Sachverhalt:
A. X._ wird vorgeworfen, zusammen mit A._ und B._ am 4. Mai 2008 um 03.05 Uhr in einem Nachtclub in Rümlang den späteren Geschädigten C._ mit einem Messer bedroht und in den Bauch gestochen zu haben. Der Geschädigte musste sich in Spitalpflege begeben. X._ ist geständig, den Geschädigten mit einem Messer gestochen zu haben, macht aber geltend, er sei von einer Gruppe von Männern, worunter sich der Geschädigte befunden habe, tätlich angegangen worden.
In der Folge soll X._ um 03.40 Uhr in einem Nachtclub in Zürich wiederum zusammen mit A._ und B._ den späteren Geschädigten D._ mit einem Messer in den Flankenbereich gestochen haben. Der Geschädigte wurde danach im Universitätsspital Zürich stationär behandelt. X._ ist geständig, den Geschädigten mit einem Messer gestochen zu haben, macht aber geltend, der Geschädigte habe ihn mit einem Stein angegriffen.
X._ befindet sich seit dem 7. Mai 2008 in Untersuchungshaft. Es wird gegen ihn wegen versuchter schwerer Körperverletzung ermittelt. Mit Verfügung vom 7. August 2008 bewilligte der Haftrichter des Bezirksgerichts Dielsdorf die Verlängerung der Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr. Die dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht mit Urteil 1B_230/2008 vom 25. August 2008 ab.
Auf Antrag der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich, Gewaltdelikte, verlängerte der mittlerweile zuständige Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich, am 5. November 2008 die Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr bis zum 7. Februar 2009.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ die Aufhebung der haftrichterlichen Verfügung vom 5. November 2008 und die Entlassung aus der Untersuchungshaft. Ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege im Verfahren vor Bundesgericht.
C. Der Haftrichter und der zuständige Staatsanwalt der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich, Gewaltdelikte, haben auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Strafsachen (Art. 78 ff. BGG) sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer bestreitet die Voraussetzungen zur Fortsetzung der Untersuchungshaft. Er rügt eine Verletzung der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2, Art. 31 Abs. 1 BV, Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK).
Im Urteil 1B_230/2008 vom 25. August 2008 (E. 2.2) legte das Bundesgericht dar, unter welchen Voraussetzungen die Fortsetzung der Untersuchungshaft gestützt auf § 58 Abs. 1 und 2 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 verfassungsrechtlich zulässig ist. Darauf ist zu verweisen.
3. Der Beschwerdeführer bestreitet erneut den Haftgrund der Kollusionsgefahr. Wie bereits im Verfahren 1B_230/2008 bringt er vor, er sei geständig, weshalb eine Kollusionsgefahr in seinem Fall ausgeschlossen sei. Zudem sei auch seitens der Geschädigten und weiteren Zeugen mit Absprachen zu rechnen. Deren Aussagen seien teilweise unglaubwürdig. Das Untersuchungsverfahren werde einseitig zu seinen Lasten geführt. Auch habe er nie versucht, die Geschädigten mittels Briefen zu beeinflussen, und sich nie dahingehend geäussert, einen Belastungszeugen verprügeln zu wollen.
In E. 4.2 des Urteils 1B_230/2008 legte das Bundesgericht dar, unter welchen Voraussetzungen die Fortsetzung der Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr als verhältnismässig betrachtet werden kann. Darauf wird hier verwiesen.
Gemäss angefochtener Haftverfügung stehen weitere Zeugeneinvernahmen aus, weil der Beschwerdeführer eine Notwehrsituation geltend macht. In E. 4.3 des oben genannten Urteils entschied das Bundesgericht, dass der Einwand des Beschwerdeführers, auch unter den anderen Beteiligten seien Absprachen möglich, mit Bezug auf die Frage der Kollusionsgefahr nicht stichhaltig ist. Mit dem Vorbringen, die Geschädigten und weiteren Zeugen seien unglaubwürdig, kann der Beschwerdeführer ebenfalls nichts zu seinen Gunsten ableiten. Die Glaubwürdigkeit der Zeugen ist eine Frage, die nicht bereits im Haftprüfungsverfahren, sondern erst im Hauptverfahren zu beurteilen ist. Hinzu kommt, dass gemäss Haftakten der Beschwerdeführer Briefe, welche sich auf das Verfahren bezogen, an die Geschädigten zu schicken versuchte und anlässlich eines Besuchs seiner Mutter sagte, er werde B._ (Belastungszeuge) nach Entlassung aus der Untersuchungshaft erneut verprügeln. Die gegenteiligen Behauptungen helfen dem Beschwerdeführer nicht weiter.
Unter diesen Umständen ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass der Haftrichter das Vorliegen von Kollusionsgefahr bejahte.
4. Der Beschwerdeführer macht erneut geltend, es drohe die Gefahr von Überhaft. Er befindet sich seit bald 7 Monaten in Untersuchungshaft. In Anbetracht der Schwere der ihm zur Last gelegten Straftat - schwere Körperverletzung kann mit Freiheitsstrafe bis zu zehn Jahren bestraft werden (Art. 122 StGB) - und der mehrfachen Tatbegehung, welcher Umstand sich straferhöhend auswirkend könnte, ist die Gefahr von Überhaft auch nach 7 Monaten erstandener Untersuchungshaft nicht gegeben. Auch spielt es für die Beurteilung der Verhältnismässigkeit der Haftdauer keine Rolle, wenn für die in Aussicht stehende Freiheitsstrafe gegebenenfalls der bedingte oder teilbedingte Vollzug in Frage kommt (Urteil 1B_230/2008 E. 5.2, mit Hinweisen).
5. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung des Beschleunigungsgebots (Art. 5 Ziff. 3 EMRK, Art. 31 Abs. 3 Satz 2 BV). Anhaltspunkte, die auf eine Verletzung des Beschleunigungsgebots durch die Strafuntersuchungsbehörden schliessen lassen würden, sind indessen weder dargetan noch ersichtlich. Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
6. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als offensichtlich unbegründet und ist demnach im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG zu behandeln. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege im Verfahren vor Bundesgericht ist wegen offensichtlicher Aussichtslosigkeit der Begehren (vgl. Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG) ebenfalls abzuweisen. Umständehalber werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder