Sachverhalt:
A. Das Bezirksamt Bremgarten ging im Strafbefehl vom 1. Februar 2007 davon aus, dass X._ am 17. Dezember 2006 um 21.25 Uhr die Herrschaft über sein Mountainbike verlor, stürzte und am Boden liegen blieb. Passantinnen riefen die Polizei. Diese unterzog ihn bei der Befragung einem Alco-Test, der einen Blutalkoholgehalt von 1,14 g/kg ergab. Das Bezirksamt büsste ihn mit 1'000 Franken.
Auf seine Einsprache hin sprach ihn das Bezirksgerichtspräsidium Bremgarten am 17. September 2007 in einem Punkt frei. Im Übrigen bestätigte es den Strafbefehl und verurteilte ihn wegen Führens eines Fahrrads in nicht fahrfähigem Zustand, Benützens eines Fahrrads ohne gültige Vignette sowie Nichtbeherrschens des Fahrrads zu einer Busse von Fr. 500.-- (mit 10 Tagen Ersatzfreiheitsstrafe für den Fall des schuldhaften Nichtbezahlens der Busse).
Das Obergericht des Kantons Aargau wies am 14. Juli 2008 die Berufung des Verurteilten ab.
B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das bezirksgerichtliche und das obergerichtliche Urteil aufzuheben, ihn von Schuld und Strafe freizusprechen, die gesamten Kosten des Verfahrens und die Anwaltskosten auf die Staatskasse zu nehmen, eventualiter die Sache an das Obergericht zurückzuweisen.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen (Art. 80 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer begründet nicht, weshalb das bezirksgerichtliche Urteil aufzuheben wäre. Darauf ist nicht einzutreten.
2. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 439 E. 3.2; 133 IV 286 E. 1.4). Auf rein appellatorische Kritik tritt es nicht ein (BGE 133 II 396 E. 3.1).
Der Grundsatz in dubio pro reo besagt in seinem Aspekt als Beweiswürdigungsregel, dass sich das Gericht nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Dies prüft das Bundesgericht auf Willkür, d.h. es greift nur ein, wenn die Vorinstanz den Beschuldigten verurteilte, obwohl bei objektiver Würdigung des Beweisergebnisses offensichtlich erhebliche bzw. schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an dessen Schuld fortbestanden (BGE 127 I 38 E. 2a; 120 Ia 31).
Im Polizeirapport vom 7. Januar 2007 wurde festgehalten, dass nach den Aussage der Passantinnen am Unfallort das Fahrrad zwischen den Beinen des Beschwerdeführers eingeklemmt gewesen sei. Dieser gab allerdings an, er habe das Fahrrad nur gestossen. Weiter wird im Rapport festgehalten, aufgrund der Fotos bei der Rekonstruktion sei nicht mehr ganz klar, ob er gefahren sei oder das Fahrrad gestossen habe (kantonalen Akten, act. 10 und 11). Die Vorinstanz weist indessen zutreffend darauf hin, dass der Beschwerdeführer bei der polizeilichen Einvernahme am 6. Januar 2007 mehrmals aussagte, dass er gefahren sei, und dass er diesen Tatbestand anerkannte. Er erklärte, er habe zu Hause das Fahrrad geholt. Dann habe er während der Fahrt einen Schlenker machen müssen. Er sei wegen etwas erschrocken und habe ausweichen müssen (act. 14; angefochtenes Urteil S. 9). Dass er auch angab, an das, "was nach dem Sturz war", könne er sich nicht mehr erinnern (act. 15), ändert somit nichts (nach dem Spitalbericht vom 20. Dez. 2006 war ihm der Unfallhergang nicht mehr erinnerlich, act. 22). Ob hingegen ein Fahrrad bei einem Sturz beschädigt wird oder nicht, ist eine Folge der Sturzdynamik. Dass das Fahrrad nicht beschädigt wurde, beweist nicht, dass der Beschwerdeführer nicht gefahren ist. Denn aufgrund der Umstände ist anzunehmen, dass er langsam fuhr. Er wollte im nahen Restaurant Zigaretten holen (act. 15). Damit im Widerspruch erklärte er später, das Fahrrad zum Transport von Sachen mitgenommen zu haben. Seine Freundin konnte nicht sagen, ob er nach dem Tunnel auf das Fahrrad aufgestiegen ist, so dass sich aus dieser Aussage nichts weiter ergibt. Das Bezirksgericht nimmt auch wegen der schweren Verletzungen an, dass er vom Fahrrad fiel und nicht lediglich umfiel (angefochtenes Urteil S. 7 mit Verweisung auf das bezirksgerichtliche Urteil).
Der Beschwerdeführer wendet ein, mangels beachtlicher Beweismittel, dass er mit dem Fahrrad gefahren sei, blieben nicht zu unterdrückende Zweifel, weshalb er in dubio pro reo freizusprechen sei. Dabei stellt er der vorinstanzlichen Beweiswürdigung eine eigene Darstellung gegenüber, der durchaus nicht jede Plausibilität abgesprochen werden kann. Beschwerdegegenstand bildet aber das angefochtene Urteil. Das Bundesgericht hat zu prüfen, ob diese Beweiswürdigung vertretbar oder nicht vielmehr schlechterdings unhaltbar und damit willkürlich ist. Letzteres ist hier zu verneinen. Im Übrigen ist auf das angefochtene Urteil zu verweisen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführer hat die Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw