Fatti:
A. L'avv. Marina Masoni è stata Consigliera di Stato dal 1995 al 2007, dirigendo il Dipartimento delle finanze e dell'economia (DFE). Al momento della sua entrata in funzione non avrebbe rinvenuto alcun archivio di direzione: ne ha quindi costituito uno contenente in particolare copie di incarti studiati ed elaborati (con annotazioni, commenti personali ecc.), carte, lettere e annotazioni concernenti la sua attività nella Banca Nazionale, in consigli di amministrazione, in commissioni federali e nell'ambito del partito, nonché testi e discorsi pubblici, interventi parlamentari, conferenze stampa, interviste e, infine, biglietti privati di auguri e di sostegno ricevuti da cittadini e amici. L'archivio, costituito da oltre un migliaio di scatole, è stato trasferito, nel corso degli anni e alla fine della carica, a Lugano.
B. Con scritto del 4 dicembre 2007, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha chiesto all'interessata di restituire, entro dieci giorni, l'intero archivio, poiché di valenza essenzialmente pubblica e necessario per assicurare la continuità e il coordinamento delle attività del DFE, dell'Amministrazione e del Governo, ritenuto che gli atti litigiosi non potrebbero essere considerati alla stregua di documenti privati o personali. L'Esecutivo cantonale ha auspicato che non fossero allestite copie e precisato che l'interessata poteva definire le modalità di riconsegna con il Cancelliere dello Stato.
C. Contro questa lettera Marina Masoni, l'11 dicembre 2007, ha presentato un ricorso al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino. Chiedeva, in via superprovvisionale, di sigillare l'archivio e di consegnarlo alla Corte cantonale e, in via subordinata, che un delegato di detta Corte sigillasse ogni scatola presso il luogo di deposito: postulava inoltre di concedere l'effetto sospensivo al gravame, negando il diritto di accedere all'archivio e di invitare il Consiglio di Stato a trasmettere alla Corte cantonale una lista degli incarti di cui necessitava non reperibili presso gli uffici competenti. Nel merito, chiedeva di annullare la decisione impugnata, subordinatamente di farla riesaminare dalla Corte adita per determinare quali incarti non fossero reperibili presso il Governo cantonale e per tutelare i diritti di terzi interessati.
La ricorrente rilevava di non comprendere perché il Governo cantonale si sarebbe accorto soltanto dopo otto mesi dalla sua mancata rielezione dell'asserito intralcio alle funzioni del DFE. Gli incarti rilevanti per l'attività statale, da lei ricevuti in copia, sarebbero infatti in possesso dei servizi competenti: quelli trasferiti a Lugano costituirebbero per contro un archivio personale, tra cui figurerebbero anche atti soggetti al segreto postale e professionale di terzi. La ricorrente faceva valere una violazione dei principi della proporzionalità e della parità di trattamento, una lesione della libertà personale e della sfera privata, del suo diritto di proprietà e di non meglio specificate norme che tutelano gli interessi e la sfera personale e professionale di terzi. Sottolineava poi, accennando agli art. 61 e 62 PA, che, sebbene l'istanza potesse essere proposta soltanto nella forma del ricorso formale, non intendeva tanto ottenere una decisione formale, quanto far dirigere correttamente la cernita degli atti.
D. Con scritto del 13 dicembre 2007, il Presidente del Tribunale cantonale amministrativo ha comunicato alle parti l'incompetenza della Corte adita e la sua rinuncia, per il momento, di aprire un procedimento formale. Si dichiarava nondimeno disposto a fungere da mediatore per dirimere la vertenza "in modo pragmatico e discreto".
E. Mediante decisione del 3 marzo 2008, il Tribunale cantonale amministrativo ha dichiarato il ricorso irricevibile per incompetenza manifesta e ha trasmesso gli atti al Tribunale federale giusta l'art. 48 cpv. 3 della legge federale sul Tribunale federale, del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110). Ha rilevato che il Governo cantonale, con un comunicato stampa del 29 febbraio 2008, avrebbe respinto la citata proposta di dirimere la vertenza in "modo informale". La Corte cantonale ha stabilito che il sistema enumerativo vigente non prevede la sua competenza per il caso in esame. Ha poi rilevato che l'art. 60 cpv. 2 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1996, previsto dal messaggio 13 novembre 2007 (n. 5994), secondo cui esso sarebbe competente a decidere tutti i ricorsi proposti contro le decisioni del Consiglio di Stato, non dichiarate definitive dalla legge né impugnabili dinanzi a un'altra autorità, non è ancora stato approvato dal Gran Consiglio. La contestazione non rivestirebbe infine carattere civile, per cui la sua competenza non potrebbe essere dedotta neppure dall'art. 6 CEDU.
F. Il 5 marzo 2008 la ricorrente, rilevato che l'incontro previsto per il giorno seguente per una prima seduta di conciliazione, a causa dell'emanazione del citato giudizio, è caduto, chiede al Tribunale federale di pronunciarsi sulle domande superprovvisionali. Il 7 marzo seguente ha presentato una domanda di sospensione, accennando al fatto che il Consiglio di Stato, il 5 marzo 2008, ha ribadito il precedente scritto.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.
Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF). Esso vaglia quindi d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (DTF 133 II 353 consid. 1, 249 consid. 1.1). Non spetta infatti all'autorità cantonale, ma soltanto al Tribunale federale pronunciarsi sull'ammissibilità dei ricorsi sottopostigli (DTF 121 I 173 consid. 2a in fine).
1.2 L'art. 48 cpv. 3 LTF, concernente l'osservanza dei termini, recita che il termine è reputato osservato anche se l'atto scritto perviene in tempo utile all'autorità inferiore o a un'autorità federale o cantonale incompetente. In tal caso, l'atto dev'essere trasmesso senza indugio al Tribunale federale. Contrariamente alla norma in vigore, l'art. 44 cpv. 3 del progetto della LTF prevedeva l'osservanza del termine soltanto se l'atto scritto giungeva in tempo utile all'autorità inferiore o a un'autorità federale. Nel messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, del 28 febbraio 2001 (pag. 3855 e 4034), il Consiglio federale precisava semplicemente che i capoversi 1 e 3 dell'art. 44 corrispondono all'art. 32 cpv. 3-5 OG (l'art. 32 cpv. 4 lett. a OG prevedeva che l'atto era reputato tempestivo se perveniva tempestivamente a un'altra autorità federale o all'autorità che ha preso la decisione; per il ricorso di diritto amministrativo vigeva per contro la disciplina dell'art. 107 cpv. 1 OG, secondo cui il termine era osservato anche quando il ricorso era indirizzato in tempo utile a un'autorità incompetente: su questo tema vedi DTF 121 I 93, 173 consid. 3; sentenza 1P.685/1994 del 13 aprile 1995 consid. 1c e d).
1.2.1 Nell'ambito dei lavori parlamentari, il Consiglio degli Stati ha accettato la proposta formulata da Thomas Pfisterer di completare il capoverso 4 con l'aggiunta "o a un'autorità federale o cantonale incompetente". Il Consigliere agli Stati Rolf Schweiger, in nome della Commissione, non si è opposto alla richiesta ("Die Kommission widersetzt sich diesem Antrag nicht, weil es um die Korrektur der Fahne geht, die offensichtlich nicht richtig ist."; Boll. Uff. 2003 II 896). Il Consiglio nazionale ha accettato senza commenti e modifiche questa proposta (Boll. Uff. 2004 III 1593).
1.2.2 Nella decisione impugnata il Tribunale cantonale amministrativo ha rilevato la sua manifesta incompetenza e quindi la chiara irricevibilità del ricorso. La ricorrente non ha addotto, per il momento, di voler impugnare questa decisione d'irricevibilità. Per di più, già con il menzionato scritto del 13 dicembre 2007, il Presidente della Corte cantonale aveva rilevato detta incompetenza. In siffatte circostanze, qualora la ricorrente riteneva che lo scritto governativo costituisse una decisione impugnabile, quesito sul quale essa non si esprime, avrebbe dovuto adire tempestivamente, come poteva farlo e come richiesto dal principio della buona fede processuale, il Tribunale federale (art. 100 LTF): la tempestività del ricorso è quindi più che dubbia.
Nulla le impediva poi, semmai, di chiedere la sospensione formale della procedura federale in attesa delle trattative in corso tra le parti (art. 71 LTF in relazione con l'art. 6 PC). Come avvocato non poteva infatti attendere semplicemente l'esito, rivelatosi poi sfavorevole, della non meglio precisata procedura informale di "mediazione". Non spetta infatti al Tribunale federale, che può statuire soltanto nell'ambito delle procedure rette e disciplinate dalla LTF, pronunciarsi sulle strategie difensive adottate da un legale. La trasmissione del ricorso da parte del Tribunale cantonale amministrativo, avvenuta peraltro quasi tre mesi dopo l'accertata incompetenza, non può mutare tale esito, anche se, di massima, il termine è da considerare osservato pure quando l'autorità incompetente disattenda l'obbligo di trasmettere senza indugio l'atto scritto (cfr. DTF 118 Ia 241; sentenza 1P.388/2002 del 24 settembre 2002 consid. 1.2; Kathrin Amstutz/Peter Arnold in Basler Kommentar BGG, n. 21 all'art. 48). D'altra parte, la ricorrente, cognita del diritto, non ha chiesto al Governo cantonale di emanare una decisione impugnabile (cfr. sentenza 2C_8/2007 del 27 settembre 2007 consid. 1.3).
In siffatte circostanze la questione di sapere se l'art. 48 cpv. 3 LTF possa essere applicato nella fattispecie non dev'essere esaminata oltre, anche per gli ulteriori motivi di cui si dirà.
1.3 Secondo l'art. 82 LTF, il Tribunale federale giudica, tra l'altro, i ricorsi contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico (lett. a).
1.3.1 Il criticato scritto governativo, come ritenuto anche dalla Corte cantonale, è succintamente motivato e sprovvisto della necessaria indicazione dei rimedi di diritto (art. 112 cpv. 1 lett. d LTF), carenza che non può invero causare alcun pregiudizio alle parti (art. 49 LTF). Nello stesso, non vi è alcun accenno a una qualsiasi norma di legge sulla quale poggerebbe l'invito governativo, dalla quale si potrebbe dedurre la competenza di un'eventuale autorità di ricorso cantonale. Per di più, lo scritto, che costituisce in sostanza un semplice invito - o richiesta come rilevato nello stesso - a voler produrre l'archivio litigioso, non contiene alcuna sanzione in caso di mancata osservanza. In queste circostanze non è ravvisabile un interesse degno di protezione, segnatamente un interesse pratico e attuale a farlo annullare (sentenza 1C_89/2007 del 13 luglio 2007 consid. 1.3), ritenuto ch'esso non impone in maniera vincolante obblighi alla ricorrente. Questa del resto nemmeno cerca di dimostrare, come le incombeva, l'esistenza di un siffatto interesse. Anche la Corte cantonale rileva che lo scritto in questione non è atto a ripercuotersi su diritti e doveri di natura privatistica dell'insorgente. Il criticato documento non parrebbe pertanto costituire una decisione impugnabile dinanzi al Tribunale federale.
1.3.2 Spettava d'altra parte alla ricorrente, avvocato, fornire tempestivamente al Tribunale federale tutte le circostanze di fatto, che possano tornare utili per la verifica della tempestività e dell'ammissibilità in generale del gravame e ad offrire i mezzi di prova appropriati (cfr. DTF 133 II 249 consid. 1.1; 130 IV 43 consid. 1.4). Certo, nell'istanza di sospensione, la ricorrente si riserva di completare e di adeguare il ricorso e di precisare la natura dei gravami, che entrerebbero in linea di conto secondo la LTF. Con quest'argomentazione ella disattende tuttavia che, di massima, un gravame non può essere completato a piacimento, ma soltanto entro il termine perentorio di ricorso.
1.3.3 Non si comprende, d'altra parte, su quali norme legali sarebbe fondato l'invito governativo, segnatamente se su norme attinenti al rapporto di lavoro di diritto pubblico esistito tra le parti, tra le quali potrebbe rientrare anche quello inerente ai magistrati (cfr. Thomas Häberli in: Basler Kommentar BGG, n. 168 all'art. 83): in tal caso l'ammissibilità del ricorso, ritenuto che la causa non concerne una controversia patrimoniale, parrebbe essere esclusa (art. 83 lett. g LTF).
1.3.4 Nell'ipotesi in cui la questione atterrebbe al diritto di proprietà, come parrebbe sostenere la ricorrente, la causa, contrariamente all'assunto della Corte cantonale, potrebbe rivestire una valenza civile, per cui l'esclusione dell'art. 6 CEDU non sarebbe affatto manifesta, come la competenza, se del caso, delle autorità civili cantonali. Né può essere del tutto escluso un controllo giudiziario a livello cantonale, qualora si fosse in presenza di un'ingerenza nei diritti fondamentali, tutelati dalla citata norma. Infine, nell'ipotesi in cui la mancata produzione dell'archivio potrebbe aver cagionato un danno e comportare un'eventuale responsabilità di un membro di un organo esecutivo del Cantone, potrebbe essere applicabile la legge ticinese sulla responsabilità civile degli enti pubblici e degli agenti pubblici, del 24 ottobre 1988 (art. 1 lett. a, art. 3 lett. b; sull'eventuale competenza del Gran Consiglio cfr. l'art. 20 cpv. 2 lett. a, e per la competenza giudiziaria, l'art. 22). Del resto, anche nello scritto del 5 marzo 2008, il Consiglio di Stato si limita a rilevare, senza aggiungere ulteriori precisazioni, che in caso di ulteriore inosservanza dell'invito si riserva "di intraprendere i passi che riterrà necessari", per cui non è dato neppure di sapere se si è o no in presenza di una decisione cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF).
1.3.5 Ne segue che, nelle descritte particolari circostanze, il Tribunale federale non può esaminare, con sufficiente cognizione di causa, un'eventuale sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e segnatamente se si sia in presenza di un ricorso in materia di diritto pubblico o in materia civile o in materia penale o di un eventuale ricorso sussidiario in materia costituzionale, né si giustifica di procedere a uno scambio di scritti con l'autorità che potrebbe presumere competente (art. 29 cpv. 2 LTF).
2. 2.1 Ne segue che il ricorso è inammissibile. Viste le particolarità della causa si può eccezionalmente rinunciare a prelevare spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 LTF).
2.2 L'emanazione del presente giudizio rende prive di oggetto sia le domande di misure superprovvisionali sia di sospensione della procedura.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione alla ricorrente, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.