Faits:
A. Au printemps 1984, une parcelle a fait l'objet d'un contrat de bail à ferme de durée indéterminée entre son propriétaire feu A._ et l'agriculteur B._. La parcelle litigieuse a passé en zone à bâtir au début des années 1990. Elle a changé plusieurs fois de propriétaire et le 17 novembre 2005, elle a finalement été acquise par V._ SA. B._ puis, à partir du 1er janvier 2003, son fils X._ ont néanmoins continué à exploiter ladite parcelle et à verser le fermage à A._ puis, au décès de celui-ci en 1991, à son fils C._.
Par lettre du 22 mars 2006, W._ SA a confirmé à X._ les informations que D._, signataire de la lettre, lui avait données téléphoniquement quelque temps auparavant, à savoir qu'elle avait acquis la parcelle en cause et qu'elle le priait de la libérer pour septembre suivant afin de laisser libre champ aux travaux d'infrastructures planifiées pour cette période.
B. Le 21 avril 2006, X._ a saisi le Président du Tribunal civil de la Veveyse d'une demande dirigée contre V._ SA, tendant principalement à la constatation de la nullité du congé donné le 22 mars 2006, subsidiairement à la prolongation du bail pour deux ans. Il arguait notamment du fait que le congé n'émanait pas de la véritable propriétaire, mais d'un tiers. V._ SA a conclu au rejet de la demande. Elle soutenait avoir acquis la parcelle litigieuse franche de bail dans une vente aux enchères et qu'en l'absence de bail, l'action devait être rejetée.
Par jugement du 5 février 2007, le Président du Tribunal civil a admis qu'il existait un contrat de bail à ferme entre X._ et V._ SA et que la lettre du 22 mars 2006 valait résiliation, donnée par W._ SA en qualité de représentante de V._ SA. Il a toutefois jugé que cette résiliation était tardive au regard de l'art. 15 al. 2 de la loi fédérale sur le bail à ferme agricole du 4 octobre 1985 (LBFA; RS 221.213.2) et que ses effets étaient dès lors reportés au terme de printemps de l'année 2008. Il a rejeté toutes autres ou plus amples conclusions.
Le 3 avril 2007, X._ a recouru auprès de la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg. Concluant à la constatation de la nullité du congé, il soutenait que les circonstances ne l'obligeaient nullement à interpréter le congé reçu de W._ SA comme émanant d'une représentante de la bailleresse V._ SA. Le 12 juillet 2007, V._ SA a changé sa raison sociale en Y._ SA. Par arrêt du 12 décembre 2007, la Cour d'appel a rejeté le recours et confirmé le jugement du 5 février 2007.
C. X._ (le recourant) interjette un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt du 12 décembre 2007 et au constat de la nullité du congé du 22 mars 2006. Il sollicite en outre que par mesures provisionnelles, il soit fait interdiction à Y._ SA d'entreprendre des travaux sur la parcelle en cause jusqu'à droit connu sur le recours, requête qui a été rejetée par ordonnance présidentielle du 26 février 2008. Invité à se déterminer sur le recours et sur la requête de mesures provisionnelles, Y._ SA (l'intimée) s'est uniquement prononcée sur la seconde, concluant principalement à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet de cette requête.
Considérant en droit:
1. La valeur litigieuse en cas de recours au Tribunal fédéral contre une décision finale est déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF). Selon les constatations de la cour cantonale, que les parties ne remettent pas en cause, elles portaient en l'occurrence sur moins de 8'000 fr. Aucune partie ne motive ni même ne soutient, à raison d'ailleurs, que la cause soulèverait une question juridique de principe (art. 74 al. 2 let. a et 42 al. 2 LTF; sur cette notion, cf. ATF 133 III 493 consid. 1.1, 645 consid. 2.4). La voie du recours constitutionnel subsidiaire est donc ouverte (cf. art. 74 al. 1 et 113 LTF). Ce recours ne peut être formé que pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF).
2. Le recourant se plaint uniquement d'une violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application de l'art. 32 al. 2 CO. Il estime insoutenable la conclusion de la cour cantonale selon laquelle il devait inférer des circonstances que W._ SA agissait au nom de l'intimée lorsqu'elle lui a signifié le congé par courrier du 22 mars 2006.
2.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. Il ne suffit pas que la motivation de la décision critiquée soit insoutenable; encore faut-il que celle-ci se révèle arbitraire dans son résultat. En outre, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle adoptée par l'autorité intimée serait concevable, voire préférable (ATF 133 I 149 consid. 3.1). Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF).
Aux termes de l'art. 32 al. 1 CO, les droits et les obligations dérivant d'un contrat fait au nom d'une autre personne par un représentant autorisé passent au représenté. A teneur de l'art. 32 al. 2 CO, lorsqu'au moment de la conclusion du contrat le représentant ne s'est pas fait connaître comme tel, le représenté devient directement créancier ou débiteur si celui avec lequel il contracte devait inférer des circonstances qu'il existait un rapport de représentation. Ces règles s'appliquent non seulement à la conclusion des contrats, mais en principe à tous les actes juridiques de droit privé (art. 7 CC; cf. Zäch, Commentaire bernois, n. 81 ad Vorbemerkungen zu Art. 32-40 OR), et en particulier à la résiliation d'un contrat de bail (cf. Tercier, Les contrats spéciaux, 3e éd., Zurich 2003, n. 2109 p. 301; Higi, Commentaire zurichois, n. 69 ss ad Vorbemerkungen zu Art. 266-266o OR).
2.2 En l'espèce, la cour cantonale a retenu qu'avant de recevoir la lettre de congé du 22 mars 2006, le recourant avait eu un entretien téléphonique avec D._, signataire de la résiliation, et qu'à cette période, il s'était renseigné sur l'identité du propriétaire de la parcelle en cause et avait appris que l'intimée l'avait acquise. Selon les juges cantonaux, le recourant savait donc, ou à tout le moins devait bien se douter, que le dénommé D._ avec qui il avait eu un contact téléphonique et qui avait signé la lettre du 22 mars 2006 au nom de W._ SA et le dénommé D._ administrateur unique de l'intimée ne faisaient qu'une seule et même personne. Si formellement c'était W._ SA qui lui signifiait le congé, elle ne pouvait le faire qu'en qualité de représentante de la bailleresse, dont les pouvoirs lui avaient été conférés par l'administrateur avec signature individuelle de celle-ci. La cour cantonale a ajouté qu'en cas de doute, le recourant aurait pu exiger de W._ SA qu'elle justifie de ses pouvoirs. En définitive, les juges cantonaux ont admis que le rapport de représentation ressortait suffisamment des circonstances.
Le recourant objecte qu'il ne connaissait pas l'existence de l'intimée, qu'il n'avait jamais eu le moindre contact avec elle, qu'elle ne l'avait pas informé avoir acquis la parcelle litigieuse, qu'elle n'avait jamais demandé le versement d'un fermage, qu'il ignorait en outre que l'intimée était une filiale de W._ SA et D._ l'administrateur des deux sociétés. Il soutient ne pas avoir eu dès lors de motif pour penser que W._ SA lui donnait le congé au nom de l'intimé, ce d'autant moins que W._ SA précisait expressément être propriétaire de la parcelle en cause. En outre, il estime insoutenable de retenir que l'intimée avait l'intention de lui donner le congé par l'entremise d'une représentante alors que devant le Président du Tribunal civil encore, elle contestait l'existence d'un bail à ferme.
2.3 Sous la signature de D._, W._ SA a informé le recourant, par lettre du 22 mars 2006, qu'elle avait acquis la parcelle litigieuse et lui a demandé de la libérer. Pris à la lettre, ce texte ne donne effectivement pas à penser que W._ SA agissait en tant que représentante de l'intimée. On pourrait au contraire penser que D._ a fait une confusion entre deux sociétés du groupe ou s'est trompé en utilisant un papier à lettre à l'entête de la fausse société du groupe.
Toutefois, il ressort de l'état de fait souverainement établi par la cour cantonale que le recourant avait précédemment eu un entretien avec D._ au sujet de la remise de la parcelle et qu'à cette période, il s'était informé sur l'identité du propriétaire de ladite parcelle et savait que c'était l'intimée. Il devait donc se rendre compte que W._ SA ne pouvait pas lui demander en son propre nom de libérer la parcelle dès lors qu'elle n'en était pas la propriétaire. En outre, la lettre étant signée par D_, avec lequel il avait eu un contact téléphonique au sujet de la même question, il devait voir qu'il y avait manifestement un lien entre cet appel et la lettre. Dans ces circonstances, on ne saurait dire qu'il est insoutenable d'en déduire que W._ SA agissait au nom de l'intimée et que le recourant devait s'en rendre compte, et celui-ci ne pouvait pas sérieusement douter de ce que le propriétaire de la parcelle lui demandait de la libérer.
Que le recourant n'ait pas connu le détail de l'organisation du groupe de sociétés dont faisaient partie W._ SA et l'intimée n'y change rien. En outre, dès lors qu'il savait que l'intimée était propriétaire de la parcelle, peu importe qu'il n'ait pas eu le moindre contact avec elle et qu'elle ne lui ait pas réclamé de loyer. Il en va de même du fait que l'intimée pensait qu'il n'existait pas de contrat de bail à ferme lorsqu'a été envoyée la lettre du 22 mars 2006 invitant le recourant à libérer la parcelle et que cela ait créé quelque confusion au départ. La lettre, conçue comme une requête faite au possesseur sans droit, a été interprétée comme une résiliation de bail adressée au locataire et, sur ce point, l'arrêt attaqué n'est pas remis en question. Cela ne touche pas la question litigieuse, soit celle de savoir si W._ SA a écrit la lettre en tant que représentante de l'intimée et si le recourant pouvait s'en rendre compte.
2.4 Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
3. Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens - réduits dès lors que l'intimée ne s'est pas déterminée sur le fond - seront mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 65 al. 2, 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recou-rant.
3. Une indemnité de 1'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg.
Lausanne, le 31 mars 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz