Fatti:
A. A.a Il 20 luglio 2007 la B._SA aveva trasmesso in veste di ufficio di revisione della A._SA al Pretore del distretto di Lugano la copia di un proprio scritto del giorno precedente, indirizzato al consiglio di amministrazione di tale società, in cui veniva segnalato che quest'ultima si trovava in una "situazione di timore di eccedenza di debiti a norma dell'art. 725 cpv. 2 CO" e ciò in base al conto annuale 2006 che veniva allegato. In precedenza la B._SA aveva già comunicato al predetto consiglio di amministrazione almeno due volte "una situazione finanziaria, patrimoniale ed economica" pessima e molto preoccupante. L'ufficio di revisione aveva in particolare osservato che il patrimonio netto al 31 dicembre 2006 era pari a fr. 23'000.-- e che il conto annuale 2006, pur essendo stato redatto a valori di continuazione, non considerava alcuni accantonamenti e ammortamenti necessari che porterebbero a una situazione di perdita di capitale a valori di continuazione, senza che la società disponesse di dichiarazioni di postergazione sufficienti a coprire la perdita di capitale. Esso aveva altresì reiteratamente invano chiesto al consiglio di amministrazione la consegna di una serie di documenti, quali segnatamente un piano di risanamento concordato con le banche e un bilancio intermedio.
All'udienza del 24 ottobre 2007 la segnalante aveva confermato di aver constatato che, effettuata la revisione a valore di continuazione al 31 dicembre 2006, la società versava in una situazione di eccedenza di debiti. Tuttavia, dopo aver visto un bilancio intermedio al 30 settembre 2007 allestito dal consiglio di amministrazione con la supervisione della C._SA - la quale non rivestiva alcuna carica all'interno della società, ma agiva su mandato degli amministratori -, la B._SA ha ritirato la propria segnalazione e il Pretore ha immediatamente stralciato dai ruoli la causa.
A.b Il 6 novembre 2007 la B._SA ha avviato una nuova analoga procedura, ha comunicato al Pretore che non aveva potuto effettuare adeguati controlli dei documenti prodotti dalla A._SA né durante la predetta udienza né dopo lo stralcio della procedura e ha riconfermato il timore che la società si trovi in una situazione di eccedenza di debiti. Poiché il giorno prima l'assemblea degli azionisti della A._SA aveva destituito la segnalante, il Pretore ha convocato ad un'udienza del 13 febbraio 2008 il nuovo ufficio di revisione. Quest'ultimo non vi si è però presentato, perché aveva nel frattempo disdetto il mandato. Con sentenza 15 febbraio 2008 il Pretore ha pronunciato il fallimento, non ritenendo neppure dati i presupposti formali per un differimento.
B. Con sentenza 1° aprile 2008 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto un rimedio della A._SA e ne ha nuovamente pronunciato il fallimento. I Giudici cantonali hanno ritenuto che di fronte ai ripetuti avvisi dell'ufficio di revisione al giudice e agli amministratori spettava a quest'ultimi presentare un bilancio intermedio soggetto alla verifica dell'ufficio di revisione o di un revisore abilitato per dimostrare che la situazione denunciata non corrispondesse alla realtà. I rappresentanti della società hanno invece unicamente prodotto un bilancio intermedio al 30 settembre 2007, privo della verifica di un organo di revisione e quindi inadatto ad attestare l'affermata assenza di una situazione di sovraindebitamento. La Corte cantonale ha altresì considerato giustificata la reiezione della domanda di differimento del fallimento, perché manca una verifica indipendente dei documenti prodotti, atteso che l'attività svolta dalla C._SA (che ha segnatamente supervisionato l'allestimento dei bilanci intermedi) non costituisce un rapporto di revisione.
C. C.a Con ricorso in materia civile dell'8 aprile 2008 la A._SA postula, previa concessione dell'effetto sospensivo, in via principale la revoca del fallimento e in via subordinata il rinvio degli atti all'autorità cantonale per esame della domanda di "differimento/moratoria fallimentare". Sostiene che la lettera 6 novembre 2007 trasmessa al giudice dal suo ex organo di revisione non poteva essere considerata un avviso di una situazione di manifesta eccedenza di debiti e che una tale situazione non sarebbe nemmeno stata documentata. Afferma poi che il fallimento non può essere pronunciato sulla base della notifica di un mero sospetto e che la parte segnalata non deve apportare la prova dell'infondatezza del sospetto. Lamenta pure un'erronea applicazione degli art. 729b e 725a CO, perché quest'ultima norma disciplinerebbe unicamente il caso in cui il consiglio di amministrazione ha notificato l'eccedenza di debiti, ma non potrebbe essere applicata quando la segnalazione è partita dall'organo di revisione. Ritiene infine che il giudice avrebbe dovuto entrare nel merito della domanda subordinata di differimento del fallimento.
C.b Con decreto del 30 aprile 2008 il Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso nel senso che per la durata della procedura innanzi al Tribunale federale non possono essere adottate misure d'esecuzione forzata.
C.c Né l'autorità cantonale né l'opponente hanno presentato osservazioni al ricorso.
Diritto:
1. 1.1 Una dichiarazione di fallimento è una decisione finale (DTF 133 III 687 consid. 1.2) che può essere impugnata al Tribunale federale con un ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF), indipendentemente dal valore di lite (art. 74 cpv. 2 lett. d LTF). Il tempestivo ricorso (art. 100 cpv. 1 LTF) è pertanto in linea di principio ammissibile.
1.2 Giusta l'art. 99 cpv. 1 LTF possono essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Tali condizioni non sono manifestamente adempiute per i documenti prodotti dopo l'inoltro del ricorso e concernenti segnatamente procedure avviate dalla ricorrente dopo la pronuncia della sentenza impugnata che si rivelano quindi irricevibili.
2. 2.1 La Corte cantonale ha indicato che l'art. 725 cpv. 2 CO prevede che, qualora esista un fondato timore che la società anonima abbia un'eccedenza di debiti, dev'essere allestito un bilancio intermedio soggetto alla verifica di un revisore e che qualora da tale bilancio risulti che i debiti sociali non sono coperti né stimando i beni secondo il valore d'esercizio, né stimandoli secondo il valore di alienazione, il consiglio di amministrazione ne dà avviso al giudice. Essa ha poi rilevato che in caso di inosservanza di tale obbligo da parte del consiglio di amministrazione è compito dell'ufficio di revisione, segnatamente se la società è oberata da debiti, di avvisare il giudice, il quale ricevuto l'avviso dichiara il fallimento.
2.2 La ricorrente lamenta un'applicazione errata degli art. 729b CO e 725a CO e sostiene segnatamente che il fallimento senza preventiva esecuzione può unicamente essere pronunciato se la segnalazione di sovraindebitamento proviene dal consiglio di amministrazione in applicazione dell'art. 725 cpv. 2 CO.
2.3 L'art. 729b cpv. 2 CO previgente, ripreso nella novella legislativa entrata in vigore il 1° gennaio 2008 dagli art. 728c cpv. 3 e 729c CO (Messaggio del 23 giugno 2004 concernente la modifica del Codice delle obbligazioni (obbligo di revisione nel diritto societario) e la legge federale sull'abilitazione e la sorveglianza dei revisori, FF 2004 pag. 3598 seg. n. 2.1.3.2.3 e pag. 3601 n. 2.1.4.2.3), prevede, in caso di manifesta eccedenza di debiti (nel tenore della novella legislativa "se la società è manifestamente oberata da debiti"), l'obbligo dell'ufficio di revisione di avvisare il giudice se il consiglio di amministrazione omette di farlo. Vi è una manifesta eccedenza di debiti quando non sussistono dubbi che gli attivi non bastano per coprire i debiti e che nessuna postergazione sufficiente è stata accordata; per essere manifesta l'eccedenza di debiti non deve essere particolarmente grave, se la sua evidenza risulta da altre circostanze (DTF 127 IV 110 consid. 5). L'avviso al giudice da parte dell'ufficio di revisione costituisce una cosiddetta "esecuzione surrogatoria" di un obbligo che spetta in primo luogo al consiglio di amministrazione (Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3a ed. 2004, pag. 1701 n. 821 e pag. 1902 n. 186; Rolf Watter, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 2a ed. 2002, n. 6 ad art. 729b CO; Eric Homburger, Zürcher Kommentar, n. 1250 ad art. 725 CO). L'art. 729b CO ha come l'art. 725 cpv. 2 CO lo scopo di evitare che l'apertura del fallimento sia procrastinata: in questo modo vengono sia protetti i creditori attuali e futuri da - ulteriori - perdite, sia salvaguardati interessi collettivi, evitando che delle persone giuridiche sovraindebitate restino nel circuito economico (DTF 127 IV 110 consid. 5a con numerosi rinvii dottrinali). Evidentemente tale scopo non potrebbe essere raggiunto, se la segnalazione di una situazione di manifesta eccedenza di debiti da parte dell'ufficio di revisione non potesse portare al fallimento della società. Ne segue che la censura si rivela infondata.
3. 3.1 I Giudici cantonali hanno considerato che l'avviso previsto dal diritto sulla società anonima nel caso di una situazione di sovraindebitamento è un obbligo sancito dalla legge e non una richiesta di parte che può da questa essere revocata. Essi hanno altresì rilevato che il secondo annuncio ha seguito di pochissimo il primo ed è stato esplicitamente riferito alla documentazione su cui era basata la prima segnalazione. La Corte cantonale ha poi reputato che presentando un bilancio intermedio al 30 settembre 2007 carente della verifica di un organo di revisione, la ricorrente non ha prodotto alcuna documentazione provvista di quella verifica (revisione) in grado di contraddire la situazione asserita dall'opponente.
3.2 La ricorrente sostiene che la segnalazione del 6 novembre 2007 non può essere considerata un avviso di manifesta eccedenza di debiti, poiché non contiene alcuna dichiarazione esplicita in tal senso ed è sprovvista di documenti comprovanti uno stato di sovraindebitamento. Afferma poi che non è possibile pronunciare il fallimento sulla base della notifica di un mero sospetto, peraltro nemmeno riferito alla situazione attuale, ma al bilancio di chiusura del 2006. Conclude asserendo che in ogni caso non le tocca apportare la prova dell'erroneità del sospetto esternato dall'ex ufficio di revisione.
3.3 L'esistenza di un'effettiva situazione di sovraindebitamento è uno dei presupposti materiali che dev'essere dato per poter pronunciare il fallimento di una società senza preventiva esecuzione in applicazione dell'art. 725a CO (Hanspeter Wüstiner, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 2a ed. 2002, n. 3 ad Art. 725a CO; Hans Ulrich Hardmeier, Zürcher Kommentar, n. 1298 ad art. 725a CO). Nella fattispecie in esame la Corte cantonale non ha dichiarato il fallimento della ricorrente perché ha accertato una tale situazione, ma ha basato la sua decisione sulla mancata confutazione della segnalazione dell'ufficio di revisione con un nuovo bilancio intermedio debitamente revisionato. La sentenza impugnata viola pertanto il diritto, poiché ha dichiarato il fallimento della ricorrente nonostante l'assenza di un presupposto indispensabile (la constatazione di una situazione di eccedenza di debiti) per un tale provvedimento.
4. Da quanto precede discende che il ricorso si appalesa fondato e come tale dev'essere accolto e la dichiarazione di fallimento annullata. Così stando le cose, non occorre esaminare la motivazione attinente alla richiesta - subordinata - di concessione di un differimento del fallimento. La modifica della decisione impugnata giustifica altresì una nuova ripartizione delle spese del procedimento anteriore nel senso che le stesse sono poste a carico dell'opponente (art. 67 LTF). Anche le spese giudiziarie e le ripetibili della procedura federale seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF), sebbene l'opponente non abbia presentato una risposta. Essa ha infatti provocato la procedura che ha portato alla presente sentenza e nelle procedure giudiziarie vige il principio secondo cui il ricorrente vincente, e cioé il ricorrente che vede accolte le domande ricorsuali (cfr. DTF 123 V 156 e 159), non sopporta i costi necessari causatigli dalla controversia. Non soccorre all'opponente nemmeno il fatto di essersi limitata ad avvisare il giudice. L'obbligo di segnalare al giudice una situazione di manifesto sovraindebitamento è esplicitamente previsto dal CO, motivo per cui il revisore che assume la carica è a conoscenza e accetta la possibilità di dover iniziare una tale procedura giudiziaria con le predette conseguenze per quanto attiene alle spese e alle ripetibili.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la dichiarazione di fallimento con effetto al 4 aprile 2008 pronunciata dal Tribunale d'appello del Cantone Ticino con sentenza 1° aprile 2008 è annullata.
2. Le spese del procedimento anteriore sono a carico dell'opponente.
3. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà alla ricorrente fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti, alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e per informazione all'Ufficio dei fallimenti di Lugano, agli Uffici del registro fondiario e del registro di commercio di Lugano.