Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Im Rahmen eines Strafverfahrens wurde ein Beschluss nicht nur dem Anzeigeerstatter und der Staatanwaltschaft, sondern aufgrund eines Versehens auch noch einer juristischen Person mitgeteilt, die von der Anzeige betroffen war. Diese Zustellung wurde durch die Beschwerdeführerin bei der Vorinstanz beanstandet. Die Vorinstanz nahm die Eingabe als Aufsichtsbeschwerde entgegen und trat im angefochtenen Entscheid darauf nicht ein. Dagegen wendet sich die Beschwerdeführerin mit Beschwerde ans Bundesgericht. Darin wird indessen nicht dargelegt, was am angefochtenen Entscheid gegen das schweizerische Recht im Sinne von Art. 95 BGG verstossen könnte. Die Beschwerde genügt folglich den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Behindertengleichstellungsgesetz hat mit dem vorliegenden Fall nichts zu tun. Folglich geht der entsprechende Hinweis der Beschwerdeführerin an der Sache vorbei.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn