Faits:
A. Début septembre 2008, F.X._ et son époux se sont intéressés à l'acquisition d'une villa située au chemin ... sur la commune ... (Genève), propriété en main commune de B.Z._ et A.Z._.
Selon l'extrait du registre foncier, le bâtiment, qui a une surface bâtie au sol de 149 m2, est construit sur une parcelle de 3'612 m2.
Selon la plaquette de vente fournie à F.X._ par l'agence immobilière W._ SA mandatée par les propriétaires, la maison, proposée pour le prix de 3'250'000 fr., "offre une superficie de 200 m2" et est "située en zone agricole désasujettie, ce qui signifie que la possibilité est donnée de construire ou rénover au même endroit qu'actuellement avec une augmentation de la surface + 30%". La plaquette indique qu'elle ne constitue pas un document contractuel et que les informations données n'ont qu'un caractère indicatif.
Le 8 septembre 2008, F.X._ et son époux ont visité la propriété en compagnie de A._, courtière en immeubles auprès de W._ SA. A cette occasion, celle-ci a rappelé que la surface au sol selon le registre foncier était de 149 m2, mais que la surface habitable était estimée à 200 m2 et que, par ailleurs, il était possible, aux termes des dispositions applicables à la zone agricole, d'augmenter cette surface habitable de 30%, mais au maximum de 100 m2. A._ a demandé aux époux X._ s'ils souhaitaient que W._ SA leur suggère le nom d'un architecte pour les travaux de rénovation ; les époux ayant répondu qu'ils en avaient déjà un, elle les a alors encouragés à le faire venir sur place.
Le 12 septembre 2008, B._, architecte des époux X._, s'est rendu dans la propriété, en vue d'examiner l'état de la maison.
Le 22 septembre 2008, les époux X._ ont fait parvenir à W._ SA une offre d'achat pour un montant de 2'500'000 fr. Ils expliquaient que leur offre, basée sur une étude de la propriété par leur architecte, tenait compte du fait que la maison se trouvait en zone agricole, ce qui restreignait les possibilités de construction.
Le 29 septembre 2008, B._ s'est à nouveau rendu sur place à la demande des époux X._ pour faire des relevés de la villa et une estimation de la propriété. Il décrit lui-même la villa comme suit :
"Villa construite : surface brute de plancher : env. 200 m2 / Agrandissement possible : 30% de la surface existante, mais au maximum 100 m2. Soit dans notre cas : 60 m2. / La surface constructible totale de la parcelle est donc de : 260 m2 de surface brute de plancher (sans compter sous-sol)."
Le 16 octobre 2008, les consorts Z._ et F.X._ ont signé devant le notaire C._, choisi par cette dernière, une promesse de vente de la propriété pour un montant de 2'890'000 fr., prix de vente sur lequel les parties étaient préalablement tombées d'accord. Selon l'art. 5.5 de l'acte, "la vente est conclue sans garantie de la part des vendeurs quant aux défauts matériels de la chose vendue", l'art. 199 CO demeurant réservé. L'art. 3.1 contient une clause pénale permettant au promettant-vendeur de conserver l'acompte de 289'000 fr. versé par le promettant-acheteur si celui-ci venait à refuser de donner suite à son obligation d'acquérir le bien immobilier.
L'acompte a été versé par F.X._ à la signature de la promesse de vente.
Début décembre 2008, après avoir procédé à des relevés de surface et établi des plans de la maison, l'architecte B._ a transmis aux époux X._ le dossier qu'il avait préparé. Il en ressort que, "selon la loi fédérale pour la zone agricole", le rez-de-chaussée présente une surface brute de plancher utile de 121,225 m2, alors que cette surface est de 75,457 m2 au premier étage, soit au total une surface de 196 m2. Il est également indiqué que si la surface brute de plancher utile du premier étage était calculée "selon la zone villa", celle-ci ne serait que de 30,2 m2 seulement, en raison du fait que la maison était fortement mansardée.
S'estimant trompée sur la surface réelle de la maison, F.X._, par l'intermédiaire de son avocat, a reproché aux consorts Z._, dans un courrier du 7 janvier 2009, de lui avoir frauduleusement dissimulé des défauts de la chose résultant de la présentation inexacte de la surface habitable de la villa, soit un déficit de 51 m2 habitables par rapport à la surface annoncée dans le dossier de vente.
Les consorts Z._, par courrier du 14 janvier 2009, ont contesté le bien-fondé de ces griefs.
Par courrier du 16 avril 2009, le conseil de F.X._ a avisé les consorts Z._ que sa cliente se prévalait de la garantie des défauts des art. 197 ss CO et invalidait la promesse de vente du 16 octobre 2008, en raison de leur attitude dolosive.
Le 15 juillet 2009, F.X._ a confié à D._, architecte, le mandat de faire une expertise de la maison en cause. Sur la base de documents, mais sans s'être rendu sur place, le mandataire a indiqué que la surface habitable du rez-de-chaussée était de 121,31 m2 et que le premier étage n'était pas habitable, "dès lors que dans la zone villa, un minimum de 50% de la surface des combles doit disposer, aux termes de l'art. 24 RCI, de 2m. 40 de vide d'étage, ce qui n'est en l'occurrence pas le cas".
B. Par assignation déposée en conciliation le 27 juillet 2009 au greffe du Tribunal de première instance du canton de Genève, F.X._ a formé une action rédhibitoire à l'encontre des consorts Z._. Elle a notamment conclu à ce que le défaut soit constaté et qu'il soit dit qu'elle était fondée à résoudre la promesse de vente et que les défendeurs devaient lui rembourser le montant de 289'000 fr. versé le 16 octobre 2008.
Les défendeurs ont conclu au rejet de la demande. Ils ont par ailleurs formé une demande reconventionnelle, concluant à la condamnation de leur partie adverse à leur verser la somme de 41'262 fr. 10 à titre de dommages-intérêts, correspondant à la note de frais de leur propre avocat.
Plusieurs témoins ont été entendus.
Par jugement du 24 mars 2011, le Tribunal de première instance a débouté la demanderesse, ainsi que les demandeurs reconventionnels, de toutes leurs conclusions. Il a jugé que l'existence d'un défaut n'a pas été établie et que, même à admettre la réalité d'un défaut quant à la surface de la villa, il n'a pas été démontré que les vendeurs l'auraient frauduleusement dissimulé.
Sur appel de la demanderesse, la Cour de justice du canton de Genève, par arrêt du 14 septembre 2012, a confirmé le jugement entrepris.
C. F.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 14 septembre 2012. Elle reprend pour l'essentiel les conclusions figurant dans sa demande, concluant notamment à ce que les consorts Z._ soient condamnés solidairement à lui rembourser le montant de 289'000 fr., intérêts en sus. Subsidiairement, la recourante requiert l'annulation de l'arrêt entrepris et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale.
Les intimés concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt cantonal.
La recourante a répliqué et les intimés ont indiqué qu'ils renonçaient à dupliquer.
L'effet suspensif sollicité par la recourante a été accordé par ordonnance présidentielle du 14 novembre 2012.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a notamment succombé dans ses conclusions en paiement (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse largement le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc également être formé pour violation d'un droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 137 II 313 consid. 1.4 p. 317 s.; 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 137 III 580 consid. 1.3 p. 584; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 I 184 consid. 1.2 p. 187). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. En raison du domicile en Espagne d'une des propriétaires (intimée), la cause revêt un caractère international. Le Tribunal fédéral doit alors examiner d'office la question du droit applicable (ATF 132 III 609 consid. 4 p. 614, 626 consid. 2 p. 629; 131 III 511 consid. 2 p. 515). Celle-ci doit être tranchée à la lumière du droit international privé du for (ATF 135 III 259 consid. 2.1 p. 261; 133 III 37 consid. 2 p. 39, 323 consid. 2.1 p. 327 s.).
Il n'est en l'occurrence pas douteux que le contrat litigieux, qui porte sur un immeuble au sens de l'art. 119 al. 1 LDIP, est soumis au droit du lieu de situation de l'immeuble, soit au droit suisse, à défaut d'une élection de droit par les parties (cf. art. 119 al. 1 et 2 LDIP); il n'importe à cet égard qu'il ne s'agisse pas formellement d'un contrat de vente, mais "seulement" d'une promesse de vente (ATF 82 II 550 consid. 4 p. 554; cf. récemment arrêt 4A_362/2012 du 28 septembre 2012 consid. 2).
3. 3.1 En l'espèce, il n'est pas contesté que les promettants-vendeurs (ci-après, par souci de simplification : les vendeurs), en dérogation à l'art. 197 CO, ont exclu toute garantie des défauts.
La promettante-acheteuse (ci-après : l'acheteuse), qui soutient avoir reçu des assurances quant à la "surface habitable" de 200 m2 de l'objet immobilier en cause, est toutefois d'avis que la clause d'exclusion de garantie est nulle en vertu de l'art. 199 CO.
3.2 Selon l'art. 199 CO, toute clause qui supprime ou restreint la garantie est nulle si le vendeur a frauduleusement dissimulé à l'acheteur les défauts de la chose.
La dissimulation frauduleuse peut notamment consister à taire un fait tel que l'absence d'une qualité prévue de la chose vendue, dont la connaissance aurait conduit l'acheteur à ne pas conclure le contrat, ou à le conclure à des conditions différentes de celles convenues (cf. ATF 132 II 161 consid. 4.1 p. 166; sur l'ensemble de la question: arrêt 4A_70/2011 du 12 avril 2011 consid. 4.1 publié in RNRF 93/2012 p. 300).
Le vendeur doit avoir une connaissance effective du défaut; l'ignorance due à une négligence même grave ne suffit pas (arrêt 4A_226/2009 du 20 août 2009 consid. 3.2.3). La connaissance ne doit pas nécessairement être complète ni porter sur tous les détails; il suffit que le vendeur soit suffisamment orienté sur la cause à l'origine du défaut pour que le principe de la bonne foi l'oblige à en informer l'acheteur (ATF 66 II 132 consid. 6 p. 139). La dissimulation doit être intentionnelle; le dol éventuel suffit. Le vendeur doit omettre consciemment de communiquer un défaut à l'acheteur tout en sachant qu'il s'agit d'un élément important pour ce dernier (arrêt 4A_301/2010 du 7 septembre 2010 consid. 3.2 publié in SJ 2011 I p. 17).
Savoir dans quelles circonstances se sont déroulés les pourparlers, respectivement la conclusion du contrat, et s'il y a eu une quelconque man?uvre frauduleuse de la part d'une partie relève des constatations de fait (cf. arrêt 4A_217/2009 du 3 novembre 2009 consid. 2.4 et l'arrêt cité).
Le fardeau de la preuve de la dissimulation frauduleuse incombe à l'acheteur (cf. ATF 131 III 145 consid. 8.1 p. 151; arrêts 4A_70/2011 déjà cité consid. 4.1; 4A_217/2009 déjà cité consid. 2.4).
En l'espèce, il incombait à la recourante (acheteuse) de prouver que les intimés (vendeurs) avaient intentionnellement dissimulé la "surface habitable" réelle de l'objet immobilier litigieux.
3.3 La cour cantonale retient que la "surface habitable" calculée par l'architecte B._ (mandaté par la recourante) est quasiment identique à celle indiquée dans le descriptif de vente remis par l'agence immobilière (mandatée par les intimés); ce constat exclut, selon elle, la thèse de la dissimulation frauduleuse soutenue par la recourante. L'autorité précédente ajoute au surplus qu'aucun autre élément factuel contenu dans le dossier ne permet de retenir une quelconque man?uvre frauduleuse des intimés, la recourante ayant au contraire eu tout loisir de visiter la maison, de disposer des services de mandataires qualifiés pour évaluer le bien, sa surface, son potentiel d'extension et le prix qu'elle était prête à payer pour l'acquisition projetée. Elle ajoute que la recourante a été renseignée de façon circonstanciée par son notaire.
La recourante tente de démontrer que la cour cantonale a établi plusieurs points de fait de manière arbitraire (art. 9 Cst). Selon elle, une appréciation exempte d'arbitraire aurait dû conduire l'autorité précédente à retenir qu'en réalité les vendeurs lui ont intentionnellement caché que la "surface habitable" n'était que de 121 m2.
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation; il n'y a arbitraire que lorsqu'il ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'il se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, il en tire des constatations insoutenables (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
3.4 On observera d'emblée qu'on voit mal que la cour cantonale ait sombré dans l'arbitraire en excluant toute dissimulation frauduleuse, le défaut allégué par la recourante - soit une "surface habitable" largement inférieure à 200 m2 - n'étant pas établi.
Il a en effet été retenu, en fait, que la courtière en immobilier au service des vendeurs a informé l'acheteuse que "la surface habitable était estimée à 200 m2" (arrêt entrepris consid. 4.1 p. 14). Après avoir effectué ses propres calculs, l'architecte mandaté par la recourante est parvenu de son côté à un total de 196,7 m2. Son estimation confirme ainsi, à quelques mètres carrés près (la faible différence n'étant ici pas déterminante), celle communiquée par les vendeurs. A cet égard, il n'importe que les calculs de l'architecte B._ aient été entrepris avant ou après la signature de la promesse de vente.
On voit donc mal comment on pourrait reprocher aux vendeurs d'avoir communiqué une information erronée à l'acheteuse et on ne distingue aucune appréciation arbitraire de la cour cantonale sur ce point.
A noter encore dans ce contexte que les juges cantonaux ont bien fait référence à la "surface habitable" de l'objet immobilier et c'est donc en vain que la recourante développe une argumentation en partant de la prémisse qu'ils auraient retenu, de façon inexacte, une "superficie" de 200 m2.
3.5 La recourante considère qu'il existe une confusion, savamment entretenue par les intimés, s'agissant de la notion de "surface habitable". Elle soutient que les vendeurs ont volontairement utilisé cette terminologie pour suggérer que le bâtiment litigieux avait une "surface habitable" de 200 m2 selon la définition de la législation genevoise réglementant les dispositions intérieures des constructions (cf. art. 77 de la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses [LCI/GE; L 5 05]). Or, en vertu de cette loi, il est exclu de tenir compte (entièrement) de la surface des combles qui n'atteignent pas, comme en l'espèce, une hauteur déterminée. Selon la recourante, il faut alors faire abstraction du volume des combles (premier étage) et conclure que la surface habitable réelle du bien immobilier n'était pas de 200 m2, mais de 121 m2 seulement.
La recourante n'a soulevé le grief tiré d'une application arbitraire de normes du droit cantonal qu'au stade de la réplique. Celle-ci ne permet cependant pas à la partie recourante de formuler pour la première fois un grief qu'elle aurait déjà pu présenter dans le délai de recours (ATF 125 I 71 consid. 1d/aa p. 77; 122 I 70 consid. 1c p. 74).
Fût-il recevable, le moyen serait de toute façon mal fondé. La recourante n'a jamais allégué que les vendeurs l'auraient trompée en lui affirmant que les 200 m2 visaient une surface calculée conformément à la législation genevoise précitée. Elle soutient simplement que l'usage de la notion de "surface habitable" par les vendeurs obligeait ceux-ci à se fonder sur la définition ancrée dans cette législation. D'emblée, on observe que le raisonnement adopté par la recourante tombe à faux. Il présuppose l'existence d'un objet immobilier en "zone villa" (art. 77 LCI/GE qui s'applique à la "cinquième zone", soit à la "zone villa" selon l'art. 19 al. 3 de la loi d'application genevoise de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire [L 1 30]), ce qu'indique d'ailleurs le rapport de l'architecte D._ (arrêt entrepris p. 8); or, il est établi (art. 105 al. 1 LTF) que l'objet immobilier litigieux se situe en zone agricole. Il n'y a donc pas lieu d'examiner plus avant le champ d'application de la loi cantonale invoquée. Force est ici de constater que lorsque les vendeurs ont estimé la "surface habitable", ils l'ont fait, à bon droit, sans tenir compte des modalités de calcul strictes contenues dans la LCI/GE. L'architecte de l'acheteuse a d'ailleurs implicitement confirmé le bien-fondé du procédé employé par les vendeurs puisqu'il ne l'a pas remis en question ; au contraire, au terme de ses calculs, il a retenu une surface quasiment identique à celle estimée par les vendeurs.
Il importe peu à ce sujet que l'architecte de la recourante, en retenant une surface de 196,7 m2, n'ait pas parlé de "surface habitable", mais de "surface brute de plancher" (sur la notion: art. 42 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire [RS 700.1]). Selon les constatations cantonales, non discutées par la recourante, celle-ci "connaissait l'existence des différents régimes juridiques applicables en matière de calcul de surface habitable avant de signer la promesse de vente" (arrêt entrepris consid. 4.1 p. 14); elle ne pouvait ainsi être induite en erreur, comme elle le suggère, par la terminologie utilisée de part et d'autre.
Quant à la critique visant les "grandes variations" observées entre les surfaces communiquées aux acheteurs dans les dossiers de vente, soit une surface au sol de 150 m2 et une "surface habitable" approximative de 200 m2, elle est dépourvue de toute consistance. Les deux indications ne visent pas le même objectif et ne sont, en soi, pas contradictoires.
La recourante n'est donc pas parvenue à démontrer qu'une "surface habitable" erronée lui aurait été communiquée par les vendeurs.
3.6 Le chiffre donné par les vendeurs ayant été confirmé par l'architecte de l'acheteuse, on ne saurait en tous les cas reprocher à la cour cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire en n'ordonnant pas d'expertise judiciaire sur ce point clairement établi, et en refusant d'entendre l'architecte D._. Le rapport rédigé par ce dernier est d'ailleurs contenu au dossier et la recourante ne fournit aucune explication permettant de comprendre en quoi son audition aurait été utile.
La recourante reproche également à l'autorité précédente d'avoir arbitrairement omis de prendre en compte la déclaration du témoin E._ qui avait pourtant indiqué que la villa disposait seulement de 189 m2 de "surface habitable". On voit mal en quoi ce témoignage accréditerait la thèse défendue par la recourante, selon laquelle la "surface habitable" ne serait en réalité que de 121 m2. Quoi qu'il en soit, l'architecte mandaté par la recourante ayant lui-même confirmé l'estimation faite par les vendeurs, on ne saurait en tout cas reprocher à la cour précédente d'avoir fait preuve d'arbitraire en ne tenant pas compte de la déclaration du témoin E._, étant encore précisé que l'on ignore le contexte dans lequel le chiffre de 189 m2 a été communiqué à ce témoin par les vendeurs.
3.7 Revenant sur les man?uvres frauduleuses dont elle aurait été victime, la recourante allègue qu'elle a "été littéralement mise sous pression par les [intimés] pour conclure la promesse de vente". Elle se réfère ici à une attitude prétendument adoptée par les intimés qui n'a pas été constatée par la cour cantonale et le Tribunal fédéral ne saurait en tenir compte (cf. supra consid. 1.3). Sur la base de l'état de fait dressé par les magistrats précédents, il apparaît d'ailleurs plutôt que les vendeurs ont laissé toute latitude à l'acheteuse d'entreprendre les contrôles qu'elle jugeait utiles avant que celle-ci ne leur fasse parvenir une offre d'achat. On relèvera en particulier que, lorsque la représentante des vendeurs a été informée que la recourante et son époux disposaient déjà de leur propre architecte, elle les a même encouragés à le faire venir dans la propriété litigieuse.
S'agissant enfin du reproche selon lequel les plans établis par F._, architecte des vendeurs, n'auraient volontairement pas été remis à la recourante, sa recevabilité est douteuse, l'argument reposant sur des faits non reproduits dans l'arrêt cantonal (cf. supra consid. 1.3). Même à admettre la recevabilité du moyen, celui-ci serait sans consistance. On ne voit en effet pas, sur la base de l'argumentation fournie par la recourante dans l'acte de recours lui-même (cf. arrêt 4A_565/2009 du 21 janvier 2010 consid. 2.3 publié in SJ 2010 I p. 492), en quoi le contenu des plans établis par F._ permettrait de démontrer que la surface de la maison était, ainsi que l'allègue la recourante, de 121,31 m2. Son propre architecte ayant par ailleurs confirmé l'estimation faite par les vendeurs, on voit au surplus mal comment la recourante aurait pu démontrer, par ce biais, un quelconque arbitraire dans l'appréciation de la cour cantonale.
3.8 La recourante n'ayant pas démontré que les vendeurs ont eu l'intention de dissimuler la "surface habitable" réelle de l'objet immobilier litigieux, toute discussion sur une éventuelle application de l'art. 199 CO est inutile.
Il résulte des considérations qui précèdent que l'existence même d'un défaut n'est pas acquise (cf. supra consid. 3.4). Le moyen tiré de la transgression de l'art. 200 al. 2 CO se révèle dès lors sans consistance.
4. Le recours doit être déclaré mal fondé dans la mesure où il est recevable.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 7'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 18 janvier 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget