptable contenue dans cette disposition. On saisit mal par conséquent pour quelle raison le groupe au sens de l'art. 24 al. 3quater LHID dépendrait de l'obligation de tenir des comptes consolidés (cf. GLAUSER/OBERSON, loc. cit.).
7.5 Des groupes qui sont dominés par une personne physique ou une personne morale d'un type autre qu'une société de capitaux ou une société coopérative peuvent avoir les mêmes raisons pertinentes d'effectuer une restructuration par le biais d'un transfert de patrimoine au sein du groupe. Le Message du Conseil fédéral ne précise pas pour quelle raison cette limitation à certaines formes juridiques a été introduite (cf. Message 00.052 ch. 2.2.7 p. 4161; KÜNZLER, loc. cit.). Cette restriction favorise les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives et contrevient ainsi à un objectif fondamental de la LFus, à savoir l'augmentation de la flexibilité des entreprises dans le choix de leur forme juridique (cf. KÜNZLER, loc. cit.). Cette situation s'avère particulièrement problématique en lien avec l'art. 103 LFus. Ainsi, on ne voit pas pour quelle raison objective un droit de mutation serait dû lorsque, dans le contexte d'une restructuration au sein d'un groupe de sociétés, la société reprenante est une fondation, mais sa perception serait interdite lorsque les biens sont repris par une société de capitaux ou une société coopérative. Cette distinction apparaît difficile à saisir si on la met en lien avec la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40), qui prévoit que les institutions de prévoyance de droit privé doivent revêtir la forme d'une fondation ou d'une société coopérative (cf. art. 48 al. 2 LPP). Par le jeu de l'art. 103 LFus en relation avec l'art. 24 al. 3quater LHID, l'institution de prévoyance sous la forme de la société coopérative se verrait privilégiée sans raison par rapport à celle constituée en fondation, alors qu'elles poursuivent le même but, la prévoyance professionnelle. Le Conseil fédéral a par ailleurs souhaité que, de manière générale, la possibilité de transférer des réserves latentes en franchise d'impôt, suite à une restructuration, ne soit pas seulement accordée aux sociétés de capitaux et aux sociétés coopératives, mais à toute personne morale, et donc aussi aux fondations (cf. Message 00.052 ch. 1.3.9.3 p. 4025). En outre, l'art. 103 LFus a été adopté par le Parlement après une discussion nourrie (cf. BO 2003 N 248 ss, interventions Baumann, Maître, Leuthard, Pelli et Baader, d'un côté, et Leutenegger Oberholzer et Gross, de l'autre) et contre l'avis du Conseil fédéral qui doutait de la compétence de la Confédération pour légiférer dans ce domaine (cf. Message 00.052 ch. 1.3.9.7 p. 4035 s.), et les conséquences pratiques de la formulation choisie n'ont pas fait l'objet d'un examen approfondi. Enfin, le texte de l'art. 103 LFus lui-même laisse une certaine marge d'interprétation lorsqu'il interdit la perception de droits de mutation en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3quater LHID, sans limiter l'injonction aux restructurations telles que précisément définies par ces dispositions.
En lien avec l'art. 103 LFus, le texte de l'art. 24 al. 3quater LHID conduit ainsi à un résultat que le législateur ne peut avoir voulu et qui heurte le principe de l'égalité de traitement. Dès lors que, d'une manière générale, le système mis en place par la LFus est conçu de manière à éviter que les possibilités offertes par le droit civil ne soient contrecarrées par le droit fiscal (cf. Message 00.052 ch. 1.3.9.2 p. 4024), force est de constater qu'il est nécessaire de s'écarter du texte de l'art. 24 al. 3quater LHID en ce qui concerne l'interdiction de la perception de droits de mutation prévue à l'art. 103 LFus. Dans ces conditions, un transfert de patrimoine qui intervient entre deux entreprises d'un même groupe doit également être exempté de droits de mutation lorsque la partie reprenante revêt la forme d'une fondation.
8. Au vu de ce qui précède, la recourante peut prétendre à être exonérée du droit de mutation conformément à l'art. 103 LFus en relation avec l'art. 24 al. 3quater LHID. C'est donc à tort que l'arrêt attaqué lui a refusé cette exonération. Le recours sera par conséquent admis et l'arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 27 janvier 2012 annulé. Il sera constaté que la recourante est exonérée du droit de mutation sur le transfert immobilier du 6 mai 2010.
Succombant, le canton de Vaud, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. arrêt 2C_648/2009 du 29 mars 2010 consid. 6 non publié à l'ATF 136 II 256), doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 et 4 LTF). Il versera en outre à la recourante une indemnité à titre de dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF).
Enfin, le Tribunal fédéral n'usera pas de la faculté offerte à l'art. 67 LTF et renverra l'affaire au Tribunal cantonal afin qu'il fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant lui.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 27 janvier 2012 annulé.
2. La recourante est exonérée du droit de mutation sur le transfert immobilier du 6 mai 2010.
3. L'affaire est renvoyée au Tribunal cantonal afin qu'il fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant lui.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 10'000.-, sont mis à la charge du canton de Vaud.
5. Le canton de Vaud versera à la recourante une indemnité de CHF 5'000.- à titre de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 23 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti