Sachverhalt:
A. Am 11. Dezember 2005 ereignete sich im Skigebiet Engelberg-Titlis ein Skiunfall, bei dem Y._ mit X._ kollidierte. Mit Strafklage vom 6. März 2006 beantragte Letztere, ihr Unfallgegner sei wegen (vorsätzlicher schwerer, eventuell einfacher, subeventuell wegen fahrlässiger) Körperverletzung zu bestrafen. Der Angeschuldigte habe ihr zudem Schadenersatz (in noch nicht bekannter Höhe) sowie eine Genugtuung von Fr. 100'000.-- zu bezahlen.
B. Am 1. Februar 2007 verfügte das Verhöramt Obwalden die Einstellung der von ihm eröffneten Strafuntersuchung. Eine von der Privatstrafklägerin am 26. Februar 2007 dagegen erhobene Beschwerde entschied die Obergerichtskommission des Kantons Obwalden am 9. Mai 2008 wie folgt:
"1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass die definitive Einstellung des Verfahrens gegen den Beschwerdegegner gemäss Einstellungsverfügung vom 11." (recte: 1.) "Februar 2007 aufgehoben und durch eine vorläufige Einstellung ersetzt wird. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Verhöramt wird angewiesen, nach dem Wegfall des Grundes für die vorläufige Verfahrenseinstellung über das Schicksal des hier hän- gigen Verfahrens gegen den Beschwerdegegner im Sinne der Erwä- gungen zu entscheiden.
3. Die Verfahrenskosten gehen zulasten des Staates.
4. (Mitteilung)."
C. Gegen den Entscheid der Obergerichtskommission vom 9. Mai 2008 gelangte X._ mit Beschwerde vom 16. Juni 2008 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung von Ziffer 2 des angefochtenen Entscheides sowie die Zusprechung einer angemessenen Parteientschädigung für das kantonale Beschwerdeverfahren.
Die Obergerichtskommission beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Verhöramt am 22. August 2008 auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet hat. Vom privaten Beschwerdegegner ist keine Vernehmlassung eingegangen.
Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen prozessualen Zwischenentscheid, der das Strafverfahren nicht abschliesst. Die Beschwerde dagegen ist nur zulässig, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen von Art. 92-94 BGG erfüllt sind. Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichtes behandelt alle diesbezüglichen Beschwerden in Strafsachen (Art. 29 Abs. 3 BGerR; BGE 133 IV 278 E. 1.1 S. 280; nicht amtlich publ. E. 3 von BGE 133 IV 182).
2. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin geht es hier nicht um den Fall einer unrechtmässigen Verweigerung eines anfechtbaren Entscheides im Sinne von Art. 94 BGG. Die von ihr eingereichte Beschwerde wurde teilweise gutgeheissen, indem die definitive Verfahrenseinstellung durch eine vorläufige ersetzt wurde. Im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen. Auch das separate Gesuch der Beschwerdeführerin um Wiederaufnahme des sistierten Verfahrens wurde im angefochtenen Entscheid (Seiten 4-5) ausdrücklich erwähnt und konkludent abgewiesen. Eine Rechtsverzögerung im Sinne von Art. 94 BGG wird in der Beschwerde (mit Recht) nicht geltend gemacht. Die Gründe für die zeitliche Dauer des kantonalen Beschwerdeverfahrens (und der hängigen Strafuntersuchung) werden im angefochtenen Entscheid im Übrigen ausführlich dargelegt.
Da auch die Eintretensvoraussetzungen von Art. 92 und Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG hier nicht erfüllt sind, bleibt die Anwendbarkeit von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zu prüfen.
3. Als oberste rechtsprechende Behörde des Bundes soll sich das Bundesgericht in der Regel nur einmal mit der gleichen Streitsache befassen müssen. Nach ständiger Praxis zu Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG (und schon zum altrechtlichen Art. 87 Abs. 2 OG) ist ein Vor- oder Zwischenentscheid daher nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen (für die rechtsuchende Partei günstigen) Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 134 I 83 E. 3.1 S. 86 f.; 134 IV 43 E. 2.1 S. 45; 133 IV 139 E. 4 S. 141, 288 E. 3.1 S. 291, 355 E. 4 S. 338, je mit Hinweisen). Ein nicht verfahrensabschliessender Zwischenentscheid begründet grundsätzlich selbst dann keinen nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteil, wenn er zu einem zusätzlichen Verfahrensaufwand führt (BGE 133 IV 121 E. 1.3 S. 125). Dies gilt insbesondere für die Rückweisung eines Strafverfahrens zur weiteren Untersuchung, welche eine Verfahrensverzögerung oder zusätzliche Kosten nach sich zieht (BGE 133 IV 139 E. 4 S. 141 mit Hinweisen). Bei strafprozessualen Sistierungsentscheiden kann ein Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG namentlich gegeben sein, falls ein definitiver und erheblicher Beweisverlust droht (Bundesgerichtsurteil 1B_226/2007 vom 11. Januar 2008 E. 3). Auch bei Einstellungsverfügungen ist ein effektiv drohender Nachteil vom Rechtsuchenden darzulegen (Urteil 1B_273/2007 vom 6. Februar 2008 E. 1.2-1.4).
3.1 Die Beschwerde richtet sich nicht gegen Ziffer 1 des Dispositives des angefochtenen Entscheides, wonach die definitive Einstellungsverfügung durch eine vorläufige ersetzt wird. In der Beschwerde wird folglich auch nicht dargelegt, inwiefern der Privatstrafklägerin in diesem Zusammenhang ein nicht wieder gutzumachender Nachteil entstünde.
3.2 Die Beschwerde richtet sich ausdrücklich gegen Ziffer 2 des Dispositives. Danach wird das Verhöramt angewiesen, nach dem Wegfall des Grundes für die vorläufige Verfahrenseinstellung über das Schicksal der hängigen Strafuntersuchung "im Sinne der Erwägungen" zu entscheiden. Die Beschwerdeführerin macht geltend, gemäss den Erwägungen des angefochtenen Entscheides bleibe das Verfahren so lange sistiert, bis der definitive Ausgang des von den schwedischen Behörden (in der gleichen Sache) eröffneten Strafverfahrens feststehe. Den nicht wieder gutzumachenden Nachteil sieht sie darin, dass ihr im angefochtenen Entscheid Rechtsvorkehren aufgebürdet würden, um den endgültigen Verfahrensausgang in Schweden festzustellen, und dass sie ihre Zivilansprüche (im Rahmen der Strafklage) nicht in angemessener Frist durchsetzen könne.
3.2.1 Die Vorbringen, das Untersuchungsverfahren werde (bis zum Wegfall des provisorischen Sistierungsgrundes) zeitlich verlängert und es würden (im Hinblick auf eine Wiederaufnahme und definitive Erledigung) weitere Prozessvorkehren nötig, begründen keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur im Sinne der dargelegten Praxis. Zwar macht die Beschwerdeführerin beiläufig auch noch geltend, es drohe ihr durch die provisorische Sistierung des Verfahrens ein "Beweisverlust". Sie legt in diesem Zusammenhang jedoch nicht dar, welche konkreten und erheblichen Beweise ihr definitiv verloren gingen, wenn diese nicht sofort sichergestellt würden (vgl. Art. 97a Abs. 2 StPO/OW). Insbesondere führt sie nicht aus, weshalb allfällige Zeugen und andere Gewährspersonen nicht in einem späteren Zeitpunkt noch befragt werden könnten (vgl. Urteil 1B_226/2007 vom 11. Januar 2008 E. 3). Ein definitiver Beweisverlust im Sinne der einschlägigen Rechtsprechung wird auch aus den vorliegenden Akten nicht ersichtlich.
3.2.2 Mangels Nachteils im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG kann auf die gegen Ziffer 2 des angefochtenen Entscheiddispositives gerichteten Rügen nicht eingetreten werden.
3.3 Schliesslich richtet sich die Beschwerde noch gegen das Kostendispositiv bzw. gegen die Verweigerung einer Parteientschädigung im kantonalen Beschwerdeverfahren.
3.3.1 Im angefochtenen Entscheid wird erwogen, die Beschwerdeführerin habe beantragt, bereits "über die bisherigen Verfahrenskosten masslich zu befinden". Da das Strafverfahren jedoch nicht abzuschliessen, sondern lediglich im Sinne eines Zwischenentscheides vorläufig einzustellen sei, erscheine es "nicht angebracht, die bisherigen Verfahrenskosten und Parteientschädigungen im Verfahren vor Verhöramt bereits festzusetzen und zu verlegen". Was das kantonale Beschwerdeverfahren betrifft, sehe das Prozessrecht eine Parteientschädigung zulasten des Kantons, wie sie die Beschwerdeführerin beantragt habe, nicht vor. Ein Begehren um Zusprechung einer Parteientschädigung zulasten des privaten Beschwerdegegners habe sie nicht gestellt, weshalb offen bleiben könne, ob ein entsprechender Anspruch bestünde.
3.3.2 Da die Beschwerdeführerin in Ziffer 3 des angefochtenen Entscheides nicht mit Verfahrenskosten belastet wird und allfällige Parteientschädigungen (für die Strafuntersuchung) ausdrücklich dem ausstehenden Endentscheid in der Strafsache vorbehalten werden, besteht auch diesbezüglich kein Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG. Was das kantonale Rekursverfahren betrifft, räumt die Beschwerdeführerin ein, dass sie "eine Parteientschädigung zu Lasten des Angeschuldigten explizit nicht beantragt" habe. Sie bestreitet auch nicht, dass das kantonale Verfahrensrecht für solche Fälle keine Parteientschädigung zulasten des Staates vorsieht (vgl. Art. 181b i.V.m. Art. 179a StPO/OW). Bei dieser Sachlage ist die von ihr erhobene Willkürrüge nicht ausreichend substanziiert (Art. 43 Abs. 2 Satz 1 i.V.m. Art. 98 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Dies umso weniger, als die Beschwerdeführerin im kantonalen Rekursverfahren in der Hauptsache (Fortsetzung bzw. Wiederaufnahme der Strafuntersuchung) unterlegen ist.
4. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführerin stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege (unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung). Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (und insbesondere die finanzielle Bedürftigkeit der Gesuchstellerin ausreichend glaubhaft gemacht wird), kann dem Begehren entsprochen werden (Art. 64 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin, Rechtsanwältin Vroni Schwitter, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Verhöramt und der Obergerichtskommission des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster