Faits:
A.
A.a. Les époux A._, soit A.A._ et B.A._, nés en 1952 respectivement en 1953, sont domiciliés dans le canton de Genève, à Z._. B.A._ exerçait une activité lucrative indépendante en tant que maraîcher et producteur de gazon sous la raison individuelle C._sise à Z._; le but de cette entreprise individuelle est le commerce, la distribution, l'importation et l'exploitation de matières premières en relation avec le "paysagisme" et l'agriculture.
Les époux A._ exploitent, depuis le 28 octobre 1998, une société à responsabilité limitée, sise à Z._, dont ils détiennent chacun 19'000 fr. du capital social s'élevant au total à 40'000 fr. Cette société, dont la raison de commerce est D._ Sàrl (ci-après: la société), a le même but que C._.
B.A._ est propriétaire, entre autre biens immobiliers, de la parcelle no eee du registre foncier de la commune Z._ qu'il a reçue en donation de ses parents en avril 2008. Cette parcelle, d'une surface de 9'984 m2, est située en zone agricole et comprenait en 2007 un hangar, ainsi que des serres s'étendant sur 5'562 m2.
A.b. Dans leur déclaration fiscale 2007, les époux A._ n'ont plus fait état d'une d'activité lucrative indépendante mais uniquement d'une activité lucrative dépendante en tant que salariés de D._ Sàrl. Selon cette déclaration, leur revenu imposable s'élevait à 62'642 fr. pour les impôts cantonal et communal et à 77'759 fr. pour l'impôt fédéral direct; la fortune imposable se montait 342'767 fr. Le formulaire servant à déterminer le revenu et la fortune des professionnels de l'agriculture annexé à la déclaration indiquait, sous la rubrique "Amortissements sur immeubles agricoles (en propriété) ", dans la colonne "Constructions légères (hangars, ateliers, couverts, box et stabulation) ", un report de l'année précédente à la valeur au 1er janvier 2007 de 57'956 fr. et un "amortissement admis" de 2'897 fr.
Après que l'autorité de taxation eut demandé aux intéressés des renseignements complémentaires, ceux-ci ont informé le fisc qu'en date du 1er janvier 2007 B.A._ avait vendu, à leur valeur comptable, tous les actifs et les passifs de son exploitation à D._ Sàrl, dont il était devenu salarié, ne conservant en nom propre qu'un bâtiment qu'il mettait gratuitement à disposition de ladite société. Un document récapitulant tous les actifs et les passifs ayant fait l'objet de la vente à la valeur comptable était joint au courrier. Les actifs comportaient un poste intitulé "Serres" s'élevant à 7'688 fr.
A.c. Par bordereau du 19 août 2009 pour l'impôt fédéral direct 2007, l'autorité de taxation a fixé le revenu imposable à 543'500 fr. pour un impôt s'élevant à 58'001 fr. Le bordereau des impôts cantonaux et communaux montrait un revenu et une fortune imposables se montant à 529'802 fr. respectivement 392'300 fr. pour un impôt total de 148'062 fr. Pour les deux catégories d'impôts, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) avait notamment repris un montant de 492'043 fr. (valeur de transfert retenue de 550'000 fr. ./. valeur comptable de 57'957 fr.) au titre de bénéfice net, ce qui correspondait au bénéfice réalisé sur le transfert de la fortune commerciale à la fortune privée du bien immobilier diminué de 61'505 fr. de cotisations AVS calculées sur ce bénéfice; un montant de 35'211 fr. avait également été ajouté au revenu imposable au titre de rendement de la fortune immobilière (cet élément n'est plus en cause devant le Tribunal fédéral).
A.d. Par décision sur réclamation du 4 octobre 2010, l'Administration fiscale a partiellement modifié les décisions de taxation du 19 août 2009. Dans la mesure où l'ensemble des actifs de l'entreprise individuelle C._avait été transféré le 1er janvier 2007 à D._ Sàrl, le bien immobilier utilisé à titre professionnel devait être requalifié selon les principes de la prépondérance et les réserves latentes devaient être imposées. Compte tenu du fait que la parcelle en cause était assujettie au droit foncier rural, la taxation était cependant rectifiée: pouvaient être imposés au titre de bénéfice uniquement les amortissements cumulés admis fiscalement jusque-là, soit 91'177 fr. pour le terrain/verger et 30'353 fr. pour le hangar; dès lors le bénéfice imposable concernant ce transfert dans la fortune privée était ramené de 492'043 fr. à 121'530 fr. Le montant des cotisations AVS était adapté en conséquence. Le revenu imposable était fixé à 219'300 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 205'439 fr. pour les impôts cantonaux et communaux.
Le 11 octobre 2010, l'Administration fiscale a transmis aux époux A._ le détails des amortissements retenus relatifs au verger et au hangar pour les années 1992 à 2006.
B.
Par jugement du 23 mars 2012, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a admis le recours des époux A._ tant pour l'impôt fédéral direct que les impôts cantonaux et communaux 2007. Les amortissements du terrain/verger se montant à 91'177 fr. (seuls contestés) comprenaient les amortissements des années 1992 à 2006; or, B.A._ n'avait reçu cette parcelle en donation de ses parents qu'en 2008; c'était donc à tort que les 91'177 fr. avaient été ajoutés au bénéfice imposable. En outre, ledit tribunal a pris acte du fait que les intéressés "admettent l'imposition de l'amortissement sur le hangar en 30'353 fr.".
C.
La Cour de Justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) a partiellement admis le recours de l'Administration fiscale par arrêt du 6 février 2013; elle a annulé le jugement du 23 mars 2012 en tant qu'il retenait que la nouvelle taxation ne devait pas inclure le montant de 91'177 fr. pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux et communaux 2007 et l'a confirmé pour le surplus. La parcelle eee sur laquelle étaient construites les serres (improprement qualifiées de terrain/verger par les autorités précédentes) et le hangar, n'était devenue la propriété du recourant qu'en 2008. Cependant, les comptes 2007 de D._ Sàrl et le document inventoriant les actifs qui lui avaient été cédés par C._comportaient un poste intitulé "Serres" avec des amortissements correspondant dans le compte de résultat 2007; au surplus, il n'était pas contesté que B.A._ utilisait ces serres avant 2008 dans le cadre de son entreprise agricole; c'était dès lors à bon droit que le fisc avait considéré ces éléments comme appartenant à la fortune commerciale de l'intéressé. Par ailleurs, "il y avait bien eu transfert de la fortune commerciale à la fortune privée dans la mesure où les actifs considérés - serres et hangars - ont été acquis par un sujet de droit fiscal indépendant, soit la société, qui salarie désormais le contribuable". La reprise des 91'177 fr. était ainsi justifiée.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ et B.A._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler "la reprise des amortissements à hauteur de 91'177 fr. et de 30'353 fr. dans la détermination du revenu imposable 2007".
L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. La Cour de Justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
A.A._ et B.A._ se sont encore exprimés par écriture du 24 septembre 2013.
Considérant en droit:
1.
1.1. Dans les cas où l'autorité cantonale rend une seule décision valant pour l'impôt fédéral direct et pour les impôts cantonal et communal, car la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé, le recourant doit pouvoir attaquer cette décision dans un seul recours (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Il faut cependant qu'il ressorte de la motivation du recours que celui-ci s'en prend tant à l'impôt fédéral direct qu'aux impôts cantonal et communal, pour que ces deux catégories d'impôts soient revues par le Tribunal fédéral (ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263).
En l'espèce, dans leurs conclusions, les recourants s'en prennent à la détermination du "revenu imposable", sans préciser s'il s'agit du revenu imposable pour l'impôt fédéral direct et/ou pour les impôts cantonal et communal. Ils mentionnent toutefois, à une reprise, dans leur argumentation les deux impôts et citent des dispositions de droit fédéral et de droit cantonal. Partant, on peut considérer qu'ils s'en prennent tant à l'impôt fédéral direct qu'aux impôts cantonal et communal.
1.2. Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt fédéral direct (2C_240/2013) et l'autre les impôts cantonal et communal (2C_239/2013). Comme l'état de fait et la question juridique posée sont identiques, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
1.3. L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF) qui concerne le revenu imposable pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2007. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF.
L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. S'agissant des impôts cantonal et communal, la détermination du produit provenant de l'activité lucrative indépendante (art. 8 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]) étant une matière harmonisée au titre 2 de ladite loi, la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 188).
1.4. Pour le surplus, le recours, interjeté par les contribuables destinataires de l'arrêt attaqué (art. 89 al. 1 LTF), remplit les conditions des art. 42 et 82 ss LTF et est, en principe, recevable.
2. Le Tribunal fédéral ne peut statuer au-delà de l'arrêt attaqué, qui définit l'objet du litige qui peut être porté devant lui (cf. ATF 136 II 457 consid. 4.2 p. 462; 136 II 165 consid. 5 p. 174; arrêt 2C_176/2012 du 18 octobre 2012 consid. 3.3, non publié in ATF 138 II 536).
En l'occurrence, l'arrêt attaqué se prononce sur la reprise de l'amortissement relatif aux serres d'un montant de 91'177 fr., dont la Cour de Justice a estimé qu'il était imposable, ainsi que sur une somme de 35'211 fr. dont il a été considéré qu'elle ne constituait pas un rendement de la fortune immobilière et qui n'est plus remis en cause devant le tribunal de céans. Dans leurs conclusions, les recourants demandent (cf. art. 107 al. 1 LTF) au Tribunal fédéral d'annuler la reprise des amortissements relatifs aux serres de 91'177 fr. et au hangar de 30'353 fr. Or, non seulement l'autorité précédente ne s'est pas penchée sur ce second point (cf. supra partie "Faits" let. C) mais, de plus, les contribuables ont expressément admis, dans leur recours du 3 novembre 2010 devant le Tribunal administratif de première instance, le bien-fondé de cette reprise de 30'353 fr., ce que d'ailleurs le jugement de ce tribunal mentionne (cf. supra partie "Faits" let. B in fine). Ils ne peuvent donc plus le contester devant la Cour de céans.
En conclusion, seule sera examinée par le Tribunal fédéral la reprise des amortissements relatifs aux serres de 91'177 fr., à l'exclusion de la reprise de 30'353 fr., celle-ci ne faisant plus partie de l'objet du litige.
3.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF), en particulier en contrevenant à l'interdiction de l'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 447 consid. 2.1 p. 450). Le recourant doit expliquer de manière circonstanciée (ATF 136 II 101 consid. 3, p. 105), dans une argumentation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 138 I 171 consid. 1.4 p. 176), en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées (art. 97 al. 1 LTF), faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 II 101 consid. 3 p. 104; voir aussi arrêt 4A_326/2007 du 29 novembre 2007, consid. 4.1).
La violation du droit au sens de l'art. 95 LTF peut consister en un état de fait incomplet, car l'autorité précédente viole le droit matériel en n'établissant pas tous les faits pertinents pour l'application de celui-ci (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). En présence d'un état de fait manifestement inexact ou lacunaire, le Tribunal fédéral peut compléter ou rectifier d'office l'état de fait (cf. art. 105 al. 2 LTF). Toutefois, comme il est un juge du droit et non du fait, le complètement ou la rectification des faits n'intervient que si le fait peut être déduit sans aucun doute possible des pièces du dossier. S'il apparaît qu'il faut compléter l'administration des preuves, l'affaire devra être renvoyée à l'autorité précédente ou à l'autorité de première instance, conformément à l'art. 107 al. 2 LTF (cf. ATF 133 IV 293 consid. 3.4.2 p. 295 s.; arrêt 2C_800/2012 du 6 mars 2013 consid. 2.2).
4.
Dans la partieen fait de leur mémoire, les recourants soulignent que la Cour de Justice "a établi certains faits de façon incomplète, voire erronée". Puis, ils mentionnent toute une série de points sur lesquels les constatations de l'arrêt attaqué devraient, selon eux, être corrigées et/ou complétées.
Les recourants se contentent ainsi de présenter leur propre version des faits sans expliquer en quoi celle de l'arrêt attaqué aurait été établie de façon manifestement inexacte ou en violation du droit. Une telle façon de procéder ne répond pas aux exigences de motivation en la matière (cf. consid. 3). Partant, les critiques appellatoires des recourants sont irrecevables.
5.
Selon les recourants, la Cour de Justice a violé les règles sur le fardeau de la preuve. Ils estiment que le fisc n'a pas prouvé que les serres faisaient partie de leur fortune commerciale et qu'ils avaient procédé à des amortissements sur celles-ci. En retenant à tort que tel était le cas et que les recourants n'avaient pas démontré le contraire, la Cour de Justice aurait renversé le fardeau de la preuve.
5.1. En matière fiscale, il appartient à l'autorité d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 en matière de TVA; 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266). Quand des indices clairs et précis rendent vraisemblable l'état de fait établi par l'autorité, il revient ensuite au contribuable de réfuter, preuves à l'appui, les faits avancés par celle-ci (RDAF 2011 II 142, 2C_484/2009 consid. 3.3). La procédure de taxation est ainsi caractérisée par la collaboration réciproque de l'autorité fiscale et du contribuable (cf. arrêt 2C_111/2012 du 25 juillet 2012 consid. 4.4). Savoir si un fait est ou non prouvé relève des faits, alors que la répartition du fardeau de la preuve est une question de droit (cf. ATF 130 III 321 consid. 5 p. 327).
5.2. Il ressort de l'arrêt attaqué que le document inventoriant les actifs qui avaient été vendus par C._ à D._ Sàrl le 1er janvier 2007 mentionnait des serres valant 7'688 fr. De plus, le bilan au 31 décembre 2007 de D._ Sàrl comportait un poste d'actif intitulé "Serres" atteignant 6'151 fr. et le compte de profits et pertes de la même année comprenait un amortissement y relatif d'un montant de 1'537 fr. La Cour de Justice a en outre relevé qu'il n'était pas contesté que le recourant bénéficiait de l'usage de ces serres dans le cadre de l'exploitation de son entreprise agricole, tout en précisant que la parcelle sur laquelle elles étaient érigées avait appartenu aux parents de l'intéressé, retraités, jusqu'en 2008. S'ils contestaient ces faits, il appartenait effectivement aux recourants de démontrer qu'ils n'étaient corrects. Ainsi, en mettant la contre-preuve à charge des recourants, l'autorité précédente n'a pas violé les règles sur la répartition du fardeau de la preuve.
Compte tenu de ces éléments, ladite cour a considéré que les serres faisaient partie, avant la cessation de leur activité lucrative indépendante, de la fortune commerciale des recourants, ce que ceux-ci contestent. Déterminer si, sur la base des faits constatés, un bien fait partie de la fortune commerciale ou privée du contribuable constitue une question de droit, question que le Tribunal fédéral revoit librement.
5.3. Les recourants contestent le montant des amortissements, arrêtés à 91'177 fr. par l'autorité de taxation; ils prétendent que le tableau des amortissements d'un total de 91'177 fr. établi par le fisc n'a aucune force probante. Avec cet argument, ils se plaignent non pas du renversement du fardeau de la preuve mais d'une appréciation arbitraire des preuves, caractère arbitraire qu'ils doivent démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 3). Or, les intéressés se contentent de déclarer que, si la parcelle en cause, reçue en 2008 des parents de B.A._, comporte bien des serres, "cela ne signifie pas pour autant que les contribuables aient procédé pendant les années précédentes à des amortissements en déduction du revenu de leur activité lucrative". Une telle argumentation est appellatoire et ne répond pas aux exigences susmentionnées. Dès lors, le grief est irrecevable.
I. Impôt fédéral direct
6.
6.1. L'art. 18 al. 1 LIFD prévoit:
"1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2 Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; ...
2 Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; ...
... 4 Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement."
Selon l'art. 19 al. 1 let. b LIFD, les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu notamment en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale.
6.2. Le présent cas est extrêmement confus. Cela est dû à différents facteurs dont le complexe de faits à imposer (avec le mélange du patrimoine des recourants et de celui des parents de l'époux), la qualification du bien en cause qui est tantôt appelé verger, tantôt terrain ou serres et le manque de collaboration des intéressés avec le fisc. Les termes utilisés prêtent également à confusion: sont en effet évoqués divers biens mobiliers (le hangar, le bâtiment, les serres, etc.) et immobiliers sans rigueur dans l'usage des noms les désignant si bien que lorsque l'on parle, par exemple, de "l'immeuble", on ne sait pas exactement à quel bien il est fait référence, ce qui rend l'affaire peu compréhensible.
Il y a lieu de mentionner ici que les recourants sont malvenus de se plaindre du fait que le fisc a d'abord qualifié le bien litigieux de verger pour ensuite seulement déclarer qu'il s'agissait de serres. Ils oublient en effet à cet égard leur devoir de collaboration et obligation de renseigner (art. 123 al. 1 LIFD) qui portent sur les faits importants qui créent un droit au paiement d'une somme d'argent dans le cadre d'un acte juridique ou qui sont nécessaires à la qualification fiscale d'un état de fait (circulaire no 19 de l'Administration fédérale des contributions du 7 mars 1995 sur l'obligation de renseigner, d'attester et d'informer dans la LIFD). Ainsi, plutôt que de se contenter de prétendre, comme ils l'ont fait au cours de la procédure, n'avoir jamais détenu de verger, ils devaient informer le fisc que la parcelle en question ne comprenait pas un verger mais des serres.
6.3. Ceci dit, les faits établis sont les suivants: les recourants ont cessé l'exploitation de l'entreprise individuelle C._le 1er janvier 2007; ils ont alors transféré cette exploitation à la société dont ils détiennent les parts et dont B.A._ est devenu salarié. Celui-ci a cependant gardé un hangar situé sur la parcelle n° eee.
Est en cause un autre bien, qui a été qualifié de verger, de terrain, puis de serres. Ce bien faisait partie de la fortune commerciale des recourants. L'état de fait de l'arrêt attaqué ne permet cependant pas de comprendre ce qu'il en est advenu à la cessation de l'activité lucrative indépendante des intéressés. Deux hypothèses sont à considérer:
- le bien est passé dans la fortune privée des recourants. Ce passage représente alors une réalisation et les éventuelles réserves latentes constituées sur cet actif doivent être imposées; la parcelle n° eee étant soumise à la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (RS 211.412.11), l'art. 18 al. 4 LIFD s'applique. C'est à ce titre que l'autorité de taxation a repris le montant de 91'177 fr. qu'elle a ajouté au revenu imposable.
- le bien a été transféré avec les autres actifs et passifs à la société. Il s'agit, dans ce cas, du transfert d'une exploitation ou d'une partie de celle-ci de la raison individuelle à la société et, si les conditions attachées à ce type de restructuration (cf. circulaire no 5 de l'Administration fédérale des contributions du 1er juin 2004 sur les restructurations; Xavier Oberson/Pierre-Marie Glauser, in Yersin/ Noël, éd., Commentaire de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, nos 16 ss ad art. 19 LIFD p. 272) sont remplies, les réserves latentes échappent à l'imposition en vertu de l'art. 19 LIFD. Dès lors, le transfert des serres de la raison individuelle à la société se ferait en neutralité fiscale.
Le raisonnement des juges précédents qui consiste à dire que l'actif en question a été acquis par un sujet de droit fiscal indépendant, soit la société, et qu'en conséquence il y a bien eu transfert de la fortune commerciale à la fortune privée n'est pas correct. S'il y a eu transfert dans la société, il s'agit de la deuxième hypothèse évoquée ci-dessus et d'une application potentielle de l'art. 19 LIFD. Ce n'est cependant pas le cas de figure évoqué par l'autorité de taxation.
C omme susmentionné, les faits ne sont pas clairs. Le Tribunal fédéral ne dispose pas des éléments permettant d'examiner si l'actif en cause a été transféré dans la fortune privée du recourant ou dans la société, il ne peut dès lors pas appliquer le droit fédéral. Il convient par conséquent de renvoyer le cas à la Cour de Justice (art. 107 al. 2 LTF) afin qu'elle détermine la situation exacte devant être imposée et qu'elle statue à nouveau en se prononçant en fonction de l'une ou l'autre des hypothèses évoquées ci-dessus.
II. Impôts cantonal et communal
6.4. La présente cause a trait à la période fiscale 2007. L'art. 72 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP; RS/GE D 3 08), entrée en vigueur le 1er janvier 2010 (art. 71 LIPP), prévoit que les impôts relatifs aux périodes fiscales antérieures à 2010 demeurent régis par les dispositions de l'ancien droit. S'applique, dès lors, au présent litige la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques, Impôt sur le revenu (revenu imposable) (aLIPP-IV).
Selon les art. 8 al. 1 LHID et 3 al. 2 et 5 aLIPP-IV, les bénéfices en capital provenant du transfert dans la fortune privée d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante; les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont pris en compte que de façon restreinte. La neutralité fiscale en cas de transfert de l'exploitation d'une entreprise individuelle à une personne morale assujettie en Suisse est prévue aux art. 8 al. 3 let. b LHID et 4 al. 1 let. a aLIPP-IV. Ces dispositions correspondent à celles mentionnées ci-dessus de la loi sur l'impôt fédéral direct. Partant, les considérations développées pour cet impôt s'appliquent mutatis mutandis à l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2007.
Il y a donc aussi lieu d'admettre le recours en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal et de renvoyer la cause à la Cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
7.
Compte tenu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt du 6 février 2013 de la Cour de justice annulé tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal. La cause est renvoyée à cette autorité pour instruction complémentaire des faits et nouvelle décision dans le sens des considérants (art. 107 al. 2 LTF).
Les frais judiciaires doivent être mis à la charge du canton de Genève, qui succombe et qui défend un intérêt patrimonial (art. 66 al. 1 et 4 in fine LTF; cf. ATF 136 I 39 consid. 8.1.3 p. 40 s.). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 LTF) aux recourants, la confusion qui règne dans la présente affaire étant largement imputable à leur manque de collaboration envers le fisc durant la procédure.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2C_239/2013 et 2C_240/2013 sont jointes.
2.
Le recours en matière de droit public est admis dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours en matière de droit public est admis dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
L'arrêt rendu le 6 février 2013 par la Cour de Justice de la République et canton de Genève est annulé et la cause lui est renvoyée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.
6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 27 mai 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Jolidon