Fatti:
A. A.a Con contratto 1° settembre 1999, che annulla quello precedente stipulato dalla locatrice con C._ il 26 ottobre 1995, la A._SA ha locato alla B._SA diverse parti di uno stabile a Lugano adibite a centro fitness e wellness, fissando l'inizio della locazione retroattivamente al 1° gennaio 1998. Il contratto prevede per i primi due anni una pigione annua di fr. 350'000.--, da pagare in rate mensili anticipate, poi indicizzata una volta l'anno per il 1° gennaio sulla base dell'indice nazionale dei prezzi al consumo del 1° gennaio 1998. Le parti hanno convenuto, con riferimento alla manutenzione, che quella ordinaria usuale degli impianti legata all'accresciuto uso dell'ente spetta alla conduttrice, mentre quella straordinaria o per vetustà rimane a carico della locatrice.
A.b Con modulo ufficiale 3 agosto 2005 la locatrice ha comunicato alla conduttrice un aumento del canone di locazione a fr. 30'868.25 mensili dal 1° gennaio 2006, motivato con la clausola di indicizzazione contenuta nel contratto. Il 20 ottobre 2005 il competente Ufficio di conciliazione, presso il quale la conduttrice aveva contestato l'aumento, ha dichiarato non conciliata la vertenza.
A.c Il 18 novembre 2005 la A._SA ha chiesto al Pretore del distretto di Lugano di aumentare il canone di locazione come indicato nel menzionato modulo, mentre con istanza 21 novembre 2005 la B._SA ha domandato la riduzione della pigione a fr. 210'000.-- annui dal 1° gennaio 2000 e la condanna della locatrice a restituirle fr. 770'000.-- pagati in eccesso. Con sentenza 7 dicembre 2010 il giudice di prime cure ha respinto l'istanza di riduzione della pigione, mentre ha accolto la domanda della locatrice limitatamente a fr. 370'300.--, pari a fr. 30'858.25 mensili.
B. La II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha, in parziale accoglimento di un appello della B._SA, ridotto la pigione di fr. 350'000.-- annui come segue: del 5 % per spifferi provenienti dalla vetrata della piscina dal 15 settembre 2003 fino all'eliminazione del difetto, del 5 % per assenza di pulizia nel piazzale antistante l'ente locato dal 9 novembre 2000 fino all'eliminazione del difetto e del 10 % per infiltrazioni d'acqua dal tetto nella grande sala di aerobica dal 18 marzo 2005 fino all'eliminazione del difetto. La locatrice è pure stata condannata a versare alla conduttrice fr. 210'667.--, importo corrispondente alle pigioni pagate in eccesso, a causa dei menzionati difetti, fino al mese di giugno 2005. La sentenza pretorile è per contro rimasta immutata per quanto attiene alla determinazione della pigione annua a partire dal 1° gennaio 2006.
C. Con ricorso in materia civile del 23 dicembre 2011 la A._SA chiede, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la riforma della sentenza di appello nel senso che la domanda di riduzione della pigione sia integralmente respinta e che il corrispettivo sia stabilito a partire dal 1° gennaio 2007 in fr. 375'002.80. Dopo aver narrato e completato i fatti, lamenta che la Corte cantonale avrebbe negato in modo arbitrario la continuità fra il contratto del 26 ottobre 1995 e quello del 1° settembre 1999 e avrebbe ignorato che le parti si sarebbero accordate nel senso che i difetti sarebbero stati eliminati dalla conduttrice. Sostiene poi che la Corte cantonale non avrebbe considerato l'effetto che gli asseriti difetti avevano sull'attività svolta nel bene locato né le "omissioni/inerzie/acquiescenze/latitanze" della conduttrice nell'esercizio dei suoi diritti. Asserisce che i Giudici cantonali avrebbero violato l'art. 259d CO, perché hanno trascurato che le anomalie riscontrate non hanno conseguenze sulla fruibilità dell'ente locato e perché l'avrebbero addirittura resa responsabile della manutenzione delle strutture realizzate dalla conduttrice. Afferma pure che quest'ultima non avrebbe provato l'esistenza né la permanenza dei difetti, che in ogni caso dovevano essere considerati lievi e quindi inidonei a giustificare una riduzione della pigione.
La B._SA propone con risposta 1° febbraio 2012 la reiezione del ricorso.
La Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso con decreto del 16 febbraio 2012.
Diritto:
1. 1.1 Il tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF combinato con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF) ricorso in materia civile è diretto contro una decisione finale emanata su ricorso dal Tribunale di ultima istanza del Cantone Ticino in una controversia in materia di diritto di locazione con un valore di lite manifestamente superiore a fr. 15'000.-- e si rivela quindi ammissibile dal profilo degli art. 72 cpv. 1, 74 cpv. 1 lett. a e 75 LTF.
1.2 Inammissibile, perché formulata per la prima volta nella sede federale, si appalesa invece la domanda di stabilire a partire dal 1° gennaio 2007 una pigione di fr. 375'002.80 annui (art. 99 cpv. 2 LTF).
2. 2.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF), considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (DTF 134 III 102 consid. 1.1). L'art. 42 cpv. 2 LTF esige che il ricorrente si confronti almeno concisamente con i considerandi del giudizio impugnato (DTF 134 II 244 consid. 2.1). Le esigenze sono più severe quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali: in questo caso l'art. 106 cpv. 2 LTF esige una motivazione puntuale e precisa (DTF 136 I 65 consid. 1.3.1; 134 II 244 consid. 2.2). Il rinvio agli atti della procedura cantonale non è ammesso (DTF 133 II 396 consid. 3.2). Qualora la decisione impugnata si fondi su due motivazioni alternative e indipendenti, occorre confrontarsi con entrambe, sotto pena d'inammissibilità, e il ricorso può essere accolto soltanto se risultano fondate le critiche volte contro le due motivazioni (DTF 133 IV 119 consid. 6.3 e rif.).
Di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene o completarlo solo se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
Se rimprovera all'autorità cantonale un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - ossia arbitrario (DTF 137 III 268 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.2.2 pag. 252) - il ricorrente deve motivare la censura conformemente alle esigenze poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 136 II 304 consid. 2.5 pag. 314). Deve indicare chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati e precisare in cosa consiste la violazione (DTF 134 II 244 consid. 2.2). Siccome il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale nel campo dell'apprezzamento delle prove (o dell'accertamento dei fatti in genere), chi invoca l'arbitrio deve dimostrare che la sentenza impugnata ha ignorato il senso e la portata di un mezzo di prova preciso, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (DTF 137 I 58 consid. 4.1.2 pag. 62; 134 V 53 consid. 4.3 pag. 62; 129 I 8 consid. 2.1).
2.2 Il ricorso è un coacervo di argomenti di fatto e di diritto. Pur basandosi su fatti che non risultano dalla sentenza impugnata, la ricorrente non formula alcuna censura che soddisfi le - severe - esigenze di motivazione previste dall'art. 106 cpv. 2 LTF. Essa pare inoltre dimenticare che quando, come nella fattispecie, l'esistenza dei difetti viene constatata dalla Corte cantonale sulla base delle risultanze dell'istruttoria la questione dell'onere della prova disciplinata dall'art. 8 CC diviene senza oggetto (DTF 132 III 626 consid. 3.4 pag. 634) ed entra unicamente in linea di conto la possibilità di lamentarsi di un accertamento manifestamente inesatto - e cioè arbitrario - dei fatti, rispettando le accresciute esigenze di motivazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF. Giova infine rilevare che fino a pag. 14 del ricorso la ricorrente si dilunga in considerazioni generali che solo in parte hanno un legame con la motivazione della sentenza impugnata. Qui di seguito verranno unicamente trattate le censure chiaramente individuabili e in relazione con i considerandi del giudizio cantonale, atteso che le altre argomentazioni contenute nel ricorso si rivelano di primo acchito inammissibili, perché non soddisfano le esigenze di motivazione dell'art. 42 cpv. 2 LTF.
3. Giusta l'art. 256 cpv. 1 CO il locatore deve consegnare la cosa in uno stato idoneo all'uso cui è destinata e mantenerla tale per la durata della locazione. Il conduttore può esigere dal locatore una riduzione proporzionale del corrispettivo (art. 259a cpv. 1 lett. b CO), se sopravvengono difetti della cosa che non gli sono imputabili né sono a suo carico, oppure se è turbato nell'uso pattuito della cosa. Per ottenere una riduzione proporzionale della pigione dal momento in cui il locatore ha avuto conoscenza del difetto fino all'eliminazione del medesimo, occorre che questo pregiudichi o diminuisca l'idoneità della cosa all'uso cui è destinata (art. 259d CO). La nozione di difetto - che attiene al diritto federale - si riferisce allo stato appropriato all'uso per cui la cosa è stata locata e presuppone un paragone fra lo stato reale della cosa e quello che era stato pattuito. Vi è quindi un difetto se la cosa non presenta una qualità che il locatore aveva promesso o se essa non ha una caratteristica su cui il conduttore poteva legittimamente contare considerando lo stato appropriato all'uso pattuito (DTF 135 III 345 consid. 3.2). Un difetto è di importanza media, e raggiunge quindi la soglia minima che permette di ottenere una riduzione della pigione (sentenza 4C.97/2003 del 28 ottobre 2003 consid. 3), quando limita l'uso per cui la cosa è stata locata, senza però escluderlo né ostacolarlo considerevolmente, e il conduttore subisce di principio unicamente un decremento del comfort. È inoltre necessario che il difetto causi una diminuzione qualitativa che può essere quantificata in denaro (sentenza 4C.387/2004 del 17 marzo 2005 consid. 2.1). Per giustificare una riduzione della pigione, l'uso della cosa dev'essere in linea di principio ridotto di almeno il 5 %, percentuale che può scendere al 2 % quando si tratta di una limitazione permanente (DTF 135 III 345 consid. 3.2). Non essendo il predetto calcolo proporzionale sempre di agevole applicazione, la giurisprudenza ammette che un giudizio secondo equità, che si riferisce all'esperienza generale della vita, al buon senso e alla casistica non è contrario al diritto federale (DTF 130 III 504 consid. 4.1). Ogni volta che un'autorità procede secondo l'equità (art. 4 CC) il Tribunale federale non sostituisce il proprio apprezzamento a quello dell'autorità inferiore: esso interviene unicamente se questa ha abusato del suo potere di apprezzamento, vale a dire se si è basata su criteri inappropriati, se la decisione porta a un risultato manifestamente ingiusto o a un'iniquità scioccante (DTF 136 III 278 consid. 2.2.1, con rinvii).
Ne segue che la ricorrente sbaglia quando sostiene che, per giustificare una riduzione della pigione, il difetto debba comportare "l'impedimento nell'uso del bene locato".
4. 4.1 Prima di esaminare singolarmente le contestazioni attinenti ai difetti per cui è stata accordata una riduzione della pigione, giova ricordare che la Corte cantonale ha ritenuto che questi non siano toccati dall'accordo concluso il 28 settembre 2000 innanzi all'Ufficio di conciliazione in materia di locazione in cui la conduttrice ha rinunciato "integralmente ad ogni e qualsiasi richiesta di riduzione del canone di locazione per difetti, rispettivamente di risarcimento danni", perché con riferimento agli spifferi provenienti dalla vetrata del locale piscina e le infiltrazioni d'acqua dal tetto la situazione si era aggravata, rispettivamente era sorta dopo tale accordo, mentre per quanto attiene invece alla pulizia del piazzale, la locatrice aveva inizialmente adempiuto i suoi obblighi per desistere successivamente.
4.2 Dal canto suo la ricorrente afferma apoditticamente che per quasi 5 anni (lasso di tempo trascorso tra il predetto accordo concluso innanzi all'Ufficio di conciliazione e la richiesta del 1° settembre 2005 a tale autorità con cui l'opponente ha postulato una nuova riduzione della pigione) l'ente locato sarebbe stato accettato e goduto come si presentava. Così facendo essa non formula però alcuna ammissibile critica contro la motivazione della sentenza impugnata. Contrariamente a quanto pare essere sottinteso nel rimedio in esame, nel comportamento della conduttrice non sono nemmeno ravvisabili elementi da cui possa essere dedotto che essa abbia rinunciato - dopo la seduta innanzi all'Ufficio di conciliazione del settembre 2000 - ai suoi diritti, una siffatta rinuncia non potendo essere segnatamente desunta dal puntuale pagamento della pigione (DTF 130 III 504 consid. 5.2 pag. 510). Irrilevante si rivela poi il fatto - sollevato nel ricorso - che le riduzioni della pigione concesse dalla Corte cantonale iniziano a decorrere diversi anni prima dell'inoltro della presente causa. Infatti, l'art. 259d CO prevede espressamente che la riduzione avviene dal momento in cui il locatore ha avuto conoscenza del difetto e la ricorrente ha omesso di formulare una qualsiasi intellegibile critica contro la spiegazione della Corte cantonale concernente l'irrilevanza del menzionato accordo concluso innanzi all'Ufficio di conciliazione per i difetti constatati nella sentenza impugnata.
5. 5.1 La Corte cantonale ha concesso una riduzione del 5 % della pigione a partire dal 15 settembre 2003 a causa degli spifferi provenienti dalla vetrata del locale in cui è situata una piscina, che rendono inservibili i lettini posti in prossimità di tali vetri. Essa ha indicato che questi fanno parte della struttura grezza in cui l'ente è stato locato e che l'intervento richiesto non rientra nella manutenzione ordinaria a carico della conduttrice, perché dalla perizia giudiziaria risulta che la situazione era causata dalla vetustà dello stabile. Con riferimento all'aspetto temporale, in assenza di una contestazione della locatrice, i Giudici cantonali hanno ritenuto che il difetto sussiste dalla data della sua notifica.
5.2 Secondo la ricorrente gli spifferi indicati nella sentenza impugnata possono unicamente essere considerati di lieve entità, atteso che per evitarli basta allontanarsi dalla vetrata, e avrebbero potuto essere soppressi con una semplice siliconatura che competeva alla conduttrice. Essi non avrebbero quindi giustificato l'accordata riduzione della pigione, perché mancherebbe pure qualsiasi prova che persistessero continuamente nel corso degli anni.
5.3 Ora, nella misura in cui afferma che il difetto avrebbe potuto essere eliminato mediante la manutenzione che spetta alla conduttrice, la ricorrente si diparte - inammissibilmente - dall'accertamento della Corte cantonale secondo cui il difetto era dovuto alla vetustà della struttura e dimentica che le parti avevano espressamente pattuito che la manutenzione dovuta all'età dell'edificio era a carico della locatrice. Del tutto inconferente si rivela poi l'apodittico assunto ricorsuale secondo cui i menzionati spifferi avrebbero potuto manifestarsi in modo intermittente nel corso degli anni. Per il resto è opportuno osservare che, contrariamente a quanto ritiene la ricorrente, a giusta ragione la Corte cantonale ha ritenuto che si tratti di un difetto che giustifica una riduzione della pigione. Infatti, la conduttrice poteva legittimamente confidare nella possibilità di offrire ai propri clienti anche i lettini posti vicino alla vetrata e quindi situati in una posizione privilegiata. Per quanto concerne invece la data in cui la riduzione della pigione ha inizio, occorre rilevare che il ricorso non contiene alcuna - ammissibile - critica riferita all'argomentazione della sentenza impugnata.
6. 6.1 La Corte cantonale ha poi indicato che la locatrice aveva riconosciuto che la pulizia del piazzale su cui è situato il parcheggio fosse a suo carico e che dall'istruttoria è emerso che pure dopo la chiusura della vicina discoteca il piazzale era sporco, anche se in misura minore. Anche in questa occasione i giudici cantonali hanno reputato, in assenza di una contestazione da parte della locatrice, che il difetto esiste da quando le è stato notificato.
6.2 La ricorrente afferma invece che la sporcizia "è da ricollegarsi all'esistenza di una discoteca oramai chiusa da parecchi anni" e che il piazzale è utilizzato interamente e regolarmente dai clienti dell'opponente. Essa sostiene pure che non vi sarebbe alcuna prova dell'impatto e del pregiudizio subito.
6.3 Ancora una volta la ricorrente si diparte dagli accertamenti di fatto della Corte cantonale, senza formulare alcuna censura conforme alle esigenze di motivazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF, e dimentica la nozione di difetto sviluppata dalla giurisprudenza (supra, consid. 3), che può anche inglobare un'insufficiente pulizia, in particolare se si tratta di una situazione che si protrae nel tempo (sentenza 4C.97/2003 del 28 ottobre 2003 consid. 3.4). Anche questa censura si rivela pertanto infondata, nella ridotta misura in cui è ammissibile.
7. 7.1 Infine i Giudici d'appello hanno pure indicato che dall'istruttoria, segnatamente dalle deposizioni agli atti, risultano delle infiltrazioni d'acqua piovana dal tetto nella grande sala d'aerobica e hanno concesso un'ulteriore riduzione della pigione.
7.2 La ricorrente contesta l'esistenza del difetto, rimproverando segnatamente alla Corte cantonale di "non aver raccolto" che "per quasi 5 anni la situazione non è stata oggetto di alcuna iniziativa da parte dell'Inquilina".
7.3 La censura appare misteriosa. Secondo gli accertamenti di fatto della sentenza impugnata la conduttrice ha infatti segnalato alla locatrice l'infiltrazione d'acqua il 18 marzo 2005 - data che corrisponde a quella a partire dalla quale è stata accordata la riduzione della pigione - e ha avviato la relativa azione innanzi al Pretore il 21 novembre 2005 e cioè 8 mesi dopo la notifica del difetto. Non occorre nemmeno dilungarsi sulla rimanenza dell'argomentazione ricorsuale, atteso che questa non risulta essere di maggior pregio.
8. Da quanto precede discende che il ricorso, nella ridotta misura in cui risulta ammissibile, si appalesa manifestamente infondato e come tale va respinto. Le spese processuali e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 10'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 12'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.