Faits:
A. Par ordonnance pénale du 24 juin 2011, le Préfet du district de la Riviera - Pays d'Enhaut a condamné X._, pour violation simple des règles de la circulation, à une amende de 550 fr., la peine privative de liberté de substitution étant fixée à 6 jours.
Statuant par ordonnance du 7 octobre 2011 sur l'opposition de X._, le Préfet a ordonné le classement de la procédure pénale et a alloué à celui-ci une indemnité de 600 fr. pour ses frais de défense (art. 429 al. 1 let. a CPP).
B. Par arrêt du 5 décembre 2011, la Juge de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours de X._ et a réformé l'ordonnance du 7 octobre 2011 en ce sens qu'une indemnité de 1'000 fr. (art. 429 al. 1 let. a CPP) est allouée à celui-ci.
C. Le Ministère public central du canton de Vaud forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant, sous suite de frais, principalement à son annulation et au renvoi de la cause en instance cantonale, subsidiairement à sa réforme en ce sens que le recours contre l'ordonnance du 7 octobre 2011 est rejeté.
X._ conclut, sous suite de dépens, à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours.
La Juge de la Chambre des recours pénale a renoncé à se déterminer et s'est référée à l'arrêt attaqué.
Considérant en droit:
1. Selon l'intimé, le recours en matière pénale serait irrecevable dès lors que la décision attaquée n'émanerait pas d'une autorité cantonale de dernière instance comme le prescrit l'art. 80 al. 2 LTF.
L'arrêt attaqué (consid. 1b) expose clairement que dans le cas d'espèce, la compétence pour traiter le recours revient non à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois mais à l'un de ses membres qui assume la direction de la procédure, en application de l'art. 395 al. 1 let. b CPP. La décision attaquée a donc de toute évidence été rendue par un tribunal supérieur dans une composition définie par le droit fédéral. Le recours en matière pénale est ainsi ouvert contre cette décision.
2. L'intimé affirme que le ministère public n'aurait pas d'intérêt au recours sous prétexte qu'il n'a pas contesté la décision de première instance du préfet fixant l'indemnité à 600 francs. L'argument est peu compréhensible. La décision attaquée n'est pas celle du préfet mais bien évidemment celle de deuxième instance qui fixe l'indemnité à 1'000 francs. On ne saurait reprocher au ministère public de n'avoir pas contesté la décision initiale, dont il ne critique pas le résultat quant au montant de 600 francs. Le ministère public a qualité pour former un recours en matière pénale en vertu de l'art. 81 al. 3 LTF, dans le cadre duquel il n'est pas restreint dans les griefs qu'il peut formuler (ATF 134 IV 36 consid. 4). Rien ne vient infirmer en l'occurrence son intérêt à recourir.
3. Invoquant une violation de son droit d'être entendu au regard des art. 390 al. 2 CPP et 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint de n'avoir pas été invité à se déterminer avant que l'autorité précédente statue et admette le recours sur la fixation de l'indemnité selon l'art. 429 al. 1 let. a CPP.
La décision de première instance du 7 octobre 2011 a été rendue sur délégation de compétence par un préfet, soit une autorité administrative (cf. art. 17 al. 1 CPP). Il ressort de cette décision qu'elle a été avalisée par le Procureur général, en application de l'art. 322 al. 1 CPP. Qu'une décision soit rendue en première instance par une autorité administrative à raison d'une délégation de compétence ne modifie pas pour autant le rôle procédural du ministère public dans la procédure de recours cantonale. Celui-ci est une partie à la procédure de recours, comme le prévoit l'art. 104 al. 1 let. c CPP.
L'art. 390 al. 2 1ère phrase CPP, qui concrétise la garantie du droit d'être entendu déduite de l'art. 29 al. 2 Cst., prévoit que "si le recours n'est pas manifestement irrecevable ou mal fondé, la direction de la procédure notifie le mémoire de recours aux autres parties et à l'autorité inférieure pour qu'ils se prononcent".
En l'espèce, l'autorité précédente a admis le recours en augmentant de 600 à 1'000 fr. le montant de l'indemnité selon l'art. 429 al. 1 let. a CPP mais n'a pas donné la possibilité au recourant, soit une partie selon l'art. 104 al. 1 let. c CPP, de se prononcer. Ce faisant, elle a violé l'art. 390 al. 2 CPP. Il peut arriver qu'une violation du droit d'être entendu n'entraîne pas l'annulation de la décision attaquée lorsqu'on ne voit pas quelle influence la violation peut avoir eu (cf. arrêt 4A_153/2009 du 1er mai 2009 consid. 4.1 et réf. cit.). En l'espèce, le ministère public entend contester le montant de 1'000 fr. qui a été alloué, mettant en cause le nombre d'heures d'avocat pris en compte et le tarif horaire pratiqué. Selon lui, il faut s'en tenir au montant de 600 fr. alloué en première instance. On peut certes s'interroger sur l'opportunité du recours compte tenu de l'enjeu dans le cas d'espèce. Quoi qu'il en soit, il n'est pas exclu qu'une détermination du ministère public ait pu avoir une incidence sur le sort de la fixation de l'indemnité, l'autorité cantonale disposant à cet égard d'une marge d'appréciation importante, que le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec retenue (arrêt 1B_704/2011 du 11 juillet 2012 consid. 2.3.6 prévu pour la publication). Il n'est donc pas possible d'affirmer que la violation de l'art. 390 al. 2 CPP n'a eu aucune incidence. Il se justifie ainsi d'admettre le recours et de renvoyer la cause en instance cantonale pour nouvelle décision. Le bien-fondé du recours sur ce point et le renvoi de la cause en instance cantonale qu'il implique rendent superflu l'examen des griefs de fond soulevés.
4. L'intimé s'est déterminé et a conclu à l'irrecevabilité, respectivement au rejet du recours. Quoiqu'il succombe, il peut être renoncé à la perception de frais judiciaires compte tenu des circonstances (art. 66 al. 1 seconde phrase LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens au ministère public (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 27 août 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Gehring