Faits:
A. Par contrat du 14 janvier 1997, X._ a cédé à H.Y._ et F.Y._ l'usage d'un appartement de 5 pièces et demie dans l'immeuble dont elle est propriétaire Z._ pour un loyer qui a été fixé en dernier lieu, dès le 1er avril 2001, à 2'047 fr. par mois, auxquels s'ajoutent 180 fr. de charges.
A la fin 2002 et durant les premiers mois de l'année 2003, le bâtiment qui se trouvait à l'est de celui où se situe l'appartement loué a été démoli et remplacé par une nouvelle construction. Cette dernière, plus volumineuse et rehaussée d'un étage par rapport à l'ancienne, n'a diminué que très partiellement la vue à l'extrême gauche du balcon des locataires. Des fenêtres et des balcons du nouveau bâtiment voisin sont dorénavant situés à quelques mètres de la fenêtre d'une chambre de l'appartement loué, alors que l'immeuble détruit ne comportait ni fenêtre, ni balcon à cet endroit, ce qui a entraîné une certaine perte d'intimité dans la chambre des locataires.
Se plaignant de cette nouvelle construction, les locataires ont demandé une diminution du loyer, que la bailleresse a refusée. Par la suite, ils ont demandé deux autres diminutions du loyer, en invoquant la baisse du taux hypothécaire.
B. Le 19 mai 2003, les locataires ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers d'une demande en réduction du loyer. Le litige n'a pas été concilié lors de l'audience du 25 novembre 2003, mais la Commission de conciliation, avec l'accord des parties, a suspendu la cause jusqu'à fin février 2004, en raison de pourparlers transactionnels. La suspension a ensuite été prolongée jusqu'au 31 août 2005, puis jusqu'au 31 décembre 2005. Rien ne s'est passé à l'expiration de ce délai. Le 8 novembre 2006, la représentante des locataires a informé par téléphone la Commission de conciliation que les pourparlers avaient définitivement échoué. Sur quoi, la Commission de conciliation a délivré, en date du 9 novembre 2006, un procès-verbal constatant l'échec de la tentative de conciliation. Le juge a été saisi dans les trente jours.
Par jugement du 23 août 2007, le Tribunal des baux du canton de Vaud a rejeté l'exception d'irrecevabilité soulevée par la bailleresse, laquelle soutenait que le procès-verbal de non-conciliation était nul parce que la procédure de conciliation s'était périmée en raison de l'inaction des parties pendant six mois à compter de l'expiration de la suspension, selon l'art. 125 al. 4 du code de procédure civile vaudois (CPC/VD) du 14 décembre 1966 (RSV 270.11), qui serait applicable par analogie. Le tribunal a par ailleurs considéré que les locataires n'avaient pas établi que le chantier de construction leur aurait causé des nuisances particulières et que la perte de vue résultant du nouveau bâtiment était trop minime pour justifier une réduction du loyer. En revanche, il a admis qu'il y avait une certaine perte d'intimité, en raison de la proximité des fenêtres et balcons du nouveau bâtiment, ce qui constituait "une petite entrave à l'usage de la chose louée" justifiant une réduction du loyer de 2%. Il a ensuite calculé la diminution de loyer résultant des baisses successives du taux hypothécaire, en partie compensées par l'augmentation de l'indice suisse des prix à la consommation. Il a admis une baisse de loyer de 12,39% dès le 1er octobre 2003, puis une nouvelle baisse de 1.8% à partir du 1er avril 2006. Le tribunal a par ailleurs estimé que la bailleresse avait échoué à apporter la preuve que le loyer se tenait dans les limites des loyers usuels, parce que les cinq éléments de comparaison apportés ne permettaient pas cette démonstration pour plusieurs raisons: deux appartements étaient gérés par le même gérant d'immeubles, les renseignements fournis n'étaient pas suffisants et les logements n'étaient pas comparables en raison des années de construction.
Saisi d'un recours de la bailleresse formé contre ce jugement, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté, avec suite de frais, par arrêt du 30 octobre 2008.
C. La bailleresse a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 30 octobre 2008. Se plaignant d'une violation arbitraire des règles de procédure cantonale, soutenant que le bâtiment voisin ne donnait pas lieu à un défaut de la chose louée et reprochant à la cour cantonale d'avoir écarté les cinq éléments de comparaison apportés pour prouver que le loyer se tenait dans les limites des loyers usuels, la recourante conclut à l'irrecevabilité de la demande, subsidiairement à son rejet et au maintien du loyer à 2'047 fr., plus subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité inférieure, le tout avec suite de frais et dépens. L'effet suspensif sollicité a été accordé par ordonnance du 17 février 2009.
Les locataires, qui ne sont pas représentés par un avocat, n'ont pas déposé d'observations.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le litige portant sur une baisse de loyer relative à un contrat de bail conclu pour une durée indéterminée, la valeur litigieuse correspond à la différence de loyer contestée dans les dernières conclusions prises devant l'autorité précédente, multipliée par vingt (art. 51 al. 1 let. a et al. 4 LTF; ATF 121 III 397 consid. 1 p. 399; 118 II 422 consid. 1 p. 424). Il n'est donc pas douteux que la valeur litigieuse en l'espèce atteint le seuil de 15'000 fr. exigé pour un recours en matière civile dans le domaine du bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF).
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105). Il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 63 - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait qu'en expliquant de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140) et pour autant que la correction du vice allégué soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
S'il admet le recours, le Tribunal fédéral peut réformer la décision attaquée, c'est-à-dire qu'il peut statuer lui-même sur le fond de la même manière que l'autorité précédente pouvait le faire (art. 107 al. 2 LTF).
2. 2.1 La recourante soutient que la demande en diminution du loyer est irrecevable, parce que le procès-verbal de non-conciliation serait nul, pour le motif que la procédure de conciliation était périmée au moment où il a été délivré, en application de règles du droit cantonal qui ont été violées arbitrairement.
2.2 L'art. 274a CO oblige les cantons à créer des autorités de conciliation qui sont notamment chargées, en cas de litige relatif à un bail portant sur une chose immobilière, de tenter d'amener les parties à un accord (art. 274a al. 1 let. b CO). L'autorité de conciliation s'efforce d'amener les parties à un accord (art. 274e al. 1 CO). Si aucun accord n'est trouvé, l'autorité de conciliation - hormis les cas où elle est habilitée à rendre une décision - constate l'échec de la tentative de conciliation (art. 274e al. 2 CO). La partie qui persiste dans sa demande doit alors saisir le juge dans les trente jours (art. 274f al. 1 CO).
En l'espèce, il ressort des constatations cantonales que le litige a été soumis à l'autorité de conciliation compétente, qu'aucun accord n'a pu être trouvé et que le juge a été saisi dans les trente jours à compter du moment où l'échec de la conciliation a été constaté.
Il n'est donc pas douteux que la demande respecte en tous points les exigences du droit fédéral.
2.3 La procédure devant l'autorité de conciliation relève du droit cantonal (art. 274 CO), lequel doit répondre aux exigences énoncées à l'art. 274d CO.
Pour régler la procédure, le canton de Vaud a adopté la loi fixant la procédure dans les contestations relatives aux baux à loyer immobiliers et aux baux à ferme non agricoles (LPCBL) du 12 mai 1982 (RSV 221.311).
La question soulevée par la recourante relève entièrement du droit cantonal (art. 274 CO). Or, le recours au Tribunal fédéral n'est pas ouvert pour se plaindre d'une mauvaise application du droit cantonal (cf. art. 95 et 96 LTF; ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il reste néanmoins possible de se plaindre d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., ce qui constitue une violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF; ATF 133 I 201 consid. 1 p. 203, 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). La recourante a valablement soulevé ce grief (art. 106 al. 2 LTF). Il faut alors garder à l'esprit que l'examen du Tribunal fédéral se limite à dire si la cour cantonale est ou non tombée dans l'arbitraire (sur la définition de l'arbitraire: ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
L'art. 15 al. 1 LPCBL prévoit, lors de la procédure devant l'autorité de conciliation, que la cause peut être suspendue avec l'accord des parties pour nonante jours au plus. Cette disposition ajoute: "une nouvelle audience sera immédiatement appointée".
Au lieu de cette disposition, la recourante voudrait appliquer l'art. 125 du code de procédure civile vaudois (CPC/VD), qui n'est pas spécifiquement conçu pour une procédure de conciliation, et qui prévoit qu'une cause civile peut être suspendue pour une année au plus par convention des parties, que cette suspension est renouvelable, qu'à l'expiration du délai, la cause est reprise sur réquisition et que l'instance est périmée si la reprise de cause n'est pas requise dans les six mois dès l'expiration de la suspension.
Si l'on compare les deux dispositions, on constate d'emblée que l'art. 15 LPCBL est conçu spécifiquement pour la procédure de conciliation et même la procédure devant l'autorité de conciliation en matière de baux à loyer. Elle apparaît donc comme une disposition spéciale par rapport à l'art. 125 CPC/VD (lex specialis derogat generali).
L'argument selon lequel l'art. 15 LPCBL n'envisagerait pas une convention des parties se heurte au fait que cette disposition exige précisément un accord des parties. On ne discerne de ce point de vue aucune lacune: l'art. 15 LPCBL règle de manière spéciale exactement la même question, à savoir la suspension de la procédure avec l'accord des parties.
Les deux normes ne peuvent d'ailleurs pas se compléter, parce qu'elles sont incompatibles l'une avec l'autre. Non seulement elles divergent sur la durée maximale de la suspension, mais aussi sur la procédure de reprise. Tandis que l'art. 125 al. 3 CPC/VD met la reprise à la charge des parties (ce qui explique la péremption prévue par l'al. 4), l'art. 15 al. 1 LPCBL prévoit qu'il incombe à l'autorité d'appointer immédiatement une nouvelle audience, c'est-à-dire de reprendre la procédure d'office.
En choisissant d'appliquer la disposition spéciale (l'art. 15 LPCBL) plutôt que la disposition générale incompatible (l'art. 125 CPC/VD), la cour cantonale n'a assurément pas violé arbitrairement le droit cantonal. Il en résulte que la règle de la péremption d'instance, prévue par l'art. 125 al. 4 CPC/VD, ne s'applique pas.
Il reste que l'autorité de conciliation n'a pas respecté la manière de procéder prévue par l'art. 15 LPCBL. Il en est résulté un atermoiement, mais la recourante ne peut pas s'en plaindre, sans contrevenir aux règles de la bonne foi (art. 2 CC), puisqu'elle ne prétend pas avoir demandé la reprise de la procédure, la convocation d'une nouvelle audience ou la délivrance plus rapide de l'acte de non-conciliation. La procédure de conciliation (et l'acte de non-conciliation) ne serait nulle que si cette sanction était prévue par la loi ou résultait du but de la disposition. Or, la loi ne prévoit aucune sanction pour le cas où l'autorité de conciliation accorde une suspension trop longue et ne reprend pas immédiatement la procédure en convoquant une nouvelle audience. Le but de la procédure de conciliation est manifestement de tenter de trouver un accord entre les parties et, en cas d'échec de cette démarche, de rendre un acte formel qui permet à la partie qui le souhaite de saisir le juge dans le délai fixé par la loi. Malgré ces défauts, la procédure suivie répond manifestement à ces objectifs. La recourante ne conteste pas qu'il y a eu un essai de conciliation par l'autorité et qu'il n'y avait plus d'espoir de trouver un terrain d'entente au moment où l'acte de non-conciliation a été délivré. En considérant que les défauts de la procédure de conciliation n'entraînaient pas la nullité de l'acte de non-conciliation, la cour cantonale n'a pas violé arbitrairement le droit cantonal.
3. 3.1 La recourante soutient que la construction de l'immeuble voisin, en remplacement de celui qui existait précédemment, ne constitue pas un défaut.
3.2 Selon l'art. 256 al. 1 CO, le bailleur est tenu de délivrer la chose dans un état approprié à l'usage pour lequel elle a été louée et de l'entretenir dans cet état. Lorsqu'apparaissent, en cours de bail, des défauts de la chose qui ne sont pas imputables au locataire et auxquels il n'est pas tenu de remédier à ses frais, il peut notamment demander une réduction proportionnelle du loyer (art. 259a al. 1 let. b CO). Il faut pour cela que le défaut entrave ou restreigne l'usage pour lequel la chose a été louée (art. 259d CO). Faute de définition légale, la notion de défaut - qui relève du droit fédéral - doit être rapprochée de l'état approprié à l'usage pour lequel la chose a été louée; elle suppose la comparaison entre l'état réel de la chose et l'état convenu; il y a ainsi défaut lorsque la chose ne présente pas une qualité que le bailleur avait promise ou lorsqu'elle ne présente pas une qualité sur laquelle le locataire pouvait légitimement compter en se référant à l'état approprié à l'usage convenu (arrêt 4C.97/2003 du 28 octobre 2003 consid. 3.1; arrêt 4C.81/1997 du 26 janvier 1998 consid. 3a; David Lachat, Le bail à loyer, nouvelle éd. 2008, p. 216 et 218 s.; Tercier/Favre, Les contrats spéciaux, 2009, p. 304 n. 2061). Il n'est pas nécessaire que le bailleur soit en faute ou que le défaut soit réparable (SVIT-Kommentar, 3e éd. 2008, n° 16 des remarques préliminaires aux art. 258-259i CO; Lachat, op. cit., p. 224). Pour justifier une réduction de loyer, l'usage de la chose doit être restreint d'au moins 5%, mais la jurisprudence admet de descendre à 2% s'il s'agit d'une atteinte permanente (arrêt 4C.97/2003 déjà cité consid. 3.3 et 3.6).
3.3 Pour dire si la chose louée est défectueuse, il faut déterminer si l'état actuel de l'appartement contrevient au contrat conclu le 14 janvier 1997. Les locataires ne peuvent invoquer aucune affirmation ou promesse dans le contrat qui les protégerait contre le risque de la nouvelle construction qui a été réalisée.
Il faut donc rechercher, par voie d'interprétation, ce que les locataires étaient en droit d'attendre, compte tenu des usages locatifs, de la destination de la chose louée, de son emplacement et du montant du loyer.
La cour cantonale a déjà constaté que le chantier n'avait pas causé de perturbations particulières et que la perte de vue était minime et ne justifiait pas de réduction de loyer. En l'absence de recours des locataires, il n'y a pas à revenir sur ces questions. En revanche, une réduction de 2% a été admise pour le motif qu'il y a des fenêtres et des balcons en face de l'une des chambres louées, là où précédemment il n'y en avait point.
A lire les jugements rendus, il semble que toute diminution du confort survenant en cours de bail constitue un défaut de la chose louée. Cette conception ne peut pas être suivie, parce qu'elle ne correspond pas à la notion fédérale de défaut qui suppose une contrariété par rapport à ce qui était convenu. Par exemple, si l'appartement au-dessus n'est pas loué au moment de la conclusion du contrat, le locataire - en l'absence de promesse spéciale - ne pourra pas demander une réduction du loyer lorsqu'il sera occupé, en faisant valoir qu'il en résulte pour lui quelques bruits et ainsi une diminution de son confort. En effet, il doit s'attendre, dans un immeuble locatif, à ce que les appartements soient loués et, en l'absence de toute promesse spéciale, il ne saurait exiger qu'un appartement reste vide ou ne soit occupé que par un locataire particulièrement peu bruyant. De la même manière, un locataire ne peut pas exiger, en ce qui concerne la vue qu'il a de ses fenêtres, que les arbres ne grandissent pas, que le trafic routier n'augmente pas et que les constructions aux alentours ne soient pas densifiées. Ce sont là des évolutions prévisibles et le bailleur ne garantit pas, sauf promesse spéciale, l'immutabilité des circonstances environnantes. Ces évolutions extérieures, sauf cas extrêmes, n'entravent pas l'utilisation normale d'un logement, c'est-à-dire un usage conforme à la destination convenue.
Qu'un bâtiment locatif soit démoli pour être remplacé par un autre (érigé conformément aux règles applicables), qui n'est pas absolument identique au précédent, est d'une parfaite banalité. Il n'y a aucune raison de penser que la bailleresse aurait garanti aux locataires que cela ne se produirait pas ou que les locataires auraient pu se croire en droit de l'exiger. On ne peut pas penser non plus que cet événement ait été en dehors des prévisions des parties.
Il est vrai que ce nouveau bâtiment a pour conséquence que les locataires voient maintenant, d'une de leurs chambres, des fenêtres et des balcons. Cette situation est cependant tout à fait commune et d'innombrables locataires sont dans la même situation, sans considérer pour autant que leur logement est défectueux. On ne peut pas considérer que l'usage d'un logement est entravé du seul fait que l'on voit des fenêtres et des balcons dans un bâtiment voisin. Les locataires peuvent efficacement protéger leur intimité en utilisant des volets ou des stores et des rideaux. La jurisprudence a d'ailleurs considéré que l'absence de stores pouvait constituer un défaut (arrêt 4C.387/2004 du 17 mars 2005 consid. 2.3), en songeant, il est vrai, à l'effet de la lumière. En l'espèce, il n'a pas été constaté, en fait, que le logement serait dépourvu de volets ou de stores. Quant aux rideaux, il s'agit d'un équipement que les locataires doivent placer à leurs frais, selon les usages, lorsque l'habitation est louée non meublée.
Dès lors que l'on ne peut pas discerner un défaut de la chose louée, la première réduction de loyer, prononcée en application de l'art. 259d CO, viole le droit fédéral et l'arrêt attaqué doit être réformé sur ce point.
4. 4.1 Les locataires ont sollicité également deux baisses de loyer successives, en invoquant une modification des bases de calcul (art. 270a al. 1 CO). Ils se prévalent de la baisse du taux hypothécaire (art. 269a let. b CO; art. 13 al. 1 OBLF).
Le bailleur peut alors s'opposer à la baisse en faisant valoir que le loyer convenu se situe dans les limites des loyers usuels au sens de l'art. 269a let. a CO, mais le fardeau de la preuve lui incombe (ATF 122 III 257 consid. 4b p. 262).
Il doit fournir au moins cinq éléments de comparaison qui présentent, pour l'essentiel, les mêmes caractéristiques que le logement litigieux quant à l'emplacement, la dimension, l'équipement, l'état et l'année de construction (cf. art. 11 al. 1 OBLF; ATF 123 III 317 consid. 4a p. 319). Pour que la comparaison soit possible, il faut connaître la dimension du logement, soit le nombre de pièces et la surface (ATF 123 III 317 consid. 4b/cc p. 321; arrêt 4C.55/2001 du 4 juillet 2001 consid. 4b/ff). L'étage n'est pas déterminant (arrêt 4C.55/2001 du 4 juillet 2001 consid. 4b/cc; arrêt 4C.40/2001 du 15 juin 2001 consid. 5c). Les éléments de comparaison ne doivent pas appartenir au même propriétaire (ATF 123 III 317 consid. 4c/bb p. 323). Quant à l'année de construction, un écart d'âge de plus de vingt ans exclut en tout cas la comparaison (arrêt 4C.40/2001 du 15 juin 2001 consid. 5c/aa et bb).
Dans le cas d'espèce, la cour cantonale a adopté l'état de fait du jugement de première instance (arrêt attaqué p. 2); celui-ci indique (p. 11) que l'immeuble litigieux date de 1955 alors que l'un des éléments de comparaison a été construit en 1934 et un autre en 1983. Ces constatations de fait - qui ne sont pas critiquées par la recourante - lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF). Il en résulte que deux éléments de comparaison sur cinq n'étaient pas acceptables en raison de la date de construction des bâtiments, de sorte que l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en concluant que la bailleresse n'était pas parvenue à prouver que le loyer convenu se situait dans les limites des loyers usuels. Il n'est donc pas nécessaire d'examiner les autres motifs pour lesquels la comparaison a été considérée comme impossible.
4.2 La recourante ne conteste pas les baisses du taux hypothécaire qui ont été constatées et elle ne critique pas leur répercussion sur les loyers (sur cette question: cf. la tabelle figurant dans l'ouvrage de Lachat, op. cit., p. 868). Elle ne conteste pas non plus les calculs relatifs à l'imputation de l'augmentation de l'indice suisse des prix à la consommation (art. 269a let. e CO; art. 16 OBLF). Ces points n'étant plus contestés devant le Tribunal fédéral, il n'y a pas lieu d'y revenir.
Sans un mot d'explication, la recourante indique, dans ses conclusions, que l'indice suisse des prix à la consommation en mars 2003 (sur base décembre 1982) aurait été de 157 points, alors que la cour cantonale a retenu 151 points. Vérification faite (Lachat, op. cit., p. 858), le chiffre donné par la cour cantonale est exact et il n'y a donc pas lieu de procéder à la rectification d'un fait notoire pour constatation manifestement inexacte (art. 105 al. 2 LTF).
5. La recourante obtient gain de cause sur la réduction de 2%, mais elle succombe sur les réductions de 12,39% et de 1,8%. Il se justifie donc de mettre à sa charge les 9/10ème des frais judiciaires, les intimés devant en supporter 1/10ème (art. 66 al. 1 LTF). Pour les mêmes raisons, la recourante n'obtiendra que des dépens très réduits (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux intimés, qui n'ont pas recouru aux services d'un avocat et qui, de surcroît, n'ont pas présenté d'observations.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est annulé.
2. Le jugement rendu le 23 août 2007 par le Tribunal des baux est réformé et son dispositif est désormais le suivant:
"I. Le loyer mensuel net de l'appartement que X._ loue à H.Y._ et F.Y._ au 2ème étage de l'immeuble a Z._ est fixé à 1'793 fr. dès le 1er octobre 2003, sur la base des paramètres suivants:
- taux d'intérêt hypothécaire: 3,25%;
- indice suisse des prix à la consommation: 151.0 (mars 2003 en base décembre 1982).
II. Le loyer mensuel net de l'appartement mentionné ci-dessus est fixé à 1'761 fr. dès le 1er avril 2006, sur la base des paramètres suivants:
- taux d'intérêt hypothécaire: 3%;
- indice suisse des prix à la consommation: 152.2 (octobre 2005 en base décembre 1982).
III. Le présent jugement est rendu sans frais ni dépens.
IV. Toutes autres ou plus amples conclusions sont rejetées."
3. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour fixer à nouveau les frais et dépens de la procédure devant elle.
4. Pour la procédure fédérale, les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à concurrence de 3'600 fr. à la charge de la recourante et à concurrence de 400 fr. à la charge des intimés solidairement.
Les intimés verseront solidairement à la recourante une indemnité de 400 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 1er avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget