Faits:
A. Le 31 octobre 2007, le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève a constaté l'aboutissement de l'initiative populaire intitulée "Stop aux loyers abusifs et à la pénurie de logements: 10 mesures urgentes" (ci-après: l'initiative ou IN 140). Signée par plus de 10000 personnes, cette initiative porte sur l'adjonction, dans la Constitution genevoise, d'un art. 10B dont la teneur est la suivante:
Art. 10B Mesures pour la construction de logements concrétisant le droit au logement (nouveau)
Aux fins de concrétiser les mesures énoncées à l'article 10A, alinéa 3, dans le cadre de la politique sociale du logement répondant aux besoins reconnus de la population, l'Etat prend, dans les limites fixées par le droit fédéral, les mesures constructives, financières et d'aménagement du territoire suivantes, appliquées prioritairement dans les zones de développement:
Lutte contre la spéculation et priorité à la construction de logements à bas loyers
a) Les terrains situés dans les zones de développement destinées au logement doivent être affectés à 80% au moins à des appartements locatifs, dont les loyers sont soumis à un contrôle de l'Etat, durant 20 ans au moins, fondé sur les coûts d'exploitation et d'entretien. Ces logements doivent répondre, par le nombre de leurs pièces, leur type et leurs loyers, à un besoin prépondérant d'intérêt général. En règle générale, ils doivent être accessibles aux familles et personnes dont le revenu net est inférieur à 70'000 F l'an.
Le 20% des logements restants peut être affecté à des appartements mis en vente qui doivent répondre, par la dimension et le nombre de leurs pièces (sept au maximum) leur type, et leur prix de vente, à un besoin prépondérant d'intérêt général.
b) Les bâtiments d'habitation réalisés dans les zones de développement font l'objet de plans financiers soumis au contrôle du Conseil d'Etat. Ces plans doivent comporter un prix des terrains à 650 F le m2 au maximum pour un taux d'utilisation du sol de 1,2 m2 de plancher pour 1 m2 de terrain. Ce prix peut être majoré proportionnellement si ce taux est augmenté. Les bâtiments situés sur ces terrains sont acquis à leur valeur vénale, en tenant compte de leur vétusté. Les locations sont soumises à un bail type adopté par le Conseil d'Etat, après avoir consulté les milieux des locataires et des milieux immobiliers.
Construction de logements sociaux d'utilité publique par des institutions sans but lucratif
c) Les logements locatifs mis en construction, en zones de développement, sont affectés à concurrence de 50% au moins à des logements d'utilité publique dont les loyers ne doivent pas dépasser 3'200 F la pièce l'an pour les logements bon marché et 4'200 F la pièce l'an pour les logements à loyers modérés. Ces logements bénéficient, si nécessaire, de l'aide financière de l'Etat. La loi fixe les conditions à remplir par les locataires de ces logements.
d) L'Etat prélève sur son budget et affecte chaque année un montant minimal de 75'000'000 F à un Fonds destiné à l'acquisition de parcelles immobilières, à des dotations de fonds propres ou à l'abaissement des charges immobilières aux fins de réaliser des logements d'utilité publique et de permettre dans la durée l'application des loyers fixés au paragraphe c) ainsi qu'au versement d'allocations de logement personnalisées. Les terrains ou immeubles acquis par l'argent de ce Fonds sont mis en droit de superficie à des institutions, répondant aux exigences du paragraphe e), par l'Etat ou une fondation publique affectée à cette tâche. Les responsables du Fonds et de la fondation publique doivent comprendre des représentants des associations de locataires d'importance cantonale. Ces biens immobiliers sont inaliénables, à moins qu'une loi d'aliénation ne soit soumise au peuple.
e) Pour bénéficier de l'aide de l'Etat au sens du paragraphe d), les logements d'utilité publique doivent être propriété de collectivités, établissements ou fondations de droit public ou d'institutions de droit privé sans but lucratif, telles que les coopératives d'habitation, qui acceptent que les loyers de ces logements soient soumis à un contrôle permanent des loyers, au sens du paragraphe a), pour assurer la pérennité de l'affectation sociale de ces logements au terme de la période de subventionnement.
Acquisition de terrains pour la construction de logements et octroi de droits de superficie
f) L'Etat et subsidiairement les communes bénéficient d'un droit de préemption qualifié sur tous les terrains situés en zones de développement. Il en est de même pour les terrains d'une surface non bâtie d'au moins 3'000 m2 situés en zone agricole qui sont susceptibles d'être déclassés pour la construction de logements locatifs d'utilité publique, conformément aux critères du plan directeur cantonal. Ce droit de préemption peut être exercé à la condition que ces terrains servent, dans le cadre de droits de superficie, à des logements dépendant de l'une ou de l'autre des institutions répondant aux exigences du paragraphe e). En cas de litige sur le prix d'achat notifié par le préempteur, celui-ci est fixé par l'autorité judiciaire compétente. La loi fixe les délais et les modalités d'exercice du droit de préemption.
g) Vu le manque de terrains à bâtir pour des logements bon marché répondant à la politique sociale du logement et afin de maintenir dans ce but le prix de ces terrains aussi bas que possible, des terrains situés en zone agricole peuvent être déclassés dans le respect du plan directeur cantonal. Ces terrains doivent en règle générale être affectés à des zones de développement, d'une surface de 3'000 m2 de terrain au moins, destinées à des appartements locatifs, dont 65% au moins d'utilité publique, sous réserve de locaux d'activités au rez-de-chaussée, ou à la réalisation d'équipements d'intérêt public. Pour éviter la spéculation, l'Etat est chargé de se porter acquéreur de ces terrains, dont l'aliénation est déclarée d'utilité publique, avant leur déclassement et de les mettre en droit de superficie à des institutions répondant aux exigences du paragraphe e). Les plans financiers doivent comporter un prix des terrains déclassés ne dépassant pas en principe 100 F le m2. Les bâtiments situés sur ces terrains sont acquis à leur valeur vénale, en tenant compte de leur vétusté.
Utilisation rationnelle des terrains et construction d'immeubles économiques à taille humaine
h) Vu la pénurie de terrains à bâtir dans le canton et dans le but de construire des logements économiques, y compris quant à leur entretien, et répondant à la sécurité contre le feu, les immeubles de logements, bâtis en zones de développement, comportent, sauf exception des zones villageoises ou en raison de conditions constructives particulières, un gabarit de 4 niveaux au minimum et de 8 niveaux au maximum, soit un gabarit pouvant atteindre 24 mètres à la corniche, avec un taux d'utilisation du sol de 1,2 au moins, appliqué de manière rationnelle et harmonieuse.
i) Les montants figurant dans le texte du présent article peuvent être adaptés tous les deux ans à l'indice genevois des prix à la consommation à compter du 1er janvier 2007.
Dispositions finales
Les dispositions de l'article 10B sont immédiatement applicables dès leur adoption par le peuple, y compris aux projets de construction dont l'autorisation n'est pas entrée en force. La part des actifs transférés au canton de Genève par la Banque Nationale Suisse, qui est affectée à la construction de logements en vertu de l'initiative populaire IN 133, s'ajoute au montant du paragraphe d) au cas où le peuple adopte ladite initiative.
Dans leur exposé des motifs, les initiants (parmi lesquels l'Association genevoise de défense des locataires - Asloca) rappelaient la gravité de la pénurie de logements à Genève et le problème de l'augmentation des loyers; estimant insuffisante la politique du Conseil d'Etat à cet égard, ils proposent dix mesures concrètes, ainsi résumées: 1° la priorité à la construction de logements locatifs (80% en zones de développement); 2° l'accessibilité des loyers à la majorité de la population; 3° le contrôle permanent des loyers pour les logements bénéficiant de l'aide de l'Etat; 4° le plafonnement des loyers pour 50% de ces logements; 5° une aide de l'Etat de 75 millions de fr. au moins pour la construction de logements à loyers modérés; 6° le versement de subventions aux seules institutions publiques sans but lucratif acceptant un contrôle permanent des loyers; 7° le maintien de la propriété de l'Etat sur les terrains servant au logement locatif; 8° l'acquisition par l'Etat, pour un prix maximum de 100 fr./m2, des terrains agricoles classés en zone de développement destinée au logement locatif; 9° l'institution d'un droit de préemption de l'Etat sur ces terrains, l'octroi de droits de superficie à des institutions sans but lucratif et la construction de 65% d'appartements à loyers modérés ou bon marché soumis au contrôle permanent; 10° une utilisation rationnelle des terrains avec un taux d'utilisation de 1,2 et une hauteur des bâtiments de 4 à 8 niveaux.
B. Dans son rapport du 6 février 2008 au Grand Conseil, le Conseil d'Etat estimait que l'initiative poursuivait deux buts distincts (lutte contre les loyers abusifs et contre la pénurie de logement) et mettait en oeuvre de nombreux moyens touchant certes au droit du logement, mais aussi à l'aménagement du territoire, au droit des constructions, au droit du bail et aux droits politiques notamment. Certaines de ces mesures n'avaient qu'un lien très indirect avec les buts de l'initiative. Le principe de l'unité de la matière n'était donc pas respecté. L'initiative manquait également de clarté, compte tenu de sa longueur et du nombre de propositions qu'elle renfermait. Elle était équivoque sur plusieurs points. Certaines mesures portaient atteinte à la garantie de la propriété (limitation du prix des terrains, droit de préemption de l'Etat sans procédure d'expropriation, contrôle des loyers sans contrepartie), ainsi qu'aux principes de la LAT (fixation de principes d'aménagement en dehors des instruments de planification) et de la LDFR. Une invalidation partielle ou une scission du texte n'étant pas possible, le Conseil d'Etat préconisait l'irrecevabilité totale de l'IN 140. L'accord passé le 1er décembre 2006 entre les partenaires économiques et sociaux, l'adoption de la nouvelle loi pour la construction de logements d'utilité publique (LUP) et d'un art. 4A dans la loi sur les zones de développement permettaient d'espérer une reprise de la construction de logements sociaux. L'initiative, qui mettrait un terme à cette "paix du logement", irait à l'encontre du but poursuivi.
Par décision du 22 mai 2008, suivant l'avis du Conseil d'Etat et de la Commission législative, le Grand Conseil genevois a considéré que l'IN 140 ne respectait pas le principe d'unité de la matière et violait le droit supérieur; il a refusé de scinder l'initiative ou de la déclarer partiellement invalide, et l'a déclarée irrecevable par 69 voix et 10 abstentions.
C. L'Asloca, ainsi que Carlo Sommaruga, Claire-Lise Buffo et Nils de Dardel, tous citoyens genevois, forment un recours en matière de droit public contre cette dernière décision, dont ils demandent l'annulation.
Le Grand Conseil conclut au rejet du recours. Un second échange d'écritures a eu lieu, au terme duquel les recourants ont conclu, subsidiairement, à une invalidation partielle de l'IN 140.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 82 let. c LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
1.1 Cette disposition reprend la règle de l'art. 85 let. a OJ et permet de recourir contre l'ensemble des actes affectant les droits politiques (message LTF, FF 2001 4118). Le recours en matière de droits politiques permet en particulier au citoyen de se plaindre de ce qu'une initiative populaire a été indûment soustraite au scrutin populaire, parce qu'elle a été déclarée totalement ou partiellement invalide par l'autorité cantonale chargée de cet examen (ATF 134 I 172 consid. 1).
1.2 La qualité pour recourir dans le domaine des droits politiques appartient à toute personne disposant du droit de vote dans l'affaire en cause (art. 89 al. 3 LTF), même si elle n'a aucun intérêt juridique personnel à l'annulation de l'acte attaqué (ATF 130 I 290 consid. 1 p. 292; 128 I 190 consid. 1 p. 192; 121 I 138 consid. 1 p. 139; 357 consid. 2a p. 360). La qualité pour agir des trois électeurs genevois est ainsi indiscutable. Elle peut aussi être reconnue à l'Asloca, en tant que personne morale qui a lancé l'initiative (ATF 130 I 290 consid. 1.3 p 292; 121 I 334 consid. 1a p. 337; 115 Ia 148 consid. 1b p. 153; 114 Ia 267 consid. 2b p. 270; 111 Ia 115 consid. 1a p. 116 s. et les arrêts cités).
2. Les recourants estiment que l'initiative respecte le principe d'unité de la matière. Selon eux, l'IN 140 poursuit un unique but - et non deux, comme l'a estimé le Conseil d'Etat -, soit une politique volontariste en matière de logement. Les différentes mesures proposées formeraient dans ce cadre un tout cohérent et indissociable, car il s'agirait de coordonner les moyens fonciers, financiers et constructifs. Une initiative non formulée - telle que celle qui a abouti à l'adoption de la LGL - se serait heurtée aux lenteurs et aux aléas des travaux parlementaires. Une norme sur le logement, concrétisant l'art. 10A Cst./GE (droit au logement) aurait sa place dans la constitution cantonale. Les recourants se réfèrent à l'initiative "L'énergie: notre affaire", qui portait sur une longue disposition constitutionnelle (art. 160B Cst./GE) proposant notamment une série de mesures en matière d'énergie, dont le Tribunal fédéral avait admis la conformité au principe d'unité de la matière (arrêt P.312 et 422/84 du 18 décembre 1984). Cette solution devrait s'appliquer a fortiori à l'IN 140, car celle-ci propose non pas un programme général, mais des normes précises et directement applicables, formant un tout cohérent dans un même but. La complexité et la longueur de la norme ne constitueraient pas un obstacle à sa validité. Les recourants estiment que la réforme des droits populaires de 1993, ayant conduit à l'adoption de l'art. 66 Cst./GE, favoriserait encore la validation des initiatives, s'agissant notamment de celles qui portent sur une révision partielle de la constitution. En réplique, les recourants mentionnent le cas de l'IN 120, pour lequel le Tribunal fédéral a admis un lien suffisant entre la construction de logements, la lutte contre la spéculation et la protection des locataires (ATF 130 I 185); ils s'attachent à démontrer la connexité entre les différentes mesures figurant à l'art. 10B de l'initiative.
2.1 L'exigence d'unité de la matière découle de la liberté de vote et, en particulier, du droit à la libre formation de l'opinion des citoyens et à l'expression fidèle et sûre de leur volonté (art. 34 al. 2 Cst.). Cette exigence interdit de mêler, dans un même objet soumis au peuple, plusieurs propositions de nature ou de but différents, qui forceraient ainsi le citoyen à une approbation ou à une opposition globales, alors qu'il pourrait n'être d'accord qu'avec une partie des propositions qui lui sont soumises (ATF 90 I 69 consid. 2c p. 74). Il doit ainsi exister, entre les diverses parties d'une initiative soumise au peuple, un rapport intrinsèque ainsi qu'une unité de but (ATF 129 I 366 consid. 2.3 p. 371; 128 I 190 consid. 3.2 p. 197; 125 I 227 consid. 3c p. 231; 123 I 63 consid. 4b p. 71 et les arrêts cités), c'est-à-dire un rapport de connexité qui fasse apparaître comme objectivement justifiée la réunion de plusieurs propositions en une seule question soumise au vote (ATF 112 Ia 391 consid. 3b p. 395; 104 Ia 215 consid. 2b p. 223-224 concernant le référendum financier). Ce principe est rappelé à l'art. 66 al. 2 Cst./GE, selon lequel il doit exister un "rapport intrinsèque" entre les diverses parties d'une initiative. Les recourants soutiennent que cette règle devrait être appliquée de manière plus souple, depuis la révision constitutionnelle dont le but était de favoriser les droits populaires. Toutefois, la notion de "rapport intrinsèque" est commune aux droits constitutionnels genevois et fédéral, et doit s'interpréter de la même manière: le principe d'unité de la matière est inhérent à la notion même d'initiative, celle-ci devant poser une question claire aux citoyens au moment du vote. Le critère déterminant est donc de savoir si, telle qu'elle est proposée, l'initiative permet aux citoyens d'exprimer librement leur véritable volonté (ATF 129 I 381 consid. 2.1 p. 384).
2.2 L'exigence d'unité de la matière est plus contraignante à l'égard d'une initiative portant sur une révision partielle que sur une révision totale de la constitution, soumise à une procédure propre (ATF 113 Ia 46 consid. 4a p. 52). Il y a lieu également de se montrer plus sévère pour une initiative rédigée de toutes pièces que pour une initiative non formulée: cette dernière contient une proposition générale qu'il appartiendra encore au législateur de concrétiser (ATF 123 I 63 consid. 4b p. 72 et les arrêts cités).
L'IN 140 porte sur une révision partielle de la constitution genevoise. Elle est rédigée de toutes pièces, ce qui justifie que l'on se montre particulièrement sévère au regard de l'exigence d'unité de la matière (ATF 129 I 381 consid. 2.2 p. 385).
2.3 L'unité de la matière est une notion relative qui doit être appréciée en fonction des circonstances concrètes (ATF 123 I 63 consid. 4 p. 70 ss). Une initiative se présentant comme un ensemble de propositions diverses, certes toutes orientées vers un même but, mais recouvrant des domaines aussi divers qu'une politique économique, une réforme fiscale, le développement de la formation, la réduction du temps de travail, la réinsertion des sans-emploi, etc., viole la règle de l'unité de la matière (ATF 123 I 63 consid. 5 p. 73/74). En revanche, une initiative populaire peut mettre en oeuvre des moyens variés, pour autant que ceux-ci sont rattachés sans artifice à l'idée centrale défendue par les initiants (ATF 125 I 227 consid. 3c p. 231). L'unité de la matière fait ainsi défaut lorsque l'initiative présente en réalité un programme politique général (ATF 123 I 63 consid. 5 p. 73/74), lorsqu'il n'y a pas de rapport suffisamment étroit entre les différentes propositions, ou encore lorsque celles-ci sont réunies de manière artificielle ou subjective (ATF 123 I 63 consid. 4d p. 73 et consid. 5 p. 73/74 ainsi que la doctrine citée).
2.4 Dans son arrêt du 26 mai 2006 (ATF 130 I 185), le Tribunal fédéral a rappelé la jurisprudence récente relative à l'unité de la matière, rendue notamment à propos de diverses initiatives populaires genevoises (consid. 3.2). Une initiative législative non formulée (IN 105) comprenant onze chapitres concernant l'encouragement de l'emploi, la lutte contre le chômage et la réforme de la fiscalité, ne respectait pas l'unité de la matière, faute d'un rapport étroit entre la multitude des propositions (ATF 123 I 63 consid. 5 p. 73/74). L'unité de la matière était en revanche respectée dans le cas de l'initiative genevoise IN 109, qui concernait la politique de paix et envisageait divers moyens comme la réduction des dépenses militaires, la prévention des conflits et le développement de moyens non militaires pour assurer la sécurité de la population (ATF 125 I 227 consid. 3 p. 230). L'invalidation de l'IN 119 intitulée "Pour une caisse-maladie publique à but social et la défense du service public", a été confirmée par le Tribunal fédéral (ATF 129 I 381): l'initiative comportait deux volets distincts soit, d'une part, la création d'un établissement cantonal d'assurance-maladie comportant des règles détaillées de gestion et, d'autre part, la soumission au référendum facultatif de toute décision relative à la privatisation ou au transfert des activités de l'Etat. L'ATF 130 I 185 se rapporte à l'IN 120 "Pour la sauvegarde et le renforcement des droits des locataires et des habitant-e-s de quartiers". Celle-ci visait l'adoption d'articles constitutionnels tendant d'une part à soumettre au référendum obligatoire toute modification des lois cantonales de protection des locataires, et d'autre part à intégrer dans la constitution toute une série de normes figurant jusqu'alors dans des lois, en modifiant certaines d'entre elles. L'initiative comportait une multiplicité de buts (construction de logements, lutte contre la spéculation immobilière, protection des locataires d'une part, protection de l'habitat et du cadre de vie dans les quartiers d'autre part) et de moyens (renforcement matériel des droits des locataires et élargissement des droits politiques). Les propositions étaient de nature trop différentes et relevaient de nombreuses lois. Cela ne satisfaisait pas au principe d'unité de la matière. Il s'agissait davantage d'une partie de programme politique que d'une proposition homogène faite aux citoyens (consid. 3).
2.5 A l'instar de l'IN 120, l'IN 140 frappe d'emblée par sa longueur. On peut certes admettre que l'initiative poursuit un but général unique, soit la concrétisation du droit au logement garanti à l'art. 10A Cst./GE. Le Tribunal fédéral l'avait déjà relevé en obiter dictum dans son arrêt relatif à l'IN 120 (ATF 130 I 185 consid. 3.4 p. 197). En revanche, les moyens mis en oeuvre, présentés de manière complexe et selon des formulations parfois obscures, ne présentent pas d'unité suffisante; il s'agit de la lutte contre la spéculation et de la priorité à la construction de logements à bas loyers (let. a et b), de la construction de logements sociaux d'utilité publique par des institutions sans but lucratif (let. c, d et e), de l'acquisition de terrains pour la construction de logements et de l'octroi de droits de superficie (let. f et g), de l'utilisation rationnelle des terrains et de la construction d'immeubles économiques à taille humaine. Dans le détail, ces diverses mesures peuvent être résumées comme suit:
- construction, en zones de développement, de 80% au moins d'appartements locatifs;
- limitation du prix des terrains à 650 fr. le m2;
- taux d'utilisation du sol (TUS), correspondant à ce prix, de 1,2;
- soumission de ces logements au contrôle de l'Etat durant 20 ans, indépendamment de toute contrepartie;
- accessibilité de ces logements aux familles et personnes dont le revenu net est inférieur à 70'000 fr.;
- établissement d'un contrat de bail type;
- les 20% d'appartements restants peuvent être vendus s'ils correspondent à un besoin prépondérant; le nombre de pièces est limité à sept;
- établissement, pour l'ensemble de ces immeubles, de plans financiers soumis au contrôle de l'Etat (art. 10B let. a et b);
- limitation des loyers annuels, pour 50% des logements locatifs précités, à 3200 fr. ou 4200 fr. la pièce;
- création d'un Fonds (composé notamment de représentants des locataires) doté de 75 millions de fr. par année, chargé d'acquérir des parcelles mises en droit de superficie et de verser des allocations de logement;
- inaliénabilité des fonds acquis, sauf adoption d'une loi spéciale;
- limitation de l'aide de l'Etat à des entités sans but lucratif acceptant un contrôle permanent des loyers (art. 10B let. c, d et e);
- droit de préemption de l'Etat et des communes sur tous les terrains en zone de développement;
- droit de préemption également sur les terrains de plus de 3000 m2 en zone agricole susceptibles d'être déclassés pour la construction de logements d'utilité publique;
- fixation du prix d'achat par l'autorité judiciaire, en cas de désaccord;
- possibilité de déclasser les terrains agricoles de plus de 3000 m2, conformément au plan directeur cantonal, pour la création de logements locatifs dont au moins 65% d'utilité publique;
- prix d'acquisition de ces terrains limités en principe à 100 fr. le m2 (art. 10B let. f et g);
- fixation du nombre de niveaux pour les bâtiments en zones de développement, en principe entre 4 et 8 niveaux; limitation de la hauteur à 24 m;
- fixation du TUS à 1,2 au minimum (art. 10A let. h et i);
- Affectation de la part des actifs de la BNS versés au canton de Genève (selon l'IN 133; cf. arrêt 1P.454/2006 du 22 mai 2007) au Fond précité, en plus du montant de 75 millions de fr.
Tout comme l'était IN 120, l'initiative IN 140 est hybride dans sa conception, puisqu'elle mélange des normes correspondant à la pratique actuelle en matière de logement social, avec des nouveautés telles qu'un contrôle élargi des loyers. Les recourants insistent sur l'unité de but que présenterait leur démarche, soit un renforcement de la politique sociale du logement. Le critère du but unique n'est toutefois pas déterminant du point de vue de l'unité de la matière: il ne suffit en effet pas que diverses propositions tendent vers un même objectif pour qu'elles aient entre elles un rapport intrinsèque étroit. Plus l'objectif est de nature générale, comme cela est le cas en l'espèce, plus l'éventail de mesures concourant à son accomplissement peut être large, et ces mesures être disparates et concerner des objets indépendants les uns des autres (ATF 123 I 63 consid. 5 p. 74). Lorsque les initiants entendent proposer un texte d'une telle envergure, ils doivent particulièrement veiller non seulement à ce que les moyens mis en oeuvre soient propres à atteindre le but recherché, mais aussi à ce que ces derniers ne s'écartent pas d'un fil conducteur aisément reconnaissable et présentent entre eux une véritable cohésion (ATF 130 I 185 consid. 3.6).
Sur ce point, l'IN 140 souffre des mêmes défauts que l'IN 120. Elle se présente comme un catalogue de mesures certes propres - pour la plupart - à parvenir au but recherché, mais touchant à des domaines aussi variés que l'aménagement du territoire (affectation des zones de développement, déclassement des terrains agricoles et fixation d'un indice d'utilisation du sol notamment), l'intervention accrue de l'Etat (dans le contrôle des loyers, la limitation du prix des terrains, la création d'un fond public et sa dotation en moyens financiers), l'élargissement du droit de préemption de l'Etat, des prescriptions sur le volume des bâtiments et le nombre de pièces, ainsi qu'une proposition sur l'affectation des ressources financières versées par la BNS. Les mesures préconisées relèvent ainsi de plusieurs lois cantonales distinctes (LDTR, LGL, droit cantonal de l'aménagement et des constructions notamment). Un tel foisonnement de propositions comporte inévitablement le risque que le citoyen, favorable par hypothèse au but poursuivi par l'initiative, s'oppose à l'une ou l'autre des mesures proposées. Rien ne permet par exemple d'affirmer qu'une personne en principe favorable à la construction de logements accessibles à la majorité de la population soit aussi acquise au déclassement des terrains agricoles ou aux divers modes d'intervention accrue de l'Etat, que prévoit l'initiative. Or, le principe de l'unité de la matière tend précisément à éviter de tels dilemmes, contraires à la liberté de choix qui doit prévaloir en matière de droits politiques (ATF 129 I 366 consid. 2.2 p. 370 et les références citées).
Force est dès lors d'admettre que l'initiative, sous le couvert d'un objectif unique, constitue en réalité un programme politique sectoriel, incompatible avec le principe d'unité de la matière.
3. La sanction d'une telle violation est en principe l'annulation, totale ou partielle, de l'initiative populaire.
3.1 Toutefois, le droit cantonal peut prévoir la scission de l'initiative en plusieurs parties, soumises à des votes distincts (ATF 129 I 381 consid. 4 p. 387; 123 I 63 consid. 4c p. 72; 81 I 192 consid. 6 p. 201). L'art. 66 al. 2 Cst./GE envisage la scission de l'initiative qui ne respecte pas l'unité de la matière, pour autant que ses différentes parties soient en elles-mêmes valides. Selon la jurisprudence, les auteurs d'une initiative qui ne respecte pas l'unité de la matière ne sauraient exiger une scission, permettant de sauver leur démarche à n'importe quelles conditions. La scission a ainsi été refusée pour une initiative genevoise comportant un grand nombre de propositions différentes s'apparentant au programme d'un parti politique; la démarche des initiants apparaissait comme abusive, et il n'était pas possible, pour des raisons pratiques et de clarté, de séparer les différents volets de l'initiative (ATF 123 I 63 consid. 6 p. 74).
3.2 Il en va de même en l'occurrence: les recourants se prévalent certes de l'art. 66 Cst./GE, mais ne précisent pas pour autant en quoi pourrait consister une éventuelle scission du texte de l'initiative. Or, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de décider d'un mode de scission admissible (ATF 130 I 185 consid. 4.4; 123 I 63 consid. 6c p. 76). A supposer d'ailleurs que l'on puisse scinder l'IN 140 en quatre ou cinq parties correspondant aux alinéas du texte constitutionnel, il n'est pas certain que l'unité de la matière serait respectée pour chacune d'entre elles.
4. L'invalidation totale décidée par le Grand Conseil est par conséquent conforme au droit constitutionnel, fédéral et cantonal. Il n'y a pas, cela étant, à examiner les autres arguments des recourants, relatifs à la clarté de l'initiative et au respect du droit supérieur. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants, qui succombent. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge des recourants. Il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants et au Grand Conseil du canton de Genève.
Lausanne, le 9 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz