Sachverhalt:
A. Das Strafgericht des Kantons Zug sprach X._ mit Urteil vom 7. November 2007 des gewerbsmässigen Betruges schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und drei Monaten. Zudem erkannte es auf eine Ersatzforderung des Staates gestützt auf Art. 71 Abs. 1 StGB in der Höhe von Fr. 500'000.--. X._ wurde in anderem Zusammenhang mit Urteil des Obergerichts des Kantons Zug vom 18. Dezember 2007 des Betrugs schuldig gesprochen und mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten bestraft.
B. Das Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, wies die von X._ erhobene Berufung mit Urteil vom 16. Dezember 2008 ab. Es bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und zwei Monaten, als Zusatzstrafe zum Urteil des Obergerichts vom 18. Dezember 2007.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, er sei von der Anklage des gewerbsmässigen Betruges freizusprechen. Eventualiter sei das Verfahren bis zum Abschluss der Strafuntersuchung im Verfahren Nr. 2002/1512 der Staatsanwaltschaft Zug zu sistieren. Subeventualiter sei er der Gehilfenschaft zur mehrfachen, nicht qualifizierten Veruntreuung schuldig zu sprechen und mit einer bedingten Freiheitsstrafe von erheblich unter 18 Monaten zu bestrafen. Weiter beantragt X._, er sei nicht zur Bezahlung der Ersatzforderung zu verpflichten, und auf die Zivilforderungen sei nicht einzutreten.
Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
X._ veranlasste zwischen Januar und Dezember 1998 zusammen mit weiteren Personen die Kunden der A._ AG als potentielle Investoren dazu, Gelder zur Vornahme von Börsengeschäften anzulegen. Die von den Kunden einbezahlten Geldbeträge wurden nicht zur Anlage in Börsen- oder anderen Geschäften verwendet und dies war auch nie beabsichtigt gewesen. X._ kontrollierte mit der B._ Inc. die Gesellschaft, bei welcher die betrügerisch erlangten Gelder gesammelt und anschliessend an die verschiedenen Empfänger verteilt wurden. Er erwarb die A._ AG als Aktienmantel zu einem Zeitpunkt, als die betrügerischen Tätigkeiten einsetzten. Weiter warb er die C._ Ltd. an, damit diese formell den A._ AG Kunden gegenüber die Rolle eines unabhängigen Beraters übernehme, und zwar im Wissen darum, dass die Funktion nur vorgetäuscht wurde.
2. Der Beschwerdeführer rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts und die Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör.
2.1 Die Vorinstanz führt aus, das Strafgericht sei in zutreffender Würdigung der Beweise zum Schluss gekommen, aufgrund der Rolle des Beschwerdeführers bei der Errichtung und der Kontrolle des Konglomerates von Gesellschaften, die bei der Täuschung der A._ AG Kunden und der anschliessenden Behändigung von deren Investitionen benötigt und eingesetzt wurden, sei davon auszugehen, dass er bei der Planung und der Durchführung der betrügerischen Handlungen in massgebender Weise mit anderen Tätern zusammengewirkt habe. Der Beschwerdeführer ziehe zwar zu Recht Parallelen zum Untersuchungsverfahren Nr. 2002/1512 im Zusammenhang mit der Tätigkeit der "Vorgängergesellschaft" der A._ AG, der D._ AG. Er lege jedoch nicht dar, inwiefern allfällige Erkenntnisse aus dem Untersuchungsverfahren die Beweiswürdigung des Strafgerichts als unrichtig erscheinen liessen. Deshalb sei sein Antrag, das vorliegende Verfahren bis zum Abschluss der Untersuchung zu sistieren, abzuweisen (s. angefochtenes Urteil E. 4.1.2 S. 12).
2.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe sich einseitig auf die Argumentation der Staatsanwaltschaft bezogen, ohne sich mit den ihn entlastenden Zeugenaussagen zu befassen. Sein Bruder, Y._, habe als einzelzeichnungsberechtigter Direktor und Alleinaktionär bis November 1998 nicht nur die A._ AG geführt, sondern auch die Generalversammlung beherrscht. Er selber habe nie eine Tätigkeit als Organ ausgeübt und habe die Aktien erst im November 1998 erworben, um die A._ AG zu liquidieren. Seine Tatbeteiligung habe einzig darin bestanden, die Geldbeträge von Riga abzuholen und an ihren Bestimmungsort zu bringen. Zudem sei die A._ AG nur Weisungsempfängerin der E._ AG gewesen und die betrügerischen Machenschaften seien von der deutschen Verkaufsgruppe ausgegangen. Deshalb könne er nur der Gehilfenschaft verurteilt werden. Weiter genüge die Vorinstanz den Begründungsanforderungen nicht, indem sie in ihren Erwägungen auf die erstinstanzlichen Ausführungen verweise. Sie wäre verpflichtet gewesen, sich mit den Ergebnissen des Urteils der Justizkommission vom 30. April 2008, welches nach dem Urteil des Strafgerichts ergangen sei, auseinanderzusetzen. Weiter habe die Vorinstanz seinen Beweisermittlungsantrag auf Sistierung des Verfahrens bis zum Abschluss des Untersuchungsverfahrens Nr. 2002/1512 abgewiesen, obschon sie Parallelen zum vorliegenden Verfahren anerkenne. Die Vorinstanz verletze durch die ungenügende Begründung des Urteils und der Verweigerung des Beweisantrags seinen Anspruch auf rechtliches Gehör.
2.3 Der Beschwerdeführer stellt der Beweiswürdigung der Vorinstanz seine eigenen Tatsachenbehauptungen gegenüber, ohne zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte (vgl. BGE 129 I 173 E. 3.1 S. 178 mit Hinweisen). Seine Vorbringen erschöpfen sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil und genügen folglich den Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweis). Darauf ist nicht einzutreten.
2.4 Der Anspruch auf rechtliches Gehör als persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht (BGE 133 V 196 E. 1.2 S. 197 f. mit Hinweisen) gibt dem Betroffenen das Recht, sich vor Erlass einer in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheidung zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen (BGE 132 II 485 E. 3.2 S. 494 mit Hinweis), mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich wenigstens zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (BGE 129 I 232 E. 3.2 S. 236 mit Hinweisen). Die Begründung des Entscheides muss so abgefasst sein, dass der Betroffene diesen gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann (BGE 135 V 65 E. 2.4 mit Hinweis).
Gestützt auf den erstellten Sachverhalt durfte die Vorinstanz in vorweggenommener Beweiswürdigung auf den Beweisantrag des Beschwerdeführers verzichten, weil sie aufgrund bereits abgenommener Beweise ihre Überzeugung gebildet hatte und ohne Willkür annehmen konnte, ihre Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer konnte den Entscheid umfassend und sachgerecht anfechten, womit die Vorinstanz ihrer Begründungspflicht nachgekommen ist. Die Rüge der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör erweist sich als unbegründet.
3. Weiter rügt der Beschwerdeführer die Verletzung von Bundesrecht im Zusammenhang mit der Strafzumessung.
3.1 Die Vorinstanz führt aus, die vom Strafgericht ausgesprochene Freiheitsstrafe von vier Jahren und drei Monaten sei angemessen. Der Beschwerdeführer sei in anderem Zusammenhang mit Urteil des Obergerichts des Kantons Zug vom 18. Dezember 2007 zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten verurteilt worden, weshalb nach Art. 49 Abs. 2 StGB eine Zusatzstrafe auszufällen sei. Unter Berücksichtigung der vom Strafgericht erwähnten Strafzumessungsfaktoren, insbesondere der geringfügigen Verletzung des Beschleunigungsgebots und des Strafmilderungsgrundes von Art. 48 lit. e StGB sei eine hypothetische Gesamtstrafe von fünfeinhalb Jahren angemessen. Nach Abzug der Freiheitsstrafe von 16 Monaten verbleibe eine Zusatzstrafe von vier Jahren und zwei Monaten (s. angefochtenes Urteil E. 5.2 S. 18 f.).
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz reduziere die Einsatzstrafe nur um die Zusatzstrafe und unterlasse eine Strafmilderung nach Art. 48 lit. e StGB. Die Freiheitsstrafe von 66 Monaten sei deshalb mindestens um 20 % bzw. um 13 Monate auf 53 Monate herabzusetzen. Wegen der Verletzung des Beschleunigungsgebots reduziere sich diese Strafe um weitere 9 Monate auf 44 Monate.
3.3 Aus dem angefochtenen Urteil ergibt sich, dass die Vorinstanz entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers die Verletzung des Beschleunigungsgebots und die Strafmilderung nach Art. 48 lit. e StGB nicht nur bei der Einsatzstrafe, sondern auch bei der Bemessung der hypothetischen Gesamtstrafe berücksichtigt. Die Strafzumessung der Vorinstanz verletzt demnach kein Bundesrecht.
4. Schliesslich beantragt der Beschwerdeführer, er sei nicht zu einer Ersatzforderung zu verpflichten, und auf die Zivilforderungen sei nicht einzutreten. Darauf ist mangels Begründung (Art. 42 Abs. 1 BGG) nicht einzutreten.
5. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz