Erwägungen:
1. X._ beschwerte sich beim Steuerrekursgericht des Kantons Zürich über die Veranlagungen zu den Staats- und Gemeindesteuern 2003-2005 bzw. die direkte Bundessteuer 2003-2005. Mit Entscheid vom 22. November 2012 wies das Steuerrekursgericht die Sache in teilweiser Gutheissung von Rekurs und Beschwerde an das Kantonale Steueramt Zürich in das Einspracheverfahren zur weiteren Untersuchung zurück; die Gerichtskosten von Fr. 12'460.-- auferlegte es zur Hälfte dem Steuerpflichtigen, dem es keine Parteientschädigung zusprach. Mit Urteil vom 27. März 2013 trat das Verwaltungsgericht auf den Rekurs (betreffend Staats- und Gemeindesteuern) und die Beschwerde (betreffend direkte Bundessteuer) gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts nicht ein (Ziff. 1 und Ziff. 2 des Urteilsdispositivs); zugleich auferlegte es die Gerichtskosten von Fr. 7'120.-- dem Steuerpflichtigen (Ziff. 3 und 4 des Urteilsdispositivs), welchem es keine Parteientschädigung zusprach (Ziff. 5 des Urteilsdispositivs).
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Mai 2013 beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei hinsichtlich der Kosten- und Entschädigungsfolgen (Dispositiv Ziff. 3, 4 und 5) aufzuheben.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist einzig gegen End- und Teilentscheide ohne Weiteres zulässig (Art. 90 und 91 BGG), gegen Zwischenentscheide jedoch nur unter bestimmten Voraussetzungen (Art. 92 und 93 BGG). Ein Rückweisungsentscheid gilt als Zwischenentscheid (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; 133 V 477 E. 4 S. 480-482). Ein solcher liegt auch dann vor, wenn eine Vorinstanz des Bundesgerichts im Rahmen eines Rückweisungsentscheids über Kostenfolgen befindet (BGE 133 V 645 E. 2.1 S. 647; 135 III 329). Ein derartiger Zwischenentscheid verursacht keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), weil der Kostenentscheid im Anschluss an den aufgrund des Rückweisungsentscheids neu ergehenden Endentscheid in der Sache angefochten werden kann (Art. 93 Abs. 3 BGG; BGE 135 III 329; 133 V 645 E. 2; Urteil 2C_759/2008 vom 6. März 2009 E. 2, in: ASA 79 S. 575 und StR 64/2009 S. 608). Entscheidet die Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wurde, in der Hauptsache voll zu Gunsten der Beschwerde führenden Person, so dass diese keinen Anlass mehr hat, diesen Entscheid in der Sache anzufechten, so kann die Kosten- oder Entschädigungsregelung im Rückweisungsentscheid direkt innerhalb der Frist von Art. 100 BGG ab Rechtskraft des Endentscheids mit ordentlicher Beschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (BGE 133 V 645 E. 2.2 S. 648; 122 I 39 E. 1a/bb S. 42 f.; 117 Ia 251 E. 1b S. 254 f.; Urteile 9C_688/2009 vom 19. November 2009 E. 1.1, in: SVR 2010 IV Nr. 27; 2C_759/2008 vom 6. März 2009 E. 2, in: ASA 79 S. 575 und StR 64/2009 S. 608; so auch Urteil 2C_258/2012 vom 22. März 2012 E. 2.2).
2.2 Dem angefochtenen Urteil liegt ein Rückweisungs- und damit ein Zwischenentscheid zugrunde; es erweist sich damit seinerseits als ein Zwischenschritt im gesamten Verfahrensverlauf, d.h als Zwischenentscheid. Dazu äussert sich der Beschwerdeführer nicht; entsprechend befasst er sich nicht mit den spezifischen Anfechtungsvoraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG; er kommt damit seiner ihm nach Art. 42 Abs. 2 BGG obliegenden Begründungspflicht nicht nach, die trotz Art. 29 Abs. 1 BGG auch hinsichtlich nicht ohne Weiteres gegebener Eintretensvoraussetzungen besteht (vgl. BGE 134 II 45 E. 2.2.3 S. 48 mit Hinweisen); sich zur Eintretensfrage zu äussern, hätte sich angesichts des Themas des angefochtenen Urteils geradezu aufgedrängt. Auf die Beschwerde ist schon aus diesem Grunde nicht einzutreten. Sie erwiese sich aber ohnehin als unzulässig:
Der Beschwerdeführer erwähnt zwar personelle Verflechtungen; weder aber macht er geltend, Ausstandsvorschriften des kantonalen Rechts seien in bundesrechtswidriger Weise, d.h. im Wesentlichen willkürlich angewendet worden, noch rügt er eine Verletzung von Art. 30 Abs. 1 BV, und er behauptet auch nicht, er habe Entsprechendes vor dem Verwaltungsgericht geltend gemacht. Die Frage der Zulässigkeit der Beschwerde allenfalls unter dem Gesichtswinkel von Art. 92 BGG stellt sich damit von vornherein nicht. Was Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG betrifft (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG fällt ohnehin ausser Betracht), ist auf die vorstehende E. 2.1 zu verweisen; der Beschwerdeführer könnte dem Bundesgericht sämtliche Einwendungen gegen die Kosten- und Entschädigungsregelung des Verwaltungsgerichts gemäss Rz. 14 ff. der Beschwerdeschrift nach Vorliegen eines Endentscheids im beschriebenen Sinn vortragen, und das verwaltungsgerichtliche Urteil verursacht ihm keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil.
2.3 Auf die Beschwerde ist gemäss Art. 108 Abs. 1 lit. a und lit. b BGG mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2.4 Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG), der für die bundesgerichtliche Kostenregelung - schon angesichts des Themas des angefochtenen Urteils - nichts aus der allgemein formulierten Rechtsmittelbelehrung des Verwaltungsgerichts ableiten kann.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Mai 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller