Faits :
A.
Par jugement du 3 mars 2006, le Tribunal de Zagreb (Croatie) a prononcé le divorce des époux C.X._ (1970) et B.X._ (1964) et dit que les trois enfants du couple continueraient à vivre avec leur mère.
A.a. Après le divorce, la mère et les enfants se sont installés à Z._ (France), tandis que le père est resté domicilié à Y._.
A.b. Par ordonnance de référé du 19 avril 2013, le Juge aux affaires familiales du Tribunal de Grande Instance de M._ (France) (ci-après : Juge aux affaires familiales) a ordonné le transfert sans délai de la résidence du benjamin des enfants des époux, A.X._, né en 2000, au domicile de son père à Y._, ainsi que l'inscription de l'enfant à l'école dans cette ville et a réservé un droit de visite à la mère.
Le mineur A.X._ vit chez son père, à Y._, depuis le 19 avril 2013 et y est scolarisé.
La mère a appelé de cette ordonnance par devant la Cour d'appel de N._, concluant à ce que la résidence de l'enfant soit fixée chez elle et à ce que l'autorité parentale lui soit attribuée à titre exclusif.
Dans le cadre de cette procédure, l'expert mandaté par la justice a conclu, dans un rapport du 31 octobre 2013, qu'il " semble vain, même si rien ne s'y oppose, d'obliger A.X._ à revenir chez sa mère " et a estimé qu'il est incontournable que l'enfant voie régulièrement ses deux parents.
B.
Parallèlement, par acte du 30 avril 2013, le père a saisi le Tribunal de première instance de Genève d'une demande en modification du jugement de divorce, assortie d'une requête de mesures superprovisionnelles et provisionnelles, concluant notamment à ce que l'autorité parentale et la garde du benjamin des enfants lui soient confiées.
Par ordonnance du 1 er mai 2013, la requête de mesures superprovisionnelles du père a été rejetée.
Un curateur de représentation a été désigné à l'enfant.
B.a. Par jugement du 29 juillet 2013, le tribunal de première instance, statuant sur une exception de litispendance soulevée par la mère, a débouté celle-ci de sa conclusion.
Dans un rapport du 9 décembre 2013, le Service de protection des mineurs (ci-après : SPMi) a préconisé le maintien de l'autorité parentale conjointe et l'attribution de la garde sur A.X._ au père, et a exposé que la relation entre cet enfant et sa mère devait être restaurée progressivement, en présence d'un tiers.
B.b. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 24 février 2014, le tribunal de première instance a rejeté l'exception d'incompétence à raison du lieu formée par la mère et, statuant sur les mesures provisionnelles requises par le père, a modifié le jugement de divorce du 3 mars 2006 en ce sens que la garde de l'enfant A.X._ est attribuée au père, un droit de visite s'exerçant à raison d'une demi-journée par quinzaine, sur territoire genevois, en présence d'une personne de confiance, est réservé à la mère, une curatelle de surveillance et d'organisation des relations personnelles est instaurée et la contribution d'entretien en faveur de l'enfant A.X._ est supprimée.
Le 10 mars 2014, la mère a formé appel contre cette ordonnance de mesures provisionnelles, concluant à son annulation.
B.c. Statuant par arrêt du 14 mars 2014 sur l'appel de la mère contre le jugement du 29 juillet 2013 rejetant son exception de litispendance, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a notamment déclaré irrecevables les conclusions prises à titre de mesures provisionnelles par le père dans sa requête du 30 avril 2013 concernant les droits parentaux sur l'enfant A.X._, au motif de l'existence d'une litispendance en France.
B.d. Le 7 avril 2014, la mère a requis l'octroi de l'effet suspensif à son appel du 10 mars 2014, exposant que l'arrêt de la Cour de justice du 14 mars 2014 annulait toute décision provisionnelle relative aux droits parentaux sur l'enfant A.X._.
Par courrier du même jour, le père s'est opposé à cette requête et a affirmé qu'il entendait interjeter un recours au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 14 mars 2014.
La curatrice de l'enfant a relevé que la mère ne pouvait pas se prévaloir d'un préjudice difficilement réparable, dès lors qu'elle avait attendu un mois avant de requérir l'effet suspensif et que les relations personnelles avec l'enfant étaient de facto suspendues depuis près d'un an.
Par lettre du 16 avril 2014, la mère a répliqué, contestant que l'octroi de l'effet suspensif serait de nature à causer un préjudice ou à mettre en danger l'enfant, l'arrêt de la Cour de justice du 14 mars 2014 étant exécutoire, l'ordonnance de mesures provisionnelles ne déployant ainsi aucun effet.
B.e. La Présidente de la Chambre civile de la Cour de justice a, par décision incidente du 16 avril 2014, rejeté la requête de la mère tendant à la suspension de l'effet exécutoire attaché à l'ordonnance de mesures provisionnelles rendue le 24 février 2014 par le tribunal de première instance.
C.
Par acte du 19 mai 2014, C.X._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et, principalement, à sa réforme en ce sens que la suspension de l'effet exécutoire attaché à l'ordonnance rendue le 24 février 2014 par le Tribunal de première instance est prononcée, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité précédente. De manière implicite, elle a requis que l'effet suspensif à son recours soit accordé.
Invités à se déterminer sur la requête d'effet suspensif, l'enfant et le père ont conclu au refus de la restitution de l'effet suspensif, exposant que l'exécution des mesures ordonnées par l'ordonnance du 24 février 2014 devait être assurée. L'autorité précédente ne s'est pas prononcée.
D.
Par ordonnance du 12 juin 2014, le Président de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a octroyé l'effet suspensif au recours.
Des réponses au fond n'ont pas été requises.
Considérant en droit :
1.
1.1. La décision querellée, qui refuse de suspendre l'exécution d'une ordonnance de mesures provisionnelles relative aux droits parentaux et à la contribution d'entretien d'un enfant mineur, contre laquelle un appel a été formé, constitue une décision incidente en matière civile (art. 72 al. 1 LTF; ATF 137 III 475 consid. 1 p. 476 avec les références). Hormis les décisions mentionnées à l'art. 92 al. 1 LTF, une décision préjudicielle ou incidente peut être entreprise immédiatement que si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF; ATF 134 II 124 consid. 1.3). En l'occurrence, l'arrêt entrepris est susceptible de causer à la recourante un dommage irréparable, puisque la garde et le droit de visite sont arrêtés pour la durée de la procédure; même si la mère obtient finalement gain de cause au fond, aucune réparation ne sera possible pour la période écoulée (ATF 137 III 475 consid. 1 p. 477 et les références).
L'autorité cantonale n'a pas statué sur recours mais en qualité d'instance cantonale unique sur l'effet suspensif requis dans le cadre d'une procédure d'appel; le recours en matière civile est cependant admissible en vertu de l'art. 75 al. 2 LTF (ATF 138 III 41 consid. 1.1 p. 42; 137 III 424 consid. 2.2 p. 426 s.).
1.2. Le recours contre une décision incidente est soumis à la même voie de droit que celle qui est ouverte contre la décision principale (arrêts 5A_300/2014 du 21 mai 2014 consid. 1.1; 5A_108/2014 du 12 mai 2014 consid. 1.1). La cause pour laquelle l'effet suspensif est requis se rapporte en l'espèce à une procédure de mesures provisionnelles portant sur les droits parentaux sur un enfant mineur et sur la contribution due à l'entretien de cet enfant, contestée en appel. Le litige est ainsi de nature non pécuniaire dans son ensemble (arrêts 5A_146/2014 du 19 juin 2014 consid. 1.1; 5A_556/2013 du 7 octobre 2013 consid. 1.1; 5A_13/2013 du 11 février 2013 consid. 1). Le recours a en outre été interjeté dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, par une partie qui a succombé dans ses conclusions en instance cantonale, de sorte qu'il est en principe recevable.
2.
La décision refusant l'effet suspensif est une décision de mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (ATF 137 III 475 consid. 2 p. 477 et les références), de sorte que seule la violation de droits constitutionnels peut être invoquée. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés ("principe d'allégation", art. 106 al. 2 LTF), à savoir s'ils ont été expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). Le recourant qui se plaint de la violation de droits fondamentaux ne peut donc se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer ses allégations par une argumentation précise (ATF 134 II 349 consid. 3 p. 351 s.; 133 II 396 consid. 3.2 p. 400; arrêt 5A_99/2011 du 22 septembre 2011 consid. 2.1). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 133 III 589 consid. 2 p. 592 et les arrêts cités).
3.
Le présent recours a pour objet le refus de l'effet suspensif à l'appel formé par la mère contre l'ordonnance de mesures provisionnelles du 24 février 2014 du tribunal de première instance.
La Présidente de la Chambre civile de la Cour de justice a constaté que l'ordonnance querellée, en accordant la garde de l'enfant A.X._ au père, a suivi la décision de référé du juge français et ratifié une situation de fait, de sorte que l'effet suspensif se heurterait au principe du maintien, pendant la procédure d'appel, du statu quo dans l'intérêt de l'enfant. S'agissant du droit de visite, la Présidente a admis que l'ordonnance querellée modifie la situation existante, puisque l'enfant n'a plus de contacts réguliers avec sa mère. La juge cantonale a toutefois retenu que l'absence prolongée de contacts entre l'enfant et la mère pouvait être préjudiciable au bon développement de celui-ci, alors que l'importance d'une relation suivie entre eux a été soulignée par l'expert français et le SPMi et que si l'effet suspensif était accordé les conditions du droit de visite prévues par la décision de référé seraient à nouveau applicables (tous les week-end impairs de chaque mois), alors que l'ordonnance querellée prévoit une reprise progressive des relations personnelles, dans des conditions destinées à rassurer l'enfant. Afin de ne pas introduire, pendant la procédure d'appel, de modifications importantes dans les relations personnelles entre la mère et le benjamin des enfants, la Présidente a refusé d'octroyer l'effet suspensif à l'appel à cet égard. La juge cantonale a relevé que ce refus impliquait de ne pas retarder la mise en place de la mesure de surveillance et d'organisation des relations personnelles. Concernant la suppression de la contribution d'entretien versée par le père, la Présidente a constaté que la mère n'avait pas motivé sa requête et qu'il n'apparaissait pas que celle-ci risquait de subir un dommage difficilement réparable si l'effet suspensif n'était pas accordé sur ce point. La Présidente a encore relevé qu'il existait " un certain imbroglio juridique " entre les procédures pendantes en France et en Suisse - concernant l'existence de la litispendance relative au sort de l'enfant mineur - soulevant certaines questions d'ordre procédural qu'il n'y avait pas lieu de trancher dans le contexte de l'octroi ou du refus de l'effet suspensif et qu'il n'apparaissait pas d'ores et déjà résolues, motivant également le maintien du statu quo pendant la procédure d'appel.
4.
En application de l'art. 105 al. 2 LTF, la recourante entend faire procéder au complétement de l'état de fait, jugeant celui contenu dans la décision querellée trop concis. Elle allègue ainsi plusieurs faits qu'elle considère comme essentiels dans le cadre de la pesée des intérêts qui doit intervenir. Ainsi, elle sollicite que les faits soient complétés sur les aspects suivants : ses capacités éducatives n'ont pas été remises en cause, l'enfant A.X._ n'a aucune envie suicidaire, le droit de visite qui lui a été octroyé par la décision de référé du 19 avril 2013 ne prévoit aucune mesure d'accompagnement, les experts ont préconisé que l'enfant mineur reprenne au plus vite des contacts avec sa mère, sans précision quant aux modalités du droit aux relations personnelles, et enfin, la Cour d'appel de N._ a rendu une décision en date du 6 mai 2014, dans laquelle les juges français ont reconnu leur compétence et ont confirmé l'ordonnance de référé du 19 avril 2013. La recourante précise, concernant cette dernière constatation, qu'il s'agit certes d'un fait nouveau, mais qu'il doit être retenu, dès lors qu'il résulte de la décision attaquée.
4.1. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de fait ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF).
Les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF; ATF 135 I 221 consid. 5.2.4 p. 229; 133 IV 342 consid. 2.1 p. 344), de même que les faits et pièces postérieurs à l'arrêt entrepris (ATF 133 IV 342 consid. 2.1 p. 343 s.; arrêt 5A_640/2011 du 4 janvier 2012 consid. 1.4).
4.2. En l'occurrence, en tant que la recourante requiert qu'il soit retenu que diverses pièces du dossier attestent de ses bonnes capacités éducatives, elle ne démontre pas, et il n'apparaît pas manifestement que ce fait a une incidence sur l'issue du litige relatif à l'octroi de l'effet suspensif, de sorte que cette allégation - non pertinente dans ce contexte - est irrecevable (art. 97 al. 1 in fine LTF; cf. supra consid. 4.1). S'agissant du contenu de la décision de référé du 19 avril 2013, il a effectivement été constaté que le droit de visite octroyé à la mère n'était accompagné d'aucune mesure de surveillance, de sorte que l'état de fait ne saurait pas non plus être modifié sur ce point. Il en va de même de la constatation selon laquelle les experts ont préconisé, sans autre précision, que l'enfant mineur reprenne au plus vite des contacts avec sa mère, cet élément figurant déjà dans l'arrêt querellé ( cf. supra consid. 3), ce que la recourante reconnaît au demeurant elle-même dans son recours. S'agissant enfin des allégations relatives à l'arrêt du 6 mai 2014 de la Cour d'appel de N._, ces faits nouveaux sont d'emblée irrecevables, sans égard au fait qu'il résulte de la décision incidente attaquée qu'un appel était pendant contre l'ordonnance de référé, dès lors que ces faits sont postérieurs à la décision entreprise rendue le 16 avril 2014 (art. 99 al. 1 LTF; cf. supra consid. 4.1).
5.
La recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), en raison de l'absence de motivation de la décision entreprise relativement à l'affirmation qu'il existerait un " imbroglio juridique " de questions d'ordre procédural dont la réponse ne " saute pas aux yeux ". La recourante soutient que la motivation de l'arrêt entrepris est "extrêmement vague ", l'empêchant de comprendre les véritables motifs de la décision et de les contester, violant ainsi l'obligation de motivation incombant à l'autorité, alors que l'arrêt rendu par la Cour de justice le 14 mars 2014 "est parfaitement clair et tranche les questions juridiques évoquées sans ambiguïté ".
5.1. Le droit d'être entendu est un grief de nature formelle. Sa violation conduit à l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond.
La jurisprudence a déduit de la garantie constitutionnelle de l'art. 29 al. 2 Cst., le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse en saisir la portée, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 s. et les arrêts cités). Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision (ATF 136 I 229 consid. 5.2 p. 236; 136 V 351 consid. 4.2 p. 355).
5.2. En l'espèce, il résulte de l'arrêt entrepris que c'est uniquement dans une motivation subsidiaire que la magistrate a retenu qu'il existait un " certain imbroglio juridique " soulevant des questions dont la réponse n'est pas évidente. Or, la motivation principale quant au besoin de ne pas introduire de modifications importantes s'agissant en particulier des conditions du droit de visite, ne fait pas l'objet de la présente critique de la violation du droit d'être entendu. Le moyen soulevé à l'encontre de la motivation subsidiaire justifiant le refus de l'effet suspensif ne saurait ainsi avoir une quelconque influence sur la solution du litige; il n'y a donc pas lieu de l'examiner (ATF 133 III 221 consid. 7 p. 228; arrêt 5D_112/2007 du 11 février 2008 consid. 3.3). Quoi qu'il en soit, la Présidente de l'autorité cantonale ne s'est pas limitée à invoquer un " imbroglio juridique " comme le présente la recourante, mais a expliqué que les questions relatives à la litispendance et à la compétence des autorités, au regard des conventions internationales, ne devaient pas être tranchée dans le contexte de l'octroi ou du refus de l'effet suspensif (c f. supra consid. 3), en sorte que l'on comprend clairement de cette motivation subsidiaire que le rejet de la requête d'effet suspensif est également motivé par la nécessité de maintenir le statu quo. Autant que le grief de violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) n'est pas irrecevable, il est donc mal fondé.
6.
La recourante formule deux reproches d'arbitraire (art. 9 Cst.) concernant l'appréciation des preuves.
Elle critique d'une part le refus de la Présidente de l'autorité précédente de prendre en compte " sa propre décision rendue le 14 mars 2014", en justifiant ce refus sans aucun motif objectif, mais en se référant à des " notions vagues ". Elle soutient que l'arrêt entrepris devait tenir compte de cette décision; à défaut, il est arbitraire (art. 9 Cst.). La recourante ajoute que le refus de l'effet suspensif implique que l'ordonnance de référé reste applicable, de sorte que cela lui cause un dommage, dans la mesure où la juridiction qui statuera sur le fond aura " inévitablement tendance à confirmer la décision " rendue sur mesures provisionnelles.
La recourante reproche d'autre part à la Présidente de la Cour de justice d'avoir arbitrairement (art. 9 Cst.) pesé les intérêts en cause en l'espèce. Elle estime que la Présidente n'avait pas besoin de statuer en ce qui concerne la garde de l'enfant, vu l'ordonnance de référé du 19 avril 2013 attribuant déjà la garde de l'enfant au père, mais rappelle qu'en laissant exécuter l'ordonnance de mesures provisionnelles lui retirant la garde, cela influencerait les juges du fond. Quant au droit de visite, elle expose que les modalités prévues dans l'ordonnance de mesures provisionnelles sont réduites par rapport à celles fixées dans l'ordonnance de référé du 19 avril 2013 et que la Présidente devait examiner s'il existait des motifs objectifs pour réduire ce droit de visite, tout en soulignant que l'expert avait conclu à la nécessité pour l'enfant de voir régulièrement ses deux parents et en rappelant qu'elle vit avec l'un des enfants des parties, sans que cela ne pose de problème, partant que l'enfant ne serait pas en danger auprès d'elle. La recourante se plaint en outre de l'appréciation de la Présidente selon laquelle l'octroi de l'effet suspensif pendant la procédure d'appel introduirait des modifications importantes des relations entre l'enfant et sa mère. Elle considère que l'inverse se produit en refusant l'effet suspensif, car les modalités du droit de visite sont réduites dans l'ordonnance de mesures provisionnelles, lui causant un lourd dommage.
6.1. Dans le domaine de l'appréciation des preuves et de la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière au juge du fait (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si l'autorité cantonale n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.).
6.2. Concernant la prise en considération de la décision du 14 mars 2014, il est inexact que l'arrêt entrepris en fasse abstraction. Il ressort des faits que cette décision de la Cour de justice a été rendue, mais également que le père entendait former recours contre cette décision. Il apparaît donc que la Présidente n'a écarté aucun élément sans motif, dès lors qu'elle a relevé que les questions tranchées dans l'arrêt du 14 mars 2014 n'étaient pas définitivement résolues.
S'agissant de la critique générale relative à la pesée des intérêts, il convient de relever que la Présidente, saisie d'une requête d'effet suspensif d'une décision de mesures provisionnelles contestée en appel, n'avait pas à examiner le bien-fondé de l'ordonnance de mesures provisionnelles, en particulier en tant que cette décision confirme le droit de garde et réduit le droit de visite de la mère. La recourante s'en prend ainsi au fond de la décision et non au refus de l'effet suspensif attaché à son appel, singulièrement aux conséquences de ce refus, en sorte que sa critique de la pesée des intérêts n'est en grande partie dépourvue de pertinence. Par ailleurs, la Présidente a considéré le besoin de maintenir les choses en l'état durant la procédure d'appel, constatant que l'octroi de l'effet suspensif se heurterait au principe du statu quo. Il ressort de la motivation de la décision attaquée que les modalités du droit de visite prévues dans l'ordonnance de mesures provisionnelles opèrent certes une modification de la situation existante, dès lors que l'adolescent n'a plus de contacts réguliers avec sa mère, mais que si les conditions du droit de visite prévues par l'ordonnance de référé devaient à nouveau être applicables, cela modifierait encore plus significativement la situation existante, alors qu'une reprise progressive des relations personnelles et dans des conditions destinées à rassurer l'adolescent sont dans l'intérêt de celui-ci ( cf. supra consid. 3). Il apparaît donc que la recourante omet de tenir compte de la situation actuelle de facto dans son raisonnement et se limite à comparer les modalités prévues dans les deux ordonnances de manière abstraite, tout en reprochant à la magistrate de ne pas tenir compte de la situation concrète. On ne décèle en conséquence aucun arbitraire dans l'argumentation cantonale sus-exposée.
La critique relative à la violation de l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves et la pesée des intérêts doit en définitive être rejetée.
7.
La recourante fait grief à l'autorité précédente d'avoir versé dans l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application du droit, précisément des art. 13 CLaH96, 315 al. 5 CPC et 103 LTF. Elle expose que dans le jugement du 14 mars 2014, la Cour de justice a correctement appliqué l'art. 13 CLaH96 en déclarant irrecevables les conclusions prises par le père sur mesures provisionnelles, mais que la Présidente de cette même autorité fait preuve d'arbitraire (art. 9 Cst.) en refusant d'accorder l'effet suspensif à l'ordonnance de mesures provisionnelles prononcée par un juge incompétent en vertu de l'art. 13 CLaH96, partant, en permettant à cette ordonnance de produire des effets. Elle soutient également que le refus de l'effet suspensif a pour conséquence une application arbitraire (art. 9 Cst.) du principe de la force exécutoire d'une décision rendue par l'autorité cantonale en matière de mesures provisionnelles (art. 315 al. 5 CPC et 103 al. 1 LTF). La recourante affirme que le refus de l'effet suspensif par l'autorité précédente contourne la décision du 14 mars 2014 et la force exécutoire qui s'y rattache, avec pour conséquence de modifier la garde de l'enfant et de réduire de manière drastique son droit de visite.
7.1. De jurisprudence constante, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas qu'une autre décision paraisse concevable, voire préférable; pour que la décision soit censurée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 139 III 334 consid. 3.2.5 p. 339; 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.; 137 I 1 consid. 2.4 p. 5).
7.1.1. L'art. 13 CLaH96 prévoit que les autorités d'un État contractant qui sont compétentes selon les art. 5 à 10 pour prendre des mesures de protection de l'enfant doivent s'abstenir de statuer si, lors de l'introduction de la procédure, des mesures correspondantes ont été demandées aux autorités d'un autre État contractant alors compétentes en vertu des art. 5 à 10 et sont encore en cours d'examen. Selon l'art. 5 CLaH96, les autorités de l'État contractant de la résidence habituelle de l'enfant sont compétentes pour prendre des mesures tendant à la protection de sa personne ou de ses biens (al. 1), et, en cas de changement de la résidence habituelle de l'enfant dans un autre État, les autorités de l'État de la nouvelle résidence habituelle sont en principe compétentes (al. 2). Le principe de la perpetuatio fori ne s'applique pas (arrêts 5A_146/2014 du 19 juin 2014 consid. 3.1.1; 5A_622/2010 du 27 juin 2011 consid. 3 et les références citées). Il s'ensuit que l'art. 13 CLaH96, s'applique uniquement lorsque le transfert de résidence habituelle a lieu en cours d'instance.
7.1.2. L'appel n'a en principe pas d'effet suspensif lorsqu'il a pour objet des décisions portant sur des mesures provisionnelles (art. 315 al. 4 let. b CPC). À teneur de l'art. 315 al. 5 CPC, l'exécution des mesures provisionnelles peut exceptionnellement être suspendue si la partie concernée risque de subir un préjudice difficilement réparable. Saisie d'une demande d'effet suspensif, l'autorité de recours doit faire preuve de retenue et ne modifier la décision de première instance que dans des cas exceptionnels; elle dispose cependant d'un large pouvoir d'appréciation permettant de tenir compte des circonstances concrètes du cas d'espèce (ATF 138 III 565 consid. 4.3.1; 137 III 475 consid. 4.1 et les références).
Selon la jurisprudence rendue en matière de procédures de mesures protectrices ou de mesures provisionnelles, les principes suivants sont applicables: lorsqu'en vertu de la décision de première instance, l'enfant demeure chez le parent qui prenait principalement soin de lui avant l'introduction de la procédure, l'instance d'appel doit rejeter la requête d'effet suspensif du parent sollicitant un changement de garde, sous réserve de motifs sérieux (ATF 138 III 565 consid. 4.3.2; arrêt 5A_780/2012 du 8 novembre 2012 consid. 3.3.2).
7.2. En l'espèce, le grief tiré de l'art. 103 LTF est d'emblée mal fondé car, de toute évidence, la disposition invoquée ressort de la procédure fédérale et n'est pas applicable devant les autorités cantonales. La réglementation relative à l'effet suspensif en instance d'appel est régi par l'art. 315 CPC. A cet égard, la recourante se méprend en tant qu'elle soutient que le refus de l'effet suspensif modifie la garde de l'enfant et son droit aux relations personnelles. En effet, tant l'ordonnance de mesures provisionnelles du 14 mars 2014 que l'ordonnance de référé du 19 avril 2013 attribuent la garde de l'enfant au père, sous réserve d'un droit de visite de la mère, de sorte que la décision dont la suspension est requise ne fait que confirmer l'ordonnance précédente et la situation existante. Il s'ensuit, au regard de la jurisprudence ( cf. supra consid. 7.1.2), que ni le raisonnement de la Présidente, ni le résultat auquel aboutit sa décision n'est arbitraire. De surcroît, la décision cantonale de maintenir le régime de la garde et du droit de visite sur l'enfant ordonné par mesures provisionnelles en Suisse et prévalant depuis l'ordonnance de référé du 19 avril 2013 rendue en France, n'est pas insoutenable, la Présidente ne pouvant pas conclure sans autre au défaut de chances de succès du recours au Tribunal fédéral interjeté par le père s'agissant de la compétence des autorités genevoises pour statuer à titre provisionnel, vu les art. 5 et 13 CLaH96 ( cf. supra consid. 7.1.1). Ainsi, la Présidente de la Cour de justice n'a violé ni les règles sur la compétence internationale des autorités (art. 13 CLaH96), ni le principe de la force exécutoire (art. 315 al. 5 CPC). Autant qu'il est recevable, le grief d'application arbitraire (art. 9 Cst.) du droit fédéral et international doit donc être rejeté.
8.
Vu ce qui précède, le recours en matière civile doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, aux frais de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Les intimés n'ayant pas été invités à déposer d'observations, ils n'ont pas droit à l'allocation de dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière civile est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 9 octobre 2014
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin