Sachverhalt:
A. Am 13. September 2011 hiess das Bundesgericht eine Beschwerde in Strafsachen von Y._ gut (Urteil 1B_412/2011). Der Beschwerdeführer wurde von Rechtsanwältin X._ vertreten und hatte um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Das Bundesgericht erhob keine Gerichtskosten und verpflichtete den Kanton Zürich, den Beschwerdeführer für das kantonale und das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'950.-- zu entschädigen. Es ging davon aus, dass das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung damit gegenstandslos geworden sei.
B. Mit Schreiben vom 31. Oktober 2011 teilte das Obergericht des Kantons Zürich, Zentrale Inkassostelle der Gerichte, Rechtsanwältin X._ mit, die Forderung von Y._ werde gestützt auf Art. 120 OR mit ausstehenden Gerichtskosten verrechnet.
C. Mit Eingabe vom 4. November 2011 stellt Rechtsanwältin X._ in eigenem Namen ein Gesuch um nachträglichen Entscheid über die unentgeltliche Verbeiständung im Verfahren 1B_412/2011. Sie beantragt, sie sei aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'950.-- zu entschädigen, und ihr sei für das nachträgliche Gesuchsverfahren eine Entschädigung von Fr. 300.-- auszurichten.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Nach der bundesgerichtlichen Praxis besteht die Möglichkeit, auf Gesuch nachträglich über die unentgeltliche Verbeiständung zu entscheiden und die aus der Bundesgerichtskasse zu entrichtende Entschädigung festzusetzen, sofern sich die Parteientschädigung als uneinbringlich erweist und daher nicht zur Bezahlung der amtlichen Anwältin verwendet werden kann (Urteil 1F_17/2009 vom 4. November 2009 E. 1 mit Hinweisen; vgl. auch THOMAS GEISER, Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl., 2011, Art. 64 N. 38).
Y._ hatte bereits im Hauptverfahren ein Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gestellt. Die Voraussetzungen für die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG lagen schon damals vor. Das Bundesgericht ging allerdings davon aus, dass die Anwältin der unentgeltlich verbeiständeten Partei aus der zugesprochenen Parteientschädigung entschädigt werden würde.
Gemäss Art. 64 Abs. 2 Satz 2 BGG steht der Anwältin ein Anspruch auf eine angemessene Entschädigung aus der Gerichtskasse zu, soweit der Aufwand für die Vertretung nicht aus der zugesprochenen Parteientschädigung gedeckt werden kann. Dieser Fall tritt nicht nur ein, wenn sich die Parteientschädigung als uneinbringlich erweist, sondern auch, wenn die Gegenpartei die von ihr geschuldete Parteientschädigung mit eigenen Forderungen gegen die unentgeltlich verbeiständete Partei verrechnet. In beiden Fällen hat die Anwältin der bedürftigen Partei kein Honorar erhalten, weshalb ihr Anspruch gegenüber der Gerichtskasse bestehen bleibt. Wurde die Entschädigung wie im zu beurteilenden Fall bereits im Hauptverfahren festgesetzt, kann die Anwältin deren Auszahlung verlangen (Urteil 1F_17/2009 vom 4. November 2009 E. 2).
2. Nach dem Gesagten ist das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gutzuheissen und der Gesuchstellerin antragsgemäss für das Hauptverfahren und das nachträgliche Verfahren eine Entschädigung von insgesamt Fr. 2'250.-- aus der Bundesgerichtskasse zuzusprechen. Gerichtskosten sind keine zu erheben.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das erneuerte Gesuch von Rechtsanwältin X._ um unentgeltlichen Rechtsbeistand im Verfahren 1B_412/2011 wird gutgeheissen.
2. Rechtsanwältin X._ wird als amtliche Vertreterin des Beschuldigten Y._ im Verfahren 1B_412/2010 bestellt, und es wird ihr hierfür aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'950.-- ausgerichtet.
3. Für das nachträgliche Gesuchsverfahren werden keine Kosten erhoben.
4. Für das nachträgliche Gesuchsverfahren wird Rechtsanwältin X._ eine Entschädigung von Fr. 300.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird der Gesuchstellerin, der Staatsanwaltschaft I und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner