Sachverhalt:
A. Der 1950 geborene I._ war seit 23. September 1986 bei der Firma B._ AG als Bauarbeiter tätig und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 2. November 2004 stolperte I._, schlug mit den Knien auf einer Betondecke auf und zog sich eine dislozierte Querfraktur der Patella mit Retrahierung des proximalen Fragments um ca. 3 cm zu. Nachdem I._ am 11. April 2005 eine Basilaristhrombose (Hirninfarkt) erlitten hatte, erfolgte eine Anmeldung bei der Invalidenversicherung. Mit Schreiben vom 28. Juni 2005 informierte die SUVA I._ darüber, dass sie gestützt auf die Angaben der behandelnden Ärzte ihre Taggeldleistungen ab 1. Juli 2005 noch zu 50 % erbringen und per 31. August 2005 vollständig einstellen werde. Die IV-Stelle Zürich sprach I._ mit Verfügung vom 24. April 2006 mit Wirkung ab 1. November 2005 eine ganze Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 100 % zu. Mit Schreiben an die SUVA vom 17. Juli 2006 liess I._ die Ausrichtung einer Unfallrente sowie einer Integritätsentschädigung beantragen. Nach Einholung der Akten der Invalidenversicherung sowie einer Beurteilung des Integritätsschadens durch Kreisarzt Dr. med. W._ vom 24. August 2006 sprach die SUVA I._ mit Verfügung vom 10. Oktober 2006 eine Integritätsentschädigung von Fr. 8010.- basierend auf einer Integritätseinbusse von 7,5 % zu, verneinte indessen den Anspruch auf Rentenleistungen der Unfallversicherung. An ihrem Standpunkt hielt die SUVA mit Einspracheentscheid vom 13. Februar 2007 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt I._ beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei die SUVA zu verpflichten, ihm eine Rente der Unfallversicherung von 33 % und eine Integritätsentschädigung von 20 % auszurichten.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen über den Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung im Allgemeinen (Art. 6 Abs. 1 UVG [in Verbindung mit Art. 4 ATSG]) und über den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 18 Abs. 1 UVG) sowie auf eine Integritätsentschädigung (Art. 24 Abs. 1 UVG) im Besonderen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Nach umfassender Würdigung der medizinischen Aktenlage hat die Vorinstanz überzeugend dargelegt, dass der Beschwerdeführer aufgrund der Unfallfolgen ab Anfang August 2005 wieder voll arbeitsfähig gewesen wäre, wenn er nicht vor diesem Zeitpunkt einen Hirninfarkt erlitten hätte. Sie stützte sich dabei v.a. auf den Bericht der Rehaklinik E._ vom 21. Juni 2005 und den Austrittsbericht dieser Klinik vom 15. August 2005 sowie auf die Berichte des Dr. med. H._, Spital Z._, vom 31. Januar und 22. März 2005), welche die Anforderungen an eine zuverlässige medizinische Beurteilungsgrundlage (vgl. BGE 125 V 351 E. 3a S. 352) erfüllen. Ob der Versicherte zu diesem Zeitpunkt wieder 100%ig als Bau(hilfs)arbeiter hätte tätig sein können, ist - wie das kantonale Gericht zutreffend aufgezeigt hat - nicht relevant, da aufgrund der Besprechung mit der Arbeitgeberin vom 19. Mai 2005 davon ausgegangen werden kann, dass ihm andernfalls langfristig und ohne Lohneinbusse eine leidensangepasste, vollumfänglich zumutbare Tätigkeit als Magaziner angeboten worden wäre. Die Verneinung des Anspruchs auf eine Invalidenrente ab 1. September 2005 durch die Unfallversicherung ist daher nicht zu beanstanden.
3.2 Dagegen bringt der Beschwerdeführer nichts vor, was zu einem abweichenden Ergebnis führen könnte. Dass die 100%ige Arbeitsunfähigkeit in allen kommerziell verwertbaren Tätigkeiten, welche der Ausrichtung einer ganzen Rente der Invalidenversicherung ab 1. November 2005 zu Grunde liegt, Folge des am 11. April 2005 erlittenen Hirninfarktes ist, ergibt sich entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers aus den medizinischen Akten (vgl. Berichte der Rehaklinik E._ vom 21. Juni und 15. August 2005). Im Gegensatz zu den Ausführungen in der vorliegenden Beschwerde machte der Versicherte im kantonalen Verfahren denn auch geltend, er habe sich nach dem Unfall wesentlich erholt und mittelschwere bis schwere Arbeiten verrichten können, bis er den Hirnschlag erlitten habe. Soweit er schliesslich bereits im kantonalen Verfahren erhobene Einwendungen wiederholt, ist auf die einlässlichen und zutreffenden Erwägungen des vorinstanzlichen Entscheids zu verweisen, welchen das Bundesgericht ergänzend beifügt, dass zwischen dem Unfall vom 2. November 2004 und der anhaltenden Arbeitsunfähigkeit offensichtlich auch kein natürlicher Kausalzusammenhang besteht. Wird das genannte Unfallereignis weggedacht, entfiele die bestehende Arbeitsunfähigkeit nicht, da der Versicherte den Hirninfarkt vom 11. April 2005 trotzdem erlitten hätte und bedingt durch diesen ohnehin voll erwerbsunfähig wäre. Der Unfall als mögliches auslösendes Ereignis der Arbeitsunfähigkeit wurde mithin durch den Hirnschlag gleichsam überholt (vgl. zu dieser sog. "überholenden Kausalität" Urteil 8C_630/2007 vom 10. März 2008 E. 5.2 mit Hinweisen).
4. Was die Höhe der gewährten Integritätsentschädigung anbelangt, wird ebenfalls auf die überzeugenden Ausführungen im kantonalen Entscheid verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG), welchen nichts beizufügen ist, zumal in der Beschwerde diesbezüglich nichts mehr vorgebracht wird.
5. Die offensichtlich unbegründete Beschwerde wird im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG - ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den kantonalen Entscheid (Art. 102 Abs. 1 und 109 Abs. 3 BGG) - erledigt.
6. Der Beschwerdeführer hat um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung ersucht, den verlangten Kostenvorschuss indessen anstandslos bezahlt. Damit ist sein Gesuch gegenstandslos geworden. Es wäre in Anbetracht der mangelnden Erfolgsaussichten ohnehin abgewiesen worden. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens daher dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Januar 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch