Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene B._ meldete sich im Mai 1998 bei der Invalidenversicherung an und beantragte u.a. Umschulung und eine Rente. Mit Verfügung vom 26. Oktober 1998 wies die IV-Stelle Bern das Leistungsbegehren ab. Ab 1. September 1999 arbeitete B._ bei der Firma H._ AG. Ab 25. Mai 2006 war er infolge eines 1995 erlittenen Unfalles zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Mit Schreiben vom 26. Februar 2007 löste die Firma das Arbeitsverhältnis auf Ende Mai 2007 auf. Anfang März 2007 meldete sich B._ erneut bei der Invalidenversicherung an und beantragte besondere medizinische Eingliederungsmassnahmen und eine Rente. Die IV-Stelle klärte die gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse ab. U.a. liess sie den Versicherten psychiatrisch und rheumatologisch begutachten. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 28. Juli 2008 den Anspruch auf eine Invalidenrente.
B. Die Beschwerde des B._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, mit Entscheid vom 3. Juni 2009 ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, der Entscheid vom 3. Juni 2009 sei aufzuheben und ihm eine ganze Rente zuzusprechen, eventualiter eine polydisziplinäre medizinische Begutachtung anzuordnen und dann zu entscheiden, eventualiter den Fall an die IV-Stelle zwecks weiterer Abklärungen in einer Eingliederungsstätte zurückzuweisen, unter Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung.
Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat der Invaliditätsbemessung durch Einkommensvergleich (Art. 16 ATSG in Verbindung mit Art. 28a Abs. 1 IVG) die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit gemäss den Gutachten der Dres. med. L._ und E._ vom 14. und 15. Februar 2008 zugrunde gelegt. Danach bestehe für eine angepasste leichte Verweistätigkeit nach Umsetzung der Beschwerde lindernden Massnahmen eine maximale Einschränkung der Arbeitsfähigkeit von 20 %.
2. Der Beschwerdeführer rügt eine unvollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts, was eine Verletzung von Bundesrecht darstellt (Art. 95 lit. a und 97 Abs. 1 BGG; Urteil 9C_442/2008 vom 28. November 2008 E. 1.1 mit Hinweis). Das psychiatrische Gutachten des Dr. med. E._ vom 15. Februar 2008 sei nicht beweiskräftig. Sinngemäss bestehe entgegen der Auffassung des Experten ein invalidisierendes psychisches Leiden (schwere Depression).
3. Einem ärztlichen Bericht kommt Beweiswert zu, wenn er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt und in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, wenn die Beschreibung der medizinischen Situation und Zusammenhänge einleuchtet und die Schlussfolgerungen des Arztes begründet sind (BGE 125 V 351 E. 3a S. 352; Urteil 9C_932/2008 vom 23. März 2009 E. 3).
4. 4.1 Dr. med. E._ stellte in seinem Gutachten vom 15. Februar 2008 folgende Diagnosen (nach dem Klassifikationssystem ICD-10 der WHO): Anhaltende somatoforme Schmerzstörung (F45.4); längere depressive Reaktion (F43.21); schwierige familiäre Verhältnisse (Z63.8); erschwerte kulturelle Eingewöhnung (Z60.3); Probleme mit der Berufstätigkeit (Z56); prekäre wirtschaftliche Situation (Z59). Die depressive Reaktion bezeichnete der psychiatrische Experte als schwer, bei Behandlung im stationären Rahmen aber grundsätzlich als reversibel. Die somatoforme Schmerzstörung erachtete er mit zumutbarer Willensanstrengung soweit als überwindbar, dass die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit 20 % nicht überschreiten dürfte.
Die Vorinstanz hat dem Gutachten vom 15. Februar 2008 vollen Beweiswert zuerkannt.
4.2 In der Beschwerde wird insoweit zu Recht vorgebracht, dass die von Dr. med. E._ unter den Diagnosen aufgeführten krankheitsfremden Faktoren teilweise aktenmässig nicht belegt oder vom psychiatrischen Gutachter überzeichnet werden. Vorab bestehen keine Hinweise auf eine erschwerte kulturelle Eingewöhnung. Ebenfalls kann nicht von einer prekären wirtschaftlichen Situation gesprochen werden. Der Beschwerdeführer äusserte sich Dr. med. E._ gegenüber dahingehend, finanziell gehe es ordentlich. Er erhalte eine Rente (recte: Taggeld) der Unfallversicherung von ca. Fr. 100.- im Tag. Seine Frau beziehe seit 1998 eine Rente der Invalidenversicherung. Die Kinder seien erwachsen und wohnten nicht mehr zu Hause. Sodann sind die familiären Verhältnisse lediglich insoweit schwierig, als die Ehefrau des Beschwerdeführers als Folge eines Sturzes 1995 invalid ist und seit 1998 eine Rente bezieht. Soweit dieser Umstand nach Auffassung des psychiatrischen Gutachters Ursache der Depression resp. der lediglich als depressive Reaktion zu bezeichnenden psychischen Störung ist, bestand er somit schon Jahre vor der 2006 eingetretenen Verschlechterung der gesundheitlichen Situation. Anderseits gab der Beschwerdeführer an, die Kinder wohnten in unmittelbarer Nähe und sie würden von ihnen tatkräftig unterstützt. So würden die Haushaltsarbeiten teilweise durch Tochter und Schwiegertochter erledigt. Dr. med. E._ hielt in seiner Beurteilung denn auch selber fest, es bestünden zufriedenstellende familiäre Umstände. Die noch verbleibenden Probleme mit der Berufstätigkeit bestehen darin, dass der Beschwerdeführer seit Ende Mai 2007 arbeitslos ist. Auf diesen Zeitpunkt war ihm aus wirtschaftlichen Gründen gekündigt worden.
4.3 Der Beschwerdeführer legt indessen nicht dar, welche Konsequenzen sich aus dem in E. 4.2 Gesagten ergeben. Soweit er eine höhere psychisch bedingte Arbeitsunfähigkeit als 20 % geltend macht und zur Begründung auf vom Gutachten abweichende ärztliche Beurteilungen hinweist, übt er, soweit als Noven nicht ohnehin unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG), ungenügende appellatorische Kritik an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung (Urteil 9C_442/2008 vom 28. November 2008 E. 1.2.2 und 4.1).
Dass die Vorinstanz die Arbeitsfähigkeit (auch) gestützt auf das Gutachten des Dr. med. E._ vom 15. Februar 2008 festgelegt hat, verletzt somit Bundesrecht nicht. Eine allfällige (weitere) Verschlechterung des psychischen Gesundheitszustandes seit Erlass der Verfügung vom 28. Juli 2008 ist für dieses Verfahren ohne Bedeutung (Urteil 9C_469/2008 vom 18. August 2008 E. 4.2 mit Hinweis). Bleibt eine vom Gutachter als notwendig erachtete, lege artis durchgeführte psychotherapeutische Behandlung bei vorhandener Motivation und Eigenanstrengung des Versicherten erfolglos, kann dies allenfalls Anlass für eine Neuüberprüfung der Anspruchsberechtigung sein (Urteil 9C_386/ 2007 vom 29. August 2007 E. 4.3).
5. Die vorinstanzliche Invaliditätsbemessung ist weiter nicht angefochten. Es besteht kein Anlass zu einer näheren Prüfung (vgl. BGE 125 V 413 E. 1b und 2c S. 415 ff.; 110 V 48 E. 4a S. 53).
6. Der Beschwerdeführer als unterliegende Partei hat grundsätzlich die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seinem Gesuch um Befreiung von der Bezahlung von Gerichtskosten kann jedoch entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 BGG; BGE 125 V 201 E. 4a S. 202). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG hingewiesen, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.
Hingegen besteht kein Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung. M._ von der Beratungsstelle für Ausländer welcher den Beschwerdeführer vertritt, ist nicht anwaltlich zugelassen (Anwaltsregister des Kantons Zürich, Stand: 28. Juli 2009, abrufbar unter www.obergericht-zh.ch/; BGE 135 V 1 E. 7.4.1 in fine S. 4).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes einstweilen auf die Gerichtskasse genommen.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung wird abgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler