Faits:
A. X._ alors dans sa trentième année, a subi le 1er avril 1998 un accident dans l'exercice de sa profession de mécanicien sur automobiles. Il travaillait sur un véhicule qui s'est déplacé inopinément et l'a heurté aux jambes. Il a consulté le docteur Y._, spécialiste en chirurgie orthopédique, en raison d'une distorsion du genou droit qui entraînait des douleurs et une sensation d'instabilité. Le docteur Y._ lui a proposé une ligamentoplastie comportant le prélèvement d'un greffon et sa fixation dans l'articulation. Il lui a signalé que l'opération devrait être suivie d'une rééducation, que le port d'une attelle serait nécessaire durant quarante-cinq jours et que des douleurs se prolongeraient durant environ un an à l'endroit du prélèvement. En rapport avec l'intervention chirurgicale, il a mentionné les risques habituels d'infection, d'hémorragie et de thrombose.
Assisté d'un autre médecin, le docteur Y._ a exécuté l'opération le 18 septembre 1998. Elle comportait notamment le percement d'un tunnel à travers l'os, destiné au passage du greffon. Les instruments comprenaient une tarière et sa broche de guidage. Selon le rapport opératoire du docteur Y._, une « échappée instrumentale » s'est produite pendant le percement : la tarière a exercé une poussée sur la broche au lieu de coulisser correctement; la broche a quitté sa position et elle est sortie de la jambe du patient là où le chirurgien la tenait, provoquant une blessure à son doigt. Il a décidé de terminer rapidement l'intervention en fixant le greffon d'une manière différente de celle initialement prévue. Il a ensuite constaté que la jambe paraissait n'être plus irriguée au-dessous du genou. De fait, l'artère fémorale était lésée; le docteur Z._, spécialiste en chirurgie cardiaque et vasculaire, a alors effectué en urgence une longue intervention destinée à réparer cette lésion.
L'intervention du docteur Z._ a réussi en ce sens que le patient ne présente pas d'insuffisance artérielle ni veineuse résiduelle. En revanche, la ligamentoplastie du docteur Y._ n'a pas apporté l'amélioration attendue car la fixation du greffon n'a pas tenu. Depuis ces opérations, le patient souffre de douleurs importantes dans toute la jambe droite, en particulier autour du genou; elles sont imputées à des séquelles neurologiques de la réparation vasculaire. Le patient est tombé dans un état dépressif chronique avec sentiments de dévalorisation et de révolte. Avec effet dès le 1er septembre 1999, l'office compétent lui a alloué une rente entière de l'assurance-invalidité.
B. Le 10 janvier 2003, X._ a ouvert action contre le docteur Y._ devant le Tribunal de première instance du canton de Genève. Le défendeur devait être condamné à payer diverses sommes au total de 1'425'811 fr.30 en capital, à titre de dommages-intérêts et de réparation morale.
Le défendeur a conclu au rejet de l'action.
Le demandeur a amplifié ses conclusions à 1'917'967 fr.30 en capital.
Sur la base d'un rapport du Bureau d'expertises extrajudiciaires de la Fédération des médecins suisses (FMH), le tribunal a rendu un premier jugement le 13 décembre 2007. Accueillant partiellement l'action, il a condamné le défendeur à payer 710'086 fr.40 en capital.
Le 27 novembre 2008, la Cour de justice a annulé cette décision et renvoyé la cause au tribunal: le rapport était inutilisable et il s'imposait d'ordonner une expertise judiciaire.
Désignée en qualité d'expert, la doctoresse Brigitte Jolles-Haeberli a déposé un rapport le 6 mai 2010 puis un rapport complémentaire le 19 mai 2011. A son avis, les règles de l'art médical ont été respectées au cours de la ligamentoplastie. En particulier, « l'échappée instrumentale » ne constituait pas une violation des règles de l'art parce que toutes les précautions habituelles destinées à empêcher le déplacement de la broche de guidage avaient été appliquées et décrites par le chirurgien. La broche s'est déplacée « à l'insu » du chirurgien et de son assistant, en dépit de ces précautions.
Le tribunal a rendu un nouveau jugement le 15 mars 2012; il a entièrement rejeté l'action.
La Cour de justice a statué le 19 octobre 2012 sur l'appel du demandeur; elle a confirmé le jugement.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile, le demandeur saisit le Tribunal fédéral de conclusions semblables à celles de sa demande initiale devant le Tribunal de première instance.
Par ordonnance du 18 janvier 2013, le Tribunal fédéral a rejeté une demande d'assistance judiciaire jointe au recours.
Le défendeur n'a pas été invité à répondre au recours.
Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF) et susceptible du recours en matière civile (art. 72 al. 1 LTF). Son auteur a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF). La valeur litigieuse excède le minimum légal de 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF); le mémoire de recours a été introduit en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et il satisfait aux exigences légales (art. 42 al. 1 à 3 LTF).
Le recours est ouvert pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office, hormis les droits fondamentaux (art. 106 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254), et il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 134 II 244 consid. 2.2 p. 246; 133 II 249 consid. 1.4.2).
Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF); les allégations de fait et les moyens de preuve nouveaux sont en principe irrecevables (art. 99 al. 1 LTF). Le tribunal peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires aux termes de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 133 II 249 consid. 1.1.2 p. 252), ou établies en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2. Il est constant que les parties se sont liées par un contrat de mandat et que le défendeur s'est chargé à titre de mandataire de fournir un conseil médical puis de pratiquer une opération chirurgicale.
Selon l'art. 398 al. 2 CO, le mandataire est responsable, envers le mandant, de la bonne et fidèle exécution du mandat. L'échec de la mission assumée n'est certes pas suffisant à engager sa responsabilité; il doit seulement réparer les conséquences d'actes ou d'omissions contraires à son devoir de diligence. En règle générale, l'étendue de ce devoir s'apprécie selon des critères objectifs; il s'agit de déterminer comment un mandataire consciencieux, placé dans la même situation, aurait agi en gérant l'affaire en cause; les exigences sont plus rigoureuses à l'égard du mandataire qui exerce son activité à titre professionnel et contre rémunération (ATF 115 II 62 consid. 3a; voir aussi ATF 127 III 328 consid. 3 p. 331).
Un médecin doit accomplir tous les actes qui, selon les règles de l'art médical, paraissent appropriés au but du traitement. Dans l'exécution de sa mission, le médecin doit mettre à disposition ses connaissances et ses capacités; il ne garantit cependant pas d'obtenir un résultat. Comme pour tout mandataire, l'étendue de son devoir doit être déterminée selon des critères objectifs. Les exigences dépendent des particularités de chaque cas, telles que la nature de l'intervention ou du traitement et les risques qu'ils comportent, la marge d'appréciation, le temps et les moyens disponibles, la formation et les capacités du praticien. Le médecin doit observer les règles de l'art médical, soit les principes établis par la science médicale, généralement reconnus et admis, communément suivis et appliqués dans sa profession. Savoir si le médecin a violé son devoir de diligence est une question de droit; établir s'il existe une règle professionnelle communément admise, quel était l'état du patient et comment l'acte médical s'est déroulé relèvent du fait (ATF 133 III 121 consid. 3.1 p. 124).
3. Sur la base de l'expertise judiciaire, les autorités précédentes constatent que dans l'exécution de l'opération chirurgicale, le défendeur a pris toutes les précautions que l'on pouvait attendre de lui au regard des règles de l'art médical; ces autorités en déduisent qu'il n'a pas violé son devoir de diligence et qu'il n'a donc pas engagé sa responsabilité contractuelle.
Le demandeur tient leur raisonnement pour contraire à l'art. 398 al. 2 CO. Il affirme que « le simple respect des précautions préconisées ne saurait dispenser le médecin de son devoir de diligence dans l'exécution des gestes opératoires et de l'utilisation du matériel, ainsi que dans l'observation de ceux-ci, et de leurs conséquences ». Il souligne que l'expertise judiciaire n'indique pas la cause du déplacement de la broche de guidage.
Il est certain que dans un déroulement normal de l'opération concernée, la broche de guidage est censée conserver sa position aussi longtemps que le chirurgien ne la déplace pas volontairement. A bien comprendre l'argumentation du demandeur, le défendeur est responsable du déplacement effectivement survenu, incontrôlé et dommageable, parce que ce déplacement n'aurait pas dû se produire. Autrement dit, le défendeur était prétendument garant non seulement de l'observation des règles de l'art médical, mais encore du bon déroulement de l'opération, et il doit à ce titre répondre tant du cas fortuit que de la réalisation de risques encore inconnus de la science médicale. Cette approche extraordinairement sévère diverge de la jurisprudence ci-indiquée concernant la responsabilité du médecin ou, plus généralement, du mandataire, et elle ne mérite donc pas l'adhésion du Tribunal fédéral. Au contraire, ayant constaté en fait que le défendeur n'avait méconnu aucune des règles de l'art médical, les autorités précédentes ont à bon droit rejeté l'action fondée sur l'art. 398 al. 2 CO.
4. Devant les autorités précédentes, le demandeur a réclamé sans succès une expertise judiciaire supplémentaire; il tenait celle de la doctoresse Jolles-Haeberli pour insuffisante parce que cette étude n'indique pas la cause du déplacement de la broche. Devant le Tribunal fédéral, il tient le refus de l'expertise supplémentaire pour contraire aux art. 8 CC et 9 Cst.
4.1 L'art. 8 CC répartit le fardeau de la preuve dans les contestations soumises au droit civil fédéral. A la partie chargée dudit fardeau, il confère le droit de prouver les faits concernés (ATF 130 III 591 consid. 5.4 p. 601/602), pour autant qu'ils soient juridiquement pertinents au regard du droit applicable à la cause, que la partie les ait régulièrement allégués selon le droit de procédure et que l'offre de preuve correspondante satisfasse, quant à la forme et au délai, aux exigences de ce droit (ATF 126 III 315 consid. 4a p. 317; 122 III 219 consid. 3c p. 223/224). Pour le surplus, cette disposition ne régit pas l'appréciation des preuves et elle n'exclut pas non plus que le juge puisse, sur la base d'une appréciation anticipée des preuves déjà disponibles, refuser l'administration d'une preuve supplémentaire au motif qu'il la tient pour impropre à modifier sa conviction (ATF 138 III 374 consid. 4.3.1 et 4.3.2 p. 375; 131 III 222 consid. 4.3 p. 226).
Selon la jurisprudence relative à l'art. 9 Cst., le juge apprécie librement la force probante d'une expertise. Dans le domaine des connaissances professionnelles particulières de l'expert, il ne peut toutefois s'écarter de son opinion que pour des motifs importants qu'il lui incombe d'indiquer, par exemple lorsque le rapport d'expertise présente des contradictions ou attribue un sens ou une portée inexacts aux documents et déclarations auxquels il se réfère (ATF 101 IV 129 consid. 3a p. 130); le juge est même tenu de recueillir des preuves complémentaires lorsque les conclusions de l'expertise judiciaire se révèlent douteuses sur des points essentiels (ATF 136 II 539 consid. 3.2 p. 547/548; 130 I 337 consid. 5.4.2 p. 345/346; 128 I 81 consid. 2 p. 86 in medio).
4.2 Dans sa mission initiale, la doctoresse Jolles-Haeberli devait notamment « dire si l'accident vasculaire [...] a été causé par une mauvaise utilisation des instruments au cours de l'opération ». Selon la réponse, « il n'est pas possible d'affirmer qu'il y ait eu une mauvaise utilisation des instruments ».
A ce stade, si le demandeur considérait cette réponse comme insuffisante et s'il souhaitait obtenir des précisions sur la cause du déplacement de la broche, il lui incombait de réclamer un complément d'expertise, ce qu'il a fait, et de proposer une question portant précisément sur la cause du déplacement. Il a apparemment omis de proposer cette question car il ne prétend pas s'être heurté à un refus du Tribunal de première instance.
Lors de l'expertise complémentaire, l'expert devait surtout décrire « l'échappée instrumentale » sur le plan médical puis dire si elle constituait une violation des règles de l'art. L'expert a répondu par la négative, en indiquant les précautions qui étaient nécessaires et que le défendeur avait effectivement prises.
Ainsi, l'expert a clairement répondu aux questions qui lui étaient soumises et ses réponses ne sont pas contestées par le demandeur. Elles ne sauraient être jugées douteuses sur des points essentiels simplement parce qu'elles demeurent muettes sur un point de fait qui n'était pas mentionné dans la mission d'expertise. Par suite, la Cour de justice a pu juger sans arbitraire que l'expertise et le complément d'expertise étaient concluants et suffisants au regard de l'art. 398 al. 2 CO et de la jurisprudence y relative. Dans son résultat au moins, la décision attaquée se révèle compatible avec les art. 8 CC et 9 Cst.; il n'est donc pas nécessaire d'entrer dans une discussion des motifs que la Cour expose à l'appui de sa décision (cf. ATF 138 I 305 consid. 4.3 p. 319; 137 I 1 consid. 2.4 p. 5).
5. Le recours se révèle privé de fondement, ce qui conduit à son rejet. A titre de partie qui succombe, son auteur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral. L'adverse partie n'a pas été invitée à répondre et il ne lui sera donc pas alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Le demandeur acquittera un émolument judiciaire de 12'000 francs.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 19 février 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Klett
Le greffier: Thélin