Sachverhalt:
A. Am 7. April 2011 reichte X._ bei der Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich eine Strafanzeige bzw. einen Strafantrag ein gegen Rechtsanwalt Dr. Y._, Z._ sowie Unbekannt wegen Veruntreuung, evtl. unrechtmässiger Aneignung, evtl. ungetreuer Geschäftsbesorgung.
Am 20. April 2012 nahm die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren nicht an die Hand.
Am 6. November 2012 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerde von X._ gegen diese Nichtanhandnahmeverfügung ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Beschluss des Obergerichts sowie die Nichtanhandnahmeverfügung der Staatsanwaltschaft aufzuheben, die Staatsanwaltschaft und das Obergericht anzuweisen, eine Strafuntersuchung gegen Y._ und Z._ zu eröffnen, sie durch eine bisher nicht in die Voruntersuchung involvierte Person durchführen zu lassen und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, die Strafuntersuchung beförderlich zu eröffnen und innert angemessener, gerichtlich festzulegender Frist die involvierten Personen einzuvernehmen und die weiteren Untersuchungshandlungen durchzuführen. Eventuell sei die Sache nach der Erhebung der erforderlichen Beweise durch das Bundesgericht ans Obergericht zurückzuweisen, welches in neuer Besetzung einen neuen Entscheid zu erlassen habe.
C. Das Obergericht verzichtet auf eine Vernehmlassung in der Sache und stellt klar, in welcher Besetzung es den angefochtenen Beschluss fällte. Die Staatsanwaltschaft und Y._ verzichten auf Vernehmlassung.
In seiner Replik beharrt X._ darauf, dass sein Recht auf ordentliche Besetzung des Obergerichts verletzt worden sei.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid bestätigt, dass das vom Beschwerdeführer angestrebte Strafverfahren nicht an die Hand genommen wird. Er schliesst damit das Verfahren ab. Es handelt sich um den Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG). Als Strafantragsteller war der Beschwerdeführer am kantonalen Verfahren als Privatkläger beteiligt (Art. 118 Abs. 1 und 2 StPO), und der angefochtene Entscheid könnte sich auf allfällige Zivilansprüche auswirken; er ist damit zur Beschwerde befugt (Art. 81 Abs. 1 lit. a und lit. b Ziff. 5 BGG).
1.2 Anfechtbar ist allerdings nur das Urteil des Obergerichts. Auf den Antrag, die Nichtanhandnahmeverfügung der Staatsanwaltschaft aufzuheben, ist dementsprechend nicht einzutreten. Immerhin gilt sie aufgrund des sogenannten Devolutiveffekts als mitangefochten (BGE 134 II 142 E. 1.4; Urteil 1B_473/2012 vom 12. September 2012 E. 1.2).
1.3 Die Begründung der Beschwerde muss in der Rechtsschrift selber enthalten sein (Art. 42 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 396 E. 3.1). Unbeachtlich bleiben damit Vorbringen, die durch Verweise auf frühere Rechtsschriften begründet werden (Beschwerdeschrift Ziff. 15 S. 8). Dies betrifft etwa die Anträge 2 und 3, wonach die Untersuchung durch einen bisher nicht mit der Sache befassten Staatsanwalt und innerhalb eines vom Gericht festzusetzenden Zeitrahmens geführt werden soll.
1.4 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines von Art. 30 Abs. 1 BV garantierten Anspruchs auf ein "durch Gesetz geschaffenes, zuständiges, unabhängiges und unparteiisches Gericht". Das Obergericht habe den angefochtenen Beschluss, entgegen der Feststellung in der Prozessgeschichte (S. 3 2. Absatz), wonach er wegen Ferienabwesenheit einer Richterin nicht in der angekündigten Besetzung ergehe, in ordentlicher Besetzung gefasst.
Das Obergericht hat diese Unstimmigkeit in der Vernehmlassung geklärt. Danach ging der Gerichtsschreiber davon aus, dass am Beschluss wegen Ferienabwesenheit eines Kammermitglieds eine Ersatzrichterin mitwirke. Der vom Gerichtsschreiber verfasste Urteilsentwurf sei in Zirkulation gegangen, habe keine Zustimmung gefunden und sei zur Überarbeitung zurückgewiesen worden. Als er den Antrag erneut in die Zirkulation geschickt habe, sei die Ersatzrichterin nicht mehr zur Verfügung gestanden, weshalb der Beschluss in der regulären, den Parteien ursprünglich angekündigten Besetzung ergangen sei. Versehentlich sei dann in der Prozessgeschichte der beanstandete Satz, wonach der Beschluss nicht in der angekündigten Besetzung ergehe, nicht gestrichen worden.
Damit sind die Fragen um die Besetzung des Obergerichts geklärt. Es hat das Verfahren unter Mitwirkung einer Ersatzrichterin in Angriff genommen und diese, nachdem sie vor dessen Abschluss aus ihrer Funktion ausschied, durch ein ordentliches Kammermitglied ersetzt. Damit erweisen sich die Spekulationen und Mutmassungen, die der Beschwerdeführer in Bezug auf die (wechselnde) Besetzung des Obergerichts anstellte, als unbegründet. Es ist weder ersichtlich noch dargetan, inwiefern es mit dem erwähnten Wechsel der Besetzung gegen Art. 30 Abs. 1 BV verstossen haben sollte.
3. 3.1 Nach der Sachverhaltsdarstellung in der Strafanzeige (Rz. 8 ff. S. 4 ff.) haben der Beschwerdeführer und der Beschwerdegegner 2 durch gemeinsame Transport- und Handelsgeschäfte ein beträchtliches Vermögen erwirtschaftet, welches sie über verschiedene Gesellschaften, darunter die A._ AG mit Sitz in Zug, verwalteten. An der A._ AG seien sie ab dem 9. Juni 2000 zu je 50 % wirtschaftlich berechtigt gewesen. Die A._ AG sei zunächst von Rechtsanwalt B._ aus Zürich und ab September 2003 durch den Beschwerdegegner 1 verwaltet worden. Der Beschwerdeführer macht geltend, seit der Beschwerdegegner 1 die Aktien für ihn und den Beschwerdegegner 2 halte, habe er sich geweigert, ihm über die Gesellschaft Auskünfte zu erteilen, die ihm zustehenden Aktien herauszugeben und der Weisung nachzukommen, für ihn Kopien von allen Gesellschaftsakten anzufertigen. Es bestehe daher der Verdacht, dass sich der Beschwerdegegner 1 der qualifizierten Veruntreuung, eventuell der unrechtmässigen Aneignung oder der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig gemacht habe. Beim Beschwerdegegner 2 bestehe insbesondere der Verdacht der Mittäterschaft mit dem bzw. der Anstiftung des Beschwerdegegners 1. Bereits im Februar/März 2000 habe die A._ AG mit der ebenfalls je zur Hälfte dem Beschwerdeführer und dem Beschwerdegegner 2 gehörenden C._ International S.A., Panama, einen Treuhandvertrag abgeschlossen, wonach die A._ AG zahlreiche Vermögenswerte und Beteiligungen der C._ S.A. treuhänderisch verwalte. Die C._ S.A. ihrerseits werde bis heute von Rechtsanwalt B._ verwaltet. Nach unzähligen Korrespondenzen habe sich der Beschwerdegegner 1 mit Fax vom 28. September 2010 plötzlich auf das Protokoll einer Unterredung vom 16. Mai 2008 zwischen dem Beschwerdeführer einerseits und dem Beschwerdegegner 2 und einem Herrn D._ anderseits berufen, aus welchem hervorgehe, dass "sämtliche Firmen" dem Beschwerdegegner 2 gehörten. Der Beschwerdegegner 1 habe sich bisher geweigert, seinen Anwälten das Original oder auch nur eine Kopie dieses Dokuments auszuhändigen. Im Rahmen einer Besprechung am 19. November 2010 habe er zwar eine Kopie des Dokuments vorgelegt, sie aber wieder an sich genommen. Aus der Lektüre des Dokuments durch die Anwälte des Beschwerdeführers habe sich ergeben, dass dieser das Dokument, das nicht die A._ AG betroffen habe, nicht unterzeichnet habe. Sein Vorschlag, das Dokument durch das Forensische Institut der Stadt- und Kantonspolizei Zürich auf seine Echtheit überprüfen zu lassen, sei abgelehnt worden.
3.2 Die Staatsanwaltschaft ist in ihrer Nichtanhandnahmeverfügung vom 20. April 2012 nach Prüfung der vom Beschwerdeführer angebotenen und auf Aufforderung nachgereichten Beweismittel in tatsächlicher Hinsicht zum Schluss gekommen (S. 5), 2003 seien der Beschwerdeführer und der Beschwerdegegner 2 je zur Hälfte Eigentümer der vom Beschwerdegegner 1 verwalteten A._ AG und der von Rechtsanwalt B._ verwalteten C._ S.A. gewesen. Seither hätten die beiden Geschäftspartner die Teilung ihrer Aktiven angestrebt, was in Bezug auf die Barmittel offenbar gelungen sei. In Bezug auf die übrigen Aktiven schwele dagegen eine Auseinandersetzung zwischen den Gesellschaftern, was die Verwalter der A._ AG und der C._ S.A. zur Einnahme einer vorsichtigen Haltung bewogen habe. So sei Rechtsanwalt B._ 2007 nur bereit gewesen, zu einer Änderung des Treuhandvertrags zwischen der A._ AG und der C._ S.A. Hand zu bieten, nachdem ihm das Anwaltsbüro des Beschwerdegegners 1 zugesichert hatte, die Auswirkungen auf die Bilanz der C._ S.A. seien sehr gering und ihm einen "Letter of Indemnity" abgegeben hätte. Der Beschwerdegegner 1 habe sich seinerseits anfangs 2007 geweigert, 50 % des Aktienpaketes der A._ AG dem damaligen Vertreter des Beschwerdeführers auszuhändigen.
Unbestritten sei, dass sich der Beschwerdeführer und der Beschwerdegegner 2 zwecks Besprechung der "Angelegenheit" am 16. Mai 2008 in Taschkent getroffen hätten, wobei als Ergebnis die Feststellung resultierte, die Parteien seien auseinandergesetzt. Diese offenbar schriftlich festgehaltene Feststellung sei vom Beschwerdeführer unterschrieben worden. Er mache zwar geltend, unter Druck gesetzt worden zu sein, wobei er allerdings nicht darlege, durch welche Druckmittel er in seiner Entscheidungsfreiheit beeinträchtigt worden sei, sondern lediglich behaupte, an der Besprechung habe eine Person mit Beziehungen zu kriminellen Strukturen teilgenommen. Dagegen räume er ein, dass der Beschwerdegegner 2 seiner Verpflichtung aus diesem Dokument, der Zahlung von USD 714'000, nachgekommen sei.
4. 4.1 In rechtlicher Hinsicht kommt die Staatsanwaltschaft zum Schluss (Nichtanhandnahmeverfügung S. 6), der Beschwerdeführer nehme sinngemäss daran Anstoss, dass er die 2003 angefangene Teilung im Innenverhältnis des gemeinsam mit dem Beschwerdegegner 2 erwirtschafteten Vermögens nicht nach seinen Vorstellungen durchsetzen könne und dass er aufgrund der am 16. Mai 2008 in Taschkent getroffenen Vereinbarung nur USD 714'000 erhalten habe. Von dieser behaupte der Beschwerdeführer zwar, er sei zu ihrer Unterzeichnung gezwungen worden und habe nie eine Ausfertigung erhalten. Das ihm am 19. November 2010 im Zuge einer Besprechung der Parteienvertreter mündlich zur Kenntnis gebrachte Dokument stimme nicht mit dem von ihm unterzeichneten überein, wobei der Beschwerdeführer aber nicht dargelegt habe, worin die behauptete inhaltliche Differenz bestehe. Nicht plausibel erscheine, dass der Beschwerdeführer in dieser Situation den Vorschlag des Beschwerdegegners 1, er solle ein Zivilgericht anrufen, um die Echtheit des Dokuments prüfen zu lassen, abgelehnt und stattdessen zum Mittel der Strafanzeige gegriffen habe.
Es gebe auch nicht ansatzweise Anhaltspunkte dafür, dass die Beschuldigten Vermögenswerte des Beschwerdeführers in strafrechtlich relevanter Weise im eigenen Interesse verwendet hätten. Der Beschwerdeführer und der Beschwerdegegner 2 versuchten seit Jahren, die gemeinsamen Vermögenswerte im Innenverhältnis zu teilen; das Vorhaben sei offenbar teilweise gelungen, teilweise habe es die Züge einer Auseinandersetzung angenommen und sei in der Verhandlungsphase stecken geblieben. Bei dieser Ausgangslage entspreche es der allgemeinen Lebenserfahrung, dass sich die Parteien und ihre Vertreter mit der Herausgabe von Vermögenswerten und Urkunden an ihre Gegner sehr zurückhielten, um diesen nicht ungewollt Vorteile zu verschaffen, den Weisungen ihrer Auftraggeber zuwider zu handeln und selbst in zivilrechtliche Auseinandersetzungen verwickelt zu werden. Es bestehe daher kein Anfangsverdacht, der die Eröffnung einer Strafuntersuchung rechtfertigen könnte.
Diese eher allgemein gehaltene Begründung der Staatsanwaltschaft überzeugt insofern nicht vollends, als sich der Vorwurf an den Beschwerdegegner 1 keineswegs darauf beschränkt, er habe sich geweigert, dem Beschwerdeführer Aktien der A._ AG herauszugeben, weil unklar gewesen sei, ob der Beschwerdeführer überhaupt einen Herausgabeanspruch gehabt habe. Vielmehr wirft ihm der Beschwerdeführer vor, er habe sein Aktienpaket, das er für ihn treuhänderisch verwahrt habe, ohne seine Zustimmung dem Beschwerdeführer 2 weitergegeben. Es ist nicht von vornherein auszuschliessen, dass ein solches Verhalten den Tatbestand der Veruntreuung erfüllen könnte (unten E. 4.2).
4.2 Das Obergericht hat im angefochtenen Entscheid im Einzelnen geprüft, ob sich der Beschwerdegegner 1 aufgrund des in E. 3.1 dargestellten Sachverhaltes der Veruntreuung im Sinn von Art. 138 StGB, der Sachentziehung im Sinn von Art. 141 StGB oder der ungetreuen Geschäftsbesorgung im Sinn von Art. 158 StGB schuldig gemacht haben könnte. Es hat dies ausgeschlossen, wobei die Begründung allerdings nur teilweise überzeugt.
Eine Veruntreuung im Sinn von Art. 138 Ziff. 1 StGB begeht u.a., wer sich eine ihm anvertraute fremde bewegliche Sache aneignet, um sich oder einen anderen zu bereichern. Weshalb es von vornherein klar sein soll, dass ein Treuhänder, dem zwei Geschäftsleute eine ihnen je zur Hälfte gehörende Gesellschaft zur Verwaltung und die beiden Aktienpakete zur Verwahrung übergeben haben, sich nicht der Veruntreuung schuldig machen kann, indem er ohne Zustimmung beider sämtliche Aktien an einen der beiden herausgibt, ist nicht nachvollziehbar.
4.3 Ob ein Anfangsverdacht besteht, der die Eröffnung einer Strafuntersuchung rechtfertigt, hängt von der Bedeutung der vom Beschwerdeführer und dem Beschwerdegegner 2 am 16. Mai 2008 in Taschkent getroffenen Vereinbarung ab. Wenn die Parteien damit ihre gemeinsamen Vermögenswerte abschliessend aufgeteilt und sich per Saldo aller Ansprüche auseinandergesetzt haben, so sind die Strafanzeigen jedenfalls dann haltlos, wenn die A._ AG bei dieser Aufteilung nicht an den Beschwerdeführer gegangen sein sollte und er damit über keinen Rechtstitel mehr verfügte, vom Beschwerdegegner 1 die Herausgabe der Hälfte der A._-Aktien zu verlangen.
4.3.1 Die umstrittene Vereinbarung liegt als Kopie eines handschriftlichen Entwurfs in den Akten. Er ist jedenfalls an einer Stelle mit einer möglicherweise vom Beschwerdeführer stammenden Unterschrift unterzeichnet; daneben findet sich eine maschinenschriftliche Abschrift auf Russisch und eine deutsche Übersetzung [act. 3 Abgriff 42]. Wie bereits das Obergericht festgestellt hat, ergibt sich aus dieser Vereinbarung klar, dass die Parteien mit dieser Vereinbarung ihre gemeinsamen Vermögenswerte aufteilen und sich per Saldo aller Ansprüche auseinandersetzen wollten; sie ist entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers offensichtlich nicht allein auf die in Ziff. 2 der Vereinbarung namentlich erwähnte Firma "E._" beschränkt, es kann auf die zutreffenden Ausführungen des Obergerichts verwiesen werden (angefochtener Entscheid S. 12). Vereinbart wurde u.a., dass verschiedene namentlich aufgezählte "Objekte" an den Beschwerdeführer übertragen wurden, die "restlichen" an den Beschwerdegegner 2. Die A._ AG wird nicht erwähnt, womit sie nach dieser Vereinbarung nicht dem Beschwerdeführer übereignet wurde, sondern mit den anderen "restlichen" Objekten dem Beschwerdegegner 2. Die Vereinbarung, sofern sie echt ist, vermag damit den Tatverdacht gegen den Beschwerdegegner 1 zu zerstreuen, da sich dieser nicht durch die Weigerung strafbar gemacht haben kann, die Aktien der A._ AG einem nicht berechtigten Ansprecher herauszugeben.
4.3.2 Der Beschwerdeführer bestreitet die Echtheit der Dokumente. Er räumt zwar ein, mit dem Beschwerdegegner 2 am 16. Mai 2008 eine Vereinbarung getroffen und von diesem gestützt darauf USD 714'000 erhalten zu haben. Er macht indessen geltend, die in den Akten liegende Vereinbarung entspreche nicht derjenigen, die er unterschrieben habe, sie sei mithin ge- bzw. verfälscht worden. Ausserdem sei er damals zur Unterschrift genötigt worden; die bei der Verhandlung anwesende Drittperson sei in Beziehung zu mafiösen Organisationen gestanden.
Diese Einwände überzeugen nicht. Wenn der Beschwerdegegner 2 den Beschwerdeführer durch den Beizug eines Vertreters einer kriminellen Organisation eingeschüchtert und genötigt haben sollte, gegen seinen Willen eine für ihn ungünstige Vereinbarung zu unterschreiben, so hatte der Beschwerdegegner 2 eine echte Urkunde in der Hand und damit keinen Anlass, eine Fälschung vorzulegen. Die Behauptungen des Beschwerdeführers - erstens sei er genötigt worden, eine seinem Willen nicht entsprechende Vereinbarung zu unterschreiben und zweitens habe der Beschwerdegegner 2 eine ge- bzw. verfälschte Urkunde vorgelegt - erscheinen daher widersprüchlich und sind jedenfalls prima vista nicht geeignet, die vom Beschwerdegegner 1 ins Recht gelegte Übersetzung der Vereinbarung als von vornherein unbeachtlich nachzuweisen.
4.4 Damit ergibt sich zusammenfassend, dass der Beschwerdeführer im Rahmen einer zivilrechtlichen Auseinandersetzung mit dem Beschwerdegegner 2 vom Beschwerdegegner 1 die Herausgabe von A._-Aktien verlangte. Der Beschwerdegegner 1 verweigerte die Herausgabe und rechtfertigte dies mit einem Dokument, das geeignet sein könnte, das Eigentum des Beschwerdeführers und damit seinen Herausgabeanspruch in Frage zu stellen. Die Echtheit dieses nur in Kopie, Abschrift und Übersetzung vorliegenden Dokuments steht zwar nicht fest. Abgesehen von der nach dem Gesagten wenig einleuchtenden Behauptung des Beschwerdeführers sind indessen keine konkreten Anhaltspunkte dafür ersichtlich, dass die Vereinbarung nicht echt oder wegen eines Willensmangels seitens des Beschwerdeführers sonst wie unbeachtlich sein könnte. Unter diesen Umständen konnten die Staatsanwaltschaft und das Obergericht im Ergebnis ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, es bestehe kein für die Eröffnung einer Strafuntersuchung ausreichender Anfangsverdacht, dass die Beschwerdegegner 1 und 2 dem Beschwerdeführer ihm gehörende A._-Aktien in strafrechtlich relevanter Weise entzogen bzw. deren Herausgabe verweigert hätten. Es ist nicht zu beanstanden, dass das Strafverfahren nicht an die Hand genommen wurde.
5. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen, da sich die Beschwerdegegner nicht vernehmen liessen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien sowie der Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich, Wirtschaftsdelikte, und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi