Faits:
A. La société X._ Sàrl (ci-après: la Société), qui est active dans le commerce en gros et la distribution d'antennes, de matériel et d'accessoires s'y rapportant, est inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 26 janvier 1999. Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 20'000 fr. La Société comptait, comme associé gérant, Y._, pour une part de 10'000 fr., et deux autres associés gérants détenant chacun une part de 5'000 fr. Y._ exploite en outre une entreprise individuelle, dont le but est le commerce, la location et la réparation d'appareils radio, télévision, chaîne Hi-Fi.
Sur la base de la déclaration fiscale 2000 de la Société, l'Administration fiscale cantonale (ci-après: l'Administration) a notifié, le 23 juillet 2001, un bordereau pour les impôts cantonal et communal 2000 s'élevant à 95 fr. 35, calculé sur un bénéfice imposable de 0 fr. et un capital imposable de 20'000 fr.
Sur la base de la déclaration fiscale 2001 de la Société, l'Administration a notifié, le 19 décembre 2002, un bordereau de 130 fr. 35 pour les impôts cantonal et communal 2001, toujours calculé sur un bénéfice imposable de 0 fr. et un capital imposable de 20'000 fr.
Pour ces deux années, l'Administration a pris en compte les éléments imposables de la Société qui ressortaient de ses comptes et indiquaient un chiffre d'affaires de 2'592'004 fr. 95 en 2000 et de 2'803'596 fr. 99 en 2001.
B. Le 21 août 2003, l'Administration a informé la Société de l'ouverture d'une procédure de vérification portant sur les périodes fiscales 1999 à 2001, au motif qu'elle avait constaté certaines anomalies dans ses déclarations fiscales.
Après vérifications, un rapport a été établi le 19 décembre 2003 par la direction du contrôle de l'Administration. Selon ce rapport, Y._ n'aurait déployé aucune activité en 2000 et en 2001 auprès de la Société, de sorte que les montants de 66'000 fr. par an portés aux comptes de celle-ci au titre de salaire versé à Y._ correspondraient à un dividende déguisé.
Le 15 avril 2004, l'Administration a informé la société qu'elle mettait un terme à la procédure ouverte à son encontre et lui a notifié des rappels d'impôt portant au total sur 16'267 fr. 95 pour 2000 et 21'623 fr. 15 pour 2001. Ces montants correspondaient à des reprises concernant le versement du salaire de Y._ et la prise en charge de frais privés d'un véhicule. Un bordereau d'amende de 17'229 fr., correspondant à la moitié de l'impôt soustrait, a également été notifié à la Société.
Le 12 mai 2004, la Société a formé une réclamation, contestant les conclusions de l'autorité fiscale au sujet de l'activité déployée par Y._ et affirmant que celui-ci avait effectivement travaillé pour elle. En revanche, les reprises concernant les frais de véhicule ont été admises. Partant, elle a conclu à l'annulation des bordereaux de rappel d'impôt 2000 et 2001 en matière d'impôt cantonal et communal en tant qu'ils concernaient la reprise et les intérêts de retard relatifs aux salaires versés à Y._, ainsi qu'à l'annulation de l'amende.
Le 6 septembre 2004, l'Administration a rejeté la réclamation et maintenu les bordereaux contestés, en relevant que les montants versés à Y._ en 2000 et en 2001 correspondaient à un dividende et devaient donc être imposés comme bénéfice auprès de la Société.
C. Statuant le 18 juin 2007 sur recours de la Société, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt l'a admis et a annulé les bordereaux 2000 et 2001, ainsi que l'amende. Elle a considéré que l'ouverture de la procédure de vérification à l'encontre de la Société n'était pas justifiée, car l'Administration cherchait ainsi uniquement à obtenir des informations sur un autre contribuable, à savoir Y._.
Par arrêt du 11 décembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'Administration, au motif que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt n'étaient pas réunies.
D. L'Administration fiscale cantonale, sous la signature d'une collaboratrice juriste, a formé un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif du 11 décembre 2007, dont elle demande l'annulation, sous suite de frais et dépens.
X._ conclut au rejet du recours, tout en mettant en doute la qualité de la juriste qui a signé le recours pour engager l'Administration.
L'Administration fédérale des contributions a renoncé à déposer des observations.
Donnant suite à la demande de la Juge chargée de l'instruction du 24 avril 2008, le Directeur général de l'Administration a fait parvenir au Tribunal fédéral un document attestant que l'avocate signataire du présent recours a le pouvoir d'engager la recourante.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le litige concerne les impôts cantonaux et communaux pour des périodes fiscales 2000 et 2001 et porte sur le bien-fondé d'une reprise d'impôt et d'une amende fiscale prononcées à l'encontre d'une société à responsabilité limitée. La question relève donc de l'imposition des personnes morales et de la possibilité de procéder à un rappel d'impôt, soit de domaines couverts par les titres 3, 5 et 6 chap. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14).
1.2 Conformément à l'art. 73 al. 1 LHID, les décisions cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral, lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, de cette loi et qu'elles concernent une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001. Cette date correspond au terme du délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la LHID le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de celle-ci (art. 72 al. 1 LHID; ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591 ss).
1.2.1 En ce qui concerne le rappel d'impôt contesté portant sur l'année 2001, l'Administration a donc qualité pour former un recours en matière de droit public en vertu de l'art. 73 al. 2 LHID, qui constitue une disposition légale accordant un droit de recours au sens de l'art. 89 al. 2 let. d LTF (arrêt 2C_637/2007 du 4 avril 2008, destiné à la publication, consid. 1.4). Déposé en temps utile et dans les formes prescrites, contre une décision finale de dernière instance cantonale (art. 100 al. 1, 42, 86 al. 1 let d et 90 LTF), le présent recours est donc recevable en tant qu'il porte sur la période fiscale 2001.
1.2.2 En revanche, pour la reprise portant sur l'année 2000, soit sur une période fiscale durant laquelle la LHID n'était pas encore obligatoire pour les cantons, la qualité pour recourir de l'Administration ne peut se fonder sur l'art. 73 al. 2 LHID, ni sur aucune autre loi fédérale lui accordant un droit de recours. Comme simple unité administrative rattachée à un département cantonal, l'Administration ne saurait non plus fonder sa qualité pour agir sur le droit général de recourir de l'art. 89 al. 1 LTF. L'Etat, en tant que détenteur des créances en matière d'impôt, ne peut être assimilé à un particulier. Ainsi, l'autorité inférieure qui participe à une procédure ne peut pas sans autre recourir au Tribunal fédéral contre la décision qui lui donne tort. En effet, n'importe quel intérêt financier de la collectivité publique, lié directement ou indirectement à l'accomplissement d'une tâche d'intérêt public, ne suffit pas, à lui seul, à octroyer à celle-ci le droit général de recourir (ATF 134 II 45 consid. 2.2.1 p. 47 et les références citées; voir aussi arrêt 2C_583/2007 du 6 mars 2008, destiné à la publication, consid. 2.1). Au demeurant, il y a lieu d'interpréter restrictivement l'art. 89 al. 1 LTF, faute de quoi, la réglementation spécifique du "recours des autorités" figurant à l'art. 89 al. 2 let. d LTF n'aurait plus de sens (arrêt 2C_653/2007 du 22 février 2008, non publié, consid. 1.3).
Par conséquent, contrairement à la période fiscale 2001, la recourante n'a pas qualité pour former un recours en matière de droit public en ce qui concerne la période fiscale 2000, de sorte que le présent recours est irrecevable en tant qu'il porte sur cette période.
2. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), qui comprend les droits constitutionnels (ATF 133 III 446 consid. 3.1 p. 447). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 384 consid. 4.2.2 p. 391, 249 consid. 1.2.2 p. 252) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3; 133 IV 150 consid. 1.3).
3. 3.1 Conformément à l'art. 72 LHID si, dans les huit ans qui suivent l'entrée en vigueur de la LHID, les cantons n'ont pas adapté leur législation aux titres deuxième à sixième, le droit fédéral est directement applicable si les dispositions du droit fiscal cantonal s'en écartent (cf. al. 1 et 2). La loi cantonale genevoise sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994, entrée en vigueur le 1er janvier 1995 (RS GE D 3 15), concrétise la LHID, mais ne contient aucune disposition concernant le rappel d'impôt. Avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2002, de la loi sur la procédure fiscale (LPFisc; RS GE D 3 17), le rappel d'impôt et les pénalités qui y sont liées étaient réglementés aux art. 340 ss de la loi générale sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 (aLCP), dispositions qui s'appliquaient aussi aux personnes morales. Depuis lors, la question est réglée à l'art. 59 LPFisc, qui reprend pratiquement le texte de l'art. 151 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), fixant les conditions du rappel d'impôt.
En l'espèce, le Tribunal administratif a considéré que les prétentions découlant du rappel d'impôt étaient régies par le droit en vigueur au cours des périodes fiscales litigieuses, sous réserve de l'amende. Il a donc soumis le litige aux règles de l'aLCP en sa teneur antérieure au 1er janvier 2001, en tant qu'il concernait la période fiscale 2000 et a appliqué directement la LHID à la période fiscale 2001, dès lors que la LPFisc n'était pas encore en vigueur. Cette façon de procéder n'ayant pas été critiquée par les parties (art. 106 al. 2 LTF), il n'est pas nécessaire de se demander si les dispositions de l'aLCP s'écartaient de l'art. 53 LHID au point de justifier l'application de cette dernière disposition à la période fiscale 2001 (art. 72 al. 2 LHID), qui seule peut être examinée par le Tribunal fédéral.
3.2 Selon l'art. 53 al. 1 LHID, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
L'art. 53 al. 1 1ère phrase LHID a la même teneur que l'art. 151 al. 1 LIFD, de sorte que la jurisprudence et la doctrine se référant à cette disposition sont également valables pour son application.
3.3 Le rappel d'impôt constitue la perception après coup d'impôts qui n'ont, à tort, pas été perçus dans la cadre de la procédure de taxation (ATF 121 II 257 consid. 4b p. 265). Il s'agit du pendant, en faveur du fisc, de la procédure de révision (XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème éd. Bâle 2007, p. 486). Comme le rappel d'impôt permet à l'autorité de revenir sur une décision entrée en force, il implique qu'un intérêt important justifie de modifier la taxation définitive (KLAUS A. VALLENDER/MARTIN E. LOOSER, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2b, DBG, 2ème éd. Bâle 2008, n. 5 ad art. 147 - 153 LIFD, p. 443), à savoir l'existence d'une imposition insuffisante [("Unterbesteuerung"); VALLENDER, op. cit., n. 3 ad art. 53]. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il suppose qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale (HUGO CASANOVA, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, n. 5 et 6 ad art. 151 p. 1353), ainsi que l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque là, soit les faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (HUGO CASANOVA, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II p. 11). Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute (arrêt 2A.300/2006 du 27 février 2007, in RF 62/2007 p. 369, consid. 3.3; voir également VALLENDER/LOOSER, op. cit., n. 5 ad art. 151 LIFD p. 486/487 et les références citées). En d'autres termes, l'autorité fiscale ne doit se livrer à des investigations complémentaires au moment de procéder à la transaction que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (HUGO CASANOVA, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, n. 11 ad art. 151, p. 1355; VALLENDER/ LOOSER, op. cit., n. 8a et 10 ad art. 151, p. 494 et 496; MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA Schweizerisches Steuerverfarensrecht: direkte Steuern, in Grundzüge des Steuerrechts, Zurich 2008, n. 15 p. 360).
3.4 En l'espèce, le Tribunal administratif ne s'est pas prononcé sur le bien-fondé des reprises effectuées, ni sur l'amende infligée à la recourante. Il a seulement admis que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôts n'étaient pas réunies. De son côté la recourante soutient qu'au vu des renseignements à sa disposition au moment de la remise de la déclaration d'impôt, elle n'était pas en mesure de s'apercevoir de l'inexactitude de la taxation de la Société. Celle-ci avait en effet déposé une comptabilité dans laquelle elle annonçait des salaires versés à son associé et rien ne permettait alors de soupçonner qu'il s'agissait d'une distribution cachée de dividendes. Ce n'était en effet que lorsqu'elle a examiné les dossiers fiscaux de l'associé gérant majoritaire Y._ qu'elle se serait rendu compte que ce dernier "n'avait pas de moyens d'existence crédibles sur plusieurs années".
3.4.1 Il n'est pas contesté que les salaires versés à Y._ apparaissaient clairement dans les comptes d'exploitation et le bilan de l'exercice 2001 de la Société intimée. En l'absence d'indices particuliers, l'Administration pouvait toutefois considérer que la déclaration fiscale 2001 indiquant ces salaires était conforme à la vérité. Elle n'avait donc, à ce moment-là, aucun motif de procéder à un contrôle ou de se mettre en quête de renseignements plus précis. Ce n'est qu'ultérieurement, lorsqu'elle a examiné le dossier de l'associé en cause, qu'elle a constaté que celui-ci n'aurait pas déployé au sein de la Société une activité correspondant aux montants reçus. Avant le contrôle de la situation de l'associé, elle n'avait en effet aucun moyen de se rendre compte si la comptabilité de la Société était erronée et si, en particulier, l'intitulé de certains postes n'était pas correct. Il s'agissait donc bien de faits nouveaux, soit de faits inconnus de l'Administration dans le cadre de la procédure de taxation qui n'ont été découverts qu'à posteriori, ce qui justifiait l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt. A cet égard, la recourante soutient à juste titre que le Tribunal administratif a confondu les motifs d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt, pour laquelle de simples soupçons sont suffisants, avec le bien-fondé matériel de la reprise d'impôt.
3.4.2 La question de savoir si le poste contesté représente un salaire ou une distribution de bénéfice n'a pas été examinée par le Tribunal administratif qui n'a ainsi pas tranché entre les deux versions des faits qui lui ont été présentées au cours de la procédure. La recourante estimait que les salaires perçus par l'associé en cause n'étaient pas liés à une activité au sein de la société pendant la période fiscale litigieuse, dès lors que l'intéressé n'avait ni bureau, ni contrat de travail et n'avait plus été rémunéré depuis 2003. A cela s'ajoutait que les salaires versés étaient sans rapport avec les moyens de la Société et correspondaient à un taux d'activité de 65%, alors que Y._ dirigeait une entreprise individuelle à plein temps. De son côté, l'intimée a expliqué que ce dernier avait été rémunéré pour le temps considérable qu'il avait consacré au développement de la société lors de sa création, notamment en mettant à jour le catalogue de matériel proposé aux professionnels de la branche et en nouant des contacts avec les clients étrangers, du fait qu'il était le seul à parler l'anglais, l'allemand et l'espagnol; les salaires qui lui avaient été versés avaient d'ailleurs été soumis aux cotisations des assurances sociales. Le Tribunal administratif a donc reproduit la version des faits des parties, sans procéder à de plus amples investigations, ni en tirer de conclusions claires sur la nature des sommes versées à Y._. Les seules considérations qu'il en a déduites reposent sur un raisonnement erroné, puisqu'il n'a pas admis que les conditions d'une procédure de rappel d'impôt étaient remplies. Ainsi, le Tribunal administratif n'a pas arrêté les faits de manière suffisante pour déterminer si le poste contesté représente un salaire ou une distribution de bénéfice. Dans ces circonstances, il n'est pas possible au Tribunal fédéral de rectifier ou de compléter d'office les constatations de fait établies par l'autorité précédente (art. 105 al. 2 LTF), de sorte qu'il y a lieu de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il complète les faits, en particulier sur l'activité déployée par Y._ dans la Société (art. 107 al. 2 LTF).
3.4.3 Il s'ensuit que le recours doit être admis en tant qu'il porte sur la période fiscale 2001, l'arrêt attaqué étant annulé sur ce point et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision.
4. Au vu de ce qui précède, la recourante n'obtient que partiellement gain de cause, de sorte qu'il y a lieu de mettre à sa charge la moitié des frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF), l'autre moitié étant supportée par la Société intimée (art. 66 al. 1 LTF). La recourante versera en outre à l'intimée une indemnité réduite à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 LTF). La question des frais et dépens devant le Tribunal administratif est laissée au soin de cette juridiction (art. 67 et 68 al. 5 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours portant sur l'année fiscale 2000 est irrecevable et l'arrêt attaqué est confirmé en ce qui concerne cette période.
Le recours portant sur l'année fiscale 2001 est admis; l'arrêt attaqué est annulé en ce qui concerne cette période et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la re-courante et de l'intimée, par moitié chacune.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens réduits pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au mandataire de l'intimée, au Tribunal administratif du canton de Genève et à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 20 juin 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Rochat