Fatti:
A. L._, nato nel 1957, ha beneficiato di una mezza rendita d'invalidità dal 1° marzo 1993. Nell'ambito di una revisione d'ufficio, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) ha soppresso il diritto alla mezza rendita con effetto dal 1° giugno 2006 (decisione del 24 aprile 2006). Questo provvedimento è stato confermato il 20 novembre 2008 in seguito all'opposizione dell'interessato.
Con decisione del 14 dicembre 2011 l'UAI ha chiesto a L._ la restituzione dell'importo di fr. 117'007.- per le prestazioni indebitamente riscosse dal 1° dicembre 2006 al 31 dicembre 2011. In effetti, contrariamente a quanto stabilito nel provvedimento di soppressione, l'amministrazione aveva continuato i versamenti della rendita fino al mese di dicembre 2011.
B. L'assicurato si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino chiedendo l'annullamento della decisione di restituzione. Con pronuncia dell'11 ottobre 2012 la Corte cantonale ha parzialmente accolto il ricorso e riformato la decisione impugnata nel senso che ha imposto all'interessato di restituire fr. 22'848.-, pari alle prestazioni indebitamente percepite da gennaio a dicembre 2011. Per il resto ha ritenuto perento il diritto alla restituzione delle ulteriori prestazioni.
C. L'UAI ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale chiede di annullare la pronuncia cantonale e di confermare la decisione del 14 dicembre 2011. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per contro, in linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (art. 105 cpv. 2 LTF; DTF 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62), e a condizione che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
2. Unico oggetto del contendere è la questione se la restituzione delle rendite indebitamente versate dal 1° dicembre 2006 al 31 dicembre 2010 sia perenta. Non più controversa è per contro la restituzione delle prestazioni versate per il 2011, richiesta ritenuta (ormai) pacificamente non perenta (cfr. DTF 122 V 270 consid. 5b/bb pag. 276; SVR 2012 IV n. 33 pag. 131, 9C_363/2010, consid. 3.1 und 3.2).
2.1 Giusta l'art. 25 LPGA, le prestazioni indebitamente riscosse devono essere restituite (cpv. 1, prima frase). Il diritto di esigere la restituzione si estingue dopo un anno a decorrere dal momento in cui l'istituto d'assicurazione ha avuto conoscenza del fatto, ma al più tardi cinque anni dopo il versamento della prestazione (cpv. 2, prima frase).
2.2 Il termine annuo di perenzione comincia normalmente a decorrere nel momento in cui l'amministrazione, usando l'attenzione da essa ragionevolmente esigibile avuto riguardo alle circostanze, avrebbe dovuto rendersi conto dei fatti giustificanti la restituzione (DTF 119 V 431 consid. 3a pag. 433; 110 V 304). Ciò si verifica quando l'amministrazione dispone di tutti gli elementi decisivi nel caso concreto dalla cui conoscenza risulti di principio e nel suo ammontare l'obbligo di restituzione di una determinata persona (DTF 111 V 14 consid. 3 pag. 17). Il termine annuo di perenzione comincia in ogni caso a decorrere non appena dagli atti emerge direttamente l'irregolarità della corresponsione delle prestazioni (consid. 5.1 non pubblicato in DTF 133 V 579, ma in SVR 2008 KV n. 4 pag. 11 [K 70/06]; cfr. pure sentenza 9C_1057/2008 del 4 maggio 2009 consid. 4.1.1). Se per l'assegnazione (e il pagamento: cfr. sentenza 9C_276/2012 del 14 dicembre 2012 consid. 5.1, non ancora pubblicata nella raccolta ufficiale) della prestazione o per l'esame del diritto alla restituzione è necessaria la collaborazione tra più unità amministrative incaricate dell'attuazione dell'assicurazione, la (sopra definita) conoscenza anche di una sola di esse è sufficiente a fare decorrere i termini (DTF 119 V 431 consid. 3a pag. 433; 112 V 180 consid. 4c pag. 182 seg.; RCC 1989 pag. 558). Nella fattispecie, poiché l'assegnazione e il pagamento di una rendita d'invalidità avvengono in collaborazione tra uffici AI e casse di compensazione (cfr. art. 57 e 60 LAI), è sufficiente la (sopra definita) conoscenza di uno solo di questi organi per fare decorrere il termine di perenzione (cfr. pure sentenza 9C_493/2012 del 25 settembre 2012 consid. 4).
2.3 In caso di errore dell'amministrazione (ad esempio nel calcolo di una prestazione) il termine non decorre però dal momento in cui esso è stato commesso, bensì da quello in cui l'amministrazione avrebbe dovuto in un secondo tempo (per esempio in occasione di un controllo contabile oppure nel caso in cui venga a conoscenza di fatti atti a far nascere dei dubbi sulla fondatezza della pretesa) rendersi conto dello sbaglio commesso in base all'attenzione ragionevolmente esigibile (DTF 124 V 380 consid. 1 e 2c pag. 383 e 385; RDAT II-2003 n. 72 pag. 306 [C 317/01] consid. 2.1). Diversamente, se si facesse risalire il momento della conoscenza del fatto determinante alla data del versamento indebito, ciò renderebbe spesso illusoria la possibilità per l'amministrazione di reclamare il rimborso di prestazioni versate a torto per colpa propria (DTF 124 V 380 consid. 1 in fine pag. 383; DTA 2006 pag. 158 [C 80/05]). Nel concretare questi principi, il Tribunale federale (delle assicurazioni) ha tra l'altro stabilito che se più unità amministrative sono coinvolte nella procedura di emanazione della decisione originaria e che se una di esse commette uno sbaglio, quest'ultimo va qualificato come un unico errore ai sensi della giurisprudenza suesposta. Il secondo momento che determina la decorrenza del termine annuo di perenzione non si realizza già quando un'unità amministrativa riceve dall'altra una copia della decisione originaria ma soltanto quando in un momento successivo subentra un motivo per riesaminare il fascicolo (sentenza I 308/03 del 22 settembre 2003 consid. 3.2.2).
2.4 L'accertamento dell'autorità giudiziaria cantonale in punto alle conoscenze di una parte in un determinato momento è una questione di fatto. Per contro, le conclusioni - avulse dalla fattispecie concreta - che si fondano esclusivamente sull'esperienza generale della vita come pure il quesito se dai fatti o dagli indizi accertati si possano a ragione trarre conclusioni relative a determinate circostanze o conseguenze giuridiche sono questioni di diritto. È segnatamente tale la questione di sapere fin dove si spinge un determinato obbligo di diligenza (SVR 2008 KV n. 4, K 70/06, pag. 16 consid. 5.4). Di conseguenza configura ugualmente una questione giuridica il tema della perenzione del diritto alla restituzione dell'organo esecutivo a causa del mancato rispetto dell'obbligo di verifica (sentenza 9C_112/2011 del 5 agosto 2011, in RSAS 2012 pag. 67, consid. 3).
2.5 Nel caso di specie, i giudici cantonali hanno stabilito che al momento della decisione su opposizione del 20 novembre 2008 l'amministrazione poteva e doveva rendersi conto dell'errore commesso con il versamento delle prestazioni dopo il 31 maggio 2006. In effetti, con la decisione del 24 aprile 2006 - notificata per esecuzione alla cassa cantonale di compensazione - l'UAI aveva tolto l'effetto sospensivo a un'eventuale opposizione dell'assicurato. Ora, con la conferma della decisione a distanza di oltre due anni - circostanza che avrebbe dovuto indurla a maggiore attenzione - l'amministrazione avrebbe dovuto, facendo uso della dovuta diligenza, accorgersi che in realtà il versamento delle prestazioni non era stato (erroneamente) interrotto dopo tale data (31 maggio 2006).
2.6 L'Ufficio ricorrente, dal canto suo e per quanto qui di rilievo, rimproverando alla Corte cantonale un'interpretazione inesatta dell'art. 25 cpv. 2 LPGA, sostiene che in occasione dell'emanazione della decisione su opposizione del 20 novembre 2008 non gli incombeva più alcun obbligo di verifica, dato che in precedenza aveva già inviato (per esecuzione) una copia della decisione di soppressione del 24 aprile 2006 alla cassa cantonale di compensazione. L'inesistenza di un obbligo di verifica deriverebbe inoltre pure dal fatto che il provvedimento del 20 novembre 2008 si limitava a confermare la decisione (immediatamente esecutiva) di soppressione del 24 aprile 2006 contro la quale l'assicurato con l'opposizione del 23 maggio 2006 neppure aveva chiesto il ripristino dell'effetto sospensivo.
2.7 La censura dell'UAI non convince. Se da un lato, conformemente alla succitata giurisprudenza, l'errore commesso dalla cassa di compensazione - che non ha tenuto conto della decisione con cui l'UAI il 24 aprile 2006 aveva soppresso il diritto alla rendita dopo il 31 maggio 2006 - non poteva certamente subito fare decorrere il termine annuo di perenzione, dall'altro l'amministrazione (e in particolare l'UAI) avrebbe effettivamente - come hanno ritenuto i giudici di prime cure - dovuto rendersi conto dello sbaglio commesso in base all'attenzione ragionevolmente esigibile allorché il 20 novembre 2008 è stata emessa la decisione su opposizione. Come detto, l'assegnazione (e di conseguenza anche la soppressione) della rendita AI avviene in collaborazione tra gli uffici AI e le casse di compensazione. Ora, le prestazioni soppresse con la decisione del 24 aprile 2006 riguardavano, ancorché in minima parte, anche pagamenti correnti (fino al 31 maggio 2006). Ciò significa che gli organi esecutivi dell'AI (e in particolare l'UAI) avevano motivo, al momento di emanare, dopo oltre due anni, la decisione su opposizione, di verificare la corretta esecuzione - immediata e (su questo punto) incontestata data la mancata richiesta di ripristino dell'effetto sospensivo nell'opposizione del 23 maggio 2006 - del provvedimento soppressivo delle prestazioni del 24 aprile 2006 e di riconoscere l'errore. Giustamente pertanto la Corte cantonale ha concluso che relativamente alle prestazioni (qui) in lite il termine di perenzione di un anno era già ampiamente trascorso quando l'UAI ha rilasciato la decisione di restituzione del 14 dicembre 2011.
2.8 Nulla muta a tale conclusione il fatto - peraltro inammissibile, poiché invocato per la prima volta in sede federale senza prima essere stato oggetto di accertamento da parte della Corte cantonale (Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, 2009, n. 13 e 15 all'art. 99 LTF) - che l'opponente avrebbe (manifestamente) violato l'obbligo d'informare perché avrebbe continuato a percepire, senza batter ciglio, le prestazioni indebite anche dopo il 31 maggio 2006. A prescindere dalle riserve sulla ricevibilità dell'eccezione, si osserva che in realtà l'amministrazione aveva possibilità e motivo di scoprire l'errore anche indipendentemente dal comportamento dell'assicurato. E poi la natura di questo comportamento potrà, se del caso, tornare di attualità ed essere ancora oggetto di valutazione nell'ambito della (già formulata, a titolo cautelare) domanda di condono per la parte non perenta.
3. Ne segue che il ricorso dev'essere respinto e la pronuncia cantonale confermata. Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico del ricorrente (art. 66. cpv. 1 LTF; SZZP 2008 pag. 6 [8C_67/2007]).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.