Faits :
A. X._ SA, dont le siège est à B._, a pour but l'administration de participations dans des sociétés ou entités, l'achat, la vente et le placement d'actions, d'obligations cotées et de prêts obligataires, ainsi que la coordination sur le plan financier, technique et administratif de sociétés filles et liées. Son capital-actions était de 2'000'000'000 fr., divisé en 2'000'000 actions au porteur de 1'000 fr. En juin 2004, il a été réduit à 100'000'000 fr., soit 100'000 actions de 1'000 fr. au porteur, lesquelles ont été transformées en actions nominatives en juillet 2005. X._ SA est détenue majoritairement par la société italienne Y._ SpA. Au moment des faits relevants, soit en 2002, Y._ SpA détenait 1'999'995 actions, les cinq actions restantes appartenant respectivement aux cinq administrateurs.
B. Lors de l'assemblée générale des actionnaires de X._ SA du 8 avril 2002, les comptes de l'exercice clos au 31 décembre 2001 ont été approuvés. Il a été décidé de distribuer un dividende de 22'000'000 fr. payable le 4 décembre 2002. X._ SA a alors annoncé ce dividende à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) au moyen de la formule 103 datée du 8 avril 2002. Il en résultait un impôt anticipé de 7'700'000 fr.
En novembre 2002, les actionnaires de X._ SA ont été convoqués à une assemblée générale extraordinaire. Lors de cette assemblée tenue le 11 décembre 2002, les actionnaires ont décidé de révoquer la distribution du dividende de 22'000'000 fr. Une nouvelle formule 103 a été envoyée à l'Administration fédérale indiquant qu'aucun dividende ne serait distribué pour l'exercice 2001.
Par courrier du 14 février 2003, l'Administration fédérale a fait savoir à X._ SA que la créance d'impôt anticipé avait pris naissance à l'échéance du dividende fixée au 4 décembre 2002 et que l'annulation du dividende du 11 décembre 2002 était sans effet à cet égard. X._ SA devait dès lors s'acquitter de l'impôt anticipé de 7'700'000 fr. Ladite Administration ajoutait dans sa lettre que la renonciation à un dividende échu constituait un versement supplémentaire soumis au droit de timbre. En l'espèce, il en résultait un droit de timbre de 220'000 fr., soit le 1% du dividende de 22'000'000 fr.
A la suite d'un échange de correspondance au terme duquel chaque partie a maintenu sa position, l'Administration fédérale a notifié à X._ SA une décision du 30 juillet 2003 sommant la société de verser l'impôt anticipé de 7'700'000 fr. et le droit de timbre de 220'000 fr. Un entretien a eu lieu le 25 août 2003 entre l'Administration fédérale et les représentants de X._ SA au cours duquel ceux-ci ont expliqué que la renonciation de Y._ SpA, d'entente avec X._ SA, au dividende en cause était intervenue en novembre 2002, soit avant l'assemblée générale du 11 décembre 2002 et avant l'échéance du dividende le 4 décembre 2002. X._ SA a déposé une réclamation le 15 septembre 2003. Elle invoquait une remise de dette du 18 novembre 2002 passée entre Y._ SpA, représentée par C._, et X._ SA, représentée par D._.
L'Administration fédérale a rejeté la réclamation de X._ SA le 7 avril 2004.
C. Par arrêt du 1er mars 2007, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis le recours et réformé la décision attaquée en ce sens que le droit de timbre s'élevait à 143'000 fr. et non à 220'000 fr. Il l'a rejeté pour le surplus.
Il a estimé en substance qu'en ne donnant pas suite à la requête de X._ SA d'entendre des témoins, soit C._, responsable des affaires sociétaires de Y._ SpA, et D._, administrateur délégué de X._ SA, l'Administration fédérale n'avait pas violé le droit d'être entendu de l'intéressée. En outre, il renonçait lui-même à entendre ces personnes estimant, d'une part, qu'il était à même de se forger une conviction sur la base des éléments figurant au dossier et que, d'autre part, une audition de proches de la société n'amènerait rien de probant.
Il a ensuite jugé que la créance fiscale avait effectivement pris naissance lors de l'échéance du dividende le 4 décembre 2002. La renonciation des actionnaires, entérinée par l'assemblée générale du 11 décembre 2002, n'avait aucun effet sur la créance, celle-ci étant née avant cette date. Quant à une remise de dette antérieure au 4 décembre 2002 invoquée par X._ SA, son existence n'était pas prouvée. En effet, la volonté de la société de conclure le contrat que représentait la remise de dette ne pouvait s'exprimer que par ses organes, respectivement par son assemblée générale. Or, aucun document n'attestait qu'une assemblée générale se serait tenue avant le 4 décembre 2002. L'application du droit italien n'aboutissait pas à une solution différente: en tant qu'acte unilatéral soumis à réception, la remise de dette ne produisait ses effets qu'à partir du moment où elle parvenait à la connaissance de la personne à laquelle elle était destinée. Tel n'avait été le cas que le 11 décembre 2002. Finalement, selon le Tribunal administratif fédéral, l'application de la "Stornopraxis" au dividende en cause n'était pas possible. Cette pratique n'était valable que pour les prestations appréciables en argent au sens strict et non pour les dividendes. En effet, les prestations appréciables en argent, soit les distributions dissimulées de bénéfice et les dividendes décidés par une assemblée générale, ne prenaient pas naissance au même moment. Le Tribunal administratif fédéral en a dès lors conclu que l'impôt anticipé de 35% du dividende distribué, soit 7'700'000 fr., était dû.
En renonçant au dividende échu, les actionnaires avaient ainsi abandonné leur créance envers X._ SA, effectuant ainsi un versement supplémentaire à la société soumis au droit de timbre. D'après le Tribunal administratif fédéral, celui-ci devait être calculé sur le montant net du dividende, soit 14'300'000 fr. (22'000'000 fr. ./. 7'700'000 fr.), et non sur le montant brut comme l'avait retenu l'Administration fédérale. Le droit de timbre se montait donc à 143'000 fr. (14'300'000 fr. x 1%).
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du 1er mars 2007 du Tribunal administratif fédéral, et de dire que le dividende décidé lors de l'assemblée générale du 8 avril 2002 et sa révocation en novembre 2002 n'entraînent ni le paiement d'un impôt anticipé ni celui d'un droit de timbre, subsidiairement, d'annuler l'arrêt du 1er mars 2007 du Tribunal administratif fédéral et de retourner la cause audit Tribunal ou à l'Administration fédérale afin qu'il soit procédé à l'audition, en qualité de témoin, de C._.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à se déterminer sur le recours. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours.
E. Par ordonnance du 9 mai 2007, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Devant le Tribunal fédéral, la recourante requiert l'audition de C._, responsable des affaires sociétaires de Y._ SpA, qui était en charge auprès de son employeur du "traitement de la révocation du dividende", afin de prouver que la décision prise par l'assemblée générale du 8 avril 2002 de verser un dividende de 22'000'000 fr., payable le 4 décembre 2002, avait été annulée en novembre 2002, soit avant l'échéance du dividende.
1.2 D'une part, l'autorité de céans s'estime suffisamment renseignée pour statuer en l'état du dossier. D'autre part, comme cela est indiqué ci-dessous (consid. 4 et 5), le fait qu'un accord informel ait été conclu ou non entre la recourante et Y._ SpA, avant l'échéance du dividende, en vue d'annuler celui-ci n'est pas relevant. Il n'y a dès lors pas lieu de procéder à l'audition sollicitée par la recourante, qui apparaît sans pertinence pour l'issue du litige.
2. 2.1 Selon la recourante, le Tribunal administratif fédéral n'a pas retenu - en violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) - qu'une convention de renonciation au dividende avait été conclue entre Y._ SpA et elle-même. Or, cet élément était crucial pour l'appréciation juridique de la présente cause.
Premièrement, elle avait demandé l'audition de deux témoins que le Tribunal administratif fédéral lui aurait refusée. Deuxièmement, ledit Tribunal avait appliqué, pour juger l'affaire, le droit italien, sans donner l'occasion à la recourante de se prononcer sur ce sujet.
2.2 L'intéressée a en effet demandé l'audition de deux témoins, soit C._ et D._, représentant respectivement Y._ SpA et X._ SA. Selon elle, ces personnes avaient été chargées de régler la révocation du dividende et leur audition, refusée par le Tribunal administratif fédéral, aurait permis de prouver que la décision d'annuler le dividende avait été prise en novembre 2002.
La garantie constitutionnelle du droit de faire administrer des preuves n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 130 II 425 consid. 2.1 p. 429; 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505/ 506). Tel a été le cas en l'espèce où le Tribunal administratif fédéral a renoncé à entendre les personnes susmentionnées, parce qu'il estimait être à même de se forger une opinion sur la base des éléments clairs de l'affaire et des pièces produites par la recourante. L'un des témoins proposés avait déjà été auditionné par l'Administration fédérale et le résumé de cet entretien figurait au dossier (décision attaquée consid. 3.4).
Le Tribunal administratif fédéral pouvait à bon droit estimer par appréciation anticipée des preuves que le témoignage des intéressés n'était pas déterminant, vu leurs liens avec les deux sociétés, le risque de collusion des intérêts et l'indépendance insuffisante dont ils jouissaient par rapport aux sociétés qui les employaient, pour que leurs déclarations soient probantes. En outre, il est exact qu'une telle audition n'était pas à même d'apporter des éléments pertinents pour la présente affaire (voir ci-après consid. 4.2).
2.3 Dans un second grief, la recourante se plaint de n'avoir pas pu se prononcer sur l'application du droit italien par le Tribunal administratif fédéral.
Le droit d'être entendu porte avant tout sur les questions de fait. Les parties doivent éventuellement aussi être entendues sur les questions de droit lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, lorsque la situation juridique a changé ou lorsqu'il existe un pouvoir d'appréciation particulièrement large (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 505; 127 V 431 consid. 2b; 126 I 19 consid. 2c).
La question du droit applicable, en particulier du droit italien, à la présente cause a été soulevée par le Tribunal administratif fédéral, qui a effectivement examiné, à titre subsidiaire, si une remise de dette pouvait être admise sous l'angle de ce droit. Dans sa motivation principale, elle a toutefois jugé ce point au regard du droit suisse en concluant qu'il n'y avait pas eu de remise de dette antérieure à l'échéance du dividende; par surabondance de droit, elle a admis que la résolution du cas aurait été identique selon le droit italien (arrêt attaqué consid. 6.2.3, 2e §, p. 16: "on pourrait toutefois encore se poser la question du droit applicable à la remise de dette"; arrêt attaqué consid. 6.2.3, 2e §, p. 16: "il s'imposerait donc de faire application du droit italien à la remise de dette"; arrêt attaqué consid. 6.2.3, 2e §, p. 17: "même si l'on faisait application du droit italien en ce qui concerne la seule remise de dette", etc.). L'examen du droit italien n'a donc pas influencé l'issue de la cause et une consultation des parties n'était pas nécessaire.
2.4 En conséquence, le droit d'être entendu de la recourante n'a pas été violé.
3. L'impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers a pour objet les intérêts, rentes, participations aux bénéfices et tous autres rendements dont, notamment, les rendements des actions, parts sociales et bons de participations ou de jouissance émis par une personne domiciliée en Suisse (art. 4 al.1 let. b de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé [ci-après: LIA; RS 642.21]). Selon l'art. 20 al. 1 de l'ordonnance d'exécution du 19 décembre 1966 de la loi fédérale sur l'impôt anticipé (ci-après: OIA; RS 642.211), est un rendement imposable d'actions, parts de sociétés à responsabilité limitée et sociétés coopératives, toute prestation appréciable en argent faite par la société aux possesseurs de droits de participations, ou à des tiers les touchant de près, qui ne se présente pas comme un remboursement des parts au capital social versé existant au moment où la prestation est effectuée (dividendes, boni, actions gratuites, bons de participation gratuits, excédents de liquidation, etc.).
L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable (art. 10 al. 1 LIA). Pour les revenus de capitaux mobiliers et les gains faits dans les loteries, la créance fiscale prend naissance au moment où échoit la prestation imposable (art. 12 al. 1 LIA). L'impôt anticipé s'élève pour les revenus de capitaux mobiliers et les gains faits dans les loteries à 35% de la prestation imposable (art. 13 al. 1 let. a LIA). L'impôt échoit sur les revenus de capitaux mobiliers - autres que les intérêts des obligations de caisse, des avoirs de clients auprès de banques ou de caisses d'épargne suisses et que les rendements de parts sociales de sociétés coopératives - et sur les gains faits dans les loteries, trente jours après la naissance de la créance fiscale (art. 16 al. 1 let. c LIA).
4. 4.1 La doctrine est unanime: si le dividende décidé par une société est échu, l'impôt anticipé est dû même si la société renonce ultérieurement au versement du dividende ou annule la décision relative à la répartition du bénéfice (Robert Pfund, Die eidgenössische Verrechnungssteuer, I. Teil, ch. 1.11 ad art. 12, p. 338; Conrad Stockar, Aperçu des droits de timbre et de l'impôt anticipé, 4e éd., p. 48; Conrad Stockar, Storni - eine Ausnahme bei der Verrechnungssteuer, in: L'Expert-comptable suisse, 1984/58, p. 357 ss, spéc. p. 358; Maja Bauer-Balmelli/Markus Küpfer/Hans Peter Hochreutener, Die Praxis der Bundessteuern, Stempelabgaben und Verrechnungssteuer, II. Teil, Band 2, 2. Kapitelerträge, no 18 et 22 ad art. 12). Cet impôt est dû quand bien même la renonciation intervient avant l'échéance de la créance d'impôt (art. 16 al. 1 let. c LIA).
La recourante ne conteste pas que le dividende décidé par l'assemblée générale du 8 avril 2002 est, en soi, un revenu soumis à l'impôt anticipé.
Elle ne conteste pas non plus que, le dividende étant payable le 4 décembre 2002, c'est à cette date que la créance d'impôt anticipé naissait (art. 12 LIA) et qu'une révocation du dividende après cette date n'aurait eu aucun effet sur la créance fiscale née le 4 décembre 2002.
En revanche, elle fait valoir le fait que Y._ SpA et elle-même avaient "conjointement renoncé" au dividende en novembre 2002, soit avant l'échéance de celui-ci. Dès lors, la créance d'impôt anticipé ne serait pas née et l'impôt ne serait pas dû.
4.2 L'assemblée générale des actionnaires a le droit inaliénable d'approuver le rapport annuel et les comptes de groupe (art. 698 al. 2 ch. 3 CO), ainsi que les comptes annuels qui se composent du compte de profits et pertes, du bilan et de l'annexe (art. 662 al. 2 CO) et de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan, en particulier de fixer le dividende et les tantièmes (art. 698 al. 2 ch. 4 CO).
La loi ne contient pas de règles sur l'annulation d'une décision prise par l'assemblée générale. Toutefois, compte tenu du fait que la décision relative à la distribution d'un dividende est une compétence inaliénable de l'assemblée générale et conformément au principe du parallélisme des formes, seule celle-ci peut annuler la décision de distribuer un dividende (cf. en cas de vice du consentement: Jean Nicolas Druey, Mängel des GV-Beschlusses, p. 139, in: Rechtsfragen um die Generalversammlung; Fiche juridique suisse, La société anonyme VIII, L'assemblée générale, no 7 p. 14). Une telle annulation entraîne, en outre, la modification des comptes de la société. Or, l'approbation des comptes est également une compétence inaliénable de l'assemblée générale. Une décision d'annulation, qui résulte du changement d'avis de la majorité des actionnaires, n'a qu'un effet ex nunc et non ex tunc (Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 2e éd., no 1333b in fine, p. 659).
En l'espèce, l'assemblée générale a révoqué la distribution du dividende décidée le 8 avril 2002 dans une séance tenue le 11 décembre 2002, soit postérieurement à l'échéance du dividende fixée au 4 décembre 2002 et, par conséquent, après la naissance de la créance d'impôt anticipé. Cette décision, qui ne pouvait avoir qu'un effet ex nunc, n'a eu aucune conséquence sur la naissance de la créance fiscale qui était antérieure et ne pouvait l'annuler rétroactivement.
5. Selon la recourante, une remise de dette aurait été convenue entre elle-même et Y._ SpA en novembre 2002, soit avant l'échéance du dividende, et aurait empêché la naissance de la créance fiscale.
5.1 La remise de dette conventionnelle (115 CO) est un contrat bilatéral, qui ne requiert pas de forme particulière, et non un acte unilatéral de disposition. La seule renonciation du créancier ne suffit pas à remettre la dette, elle doit être acceptée par le débiteur, ne fût-ce que tacitement (Pierre Tercier, Le droit des obligations, p. 265 ss, no 1344 et 1353). La remise de dette conventionnelle implique la réalisation de trois conditions: un contrat valable, une cause juridique valable et le pouvoir de disposer du créancier (Pierre Engel, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd, p. 763). Une remise de dette peut intervenir avant que la créance n'ait pris naissance (ATF 117 II 68 consid. 3a p. 69/70).
Même si aucune forme particulière n'est exigée pour une remise de dette, il n'en demeure pas moins que celle-ci, si elle intervient entre personnes morales, doit avoir été offerte par l'organe compétent de la société créancière et acceptée par l'organe également compétent de la société débitrice.
Il n'est pas contesté, en l'espèce, que des actes préparatoires ont eu lieu avant l'échéance du dividende en vue de son annulation (ainsi, les préparatifs de l'assemblée générale du 11 décembre 2002 invoqués par la recourante comme preuve de la remise de dette, soit le fax du 19 novembre 2002 de D._ - qui transmettait la date de la prochaine réunion du conseil d'administration à ses membres et qui mentionnait au point 6 de l'agenda "préparation de l'assemblée générale extraordinaire qui se tiendra après la réunion du conseil d'administration et qui révoquera le dividende décidé par les actionnaires le 8 avril 2002" - et la convocation formelle du 20 novembre 2002 à la réunion du conseil d'administration envoyée aux membres qui contient le même point que susmentionné). En revanche, le fait que C._ pour Y._ SpA et D._ pour X._ SA aient négocié un contrat de remise de dette, quand bien même ils auraient eu le pouvoir d'engager leur société, importe peu. Seules les parties qui ont le pouvoir de disposer de la créance peuvent valablement conclure une remise de dette (Peter Gauch/Viktor Aepli, Zürcher Kommentar, no 10 ss et 27 ss ad art. 115 CO). Ainsi, en ce qui concerne la débitrice, seule l'assemblée générale des actionnaires de X._ SA avait cette compétence (cf. consid. 4.2). Or, les personnes susmentionnées ne pouvaient pas engager cet organe et agir en son nom.
A cet égard, le droit italien ne trouve aucune application, car la recourante a son siège en Suisse et elle est soumise au droit suisse des sociétés, même si certaines affaires internationales peuvent relever de droits étrangers selon les règles de droit international privé. Ainsi, la loi sur l'impôt anticipé se fonde sur le seul droit suisse des sociétés, dont un certain formalisme en facilite l'application. On ne voit pas d'ailleurs que la perception d'un tel impôt puisse dépendre d'institutions de droit étranger et varier selon ce droit.
5.2 La recourante invoque l'art. 701 CO selon lequel l'assemblée générale d'une société anonyme peut avoir lieu sous la forme d'une assemblée dite universelle. Ainsi les propriétaires ou les représentants de la totalité des actions peuvent, s'il n'y a pas d'opposition, tenir une assemblée générale sans observer les formes prévues pour sa convocation (al. 1). Aussi longtemps qu'ils sont présents, cette assemblée a le droit de délibérer et de statuer valablement sur tous les objets qui sont du ressort de l'assemblée générale (al. 2). Le déroulement d'une telle assemblée suit les règles ordinaires de l'assemblée générale et a les mêmes compétences (Peter Forstmoser/Arthur Meier-Hayoz/Peter Nobel; Schweizerisches Aktienrecht, § 23, no 5 ss p. 202). Comme pour toute assemblée générale, un procès-verbal doit être rédigé (ATF 120 IV 199 consid. 1 p. 201; Arthur Meier-Hayoz/Peter Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 10e édition, § 16, no 360, p. 483). Il mentionne notamment les décisions de l'assemblée (art. 702 al. 2 CO).
Si une assemblée générale universelle peut se réunir sans observer les formes légales prévues pour la convocation, un procès-verbal des décisions prises durant l'assemblée doit être établi. Or, en l'occurrence, aucun procès-verbal autre que celui de l'assemblée générale du 11 décembre 2002 n'a été produit. Par ailleurs, on ne voit pas pour quelle raison l'assemblée générale du 11 décembre 2002 aurait été tenue, si le dividende avait été préalablement annulé par une assemblée générale universelle. Les faits n'ont donc pas été établis de façon manifestement inexacte et il est dès lors exclu qu'une assemblée universelle ait été tenue conformément à l'art. 701 CO.
5.3 Ainsi, la décision de l'assemblée générale du 11 décembre 2002 est seule déterminante. Postérieure à l'échéance du dividende (même dans l'hypothèse d'un accord conclu en novembre 2002) et à la naissance de la créance d'impôt anticipé le 4 décembre 2002, elle est sans effet sur l'assujettissement à l'impôt, d'autant qu'elle a un effet ex nunc. Selon le procès-verbal de l'assemblée générale, les actionnaires n'ont d'ailleurs pas même mentionné un éventuel effet rétroactif ("Mr D._ exposes the reasons for the request of Y._ SpA to revoke the dividend declared by the Shareholders' Meeting of April 8th, 2002. The Shareholders unanimously accept this proposal and revoke the relevant decision of the ordinary Shareholders' Meeting of April 2002.").
6. La recourante invoque la pratique du fisc selon laquelle l'annulation de prestations exécutées, et donc en principe imposables, serait admise, l'autorité renonçant, dans ce cas, à prélever l'impôt anticipé (Stornopraxis).
6.1 La pratique "de l'extourne" s'applique aux conditions suivantes:
- la prestation imposable est comptabilisée avant tout contrôle effectué par l'administration fiscale,
- la comptabilisation de cette prestation intervient correctement au cours de l'exercice comptable concerné, à tout le moins avant l'approbation des comptes par l'assemblée générale et ce au plus tard un an après la fin de l'exercice comptable concerné (cf. RDAF 1984 p. 460 consid. 2 = Archives 52 p. 569, A.311/1980).
Si la société comptabilise la prestation au cours de l'année de la distribution dissimulée de bénéfice, préalablement à l'établissement des comptes, ceux-ci sont considérés comme conformes sous l'angle du droit commercial. Toutefois, dans la mesure où l'écriture rectificative intervient après l'approbation des comptes annuels par l'assemblée générale (mais toujours avant tout contrôle effectué par l'administration fiscale), l'Administration fédérale tient compte des corrections apportées pour autant que la prestation imposable en cause n'ait pas été fournie de mauvaise foi ou en violation des règles comptables (cf. RDAF 1984 p. 460 consid. 2 = Archives 52 p. 569, A.311/1980; Archives 44 p. 384 ss; Michael Beusch in: Martin Zweifel/Peter Athanas/Maja Bauer-Balmelli, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, II/2, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, ch. 17 ad art. 12 p. 394; Robert Pfund, op. cit., ch.1.19, p. 345; Maja Bauer-Balmelli/ Markus Küpfer/Hans Peter Hochreutener, op. cit., 1. Im Allgemeinen, no 9 ad art. 12).
6.2 Cette pratique est appliquée dans le cas où des distributions dissimulées de bénéfices sont annulées (Maja Bauer-Balmelli/Markus Küpfer/Hans Peter Hochreutener, op. cit., 1. Im Allgemeinen, no 8 ad art. 12) et où les comptes sont corrigés en conséquence ("Storni und Nachtragsbuchungen"). Ce sont des situations où la prestation imposable, soit la distribution dissimulée, n'est réalisée et ne devient effective ("perfektioniert") qu'avec l'approbation des comptes. C'est à cette date que la prestation peut être considérée comme échue et que naît la créance d'impôt. En effet, elle n'est consentie définitivement qu'avec l'approbation des comptes et c'est à cette date qu'elle paraît échue. Tant que les comptes n'ont pas été approuvés, ils peuvent être corrigés et la prestation comptabilisée correctement. Si les comptes sont rectifiés avant leur approbation, la créance d'impôt ne naît pas (Maja Bauer-Balmelli/Markus Küpfer/Hans Peter Hochreutener, op. cit., 1. Im Allgemeinen, no 8 ad art. 12; Robert Pfund, op. cit., no 2.5 ad art. 12, p. 349; Conrad Stockar, Storni - eine Ausnahme bei der Verrechnungssteuer, op. cit., 1ère colonne p. 358). En revanche, un dividende décidé par une assemblée générale, sur la base de comptes approuvés, est échu à la date fixée par cette assemblée. Ainsi, bien qu'obéissant aux mêmes règles, l'obligation fiscale relative à ces deux types de prestations ne prend pas naissance au même moment: dans le premier cas, elle prend naissance avec l'approbation des comptes, dans le second, avec l'échéance du dividende fixée par l'assemblée générale.
La pratique développée pour les prestations appréciables en argent n'apparaît pas comme une exception, mais comme une précision de la réglementation légale. Elle n'est pas transposable à la distribution d'un dividende échu à laquelle les actionnaires renoncent (Robert Pfund, op. cit., no 2.5 ad art. 12, p. 349; Conrad Stockar, Storni - eine Ausnahme bei der Verrechnungssteuer, op. cit., p. 358).
7. 7.1 Selon l'art. 5 al. 1 let. a de la loi fédérale du 27 juin 1973 sur les droits de timbre (LT; RS 641.10), le droit de timbre d'émission a pour objet la création, ainsi que l'augmentation de la valeur nominale, à titre onéreux ou gratuit, de droits de participations sous la forme, notamment, d'actions de sociétés anonymes et de sociétés en commandite par actions suisses. Sont assimilés à la création de droits de participation, les versements supplémentaires que les actionnaires ou les associés font à la société sans contre-prestation correspondante et sans que soit augmenté le capital social inscrit au registre du commerce ou le montant versé sur les parts sociales de la société coopérative (art. 5 al. 2 let. a LT). La créance fiscale prend naissance pour les versements supplémentaires et pour le transfert de la majorité des droits de participation, lors du versement ou du transfert (art. 7 al. 1 let. d LT). Le droit d'émission sur les droits de participation s'élève à 1 % et se calcule, pour les versements supplémentaires, sur le montant du versement (art. 8 al. 1 let. b LT).
7.2 Un abandon de créance consenti par l'actionnaire en faveur de sa société doit en principe être considéré comme un versement supplémentaire (Maja Bauer-Balmelli/Markus Küpfer/Hans Peter Hochreutener, Die Praxis der Bundessteuern, Stempelabgaben und Verrechnungssteuer, II. Teil, Band 1, no 2 ad art. 5 al. 2 let. a; Jean-Blaise Eckert/Jérôme Piguet, in: Xavier Oberson/Pascal Hinny, LT Commentaire droits de timbre, no 37 ad art. 5, p. 148). La renonciation au prélèvement d'un dividende exigible, qui équivaut à un abandon de créance, constitue également un versement supplémentaire au sens de l'art. 5 al. 2 let. a LT (Maja Bauer-Balmelli/Markus Küpfer/Hans Peter Hochreutener, op. cit., no 6 et 21 ad art. 5 al. 2 let. a; Jean-Blaise Eckert/Jérôme Piguet, op. cit., no 40 ad art. 5 p. 150). Selon la pratique de l'Administration fédérale, telle que mentionnée dans son courrier à la recourante du 30 juillet 2003 (point 4 dernière page), il serait néanmoins possible de revenir sur une telle renonciation et d'éviter ainsi le prélèvement du droit de timbre d'émission, "si le dividende est finalement versé à l'actionnaire avant la prochaine date de clôture des comptes de l'exercice durant lequel la distribution de dividende a été décidée", en l'occurrence 2002 (Jean-Blaise Eckert/Jérôme Piguet, op. cit., no 40 ad art. 5 p. 150; Maja Bauer-Balmelli/Markus Küpfer/Hans Peter Hochreutener, op. cit., no 6 ad art. 5 al. 2 let. a;).
7.3 Lors de l'assemblée générale du 11 décembre 2002, les actionnaires de la recourante ont renoncé au dividende échu de 22'000'000 fr. décidé par l'assemblée générale du 8 avril 2002. Au regard de ce qui précède, en procédant de la sorte, les actionnaires ont bel et bien renoncé à leur créance et effectué un versement supplémentaire, de sorte que le droit de timbre est dû.
Le montant imposable correspond au montant du versement supplémentaire (art. 8 al. 1 lit. b LT; Jean-Blaise Eckert/Jérôme Piguet, op. cit., p. 372). C'est la raison pour laquelle le Tribunal administratif fédéral a soustrait du montant imposable les 35% d'impôt anticipé prélevé sur 22'000'000 fr., soit 7'700'000 fr., étant supposé que seule la somme nette était versée par les actionnaires. Ce montant était de 14'300'000 fr. de sorte que le droit de timbre de 1% a été réduit de 220'000 fr. à 143'000 fr. Cette solution est acceptable pour autant que l'impôt anticipé ne soit pas remboursé aux actionnaires et reversé à la société. Il est toutefois douteux que le montant du droit de timbre puisse dépendre du fait que l'impôt anticipé est ou non remboursé. En l'espèce, l'Administration fédérale ne s'oppose pas à ce calcul une reformatio in pejus n'est de toute façon pas possible (art. 107 al. 1 LTF; Benoît Bovay, Les dispositions générales de procédures, in: Urs Portmann (éd.), La nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, p. 47).
8. II résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 al. 1 LTF).
L'autorité intimée n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 40'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 11 février 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: