Fatti:
A. In seguito ad eventi meteorologici verificatisi nel luglio e nel settembre 2008, dei canali sul Piano di Magadino sono straripati causando, tra l'altro, a detta dell'Associazione A._ (di seguito: Associazione), dei danni alle coltivazioni di diversi orticoltori. Undici di questi hanno sottoscritto a favore dell'Associazione altrettanti "atti di cessione" concernenti le loro pretese risarcitorie nei confronti dello Stato della Repubblica e Cantone del Ticino e del Consorzio B._ (di seguito: Consorzio). Con petizione del 27 marzo 2009 l'Associazione ha quindi convenuto la Repubblica e Cantone del Ticino e il Consorzio dinanzi alla Pretura del Distretto di Bellinzona, chiedendo che venissero condannati a versare in solido la somma di fr. 1'970'641.-- oltre interessi, ridotta successivamente a fr. 1'852'105.--. Pronunciandosi il 27 giugno 2011 sull'eccezione di carenza di legittimazione attiva sollevata dai convenuti, il Pretore l'ha ammessa e ha quindi respinto la petizione.
B. Adita con appello dall'Associazione il 27 luglio 2011, la Seconda Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino l'ha accolto il 15 novembre 2012. La Corte cantonale ha di conseguenza riformato il giudizio pretorile nel senso che l'eccezione di carenza di legittimazione attiva sollevata dai convenuti andava respinta, ha proceduto ad un nuovo riparto delle spese e delle ripetibili di prima istanza ed ha rinviato gli atti al Pretore affinché proseguisse nei propri incombenti.
C. Il 7 gennaio 2013 - come il 31 dicembre precedente lo Stato della Repubblica e Cantone Ticino (causa 2C_5/2013) - il Consorzio ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia civile nel quale lamenta la violazione degli art. 164 segg. CO.
ll Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti, chiedendo solo nel parallelo procedimento la trasmissione degli atti cantonali.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43).
2. 2.1 La via d'impugnazione di decisioni incidentali - come quella ora in esame (cfr. consid. 3) - segue essenzialmente quella della vertenza di fondo (DTF 137 III 261 consid. 1.4). Nel caso concreto il merito della controversia riguardo pretese di risarcimento fondate sia sulla responsabilità del Consorzio quale corporazione di diritto pubblico cantonale con personalità giuridica propria nell'esercizio di una funzione pubblica (art. 1 lett. c della legge ticinese sulla responsabilità civile degli enti pubblici e degli agenti pubblici del 24 ottobre 1988 [LResp; RL/TI 2.6.1.1]) sia sulla sua responsabilità di proprietario di un'opera ai sensi dell'art. 58 CO.
2. 2.1 La via d'impugnazione di decisioni incidentali - come quella ora in esame (cfr. consid. 3) - segue essenzialmente quella della vertenza di fondo (DTF 137 III 261 consid. 1.4). Nel caso concreto il merito della controversia riguardo pretese di risarcimento fondate sia sulla responsabilità del Consorzio quale corporazione di diritto pubblico cantonale con personalità giuridica propria nell'esercizio di una funzione pubblica (art. 1 lett. c della legge ticinese sulla responsabilità civile degli enti pubblici e degli agenti pubblici del 24 ottobre 1988 [LResp; RL/TI 2.6.1.1]) sia sulla sua responsabilità di proprietario di un'opera ai sensi dell'art. 58 CO.
2.2 2.2.1 Trattandosi della responsabilità statale è aperta, per consolidata prassi, la via del ricorso in materia di diritto pubblico - salvo per quanto attiene alla responsabilità dello Stato per attività medica da fare valere mediante ricorso in materia civile (cfr. art. 72 cpv. 2 lett. b LTF; art. 31 cpv. 1 lett. d RTF [RS 173.110.131]; DTF 135 III 329 consid. 1.1; sentenza 4A_580/2008 del 17 marzo 2009 pubblicata in RtiD 2009 II pag. 615 consid. 1.1) - se il valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 85 lett. a LTF), ciò che è il caso in concreto, le pretese della parte attrice in sede cantonale eccedendo il milione di franchi. Il fatto che in Ticino il procedimento si svolge dinanzi al giudice civile ordinario, che applica il Codice di procedura civile (art. 22 cpv. 1 prima frase LResp) nonché il diritto privato federale a titolo suppletivo (art. 29 LResp), non è determinante (causa 2C_443/2012 del 27 novembre 2012 consid. 1.2 e riferimenti): queste norme di diritto privato federale integrano infatti la legge cantonale sulla responsabilità ed assumono la valenza di diritto pubblico cantonale suppletivo (art. 29 LResp; DTF 138 I 232 consid. 2.4 pag. 236 seg. e riferimenti), la cui violazione (diritto cantonale/diritto cantonale suppletivo) va vagliata nell'ambito di un ricorso in materia di diritto pubblico unicamente dal profilo dell'arbitrio (DTF 138 I 232 consid. 2.4 pag. 236 seg. e riferimenti).
2.2.2 Per quanto concerne per contro la responsabilità del proprietario dell'opera ex art. 58 CO, trattandosi di una controversia civile riferita all'applicazione del diritto federale, è invece aperta la via del ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 1 LTF). Detto rimedio è in casu ammissibile dato che il valore di lite esatto dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF è ampiamente superato. Il Tribunale federale si pronuncia sulla violazione del diritto federale così come delimitato agli art. 95 e 96 LTF ed applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Ciò nondimeno le esigenze di motivazione dell'art. 42 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.1 pag. 245 seg.), rispettivamente dell'art. 106 cpv. 2 LT se è criticata la lesione di diritti costituzionali (DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246), devono essere adempiute, pena l'inammissibilità dell'impugnativa.
2.2.3 Nel caso di specie sia il ricorso in materia di diritto pubblico che quello in materia civile sembrano a prima vista ricevibili, con la conseguenza che tutte le censure sollevate potrebbero, per attrazione di competenza, essere esaminate nell'uno o nell'altro rimedio. Ci si può poi chiedere se considerati i diversi aspetti giuridici sollevati, la fattispecie non dovrebbe, indipendentemente dalla via di diritto scelta, essere valutata con libero potere d'esame. Sennonché non occorre pronunciarsi su questi aspetti (rimedio di diritto, cognizione), dato che per i motivi esposti di seguito (cfr. consid. 3) il gravame si rivela comunque irricevibile.
3. La sentenza impugnata riconosce la legittimazione attiva (negata in prima istanza) della parte attrice e rinvia la causa al giudice di primo grado per le proprie incombenze. Poiché non pone fine al procedimento (art. 90 LTF) - pronunciandosi unicamente su di una questione pregiudiziale di diritto materiale (DTF 123 III 60 consid. 3a pag. 63) - essa costituisce una decisione incidentale, notificata separatamente. Avverso la stessa, il ricorso è ammissibile soltanto se sono adempiute le condizioni cumulative dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF (il ricorrente stesso ammettendo che non vi è pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF), ossia se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa. La prima esigenza è senz'altro soddisfatta: se il ricorso venisse accolto, e quindi negata la legittimazione ad agire dell'Associazione, la decisione del Tribunale federale porrebbe immediatamente fine alla procedura. La seconda condizione non è invece data. Come accennato in precedenza oggetto del contendere è, segnatamente, una vertenza in materia di responsabilità statale nella quale, oltre al Consorzio qui ricorrente, è convenuto anche lo Stato della Repubblica e Cantone del Ticino. Sennonché il parallelo ricorso presentato dallo Stato ticinese contro la decisione incidentale ora in esame è stato dichiarato inammissibile (causa 2C_5/2013 del 21 gennaio 2013). Questa decisione d'inammissibilità implica che le competenti autorità cantonali dovranno procedere in ogni caso all'istruttoria della causa per quanto riguarda lo Stato della Repubblica e Cantone del Ticino, istruttoria la quale, considerate le numerose richieste di sopralluoghi, di perizie e di accertamenti peritali formulate dalle parti, che concernono per di più un ampio territorio e una moltitudine di proprietari, si appalesa ampia e complessa. È quindi indubbio che una procedura probatoria defatigante o dispendiosa non potrà comunque sia essere evitata. Non essendo adempiuta la seconda delle condizioni cumulative poste dall'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF, anche il presente gravame sfugge pertanto ad un esame di merito.
Per quanto precede, il gravame va dichiarato inammissibile secondo la procedura semplificata dell'art. 108 cpv. 1 lett. a LTF.
4. Le spese seguono la soccombenza (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF) e vanno poste a carico del Consorzio il quale aveva un interesse pecuniario nella causa (art. 66 cpv. 4 LTF). Non si accordano invece ripetibili alla controparte, la quale non è stata chiamata ad esprimersi (art. 68 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Seconda Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.