Fatti:
A. Il 19 febbraio 1998 la società C._AG, in qualità di locatrice, e A.A._ e B.A._, in qualità di conduttori, hanno sottoscritto un contratto di locazione avente per oggetto un appartamento di 4 locali con relativo garage. Il canone di locazione annuale è stato fissato in fr. 20'244.--, oltre alle spese accessorie.
B. Tra il 1998 e il 2005 varie pigioni e vari acconti per spese accessorie sono rimasti impagati. Considerato il debito cumulato durante questo periodo, il 20 aprile 2005 A.A._ e la locatrice hanno concluso un accordo che prevedeva il pagamento dell'importo ancora scoperto, di complessivi fr. 15'000.--, mediante versamenti mensili di fr. 500.-- in aggiunta alla pigione e all'acconto per le spese accessorie.
Non essendo il debito stato saldato secondo le modalità pattuite, ma anzi aumentato, con lettera raccomandata del 27 giugno 2008 - inviata separatamente ai due conduttori - la locatrice ha assegnato un termine di 30 giorni per versare quanto dovuto, vale a dire fr. 13'496.-- per canoni di locazione e fr. 8'199.95 per spese accessorie, con la comminatoria che, trascorso infruttuoso questo termine, il rapporto di locazione sarebbe stato disdetto.
Visto il mancato pagamento integrale della somma richiesta, il 7 agosto 2008 la locatrice ha notificato ai due conduttori separatamente, mediante modulo ufficiale, la disdetta del contratto di locazione con effetto al 30 settembre 2008.
C. I conduttori hanno tempestivamente contestato la disdetta dinanzi al competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione, che all'udienza del 14 ottobre 2008 ha constatato la mancata conciliazione.
D. Con istanza del 23 ottobre 2008 C._AG ha dunque domandato alla Pretura del Distretto di Lugano di ordinare lo sfratto dei conduttori.
All'udienza di discussione, cui hanno partecipato la patrocinatrice della locatrice e A.A._, per sé e per la moglie, i conduttori hanno rilevato di aver regolarmente pagato il canone di locazione durante gli ultimi cinque anni e di aver versato nel corso del 2008 fr. 3'500.-- quali acconti spese e arretrati, proponendo pure di pagare un importo mensile di fr. 500.-- in aggiunta alla pigione per saldare gli importi scoperti relativi agli anni 1998/2002. Non essendovi ulteriori mezzi di prova da assumere oltre a quelli già agli atti, la giudice adita ha proceduto seduta stante al dibattimento finale.
Con sentenza del 27 gennaio 2009 l'istanza di contestazione della disdetta presentata dinanzi all'Ufficio di conciliazione è stata respinta e l'istanza di sfratto della locatrice è stata accolta, con contestuale ordine ai conduttori di liberare i locali entro il 28 febbraio 2009.
E. Il 9 febbraio 2009 B.A._ e A.A._ hanno presentato appello alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, postulando l'annullamento della pronunzia pretorile e il rinvio della causa alla giudice di primo grado per nuova decisione, per il motivo ch'essi - manifestamente non in grado di tutelarsi adeguatamente - avrebbero dovuto venir diffidati a munirsi di un patrocinatore, così come previsto dall'art. 39 cpv. 2 CPC/TI, il quale avrebbe potuto far valere i loro diritti. Egli avrebbe segnatamente potuto sollevare l'eccezione di prescrizione per la parte di credito scaduta da oltre cinque anni e rilevare la sproporzione tra gli acconti per spese accessorie e il conguaglio, ciò che renderebbe inesigibile quest'ultimo.
La Corte cantonale ha respinto l'impugnativa il 2 marzo 2009. Rammentati i presupposti per l'applicazione dell'art. 39 cpv. 2 CPC/TI e i principi che reggono la procedura speciale in materia di locazione, specificando in particolare la portata della massima inquisitoria sociale, i giudici della massima istanza ticinese hanno osservato che la fattispecie litigiosa era relativamente semplice, trattandosi di una disdetta straordinaria per mancato pagamento di canoni di locazione e spese accessorie, alla quale i conduttori si sono opposti senza tuttavia mai contestare il debito. Anzi, dalla documentazione agli atti è emerso che il 20 aprile 2005 A.A._ aveva esplicitamente ammesso l'esistenza di arretrati impagati che si era impegnato a saldare. Per quel che concerne la prescrizione, hanno aggiunto i giudici ticinesi, questa è stata interrotta nel 2005 mediante il riconoscimento di debito di cui si è appena detto (art. 135 CO). Dopodiché ha iniziato a decorrere un nuovo termine quinquiennale che nel 2008, quando è stata notificata la disdetta straordinaria, non era ancora scaduto. Il fatto che all'udienza non siano state sollevate eccezioni di merito - ha concluso la Corte - non può quindi essere considerato quale indizio di incapacità a difendersi. Venendo infine all'argomento - che non risulta essere stato addotto dinanzi all'Ufficio di conciliazione - secondo il quale i conduttori non avrebbero ricevuto il modulo ufficiale di disdetta completo bensì unicamente la prima pagina, la sentenza cantonale rileva come da questo fatto i conduttori non traggano alcuna conclusione.
F. Prevalendosi della violazione del diritto costituzionale, segnatamente della violazione del diritto di essere sentito (art. 29 cpv. 2 Cost.) e della violazione del divieto dell'arbitrio (art. 9 Cost.) sotto vari aspetti - apprezzamento arbitrario delle prove, applicazione arbitraria del diritto cantonale e del diritto federale - l'8 aprile 2009 B.A._ e A.A._ sono insorti dinanzi al Tribunale federale con un ricorso sussidiario in materia costituzionale volto a ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, l'accoglimento del ricorso nel merito e quindi l'annullamento della sentenza impugnata, rispettivamente la modifica dei dispositivi n. 1 e 2.
La richiesta di effetto sospensivo è stata respinta con decreto del 15 maggio 2009.
Nelle osservazioni del 19 maggio 2009, C._AG ha proposto, in via principale, di dichiarare il ricorso inammissibile; subordinatamente ne ha postulato la reiezione in quanto ammissibile. L'autorità cantonale ha invece rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3).
1.1 Ora, contro una decisione pronunciata in una causa civile, come è quella in esame - che verte sulla validità della disdetta straordinaria del contratto di locazione per mora del conduttore (art. 257d CO) e sulla domanda di sfratto proposta dal locatore - è proponibile il rimedio ordinario del ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 1 LTF), se il valore litigioso ammonta almeno a fr. 15'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. a LTF).
Secondo costante giurisprudenza (DTF 111 II 384 consid. 1), tale valore corrisponde alla pigione dovuta per il periodo minimo durante il quale il contratto sussisterebbe se la disdetta non fosse valida, vale a dire, di regola, durante i tre anni di protezione dell'art. 271a cpv. 1 lett. e CO, a far tempo dal termine dell'attuale procedura giudiziaria (sulla questione del valore litigioso in una causa concernente una procedura di sfratto per mancato pagamento dei canoni di locazione cfr. la sentenza 4C.96/2006 del 4 luglio 2006 consid. 1.2). Considerato che nella fattispecie la pigione annua pattuita ammonta a fr. 20'244.--, il valore minimo è manifestamente superato.
1.2 Visto il tenore dell'art. 113 LTF, la proponibilità del ricorso in materia civile comporta l'inammissibilità, d'acchito, del ricorso sussidiario in materia costituzionale (DTF 133 III 545 consid. 5 pag. 552).
2. L'indicazione errata del rimedio di diritto non nuoce alla parte ricorrente, purché siano soddisfatte anche le ulteriori condizioni di ricevibilità del ricorso che avrebbe dovuto venir inoltrato (DTF 134 III 379 cpv. 1.2 pag. 382). Tale è il caso in concreto.
Il ricorso è stato infatti interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) e la violazione del diritto costituzionale può essere fatta valere nel quadro del ricorso in materia civile, trattandosi di diritto federale (art. 95 lett. a LTF; DTF 133 III 446 consid. 3.1, 462 consid. 2.3).
3. L'ammissibilità del ricorso solleva piuttosto delle perplessità sotto il profilo del suo contenuto.
3.1 Innanzitutto per le conclusioni ivi formulate. Giusta l'art. 42 cpv. 1 LTF il ricorso deve infatti "contenere le conclusioni", ovverosia specificare le modifiche auspicate.
Nel loro scritto, come già esposto, i ricorrenti domandano genericamente l'annullamento della sentenza cantonale, rispettivamente la modifica dei punti 1 e 2 del dispositivo ma senza indicare in quale modo.
3.2 Secondariamente per il tenore degli argomenti sollevati.
Giovi rammentare che le esigenze di motivazione quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali sono rigorose: il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 134 II 244 consid. 2.2). Il campo di applicazione di questa norma corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali e valgono pertanto le regole di motivazione poste dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (DTF 133 III 638 consid. 2). Ne discende che l'allegato ricorsuale deve indicare chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati, precisando altresì in che consista tale violazione (DTF 134 II 244 consid. 2.2; 133 III 393 consid. 6).
Qualora, come nella fattispecie in esame, venga censurata la violazione del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.) non ci si può inoltre limitare a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì si deve dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata è arbitraria, ossia manifestamente insostenibile (DTF 133 III 585 consid. 4.1 pag. 589). Secondo giurisprudenza invalsa, infatti, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'art. 9 Cost. solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (DTF 132 III 209 consid. 2.1 con rinvii).
Per quanto concerne più in particolare l'apprezzamento delle prove, il giudice - il quale in questo ambito dispone di un ampio margine di apprezzamento - incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (DTF 129 I 8 consid. 2.1).
3.3 La questione dell'ammissibilità del gravame può essere lasciata irrisolta, giacché in ogni caso esso è destinato all'insuccesso.
4. Nell'allegato sottoposto all'esame del Tribunale federale i ricorrenti ripropongono infatti in sostanza le tesi già fatte valere in sede cantonale e criticano la decisione della Corte d'appello in maniera appellatoria, senza proporre argomenti suscettibili di dimostrare l'asserita violazione del diritto di essere sentito né tantomeno il carattere arbitrario della decisione impugnata.
4.1 In sintesi, i ricorrenti censurano la decisione dell'autorità cantonale secondo cui nel quadro della procedura di prima istanza non erano ravvisabili i presupposti per l'applicazione dell'art. 39 CPC/TI. La loro incapacità di tutelare adeguatamente i propri interessi sarebbe, a mente dei ricorrenti, chiaramente dimostrata dal fatto che non si erano nemmeno resi conto che una parte del credito era da tempo prescritta né hanno allegato la sproporzione esistente fra gli acconti mensili per le spese accessorie e il conguaglio. Non essendo in grado di rendersi conto delle conseguenze giuridiche che avrebbe potuto cagionare la fattispecie, essi non sono nemmeno riusciti a produrre i mezzi di prova idonei a sostanziare le proprie tesi, come dimostra il fatto, non considerato dai giudici ticinesi, che hanno versato agli atti un plico di documenti incompleti e completamente disordinati.
Simili argomenti non hanno nessuna possibilità di esito favorevole. I ricorrenti non possono seriamente pretendere di non essere stati consapevoli delle conseguenze della procedura di sfratto, di non aver saputo che, non avendo pagato le pigioni e le spese accessorie (rispettivamente non potendo dimostrarlo) essi sarebbero stati costretti a lasciare l'appartamento. L'udienza di discussione dinanzi alla Pretura è stata preceduta da un incontro dinanzi all'Ufficio di conciliazione, il quale a sua volta era stato preceduto da una notifica della disdetta su modulo ufficiale, regolarmente preannunciata nella lettera raccomandata del 27 giugno 2008 - inviata separatamente ai due conduttori - con la quale la locatrice aveva assegnato un termine di 30 giorni per versare gli importi ancora scoperti di fr. 13'496.-- per canoni di locazione e fr. 8'199.95 per spese accessorie, con la comminatoria che trascorso infruttuoso questo termine, il rapporto di locazione sarebbe stato rescisso.
Dalle tavole processuali emerge piuttosto che i ricorrenti erano ben consapevoli del debito cumulato, che avevano esplicitamente riconosciuto il 20 aprile 2005, e della precarietà della loro posizione a causa di questo scoperto, prova ne sia che a più riprese, una prima volta nel 2005 e una seconda nel 2008, nel quadro dell'attuale procedura, essi si sono impegnati ad effettuare pagamenti rateali per evitare, appunto, lo sfratto. Il fatto ch'essi non abbiano sollevato l'eccezione di prescrizione non è un indizio della loro inadeguatezza giacché, per le ragioni esposte nel giudizio impugnato (qui riassunte al consid. E), tale eccezione sarebbe stata disattesa. I ricorrenti non avrebbero potuto trarre nessun vantaggio nemmeno dall'asserita inesigibilità dell'importo preteso per le spese accessorie a causa della sproporzione fra gli acconti e il conguaglio, giacché comunque, la disdetta era stata notificata anche a causa del mancato pagamento delle pigioni.
In queste circostanze la decisione di negare i presupposti per l'applicazione dell'art. 39 cpv. 2 CPC/TI appare sostenibile.
4.2 Dinanzi al Tribunale federale i ricorrenti insistono nell'affermare che il loro diritto a un'adeguata difesa, e quindi il loro diritto di essere sentito, sarebbe stato pregiudicato dall'invio incompleto dei moduli ufficiali, che avrebbe in particolare impedito loro di venire a conoscenza delle norme sulla locazione applicabili alla fattispecie
I giudici cantonali hanno ritenuto inverosimile la tesi dell'invio incompleto, anche perché sollevata per la prima volta nell'atto d'appello; sia come sia, hanno concluso i magistrati, i ricorrenti non ne hanno tratto alcuna conclusione. Lo stesso accade in questa sede. I ricorrenti non indicano concretamente quale sarebbe il pregiudizio patito; essi si limitano, come detto, a sostenere che l'invio incompleto avrebbe impedito loro di venire a conoscenza delle norme sulla locazione applicabili alla fattispecie. Ma questa affermazione non trova nessun riscontro nel comportamento da loro assunto dopo la ricezione della disdetta: essi hanno infatti contestato la disdetta entro il termine di trenta giorni, conformemente a quanto indicato a pag. 1 del modulo, dinanzi all'Ufficio di conciliazione competente per il loro Comune, indicato a pag. 4 del modulo, senza nemmeno chiedere una protrazione della locazione, verosimilmente perché l'art. 272a CO, tra l'altro riprodotto a pag. 2 del modulo, esclude questa possibilità nel caso della disdetta per mora. Anche su questo punto, dunque, la sentenza impugnata resiste alla critica.
5. In conclusione, il ricorso dev'essere respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF, art. 68 cpv. 1, 2 e 4 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido, con l'obbligo di rifondere all'opponente, sempre con vincolo di solidarietà, fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai ricorrenti, alla patrocinatrice degli opponenti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.