Considérant en fait et en droit:
1. Par acte du 11 juin 2012, X._ SA a déposé un recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre une décision du 11 mai 2012 rendue par l'Administration fédérale des contributions en matière de TVA.
Par décision incidente du 27 juillet 2012, la recourante a été invitée à verser une avance de frais de 700 fr. jusqu'au 20 août 2012. L'avance de frais a été versée le 23 août 2012.
Par arrêt du 6 septembre 2012, le Tribunal administratif fédéral a déclaré le recours irrecevable pour versement tardif de l'avance de frais.
2. Par courrier du 25 septembre 2012, X._ SA s'est adressée au Tribunal administratif fédéral pour demander une reconsidération de l'arrêt du 6 septembre 2012. Ce courrier a été transmis au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence par le Tribunal administratif fédéral.
3. Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions du Tribunal administratif fédéral en particulier aussi contre les décisions d'irrecevabilité (art. 86 al. 1 let. a LTF). L'art. 86 LTF repose sur l'idée que le Tribunal fédéral ne doit pas se saisir d'une cause tant que tous les griefs peuvent encore être examinés par une instance précédente. En l'espèce, la recourante entend démontrer qu'elle s'est trouvée sans sa faute dans l'incapacité de respecter le délai pour l'avance de frais, ce qui équivaut à une demande de restitution de délai effectuée auprès de l'autorité qui a imparti le délai. Cette demande a été dûment adressée à l'instance précédente qui peut s'en saisir en application de l'art. 24 PA (art. 37 LTAF). Il s'ensuit que le présent recours en matière de droit public est irrecevable (arrêts 2C_845/2011 du 17 octobre 2011 et les références citées).
4. Le recours est ainsi manifestement irrecevable (art. 108 al. 1 let. a LTF) et doit être traité selon la procédure simplifiée de l'art. 108 LTF, sans qu'il y ait lieu d'ordonner un échange d'écritures. Il se justifie de ne pas percevoir de frais de procédure (art. 66 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Président prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. L'écriture du 25 septembre 2012 est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour être traitée comme une demande de restitution de délai.
3. Il n'est pas perçu de frais.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 8 octobre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey